(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2022-04-22
(45)【発行日】2022-05-06
(54)【発明の名称】核酸ライブラリを調製するための方法および組成物
(51)【国際特許分類】
C12N 15/09 20060101AFI20220425BHJP
C12Q 1/68 20180101ALI20220425BHJP
C40B 40/06 20060101ALI20220425BHJP
【ＦＩ】
C12N15/09 Z
C12Q1/68 ZNA
C40B40/06
【請求項の数】
15
(21)【出願番号】P 2019551461
(86)(22)【出願日】2018-03-16
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2020-04-02
(86)【国際出願番号】 US2018022978
(87)【国際公開番号】W WO2018175258
(87)【国際公開日】2018-09-27
【審査請求日】2021-02-25
(31)【優先権主張番号】62/473,595
(32)【優先日】2017-03-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】500358711
【氏名又は名称】イルミナ インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100107489
【弁理士】
【氏名又は名称】大塩 竹志
(72)【発明者】
【氏名】チェン， シー－ジュン
(72)【発明者】
【氏名】クラナ， タルン
【審査官】宮岡 真衣
(56)【参考文献】
【文献】特表２００３－５２１２５２（ＪＰ，Ａ）
【文献】国際公開第２０１３／０２２５０４（ＷＯ，Ａ１）
【文献】米国特許出願公開第２００７／００３１８６５（ＵＳ，Ａ１）
【文献】VIVANCOS A. P. et al.，Genome Research，2010年，Vol.20，p.989-999
【文献】GANSAUGE M. et al.，Nature Protocols，2013年，Vol.8 No.4，p.737-748
【文献】NEIMAN M. et al.，PLOS ONE，2012年，Vol.7 Issue 11，e48616
【文献】SCHWARTZ J. et al.，Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.，2012年，Vol.109 No.46，p.18749-18754
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／０９ー１５／９０
Ｃ１２Ｑ １／６８ー１／６８９７
Ｃ４０Ｂ ４０／０６
Ｃ１２Ｍ １／００ー３／１０
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
ＰｕｂＭｅｄ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）非ライゲーション一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることであって、前記キャプチャープローブの３’末端および前記キャプチャープローブの５’末端のそれぞれが保護基を含み、前記キャプチャープローブが、溶液中の遊離キャプチャープローブである、ハイブリダイズさせること；
（ｅ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および
（ｆ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
【請求項2】
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記第２アダプターが基体に付着されている、請求項１または２に記載の方法。
【請求項4】
前記基体がビーズまたはフローセルを含む、請求項３に記載の方法。
【請求項5】
前記キャプチャープローブが、前記第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項6】
前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化することが、前記ライゲーション一本鎖核酸をキナーゼと接触させることを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項7】
工程（ｂ）～（ｆ）を単一反応体積で実施する、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
工程（ｂ）～（ｆ）を単一反応容器で実施する、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがシーケンシングプライマー結合部位を含み、必要に応じて、前記シーケンシングプライマー結合部位がＰ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体、あるいはアダプターインデックスを含み、必要に応じて、前記第１アダプターインデックスが前記第２アダプターインデックスと異なり、必要に応じて、前記アダプターインデックスが、前記複数の核酸の供給源を示す、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記保護基が３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記リガーゼが、一本鎖核酸を互いにライゲーションすることができる一本鎖核酸リガーゼを含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項12】
体積排除剤の存在下で、前記第１アダプターのライゲーションおよび／または前記第２アダプターのライゲーションを実施し、前記体積排除剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択され、必要に応じて、少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、前記第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する、請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項13】
前記複数の核酸の平均核酸サイズが約２００ヌクレオチド未満であり、必要に応じて、前記複数の核酸が低品質核酸供給源から得られ、前記複数の核酸が固定サンプルから得られる、請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項14】
核酸の前記ライブラリーを増幅することをさらに含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項15】
核酸の前記ライブラリーからシーケンスデータを得ることをさらに含む、請求項１～１４のいずれか一項に記載の方法。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
本出願は、２０１７年３月２０日に出願された“ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＦＯＲ ＰＲＥＰＡＲＩＮＧ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＬＩＢＲＡＲＩＥＳ”と題する米国仮出願番号第６２／４７３５９５号に基づく優先権を主張しており、その開示は、その全体が参考として本明細書中に援用される。
本出願は、２０１７年３月２０日に出願された“ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＣＯＭＰＯＳＩＴＩＯＮＳ ＦＯＲ ＰＲＥＰＡＲＩＮＧ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＬＩＢＲＡＲＩＥＳ”と題する米国仮出願番号第６２／４７３５９５号に基づく優先権を主張しており、その開示は、その全体が参考として本明細書中に援用される。
【0002】
配列表
本出願は、電子形式の配列表を含む。配列表は、２０１８年３月１５日に作成されたＩＬＬＩＮＣ３６２ＷＯＳＥＱＬＩＳＴという名称のファイルとして提供され、約４ｋｂのサイズである。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、電子形式の配列表を含む。配列表は、２０１８年３月１５日に作成されたＩＬＬＩＮＣ３６２ＷＯＳＥＱＬＩＳＴという名称のファイルとして提供され、約４ｋｂのサイズである。配列表の電子形式の情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0003】
発明の分野
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物は、核酸ライブラリーの調製に関する。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸のライゲーションによる核酸ライブラリーの調製を含む。
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物は、核酸ライブラリーの調製に関する。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸のライゲーションによる核酸ライブラリーの調製を含む。
【背景技術】
【0004】
発明の背景
いくつかの次世代シーケンシング技術は、ゲノム全配列の高速かつ経済的な決定に利用可能である。典型的には、シーケンシングの前に、二本鎖標的ゲノムＤＮＡサンプルからテンプレート核酸のライブラリーを調製する。サンプル調製は、通常、より大きなＤＮＡ鎖を、次世代シーケンシング技術により適したより小さなＤＮＡ断片に切断するＤＮＡ断片化工程を含む。多くの場合、アダプターをＤＮＡ断片の末端に付加するが、これは、ＤＮＡ末端修復とそれに続くアダプターライゲーションにより、またはより最近ではトランスポソーム系を使用することにより達成され得る。トランスポザーゼとトランスポゾン配列との複合体であるトランスポソームの使用は、同時のゲノム断片化および断片のアダプターライゲーションを可能にし、それにより、ライブラリー調製を単純化する。ライブラリーの調製方法は、典型的には労働集約的であり、異なる段階でいくつかの実践的な工程を必要とする。
いくつかの次世代シーケンシング技術は、ゲノム全配列の高速かつ経済的な決定に利用可能である。典型的には、シーケンシングの前に、二本鎖標的ゲノムＤＮＡサンプルからテンプレート核酸のライブラリーを調製する。サンプル調製は、通常、より大きなＤＮＡ鎖を、次世代シーケンシング技術により適したより小さなＤＮＡ断片に切断するＤＮＡ断片化工程を含む。多くの場合、アダプターをＤＮＡ断片の末端に付加するが、これは、ＤＮＡ末端修復とそれに続くアダプターライゲーションにより、またはより最近ではトランスポソーム系を使用することにより達成され得る。トランスポザーゼとトランスポゾン配列との複合体であるトランスポソームの使用は、同時のゲノム断片化および断片のアダプターライゲーションを可能にし、それにより、ライブラリー調製を単純化する。ライブラリーの調製方法は、典型的には労働集約的であり、異なる段階でいくつかの実践的な工程を必要とする。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0005】
発明の要旨
いくつかの実施形態は、核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ること（ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸である）；（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
いくつかの実施形態は、核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ること（ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸である）；（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0006】
いくつかの実施形態では、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない。
【0007】
いくつかの実施形態では、第２アダプターは基体に付着されている。いくつかの実施形態では、基体はビーズまたはフローセルを含む。
【0008】
いくつかの実施形態はまた、工程（ｅ）の前に、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去することを含む。
【0009】
いくつかの実施形態はまた、非ライゲーション一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブの３’末端は保護基を含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブの５’末端は保護基を含む。
【0010】
いくつかの実施形態はまた、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することを含む。いくつかの実施形態では、非ライゲーション一本鎖第１アダプターの消化は、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、非ライゲーション一本鎖第１アダプターの消化は、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼおよび５’デアデニラーゼと接触させることを含む。
【0011】
いくつかの実施形態では、ライゲーション一本鎖核酸の５’末端のリン酸化は、ライゲーション一本鎖核酸をキナーゼと接触させることを含む。
【0012】
いくつかの実施形態は、核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ること（ここで、前記複数の核酸は二本鎖核酸である）；（ｂ）前記二本鎖核酸を５’エキソヌクレアーゼと接触させて、一本鎖３’オーバーハングを有する複数の改変二本鎖核酸を得ること；（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記改変二本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；（ｄ）前記第１アダプターにライゲーションされた前記改変二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ること；および（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0013】
いくつかの実施形態では、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない。
【0014】
いくつかの実施形態は、核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ること（ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸である）；（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；（ｄ）前記ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせること；および（ｅ）前記キャプチャープローブを伸長させ、前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションし（ここで、前記第２アダプターの３’末端は保護基を含む）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0015】
いくつかの実施形態はまた、伸長キャプチャープローブからハイブリダイズライゲーション第１アダプターを除去することを含む。
【0016】
いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは基体に付着されている。いくつかの実施形態では、基体はビーズまたはフローセルを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブはキャプチャープローブインデックスを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは切断可能リンカーを含む。いくつかの実施形態はまた、切断可能リンカーを切断することを含む。
