特許 7101358 肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キット

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B1)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2022-07-07

(45)【発行日】2022-07-15

(54)【発明の名称】肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キット

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6883 20180101AFI20220708BHJP

   C12Q 1/6827 20180101ALI20220708BHJP

   C12N 15/12 20060101ALI20220708BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6883 Z ZNA

C12Q1/6827 Z

C12N15/12

【請求項の数】 18

(21)【出願番号】P 2021203758

(22)【出願日】2021-12-15

【審査請求日】2021-12-15

(31)【優先権主張番号】P 2021102761

(32)【優先日】2021-06-21

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

【国等の委託研究の成果に係る記載事項】（出願人による申告）令和２年度、国立研究開発法人科学技術振興機構 研究成果展開事業 センター・オブ・イノベーションプログラム『真の社会イノベーションを実現する革新的「健やか力」創造拠点』委託研究開発、産業技術力強化法第１７条の適用を受ける特許出願

【早期審査対象出願】

(73)【特許権者】

【識別番号】306018376

【氏名又は名称】クラシエホールディングス株式会社

(73)【特許権者】

【識別番号】504229284

【氏名又は名称】国立大学法人弘前大学

(74)【代理人】

【識別番号】100161207

【弁理士】

【氏名又は名称】西澤 和純

(74)【代理人】

【識別番号】100161506

【弁理士】

【氏名又は名称】川渕 健一

(74)【代理人】

【識別番号】100139686

【弁理士】

【氏名又は名称】鈴木 史朗

(74)【代理人】

【識別番号】100190355

【弁理士】

【氏名又は名称】田中 紀央

(72)【発明者】

【氏名】与茂田 敏

(72)【発明者】

【氏名】稲益 悟志

(72)【発明者】

【氏名】中路 重之

【審査官】鈴木 崇之

(56)【参考文献】

【文献】特開２０１７－１７６１８６（ＪＰ，Ａ）

【文献】特開２０２０－１２０６２５（ＪＰ，Ａ）

【文献】特開２０１６－１７８８９８（ＪＰ，Ａ）

【文献】国際公開第２０１９／００８１３７（ＷＯ，Ａ１）

【文献】国際公開第２０１３／１５０００２（ＷＯ，Ａ１）

【文献】Journal of Investigative Dermatology，2020年10月15日，Vol. 141, No. 5，pp. 1254-1263

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｑ １／６８－１／６８９７

Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出することを含む、肝線維化の発症リスクの検出方法であって、前記一塩基多型が、ｒ ｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型である、肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項2】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項3】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項4】

前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項5】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出することを含む、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項6】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項7】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項１に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項8】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項７に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項9】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型をした場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項７に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項10】

前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項７に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項11】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項７に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項12】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝線維化の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、請求項７に記載の肝線維化の発症リスクの検出方法。

【請求項13】

被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出する核酸を含む、肝線維化の発症リスク検出用キットであって、前記一塩基多型が、ｒ ｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型である、肝線維化の発症リスク検出用キット。

【請求項14】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、請求項１３に記載の肝線維化の発症リスク検出用キット。

【請求項15】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、請求項１３に記載の肝線維化の発症リスク検出用キット。

【請求項16】

前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、請求項１３に記載の肝線維化の発症リスク検出用キット。

【請求項17】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、請求項１３に記載の肝線維化の発症リスク検出用キット。

【請求項18】

前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、請求項１３に記載の肝線維化の発症リスク検出用キット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キットに関する。

【背景技術】

【0002】

肝臓疾患において、肝線維化は、肝炎ウイルスの持続感染やアルコールの過剰摂取、非アルコール性脂肪性肝疾患（ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ＮＡＦＬＤ）や非アルコール性脂肪肝炎（Ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ：ＮＡＳＨ）の他にも、自己免疫学的機序、肝内胆汁うっ滞、薬剤性、金属代謝異常、うっ血肝など、様々な原因により引き起こされる共通の病態である。肝線維化の進展に伴って、肝組織中にはコラーゲンをはじめとする細胞外マトリックスが過剰に沈着し、その終末像である肝硬変では肝細胞機能不全や門脈圧亢進症が進行する。さらに、肝硬変が進行すると、肝細胞癌の発症リスクが高まる。
肝線維化の進展が予後や発癌に寄与することから、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックスや、IV型コラーゲン７Ｓなどの血清マーカー、トランジエントエラストログラフィーによるフィブロスキャン検査などによって高度肝線維化を検出することが行なわれている。

【0003】

また、肝線維化には、食生活、運動習慣などの環境要因の他に、患者本人の遺伝的要因が関与すると考えられており、これまでにも肝線維化に関連のある遺伝子多型、特に一塩基多型（ＳＮＰ）が報告されている。例えば、肝線維化に寄与する遺伝子多型としては、papain-like phospholipase domain containing 3 protein（ＰＮＰＬＡ３）、Transmembrane 6 superfamily member 2（ＴＭ６ＳＦ２）などのタンパク質の遺伝子多型が報告されている。しかし、日本人においてＰＮＰＬＡ３のＧアレルが肝細胞癌のリスクとなるが、ＴＭ６ＳＦ２の遺伝子多型は有意差が検出されていないことも報告されている（非特許文献１）。
このように、人種によりＳＮＰの頻度は異なることもあり、日本において遺伝子多型の検出を利用した肝線維化の診断技術は確立していない。

【0004】

リポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（lipoprotein receptor-related protein 2 binding protein、以下、ＬＲＰ２ＢＰとも称する）は動脈硬化や全身性硬化症に関与するタンパク質であることや低酸素応答タンパク質であることが知られている（非特許文献２、３）。しかしながら、ＬＲＰ２ＢＰの遺伝子多型と肝臓疾患との関係については知られていない。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0005】

【文献】明日の臨床．2019 31(1):1-12

【文献】Immunol Cell Biol. 2018 Feb; 96(2):175-189.

【文献】J Invest Dermatol. 2021 May;141(5):1254-1263.

