特許 7334964 ＩＬＶ３を使用した微生物の検出及び設計

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2023-08-21

(45)【発行日】2023-08-29

(54)【発明の名称】ＩＬＶ３を使用した微生物の検出及び設計

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6844 20180101AFI20230822BHJP

   C12Q 1/6895 20180101ALI20230822BHJP

   C12Q 1/689 20180101ALI20230822BHJP

   C12N 15/09 20060101ALI20230822BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6844 Z ZNA

C12Q1/6895 Z

C12Q1/689 Z

C12N15/09 Z

【請求項の数】 31

(21)【出願番号】P 2019555453

(86)(22)【出願日】2018-04-11

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2020-06-11

(86)【国際出願番号】 GB2018000065

(87)【国際公開番号】W WO2018189502

(87)【国際公開日】2018-10-18

【審査請求日】2021-03-23

(31)【優先権主張番号】1705932.0

(32)【優先日】2017-04-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB

(31)【優先権主張番号】1711949.6

(32)【優先日】2017-07-25

(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB

(73)【特許権者】

【識別番号】517006599

【氏名又は名称】モメンタム・バイオサイエンス・リミテッド

【氏名又は名称原語表記】Ｍｏｍｅｎｔｕｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｉｍｉｔｅｄ

【住所又は居所原語表記】Ｕｎｉｔ １９，Ｗｉｌｌｏｗｂｒｏｏｋ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｐａｒｋ，Ｌｌａｎｄｏｇｏ Ｒｏａｄ，Ｓｔ．Ｍｅｌｌｏｎｓ，Ｃａｒｄｉｆｆ ＣＦ３ ０ＥＦ，ＵＫ

(74)【代理人】

【識別番号】100107456

【弁理士】

【氏名又は名称】池田 成人

(74)【代理人】

【識別番号】100162352

【弁理士】

【氏名又は名称】酒巻 順一郎

(74)【代理人】

【識別番号】100123995

【弁理士】

【氏名又は名称】野田 雅一

(72)【発明者】

【氏名】ロジャーズ， アンドリュー

【審査官】小倉 梢

(56)【参考文献】

【文献】国際公開第２０１７／００９６５１（ＷＯ，Ａ１）

【文献】米国特許出願公開第２００６／０１９４７６９（ＵＳ，Ａ１）

【文献】国際公開第２００７／０３４６７８（ＷＯ，Ａ１）

【文献】特表２０１０－５１２７４０（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２０１１－５２２５５６（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２０１１－５２４７４６（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２００８－５２１４２７（ＪＰ，Ａ）

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｑ １／００ － １／７０

Ｃ１２Ｎ １５／００ － １５／９０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

試料における真菌／酵母感染を検出する方法であって、
ａ．核酸増幅反応を行って、真菌／酵母のＩＬＶ３遺伝子を増幅し、増幅産物を生成するステップと、
ｂ．前記増幅産物を検出して、前記試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを同定するステップとを含み、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含む、方法。

【請求項2】

前記核酸増幅反応が、次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記核酸増幅反応が、次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

前記核酸増幅反応が、次の種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
ｉｘ．アスペルギルス・フミガーツス
ｘ．アスペルギルス・ニガー
ｘｉ．アスペルギルス・フラバス
ｘｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンス
の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種又は全１２種のＩＬＶ３遺伝子
を増幅する、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項5】

ステップが、
ｉ．カンジダ属種、アスペルギルス属種及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用；及び／又は
ｉｉ．カンジダ属種、アスペルギルス属種及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用
を含む、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項6】

共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又は共通のプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、又は、全種のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズし；
及び／又は共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、又は、全３種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズする、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項7】

別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、又は、全種のそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズし；
及び／又は別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、又は、全３種のそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】

ステップｂが、増幅産物を識別して、感染に関与する属及び／又は種を同定するステップを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

識別するステップが、
ｉ．融解曲線解析
ｉｉ．差別的に標識されたプライマー及び／又はプローブの使用；又は
ｉｉｉ．前記増幅産物のサイズを決定すること
を含む、請求項８に記載の方法。

【請求項10】

識別するステップが、差別的に標識されたプライマー及び／又はプローブの使用を含み、
ａ）少なくとも1つのプライマー及び／又はプローブを属に従い差別的に標識して、前記試料における真菌／酵母の同定を可能にする工程；若しくは
ｂ）少なくとも1つのプライマー及び／又はプローブをカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種に従い差別的に標識して、前記試料におけるカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種の同定を可能にする工程；
を含む、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

試料における酵母／真菌感染を検出するためのプライマー対のコレクションであって、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含み、
Ａ）ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；又は
Ｂ）ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｊ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｋ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；
を含む、プライマー対のコレクション。

【請求項12】

クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを更に含む、請求項１１に記載のプライマー対のコレクション。

【請求項13】

それぞれのプライマー対における少なくとも１つのプライマーが、他のプライマー対と比較して差別的に標識される、請求項１１又は１２に記載のプライマー対のコレクション。

【請求項14】

試料における酵母／真菌感染を検出するためのプローブのコレクションであって、
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含み、
Ａ）ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；又は
Ｂ）ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｊ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｋ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；
を含む、プローブのコレクション。

【請求項15】

クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを更に含む、請求項１４に記載のプローブのコレクション。

【請求項16】

前記プローブのコレクションが、それぞれのプローブが差別的に標識されている少なくとも２つのプローブを含む、請求項１４又は１５に記載のプローブのコレクション。

【請求項17】

請求項１１～１３のいずれか一項に記載のプライマー対のコレクション及び／又は請求項１４～１６のいずれか一項に記載のプローブのコレクションを使用して行われる、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項18】

試料における酵母／真菌感染を検出するためのキットであって、請求項１１～１３のいずれか一項に記載のプライマー対のコレクション及び／又は請求項１４～１６のいずれか一項に記載のプローブのコレクションを含む、キット。

【請求項19】

カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にする組合せでプライマー対を含み；及び／又は、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にするプローブを更に含む、請求項１８に記載のキット。

【請求項20】

血液試料からＤＮＡを抽出するための試薬をさらに含む、請求項１８又は１９に記載のキット。

【請求項21】

試料における微生物感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、
ｉｉ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、
ｉｉｉ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
を含む核酸増幅反応を行い、増幅産物を生成するステップと、
ｂ．前記増幅産物を検出し、識別して、前記試料がグラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかを同定するステップと
を含み；
前記試料が、ヒト対象から得られた臨床試料を含む、
方法。

【請求項22】

ｉ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉｉ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行う、請求項２１に記載の方法。

【請求項23】

前記ＩＬＶ３遺伝子の前記増幅が、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法に従い行われ、及び／又は請求項１１～１３のいずれか一項に記載のプライマー対のコレクションを使用して行われ、及び／又は請求項１４～１６のいずれか一項に記載のプローブのコレクションを使用して行わる、請求項２１又は２２に記載の方法。

【請求項24】

試料における微生物感染を識別するためのキットであって、
ａ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、
ｂ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；及び
ｃ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
を含む多重核酸増幅反応を行うための成分を含み、
成分ａ、ｂ及びｃそれぞれが、識別可能な増幅産物を産生し、これにより、前記試料が、グラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかの決定を可能にする、キット。

【請求項25】

ａ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｂ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｃ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、それと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む多重核酸増幅反応を行うための成分を含む、
請求項２４に記載のキット。

【請求項26】

請求項１１～１３のいずれか一項に記載のプライマー対のコレクション及び／又は請求項１４～１６のいずれか一項に記載のプローブのコレクション及び／又は請求項１８～２０のいずれか一項に記載のキットを含む、請求項２４又は２５に記載のキット。

【請求項27】

多重核酸増幅反応として行われる、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

前記試料が血液試料を含む、請求項１～１０、１７、２１～２３、２７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項29】

前記試料が血液試料を含む、請求項１１～１３のいずれか一項に記載のプライマー対のコレクション。

【請求項30】

前記試料が血液試料を含む、請求項１４～１６のいずれか一項に記載のプローブのコレクション。

【請求項31】

前記試料が血液試料を含む、請求項１８～２０、２４～２６のいずれか一項に記載のキット。

【発明の詳細な説明】

【発明の詳細な説明】

【0001】

［発明の分野］
本発明は、真菌又は酵母が試料に存在するかどうかの検出の観点における新規標的を提供する。この標的、ＩＬＶ３は、ジヒドロキシ酸デヒドラターゼをコードし、ヒトゲノムとの任意の配列同一性の欠如のため臨床診断適用において特に有用である。カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）及びクリプトコッカス・ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）の存在又は不存在が試料において決定されることを可能にする、プライマー及びプローブが提供される。真菌又は酵母の存在が決定されると、真菌又は酵母種の同一性が、例えば、治療を指示するために、有益に得られる。単一のプライマー／プローブセットを使用した全カンジダ及び全アスペルギルス検出と同様に、カンジダ属又はアスペルギルス属種が、試料において決定されるのを可能にする種特異的なプライマー対も提供される。融解曲線解析が、どの種が試料に存在するかを決定する方法として利用されてもよい。方法は、どの細菌が試料に存在するかどうかを決定し、それらの細菌をグラム陽性又はグラム陰性のいずれかにカテゴリー分けし得る方法と組み合わされてもよい。

【0002】

［発明の背景］
米国疾病予防管理センターは、患者の少なくとも３０％が、規定の抗生物質が不必要であると推定している（Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ、２０１６年５月）。抗生物質耐性は、差し迫った公的な健康の脅威である。英国において毎年、４４，０００人の死亡をもたらす１５０，０００ケースを超える敗血症が存在する。４４，０００人の死亡の多くは、抗生物質耐性の微生物感染に起因する。微生物感染の培養ベースの同定は、平均しておよそ５日かかり、その期間、抗生物質が投与される。試料において微生物感染を検出するために、より迅速な検査が開発され得るなら、非常に有益である。

【0003】

微生物のＤＮＡ又はＲＮＡを同定するいくつかの分子検査が知られている。例えば、米国特許第７２９１７２４号及び米国特許第７１６９５５５号は、ＰＣＲ反応において使用され得るリボソームＤＮＡに結合するオリゴヌクレオチドを記載する。さらなる増幅ベースの真菌／酵母の検出方法が知られている。例えば、国際公開第２００２／２７０２１号、中国特許第１０５０１８５７５号、米国特許第６８７２５２３号及びＶａｎ Ｂｕｒｉｋら、１９９８年を参照。

【0004】

［発明の説明］
血液の真菌感染（真菌血症）は、非常に危険である。本発明者らは、真菌感染を迅速に（同日の結果）同定するために精査され得る分子標的を調べた。したがって、本発明は、真菌又は酵母が試料に存在するかどうかの検出の観点における新規標的としてのＩＬＶ３を提供する。ＩＬＶ３は、分岐鎖アミノ酸の生合成を導く共通の経路における第３の工程を触媒するジヒドロキシ酸デヒドラターゼをコードする。本発明者らは、ＩＬＶ３遺伝子が、最も臨床上関連する真菌種に存在し、真菌感染の検出及び同定を可能にするよう特異的に標的化され得ることを発見した。さらに、ＩＬＶ３遺伝子標的は、ヒトゲノムとの任意の配列同一性の欠如のため臨床診断適用において特に有用である。より詳細には、Ｌｉｕら、２００６年は、抗真菌薬の発見のための可能性のある標的として多数の候補遺伝子を挙げている。挙げられた全ての候補のうち、ＩＬＶ３のみが、タンパク質レベルでヒトとの０％同一性を有する。さらなる解析を行った後、本発明者らは、ＩＬＶ３がまた、遺伝子レベルでヒト又は細菌（グラム陽性又はグラム陰性状態のもの）と相同性を有さないことを見出した。これは、Ｌｉｕらにおいて開示された他の候補遺伝子と対照的であり、本発明者らが、ヒトに対する遺伝子相同性を見出した。例えば、ＩＬＶ５（タンパク質レベルでヒトと２％同一性）は、ヒトゲノムとの２つのヌクレオチドアライメント（８２％同一性）をもたらした。したがって、ＩＬＶ３以外の候補遺伝子（リボソーム候補、例えば、１８Ｓ、２８Ｓ又は５．８Ｓを含む）は、ヒト遺伝子材料を含む試料における真菌感染の偽陽性検出及び同定をもたらし得る。したがって、その広範な態様において、本発明は、試料において真菌感染を同定するためのＩＬＶ３の使用をもたらす。

【0005】

明細書を通じて、用語「含むこと」は、非限定的な（すなわち、含む）語句を表すことが意図されることは、注意されるべきである。しかしながら、疑念を回避するため、どこで用語「含むこと」が使用されようとも、対応する特性が、必要に応じて、特定されたものに制限され得る（すなわち、からなる）ことが予想される。

【0006】

対象となる種におけるＩＬＶ３遺伝子配列についての受入番号及び関連する情報が、表Ａにおいて提供される。

【表1】

【0007】

広範な特徴決定及び試験を通じて、本発明者らは、標的化され得るＩＬＶ３遺伝子の特異的領域を同定した。第一に、本発明者らは、単一のプライマー及び／又はプローブセットを使用して一般に標的化され得る、８種の臨床上蔓延しているカンジダ属種におけるＩＬＶ３遺伝子の領域を同定した。単一のプライマー及び／又はプローブセットは、これらの８種由来のＩＬＶ３に特異的にハイブリダイズするが、非カンジダ属種由来のＩＬＶ３遺伝子と交差反応しない。かかるプライマー／プローブは、「全カンジダ」として言及され得る。

【0008】

第二に、本発明者らは、単一のプライマー及び／又はプローブセットを使用して一般に標的化され得る、３種の臨床上蔓延しているアスペルギルス属種におけるＩＬＶ３遺伝子の領域を同定した。単一のプライマー及び／又はプローブセットは、これらの３種に特異的にハイブリダイズするが、非アスペルギルス属種由来のＩＬＶ３遺伝子と交差反応しない。かかるプライマー／プローブは、「全アスペルギルス」として言及され得る。

【0009】

第三に、本発明者らは、プライマー及び／又はプローブセットを使用して標的化され得る、クリプトコッカス・ネオフォルマンスにおけるＩＬＶ３遺伝子の領域を同定した。プライマー及び／又はプローブセットは、この種に特異的にハイブリダイズするが、非リプトコッカス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）種由来のＩＬＶ３遺伝子と交差反応しない。

【0010】

まとめると、標的領域の第一、第二及び第三のカテゴリーを精査して、試料において真菌感染が存在するかどうかを決定することができる。増幅産物の適切な識別を用いて、どのカテゴリーの真菌感染が存在するかを決定することができる。

【0011】

第四に、本発明者らは、したがって、適当に設計されたプライマー及び／又はプローブセットを使用して別々に標的化され得る、８種の臨床上蔓延しているカンジダ属種間で異なるＩＬＶ３遺伝子の領域を同定した。それぞれのプライマー及び／又はプローブセットは、一方のカンジダ属種に特異的にハイブリダイズするが、他方のカンジダ属種（又は非カンジダ属種）由来のＩＬＶ３遺伝子と交差反応しない。

【0012】

第五に、本発明者らは、したがって、適当に設計されたプライマー及び／又はプローブセットを使用して別々に標的化され得る、３種の臨床上蔓延しているアスペルギルス属種におけるＩＬＶ３遺伝子の異なる領域を同定した。それぞれのプライマー及び／又はプローブセットは、一方のアスペルギルス属種に特異的にハイブリダイズするが、他方のアスペルギルス属種（又は非アスペルギルス属種）由来のＩＬＶ３遺伝子と交差反応しない。

【0013】

標的領域の第四及び第五のカテゴリーを精査して、試料における真菌感染の性質をより具体的に同定することができる。増幅産物の適切な識別を用いて、感染に関与する種を同定することができる。同定は、処置を促進し得る。

【0014】

それぞれの領域を標的にし、また本発明の態様をなす、特異的なプライマー及びプローブ配列が提供される。

【0015】

以下の表Ｂは、表Ａにおいて提供された配列を参照して同定された、様々なＩＬＶ３標的領域を同定する。表Ｂはまた、それぞれの配列について配列表において使用される配列番号と一緒に、それぞれの領域を標的にする本発明の特異的なプライマー及びプローブ配列を提供する。

