特許7189239データを解釈および視覚化用の改善されたユーザインターフェースを備えたコンピューティング装置
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2022-12-05
(45)【発行日】2022-12-13
(54)【発明の名称】データを解釈および視覚化用の改善されたユーザインターフェースを備えたコンピューティング装置
(51)【国際特許分類】
G16B 45/00 20190101AFI20221206BHJP
【ＦＩ】
G16B45/00
【請求項の数】
17
(21)【出願番号】P 2020573280
(86)(22)【出願日】2019-06-28
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2021-11-04
(86)【国際出願番号】 EP2019067277
(87)【国際公開番号】W WO2020002567
(87)【国際公開日】2020-01-02
【審査請求日】2021-01-14
(31)【優先権主張番号】16/022,835
(32)【優先日】2018-06-29
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】591003013
【氏名又は名称】エフ．ホフマン－ラ ロシュ アーゲー
【氏名又は名称原語表記】Ｆ． ＨＯＦＦＭＡＮＮ－ＬＡ ＲＯＣＨＥ ＡＫＴＩＥＮＧＥＳＥＬＬＳＣＨＡＦＴ
(74)【代理人】
【識別番号】100118902
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 修
(74)【代理人】
【識別番号】100106208
【弁理士】
【氏名又は名称】宮前 徹
(74)【代理人】
【識別番号】100196508
【弁理士】
【氏名又は名称】松尾 淳一
(74)【代理人】
【識別番号】100147991
【弁理士】
【氏名又は名称】鳥居 健一
(72)【発明者】
【氏名】ベンカトラマン，マヤ
(72)【発明者】
【氏名】グレワル，アヌープ
(72)【発明者】
【氏名】メッツラー，マルコ
(72)【発明者】
【氏名】パン，マテウス
(72)【発明者】
【氏名】クリシュナ，シュバ
【審査官】加舎 理紅子
(56)【参考文献】
【文献】特表２０１７－５２７０５０（ＪＰ，Ａ）
【文献】特表２０１７－５０３２５８（ＪＰ，Ａ）
【文献】特表２０１６－５１３３０３（ＪＰ，Ａ）
【文献】特表２００３－５１６１１１（ＪＰ，Ａ）
【文献】米国特許出願公開第２０１５／０１５４３７５（ＵＳ，Ａ１）
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｇ１６Ｂ ５／００ － ９９／００
Ｇ０６Ｑ １０／００ － ９９／００
Ｇ１６Ｈ １０／００ － ８０／００
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
表示画面を含むコンピューティング装置であって、前記コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから複数のヒト遺伝子変異体を取得し、前記複数のヒト遺伝子変異体は、人間の患者から収集されたヒトゲノムサンプルに由来する配列データに由来し、
前記人間の患者の診断された疾患または状態についての第１のユーザ入力を受信し、前記診断された疾患または状態は癌の種類であり、
前記診断された疾患または状態についての受信された前記第１のユーザ入力に基づいて、（ｉ）前記診断された疾患または状態についての取得された前記複数のヒト遺伝子変異体のうちの少なくとも２つのヒト遺伝子変異体間の識別された臨床的に関連する相互作用に基づく治療上の推奨事項と（ｉｉ）前記臨床的に関連する相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体の識別とを含む第１の表現を前記表示画面に視覚化し、
前記第１の表現を視覚化すると同時に、受信された前記第１のユーザ入力に基づいて、前記臨床的に関連する相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体のうちの第１のヒト遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を前記表示画面に視覚化し、前記臨床的に関連する情報は、遺伝子変異体に関連する生物学的および機能的情報の要約、ソース資料への相互参照、ソース資料へのハイパーリンク、および遺伝子変異体の位置を含むグループから選択されるように、
構成されたコンピューティング装置。
【請求項2】
前記臨床的に関連する相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体のうちの第２のヒト遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報を含む第３の表現を視覚化するようにさらに構成された、請求項１に記載のコンピューティング装置。
【請求項3】
前記治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない、請求項１に記載のコンピューティング装置。
【請求項4】
前記治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である、請求項１に記載のコンピューティング装置。
【請求項5】
前記関心のある疾患に敏感な前記治療が第１のしるしでマークされており、前記関心のある疾患に耐性のある治療が第２のしるしでマークされている、請求項４に記載のコンピューティング装置。
【請求項6】
前記第１および第２の表現は、単一のパネル内に表示される、請求項１に記載のコンピューティング装置。
【請求項7】
前記単一のパネルが個々の遺伝子パネル表現である、請求項６に記載のコンピューティング装置。
【請求項8】
前記第２の表現は、前記個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、前記第１の表現は、前記個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される、請求項７に記載のコンピューティング装置。
【請求項9】
前記第１および第２の表現は、別個のパネル内に視覚化される、請求項１に記載のコンピューティング装置。
【請求項10】
前記第１の表現は、相互作用する遺伝子パネル内に視覚化され、前記第２の表現は、個々の遺伝子パネル内に視覚化される、請求項９に記載のコンピューティング装置。
【請求項11】
前記個々の遺伝子パネルが、前記第２の表現と、前記相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体のうちの前記第１のヒト遺伝子変異体の識別とをさらに含む、請求項１０に記載のコンピューティング装置。
【請求項12】
相互作用するヒト遺伝子変異体に対応するデータを視覚化する方法であって、
人間の患者の診断された疾患または状態についてのユーザ入力を受信することであって、前記診断された疾患または状態は癌の種類である、受信することと、
受信された前記ユーザ入力に基づいて、（ｉ）前記人間の患者の前記診断された疾患または状態についての複数のヒト遺伝子変異体のうちの少なくとも２つのヒト遺伝子変異体間の識別された臨床的に関連する相互作用に基づく治療上の推奨事項と（ｉｉ）前記臨床的に関連する相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体の識別とを含む第１の表現を、表示画面を有するコンピューティング装置上に表示することと、
同時に、受信された前記ユーザ入力に基づいて、前記相互作用が識別された前記少なくとも２つのヒト遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を前記表示画面上に表示することと、
を含み、
前記複数のヒト遺伝子変異体は、前記患者から収集されたゲノムサンプルに由来する配列データに由来し、前記複数のヒト遺伝子変異体は、前記コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られ、
前記臨床的に関連する情報は、遺伝子変異体に関連する生物学的および機能的情報の要約、ソース資料への相互参照、ソース資料へのハイパーリンク、および遺伝子変異体の位置を含むグループから選択される、方法。
【請求項13】
前記治療上の推奨事項が特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記治療上の推奨事項が、関心のある疾患に敏感な治療である、請求項１２に記載の方法。
【請求項15】
前記関心のある疾患に敏感な前記治療が第１のしるしでマークされており、前記関心のある疾患に耐性のある治療が第２のしるしでマークされている、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
前記第１および第２の表現が単一のパネル内に表示され、前記第２の表現が個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、前記第１の表現が前記個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される、請求項１２に記載の方法。
【請求項17】
前記第１および第２の表現が別個のパネル内に表示される、請求項１２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
ＤＮＡシーケンシングを使用したヒトの遺伝的変異の研究は、４０年以上前の導入から現在の技術まで、驚異的な発展を遂げた。これにより、ヒトゲノムのシーケンシングと分析とを数日で行うことができる。２０００年代半ばに最初の「次世代シーケンシング」（ＮＧＳ）機器がリリースされたことで、疾患研究に革命が起こり、大幅に低コストで速度が大幅に向上し、ヒトゲノム配列全体を数週間で生成することが可能になった。価格とパフォーマンスとに加えて、新しいシーケンシング技術は、古いシーケンシング技術および遺伝子型同定技術の技術的な弱点のいくつかを補い、新しいものを含む変異体のゲノムワイドな検出を低コストで可能にすることも証明した。ヒトゲノミクスにおけるＮＧＳのさらなるブレークスルーは、ターゲット濃縮法の導入によって実現し、関心領域の選択的シーケンスを可能にし、それによって生成する必要のあるシーケンスの量を劇的に削減した。このアプローチは、ゲノム内の標的配列を表すＤＮＡまたはＲＮＡプローブの収集に基づいており、標的領域に由来するＤＮＡフラグメントに結合して抽出することができる。
【0002】
ヒトゲノム（エクソーム）内のすべてのタンパク質コード領域のシーケンスを可能にする全エクソームシーケンス（ＷＥＳ）は、特に単一遺伝子（「メンデルの法則」）疾患で最も広く使用されるターゲット濃縮法になった。このアプローチにより、全ゲノムシーケンスと比較して、シーケンスの「負荷」の約２％しか必要とせずに、エキソン（コーディング）とスプライスサイトの両方の変異体の検出が可能になった。すべての遺伝子の偏りのない分析により、シーケンスの前に時間のかかる候補遺伝子を選択する必要がなくなった。エクソームは、病気に関連する形質に大きな影響を与える突然変異の約８５％を抱えていると推定されている。さらに、エキソニック変異は単一遺伝子疾患の大部分を引き起こすことが示され、ミスセンス変異とナンセンス変異とだけで疾患変異の約６０％を占めている。
【0003】
ゲノムシーケンシング技術の最近の進歩は、個々のゲノムランドスケープを特徴づけ、診断と治療とに関連する変異を特定する前例のない機会を提供する。実際、近年、ＮＧＳは薬理ゲノミクス研究の質問に対処するためにもますます適用されている。一部の患者が特定の薬に反応しない理由を説明する遺伝的原因を検出するだけでなく、遺伝情報に基づいて薬の成功を予測しようとすることも可能である。特定の遺伝的変異は特定のタンパク質の活性に影響を与える可能性があり、これらを使用して、そのようなタンパク質を標的とする薬物の有効性と毒性との可能性を推定することができる。したがって、ＮＧＳには、病気の原因となる変異体を見つけることをはるかに超えた用途がある。
【0004】
すべてのＤＮＡの約９９．５％がすべての人間で共有されている。すべての違いを生むのは０．５％である。遺伝的変異、または変異体は、各人のゲノムをその人固有にする違いである。ＤＮＡシーケンシングは、個人のＤＮＡ配列を、ゲノム参照コンソーシアム（Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ：ＧＲＣ）によって維持されている参照ゲノムのＤＮＡ配列と比較することにより、個人の変異体を識別する。平均的な人間のゲノムには何百万もの変異があると考えられている。いくつかの変異体は遺伝子で発生するが、ほとんどは遺伝子外のＤＮＡ配列で発生する。少数の亜種が病気に関連しているが、ほとんどの亜種は未知の影響を及ぼす。目の色や血液型の違いなど、一部の亜種は人間の違いに寄与する。より多くのＤＮＡ配列情報が研究コミュニティで利用可能になるにつれて、いくつかの変異体の影響がよりよく理解される可能性がある。
【0005】
変異体の影響を理解することは複雑なプロセスである。変異体と疾患とを関連付けるＡｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｉｃｓガイドラインに基づく変異体とその分類に関する多くの公開されている情報源があるが、変異体に関する知識は絶えず進化しており、これらのソースには矛盾や不正確さがある。さらに、同時発生する突然変異は治療への反応を変える可能性があり、臨床医が変異の組み合わせのすべての可能な順列を分析し、治療への影響を解釈することは課題である。
【発明の概要】
【0006】
本開示は、いくつかの実施形態では、改善されたユーザインターフェースを含むコンピューティング装置を提供する。いくつかの実施形態では、改善されたユーザインターフェースは、治療上の推奨を含む、相互作用する遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の視覚化を可能にする。いくつかの実施形態では、改善されたユーザインターフェースは、個々の遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の同時視覚化、および治療の推奨を含む遺伝子変異体間の相互作用に関連する臨床的に関連する情報の視覚化を容易にする。改善されたユーザインターフェースを介した視覚化は、患者のケアに関する決定が正確かつ効率的に行われるように、医療専門家による臨床的に関連する情報の迅速な解釈を容易にすると考えられている。さらに、本明細書に開示されるシステムおよび方法は、臨床的に関連する情報の迅速かつ効率的な解釈を可能にする視覚化を医療専門家に提供すると考えられている。
【0007】
いくつかの実施形態において、本開示はまた、配列決定された核酸サンプル、例えば、被験者から得られる核酸サンプルに由来する１つまたはそれ以上の同定された遺伝子変異体に関する臨床的に関連する情報のレビュー、解釈、および視覚化を容易にするシステムおよび方法を提供する。本開示はさらに、少なくとも２つの同定された遺伝子変異体間の正または負の相互作用に関係するので、臨床的に関連する情報のレビュー、解釈、および視覚化を容易にするシステムおよび方法を提供する。特定の疾患または状態に関連する複数の遺伝子変異体の相互作用に関する情報を含むデータベースを含むキュレーションされたデータベースの使用は、臨床医とその患者の関連する治療オプションへのアクセスを改善しながら、矛盾や不正確さを排除できると考えられている。さらに、本明細書に記載のシステムは効率的であり、得られた配列データからの変異体の迅速な分析および同定、ならびに同定された１つまたはそれ以上の変異体（本明細書に記載されるような相互作用する遺伝子変異体を含む）に関連するすべての関連するキュレーションされたデータの迅速な検索を可能にする。
【0008】
本開示の一態様では、表示画面（１０８）を備えるコンピューティング装置（１００）であり、コンピューティング装置（１００）は、コンピューティング装置（１００）に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリ（１０４）から複数の遺伝子変異体を取得し、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示画面（１０８）に表示し、第１の表現を表示すると同時に、相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体の第１に関連する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面（１０８）に表示するように構成される。いくつかの実施形態では、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体の第２に関連する臨床的に関連する情報を含む第３の表現が、表示画面（１０８）に表示される。
【0009】
いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされている（例えば、図５Ｃを参照のこと）。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている（例えば、図５Ｃを参照のこと）。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、単一のパネル内に表示される（例えば、図５Ｃを参照のこと）。いくつかの実施形態において、単一のパネルは、個々の遺伝子パネル表現である（図５Ａの５３０を参照のこと）。いくつかの実施形態では、第２の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、別個のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、第１の表現は、相互作用する遺伝子パネル内に表示され（図５Ａの５１０または５２０を参照）、第２の表現は、個々の遺伝子パネル内に表示される。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネルは、第１の表現と、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの第１の識別とをさらに含む。
【0010】
本開示の別の態様は、コンピューティング装置に結合されたディスプレイ上に、患者に由来するサンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子突然変異の存在に関する関連情報を提示する方法であり、この方法は、コンピューティング装置に結合されたメモリ（または、１つまたはそれ以上のメモリ）から、患者のサンプル（例えば、組織サンプル、腫瘍組織サンプル）に由来する配列データ内の複数の遺伝子変異体（例えば、遺伝子突然変異）を取得することと、複数の得られた遺伝子変異体から得られた少なくとも２つの遺伝子変異体間の臨床的に関連する相互作用を同定するために１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスすることと、識別された臨床的に関連する相互作用を含む少なくとも１つの視覚化を表示することと、を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１つの視覚化を含むレポートを生成することをさらに含む。
【0011】
いくつかの実施形態では、識別された臨床的に関連する相互作用を含む少なくとも１つの視覚化は、識別された臨床的に関連する相互作用に基づく１つまたはそれ以上の治療上の推奨事項を提供するパネルである。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、一連の薬物のそれぞれが識別されるが、パネル内で「グレー表示」される（例えば、図５Ｃを参照のこと）。
【0012】
いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている（例えば、図５Ｄを参照のこと）。いくつかの実施形態では、第２のしるしは、「グレー表示された」テキストである。いくつかの実施形態では、第１のしるしは実線の記号（例えば、実線の円）であり、第２のしるしは中空の記号（例えば、白丸または白丸）である。
【0013】
いくつかの実施形態では、パネルは、相互作用する遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体をリストする第１の部分、および治療の推奨事項を報告する第２の部分を含む。いくつかの実施形態では、パネルは、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体のうちの１つをリストする第１の部分、および治療の推奨事項を報告する第２の部分を含む。
【0014】
いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用は、関心のある疾患に関係する。いくつかの実施形態では、関心のある疾患は、事前に診断された疾患である。いくつかの実施形態では、事前に診断された疾患は癌である。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースは、１つまたはそれ以上のリモートサーバに格納される。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースは、精選された臨床情報を含む。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースの少なくとも１つは、遺伝子変異体の相互作用に関する臨床情報を含む。いくつかの実施形態では、第１のデータベースは、関心のある疾患について得られた複数の遺伝子変異体から少なくとも第１に得られた遺伝子変異体に関する臨床的に関連する情報を検索するためにアクセスされ、第２のデータベースは、関心のある同じ疾患について、少なくとも第１に得られた遺伝子変異体と、複数の得られた遺伝子変異体からの少なくとも第２に得られた遺伝子変異体との間の相互作用に関する臨床的に関連する情報の検索のためにアクセスされる。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースへのアクセスは、１つまたはそれ以上のデータベースに格納された第１および第２のテーブルへのアクセスを含み、第１のテーブルは遺伝子変異体に関する情報を含み、第２のテーブルは遺伝子変異体相互作用に関する情報を含む。
【0015】
いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１つの品質メトリックフィルタを適用することによって、得られた複数の遺伝子変異体をフィルタリングすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの視覚化が表示され、少なくとも２つの視覚化のうちの１つは、個々の遺伝子パネル表現を含む。
【0016】
本開示の別の態様は、関心のある疾患（例えば、診断された疾患）に臨床的に関連するコンピューティング装置に結合されたディスプレイ上に提示する方法であり、この方法は、（ｉ）患者から得られた核酸サンプルに由来する変異体データを取得することであって、変異体データは、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる、ことと、（ｉｉ）任意選択で、グラフィカルユーザインターフェース上で、取得された変異体データをフィルタリングできるように、１つまたはそれ以上のユーザ設定可能なフィルタリング設定に対応する第１のユーザ入力を受信することと、（ｉｉｉ）臨床的に関連する情報を含む１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスすることにより、得られた遺伝子変異体の少なくとも２つの間の相互作用に関連する臨床的に関連する情報を特定することと、（ｉｖ）グラフィカルユーザインターフェース上に、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に関連する臨床的に関連する情報を含む視覚化を表示することと、を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に関する臨床的に関連する情報を含む少なくとも視覚化を含むレポートを生成することをさらに含む。
【0017】
いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のユーザ設定可能なフィルタリング設定は、ユーザ設定可能な変異体品質設定およびユーザ設定可能な遺伝子データベースプレゼンス設定を含む。いくつかの実施形態では、ユーザが構成可能な変異体品質設定には、読み取り深度および変異体対立遺伝子頻度が含まれる。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のユーザ設定可能なフィルタリング設定は、（ｉ）注釈を追加することと、（ｉｉ）特定された臨床的に関連する情報から治療オプションを含めるまたは除外することと、（ｉｉｉ）特定された臨床的に関連する情報の層評価を再分類することと、を含む。
【0018】
いくつかの実施形態では、視覚化は、相互作用している少なくとも２つの遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療の推奨を報告する第２の部分とを有する相互作用遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、少なくとも２つの得られた遺伝子変異体間の遺伝子相互作用の存在下で関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態において、関心のある疾患に敏感な治療は、第２のパネル内で第１のしるしでマークされる。いくつかの実施形態において、少なくとも２つの得られた遺伝子変異体間の相互作用を考慮して、関心のある疾患に耐性のある治療は、第２のパネル内で第２のしるしでマークされる。
【0019】
いくつかの実施形態では、この方法は、フィルタリングされた変異体データに由来する１つまたはそれ以上の個々の遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の識別をグラフィカルユーザインターフェース上に表示することをさらに含む。いくつかの実施形態では、方法は、１つまたはそれ以上の個々の遺伝子パネル表現を表示することをさらに含み、個々の遺伝子パネル表現の少なくとも１つは、相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体の１つに関する臨床的に関連する情報を含む。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、変異対立遺伝子頻度統計または読み取り深度統計のうちの少なくとも１つをさらに含む。
【0020】
本開示の別の態様は、表示画面を有するコンピューティング装置上に、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示することと、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに関連する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面上に表示することと、を含む方法である。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来する。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる。
【0021】
いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされ、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、単一のパネル内に表示され、単一のパネルは、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、第２の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、別個のパネル内に表示される。
【0022】
本開示の別の態様は、コンピューティングシステムの１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、コンピューティングシステムに、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の識別された臨床的に関連する相互作用に関連するデータを含む第１の表現を表示画面に表示させ、さらに、相互作用が特定された少なくとも２つの遺伝子変異体の少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面に表示させ、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来する、命令を格納する非一時的なコンピュータ可読媒体である。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体は、コンピューティングに通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。
【図面の簡単な説明】
【0023】
本開示の特徴の一般的な理解のために、図面を参照する。図面では、同一の要素を識別するために、全体を通して同様の参照番号が使用されている。
特許または出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれている。この特許または特許出願の出版物のカラー図面付きのコピーは、要求と必要な料金の支払いに応じて庁に提供される。
特許または出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれている。この特許または特許出願の出版物のカラー図面付きのコピーは、要求と必要な料金の支払いに応じて庁に提供される。
【図1】いくつかの実施形態による、１つまたはそれ以上のプロセッサおよび順序付け装置を有するコンピュータを含むシステムを示し、コンピュータおよび順序付け装置は、ネットワークなどを介して通信可能に結合される。
【図2】いくつかの実施形態による、バス、ネットワーク、または他の有線または無線相互接続を介して通信可能に結合された各コンポーネントである、処理サブシステム、記憶サブシステム、出力装置、および入力装置を含むシステムを示す。システムはまた、リモートアクセスを可能にするソフトウェア、すなわち、クライアントポータルまたはクライアントインターフェースを含み得る。
【図3】いくつかの実施形態による、ネットワークを介してクライアントインターフェースと通信可能に結合されたシステムのブロック図を示す。
【図4】いくつかの実施形態による、対象の核酸サンプルにおいて同定された突然変異に基づく対象に対する治療上の推奨事項を含むレポートを生成するステップを示すフローチャートを示す。
【図5A】複数のパネルを含むデータ視覚化領域を示し、各パネルは、いくつかの実施形態による、同定された遺伝子変異体または相互作用する遺伝子変異体に関する臨床的に関連する情報が入力されている。
【図5B】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図5C】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図5D】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図5E】いくつかの実施形態による、個々の同定された遺伝子変異体または相互作用する同定された遺伝子変異体に関する臨床的に関連する情報の視覚化を示す。
【図5G】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図5H】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図6A】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報を含む１つまたはそれ以上の視覚化またはレポートを遠隔で生成する方法を示す。
【図6B】いくつかの実施形態による、承認のためにドラフトレポートをレビューする方法を示す。
【図7】いくつかの実施形態による、ファイナライズレポートを検索および／またはレビューする方法を示す。
【図8A】いくつかの実施形態による、代表的なしるしを含む臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図8B】いくつかの実施形態による、代表的なしるしを含む臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図9A】いくつかの実施形態による、列内に配置された治療上の推奨事項を含む、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図9B】いくつかの実施形態による、列内に配置された治療上の推奨事項を含む、臨床的に関連する情報内に入力された表現を示す。
【図10】いくつかの実施形態による、複数のパネルを含むデータ視覚化領域を示し、各パネルは、識別された遺伝子に関連する臨床的に関連する情報が入力され、個々のパネルの前に相互作用する遺伝子変異体が識別される（相互作用の要約）。
【図11】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報の１つまたはそれ以上の表現または視覚化を表示するステップを示すフローチャートを提供する。
【図12】いくつかの実施形態による、臨床的に関連する情報の１つまたはそれ以上の表現または視覚化を表示するステップを示すフローチャートを提供する。
【発明を実施するための形態】
【0024】
反対に明確に示されない限り、複数のステップまたは行為を含む本明細書で請求される方法において、方法のステップまたは行為の順序は、必ずしも方法のステップまたは行為が記載されている順序に限定されないことも理解されたい。
【0025】
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が別途明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。同様に、「または」という単語は、文脈が明確に別のことを示さない限り、「および」を含むことを意図している。「含む」という用語は、「ＡまたはＢを含む」がＡ、Ｂ、またはＡおよびＢを含むことを意味するように、包括的に定義される。
【0026】
本明細書および特許請求の範囲で使用される場合、「または」は、上記で定義された「および／または」と同じ意味を有すると理解されるべきである。例えば、リスト内の項目を区切る場合、「または」または「および／または」は包括的であると解釈されるものとする。つまり、要素の数またはリストの少なくとも１つ、および、オプションで、追加のリストされていないアイテムを含むが、複数を含むと解釈される。「ただ１つまたは「正確に１つ」、または特許請求の範囲で使用される場合、「からなる」など、反対に明確に示される用語のみが、数または要素のリストの正確に１つの要素を含むことを指す。一般に、本明細書で使用される「または」という用語は、「いずれか」、「いずれか」、「のみ」、「正確にいずれか」などの排他性の用語が前に付いている場合、排他的な代替案を示すものとしてのみ解釈されるものとする（すなわち、「一方または他方であるが両方ではない」）。「本質的にからなる」は、特許請求の範囲で使用される場合、特許法の分野で使用される通常の意味を有するものとする。
【0027】
「備えている」、「含んでいる」、「有している」などの用語は、交換可能に使用され、同じ意味を有する。同様に、「備える」、「含む」、「有する」などは同じ意味で使用され、同じ意味を有する。具体的には、各用語は、「含む」という一般的な米国特許法の定義と一致して定義されているため、「少なくとも以下」を意味するオープンな用語として解釈され、追加の機能、制限、側面などを排除する意図ではないとも解釈される。したがって、例えば、「構成要素ａ、ｂ、およびｃを有する装置」は、装置が少なくとも構成要素ａ、ｂ、およびｃを含むことを意味する。同様に、「ステップａ、ｂ、およびｃを含む方法」という句は、その方法が少なくともステップａ、ｂ、およびｃを含むことを意味する。さらに、ステップおよびプロセスは、本明細書において特定の順序で概説され得るが、当業者は、順序付けのステップおよびプロセスが変化し得ることを認識するであろう。
【0028】
本明細書の明細書および特許請求の範囲で使用される場合、１つまたはそれ以上の要素のリストに関連する「少なくとも１つ」という句は、要素のリストの任意の１つまたはそれ以上の要素から選択される少なくとも１つの要素を意味すると理解されるべきである。ただし、要素のリスト内に具体的にリストされているすべての要素の少なくとも１つを含む必要はなく、要素のリスト内の要素の組み合わせを除外するものではない。この定義はまた、「少なくとも１つ」という句が参照する要素のリスト内で具体的に識別される要素以外の要素が、具体的に識別される要素に関連するかどうかにかかわらず、任意選択で存在し得ることを可能にする。したがって、非限定的な例として、「ＡおよびＢの少なくとも１つ」（または、同等に、「ＡまたはＢの少なくとも１つ」、または同等に「Ａおよび／またはＢの少なくとも１つ」）は、一実施形態では、少なくとも１つ、任意選択で２つまたはそれ以上のＡを含み、Ｂが存在しない（および任意選択でＢ以外の要素を含む）ことを指すことができ、別の実施形態では、少なくとも１つ、任意選択で２つまたはそれ以上のＢを含み、Ａが存在しない（および任意選択でＡ以外の要素を含む）ことを指し、さらに別の実施形態では、少なくとも１つ、任意選択で２つまたはそれ以上のＡを含み、少なくとも１つ、任意選択で２つまたはそれ以上のＢを含む（および任意選択で他の要素を含む）、等を指すことができる。
【0029】
本明細書で使用される場合、「フィルタリング」という用語は、１つまたはそれ以上のデータセットを変更することを指す。フィルタリングとは、データセットからデータポイント（臨床情報など）を保持、追加、減算、または追加することを意味する。フィルタリングとは、データセット内の１つまたはそれ以上のデータポイントをマスキングすることを意味する。フィルタリングとは、データセット内のデータポイントのマスキングを解除することを意味する。いくつかの実施形態では、フィルタリングは反復プロセスである。いくつかの実施形態では、フィルタリングは、１つまたはそれ以上のフィルタを使用して実行される。いくつかの実施形態では、１つのフィルタによって除去またはマスクされたデータポイントは、第２のフィルタによって追加されるか、またはマスク解除される。いくつかの実施形態では、フィルタリングは、変異体のリストに対して実行される。フィルタリングされたデータセットは、元のデータセットよりも小さくても大きくてもかまわない。いくつかの実施形態では、フィルタリングされたデータセットは、元のデータセットから削除されていないデータポイントを含む。
【0030】
本明細書で使用される場合、「読み取り深度」または「配列決定深度」という用語は、配列が配列決定された回数（配列決定の深さ）を指す。例として、読み取り深度は、複数のシーケンス実行結果を整列させ、特定のサイズ（例えば、１００ｂｐ）の重複しないウィンドウで読み取りの開始位置をカウントすることによって決定できる。コピー数多型は、当技術分野で知られている方法を使用して、読み取り深度に基づいて決定することができる。例えば、Ｙｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２００９ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ；１９（９）：１５８６－１５９２；Ｘｉｅ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＣ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ２００９ Ｍａｒ．６；１０：８０；またはＭｅｄｖｅｄｅｖ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ ２００９ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ；６（１１ Ｓｕｐｐｌ）：Ｓ１３－２０に記載されている方法を使用する。
【0031】
本明細書で使用される場合、「配列データ」または「配列決定データ」という用語は、当業者に知られている核酸分子に関する任意の配列情報を指す。配列データは、核酸配列に変換されなければならないＤＮＡまたはＲＮＡ配列、修飾された核酸、一本鎖または二本鎖配列、あるいはアミノ酸配列に関する情報を含み得る。配列データは、配列決定装置、取得日、読み取り長、配列決定の方向、配列決定された実体の起源、隣接する配列または読み取り、反復の存在、または当業者に知られている他の適切なパラメータに関する情報をさらに含み得る。配列データは、当業者に知られている任意の適切なフォーマット、アーカイブ、コーディング、または文書で提示することができる。
【0032】
本明細書で使用される場合、「ユーザインターフェース」という用語は、ユーザ、例えば遺伝学者などのエンドユーザがコマンドおよびデータを入力し、グラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）などの結果を受け取ることを可能にするインターフェースを指す。「ユーザインターフェース」および「グラフィカルユーザインターフェース」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。
【0033】