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

本発明は、肝線維化等の肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キットを提供することを目的とする。

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明者らは、ヒトＬＲＰ２ＢＰ遺伝子上の遺伝子多型を検出することによって、肝臓疾患の発症リスクを検出することができることを見出した。

【0008】

すなわち、本発明は、以下の態様を含む。
［１］ 被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出することを含む、肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［２］ 前記一塩基多型が１以上である、［１］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［３］ 前記一塩基多型が、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０及びｒｓ７６６４５７３からなる群から選択される少なくとも１種で特定される一塩基多型である、［１］又は［２］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［４］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型を検出することを含む、［３］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［５］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［６］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［７］ 前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［８］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出することを含む、［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［９］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出することを含む、［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１０］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［３］又は［４］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１１］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［１０］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１２］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型をした場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［１０］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１３］ 前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［１０］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１４］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［１０］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１５］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出した場合に、前記被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することを特徴とする、［１０］に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１６］ 前記肝臓疾患が肝線維化である、［１］～［１５］のいずれか一項に記載の肝臓疾患の発症リスクの検出方法。
［１７］ 被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出する核酸を含む、肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［１８］ 前記一塩基多型が１以上である、［１７］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［１９］ 前記一塩基多型が、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０及びｒｓ７６６４５７３からなる群から選択される少なくとも１種で特定される一塩基多型である、［１７］又は［１８］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２０］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される一塩基多型の遺伝子型がＣＣ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型からなる群から選択される少なくとも１種の一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２１］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２２］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２３］ 前記ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２４］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２５］ 前記ｒｓ１０４８３２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される一塩基多型の遺伝子型がＡＡ型である一塩基多型、ｒｓ３７９７０２９で特定される一塩基多型の遺伝子型がＧＧ型である一塩基多型、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定される一塩基多型の遺伝子型がＴＴ型である一塩基多型を検出する核酸を含む、［１９］に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
［２６］ 前記肝臓疾患が肝線維化である、［１７］～［２５］のいずれか一項に記載の肝臓疾患の発症リスク検出用キット。

【発明の効果】

【0009】

肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キットが提供される。

【発明を実施するための形態】

【0010】

本明細書において、「ｒｓ１０４８３２９」、「ｒｓ１１７３２０４３８」、「ｒｓ１１９４４５７５」、「ｒｓ３７９７０２９」、「ｒｓ５８２９７０１０」、「ｒｓ７２７１２０１０」及び「ｒｓ７６６４５７３」における「ｒｓ」は、アメリカ国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）のＳＮＰデータベースにおけるｒｓ番号（Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ ＳＮＰ ＩＤ ｎｕｍｂｅｒ）を示す。

【0011】

本明細書において、「一塩基多型（ＳＮＰ）を検出する」とは、当該ＳＮＰが、Ａ（アデニン）であるか、Ｇ（グアニン）であるか、Ｃ（シトシン）であるか、Ｔ（チミン）であるかを検出することを意味する。

【0012】

本明細書において、「アレル」とは、配偶子（精子又は卵子）を通してそれぞれ１セットずつ受け継いだ、合計２セットのゲノム配列を意味する。ヒトは、同一の遺伝子及び同一のゲノム領域上において、父親又は母親からそれぞれ受け継いだ合計２セットの配列（すなわち、アレル）をもつ。父も母も同じ配列を有する場合には「ホモ」と表現されることがあり、互いに異なる配列を有する場合には「ヘテロ」と表現されることがある。

【0013】

本明細書において、特定のゲノム領域においてＡ（アデニン）がアレルとして検出される場合、「アレルＡ」と記載する。同様に、Ｔ（チミン）がアレルとして検出される場合、「アレルＴ」と記載し、Ｇ（グアニン）がアレルとして検出される場合、「アレルＧ」と記載し、Ｃ（シトシン）がアレルとして検出される場合、「アレルＣ」と記載する。

【0014】

本明細書において、遺伝子型（ジェノタイプ）とは、父親又は母親からそれぞれ受け継いだ合計２セットのアレルであって、例えば、父親と母親の一方が「アレルＡ」を有し、他方が「アレルＧ」を有する場合は、「ＡＧ型」と記載し、父親と母親が両方とも「アレルＧ」を有する場合は「ＧＧ型」と記載し、父親と母親が両方とも「アレルＡ」を有する場合は「ＡＡ型」と記載する。

【0015】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰは、Ａ（アデニン）／Ｇ（グアニン）の多型であり、「アレルＡ」と「アレルＧ」が存在する。ｒｓ１０４８３２９のアレルＧの塩基配列は、GACACTCATCGGACGAATCCA（配列番号１）であり、配列番号１の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ１０４８３２９に相当する。すなわち、アレルＡの場合は、配列番号１の塩基配列の１１番目の塩基がＡである。従って、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＡＡ型」と「ＡＧ型」と「ＧＧ型」とが存在する。

【0016】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰは、Ａ（アデニン）／Ｃ（シトシン）の多型であり、「アレルＡ」と「アレルＣ」が存在する。ｒｓ１１７３２０４３８のアレルＣの塩基配列は、CTAACAAACACCGTCTTCCAT（配列番号２）であり、配列番号２の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ１１７３２０４３８に相当する。すなわち、アレルＡの場合は、配列番号２の塩基配列の１１番目の塩基がＡである。従って、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＡＡ型」と「ＡＣ型」と「ＣＣ型」とが存在する。

【0017】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰは、Ａ（アデニン）／Ｇ（グアニン）の多型であり、「アレルＡ」と「アレルＧ」が存在する。ｒｓ１１９４４５７５のアレルＧの塩基配列は、TCTTTACAAGGGCATACTGGC（配列番号３）であり、配列番号３の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ１１９４４５７５に相当する。すなわち、アレルＡの場合は、配列番号３の塩基配列の１１番目の塩基がＡである。従って、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＡＡ型」と「ＧＡ型」と「ＧＧ型」とが存在する。

【0018】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰは、Ａ（アデニン）／Ｇ（グアニン）の多型であり、「アレルＡ」と「アレルＧ」が存在する。ｒｓ３７９７０２９のアレルＧの塩基配列は、ATATTCATCTGTTCATGCTTA（配列番号４）であり、配列番号４の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ３７９７０２９に相当する。すなわち、アレルＡの場合は、配列番号４の塩基配列の１１番目の塩基がＡである。従って、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＡＡ型」と「ＡＧ型」と「ＧＧ型」とが存在する。

【0019】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰは、Ａ（アデニン）／Ｇ（グアニン）の多型であり、「アレルＡ」と「アレルＧ」が存在する。ｒｓ５８２９７０１０のアレルＧの塩基配列は、CGGCAGGCCCGAGGCTGCCAT（配列番号５）であり、配列番号５の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ５８２９７０１０に相当する。すなわち、アレルＡの場合は、配列番号５の塩基配列の１１番目の塩基がＡである。従って、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＡＡ型」と「ＡＧ型」と「ＧＧ型」とが存在する。