【表2】

【0016】

ＧＢ１７０５９３２．０の表Ｂにおいて、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｎｉｇｅｒ）（ＩＬＶ３）及びアスペルギルス・フラバス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｌａｖｕｓ）（ＩＬＶ３）についてのフォワード及びリバースプライマー配列及び部位は、誤って交換され、したがって、以下の通り列挙される。

【表3】

【0017】

用語「フォワード」及び「リバース」プライマーの指定は、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１（アスペルギルス・ニガー）及びＮＷ＿００２４７７２４０．１（アスペルギルス・フラバス）のそれぞれについて固定されている、ＩＬＶ３遺伝子の向きに関連する。したがって、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１及びＮＷ＿００２４７７２４０．１を調べる当業者は、本発明を理解するために探すとき、ＧＢ１７０５９３２．０の表Ｂにおいて列挙された「フォワード」プライマー配列及び部位が、実際には、リバースプライマー配列及び部位であり、アスペルギルス・ニガー（ＩＬＶ３）及びアスペルギルス・フラバス（ＩＬＶ３）についても同様であることを、直ちに且つ明確に気付く。この訂正は、本出願を通じて適用される。

【0018】

したがって、本発明は、真菌検出において有用なプライマー及びプローブを提供する。当業者により容易に理解される通り、プライマー及びプローブは、対象となる遺伝子（ＩＬＶ３）内の特定の小領域にハイブリダイズする。プライマーは、本明細書において個々に特定される一方、プライマーの標的配列を参照することにより定義される場合を含む、プライマーが本発明により好ましくは対形成される、表Ｂにおいて提供される情報に特に基づき、プライマーは直ちに理解される。本明細書において提供される情報を使用して、特に、新規の標的及び特異的標的配列、プライマー及びプローブが、当業者により設計され得る。典型的には、プライマーは、１５～４０、例えば、１８～３５ヌクレオチド長である。プローブは、典型的には、１５～１００、例えば、２０～４０ヌクレオチド長である。標的配列に対するいくつかのミスマッチは、特異的なハイブリダイゼーションが達成される限り、容認される。特異的なハイブリダイゼーションは、非標的配列へのハイブリダイゼーションを除外するための、当業者により十分に理解される専門用語である。当業者はまた、特異的なハイブリダイゼーションが生じる必要がある核酸増幅を行うために使用される適当な反応条件を知っている。さらに、複数の標的配列にハイブリダイズするプライマー及び／又はプローブについて、特定の位置においていくつかの縮重が存在してもよい。例えば、プライマーは、所定の位置で任意のピリミジンヌクレオチド（ｔ／ｕ又はｃ）を含んでもよいか、又はこれらのヌクレオチドの少なくとも２つを含有するプライマーの混合物が採用されてもよい。本明細書において（例えば、配列番号により）記載される特異的プライマー及びプローブのバリアントもまた、想定される。バリアントは、特異的なハイブリダイゼーションが依然として達成される限り、ヌクレオチド付加、欠損及び／又は置換を含有してもよい。ある状況下では、１、２、３、４、５、６又は７個の付加、欠損及び／又は置換が容認され得る。本明細書においてさらに説明される通り、プライマー及び／又はプローブは、利用される検出方法論に従い標識されてもよい。典型的な標識は、いくつかの態様において、フルオロフォア及びクエンチャーとして配置され得る蛍光分子である。

【0019】

それ故、本発明は、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス（Ｃａｎｄｉｄａ ｄｕｂｌｉｎｉｅｎｓｉｓ）
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス（Ｃａｎｄｉｄａ ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス（Ｃａｎｄｉｄａ ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ）
ｖ．カンジダ・グラブラタ（Ｃａｎｄｉｄａ ｇｌａｂｒａｔａ）
ｖｉ．カンジダ・クルセイ（Ｃａｎｄｉｄａ ｋｒｕｓｅｉ）
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ（Ｃａｎｄｉｄａ ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｕｒｉｓ）
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを含む、試料において酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプライマー対を提供する。

【0020】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、これらの８種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ属種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ属種（それらの８種由来）が試料に存在する場合のみ、生成される。

【0021】

いくつかの実施形態によると、プライマー対のフォワードプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置ｃ１１６９８２５～１１６９８０６（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置ｃ３９３７９８～３９３７７９（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置ｃ４０５９９６～４０５９７８（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置ｃ１２１８０３６～１２１８０１７（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置ｃ９０９８０９～９０９７９０（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置ｃ２４００６～２３９８７（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置６１６６６～６１６８５（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置ｃ３２３２４～３２３０５（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする。

【0022】

いくつかの実施形態によると、プライマー対のリバースプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７０７～１１６９７２９（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３６８０～３９３７０２（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５８７８～４０５９００（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９１８～１２１７９４０（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９６９１～９０９７１３（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３８８８～２３９１０（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７８４～６１７６２（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２０６～３２２２８（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする。

【0023】

したがって、プライマー対は、全カンジダ検出を可能にするこれらの特定の標的領域から生成され得る。これは、いくつかの実施形態において、単一のプライマー対を用いて達成され得る。

【0024】

特定の実施形態において、カンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号１及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。これは、全カンジダプライマー対である。

【0025】

本発明はまた、次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0026】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、これらの３種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非アスペルギルス属種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、アスペルギルス属種（それらの３種由来）が試料に存在する場合のみ、生成される。

【0027】

いくつかの実施形態によると、プライマー対のフォワードプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１５８３～３７２１５９７（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４１０１８～５４１００４（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２６１２～３８２５９８（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は、フォワードプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９７～３７２１８１６（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８０４～５４０７８５（アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３９８～３８２３７９（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする。

【0028】

いくつかの実施形態によると、プライマー対のリバースプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８８７～３７２１８７２（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７１４～５４０７２９（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０８～３８２３２３（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又はリバースプライマーは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８７５～３７２１８９４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７０７～５４０７２６（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０１～３８２３２０（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする。

【0029】

したがって、プライマー対は、全アスペルギルス検出を可能にするこれらの特定の標的領域から生成され得る。これは、いくつかの実施形態において、単一のプライマー対を用いて達成され得る。

【0030】

特定の実施形態において、次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号７０及び７１又は配列番号７３及び７４のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号７０及び７１は、好ましいプライマー対を形成する。配列番号７３及び７４は、第２のプライマー対を形成する。これらは、全アスペルギルスプライマー対である。

【0031】

本発明はまた、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0032】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・アルビカンス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・アルビカンスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0033】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０２３４～１１７０２１７
ｉｉ．位置ｃ１１７１２１３～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズする。

【0034】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１１７０１１９～１１７０１４０
ｉｉ．位置１１７１１２０～１１７１１３８
の１つにハイブリダイズする。

【0035】

特定の実施形態において、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号４及び５又は６及び７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号４及び５は、第１のプライマー対を形成する。配列番号６及び７は、第２のプライマー対を形成する。

【0036】

本発明はまた、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0037】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・ドゥブリニエンシス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・ドゥブリニエンシスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0038】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１２１９１８１～１２１９１６１
ｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５５３～１２１８５３４
の１つにハイブリダイズする。

【0039】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１０３～１２１９１２４
ｉｉ．位置１２１８４０９～１２１８４２９
ｉｉｉ．位置１２１８４１９～１２１８４４０
の１つにハイブリダイズする。

【0040】

特定の実施形態において、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号８及び９、配列番号１０及び１１又は配列番号１２及び１３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号８及び９は、第１のプライマー対を形成する。配列番号１０及び１１は、第２のプライマー対等を形成する。

【0041】

本発明はまた、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0042】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・トロピカリス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・トロピカリスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0043】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１４６～４０６１２７
ｉｉ．位置ｃ４０６１４２～４０６１２０
の１つにハイブリダイズする。

【0044】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置４０６０４７～４０６０６８
ｉｉ．位置４０６０４８～４０６０６９
の１つにハイブリダイズする。

【0045】

特定の実施形態において、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号１４及び１５又は配列番号１６及び１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号１４及び１５は、第１のプライマー対を形成する。配列番号１６及び１７は、第２のプライマー対を形成する。

【0046】

本発明はまた、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0047】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・パラプシローシス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・パラプシローシスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0048】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９５１～２４９３１
ｉｉ．位置ｃ２４８８１～２４８６３
の１つにハイブリダイズする。

【0049】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置２４８４３～２４８６５
ｉｉ．位置２４７７４～２４７９５
の１つにハイブリダイズする。

【0050】

特定の実施形態において、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号１８及び１９又は配列番号２０及び２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号１８及び１９は、第１のプライマー対を形成する。配列番号２０及び２１は、第２のプライマー対を形成する。

【0051】

本発明はまた、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0052】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・グラブラタ種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・グラブラタが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0053】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１９１～３９４１６９
ｉｉ．位置ｃ３９３５３５～３９３５１６
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０７６～３９５０５５
ｉｖ．位置ｃ３９４８８４～３９４８６３
の１つにハイブリダイズする。

【0054】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３９４０８０～３９４１０１
ｉｉ．位置３９３４４５～３９３４６４
ｉｉｉ．位置３９４９８７～３９５００６
ｉｖ．位置３９４７８３～３９４８０３
の１つにハイブリダイズする。

【0055】

特定の実施形態において、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号２２及び２３、配列番号２４及び２５、配列番号２６及び２７又は配列番号２８及び２９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号２２及び２３は、第１のプライマー対を形成する。配列番号２４及び２５は、第２のプライマー対等を形成する。

【0056】

本発明はまた、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0057】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・クルセイ種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・クルセイが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0058】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７２３～６１７４４
ｉｉ．位置６０９４０～６０９６１
ｉｉｉ．位置６０４２０～６０４４０
ｉｖ．位置６１７７８～６１７９７
ｖ．位置６１９４０～６１９６１
の１つにハイブリダイズする。

【0059】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ６１８１７～６１７９６
ｉｉ．位置ｃ６１０３０～６１０１１
ｉｉｉ．位置ｃ６０５３５～６０５１３
ｉｖ．位置ｃ６１９２３～６１９０２
ｖ．位置ｃ６２０１５～６１９９６
の１つにハイブリダイズする。

【0060】

特定の実施形態において、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号３０及び３１、配列番号３２及び３３、配列番号３４及び３５、配列番号３６及び３７又は配列番号３８及び３９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号３０及び３１は、第１のプライマー対を形成する。配列番号３２及び３３は、第２のプライマー対等を形成する。

【0061】

本発明はまた、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0062】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・ギリエルモンジィ種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・ギリエルモンジィが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0063】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９６２９～９０９６０８
ｉｉ．位置ｃ９１１１１７～９１１０９８
ｉｉｉ．位置ｃ９１１１１１～９１１０９０
ｉｖ．位置ｃ９１０９４１～９１０９２０
の１つにハイブリダイズする。

【0064】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置９０９５２９～９０９５５０
ｉｉ．位置９１１００２～９１１０２３
ｉｉｉ．位置９１０９９４～９１１０１３
ｉｖ．位置９１０７９９～９１０８１９
の１つにハイブリダイズする。

【0065】

特定の実施形態において、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号４０及び４１、配列番号４２及び４３、配列番号４４及び４５又は配列番号４６及び４７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号４０及び４１は、第１のプライマー対を形成する。配列番号４２及び４３は、第２のプライマー対等を形成する。

【0066】

本発明はまた、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0067】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非カンジダ・アウリス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、カンジダ・アウリスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の７種のカンジダ属種の１つが試料に存在する場合（又は非カンジダ属種が存在する場合）、生成されない。

【0068】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７９０～３２７６８
ｉｉ．位置ｃ３２４５１～３２４３０
ｉｉｉ．位置ｃ３２６５４～３２６３３
ｉｖ．位置ｃ３３２７８～３３２５９
ｖ．位置ｃ３２６０３～３２５８０
ｖｉ．位置ｃ３２３９９～３２３７６
ｖｉｉ．位置ｃ３３６４８～３３６２８
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２４０～３２２１９
ｉｘ．位置ｃ３２９３０～３２９０９
ｘ．位置ｃ３３２２８～３３２０６
ｘｉ．位置ｃ３２１０６～３２０８５
の１つにハイブリダイズする。

【0069】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３２６８２～３２７０３
ｉｉ．位置３２３６８～３２３８９
ｉｉｉ．位置３２５６７～３２５８８
ｉｖ．位置３３２０２～３３２２３
ｖ．位置３２５１２～３２５３３
ｖｉ．位置３２３２８～３２３４９
ｖｉｉ．位置３３５６６～３３５８７
ｖｉｉｉ．位置３２１７５～３２１９５
ｉｘ．位置３２８２６～３２８４８
ｘ．位置３３１３０～３３１５１
ｘｉ．位置３２０１１～３２０３３
の１つにハイブリダイズする。

【0070】

特定の実施形態において、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号４８及び４９、配列番号５０及び５１、配列番号５２及び５３、配列番号５４及び５５、配列番号５６及び５７、配列番号５８及び５９、配列番号６０及び６１、配列番号６２及び６３、配列番号６４及び６５、配列番号６６及び６７又は配列番号６８及び６９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号４８及び４９は、第１のプライマー対を形成する。配列番号５０及び５１は、第２のプライマー対等を形成する。

【0071】

本発明はまた、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0072】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非アスペルギルス・フミガーツス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、アスペルギルス・フミガーツスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の２種のアスペルギルス属種の１つが試料に存在する場合（又は非アスペルギルス属種が存在する場合）、生成されない。

【0073】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３７２１５３１～３７２１５５２
ｉｉ．位置３７２１６１８～３７２１６３８
ｉｉｉ．位置３７２１６１６～３７２１６３８
ｉｖ．位置３７２１７９８～３７２１８１８
の１つにハイブリダイズする。

【0074】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５３～３７２１６７５
ｉｉ．位置ｃ３７２１７０６～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置ｃ３７２１８９８～３７２１８７８
の１つにハイブリダイズする。

【0075】

特定の実施形態において、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号７６及び７７、配列番号７９及び８０、配列番号８２及び８０又は配列番号８３及び８４のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号７６及び７７は、第１のプライマー対を形成する。配列番号７９及び８０は、第２のプライマー対等を形成する。

【0076】

本発明はまた、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0077】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非アスペルギルス・ニガー種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、アスペルギルス・ニガーが試料に存在する場合のみ、生成され、他の２種のアスペルギルス属種の１つが試料に存在する場合（又は非アスペルギルス属種が存在する場合）、生成されない。

【0078】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０２１９～５４０１９９
の１つにハイブリダイズする。

【0079】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉｉ．位置５４００８４～５４０１０３
の１つにハイブリダイズする。

【0080】

特定の実施形態において、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、配列番号８７及び８６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0081】

本発明はまた、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーを提供する。

【0082】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非アスペルギルス・フラバス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、アスペルギルス・フラバスが試料に存在する場合のみ、生成され、他の２種のアスペルギルス属種の１つが試料に存在する場合（又は非アスペルギルス属種が存在する場合）、生成されない。

【0083】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２６０４～３８２５８６
の１つにハイブリダイズする。

【0084】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３８２５１９～３８２５４１
ｉｉ．位置３８２５２０～３８２５４１
の１つにハイブリダイズする。

【0085】

特定の実施形態において、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号９０及び８９又は配列番号９０及び９２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号９０及び８９は、第１のプライマー対を形成する。配列番号９０及び９２は、第２のプライマー対を形成する。

【0086】

本発明は、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーをさらに提供する。

【0087】

「特異的にハイブリダイズすること」、又は均等な語句により、プライマーが、この種由来のＩＬＶ３にハイブリダイズするが、非クリプトコッカス・ネオフォルマンス種由来のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズしない（又は交差反応しない）ことが意味される。したがって、増幅産物は、クリプトコッカス・ネオフォルマンスが試料に存在する場合のみ、生成され、非クリプトコッカス・ネオフォルマンス種が存在する場合、生成されない。
いくつかの実施形態によると、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２６９６～７０２７１７
ｉｉ．位置７０２４９９～７０２５２０
ｉｉｉ．位置７０２７３６～７０２７５７
ｉｖ．位置７０２３８４～７０２４０３
ｖ．位置７０１３８４～７０１４０６
の１つにハイブリダイズする。

