特許7065858ＭＥＴ突然変異を宿すがんを治療するためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2022-04-28
(45)【発行日】2022-05-12
(54)【発明の名称】ＭＥＴ突然変異を宿すがんを治療するためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用
(51)【国際特許分類】
A61K 31/4985 20060101AFI20220502BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20220502BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20220502BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20220502BHJP
C12N 9/99 20060101ALN20220502BHJP
【ＦＩ】
A61K31/4985
A61P35/00
A61P43/00 111
C12Q1/6869 Z
C12N9/99 ZNA
【請求項の数】
9
(21)【出願番号】P 2019536698
(86)(22)【出願日】2017-09-21
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2019-10-17
(86)【国際出願番号】 EP2017073894
(87)【国際公開番号】W WO2018055029
(87)【国際公開日】2018-03-29
【審査請求日】2020-09-10
(31)【優先権主張番号】1616116.8
(32)【優先日】2016-09-22
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
(73)【特許権者】
【識別番号】391008951
【氏名又は名称】アストラゼネカ・アクチエボラーグ
【氏名又は名称原語表記】ＡＳＴＲＡＺＥＮＥＣＡ ＡＫＴＩＥＢＯＬＡＧ
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(74)【代理人】
【識別番号】100165892
【弁理士】
【氏名又は名称】坂田 啓司
(72)【発明者】
【氏名】メラニー・メイ・フリゴー
【審査官】大島 彰公
(56)【参考文献】
【文献】特開２００７－１５３８９４（ＪＰ，Ａ）
【文献】EUROPEAN UROLOGY，2015年，Vol. 67, ISSUE 2，p. 353-354，https://doi.org/10.1016/j.eururo.2014.10.012
【文献】Mol Cancer Ther.，2013年，12(11)，p. 2415-2424，doi: 10.1158/1535-7163.MCT-13-0151
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ａ６１Ｋ、Ａ６１Ｐ、Ｃ１２Ｑ、Ｃ１２Ｎ
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
がんの治療のための、有効成分としてｃ－Ｍｅｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、前記がんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有し、かつ前記ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、医薬組成物。
【請求項2】
前記がんが肺がん、胃がんまたは乳頭状腎細胞がんである、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項3】
前記がんが乳頭状腎細胞がんである、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項4】
前記がんがＩＩ型乳頭状腎細胞がんである、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項5】
がんの治療が、患者のがんの代表的試料を、前記がんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有するか否かを判定するためインビトロで分析するステップを含み、ここで前記患者のがんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有することが見出される場合、前記患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、かつ前記ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、請求項１～４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項6】
前記がんが、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有するＩＩ型乳頭状腎細胞がんであり、かつ前記ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項7】
がん患者がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対して適合するか否かの判定を補助する方法であって、患者のがんの代表的試料を、前記がんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有するか否かを判定するためインビトロで分析するステップを含み、ここで前記患者のがんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有することが見出される場合、前記患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、かつ前記ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法。
【請求項8】
前記がんが乳頭状腎細胞がんである、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
がんの治療用の薬剤の調製におけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用であって、前記がんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ変異を有し、かつ前記ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本明細書は、ｃ－Ｍｅｔ受容体チロシンキナーゼ（「ｃ－Ｍｅｔ」）阻害剤および特定のＭＥＴ突然変異によって特徴づけられるがん（例えば、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異を有するＭＥＴタンパク質を発現する細胞を含むがん）の治療におけるその使用に関する。本明細書は、さらに、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適した患者を選択するためのＭＥＴ突然変異状態の使用、および特定のＭＥＴ突然変異によって特徴づけられるがんをｃ－Ｍｅｔ阻害剤を用いて治療する方法に関する。
【背景技術】
【0002】
ｃ－Ｍｅｔ受容体チロシンキナーゼとしても公知のＭＥＴタンパク質は、胚発生および創傷治癒に必須である膜貫通受容体である。ＭＥＴ受容体は通常、その特異的リガンド、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）との相互作用を通じて活性化され、またＨＧＦに対する唯一の高親和性細胞表面受容体である（Ｂｏｔｔａｒｏ ｅｔ ａｌ．１９９１）。ＭＥＴ受容体は、腎臓、肝臓、胃、肺、乳房、および脳のがんを含むヒト悪性腫瘍の多くのタイプにおいて調節解除される。腫瘍におけるＨＧＦ／ｃ－Ｍｅｔ軸の異常な活性化が腫瘍増殖を引き起こし、腫瘍血管新生を促進し、腫瘍転移を誘導する。さらに、異常なＭＥＴ活性化は、薬剤耐性に関連し、予後不良と相関する。近年、ｃ－Ｍｅｔシグナル伝達経路の阻害は、ｃ－Ｍｅｔ活性化によって駆動されるがんに対する有望な新しい治療法を探求する過程における関心領域となっている。
【0003】
ＭＥＴ遺伝子の遺伝子座７ｑ３１の生殖系列突然変異が、遺伝性乳頭状腎細胞がん（ＰＲＣＣ）を有する患者および孤発性ＰＲＣＣにおいて検出されている（Ｓａｌｖｉ ｅｔ ａｌ．２００８，Ｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．１９９７，Ｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．１９９９）。Ｉ型腫瘍が一般に孤発性または遺伝性のいずれにしてもＭＥＴ突然変異に関連すると一般に考えられている。ＭＥＴ突然変異はコホート分析においてＩ型ＰＲＣＣに関連しているが、ＭＥＴ突然変異はＰＲＣＣの非Ｉ型の組織学的サブタイプにおいても報告されている（Ａｌｂｉｇｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１４，Ｌｉｎｅｈａｎ ｅｔ ａｌ．２０１６）。孤発性ＰＲＣＣにおけるＭＥＴ体細胞突然変異が報告されている一方で、Ｉ型ＰＲＣＣ症例のみの分析では、ＭＥＴキナーゼドメイン突然変異の２１．６％（１１／５１）の頻度が示され（Ａｌｂｉｇｅｓ ｅｔ ａｌ．２０１４）、Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）からの報告では、１３／７５（１７．３％）のＩ型ＰＲＣＣおよび１／２６（３．８％）の未分類ＰＲＣＣがＭＥＴキナーゼドメイン内に体細胞突然変異を宿すことが示されている（Ｌｉｎｅｈａｎ ｅｔ ａｌ．２０１５）。すべての報告されたＭＥＴ突然変異はミスセンス変異であり、ナンセンスまたは機能欠失変異は見出されていない。さらに、ＭＥＴ突然変異は、ＴＣＧＡにより、ＰＲＣＣにおいて最も頻繁に突然変異した遺伝子として報告されている（１７／１５７（１０．８％））。
【0004】
現在、ＰＲＣＣの治療として詳細に指示された認可された治療法は存在しないことから、ＰＲＣＣを有する患者は、明細胞（通常型としても公知）ＲＣＣ患者（ＲＣＣ＝腎細胞がん）と同様に治療される。初期ＲＣＣを有する患者の一次治療は、患者の４０％超～６０％を治癒する根治的外科的切除を含むが、限局性疾患を有する多数の患者が再発することになる（Ｌｉｎｅｈａｎ ｅｔ ａｌ．２００１）。患者の約２５％は、診断時に限局進行性または転移性疾患を呈することになる。遠隔転移を有する患者における予後は不良であり、ステージＩＶ疾患を有する患者における５年生存率は１０％である。明細胞ＲＣＣの認可された薬剤は、ＶＥＧＦ経路を標的にし、スニチニブ、ソラフェニブ、ベバシズマブ、パゾパニブ、およびアキシチニブを含む。認可されているｍＴＯＲ経路を標的にする薬剤は、テムシロリムスおよびエベロリムスを含む。任意のＶＥＧＦまたはｍＴＯＲ経路阻害剤によるＰＲＣＣ患者における最良の奏効率は、１１％のＯＲＲである。
【0005】
サボリチニブは、強力かつ選択的な小分子ｃ－Ｍｅｔキナーゼ阻害剤である（Ｊｉａ Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２０１４；７５７７）。サボリチニブは、酵素および細胞レベルでｃ－Ｍｅｔキナーゼを阻害し、酵素および細胞内でのＭｅｔリン酸化の双方においてＩＣ５０が４ｎＭであることが見出された。その強力な酵素および細胞活性に合致して、サボリチニブは、ＨＧＦ刺激の不在下でのＭＥＴ遺伝子増幅を伴う腫瘍に対して細胞増殖をインビトロで阻害し、ＩＣ５０が一般に１０ｎＭより低いことが見出された。マウスにおけるヒト異種移植片モデルでは、サボリチニブは、ＭＥＴ遺伝子が増幅された胃および肺腫瘍に対して優れた抗腫瘍活性を示し、１日１回投与で投与される経口治療後、ＥＤ５０が５ｍｇ／ｋｇより低かった。
【0006】
ＭＥＴは、まだ臨床的に確認された標的ではない。しかし、ＭＥＴを偶発的に標的にする非選択的阻害剤は、治療における使用が認可されている。これらは、甲状腺髄様がん（そのＲＥＴ活性の結果として）および明細胞ＲＣＣ（そのＶＥＧＦＲ２活性の結果として）の治療において認可されているカボザンチニブ（ＲＥＴ、ＦＬＴ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＶＥＧＦＲ２）；ならびにＡＬＫ融合を伴う非小細胞肺がんを治療するために認可されているクリゾチニブ（ＡＬＫ、ＭＥＴ）を含む。これらの薬剤はＭＥＴキナーゼ阻害活性を有するが、ＭＥＴ駆動疾患を有する患者はまだ、標的化治療法による恩恵を受けていない。強力かつ選択的なＭＥＴ阻害剤であるサボリチニブの使用により、患者に抗腫瘍利点をもたらすのに必要とされる臨床検証に、ＭＥＴ遺伝子増幅、ＭＥＴ突然変異および検証が残されている他のＭＥＴ経路バイオマーカーを得ることができる。
【0007】
本明細書は、ｃ－Ｍｅｔ治療法におけるバイオマーカーとして有用であり得る特定のＭＥＴ突然変異、例えば、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ、ＭＥＴ Ｖ１０９２ＩおよびＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異の特徴づけに関する。ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異は、乳頭状腎がん患者において以前に報告されている（Ｓｃｈｍｉｄｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １９９７，Ａｌｂｉｇｅｓ ｅｔ ａｌ．ＣＣＲ２０１４）が、かつて機能的に検討されていない。本明細書中に報告されるデータは、このＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体が利用可能であることを最初に示す。ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆは、過剰発現されるときにリン酸化され、これは、ＥＲＫ１／２の活性化を含むＭＥＴ経路を活性化するようなその性質を示す。ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体は、サボリチニブ阻害に対して感受性があることが示され、前臨床的、機能的に特徴づけられているＭ１２５０ＴであるＭＥＴ突然変異と同程度に、安定細胞株における増殖の利点を与え得る（Ｂａｒｄｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ １９９８）。
【0008】
本明細書はまた、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体が利用可能であるという臨床検証を提供し、任意の他のＭＥＴの改変の不在下でＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異を宿すＰＲＣＣ患者がサボリチニブを用いた単独療法から利益を得ることを示す。まとめると、Ｍｅｔ Ｌ１１９５Ｆの前臨床的な機能的特徴づけおよび臨床シグナルは、このキナーゼドメイン突然変異を基準で機能的に理解されることの第一報として分類するための基盤を提供し、臨床的な抗腫瘍検証を示す。注目すべきは、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体は、ＰＲＣＣ患者のＩＩ型組織学的サブタイプとの関連で見出され、古典的Ｉ型のＭＥＴ遺伝子突然変異との関連性ではなく、ＰＲＣＣの分子分類のための症例をさらに提供する。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0009】
ＭＥＴ阻害剤は、理想的にはＭＥＴ遺伝子コピー数の増幅セッティングにおいて開発されると考えられるが（Ｇａｒｂｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ２０１４）、本明細書は、ＭＥＴ突然変異体の利用可能なバイオマーカーとしてのさらなる使用のための証拠を提供する。理解されるであろうが、本明細書は、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ、ＭＥＴ Ｖ１０９２ＩおよびＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌを含む特定のＭＥＴ突然変異がｃ－Ｍｅｔ阻害用のバイオマーカーとして利用可能であることを示す。したがって、がん細胞のＭＥＴ突然変異状態は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤（例えば、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩）を用いる治療に対してより応答しやすいがん患者（例えば乳頭状腎細胞がん患者）を同定するのに有用であり得る。これは、あらゆる考えられるＭＥＴ突然変異にとって真実とはならず：ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ、ＭＥＴ Ｖ１０９２ＩおよびＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌがｃ－Ｍｅｔ治療にとって利用可能なバイオマーカーであるという知見は、本明細書に記載されるのと同じインビトロ試験で試験されるとき、ＭＥＴ Ｙ１２３０Ｈ突然変異（以前に乳頭状腎がん患者において報告され、活性化することが予測されたもう一つのｃ－Ｍｅｔキナーゼドメイン突然変異）を含む細胞がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対して感受性がなかったことを考えると、特に意外である。
