(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B1)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2023-03-06
(45)【発行日】2023-03-14
(54)【発明の名称】ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物
(51)【国際特許分類】
A01H 6/40 20180101AFI20230307BHJP
C12N 15/29 20060101ALI20230307BHJP
C12Q 1/6895 20180101ALI20230307BHJP
C12Q 1/6827 20180101ALI20230307BHJP
【FI】
A01H6/40 ZNA
C12N15/29
C12Q1/6895 Z
C12Q1/6827 Z
(21)【出願番号】P 2022575290
(86)(22)【出願日】2022-10-21
(86)【国際出願番号】 JP2022039401
【審査請求日】2022-12-06
(31)【優先権主張番号】P 2021173508
(32)【優先日】2021-10-22
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
【微生物の受託番号】IPOD FERM BP-22427
【早期審査対象出願】
(73)【特許権者】
【識別番号】390028130
【氏名又は名称】タキイ種苗株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】110003557
【氏名又は名称】弁理士法人レクシード・テック
(72)【発明者】
【氏名】有本 龍平
(72)【発明者】
【氏名】千藤 貴博
【審査官】太田 雄三
(56)【参考文献】
【文献】特開2022-138114(JP,A)
【文献】ONOZAKI, T., et al.,Evaluation of 29 Lisianthus Cultivars (Eustoma grandiflorum) and One Inbred Line of E. exaltatum for,The Horticulture Journal,2020年04月23日,Vol. 89, No. 4,pp. 473-480,doi:10.2503/hortj.UTD-151
【文献】白澤健太,他,ユーストマの連鎖地図作成と全ゲノム解読,育種学研究,2020年03月28日,第22巻別冊1号,p. 20
【文献】川勝恭子,他,ユーストマの全ゲノム解読とDNAマーカー開発,育種学研究,2021年03月19日,第23巻別冊1号,p. 30
【文献】川勝恭子,他,トルコギキョウSSRマーカー開発と早晩性に関するQTL探索,園芸学研究,2017年09月02日,第16巻別冊2,p. 544
【文献】小野崎隆,水耕装置を用いたトルコギキョウ立枯病(Fusarium solani)抵抗性簡易検定法,植物防疫,2021年08月01日,第75巻第8号,pp. 437-443
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
A01H 6/00
C12N 15/00
C12Q 1/00
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamIII)
CAplus/MEDLINE/EMBASE/BIOSIS(STN)
GenBank/EMBL/DDBJ/GeneSeq
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含
み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、ユーストマ植物。
【請求項2】
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される
、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物。
【請求項3】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記
(b)、(c)、および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、請求項
2に記載のユーストマ植物:
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からな
るポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド。
【請求項4】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
請求項
2に記載のユーストマ植物。
【請求項5】
前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物またはその後代系統である、請求項1または2に記載のユーストマ植物。
【請求項6】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座に由来する、請求項1または2に記載のユーストマ植物。
【請求項7】
請求項1または2に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分。
【請求項8】
前記植物の部分が、種子である、請求項
7に記載の植物の部分。
【請求項9】
下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法:
(a)請求項1または2に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と、他のユーストマ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたユーストマ植物またはその後代系統から、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程。
【請求項10】
前記(a)工程に先立って、下記(x)工程を含む、請求項
9に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(x)被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程
【請求項11】
前記(x)工程における前記選抜が、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、請求項
10に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
【請求項12】
前記(x)工程における前記選抜が、下記
(b)、(c)、および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、請求項
10に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法:
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からな
るポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列から
なるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列から
なるポリヌクレオチド。
【請求項13】
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、請求項
10に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
【請求項14】
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、請求項
13に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
【請求項15】
前記(x)工程における前記選抜が、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、請求項
10に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
【請求項16】
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を、ユーストマ植物に導入する導入工程を含
み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗していることを特徴とする、ユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法。
【請求項17】
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を、ユーストマ植物に導入する導入工程を含み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されることを特徴とする、ユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法。
【請求項18】
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と交雑することにより、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を導入する、請求項
16または17に記載の付与方法。
【請求項19】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記(b)、(c)、および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、請求項16に記載の付与方法:
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
【請求項20】
ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法であって、
被検ユーストマ植物について、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含
み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、方法。
【請求項21】
ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法であって、
被検ユーストマ植物について、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、方法。
【請求項22】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記(b)、(c)、および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、請求項21に記載の方法:
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
【請求項23】
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法であって、
被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程を含
み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、スクリーニング方法。
【請求項24】
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法であって、
被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程を含み、
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、スクリーニング方法。
【請求項25】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記(b)、(c)、および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、請求項24に記載のスクリーニング方法:
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物に関する。
【背景技術】
【0002】
子嚢菌の一種であるフザリウム・オキシスポルム(Fusarium
oxysporum)は、ユーストマ属植物(ユーストマ植物)のユーストマ立枯病の病原菌である。前記ユーストマ立枯病では、前記子嚢菌が、土壌からユーストマ植物の根を介して感染する。ついで、前記ユーストマ立枯病では、ユーストマ植物の地上部に激しい萎凋症状が生じ、最終的に感染したユーストマ植物のうち、10~30%のユーストマ植物は、枯死する(非特許文献1)。このため、前記ユーストマ立枯病が流行すると、花卉の減収が生じる。
【0003】
前記ユーストマ立枯病の防除方法として、土壌消毒による防除方法が知られており、発病する株の割合を抑制できるが、完全な防除はできない(非特許文献2)。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【文献】Chiara Bertoldo et.al., “Genetic diversity and virulence of Italian strains of Fusarium oxysporum isolated from Eustoma grandiflora”, European Journal of Plant Pathology, 2015, vol. 141, pages 83-97
【文献】生産者と技術指導者のためのトルコギキョウの立枯病対策事例集 2021 年3 月 農研機構野菜花き研究部門発、1~41頁
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
ユーストマ植物の品種間で、ユーストマ立枯病の病原菌に対する抵抗性が検討されている。しかしながら、ユーストマ植物抵抗性を有していると考えられていた品種(セレブリッチホワイト)を、土壌消毒した圃場で栽培したところ、ユーストマ立枯病を発病することが確認されている(非特許文献2)。このため、ユーストマ立枯病に対する抵抗性を有するユーストマ植物は、現状知られていない。したがって、ユーストマ立枯病抵抗性を示すユーストマ植物が求められている。
【0006】
そこで、本開示は、ユーストマ立枯病抵抗性を示すユーストマ植物の提供を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
前記目的を達成するため、本開示のユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含む。
【0008】
本開示の植物の部分は、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分である。
【0009】
本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法(以下、「製造方法」という)は、下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする:
(a)前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と、他のユーストマ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたユーストマ植物またはその後代系統から、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程。
【0010】
本開示のユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法(以下、「付与方法」という)は、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を、ユーストマ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。
【0011】
本開示の検出方法は、ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法であって、被検ユーストマ植物について、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。
【0012】
本開示のスクリーニング方法は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法であって、
被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程を含む。
【発明の効果】
【0013】
本開示によれば、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すユーストマ植物を提供できる。
【図面の簡単な説明】
【0014】
【
図1】
図1は、第20染色体におけるSNP(single nucleotide polymorphism)等の相対的な座乗位置を示す模式図である。
【
図2】
図2は、実施例1におけるユーストマ植物の発病指数の評価基準を示す写真である。
【
図3】
図3は、実施例1における第20染色体上におけるLOD値を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【0015】
<定義>
本明細書において、「ユーストマ植物」は、リンドウ科(Gentianaceae)のユーストマ属(Eustoma)に分類される植物を意味する。前記ユーストマ植物は、例えば、トルコギキョウ、リシアンサス等とも呼ばれる。
【0016】
本明細書において、「ユーストマ立枯病」は、フザリウム(Fusarium sp.)、特に、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium
oxysporum)により引き起こされる土壌伝染性病害を意味する。前記ユーストマ立枯病では、感染した植物体の地上部の萎凋症状および枯死が引き起こされることが知られている。
【0017】
本明細書において、「ユーストマ立枯病の病原菌」または「病原菌」(以下、「ユーストマ立枯病菌」ともいう)は、フザリウム(Fusarium sp.)、特に、フザリウム・オキシスポルム(Fusarium
oxysporum)に分類される菌を意味する。
【0018】
本明細書において、「ユーストマ立枯病抵抗性」は、ユーストマ立枯病菌の感染による病害の発生および/または発生した病害の進行に対する、阻害能または抑制能を意味する。具体例として、前記「ユーストマ立枯病抵抗性」は、例えば、ユーストマ立枯病菌の感染による病害の未発生、および/または、発生した病害の進行の停止、阻害、抑止、低減、もしくは遅延を意味する。前記ユーストマ立枯病抵抗性は、ユーストマ立枯病耐性またはユーストマ立枯病耐病性ということもできる。
【0019】
本明細書において、「ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座」(以下、「抵抗性遺伝子座」という)は、ユーストマ立枯病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座(Quantitative Traits Loci:QTL)または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。
【0020】
本明細書において、「植物体」または「植物」は、植物全体を示す植物個体を意味する。
【0021】
本明細書において、「植物体の部分」または「植物の部分」は、植物個体の部分を意味する。
【0022】
以下、本開示について例をあげて説明するが、本開示は以下の例等に限定されるものではなく、任意に変更して実施できる。また、本開示における各説明は、特に言及がない限り、互いに援用可能である。なお、本明細書において、「~」という表現を用いた場合、その前後の数値または物理値を含む意味で用いる。また、本明細書において、「Aおよび/またはB」という表現には、「Aのみ」、「Bのみ」、「AおよびBの双方」が含まれる。
【0023】
<ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性マーカー>
ある態様において、本開示は、ユーストマ植物におけるユーストマ立枯病抵抗性の指標として使用可能なマーカーを提供する。本開示のマーカーは、ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性マーカーであって、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むこと、すなわち、第20染色体上のユーストマ立枯病遺伝子座を指標とすることを特徴とする。本開示のマーカーによれば、ユーストマ立枯病抵抗性の有無を検出できる。
【0024】
前記ユーストマ植物は、例えば、ユーストマ・グランディフロラム(Eustoma
grandiflorum)、ユーストマ・エグザルタトゥム(Eustoma