本明細書で使用される場合、「変異体」または「遺伝的変異体」という用語は、遺伝子の代替形態、ゲノム配列、またはそれらの一部を指す。変異体は、ゲノムの変化に対応して、タンパク質またはＲＮＡレベルで参照することもできる。いくつかの実施形態において、変異体は、タンパク質配列中のアミノ酸の変化を引き起こすが、ＲＮＡスプライシング、翻訳、または他のレベルの転写または翻訳調節に関してなど、そうでなければタンパク質または細胞の機能または活性に影響を及ぼし得る。変異体」はまた、コードされたポリペプチドのアミノ酸配列を変化させない（すなわち、保存された変化）位置で、集団において最も一般的な配列と配列が異なるポリペプチドを指すことができる。遺伝的変異ポリペプチドは、リスクハプロタイプによってコードされるか、保護ハプロタイプによってコードされるか、または中性ハプロタイプによってコードされることができる。遺伝的変異ポリペプチドは、リスクに関連するか、保護に関連するか、または中性である可能性がある。遺伝的変異の非限定的な例には、フレームシフト、獲得停止、喪失開始、スプライスアクセプター、スプライスドナー、喪失停止、ミスセンス、スプライス領域、同義およびコピー数変異が含まれる。非限定的なタイプのコピー数多型には、欠失および重複が含まれる。
【0034】
本明細書でさらに詳細に説明するように、本開示は、ヒト患者の核酸サンプル（例えば、腫瘍に由来するサンプル）から得られた配列データなどの配列データで同定された１つまたはそれ以上の遺伝子変異体（例えば、同じまたは異なる遺伝子の変異体）の解釈を容易にするシステム、方法、およびインターフェースを提供する。場合によっては、単一のゲノム変異体を探すことは完全に決定的ではないかもしれない。存在（または不在）または単一のゲノム変異に基づいて予測的な治療結果を探すことは、限られた状況であるという点で最適ではない可能性がある。治療結果に正または負の寄与を有するものなどの他の遺伝子変異体を考慮することにより、複数の遺伝子変異体を考慮して最適な治療を施すことができるように、改善されたガイダンスを開業医に提供することができる。このようにして、本開示は、特定の変異体が互いにどのように関連または相互作用するかについての臨床的重要性を解釈し、相互作用の臨床的重要性および／または相互作用する遺伝子の存在に基づくユーザまたは臨床医への推奨事項を視覚化または報告するためのシステムおよび方法を提供する。本明細書に記載のシステムおよび方法は効率的であり、得られた配列データからの遺伝子変異体の迅速な分析および同定、ならびに１つまたはそれ以上の変異体（相互作用する遺伝子変異体を含む）に関連する関連するキュレーションされたデータの迅速な検索を可能にする。さらに、本明細書に記載のシステムおよび方法は、遺伝子変異体（コンピュータディスプレイまたはコンピューティング装置を操作するユーザなど）の視覚化および報告、ならびに遺伝子変異体間の相互作用に関する情報を最適かつ組織化して可能にする。いくつかの実施形態では、システムおよび方法は、ユーザ（例えば、医療専門家、遺伝学者、医師など）による臨床的に関連する情報を含む視覚化の迅速な解釈を可能にし、それにより、迅速な解釈は、患者ケアの改善につながる可能性がある迅速かつ正確な医学的決定を容易にする。いくつかの実施形態では、視覚化は、簡略化された方法でより多くの情報をユーザに提供し、臨床的に関連する情報のより迅速なレビューを可能にし、遺伝子相互作用に関連するデータの効率的なレビューを容易にする。
【0035】
いくつかの実施形態では、本開示は、治療の推奨を含む、遺伝子変異体および相互作用する遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の視覚化を可能にするように適合された改善されたユーザインターフェースを含むシステムを提供する。いくつかの実施形態では、改善されたユーザインターフェースは、個々の遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の同時視覚化、および治療の推奨を含む遺伝子変異体間の相互作用に関連する臨床的に関連する情報の視覚化を容易にする。改善されたユーザインターフェースを介した視覚化は、患者のケアに関する決定が正確かつ効率的に行われるように、医療専門家による臨床的に関連する情報の迅速な解釈を容易にすると考えられている。さらに、本明細書に開示されるシステムおよび方法は、臨床的に関連する情報の迅速、正確、かつ効率的なレビューおよび解釈を可能にする視覚化を医療専門家に提供すると考えられている。
【0036】
いくつかの実施形態では、本開示は、ユーザが検索されたゲノム変異体および対応する臨床情報のデータセットをレビューすることを可能にするデータ視覚化システムを提供する。いくつかの実施形態では、データ視覚化システムは、臨床データをインタラクティブにレビューおよび解釈するためのグラフィカルユーザインターフェースを提供する。データ視覚化システムにより、ユーザは、被験者の核酸サンプルに見られる複数の遺伝子変異体間の相互関係を理解することもできる。組織化されたパネル（ユーザインタラクティブパネルなど）などによる情報の視覚化により、関連する臨床情報の伝達が容易になり、ユーザは提示された臨床データを効果的に解釈し、取得したデータを報告する前に必要な変更（注釈、再分類など）を行うことができる。データ視覚化システムを利用して、レビューおよび解釈された臨床情報を要約したレポートを生成することもできる。
【0037】
いくつかの実施形態では、本開示のシステムは、対象（例えば、治療的治療を必要とするヒト患者）から得られた配列データの解釈および報告を容易にするように構成されている。いくつかの実施形態では、配列データは、配列決定装置を使用する配列決定操作から導出され、配列データは、後の解釈および報告のために、ネットワーク化されたデータベースなどのデータベースに格納される。例えば、シーケンスデータは、シーケンス装置を使用して導出され、記憶サブシステム１０４またはネットワーク化されたサーバ上にあるファイル（例えば、変異体コールフォーマット、ＢＥＤフォーマット、またはＢＥＤＰＥフォーマットで）に格納され得、それにより、ファイルは、その後に遺伝子変異体の同定、同定された遺伝子変異体（または複数の遺伝子変異体間の相互作用）に関連する関連する臨床情報の検索、視覚化、および／または報告（図１を参照）するために取得され得る。いくつかの実施形態では、変異体分析および報告アプリケーションなどのソフトウェアは、システム上で直接実行され、シーケンスデータは、解釈および報告のためにネットワーク化されたサーバから取得される（図２を参照）。他の実施形態では、変異体分析および報告アプリケーションなどのソフトウェアは、リモートシステム上で実行され、クライアントインターフェースまたはクライアントポータルがシステムにアクセスするために使用され、それによって、シーケンスデータは、解釈と報告のためにクライアントインターフェースを介してリモートシステムにアップロードされ得る（図２および図３を参照）。
【0038】
本明細書で提供されるシステムおよび方法は、目的の任意の遺伝子における任意の変異体の解釈および報告に適用することができる。例示的な変異体には、一塩基多型、点突然変異、挿入、欠失、および転座が含まれる。例えば、システムおよび方法は、任意の特定の遺伝子（例えば、ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８ＲおよびＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍ）内で検出された複数の変異を含む、ＥＧＦＲ遺伝子またはＢＲＣＡ１遺伝子内で検出された変異を解釈および報告するために利用され得る。
【0039】
図１は、処理サブシステム１０２に通信可能に結合された配列決定装置１１０を含むシステム１００（コンピュータまたはコンピューティング装置）を示す。配列決定装置１１０は、直接（例えば、１つまたはそれ以上の通信ケーブルを介して）または１つまたはそれ以上の有線および／または無線ネットワーク１３０を介して、処理サブシステム１０２に結合することができる。いくつかの実施形態では、処理サブシステム１０２は、配列決定装置１１０に含まれるか、またはそれと統合され得る。いくつかの実施形態では、システム１００は、特定のユーザ構成可能パラメータを使用して特定の操作を実行し、取得された結果のシーケンスデータを処理サブシステム１０２または記憶サブシステム（例えば、ローカル記憶サブシステムまたはネットワーク記憶装置）に送信するようにシーケンス装置１１０に命令するソフトウェアを含み得る。いくつかの実施形態では、処理サブシステム１０２または順序付け装置１１０のいずれかをネットワーク１３０に結合することができる。いくつかの実施形態では、記憶装置は、シーケンスデータ、患者情報、および／または他の組織データを記憶または検索するためにネットワーク１３０に結合される。処理サブシステム１０２は、ユーザまたはオペレータ（例えば、技術者または遺伝学者）からコマンドを受信するためのディスプレイ１０８および１つまたはそれ以上の入力装置（図示せず）を含むことができる。いくつかの実施形態では、ユーザインターフェースは、処理サブシステム１０２によってレンダリングされ、ディスプレイ１０８に提供されて、（ｉ）配列決定データおよび／または患者データの分析、解釈、および／または報告を容易にし、（ｉｉ）シーケンス装置からデータを取得し、（ｉｉｉ）シーケンスデータ、患者情報、またはネットワークを介して利用可能なデータベースなどの他の臨床情報を取得する。いくつかの実施形態では、ネットワーク１３０は、クライアントインターフェースまたはクライアントポータル（図示せず）を介するなどして、リモートで処理サブシステム１０２および／または順序付け装置１１０へのアクセスを可能にする。このようにして、リモートユーザは、変異体分析およびレポート作成ソフトウェアが処理サブシステム１０２上でリモートで実行され得るように、処理サブシステム１０２にアクセスすることができる。いくつかの実施形態では、クライアントインターフェースまたはクライアントポータルはまた、シーケンスデータの分析および解釈の後に、格納されたレポートの検索を可能にし得る。いくつかの実施形態では、クライアントインターフェースまたはクライアントポータルは、処理サブシステム１０２、またはそれと通信可能に結合された任意の接続されたローカルまたはネットワーク化された記憶装置へのシーケンスデータの転送を容易にすることができる。サンプルを配列決定する方法は、国際公開第２０１７／１２３３１６号および国際公開第２０１７／１８１１３４号に記載されており、それらの開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【0040】
図２は、本開示の一実施形態によるシステム１００のブロック図である。システム１００は、デスクトップコンピュータ、ラップトップコンピュータ、タブレットコンピュータ、ハンドヘルド装置（例えば、スマートフォン、メディアプレーヤ）などを含む、任意のタイプのユーザ操作可能なコンピューティング装置を使用して実装することができる。システム１００は、以下でより詳細に論じられるように、処理サブシステム１０２、記憶サブシステム１０４、ユーザ入力装置１０６、ディスプレイ１０８、およびバス１１４を介して通信するネットワークインターフェース１１２などのいくつかの相互接続されたコンポーネントを含むことができる。いくつかの実施形態では、図１に示されるシステム１００は、２はリモートでアクセスできる。１人または複数のリモートユーザは、記憶サブシステム１０４内に格納されたシーケンスデータまたは記憶サブシステム１０４にリモートでアップロードされたシーケンスデータが解釈、視覚化、および／または報告され得るように、ネットワークを介してなどのシステム１００にアクセスし得る。
【0041】
処理サブシステム１０２は、１つまたはそれ以上のコアを有することができる単一のプロセッサ、またはそれぞれが１つまたはそれ以上のコアを有する複数のプロセッサを含むことができる。いくつかの実施形態では、処理サブシステム１０２は、１つまたはそれ以上の汎用プロセッサ（例えば、ＣＰＵ）、グラフィックプロセッサ（ＧＰＵ）などの専用プロセッサ、デジタル信号プロセッサ、またはこれらおよび他のタイプのプロセッサの任意の組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、処理サブシステム内のいくつかまたはすべてのプロセッサは、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）またはフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡ）などのカスタマイズされた回路を使用して実装することができる。いくつかの実施形態では、そのような集積回路は、回路自体に格納されている命令を実行する。他の実施形態では、処理サブシステム１０２は、記憶サブシステム１０４に格納された命令を検索および実行することができ、命令は、ユーザがクライアントポータル１１６を介するなどしてシステムにローカルまたはリモートでアクセスするかどうかに関係なく、処理サブシステム１０２によって実行され得る。例として、処理サブシステム１０２は、ローカルまたはネットワーク化された記憶システム内に格納された変異体データ（例えば、変異体コール形式で）を受信および処理する命令を実行し、検索された臨床要約および／または同定された遺伝子変異に関連する治療上の推奨事項と一緒に入力変異体データから識別された遺伝子変異体を表示することができる。
【0042】
記憶サブシステム１０４は、システムメモリ、読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）、および永続的な記憶装置などの様々なメモリユニットを含むことができる。ＲＯＭは、システム１００のサブシステム１０２および他のモジュールを処理することによって必要とされる静的データおよび命令を格納することができる。永続記憶装置は、読み取りおよび書き込みメモリ装置にすることができる。この永久記憶装置は、システム１００の電源が切られているときでさえ、命令およびデータを記憶する不揮発性メモリユニットであり得る。いくつかの実施形態では、大容量記憶装置（磁気または光ディスクまたはフラッシュメモリなど）を永久記憶装置として使用することができる。他の実施形態は、永久記憶装置としてリムーバブル記憶装置（例えば、フラッシュドライブ）を使用することができる。システムメモリは、読み取りおよび書き込みメモリ装置、またはダイナミックランダムアクセスメモリなどの揮発性の読み取りおよび書き込みメモリにすることができる。システムメモリには、プロセッサが実行時に必要とする命令とデータの一部またはすべてを格納できる。
【0043】
記憶サブシステム１０４は、様々なタイプの半導体メモリチップ（ＤＲＡＭ、ＳＲＡＭ、ＳＤＲＡＭ、フラッシュメモリ、プログラム可能な読み取り専用メモリ）などを含む、非一時的なコンピュータ可読記憶媒体の任意の組み合わせを含むことができる。磁気ディスクおよび／または光ディスクも使用できる。いくつかの実施形態では、記憶サブシステム１０４は、読み取り可能および／または書き込み可能であり得るリムーバブル記憶メディアを含むことができる。このようなメディアの例には、コンパクトディスク（ＣＤ）、読み取り専用デジタル多用途ディスク（ＤＶＤ－ＲＯＭ、２層ＤＶＤ－ＲＯＭなど）、読み取り専用および記録可能なＢｌｕ－ｒａｙ（登録商標）ディスク、超高密度光ディスク、フラッシュメモリカード（ＳＤカード、ミニＳＤカード、マイクロＳＤカードなど）などが含まれる。いくつかの実施形態では、データおよび他の情報（例えば、シーケンスデータ、患者情報、臨床データ、組織データ、キュレートされたデータなど）は、１つまたはそれ以上の遠隔場所、例えば、クラウド記憶に格納され、システム１００の他のコンポーネントと同期され得る。記憶サブシステム１０４は、精選された情報のデータベースを含み得る。本明細書で「メモリ」または「メモリ」という用語が使用される場合、それらは、複数のメモリなどの１つまたはそれ以上のメモリを指す場合がある。
【0044】
いくつかの実施形態では、記憶サブシステム１０４は、変形分析および報告アプリケーション１２０などの、処理サブシステム１０２によって実行される１つまたはそれ以上のソフトウェアプログラムを記憶することができる。「ソフトウェア」は、一般に、処理サブシステム１０２によって実行されると、システム１００に様々な操作を実行させ、したがってソフトウェアプログラムの操作を実行および実行する１つまたはそれ以上の特定のマシン実装を定義する一連の命令を指す。したがって、「ソフトウェア」はまた、ファームウェアまたは組み込みアプリケーション、あるいは処理サブシステム１０２によって読み取り可能および実行可能な任意の他のタイプの命令を含み得る。ソフトウェアは、単一のプログラムとして、または必要に応じて相互作用する個別のプログラムまたはプログラムモジュールのコレクションとして実装できる。いくつかの実施形態では、プログラムおよび／またはデータは、不揮発性記憶に格納され、プログラム実行中に全体的または部分的に揮発性作業メモリにコピーされ得る。記憶サブシステム１０４から、処理サブシステム１０２は、以下に説明する操作を含む様々な操作を実行するために、実行するプログラム命令および処理するデータを検索することができる。ソフトウェアの例には、変異体分析およびレポートアプリケーション１２０が含まれる。ソフトウェアは、システム１００上でローカルに実行され得るが、クライアントポータル１１６を介するなど、リモートでアクセスおよび／または制御され得る。例えば、ソフトウェアのインスタンスは、システム１００上でローカルに実行され得るが、リモートオペレータは、ネットワーク接続されたクライアントポータル１１６を介してソフトウェアにアクセスし得、ファイル（例えば、変異体コールフォーマット、ＢＥＤフォーマット、またはＢＥＤＰＥフォーマットなどの変異体データを含むもの）が記憶サブシステム１０４にアップロードされ得、それによって、リモートユーザは、対象の変異体データの解釈、視覚化、および／または報告が実行され得るように、ソフトウェアのインスタンスを制御し得る。
【0045】
ユーザインターフェースは、ディスプレイ装置１０８、および／または１つまたはそれ以上の他のユーザ出力装置（図示せず）に提供することができる。ユーザインターフェースは、例えば、メニューバー、メタデータペイン、ツールバー、ドロップダウンメニュー、および臨床的に関連するデータの視覚的表現を含み得る。入力装置１０６は、ユーザがシステム１００に信号を提供することができる任意の装置を含むことができ、システム１００は、信号を特定のユーザ要求または情報を示すものとして解釈することができる。いくつかの実施形態では、ユーザインターフェースによって提供される表現は、ユーザ（リモートまたはローカルのいずれか）との相互作用を容易にする。例えば、ユーザは、特定のユーザ設定可能設定またはパラメータを選択することができ、その結果、検索されたデータセットは、ユーザ設定可能設定またはパラメータの選択に従って変更され得る。様々な実施形態では、入力装置１０６は、キーボードタッチパッド、タッチスクリーン（例えば、ディスプレイ１０８のディスプレイ表面上のタッチセンシティブオーバーレイ）、マウスまたは他のポインティング装置、スクロールホイール、クリックホイール、ダイヤル、ボタン、スイッチ、キーパッド、マイクなどのいずれかまたはすべてを含むことができる。
【0046】
ディスプレイ１０８は、システム１００によって生成された画像（例えば、１つまたはそれ以上の複数の遺伝子変異体のうちの１つまたはそれ以上および任意の数の複数の遺伝子変異体間の相互作用を含む表現または視覚化）を表示することができ、様々な画像生成技術、例えば、カソード，光線管（ＣＲＴ）、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）を含む発光ダイオード（ＬＥＤ）、投影システムなど、およびサポートする電子機器（デジタルからアナログ、またはアナログ－デジタル変換器、信号プロセッサなど）を含むことができる。いくつかの実施形態は、入力装置および出力装置の両方として機能するタッチスクリーンなどの装置を含むことができる。いくつかの実施形態では、ディスプレイ１０８に加えて、またはその代わりに、他のユーザ出力装置を提供することができる。
【0047】
いくつかの実施形態では、ユーザインターフェースは、ディスプレイ１０８の特定の領域内の可視画像要素が、ユーザ入力装置１０６を使用してユーザが選択するアクティブ要素、対話型要素、または制御要素として定義されるグラフィカルユーザインターフェースを提供することができる。例えば、ユーザは、ユーザ入力装置１０６を操作して、画面上のカーソルまたはポインタを制御要素上に配置し、ボタンを「クリック」して選択を示すことができる（選択は、指定されたアクションまたはルーチンを実行するための信号を送信する）。例えば、ユーザは、ユーザ入力装置１０６を操作して、動作の開始、つまり、フィルタリング操作を開始し、レポートの生成を開始し、表示された１つまたはそれ以上の視覚化または表現の注釈を開始することを達成するであろうユーザインターフェース内のアイコンを選択することができる。別の例として、ユーザは、レンダリングされたデータ視覚化領域（図５Ａの５００を参照）内の表現（例えば、パネル）をクリックして、新しいウィンドウまたは新しいユーザインターフェース画面が提示され、以下の詳細を提供することができる。１つまたはそれ以上の同定された遺伝子変異体または少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に関連する臨床的に関連する情報（図５Ｆを参照）。
【0048】