【0017】
いくつかの実施形態は、核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の核酸を得ること（ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸である）；（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）リンカーを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、前記リンカーは第１アダプターおよび第２アダプターを含み、前記リンカーの３’末端は保護基を含む）；（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および（ｅ）前記リン酸化核酸の３’末端を脱保護し、ライゲーションにより前記脱保護核酸を環状化し、それにより、環状核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0018】
いくつかの実施形態では、リンカーは、第１アダプターと第２アダプターとの間に切断可能部位を含む。
【0019】
いくつかの実施形態はまた、切断可能リンカーにおける切断により、環状核酸を線状化することを含む。いくつかの実施形態では、切断可能部位はウラシル残基を含む。いくつかの実施形態はまた、環状核酸をウラシル特異的切除試薬と接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ウラシル特異的切除試薬は、ウラシルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）およびＤＮＡグリコシラーゼ－リアーゼエンドヌクレアーゼＶＩＩＩから選択される酵素を含む。
【0020】
いくつかの実施形態はまた、少なくともプライマーを第１アダプターまたは第２アダプターにハイブリダイズさせることを含む方法により、環状核酸を増幅することを含む。いくつかの実施形態では、増幅は、ＰＣＲおよびローリングサークル増幅（ＲＣＡ）から選択される。いくつかの実施形態では、増幅は、環状核酸を、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼと接触させることを含む。
【0021】
いくつかの実施形態では、一本鎖核酸の５’末端の脱リン酸化は、一本鎖核酸をホスファターゼと接触させることを含む。
【0022】
いくつかの実施形態では、工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応体積で実施する。
【0023】
いくつかの実施形態では、工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応容器で実施する。
【0024】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、シーケンシングプライマー結合部位を含む。
【0025】
いくつかの実施形態では、第１アダプターは、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む。いくつかの実施形態では、第２アダプターは、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む。
【0026】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、アダプターインデックスを含む。いくつかの実施形態では、第１アダプターインデックスは、第２アダプターインデックスと異なるものである。いくつかの実施形態では、アダプターインデックスは、複数の核酸の供給源を示すものである。
【0027】
いくつかの実施形態では、保護基は、３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む。
【0028】
いくつかの実施形態では、リガーゼは一本鎖核酸リガーゼを含む。
【0029】
いくつかの実施形態では、体積排除剤の存在下で、第１アダプターのライゲーションおよび／または第２アダプターのライゲーションを実施する。いくつかの実施形態では、体積排除剤は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する。いくつかの実施形態では、少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する。
【0030】
いくつかの実施形態では、複数の核酸はＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数の核酸はｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む。
【0031】
いくつかの実施形態では、複数の核酸の平均核酸サイズは約２００ヌクレオチド未満である。
【0032】
いくつかの実施形態では、複数の核酸は低品質核酸供給源から得られる。いくつかの実施形態では、複数の核酸は固定サンプルから得られる。
【0033】
いくつかの実施形態はまた、核酸のライブラリーを増幅することを含む。
【0034】
いくつかの実施形態はまた、核酸のライブラリーからシーケンスデータを得ることを含む。
【0035】
いくつかの実施形態は、前述の実施形態のいずれか１つの方法により調製される核酸ライブラリーを含む。
【0036】
いくつかの実施形態は、第１アダプター（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含み、前記第１アダプターは、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む）；リガーゼ；ならびに体積排除剤、キナーゼ、ホスファターゼ、５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼ、５’デアデニラーゼ、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼ、ウラシル特異的切除試薬および第２アダプター（ここで、前記第２アダプターは、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む）からなる群より選択される構成要素を含むキットを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは第１および第２アダプターを含む。
【0037】
いくつかの実施形態は、複数の核酸；第１アダプター（ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；リガーゼ；および体積排除剤を含む反応体積を含む反応容器を含む。
【0038】
いくつかの実施形態では、複数の核酸は一本鎖核酸である。
【0039】
いくつかの実施形態では、第１アダプターは、複数の一本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変一本鎖核酸を形成する。
【0040】
いくつかの実施形態では、非ライゲーション第１アダプターは、キャプチャープローブにハイブリダイズされている。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む。
【0041】
いくつかの実施形態では、複数の核酸は、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸である。いくつかの実施形態では、第１アダプターは、３’オーバーハングを有する複数の二本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変二本鎖核酸を形成する。
【0042】
いくつかの実施形態はまた、第２アダプターを含む。いくつかの実施形態では、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない。
【0043】
いくつかの実施形態はまた、脱リン酸化剤を含む。いくつかの実施形態では、脱リン酸化剤はホスファターゼを含む。いくつかの実施形態では、ホスファターゼは不活性化されている。
【0044】
いくつかの実施形態では、体積排除剤は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、反応体積は、少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む。いくつかの実施形態では、反応体積は、少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む。
【0045】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、シーケンシングプライマー結合部位を含む。
【0046】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、アダプターインデックスを含む。いくつかの実施形態では、第１アダプターインデックスは、第２アダプターインデックスと異なるものである。いくつかの実施形態では、アダプターインデックスは、複数の一本鎖核酸の供給源を示すものである。
【0047】
いくつかの実施形態では、保護基は、３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、保護基は３’スペーサーＣ３を含む。
【0048】
いくつかの実施形態では、リガーゼは一本鎖核酸リガーゼを含む。
【0049】
いくつかの実施形態では、複数の核酸はＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、複数の核酸はｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む。
【0050】
いくつかの実施形態では、複数の一本鎖核酸は低品質核酸供給源から得られる。いくつかの実施形態では、複数の核酸は固定サンプルから得られる。
【0051】
いくつかの実施形態は、前述の実施形態のいずれか１つの反応容器を含むフローセルを含む。
【0052】
いくつかの実施形態は、前述の実施形態のいずれか１つの反応容器と、シーケンシングデータを得るための検出器とを含むシステムを含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および
（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目２）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第２アダプターが基体に付着されている、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記基体がビーズまたはフローセルを含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
工程（ｅ）の前に、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去することを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることを含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記キャプチャープローブが、前記第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記キャプチャープローブの３’末端が保護基を含む、項目６または７に記載の方法。
（項目９）
前記キャプチャープローブの５’末端が保護基を含む、項目６～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することを含む、項目５に記載の方法。
（項目１１）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することが、前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼと接触させることを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することが、前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼおよび５’デアデニラーゼと接触させることを含む、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化することが、前記ライゲーション一本鎖核酸をキナーゼと接触させることを含む、項目１～１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は二本鎖核酸であること；
（ｂ）前記二本鎖核酸を５’エキソヌクレアーゼと接触させて、一本鎖３’オーバーハングを有する複数の改変二本鎖核酸を得ること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記改変二本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；（ｄ）前記第１アダプターにライゲーションされた前記改変二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ること；および
（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目１５）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせること；
（ｅ）前記キャプチャープローブを伸長させ、前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第２アダプターの３’末端は保護基を含み、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目１７）
前記伸長キャプチャープローブから前記ハイブリダイズライゲーション第１アダプターを除去することを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記キャプチャープローブが基体に付着されている、項目１６または１７に記載の方法。
（項目１９）
前記基体がビーズまたはフローセルを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記キャプチャープローブがキャプチャープローブインデックスを含む、項目１６～１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記キャプチャープローブが切断可能リンカーを含む、項目１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記切断可能リンカーを切断することを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リンカーを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記リンカーは第１アダプターおよび第２アダプターを含み、前記リンカーの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；
（ｅ）前記リン酸化核酸の３’末端を脱保護し、ライゲーションにより前記脱保護核酸を環状化することであって、それにより、環状核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目２４）
前記リンカーが、前記第１アダプターと前記第２アダプターとの間に切断可能部位を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記切断可能リンカーにおける切断により、前記環状核酸を線状化することをさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記切断可能部位がウラシル残基を含む、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２７）
前記環状核酸をウラシル特異的切除試薬と接触させることを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記ウラシル特異的切除試薬が、ウラシルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）およびＤＮＡグリコシラーゼ－リアーゼエンドヌクレアーゼＶＩＩＩから選択される酵素を含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