exaltatum)等があげられる。前記ユーストマ植物は、各植物種の純系のユーストマ植物でもよいし、対象のユーストマ植物と、前記対象のユーストマ植物の近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、前記ユーストマ属植物における各植物種があげられる。
【0025】
前記ユーストマ植物は、第1~第36染色体を有する。前記ユーストマ植物における各染色体は、リファレンスのゲノム(ゲノムDNA)の塩基配列(核酸配列)情報を用いて決定できる。前記ユーストマ植物における各染色体は、例えば、Eustoma
grandiflorum(品種名:10B-620、国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 農業生物資源ジーンバンクより入手可能)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のユーストマ植物のゲノムの塩基配列情報と、Eustoma
grandiflorum(10B-620)のゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Eustoma
grandiflorum(10B-620)のゲノムの塩基配列情報は、例えば、公益財団法人かずさDNA研究所の植物のゲノムデータベース(Plant GARDEN: https://plantgarden.jp/)のwebサイト(https://plantgarden.jp/en/list/t52518)からシーケンス名Egra_v1.0が入手可能である。
【0026】
本開示のマーカーは、前記第20染色体上の抵抗性遺伝子座を指標とする。しかしながら、前記抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物は、例えば、第20染色体に代えて、第20染色体以外のどの染色体上に、前記第20染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、前記抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物は、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第7染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第11染色体、第12染色体、第13染色体、第14染色体、第15染色体、第16染色体、第17染色体、第18染色体、第19染色体、第21染色体、第22染色体、第23染色体、第24染色体、第25染色体、第26染色体、第27染色体、第28染色体、第29染色体、第30染色体、第31染色体、第32染色体、第33染色体、第34染色体、第35染色体、および第36染色体のいずれかの染色体上に、前記第20染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。
【0027】
前記抵抗性遺伝子座は、優性の遺伝子座である。このため、本開示のマーカーは、例えば、前記第20染色体上の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含んでもよいし、ホモ接合型で含んでもよい。後者の場合、前記抵抗性ユーストマ植物は、少なくとも一方の抵抗性マーカーを第20染色体以外の染色体上に含んでもよく、例えば、1つの抵抗性遺伝子座を第20染色体以外の染色体上に含んでもよいし、2つの抵抗性遺伝子座を第20染色体以外の染色体上に含んでもよい。2つの抵抗性遺伝子座を第20染色体以外の染色体上に含む場合、前記抵抗性ユーストマ植物は、例えば、前記2つの抵抗性遺伝子座を同じ染色体上に含んでもよいし、異なる染色体上に含んでもよい。
【0028】
前記抵抗性遺伝子座のユーストマ立枯病抵抗性に寄与するユーストマ立枯病抵抗性遺伝子の数は、1遺伝子でもよいし、複数遺伝子でもよい。後述の実施例で示すように、本開示におけるユーストマ立枯病抵抗性の遺伝様式を考慮すると、前記抵抗性遺伝子座によるユーストマ立枯病抵抗性は、単一の優性遺伝をするユーストマ立枯病抵抗性遺伝子により支配されていると推定される。ただし、前記推定は、本開示を何ら制限しない。
【0029】
前記抵抗性遺伝子座は、染色体上の座、すなわち、位置を示す分子マーカーを利用して規定できる、すなわち、目的とする遺伝子座と連鎖する分子マーカーを用いて特定できる。前記分子マーカーを用いてQTL等の遺伝子座を規定する技術は、本願技術分野において周知の技術を利用できる。
【0030】
前記抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、SNPマーカー、AFLP(分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism)マーカー、RFLP(restriction fragment length polymorphism)マーカー、マイクロサテライトマーカー、SCAR(sequence-characterized amplified region)マーカー、またはCAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)マーカー等があげられる。本開示において、前記分子マーカーは、1種類を用いてもよいし、2種類以上を併用してもよい。前記分子マーカーとしてSNPマーカーを用いる場合、前記SNPマーカーは、例えば、1個のSNPを前記SNPマーカーとしてもよいし、2個以上のSNPの組合せを前記SNPマーカー、すなわち、SNPマーカーセットとしてもよい。
【0031】
前記抵抗性遺伝子座は、後述するSNPマーカーと連鎖している。このため、本開示は、例えば、前記SNPマーカーを用いることにより、前記抵抗性遺伝子座を規定できる。具体例として、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、(1)前記SNPマーカーによって規定(以下、「特定」ともいう)されてもよいし、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、(3)2つの前記SNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
【0032】
前記(1)および前記(2)の組合せ;
前記(1)および前記(3)の組合せ;
前記(2)および前記(3)の組合せ;
前記(1)、前記(2)および前記(3)の組合せ。
【0033】
(1)SNPマーカーによる特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(1)に示すように、例えば、前記SNPマーカーによって規定されてもよい。前記SNPマーカーは、特に制限されず、例えば、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378等があげられる。なお、これらのSNP解析は、例えば、下記参考文献1を参照できる。また、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378は、本発明者らが新たに同定したSNPマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのSNPマーカーを含む塩基配列に基づき、前記SNPマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献1:Erik W. Ohlson et.al., “Identification and Mapping of Late Blight Resistance Quantitative Trait Loci in Tomato Accession PI163245”, The Plant Genome, vol.11, no.3, 180007.
【0034】
前記Egra20_3703734(以下、「SNP(a)」ともいう)は、配列番号1におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号1の101番目の塩基)が、Tである多型を示す。すなわち、前記SNP(a)が、Tの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号1の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(a)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3703734番目の塩基として特定できる。
配列番号1:5'-TTGACCAACACAAGGTGTCATTCTGCAAACAGGCTTTCGGTATAGCAGCAGTGAAACACTCAAACTGTACGTGTCCATGGGTTCAAATTTTTGATCTCTT[T]GAGCAAATCCCAACCCGAGTACTAACTGAGATATGTCCTGGGGACCGTAGCAAGATATCTAAATGAATGTGCAGTCTATTCCTATTTTTAACTTACATAT-3'
【0035】
前記Egra20_3759258(以下、「SNP(b)」ともいう)は、下記配列番号2の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号2の101番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(b)が、Aの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号2の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(b)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3759258番目の塩基として特定できる。
配列番号2:5'-GCTCAAATTTTTTCCAGCTATGGAATCAGCCCCAGAACAGGTTTCCTTTCTTTTTTCTTCCTGTTCAAAAGCATCCAATTTTATGCATTTTGGTACCTAG[A]TTTGGTGAATTTTGATAAAGATTTGATCTTTATAATTTTTTATTGGGGCTTAGGATTCTGAGAAAGTCGGGTCTCTAAAGGAGGTGAAGATGAATGAAAC-3'
【0036】
前記SNP(b)は、下記配列番号79の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号79の51番目の塩基)が、Aである多型として特定されてもよい。
配列番号79:5'-TTTTTTCTTCCTGTTCAAAAGCATCCAATTTTATGCATTTTGGTACCTAG[A]TTTGGTGAATTTTGATAAAGATTTGATCTTTATAATTTTTTATTGGGGCT-3'
【0037】
前記Egra20_3839851(以下、「SNP(c)」ともいう)は、下記配列番号3の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号3の101番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(c)が、Aの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Cの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号3の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(c)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3839851番目の塩基として特定できる。
配列番号3:5'-TTTACAGGAGCGTAACGAGAGGTTATTTTACAAGCTTCTAATTGACAATGTGGACGAACTCCTTCCTGTGGTGTACACTCCCACTGTTGGTGAGGCTTGC[A]AGAAATATGGAAGCATTTTCAAGCGTCCTCAGGGTCTCTTCATCAGTTTGAAAGAAAGGTTCTGTCATTTGTTTTTAATTTGTCTTAAAACGACTACTGT-3'
【0038】
前記SNP(C)は、下記配列番号80の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号80の51番目の塩基)が、Aである多型として特定されてもよい。
配列番号80:5'-TGGACGAACTCCTTCCTGTGGTGTACACTCCCACTGTTGGTGAGGCTTGC[A]AGAAATATGGAAGCATTTTCAAGCGTCCTCAGGGTCTCTTCATCAGTTTG-3'
【0039】
前記Egra20_3961378(以下、「SNP(d)」ともいう)は、下記配列番号4の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号4の76番目の塩基)が、Gである多型を示す。すなわち、前記SNP(d)が、Gの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、G以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号4の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(d)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3961378番目の塩基として特定できる。
配列番号4:5'-TGAAGTTTGGAGAGTCTCTAGGGCTATTAAACATGCATCATTAGTACTTCATGGTGATTTCACATGAAGGTGCTT[G]CAGAAAGAATTCACAGGAATGCTTTTTTGTTGTATATCAAAATATTCGTATTGAATGTCTTTTTTTTTTTCTGGC-3'
【0040】
前記Egra20_3833476(以下、「SNP(f)」ともいう)は、下記配列番号72の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号72の51番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(f)が、Aの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号72の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(f)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3833476番目の塩基として特定できる。
配列番号72:5'-ATGTCACTTCTAGAACTGATTTGTGCCTTTTATTTGTGTGGTTTTTGGTT[A]GATCATCTGTATGAGTACGCAATATTTTGGTTTAATGTTGATCTTAATCA-3'
【0041】
前記Egra20_3849059(以下、「SNP(g)」ともいう)は、下記配列番号73の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号73の51番目の塩基)が、Tである多型を示す。すなわち、前記SNP(g)が、Tの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号73の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(g)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3849059番目の塩基として特定できる。
配列番号73:5'-TTTGTTGCAGATAATTACCATCTGAAGAGGATGCAGAAACAAGAATAATC[T]GTGTAAAATCCCAAGAATCATATTCAGGAACCTCGTTCAACCAAATAACA-3'
【0042】
前記Egra20_3854638(以下、「SNP(h)」ともいう)は、下記配列番号74の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号74の51番目の塩基)が、Tである多型を示す。すなわち、前記SNP(h)が、Tの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Cの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号74の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(h)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3854638番目の塩基として特定できる。
配列番号74:5'-GAATACAATTTTTACAATATTCAGCCTCCAAATTCCATCCTTCCATTTTA[T]AATTGTTCTTACATATTCCACAATGTGTGATCTTCTAAATGTTCTTTAAA-3'
【0043】
前記Egra20_3857016(以下、「SNP(i)」ともいう)は、下記配列番号75の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号75の51番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(i)が、Aの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号75の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(i)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3857016番目の塩基として特定できる。
配列番号75:5'-ACACAACAGGTGCAGTGCTCAACTCAGCCAAACTACTATAAGTATTGACC[A]AGCTGAGCTGACCACAAGTGTACAACTACGTACTGCTGATACCCTTTCAT-3'
【0044】
前記Egra20_3879982(以下、「SNP(j)」ともいう)は、下記配列番号76の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号76の51番目の塩基)が、Gである多型を示す。すなわち、前記SNP(j)が、Gの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、G以外の塩基の場合(例えば、Aの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号76の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(j)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3879982番目の塩基として特定できる。
配列番号76:5'-TGATACCGGTATGTTTCGAAGGTGGAGTGAGGATGCTGATTACCTGCTAG[G]ATCCGGGTTTCAGCAAATAAATAGTTTCTTACCTGCGGTTGCGAGTATCA-3'
【0045】
前記Egra20_3914662(以下、「SNP(k)」ともいう)は、下記配列番号77の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号77の51番目の塩基)が、Tである多型を示す。すなわち、前記SNP(k)が、Tの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、T以外の塩基の場合(例えば、Gの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号77の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(k)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3914662番目の塩基として特定できる。
配列番号77:5'-GCTGCATCGAGATTTCAAGAATCAAGATCAAAGCACATCAATCCCCAATT[T]CCCTAACGTTCTGAGCAATTCTTCAAAATAAAAGTACTCCCCAGTCAACA-3'
【0046】
前記Egra20_3939402(以下、「SNP(l)」ともいう)は、下記配列番号78の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基(配列番号78の51番目の塩基)が、Aである多型を示す。すなわち、前記SNP(l)が、Aの場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、A以外の塩基の場合(例えば、Cの場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、前記配列番号78の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(l)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3939402番目の塩基として特定できる。