【課題を解決するための手段】
【0010】
本明細書は、一部には、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる場合、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤について記載する。
【0011】
本明細書はまた、一部には、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法について記載する。
【0012】
本明細書はまた、一部には、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる場合、がんの治療用の薬剤の調製におけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用について記載する。
【0013】
本明細書はまた、一部には、がんを治療するための方法であって、かかる治療を必要とする患者にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で投与するステップを含み、ここで前記がんはＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる、方法について記載する。
【0014】
本明細書はまた、一部には、かかる治療を必要とする患者におけるがんを治療するための方法であって、ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者にｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で投与するステップと、を含む、方法について記載する。
【図面の簡単な説明】
【0015】
【図1】ＭＥＴ受容体チロシンキナーゼのリン酸化およびサボリチニブを用いたｃ－Ｍｅｔ阻害への感受性に対する点突然変異の効果。
【図2】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ野生型（ＷＴ）の用量反応。
【図3】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ Ｍ１２５０Ｔ点突然変異体の用量反応。
【図4】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ点突然変異体の用量反応。
【図5】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ点突然変異体の用量反応。
【図6】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ点突然変異体の用量反応。
【図7】サボリチニブおよび他のｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対するＭＥＴ Ｙ１２３０Ｈ点突然変異体の用量反応。
【図8】ＭＥＴ変異細胞株におけるＭＥＴ突然変異体クローンの安定な発現。
【図9】親Ｂａ／Ｆ３安定細胞株の形質転換能。
【図10】ＭＥＴ ＷＴ安定細胞株の形質転換能。
【図11】ＭＥＴ Ｙ１２３０Ｈ点突然変異体安定細胞株の形質転換能。
【図12】ＭＥＴ Ｍ１２５０Ｔ点突然変異体安定細胞株の形質転換能。
【図13】ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ点突然変異体安定細胞株の形質転換能。
【図14】ＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ点突然変異体安定細胞株の形質転換能。
【図15】ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ点突然変異体安定細胞株の形質転換能。
【図16】ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体における乳頭状腎細胞がん患者の腫瘍応答。
【発明を実施するための形態】
【0016】
多くの実施形態が、本明細書で詳述され、当該技術分野の読者に明らかになるであろう。実施形態は、限定するものと解釈されるべきではない。
【0017】
第１の実施形態では、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる場合、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供される。
【0018】
「ｃ－Ｍｅｔ阻害剤」は、ｃ－Ｍｅｔ受容体チロシンキナーゼの活性を低下させる分子である。ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、小分子（選択的または非選択的のいずれか）および生体分子（例えば、天然および改変双方の抗体）の双方を含む。ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、ｃ－Ｍｅｔ受容体チロシンキナーゼを、直接的に（例えば、酵素に直接的に結合することにより）または間接的に（例えば、肝細胞増殖因子、ｃ－Ｍｅｔ受容体チロシンキナーゼの天然リガンドに結合することにより）阻害し得る。
【0019】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の例として、ＡＭＧ－２０８、ＡＭＧ－３３７、ＡＭＧ－４５８、ＰＨＡ－６６５７５２、ＳＵ１１２７４、ＮＰＳ－１０３４、ＳＧＸ－５２３、ＢＭＳ－７７７６０７、テポチニブ、ＢＭＳ－７９４８３３、ＮＶＰ－ＢＶＵ９７２、ＭＫ－２４６１、ＭＧＣＤ－２６５、ゴルバチニブ、ＪＮＪ－３８８７７６０５、ＢＭＳ－７５４８０７、ＰＦ－０４２１７９０３、サボリチニブ、クリゾチニブ、チバンチニブ、カボザンチニブ、フォレチニブ、カプマチニブ（ＩＮＣ２８０）、オナルツズマブ、フィクラツズマブまたはリロツムマブが挙げられる。
【0020】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、ＡＭＧ－２０８もしくはその薬学的に許容できる塩、ＡＭＧ－４５８もしくはその薬学的に許容できる塩、ＰＨＡ－６６５７５２もしくはその薬学的に許容できる塩、ＳＵ１１２７４もしくはその薬学的に許容できる塩、ＮＰＳ－１０３４もしくはその薬学的に許容できる塩、ＳＧＸ－５２３もしくはその薬学的に許容できる塩、ＢＭＳ－７７７６０７もしくはその薬学的に許容できる塩、テポチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、ＢＭＳ－７９４８３３もしくはその薬学的に許容できる塩、ＮＶＰ－ＢＶＵ９７２もしくはその薬学的に許容できる塩、ＭＫ－２４６１もしくはその薬学的に許容できる塩、ＭＧＣＤ－２６５もしくはその薬学的に許容できる塩、ゴルバチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、ＪＮＪ－３８８７７６０５もしくはその薬学的に許容できる塩、ＢＭＳ－７５４８０７もしくはその薬学的に許容できる塩、ＰＦ－０４２１７９０３もしくはその薬学的に許容できる塩、サボリチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、チバンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カボザンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、フォレチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、オナルツズマブ、フィクラツズマブまたはリロツムマブであってもよい。
【0021】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、チバンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カボザンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、フォレチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、オナルツズマブ、フィクラツズマブまたはリロツムマブであってもよい。
【0022】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、チバンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カボザンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、フォレチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、またはカプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩であってもよい。
【0023】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩またはカプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩であってもよい。
【0024】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、カプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩であってもよい。
【0025】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩であってもよい。
【0026】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であってもよい。
【0027】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、オナルツズマブ、フィクラツズマブまたはリロツムマブであってもよい。
【0028】
「サボリチニブ」は、国際公開第２０１１０７９８０４号パンフレット中に（１０６頁の化合物２７０として）記載されており、その内容は参照により本明細書中に援用される。遊離塩基としてのサボリチニブは、以下の構造：
を有する。
【化1】
を有する。
【0029】
用語「薬学的に許容できる」は、対象（例えば塩または賦形剤）が患者における使用に適することを定義するために用いられる。薬学的に許容できる塩の事例リストは、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ，２ｎｄ Ｒｅｖｉｓｅｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ ａｎｄ Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ；Ｗｉｌｅｙ ２０１１；ＩＳＢＮ：９７８－３－９０６３９－０５１－２（その内容は参照により本明細書中に援用される）中に見出すことができる。
【0030】
薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、薬学的に許容できる塩は、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｕｓｅ，２ｎｄ Ｒｅｖｉｓｅｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ ａｎｄ Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ；Ｗｉｌｅｙ ２０１１；ＩＳＢＮ：９７８－３－９０６３９－０５１－２中に見出されるような任意の塩であってもよい。
【0031】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、不斉炭素原子が理由で、光学活性またはラセミ形態で存在し得る。例えば、サボリチニブおよびその薬学的に許容できる塩は、かかる不斉炭素原子を有する。光学活性形態の合成は、当該技術分野で周知の有機化学の標準技術により、例えば、光学活性材料を用いる合成により、またはラセミ形態の分割により実施されてもよい。
【0032】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、単一の光学異性体が≧９５％、≧９８％または≧９９％の鏡像体またはジアステレオマー過剰率（％ｅｅ）で存在する場合の医薬組成物を含んでもよい。
【0033】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、単一の光学異性体が≧９９％の鏡像体またはジアステレオマー過剰率（％ｅｅ）で存在する場合の医薬組成物を含んでもよい。
【0034】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、≧９５％、≧９８％または≧９９％の鏡像体過剰率（％ｅｅ）であるような（Ｓ）－光学異性体で存在してもよい。サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩の（Ｓ）－異性体が言及される場合の任意の実施形態では、（Ｓ）－光学異性体は、≧９９％の鏡像体過剰率（％ｅｅ）で存在してもよい。
【0035】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、１つ以上の薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物として投与されてもよい。特定組成物への封入用に選択される賦形剤は、提供される組成物の投与様式および形態などの要素に依存することになる。好適な薬学的に許容できる賦形剤は、当業者に周知であり、例えば、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，６ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｒ．Ｃ．Ｒｏｗｅ，Ｐ．Ｊ．Ｓｈｅｓｋｅｙ ａｎｄ Ｍ．Ｑｕｉｎｎ；Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ（その内容は参照により本明細書中に援用される）に記載されている。薬学的に許容できる賦形剤は、例えば、アジュバント、希釈剤、担体、安定化剤、香味料、着色剤、フィラー、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、滑剤、増粘剤およびコーティング剤として機能してもよい。特定の薬学的に許容できる賦形剤は、組成物中に存在する賦形剤の量や、組成物中に存在する他の賦形剤が何かに応じて、２つ以上の機能を果たしてもよく、また代替機能を果たしてもよい。
【0036】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を含む医薬組成物は、経口使用（例えば、錠剤、トローチ剤、ハードまたはソフトカプセル、水性または油性懸濁液、乳剤、分散性散剤または顆粒剤、シロップ剤またはエリキシル剤として）、局所使用（例えば、クリーム、軟膏剤、ゲル剤、または水性または油性の溶液または懸濁液として）、吸入による投与（例えば、微粉化散剤または液体エアロゾルとして）、ガス注入による投与（例えば、微粉化散剤として）または非経口投与（例えば、静脈内、皮下、筋肉内または筋肉内投与用の滅菌水性または油性溶液として）、または直腸投与用の坐剤として好適な形態であってもよい。該組成物は、当該技術分野で周知の通常の手順により入手されてもよい。経口使用として意図された組成物は、追加的成分、例えば、１つ以上の着色剤、甘味料、香味料および／または保存剤を含有してもよい。
【0037】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、経口的に投与されてもよい。
【0038】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、錠剤またはカプセル剤として経口的に投与されてもよい。
【0039】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、治療有効量を得るように単位用量形態で投与されてもよい。錠剤またはカプセル剤などの単位用量形態は通常、例えば０．１～５０００ｍｇのｃ－Ｍｅｔ阻害剤を含有することになる。総用量および投与計画は、必然的に、治療される宿主、特定の投与経路、同時投与されている任意の治療薬、および治療中の疾病の重症度に応じて変わることになる。したがって、任意の特定患者を治療中の施術者は、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤に関連した任意の調節標識（ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｌａｂｅｌ）を参照して最適用量を決定してもよい。
