特許 7105454 解析方法、分析方法および微生物の識別方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2022-07-14

(45)【発行日】2022-07-25

(54)【発明の名称】解析方法、分析方法および微生物の識別方法

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/14 20060101AFI20220715BHJP

   G01N 33/48 20060101ALI20220715BHJP

   G01N 27/62 20210101ALI20220715BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/14

G01N33/48 M

G01N27/62 V

【請求項の数】 8

(21)【出願番号】P 2020548559

(86)(22)【出願日】2019-09-18

(86)【国際出願番号】 JP2019036594

(87)【国際公開番号】W WO2020066795

(87)【国際公開日】2020-04-02

【審査請求日】2021-03-01

(31)【優先権主張番号】P 2018185630

(32)【優先日】2018-09-28

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

(73)【特許権者】

【識別番号】899000079

【氏名又は名称】慶應義塾

(73)【特許権者】

【識別番号】000001993

【氏名又は名称】株式会社島津製作所

(74)【代理人】

【識別番号】100108523

【弁理士】

【氏名又は名称】中川 雅博

(74)【代理人】

【識別番号】100125704

【弁理士】

【氏名又は名称】坂根 剛

(74)【代理人】

【識別番号】100187931

【弁理士】

【氏名又は名称】澤村 英幸

(72)【発明者】

【氏名】諸角 美由紀

(72)【発明者】

【氏名】佐久間 恵

(72)【発明者】

【氏名】緒方 是嗣

(72)【発明者】

【氏名】島 圭介

(72)【発明者】

【氏名】船津 慎治

【審査官】北村 悠美子

(56)【参考文献】

【文献】特表２００７－５２５９７８（ＪＰ，Ａ）

【文献】FEMS Immunology and Medical Microbiology，2008年，Vol.53, p.333-342

【文献】PLoS ONE，Vol.4, No.9, e6897，2009年

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｑ １／００－３／００

Ｇ０１Ｎ ２７／６２－２７／７０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

微生物を含む試料を質量分析して得られたマススペクトルに対応するデータを取得することと、
前記マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が１０９３０以上１０９４５以下の第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備え、
前記ｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することは、前記第１範囲のピークが検出されたら、試料に含まれる微生物がｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌と同定することを含む解析方法。

【請求項2】

微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、
請求項１に記載の解析方法によりｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備える分析方法。

【請求項3】

請求項２に記載の分析方法において、
前記質量分析では、シナピン酸またはＣＨＣＡをマトリックスとして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法により前記試料をイオン化する分析方法。

【請求項4】

請求項２または３に記載の分析方法により微生物を分析することと、
前記第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、前記微生物がｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌であるか否かを識別することとを備える微生物の識別方法。

【請求項5】

請求項１に記載の解析方法において、
前記マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が６９０８以上６９１８以下の第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１２型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することを備える解析方法。

【請求項6】

微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、
請求項５に記載の解析方法によりｅｍｍ１２型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備える分析方法。

【請求項7】

請求項６に記載の分析方法において、
前記質量分析では、シナピン酸またはＣＨＣＡをマトリックスとして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法により前記試料をイオン化する分析方法。

【請求項8】

請求項６または７に記載の分析方法により微生物を分析することと、
前記第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、前記微生物がｅｍｍ１２型のＡ群溶血性レンサ球菌であるか否かを識別することとを備える微生物の識別方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、解析方法、分析方法および微生物の識別方法に関する。

【背景技術】

【0002】

Ａ群溶血性レンサ球菌（Ｇｒｏｕｐ Ａ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ：ＧＡＳ）は、グラム陽性球菌であり、感染者に様々な症状を引き起こす。ＧＡＳは、咽頭炎や扁桃炎等の原因となる他、血液や組織中に侵入し侵襲性ＧＡＳ感染症を引き起こす。侵襲性ＧＡＳ感染症においてショックを伴うものは致死性の劇症型溶血性レンサ球菌感染症（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｌ ｔｏｘｉｃ ｓｈｏｃｋ ｓｙｎｄｒｏｍｅ：ＳＴＳＳ）と呼ばれる。ＳＴＳＳでは、四肢の疼痛、発熱等の初期症状の後、急激に病状が進行し、組織の壊死、多臓器不全等を引き起こし、数十時間等の短期間で感染者を死に至らしめることもある。