配列番号78:5'-TTATTCTTTATTTTGTGCAAGAGGTTGTTTCCACGGCTCGAACTCCTAAC[A]TCAAAGTCACAAAACAGCAACCGTACCAGTTGCTACAAGAACCGTCGTTC-3'
【0047】
前記染色体における前記SNPマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記SNPマーカーは、
図1に示すように、例えば、ユーストマ植物の第20染色体上において、上流側(Egra20_3656645側)から下流側(Egra20_3961378側)にかけて、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378が、この順序で座乗している。なお、
図1において、Egra20_3656645は、ユーストマ植物の第20染色体におけるEgra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378の座乗位置を示すのに使用しているが、SNPマーカーとして使用してもよい。この場合、後述する、Egra20_3656645の説明において、受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物の多型と同じ塩基である場合、ユーストマ植物は、例えば、ユーストマ立枯病抵抗性であり、受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物の多型以外の塩基である場合、ユーストマ植物は、例えば、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。Egra20_3656645をSNPマーカーとして使用する場合、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群からなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。
【0048】
前記抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記SNPマーカーのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、または11個全てであってもよい。なお、これら11種類の多型(SNPマーカー)とユーストマ立枯病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、ユーストマ立枯病抵抗性に関与する新規の多型である。
【0049】
前記SNPマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
SNP(a)およびSNP(b)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(c)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(d)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(f)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(g)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(i)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(h)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(i)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(g)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(h)およびSNP(i)の組合せ;
SNP(h)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(h)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(h)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(i)およびSNP(j)の組合せ;
SNP(i)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(i)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(j)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(j)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(k)およびSNP(l)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(a)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(f)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(g)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(g)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
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SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
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SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
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SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
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SNP(c)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
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SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
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SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(h)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(i)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、およびSNP(k)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
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SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(j)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ。
前記組合せのうち、ユーストマ立枯病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
SNP(f)およびSNP(k)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)の組合せ;
SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)の組合せ;
SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の組合せ。
【0050】
本開示において、前記(1)SNPマーカーとしては、前記SNP(a)~(d)および(f)~(l)に加えて、または、代えて、後述するSNP1~SNP66のいずれか1つ以上をSNPマーカーとして用いてもよい。下記表1および表2A~表2Bにおいて、SNP1~66は、それぞれ、括弧で示す塩基[N1/N2]のうち、N2である多型を示す。すなわち、前記SNP1~66が、N2の場合、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性であり、N2以外の塩基の場合(例えば、N1の場合)、ユーストマ植物は、ユーストマ立枯病罹病性であることを示す。また、下記表1および表2A~表2Bにおける前記配列番号1~66の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。なお、各SNPにおいて、-は、塩基欠失の多型を意味する。
【0051】
【0052】
【0053】
【0054】
前記抵抗性遺伝子座が有する前記SNPマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記SNPマーカーのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、11個、12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個、26個、27個、28個、29個、30個、31個、32個、33個、34個、35個、36個、37個、38個、39個、40個、41個、42個、43個、44個、45個、46個、47個、48個、49個、50個、51個、52個、53個、54個、55個、56個、57個、58個、59個、60個、61個、62個、63個、64個、65個、または66個全てであってもよい。なお、これら66種類の多型(SNPマーカー)とユーストマ立枯病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、ユーストマ立枯病抵抗性に関与する新規の多型である。
【0055】
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記(2)に示すように、例えば、前記SNPマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。
【0056】
前記SNPマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、後述する(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチド等があげられる。前記(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、SNP(d)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)のSNPマーカーを含む塩基配列に相当する。
【0057】
前記(a)のポリヌクレオチドは、前記SNP(a)、すなわち、Egra20_3703734を含む塩基配列であり、例えば、下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチドである。前記(a2)および(a3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(a2)または(a3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
【0058】
前記(a1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号1におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(a)の多型に対応する塩基である。また、前記(a1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0059】
前記(a2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~40個、1~35個、1~30個、1~25個、1~20個、1~18個、1~12個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。本開示において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「1~5個」との記載は、「1、2、3、4、5個」の全ての開示を意味する(以下、同様)。
【0060】
前記(a3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上である。前記同一性は、2つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる(以下、同様)。具体的には、前記同一性は、例えば、BLAST、FASTA等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる(以下、同様)。
【0061】
前記(b)のポリヌクレオチドは、前記SNP(b)、すなわち、Egra20_3759258を含む塩基配列であり、例えば、下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチドである。前記(b2)および(b3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(b2)または(b3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
(b) 下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【0062】
前記(b1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号2におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(b)の多型に対応する塩基である。また、前記(b1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記(b1)のポリヌクレオチドとしては、前記配列番号2の塩基配列が短縮化された塩基配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。この場合、前記(b1)のポリヌクレオチドは、例えば、配列番号79の塩基配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。この場合、前記(b2)および(b3)における101番目の塩基(A)は、51番目の塩基(A)に読み替えてその説明を援用できる。
【0063】
前記(b2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~40個、1~35個、1~30個、1~25個、1~20個、1~18個、1~15個、1~12個、1~10個、1~9個、1~8個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0064】
前記(b3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上である。
【0065】
前記(c)のポリヌクレオチドは、前記SNP(c)、すなわち、Egra20_383985を含む塩基配列であり、例えば、下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチドである。前記(c2)および(c3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(c2)または(c3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0066】
(c) 下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【0067】
前記(c1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号3におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(c)の多型に対応する塩基である。また、前記(c1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記(c1)のポリヌクレオチドとしては、前記配列番号3の塩基配列が短縮化された塩基配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。この場合、前記(c1)のポリヌクレオチドは、例えば、配列番号80の塩基配列からなるポリヌクレオチドがあげられる。この場合、前記(c2)および(c3)における101番目の塩基(A)は、51番目の塩基(A)に読み替えてその説明を援用できる。
【0068】
前記(c2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~40個、1~35個、1~30個、1~25個、1~20個、1~18個、1~12個、1~10個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0069】
前記(c3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上である。
【0070】
前記(d)のポリヌクレオチドは、前記SNP(d)、すなわち、Egra20_3961378を含む塩基配列であり、例えば、下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチドである。前記(d2)および(d3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(d2)または(d3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0071】
(d) 下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド
【0072】
前記(d1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号4におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(G)が、前記SNP(d)の多型に対応する塩基である。また、前記(d1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0073】
前記(d2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~30個、1~25個、1~20個、1~18個、1~15個、1~12個、1~8個、1~6個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0074】
前記(d3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0075】
前記(f)のポリヌクレオチドは、前記SNP(f)、すなわち、Egra20_3833476を含む塩基配列であり、例えば、下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチドである。前記(f2)および(f3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(f2)または(f3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0076】
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0077】
前記(f1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号72におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(f)の多型に対応する塩基である。また、前記(f1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0078】
前記(f2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0079】
前記(f3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0080】
前記(g)のポリヌクレオチドは、前記SNP(g)、すなわち、Egra20_3849059を含む塩基配列であり、例えば、下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチドである。前記(g2)および(g3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(g2)または(g3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0081】