【0088】

いくつかの実施形態によると、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ７０２７９６～７０２７７７
ｉｉ．位置ｃ７０２６０２～７０２５８２
ｉｉｉ．位置ｃ７０２８５０～７０２８３１
ｉｖ．位置ｃ７０２５２１～７０２５００
ｖ．位置ｃ７０１４９９～７０１４７９
の１つにハイブリダイズする。

【0089】

特定の実施形態において、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号９３及び９４、配列番号９６及び９７、配列番号９９及び１００、配列番号１０２及び１０３又は配列番号１０５及び１０６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。したがって、配列番号９３及び９４は、第１のプライマー対を形成する。配列番号９５及び９７は、第２のプライマー対等を形成する。

【0090】

本明細書において説明される、プライマー対は、好ましくは、例えば、多重反応において組み合わせて使用される。複数のプライマー対は、単一の反応混合物（マスターミックス）に含まれ得る。したがって、いくつかの実施形態において、それぞれのプライマー対における少なくとも１つのプライマーは、他のプライマー対と比較して差別的に標識される。これは、増幅産物が識別され得る１つの手段である。本発明において使用され得る標識されたプライマーの例は、ＡＭＰＬＩＦＬＵＯＲプライマー及びＬＵＸプライマーを含む。したがって、プライマーは、関連する検出テクノロジーを組み込むための修飾、標識及び配列伸長を含んでもよい。かかる配列修飾、標識及び伸長は、本発明により包含される。

【0091】

多くの核酸増幅プロトコールは、プローブの使用を含む。異形のＰＣＲは、かかるプローブを使用しリアルタイムで又は終点での検出を可能にする。例として、加水分解性プローブ（例えば、ＴＡＱＭＡＮプローブ）及びヘアピンプローブ（例えば、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＥＡＣＯＮＳ）が挙げられる。プローブはまた、いくつかの実施形態において、プライマーに結合されてもよい（例えば、ＳＣＯＲＰＩＯＮプローブ）。したがって、本発明のプローブは、関連する検出テクノロジーを組み込むための修飾、標識及び配列伸長を含んでもよい。かかる配列修飾、標識及び伸長は、本発明により包含される。好ましくは、本発明のプローブはまた、プライマーの作用を補うために属又は種特異的な様式でＩＬＶ３遺伝子を標的にする。本発明のプローブと関連して、「特異的にハイブリダイズする」は、対応するプライマーについて提供された定義と同様の様式で定義される。再度、表Ｂは、プローブ及びプライマーの標的配列を参照して定義される場合を含む、本発明のプローブの本発明のプライマー対との好ましい組合せを同定する。

【0092】

それ故、本発明は、次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0093】

いくつかの実施形態によると、少なくとも１つのプローブは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７７９～１１６９８０４（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３７５２～３９３７７７（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５９５０～４０５９７５（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９９０～１２１８０１５（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９７６３～９０９７８８（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３９６０～２３９８５（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７１２～６１６８７（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２７８～３２３０３（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする。

【0094】

特定の実施形態において、次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0095】

本発明はまた、次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0096】

いくつかの実施形態によると、少なくとも１つのプローブは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９０～３７２１８１４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８１１～５４０７８８（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２４０５～３８２３８１（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は少なくとも１つのプローブは、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１８４８～３７２１８７０（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０７５３～５４０７３１（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３４７～３８２３２５（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする。

【0097】

特定の実施形態において、次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号７２又は７５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0098】

本発明はまた、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0099】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０１７４～１１７０１５１
ｉｉ．位置１１７１１６５～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズする。

【0100】

特定の実施形態において、カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１１６又は１１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0101】

それ故、本発明は、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0102】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１４８～１２１９１７１
ｉｉ．位置ｃ１２１８４３９～１２１８４１６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８０
の１つにハイブリダイズする。

【0103】

特定の実施形態において、カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１１８、１１９又は１２０のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0104】

それ故、本発明は、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0105】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１１１～４０６０８２
にハイブリダイズする。

【0106】

特定の実施形態において、カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0107】

それ故、本発明は、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0108】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９０７～２４８８３
ｉｉ．位置ｃ２４８６２～２４８３９
の１つにハイブリダイズする。

【0109】

特定の実施形態において、カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１２２又は１２３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0110】

それ故、本発明は、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0111】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１５１～３９４１２８
ｉｉ．位置ｃ３９３４７８～３９３４５３
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０３０～３９５００７
ｉｖ．位置ｃ３９４８３６～３９４８０７
の１つにハイブリダイズする。

【0112】

特定の実施形態において、カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１２４、１２５、１２６又は１２７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0113】

それ故、本発明は、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0114】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７７０～６１７９３
ｉｉ．位置ｃ６０９９０～６０９６７
ｉｉｉ．位置６０４６２～６０４８５
ｉｖ．位置６１８１５～６１８３８
ｖ．位置ｃ６１９７０～６１９４５
の１つにハイブリダイズする。

【0115】

特定の実施形態において、カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１又は１３２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0116】

それ故、本発明は、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0117】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９５７７～９０９５５２
ｉｉ．位置ｃ９１１０８８～９１１０６５
ｉｉｉ．位置９１０８７８～９１０９０４
の１つにハイブリダイズする。

【0118】

特定の実施形態において、カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１３３、１３４又は１３５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0119】

それ故、本発明は、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0120】

いくつかの実施形態によると、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７４４～３２７２１
ｉｉ．位置ｃ３２４２１～３２３９８
ｉｉｉ．位置ｃ３２６２９～３２６０５
ｉｖ．位置３３２３３～３３２５７
ｖ．位置３２５４２～３２５６３
ｖｉ．位置３２３５０～３２３７３
ｖｉｉ．位置ｃ３３６２７～３３６０６
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２１８～３２１９６
ｉｘ．位置ｃ３２８９０～３２８６４
ｘ．位置ｃ３３２５９～３３２３６
ｘｉ．位置ｃ３２０６１～３２０３８
の１つにハイブリダイズする。

【0121】

特定の実施形態において、カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１３６～１４６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0122】

それ故、本発明は、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0123】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５１～３７２１６２８
ｉｉ．位置３７２１６５８～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置３７２１８４８～３７２１８７０
の１つにハイブリダイズする。

【0124】

特定の実施形態において、アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号７８、８１又は８５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0125】

本発明はまた、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0126】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０１６１～５４０１３８
の１つにハイブリダイズする。

【0127】

特定の実施形態において、アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号８８のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0128】

本発明はまた、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0129】

いくつかの実施形態によると、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２５７２～３８２５４９
の１つにハイブリダイズする。

【0130】

特定の実施形態において、アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号９１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0131】

本発明はまた、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブを提供する。

【0132】

いくつかの実施形態によると、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２７２４～７０２７４７
ｉｉ．位置７０２５２６～７０２５４９
ｉｉｉ．位置７０２８０５～７０２８２９
ｉｖ．位置７０２４２３～７０２４４６
ｖ．位置７０１４３５～７０１４５８
の１つにハイブリダイズする。

【0133】

特定の実施形態において、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号９５、９８、１０１、１０４又は１０７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる。

【0134】

本明細書において説明される、プローブは、好ましくは、例えば、多重反応において組み合わせて使用される。本発明は、一緒に（例えば、多重反応及び／又はマスターミックスにおいて）使用されることが意図される、本発明の少なくとも２つのプローブを含む、プローブのセットを提供する。したがって、いくつかの実施形態において、それぞれのプローブは、他のプローブ（増幅において使用される）と比較して差別的に標識される。既に考察された通り、多くの核酸増幅プロトコールは、プローブの使用を含む。例として、加水分解性プローブ（例えば、ＴＡＱＭＡＮプローブ）及びヘアピンプローブ（例えば、ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＥＡＣＯＮＳ）が挙げられる。プローブはまた、いくつかの実施形態において、プライマーに結合されてもよい（例えば、ＳＣＯＲＰＩＯＮプローブ）。かかるプローブは、当業者により容易に理解される通り、差別的に標識されてもよい。プローブは、異なるフルオロフォア及び／又は異なるクエンチャーの包含を含んでもよい。

【0135】

いくつかの実施形態において、本発明のプライマー及びプローブ（「検出成分」として言及されてもよい）を一緒に有利に合わせて、核酸増幅ベースの真菌検出、及び特徴決定を促進する。プライマー対及びプローブの好ましい組合せは、表Ｂにおいて記載される。したがって、本発明はまた、本発明の少なくとも１つのプライマー対及び／又は本発明の少なくとも１つのプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するためのキットを提供する。

【0136】

全カンジダ及び全アスペルギルス検出成分を含有するキットは、組み合わされてもよい。キットは、クリプトコッカス・ネオフォルマンスを検出するための検出成分とさらに組み合わされてもよい。したがって、キットは、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にするプライマー対の組合せを含んでもよい。プライマー対は、マスターミックスの組合せの形態（すなわち、適当な濃度のプライマー対を含有する単一のマスターミックス）で提供されてもよい。かかるキットは、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にする関連するプローブをさらに含んでもよい。プローブはまた、マスターミックスの組合せにおいて（再度、適当な濃度で）含まれてもよい。本発明により有用な１つの特定のキットは、配列番号１及び２（全カンジダ検出のため）、配列番号７０及び７１（全アスペルギルス検出のため）並びに配列番号９３及び９４（クリプトコッカス・ネオフォルマンス検出のため）のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなるプライマーを含む。かかるキットは、それぞれ、配列番号３、７２及び９５のプローブをさらに含んでもよい。

【0137】

本発明の他のキットは、上で記載されたキットと組み合わされてもよく、試料におけるカンジダ感染に関与する種を同定するのに有用である。他のキットは、本発明の適当なカンジダ属種特異的プライマーを含有する。プライマー対は、マスターミックスの組合せの形態（すなわち、適当な濃度のプライマー対を含有する単一のマスターミックス）で提供されてもよい。本発明により有用な１つの特定のキットは、それぞれ、配列番号４８及び４９、１８及び１９、２４及び２５、４０及び４１、６及び７、８及び９、１６及び１７並びに３８及び３９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなるプライマーを含む。

【0138】

本発明の他のキットは、上で記載されたキットと組み合わされてもよく、試料におけるアスペルギルス感染に関与する種を同定するのに有用である。他のキットは、本発明の適当なアスペルギルス属種特異的プライマーを含有する。プライマー対は、マスターミックスの組合せの形態（すなわち、適当な濃度のプライマー対を含有する単一のマスターミックス）で提供されてもよい。本発明により有用な１つの特定のキットは、配列番号８０及び８２、８６及び８７、９０及び９２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなるプライマーを含む。

【0139】

本発明のキットは、様々な追加の成分を含有してもよい。例えば、キットは、増幅のため必要とされる試薬を含有してもよい。キットは、ポリメラーゼ、ｄＮＴＰｓ、ＭｇＣｌ_２、バッファー等のうちの１つ又は複数を含有してもよい。いくつかの実施形態において、キットは、ＤＮＡ抽出試薬を含んでもよい。さらに具体的には、キットは、血液試料からＤＮＡを抽出するための試薬を含んでもよい。キットは、増幅反応が生じる、適当なキャリアを取り込んでもよい。かかるキャリアは、複数のウェルのプレート、例えば、４８又は９６ウェル等を含むことが有利である。かかるキャリアは、検出方法が相対的に小さい体積で行われるのを可能にし、これにより、スケールアップを促進し、要求される試料体積を最小にする。

【0140】

キットは、典型的には、適当な指示書を取り込む。これらの指示書は、本発明の方法が、本発明のキットを使用して容易に行われることを可能にする。
特定のプライマー及びプローブが、広く記載され、本発明の方法において有用に適用される一方、他のプライマー及びプローブが、ＩＬＶ３を標的にするよう設計され、適用されてもよい。したがって、本発明は、試料における真菌／酵母感染を検出する一般的な方法であって、
ａ．核酸増幅反応を行って、真菌／酵母のＩＬＶ３遺伝子を増幅するステップと、
ｂ．増幅産物を検出して、試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法を提供する。

【0141】

本発明の全ての態様によると、ＩＬＶ３を使用して、対象となる任意の真菌／酵母を同定してもよい。しかしながら、「ＩＬＶ３遺伝子を増幅する」により、全体のＩＬＶ３遺伝子が増幅される必要があることは意図されない。当業者が容易に気付く通り、ＩＬＶ３遺伝子の部分のみが、ＩＬＶ３遺伝子の存在を示すために増幅されることを必要とする。増幅産物の最小サイズは、プライマーの長さ（及び含まれるなら、プローブ）により、典型的には規定される。典型的な増幅産物は、５０～５００ヌクレオチド長、例えば、５０～２５０ヌクレオチドであり得る。「感染」は、真菌又は酵母を通常含有しない試料におけるかかる真菌／酵母の存在を単に指す。したがって、本発明の方法はまた、試料において低レベルの真菌細胞でさえ決定されるのを可能にする、高感度並びに特異的である。したがって、「試料」は、本発明との関係において、ＩＬＶ３遺伝子を有する真菌（例えば、酵母）の存在について試験することが望ましい、任意の試料を含むと定義される。試料は、真菌を含有することが従前に知られていなくてもよい。試料は、ヒト対象から得られてもよい。それ故、試料は、ヒト遺伝子材料（特に、ヒトＤＮＡ）を含有してもよい。したがって、試料は、血液試料のような臨床試料を含むか、本質的にからなるか、又はからなってもよい。血液試料により、血液又は血液派生物を含む任意の試料が意味される。したがって、血清及び血漿は、血液ブロス（すなわち、培養培地に加えられる血液）と一緒に含まれる。本発明の方法は、真菌感染の源の迅速な検出及び同定に特に適用可能である。したがって、試料は、罹患していることが疑われるか、又は血流感染についてスクリーニングされている患者由来の血液培養試料を含んでもよい。試料は、１～１０ｍｌ、好ましくは、１ｍｌの血液培養試料のような、適当な体積であってもよい。

【0142】

或いは、試料は、インビトロアッセイ系等であってもよいか、又は含んでもよい。試料は、飲料若しくは食品試料又はその調製品、或いはシャンプー、コンディショナー、保湿剤等を含むパーソナルケア製品のような医薬又は化粧品を含むか、本質的にからなるか、又はからなってもよく、これらの全てが、日常的なこととして微生物汚染について試験される。試料は、組織又は細胞を含むか、本質的にからなるか、又はからなってもよく、痰若しくは血液試料又は血小板試料等を含むか、本質的にからなるか、又はからなってもよい。加えて、本発明の方法及びキットを使用して、例えば、食品が調製される場所におけるような、表面の汚染をモニターしてもよい。汚染は、任意の関連する真菌源由来であってもよい。さらに、本発明はまた、飲料水、廃水、海洋環境等のような環境状態をモニターする際に有用である。

【0143】

本発明は、可能性のある任意の真菌又は酵母に適用可能である一方、臨床診断に重要である特定の真菌が存在する。したがって、本発明は、相対的に高い頻度で血液媒介性感染を引き起こす真菌属及び種を標的にするよう開発されている。したがって、本発明は、カンジダ属種の検出及び任意選択で識別に焦点を当ててもよい。本発明は、次の種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも１、２、３、４、５、６、７種又は全８種の検出を可能にしてもよい。

【0144】

検出は、本明細書においてさらに詳細に説明されるＩＬＶ３遺伝子の全カンジダ標的化を介して又は種特異的標的化によるものであってもよい。本発明は、加えて、又は代わりに、アスペルギルス属種の検出及び任意選択で識別に焦点を当ててもよい。本発明は、次の種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも１、２又は全３種の検出を可能にしてもよい。

【0145】

検出は、本明細書においてさらに詳細に説明されるＩＬＶ３遺伝子の全アスペルギルス標的化を介して又は種特異的標的化によるものであってもよい。本発明は、加えて、又は代わりに、クリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出に焦点を当ててもよい。