少なくともプライマーを前記第１アダプターまたは前記第２アダプターにハイブリダイズさせることを含む方法により、前記環状核酸を増幅することをさらに含む、項目２３～２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記増幅することが、ＰＣＲおよびローリングサークル増幅（ＲＣＡ）から選択される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記増幅することが、前記環状核酸を、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼと接触させることを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記一本鎖核酸の５’末端の脱リン酸化が、前記一本鎖核酸をホスファターゼと接触させることを含む、項目２３～３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応体積で実施する、項目１～３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応容器で実施する、項目１～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがシーケンシングプライマー結合部位を含む、項目１～３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記第１アダプターがＰ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記第２アダプターがＰ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがアダプターインデックスを含む、項目１～３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記第１アダプターインデックスが前記第２アダプターインデックスと異なる、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記アダプターインデックスが、前記複数の核酸の供給源を示す、項目３８または３９に記載の方法。
（項目４１）
前記保護基が３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む、項目１～４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記リガーゼが一本鎖核酸リガーゼを含む、項目１～４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
体積排除剤の存在下で、前記第１アダプターのライゲーションおよび／または前記第２アダプターのライゲーションを実施する、項目１～４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記体積排除剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、前記第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する、項目４３に記載の方法。
（項目４６）
少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、前記第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する、項目４３に記載の方法。
（項目４７）
前記複数の核酸がＲＮＡを含む、項目１～４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記複数の核酸がｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む、項目１～４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記複数の核酸の平均核酸サイズが約２００ヌクレオチド未満である、項目１～４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記複数の核酸が低品質核酸供給源から得られる、項目１～４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記複数の核酸が固定サンプルから得られる、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
核酸の前記ライブラリーを増幅することをさらに含む、項目１～５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
核酸の前記ライブラリーからシーケンスデータを得ることをさらに含む、項目１～５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
項目１～５３のいずれか一項に記載の方法により調製される、核酸ライブラリー。
（項目５５）
第１アダプターであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含み、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む第１アダプター；
リガーゼ；ならびに
構成要素であって、体積排除剤、キナーゼ、ホスファターゼ、５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼ、５’デアデニラーゼ、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼ、ウラシル特異的切除試薬、および第２アダプターであって、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む第２アダプターからなる群より選択される構成要素
を含む、キット。
（項目５６）
リンカーが前記第１および前記第２アダプターを含む、項目５５に記載のキット。
（項目５７）
複数の核酸；
第１アダプターであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む
第１アダプター；
リガーゼ；および
体積排除剤
を含む反応体積を含む、反応容器。
（項目５８）
前記複数の核酸が一本鎖核酸である、項目５７に記載の反応容器。
（項目５９）
前記第１アダプターが前記複数の一本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変一本鎖核酸を形成する、項目５８に記載の反応容器。
（項目６０）
非ライゲーション第１アダプターがキャプチャープローブにハイブリダイズされている、項目５９に記載の反応容器。
（項目６１）
前記キャプチャープローブが、前記第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む、項目６０に記載の反応容器。
（項目６２）
前記複数の核酸が、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目５７に記載の反応容器。
（項目６３）
前記第１アダプターが、３’オーバーハングを有する前記複数の二本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変二本鎖核酸を形成する、項目６２に記載の反応容器。
（項目６４）
第２アダプターをさらに含む、項目５７～６３のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目６５）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目６４に記載の反応容器。
（項目６６）
脱リン酸化剤を含む、項目５７～６５のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目６７）
前記脱リン酸化剤がホスファターゼを含む、項目６６に記載の反応容器。
（項目６８）
前記ホスファターゼが不活性化されている、項目６７に記載の反応容器。
（項目６９）
前記体積排除剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される、項目５７～６８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７０）
前記反応体積が少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む、項目６９に記載の反応容器。
（項目７１）
前記反応体積が少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む、項目６９に記載の反応容器。
（項目７２）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがシーケンシングプライマー結合部位を含む、項目６４～７１のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７３）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがアダプターインデックスを含む、項目６４～７２のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７４）
前記第１アダプターインデックスが前記第２アダプターインデックスとは異なる、項目７３に記載の反応容器。
（項目７５）
前記アダプターインデックスが、前記複数の一本鎖核酸の供給源を示す、項目７３に記載の反応容器。
（項目７６）
前記保護基が３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む、項目５７～７５のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７７）
前記保護基が３’スペーサーＣ３を含む、項目５７～７６のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７８）
前記リガーゼが一本鎖核酸リガーゼを含む、項目５７～７７のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７９）
前記複数の核酸がＲＮＡを含む、項目５７～７８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８０）
前記複数の核酸がｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む、項目５７～７８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８１）
前記複数の一本鎖核酸が低品質核酸供給源から得られる、項目５７～８０のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８２）
前記複数の核酸が固定サンプルから得られる、項目８１に記載の反応容器。
（項目８３）
項目５７～８２のいずれか一項に記載の反応容器を含む、フローセル。
（項目８４）
項目５７～８２のいずれか一項に記載の反応容器と、シーケンシングデータを得るための検出器とを含む、システム。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；および
（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目２）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記第２アダプターが基体に付着されている、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記基体がビーズまたはフローセルを含む、項目３に記載の方法。
（項目５）
工程（ｅ）の前に、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去することを含む、項目１に記載の方法。
（項目６）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることを含む、項目５に記載の方法。
（項目７）
前記キャプチャープローブが、前記第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
前記キャプチャープローブの３’末端が保護基を含む、項目６または７に記載の方法。
（項目９）
前記キャプチャープローブの５’末端が保護基を含む、項目６～８のいずれか一項に記載の方法。
（項目１０）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することを含む、項目５に記載の方法。
（項目１１）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することが、前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼと接触させることを含む、項目１０に記載の方法。
（項目１２）
前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを消化することが、前記非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼおよび５’デアデニラーゼと接触させることを含む、項目１０または１１に記載の方法。
（項目１３）
前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化することが、前記ライゲーション一本鎖核酸をキナーゼと接触させることを含む、項目１～１２のいずれか一項に記載の方法。
（項目１４）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は二本鎖核酸であること；
（ｂ）前記二本鎖核酸を５’エキソヌクレアーゼと接触させて、一本鎖３’オーバーハングを有する複数の改変二本鎖核酸を得ること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記改変二本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；（ｄ）前記第１アダプターにライゲーションされた前記改変二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ること；および
（ｅ）前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目１５）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目１４に記載の方法。
（項目１６）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リガーゼの存在下で、第１アダプターを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせること；
（ｅ）前記キャプチャープローブを伸長させ、前記リガーゼの存在下で、第２アダプターを前記伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記第２アダプターの３’末端は保護基を含み、それにより、核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目１７）
前記伸長キャプチャープローブから前記ハイブリダイズライゲーション第１アダプターを除去することを含む、項目１６に記載の方法。
（項目１８）
前記キャプチャープローブが基体に付着されている、項目１６または１７に記載の方法。
（項目１９）
前記基体がビーズまたはフローセルを含む、項目１８に記載の方法。
（項目２０）
前記キャプチャープローブがキャプチャープローブインデックスを含む、項目１６～１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１）
前記キャプチャープローブが切断可能リンカーを含む、項目１６～２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２）
前記切断可能リンカーを切断することを含む、項目２１に記載の方法。
（項目２３）
核酸ライブラリーを調製する方法であって、
（ａ）複数の核酸を得ることであって、ここで、前記複数の核酸は一本鎖核酸であること；
（ｂ）前記一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；