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0082】
前記(g1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号73におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(g)の多型に対応する塩基である。また、前記(g1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0083】
前記(g2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0084】
前記(g3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0085】
前記(h)のポリヌクレオチドは、前記SNP(h)、すなわち、Egra20_3854638を含む塩基配列であり、例えば、下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチドである。前記(h2)および(h3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(h2)または(h3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0086】
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0087】
前記(h1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号74におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(h)の多型に対応する塩基である。また、前記(h1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0088】
前記(h2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0089】
前記(h3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0090】
前記(i)のポリヌクレオチドは、前記SNP(i)、すなわち、Egra20_3857016を含む塩基配列であり、例えば、下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチドである。前記(i2)および(i3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(i2)または(i3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0091】
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0092】
前記(i1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号75におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(i)の多型に対応する塩基である。また、前記(i1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0093】
前記(i2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0094】
前記(i3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0095】
前記(j)のポリヌクレオチドは、前記SNP(j)、すなわち、Egra20_3879982を含む塩基配列であり、例えば、下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチドである。前記(j2)および(j3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(j2)または(j3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0096】
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0097】
前記(j1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号76におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(G)が、前記SNP(j)の多型に対応する塩基である。また、前記(j1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0098】
前記(j2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0099】
前記(j3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0100】
前記(k)のポリヌクレオチドは、前記SNP(k)、すなわち、Egra20_3914662を含む塩基配列であり、例えば、下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチドである。前記(k2)および(k3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(k2)または(k3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0101】
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0102】
前記(k1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号77におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(T)が、前記SNP(k)の多型に対応する塩基である。また、前記(k1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0103】
前記(k2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0104】
前記(k3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0105】
前記(l)のポリヌクレオチドは、前記SNP(l)、すなわち、Egra20_3939402を含む塩基配列であり、例えば、下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチドである。前記(l2)および(l3)のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記(l2)または(l3)のポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示すことを意味する。
【0106】
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド;
【0107】
前記(l1)のポリヌクレオチドにおいて、配列番号78におけるかっこで囲んだ下線部の塩基(A)が、前記SNP(l)の多型に対応する塩基である。また、前記(l1)のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0108】
前記(l2)のポリヌクレオチドにおいて、前記1もしくは数個は、例えば、1~20個、1~15個、1~10個、1~9個、1~8個、1~7個、1~6個、1~5個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0109】
前記(l3)のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上である。
【0110】
前記抵抗性遺伝子座が有する、前記SNPマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記抵抗性遺伝子座と連鎖するSNPマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドのうち、いずれか1個、または2個以上、すなわち、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、または11個全てであってもよい。
【0111】
前記SNPマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(a)および(b)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(j)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(j)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(k)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(f)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(g)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(h)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、および(i)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(b)、(g)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(b)、(g)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(c)、(f)、(g)、(h)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(c)、(f)、(g)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(c)、(f)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(c)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(f)、(g)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
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(c)、(f)、(g)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、および(j)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)および(l)のポリヌクレオチドの組合せ。
前記組合せのうち、ユーストマ立枯病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
(f)および(k)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、および(c)のポリヌクレオチドの組合せ;
(a)、(b)、(c)、および(d)のポリヌクレオチドの組合せ;
(b)、(c)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドの組合せ。
【0112】
前記SNPマーカーを含む塩基配列としては、例えば、Egra20_3656645を含む塩基配列(配列番号5の塩基配列からなるポリヌクレオチド)を用いてもよい。この場合、前記ポリヌクレオチドは、例えば、前記ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド、または、前記各ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。前記1もしくは数個および同一性は、例えば、前記(a2)および(a3)の説明を援用できる。前記各ポリヌクレオチドは、例えば、前記(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。
【0113】
本開示において、前記(2)SNPマーカーを含む塩基配列としては、前記(a)~(d)および(f)~(l)のポリヌクレオチドに加えて、または代えて、前記SNP1~SNP66を含むポリヌクレオチドのいずれか1つ以上を、SNPマーカーを含む塩基配列として用いてもよい。前記表1および表2A~表2Bにおいて、SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、それぞれ、括弧で示す塩基[N1/N2]のうち、N2である多型を含む塩基配列からなるポリヌクレオチドである。すなわち、SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、それぞれ、配列番号6~71の塩基配列において、括弧で示す塩基[N1/N2]のうち、N2である多型を含む塩基配列からなるポリヌクレオチドである。SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。
【0114】
前記SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、配列番号6~71の塩基配列における塩基N2が保存され、対応する塩基配列において、1もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記SNP1~66を含むポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドであってもよい。前記1もしくは数個は、例えば、1~40個、1~35個、1~30個、1~25個、1~20個、1~18個、1~12個、1~8個、1~4個、1~3個、1個または2個である。
【0115】
前記SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、配列番号6~71の塩基配列における塩基N2が保存され、対応する塩基配列に対して80%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記SNP1~66を含むポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドであってもよい。前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上である。
【0116】
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前述のように、SNPマーカーと連鎖する。このため、前記抵抗性遺伝子座は、前記(3)に示すように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列、または前記2つのSNPマーカーにより規定される領域(座乗位置またはマッピング領域ともいう)によって規定されてもよい。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物(以下、「寄託系統」ともいう)における対応する2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物が、ユーストマ立枯病抵抗性を示せばよい。前記部分的な一致は、例えば、前記寄託系統の塩基配列に対する同一性により規定できる。前記同一性は、例えば、80%以上、85%以上、89%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、99%以上、99.1%以上、99.2%以上、99.3%以上、99.4%以上、99.5%以上、99.6%以上、99.7%以上、99.8%以上、または99.9%以上である。前記抵抗性遺伝子座が前記(3)で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。前記抵抗性遺伝子座を座乗している領域により特定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記SNPマーカーまたは前記SNPマーカーを含む塩基配列と組合せて特定してもよい。
【0117】
前記Egra20_3656645(以下、「SNP(e)」ともいう)は、例えば、配列番号5におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物において、前記SNP(e)は、Cである多型を示すが、前記SNP(e)は、例えば、C以外の塩基、すなわち、A、T、またはGでもよい。また、前記配列番号5の塩基配列は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物から得ることができる。前記SNP(e)は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定でき、具体例として、Egra_v1.0の第20染色体における3656645番目の塩基として特定できる。
配列番号5:5'-CACAGGTGGTAGGATGGCCTCCAGTTCGATCGTTCCGAAAGAATTCAATGGCAAACAATCCTCACAAGGCTGATGAAGAAGCAGATGCAATGACTGGAAG[C]AGTCGTCTTTACGTCAAAGTTAGCATGGATGGTGCCCCTTATCTGAGGAAAGTTGATATCAAGACATACAACAGCTACAAGGACCTGTCCTCTGCACTTG-3'
【0118】
前記領域は、前述のように、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位間であればよく、例えば、前記2つのSNPマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記SNPマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記SNPマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。
【0119】
前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
(1)上流側端部のSNPが、SNP(e)またはSNP(a)であり、下流側端部のSNPが、SNP(c)またはSNP(d)である;
(2)上流側端部のSNPが、SNP(e)であり、下流側端部のSNPが、SNP(d)である;
(3)上流側端部のSNPが、SNP(a)であり、下流側端部のSNPが、SNP(d)である;
(4)上流側端部のSNPが、SNP(a)であり、下流側端部のSNPが、SNP(c)である;
(5)上流側端部のSNPが、SNP(b)であり、下流側端部のSNPが、SNP(c)である。
(6)上流側端部のSNPが、SNP(b)であり、下流側端部のSNPが、SNP(d)である。
(7)上流側端部のSNPが、SNP(b)であり、下流側端部のSNPが、SNP(l)である。
(8)上流側端部のSNPが、SNP(f)であり、下流側端部のSNPが、SNP(k)である。
前記組合せのうち、ユーストマ立枯病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記(2)~(8)の組合せ;
前記組合せのうち、ユーストマ立枯病抵抗性との相関性がさらに高いことから、より好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記(3)の組合せ;
前記(5)の組合せ;
前記(7)の組合せ;
前記(8)の組合せ。
【0120】
前記染色体における領域を指定するSNPとしては、前記SNP(a)~(d)および(f)~(l)に加えて、または、代えて、SNP1~66を用いてもよい。
【0121】
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記SNPマーカーを有することが好ましい。具体的には、前記抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された少なくとも1つのSNPマーカーを有することが好ましい。
【0122】
前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する前記2つのSNPマーカーの部位間に座乗するSNPマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のSNPマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のSNPマーカーともいう。前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、例えば、前記領域の末端のSNPマーカーおよび前記領域の内部のSNPマーカーの両方であってもよい。