【0040】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤またはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤またはその薬学的に許容できる塩は、０．１～１ｍｇ、１～１０ｍｇ、１０～５０ｍｇ、５０～１００ｍｇ、１００～５００ｍｇ、または５００ｍｇ～５０００ｍｇの間のｃ－Ｍｅｔ阻害剤またはその薬学的に許容できる塩を含む医薬組成物中で投与されてもよい。
【0041】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、０．１～１ｍｇ、１～１０ｍｇ、１０～５０ｍｇ、５０～１００ｍｇ、１００～５００ｍｇ、または５００ｍｇ～５０００ｍｇの間のサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩を含む医薬組成物中で投与されてもよい。
【0042】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、１００～１０００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物中で投与されてもよい。
【0043】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、５００～１０００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物中で投与されてもよい。
【0044】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物中で投与されてもよい。
【0045】
サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩が言及される場合の任意の実施形態では、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与されてもよい。
【0046】
「ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる」がんは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異を含むＭＥＴタンパク質を発現する細胞を含む。
【0047】
「ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異を含むＭＥＴタンパク質」は、特定のアミノ酸位置の１か所以上で生じる突然変異または変動（例えば、置換または欠失）の分だけ野生型ＭＥＴと異なるＭＥＴタンパク質である。
【0048】
野生型ＭＥＴタンパク質の配列は、ＲｅｆＳｅｑ：ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ内に記載されている（ＲｅｆＳｅｑ受入ＮＭ＿００２４５）（本明細書中に提示される（配列番号１））。この配列は、本明細書中に記載されるタンパク質突然変異を記述するための参照配列として用いられる。例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんに対する参照では、本明細書中に列挙される配列の１０９２位、１０９４位または１１９５位の１か所以上に少なくとも１つの突然変異または変動を含むＭＥＴタンパク質を発現する細胞を含むがんが記述される。
【0049】
１８の追加的なアミノ酸を有するＭＥＴの長いアイソフォームにおけるＭＥＴ突然変異であれば、同じ生物学的結果、すなわちｃ－Ｍｅｔ阻害剤に対する感受性をもたらすことになる。
【0050】
がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが言及されるとき、がんがさらに他の突然変異（ＭＥＴに関連しないものを含む）によって特徴づけられてもよいことは理解されるべきである。同様に、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異を含むＭＥＴタンパク質はまた、他のアミノ酸位置に他の突然変異を有してもよい。
【0051】
ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんが、特定の突然変異の１つ以上、例えば、ＭＥＴ１０９２およびＭＥＴ１０９４突然変異、ＭＥＴ１０９２およびＭＥＴ１１９５突然変異、ＭＥＴ１０９４およびＭＥＴ１１９５突然変異、またはＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４およびＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられてもよいことも理解されるべきである。同様に、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異を含むＭＥＴタンパク質は、特定の突然変異の１つ以上を含んでもよい。
【0052】
ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、ＭＥＴ１０９２およびＭＥＴ１０９４突然変異によって特徴づけられてもよい。
【0053】
ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、ＭＥＴ１０９２およびＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられてもよい。
【0054】
ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、ＭＥＴ１０９４およびＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられてもよい。
【0055】
ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４およびＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられてもよい。
【0056】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異は、アミノ酸置換であってもよい。
【0057】
「アミノ酸置換」は、インフレームインデルを含んでもよい。「インフレームインデル」は、リーディングフレームにおけるアミノ酸の挿入および／または欠失であり、それ故、所与の位置で余分なアミノ酸または失われたアミノ酸のいずれかをもたらす。
【0058】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、該突然変異は、インデルであってもよい。
【0059】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、該突然変異は、インフレームインデルであってもよい。
【0060】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、該突然変異は、体細胞突然変異であってもよい。
【0061】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、生殖系列突然変異であってもよい。
【0062】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｖ１０９２突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｖ１０９２突然変異は、野生型タンパク質の１０９２位のアミノ酸バリンが改変されるときに生じる。
【0063】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ突然変異は、野生型タンパク質の１０９２位のアミノ酸バリンがアミノ酸イソロイシンで置換されるときに生じる。
【0064】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｈ１０９４突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｈ１０９４突然変異は、野生型タンパク質の１０９４位のアミノ酸ヒスチジンが改変されるときに生じる。
【0065】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異は、野生型タンパク質の１０９４位のアミノ酸ヒスチジンがアミノ酸ロイシンで置換されるときに生じる。
【0066】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｌ１１９５突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｌ１１９５突然変異は、野生型タンパク質の１１９５位のアミノ酸ロイシンが改変されるときに生じる。
【0067】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異は、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異であってもよい。ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異は、野生型タンパク質の１１９５位のアミノ酸ロイシンがアミノ酸フェニルアラニンで置換されるときに生じる。
【0068】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる。
【0069】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、Ｖ１０９２Ｉ突然変異によって特徴づけられる。
【0070】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異によって特徴づけられる。
【0071】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる。
【0072】
既に述べたように、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるがん細胞は、上記の変動の少なくとも１つを含むＭＥＴタンパク質を発現する。そのように、関連するがん細胞は、関連する変異タンパク質をコードする核酸配列内に対応する突然変異を有する。かかる変異核酸はまた、ｃ－Ｍｅｔ阻害におけるバイオマーカーとして用いることができ、故に本明細書の実施形態をも形成する。
【0073】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ＿ｃ．３５８３Ｃ＞Ｔ突然変異によって特徴づけられる。
【0074】
「ＭＥＴ＿ｃ．３５８３Ｃ＞Ｔ突然変異」は、野生型ＭＥＴタンパク質をコードする核酸配列の３５８３位のシトシンヌクレオチドがチミンヌクレオチドで置換されるときに生じる。ＭＥＴ＿ｃ．３５８３Ｃ＞Ｔ突然変異は、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異を含むＭＥＴタンパク質をコードする。
【0075】
野生型ＭＥＴタンパク質をコードする核酸配列は、ＲｅｆＳｅｑ：ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ内に記載されている（ＲｅｆＳｅｑ受入ＮＭ＿００２４５）（本明細書に提供される（配列番号２））。提供されるＲｅｆＳｅｑは、コード配列の開始前の２０２ヌクレオチド長ＵＴＲ配列を含む、非コード配列（「非翻訳領域」または「ＵＴＲ」）を含む。
【0076】
ＲｅｆＳｅｑ：ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＲｅｆＳｅｑ受入ＮＭ＿００２４５）は、本明細書中で考察される遺伝子突然変異を記述するときの参照配列として用いられる。例えば、ＭＥＴ＿ｃ．３５８３Ｃ＞Ｔ突然変異を有する核酸に対する参照は、本明細書中に列挙される配列の３７８５位のシトシンヌクレオチドがチミンヌクレオチドで置換されている場合の核酸を記述する。
【0077】
「がん」は、患者の身体内で腫瘍または増殖をもたらす細胞の制御されない増殖を指す。「がん」および「腫瘍」は、がん患者の身体内に存在する物理的増殖を説明するため、交換可能に用いられる。「がん」は、非転移性がんおよび転移性がんの双方を含むことから、がんの治療は、原発性腫瘍とさらに局所または遠隔転移の双方の治療を含んでもよい。
【0078】
がん腫瘍は、天然に異質（ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓ）であり、がん患者の身体内の各腫瘍は、異なる理由のために制御されない様式で増殖している細胞の分離集団を含んでもよい。例えば、所与の腫瘍は、増殖がそれらの細胞機構における異なる異常、例えば異なるＤＮＡ突然変異によって駆動されているような異なる細胞の集団を含んでもよい。そのように、がんが、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられ、ひいてはＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異を含むＭＥＴタンパク質を発現する細胞を含むことが言及されるとき、がん細胞のすべてがかかる突然変異体ＭＥＴタンパク質を発現し得るわけではない。
【0079】
がんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、肺がん（例えば、小細胞肺がんまたは非小細胞肺がん）、胃がん、脳がん（例えば、神経膠芽腫）、結腸直腸がん、乳がん（例えば、トリプルネガティブ乳がん）または腎がん（例えば、腎明細胞がんまたは乳頭状腎細胞がん）であってもよい。
【0080】
がんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、腎がん（例えば、腎明細胞がんまたは乳頭状腎細胞がん）であってもよい。
【0081】
がんが言及される場合の任意の実施形態では、がんは、乳頭状腎細胞がんであってもよい。
【0082】
乳頭状腎細胞がんが言及される場合の任意の実施形態では、乳頭状腎細胞がんは、Ｉ型乳頭状腎細胞がんであってもよい。
【0083】
「Ｉ型乳頭状腎細胞がん」は、透明細胞質から好塩基性細胞質を有する小細胞のライニングによって特徴づけられる組織学的サブタイプである。
【0084】
乳頭状腎細胞がんが言及される場合の任意の実施形態では、乳頭状腎細胞がんは、ＩＩ型乳頭状腎細胞がんであってもよい。
【0085】
「ＩＩ型乳頭状腎細胞がん」は、大量の好酸性細胞質を有する大細胞のライニングによって特徴づけられる組織学的サブタイプである。
【0086】
当業者は、上記および他の組織学的基準を用いて、乳頭状腎細胞がんの組織学的サブタイプ間の識別を行うことができる。
【0087】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられ、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、５００～１０００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0088】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられ、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0089】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられ、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0090】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる乳頭状腎細胞がんである。
【0091】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である。
【0092】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0093】
一実施形態では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるＩＩ型乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩であり、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0094】
一実施形態では、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるＩＩ型乳頭状腎細胞がんの治療において用いるためのサボリチニブが提供され、ここでサボリチニブは、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される。
【0095】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0096】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんの代表的試料を得るステップと、患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、該試料をインビトロで分析するステップと、を含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0097】