【0003】

ＧＡＳは、菌体の表層にあるＭタンパクの抗原性の違いにより、１３０種類以上の血清型、Ｍ型に分類されている。最近ではＭ型に代わり、Ｍタンパクをコードするｅｍｍ遺伝子の５’末端側のシークエンスをもとにしたｅｍｍ型別が用いられており、現在、２３４種類が登録されている。ＳＴＳＳを引き起こした症例では、ｅｍｍ１型が多く、ｅｍｍ１２型もｅｍｍ１型より頻度は低いものの検出されている。ＧＡＳの型の識別は、ＧＡＳ感染症の適切な治療や正確な分析を行うために重要である。

【0004】

ＧＡＳのｅｍｍ遺伝子のＤＮＡ配列をシーケンシングすることによりｅｍｍ型型別が行われているが、ＰＣＲによるＤＮＡの増幅等により時間がかかってしまう問題があった。非特許文献１には、ＰＣＲ等を必要としない質量分析を用いて、壊疽性筋膜炎の患者から採取された侵襲性のＧＡＳと、咽頭炎等の患者から採取された非侵襲性のＧＡＳとを識別する点が記載されている。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0005】

【文献】Moura H, Woolfitt AR, Carvalho MG, Pavlopoulos A, Teixeira LM, Satten GA, Barr JR. "MALDI-TOF mass spectrometry as a tool for differentiation of invasive and noninvasive Streptococcus pyogenes isolates" FEMS Immunology & Medical Microbiology,(米国), Blackwell Publishing, 2008年8月1日、Volume 53, Issue 3, pp.333-342

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

非特許文献１の方法は、ｅｍｍ型の識別を行うことができない。ｅｍｍ型を識別することができれば、ｅｍｍ型について得られている情報を用いた診断や分析等を行うことができる。

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明の第１の態様によると、解析方法は、微生物を含む試料を質量分析して得られたマススペクトルに対応するデータを取得することと、前記マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が１０９３０以上１０９４５以下の第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備える。
本発明の第２の態様によると、分析方法は、微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、第１の態様の解析方法によりｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備える。
本発明の第３の態様によると、第２の態様の分析方法において、前記質量分析では、シナピン酸またはＣＨＣＡをマトリックスとして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法により前記試料をイオン化することが好ましい。
本発明の第４の態様によると、微生物の識別方法は、第２または第３の態様の分析方法により微生物を分析することと、前記第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、前記微生物がｅｍｍ１型のＡ群溶血性レンサ球菌であるか否かを識別することとを備える。
本発明の第５の態様によると、第１の態様の解析方法において、前記マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が６９０８以上６９１８以下の第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１２型のＡ群レンサ球菌に関する情報を取得することを備えることが好ましい。
本発明の第６の態様によると、分析方法は、微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、第５の態様の解析方法によりｅｍｍ１２型のＡ群溶血性レンサ球菌に関する情報を取得することとを備える。
本発明の第７の態様によると、第６の態様の分析方法において、前記質量分析では、シナピン酸またはＣＨＣＡをマトリックスとして、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法により前記試料をイオン化することが好ましい。
本発明の第８の態様によると、微生物の識別方法は、第６または第７の態様の分析方法により微生物を分析することと、前記第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、前記微生物がｅｍｍ１２型のＡ群溶血性レンサ球菌であるか否かを識別することとを備える。

