(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2022-10-28
(45)【発行日】2022-11-08
(54)【発明の名称】シスチンノットスキャフォールドプラットフォーム
(51)【国際特許分類】
C12N 15/11 20060101AFI20221031BHJP
C07K 14/00 20060101ALI20221031BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20221031BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20221031BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20221031BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20221031BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20221031BHJP
C12P 21/02 20060101ALI20221031BHJP
A61K 38/16 20060101ALI20221031BHJP
A61P 27/02 20060101ALI20221031BHJP
A61K 47/60 20170101ALI20221031BHJP
A61K 51/08 20060101ALI20221031BHJP
A61L 27/54 20060101ALI20221031BHJP
A61L 27/22 20060101ALI20221031BHJP
A61L 27/58 20060101ALI20221031BHJP
C07K 14/415 20060101ALN20221031BHJP
C12N 15/29 20060101ALN20221031BHJP
【ＦＩ】
C12N15/11 Z ZNA
C07K14/00
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12P21/02 C
A61K38/16
A61P27/02
A61K47/60
A61K51/08 200
A61K51/08 100
A61L27/54
A61L27/22
A61L27/58
C07K14/415
C12N15/29
【請求項の数】
24
(21)【出願番号】P 2018513360
(86)(22)【出願日】2016-09-15
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2018-11-22
(86)【国際出願番号】 US2016052012
(87)【国際公開番号】W WO2017049009
(87)【国際公開日】2017-03-23
【審査請求日】2019-09-13
(31)【優先権主張番号】62/219,063
(32)【優先日】2015-09-15
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
【前置審査】
(73)【特許権者】
【識別番号】509012625
【氏名又は名称】ジェネンテック， インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】110002077
【氏名又は名称】園田・小林弁理士法人
(72)【発明者】
【氏名】ハヌーシュ， ラミ
(72)【発明者】
【氏名】カルーアラッチ， ハリニ
(72)【発明者】
【氏名】ナイル， アーロン
(72)【発明者】
【氏名】ノーランド， キャメロン
(72)【発明者】
【氏名】チャン， インナン
(72)【発明者】
【氏名】チョウ， リーチュアン
(72)【発明者】
【氏名】カオ， シンシン
【審査官】幸田 俊希
(56)【参考文献】
【文献】特開２０１５－１３３９７８（ＪＰ，Ａ）
【文献】特表２０１４－５０４２７０（ＪＰ，Ａ）
【文献】特開２０１４－０７３１２９（ＪＰ，Ａ）
【文献】国際公開第２０１４／０３３１８４（ＷＯ，Ａ１）
【文献】米国特許出願公開第２０１４／００３９１６２（ＵＳ，Ａ１）
【文献】特表２００９－５１１４９２（ＪＰ，Ａ）
【文献】特表２００９－５０９５３５（ＪＰ，Ａ）
【文献】Richard H. Kimura et al.，Engineered cystine knot peptides that bind αvβ3, αvβ5, and α5β1 integrins with low-nanomolar affinity.，PROTEINS，2009年11月01日，Vol.77, No.2，p.359-369，doi: 10.1002/prot.22441
【文献】Franziska Maaβ et al.，Cystine-knot peptides targeting cancer-relevant human cytotoxic T lymphocyte-associated antigen 4 (CTLA-4).，J. Pept. Sci.，2015年05月10日，Vol.21, No.8，p.651-660，doi: 10.1002/psc.2782
【文献】R. Kratzner et al.，Structure of Ecballium elaterium trypsin inhibitor II (EETI-II): a rigid molecular scaffold.，Acta Cryst.，2005年09月，D61, No.9，p.1255-1262，https://doi.org/10.1107/S0907444905021207
【文献】Masa Cemazar et al.，The Structure of a Two-Disulfide Intermediate Assists in Elucidating the Oxidative Folding Pathway of a Cyclic Cystine Knot Protein.，Structure，2008年06月，Vol.16, No.6，p.842-851，doi: 10.1016/j.str.2008.02.023
【文献】Sunithi Gunasekera et al.，Engineering Stabilized Vascular Endothelial Growth Factor-A Antagonists: Synthesis, Structural Characterization, and Bioactivity of Grafted Analogues of Cyclotides.，J. Med. Chem.，2008年12月25日，Vol.51, No.24，p.7697-7704，doi: 10.1021/jm800704e
【文献】Michael Reinwarth et al.，Chemical Synthesis, Backbone Cyclization and Oxidative Folding of Cystine-knot Peptides - Promising Scaffolds for Applications in Drug Design.，Molecules，2012年10月24日，Vol.17,，p.12533-12552，doi: 10.3390/molecules171112533
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／００
Ｃ０７Ｋ １４／００
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合するペプチドであって、以下のスキャフォールド構造を含み、Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１が、前記ペプチドのＮ末端に対応し、Ｇであり；
Ｚ２が、前記ペプチドのＣ末端に対応し、Ｇであり；
Ｃ１、Ｃ２、Ｃ３、Ｃ４、Ｃ５、及びＣ６がシステイン残基であり；且つ
Ｌ１が、ループ１であり、Ｌ２が、ループ２であり、Ｌ３が、ループ３であり、Ｌ４が、ループ４であり、及びＬ５が、ループ５であり；
Ｌ１が、配列番号３３、３５、１４１、１４３、２１４、２７７、及び４３３からなる群から選択され；
Ｌ２が、配列番号９７及び１１８からなる群から選択され；
Ｌ３が、ＬＱＱ、ＶＥＲ、ＭＳＤ、ＭＮＱ、ＭＱＴ、ＶＹＱ、ＦＩＮ、ＶＳＱ、ＶＴＥ、ＦＹＥ、ＭＥＱ、ＶＹＲ、ＦＶＲ、ＬＳＮ、及びＸがノルロイシン及びシクロブチル－Ｌ－アラニンからなる群から選択されるＸＥＱ、からなる群から選択され；
Ｌ４が、Ｉであり；
Ｌ５が、配列番号４５及び４６からなる群から選択され；且つ
Ｃ１がＣ４とジスルフィド結合を形成し、Ｃ２がＣ３とジスルフィド結合を形成し、Ｃ５がＣ６とジスルフィド結合を形成する、ペプチド。
【請求項2】
ペプチドであって、以下のいずれか：ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＱＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０３）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＥＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０４）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０５）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＮＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０６）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＱＴＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０７）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０８）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＦＩＮＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０９）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１０）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＴＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１１）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＦＹＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１２）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１３）；
ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１４）；
ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＦＶＲＣＬＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１３９）；
ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１４０）；
ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４２）；
ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４５）、式中、Ｘが、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である；
ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４６）、式中、Ｘが、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である；
ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号２２４）、式中、Ｘが、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である；
ＧＣＮＩＸＱＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３６）、式中、Ｘが、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である；及び
ＧＣＮＩＸ １ ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸ ２ ＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３７）、式中、Ｘ １ 及びＸ ２ がノルロイシン（Ｎｌｅ）であるか、またはＸ １ がノルロイシン（Ｎｌｅ）であり、Ｘ ２ がシクロブチル－Ｌ－アラニンである
に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載のペプチド。
【請求項3】
（ａ）前記ペプチドのＣ末端カルボキシル基がキャップされているか、（ｂ）前記ペプチドのＮ末端アミンがキャップされているか、または
（ｃ）前記ペプチドの前記Ｃ末端カルボキシル基及び前記Ｎ末端アミンがキャップされている、請求項１または２に記載のペプチド。
【請求項4】
前記ペプチドが、ＶＥＧＦ－Ａ活性を阻害する、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項5】
治療剤にコンジュゲートされた、請求項１～４のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項6】
標識にコンジュゲートされた、請求項１～５のいずれか一項に記載のペプチド。
【請求項7】
前記標識が、放射性同位体、蛍光色素、または酵素である、請求項６に記載のペプチド。
【請求項8】
請求項１～４のいずれか一項に記載のペプチドをコードする、単離された核酸。
【請求項9】
請求項８に記載の核酸を含む、発現ベクター。
【請求項10】
請求項９に記載の発現ベクターを含む、細胞。
【請求項11】
請求項１～４のいずれか一項に記載のペプチドを製造する方法であって、請求項１０に記載の細胞を培養することと、細胞培養物から前記細胞により発現された前記ペプチドを回収することとを含む、方法。
【請求項12】
前記ペプチドを化学的に合成することを含む、請求項１～４のいずれか一項に記載のペプチドを製造する方法。
【請求項13】
請求項１～５のいずれか一項に記載のペプチドと、薬学的に許容される担体とを含む、組成物。
【請求項14】
対象における血管新生及び／または血管透過性もしくは漏出を特徴とする眼疾患の治療における使用のための、請求項１～５のいずれか一項に記載のペプチドを含む、組成物。
【請求項15】
前記眼疾患が、増殖性網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、糖尿病性及び他の虚血関連網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）及び網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）を含む網膜静脈閉塞症（ＲＶＯ）、角膜血管新生、網膜血管新生、並びに末熟児網膜症（ＲＯＰ）からなる群から選択される眼内血管新生疾患である、請求項１４に記載の使用のための組成物。
【請求項16】
埋め込み装置を介して前記対象に投与される、請求項１４または１５に記載の使用のための組成物。
【請求項17】
前記埋め込み装置が、眼内挿入物、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、非生物分解性眼インプラント、または生物分解性眼インプラントである、請求項１６に記載の使用のための組成物。
【請求項18】
対象における血管新生及び／または血管透過性もしくは漏出を特徴とする眼疾患の治療における使用のための医薬であって、請求項１～６のいずれか一項に記載のペプチドを含む、医薬。
【請求項19】
前記眼疾患が、増殖性網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、糖尿病性及び他の虚血関連網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）及び網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）を含む網膜静脈閉塞症（ＲＶＯ）、角膜血管新生、網膜血管新生、ならびに末熟児網膜症（ＲＯＰ）からなる群から選択される眼内血管新生疾患である、請求項１８に記載の医薬。
【請求項20】
埋め込み装置を介して前記対象に投与される、請求項１８または１９に記載の医薬。
【請求項21】
前記埋め込み装置が、眼内挿入物、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、非生物分解性眼インプラント、または生物分解性眼インプラントである、請求項２０に記載の医薬。
【請求項22】
長時間作用性送達のために製剤化される、請求項１～５のいずれか一項に記載のペプチド、または請求項１８～２１のいずれか一項に記載の医薬。
【請求項23】
請求項１～５のいずれか一項に記載のペプチド及びポリ乳酸・グリコール酸共重合体（ＰＬＧＡ）を含む、製剤。
【請求項24】
前記ＰＬＧＡが、ＰＬＧＡロッドである、請求項２３に記載の製剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１５年９月１５日出願の米国仮出願第６２／２１９，０６３号の優先権利益を主張するものであり、この仮出願は、その全体において参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０１５年９月１５日出願の米国仮出願第６２／２１９，０６３号の優先権利益を主張するものであり、この仮出願は、その全体において参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの配列表の提出
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの次の提出物の内容は、その全体において参照により本明細書に組み込まれる：コンピュータ可読形態（ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：１４６３９２０２６８４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｔｘｔ、記録日：２０１６年９月１５日、サイズ：１８３ＫＢ）。
ＡＳＣＩＩテキストファイルでの次の提出物の内容は、その全体において参照により本明細書に組み込まれる：コンピュータ可読形態（ＣＲＦ）の配列表（ファイル名：１４６３９２０２６８４０ＳＥＱＬＩＳＴ．ｔｘｔ、記録日：２０１６年９月１５日、サイズ：１８３ＫＢ）。
【背景技術】
【0003】
代替的なタンパク質スキャフォールドからの新規のタンパク質の設計及び操作は、構造生物学及び撮像器具から、現在臨床的に試験されている治療用試薬にまで及ぶ広範囲の用途を有する過去１０年間における新興分野である（ＨＫ Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２３，１２５７－１２６８，２００５、ＨＫ Ｂｉｎｚ ａｎｄ Ａ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １６，４５９－４６９，２００５、ＳＳ Ｓｉｄｈｕ ａｎｄ Ｓ Ｋｏｉｄｅ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ １７，４８１－４８７，２００７、Ａ Ｓｋｅｒｒａ，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １８，２９５－３０４，２００７、Ｃ Ｇｒｏｎｗａｌｌ ａｎｄ Ｓ Ｓｔａｈｌ，Ｊ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ １４０，２５４－２６９，２００９、Ｔ Ｗｕｒｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ３０，５７５－５８２，２０１２、Ｓ Ｂａｎｔａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｂｉｏｍｅｄ Ｅｎｇ １５，９３－１１３，２０１３）。
【0004】
可能性のある代替スキャフォールド分子の望ましい物理的特性には、高い熱安定性、ならびに熱的フォールディング及びアンフォールディングの可逆性が含まれる。タンパク質及び酵素の見かけの熱安定性を増加させるために、非常に類似する熱安定性配列との比較に基づく合理的な設計、ジスルフィド架橋を安定化する設計、αヘリックス傾向を増加させる変異、塩架橋の操作、タンパク質の表面電荷の改変、定向進化、及びコンセンサス配列の組成を含むいくつかの方法が適用されている（Ｌｅｈｍａｎｎ ａｎｄ Ｗｙｓｓ，Ｃｕｒ Ｏｐｅｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １２，３７１－３７５，２００１）。
【0005】
シスチンノットペプチドは、幅広い供給源に由来し、多様な薬理学的活性を示す。それらは、およそ３０～５０アミノ酸長であり、３つのジスルフィド結合を形成する６つの保存システイン残基を含有する。ジスルフィドのうちの１つは、２つの他のジスルフィド及びそれらの相互接続する骨格によって形成される大環状分子を貫通し、それにより複数のループが表面上に露出した、特徴的なノットを有するトポロジーをもたらす。ループは、６つの保存システイン残基に並ぶアミノ酸領域として定義され、性質上高度に可変である。さらに、ジスルフィド結合の特有の配置は、シスチンノットペプチドを熱劣化、タンパク質分解、及び化学分解に対して非常に安定にする。
【0006】
したがって、眼疾患及び障害等の多様な治療及び診断用途のための小型で安定した人工の抗体様分子を開発する必要がある。本発明はこの必要性及び他の必要性を満たす。
【発明の概要】
【0007】
ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が本明細書に提供され、ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（配列番号２）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７（配列番号３）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９（配列番号５）、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０（配列番号６）からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれは、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号７）を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１は、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号７）を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択され、
ＣＫＰは、５００ｐＭより良好な親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６（配列番号２）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７（配列番号３）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９（配列番号５）、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０（配列番号６）からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれは、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号７）を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１は、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５（配列番号７）を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、
非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択され、
ＣＫＰは、５００ｐＭより良好な親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。
【0008】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質に関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性は、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６である。
【0009】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される。
【0010】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸、または非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、２つのアミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、３つのアミノ酸である。
【0011】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、Ｇである。
【0012】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ３は、Ｉではなく、Ｘ５は、Ｍではなく、かつ／またはＸ６は、Ｒではない。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ１は、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｄ、Ｎ、Ｋ、Ｌ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｄ、Ｌ、Ｖ、Ｉ、Ｒ、Ｐ、Ｎ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｔ、Ｐ、Ｍ、Ｌ、Ｓ、Ｆ、Ｒ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｔ、Ｑ、Ｄ、Ｗ、Ｌ、Ｅ、Ｓ、Ｋ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｐ、Ｖ、Ｅ、Ｋ、Ｌ、Ｉ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ、Ｎ、Ｆ、Ｐ、Ｌ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｍ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｑ、Ｗ、Ｈ、及び／Ｘから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ８は、Ｙ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｗ、Ｓ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ９は、Ｌ、Ｉ、Ｖ、Ｄ、Ｅ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ１０は、Ｙ、Ｔ、Ｍ、Ｎ、Ｆ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0013】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0014】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｇ、Ｑ、Ｈ、Ｒ、Ｌ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｍ、Ｗ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｆ、Ｈ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｑ、Ｄ、Ｎ、Ｋ、Ｈ、Ｅ、及びＳから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｆ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸である。
【0015】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）を有し、式中、Ｘ１は、Ｐ、Ｑ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｌ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｔ、Ｍ、及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｑ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｐ、及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ及びＦから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｑ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ８は、Ｙ、Ｇ、及びＤから選択されるアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０（配列番号６）を有し、式中、Ｘ１は、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｐであり、Ｘ４は、Ｔ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｅ、Ｐ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｎ及びＰから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗ及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ８は、Ａ、Ｄ、Ｅ、及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ９は、Ｌ及びＩから選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｙ、Ｔ、Ｍ、及びＮから選択されるアミノ酸である。
【0016】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｇ、Ｈ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｍ、Ｗ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ及びＳから選択されるアミノ酸である。
【0017】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）を有し、式中、Ｘ１は、Ｄ、Ｑ、Ｎ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｖ、Ｉ、Ｒ、Ｌ、及びＰから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｌ、Ｓ、Ｍ、Ｔ、及びＦから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｑ、Ｌ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｌ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇである。
【0018】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ５は、Ｓであり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、Ｘ４がＧではなく、かつ／またはＸ５がＦではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｈ、Ｌ、Ｒ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｗ、Ｆ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ４は、Ｑ、Ｎ、Ｋ、Ｈ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓである。
【0019】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０（配列番号６）を有し、式中、Ｘ１は、Ｋ、Ｑ、Ｌ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｐ及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｌ、Ｔ、Ｓ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ａ及びＳから選択されるアミノ酸であり、Ｘ９は、Ｌ、Ｖ、Ｅ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｙ及びＦから選択されるアミノ酸である。
【0020】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｑであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｆ、Ｍ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｆ、Ｙ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｄ、Ｑ、Ｎ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓ及びＴから選択されるアミノ酸である。
【0021】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ２において、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。
【0022】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）を有し、式中、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇであり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、及びＸ６はそれぞれ、Ｘ１がＰではなく、Ｘ２がＲではなく、Ｘ３がＩではなく、かつ／またはＸ６がＲではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）を有し、式中、Ｘ１は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｉ及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｍ及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｌ、Ｑ、Ｄ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｙ、Ｔ、Ｌ、及びＭから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇである。
【0023】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｑ、Ｈ、Ｌ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｙ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ４は、Ｑ及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ５は、Ｓであり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、かつ／またはＸ４がＧではないことを除き、任意のアミノ酸である。
【0024】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ２において、Ｘ１は、ＧまたはＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｑ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｅ、及びＭから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｓ、Ｄ、及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｆ、Ｙ、Ｌ、Ｍ、及びＩから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｅ、Ｄ、Ｑ、Ｌ、及びＳから選択されるアミノ酸である。
【0025】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ３において、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。
【0026】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ４において、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0027】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。
【0028】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。
【0029】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｇ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ以外の任意のアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｆ以外の任意のアミノ酸である。
【0030】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８（配列番号４）を有し、式中、Ｘ１は、Ｎ、Ｄ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｉ、Ｖ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、ＭまたはＸであり、Ｘ４は、Ｌ、Ｑ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、ＰまたはＸであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｙ、またはＸであり、Ｘ７は、ＷまたはＸであり、Ｘ８は、ＧまたはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0031】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0032】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ３において、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれは、Ｘ１がロイシン（Ｌ）ではなく、Ｘ２がアラニン（Ａ）ではなく、Ｘ３がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸であり、非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ３において、Ｘ１は、Ｍ、Ｆ、Ｌ、Ｖ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｓ、Ｎ、Ｑ、Ｉ、Ｙ、Ｅ、Ｖ、Ｔ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｄ、Ｑ、Ｔ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0033】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ４において、Ｘ１は、Ｖ以外の任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ４において、Ｘ１は、Ｉ、Ｌ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0034】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ３は、ＹまたはＸであり、Ｘ５は、ＳまたはＸであり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、かつ／またはＸ４がＧではないことを除き、任意のアミノ酸またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｑ、Ｈ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｙ、Ｗ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、ＹまたはＸであり、Ｘ４は、Ｑ、Ｎ、またはＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、ＳまたはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0035】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0036】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ２において、Ｘ１は、ＧまたはＸであり、Ｘ２は、Ｒ、Ｐ、またはＸであり、Ｘ３は、ＤまたはＸであり、Ｘ４は、Ｆ、Ｉ、またはＸであり、Ｘ５は、Ｅ、Ｄ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、及びＬ－４－フルオロフェニルアラニンからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0037】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＱＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０３）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＥＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０４）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０５）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＮＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０６）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＱＴＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０７）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０８）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＦＩＮＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０９）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１０）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＴＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１１）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＦＹＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１２）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１３）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１４）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＦＶＲＣＬＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１３９）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１４０）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４２）を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４４）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４５）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４６）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。
【0038】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号２２４）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである、
【0039】
ある特定の実施形態では、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１３）、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１４）、ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＦＶＲＣＬＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１３９）、ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１４０）、ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４２）、ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４４）（式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である）、ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４５）（式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である）、ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４６）（式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である）、及びＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号２２４）（式中、Ｘは、ノルロイシンである）からなる群から選択されるアミノ酸を含む非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１３）に記載されるアミノ酸を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＹＲＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１１４）に記載されるアミノ酸を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＦＶＲＣＬＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１３９）に記載されるアミノ酸を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１４０）に記載されるアミノ酸を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４２）に記載されるアミノ酸を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４４）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４５）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４６）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシン（Ｎｌｅ）である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号２２４）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａと結合する。
【0040】
ある特定の実施形態では、ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｄ／Ｅ－ＣＬＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３４）、ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＬＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３５）、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＭＥ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３８）、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＭＥ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３９）、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＶＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４０）、及びＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＶＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４１）からなる群から選択されるアミノ酸を含む非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が提供され、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｄ／Ｅ－ＣＬＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３４）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＫＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３６）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＸ２ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３７）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＬＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３５）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＭＥ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３８）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＫＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４３）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＸ２ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４４）ＣＫＰは、に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＭＥ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３９）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＶＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４０）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＫＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４５）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＸ２ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４６）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＶＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４１）に記載されるアミノ酸を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａと結合する。