一実施形態では、がん患者がｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療から利益を得る可能性が高いか否かを判定する方法であって、患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料におけるＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異の存在についてインビトロで試験するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療から利益を得る可能性がより高い、方法が提供される。
【0098】
一実施形態では、がん患者用の好適な治療レジームを選択するための方法であって、
ａ）患者のがん細胞内でのＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異の存在を、患者のがんの代表的試料中で分析することにより判定するステップと；
ｂ）ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異が患者のがん細胞内に存在する場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与を含む治療レジームを選択するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがん細胞内でのＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異の存在を、患者のがんの代表的試料中で分析することにより判定するステップと；
ｂ）ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異が患者のがん細胞内に存在する場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与を含む治療レジームを選択するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0099】
一実施形態では、がん患者用の好適な治療レジームを選択するための方法であって、
ａ）患者のがんの代表的試料を得るステップと；
ｂ）患者のがん細胞内でのＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異の存在を、試料を分析することにより判定するステップと；
ｃ）ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異が患者のがん細胞内に存在する場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与を含む治療レジームを選択するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがんの代表的試料を得るステップと；
ｂ）患者のがん細胞内でのＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異の存在を、試料を分析することにより判定するステップと；
ｃ）ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異が患者のがん細胞内に存在する場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤の投与を含む治療レジームを選択するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0100】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、５００～１０００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0101】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0102】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆによって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0103】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆによって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでがんは乳頭状腎細胞がんである。
【0104】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆによって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでがんは乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤はサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0105】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆによって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適し、ここでがんは乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0106】
一実施形態では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆによって特徴づけられることが見出される場合、患者は、がんがＩＩ型乳頭状腎細胞がんである場合、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0107】
一実施形態では、乳頭状腎細胞がん患者をサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩での治療に適する、方法が提供される。
【0108】
一実施形態では、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる場合、がんの治療用の薬剤の調製におけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用が提供される。
【0109】
一実施形態では、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるような患者においてがんを治療するための方法であって、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で前記患者に投与するステップを含む、方法が提供される。
【0110】
一実施形態では、かかる治療を必要とする患者におけるがんを治療するための方法であって、
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0111】
一実施形態では、かかる治療を必要とする患者におけるがんを治療するための方法であって、
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0112】
一実施形態では、かかる治療を必要とする患者におけるがんを治療するための方法であって、
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に処方するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に処方するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0113】
一実施形態では、ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）の測定に適した診断キットであって、ＭＥＴ遺伝子における標的核酸を増幅するのに好適な縮重プライマー、および任意選択的には、増幅プロトコルおよび結果分析を含む使用説明書を含む、診断キットが提供される。
【0114】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、増幅プロトコルおよび結果分析を含む使用説明書を含んでもよい。
【0115】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、増幅および増幅生成物の分析を実施するための緩衝液、酵素、および容器を含んでもよい。
【0116】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、１つ以上のＤＮＡマイクロアレイを含んでもよい。
【0117】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、１つ以上の対照鋳型を含んでもよい。好適な対照鋳型は、正常組織試料から単離される核酸を含み、試料は参照遺伝子において異なる変動を表す。
【0118】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、２つ以上のプライマー対を含んでもよく（各対はＭＥＴ遺伝子の異なる領域（各領域は潜在的変動の部位である）を増幅する能力がある）、それにより１つの反応または幾つかの平行反応における生体試料中での幾つかの遺伝子変動の存在についての分析用キットを提供する。
【0119】
好適なプライマーは、増幅生成物の検出および核酸変動の結果としての分析を容易にするため、（例えば蛍光的に）標識されてもよい。キットは、２つ以上の変動が１回の分析で検出されることを可能にし得る。したがって、組み合わせキットは、参照遺伝子の異なるセグメントを増幅する能力があるプライマーを含むことになる。プライマーは、変動間で識別するため、例えば異なる蛍光標識を用いて別々に標識されてもよい。
【0120】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、ＭＥＴの変異形態が決定されることを可能にし得、ここで突然変異は、遺伝子にわたる任意の位置に存在する。
【0121】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異が決定されることを可能にする。
【0122】
ＭＥＴ突然変異の測定に適した診断キットが言及される場合の任意の実施形態では、キットは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異が決定されることを可能にする。
【0123】
がんが特定の突然変異によって特徴づけられるか否か（例えば、がんが野生型ＭＥＴタンパク質に対して１０９２位、１０９４位または１１９５位に突然変異を含むＭＥＴタンパク質を発現する細胞を含むか否か）の判定は、細胞のゲノムＤＮＡの分析に基づいてもよく、またはＤＮＡによってコードされるＤＮＡ転写物もしくはタンパク質の分析を介してもよい。突然変異が患者のがん細胞内で確かに発現されることを確認するため、がん細胞のゲノムＤＮＡにおける所与の突然変異の存在を転写物および／またはタンパク質の並行分析により確認することが望ましい場合がある。
【0124】
タンパク質、例えばＭＥＴタンパク質における対応する突然変異をコードする、遺伝子における１つ以上の位置での突然変異を検出するために用いられてもよい、当該技術分野で周知の分析手法が多数存在する。一般に、かかる検出方法は、突然変異検出技術、任意選択的には増幅方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応、すなわち「ＰＣＲ」）、任意選択的には捕獲または富化方法（例えば、次世代配列決定法におけるハイブリダイゼーション捕獲）および任意選択的にはシグナル生成システムを必要とする。遺伝子突然変異を検出するための方法の例が、Ｎｏｌｌａｕ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．１９９７，４３，１１１４－１１２０；Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｓ．Ｍ；Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ．Ｍｏｌ．Ｄｉａｇｎ．２０１１，１１，６３５－６４２；Ｍｅｙｅｒｓｏｎ Ｍ． ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．２０１０，１１，６８５－６９６；ならびに標準的教科書、例えば、Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ；Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｕ．Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ １９９６およびＰＣＲ ｂｙ Ｎｅｗｔｏｎ＆Ｇｒａｈａｍ，ＢＩＯＳ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ １９９７において考察されている。この段落に記載される参考文献のすべての内容は、参照により本明細書中に援用される。
【0125】
がんがＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）によって特徴づけられるか否かを判定することが必要である場合の任意の実施形態では、該判定は、突然変異検出技術を含んでもよい。
【0126】
がんが突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）によって特徴づけられるか否かを判定することが必要である場合の任意の実施形態では、該判定は、突然変異検出技術および増幅方法を含んでもよい。
【0127】
がんが突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）によって特徴づけられるか否かを判定することが必要である場合の任意の実施形態では、該判定は、突然変異検出技術および捕獲または富化方法を含んでもよい。
【0128】
がんが突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）によって特徴づけられるか否かを判定することが必要である場合の任意の実施形態では、該判定は、突然変異検出技術およびシグナル生成システムを含んでもよい。
【0129】
がんが突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）によって特徴づけられるか否かを判定することが必要である場合の任意の実施形態では、該判定は、突然変異検出技術、増幅方法、捕獲または富化方法およびシグナル生成システムを含んでもよい。
【0130】
「突然変異検出技術」は、ＰＣＲ、アレル特異的プローブを用いるハイブリダイゼーション、酵素突然変異検出、ミスマッチの化学的切断、質量分析またはＤＮＡ配列決定（ミニシークエンシングを含む）を含む種々の方法により、生体試料から収集されるＤＮＡまたはＲＮＡを分析することにより実施され得る。突然変異検出技術の例として、増幅不応性突然変異系（ＡＲＭＳ（商標））、増幅不応性突然変異系線形拡張（ｌｉｎｅａｒ ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ）（ＡＬＥＸ（商標））、競合オリゴヌクレオチドプライミング系（ＣＯＰＳ）、Ｔａｑｍａｎ、分子ビーコン、制限断片長多型（ＲＦＬＰ）、制限部位に基づくＰＣＲおよび蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）技術およびオリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（ＯＬＡ）が挙げられる。
【0131】
アレル特異的プローブを用いるハイブリダイゼーションは、（１）例えば多数のＤＮＡチップ適用と同様、溶液中の標識試料と接触される固相（例えば、ガラス、シリコン、ナイロン膜）に結合されるアレル特異的オリゴヌクレオチド；または、（２）結合された試料（多くはクローン化ＤＮＡまたはＰＣＲ増幅ＤＮＡ）および溶液中の標識オリゴヌクレオチド（ハイブリダイゼーションによる配列決定を可能にするため、アレル特異的または短いかのいずれか）を用いて実施され得る。診断検査は、２つ以上の突然変異の同時測定を可能にする、多くは固体支持体上の突然変異のパネルを含んでもよい。かかるハイブリダイゼーションプローブは、当該技術分野で周知であり（例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－３；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ；Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ ２０１２，ＩＳＢＮ：９７８１９３６１１３４２２を参照）、２つ以上の変動部位におよんでもよい。
【0132】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、推定上の突然変異部位を有するＭＥＴ核酸を少なくとも１つの核酸プローブと接触させることを含んでもよい。