（ｃ）リンカーを前記一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすることであって、ここで、前記リンカーは第１アダプターおよび第２アダプターを含み、前記リンカーの３’末端は保護基を含むこと；
（ｄ）前記ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；
（ｅ）前記リン酸化核酸の３’末端を脱保護し、ライゲーションにより前記脱保護核酸を環状化することであって、それにより、環状核酸のライブラリーを得ること
を含む、方法。
（項目２４）
前記リンカーが、前記第１アダプターと前記第２アダプターとの間に切断可能部位を含む、項目２３に記載の方法。
（項目２５）
前記切断可能リンカーにおける切断により、前記環状核酸を線状化することをさらに含む、項目２４に記載の方法。
（項目２６）
前記切断可能部位がウラシル残基を含む、項目２４または２５に記載の方法。
（項目２７）
前記環状核酸をウラシル特異的切除試薬と接触させることを含む、項目２６に記載の方法。
（項目２８）
前記ウラシル特異的切除試薬が、ウラシルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）およびＤＮＡグリコシラーゼ－リアーゼエンドヌクレアーゼＶＩＩＩから選択される酵素を含む、項目２７に記載の方法。
（項目２９）
少なくともプライマーを前記第１アダプターまたは前記第２アダプターにハイブリダイズさせることを含む方法により、前記環状核酸を増幅することをさらに含む、項目２３～２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目３０）
前記増幅することが、ＰＣＲおよびローリングサークル増幅（ＲＣＡ）から選択される、項目２９に記載の方法。
（項目３１）
前記増幅することが、前記環状核酸を、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼと接触させることを含む、項目２９に記載の方法。
（項目３２）
前記一本鎖核酸の５’末端の脱リン酸化が、前記一本鎖核酸をホスファターゼと接触させることを含む、項目２３～３１のいずれか一項に記載の方法。
（項目３３）
工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応体積で実施する、項目１～３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目３４）
工程（ｂ）～（ｅ）を単一反応容器で実施する、項目１～３３のいずれか一項に記載の方法。
（項目３５）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがシーケンシングプライマー結合部位を含む、項目１～３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目３６）
前記第１アダプターがＰ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３７）
前記第２アダプターがＰ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む、項目３５に記載の方法。
（項目３８）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがアダプターインデックスを含む、項目１～３７のいずれか一項に記載の方法。
（項目３９）
前記第１アダプターインデックスが前記第２アダプターインデックスと異なる、項目３８に記載の方法。
（項目４０）
前記アダプターインデックスが、前記複数の核酸の供給源を示す、項目３８または３９に記載の方法。
（項目４１）
前記保護基が３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む、項目１～４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目４２）
前記リガーゼが一本鎖核酸リガーゼを含む、項目１～４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目４３）
体積排除剤の存在下で、前記第１アダプターのライゲーションおよび／または前記第２アダプターのライゲーションを実施する、項目１～４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目４４）
前記体積排除剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される、項目４３に記載の方法。
（項目４５）
少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、前記第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する、項目４３に記載の方法。
（項目４６）
少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む反応体積で、前記第１ライゲーション工程および／または第２ライゲーション工程を実施する、項目４３に記載の方法。
（項目４７）
前記複数の核酸がＲＮＡを含む、項目１～４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４８）
前記複数の核酸がｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む、項目１～４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目４９）
前記複数の核酸の平均核酸サイズが約２００ヌクレオチド未満である、項目１～４８のいずれか一項に記載の方法。
（項目５０）
前記複数の核酸が低品質核酸供給源から得られる、項目１～４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目５１）
前記複数の核酸が固定サンプルから得られる、項目５０に記載の方法。
（項目５２）
核酸の前記ライブラリーを増幅することをさらに含む、項目１～５１のいずれか一項に記載の方法。
（項目５３）
核酸の前記ライブラリーからシーケンスデータを得ることをさらに含む、項目１～５２のいずれか一項に記載の方法。
（項目５４）
項目１～５３のいずれか一項に記載の方法により調製される、核酸ライブラリー。
（項目５５）
第１アダプターであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含み、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む第１アダプター；
リガーゼ；ならびに
構成要素であって、体積排除剤、キナーゼ、ホスファターゼ、５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼ、５’デアデニラーゼ、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼ、ウラシル特異的切除試薬、および第２アダプターであって、Ｐ７配列、Ｐ５配列またはその相補体もしくは逆相補体を含む第２アダプターからなる群より選択される構成要素
を含む、キット。
（項目５６）
リンカーが前記第１および前記第２アダプターを含む、項目５５に記載のキット。
（項目５７）
複数の核酸；
第１アダプターであって、ここで、前記第１アダプターの３’末端は保護基を含む
第１アダプター；
リガーゼ；および
体積排除剤
を含む反応体積を含む、反応容器。
（項目５８）
前記複数の核酸が一本鎖核酸である、項目５７に記載の反応容器。
（項目５９）
前記第１アダプターが前記複数の一本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変一本鎖核酸を形成する、項目５８に記載の反応容器。
（項目６０）
非ライゲーション第１アダプターがキャプチャープローブにハイブリダイズされている、項目５９に記載の反応容器。
（項目６１）
前記キャプチャープローブが、前記第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む、項目６０に記載の反応容器。
（項目６２）
前記複数の核酸が、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸である、項目５７に記載の反応容器。
（項目６３）
前記第１アダプターが、３’オーバーハングを有する前記複数の二本鎖核酸の３’末端にライゲーションされており、それにより、複数の改変二本鎖核酸を形成する、項目６２に記載の反応容器。
（項目６４）
第２アダプターをさらに含む、項目５７～６３のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目６５）
前記第２アダプターの５’末端がリン酸化されていない、項目６４に記載の反応容器。
（項目６６）
脱リン酸化剤を含む、項目５７～６５のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目６７）
前記脱リン酸化剤がホスファターゼを含む、項目６６に記載の反応容器。
（項目６８）
前記ホスファターゼが不活性化されている、項目６７に記載の反応容器。
（項目６９）
前記体積排除剤が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される、項目５７～６８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７０）
前記反応体積が少なくとも約３７％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む、項目６９に記載の反応容器。
（項目７１）
前記反応体積が少なくとも約６０％（ｗｔ／ｖｏｌ）ＰＥＧを含む、項目６９に記載の反応容器。
（項目７２）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがシーケンシングプライマー結合部位を含む、項目６４～７１のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７３）
前記第１アダプターおよび／または第２アダプターがアダプターインデックスを含む、項目６４～７２のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７４）
前記第１アダプターインデックスが前記第２アダプターインデックスとは異なる、項目７３に記載の反応容器。
（項目７５）
前記アダプターインデックスが、前記複数の一本鎖核酸の供給源を示す、項目７３に記載の反応容器。
（項目７６）
前記保護基が３’スペーサーＣ３またはジデオキシヌクレオチドを含む、項目５７～７５のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７７）
前記保護基が３’スペーサーＣ３を含む、項目５７～７６のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７８）
前記リガーゼが一本鎖核酸リガーゼを含む、項目５７～７７のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目７９）
前記複数の核酸がＲＮＡを含む、項目５７～７８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８０）
前記複数の核酸がｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含む、項目５７～７８のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８１）
前記複数の一本鎖核酸が低品質核酸供給源から得られる、項目５７～８０のいずれか一項に記載の反応容器。
（項目８２）
前記複数の核酸が固定サンプルから得られる、項目８１に記載の反応容器。
（項目８３）
項目５７～８２のいずれか一項に記載の反応容器を含む、フローセル。
（項目８４）
項目５７～８２のいずれか一項に記載の反応容器と、シーケンシングデータを得るための検出器とを含む、システム。
【図面の簡単な説明】
【0053】
【0054】
【0055】
【0056】
【0057】
【0058】
【0059】
【0060】
【0061】
【0062】
【0063】
【0064】
【0065】
【0066】
【0067】
【0068】
【0069】
【0070】
【0071】
【0072】
【0073】
【0074】
【0075】
【0076】
【0077】
【0078】
【0079】
【図26】図２６は、一実施形態による、ビーズを使用して一本鎖核酸（ｓｉｎｇｌｅ－ｓｔｒａｎｄｅｄ ｎｕｃｌｅｉｃ）のライブラリーを調製する方法の概略図を示す。一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化し、３’保護基を含有するＰ５’アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションし、第１ライゲーション産物を、フローセルに付着されたＰ５キャプチャープローブにハイブリダイズさせ、キャプチャープローブを伸長させ、伸長キャプチャープローブからハイブリダイズ第１ライゲーション産物を除去し、相補的プライマーをハイブリダイズさせ、３’保護基を含有するＰ７’アダプターを伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションし、相補的プライマーを脱ハイブリダイズさせることにより、ライブラリーを調製し得る。
【発明を実施するための形態】
【0080】
詳細な説明
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物の実施形態は、核酸ライブラリーの調製に関する。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸をアダプターにライゲーションして、少量の供給源核酸から核酸のライブラリーを調製することを含む。いくつかの実施形態は、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸をアダプターにライゲーションして、少量の供給源核酸から核酸のライブラリーを調製することを含む。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸を、アダプターを含むリンカーにライゲーションして、少量の供給源核酸から環状核酸のライブラリーを調製することを含む。
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物の実施形態は、核酸ライブラリーの調製に関する。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸をアダプターにライゲーションして、少量の供給源核酸から核酸のライブラリーを調製することを含む。いくつかの実施形態は、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸をアダプターにライゲーションして、少量の供給源核酸から核酸のライブラリーを調製することを含む。いくつかの実施形態は、一本鎖核酸を、アダプターを含むリンカーにライゲーションして、少量の供給源核酸から環状核酸のライブラリーを調製することを含む。
【0081】
一実施形態では、反応種の自己コンカテマー化の可能性を減少させることにより、一本鎖核酸を調製する。例えば、３’アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションするために、３’アダプターは、自己コンカテマー化を阻害する保護基を有し得る。同様に、一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化して、自己コンカテマー化を阻害し得る。この反応からのライゲーション産物は、３’保護基を有するライゲーション一本鎖核酸を含むであろう。いくつかの実施形態では、一本鎖核酸の３’末端への３’アダプターのライゲーションは、非常に効率的であることが見出され、体積排除剤の存在下で実施された。５’アダプターがその５’末端にライゲーションされ得るように、３’保護基を有するライゲーション一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化し得る。５’アダプターを、３’保護基を有する再リン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションするために、５’アダプターは、自己コンカテマー化を阻害するための脱リン酸化５’末端を有し得る。この反応からのライゲーション産物は、５’アダプターおよび３’アダプターを有する一本鎖核酸を含むであろう。アダプターは、シーケンシングプライマー部位、増幅プライマー部位およびインデックスを含み得る。本明細書で使用される場合、「インデックス」は、核酸にタグ付加するために、および／または核酸の供給源を同定するために分子識別子および／またはバーコードとして使用され得るヌクレオチドの配列を含み得る。いくつかの実施形態では、インデックスは、単一の核酸または核酸のサブ集団を同定するために使用され得る。いくつかの実施形態では、単一反応容器、単一体積で、一本鎖核酸ライブラリーを調製し得る。加えて、本明細書で提供される実施形態は、その後の増幅反応で形成するプライマーダイマー産物の可能性を減少させ得る。