【0041】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が提供され、ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれは、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは任意のアミノ酸であり、
ＣＫＰは、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質に関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性は、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６であり、ＣＫＰは、少なくとも２０％のαヘリックス含有率を有する。
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれは、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは任意のアミノ酸であり、
ＣＫＰは、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質に関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性は、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６であり、ＣＫＰは、少なくとも２０％のαヘリックス含有率を有する。
【0042】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸、１つ超のアミノ酸、または非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１におけるＸ１～Ｘ１０のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ２におけるＸ１～Ｘ５のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ３におけるＸ１～Ｘ３のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ４におけるＸ１は、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５におけるＸ１～Ｘ５のそれぞれは、任意のアミノ酸または非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される。
【0043】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）は、５００ｐＭ以下の親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、結合親和性は、表面プラズモン共鳴によって決定される。
【0044】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸、または非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、２つのアミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、３つのアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。
【0045】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基が修飾されている（例えば、キャップされている）。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＮ末端アミン基が修飾されている（例えば、キャップされている）。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基がキャップされ、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＮ末端アミン基が修飾されている（例えば、キャップされている）。
【0046】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基がアミド化されている。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＮ末端アミン基がアセチル化されている。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基がアミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）のＮ末端アミン基がアセチル化されている。
【0047】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）は、ＶＥＧＦ－Ａ活性を阻害する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＣＫＰは、約０．５ｎＭ～約１．０ｎＭのＩＣ５０でＶＥＧＦ－Ａ活性を阻害する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩスキャフォールドタンパク質は、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する。
【0048】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について抗体Ｇ６．３１と競合する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）と競合する非天然型ＣＫＰが提供される。
【0049】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｖ１４、Ｖ１５、Ｆ１７、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｉ４６、Ｋ４８、Ｎ６２、Ｄ６３、Ｌ６６、Ｍ８１、Ｉ８３、Ｋ８４、Ｐ８５、Ｈ８６、Ｇ８８、Ｑ８９、Ｉ９１、Ｃ１０４、Ｒ１０５、及びＰ１０６からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの少なくとも１つを含むＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープに結合する非天然型ＣＫＰ。
【0050】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｋ４８、Ｎ６２、及びＤ６３からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｙ２１、Ｙ２５、及びＰ１０６からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｈ８６及びＱ８９からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｍ８１、Ｄ１９、及びＱ２２からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｆ１７、Ｍ８１、及びＩ９１からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｖ１４、Ｆ１７、Ｄ１９、Ｑ２２、Ｍ８１、及びＩ９１からなる群から選択される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、残基は、Ｙ２５からなる群から選択される。
【0051】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、治療剤にコンジュゲートされている。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、標識にコンジュゲートされている。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、標識は、放射性同位体、蛍光色素、及び酵素からなる群から選択される。
【0052】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）をコードする単離された核酸が提供される。上記の実施形態のいずれか１つの核酸分子をコードする発現ベクターも提供される。上記の実施形態のいずれか１つの発現ベクターを含む細胞も提供される。上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を製造する方法であって、上記の実施形態のいずれか１つの細胞を培養することと、細胞培養物からＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を回収することとを含む方法も提供される。
【0053】
上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を製造する方法であって、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を化学的に合成することを含む方法も提供される。
【0054】
上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）と、薬学的に許容される担体とを含む組成物が本明細書に提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、組成物は、１つ以上の追加の化合物を含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、インターロイキン－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）、ＰＤＧＦ、アンジオポエチン、アンジオポエチン２、Ｔｉｅ２、Ｓ１Ｐ、インテグリンαｖβ３、αｖβ５、及びα５β１、ベータセルリン、アペリン／ＡＰＪ、エリスロポエチン、補体因子Ｄ、ＴＮＦα、ＨｔｒＡ１、ＶＥＧＦ受容体、ＳＴ－２受容体、ならびに加齢黄斑変性（ＡＭＤ）リスクと遺伝的に関連するタンパク質、例えば、補体経路成分Ｃ２、因子Ｂ、因子Ｈ、ＣＦＨＲ３、Ｃ３ｂ、Ｃ５、Ｃ５ａ、Ｃ３ａ、ＨｔｒＡ１、ＡＲＭＳ２、ＴＩＭＰ３、ＨＬＡ、インターロイキン－８（ＩＬ－８）、ＣＸ３ＣＲ１、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＣＥＴＰ、ＬＩＰＣ、ＣＯＬ１０Ａ１、及びＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、からなる群から選択される第２の生体分子に結合する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、非天然型ＣＫＰである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、抗体またはその抗原結合断片である。
【0055】
対象における血管新生及び／または血管透過性もしくは漏出を特徴とする眼疾患を治療する方法であって、有効量の上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を対象に投与することを含む方法が本明細書に提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、方法は、１つ以上の追加の化合物を投与することをさらに含む。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、追加の化合物（複数可）と同時に投与される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、追加の化合物（複数可）の前または後に投与される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、インターロイキン－６受容体（ＩＬ－６Ｒ）、ＰＤＧＦ、アンジオポエチン、アンジオポエチン２、Ｔｉｅ２、Ｓ１Ｐ、インテグリンαｖβ３、αｖβ５、及びα５β１、ベータセルリン、アペリン／ＡＰＪ、エリスロポエチン、補体因子Ｄ、ＴＮＦα、ＨｔｒＡ１、ＶＥＧＦ受容体、ＳＴ－２受容体、ならびに加齢黄斑変性（ＡＭＤ）リスクと遺伝的に関連するタンパク質、例えば、補体経路成分Ｃ２、因子Ｂ、因子Ｈ、ＣＦＨＲ３、Ｃ３ｂ、Ｃ５、Ｃ５ａ、Ｃ３ａ、ＨｔｒＡ１、ＡＲＭＳ２、ＴＩＭＰ３、ＨＬＡ、インターロイキン－８（ＩＬ－８）、ＣＸ３ＣＲ１、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＣＥＴＰ、ＬＩＰＣ、ＣＯＬ１０Ａ１、及びＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、からなる群から選択される第２の生体分子に結合する。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、非天然型ＣＫＰである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、追加の化合物は、抗体またはその抗原結合断片である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、眼疾患は、増殖性網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、糖尿病性及び他の虚血関連網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）及び網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）を含む網膜静脈閉塞症（ＲＶＯ）、角膜血管新生、網膜血管新生、ならびに末熟児網膜症（ＲＯＰ）からなる群から選択される眼内血管新生疾患である。
【0056】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）または組成物は、埋め込み装置を介して対象に投与される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、埋め込み装置は、眼内挿入物、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、非生物分解性眼インプラント、または生物分解性眼インプラントからなる群から選択される。
【0057】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、対象における血管新生及び／または血管透過性もしくは漏出を特徴とする眼疾患の治療における使用のための、上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を含む組成物が提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、眼疾患は、増殖性網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、糖尿病性及び他の虚血関連網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）及び網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）を含む網膜静脈閉塞症（ＲＶＯ）、角膜血管新生、網膜血管新生、ならびに末熟児網膜症（ＲＯＰ）からなる群から選択される眼内血管新生疾患である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、組成物は、埋め込み装置を介して対象に投与される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、埋め込み装置は、眼内挿入物、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、非生物分解性眼インプラント、または生物分解性眼インプラントからなる群から選択される。
【0058】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、対象における血管新生及び／または血管透過性もしくは漏出を特徴とする眼疾患の治療における使用のための、上記の実施形態のいずれか１つのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）を含む組成物が提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、眼疾患は、増殖性網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、糖尿病性及び他の虚血関連網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）及び網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）を含む網膜静脈閉塞症（ＲＶＯ）、角膜血管新生、網膜血管新生、ならびに末熟児網膜症（ＲＯＰ）からなる群から選択される眼内血管新生疾患である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、医薬品は、埋め込み装置を介して対象に投与される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、埋め込み装置は、眼内挿入物、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、非生物分解性眼インプラント、または生物分解性眼インプラントからなる群から選択される。
【0059】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）は、長時間作用性送達のために製剤化される。
【0060】
上記の実施形態のいずれかのＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型（ＣＫＰ）と、ＰＬＧＡとを含む製剤が本明細書に提供される。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、ＰＬＧＡは、ＰＬＧＡロッドである。
【0061】
ヒト低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）も本明細書に提供され、ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸である。
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸である。
【0062】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸、または非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、２つのアミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｚ２は、３つのアミノ酸である。
【0063】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、Ｇである。
【0064】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ１は、Ｒ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｎ、Ｓ、Ｇ、Ｒ、及びＡから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｒ、Ｈ、Ｖ、Ｋ、Ｓ、Ｇ、Ｉ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｖ、Ｎ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｖ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、Ｔ、Ｓ、Ｌ、及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ、Ｇ、Ａ、Ｉ、Ｒ、Ｎ、Ｓ、及びＶから選択されるアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ７は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｅ、Ｐ、及びＴから選択されるアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ８は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ａ、及びＳから選択されるアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ９は、ＲまたはＧから選択されるアミノ酸である。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ１において、Ｘ１０は、Ｅ、Ｗ、及びＧから選択されるアミノ酸である。
【0065】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ５において、Ｘ１は、Ｇ、Ｓ、Ｎ、Ｙ、Ａ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、Ｅ、Ｒ、Ｆ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｇ、Ｓ、Ｅ、Ｐ、Ｋ、Ｈ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｒ、Ｈ、Ｓ、Ｑ、Ｖ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｄ、Ｎ、Ｒ、Ｇ、Ｙ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸である。
【0066】
上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ２において、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ３において、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。上記の実施形態のうちのいずれかによる（またはそれらに適用される）ある特定の実施形態では、Ｌ４において、Ｘ１は、Ｖである。
【図面の簡単な説明】
【0067】
【図1】ＥＥＴＩ－ＩＩシスチンノットタンパク質の構造を示す。
【図2A】ＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０が、ＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）とＫＤＲとの間、ＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）とＦｌｔ－１との間、ＶＥＧＦ－Ａ １６５とＫＤＲとの間、ＶＥＧＦ－ＢとＦｌｔ－１との間、ＶＥＧＦ－ＣとＦｌｔ－４との間、ＶＥＧＦ－ＤとＦｌｔ－４との間、及びＰＩＧＦ－２とＦＬＴ－１との間の相互作用を妨害するかどうかを判定するために行われた実験の結果を示す。
【図2B】ＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０が、ＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）とＫＤＲとの間、ＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）とＦｌｔ－１との間、ＶＥＧＦ－Ａ １６５とＫＤＲとの間、ＥＧＦとＥＧＦＲとの間、ＰＤＧＦとＰＤＧＦＲとの間、ＮＧＦとＮＧＦＲとの間、及びＩＧＦとＩＧＦＲとの間の相互作用を妨害するかどうかを判定するために行われた実験の結果を示す。
【図3】ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２が、トリプシンプロテアーゼ活性を阻害するかどうかを判定するために行われた実験の結果を示す。
【図4】ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２がトリプシン消化に対して耐性であるかどうかを判定するために行われた実験の結果を示す。
【図5】ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の構造、野生型ＥＥＴＩ－ＩＩの構造を示し、ＶＥＧＦ結合ＣＫＰ変異型のジスルフィド結合の結合性パターンを、野生型ＥＥＴＩ－ＩＩのものと比較した概略図を提供する。
【図6】ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の共結晶構造を示す。
【図7】ＶＥＧＦ－Ａ上のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０、抗体Ｇ６．３１、及びＦｌｔ－２のドメイン２の結合面を示す空間充填モデルを示す。
【図8】ＶＥＧＦ－Ａ上のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０、抗体Ｇ６．３１、Ｆｌｔ－２のドメイン２の結合面を示すリボンダイアグラムモデルを示す。
【図9】ＶＥＧＦ－ＡとＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０との間の相互作用表面におけるＶＥＧＦ－Ａ上の接触残基を示す。
【図10】ＶＥＧＦ－Ａ上のベバシズマブＦａｂ、Ｚ－ドメイン、受容体遮断ペプチドｖ１０８の結合面を示す。
【図11】ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０のＶＥＧＦ－Ａへの結合、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２のＶＥＧＦＡへの結合に対するＶＥＧＦ－Ａにおけるアミノ酸置換変異の効果を判定するために行われた実験の結果を提供する。実験の結果は、２つの異なるｙ軸に対して示されている。
【図12】ラットの眼におけるＣＮＶに対するＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の効果を判定するために行われた実験の結果を提供する。
【図13】ＶＥＧＦ結合ＣＫＰ変異型のＩＣ５０値を判定するために行われた実験の結果を提供する。
【図14】ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３の構造を示す。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３のループ１内の８位にある残基が、ＶＥＧＦ－ＡのＧｌｎ２２の側鎖と水素結合を形成し得ることを示す、ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３の共結晶構造の一部も図１４に示されている。
【図15】クローン９．５４－２８、９．５４、９．５４．１－２、９．５４．１－３６、９．５４．１－４２、９．５４．１－６３、９．５４．１－９０、及び９．５４．１のｈＶＥＧＦ（８－１０９）に対する結合親和性を評価するために行われたファージ競合ＥＬＩＳＡ実験の結果を示す。
【図16A】クローン９．６３．４４－１の９．６３．４４－７への結合親和性を評価するために行われたファージ競合ＥＬＩＳＡ実験の結果を示す。
【図16B】クローン９．６３．４４－８の９．６３．４４－１４への結合親和性を評価するために行われたファージ競合ＥＬＩＳＡ実験の結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【0068】
ヒトＶＥＧＦ－Ａと特異的に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が提供される。かかる非天然型ＣＫＰは、以下の特徴のうちの１つ以上を呈する：約０．５ｎＭ未満～約１．０ｎＭ未満のＩＣ５０でのＶＥＧＦ－Ａ活性の阻害、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びＶＥＧＦ－Ａへの結合、トリプシン消化に対する耐性、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６のジスルフィド結合、少なくとも約１５％～少なくとも約５０％のαヘリックス含有量、抗体Ｇ６．３１が結合するエピトープとは異なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープへの結合、ベバシズマブが結合するエピトープとは異なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープへの結合、ならびに／またはＦｌｔ－１が結合するエピトープとは異なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープへの結合。
【0069】
ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型シスチンノットペプチドを含むキメラ分子及びコンジュゲート、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰをコードする核酸、及び組成物（例えば、薬学的組成物）も提供される。異常（例えば、過剰）血管新生及び／または異常血管透過性から生じる眼疾患及び／または障害（例えば、血管増殖性眼疾患及び／または障害）を治療するための、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰを使用する方法も提供される。眼疾患または障害の治療のための医薬品の治療における、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰの使用も提供される。
【0070】
関連する態様において、ヒト低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）と結合する非天然型ＣＫＰも提供される。
【0071】
本開示の実践は、別途示されない限り、生物細胞学、毒物学、分子生物学、生化学、細胞培養、免疫学、腫瘍学、組換えＤＮＡの分野、及び当該技術分野の範囲内にある関連分野における標準方法及び従来技術を用いる。かかる技術は、文献に記載されており、それによって当業者には利用可能である。例えば、Ａｌｂｅｒｔｓ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．，「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｅｌｌ」５ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，２００８、Ｖｏｅｔ，Ｄ．ｅｔ ａｌ．「Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｌｉｆｅ ａｔ ｔｈｅ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｌｅｖｅｌ」，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｈｏｂｏｋｅｎ，ＮＪ，２００８、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．ｅｔ ａｌ．，「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，２００１、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．ｅｔ ａｌ．，「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８７、及び定期更新、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．，「Ｃｕｌｔｕｒｅ ｏｆ Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｂａｓｉｃ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ」，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｓｏｍｅｒｓｅｔ，ＮＪ，２０００、ならびにシリーズ「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡを参照されたい。
【0072】
定義
本明細書で使用される場合、「非天然型」とは、例えば、天然に見出されないアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、例えば、天然に見出されないヌクレオチド配列を含む核酸を意味する。本明細書に提供される「非天然型シスチンノットペプチド」または「非天然型ＣＫＰ」（またはそれらをコードする核酸）は、野生型ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質のアミノ酸配列、すなわち、ＧＣＰＲＩＬＭＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１）を有さず、ループ１（Ｌ１）は、アミノ酸配列ＰＲＩＬＭＲ（配列番号９２）であり、ループ２（Ｌ２）は、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）であり、ループ３（Ｌ３）は、アミノ酸配列ＬＡＧであり、ループ４（Ｌ４）は、アミノ酸Ｖであり、ループ５（Ｌ５）は、アミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１５）である。本明細書に提供される非天然型ＣＫＰは、遺伝子工学方法または化学合成方法によって製造することができる。したがって、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰは、組換え、すなわち、異種核酸の導入または天然核酸の改変によって、細胞の本来の形態と異なる形態に修飾された細胞、もしくは核酸、もしくはベクター、またはそのように修飾された細胞に由来する細胞によって製造され得る。あるいは、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰは、化学的ペプチド合成によって製造することができる。
本明細書で使用される場合、「非天然型」とは、例えば、天然に見出されないアミノ酸配列を含むポリペプチド、または、例えば、天然に見出されないヌクレオチド配列を含む核酸を意味する。本明細書に提供される「非天然型シスチンノットペプチド」または「非天然型ＣＫＰ」（またはそれらをコードする核酸）は、野生型ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質のアミノ酸配列、すなわち、ＧＣＰＲＩＬＭＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１）を有さず、ループ１（Ｌ１）は、アミノ酸配列ＰＲＩＬＭＲ（配列番号９２）であり、ループ２（Ｌ２）は、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）であり、ループ３（Ｌ３）は、アミノ酸配列ＬＡＧであり、ループ４（Ｌ４）は、アミノ酸Ｖであり、ループ５（Ｌ５）は、アミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１５）である。本明細書に提供される非天然型ＣＫＰは、遺伝子工学方法または化学合成方法によって製造することができる。したがって、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰは、組換え、すなわち、異種核酸の導入または天然核酸の改変によって、細胞の本来の形態と異なる形態に修飾された細胞、もしくは核酸、もしくはベクター、またはそのように修飾された細胞に由来する細胞によって製造され得る。あるいは、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰは、化学的ペプチド合成によって製造することができる。
【0073】
本明細書で使用される場合、「シスチンノットペプチド」または「ＣＫＰ」という用語は、３つのジスルフィド結合を形成する６つの保存システイン残基を含有する２６～５０アミノ酸長のペプチドを指す。ジスルフィドのうちの１つは、２つの他のジスルフィド及びそれらの相互接続する骨格によって形成される大環状分子を貫通し、それにより複数のループが表面上に露出した、特徴的なノットを有するトポロジーをもたらす。ループは、６つの保存システイン残基に並ぶアミノ酸領域として定義され、性質上高度に可変である。
【0074】
本明細書で使用される場合、「アミノ酸改変」とは、例えば、ペプチド配列（例えば、非天然型ＣＫＰを生成するためのＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩペプチド配列、または別の非天然型ＣＫＰを生成するための非天然型ＣＫＰ）における少なくとも１つのアミノ酸の挿入、欠失、または置換を指す。
【0075】
「単離された」非天然型ＣＫＰまたは組成物とは、その自然環境の成分から特定及び分離され、かつ／または回収されたものである。その自然環境の混入成分は、非天然型ＣＫＰの診断上または治療上の使用を妨げる材料であり、これらには、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質が含まれ得る。好ましい実施形態では、非天然型ＣＫＰは、（１）ローリー法により判定した場合に非天然型ＣＫＰの９５重量％を上回り、最も好ましくは９９重量％を上回る、（２）スピニングカップシーケネータ（ｓｐｉｎｎｉｎｇ ｃｕｐ ｓｅｑｕｅｎａｔｏｒ）を使用してＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度、または（３）クーマシーブルー、もしくは好ましくは銀染色を用いて還元もしくは非還元条件下でＳＤＳ－ＰＡＧＥによって、均質になるまで精製される。ＣＫＰの自然環境の少なくとも１つの成分が存在しないことになるため、単離された非天然型ＣＫＰは、組換え細胞内でインサイツのＣＫＰが含まれる。単離された非天然型ＣＫＰは、少なくとも１つの精製ステップによって調製される。
【0076】
本明細書において特定されるポリペプチド配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント（％）」または「相同性」は、任意の保存的置換を配列同一性の一部として考慮して配列をアライメントした後に、候補配列内のアミノ酸残基が、比較されるポリペプチド内のアミノ酸残基と同一である割合として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを判定するためのアライメントは、当該技術分野の技術範囲内の様々な方法で、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ－２、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア等の公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを使用して達成され得る。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大のアライメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメントを測定するための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、本明細書における目的のために、アミノ酸配列同一性％値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ－２を使用して生成される。ＡＬＩＧＮ－２配列比較コンピュータプログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．によって作成されたものであり、そのソースコードは、ユーザ文書と共に米国著作権庁（Ｕ．Ｓ．Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｏｆｆｉｃｅ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｄ．Ｃ．，２０５５９）に提出されており、米国著作権登録番号 ＴＸＵ５１００８７の下に登録されている。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ．，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａから公的に利用可能である。ＡＬＩＧＮ－２プログラムは、ＵＮＩＸオペレーティングシステム、好ましくはデジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄで使用するためにコンパイルすべきである。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ－２プログラムによって設定されており、変動しない。
【0077】
本明細書で使用される場合、「エピトープ」という用語は、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰが特異的に結合することができるタンパク質決定基を指す。エピトープは、エピトープに固有である空間構造にある約３～１０個のアミノ酸を含み得る。これらのアミノ酸は、タンパク質内で直線状であってもよく（すなわち、アミノ酸配列において連続的）、またはそれらはタンパク質の異なる部分に位置付けられてもよい（すなわち、アミノ酸配列において非連続的）。タンパク質内または２つのタンパク質の界面でのアミノ酸の空間構造を決定する方法は、当該技術分野で既知であり、これには、例えば、Ｘ線結晶解析及び２次元核磁気共鳴が含まれる。
【0078】
「ジスルフィド結合パターン（ＤＢＰ）」、「ジスルフィド結合の結合性」及び「ジスルフィド連結パターン」という用語は、ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質に対するシステインの連結パターンを指す。ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質は、結合性Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ５、及びＣ３－Ｃ６を有する３つのジスルフィド結合を形成する６つの保存システイン残基（１～６に付番されている）を含む。ジスルフィド結合パターンは、トポロジー的に一定であり、であり、これは、ジスルフィド結合が、１つ以上のジスルフィドの結合を外す、例えば、酸化還元条件を使用することによってのみ変えることができることを意味する。
【0079】
治療目的のための「対象」、「患者」、または「個体」は、ヒト、飼育動物、及び家畜、ならびに動物園、競技用、または愛玩動物、例えば、イヌ、ウマ、ネコ、ウシ等を含む、哺乳動物として分類される任意の動物を指す。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。
【0080】
本明細書に開示されるような非天然型ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の「有効量」は、具体的に述べられた目的を実行するのに十分な量である。「有効量」は、経験的に、かつ述べられた目的に関連する既知の方法によって決定することができる。
【0081】
「治療有効量」という用語は、哺乳動物（例えば、ヒト患者）における疾患または障害を「治療する」のに有効な、本明細書に開示される非天然型ＣＫＰまたは組成物の量を指す。眼疾患または眼障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の場合、本明細書に記載されるＶＥＧＦ－Ａと結合する治療有効量の非天然型ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物）とは、眼疾患の少なくとも１つの症状、例えば、本明細書の他の箇所にさらに詳細に記載される眼疾患の症状または障害を軽減、停止、または予防する量を指す。例えば、有効量は、眼疾患または眼障害（例えば、血管増殖性眼疾患または過剰な血管増殖を特徴とする眼障害）の症状を軽減または予防する、例えば、光干渉断層撮影（ＯＣＴ）によって測定されるような眼疾患の完全もしくは部分的な回復、及び／もしくは維持、または最高矯正視力の増加及び／もしくは維持（例えば、ＥＤＴＲＳ視力検査表によって評価される５文字超）、または眼底蛍光血管造影法によって評価される血管新生のサイズもしくは血管透過性の減少に十分な量と見なされるであろう。本明細書で使用される場合、有効量には、例えば、黄斑浮腫、高められた透過性（例えば、網膜血管透過性）、ＣＮＶ病変のサイズ、及び視力喪失の発症を予防または遅延させるのに十分な量も含まれるであろう。本明細書で使用される場合、有効量には、眼疾患の症状の発症を予防もしくは遅延させるか、症状疾患の経過を変える（例えば、限定されるものではないが、眼疾患の症状の進行を遅らせる）か、疾患の症状を逆転させるのに十分な量も含まれるであろう。
【0082】
本明細書で使用さる場合、「治療」とは、臨床結果を含む有益または所望の結果を得るためのアプローチである。本発明の目的のために、有益または所望の臨床結果には、眼疾患から生じる１つ以上の症状の緩和、眼疾患の程度の低減、眼疾患の安定化（例えば、疾患の悪化の予防もしくは遅延）、疾患の（例えば、周辺眼組織への）拡散の予防もしくは遅延、眼疾患の再発の予防もしくは遅延、眼疾患の進行の予防もしくは遅延、疾患状態の改良、眼疾患の緩解もしくは回復（部分的もしくは完全な）の提供、眼疾患の治療に必要な１つ以上の他の医薬品の投与量の減少、眼疾患の進行の遅延、生活の質の増加または改善、及び／または視力喪失の予防もしくは遅延のうちの１つ以上が含まれるが、これらに限定されない。「治療」には、眼疾患の病理学的帰結（例えば、視力喪失等）の低減も包含される。本明細書に提供される方法は、治療のこれらの態様のうちのいずれか１つ以上を企図する。
【0083】
「障害」は、本明細書に記載されるＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰでの治療から利益を得られる任意の状態である。本明細書における治療されるＶＥＧＦ－Ａ関連障害の非限定的な例としては、本明細書の他の箇所に記載されるような、眼疾患及び障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）が挙げられる。
【0084】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される」または「薬理学的に適合する」とは、生物学的に、または他の様式で望ましくないことはない物質を意味し、例えば、この物質は、任意の顕著な望ましくない生物学的効果を引き起こすか、またはそれが含まれる組成物の他の成分のいずれかと有害な様式で相互作用することなく、患者に投与される薬学的組成物中に組み込まれ得る。薬学的に許容される担体または賦形剤は、好ましくは、毒性学的及び製造試験の要求される標準を満たし、かつ／または米国食品医薬品局によって準備された不活性成分ガイドに含まれている。
【0085】
「検出する」という用語は、ある物質の存在もしくは不在を判定すること、またはある物質（例えば、標的リガンド）の量を定量化することを含むことを意図する。したがって、この用語は、本明細書に提供される物質、組成物、及び方法の、定性的及び定量的判定のための使用を指す。一般に、検出に使用される特定の技術は、本発明の実践において重要ではない。
【0086】
例えば、本発明による「検出」は、標的リガンド（ヒト低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）ポリペプチドもしくはヒト血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）ポリペプチドを含むがこれらに限定されない）の存在もしくは不在、標的リガンドのレベルの変化、及び／または標的リガンドの生物学的機能／活性の変化を観察することを含み得る。ある特定の実施形態では、「検出」は、標的リガンドのレベル（例えば、ヒトＬＲＰ６またはヒトＶＥＧＦ－Ａのポリペプチドレベル）を検出することを含み得る。検出は、対照と比較した場合に、１０％～９０％の間の任意の値、または３０％～６０％の間の任意の値、または１００％超の変化（増加または減少）を定量化することを含み得る。検出は、２倍～１０倍（それらを含めて）の間の任意の値、またはそれ以上、例えば、１００倍の変化を定量化することを含み得る。
【0087】
本明細書で使用される場合、「標識」という語は、非天然型ＣＫＰと直接的または間接的にコンジュゲートされた検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、それ自体がそれ自体で検出可能（例えば、放射性同位体標識または蛍光標識）であり得るか、または酵素標識の場合、検出可能な基質化合物もしくは組成物の化学改変を触媒し得る。
【0088】
非天然型ＣＫＰの標的リガンドへの結合に関して、特定の標的リガンドへの「特異的結合」、またはそれに「特異的に結合する」、またはそれに「特異的な」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能な程度に異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、一般に、結合活性を有しない同様の構造を有する分子である対照分子の結合と比較した、分子の結合を判定することによって測定され得る。例えば、特異的結合は、標的と類似する対照分子、例えば、過剰な非標識標的との競合によって判定することができる。この事例では、標識標的のプローブへの結合が、過剰な非標識標的によって競合的に阻害された場合に、特異的結合性が示される。ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰの「非標的」リガンドへの結合の程度は、例えば、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）分析または放射性免疫沈降法（ＲＩＡ）によって判定して、非天然型ＣＫＰのその標的リガンド（例えば、ＬＲＰ６またはＶＥＧＦ－Ａ）への結合の約１０％未満となる。ある特定の実施形態では、本開示の非天然型ＣＫＰは、約４℃、２５℃、３７℃、または４５℃の温度で測定して、１００ｎＭ以下、任意に１０ｎＭ未満、任意に１ｎＭ未満、任意に０．５ｎＭ未満、任意に０．１ｎＭ未満、任意に０．０１ｎＭ未満、または任意に０．００５ｎＭ未満の解離定数（Ｋｄ）で標的リガンド（例えば、ヒト低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）またはヒト血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ））に特異的に結合する。
【0089】
本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、この技術分野における当業者には容易に知られているそれぞれの値に対する通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする態様を含む（かつそれを記述する）。例えば、「約Ｘ」について言及する記述は、「Ｘ」の記述を含む。
【0090】
本明細書に記載される本発明の態様及び実施形態は、態様及び実施形態を「含み」、それら「からなり」、かつそれら「から本質的になる」ことを含む。
【0091】
特許出願及び公報を含む、本明細書に引用される全ての参考文献は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【0092】
