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特許7300079微生物、生ゴミの分解に用いるための組成物、および生ゴミ処理方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B1)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2023-06-21
(45)【発行日】2023-06-29
(54)【発明の名称】微生物、生ゴミの分解に用いるための組成物、および生ゴミ処理方法
(51)【国際特許分類】
C12N 1/20 20060101AFI20230622BHJP
C12R 1/07 20060101ALN20230622BHJP
【ＦＩ】
C12N1/20 A ZNA
C12N1/20 F
C12R1:07
【請求項の数】
13
(21)【出願番号】P 2023055613
(22)【出願日】2023-03-30
【審査請求日】2023-03-31
【微生物の受託番号】NPMD NITE BP-03807
【早期審査対象出願】
(73)【特許権者】
【識別番号】520327238
【氏名又は名称】株式会社ｋｏｍｈａｍ
(74)【代理人】
【識別番号】110003557
【氏名又は名称】弁理士法人レクシード・テック
(72)【発明者】
【氏名】森本 一
(72)【発明者】
【氏名】西山 すの
【審査官】藤山 純
(56)【参考文献】
【文献】特開２０００－１６６５４０（ＪＰ，Ａ）
【文献】国際公開第２０１０／０１２０３９（ＷＯ，Ａ１）
【文献】特開平０４－２３７４９１（ＪＰ，Ａ）
【文献】Definition: Bacillus sp. (in: firmicutes)strain SKF111034 16S ribosomal RNA gene, partial sequence，Database GenBank［online］，2021年05月24日，〈https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MZ229683.1/〉，Accession No.MZ229683
【文献】Suresh PV，Biodegradation of shrimp processing bio-waste and concomitant production of chitinase enzyme and N-acetyl-D-glucosamine by marine bacteria: production and process optimization，World J Microbiol Biotechnol，vol.28, no.10，2012年10月，pp.2945-2962
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １／２０
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬ／ＤＤＢＪ／ＧｅｎｅＳｅｑ
ＵｎｉＰｒｏｔ／ＧｅｎｅＳｅｑ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
バチルス科（Bacillaceae）に属し、受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている、微生物。
【請求項2】
請求項１に記載の微生物の変異株であって、
下記（１）～（９）の特性を有する微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
【請求項3】
請求項１に記載の微生物の変異株であって、
前記変異株は、
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含み、
キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する、微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列において、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
【請求項4】
前記変異株は、下記（１）～（７）および（８）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、請求項３に記載の微生物：（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する。
【請求項5】
キチン、でんぷん、およびカゼインの資化能を有する、請求項２または４に記載の微生物。
【請求項6】
前記変異株は、配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値９０％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、請求項２または３に記載の微生物。
【請求項7】
バチルス科（Bacillaceae）に属し、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含み、
キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する、微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
【請求項8】
下記（１）～（８）および（９）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、請求項７に記載の微生物：（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、およびカゼインの資化能を有する。
【請求項9】
請求項１から４、７、および８のいずれか一項に記載の微生物を含む、生ゴミの分解に用いるための組成物。
【請求項10】
請求項１から４、７、および８のいずれか一項に記載の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程を含む、生ゴミ処理方法。
【請求項13】
前記生ゴミは、甲殻類の外骨格、魚、肉、および米からなる群から選択される、請求項１０に記載の処理方法。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、微生物、生ゴミの分解に用いるための組成物、および生ゴミ処理方法に関する。
【背景技術】
【0002】
従来、生ゴミ等の廃棄物は、焼却処理場において焼却処分されてきた。しかしながら、近年、環境負荷の低減を目的として、微生物処理によって堆肥化（コンポスト化）する生ゴミ処理等が注目されている。
【0003】
また、前記生ゴミとして、カニやエビ等の甲殻類の外骨格が大量に廃棄されている。しかしながら、前記外骨格は、強い結晶構造を有する不溶性のキチンを含むため、廃棄処理が容易ではない（非特許文献１）。そこで、微生物処理によって前記外骨格等の廃棄処理を行うこと等が種々模索されている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【文献】関一人等. "木粉を用いた水産系廃棄物の堆肥化 (1): 廃棄物の化学的特性および寒冷地条件下における堆肥化装置を用いた初期分解過程." (2007): 8-14.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
そこで、本開示は、例えば、キチンおよびデンプン等の多糖、ならびに／または、カゼイン等のタンパク質等を分解可能な新規微生物を提供すること等を目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0006】
前記目的を達成するために、本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属し、
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている。
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている。
【0007】
本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属し、
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
【0008】
本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属し、
下記（１）～（９）の特性を有する：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ、ゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
下記（１）～（９）の特性を有する：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ、ゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
【0009】
本開示の生ゴミの分解に用いるための組成物は、本開示の微生物を含む。
【0010】
本開示の生ゴミ処理方法は、本開示の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程を含む。
【発明の効果】
【0011】
本開示によれば、例えば、キチンおよびでんぷん等の多糖、ならびに／または、カゼイン等のタンパク質等を分解可能な新規微生物を提供できる。
【図面の簡単な説明】
【0012】
【発明を実施するための形態】
【0013】
以下、本開示について、例をあげて具体的に説明する。以下、特に言及しない限り、各開示は、他の開示の説明を援用できる。
【0014】
本発明者らは、鋭意研究の結果、新規微生物を見出し、前記微生物を単離および同定することにより、本開示を確立するに至った。具体的には、本開示の微生物は、形態観察および生理・生化学的性状試験、１６Ｓ ｒＲＮＡの部分塩基配列解析ならびにゲノム塩基配列のＡＮＩ解析の結果、バチルス科（Bacillaceae）に属することは確認されたものの、バチルス科（Bacillaceae）に属する公知の属には属さず、新属の微生物であることを見出した。さらに、本発明者らは、鋭意研究の結果、前記微生物が、甲殻類の外骨格等に含まれるキチン、でんぷん、および／または、カゼインの分解能を示すことを見出し、本開示を確立するに至った。このため、本開示の微生物によれば、例えば、甲殻類の外骨格、魚、肉、および／または米等の分解処理等が期待される。
【0015】
本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属する新種の微生物である。本開示の微生物は、例えば、受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託される菌株またはその後代系統（以下、「Alkalithermobacillus komhamensis菌株」、「ｋｏｍｈａｍ１９６」ともいう。）を含む。
【0016】
＜ｋｏｍｈａｍ１９６＞
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６またはその後代系統は、例えば、下記（１）～（８）の特性を有する。
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃であり、好ましくは、４０～５０℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する。
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６またはその後代系統は、例えば、下記（１）～（８）の特性を有する。
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃であり、好ましくは、４０～５０℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する。
【0017】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、前記（１）～（８）の特性のうち、いずれか１つの特性を有してもよいし、複数の特性を有してもよいし、全ての特性を有してもよい。
【0018】
前記（１）～（８）の特性は、後述の実施例１（５）～（８）に準じて測定できる。
【0019】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、さらに、例えば、次の（９）の特性を有してもよい。
（９）キチン、でんぷん、および／またはカゼインの資化能を有し、好ましくは、キチンの資化能を有する。
（９）キチン、でんぷん、および／またはカゼインの資化能を有し、好ましくは、キチンの資化能を有する。
【0020】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、一例として、受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託された菌株（寄託系統）またはその後代系統があげられる。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類：国際寄託