【発明の効果】

【0008】

本発明によれば、質量分析により、微生物が、ｅｍｍ１型やｅｍｍ１２型等のｅｍｍ型のいずれの型であるかを識別する。

【図面の簡単な説明】

【0009】

【図1】図１は、一実施形態の分析方法の流れを示すフローチャートである。

【図2】図２は、ｅｍｍ１型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲を示す図である。

【図3】図３は、ｅｍｍ１型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲を示す図である。

【図4】図４は、ｅｍｍ１型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲を示す図である。

【図5】図５は、ｅｍｍ１２型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲を示す図である。

【図6】図６は、ｅｍｍ１２型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲を示す図である。

【図7】図７は、ｅｍｍ１２型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲を示す図である。

【図8】図８は、ｅｍｍ２８型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲を示す図である。

【図9】図９は、ｅｍｍ２８型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲を示す図である。

【図10】図１０は、ｅｍｍ２８型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲を示す図である。

【図11】図１１は、ｅｍｍ８９型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲を示す図である。

【図12】図１２は、ｅｍｍ８９型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲を示す図である。

【図13】図１３は、ｅｍｍ８９型の微生物を質量分析して得られたマススペクトルのｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲を示す図である。

【発明を実施するための形態】

【0010】

以下、図を参照して本発明を実施するための形態について説明する。

【0011】

－第１実施形態－
本実施形態の分析方法は、微生物を含む試料を質量分析して得られたマススペクトルにおける所定のｍ／ｚの範囲にあるピークの有無等に基づいて、ｅｍｍ型に関する情報を取得するものである。

【0012】

（試料について）
試料は、Ａ群溶血性レンサ球菌（ＧＡＳ）であるか、ＧＡＳの可能性がある微生物を含むものであれば特に限定されない。試料は、人間等の動物から採取されることが好ましい。試料を人間から採取する場合、咽頭や扁桃に付着した液体、皮膚の創傷からの浸出液、血液、髄液、尿等のＧＡＳを含み得る任意の体液を試料として用いることができる。例えば、患者に感染したＧＡＳを識別する検査を行う場合、被検者である患者の血液を試料として採取したり、被検者の咽頭を綿棒等により拭って得られた咽頭拭い液を試料として採取することが好ましい。健康な人間にもＧＡＳが存在し得るため、被検者はＧＡＳに感染した患者に特に限定されない。

【0013】

採取された微生物を含む試料には、分離培養を実施する。分離培養は、ヒツジの脱繊維血液を５％等含む血液寒天培地上に試料を塗抹し、３７℃の温度で５％炭酸ガス条件下にて培養する。２４時間経過した後、培地上に発育したコロニーの溶血環等から、ＧＡＳを疑うコロニーを識別する。例えば、ＧＡＳの大多数は２４時間の培養でβ溶血を呈する。適宜群別用キット等を用いてコロニーの血清群別を行ってもよい。ＧＡＳのコロニーから質量分析用試料が調製される。液体培地を用いてさらに培養して得られたコロニーを用いて質量分析用試料を調製してもよい。
なお、培地の組成、培養温度、培養時間等の各数値は適宜調整することができる。

【0014】

質量分析用試料の調製方法は特に限定されない。マトリックス支援レーザー脱離イオン化（以下、ＭＡＬＤＩと呼ぶ）を用いる質量分析を行う場合、培養により得られたコロニーを回収し、得られた試料にマトリックスを含む溶液（以下、マトリックス溶液と呼ぶ）を加えてＭＡＬＤＩ用試料プレートに滴下して乾燥させる。試料をＭＡＬＤＩ用試料プレートに配置した後、マトリックス溶液を加えてもよい。マトリックスの種類は特に限定されないが、シナピン酸またはＣＨＣＡ（α-cyano-4-hydroxycinnamic acid）が精度よく質量分析を行う上で好ましく、特にシナピン酸が十数ｋＤａ以上等の高質量の分子を精度よく検出する上でより好ましい。マトリックス溶液の溶媒は、アセトニトリル等の有機溶媒を数十体積％含む水溶液にトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）が０～３体積％添加されたもの等を用いることができる。
なお、得られたコロニーに含まれる微生物からタンパク質を抽出した後、抽出物にマトリックス溶液を加えて質量分析用試料を調製してもよい。