いくつかの実施形態では、ユーザは、アイコン、ボタン、コンテキストメニュー、ドロップダウンメニュー、トグルスイッチなどの一連のユーザ構成可能オプションと相互作用して、一連のユーザ構成可能なパラメータを定義するように、ユーザ入力装置１０６を操作することができる。ユーザが構成可能なパラメータの選択は、例えば、データセットを変更するために使用できる。例えば、そして本明細書でさらに開示されるように、ユーザは、フィルタ構成サブメニューまたはユーザインターフェース内のポップアップウィンドウ内に表示されるパラメータなどの特定のユーザ設定可能なフィルタパラメータを選択することができ、それにより、選択によって生成される信号は、特定の変異体データを引き起こす可能性がある（特定のユーザが選択可能なフィールド／基準に対して選択されたカットオフ値に基づいてレポートに含めたり、レポートから除外したりする特定の患者のゲノムデータ（変異体呼び出し形式データファイル内に埋め込まれている）など。別の例として、ユーザ入力装置１０６を利用して、特定のデータベースまたはキュレートされたコレクション内の検索を有効または無効にするために、フィルタ構成パネルでボックスをチェックすることができる。さらに別の例として、値（例えば、パーセンテージ値）は、入力装置１０６を介してオペレータによって提供され得、フィルタリングは、入力されたユーザ設定可能な値に基づいて開始され得る。
【0049】
あるいは、ユーザは、タッチスクリーン装置上の制御要素に（例えば、指またはスタイラスで）触れることができる。いくつかの実施形態では、ユーザは、制御要素に関連する１つまたはそれ以上の単語を話すことができる（単語は、例えば、要素上のラベルまたは要素に関連する機能であり得る）。いくつかの実施形態では、タッチセンシティブ装置上のユーザジェスチャは、入力コマンドとして認識および解釈することができる。これらのジェスチャは、ディスプレイ１０８上の特定の領域に関連付けることができるが、関連付ける必要はない。他のユーザインターフェースも実装できる。
【0050】
ネットワークインターフェース１１２は、システム１００にデータ通信機能を提供することができる。いくつかの実施形態では、ネットワークインターフェース１１２は、無線音声および／またはデータネットワークにアクセスするための無線周波数（ＲＦ）トランシーバコンポーネントを含むことができる（例えば、携帯電話技術、３Ｇ、４ＧまたはＥＤＧＥなどの高度なデータネットワーク技術、５Ｇ、ＷｉＦｉ（ＩＥＥＥ ８０２．１１ファミリ標準）、または他のモバイル通信技術、またはそれらの任意の組み合わせ、ＧＰＳ受信機コンポーネント、および／または他のコンポーネントを使用する）。いくつかの実施形態では、ネットワークインターフェース１１２は、ワイヤレスインターフェースに加えて、またはその代わりに、有線ネットワーク接続（例えば、イーサネット）を提供することができる。ネットワークインターフェース１１２は、ハードウェア（例えば、アンテナ、変調器／復調器、エンコーダ／デコーダ、および他のアナログおよび／またはデジタル信号処理回路）およびソフトウェアコンポーネントの組み合わせを使用して実装することができる。ネットワークインターフェース１１２は、クライアントポータル１１６を介するなど、システム１００へのリモートアクセスを容易にすることができる（例えば、リモートユーザは、リモートコンピュータを介してシステム１００にアクセスすることができ、リモートコンピュータは、ネットワークインターフェース１１２を介してシステム１００と相互作用する）。いくつかの実施形態では、クライアントポータル１１６は、リモートコンピュータまたは他のコンピューティング装置上のリモートユーザによって実行されるスタンドアロンアプリケーションである。他の実施形態では、クライアントポータル１１６は、ネットワークを介してシステム１００にアクセスするリモートコンピュータまたは他のコンピューティング装置上で実行されるウェブブラウザである。
【0051】
バス１１４は、システム１００の多数の構成要素を通信可能に接続する様々なシステム、周辺機器、およびチップセットバスを含むことができる。例えば、バス１１４は、処理サブシステム１０２を記憶サブシステム１０４と通信可能に結合することができる。バス１１４はまた、入力装置１０６およびディスプレイ１０８に接続することができる。バス１１４はまた、ネットワークインターフェース１１２を介して処理サブシステム１０２をネットワークに結合することができる。このようにして、システム１００は、複数のコンピュータシステムのネットワーク（例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、イントラネット、またはインターネットなどのネットワークのネットワーク）に接続することができる。当業者は、配列決定装置、走査装置、組織処理システムなどの追加の構成要素をバス１１４に接続できることを理解するであろう。
【0052】
いくつかの実施形態は、コンピュータプログラム命令をコンピュータ可読記憶媒体に記憶するマイクロプロセッサ、記憶装置およびメモリなどの電子部品を含む。本明細書で説明される機能の多くは、コンピュータ可読記憶媒体上に符号化されたプログラム命令のセットとして指定されるプロセスとして実装され得る。これらのプログラム命令が１つまたはそれ以上の処理ユニットによって実行されるとき、それらは、処理ユニットに、プログラム命令に示される様々な動作を実行させる。プログラム命令またはコンピュータコードの例には、コンパイラによって生成されるようなマシンコード、およびコンピュータ、電子コンポーネント、またはインタプリタを使用するマイクロプロセッサによって実行される高レベルのコードを含むファイルが含まれる。
【0053】
適切なプログラミングを通じて、処理サブシステム１０２は、システム１００に様々な機能を提供することができる。例えば、処理サブシステム１０２は、ユーザインターフェースを有する変形分析および報告アプリケーション１２０を実行することができる。または、ビューアアプリケーション（Ｗｅｂブラウザなど）または他のビューアウィンドウを実行して、公開されている臨床レポート（治療効果と特定の変異体との相関関係の観察など）を含む臨床レポートのレビューおよび／または分析を可能にすることができる。変形分析および報告アプリケーション１２０は、ローカルデータベースまたはネットワーク化されたデータベースなどのデータベースからコンテンツを検索および表示する機能などの様々な機能を提供することができる（例えば、データベースには、キュレートされた情報を有するもの、キュレートされた情報の要約、参照、引用が含まれる）。、または追加の臨床情報のための他のデータベースまたはソースへのリンクなど）。
【0054】
いくつかの実施形態では、変形分析および報告アプリケーション１２０は、処理サブシステム１０２内の１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、インターフェース動作の態様を実装する様々な相互運用モジュール（例えば、コードのブロック）を組み込む。例えば、変形分析および報告アプリケーション１２０は、コンテンツフェッチャ１２２、コンテンツレンダラ１２４、ＧＵＩレンダラ１２６、およびＵＩインタプリタ１２８を含むことができる。
【0055】
いくつかの実施形態では、コンテンツフェッチャ１２２は、ローカルデータベース（例えば、記憶サブシステム１０４）またはネットワークインターフェース１１２と相互作用（例えば、アクセス）して、シーケンスデータ、遺伝子変異体データ、患者データ、予測された治療反応データ、臨床内容（例えば、臨床概要、臨床要約など）、および生物学的内容（例えば、遺伝子生物学的要約、変異体機能要約など）などのコンテンツアイテムをフェッチまたは取得するための命令を含むことができる。いくつかの実施形態では、コンテンツフェッチャ１２２は、システム（例えば、コンピュータ装置）に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから複数の遺伝子変異体を取得するように構成される。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来する。いくつかの実施形態では、データはまた、公開データベースから検索され得る。いくつかの実施形態では、コンテンツフェッチャ１２２は、１つまたはそれ以上のキュレートされたデータベースから情報を検索することができる。
【0056】
いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、１つまたはそれ以上のソースからフェッチされたコンテンツアイテムを解釈し、次に、レンダリングされたコンテンツを、ＧＵＩレンダリングされた１２６によって生成された表現に移入または配信するための命令を含むことができる。例えば、コンテンツレンダラ１２４は、１つまたはそれ以上のレンダリングされたパネル（本明細書に記載）に、識別された遺伝子変異体（または相互作用する遺伝子変異体）およびコンテンツフェッチャ１２２によって検索された対応するコンテンツを取り込むことができる。いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、レンダリングされたＧＵＩ１２６によってレンダリングされているタイプ視覚化に基づいて大量の情報を提供し、情報は、検索されたコンテンツの要約または要約、および／または治療的介入の簡単な要約を含み得る。例えば、ＧＵＩレンダラ１２６が一連のパネルを提供する場合、コンテンツフェッチャ１２４は、ユーザの好みによるなど、一連のパネルに要約情報または「高レベル」情報を支払う。しかしながら、ＧＵＩレンダラ１２６がより詳細な情報を伝達するためにウィンドウをレンダリングする場合、コンテンツレンダラ１２４は、パネルに入力された情報と比較して、比較的高いレベルの情報をそれらのウィンドウに入力する。いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、１つまたはそれ以上の遺伝子変異体および／または少なくとも２つの遺伝子変異体（例えば、第１、第２、第３、または第ｎ番目の表現または視覚化）間の識別された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む複数の表現または視覚化を表示画面に表示するように構成される。
【0057】
いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の識別された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示画面に表示するように構成される。いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体の第１に関連する臨床的に関連する情報を含む、前述の第１の表現とともに、第２の表現を表示画面に表示するように構成される。いくつかの実施形態では、コンテンツレンダラ１２４は、相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体の第２に関連する臨床的に関連する情報を含む、前述の第１および第２の表現とともに、第３の表現を表示画面に表示するように構成される。いくつかの実施形態では、第１、第２、および第３の表現が同時に表示される。
【0058】
いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、コンテンツレンダラ １２４または他のシステムモジュールによってレンダリングされるコンテンツアイテムと共にユーザに提示されるグラフィカルユーザインターフェース（ＧＵＩ）要素を作成する。ＧＵＩレンダラ１２６は、メニューバー、ウィンドウオーバーレイ、構成パネル、ポップアップメニュー、注釈入力ウィンドウ、パネルなどのＧＵＩ要素の位置および外観を定義するコードを含むことができ、これらのそれぞれは、対話型要素であり得る。いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、臨床的に関連する情報のオペレータへの提示に対応するために様々なサイズを有するパネルを生成することができ、それにより、パネルは、オペレータによるレビューを促進するための特定のしるしを含み得る（例えば、図８Ａおよび８Ｂを参照）。ＧＵＩレンダラ１２６はまた、ユーザまたはオペレータがシステム１００と対話し、および／またはデータ分析の特定の側面および検索された臨床、生物学、および／または治療情報の報告を制御できるようなワークスペースを提供し得る。
【0059】
ＵＩインタプリタ１２８は、例えば、ユーザ入力装置１０６を介してユーザ入力を受信することができ、入力を解釈して、データ分析およびレポートアプリケーション１２０を順序付けることによって実行されるアクションを決定することができる。例えば、ＵＩインタプリタ２８は、ユーザが選択したＧＵＩ要素（例えば、アイコン、またはメニュー、コンテキストメニュー、ドロップダウンリスト、ボタン、パネルなどの選択可能な項目）を決定し、対応するアクションを開始する（例えば、注釈、追加のコンテンツ情報の表示、エクスポート用の最終レポートの生成）。
【0060】
例として、ＧＵＩレンダラ１２６は、コンテンツフェッチャ１２２によって検索された情報で（例えば、コンテンツレンダラ１２４で）入力され得る一連のパネルを生成することができる。パネルの例が図５Ａに示されている。これらのパネルは、インタラクティブパネルの場合がある。ユーザが任意の特定のパネル（例えば、図５Ａのパネル５１０）（例えば、ＵＩインタプリタ１２８によって解釈される）をクリックすると、ＧＵＩレンダラ１２６は、複数のウィンドウまたは表現を含む新しい画面をレンダリングすることができる（図５Ｆを参照）。続いて、複数のレンダリングされたウィンドウまたは表現は、コンテンツレンダラ１２４によって（例えば、コンテンツフェッチャ１２２によって検索された情報で）情報が入力される。（例えば、キュレートされたデータベースおよび／または公開データベースを含む１つまたはそれ以上のデータベースから）取得および入力できるコンテンツには、治療オプション、臨床ブリーフおよび要約、生物学的および機能的要約、分類情報、統計、および／またはグラフィカル変異体アラインメント表現が含まれる場合がある。このようにして、図５Ａに示されるようなパネルは、特定の遺伝子変異体または遺伝子変異体の組み合わせの存在または不在に基づいて、高レベルの情報（例えば、要約情報または推奨）をユーザに提供し得る。比較すると、図５Ｆに示されているようなウィンドウおよび表現は、図５Ａのパネルで提供される情報と比較して、より高いレベルの詳細をユーザに提供し、このより高いレベルの詳細は、１つまたはそれ以上の同定された遺伝子変異体間の相関をよりよく理解および／または解釈し、臨床的に関連する情報を検索し、治療の推奨／情報を提供するなど、必要に応じてユーザによって具体的に要求され得る。
【0061】
システム１００は例示的なものであり、変形および修正が可能であることが理解されよう。さらに、システム１００は特定のブロックを参照して説明されているが、これらのブロックは説明の便宜上定義されており、構成部品の特定の物理的配置を意味することを意図するものではないことを理解されたい。さらに、ブロックは物理的に異なるコンポーネントに対応する必要はない。ブロックは、例えば、プロセッサをプログラミングしたり、適切な制御回路を提供したりするなど、さまざまな操作を実行するように構成できる。本開示の実施形態は、回路とソフトウェアの任意の組み合わせを使用して実装される電子装置を含む様々な装置で実現することができる。変異体分析およびレポートアプリケーション１２０も例示的であり、特定の実装は、本明細書で説明されるよりも多いまたは少ないモジュールを含み得る。さらに、特定のモジュールは特定の機能を実行するものとして説明され得るが、そのような説明は、モジュールによって実行される特定の機能またはそのようなモジュール内に含まれる特定の命令セットを意味することを意図しない。
【0062】
図３は、ネットワーク１３０およびシステム１００（図１および図２に示されるシステムなど）と通信するクライアントインターフェース１４０を示す。クライアントインターフェース１４０は、スタンドアロンアプリケーション（例えば、スタンドアロン変異体分析およびレポート作成ソフトウェア）、またはソフトウェア１２０へのリモートアクセスを可能にするウェブブラウザまたは他のインターフェースソフトウェアであり得る。例えば、クライアントインターフェース１４０は、リモートオペレータがシステム１００（図１および２に示されるシステムなど）にログインし、格納されたシーケンスデータ（記憶サブシステム１０４または他のネットワーク接続記憶装置に格納されたデータなど）、または、処理のためにシステム１００にアップロードされたシーケンスデータにアクセスすることを可能にする。もちろん、クライアントインターフェース１４０は、本明細書で説明されるソフトウェアモジュールのいずれかを含み得る。このようにして、リモートユーザは、システムの要素（例えば、構成可能な要素）とリモートで対話して、配列データを解釈および報告することができる（例えば、遺伝学者は、フィルタリングパラメータのようなユーザ構成可能なパラメータを選択し、フィルタリング操作に応じてシステムにより取得されたキュレートされた情報をレビューし、情報を注釈付けし、選択したデータベースからの情報を選択的に追加または削除し、および／またはレビュー用のレポートを生成することができる）。いくつかの実施形態では、システム１００は、クライアントインターフェース１４０を介してリモートユーザから要求を受信することができ、要求は、アップロードされたシーケンスデータに基づいて生成されるレポートの要求を含み得る（例えば、リモートユーザは、シーケンスデータをアップロードすることができ、異なるオペレータが、アップロードされたシーケンスデータを解釈し、適切なレポートを生成するために必要な手順を実行できる）。あるいは、遠隔操作者は、クライアントインターフェース１４０を使用して、生成されたレポートをレビューすることができる（例えば、臨床医は、クライアントインターフェース１４０を使用して、患者について生成されたレポートをレビューし、レポート内で提供される推奨に基づいて治療を処方または推奨することができる）。さらに他の実施形態では、クライアントインターフェース１４０は、患者が以前に収集され配列決定されたサンプルに基づいてレポートを閲覧することを可能にする患者ポータルとして機能し得る。
【0063】
本開示はまた、遺伝子変異体（または相互作用する遺伝子変異体）を同定し、それらの同定された遺伝子変異体を臨床的に関連する情報と照合する方法を提供する。同定された遺伝子変異体と臨床的に関連する情報とのマッチングは、レポートに含めるための情報の解釈を支援するために視覚化されることができる。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上の同定された遺伝子変異体（または相互作用する遺伝子変異体）に関連するキュレーションされた臨床情報を含むレポートを生成することができ、レポートは、システム１００のユーザによってレビューおよび／または解釈される視覚化された情報に基づいて生成されることができる。
【0064】
図４を参照して、変異体データは、最初にシステム１００によって受信される（ステップ４００）。変異体データは、特定の疾患または状態と診断されたヒト患者などの対象から得られた核サンプルに由来し得る。いくつかの実施形態では、変異体データは、患者から（すなわち、配列決定装置１１０で配列決定された患者の核酸サンプルから）得られた核酸配列情報に見出される変異体または突然変異を含む。突然変異とは、遺伝情報の変化を指す。当技術分野で知られているように、突然変異には、置換、挿入または欠失（ＩＮＤＥＬ）、転座、逆位、染色体異常などが含まれる。
【0065】
いくつかの実施形態では、変異体データは、システム１００にアップロードまたはシステム１００によって検索され得る変異体コールフォーマットで提供される。いくつかの実施形態では、変異体コールフォーマットファイルに含まれるデータは、を表す。いくつかの実施形態では、変異体コールフォーマットファイルは、例えば、染色体（ＣＨＲＯＭ）、変異体の開始（ＰＯＳ）、変異体の一意の識別子（ＩＤ）、参照対立遺伝子（ＲＥＦ）、代替の非参照対立遺伝子のコンマ区切りリスト（ＡＬＴ）、ｐｈｒｅｄ－ｓｃａｌｅｄ品質スコア（ＱＵＡＬ）、サイトフィルタリング情報（ＦＩＬＴＥＲ）と、セミコロンで区切られた追加のユーザ拡張可能注釈（ＩＮＦＯ）のリストを表すデータ列に対応する８つの列、１ベースの位置を含む。
【0066】
システム１００が提供された変異体データを解析した後、遺伝子の変異体が決定される（ステップ４０１）。次に、特定された疾患または状態について決定された遺伝子変異体のそれぞれに関連する臨床的に関連する情報が検索される（ステップ４０２）。いくつかの実施形態では、臨床的に関連する情報は、医学文献の精選されたデータベースから検索される。いくつかの実施形態では、キュレートされたデータベースは、利用可能な医学文献の蒸留を表し（例えば、査読されたジャーナル記事で公に利用可能）、キュレートされたデータベースが維持される、すなわち、新しい文献が利用可能になったときに最新に保たれる。
【0067】