ヒト血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）と結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）
ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が本明細書に提供され、ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造（すなわち、スキャフォールド構造Ｉ）を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
ＣＫＰは、５００ｐＭ以下の親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。
ある特定の実施形態では、血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が本明細書に提供され、ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造（すなわち、スキャフォールド構造Ｉ）を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、
ＣＫＰは、５００ｐＭ以下の親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。
【0093】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0094】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質に関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性は、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６である。
【0095】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＺ１及び／またはＺ２は、Ｇである。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、４つのアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、５つのアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型アミノ酸は、Ｎ－アセチルグリシンまたはグリシンアミドである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ１を含み、式中、Ｘ３は、Ｉではなく、Ｘ５は、Ｍではなく、かつ／またはＸ６は、Ｒではない。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｐ、Ｑ、Ｒ、Ｔ、Ｖ、Ｄ、Ｎ、Ｋ、Ｌ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｄ、Ｌ、Ｖ、Ｉ、Ｒ、Ｐ、Ｎ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｔ、Ｐ、Ｍ、Ｌ、Ｓ、Ｆ、Ｒ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｔ、Ｑ、Ｄ、Ｗ、Ｌ、Ｅ、Ｓ、Ｋ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｐ、Ｖ、Ｅ、Ｋ、Ｌ、Ｉ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ、Ｎ、Ｆ、Ｐ、Ｌ、Ｙ、Ｔ、Ｄ、Ｍ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｑ、Ｗ、Ｈ、及び／Ｘから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ８は、Ｙ、Ａ、Ｇ、Ｄ、Ｅ、Ｗ、Ｓ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ１を含み、式中、Ｘ９は、Ｌ、Ｉ、Ｖ、Ｄ、Ｅ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ１を含み、式中、Ｘ１０は、Ｙ、Ｔ、Ｍ、Ｎ、Ｆ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0096】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0097】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｇ、Ｑ、Ｈ、Ｒ、Ｌ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｍ、Ｗ、Ｙ、Ｆ、Ｌ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｆ、Ｈ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｑ、Ｄ、Ｎ、Ｋ、Ｈ、Ｅ、及びＳから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｆ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３が、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0098】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８を有するＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｐ、Ｑ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｌ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｔ、Ｍ、及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｑ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｐ、及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ及びＦから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｑ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ８は、Ｙ、Ｇ、及びＤから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０を有するＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｑ、Ｒ、Ｔ、及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｐであり、Ｘ４は、Ｔ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｅ、Ｐ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｎ及びＰから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗ及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ８は、Ａ、Ｄ、Ｅ、及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ９は、Ｌ及びＩから選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｙ、Ｔ、Ｍ、及びＮから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｇ、Ｈ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｍ、Ｗ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｑ、及びＳから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ及びＳから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0099】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８を有するＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｄ、Ｑ、Ｎ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｖ、Ｉ、Ｒ、Ｌ、及びＰから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｌ、Ｓ、Ｍ、Ｔ、及びＦから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｑ、Ｌ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｌ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ５は、Ｓであり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、Ｘ４がＧではなく、かつ／またはＸ５がＦではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｈ、Ｌ、Ｒ、及びＱから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｗ、Ｆ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ４は、Ｑ、Ｎ、Ｋ、Ｈ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0100】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０を含むＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｋ、Ｑ、Ｌ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｐ及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｌ、Ｔ、Ｓ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ａ及びＳから選択されるアミノ酸であり、Ｘ９は、Ｌ、Ｖ、Ｅ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ１０は、Ｙ及びＦから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｑであり、Ｘ２は、Ｌ、Ｆ、Ｍ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｆ、Ｙ、及びＨから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｄ、Ｑ、Ｎ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓ及びＴから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0101】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８を含むＬ１を含み、式中、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇであり、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、及びＸ６はそれぞれ、Ｘ１がＰではなく、Ｘ２がＲではなく、Ｘ３がＩではなく、かつ／またはＸ６がＲではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８を含むＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｎ及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｉ及びＶから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｍ及びＬから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｌ、Ｑ、Ｄ、及びＫから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｐであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｙ、Ｔ、Ｌ、及びＭから選択されるアミノ酸であり、Ｘ７は、Ｗであり、Ｘ８は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｑ、Ｈ、Ｌ、及びＲら選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｙ及びＷから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ４は、Ｑ及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ３は、Ｙであり、Ｘ５は、Ｓであり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、かつ／またはＸ４がＧではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、ＧまたはＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｑ、Ｌ、Ｐ、Ｒ、Ｅ、及びＭから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｓ、Ｄ、及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｆ、Ｙ、Ｌ、Ｍ、及びＩから選択されるアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｅ、Ｄ、Ｑ、Ｌ、及びＳから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４であり、式中、Ｘ１は、ＶまたはＦである。
【0102】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｇ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ以外の任意のアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ以外の任意のアミノ酸であり、かつ／またはＸ５は、Ｆ以外の任意のアミノ酸である。
【0103】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８を含むＬ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｎ、Ｄ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｉ、Ｖ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、ＭまたはＸであり、Ｘ４は、Ｌ、Ｑ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、ＰまたはＸであり、Ｘ６は、Ｆ、Ｙ、またはＸであり、Ｘ７は、ＷまたはＸであり、Ｘ８は、ＧまたはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれは、Ｘ１がロイシン（Ｌ）ではなく、Ｘ２がアラニン（Ａ）ではなく、Ｘ３がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドから選択される非天然型アミノ酸であり、非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｍ、Ｆ、Ｌ、Ｖ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｓ、Ｎ、Ｑ、Ｉ、Ｙ、Ｅ、Ｖ、Ｔ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｄ、Ｑ、Ｔ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、Ｖ以外の任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、Ｉ、Ｌ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニンガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ３は、Ｙ、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓ、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、かつ／またはＸ４がＧではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｑ、Ｈ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｙ、Ｗ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、ＹまたはＸであり、Ｘ４は、Ｑ、Ｎ、またはＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、ＳまたはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、ＧまたはＸであり、Ｘ２は、Ｒ、Ｐ、またはＸであり、Ｘ３は、ＤまたはＸであり、Ｘ４は、Ｆ、Ｉ、またはＸであり、Ｘ５は、Ｅ、Ｄ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１～Ｘ３のそれぞれは、Ｘ１がロイシン（Ｌ）ではなく、Ｘ２がアラニン（Ａ）ではなく、Ｘ３がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドから選択される非天然型アミノ酸であり、非天然型アミノ酸は、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｍ、Ｆ、Ｌ、Ｖ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｓ、Ｎ、Ｑ、Ｉ、Ｙ、Ｅ、Ｖ、Ｔ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｄ、Ｑ、Ｔ、Ｎ、Ｅ、Ｒ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、Ｖ以外の任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、Ｉ、Ｌ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニンガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ３は、Ｙ、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、Ｘ５は、Ｓ、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸であり、Ｘ１、Ｘ２、及びＸ４はそれぞれ、Ｘ１がＧではなく、Ｘ２がＰではなく、かつ／またはＸ４がＧではないことを除き、任意のアミノ酸、またはＬ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｑ、Ｈ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｙ、Ｗ、及びＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、ＹまたはＸであり、Ｘ４は、Ｑ、Ｎ、またはＸから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、ＳまたはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）は、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、ＧまたはＸであり、Ｘ２は、Ｒ、Ｐ、またはＸであり、Ｘ３は、ＤまたはＸであり、Ｘ４は、Ｆ、Ｉ、またはＸであり、Ｘ５は、Ｅ、Ｄ、またはＸであり、Ｘは、Ｌ－プロパルギルグリシン－ＰＥＧ６－、Ｌ－スルホチロシン、Ｌ－ノルロイシン、Ｌ－１－ナフチルアラニン、Ｌ－２－ナフチルアラニン、Ｌ－２－クロロトリプトファン、Ｌ－３－フルオロチロシン、Ｌ－４－フルオロフェニルアラニン、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリン、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリン、４－ＯＨ－Ｌ－プロリン、４－フルオロ－Ｌ－プロリン、４－［４－（トリフルオロメチル）－ベンジル］－Ｌ－プロリン、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニン、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニン、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニン、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－メチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－エチルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（１－Ｎ－イソプロピルインドール）－Ｌ－アラニン、３－（５－アザ－インドール）－Ｌ－アラニン、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニン、２－ナフチル－Ｌ－アラニン、Ｌ－４，４’－ビフェニルアラニン、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニン、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニン、４－メチル－２－ピリジル－アラニン、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニン、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニン、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニン、３－イソキノリニル－Ｌ－アラニン、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）、３－シクロブチル－Ｌ－アラニン、シクロペンチル－Ｌ－アラニン、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシン、ｔ－ブチル－Ｌ－グリシン（別名、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシン）、Ｌ－シクロペンチルグリシン、Ｌ－シクロブチルグリシン、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニン、３，４－フルオロ－Ｌ－フェニルアラニン、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニン、２－クロロ－Ｌ－チロシン、２－メチル－Ｌ－チロシン、２－エチル－Ｌ－チロシン、４－（ナフタレン－１－オール）－Ｌ－アラニン、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、グリシンアミド、グリセロールのグリシンエステル、グリコールのグリシンエステル、オキセタン－３－イルのグリシンエステル、及びグリシンモルホリンアミドからなる群から選択される非天然型アミノ酸である。
【0104】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0105】
また、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）が本明細書に提供され、ＣＫＰは、以下に提供されるシスチンスキャフォールド構造（すなわち、スキャフォールド構造Ｉ）を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが任意のアミノ酸であり、
ＣＫＰは、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩに関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性が、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６であり、ＣＫＰが、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％のαヘリックス含有量パーセント（これらの値の間の任意の範囲を含む）を有する。
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが任意のアミノ酸であり、
ＣＫＰは、配列番号１に記載されるアミノ酸配列を有する野生型Ｅｃｂａｌｌｉｕｍ ｅｌａｔｅｒｉｕｍトリプシン阻害剤ＥＥＴＩ－ＩＩに関連して改変されたジスルフィド結合の結合性を有し、改変されたジスルフィド結合の結合性が、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６であり、ＣＫＰが、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、少なくとも約５０％のαヘリックス含有量パーセント（これらの値の間の任意の範囲を含む）を有する。
【0106】
ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰは、５００ｐＭ以下の親和性でＶＥＧＦ－Ａに結合する。
【0107】
ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰのＶＥＧＦ－Ａへの結合親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴または以下の実施例において詳述される他のアッセイによって判定される。
【0108】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＺ１及び／またはＺ２は、Ｇである。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、４つのアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、５つのアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型アミノ酸は、Ｎ－アセチルグリシンまたはグリシンアミドである。
【0109】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0110】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ２がプロリン（Ｐ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、Ｌ５を含み、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれは、Ｘ４がグリシン（Ｇ）ではないことを除き、任意のアミノ酸である。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型ＣＫＰは、約０．５ｎＭ～約１．０ｎＭのＩＣ５０でＶＥＧＦ－Ａ活性を阻害する。ある特定の実施形態では、阻害の程度は、以下の実施例においてさらに詳細に記載されるように、細胞性ＩＣ５０アッセイによって判定される。
【0111】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、上記のスキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＨＭＭＹＤＹ（配列番号２３１）、またはＫ／Ｐ／Ｑ／Ｒ－Ｋ／Ｔ／Ｌ／Ｄ－Ｗ／Ｔ／Ｍ／Ｌ－Ｑ／Ｒ／Ｄ－Ｗ／Ｆ／Ｐ／Ｖ－Ｗ／Ｋ／Ｆ－Ｙ／Ｑ／Ｗ－Ｍ／Ｙ／Ｇ／Ｄ（配列番号１１５）、またはＥ／Ｇ／Ｐ／Ｑ／Ｒ／Ｔ／Ｖ－Ｔ／Ｅ／Ａ／Ｄ－Ｄ／Ｔ／Ｉ／Ｐ－Ｗ／Ｖ／Ｑ／Ｔ／Ｗ－Ｙ／Ｆ／Ｎ／Ｅ／Ｐ／Ｋ－Ｐ／Ｅ／Ｗ／Ｎ／Ｐ－Ｈ／Ｑ／Ｋ／Ｗ／Ｈ－Ｑ／Ｆ／Ｅ／Ａ／Ｄ／Ｗ－Ｉ／Ｌ／Ｈ－Ｄ／Ｗ／Ｐ／Ｙ／Ｔ／Ｍ／Ｎ（配列番号２３２）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、ＶまたはＦを含むＬ４を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｇ／Ｅ／Ｙ／Ｑ／Ｈ－Ｐ／Ｍ／Ｗ／Ｙ－Ｎ／Ｙ／Ｗ－Ｇ／Ｄ／Ｔ／Ｑ／Ｒ／Ｓ－Ｆ／Ａ／Ｅ／Ｓ（配列番号２０）またはＳＷＷＰＳＬ（配列番号２３７）を含むＬ５を含む。
【0112】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、上記のスキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号８～１４及び２２５～２３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、ＶまたはＦを含むＬ４を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＣＫＰは、配列番号１５～１８及び２３３～２３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む）。配列番号８～１８、２２５～２３０、及び２３３～２３８のアミノ酸配列は、以下の表１に提供される。
【0113】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号２１～１７及び２３９～２４４のうちのいずれか１つのアミノ酸配列を含む。配列番号２１～１７及び２３９～２４４のアミノ酸配列は、以下の表２に提供される。
【0114】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、上記のスキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｑ／Ｈ／Ｅ／Ｎ／Ｄ－Ｌ／Ｖ／Ｒ／Ｐ／Ｉ－Ｍ／Ｆ／Ｌ－Ｑ／Ｅ／Ｒ／Ｌ－Ｐ－Ｆ／Ａ／Ｌ／Ｓ－Ｗ－Ｇ（配列番号３５８）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＱＳ（配列番号１７）を含むＬ５をさらに含む。
【0115】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号３３、３６、及び２４５～２５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＱＳ（配列番号１７）を含むＬ５をさらに含む。配列番号３３、３６、及び２４５～２５３のアミノ酸配列は、以下の表３に提供される。
【0116】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号２６５～２７５のいずれか１つのアミノ酸配列を含む。配列番号２６５～２７５のアミノ酸配列は、以下の表４に提供される。
【0117】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＱＬＭＱＰＦＷＧ（配列番号１０）を含むＬ１をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｒ／Ｈ－Ｗ－Ｙ－Ｎ／Ｑ／Ｈ－Ｓ（配列番号３５９）を含むＬ５を含む。
【0118】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、上記のスキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＱＬＭＱＰＦＷＧ（配列番号１０）を含むＬ１をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＨＷＹＱＳ（配列番号１７）、ＲＷＹＨＳ（配列番号４３）、及びＲＷＹＮＳ（配列番号１３３）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５を含む。
【0119】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号２３、２７６、及び２７８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号２３、２７６、及び２７８は、以下の表５に提供される。
【0120】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｑ／Ｄ／Ｋ／Ｎ／Ａ／Ｒ／Ｈ－Ｌ／Ｖ／Ｉ／Ｒ／Ｐ／Ｖ／－Ｍ／Ｌ／Ｓ／Ｔ／Ｆ－Ｑ／Ｅ／Ｌ／Ｈ－Ｐ－Ｆ／Ｌ／Ｍ／Ｙ／Ｓ－Ｗ－Ｇ（配列番号４０）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｈ／Ｌ／Ｒ／Ｑ／－Ｗ／Ｆ／Ｙ－Ｙ－Ｑ／Ｎ／Ｋ／Ｈ／Ｄ／Ｅ－Ｓ（配列番号３６０）を含むＬ５をさらに含む。
【0121】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号２８～３９及び２５４～２６１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１７、４１～４６、１３３、２６２～２６４、及び５６７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む。配列番号１７、２８～３９、４１～４６、１３３、２５４～２６４、及び５６７のアミノ酸配列は、以下の表６に提供される。
【0122】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号４７～５９及び２７９～２８６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号４７～５９及び２７９～２８６のアミノ酸配列は、以下の表７に提供される。
【0123】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｑ／Ｄ／Ｋ／Ｗ／Ｅ／Ｌ／Ｒ－Ｄ／Ｎ－Ｐ／Ｒ／Ｌ／Ｔ－Ｔ／Ｓ／Ｌ／Ｋ－Ｆ／Ｖ／Ｌ／Ｉ－Ｎ／Ｄ－Ｗ－Ａ／Ｓ／Ｇ－Ｌ／Ｖ／Ｅ／Ｔ／Ｑ／Ｄ－Ｆ／Ｙ（配列番号７０）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｑ／Ｒ－Ｍ／Ｌ／Ｆ／Ｈ－Ｙ／Ｆ／Ｈ－Ｄ／Ｑ／Ｎ／Ｋ－Ｓ／Ｔ（配列番号８０）を含むＬ５をさらに含む。
【0124】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号６０～６９及び２８７～２９１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１６、７１～７９、２７４、及び２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む。配列番号１６、６０～６９、７１～７９、２７４、及び２８７～２９２のアミノ酸配列は、以下の表８に提供される。
【0125】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号８１～９１及び２９３～２９７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号８１～９１及び２９３～２９７のアミノ酸配列は、以下の表９に提供される。
【0126】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｋ／Ｇ／Ｑ／Ｓ／Ｎ－Ｑ／Ｌ／Ｐ／Ａ／Ｖ／Ｔ／Ｒ／Ｗ／Ｋ／Ｇ／Ｙ－Ｄ／Ｓ／Ｅ／Ｎ－Ｓ／Ｆ／Ｙ／Ｌ／Ｆ／Ｑ／Ｍ－Ｄ／Ｅ／Ｎ／Ａ／Ｌ／Ｆ／Ｈ／Ｑ（配列番号９８）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５をさらに含む。
【0127】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号９４～９７及び２９８～３０９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５をさらに含む。配列番号９４～９７及び２９８～３０９のアミノ酸配列は、以下の表１０に提供される。
【0128】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号９９～１０２及び３１０～３２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号９９～１０２及び３１０～３２１のアミノ酸配列は、以下の表１１に提供される。
【0129】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｎ－Ｉ－Ｍ／Ｌ－Ｌ／Ｓ／Ｔ／Ｑ／Ｎ／Ｅ／Ｄ－Ｐ－Ｆ／Ｙ／Ｓ－ＷＧ（配列番号４５４）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＲＤＦＥ（配列番号９７）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｌ／Ｖ／Ｍ／Ｆ－Ａ／Ｑ／Ｅ／Ｓ／Ｎ／Ｙ／Ｉ／Ｔ－Ｇ／Ｑ／Ｒ／Ｄ／Ｔ／Ｎ／Ｅを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸ＶまたはＩを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５をさらに含む。
【0130】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）、ＮＩＬＬＰＦＷＧ（配列番号３９６）、ＮＩＬＬＰＹＷＧ（配列番号３９７）、ＮＩＭＳＰＦＷＧ（配列番号３９８）、ＮＩＭＴＰＦＷＧ（配列番号３９９）、ＮＩＭＱＰＦＷＧ（配列番号４００）、ＮＩＭＮＰＦＷＧ（配列番号４０１）、ＮＩＭＥＰＦＷＧ（配列番号４０２）、ＮＩＭＤＰＦＷＧ（配列番号４０３）、ＮＩＭＬＰＳＷＧ（配列番号４１４）、及びＮＩＭＬＰＹＷＧ（配列番号１４１）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造ＶまたはＩに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＲＤＦＥ（配列番号９７）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＬＱＱ、ＶＥＲ、ＭＳＤ、ＭＮＱ、ＭＱＴ、ＶＹＱ、ＦＩＮ、ＶＳＱ、ＶＴＥ、ＦＹＥ、ＭＥＱ、及びＶＹＲからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｉを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５をさらに含む。
【0131】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１０３～１１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号１０３～１１４のアミノ酸配列は、以下の表１２に提供される。
【0132】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｋ／Ｇ／Ｄ／Ａ／Ｅ－Ｑ／Ｅ／Ｒ／Ｖ／Ｐ／Ｄ／Ｍ／Ｇ／Ｎ／Ｌ／Ａ／Ｆ－Ｄ／Ｎ／Ｙ／Ｓ－Ｓ／Ｆ／Ｌ／Ｉ／Ｍ／Ｙ／Ｖ／Ｎ／Ｅ－Ｄ／Ｌ／Ｑ／Ｓ／Ｅ／Ｔ／Ｌ／Ａ／Ｎ（配列番号１２１）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５をさらに含む。
【0133】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１１７～１２０、２１１、及び３２２～３３９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５をさらに含む。配列番号１１７～１２０、２１１、及び３２２～３３９のアミノ酸配列は、以下の表１３に提供される。
【0134】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１２２～１２６及び３４０～３５７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号１２２～１２６及び３４０～３５７のアミノ酸配列は、以下の表１４に提供される。
【0135】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｄ－Ｖ－Ｍ／Ｌ－Ｑ／Ｋ／Ｄ－Ｐ－Ｙ／Ｍ／Ｔ／Ｌ－Ｗ－Ｇ（配列番号１３０）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。
【0136】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｈ／Ｌ／Ｑ／Ｒ－Ｗ－Ｙ－Ｎ－Ｓ（配列番号１３４）を含むＬ５をさらに含む。
【0137】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号１２７～１２９から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１３１～１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む。配列番号１２７～１２９及び１３１～１３３のアミノ酸配列は、以下の表１５に提供される。
【0138】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１３５～１３７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。配列番号１３５～１２７のアミノ酸配列は、以下の表１６に提供される。
【0139】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＰＤＩＤ（配列番号１１８）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｌ／Ｆ－Ａ／Ｖ／Ｓ－Ｇ／Ｒ／Ｎを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択されるアミノ酸を含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５をさらに含む。
【0140】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＰＤＩＤ（配列番号１１８）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＦＶＲ及びＬＳＮを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｖ、Ｉ、及びＬから選択されるアミノ酸を含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５をさらに含む。
【0141】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＦＶＲＣＬＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１３９）を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１４０）を含む。
【0142】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、本明細書に開示される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのうちのいずれか１つのＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５を含む。したがって、ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号８～１４、２８～３９、６０～６９、１２７～１２９、１４１、２２５～２３０、２４５～２６１、２８７～２９１、３９６～４０３、及び４１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号９３～９７、１１７～１２０、２１１、２９８～３０９、及び３２２～３３９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＬＡＧ、ＬＱＱ、ＶＥＲ、ＭＳＤ、ＭＮＱ、ＭＱＴ、ＶＹＱ、ＦＩＮ、ＶＳＱ、ＶＴＥ、ＦＹＥ、ＭＥＱ、及びＶＹＲ、ＦＶＲ、及びＬＳＮからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖ、Ｆ、Ｉ、またはＬを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、配列番号１５～１８、４１～４６、７１～７９、１３１～１３３、２３３～２３８、２６２～２６４、及び２９２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0143】
ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸が、本明細書に提供されるＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰから欠失される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸が、Ｎ末端から欠失される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸が、Ｃ末端から欠失される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸が、Ｎ末端及びＣ末端から欠失される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つの内部アミノ酸が欠失される。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣ（配列番号２１７）を含む。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0144】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、少なくとも１つのアミノ酸付加を含む。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸は、Ｎ末端に付加される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸は、Ｃ末端に付加される。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸は、Ｎ末端及びＣ末端に付加される。
【0145】
ある特定の実施形態では、２つのアミノ酸が、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＮ末端に付加される。ある特定の実施形態では、２つのアミノ酸は、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０２）に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＮ末端に付加される。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される２つのアミノ酸は、Ｆ／Ｉ／Ｇ／Ｔ／Ｖ／Ｌ－Ｈ／Ａ／Ｓ／Ｒである。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される２つのアミノ酸は、ＦＨ、ＩＡ、ＧＳ、ＴＲ、ＶＨ、及びＬＳからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＦＨ（配列番号３７９）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＩＡ（配列番号３８０）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＧＳ（配列番号３８１）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＴＲ（配列番号３８２）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＶＨ（配列番号３８３）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＬＳ（配列番号３８４）に記載されるアミノ酸配列を含む。
【0146】
ある特定の実施形態では、２つのアミノ酸は、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号３８６）に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＮ末端に付加される。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される２つのアミノ酸は、Ｒ／Ｗ／Ｐ／Ｄ／Ｑ／Ｅ／Ｓ－Ｔ／Ｋ／Ｅ／Ｆ／Ｑ／Ｌ／Ｓである。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される２つのアミノ酸は、ＲＴ、ＷＫ、ＰＬ、ＤＥ、ＱＦ、ＥＱ、ＰＴ、ＲＬ、及びＳＬからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＲＴ（配列番号３８７）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＷＫ（配列番号３８８）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＰＬ（配列番号３８９）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＤＥ（配列番号３９０）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＱＦ（配列番号３９１）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＥＱ（配列番号３９２）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＰＴ（配列番号３９３）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＲＬ（配列番号３９４）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧＳＬ（配列番号３９５）に記載されるアミノ酸配列を含む。
【0147】
ある特定の実施形態では、３つのアミノ酸が、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＮ末端に付加される。ある特定の実施形態では、２つのアミノ酸は、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０２）に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＮ末端に付加される。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される３つのアミノ酸は、Ｐ／Ｎ／Ｔ／Ｄ／Ｅ／Ｙ／Ｗ－Ｌ／Ｙ／Ｆ／Ｈ／Ｄ／Ｐ－Ｉ／Ｑ／Ｖ／Ｋ／Ｓ／Ｙ／Ｈである。ある特定の実施形態では、配列番号１０２のＮ末端に付加される３つのアミノ酸は、ＰＬＩ、ＮＹＱ、ＰＬＱ、ＴＦＱ、ＤＬＶ、ＥＨＫ、ＹＬＳ、ＷＤＹ、ＷＰＨ、及びＰＨＱからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＰＬＩ（配列番号３６９）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＮＹＱ（配列番号３７０）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＰＬＱ（配列番号３７１）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＴＦＱ（配列番号３７２）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＤＬＶ（配列番号３７３）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＥＨＫ（配列番号３７４）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＹＬＳ（配列番号３７５）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＷＤＹ（配列番号３７６）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＷＰＨ（配列番号３７７）に記載されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧＰＨＱ（配列番号３７８）に記載されるアミノ酸配列を含む。