【0015】

（質量分析について）
質量分析におけるイオン化の方法は、ＭＡＬＤＩを用いることが１価のイオンが生成しやすく解析が容易であるため好ましい。また、飛行時間型質量分析が、数ｋＤａ以上等の高質量の分子を精度よく検出する上で好ましい。ＭＡＬＤＩを用いた飛行時間型質量分析（以下、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦＭＳと呼ぶ）が、ＭＡＬＤＩと飛行時間型質量分析の利点を併せ持つため特に好ましい。しかし、質量分析の方法は、ｅｍｍ１型またはｅｍｍ１２型のＧＡＳを検出するためのｍ／ｚの範囲に夾雑物等によるピークが現れなければ、特に限定されない。例えば、エレクトロスプレー法等の任意のイオン化の方法を用いることができる。また、四重極マスフィルタやイオントラップ等の質量分析器を用いることができ、シングル質量分析計を用いる他、任意の複数の質量分析器を組み合わせて用い、多段階の質量分析を行ってもよい。質量分析では、イオン化された試料（試料イオン）の検出により得られたマススペクトル（以下、測定されたマススぺクトルと呼ぶ）に対応するデータが生成される。

【0016】

（マススペクトルの解析について）
測定されたマススペクトルにおいて、ｍ／ｚの値が１０９３０以上、好ましくは１０９３４以上、かつ、１０９４５以下、好ましくは１０９４０以下の範囲（以下、第１範囲と呼ぶ）にピーク（以下、第１ピークと呼ぶ）が有るか否かに基づいて、試料に含まれる微生物がｅｍｍ１型の微生物か否かが識別される。第１範囲が狭い方が夾雑物のピーク等、不所望のピークを誤って検出する可能性が低下するために好ましい。しかし、用いる質量分析計の精度が低い場合には、本来第１ピークとなるピークが第１範囲から外れて検出されてしまう場合もあるため、第１範囲は狭すぎないように設定されることが好ましい。第１ピークが検出されたら、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１型のＧＡＳと同定することができる。第１ピークが検出されなかったら、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１型のＧＡＳではないものと同定することができる。本実施形態の分析方法は、第１ピークが有るか否かに基づいて、特にｅｍｍ１型、ｅｍｍ１２型、ｅｍｍ２８型およびｅｍｍ８９型のＧＡＳからｅｍｍ１型を識別することができる。
なお、第１範囲にピークが検出されたとしても、十分大きなピークが検出されなかった場合には、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１型のＧＡＳではないものと同定してもよい。言い換えれば、第１範囲におけるピークの大きさに基づいてｅｍｍ１型か否かの識別を行ってもよい。

【0017】

測定されたマススペクトルにおいて、ｍ／ｚの値が６９０８以上、好ましくは６９１０以上、かつ、６９１８以下、好ましくは６９１４以下の範囲（以下、第２範囲と呼ぶ）にピークが有るか否かに基づいて、試料に含まれる微生物がｅｍｍ１２型のＧＡＳか否かが識別される。第２範囲が狭い方が夾雑物のピーク等、不所望のピークを誤って検出する可能性が低下するために好ましい。しかし、用いる質量分析計の精度が低い場合には、目的のピークが第２範囲から外れて検出されてしまう場合もあるため、第２範囲は狭すぎないように設定されることが好ましい。第２ピークが検出されたら、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１２型のＧＡＳと同定することができる。第２ピークが検出されなかったら、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１２型のＧＡＳではないものと同定することができる。本実施形態の分析方法は、第２ピークが有るか否かに基づいて、特にｅｍｍ１型、ｅｍｍ１２型、ｅｍｍ２８型およびｅｍｍ８９型のＧＡＳからｅｍｍ１２型を識別することができる。
なお、第２範囲にピークが検出されたとしても、十分大きなピークが検出されなかった場合には、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１２型のＧＡＳではないものと同定してもよい。言い換えれば、第２範囲におけるピークの大きさに基づいてｅｍｍ１２型か否かの識別を行ってもよい。