【0020】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰは、Ｃ（シトシン）／Ｔ（チミン）の多型であり、「アレルＣ」と「アレルＴ」が存在する。ｒｓ７２７１２０１０のアレルＴの塩基配列は、CTGTCTTCGATATGTATATTT（配列番号６）であり、配列番号６の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ５８２９７０１０に相当する。すなわち、アレルＣの場合は、配列番号６の塩基配列の１１番目の塩基がＣである。従って、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＴＴ型」と「ＣＴ型」と「ＣＣ型」とが存在する。

【0021】

ＬＲＰ２ＢＰのＳＮＰであるｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰは、Ｇ（グアニン）／Ｔ（チミン）の多型であり、「アレルＧ」と「アレルＴ」が存在する。ｒｓ７６６４５７３のアレルＴの塩基配列は、ATGTCAACAATTTGGGATATA（配列番号７）であり、配列番号７の塩基配列において、１１番目の塩基がｒｓ７６６４５７３に相当する。すなわち、アレルＧの場合は、配列番号７の塩基配列の１１番目の塩基がＧである。従って、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型は、「ＧＧ型」と「ＧＴ型」と「ＴＴ型」とが存在する。

【0022】

＜肝臓疾患の発症リスクの検出方法＞
本発明に係る肝臓疾患の発症リスクの検出方法は、被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子におけるＳＮＰを検出すること含む。

【0023】

ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰとしては、特に制限はないが、例えば、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０、ｒｓ７６６４５７３等が挙げられる。ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰは、１種類であっても、２種類以上の組み合わせであってもよい。

【0024】

後述する実施例から明らかなように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である被験者は、ＡＡ型又はＡＧ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0025】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＡＡ型であるか、ＡＧ型であるか、ＧＧ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＡＡ型又はＡＧ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＧＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0026】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である被験者は、ＡＡ型又はＡＣ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＣ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0027】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＡＡ型であるか、ＡＣ型であるか、ＣＣ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＡＣ型又はＡＡ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＣＣ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0028】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である被験者は、ＧＡ型又はＧＧ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0029】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＡＡ型であるか、ＧＡ型であるか、ＧＧ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＧＡ型又はＧＧ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＡＡ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0030】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である被験者は、ＡＡ型又はＡＧ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0031】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＡＡ型であるか、ＡＧ型であるか、ＧＧ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＡＡ型又はＡＧ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＧＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0032】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である被験者は、ＡＡ型又はＡＧ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0033】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＡＡ型であるか、ＡＧ型であるか、ＧＧ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＡＡ型又はＡＧ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＧＧ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0034】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である被験者は、ＣＣ型又はＣＴ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型又はＣＴ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0035】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＣＣ型であるか、ＣＴ型であるか、ＴＴ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＣＣ型又はＣＴ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＴＴ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0036】

また、後述する実施例から明らかなように、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である被験者は、ＧＧ型又はＧＴ型である被験者と比較して、肝臓疾患の発症リスクが統計学的に有意に高いことが確認された。つまり、被験者のｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型又はＧＴ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0037】

例えば、被験者由来の核酸に対して、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＧＧ型であるか、ＧＴ型であるか、ＴＴ型であるかを検出し、得られた検出結果において、ＧＧ型又はＧＴ型である場合には、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価でき、ＴＴ型であった場合には、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価できる。

【0038】

本発明の肝臓疾患の発症リスク検出方法において、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰは組み合わせてもよい。２以上のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰを組み合わせることにより、肝臓疾患の発症リスクの検出の精度を向上させることができる。

【0039】

ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰの組み合わせとしては、例えば、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ等が挙げられる。

【0040】

本発明の肝臓疾患の発症リスクの検出方法において、肝臓疾患としては、特に制限はなく、肝線維化、脂肪肝、肝炎、非アルコール性脂肪性肝疾患（ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ＮＡＦＬＤ）、非アルコール性脂肪肝炎（Ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ：ＮＡＳＨ）、代謝機能障害関連脂肪性肝疾患（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｄｙｓｆｕｎｃｔｉｏｎ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｆａｔｔｙ ｌｉｖｅｒ ｄｉｓｅａｓｅ：ＭＡＦＬＤ）、肝硬変、肝細胞癌等が挙げられるが、肝線維化であることが好ましい。

【0041】

検体としては、例えば、全血、血漿、血清、口腔粘膜、毛根、尿、髄液、唾液、羊水、尿、汗、膵液等が挙げられ、全血、血漿、血清、尿等が好ましい。

【0042】

本発明の肝臓疾患の発症リスクの検出方法において、肝臓疾患の発症リスクは、肝臓疾患の発症リスクとして公知の他の発症リスク指標により評価することができる。当該公知の肝臓疾患の発症リスク指標としては、肝臓のＦＩＢ－４インデックス（ＦＩＢ－４ ｉｎｄｅｘ）、肝硬度、肝脂肪蓄積量等が挙げられる。

【0043】

ＦＩＢ－４インデックス（ＦＩＢ－４ Ｉｎｄｅｘ）は、肝線維化の進展度合いを評価する指標として用いられており、下記式（１）により求めることができる。

【0044】

【数1】

【0045】

上記式（１）で求められるＦＩＢ－４インデックス値が１．３より小さい場合は、肝線維化の可能性は低いと評価され、１．３～２．６７である場合は、肝線維化の可能性があると評価され、２．６７を超える場合は、肝硬変が疑われると評価されている。

【0046】

したがって、本発明の肝臓疾患の発症リスクの検出方法において、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型のうち、特定遺伝子型のＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上である場合は、肝臓疾患の発症リスクが高いと評価することができ、特定遺伝子型のＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い場合は、肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0047】

肝硬度とは、皮膚表面から肝臓に振動を伝え、その伝わる速さから肝臓の硬さを数値化したものであり、肝臓に線維化が起こり硬くなればなるほど、振動が早く伝わることから、肝硬度が高くなり、肝硬度を測定することにより肝線維化の度合を評価することができる。また、肝硬度は、肝線維化の評価だけでなく発癌の予測や門脈圧亢進症の程度の評価等にも用いることができる。