【0148】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0149】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの変異型である。ある特定の実施形態では、かかる変異型は、配列番号８～１４、２８～３９、６０～６９、１２７～１２９、１４１、２２５～２３０、２４５～２６１、２８７～２９１、３９６～４０３、及び４１４、配列番号９３～９７、１１７～１２０、２１１、２９８～３０９、及び３２２－３３９、アミノ酸配列ＬＡＧ、ＬＱＱ、ＶＥＲ、ＭＳＤ、ＭＮＱ、ＭＱＴ、ＶＹＱ、ＦＩＮ、ＶＳＱ、ＶＴＥ、ＦＹＥ、ＭＥＱ、及びＶＹＲ、ＦＶＲ、及びＬＳＮ、ならびに／または１５～１８、４１～４６、７１～７９、１３１～１３３、２３３～２３８、２６２～２６４、及び２９２に記載される配列のうちの１つ以上における少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０のアミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換（複数可）は、保存的アミノ酸置換（複数可）である。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのヒトＶＥＧＦ－Ａに結合する能力を実質的に低下させない。例えば、ＶＥＧＦ－Ａ結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書に提供されるような保存的置換）が行われ得る。非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの変異型の結合親和性は、以下の実施例において記載される方法を使用して評価することができる。
【0150】
保存的置換は、「保存的置換」という見出しの下で以下の表１７に示される。より実質的な変化が、「例示の置換」という見出しの下で表１７に提供され、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下にさらに記載される。アミノ酸置換は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの変異型に導入され得、その産物は、所望の活性、例えば、保持／改善されたＶＥＧＦ－Ａ結合についてスクリーニングされ得る。
【0151】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
【0152】
例示的な置換変異型は、親和性成熟非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰであり、例えば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用して好都合に生成され得る。簡潔には、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５における１つ以上の残基が改変（すなわち、付加、欠失、または置換）され、変異型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰがファージ上に提示され、ＶＥＧＦ－Ａ結合親和性についてスクリーニングされる。親和性成熟のある特定の実施形態では、多様な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、ループシャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発）のいずれかによって、成熟のために選択された可変遺伝子中に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作製される。次いで、ライブラリがスクリーニングされ、ＶＥＧＦ－Ａに対する所望の親和性を有する任意の非天然型ＣＫＰ変異型を特定する。ある特定の実施形態では、多様性を導入することは、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５におけるいくつかの残基（例えば、一度に約５個、約４～６個、または約６～１０個）がランダム化されるループ指向性アプローチを伴う。標的リガンドへの結合に関与するＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデリングを使用して特定され得る。
【0153】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＱＳＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１５）を含む。
【0154】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１６）を含む。
【0155】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＫＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４２）を含む。
【0156】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６３）を含む。
【0157】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６４）を含む。
【0158】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＮＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２２２）を含む。
【0159】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＦＹＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２２３）を含む。
【0160】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４２）を含む。
【0161】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４０５）を含む。
【0162】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４０６）を含む。
【0163】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＳＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４０７）を含む。
【0164】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＴＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４０８）を含む。
【0165】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＱＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４０９）を含む。
【0166】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＮＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１０）を含む。
【0167】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＥＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１１）を含む。
【0168】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＤＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１２）を含む。
【0169】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＳＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１５）を含む。
【0170】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＳＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２１）を含む。
【0171】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＴＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２２）を含む。
【0172】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＥＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２３）を含む。
【0173】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＬＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２４）を含む。
【0174】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２５）を含む。
【0175】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＳ（配列番号４３１）を含む。
【0176】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３５）を含む。
【0177】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号３８６）を含む。
【0178】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４７）を含む。
【0179】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＱＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４８）を含む。
【0180】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの配列における１つ以上のアミノ酸は、非天然型アミノ酸で置換される。ある特定の実施形態では、１つ以上のアミノ酸は、同じ非天然型アミノ酸で置換される。ある特定の実施形態では、１つ以上のアミノ酸は、それぞれ、異なる非天然型アミノ酸で置換される。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５における任意のアミノ酸位置で非天然型アミノ酸を含む。
【0181】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１６）を含み、Ｎ末端グリシンは、Ｃ（＝Ｏ）－オキセタン－３イルでキャップされている。
【0182】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＸＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６８を含み、式中、Ｘは、オルニチンである。
【0183】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＸＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６１）を含み、式中、Ｘは、Ｎ－アセチルグリシンである。
【0184】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、スルホチロシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、３，４－ジフルオロ－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、３，４－ジクロロ－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、４－クロロ－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、３－Ｆ，４－Ｃｌ－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、２－ピリドン（ＮＨパラ）－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＸＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６２）を含み、式中、Ｘは、ピリドン（ＮＨメタ）－Ｌ－アラニンである。
【0185】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１８）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0186】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１９）を含み、式中、Ｘは、１－ナフチルアラニンである。
【0187】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２１９）を含み、式中、Ｘは、２－ナフチルアラニンである。
【0188】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＸＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号２２１）を含み、式中、Ｘは、ＰＥＧ６－プロパルギルグリシンである。
【0189】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号３６５）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0190】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４４）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0191】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４５）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0192】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＶＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４０）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＫＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４５）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＶＳＸ２ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４６）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＶＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４１）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。
【0193】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＫＣＶＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６１を含み、ここで、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＫＣＶＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６２を含み、ここで、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＣＮＩＸＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＫＣＶＳＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６３を含み、ここで、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＶＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６４を含み、ここで、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＶＳＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６５を含み、ここで、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＶＳＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６６を含み、ここで、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。
【0194】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１４６）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0195】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｄ／Ｅ－ＣＭＥ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３８）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＫＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４３）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＸ２ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５４４）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。
【0196】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＭＥ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５３９）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＫＣＭＥ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５５５）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＫＣＭＥＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５５６）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＫＣＭＥＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５５７）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＭＥ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５５８）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＭＥＤＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５５９）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＸ２ＣＭＥＥＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５６０）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。
【0197】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｄ／Ｅ－ＣＬＳ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３４）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＫＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３６）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＸ２ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３７）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩ－Ｎ／Ｋ／Ｘ２－ＣＬＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５３５）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号２２４）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＫＣＬＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５４９）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＫＣＬＳＤＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５０）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＫＣＬＳＥＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５１）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＸ２ＣＬＳ－Ｄ／Ｅ－ＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５２）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＸ２ＣＬＳＤＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５３）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＸ２ＣＬＳＥＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５４）を含み、式中、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、オルニチンである。
【0198】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＸＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１３）を含み、式中、Ｘは、ガンマ－ベンジル－Ｌ－プロリンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＸＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１３）を含み、式中、Ｘは、ガンマ－（４－フルオロ－ベンジル）－Ｌ－プロリンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＸＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１３）を含み、式中、Ｘは、４－ＯＨ－Ｌ－プロリンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＸＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１３）を含み、式中、Ｘは、４－フルオロ－Ｌ－プロリンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＸＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１３）を含み、式中、Ｘは、４－［４－（トリフルオロメチル）ベンジル］－Ｌ－プロリンである。
【0199】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１７）を含み、式中、Ｘは、Ｎ－メチルインドールである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１７）を含み、式中、Ｘは、Ｎ－エチルインドールである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１７）を含み、式中、Ｘは、Ｎ－イソプロピルインドールである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＸＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１７）を含み、式中、Ｘは、５－アザ－インドールである。
【0200】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、４－メチル－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、２－ナフチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、２－キノリル－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、４，４’－ビフェニル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、３－（３－キノリニル）－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、３－（２－キノリニル）－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、３－（２－キノキサリニル）－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、４－メチル－２－ピリジル－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、４－エチル－２－ピリジル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、ベンゾチアゾール－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、ベンゾチオフェン－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＸＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４１９）を含み、式中、Ｘは、３－（３－イソキノリニル）－Ｌ－アラニンである。
【0201】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２０）を含み、式中、Ｘは、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）である。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２０）を含み、式中、Ｘは、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２０）を含み、式中、Ｘは、３－シクロペンチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２０）を含み、式中、Ｘは、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシンである。
【0202】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、Ｌ－ｔｅｒｔ－ロイシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、ｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）である。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、Ｌ－シクロペンチルグリシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、３－シクロペンチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、Ｌ－シクロブチル－Ｌ－グリシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４２６）を含み、式中、Ｘは、５，５，５－トリフルオロ－Ｌ－ロイシンである。
【0203】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＸＹＱＳＣＧ（配列番号４２８）を含み、式中、Ｘは、２－ピリドンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＸＹＱＳＣＧ（配列番号４２８）を含み、式中、Ｘは、３，４－ヒドロキシ－Ｌ－フェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＸＹＱＳＣＧ（配列番号４２８）を含み、式中、Ｘは、３，４－フルオロフェニルアラニンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＸＹＱＳＣＧ（配列番号４２８）を含み、式中、Ｘは、３－フルオロ，４－ＯＨ－Ｌ－フェニルアラニンである。
【0204】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＸＱＳＣＧ（配列番号４３０）を含み、式中、Ｘは、２－クロロ－Ｌ－チロシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＸＱＳＣＧ（配列番号４３０）を含み、式中、Ｘは、２－メチル－Ｌ－チロシンである。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＸＱＳＣＧ（配列番号４３０）を含み、式中、Ｘは、２－エチル－Ｌ－チロシン、または４－（ナフタレン－１－オール－）－Ｌ－アラニンである。
【0205】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＸ（配列番号４３２）を含み、式中、Ｘは、Ｄ－セリン、Ｌ－ベータ－ホモセリン、Ｌ－ベータ－アラニン、Ｎ－アルファ－メチルグリシン、カルボキシ末端がグリセロールのエステルに変換されたグリシン、カルボキシ末端がグリコールのエステルに変換されたグリシン、カルボキシ末端がオキセタニルアルコールのエステルに変換されたグリシン、またはグリシンモルホリンアミドである。
【0206】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＱＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３６）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0207】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸ２ＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３７）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、ノルロイシンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。
【0208】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３８）を含み、式中、Ｘは、ノルロイシンである。
【0209】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＸ１ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸ２ＥＱＣＸ３ＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４３９）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、シクロブチル－Ｌ－グリシンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、ノルロイシンである。
【0210】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＣＮＩＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸ２ＥＱＣＸ３ＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４４０）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、シクロブチル－Ｌ－グリシンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。
【0211】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＸＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４４１）を含み、式中、Ｘは、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンまたはｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（別名、Ｌ－ネペンチルグリシン）である。
【0212】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＬＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＸＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号４４２）を含み、式中、Ｘは、シクロブチル－Ｌ－グリシンまたは３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。
【0213】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＮＩＸ２ＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＸ３（配列番号４４３）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、ノルロイシンであり、Ｘ３は、グリシンアミドである。
【0214】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＮＩＬＬＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＸ２（配列番号４４４）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、グリシンアミドである。
【0215】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＮＩＬＱＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＭＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＸ２（配列番号４４５）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、グリシンアミドである。
【0216】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＮＩＬＱＰＹＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＥＱＣＩＣＱＹＹＱＳＣＸ２（配列番号４４６）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、グリシンアミドである。
【0217】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＸＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号４４７）を含み、式中、Ｘは、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンまたはｔ－ブチル－Ｌ－アラニン（Ｌ－ネペンチルグリシン）である。
【0218】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＸＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号４４８）を含み、式中、Ｘは、シクロブチル－Ｌ－グリシンである。
【0219】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＸ１ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＸ２ＳＮＣ２Ｘ３ＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号４４９）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、シクロブチル－Ｌ－グリシンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、ノルロイシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。
【0220】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＸ１ＳＮＣ２Ｘ２ＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号４５０）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ２は、シクロブチル－Ｌ－グリシンである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンである。
【0221】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＸ２ＳＮＣ２Ｘ３ＣＨＷＹＮＳＣＸ４（配列番号４５１）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、及び／またはＸ４は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、及び／またはＸ４は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、３－シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、シクロブチル－Ｌ－グリシンであり、Ｘ４は、グリシンアミドである。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、アセチルグリシンであり、Ｘ２は、シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ３は、シクロブチル－Ｌ－アラニンであり、Ｘ４は、グリシンアミドである。
【0222】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＤＶＸ２ＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＸ３（配列番号４５２）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１、Ｘ２、及び／またはＸ３は、同じ非天然型アミノ酸ではない。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、ノルロイシンであり、Ｘ３は、グリシンアミドである。
【0223】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｘ１ＣＤＶＬＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＳＮＣＩＣＨＷＹＮＳＣＸ２（配列番号４５３）を含む。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、同じ非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１及びＸ２は、異なる非天然型アミノ酸である。ある特定の実施形態では、Ｘ１は、Ｎ－アセチルグリシンであり、Ｘ２は、グリシンアミドである。
【0224】
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端及びＮ末端の両方は、修飾されている（例えば、キャップされている）。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＣ末端カルボキシル基は、アミド化され、ＶＥＧＦ－Ａに結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＮ末端アミンは、アセチル化されている。
【0225】
構造特性
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの構造は、ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質とは異なる、すなわち、ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩのＣ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ５、及びＣ３－Ｃ６ジスルフィド結合パターンとは異なるジスルフィド結合の結合性を有する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６のジスルフィド結合の結合性を有する。例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのジスルフィド結合を判定する方法には、例えば、ＶＥＧＦ－Ａと複合体化した非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの共結晶構造を、部分還元アルキル化後の質量分析法、またはタンパク質分解後の質量分析法を介して解明及び分析すること、Ｓａｍｐｏｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｓｔｒｕｃｔ Ｆｕｎｃｔ Ｇｅｎ．４０，１６８－１７４に記載されるような構造計算を行うこと等が含まれる。
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの構造は、ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質とは異なる、すなわち、ＷＴ ＥＥＴＩ－ＩＩのＣ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ５、及びＣ３－Ｃ６ジスルフィド結合パターンとは異なるジスルフィド結合の結合性を有する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６のジスルフィド結合の結合性を有する。例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのジスルフィド結合を判定する方法には、例えば、ＶＥＧＦ－Ａと複合体化した非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの共結晶構造を、部分還元アルキル化後の質量分析法、またはタンパク質分解後の質量分析法を介して解明及び分析すること、Ｓａｍｐｏｌｉ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｐｒｏｔｅｉｎｓ Ｓｔｒｕｃｔ Ｆｕｎｃｔ Ｇｅｎ．４０，１６８－１７４に記載されるような構造計算を行うこと等が含まれる。
【0226】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、または少なくとも約５０％のαヘリックス含有量を有し、これにはこれらの値の間の任意の範囲が含まれる。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、または少なくとも１８個のアミノ酸がαヘリックスを形成する。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、及びＣ５－Ｃ６のジスルフィド結合の結合性と、少なくとも約１０％、少なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、または少なくとも約５０％（これらの値の間の任意の範囲を含む）のαヘリックス含有量とを有する。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのαヘリックス含有量は、ＶＥＧＦ－Ａと複合体化した非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの共結晶構造を、部分還元アルキル化後の質量分析法、またはタンパク質分解後の質量分析法を介して解明及び分析することにより、例えば、円二色性（ＣＤ）、旋光分散（ＯＲＤ）、核磁気共鳴（ＮＭＲ）によって判定される。
【0227】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５２）を含む。
【0228】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５２）を含む。
【0229】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２のＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＲＤＦＥ（配列番号９７）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０２）を含む。
【0230】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＲＤＦＥ（配列番号９７）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０２）を含む。
【0231】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５）を含む。
【0232】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５）を含む。
【0233】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰタンパク質は、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２のＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＰＤＩＤ（配列番号１１８）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ＶＥＧＦ－Ａへの結合について、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと競合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１２３）を含む。
【0234】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＰＤＩＤ（配列番号１１８）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰによって結合されるＶＥＧＦ－Ａ上の同じエピトープと結合し、第２の非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１２３）を含む。
【0235】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｖ１４、Ｖ１５、Ｆ１７、Ｄ１９、Ｙ２１、Ｑ２２、Ｙ２５、Ｉ４６、Ｋ４８、Ｎ６２、Ｄ６３、Ｌ６６、Ｍ８１、Ｉ８３、Ｋ８４、Ｐ８５、Ｈ８６、Ｑ８７、Ｇ８８、Ｑ８９、Ｉ９１、Ｃ１０４、Ｒ１０５、及びＰ１０６からなる群から選択される少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、または１０個超のアミノ酸を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｋ４８、Ｎ６２、及びＤ６３を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｈ８６を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｙ２１、Ｙ２５、及びＰ１０６を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｍ８１、Ｄ１９、及びＱ２２を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｆ１７、Ｍ８１、及びＩ９１を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｖ１４、Ｆ１７、Ｄ１９、Ｑ２２、Ｍ８１、及びＩ９１を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｑ２２及びＹ２５を含むＶＥＧＦ－Ａのエピトープと結合する。
【0236】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、抗ＶＥＧＦ－Ａ抗体Ｇ６．３１によって結合されるＶＥＧＦ－Ａのエピトープと重なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープと結合する（Ｆｕｈ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８１，６６２５－６６３１）。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、Ｆｌｔ－１によって結合されるＶＥＧＦ－Ａのエピトープと重なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープと結合する。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ベバシズマブによって結合されるＶＥＧＦ－Ａのエピトープと重なるＶＥＧＦ－Ａ上のエピトープと結合する。
【0237】
機能特性
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａ（例えば、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及び／またはラットＶＥＧＦ－Ａ）と「特異的に結合する」非天然型ＣＫＰは、約１×１０－７Ｍを超えない、好ましくは約１×１０－８を超えない、及び最も好ましくは約１×１０－９Ｍを超えない）結合親和性（Ｋｄ）値を有するが、ＶＥＧＦ－Ａへの結合親和性よりも少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い、ＶＥＧＦ－Ａの相同体または他の成長因子への結合親和性を有する。
ある特定の実施形態では、ＶＥＧＦ－Ａ（例えば、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及び／またはラットＶＥＧＦ－Ａ）と「特異的に結合する」非天然型ＣＫＰは、約１×１０－７Ｍを超えない、好ましくは約１×１０－８を超えない、及び最も好ましくは約１×１０－９Ｍを超えない）結合親和性（Ｋｄ）値を有するが、ＶＥＧＦ－Ａへの結合親和性よりも少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い、ＶＥＧＦ－Ａの相同体または他の成長因子への結合親和性を有する。
