▶ デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2023-10-03
(45)【発行日】2023-10-12
(54)【発明の名称】安定化抗微生物性ペプチド
(51)【国際特許分類】
C07K 14/46 20060101AFI20231004BHJP
A61K 38/17 20060101ALI20231004BHJP
A61P 31/04 20060101ALI20231004BHJP
【ＦＩ】
C07K14/46 ZNA
A61K38/17
A61P31/04
【請求項の数】
22
【外国語出願】
(21)【出願番号】P 2021091780
(22)【出願日】2021-05-31
(62)【分割の表示】P 2017568021の分割
【原出願日】2016-07-01
(65)【公開番号】P2021155423
(43)【公開日】2021-10-07
【審査請求日】2021-06-30
(31)【優先権主張番号】62/188,448
(32)【優先日】2015-07-02
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】62/301,518
(32)【優先日】2016-02-29
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】399052796
【氏名又は名称】デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート，インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100156144
【弁理士】
【氏名又は名称】落合 康
(72)【発明者】
【氏名】ロレン・ディ・ウォレンスキー
(72)【発明者】
【氏名】リダ・モータダ
(72)【発明者】
【氏名】グレゴリー・エイチ・バード
【審査官】中山 基志
(56)【参考文献】
【文献】Hubert Chapuis et al.，Effect of hydrocarbon stapling on the properties of α-helical antimicrobial peptides isolated from the venom of hymenoptera，Amino Acids，2012年04月17日，Vol.43, No.5，p.2047-2058，doi: 10.1007/s00726-012-1283-1
【文献】Christopher J. Arnusch et al.，Enhanced membrane pore formation through high-affinity targeted antimicrobial peptides，PLoS One，2012年06月29日，Vol.7, Issue 6，e39768，doi: 10.1371/journal.pone.0039768
【文献】Tzu-Lin Sun et al.，Membrane permeability of hydrocarbon-cross-linked peptides，Biophys. J.，2013年05月07日，Vol.104, No.9，p.1923-1932，doi: 10.1016/j.bpj.2013.03.039
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ０７Ｋ１４／００
Ｃ１２Ｎ１５／００
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
化合物またはその薬学的に許容される塩であって、式：
【化1】
各Ｒ1およびＲ2は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
Ｒ 3は、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
ｘは、３であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する内部架橋アミノ酸配列を含み、
該内部架橋アミノ酸配列が、
（ａ）配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列；または
（ｂ）Ｍａｇ（ｉ＋４）２（配列番号１３６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）４（配列番号１３８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）５（配列番号１３９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１１（配列番号１４５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（配列番号１４９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ１Ｋ）（配列番号９９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｉ２Ｋ）（配列番号９８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ３Ｋ）（配列番号９７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｈ７Ｋ）（配列番号９４）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｓ８Ｋ）（配列番号９３）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｅ１９Ｋ）（配列番号８６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｎ２２Ｋ）（配列番号８４）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ３Ｅ）（配列番号１０２）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｈ７Ｅ）（配列番号１０７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｓ８Ｅ）（配列番号１０８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ１８Ｅ）（配列番号１１７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｎ２２Ｅ）（配列番号１１９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１（配列番号１３５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）６（配列番号１４０）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１６（配列番号１５０）のアミノ酸配列
を含み；
該内部架橋アミノ酸配列が、αヘリックス立体構造を有し；
該化合物またはその薬学的に許容される塩が、
少なくとも１つの細菌に対して抗微生物効果を示し、そして、
哺乳動物膜に対してではなく、細菌膜に対して選択的に溶解性／細胞毒性を示す、
化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項2】
化合物またはその薬学的に許容される塩であって、配列番号３のアミノ酸配列の少なくとも２１個の連続するアミノ酸を有する内部架橋アミノ酸配列を含み、
ただし、
（ｉ）配列番号３の１６番目および２０番目のアミノ酸は、第１の連結基Ｒ3で互いに架橋されており、
（ｉｉ）配列番号３の２番目および６番目のアミノ酸または配列番号３の３番目および７番目のアミノ酸は、第２の連結基Ｒ3で互いに架橋されており、そして
（ｉｉｉ）該配列番号３のアミノ酸配列の少なくとも２１個の連続するアミノ酸が、配列番号３に対して１、２、３または４つのさらなるアミノ酸置換を有し、
該さらなるアミノ酸置換が、（ｉ）塩基性アミノ酸との置換、（ｉｉ）リジンとの置換、（ｉｉｉ）ヒスチジンとの置換、（ｉｖ）Ｄ－アラニンとの置換、（ｖ）アラニンとの置換、（ｖｉ）ノルロイシンとの置換、および（ｖｉｉ）グルタミン酸との置換のうち１つ以上の置換であり、
該第１の連結基Ｒ 3 がＣ ８ アルキレン、Ｃ ８ アルケニレン、またはＣ ８ アルキニレンであり、該第２の連結基Ｒ 3 がＣ ８ アルキレン、Ｃ ８ アルケニレン、またはＣ ８ アルキニレンであり、
該化合物またはその薬学的に許容される塩が、
少なくとも１つの細菌に対して抗微生物効果を示し、
そして、
哺乳動物膜に対してではなく、細菌膜に対して選択的に溶解性／細胞毒性を示す、
化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項3】
Ｒ3がＣ８アルキレン、Ｃ８アルケニレン、またはＣ８アルキニレンである、請求項１記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項4】
（ｉ）Ｒ3が、１、２、３、４、５または６個のＲ4で置換されており、各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ２または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ２が、別の化学物質とカップリングしていてもよいか；（ｉｉ）Ｒ3が、２個のＲ4で置換されており、両方のＲ4が－ＯＨであるか；
（ｉｉｉ）Ｒ3が、２個のＲ4で置換されており、１個のＲ4が置換されていてもよい－ＮＨ２であり、他方のＲ4が－ＯＨである、
請求項３記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項5】
（ｉ）該第１の連結基Ｒ3および／または第２の連結基Ｒ3が、１、２、３、４、５または６個のＲ4で置換されており、各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ２または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ２が、別の化学物質とカップリングしていてもよいか；（ｉｉ）該第１の連結基Ｒ3および／または第２の連結基Ｒ3が、２個のＲ4で置換されており、両方のＲ4が－ＯＨであるか；
（ｉｉｉ）該第１の連結基Ｒ3および／または第２の連結基Ｒ3が、２個のＲ4で置換されており、１個のＲ4が置換されていてもよい－ＮＨ２であり、他方のＲ4が－ＯＨである、
請求項２記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項6】
抗微生物効果が０.１μＭ～５０μＭまたは０.５μＭ～２０μＭの最小阻止濃度である、請求項１～５いずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項7】
治療を必要とする対象体における微生物によって引き起こされる感染症の治療のための、請求項１～６のいずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩を含む医薬。
【請求項8】
対象体が動物または植物である、請求項７記載の医薬。
【請求項9】
対象体が哺乳動物である、請求項７記載の医薬。
【請求項10】
対象体がヒトである、請求項７記載の医薬。
【請求項11】
微生物が細菌性生物である、請求項７～１０のいずれか１項記載の医薬または請求項１～６のいずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項12】
細菌性生物がグラム陽性、グラム陰性、またはマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）である、請求項１１項記載の医薬または請求項１１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩。
【請求項13】
感染症が細菌性膣感染症である、請求項１０記載の医薬。
【請求項14】
細菌性膣感染症が細菌性膣症である、請求項１３記載の医薬。
【請求項15】
細菌性膣感染症が、対象体へのウイルス感染症の感染の可能性を増大させる１種類以上の細菌性生物による感染症である、請求項１３記載の医薬。
【請求項16】
ウイルス感染症がヒト免疫不全ウイルス１型感染症またはヒト免疫不全ウイルス－２感染症である、請求項１５記載の医薬。
【請求項17】
請求項１０記載の医薬であって、（ｉ）該化合物またはその薬学的に許容される塩が膣への局所投与用である、
（ｉｉ）該感染症が細菌性バイオフィルムを含む、および／または
（ｉｉｉ）該対象体が、嚢胞性線維症にかかっているかまたはそのリスクがあり、必要に応じて該化合物が肺への投与用である、医薬。
【請求項18】
抗生物質の治療有効量と併用するための、必要に応じて該化合物および該抗生物質が感染症を相乗的に処置するように作用する、および／または該化合物および該抗生物質が抗生物質に対する感染症の抵抗性を相乗的に克服するように作用する、請求項７～１７のいずれか１項記載の医薬。
【請求項19】
微生物の増殖を阻害するための、請求項１～６のいずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩を含む医薬であって、該微生物の増殖の阻害が、該微生物と、該化合物またはその薬学的に許容される塩の治療有効量と接触させることを含み、
（ｉ）微生物が細胞外微生物である、
（ｉｉ）微生物が細胞内微生物である、
（ｉｉｉ）接触が、微生物を含む対象体内で生じる、
（ｉｖ）接触がインビトロで生じる、および／または
（ｖ）微生物の増殖の阻害が、微生物を死滅させることである、
医薬。
【請求項20】
請求項１～６のいずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項21】
請求項１～６のいずれか１項記載の化合物またはその薬学的に許容される塩の製造方法であって、（ａ）次のいずれかのペプチドを提供する工程：
（１）Ｍａｇ（ｉ＋４）２（配列番号１３６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）４（配列番号１３８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）５（配列番号１３９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１１（配列番号１４５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（配列番号１４９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ１Ｋ）（配列番号９９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｉ２Ｋ）（配列番号９８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ３Ｋ）（配列番号９７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｈ７Ｋ）（配列番号９４）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｓ８Ｋ）（配列番号９３）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｅ１９Ｋ）（配列番号８６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｎ２２Ｋ）（配列番号８４）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ３Ｅ）（配列番号１０２）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｈ７Ｅ）（配列番号１０７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｓ８Ｅ）（配列番号１０８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ１８Ｅ）（配列番号１１７）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｎ２２Ｅ）（配列番号１１９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１（配列番号１３５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）６（配列番号１４０）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１６（配列番号１５０）のアミノ酸配列を含む、
ペプチド；または
（２）配列番号３のアミノ酸配列の少なくとも２１個の連続するアミノ酸を有するアミノ酸配列を含み、
ただし、
（ｉ）配列番号３の１６番目および２０番目のアミノ酸は、ステープル化アミノ酸で置換されており、
（ｉｉ）配列番号３の２番目および６番目のアミノ酸または配列番号３の３番目および７番目のアミノ酸は、ステープル化アミノ酸で置換されており、そして
（ｉｉｉ）該配列番号３のアミノ酸配列の少なくとも２１個の連続するアミノ酸が、１、２、３または４つのさらなるアミノ酸置換を有し、
該さらなる置換が、（ｉ）塩基性アミノ酸との置換、（ｉｉ）リジンとの置換、（ｉｉｉ）ヒスチジンとの置換、（ｉｖ）Ｄ－アラニンとの置換、（ｖ）アラニンとの置換、（ｖｉ）ノルロイシンとの置換、および（ｖｉｉ）グルタミン酸との置換のうち１つ以上の置換である、
ペプチド；および
（ｂ）該ペプチドを架橋する工程
を含む方法。
【請求項22】
該化合物またはその薬学的に許容される塩を、無菌医薬組成物として製剤化する工程をさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
相互参照
本願は、２０１５年７月２日に出願した米国仮出願第６２／１８８,４４８号、および２０１６年２月２６日に出願した米国仮出願第６２／３０１,５１８号（それぞれ、出典明示によりその全体として本書の一部を構成する）の利益を主張する。
本願は、２０１５年７月２日に出願した米国仮出願第６２／１８８,４４８号、および２０１６年２月２６日に出願した米国仮出願第６２／３０１,５１８号（それぞれ、出典明示によりその全体として本書の一部を構成する）の利益を主張する。
【背景技術】
【0002】
抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）は、微生物侵入に対する本質的な防御線を形成する、進化的に保存されたクラスのタンパク質である。これらのペプチドは、多くの異種生物によって産生され、細菌、真菌類（酵母を含む）、原生動物（寄生虫を含む）およびウイルスに対して広範囲の活性を呈することが見出されている。
【0003】
ＡＭＰは、４つの主な構造群に分けることができる：４つのジスルフィド橋のうち２つを有する安定化βシートペプチド；単一のジスルフィド橋を有するループペプチド；αヘリックスペプチド；ならびにアルギニン、グリシン、プロリン、トリプトファンおよびヒスチジンにおいて豊富な拡張構造。典型的には、１２～５０アミノ酸の長さであるこれらのペプチドは、通常、両親媒性特性を有するカチオン性である。これらの生物物理学的特性により、それらが細菌膜と相互作用し、膜の完全性の破壊、または細菌細胞への移行および細胞内プロセスの破壊のいずれかを生じる。
【0004】
ＡＭＰのαヘリックス構造モチーフは、ＡＭＰが細菌膜と相互作用する能力にとって重要であり得る。膜へ結合すると、ＡＭＰは、それら自身を転座または挿入することができ、バレルストーブ（barrel-stove）機構、カーペット様（carpet-like）機構またはトロイダルポア（toroidal pore）機構を介して膜を透過性にすることができる。この透過化プロセスおよび膜の完全性の破壊は、αヘリックスＡＭＰの抗微生物特性を説明することができる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0005】
概要
本開示は、抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）に関連する（例えば、それと配列相同性を共有する）構造安定化ペプチド、ならびにかかる安定化ペプチドを治療剤および／または予防剤として用いる方法を提供する。細菌に対して選択的に溶解性／細胞毒性を示し、哺乳動物膜破壊および細胞毒性を伴わない抗微生物性ペプチドの体内使用を可能にする、安定化抗微生物性ペプチドを設計するための方法もまた提供される。
本開示は、抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）に関連する（例えば、それと配列相同性を共有する）構造安定化ペプチド、ならびにかかる安定化ペプチドを治療剤および／または予防剤として用いる方法を提供する。細菌に対して選択的に溶解性／細胞毒性を示し、哺乳動物膜破壊および細胞毒性を伴わない抗微生物性ペプチドの体内使用を可能にする、安定化抗微生物性ペプチドを設計するための方法もまた提供される。
【0006】
より具体的には、本書は、式（Ｉ）：
［式中、
各Ｒ1およびＲ2は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ3は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、いずれもいずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立してアミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する、化合物またはその薬学的に許容される塩を提供する。
【化1】
各Ｒ1およびＲ2は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ3は、独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、いずれもいずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立してアミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する、化合物またはその薬学的に許容される塩を提供する。
【0007】
いくつかの態様において、ｘは、独立して、２、３または６である。
【0008】
さらに、本書は、加えて、アミノ酸を含有する内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）であって、２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖が、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、
各Ｒ3が、独立して、例えば１～６個のＲ4で置換されていてもよい、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり（ここで、各－ＮＨ3は、置換されていてもよい）；各Ｒ1およびＲ2が、独立して、Ｃ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換である
ような、該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられている、内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を提供する。
各Ｒ3が、独立して、例えば１～６個のＲ4で置換されていてもよい、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり（ここで、各－ＮＨ3は、置換されていてもよい）；各Ｒ1およびＲ2が、独立して、Ｃ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換である
ような、該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられている、内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を提供する。
【0009】
いくつかの態様において、ＩＣＬ ＡＭＰは、配列番号１～１７のいずれかの少なくとも１８個の連続するアミノ酸、または１、２、３、４もしくは５つのアミノ酸置換を有するその変種を含有することができるか、または（ａ）この１８個の連続するアミノ酸内で、２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖が、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、式（Ｉ）に示されるように該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられており、該一対のアミノ酸のうちの２番目のもののα炭素が式（Ｉ）中に記載されているようにＲ2で置換されていることを除けば本書に記載されている別のポリペプチド配列を含有することができる。特定の態様において、ＡＭＰ変種は、（ｉ）アミノ酸のヒスチジンへの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ）の置換；および／または（ｉｉ）アミノ酸のリジンへの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ）の置換；および／または（ｉｉｉ）アミノ酸のＤ－アラニンへの少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ）の置換を含むことを除けば配列番号１～１７のいずれかの少なくとも１８個の連続するアミノ酸を含む。
【0010】
さらにまた、本書は、加えて、少なくとも２０個のアミノ酸を含有する内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）であって、２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖が、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、
各Ｒ3が、独立して、例えば１～６個のＲ4で置換されていてもよい、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり（ここで、各－ＮＨ3は、置換されていてもよい）；各Ｒ1およびＲ2が、独立して、Ｃ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換である
ような、該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられている、内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を提供する。
各Ｒ3が、独立して、例えば１～６個のＲ4で置換されていてもよい、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4が、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり（ここで、各－ＮＨ3は、置換されていてもよい）；各Ｒ1およびＲ2が、独立して、Ｃ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換である
ような、該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられている、内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を提供する。
【0011】
上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のＲ4で置換されているＲ3を有することができる。各Ｒ4は、－ＯＨであり得る。いくつかの態様において、１つＲ3は－ＮＨ3であり、別のＲ3は－ＯＨである。
【0012】
上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、配列番号１～１７のいずれか（例えば、配列番号１）の少なくとも１８個の連続するアミノ酸、または１、２、３、４もしくは５つのアミノ酸置換を有するその変種を含有することができるか、または（ａ）この１８個の連続するアミノ酸内で、２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖が、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、該組のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられており、側鎖が連結基Ｒ3に置き換えられた各対のアミノ酸のα炭素のＨが、独立して、Ｃ1～Ｃ10アルキル、アルケニルまたはアルキニルに置き換えられていてもよいことを除けば本書に記載されている別のポリペプチド配列を含有することができる。
【0013】
上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、連結基との置き換えが、置き換えがない親ＡＭＰと比べて、該ペプチドのαヘリックス領域における第１の表面疎水性パッチとさらなる表面疎水性パッチとの間の不連続性を維持するかまたは引き起こすような、第１の表面疎水性パッチを包含するαヘリックス領域を含有し得る。さらにまた、該連結基は、親水性化修飾、例えば、ジヒドロキシル化を含有することができる。連結基の置き換えは、ＡＭＰにおける、第１の表面疎水性パッチ、さらなる表面疎水性パッチ、または第１の表面疎水性パッチおよびさらなる表面疎水性パッチに位置することができる。
【0014】
上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、配列番号１８～１６８および１７０～１７４のいずれかの配列を含有することができる。それらは、例えば、Ｍａｇ（ｉ＋４）１（配列番号１３５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２（配列番号１３６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）４（配列番号１３８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）５（配列番号１３９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）６（配列番号１４０）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１１（配列番号１４５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（配列番号１４９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１６（配列番号１５０）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ）（配列番号１７０）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ）（配列番号１７１）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｎ２１Ｅ）（配列番号１７２）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ）（配列番号１７３）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ｓ８Ｈ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ）（配列番号１７４）の配列を含有することができる。
【0015】
本書は、また、微生物感染症の処置または予防方法であって、微生物による感染症にかかっているかまたはそのリスクがある対象体に、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかの有効量を投与することを含む方法を特徴付ける。該対象体は、動物または植物であり得る、該動物は、哺乳動物、例えばヒトであり得る。該微生物は、細菌性生物、例えば、グラム陽性菌性生物またはグラム陰性菌性生物であり得る。該対象体は、細菌性膣感染症にかかっていることができるかまたはそのリスクを有することができる。細菌性膣感染症は、細菌性膣症を包含し得る。細菌性膣感染症は、ウイルス感染症の対象体への感染の可能性を高める１種以上の細菌性生物による感染を包含し得る。ウイルス感染症は、ヒト免疫不全ウイルス１型（ＨＩＶ－１）またはヒト免疫不全ウイルス２型（ＨＩＶ－２）感染症であり得る。上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、例えば膣へ、局所投与され得る。上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、例えば肺へ、投与され得る。対象体は、細菌性バイオフィルムを包含し得る。対象体は、嚢胞性線維症にかかっていることができるかまたはそのリスクを有することができる。
【0016】
該方法は、さらに、少なくとも１種の抗生物質の有効量を投与することを含むことができる。確立された抗生物質は、微生物による感染を阻害または予防するためにＩＣＬ ＡＭＰと相乗的に作用することができる。ＩＣＬ ＡＭＰおよび抗生物質は、抗生物質に対する抵抗性を相乗的に克服または予防することができる。
【0017】
本書の別の態様は、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかの１種以上を含有する組成物である。該組成物は、さらに、食品または飲料を含むことができる。上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかは、醗酵または滅菌工程の前またはその間に食品または飲料に加えることができる。
【0018】
該組成物は、さらに、医学的または衛生学的デバイスを含むことができる。この１種以上のＩＣＬ ＡＭＰは、医学的または衛生学的デバイス上に塗布され得るかまたは該デバイスに含浸され得る。該組成物は、また、１種以上の抗生物質を含むこともできる。
【0019】
本書によって、微生物の増殖阻害方法または死滅方法であって、微生物を上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかの１種以上と接触させることを含む方法もまた提供される。該微生物は、細胞外微生物または細胞内微生物であり得る。接触は、微生物を含む対象体内で生じ得る。別法としては、該方法は、インビトロ法であり得る。該方法は、本書に記載の特徴（例えば、微生物感染症の処置または予防方法について上記したもの）のいずれかを用いて実施され得ると解される。該微生物は、例えば、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）であり得る。
【0020】
本書の別の特徴は、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかの製造方法であって、式（Ｉ）を参照して、ＩＣＬ ＡＭＰを合成すること、該ペプチドのαヘリックス領域における確立された表面疎水性パッチの位置を決定すること、および全てのアミノ酸[Ｘａａ]xが該ペプチドにおけるこの確立された表面疎水性パッチ内に位置するように整数ｗおよびｙを選択することを含む方法である。別法として、整数ｗおよびｙは、アミノ酸[Ｘａａ]xが該ペプチドのαヘリックス領域における２つ以上の確立された疎水性パッチを連結しないように選択され得る。さらにまた、該方法は、連結基に親水性化修飾を付加すること（例えば、ジヒドロキシル化が挙げられる）を包含し得る。
【0021】
本書の別の態様は、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかの製造方法であって、ＩＣＬ ＡＭＰが第１の表面疎水性パッチを含むαヘリックス領域を含み、連結基との置き換えが、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、内部架橋ペプチドにおける第１の疎水性パッチとさらなる表面の１種以上の疎水性パッチとの間の不連続性を維持するかまたは生じるようなＩＣＬ ＡＭＰを合成することを含むことができる方法である。さらにまた、該方法は、連結基に親水性化修飾を付加すること（例えば、ジヒドロキシル化を包含する）を包含し得る。
【0022】
本書のさらに別の特徴は、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを設計する方法であって、
－ ＩＣＬ ＡＭＰの１つ以上のパネルを作成すること（各パネルは、（ａ）２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対のアミノ酸の側鎖が該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられており；（ｂ）各パネルの各メンバーにおいて、該一対のアミノ酸が、関連するパネルの他のメンバーと比べて異なる位置にある、複数のパネルメンバーＩＣＬ ＡＭＰを含有する）；および
－ （ｉ）関連するメンバーのαヘリックス領域における第１の表面疎水性パッチと、該メンバーのαヘリックス領域における１つ以上のさらなる表面疎水性パッチとの間の不連続性の存在について；および（ｉｉ）微生物細胞中に移動し、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力についての各パネルの各メンバーの能力について全てのパネルの各メンバーを試験すること
を包含する方法である。該方法は、また、微生物細胞中に移動する能力が比較的高く、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力がないかまたは比較的低い、全てのパネルの１つまたは複数のメンバーを製造することを含み得る。
－ ＩＣＬ ＡＭＰの１つ以上のパネルを作成すること（各パネルは、（ａ）２、３または６アミノ酸離れている少なくとも一対のアミノ酸の側鎖が該一対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3に置き換えられており；（ｂ）各パネルの各メンバーにおいて、該一対のアミノ酸が、関連するパネルの他のメンバーと比べて異なる位置にある、複数のパネルメンバーＩＣＬ ＡＭＰを含有する）；および
－ （ｉ）関連するメンバーのαヘリックス領域における第１の表面疎水性パッチと、該メンバーのαヘリックス領域における１つ以上のさらなる表面疎水性パッチとの間の不連続性の存在について；および（ｉｉ）微生物細胞中に移動し、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力についての各パネルの各メンバーの能力について全てのパネルの各メンバーを試験すること
を包含する方法である。該方法は、また、微生物細胞中に移動する能力が比較的高く、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力がないかまたは比較的低い、全てのパネルの１つまたは複数のメンバーを製造することを含み得る。
【0023】
本書のさらなる特徴は、微生物感染症を同定する方法であって、
－ 試験培地中の微生物感染症の微生物を上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかと接触させること；および
－ 微生物から試験培地中に放出された核酸を分析することによって微生物を同定すること
を含む方法である。該試験培地は、微生物感染症にかかっている対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料を含むことができる。該培地は、微生物感染症にかかっている対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料が予め添加されている培養培地を包含し得る。体液は、例えば、血液、尿、痰および／または糞便を包含し得る。接触は、インビトロで、または微生物感染症にかかっている対象体において、生じることができる。該方法は、また、試験培地を含有する対象体または試験培地の入手元である対象体に、同定された微生物に適切な処置（例えば、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを包含する）を施すことを包含し得る。
－ 試験培地中の微生物感染症の微生物を上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかと接触させること；および
－ 微生物から試験培地中に放出された核酸を分析することによって微生物を同定すること
を含む方法である。該試験培地は、微生物感染症にかかっている対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料を含むことができる。該培地は、微生物感染症にかかっている対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料が予め添加されている培養培地を包含し得る。体液は、例えば、血液、尿、痰および／または糞便を包含し得る。接触は、インビトロで、または微生物感染症にかかっている対象体において、生じることができる。該方法は、また、試験培地を含有する対象体または試験培地の入手元である対象体に、同定された微生物に適切な処置（例えば、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを包含する）を施すことを包含し得る。
【0024】
本書のさらなる特徴は、試験培地が微生物を含むかどうか決定する方法であって、
－ 微生物を含有する疑いのある培地に上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを送達させること；および
－ 微生物が含むことまたは発現することが知られている核酸の試験培地中の存在について試験すること
を含む方法である。試験培地は、微生物によって感染している疑いのある対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料を包含し得る。試験培地は、微生物によって感染している疑いのある対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料が予め添加されている培養培地を包含し得る。体液は、例えば、血液、尿、痰および／または糞便を包含し得る。送達は、インビトロで、または微生物によって感染している疑いのある対象体において、生じることができる。該方法は、また、試験培地が微生物を含有することが判明している場合、試験培地を含有する対象体または試験培地の入手元である対象体に、該微生物に適切な処置（例えば、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを包含する）を施すことを包含し得る。