寄託機関名：独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名：日本国 〒２９２－０８１８ 千葉県木更津市かずさ鎌足２－５－８ １２０号室
（ｋｏｍｈａｍ１９６）
受託番号：ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７
識別のための表示：ｋｏｍｈａｍ１９６
受領日：２０２３年１月２３日
寄託の種類：国際寄託
寄託機関名：独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名：日本国 〒２９２－０８１８ 千葉県木更津市かずさ鎌足２－５－８ １２０号室
（ｋｏｍｈａｍ１９６）
受託番号：ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７
識別のための表示：ｋｏｍｈａｍ１９６
受領日：２０２３年１月２３日
【0021】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含み、好ましくは、下記（Ｒ１）の塩基配列からなる遺伝子、すなわち、配列番号１で示す塩基配列からなる１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を有する。
【0022】
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
【0023】
前記（Ｒ１）において、配列番号１の塩基配列は、１６Ｓ ＲＮＡをコードする塩基配列である。前記配列番号１の塩基配列は、例えば、ｋｏｍｈａｍ１９６から単離できる。
【0024】
ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号１）
5'-AATGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAACCGACGAGGAGCTTGCTCCTCTTAGGTTAGTGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGTAGATTGGGATAACTTACGGAAACGTGAGCTAATACCGAATAATCCTTTTAGACGCATGTCTAAAAGTTAAAAGATGGCTCTGCTATCACTACAGGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGCAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTATCGGAGTAACTGCCGGTACCTTGACGGTACCTAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGtGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAATCTTGCGGCTCAACCGCAAGCGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGGGGTTTCGATGCCCTTAGTGCCGAAGTAAACACATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAGAGGGTCGCGAAGCCGCGAGGCGGAGCCAATCCCACAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACACACTACGTGAGCCAGCCGCCTAAGGGGACAAG-3'
5'-AATGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAACCGACGAGGAGCTTGCTCCTCTTAGGTTAGTGGCGGATGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGTAGATTGGGATAACTTACGGAAACGTGAGCTAATACCGAATAATCCTTTTAGACGCATGTCTAAAAGTTAAAAGATGGCTCTGCTATCACTACAGGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGCAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTATCGGAGTAACTGCCGGTACCTTGACGGTACCTAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGtGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGGTCTCTTAAGTCTGATGTGAAATCTTGCGGCTCAACCGCAAGCGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGGGGTTTCGATGCCCTTAGTGCCGAAGTAAACACATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTTTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAGAGGGTCGCGAAGCCGCGAGGCGGAGCCAATCCCACAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACACACTACGTGAGCCAGCCGCCTAAGGGGACAAG-3'
【0025】
前記（Ｒ２）において、「１もしくは数個」は、例えば、前記（Ｒ２）の塩基配列を含むＳ１６ ｒＲＮＡ遺伝子を有する微生物が、前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性を維持する範囲であればよい。前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性は、例えば、前記（１）～（９）の特性、好ましくは、前記（９）の特性があげられる（以下、同様。）。前記（Ｒ２）の「１もしくは数個」は、前記（Ｒ１）の塩基配列において、例えば、１～５８個、１～４３個、１～２９個、１～１４個、１～１０個、１～５個、１～３個、１または２個、１個である。本開示において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「１～５個」との記載は、「１、２、３、４、５個」の全ての開示を意味する（以下、同様）。
【0026】
前記（Ｒ３）において、「同一性」は、例えば、前記（Ｒ３）の塩基配列を含むＳ１６ ｒＲＮＡ遺伝子を有する微生物が、前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性を維持する範囲であればよい。前記（Ｒ３）の「同一性」は、前記（Ｒ１）の塩基配列において、例えば、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。前記「同一性」は、２つの塩基配列またはアミノ酸配列をアライメントすることによって求めることができる（以下、同様）。前記アライメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等を用いてデフォルトのパラメータで算出できる。
【0027】
前記１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の測定は、例えば、公知の方法により測定することができる。前記公知の方法には、ＰＣＲ（Polymerase Chain Reaction）法やシーケンシング解析等を用いることができる。前記１６Ｓ ｒＲＮＡを含むｒＲＮＡは、ウイルスを除く全生物に存在し、タンパク質合成に関わる重要な分子である。このため、前記ｒＲＮＡの進化速度は比較的遅く、種のレベルにおいて高い相同性を示すことが知られている。細菌は、基準株とのＤＮＡ－ＤＮＡハイブリダイゼーションの相同性が７０％以上の場合、同種であると定義される（参考文献１）。一方、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を用いた菌種同定においては、９７％以上の同一性があれば、類縁関係があり、９８．７％以上の同一性があれば、同種である可能性が高いとされている（参考文献２）。このため、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を用いた菌種同定において、９８．７％以上の種がいない場合、新種であるとされる。前記菌種同定は、具体的には、公的な遺伝子バンクに登録されている１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列と、対象の菌体とを比較することにより実施される。前記公的な遺伝子バンクは、例えば、日本ＤＮＡデータバンク、ＧｅｎＢａｎｋ、およびＥＭＢＬ等があげられる。前記公知の塩基配列の比較は、例えば、塩基配列の解析ソフト（例えば、ＢＬＡＳＴ等）により実施できる。
参考文献１：Wayne L. G., Brenner D. J., Colwell R. R., Grimont P. A. D., Kandier O., Krichevsky M. I., Moore L. H., Moore W. E. C., Murray R. G. E., Stackebrandt E., Starr M. P., Truper H. G. 1987; Report of the Ad Hoc Committee on Reconciliation of Approaches to Bacterial Systematics. Int. J. Syst. Bacteriol. 37:463-464
参考文献２：Stackebrandt, Erko. "Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards." Microbiol. Today 33 (2006): 152-155.
参考文献１：Wayne L. G., Brenner D. J., Colwell R. R., Grimont P. A. D., Kandier O., Krichevsky M. I., Moore L. H., Moore W. E. C., Murray R. G. E., Stackebrandt E., Starr M. P., Truper H. G. 1987; Report of the Ad Hoc Committee on Reconciliation of Approaches to Bacterial Systematics. Int. J. Syst. Bacteriol. 37:463-464
参考文献２：Stackebrandt, Erko. "Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards." Microbiol. Today 33 (2006): 152-155.
【0028】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡは、公知の微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列と比較して、例えば、９８．７％未満、９８％以下、９７％以下、９６．０７％以下、９６％以下、９５％以下、９０％以下の同一性であることが好ましく、さらに、９５．９９％以下の相同性であることが好ましい。前記公知の微生物は、例えば、Bacillus sp. (in: firmicutes)、Bacillus sp. JAMB750、Bacillus suaedae、Alkalihalobacillus alcalophilus、およびHalalkalibacterium halodurans等があげられる。
【0029】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６の近縁種として、例えば、バチルス属の細菌があげられる。
【0030】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、配列番号２で示す塩基配列からなるゲノムＤＮＡを有する。
【0031】
菌株のゲノムＤＮＡ菌種の同定は、例えば、ＡＮＩ（Average Nucleotide Identity：平均ヌクレオチド同一性）解析を用いてもよい。前記ＡＮＩ解析は、対象株と比較株の完全長ゲノム配列やドラフトゲノム配列の同一性（ＡＮＩ値）をコンピュータ上で計算し、種の異同を判断する方法である。前記ＡＮＩ解析では、９５％以上の値を示すと、同じ菌種に属するゲノムであると判断でき、９５％未満の値を示すと、異なる菌種に属するゲノムであると判断できる。前記ＡＮＩ解析の方法は、例えば、下記参考文献３を参照できる。
参考文献３：Rodriguez-R, Luis M., and Konstantinos T. Konstantinidis. The enveomics collection: a toolbox for specialized analyses of microbial genomes and metagenomes. No. e1900v1. PeerJ Preprints, 2016.