【0238】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの、例えば、非標的タンパク質（例えば、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、及びＶＥＧＦ－Ｄ等のＶＥＧＦＡの相同体）または他の成長因子（例えば、Ｐ１ＧＦ、ＥＧＦ、ＮＧＦ、ＩＧＦ、及びＰＤＧＦ）に対する結合の程度は、当該技術分野で既知である方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）分析、または放射性免疫沈降法（ＲＩＡ）によって判定して、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰのＶＥＧＦ－Ａへの結合の約１０％未満である。特異的結合は、例えば、一般に、結合活性を有しない同様の構造を有する分子である対照分子の結合と比較した、分子の結合を判定することによって測定され得る。例えば、特異的結合は、標的と類似する対照分子、例えば、過剰な非標識標的との競合によって判定することができる。この事例では、標識標的のプローブへの結合が、過剰な非標識標的によって競合的に阻害された場合に、特異的結合性が示される。ＶＥＧＦ－Ａと「特異的に結合する」非天然型ＣＫＰの結合を評価する他の方法は、実施例に記載されている。
【0239】
特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープへの「特異的結合」、またはそれ「に特異的に結合する」、またはそれ「に特異的である」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、標的に対して少なくとも約１０－４Ｍ、あるいは少なくとも約１０－５Ｍ、あるいは少なくとも約１０－６Ｍ、あるいは少なくとも約１０－７Ｍ、あるいは少なくとも約１０－８Ｍ、あるいは少なくとも約１０－９Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１０Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１１Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１２Ｍ、またはそれより良好なＫｄを有する分子によって示され得る。一実施形態では、「特異的結合」という用語は、ある分子が、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに、任意の他のポリペプチドまたはポリペプチドのエピトープに実質的に結合することなく結合する、結合を指す。
【0240】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、約１ｐＭ～約５００ｎＭのＫｄでＶＥＧＦ－Ａと結合する。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、約１ｐＭ～約５０ｐＭ、約５０ｐＭ～約２５０ｐＭ、約２５０ｐＭ～約５００ｐＭ、約５００ｐＭ～７５０ｐＭ、約７５０ｐＭ～約１ｎＭ、約１ｎＭ～約２５ｎＭ、約２５ｎＭ～約５０ｎＭ、５０ｎＭ～約１００ｎＭ、約１００ｎＭ～約２５０ｎＭ、または約２５０ｎＭ～約５００ｎＭのＫｄでＶＥＧＦ－Ａと結合する。
【0241】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及び／またはラットＶＥＧＦ－Ａと結合する。ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号５２）を含む。
【0242】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合し、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＩＭＬＰＦＷＧ（配列番号３３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＲＤＦＥ（配列番号９７）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＱＹＹＱＳ（配列番号４５）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＮＩＭＬＰＦＷＧＣＧＲＤＦＥＣＬＡＧＣＶＣＱＹＹＱＳＣＧ（配列番号１０２）を含む。
【0243】
ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと
結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５）を含む。
結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号５５）を含む。
【0244】
ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＤＶＭＱＰＹＷＧ（配列番号３５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＧＰＤＩＤ（配列番号１１８）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＨＷＹＮＳ（配列番号４６）を含むＬ５を含む。ある特定の実施形態では、ヒトＶＥＧＦ－Ａ、マウスＶＥＧＦ－Ａ、及びラットＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＧＣＤＶＭＱＰＹＷＧＣＧＰＤＩＤＣＬＡＧＣＶＣＨＷＹＮＳＣＧ（配列番号１２３）を含む。
【0245】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、約０．５ｎＭ未満、約０．６ｎＭ未満、約０．７ｎＭ未満、約０．８ｎＭ未満、約０．９ｎＭ未満、または約１．０ｎＭ未満のＩＣ５０値を有し、これにはこれらの値の間の任意の範囲が含まれる。
【0246】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、ペプチド基質切断アッセイ（例えば、実施例に記載されるペプチド基質切断アッセイ）において測定されるトリプシンプロテアーゼ活性を阻害しない。
【0247】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、トリプシン消化に対して耐性である。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの約３０％以下、約２５％以下、または約２０％以下が、３７℃でのトリプシンによる２４時間のインキュベーション後に、ループ２内のＡｒｇ１３で切断される。
【0248】
本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰをコードする核酸分子、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰをコードする核酸分子を含む発現ベクター、及び当該核酸分子を含む細胞も企図される。かかる細胞を培養し、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを発現させ、細胞培養物から非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを回収することによって、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを製造する方法も本明細書に提供される。
【0249】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、本明細書の他の箇所に記載されるようなインビトロ翻訳によって製造される。
【0250】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰは、例えば、化学的に合成されたＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５ペプチドをスキャフォールドフレームワーク（例えば、スキャフォールド構造Ｉ）上にグラフトすることにより、または非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ全体を化学的に合成することにより、化学的ペプチド合成によって生成される。
【0251】
ヒト低密度リポタンパク質受容体（ＬＤＬ）関連タンパク質６（ＬＲＰ６）と結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）
ＬＤＬ受容体は、リポタンパク質及びタンパク質リガンドの受容体媒介性エンドサイトーシスに関与する膜貫通細胞表面タンパク質である。ヒトＬＤＬ受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）（受託番号：ＮＭ＿００２３３６（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００２３２７（タンパク質）、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｏ７５５８１）は、Ｗｎｔに対する受容体、またはＦｒｉｚｚｌｅｄと共に共受容体として機能し、それにより、基準のＷｎｔ／β－カテニンシグナルカスケードを伝達する（Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３：４０４２－４０４５）。Ｗｎｔ／β－カテニンシグナルカスケードとのその相互作用を通して、ＬＲＰ６は、細胞分化、増殖、及び移動の調節、ならびに多くの癌型の発生における役割を果たす（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２３：９１２９－９１３５、Ｔｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ７（５）：ｅ３６５６５．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００３６５６５、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０７：５１３６－５１４１）。
ＬＤＬ受容体は、リポタンパク質及びタンパク質リガンドの受容体媒介性エンドサイトーシスに関与する膜貫通細胞表面タンパク質である。ヒトＬＤＬ受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）（受託番号：ＮＭ＿００２３３６（ｍＲＮＡ）及びＮＰ＿００２３２７（タンパク質）、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ：Ｏ７５５８１）は、Ｗｎｔに対する受容体、またはＦｒｉｚｚｌｅｄと共に共受容体として機能し、それにより、基準のＷｎｔ／β－カテニンシグナルカスケードを伝達する（Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １３：４０４２－４０４５）。Ｗｎｔ／β－カテニンシグナルカスケードとのその相互作用を通して、ＬＲＰ６は、細胞分化、増殖、及び移動の調節、ならびに多くの癌型の発生における役割を果たす（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２３：９１２９－９１３５、Ｔｕｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ７（５）：ｅ３６５６５．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｏｎｅ．００３６５６５、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０７：５１３６－５１４１）。
【0252】
Ｗｎｔシグナル伝達は、多くの生物学的経路に関与する。疾患に関して、それは、癌及び転移性疾患、骨粗しょう症及び他の骨代謝及び疾患、神経性及び神経変性疾患、関節リウマチ、ならびに他の炎症性疾患に関与する。ＬＲＰ６の遮断によるＷｎｔシグナル伝達のこの阻害は、幅広い治療有用性を有し得る。骨量減少は、閉経後骨粗しょう症の間だけでなく、関節リウマチにおいても深刻な医学的問題である。骨は、多発性骨髄腫及び骨転移において分解される。したがって、骨の強化、骨折予防、または損傷した骨の修復を目的とした治療戦略は、非常に重要な関心事である（Ｋａｗａｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖ．１０，１４１－１５６、Ｍａｓｏｎ ａｎｄ Ｗｉｌｌｉａｍｓ（２０１０）Ｊ．Ｏｓｔｅｏｐｏｒｏｓｉｓ，ｖｏｌ．２０１０，Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ ４６０１２０，９ ｐａｇｅｓ；ｄｏｉ：１０．４０６１／２０１０／４６０１２０）。Ｗｎｔ経路阻害剤ＤＫＫ１及びＳＯＳＴは、新しい骨形成を抑制する役割を果たすため、非常に有望な治療標的と見なされており、ＳＯＳＴの機能を中和する抗体は、有意な前臨床活性を示し（Ｏｍｉｎｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｂｏｎｅ Ｍｉｎｅｒ．Ｒｅｓ．２５，９４８－９５９）、現在、ヒト臨床試験中である（Ｐａｄｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｊ．Ｂｏｎｅ Ｍｉｎｅｒ．Ｒｅｓ．２６，１９－２６）。
【0253】
誤って調節されたＷｎｔシグナル伝達は、骨粗しょう症から癌に及ぶ疾患に関与するとされている（Ｃｌｅｖｅｒｓ（２００６）Ｃｅｌｌ １２７：４６９－８０、ＭａｃＤｏｎａｌｄ ｅｔ ａｌ．２００９．Ｄｅｖ Ｃｅｌｌ １７：９－２６、Ｎｕｓｓｅ（２００８）Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ １８：５２３－７、Ｐｏｌａｋｉｓ（２００７）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ １７：４５－５１）。このリストは、代謝障害（Ｍａｎｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１５：１２７８－８２及び神経変性（Ｃａｒｉｃａｓｏｌｅ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｊ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ ２４：６０２１－７、Ｄｅ Ｆｅｒｒａｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０４：９４３４－９）を含むように拡大した。β－カテニンレベルの有効な調節を妨げるタンパク質大腸腺腫症（ＡＰＣ）の変異と結腸直腸癌との間で、特に明確な関連性が存在する（Ｐｏｌａｋｉｓ（２００７）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｇｅｎｅｔ Ｄｅｖ １７：４５－５１）。また、ＬＲＰ５と骨ホメオスタシスとの間の強い遺伝的関係も特に注目される。ＬＲＰ５における機能喪失変異は、骨量低下、視覚の欠損、及び骨折傾向を特徴とする常染色体劣性遺伝疾患である骨粗しょう症・偽性神経膠腫症候群（ＯＰＰＧ）を引き起こす（Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃｅｌｌ １０７：５１３－２３）。
【0254】
ヒト低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６（ＬＲＰ６）に結合する非天然型ＣＫＰが本明細書に提供され、非天然型ＣＫＰは、以下のシスチンスキャフォールド構造（すなわち、スキャフォールド構造Ｉ）を含み、
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸である。
Ｚ１Ｃ１Ｌ１Ｃ２Ｌ２Ｃ３Ｌ３Ｃ４Ｌ４Ｃ５Ｌ５Ｃ６Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１及びＺ２は、任意のアミノ酸であり、
Ｌ１は、ループ１であり、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８、Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９、及びＸ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５Ｘ６Ｘ７Ｘ８Ｘ９Ｘ１０からなる群から選択される構造を有し、Ｘ１～Ｘ１０のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ２は、ループ２であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸であり、
Ｌ３は、ループ３であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３を有し、Ｘ１～Ｘ３が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ４は、ループ４であり、構造Ｘ１を有し、Ｘ１が、任意のアミノ酸であり、
Ｌ５は、ループ５であり、構造Ｘ１Ｘ２Ｘ３Ｘ４Ｘ５を有し、Ｘ１～Ｘ５のそれぞれが、任意のアミノ酸である。
【0255】
ある特定の実施形態では、ＬＲＰ６に結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）のＺ１及び／またはＺ２は、Ｇである。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、１つ超のアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、４つのアミノ酸を含む。ある特定の実施形態では、Ｚ１及び／またはＺ２は、５つのアミノ酸を含む。
【0256】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ１を含み、式中、Ｘ１は、Ｒ、Ｖ、Ｍ、Ａ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、及びＥから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｔ、Ｎ、Ｓ、Ｇ、Ｒ、及びＡから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｒ、Ｈ、Ｖ、Ｋ、Ｓ、Ｇ、Ｉ、及びＹから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｒ、Ｖ、Ｎ、Ｉ、Ｋ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｖ、Ｒ、Ｋ、Ｉ、Ｔ、Ｓ、Ｌ、及びＮから選択されるアミノ酸であり、Ｘ６は、Ｋ、Ｇ、Ａ、Ｉ、Ｒ、Ｎ、Ｓ、及びＶから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ１を含み、式中、Ｘ７は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｅ、Ｐ、及びＴから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ１を含み、式中、Ｘ８は、Ｇ、Ｒ、Ｋ、Ｑ、Ａ、及びＳから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ１を含み、式中、Ｘ９は、ＲまたはＧから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ１を含み、式中、Ｘ１０は、Ｅ、Ｗ、及びＧから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ５を含み、式中、Ｘ１は、Ｇ、Ｓ、Ｎ、Ｙ、Ａ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ２は、Ｐ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、Ｅ、Ｒ、Ｆ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ３は、Ｎ、Ｇ、Ｓ、Ｅ、Ｐ、Ｋ、Ｈ、及びＲから選択されるアミノ酸であり、Ｘ４は、Ｇ、Ｒ、Ｈ、Ｓ、Ｑ、Ｖ、及びＤから選択されるアミノ酸であり、Ｘ５は、Ｆ、Ｄ、Ｎ、Ｒ、Ｇ、Ｙ、Ｓ、及びＴから選択されるアミノ酸である。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ２を含み、式中、Ｘ１は、Ｋであり、Ｘ２は、Ｑであり、Ｘ３は、Ｄであり、Ｘ４は、Ｓであり、Ｘ５は、Ｄである。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ３を含み、式中、Ｘ１は、Ｌであり、Ｘ２は、Ａであり、Ｘ３は、Ｇである。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、Ｌ４を含み、式中、Ｘ１は、Ｖである。
【0257】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、競合分子のヒトＬＲＰ６への結合を競合的に阻害する。ある特定の実施形態では、競合分子は、抗ＬＲＰ６抗体である。ある特定の実施形態では、競合分子は、第２の非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰである。
【0258】
標的上の重複または類似する領域に結合する非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、競合阻害／結合アッセイによって特定することができる。かかるアッセイは、当該技術分野で周知であり、例えば、Ｓ．Ｊ．Ｍａｔｈｅｒ（ｅｄ．）１９９６．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｄｉｒｅｃｔｉｏｎｓ ｉｎ Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，１６９－１７９，Ｋｌｕｗｅｒ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、Ｚｅｔｔｎｅｒ（１９７３）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．１９，６９９－７０５、Ｇａｏ（２０１２）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ４，３７１８－３７２３に記載されている。
【0259】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｖ／Ｒ／Ｎ／Ｓ／Ｅ／Ｇ－Ｎ／Ｓ／Ｇ／Ｒ－Ｒ／Ｖ／Ｋ／Ｓ／Ｎ／Ｉ／Ｙ－Ｖ／Ｎ／Ｉ／Ｒ／Ｓ／Ｔ－Ｒ／Ｋ／Ｉ／Ｎ－Ｇ／Ｉ／Ｒ／Ｋ／Ｓ／Ａ（配列番号１８５）、またはＡ／Ｒ／Ｍ／Ｖ／Ｇ／Ｓ－Ｎ／Ｔ／Ｓ／Ａ－Ｒ／Ｎ／Ｈ－Ｖ／Ｒ／Ｋ－Ｋ／Ｖ／Ｉ－Ｒ／Ｋ／Ａ／Ｎ／Ｓ／Ｖ－Ｔ／Ｇ／Ｒ／Ｋ／Ｐ－Ｓ／Ｇ／Ｒ／Ａ（配列番号１８６）、またはＲ／Ａ／Ｑ－Ｓ／Ａ－Ｇ／Ｓ／Ｎ／Ｉ－Ｎ／Ｋ－Ｔ／Ｓ／Ｌ／Ｒ－Ｉ／Ｒ／Ｖ－Ｒ／Ｅ／Ｋ－Ｋ／Ｑ／Ａ／Ｒ－Ｒ／Ｇ／Ｑ－Ｅ／Ｗ／Ｇ／Ｒ（配列番号１８７）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列Ｇ／Ｓ／Ｎ／Ｙ／Ａ／Ｒ－Ｐ／Ｇ／Ｓ／Ｖ／Ｅ／Ｒ／Ｆ／Ｄ－Ｎ／Ｇ／Ｓ／Ｅ／Ｐ／Ｋ／Ｈ／Ｒ－Ｇ／Ｒ／Ｈ／Ｓ／Ｑ／Ｖ／Ｄ－Ｆ／Ｄ／Ｎ／Ｒ／Ｇ／Ｙ／Ｓ／Ｔ（配列番号１８８）を含むＬ５を含む第２の非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰによって結合されるヒトＬＲＰ６の同じエピトープに結合する。
【0260】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列Ｖ／Ｒ／Ｎ／Ｓ／Ｅ／Ｇ－Ｎ／Ｓ／Ｇ／Ｒ－Ｒ／Ｖ／Ｋ／Ｓ／Ｎ／Ｉ／Ｙ－Ｖ／Ｎ／Ｉ／Ｒ／Ｓ／Ｔ－Ｒ／Ｋ／Ｉ／Ｎ－Ｇ／Ｉ／Ｒ／Ｋ／Ｓ／Ａ（配列番号１８５）、またはＡ／Ｒ／Ｍ／Ｖ／Ｇ／Ｓ－Ｎ／Ｔ／Ｓ／Ａ－Ｒ／Ｎ／Ｈ－Ｖ／Ｒ／Ｋ－Ｋ／Ｖ／Ｉ－Ｒ／Ｋ／Ａ／Ｎ／Ｓ／Ｖ－Ｔ／Ｇ／Ｒ／Ｋ／Ｐ－Ｓ／Ｇ／Ｒ／Ａ（配列番号１８６）、またはＲ／Ａ－Ｓ－Ｇ／Ｓ／Ｎ－Ｎ／Ｋ－Ｔ／Ｓ／Ｌ－Ｉ／Ｒ－Ｒ／Ｅ－Ｋ／Ｑ／Ａ－Ｒ／Ｇ－Ｅ／Ｗ／Ｇ（配列番号１８７））を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸配列Ｇ／Ｓ／Ｎ／Ｙ／Ａ／Ｒ－Ｐ／Ｇ／Ｓ／Ｖ／Ｅ／Ｒ／Ｆ／Ｄ－Ｎ／Ｇ／Ｓ／Ｅ／Ｐ／Ｋ／Ｈ／Ｒ－Ｇ／Ｒ／Ｈ／Ｓ／Ｑ／Ｖ／Ｄ－Ｆ／Ｄ／Ｎ／Ｒ／Ｇ／Ｙ／Ｓ／Ｔ（配列番号１８８）を含むＬ５をさらに含む。
【0261】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、本明細書に開示される非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰのうちのいずれか１つのＬ１及び／またはＬ５を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、配列番号１４７～１６８及び３６７のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むＬ１を含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、配列番号９３に記載されるアミノ酸配列を含むＬ２をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、アミノ酸Ｖを含むＬ４をさらに含む。ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、配列番号１９及び１６９～１８４のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含むＬ５をさらに含む。
【0262】
上記のＬ１及びＬ５アミノ酸配列は、以下の表１８に提供される。
【0263】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＴＮＲＶＫＧＧ（配列番号１４７）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0264】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＶＮＲＶＲＧ（配列番号１４８）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、アミノ酸配列ＳＧＧＲＤ（配列番号１６９）を含むＬ５を含む。
【0265】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＭＮＨＶＫＡＲＲ（配列番号１４９）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0266】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＳＶＮＫＩ（配列番号１５０）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＳＳＲＮ（配列番号１７０）を含むＬ５を含む。
【0267】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＶＮＫＩＫＧ（配列番号１５１）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＶＥＧＲ（配列番号２９）を含むＬ５を含む。
【0268】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＮＳＩＫＲ（配列番号１５２）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＳＶＧＨＧ（配列番号１７２）を含むＬ５を含む。
【0269】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＶＳＮＲＶＮＫＧ（配列番号１５３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0270】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＧＮＩＩＫ（配列番号１５４）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＮＥＳＲＧ（配列番号１７３）を含むＬ５を含む。
【0271】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＳＧＮＴＩＲＫＲＥ（配列番号１５５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＧＰＧＧ（配列番号１７４）を含むＬ５を含む。
【0272】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＡＳＳＮＳＩＲＱＧＷ（配列番号１５６）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＫＳＮ（配列番号１７５）を含むＬ５を含む。
【0273】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＳＮＲＩＲ（配列番号１５７）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＹＧＨＧＤ（配列番号１７６）を含むＬ５を含む。
【0274】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＳＮＫＬＲＥＡＲＧ（配列番号１５８）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＳＲＱＤ（配列番号１７７）を含むＬ５を含む。
【0275】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＶＮＳＶＫＲ（配列番号１５９）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＳＲＧＶＮ（配列番号１７８）を含むＬ５を含む。
【0276】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＧＳＮＫＩＲＰＲ（配列番号１６０）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＤＦ（配列番号１７９）を含むＬ５を含む。
【0277】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＮＲＩＲＮＳ（配列番号１６１）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＲＧＤＹ（配列番号１８０）を含むＬ５を含む。
【0278】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＳＲＮＳＩＫ（配列番号１６２）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＡＳＧＳＳ（配列番号１８１）を含むＬ５を含む。
【0279】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＳＮＹＶＫＲ（配列番号１６３）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＳＰＧＧＲ（配列番号１８２）を含むＬ５を含む。
【0280】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＲＡＮＲＶＳＧＲ（配列番号１６４）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0281】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＳＮＲＶＫＶＲＡ（配列番号１６５）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0282】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＥＮＲＴＫＧ（配列番号１６６）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＦＲＧＴ（配列番号１８３）を含むＬ５を含む。
【0283】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＧＮＫＩＲＡ（配列番号１６７）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＲＤＲＶＧ（配列番号１８４）を含むＬ５を含む。
【0284】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＡＮＲＶＫＲＴＳ（配列番号１６８）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0285】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、スキャフォールド構造Ｉに関連して、アミノ酸配列ＱＡＩＮＲＶＫＲＱＲ（配列番号３６７）を含むＬ１、アミノ酸配列ＫＱＤＳＤ（配列番号９３）を含むＬ２、アミノ酸配列ＬＡＧを含むＬ３、アミノ酸Ｖを含むＬ４、及びアミノ酸配列ＧＰＮＧＦ（配列番号１９）を含むＬ５を含む。
【0286】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、配列番号１８９～２１０及び３６６のいずれか１つに記載されるアミノ酸配列を含む。配列番号１８９～２１０及び３６６は、以下に提供される。
ＧＣＲＴＮＲＶＫＧＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１８９）
ＧＣＶＮＲＶＲＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＧＧＲＤＣＧ（配列番号１９０）
ＧＣＭＮＨＶＫＡＲＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１９１）
ＧＣＲＳＶＮＫＩＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＳＳＲＮＣＧ（配列番号１９２）
ＧＣＶＮＫＩＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＶＥＧＲＣＧ（配列番号１９３）
ＧＣＲＮＳＩＫＲＣＫＱＮＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＶＧＨＧＣＧ（配列番号１９４）
ＧＣＶＳＮＲＶＮＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１９５）
ＧＣＲＧＮＩＩＫＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＮＥＳＲＧＣＧ（配列番号１９６）
ＧＣＲＳＧＮＴＩＲＫＲＥＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＧＰＧＧＣＧ（配列番号１９７）
ＧＣＡＳＳＮＳＩＲＱＧＷＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＫＳＮＣＧ（配列番号１９８）
ＧＣＲＳＮＲＩＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＹＧＨＧＤＣＧ（配列番号１９９）
ＧＣＲＳＮＫＬＲＥＡＲＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＳＲＱＤＣＧ（配列番号２００）
ＧＣＶＮＳＶＫＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＲＧＶＮＣＧ（配列番号２０１）
ＧＣＧＳＮＫＩＲＰＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＤＦＣＧ（配列番号２０２）
ＧＣＮＲＩＲＮＳＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＲＧＤＹＣＧ（配列番号２０３）
ＧＣＳＲＮＳＩＫＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＡＳＧＳＳＣＧ（配列番号２０４）
ＧＣＳＮＹＶＫＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＰＧＧＲＣＧ（配列番号２０５）
ＧＣＲＡＮＲＶＳＧＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２０６）
ＧＣＳＮＲＶＫＶＲＡＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２０７）
ＧＣＥＮＲＴＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＦＲＧＴＣＧ（配列番号２０８）
ＧＣＧＮＫＩＲＡＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＲＤＲＶＧＣＧ（配列番号２０９）
ＧＣＡＮＲＶＫＲＴＳＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２１０）
ＧＣＱＡＩＮＲＶＫＲＱＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号３６６）
ＧＣＲＴＮＲＶＫＧＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１８９）
ＧＣＶＮＲＶＲＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＧＧＲＤＣＧ（配列番号１９０）
ＧＣＭＮＨＶＫＡＲＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１９１）
ＧＣＲＳＶＮＫＩＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＳＳＲＮＣＧ（配列番号１９２）
ＧＣＶＮＫＩＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＶＥＧＲＣＧ（配列番号１９３）
ＧＣＲＮＳＩＫＲＣＫＱＮＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＶＧＨＧＣＧ（配列番号１９４）
ＧＣＶＳＮＲＶＮＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号１９５）
ＧＣＲＧＮＩＩＫＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＮＥＳＲＧＣＧ（配列番号１９６）
ＧＣＲＳＧＮＴＩＲＫＲＥＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＧＰＧＧＣＧ（配列番号１９７）
ＧＣＡＳＳＮＳＩＲＱＧＷＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＫＳＮＣＧ（配列番号１９８）
ＧＣＲＳＮＲＩＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＹＧＨＧＤＣＧ（配列番号１９９）
ＧＣＲＳＮＫＬＲＥＡＲＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＳＲＱＤＣＧ（配列番号２００）
ＧＣＶＮＳＶＫＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＲＧＶＮＣＧ（配列番号２０１）
ＧＣＧＳＮＫＩＲＰＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＤＦＣＧ（配列番号２０２）
ＧＣＮＲＩＲＮＳＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＲＧＤＹＣＧ（配列番号２０３）
ＧＣＳＲＮＳＩＫＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＡＳＧＳＳＣＧ（配列番号２０４）
ＧＣＳＮＹＶＫＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＳＰＧＧＲＣＧ（配列番号２０５）
ＧＣＲＡＮＲＶＳＧＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２０６）
ＧＣＳＮＲＶＫＶＲＡＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２０７）
ＧＣＥＮＲＴＫＧＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＦＲＧＴＣＧ（配列番号２０８）
ＧＣＧＮＫＩＲＡＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＲＤＲＶＧＣＧ（配列番号２０９）
ＧＣＡＮＲＶＫＲＴＳＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号２１０）
ＧＣＱＡＩＮＲＶＫＲＱＲＣＫＱＤＳＤＣＬＡＧＣＶＣＧＰＮＧＦＣＧ（配列番号３６６）
【0287】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、本明細書に記載される非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰの変異型である。ある特定の実施形態では、かかる変異型は、配列番号１９、９３、１４７～１６８、１６９～１８４、及び１８９～２１０に記載される配列、ならびに／またはアミノ酸配列ＬＡＧのうちの１つ以上において少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、または少なくとも１０のアミノ酸置換を含む。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換（複数可）は、保存的アミノ酸置換（複数可）である。ある特定の実施形態では、アミノ酸置換は、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰのヒトＬＲＰ６に結合する能力を実質的に低下させない。例えば、ＬＲＰ６結合親和性を実質的に低下させない保存的改変（例えば、本明細書に提供されるような保存的置換）が行われ得る。非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰの変異型の結合親和性は、以下の実施例において記載される方法を使用して評価することができる。
【0288】
保存的置換は、「保存的置換」という見出しの下で上記の表１７に示される。より実質的な変化が、「例示の置換」という見出しの下で表１７に提供され、アミノ酸側鎖クラスを参照して以下にさらに記載される。アミノ酸置換は、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰの変異型に導入され得、その産物は、所望の活性、例えば、保持／改善されたＬＲＰ６結合についてスクリーニングされ得る。
【0289】
非保存的置換は、これらのクラスのうちの１つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。例示的な置換変異型は、親和性成熟非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰであり、例えば、本明細書に記載されるようなファージディスプレイに基づく親和性成熟技術を使用して好都合に生成され得る。簡潔には、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５における１つ以上の残基が改変（すなわち、付加、欠失、または置換）され、変異型ＬＲＰ６結合ＣＫＰがファージ上に提示され、ＬＲＰ６結合親和性についてスクリーニングされる。親和性成熟のある特定の実施形態では、多様な方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、ループシャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発）のいずれかによって、成熟のために選択された可変遺伝子中に多様性が導入される。次いで、二次ライブラリが作製される。次いで、ライブラリがスクリーニングされ、ＬＲＰ６に対する所望の親和性を有する任意の非天然型ＣＫＰ変異型を特定する。ある特定の実施形態では、多様性を導入することは、Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５におけるいくつかの残基（例えば、一度に約５個、約４～６個、または約６～１０個）がランダム化されるループ指向性アプローチを伴う。標的リガンドへの結合に関与するＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデリングを使用して特定され得る。
【0290】
ある特定の実施形態では、ヒトＬＲＰ６に「特異的に結合する」（すなわち、約１×１０－７Ｍ以下、好ましくは約１×１０－８以下、及び最も好ましくは約１×１０－９Ｍ以下の結合親和性（Ｋｄ）値を有する）が、ＬＲＰ６への結合親和性よりも少なくとも約５０倍、または少なくとも約５００倍、または少なくとも約１０００倍弱い、別のＬＲＰへの結合親和性を有する非天然型ＣＫＰである。
【0291】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰの非標的タンパク質（例えば、ＬＲＰ１、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＲＰ３、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＰ８、ＬＲＰ１０、ＬＲＰ１１、及びＬＲＰ１２等のＬＲＰ６相同体）は、ＥＬＩＳＡ、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）分析、または放射性免疫沈降法（ＲＩＡ）等の当該技術分野で既知の方法によって判定して、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰのヒトＬＲＰ６への結合の約１０％未満である。特異的結合は、例えば、一般に、結合活性を有しない同様の構造を有する分子である対照分子の結合と比較した、分子の結合を判定することによって測定され得る。例えば、特異的結合は、標的と類似する対照分子、例えば、過剰な非標識標的との競合によって判定することができる。この事例では、標識標的のプローブへの結合が、過剰な非標識標的によって競合的に阻害された場合に、特異的結合性が示される。特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープへの「特異的結合」、またはそれ「に特異的に結合する」、またはそれ「に特異的である」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、標的に対する少なくとも約１０－４Ｍ、あるいは少なくとも約１０－５Ｍ、あるいは少なくとも約１０－６Ｍ、あるいは少なくとも約１０－７Ｍ、あるいは少なくとも約１０－８Ｍ、あるいは少なくとも約１０－９Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１０Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１１Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１２Ｍ、またはそれより良好なＫｄを有する分子によって示され得る。一実施形態では、「特異的結合」という用語は、ある分子が、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド上のエピトープに、任意の他のポリペプチドまたはポリペプチドのエピトープに実質的に結合することなく結合する、結合を指す。
【0292】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、約１ｐＭ～約５００ｎＭのＫｄでヒトＬＲＰ６と結合する。ある特定の実施形態では、ＬＲＰ６に特異的に結合する非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰタンパク質は、約１ｐＭ～約５０ｐＭ、約５０ｐＭ～約２５０ｐＭ、約２５０ｐＭ～約５００ｐＭ、約５００ｐＭ～７５０ｐＭ、約７５０ｐＭ～約１ｎＭ、約１ｎＭ～約２５ｎＭ、約２５ｎＭ～約５０ｎＭ、５０ｎＭ～約１００ｎＭ、約１００ｎＭ～約２５０ｎＭ、または約２５０ｎＭ～約５００ｎＭのＫｄ（これらの値の間の任意の範囲を含む）でヒトＬＲＰ６と結合する。
【0293】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、例えば、以下の実施例に記載される方法を使用して判定される、Ｗｎｔ１シグナル伝達を阻害する。
【0294】
記載される非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰをコードする核酸分子、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰをコードする核酸分子を含む発現ベクター、及び当該核酸分子を含む細胞も企図される。かかる細胞を培養し、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを発現させ、細胞培養物から非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを回収することによって、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを製造する方法も本明細書に提供される。
【0295】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、本明細書の他の箇所に記載されるようなインビトロ翻訳によって製造される。
【0296】
本明細書の他の箇所に記載されるように、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、例えば、化学的に合成されたＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５ペプチドをＥＥＴＩ－ＩＩフレームワーク上にグラフトすることにより、または非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ全体を化学的に合成することにより、化学的ペプチド合成によって製造される。
【0297】
ある特定の実施形態では、非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、過剰なＬＲＰ６活性が関与する疾患または状態の治療における治療剤としてのものである。
【0298】
製造方法
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、遺伝子工学によって生成される。変異誘発のための様々な方法が以前に記載されている（スクリーニングまたは選択のための適切な方法と共に）。かかる変異誘発方法には、例えば、エラープローンＰＣＲ、ループシャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発、ランダムヌクレオチド挿入、または組換え前の他の方法が含まれるが、これらに限定されない。これらの方法に関するさらなる詳細は、例えば、Ａｂｏｕ－Ｎａｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｂｕｇｓ １，３３７－３４０、Ｆｉｒｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２１，３３１４－３３１５、Ｃｉｒｉｎｏ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２３１，３－９、Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ（２０１０）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ １９，２３３６－２３４６、Ｓｔｅｆｆｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ Ｔｅｃｈ １８，１４７－１４９、及び他のものに記載されている。したがって、ある特定の実施形態では、遺伝子工学技術によって生成された非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰが提供される。