－ 微生物を含有する疑いのある培地に上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを送達させること；および
－ 微生物が含むことまたは発現することが知られている核酸の試験培地中の存在について試験すること
を含む方法である。試験培地は、微生物によって感染している疑いのある対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料を包含し得る。試験培地は、微生物によって感染している疑いのある対象体からの組織試料、臓器試料または体液試料が予め添加されている培養培地を包含し得る。体液は、例えば、血液、尿、痰および／または糞便を包含し得る。送達は、インビトロで、または微生物によって感染している疑いのある対象体において、生じることができる。該方法は、また、試験培地が微生物を含有することが判明している場合、試験培地を含有する対象体または試験培地の入手元である対象体に、該微生物に適切な処置（例えば、上記ＩＣＬ ＡＭＰのいずれかを包含する）を施すことを包含し得る。
【0025】
「微生物の増殖を阻害する能力が比較的高く」かつ「哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力が比較的低い」薬剤の非限定的な例は、約０.１μＭ～約５０μＭ、または約０.５μＭ～約２０μＭの最小阻止濃度（ＭＩＣ）を有することができる。本発明の化合物のＭＩＣは、以下のものであり得る：約０.１μＭ、約０.２μＭ、約０.３μＭ、約０.４μＭ、約０.５μＭ、約０.６μＭ、約０.７μＭ、約０.８μＭ、約０.９μＭ、約１μＭ、約１.１μＭ、約１.２μＭ、約１.３μＭ、約１.４μＭ、約１.５μＭ、約１.６μＭ、約１.７μＭ、約１.８μＭ、約１.９μＭ、約２μＭ、約２.１μＭ、約２.２μＭ、約２.３μＭ、約２.４μＭ、約２.５μＭ、約２.６μＭ、約２.７μＭ、約２.８μＭ、約２.９μＭ、約３μＭ、約３.１μＭ、約３.２μＭ、約３.３μＭ、約３.４μＭ、約３.５μＭ、約３.６μＭ、約３.７μＭ、約３.８μＭ、約３.９μＭ、約４μＭ、約４.１μＭ、約４.２μＭ、約４.３μＭ、約４.４μＭ、約４.５μＭ、約４.６μＭ、約４.７μＭ、約４.８μＭ、約４.９μＭ、約５μＭ、約５.１μＭ、約５.２μＭ、約５.３μＭ、約５.４μＭ、約５.５μＭ、約５.６μＭ、約５.７μＭ、約５.８μＭ、約５.９μＭ、約６μＭ、約６.１μＭ、約６.２μＭ、約６.３μＭ、約６.４μＭ、約６.５μＭ、約６.６μＭ、約６.７μＭ、約６.８μＭ、約６.９μＭ、約７μＭ、約７.１μＭ、約７.２μＭ、約７.３μＭ、約７.４μＭ、約７.５μＭ、約７.６μＭ、約７.７μＭ、約７.８μＭ、約７.９μＭ、約８μＭ、約８.１μＭ、約８.２μＭ、約８.３μＭ、約８.４μＭ、約８.５μＭ、約８.６μＭ、約８.７μＭ、約８.８μＭ、約８.９μＭ、約９μＭ、約９.１μＭ、約９.２μＭ、約９.３μＭ、約９.４μＭ、約９.５μＭ、約９.６μＭ、約９.７μＭ、約９.８μＭ、約９.９μＭ、約１０μＭ、約１０.５μＭ、約１１μＭ、約１１.５μＭ、約１２μＭ、約１２.５μＭ、約１３μＭ、約１３.５μＭ、約１４μＭ、約１４.５μＭ、約１５μＭ、約１５.５μＭ、約１６μＭ、約１６.５μＭ、約１７μＭ、約１７.５μＭ、約１８μＭ、約１８.５μＭ、約１９μＭ、約１９.５μＭ、または約２０μＭ。ＭＩＣで、当該化合物は、本書の方法に記載されるインビトロ溶血アッセイで測定されるようにヒト赤血球に対して溶血活性を有し、これは、０～１０％、５～１０％、０～５％、約０％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、または１％未満であり得る。
【0026】
本書は、また、抗微生物性ペプチドまたはステープル化抗微生物性ペプチド（stapled antimicrobial peptide）（ＳＴＡＭＰ）であって、非修飾の抗微生物性ペプチドまたはステープル化抗微生物性ペプチドと比べて改善された微生物活性および／または減少した溶血活性を有する抗微生物性ペプチドまたはステープル化抗微生物性ペプチドを設計する方法を特徴付ける。該方法は、下記のことのうち１つ以上を含む：（ｉ）抗微生物性ペプチドまたはステープル化抗微生物性ペプチドの正味の正電荷を増加させること（例えば、例えばアミノ酸置換によって、ペプチド中の塩基性残基（例えば、リジン）の数を増加させることによる）；（ｉｉ）例えばアミノ酸置換によって、ヒスチジン残基の数を増加させること；および／または（ｉｉｉ）ＡＭＰまたはＳＴＡＭＰの強固なヘリックスを軽減すること（例えば、アミノ酸のＤ－アラニンによる置換）。特定の場合に、ＡＭＰまたはＳＴＡＭＰは、非修飾の抗微生物性ペプチドと比べて、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ）のヒスチジンおよび／またはリジンを有する。
【0027】
本書で用いる場合、用語「約」および「およそ」とは、所定の値または状態の±１０％以内、好ましくは該値または状態の±５％以内であると定義される。
【0028】
他に特記しない限り、本書で用いる技術用語及び科学用語はすべて、本発明が属する技術分野における当業者によって一般的に理解される意味と同じ意味を有する。方法および物質は、本発明において用いるために本書に記載される；当該技術分野で知られている他の好適な方法および物質を用いることもできる。物質、方法および実施例は、例示的であって、限定を意図するものではない。本書に記載の刊行物、特許出願、特許、配列、データベースエントリーおよび他の文献はすべて、出典明示によりその全体として本書の一部を構成する。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。
【0029】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかである。
【0030】
ステープルは、図面中および本開示の全体にわたって、記号「Ｘ」で示される。
【図面の簡単な説明】
【0031】
【図3A】図３Ａは、ｉ,ｉ＋７ステープルの位置を示すために７つのステープル化誘導体の配列とともに整列させたマガイニンＩＩアミノ酸配列を示す図である。この図面に記載されているアミノ酸は、配列番号１３４および１７８～１８４（連続して番号が付けられた）に対応する。
【図3B】図３Ｂは、ステープル位置が配列の番号によって示されている、マガイニンＩＩアミノ酸配列のヘリカルホイール投影図（helical wheel projection）である。残基Ａ１５、Ｎ２２、Ｋ４、Ｋ１１、Ａ１８、Ｈ７、Ｋ１４、Ｇ３、Ｍ２１およびＫ１０は親水性アミノ酸であり、残基Ａ８、Ｇ１、Ｅ１９、Ｆ１２、Ｆ５、Ｓ２３、Ｆ１６、Ａ９、Ｉ２、Ｉ２０、Ａ１３、Ｌ６およびＶ１７は疎水性アミノ酸である。
【図4B】図４Ｂは、ＴＦＥ：水（１：１）混合物中におけるマガイニンＩＩおよびステープル化アナログのＣＤスペクトルを示す一連の折れ線グラフである。＊は、測定したαヘリックス度がウンデカペプチド標準の計算された理想αヘリックス度を超えることを示している。
【図5】図５は、マガイニンＩＩおよびステープル化アナログの溶血活性を示す一連の折れ線グラフである。ペプチドをリン酸緩衝溶液中１％（ｖ／ｖ）ヒト赤血球と一緒に３７℃で１時間インキュベートし、次いで、上清を単離し、放出されたヘモグロビンの量を５４０ｎｍで測定した。溶血％は、未処理対照と比べて算出した。
【図6A】図６Ａは、ｉ,ｉ＋７ステープルの位置を示すためにステープル化誘導体の配列とともに整列させたペキシガナンアミノ酸配列を示す図である。この図面に記載されているアミノ酸は、配列番号２および１８５～１８７（連続して番号が付けられた）に対応する。
【図6B】図６Ｂは、ステープル位置が配列の番号によって示されている、ペキシガナンアミノ酸配列のヘリカルホイール投影図である。残基Ａ１５、Ｋ２２、Ｋ４、Ｋ１１、Ｋ１８、Ｋ７、Ｋ１４、Ｇ３、Ｋ２１およびＫ１０は親水性アミノ酸であり、残基Ｋ８、Ｇ１、Ｉ１９、Ｆ１２、Ｆ５、Ｆ１６、Ａ９、Ｉ２、Ｌ２０、Ｇ１３、Ｌ６およびＶ１７は疎水性アミノ酸である。
【図8】図８は、ペキシガナンおよびステープル化アナログの溶血活性を示す一連の折れ線グラフである。ペプチドをリン酸緩衝溶液中１％（ｖ／ｖ）ヒト赤血球と一緒に３７℃で１時間インキュベートし、次いで、上清を単離し、放出されたヘモグロビンの量を５４０ｎｍで測定した。溶血％は、未処理対照と比べて算出した。
【図9】図９は、単独および／または二重のステープルとしてｉ＋３、ｉ＋４およびｉ＋７ステープルを用いてマガイニンＩＩのアミノ酸配列および種々のマガイニンステープル化アナログのアミノ酸配列を示す図である。示したステープルは、例えば、ｉ,ｉ＋４ステープルを得るための２つのＳ5ステープリングアミノ酸、ｉ,ｉ＋７ステープルを得るための１つのＳ5と１つのＲ8とのカップルまたは１つのＲ5と１つのＳ8とのカップル、ならびにｉ,ｉ＋３ステープルを得るためのＲ5／Ｓ5対またはＲ3／Ｓ5対またはＳ3／Ｒ5対からなる。この図面に記載されるアミノ酸は配列番号１３４および１８８～２５２（連続して番号が付けられた）に対応する。
【図10】図１０は、ｉ＋３、ｉ＋４、およびｉ＋７ステープルを含有する種々のペキシガナンステープル化アナログのアミノ酸配列を示す図である。矢印は、ステープルスキャンまたはウォークの方向を示しており、固定数のアミノ酸（例えば、２、３または６）にまたがる（span）ステープルの位置はペプチドの長さを下回る時に１アミノ酸だけシフトされる。
【図11】図１１は、マガイニンＩＩ ｉ＋４およびｉ＋７ステープル化ペプチドライブラリーのメンバーのアミノ酸配列を示す図である。アミノ酸Ｂは非天然アミノ酸であるノルロイシンを表す。Ｘ，Ｘは、ｉ,ｉ＋４ステープル化ペプチドにおけるＳ５ペンテニルアラニン対、ならびに、ｉ,ｉ＋７ステープル化ペプチドにおけるＳ5ペンテニルおよびＲ8オクテニルアラニン対を表す。
【図12】図１２は、エシェリキア・コリ（Escherichia coli）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、シュードモナス・エルギノーサ（Pseudomonas aeruginosa）およびスタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）に対するマガイニンＩＩ ｉ,ｉ＋４ステープル化ペプチドの最小阻止濃度（ＭＩＣ）を示す棒グラフである。５０μｇ／ｍＬを超えるＭＩＣ値は測定されなかった。
【図13】図１３は、エシェリキア・コリ（Escherichia coli）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、シュードモナス・エルギノーサ（Pseudomonas aeruginosa）、およびスタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus aureus）に対するマガイニンＩＩ ｉ＋７ステープル化ペプチドのＭＩＣを示す棒グラフである。５０μｇ／ｍＬを超えるＭＩＣ値は測定されなかった。
【図14】図１４は、３７℃で１時間の１％赤血球懸濁液中におけるマガイニンＩＩ ｉ,ｉ＋４およびｉ,ｉ＋７ステープル化ペプチドの溶血活性を示す棒グラフである。活性を１％トリトンＸ１００溶液による全溶解に対して正規化した。
【図15】図１５は、マガイニンＩＩの３Ｄ表面を示す一連の分子モデルであり、ｉ,ｉ＋４ステープル化ペプチド誘導体を選択する。パネルＡは、マガイニンＩＩの疎水性面を示すモデルである。パネルＢは、マガイニンＩＩの親水性面を示すモデルである。パネルＣは、Ｍａｇ（ｉ＋４）１の疎水性面を示すモデルである。パネルＤは、Ｍａｇ（ｉ＋４）９の疎水性面を示すモデルである。パネルＥは、Ｍａｇ（ｉ＋４）１６の疎水性面を示すモデルである。パネルＦは、Ｍａｇ（ｉ＋４）６の親水性面を示すモデルである。濃い灰色の領域は高疎水性残基（Ｉ、Ｌ、Ｆ、Ｍ、Ｂ）を表し；中程度の灰色の領域は比較的低い疎水性を有する残基（Ｇ、Ａ）を含み；明るい灰色の領域は荷電されており／親水性であり（Ｈ、Ｋ、Ｅ、Ｎ、Ｓ）；円で囲まれた領域は疎水性ｉ＋４ステープル位置を示す。
【図16】図１６は、水素－重水素交換質量分析を用いて、マガイニンＩＩおよびステープル化誘導体と、細菌（例えば、エシェリキア・コリ（E. coli））または哺乳動物の細胞膜をシミュレートするリポソームとの相互作用の特異性を示す一連のプロットである。
【図19】図１９は、マガイニンＩＩ（ｉ＋４）１５ヒスチジン点変異配列およびＧ１３変異体アナログのメンバーのアミノ酸配列を示す図である。以下の記号は、以下のとおり定義される：Ｂ＝ノルロイシン；！＝２－アミノイソ酪酸；＆＝ヒドロキシプロリン；ａ＝ｄ－アラニン；ｋ＝ｄ－リジン。
【図22】図２２は、リューロシジン－ＮＨ2および二重ステープルアナログの３Ｄ表面モデルを例示する。パネルＡはリューロシジン－ＮＨ2の疎水性面のモデルである。パネルＢは、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１,１５の親水性面のモデルである。パネルＣは、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）の疎水性面のモデルである。濃い灰色の領域は高疎水性残基（Ｆ、Ｖ、Ｌ、Ｙ、Ｗ）を有し；明るい灰色の領域は比較的低い疎水性残基（Ｇ、Ａ、Ｔ）を有し；非常に明るい灰色の領域は荷電／親水性残基（Ｈ、Ｋ、Ｅ、Ｎ、Ｓ）を表し；点線の楕円でマークされた領域は疎水性ｉ＋４二重ステープル位置を示し；円で囲まれた領域はリジン変異を示す。表面は、ＰＤＢファイル１Ｚ６４を用いて作成した。
【発明を実施するための形態】
【0032】
詳細な説明
安定化ペプチド
本開示は、内部（分子内）架橋（またはステープル）によって結合された少なくとも２つの修飾アミノ酸（ここで、この少なくとも２つのアミノ酸は、例えば、２、３または６アミノ酸離れている）を含む抗細菌性ペプチド（ＡＭＰ）に関連している、構造的に安定され、微生物選択性であるペプチド（時折、ＡＭＰの安定化αヘリックス、または安定化ＡＭＰもしくはＳＴＡＭＰという）を提供する。本書における安定化ペプチドは、ステープル化ペプチド（例えば、１個、２個、３個、４個、５個またはそれ以上のステープルを有するペプチドを包含する）および／またはステッチ化ペプチド（stitched peptide）を包含する。
安定化ペプチド
本開示は、内部（分子内）架橋（またはステープル）によって結合された少なくとも２つの修飾アミノ酸（ここで、この少なくとも２つのアミノ酸は、例えば、２、３または６アミノ酸離れている）を含む抗細菌性ペプチド（ＡＭＰ）に関連している、構造的に安定され、微生物選択性であるペプチド（時折、ＡＭＰの安定化αヘリックス、または安定化ＡＭＰもしくはＳＴＡＭＰという）を提供する。本書における安定化ペプチドは、ステープル化ペプチド（例えば、１個、２個、３個、４個、５個またはそれ以上のステープルを有するペプチドを包含する）および／またはステッチ化ペプチド（stitched peptide）を包含する。
【0033】
本書における化合物は、円二色性またはＮＭＲによって測定されるように本発明の化合物によるαヘリックス構造の維持によってヘリックス安定性を呈することができる。例えば、いくつかの態様において、当該化合物は、対応する非架橋ペプチドと比べて、円二色性によって決定されるように、αヘリックス度の少なくとも１.２５倍、１.５倍、１.７５倍または２倍の増加を呈する。いくつかの態様において、該化合物は、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％または約１００％のヘリックス度を呈することができる。
【0034】
アミノ酸は、本書におけるペプチドの構成要素である。用語「アミノ酸」とは、アミノ基とカルボキシル基の両方、および側鎖を含有する分子をいう。本書に記載のペプチドへの包含に好適なアミノ酸としては、天然αアミノ酸、例えばペプチドに見られる２０個の一般的な天然に存在するαアミノ酸（例えば、Ａｌａ（Ａ）、Ａｒｇ（Ｒ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｎ（Ｑ）、Ｇｌｕ（Ｅ）、Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｈｉｓ（Ｈ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｌｙｓ（Ｋ）、Ｍｅｔ（Ｍ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｔｙｒ（Ｙ）およびＶａｌ（Ｖ））のＤ異性体およびＬ異性体、非天然αアミノ酸（α,α－二置換およびＮ－アルキル化アミノ酸が挙げられるがこれらに限定されない）、天然βアミノ酸（例えば、βアラニン）ならびに非天然βアミノ酸が挙げられるが、これらに限定されない。本発明のペプチドの構成に用いられるアミノ酸は、有機合成によって製造することができるか、または他の経路、例えば天然源からの分解または単離によって得ることができる。
【0035】
本発明のペプチドに含むことができる多くの既知の非天然アミノ酸が存在する。非天然アミノ酸のいくつかの例は、４－ヒドロキシプロリン、デスモシン、γアミノ酪酸、βシアノアラニン、ノルバリン、４－(Ｅ)－ブテニル－４(Ｒ)－メチル－Ｎ－メチル－Ｌ－トレオニン、Ｎ－メチル－Ｌ－ロイシン、１－アミノ－シクロプロパンカルボン酸、１－アミノ－２－フェニル－シクロプロパンカルボン酸、１－アミノ－シクロブタンカルボン酸、４－アミノ－シクロペンテンカルボン酸、３－アミノ－シクロヘキサンカルボン酸、４－ピペリジル酢酸、４－アミノ－l－メチルピロール－２－カルボン酸、２,４－ジアミノ酪酸、２,３－ジアミノプロピオン酸、２,４－ジアミノ酪酸、２－アミノヘプタン二酸、４－(アミノメチル)安息香酸、４－アミノ安息香酸、オルト置換、メタ置換および／またはパラ置換フェニルアラニン（例えば、－Ｃ(＝Ｏ)Ｃ6Ｈ5；－ＣＦ3；－ＣＮ；－ハロ；－ＮＯ2；ＣＨ3で置換されたもの）、二置換フェニルアラニン、置換チロシン（例えば、さらに、－Ｃ(＝Ｏ)Ｃ6Ｈ5；－ＣＦ3；－ＣＮ；－ハロ；－ＮＯ2；ＣＨ3で置換されたもの）、およびスタチンである。加えて、アミノ酸は、いくつか挙げるとヒドロキシル化、ホスホリル化、スルホン化、アシル化、およびグリコシル化されているアミノ酸残基を含むように誘導体化され得る。
【0036】
「ペプチド」または「ポリペプチド」は、ペプチド（アミド）結合によって一緒に連結しているアミノ酸残基のポリマーを含む。これらの用語は、本書で用いる場合、あらゆるサイズ、構造または機能のタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドをいう。典型的には、ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも３アミノ酸長である。ペプチドまたはポリペプチドは、個々のタンパク質またはタンパク質の集合体をいう。いくつかの場合、ペプチドは天然アミノ酸だけを含むことができるが、別法として、当該技術分野で知られているような非天然アミノ酸（すなわち、天然に存在しないが、ポリペプチド鎖に組み込むことができる化合物）および／またはアミノ酸アナログを用いることができる。また、ペプチドまたはポリペプチド中の１つ以上のアミノ酸は、例えば、糖基、ヒドロキシル基、リン酸基、ファルネシル基、イソファルネシル基、脂肪酸基、結合、官能化または他の修飾のためのリンカーなどのような化学物質（chemical entity）の付加によって、修飾され得る。ペプチドまたはポリペプチドは、また、単一分子であっても、タンパク質のような多分子複合体であってもよい。ペプチドまたはポリペプチドは、天然に存在するタンパク質またはペプチドの単なるフラグメントであってよい。ペプチドまたはポリペプチドは、天然に存在するものであっても、組換え体であっても、合成物であっても、それらを組み合わせたものであってもよい。「ジペプチド」とは、２つの共有結合したアミノ酸をいう。
【0037】
いくつかの態様において、本開示は、アミノ酸配列：
ＧＩＧＫＦＬＨＺ1ＡＫＫＦＺ2ＫＡＦＶＺ3ＥＩＭＮＳ（配列番号１）
［ここで、
Ｚ1はＳまたはＡであり、Ｚ2およびＺ3は、独立して、ＡまたはＧであり；
２、３または６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルに置き換えられているか；３つのアミノ酸の側鎖が内部ステッチに置き換えられているか；４つのアミノ酸の側鎖が２つの内部ステープルに置き換えられているか、または５つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせに置き換えられている］
を含む内部架橋（ＩＣＬ）ペプチドを提供する。
ＧＩＧＫＦＬＨＺ1ＡＫＫＦＺ2ＫＡＦＶＺ3ＥＩＭＮＳ（配列番号１）
［ここで、
Ｚ1はＳまたはＡであり、Ｚ2およびＺ3は、独立して、ＡまたはＧであり；
２、３または６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルに置き換えられているか；３つのアミノ酸の側鎖が内部ステッチに置き換えられているか；４つのアミノ酸の側鎖が２つの内部ステープルに置き換えられているか、または５つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせに置き換えられている］
を含む内部架橋（ＩＣＬ）ペプチドを提供する。
【0038】
いくつかの態様において、本開示は、アミノ酸配列：
ＧＩＧＫＦＬＫＫＡＫＫＦＧＫＡＦＶＫＩＬＫＫ（配列番号２)
［ここで、
２、３または６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルに置き換えられているか；３つのアミノ酸の側鎖が内部ステッチに置き換えられているか；４つのアミノ酸の側鎖が２つの内部ステープルに置き換えられているか、または５つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせに置き換えられている］
を含む内部架橋ポリペプチドを提供する。
ＧＩＧＫＦＬＫＫＡＫＫＦＧＫＡＦＶＫＩＬＫＫ（配列番号２)
［ここで、
２、３または６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルに置き換えられているか；３つのアミノ酸の側鎖が内部ステッチに置き換えられているか；４つのアミノ酸の側鎖が２つの内部ステープルに置き換えられているか、または５つのアミノ酸の側鎖が内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせに置き換えられている］
を含む内部架橋ポリペプチドを提供する。
【0039】
いくつかの場合、１以上（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ）のＶ、Ｆ、ＩまたはＬが非疎水性アミノ酸に置き換えられている。いくつかの場合、本開示の内部架橋ポリペプチドは、２、３または６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖を置き換えている内部ステープルを包含し、図１または図２に示されるものから選択される内部ステープルを含む。いくつかの場合、この３つのアミノ酸の側鎖を置き換えている内部ステープルおよび／または内部ステッチは、図１および図２から選択される内部ステッチを包含する。いくつかの場合、内部ステープルおよび／または内部ステッチは、少なくとも２つの内部ステープル（４つのアミノ酸の側鎖と置き換わる、すなわち、各ステープルは３アミノ酸離れている２つのアミノ酸の間にある）を含む。いくつかの場合、内部ステープルおよび／または内部ステッチは、少なくとも１つの内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせを含む。いくつかの場合、内部ステッチは、第１のアミノ酸ならびに第２のアミノ酸および第３のアミノ酸の側鎖を置き換え、それにより内部架橋を介して第１のアミノ酸（第２のアミノ酸と第３のアミノ酸の間にある）を第２のアミノ酸および第３のアミノ酸に架橋する（ここで、第１のアミノ酸と第２のアミノ酸は、２、３または６アミノ酸離れており、第１のアミノ酸と第３のアミノ酸は２、３または６アミノ酸離れており、第２のアミノ酸と第３のアミノ酸は個別のアミノ酸である。いくつかの態様において、この３つのアミノ酸の側鎖と置き換わる内部ステッチは、２、３または６アミノ酸離れている一対のアミノ酸を架橋する。いくつかの態様において、本開示の内部架橋ポリペプチドの４つのアミノ酸の側鎖は、２つの個別の内部ステープルに置き換えられる。いくつかの態様において、２つの個別の内部ステープルのうち１つ目は、２、３または６アミノ酸離れている第１の対のアミノ酸を架橋し、少なくとも２つの個別の内部ステープルのうち２つ目は、２、３または６アミノ酸離れている第２の対のアミノ酸を架橋する。
【0040】
いくつかの場合、ペプチドは、
マガイニン
ＧＩＧＫＦＬＨＳＡＫＫＦＧＫＡＦＶＧＥＩＭＮＳ（配列番号３）
ペキシガナン
ＧＩＧＫＦＬＫＫＡＫＫＦＧＫＡＦＶＫＩＬＫＫ（配列番号２)
から選択される配列の少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、またはそれ以上の連続するアミノ酸を包含する（例えば、該アミノ酸を含むか、本質的に該アミノ酸からなるか、または該アミノ酸からなる）ことができる。
マガイニン
ＧＩＧＫＦＬＨＳＡＫＫＦＧＫＡＦＶＧＥＩＭＮＳ（配列番号３）
ペキシガナン
ＧＩＧＫＦＬＫＫＡＫＫＦＧＫＡＦＶＫＩＬＫＫ（配列番号２)
から選択される配列の少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、またはそれ以上の連続するアミノ酸を包含する（例えば、該アミノ酸を含むか、本質的に該アミノ酸からなるか、または該アミノ酸からなる）ことができる。
【0041】
下記のさらなるペプチドは、内部架橋によって修飾されることができる。各々の場合、架橋変種の例が包含される（Ｘは、側鎖が内部ステープルに置き換えられてアミノ酸を示す）。配列のＣ末端にある「－ＮＨ2」は、Ｃ末端アミノ酸がアミド化されていることを示す。配列のＣ末端にある「－ＣＯＯＨ」は、Ｃ末端アミノ酸が修飾されていないことを示す。
リューロシジン（ヒラメ（Winter Flounder）の粘膜）
ＧＷＧＳＦＦＫＫＡＡＨＶＧＫＨＶＧＫＡＡＬＴＨＹＬ（配列番号４）
ＧＷＧＳＦＦＫＫＡＡＨＸＧＫＨＶＧＫＸＡＬＴＨＹＬ（配列番号１８）
パーダキシン（紅海のカレイ（Red Sea flatfish）の分泌物）
ＧＦＦＡＬＩＰＫＩＩＳＳＰＬＦＫＴＬＬＳＡＶＧＳＡＬＳＳＳＧＥＱＥ（配列番号５）
ＧＦＦＡＬＩＰＫＩＩＳＸＰＬＦＫＴＬＸＳＡＶＧＳＡＬＳＳＳＧＥＱＥ（配列番号１９）
ヌタウナギ（Hagfish）の腸管内抗微生物性ペプチド（ＨＦＩＡＰ）
ＧＦＦＫＫＡＷＲＫＶＫＨＡＧＲＲＶＬＫＫＧＶＧＲＨＹＶＮＮＷＬＫ（配列番号６）
Ｗ＝臭素化Ｔｒｐ残基
ＧＦＦＫＫＡＷＲＫＶＫＨＡＸＲＲＶＬＫＫＸＶＧＲＨＹＶＮＮＷＬＫ（配列番号２０）
ＰＧＱ（アフリカツメガエル（Xenopus laevis）の分泌物）
ＧＶＬＳＮＶＩＧＹＬＫＫＬＧＴＧＡＬＮＡＶＬＫＱ（配列番号７）
ＧＶＬＳＮＶＩＧＹＬＫＫＬＸＴＧＡＬＮＡＸＬＫＱ（配列番号２１）
ブフォリンＩＩ（アジアヒキガエル（Asian Toad）ブホ・ブホ・ガラグリザンス（Bufo bufo garagrizans）の胃分泌物）
ＴＲＳＳＲＡＧＬＱＦＰＶＧＲＶＨＲＬＬＲＫ（配列番号８）
ＴＲＳＳＲＡＧＬＱＦＰＸＧＲＶＨＲＬＸＲＫ（配列番号２２）
デルマセプチン（ネコメガエル（Phyllomedusa frogs）の皮膚分泌物）
ＡＬＷＫＴＭＬＫＫＬＧＴＭＡＬＨＡＧＫＡＡＬＧＡＡＡＤＴＩＳＱＧＴＱ－ＮＨ2（配列番号９）
ＡＬＷＫＴＭＬＫＫＬＧＴＭＸＬＨＡＧＫＡＸＬＧＡＡＡＤＴＩＳＱＧＴＱ－ＮＨ2（配列番号２３）
カエリン（アカメアメガエル（Tree Frog Litoria chloris）の皮膚腺）
ＧＬＦＫＶＬＧＳＶＡＫＨＬＬＰＨＶＶＰＶＩＡＥＫＬ－ＮＨ2（配列番号１０）
ＧＬＦＫＶＬＧＳＶＡＫＨＬＸＰＨＶＶＰＶＸＡＥＫＬ－ＮＨ2（配列番号２４）
メリチン
ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＩＳＷＩＫＲＫＲＱＱ－ＮＨ2（配列番号１１）
ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＸＰＡＬＩＳＷＸＫＲＫＲＱＱ－ＮＨ2（配列番号２５）
セクロピンＡ
ＫＷＫＬＦＫＫＩＥＫＶＧＱＮＩＲＤＧＩＩＫＡＧＰＡＶＡＶＶＧＱＡＴＱＩＡＫ－ＮＨ2（配列番号１２）
ＫＷＫＸＦＫＫＩＥＫＸＧＱＮＩＲＤＧＩＩＫＡＧＰＡＶＡＶＶＧＱＡＴＱＩＡＫ－ＮＨ2（配列番号２６）
リコトキシンＩ
ＫＩＫＷＦＫＴＭＫＳＩＡＫＦＩＡＫＥＱＭＫＫＨＬＧＧＥ－ＣＯＯＨ（配列番号１３）
ＫＩＫＷＦＫＴＸＫＳＩＡＫＦＸＡＫＥＱＭＫＫＨＬＧＧＥ－ＣＯＯＨ（配列番号２７）
スチエリン（Styelins）Ｂ
ＧＦＧＰＡＦＨＳＶＳＮＦＡＫＫＨＫＴＡ－ＮＨ2（配列番号１４）
ＧＦＧＰＸＦＨＳＶＳＮＸＡＫＫＨＫＴＡ－ＮＨ2（配列番号２８）
クラバニンＢ
ＶＦＱＦＬＧＲＩＩＨＨＶＧＮＦＶＨＧＦＳＨＶＦ－ＮＨ2（配列番号１５）
ＶＦＱＦＸＧＲＩＩＨＨＸＧＮＦＶＨＧＦＳＨＶＦ－ＮＨ2（配列番号２９）
カテリシジン（Cathelicidin）Ａ（以下の例は、ウシの胃由来のインドリシジン誘導体であるＣＰ－１１である）
ＩＬＫＫＷＰＷＷＰＷＲＲＫ－ＮＨ2（配列番号１６）
ＩＸＫＫＷＰＷＷＸＷＲＲＫ－ＮＨ2（配列番号３０）
ダームシジン
ＳＳＬＬＥＫＧＬＤＧＡＫＫＡＶＧＧＬＧＫＬＧＫＤＡＶＥＤＬＥＳＶＧＫＧＡＶＨＤＶＫＤＶＬＤＳＶＬ－ＣＯＯＨ（配列番号１７）
ＳＳＬＬＥＫＧＬＤＧＸＫＫＡＶＧＧＸＧＫＬＧＫＤＡＶＥＤＬＥＳＶＧＫＧＡＶＨＤＶＫＤＶＬＤＳＶＬ－ＣＯＯＨ（配列番号３１）
ここで、該ペプチドは、強化または安定化α二次構造を有する（例えば、該ペプチドは、少なくとも１つの内部架橋を包含する）。
リューロシジン（ヒラメ（Winter Flounder）の粘膜）
ＧＷＧＳＦＦＫＫＡＡＨＶＧＫＨＶＧＫＡＡＬＴＨＹＬ（配列番号４）
ＧＷＧＳＦＦＫＫＡＡＨＸＧＫＨＶＧＫＸＡＬＴＨＹＬ（配列番号１８）
パーダキシン（紅海のカレイ（Red Sea flatfish）の分泌物）
ＧＦＦＡＬＩＰＫＩＩＳＳＰＬＦＫＴＬＬＳＡＶＧＳＡＬＳＳＳＧＥＱＥ（配列番号５）
ＧＦＦＡＬＩＰＫＩＩＳＸＰＬＦＫＴＬＸＳＡＶＧＳＡＬＳＳＳＧＥＱＥ（配列番号１９）
ヌタウナギ（Hagfish）の腸管内抗微生物性ペプチド（ＨＦＩＡＰ）
ＧＦＦＫＫＡＷＲＫＶＫＨＡＧＲＲＶＬＫＫＧＶＧＲＨＹＶＮＮＷＬＫ（配列番号６）
Ｗ＝臭素化Ｔｒｐ残基
ＧＦＦＫＫＡＷＲＫＶＫＨＡＸＲＲＶＬＫＫＸＶＧＲＨＹＶＮＮＷＬＫ（配列番号２０）
ＰＧＱ（アフリカツメガエル（Xenopus laevis）の分泌物）
ＧＶＬＳＮＶＩＧＹＬＫＫＬＧＴＧＡＬＮＡＶＬＫＱ（配列番号７）
ＧＶＬＳＮＶＩＧＹＬＫＫＬＸＴＧＡＬＮＡＸＬＫＱ（配列番号２１）
ブフォリンＩＩ（アジアヒキガエル（Asian Toad）ブホ・ブホ・ガラグリザンス（Bufo bufo garagrizans）の胃分泌物）
ＴＲＳＳＲＡＧＬＱＦＰＶＧＲＶＨＲＬＬＲＫ（配列番号８）
ＴＲＳＳＲＡＧＬＱＦＰＸＧＲＶＨＲＬＸＲＫ（配列番号２２）
デルマセプチン（ネコメガエル（Phyllomedusa frogs）の皮膚分泌物）
ＡＬＷＫＴＭＬＫＫＬＧＴＭＡＬＨＡＧＫＡＡＬＧＡＡＡＤＴＩＳＱＧＴＱ－ＮＨ2（配列番号９）
ＡＬＷＫＴＭＬＫＫＬＧＴＭＸＬＨＡＧＫＡＸＬＧＡＡＡＤＴＩＳＱＧＴＱ－ＮＨ2（配列番号２３）
カエリン（アカメアメガエル（Tree Frog Litoria chloris）の皮膚腺）
ＧＬＦＫＶＬＧＳＶＡＫＨＬＬＰＨＶＶＰＶＩＡＥＫＬ－ＮＨ2（配列番号１０）
ＧＬＦＫＶＬＧＳＶＡＫＨＬＸＰＨＶＶＰＶＸＡＥＫＬ－ＮＨ2（配列番号２４）
メリチン
ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＬＰＡＬＩＳＷＩＫＲＫＲＱＱ－ＮＨ2（配列番号１１）
ＧＩＧＡＶＬＫＶＬＴＴＧＸＰＡＬＩＳＷＸＫＲＫＲＱＱ－ＮＨ2（配列番号２５）
セクロピンＡ
ＫＷＫＬＦＫＫＩＥＫＶＧＱＮＩＲＤＧＩＩＫＡＧＰＡＶＡＶＶＧＱＡＴＱＩＡＫ－ＮＨ2（配列番号１２）
ＫＷＫＸＦＫＫＩＥＫＸＧＱＮＩＲＤＧＩＩＫＡＧＰＡＶＡＶＶＧＱＡＴＱＩＡＫ－ＮＨ2（配列番号２６）
リコトキシンＩ
ＫＩＫＷＦＫＴＭＫＳＩＡＫＦＩＡＫＥＱＭＫＫＨＬＧＧＥ－ＣＯＯＨ（配列番号１３）
ＫＩＫＷＦＫＴＸＫＳＩＡＫＦＸＡＫＥＱＭＫＫＨＬＧＧＥ－ＣＯＯＨ（配列番号２７）
スチエリン（Styelins）Ｂ
ＧＦＧＰＡＦＨＳＶＳＮＦＡＫＫＨＫＴＡ－ＮＨ2（配列番号１４）
ＧＦＧＰＸＦＨＳＶＳＮＸＡＫＫＨＫＴＡ－ＮＨ2（配列番号２８）
クラバニンＢ
ＶＦＱＦＬＧＲＩＩＨＨＶＧＮＦＶＨＧＦＳＨＶＦ－ＮＨ2（配列番号１５）
ＶＦＱＦＸＧＲＩＩＨＨＸＧＮＦＶＨＧＦＳＨＶＦ－ＮＨ2（配列番号２９）
カテリシジン（Cathelicidin）Ａ（以下の例は、ウシの胃由来のインドリシジン誘導体であるＣＰ－１１である）
ＩＬＫＫＷＰＷＷＰＷＲＲＫ－ＮＨ2（配列番号１６）
ＩＸＫＫＷＰＷＷＸＷＲＲＫ－ＮＨ2（配列番号３０）
ダームシジン
ＳＳＬＬＥＫＧＬＤＧＡＫＫＡＶＧＧＬＧＫＬＧＫＤＡＶＥＤＬＥＳＶＧＫＧＡＶＨＤＶＫＤＶＬＤＳＶＬ－ＣＯＯＨ（配列番号１７）
ＳＳＬＬＥＫＧＬＤＧＸＫＫＡＶＧＧＸＧＫＬＧＫＤＡＶＥＤＬＥＳＶＧＫＧＡＶＨＤＶＫＤＶＬＤＳＶＬ－ＣＯＯＨ（配列番号３１）
ここで、該ペプチドは、強化または安定化α二次構造を有する（例えば、該ペプチドは、少なくとも１つの内部架橋を包含する）。
【0042】
以下の表１におけるさらなるペプチド（配列番号３２～８２（左欄の上から下へ、次いで、右欄の上から下へ、連続して番号が付けられた））は、特定のマガイニンステープル化アナログＭａｇ（ｉ＋４）１５、Ｍａｇ（ｉ＋４）０、およびＭａｇ（ｉ＋４）１８、ならびにマガイニン二重ステープル化アナログＭａｇ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）およびＭａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）である。記号「！」は２－アミノイソ酪酸を表し；記号「＆」はヒドロキシプロリンを表し；記号「Ｂ」はノルロイシンを表し；記号「ａ」はＤ－アラニンを表し；記号「ｋ」はＤ－リジンを表す。
【0043】
【表1】
【0044】
以下の表２におけるさらなるペプチド（配列番号８３～１３３（左欄の上から下へ、次いで、右欄の上から下へ、連続して番号が付けられた））は、特定のマガイニンｉ＋７ステープル化アナログである。記号「！」は２－アミノイソ酪酸を表し；記号「＆」はヒドロキシプロリンを表し；記号「Ｂ」はノルロイシンを表し；記号「ａ」はＤ－アラニンを表し；記号「ｋ」はＤ－リジンを表す。
【0045】
【表2】
【0046】
一例として、上記表１に示される二重ステープル化マガイニンアナログＭａｇ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）は、特に、グラム陰性細菌（例えば、エシェリキア・コリ（E. colｉ）、シュードモナス・エルギノーサ（P. aeruginosa）を包含する）に対して強力な活性を示し、しかも、そのＭＩＣよりも８倍高い濃度でさえほとんど溶血活性を有さない。
【0047】
いくつかの場合、該ペプチドは、αヘリックス二次構造を有するかまたは有するように誘導することができる。
【0048】
いくつかの場合、該ペプチドは、下記の配列と比べて、１つ、２つまたは３つの保存的置換および／または１つまたは２つの非保存的置換および／または１つまたは２つの挿入または欠失を含む修飾ペプチドである：
ＧＩＧＫＦＬＨＺ１ＡＫＫＦＺ２ＫＡＦＺ３ＥＩＭＮＳ（配列番号１）
ここで、Ｚ1はＳまたはＡであり；Ｚ2はＧまたはＡであり；Ｚ3はＧまたはＡであり；
ここで、該ペプチドは、強化または安定化αヘリックス二次構造を有し（例えば、ここで、該ペプチドは、少なくとも１つの内部架橋を含み）；ここで、該同一性のパーセントの計算は架橋アミノ酸を含み、架橋アミノ酸は非保存的置換であるとみなされる。いくつかの場合、内部架橋は、２または３アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖と置き換わる。いくつかの場合、内部架橋は、６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖と置き換わる。いくつかの場合、２つの内部架橋が存在し、各々が３アミノ酸離れている一対のアミノ酸の側鎖と置き換わり、各架橋が、得られる本質的なαヘリックスペプチドの本質的に同一の面上にある。
ＧＩＧＫＦＬＨＺ１ＡＫＫＦＺ２ＫＡＦＺ３ＥＩＭＮＳ（配列番号１）
ここで、Ｚ1はＳまたはＡであり；Ｚ2はＧまたはＡであり；Ｚ3はＧまたはＡであり；
ここで、該ペプチドは、強化または安定化αヘリックス二次構造を有し（例えば、ここで、該ペプチドは、少なくとも１つの内部架橋を含み）；ここで、該同一性のパーセントの計算は架橋アミノ酸を含み、架橋アミノ酸は非保存的置換であるとみなされる。いくつかの場合、内部架橋は、２または３アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖と置き換わる。いくつかの場合、内部架橋は、６アミノ酸離れている２つのアミノ酸の側鎖と置き換わる。いくつかの場合、２つの内部架橋が存在し、各々が３アミノ酸離れている一対のアミノ酸の側鎖と置き換わり、各架橋が、得られる本質的なαヘリックスペプチドの本質的に同一の面上にある。
【0049】
いくつかの場合、該ペプチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、または５つのアミノ酸置換含む（例えば、１個、２個、３個、４個、または５個のアミノ酸がＡと置き換えられているか、または１個、２個、３個、４個、または５個のアミノ酸が保存的に置換されている）修飾ペプチドである。
【0050】
いくつかの場合、安定化ペプチドは、配列番号１～１７のうちの１つに対して少なくとも８０％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９.５％、または１００％）同一性を有するか、または、１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、例えば、１～２、１～３、１～４、または１～５）の保存的アミノ酸置換を有する配列番号１～１７のうちの１つを含むことができる。いくつかの場合、アミノ酸の側鎖は、式Ｉによって置換されている。いくつかの場合、安定化ペプチドは、１つまたは２つのステープル（例えば、２または３（または６）アミノ酸離れている２つのアミノ酸の間の１つのステープル、またはそれぞれが２または３（または６）アミノ酸離れている２つのアミノ酸の間にある２つのステープル）を有する配列番号１～１７のうちの１つの配列を有する。加えて、この安定化ペプチドにおける該アミノ酸のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、または５つ（その側鎖はステープルに置き換えられていない）は、保存的置換に置き換えられることができるか、またはＡに置き換えられることができる。
【0051】
いくつかの場合、該ペプチドは、配列：
ＺＺＺＫＺＺＫＫＺＫＫＺＺＫＺＺＺＫＺＺＫＫ
［ここで、Ｚ＝天然に存在するペプチドの天然アミノ酸］
を提供するように置換される。
ＺＺＺＫＺＺＫＫＺＫＫＺＺＫＺＺＺＫＺＺＫＫ
［ここで、Ｚ＝天然に存在するペプチドの天然アミノ酸］
を提供するように置換される。
【0052】
いくつかの場合、「保存的アミノ酸置換」は、１つのアミノ酸残基が、類似の側鎖を有する別のアミノ酸残基に置き換えられる置換を含むことができる。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野において定義されている。これらのファミリーは、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を包含する。
【0053】
アミノ酸配列間の同一性のパーセントを決定する方法は当該技術分野において知られている。例えば、比較の最適化のために、該配列を整列させる（例えば、最適な整列のために、第１のアミノ酸または核酸配列および第２のアミノ酸または核酸配列のうちの片方または両方にギャップを導入し、比較のために非相同配列を無視することができる）。比較のために整列させた参照配列の長さは、該参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、および少なくとも７０％、８０％、９０％、または１００％であり得る。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列における位置が第２の配列における対応する位置と同一のアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められている場合、該分子は、その位置で同一である。２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントの決定は、例えばＢＬＡＳＴ ２.０プログラムを用いて、行うことができる。配列比較は、アンギャップ整列を用い、デフォルトパラメータ（Ｂｌｏｓｓｏｍ ６２マトリックス、ギャップ存在コスト１１、１残基あたりのギャップコスト１、およびλ比率０.８５）を用いて行われる。ＢＬＡＳＴプログラムで用いられる数学アルゴリズムは、例えば、Altschul et al., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997に記載されている。
【0054】
上記のとおり、本書におけるペプチドは、一緒に内部（分子内）架橋（またはステープル）を形成する少なくとも２つの修飾アミノ酸を含み、ここで、この少なくとも２つの修飾アミノ酸は、（Ａ）２アミノ酸（すなわち、ｉ,ｉ＋３、図１および図２において◇で示される）、（Ｂ）３アミノ酸（すなわち、ｉ,ｉ＋４、図１および図２において○で示される）、または（Ｃ）６アミノ酸（すなわち、ｉ,ｉ＋７、図１および図２において†で示される）離れている。
【0055】
ｉとｉ＋３との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ7アルキレンまたはアルケニレンであり得る。ｉとｉ＋４との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ8アルキレンまたはアルケニレンであり得る。ｉとｉ＋７との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ11、Ｃ12、またはＣ13アルキレンまたはアルケニレンであり得る。該架橋がアルケニレンである場合、１つ以上の二重結合が存在し得る。