いくつかの実施形態では、キュレートされたデータベースは、既知の遺伝子変異体およびそれらの既知の遺伝子変異体に関する情報を含む。いくつかの実施形態において、キュレートされたデータベースは、特定の遺伝子変異体を、承認された、または推奨される治療、併用療法、または治療プロトコルと相関させる。他の実施形態では、キュレートされたデータベースはまた、遺伝子変異体に関連する生物学的および機能的情報の要約を含む。他の実施形態では、キュレートされたデータベースは、ソース資料への相互参照またはハイパーリンクをさらに含む。国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）によって収集された記事、データ、またはその他の情報。いくつかの実施形態では、キュレートされたデータベースは、遺伝子変異体の位置、すなわち、染色体の位置、位置、およびヌクレオチドの変化に関する情報をさらに含む。
【0068】
いくつかの実施形態では、各遺伝子変異体（または遺伝子変異体のグループ）の臨床的に関連する情報は、キュレートされたデータベース内の特定のメタデータフィールドを決定された遺伝子変異体と照合することによって検索される。いくつかの実施形態では、「ｐ．表記法」または「ｃ．表記法」は、決定された遺伝子変異体をデータベース内のものにマッピングするために使用される。いくつかの実施形態では、地理的な場所または地域に対して異なるマッチングを実行することができる（例えば、治療プロトコルまたは薬物は、特定の地域または国では承認されない場合がある）。次に、コンテンツフェッチャ１２２を使用するなどして、データベースメタデータと患者が決定した遺伝子変異体および診断された疾患／状態との照合に基づいて、臨床的に関連する情報を特定することができる。
【0069】
例えば、患者が決定した遺伝子変異体と患者が診断した疾患／状態をそれぞれ、キュレートされたデータベースのメタデータフィールド（変異体メタデータ、バイオマーカーメタデータ、疾患タイプメタデータなど）と比較できる。さらなる例として、患者が非小細胞肺癌と診断されたと仮定する。さらに、患者が変異ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒを持っていると仮定する。次に、患者の診断された疾患（非小細胞肺癌）と決定された突然変異（ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒ）が、キュレートされたデータベースのメタデータフィールドと比較される。非小細胞肺癌に関連するＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒを示すエントリに対して一致が返される。熟練した職人は、ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒ突然変異が他の診断された状態に共通である可能性があることを理解するであろうが、一致は、決定された遺伝子変異体および診断された疾患／状態の両方が一致する場合にのみ返される。
【0070】
当業者はさらに、一致が複数の遺伝子変異体に対しても行われ得ることを理解するであろう。例えば、非小細胞肺がんと診断された患者のＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８ＲとＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍの変異の相互作用を説明するデータベースエントリは、非小細胞肺がんの診断エントリを含む患者エントリとのみ一致する。ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８ＲとＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍとの両方の変異のエントリ。
【0071】
次に、検索された臨床的に関連する情報は、ディスプレイ１０８上のユーザインターフェースを介するなどして視覚化することができる（図１１および／または図１２を参照）。いくつかの実施形態では、視覚化は、臨床的に関連する情報の迅速かつ効率的なレビューを可能にし、迅速で、正確で、情報に基づいた意思決定および改善された患者ケアを可能にする。いくつかの実施形態では、グラフィカルユーザインターフェースは、データ視覚化領域を含む（図５Ａの５００を参照）。
【0072】
いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、データ視覚化領域５００内に１つまたはそれ以上の表現を生成し、これは、検索された情報の少なくとも一部（例えば、患者のより決定された遺伝子変異体情報に関連する識別された臨床的に関連する情報の要約をそれぞれ個別に入力することができる）。いくつかの実施形態では、表現は、ユーザが解釈、分析、および／または相互作用することができるグラフィックおよび／またはテキスト情報を含む。ユーザは、表現内の情報を確認し、情報に変更を加えたり、本書に記載されているように情報に注釈を追加したりすることができる。
他の実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、１つまたはそれ以上のパネルを生成し、次に、１つまたはそれ以上の生成されたパネルのそれぞれは、キュレートされたデータベースから検索された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを個別に入力することができる（ステップ４０３）（図５Ａも参照）。いくつかの実施形態では、パネルのそれぞれは、１つの次元で等しくサイズ設定され、別の次元で動的にサイズ変更可能であり、例えば、そこに検索および入力された臨床的に関連するコンテンツの量による。いくつかの実施形態では、パネルは、同定された遺伝子変異体の要約、および同定された１つまたはそれ以上の遺伝子変異体を有する患者の特定の疾患または状態を治療するための臨床的に承認または推奨される治療法を含み得る（例えば、図５Ａの５１０、５２０、５３０または５４０を参照）。いくつかの実施形態では、入力されたパネルは、臨床関連情報がキュレーションされた公開されたジャーナル記事または他のソース資料の要約を含み得る（例えば、１つまたは２つの文の要約）。いくつかの実施形態では、要約は、ユーザの好みに応じて表示または非表示にすることができる。
他の実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、１つまたはそれ以上のパネルを生成し、次に、１つまたはそれ以上の生成されたパネルのそれぞれは、キュレートされたデータベースから検索された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを個別に入力することができる（ステップ４０３）（図５Ａも参照）。いくつかの実施形態では、パネルのそれぞれは、１つの次元で等しくサイズ設定され、別の次元で動的にサイズ変更可能であり、例えば、そこに検索および入力された臨床的に関連するコンテンツの量による。いくつかの実施形態では、パネルは、同定された遺伝子変異体の要約、および同定された１つまたはそれ以上の遺伝子変異体を有する患者の特定の疾患または状態を治療するための臨床的に承認または推奨される治療法を含み得る（例えば、図５Ａの５１０、５２０、５３０または５４０を参照）。いくつかの実施形態では、入力されたパネルは、臨床関連情報がキュレーションされた公開されたジャーナル記事または他のソース資料の要約を含み得る（例えば、１つまたは２つの文の要約）。いくつかの実施形態では、要約は、ユーザの好みに応じて表示または非表示にすることができる。
【0073】
いくつかの実施形態では、パネルは、図５Ａの５１０および５２０などの相互作用する遺伝子パネルである。これらの例では、相互作用する遺伝子が、治療上の推奨事項とともに特定されている。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。臨床要約情報は、パネル５１０および５２０内に表示するために利用可能であるが、ユーザの好みに基づいて隠されている（比較のために、関連する臨床情報の短い要約を示す図８Ｂを参照されたい）。
【0074】
他の実施形態では、パネルは、図５Ａの５３０および５４０などの個々の遺伝子パネルである。これらの例では、個々の遺伝子が、治療上の推奨事項と短い臨床概要とともに特定されている。ユーザの好みによっては、短い臨床概要が非表示になる場合がある。これらの例では、統計情報も個々の遺伝子パネルに表示される。いくつかの実施形態では、分類評価は、相互作用する遺伝子パネルおよび個々の遺伝子パネルの両方に表示される。いくつかの実施形態では、推奨される治療アプローチは、使用が推奨されていない治療法よりも推奨がより目立つように表示されるように、目立つボックス内に提示される。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、図５Ａのようにパネルの第２の部分に現れる。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、互いに一列に並んでいる、すなわち、単一の列に配置されている（図５Ａを参照）。他の実施形態では、治療上の推奨事項は、１つまたはそれ以上の列に並べられている（図９Ａおよび９Ｂを参照）。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子変異体は、パネル内に示されていないが、図１０に示されているように、それぞれの個々の遺伝子パネルの上に示されている。
【0075】
いくつかの実施形態では、少なくとも２つの表現が生成される。いくつかの実施形態では、生成された少なくとも２つの表現（すなわち、第１および第２の表現）は、単一のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、単一のパネルは、本明細書に記載されるように、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの表現の第２の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、少なくとも２つの表現の第１の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される。
【0076】
他の実施形態では、少なくとも２つの表現が別個のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの表現の第１の表現は、相互作用する遺伝子パネル内に表示され（本明細書に記載のように）、少なくとも２つの表現の第２の表現は、個々の遺伝子パネル内に表示される。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネルは、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの最初のものの第１の表現および識別をさらに含む。
【0077】
いくつかの実施形態では、ユーザは、情報を変更したり、注釈を付けたりすることができるように、入力されたパネルと対話することができる。いくつかの実施形態では、ユーザは、ユーザインターフェース１０６を使用して特定のパネルを選択することができ、新しいウィンドウ、オーバーレイ、またはスクリーンは、ＧＵＩレンダラ１２６によって準備され、検索された情報が入力され得る（図５Ｆを参照）。いくつかの実施形態では、新しいウィンドウ、オーバーレイ、またはスクリーンは、１つまたはそれ以上の生成されたパネル内に含まれなかったソース資料への追加の臨床情報および／または引用を含む（図５Ａのパネル５１０を図５Ｆと比較する）。いくつかの実施形態では、新しいウィンドウ、オーバーレイ、またはスクリーンは、治療オプション、臨床概要および要約、生物学的および機能的要約、分類情報、および／または統計を含む異なる情報を個別に入力できる複数の重複しないボックスを含む。いくつかの実施形態では、ユーザは、特定のユーザ構成可能パラメータを選択することによってコンテンツを変更することができるように、またはそのような注釈を追加することができるように、検索された情報が入力されたボックスと対話することができる。
【0078】
いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のパネルは、複数の遺伝子変異体の存在および／またはそれら自体または他の遺伝子変異体との相互作用に関する臨床的に関連する情報で占められている（例えば、図５Ａの５０１を参照）。いくつかの実施形態において、複数のゲノム変異体は、特定のゲノム変異体の表現型効果に対する追加の感受性または耐性を与えることが知られている（例えば、公開された文献ソースまたはキュレーションされたデータベース内の情報から）。いくつかの実施形態では、キュレートされたデータベースは、表現型効果に対する追加の感受性または耐性を示す遺伝的変異間の関係を説明するブリーフまたは参照全体を含むことができ、１つまたはそれ以上のパネルは、それらの互いに相互作用する複数の遺伝子変異体に一致するキュレートされたデータベースからの情報を取り込むことができる。
【0079】
熟練した職人は、複数の変異体の存在が臨床的アプローチまたは臨床的結果に影響を及ぼし得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態において、１つの遺伝的変異体と１つまたはそれ以上の他の遺伝的変異体との同時発生は、臨床的に有意な効果を有し得、それにより、推奨または承認された治療コースの交代をもたらす。例えば、特定の治療オプションは、患者が特定の第１の遺伝子変異体を有する場合に承認および／または示され得る。しかしながら、その同じ治療オプションは、その第１の遺伝子変異体を有し、第２の遺伝子変異体も有する患者において有効な選択肢ではない可能性があり、第２の遺伝子変異体は、第１の遺伝子変異体を有することの臨床的重要性を低下させる（すなわち、否定的な意味がある第１の遺伝子変異体のみを有するのと比較して、１つまたはそれ以上の治療プロトコルで第１および第２の遺伝子変異体の両方を有すること）。別の例として、患者が第１の遺伝子変異体を有するときに単一の治療オプションが承認および／または示されると仮定すると、第２の遺伝子変異体の存在は、治療オプションを拡大し得、すなわち、単一の承認および／または示された追加の治療オプションを提供し得る。この第２の例では、第２の遺伝子変異体の存在がプラスの効果を引き起こす。したがって、特定の遺伝子変異体の存在が別の遺伝子変異体と負または正の相互作用を有するときはいつでも、臨床的アプローチ、臨床治療プロトコル、または臨床転帰は、２つまたはそれ以上の遺伝子変異間の相互作用の存在（または不在）に基づいて変更され得る。
【0080】
別の例として、非小細胞肺癌の患者は、通常、複数の標的療法に対する感受性に関連するＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒ変異体について陽性である可能性がある。しかしながら、評価は、ＥＧＦＲにおける、１つまたはそれ以上の他の変異体（または変異体の欠如）の存在によって、または、さらに言えば、複数の標的療法の１つに対する患者の応答を改変することが知られているまたは信じられる他の遺伝子によって改変され得る（繰り返すが、公開された文献または他のキュレーションされた情報源による）。この特定の例によれば、どの標的療法を利用すべきかという評価は、ＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍの陽性の存在によって変更され、それによって、この第２の遺伝子変異体の存在により、複数の標的療法の１つを除くすべてが顕著な耐性を示す。治療へ（図５Ａのパネル５１０を参照。オシメルチニブは、ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８Ｒ変異体ＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍの両方が陽性であるが（例えば、第１のしるしを通して）、アファチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブは、これらの変異体の両方が存在する場合、（例えば、第２のしるしを通して）耐性を示す）。
【0081】
別の例として、患者は、ＢＲＡＦ野生型、ＭＥＴ融合、ＮＲＡＳ野生型について陽性であり、この相互作用の結果として、カプマチニブに敏感である可能性がある。別の例によれば、患者は、ＥＧＦＲエクソン１９挿入、ＫＲＡＳ活性化突然変異について陽性であり、この相互作用の結果として、エルロチニブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、およびオシメルチニブに耐性がある可能性がある。さらに別の例によれば、患者は、ＭＴＯＲ ｐ．Ｆ１８８８ＬおよびＭＴＯＲ ｐ．Ｌ２２３０Ｖについて陽性であり、この相互作用の結果として、シロリムスに敏感である可能性がある。
【0082】
いくつかの実施形態では、パネルは、特定の臨床情報について同定された遺伝子変異体の数を示すしるし（例えば整数値）を含み得る（パネル５１０がしるし「２」を含む図５Ａのパネル５１０および５２０を参照）。パネル５２０は、ＥＧＦＲ ｐ．Ｃ７９７Ｓ、ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８ＲおよびＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍ遺伝子変異体の存在を示すしるし「３」を含むが、ＥＧＦＲ ｐ．Ｌ８５８ＲおよびＥＧＦＲ ｐ．Ｔ７９０Ｍ遺伝子変異体の存在を示す。
【0083】
いくつかの実施形態では、図５Ｂを参照して、パネルは、１つまたはそれ以上の遺伝子変異体の識別、臨床的重要性のランク付け（例えば、分類評価、層評価）、および特定の疾患または状態に対する治療上の推奨事項で占められている。他の実施形態では、図５Ｃを参照して、パネルは、１つまたはそれ以上の遺伝子変異体の識別、臨床的重要性のランク付け、および適切または不適切（またはさらには）のいずれかであるそれらの１つまたはそれ以上の薬物の識別を含む特定の疾患または状態に対する治療上の推奨を入力する。特定の病気や状態の治療にはあまり適していない。いくつかの実施形態において、特定の疾患または状態を治療するのに適しているそれらの薬物は、不適切またはあまり適切でないそれらの薬物から際立って視覚化される。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされる。そして、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている。例えば、適切なそれらの薬物は、目立つボックス内に提示され得、および／またはいくつかの一般的な陽性のしるし（例えば、「＋」記号、塗りつぶされたオブジェクト）を含み得る。同様に、不適切または不適切な薬物は、比較的抽象的な方法で提示される可能性があり、多くは、いくつかの一般的な否定的な兆候を含む（例えば、適切な薬物と比較して明るいテキストの陰影、「－」記号、「×」）。他の適切なしるしは、図８Ａおよび図８Ｂに示されている。
【0084】
さらに他の実施形態では、図５Ｄを参照して、パネルは、１つまたはそれ以上の変異体識別、フィルタリング統計、ランク付け、および簡単な臨床要約を提供する第１のサブセクションに分けられ得る。第２のサブセクションは、図５Ｃに関して上で述べたように、特定された変異体に関連する特定の疾患または状態を治療するのに適切、不適切、またはあまり適切でない薬物の特定を含み得る。いくつかの実施形態では、パネルは、別のパネルへの相互参照、例えば、別のパネルへのハイパーリンクを含み得る。他の実施形態では、パネルは、他の公開された情報またはキュレーションされた情報へのリンクを提供することができる。
【0085】
さらに別の実施形態では、図５Ｇおよび図５Ｈを参照して、パネルは、遺伝子変異体情報、分類ランキング、統計、および治療推奨のリストを含み得る。いくつかの実施形態では、図５Ｈを参照して、相互作用する変異体は、別個のパネル内に示され得るが、第１の遺伝子変異体の第１のパネルが第１の色付きのしるしを含み、第２の遺伝子変異体の第２のパネルが第２の色付きのしるしを含む場合。
【0086】
いくつかの実施形態では、入力されたパネルは、臨床的重要性または分類ランキングに従ってソートされる（これは、臨床データおよび情報の迅速かつ効率的なレビューをさらに強化し、改善された（より迅速でより正確な）患者ケアを可能にする）。いくつかの実施形態において、任意の特定の変異体または変異体のグループの臨床的重要性は、複数の層に分けられ得る。例として、Ｔｉｅｒ Ｉ－Ａは、特定の変異体（または変異体のグループ化）の専門的なガイドラインに記載されているように、規制機関（ＦＤＡなど）によって承認された治療法を表す場合がある。Ｔｉｅｒ Ｉ－Ｂは、特定の変異体（または変異体のグループ化）に関する分野の専門家からのコンセンサスを備えた強力な研究を表す場合がある。Ｔｉｅｒ ＩＩ－Ｃは、特定の変異体（または変異体のグループ化）についていくつかのコンセンサスを持った複数の公開された研究からのサポートを受けて、異なる疾患または状態（例えば、異なる腫瘍タイプ）に対する規制機関による承認された治療または治験治療を表す場合がある。Ｔｉｅｒ ＩＩ－Ｄは、特定の変異体（または変異体のグループ化）についてのコンセンサスがない前臨床試験またはいくつかの症例報告を表す場合がある。Ｔｉｅｒ ＩＩＩは、臨床的意義が不明な変異体を表す場合がある。Ｔｉｅｒ ＩＶは、良性または良性の可能性のある変異体（または変異体のグループ）を表す場合がある。「未分類」層は、まだ分類または調査されていない変異体を表す場合がある。
【0087】