参考文献３：Rodriguez-R, Luis M., and Konstantinos T. Konstantinidis. The enveomics collection: a toolbox for specialized analyses of microbial genomes and metagenomes. No. e1900v1. PeerJ Preprints, 2016.
【0032】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６のゲノム配列（配列番号２）と、公知の微生物のゲノム配列とのＡＮＩ値は、例えば、９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満であることが好ましい。前記公知の微生物は、例えば、Paenibacillus macerans、Alkalihalobacillus alcalophilus、Salipaludibacillus agaradhaerens、Sporosarcina pasteurii、Alkalihalobacillus clausii、Evansella clarkii、Alkalihalobacillus krulwichiae、Alkalihalobacillus gibsonii、Alkarihalophilus pseudofirmus、およびHalalkalibacterium halodurans等があげられる。
【0033】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値を、７４％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上を有するゲノムＤＮＡを含むことが好ましい。
【0034】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、ゲノムＤＮＡとして、下記（Ｇ）の塩基配列からなる遺伝子を含み、好ましくは、下記（Ｇ１）の塩基配列からなる遺伝子、すなわち、配列番号２で示す塩基配列からなるゲノムＤＮＡを有する。
【0035】
（Ｇ）下記（Ｇ１）、（Ｇ２）、または（Ｇ３）の塩基配列
（Ｇ１）配列番号２に示す塩基配列；
（Ｇ２）配列番号２に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｇ３）配列番号２に示す塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列。
（Ｇ１）配列番号２に示す塩基配列；
（Ｇ２）配列番号２に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｇ３）配列番号２に示す塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列。
【0036】
前記（Ｇ１）において、配列番号２の塩基配列は、ゲノムＤＮＡをコードする塩基配列である。前記配列番号２の塩基配列は、例えば、ｋｏｍｈａｍ１９６から単離できる。
【0037】
前記（Ｇ２）において、「１もしくは数個」は、例えば、前記（Ｇ２）の塩基配列を有するゲノムＤＮＡを含む微生物が、前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性を維持する範囲であればよい。前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性は、例えば、前記（１）～（９）の特性、好ましくは、前記（９）の特性があげられる（以下、同様。）。前記（Ｇ２）の「１もしくは数個」は、前記（Ｇ１）の塩基配列において、例えば、１～５８７７７３個、１～４４０８２９個、１～２９３８８６個、１～１４６９４２個、１～１１７５５３個、１～８８１６５個、１～５８７７６個、１～２９３８７個、１～１４６９４個、１～７３４７個、１～３６７３個、または１～１８３６個である。
【0038】
前記（Ｇ３）において、「同一性」は、例えば、前記（Ｇ３）の塩基配列を有するゲノムＤＮＡを含む微生物が、前記ｋｏｍｈａｍ１９６の特性を維持する範囲であればよい。前記（Ｇ３）の「同一性」は、前記（Ｇ１）の塩基配列において、例えば、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。
【0039】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、細菌形態観察、細菌第一段階試験、および細菌第二段階試験等を用いて、帰属分類群を同定してもよい。前記細菌形態観察は、例えば、コロニーの色調、細胞形態、グラム染色性、および芽胞形成能等の観察があげられる。前記細菌第一段階試験は、例えば、コロニー性状、細胞形態、および運動性の観察、ならびにカタラーゼ、オキシダーゼ、Ｏ／Ｆテスト等の生理生化学的性状試験等があげられる。前記細菌第二段階試験は、例えば、生理・生化学的性状試験用キットによる炭素源等の資化性、酸化／発酵性、および酵素活性等の試験があげられる。本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、後述の実施例１における、細菌形態観察、細菌第一段階試験、および細菌第二段階試験等の結果に示される形態学的特徴および生理・生化学的な性状を示す。
【0040】
本開示のｋｏｍｈａｍ１９６は、例えば、後述の実施例１の培養条件に準じて培養することにより、継代可能である。これにより、本開示は、前記ｋｏｍｈａｍ１９６の後代系統を得ることができる。
【0041】
＜変異株＞
本開示の微生物は、例えば、ｋｏｍｈａｍ１９６またはその後代系統の変異株であってもよい。
本開示の微生物は、例えば、ｋｏｍｈａｍ１９６またはその後代系統の変異株であってもよい。
【0042】
本開示の変異株は、例えば、ｋｏｍｈａｍ１９６の新種としての分類学的性質を維持している菌体である。前記性質は、例えば、前述の（１）～（９）の特性があげられる。前記変異株は、例えば、前記（１）～（９）の特性のうち、いずれか１つの特性を有してもよいし、複数の特性を有してもよいし、全ての特性を有してもよい。本開示の変異株は、前記本開示のｋｏｍｈａｍ１９６の説明を援用できる。
【0043】
本開示の変異株は、例えば、前記ｋｏｍｈａｍ１９６への突然変異、または、外来性の遺伝子導入等によって取得することができる。前記突然変異は、例えば、常法により、変異を導入することにより引き起こすことができる。前記変異の導入方法は、例えば、相同組換え；ＺＦＮ、ＴＡＬＥＮ、ＣＲＩＳＰＲ－ＣＡＳ９、ＣＲＩＳＰＲ－ＣＰＦ１等を用いたゲノム編集技術：等により、実施できる。前記変異の導入方法は、例えば、部位特異的突然変異誘発法等の変異導入法により、実施してもよい。また、前記変異の導入方法は、例えば、ランダム突然変異誘発法により、実施してもよい。前記ランダム突然変異誘発法は、例えば、α線、β線、γ線、Ｘ線等の放射線照射処理；メタンスルホン酸エチル（ＥＭＳ）、エチニルニトロソウレア（ＥＮＵ）等の変異誘発剤による化学物質処理；重イオンビーム処理；等があげられる。
【0044】
前記変異株は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
【0045】
前記（Ｒ１）～（Ｒ３）は、本開示のｋｏｍｈａｍ１９６における説明を援用できる。
【0046】
前記変異株は、例えば、ゲノムＤＮＡとして、下記（Ｇ）の塩基配列からなる遺伝子を含み、好ましくは、下記（Ｇ１）の塩基配列からなる遺伝子、すなわち、配列番号２で示す塩基配列からなるゲノムＤＮＡを有する。
【0047】
（Ｇ）下記（Ｇ１）、（Ｇ２）、または（Ｇ３）の塩基配列
（Ｇ１）配列番号２に示す塩基配列；
（Ｇ２）配列番号２に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｇ３）配列番号２に示す塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列。
（Ｇ１）配列番号２に示す塩基配列；
（Ｇ２）配列番号２に示す塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｇ３）配列番号２に示す塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列。
【0048】
前記（Ｇ１）～（Ｇ３）は、本開示のｋｏｍｈａｍ１９６における説明を援用できる。
【0049】
＜生ゴミ処理方法＞
本開示は、他の例において、生ゴミを処理可能な方法を提供する。本開示の生ゴミ処理方法（以下、「処理方法」ともいう。）は、前記本開示の微生物を使用する。本開示の処理方法は、本開示の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程（以下、「分解工程」ともいう。）を含む。本開示の処理方法は、本開示の微生物を使用することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。
本開示は、他の例において、生ゴミを処理可能な方法を提供する。本開示の生ゴミ処理方法（以下、「処理方法」ともいう。）は、前記本開示の微生物を使用する。本開示の処理方法は、本開示の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程（以下、「分解工程」ともいう。）を含む。本開示の処理方法は、本開示の微生物を使用することが特徴であり、その他の工程および条件は、特に制限されない。