【0056】
ｉとｉ＋３との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ6、Ｃ7、またはＣ8アルキレンまたはアルケニレン（例えば、１つの二重結合を有するＣ6アルケニレン）であり得る。ｉとｉ＋４との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ8アルキレンまたはアルケニレンであり得る。ｉとｉ＋７との間の架橋の場合、該架橋は、例えば、Ｃ11、Ｃ12、またはＣ13アルキレンまたはアルケニレン（例えば、１つの二重結合を有するＣ11アルケニレン）であり得る。該架橋がアルケニレンである場合、１つ以上の二重結合が存在し得る。該架橋は、－ＯＨおよび－ＮＨ3から選択される１～５個の置換基によって置換されていてもよい。
【0057】
「ペプチドステープリング」とは、架橋環を形成するために閉環メタセシス（ＲＣＭ）反応を用いて、ポリペプチド鎖中に存在する２つのオレフィン含有側鎖（例えば、架橋性側鎖）が共有結合される（例えば、「一緒にステープル化される」）合成方法に由来する造語である（例えば、Blackwell et al., J Org Chem., 66: 5291-5302, 2001；Angew et al., Chem Int Ed. 37:3281, 1994を参照）。本書で用いる場合、用語「ペプチドステープリング」は、単独で「ステープル化」されたポリペプチドを提供するためにあらゆる反応条件および／またはこのような反応を促進する触媒を用いて、ポリペプチド鎖中に存在し得る２つ（例えば、少なくとも一対の）の二重結合含有側鎖、三重結合含有側鎖、または二重結合含有および三重結合含有側鎖を結合することを包含する。用語「多重にステープル化」されたポリペプチドとは、２つ以上の個別のステープルを含有するこれらのポリペプチドをいい、種々のスペーシングおよび組成の２つ、３つまたはそれ以上の独立したステープルを含有し得る。加えて、本書で用いる場合、用語「ペプチドステッチング」とは、２つのステープルが例えば共通の残基に連結されている「ステッチ化」された（例えば、タンデムにまたは多重にステープル化された）ポリペプチドを提供するための単一のポリペプチド鎖における複数の直列の「ステープリング」事象をいう。ペプチドステッチングは、例えば、国際公開第２００８／１２１７６７号および国際公開第２０１０／０６８６８４号に記載されている（どちらも出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する）。いくつかの場合、本書で用いる場合、ステープルは、不飽和結合を保持することができるか、または還元され得る（例えば、下記のステッチングのパラグラフの記載に記載されるとおり）。
【0058】
多くのペプチドステープルは全炭化水素架橋を有するが、他のタイプの架橋またはステープルを用いることができる。例えば、トリアゾール含有（例えば、１,４－トリアゾールまたは１,５－トリアゾール）架橋を用いることができる（例えば、Kawamoto et al. 2012 J Med Chem. 55:1137；国際公開第２０１０／０６０１１２号を参照）。
【0059】
全炭化水素架橋を用いるペプチドのステープリングは、特に生理学的に関連する条件下で、天然の立体構造および／または二次構造を維持するのに役立つことが示されている（例えば、Schafmiester et al., J Am Chem Soc., 122:5891-5892, 2000；Walensky et al., Science, 305:1466-1470, 2004を参照）。
【0060】
αヘリックス二次構造を有する傾向にある全炭化水素架橋による本書におけるペプチドのステープリングは、安定性および種々の薬物動態学的特性を向上させることができる。
【0061】
本書における安定化ペプチドは、少なくとも２つの内部架橋またはステープル化アミノ酸を包含し、ここで、この少なくとも２つのアミノ酸は、例えば、２アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋３）、３アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋４）、または６アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋７）離れている。少なくとも２つのアミノ酸は内部架橋（例えば、ステープル）を支持する必要があるが、例えばさらなる内部架橋（例えば、ステープル）を支持するために、ペプチド中にさらなる対の内部架橋アミノ酸を含むことができる。例えば、ペプチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれ以上のステープルを含むことができる。ペプチドステープルの例、図面に例示されている。架橋ペプチド（例えば、ステープル化および／またはステッチ化ペプチド）は、本書において一般にＳＴＡＭＰペプチドと称される。
【0062】
別法としてまたは加えて、ペプチドは、例えば共通起源から生じる２つのステープルを生じる、３つの内部架橋またはステッチ化アミノ酸を含むことができる。ペプチドステッチは、少なくとも３つの内部架橋アミノ酸を含み、ここで、３つのアミノ酸の中央（本書においてコアまたは中央アミノ酸と称され、図１および図２において「ｉ」と示される）は、この２つの隣接修飾アミノ酸の各々と内部架橋（α炭素間で）を形成する。該コアアミノ酸のα炭素は、飽和されていても飽和されていなくてもよい、該ペプチドにおける他のアミノ酸のα炭素との内部架橋である側鎖を有する。該コアアミノ酸と架橋されたアミノ酸は、該コアアミノ酸からいずれかの方向に２、３または６アミノ酸離れていることができる（例えば、ｉ、ｉ－３、ｉ、ｉ－４、ｉ、ｉ－７（図１および図２に示される）、ｉ,ｉ＋３、ｉ,ｉ＋４、ｉ,ｉ＋７（図１および図２に示される）（ここで、「ｉ」はコアアミノ酸である）。該コアのいずれかの側のアミノ酸の数（例えば、コアアミノ酸と該コアに架橋したアミノ酸との間）は、同じであっても異なってもよい。
【0063】
いくつかの態様において、本書におけるペプチドは、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つ）のステープルおよび少なくとも１つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つ）のステッチの組み合わせを含むことができる。
【0064】
架橋ペプチド（例えば、ステープル化および／またはステッチ化ペプチド）は、本書において一般にＳＴＡＭＰペプチドと称される。ペプチドは、図１および図２に例示される１つ以上の位置に架橋アミノ酸を含むことができる。
【0065】
図１および図２において、架橋の位置は、記号および文字「ｉ」で示される。例えば、ｉ10（Ｃ1）は、ｉ＋３ステープルを介してＦ1またはＧ0（ｉ－３とも称される）に連結することができ、またはｉ＋４ステープルを介してＧ1またはＦ0（ｉ－４とも称される）に、またはｉ＋７ステープルを介してＣ2またはＣ0（ｉ－７とも称される）に連結することができる。もちろん、ｉ10（Ｃ1）は、例えばＦ1（ｉ＋３）およびＣ0（ｉ－７）にステッチ化され得る。
【0066】
修飾（例えば、内部架橋を支持するため）のためのアミノ酸の選択は、また、ステープルスキャニングによって促進され得る。用語「ステープルスキャン」および「ステープルウォーク」は、ステープル化ペプチドのライブラリーの合成と同じ意味を表し、これにより、ｉとｉ＋３；ｉとｉ＋４；およびｉとｉ＋７の単一および複数のステープルまたはステッチの位置は、ステープル化またはステッチ化構築物について所望の、有効な、好適な、または最適な特性および活性を同定するために全ての可能な位置をサンプリングしてペプチド配列の長さに沿って連続して配置される。ステープルスキャニング方法の例は図面に例示される。
【0067】
好適なテザー（tether）は、本書、ならびに例えば米国特許出願公開第２００５／０２５０６８０号、ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０５８５７５、国際公開第２００９／１０８２６１号および国際公開第２０１０／１４８３３５号に記載されている。
【0068】
本書に記載のペプチドにおける使用に適切なアミノ酸側鎖は当該技術分野において知られている。例えば、好適なアミノ酸側鎖としては、メチル（アラニンのαアミノ酸側鎖がメチルである場合）、４－ヒドロキシフェニルメチル（チロシンのαアミノ酸側鎖が４－ヒドロキシフェニルメチルである場合）およびチオメチル（システインのαアミノ酸側鎖がチオメチルである場合）などが挙げられる。「末端不飽和アミノ酸側鎖（terminally unsaturated amino acid side chain）」とは、ポリペプチド鎖における他の末端不飽和部分（terminal unsaturated moiety）との架橋反応に関与する末端不飽和部分、例えば置換もしくは非置換の二重結合（例えば、オレフィン系）または三重結合（例えば、アセチレン系）を有するアミノ酸側鎖をいう。特定の態様において、「末端不飽和アミノ酸側鎖」は、末端オレフィン系アミノ酸側鎖（terminal olefinic amino acid side chain）である。特定の態様において、「末端不飽和アミノ酸側鎖」は、末端アセチレン系アミノ酸側鎖（terminal acetylenic amino acid side chain）である。特定の態様において、「末端不飽和アミノ酸側鎖」の末端部分は、それ以上置換されていない。
【0069】
上記のとおり、内部テザーまたは架橋は、１ヘリカルターンの長さにわたって（すなわち、約３.４アミノ酸（すなわち、ｉ,ｉ＋３、またはｉ,ｉ＋４））または２ヘリカルターンの長さにわたって（すなわち、約７アミノ酸（すなわち、ｉ,ｉ＋７））伸びることができる。したがって、ｉとｉ＋３；ｉとｉ＋４；またはｉとｉ＋７に位置するアミノ酸は、化学修飾および架橋の理想的な候補である（図１および図２を参照）。かくして、例えば、ペプチドが配列...Ｘａａ1、Ｘａａ2、Ｘａａ3、Ｘａａ4、Ｘａａ5、Ｘａａ6、Ｘａａ7、Ｘａａ8、Ｘａａ9...（ここで、「...」は、さらなるアミノ酸の任意の存在を示す）を有する場合、Ｘａａ1とＸａａ4との間、またはＸａａ1とＸａａ5との間、またはＸａａ1とＸａａ8との間の架橋は、Ｘａａ2とＸａａ5との間、またはＸａａ2とＸａａ6との間、またはＸａａ2とＸａａ9との間などの架橋と同様に有用である。
【0070】
ポリペプチドは、さらに配列を安定化するため、または、より長いポリペプチドストレッチの安定化を促進するために、ポリペプチド配列内に２つ以上の架橋を含むことができる。該ポリペプチドが１つの部分で容易に合成するには長すぎる場合、別々に合成した架橋ペプチドをネイティブ化学ライゲーション（native chemical ligation）と称される技術によって結合することができる（例えば、Bang, et al., J. Am. Chem. Soc. 126:1377を参照）。別法として、大きいペプチドは、フゼオンの工業的合成におけるように、収束的手法を用いてルーチン的に合成され、これにより、完全に保護された断片は、特異的かつ連続的に反応し、最後に脱保護した後に、所望の全長生成物を形成する。
【0071】
化合物
いくつかの態様において、安定化ペプチドは、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個または３０個のアミノ酸を有することができる。
いくつかの態様において、安定化ペプチドは、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個または３０個のアミノ酸を有することができる。
【0072】
本発明は、式（Ｉ）：
［式中、
各Ｒ1およびＲ2は、独立して、Ｈ、またはＣ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり；
各Ｒ3は、１～６個のＲ4で置換されている、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7、またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4は、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ3は置換されていてもよく；
ここで、各Ｒ3は、対応する親（すなわち、非修飾）非内部架橋ＡＭＰと比べて、２、３または６アミノ酸離れている（すなわち、ｘ＝２、３または６）少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖にとって代わる］
で示される修飾ポリペプチドまたはその薬学的に許容される塩を特徴とする。
【化2】
各Ｒ1およびＲ2は、独立して、Ｈ、またはＣ1～Ｃ10アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルもしくはヘテロシクリルアルキルであり；
各Ｒ3は、１～６個のＲ4で置換されている、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン（例えば、Ｃ6、Ｃ7、またはＣ11アルケニレン）であり；
各Ｒ4は、独立して、－ＮＨ3または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ3は置換されていてもよく；
ここで、各Ｒ3は、対応する親（すなわち、非修飾）非内部架橋ＡＭＰと比べて、２、３または６アミノ酸離れている（すなわち、ｘ＝２、３または６）少なくとも一対（例えば、一対または二対）のアミノ酸の側鎖にとって代わる］
で示される修飾ポリペプチドまたはその薬学的に許容される塩を特徴とする。
【0073】
上記および本書の他の記載箇所で用いる場合、「対応する親（すなわち、非修飾）非内部架橋ＡＭＰ」は、野生型ＡＭＰ、または本書に記載の内部架橋を含まないことを除けば本書に記載の野生型ＡＭＰの変種のいずれかであり得る。
【0074】
式Ｉの場合、記載された態様のなかに以下の態様がある。
【0075】
ｘ＝２（すなわち、ｉ＋３リンケージ）の場合、Ｒ3は、例えば、Ｃ7アルキレン、アルケニレンであり得る。それがアルケニレンである場合、１つ以上の二重結合が存在し得る。ｘ＝６（すなわち、ｉ＋４リンケージ）の場合、Ｒ3は、例えば、Ｃ11、Ｃ12またはＣ13アルキレンまたはアルケニレンであり得る。それがアルケニレンである場合、１つ以上の二重結合が存在し得る。ｘ＝３（すなわち、ｉ＋４リンケージ）の場合、Ｒ3は、例えば、Ｃ8アルキレン、アルケニレンであり得る。それがアルケニレンである場合、１つ以上の二重結合が存在し得る。
【0076】
特定の場合、２つのα,α二置換立体中心（α炭素）は、ともにＲ配置またはＳ配置であるか（例えば、ｉ,ｉ＋４架橋）、または１つの立体中心がＲであり、残りの立体中心がＳである（例えば、ｉ,ｉ＋７架橋）。かくして、式Ｉが
として示される場合、例えばｘが３である場合、Ｃ'およびＣ''二置換立体中心は、ともにＲ配置であり得るか、またはそれらはともにＳ配置であり得る。ｘが６である場合、Ｃ'二置換立体中心がＲ配置であり、Ｃ''二置換立体中心がＳ配置であるか、または、Ｃ'二置換立体中心がＳ配置であり、Ｃ''二置換立体中心がＲ配置である。Ｒ3二重結合（上記定義に基づいて、Ｒ3はアルカン部分、アルケン部分またはアルキン部分を含有する；一般にそれはアルケンである）は、ＥまたはＺ立体化学配置であり得る。類似の配置は、すぐ上に示した式におけるＣ'およびＣ''に対応する式ＩＩにおける炭素についても可能である。
【化3】
【0077】
いくつかの場合、ポリペプチドは、架橋に置き換えられる該アミノ酸側鎖に加えて配列番号１～１７のいずれかにおける１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個または１２個のアミノ酸交換（例えば、保存的アミノ酸交換）を有するアミノ酸配列を包含する。
【0078】
いくつかの態様において、化合物は、式（ＩＩ)：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキルであるか（これらのいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、大環状分子（macrocycle）形成リンカーであり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2の結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である］
を有する。
【化4】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
【化5】
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキルであるか（これらのいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、大環状分子（macrocycle）形成リンカーであり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2の結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である］
を有する。
【0079】
いくつかの態様において、各ｖおよびｗは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である。いくつかの態様において、各ｗは、独立して、３～１０００、例えば、３～５００、３～２００、３～１００、３～５０、３～３０、３～２０、または３～１０の整数である。いくつかの態様において、ｗは、３～１０、例えば、３～６、３～８、６～８、または６～１０の整数である。いくつかの態様において、ｗは、３である。他の態様において、ｗは６である。いくつかの態様において、各ｖは、独立して、１～１０００、例えば、１～５００、１～２００、１～１００、１～５０、１～３０、１～２０、または１～１０の整数である。いくつかの態様において、ｖは２である。
【0080】
一例において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方は、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。別の例において、Ｒ1およびＲ2はともに、独立して、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。いくつかの態様において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方はメチルである。他の態様において、Ｒ1およびＲ2はメチルである。
【0081】
いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも２または少なくとも３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は３または６である。いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は６である。
【0082】
大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの各出現は独立して選択される。例えば、式[Ａ]xによって表される配列は、ｘが３である場合、アミノ酸が同一ではない態様（例えば、Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ａｌａ）、およびアミノ酸が同一である態様（例えば、Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ）を包含する。これは、所定の範囲のｘ、ｙまたはｚの値について当てはまる。同様に、ｕが１よりも大きい場合、各化合物は、同一または異なる化合物を包含し得る。例えば、化合物は、異なるリンカー長または化学組成を含む化合物を含み得る。
【0083】
いくつかの態様において、該化合物は、ヘリックス内水素結合を可能にさせる、Ｒ8が－Ｈであるαヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα,α－二置換アミノ酸である。一例において、Ｂは、α,α－二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２－アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは
である。
【化6】
【0084】
他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した大環状分子形成リンカーＬの長さは、第１のＣαと第２のＣαの間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるαヘリックスのような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。
【0085】
いくつかの態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、式（ＩＩａ）：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｌは、独立して、大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ'は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、または結合であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｌ''は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、または結合であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬ''の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ1およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ''ならびに、Ｒ2およびＬ''の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｒ3は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である］
を有する。
【化7】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
【化8】
－ 各Ｌは、独立して、大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ'は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、または結合であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｌ''は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンもしくはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、または結合であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬ''の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ1およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ''ならびに、Ｒ2およびＬ''の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｒ3は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である］
を有する。
【0086】
いくつかの態様において、Ｌは、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、Ｌ1およびＬ2は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）である。
【0087】
一例において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方は、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。別の例において、Ｒ1およびＲ2はともに、独立して、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。いくつかの態様において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方はメチルである。他の態様において、Ｒ1およびＲ2はメチルである。
【0088】
いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも２または少なくとも３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの各出現は独立して選択される。例えば、式[Ａ]xによって表される配列は、ｘが３である場合、アミノ酸が同一ではない態様（例えば、Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ａｌａ）、およびアミノ酸が同一である態様（例えば、Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ）を包含する。これは、所定の範囲のｘ、ｙまたはｚの値について当てはまる。同様に、ｕが１よりも大きい場合、各化合物は、同一または異なる部分を包含し得る。例えば、化合物は、異なるリンカー長または化学組成を含む部分を含み得る。
【0089】
いくつかの態様において、該化合物は、ヘリックス内水素結合を可能にさせる、Ｒ8が－Ｈであるヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα,α－二置換アミノ酸である。一例において、Ｂは、α,α－二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２－アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、
である。
【化9】
【0090】
他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した大環状分子形成リンカーＬの長さは、第１のＣαと第２のＣαの間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるヘリックスのような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。
【0091】
いくつかの態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、式（ＩＩｂ）：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、アミノ酸であり（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥは、大環状分子形成リンカーＬおよびＬ'によって連結された架橋アミノ酸と一緒になって目的ペプチドのアミノ酸配列を形成する）；
－ 各Ｂは、独立して、アミノ酸、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ Ｌは、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、または、Ｌならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｒ3は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ Ｌ'は、式－Ｌ1'－Ｌ2'－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ1'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ1'およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ2'およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｌ1'、Ｌ2'およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'、またはＲ2'への結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ7'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｘ'、ｙ'およびｚ'は、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｖ'およびｗ'は、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｎは、１、２、３、４または５である］
を有する。
【化10】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、アミノ酸であり（ここで、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥは、大環状分子形成リンカーＬおよびＬ'によって連結された架橋アミノ酸と一緒になって目的ペプチドのアミノ酸配列を形成する）；
－ 各Ｂは、独立して、アミノ酸、
【化11】
－ Ｌは、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、または、Ｌならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｒ3は、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ Ｌ'は、式－Ｌ1'－Ｌ2'－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ1'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ1'およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＬ'ならびに、Ｒ2'およびＬ'の両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ Ｌ1'、Ｌ2'およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1、Ｒ2、Ｒ1'、またはＲ2'への結合点である）；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ7'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8'は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｘ'、ｙ'およびｚ'は、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｖ'およびｗ'は、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｎは、１、２、３、４または５である］
を有する。
【0092】
いくつかの態様において、ｘ'＋ｙ'＋ｚ'の合計は、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり、例えば３または６であり、少なくとも２、または少なくとも３である。
【0093】
いくつかの態様において、該化合物は、式（ＩＩｃ）：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、式
で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、１、２、３、４または５である］
を有する。
【化12】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
【化13】
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬの両方が結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、式
【化14】
－ 各Ｌ1、Ｌ2およびＬ3は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、１、２、３、４または５である］
を有する。
【0094】
一例において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方は、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。別の例において、Ｒ1およびＲ2はともに、独立して、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。いくつかの態様において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方はメチルである。他の態様において、Ｒ1およびＲ2はメチルである。
【0095】
いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも２または少なくとも３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの各出現は独立して選択される。例えば、式[Ａ]ｘによって表される配列は、ｘが３である場合、アミノ酸が同一ではない態様（例えば、Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ａｌａ）、およびアミノ酸が同一である態様（例えば、Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ）を包含する。これは、所定の範囲のｘ、ｙまたはｚの値について当てはまる。
【0096】
いくつかの態様において、Ｅによって表される最初の２つのアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される最初の３つのアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される最初の４つのアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅに関するｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、および／またはｉ＋６であるアミノ酸の１つ以上または各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。
【0097】
いくつかの態様において、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸および／または第２のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸および／または第２のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖、例えば小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸、第２のＣ末端アミノ酸および／または第３のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸、第２のＣ末端アミノ酸および／または第３のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖、例えば小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅに関してｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、および／またはｉ＋６であるアミノ酸の１つ以上または各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。
【0098】
いくつかの態様において、各ｗは、独立して、１～１０００の整数である。例えば、Ｅによって表される第１のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、ｗは、２～１０００である。例えば、Ｅによって表される第２のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、ｗは、３～１０００である。例えば、Ｅによって表される第３のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅによって表される第３のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、ｗは、４～１０００である。いくつかの態様において、ｗは、５～１０００である。いくつかの態様において、ｗは、６～１０００である。いくつかの態様において、ｗは、７～１０００である。いくつかの態様において、ｗは、８～１０００である。
【0099】
いくつかの態様において、該化合物は、ヘリックス内水素結合を可能にさせる、Ｒ8が－Ｈであるヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα,α－二置換アミノ酸である。一例において、Ｂは、α,α－二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２－アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、
である。
【化15】
【0100】
他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した大環状分子形成リンカーＬの長さは、第１のＣαと第２のＣαの間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるヘリックスのような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。
【0101】
いくつかの態様において、Ｌは、式
で示される大環状分子形成リンカーである。
【化16】
【0102】
いくつかの態様において、Ｌは、式
で示される大環状分子形成リンカーまたはその互変異性体である。
【化17】
【0103】
大環状分子形成リンカーＬの典型的な態様は、以下に示される。
【0104】
【化18】
【化19】
【0105】
トリアゾール架橋基（crosslinker）の形成に用いられるアミノ酸は、下記の説明に従って表される。各アミノ酸のα位の立体化学は、他に特記しない限り、Ｓである。アジドアミノ酸については、示された炭素原子の数は、α炭素と末端のアジドとの間にあるメチレン単位の数をいう。アルキンアミノ酸については、示された炭素原子の数は、α位とトリアゾール部分との間にあるメチレン単位の数に、アルキンに由来するトリアゾール基内の２つの炭素原子を足した数である。
＄５ａ５ α－Ｍｅ アルキン １,５ トリアゾール（５炭素）
＄５ｎ３ α－Ｍｅ アジド １,５ トリアゾール（３炭素）
＄４ｒｎ６ α－Ｍｅ Ｒ－アジド １,４ トリアゾール（６炭素）
＄４ａ５ α－Ｍｅ アルキン １,４ トリアゾール（５炭素）
＄５ａ５ α－Ｍｅ アルキン １,５ トリアゾール（５炭素）
＄５ｎ３ α－Ｍｅ アジド １,５ トリアゾール（３炭素）
＄４ｒｎ６ α－Ｍｅ Ｒ－アジド １,４ トリアゾール（６炭素）
＄４ａ５ α－Ｍｅ アルキン １,４ トリアゾール（５炭素）
【0106】
大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ１ターンにまたがる場合、該リンケージは、およそ４個の原子～１２個の原子、およそ６個の原子から１０個の原子、またはおよそ８個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ２ターンにまたがる場合、該リンケージは、およそ７個の原子～１５個の原子、およそ９個の原子～１３個の原子、またはおよそ１１個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ３ターンにまたがる場合、該リンケージは、およそ１３個の原子～２１個の原子、およそ１５個の原子～１９個の原子、またはおよそ１７個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ４ターンにまたがる場合、該リンケージは、およそ１９個の原子～２７個の原子、およそ２１個の原子～２５個の原子、またはおよそ２３個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ５ターンにまたがる場合、該リンケージは、およそ２５個の原子～３３個の原子、およそ２７個の原子～３１個の原子、またはおよそ２９個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ１ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ１７個の構成員～２５個の構成員、およそ１９個の構成員～２３個の構成員、またはおよそ２１個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ２ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ２９個の構成員～３７個の構成員、およそ３１個の構成員～３５個の構成員、またはおよそ３３個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ３ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ４４個の構成員～５２個の構成員、およそ４６個の構成員～５０個の構成員、またはおよそ４８個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ４ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ５９個の構成員～６７個の構成員、およそ６１個の構成員～６５個の構成員、またはおよそ６３個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがαヘリックスのおよそ５ターンに及ぶ場合、得られた大環状分子は、およそ７４個の構成員～８２個の構成員、およそ７６個の構成員～８０個の構成員、またはおよそ７８個の構成員を含有する環を形成する。