例えば、図５Ａに示されるように、パネル５１０および５２０は、両方とも、複数の遺伝子変異体が配置されたパネルを含み、それらの層ランクに従って分類され、特に、Ｉ－Ａの層評価を有するパネル５１０は、ＩＩ－Ｄの層評価を有するパネル５２０の前に配置される。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体を有するそれらのパネルは、単一の遺伝子変異体を有するそれらのパネルの前に配置される。例えば、パネル５１０および５２０は、パネル５３０および５４０の前に配置される（ここで、パネル５３０および５４０は、上記のものに従って、それらの層評価に従ってさらに配置される）。
【0088】
いくつかの実施形態では、表現またはパネルは、特定の遺伝子変異体または遺伝子変異体のグループについて検索された情報が所定の最小層評価を満たす場合にのみ、検索された臨床的に関連する情報が生成および入力される。例えば、表現またはパネルは、Ｔｉｅｒ Ｉ－Ａ、Ｉ－Ｂ、ＩＩ－Ｃ、およびＩＩ－Ｄの臨床的に関連する情報に対してレンダリングされる場合がある。パネルは、比較的臨床的に関連性の低い識別情報、例えば、取得されてティアＩＩＩと未分類のティアとにランク付けされた情報に対して生成されない場合があるが、その情報はシステムのユーザが引き続き利用できる。例えば、コンテンツレンダラ１２４は、コンテンツフェッチャ１２２から関連情報を受信した後、図５Ｅに示されるような、それらのティアＩＩＩおよび未分類のエントリのリストを生成することができる。このあまり臨床的に関連性のない情報について、コンテンツレンダラ１２４は、少なくとも、決定された遺伝子変異体または遺伝子変異体のグループの識別、層評価、特定の統計、および／または情報が検索されたデータベースを提供する（図５Ｅを参照）。いくつかの実施形態では、ユーザは、データがより高い層（すなわち、より臨床的に関連性のある層）に再分類され得るように、またはリストに注釈が付けられ得るように、それらのデータのリストと対話し得る。いくつかの実施形態では、ユーザは、リストされた個々のアイテムをクリックすることができ、新しいウィンドウ、オーバーレイ、または画面が生成され、本明細書で説明するように、追加の関連情報が入力される。
【0089】
いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、選択されると、１つまたはそれ以上の操作を開始することができる、ユーザが選択可能な要素を有する１つまたはそれ以上のメニューバーを表示する。例えば、メニューバーは、ユーザが層の１つを選択したときに、それらの層に関連するパネルおよび他の情報のみがユーザインターフェース内に表示されるように、様々な層のリストを含み得る。いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、選択されると、フィルタリング操作ウィンドウ（本明細書でさらに説明される）を開く要素を表示する。フィルタリング操作ウィンドウは、検索された臨床的に関連するキュレーションされた情報のフィルタリングに関連する適切な値（例えば、整数値またはパーセンテージ値）を入力するための複数のユーザ選択可能な要素、トグルスイッチ、およびボックスを含み得る。さらに他の実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、他のユーザが選択可能な要素、例えば、選択すると、テキストフィールド、例えばタイトルまたはキャプションの挿入を可能にする要素を表示する。さらに別の実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、（特定の疾患について識別された遺伝子変異体について検索された情報の全体に基づいて）レポートを生成し、レポートを承認し、および／またはレポートを拒否するためのユーザ選択可能な要素を表示する。さらに別の実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、システムオペレータによって提供された、または変異体コールフォーマットファイル内に含まれたメタデータなどの関連するメタデータを含むパネルを表示する。
【0090】
いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上の入力されたパネル（例えば、相互作用する遺伝子パネルまたは個々の遺伝子パネルのいずれか）のいずれかに含まれる情報を精緻化することができる（ステップ４０４）。いくつかの実施形態では、改良には、本明細書でさらに説明するようなフィルタリングデータが含まれる。例えば、遺伝学者または他のオペレータは、１つまたはそれ以上のパネルのいずれかで提示された臨床的に関連する情報を確認し、注釈を追加したり、そこに提示された情報を変更したりできる。さらなる例として、オペレータは、ユーザインターフェース装置１０６を使用して、選択されたときに、パネルから特定の示された治療法を除去する特定の構成アイテムを選択することができる。最後に、臨床報告は、１つまたはそれ以上のパネル内に提示された（および／またはユーザによって洗練された）キュレートされた情報に基づいて生成され得る（ステップ４０５）。
【0091】
図６Ａは、リモートユーザがシステム１００にアクセスして、癌の治療を必要としている患者などの患者から得られたシーケンスデータに基づいて患者のレポートを生成することができるフローチャートを示している。いくつかの実施形態では、リモートユーザは、クライアントポータルにアクセスし、システム１００にリモート接続する。アクセスが達成されると、新しい患者の症例記録が生成され得る（ステップ６００）。メタデータは、患者名、症例識別、患者の生年月日、診断、医師の注文、サンプル収集日、サンプルタイプなどを含む新しい患者症例記録に追加される場合がある。次に、変異体データを含むファイルがシステム１００にアップロードされ（ステップ６１０）、リモートユーザはまた、患者が診断された疾患または状態を示す。変異体データのアップロードに続いて、システム１００は、アップロードされたデータを解析し、アップロード情報内の１つまたはそれ以上の遺伝子変異体を決定し、１つまたはそれ以上の決定された遺伝子変異体に基づいて臨床的に関連する情報を識別する（図４を参照）。また、上記のように、表現またはパネルは、臨床的に関連する情報がリモートユーザに提示され、識別された臨床的に関連する情報のレビューを容易にすることができるように、システム１００によって生成される（ステップ６２０）。いくつかの実施形態では、リモートユーザは、ユーザが構成可能なフィルタリング設定を確立することができるように、特定のインターフェース要素と相互作用することによってフィルタリング操作を開始することができる（ステップ６３０）。オプションのフィルタリングに続いて、リモートユーザは、識別された臨床的に関連する情報（および／またはフィルタリングされた情報）を洗練することができる（ステップ６４０）。例えば、リモートユーザは、特定の情報を再分類したり、要約やその他の注釈を提供したりできる。改良後、レビューのためにレポートが生成される場合がある（６５０）。いくつかの実施形態では、生成されるレポートは、第２の当事者、例えば別の遺伝学者、監督者による承認のためのドラフトレポートである。他の実施形態では、生成されたレポートは、臨床医（例えば、治療する医師）に送信する準備ができている最終レポートである。
【0092】
図６Ｂは、リモートユーザ（例えば、別の遺伝学者、実験室監督者など）がシステム１００にアクセスして、（ステップ６５０から）以前に生成されたレポートをレビューおよび／または承認することができるフローチャートを示す。いくつかの実施形態では、リモートユーザは、システム１００へのリモートアクセスを再び達成し、その後、既存の患者の症例記録を開くか、さもなければ検索する（ステップ６６０）。次に、リモートユーザは、選択されたフィルタ（ステップ６７０）および洗練されたキュレートされた情報（ステップ６８０）をレビューすることができる。次に、リモートユーザは、レポートを承認するかどうかについて決定を下すことができる（ステップ６９０）。いくつかの実施形態では、リモートユーザは、識別され洗練されたキュレーションされた情報が関連するか、さらなる洗練が必要であるか、および／または臨床医がその治療を必要とする患者の治療決定を行うのに有用であるかどうかを決定する。いくつかの実施形態では、承認された報告は臨床医に送信される。他の実施形態では、承認されたレポートは、検索のためにクライアントポータルを介してアクセス可能にされる、すなわち、検索されるまで、記憶サブシステム１０４またはネットワーク接続記憶装置に格納される。
【0093】
図７は、リモートユーザ、例えば、臨床医は、システム１００にアクセスして、承認されたレポートを取得することができる。いくつかの実施形態では、リモートユーザは、システム１００（ステップ７００）にアクセスして、承認されたレポート（ステップ７１０）を検索する。次に、リモートユーザはレポートを確認し、治療アプローチについて決定を下す。癌を患っている患者の状況では、臨床関連情報を患者の決定された１つまたはそれ以上の遺伝子変異体に結び付けるレポート内で提供される推奨事項に基づいて推奨される標的療法を投与する（ステップ７２０）。
【0094】
本明細書に記載されるように、いくつかの実施形態では、対象の配列データから決定された遺伝子変異体は、フィルタリングされ得る。いくつかの実施形態では、ＧＵＩレンダラ１２６は、１つまたはそれ以上のユーザ構成可能なフィルタリング設定またはパラメータを含むポップアップウィンドウまたはドロップダウンメニューを提供することができる。いくつかの実施形態において、決定された遺伝子変異体は、１つまたはそれ以上の品質測定基準を使用してフィルタリングされ得る。いくつかの実施形態では、品質メトリクスは、読み取り深度フィルタおよび変異体対立遺伝子頻度フィルタを含む。いくつかの実施形態では、読み取り深度フィルタは、変異体が同じ内で検出または測定された回数を考慮する。いくつかの実施形態では、ユーザは、読み取り深度フィルタに整数値を入力することができ、ソフトウェアは、入力された整数値に基づいてフィルタリングすることができる。いくつかの実施形態において、変異対立遺伝子頻度フィルタは、読み取りの総数に比例して遺伝子変異が存在する頻度を考慮する。いくつかの実施形態では、ユーザは、パーセンテージ値変異体対立遺伝子頻度フィルタを入力することができ、ソフトウェアは、入力されたパーセンテージ値に基づいてフィルタリングすることができる。
【0095】
いくつかの実施形態において、決定された遺伝子変異体は、同定された臨床的に関連する情報が、体細胞変異および／または生殖細胞変異に関する情報をカタログ化するデータベースなどの１つまたはそれ以上のデータベースに存在するかまたは存在しないかを評価することによってフィルタリングされ得る。フィルタリング設定と評価されるデータベースに応じて、データは視覚化またはレポートに含まれる場合と含まれない場合がある。これらのフィルタの目的は、変異体がパブリックデータベースに存在しない場合、変異体を削除（フィルタで除去）すること、例えば癌の体細胞変異のカタログ（「ＣＯＳＭＩＣ」）である。例えば、ＣＯＳＭＩＣには、例えば肺がんで一般的に見られる変異体がリストされている。変異体分析およびレポート作成ソフトウェアのユーザは、（ＣＯＳＭＩＣに従って）肺がんで観察されたことのない変異体を削除し、少なくとも１回は観察された変異体のみに焦点を当てたい場合がある。このようにして、すべての変異体を通過するトリアージプロセスが高速になる。もう１つの使用例は、母集団周波数フィルタリング（ＥｘＡＣ）である。顧客は、ターゲット母集団でよく見られる変異体を削除（フィルタで除去）したい場合がある。つまり、母集団の５％以上（例）で見られる変異体を除外するようにフィルタを設定できる。
【0096】
いくつかの実施形態では、特定の体細胞変異が１つの特定のデータベースまたは別のデータベースに「見出される」か「確認される」かを評価するために、ユーザ構成可能な設定が選択され得る。いくつかの実施形態では、ユーザは特定の整数値を入力することができ、データは、決定されたデータベース内に少なくとも入力された整数値の量のデータセット（例えば、サンプル、ケースなど）が存在するかどうかに基づいてフィルタリングされ得る。遺伝子変異。いくつかの実施形態では、データベースは、癌における体細胞変異のカタログ（ＣＯＳＭＩＣ）である。他の実施形態では、データベースは、国立衛生研究所から入手可能な癌ゲノムアトラスである。いくつかの実施形態では、データベースは、エクソームアグリゲーションコンソーシアムデータベースである。例として、フィルタには次のパラメータを含めることができる。（ｉ）ＣＯＳＭＩＣで少なくとも１回見られた場合にのみ含める（＃サンプル＞＝１）。（ｉｉ）読み取り深度が５００読み取り以上の場合にのみ含める（ＲＤ＞＝５００）。（ｉｉｉ）変異体対立遺伝子頻度が２％以上（ＶＡＦ＞＝２％）の場合にのみ含める。
【0097】
いくつかの実施形態では、遺伝子変異体データは自動的にフィルタリングされる。いくつかの実施形態では、患者が有する疾患または状態のタイプに応じて、異なる自動フィルタを適用することができる。いくつかの実施形態では、利用されるアッセイに応じて、異なる自動フィルタを適用することができる。例えば、システムは、同じアッセイからのすべてのＶＣＦにデフォルトのフィルタセットを適用するように構成できる。
【0098】
［追加の実施形態］
【0099】
本開示の一態様は、患者に由来する核酸サンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子変異の存在に基づいて、患者の診断された疾患（例えば、癌）に関連する臨床情報を要約する方法であり、この方法は、（ｉ）患者の核酸サンプルに由来する配列データ内の複数の遺伝子変異体を決定することと、（ｉｉ）複数の決定された遺伝子変異体のそれぞれを、キュレーションされた臨床情報のデータベース内のメタデータフィールドに一致させることと、（ｉｉｉ）決定された遺伝子変異体とデータベースメタデータフィールドとの間の一致のそれぞれについて、患者の診断された疾患に関連するキュレートされたデータベース内の臨床的に関連する情報を特定することと、（ｉｖ）各一致について識別された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを組み込んだ視覚化（ユーザインターフェース内など）をレンダリングし、視覚化の少なくとも１つは、決定された複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に関するデータを含む、ことと、を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、レンダリングされた視覚化の少なくともいくつかを含むレポートを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、患者の診断された疾患の治療などのために、レポートを臨床医に送信することをさらに含む。
【0100】
いくつかの実施形態では、複数の決定された遺伝子変異体のうちの少なくとも２つの相互作用に関するデータは、相互作用の効果を説明する臨床報告またはジャーナル記事の要約である。いくつかの実施形態では、複数の決定された遺伝子変異体のうちの少なくとも２つの相互作用に関するデータは、治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療の推奨は、規制当局によって承認された標的生物療法である。いくつかの実施形態では、治療の推奨は、規制当局によって承認された治療プロトコルである。
【0101】
いくつかの実施形態では、レンダリングされた視覚化は、個々の遺伝子パネル表現および相互作用する遺伝子パネル表現を含む。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの同定された遺伝子変異体の相互作用に関するデータを含む。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの同定された遺伝子変異体をリストする第１の部分、および治療上の推奨事項を報告する第２の部分を含む。いくつかの実施形態では、治療の推奨は、相互作用の存在下で患者の疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨は、異なる疾患または状態に対して他の方法で承認されている治療薬の適応外使用である。いくつかの実施形態では、患者の疾患に敏感な治療法は、第２のパネル内で第１のしるし（例えば、太字のテキスト、目立つボックス、「＋」記号など）でマークされている。いくつかの実施形態では、患者の疾患に耐性のある治療は、第２のパネル内で第２のしるし（例えば、比較的明るいまたは異なる色のテキスト、「－」記号、「Ｘ」など）でマークされる。いくつかの実施形態では、パネルは、パネルをクリックすることによって、パネル内で提供される情報内と比較して、さらなる情報またはより詳細な情報を提供する新しいウィンドウまたは画面が生成されるような対話型パネルである。
【0102】
いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、一致のそれぞれについて特定された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを組み込んでいる。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネルは、単一の遺伝子（相互作用しない遺伝子、または相互作用する遺伝子など）のみの識別を含む。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、変異対立遺伝子頻度統計または読み取り深度統計のうちの少なくとも１つをさらに含む。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現および相互作用する遺伝子パネル表現は、分類評価（例えば、本明細書に記載されるような層評価）を含む。
【0103】
いくつかの実施形態では、この方法は、決定された複数の遺伝子変異体をフィルタリングすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、決定された複数の遺伝子変異体のフィルタリングは、少なくとも１つの品質メトリックフィルタを適用することを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの品質メトリックフィルタは、読み取り深度フィルタおよび変形対立遺伝子頻度フィルタからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、決定された複数の遺伝子変異体のフィルタリングは、同定された臨床的に関連する情報が１つまたはそれ以上の遺伝子データベースに存在するか存在しないかを評価することを含む。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上の遺伝子データベースは、体細胞突然変異データベースおよび生殖細胞突然変異データベースである。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上の遺伝子データベースは、治癒した証拠ステートメントデータベース、集団頻度データベース、および／またはタンパク質転帰予測データベースである。［マルコ－他にどのような種類のデータベースを参照できるか？］
【0104】
いくつかの実施形態では、この方法は、表示された視覚化に注釈を付けることをさらに含む（例えば、情報の変更、要約の追加、分類または層評価の変更、治療法の追加または削除など）。いくつかの実施形態では、神経学的疾患は、プリオン病である。いくつかの実施形態では、疾患は、自己免疫疾患である。いくつかの実施形態では、患者の疾患は癌の一形態である。いくつかの実施形態において、癌は、一次治療および／または二次治療に反応しない。
【0105】
本開示の別の態様は、診断された疾患（例えば、癌）の治療を必要とする患者のためにキュレーションされた臨床情報を要約する方法であり、この方法は、（ｉ）患者から得られた核酸サンプルに由来する変異データを受け取ることと、（ｉｉ）グラフィカルユーザインターフェース上で、受信された変異体データがフィルタリングされ得るように、ユーザ設定可能なフィルタリング設定に対応する第１のユーザ入力を受信することと、（ｉｉｉ）グラフィカルユーザインターフェース上に、フィルタリングされた変異体データから派生した少なくとも２つの遺伝子変異体の相互作用に関連する臨床的に関連する情報の識別を表示することであって、識別された情報は患者の診断された疾患に関連する、ことと、（ｉｖ）グラフィカルユーザインターフェース上で、少なくとも２つの遺伝子変異体の相互作用に関連する特定された臨床的に関連する情報のユーザの改良に対応する第２のユーザ入力を受け取ることと、（ｖ）グラフィカルユーザインターフェース上に、少なくとも２つの遺伝子変異体の相互作用に関連する洗練された特定された臨床的に関連する情報を含む視覚化を表示することと、を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、視覚化の少なくともいくつかを含むレポートを生成することをさらに含む。
【0106】