【0048】

肝脂肪蓄積量は、肝臓内を伝わり返ってくる超音波信号の減衰の度合から、肝臓の脂肪の度合を数値化したものであり、脂肪肝を評価することができる。肝硬度及び肝脂肪蓄積量は、トランジエントエラストログラフィー（Ｔｒａｎｓｉｅｎｔ Ｅｌａｓｔｏｇｒａｐｈｙ）によるフィブロスキャン検査により測定することができる。

【0049】

また、本発明において、肝臓疾患の発症リスクは、オッズ比又はリスク比の大小で評価することができる。例えば、オッズ比又はリスク比を比較し、その大小により肝臓疾患の発症リスクの大小を評価することができる。ここで、本発明におけるオッズ比とは、肝臓疾患患者群、又はＦＩＢ－４インデックス、肝硬度等の肝臓疾患の疾患指標が高い群における、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰの特定の遺伝子型の頻度と、その特定の遺伝子型以外の遺伝子型の頻度の比（疾患群オッズ）を、非患者群、又は前記肝臓疾患の疾患指標が低い群における、ＳＮＰの特定の遺伝子型の頻度と、その特定の遺伝子型以外の頻度の比（非疾患群オッズ）で除したものである。例えば、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０、又は、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの特定の遺伝子型のオッズ比が１より大きい場合には、当該遺伝子型は肝臓疾患患者又は肝臓疾患の疾患指標が高い群において高頻度に認められる遺伝子型であり、オッズ比が大きいほど当該遺伝子型を有する被験者の肝臓疾患の発症リスクは高い。一方、遺伝子型のオッズ比が１より小さい場合には、当該遺伝子型は肝臓疾患において高頻度に認められる遺伝子型の対立遺伝子型であり、オッズ比が小さいほど当該遺伝子型を有する被験者の肝臓疾患の発症リスクは低い。

【0050】

本発明におけるリスク比とは、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰの特定の遺伝子型が肝臓疾患を発症するリスクを、その特定の遺伝子型以外の遺伝子型が肝臓疾患を発症するリスクで除した比であって、オッズ比と同様に、遺伝子型リスク比が１よりも大きい場合には、当該遺伝子型は肝臓疾患を発症するリスクが高く、リスク比が大きい程、当該遺伝子型は肝臓疾患を発症するリスクが高い。一方、遺伝子型のリスク比が１より小さい場合には、当該遺伝子は肝臓疾患を発症するリスクが低く、リスク比が小さい程、当該遺伝子は肝臓疾患を発症するリスクは低い。

【0051】

また、本発明の肝臓疾患の発症リスクの検出方法において、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰの検出に加えて、他の臨床因子に基づいて、肝臓疾患の発症リスクを検出してもよい。当該臨床因子としては、ＦＩＢ－４インデックス、肝硬度、肝脂肪蓄積量、低密度リポタンパク質、年齢、性別、ＢＭＩ、血小板数、アポＢ／Ａ１、ヒアルロン酸、Ｍ２ＢＰＧｉ（Ｍａｃ２結合蛋白糖鎖修飾異性体）、ＬＤＨ（乳酸脱水素酵素）、フィッシャー比等が挙げられる。

【0052】

具体的には、多変量解析等の統計的手法によって、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰのデータと臨床因子のデータとを組み合わせて、臨床因子を含めた多変量解析をすることで、さらに優れた精度で肝臓疾患の発症リスクを検出することができる。

【0053】

本発明の肝臓疾患の発症リスクの検出方法は、通常使用される一塩基多型の検出方法であれば特に限定されない。肝臓疾患の発症リスクの検出方法としては、例えば、アレルに特異的なプライマー及びプローブ等を使用し、ＰＣＲ法による増幅及びＰＣＲによる増幅産物の多型を発光によって検出する方法等が使用できる。
検出方法は一種を単独で使用してもよく、複数を併用してもよい。また、ＰＣＲ法等によりサンプルとなる核酸を予め増幅した後に、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰを検出してもよい。

【0054】

プライマー及びプローブとしては、検出方法に応じてＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド核酸等が選択される。例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ（Ｔｈｉｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ）を参考にして相補対の形成条件を適宜設定してもよい。
プライマー及びプローブとしては、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰを検出できるものであれば特に制限はなく、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰの塩基配列に基づき、適宜設計される。例えば、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０、又は、ｒｓ７６６４５７３の塩基配列に基づき、適宜設計される。

【0055】

＜肝臓疾患の発症リスクの検出用キット＞
本発明の肝臓疾患の発症リスク検出用キットは、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰを検出する核酸を含む。そのため、被験者から採取したサンプル中のゲノム領域上において、検体中のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰを含むゲノム領域と特異的に相補対を形成できる。したがって、例えば、＜肝臓疾患の発症リスクの検出方法＞の項で述べた検出方法により、一塩基多型を検出すれば、被験者が当該一塩基多型に対応するアレルを保有する遺伝型を検出できる。ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰとしては、ｒｓ１０４８３２９、ｒｓ１１７３２０４３８、ｒｓ１１９４４５７５、ｒｓ３７９７０２９、ｒｓ５８２９７０１０、ｒｓ７２７１２０１０、ｒｓ７６６４５７３等が挙げられる。被験者が当該一塩基多型に対応するアレルを保有する遺伝型であるＳＮＰ、例えば、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰからなる群から選択される少なくとも１種のＳＮＰが検出されれば、被験者の肝臓疾患の発症リスクは高いと評価することができる。

【0056】

具体的には、被験者のｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、ＡＡ型又はＡＧ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0057】

また、被験者のｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、ＡＡ型又はＡＣ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0058】

また、被験者のｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価し、被験者のｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型であったことが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0059】

また、被験者のｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、被験者のｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＧ型であったことが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0060】

また、被験者のｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、被験者のｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型又はＡＧ型であったことが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0061】

また、被験者のｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、被験者のｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型又はＣＴ型であったことが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0062】

また、被験者のｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが高いと評価でき、被験者のｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型又はＧＴ型であったことが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクが低いと評価することができる。

【0063】

本発明の肝臓疾患の発症リスク検出用キットにおいて、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰは組み合わせてもよい。２以上のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰを組み合わせることにより、肝臓疾患の発症リスクの検出の精度を向上させることができる。

【0064】

ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰの組み合わせとしては、例えば、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰの組み合わせ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であるＳＮＰ、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であるＳＮＰ、及び、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であるＳＮＰの組み合わせ等が挙げられる。