【0123】
前記領域の内部のSNPマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記SNPマーカーの部位と下流側の前記SNPマーカーの部位との間に座乗しているSNPマーカーがあげられ、例えば、
図1に示す前記SNPマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記2つのSNPマーカーの部位間における前記SNPマーカーの個数は、例えば、1個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するSNPマーカーの部位間に座乗する全てのSNPマーカーである。
【0124】
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(i)、(ii)、(iii)、(iv)、または(v)があげられる。
条件(i):
前記染色体における、SNP(e)およびSNP(d)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される);
条件(ii):
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(d)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有し、好ましくは、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される);
条件(iii):
前記染色体における、SNP(a)およびSNP(c)の部位間の領域の塩基配列を含み、または、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(a)、SNP(b)、およびSNP(c)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される);
条件(iv):
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(l)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される);
条件(v):
前記染色体における、SNP(f)およびSNP(k)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、およびSNP(k)からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される)。
【0125】
前記領域に座乗する前記SNPマーカーは、前記SNP(a)~(d)および(f)~(l)に加えて、または、代えて、前記SNP1~66を用いてもよい。具体例として、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記SNPマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件(vi)または(vii)があげられる。
条件(vi):
前記染色体における、SNP(b)およびSNP(l)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される);
条件(vii):
前記染色体における、SNP(f)およびSNP(k)の部位間の領域の塩基配列を含み、または座乗し、且つ、
前記領域の塩基配列において、SNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有する(で特定される)。
【0126】
前記抵抗性遺伝子座は、例えば、後述する受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物の第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座である。
【0127】
本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーによれば、例えば、ユーストマ植物に対して、ユーストマ立枯病抵抗性を付与することができる。本開示において、ユーストマ植物の前記ユーストマ立枯病抵抗性の程度は、後述する実施例1の方法に準じて、ユーストマ植物の発病度を評価し、全調査個体(SA)に占める発病度1の個体(S1)の割合(S1/SA×100(%))により表すことができる。そして、前記ユーストマ立枯病抵抗性の評価では、前記割合(S1/SA×100(%))が、例えば、50%以上、55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上の場合、前記調査個体または調査個体群は、ユーストマ立枯病抵抗性であると評価できる。前記ユーストマ立枯病抵抗性の判断に使用するユーストマ植物(調査個体または調査個体群)の数は、例えば、前記割合を算出可能な数であり、具体例として、40~50株である。
【0128】
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物>
別の態様において、本開示は、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すユーストマ植物を提供する。本開示のユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含む。本開示のユーストマ植物は、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むことから、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すことができる。本開示のユーストマ植物の説明において、前記第20染色体上の前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、例えば、本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
【0129】
本開示のユーストマ植物において、前記ユーストマ立枯病抵抗性は、前述のように、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座によってもたらされる。本開示のユーストマ植物は、前記抵抗性遺伝子座を第20染色体上に有するが、例えば、第20染色体に代えて、第20染色体以外のどの染色体上に、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有してもよい。すなわち、前記抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物は、第1染色体、第2染色体、第3染色体、第4染色体、第5染色体、第6染色体、第7染色体、第8染色体、第9染色体、第10染色体、第11染色体、第12染色体、第13染色体、第14染色体、第15染色体、第16染色体、第17染色体、第18染色体、第19染色体、第21染色体、第22染色体、第23染色体、第24染色体、第25染色体、第26染色体、第27染色体、第28染色体、第29染色体、第30染色体、第31染色体、第32染色体、第33染色体、第34染色体、第35染色体、および第36染色体のいずれかの染色体上に、前記第20染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。
【0130】
本開示のユーストマ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を1つ含んでもよいし、2つ以上含んでもよく、具体例として、1対の染色体において、一方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよく(ヘテロ接合型)、両方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよい(ホモ接合型)。
【0131】
本開示のユーストマ植物において、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記本開示のユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性マーカーにおけるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。
【0132】
本開示のユーストマ植物において、前記抵抗性遺伝子座について前記「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」を行なう場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、2つのSNPマーカー間に座乗する抵抗性遺伝子座ということもできる。すなわち、本開示のユーストマ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座として、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間に座乗する抵抗性遺伝子座を含むということもできる。前記2つのSNPマーカーの組合せは、前記本開示のマーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。この場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、さらに、前記本開示のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」および/または「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」と組合せて特定されてもよい。この場合、前記抵抗性遺伝子座の特定に用いるSNPマーカーおよびSNPマーカーを含む塩基配列は、前記本開示のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」および「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。
【0133】
本開示のユーストマ植物は、一例として、受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物(Eustoma
grandiflorum)またはその後代系統があげられる。前記後代系統は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有する。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類:国際寄託
寄託機関名:独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名:日本国 〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 120号室
受託番号:FERM BP-22427
識別のための表示:Takii 21
受領日:2021年9月1日
【0134】
本開示のユーストマ植物は、前記受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物の第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含んでもよい。
【0135】
本開示のユーストマ植物は、例えば、ユーストマ植物に、前記抵抗性遺伝子座を導入することによっても製造できる。前記ユーストマ植物への前記抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、本開示のユーストマ植物との交雑もしくは胚培養、または従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。前記遺伝子工学的手法としては、例えば、遺伝子組み換え技術、ゲノム編集技術を用いた方法等があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。本開示のユーストマ植物との交雑により導入する場合、交雑に用いる本開示のユーストマ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
【0136】
本開示のユーストマ植物について、ユーストマ立枯病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。
【0137】
本開示のユーストマ植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。
【0138】
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分>
別の態様において、本開示は、ユーストマ立枯病に抵抗性を示すユーストマ植物の部分を提供する。本開示は、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分である。本開示のユーストマ植物は、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含む。本開示のユーストマ植物の部分は、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むことから、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すことができる。本開示のユーストマ植物の説明において、前記第20染色体上の前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、例えば、本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーと読み替え可能である。
【0139】
前記植物の部分は、例えば、植物細胞、植物プロトプラスト、植物体を再生可能な植物細胞培養物または組織培養物、植物カルス、植物塊(plant clumps)、植物または植物の部分から単離した植物細胞、分裂組織細胞(meristematic cell)、花、花弁、花芽、雌しべ、花冠、花粉、葉、葉柄、葉髄、子葉、子房(ovary)、胚、胚珠、胚軸、胚嚢、卵細胞、小胞子(microspore)、葯、雌しべ、花、子房(ovary)、挿し木、穂木(接ぎ穂)、台木、根、根の先端(根端)、種子、果実、幹、茎、苗等があげられる。前記植物の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記花粉は、成熟した花粉でも、未成熟の花粉でもよい。
【0140】
本開示の植物の部分は、例えば、本開示のユーストマ植物において、目的の部位を取得することにより製造できる。
【0141】
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法>
別の態様において、本開示は、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示す、ユーストマ植物の製造方法を提供する。本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法(以下、「製造方法」ともいう)は、下記(a)および(b)工程を含む。本開示の製造方法は、下記(a)の工程のみを含んでもよい。
【0142】
(a)前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と、他のユーストマ植物とを交雑(交配)する工程;
(b)前記(a)工程より得られたユーストマ植物またはその後代系統から、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程。
【0143】
本開示の製造方法によれば、前記本開示のユーストマ植物を他のユーストマ植物と交雑することにより、得られた後代系統から、ユーストマ立枯病に抵抗性を示すユーストマ植物を得ることができる。本開示の製造方法によれば、任意のユーストマ植物を用いて、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すユーストマ植物の品種を育種できる。このため、本開示の製造方法は、例えば、育種方法または育成方法ということもできる。
【0144】
本開示の製造方法において、前記抵抗性遺伝子座は、前記本開示のマーカーにおける抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。また、本開示において、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記本開示の抵抗性マーカーと言いかえることができ、その説明を援用できる。
【0145】
前記(a)工程において、第一の親として使用するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、前記本開示の抵抗性ユーストマ植物であればよい。前記抵抗性ユーストマ植物は、例えば、前述のような受託番号FERM BP-22427で寄託されたユーストマ植物またはその後代系統が好ましい。前記(a)工程において、第一の親として使用するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、例えば、後述する本開示のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、例えば、前記(a)工程に先立って、例えば、被検ユーストマ植物から、下記(x)工程により選抜して準備してもよい。
(x)被検ユーストマ植物から、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程。
【0146】
前記(x)工程において、前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜は、例えば、被検ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性を直接および/または間接的に評価し、前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜することにより実施できる。前記直接的な評価は、前述のユーストマ立枯病抵抗性の発病度を用いた評価方法の説明を援用できる。
【0147】
前記間接的評価により実施する場合、前記(x)工程において、前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜は、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜ということができる。このため、前記(x)工程は、例えば、下記(x1)工程および(x2)工程により行うことができる。
【0148】
(x1)前記被検ユーストマ植物の染色体上における、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(x2)前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検ユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程
【0149】
前記(x)工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜であり、具体的には、前記被検ユーストマ植物について、前記抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記抵抗性ユーストマ植物を選抜できる。前記(x2)工程において、例えば、一対の染色体における一方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合に、前記被検ユーストマ植物を、前記抵抗性ユーストマ植物として選抜してもよいし、一対の染色体における両方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合、前記被検ユーストマ植物を、前記抵抗性ユーストマ植物として選抜してもよいが、後者が好ましい。前記(x1)工程における前記抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本開示のマーカーにおいて説明したように、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を規定する、(1)前記SNPマーカー、(2)前記SNPマーカーを含む塩基配列、(3)前記2つのSNPマーカーの部位間の領域、およびこれらの組合せを用いて検出できる。具体的には、前記(x1)工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するSNP等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。
【0150】
前記(x)工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本開示は、これらには限定されない。また、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。
【0151】