【0133】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、潜在的な突然変異部位を有するＭＥＴ核酸を少なくとも１つの核酸プローブと接触させることを含んでもよく、ここでは、プローブは、突然変異部位に相補的ヌクレオチド塩基を有する突然変異部位を含む核酸配列と選択的ハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズする。
【0134】
ハイブリダイゼーションは、当業者に公知の標識を用いて検出され得る。かかる標識は、放射、蛍光、色素、および酵素標識を含む。
【0135】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、潜在的な突然変異部位を有するＭＥＴ核酸を少なくとも１つの核酸プライマーと接触させることを含んでもよい。
【0136】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、潜在的な突然変異部位を有するＭＥＴ核酸を少なくとも１つの核酸プライマーと接触させることを含んでもよく、ここでは、プライマーは、変動部位に相補的ヌクレオチド塩基を有する突然変異部位を含む核酸配列と選択的ハイブリダイゼーション条件下で優先的にハイブリダイズする。
【0137】
特異的増幅用のプライマーとして用いられるオリゴヌクレオチドは、分子の中心にある目的の突然変異に対して相補的なヌクレオチド塩基を有してもよく、増幅は、差次的ハイブリダイゼーション（例えば、Ｇｉｂｂｓ，ｅｔ ａｌ．Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９８９，１７，２４３７を参照）に依存し、または一方のプライマーの３’最末端では、適切な条件下で、ミスマッチがポリメラーゼ延長を阻止または低減し得る（例えば、Ｐｒｏｓｓｎｅｒ １９９３，Ｔｉｂｔｅｃｈ，１１ ２３８を参照）。
【0138】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、少なくとも１つの核酸配列を配列決定し、得られた配列を既知の野生型核酸配列と比較することを含んでもよい。
【0139】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、少なくとも１つの核酸配列の質量分析測定を含んでもよい。
【0140】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、ＰＣＲを実施することを含んでもよい。
【0141】
ゲノム核酸における突然変異はまた、有利には、増幅された核酸断片における移動度シフトに基づく技術により検出されてもよい。例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．１９９６，２３９，６１は、競合的移動度シフトアッセイによる一塩基突然変異の検出についての記載がある。さらに、Ｍａｒｃｅｌｉｎｏ ｅｔ ａｌ．，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９９９，２６，１１３４－１１４８の技術に基づくアッセイが商業的に利用可能である。
【0142】
突然変異検出技術が言及される場合の任意の実施形態では、突然変異検出技術は、ミスマッチの存在の結果としてのキャピラリーシステムにおける二本鎖核酸の移動度シフトに基づく突然変異の存在を検出するため、キャピラリーヘテロ二本鎖分析を用いることを含んでもよい。
【0143】
突然変異検出技術を通じて検出されるさらなる量の核酸を生成するために「増幅方法」を用い、その後の分析ステップを容易にしてもよい。大部分の増幅方法は、酵素連鎖反応（例えば、ＰＣＲ、リガーゼ連鎖反応、または自家持続配列複製法）または核酸がクローン化されているベクターの全部または一部の複製に依存する。
【0144】
多数の標的およびシグナル増幅方法が、文献、例えば、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ，Ｕ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ １９８８，２４２，２２９－２３７およびＬｅｗｉｓ，Ｒ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｎｅｗｓ １９９０，１０，５４－５５におけるこれらの方法の一般的レビューに記載されている。これらの増幅方法は、本明細書に記載の方法にて用いることができ、ＰＣＲ、ＰＣＲインサイチュ、リガーゼ増幅反応（ＬＡＲ）、リガーゼハイブリダイゼーション、Ｑβバクテリオファージレプリカーゼ、転写に基づく増幅系（ＴＡＳ）、転写物配列決定を伴うゲノム増幅（ＧＡＷＴＳ）、核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）およびインサイチュハイブリダイゼーションを含む。様々な増幅技術における使用に適したプライマーは、当該技術分野で公知の方法に従って調製され得る。
【0145】
ＰＣＲは、特に米国特許第４，６８３，１９５号明細書および米国特許第４，６８３，２０２号明細書に記載の核酸増幅法である。ＰＣＲは、ＤＮＡポリメラーゼによりもたらされるプライマー伸長反応の反復サイクルからなる。標的ＤＮＡが熱変性され、増幅されるべきＤＮＡの逆鎖上の標的配列を挟む２つのオリゴヌクレオチドがハイブリダイズされる。これらのオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡポリメラーゼとの併用におけるプライマーになる。ＤＮＡはプライマー伸長により複製され、両鎖の第２のコピーが作られる。熱変性、プライマーハイブリダイゼーションおよび伸長のサイクルを反復することにより、標的ＤＮＡが約２～４時間以内に百万倍以上に増幅され得る。ＰＣＲは、増幅の結果を判定するための検出技術と併用される必要がある分子生物学ツールである。ＰＣＲの利点は、それが標的ＤＮＡの量を約４時間以内に百万倍～十億倍増幅することで、感度が高まる点である。ＰＣＲは、診断との関連で任意の既知の核酸を増幅するため、用いることができる（Ｍｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｇｙｎａｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，１９９４，５２：２４７－２５２）。
【0146】
一塩基突然変異を検出するため、増幅不応性突然変異系（ＡＲＭＳ（商標））（Ｎｅｗｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９８９，１７，２５０３－２５１６）などのアレル特異的増幅技術もまた用いることができる。適切なＰＣＲ増幅条件下で、プライマーの３’末端に位置する一塩基ミスマッチは、完全にマッチした対立遺伝子の優先的増幅にとって十分であり（Ｎｅｗｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８９、上記）、密接に関連した種の識別を可能にする。上記のプライマーを用いる増幅系の基盤として、ミスマッチ３’残基を有するオリゴヌクレオチドが適切な条件下でＰＣＲにおけるプライマーとして機能しないことが挙げられる。この増幅系は、あくまで反応混合物のアガロースゲル電気泳動後の検査による遺伝子型判定を可能にする。
【0147】
増幅方法が言及される場合の任意の実施形態では、増幅方法はＰＣＲを含んでもよい。
【0148】
増幅生成物を分析するため、様々な「シグナル生成システム」を用いることができる。シグナル生成システムは、増幅生成物をそれらのサイズに基づいて分離する能力がある任意の方法、例えば、自動および手動ゲル電気泳動、質量分析などを用いて実施され得る。
【0149】
核酸単離、増幅および分析の方法は、当業者にとってルーチン的であり、プロトコルの例は、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－３；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ；Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ ２０１２，ＩＳＢＮ：９７８１９３６１１３４２２）に見出すことができる。ＰＣＲ増幅において用いられる方法において特に有用なプロトコル源は、ＰＣＲである（Ｂａｓｉｃｓ：Ｆｒｏｍ Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ ｔｏ Ｂｅｎｃｈ）ｂｙ Ｍ．Ｊ．ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｓ．Ｇ．Ｍａｉｌｅｒ，Ｒ．Ｂｅｙｎｏｎ，Ｃ．Ｈｏｗｅ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ；１ｓｔ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｏｃｔｏｂｅｒ １５，２０００），ＩＳＢＮ：０３８７９１６００８（その内容は参照により本明細書中に援用される）。
【0150】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異の検出は、ゲル電気泳動であるシグナル生成システムを含んでもよい。
【0151】
ＭＥＴ突然変異（例えば、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異）が言及される場合の任意の実施形態では、ＭＥＴ突然変異の検出は、質量分析であるシグナル生成システムを含んでもよい。
【0152】
本明細書に記載のタンパク質突然変異を検出するために用いられてもよい方法は、質量分析または指定位置でアミノ酸置換を検出するように設計されている抗体に基づく手法を含む。
【0153】
「患者のがんの代表的試料」は、がん患者から入手されるかまたは入手可能である任意の腫瘍組織または腫瘍細胞を含有する試料、例えば腫瘍核酸、例えば循環遊離ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含有する任意の試料であり得る。患者のがんの試料は、患者から得られる血液、口腔スワブ、生検、または他の体液もしくは組織を含んでもよい。特定例として、患者の血漿または血清中に存在する循環腫瘍細胞または循環腫瘍ＤＮＡ、卵巣がん患者の腹水から単離される細胞、肺内部に腫瘍を有する患者から得られる肺痰、乳がん患者から得られる細針吸引物、尿、末梢血、細胞擦過物（ｃｅｌｌ ｓｃｒａｐｉｎｇ）、毛包、皮膚パンチまたは頬側試料が挙げられる。
【0154】
突然変異状態試験のための患者のがんの代表的試料は、同様に、患者のがんの代表的試料中で得られる配列に対応する核酸配列であってもよい、すなわち試料の核酸中の該領域の全部または一部は、分析前にまず任意の便宜的技術、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて増幅されてもよい。核酸は、ゲノムＤＮＡ、または分画もしくは全細胞ＲＮＡであってもよい。一部の実施形態では、ＲＮＡは、全細胞ＲＮＡであり、ランダムプライマーまたはポリＡプライマーを用いて、第１鎖ｃＤＮＡを標識するための鋳型として直接的に用いられる。患者のがんの試料中の核酸またはタンパク質は、標準的方法、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｖｏｌｕｍｅｓ １－３；ｅｄｉｔｏｒｓ Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ；Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ ２０１２，ＩＳＢＮ：９７８１９３６１１３４２２（その内容は参照により本明細書中に援用される）にて参照される方法に従い、試料から抽出されてもよい。
【0155】
患者のがんの代表的試料は、患者から予め採取されてもよい。かかる試料は、凍結により保存される、またはホルマリン－パラフィンもしくは他の培地で固定および包埋されてもよい。あるいは、新しい試料が入手され、用いられてもよい。
【0156】
患者のがんの代表的試料が言及される場合の任意の実施形態では、患者のがんの代表的試料は、腫瘍細胞試料を含んでもよい。
【0157】
患者のがんの代表的試料が言及される場合の任意の実施形態では、患者のがんの代表的試料は、腫瘍核酸を含有する試料を含んでもよい。
【0158】
患者のがんの代表的試料が言及される場合の任意の実施形態では、患者のがんの代表的試料は、腫瘍ＤＮＡを含有する試料を含んでもよい。
【0159】
患者のがんの代表的試料が言及される場合の任意の実施形態では、患者のがんの代表的試料は、腫瘍の循環遊離ＤＮＡを含有する試料を含んでもよい。
【0160】
実施形態［Ａ］では、がんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる。
【0161】
実施形態［Ｂ］では、実施形態［Ａ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異は、アミノ酸置換である。
【0162】
実施形態［Ｃ］では、実施形態［Ａ］または実施形態［Ｂ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる。
【0163】
実施形態［Ｄ］では、実施形態［Ｃ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ突然変異によって特徴づけられる。
【0164】
実施形態［Ｅ］では、実施形態［Ｃ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異によって特徴づけられる。
【0165】
実施形態［Ｆ］では、実施形態［Ａ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられる。
【0166】
実施形態［Ｇ］では、実施形態［Ａ］～［Ｆ］のいずれか１つに記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、肺がん、胃がんまたは乳頭状腎細胞がんである。
【0167】
実施形態［Ｈ］では、実施形態［Ｇ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、乳頭状腎細胞がんである。
【0168】
実施形態［Ｉ］では、実施形態［Ｈ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＩＩ型乳頭状腎細胞がんである。
【0169】
実施形態［Ｊ］では、実施形態［Ａ］～［Ｉ］のいずれか１つに記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩、クリゾチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、チバンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カボザンチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、フォレチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、カプマチニブもしくはその薬学的に許容できる塩、オナルツズマブ、フィクラツズマブまたはリロツムマブである。
【0170】
実施形態［Ｋ］では、実施形態［Ｊ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である。
【0171】
実施形態［Ｌ］では、実施形態［Ａ］～［Ｋ］のいずれか１つに記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんの治療は、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する。
【0172】
実施形態［Ｍ］では、実施形態［Ａ］に記載のようにがんの治療において用いるためのｃ－Ｍｅｔ阻害剤が提供され、ここでがんは、ＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ、ＭＥＴ Ｈ１０９４ＬまたはＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるＩＩ型乳頭状腎細胞がんであり、かつｃ－Ｍｅｔ阻害剤は、６００ｍｇのサボリチニブをその遊離塩基形態で含む医薬組成物の１日１回投与で投与される、サボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である。
【0173】
実施形態［Ｎ］では、がん患者をｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に対する彼らの適合性について確立するためにスクリーニングする方法であって、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0174】
実施形態［Ｏ］では、実施形態［Ｎ］の方法であって、がんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｖ１０９２Ｉ突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0175】