【0065】

例えば、被験者のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰにおいて、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であり、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクがより高いと評価することができる。

【0066】

また、被験者のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰにおいて、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクがより高いと評価することができる。

【0067】

また、被験者のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰにおいて、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であり、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクがより高いと評価することができる。

【0068】

また、被験者のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰにおいて、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であり、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクがより高いと評価することができる。

【0069】

また、被験者のＬＲＰ２ＢＰ遺伝子のＳＮＰにおいて、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型であり、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型であり、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型であることが検出されれば、当該被験者は肝臓疾患の発症リスクがより高いと評価することができる。

【0070】

本発明の肝臓疾患の発症リスク検出用キットに含まれる核酸としては、ＬＲＰ２ＢＰ遺伝子におけるＳＮＰを検出するためのプライマーやプローブ等の核酸が挙げられる。本発明の肝臓疾患の発症リスク検出用キットに含まれるプライマーやプローブ等の核酸は、肝臓疾患の発症リスクの検出用キットに、乾燥粉末として含まれていてもよく、水やＴｒｉｓバッファー等の適当な溶媒に溶解させた溶液として含まれていてもよく、基板に固定された状態で含まれていてもよい。

【0071】

また、本発明の肝臓疾患の発症リスク検出用キットには、被験者から採取された検体から核酸を抽出・精製するための試薬や器具等を含むことが好ましい。

【実施例】

【0072】

以下、実施例を示し、本発明を具体的に説明するが、本発明は下記実施例に限定されるものではない。

【0073】

以下の実施例においては、被験者の検体からＤＮＡを抽出し、匿名化を行った後で網羅的に一塩基多型を調べることができるジャポニカアレイ（登録商標）でＳＮＰ解析したデータベースを用いて解析を行った。

【0074】

［実施例１］
ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックス値又は血小板値との分散分析を行った。その結果を表１に示す。なお、以下の表において、血小板数の単位は、「万／μＬ」である。

【0075】

【表1】

【0076】

表１では、等分散性のＬｅｖｅｎｅ検定で等分散の場合はＴｕｋｅｙＨＳＤによる多重検定を行い、ｐ＜0.05を「*」、ｐ＜0.01を「**」とした。また、不等分散の場合にはＧａｍｅｓ－Ｈｏｗｅｌｌによる多重検定を行い、有意水準p<0.05を「+」とした。

【0077】

表１に示したように、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。
また、肝線維化を発症すると血小板が分解されるため、血小板数が減少するが、被験者の血小板数は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。この結果からも、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝臓疾患を発症するリスクがあると評価することができることが分かった。
次に年齢の影響を除くため、年齢を共変量とした共分散分析を行った。その結果を表２に示す。

【0078】

【表2】

【0079】

表２に示したように、年齢を共変量とした共分散分析においても、ＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。血小板数も、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して低値となる傾向が見られた。この結果から、被験者の年齢に関係なく、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0080】

［実施例２］
次に、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表３に示す。

【0081】

【表3】

【0082】

表３に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．４２３、リスク比が１．１２６となった。この結果からも、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0083】

［実施例３］
次に、２０１９年測定の男性被験者３４２人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者１１３人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４に示す。

【0084】

【表4】

【0085】

表４に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の男性被験者のオッズ比が２．３１０、リスク比が１．２７９となった。この結果から、男性被験者の方が、ｒｓ１０４８３２９の遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクがより高いことが分かった。

【0086】

［実施例４］
低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）が高値の被験者は、既に肝臓疾患を発症している可能性が高い。そこで、２０１９年測定の被験者から既に肝臓疾患を発症している可能性の高い被験者を除き、まだ、肝臓疾患を発症していない可能性が高い被験者６７１人において、ｒｓ１０４８３２９の遺伝子型の肝臓疾患の発症リスクに対する効果を調べるため、ＬＤＬが正常値の被験者６７１人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者についてクロス集計分析を行った。その結果を表５に示す。

【0087】

【表5】

【0088】

表５に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．５４２、リスク比が１．１６０となった。この結果から、ＬＤＬが正常値の被験者であっても、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である被験者は、肝線維化を発症するリスクが高いことが分かった。

【0089】

［実施例５］
次に、ＬＤＬが正常値の被験者６７１人のうち、ＬＤＬが正常値の男性被験者２７５人のなかで、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者についてクロス集計分析を行った。その結果を表６に示す。

【0090】

【表6】

【0091】

表６に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が２．８４７、リスク比が１．３９０となった。この結果から、ＬＤＬが正常値の被験者において、男性被験者の方が、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクがより高いことが分かった。

【0092】

［実施例６］
アポＢ／Ａ１が高値の被験者は、既に肝臓疾患を発症している可能性が高い。そこで、２０１９年測定の被験者から、既に肝臓疾患を発症している可能性の高い被験者を除き、まだ、肝臓疾患を発症していない可能性が高い被験者７８６人において、ｒｓ１０４８３２９の遺伝子型の肝臓疾患の発症リスクに対する効果を調べるため、アポＢ／Ａ１が正常値の被験者７８６人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者についてクロス集計分析を行った。その結果を表７に示す。

【0093】

【表7】

【0094】

表７に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．５２４、リスク比が１．１５４となった。この結果から、アポＢ／Ａ１が正常値の被験者であっても、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である被験者は、肝線維化を発症するリスクが高いことが分かった。

【0095】

［実施例７］
次に、アポＢ／Ａ１が正常値の被験者７８６人のうち、アポＢ／Ａ１が正常値の男性被験者３２０人のなかで、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者についてクロス集計分析を行った。その結果を表８に示す。

【0096】

【表8】

【0097】

表８に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が２．６１４、リスク比が１．３２６となった。この結果から、アポＢ／Ａ１が正常値の被験者において、男性被験者の方が、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクがより高いことが分かった。

【0098】

［実施例８］
次に、２０１８年測定の被験者のうち、ＢＭＩが１８．５未満の女性被験者５２人のなかで、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者についてクロス集計分析を行った。その結果を表９に示す。

【0099】

【表9】

【0100】

表９に示したように、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、有意差はなかったものの、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が３．０６９、リスク比が１．４８７となった。この結果から、ＢＭＩが１８．５未満の被験者において、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高くなる傾向があることが分かった。