【0082】
一実施形態による例示的な方法は、図１に概説されている。示されているように、標的一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化して、その後のライゲーション工程におけるコンカテマーの形成を防止する。一本鎖リガーゼを使用して、第１アダプターを脱リン酸化標的の３’末端にライゲーションする。第１アダプターによるコンカテマーの形成を防止するために、第１アダプターの３’末端を保護し得る。キナーゼを用いてライゲーション標的の５’末端を再リン酸化し、一本鎖リガーゼを使用して第２アダプターを脱リン酸化標的の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを形成する。第２アダプターによるコンカテマーの形成を防止するために、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていなくてもよい。
【0083】
一実施形態による別の例示的な方法は図２に概説されており、アダプターを、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸にライゲーションする。いくつかの実施形態では、第１アダプターを、３’オーバーハングを有する二本鎖核酸の３’末端にライゲーションし得る。第１アダプターによるコンカテマーの形成を防止するために、第１アダプターの３’末端を保護し得る。第１アダプターにライゲーションされた二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ることができる。第２アダプターを一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし得る。
【0084】
一実施形態による別の例示的な方法は図３に概説されており、ビーズに付着されたアダプターを使用して、核酸のライブラリーを調製し得る。いくつかのこのような実施形態では、一本鎖リガーゼを使用して、第１アダプターを脱リン酸化標的の３’末端にライゲーションする。ライゲーション第１アダプターを、ビーズに付着されたキャプチャープローブにハイブリダイズさせ得る。キャプチャープローブを伸長させ得、第２アダプターを伸長キャプチャープローブにライゲーションし得る。ビーズから洗浄することにより、非ライゲーション一本鎖アダプターを除去し得る。核酸のライブラリーを調製するためのいくつかの実施形態であって、ビーズに付着されたアダプターの使用を含むいくつかの実施形態は、インデックスを核酸ライブラリーに付加するために有用である。例えば、第１インデックスを含む第１アダプターをビーズに付着させ得、第２インデックスおよびキャプチャープローブを含む第２アダプターを第１アダプターにライゲーションし得る。キャプチャープローブにハイブリダイズさせた標的核酸を伸長させて、第１および第２インデックスを組み込み得る。
【0085】
一実施形態による別の例示的な方法は図４Ａに概説されており、第１および第２アダプターを含むリンカーを使用して、一本鎖環状核酸のライブラリーを調製し得る。いくつかのこのような実施形態では、環状核酸の切断可能部位の切断が、一方の末端に第１アダプターと、線状核酸の他方の末端に第２アダプターとを有する線状核酸をもたらし得るように、リンカーは、第１アダプターと第２アダプターとの間に切断可能部位を含み得る。
【0086】
いくつかの実施形態では、アダプター配列中のプライマー部位を使用して、核酸のライブラリーを増幅し得る。いくつかの実施形態では、その後の増幅工程の効率は、プライマーダイマーの形成により減少され得る。その後の増幅工程の効率を増加させるために、ライゲーション産物から非ライゲーション一本鎖アダプターを除去し得る。図５に概説されており、本明細書にさらに記載される例は、キャプチャープローブとのハイブリダイゼーションによる非ライゲーション一本鎖第１アダプターの除去を含む。図６に概説されており、本明細書にさらに記載される別の例は、５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼおよび５’デアデニラーゼを使用した消化による非ライゲーション一本鎖第１アダプターの除去を含む。
一本鎖ライブラリーの調製
一本鎖ライブラリーの調製
【0087】
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物のいくつかの実施形態は、アダプターを標的核酸にライゲーションする方法を含む。本明細書で提供される核酸ライブラリーを調製するための本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、有利には、単一反応体積で実施され得る。
【0088】
アダプターは、一本鎖核酸などの核酸を含む。アダプターは、約５ヌクレオチド、１０ヌクレオチド、２０ヌクレオチド、３０ヌクレオチド、４０ヌクレオチド、５０ヌクレオチド、６０ヌクレオチド、７０ヌクレオチド、８０ヌクレオチド、９０ヌクレオチド、１００ヌクレオチド未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述のサイズのいずれか２つの間の範囲である長さを有する短い核酸を含み得る。アダプターは、シーケンシングプライマー結合部位、増幅プライマー結合部位および／またはインデックスを含み得る。例えば、アダプターは、Ｐ５配列、Ｐ７配列またはそれらの相補体を含み得る。インデックスは、核酸分子の供給源を同定するために有用であり得る。本明細書で提供される実施形態で有用なインデックスの使用および調製の例は、国際公開第２０１２／０６１８３２号および国際公開第２０１４／１４２８５０号；ならびに米国特許第９０７４２５１号、米国特許８８２９１７１号（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に見られ得る。いくつかの実施形態では、例えば一方または両方の末端におけるアダプターの伸長を防止する保護基の付加により、コンカテマーの形成を防止するようにアダプターを改変し得る。保護基は、ワークフローのその後の工程中にそれが付着される化合物の反応を阻止する任意の化学部分、例えば、リガーゼによるアダプターの活性化、リン酸との反応および自己反応を阻止する部分である。３’保護基の例としては、３’スペーサーＣ３、ジデオキシヌクレオチド、および基体への付着が挙げられる。３’保護基のさらなる例としては、１つまたはそれを超えるヒドロキシル基、チオール、アジドまたはアルキンで必要に応じて置換されたアルキルが挙げられる。いくつかの態様では、保護基は、その後の操作、例えば濃縮、精製、さらなる官能化などに有用な官能性を提供し得る。５’保護基の例としては、脱リン酸化５’ヌクレオチド、および基体への付着（例えば、保護基が、リンカーを介して必要に応じて付着された基体である場合）が挙げられる。
【0089】
標的核酸は、一本鎖核酸および二本鎖核酸を含む。二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて一本鎖核酸を形成する方法は当技術分野で周知であり、熱的または化学的方法が挙げられる。標的核酸の例としては、ＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡ；ＲＮＡ、例えばｍＲＮＡ、ｓＲＮＡもしくはｒＲＮＡ；またはＤＮＡとＲＮＡとのハイブリッドが挙げられる。核酸は、ホスホジエステル結合を含有し得、例えば、ホスホルアミド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、Ｏ－メチルホスホロアミダイトおよびペプチド核酸骨格および結合を含む他の種類の骨格を含み得る。核酸は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドの任意の組み合わせ、ならびに、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、イソグアニンならびに塩基アナログ、例えば（３－ニトロピロールを含む）ニトロピロールおよび（５－ニトロインドールを含む）ニトロインドールなどを含む塩基の任意の組み合わせを含有し得る。いくつかの実施形態では、核酸は、少なくとも１つの非特異的塩基を含み得る。非特異的塩基は、１つを超える異なる種類の塩基と塩基対形成し得、例えば、ゲノムＤＮＡサンプルなどの複合体核酸サンプルにおけるランダムハイブリダイゼーションに使用されるオリゴヌクレオチドプライマーまたはインサートに含める場合に有用であり得る。非特異的塩基の例としては、アデニン、チミンまたはシトシンと塩基対形成し得るイノシンが挙げられる。他の例としては、ヒポキサンチン、５－ニトロインドール、アシル化５－ニトロインドール、４－ニトロピラゾール、４－ニトロイミダゾールおよび３－ニトロピロールが挙げられる。少なくとも２つ、３つ、４つまたはそれを超える種類の塩基と塩基対形成し得る非特異的塩基が使用され得る。
【0090】
標的核酸は、サンプル中の二本鎖核酸の平均サイズが約２ｋｂ、１ｋｂ、５００ｂｐ、４００ｂｐ、２００ｂｐ、１００ｂｐ、５０ｂｐ未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述のサイズのいずれか２つの間の範囲であるサンプルを含み得る。いくつかの実施形態では、サンプル中の一本鎖核酸の平均サイズは、約２０００ヌクレオチド、１０００ヌクレオチド、５００ヌクレオチド、４００ヌクレオチド、２００ヌクレオチド、１００ヌクレオチド、５０ヌクレオチド未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述のサイズのいずれか２つの間の範囲である。サンプルは、約５０μｇ、１０μｇ、５μｇ、１μｇ、５００ｎｇ、４００ｎｇ、２００ｎｇ、１００ｎｇ、５０ｎｇ、１０ｎｇ未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述の量のいずれか２つの間の範囲である量の標的核酸を含み得る。標的核酸は、低品質核酸供給源、例えば分解サンプル、例えば固定サンプルおよび古代サンプルから得られ得る。固定サンプルの例としては、化合物、例えばホルマリン、グルタルアルデヒド、アルコール、オスミン酸およびパラホルムアルデヒドで固定されたものが挙げられる。固定サンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルを含み得る。古代サンプルは、約５年、１０年、２０年、５０年、１００年、５００年、１０００年を超えるか、または前述の年のいずれか２つの間の範囲である年を有するものを含み得る。
【0091】
核酸、例えば核酸の５’ヌクレオチドを脱リン酸化する方法は、核酸をホスファターゼと接触させることを含む。ホスファターゼの例としては、子ウシ腸ホスファターゼ、エビアルカリホスファターゼ、南極ホスファターゼおよびＡＰＥＸアルカリホスファターゼ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）が挙げられる。
【0092】
一本鎖核酸をライゲーションする方法は、一本鎖核酸をリガーゼと接触させることを含む。一本鎖リガーゼの例としては、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ１、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、ＲｔｃＢリガーゼ、メタノバクテリウムＲＮＡリガーゼおよびＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（ＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ；Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ ＷＩ）が挙げられる。２つの核酸を一緒にライゲーションする方法は、体積排除剤の存在下で反応体積によるものであり得る。本明細書で使用される場合、「体積排除剤」は、反応、例えばライゲーション反応が起こり得る有効体積を減少させる薬剤を含み得る。体積排除剤の例としては、ポリマー、例えば不活性ポリマー、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、フィコール、デキストラン、ヘタスターチおよびポリビニルピロリドンが挙げられる。本明細書で提供される実施形態で有用なＰＥＧの例としては、ＰＥＧ６００、ＰＥＧ８００、ＰＥＧ１０００、ＰＥＧ６０００およびＰＥＧ８０００が挙げられる。反応体積は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述の割合のいずれか２つの間の範囲である濃度、例えば（重量／体積）の体積排除剤を含み得る。
【0093】
核酸、例えば核酸の５’ヌクレオチドをリン酸化する方法は、核酸をキナーゼと接触させることを含む。キナーゼの例としては、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼが挙げられる。
【0094】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、単一反応体積で実施され得る。いくつかの実施形態では、核酸を調製する方法は、短縮期間内、例えば約１２時間未満の期間、約６時間未満の期間または約３時間未満の期間内に実施され得る。
【0095】
一実施形態は図１に示されており、標的二本鎖ＤＮＡ断片を脱リン酸化および変性して標的一本鎖ＤＮＡを形成する。リガーゼ、例えばＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（商標）（Ｌｕｃｉｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ，ＷＩ）を用いて、リン酸化５’末端、Ｐ７’配列および保護３’末端を含む第１の６４ｂｐアダプターを標的一本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。キナーゼ、例えばＴ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、ライゲーションＤＮＡの５’末端をリン酸化する。Ｐ５配列を含む第２の６０ｂｐアダプターをリン酸化ライゲーションＤＮＡの５’にライゲーションして、ＤＮＡライブラリーのメンバー（５’－Ｐ５－ｓｓＤＮＡインサート－Ｐ７－３’）を形成する。例示的なプライマー配列は、Ｐ５プライマー配列（配列番号０１：ａａｔｇａｔａｃｇｇｃｇａｃｃａｃｃｇａ）；Ｐ５’プライマー配列（配列番号０２：ｔｃｇｇｔｇｇｔｃｇｃｃｇｔａｔｃａｔｔ）；Ｐ７プライマー配列（配列番号０３：ｃａａｇｃａｇａａｇａｃｇｇｃａｔａｃｇａ）；およびＰ７’プライマー配列（配列番号０４：ｔｃｇｔａｔｇｃｃｇｔｃｔｔｃｔｇｃｔｔｇ）を含み得る。
【0096】
いくつかの実施形態では、核酸のライブラリーを調製する方法は、標的一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化して、その後のライゲーション工程におけるコンカテマーの形成を防止すること；一本鎖リガーゼを使用して、第１アダプターを脱リン酸化標的の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は保護されている）；ライゲーション標的の５’末端の再リン酸化すること；一本鎖リガーゼを使用して、第２アダプターを脱リン酸化標的の５’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含み得る。いくつかの実施形態では、第２アダプターは基体に付着されている。いくつかの実施形態では、基体はビーズを含む。
【0097】