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、遺伝子工学によって生成される。変異誘発のための様々な方法が以前に記載されている（スクリーニングまたは選択のための適切な方法と共に）。かかる変異誘発方法には、例えば、エラープローンＰＣＲ、ループシャッフリング、またはオリゴヌクレオチド指向性変異誘発、ランダムヌクレオチド挿入、または組換え前の他の方法が含まれるが、これらに限定されない。これらの方法に関するさらなる詳細は、例えば、Ａｂｏｕ－Ｎａｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ Ｂｕｇｓ １，３３７－３４０、Ｆｉｒｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２１，３３１４－３３１５、Ｃｉｒｉｎｏ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２３１，３－９、Ｐｉｒａｋｉｔｉｋｕｌｒ（２０１０）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉ １９，２３３６－２３４６、Ｓｔｅｆｆｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｊ．Ｂｉｏｍｏｌ Ｔｅｃｈ １８，１４７－１４９、及び他のものに記載されている。したがって、ある特定の実施形態では、遺伝子工学技術によって生成された非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰが提供される。
【0299】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、インビトロ翻訳によって生成される。簡潔には、インビトロ翻訳は、プロモーターを含有するベクター内にタンパク質コード配列（複数可）をクローニングし、クローニングされた配列（複数可）をＲＮＡポリメラーゼで転写することによってｍＲＮＡを製造し、例えば、無細胞抽出物を使用する、インビトロでのこのｍＲＮＡの翻訳によってタンパク質を合成することを伴う。所望の変異型タンパク質は、クローニングされたタンパク質コード配列を改変することによって簡単に生成することができる。多くのｍＲＮＡを、小麦胚芽抽出物またはウサギ網状赤血球抽出液において効率的に翻訳することができる。インビトロ翻訳に関するさらなる詳細は、例えば、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｃｅｌｌ ４３，１７７－１８８、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｃｅｌｌ ４６，８８５－８９４、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８７）ＥＭＢＯ Ｊ．６，２７８１－２７８４、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３３，６３５－６４０、及びＭｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２，７０５７－７０７０に記載されている。
【0300】
したがって、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰをコードする核酸分子が提供される。非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰをコードする核酸分子に作動可能に連結した発現ベクターも提供される。非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰをコードする核酸を含む宿主細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ等の原核宿主細胞、酵母細胞、哺乳動物細胞、ＣＨＯ細胞等の真核宿主細胞を含む）も提供される。
【0301】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、インビトロ翻訳によって生成される。簡潔には、インビトロ翻訳は、プロモーターを含有するベクター内にタンパク質コード配列（複数可）をクローニングし、クローニングされた配列（複数可）をＲＮＡポリメラーゼで転写することによってｍＲＮＡを製造し、例えば、無細胞抽出物を使用する、インビトロでのこのｍＲＮＡの翻訳によってタンパク質を合成することを伴う。所望の変異タンパク質は、クローニングされたタンパク質コード配列を改変することによって簡単に生成することができる。多くのｍＲＮＡは、小麦胚芽抽出物またはウサギ網状赤血球抽出液において効率的に翻訳することができる。インビトロ翻訳に関するさらなる詳細は、例えば、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｃｅｌｌ ４３，１７７－１８８、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８６）Ｃｅｌｌ ４６，８８５－８９４、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８７）ＥＭＢＯ Ｊ．６，２７８１－２７８４、Ｈｏｐｅ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ ３３３，６３５－６４０、及びＭｅｌｔｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１２，７０５７－７０７０に記載されている。
【0302】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、化学的合成によって生成される。ある特定の実施形態では、化学的に合成されたＬ１、Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、及び／またはＬ５ペプチドが、ＥＥＴＩ－ＩＩベースのフレームワーク（例えば、スキャフォールド構造Ｉ）上にグラフトされて、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを生成する。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ全体または非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ全体が、化学的に合成される。固相及び液相ペプチド合成の方法は、当該技術分野で周知であり、例えば、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３５，Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，（Ｍ．Ｗ．Ｐｅｎｎｉｎｇｔｏｎ ａｎｄ Ｂ．Ｍ．Ｄｕｎｎ Ｅｄｓ），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，１９９４、Ｗｅｌｓｃｈ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ １４，１－１５、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２８９，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｇ．Ｂ．Ｆｉｅｌｄｓ Ｅｄ．），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９７、Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈｅｓ ｔｏ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，（Ｐ．Ｌｌｏｙｄ－Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｆ．Ａｌｂｅｒｉｃｉｏ，ａｎｄ Ｅ．Ｇｉｒａｌｔ Ｅｄｓ），ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９７、Ｆｍｏｃ Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，（Ｗ．Ｃ．Ｃｈａｎ，Ｐ．Ｄ．Ｗｈｉｔｅ Ｅｄｓ），Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ，（Ｓ．Ｆ．Ｋａｔｅｓ，Ｆ Ａｌｂｅｒｉｃｉｏ Ｅｄｓ），Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，２０００、Ｐ．Ｓｅｎｅｃｉ，Ｓｏｌｉｄ－Ｐｈａｓｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，２０００、Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃｓ（Ｍ．Ｇｏｏｄｍａｎ，Ｅｄｉｔｏｒ－ｉｎ－ｃｈｉｅｆ，Ａ．Ｆｅｌｉｘ，Ｌ．Ｍｏｒｏｄｅｒ，Ｃ．Ｔｍｉｏｌｏ Ｅｄｓ），Ｔｈｉｅｍｅ，２００２、Ｎ．Ｌ．Ｂｅｎｏｉｔｏｎ，Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００５、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２９８，Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，（Ｊ．Ｈｏｗｌ Ｅｄ）Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２００５、及びＡｍｉｎｏ Ａｃｉｄｓ，Ｐｅｐｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｖｏｌｕｍｅ ３，Ｂｕｉｌｄｉｎｇ Ｂｌｏｃｋｓ，Ｃａｔａｌｙｓｔｓ ａｎｄ Ｃｏｕｐｌｉｎｇ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，（Ａ．Ｂ．Ｈｕｇｈｓ，Ｅｄ．）Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ，２０１１に詳細に記載されている。
【0303】
非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩタンパク質を含むキメラ分子
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）はまた、有利である場合には、別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列に融合（例えば、組換えで融合）した非天然型ＣＫＰを含むキメラ分子を形成する方法で修飾され得る。ある特定の実施形態では、かかるキメラ分子は、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と抗体との融合を含んで、例えば、二価分子または二重特異性分子を形成する。
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）はまた、有利である場合には、別の異種ポリペプチドまたはアミノ酸配列に融合（例えば、組換えで融合）した非天然型ＣＫＰを含むキメラ分子を形成する方法で修飾され得る。ある特定の実施形態では、かかるキメラ分子は、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と抗体との融合を含んで、例えば、二価分子または二重特異性分子を形成する。
【0304】
ある特定の実施形態では、キメラ分子は、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と、例えば、ヒト免疫不全ウイルスＴＡＴタンパク質のタンパク質形質導入ドメインを使用した、様々な組織への送達、または例えば血液脳関門にわたる送達についてキメラ分子を標的とする第２の部分（例えば、タンパク質形質導入ドメイン）との融合を含む（Ｓｃｈｗａｒｚｅ ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：１５６９－７２）。
【0305】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰは、多量体形態の（異なる標的リガンドについて、または同じ標的リガンド上の異なるエピトープに対する）二重特異性または多重特異性として使用することができる。例えば、二量体二重特異性非天然型ＣＫＰは、第１の標的タンパク質またはエピトープに対する特異性を有する１つのサブユニットと、第２の標的タンパク質またはエピトープに対する特異性を有する第２のサブユニットとを有する。非天然型ＣＫＰタンパク質サブユニットは、結合価、及びしたがって標的リガンドへの結合の結合活性を増加させることができる様々な構造で結合され得る。
【0306】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供されるキメラ分子は、２つ以上（例えば、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１０超）の非天然型ＣＫＰタンパク質を含む。ある特定の実施形態では、核酸は、単一の非天然型ＣＫＰの２つ以上のコピーをコードするように操作され得、これらのコピーはタンデムで転写及び翻訳されて、同一のサブユニットの共有結合された多量体を生成する。ある特定の実施形態では、核酸は、２つ以上の異なる非天然型ＣＫＰをコードするように操作され得、それらのコピーはタンデムで転写及び翻訳されて、例えば、単一の標的リガンドの異なるエピトープ、または例えば、異なる標的リガンドに結合する異なるサブユニットの共有結合された多量体を生成する。
【0307】
別の実施形態では、かかるキメラ分子は、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と、抗タグ抗体が選択的に結合することができるエピトープを提供するタグポリペプチドとの融合を含む。エピトープタグは、一般に、非天然型ＣＫＰのアミノ末端またはカルボキシル末端に位置付けられる。かかるエピトープタグ形態の非天然型ＣＫＰタンパク質の存在は、タグポリペプチドに対する抗体を使用して検出することができる。エピトープタグの提供により、抗タグ抗体またはエピトープタグに結合する別の種類の親和性マトリックスを使用して非天然型ＣＫＰが親和性精製によって容易に精製されることも可能になる。様々なタグポリペプチド及びそれらのそれぞれの抗体が、当該技術分野で既知である。例としては、ポリ－ヒスチジン（ｐｏｌｙ－Ｈｉｓ）またはポリ－ヒスチジン－グリシン（ｐｏｌｙ－Ｈｉｓ－Ｇｌｙ）タグ；インフルエンザＨＡタグポリペプチド及びその抗体１２ＣＡ５（Ｆｉｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（１９８８）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．８，２１５９－２１６５）；ｃ－ｍｙｃタグ、ならびにそれに対する８Ｆ９、３Ｃ７、６Ｅ１０、Ｇ４、Ｂ７、及び９Ｅ１０抗体（Ｅｖａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５，３６１０－３６１６］；ならびに単純ヘルペスウイルス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグ及びその抗体（Ｐａｂｏｒｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．，３，５４７－５５３）が挙げられる。他のタグポリペプチドには、Ｆｌａｇペプチド（Ｈｏｐｐ ｅｔ ａｌ．（１９８８）ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，６，１２０４－１２１０）；ＫＴ３エピトープペプチド（Ｍａｒｔｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５５，１９２－１９４］；αチューブリンエピトープペプチド（Ｓｋｉｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６，１５１６３－１５１６６）；及びＴ７遺伝子１０タンパク質ペプチドタグ（Ｌｕｔｚ－Ｆｒｅｙｅｒｍｕｔｈ ｅｔ ａｌ．（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７，６３９３－６３９７）が含まれる。
【0308】
ある特定の実施形態では、キメラ分子は、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰタンパク質（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と、免疫グロブリンまたは免疫グロブリンの特定の領域との融合を含み得る。二価形態のキメラ分子（例えば、「イムノアドヘシン」）の場合、かかる融合は、ＩｇＧ分子のＦｃ領域に対するものであり得る。本明細書に提供されるＩｇ融合は、Ｉｇ分子内の少なくとも１つの可変領域の代わりに、おおよそヒトの残基９４～２４３、残基３３～５３、または残基３３～５２を含むか、またはそれらのみを含むポリペプチドを含む。特に好ましい実施形態では、免役グロブリン融合物には、ＩｇＧ１分子のヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３領域、またはヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３領域が含まれる。免疫グロブリン融合物の製造については、１９９５年６月２７日に発行された米国特許第５，４２８，１３０号も参照されたい。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、例えば、Ｎ末端またはＣ末端で、ＩｇＧの定常領域（Ｆｃ）に融合される。ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰ／Ｆｃ融合分子は、免疫応答の補体成分を活性化させる。ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰ／Ｆｃ融合タンパク質は、非天然型ＣＫＰの治療価値を増加させる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰタンパク質（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、例えば、Ｎ末端またはＣ末端で、Ｃ１ｑ等の補体タンパク質に融合される（例えば、組換えで融合される）。様々な出版物が、ＦｃＲｎ結合ポリペプチドを分子に導入することによって（ＷＯ１９９７／４３３１６、ＵＳ５８６９０４６、ＵＳ５７４７０３５、ＷＯ１９９６／３２４７８、ＷＯ１９９１／１４４３８）、またはＦｃＲｎ結合親和性が保存されるが、他のＦｃ受容体に対する親和性が大幅に低減された抗体にタンパク質を融合することによって（ＷＯ１９９９／４３７１３）、または抗体のＦｃＲｎ結合ドメインに融合することによって（ＷＯ２０００／０９５６０、ＵＳ４７０３０３９）、半減期が改変された非天然型タンパク質を得るための方法を記載する。生理活性分子（例えば、非天然型ＣＫＰ）の半減期を増加させる特定の技術及び方法も、ＵＳ７０８３７８４に見出すことができる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰタンパク質（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、アミノ酸残基変異（ＫａｂａｔにおけるＥＵインデックスで番号付けされる）Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６ＥまたはＨ４３３Ｋ／Ｎ４３４Ｆ／Ｙ４３６Ｈを含むＩｇＧ由来のＦｃ領域に融合される。
【0309】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰタンパク質（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、インビボまたは血清半減期を増加または延長させる分子に融合される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、アルブミン、例えば、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、多糖類、免疫グロブリン分子（ＩｇＧ）、補体、ヘモグロビン、結合ペプチド、リポタンパク質、または血流及び／もしくは組織浸透における半減期を増加させる他の因子に融合される。
【0310】
非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを含むさらなるキメラ分子は、遺伝子シャッフリング、モチーフシャッフリング、エキソンシャッフリング、及び／またはコドンシャッフリング（合わせて「ＤＮＡシャッフリング」と呼ばれる）の技術によって生成され得る。ＤＮＡシャッフリングを用いて、非天然型ＣＫＰの活性が改変され得る（例えば、より高い親和性及びより低い解離速度を有する非天然型ＣＫＰ）。一般に、ＵＳ５６０５７９３、ＵＳ５８１１２３８、ＵＳ５８３０７２１、ＵＳ５８３４２５２、ＵＳ５８３７４５８、Ｐａｔｔｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．８，７２４－３３、Ｈａｒａｙａｍａ（１９９８）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１６，７６－８２、Ｈａｎｓｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８７，２６５－７６、及びＬｏｒｅｎｚｏ ａｎｄ Ｂｌａｓｃｏ，（１９９８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２４，３０８－３１３を参照されたい。
【0311】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、エラープローンＰＣＲ、ランダムヌクレオチド挿入、または組換え前の他の方法によってランダム変異誘発に供されることによって改変される。特定の標的に結合するスキャフォールドをコードするポリヌクレオチドの１つ以上の部分は、１つ以上の異種分子の１つ以上の成分、モチーフ、セクション、部分、ドメイン、断片等と組換えられ得る。
【0312】
これらの融合はいずれも、標準技術によって、例えば、公的に利用可能な遺伝子配列を使用して構築された組換え融合遺伝子由来の融合タンパク質の発現によって、または化学的ペプチド合成によって、生成することができる。
【0313】
非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰを含むコンジュゲート
化学療法剤等の細胞毒性薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらの断片）、または放射性同位体（すなわち、放射性コンジュゲート）にコンジュゲートした本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）を含む免疫コンジュゲートが本明細書に提供される。
化学療法剤等の細胞毒性薬、毒素（例えば、細菌、真菌、植物、もしくは動物起源の酵素的に活性な毒素、またはそれらの断片）、または放射性同位体（すなわち、放射性コンジュゲート）にコンジュゲートした本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）を含む免疫コンジュゲートが本明細書に提供される。
【0314】
使用され得る酵素的に活性な毒素及びそれらの断片には、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、外毒素Ａ鎖（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシンＡ鎖、アルファ－サルシン、Ａｌｅｕｒｉｔｅｓ ｆｏｒｄｉｉタンパク質、ジアンシンタンパク質、Ｐｈｙｔｏｌａｃａ ａｍｅｒｉｃａｎａタンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ－Ｓ）、Ｍｏｍｏｒｄｉｃａ ｃｈａｒａｎｔｉａ阻害剤、クルシン、クロチン、Ｓａｐｏｎａｒｉａ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｉｓ阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン、レストリクトシン、フェノマイシン、エノマイシン、及びトリコテセンが含まれる。他の毒素には、マイタンシン及びマイタンシノイド、カリケアマイシン、ならびに他の細胞毒性薬が含まれる。放射性コンジュゲートされた非天然型ＣＫＰの製造のために、様々な放射性核種が利用可能である。例としては、２１２Ｂｉ、１３１Ｉ、１３１Ｉｎ、９０Ｙ、及び１８６Ｒｅが挙げられる。
【0315】
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と、例えば、細胞毒性薬とのコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えば、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（例えば、アジプイミド酸ジメチルＨＣｌ）、活性エステル（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス－アジド化合物（例えば、ビス（ｐ－アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビスジアゾニウム誘導体（例えば、ビス－（ｐ－ジアゾニウムベンゾイル）－エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン２，６－ジイソシアネート）、及びビス－活性フッ素化合物（例えば、１，５－ジフルオロ－２，４－ジニトロベンゼン）を使用して作製される。例えば、リシン免疫毒素は、Ｖｉｔｅｔｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：１０９８（１９８７）に記載されるように調製することができる。炭素－１４で標識された１－イソチオシアナトベンジル－３－メチルジエチレントリアミンペンタ酢酸（ＭＸ－ＤＴＰＡ）は、放射性核種の本明細書に提供される非天然型ＣＫＰへのコンジュゲートのための例示的なキレート剤である。ＷＯ９４／１１０２６を参照されたい。
【0316】
別の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、眼の事前標的化（ｐｒｅ－ｔａｒｇｅｔｉｎｇ）において利用するために「受容体」（例えば、ストレプトアビジン）にコンジュゲートされ得、非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩスキャフォールドタンパク質－受容体コンジュゲートが眼患者に投与され、続いて除去剤を使用して血液循環から非結合コンジュゲートを除去し、次いで、細胞毒性薬（例えば、放射性核種）または治療剤にコンジュゲートされた「リガンド」（例えば、アビジン）が投与される。
【0317】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、多量体形態の（異なる標的リガンドに対して、または同じ標的リガンド上の異なるエピトープに対する）二重特異性または多重特異性として使用することができる。結合は、共有結合であっても非共有結合であってもよい。例えば、二量体二重特異性非天然型ＣＫＰは、第１の標的タンパク質またはエピトープに対する特異性を有する１つのサブユニットと、第２の標的タンパク質またはエピトープに対する特異性を有する第２のサブユニットとを有する。非天然型ＣＫＰサブユニットは、結合価、及びしたがって標的リガンドへの結合、または複数の標的リガンドへの結合の結合活性を増加させることができる様々な構造で、例えばコンジュゲーションによって結合され得る。
【0318】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰは、コンジュゲーションのための反応性基を提供するように操作される。ある特定の実施形態では、Ｎ末端及び／またはＣ末端も、コンジュゲーションのための反応性基を提供するように機能し得る。ある特定の実施形態では、Ｎ末端が、１つの部分（例えば、限定されないが、ＰＥＧ）にコンジュゲートされる一方、Ｃ末端は、別の部分（例えば、限定されないが、ビオチン）にコンジュゲートされるか、またはその逆である。
【0319】
ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、融合タンパク質、核酸分子、小分子、模倣剤、合成薬剤、無機分子、及び有機分子を含むがこれらに限定されない１つ以上の部分にコンジュゲートされた、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）が提供される。異種タンパク質またはポリペプチド（またはそれらの断片、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、または少なくとも１００個のアミノ酸のポリペプチド）に化学的にコンジュゲートされた（共有結合及び非共有結合コンジュゲーションの両方を含む）、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）の使用も提供される。融合は、必ずしも直接である必要はなく、本明細書に記載されるリンカー配列を介して生じ得る。
【0320】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）、またはそれらの類似体もしくは誘導体は、診断用または検出可能な薬剤にコンジュゲートされ得る。かかる非天然型ＣＫＰコンジュゲートは、臨床試験手順の一部としての疾患の発症または進行の監視または予後診断、例えば、特定の両方の有効性の判定に有用であり得る。かかる診断及び検出は、様々な酵素、例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ－ガラクトシダーゼ、またはアセチルコリンエステラーゼ（これらに限定されない）；補欠分子族、例えば、ストレプトアビジンルビオチン（ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎｌｂｉｏｔｉｎ）及びアビジン／ビオチン（これらに限定されない）；蛍光物質、例えば、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシネート（ｉｓｏｔｈｉｏｃｙｎａｔｅ）、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミン（ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅ）フルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリン（これらに限定されない）；発光物質、例えば、ルミノール（これに限定されない）；生物発光材料、例えば、ルシフェラーゼ、ルシフェリン、及びエクオリン（これらに限定されない）；放射性物質、例えば、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１５Ｉｎ、１１３Ｉｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ、）、及びテクネチウム（９９Ｔｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、フッ素（１８Ｆ）、１５３Ｓｍ、１７７Ｌｕ、１５９Ｇｄ、１４９Ｐｍ、１４０Ｌａ、１７５Ｙｂ、１６６Ｈｏ、９０Ｙ、４７Ｓｃ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、１４２Ｐｒ、１０５Ｒｈ、９７Ｒｕ、６８Ｇｅ、５７Ｃｏ、６５Ｚｎ、８５Ｓｒ、３２Ｐ、１５３Ｇｄ、１６９Ｙｂ、５１Ｃｒ、５４Ｍｎ、７５Ｓｅ、１１３Ｓｎ、及び１１７Ｔｎ（これらに限定されない）；様々な陽電子放出断層撮影を使用する陽電子放出金属、非放射性常磁性金属イオン、及び放射標識されるかまたは特定の放射性同位体にコンジュゲートされた分子を含むがこれらに限定されない検出可能な物質に非天然型ＣＫＰをカップリングすることによって達成することができる。
【0321】
治療部分にコンジュゲートされた非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）も提供される。ある特定の実施形態では、非天然型ＣＫＰは、治療部分、例えば、細胞毒、例えば、細胞分裂阻害剤もしくは細胞殺傷剤、治療薬剤、または放射性金属イオン、例えば、アルファ放出体にコンジュゲートされ得る。細胞毒または細胞毒性薬には、細胞に有害な任意の薬剤が含まれる。
【0322】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰは、治療部分、例えば、放射性金属イオン、例えば、アルファ放出体、例えば、２１３Ｂｉ、または１３１Ｉｎ，１３１Ｌｕ，１３１Ｙ，１３１Ｈｏ，１３１Ｓｍを含むがこれらに限定されない放射性金属をポリペプチドにコンジュゲートするために有用な大環状キレート剤にコンジュゲートされ得る。ある特定の実施形態では、大環状キレート剤は、リンカー分子を介して非天然型ＣＫＰに結合され得る１，４，７，１０－テトラアザシクロドデカン－Ｎ，Ｎ’，Ｎ’’，Ｎ’’’－テトラ－酢酸（ＤＯＴＡ）である。かかるリンカー分子は、当該技術分野で一般に知られており、例えば、Ｄｅｎａｒｄｏ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．４，２４８３－９０、Ｐｅｔｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．１０，５５３－５５７、及びＺｉｍｍｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９９）Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．２６，９４３－５０に記載されている。
【0323】
治療部分を抗体にコンジュゲートするための技術は周知であり、本明細書に開示される非天然型ＣＫＰに適用することができ、例えば、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ａｎｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｒｅｉｓｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．２４３－５６ （Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．１９８５）におけるＡｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，「Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｔａｒｇｅｔｉｎｇ Ｏｆ Ｄｒｕｇｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ」、Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ（２ｎｄ Ｅｄ．），Ｒｏｂｉｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．６２３－５３（Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．１９８７）におけるＨｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，「Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ」、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ８４：Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｐｉｎｃｈｅｒａ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．４７５－５０６（１９８５）におけるＴｈｏｒｐｅ，「Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｒｒｉｅｒｓ Ｏｆ Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ａｇｅｎｔｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ Ｒｅｖｉｅｗ」、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ Ｆｏｒ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ａｎｄ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂａｌｄｗｉｎ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），ｐｐ．３０３－１６（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ １９８５）における「Ａｎａｌｙｓｉｓ，Ｒｅｓｕｌｔｓ，Ａｎｄ Ｆｕｔｕｒｅ Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ Ｏｆ Ｔｈｅ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｕｓｅ Ｏｆ Ｒａｄｉｏ ｌａｂｅｌｅｄ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒａｐｙ、及びＴｈｏｒｐｅ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．６２：１１９－５８を参照されたい。同様のアプローチが、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰでの使用のために適合され得る。
【0324】
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）にコンジュゲートされる治療部分または薬物は、対象における特定の障害に対する所望の予防効果または治療効果（複数可）を達成するように選択されるべきである。臨床医または他の医療関係者は、どの治療部分または薬物をスキャフォールドにコンジュゲートするかを判断する際に、以下について考慮するべきである：疾患の性質、疾患の重症度、及び対象の状態。
【0325】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）はまた、固体支持体に結合させることができこれは、免疫アッセイまたは標的抗原の精製にとりわけ有用である。かかる個体支持体には、ガラス、セルロース、ポリアクリルアミド、ナイロン、ポリスチレン、ポリ塩化ビニル、またはポリプロピレンが含まれるが、これらに限定されない。
【0326】
共有結合的修飾
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）の共有結合的修飾もまた企図される。共有結合的修飾の一種には、非天然型ＣＫＰの標的アミノ酸残基を、非天然型ＣＫＰの選択された側鎖またはＮ末端もしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させることが含まれる。二官能性薬剤での誘導体化は、例えば、非天然型ＣＫＰを、標的リガンドを精製するための方法における使用のための水不溶性支持マトリックスまたは表面と架橋するために有用である、逆もまた同様である。一般に使用される架橋剤には、例えば、１，１－ビス（ジアゾアセチル）－２－フェニルエタン、グルタルアルデヒド、４－アジドサリチル酸とのエステル等のＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル、３，３’－ジチオビス（スクシンイミジル－プロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス－Ｎ－マレイミド－１，８－オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル－３－［（ｐ－アジドフェニル）－ジチオ］プロピオイミデート等の薬剤が含まれる。
本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）の共有結合的修飾もまた企図される。共有結合的修飾の一種には、非天然型ＣＫＰの標的アミノ酸残基を、非天然型ＣＫＰの選択された側鎖またはＮ末端もしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させることが含まれる。二官能性薬剤での誘導体化は、例えば、非天然型ＣＫＰを、標的リガンドを精製するための方法における使用のための水不溶性支持マトリックスまたは表面と架橋するために有用である、逆もまた同様である。一般に使用される架橋剤には、例えば、１，１－ビス（ジアゾアセチル）－２－フェニルエタン、グルタルアルデヒド、４－アジドサリチル酸とのエステル等のＮ－ヒドロキシスクシンイミドエステル、３，３’－ジチオビス（スクシンイミジル－プロピオネート）等のジスクシンイミジルエステルを含むホモ二官能性イミドエステル、ビス－Ｎ－マレイミド－１，８－オクタン等の二官能性マレイミド、及びメチル－３－［（ｐ－アジドフェニル）－ジチオ］プロピオイミデート等の薬剤が含まれる。
【0327】
他の修飾としては、グルタミニル残基及びアスパラギニル残基の対応するグルタミル残基及びアスパルチル残基それぞれへの脱アミド化、プロリン及びリジンのヒドロキシル化、セリルまたはトレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニン、及びヒスチジン側鎖のα－アミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ｐｐ．７９－８６（１９８３））、Ｎ末端アミンのアセチル化、ならびに任意のＣ末端カルボキシル基のアミド化が挙げられる。
【0328】
非天然型ＣＫＰの別の種類の共有結合的修飾は、非天然型ＣＫＰを、ＵＳ４６４０８３５、ＵＳ４４９６６８９、ＵＳ４３０１１４４、ＵＳ４６７０４１７、ＵＳ４７９１１９２、またはＵＳ４１７９３３７に記載される様式で、様々な非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンのうちの１つに結合させることを含む。
【0329】
「ポリエチレングリコール」または「ＰＥＧ」という用語は、カップリング剤、カップリング部分、または活性化部分（例えば、チオール、トリフレート、トレシレート（ｔｒｅｓｙｌａｔｅ）、アジルジン（ａｚｉｒｄｉｎｅ）、オキシラン、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド、またはマレイミド部分）を伴うかまたは伴わない、ポリエチレングリコール化合物またはその誘導体を意味する。「ＰＥＧ」という用語は、５００～１５０，０００Ｄａの分子量のポリエチレングリコールを示すことを意図し、これにはその類似体が含まれ、例えば、末端ＯＲ基がメトキシ基によって置き換えられている（ｍＰＥＧと呼ばれる）。
【0330】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）で誘導体化される。ＰＥＧは、２つのヒドロキシル基を有するエチレンオキシド繰返し単位の線状の水溶性ポリマーである。ＰＥＧは、典型的には約５００ダルトン～約４０，０００ダルトンの範囲のそれらの分子量によって分類される。現在好ましい実施形態では、用いられるＰＥＧは、５，０００ダルトン～約２０，０００ダルトンの範囲の分子量を有する。本明細書に記載される非天然型ＣＫＰにカップリングされるＰＥＧは、分岐状であっても非分岐状であってもよい（例えば、Ｍｏｎｆａｒｄｉｎｉ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．１９９５Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ ６：６２－６９）。ＰＥＧは、Ｎｅｋｔａｒ Ｉｎｃ．、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．及び他の会社から市販されている。かかるＰＥＧには、モノメトキシポリエチレングリコール（ＭｅＰＥＧ－ＯＨ）、モノメトキシポリエチレングリコール－スクシネート（ＭｅＰＥＧ－Ｓ）、モノメトキシポリエチレングリコール－スクシンイミジルスクシネート（ＭｅＰＥＧ－Ｓ－ＮＨＳ）、モノメトキシポリエチレングリコール－アミン（ＭｅＰＥＧ－ＮＨ２）、モノメトキシポリエチレングリコール－トレシレート（ＭｅＰＥＧ－ＴＲＥＳ）、及びモノメトキシポリエチレングリコール－イミダゾリル－カルボニル（ＭｅＰＥＧ－ＩＭ）が含まれるが、これらに限定されない。
【0331】
ある特定の実施形態では、用いられる親水性ポリマー、例えば、ＰＥＧは、一方の末端でメトキシ基またはエトキシ基等の非反応性基によってキャップされる。その後、ポリマーは、好適な活性化剤、例えば、ハロゲン化シアヌル（例えば、シアヌル酸塩化物、臭化物、またはフッ化物）、ジイマドズル（ｄｉｉｍａｄｏｚｌｅ）、無水試薬（例えば、ジブロモコハク酸無水物等のジハロコハク酸無水物）、アシルアジド、ｐ－ジアゾイウムベンジル（ｄｉａｚｏｉｕｍｂｅｎｚｙｌ）エーテル、３－（ｐ－ジアゾニウムフェノキシ）－２－ヒドロキシプロピルエーテル）等との反応によって、他方の末端で活性化される。次いで、活性化されたポリマーは、本明細書の非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）と反応して、ポリマーで誘導体化した非天然型ＣＫＰが生成される。あるいは、本明細書に提供される非天然型ＣＫＰ中の官能基は、ポリマーとの反応のために活性化され得るか、または既知のカップリング方法を使用して協奏カップリング反応において２つの基が結合され得る。本明細書に提供される非天然型ＣＫＰが、当業者に既知であり、かつ当業者によって使用される無数の他の反応スキームを使用してＰＥＧで誘導体化することができることは、容易に理解されるであろう。
【0332】
リポソーム
本明細書に開示される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、リポソームとして調製することもできる。本明細書に記載される非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩスキャフォールドタンパク質を含有するリポソームは、当該技術分野で既知の方法によって、例えば、Ｅｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８２：３６８８（１９８５）、Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，７７：４０３０（１９８０）、及び米国特許第４，４８５，０４５号及び同第４，５４４，５４５号に記載されるように調製することができる。循環時間が向上したリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
本明細書に開示される非天然型ＣＫＰ（例えば、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰまたは非天然型ＬＲＰ６結合ＣＫＰ）は、リポソームとして調製することもできる。本明細書に記載される非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩスキャフォールドタンパク質を含有するリポソームは、当該技術分野で既知の方法によって、例えば、Ｅｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，８２：３６８８（１９８５）、Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，７７：４０３０（１９８０）、及び米国特許第４，４８５，０４５号及び同第４，５４４，５４５号に記載されるように調製することができる。循環時間が向上したリポソームは、米国特許第５，０１３，５５６号に開示されている。
【0333】
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、及びＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ－ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法により生成され得る。リポソームは、所定の細孔サイズのフィルターを通して押し出されて、所望の直径を有するリポソームが得られる。第２の治療剤も、任意に、リポソーム内に含有される。Ｇａｂｉｚｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．，８１（１９）：１４８４（１９８９）を参照されたい。
【0334】
ヒト血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）と結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）を含む薬学的組成物及び製剤
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと薬学的に許容される賦形剤とを含む薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、所望の効果または結果を達成するために患者への眼投与に好適な組成物にするために、組成物は、緩衝液、担体、安定剤、保存剤、及び／または増量剤も含有し得る。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰが角膜を貫通することを可能にする１つ以上の透過性増強剤を含む。かかる透過性増強剤の例としては、例えば、界面活性剤、胆汁酸、キレート剤、保存剤、シクロデキストリン（すなわち、親油性薬物と複合体を形成する、親水性外表面及び親油性内表面を有する円筒状オリゴヌクレオチド）等が挙げられる。かかる透過性増強剤は、化学的安定性及び生物学的利用能を増加させ、局所刺激を減少させる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、眼の様々な区画における非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの吸収及び分散を増加させる薬剤をさらに含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、粘膜付着特性により眼の生物学的利用能を増強することができる架橋ポリアクリル酸を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、生体付着性ポリマーを含む。
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰと薬学的に許容される賦形剤とを含む薬学的組成物が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、所望の効果または結果を達成するために患者への眼投与に好適な組成物にするために、組成物は、緩衝液、担体、安定剤、保存剤、及び／または増量剤も含有し得る。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰが角膜を貫通することを可能にする１つ以上の透過性増強剤を含む。かかる透過性増強剤の例としては、例えば、界面活性剤、胆汁酸、キレート剤、保存剤、シクロデキストリン（すなわち、親油性薬物と複合体を形成する、親水性外表面及び親油性内表面を有する円筒状オリゴヌクレオチド）等が挙げられる。かかる透過性増強剤は、化学的安定性及び生物学的利用能を増加させ、局所刺激を減少させる。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、眼の様々な区画における非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰの吸収及び分散を増加させる薬剤をさらに含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、粘膜付着特性により眼の生物学的利用能を増強することができる架橋ポリアクリル酸を含む。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、生体付着性ポリマーを含む。
【0335】
ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、インサイツのゲル化系、例えば、組成物が涙液と接触すると、特定の生理化学的パラメータ（イオン強度、温度、ｐＨ、または溶媒交換）によって眼球表面上でゾル－ゲル相転移を示す粘着性のポリマー系液体として製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、アイスプレーとして製剤化される。ある特定の実施形態では、提供される薬学的組成物は、リポソームとして製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、ニオソーム（すなわち、例えば、コレステロールを賦形剤として含有する非イオン性界面活性剤ベシクル）として製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、ファーマコソーム（ｐｈａｒｍａｃｏｓｏｍｅ）（すなわち、両親媒性薬物によって形成されたベシクル）として製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に提供される薬学的組成物は、マイクロエマルジョンとして製剤化される。様々な眼用薬学的製剤に関するさらなる詳細は、例えば、Ｇａｉｋｗａｄ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｉｎｄｏ Ａｍｅｒ Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ．３，３２１６－３２３２、Ａｃｈｏｕｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ Ｉｎｄｕｓｔ Ｐｈａｒｍ．３９，１５９９－１６１７、Ｌｕ（２０１０）Ｒｅｃｅｎｔ Ｐａｔ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｆｏｒｍｕｌ．４，４９－５７、Ｂａｒａｎｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｓｃｉ Ｗｏｒｌｄ Ｊ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１５５／２０１４／８６１９０４、Ｌａｎｇ（１９９５）Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ．１６，３９－４３、Ｓｈｏｒｔ（２００８）Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｉｃ Ｐａｔｈ．３６，４９－６２、及びその他に提供されている。