【0101】

［実施例９］
２０１９年測定の被験者に対し、フィブロスキャンを用いた肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定し、８４４人のデータを得た。ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型と、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックスとの他、ＦＩＢ－４インデックス以外の肝線維化の評価指標である肝硬度又は脂肪肝の評価指標である脂肪蓄積量との関係を、ＢＭＩを共変量とした共分散分析を行った。その結果を表１０に示す。

【0102】

【表10】

【0103】

表１０に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、ＢＭＩの値に関係なく、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。しかしながら、肝硬度及び肝脂肪蓄積量については、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＡＧ型又はＡＡ型と比較して、高い傾向は認められるものの、有意差はなかった。
そこで、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４４人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４６人について、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度の関係を、ＢＭＩを共変量とした共分散分析により調べた。その結果を表１１に示す。

【0104】

【表11】

【0105】

表１１に示したように、ＢＭＩを共変量とした共分散分析において、ＦＩＢ－４インデックス値が正常値である被験者において、肝硬度は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ＢＭＩの値に関係なく、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックス値が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0106】

次に、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４４人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３５人について、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、ＢＭＩを共変量とした共分散分析により調べた。その結果を表１２に示す。

【0107】

【表12】

【0108】

表１２に示したように、ＢＭＩを共変量とした共分散分析において、肝硬度が正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ＢＭＩの値に関係なく、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0109】

［実施例１０］
２０１９年測定の被験者に対し、フィブロスキャンを用いた肝硬度、肝脂肪蓄積量及び血小板数を測定し、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックスの他、ＦＩＢ－４インデックス以外の肝線維化の評価指標である肝硬度又は血小板数、又は、脂肪肝の評価指標である脂肪蓄積量の平均値のｔ検定を行った。その結果を表１３に示す。

【0110】

【表13】

【0111】

表１３に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。しかしながら、肝硬度及び肝脂肪蓄積量については、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＡＧ型又はＡＡ型と比較して、高い傾向は認められるものの、有意差はなかった。
そこで、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４６人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４６人について、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表１４に示す。

【0112】

【表14】

【0113】

表１４に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0114】

次に、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４４人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３５人について、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表１５に示す。

【0115】

【表15】

【0116】

表１５に示したように、肝硬度が正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックスは、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。この結果から、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0117】

［実施例１１］
ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度、肝脂肪蓄積量、血中ヒアルロン酸濃度又は血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表１６に示す。なお、ヒアルロン酸は肝線維化の指標であり、肝線維化が進むと高値を示す。また、ＬＤＨはグルコースがエネルギーに変化するときに働く酵素であり、肝臓に異常が生じると、血液中に流れ出るため、高値を示す。

【0118】

【表16】

【0119】

表１６に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。さらに、ヒアルロン酸濃度及びＬＤＨ濃度についても、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。しかしながら、肝硬度及び肝脂肪蓄積量については、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合は、ＡＣ型又はＡＡ型と比較して、高い傾向は認められるものの、有意差はなかった。

【0120】

［実施例１２］
実施例１１において、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４９人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５５０人について、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度又は脂肪蓄積量の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表１７に示す。

【0121】

【表17】

【0122】

表１７に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0123】

［実施例１３］
実施例１１において、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４９人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３８人について、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表１８に示す。

【0124】

【表18】

【0125】

表１８に示したように、肝硬度が正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックスは、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。さらに、血中ヒアルロン酸濃度及び血中ＬＤＨ濃度についても、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合に、当該遺伝子型がＡＣ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0126】

［実施例１４］
実施例１１において、ｒｓ１１７３０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者３００人についてクロス集計分析を行った。その結果を表１９に示す。

【0127】

【表19】

【0128】

表１９に示したように、ｒｓ１１７３０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が２．０９２、リスク比が２．０１１となった。この結果からも、ｒｓ１１７３０４３８で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＣＣ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0129】

［実施例１５］
ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度又は肝脂肪蓄積量の平均値のｔ検定を行った。その結果を表２０に示す。

【0130】

【表20】

【0131】

表２０に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合に、当該遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＧＧ型と比較して有意に低値を示した。さらに、肝硬度についても、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合に、当該遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0132】

［実施例１６］
実施例１５において、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４４人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３５人について、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表２１に示す。

【0133】

【表21】

【0134】

表２１に示したように、肝硬度が正常範囲である場合、ＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合は、当該遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型と比較して、高い傾向は認められるものの、有意差はなかった。しかしながら、血小板数は、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合に、当該遺伝子型がＧＡ型又はＧＧ型と比較して有意に低値を示した。この結果から、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0135】

［実施例１７］
実施例１５において、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝硬度が５ｋＰａ以上の高値を示す被験者２０９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表２２に示す。

【0136】

【表22】

【0137】

表２２に示したように、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＡＡ型である場合、肝硬度が高値の被験者のオッズ比が１．３９２、リスク比が１．２１２となった。この結果からも、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＡＡ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0138】

［実施例１８］
ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度、肝脂肪蓄積量又は血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表２３に示す。

【0139】

【表23】

【0140】

表２３に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、血中ＬＤＨ濃度についても、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0141】

［実施例１９］
実施例１８において、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４６人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４８人について、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度又は脂肪蓄積量の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表２４に示す。

【0142】

【表24】

【0143】

表２４に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0144】

［実施例２０］
実施例１８において、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４６人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３６人について、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表２５に示す。

【0145】

【表25】

【0146】

表２５に示したように、肝硬度が正常範囲である場合、血小板数は、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。この結果から、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0147】

［実施例２１］
ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度又は肝脂肪蓄積量の平均値のｔ検定を行った。その結果を表２６に示す。

【0148】

【表26】

【0149】

表２６に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0150】

［実施例２２］
実施例２１において、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４７人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４９人について、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度又は脂肪蓄積量の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表２７に示す。

【0151】

【表27】

【0152】

表２７に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0153】

［実施例２３］
実施例２１において、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４７人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３７人について、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表２８に示す。

【0154】

【表28】

【0155】

表２８に示したように、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックスは、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。また、肝硬度についても、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に高値を示した。さらに、血小板数についても、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合に、当該遺伝子型がＡＧ型又はＡＡ型と比較して有意に低値を示した。この結果から、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝脂肪蓄積量が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0156】

［実施例２４］
実施例２１において、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表２９に示す。

【0157】

【表29】

【0158】

表２９に示したように、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＧＧ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．４８７、リスク比が１．３４７となった。この結果からも、ｒｓ５８２９７０１０で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＧＧ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0159】

［実施例２５］
ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度、肝脂肪蓄積量又は血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表３０に示す。