【0050】
本開示において、「生ゴミ」は、食品廃材を意味する。前記食品廃材は、例えば、食品の可食部の残飯、および通常の食習慣では一般通念上食べない食品の不可食部等があげられる。前記不可食部は、例えば、魚介類の殻、魚や肉の内蔵および骨、および野菜くず等があげられる。本開示において、前記分解工程で処理に供される生ゴミは、生ゴミを含んでいればよく、他のゴミ類を含んでもよい。前記他のゴミ類は、例えば、包装紙等の紙類、ビニール袋、ラップ、およびゴム手袋等があげられる。
【0051】
前記分解工程において、前記微生物と前記生ゴミとの接触は、例えば、混合により実施できる。前記混合は、例えば、攪拌機等を用いて機械的に実施できる。
【0052】
前記分解工程において、前記分解の温度（分解温度）は、例えば、本開示の微生物が生ゴミを処理可能な温度である。前記分解温度は、例えば、３０℃～５５℃であり、好ましくは、４０℃～５０℃である。
【0053】
前記分解工程において、前記分解のｐＨ（分解ｐＨ）は、例えば、本開示の微生物が生ゴミを処理可能なｐＨである。前記分解ｐＨは、例えば、ｐＨ９～１０である。
【0054】
前記分解工程において、例えば、酸素を供給してもよい。前記供給は、例えば、前記生ゴミと本開示の微生物との混合物を攪拌することにより実施することができる。前記供給の時間間隔は、例えば、１時間～１０時間であり、好ましくは、５時間～８時間、さらに好ましくは８時間である。前記供給時間は、例えば、１分～３０分、好ましくは、１分～１０分、さらに好ましくは、５分である。
【0055】
前記分解工程において、前記生ゴミと本開示の微生物との混合物の水分含量は、例えば、４０～７０％であり、好ましくは、５０％～７０％であり、さらに好ましくは、５５％～６５％である。
【0056】
前記生ゴミは、例えば、多糖および／またはタンパク質を含むことが好ましい。前記多糖は、例えば、キチンおよびデンプン等があげられる。前記タンパク質は、例えば、カゼイン等があげられる。
【0057】
前記生ゴミは、例えば、カニおよびエビ等の甲殻類の外骨格、魚、肉、および米等があげられる。
【実施例】
【0058】
つぎに、本発明の実施例について説明する。ただし、本発明は、以下の実施例により制限されない。市販の試薬は、特に示さない限り、それらのプロトコルに基づいて使用した。なお、「ｍｏｌ／ｌ」は、「Ｍ」と標記することもある。
【0059】
［実施例１］
本開示の新規微生物を同定し、コンポストに添加したキチン、デンプン、およびカゼインを質化できた。
本開示の新規微生物を同定し、コンポストに添加したキチン、デンプン、およびカゼインを質化できた。
【0060】
（１）ｋｏｍｈａｍ１９６の単離
北海道の魚介類廃棄物処理場のコンポストを試料として取得した。８ｇのハイペプトン、３ｇの酵母エキス、１ｇのリン酸二カリウム、および０．２５ｇの塩化アンモニウムを９００ｍｌの蒸留水に溶解し、前記溶解後、１００ｍｌのアルカリ緩衝液（炭酸ナトリウム、ｐＨ９．０）を添加し、ＰＹＡ培地（ｐＨ９．０）を作製した。前記作製後、前記試料を蒸留水で希釈し、前記ＰＹＡ培地に接種した。前記接種後、５０℃の条件下で培養した。前記培養後、培地上に生育したコロニーを分離した。前記分離後、前記ＰＹＡ培地に接種し、培養を繰り返し行った。その後、単離精製を行い、新規微生物、ｋｏｍｈａｍ１９６を単離した。
北海道の魚介類廃棄物処理場のコンポストを試料として取得した。８ｇのハイペプトン、３ｇの酵母エキス、１ｇのリン酸二カリウム、および０．２５ｇの塩化アンモニウムを９００ｍｌの蒸留水に溶解し、前記溶解後、１００ｍｌのアルカリ緩衝液（炭酸ナトリウム、ｐＨ９．０）を添加し、ＰＹＡ培地（ｐＨ９．０）を作製した。前記作製後、前記試料を蒸留水で希釈し、前記ＰＹＡ培地に接種した。前記接種後、５０℃の条件下で培養した。前記培養後、培地上に生育したコロニーを分離した。前記分離後、前記ＰＹＡ培地に接種し、培養を繰り返し行った。その後、単離精製を行い、新規微生物、ｋｏｍｈａｍ１９６を単離した。
【0061】
（２）ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列の決定
前記実施例１（１）で単離したｋｏｍｈａｍ１９６について、微生物を同定するために、１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を解析した。具体的には、前記単離したｋｏｍｈａｍ１９６からＤＮＡを抽出した。前記抽出後、下記プライマーセット（ファスマック社製、合成依頼）およびKOD One（登録商標） PCR Master Mix（TOYOBO社製）を前記ＤＮＡに添加し、反応液を調製した。前記調製後、サーマルサイクラー（T100 サーマルサイクラー、BIO-RAD社製）を用いて、前記ＤＮＡの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子について増幅した。前記増幅後、得られたＰＣＲ産物を用いて、ＤＮＡシーケンスを行い、前記実施例１（１）で単離したｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を得た。前記塩基配列は、配列番号１で表される塩基配列であった。
前記実施例１（１）で単離したｋｏｍｈａｍ１９６について、微生物を同定するために、１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を解析した。具体的には、前記単離したｋｏｍｈａｍ１９６からＤＮＡを抽出した。前記抽出後、下記プライマーセット（ファスマック社製、合成依頼）およびKOD One（登録商標） PCR Master Mix（TOYOBO社製）を前記ＤＮＡに添加し、反応液を調製した。前記調製後、サーマルサイクラー（T100 サーマルサイクラー、BIO-RAD社製）を用いて、前記ＤＮＡの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子について増幅した。前記増幅後、得られたＰＣＲ産物を用いて、ＤＮＡシーケンスを行い、前記実施例１（１）で単離したｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列を得た。前記塩基配列は、配列番号１で表される塩基配列であった。
【0062】
・27Fプライマー（配列番号３）
5’-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3’
・1492Rプライマー（配列番号４）
5’-GGYTACCTTGTTACGACTT-3’
5’-AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3’
・1492Rプライマー（配列番号４）
5’-GGYTACCTTGTTACGACTT-3’
【0063】
（３）既存微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列との比較
前記実施例１（２）で得られた１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡと既存微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡとの比較を行った。具体的には、前記比較には、ＢＬＡＳＴを使用した。ＢＬＡＳＴのホモロジー検索により、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列と同一または類似の配列を有する微生物を検索した。前記検索の結果を、下記表１に示す。下記表１に示すように、配列番号５で表される塩基配列を有する微生物、バチルス属（Bacillus sp.）のSKF111034菌株が、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列に最も近い１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列を有することがわかった。ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡとSKF111034菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列との相同率（同一性）は、９６．０７％であり、９８．７％より低かった。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、９８．７％以上の同一性を有する微生物がおらず、新種であることがわかった。