【0336】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む薬学的組成物は、室温（例えば、約２０～２５℃）で、約０．５週間、約１．０週間、約１．５週間、約２．０週間、約２．５週間、３．５週間、約４．０週間、約１カ月、約２カ月、約３カ月、約４カ月、約５カ月、約６カ月、または６カ月超（これらの値の間の任意の範囲を含む）にわたり安定である。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む薬学的組成物は、促進条件下（例えば、約３７℃での保管）で、約０．５週間、約１．０週間、約１．５週間、約２．０週間、約２．５週間、３．５週間、約４．０週間、約１カ月、約２カ月、約３カ月、約４カ月、約５カ月、約６カ月、または６カ月超（これらの値の間の任意の範囲を含む）にわたり安定である。
【0337】
血管内皮成長因子Ａ（ＶＥＧＦ－Ａ）と結合する非天然型シスチンノットペプチド（ＣＫＰ）を使用する治療方法
約４０ｋＤａの二量体糖タンパク質である血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ－Ａ）は、増殖、移動、及び管形成を刺激し、新しい血管の血管成長及び血管透過性の増加をもたらす強力な内皮細胞マイトジェンである。網膜または角膜における低酸素条件は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ－Ａ）の発現を誘発し、漏出血管の異常な（例えば、過剰または他の様式で不適切な）成長は、いくつかの消耗性眼疾患、例えば、糖尿病性の失明、網膜症、主に糖尿病性の網膜症、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、増殖性糖尿病性網膜症（ＰＤＲ）、末熟児網膜症（ＲＯＰ）、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病（ｖｏｎ Ｒｉｐｐｅｌ－Ｌｉｎｄａｕ ｄｉｓｅａｓｅ）、眼のヒストプラスマ症、網膜静脈閉塞症（網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）及び網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）の両方、角膜血管新生、網膜血管新生、及びルベオーシスの病理に寄与する。新しい血管のＶＥＧＦ－Ａ誘発性形成は有害であり、網膜、小柱網間、または角膜の血管新生は、最終的に視力喪失をもたらす可能性がある。
約４０ｋＤａの二量体糖タンパク質である血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ－Ａ）は、増殖、移動、及び管形成を刺激し、新しい血管の血管成長及び血管透過性の増加をもたらす強力な内皮細胞マイトジェンである。網膜または角膜における低酸素条件は、血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ－Ａ）の発現を誘発し、漏出血管の異常な（例えば、過剰または他の様式で不適切な）成長は、いくつかの消耗性眼疾患、例えば、糖尿病性の失明、網膜症、主に糖尿病性の網膜症、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、増殖性糖尿病性網膜症（ＰＤＲ）、末熟児網膜症（ＲＯＰ）、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病（ｖｏｎ Ｒｉｐｐｅｌ－Ｌｉｎｄａｕ ｄｉｓｅａｓｅ）、眼のヒストプラスマ症、網膜静脈閉塞症（網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）及び網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）の両方、角膜血管新生、網膜血管新生、及びルベオーシスの病理に寄与する。新しい血管のＶＥＧＦ－Ａ誘発性形成は有害であり、網膜、小柱網間、または角膜の血管新生は、最終的に視力喪失をもたらす可能性がある。
【0338】
ある特定の実施形態では、対象における眼疾患または障害を治療する方法であって、有効量の本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ、または本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物（例えば、薬学的組成物）を対象に投与することを含む方法が本明細書に提供される。ある特定の実施形態では、対象における眼疾患または障害の治療における使用のための、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物（例えば、薬学的組成物）が提供される。ある特定の実施形態では、対象における眼疾患または障害の治療のための医薬品の製造における、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の使用が提供される。
【0339】
ある特定の実施形態では、治療される対象は、哺乳動物（例えば、ヒト、非ヒト霊長類、ラット、マウス、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、イヌ、ネコ等）である。ある特定の実施形態では、対象は、ヒトである。ある特定の実施形態では、対象は、臨床患者、臨床試験ボランティア、実験用動物等である。ある特定の実施形態では、対象は、異常な血管新生及び／または異常な血管透過性を特徴とする眼疾患または障害（例えば、本明細書に記載されるもの）を有するか、または有するリスクがあると疑われる。ある特定の実施形態では、対象は、異常な血管新生及び／または異常な血管透過性を特徴とする眼疾患または障害（例えば、本明細書に記載されるもの）と診断されている。
【0340】
ある特定の実施形態では、眼疾患または障害は、血管増殖性眼疾患、例えば、糖尿病性の失明、網膜症、主に糖尿病性の網膜症、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、増殖性糖尿病性網膜症（ＰＤＲ）、未熟児網膜症（ＲＯＰ）、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、糖尿病性黄斑浮腫、変性近視、フォンヒッペル・リンダウ病（ｖｏｎ Ｒｉｐｐｅｌ－Ｌｉｎｄａｕ ｄｉｓｅａｓｅ）、眼のヒストプラスマ症、網膜静脈閉塞症（網膜分岐静脈閉塞症（ＢＲＶＯ）及び網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）の両方、角膜血管新生、網膜血管新生、及びルベオーシスからなる群から選択される血管増殖性眼疾患である。ある特定の実施形態では、角膜血管新生は、眼の感染症、眼の炎症、眼への外傷（化学熱傷を含む）、または角膜縁の厳しい細胞障壁の喪失に起因する。ある特定の実施形態では、網膜血管新生は、角膜ヘルペス、トラコーマ、またはオンコセルカ症に起因する。
【0341】
ある特定の実施形態では、有効量の本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物）は、本明細書の他の箇所にさらに詳細に記載されるように、対象の眼に直接（例えば、硝子体内または局所的に）投与される。
【0342】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、第２の薬剤と組み合わせて投与される。眼疾患または障害が炎症性反応によって引き起こされる患者の場合、抗炎症剤との併用療法が考慮され得る。例えば、それぞれ、炎症を低減させ、新しい血管の形成を妨げるためのステロイドと本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）との併用は、例えば、角膜血管新生を有する患者においてとりわけ有利であり得る。細菌性、ウイルス性、真菌性、またはアカントアメーバ性（ａｃａｎｔｈａｍｏｅｂａｌ）感染症に続発する眼疾患または障害に罹患している患者は、抗菌剤、及び任意に、抗炎症剤と組み合わせた、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の投与から利益を得られる場合がある。眼疾患または障害に起因する角膜実質血管を有する患者は、角膜移植後の免疫拒絶反応の重大なリスクに晒されている。したがって、角膜血管新生の低減の成功は、移植片拒絶反応のリスクを低減することになるため、角膜移植前（及び、任意にその後も）の、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の投与は、角膜実質血管を有する患者にとりわけ有益であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、第２の抗血管新生剤と組み合わせて投与される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、マトリックスメタロプロテアーゼ（ＭＭＰ）阻害剤と組み合わせて投与される。
【0343】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、第２の療法と組み合わせて投与される。ある特定の実施形態では、第２の両方は、レーザ凝固療法（ＬＰＴ）である。ＬＰＴは、レーザ光を使用して網膜に調節された損傷を引き起こし、有益な治療効果を生み出す。レーザ光の小さな発光は、漏出血管を密封し、異常な血管を破壊し、網膜裂孔を密封し、または眼の後ろの異常組織を破壊することができる。これは迅速で、非侵襲的であり、通常、麻酔用点眼剤以外の麻酔を必要としない。ＬＰＴ技術及び装置は、眼科医に容易に利用可能である（Ｌｏｃｋ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｍｅｄ Ｊ Ｍａｌａｙｓｉａ ６５：８８－９４を参照されたい）。ＬＰＴに関するさらなる詳細は、例えば、ＷＯ２０１４／０３３１８４に見出すことができる。
【0344】
ある特定の実施形態では、第２の療法は、光線力学療法（ＰＤＴ）である。ＰＤＴは、光活性化分子を使用して、血管新生内皮に局所的損傷を引き起こし、血管閉塞をもたらす。好適な眼科用高倍率レンズを使用して、光ファイバーケーブル及び細隙灯によって単一の円形スポットとして光が網膜に送達される（レーザ処置）。光活性化化合物は、レーザ処置前に循環中に注入され、化合物の光活性化によって、血管新生に冒された領域に損傷が加えられる。１つの一般的に使用される光活性化化合物は、ベルテポルフィン（Ｖｉｓｕｄｙｎｅ（登録商標））である。ベルテポルフィンは、主にリポタンパク質によって血漿中に輸送される。酸素の存在下でベルテポルフィンが光によって活性化されると、反応性の高い短寿命の一重項酸素及び反応性酸素ラジカルが生成され、血管を取り囲む内皮を損傷する。損傷した内皮は、リポ－オキシゲナーゼ（ロイコトリエン）及びシクロオキシゲナーゼ（トロンボキサン等のエイコサノイド）経路を通して凝結促進及び血管作動因子を放出し、血小板凝集、フィブリン塊形成、及び血管収縮をもたらすことが知られている。ベルテポルフィンは、血管新生においていくらか優先的に蓄積するようである。光活性化化合物の光活性化に使用されるレーザの波長は、使用される特定の光活性化化合物によって異なり得る。ＰＤＴに関するさらなる詳細は、例えば、ＷＯ２０１４／０３３１８４に見出すことができる。
【0345】
ある特定の実施形態では、第２の療法は、ジアテルミー及び焼灼法であり、単極ジアテルミーユニットを通した凝固電流の適用、または縁郭で供給血管に挿入された電解針を使用した供給熱焼灼法によって血管が閉塞される。
【0346】
投与
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、例えば、注射によって、例えば、結膜下注射、角膜間注射、または硝子体内注射によって投与される。水溶形態での投与が通常であり、典型的な容量は、２０～１５０μｌ、例えば、４０～６０μｌ、または５０μｌである。注射は、３０ゲージ×１／２インチ（１２．７ｍｍ）針によって行われ得る。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、投与のために用意された充填済みの無菌注射器で提供される。ある特定の実施形態では、注射器は、低いシリコーン含有量を有するか、またはシリコーンを含まない。注射器は、ガラス製であってもよい。送達のために充填済み注射器を使用することは、投与前の無菌アンタゴニスト溶液のあらゆる汚染を回避することができるという利点を有する。充填済み注射器はまた、投与する眼科医の取り扱いをより容易にする。硝子体内投与に関するさらなる詳細については、例えば、ＷＯ２０１４／０３３１８４、Ｆａｇａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．４１，５００－５０７、Ａｖｅｒｙ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｒｅｔｉｎａ．３４Ｓｕｐｐｌ １２，Ｓ１－Ｓ１８、及びＤｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｓｅｍｉｎａｒ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．２６，１０４－１１３を参照されたい。
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、例えば、注射によって、例えば、結膜下注射、角膜間注射、または硝子体内注射によって投与される。水溶形態での投与が通常であり、典型的な容量は、２０～１５０μｌ、例えば、４０～６０μｌ、または５０μｌである。注射は、３０ゲージ×１／２インチ（１２．７ｍｍ）針によって行われ得る。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、投与のために用意された充填済みの無菌注射器で提供される。ある特定の実施形態では、注射器は、低いシリコーン含有量を有するか、またはシリコーンを含まない。注射器は、ガラス製であってもよい。送達のために充填済み注射器を使用することは、投与前の無菌アンタゴニスト溶液のあらゆる汚染を回避することができるという利点を有する。充填済み注射器はまた、投与する眼科医の取り扱いをより容易にする。硝子体内投与に関するさらなる詳細については、例えば、ＷＯ２０１４／０３３１８４、Ｆａｇａｎ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．４１，５００－５０７、Ａｖｅｒｙ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｒｅｔｉｎａ．３４Ｓｕｐｐｌ １２，Ｓ１－Ｓ１８、及びＤｏｓｈｉ ｅｔ ａｌ．（２０１５）Ｓｅｍｉｎａｒ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．２６，１０４－１１３を参照されたい。
【0347】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、局所的に、例えば、点眼剤の形態で投与される。眼への局所薬物送達に関するさらなる詳細は、例えば、Ｌｏｆｔｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ａｃｔａ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌｏｇｉｃａ．９０，６０３－６０８、Ｐａｔｅｌ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｗｏｒｌｄ Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２，４７－６４、Ｆｒｅｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｅｘｐ Ｒｅｖ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ．４，５９－６４、及びＢｏｄｄｕ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｒｅｃｅｎｔ Ｐａｔｅｎｔｓ ｏｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｎｄ Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ．８，２７－３６に見出される。
【0348】
ある特定の実施形態では、硝子体内デバイスを使用して、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）を眼内に連続的に送達する。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、眼内挿入（例えば、Ｏｃｕｓｅｒｔ、Ｌａｃｔｉｓｅｒ、Ｓｏｌｕｂｌｅ Ｏｃｕｌａｒ Ｄｒｕｇ Ｉｎｓｅｒｔ（ＳＯＤＩ）、Ｍｉｎｉｄｉｓｃ、コンタクトレンズ、フィルム、ろ紙ストリップ、人工涙インサート、及びコラーゲンシールドを含むがこれらに限定されない）を介して投与される。例えば、Ｇａｉｋｗａｄ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｉｎｄｏ Ａｍｅｒ Ｊ Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ．３，３２１６－３２３２）を参照されたい。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、徐放性デポー、眼球プラグ／リザーバ、眼インプラント（例えば、強膜または硝子体インプラント）として投与される。様々な胸膜及び硝子体内送達系が当該技術分野で既知である。これらの送達系は、典型的には、非生物分解性であり、能動的または受動的であり得る。例えば、ＷＯ２０１０／０８８５４８は、療法剤を送達するために受動拡散を使用する剛体を有する送達系を記載する。ＷＯ２００２／ｌ００３１８は、圧力差を介した能動的な投与を可能にする可撓体を有する送達系を開示する。あるいは、能動的送達は、埋め込み可能な小型ポンプによって達成することができる。治療剤を送達するための小型ポンプを使用する硝子体内送達系の例としては、Ｒｅｐｌｅｎｉｓｈ，Ｉｎｃ．によって市販されているＯｐｈｔｈａｌｍｉｃ ＭｉｃｒｏＰｕｍｐ Ｓｙｓｔｅｍ（商標）であり、これは、一定量の治療剤を所定の回数にわたって送達するようにプログラムすることができる。ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、小型のカプセル様容器（例えば、シリコーンエラストマーカップ）内に入れられる。容器は、通常、虹彩の上で眼内に埋め込まれる。容器は、放出開口部を含む。非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の放出は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）と開口部との間に設けられた膜によって、または容器に接続した小型ポンプを用いて調節され得る。あるいは、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、容器外へのアンタゴニストの急速な拡散を防ぐ徐放性マトリックス内に置かれてもよい。好ましくは、硝子体内デバイスは、最初の１カ月でより高い初期速度で非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）を放出するように設計される。放出速度は、緩徐に、例えば、移植後の最初の１カ月にわたり、初期速度より約５０％低い速度まで減少する。容器は、約４～６カ月持続する非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の供給を保持するのに十分なサイズを有し得る。投与が連続的である場合には、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の低減された用量が有効な治療に十分であり得るため、容器内の供給は、１年以上、好ましくは約２年、より好ましくは約３年持続する場合がある。送達系の埋め込みに小規模な手術のみが必要であり、硝子体内注射が回避されるため、繰り返される硝子体内での患者のコンプライアンスの問題を回避することができる。非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の硝子体内濃度は低減され、したがって、循環内に入る非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）による副作用の潜在的なリスクが減少する。
【0349】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、イオン泳動によって投与される。イオン泳動は、微弱電流を印加して、組織内へのイオン性薬物の浸透を高める非侵襲的技術である（例えば、Ｍｙｌｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００５）Ａｄｖ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｒｅｖ ５７，２０６３－７９及びＥｌｊａｒｒａｔ－Ｂｉｎｓｔｏｃｋ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｊ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ １１０，４７９－８９を参照されたい）。薬物は、その薬物と同じ電荷を帯びた電極と共に適用され、反対の電荷である外側電極は、身体の別の箇所に置かれて、回路を完成させる。薬物は、組織を通る電流の導電体として働く。
【0350】
眼への薬物の投与に関するさらなる詳細は、例えば、Ｋｕｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ｐｏｌｙｍｅｒｓ ３，１９３－２２１、Ｓｈｏｒｔ（２００８）Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｉｃ Ｐａｔｈ．３６，４９－６２、Ｇｈａｔｅｅｔ ａｌ．（２００６）Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ ３，２７５－８７、Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｏｌ Ｔｈｅｒａｐ ６，１９５－２０５、Ｇａｕｄａｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１０）ＡＡＰＳ Ｊ．１２，３４８－３６０、及びその他に提供される。
【0351】
徐放性／長時間作用性送達製剤
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、徐放性製剤として提供される。徐放性製剤は、典型的には、治療剤を生物分解性ポリマーと混合すること、またはそれを微粒子内にカプセル化することによって得られる。
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、徐放性製剤として提供される。徐放性製剤は、典型的には、治療剤を生物分解性ポリマーと混合すること、またはそれを微粒子内にカプセル化することによって得られる。
【0352】
本発明による徐放性製剤は、典型的には、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）と、高分子担体と、高分子担体からの非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の放出速度を調節するための放出調節剤とを含む。ポリマー系送達組成物の製造条件を変えることによって、得られる組成物の放出反応速度特性を調整することができる。高分子担体は、通常、１つ以上の生物分解性ポリマーもしくはコポリマー、またはそれらの組み合わせを含む。例えば、高分子担体は、ポリ乳酸（ＰＬＡ）、ポリグリコール酸（ＰＧＡ）、ポリラクチド－コ－グリコリド（ＰＬＧＡ）、ポリエステル、ポリ（オルトエステル）、ポリ（ホスファジン）、ポリ（リン酸エステル）、ポリカプロラクトン、またはそれらの組み合わせから選択され得る。
【0353】
ある特定の実施形態では、高分子担体は、ＰＬＧＡである。放出調節剤は、典型的には、好ましくは１０～４０個の炭素原子を含む長鎖脂肪アルコールである。一般的に使用される放出調節剤には、カプリルアルコール、ペラルゴンアルコール、カプリンアルコール、ラウリルアルコール、ミリスチルアルコール、セチルアルコール、パルミトレイル（ｐａｌｍｉｔｏｌｅｙｌ）アルコール、ステアリルアルコール、イソステアリルアルコール、エライジル（ｅｌａｉｄｙｌ）アルコール、オレイルアルコール、リノレイルアルコール、ポリ不飽和エライドリノレイル（ｅｌａｉｄｏｌｉｎｏｌｅｙｌ）アルコール、ポリ不飽和リノレイルアルコール、エライドリノレイルアルコール、ポリ不飽和リシノレイルアルコール、アラキジルアルコール、ベヘニルアルコール、エルシルアルコール、リグノセリル（ｌｉｇｎｏｃｅｒｙｌ）アルコール、セリルアルコール、モンタニル（ｍｏｎｔａｎｙｌ）アルコール、クルイチル（ｃｌｕｙｔｙｌ）アルコール、ミリシルアルコール、メリシルアルコール、及びゲジル（ｇｅｄｄｙｌ）アルコールが含まれる。
【0354】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、マイクロスフェアベースの徐放性組成物中に組み込まれる。ある特定の実施形態では、マイクロスフェアは、ＰＬＧＡから調製される。マイクロスフェア中に組み込まれる非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の量及び非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）の放出速度は、マイクロスフェアの調製に使用される条件を変えることによって調節することができる。かかる徐放性製剤を製造するプロセスは、ＵＳ２００５／０２８１８６１及びＵＳ２００８／０１０７６９４に記載される。
【0355】
ある特定の実施形態では、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）は、生物分解性インプラント（例えば、マイクロニードル）内に組み込まれる。マトリックスインプラント（例えば、マイクロニードル）は、典型的には、初回負荷量に続いて、１日～６カ月の期間の間の漸減用量を必要とする眼疾患を治療するために使用される （Ｄａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．（２００４）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｏｌ Ｔｈｅｒａｐ ６，１９５－２０５）。これらは、水及び二酸化炭素に分解するポリ乳酸（ＰＬＡ）及び／またはポリ乳酸グリコール酸（ＰＬＧＡ）から最も一般的に作製される。インプラントからの薬物放出の速度及び程度は、ラクチド（遅い）及びグリコリド（速い）の相対濃度を変えること、ポリマー重量比を変えること、さらなるポリマー層を加えること、または疎水性の不溶性薬物を使用することによって減少させることができる。薬物の放出は、一般に、一次速度論に従い、薬物放出の初期バーストに続いて、薬物レベルの急速な低下を伴う。生物分解性インプラントは、経時的に溶解するため、除去を必要としない（Ｈｓｕ（２００７）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｏｐｈｔｈａｌｍｏｌ １８，２３５－９）。生物分解性インプラントはまた、ポリマーＰＬＡ／ＰＬＧＡ比によって、短期間（週）から長期間（月～年）に及ぶ用量及び治療における柔軟性を可能にし、用量及び治療要件は経時的に変化し得るため、これは疾患進行に薬物送達を合わせる別の利点である。眼投与のための生物分解性インプラント（例えば、ＰＬＧＡまたはＰＬＡインプラント）の製造及び実装に関するさらなる詳細は、例えば、ＷＯ２００６／０９３７５８、ＵＳ２００６／０１８２７８３、ＷＯ２００９／０２６４６１、ＵＳ２００８／０１８１９２９、ＵＳ２００９／０２６３４６０、ＵＳ２０１０／００１５１５８、ＵＳ２０１１／０２０７６５３、及びＵＳ２０１４／０１５４３２１に提供される。眼内薬物送達のためのマイクロニードルに関するさらなる詳細は、例えば、Ｄｏｎｎｅｌｌｙ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ １４，１８７－２０７、ＵＳＰ７９１８８１４，Ｙａｖｕｘ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｓｃｉ Ｗｏｒｌｄ Ｊ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１１５５／２０１３／７３２３４０、及び他の箇所に提供される。
【0356】
製品及びキット
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含有する製品、及び眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療に有用な材料が提供される。製品は、容器と、容器上または容器に伴ってラベルもしくは添付文書とを含み得る。好適な容器には、例えば、ボトル、バイアル、注射器等が含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチック等の多様な材料から形成され得る。ある特定の実施形態では、容器は、眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療に有効な組成物を保持し、注射デバイス、局所及び注射可能な医薬品、手術器具、縫合糸及び縫合針、ならびにアイカバーを含むがこれらに限定されない、徐放性眼または眼内薬物送達系の埋め込みに必要な物品の完全なセットを有し得る。ある特定の実施形態では、容器は、無菌単位分量パッケージを保持する。組成物中の少なくとも１つの活性薬剤は、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療のために使用されることを示す。ラベルまたは添付文書は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）を患者に投与するための指示をさらに含む。本明細書に記載される併用療法を含む製品及びキットも企図される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含有する製品、及び眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療に有用な材料が提供される。製品は、容器と、容器上または容器に伴ってラベルもしくは添付文書とを含み得る。好適な容器には、例えば、ボトル、バイアル、注射器等が含まれる。容器は、ガラスまたはプラスチック等の多様な材料から形成され得る。ある特定の実施形態では、容器は、眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療に有効な組成物を保持し、注射デバイス、局所及び注射可能な医薬品、手術器具、縫合糸及び縫合針、ならびにアイカバーを含むがこれらに限定されない、徐放性眼または眼内薬物送達系の埋め込みに必要な物品の完全なセットを有し得る。ある特定の実施形態では、容器は、無菌単位分量パッケージを保持する。組成物中の少なくとも１つの活性薬剤は、本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、眼疾患または障害（例えば、過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療のために使用されることを示す。ラベルまたは添付文書は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰ（またはかかる非天然型ＣＫＰを含む組成物）を患者に投与するための指示をさらに含む。本明細書に記載される併用療法を含む製品及びキットも企図される。
【0357】
添付文書とは、かかる治療剤製品の適応症、使用法、投薬量、投与、禁忌症についての情報、及び／またはその使用に関する警告を含む、治療薬の商用のパッケージに通例含まれる説明書を指す。ある特定の実施形態では、添付文書は、非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物が、眼疾患または障害（例えば、本明細書に記載される過剰な血管新生を特徴とする血管増殖性眼疾患または眼障害）の治療のために使用されることを示す。
【0358】
様々な目的、例えば、ＶＥＧＦ－Ａの単離または検出に有用なキットも、任意に製品と組み合わせて提供される。ＶＥＧＦ－Ａの単離及び精製のために、キットは、ビーズ（例えば、セファロースビーズ）にカップリングされた本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含有し得る。インビトロ、例えば、ＥＬＩＳＡまたはブロットでのＶＥＧＦ－Ａの検出及び定量化のための本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含有するキットが提供され得る。製品と同様に、キットは、容器と、容器上または容器に伴ってラベルもしくは添付文書とを含む。例えば、容器は、少なくとも１つの本明細書に記載される非天然型ＶＥＧＦ－Ａ結合ＣＫＰを含む組成物を保持する。例えば、希釈剤、緩衝液、対照抗体等を含有する追加の容器も含まれ得る。ラベルまたは添付文書は、組成物の説明、ならびにインビトロまたは診断用途のための指示を提供し得る。
【実施例】
【0359】
実施例１：実施例２～３の材料及び方法
Ｍ１３ファージ上のＥＥＴＩ－ＩＩの提示。
以前に記載されたファージミドｐＳ２２０２ｂを修飾することによって、ＥＥＴＩ－ＩＩがＭ１３のバクテリオファージ上に提示された（Ｓｋｅｌｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．，Ｋｏｅｈｌｅｒ，Ｍ．Ｆ．，Ｚｏｂｅｌ，Ｋ．，Ｗｏｎｇ，Ｗ．Ｌ．，Ｙｅｈ，Ｓ．，Ｐｉｓａｂａｒｒｏ，Ｍ．Ｔ．，Ｙｉｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｌａｓｋｙ，Ｌ．Ａ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００３）Ｏｒｉｇｉｎｓ ｏｆ ＰＤＺ ｄｏｍａｉｎ ｌｉｇａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｒｂｉｎ ＰＤＺ ｄｏｍａｉｎ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８，７６４５－７６５４）。標準の分子生物学技術を使用して、Ｅｒｂｉｎ ＰＤＺドメインをコードするｐＳ２２０２ｄのフラグメントを、ＥＥＴＩ－ＩＩをコードするＤＮＡフラグメントで置き換えた。得られたファージミド（ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩ）は、マルトース結合タンパク質分泌シグナル、続いてｇＤタグ及びＥＥＴＩ－ＩＩ、及び最後にＭ１３メジャーコートタンパク質ｐ８をコードするオープンリーディングフレームを含有した。ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩを有するＥ．ＣｏｌｉをＭ１３－ＫＯ７ヘルパーファージと共感染させ、培養物を、５０μｇ／ｍｌのカルベネシリン（Ｃａｒｂｅｎｅｃｉｌｌｉｎ）及び２５μｇ／ｍｌのカナマイシンを添加した３０ｍｌの２ＹＴ培地中で、３０℃で一晩増殖させた。繁殖したファージを標準プロトコルに従って精製し（Ｔｏｎｉｋｉａｎ，Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｙ．，Ｂｏｏｎｅ，Ｃ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００７）Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｄｕｌｅｓ ｆｒｏｍ ｐｈａｇｅ－ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２，１３６８－１３８６）、１ｍｌ ＰＢＴ緩衝液（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、及び０．１％ ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０）中で再懸濁させ、ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩ ＤＮＡを包含し、ＥＥＴＩ－ＩＩを提示するファージ粒子を生成した。ファージＥＬＩＳＡを使用して提示レベルを分析した。
Ｍ１３ファージ上のＥＥＴＩ－ＩＩの提示。
以前に記載されたファージミドｐＳ２２０２ｂを修飾することによって、ＥＥＴＩ－ＩＩがＭ１３のバクテリオファージ上に提示された（Ｓｋｅｌｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．，Ｋｏｅｈｌｅｒ，Ｍ．Ｆ．，Ｚｏｂｅｌ，Ｋ．，Ｗｏｎｇ，Ｗ．Ｌ．，Ｙｅｈ，Ｓ．，Ｐｉｓａｂａｒｒｏ，Ｍ．Ｔ．，Ｙｉｎ，Ｊ．Ｐ．，Ｌａｓｋｙ，Ｌ．Ａ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００３）Ｏｒｉｇｉｎｓ ｏｆ ＰＤＺ ｄｏｍａｉｎ ｌｉｇａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｒｂｉｎ ＰＤＺ ｄｏｍａｉｎ．Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７８，７６４５－７６５４）。標準の分子生物学技術を使用して、Ｅｒｂｉｎ ＰＤＺドメインをコードするｐＳ２２０２ｄのフラグメントを、ＥＥＴＩ－ＩＩをコードするＤＮＡフラグメントで置き換えた。得られたファージミド（ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩ）は、マルトース結合タンパク質分泌シグナル、続いてｇＤタグ及びＥＥＴＩ－ＩＩ、及び最後にＭ１３メジャーコートタンパク質ｐ８をコードするオープンリーディングフレームを含有した。ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩを有するＥ．ＣｏｌｉをＭ１３－ＫＯ７ヘルパーファージと共感染させ、培養物を、５０μｇ／ｍｌのカルベネシリン（Ｃａｒｂｅｎｅｃｉｌｌｉｎ）及び２５μｇ／ｍｌのカナマイシンを添加した３０ｍｌの２ＹＴ培地中で、３０℃で一晩増殖させた。繁殖したファージを標準プロトコルに従って精製し（Ｔｏｎｉｋｉａｎ，Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｙ．，Ｂｏｏｎｅ，Ｃ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００７）Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｄｕｌｅｓ ｆｒｏｍ ｐｈａｇｅ－ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２，１３６８－１３８６）、１ｍｌ ＰＢＴ緩衝液（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ、及び０．１％ ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０）中で再懸濁させ、ｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩ ＤＮＡを包含し、ＥＥＴＩ－ＩＩを提示するファージ粒子を生成した。ファージＥＬＩＳＡを使用して提示レベルを分析した。
【0360】
ライブラリ構築及び選別
Ｋｕｎｋｅｌ変異誘発法に従ってＥＥＴＩ－ＩＩライブラリを構築した（Ｋｕｎｋｅｌ，Ｔ．Ａ．，Ｒｏｂｅｒｔｓ，Ｊ．Ｄ．，ａｎｄ Ｚａｋｏｕｒ，Ｒ．Ａ．（１９８７）Ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｗｉｔｈｏｕｔ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ １５４，３６７－３８２）。３つのライブラリを構築した：Ｃｙｓ以外の全ての天然アミノ酸をコードする縮重コドンを用いて、６、８、または１０アミノ酸長のループ１（３～８）をランダム化したライブラリ１；または同じセットの縮重コドンを用いて、固定した５アミノ酸長のループ５（２２～２６）をランダム化したライブラリ２；または１９アミノ酸をコードする縮重コドンを用いて、６、８、及び１０アミノ酸を有するループ１、ならびに５アミノ酸を有するループ５を同時にランダム化したライブラリ３。等モル濃度の１９アミノ酸をコードする三量体ホスホロアミダイトのカスタムミックスを使用して、変異誘発のためのオリゴヌクレオチドを合成した。（Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｓｔｅｒｌｉｎｇ，ＶＡ）。終止鋳型は、３～２６の領域における３つの終止コドンを含有するｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩの一本鎖ＤＮＡであり、３つのライブラリの全てを構築するために使用した。３つのライブラリのプールは、約３×１０１０の固有メンバーを含有し、２５μｇ／ｍｌのｈＶＥＧＦ（８－１０９）を使用してプレートをコーティングし、３０℃で一晩培養物を増殖させることによって溶出したファージを繁殖させたという変形を伴って標準プロトコルに従い、プレート上に捕捉されたｈＶＥＧＦ（８－１０９）に対する結合選択ラウンドを繰り返した（Ｔｏｎｉｋｉａｎ，Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｙ．，Ｂｏｏｎｅ，Ｃ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００７）Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｄｕｌｅｓ ｆｒｏｍ ｐｈａｇｅ－ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２，１３６８－１３８６）。
Ｋｕｎｋｅｌ変異誘発法に従ってＥＥＴＩ－ＩＩライブラリを構築した（Ｋｕｎｋｅｌ，Ｔ．Ａ．，Ｒｏｂｅｒｔｓ，Ｊ．Ｄ．，ａｎｄ Ｚａｋｏｕｒ，Ｒ．Ａ．（１９８７）Ｒａｐｉｄ ａｎｄ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｓｉｔｅ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ ｗｉｔｈｏｕｔ ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ １５４，３６７－３８２）。３つのライブラリを構築した：Ｃｙｓ以外の全ての天然アミノ酸をコードする縮重コドンを用いて、６、８、または１０アミノ酸長のループ１（３～８）をランダム化したライブラリ１；または同じセットの縮重コドンを用いて、固定した５アミノ酸長のループ５（２２～２６）をランダム化したライブラリ２；または１９アミノ酸をコードする縮重コドンを用いて、６、８、及び１０アミノ酸を有するループ１、ならびに５アミノ酸を有するループ５を同時にランダム化したライブラリ３。等モル濃度の１９アミノ酸をコードする三量体ホスホロアミダイトのカスタムミックスを使用して、変異誘発のためのオリゴヌクレオチドを合成した。（Ｇｌｅｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｓｔｅｒｌｉｎｇ，ＶＡ）。終止鋳型は、３～２６の領域における３つの終止コドンを含有するｐ８ＥＥＴＩ－ＩＩの一本鎖ＤＮＡであり、３つのライブラリの全てを構築するために使用した。３つのライブラリのプールは、約３×１０１０の固有メンバーを含有し、２５μｇ／ｍｌのｈＶＥＧＦ（８－１０９）を使用してプレートをコーティングし、３０℃で一晩培養物を増殖させることによって溶出したファージを繁殖させたという変形を伴って標準プロトコルに従い、プレート上に捕捉されたｈＶＥＧＦ（８－１０９）に対する結合選択ラウンドを繰り返した（Ｔｏｎｉｋｉａｎ，Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｙ．，Ｂｏｏｎｅ，Ｃ．，ａｎｄ Ｓｉｄｈｕ，Ｓ．Ｓ．（２００７）Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｆｏｒ ｐｅｐｔｉｄｅ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｍｏｄｕｌｅｓ ｆｒｏｍ ｐｈａｇｅ－ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２，１３６８－１３８６）。
【0361】
スポットファージＥＬＩＳＡ。
４ラウンドの結合選択の後に、個々のファージクローンを採取し、９６ウェルブロック中、５０μｇ／ｍｌのカルベネシリン及びＭ１３－ＫＯ７ヘルパーファージを含有する４５０μｌの２ＹＴ培地に植え付け、３７℃で一晩増殖させた。以下のように、スポットファージＥＬＩＳＡを用いて上清を分析した：ｈＶＥＧＦ（８－１０９）またはＢＳＡを３８４ウェルＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）イムノプレート上にコーティングし、ＰＢＴ緩衝液で希釈した（１：３）ファージ上清をウェルに添加した。プレートを洗浄し、結合したファージを抗Ｍ１３－ＨＲＰ、続いてＴＭＢ基質で検出した。これらのアッセイにおいて、ＢＳＡ単独へのファージ結合を並行して試験して、バックグランド結合を評価した。ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグランド）に対する結合シグナルよりも３倍超高いクローンを陽性と見なした。陽性クローンをＤＮＡ配列分析に供した。
４ラウンドの結合選択の後に、個々のファージクローンを採取し、９６ウェルブロック中、５０μｇ／ｍｌのカルベネシリン及びＭ１３－ＫＯ７ヘルパーファージを含有する４５０μｌの２ＹＴ培地に植え付け、３７℃で一晩増殖させた。以下のように、スポットファージＥＬＩＳＡを用いて上清を分析した：ｈＶＥＧＦ（８－１０９）またはＢＳＡを３８４ウェルＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）イムノプレート上にコーティングし、ＰＢＴ緩衝液で希釈した（１：３）ファージ上清をウェルに添加した。プレートを洗浄し、結合したファージを抗Ｍ１３－ＨＲＰ、続いてＴＭＢ基質で検出した。これらのアッセイにおいて、ＢＳＡ単独へのファージ結合を並行して試験して、バックグランド結合を評価した。ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグランド）に対する結合シグナルよりも３倍超高いクローンを陽性と見なした。陽性クローンをＤＮＡ配列分析に供した。
【0362】
結晶学。
安定な複合体を形成するために、ＶＥＧＦ－Ａを７ｍｇ／ｍｌに濃縮し、６倍モル過剰量のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０変異型と共にインキュベートした。２：１のタンパク質：リザーバ溶液の滴比を使用するハンギングドロップ蒸気拡散法によって、単斜晶空間群Ｐ１２１１のＶＥＧＦＡ／ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０結晶を１９℃で増殖させた。リザーバ溶液は、１００ｍＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）及び２６％ＰＥＧ３３５０を含有した。結晶を、２５％ＰＥＧ２００を添加したリザーバ溶液中で凍結保護し、データ収集前に液体窒素中で急速冷凍した。
安定な複合体を形成するために、ＶＥＧＦ－Ａを７ｍｇ／ｍｌに濃縮し、６倍モル過剰量のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０変異型と共にインキュベートした。２：１のタンパク質：リザーバ溶液の滴比を使用するハンギングドロップ蒸気拡散法によって、単斜晶空間群Ｐ１２１１のＶＥＧＦＡ／ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０結晶を１９℃で増殖させた。リザーバ溶液は、１００ｍＭのＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）及び２６％ＰＥＧ３３５０を含有した。結晶を、２５％ＰＥＧ２００を添加したリザーバ溶液中で凍結保護し、データ収集前に液体窒素中で急速冷凍した。
【0363】
データ収集及び構造決定。
Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅでビームライン２１ＩＤＦを用いて１．６４ÅまでＸ線回折データを収集した。ｉＭｏｓｆｌｍを使用してデータを処理した。構造は、ＰｈｅｎｉｘのＰｈａｓｅｒを使用した分子置換によって、探索モデルとして以前に公開されたａｐｏ ＶＥＧＦ－Ａ構造（ＰＤＢ：１ＶＰＦ）及び非対称ユニットにおける１つのＶＥＧＦ－Ａ二量体を用いて解明した。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０変異型について、明らかなＦｏ－Ｆｃ密度が存在したため、Ｃｏｏｔを使用してこの変異型の構造を手動で密度に構築し、次いで、Ｐｈｅｎｉｘ及びＣｏｏｔを使用した精製及び再構築の反復ラウンドに供した。
Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅでビームライン２１ＩＤＦを用いて１．６４ÅまでＸ線回折データを収集した。ｉＭｏｓｆｌｍを使用してデータを処理した。構造は、ＰｈｅｎｉｘのＰｈａｓｅｒを使用した分子置換によって、探索モデルとして以前に公開されたａｐｏ ＶＥＧＦ－Ａ構造（ＰＤＢ：１ＶＰＦ）及び非対称ユニットにおける１つのＶＥＧＦ－Ａ二量体を用いて解明した。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０変異型について、明らかなＦｏ－Ｆｃ密度が存在したため、Ｃｏｏｔを使用してこの変異型の構造を手動で密度に構築し、次いで、Ｐｈｅｎｉｘ及びＣｏｏｔを使用した精製及び再構築の反復ラウンドに供した。
【0364】
細胞ＩＣ５０を決定するためのＫＤＲ－ＣＨＯ ＶＥＧＦアッセイ