いくつかの実施形態は、第２アダプターを脱リン酸化標的の５’末端にライゲーションする前に、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去することを含む。いくつかの実施形態では、非ライゲーション一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブにハイブリダイズさせ得る。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む。いくつかのこのような実施形態では、キャプチャープローブへのハイブリダイゼーションは、一本鎖第２アダプターへの非ライゲーション第１アダプターのライゲーションを阻害する。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブの３’末端は保護基を含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブの５’末端は保護基を含む。いくつかの実施形態では、消化により、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去し得る。いくつかの実施形態では、非ライゲーション一本鎖第１アダプターの消化は、非ライゲーション一本鎖第１アダプターを５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼと接触させ、５’デアデニラーゼとも必要に応じて接触させることを含む。
【0098】
別の実施形態は図２に示されており、５’エキソヌクレアーゼを用いて二本鎖標的核酸を部分的に消化して、一本鎖３’オーバーハングを有する二本鎖核酸を形成する。リガーゼ、例えばＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（商標）を用いて、リン酸化５’末端、Ｐ７’配列および保護３’末端を含む第１の６４ｂｐアダプターを標的二本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。ライゲーションＤＮＡを脱ハイブリダイズさせて、一本鎖核酸を形成する。Ｐ５配列を含む第２の６０ｂｐアダプターをリン酸化ライゲーションＤＮＡの５’にライゲーションして、ＤＮＡライブラリーのメンバー（５’－Ｐ５－ｓｓＤＮＡインサート－Ｐ７－３’）を形成する。
【0099】
いくつかの実施形態では、核酸のライブラリーを調製する方法は、標的二本鎖核酸を５’エキソヌクレアーゼと接触させて、一本鎖３’オーバーハングを有する複数の改変二本鎖核酸を得ること；リガーゼおよび体積排除剤の存在下で、第１アダプターを改変二本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；第１アダプターにライゲーションされた改変二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ること；リガーゼの存在下で、第２アダプターを一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含み得る。
【0100】
一実施形態は図３に示されており、アルカリホスファターゼを用いて標的一本鎖ＤＮＡを脱リン酸化する。リガーゼ、例えばＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（商標）を用いて、リン酸化５’末端、Ｐ５’配列および保護３’末端を含む第１アダプターを標的一本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。第１アダプターを介してライゲーションＤＮＡを、Ｐ５配列を含有するキャプチャープローブにハイブリダイズさせ、ビーズに付着させる。キャプチャープローブを伸長させて伸長ＤＮＡを形成し、伸長ＤＮＡからライゲーションＤＮＡを除去する。リガーゼ、例えばＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（商標）を用いて、リン酸化５’末端、Ｐ７’配列および保護３’末端を含む第２アダプターを伸長ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ビーズに付着されたＤＮＡライブラリーのメンバー（Ｐ５－インサート’－Ｐ７’）を形成する。
【0101】
いくつかの実施形態では、核酸のライブラリーを調製する方法は、標的一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；リガーゼおよび体積排除剤の存在下で、第１アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせること；キャプチャープローブを伸長させること、およびリガーゼの存在下で、第２アダプターを伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの３’末端は保護基を含む）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含み得る。いくつかの実施形態はまた、伸長キャプチャープローブからハイブリダイズライゲーション第１アダプターを除去することを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは基体に付着されている。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブを有する基体は、フローセル、ビーズ、ガラス、制御細孔ガラス、プラスチック、シリコン、溶融シリカ、二酸化ケイ素、窒化ケイ素、シリコン誘導体、ヒ化ガリウム、リン化インジウム、アルミニウム、セラミック、ポリイミド、石英、樹脂またはポリマーもしくはコポリマー（例えば、ポリスチレン）である。基体は、複数の材料の層または材料の混合物から構成され得る。基体は、剛性または半剛性のものであり得る。基体は、板状、丸状またはテクスチャード加工のものであり得る。いくつかの実施形態では、基体は、その上にコーティングされた１つまたはそれを超えるポリマー材料を有する剛性材料、例えばガラスおよび／またはシリカ誘導体であり得る。いくつかの実施形態では、基体はビーズを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブはキャプチャープローブインデックスを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブインデックスは、キャプチャープローブの供給源を示すものである。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは切断可能リンカーを含む。いくつかの実施形態はまた、切断可能リンカーを切断することを含む。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブを基体、例えばフローセルに付着させ（図２６を参照のこと）、次いで、基体上で伸長を行う。基体がフローセルである場合、得られたライブラリーを直接配列決定し得る。いくつかの実施形態では、前記方法は、例えば図２６に示されているように、相補的プライマーを伸長キャプチャープローブにハイブリダイズさせること、３’保護基を含有するＰ７’アダプターを伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションすること、および相補的プライマーを脱ハイブリダイズさせることをさらに含む。
【0102】
一実施形態は図４Ａに示されており、標的二本鎖ＤＮＡ断片を脱リン酸化し、変性させて標的一本鎖ＤＮＡを形成する。５’から３’にリン酸化５’末端、Ｐ７’配列、切断可能部位（「Ｕ」）、Ｐ５配列および保護３’末端（「Ｒ」）を含むアダプターを提供する。リガーゼを用いて、アダプターを標的一本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。キナーゼを用いて、ライゲーションＤＮＡの５’末端をリン酸化する。ライゲーションＤＮＡの保護３’末端を脱保護し、リガーゼによるライゲーションによりライゲーションＤＮＡを環状化して、環状一本鎖ＤＮＡを含むライブラリーのメンバーを形成する。いくつかの実施形態では、様々な技術のいずれか１つにより、環状核酸を使用して、一本鎖核酸を生成し得る。いくつかの例示的な実施形態は図４Ｂに示されており、ウラシル残基を含み得る切断可能部位を切断することにより、環状核酸を線状化し得る。また、アダプター内のプライマー部位を使用した増幅、例えばＰＣＲにより、環状核酸を使用して、一本鎖核酸を生成し得る。また、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）により、環状核酸を増幅し得る。
【0103】
いくつかの実施形態では、核酸のライブラリーを調製する方法は、標的一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；リンカーを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、リンカーは第１アダプターおよび第２アダプターを含み、リンカーの３’末端は保護基を含む）；ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；リン酸化核酸の３’末端を脱保護すること、およびライゲーションにより脱保護核酸を環状化し、それにより、環状核酸のライブラリーを得ることを含み得る。
【0104】
いくつかの実施形態では、リンカーは、第１アダプターと第２アダプターとの間に切断可能部位を含む。いくつかのこのような実施形態では、環状核酸の切断可能部位の切断は、一方の末端に第１アダプターと、線状核酸の他方の末端に第２アダプターとを有する線状核酸をもたらし得る。いくつかの実施形態では、切断可能部位としては、制限部位、少なくとも１つのウラシル残基を含む部位、ならびに非定型塩基、例えば８－オキソグアニンおよびジチオール基を含有する部位が挙げられる。いくつかの実施形態は、切断可能部位における切断により、環状核酸を線状化することを含む。切断可能部位の切断の例は、部位をウラシル特異的切除試薬、例えばウラシルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）およびＤＮＡグリコシラーゼ－リアーゼエンドヌクレアーゼＶＩＩＩもしくはそれらの混合物から選択される酵素と接触させること、または部位を制限エンドヌクレアーゼと接触させることを含む。
【0105】
いくつかの実施形態はまた、プライマーを第１および第２アダプターにハイブリダイズさせることを含むことにより、環状核酸を増幅することを含む。増幅方法の例としては、ＰＣＲ、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）およびクラスタ増幅が挙げられる。いくつかのこのような実施形態では、ＲＣＡによる増幅を溶液中で実施し得るか、または環状一本鎖核酸を表面、例えばフローセルの表面上に捕捉させ、増幅し得る。いくつかの実施形態では、増幅は、環状核酸を、テンプレート中のウラシル残基との接触により線状生成物を形成するポリメラーゼと接触させることを含む。例示的なポリメラーゼとしては、パイロコッカス様プルーフリーディングポリメラーゼ、例えばＰＨＵＳＩＯＮ ＤＮＡポリメラーゼが挙げられる。
【0106】
いくつかの実施形態は、一本鎖核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の一本鎖核酸を得ること；（ｂ）一本鎖核酸をＡＰＥＸアルカリホスファターゼと接触させ、それにより、一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）ＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（Ｌｕｃｉｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ，ＷＩ）および少なくとも４５％（ｗ／ｖ）のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、第１アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は３’スペーサーＣ３保護基を含む）；（ｄ）ライゲーション一本鎖核酸をＴ４ポリヌクレオチドキナーゼと接触させ、それにより、ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；ならびに（ｅ）リガーゼおよびＰＥＧの存在下で、第２アダプターをリン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0107】
いくつかの実施形態は、一本鎖核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の二本鎖核酸を得ること；（ｂ）二本鎖核酸を５’エキソヌクレアーゼと接触させて、一本鎖３’オーバーハングを有する複数の改変二本鎖核酸を得ること；（ｃ）ＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼおよび少なくとも４５％（ｗ／ｖ）のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、第１アダプターを改変二本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は３’スペーサーＣ３保護基を含む）；（ｄ）第１アダプターにライゲーションされた改変二本鎖核酸を脱ハイブリダイズさせて、複数の一本鎖核酸を得ること；および（ｅ）リガーゼおよびＰＥＧの存在下で、第２アダプターを一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0108】
いくつかの実施形態は、一本鎖核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の一本鎖核酸を得ること；（ｂ）一本鎖核酸をＡＰＥＸアルカリホスファターゼと接触させ、それにより、一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）ＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼおよび少なくとも４５％（ｗ／ｖ）のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、第１アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は３’スペーサーＣ３保護基を含む）；（ｄ）ライゲーション一本鎖核酸をＴ４ポリヌクレオチドキナーゼと接触させ、それにより、ライゲーション一本鎖核酸の５’末端をリン酸化すること；（ｅ）一本鎖第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることにより、ライゲーション一本鎖核酸から非ライゲーション一本鎖第１アダプターを除去すること（ここで、キャプチャープローブは、３’スペーサーＣ３保護基を含む３’末端、非リン酸化５’末端、および第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む）；ならびに（ｆ）リガーゼおよびＰＥＧの存在下で、第２アダプターをリン酸化ライゲーション一本鎖核酸の５’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む方法を含む。
【0109】
いくつかの実施形態は、ビーズに付着された核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）複数の一本鎖核酸を得ること；（ｂ）一本鎖核酸をＡＰＥＸアルカリホスファターゼと接触させ、それにより、一本鎖核酸の５’末端を脱リン酸化すること；（ｃ）ＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼおよび少なくとも４５％（ｗ／ｖ）のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、第１アダプターを一本鎖核酸の３’末端にライゲーションすること（ここで、第１アダプターの３’末端は３’スペーサーＣ３保護基を含む）；（ｄ）ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせること（ここで、キャプチャープローブはビーズに付着されている）；（ｅ）キャプチャープローブを伸長させること；ならびに（ｆ）リガーゼおよびＰＥＧの存在下で、第２アダプターを伸長キャプチャープローブの３’末端にライゲーションし（ここで、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない）、それにより、核酸のライブラリーを得ることを含む。
【0110】