【0146】

したがって、本発明は、試料における真菌／酵母感染を検出する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出して、試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法を提供する。

【0147】

本発明の方法は、次の種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
ｉｘ．アスペルギルス・フミガーツス
ｘ．アスペルギルス・ニガー
ｘｉ．アスペルギルス・フラバス
ｘｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンス
の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種又は全１２種のＩＬＶ３遺伝子を特異的な方法で増幅する能力がある核酸増幅反応を含んでもよい。

【0148】

本発明の方法において使用される増幅は、カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用を含んでもよい。加えて又は代わりに、方法は、カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用を含んでもよい。いくつかの実施形態において、共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又は共通のプローブは、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも２、３、４、５、６、７種、好ましくは、全てのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする。

【0149】

したがって、いくつかの実施形態において、全カンジダ増幅が利用される。ＩＬＶ３内の特異的な標的化領域を含む、全カンジダ増幅のための本発明の適当なプライマー及びプローブが、本明細書において記載され、全てのかかるプライマー及びプローブが利用されてもよい。１つの実施形態において、本発明の方法は、配列番号１の配列を含むフォワードプライマー、配列番号２の配列を含むリバースプライマー及び／又は配列番号３の配列を含むプローブの使用を含む。

【0150】

感染の源を識別する方法を含む、他の実施形態において、カンジダ属種特異的増幅が採用される。かかる実施形態において、別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブは、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも２、３、４、５、６、７種、好ましくは、全てのそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする。

【0151】

したがって、検出されるべきそれぞれのカンジダ属種について別個のプライマー対及び／又はプローブが存在する。ＩＬＶ３内の特異的な標的化領域を含む、種特異的なカンジダ増幅のための本発明の適当なプライマー及びプローブが、本明細書において記載され、全てのかかるプライマー及びプローブが利用されてもよい。

【0152】

本発明の方法において使用される増幅は、アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用を加えて又は代わりに含んでもよい。加えて又は代わりに、方法は、アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用を含んでもよい。いくつかの実施形態において、共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又は共通のプローブは、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは、全３種のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする。

【0153】

したがって、いくつかの実施形態において、全アスペルギルス増幅が利用される。ＩＬＶ３内の特異的な標的化領域を含む、全アスペルギルス増幅のための本発明の適当なプライマー及びプローブが、本明細書において記載され、全てのかかるプライマー及びプローブが利用されてもよい。１つの実施形態において、本発明の方法は、配列番号７０又は７３の配列を含むフォワードプライマー、配列番号７１又は７４の配列を含むリバースプライマー及び／又は配列番号７２又は７５の配列を含むプローブの使用を含む。

【0154】

感染の源を識別する方法を含む、他の実施形態において、アスペルギルス属種特異的増幅が採用される。かかる実施形態において、別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブは、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは、全３種のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする。

【0155】

したがって、検出されるべきそれぞれのアスペルギルス属種について別個のプライマー対及び／又はプローブが存在する。ＩＬＶ３内の特異的な標的化領域を含む、種特異的なアスペルギルス増幅のための本発明の適当なプライマー及びプローブが、本明細書において記載され、全てのかかるプライマー及びプローブが利用されてもよい。

【0156】

本発明の方法において使用される増幅は、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用を加えて又は代わりに含んでもよい。加えて又は代わりに、方法は、クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用を含んでもよい。ＩＬＶ３内の特異的な標的化領域を含む、クリプトコッカス・ネオフォルマンス増幅のための本発明の適当なプライマー及びプローブが、本明細書において記載され、全てのかかるプライマー及びプローブが利用されてもよい。

【0157】

本発明の方法によると、増幅産物を単に検出して、真菌種が試料に存在することを示すことができる。増幅産物は、当業者により容易に理解される任意の公知の手段を介して検出され得る。しかしながら、いくつかの実施形態において、増幅産物の識別は、試料に存在する真菌の属及び／又は種を同定するために使用される。したがって、本発明の方法は、試料における真菌／酵母感染を検出するステップと、同定するステップとを含んでもよい。本発明の方法は、核酸増幅を行うステップと、増幅産物を検出し、識別して、真菌／酵母感染を同定するステップとを含んでもよい。

【0158】

それ故、本発明は、試料における真菌／酵母感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、真菌／酵母感染を同定するステップと
を含む、方法を提供する。

【0159】

試料における真菌の同一性が同定されるのを可能にする本発明の方法は、感染に特異的である方法での直接的な処置を目の前で指示するのに特に有用である。したがって、本発明の方法は、一般的な真菌検出方法とは異なり、有用である。したがって、本発明はまた、試料におけるカンジダ感染に関与する種を同定する方法であって、
ａ．次の成分のセット：
ｉ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
の少なくとも３、４、５、６、７つ又は全てを使用して、核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、カンジダ感染に関与する種を同定するステップと
を含む、方法を提供する。

【0160】

これらの方法は、本明細書において詳細に記載される、本発明の適当なプライマー（及びプローブ）のいずれかを利用してもよい。

【0161】

同様に、本発明はまた、試料におけるアスペルギルス感染に関与する種を同定する方法であって、
ａ．次の成分のセット：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
少なくとも２つ又は全てを使用して、核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、アスペルギルス感染に関与する種を同定するステップと
を含む、方法にも関する。

【0162】

これらの方法は、本明細書において詳細に記載される、本発明の適当なプライマー（及びプローブ）のいずれかを利用してもよい。これらの方法は、いくつかの実施形態におけるカンジダ同定方法と並行して利用されてもよい。

【0163】

本発明は、真菌感染が存在するかどうかを決定するための一般的なスクリーニングと考えられ得る方法を提供する。本発明はまた、感染に関与する種が同定されるのを可能にするより特異的な方法を提供する。かかる方法は、有利に組み合わされ得る。したがって、本発明は、試料における真菌／酵母感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．本発明の方法を行って、カンジダ属、アスペルギルス属及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスが試料に存在するかどうかを決定するステップと、
ｂ．カンジダ属又はアスペルギルス属種が試料に存在する場合、本発明の方法を行って、種が存在することを決定し、これにより、試料における酵母／真菌感染を検出し、同定するステップと
を含む、方法をさらに提供する。

【0164】

ステップａでの、クリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出は、ステップｂを行う要件を排除してもよい。或いは、ステップａの結果は、単に、試料に存在する真菌があるということであり得る。かかる方法において、ステップｂは、クリプトコッカス・ネオフォルマンスが、具体的に、試料に存在するかどうかを決定するための本発明の方法を行うステップを追加で含んでもよい。

【0165】

本明細書において考察される通り、本発明の方法は、ＩＬＶ３遺伝子の核酸増幅を一般に含む。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が好ましいが、任意の形態の核酸増幅を使用することができる。かかる方法は、任意の適当な形態の検出テクノロジーを利用してもよい。増幅のリアルタイムのモニタリングが、いくつかの実施形態において使用されてもよい。他の実施形態において、終点の検出方法が利用されてもよい。いくつかの実施形態において、核酸増幅は、多重核酸増幅反応として行われる。他の実施形態において、異なる属又は種由来のＩＬＶ３を標的化するそれぞれの核酸増幅は、別個の反応範囲に含まれる。反応範囲は、増幅が生じる定義された部位である。反応範囲は、マルチウェルプレート中のウェル又は試験管等であってもよい。配列決定、特に、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）が、検出、及び任意選択でまた識別のため利用されてもよい。ＮＧＳプラットフォームの例としては、当業者に周知であり、市販されている、イルミナシーケンシング（例えば、Ｈｉ－Ｓｅｑ及びＭｉ－Ｓｅｑ）、ＳＭＲＴシーケンシング（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ナノポアシーケンシング、ＳｏＬＩＤシーケンシング、パイロシークエンシング（例えば、Ｒｏｃｈｅ ４５４）、１分子シーケンシング（ＳｅｑＬＬ／Ｈｅｌｉｃｏｓ）及びＩｏｎ－Ｔｏｒｒｅｎｔ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）が挙げられる。本明細書において記載される通り、異なる真菌由来のＩＬＶ３遺伝子は、シーケンシングを使用して精査して、真菌感染の源を同定することができる異なるヌクレオチド配列を有する。シーケンシングは、迅速且つ定量的な結果をもたらし得る。

【0166】

簡単な検出のため、増幅産物の単なる存在は、試料に存在する真菌があることを示す。本明細書において考察される通り、これは、典型的には、カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスから選択される真菌である。しかしながら、真菌の性質についてのより詳細な情報が要求される場合、増幅産物が識別されてもよい。いくつかの実施形態において、識別することは、融解曲線解析を含む。本明細書において記載される様々なプライマー対は、重複していない融解曲線を有するよう設計されている。したがって、多重増幅において含まれる場合、作成された融解曲線が、試料におけるカンジダ属又はアスペルギルス属種が同定されることを可能にする。これは、アスペルギルスの識別のため使用される多重と別個の、カンジダのための多重であってもよい。融解曲線解析に基づく本発明の方法が、それぞれ、カンジダの８つの異なる種及びアスペルギルスの３つの異なる種の識別を可能にすることが、本明細書において示される。本発明による融解曲線解析は、配列特異的プローブの使用に頼ってもよいし、又は頼らなくてもよい。好ましい実施形態において、方法は、ＩＬＶ３特異的プローブの使用を要求しない。代わりに、例としてサイバーグリーン（ＳＹＢＲ ＧＲＥＥＮ）である挿入剤のような、配列と独立した試薬を使用して、増幅がモニターされてもよい。

【0167】

他の実施形態において、増幅産物は、差別的に標識されたプライマー及び／又はプローブを使用することにより、識別されてもよい。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを、属に従い差別的に標識して、試料における真菌／酵母の属の同定を可能にする。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを、カンジダ属及び／又はアスペルギルス属種に従い差別的に標識して、試料におけるカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種の同定を可能にする。

【0168】

なおさらなる実施形態において、増幅産物は、増幅産物のサイズを決定することにより、識別されてもよい。プライマー対は、要求されるなら、異なる属及び種のＩＬＶ３遺伝子内で異なるサイズの増幅産物を増幅するよう設計することができる。

【0169】

他の実施形態において、増幅産物は、配列に従い識別されてもよい。

【0170】

本発明は、試料において細菌を検出するためにも有利に実行することができる。より具体的には、方法は、細菌又は真菌が試料に存在するかどうかの決定をさらに可能にしてもよい。いくつかの実施形態において、方法は、細菌がグラム陽性又はグラム陰性であるかどうかを識別することを可能にしてもよい。細菌を検出するかかる方法に適当な試薬は、Ｋｌａｓｃｈｉｋら（Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ、２００２年、４０（１１）：４３０４）及びＷｕら（ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＣＬＩＮＩＣＡＬ ＭＩＣＲＯＢＩＯＬＯＧＹ、２００８年８月、２６１３～２６１９頁）において開示され、それぞれが、本明細書に参照により取り込まれる。かかる方法は、グラム陽性細菌からグラム陰性細菌を識別するためのプローブの使用に頼ってもよい。いくつかの実施形態において、プライマーは、細菌のＤＮＡの１６Ｓ領域の特異的な部分を増幅する。プライマーＰＬＫ１（５－ＴＡＣＧＧＧＡＧＧＣＡＧＣＡＧＴ－３、配列番号１０８）及びＰＬＫ２（５－ＴＡＴＴＡＣＣＧＣＧＧＣＴＧＣＴ－３－配列番号１０９）は、異なる群の真正細菌において高度に保存されている。１８７ｂｐのフラグメントが、これらのプライマーにより合成される。ＰＬＫ２は、フルオレセインを用いて内部で標識され得る。蛍光色素で標識されたハイブリダイゼーションプローブＩＳＮ２（５－ＣＣＧＣＡＧＡＡＴＡＡＧＣＡＣＣＧＧＣＴＡＡＣＴＣＣＧＴ－３、配列番号１１０）及びＩＳＰ２（５－ＣＣＴＡＡＣＣＡＧＡＡＡＧＣＣＡＣＧＧＣＴＡＡＣＴＡＣＧＴＧ－３－配列番号１１１）は、異なる波長（６４０及び７０５ｎｍ）で光を放出し、蛍光シグナルによる細菌のＤＮＡの検出及びグラム染色の識別のため使用され得る。他の適当なプライマーは、ヌクレオチド配列ＣＡＡＣＧＣＧＡＡＧＡＡＣＣＴＴＡＣＣ（配列番号１１２）及びＡＣＧＴＣＡＴＣＣＣＣＡＣＣＴＴＣＣ（配列番号１１３）を含んでもよい。適当なグラム陽性プローブは、ヌクレオチド配列５’－ＦＡＭ－ＡＣＧＡＣＡＡＣＣＡＴＧＣＡＣＣＡＣＣＴＧ－ＴＡＭＲＡ－３’（配列番号１１４）を含む。適当なグラム陰性プローブは、ヌクレオチド配列５’－ＨＥＸ－ＡＣＧＡＣＡＧＣＣＡＴＧＣＡＧＣＡＣＣＴ－ＴＡＭＲＡ’３（配列番号１１５）を含む。これらのプローブを差別的に標識して、異なる検出を可能にするが、本明細書において記載される代替のアプローチを採用して、検出を促進してもよいことは、当業者により理解される。

【0171】

したがって、本発明は、試料における微生物感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉｉ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、試料がグラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法をさらに提供する。

【0172】

好ましくは、多重は、本明細書において説明される通り必須ではないが、増幅は多重として行われる。ＩＬＶ３増幅は、本発明の任意の方法に従い又は本発明の関連するプライマー及び／又はプローブのいずれかを使用して行われてもよい。
対応するキットがまた、提供される。したがって、本発明は、試料における微生物感染を識別するためのキットであって、
ａ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｂ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｃ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む多重核酸増幅反応を行うための成分を含み、
成分ａ、ｂ及びｃそれぞれが、識別可能な増幅産物を産生し、これにより、試料が、グラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかの決定を可能にする、キットを提供する。

【0173】

本発明による任意の適当なプライマー及びプローブは、１６ＳｒＲＮＡ増幅プライマー及びプローブについてのプライマー及びプローブと共にかかるキットに取り込まれてもよい。本明細書において考察される本発明の全ての実施形態は、本発明のこれらの態様に準用する。これらの方法は、必要とされる真菌種の同定が続き得る。キットは、本明細書に記載されるこの目的に適当な成分を含有してもよい。

【0174】

本発明は、治療のための患者選択を有効にもたらし、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌も検出される場合は抗生物質）を用いた不必要な処置を決定的に回避する。抗真菌剤及び抗生物質の誤った使用は、耐性を加速する。

【0175】

したがって、本発明はまた、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を用いた処置のための対象を選択する方法であって、本明細書において記載される方法を行うステップと、感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、処置のための対象を選択するステップとを含む、方法に関する。

【0176】

関連する態様において、本発明は、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を用いた処置に対する対象の反応性を予測する方法であって、本明細書において記載される方法を行うステップと、感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、処置に対する対象の反応性を予測するステップとを含む、方法を提供する。

【0177】

さらなる態様において、本発明は、感染を処置する方法であって、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を、感染に罹患している対象に投与するステップを含み、対象が、本明細書に記載される方法を行うことにより処置のため選択される、方法を提供する。

【0178】

本発明はまた、感染を処置する方法であって、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を、感染に罹患している対象に投与するステップを含み、対象が、試料において、検出可能なＩＬＶ３遺伝子を示す、方法に関する。

【0179】

なおさらなる態様において、本発明は、対象が、本明細書において記載される方法を行うことにより処置のため選択される、感染を処置する方法において使用するための殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を提供する。