前記実施例１（２）で得られた１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡと既存微生物の１６Ｓ ｒＲＮＡとの比較を行った。具体的には、前記比較には、ＢＬＡＳＴを使用した。ＢＬＡＳＴのホモロジー検索により、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列と同一または類似の配列を有する微生物を検索した。前記検索の結果を、下記表１に示す。下記表１に示すように、配列番号５で表される塩基配列を有する微生物、バチルス属（Bacillus sp.）のSKF111034菌株が、ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡの塩基配列に最も近い１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列を有することがわかった。ｋｏｍｈａｍ１９６の１６Ｓ ｒＲＮＡとSKF111034菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ塩基配列との相同率（同一性）は、９６．０７％であり、９８．７％より低かった。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、９８．７％以上の同一性を有する微生物がおらず、新種であることがわかった。
【0064】
SKF111034菌株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の塩基配列（配列番号５）
5'-CTGGGCGGGGTGCCTATACATGCAGTCGAGCGAACAGAAGAGGAGCTTGCTCCTCGGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGTAGATGGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGAATGAATCTTTCAAACGCATGTTTGAAAGCTAAAAGATGGTTATGCTATCACTACAGGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTCACTGCTCGTACCTTGACGGTACCTAACGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTTTTAAGTCTGATGTGAAATCTTGCGGCTCAACCGTAAGCGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTACAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGGGGTTTCGATGCCCTTAGTGCCGAAGTCAACACATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAGAGGGCAGCAAAACCGCGAGGTCGAGCGAATCCCATAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCATAGGAGCCAGCCGCCCTAAGGGTGAACAGAT-3'
5'-CTGGGCGGGGTGCCTATACATGCAGTCGAGCGAACAGAAGAGGAGCTTGCTCCTCGGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCCTGTAGATGGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGAATGAATCTTTCAAACGCATGTTTGAAAGCTAAAAGATGGTTATGCTATCACTACAGGATGGGCCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACGAGAGTCACTGCTCGTACCTTGACGGTACCTAACGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCGGTCTTTTAAGTCTGATGTGAAATCTTGCGGCTCAACCGTAAGCGGTCATTGGAAACTGGGAGACTTGAGTACAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTAGGGGTTTCGATGCCCTTAGTGCCGAAGTCAACACATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTTTGACCACCCTAGAGATAGGGCTTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAGAGGGCAGCAAAACCGCGAGGTCGAGCGAATCCCATAAAGCCATTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGGGGTAACCATAGGAGCCAGCCGCCCTAAGGGTGAACAGAT-3'
【0065】
【表1】
【0066】
（４）系統樹の作製
次に、前記実施例１（３）のホモロジー検索の結果から、１６Ｓ ｒＲＮＡの部分塩基配列に基づく系統樹の作製を行い、ｋｏｍｈａｍ１９６の系統学的位置について分析した。前記系統樹の作製には、子進化・系統学的解析ツールのＭＥＧＡ（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）ソフトウェアおよび近隣結合法（Neighbor-joining）を用いた。これらの結果を図１に示す。
次に、前記実施例１（３）のホモロジー検索の結果から、１６Ｓ ｒＲＮＡの部分塩基配列に基づく系統樹の作製を行い、ｋｏｍｈａｍ１９６の系統学的位置について分析した。前記系統樹の作製には、子進化・系統学的解析ツールのＭＥＧＡ（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）ソフトウェアおよび近隣結合法（Neighbor-joining）を用いた。これらの結果を図１に示す。
【0067】
図１は、１６Ｓ ｒＲＮＡの部分塩基配列に基づくｋｏｍｈａｍ１９６の系統樹を示す。図１において、左下のスケールバーは、０．０５０であり、５％の相違塩基を意味する。系統枝の分岐に位置する数字は、ブートストラップ値を示す。
【0068】
（５）分類学的性質の検討１
ｋｏｍｈａｍ１９６について、形態観察および生理学的性状試験（以下の「細菌第一段階試験」ともいう。）を実施し、分類学的性質について検討した。具体的には、５０℃、２４時間の条件下で、ｋｏｍｈａｍ１９６を好気培養した。前記培養後、光学顕微鏡による形態観察、および参考文献４に記載の方法に基づき、カタラーゼ反応、オキシダーゼ反応、ブドウ糖からの酸／ガス産生、ブドウ糖の酸化／発酵（Ｏ／Ｆ）について試験を行った。これらの結果を図２および表２に示す。
参考文献４：Barrow GI, Feltham RKA. Cowan and Steel’s Manual for the Identification of Medical Bacteria. 3rd edition. Cambridge: University Press; 1993.
ｋｏｍｈａｍ１９６について、形態観察および生理学的性状試験（以下の「細菌第一段階試験」ともいう。）を実施し、分類学的性質について検討した。具体的には、５０℃、２４時間の条件下で、ｋｏｍｈａｍ１９６を好気培養した。前記培養後、光学顕微鏡による形態観察、および参考文献４に記載の方法に基づき、カタラーゼ反応、オキシダーゼ反応、ブドウ糖からの酸／ガス産生、ブドウ糖の酸化／発酵（Ｏ／Ｆ）について試験を行った。これらの結果を図２および表２に示す。
参考文献４：Barrow GI, Feltham RKA. Cowan and Steel’s Manual for the Identification of Medical Bacteria. 3rd edition. Cambridge: University Press; 1993.
【0069】
【表2】
【0070】
【0071】
上記表２に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６は、運動性を有する桿菌で、芽胞を形成し、カタラーゼ反応は陽性を示し、オキシダーゼ反応は、陽性を示すことがわかった。
【0072】
（６）分類学的性質の検討２
ｋｏｍｈａｍ１９６について、グラム陽性菌またはグラム陰性菌を判別するために、分類同定試験を行った。具体的には、下記参考文献５－６に基づき、３％ＫＯＨを用いた分類同定試験を行った。ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養から２４時間以内の平板培養物から、滅菌爪楊枝を用いて、菌体を釣菌した。前記釣菌後、ガラススライド上に滴下した１滴の３％ＫＯＨと前記菌体とを混和した。前記混和後、光学顕微鏡（BX50F4、オリンパス社製）を用いて、前記菌体の観察を行った。前記観察において、粘性を帯びて糸を引くものをグラム陰性菌と判断し、さらさらに溶解するものをグラム陽性菌と判断した。この結果、菌体と３％ＫＯＨとを混和したものは、糸引きが確認されなかった。以上の結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、グラム陽性菌であることがわかった。
参考文献５：Ryu, E. I. H. Y. O. "A simple method of differentiation between Gram-positive and Gram-negative organisms without staining." Kitasato Archives of Experimental Medicine 17 (1940): 58-63.