(1)SNPマーカーによる特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜である。前記選択されるSNPマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本開示のマーカーにおける「(1)SNPマーカーによる特定」の説明を援用できる。
【0152】
(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜である。前記(a)、(b)、(c)、(d)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、(k)、および(l)のポリヌクレオチドは、例えば、前記本開示のマーカーにおける「(2)SNPマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。
【0153】
(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定
前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列を含むユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜である。前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーにおける「(3)2つのSNPマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。
【0154】
具体例として、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択された少なくとも一つのSNPマーカーを有するユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜があげられる。
【0155】
また、前記(x)工程における前記選抜は、例えば、前記条件(i)、(ii)、(iii)、(iv)、(v)、(vi)、または(vii)を満たすユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物の選抜でもよい。
【0156】
前記2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列の有無により検出する場合、前記(x1)工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物のゲノム(ゲノムDNA)の塩基配列を解読する。ついで、前記(x1)工程では、得られた塩基配列と、前記寄託系統のゲノム(ゲノムDNA)の塩基配列と比較することにより、塩基配列が一致するか否かにより検出できる。前記塩基配列の解読は、例えば、被検ユーストマ植物のゲノム(ゲノムDNA)を含む試料を含む試料と、シークエンス用試薬と、シークエンサーとを用いて実施できる。また、前記塩基配列の比較は、例えば、塩基配列の解析ソフト(例えば、前述のBLAST等)により実施できる。得られた塩基配列において、塩基配列を比較する領域は、前記2つのSNPマーカーの部位間の領域である。これにより、前記(x1)工程では、前記寄託系統における2つのSNPマーカーの部位間の領域の塩基配列と一致する、または前述の同一性を満たす塩基配列を有するユーストマ植物を、前記抵抗性遺伝子座を含む被検ユーストマ植物として特定(同定または検出)できる。そして、前記(x2)工程では、例えば、前記抵抗性遺伝子座を含む被検ユーストマ植物を、本開示のユーストマ植物またはその後代系統、すなわち、ユーストマ立枯病抵抗性を示すユーストマ植物として選抜する。
【0157】
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第20染色体である。
【0158】
また、前記(a)工程において、他方の親として使用するユーストマ植物は、特に制限されず、例えば、既知のユーストマ立枯病抵抗性を有するまたは有さないユーストマ植物でもよいし、他の抵抗性を有するまたは有さないユーストマ植物でもよいし、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物でもよい。
【0159】
前記(a)工程において、前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と前記他のユーストマ植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。
【0160】
前記(b)工程において、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する対象は、例えば、前記(a)工程より得られたユーストマ植物でもよいし、さらに、そのユーストマ植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のユーストマ植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記(a)工程の交雑によって得られたF1のユーストマ植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記F1のユーストマ植物と他のユーストマ植物とを交雑することによって得られたユーストマ植物であってもよい。
【0161】
前記(b)工程において、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜は、例えば、ユーストマ立枯病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。
【0162】
前記(b)工程において、前記直接的な確認は、得られた前記F1のユーストマ植物またはその後代系統について、例えば、ユーストマ立枯病抵抗性を、前述の発病度によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記F1のユーストマ植物またはその後代系統に対して、例えば、ユーストマ立枯病菌を接種して、ユーストマ立枯病抵抗性を、前記全調査個体に占める発病度1の個体の割合によって評価することで確認できる。この場合、例えば、前記所定の基準を満たす前記F1のユーストマ植物またはその後代系統を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜できる。
【0163】
また、前記(b)工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記(b1)および(b2)工程によって行うことができる。
(b1)前記(a)工程より得られたユーストマ植物またはその後代系統について、染色体上における、ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
(b2)前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の存在により、前記(a)工程により得られたユーストマ植物またはその後代系統を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程
【0164】
前記(b)工程におけるユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の間接的な確認による選抜は、例えば、前記(x)工程において説明した方法と同様であり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。
【0165】
本開示の製造方法は、前記(b)工程において選抜されたユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を、さらに育成することが好ましい。
【0166】
このように、前記ユーストマ立枯病抵抗性が確認された前記ユーストマ植物またはその後代系統を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜できる。
【0167】
本開示の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。
【0168】
本開示の製造方法は、前記(a)工程および前記(b)工程を含むが、本開示はこれに限定されず、前記(a)工程のみを含んでもよい。この場合、前記(a)工程で用いる本開示のユーストマ植物は、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
【0169】
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法>
別の態様において、本開示は、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示す、ユーストマ植物をスクリーニングする方法を提供する。本開示のスクリーニング方法は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法であって、被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程を含む。本開示のスクリーニング方法によれば、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示す可能性があるユーストマ植物をスクリーニングできる。また、本開示のスクリーニング方法によれば、交雑によりユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を生産するための親をスクリーニングすることができる。
【0170】
前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜は、例えば、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法における前記(x)工程の説明を援用できる。
【0171】
<ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法>
別の態様において、本開示は、ユーストマ植物におけるユーストマ立枯病に対する抵抗性を検出する方法を提供する。本開示の検出方法は、ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法であって、被検ユーストマ植物の第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。本開示の検出方法によれば、対象のユーストマ植物がユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すかを検出できる。本開示のユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法は、例えば、ユーストマ植物におけるユーストマ立枯病抵抗性のスクリーニング方法ということもできる。
【0172】
前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の検出は、例えば、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法における前記(x)工程の間接的な選抜、すなわち、前記(x1)工程の説明を援用できる。具体例として、前記検出工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するSNP等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。検出を行なう染色体は、好ましくは、第20染色体である。
【0173】
<ユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法>
別の態様において、本開示は、ユーストマ植物に、ユーストマ立枯病の抵抗性を付与する方法を提供する。本開示のユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法は、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を、ユーストマ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。本開示の付与方法によれば、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座、すなわち、前記本開示のユーストマ立枯病抵抗性マーカーを導入することにより、ユーストマ植物にユーストマ立枯病抵抗性を付与できる。
【0174】
前記導入工程において、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されない。前記導入方法は、例えば、前記抵抗性ユーストマ植物と交雑または胚培養、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。前記抵抗性ユーストマ植物との交雑により導入する場合、前記抵抗性ユーストマ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。
【0175】
<寄託系統またはその後代系統の識別方法>
別の態様において、本開示は、FERM BP-22427で特定される寄託系統またはその後代系統を識別しうる方法を提供する。本開示の識別方法は、FERM BP-22427で特定される寄託系統またはその後代系統の識別方法であって、被検ユーストマ植物のSNP1~65およびSNP66からなる群から選択された少なくとも1つのSNPを検出するSNP検出工程を含む。本開示の識別方法によれば、前記被検ユーストマ植物が、前記寄託系統またはその後代系統であるかを識別しうる。前記識別は、例えば、鑑別、鑑定、検出、判定、判別、評価等ということもできる。このため、本開示の識別方法は、例えば、鑑別方法、鑑定方法、検出方法、判定方法、判別方法、評価方法等ということもできる。
【0176】
前記SNP検出工程において、各SNPの検出は、各SNPを含むポリヌクレオチドの塩基配列に基づき、常法により実施できる。SNP1~66を含むポリヌクレオチドは、後述の実施例2を参照できる。
【0177】
前記SNP検出工程において、検出するSNPの数は、特に制限されず、例えば、SNP1~66のうち、いずれか1つまたは複数を検出してもよいし、全部を検出してもよい。前記SNP検出工程において、前記被検ユーストマ植物におけるSNPを相対的に多く検出することにより、本開示の識別方法は、より高い確度で、前記被検ユーストマ植物が、前記寄託系統またはその後代系統であるかを識別できる。
【0178】
本開示の識別方法は、さらに、前記被検ユーストマ植物のSNPと、対応する基準SNPとを比較して、前記被検ユーストマ植物が前記寄託系統またはその後代系統であるかを評価する評価工程を含んでもよい。前記基準SNPは、前記寄託系統のSNP1~66である。具体例として、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物のSNPが前記基準SNPと一致する場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統であると評価できる。他方、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物のSNPが前記基準SNPと一致しない場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統ではないと評価できる。
【0179】
前記評価工程において、複数のSNPを用いて評価する場合、例えば、前記被検ユーストマ植物のSNP(評価対象のSNP)と、前記基準SNPとの一致率により評価してもよい。前記一致率は、評価対象のSNPの数(A)に占める、前記基準SNPと一致した前記被検ユーストマ植物のSNPの数(T)の割合(T/A×100(%))として算出できる。この場合、本開示の識別方法は、前記評価工程に先立ち、前記被検ユーストマ植物のSNP(評価対象のSNP)と、基準SNPとから、SNPの一致率を算出してもよい。そして、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNPと前記基準SNPとの一致率が、所定の割合を満たす場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統であると評価する。他方、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNPと前記基準SNPとの一致率が、所定の割合を満たさない場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統ではないと評価する。前記所定の割合は、例えば、1%以上、3%以上、5%以上、10%以上、15%以上、20%以上、25%以上、30%以上、35%以上、40%以上、45%以上、50%以上、55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、75%以上、80%以上、85%以上、90%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、または99%以上である。
【0180】
前記評価工程において、複数のSNPを用いて評価する場合、例えば、前記被検ユーストマ植物のSNP(評価対象のSNP)と、前記基準SNPとの間で一致したSNPの数により評価してもよい。この場合、本開示の識別方法は、前記評価工程に先立ち、前記被検ユーストマ植物のSNP(評価対象のSNP)と、基準SNPとから、一致するSNPの数を算出してもよい。そして、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNPと前記基準SNPとの間で一致したSNPの数が、所定の数を満たす場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統であると評価する。他方、前記評価工程では、例えば、前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNPと前記基準SNPとの間で一致したSNPの数が、所定の数を満たさない場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統ではないと評価する。前記所定の数は、例えば、2個以上、3個以上、4個以上、5個以上、6個以上、7個以上、8個以上、9個以上、10個以上、15個以上、20個以上、25個以上、30個以上、35個以上、40個以上、45個以上、50個以上、55個以上、60個以上、61個以上、62個以上、63個以上、64個以上、または65個以上である。なお、SNP1~66は、寄託系統において、第20番染色体上の抵抗性遺伝子座に近位においてハプロイドであるSNPである。このため、前記SNP1~66のうち、2つ以上のSNPが一致する場合、一般的には、前記寄託系統またはその後代系統と判断される。前記評価工程においては、前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNP2~5のいずれか1つ以上と前記基準SNPにおけるSNP2~5のいずれか1つ以上との間でSNPが一致し、かつ前記被検ユーストマ植物の評価対象のSNPと前記基準SNPとの間で一致したSNPの数が、所定の数を満たす場合、前記被検ユーストマ植物は、前記寄託系統またはその後代系統であると評価してもよい。この場合、前記所定の数は、例えば、前述の説明を援用できる。
【実施例】
【0181】
以下、実施例を用いて本開示を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。
【0182】
[実施例1]
新規な立枯病抵抗性ユーストマ植物について、ユーストマ立枯病菌に対し抵抗性を示すことを確認し、また新規なユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の特定を行った。
【0183】
ユーストマ植物において、ユーストマ立枯病菌(Fusarium
oxysporum)に抵抗性をもつ植物を選抜するために、非特許文献1に準じて、タキイ種苗株式会社が保有する種々のユーストマ植物に対して立枯病菌を用いて接種試験を行った。具体的には、立枯病菌の接種試験は、以下のように行った。
【0184】
(1)供試植物
接種に供試するユーストマ植物は、タキイたねまぎ培土を詰めた288穴セルトレイに播種し、12週間育苗した。前記育苗後、前記ユーストマ植物は、タキイたねまぎ培土を詰めた55穴セルトレイに移植した。
【0185】
(2)接種試験
ユーストマ立枯病菌(Fusarium
oxysporum)は、山形県のユーストマ栽培圃場において、自然発病した立枯病罹病ユーストマ植物に由来するものを使用した。前記立枯病菌は、下記の接種試験により、前記罹病性ユーストマ植物に感染可能な病原菌であることを確認した。
【0186】
下記組成のショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地において、25℃の条件下、フラスコ内で4日間振盪培養した。前記培養後、2重ガーゼでろ過し、胞子濃度を1×107胞子/mlに調整した。その後、前記調整物を接種源とし、接種試験に供試した。また、前記接種試験に供試するユーストマ植物は、前記実施例1(1)で得たユーストマ植物を用いた。前記接種試験は、実施例1(1)で移植した当日に、前記接種源を1個体当たり20ml潅注し、前記潅注後、25℃、12時間日長の条件下で、3週間生育させた。前記生育後に発病程度の評価を行った。