【0180】

本発明のさらなる態様によると、対象が、試料において、検出可能なＩＬＶ３遺伝子を示す、感染を処置する方法において使用するための殺菌剤のような抗真菌剤が提供される。

【0181】

感染は、真菌又は酵母感染、特に、本明細書においてより詳細に説明されるカンジダ属、アスペルギルス属又はクリプトコッカス・ネオフォルマンス感染であってもよい。これは、提供される処置の特異性を指示し得る。例えば、カンジダ・アウリス（Ｃ．ａｕｒｉｓ）は、アゾール（例えば、フルコナゾール）を含む、３つの主要な種類の抗真菌薬に耐性であることが示されている。同様に、カンジダ・グラブラタ（Ｃ．ｇｌａｂｒａｔａ）及びカンジダ・クルセイ（Ｃ．ｋｒｕｓｅｉ）のような種は、他のカンジダ属種と比べて、フルコナゾールのような抗真菌剤に対して低減した感受性を有し得る（Ｔｒｉｃｋら、２００２年）。

【0182】

ある特定の実施形態において、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）は、広域スペクトルの薬剤である。これは、感染が検出されるが、感染に関与する種がまだ特徴付けられていない場合、特に有用である。感染が検出されると、感染の性質を特徴付けて、より標的化された治療（例えば、感染を引き起こしているカンジダ属種）を可能にし得る。したがって、殺菌剤のような広範な抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）の組合せ、及びより焦点を当てられた治療が、本明細書において記載される方法の一部として利用されてもよい。

【0183】

本発明はまた、次の番号が付けられた項目のうちの１つ又は複数により記載することができる。

【0184】

１．試料における真菌／酵母感染を検出する方法であって、
ａ．核酸増幅反応を行って、真菌／酵母のＩＬＶ３遺伝子を増幅するステップと、
ｂ．増幅産物を検出して、試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法。

【0185】

２．試料における真菌／酵母感染を検出する方法であって
ａ．次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出して、試料が真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法。

【0186】

３．核酸増幅反応が、次の種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
ｉｘ．アスペルギルス・フミガーツス
ｘ．アスペルギルス・ニガー
ｘｉ．アスペルギルス・フラバス
ｘｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンス
の少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種又は全１２種のＩＬＶ３遺伝子を増幅する、項目１又は２に記載の方法。

【0187】

４．ステップが、
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用；及び／又は
ｉｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用
を含む、項目１～３のいずれか１つに記載の方法。

【0188】

５．共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又は共通のプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、好ましくは、全てのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、項目１～４のいずれか１つに記載の方法。

【0189】

６．共通のフォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置ｃ１１６９８２５～１１６９８０６（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置ｃ３９３７９８～３９３７７９（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置ｃ４０５９９６～４０５９７８（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置ｃ１２１８０３６～１２１８０１７（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置ｃ９０９８０９～９０９７９０（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置ｃ２４００６～２３９８７（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置６１６６６～６１６８５（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置ｃ３２３２４～３２３０５（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目５に記載の方法。

【0190】

７．共通のリバースプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７０７～１１６９７２９（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３６８０～３９３７０２（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５８７８～４０５９００（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９１８～１２１７９４０（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９６９１～９０９７１３（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３８８８～２３９１０（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７８４～６１７６２（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２０６～３２２２８（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目５又は６に記載の方法。

【0191】

８．共通のプローブが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７７９～１１６９８０４（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３７５２～３９３７７７（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５９５０～４０５９７５（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９９０～１２１８０１５（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９７６３～９０９７８８（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３９６０～２３９８５（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７１２～６１６８７（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２７８～３２３０３（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目５～７のいずれか１つに記載の方法。

【0192】

９．配列番号１の配列を含むフォワードプライマー、配列番号２の配列を含むリバースプライマー及び／又は配列番号３の配列を含むプローブを使用する、項目１～８のいずれか１つに記載の方法。

【0193】

１０．別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のカンジダ属種：
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
の少なくとも３、４、５、６、７種、好ましくは全てのそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、項目１～３のいずれか１つに記載の方法。

【0194】

１１．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０２３４～１１７０２１７
ｉｉ．位置ｃ１１７１２１３～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズする、項目１０に記載の方法。

【0195】

１２．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１１７０１１９～１１７０１４０
ｉｉ．位置１１７１１２０～１１７１１３８
の１つにハイブリダイズする、項目１０又は１１に記載の方法。

【0196】

１３．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１２１９１８１～１２１９１６１
ｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５５３～１２１８５３４
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１２のいずれか１つに記載の方法。

【0197】

１４．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１０３～１２１９１２４
ｉｉ．位置１２１８４０９～１２１８４２９
ｉｉｉ．位置１２１８４１９～１２１８４４０
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１３のいずれか１つに記載の方法。

【0198】

１５．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１４６～４０６１２７
ｉｉ．位置ｃ４０６１４２～４０６１２０
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１４のいずれか１つに記載の方法。

【0199】

１６．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置４０６０４７～４０６０６８
ｉｉ．位置４０６０４８～４０６０６９
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１５のいずれか１つに記載の方法。

【0200】

１７．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９５１～２４９３１
ｉｉ．位置ｃ２４８８１～２４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１６のいずれか１つに記載の方法。

【0201】

１８．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置２４８４３～２４８６５
ｉｉ．位置２４７７４～２４７９５
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１７のいずれか１つに記載の方法。

【0202】

１９．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１９１～３９４１６９
ｉｉ．位置ｃ３９３５３５～３９３５１６
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０７６～３９５０５５
ｉｖ．位置ｃ３９４８８４～３９４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１８のいずれか１つに記載の方法。

【0203】

２０．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３９４０８０～３９４１０１
ｉｉ．位置３９３４４５～３９３４６４
ｉｉｉ．位置３９４９８７～３９５００６
ｉｖ．位置３９４７８３～３９４８０３
の１つにハイブリダイズする、項目１０～１９のいずれか１つに記載の方法。

【0204】

２１．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７２３～６１７４４
ｉｉ．位置６０９４０～６０９６１
ｉｉｉ．位置６０４２０～６０４４０
ｉｖ．位置６１７７８～６１７９７
ｖ．位置６１９４０～６１９６１
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２０のいずれか１つに記載の方法。

【0205】

２２．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ６１８１７～６１７９６
ｉｉ．位置ｃ６１０３０～６１０１１
ｉｉｉ．位置ｃ６０５３５～６０５１３
ｉｖ．位置ｃ６１９２３～６１９０２
ｖ．位置ｃ６２０１５～６１９９６
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２１のいずれか１つに記載の方法。

【0206】

２３．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９６２９～９０９６０８
ｉｉ．位置ｃ９１１１１７～９１１０９８
ｉｉｉ．位置ｃ９１１１１１～９１１０９０
ｉｖ．位置ｃ９１０９４１～９１０９２０
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２２のいずれか１つに記載の方法。

【0207】

２４．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置９０９５２９～９０９５５０
ｉｉ．位置９１１００２～９１１０２３
ｉｉｉ．位置９１０９９４～９１１０１３
ｉｖ．位置９１０７９９～９１０８１９
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２３のいずれか１つに記載の方法。

【0208】

２５．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７９０～３２７６８
ｉｉ．位置ｃ３２４５１～３２４３０
ｉｉｉ．位置ｃ３２６５４～３２６３３
ｉｖ．位置ｃ３３２７８～３３２５９
ｖ．位置ｃ３２６０３～３２５８０
ｖｉ．位置ｃ３２３９９～３２３７６
ｖｉｉ．位置ｃ３３６４８～３３６２８
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２４０～３２２１９
ｉｘ．位置ｃ３２９３０～３２９０９
ｘ．位置ｃ３３２２８～３３２０６
ｘｉ．位置ｃ３２１０６～３２０８５
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２４のいずれか１つに記載の方法。

【0209】

２６．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３２６８２～３２７０３
ｉｉ．位置３２３６８～３２３８９
ｉｉｉ．位置３２５６７～３２５８８
ｉｖ．位置３３２０２～３３２２３
ｖ．位置３２５１２～３２５３３
ｖｉ．位置３２３２８～３２３４９
ｖｉｉ．位置３３５６６～３３５８７
ｖｉｉｉ．位置３２１７５～３２１９５
ｉｘ．位置３２８２６～３２８４８
ｘ．位置３３１３０～３３１５１
ｘｉ．位置３２０１１～３２０３３
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２５のいずれか１つに記載の方法。

【0210】

２７．
ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０１７４～１１７０１５１
ｉｉ．位置１１７１１６５～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズし
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１４８～１２１９１７１
ｉｉ．位置ｃ１２１８４３９～１２１８４１６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８０
の１つにハイブリダイズし
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１１１～４０６０８２
の１つにハイブリダイズし
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９０７～２４８８３
ｉｉ．位置ｃ２４８６２～２４８３９
の１つにハイブリダイズし
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１５１～３９４１２８
ｉｉ．位置ｃ３９３４７８～３９３４５３
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０３０～３９５００７
ｉｖ．位置ｃ３９４８３６～３９４８０７
の１つにハイブリダイズし
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７７０～６１７９３
ｉｉ．位置ｃ６０９９０～６０９６７
ｉｉｉ．位置６０４６２～６０４８５
ｉｖ．位置６１８１５～６１８３８
ｖ．位置ｃ６１９７０～６１９４５
の１つにハイブリダイズし、
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９５７７～９０９５５２
ｉｉ．位置ｃ９１１０８８～９１１０６５
ｉｉｉ．位置９１０８７８～９１０９０４
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７４４～３２７２１
ｉｉ．位置ｃ３２４２１～３２３９８
ｉｉｉ．位置ｃ３２６２９～３２６０５
ｉｖ．位置３３２３３～３３２５７
ｖ．位置３２５４２～３２５６３
ｖｉ．位置３２３５０～３２３７３
ｖｉｉ．位置ｃ３３６２７～３３６０６
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２１８～３２１９６
ｉｘ．位置ｃ３２８９０～３２８６４
ｘ．位置ｃ３３２５９～３３２３６
ｘｉ．位置ｃ３２０６１～３２０３８
の１つにハイブリダイズする、項目１０～２６のいずれか１つに記載の方法。

【0211】

２８．
ｉ．フォワードプライマーが、配列番号４又は６の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号５又は７の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・アルビカンスを特異的に検出するための配列番号１１６又は１１７の配列を含み、
ｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号８、１０又は１２の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号９、１１又は１３の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・ドゥブリニエンシスを特異的に検出するための配列番号１１８、１１９又は１２０の配列を含み、
ｉｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号１４又は１６の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号１５又は１７の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・トロピカリスを特異的に検出するための配列番号１２１の配列を含み、
ｉｖ．フォワードプライマーが、配列番号１８又は２０の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号１９又は２１の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・パラプシローシスを特異的に検出するための配列番号１２２又は１２３の配列を含み、
ｖ．フォワードプライマーが、配列番号２２、２４、２６又は２８の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号２３、２５、２７又は２９の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・グラブラタを特異的に検出するための配列番号１２４、１２５、１２６又は１２７の配列を含み、
ｖｉ．フォワードプライマーが、配列番号３０、３２、３４、３６又は３８の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号３１、３３、３５、３７又は３９の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・クルセイを特異的に検出するための配列番号１２８、１２９、１３０、１３１又は１３２の配列を含み、
ｖｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号４０、４２、４４又は４６の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号４１、４３、４５又は４７の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・ギリエルモンジィを特異的に検出するための配列番号１３３、１３４又は１３５の配列を含み、
ｖｉｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６又は６８の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７又は６９の配列を含み、及び／又はプローブが、カンジダ・アウリスを特異的に検出するための配列番号１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５又は１４６の配列を含む、項目１０～２７のいずれか１つに記載の方法。

【0212】

２９．ステップが、
ｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用；及び／又は
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用
を含む、項目１～２８のいずれか１つに記載の方法。

【0213】

３０．共通のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは、全３種のＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、項目２９に記載の方法。

【0214】

３１．共通のフォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１５８３～３７２１５９７（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４１０１８～５４１００４（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２６１２～３８２５９８（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つとハイブリダイズするか、
又は共通のフォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９７～３７２１８１６（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８０４～５４０７８５（アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３９８～３８２３７９（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つとハイブリダイズする、項目３０に記載の方法。

【0215】

３２．共通のリバースプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８８７～３７２１８７２（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７１４～５４０７２９（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０８～３８２３２３（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は共通のリバースプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８７５～３７２１８９４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７０７～５４０７２６（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０１～３８２３２０（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする、項目３０又は３１に記載の方法。

【0216】

３３．共通のプローブが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９０～３７２１８１４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８１１～５４０７８８（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２４０５～３８２３８１（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は共通のプローブが、次の標的配列：
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１８４８～３７２１８７０（アスペルギルス・フミガーツス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０７５３～５４０７３１（アスペルギルス・ニガー）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３４７～３８２３２５（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする、項目３０～３２のいずれか１つに記載の方法。

【0217】

３４．配列番号７０又は７３の配列を含むフォワードプライマー、配列番号７１又は７４の配列を含むリバースプライマー及び／又は配列番号７２又は７５の配列を含むプローブを使用する、項目１～３３のいずれか１つに記載の方法。

【0218】

３５．別個のフォワード及びリバースプライマー並びに／又はプローブが、次のアスペルギルス属種：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
の少なくとも２種、好ましくは、全３種のそれぞれのＩＬＶ３遺伝子にハイブリダイズする、項目１～３４のいずれか１つに記載の方法。

【0219】

３６．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３７２１５３１～３７２１５５２
ｉｉ．位置３７２１６１８～３７２１６３８
ｉｉｉ．位置３７２１６１６～３７２１６３８
ｉｖ．位置３７２１７９８～３７２１８１８
の１つにハイブリダイズする、項目３５に記載の方法。

【0220】

３７．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５３～３７２１６７５
ｉｉ．位置ｃ３７２１７０６～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置ｃ３７２１８９８～３７２１８７８
の１つにハイブリダイズする、項目３５又は３６に記載の方法。

【0221】

３８．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０２１９～５４０１９９
の１つにハイブリダイズする、項目３５～３７のいずれか１つに記載の方法。

【0222】

３９．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置５４００８４～５４０１０３
の１つにハイブリダイズする、項目３５～３８のいずれか１つに記載の方法。

【0223】

４０．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２６０４～３８２５８６
の１つにハイブリダイズする、項目３５～３９のいずれか１つに記載の方法。

【0224】

４１．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３８２５１９～３８２５４１
ｉｉ．位置３８２５２０～３８２５４１
の１つにハイブリダイズする、項目３５～４０のいずれか１つに記載の方法。

【0225】

４２．
ａ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５１～３７２１６２８
ｉｉ．位置３７２１６５８～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置３７２１８４８～３７２１８７０
の１つにハイブリダイズし、
ｂ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０１６１～５４０１３８
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｃ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２５７２～３８２５４９
の１つにハイブリダイズする、項目３５～４１のいずれか１つに記載の方法。

【0226】

４３．
ｉ．フォワードプライマーが、配列番号７６、７９、８２又は８３の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号７７、８０又は８４の配列を含み、及び／又はプローブが、アスペルギルス・フミガーツスを特異的に検出するための配列番号７８、８１又は８５の配列を含み、
ｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号８７の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号８６の配列を含み、及び／又はプローブが、アスペルギルス・ニガーを特異的に検出するための配列番号８８の配列を含み、
ｉｉｉ．フォワードプライマーが、配列番号９０の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号８９又は９２の配列を含み、及び／又はプローブが、アスペルギルス・フラバスを特異的に検出するための配列番号９１の配列を含む、項目３５～４２のいずれか１つに記載の方法。

【0227】

４４．ステップが、
ｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーの使用；及び／又は
ｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブの使用
を含む、項目１～４３のいずれか１つに記載の方法。

【0228】

４５．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２６９６～７０２７１７
ｉｉ．位置７０２４９９～７０２５２０
ｉｉｉ．位置７０２７３６～７０２７５７
ｉｖ．位置７０２３８４～７０２４０３
ｖ．位置７０１３８４～７０１４０６
の１つにハイブリダイズする、項目４４に記載の方法。

【0229】

４６．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ７０２７９６～７０２７７７
ｉｉ．位置ｃ７０２６０２～７０２５８２
ｉｉｉ．位置ｃ７０２８５０～７０２８３１
ｉｖ．位置ｃ７０２５２１～７０２５００
ｖ．位置ｃ７０１４９９～７０１４７９
の１つにハイブリダイズする、項目４４又は４５に記載の方法。