【0107】
本書におけるいずれの態様においても、各ｖ、ｗ、ｖ'およびｗ'は、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９または５０であり得る。本書におけるいずれの態様においても、各ｖ、ｗ、ｖ'およびｗ'は、独立して、０～１０００、０～５００、０～４００、０～３００、０～２００、０～１００、０～５０、０～４０、０～３０、０～２５、０～２０、０～１５、０～１０、０～８、０～６、０～５、１～１０００、１～５００、１～４００、１～３００、１～２００、１～１００、１～５０、１～４０、１～３０、１～２５、１～２０、１～１５、１～１０、１～８、１～６、１～５、３～１０００、３～５００、３～４００、３～３００、３～２００、３～１００、３～５０、３～４０、３～３０、３～２５、３～２０、３～１５、３～１０、３～８、３～６、または３～５であり得る。
【0108】
ある態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、
［式中、各Ｒ1およびＲ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）である］
である。
【化20】
である。
【0109】
関連する態様において、該化合物は、
である式（ＩＩ）の構造を含む。
【化21】
【0110】
いくつかの態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、
［式中、各Ｒ1およびＲ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（非置換であるかまたはハロ－で置換された）である］
である。
【化22】
である。
【0111】
関連する態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、
［式中、各Ｒ1'およびＲ2'は、独立して、アミノ酸側鎖である］
である。
【化23】
である。
【0112】
他の態様において、式（ＩＩ）で示される化合物は、以下に示される式のいずれかによって示される化合物である：
式中、「ＡＡ」は、いずれかの天然または非天然アミノ酸側鎖を表し、
は、上記で定義した[Ｄ]vまたは[Ｅ]wであり、ｎは、０～２０、５０、１００、２００、３００、４００または５００の整数である。いくつかの態様において、前のパラグラフで示される置換基「ｎ」は０である。他の態様において、前のパラグラフで示される置換基「ｎ」は５０未満、４０、３０、２０、１０または５である。
【化24】
【化25】
【化26】
【化27】
【0113】
大環状分子形成リンカーＬの典型的な態様は、以下に示される。
【化28】
【0114】
他の態様において、式（ＩＩ）で示される化合物における[Ｄ]および／または[Ｅ]は、細胞取り込みを促進するためにさらに修飾される。いくつかの態様において、化合物の脂質付加またはＰＥＧ化は、細胞取り込みを促進し、バイオアベイラビリティを上昇させ、血液循環を増加させ、薬物動態を変化させ、免疫原性を低下させ、および／または、必要投与回数を減少させる。
【0115】
他の態様において、式（ＩＩ）で示される化合物における[Ｄ]および[Ｅ]の少なくとも１つは、化合物が少なくとも２つの大環状分子形成リンカーを含むようにさらなる大環状分子形成リンカーを含む部分を表す。特定の態様において、化合物は２つの大環状分子形成リンカーを含む。ある態様において、ｕは２である。
【0116】
いくつかの態様において、Ｌは、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、Ｌ1およびＬ2は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；各Ｒ4は、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；各ｎは、独立して、１、２、３、４または５である。
【0117】
本書に記載の式のいずれかの態様において、Ｌ1およびＬ2は、単独でまたは組み合わせて、トリアゾールまたはチオエーテルを形成する。
【0118】
本書に記載の式のいずれかの態様において、Ｌ1およびＬ2は、単独でまたは組み合わせて、トリアゾールまたはチオエーテルを形成しない。
【0119】
他の態様において、第１のα炭素から第２のα炭素まで測定した大環状分子形成リンカーＬの長さは、第１のα炭素と第２のα炭素の間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるヘリックスのような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。
【0120】
一例において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方は、非置換であるかまたはハロ－で置換されているアルキルである。別の例において、Ｒ1およびＲ2はともに、独立して、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。いくつかの態様において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方はメチルである。他の態様において、Ｒ1およびＲ2はメチルである。
【0121】
いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも２または少なくとも３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの各出現は独立して選択される。例えば、式[Ａ]ｘによって表される配列は、ｘが３である場合、アミノ酸が同一ではない態様（例えば、Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ａｌａ）、およびアミノ酸が同一である態様（例えば、Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ）を包含する。これは、所定の範囲のｘ、ｙまたはｚの値について当てはまる。同様に、ｕが１よりも大きい場合、各化合物は、同一または異なる化合物を包含し得る。例えば、化合物は、異なるリンカー長または化学組成を含む化合物を含み得る。
【0122】
いくつかの態様において、該化合物は、ヘリックス内水素結合を可能にさせる、Ｒ8が－Ｈであるヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つはα,α－二置換アミノ酸である。一例において、Ｂは、α,α－二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２－アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは
である。
【化29】
【0123】
いくつかの態様において、ｗは、１～１０００である。例えば、Ｅによって表される第１のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、ｗは、２～１０００である。例えば、Ｅによって表される第２のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、ｗは、３～１０００である。例えば、Ｅによって表される第３のアミノ酸は、小さい疎水性側鎖を含むことができる。例えば、Ｅによって表される第３のアミノ酸は小さい疎水性側鎖を含むことができる。いくつかの態様において、ｗは、４～１０００である。いくつかの態様において、ｗは５～１０００である。いくつかの態様において、ｗは６～１０００である。いくつかの態様において、ｗは７～１０００である。いくつかの態様において、ｗは８～１０００である。いくつかの態様において、ｗは、３～１０、例えば３～６、３～８、６～８、または６～１０の整数である。いくつかの態様において、ｗは３である。他の態様において、ｗは、６である。いくつかの態様において、ｖは、１～１０、例えば、２～５の整数である。いくつかの態様において、ｖは２である。いくつかの態様において、ｖは３である。
【0124】
いくつかの態様において、Ｅによって表される第１の２個のアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される第１の３個のアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される第１の４個のアミノ酸の各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。
【0125】
いくつかの態様において、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸および／または第２のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸および／または第２のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖、例えば小さい疎水性側鎖を含む。いくつかの態様において、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸、第２のＣ末端アミノ酸、および／または第３のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖を含む。例えば、Ｅによって表される第１のＣ末端アミノ酸、第２のＣ末端アミノ酸、および／または第３のＣ末端アミノ酸は、疎水性側鎖、例えば小さい疎水性側鎖を含む。
【0126】
いくつかの態様において、第１のＥに関してｉ＋１、ｉ＋２、ｉ＋３、ｉ＋４、ｉ＋５、および／またはｉ＋６であるアミノ酸の１つ以上または各々は、非荷電側鎖または負荷電側鎖を含む。いくつかの態様において、各Ｅは、独立して、Ａｌａ（アラニン）、Ｄ－Ａｌａ（Ｄ－アラニン）、Ａｉｂ（α－アミノイソ酪酸）、Ｓａｒ（Ｎ－メチルグリシン）およびＳｅｒ（セリン）からなる群から選択されるアミノ酸である。
【0127】
他の態様において、式Ｉ、Ｉａ、ＩｂまたはＩｃで示される化合物における[Ｄ]および／または[Ｅ]は、細胞取り込みを促進するためにさらに修飾される。いくつかの態様において、化合物の脂質付加またはＰＥＧ化は、細胞取り込みを促進し、バイオアベイラビリティを上昇させ、血液循環を増加させ、薬物動態を変化させ、免疫原性を低下させ、および／または、必要投与回数を減少させる。
【0128】
他の態様において、式Ｉ、Ｉａ、ＩｂまたはＩｃで示される化合物における[Ｄ]および[Ｅ]の少なくとも１つは、化合物が少なくとも２つの大環状分子形成リンカーを含むようにさらなる大環状分子形成リンカーを含む部分を表す。特定の態様において、化合物は２つの大環状分子形成リンカーを含む。ある態様において、ｕは２である。
【0129】
他の態様において、本発明は、式（ＩＩＩ）：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬが結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬが結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５である］
で示される化合物を提供する。
【化30】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
【化31】
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ1ならびに、Ｒ1およびＬが結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であるか、またはＲ2ならびに、Ｒ2およびＬが結合している原子と一緒になって環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2、Ｌ3、およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＤ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ8は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールもしくはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５である］
で示される化合物を提供する。
【0130】
いくつかの態様において、第１のα炭素から第２のα炭素まで測定した大環状分子形成リンカー[－Ｌ1－Ｓ－Ｌ2－Ｓ－Ｌ3－]の長さは、第１のα炭素と第２のα炭素の間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるヘリックス（３10ヘリックスまたはαヘリックスが挙げられるがこれらに限定されない）のような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。いくつかの態様において、チオール部分は、アミノ酸残基であるＬ－システイン、Ｄ－システイン、α－メチル－Ｌ－システイン、α－メチル－Ｄ－システイン、Ｌ－ホモシステイン、Ｄ－ホモシステイン、α－メチル－Ｌ－ホモシステイン、またはα－メチル－Ｄ－ホモシステインの側鎖である。ビスアルキル化試薬は、一般式Ｘ－Ｌ2－Ｙ（式中、Ｌ2はリンカー部分であり、ＸおよびＹは、Ｌ2と結合を形成するために－ＳＨ部分に置き換えられる脱離基である）で示されるものである。いくつかの態様において、ＸおよびＹはハロゲン、例えば、Ｉ、ＢｒまたはＣｌである。
【0131】
他の態様において、本発明は、式（ＩＶ）または（ＩＶａ）：
［式中、
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４、５である］
で示される化合物を提供する。
【化32】
－ 各Ａ、Ｃ、ＤおよびＥは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各Ｂは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、アミノ酸アナログ、
【化33】
－ 各Ｒ1は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ2は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルまたはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＥ残基との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒ3は、独立して、水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｌは、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3qであり（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒ1またはＲ2への結合点である）；
－ 各Ｒ7は、独立して、－Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリールまたはヘテロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各ｖおよびｗは、独立して、０～１０００、１～１０００、または３～１０００の整数であり；
－ 各ｘ、ｙおよびｚは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ ｕは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４、５である］
で示される化合物を提供する。
【0132】
一例において、Ｌ1およびＬ2は、単独でまたは組み合わせて、トリアゾールまたはチオエーテルを形成しない。
【0133】
一例において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方は、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。別の例において、Ｒ1およびＲ2はともに、独立して、非置換であるかまたはハロ－で置換されたアルキルである。いくつかの態様において、Ｒ1およびＲ2の少なくとも一方はメチルである。他の態様において、Ｒ1およびＲ2はメチルである。
【0134】
いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも１である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは少なくとも２である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０である。大環状分子または大環状分子前駆体におけるＡ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの各出現は独立して選択される。例えば、式[Ａ]ｘによって表される配列は、ｘが３である場合、アミノ酸が同一ではない態様（例えば、Ｇｌｎ－Ａｓｐ－Ａｌａ）、およびアミノ酸が同一である態様（例えば、Ｇｌｎ－Ｇｌｎ－Ｇｌｎ）を包含する。これは、所定の範囲のｘ、ｙまたはｚの値について当てはまる。
【0135】
いくつかの態様において、該化合物は、ヘリックス内水素結合を可能にさせる、Ｒ8が－Ｈであるαヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、α,α－二置換アミノ酸である。一例において、Ｂは、α,α－二置換アミノ酸である。例えば、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは、２－アミノイソ酪酸である。他の態様において、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤまたはＥの少なくとも１つは
である。
【化34】
【0136】
他の態様において、第１のＣαから第２のＣαまで測定した大環状分子形成リンカーＬの長さは、第１のＣαと第２のＣαの間のものを包含するが必ずしもこれに限定されるわけではない該化合物の残基によって形成されるαヘリックスのような所望の二次ペプチド構造を安定化させるように選択される。
【0137】
いくつかの態様において、当該化合物は、式（Ｖ）または式（Ｖａ）：
［式中、
－ 各Ａa、Ｃa、Ｄa、Ｅa、Ａb、ＣbおよびＤbは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各ＢaおよびＢbは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、
、[－ＮＨ－Ｌ4－ＣＯ－]、[－ＮＨ－Ｌ4－ＳＯ2－]、または[－ＮＨ－Ｌ4－]であり；
－ 各Ｒa1は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲa1は、ＤaまたはＥaアミノ酸のうち１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬaと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒa2は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲa2は、ＤaまたはＥaアミノ酸のうち１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬaと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒb1は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲb1は、Ｄbアミノ酸のうちの１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬbと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＨであり；
－ 各Ｌaは、独立して、大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲa1またはＲa2との環を形成してもよく；
－ 各Ｌbは、独立して、大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲb1との環を形成してもよく；
－ 各Ｌ'は、独立して、大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各Ｒa7は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＤaアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒb7は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＤbアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒa8は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＥaアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒb8は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；または１～１０００アミノ酸残基のアミノ酸配列であり；
－ 各ｖａおよびｖｂは、独立して、０～１０００の整数であり；
－ 各ｗａおよびｗｂは、独立して、０～１０００の整数であり；
－ 各ｕａおよびｕｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり、ここで、ｕａ＋ｕｂは少なくとも１であり；
－ 各ｘａおよびｘｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｙａおよびｙｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｚａおよびｚｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩である。
【化35】
－ 各Ａa、Ｃa、Ｄa、Ｅa、Ａb、ＣbおよびＤbは、独立して、天然または非天然アミノ酸であり；
－ 各ＢaおよびＢbは、独立して、天然もしくは非天然アミノ酸、
【化36】
－ 各Ｒa1は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲa1は、ＤaまたはＥaアミノ酸のうち１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬaと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒa2は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲa2は、ＤaまたはＥaアミノ酸のうち１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬaと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒb1は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアルキルもしくはヘテロシクロアルキル（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨであるか；またはＲb1は、Ｄbアミノ酸のうちの１つのアミノ酸のα位に連結する大環状分子形成リンカーＬ'を形成するか；またはＬbと一緒になって、非置換であるかまたは置換されている環を形成し；
－ 各Ｒ3は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）、またはＨであり；
－ 各Ｌaは、独立して、大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲa1またはＲa2との環を形成してもよく；
－ 各Ｌbは、独立して、大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲb1との環を形成してもよく；
－ 各Ｌ'は、独立して、大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋは、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各Ｒa7は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＤaアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒb7は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＤbアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒa8は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；またはＥaアミノ酸との環状構造の一部であり；
－ 各Ｒb8は、独立して、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキル、ヘテロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアリールもしくはヘテロシクロアリール（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）；またはＨ；または１～１０００アミノ酸残基のアミノ酸配列であり；
－ 各ｖａおよびｖｂは、独立して、０～１０００の整数であり；
－ 各ｗａおよびｗｂは、独立して、０～１０００の整数であり；
－ 各ｕａおよびｕｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり、ここで、ｕａ＋ｕｂは少なくとも１であり；
－ 各ｘａおよびｘｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｙａおよびｙｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｚａおよびｚｂは、独立して、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
－ 各ｎは、独立して、１、２、３、４または５である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩である。
【0138】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、
－ 各Ｌaが、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲa1またはＲa2との環を形成してもよく；
－ 各Ｌbが、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲb1との環を形成してもよく；
－ 各Ｌ'が、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1およびＬ2が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2、またはＲb1への結合点である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
－ 各Ｌaが、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲa1またはＲa2との環を形成してもよく；
－ 各Ｌbが、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり、非置換であるかまたは置換されているＲb1との環を形成してもよく；
－ 各Ｌ'が、独立して、式－Ｌ1－Ｌ2－で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1およびＬ2が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2、またはＲb1への結合点である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
【0139】
いくつかの態様において、当該化合物は、各ＬaおよびＬbが、独立して、トリアゾール含有大環状分子形成リンカーである、上記で定義した式を有する。いくつかの態様において、当該化合物は、
－ 各ＬaおよびＬbが、独立して、式：
で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ3が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各ｎが、独立して、１、２、３、４または５である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
－ 各ＬaおよびＬbが、独立して、式：
【化37】
－ 各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ3が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレン、または[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各ｎが、独立して、１、２、３、４または５である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
【0140】
いくつかの態様において、当該化合物は、
－ 各ＬaおよびＬbが、独立して、式－Ｌ1－ＳＲ9Ｒ10－Ｌ2－ＳＲ11Ｒ12－Ｌ3－（式中、各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ3は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；各Ｒ9、Ｒ10、Ｒ11、およびＲ12は、独立して、存在しないかまたはＯである）で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各ｎが、独立して、１、２、３、４または５である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
－ 各ＬaおよびＬbが、独立して、式－Ｌ1－ＳＲ9Ｒ10－Ｌ2－ＳＲ11Ｒ12－Ｌ3－（式中、各Ｌ1、Ｌ2、およびＬ3は、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、シクロアリーレン、ヘテロシクロアリーレンまたは[－Ｒ4－Ｋ－Ｒ4－]n（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；各Ｒ9、Ｒ10、Ｒ11、およびＲ12は、独立して、存在しないかまたはＯである）で示される大環状分子形成リンカーであり；
－ 各Ｒ4が、独立して、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アリーレンまたはヘテロアリーレン（これらはいずれも非置換であるかまたは置換されている）であり；
－ 各Ｋが、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ2、ＣＯ、ＣＯ2、ＯＣＯ2、ＮＲ3、ＣＯＮＲ3、ＯＣＯＮＲ3、ＯＳＯ2ＮＲ3、ＮＲ3q、ＣＯＮＲ3q、ＯＣＯＮＲ3q、またはＯＳＯ2ＮＲ3q（ここで、各Ｒ3qは、独立して、Ｒa1、Ｒa2またはＲb1への結合点である）であり；
－ 各ｎが、独立して、１、２、３、４または５である、
上記で定義した式で示される化合物またはその薬学的に許容される塩である。
【0141】
いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬbのうち１つまたは両方が、独立して、ビスチオエーテル含有大環状分子形成リンカーである、上記で定義した式を有する。いくつかの態様において、各ＬaおよびＬbは、独立して、式－Ｌ1－Ｓ－Ｌ2－Ｓ－Ｌ3－で示される大環状分子形成リンカーである。
【0142】
いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬbのうち１つまたは両方が、独立して、ビススルホン含有大環状分子形成リンカーである、上記で定義した式を有する。いくつかの態様において、各ＬaおよびＬbは、独立して、式－Ｌ1－ＳＯ2－Ｌ2－ＳＯ2－Ｌ3－で示される大環状分子形成リンカーである。
【0143】
いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬbのうち１つまたは両方が、独立して、ビススルホキシド含有大環状分子形成リンカーである、上記で定義した式を有する。いくつかの態様において、各ＬaおよびＬbは、独立して、式－Ｌ1－Ｓ(Ｏ)－Ｌ2－Ｓ(Ｏ)－Ｌ3－で示される大環状分子形成リンカーである。
【0144】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、１つ以上の二次構造を含む。いくつかの態様において、当該化合物は、αヘリックスである二次構造を含む。いくつかの態様において、当該化合物は、βヘアピンターンである二次構造を含む。
【0145】
いくつかの態様において、ｕaは０である。いくつかの態様において、ｕaは０であり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは０であり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。
【0146】
いくつかの態様において、ｕbは０である。いくつかの態様において、ｕbは０であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕbは０であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。
【0147】
いくつかの態様において、当該化合物は、αヘリックス二次構造だけを含む。
【0148】
他の態様において、当該化合物は、αヘリックス構造およびβヘアピン構造である二次構造の組み合わせを含む。いくつかの態様において、ＬaおよびＬbは、炭化水素含有大環状分子形成リンカー、トリアゾール含有大環状分子形成リンカー、または硫黄含有大環状分子形成リンカーの組み合わせである。いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬb（ここで、Ｌaは、βヘアピン構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである）を含む。いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬb（ここで、Ｌaは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである）を含む。いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬb（ここで、Ｌaは、αヘリックス構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである）を含む。いくつかの態様において、当該化合物は、ＬaおよびＬb（ここで、Ｌaは、βヘアピン構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである）を含む。
【0149】
いくつかの態様において、ｕa＋ｕbは少なくとも１である。いくつかの態様において、ｕa＋ｕb＝２である。
【0150】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１である。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、βヘアピン二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。
【0151】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、βヘアピン二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。
【0152】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、βヘアピン二次構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。
【0153】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造を架橋するトリアゾール含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、硫黄含有大環状分子形成リンカーである。
【0154】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、硫黄含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造とのトリアゾール含有大環状分子形成リンカーである。
【0155】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス二次構造との炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、硫黄含有大環状分子形成リンカーである。
【0156】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、硫黄含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス二次構造との炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。
【0157】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、硫黄含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、硫黄含有大環状分子形成リンカーである。
【0158】
いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、βヘアピン構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。いくつかの態様において、ｕaは１であり、ｕbは１であり、Ｌaは、βヘアピン構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーであり、Ｌbは、αヘリックス構造を架橋する炭化水素含有大環状分子形成リンカーである。
【0159】
いくつかの態様において、Ｒb1はＨである。
【0160】
いくつかの態様において、各ｖおよびｗは、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０である。いくつかの態様において、ｗは、３～１０００、例えば３～５００、３～２００、３～１００、３～５０、３～３０、３～２０、または３～１０の整数である。いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は３または６である。いくつかの態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は３である。他の態様において、ｘ＋ｙ＋ｚの合計は６である。
【0161】
他に特記しない限り、いずれの化合物（化合物、大環状分子前駆体、および他の組成物を包含する）も、１個以上の同位体濃縮原子の存在だけが異なる化合物を包含することを意味する。例えば、水素の重水素またはトリチウムとの置き換え、または炭素の13Ｃ濃縮または14Ｃ濃縮炭素との置き換えを除けば所望の構造を有する化合物は本開示の範囲内である。
【0162】
いくつかの態様において、本書に記載の化合物は、かかる化合物を構成する原子の１個以上において非天然の割合の原子同位体を含有することができる。例えば、該化合物は、放射性同位体、例えばトリチウム（3Ｈ）、ヨウ素－１２５（125Ｉ）または炭素－１４（14Ｃ）などで放射標識され得る。他の態様において、１個以上の炭素原子は、ケイ素原子に置き換えられる。本書に記載の化合物の全ての同位体変化は、放射性であってもなくても、本書において意図される。
【0163】
本書に記載の化合物は、化学的に、光学的に、異性体的に、エナンチオマー的に、またはジアステレオマー的に、少なくとも純度１％、少なくとも純度２％、少なくとも純度３％、少なくとも純度４％、少なくとも純度５％、少なくとも純度６％、少なくとも純度７％、少なくとも純度８％、少なくとも純度９％、少なくとも純度１０％、少なくとも純度１１％、少なくとも純度１２％、少なくとも純度１３％、少なくとも純度１４％、少なくとも純度１５％、少なくとも純度１６％、少なくとも純度１７％、少なくとも純度１８％、少なくとも純度１９％、少なくとも純度２０％、少なくとも純度２１％、少なくとも純度２２％、少なくとも純度２３％、少なくとも純度２４％、少なくとも純度２５％、少なくとも純度２６％、少なくとも純度２７％、少なくとも純度２８％、少なくとも純度２９％、少なくとも純度３０％、少なくとも純度３１％、少なくとも純度３２％、少なくとも純度３３％、少なくとも純度３４％、少なくとも純度３５％、少なくとも純度３６％、少なくとも純度３７％、少なくとも純度３８％、少なくとも純度３９％、少なくとも純度４０％、少なくとも純度４１％、少なくとも純度４２％、少なくとも純度４３％、少なくとも純度４４％、少なくとも純度４５％、少なくとも純度４６％、少なくとも純度４７％、少なくとも純度４８％、少なくとも純度４９％、少なくとも純度５０％、少なくとも純度５１％、少なくとも純度５２％、少なくとも純度５３％、少なくとも純度５４％、少なくとも純度５５％、少なくとも純度５６％、少なくとも純度５７％、少なくとも純度５８％、少なくとも純度５９％、少なくとも純度６０％、少なくとも純度６１％、少なくとも純度６２％、少なくとも純度６３％、少なくとも純度６４％、少なくとも純度６５％、少なくとも純度６６％、少なくとも純度６７％、少なくとも純度６８％、少なくとも純度６９％、少なくとも純度７０％、少なくとも純度７１％、少なくとも純度７２％、少なくとも純度７３％、少なくとも純度７４％、少なくとも純度７５％、少なくとも純度７６％、少なくとも純度７７％、少なくとも純度７８％、少なくとも純度７９％、少なくとも純度８０％、少なくとも純度８１％、少なくとも純度８２％、少なくとも純度８３％、少なくとも純度８４％、少なくとも純度８５％、少なくとも純度８６％、少なくとも純度８７％、少なくとも純度８８％、少なくとも純度８９％、少なくとも純度９０％、少なくとも純度９１％、少なくとも純度９２％、少なくとも純度９３％、少なくとも純度９４％、少なくとも純度９５％、少なくとも純度９６％、少なくとも純度９７％、少なくとも純度９８％、少なくとも純度９９％、少なくとも純度９９.１％、少なくとも純度９９.２％、少なくとも純度９９.３％、少なくとも純度９９.４％、少なくとも純度９９.５％、少なくとも純度９９.６％、少なくとも純度９９.７％、少なくとも純度９９.８％、または少なくとも純度９９.９％であり得る。純度は、例えば、ＨＰＬＣ、ＭＳ、ＬＣ／ＭＳ、融点、またはＮＭＲによって、評価することができる。