【0187】
(ショ糖加用ジャガイモ煎汁液体培地)
ジャガイモ(300.0g煎汁) 1000mL
Ca(NO3)2・4H2O 0.5g
Na2HPO4・12H2O 2.0g
ペプトン 5.0g
ショ糖 20.0g
pH6.8~7.0
【0188】
前記発病度の評価は、以下の3段階の基準にしたがって評価することにより実施した。各発病指数の代表例を
図2に示す。
発病度1:無病徴
発病度2:植物体の一部が萎凋
発病度3:植物体の全体が萎凋または枯死
【0189】
(3)寄託系統の確立
前記接種試験を行った結果、高度な立枯病抵抗性を示す、新規の立枯病抵抗性ユーストマ系統を得た。以下、この立枯病抵抗性ユーストマ植物を親系統という。また、前記親系統は、受託番号FERM BP-22427で寄託した。以下、前記親系統を、寄託系統ともいう。
【0190】
(4)抵抗性遺伝子座の特定
立枯病抵抗性を持つ前記寄託系統(以下、「PR系統」ともいう)と、立枯病罹病性(感受性)ユーストマ植物「ミンク」(タキイ種苗株式会社、以下、「PS系統」ともいう)とを交雑して、F1世代を取得した。つぎに、前記F1世代を自殖することにより、F2世代の種子を得た。さらに、前記F2世代の植物を自殖することにより、192個体のF3世代種子(以下、「192系統」ともいう)を得た。
【0191】
前記192系統について、PureGene DNA抽出キット(Gentra社製)を用いて、ゲノムDNAを抽出した。前記抽出したゲノムDNAは、GRAS-Di方法により解析を行った。前記解析において、前述のEgra_v1.0をリファレンス配列に用いて、ゲノム全体における一塩基多型(以下、SNP)の情報を取得した。
【0192】
また、前記192系統について、接種試験を行った。具体的には、接種試験の供試植物に前記192系統を用いた以外は、前記実施例1(2)の接種試験と同様にして、接種試験を実施した。発病程度の評価を行った結果、10個体以上の発病程度が評価でき、かつSNPの情報の欠測値が20%以下であったのは、111系統(各10~15個体)であった。前記111系統の接種結果、および前記GRAS-Di方法により取得した全ゲノムSNP情報に基づき、QTL解析を行った。前記QTL解析には、R/qtlを用いた。これらの結果を、
図3に示す。
【0193】
図3は、染色体上におけるLOD値を示すグラフである。
図3において、横軸は、染色体上の位置およびSNPマーカーを示し、縦軸はLOD値を示す。具体的には、
図3において、「Egra_v1_ChrX_Y」は、第X染色体におけるY番目の塩基(SNP)を意味する。また、
図3中の破線は、LOD値の閾値を示す。
図1に示すように、第20染色体の3-5Mb付近に、CIM(composite interval mapping)で算出されるLOD値のピーク値が、25を示すQTL領域を1つ検出した。
【0194】
PR系統およびPS系統間のSNP情報を取得するために、前記PR系統および前記PS系統について、リシーケンスを行った。前記リシーケンスで得たSNP情報と、前記QTL領域をもとに、前記1の5つのSNPマーカーを構築した。前記表1におけるSNP1~5は、それぞれ、SNP(e)、SNP(a)、SNP(b)、SNP(c)、およびSNP(d)に対応する。前記表1において、括弧で示す塩基[N1/N2]が、一塩基多型を示し、N1が、PS系統の多型(塩基)、すなわち、罹病性の多型であり、N2が、PR系統の多型(塩基)、すなわち、耐病性の多型(塩基)である。
【0195】
つぎに、前記F2世代3000個体および前記F3世代2300個体について、接種試験を行った。具体的には、前記接種試験の供試植物として、前記F2世代またはF3世代を用いた以外は、前記実施例1(2)の接種試験と同様にして接種試験を実施した。そして、各個体について、前記ユーストマ立枯病菌への抵抗性を、前記発病指数(表現型)に基づき評価した。また、核供試植物からDNAを抽出し、前記SNPマーカーを用いて、SNPの分析を行った。これらの結果を、下記表3に示す。
【0196】
【0197】
前記表3は、ユーストマ植物の遺伝子型および発病度を示す表である。前記表3において、Aは、各SNPを罹病性のホモ接合型で保有することを示し、Bは、各SNPを抵抗性のホモ接合型で保有することを示し、Hは、各SNPをヘテロ接合型で保有することを示す。また、前記表3において、BおよびHは、網掛けで示している。前記表3に示すように、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3839851、およびEgra20_3961378のSNPマーカーが、抵抗性のホモ接合(B)またはヘテロ接合(H)である場合、前記F2世代および前記F3世代は、ユーストマ立枯病菌に対して抵抗性を示した。以上のことから、ユーストマ立枯病菌に対する抵抗性遺伝子は、第20染色体の3,703,734bpと3,961,378bpとの間に座乗していることがわかった、すなわち、この領域が、ユーストマ立枯病菌抵抗性遺伝子座の座乗領域であることがわかった。さらに、個体数が少ないもののEgra20_3961378がAである場合、すなわち、遺伝子型が、上流のSNPから、(7)HHHHA、または(11)BBBBAである場合も、抵抗性を示すこと、またEgra20_3703734がAである場合、すなわち、遺伝子型が、上流のSNPから、(9)AAHHHである場合も、抵抗性を示すこと、および第20染色体の3,703,734bpから100塩基下流、3,961,378bpから100塩基上流には、SNPがないことから、前記立枯病菌抵抗性遺伝子は、第20染色体の3,703,834bpと3,961,278bpとの間(おおよそSNP(a)-SNP(d)間)に存在することが強く示唆された。また、前記F2世代および前記F3世代の遺伝様式から、前記立枯病菌抵抗性遺伝子は、単一かつ優性であることが強く示唆された。
【0198】
(5)市販品種のSNPの分析
新規な立枯病抵抗性ユーストマ植物が有する抵抗性遺伝子座について、他のユーストマ植物が有していないことを確認した。
【0199】
下記表4の各ユーストマ植物について、DNAを抽出し、前記立枯病菌抵抗性遺伝子に強く連鎖したEgra20_3759258、およびEgra20_3839851を含むSNPマーカーを用いて、SNP分析を行った。これらの結果を下記表4に示す。下記表4において、Aは、各SNPを罹病性のホモ接合で保有することを示し、Bは、各SNPを抵抗性のホモ接合で保有することを示す。また、下記表4において、Bは、網掛けで示している。下記表4に示すように、PR系統は、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3839851、およびEgra20_3961378の全てのSNPマーカーについて、抵抗性のホモ接合型で保有していた。これに対し、PR系統を除くユーストマ植物は、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3839851、およびEgra20_3961378の全てのSNPマーカーについて、罹病性のホモ接合型を保有していた。これらの結果から、前記SNPは、PR系統に特異的であることがわかった。
【0200】
【0201】
以上のことから、PR系統を第1の親とし、ユーストマ立枯病罹病性ユーストマ植物を第2の親として交配することによって、ユーストマ立枯病抵抗性をもつユーストマ植物を得ることができ、本開示の抵抗性遺伝子座は、優性遺伝することがわかった。さらに、前記SNPマーカーを用いることで、本開示のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜できることがわかった。
【0202】
[実施例2]
寄託系統およびその後代系統を識別可能なSNPマーカーを同定した。
【0203】
(1)寄託系統のSNPマーカー
寄託系統(PR系統)および下記市販のユーストマ品種を用いて、寄託系統特異的なSNPマーカーを探索した。
(タキイ種苗社製)パレオピンク、ファルダダブルブルー、ミンク、ラ・フォリア、雪てまり、マイコ
(カネコ社製)エグゼラベンダー、コレゾライトピンク
(住化農業資材社製)セレブピンク、海ほのか
(サカタのタネ社製)ロベラ クリアピンク
(ミヨシ社製)ボレロホワイト
【0204】
具体的には、寄託系統(PR系統)および前記市販のユーストマ品種について、下記表4A~4Fに記載のSNPの解析を行なった。前記表2A~表2Bにおいて、括弧で示す塩基[N1/N2]が、一塩基多型を示し、N1が、寄託系統以外の系統の多型(塩基)であり、N2が、寄託系統の多型(塩基)である。この結果を、下記表5A~5Cに示す。また、下記表中において、Aは、寄託系統以外の系統の多型をホモ接合で保有することを示し、Bは、寄託系統の多型をホモ接合で保有することを示す。下記表5A~5Cに示すように、前記ユーストマ植物において、前記SNP1~5に加えて、SNP6~66も寄託系統に特異的なSNPマーカーであることがわかった。このため、前記抵抗性遺伝子座の検出に加えて、SNP6~66の検出を組合せることにより、寄託系統およびその後代系統を識別可能であることが強く示唆された。
【0205】
【0206】
【0207】
【0208】
[実施例4]
新規な立枯病抵抗性ユーストマ植物について、ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座の詳細な位置の特定を行った。
【0209】
寄託系統と前記PS系統とを交雑して、F2世代を取得した(1834個体)。得られたF2世代について、SNP(b)(Egra20_3759258)、SNP(c)(Egra20_3839851)、SNP(k)(Egra20_3914662)、およびSNP(l)(Egra20_3939402)の多型(遺伝子型)を決定した。この結果、組み変わり個体として、SNP(b)とSNP(f)の間の組み変わり個体が3個体、SNP4とSNP44の間の組み変わり個体が、1個体、SNP44とSNP55の間の組み変わり個体が、12個体であり、合計計16個体の組み変わり個体が得られた。各組み変わり個体の出現率から、SNP3-4間、SNP4-44間、SNP44-55間のマーカー間の遺伝距離は、それぞれ、0.16cM、0.06cM、0.65cMと推定された。これらの組み換わり個体から自殖種子を採種し、一部の系統について、接種試験を行った。また、それらの接種供試個体について、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)の多型(遺伝子型)を決定した。これらの結果を下記表6に示す。下記表中において、Aは、寄託系統以外の系統の多型をホモ接合で保有することを示し、Bは、寄託系統の多型をホモ接合で保有することを示し、Hは、寄託系統以外の系統の多型と寄託系統の多型とをヘテロ接合で保有することを示す。
【0210】
【0211】
前記表6に示すように、ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、SNP(b)とSNP(l)との間、特に、SNP(f)とSNP(k)との間に座乗していることがわかった。また、SMP(b)~SNP(l)の遺伝学的距離が、0.87cMであることから、SNP(b)、SNP(c)、SNP(f)、SNP(g)、SNP(h)、SNP(i)、SNP(j)、SNP(k)、およびSNP(l)は、いずれもユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座と強く連鎖しており、いずれか1つ以上を検出すれば、本開示のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出できることがわかった。
【0212】
以上、実施形態および実施例を参照して本開示を説明したが、本開示は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本開示の構成や詳細には、本開示のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。
【0213】
この出願は、2021年10月22日に出願された日本出願特願2021-173508を基礎とする優先権を主張し、その開示の全てをここに取り込む。
【0214】
<付記>
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物>
(付記1)
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含む、ユーストマ植物。
(付記2)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、
SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカー
で特定される、付記1に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物。
(付記3)
Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、付記2に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物。
(付記4)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチド、および/または、
SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチド
で特定される、付記1から3のいずれかに記載のユーストマ植物:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記5)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、付記4に記載のユーストマ植物。
(付記6)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記1から5のいずれかに記載のユーストマ植物。
(付記7)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、付記6に記載のユーストマ植物。
(付記8)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
付記7に記載のユーストマ植物。
(付記9)
前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物またはその後代系統である、付記1から8のいずれかに記載のユーストマ植物。
(付記10)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座に由来する、付記1から9のいずれかに記載のユーストマ植物。
<ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分>
(付記11)
付記1から10のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の部分。
(付記12)
前記植物の部分が、種子である、付記11に記載の植物の部分。
<製造方法>
(付記13)
下記(a)および(b)工程を含むことを特徴とする、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法:
(a)付記1から10のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と、他のユーストマ植物とを交雑する工程;
(b)前記(a)工程より得られたユーストマ植物またはその後代系統から、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程。
(付記14)
前記(a)工程に先立って、下記(x)工程を含む、付記13に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(x)被検ユーストマ植物から、付記1から10のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を選抜する工程
(付記15)
前記(x)工程における前記選抜が、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記14に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記16)
前記(x)工程における前記選抜が、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記15に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記17)
前記(x)工程における前記選抜が、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記16に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記18)
前記(x)工程における前記選抜が、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドおよび/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記15から17に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記19)
前記(x)工程における前記選抜が、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記18に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記20)
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記15から19のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記21)
前記(x)工程における前記選抜が、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記20に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記22)
前記(x)工程における前記選抜が、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記21に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記23)
前記(b)工程における前記選抜が、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記13から22のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記24)
前記(b)工程における前記選抜が、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記13から23のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記25)
前記(b)工程における前記選抜が、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記24に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記26)
前記(b)工程における前記選抜が、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドおよび/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記13から25のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記27)
前記(b)工程における前記選抜が、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記26に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記28)
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記13から27のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記29)
前記(b)工程における前記選抜が、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記28に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
(付記30)
前記(b)工程における前記選抜が、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の選抜である、付記29に記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物の製造方法。
<付与方法>
(付記31)
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を、ユーストマ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、ユーストマ植物へのユーストマ立枯病抵抗性の付与方法。