実施形態［Ｐ］では、実施形態［Ｎ］の方法であって、がんがＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0176】
実施形態［Ｑ］では、実施形態［Ｎ］の方法であって、がんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられるか否かを判定するため、患者のがんの代表的試料をインビトロで分析するステップを含み、ここで患者のがんがＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、患者はｃ－Ｍｅｔ阻害剤での治療に適する、方法が提供される。
【0177】
実施形態［Ｒ］では、実施形態［Ｎ］～［Ｑ］のいずれか１つの方法であって、がんが乳頭状腎細胞がんである、方法が提供される。
【0178】
実施形態［Ｓ］では、実施形態［Ｎ］～［Ｒ］のいずれか１つの方法であって、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である、方法が提供される。
【0179】
実施形態［Ｔ］では、がんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられる場合、がんの治療用の薬剤の調製におけるｃ－Ｍｅｔ阻害剤の使用が提供される。
【0180】
実施形態［Ｕ］では、かかる治療を必要とする患者におけるがんを治療するための方法であって、
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
ａ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられるか否かを結果が判定し得るような試験を要求するステップと；
ｂ）患者のがんがＭＥＴ１０９２、ＭＥＴ１０９４またはＭＥＴ１１９５突然変異によって特徴づけられることが見出される場合、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤を治療有効量で患者に投与するステップと、
を含む、方法が提供される。
【0181】
実施形態［Ｖ］では、がんが乳頭状腎細胞がんである場合、実施形態［Ｕ］の方法が提供される。
【0182】
実施形態［Ｗ］では、ｃ－Ｍｅｔ阻害剤がサボリチニブまたはその薬学的に許容できる塩である場合、実施形態［Ｕ］または実施形態［Ｖ］の方法が提供される。
【実施例】
【0183】
以下の試験は、本明細書に記載の実施形態：ａ）ＭＥＴ受容体チロシンキナーゼのリン酸化およびサボリチニブを用いたＭＥＴ阻害への感受性に対する点突然変異の効果；ｂ）サボリチニブおよび他のＭＥＴ阻害剤に対するＭＥＴ ＷＴおよびＭＥＴ点突然変異体の用量反応の測定；ｃ）ＭＥＴ ＷＴ、ＭＥＴ突然変異体または親Ｂａ／Ｆ３安定細胞株の形質転換能；ｄ）ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体におけるＰＲＣＣ患者の腫瘍応答を支持する。試験の説明にわたり、一般に次のことがいえる。
ｉ．ＩＣ５０値は、生物学的活性の５０％を阻害する試験化合物の濃度である。
ｉｉ．用いられる略称は、主なテキスト内または以下の段落内で説明されるか、またはそれ以外の場合、当該技術分野の読者には周知のものとなる。ａＰＴＴ＝活性化部分トロンボプラスチン時間；ＢＣＡ＝ビシンコニン酸；ＥＤＴＡ＝エチレンジアミン四酢酸；ＣＴＣＡＥ＝有害事象共通用語規準；ＤＢＰ＝拡張期血圧；ＤｏＲ＝応答の持続期間；ＤＶＴ＝深部静脈血栓症；ＥＣＯＧ＝米国東海岸がん臨床試験グループ；ＥＣＧ＝心電図；ＦＢＳ＝胎児ウシ血清；ｈ＝時間（秒）；ＧＦＲ＝糸球体濾過率；ＨＥＫ＝ヒト胚性腎細胞系；ＩＬ－３＝インターロイキン－３；ＬＤＳ＝ローディング色素溶液；ＬＭＷＨ＝低分子量ヘパリン；ＮＧＳ＝次世代配列決定；ＮＹＨＡ＝ニューヨーク心臓協会；ＯＲＲ＝奏効率；ＯＳ＝全生存；ＰＤ＝進行性疾患；ＰＢＳ＝リン酸緩衝食塩水；ＰＦＳ＝進行のない生存；ＰＫ＝薬物動態；ＰＯ＝経口的に；ＱＤ＝１日１回；ＲＦＰ＝赤色蛍光タンパク質；ＳＣ＝皮下に；ＳＢＰ＝収縮期血圧；ＴＢＳＴ＝トリス緩衝生理食塩水－ツイーン２０；ＵＬＮ＝正常上限；ＷＢ＝ウエスタンブロット。
ｉ．ＩＣ５０値は、生物学的活性の５０％を阻害する試験化合物の濃度である。
ｉｉ．用いられる略称は、主なテキスト内または以下の段落内で説明されるか、またはそれ以外の場合、当該技術分野の読者には周知のものとなる。ａＰＴＴ＝活性化部分トロンボプラスチン時間；ＢＣＡ＝ビシンコニン酸；ＥＤＴＡ＝エチレンジアミン四酢酸；ＣＴＣＡＥ＝有害事象共通用語規準；ＤＢＰ＝拡張期血圧；ＤｏＲ＝応答の持続期間；ＤＶＴ＝深部静脈血栓症；ＥＣＯＧ＝米国東海岸がん臨床試験グループ；ＥＣＧ＝心電図；ＦＢＳ＝胎児ウシ血清；ｈ＝時間（秒）；ＧＦＲ＝糸球体濾過率；ＨＥＫ＝ヒト胚性腎細胞系；ＩＬ－３＝インターロイキン－３；ＬＤＳ＝ローディング色素溶液；ＬＭＷＨ＝低分子量ヘパリン；ＮＧＳ＝次世代配列決定；ＮＹＨＡ＝ニューヨーク心臓協会；ＯＲＲ＝奏効率；ＯＳ＝全生存；ＰＤ＝進行性疾患；ＰＢＳ＝リン酸緩衝食塩水；ＰＦＳ＝進行のない生存；ＰＫ＝薬物動態；ＰＯ＝経口的に；ＱＤ＝１日１回；ＲＦＰ＝赤色蛍光タンパク質；ＳＣ＝皮下に；ＳＢＰ＝収縮期血圧；ＴＢＳＴ＝トリス緩衝生理食塩水－ツイーン２０；ＵＬＮ＝正常上限；ＷＢ＝ウエスタンブロット。
【0184】
試験ａ）：ＭＥＴ受容体チロシンキナーゼのリン酸化およびサボリチニブを用いたＭＥＴ阻害への感受性に対する点突然変異の効果
ＭＥＴ ＷＴおよびアミノ酸置換を有する特異的突然変異体のＨＥＫ２９３Ｔ細胞における一過性トランスフェクションにより、リン酸化ＭＥＴ ＷＢ分析を用いてのＭＥＴキナーゼを活性化するそれらの能力、またｐ－ＥＲＫ１／２ ＷＢ分析を用いての下流経路活性化について検討した。ＭＥＴ ＷＴおよびすべてのＭＥＴ突然変異体は、ＤＭＳＯ処理条件およびリン酸化ＭＥＴ（Ｙ１２３４／Ｙ１２３５）の検出によって示されるように一過性に過剰発現されるとき、活性化している。新規なＭＥＴ突然変異体Ｌ１１９５Ｆは、ＭＥＴおよびＥＲＫ１／２を活性化し得、ＭＥＴ ＷＴと同程度までサボリチニブ阻害に対して感受性がある。新規なＭＥＴ突然変異体Ｖ１０９２ＩおよびＨ１０９４Ｌもまた、過剰発現により活性化され、下流ＥＲＫ経路活性化をもたらす。それに対し、既知の強固なＭＥＴ突然変異体を活性化するＭ１２５０Ｔは、１００ｎＭであくまで部分的に阻害され、Ｙ１２３０Ｈはサボリチニブに対して完全に抵抗性を示す。この試験の結果は、図１に示し、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ、Ｖ１０９２ＩおよびＨ１０９４ＬがＭＥＴの突然変異体に加え、下流ＥＲＫ１／２シグナル伝達を活性化しており、サボリチニブ処理により阻害され得ることを示す。
ＭＥＴ ＷＴおよびアミノ酸置換を有する特異的突然変異体のＨＥＫ２９３Ｔ細胞における一過性トランスフェクションにより、リン酸化ＭＥＴ ＷＢ分析を用いてのＭＥＴキナーゼを活性化するそれらの能力、またｐ－ＥＲＫ１／２ ＷＢ分析を用いての下流経路活性化について検討した。ＭＥＴ ＷＴおよびすべてのＭＥＴ突然変異体は、ＤＭＳＯ処理条件およびリン酸化ＭＥＴ（Ｙ１２３４／Ｙ１２３５）の検出によって示されるように一過性に過剰発現されるとき、活性化している。新規なＭＥＴ突然変異体Ｌ１１９５Ｆは、ＭＥＴおよびＥＲＫ１／２を活性化し得、ＭＥＴ ＷＴと同程度までサボリチニブ阻害に対して感受性がある。新規なＭＥＴ突然変異体Ｖ１０９２ＩおよびＨ１０９４Ｌもまた、過剰発現により活性化され、下流ＥＲＫ経路活性化をもたらす。それに対し、既知の強固なＭＥＴ突然変異体を活性化するＭ１２５０Ｔは、１００ｎＭであくまで部分的に阻害され、Ｙ１２３０Ｈはサボリチニブに対して完全に抵抗性を示す。この試験の結果は、図１に示し、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ、Ｖ１０９２ＩおよびＨ１０９４ＬがＭＥＴの突然変異体に加え、下流ＥＲＫ１／２シグナル伝達を活性化しており、サボリチニブ処理により阻害され得ることを示す。
【0185】
試験ｂ）：サボリチニブおよび他のＭＥＴ阻害剤に対するＭＥＴ ＷＴおよびＭＥＴ点突然変異体の用量反応の測定
上記のようなＭＥＴ ＷＴおよびＭＥＴ突然変異体構築物の一過性トランスフェクトＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、指定用量（２．７ｎＭ～６．０μＭの範囲）のサボリチニブ、ＩＮＣ２８０またはクリゾチニブで２．５時間処理し、リン酸化ＭＥＴ阻害の程度を検出した。結果を図２～７および下の表１に示す。
上記のようなＭＥＴ ＷＴおよびＭＥＴ突然変異体構築物の一過性トランスフェクトＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、指定用量（２．７ｎＭ～６．０μＭの範囲）のサボリチニブ、ＩＮＣ２８０またはクリゾチニブで２．５時間処理し、リン酸化ＭＥＴ阻害の程度を検出した。結果を図２～７および下の表１に示す。
【0186】
【表1】
【0187】
表１では、ＩＣ５０は、各ＭＥＴ ＷＴおよび変異タンパク質の関連するｃ－Ｍｅｔ阻害剤による阻害に対する感受性を示す。サボリチニブは、ＷＴ ＭＥＴタンパク質に対して１３ｎＭのＩＣ５０、また既知のＭＥＴ突然変異体を活性化するＭ１２５０Ｔに対して６ｎＭのＩＣ５０を有する。このように、サボリチニブは両タンパク質に対して同等のＩＣ５０値を有する。同様に、ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆを一過性に発現する細胞がサボリチニブにおける３５ｎＭのＩＣ５０を有することはまた、このＭＥＴ突然変異体が、ＭＥＴ ＷＴおよび既知の活性化Ｍ１２５０Ｔ突然変異体と同程度までサボリチニブにより阻害され得ることを示す。ＭＥＴ Ｖ１０９２ＩおよびＨ１０９４Ｌの一過性発現は、これらの変異タンパク質がリン酸化され、かつこのリン酸化がＭＥＴ阻害剤により阻害され得、サボリチニブのＩＣ５０が各々、１２ｎＭおよび４ｎＭであることを示す。それに対し、ＭＥＴ Ｙ１２３０Ｈ突然変異体は、リン酸化ＭＥＴ ＭＳＤシグナルの少なくとも５０％を阻害できないことが理由でＩＣ５０を測定できなかったことから、サボリチニブ阻害に対して感受性がない。リン酸化ＭＥＴ ＭＳＤシグナルは、全ＭＥＴシグナルに対して正規化する。
【0188】
試験ｃ）：ＭＥＴ ＷＴ、ＭＥＴ突然変異体または親Ｂａ／Ｆ３安定細胞株の形質転換能；
増殖がＩＬ－３に依存するような安定細胞株集団を、ＩＬ－３の存在下でのそれらの相対的生存度についてアッセイし、細胞増殖における傾向を確立した。ＩＬ－３を除去し、各ＭＥＴ構築物の形質転換能を測定した。さらに、ＨＧＦ処理条件は、ＭＥＴ依存性細胞増殖に全面的に寄与することを示す。この試験の結果を図８に示す。
増殖がＩＬ－３に依存するような安定細胞株集団を、ＩＬ－３の存在下でのそれらの相対的生存度についてアッセイし、細胞増殖における傾向を確立した。ＩＬ－３を除去し、各ＭＥＴ構築物の形質転換能を測定した。さらに、ＨＧＦ処理条件は、ＭＥＴ依存性細胞増殖に全面的に寄与することを示す。この試験の結果を図８に示す。
【0189】
増殖においてＩＬ－３依存性である親Ｂａ／Ｆ３細胞がベクターまたはＨＧＦ処理に対して応答しなかった場合、ＭＥＴ ＷＴの過剰発現も、ＩＬ－３依存性では増殖の利点をもたらさなかった。それに対し、ＭＥＴ Ｍ１２５０Ｔ細胞は、予想通り、ＩＬ－３の不在下で増殖し、新規なＭＥＴ突然変異体Ｌ１１９５Ｆは、ＭＥＴ Ｍ１２５０Ｔと同程度に増殖を与える能力を有することが示される。他の新規なＭＥＴ突然変異体（ＭＥＴ Ｙ１２３０Ｈではなく、ＭＥＴ Ｖ１０９２ＩおよびＭＥＴ Ｈ１０９４Ｌ）もまた、比較的より大きいＩＬ－３非依存性細胞増殖を与える能力を有する。
【0190】
試験ｄ）ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体におけるＰＲＣＣ患者の腫瘍応答
２０１４年９月、ＰＲＣＣを有する患者におけるサボリチニブ（ＡＺＤ６０９４／ＨＭＰＬ－５０４）の有効性を評価するため、５６歳女性を第ＩＩ相試験に登録した（ＮＣＴ０２１２７７１０）。２０１２年１２月、腹部リンパ節への幾つかの転移性病変の切除中、診断用試料を患者から収集した。このアーカイブ腫瘍試料を中央病理診断（ｃｅｎｔｒａｌ ｐａｔｈｏｌｏｇｙ）により分析し、高グレードを示したが、ＩＩ型ＰＲＣＣの鑑別は不十分であった。患者は、２０１４年９月２日、サボリチニブを用いた治療を開始した。先行全身療法は、スニチニブおよびサイトカインを含んだが、最良応答は先行選択された両治療法に対する進行性疾患（ＰＤ）であった。用いたサボリチニブサイクルは３週であった。
２０１４年９月、ＰＲＣＣを有する患者におけるサボリチニブ（ＡＺＤ６０９４／ＨＭＰＬ－５０４）の有効性を評価するため、５６歳女性を第ＩＩ相試験に登録した（ＮＣＴ０２１２７７１０）。２０１２年１２月、腹部リンパ節への幾つかの転移性病変の切除中、診断用試料を患者から収集した。このアーカイブ腫瘍試料を中央病理診断（ｃｅｎｔｒａｌ ｐａｔｈｏｌｏｇｙ）により分析し、高グレードを示したが、ＩＩ型ＰＲＣＣの鑑別は不十分であった。患者は、２０１４年９月２日、サボリチニブを用いた治療を開始した。先行全身療法は、スニチニブおよびサイトカインを含んだが、最良応答は先行選択された両治療法に対する進行性疾患（ＰＤ）であった。用いたサボリチニブサイクルは３週であった。
【0191】
５００倍のエクソンカバレッジ中央値を有する診断用腫瘍試料（Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｉｎｃ，ＦＭＩ）の配列決定（ＮＧＳ）によると、ＭＥＴ突然変異ＭＥＴ＿ｃ．３５８３Ｃ＞Ｔの存在が示され、対立遺伝子画分が２４％であった。Ｌ１１９５Ｆのアミノ酸置換は、ＭＥＴ受容体チロシンキナーゼのキナーゼドメイン内のエクソン１８に位置する。これは、有意性が未知の変異体としてＦＭＩにより報告されている。この腫瘍検体は、同時発生するＭＥＴ遺伝子コピー数の変動、他のＭＥＴ突然変異を宿さないばかりか、ＰＲＣＣの特徴である７番染色体の増加の下では、またＭＥＴ遺伝子およびそのリガンドＨＧＦ遺伝子双方の遺伝子座が存在する場合には、同時発生しなかった。７番染色体コピー数は、４００遺伝子の統合されたコピー数分析を用いて検出し、４２００のＳＮＰは、ＦＭＩ配列決定アッセイにて測定した。
【0192】
被験者９２０３－００２は、ＲＥＣＩＳＴ１．１基準に従う安定疾患を有した。しかし、サボリチニブ治療の３６週目に生じるこの被験者の最良の腫瘍応答は、４つの標的病変の最長直径の和における２９．７％の減少であった（図９）。標的病変の和は、スパイダープロット上、ｍｍ単位でのデータラベルで示される。
【0193】
以下の一般的実験技術を上記試験にわたって用いた。
【0194】
ＭＥＴ ＷＴおよび突然変異体クローン
合成遺伝子ｐＬＶＸＩＰ＿ＭＥＴ＿ＦＬＡＧを合成オリゴヌクレオチドおよび／またはＰＣＲ産物から構築した。断片をベクター骨格ｐＬＶＸＩＲＥＳ－Ｐｕｒｏ＿Ｐ８３９クローニング部位ＢａｍＨＩ／ＥｃｏＲＩに挿入した。プラスミドＤＮＡを形質転換細菌から精製し、ＵＶ分光により濃度を測定した。最終構築物を配列決定により確認した。挿入部位内の配列（ＡＢＩ）一致は１００％であった。指定アミノ酸位置（ＮＭ＿０００２４５）Ｍ１２５０Ｔ、Ｙ１２３０Ｈ、Ｌ１１９５Ｆ、Ｈ１０９４ＬおよびＶ１０９２Ｉでの点突然変異をＭＥＴ ＷＴと同様に作製した（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ｂｙＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）。
合成遺伝子ｐＬＶＸＩＰ＿ＭＥＴ＿ＦＬＡＧを合成オリゴヌクレオチドおよび／またはＰＣＲ産物から構築した。断片をベクター骨格ｐＬＶＸＩＲＥＳ－Ｐｕｒｏ＿Ｐ８３９クローニング部位ＢａｍＨＩ／ＥｃｏＲＩに挿入した。プラスミドＤＮＡを形質転換細菌から精製し、ＵＶ分光により濃度を測定した。最終構築物を配列決定により確認した。挿入部位内の配列（ＡＢＩ）一致は１００％であった。指定アミノ酸位置（ＮＭ＿０００２４５）Ｍ１２５０Ｔ、Ｙ１２３０Ｈ、Ｌ１１９５Ｆ、Ｈ１０９４ＬおよびＶ１０９２Ｉでの点突然変異をＭＥＴ ＷＴと同様に作製した（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ｂｙＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）。
【0195】
一過性トランスフェクションおよび阻害剤治療
ヒト胚性腎細胞株（ＨＥＫ２９３Ｔ）に、上のＭ＆ＭのＭＥＴ ＷＴおよび突然変異体クローンのセクションにおいて概説したプラスミドを一過性にトランスフェクトした。トランスフェクションの日、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を蒔いて、９５％コンフルエント状態にした（各ウイルス構築物につき１プレート）。ＭＥＴ構築物（２４μｇ）およびＯｐｔｉｍｅｍ（１．５ｍＬ）を、ＭａｓｔｅｒＭｉｘとしてのＯｐｔｉｍｅｍ（１．５ｍＬ／反応）中リポフェクタミン２０００（６０μＬ／反応、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）と組み合わせ、室温で５分間インキュベートした。最終体積が約３ｍＬになるように、Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ１．５ｍＬを、構築物を含有する各チューブに添加した。各混合物を上下にピペッティングし、混合し、室温で２０分間静置しておいた。プラスミドミックス（３ｍＬ）を、培地１２ｍＬを含有する１０ｃｍの各プレートに緩やかに添加し、プレートを一晩インキュベートした。２４時間後、培地を除去し、大きな力を用いて２９３Ｔ細胞から緩やかにピペッティングする工程を設け、所望される投与プレート（６ウェルまたは９６ウェル）内に１：１０で再播種し、それを一晩接着させておいた。サボリチニブ（ＡＺＤ６０９４）を、指定濃度のＤＭＳＯで希釈し、その後２．５時間処理して細胞培養条件まで希釈した。培地を細胞から吸引し、投与培地と交換した。得られたプレートを２．５時間インキュベートし、直ぐに氷冷溶解緩衝液に溶解し、－２０℃で貯蔵した。