【0230】

４７．プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２７２４～７０２７４７
ｉｉ．位置７０２５２６～７０２５４９
ｉｉｉ．位置７０２８０５～７０２８２９
ｉｖ．位置７０２４２３～７０２４４６
ｖ．位置７０１４３５～７０１４５８
の１つにハイブリダイズする、項目４４～４６のいずれか１つに記載の方法。

【0231】

４８．フォワードプライマーが、配列番号９３、９６、９９、１０２又は１０５の配列を含み、リバースプライマーが、配列番号９４、９７、１００、１０３又は１０６の配列を含み、及び／又はプローブが、配列番号９５、９８、１０１、１０４又は１０７の配列を含む、項目４４～４７のいずれか１つに記載の方法。

【0232】

４９．ステップｂが、増幅産物を識別して、感染に関与する属及び／又は種を同定するステップを含む、項目１～４８のいずれか１つに記載の方法。

【0233】

５０．試料における真菌／酵母感染を検出し、同定する方法であって、項目１～４９のいずれかに記載の方法を行うステップと、ステップｂにおいて増幅産物を検出し、識別して、真菌／酵母感染を同定するステップとを含む、方法。

【0234】

５１．試料における真菌／酵母感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．カンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でカンジダ属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び
ｉｉ．アスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でアスペルギルス属種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｉｉｉ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でクリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、真菌／酵母感染を同定するステップと
を含む、方法。

【0235】

５２．多重核酸増幅反応として行われる、項目１～５１のいずれかに記載の方法。

【0236】

５３．識別するステップが、
ｉ．融解曲線解析
ｉｉ．差別的に標識されたプライマー及び／又はプローブの使用；又は
ｉｉｉ．増幅産物のサイズを決定すること
を含む、項目４９～５２のいずれか１つに記載の方法。

【0237】

５４．少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを、属に従い差別的に標識して、試料における真菌／酵母の属の同定を可能にする、項目５３に記載の方法。

【0238】

５５．少なくとも１つのプライマー及び／又はプローブを、カンジダ属及び／又はアスペルギルス属種に従い差別的に標識して、試料におけるカンジダ属及び／又はアスペルギルス属種の同定を可能にする、項目５４に記載の方法。

【0239】

５６．試料が、ヒト由来の試験試料、任意選択で、血液試料を含む、項目１～５５のいずれかに記載の方法。

【0240】

５７．
ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｃ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｄ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｅ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｆ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｇ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｈ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｊ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｋ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｌ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｍ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー；及び／又は
ｎ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
を含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプライマー対。

【0241】

５８．プライマー対のフォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置ｃ１１６９８２５～１１６９８０６（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置ｃ３９３７９８～３９３７７９（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置ｃ４０５９９６～４０５９７８（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置ｃ１２１８０３６～１２１８０１７（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置ｃ９０９８０９～９０９７９０（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置ｃ２４００６～２３９８７（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置６１６６６～６１６８５（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置ｃ３２３２４～３２３０５（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目５７に記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0242】

５９．プライマー対のリバースプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７０７～１１６９７２９（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３６８０～３９３７０２（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５８７８～４０５９００（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９１８～１２１７９４０（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９６９１～９０９７１３（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３８８８～２３９１０（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７８４～６１７６２（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２０６～３２２２８（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目５７又は５８に記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0243】

６０．プライマー対のフォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１５８３～３７２１５９７（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４１０１８～５４１００４（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２６１２～３８２５９８（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は、フォワードプライマーが、次の標的配列：
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９７～３７２１８１６（アスペルギルス・フミガーツス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８０４～５４０７８５（アスペルギルス・ニガー）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３９８～３８２３７９（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする、項目５７～５９のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0244】

６１．プライマー対のリバースプライマーが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８８７～３７２１８７２（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７１４～５４０７２９（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０８～３８２３２３（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又はリバースプライマーは、次の標的配列：
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置ｃ３７２１８７５～３７２１８９４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置５４０７０７～５４０７２６（アスペルギルス・ニガー）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置３８２３０１～３８２３２０（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズする、項目５７～６０のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0245】

６２．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０２３４～１１７０２１７
ｉｉ．位置ｃ１１７１２１３～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６１のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0246】

６３．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１１７０１１９～１１７０１４０
ｉｉ．位置１１７１１２０～１１７１１３８
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６２のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0247】

６４．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１２１９１８１～１２１９１６１
ｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５５３～１２１８５３４
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６３のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0248】

６５．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１０３～１２１９１２４
ｉｉ．位置１２１８４０９～１２１８４２９
ｉｉｉ．位置１２１８４１９～１２１８４４０
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６４のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0249】

６６．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１４６～４０６１２７
ｉｉ．位置ｃ４０６１４２～４０６１２０
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0250】

６７．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置４０６０４７～４０６０６８
ｉｉ．位置４０６０４８～４０６０６９
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６６のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0251】

６８．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９５１～２４９３１
ｉｉ．位置ｃ２４８８１～２４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６７のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0252】

６９．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置２４８４３～２４８６５
ｉｉ．位置２４７７４～２４７９５
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６８のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0253】

７０．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１９１～３９４１６９
ｉｉ．位置ｃ３９３５３５～３９３５１６
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０７６～３９５０５５
ｉｖ．位置ｃ３９４８８４～３９４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目５７～６９のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0254】

７１．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３９４０８０～３９４１０１
ｉｉ．位置３９３４４５～３９３４６４
ｉｉｉ．位置３９４９８７～３９５００６
ｉｖ．位置３９４７８３～３９４８０３
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７０のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0255】

７２．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７２３～６１７４４
ｉｉ．位置６０９４０～６０９６１
ｉｉｉ．位置６０４２０～６０４４０
ｉｖ．位置６１７７８～６１７９７
ｖ．位置６１９４０～６１９６１
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７１のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0256】

７３．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ６１８１７～６１７９６
ｉｉ．位置ｃ６１０３０～６１０１１
ｉｉｉ．位置ｃ６０５３５～６０５１３
ｉｖ．位置ｃ６１９２３～６１９０２
ｖ．位置ｃ６２０１５～６１９９６
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７２のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0257】

７４．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９６２９～９０９６０８
ｉｉ．位置ｃ９１１１１７～９１１０９８
ｉｉｉ．位置ｃ９１１１１１～９１１０９０
ｉｖ．位置ｃ９１０９４１～９１０９２０
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７３のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0258】

７５．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置９０９５２９～９０９５５０
ｉｉ．位置９１１００２～９１１０２３
ｉｉｉ．位置９１０９９４～９１１０１３
ｉｖ．位置９１０７９９～９１０８１９
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７４のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0259】

７６．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７９０～３２７６８
ｉｉ．位置ｃ３２４５１～３２４３０
ｉｉｉ．位置ｃ３２６５４～３２６３３
ｉｖ．位置ｃ３３２７８～３３２５９
ｖ．位置ｃ３２６０３～３２５８０
ｖｉ．位置ｃ３２３９９～３２３７６
ｖｉｉ．位置ｃ３３６４８～３３６２８
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２４０～３２２１９
ｉｘ．位置ｃ３２９３０～３２９０９
ｘ．位置ｃ３３２２８～３３２０６
ｘｉ．位置ｃ３２１０６～３２０８５
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0260】

７７．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３２６８２～３２７０３
ｉｉ．位置３２３６８～３２３８９
ｉｉｉ．位置３２５６７～３２５８８
ｉｖ．位置３３２０２～３３２２３
ｖ．位置３２５１２～３２５３３
ｖｉ．位置３２３２８～３２３４９
ｖｉｉ．位置３３５６６～３３５８７
ｖｉｉｉ．位置３２１７５～３２１９５
ｉｘ．位置３２８２６～３２８４８
ｘ．位置３３１３０～３３１５１
ｘｉ．位置３２０１１～３２０３３
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７６のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0261】

７８．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３７２１５３１～３７２１５５２
ｉｉ．位置３７２１６１８～３７２１６３８
ｉｉｉ．位置３７２１６１６～３７２１６３８
ｉｖ．位置３７２１７９８～３７２１８１８
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７７のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0262】

７９．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５３～３７２１６７５
ｉｉ．位置ｃ３７２１７０６～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置ｃ３７２１８９８～３７２１８７８
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７８のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0263】

８０．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０２１９～５４０１９９
の１つにハイブリダイズする、項目５７～７９のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0264】

８１．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置５４００８４～５４０１０３
の１つにハイブリダイズする、項目５７～８０のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0265】

８２．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２６０４～３８２５８６
の１つにハイブリダイズする、項目５７～８１のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0266】

８３．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３８２５１９～３８２５４１
ｉｉ．位置３８２５２０～３８２５４１
の１つにハイブリダイズする、項目５７～８２のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0267】

８４．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２６９６～７０２７１７
ｉｉ．位置７０２４９９～７０２５２０
ｉｉｉ．位置７０２７３６～７０２７５７
ｉｖ．位置７０２３８４～７０２４０３
ｖ．位置７０１３８４～７０１４０６
の１つにハイブリダイズする、項目５７～８３のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0268】

８５．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプライマー対のリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ７０２７９６～７０２７７７
ｉｉ．位置ｃ７０２６０２～７０２５８２
ｉｉｉ．位置ｃ７０２８５０～７０２８３１
ｉｖ．位置ｃ７０２５２１～７０２５００
ｖ．位置ｃ７０１４９９～７０１４７９
の１つにハイブリダイズする、項目５７～８４のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0269】

８６．
ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、
それぞれ、配列番号１及び配列番号２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、
それぞれ、配列番号７０及び７１又は配列番号７３及び７４のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｃ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４及び５又は配列番号６及び７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｄ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号８及び９、配列番号１０及び１１又は配列番号１２及び１３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｅ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号１４及び１５又は配列番号１６及び１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｆ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号１８及び１９又は配列番号２０及び２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｇ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号２２及び２３、配列番号２４及び２５、配列番号２６及び２７又は配列番号２８及び２９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｈ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号３０及び３１、配列番号３２及び３３、配列番号３４及び３５、配列番号３６及び３７又は配列番号３８及び３９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｉ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４０及び４１、配列番号４２及び４３、配列番号４４及び４５又は配列番号４６及び４７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｊ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４８及び４９、配列番号５０及び５１、配列番号５２及び５３、配列番号５４及び５５、配列番号５６及び５７、配列番号５８及び５９、配列番号６０及び６１、配列番号６２及び６３、配列番号６４及び６５、配列番号６６及び６７又は配列番号６８及び６９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｋ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ、配列番号７６及び７７、配列番号７９及び８０、配列番号８２及び８０又は配列番号８３及び８４のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｌ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、配列番号８７及び８６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｍ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号９０及び８９又は配列番号９０及び９２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；及び／又は
ｎ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号９３及び９４、配列番号９６及び９７、配列番号９９及び１００、配列番号１０２及び１０３又は配列番号１０５及び１０６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目５７～８５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0270】

８７．それぞれのプライマー対における少なくとも１つのプライマーが、他のプライマー対と比較して差別的に標識される、少なくとも２つのプライマー対を含む、項目５７～８６のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対。

【0271】

８８．
ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｂ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｃ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｄ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｅ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｆ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｇ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｈ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｉ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｊ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｋ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｌ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
ｍ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ；及び／又は
ｎ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む、試料における酵母／真菌感染を検出するための少なくとも１つのプローブ。

【0272】

８９．次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１の位置１１６９７７９～１１６９８０４（カンジダ・アルビカンス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１の位置３９３７５２～３９３７７７（カンジダ・グラブラタ）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１の位置４０５９５０～４０５９７５（カンジダ・トロピカリス）
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１の位置１２１７９９０～１２１８０１５（カンジダ・ドゥブリニエンシス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１の位置９０９７６３～９０９７８８（カンジダ・ギリエルモンジィ）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１の位置２３９６０～２３９８５（カンジダ・パラプシローシス）
ｖｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１の位置ｃ６１７１２～６１６８７（カンジダ・クルセイ）
ｖｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１の位置３２２７８～３２３０３（カンジダ・アウリス）
の少なくとも３、４、５、６、７つ、好ましくは、全てにハイブリダイズする、項目８８に記載の少なくとも１つのプローブ。

【0273】

９０．
ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０１７４～１１７０１５１
ｉｉ．位置１１７１１６５～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズし
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１４８～１２１９１７１
ｉｉ．位置ｃ１２１８４３９～１２１８４１６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８０
の１つにハイブリダイズし
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１１１～４０６０８２
の１つにハイブリダイズし
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９０７～２４８８３
ｉｉ．位置ｃ２４８６２～２４８３９
の１つにハイブリダイズし
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１５１～３９４１２８
ｉｉ．位置ｃ３９３４７８～３９３４５３
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０３０～３９５００７
ｉｖ．位置ｃ３９４８３６～３９４８０７
の１つにハイブリダイズし
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７７０～６１７９３
ｉｉ．位置ｃ６０９９０～６０９６７
ｉｉｉ．位置６０４６２～６０４８５
ｉｖ．位置６１８１５～６１８３８
ｖ．位置ｃ６１９７０～６１９４５
の１つにハイブリダイズし、
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９５７７～９０９５５２
ｉｉ．位置ｃ９１１０８８～９１１０６５
ｉｉｉ．位置９１０８７８～９１０９０４
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７４４～３２７２１
ｉｉ．位置ｃ３２４２１～３２３９８
ｉｉｉ．位置ｃ３２６２９～３２６０５
ｉｖ．位置３３２３３～３３２５７
ｖ．位置３２５４２～３２５６３
ｖｉ．位置３２３５０～３２３７３
ｖｉｉ．位置ｃ３３６２７～３３６０６
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２１８～３２１９６
ｉｘ．位置ｃ３２８９０～３２８６４
ｘ．位置ｃ３３２５９～３３２３６
ｘｉ．位置ｃ３２０６１～３２０３８
の１つにハイブリダイズする、項目８８又は８９に記載の少なくとも１つのプローブ。

【0274】

９１．少なくとも１つのプローブが、次の標的配列：
ｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１７９０～３７２１８１４（アスペルギルス・フミガーツス）
ｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０８１１～５４０７８８（アスペルギルス・ニガー）
ｉｉｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２４０５～３８２３８１（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つにハイブリダイズするか、
又は共通のプローブが、次の標的配列：
ｉｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１の位置３７２１８４８～３７２１８７０（アスペルギルス・フミガーツス）
ｖ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１の位置ｃ５４０７５３～５４０７３１（アスペルギルス・ニガー）
ｖｉ．ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１の位置ｃ３８２３４７～３８２３２５（アスペルギルス・フラバス）
の少なくとも２つ、好ましくは、全３つとハイブリダイズする、項目８８～９０のいずれか１つに記載の少なくとも１種のプローブ。

【0275】

９２．
ａ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５１～３７２１６２８
ｉｉ．位置３７２１６５８～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置３７２１８４８～３７２１８７０
の１つにハイブリダイズし、
ｉ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０１６１～５４０１３８
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｊ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２５７２～３８２５４９
の１つにハイブリダイズする、項目８８～９１のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブ。

【0276】

９３．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００６６９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置７０２７２４～７０２７４７
ｉｉ．位置７０２５２６～７０２５４９
ｉｉｉ．位置７０２８０５～７０２８２９
ｉｖ．位置７０２４２３～７０２４４６
ｖ．位置７０１４３５～７０１４５８
の１つにハイブリダイズする、項目８８～９２のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブ。

【0277】

９４．
ａ．次のカンジダ属種
ｉ．カンジダ・アルビカンス
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシス
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリス
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシス
ｖ．カンジダ・グラブラタ
ｖｉ．カンジダ・クルセイ
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィ
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、
配列番号３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｂ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１１６又は１１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｃ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１１８、１１９又は１２０のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｄ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｅ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１２２又は１２３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｆ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２４、１２５、１２６又は１２７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｇ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１又は１３２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｈ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号１３３、１３４又は１３５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｉ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５又は１４６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｊ．次のアスペルギルス属種
ｉ．アスペルギルス・フミガーツス
ｉｉ．アスペルギルス・ニガー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバス
のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、
配列番号７２又は７５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｋ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号７８、８１又は８５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｌ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号８８のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｍ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号９１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；及び／又は
ｎ．クリプトコッカス・ネオフォルマンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、配列番号９５、９８、１０１、１０４又は１０７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目８８～９３のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブ。