参考文献６：竹田茂. "活性汚泥細菌同定のための簡易試験法の比較検討." 日本水処理生物学会誌 31.3 (1995): 161-167.
ｋｏｍｈａｍ１９６について、グラム陽性菌またはグラム陰性菌を判別するために、分類同定試験を行った。具体的には、下記参考文献５－６に基づき、３％ＫＯＨを用いた分類同定試験を行った。ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養から２４時間以内の平板培養物から、滅菌爪楊枝を用いて、菌体を釣菌した。前記釣菌後、ガラススライド上に滴下した１滴の３％ＫＯＨと前記菌体とを混和した。前記混和後、光学顕微鏡（BX50F4、オリンパス社製）を用いて、前記菌体の観察を行った。前記観察において、粘性を帯びて糸を引くものをグラム陰性菌と判断し、さらさらに溶解するものをグラム陽性菌と判断した。この結果、菌体と３％ＫＯＨとを混和したものは、糸引きが確認されなかった。以上の結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、グラム陽性菌であることがわかった。
参考文献５：Ryu, E. I. H. Y. O. "A simple method of differentiation between Gram-positive and Gram-negative organisms without staining." Kitasato Archives of Experimental Medicine 17 (1940): 58-63.
参考文献６：竹田茂. "活性汚泥細菌同定のための簡易試験法の比較検討." 日本水処理生物学会誌 31.3 (1995): 161-167.
【0073】
（７）分類学的性質の検討３
ｋｏｍｈａｍ１９６について、生化学的性状試験（以下の「細菌第二段階試験」ともいう。）を実施し、分類学的性質について検討した。具体的には、前記細菌第二段階試験には、ＡＰＩ（登録商標）５０ＣＨ、ＡＰＩ（登録商標）２０Ｅ、ＡＰＩ（登録商標）２０ＮＥ、ＡＰＩ（登録商標）ＺＹＭ（全てBiomerieux社製）を使用した。これらの結果を図３～図５および表３～表４に示す。
ｋｏｍｈａｍ１９６について、生化学的性状試験（以下の「細菌第二段階試験」ともいう。）を実施し、分類学的性質について検討した。具体的には、前記細菌第二段階試験には、ＡＰＩ（登録商標）５０ＣＨ、ＡＰＩ（登録商標）２０Ｅ、ＡＰＩ（登録商標）２０ＮＥ、ＡＰＩ（登録商標）ＺＹＭ（全てBiomerieux社製）を使用した。これらの結果を図３～図５および表３～表４に示す。
【0074】
【表3】
【0075】
図３は、ＡＰＩ（登録商標）５０ＣＨを用いた、前記細菌第二段階試験の結果を示す写真である。上記表３は、前記細菌第二段階試験の結果を示す表である。図３および上記表３に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６は、Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウムおよび／または５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有することがわかった。
【0076】
図４は、ＡＰＩ（登録商標）２０ＥおよびＡＰＩ（登録商標）２０ＮＥを用いた、前記細菌第二段階試験の結果を示す写真である。図４に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６は、エスクリン（ＥＳＣ）、塩酸リジン（ＬＤＣ）、およびゼラチン（ＧＥＬ）代謝活性を有し、エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、およびゼラチナーゼ活性を有することがわかった。
【0077】
【表4】
【0078】
図５は、ＡＰＩ（登録商標）ＺＹＭを用いた、前記細菌第二段階試験の結果を示す写真である。上記表４は、前記細菌第二段階試験の結果を示す表である。図５および上記表４に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６は、エステラーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有することがわかった。
【0079】
（８）形態観察
ｋｏｍｈａｍ１９６について、形態観察を行った。具体的には、電子顕微鏡を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６の形態観察を行った。透過電子顕微鏡（ＴＥＭ）による観察に用いるために、ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いてｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養後、懸濁液の小滴をカーボン膜上に置き、２％酢酸ウラニルを用いてネガティブ染色を行った。前記染色後、ＴＥＭ（modelJEM-1400Flash；JEOL社製）を用いて、１００ｋＶの電圧で観察を行った。また、走査型電子顕微鏡（ＳＥＭ）による観察に用いるために、ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いてｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養後、２％グルタルアルデヒドを用いて前固定を行った。前記前固定後、２％四酸化オスミウルを用いて後固定を行った。前記後固定後、０．１ｍｏｌ／ｌ リン酸緩衝液を用いて洗浄を行った。前記洗浄後、段階的な濃度のエタノール（３０－１００％）を用いて脱水を行った。前記脱水後、臨界点乾燥により、試料を乾燥させた。前記乾燥後、試料をオスミウルコーティングした。その後、ＳＥＭ（model JSM-7500F; JEOL社製、２０，０００倍）を用いて、５ｋＶの電圧で観察を行った。これらの結果を図６に示す。
ｋｏｍｈａｍ１９６について、形態観察を行った。具体的には、電子顕微鏡を用いて、ｋｏｍｈａｍ１９６の形態観察を行った。透過電子顕微鏡（ＴＥＭ）による観察に用いるために、ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いてｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養後、懸濁液の小滴をカーボン膜上に置き、２％酢酸ウラニルを用いてネガティブ染色を行った。前記染色後、ＴＥＭ（modelJEM-1400Flash；JEOL社製）を用いて、１００ｋＶの電圧で観察を行った。また、走査型電子顕微鏡（ＳＥＭ）による観察に用いるために、ＰＹＡ（ｐＨ９）液体培地を用いてｋｏｍｈａｍ１９６を培養した。前記培養後、２％グルタルアルデヒドを用いて前固定を行った。前記前固定後、２％四酸化オスミウルを用いて後固定を行った。前記後固定後、０．１ｍｏｌ／ｌ リン酸緩衝液を用いて洗浄を行った。前記洗浄後、段階的な濃度のエタノール（３０－１００％）を用いて脱水を行った。前記脱水後、臨界点乾燥により、試料を乾燥させた。前記乾燥後、試料をオスミウルコーティングした。その後、ＳＥＭ（model JSM-7500F; JEOL社製、２０，０００倍）を用いて、５ｋＶの電圧で観察を行った。これらの結果を図６に示す。
【0080】
図６は、電子顕微鏡を用いたｋｏｍｈａｍ１９６の形態観察の結果を示す写真である。図６（Ａ）は、ＳＥＭによるｋｏｍｈａｍ１９６の形態観察の結果を示す写真であり、図６（Ｂ）は、ＴＥＭによるｋｏｍｈａｍ１９６の形態観察の結果を示す写真である。図７中のスケールバーは、１μｍを示す。図６に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６は、鞭毛を有する桿菌であることがわかった。
【0081】
（９）ゲノムＤＮＡの塩基配列の決定
ｋｏｍｈａｍ１９６について、ゲノムＤＮＡの塩基配列の決定を行った。具体的には、まず、ｋｏｍｈａｍ１９６のゲノムＤＮＡの抽出を行った。前記抽出には、Genomictip 20G（QIAGEN社製）を使用した。前記抽出後、SMRTbell Express Template Prep Kit 20（PacBio社製）を用いて、Procedure Checklist-Preparing HiFi Libraries from Low DNA Input Using SMRTbell（登録商標）Express Template Prep Kit 2.0に記載の手順に従って、ライブラリーを調製した。前記調製後、Binding kit 2.2（PacBio社製）を用いて、前記ライブラリーのポリメラーゼ複合体を形成させた。前記形成後、Sequel IIe（PacBio社製）を用いて、シーケンシングを行った。その後、SMRT（登録商標） Link（v. 11.0.0.146107）を用いて、得られた配列からアダプター配列を除去し、サブリードを作製した。前記作製後、前記サブリードをアライメントしたコンセンサス配列を作製した。前記作製後、１リードあたりの平均品質値が２０未満のコンセンサス配列を除去し、ＨｉＦｉリードを作製した。前記作製後、Filtlong（ver. 0.2.1）を用いて１０００塩基以下のＨｉＦｉリードを削除した。前記削除後、Flye（ver. 2.9-b1774）のデフォルト条件を用いて、高品質のＨｉＦｉリードをアセンブルした。この結果、ｋｏｍｈａｍ１９６のゲノムＤＮＡは、塩基配列２からなることがわかった。