ヒト胚性腎細胞株（ＨＥＫ２９３Ｔ）に、上のＭ＆ＭのＭＥＴ ＷＴおよび突然変異体クローンのセクションにおいて概説したプラスミドを一過性にトランスフェクトした。トランスフェクションの日、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を蒔いて、９５％コンフルエント状態にした（各ウイルス構築物につき１プレート）。ＭＥＴ構築物（２４μｇ）およびＯｐｔｉｍｅｍ（１．５ｍＬ）を、ＭａｓｔｅｒＭｉｘとしてのＯｐｔｉｍｅｍ（１．５ｍＬ／反応）中リポフェクタミン２０００（６０μＬ／反応、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）と組み合わせ、室温で５分間インキュベートした。最終体積が約３ｍＬになるように、Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ１．５ｍＬを、構築物を含有する各チューブに添加した。各混合物を上下にピペッティングし、混合し、室温で２０分間静置しておいた。プラスミドミックス（３ｍＬ）を、培地１２ｍＬを含有する１０ｃｍの各プレートに緩やかに添加し、プレートを一晩インキュベートした。２４時間後、培地を除去し、大きな力を用いて２９３Ｔ細胞から緩やかにピペッティングする工程を設け、所望される投与プレート（６ウェルまたは９６ウェル）内に１：１０で再播種し、それを一晩接着させておいた。サボリチニブ（ＡＺＤ６０９４）を、指定濃度のＤＭＳＯで希釈し、その後２．５時間処理して細胞培養条件まで希釈した。培地を細胞から吸引し、投与培地と交換した。得られたプレートを２．５時間インキュベートし、直ぐに氷冷溶解緩衝液に溶解し、－２０℃で貯蔵した。
【0196】
細胞可溶化物の調製
溶解緩衝液（ＴＢＳ＋１％ＮＰ４０）に、ＰｈｏｓＳＴＯＰホスファターゼ阻害剤および完全プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）を溶解緩衝液１０ｍＬごとに１錠ずつ添加した。混合物を冷却しておいた。半接着性２９３Ｔ細胞が懸濁されるまで溶解緩衝液培地（６ウェルディッシュ）をピペッティングすることにより、細胞をウェルから除去した。次に、これらを１５００ｒｐｍで５分間遠心沈殿した。培地を吸引し、細胞ペレットを氷上で溶解緩衝液１００μＬに再懸濁した。直ぐに懸濁液をドライアイス下で２回凍結／解凍した。次に、試料を約１４０００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。上清を新しいチューブ（約８５μＬ）に移し、使用準備が整うまで氷上で維持するかまたは－２０℃で凍結させた。ＢＣＡアッセイを実施し、タンパク質濃度を測定した。溶解緩衝液を用いて試料を９０μＬ中３．０ｍｇ／ｍｌに正規化し、３０μＬのＬＤＳ試料緩衝液および還元剤溶液を添加した。得られた懸濁液を１５００ｒｐｍで１０秒間遠心分離し、試料を沸騰するまで加熱し（Ｔｈｅｒｍｏ Ｃｙｃｌｅｒ－２００）、再び遠心分離し、冷却しておいた。
溶解緩衝液（ＴＢＳ＋１％ＮＰ４０）に、ＰｈｏｓＳＴＯＰホスファターゼ阻害剤および完全プロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）を溶解緩衝液１０ｍＬごとに１錠ずつ添加した。混合物を冷却しておいた。半接着性２９３Ｔ細胞が懸濁されるまで溶解緩衝液培地（６ウェルディッシュ）をピペッティングすることにより、細胞をウェルから除去した。次に、これらを１５００ｒｐｍで５分間遠心沈殿した。培地を吸引し、細胞ペレットを氷上で溶解緩衝液１００μＬに再懸濁した。直ぐに懸濁液をドライアイス下で２回凍結／解凍した。次に、試料を約１４０００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。上清を新しいチューブ（約８５μＬ）に移し、使用準備が整うまで氷上で維持するかまたは－２０℃で凍結させた。ＢＣＡアッセイを実施し、タンパク質濃度を測定した。溶解緩衝液を用いて試料を９０μＬ中３．０ｍｇ／ｍｌに正規化し、３０μＬのＬＤＳ試料緩衝液および還元剤溶液を添加した。得られた懸濁液を１５００ｒｐｍで１０秒間遠心分離し、試料を沸騰するまで加熱し（Ｔｈｅｒｍｏ Ｃｙｃｌｅｒ－２００）、再び遠心分離し、冷却しておいた。
【0197】
ウエスタンブロット
全細胞可溶化物から４０μｇのタンパク質を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ１０％Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ ＭｉｄｉＧｅｌ（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）を用いるゲル電気泳動を介して分離した。電気泳動後、分離されたタンパク質をニトロセルロース（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）膜上に移した。膜をブロッキングし、抗体とＴＢＳＴ中５％脱脂粉乳との非特異的結合を阻止した。次に、膜を目的のタンパク質に対して産生される一次抗体とともにインキュベートし、次にその後の二次抗体を一次抗体に対して産生されるＨＲＰとコンジュゲートした。最後に、膜を増強された化学発光（ＥＣＬ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を介して検出可能な基質とともに室温で３分間インキュベートし、画像処理システム（Ｆｕｊｉ，ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ ＬＡＳ－４０００）を用いて展開した。
全細胞可溶化物から４０μｇのタンパク質を、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ１０％Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓ ＭｉｄｉＧｅｌ（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）を用いるゲル電気泳動を介して分離した。電気泳動後、分離されたタンパク質をニトロセルロース（ＬｉｆｅＴｅｃｈ）膜上に移した。膜をブロッキングし、抗体とＴＢＳＴ中５％脱脂粉乳との非特異的結合を阻止した。次に、膜を目的のタンパク質に対して産生される一次抗体とともにインキュベートし、次にその後の二次抗体を一次抗体に対して産生されるＨＲＰとコンジュゲートした。最後に、膜を増強された化学発光（ＥＣＬ，Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を介して検出可能な基質とともに室温で３分間インキュベートし、画像処理システム（Ｆｕｊｉ，ＩｍａｇｅＱｕａｎｔ ＬＡＳ－４０００）を用いて展開した。
【0198】
使用抗体は、ＭＥＴ（ＣＳＴ、８１９８Ｓ、ウサギ）、ｐＭＥＴ（ＣＳＴ、３０７７Ｓ、ウサギ）、ＥＲＫ１／２（ＣＳＴ、４６９５Ｓ、ウサギ）、ｐＥＲＫ（ＣＳＴ、４３７０Ｓ、ウサギ）、二次抗ウサギＨＲＰコンジュゲート（ＣＳＴ、７０７４Ｐ２）を含んだ。
【0199】
ＭＳＤリン酸化タンパク質アッセイ
全細胞可溶化物を、Ｍｕｌｔｉ－ＳＰＯＴ Ｐｈｏｓｐｈｏ（Ｔｙｒ１３４９）／Ｔｏｔａｌ Ｍｅｔ Ａｓｓａｙ（ＭｅｓｏＳｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，ＭＳＤ）で用いるため、上記のように調製した。ＭＳＤは、空間的に異なるスポットでのリン酸化Ｍｅｔ（Ｔｙｒ１３４９）および全Ｍｅｔに対する捕捉抗体がプレコーティングされているプレートを提供する。ブロッキング溶液１５０μＬを各ウェルに添加した。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。試料を１ウェルあたり２５μＬ添加した。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。検出抗体溶液２５μＬを、ＭＳＤプレートの各ウェルに添加した（抗－全Ｍｅｔを電気化学発光化合物、ＭＳＤ ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧ標識とコンジュゲートした）。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。１×Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔの１５０μＬをＭＳＤプレートの各ウェルに添加した。分析のため、プレートをＭＳＤ ＳＥＣＴＯＲ（登録商標）Ｉｍａｇｅｒに負荷した。ＳＥＣＴＯＲ（登録商標）Ｉｍａｇｅｒはプレート電極に電圧を印加することで、電極表面に結合した標識の発光を引き起こす。その装置では、発光の強度が測定され、試料中に存在するリン酸化Ｍｅｔ（Ｔｙｒ１３４９）および全Ｍｅｔの定量的尺度を提供する。パーセントリン酸化Ｍｅｔは、ＭＳＤリン酸化／全多重リン酸化タンパク質アッセイで、独立のＭＳＤリン酸化Ｍｅｔおよび全Ｍｅｔタンパク質を用いて算出され得る。
全細胞可溶化物を、Ｍｕｌｔｉ－ＳＰＯＴ Ｐｈｏｓｐｈｏ（Ｔｙｒ１３４９）／Ｔｏｔａｌ Ｍｅｔ Ａｓｓａｙ（ＭｅｓｏＳｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，ＭＳＤ）で用いるため、上記のように調製した。ＭＳＤは、空間的に異なるスポットでのリン酸化Ｍｅｔ（Ｔｙｒ１３４９）および全Ｍｅｔに対する捕捉抗体がプレコーティングされているプレートを提供する。ブロッキング溶液１５０μＬを各ウェルに添加した。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。試料を１ウェルあたり２５μＬ添加した。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。検出抗体溶液２５μＬを、ＭＳＤプレートの各ウェルに添加した（抗－全Ｍｅｔを電気化学発光化合物、ＭＳＤ ＳＵＬＦＯ－ＴＡＧ標識とコンジュゲートした）。プレートを接着プレートシールで密封し、室温で激しく振盪させながら（３００～１０００ｒｐｍ）１時間インキュベートした。プレートを３００μＬ／ウェルのトリス洗浄緩衝液で３回洗浄した。１×Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔの１５０μＬをＭＳＤプレートの各ウェルに添加した。分析のため、プレートをＭＳＤ ＳＥＣＴＯＲ（登録商標）Ｉｍａｇｅｒに負荷した。ＳＥＣＴＯＲ（登録商標）Ｉｍａｇｅｒはプレート電極に電圧を印加することで、電極表面に結合した標識の発光を引き起こす。その装置では、発光の強度が測定され、試料中に存在するリン酸化Ｍｅｔ（Ｔｙｒ１３４９）および全Ｍｅｔの定量的尺度を提供する。パーセントリン酸化Ｍｅｔは、ＭＳＤリン酸化／全多重リン酸化タンパク質アッセイで、独立のＭＳＤリン酸化Ｍｅｔおよび全Ｍｅｔタンパク質を用いて算出され得る。
【0200】
安定細胞株の作製
ＩＬ－３依存性マウスのプロＢ細胞株Ｂａ／Ｆ３を、ウイルス構築物の突然変異体、ポリブレンを８μｇ／ｍＬの最終濃度で有する６ウェルプレートに、５．２×１０５細胞／ｍＬの密度で蒔き、完全培地（ＲＰＭＩ－１６４０（Ｇｉｂｃｏ）、１０％ＦＢＳ、１％Ｌ－グルタミン（Ｌ－ｇｌｕｔ）、ＩＬ－３の１ｎｇ／ｍＬ）で体積が２ｍＬになるまで満たした。懸濁培養物をパラフィルムで密封し、２０℃、１５００～２０００ｒｐｍで４５分間遠心分離し、次に一晩インキュベートし、完全培地と交換した。培養密度（２．０×１０６細胞／ｍＬ）で、２～４日後、培地がピューロマイシンを０．５μｇ／ｍＬの最終濃度で含有する場合、選択的圧力を加えながら培地を交換した。ピューロマイシンとともにセレクチン下で細胞を３週間維持した。細胞集団を分割し、１ウェルを処理し、安定細胞株中で感染クローンを検証した。Ｑｉａｇｅｎ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｋｉｔを用いてＤＮＡを抽出し、ＮａｎｏＤｒｏｐを用いてＤＮＡ濃度を検証した。Ｑ５ Ｈｏｔ Ｓｔａｒｔ Ｈｉｇｈ Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ２Ｘ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を用いたＰＣＲにより、ＤＮＡを増幅した。臭化エチジウムを有する１％アガロースゲル上での電気泳動により、ＰＣＲ産物を精製した。正確な分子量のバンドをゲルから切断し、Ｗｉｚａｒｄ ＳＶ Ｇｅｌ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて精製した。ＮａｎｏＤｒｏｐを用いてＤＮＡ濃度を検証し、１０ｎＭの精製されたＤＮＡおよび１０μＭのプライマーを配列決定し、ＭＥＴ突然変異体クローンの安定細胞株を確認した（Ｅｔｏｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）。Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ ５．４を用いて配列を確認した。細胞の陰性対照群を、ポリブレンおよび構築物を有しないウイルスパッケージに感染させ、また細胞の陽性対照群を、ポリブレンおよび赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）ウイルスに感染させた。
ＩＬ－３依存性マウスのプロＢ細胞株Ｂａ／Ｆ３を、ウイルス構築物の突然変異体、ポリブレンを８μｇ／ｍＬの最終濃度で有する６ウェルプレートに、５．２×１０５細胞／ｍＬの密度で蒔き、完全培地（ＲＰＭＩ－１６４０（Ｇｉｂｃｏ）、１０％ＦＢＳ、１％Ｌ－グルタミン（Ｌ－ｇｌｕｔ）、ＩＬ－３の１ｎｇ／ｍＬ）で体積が２ｍＬになるまで満たした。懸濁培養物をパラフィルムで密封し、２０℃、１５００～２０００ｒｐｍで４５分間遠心分離し、次に一晩インキュベートし、完全培地と交換した。培養密度（２．０×１０６細胞／ｍＬ）で、２～４日後、培地がピューロマイシンを０．５μｇ／ｍＬの最終濃度で含有する場合、選択的圧力を加えながら培地を交換した。ピューロマイシンとともにセレクチン下で細胞を３週間維持した。細胞集団を分割し、１ウェルを処理し、安定細胞株中で感染クローンを検証した。Ｑｉａｇｅｎ Ｂｌｏｏｄ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｋｉｔを用いてＤＮＡを抽出し、ＮａｎｏＤｒｏｐを用いてＤＮＡ濃度を検証した。Ｑ５ Ｈｏｔ Ｓｔａｒｔ Ｈｉｇｈ Ｆｉｄｅｌｉｔｙ ２Ｘ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ ＢｉｏＬａｂｓ）を用いたＰＣＲにより、ＤＮＡを増幅した。臭化エチジウムを有する１％アガロースゲル上での電気泳動により、ＰＣＲ産物を精製した。正確な分子量のバンドをゲルから切断し、Ｗｉｚａｒｄ ＳＶ Ｇｅｌ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて精製した。ＮａｎｏＤｒｏｐを用いてＤＮＡ濃度を検証し、１０ｎＭの精製されたＤＮＡおよび１０μＭのプライマーを配列決定し、ＭＥＴ突然変異体クローンの安定細胞株を確認した（Ｅｔｏｎ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）。Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ ５．４を用いて配列を確認した。細胞の陰性対照群を、ポリブレンおよび構築物を有しないウイルスパッケージに感染させ、また細胞の陽性対照群を、ポリブレンおよび赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）ウイルスに感染させた。
【0201】
使用したＰＣＲプライマーは、ＭＥＴのセンス１４３０９０５１９およびアンチセンス１４３０９０５２０を含む。使用した配列決定プライマーは、Ｆ１ １４３０９０５２１、Ｆ２ １４３０９０５２２、Ｆ３ １４３０９０５２３、Ｒ１ １４３０９０５２４、Ｒ２ １４３０９０５２５、Ｒ３ １４３０９０５２６を含む。１１９５位、１０９２位および１０９４位での突然変異体構築物を確認するために用いるプライマーにおける配列を、下記および本明細書中の配列表に表す。
Ｍｅｔ配列決定プライマー：
Ｆ１ ＡＧＡＴＡＣＧＡＣＧＣＣＣＧＧＧＴＧＣ（配列番号３）
Ｆ２ ＡＧＡＡＡＡＴＣＣＡＣＴＧＣＧＣＣＧ（配列番号４）
Ｆ３ ＣＧＴＧＣＡＣＡＡＣＡＡＧＡＣＡＧＧ（配列番号５）
非コード鎖プライマー：