いくつかの実施形態は、インデックス付き核酸ライブラリーを調製する方法であって、（ａ）第１インデックスを含む複数の第１一本鎖核酸（ここで、第１一本鎖核酸の５’末端は複数のビーズに付着されている）と、第２インデックスおよびキャプチャープローブを含む複数の第２一本鎖核酸（ここで、第２一本鎖核酸の３’末端は３’スペーサーＣ３保護基を含む）とを得ること；（ｂ）ＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼおよび少なくとも４５％（ｗ／ｖ）のポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、第１一本鎖核酸の３’末端を第２一本鎖核酸の５’末端にライゲーションすること；（ｃ）標的核酸をキャプチャープローブにハイブリダイズさせること；ならびに（ｄ）標的核酸を伸長させ、それにより、インデックス付き核酸のライブラリーを得ることを含む。
非ライゲーション一本鎖アダプターの除去
非ライゲーション一本鎖アダプターの除去
【0111】
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物のいくつかの実施形態は、ライゲーションアダプター、例えば一本鎖核酸にライゲーションされたアダプターから一本鎖非ライゲーションアダプターを除去することを含む。いくつかの実施形態では、ライゲーションアダプターからの一本鎖非ライゲーションアダプターの除去は、調製される核酸ライブラリーを増幅する（例えば、その後の増幅工程におけるプライマーダイマー形成の可能性または量を減少させる）効率を増加させ得る。
【0112】
いくつかの実施形態は、一本鎖非ライゲーションアダプターを除去するシステムまたは方法を含み、一本鎖非ライゲーションアダプターをキャプチャープローブとハイブリダイズさせることを含み得る。一実施形態は図５に示されており、標的二本鎖ＤＮＡ断片を脱リン酸化し、変性させて標的一本鎖ＤＮＡを形成する。リガーゼを用いて、リン酸化５’末端、Ｐ７’配列および保護３’末端を含む第１の６４ｂｐアダプターを標的一本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。キナーゼ、例えばＴ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、ライゲーションＤＮＡの５’末端をリン酸化する。Ｐ７配列を含有するキャプチャープローブへのハイブリダイゼーションにより、ライゲーションＤＮＡから非ライゲーション第１アダプターを除去する。Ｐ５配列を含む第２の６０ｂｐアダプターをリン酸化ライゲーションＤＮＡの５’にライゲーションして、ＤＮＡライブラリーのメンバー（５’－Ｐ５－ｓｓＤＮＡインサート－Ｐ７－３’）を形成する。いくつかのこのような実施形態では、キャプチャープローブへのハイブリダイゼーションは、一本鎖第２アダプターへの非ライゲーション第１アダプターのライゲーションを阻害し得る。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、一本鎖非ライゲーションアダプターの少なくとも一部の相補体を含み得る。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、コンカテマーの形成を防止するために３’および／または５’保護基を含み得る。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、基体、例えばビーズに付着され得る。
【0113】
一本鎖非ライゲーションアダプターを除去するいくつかの実施形態は、一本鎖非ライゲーションアダプターを消化することを含み得る。いくつかのこのような実施形態は、一本鎖非ライゲーションアダプターをヌクレアーゼ、例えば５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼ、例えばＴＥＲＭＩＮＡＴＯＲ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）と接触させることを含み得る。一実施形態は図６に示されており、標的二本鎖ＤＮＡ断片を脱リン酸化し、変性させて標的一本鎖ＤＮＡを形成する。リガーゼを用いて、リン酸化５’末端、Ｐ７’配列および保護３’末端を含む第１の６４ｂｐアダプターを標的一本鎖ＤＮＡの３’末端にライゲーションして、ライゲーションＤＮＡを形成する。５’リン酸依存性エキソヌクレアーゼおよび５’デアデニラーゼによる消化により、非ライゲーション第１アダプターを除去する。キナーゼ、例えばＴ４ポリヌクレオチドキナーゼを用いて、ライゲーションＤＮＡの５’末端をリン酸化する。Ｐ５配列を含む第２の６０ｂｐアダプターをリン酸化ライゲーションＤＮＡの５’にライゲーションして、ＤＮＡライブラリーのメンバー（５’－Ｐ５－ｓｓＤＮＡインサート－Ｐ７－３’）を形成する。
【0114】
一本鎖非ライゲーションアダプターを除去するいくつかの実施形態は、ビーズの使用を含み得る。有利には、ビーズの使用は、ビーズからの反応物の成分と、ビーズに付着された成分とを洗浄することを含み得る。いくつかの実施形態では、第１アダプターを脱リン酸化一本鎖核酸の３’末端にライゲーションし得る。第１アダプターは３’保護基を含み得、標的配列を含み得る。標的配列を、基体に付着されたキャプチャープローブにハイブリダイズさせ得る。いくつかの実施形態では、基体はビーズを含み得る。キャプチャープローブは、シーケンシングプライマー部位、インデックスおよび増幅プライマー部位を含み得る。基体およびハイブリダイズライゲーション一本鎖核酸から一本鎖非ライゲーションアダプターを洗浄し得る。キャプチャープローブを伸長させ得る。いくつかの実施形態では、伸長キャプチャープローブからハイブリダイズライゲーション一本鎖核酸を除去し得る。第２アダプターを伸長キャプチャープローブの５’末端にライゲーションし得る。いくつかの実施形態では、第２アダプターは、３’末端に保護基を含む。第２アダプターは、シーケンシングプライマー部位、インデックスおよび増幅プライマー部位を含み得る。
インデックス付きライブラリーの調製
インデックス付きライブラリーの調製
【0115】
本明細書で提供されるシステム、方法および組成物のいくつかの実施形態は、インデックス付き核酸ライブラリーを調製する方法を含む。アダプターおよび／またはキャプチャープローブは、インデックスを含み得る。本明細書で提供される実施形態で有用なインデックスの使用および調製の例は、国際公開第２０１２／０６１８３２号および国際公開第２０１４／１４２８５０号；ならびに米国特許第９０７４２５１号、米国特許第８８２９１７１号（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に見られ得る。いくつかの実施形態では、ライゲーションにより、インデックスを標的核酸に組み込み得る。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブ、アダプターまたは標的核酸の伸長により、インデックスを核酸に組み込み得る。したがって、本明細書で提供される方法により、インデックス付きライブラリーを容易に調製し得る。
【0116】
いくつかの実施形態では、キャプチャープローブの集団を調製し得る。いくつかの実施形態では、第１アダプターを第２アダプターにライゲーションすることにより、キャプチャープローブを調製し得る。アダプターはそれぞれ、インデックスを含み得る。第１アダプターは、基体、例えばビーズに付着させ得る。第２アダプターは、ハイブリダイゼーションプローブを含み得る。ハイブリダイゼーションプローブは、標的一本鎖核酸にハイブリダイズし得る。標的一本鎖核酸をハイブリダイゼーションプローブにハイブリダイズさせ、伸長させ、それにより、アダプターの１つまたはそれよりも多くのインデックスに相補的な配列を組み込み得る。
【0117】
いくつかの実施形態は、第１インデックスを含む複数の第１アダプター（ここで、第１アダプターの５’末端は５’保護基を含む）と、第２インデックスおよびキャプチャープローブを含む複数の第２アダプター（ここで、第２アダプターの３’末端は３’保護基を含む）とを得ることを含み得る。いくつかの実施形態はまた、リガーゼの存在下で、第１一本鎖核酸の３’末端を第２一本鎖核酸の５’末端にライゲーションすることを含む。いくつかの実施形態はまた、標的核酸をキャプチャープローブにハイブリダイズさせることを含む。いくつかの実施形態はまた、標的核酸を伸長させ、それにより、インデックス付き核酸のライブラリーを得ることを含む。いくつかの実施形態はまた、伸長標的核酸を増幅することを含む。いくつかの実施形態では、５’保護基は、脱リン酸化ヌクレオチド、または基体への付着を含む。いくつかの実施形態では、基体は複数のビーズを含む。
キット、反応容器、フローセル
キット、反応容器、フローセル
【0118】
本明細書で提供されるシステムおよび方法の実施形態は、核酸、例えば一本鎖核酸および／または二本鎖核酸へのアダプターのライゲーションにより、核酸ライブラリーを調製するために有用な構成要素のいずれか１つまたはそれよりも多くを含有するキット、反応容器およびフローセルを含む。例示的な構成要素としては、第１アダプター（ここで、第１アダプターの３’末端は保護基を含む）、リガーゼ、体積排除剤、脱リン酸化剤、第２アダプター（ここで、第２アダプターの５’末端は保護基を含む）、シーケンシングプライマー、増幅プライマー、インデックスを含む核酸、および５’エキソヌクレアーゼが挙げられる。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書で提供される任意の方法のための試薬を含み得る。いくつかの実施形態では、キットは反応容器を含み得る。いくつかの実施形態では、キットは、反応容器を含むフローセルを含み得る。
【0119】
いくつかの実施形態は、本明細書で提供される方法を実施し得る反応体積を含む反応容器を含む。いくつかのこのような実施形態では、反応容器は、本明細書で提供される方法の任意の段階または工程の構成要素を含み得る。いくつかの実施形態では、反応容器は、複数の核酸、例えば一本鎖核酸および／または二本鎖核酸；第１アダプター（ここで、第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；リガーゼ；ならびに体積排除剤を含み得る。いくつかの実施形態では、反応容器はまた、第２アダプターを含み得る。いくつかの実施形態では、反応容器はまた、脱リン酸化剤を含み得る。
【0120】
いくつかの実施形態では、反応容器は反応体積を含み得る。いくつかの実施形態では、反応体積は、複数の核酸、例えば一本鎖核酸および／または二本鎖核酸；第１アダプター（ここで、第１アダプターの３’末端は保護基を含む）；第２アダプター；脱リン酸化剤；リガーゼ；ならびに体積排除剤を含み得る。いくつかの実施形態では、反応体積は、第１インデックスを含む複数の第１一本鎖核酸（ここで、第１一本鎖核酸の５’末端は５’保護基を含む）；第２インデックスおよびキャプチャープローブを含む複数の第２一本鎖核酸（ここで、第２一本鎖核酸の３’末端は３’保護基を含む）；ならびにリガーゼを含み得る。
【0121】
いくつかの実施形態では、第１アダプターを複数の一本鎖核酸の３’末端にライゲーションし、それにより、複数の改変一本鎖核酸を形成する。いくつかの実施形態では、非ライゲーション第１アダプターをキャプチャープローブにハイブリダイズさせる。いくつかの実施形態では、キャプチャープローブは、第１アダプターの少なくとも一部に相補的な配列を含む。
【0122】
いくつかの実施形態では、第２アダプターの５’末端はリン酸化されていない。いくつかの実施形態では、第２アダプターを複数の改変一本鎖核酸の５’末端にライゲーションする。いくつかの実施形態では、脱リン酸化剤はホスファターゼを含む。いくつかの実施形態では、ホスファターゼは不活性化されている。ホスファターゼの例としては、子ウシ腸ホスファターゼ、エビアルカリホスファターゼ、南極ホスファターゼおよびＡＰＥＸアルカリホスファターゼが挙げられる。
【0123】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、シーケンシングプライマー結合部位を含み得る。シーケンシング結合部位の例としては、Ｐ７配列、その相補体またはその逆相補体；およびＰ５配列、その相補体またはその逆相補体が挙げられる。
【0124】
いくつかの実施形態では、第１アダプターおよび／または第２アダプターは、アダプターインデックスを含み得る。いくつかの実施形態では、第１アダプターインデックスは、第２アダプターインデックスと異なるものである。いくつかの実施形態では、アダプターインデックスは、複数の一本鎖核酸の供給源を示すものである。
【0125】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、第１インデックスを含む複数の第１一本鎖核酸（ここで、第１一本鎖核酸の５’末端は５’保護基を含む）；第２インデックスおよびキャプチャープローブを含む複数の第２一本鎖核酸（ここで、第２一本鎖核酸の３’末端は３’保護基を含む）；ならびにリガーゼを含む反応体積を含む反応容器を含む。
【0126】
いくつかの実施形態では、保護基は、３’スペーサーＣ３、ジデオキシヌクレオチドまたはリン酸基を含む。いくつかの実施形態では、保護基は、基体への付着を含み得る。基体の例としては、ビーズが挙げられる。
【0127】
いくつかの実施形態では、体積排除剤は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、デキストラン、ヘタスターチ、フィコールおよびポリビニルピロリドンからなる群より選択される。本明細書で提供される実施形態で有用なＰＥＧの例としては、ＰＥＧ６００、ＰＥＧ８００、ＰＥＧ１０００、ＰＥＧ６０００およびＰＥＧ８０００が挙げられる。反応体積は、約５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％未満であるか、それらを超えるか、もしくはそれらに等しいか、または前述の割合のいずれか２つの間の範囲である濃度、例えば（重量／体積）の体積排除剤を含み得る。
【0128】
いくつかの実施形態では、リガーゼは一本鎖核酸リガーゼを含む。一本鎖核酸リガーゼの例としては、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ１、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２、ＲｔｃＢリガーゼ、メタノバクテリウムＲＮＡリガーゼおよびＴＳ２１２６ ＲＮＡリガーゼ（ＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ）が挙げられる。
【0129】
本明細書で提供されるいくつかの実施形態は、本明細書で提供される反応容器を含むフローセルを含む。いくつかの実施形態は、本明細書で提供される反応容器と、シーケンシングデータを得るための検出器とを含むシステムを含む。
【0130】
フローセルは、１つまたはそれを超える流体試薬が流れ得る表面を有するチャンバーを含み得る。一般に、フローセルは、流体の流れを促進するための入口開口部および出口開口部を有するであろう。本開示の方法において容易に使用され得るフローセルおよび関連流体システムおよび検出プラットフォームの例は、例えば、Ｂｅｎｔｌｅｙら、Ｎａｔｕｒｅ ４５６：５３－５９（２００８）、国際公開第０４／０１８４９７号；米国特許第７，０５７，０２６号；国際公開第９１／０６６７８号；国際公開第０７１１２３７４４号；米国特許第７，３２９，４９２号；米国特許第７，２１１，４１４号；米国特許第７，３１５，０１９号；米国特許第７，４０５，２８１号および米国特許出願公開第２００８／０１０８０８２号（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。
【実施例】
【0131】
実施例１－一本鎖標的核酸へのアダプターのライゲーション
標的核酸として一本鎖ＤＮＡを使用して、４段階一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）ライブラリー調製方法を実施した。図１は、標的核酸の５’脱リン酸化；標的核酸の３’末端への３’アダプターのライゲーション（ここで、３’アダプターの３’末端は、自己コンカテマー化を阻害するために保護されている）；ライゲーション標的核酸の５’脱リン酸化の再リン酸化；およびライゲーション標的核酸の５’末端への５’アダプターのライゲーション（ここで、５’アダプターの５’末端は、自己コンカテマー化を阻害するために保護されている）を含む４つの工程の概要を提供する。
標的核酸として一本鎖ＤＮＡを使用して、４段階一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）ライブラリー調製方法を実施した。図１は、標的核酸の５’脱リン酸化；標的核酸の３’末端への３’アダプターのライゲーション（ここで、３’アダプターの３’末端は、自己コンカテマー化を阻害するために保護されている）；ライゲーション標的核酸の５’脱リン酸化の再リン酸化；およびライゲーション標的核酸の５’末端への５’アダプターのライゲーション（ここで、５’アダプターの５’末端は、自己コンカテマー化を阻害するために保護されている）を含む４つの工程の概要を提供する。