ｋｏｍｈａｍ１９６について、ゲノムＤＮＡの塩基配列の決定を行った。具体的には、まず、ｋｏｍｈａｍ１９６のゲノムＤＮＡの抽出を行った。前記抽出には、Genomictip 20G（QIAGEN社製）を使用した。前記抽出後、SMRTbell Express Template Prep Kit 20（PacBio社製）を用いて、Procedure Checklist-Preparing HiFi Libraries from Low DNA Input Using SMRTbell（登録商標）Express Template Prep Kit 2.0に記載の手順に従って、ライブラリーを調製した。前記調製後、Binding kit 2.2（PacBio社製）を用いて、前記ライブラリーのポリメラーゼ複合体を形成させた。前記形成後、Sequel IIe（PacBio社製）を用いて、シーケンシングを行った。その後、SMRT（登録商標） Link（v. 11.0.0.146107）を用いて、得られた配列からアダプター配列を除去し、サブリードを作製した。前記作製後、前記サブリードをアライメントしたコンセンサス配列を作製した。前記作製後、１リードあたりの平均品質値が２０未満のコンセンサス配列を除去し、ＨｉＦｉリードを作製した。前記作製後、Filtlong（ver. 0.2.1）を用いて１０００塩基以下のＨｉＦｉリードを削除した。前記削除後、Flye（ver. 2.9-b1774）のデフォルト条件を用いて、高品質のＨｉＦｉリードをアセンブルした。この結果、ｋｏｍｈａｍ１９６のゲノムＤＮＡは、塩基配列２からなることがわかった。
【0082】
（１０）ゲノム塩基配列のＡＮＩ解析
ｋｏｍｈａｍ１９６について、さらに、新種の微生物であることを確かめるために、ＡＮＩ解析を行った。具体的には、前記実施例１（１）で得られた塩基配列について、pyani v0.2.11およびＢＬＡＳＴを用いて（参考文献７）、ＡＮＩ値を決定した。これらの結果を図７に示す。
参考文献７：Pritchard, Leighton, et al. "Genomics and taxonomy in diagnostics for food security: soft-rotting enterobacterial plant pathogens." Analytical Methods 8.1 (2016): 12-24.
ｋｏｍｈａｍ１９６について、さらに、新種の微生物であることを確かめるために、ＡＮＩ解析を行った。具体的には、前記実施例１（１）で得られた塩基配列について、pyani v0.2.11およびＢＬＡＳＴを用いて（参考文献７）、ＡＮＩ値を決定した。これらの結果を図７に示す。
参考文献７：Pritchard, Leighton, et al. "Genomics and taxonomy in diagnostics for food security: soft-rotting enterobacterial plant pathogens." Analytical Methods 8.1 (2016): 12-24.
【0083】
図７は、ＡＮＩ解析の結果を示す。図７に示すように、ｋｏｍｈａｍ１９６のゲノムＤＮＡの塩基配列に最も同一性の高いゲノムＤＮＡでも、９５％未満の同一率であった。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、公知の菌種に属する微生物ではなく、新種の微生物であることが確認された。
【0084】
（１１）コンポスト中における基質利用性評価
ｋｏｍｈａｍ１９６について、コンポスト中での基質利用性を検討した。具体的には、１２１℃、２０分間の条件下で、単離源のコンポストのオートクレーブ滅菌処理を２回行った。前記滅菌処理により、前記コンポストに生息する微生物を滅菌した。つぎに、前記実施例１（１）で得たｋｏｍｈａｍ１９６を、８０ｍｌのＰＹＡ液体培地に植菌し、４８時間の条件下で、培養を行った。前記培養後、８０００ｒｐｍ、５分間の条件下で、遠心分離を行った。前記遠心分離後、上清を除き、集菌を行った。前記集菌後、滅菌水を用いて、２回洗浄を行った。前記洗浄後、３ｍｌの滅菌水を用いて懸濁した。その後、下記表５に示すようにサンプルを５０ｍｌチューブに作製し、５０℃、４８時間の条件下で、静置培養を行った。前記静置培養後、各サンプルのＤＮＡ量を測定した。この結果、サンプル３～６では、菌体の増殖が確認できた。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、キチン、デンプン、およびカゼインの資化能を有することがわかった。
ｋｏｍｈａｍ１９６について、コンポスト中での基質利用性を検討した。具体的には、１２１℃、２０分間の条件下で、単離源のコンポストのオートクレーブ滅菌処理を２回行った。前記滅菌処理により、前記コンポストに生息する微生物を滅菌した。つぎに、前記実施例１（１）で得たｋｏｍｈａｍ１９６を、８０ｍｌのＰＹＡ液体培地に植菌し、４８時間の条件下で、培養を行った。前記培養後、８０００ｒｐｍ、５分間の条件下で、遠心分離を行った。前記遠心分離後、上清を除き、集菌を行った。前記集菌後、滅菌水を用いて、２回洗浄を行った。前記洗浄後、３ｍｌの滅菌水を用いて懸濁した。その後、下記表５に示すようにサンプルを５０ｍｌチューブに作製し、５０℃、４８時間の条件下で、静置培養を行った。前記静置培養後、各サンプルのＤＮＡ量を測定した。この結果、サンプル３～６では、菌体の増殖が確認できた。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、キチン、デンプン、およびカゼインの資化能を有することがわかった。
【0085】
【表5】
【0086】
（１２）増殖試験
前記実施例１（１１）の結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、キチン、デンプン、またはカゼインを資化できることがわかったため、さらに、微生物の増殖試験を行った。具体的には、前記実施例１（１１）で得た静置培養後の各サンプルから２５０ｍｇを採取した。前記採取後、NucleoSpin（登録商標） Soil（タカラバイオ社製）を用いて、ＤＮＡの抽出を行った。前記抽出後、前記ＤＮＡについて、Qubit dsDNA BR kit （ThermoFisher Scientific社製）およびQubit 4 Fluorometer（ThermoFisher Scientific社製）を用いて定量を行った。これらの結果を、図８に示す。
前記実施例１（１１）の結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、キチン、デンプン、またはカゼインを資化できることがわかったため、さらに、微生物の増殖試験を行った。具体的には、前記実施例１（１１）で得た静置培養後の各サンプルから２５０ｍｇを採取した。前記採取後、NucleoSpin（登録商標） Soil（タカラバイオ社製）を用いて、ＤＮＡの抽出を行った。前記抽出後、前記ＤＮＡについて、Qubit dsDNA BR kit （ThermoFisher Scientific社製）およびQubit 4 Fluorometer（ThermoFisher Scientific社製）を用いて定量を行った。これらの結果を、図８に示す。
【0087】
図８は、増殖試験の結果を示すグラフである。図８に示すように、キチン、デンプン、またはカゼインを添加したサンプルでは、培養開始前（０時間）と比較して、４８時間後ではＤＮＡ量が増加していることがわかった。これらの結果から、ｋｏｍｈａｍ１９６は、キチン、デンプン、およびカゼインの資化能を有することが確認できた。
【0088】
以上、実施形態および実施例を参照して本開示を説明したが、本開示は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本開示の構成や詳細には、本開示のスコープ内で当業者が理解しうる様々な変更をすることができる。
【0089】
＜付記＞
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
（付記１）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている、微生物。
（付記２）
付記１に記載の微生物の変異株である、微生物。
（付記３）
前記変異株は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む、付記２に記載の微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列において、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（付記４）