【0160】

【表30】

【0161】

表３０に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に低値を示した。さらに、血中ＬＤＨ濃度についても、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0162】

［実施例２６］
実施例２５において、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４６人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４８人について、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度又は脂肪蓄積量の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表３１に示す。

【0163】

【表31】

【0164】

表３１に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0165】

［実施例２７］
実施例２５において、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４６人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３７人について、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表３２に示す。

【0166】

【表32】

【0167】

表３２に示したように、肝硬度が正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックスは、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に低値を示した。さらに、血中ＬＤＨ濃度についても、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＣＴ型又はＣＣ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0168】

［実施例２８］
実施例２５において、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表３３に示す。

【0169】

【表33】

【0170】

表３３に示したように、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．５８７、リスク比が１．３８６となった。この結果からも、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0171】

［実施例２９］
ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度、肝脂肪蓄積量又は血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表３４に示す。

【0172】

【表34】

【0173】

表３４に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に低値を示した。さらに、血中ＬＤＨ濃度についても、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0174】

［実施例３０］
実施例２９において、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４７人のうち、ＦＩＢ－４インデックス値が１．３よりも低い正常範囲の被験者５４９人について、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型と肝硬度又は脂肪蓄積量の関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表３５に示す。

【0175】

【表35】

【0176】

表３５に示したように、ＦＩＢ－４インデックスが正常範囲である場合でも、肝硬度は、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。この結果から、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、ＦＩＢ－４インデックスが正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0177】

［実施例３１］
実施例２９において、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、肝硬度及び肝脂肪蓄積量を測定した８４７人のうち、肝硬度が５ｋＰａよりも低い正常範囲の被験者６３６人について、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型とＦＩＢ－４インデックスの関係を、平均値のｔ検定により調べた。その結果を表３６に示す。

【0178】

【表36】

【0179】

表３６に示したように、肝硬度が正常範囲である場合でも、ＦＩＢ－４インデックスは、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。また、肝硬度についても、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に高値を示した。さらに、血小板数についても、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合に、当該遺伝子型がＧＴ型又はＧＧ型と比較して有意に低値を示した。この結果から、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝硬度が正常値である場合でも、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0180】

［実施例３２］
実施例２９において、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表３７に示す。

【0181】

【表37】

【0182】

表３７に示したように、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型である場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．４５８、リスク比が１．２９７となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰを検出し、その遺伝子型がＴＴ型である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0183】

［実施例３３］
ｒｓ１０４８３２９で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ１１７３２０４３８で特定される遺伝子型がＣＣ型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される遺伝子型がＡＡ型、ｒｓ３７９７０２９で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される遺伝子型がＴＴ型及びｒｓ７６６４５７３で特定される遺伝子型がＴＴ型の各遺伝子型について、類似性を階層クラスター分析により評価した。階層クラスター分析は、最も似ている組み合わせから順番にまとまり（クラスター）にしていく方法で、途中過程が階層のように表した樹形図（デンドログラム）を作成する。具体的には、統計ソフトＩＢＭ ＳＰＳＳ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ Ｂａｓｅを用い、クラスター化の方法としてクラスター間の距離測定にウォード法およびグループ間平均連結法を選択し、クラスター化に使用する類似度として、２値データによる、パターンの違い、形状、Ｌａｎｃｅ－Ｗｉｌｌｉａｍｓ、Ｏｃｈｉａｉ、Ｄｉｃｅ、Ｊａｃｃａｒｄ、単純整合、ラムダ、Ｓｏｋａｌ－Ｓｎｅａｔｈ ５、Ｒｕｓｓｅｌ－Ｒａｏ、ＡｎｄｅｒｂｅｒｇのＤを選択して、それぞれのデンドログラムを用い、ＳＮＰどうしの類似性を評価した。

【0184】

クラスター分析の結果、ｒｓ７２７１２０１０で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型とｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＴＴ型との間、及び、ｒｓ５８２９７０１０で特定される遺伝子型がＧＧ型とｒｓ１０４８３２９で特定される遺伝子型がＧＧ型との間に類似性が認められた。すなわち、ｒｓ７２７１２０１０で特定される遺伝子型である被検者は、ｒｓ７６６４５７３で特定される遺伝子型がＴＴ型である場合が多く、ｒｓ５８２９７０１０で特定される遺伝子型がＧＧ型である被験者は、ｒｓ１０４８３２９で特定される遺伝子型がＧＧ型である場合が多いことが分かった。また、ｒｓ１１７３２０４３８で特定されるＳＮＰの遺伝子型がＣＣ型である被験者は、ｒｓ１０４８３２９で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ１１９４４５７５で特定される遺伝子型がＡＡ型、ｒｓ３７９７０２９で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ５８２９７０１０で特定される遺伝子型がＧＧ型、ｒｓ７２７１２０１０で特定される遺伝子型がＴＴ型及びｒｓ７６６４５７３で特定される遺伝子型がＴＴ型の各遺伝子型を有している場合が多かった。以上の結果から、表３８に示すタイプ１～タイプ４の組み合わせを設定し、平均値のｔ検定、年齢を共変量とした共分散分析およびクロス集計分析により肝臓疾患の発症リスクの評価を行った。

【0185】

【表38】

【0186】

まず、タイプ１の組み合わせの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値及び肝硬度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表３９に示す。

【0187】

【表39】

【0188】

表３９に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、タイプ１の遺伝子型の組み合わせである場合に、当該遺伝子型がタイプ１以外の組み合わせと比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、タイプ１の遺伝子型の組み合わせが、タイプ１以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。さらに、肝硬度についても、タイプ１の遺伝子型の組み合わせが、タイプ１以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。この結果から、タイプ１の遺伝子型の組み合わせを有する被検者は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0189】

［実施例３４］
タイプ１の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９７人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４０に示す。

【0190】

【表40】

【0191】

表４０に示したように、タイプ１の遺伝子型の組み合わせである場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．３９１、リスク比が１．１２３となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ１である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0192】

［実施例３５］
タイプ１の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝硬度が５ｋＰａ以上の高値を示す被験者２０８人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４１に示す。

【0193】

【表41】

【0194】

表４１に示したように、タイプ１の遺伝子型の組み合わせである場合、肝硬度が高値の被験者のオッズ比が１．４０３、リスク比が１．０８８となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ１である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0195】

［実施例３６］
タイプ２の組み合わせの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度及び血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表４２に示す。