【0164】
２つ以上のペプチドは、ある程度の相同性を共有することができる。一対のペプチドは、例えば、約２０％までのペアワイズ相同性、約２５％までのペアワイズ相同性、約３０％までのペアワイズ相同性、約３５％までのペアワイズ相同性、約４０％までのペアワイズ相同性、約４５％までのペアワイズ相同性、約５０％までのペアワイズ相同性、約５５％までのペアワイズ相同性、約６０％までのペアワイズ相同性、約６５％までのペアワイズ相同性、約７０％までのペアワイズ相同性、約７５％までのペアワイズ相同性、約８０％までのペアワイズ相同性、約８５％までのペアワイズ相同性、約９０％までのペアワイズ相同性、約９５％までのペアワイズ相同性、約９６％までのペアワイズ相同性、約９７％までのペアワイズ相同性、約９８％までのペアワイズ相同性、約９９％までのペアワイズ相同性、約９９.５％までのペアワイズ相同性、または約９９.９％までのペアワイズ相同性を有することができる。一対のペプチドは、例えば、少なくとも約２０％のペアワイズ相同性、少なくとも約２５％のペアワイズ相同性、少なくとも約３０％のペアワイズ相同性、少なくとも約３５％のペアワイズ相同性、少なくとも約４０％のペアワイズ相同性、少なくとも約４５％のペアワイズ相同性、少なくとも約５０％のペアワイズ相同性、少なくとも約５５％のペアワイズ相同性、少なくとも約６０％のペアワイズ相同性、少なくとも約６５％のペアワイズ相同性、少なくとも約７０％のペアワイズ相同性、少なくとも約７５％のペアワイズ相同性、少なくとも約８０％のペアワイズ相同性、少なくとも約８５％のペアワイズ相同性、少なくとも約９０％のペアワイズ相同性、少なくとも約９５％のペアワイズ相同性、少なくとも約９６％のペアワイズ相同性、少なくとも約９７％のペアワイズ相同性、少なくとも約９８％のペアワイズ相同性、少なくとも約９９％のペアワイズ相同性、少なくとも約９９.５％のペアワイズ相同性、少なくとも約９９.９％のペアワイズ相同性を有することができる。
【0165】
２つ以上のペプチド間の相同性を決定するために、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｗ、ＭＡＦＦＴ、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａ、ＡｌｉｇｎＭｅ、Ｐｒａｌｉｎｅ、または他の好適な方法またはアルゴリズムなどの様々な方法およびソフトウエアプログラムを用いることができる。
【0166】
いくつかの態様において、当該化合物は、３10またはαヘリックスモチーフなどの少なくとも１つのヘリックスモチーフを含む。例えば、式Ｉ、ＩＩまたはＩＩＩで示される化合物におけるＡ、Ｂ、および／またはＣは、１つ以上のヘリックスを含む。一般的な事柄として、ヘリックスは、１ターンあたり３～４個のアミノ酸残基を含む。いくつかの態様において、該化合物のヘリックスは、１～５ターンを含み、したがって、３～２０個のアミノ酸残基を含む。特定の態様において、ヘリックスは、１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンを含む。いくつかの態様において、大環状分子形成リンカーは、化合物内に含まれるヘリックスモチーフを安定化する。かくして、いくつかの態様において、第１のα炭素から第２のα炭素までの大環状分子形成リンカーＬの長さは、ヘリックスの安定性を増大させるように選択される。いくつかの態様において、大環状分子形成リンカーは、ヘリックスの１ターン～５ターンにまたがる。いくつかの態様において、大環状分子形成リンカーは、ヘリックスのおよそ１ターン、２ターン、３ターン、４ターン、または５ターンにまたがる。いくつかの態様において、大環状分子形成リンカーの長さは、ヘリックスの１ターンあたりおよそ５Å～９Å、またはヘリックスの１ターンあたりおよそ６Å～８Åである。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ１ターンにまたがる場合、長さは、およそ５個の炭素－炭素結合～１３個の炭素－炭素結合、およそ７個の炭素－炭素結合～１１個の炭素－炭素結合、またはおよそ９個の炭素－炭素結合に等しい。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ２ターンにまたがる場合、長さは、およそ８個の炭素－炭素結合～１６個の炭素－炭素結合、およそ１０個の炭素－炭素結合～１４炭素－炭素結合、またはおよそ１２個の炭素－炭素結合に等しい。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ３ターンにまたがる場合、長さは、およそ１４個の炭素－炭素結合～２２個の炭素－炭素結合、およそ１６個の炭素－炭素結合～２０個の炭素－炭素結合、またはおよそ１８個の炭素－炭素結合に等しい。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ４ターンにまたがる場合、長さは、およそ２０個の炭素－炭素結合～２８個の炭素－炭素結合、およそ２２個の炭素－炭素結合～２６個の炭素－炭素結合、またはおよそ２４個の炭素－炭素結合に等しい。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ５ターンにまたがる場合、長さは、およそ２６個の炭素－炭素結合～３４個の炭素－炭素結合、およそ２８個の炭素－炭素結合～３２個の炭素－炭素結合、またはおよそ３０個の炭素－炭素結合に等しい。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ１ターンにまたがる場合、リンケージは、およそ４個の原子～１２個の原子、およそ６個の原子～１０個の原子、またはおよそ８個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ２ターンにまたがる場合、リンケージは、およそ７個の原子～１５個の原子、およそ９個の原子～１３個の原子、またはおよそ１１個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ３ターンにまたがる場合、リンケージは、およそ１３個の原子～２１個の原子、およそ１５個の原子～１９個の原子、またはおよそ１７個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ４ターンにまたがる場合、リンケージは、およそ１９個の原子～２７個の原子、およそ２１個の原子～２５個の原子、またはおよそ２３個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ５ターンにまたがる場合、リンケージは、およそ２５個の原子～３３個の原子、およそ２７個の原子～３１個の原子、またはおよそ２９個の原子を含有する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ１ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ１７個の構成員～２５個の構成員、およそ１９個の構成員～２３個の構成員、またはおよそ２１個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ２ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ２９個の構成員～３７個の構成員、およそ３１個の構成員～３５個の構成員、またはおよそ３３個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ３ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ４４個の構成員～５２個の構成員、およそ４６個の構成員～５０個の構成員、またはおよそ４８個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ４ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ５９個の構成員～６７個の構成員、およそ６１個の構成員～６５個の構成員、またはおよそ６３個の構成員を含有する環を形成する。大環状分子形成リンカーがヘリックスのおよそ５ターンにまたがる場合、得られた大環状分子は、およそ７４個の構成員～８２個の構成員、およそ７６個の構成員～８０個の構成員、またはおよそ７８個の構成員を含有する環を形成する。
【0167】
ペプチドは、１つ以上の不斉中心を含有することができ、かくして、ラセミ化合物およびラセミ混合物、単一のエナンチオマー、個々のジアステレオマーおよびジアステレオマー混合物、ならびに存在するオレフィンの幾何異性体（例えば、Ｚまたはcis、およびＥまたはtrans）として生じることができる。例えば、本書に記載のペプチドは、例えば、cis－異性体およびtrans－異性体、Ｒ－およびＳ－エナンチオマー、ジアステレオマー、(Ｄ)－異性体、(Ｌ)－異性体、そのラセミ混合物、ならびに他のその混合物を包含する特定の幾何異性体または立体異性体形態で存在することができる。エナンチオマーは、それらの対応するエナンチオマーを含まなくてもよく（例えば、実質的に含まなくてもよく）、および／または光学的に濃縮されていてもよい。本書で用いる場合、「光学的に濃縮されている」とは、化合物が有意に大きい割合の１つのエナンチオマーで構成されていることを意味する。特定の態様において、実質的に含まないとは、組成物が少なくとも約９０重量％の好ましいエナンチオマーを含有することを意味する。他の態様において、化合物は、少なくとも約９５重量％、９８重量％、または９９重量％の好ましいエナンチオマーから構成される。好ましいエナンチオマーは、例えばキラル高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）ならびにキラル塩の形成および結晶化が挙げられるがこれらに限定されない当該技術分野において知られている技術を用いて、ラセミ混合物から単離することができるか、または、不斉合成によって製造することができる（例えば、Jacques, et al, Enantiomers, Racemates and Resolutions (Wiley Interscience, New York, 1981)；Wilen, S. H., et al., Tetrahedron 33:2725 (1977)；Eliel, EX. Stereochemistry of Carbon Compounds (McGraw- Hill, NY, 1962)；Wilen, S.H. Tables of Resolving Agents and Optical Resolutions p. 268 (EX. Eliel, Ed., Univ. of Notre Dame Press, Notre Dame, IN 1972)を参照）。これらの化合物のかかる異性体形態は全て、本発明に明示的に包含される。
【0168】
ペプチドは、また、複数の互変異性体形態で表すこともでき、このような場合、本発明は、本書に記載の化合物の全ての互変異性体形態（例えば、複数の部位でのアルキル化が位置異性体を生じ得る場合、平衡状態の異性体（例えば、ケト－エノール））、位置異性体、および本書に記載の化合物の酸化生成物を自明的に包含する（本発明は、このような反応生成物を全て自明的に包含する）。このような化合物のかかる異性体形態は全て、全ての結晶形態と同様に包含される。
【0169】
用語「ハロ」とは、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素のラジカルをいう。用語「アルキル」とは、示された数の炭素原子を含有する直鎖であっても分岐鎖であってもよい炭化水素鎖をいう。例えば、Ｃ1～Ｃ10は、基が１～１０個（境界も含む）の炭素原子を有し得ることを示す。数字表示がない場合、「アルキル」は、１～２０個（境界も含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。用語「アルキレン」とは、二価のアルキル（すなわち、－Ｒ－）をいう。
【0170】
用語「アルケニル」とは、ＺまたはＥいずれかの幾何学的配置の炭素－炭素二重結合を１つ以上有する直鎖であっても分岐鎖あってもよい炭化水素鎖をいう。アルケニル部分は、所定の数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ2～Ｃ10は、基が２個～１０個（境界も含む）の炭素原子を有し得ることを示す。用語「低級アルケニル」とは、Ｃ2～Ｃ8アルケニル鎖をいう。数字表示がない場合、「アルケニル」は、２～２０個（境界も含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。
【0171】
用語「アルキニル」とは、炭素－炭素三重結合を１つ以上有する直鎖であっても分岐鎖であってもよい炭化水素鎖をいう。アルキニル部分は、示された数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ2～Ｃ10は、基が２～１０個（境界も含む）の炭素原子を有し得ることを示す。用語「低級アルキニル」とは、Ｃ2～Ｃ8アルキニル鎖をいう。数字表示がない場合、「アルキニル」は、２～２０個（境界も含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分岐鎖）である。
【0172】
用語「アリール」とは、各環の０個、１個、２個、３個、４個または５個の原子が置換基によって置換され得る、６炭素単環式または１０炭素二環式芳香族環系をいう。アリール基の例としては、フェニル、ナフチルなどが挙げられる。用語「アリールアルキル」または用語「アラルキル」とは、アリールで置換されたアルキルをいう。用語「アリールアルコキシ」とは、アリールで置換されたアルコキシをいう。
【0173】
本書で用いる場合、用語「シクロアルキル」は、３～１２個の炭素、好ましくは３～８個の炭素、より好ましくは３～６個の炭素を有する飽和または部分不飽和環状炭化水素基を包含し、ここで、該シクロアルキル基は、さらに、置換されていてもよい。好ましいシクロアルキル基としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘキサジエニル、シクロヘプチル、シクロヘプタジエニル、シクロヘプタトリエニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、シクロオクタジエニル、シクロオクタトリエニル、およびシクロオクチニルが挙げられるが、これらに限定されない。
【0174】
用語「ヘテロアリール」とは、単環式の場合には１～３個のヘテロ原子、二環式の場合には１個～６個のヘテロ原子、または三環式の場合には１～９個のヘテロ原子を有し（ここで、該ヘテロ原子は、Ｏ、ＮまたはＳから選択される）（例えば、単環式、二環式または三環式の場合にそれぞれ炭素原子および１～３個、１～６個、または１～９個のＮ、ＯまたはＳのヘテロ原子）、各環の０個、１個、２個、３個または４個の原子が置換基によって置換され得る、芳香族５～８員単環式環系、芳香族８～１２員二環式環系、または芳香族１１～１４員三環式環系をいう。ヘテロアリール基の例としては、ピロリル、ピリジル、フリルまたはフラニル、イミダゾリル、１,２,３－トリアゾリル、１,２,４－トリアゾリル、ベンゾイミダゾリル、ピリダジル、ピリミジル、チオフェニル、キノリニル、インドリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリルなどが挙げられる。用語「ヘテロアリールアルキル」または用語「ヘテロアラルキル」とは、ヘテロアリールで置換されたアルキルをいう。用語「ヘテロアリールアルコキシ」とは、ヘテロアリールで置換されたアルコキシをいう。
【0175】
用語「ヘテロシクリル」とは、単環式の場合には１～３個のヘテロ原子、二環式の場合には１～６個のヘテロ原子、または三環式の場合には１～９個のヘテロ原子を有し（ここで、該ヘテロ原子は、Ｏ、ＮまたはＳから選択される）（例えば、単環式、二環式または三環式の場合にそれぞれ炭素原子および１～３個、１～６個、または１～９個のＮ、ＯまたはＳのヘテロ原子）、各環の０個、１個、２個または３個の原子が置換基によって置換され得る、非芳香族５～８員単環式環系、非芳香族８～１２員二環式環系または非芳香族１１～１４員三環式環系をいう。ヘテロシクリル基の例としては、ピペラジニル、ピロリジニル、ジオキサニル、アジリジニル、オキシリル、チイリル（thiiryl）、モルホリニル、テトラヒドロフラニルなどが挙げられる。
【0176】
用語「置換基」とは、アルキル基、シクロアルキル基、アリール基、ヘテロシクリル基またはヘテロアリール基においてその基のいずれかの原子において「置換される」基をいう。好適な置換基としては、ハロ基、ヒドロキシ基、メルカプト基、オキソ基、ニトロ基、ハロアルキル基、アルキル基、アルカリール（alkaryl）基、アリール基、アラルキル基、アルコキシ基、チオアルコキシ基、アリールオキシ基、アミノ基、アルコキシカルボニル基、アミド基、カルボキシ基、アルカンスルホニル基、アルキルカルボニル基、アジド基およびシアノ基が挙げられるが、これらに限定されない。
【0177】
炭化水素テザーが記載されているが、他のテザーも想定される。例えば、テザーは、エーテル部分、チオエーテル部分、エステル部分、アミン部分またはアミド部分のうちの１つ以上を含むことができる。いくつかの場合、天然に存在するアミノ酸側鎖をテザーに組み込むことができる。例えば、テザーは、セリン中のヒドロキシル、システイン中のチオール、リジン中の第一アミン、アスパルテートまたはグルタメート中の酸、またはアスパラギンもしくはグルタミン中のアミドなどの官能基とカップリングすることができる。したがって、２つの天然に存在しないアミノ酸をカップリングすることによって製造されるテザーを用いるのではなく天然に存在するアミノ酸を用いてテザーを作成することが可能である。また、単一の天然に存在しないアミノ酸を天然に存在するアミノ酸と一緒に用いることも可能である。
【0178】
さらに、テザーの長さは変えることができることも想定される。例えば、二次αヘリックス構造に比較的高度な拘束を与えることが望ましい場合には、より短いテザーを用いることができるが、一方、二次αヘリックス構造にあまり拘束を与えないことが望ましい場合があり、したがって、より長いテザーが望ましい場合がある。
【0179】
加えて、主にαヘリックスの単一面上にあるテザーを提供するために、アミノ酸ｉからｉ＋３に、ｉからｉ＋４に；およびｉからｉ＋７にまたがるテザーの例が記載されているが、該テザーは、多数のアミノ酸のあらゆる組み合わせにもまたがるように合成することができる。
【0180】
いくつかの場合、α二置換アミノ酸は、ポリペプチドにおいて、αヘリックス二次構造の安定性を向上させるために使用される。しかしながら、α二置換アミノ酸は必要ではなく、モノα置換基を用いる場合（例えば、テザー化アミノ酸において）も想定される。
【0181】
ステープル化ポリペプチドは、薬物、トキシン、ポリエチレングリコールの誘導体；第２のポリペプチド；炭水化物などを含むことができる。ポリマーまたは他の薬剤がステープル化ポリペプチドに結合する場合、組成物が実質的に均一であることが望ましい場合がある。
【0182】
ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分の付加は、ポリペプチドの薬物動態学的および薬力学的特性を向上させることができる。例えば、ＰＥＧ化は、腎クリアランスを低下させ、より安定な血漿濃度をもたらすことができる。ＰＥＧは、水溶性ポリマーであり、ポリペプチドと連結するように、式：
ＸＯ－－(ＣＨ2ＣＨ2Ｏ)n－－ＣＨ2ＣＨ2－－Ｙ
［式中、ｎは２～１０,０００であり、ＸはＨまたは末端修飾、例えば、Ｃ1-4アルキルであり；Ｙは、ポリペプチドのアミン基（リジンのεアミン、またはＮ末端が挙げられるがこれらに限定されるものではない）への、アミドリンケージ、カルバメートリンケージまたは尿素リンケージである］
として表すことができる。Ｙは、チオール基（システインのチオール基が挙げられるが、これに限定されるものではない）へのマレイミドリンケージであってもよい。ＰＥＧをポリペプチドへ直接または間接的に連結するための他の方法は、当該技術分野の当業者に知られている。ＰＥＧは、直鎖であっても分岐鎖であってもよい。種々の官能性誘導体を包含する種々の形態のＰＥＧが市販されている。
ＸＯ－－(ＣＨ2ＣＨ2Ｏ)n－－ＣＨ2ＣＨ2－－Ｙ
［式中、ｎは２～１０,０００であり、ＸはＨまたは末端修飾、例えば、Ｃ1-4アルキルであり；Ｙは、ポリペプチドのアミン基（リジンのεアミン、またはＮ末端が挙げられるがこれらに限定されるものではない）への、アミドリンケージ、カルバメートリンケージまたは尿素リンケージである］
として表すことができる。Ｙは、チオール基（システインのチオール基が挙げられるが、これに限定されるものではない）へのマレイミドリンケージであってもよい。ＰＥＧをポリペプチドへ直接または間接的に連結するための他の方法は、当該技術分野の当業者に知られている。ＰＥＧは、直鎖であっても分岐鎖であってもよい。種々の官能性誘導体を包含する種々の形態のＰＥＧが市販されている。
【0183】
骨格に分解性リンケージを有するＰＥＧを使用することができる。例えば、ＰＥＧは、加水分解を受けるエステルリンケージを用いて製造することができる。分解性ＰＥＧリンケージを有するコンジュゲート体は、例えば、国際公開第９９／３４８３３号、国際公開第９９／１４２５９号および米国特許第６,３４８,５５８号に記載されている。
【0184】
特定の態様において、高分子ポリマー（例えば、ＰＥＧ）は、中間リンカーを介して本書に記載の薬剤に結合する。特定の態様において、該リンカーは、ペプチド結合によって連結される１～２０個のアミノ酸から構成され、ここで、該アミノ酸は、２０個の天然に存在するアミノ酸から選択される。これらのアミノ酸のいくつかは、当業者によって十分に理解されるように、グリコシル化され得る。他の態様において、この１～２０個のアミノ酸は、グリシン、アラニン、プロリン、アスパラギン、グルタミンおよびリジンから選択される。他の態様において、リンカーは、グリシンおよびアラニンのような立体障害のない大多数のアミノ酸から構成される。非ペプチドリンカーもまた可能である。例えば、－ＮＨ(ＣＨ2)nＣ(Ｏ)－（ここで、ｎ＝２～２０である）のようなアルキルリンカーを使用することができる。これらのアルキルリンカーは、さらに、低級アルキル（例えば、Ｃ1～Ｃ6）、低級アシル、ハロゲン（例えば、Ｃｌ、Ｂｒ）、ＣＮ、ＮＨ2、フェニルなどの立体障害のない基によって置換され得る。米国特許第５,４４６,０９０号には、二官能性ＰＥＧリンカー、およびＰＥＧリンカー末端の各々におけるペプチドを有するコンジュゲート体の形成におけるその使用が記載されている。
【0185】
本書に記載の化合物の合成方法は、当該技術分野において知られている。それにもかかわらず、以下に例示する方法を用いることができる。所望の化合物を得るために種々の工程を別のシーケンスまたは順序で行うことができることが理解される。本書に記載の所望の化合物の合成に有用な合成化学変換および保護基方法（保護および脱保護）は当該技術分野において知られており、例えば、R. Larock, Comprehensive Organic Transformations, VCH Publishers (1989)；T.W. Greene and P.G.M. Wuts, Protective Groups in Organic Synthesis, 3d. Ed., John Wiley and Sons (1999)；L. Fieser and M. Fieser, Fieser and Fieser's Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1994)；およびL. Paquette, ed., Encyclopedia of Reagents for Organic Synthesis, John Wiley and Sons (1995)、ならびにそれらの続版に記載されるようなものが挙げられる。
【0186】
本発明のペプチドは、当業者に周知の化学合成方法によって作成することができる。例えば、Fields et al., Chapter 3 in Synthetic Peptides: A User's Guide, ed. Grant, W. H. Freeman & Co., New York, N.Y., 1992, p. 77を参照。故に、ペプチドは、例えばＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ Ｍｏｄｅｌ ４３０Ａまたは４３１にて、側鎖保護アミノ酸を用いて、ｔ－ＢｏｃまたはＦｍｏｃ化学によって保護されたα－ＮＨ2を用いる固相合成法の自動Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ技術を用いて合成することができる。
【0187】
本書に記載のペプチドを作成する１つの方法は、固相ペプチド合成法（ＳＰＰＳ）を用いることである。Ｃ末端アミノ酸は、リンカー分子との酸不安定性結合を介して架橋ポリスチレン樹脂に結合する。この樹脂は、比較的簡単かつ迅速に過剰の試薬および副生成物を洗浄する、合成に使用される溶媒に不溶である。Ｎ末端は、酸において安定であるが塩基によって除去可能であるＦｍｏｃ基で保護される。側鎖官能基は、塩基安定で酸不安定な基によって保護される。
【0188】
長いペプチドは、ネイティブ・ケミカル・ライゲーションを用いて個々の合成ペプチドを結合することによって作成され得る。別法として、この長い合成ペプチドは、周知の組換えＤＮＡ技術によって合成することができる。かかる技術は、周知の標準マニュアルにて詳細なプロトコールとともに提供されている。本発明のペプチドをコードする遺伝子を構築するために、好ましくは該遺伝子が発現される生物に最適なコドンを用いて、該アミノ酸配列を逆翻訳して、アミノ酸配列をコードする核酸配列を得る。次に、必要に応じて、典型的にはペプチドおよびあらゆる調節エレメントをコードするオリゴヌクレオチドを合成することによって合成遺伝子を作成する。該合成遺伝子を好適なクローニングベクターに挿入し、宿主細胞内に導入する。次いで、該ペプチドを、選択した発現系および宿主にとって適切な好適な条件下で発現させる。標準的な方法によって該ペプチドの精製および特徴付けを行う。
【0189】
該ペプチドは、ハイスループットコンビナトリアル法で、例えばAdvanced Chemtechから入手可能なハイスループット多重チャネルコンビナトリアルシンセサイザーを用いて、作成することができる。
【0190】
ペプチド結合を、例えばペプチドの生理学的安定性を増大させるために、レトロインベルソ結合（Ｃ(Ｏ)－ＮＨ）；還元アミド結合（ＮＨ－ＣＨ2）；チオメチレン結合（Ｓ－ＣＨ2またはＣＨ2－Ｓ）；オキソメチレン結合（Ｏ－ＣＨ2またはＣＨ2－Ｏ）；エチレン結合（ＣＨ2－ＣＨ2）；チオアミド結合（Ｃ(Ｓ)－ＮＨ）；trans－オレフィン結合（ＣＨ＝ＣＨ）；フルオロ置換trans－オレフィン結合（ＣＦ＝ＣＨ）；ケトメチレン結合（Ｃ(Ｏ)－ＣＨＲ）またはＣＨＲ－Ｃ(Ｏ）（ここで、ＲはＨまたはＣＨ3である）；およびフルオロ－ケトメチレン結合（Ｃ(Ｏ)－ＣＦＲまたはＣＦＲ－Ｃ(Ｏ）（ここで、ＲはＨまたはＦまたはＣＨ3である）に置き換えることができる。
【0191】
さらに、アセチル化、アミド化、ビオチニル化、シンナモイル化、ファルネシル化、フルオレセイン化、ホルミル化、ミリストイル化、パルミトイル化、リン酸化（Ｓｅｒ、ＴｙｒまたはＴｈｒ）、ステアロイル化、スクシニル化およびスルフリル化によって、ポリペプチドを修飾することができる。上記したように、ペプチドを、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）；アルキル基（例えば、Ｃ1～Ｃ20直鎖または分岐鎖アルキル基）；脂肪酸ラジカル；およびそれらの組み合わせとコンジュゲートすることができる。
【0192】
さまざまな長さのオレフィン系側鎖を含有するα,α－ジ置換非天然アミノ酸は、公知の方法によって合成することができる（例えば、Williams et al. J. Am. Chem. Soc., 113:9276, 1991；Schafmeister et al., J. Am. Chem Soc., 122:5891, 2000；およびBird et al., Methods Enzymol., 446:369, 2008; Bird et al, Current Protocols in Chemical Biology, 2011を参照）。ペプチドについて、ｉとｉ＋７を連結するステープル（i linked to i+7 staple）を用いる場合（安定化されたヘリックスの２ターン）、ａ）１個のＳ5アミノ酸および１個のＲ8が使用されるか、またはｂ）１個のＳ8アミノ酸および１個のＲ5アミノ酸が使用される。Ｒ8は、出発キラル補助基がＲ－アルキル－立体異性体を与えることを除けば同一の経路を用いて合成される。また、５－ヨードペンテンに代えて８－ヨードオクテンを用いる。阻害剤は、ＭＢＨＡ樹脂において固相ペプチド合成法（ＳＰＰＳ）を用いて固体支持体上で合成される（例えば、国際公開第２０１０／１４８３３５号を参照）。
【0193】
Ｆｍｏｃ保護α－アミノ酸（オレフィン系アミノ酸Ｆｍｏｃ－Ｓ5－ＯＨ、Ｆｍｏｃ－Ｒ8－ＯＨ、Ｆｍｏｃ－Ｒ8－ＯＨ、Ｆｍｏｃ－Ｓ8－ＯＨおよびＦｍｏｃ－Ｒ5－ＯＨ以外）、２－(６－クロロ－１－Ｈ－ベンゾトリアゾール－１－イル)－１,１,３,３－テトラメチルアミニウム・ヘキサフルオロホスフェート（ＨＣＴＵ）、およびＲｉｎｋ Ａｍｉｄｅ ＭＢＨＡは、例えば、Novabiochem（San Diego, CA）から市販されている。ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ－メチル－２－ピロリジノン（ＮＭＰ）、Ｎ,Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＥＡ）、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、１,２－ジクロロエタン（ＤＣＥ）、フルオロセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、およびピペリジンは、例えば、Sigma-Aldrichから市販されている。オレフィン系アミノ酸合成は、当該技術分野において報告されている（例えば、Williams et al., Org. Synth., 80:31, 2003を参照）。
【0194】
本発明の化合物は、選択的生物学的特性（例えば、疎水性、および／または、疎水性パッチの位置／出現率（occurrence）を包含する）を増強するために適切な官能性を付加することによって修飾され得る。このような修飾は、当該技術分野で知られており、所定の生物学的コンパートメント（例えば、血液、リンパ系、中枢神経系）への生物学的浸透を増大させるもの、経口アベイラビリティを増大させるもの、注射による投与を可能にする溶解性を増大させるもの、代謝を改変するもの、および排泄率を改変するものを包含する。
【0195】
微生物の膜対哺乳動物の膜に対して選択的である安定化ＡＭＰ（すなわち、微生物を死滅させるかまたはその増殖を阻害することができるが、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力は比較的低いペプチド）は、１種以上の微生物に対して、例えば、同一の１種以上の微生物に対する対応する親（すなわち、非修飾）非内部架橋ペプチドのＭＩＣよりも約１.５倍以上低い、約２倍以上低い、約２.５倍以上低い、約３倍以上低い、約４倍以上低い、約５倍以上低い、約６倍以上低い、約７倍以上低い、約８倍以上低い、約９倍以上低い、約１０倍以上低い、約１５倍以上低い、または約２０倍以上低いＭＩＣを有し得る。微生物の膜対哺乳動物の膜に対して選択的である抗微生物性ペプチドは、例えば、約１μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌ、約３μｇ／ｍｌ、約４μｇ／ｍｌ、約５μｇ／ｍｌ、約６μｇ／ｍｌ、約７μｇ／ｍｌ、約８μｇ／ｍｌ、約９μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ、約１２μｇ／ｍｌ、約１４μｇ／ｍｌ、約１６μｇ／ｍｌ、約１８μｇ／ｍｌ、約２０μｇ／ｍｌ、約２２μｇ／ｍｌ、約２４μｇ／ｍｌ、約２６μｇ／ｍｌ、約２８μｇ／ｍｌ、または約３０μｇ／ｍｌのＭＩＣを有することができる。微生物の膜対哺乳動物の膜に対して選択的である抗微生物性ペプチドは、１種以上の微生物に対するＭＩＣの１倍、１.５倍、２倍、２.５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、または１０倍よりも高いかまたはほぼ等しい濃度で投与された場合、ＲＢＣ溶血活性アッセイにおいて、例えば、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約２.５％未満、約２％未満、または約１％未満の赤血球（ＲＢＣ）を溶解することができる。
【0196】
哺乳動物細胞の溶解特性を回避し、微生物選択性安定化（例えば、ステープル化）ＡＭＰを得るために、本書の安定化（例えば、ステープル化）ＡＭＰのいずれかは、第１の表面疎水性パッチを含有するαヘリックス領域を含むことができる。これらの安定化ＡＭＰにおいて、関連する対のアミノ酸を連結基（例えば、式（Ｉ）におけるＲ3）に置き換えると、その結果として、αヘリックス領域における第１の表面疎水性パッチと１個以上（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、８個、または１０個）のさらなる表面疎水性パッチとの間で中断が生じる。例えば、実施例１１を参照。式（Ｉ）を参照して、かかる安定化ＡＭＰは、例えば、安定化ＡＭＰのαヘリックス領域における確立した表面疎水性パッチの位置を決定すること、および全てのアミノ酸[Ｘａａ]ｘが確立した表面疎水性パッチ内に位置するように整数ｗおよびｙを選択することによって作成することができる。微生物選択性構造安定化ＡＭＰを得るための別法において、式（Ｉ）を再度参照して、安定化ＡＭＰのαヘリックス領域における２個以上（例えば、３個、４個、５個、６個、８個、または１０個）の確立した表面疎水性パッチの位置が決定され、整数ｗおよびｙは、アミノ酸[Ｘａａ]ｘが安定化ＡＭＰのαヘリックス領域における２個以上（例えば、３個、４個、５個、６個、８個、または１０個）の確立した表面疎水性パッチを連結しないように選択される。
【0197】
上記の選択的内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を作成する別の方法は、ＩＣＬ ＡＭＰが第１の表面疎水性パッチを含むαヘリックス領域を含むようにＩＣＬ ＡＭＰを合成することを含んでおり、関連する対のアミノ酸を連結基（例えば、式（Ｉ）におけるＲ3）に置き換えると、対応する親非内部架橋ＡＭＰと比べて、ＩＣＬ ＡＭＰ上の第１の疎水性パッチと１個以上（例えば、２個、３個、４個、５個、６個、８個、または１０個）のさらなる表面疎水性パッチとの間で中断が維持されるかまたは生じる。
【0198】
本書は、また、（ａ）ＩＣＬ ＡＭＰの１個以上のパネルを作成すること（各パネルは、複数のパネルメンバーＩＣＬ ＡＭＰを含有し、その各々において、（ａ）２、３または６アミノ酸離れている少なくとも１対のアミノ酸の側鎖が、当該対のアミノ酸のα炭素同士を連結する連結基Ｒ3（式（Ｉ）を参照）に置き換えられ；（ｂ）各パネルの各メンバーにおいて、当該対のアミノ酸は関連するパネルの他のメンバーと比べて異なる位置にある）；および（ｂ）（ｉ）関連するメンバーのαヘリックス領域における第１の表面疎水性パッチと該メンバーのαヘリックス領域上の１個以上のさらなる表面疎水性パッチとの間の中断の存在；および（ｉｉ）微生物（例えば、細菌などの本書に記載のもの）を死滅させるかまたはその増殖を阻害し、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力についての各パネルの各メンバーの能力について全てのパネルの各メンバーを試験することを含む、内部架橋（ＩＣＬ）抗微生物性ペプチド（ＡＭＰ）を設計する方法を含む。この方法は、また、微生物（例えば、細菌）を死滅させるかまたはその増殖を阻害する能力が比較的高く、哺乳動物（例えば、ヒト）の細胞を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力が比較的低い全パネルのうち１つまたは複数のメンバーを製造することを含むことができる。化学的または生物学的薬剤の、微生物性生物を死滅させるかおよび／またはその増殖を阻害し、ヒトの細胞（例えば、赤血球、白血球、または上皮細胞）を溶解するかまたはその増殖を阻害する能力を測定する方法は、当該技術分野において知られている（例えば、本書の実施例を参照）。
【0199】
ペプチドまたはタンパク質内の疎水性パッチは、ペプチドまたはタンパク質の構造の、例えば、コンピューターによる予測／シミュレーション（例えば、ＥｘＰＡＳｙ ＰｒｏｔＳｃａｌｅ、Ｓｃｏｏｂｙドメイン予測、ＰＳＩＰＲＥＤ、Ｋｙｔｅ Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅプロッティング、および／またはＳＰＬＩＴを用いる）および／または実験的決定（例えば、ＮＭＲ分光法、電子顕微鏡、ホモロジーモデリング、Ｘ線および／またはニュートロン小角散乱（ＳＡＸＳ／ＳＡＮＳ）、および／またはＸ線結晶解析を含む技術を用いる）を包含する、当該技術分野において一般的に知られている技術を用いて同定することができる。
【0200】
本発明の化合物の薬学的に許容される塩としては、薬学的に許容される無機酸および塩基ならびに有機酸および塩基から誘導されるものが挙げられる。好適な酸塩の例としては酢酸塩、アジピン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グリコール酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、乳酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、パルモ酸塩（palmoate）、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、トシル酸塩、トリフルオロメチルスルホン酸塩、およびウンデカン酸塩が挙げられる。適切な塩基から誘導される塩としては、アルカリ金属（例えば、ナトリウム）、アルカリ土類金属（例えば、マグネシウム）、アンモニウムおよびＮ－(アルキル)4
+塩が挙げられる。本発明は、また、本書に記載の化合物の塩基性窒素含有基の４級化を想定する。水溶性もしくは油溶性または水分散性もしくは油分散性生成物は、このような４級化によって得ることができる。
【0201】
本書に記載のペプチドを得る（例えば、合成する）、ステープリングする、および精製するのに好適な方法も当該技術分野において知られており（例えば、Bird et. al., Meth Enzymol., 446:369-386 (2008); Bird et al, Curr Protoc Chem Biol., 2011；Walensky et al., Science, 305:1466-1470 (2004)；Schafmeister et al., J Am Chem Soc., 122:5891-5892 (2000)；２０１０年３月１８日に出願された米国特許出願第１２／５２５,１２３号；および２０１０年５月２３日に発行された米国特許第７,７２３,４６８号（各々、出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する）を参照）、本書に記載されている（例えば、実施例１を参照）。
【0202】
いくつかの態様において、ペプチドは、非ステープル化ペプチド夾雑物を実質的に含まないか、または単離される。ペプチドの精製方法は、例えば、固相支持体上でペプチドを合成することを含む。環化後、固相支持体を単離し、ＤＭＳＯ、ＤＭＳＯ／ジクロロメタン混合物、またはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物などの溶媒の溶液に懸濁することができる。ＤＭＳＯ／ジクロロメタン混合物またはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物は、ＤＭＳＯを約３０％、４０％、５０％、または６０％含むことができる。特定の態様において、５０％／５０％のＤＭＳＯ／ＮＭＰ溶液が使用される。該溶液は、１、６、１２または２４時間インキュベートすることができ、その後、該樹脂を、例えばジクロロメタンまたはＮＭＰで、洗浄することができる。ある態様において、該樹脂はＮＭＰで洗浄される。振盪し、該溶液に不活性ガスを通気することができる。
【0203】
本発明の架橋ポリペプチドの特性は、例えば下記の方法を用いて、アッセイすることができる。
【0204】
αヘリックス度を決定するためのアッセイ： 化合物を水溶液（例えば、ｐＨ７の５ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留水、２５～５０μＭの濃度まで）に溶解する。分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ－７１０、Aviv）において標準的な測定パラメータ（例えば、温度、２０℃；波長、１９０～２６０ｎｍ；ステップ解像度（step resolution）、０.５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；帯域幅、１ｎｍ；光路長、０.１ｃｍ）を用いて円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルを得る。平均残基楕円率をモデルヘリックスデカペプチドについて報告されている値（Yang et al., Methods Enzymol. 130:208 (1986)）で割ることによって、各ペプチドのαヘリックス含有量を算出する。