(付記32)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、付記31に記載の付与方法。
(付記33)
Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、付記32に記載の付与方法。
(付記34)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチド、および/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、付記31から33のいずれかに記載の付与方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記35)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、付記34に記載の付与方法。
(付記36)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記31から35のいずれかに記載の付与方法。
(付記37)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、付記36に記載の付与方法。
(付記38)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
付記37に記載の付与方法。
(付記39)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座に由来する、付記31から38のいずれかに記載の付与方法。
(付記40)
付記1から10のいずれかに記載のユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物と交雑することにより、前記第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を導入する、付記31から39のいずれかに記載の付与方法。
(付記41)
前記ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物は、受託番号FERM BP-22427で特定されるユーストマ植物またはその後代系統である、付記40に記載の付与方法。
<ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性マーカー>
(付記42)
ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性マーカーであって、
第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、マーカー。
(付記43)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカー
で特定される、付記42に記載のマーカー。
(付記44)
Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、付記43に記載のマーカー。
(付記45)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチド、および/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、付記42から44のいずれかに記載のマーカー:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記46)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定される、付記45に記載のマーカー。
(付記47)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/またはSN1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗している、付記42から46いずれかに記載のマーカー。
(付記48)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、付記47に記載のマーカー。
(付記49)
前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座は、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
付記48に記載のマーカー。
<ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法>
(付記50)
ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性の検出方法であって、
被検ユーストマ植物について、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。
(付記51)
前記検出工程において、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、
SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカーを検出することにより、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記50に記載の検出方法。
(付記52)
前記検出工程において、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーを検出することにより、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記51に記載の検出方法。
(付記53)
前記検出工程において、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチド、および/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドを検出することにより、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記50から52のいずれかに記載の検出方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記54)
前記検出工程において、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドを検出することにより、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記53に記載の検出方法。
(付記55)
前記検出工程において、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記50から54のいずれかに記載の検出方法。
(付記56)
前記検出工程において、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗している、ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記55に記載の検出方法。
(付記57)
前記検出工程において、 前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を検出する、付記56に記載の検出方法。
<ユーストマ植物のユーストマ立枯病抵抗性のスクリーニング方法>
(付記58)
ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物のスクリーニング方法であって、
被検ユーストマ植物から、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含むユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。
(付記59)
前記選抜工程において、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378からなる群から選択されたSNPマーカー、および/または、SNP1~65および66からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記58に記載のスクリーニング方法。
(付記60)
前記選抜工程において、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記59に記載のスクリーニング方法。
(付記61)
前記選抜工程において、下記(a)~(d)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチド、および/または、SNP1~65および66を含むポリヌクレオチドからなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記58から60のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a)下記(a1)、(a2)、または(a3)のポリヌクレオチド:
(a1)配列番号1の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(a2)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(a3)前記(a1)の101番目の塩基(T)が保存され、前記(a1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(a1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b)下記(b1)、(b2)、または(b3)のポリヌクレオチド:
(b1)配列番号2の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(b2)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(b3)前記(b1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(b1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(b1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c)下記(c1)、(c2)、または(c3)のポリヌクレオチド:
(c1)配列番号3の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(c2)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列において、1~20個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(c3)前記(c1)の101番目の塩基(A)が保存され、前記(c1)の塩基配列に対して、90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(c1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d)下記(d1)、(d2)、または(d3)のポリヌクレオチド:
(d1)配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(d2)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(d3)前記(d1)の76番目の塩基(G)が保存され、前記(d1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(d1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f)下記(f1)、(f2)、または(f3)のポリヌクレオチド:
(f1)配列番号72の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(f2)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(f3)前記(f1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(f1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(f1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g)下記(g1)、(g2)、または(g3)のポリヌクレオチド:
(g1)配列番号73の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(g2)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(g3)前記(g1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(g1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(g1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h)下記(h1)、(h2)、または(h3)のポリヌクレオチド:
(h1)配列番号74の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(h2)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(h3)前記(h1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(h1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(h1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i)下記(i1)、(i2)、または(i3)のポリヌクレオチド:
(i1)配列番号75の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(i2)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(i3)前記(i1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(i1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(i1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j)下記(j1)、(j2)、または(j3)のポリヌクレオチド:
(j1)配列番号76の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(j2)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(j3)前記(j1)の51番目の塩基(G)が保存され、前記(j1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(j1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k)下記(k1)、(k2)、または(k3)のポリヌクレオチド:
(k1)配列番号77の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(k2)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(k3)前記(k1)の51番目の塩基(T)が保存され、前記(k1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(k1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l)下記(l1)、(l2)、または(l3)のポリヌクレオチド:
(l1)配列番号78の塩基配列からなるポリヌクレオチド;
(l2)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列において、1~15個の塩基が欠失、置換、挿入および/または付加された塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド;
(l3)前記(l1)の51番目の塩基(A)が保存され、前記(l1)の塩基配列に対して90%以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座において、前記ユーストマ立枯病抵抗性に関して前記(l1)のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
(付記62)
前記選抜工程において、前記(b)、(c)および(f)~(l)からなる群から選択されたポリヌクレオチドで特定されるユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記61に記載のスクリーニング方法。
(付記63)
前記選抜工程において、前記染色体における、Egra20_3656645、Egra20_3703734、Egra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、Egra20_3939402、およびEgra20_3961378、および/または、SNP1~66からなる群から選択された2つのSNPマーカーの部位間の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記58から62のいずれかに記載のスクリーニング方法。
(付記64)
前記選抜工程において、前記染色体における、
前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間、または
前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間、
の領域に座乗しているユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記63に記載のスクリーニング方法。
(付記65)
前記選抜工程において、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3759258、Egra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、Egra20_3914662、およびEgra20_3939402からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつEgra20_3833476、Egra20_3839851、Egra20_3849059、Egra20_3854638、Egra20_3857016、Egra20_3879982、およびEgra20_3914662からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
前記染色体における、前記Egra20_3759258および前記Egra20_3939402のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP14~SNP59およびSNP60からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、または
前記染色体における、前記Egra20_3833476および前記Egra20_3914662のSNPマーカーの部位間の領域に座乗し、かつSNP18~SNP48およびSNP49からなる群から選択されたSNPマーカーで特定される、
ユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を有するユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物を、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物として選抜する、付記64にスクリーニング方法。
<寄託系統または後代系統の識別方法>
(付記66)
FERM BP-22427で特定される寄託系統またはその後代系統の識別方法であって、
被検ユーストマ植物のSNP1~65およびSNP66からなる群から選択された少なくとも1つのSNPを検出するSNP検出工程を含む、識別方法。
(付記67)
前記被検ユーストマ植物のSNPと、対応する基準SNPとを比較して、前記被検ユーストマ植物が前記寄託系統またはその後代系統であるかを評価する評価工程を含む、付記66に記載の識別方法。
【産業上の利用可能性】
【0215】
以上のように、本開示によれば、ユーストマ立枯病に対して抵抗性を示すユーストマ植物を提供できる。このため、本開示は、例えば、農業分野、育種分野等において極めて有用である。
【要約】
ユーストマ立枯病抵抗性を示すユーストマ植物を提供する。本開示のユーストマ植物は、ユーストマ立枯病抵抗性ユーストマ植物であって、第20染色体上のユーストマ立枯病抵抗性遺伝子座を含む。
【配列表】