【0278】

９５．それぞれのプローブが差別的に標識されている、少なくとも２つのプローブを含む、項目８８～９４のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブ。

【0279】

９６．項目５７～８７のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプライマー対及び／又は項目８８～９５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブを含む、試料における酵母／真菌感染を検出するためのキット。

【0280】

９７．カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にする組合せでプライマー対を含む、項目９６に記載のキット。

【0281】

９８．カンジダ属、アスペルギルス属及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出を可能にするプローブをさらに含む、項目９７に記載のキット。

【0282】

９９．配列番号１及び２、配列番号７０及び７１並びに配列番号９３及び９４のプライマーを含む、キット。

【0283】

１００．配列番号３、７２及び９５に記載のプローブをさらに含む、項目９９に記載のキット。

【0284】

１０１．項目５７のｃ～５７のｊ又は項目６２～７７のいずれか１つに記載のプライマー対を含む、試料におけるカンジダ感染に関与する種を同定するためのキット。

【0285】

１０２．プライマーが、それぞれ、配列番号４８及び４９、配列番号１８及び１９、配列番号２４及び２５、配列番号４０及び４１、配列番号６及び７、配列番号８及び９、配列番号１６及び１７並びに配列番号３８及び３９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１０１に記載のキット。

【0286】

１０３．項目５７のｋ～５７のｍ又は項目７８～８３のいずれか１つに記載のプライマー対を含む、試料におけるアスペルギルス感染に関与する種を同定するためのキット。

【0287】

１０４．プライマーが、配列番号８０及び８２、配列番号８６及び８７、配列番号９０及び９２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１０３に記載のキット。

【0288】

１０５．血液試料からＤＮＡを抽出するための試薬をさらに含む、項目９６～１０４のいずれか１つに記載のキット。

【0289】

１０６．試料における微生物感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．次の成分：
ｉ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｉｉｉ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、試料がグラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかを決定するステップと
を含む、方法。

【0290】

１０７．ＩＬＶ３遺伝子の増幅が、項目１～５６のいずれか１つにおいて定義される方法に従い、並びに／又は項目５７～８７のいずれか１つにおいて定義される少なくとも１つのプライマー対及び／若しくは項目８８～９５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブを使用して、並びに／又は項目９６又は１０５のいずれか１つにおいて定義されるキットを使用して、行われる、項目１０６に記載の方法。

【0291】

１０８．試料における微生物感染を識別するためのキットであって、
ａ．グラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陽性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｂ．グラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間でグラム陰性細菌の１６ＳｒＲＮＡ遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ、
ｃ．少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー、任意選択でそれと共に、プライマー結合部位間で少なくとも１つの真菌／酵母種のＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブ
を含む多重核酸増幅反応を行うための成分を含み、
成分ａ、ｂ及びｃそれぞれが、識別可能な増幅産物を産生し、これにより、試料が、グラム陰性細菌感染、グラム陽性細菌感染及び／又は真菌／酵母感染を含有するかどうかの決定を可能にする、キット。

【0292】

１０９．項目５７～８７のいずれか１つにおいて定義される少なくとも１つのプライマー対、及び／又は項目８８～９５のいずれか１つに記載の少なくとも１つのプローブ及び／又は項目９６～１０５のいずれか１つにおいて定義されるキットを含む、項目１０８に記載のキット。

【0293】

１１０．試料におけるカンジダ感染に関与する種を同定する方法であって、
ａ．次の成分のセット：
ｉ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉｉ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｖ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉｉ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｖｉｉｉ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
の少なくとも３、４、５、６、７つ又は全てを使用して、核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、カンジダ感染に関与する種を同定するステップと
を含む、方法。

【0294】

１１１．プライマー対が、多重反応において使用される、項目１１０に記載の方法。

【0295】

１１２．増幅産物を検出し、識別するステップが、融解曲線解析によってなされる、項目１１０又は１１１に記載の方法。

【0296】

１１３．それぞれのプライマー対が、別個の反応容器において使用される、項目１１０～１１２のいずれか１つに記載の方法。

【0297】

１１４．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０２３４～１１７０２１７
ｉｉ．位置ｃ１１７１２１３～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１３のいずれか１つに記載の方法。

【0298】

１１５．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１１７０１１９～１１７０１４０
ｉｉ．位置１１７１１２０～１１７１１３８
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１４のいずれか１つに記載の方法。

【0299】

１１６．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１２１９１８１～１２１９１６１
ｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５５３～１２１８５３４
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１５のいずれか１つに記載の方法。

【0300】

１１７．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１０３～１２１９１２４
ｉｉ．位置１２１８４０９～１２１８４２９
ｉｉｉ．位置１２１８４１９～１２１８４４０
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１６のいずれか１つに記載の方法。

【0301】

１１８．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１４６～４０６１２７
ｉｉ．位置ｃ４０６１４２～４０６１２０
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１７のいずれか１つに記載の方法。

【0302】

１１９．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置４０６０４７～４０６０６８
ｉｉ．位置４０６０４８～４０６０６９
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１８のいずれか１つに記載の方法。

【0303】

１２０．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９５１～２４９３１
ｉｉ．位置ｃ２４８８１～２４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１１９のいずれか１つに記載の方法。

【0304】

１２１．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置２４８４３～２４８６５
ｉｉ．位置２４７７４～２４７９５
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２０のいずれか１つに記載の方法。

【0305】

１２２．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１９１～３９４１６９
ｉｉ．位置ｃ３９３５３５～３９３５１６
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０７６～３９５０５５
ｉｖ．位置ｃ３９４８８４～３９４８６３
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２１のいずれか１つに記載の方法。

【0306】

１２３．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３９４０８０～３９４１０１
ｉｉ．位置３９３４４５～３９３４６４
ｉｉｉ．位置３９４９８７～３９５００６
ｉｖ．位置３９４７８３～３９４８０３
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２２のいずれか１つに記載の方法。

【0307】

１２４．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７２３～６１７４４
ｉｉ．位置６０９４０～６０９６１
ｉｉｉ．位置６０４２０～６０４４０
ｉｖ．位置６１７７８～６１７９７
ｖ．位置６１９４０～６１９６１
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２３のいずれか１つに記載の方法。

【0308】

１２５．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ６１８１７～６１７９６
ｉｉ．位置ｃ６１０３０～６１０１１
ｉｉｉ．位置ｃ６０５３５～６０５１３
ｉｖ．位置ｃ６１９２３～６１９０２
ｖ．位置ｃ６２０１５～６１９９６
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２４のいずれか１つに記載の方法。

【0309】

１２６．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９６２９～９０９６０８
ｉｉ．位置ｃ９１１１１７～９１１０９８
ｉｉｉ．位置ｃ９１１１１１～９１１０９０
ｉｖ．位置ｃ９１０９４１～９１０９２０
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２５のいずれか１つに記載の方法。

【0310】

１２７．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置９０９５２９～９０９５５０
ｉｉ．位置９１１００２～９１１０２３
ｉｉｉ．位置９１０９９４～９１１０１３
ｉｖ．位置９１０７９９～９１０８１９
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２６のいずれか１つに記載の方法。

【0311】

１２８．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７９０～３２７６８
ｉｉ．位置ｃ３２４５１～３２４３０
ｉｉｉ．位置ｃ３２６５４～３２６３３
ｉｖ．位置ｃ３３２７８～３３２５９
ｖ．位置ｃ３２６０３～３２５８０
ｖｉ．位置ｃ３２３９９～３２３７６
ｖｉｉ．位置ｃ３３６４８～３３６２８
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２４０～３２２１９
ｉｘ．位置ｃ３２９３０～３２９０９
ｘ．位置ｃ３３２２８～３３２０６
ｘｉ．位置ｃ３２１０６～３２０８５
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２７のいずれか１つに記載の方法。

【0312】

１２９．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３２６８２～３２７０３
ｉｉ．位置３２３６８～３２３８９
ｉｉｉ．位置３２５６７～３２５８８
ｉｖ．位置３３２０２～３３２２３
ｖ．位置３２５１２～３２５３３
ｖｉ．位置３２３２８～３２３４９
ｖｉｉ．位置３３５６６～３３５８７
ｖｉｉｉ．位置３２１７５～３２１９５
ｉｘ．位置３２８２６～３２８４８
ｘ．位置３３１３０～３３１５１
ｘｉ．位置３２０１１～３２０３３
の１つにハイブリダイズする、項目１１０～１２８のいずれか１つに記載の方法。

【0313】

１３０．
ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４及び５又は配列番号６及び７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号８及び９、配列番号１０及び１１又は配列番号１２及び１３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号１４及び１５又は配列番号１６及び１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号１８及び１９又は配列番号２０及び２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号２２及び２３、配列番号２４及び２５、配列番号２６及び２７又は配列番号２８及び２９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号３０及び３１、配列番号３２及び３３、配列番号３４及び３５、配列番号３６及び３７又は配列番号３８及び３９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｇ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４０及び４１、配列番号４２及び４３、配列番号４４及び４５又は配列番号４６及び４７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号４８及び４９、配列番号５０及び５１、配列番号５２及び５３、配列番号５４及び５５、配列番号５６及び５７、配列番号５８及び５９、配列番号６０及び６１、配列番号６２及び６３、配列番号６４及び６５、配列番号６６及び６７又は配列番号６８及び６９のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１１０～１２９のいずれか１つに記載の方法。

【0314】

１３１．試料におけるアスペルギルス感染に関与する種を同定する方法であって、
ａ．次の成分のセット：
ｉ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
ｉｉｉ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマー
の少なくとも２つ又は全３つを使用して、核酸増幅反応を行うステップと、
ｂ．増幅産物を検出し、識別して、アスペルギルス感染に関与する種を同定するステップと
を含む、方法。

【0315】

１３２．増幅産物を検出し、識別するステップが、融解曲線解析によってなされる、項目１３１に記載の方法。

【0316】

１３３．プライマー対が、多重反応において使用される、項目１３１又は１３２に記載の方法。

【0317】

１３４．それぞれのプライマー対が、別個の反応容器において使用される、項目１３１～１３３のいずれか１つに記載の方法。

【0318】

１３５．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３７２１５３１～３７２１５５２
ｉｉ．位置３７２１６１８～３７２１６３８
ｉｉｉ．位置３７２１６１６～３７２１６３８
ｉｖ．位置３７２１７９８～３７２１８１８
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３４のいずれか１つに記載の方法。

【0319】

１３６．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５３～３７２１６７５
ｉｉ．位置ｃ３７２１７０６～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置ｃ３７２１８９８～３７２１８７８
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３５のいずれか１つに記載の方法。

【0320】

１３７．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０２１９～５４０１９９
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３６のいずれか１つに記載の方法。

【0321】

１３８．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置５４００８４～５４０１０３
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３７のいずれか１つに記載の方法。

【0322】

１３９．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワードプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２６０４～３８２５８６
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３８のいずれか１つに記載の方法。

【0323】

１４０．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするリバースプライマーが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置３８２５１９～３８２５４１
ｉｉ．位置３８２５２０～３８２５４１
の１つにハイブリダイズする、項目１３１～１３９のいずれか１つに記載の方法。

【0324】

１４１．
ａ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号７６及び７７、配列番号７９及び８０、配列番号８２及び８０又は配列番号８３及び８４のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｂ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、配列番号８７及び８６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｃ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするフォワード及びリバースプライマーが、それぞれ、配列番号９０及び８９又は配列番号９０及び９２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１３１～１４０のいずれか１つに記載の方法。

【0325】

１４２．増幅産物を検出し、識別し、これにより、感染に関与する種を同定するのに種特異的なプローブの使用を含む、項目１１０～１４１のいずれか１つに記載の方法。

【0326】

１４３．それぞれのプローブが、差別的に標識される、項目１４２に記載の方法。

【0327】

１４４．
ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０３２０９３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ１１７０１７４～１１７０１５１
ｉｉ．位置１１７１１６５～１１７１１９２
の１つにハイブリダイズし
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿０１２８６４．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置１２１９１４８～１２１９１７１
ｉｉ．位置ｃ１２１８４３９～１２１８４１６
ｉｉｉ．位置ｃ１２１８５０５～１２１８４８０
の１つにハイブリダイズし
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００３０２００４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ４０６１１１～４０６０８２
の１つにハイブリダイズし
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＨＥ６０５２０３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ２４９０７～２４８８３
ｉｉ．位置ｃ２４８６２～２４８３９
の１つにハイブリダイズし
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００５９６８．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３９４１５１～３９４１２８
ｉｉ．位置ｃ３９３４７８～３９３４５３
ｉｉｉ．位置ｃ３９５０３０～３９５００７
ｉｖ．位置ｃ３９４８３６～３９４８０７
の１つにハイブリダイズし
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＪＱＦＫ０１００００１６．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置６１７７０～６１７９３
ｉｉ．位置ｃ６０９９０～６０９６７
ｉｉｉ．位置６０４６２～６０４８５
ｉｖ．位置６１８１５～６１８３８
ｖ．位置ｃ６１９７０～６１９４５
の１つにハイブリダイズし、
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００１８０９８００．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ９０９５７７～９０９５５２
ｉｉ．位置ｃ９１１０８８～９１１０６５
ｉｉｉ．位置９１０８７８～９１０９０４
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブは、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿０１７２６３９７１．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３２７４４～３２７２１
ｉｉ．位置ｃ３２４２１～３２３９８
ｉｉｉ．位置ｃ３２６２９～３２６０５
ｉｖ．位置３３２３３～３３２５７
ｖ．位置３２５４２～３２５６３
ｖｉ．位置３２３５０～３２３７３
ｖｉｉ．位置ｃ３３６２７～３３６０６
ｖｉｉｉ．位置ｃ３２２１８～３２１９６
ｉｘ．位置ｃ３２８９０～３２８６４
ｘ．位置ｃ３３２５９～３３２３６
ｘｉ．位置ｃ３２０６１～３２０３８
の１つにハイブリダイズする、項目１４２又は１４３に記載の方法。

【0328】

１４５．
ａ．カンジダ・アルビカンスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１１６又は１１７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｂ．カンジダ・ドゥブリニエンシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１１８、１１９又は１２０のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｃ．カンジダ・トロピカリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｄ．カンジダ・パラプシローシスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２２又は１２３のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｅ．カンジダ・グラブラタのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２４、１２５、１２６又は１２７のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｆ．カンジダ・クルセイのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１又は１３２のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり
ｇ．カンジダ・ギリエルモンジィのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１３３、１３４又は１３５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；及び／又は
ｈ．カンジダ・アウリスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５又は１４６のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１４２～１４４のいずれか１つに記載の方法。

【0329】

１４６．
ａ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＣ＿００７１９５．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３７２１６５１～３７２１６２８
ｉｉ．位置３７２１６５８～３７２１６８１
ｉｉｉ．位置３７２１８４８～３７２１８７０
の１つにハイブリダイズし、
ｄ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＴ＿１６６５３３．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ５４０１６１～５４０１３８
の１つにハイブリダイズし；及び／又は
ｅ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、ヌクレオチド配列受入番号ＮＷ＿００２４７７２４０．１由来の次の標的配列：
ｉ．位置ｃ３８２５７２～３８２５４９
の１つにハイブリダイズする、項目１４２～１４５のいずれか１つに記載の方法。

【0330】

１４７．
ａ．アスペルギルス・フミガーツスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号７８、８１又は８５のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｂ．アスペルギルス・ニガーのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号８８のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなり；
ｃ．アスペルギルス・フラバスのＩＬＶ３遺伝子に特異的にハイブリダイズするプローブが、配列番号９１のヌクレオチド配列を含むか、本質的にからなるか、又はからなる、項目１４２～１４６のいずれか１つに記載の方法。