【0205】
融解温度（Ｔｍ）を決定するためのアッセイ： 架橋または非修飾テンプレートペプチドを蒸留水または他の緩衝液もしくは溶媒に溶解し（例えば、５０μＭの最終濃度で）、分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ Ｊ－７１０、Aviv）において標準的なパラメータ（例えば、波長２２２ｎｍ；ステップ解像度、０.５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；帯域幅、１ｎｍ；温度上昇率：１℃／分；光路長、０.１ｃｍ）を用いて、ある温度範囲（例えば、４～９５℃）にわたって楕円率の変化を測定することによってＴｍを決定する。
【0206】
インビトロプロテアーゼ耐性アッセイ： ペプチド骨格のアミド結合は、プロテアーゼによる加水分解を受けやすく、それによって、ペプチド系化合物はインビボで急速に分解しやすくなる。しかしながら、ペプチドヘリックス形成は、典型的にはアミド骨格を埋没させ、および／またはひずませ、および／または保護し、したがって、タンパク質切断を予防するかまたは実質的に遅らせることができる。本発明の化合物をインビトロ酵素タンパク質分解（例えば、トリプシン、キモトリプシン、ペプシン）させて、対応する非架橋または別にステープル化されたポリペプチドと比べた分解速度の変化について評価することができる。例えば、該化合物および対応する非架橋ポリペプチドを、トリプシンアガロースと一緒にインキュベートし、該反応物を遠心分離によって様々な時点で反応をクエンチし、その後ＨＰＬＣ注入して２８０ｎｍでの紫外線吸収により残存基質を定量する。簡潔に述べると、該化合物およびペプチド模倣体前駆体（５ｍｃｇ）を、トリプシンアガロース（Pierce）（Ｓ／Ｅ約１２５）と一緒に０、１０、２０、９０、および１８０分間インキュベートする。高速での卓上遠心分離によって反応をクエンチし、単離した上清中に残存している基質を２８０ｎｍでのＨＰＬＣによるピーク検出によって定量する。タンパク質分解反応は一次速度則を示し、ｌｎ［Ｓ］対時間のプロットから速度定数、ｋを決定する。
【0207】
化合物および／または対応する非架橋ポリペプチドを、各々、マウス、ラットおよび／またはヒトの新鮮な血清（例えば、１～２ｍＬ）と一緒に、３７℃で、例えば、０、１、２、４、８および２４時間インキュベートする。大環状分子濃度が異なる試料を血清による段階希釈によって調製することができる。インタクトな化合物のレベルを決定するために、以下の手順を使用することができる：例えば、血清１００μｌを２ｍｌ遠心管に移し、その後、５０％ギ酸１０μＬおよびアセトニトリル５００μＬを添加し、４±２℃で１０分間、１４,０００ＲＰＭで遠心分離することにより、試料を抽出する。次いで上清を新しい２ｍｌチューブに移し、ＴｕｒｂｏｖａｐにおいてＮ2＜１０ｐｓｉ下にて３７℃で蒸発させる。試料をアセトニトリル：水（５０：５０）１００μＬで再構成し、ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ分析を行った。エクスビボ安定性を試験するための同等または同様の手順は知られており、血清における大環状分子の安定性を決定するために使用することができる。
【0208】
インビボプロテアーゼ耐性アッセイ： ペプチドステープリングの重要な利益は、インビトロプロテアーゼ耐性の、顕著に向上したインビボでの薬物動態への翻訳である。強力で選択的な抗微生物活性を有する構造的に安定化したＡＭＰを、例えば従前に公開された方法（例えば、Bird et al., PNAS, 2010を参照）を用いて、インビボでのプロテアーゼ安定性についてスクリーニングする。
【0209】
医薬組成物
医薬組成物としての使用または医薬組成物における使用のために、本書に記載の安定化ペプチドの１種以上（例えば、配列番号１～１７の１種以上）を製剤化することができる。かかる組成物は、あらゆる経路、例えば、食品医薬品局（Food and Drug Administration）（ＦＤＡ）によって承認されたあらゆる経路による対象体への投与のために製剤化または適合させることができる。例示的な方法は、ＦＤＡデータ標準マニュアル（Data Standards Manual）（ＤＳＭ）に記載されている。
医薬組成物としての使用または医薬組成物における使用のために、本書に記載の安定化ペプチドの１種以上（例えば、配列番号１～１７の１種以上）を製剤化することができる。かかる組成物は、あらゆる経路、例えば、食品医薬品局（Food and Drug Administration）（ＦＤＡ）によって承認されたあらゆる経路による対象体への投与のために製剤化または適合させることができる。例示的な方法は、ＦＤＡデータ標準マニュアル（Data Standards Manual）（ＤＳＭ）に記載されている。
【0210】
本発明の医薬組成物は、例えば、経口的に、非経口的に、吸入スプレーまたはネブライザーによって、局所に、直腸に、鼻腔に、頬側に、膣に、植え込みリザーバーによって、注射によって（例えば、静脈内に、動脈内に、真皮下に（subdermally）、腹腔内に、筋肉内に、および／または皮下に（subcutaneously））、眼科用製剤で、または経粘膜投与によって、投与され得る。好適な投与量は、約０.００１～約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲であり得るか、または特定の薬物の要求に応じた範囲であり得る。本発明の医薬組成物は、慣用の非毒性の薬学的に許容される担体、補助剤またはビヒクルを含有し得る。いくつかの場合、該製剤のｐＨは、薬学的に許容される酸、塩基、または製剤化された化合物もしくはその送達形態の安定性を増大させるための緩衝液で調整することができる。本書で用いる場合、非経口という用語は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑膜内、胸骨内、髄腔内、病巣内および頭蓋内の注射または注入技術を包含する。別法として、または、加えて、本発明は、ＦＤＡ ＤＳＭに記載されるような方法のいずれかに従って投与することができる。
【0211】
本書で用いる場合、本書に記載の式で示される化合物を包含する本発明の化合物は、その薬学的に許容される誘導体またはプロドラグを包含するように定義される。「薬学的に許容される誘導体またはプロドラッグ」は、レシピエントへの投与後に本発明の化合物を（直接または間接的に）提供する能力を有する、本書に記載の化合物または薬剤のいずれもの薬学的に許容される塩、エステル、エステルの塩、または他の誘導体を意味する。特に望ましい誘導体およびプロドラッグは、本発明の化合物を哺乳動物に投与した場合に（例えば、経口投与した化合物を血中にさらに容易に吸収させることによって）本発明の化合物のバイオアベイラビリティを増大させるものまたは、生物学的コンパートメント（例えば、脳またはリンパ系）への親化合物の送達を親種と比べて増強するものである。好ましいプロドラッグとしては、水溶解度または腸膜を介する能動輸送を増強する基が本書に記載の式の構造に付加されている誘導体を含む。
【0212】
いくつかの場合、医薬組成物は、１種以上の安定化ペプチドの有効量を含むことができる。本書で用いる場合、用語「有効量」および処置に有効な」とは、所定の効果または生理学的結果（例えば、感染症の処置）をもたらすためのその投与の状況内で有効な一定期間（急性または慢性投与および定期的または継続投与を包含する）用いられる、本書に記載の１種以上の化合物または医薬組成物の量または濃度をいう。
【0213】
本書における方法は、化合物または化合物の組成物の、所望の効果または記載の効果を達成するために有効な量の投与を企図する。典型的には、本発明の医薬組成物は、１日に約１～約６回投与される、または、別法として、持続注入として投与される。かかる投与は、慢性または急性治療として用いることができる。単一剤形を調製するために担体材料と合わせることができる有効成分の量は、試験される対象体および特定の投与様式に依存して変わる。典型的な製剤は、約５％～約９５％（ｗ／ｗ）の活性化合物を含有する。別法として、かかる製剤は、約２０％～約８０％の活性化合物を含有する。
【0214】
投薬は種々の技術を用いて決定することができる。選択された投与量レベルは、例えば、用いられる特定化合物の活性、投与経路、投与時間、用いられている特定化合物の排泄または代謝の速度、処置期間、用いられる特定化合物と合わせて用いられる他の薬物、化合物および／または物質、処置を受ける患者の年齢、性別、体重、状態、総体的な健康、および／または治療歴、および医療分野で周知の同様の要因を含む種々の要因に依存し得る。投与量の値は、また、軽減すべき状態の重篤度によっても変わり得る。特定の対象体について、個々の必要性および組成物の投与を管理または監督する人の専門的な判断に従って、特定の投与計画を経時的に調整することができる。
【0215】
いくつかの態様において、本開示の化合物の好適な日用量は、治療効果を生じるのに有効な最低用量である化合物の量であり得る。このような有効量は、一般的に、上記の要因に依存する。所与の患者において最も効果的な処置をもたらす特定の化合物の正確な投与時間および量は、特定化合物の活性、薬物動態およびバイオアベイラビリティ、患者の生理的状態（年齢、性別、病気のタイプおよびステージ、全身健康状態、所与の投薬量および投薬形態への応答性を包含する）、ならびに投与経路などに依存する。
【0216】
医師または獣医師は、必要とされる医薬組成物の有効量を処方することができる。例えば、医師または獣医師は、所望の治療効果を達成するために必要なレベルより低いレベルで医薬組成物に用いられる本開示の化合物の投薬を開始し、所望の効果が達成されるまで徐々に用量を増やすことができる。
【0217】
本書に記載の医薬組成物は、正確な用量の単回投与に適した単位投与剤形であり得る。単位投与剤形では、処方物は、１種以上の化合物の適切な量を含む単位投与量に分割される。単位投与量は、製剤の個別の量を含有するパッケージの形態であり得る。非限定的な例は、バイアルまたはアンプルに入れた液剤である。水性懸濁組成物は、再密閉不能な単回投与用容器に包装することができる。例えば保存剤と組み合わせて、再密閉可能な複数投与用容器を使用することができる。非経口注射用製剤は、単位投与剤形で、例えば、アンプル、または保存剤を含む複数投与用容器で提供することができる。
【0218】
本書に記載の化合物は、約１ｍｇ～約２０００ｍｇ；約１００ｍｇ～約２０００ｍｇ；約１０ｍｇ～約２０００ｍｇ；約５ｍｇ～約１０００ｍｇ、約１０ｍｇ～約５００ｍｇ、約５０ｍｇ～約２５０ｍｇ、約１００ｍｇ～約２００ｍｇ、約１ｍｇ～約５０ｍｇ、約５０ｍｇ～約１００ｍｇ、約１００ｍｇ～約１５０ｍｇ、約１５０ｍｇ～約２００ｍｇ、約２００ｍｇ～約２５０ｍｇ、約２５０ｍｇ～約３００ｍｇ、約３００ｍｇ～約３５０ｍｇ、約３５０ｍｇ～約４００ｍｇ、約４００ｍｇ～約４５０ｍｇ、約４５０ｍｇ～約５００ｍｇ、約５００ｍｇ～約５５０ｍｇ、約５５０ｍｇ～約６００ｍｇ、約６００ｍｇ～約６５０ｍｇ、約６５０ｍｇ～約７００ｍｇ、約７００ｍｇ～約７５０ｍｇ、約７５０ｍｇ～約８００ｍｇ、約８００ｍｇ～約８５０ｍｇ、約８５０ｍｇ～約９００ｍｇ、約９００ｍｇ～約９５０ｍｇ、または約９５０ｍｇ～約１０００ｍｇの範囲内で組成物中に存在することができる。
【0219】
本書に記載の化合物は、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１７５ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１０５０ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１１５０ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１２５０ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１３５０ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１４５０ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１５５０ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１６５０ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１７５０ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１８５０ｍｇ、約１９００ｍｇ、約１９５０ｍｇ、または約２０００ｍｇの量で組成物中に存在することができる。
【0220】
いくつかの態様において、投与量は、薬物の量を対象体の質量で割ったもの、例えば、対象体の体重の１キログラムあたりの薬物のミリグラムで表すことができる。いくつかの態様において、化合物は、約５ｍｇ／ｋｇ～約５０ｍｇ／ｋｇ、２５０ｍｇ／ｋｇ～約２０００ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ～約８００ｍｇ／ｋｇ、約５０ｍｇ／ｋｇ～約４００ｍｇ／ｋｇ、約１００ｍｇ／ｋｇ～約３００ｍｇ／ｋｇ、または約１５０ｍｇ／ｋｇ～約２００ｍｇ／ｋｇの範囲の量で投与される。
【0221】
投与量は、患者の体重１ｋｇあたりの化合物の量に基づくことができる。別法として、本開示の投与量は、化合物の血漿濃度を参照することによって決定することができる。例えば、最大血漿濃度（Ｃmax）および時間０から無限大までの血漿濃度－時間曲線下面積（ＡＵＣ）を用いることができる。
【0222】
いくつかの態様において、対象体は、ヒト対象体であり、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり０.０１～１００ｍｇである。例えば、種々の例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり、約.０１～５０ｍｇ、約０.０１～２０ｍｇ、約０.０１～１０ｍｇ、約０.１～１００ｍｇ、約０.１～５０ｍｇ、約０.１～２０ｍｇ、約０.１～１０ｍｇ、約０.５～１００ｍｇ、約０.５～５０ｍｇ、約０.５～２０ｍｇ、約０.５～１０ｍｇ、約１～１００ｍｇ、約１～５０ｍｇ、約１～２０ｍｇ、約１～１０ｍｇである。ある態様において、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり、約０.５ｍｇ～１０ｍｇの化合物が投与される。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり、約０.１６ｍｇ、約０.３２ｍｇ、約０.６４ｍｇ、約１.２８ｍｇ、約３.５６ｍｇ、約７.１２ｍｇ、約１４.２４ｍｇ、または約２０ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり、約０.１６ｍｇ、約０.３２ｍｇ、約０.６４ｍｇ、約１.２８ｍｇ、約３.５６ｍｇ、約７.１２ｍｇ、または約１４.２４ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約０.１６ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約０.３２ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約０.６４ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約１.２８ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約３.５６ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約７.１２ｍｇである。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約１４.２４ｍｇである。
【0223】
いくつかの態様において、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約０.５～約２０ｍｇまたは約０.５～約１０ｍｇの化合物が１週間に２回投与される。例えば、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約０.５～約１ｍｇ、約０.５～約５ｍｇ、約０.５～約１０ｍｇ、約０.５～約１５ｍｇ、約１～約５ｍｇ、約１～約１０ｍｇ、約１～約１５ｍｇ、約１～約２０ｍｇ、約５～約１０ｍｇ、約１～約１５ｍｇ、約５～約２０ｍｇ、約１０～約１５ｍｇ、約１０～約２０ｍｇ、または約１５～約２０ｍｇの化合物が１週間に約２回投与される。いくつかの例において、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約１ｍｇ、約１.５ｍｇ、約２ｍｇ、約２.５ｍｇ、約３ｍｇ、約３.５ｍｇ、約４ｍｇ、約４.５ｍｇ、約５ｍｇ、約５.５ｍｇ、約６ｍｇ、約６.５ｍｇ、約７ｍｇ、約７.５ｍｇ、約８ｍｇ、約８.５ｍｇ、約９ｍｇ、約９.５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１０.５ｍｇ、約１１ｍｇ、約１１.５ｍｇ、約１２ｍｇ、約１２.５ｍｇ、約１３ｍｇ、約１３.５ｍｇ、約１４ｍｇ、約１４.５ｍｇ、約１５ｍｇ、約１５.５ｍｇ、約１６ｍｇ、約１６.５ｍｇ、約１７ｍｇ、約１７.５ｍｇ、約１８ｍｇ、約１８.５ｍｇ、約１９ｍｇ、約１９.５ｍｇ、または約２０ｍｇの化合物が１週間に２回投与される。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約１.２５ｍｇ、約２.５ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、または約２０ｍｇであり、該化合物は、１週間に２回投与投与される。いくつかの例において、投与される化合物の量は、ヒト対象体の体重１ｋｇあたり約１.２５ｍｇ、約２.５ｍｇ、約５ｍｇまたは約１０ｍｇである。当該化合物は、１週間に１回、１週間に２回、１週間に３回、４回、５回、６回または７回投与することができる。当該化合物は、３週間に１回投与することができる。
【0224】
いくつかの態様において、当該化合物は、一定期間にわたって徐々に投与される。所望の量の化合物が、例えば、約０.１時間～２４時間にわたって徐々に投与され得る。いくつかの場合、所望の量の化合物が、０.１時間、０.５時間、１時間、１.５時間、２時間、２.５時間、３時間、３.５時間、４時間、４.５時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、０.２５～１２時間にわたって、例えば、０.２５～１時間、０.２５～２時間、０.２５～３時間、０.２５～４時間、０.２５～６時間、０.２５～８時間、または０.２５～１０時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、０.２５～２時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、０.２５～１時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、０.２５時間、０.３時間、０.４時間、０.５時間、０.６時間、０.７時間、０.８時間、０.９時間、１.０時間、１.１時間、１.２時間、１.３時間、１.４時間、１.５時間、１.６時間、１.７時間、１.８時間、１.９時間、または２.０時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、１時間にわたって徐々に投与される。いくつかの例において、所望の量の化合物が、２時間にわたって徐々に投与される。
【0225】
当該化合物の投与は、必要な限り継続することができる。いくつかの態様において、本開示の１種以上の化合物は、１日以上、１週間以上、１か月以上、２か月以上、３か月以上、４か月以上、５か月以上、６か月以上、７か月以上、８か月以上、９か月以上、１０か月以上、１１か月以上、１２か月以上、１３か月以上、１４か月以上、１５か月以上、１６か月以上、１７か月以上、１８か月以上、１９か月以上、２０か月以上、２１か月以上、２２か月以上、２３か月以上、または２４か月以上投与される。いくつかの態様において、本開示の１種以上の化合物は、１週間未満、１か月未満、２か月未満、３か月未満、４か月未満、５か月未満、６か月未満、７か月未満、８か月未満、９か月未満、１０か月未満、１１か月未満、１２か月未満、１３か月未満、１４か月未満、１５か月未満、１６か月未満、１７か月未満、１８か月未満、１９か月未満、２０か月未満、２１か月未満、２２か月未満、２３か月未満、または２４か月未満投与される。
【0226】
いくつかの態様において、当該化合物は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目、および２８日目に投与される。いくつかの態様において、当該化合物は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目、および２８日目に投与され、投与は、２サイクルの間継続される。いくつかの態様において、当該化合物は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目、および２８日目に投与され、投与は、３サイクルの間継続される。いくつかの態様において、当該化合物は、２８日サイクルの１日目、８日目、１５日目、および２８日目に投与され、投与は、４サイクル、５サイクル、６サイクル、７サイクル、８サイクル、９サイクル、１０サイクル、またはそれ以上のサイクルの間継続される。
【0227】
いくつかの態様において、当該化合物は、２１日サイクルの１日目、８日目、１１日目、および２１日目に投与される。いくつかの態様において、当該化合物は、２１日サイクルの１日目、８日目、１１日目、および２１日目に投与され、投与は、２サイクルの間継続される。いくつかの態様において、当該化合物は、２１日サイクルの１日目、８日目、１１日目、および２１日目に投与され、投与は、３サイクルの間継続される。いくつかの態様において、当該化合物は、２１日サイクルの１日目、８日目、１１日目、および２１日目に投与され、投与は、４サイクル、５サイクル、６サイクル、７サイクル、８サイクル、９サイクル、１０サイクル、またはそれ以上のサイクルの間継続される。
【0228】
いくつかの態様において、本開示の１種以上の化合物は、継続的に慢性的に投与される。いくつかの態様において本開示の１種以上の化合物の投与は、疾患の進行、許容されない毒性、または投与を中止するという患者もしくは医師の判断が文書化されるまで継続される。
【0229】
本発明の医薬組成物は、１種以上のペプチドおよび薬学的に許容される担体および／またはビヒクルを含むことができる。いくつかの場合、医薬は、さらに、疾患または疾患症状の調節の達成に有効な量で１種以上のさらなる治療剤を含むことができる。このようなさらなる治療剤としては、当該技術分野で知られている抗微生物剤（例えば、抗生物質）を挙げることができる。共投与される場合、本発明のステープル化ＡＭＰは、抗微生物剤と組み合わせて作用して、機構的に相加的または相乗的な抗微生物効果を生じる。例えば、これは、別の耐性細菌膜に穴を開けて他の抗生物質および薬物モダリティの侵入を可能にする構造的安定化ＡＭＰに起因し得る。同さらなる治療剤は、適切なステープル化ペプチドに（共有結合的にまたは非共有的に）化学的に結合した複合体として投与され得ることが理解される。
【0230】
本書に記載のステープルペプチドとの共投与に適切な抗生物質の例としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：キノロン（例えば、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、シプロフロキサシン、ペルフロキサシン、ロメフロキサシン、フレロキサシン、スパルフロキサシン、グレパフロキサシン、トロバフロキサシン、クリナフロキサシン、ゲミフロキサシン、エノキサシン、シタフロキサシン、ナジフロキサシン、トスルフロキサン（tosulfloxacin）、シンノキサシン（cinnoxacin）、ロソクサシン、ミロキサシン、モキシフロキサシン、ガチフロキサシン、シンノキサシン（cinnoxacin）、エノキサシン、フレロキサシン、ロマフロキサシン（lomafloxacin）、ロメフロキサシン、ミロキサシン、ナリジクス酸、ナジフロキサシン、オキソリニン酸、ペフロキサシン、ピリミド酸（pirimidic acid）、ピペミド酸、ロソクサシン、ルフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、トロバフロキサシン、ベシフロキサシン）；以下のものを包含するβラクタム：セファロスポリン（例えば、セファセトリル、セフィキシム、セファドロキシル、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セフカペン、セフダルオキシム、セフジニル、セフジトレン、セファトリジン、セフェタメト、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン、セファラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セフテラム、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セファクロル、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフピロム、セフキノム、セフトビプロール、セフポドキシム、セフタジジム、セフタロリン、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セファレキシン、セファロリジン、セファマンドール、セフスロジン、セフォニシド、セフォペラジン、セフォペラゾン、セフォプロジル（cefoprozil）、セフトリアキソン）、ペニシリンおよびペニシリン誘導体（例えば、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、プロカインペニシリン、ベンザチンペニシリン、ベンザチンベンジルペニシリン、アンピシリン、エピシリン、アモキシシリン、ベンジルペニシリン、クロメトシリン、フェノキシメチルペニシリン、オキサシリン、メチシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、テモシリン、アズロシリン、カルベニシリン、リカルシリン（ricarcillin）、メズロシリン、ピペラシリン、アパルシリン、ヘタシリン、バカンピシリン、スルベニシリン、メシシラム（mecicilam）、ペブメシリナム（pevmecillinam）、シクラシリン、タラピシリン（talapicillin）、アスポキシシリン、アジドシリン、クロキサシリン、ナフシリン、ピバンピシリン、ペナメシリン、メシリナム、プロピシリン、フェネチシリン、チカルシリン、テモシリン）、カルバペネム（例えば、チエナマイシン、トモペネム、レナペネム、テビペネム、ラズペネム、イミペネム、メロペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム（ベタミプロン）、ビアペネム）、カルバセフェム（例えば、ロラカルベフ）、ペネム（例えば、ファロペネム）、セファマイシン（例えば、セフブペラゾン、セフメタゾール、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン）、モノバクタム（例えば、アズトレオナム、ノカルディシンＡ、タブトキシン、チゲモナム（tigemonam））、およびオキサセフェム（例えば、フロモキセフ、ラタモキセフ）；リポペプチド抗生物質（例えば、アムフォマイシン（amphomycin）、アスパルトシン、ブレビスチン（brevistin）、セレキシンＡ、セレキシンＢ、グルママイシン、ラスパルトマイシン、ツシマイシン、ザオマイシン（zaomycin）、ダプトマイシン）；ポリミキシン抗生物質（例えば、ポリミキシンＢ、コリスチン（ポリミキシンＥ）、ポリミキシンＭ）；アミノグリコシド（例えば、ゲンタマイシン、アミカシン、トブラマイシン、デベカシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、シソマイシン、スペクチノマイシン、ステレプトマイシン）；グリコペプチド（例えば、バンコマイシン、テイコプラニン、テラバンシン、ラモプラニン、ダプトマイシン、デカプラニン、ブレオマイシン）；マクロライド（例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシンＡ、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン／酢酸ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン、スピラマイシン、トロレアンドマイシン、タイロシン、ロキシスロマイシン、ジリスロマイシン、トロレアンドマイシン、スペクチノマイシン、メチマイシン、ネオメチマイシン、エリスロノリド、メガロマイシン、ピクロマイシン、ナルボマイシン、オレアンドマイシン、トリアセチル－オレアンドマイシン、ラウカマイシン（laukamycin）、クジマイシンＡ、アルボサイクリン、シネロマイシンＢ）；アンサマイシン（例えば、ストレプトバリシン、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファマイシン、リファンピン、リファブチン、リファペンチン、リファミキシン）；リネゾリド；プリスチナマイシン；およびスルホンアミド（例えば、スルファニルアミド、スルファセルニミド（sulfacetarnide）、スルファピリジン、スルファチアゾール、スルファジアジン、スルファメラジン、スルファジミジン、スルファソミジン、スルファサラジン、マフェニド、スルファメトキサゾール、スルファメトキシピリダジン、スルファジメトキシン、スルファシマジン、スルファドキシン、スルファメトピラジン、スルファグアニジン、スクシニルスルファチアゾール、フタリルスルファチアゾール）。
【0231】
本発明の組成物が本書に記載の式で示される化合物および１種以上のさらなる治療剤または予防剤の組合せを含む場合、当該化合物およびさらなる薬剤は、ともに、単独療法計画で通常投与される用量の約１％～約１００％、または約５％～約９５％の用量レベルで存在する。さらなる薬剤は、複数回投与計画の一部として、本発明の化合物とは別に投与することができる。別法として、これらの薬剤は、単一組成物中で本発明の化合物と一緒に混合された単一剤形の一部であってもよい。
【0232】
用語「薬学的に許容される担体または補助剤」とは、本発明の化合物と一緒に患者に投与することができ、その薬理学的活性を破壊せず、治療量の化合物を送達するのに十分な用量で投与される場合に非毒性である、担体または補助剤をいう。
【0233】
本発明の医薬組成物に使用することができる薬学的に許容される担体、補助剤およびビヒクルとしては、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、自己乳化型薬物送達システム（ＳＥＤＤＳ）、例えば、ｄ－α－トコフェロールポリエチレングリコール１０００サクシネート、薬学的投与剤形に使用される界面活性剤、例えば、ツイーンまたは他の類似のポリマー系送達マトリックス、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えば、ホスフェート、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、塩または電解質、例えば、硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、セルロース系物質、ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリレート、ワックス、ポリエチレン－ポリオキシプロピレン－ブロックポリマー、ポリエチレングリコールおよび羊毛脂が挙げられるが、これらに限定されない。シクロデキストリン、例えば、α－、β－、およびγ－シクロデキストリンもまた、本書に記載の式によって示される化合物の送達を増強するために有利に使用することができる。
【0234】
本発明の医薬組成物は、慣用の非毒性の薬学的に許容される担体、補助剤、またはビヒクルを含有することができる。いくつかの場合、該製剤のｐＨは、薬学的に許容される酸、塩基、または処方された化合物またはその送達形態の安定性を高めるための緩衝剤で調整することができる。本書で用いる場合、非経口という用語は、非経口、硬膜外、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑膜内、胸骨内、髄腔内、病巣内および頭蓋内の注射または注入技術を包含する。
【0235】
本開示の化合物の有効量は、許容される投与様式のいずれかによって単回または複数回投与することができる。選択された投与経路にかかわらず、本開示の化合物および／または本開示の医薬組成物は、薬学的に許容される投与剤形に製剤化される。本開示による化合物は、他の医薬品との類似性により、ヒト医学または獣医学における使用のための好都合な方法での投与のために製剤化することができる。
【0236】
ある態様において、本開示は、１種以上の薬学的に許容される担体（添加剤）および／または希釈剤と一緒に処方された、１種以上の上記化合物の治療有効量を含む医薬製剤を提供する。ある態様において、本書に記載の１種以上の化合物は、非経口投与のための非経口投与のために製剤化され、本書に記載の１種以上の化合物は、水性または非水性の液剤、分散液剤、懸濁剤、または乳剤、または使用直前に滅菌注射液または分散液に再構成することができる滅菌散剤として製剤化することができる。このような製剤は、糖、アルコール、抗酸化剤、緩衝剤、静菌剤、製剤を意図されたレシピエントの血液と等張にする溶質、または懸濁剤もしくは増粘剤を含むことができる。これらの組成物はまた、保存剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤のような補助剤を含むことができる。対象化合物に対する微生物の作用の防止は、種々の抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などを含めることによって確実にすることができる。等張剤（例えば、糖、塩化ナトリウムなど）を組成物に含めることも望ましいことがある。さらに、注射用医薬形態の長期吸収は、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンのような吸収を遅延させる薬剤を含めることによってもたらされ得る。必要に応じて、製剤は、使用前に、例えば、等張生理食塩水またはデキストロース溶液で希釈することができる。いくつかの例において、当該化合物は水溶液として処方され、静脈内投与される。
【0237】
医薬組成物は、注射用の溶液または粉末の形態とすることができる。かかる組成物は、好適な分散剤または湿潤剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ ８０）および懸濁化剤を用いて当該技術分野で公知の技術に従って製剤化することができる。滅菌注射用製剤はまた、例えば１,３－ブタンジオール中溶液として、非毒性の非経口上許容される希釈剤または溶媒中の滅菌注射用溶液または懸濁液であってもよい。用いることができる許容されるビヒクルおよび溶媒には、マンニトール、水、リンゲル溶液、および等張性塩化ナトリウム溶液がある。加えて、滅菌固定油（sterile, fixed oil）は、慣用的に溶媒または懸濁媒体として用いることができる。この目的で、合成モノグリセリドまたは合成ジグリセリドを包含する無菌性固定油（bland fiｘed oil）を用いることができる。脂肪酸、例えば、オレイン酸およびそのグリセリド誘導体は、特にそれらのポリオキシエチル化バージョンで、オリーブ油またはヒマシ油のような天然の薬学的に許容される油と同様に、注射剤の製剤に有用である。これらの油性液剤または懸濁剤は、長鎖アルコール希釈剤もしくは分散剤、またはカルボキシメチルセルロース、または乳剤および／または懸濁剤のような薬学的に許容される投与剤形の製剤化に一般的に使用される類似の分散剤を含有することもできる。ＴｗｅｅｎまたはＳｐａｎのような一般的に使用される他の界面活性剤、および／または、薬学的に許容される固体、液体または他の投与剤形の製造に一般的に使用される他の類似の乳化剤またはバイオアベイラビリティ増強剤も製剤化の目的で使用することができる。
【0238】
医薬組成物は、カプセル剤、錠剤、乳剤、および水性懸濁剤、分散製剤および液剤が挙げられるがこれらに限定されない経口的に許容される投与剤形で経口投与され得る。経口用の錠剤の場合、一般的に使用される担体としては、ラクトースおよびコーンスターチが挙げられる。ステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤もまた典型的に添加される。カプセル形態での経口投与について、有用な希釈剤としては、ラクトースおよび乾燥コーンスターチが挙げられる。水性懸濁剤および／または乳剤を経口投与する場合、有効成分は、乳化剤および／または懸濁化剤と合わせて、油相に懸濁または溶解することができる。必要に応じて、ある種の甘味剤および／または矯味矯臭剤および／または着色剤を添加することができる。
【0239】
本発明の医薬組成物は、また、直腸投与用坐剤の形態で投与することもできる。これらの組成物は、本発明の化合物を、室温では固体であるが直腸温度では液体となって腸内で融解して有効成分を放出する好適な非刺激性賦形剤と混合することによって調製することができる。このような材料としては、カカオ脂、ミツロウおよびポリエチレングリコールが挙げられるがこれらに限定されない。
【0240】
別法として、または、加えて、医薬組成物は、鼻エアゾールまたは吸入によって投与することができる。このような組成物は、医薬製剤の技術分野で周知の技術に従って調製され、ベンジルアルコールまたは他の適切な保存剤、バイオアベイラビリティを高める吸収促進剤、フッ化炭素、および／または当該技術分野で知られている他の可溶化剤もしくは分散剤を用いて生理食塩水で液剤として調製することができる。
【0241】
いくつかの場合、本書に記載の１種以上のペプチドは、例えば担体タンパク質と、コンジュゲート体を形成することができる。このようなコンジュゲート組成物は、一価または多価であり得る。例えば、コンジュゲート組成物は、本書に記載の１つのペプチドが担体タンパク質とコンジュゲートしたものを含むことができる。別法として、コンジュゲート組成物は、本書に記載の２種以上のペプチドが担体とコンジュゲートしたものを含むことができる。
【0242】
本書で用いる場合、２つのものが互いに「コンジュゲートし」た場合、それらは、直接的または間接的な共有または非共有相互作用によって連結される。特定の態様において、該会合は共有である。他の態様において、該会合は、非共有である。非共有相互作用としては、水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、磁気相互作用、静電相互作用などが挙げられる。間接的共有相互作用は、２つのものが共有連結している場合には、リンカー基を介していてもよい。
【0243】
担体タンパク質としては、対象体における免疫原性を増大または増強させるタンパク質をあげることができる。例示的な担体タンパク質は、当該技術分野において記載されている（例えば、Fattom et al., Infect. Immun., 58:2309-2312, 1990；Devi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:7175-7179, 1991；Li et al., Infect. Immun. 57:3823-3827, 1989；Szu et al., Infect. Immun. 59:4555-4561,1991；Szu et al., J. Exp. Med. 166:1510-1524, 1987；およびSzu et al., Infect. Immun. 62:4440-4444, 1994を参照）。ポリマー担体は、１種以上の第一および／もしくは第二アミノ基、アジド基、またはカルボキシル基を含有する天然または合成材料であり得る。担体は水溶性であり得る。
【0244】
処置方法
本開示は、感染症の予防および／または処置のために本書におけるペプチドを使用する方法を包含する。本書で用いる場合、用語「処置する」、「処置すること」または「処置」とは、対象体が罹患している疾患または状態を、部分的または完全に、軽減（alleviating）、阻害、寛解（ameliorating）、および／または緩和（relieving）することをいう。これは、疾患または障害（例えば、癌）の症状のうち１種以上が寛解するかまたは有益に改変される様式を意味する。本書で用いる場合、特定の障害（例えば、感染症）の症状の寛解とは、永久的または一時的にかかわらず、本発明の組成物および方法に起因または関連することができる持続的または一過性の緩和（lessening）をいう。いくつかの態様において、処置は、例えば、処置前の微生物細胞または生物体の数に対する（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の数の減少；処置前の（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の生存率（例えば、平均生存率）に対する（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の生存率（例えば、平均生存率）の減少；および／または処置前の対象体の症状に対する該対象体における１種以上の感染症に関連する１種以上の症状の軽減を促進することができるかまたはもたらすことができる。