【0018】

測定されたマススペクトルにおいて、第１ピークおよび第２ピークの両方が検出されなかった場合には、試料に含まれる微生物はｅｍｍ１型のＧＡＳでもｅｍｍ１２型のＧＡＳでもないものとすることができる。

【0019】

測定されたマススペクトルにおいて、第１ピークと第２ピークとが両方検出された場合には、得られたマススペクトルからはｅｍｍ型別の識別が難しいものとして当該識別を行わないものとすることができる。
なお、測定されたマススペクトルにおいて、第１ピークが検出された場合に、当該検出のみで試料に含まれる微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳと同定するのではなく、第１ピークが検出されたことでｅｍｍ１型のＧＡＳである可能性が高くなったものとし、さらに他の検査等と組み合わせてｅｍｍ型を同定してもよい。第２ピークによるｅｍｍ１２型の識別についても同様である。

【0020】

マススペクトルの解析方法（データ解析方法）は、パーソナルコンピュータ等の情報処理装置や質量分析計と一体的に構成された処理装置等の解析装置（データ解析装置）により行ってもよいし、分析者等の人間が行ってもよい。解析装置を用いる場合、質量分析計の検出器からイオンの検出強度を示すデータが解析装置に入力され、マススペクトルに対応するデータが生成され、このマススペクトルにおける第１ピークおよび第２ピークの有無が判定される。あるいは、マススぺクトルに対応するデータが解析装置に入力されて、このマススペクトルにおける第１ピークおよび第２ピークの有無が判定される。この判定に基づいて取得された、微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳかｅｍｍ１２型のＧＡＳかについての情報は、液晶モニタ等の表示装置に表示される等して出力される。

【0021】

臨床検査として患者から採取された微生物の識別を行う場合、試料に含まれる微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳかｅｍｍ１２型のＧＡＳかについての情報は、医師や医療従事者等に提示される。医師は当該情報を基に患者の診断や治療を行い、医療従事者は当該情報を共有することにより患者の病状を把握する。

【0022】

図１は、本実施形態の分析方法を含む微生物の識別方法の流れを示すフローチャートである。ステップＳ１００１において、微生物を含む試料が用意される。ステップＳ１００１が終了したら、ステップＳ１００３が開始される。ステップＳ１００３において、試料が質量分析され、マススペクトルに対応するデータが生成される。ステップＳ１００３が終了したら、ステップＳ１００５が開始される。

【0023】

ステップＳ１００５において、マススペクトルの第１範囲におけるピークの有無が判定される。ステップＳ１００５が終了したら、ステップＳ１００７が開始される。ステップＳ１００７において、マススペクトルの第２範囲におけるピークの有無が判定される。ステップＳ１００７が終了したら、ステップＳ１００９が開始される。

【0024】

ステップＳ１００９において、マススペクトルの第１範囲および第２範囲におけるピークの有無に基づいて、微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳか、ｅｍｍ１２型のＧＡＳか、これら２つの型以外のＧＡＳかが識別される。ステップＳ１００９が終了したら、ステップＳ１０１１が開始される。ステップＳ１０１１において、ステップＳ１００９において得られたＧＡＳに関する情報が表示装置等に出力される。ステップＳ１０１１が終了したら、処理が終了される。

【0025】

上述の実施の形態によれば、次の作用効果が得られる。
（１）本実施形態に係る解析方法は、微生物を含む試料を質量分析して得られたマススペクトルに対応するデータを取得することと、当該マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が１０９３０以上１０９４５以下の第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１型のＧＡＳに関する情報を取得することとを備える。これにより、ＰＣＲ等を行う必要がなく、質量分析により得られたデータを用いてｅｍｍ１型についての情報を得ることができる。

【0026】

（２）本実施形態の分析方法では、微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、上記解析方法によりｅｍｍ１型のＧＡＳに関する情報を取得することとを備える。これにより、質量分析により迅速にｅｍｍ１型についての情報を得ることができる。