ＫＤＲ－ＣＨＯ細胞（ｇＤタグＫＤＲで安定にトランスフェクトされたＣＨＯ細胞）を、細胞増殖培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、１０％ダイアフィルトレーションＦＢＳ（ＧＩＢＣＯカタログ番号２６４００）、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、２ｍＭ Ｌ－ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標））中で増殖させた。ＶＥＧＦ刺激アッセイのために、５×１０４細胞／ウェルを、９６ウェル組織培養プレート内の１００μｌの細胞プレート培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、０．２％ ＢＳＡ、０．２５％ダイアフィルトレーションＦＢＳ、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、２ｍＭ Ｌ－ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標））中にプレーティングし、３７℃で一晩インキュベートした。培地を１００μｌの無血清細胞刺激培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、０．５％ ＢＳＡ、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ）で置き換え、細胞を３７℃で２時間インキュベートした。刺激の１時間前に、培地を５０μｌの無血清細胞刺激培地で置き換えた。同時に、ＶＥＧＦ（ｈＶＥＧＦの場合は５０ｎｇ／ｍｌ、ｍＶＥＧＦ及びｒＶＥＧＦの場合は１００ｎｇ／ｍｌ）を、５０μｌの無血清細胞刺激培地中、３７℃で１時間、滴定量のＣＫＰまたは抗ＶＥＧＦと共にプレインキュベートし、細胞に添加した。細胞を３７℃で１５分間刺激し、培地を除去した。細胞を、１３０μｌの氷冷細胞溶解緩衝液（１５０ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、０．５％ Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ １００、ＨＡＬＴプロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤カクテル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．カタログ番号７８４４４）、５ｍＭ ＥＤＴＡ）で溶解した。ＫＤＲのＶＥＧＦ媒介性Ｔｙｒリン酸化をＥＬＩＳＡに基づくアッセイによって判定した。簡潔には、ＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）９６ウェルプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．カタログ番号４３９４５４）を、ＰＢＳ（１μｇ／ｍｌ）中で希釈された１００μｌの抗ｇＤ抗体を用いて４℃で一晩コーティングし、洗浄緩衝液（ＰＢＳ、０．０５％ ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０、ｐＨ７．４）で３回洗浄した。プレートを３００μｌのブロッキング緩衝液（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ）を用いて室温で１時間ブロッキングし、続いて、洗浄緩衝液で３回洗浄した。上記のＫＤＲ－ＣＨＯ細胞溶解物（１００μｌ）を各ウェルに添加し、室温で２時間インキュベートした。プレートを洗浄緩衝液で４回洗浄し、続いて、１００μｌの０．５μｇ／ｍｌビオチン結合抗ホスホチロシン（クローン４Ｇ１０、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅカタログ番号１６－１０３）と共に、ブロッキング緩衝液中、室温で２時間インキュベートした。４回洗浄した後、プレートを１００μｌのＨＲＰ結合ストレプトアビジンと共に、ブロッキング緩衝液中、室温で３０分間インキュベートした。４回洗浄した後、プレートを１００μｌのＴＭＢ基質（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて室温で２０～３０分間展開し、５０μｌのＨ２ＳＯ４溶液の添加により停止した。４５０ｎｍに設定したマイクロプレートリーダーを使用して、各プレートの光学濃度を判定した。
ＫＤＲ－ＣＨＯ細胞（ｇＤタグＫＤＲで安定にトランスフェクトされたＣＨＯ細胞）を、細胞増殖培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、１０％ダイアフィルトレーションＦＢＳ（ＧＩＢＣＯカタログ番号２６４００）、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、２ｍＭ Ｌ－ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標））中で増殖させた。ＶＥＧＦ刺激アッセイのために、５×１０４細胞／ウェルを、９６ウェル組織培養プレート内の１００μｌの細胞プレート培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、０．２％ ＢＳＡ、０．２５％ダイアフィルトレーションＦＢＳ、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、２ｍＭ Ｌ－ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標））中にプレーティングし、３７℃で一晩インキュベートした。培地を１００μｌの無血清細胞刺激培地（ＤＭＥＭ／ハムＦ－１２、０．５％ ＢＳＡ、２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ）で置き換え、細胞を３７℃で２時間インキュベートした。刺激の１時間前に、培地を５０μｌの無血清細胞刺激培地で置き換えた。同時に、ＶＥＧＦ（ｈＶＥＧＦの場合は５０ｎｇ／ｍｌ、ｍＶＥＧＦ及びｒＶＥＧＦの場合は１００ｎｇ／ｍｌ）を、５０μｌの無血清細胞刺激培地中、３７℃で１時間、滴定量のＣＫＰまたは抗ＶＥＧＦと共にプレインキュベートし、細胞に添加した。細胞を３７℃で１５分間刺激し、培地を除去した。細胞を、１３０μｌの氷冷細胞溶解緩衝液（１５０ｍＭ ＮａＣｌ、５０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、０．５％ Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ １００、ＨＡＬＴプロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤カクテル（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．カタログ番号７８４４４）、５ｍＭ ＥＤＴＡ）で溶解した。ＫＤＲのＶＥＧＦ媒介性Ｔｙｒリン酸化をＥＬＩＳＡに基づくアッセイによって判定した。簡潔には、ＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）９６ウェルプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．カタログ番号４３９４５４）を、ＰＢＳ（１μｇ／ｍｌ）中で希釈された１００μｌの抗ｇＤ抗体を用いて４℃で一晩コーティングし、洗浄緩衝液（ＰＢＳ、０．０５％ ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０、ｐＨ７．４）で３回洗浄した。プレートを３００μｌのブロッキング緩衝液（ＰＢＳ、０．５％ＢＳＡ）を用いて室温で１時間ブロッキングし、続いて、洗浄緩衝液で３回洗浄した。上記のＫＤＲ－ＣＨＯ細胞溶解物（１００μｌ）を各ウェルに添加し、室温で２時間インキュベートした。プレートを洗浄緩衝液で４回洗浄し、続いて、１００μｌの０．５μｇ／ｍｌビオチン結合抗ホスホチロシン（クローン４Ｇ１０、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅカタログ番号１６－１０３）と共に、ブロッキング緩衝液中、室温で２時間インキュベートした。４回洗浄した後、プレートを１００μｌのＨＲＰ結合ストレプトアビジンと共に、ブロッキング緩衝液中、室温で３０分間インキュベートした。４回洗浄した後、プレートを１００μｌのＴＭＢ基質（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて室温で２０～３０分間展開し、５０μｌのＨ２ＳＯ４溶液の添加により停止した。４５０ｎｍに設定したマイクロプレートリーダーを使用して、各プレートの光学濃度を判定した。
【0365】
競合ＥＬＩＳＡ
各ペプチドの結合特異性を、競合ＥＬＩＳＡによって確立した。最初に、ＰＢＳ中、４℃で一晩、ＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）プレート内の２または５μｇ／ｍＬのＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、ＰｌＧｆ－２、ＮＧＦ、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ－ββ、またはＩＧＦ－１をコーティングすることによって、プレート－ＥＬＩＳＡフォーマット中の各増殖因子のそれらの対応する受容体への結合を確認した。ブロック緩衝液（０．５％ＢＳＡ及び０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０を含むＰＢＳ）を用いて室温で２時間ブロッキングした後、アッセイ緩衝液（０．５％ＢＳＡ及び０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０を含むＰＢＳ）を使用して受容体－Ｆｃ融合またはビオチン化受容体を連続希釈し、室温で１時間インキュベートした。それぞれ、抗ヒトＦｃ－ＨＲＰ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）または高親和性ストレプトアビジン－ＨＲＰ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．）と共に３０分間インキュベートすることによって、結合した受容体－Ｆｃまたはビオチン化受容体の量を検出した。ブロッキング後に、一定濃度の受容体－Ｆｃ融合またはビオチン化受容体（受容体の濃度を、ＥＣ６０に設定した）を含有する連続希釈したペプチドの混合物を添加し、１時間インキュベートしたこと以外、上記と同一の様式で競合ＥＬＩＳＡを実施した。全ての組換えヒトタンパク質及び抗体は、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）から購入した。
各ペプチドの結合特異性を、競合ＥＬＩＳＡによって確立した。最初に、ＰＢＳ中、４℃で一晩、ＭＡＸＩＳＯＲＰ（商標）プレート内の２または５μｇ／ｍＬのＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、ＰｌＧｆ－２、ＮＧＦ、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ－ββ、またはＩＧＦ－１をコーティングすることによって、プレート－ＥＬＩＳＡフォーマット中の各増殖因子のそれらの対応する受容体への結合を確認した。ブロック緩衝液（０．５％ＢＳＡ及び０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０を含むＰＢＳ）を用いて室温で２時間ブロッキングした後、アッセイ緩衝液（０．５％ＢＳＡ及び０．０５％ＴＷＥＥＮ（登録商標）２０を含むＰＢＳ）を使用して受容体－Ｆｃ融合またはビオチン化受容体を連続希釈し、室温で１時間インキュベートした。それぞれ、抗ヒトＦｃ－ＨＲＰ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）または高親和性ストレプトアビジン－ＨＲＰ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．）と共に３０分間インキュベートすることによって、結合した受容体－Ｆｃまたはビオチン化受容体の量を検出した。ブロッキング後に、一定濃度の受容体－Ｆｃ融合またはビオチン化受容体（受容体の濃度を、ＥＣ６０に設定した）を含有する連続希釈したペプチドの混合物を添加し、１時間インキュベートしたこと以外、上記と同一の様式で競合ＥＬＩＳＡを実施した。全ての組換えヒトタンパク質及び抗体は、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）から購入した。
【0366】
ＳＰＲ結合アッセイ
０．１％ＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）を含有するＨＢＳ－ＥＰ緩衝液（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、及び０．００５％ｖ／ｖ界面活性剤Ｐ２０）を用いて、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）３０００機器（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上、３７℃で、表面プラズモン共鳴技術を使用してＶＥＧＦ－Ａの阻害剤の結合動態及び親和性を評価した。アッセイのフォーマットに応じて、ストレプトアビジンセンサ（ＳＡ）またはデキストランコーティングされた（ＣＭ５）センサのいずれかを以下に記載されるように利用した。
０．１％ＤＭＳＯ（ｖ／ｖ）を含有するＨＢＳ－ＥＰ緩衝液（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、及び０．００５％ｖ／ｖ界面活性剤Ｐ２０）を用いて、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）３０００機器（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）上、３７℃で、表面プラズモン共鳴技術を使用してＶＥＧＦ－Ａの阻害剤の結合動態及び親和性を評価した。アッセイのフォーマットに応じて、ストレプトアビジンセンサ（ＳＡ）またはデキストランコーティングされた（ＣＭ５）センサのいずれかを以下に記載されるように利用した。
【0367】
ＳＡセンサとの使用の場合、ＰＢＳ中、氷上で２時間、それぞれ、１：１．５モル比でタンパク質をＥＺ結合ＮＨＳ－ＰＥＧ４－ビオチン（Ｐｉｅｒｃｅ）と共にインキュベートすることにより、ＶＥＧＦ－Ａをまずビオチン化（２ビオチン／ＶＥＧＦ－Ａ以下）した。次いで、１０モル過剰量のグリシン（ｐＨ８．０）の添加によって反応を停止させ、Ａｍｉｃｏｎ ０．５ｍＬ ３０００ＭＷＣＯ超遠心濾過器（ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用してＰＢＳに試料を緩衝液交換した。ＬＣ－ＭＳ分析によってタンパク質のビオチン化状態を確認した。次いで、ビオチン化ＶＥＧＦ－Ａを、約４００の共鳴単位（ＲＵ）シグナルまで表面上に捕捉した。ＶＥＧＦ－ＡをＣＭ５センサ上に固定化するために、最初に、供給業者の指示に従い、Ｎ－エチル－Ｎ’－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミドヒドロクロリド及びＮ－ヒドロキシスクシンイミドの混合物（ＥＤＣ／ＮＨＳ）で表面を活性化した。次いで、ＶＥＧＦ－Ａをカップリング緩衝液（０．１Ｍ酢酸緩衝液、ｐＨ５．０）に希釈し、シグナルが約４００ＲＵに達するまで注入し、続いて、１Ｍエタノールアミン（ｐＨ８．０）で洗浄して、残りの活性化部位を停止させた。
【0368】
捕捉ステップに続き、一連のペプチド濃度を、一致するＤＭＳＯ濃度を有するＨＢＳ－ＥＰ緩衝液中で０．１％になるように調製し、８０μＬ／分の流量で注入した。次いで、１：１結合モデルを使用して得られたセンサグラムを分析して、Ｓｃｒｕｂｂｅｒ ２．０（ＢｉｏＬｏｇｉｃ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）を使用して動力学的データ及び親和性を得た。
【0369】
ＣＫＰ合成及び折り畳み
線状前駆体ＬＲＰ６ペプチドを、ＤＭＳＯ（０．５ｍｇ／ｍＬ）、０．１Ｍ重炭酸アンモニウム（ｐＨ９）、５０％ＤＭＳＯ中、１ｍＭの還元グルタチオンに溶解し、室温で２４時間振とうしながらインキュベートした。ＲＰ－ＨＰＬＣによってＣ１８カラム上で折り畳まれたＣＫＰを精製し、次いで、収集した画分を質量分析法によって分析し、プールし、使用前に凍結乾燥した。
線状前駆体ＬＲＰ６ペプチドを、ＤＭＳＯ（０．５ｍｇ／ｍＬ）、０．１Ｍ重炭酸アンモニウム（ｐＨ９）、５０％ＤＭＳＯ中、１ｍＭの還元グルタチオンに溶解し、室温で２４時間振とうしながらインキュベートした。ＲＰ－ＨＰＬＣによってＣ１８カラム上で折り畳まれたＣＫＰを精製し、次いで、収集した画分を質量分析法によって分析し、プールし、使用前に凍結乾燥した。
【0370】
細胞培養及びトランスフェクション。
ホタルルシフェラーゼＷｎｔレポーターで安定にトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞（Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ５，９：ｅ１２６８２）及びｐＲＬ－ＳＶ４０ Ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を、１０％ＦＢＳ、２ｍＭ ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標）、及び４０μｇ／ｍｌハイグロマイシンを添加したＤＭＥＭ：Ｆ１２（５０：５０）中で９０％コンフルエンスまで増殖させた。細胞を、５％ＣＯ２加湿インキュベータ中、３７℃で２４時間インキュベートした。インキュベーションに続き、細胞をトリプシン処理（ＰＢＳ中、０．０５％ Ｇｉｂｃｏ １５４００－５４）し、次いで、１０％ ＦＢＳ、２ｍＭ ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標）を添加したＤＭＥＭ：Ｆ１２（５０：５０）中で４×１０５細胞／ｍｌまで希釈した。白色マイクロ試験用９６ウェルｏｐｔｉｌｕｘプレート（カタログ番号３５３９４７）の個々のウェルに２０，０００細胞を充填し、約２４時間インキュベートした。ＦＵＧＥＮＥ（登録商標）ＨＤを使用して、各ウェルをＷｎｔ１－ｐＣＤＮＡ３．２（５ｎｇ／ウェル）またはＷｎｔ３ａ－ｐＣＤＮＡ３．２（２５ｎｇ／ウェル）でトランスフェクトし、次いで、２４時間増殖させた。全てのＬＲＰ６結合変異型をＤＭＳＯ中で希釈し、０、０．１、０．１、１．０、１０、及び１００μＭのペプチド濃度で、１％の最終ＤＭＳＯ濃度で細胞に６時間添加した。刺激のため、組換えＷｎｔ３ａ（５０３６－ＷＮ－０１０／ＣＦ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）をＰＢＳ中で５０ｎｇ／ｍＬまで希釈し、示されるＣＫＰを含むインキュベーション培地に添加した。
ホタルルシフェラーゼＷｎｔレポーターで安定にトランスフェクトされたＨＥＫ２９３細胞（Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ５，９：ｅ１２６８２）及びｐＲＬ－ＳＶ４０ Ｒｅｎｉｌｌａルシフェラーゼ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を、１０％ＦＢＳ、２ｍＭ ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標）、及び４０μｇ／ｍｌハイグロマイシンを添加したＤＭＥＭ：Ｆ１２（５０：５０）中で９０％コンフルエンスまで増殖させた。細胞を、５％ＣＯ２加湿インキュベータ中、３７℃で２４時間インキュベートした。インキュベーションに続き、細胞をトリプシン処理（ＰＢＳ中、０．０５％ Ｇｉｂｃｏ １５４００－５４）し、次いで、１０％ ＦＢＳ、２ｍＭ ＧＬＵＴＡＭＡＸ（商標）を添加したＤＭＥＭ：Ｆ１２（５０：５０）中で４×１０５細胞／ｍｌまで希釈した。白色マイクロ試験用９６ウェルｏｐｔｉｌｕｘプレート（カタログ番号３５３９４７）の個々のウェルに２０，０００細胞を充填し、約２４時間インキュベートした。ＦＵＧＥＮＥ（登録商標）ＨＤを使用して、各ウェルをＷｎｔ１－ｐＣＤＮＡ３．２（５ｎｇ／ウェル）またはＷｎｔ３ａ－ｐＣＤＮＡ３．２（２５ｎｇ／ウェル）でトランスフェクトし、次いで、２４時間増殖させた。全てのＬＲＰ６結合変異型をＤＭＳＯ中で希釈し、０、０．１、０．１、１．０、１０、及び１００μＭのペプチド濃度で、１％の最終ＤＭＳＯ濃度で細胞に６時間添加した。刺激のため、組換えＷｎｔ３ａ（５０３６－ＷＮ－０１０／ＣＦ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）をＰＢＳ中で５０ｎｇ／ｍＬまで希釈し、示されるＣＫＰを含むインキュベーション培地に添加した。
【0371】
次いで、各試薬の半分の体積を使用すること以外、製造業者の指示に従いＰｒｏｍｅｇａのＤＵＡＬ－ＧＬＯ（登録商標）キットを使用して、全てのアッセイにおけるルシフェラーゼ反応を測定した。Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ ＥＮＶＩＳＩＯＮ（商標）Ｍｕｌｔｉｌａｂｅｌ Ｒｅａｄｅｒで蛍光発光及びＲｅｎｉｌｌａ発光を測定した。蛍光発光：Ｒｅｎｉｌｌａ発光の比率を計算し、示されるＷｎｔタンパク質を発現するかまたはそれで処理した対照細胞の比率に対して正規化した。ｌｏｇ（阻害剤）対正規化した反応－可変勾配Ｙ＝１００／（１＋１０＾（（ＬｏｇＩＣ５０－Ｘ）＊ヒル勾配））を使用して使用して、Ｐｒｉｓｍ Ｇｒａｐｈｐａｄの正規化したデータを使用して阻害定数を計算した。Ｈｏｌｍ－Ｓｉｄａｋ法を使用して統計的有意性をアルファ＝５．０００％で判定した。計算は、全ての行が、同じ分散（ＳＤ）を有する集団に由来する試料であると仮定し、有意である場合にＰ＜０．０５である残差平方和Ｆ検定を使用して、有意に異なるものとしてＩＣ５０を特定した。
【0372】
実施例２Ａ：ＶＥＧＦ－Ａと結合する非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩ変異型の生成
ＥＥＴＩ－ＩＩ（図１）を、Ｍ１３バクテリオファージの表面上の提示のためのスキャフォールドとして選択した。ＥＥＴＩ－ＩＩを、Ｍ１３主要コートタンパク質ｐ８のＮ末端に融合させた。さらに、提示レベルを確認するために、ｇＤ－ｔａｇを、ＥＥＴＩ－ＩＩ配列のＮ末端に操作した。ＥＥＴＩ－ＩＩフレームワークに基づき、以下のように３つのペプチドファージライブラリを生成した：ループ１アミノ酸残基をランダム化し、ループ長が可変である（６、８、１０残基）ライブラリＩ；ループ５アミノ酸残基をランダム化し、天然ループ長が固定されたライブラリＩＩ；及びループ１及び５の両方のアミノ酸含量を同時にランダム化し、ループ１の長さが６～１０アミノ酸残基で可変である一方、ループ５の長さが固定されたライブラリＩＩＩ。３つのライブラリは、合わせて、３×１０１０の固有メンバーを含有し、ＶＥＧＦ－Ａに対する選択ラウンドを繰り返した。
ＥＥＴＩ－ＩＩ（図１）を、Ｍ１３バクテリオファージの表面上の提示のためのスキャフォールドとして選択した。ＥＥＴＩ－ＩＩを、Ｍ１３主要コートタンパク質ｐ８のＮ末端に融合させた。さらに、提示レベルを確認するために、ｇＤ－ｔａｇを、ＥＥＴＩ－ＩＩ配列のＮ末端に操作した。ＥＥＴＩ－ＩＩフレームワークに基づき、以下のように３つのペプチドファージライブラリを生成した：ループ１アミノ酸残基をランダム化し、ループ長が可変である（６、８、１０残基）ライブラリＩ；ループ５アミノ酸残基をランダム化し、天然ループ長が固定されたライブラリＩＩ；及びループ１及び５の両方のアミノ酸含量を同時にランダム化し、ループ１の長さが６～１０アミノ酸残基で可変である一方、ループ５の長さが固定されたライブラリＩＩＩ。３つのライブラリは、合わせて、３×１０１０の固有メンバーを含有し、ＶＥＧＦ－Ａに対する選択ラウンドを繰り返した。
【0373】
ＶＥＧＦ－Ａに対するパニングは、ｈＶＥＧＦ８－１０９に結合した１３の固有の変異型を生成した（表１９を参照されたい）。これらの変異型は、ループ１において、またはループ１及び５において同時に、アミノ酸組成の差異を含んだ。また、いくつかの変異型が、ＥＥＴＩ－ＩＩに存在する天然ループと比較して、より長いループを有した。保存されたＹＸＳモチーフも、ループ５において明らかであった。これらの固有の変異型のうちの７つに対応する可溶性の折り畳まれたシスチンノットペプチドを生成し、これらは全て、ファージ競合ＥＬＩＳＡにおいてｈＶＥＧＦ－Ａへの結合を示した（表１９）。さらに、変異型のうちのいくつかを細胞アッセイで評価し、それらは、低いμＭにおいてＩＣ５０でヒト、マウス、及びラットＶＥＧＦ－Ａ活性の異種間阻害を示した。
【0374】
これらの変異型の効力をさらに改善するため、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ７及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９を追跡した。ＶＥＧＦ－ＣＫＰ７フレームワーク内のループ１及び５についてソフトランダム化を行い、ヒトＶＥＧＦ－Ａに結合した１６の固有変異型を得た（以下の表２１を参照されたい）。
【0375】
ＶＥＧＦ－ＣＫＰ９フレームワーク内のループ１及び５についてソフトランダム化を行い、ヒトＶＥＧＦ－Ａに結合した１６の固有変異型を得た（以下の表２２～２４を参照されたい）。
【0376】
ファージ滴定アッセイにおけるさらなる検証のためにこれらのクローンを選択し、さらなるインビトロ評価のためにこれらの配列のうちの１０に対応する可溶性の折り畳まれた形態を生成した（以下の表２５を参照されたい）。変異型のこのセットのうち、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．２、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３が、インビトロ及び細胞アッセイにおいて、親ＶＥＧＦ－ＣＫＰ９と比較して、ＶＥＧＦ－Ａに対する効力の改善を示し、１００～２００ｎＭの範囲のＩＣ５０を有した（表２５を参照されたい）。
【0377】
効力を改善するために、リード９．５４及び９．６３分子を選択し、ループ２をランダム化したこれらのフレームワークに基づいて新たなファージライブラリを生成した。新たなライブラリをｈＶＥＧＦ－Ａに対してパニングし、親９．５４及び９．６３と比較して（それぞれ、表２６及び２７を参照されたい）、ＶＥＧＦ－Ａに対して有意に改善した効力を示した多数のループ２変異型が得られ、最も高い効力を有する分子は、０．５～２ｎＭの範囲のＩＣ５０を示した（以下の表２８を参照されたい）。
【0378】
ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対するＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．２７、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．４４、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．６９、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２の親和性／効力が以下の表２９に示される。
【0379】
変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０（表２６の列２を参照されたい）及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２（表２７の列６を参照されたい）、ならびに親変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４（表２４の列１２を参照されたい）及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３（表２４の列１５を参照されたい）は、ヒト、マウス、ラット、及びウサギＶＥＧＦ－Ａに、表面プラズモン共鳴によって判定して、類似した親和性で結合する。以下の表３０を参照されたい。
【0380】
ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０もＶＥＧＦ－Ａに対して高度に選択的であり、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、及びＶＥＧＦ－Ｄ等の他のＶＥＧＦアイソフォーム、またはＰ１ＧＦ、ＥＧＦ、ＮＧＦ、ＩＧＦ、及びＰＤＧＦ等の他の成長因子に結合せず、その活性を阻害しない。図２Ａ及び２Ｂに示されるように、変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、ＶＥＧＦ－ＡとＫＤＲとの間の相互作用、ならびにＶＥＧＦ－ＡとＦｌｔ－１との間の相互作用を妨害するが、ＶＥＧＦ－ＢとＦｌｔ－１との間、ＶＥＧＦ－ＣとＦｌｔ－４との間、ＶＥＧＦ－ＤとＦｌｔ－４との間、ＰＩＧＦ－２とＦｌｔ－１との間、ＥＧＦとＥＧＦＲとの間、ＰＤＧＦとＰＤＧＦＲとの間、ＮＧＦとＮＧＦＲとの間、またはＩＧＦとＩＧＦＲとの間の相互作用を妨害しない。
【0381】
ＥＥＴＩ－ＩＩとは異なり、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２は、ペプチド基質切断アッセイにおいて測定されるトリプシンプロテアーゼ活性を阻害しない（Ｓｔａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５８８（２３），４４８７－９６）。図３を参照されたい。しかしながら、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２は、トリプシン消化に対する耐性の程度を維持する（図４を参照されたい）。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の約２０％が、３７℃でのトリプシンによる２４時間のインキュベーション後に、ループ２内のＡｒｇ１３で切断された。
【0382】
ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、それぞれ、おおむね３ターンαヘリックスを含有し、それぞれ野生型ＥＥＴＩ－ＩＩのものとはことなるジスルフィドシグネチャを採用する（野生型ＥＥＴＩ－ＩＩの場合、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ５、Ｃ３－Ｃ６に対して、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の場合、Ｃ１－Ｃ４、Ｃ２－Ｃ３、Ｃ５－Ｃ６）。図５を参照されたい。ヘリックスの一方の側で、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、ループ１、２、及び３、ならびにαヘリックスの約１．５ターンを包含する、２つのジスルフィド結合（Ｃ１－Ｃ４及びＣ２－Ｃ３）によって架橋された二環式融合構造を形成する。ループ５は、ヘリックスの反対側に形成され、Ｃ５－Ｃ６ジスルフィド結合によって制約される。
【0383】
ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の共結晶構造が得られた。ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の共結晶構造は、非常に類似している。ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４の共結晶構造については、図５及び６を参照されたい。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の構造が非常に類似していることを考慮し（図５及び６を参照されたい）、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０を用いてさらなる試験を行った。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の残基Ｐｈｅ１５－Ｔｙｒ２６によって画定されるヘリックスは、ＶＥＧＦ－Ａ表面との広範な疎水性及び極性相互作用を形成する（以下の表３１を参照されたい）。さらに、約３ターンのαヘリックス内に形成され、それを安定化させる骨格Ｈ結合のネットワークが存在する。一般に、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、骨格－骨格、側鎖－骨格、及び側鎖－側鎖相互作用を含む、分子内極性及び疎水性接触によって安定化した小型の合成構造を示す（表３２）。ＶＥＧＦ－Ａと接触するＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の表面は、本質的に主に疎水性であり、極性側鎖をほとんど含まない（表３１）一方、ＶＥＧＦ－Ａと相互作用しないペプチドの反対側の表面は、溶媒曝露され、主に極性の性質を有する。
【0384】
ＶＥＧＦ－Ａ上のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結合面は、天然受容体及びＧ６．３１抗体のものと重なる（図７及び８）。ペプチド界面内にあるＶＥＧＦ－Ａ上の接触残基が、表３３に要約され、図９に示される。ＶＥＧＦ－Ａ上のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結合エピトープは、げっ歯類においてＳｅｒと置換される主要なＧｌｙ８８残基にそれらのヒトＶＥＧＦ－Ａとの相互作用が依存するため、マウスまたはラットＶＥＧＦ－Ａに結合しないラニビズマブ及びベバシズマブのものとは異なる（図１０）。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結合様式は、それがＧｌｙ８８に実質的に依存しないことを示し、この概念は、ペプチドがヒト及びげっ歯類ＶＥＧＦ－Ａの両方に効率的に結合したという観察によって立証される。部位特異的変異誘発を利用して、結晶構造から認められたタンパク質－ペプチド界面におけるいくつかの接触を確認した。予想通り、ＶＥＧＦ－Ａ上のＹ２１Ａ、Ｑ８９Ａ、及びＦ１７Ａ／Ｍ８１Ａ変異は、ＶＥＧＦ－Ａ上のＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結合の減少をもたらした。図１１を参照されたい。しかしながら、Ｋ４８Ａ変異は、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結合を約２～３倍増強し、この様態は、Ｇ６．３１抗体で認められたものと類似する（Ｆｕｈ ｅｔ ａｌ．（２００６）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８１，６６２５－６６３１）。以下の表３４及び図１１を参照されたい。
【0385】
次に、脈絡膜血管新生のＶＥＧＦ－Ａ駆動モデルにおけるそれらのインビボ有効性について、ＶＥＧＦ－Ａ結合変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．４４を評価した。ラット眼内にレーザで焼かれたスポットを作り、１４日の期間の後に、異なる間隔で硝子体内に投与されたペプチドの存在及び不在下で新しい血管の形成を監視した。ペプチドＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、対照眼と比較して、ペプチド治療された眼における血管新生面積の有意な低減によって測定される、ラット眼におけるレーザ誘発脈絡膜血管新生の有効な阻害を示した。図１２を参照されたい。
【0386】
ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の共結晶構造は、ループ３及び４内の天然アミノ酸残基が、必ずしもＶＥＧＦ－Ａへの結合に最適な配向にあるとは限らず（図９を参照されたい）、それらのＶＥＧＦ－Ａ表面との相互作用を増強するため、またはペプチド折り畳み及び安定性を改善し得るペプチド内の分子内相互作用を引き出すために修飾され得ることを明らかにした。したがって、リード分子の効力及び様態をさらに改善する目的で、ループ３及び４のみがランダム化された９．５４、５４．１、及び９．６３、６３．１２の配列に基づいて新たなファージライブラリを構築した。これらの特定のフレームワークは、リード分子よりわずかに弱いが、親和性の改善を検出するためのアッセイにおける十分なダイナミックレンジを可能にするために選択された。ＶＥＧＦ－Ａへの結合の改善を示したループ３及び４のみに変異を含有する多くの新たなクローンが特定された。得られた配列のうち１４個を選択し、リードＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０またはＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２分子内のループ３及び４上にグラフトし、次いで、折り畳まれた状態の対応する可溶性分子を生成した。１４個の親和性成熟変異型のアミノ酸配列は、以下の表３５に提供される。
【0387】
Ｌ３／Ｌ４変異を含有する全ての可溶性分子は、５４．９０または６３．１２．１２と比べて、細胞アッセイにおいて効力の改善を示した。３つのリード分子、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６７、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．５３、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２．１２は、約０．５～約１ｎＭの範囲の細胞ＩＣ５０値を有した。図１３及び以下の表３６を参照されたい。
【0388】
ＶＥＧＦ－Ａと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３の共結晶構造は、ループ１内の８位にあるＴｙｒ残基が、ＶＥＧＦ－Ａ上のＧｌｎ２２の側鎖と水素結合を形成し得ることを明らかにした。図１４を参照されたい。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４由来の変異型（例えば、表３５の変異型）において、８位のアミノ酸は、Ｐｈｅである。したがって、得られたＦ８Ｙ変異型の親和性及び／または可溶性を改善させることを目標として、表３５の変異型のうちのいくつかにおいてＰｈｅ８をＴｙｒに変異させることを求めた。Ｆ８Ｙ変異は、分子のうちのいくつかの（例えば、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．１．Ｆ８Ｙ、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．Ｆ８Ｙ、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６７．Ｆ８Ｙ）の親和性／効力の中程度の改善を示した一方、いくつかの他の場合において、それは、最小またはわずかな負の効果を示した（例えば、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．１３．Ｆ８Ｙ、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６２．Ｆ８Ｙ）。ある特定の変異型の結合親和性（表面プラズモン共鳴によって判定される）が比較される表３７、及びある特定の変異型の効力（細胞ＩＣ５０によって判定される）が比較される表３８を参照されたい。Ｆ８Ｙ置換は、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６７．Ｆ８Ｙの可溶性を約２ｍｇ／ｍｌ改善する助けとなった。ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６７．Ｆ８Ｙをさらなる追跡調査のために選択した。
【0389】
様々なＣＫＰ変異型の酸化安定性を以下のようにアッセイした：水中、５μＬの１１ｍＭ ＡＡＰＨ（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍカタログ番号１００１１０）を５０μＬの変異型ペプチド試料（２０ｍＭ酢酸ヒスチジン（ｐＨ５．５）中、１ｍｇ／ｍＬペプチドとして調製された）に添加し、混合物を４０℃で１６時間インキュベートした。インキュベーションの終わりに、２７．５μＬの４０ｍＭメチオニンの添加によって試料の反応を停止させ、続いて１６０μｌの２０ｍＭ酢酸ヒスチジン、１００ｍＭスクロース（ｐＨ５．５）を添加して試料を希釈した。ＬＣ－ＭＳによって反応を分析した。
【0390】
ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０が、ループ１内のＭｅｔ５で約３０％の酸化を経たことが認められた。Ｍｅｔ５の非天然型アミノ酸ノルロイシでの置き換えにより、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０は、酸化に対して完全に耐性となった。Ｍｅｔ５のノルロイシンでの置き換えはまた、結合有効性に好都合な効果を有した（約２倍の改善）。変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．６７ Ｆ８Ｙ Ｍ５Ｎｌｅ、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０．５３ Ｍ５Ｎｌｅ、及びＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．６３．１２．１２ Ｍ５Ｎｌｅを生成した。Ｍｅｔ５Ｎｌｅ変異型の３つ全てのＭｅｔ５Ｎｌｅは、それらの親分子と比較して約１．５～２倍の細胞効力の中程度の改善を示した。
【0391】
次に、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０のループ１内のＴｒｐ９のナフタレンベースのアミノ酸置換のＶＥＧＦ－Ａ結合親和性への効果を評価した。ＶＥＧＦと複合体化したＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の結晶構造は、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０のＴｒｐ９残基（及びそれに由来する変異型）が、ＶＥＧＦ－Ａ表面と相互作用し、より大きな環系が適合することを可能にし得る残存空間を有することを示す。この仮説を試験するために、Ｔｒｐ９のインドール環を１－または２－ナフチル異性体で置き換えたＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０の可溶性変異型を生成した。これらの分子は、親ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０と比べて低減した細胞効力を示した。Ｆ８Ｙ置換及び／または非天然型アミノ酸置換を含むＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０由来の変異型の効力に関するさらなるデータは、表３８に提供される。
【0392】
Ｎ末端及びＣ末端の２つのグリシン残基をトリミングすることによってリードＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０ Ｆ８Ｙを短縮して、変異型ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０ Ｆ７Ｙ Δ２Ｇを生成することにより、ＶＥＧＦ＿ＣＫＰ９．５４．９０と比べて細胞効力がわずかに低減した。上記の表３８を参照されたい。
【0393】
実施例２Ｂ：Ｃ末端アミノ酸延長を含むＶＥＧＦ－Ａ結合非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩ変異型の生成
ＶＥＧＦ－Ａに対する増強した親和性を有するさらなるペプチド変異型を特定するために、９．５４（配列番号５２）、９．５４．１（配列番号９９）分子を選択し、２つの追加のアミノ酸をそれらのＣ末端に付加したこれらのフレームワークに基づいて新たなファージライブラリを生成した。
ＶＥＧＦ－Ａに対する増強した親和性を有するさらなるペプチド変異型を特定するために、９．５４（配列番号５２）、９．５４．１（配列番号９９）分子を選択し、２つの追加のアミノ酸をそれらのＣ末端に付加したこれらのフレームワークに基づいて新たなファージライブラリを生成した。
【0394】
９．５４ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高い２２個のクローンを特定した（表３９）。これらのヒットは、ループ２内、ループ２及び４内、またはループ２、４、及び５内のアミノ酸組成の変異を含有した。
【0395】
９．５４．１ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高いクローンを特定した（表４０）。
【0396】
【0397】
クローン９．５４－２８（表３９）は、ファージ競合ＥＬＩＳＡ（上記）によって判定して、９．５４と比較して約１０倍改善されたｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合親和性を示した。（図１５を参照されたい）。クローン９．５４．１－２、９．５４．１－３６、９．５４．１－４２、９．５４．１－６３、及び９．５４．１－９０（表４０）も、ファージ競合ＥＬＩＳＡによって判定して、９．５４．１と比較して約１０倍改善されたｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合親和性を示した。（図１５を参照されたい）。
【0398】
ペプチド９．６３（配列番号５５）及び９．６３．４４（配列番号１２５）を、上記のようにさらなる修飾のために選択した。それらのＣ末端に２つの追加のアミノ酸を付加したこれらのフレームワークに基づく新たなファージライブラリを生成した。
【0399】
９．６３ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高い２８個のクローンを特定した（表４１）。これらのヒットは、ループ２及び４内のアミノ酸組成の変異を含有した。
【0400】
９．６３．４４ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高い１７個のクローンを特定した（表４２）。これらのヒットは、ループ４内のアミノ酸組成の変異を含有した。クローン９．６３．４４－５５は、ループ２内のアミノ酸組成の変異を含有し、クローン９．６３．４４－１０は、ループ３内のアミノ酸組成の変異を含有した。興味深いことに、表４２のクローン９．６３．４４－１２及び表４１の９．６３－７０は、同じアミノ酸配列を有する。
【0401】
クローン９．６３．４４－１～９．６３．４４－１４（表４２）は、ファージ競合ＥＬＩＳＡによって判定して、９．６３．４４と比較して改善されたｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合親和性を示した。（図１６Ａ及び１６Ｂを参照されたい）。
【0402】
まとめると、上記の結果は、それらのＣ末端に２つのアミノ酸を付加することによってリードペプチド９．５４（配列番号５２）、９．５４．１（配列番号９９）、９．６３（配列番号５５）、及び９．６３．４４を延長することにより、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対して約１０倍高い結合親和性を有する変異型が生成されることを示す。
【0403】
次に、ペプチド９．５４．９０（配列番号１０２）及び６３．１２．１２．Ｍ５Ｌ（配列番号３８６）を、上記のようにさらなる修飾のために選択した。簡潔には、２つの追加のアミノ酸、３つの追加のアミノ酸、または４つの追加のアミノ酸をＣ末端に付加した９．５４．９０に基づいて新たなファージライブラリを生成した。２つの追加のアミノ酸をＣ末端に付加した６３．１２．１２．Ｍ５Ｌに基づいてライブラリの第２のセットを生成した。
【0404】
２アミノ酸Ｃ末端延長を含む９．５４．９０ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高い６個のクローンを特定した（表４３）。
【0405】
３アミノ酸Ｃ末端延長を含む９．５４．９０ライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）よりも３倍超高い１０個のクローンを特定した（表４４）。
【0406】
４アミノ酸Ｃ末端延長を含む９．５４．９０ライブラリ由来の全てのペプチドは、３アミノ酸Ｃ末端延長を含有した。
【0407】
２アミノ酸Ｃ末端延長を含む６３．１２．１２．Ｍ５Ｌライブラリから、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対する結合シグナルがＢＳＡ（バックグラウンド）より３倍より高い９個のクローンを特定した（表４５）。
【0408】
実施例２Ｃ：Ｃ末端アミノ酸延長を含むＶＥＧＦ－Ａ結合非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩ変異型の特性評価
上記の表４３～４５に提供される変異型を、上記のようにファージ競合ＥＬＩＳＡによってアッセイして、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対してより高い結合親和性を有する変異型を特定する。
上記の表４３～４５に提供される変異型を、上記のようにファージ競合ＥＬＩＳＡによってアッセイして、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）に対してより高い結合親和性を有する変異型を特定する。
【0409】
次いで、例えば、９．５４．１－２、９．５４．１－３６、９．５４．１－４２、９．５４．１－６３、及び９．５４．１－９０、ならびに９．６３．４４－１～９．６３．４４－１４を含む、ｈＶＥＧＦ（８－１０９）に対するより高い親和性を示すクローン（例えば、表３９～４５に提供されるもの等）を、上記のようなファージ競合ＥＬＩＳＡ及びＶＥＧＦ－ＫＤＲ相互作用ＥＬＩＳＡにおける阻害活性等のさらなるインビトロ評価のために選択する。
【0410】
次いで、表面プラズモン共鳴によってクローンを分析して、ｈＶＥＧＦ－Ａ（８－１０９）、ｈＶＥＧＦ－Ａ １６５、マウスＶＥＧＦ－Ａ １６４、ラットＶＥＧＦ－Ａ、及びウサギＶＥＧＦ－Ａを含む様々なＶＥＧＦアイソフォームに対するそれらの親和性を判定する。
【0411】
さらなる分析を行って、ＶＥＧＦ－Ａに対するクローン特異性を評価する。例えば、上記のように、ＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、ＰｌＧｆ－２、ＮＧＦ、ＥＧＦ、ＰＤＧＦ－β、またはＩＧＦ－１との競合ＥＬＩＳＡを行う。
【0412】
クローンを、ペプチド基質切断アッセイにおいて測定されるトリプシンプロテアーゼ活性を阻害するそれらの能力についてもアッセイする（Ｓｔａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０１４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．５８８（２３），４４８７－９６）。
【0413】
例えば、Ｙ２１Ａ、Ｋ４８Ａ、Ｑ８９Ａ、及びＦ１７Ａ／Ｍ８１Ａを含む様々なｈＶＥＧＦ変異体に対するクローンの結合動態及び親和性を、上記のように判定する。
【0414】
次に、上記のように、脈絡膜血管新生のＶＥＧＦ－Ａ駆動モデルにおけるそれらのインビボ有効性について評価する。
【0415】
変異型の酸化安定性を上記のようにアッセイする。
【0416】
実施例３：ＬＲＰ６と結合する非天然型ＥＥＴＩ－ＩＩ変異型の生成
実施例２Ａに記載されるナイーブＥＥＴＩ－ＩＩライブラリを、ＬＲＰ６ Ｅ１Ｅ２タンパク質に対する選択ラウンドを繰り返した。ＬＲＰ６ Ｅ１Ｅ２に結合した２２個の固有のクローンを特定した（表４６）。これらの初期ヒットは、ループ１及び５内にアミノ酸内容の変異を含有した。いくつかの変異体において、ループ１は、天然ＥＥＴＩ－ＩＩフレームワークのものと比較してより長い長さを示した。特に、ＬＲＰ６に結合する新たに発展した配列は、内因性ＬＲＰ６リガンドである天然Ｄｋｋ１分子内に存在するモチーフ（ＮＡＩ）に類似するにコンセンサスモチーフ（ＮＸＩ）をループ１内含有した。新たに発展した変異型は、天然リガンドにおいて生じるモチーフを再現した。
実施例２Ａに記載されるナイーブＥＥＴＩ－ＩＩライブラリを、ＬＲＰ６ Ｅ１Ｅ２タンパク質に対する選択ラウンドを繰り返した。ＬＲＰ６ Ｅ１Ｅ２に結合した２２個の固有のクローンを特定した（表４６）。これらの初期ヒットは、ループ１及び５内にアミノ酸内容の変異を含有した。いくつかの変異体において、ループ１は、天然ＥＥＴＩ－ＩＩフレームワークのものと比較してより長い長さを示した。特に、ＬＲＰ６に結合する新たに発展した配列は、内因性ＬＲＰ６リガンドである天然Ｄｋｋ１分子内に存在するモチーフ（ＮＡＩ）に類似するにコンセンサスモチーフ（ＮＸＩ）をループ１内含有した。新たに発展した変異型は、天然リガンドにおいて生じるモチーフを再現した。
【0417】
ＬＲＰ６の細胞外ドメインは、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ受容体及びＷｎｔタンパク質と相互作用してＷｎｔシグナルを伝播する４つのプロペラドメイン（Ｅ１～Ｅ４）からなる。モジュールアプローチを利用し、ＬＲＰ６は、そのＥ１－Ｅ２またはＥ３－Ｅ４ドメインのいずれかの特定のＷｎｔアイソフォームへの選択的結合を介して、それぞれＷｎｔ１またはＷｎｔ３ａシグナル伝達を区別する（Ｈａｎｎｏｕｓｈ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２８５，９１７２－９１７９）。Ｗｎｔ１及びＷｎｔ３ａシグナル伝達アームを薬理学的に描写するために、ＬＲＰ６ Ｅ１－Ｅ２に選択的に結合するリガンドを特定することを求めた。
【0418】
特定した配列のうち、Ｒ１、ＬＲＰ６＿ＣＫＰ６、及びＬＲＰ６＿ＣＫＰ１９を、Ｗｎｔ１またはＷｎｔ３ａシグナル伝達のいずれかに対するそれらの薬理学的活性を試験するために、可溶性の折り畳まれた形態で生成した。以下の表４７及び４８に示されるように、細胞ベースのシグナル伝達レポーターアッセイにおいてＲ７７によるＷｎｔ１またはＷｎｔ３ａに対する有意な選択性は認められなかった。一方、Ｒ１及びＲ１９は、ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて測定して、Ｗｎｔ３ａと比較してＷｎｔ１シグナル伝達に対する選択的阻害を示し（それぞれ１６０倍及び１１倍でＷｎｔ１がＷｎｔ３ａを上回る）、これは、これらの変異型がＬＲＰ６ Ｅ３－Ｅ４ドメインを標的としないという概念を支持する（ＩＣ５０＞４４μＭ）。まとめると、データは、新たに発展した変異型の特異性及び天然リガンドで生じるモチーフの模倣におけるそれらの効果を強調する。さらに重要なことに、特定した変異型は、Ｗｎｔ１及びＷｎｔ３シグナル伝達を探索するための薬理学的手段を提供する。
【0419】
表４７及び４８のＦ１、Ｆ２、及びＦ３はそれぞれ、Ｒ１、ＬＲＰ６＿ＣＫＰ６、及びＬＲＰ６＿ＣＫＰ１９の精製中に得られたピーク画分１、２、および３を示す。
【0420】
前述の実施例は、例示目的のためのみに提供されており、決して、本発明の範囲を限定するようには意図されていない。本明細書に示されて説明される修正に加えて、本発明の様々な修正が前述の説明から当業者に明らかになり、それらは添付の特許請求の範囲内のものである。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16A】
【図16B】
【配列表】