本開示は、感染症の予防および／または処置のために本書におけるペプチドを使用する方法を包含する。本書で用いる場合、用語「処置する」、「処置すること」または「処置」とは、対象体が罹患している疾患または状態を、部分的または完全に、軽減（alleviating）、阻害、寛解（ameliorating）、および／または緩和（relieving）することをいう。これは、疾患または障害（例えば、癌）の症状のうち１種以上が寛解するかまたは有益に改変される様式を意味する。本書で用いる場合、特定の障害（例えば、感染症）の症状の寛解とは、永久的または一時的にかかわらず、本発明の組成物および方法に起因または関連することができる持続的または一過性の緩和（lessening）をいう。いくつかの態様において、処置は、例えば、処置前の微生物細胞または生物体の数に対する（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の数の減少；処置前の（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の生存率（例えば、平均生存率）に対する（例えば、対象体中の）微生物細胞または生物体の生存率（例えば、平均生存率）の減少；および／または処置前の対象体の症状に対する該対象体における１種以上の感染症に関連する１種以上の症状の軽減を促進することができるかまたはもたらすことができる。
【0245】
内部架橋ＡＭＰが有効な細菌の例としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：ブドウ球菌（Staphylococci）（例えば、スタフィロコッカス・アウレウス（S. aureus）、スタフィロコッカス・インターメディウス（S. intermedius）、スタフィロコッカス・エピデルミデス（S. epidermidis）、および他のコアグラーゼ陰性ブドウ球菌）、ナイセリア（例えば、ナイセリア・ゴノレア（N. gonorrheae）およびナイセリア・メニンギティディス（N. meningitidis））、連鎖球菌（Streptococci）（例えば、Ａ群連鎖球菌（Group A Streptococcus）（例えば、ストレプトコッカス・ピオゲネス（S. pyogenes））、Ｂ群連鎖球菌（Group B Streptococcus）（例えば、ストレプトコッカス・アガラクチア（S. agalactiae））、Ｃ群連鎖球菌（Group C Streptococcus）、Ｇ群連鎖球菌（Group G Streptococcus）、ストレプトコッカス・ニューモニエ（S. pneumoniae）、およびビリダンス連鎖球菌（viridans Streptococci））、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、トレポネーマ（Treponemae）（例えば、トレポネーマ・パリダム（T. pallidum）、トレポネーマ・ペルテヌエ（T. pertenue）、およびトレポネーマ・セラテウム（T. cerateum））、ヘモフィルス（Haemophilus）菌（例えば、ヘモフィルス・デュクレイ（H. ducreyi）、ヘモフィルス・インフルエンザエ（H. influenzae）、およびヘモフィルス・エジプチウス（H. aegyptius））、ボルデテラ（Bordetellae）（例えば、ボルデテラ・パータシス（B. pertussis）、ボルデテラ・パラパータシス（B. parapertussis）、およびボルデテラ・ブロンキセプチカ（B. bronchiseptica））、ガードネレラ・バギナリス（Gardnerella vaginalis）、バチルス（Bacillus）（例えば、バチルス・アントラシス（B. anthracis）およびバチルス・セレウス（B. cereus））、マイコバクテリア（Mycobacteria）（例えば、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（M. tuberculosis）およびマイコプラズマ・レプラエ（M. leprae））、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Borrelia burgdorferi）、アクチノバチルス・プルロニューモニア（Actinobacillus pleuropneumoniae）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、クロストリジウム（Clostridium）（例えば、クロストリジウム・パーフリンジェンス（C. perfringens）、クロストリジウム・セプティカム（C. septicum）、クロストリジウム・ノビー（C. novyi）、およびクロストリジウム・テタニ（C. tetani））、エシェリキア・コリ（Escherichia coli）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyromonas gingivalis）、ビブリオ・コレラエ（Vibrio cholerae）、サルモネラ（Salmonella）菌（例えば、サルモネラ・エンテリティディス（S. enteriditis）、サルモネラ・チフィリウム（S. typhimurium）、およびサルモネラ・チフィ（S. typhi））、シゲラ（Shigella）菌、フランシセラ（Francisella）菌、えルシニア（Yersinia）菌（例えば、エルシニア・ペスチス（Y. pestis）およびエルシニア・エンテロコリチカ（Y. enterocolitica））、バークホルデリア（Burkholderia）菌、シュードモナス（Pseudomonas）菌、およびブルセラ（Brucella）菌。ＡＭＰが有効なマイコプラズマ生物体（Mycoplasmal organism）としては、例えば、マイコプラズマ・ニューモニエ（M. pneumoniae）、マイコプラズマ・ファーメンタンス（M. fermentans）、マイコプラズマ・ホミニス（M. hominis）、およびマイコプラズマ・ペネトランス（M. penetrans）が挙げられる。
【0246】
内部架橋ＡＭＰが有効な真菌類（酵母を含む）生物体の例としては、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）、他のカンジダ種、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Cryptococcus neoformans）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Histoplasma capsulatum）、およびニューモシスチス・カリニ（Pneumocystis carinii）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0247】
内部架橋ＡＭＰが有効な寄生原虫としては、トリコモナス・バギナリス（Trichomonas vaginalis）、プラスモディウム・ファルシパルム（Plasmodium falciparum）、プラスモディウム・ビバックス（P. vivax）、プラスモディウム・オバル（P. ovale）、プラスモディウム・マラリアエ（P. malariae）、エントアメーバ・ヒストリチカ（Entamoeba histolytica）、トキソプラズマ・ブルセイ（Toxoplasma brucei）、トキソプラズマ・ゴンディ（Toxoplasma gondii）およびリーシュマニア・メジャー（Leishmania major）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0248】
内部架橋ＡＭＰを用いることができるウイルスの例としては、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）１型および２型、ヒトリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ）、麻疹ウイルス、狂犬病ウイルス、Ａ型、Ｂ型およびＣ型肝炎ウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス、呼吸器多核体ウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス（例えば、パルボウイルスＢ１９）、ロジオラウイルス、エンテロウイルス、パピローマウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、ヒトヘルペスウイルス６型、７型および８型）、ポックスウイルス（例えば、大痘瘡および小痘瘡、ワクシニア、およびサル痘ウイルス）、ネコ白血病ウイルス、ネコ免疫不全ウイルス、およびサル免疫不全ウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。
【0249】
本書に記載の組成物、製剤および／または方法によって処置することができる障害としては、感染性疾患が挙げられるが、これらに限定されない。感染性疾患は、細菌、ウイルス、真菌類または寄生虫などの病原体によって引き起こされ得る。いくつかの態様において、感染性疾患は、ヒトからヒトへうつることができる。いくつかの態様において、感染性疾患は、昆虫または動物の咬傷によってうつることがある。いくつかの態様において、感染性疾患は、汚染されている食物もしくは水の摂取、または環境中の生物への暴露によって獲得することができる。いくつかの感染性疾患はワクチンによって予防することができます。
【0250】
特定の態様において、本書に記載の組成物、製剤および／または方法によって処置することができる疾患としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：アシネトバクター感染症、放線菌症、アフリカ睡眠病（アフリカトリパノソーマ症)、ＡＩＤＳ（後天性免疫不全症候群）、アメーバ症、アナプラズマ症、住血線虫症、アニサキス症、炭疽、溶血性アルカノバクテリア感染症、アルゼンチン出血熱、回虫症、アスペルギルス症、アストロウイルス感染症、バベシア症、バチルス・セレウス感染症、細菌性肺炎、細菌性膣症、バクテロイデス感染症、バランチジウム症、バルトネラ症、バイリサスカリス感染症（Baylisascaris infecton）、ＢＫウイルス感染症、黒色砂毛症（Black piedra）、ブラストシストシス（Blastocystosis）、ブラストミセス症、ボリビア出血熱、ボツリヌス中毒（および乳児ボツリヌス中毒)、ブラジル出血熱、ブルセラ症、腺ペスト、バークホルデリア感染症、ブルーリ潰瘍、カイシウイルス感染症（Caicivirus infection）（ノロウイルスおよびサポウイルス）、カンピロバクター症、カンジダ症（モニリア症；鵞口瘡）、毛細虫症、カリオン病、ネコひっかき病、蜂巣炎、シャガス病（アメリカトリパノソーマ症）、軟性下疳、水痘、チクングニア、クラミジア、肺炎クラミジア感染症（台湾急性呼吸器因子またはＴＷＡＲ）、コレラ、黒色分芽菌症、ツボカビ症、肝吸虫症、クロストリジウム・ディフィシル大腸炎、コクシジオイデス症、コロラドダニ熱（ＣＴＦ）、感冒（急性ウイルス性鼻咽喉炎；急性コリーザ）、クロイツフェルト・ヤコブ病（ＣＪＤ）、クリミア・コンゴ出血熱（ＣＣＨＦ）、クリプトコッカス症、クリプトスポリジウム症、皮膚幼虫移行症（ＣＬＭ）、シクロスポラ症、嚢虫症、サイトメガロウイルス感染症、デング熱、デスモデスムス感染症、二核アメーバ症、ジフテリア、裂頭条虫症、メジナ虫症、エボラ出血熱、エキノコックス症、エーリキア症、腸蟯虫症（蟯虫感染症）、エンテロコッカス感染症、エンテロウイルス感染症、発疹チフス、伝染性紅斑（第五病）、急性発疹症（第六病）、肝蛭症（Fasciolasis）、肥大吸虫症、致死性家族性不眠症（ＦＦＩ）、フィラリア症、ウェルシュ菌食中毒、自由生息アメーバ感染症、フソバクテリウム感染症、ガス壊疽（クロストリジウム性筋壊死）、ゲオトリクム症、ゲルストマン・シュトロイスラー・シャインカー症候群（ＧＳＳ）、ジアルジア症、鼻疽、顎口虫症、淋病、鼠径肉芽腫（鼠径リンパ肉芽腫症）、Ａ群連鎖球菌感染症、Ｂ群連鎖球菌感染症、インフルエンザ菌感染症、手足口病（ＨＦＭＤ）、ハンタウイルス肺症候群（ＨＰＳ）、ハートランドウイルス病、ヘリコバクター・ピロリ感染症、溶血性尿毒症症候群（ＨＵＳ）、腎症候性出血熱（ＨＦＲＳ）、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、Ｄ型肝炎、Ｅ型肝炎、単純ヘルペス、ヒストプラスマ症、鉤虫感染症、ヒトボカウイルス感染症、ヒト・エウィンギー・エーリキア症（Human ewingii ehrlichiosis）、ヒト顆粒球性アナプラズマ症（ＨＧＡ）、ヒトメタニューモウイルス感染症、ヒト単球性エーリキア症、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）感染症、ヒトパラインフルエンザウイルス感染症、条虫症、エプスタイン・バーウイルス伝染性単核症（Mono）、インフルエンザ（flu）、イソスポーラ症、川崎病、角膜炎、キンゲラ・キンゲ感染症、クールー病、ラッサ熱、レジオネラ症（レジオネラ症）、レジオネラ症（ポンティアック熱）、リーシュマニア症、ハンセン病、レプトスピラ症、リステリア症、ライム病（ライムボレリア症）、リンパ管フィラリア症（象皮症）、リンパ球性脈絡髄膜炎、マラリア、マールブルグ出血熱（ＭＨＦ）、麻疹、中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）、類鼻疽（ホイットモア病）、髄膜炎、髄膜炎菌性病、横川吸虫症、微胞子虫症、伝染性軟属腫（ＭＣ）、サル痘、ムンプス、発疹熱（地方病性チフス（Endemic typhus））、マイコプラズマ肺炎、菌腫（曖昧性除去（disambiguation）、ハエ幼虫症、新生児結膜炎（Neonatal conjunctivitis）（新生児眼炎）、異型クロイツフェルト・ヤコブ病（ｖＣＪＤ、ｎｖＣＪＤ）、ノカルジア症、オンコセルカ症（河川盲目症）、オピストルキス症、パラコクシジオイデス症（南アメリカブラストミセス症）、肺吸虫症、パスツレラ症、頭部シラミ症（Pediculosis capitis）（アタマジラミ）、体部シラミ症（Pediculosis corporis）（コロモジラミ）、ケジラミ症（陰部のシラミ、ケジラミ）、骨盤内炎症性疾患（ＰＩＤ）、百日咳、ペスト、肺炎球菌性感染症、ニューモシスチス肺炎（ＰＣＰ）、肺炎、灰白髄炎、プレボテラ感染症、原発性アメーバ性髄膜脳炎（ＰＡＭ）、進行性多巣性白質脳症、オウム病、Ｑ熱、狂犬病、回帰熱、呼吸器多核体ウイルス感染症、リノスポリジウム症、ライノウイルス感染症、リケッチア感染症、リケッチア痘症、リフトバレー熱（ＲＶＦ）、ロッキー山紅斑熱(RMSF)、ロタウイルス感染症、風疹、サルモネラ症、ＳＡＲＳ（重症急性呼吸器症候群）、疥癬、住血吸虫症、敗血症、赤痢菌感染症（細菌性赤痢）、帯状疱疹、天然痘（痘瘡）、スポロトリクム症、ブドウ球菌性食中毒、黄色ブドウ球菌感染症、糞線虫症、亜急性硬化性全脳炎、梅毒、条虫症、破傷風（開口障害）、白癬性毛瘡（かみそり負け（Barber's itch））、頭部白癬、体部白癬、股部白癬、手白癬、黒癬、足白癬、爪白癬（爪真菌症）、癜風、トキソカラ症（眼幼虫移行症（ＯＬＭ））、トキソカラ症（内臓幼虫移行症（ＶＬＭ））、トラコーマ、トキソプラスマ症、旋毛虫症、トリコモナス症、鞭虫症（鞭虫感染症）、結核、野兎病、腸チフス熱、発疹チフス熱（Typhus fever）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム感染症、渓谷熱（Valley fever）、ベネズエラウマ脳炎、ベネズエラ出血熱、ビブリオ・バルニフィカス感染症、腸炎ビブリオ性腸炎、ウイルス性肺炎、西ナイル熱、白砂毛症（White piedra）（Tinea blanca)、偽結核菌感染症、エルシニア症、黄熱、および接合菌症。
【0251】
本書に記載の組成物、製剤および／または方法は、病原を処置するために使用することができる。いくつかの態様において、該病原は、ウイルス、細菌、プリオン、真菌類または寄生虫であり得る。特定の態様において、本書に記載の病原としては、以下のものが挙げられるが、これらに限定されない：アシネトバクター・バウマンニ（Acinetobacter baumannii）、アクチノミセス・イスラエリィ（Actinomyces israelii）、アクチノミセス・ゲエンセリアエ（Actinomyces gerencseriae）およびプロピオバクテリウム・プロピオニクス（Propionibacterium propionicus）、トリパノソーマ・ブルセイ（Trypanosoma brucei）、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、エントアメーバ・ヒストリチカ（Entamoeba histolytica）、アナプラズマ種（Anaplasma species）、アンギオストロンギルス属（Angiostrongylus）、アニサキス、バチルス・アントラシス（Bacillus anthracis）、溶血性アルカノバクテリア（Arcanobacterium haemolyticum）、フニンウイルス、ヒト回虫、アスペルギルス種（Aspergillus species）、アストロウイルス科（Astroviridae family）、バベシア種（Babesia species）、バチルス・セレウス（Bacillus cereus）、細菌性腟症細菌叢（bacterial vaginosis microbiota）、バクテロイデス種（Bacteroides species）、バランチジウム・コリ（Balantidium coli）、バルトネラ（Bartonella）、バイリサスカリス種（Baylisascaris species）、ＢＫウイルス、ピエドライア・ホルタエ（Piedraia hortae）、ブラストシスチス種（Blastocystis species）、ブラストミセス・デルマチチジス（Blastomyces dermatitidis）、マチュポウイルス、クロストリジウム・ボツリヌム（Clostridium botulinum）、サビア（Sabia）、ブルセラ種（Brucella species）、腸内細菌科（Enterobacteriaceae）、バークホルデリア・セパシア（Burkholderia cepacia）および他のバークホルデリア種（Burkholderia species）、マイコバクテリウム・ウルセランス（Mycobacterium ulcerans）、カリシウイルス科（Caliciviridae family）、カンピロバクター種（Campylobacter species）、カンジダ・アルビカンス（Candida albicans）および他のカンジダ種（Candida species）、キャピラリア・フィリピネシス（Capillaria philippinensis）、キャピラリア・ヘパチカ（Capillaria hepatica）、キャピラリア・エロフィラ（Capillaria aerophila）、バルトネラ・バシリホルミス（Bartonella bacilliformis）、バルトネラ・ヘンセラ（Bartonella henselae）、Ａ群連鎖球菌およびブドウ球菌（Group A Streptococcus and Staphylococcus）、トリパノソーマ・クルージ（Trypanosoma cruzi）、ヘモフィルス・デュクレイ（Haemophilus ducreyi）、水痘帯状疱疹ウイルス（Varicella zoster virus ）（ＶＺＶ）、アルファウイルス（Alphavirus）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、クラミドフィラ・ニューモニエ（Chlamydophila pneumoniae）、ビブリオ・コレラエ（Vibrio cholera）、フォンセカエア・ペドロソイ（Fonsecaea pedrosoi）、バトラコキトリウム・デンドラバチディス（Batrachochytrium dendrabatidis）、肝吸虫（Clonorchis sinensis）、クロストリジウム・ディフィシル（Clostridium difficile）、コクシジオイデス・イミチス（Coccidioides immitis）およびコクシジオイデス・ポサダシ（Coccidioides posadasii）、コロラドダニ熱ウイルス（Colorado tick fever virus）（ＣＴＦＶ）、ライノウイルス（rhinoviruses）およびコロナウイルス（coronaviruses）、ＰＲＮＰ、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、クリプトコッカス・ネオフォルマンス（Cryptococcus neoformans）、クリプトスポリジウム種（Cryptosporidium species）、ブラジル鉤虫（Ancylostoma braziliense）；複数の他の寄生虫、シクロスポラ・カイエタネンシス（Cyclospora cayetanensis）、有鉤条虫（Taenia solium）、サイトメガロウイルス、デングウイルス（ＤＥＮ－１、ＤＥＮ－２、ＤＥＮ－３およびＤＥＮ－４）－フラビウイルス（Flaviviruses）、緑藻類（Green algae）、デスモデスムス・アルマツス（Desmodesmus armatus）、二核アメーバ（Dientamoeba fragilis）、コリネバクテリウム・ジフテリエ（Corynebacterium diphtheria）、裂頭条虫（Diphyllobothrium）、メジナ虫（Dracunculus medinensis）、エエボラウイルス（ＥＢＯＶ）、エキノコックス種（Echinococcus species）、エシェリキア種（Ehrlichia species）、エンテロビウス・ベルミクラリス（Enterobius vermicularis）、エンテロコッカス種（Enterococcus species）、エンテロウイルス種（Enterovirus species）、発疹チフスリケッチア（Rickettsia prowazekii）、パルボウイルス（Parvovirus）Ｂ１９、ヒトヘルペスウイルス（Human herpesvirus）６（ＨＨＶ－６）およびヒトヘルペスウイルス（Human herpesvirus）７（ＨＨＶ－７）、ファスキオラ・ヘパチカ（Fasciola hepatica）およびファスキオラ・ギガンチカ（Fasciola gigantica）、ファシオロプシス・ブスキ（Fasciolopsis buski）、ＰＲＮＰ、フィラリア上科（Filarioidea superfamily）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Clostridium perfringens）、フソバクテリウム種（Fusobacterium species）、クロストリジウム・パーフリンジェンス（Clostridium perfringens）、他のクロストリジウム種（Clostridium species）、ゲオトリクム・カンジダム（Geotrichum candidum）、ジアルジア・ラムブリア（Giardia lamblia）、バークホルデリア・マレイ（Burkholderia mallei）、グナソストーマ・スピニゲルム（Gnathostoma spinigerum）およびグナソストーマ・ヒスピダム（Gnathostoma hispidum）、ナイセリア・ゴノレア（Neisseria gonorrhoeae）、クレブシエラ・グラニュロマチス（Klebsiella granulomatis）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Streptococcus pyogenes）、ストレプトコッカス・アガラクチア（Streptococcus agalactiae）、ヘモフィルス・インフルエンザエ（Haemophilus influenza）、エンテロウイルス（Enteroviruses）、主にコクサッキーＡウイルス（Coxsackie A virus）およびエンテロウイルス（Enterovirus）７１（ＥＶ７１）、シンノンブルウイルス（Sin Nombre virus）、ハートランドウイルス（Heartland virus）、ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）、エシェリキア・コリ（Escherichia coli）Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１およびＯ１０４：Ｈ４、ブニヤウイルス科（Bunyaviridae family）、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス（Herpes simplex virus）１型および２型（ＨＳＶ－１およびＨＳＶ－２）、ヒストプラズマ・カプスラーツム（Histoplasma capsulatum）、ズビニ鉤虫（Ancylostoma duodenale）およびアメリカ鉤虫（Necator americanus）、ヒトボカウイルス（Human bocavirus）（ＨＢｏＶ）、エシェリキア・エウィンギー（Ehrlichia ewingii）、アナプラズマ・ファゴサイトフィルム（Anaplasma phagocytophilum）、ヒトメタニューモウイルス（Human metapneumovirus）（ｈＭＰＶ）、エーリキア・シャフェンシス（Ehrlichia chaffeensis）、ヒトパピローマウイルス（Human papillomavirus）（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス（Human parainfluenza viruses）（ＨＰＩＶ）、小型条虫（Hymenolepis nana）および縮小条虫（Hymenolepis diminuta）、エプスタイン・バーウイルス（Epstein-Barr Virus）（ＥＢＶ）、オルトミクソウイルス科（Orthomyxoviridae family）、イソスポーラ・ベリ（Isospora belli）、キンゲラ・キンゲ（Kingella kingae）、ラッサウイルス（Lassa virus）、レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）、リーシュマニア種（Leishmania species）、ライ菌（Mycobacterium leprae）、マイコバクテリウム・レプロマトシス（Mycobacterium lepromatosis）、レプトスピラ種（Leptospira species）、リステリア・モノサイトゲネス（Listeria monocytogenes）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Borrelia burgdorferi）、ボレリア・ガリニ（Borrelia garinii）、ボレリア・アフゼリ（Borrelia afzelii）、バンクロフト糸状虫（Wuchereria bancrofti）、マレー糸状虫（Brugia malayi）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（Lymphocytic choriomeningitis virus）（ＬＣＭＶ）、プラスモジウム種（Plasmodium species）、マールブルグウイルス（Marburg virus）、麻疹ウイルス（Measles virus）、中東呼吸器症候群コロナウイルス（Middle East respiratory syndrome coronavirus）、バークホルデリア・シュードマレイ（Burkholderia pseudomallei）、ナイセリア・メニンギティディス（Neisseria meningitides）、横川吸虫（Metagonimus yokagawai）、マイクロスポリジア・フィルム（Microsporidia phylum）、伝染性軟属腫ウイルス（Molluscum contagiosum virus）（ＭＣＶ）、サル痘ウイルス（Monkeypox virus）、ムンプスウイルス（Mumps virus）、リケッチア・チフィ（Rickettsia typhi）、マイコプラズマ・ニューモニエ（Mycoplasma pneumoniae）、アクチノマウセトーマ（Actinomycetoma）、ユーマイセトーマ（Eumycetoma）、寄生虫性双翅目ハエ幼虫（parasitic dipterous fly larvae）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、ナイセリア・ゴノレア（Neisseria gonorrhoeae）、ノカルジア・アステロイデス（Nocardia asteroides）、ノカルジア種（Nocardia species）、回旋糸状虫（Onchocerca volvulus）、タイ肝吸虫（Opisthorchis viverrini）およびネコ肝吸虫（Opisthorchis felineus）、南アメリカ分芽菌（Paracoccidioides brasiliensis）、ペディクルス・ヒューマヌス・カピチス（Pediculus humanus capitis）、フィチルス・プビス（Phthirus pubis）、ボルデテラ・パータシス（Bordetella pertussis）、エルシニア・ペスチス（Yersinia pestis）、ストレプトコッカス・ニューモニエ（Streptococcus pneumoniae）、ニューモシスチス・ジロベシ（Pneumocystis jirovecii）、ポリオウイルス（Poliovirus）、プレボテラ種（Prevotella species）、ネグレリア・フォーレリ（Naegleria fowleri）、ＪＣウイルス、クラミドフィラ・シタッシ（Chlamydophila psittaci）、コクシエラ・ブルネッティ（Coxiella burnetii）、狂犬病ウイルス、ボレリア・ヘルムシイ（Borrelia hermsii）、ボレリア・レクルレンチス（Borrelia recurrentis）、ボレリア種（Borrelia species）、呼吸器多核体ウイルス（Respiratory syncytial virus）（ＲＳＶ）、リノスポリジウム・セーベリ（Rhinosporidium seeberi）、ライノウイルス（Rhinovirus）、リケッチア種（Rickettsia species）、リケッチア・アカリ（Rickettsia akari）、リフトバレー熱ウイルス（Rift Valley fever virus）、リケッチア・リケッチア（Rickettsia rickettsia）、ロタウイルス（Rotavirus）、風疹ウイルス（Rubella virus）、サルモネラ種（Salmonella species）、ＳＡＲＳコロナウイルス（SARS coronavirus）、ヒゼンダニ（Sarcoptes scabiei）、シストソーマ種（Schistosoma species）、シゲラ種（Shigella species）、水痘帯状疱疹ウイルス（Varicella zoster virus）（ＶＺＶ）、大痘瘡（Variola major）、小痘瘡（Variola minor）、スポロトリクス・シェンクッキイ（Sporothrix schenckii）、スタフィロコッカス種（Staphylococcus species）、糞線虫（Strongyloides stercoralis）、麻疹ウイルス（Measles virus）、梅毒トレポネーマ（Treponema pallidum）、テニア種（Taenia species）、クロストリジウム・テタニ（Clostridium tetani）、トリコフィトン種（Trichophyton species）、トリコフィトン・トンズランス（Trichophyton tonsurans）、エピデルモフィトン・フロコスム（Epidermophyton floccosum）、トリコフィトン・ルブルム（Trichophyton rubrum）、トリコフィトン・メンタグロフィテス（Trichophyton mentagrophytes）、トリコフィトン・ルブルム（Trichophyton rubrum）、ホルタエア・ウエルネクキイ（Hortaea werneckii）、トリコフィトン種（Trichophyton species）、マラセチア種（Malassezi
a species）、イヌ回虫（Toxocara canis）、ネコ回虫（Toxocara cati）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、トキソプラズマ・ゴンディ（Toxoplasma gondii）、旋毛虫（Trichinella spiralis）、腟トリコモナス（Trichomonas vaginalis）、鞭虫（Trichuris trichiura）、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）、フランシセラ・ツラレンシス（Francisella tularensis）、サルモネラ・エンテリカ亜種エンテリカ（Salmonella enterica subsp. enterica）、血清型チフス（serovar typhi）、リケッチア（Rickettsia）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ureaplasma urealyticum）、コクシジオイデス・イミチス（Coccidioides immitis）、コクシジオイデス・ポサダシ（Coccidioides posadasii）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（Venezuelan equine encephalitis virus）、グアナリトウイルス（Guanarito virus）、ビブリオ・バルニフィカス（Vibrio vulnificus）、ビブリオ・パラヘモリチカス（Vibrio parahaemolyticus）、複数のウイルス（multiple viruses）、ウエストナイルウイルス（West Nile virus）、トリコスポロン・ベイゲリイ（Trichosporon beigelii）、エルシニア・シュードツベルクロシス（Yersinia pseudotuberculosis）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、黄熱ウイルス（Yellow fever virus）、ケカビ目（Mucorales order）（ムコール症）、およびハエカビ目（Entomophthorales order）（エントモフトラ症）。
a species）、イヌ回虫（Toxocara canis）、ネコ回虫（Toxocara cati）、クラミジア・トラコマチス（Chlamydia trachomatis）、トキソプラズマ・ゴンディ（Toxoplasma gondii）、旋毛虫（Trichinella spiralis）、腟トリコモナス（Trichomonas vaginalis）、鞭虫（Trichuris trichiura）、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）、フランシセラ・ツラレンシス（Francisella tularensis）、サルモネラ・エンテリカ亜種エンテリカ（Salmonella enterica subsp. enterica）、血清型チフス（serovar typhi）、リケッチア（Rickettsia）、ウレアプラズマ・ウレアリチカム（Ureaplasma urealyticum）、コクシジオイデス・イミチス（Coccidioides immitis）、コクシジオイデス・ポサダシ（Coccidioides posadasii）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（Venezuelan equine encephalitis virus）、グアナリトウイルス（Guanarito virus）、ビブリオ・バルニフィカス（Vibrio vulnificus）、ビブリオ・パラヘモリチカス（Vibrio parahaemolyticus）、複数のウイルス（multiple viruses）、ウエストナイルウイルス（West Nile virus）、トリコスポロン・ベイゲリイ（Trichosporon beigelii）、エルシニア・シュードツベルクロシス（Yersinia pseudotuberculosis）、エルシニア・エンテロコリチカ（Yersinia enterocolitica）、黄熱ウイルス（Yellow fever virus）、ケカビ目（Mucorales order）（ムコール症）、およびハエカビ目（Entomophthorales order）（エントモフトラ症）。
【0252】
本書に記載の全ての処置および予防方法は、上記の微生物性生物の少なくともいずれかまたは全てに適用することができる。
【0253】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、１種の微生物に対して有毒であり得る。いくつかの態様において、本発明の化合物は、２種の微生物に対して有毒であり得る。いくつかの態様において、本発明の化合物は、３種の微生物に対して有毒であり得る。いくつかの態様において、本発明の化合物は、４種の微生物に対して有毒であり得る。いくつかの態様において、本発明の化合物は、５種の微生物に対して有毒であり得る。
【0254】
いくつかの態様において、本発明の化合物は、宿主対象体にダメージを与えることなく微生物を処置するために用いることができる。いくつかの態様において、本発明の化合物は、宿主対象体にダメージを与えることなく２種の微生物を処置するために用いることができる。いくつかの態様において、本発明の化合物は、宿主対象体にダメージを与えることなく３種の微生物を処置するために用いることができる。いくつかの態様において、本発明の化合物は、宿主対象体にダメージを与えることなく４種の微生物を処置するために用いることができる。いくつかの態様において、本発明の化合物は、宿主対象体にダメージを与えることなく５種の微生物を処置するために用いることができる。
【0255】
一般的に、方法は、対象体を選択すること、および、例えば医薬組成物においてまたは医薬組成物として、本書におけるペプチドのうち１種以上の有効量を対象体に投与することを含み、また、微生物感染症の予防または処置に必要な場合には投与を繰り返すことを含んでもよく、また、例えば経口、静脈内または局所投与することができる。
【0256】
特定の患者のための特定の投与量および処置計画は、使用される特定の化合物の活性、年齢、体重、総体的な健康状態、性別、食事、投与時間、排泄速度、薬物組み合わせ（drug combination）、疾患、状態または症状の重篤度および経過、疾患、状態または症状に対する患者の素質、ならびに処置を行う医師の判断を含む種々の要因に依存する。
【0257】
１回以上の投与、適用または投薬で、有効量を投与することができる。治療化合物の治療有効量（すなわち、有効な投与量）は、選択された治療化合物に依存する。当該組成物は、１日１回以上～１週間に１回以上（１日おきに１回を包含する）投与することができる。当業者は、疾患または障害の重篤度、以前の処置、対象体の総体的な健康および／または年齢、ならびに存在する他の疾患が挙げられるがこれらに限定されない特定の要因が対象体を有効に処置するために必要とされる投与量およびタイミングに影響を及ぼし得ると解する。
【0258】
さらにまた、本書に記載の治療化合物の治療有効量による対象体の処置は、単回の処置または一連の処置を含み得る。例えば、少なくとも１回、有効量を投与することができる。患者の状態が改善されると、必要に応じて、本発明の化合物、組成物または組み合わせの維持用量を投与することができる。その後、投与量もしくは投与頻度、またはその両方を、症状の関数として、改善された状態が維持されるレベルまで低下させることができる。しかしながら、患者は、疾患症状の再発時に長期間断続的治療を必要とすることがある。
【0259】
いくつかの場合、本書におけるペプチドは、さらに、疾患または疾患症状の調節を行うのに有用な量で１種以上のさらなる治療剤と共投与することができる。かかるさらなる治療剤としては、当該技術分野で知られている慣用の抗微生物剤（例えば、抗生物質）を挙げることができる。共投与される場合、本発明のステープル化ＡＭＰは、慣用の抗微生物剤と組み合わせて、機構的に相加的または相乗的な抗微生物効果を生じるように機能する。特定の作用機序に限定されずに、特定の微生物性生物（例えば、グラム陰性細菌を包含する）の膜に「細孔」を生じる能力を有する特定の内部架橋（例えば、ステープル化）ＡＭＰは、適切な慣用の抗微生物剤の、関連する微生物細胞の内部への通過を促進および／または増強するように作用することができる。同じ目的で、内部架橋ＡＭＰは、適切な抗微生物剤と（共有的または非共有的に）コンジュゲートすることができ、得られたコンジュゲート体は、適切な対象体へ投与される。
【0260】
微生物性生物の膜に「細孔」を生じる内部架橋ＡＭＰの能力は、それらのための別の有用性の基礎をもたらす。かくして、例えば、関連する微生物性生物（例えば、本書に記載のもののいずれか）を、対象体内で、またはインビトロで、微生物の「細孔」または溶解を生じる能力を有する内部架橋ＡＭＰと接触させることができる。この活性の結果として、核酸（例えば、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ）が、微生物性生物からそれらの周囲へ放出される。この現象は、微生物の正確で迅速で安価な同定の基礎として用いることができる。接触が対象体内で生じる場合、種々の体液（例えば、血液、リンパ液、尿、糞便、粘液、または涙）のいずれかまたは体洗浄を試験することができる。接触がインビトロで生じる場合、培養培地を試験することができる。
【0261】
医学的または衛生学的デバイスへの応用
本発明の抗微生物性ペプチドは、様々な医学的および／または衛生学的デバイス（例えば、コーティングとして、またはデバイスが脊椎動物対象体の体管（bodily canal）に挿入された後、脊椎動物対象体の体腔に挿入された後または脊椎動物の組織もしくは器官に適用された後に分解または溶解した場合の暴露または放出のために生分解性デバイス内に含浸される）に応用または組み込むことができて、微生物（例えば、細菌またはバイオフィルム）の増殖を防止または阻害することができる。本書に記載のステープル化ペプチドとともに用いるのに好適な医学的または衛生学的デバイスとしては、下記の目的で脊椎動物対象体の体管に挿入されるか、脊椎動物対象体の体腔に挿入されるか、または脊椎動物の組織もしくは器官に適用されるデバイスが挙げられるがこれらに限定されない：（ａ）傷の保護；（ｂ）脊椎動物対象体の体からの、体液、分泌液または排泄物（例えば、血液、月経、尿、リンパ液、脳脊髄液、精液、唾液、膣分泌物、粘液、または糞便）の望ましくない放出の防止または軽減、または制限された放出の解消；（ｃ）対象体への薬物またはいくつかの他の治療剤もしくは予防剤の送達；（ｄ）不在の臓器機能の置換または欠損した臓器機能の補完；または（ｅ）体管（例えば、血管）の開存性の維持。医学的または衛生学的デバイスの具体的な例としては、以下のものが挙げられるがこれらに限定されない：末梢ＩＶ、中心ライン、ポート・ア・キャス（portacath）、透析用カテーテル；直腸デバイス、例えば、坐剤、浣腸、およびカテーテル；鼻送達、器官送達、または食道送達デバイス；膣用デバイス、例えば、膣用タンポンおよび避妊デバイス（例えば、ペッサリーまたは子宮内デバイス（ＩＵＤ））；静脈用、動脈用、頭蓋内用および他のためのニードル、カテーテルおよびステント；腎透析用アクセス；外科用の絆創膏、縫合または包帯；オストミーデバイス；天然および合成の埋め込み型組織マトリックス（例えば、米国特許第５,８８５,８２９号を参照（出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する））；ペースメーカー、ならびにおよびペースメーカーワイヤおよびリード；合成および自然のプロテーゼ、例えば、臀部および膝および関節用プロテーゼ、ならびに心臓弁；体腔（例えば、腹腔）に埋め込まれ、薬物またはいくつかの他の治療もしくは予防剤のゆっくりとした送達を提供する浸透圧ポンプ（例えば、ミニ浸透圧ポンプ）。