【0027】

（３）本実施形態の分析方法において、質量分析では、シナピン酸またはＣＨＣＡをマトリックスとして、ＭＡＬＤＩにより試料をイオン化する。これにより、１価イオンが生成しやすく、解析しやすいマススペクトルを得ることができる。

【0028】

（４）本実施形態に係る微生物の識別方法は、上記分析方法により微生物を分析することと、第１範囲のピークの有無または大きさに基づいて、微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳであるか否かを識別することとを備える。これにより、ＰＣＲ等を行う必要がなく、質量分析により微生物がｅｍｍ１型のＧＡＳか否かの識別をすることができる。

【0029】

（５）本実施形態に係る解析方法は、マススペクトルにおける、ｍ／ｚの値が６９０８以上６９１８以下の第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、ｅｍｍ１２型のＧＡＳに関する情報を取得することを備える。これにより、ＰＣＲ等を行う必要がなく、質量分析により得られたデータを用いてｅｍｍ１２型についての情報を得ることができる。

【0030】

（６）本実施形態の分析方法は、微生物を含む試料を質量分析してマススペクトルに対応するデータを生成することと、上記解析方法によりｅｍｍ１２型のＧＡＳに関する情報を取得することとを備える。これにより、質量分析により迅速にｅｍｍ１２型についての情報を得ることができる。

【0031】

（７）本実施形態に係る微生物の識別方法は、上記分析方法により微生物を分析することと、第２範囲のピークの有無または大きさに基づいて、微生物がｅｍｍ１２型のＧＡＳであるか否かを識別することとを備える。これにより、ＰＣＲ等を行う必要がなく、質量分析により微生物がｅｍｍ１２型のＧＡＳか否かの識別をすることができる。

【0032】

本発明は上記実施形態の内容に限定されるものではない。本発明の技術的思想の範囲内で考えられるその他の態様も本発明の範囲内に含まれる。

【実施例】

【0033】

以下に、本実施形態に係る実施例を示すが、本発明は下記の実施例における具体的な装置等に限定されるものではない。

【0034】

ｅｍｍ１型、ｅｍｍ１２型、ｅｍｍ２８型およびｅｍｍ８９型のＧＡＳのそれぞれを試料とし、ＡＸＩＭＡ微生物同定システム（島津製作所）を用いてＭＡＬＤＩ－ＴＯＦＭＳによりマススペクトルを取得した。マトリックスはシナピン酸を用い、飛行時間型質量分析はリニアモードで行った。

【0035】

図２、図３および図４は、ｅｍｍ１型（ｅｍｍ１．０）の微生物から調製した試料のマススペクトルにおいて、ｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲、ｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲およびｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲をそれぞれ示す図である。ピークに対応して付された数字は当該ピークのｍ／ｚであり、ピークを識別するＩＤがかっこ内に記載されている。以下の図でも同様である。

【0036】

図５、図６および図７は、ｅｍｍ１２型（ｅｍｍ１２．０）の微生物から調製した試料のマススペクトルにおいて、ｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲、ｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲およびｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲をそれぞれ示す図である。

【0037】

図８、図９および図１０は、ｅｍｍ２８型（ｅｍｍ２８．０）の微生物から調製した試料のマススペクトルにおいて、ｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲、ｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲およびｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲をそれぞれ示す図である。

【0038】

図１１、図１２および図１３は、ｅｍｍ８９型（ｅｍｍ８９．０）の微生物から調製した試料のマススペクトルにおいて、ｍ／ｚ ２０００－２００００の範囲、ｍ／ｚ ５５００－７５００の範囲およびｍ／ｚ １００００－１２０００の範囲をそれぞれ示す図である。

【0039】

図２～図１３に示されたように、ｅｍｍ１型のＧＡＳから調製した試料のマススペクトルでは上述の第１範囲に特異的なピークが観察され、ｅｍｍ１２型のＧＡＳから調製した試料のマススペクトルでは上述の第２範囲に特異的なピークが観察された。

【0040】

次の優先権基礎出願の開示内容は引用文としてここに組み込まれる。
日本国特許出願２０１８年第１８５６３０号（２０１８年９月２８日出願）

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】