前記変異株は、下記（１）～（７）および（８）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、付記２または３に記載の微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する。
（付記５）
さらに、下記（９）の特性を有する、付記４に記載の微生物：
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記６）
前記変異株は、配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記２から５のいずれかに記載の微生物。
＜微生物＞
（付記７）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む、微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（付記８）
下記（１）～（８）および（９）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、付記７に記載の微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記９）
配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記７または８に記載の微生物。
＜特性＞
（付記１０）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
下記（１）～（９）の特性を有する、微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウムおよび／または５－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記１１）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記１０に記載の微生物。
＜用途＞
（付記１２）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、生ゴミの分解に用いるための組成物。
（付記１３）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、多糖および／またはタンパク質の分解に用いる組成物。
（付記１４）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、キチン、デンプン、および／またはカゼインの分解に用いる組成物。
＜方法＞
（付記１５）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程を含む、生ゴミ処理方法。
（付記１６）
前記分解を、３０℃～５５℃の温度下で実施する、付記１５に記載の処理方法。
（付記１７）
前記分解を、ｐＨ９～１０の条件下で実施する、付記１５または１６に記載の処理方法。
（付記１８）
前記生ゴミは、甲殻類の外骨格、魚、肉、および米からなる群から選択される、付記１５から１７のいずれかに記載の処理方法。
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
（付記１）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている、微生物。
（付記２）
付記１に記載の微生物の変異株である、微生物。
（付記３）
前記変異株は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む、付記２に記載の微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列において、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（付記４）
前記変異株は、下記（１）～（７）および（８）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、付記２または３に記載の微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼ活性、ゼラチナーゼ活性、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する。
（付記５）
さらに、下記（９）の特性を有する、付記４に記載の微生物：
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記６）
前記変異株は、配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記２から５のいずれかに記載の微生物。
＜微生物＞
（付記７）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子として、下記（Ｒ）の塩基配列からなる遺伝子を含む、微生物：
（Ｒ）下記（Ｒ１）、（Ｒ２）、または（Ｒ３）の塩基配列
（Ｒ１）配列番号１に示す塩基配列；
（Ｒ２）配列番号１に示す塩基配列において、１～５８個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列；
（Ｒ３）配列番号１に示す塩基配列に対して、９６％以上の同一性を有する塩基配列。
（付記８）
下記（１）～（８）および（９）からなる群から選択される少なくとも１つの特性を有する、付記７に記載の微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記９）
配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記７または８に記載の微生物。
＜特性＞
（付記１０）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
下記（１）～（９）の特性を有する、微生物：
（１）グラム染色が陽性の桿菌であり、芽胞形成をする；
（２）生育温度が、３０～５５℃である；
（３）生育ｐＨが、９～１０である；
（４）カタラーゼ反応が、陽性である；
（５）オキシダーゼ反応が、陽性である；
（６）Ｄ－アラビノース、Ｄ－リボース、Ｄ－キシロース、Ｌ－キシロース、Ｄ－フルクトース、Ｌ－ソルボース、アミグダリン、Ｄ－マルトース、Ｄ－ツラノース、Ｄ－リキソース、Ｄ－タガトース、２－ケトグルコン酸カリウムおよび／または５－ケトグルコン酸カリウム、および／または、５－ケトグルコン酸カリウムの代謝活性を有する；
（７）エスクリン、塩酸リジン、および／または、ゼラチン代謝活性を有する；
（８）エステラーゼ活性、リジンデカルボキシラーゼゼラチナーゼ、エステラーゼリパーゼ活性、および／または、ナフトール－ＡＳ－ＢＩ－フォスフォヒドロラーゼ活性を有する；
（９）キチン、でんぷん、および／または、カゼインの資化能を有する。
（付記１１）
バチルス科（Bacillaceae）に属し、
配列番号２で示す塩基配列に対して、ＡＮＩ値７４％以上を有するゲノムＤＮＡを含む、付記１０に記載の微生物。
＜用途＞
（付記１２）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、生ゴミの分解に用いるための組成物。
（付記１３）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、多糖および／またはタンパク質の分解に用いる組成物。
（付記１４）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物を含む、キチン、デンプン、および／またはカゼインの分解に用いる組成物。
＜方法＞
（付記１５）
付記１から１１のいずれかに記載の微生物と、生ゴミとを接触させ、前記微生物により生ゴミを分解する工程を含む、生ゴミ処理方法。
（付記１６）
前記分解を、３０℃～５５℃の温度下で実施する、付記１５に記載の処理方法。
（付記１７）
前記分解を、ｐＨ９～１０の条件下で実施する、付記１５または１６に記載の処理方法。
（付記１８）
前記生ゴミは、甲殻類の外骨格、魚、肉、および米からなる群から選択される、付記１５から１７のいずれかに記載の処理方法。
【産業上の利用可能性】
【0090】
以上説明したように、本開示によれば、キチンおよびデンプン等の多糖、ならびに／または、カゼイン等のタンパク質等を分解可能な新規微生物を提供できる。このため、本発明は、例えば、廃棄物処理等の分野において、極めて有用といえる。
【要約】
【課題】 キチンおよびデンプン等の多糖、ならびに／または、カゼイン等のタンパク質等を分解可能な新規微生物を提供する。
【解決手段】 本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属し、
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている。
【選択図】 図６
【解決手段】 本開示の微生物は、バチルス科（Bacillaceae）に属し、
受託番号ＮＩＴＥ ＢＰ－０３８０７で寄託されている。
【選択図】 図６
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【配列表】