いくつかの実施形態では、ユーザ設定可能なフィルタリング設定は、ユーザ設定可能な変異体品質設定およびユーザ設定可能な遺伝子データベースプレゼンス設定を含む。いくつかの実施形態では、ユーザが構成可能な変異体品質設定には、読み取り深度および変異体対立遺伝子頻度が含まれる。いくつかの実施形態では、ユーザの改良は、（ｉ）注釈を追加することと、（ｉｉ）特定された臨床的に関連する情報から治療オプションを含めるまたは除外することと、（ｉｉｉ）特定された臨床的に関連する情報の層評価を再分類することと、を含む。
【0107】
いくつかの実施形態では、視覚化は、相互作用している少なくとも２つの遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療の推奨を報告する第２の部分とを有する相互作用遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態において、治療の推奨は、遺伝子相互作用の存在下での患者の疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、患者の疾患に敏感な治療は、第２のパネル内で第１のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、患者の疾患に耐性のある治療は、第２のパネル内で第２のしるしでマークされている。
【0108】
いくつかの実施形態では、この方法は、フィルタリングされた変異体データに由来する１つまたはそれ以上の個々の遺伝子変異体に関連する臨床的に関連する情報の識別をグラフィカルユーザインターフェース上に表示することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、１つまたはそれ以上の個々の遺伝子パネル表現を表示することをさらに含む。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、個々の遺伝子変異体をリストする第１の部分、および個々の遺伝子変異体の治療上の推奨を報告する第２の部分を含む。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、変異対立遺伝子頻度統計または読み取り深度統計のうちの少なくとも１つをさらに含む。
【0109】
本開示の別の態様は、治療を必要とする患者の臨床的に重要な情報を報告するためのシステムであり、このシステムは、（ｉ）１つまたはそれ以上のプロセッサ、および（ｉｉ）１つまたはそれ以上のプロセッサに結合されたメモリであって、１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、システムに、患者からの配列決定された核酸サンプルに由来する受け取った変異体データを解析することによる複数の遺伝子変異体、キュレーションされたデータベースから、決定された複数の遺伝的変異のそれぞれに関する臨床的に関連する情報を検索し、検索された臨床的に関連する情報が入力されたパネルを表示し、少なくとも１つのパネルは、決定された複数の遺伝的変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用の識別を含み、表示されたパネルを含むレポートを編集することを含む操作を実行させるコンピュータ実行可能命令を格納するメモリと、を含む。
【0110】
いくつかの実施形態では、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの決定された遺伝子変異体間の相互作用の同定は、相互作用の効果を説明する臨床報告の要約である。いくつかの実施形態では、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの決定された遺伝子変異体間の相互作用の同定は、治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、パネルは、個々の遺伝子パネル表現および相互作用する遺伝子パネル表現を含む。
【0111】
いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、複数の決定された遺伝子変異体のうちの少なくとも２つの決定された遺伝子変異体の相互作用に関するデータを含む。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネルは、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの決定された遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療の推奨を報告する第２の部分とを含む。いくつかの実施形態において、治療の推奨は、遺伝子相互作用の存在下での患者の疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現のそれぞれは、決定された遺伝子変異体の１つについて検索された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを組み込んでいる。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、変異対立遺伝子頻度統計または読み取り深度統計のうちの少なくとも１つをさらに含む。
【0112】
いくつかの実施形態では、システムは、決定された複数の遺伝子変異体または検索された臨床的に関連する情報を精緻化するための命令をさらに含む。いくつかの実施形態では、決定された複数の遺伝子変異体の改良は、少なくとも１つの品質メトリックフィルタを適用することを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの品質メトリックフィルタは、読み取り深度フィルタおよび変形対立遺伝子頻度フィルタからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、検索された臨床的に関連する情報の改良は、１つまたはそれ以上の注釈を追加することを含む。
【0113】
本開示の別の態様は、患者に由来するサンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子変異の存在に基づいて、患者の診断された疾患に関連する臨床情報を要約するための命令を格納する非一時的なコンピュータ可読媒体であり、この方法は以下を含む。患者のサンプルに由来する配列データ内の複数の遺伝子変異体を決定する。決定された複数の遺伝子変異体のそれぞれを、キュレーションされた臨床情報のデータベース内のメタデータフィールドに一致させる。決定された遺伝子変異体とデータベースメタデータフィールドとの間の一致のそれぞれについて、患者の診断された疾患に関連する臨床的に関連する情報を特定する。視覚化の少なくとも１つは、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの決定された遺伝子変異体の相互作用に関するデータを含む、各一致について識別された臨床的に関連する情報の少なくともいくつかを組み込んだ視覚化を表示する。
【0114】
いくつかの実施形態では、表示された視覚化に基づいてレポートを生成するための指示が含まれる。いくつかの実施形態では、表示された視覚化は、個々の遺伝子パネル表現および相互作用する遺伝子パネル表現を含む。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、複数の決定された遺伝子変異体のうちの少なくとも２つの決定された遺伝子変異体の相互作用に関するデータを含む。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネルは、複数の決定された遺伝子変異体の少なくとも２つの決定された遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療の推奨を報告する第２の部分とを含む。
【0115】
本開示の別の態様は、コンピューティング装置に結合されたディスプレイ上に、患者に由来するサンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子変異の存在に関する関連情報を提示する方法であり、この方法は、１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスして、患者のサンプルに由来する配列データ内で得られた複数の遺伝子変異体から、少なくとも２つの遺伝子変異体間の臨床的に関連する相互作用を特定すること、アクセスすること、そして、ディスプレイ上に、少なくとも２つの遺伝子変異体の間で同定された臨床的に関連する相互作用の少なくとも１つの視覚化を表示することを含む。
【0116】
本開示の別の態様は、コンピューティング装置に結合されたディスプレイ上に、患者に由来するサンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子突然変異の存在に関する関連情報を提示する方法であり、この方法は、コンピューティング装置に対して結合されたメモリから患者のサンプルに由来する配列データ内の複数の遺伝子変異体を取得すること、１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスして、得られた複数の遺伝子変異体からの少なくとも２つの遺伝子変異体間の臨床的に関連する相互作用を特定すること、および、ディスプレイ上に、少なくとも２つの遺伝子変異体の間で同定された臨床的に関連する相互作用の少なくとも１つの視覚化を表示することを含む。
【0117】
いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用の少なくとも１つの視覚化は、少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関連する少なくとも１つの治療推奨の視覚的表現を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの治療上の推奨は、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに対して推奨される特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、特定の薬物または治療プロトコルが識別されるが、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに対して推奨される少なくとも１つの他の薬物または治療プロトコルと視覚的に区別される。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされ、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、第２のしるしは、灰色で表示されたテキストである。いくつかの実施形態では、第１のしるしは実線の記号であり、第２のしるしは中空の記号である。
【0118】
いくつかの実施形態では、視覚的表現は、相互作用する遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、相互作用する遺伝子パネル表現は、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体をリストする第１の部分、および治療の推奨事項を報告する第２の部分を含む。いくつかの実施形態では、視覚的表現は、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネル表現は、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体のうちの１つをリストする第１の部分、および治療の推奨事項を報告する第２の部分を含む。
【0119】
いくつかの実施形態では、同定された臨床的に関連する相互作用は、関心のある疾患に関係し、この方法は、記憶から関心のある疾患を取得することをさらに含む。いくつかの実施形態では、関心のある疾患は、事前に診断された疾患である。いくつかの実施形態では、事前に診断された疾患は癌である。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースは、１つまたはそれ以上のリモートサーバに格納される。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースは、精選された臨床情報を含む。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースの少なくとも１つは、遺伝子変異体の相互作用に関する臨床情報を含む。いくつかの実施形態では、第１のデータベースは、関心のある疾患について得られた複数の遺伝子変異体から少なくとも第１に得られた遺伝子変異体に関する臨床的に関連する情報を検索するためにアクセスされ、第２のデータベースは、関心のある同じ疾患について、少なくとも第１に得られた遺伝子変異体と、複数の得られた遺伝子変異体からの少なくとも第２に得られた遺伝子変異体との間の相互作用に関する臨床的に関連する情報の検索のためにアクセスされる。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１つの視覚化を含むレポートを生成することをさらに含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用の少なくとも２つの視覚化が表示され、少なくとも２つの視覚化のうちの１つは、個々の遺伝子パネル表現を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、少なくとも１つの品質メトリックフィルタを適用することによって、得られた複数の遺伝子変異体をフィルタリングすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、１つまたはそれ以上のデータベースへのアクセスは、１つまたはそれ以上のデータベースに格納された第１および第２のテーブルへのアクセスを含み、第１のテーブルは遺伝子変異体に関する情報を含み、第２のテーブルは遺伝子変異体相互作用に関する情報を含む。
【0120】
本開示の別の態様は、表示画面を含むコンピューティング装置であり、コンピューティング装置は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから複数の遺伝子変異体を取得するように構成され、複数の遺伝子変異体は、配列に由来する。患者サンプルから得られたデータ。複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示画面に表示する。そして、第１の表現を表示すると同時に、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体の第１に関連する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面に表示する。
【0121】
本開示の別の態様は、ディスプレイ画面を含むコンピューティング装置であり、コンピューティング装置は、複数の遺伝子の少なくとも２つの遺伝子変異体間の特定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現をディスプレイ画面に表示するように構成される。変異体；第１の表現を表示すると同時に、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体の第１に関連する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面に表示し、ここで、複数の遺伝子変異体は、由来された配列データから由来する。患者サンプルから、そして複数の遺伝子変異体が、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる（図１１を参照）。
【0122】
いくつかの実施形態では、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体の第２に関連する臨床的に関連する情報を含む第３の表現が表示される。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされ、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、単一のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、単一のパネルは、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、第２の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、別個のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、第１の表現は、相互作用する遺伝子パネル内に表示され、第２の表現は、個々の遺伝子パネル内に表示される。いくつかの実施形態では、個々の遺伝子パネルは、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの最初のものの第１の表現および識別をさらに含む。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用は、関心のある疾患に関係する。いくつかの実施形態では、関心のある疾患は、事前に診断された疾患である。いくつかの実施形態では、事前に診断された疾患は癌である。
【0123】
本開示の別の態様は、関心のある疾患に関連する臨床的に関連する情報を視覚化するためのシステムであり、このシステムは、以下を含む。（ｉ）１つまたはそれ以上のプロセッサ、および（ｉｉ）１つまたはそれ以上のプロセッサに結合されたメモリであって、１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、システムに以下を含む操作を実行させるコンピュータ実行可能命令を格納するメモリ。１つまたはそれ以上のメモリに格納された複数の遺伝子変異体を取得することであって、変異体データが、患者からの配列決定された核酸サンプルに由来すること。臨床的に関連する情報を含む１つまたはそれ以上の精選されたデータベースにアクセスして、複数の取得された遺伝的変異から少なくとも２つの遺伝的変異間の臨床的に関連する相互作用を特定すること。そして、識別された臨床的に関連する相互作用を含む表示画面上に少なくとも１つの視覚化を表示すること。
【0124】
いくつかの実施形態では、識別された臨床的に関連する相互作用を含む少なくとも１つの視覚化は、識別された臨床的に関連する相互作用に基づく１つまたはそれ以上の治療上の推奨を提供する表現である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態では、治療上の推奨事項は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされ、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされている。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの視覚化は、相互作用が同定された少なくとも２つの決定された遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療の推奨を報告する第２の部分とを有するパネルを含む。
【0125】
本開示の別の態様は、表示画面を有するコンピューティング装置上に、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示し、相互作用が同定された少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面上に表示し、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、複数の遺伝子変異体は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる（図１２を参照）こと、を含む方法である。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。いくつかの実施形態において、治療上の推奨事項は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない。いくつかの実施形態において、治療の推奨は、関心のある疾患に敏感な治療である。いくつかの実施形態では、関心のある疾患に敏感な治療は、第１のしるしでマークされ、関心のある疾患に耐性のある治療法は、第２のしるしでマークされる。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、単一のパネル内に表示される。いくつかの実施形態では、単一のパネルは、個々の遺伝子パネル表現である。いくつかの実施形態では、第２の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現は、個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される。いくつかの実施形態では、第１および第２の表現は、別個のパネル内に表示される。