Ｒ１ ＴＣＴＧＧＴＣＡＴＣＡＧＣＴＣＣＣＡ（配列番号６）
Ｒ２ ＡＧＣＡＧＧＣＴＣＡＧＣＡＣＧＴＴＧＧ（配列番号７）
Ｒ３ ＡＡＣＴＧＧＴＣＣＴＣＧＧＧＧＡＡＧＧ（配列番号８）
Ｍｅｔ配列決定プライマー：
Ｆ１ ＡＧＡＴＡＣＧＡＣＧＣＣＣＧＧＧＴＧＣ（配列番号３）
Ｆ２ ＡＧＡＡＡＡＴＣＣＡＣＴＧＣＧＣＣＧ（配列番号４）
Ｆ３ ＣＧＴＧＣＡＣＡＡＣＡＡＧＡＣＡＧＧ（配列番号５）
非コード鎖プライマー：
Ｒ１ ＴＣＴＧＧＴＣＡＴＣＡＧＣＴＣＣＣＡ（配列番号６）
Ｒ２ ＡＧＣＡＧＧＣＴＣＡＧＣＡＣＧＴＴＧＧ（配列番号７）
Ｒ３ ＡＡＣＴＧＧＴＣＣＴＣＧＧＧＧＡＡＧＧ（配列番号８）
【0202】
１１９５突然変異体構築物において、Ｆ２およびＲ３プライマーを用いた。１０９２突然変異体において、構築物Ｆ１およびＲ２プライマーを用いた。１０９４突然変異体構築物において、Ｆ１およびＲ２プライマーを用いた。
【0203】
細胞形質転換アッセイ
細胞を完全培地（＋ＩＬ－３、Ｂａ／Ｆ３依存性増殖因子）、ＩＬ－３を含まない培地（－ＩＬ－３）、およびＩＬ－３を含まないがＭＥＴに対するリガンドＨＧＦを含む培地（－ＩＬ－３／＋ＨＧＦ）で処理した。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて生存度を測定し、Ｃｅｌｌｏｍｅｔｅｒ（Ｎｅｘｃｅｌｏｍ）を用いて２１日の生細胞数を取得した。親Ｂａ／Ｆ３細胞株を陰性対照としてアッセイした。すべてのＭＥＴ安定株を、６ウェルフォーマットで二通りにアッセイした。つまり、細胞を１．０×１０６細胞／ｍｌで蒔き、３つの条件：＋ＩＬ－３（１０ｎｇ／ｍＬ）、－ＩＬ－３、－ＩＬ－３／＋ＨＧＦ（１００ｎｇ／ｍＬ）のいずれか１つの指定条件下で培養した。０日目および３日目にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）試薬を血清添加培地中で培養した細胞に直接的に添加し、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）試薬対細胞の体積比を１：１にし、室温で２０分間振盪し、１００μｌを白色不透明の底板に移し、照度計（Ｔｃａｎ）を用いて記録する。二通りの読み取り値を各実験において平均化する（ｎ＝３）。
細胞を完全培地（＋ＩＬ－３、Ｂａ／Ｆ３依存性増殖因子）、ＩＬ－３を含まない培地（－ＩＬ－３）、およびＩＬ－３を含まないがＭＥＴに対するリガンドＨＧＦを含む培地（－ＩＬ－３／＋ＨＧＦ）で処理した。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を用いて生存度を測定し、Ｃｅｌｌｏｍｅｔｅｒ（Ｎｅｘｃｅｌｏｍ）を用いて２１日の生細胞数を取得した。親Ｂａ／Ｆ３細胞株を陰性対照としてアッセイした。すべてのＭＥＴ安定株を、６ウェルフォーマットで二通りにアッセイした。つまり、細胞を１．０×１０６細胞／ｍｌで蒔き、３つの条件：＋ＩＬ－３（１０ｎｇ／ｍＬ）、－ＩＬ－３、－ＩＬ－３／＋ＨＧＦ（１００ｎｇ／ｍＬ）のいずれか１つの指定条件下で培養した。０日目および３日目にＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）試薬を血清添加培地中で培養した細胞に直接的に添加し、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）試薬対細胞の体積比を１：１にし、室温で２０分間振盪し、１００μｌを白色不透明の底板に移し、照度計（Ｔｃａｎ）を用いて記録する。二通りの読み取り値を各実験において平均化する（ｎ＝３）。
【0204】
腫瘍の中央組織診断
アーカイブ腫瘍検体の１つの５μＭ厚切片を、Ｈ＆Ｅ染色および中央病理診断レビュー（Ｌａｂｃｏｒｐ）に用いた。病理学者２名が染色切片を読み取り、ＰＲＣＣ診断を確認し、組織学的サブタイプ（１型または２型）を割り当てた。１名の病理学者が彼らの分析に確信をもてない場合、ＰＲＣＣ病理の専門知識を有する外部からの第３の病理学者が症例を読み取る（Ｂｒｉｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｏｍａｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ）。
アーカイブ腫瘍検体の１つの５μＭ厚切片を、Ｈ＆Ｅ染色および中央病理診断レビュー（Ｌａｂｃｏｒｐ）に用いた。病理学者２名が染色切片を読み取り、ＰＲＣＣ診断を確認し、組織学的サブタイプ（１型または２型）を割り当てた。１名の病理学者が彼らの分析に確信をもてない場合、ＰＲＣＣ病理の専門知識を有する外部からの第３の病理学者が症例を読み取る（Ｂｒｉｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｏｍａｎ’ｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ）。
【0205】
腫瘍配列決定
方法および材料は、その他でも記載されている（Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０１３）。つまり、４００の遺伝子パネル（バージョンＴ７）の目標とするＮＧＳが、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｉｎｃ．ＣＬＩＡ研究室におけるＤＮＡの調製およびライブラリーの構築の後に実施された。ＦＭＩパイプラインに由来する変異体を要求するため、専用分析を用いる。生の配列決定ＢＡＭファイルがＡＺバイオインフォマティクスパイプラインにより再分析され、ＦＭＩにより報告された知見を確認する。
方法および材料は、その他でも記載されている（Ｆｒａｍｐｔｏｎ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０１３）。つまり、４００の遺伝子パネル（バージョンＴ７）の目標とするＮＧＳが、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｉｎｃ．ＣＬＩＡ研究室におけるＤＮＡの調製およびライブラリーの構築の後に実施された。ＦＭＩパイプラインに由来する変異体を要求するため、専用分析を用いる。生の配列決定ＢＡＭファイルがＡＺバイオインフォマティクスパイプラインにより再分析され、ＦＭＩにより報告された知見を確認する。
【0206】
サボリチニブ臨床試験
ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体におけるＰＲＣＣ患者の腫瘍応答は、未治療であるかまたは過去に治療された、乳頭状腎細胞がん（ＰＲＣＣ）を有する患者におけるサボリチニブ（ＡＺＤ６０９４／ＨＭＰＬ－５０４）の有効性を評価するための非盲検単群多施設大規模第ＩＩ相試験の間に測定した（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０２１２７７１０；ウェブアドレス：ｈｔｔｐｓ：／／ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ／ｃｔ２／ｓｈｏｗ／ＮＣＴ０２１２７７１０）。熟練した臨床チームが結果を再現することを可能にするであろう主な試験および投与の詳細は、次の通りである。
ＭＥＴ Ｌ１１９５Ｆ突然変異体におけるＰＲＣＣ患者の腫瘍応答は、未治療であるかまたは過去に治療された、乳頭状腎細胞がん（ＰＲＣＣ）を有する患者におけるサボリチニブ（ＡＺＤ６０９４／ＨＭＰＬ－５０４）の有効性を評価するための非盲検単群多施設大規模第ＩＩ相試験の間に測定した（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ：ＮＣＴ０２１２７７１０；ウェブアドレス：ｈｔｔｐｓ：／／ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ／ｃｔ２／ｓｈｏｗ／ＮＣＴ０２１２７７１０）。熟練した臨床チームが結果を再現することを可能にするであろう主な試験および投与の詳細は、次の通りである。
【0207】
主要評価項目測定基準：ＰＲＣＣを有する患者および治験責任医師による評価としてのＭＥＴ陽性患者のサブグループにおけるＡＺＤ６０９４の抗腫瘍を評価する（奏効率の評価）。奏効率は、少なくとも４週後に確認される少なくとも１回の訪問での完全または部分寛解の応答を有する被験者の数（％）と定義される。
【0208】
二次評価項目測定基準：ＰＦＳ、標的病変腫瘍サイズにおけるベースラインからの変化、ＰＲＣＣを有する患者およびＭＥＴ陽性患者のサブグループにおけるＤｏＲおよびＯＳ。進行のない生存は、無作為化から、被験者が進行前に無作為化治療から脱落するかまたは別の抗がん治療を受けるかに関わらない、客観的疾患進行または死亡（進行の不在下での任意の原因による）の日までの期間と定義される。
【0209】
ＡＺＤ６０９４の安全性および耐容性を評価する。安全性特性は、全患者について収集されることになるＡＥおよび検査値、バイタルサインおよびＥＣＧの観点で評価されることになる。
【0210】
ＡＺＤ６０９４ならびに主要な生成物Ｍ２およびＭ３のＡＵＣ、ＡＵＣ（０～２４）、ＡＵＣ（０～ｔ）、ＡＵＣｓｓ、Ｃｍａｘ、Ｃｓｓ最大、およびＣｓｓ最小（時間枠：サイクル１，８および１５日目、サイクル２，１日目、サイクル３，１日目、およびサイクル４，１日目）についてのＰＫ。経口投与時、複数回投与後の定常状態に至る、投与後のＡＺＤ６０９４ならびに主要な代謝産物Ｍ２およびＭ３のＰＫを特徴づける。
【0211】
標的病変腫瘍サイズにおけるベースラインからの変化を評価する。標的病変における変化は、１２週目の腫瘍サイズにおけるベースラインからの百分率変化である。これは、ベースライン時および１２週目に考慮されるＲＥＣＩＳＴ標的病変尺度に基づく。標的病変は、測定可能な腫瘍病変である。
【0212】
ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従い、応答の持続期間を評価する。応答の持続期間は、最初に記録された応答の日から記録された進行または任意の原因による死亡の日までの期間と定義される。被験者が応答後に進行しない場合の症例では、応答の持続期間は、ＰＦＳ打ち切り期間と同じになる。
【0213】
ＲＥＣＩＳＴ ｖ１．１に従い、全生存の持続期間を評価する。全生存（ＯＳ）－全生存は、無作為化の日から任意の原因による死亡までの期間と定義される。
【0214】
実験：６００ｍｇのＡＺＤ６０９４を毎日継続する。試験にエントリする全患者は、６００ｍｇのＡＺＤ６０９４を毎日経口摂取する。治療薬は継続的に投与される。薬剤：ＡＺＤ６０９４・ＡＺＤ６０９４は、強力かつ選択的な小分子ｃ－Ｍｅｔキナーゼ阻害剤である。別名：ＨＭＰＬ－５０４。
【0215】
詳細な説明：これは、未治療であるかまたは先行治療を受けているＰＲＣＣを有する患者におけるＡＺＤ６０９４の有効性および安全性を評価するように設計された非盲検単群多施設第規模第ＩＩ相試験である。
【0216】
登録全患者のＰＲＣＣの診断を確認するため、腫瘍試料の独立した中央病理診断レビューが用いられる。しかし、ＰＲＣＣを確認する局所的に利用可能な病理学的結果により、タイムリーな試験登録が可能になる。
【0217】
試験に登録する全患者は、６００ｍｇのＡＺＤ６０９４を毎日経口摂取する。治療薬は継続的に投与される。
【0218】
適格性：試験に適格な年齢：１８歳～９９歳（成人、シニア）；試験に適格な性別：両性；健常ボランティアの受け入れ：なし。
【0219】
組み入れ基準：任意の試験に特異的な手順、サンプリングおよび分析に先立つインフォームドコンセントの提供。
【0220】
限局進行性または転移性の乳頭状腎細胞がんを組織学的に確認。
【0221】
中央検査室および他のバイオマーカーによるＰＲＣＣの確認のためのアーカイブ腫瘍試料または新しい前処理腫瘍試料の利用可能性。
【0222】
ＰＲＣＣについて未治療であるかまたは先行治療が奏功していない。先行治療は、標的化治療（すなわち、スニチニブ、ソラフェニブ、ベバシズマブ、パゾパニブ、テムシロリムス、およびエベロリムス）、伝統的免疫療法（すなわち、インターフェロン－ａ、インターロイキン－２）、化学療法または化学免疫療法の組み合わせを含んでもよい。
【0223】
０または１のＥＣＯＧ活動状態。
【0224】
少なくとも１つの病変が、過去に放射線治療されておらず、ベースライン時に正確に測定可能であり、正確な反復測定に適するようなスクリーニング期間中に実施される場合、生検用に選択されない。
【0225】
適切な血液学的機能は次のように定義される。
（ＡＮＣ）≧１５００／μＬ
（Ｈｇｂ）≧９ｇ／ｄＬ
血小板≧１００，０００／μＬ
（ＡＮＣ）≧１５００／μＬ
（Ｈｇｂ）≧９ｇ／ｄＬ
血小板≧１００，０００／μＬ
【0226】
適切な肝機能は次のように定義される。
ＡＬＴおよびＡＳＴ≦２．５×ＵＬＮ
総ビリルビン≦１．５×ＵＬＮ
ＡＬＴおよびＡＳＴ≦２．５×ＵＬＮ
総ビリルビン≦１．５×ＵＬＮ
【0227】
適切な腎機能は、ＧＦＲ≧４０ｍＬ／分と定義される。
【0228】
適切な凝固パラメータは、国際標準比（ＩＮＲ）＜１．５×ＵＬＮまたはａＰＴＴ＜１．５×ＵＬＮと定義される。
【0229】
既知の腫瘍血栓または深部静脈血栓症を有する患者は、≧４週にわたり低分子量ヘパリンが安定である場合、適格である。
【0230】
適切な避妊法を用いる必要がある女性は、母乳栄養すべきでない、妊娠可能性がある場合、投与開始前に妊娠検査陰性を有する必要がある、または妊娠可能性がない証拠を有する必要がある。
【0231】
男性患者は、バリアー避妊法、すなわちコンドームを自発的に用いる必要がある。
【0232】
経口薬を嚥下および保持する能力。
【0233】
予測される平均余命≧１２週。
【0234】
少なくとも１８歳の年齢。
【0235】
試験およびフォローアップ手順に従うような自発性および能力。
【0236】
この試験の性質を理解し、書面でのインフォームドコンセントを行う能力。
【0237】
除外基準：大部分の最近の化学療法薬、免疫療法薬、化学免疫療法薬、または治験薬は、試験治療薬の初回投与の２１日以内。大部分の最近の標的化治療薬は、試験治療薬の初回投与の１４日以内。
【0238】
脱毛症を別として、試験治療の開始時、任意の先行治療からのＣＴＣＡＥグレード２以上の毒性から回復していない。
【0239】
ｃ－Ｍｅｔ阻害剤での先行または現行治療。
【0240】
ＣＹＰ３Ａ４の強力な誘導因子または阻害剤、ＣＹＰ１Ａ２の強力な阻害剤、または試験治療薬の初回投与前２週（セイヨウオトギリ（Ｓｔ．Ｊｏｈｎ’ｓ Ｗｏｒｔ）に対しては３週）以内の狭い治療域を有するＣＹＰ３Ａ４基質。
【0241】
広視野放射線療法（ストロンチウム－８９などの治療用放射性同位元素を含む）が試験薬の開始前の２８日以内、または寛解用の限定領域放射線が７日以内に施され、かかる治療の副作用から回復していない。
【0242】
大外科手術が試験薬開始の２８日以内または小外科手術が７日以内。ｐｏｒｔ－ａ－ｃａｔｈ留置後の待ち時間は必要なし。
【0243】
先行的に未治療の脳転移。
【0244】
疾患に起因する現在の軟膜・髄膜転移または脊髄圧迫。
【0245】
急性または慢性の肝または膵疾患。
【0246】
制御されない糖尿病。
【0247】
経口治療薬の吸収、分布、代謝、または排泄と有意に干渉することになる胃腸疾患または他の状態。
【0248】
現在または直近６か月以内に以下の心疾患のいずれかを有する。
不安定狭心症。
うっ血性心不全（ＮＹＨＡ≧グレード２）。
急性心筋梗塞。
脳卒中または一過性脳虚血発作。
不安定狭心症。
うっ血性心不全（ＮＹＨＡ≧グレード２）。
急性心筋梗塞。
脳卒中または一過性脳虚血発作。
【0249】
不適切に制御された高血圧症（すなわち、ＳＢＰ＞１６０ｍｍＨｇまたはＤＢＰ＞１００ｍｍＨｇ）（これらのレベルを超える値を有する患者は、治療開始前に薬物療法を用いて彼らの血圧が調節される必要がある）。
【0250】
平均安静時補正ＱＴ間隔（ＱＴｃ）＞４７０ミリ秒が３通りのＥＣＧから得られる。
【0251】
安静時ＥＣＧのリズム、伝導または形態における任意の臨床的に重要な異常、例えば、完全な左脚ブロック、第３度心ブロック、第２度心ブロック、ＰＲ間隔＞２５０ミリ秒。
【0252】
ＱＴｃ延長のリスクまたは不整脈事象のリスクを高める任意の要素、例えば、心不全、低カリウム血症、先天性もしくは家族性ＱＴ延長症候群または未解明の４０歳以下の突然死の家族歴またはＱＴ間隔を延長することで知られる任意の併用薬。
【0253】
治療量のワルファリンナトリウムを用いた治療を現在受けている。低分子量ヘパリンが許容される。
【0254】
治療時に重篤な活動性感染、または患者がプロトコル治療を受ける能力を損なわせるだろう別の重篤な基礎医学的状態。
【0255】
ヒト免疫不全ウイルス（ｈｕｍａｎ ｉｍｍｕｎｏｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｖｉｒｕｓ）（ＨＩＶ）、Ｂ型肝炎、またはＣ型肝炎の既知の診断。
【0256】
他の活動性がんの存在、または５年以内の浸潤がんに対する治療歴。以前に少なくとも３年の根治的局所療法を受けており、再発する可能性が低いと考えられるステージＩのがんを有する患者が適格である。以前に治療された上皮内がん（すなわち非浸潤性）を有するすべての患者が、非メラノーマ皮膚がんの病歴を有する患者であるとして適格である。
【0257】
プロトコルへのコンプライアンスを許容しない心理学的、家族性、社会学的、または地理的条件。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【配列表】