【0132】
脱リン酸化工程を調べるために、２５％ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む反応体積で、アルカリホスファターゼのＡＰＥＸホスファターゼ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）を使用して、６０ｍｅｒ一本鎖核酸（３’ＯＨ－６０－Ｐｈｏｓ５’）の５’末端を脱リン酸化した。一本鎖リガーゼのＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（商標）リガーゼ（Ｌｕｃｉｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍｉｄｄｌｅｔｏｎ，ＷＩ）を使用して５’脱リン酸化の程度をアッセイして、脱リン酸化産物がコンカテマーを形成しなかったことを確認した。図７に示されているように、アルカリホスファターゼの脱リン酸化効率は約１００％であった。
【0133】
第１ライゲーション工程を調べるために、２５％ＰＥＧを含有する反応体積でＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを使用して、３’保護基を含有する６４ｍｅｒＰ７’アダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－ｐｈｏｓ５’）を脱リン酸化６０ｍｅｒ一本鎖核酸（３’ＯＨ－６０－ＯＨ５’）の３’末端にライゲーションした。Ｐ７’アダプターの３’末端を保護して、自己コンカテマー化を阻害した。図８に示されているように、このライゲーション工程（レーン２）の収率は９７．５％であると決定された。
【0134】
キナーゼ工程を調べるために、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ（ＰＮＫ）を使用して、３’保護基を有するライゲーション６４ｍｅｒアダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－６０－ＯＨ）を含有する１２４ｍｅｒ脱リン酸化一本鎖核酸の５’末端を再脱リン酸化した。図９に示されているように、再リン酸化は約９９％の収率を有すると決定された。
【0135】
第２ライゲーション工程を調べるために、１．６％ＰＥＧを含有する反応体積でＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを使用して、非リン酸化５’末端（５’Ｐ５－ＯＨ）を有する６０ｍｅｒＰ５アダプターを１２４ｍｅｒ一本鎖核酸（３’Ｃ３－６０－Ｂ２－Ｐｈｏｓ）の５’末端にライゲーションした。１２４ｍｅｒ一本鎖核酸は、３’保護基を有するライゲーション６４ｍｅｒアダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－ｐｈｏｓ５’）を含んでいた。図１０に示されているように、このライゲーション工程（レーン２）の収率は＞８５％であると決定された。したがって、４段階ｓｓＤＮＡライブラリー調製アプローチの全体的な収率は＞８０％であった。
実施例２－無細胞標的核酸へのアダプターのライゲーション
実施例２－無細胞標的核酸へのアダプターのライゲーション
【0136】
無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を使用して、図１に概説されているスキームを実施した。ＡＰＥＸアルカリホスファターゼを使用して二本鎖標的核酸を脱リン酸化し、脱ハイブリダイズさせて、一本鎖標的核酸を形成した。第１ライゲーション工程を調べるために、２２．５％ＰＥＧを含有する反応体積でＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを３時間使用して、３’保護基を含有する６４ｍｅｒＰ７’アダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－ｐｈｏｓ５’）を一本鎖脱リン酸化無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）の３’末端にライゲーションした。図１１に示されているように、このライゲーション工程（レーン２）の収率は９５％超であると決定された。
【0137】
キナーゼ工程を調べるために、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼ（ＰＮＫ）を用いて脱リン酸化ｃｆＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ［Ａｐｅｘ］）を処理し、３’保護基を含有する６４ｍｅｒＰ７’アダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－ｐｈｏｓ５’）を再リン酸化ｃｆＤＮＡの３’末端にライゲーションした。１１．２５％ＰＥＧを含有する体積で、反応を１時間実施した（図１２）。
【0138】
第２ライゲーション工程を調べるために、３’保護基を含有する６４ｍｅｒＰ７’アダプター（３’Ｃ３－Ｐ７－ｐｈｏｓ５’）を脱リン酸化ｃｆＤＮＡの３’末端にライゲーションし、キナーゼ（ＰＮＫ）を用いて、得られた第１ライゲーション産物（３’Ｃ３－Ｐ７－ｃｆＤＮＡ－ｐｈｏｓ５’）を処理し、非リン酸化５’末端（５’Ｐ５－ＯＨ）を有する６０ｍｅｒＰ５アダプターを第１ライゲーション産物の５’末端にライゲーションして、第２ライゲーション産物（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）を形成した。３．８％ＰＥＧを含有する反応体積でＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを使用して、反応を実施した。図１３は、ライゲーション産物（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）および（Ｐ７’－Ｐ５）を示す。
実施例３－ライゲーション産物の分析
実施例３－ライゲーション産物の分析
【0139】
実施例２のライゲーション産物をゲル上で分離し、ライゲーション産物のバンドをゲルから抽出し、抽出したライゲーション産物を増幅し、キャピラリー電気泳動（ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒ，Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用して増幅産物を分離した。
【0140】
ライゲーション産物をゲル上で分離し、バンドＢの抽出物Ｂ１および抽出物Ｂ２をゲルから切り取った。図１４に示されているように、レーン「参照」では、抽出物Ｂ１は２つの黒枠によりマークされており、抽出物Ｂ２は１つの白枠によりマークされている。ＰＣＲ Ｐ７プライマーに対して１：４０～１：２０の比で非ＰＣＲ（増幅不能）Ｐ７プライマーを含むＰＣＲにより、２４サイクルで抽出物を増幅した。サンプルに対して２：１の比で固相可逆固定化（ＳＰＲＩ）ビーズを使用して、ＰＣＲ産物を抽出した。結果は、図１４に示されている。
【0141】
キャピラリー電気泳動（ＢｉｏＡｎａｌｙｓｅｒ，Ａｇｉｌｅｎｔ）により、抽出物Ｂ１およびＢ２の増幅産物をさらに分析した。図１５に示されているように、抽出物Ｂ２は主に１２７ｂｐ（Ｐ７’－Ｐ５）種を含有しており、抽出物Ｂ１は、２９２ｂｐ（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）種および４８０ｂｐ（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）種を含んでいた。
【0142】
ゲル抽出物を精製するために使用したＳＰＲＩビーズの量を変化させて、プライマーダイマーを除去するために有効な比を決定した（図１６）。１．２：１のＳＰＲＩビーズ：サンプル（ｖ：ｖ）がプライマーダイマーの除去に最も有効であり、ｃｆＤＮＡライブラリーの大部分が喪失しなかった。
実施例４－非ライゲーションＰ７’プライマーの捕捉
実施例４－非ライゲーションＰ７’プライマーの捕捉
【0143】
図５に概説されているスキームを使用して、過剰な非ライゲーションＰ７’プライマーを除去した。簡潔に言えば、標的核酸の３’末端へのＰ７’アダプタープライマーのライゲーション後、Ｐ７’アダプタープライマーに相補的なＰ７プライマーを反応体積に追加した。Ｐ７プライマーは、その５’および３’末端に保護基を含んでいた。Ｐ７プライマーの追加後、Ｐ５アダプターを再リン酸化ライゲーション標的核酸の５’末端にライゲーションした。
【0144】
２５％ＰＥＧを含有する反応体積で、６３ｍｅｒＰ７’プライマー（３’Ｃ３－Ｐ７’ｐｈｏｓ５’）をｃｆＤＮＡの３’末端にライゲーションした。図１７に示されているように、ライゲーション産物の収率は＞９５％であった。キャプチャープローブの存在下におけるライゲーションを調べるために、５’保護基および３’保護基を含有する６３ｍｅｒＰ７キャプチャープローブ（３’Ｃ３－Ｐ７－Ｃ３５’）の存在下で、非リン酸化５’末端（５’Ｐ５－ＯＨ）を有する６０ｍｅｒＰ５アダプターを第１ライゲーション産物（３’Ｃ３－Ｐ７’ｃｆＤＮＡ－ｐｈｏｓ５’）の５’末端にライゲーションした。６．５％ＰＥＧを含有する反応体積で、反応を実施した。図１８は、ライゲーション産物（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）および（Ｐ７’－Ｐ５）を示す。
【0145】
ライゲーション産物をさらに分析した。図１９に示されているように、ライゲーション産物をゲル上でサイズごとに分離し、特定のバンドをゲルから抽出し、抽出物Ｂ１および抽出物Ｂ２を増幅した。キャピラリー電気泳動により増幅産物を分析したところ、１２７ｂｐ（Ｐ７’－Ｐ５）種、２９２ｂｐ（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）種および４８０ｂｐ（Ｐ７’－ｃｆＤＮＡ－Ｐ５）種を含んでいた。図２０は、増幅前、増幅後、およびＳＰＲＩビーズによる抽出後のライゲーション産物のゲルを示す。
【0146】
非ＰＣＲ Ｐ７を組み込んで過剰なＰ７’を捕捉することにより、プライマーダイマーの形成を有意に減少させた。加えて、１．２×ＳＰＲＩを使用した除去により、ｃｆＤＮＡライブラリーの有意な喪失を伴わずに、プライマーダイマーを有意に減少させた。
実施例５－ビーズにコンジュゲートされた一本鎖核酸のライゲーション
実施例５－ビーズにコンジュゲートされた一本鎖核酸のライゲーション
【0147】
様々なＰＥＧ濃度における２つのオリゴマー（オリゴ１およびオリゴ２）間のライゲーションの効率を調べた。オリゴ１は保護３’末端（ＯＨ）を含んでおり、オリゴ２は保護５’末端（ｐｈｏｓ）を含んでいたので、ライゲーションは、単一のライゲーションオリゴ１－オリゴ２産物をもたらした。反応条件は、それぞれ０、１９、３８および４５％ＰＥＧを含む２０μＬの最終反応体積で、１０ｐｍｏｌの各オリゴ＋２μＬの１０×バッファー＋１μＬの１ｍＭ ＡＴＰ、１μＬの５０ｍＭ ＭｎＣｌ２、１μＬのＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（１００Ｕ／μＬ）＋１５μＬの０、２５、５０または６０％ＰＥＧを含んでいた。結果は、図２１に示されている。４５％ＰＥＧを含有する反応体積は、ライゲーションされたオリゴ１およびオリゴ２の５５．９％の収率を提供した。
【0148】
様々なオリゴ２濃度におけるオリゴ１とオリゴ２との間のライゲーションの効率を調べた。反応条件は、１０ｐｍｏｌのオリゴ１＋１０×ｐｍｏｌのオリゴ２＋２μＬの１０×バッファー＋１μＬの１ｍＭ ＡＴＰ、１μＬの５０ｍＭ ＭｎＣｌ２、２μＬのＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（１００Ｕ／μＬ）＋１５μＬの６０％ＰＥＧを含んでおり、４５％ＰＥＧを含む２０μＬの最終反応体積を提供した。結果は、図２２に示されている。４倍過剰なオリゴ２および＋２×ＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを含有する反応体積は、ライゲーションされたオリゴ１およびオリゴ２の７９．６％の収率を提供した。
【0149】
様々なＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ濃度におけるオリゴ１とオリゴ２との間のライゲーションの効率を調べた。反応条件は、１０ｐｍｏｌの各オリゴ＋２μＬの１０×バッファー＋１μＬの１ｍＭ ＡＴＰ、１μＬの５０ｍＭ ＭｎＣｌ２、ＸμＬのＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（１００Ｕ／μＬ）＋１５μＬの６０％ＰＥＧを含んでおり、４５％ＰＥＧを含む２０μＬの最終反応体積を提供した。結果は、図２３に示されている。８倍濃度のＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥを含有する反応体積は、ライゲーションされたオリゴ１およびオリゴ２の７５．３％の収率を提供した。
【0150】
ヒドラジン－アルデヒドカップリングを介して、オリゴ１をビーズにコンジュゲートした。３９ｍｅｒオリゴ１は２つのウラシル塩基を含んでおり、ウラシルＤＮＡグリコシラーゼ（ＵＤＧ）を使用してこれを切断して、より短い２７ｍｅｒオリゴ（オリゴ１＊）を生産し得る。
【0151】
ライゲーション反応において、ビーズにコンジュゲートされた様々な濃度のオリゴ１を調べた。ＵＤＧによるその後の処理により、コンジュゲートオリゴ１へのオリゴ２のライゲーションを分析した。ライゲーション反応条件では、ビーズ付着に使用されるオリゴ１の量がビーズ上のオリゴ１の量に等しいと想定した。４つの濃度の全オリゴ１インプットを試験した：０．５ｎｍｏｌ、１ｎｍｏｌ、２ｎｍｏｌおよび４ｎｍｏｌ。全ビーズ溶液の１０％を使用したので、各反応物中のオリゴ１量は、０．１ｎｍｏｌ、０．２ｎｍｏｌ、０．３ｎｍｏｌおよび０．４ｎｍｏｌに等しいと想定された。反応混合物：１０μＬのビーズ溶液（２倍濃縮）、オリゴ２（０．４ｎｍｏｌ）、２μＬの１０×バッファー、１μＬの１ｍＭ ＡＴＰ、１μＬの５０ｍＭ ＭｎＣｌ２、１μＬのＣＩＲＣＬＩＧＡＳＥ（１００Ｕ／μＬ）＋５μＬの９０％ＰＥＧは、２２．５％ＰＥＧを含む２０μＬの最終反応体積を提供する。反応物を６０℃で３時間インキュベートし、８０℃で１０分間不活性化した。反応物中のオリゴ１：オリゴ２比：０．０５ｎｍｏｌ（１：８）；０．１ｎｍｏｌ（１：４）、０．２ｎｍｏｌ（１：２）、０．４ｎｍｏｌ（１：１）。最終反応体積１０μＬで１０μＬのＬＭＸ１を用いてウラシル切断を実施し、３７℃で１時間インキュベートした。結果は、図２４に示されている。１：１のオリゴ１：オリゴ２比を含有する反応体積は、ライゲーションされたオリゴ１およびオリゴ２の８５．２％の収率を提供した。４５％ＰＥＧを有する最終反応体積について、アッセイを繰り返した。結果は、図２５に示されている。１：１のオリゴ１：オリゴ２比を含有する反応体積は、ライゲーションされたオリゴ１およびオリゴ２の８４．５％の収率を提供した。
【0152】
本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」または「特徴とする」と同義であり、包括的または非限定的であり、記載されていないさらなるエレメントまたは方法工程を除外しない。
【0153】
上記説明は、いくつかの本発明の方法および材料を開示する。本発明は、方法および材料の改変、ならびに製作方法および装置の変更を許容する。本明細書に開示される本発明の本開示または実践の考察から、このような改変は当業者には明白であろう。その結果として、本発明は本明細書に開示される特定の実施形態に限定されることを意図するものではなく、本発明の真の範囲および趣旨内にあるすべての改変および代替を包含することを意図する。
【0154】
限定されないが、公開および非公開出願、特許ならびに参考文献を含む本明細書で引用されるすべての参考文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれ、それにより本明細書の一部とされる。参照により組み込まれる刊行物および特許または特許出願が本明細書に含まれる開示と矛盾する範囲内では、本明細書は、任意のこのような矛盾事項に取って代わり、および／または優先することを意図する。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4A】
【図4B】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【配列表】