【0126】
本開示の別の態様は、コンピューティングシステムの１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、コンピューティングシステムに、以下に関連するデータを含む第１の表現を表示画面に表示させる、命令を格納する非一時的なコンピュータ可読媒体である。複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の臨床的に関連する相互作用を特定し、さらに、相互作用が特定された少なくとも２つの遺伝子変異体の少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面に表示する。ここで、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、複数の遺伝子変異体は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。
【0127】
本明細書に記載の主題および動作の実施形態は、デジタル電子回路、または本明細書に開示される構造およびそれらの構造的同等物を含むコンピュータソフトウェア、ファームウェア、またはハードウェア、またはそれらの１つまたはそれ以上の組み合わせで実装することができる。本明細書に記載の主題の実施形態は、１つまたはそれ以上のコンピュータプログラム、すなわち、データ処理装置による実行のために、またはデータ処理装置の動作を制御するためにコンピュータ記憶媒体上に符号化されたコンピュータプログラム命令の１つまたはそれ以上のモジュールとして実装することができる。本明細書で説明されるモジュールのいずれも、プロセッサによって実行されるロジックを含み得る。本明細書で使用される「論理」は、プロセッサの動作に影響を与えるために適用され得る命令信号および／またはデータの形態を有する任意の情報を指す。ソフトウェアはロジックの一例である。
【0128】
コンピュータ記憶媒体は、コンピュータ可読記憶装置、コンピュータ可読記憶基板、ランダムまたはシリアルアクセスメモリアレイまたは装置、あるいはそれらの１つまたはそれ以上の組み合わせであり得るか、またはそれらに含まれ得る。さらに、コンピュータ記憶媒体は伝搬信号ではないが、コンピュータ記憶媒体は、人工的に生成された伝搬信号に符号化されたコンピュータプログラム命令のソースまたは宛先であり得る。コンピュータ記憶媒体はまた、１つまたはそれ以上の別個の物理的構成要素または媒体（例えば、複数のＣＤ、ディスク、または他の記憶装置）であり得るか、またはそれらに含まれ得る。本明細書に記載されている動作は、１つまたはそれ以上のコンピュータ可読記憶装置に記憶されているか、または他のソースから受信されたデータに対してデータ処理装置によって実行される動作として実施することができる。
【0129】
「プログラムされたプロセッサ」という用語は、データを処理するためのあらゆる種類の装置、装置、およびマシンを包含し、例えば、プログラム可能なマイクロプロセッサ、コンピュータ、チップ上のシステム、または前述の複数のもの、またはそれらの組み合わせを含む。装置は、ＦＰＧＡ（フィールドプログラマブルゲートアレイ）またはＡＳＩＣ（特定用途向け集積回路）などの特別な目的の論理回路を含むことができる。装置はまた、ハードウェアに加えて、問題のコンピュータプログラムの実行環境を作成するコード、例えば、プロセッサファームウェア、プロトコルスタック、データベース管理システム、オペレーティングシステム、クロスプラットフォームランタイム環境、仮想マシン、またはそれらの１つまたはそれ以上の組み合わせを構成するコードを含むことができる。装置および実行環境は、ウェブサービス、分散コンピューティング、グリッドコンピューティングインフラストラクチャなど、様々な異なるコンピューティングモデルインフラストラクチャを実現できる。
【0130】
コンピュータプログラム（プログラム、ソフトウェア、ソフトウェアアプリケーション、スクリプト、またはコードとも呼ばれる）は、コンパイルまたは解釈された言語、宣言言語または手続き型言語を含む、あらゆる形式のプログラミング言語で記述でき、あらゆる形式で展開できる。スタンドアロンプログラムとして、またはモジュール、コンポーネント、サブルーチン、オブジェクト、またはコンピューティング環境での使用に適したその他のユニットとして含まれる。コンピュータプログラムは、ファイルシステム内のファイルに対応する場合があるが、対応する必要はない。プログラムは、他のプログラムまたはデータを保持するファイルの一部（例えば、マークアップ言語ドキュメントに保存された１つまたはそれ以上のスクリプト）、問題のプログラム専用の単一ファイル、または複数の調整されたファイル（例えば、、１つまたはそれ以上のモジュール、サブプログラム、またはコードの一部を格納するファイル）。コンピュータプログラムは、１台のコンピュータ、または１つのサイトに配置されているか、複数のサイトに分散され、通信ネットワークによって相互接続されている複数のコンピュータで実行されるように展開できる。
【0131】
本明細書に記載のプロセスおよび論理フローは、１つまたはそれ以上のコンピュータプログラムを実行する１つまたはそれ以上のプログラム可能なプロセッサによって実行され、入力データを操作して出力を生成することによってアクションを実行することができる。プロセスおよびロジックフローは、ＦＰＧＡ（フィールドプログラマブルゲートアレイ）またはＡＳＩＣ（特定用途向け集積回路）などの特殊用途のロジック回路によって実行することもでき、装置を実装することもできる。
【0132】
コンピュータプログラムの実行に適したプロセッサには、例として、汎用および特殊目的の両方のマイクロプロセッサ、および任意の種類のデジタルコンピュータの任意の１つまたはそれ以上のプロセッサが含まれる。一般に、プロセッサは、読み取り専用メモリまたはランダムアクセスメモリ、あるいはその両方から命令とデータを受信する。コンピュータの本質的な要素は、命令に従ってアクションを実行するためのプロセッサと、命令およびデータを格納するための１つまたはそれ以上のメモリ装置である。一般に、コンピュータはまた、データを格納するための１つまたはそれ以上の大容量記憶装置、例えば、磁気ディスク、光磁気ディスク、または光ディスクを含むか、またはデータを受信するか、データを転送するか、またはその両方に動作可能に結合される。ただし、コンピュータにそのような装置が必要なわけではない。さらに、コンピュータは、ほんの数例を挙げると、別の装置、例えば、携帯電話、携帯情報端末（ＰＤＡ）、モバイルオーディオまたはビデオプレーヤ、ゲームコンソール、全地球測位システム（ＧＰＳ）受信機、またはポータブル記憶装置（例：ユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）フラッシュドライブ）に組み込むことができる。コンピュータプログラムの命令およびデータを格納するのに適した装置には、例として半導体メモリ装置、例えば、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭ、およびフラッシュメモリ装置を含む、すべての形態の不揮発性メモリ、メディアおよびメモリ装置、磁気ディスク、例えば、内蔵ハードディスクまたはリムーバブルディスク、光磁気ディスク、およびＣＤ－ＲＯＭおよびＤＶＤ－ＲＯＭディスクが含まれる。プロセッサとメモリは、特別な目的の論理回路によって補完または組み込むことができる。
【0133】
ユーザとの相互作用を提供するために、本明細書に記載の主題の実施形態は、ディスプレイ装置、例えば、ＬＤＣ（液晶ディスプレイ）、ＬＥＤ（発光ダイオード）ディスプレイ、またはＯＬＥＤ（有機発光ダイオード）ディスプレイ、ユーザに情報を表示するためのディスプレイ、およびユーザがコンピュータに入力を提供することができる、キーボードおよびポインティング装置、例えば、マウスまたはトラックボールを有するコンピュータ上に実装することができる。いくつかの実装形態では、タッチスクリーンを使用して、情報を表示し、ユーザからの入力を受け取ることができる。他の種類の装置を使用して、ユーザとの対話を提供することもできる。例えば、ユーザに提供されるフィードバックは、視覚的フィードバック、聴覚的フィードバック、または触覚的フィードバックなど、任意の形態の感覚的フィードバックであり得る。また、ユーザからの入力は、音響、音声、または触覚入力を含む任意の形式で受信できる。さらに、コンピュータは、ユーザが使用する装置との間でドキュメントを送受信することにより、ユーザと対話できる。例えば、Ｗｅｂブラウザから受信した要求に応答して、ユーザのクライアント装置上のＷｅｂブラウザにＷｅｂページを送信する。
【0134】
本明細書に記載される主題の実施形態は、例えばデータサーバとしてのバックエンドコンポーネントを含むか、またはアプリケーションサーバなどのミドルウェアコンポーネントを含むか、またはフロントエンドコンポーネントを含むコンピューティングシステムに実装することができる。エンドコンポーネント、例えば、ユーザがこの仕様に記載されている主題の実装と対話できるグラフィカルユーザインターフェースまたはＷｅｂブラウザを備えたクライアントコンピュータ、または１つまたはそれ以上のそのようなバックエンド、ミドルウェア、またはフロントエンドコンポーネント。システムのコンポーネントは、デジタルデータ通信の任意の形式または媒体、例えば通信ネットワークによって相互接続することができる。通信ネットワークの例には、ローカルエリアネットワーク（「ＬＡＮ」）およびワイドエリアネットワーク（「ＷＡＮ」）、ネットワーク間（例えば、インターネット）、およびピアツーピアネットワーク（例えば、アドホックピア－ピアツーピアネットワーク）が含まれる。例えば、図１のネットワーク２０は、１つまたはそれ以上のローカルエリアネットワークを含めることができる。
【0135】
コンピューティングシステムには、任意の数のクライアントとサーバを含めることができる。クライアントとサーバは通常、互いにリモートであり、通常は通信ネットワークを介して相互作用する。クライアントとサーバの関係は、それぞれのコンピュータで実行され、クライアントとサーバの関係を持っているコンピュータプログラムによって発生する。いくつかの実施形態では、サーバは、データ（例えば、ＨＴＭＬページ）をクライアント装置に送信する（例えば、データを表示し、クライアント装置と対話するユーザからのユーザ入力を受信する目的で）。クライアント装置で生成されたデータ（例えば、ユーザの操作の結果）は、サーバのクライアント装置から受信できる。
【0136】
［追加の実施形態１］表示画面を含むコンピューティング装置であって、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから複数の遺伝子変異体を取得し、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、そして、複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を表示画面に表示するように構成されたコンピューティング装置。
【0137】
［追加の実施形態２］相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの第２に関連する臨床的に関連する情報を含む第３の表現が表示される、追加の実施形態１のコンピューティング装置。
【0138】
［追加の実施形態３］識別された臨床的に関連する相互作用に関するデータが、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨である、追加の実施形態１のコンピューティング装置。
【0139】
［追加の実施形態４］治療上の推奨は、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない、追加の実施形態３のコンピューティング装置。
【0140】
［追加の実施形態５］治療の推奨は、関心のある疾患に敏感な治療である、追加の実施形態３のコンピューティング装置。
【0141】
［追加の実施形態６］関心のある疾患に敏感な治療が第１のしるしでマークされており；関心のある疾患に耐性のある治療法が第２のしるしでマークされている、追加の実施形態５のコンピューティング装置。
【0142】
［追加の実施形態７］第１および第２の表現が単一のパネル内に表示される、追加の実施形態１のコンピューティング装置。
【0143】
［追加の実施形態８］単一のパネルが個々の遺伝子パネル表現である、追加の実施形態７のコンピューティング装置。
【0144】
［追加の実施形態９］第２の表現が個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現が個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される、追加の実施形態８のコンピューティング装置。
【0145】
［追加の実施形態１０］第１および第２の表現が別個のパネル内に表示される、追加の実施形態１のコンピューティング装置。
【0146】
［追加の実施形態１１］第１の表現が相互作用する遺伝子パネル内に表示され、第２の表現が個々の遺伝子パネル内に表示される、追加の実施形態１０のコンピューティング装置。
【0147】
［追加の実施形態１２］個々の遺伝子パネルが、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの第１の表現および識別をさらに含む、追加の実施形態１１のコンピューティング装置。
【0148】
［追加の実施形態１３］複数の遺伝子変異体の少なくとも２つの遺伝子変異体間の特定された臨床的に関連する相互作用に関するデータを含む第１の表現を、表示画面を有するコンピューティング装置上に表示することと、相互作用が同定された前記少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面上に表示することと、を含み、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、複数の遺伝子変異体は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる方法。
【0149】
［追加の実施形態１４］同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータが、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨である、追加の実施形態１３の方法。
【0150】
［追加の実施形態１５］治療上の推奨が、特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない、追加の実施形態１４の方法。
【0151】
［追加の実施形態１６］治療の推奨が関心のある疾患に敏感な治療である、追加の実施形態１３の方法。
【0152】
［追加の実施形態１７］関心のある疾患に敏感な治療が、第１のしるしでマークされており；関心のある疾患に耐性のある治療法が、第２のしるしでマークされている、追加の実施形態１６の方法。
【0153】
［追加の実施形態１８］第１および第２の表現が単一のパネル内に表示され、単一のパネルが個々の遺伝子パネル表現である、追加の実施形態１３の方法。
【0154】
［追加の実施形態１９］第２の表現が個々の遺伝子パネル表現の第１の部分で視覚化され、第１の表現が個々の遺伝子パネル表現の第２の部分で視覚化される、追加の実施形態１８の方法。
【0155】
［追加の実施形態２０］第１および第２の表現が別個のパネル内に表示される、追加の実施形態１３の方法。
【0156】
［追加の実施形態２１］患者に由来するサンプル中の１つまたはそれ以上の遺伝子突然変異の存在に関する関連情報をコンピューティング装置に結合されたディスプレイ上に提示する方法であって、コンピューティング装置に結合されたメモリから複数の患者のサンプルに由来する配列データ内の遺伝子変異を取得することと、１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスして、得られた複数の遺伝子変異体からの少なくとも２つの遺伝子変異体間の臨床的に関連する相互作用を特定することと、ディスプレイ上に、少なくとも２つの遺伝子変異体の間で同定された臨床的に関連する相互作用の少なくとも１つの視覚化を表示することとを含む、方法。
【0157】
［追加の実施形態２２］識別された臨床的に関連する相互作用の少なくとも１つの視覚化が、少なくとも２つの遺伝子変異体間の識別された臨床的に関連する相互作用に関連する少なくとも１つの治療推奨の視覚的表現を含む、追加の実施形態２１の方法。
【0158】
［追加の実施形態２３］少なくとも１つの治療上の推奨は、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに対して推奨される特定の薬物または治療プロトコルを投与することではない、追加の実施形態２２の方法。
【0159】
［追加の実施形態２４］特定の薬物または治療プロトコルが識別されるが、少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに対して推奨される少なくとも１つの他の薬物または治療プロトコルと視覚的に区別される、追加の実施形態２３の方法。
【0160】
［追加の実施形態２５］治療の推奨が関心のある疾患に敏感な治療であり；関心のある疾患に敏感な治療が第１のしるしでマークされており；関心のある疾患に耐性のある治療法が灰色で表示されたテキストでマークされている、追加の実施形態２２の方法。
【0161】
［追加の実施形態２６］視覚的表現が相互作用遺伝子パネル表現であり、相互作用遺伝子パネル表現が、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体をリストする第１の部分と、治療上の推奨事項を報告する第２の部分とを含む、追加の実施形態２２の方法。
【0162】
［追加の実施形態２７］視覚的表現が個々の遺伝子パネル表現であり、個々の遺伝子パネル表現が、臨床的に関連する相互作用が同定された少なくとも２つの得られた遺伝子変異体のうちの１つをリストする第１の部分、および治療の推奨を報告する第２の部分を含む、追加の実施形態２２の方法。
【0163】
［追加の実施形態２８］１つまたはそれ以上のデータベースが１つまたはそれ以上のリモートサーバに格納され、１つまたはそれ以上のデータベースがキュレートされた臨床情報を含み、１つまたはそれ以上のデータベースの少なくとも１つが遺伝子変異体の相互作用に関連する臨床情報を含む、追加の実施形態２２の方法。
【0164】
［追加の実施形態２９］１つまたはそれ以上のデータベースにアクセスすることは、１つまたはそれ以上のデータベースに格納された第１および第２のテーブルにアクセスすることを含み、第１のテーブルは遺伝子変異体に関する情報を含み、第２のテーブルは遺伝子変異体の相互作用に関する情報を含む、追加の実施形態２８の方法。
【0165】
［追加の実施形態３０］コンピューティングシステムの１つまたはそれ以上のプロセッサによって実行されると、コンピューティングシステムに、少なくとも２つの間の識別された臨床的に関連する相互作用に関連するデータを含む第１の表現を表示させ、および、複数の遺伝子変異体の遺伝子変異体、および相互作用が識別された少なくとも２つの遺伝子変異体のうちの少なくとも１つに関する臨床的に関連する情報を含む第２の表現を表示画面にさらに表示させる、命令を格納する非一時的なコンピュータ可読媒体。いくつかの実施形態では、複数の遺伝子変異体は、患者サンプルに由来する配列データに由来し、複数の遺伝子変異体は、コンピューティング装置に通信可能に結合された１つまたはそれ以上のメモリから得られる。いくつかの実施形態において、同定された臨床的に関連する相互作用に関するデータは、少なくとも２つの遺伝子変異体間の相互作用に基づく治療上の推奨事項である。
【0166】
本明細書中で言及される、および／または出願データシートにリスト化されたすべての米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願、および非特許刊行物は、参考によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。実施形態の態様は、必要に応じて、様々な特許、出願、および刊行物の概念を使用してさらに別の実施形態を提供するように修正することができる。
【0167】
本開示は、いくつかの例示的な実施形態を参照して説明されてきたが、本開示の原理の精神および範囲内に入るであろう多くの他の修正および実施形態が当業者によって考案され得ることを理解されたい。より具体的には、合理的な変形および修正は、開示の精神から逸脱することなく、前述の開示、図面、および添付の特許請求の範囲内の主題の組み合わせ配置の構成部品および／または配置において可能である。構成部品および／または配置の変形および修正に加えて、代替の使用法も当業者には明らかであろう。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図5C】
【図5D】
【図5E】
【図5F】
【図5G】
【図5H】
【図6A】
【図6B】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【図9A】
【図9B】
【図10】
【図11】
【図12】