【0196】

【表42】

【0197】

表４２に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、タイプ２の遺伝子型の組み合わせである場合に、当該遺伝子型がタイプ２以外の組み合わせと比較して有意に高値を示した。また、肝硬度についても、タイプ２の遺伝子型の組み合わせが、タイプ２以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。さらに、血中ＬＤＨ濃度についても、タイプ２の遺伝子型の組み合わせが、タイプ２以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。この結果から、タイプ２の遺伝子型の組み合わせを有する被検者は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0198】

タイプ２の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４３に示す。

【0199】

【表43】

【0200】

表４３に示したように、タイプ２の遺伝子型の組み合わせである場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．３５１、リスク比が１．１２３となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ２である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0201】

［実施例３７］
タイプ３の組み合わせの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度及び血中ＬＤＨ濃度の平均値のｔ検定を行った。その結果を表４４に示す。

【0202】

【表44】

【0203】

表４４に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、タイプ３の遺伝子型の組み合わせである場合に、当該遺伝子型がタイプ３以外の組み合わせと比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、タイプ３の遺伝子型の組み合わせが、タイプ３以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。さらに、肝硬度及び血中ＬＤＨ濃度についても、タイプ３の遺伝子型の組み合わせが、タイプ３以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。この結果から、タイプ３の遺伝子型の組み合わせを有する被検者は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0204】

［実施例３８］
タイプ３の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝硬度が５ｋＰａ以上の高値を示す被験者２０９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４５に示す。

【0205】

【表45】

【0206】

表４５に示したように、タイプ３の遺伝子型の組み合わせである場合、肝硬度が高値の被験者のオッズ比が１．４１８、リスク比が１．１７６となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ３である場合は、肝線維化を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0207】

［実施例３９］
タイプ４の組み合わせの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度及びフィッシャー比の平均値のｔ検定を行った。その結果を表４６に示す。ここで、フィッシャー比とは、分枝鎖アミノ酸（ｂｒａｎｃｈｅｄ ｃｈａｉｎ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ：ＢＣＡＡ；イソロイシン、ロイシン、バリン）と、芳香族アミノ酸（ａｒｏｍａｔｉｃ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ：ＡＡＡ；チロシン、フェニルアラニン）のモル比（ＢＣＡＡ／ＡＡＡ）をいう。健常人のフィッシャー比は、３～４でほぼ一定である。肝臓の機能が低下すると、肝臓のアミノ酸代謝異常が起こりチロシンやフェニルアラニンの血中への供給量が増え、筋肉や心臓において分枝鎖アミノ酸が分解されることから、フィッシャー比の値が低下する。

【0208】

【表46】

【0209】

表４６に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、タイプ４の遺伝子型の組み合わせである場合に、当該遺伝子型がタイプ４以外の組み合わせと比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、タイプ４の遺伝子型の組み合わせが、タイプ４以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。また、肝硬度についても、タイプ４の遺伝子型の組み合わせが、タイプ４以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。さらにフィッシャー比についても、タイプ４の遺伝子型の組み合わせが、タイプ４以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。この結果から、タイプ４の遺伝子型の組み合わせを有する被検者は、肝臓疾患を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0210】

［実施例４０］
タイプ４の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝硬度が５ｋＰａ以上の高値を示す被験者２０８人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４５に示す。

【0211】

【表47】

【0212】

表４７に示したように、タイプ４の遺伝子型の組み合わせである場合、肝硬度が高値の被験者のオッズ比が１．４９８、リスク比が１．１０６となった。この結果からも、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ４である場合は、肝臓疾患を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0213】

［実施例４１］
タイプ５の組み合わせの遺伝子型について、ＦＩＢ－４インデックス値、血小板値、肝硬度及びフィッシャー比の平均値のｔ検定を行った。その結果を表４８に示す。

【0214】

【表48】

【0215】

表４８に示したように、肝線維化の指標であるＦＩＢ－４インデックス値は、タイプ５の遺伝子型の組み合わせである場合に、当該遺伝子型がタイプ５以外の組み合わせと比較して有意に高値を示した。また、血小板数についても、タイプ５の遺伝子型の組み合わせが、タイプ５以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。また、肝硬度についても、タイプ１の遺伝子型の組み合わせが、タイプ５以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に高値を示した。さらに、フィッシャー比についても、タイプ５の遺伝子型の組み合わせが、タイプ５以外の遺伝子型の組み合わせと比較して有意に低値を示した。この結果から、タイプ５の遺伝子型の組み合わせを有する被検者は、肝臓疾患を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0216】

［実施例４２］
タイプ５の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝線維化指標ＦＩＢ－４インデックス値が１．３以上の高値を示す被験者２９９人についてクロス集計分析を行った。その結果を表４９に示す。

【0217】

【表49】

【0218】

表４９に示したように、タイプ５の遺伝子型の組み合わせである場合、肝線維化指標であるＦＩＢ－４インデックス値が高値の被験者のオッズ比が１．３５８、リスク比が１．１１５となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ５である場合は、肝臓疾患を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【0219】

［実施例４３］
タイプ５の組み合わせの遺伝子型について、２０１９年測定の被験者のうち、肝硬度が５ｋＰａ以上の高値を示す被験者２０８人についてクロス集計分析を行った。その結果を表５０に示す。

【0220】

【表50】

【0221】

表５０に示したように、タイプ５の遺伝子型の組み合わせである場合、肝硬度が高値の被験者のオッズ比が１．４６１、リスク比が１．１００となった。この結果からも、ｒｓ７６６４５７３で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１０４８３２９で特定されるＳＮＰ、ｒｓ１１９４４５７５で特定されるＳＮＰ、及び、ｒｓ３７９７０２９で特定されるＳＮＰを検出し、各遺伝子型がタイプ５である場合は、肝臓疾患を発症するリスクが高いと評価することができることが分かった。

【産業上の利用可能性】

【0222】

本発明により、肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キットを提供することができる。

【要約】

【課題】肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び肝臓疾患の発症リスク検出用キットを提供する。
【解決手段】被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出することを含む、肝臓疾患の発症リスクの検出方法、及び、被験者の検体中のリポ蛋白受容体関連タンパク質２結合タンパク質（ＬＲＰ２ＢＰ）遺伝子における一塩基多型を検出する核酸を含む、肝臓疾患の発症リスク検出用キット。
【選択図】なし

【配列表】

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