【0331】

１４８．試料における酵母／真菌感染を検出し、同定する方法であって、
ａ．項目１～５６のいずれか１つに記載の方法を行って、カンジダ属、アスペルギルス属及び／又はクリプトコッカス・ネオフォルマンスが試料に存在するかどうかを決定するステップと、
ｂ．カンジダ属又はアスペルギルス属種が試料に存在する場合、項目１１０～１４７のいずれか１つに記載の方法を行って、種が存在することを決定し、これにより、試料における酵母／真菌感染を検出し、同定するステップと
を含む、方法。

【0332】

１４９．殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を用いた処置のための対象を選択する方法であって、項目１～５６及び／又は１０６～１４８のいずれか１つに記載の方法を行うステップと、感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、処置のための対象を選択するステップとを含む、方法。

【0333】

１５０．殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を用いた処置に対する対象の反応性を予測する方法であって、項目１～５６及び／又は１０６～１４８のいずれか１つに記載の方法を行うステップと、感染が検出され、任意選択でまた同定される場合、処置に対する対象の反応性を予測するステップとを含む、方法。

【0334】

１５１．感染を処置する方法であって、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を、感染に罹患している対象に投与するステップを含み、対象が、項目１～５６及び／又は１０６～１５０のいずれか１つに記載の方法を行うことにより処置のため選択される、方法。

【0335】

１５２．感染を処置する方法であって、殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）を、感染に罹患している対象に投与するステップを含み、対象が、試料において、検出可能なＩＬＶ３遺伝子を示す、方法。

【0336】

１５３．感染を処置する方法において使用するための殺菌剤のような抗真菌剤（又は細菌が検出される場合は抗生物質）であって、対象が、項目１～５６及び／又は１０６～１５１のいずれか１つに記載の方法を行うことにより処置のため選択される、抗真菌剤。

【0337】

１５４．感染を処置する方法において使用するための殺菌剤のような抗真菌剤であって、対象が、試料において、検出可能なＩＬＶ３遺伝子を示す、抗真菌剤。

【図面の簡単な説明】

【0338】

【図1】図１は、８種の異なるカンジダ属種の同定が、縮重塩基を含有する単一のプライマーとプローブセット（全カンジダセット）を使用することにより達成された増幅曲線を示す。

【図2】図２は、それぞれの種についての最善の単一のプライマーとプローブセットを使用した、複数のカンジダ属種からの融解曲線のオーバーレイである。

【図3】図３Ａ（セット１）及び３Ｂ（セット２）は、２つの全アスペルギルスプライマーとプローブセットが、試験された３種のアスペルギルス属種についての増幅を生じた増幅曲線を示す。

【図4】図４Ａ及び４Ｂは、どのプライマーとプローブセットが、増幅プロトコールの終点で（低い）Ｃｔ検出値及び（高）レベルの蛍光に関して最大の性能を付与するかを決定するための実験の増幅曲線を示す。

【0339】

［詳細な説明（実験例）］
ＩＬＶ３遺伝子は、カンジダ属並びに他の真菌生物（アスペルギルス属種及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスを含む）の検出のための新規遺伝子を表す。ジヒドロキシ酸デヒドラターゼをコードするＩＬＶ３遺伝子は、分岐鎖アミノ酸の生合成を導く共通の経路における第３のステップを触媒する酵素であり、任意のヒトＤＮＡに対して０％（ゼロ）の相同性を有する酵母／真菌に特異的な遺伝子である（Ｌｉｕら、２００６年）。現在の真菌検出方法は、リボソームＤＮＡ（１８Ｓ、内部転写スペーサー（５．８Ｓ）又は２８ＳｒＲＮＡのいずれか）に焦点を当て、ヒトにおいて見出だされた相当な遺伝子に対する巨大な領域の相同性を有する（Ｋｈｏｔら、２００９年；及びＫａｎ、１９９２年を参照）。プライマーとプローブのセットは、ヒトＤＮＡに対する特異的なプライマー及び検出プローブの交差反応性についてのチェックを必要とするため、このような高レベルの相同性は、特異的なプライマー及び検出プローブの作製を、困難で且つ時間を浪費するものにしている。また、ヒト血液試料からもたらされた試験試料溶解物として頻繁に使用する本発明の製品及び方法を考慮すると、相補性を有するヒトＤＮＡ配列の可能性を増大させ得、これにより、リボソームｒＲＮＡベースの真菌プライマーセットに対する交差反応性を増大させ得る任意の残りのヒトＤＮＡが無作為に共有される。ＩＬＶ３ベースのプライマーとプローブセットの使用と対照的に、このスクリーニングプロセスは必要とされず、ヒトＤＮＡに対する交差反応性のリスクが取り除かれる。ＩＬＶ３の標的化と並行して、試料検出のため加水分解（「タックマン（ＴＡＱＭＡＮ）」）プローブを利用することも決定された。タックマンプローブにより、優れた感度、特異性及びｑＰＣＲ性能が達成されることが可能になる。しかしながら、他の実施形態において、代替のプローブタイプが使用されてもよい。例えば、モレキュラービーコン（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＥＡＣＯＮ）又はスコーピオン（ＳＣＯＲＰＩＯＮ）を使用して、酵母及び真菌の検出のためＩＬＶ３を標的化してもよい。

【0340】

カンジダの検出のためのＩＬＶ３の標的化に加えて、ＩＬＶ３遺伝子はまた、アスペルギルス、並びにクリプトコッカス・ネオフォルマンスの幾つかの種を含むが、これらに限定されない他の真菌病原体の検出のため標的化され得る。

【0341】

カンジダの同定のため、ＩＬＶ３遺伝子のバイオインフォマティクス解析（複数のカンジダ属種に対するＩＬＶ３遺伝子の配列アライメントを通じた）が、カンジダ属種の検出のため使用され得る２つの領域を同定した。実験は、複数（８）種の同定が、縮重塩基を含有していた単一のプライマーとプローブセット（「全カンジダ」プライマーとプローブセット；プライマーとプローブセット２、Table 1及び図１を参照）を使用することにより、達成され得ることを示した。

【表4】

【0342】

（感度及び特異性を増強するために）カンジダ検出の性能をさらに増大するために、元々のプライマーとプローブセットの多数のバリアントを、プライマー及びプローブの配列内の塩基を置換することにより設計し、試験した。リバースプライマー配列及びプローブ配列に対する修飾は、有益な効果を有さなかった（データは示していない）。しかしながら、再設計したフォワードプライマーの１つは、既に検出可能なカンジダ属種の検出感度を増強し（すなわち、元々のフォワードプライマーと比べて低いＣｔ（Ｃｐ）値、デルタＣｔにおける増大）、並びに元々のプライマーとプローブ設計ではわずかな検出を従前には有していたカンジダ・ギリエルモンジィの検出の性能特異性を増強した。Table 2を参照。この新規の最新のセット（配列番号１～３）をここで採用する（表Ｂに示した配列）。

【表5】

【0343】

最近のイギリスの公衆衛生の報告は、カンジダ血症と関連するカンジダの個々の種を挙げている（「Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ ｏｆ ｃａｎｄｉｄａｅｍｉａ ｉｎ Ｅｎｇｌａｎｄ， Ｗａｌｅｓ ａｎｄ Ｎｏｒｔｈｅｒｎ Ｉｒｅｌａｎｄ、２０１４」）。この報告から、ゲノムが配列決定され、公開されている次のカンジダ属種：カンジダ・アルビカンス、カンジダ・グラブラタ、カンジダ・パラプシローシス、カンジダ・トロピカリス、カンジダ・クルセイ、カンジダ・ドゥブリニエンシス、及びカンジダ・ギリエルモンジィを標的化することが決定されている。これらの種に加えて、カンジダ・アウリスという第８の種をまた、種特異的な同定のため標的化すべき生物の上記のリストに加えた。この理由は、カンジダ・アウリス種が、イギリス及び世界中の他の国々の至る所で同定されているカンジダ・アウリスの散発性症例を含む有意な新たに発生した真菌病原体としてイギリスの公衆衛生（「イギリスにおいて同定されたカンジダ・アウリス」）により同定されているからである。さらに、カンジダ・アウリスは、病院の患者間で伝搬の傾向を有すること、並びにアゾール（例えば、フルコナゾール）を含む３つの主要なクラスの抗真菌薬に対して耐性を示した。追加の縦断的疫学データは、非アラビカンス種のカンジダにより引き起こされる血流感染の発生率における最近のシフトを示している（Ｗｉｓｐｌｉｎｇｈｏｆｆら、２０１４年）。これらの種、例えば、カンジダ・グラブラタ及びカンジダ・クルセイは、他のカンジダ属種と比べて、フルコナゾールのような抗真菌剤に対して低減した感受性を有する（Ｔｒｉｃｋら、２００２年）。それ故、これらの８種の最も蔓延しているカンジダ属種、特に、カンジダ・アウリス間で識別し、差別化することができる臨床上の必要がある。

【0344】

このレベルの差別化を達成するために、ＩＬＶ３遺伝子をバイオインフォマティクスで再度調べた。対象となる種に対するこれらのプライマーセットの特異性を決定するために行い、他のカンジダ属種に対する相同性（交差反応性）が見られないことを確実にする、それぞれのプライマーセットのバイオインフォマティクス解析を用いて、それぞれの種について複数のプライマーセットを個別に設計した。サイバーグリーン（ＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎ）化学を使用した融解曲線解析により、得られたプライマーセットを試験した。それぞれのプライマーセットは、正確な融点（Ｔｍ）のＤＮＡの増幅領域（「アンプリコン」）を生じる。全てのプライマーセットを使用した実験を行い、それぞれのカンジダ属種についてそれぞれのプライマーセットのＴｍ特性を決定した。Table 3を参照。

【表6】

【0345】

完了したら、それぞれの種について最善の単一のプライマーとプローブセットを選択して、それぞれの種のＴｍ値間での展開及び分離を最適化した。Table 4を参照。これらのプライマーセットを実験で再度試験し、それぞれの種の融解曲線追跡をオーバーレイした場合、このアプローチが個々のカンジダ属種間で識別する正当な方法であることを示す、８種の追跡間での非常に良好な解決法が存在した。図２を参照。これらのプライマーセットは、Ｔ２バイオシステムの現在の検査よりカンジダ属種の設計をもたらす。

【表7】

【0346】

カンジダ属種の検出に加えて、ＩＬＶ３をまた、アスペルギルス属種（特に、アスペルギルス・フミガーツス、アスペルギルス・ニガー、及びアスペルギルス・フラバスに注力）及びクリプトコッカス・ネオフォルマンスのような他の真菌生物の検出のための標的として使用することができる。カンジダについて既に概説したのと同一のアプローチにおいて、適用可能な場合、バイオインフォマティクス解析及び配列アライメントを使用して、「全アスペルギルス」プライマーとプローブセット並びに３種のアスペルギルス属種、並びにクリプトコッカス・ネオフォルマンスの種特異的な同定のためのいくつかのプライマーとプローブセットの設計に適当な、ＩＬＶ３遺伝子内の領域を同定した。実験により、２つの全アスペルギルスプライマーとプローブセットが、試験した３種のアスペルギルス属種について増幅を生じるが、Ｖ１設計（配列番号７０～７２；図３Ａ）が、これらの種間でより良好な蛍光に起因して好ましいことを示した。図３Ａ及び３Ｂを参照。種特異的なプライマーとプローブセットの作製のため、それぞれの種について様々な設計反復をバイオインフォマティクスで試験して、種特異性（特に、異なるアスペルギルス属種の検出に重要な）を示し、並びに他の真菌生物又はヒト遺伝子に対して相同性がないことを確実にした。この検証をパスしたプライマーとプローブセットを、次に、インビトロで試験して、どのセットが、増幅プロトコールの終点で（低い）Ｃｔ検出値及び（高）レベルの蛍光に関して最大の性能を付与するかを決定した。Table 5-6を参照。図４Ａは、３種のアスペルギルス属種について選択した種特異的なプライマーとプローブセット（アスペルギルス・フミガーツス：配列番号７９～８１；アスペルギルス・ニガー：配列番号８６～８８；及びアスペルギルス・フラバス：配列番号８９～９１、配列については表Ｂを参照）の増幅追跡を示す。図４Ｂは、クリプトコッカス・ネオフォルマンスの検出のため選択したプライマーとプローブセット（配列番号９３～９５）の増幅追跡を示す。

【表8】

【表9】

【0347】

これと一緒に、融解曲線解析のためのプライマーセットを試験して、上で述べた３種のアスペルギルス属種間で識別した。再度、カンジダ融解プライマーの同定のため使用したのと同じバイオインフォマティクスアプローチを使用して、適当なアスペルギルス融解プライマーを見出した。これらのアスペルギルス融解プライマーをインビトロで試験した場合、３種のアスペルギルス属種のそれぞれのＴｍ値間での良好な解決を達成した。Table 7-8を参照。

【表10】

【表11】

【0348】

本明細書において記載し、添付の表Ｂにおいて示したそれぞれの個々のプライマーとプローブセットを実験で試験し、様々なＩＬＶ３プライマーとプローブセットの非標的生物に対して交差反応性を有さないことを実証した。

【0349】

ＩＬＶ３は、非限定的に、血流感染を有することが疑われる患者の血液試料内での酵母及び真菌生物の存在を確認する関係での、酵母及び真菌生物の同定のための新規遺伝子を表す。

【0350】

参考文献：
・Kan, V. L. (1993). Polymerase ChainReaction for the Diagnosis of Candidemia. J. Infect. Dis. 168(3), 779-783.
・Khot, P. D., Ko, D. L. & Fredricks, D.N. (2009). Sequencing and Analysis of Fungal rRNA Operons for Development ofBroad-Range Fungal PCR Assays. Appl. Environ. Microbiol. 75(6), 1559-1565.
・Liu, M., Healy, M. D., Dougherty, B. A.,Esposito, K. M., Maurice, T. C., Mazzucco, C. E., Bruccoleri, R. E., Davison,D. B., Frosco, M., Barrett, J. F. & Wang, Y.-K. (2006). Conserved FungalGenes as Potential Targets for Broad-Spectrum Antifungal Drug Discovery.Eukaryot. Cell. 5(4), 638-649.
・Public Health England (2015). Surveillanceof candidaemia in England, Wales and Northern Ireland, 2014. Vol. 9, No. 33; 18September 2015.
・Public Health England (2016).www.gov.uk/government/publications/candida-auris-emergence-in-england.Published 1 July 2016.
・Trick, W. E., Fridkin, S. K., Edwards, J.R., Hajjeh, R. A., Gaynes, R. P., National Nosocomial Infections SurveillanceSystem Hospitals (2002). Secular trend of hospital-acquired candidemia amongintensive care unit patients in the United States during 1989-1999. Clin.Infect. Dis. 35(5), 627-630.
・Wisplinghoff, H., Ebbers, J., Geurtz, L.,Stefanik, D., Major, Y., Edmond, M. B., Wenzel, R. P., Seifert, H. (2014).Nosocomial bloodstream infections due to Candida spp. in the USA: speciesdistribution, clinical features and antifungal susceptibilities. Int. J. Antimicrob.Agents. 43(1), 78-81.
・Van Burik JA, Myerson D, Schreckhise RW,Bowden RA (1998). Panfungal PCR assay for detection of fungal infection inhuman blood specimens. J Clin Microbiol. 1998 May;36(5):1169-75. 36(5):1169-75.

【0351】

本発明は、本明細書において記載される特有の実施形態により、範囲において限定されるべきではない。実際に、本明細書において記載されるものに加えて、本発明の様々な修飾は、前述の記載及び添付の図面から当業者に明らかとなると予想される。かかる修飾は、添付の請求の範囲内にあることが意図される。さらに、本明細書において記載される全ての実施形態が、広く適用可能であり、必要に応じて、任意及び全ての他の矛盾のない実施形態と組合せ可能であると考えられる。

【0352】

様々な刊行物が本明細書において引用され、様々な刊行物の開示が、全体が参照により取り込まれる。

【図1】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図4A】

【図4B】

【配列表】

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