本発明の抗微生物性ペプチドは、様々な医学的および／または衛生学的デバイス（例えば、コーティングとして、またはデバイスが脊椎動物対象体の体管（bodily canal）に挿入された後、脊椎動物対象体の体腔に挿入された後または脊椎動物の組織もしくは器官に適用された後に分解または溶解した場合の暴露または放出のために生分解性デバイス内に含浸される）に応用または組み込むことができて、微生物（例えば、細菌またはバイオフィルム）の増殖を防止または阻害することができる。本書に記載のステープル化ペプチドとともに用いるのに好適な医学的または衛生学的デバイスとしては、下記の目的で脊椎動物対象体の体管に挿入されるか、脊椎動物対象体の体腔に挿入されるか、または脊椎動物の組織もしくは器官に適用されるデバイスが挙げられるがこれらに限定されない：（ａ）傷の保護；（ｂ）脊椎動物対象体の体からの、体液、分泌液または排泄物（例えば、血液、月経、尿、リンパ液、脳脊髄液、精液、唾液、膣分泌物、粘液、または糞便）の望ましくない放出の防止または軽減、または制限された放出の解消；（ｃ）対象体への薬物またはいくつかの他の治療剤もしくは予防剤の送達；（ｄ）不在の臓器機能の置換または欠損した臓器機能の補完；または（ｅ）体管（例えば、血管）の開存性の維持。医学的または衛生学的デバイスの具体的な例としては、以下のものが挙げられるがこれらに限定されない：末梢ＩＶ、中心ライン、ポート・ア・キャス（portacath）、透析用カテーテル；直腸デバイス、例えば、坐剤、浣腸、およびカテーテル；鼻送達、器官送達、または食道送達デバイス；膣用デバイス、例えば、膣用タンポンおよび避妊デバイス（例えば、ペッサリーまたは子宮内デバイス（ＩＵＤ））；静脈用、動脈用、頭蓋内用および他のためのニードル、カテーテルおよびステント；腎透析用アクセス；外科用の絆創膏、縫合または包帯；オストミーデバイス；天然および合成の埋め込み型組織マトリックス（例えば、米国特許第５,８８５,８２９号を参照（出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する））；ペースメーカー、ならびにおよびペースメーカーワイヤおよびリード；合成および自然のプロテーゼ、例えば、臀部および膝および関節用プロテーゼ、ならびに心臓弁；体腔（例えば、腹腔）に埋め込まれ、薬物またはいくつかの他の治療もしくは予防剤のゆっくりとした送達を提供する浸透圧ポンプ（例えば、ミニ浸透圧ポンプ）。
【0262】
バイオフィルムおよびバイオフィルム関連感染症の処置
本発明のステープル化ＡＭＰは、インビボまたはインビトロで細菌性バイオフィルムを処置または滅菌するために使用することができる。例えば、嚢胞性線維症の処置のために肺へ、または細菌性膣症（ＢＶ）の処置のために膣へ（局所的に）、有効量を投与することができる。ＢＶは、膣内フローラが、ラクトバチルス種がもはや優勢ではないように変えられる症状である［Forsum et al. (2005) APMIS 113:81-90］。ＢＶは、ガードネレラ・バギナリス（Gardnerella vaginalis）、いくつかの嫌気性菌、およびマイコプラズマ・ホミニス（Mycoplasma hominis）のような生物の過剰増殖によって特徴付けられる。アトポビウム（Atopobium）種のような膣内生物はＢＶと関連し得る［Verstraelen et al. (2004) Am J. Obstet. and Gynecol. 191:1130-1132］。ＢＶと関連する嫌気性菌としては、バクテロイデス（Bacteroides）種、プレボテラ（Prevotella）種、ペプトストレプトコッカス（Peptostreptococcus）種およびモビルンカス（Morbiluncus）種が挙げられる［Forsum et al. (2005)、上掲］。妊婦の研究において、無症候性ＢＶ患者および症候性ＢＶ患者は、ともに、これらの生物、特にガードネレラ（Gardnerella）が１０倍以上増加していることが判明した。症候性の女性は、ガードネレラ（Gardnerella）細菌および嫌気性菌が１００倍～１０００倍増加している。このような患者において、乳酸桿菌の付随低下があり、未知の理由で、存在する乳酸桿菌は、それらの正常なカウンターパートよりも過酸化水素の生成が少ない。アミン生成物であるトリメチルアミンは、細菌の過剰増殖の代謝産物であり、その魚臭は、ＢＶの徴候である。ＢＶに関連している要因としては、性行為、特に新しい性交渉相手、抗生物質の使用、未知の理由によるｐＨ低下、およびＩＵＤ（子宮内デバイス）の使用が挙げられる［Hawes et al. (1996) J. Infect. Dis. 190:1374-1381］。ＢＶ患者のおよそ半数は無症候性である。持続性膣炎はＢＶに関連する。
本発明のステープル化ＡＭＰは、インビボまたはインビトロで細菌性バイオフィルムを処置または滅菌するために使用することができる。例えば、嚢胞性線維症の処置のために肺へ、または細菌性膣症（ＢＶ）の処置のために膣へ（局所的に）、有効量を投与することができる。ＢＶは、膣内フローラが、ラクトバチルス種がもはや優勢ではないように変えられる症状である［Forsum et al. (2005) APMIS 113:81-90］。ＢＶは、ガードネレラ・バギナリス（Gardnerella vaginalis）、いくつかの嫌気性菌、およびマイコプラズマ・ホミニス（Mycoplasma hominis）のような生物の過剰増殖によって特徴付けられる。アトポビウム（Atopobium）種のような膣内生物はＢＶと関連し得る［Verstraelen et al. (2004) Am J. Obstet. and Gynecol. 191:1130-1132］。ＢＶと関連する嫌気性菌としては、バクテロイデス（Bacteroides）種、プレボテラ（Prevotella）種、ペプトストレプトコッカス（Peptostreptococcus）種およびモビルンカス（Morbiluncus）種が挙げられる［Forsum et al. (2005)、上掲］。妊婦の研究において、無症候性ＢＶ患者および症候性ＢＶ患者は、ともに、これらの生物、特にガードネレラ（Gardnerella）が１０倍以上増加していることが判明した。症候性の女性は、ガードネレラ（Gardnerella）細菌および嫌気性菌が１００倍～１０００倍増加している。このような患者において、乳酸桿菌の付随低下があり、未知の理由で、存在する乳酸桿菌は、それらの正常なカウンターパートよりも過酸化水素の生成が少ない。アミン生成物であるトリメチルアミンは、細菌の過剰増殖の代謝産物であり、その魚臭は、ＢＶの徴候である。ＢＶに関連している要因としては、性行為、特に新しい性交渉相手、抗生物質の使用、未知の理由によるｐＨ低下、およびＩＵＤ（子宮内デバイス）の使用が挙げられる［Hawes et al. (1996) J. Infect. Dis. 190:1374-1381］。ＢＶ患者のおよそ半数は無症候性である。持続性膣炎はＢＶに関連する。
【0263】
ＢＶの臨床診断は、膣分泌物において以下の４つの特徴のうちの３つを有することに基づいている：（１）ｐＨ４.５以上；（２）薄いスキムミルク様；（３）該分泌物上に１０％水酸化カリウムを置いた時のアミン魚臭；および（４）手掛かり細胞（clue cell）［Amsel et al. (1983) Am. J. Med. 74:14-22］。手掛かり細胞は、その境界が不明瞭である細菌で覆われている膣細胞である。ＢＶ患者からの膣分泌物の顕微鏡検査では、ＢＶ患者からの膣排出物の顕微鏡検査では、長い乳酸桿菌の形態型が減少することが見られる。
【0264】
ＢＶを有する妊婦は、早産、低出生体重出産、羊水感染症、および絨毛膜羊膜感染症が５０％～１００％増加する［Hillier et al. (1995) N. Engl. J. Med. 333:1737-1742］。高濃度の潜在的病原性微生物は、また、帝王切開後の分娩後子宮内膜炎、治療的流産後の骨盤内炎症性疾患、および腹式子宮摘出術後の膣断端部蜂巣炎（vaginal cuff cellulitis）を含む上部生殖管の感染症の素因となる。
【0265】
ＢＶの処置オプションとしては、第一選択処置として、非妊娠女性におけるメトロニダゾール（経口）およびクリンダマイシン（局所）、ならびに症候性妊婦におけるメトロニダゾールが挙げられる。再発性ＢＶについては、通常の処置、次いで、隔週の抑制量のメトロニダゾールが推奨される。経口または膣内投与された乳酸桿菌は、その有効性は依然として議論の余地があるが、助けになるかもしれない。
【0266】
さらなる適用
本書に記載のステープル化ペプチドは、また、ウイルス性（例えば、ＨＩＶ）感染症の可能性を予防または軽減するために使用することができる。例えば、ステープル化ＡＭＰは、ウイルス性（例えば、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２）伝染および／または感染のリスクを増加させることが示される炎症性リスクをもたらす個別の膣細菌性フローラを排除するために膣内（例えば、局所）投与することができる。
本書に記載のステープル化ペプチドは、また、ウイルス性（例えば、ＨＩＶ）感染症の可能性を予防または軽減するために使用することができる。例えば、ステープル化ＡＭＰは、ウイルス性（例えば、ＨＩＶ－１またはＨＩＶ－２）伝染および／または感染のリスクを増加させることが示される炎症性リスクをもたらす個別の膣細菌性フローラを排除するために膣内（例えば、局所）投与することができる。
【0267】
本書におけるペプチドは、微生物（例えば、細菌）汚染のリスクを低減または排除するために、食品または飲料処理の状況で（例えば、滅菌および／または発酵過程において食品および飲料品（例えば、ビール）に）適用することができる。現在、天然に存在する抗細菌性ペプチドであるナイシンは、病原性グラム陽性細菌を除菌するために食品加工処理において用いられている。しかしながら、有効な抗微生物剤は、食品加工処理の状況におけるグラム陰性細菌の除菌に利用可能ではない。ナイシンとは異なり、本発明の合成ペプチドは、グラム陽性細菌およびグラム陰性細菌の両方に対して広域スペクトル活性を示す。
【0268】
本発明のステープル化ＡＭＰは、また、例えば感染症に罹患しているかまたは感染症のリスクがある動物または植物において、微生物感染症の予防および／または処置するために、獣医学用途および／または農業用途に適用することもできる。処置に好適な動物の例は、当該技術分野において一般的に知られており、以下のものが挙げられる（しかし、これらに限定されない）：例えば、家禽類および他のトリ（ニワトリ、シメンチョウ、アヒル、ダチョウ、エミュー、ウズラを包含する）、反芻動物（ヤギ、ヒツジ、およびウシを包含する）、サカナ、ブタ、ウサギ、マウス、ラット、ウマ、ロバ、サル、類人猿、ネコ科動物（ネコを包含する）、ハムスター、フェレット、モルモットおよびイヌ科動物（イヌを包含する）。処置に好適な植物の例は、当該技術分野において一般的に知られており、以下のものが挙げられる（しかし、これらに限定されない）：例えば、アーモンド、リンゴ、アマランス、チョウセンアザミ、アスパラガス、アボカド、バナナおよびプランテン、オオムギ、ビート、ベリー類（ブルーベリー、ブラックベリー、ストロベリー、およびラズベリー）、パンノキおよびジャックフルーツ、芽キャベツ、キャベツ、ニンジン、キャッサバ、カリフラワーおよびブロッコリー、セロリ、ハヤトウリ、チェリー、ココナツ、コラードおよびケール、コーン（トウモロコシ）、キュウリおよびズッキーニ、タンポポ、ナスビ、エンダイブおよびチコリ、ニンニク、コールラビ、ブドウ、マメ科植物、レタス、メロン類（ハネデュー、カンタロープおよびスイカ）、カラシナ、オート麦、オカ（oca）、オリーブ、オクラ、タマネギ、オレンジおよびグレープフルーツ、オイスタープラント、西洋ナシ、モモ、ペミカン、ペッパー、ジャガイモおよび他の塊茎、キノア、ラディッシュ、コメ、ダイオウ、ライムギ、サゴ、ソルガム、ダイズ、ホウレンソウ、カボチャ（pumpkin）および他のカボチャ（squash）、キクイモ、タロイモ、テフ、トマト、カブ、ウルーコ（ulluco）、バニラ、クレソン、コムギ、ヤム、およびヤウティア。処置に好適な食品の例は、当該技術分野において一般的に知られており、以下のものが挙げられる（しかし、これらに限定されない）：例えば、上記のような、藻類、キノコ類、および動物由来の食品（例えば、ビーフ、バター、タマゴ、（アイス）クリーム、グレイビー、ミルク、ポーク、ヴィール、ヨーグルト）および／または植物由来の食品（例えば、ビール、パン、シリアル、チョコレート、コーヒー、ケチャップ、マスタードソース、オートミール、ジュース、グルタミン酸ナトリウム、サラダ、ソーダ、ソフトドリンク、豆乳、醤油、茶、豆腐、揚げ物、酢、ワイン）。
【0269】
本書におけるペプチドは、また、微生物（例えば、細菌）汚染のリスクを低減または排除するために、パーソナルケアおよび／または消費者製品の状況において（例えば、滅菌プロセスにおける健康製品または美容製品に）適用することもできる。処置に好適な製品の例は、当該技術分野において一般的に知られており、以下のものが挙げられる（しかし、これらに限定されない）：例えば、ブラシ、コンディショナー、クリップ、クリッパー、カールアイロン、シャンプー、ソープ、ローション、局所アクネ軟膏、オイル、着色料、染料、香料、ピン、フレグランス、カミソリ、ヒゲソリ用デバイス、デオドラント、化粧料、キッチン用および／またはダイニング用デバイス（例えば、まな板、ラック、容器、ポット、平鍋、器具（utensil））、および清掃デバイス（例えば、ホウキ、モップ、ちりとり、掃除機）および清浄液。
【実施例】
【0270】
実施例１：ステープル化マガイニンＩＩアナログの合成
マガイニンＩＩは、化合物の設計のための足場として用いられた、十分に特徴付けられたＡＭＰである。ステープル化マガイニンＩＩペプチドのパネルを作成した（図３Ａ）。最初のパネルについて、αヘリックスの２ターン離れているｉ,ｉ＋７ステープルを用いる７つの異なる位置がサンプリングされた。ペプチドの疎水性面および親水性面上、ならびに２つの界面上のステープル位置を試験した（図３Ｂ）。アラニンは、ペプチド配列内でヘリックス℃を促進することができるので、３つの変異（Ｓ８Ａ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１８Ａ）を導入した。
マガイニンＩＩは、化合物の設計のための足場として用いられた、十分に特徴付けられたＡＭＰである。ステープル化マガイニンＩＩペプチドのパネルを作成した（図３Ａ）。最初のパネルについて、αヘリックスの２ターン離れているｉ,ｉ＋７ステープルを用いる７つの異なる位置がサンプリングされた。ペプチドの疎水性面および親水性面上、ならびに２つの界面上のステープル位置を試験した（図３Ｂ）。アラニンは、ペプチド配列内でヘリックス℃を促進することができるので、３つの変異（Ｓ８Ａ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１８Ａ）を導入した。
【0271】
実施例２：ステープル化マガイニンＩＩアナログのヘリックス特徴付け
ヘリックス促進溶媒であるトリフルオロエタノール（ＴＦＥ；５０％ｖ／ｖ）の存在下および非存在下でＣＤ分光法を用いて、ステープル化マガイニンＩＩアナログのパネルのヘリックス度を決定するために、ペプチドを水に溶解した。ＴＦＥの非存在下で、ステープル化アナログは、部分的に不規則であった非ステープル化マガイニンＩＩと比べて非常に高いレベルのヘリックス度を示した（図４Ａ）。ヘリックス度のレベルは、理想的なαヘリックスペプチドと比べて、ＭａｇＳｔａｐ２についてのおよそ３４％からＭａｇＳｔａｐ１および３についての１００％までの範囲であった。これらの結果は、炭化水素ステープルの位置がαヘリックス構造の誘導に重大な影響を及ぼすことを示唆している。ＴＦＥの存在下でのヘリックス度を測定した場合、ステープル化アナログの大部分は、１００％のαヘリックス含有率を保持していたＭａｇＳｔａｐ３を除いて、５０～６０％ヘリックスであった。対照的に、マガイニンＩＩについての誘導されたαヘリックス度は、ＴＦＥの存在下でさえ３２％を超えなかった（図４Ｂ）。
ヘリックス促進溶媒であるトリフルオロエタノール（ＴＦＥ；５０％ｖ／ｖ）の存在下および非存在下でＣＤ分光法を用いて、ステープル化マガイニンＩＩアナログのパネルのヘリックス度を決定するために、ペプチドを水に溶解した。ＴＦＥの非存在下で、ステープル化アナログは、部分的に不規則であった非ステープル化マガイニンＩＩと比べて非常に高いレベルのヘリックス度を示した（図４Ａ）。ヘリックス度のレベルは、理想的なαヘリックスペプチドと比べて、ＭａｇＳｔａｐ２についてのおよそ３４％からＭａｇＳｔａｐ１および３についての１００％までの範囲であった。これらの結果は、炭化水素ステープルの位置がαヘリックス構造の誘導に重大な影響を及ぼすことを示唆している。ＴＦＥの存在下でのヘリックス度を測定した場合、ステープル化アナログの大部分は、１００％のαヘリックス含有率を保持していたＭａｇＳｔａｐ３を除いて、５０～６０％ヘリックスであった。対照的に、マガイニンＩＩについての誘導されたαヘリックス度は、ＴＦＥの存在下でさえ３２％を超えなかった（図４Ｂ）。
【0272】
実施例３：ステープル化マガイニンＩＩペプチドの抗細菌活性
ステープル化マガイニンＩＩペプチドのパネルを、２種類のグラム陰性細菌株であるエシェリキア・コリ（E. coli）およびセラチア・マルセセンス（S. marcescens）、ならびに２種類のグラム陽性株であるバチルス・セレウス（B. cereus）およびエンテロコッカス・デューランス（E. durans）について試験した。この分析の結果を表３に示す。
ステープル化マガイニンＩＩペプチドのパネルを、２種類のグラム陰性細菌株であるエシェリキア・コリ（E. coli）およびセラチア・マルセセンス（S. marcescens）、ならびに２種類のグラム陽性株であるバチルス・セレウス（B. cereus）およびエンテロコッカス・デューランス（E. durans）について試験した。この分析の結果を表３に示す。
【0273】
【表3】
【0274】
表３におけるペプチドは、配列番号１３４および１７８～１８４（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0275】
エシェリキア・コリ（E. coli）におけるステープル化ペプチドの最小阻止濃度（ＭＩＣ）は、マガイニンＩＩのＭＩＣよりも３倍以上低かった；ＭａｇＳｔａｐ２および６のような選択された化合物は抗力が１５倍以上増加したことを示した。セラチア・マルセセンス（S. marcescens）において試験した全てのペプチドのＭＩＣは試験した濃度の範囲よりも大きかったけれども、ステープルペプチドによる処置は、マガイニンＩＩと比べた場合、増殖の部分阻害をもたらした。バチルス・セレウス（B. cereus）について試験した場合、パネルのＭＩＣは、エシェリキア・コリ（E. coli）について得られた値と非常に類似していた。これらの結果は、グラム陰性菌の二重の膜構造が該病原体をＡＭＰ毒性から保護しないことを示唆している。エンテロコッカス・デューランス（E. durans）についての我々のＭＩＣ結果は、抗微生物活性の２～３倍増加を示した。エンテロコッカス・デューランス（E. durans）のＭＩＣ測定は、最適なエンテロコッカス・デューランス（E. durans）増殖のために５％の溶解したウマの血液の存在下で行ったことに注目すべきである。溶解度実験によって、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）の添加がペプチド活性を減弱させることが示されたので、ウマの血液中に存在する血清タンパク質は、ＡＭＰに結合し、それらの活性を阻害し得る。
【0276】
ステープル位置がＡＭＰの抗微生物活性にどのように影響するかを理解することは、ペプチド設計を精緻化するために重要であり得る。ステープル化パネルのＭＩＣ値を比較すると、ステープル位置２および６は一貫してはるかに低いＭＩＣ値をもたらした。しかしながら、ステープル位置１および５は、４つの株すべてにおいて、パネル中のペプチドの中で最も高いＭＩＣ値を有した。かくして、ステープル位置がペプチドの疎水性面上にある場合、抗微生物効力の著しい増加を達成することができる。他方、ステープル位置が親水性面に設置されたとき、効力の増加はより低かった。
【0277】
実施例４：ステープル化マガイニンＩＩペプチドの溶血活性
ＡＭＰが真核細胞と細菌膜とを区別する能力は、宿主生物の細胞の損傷を防ぐのに役立つので、その活性の中心である。それにもかかわらず、ＡＭＰ療法の分野における大きな障害は、哺乳動物（例えば、ヒト）細胞への損傷を最小限に抑えながらＡＭＰ効力を増加させることである。ヘリシティヘリックス度および疎水性の増加はしばしば抗微生物活性の有利な増加をもたらすが、増加したヘリックス度および疎水性はまた、非常に低い膜選択性をもたらし得る。ステープル化ペプチドの最初のパネルがどれほど選択的であるかを評価するために、健康な患者の血液サンプルから単離した赤血球を溶解する能力を測定した（図５）。マガイニンＩＩは試験された濃度の範囲にわたって溶血活性を示さなかったが、ステープル化アナログはすべて、それらのＭＩＣ以下の濃度でも高度に溶血性であった。ステープル化アナログのうち、ＭａｇＳｔａｐ５は最も低い溶血活性を示し、一方、ＭａｇＳｔａｐ４は最も溶血活性が高かった。これらの結果の１つの可能な説明は、炭化水素ステープルが、Ｃ－１８ＨＰＬＣカラムでの溶出時間によって証明されるように、疎水性の有意な増加をもたらしたことである（例えば、実施例１１参照）。
ＡＭＰが真核細胞と細菌膜とを区別する能力は、宿主生物の細胞の損傷を防ぐのに役立つので、その活性の中心である。それにもかかわらず、ＡＭＰ療法の分野における大きな障害は、哺乳動物（例えば、ヒト）細胞への損傷を最小限に抑えながらＡＭＰ効力を増加させることである。ヘリシティヘリックス度および疎水性の増加はしばしば抗微生物活性の有利な増加をもたらすが、増加したヘリックス度および疎水性はまた、非常に低い膜選択性をもたらし得る。ステープル化ペプチドの最初のパネルがどれほど選択的であるかを評価するために、健康な患者の血液サンプルから単離した赤血球を溶解する能力を測定した（図５）。マガイニンＩＩは試験された濃度の範囲にわたって溶血活性を示さなかったが、ステープル化アナログはすべて、それらのＭＩＣ以下の濃度でも高度に溶血性であった。ステープル化アナログのうち、ＭａｇＳｔａｐ５は最も低い溶血活性を示し、一方、ＭａｇＳｔａｐ４は最も溶血活性が高かった。これらの結果の１つの可能な説明は、炭化水素ステープルが、Ｃ－１８ＨＰＬＣカラムでの溶出時間によって証明されるように、疎水性の有意な増加をもたらしたことである（例えば、実施例１１参照）。
【0278】
実施例５：ステープル化ペキシガナンアナログの合成
最大および最小の活性を示した場所をテストするためにＭａｇＳｔａｐ２、ＭａｇＳｔａｐ５、およびＭａｇＳｔａｐ６で使用されている位置に対応する位置にステープルが配置された３種類のペキシガナンアナログを合成した（図６Ａおよび図６Ｂ）。
最大および最小の活性を示した場所をテストするためにＭａｇＳｔａｐ２、ＭａｇＳｔａｐ５、およびＭａｇＳｔａｐ６で使用されている位置に対応する位置にステープルが配置された３種類のペキシガナンアナログを合成した（図６Ａおよび図６Ｂ）。
【0279】
実施例６：ステープル化ペキシガナンアナログのヘリックス特徴付け
ヘリックス度誘発剤であるＴＦＥ（５０％ｖ／ｖ）の存在下および非存在下で水中におけるペキシガナンおよびそのステープル化アナログのヘリックス度を測定した。ＴＦＥの非存在下では、ペキシガナンは溶液中でほとんど二次構造を示さなかったが、ステープル化アナログは非常に少ない量のヘリックス立体構造を示した（図７Ａ）。ＴＦＥの添加時に、ペキシガナン、ＰｅｘＳｔａｐ２、およびＰｅｘＳｔａｐ６は、２５～３５％の範囲で同様のレベルのヘリックス立体構造を示した。これらの結果は、静電反発がヘリックス立体構造をあまり好ましくないものにしたことを示唆している（図７Ｂ）。さらに、ステープルを親水性側に加え、２つのリジン残基を置き換えたＰｅｘＳｔａｐ５アナログは、非常に程度の高い約８３％のヘリックス度を示した。この結果は、ＡＭＰが採用することができるヘリックス度の相対量を決定する際の、親水性側の残基間の静電反発の重要性をさらに強調する。
ヘリックス度誘発剤であるＴＦＥ（５０％ｖ／ｖ）の存在下および非存在下で水中におけるペキシガナンおよびそのステープル化アナログのヘリックス度を測定した。ＴＦＥの非存在下では、ペキシガナンは溶液中でほとんど二次構造を示さなかったが、ステープル化アナログは非常に少ない量のヘリックス立体構造を示した（図７Ａ）。ＴＦＥの添加時に、ペキシガナン、ＰｅｘＳｔａｐ２、およびＰｅｘＳｔａｐ６は、２５～３５％の範囲で同様のレベルのヘリックス立体構造を示した。これらの結果は、静電反発がヘリックス立体構造をあまり好ましくないものにしたことを示唆している（図７Ｂ）。さらに、ステープルを親水性側に加え、２つのリジン残基を置き換えたＰｅｘＳｔａｐ５アナログは、非常に程度の高い約８３％のヘリックス度を示した。この結果は、ＡＭＰが採用することができるヘリックス度の相対量を決定する際の、親水性側の残基間の静電反発の重要性をさらに強調する。
【0280】
実施例７：ステープル化ペキシガナンアナログの抗微生物活性
以下の細菌株に対してペキシガナンおよびそのステープル化アナログを試験した：エシェリキア・コリ（E. coli）、セラチア・マルセセンス（S. marcescens）、バチルス・セレウス（B. cereus）、スタフィロコッカス・アウレウス（S. aureus）およびシュードモナス・エルギノーサ（P. aeruginosa）。この研究の結果を表４に示す。
以下の細菌株に対してペキシガナンおよびそのステープル化アナログを試験した：エシェリキア・コリ（E. coli）、セラチア・マルセセンス（S. marcescens）、バチルス・セレウス（B. cereus）、スタフィロコッカス・アウレウス（S. aureus）およびシュードモナス・エルギノーサ（P. aeruginosa）。この研究の結果を表４に示す。
【0281】
【表4】
【0282】
ステープル化ペキシガナンアナログは、抗微生物活性の有意な増加を示さなかった。それらの活性は試験された株にわたってほとんど維持され、セラチア・マルセセンス（S. marcescens）の場合、ステープル化アナログは、ペキシガナンと比較して部分的な増殖阻害を示した。細孔形成が生じるためのある濃度のペプチドの存在を必要とするＡＭＰの作用機序のために、ペプチド効力に関して上限が達成されている可能性がある。それにもかかわらず、ペプチドステープリングによって得られるプロテアーゼ耐性および好ましい薬物動態プロファイルは、非修飾ペプチドと比較してステープル化ペキシガンＡＭＰの潜在的利益を示す。
【0283】
実施例８：ステープル化ペキシガナンアナログの溶血活性
ヒト赤血球をステープル化ペキシガナンペプチドの存在下でインキュベートすると、ペキシガナンの場合に溶血が起こらないのとは対照的に、有意な量の溶血活性が検出された（図８）。しかし、ステープル化マガイニンＩＩパネルと比較した場合、ペキシガナンアナログは、試験された濃度の範囲にわたってより低いレベルの溶血活性を示した。カチオン性残基の増加は、膜選択性を部分的に回復させたペプチドの全体的な疎水性の低下をもたらした。加えて、ＰｅｘＳｔａｐ５は、ＰｅｘＳｔａｐ２およびＰｅｘＳｔａｐ６と比較して、より高いレベルの溶血活性を示し、疎水性の増加が膜選択性を低下させるというさらなる証拠を提供した。興味深いことに、ＰｅｘＳｔａｐ５は、疎水性が低いにもかかわらず、ＭａｇＳｔａｐ５よりも溶血性である。ヘリックス度に関して、ある閾値が存在すると考えられ、これを超えるとＡＭＰの溶血活性を大幅に増加させることができる（例えば実施例１１を参照）。
ヒト赤血球をステープル化ペキシガナンペプチドの存在下でインキュベートすると、ペキシガナンの場合に溶血が起こらないのとは対照的に、有意な量の溶血活性が検出された（図８）。しかし、ステープル化マガイニンＩＩパネルと比較した場合、ペキシガナンアナログは、試験された濃度の範囲にわたってより低いレベルの溶血活性を示した。カチオン性残基の増加は、膜選択性を部分的に回復させたペプチドの全体的な疎水性の低下をもたらした。加えて、ＰｅｘＳｔａｐ５は、ＰｅｘＳｔａｐ２およびＰｅｘＳｔａｐ６と比較して、より高いレベルの溶血活性を示し、疎水性の増加が膜選択性を低下させるというさらなる証拠を提供した。興味深いことに、ＰｅｘＳｔａｐ５は、疎水性が低いにもかかわらず、ＭａｇＳｔａｐ５よりも溶血性である。ヘリックス度に関して、ある閾値が存在すると考えられ、これを超えるとＡＭＰの溶血活性を大幅に増加させることができる（例えば実施例１１を参照）。
【0284】
実施例９：炭化水素ステープルのジヒドロキシル化
炭化水素ステープルの添加は抗微生物活性の有意な改善をもたらしたが、炭化水素ステープルの疎水性に起因し得る溶血活性の増加も観察された。したがって、抗微生物効力増強を保持する一方、溶解し易い疎水性を緩和する１つのアプローチは、ステープル自体の疎水性を調節することである；したがって、シャープレスジヒドロキシル化反応を用いて、ステープル中に存在するアルケン基に２つのアルコール基を導入した。ステープル上のこれらの２つの親水性基の存在は、その疎水性を低下させて、溶血活性を低下させることげできる。この仮説を試験するために、ＰｅｘＤｉｏｌ５と呼ばれるＰｅｘＳｔａｐ５のジヒドロキシ化形態を合成した。
炭化水素ステープルの添加は抗微生物活性の有意な改善をもたらしたが、炭化水素ステープルの疎水性に起因し得る溶血活性の増加も観察された。したがって、抗微生物効力増強を保持する一方、溶解し易い疎水性を緩和する１つのアプローチは、ステープル自体の疎水性を調節することである；したがって、シャープレスジヒドロキシル化反応を用いて、ステープル中に存在するアルケン基に２つのアルコール基を導入した。ステープル上のこれらの２つの親水性基の存在は、その疎水性を低下させて、溶血活性を低下させることげできる。この仮説を試験するために、ＰｅｘＤｉｏｌ５と呼ばれるＰｅｘＳｔａｐ５のジヒドロキシ化形態を合成した。
【0285】
最初に、ＰｅｘＳｔａｐ５と比較した場合、ＰｅｘＤｉｏｌ５のヘリックスフォールディングの程度を測定し、ＴＦＥ（５０％ｖ／ｖ）の存在下および非存在下で同様のレベルのヘリックス度が見いだされた（図７）。第２に、ＰｅｘＤｉｏｌ５の抗微生物活性を我々の細菌性病原体パネルに対して試験した。抗微生物活性は、ステープル上のジオール部分の存在下で維持された（表３）。最後に、ＰｅｘＤｉｏｌ５の溶血活性を試験した。ＰｅｘＤｉｏｌ５は、試験した濃度の範囲にわたって有意な溶血活性を示したが、ＰｅｘＳｔａｐ５の活性より顕著に低かった（図８）。この結果は、ステープルの疎水性が膜選択性の低下において重要な役割を果たすという推論を立証した。
【0286】
実施例１０：炭化水素ステープルのアミノヒドロキシル化
ジオール部分はペプチドの全体的な疎水性を部分的に減少させたが、アミン部分の添加による点電荷を加えることにより、ステープルの疎水性をさらに低下させることができる。さらにまた、ステープル上のアミンハンドルは、抗微生物活性をさらに高めることができる他の化学基をステープルに取り付ける機会を提供する。この目的のために、シャープレスアミノヒドロキシル化反応を用いて、ＰｅｘＳｔａｐ２、ＰｅｘＳｔａｐ５およびＰｅｘＳｔａｐ６中のアルケン基を修飾し、ＰｅｘＡｍｉｎｏｌ２、ＰｅｘＡｍｉｎｏｌ５およびＰｅｘＡｍｉｎｏｌ６を生成した。
ジオール部分はペプチドの全体的な疎水性を部分的に減少させたが、アミン部分の添加による点電荷を加えることにより、ステープルの疎水性をさらに低下させることができる。さらにまた、ステープル上のアミンハンドルは、抗微生物活性をさらに高めることができる他の化学基をステープルに取り付ける機会を提供する。この目的のために、シャープレスアミノヒドロキシル化反応を用いて、ＰｅｘＳｔａｐ２、ＰｅｘＳｔａｐ５およびＰｅｘＳｔａｐ６中のアルケン基を修飾し、ＰｅｘＡｍｉｎｏｌ２、ＰｅｘＡｍｉｎｏｌ５およびＰｅｘＡｍｉｎｏｌ６を生成した。
【0287】
実施例１１：微生物対哺乳動物の膜選択性を有するステープル化ＡＭＰを生成するための設計原理
マガイニンＩＩの配列に基づくペプチドライブラリーを作成し、ステープルをそのＮ末端からＣ末端までペプチド配列を横切って連続的に移動させることにより、全ての可能なｉ,ｉ＋４、またはｉ,ｉ＋７のステープル挿入点を調査した（図１１）。グラム陽性種およびグラム陰性種を含む４つの異なる細菌性病原体におけるこのライブラリーの抗微生物活性を試験し（図１２、図１３）、赤血球（ＲＢＣ）溶血活性アッセイを用いた哺乳動物膜溶解についてカウンタースクリーニングした（図１４）。
マガイニンＩＩの配列に基づくペプチドライブラリーを作成し、ステープルをそのＮ末端からＣ末端までペプチド配列を横切って連続的に移動させることにより、全ての可能なｉ,ｉ＋４、またはｉ,ｉ＋７のステープル挿入点を調査した（図１１）。グラム陽性種およびグラム陰性種を含む４つの異なる細菌性病原体におけるこのライブラリーの抗微生物活性を試験し（図１２、図１３）、赤血球（ＲＢＣ）溶血活性アッセイを用いた哺乳動物膜溶解についてカウンタースクリーニングした（図１４）。
【0288】
一般に、マガイニンＩＩ配列へのステープルの組み込みは、非修飾配列と比較してより大きな抗微生物活性をもたらし、活性は異なるステープル化種によって異なった。ｉ＋７ステープル化誘導体は、ｉ＋４ステープル化化合物よりも活性が高かったが、ｉ＋７アナログは同様にＲＢＣ溶血活性アッセイにおいて溶解性であり、ｉ,ｉ＋７ステープルのより大きい疎水性含量と一致した。対照的に、ｉ＋４パネルは、ステープル挿入部位の周期性に基づいて異なるＲＢＣ溶解活性の顕著なパターンを示した（図１４）。具体的には、αヘリックスマガイニンＩＩのトポグラフィー解析により、ｉ,ｉ＋４ステープル化マガイニンペプチドによるＲＢＣ溶解が、ステープルがヘリックス表面の確立された疎水性パッチ内に局在しているかもしくはこの領域を超えて伸長したか、または新しい連続疎水性表面を生成するために以前に分離された疎水性パッチを結合していることにさえに依存していることが明らかになった（図１５Ａ、Ｂ）。例えば、ステープル化誘導体Ｍａｇ（ｉ＋４）１の場合、非修飾ペプチドについての５０μｇ／ｍＬと同等またはそれ以上と比較して、抗微生物活性は、エシェリキア・コリ（E. coli）およびシュードモナス・エルジノーサ（P. aeruginosa）（ともにグラム陰性病原体）において実質的に増加し、それぞれ６.２および１２.５μｇ／ｍＬのＭＩＣを示した（表５、６、７、図１５Ｃ）。
【0289】
【表5】
【0290】
表５におけるペプチドは、配列番号１３４、１３５、１４０、１４２および１５０（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0291】
【表6】
【0292】
表６におけるペプチドは、配列番号１３４、６９および１３５～１５４（上から下へ連続して番号が付けられた）である。Ｍａｇ（ｉ＋４）１８（配列番号１５２）の配列は、ＧＩＧＫＦＬＨＳＡＫＫＦＧＫＡＦＶＧＸＩＢＮＸであり；Ｍａｇ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１５３）の配列は、ＧＸＧＫＦＸＨＳＫＫＫＦＧＫＡＸＶＧＥＸＢＮＳであり；Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１５４）の配列は、ＧＩＸＫＦＬＸＳＫＫＫＦＧＫＡＸＶＧＥＸＢＮＳである。
【0293】
しかし、ＲＢＣ溶血活性アッセイで用量を２５μｇ／ｍＬに増加させた場合でも、同じ用量で非修飾ペプチドについて観察された２％溶血と比較して、ステープル化ペプチドについてはわずか５％の溶血しか観察されなかった（表５、図１５Ｃ）。したがって、Ｍａｇ（ｉ＋４）１の特性は、細菌対哺乳動物の膜選択性のための適切な治療ウインドウを反映する。対照的に、ステープルを、Ｍａｇ（ｉ＋４）８におけるような親水性の優先部位で疎水性を付与する位置に移動させた場合、無差別な溶解活性が観察された（表５、６、図１５Ｄ）。しかしながら、ステープルが以前の疎水性領域を占めると、微生物選択的溶解活性が回復する（図１５Ｅ）。Ｍａｇ（ｉ＋４）６の特性は、膜選択性を達成するために疎水性表面パッチにおける不連続性を維持することの重要性を強調するさらに別の例を提供する：ステープルは配列中の２つのカチオン性アミノ酸を置き換えるが、２５μｇ／ｍＬでの溶血活性は１１％で低いままである（図１５Ｆ）。Ｍａｇ（ｉ＋４）６は、Ｍａｇ（ｉ＋４）８において示されると同程度に疎水性表面領域を増加させるが、疎水性パッチの不連続性が維持されているため、Ｍａｇ（ｉ＋４）６の場合には溶血が増加しない。
【0294】
これらの結果に基づいて、少なくとも２つの内部架橋またはステープル化アミノ酸を有する他のステープル化ペプチド（例えば、マガイニンＩＩの配列に基づかないＡＭＰ）（ここで、少なくとも２つのアミノ酸は、２アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋３）、３アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋４）、または６アミノ酸（すなわち、図１および図２に示される、ｉ,ｉ＋７；また下記の表７にも示される）離れている）を合成し、アッセイした。
【0295】
【表7】
【0296】
表７におけるペプチドは、配列番号１３４および１５５～１６８（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0297】
マガイニンＩＩ、Ｍａｇ（ｉ＋４）１４およびＭａｇ（ｉ＋４）１５と、哺乳動物（ＤＯＰＣ：コレステロール（９：１））または細菌（ＤＯＰＣ：ＤＯＰＧ（８：２））細胞膜をシミュレートするリポソームとの相互作用を評価する水素－重水素交換質量分析実験は、Ｍａｇ（ｉ＋４）１４が哺乳動物および細菌の膜と無差別に相互作用することを示している（これらの膜をシミュレートするリポソームとの共インキュベーションはＭａｇ（ｉ＋４）１４ペプチドを重水素化から保護するため）。図１６を参照。
対照的に、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５は、細菌膜と選択的に相互作用するが、哺乳類膜とは相互作用しない；細菌膜をシミュレートするリポソームとの共インキュベーションのみが、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５ペプチドを重水素化から保護する。親ペプチド（マガイニンＩＩ）は、使用される濃度で細菌膜および哺乳動物膜の両方とあまり相互作用しないので、すべての条件下で重水素化される。
対照的に、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５は、細菌膜と選択的に相互作用するが、哺乳類膜とは相互作用しない；細菌膜をシミュレートするリポソームとの共インキュベーションのみが、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５ペプチドを重水素化から保護する。親ペプチド（マガイニンＩＩ）は、使用される濃度で細菌膜および哺乳動物膜の両方とあまり相互作用しないので、すべての条件下で重水素化される。
【0298】
実施例１２：抗微生物性ペプチド選択性および活性に対する電荷分布の影響
マガイニンの正電荷は、Ｎ末端付近の親水性側に整列し、グルタミン酸残基はＣ末端近くで保存される。ステープル化ＡＭＰ（ＳＴＡＭＰ）の活性および選択性に対する正電荷および負電荷の移動の影響を決定するために、リジンまたはグルタミン酸残基が様々な位置に設置されたペプチドライブラリーを作成した（図１７および１８）。Ｍａｇ（ｉ＋４）１５は、非ステープル化ペプチドと比較して、抗微生物活性の大幅な増加および溶血活性の適度な増加のために、モデルステープル化足場として選択された。
マガイニンの正電荷は、Ｎ末端付近の親水性側に整列し、グルタミン酸残基はＣ末端近くで保存される。ステープル化ＡＭＰ（ＳＴＡＭＰ）の活性および選択性に対する正電荷および負電荷の移動の影響を決定するために、リジンまたはグルタミン酸残基が様々な位置に設置されたペプチドライブラリーを作成した（図１７および１８）。Ｍａｇ（ｉ＋４）１５は、非ステープル化ペプチドと比較して、抗微生物活性の大幅な増加および溶血活性の適度な増加のために、モデルステープル化足場として選択された。
【0299】
リジン走査ライブラリーからは、リジン残基がどこに設置されても、溶血活性の減少の一般的傾向が観察された（表８）。この傾向は、非選択的毒性、例えば、細菌膜に加えて哺乳動物膜の溶解が、主にペプチド表面の疎水性パッチに起因することを示唆している。
【0300】
抗微生物活性は正電荷配置の位置に大きく依存した。グラム陽性活性は、疎水性残基がリシンに変異した場合、グラム陰性活性よりも容易に破壊された。Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ａ９Ｋ）などのいくつかの例では、グラム陽性活性は大きく減弱したが、グラム陰性活性は影響を受けなかった（表８）。
【0301】
親ＳＴＡＭＰ鋳型と比較して、グルタミン酸走査ライブラリーは、リジン走査ライブラリーから観察されたように、全体的により低い溶血活性を示した（表９）。しかし、抗微生物活性は大多数の場合に減弱し、ＡＭＰの抗微生物活性における正電荷の役割を強調している。リジン残基が変異したときはいつでも、抗微生物活性は細菌パネル全体で減少した。これらのデータは、マガイニンＩＩの正電荷の減少が抗微生物活性を著しく損なうという観察と一致している。特定のグルタミン酸変異に対するグラム陽性病原体の感受性は、リジン走査ライブラリーから観察されるように、グラム陰性細菌よりも顕著であった。例えば、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（Ｇ１８Ｅ）およびＭａｇ（ｉ＋４）１５（Ｎ２２Ｅ）のように、Ｃ末端付近に負の電荷が加えられた場合、ペプチド活性のわずかな低下だけが観察された（表９）。この結果は、マガイニンＩＩ内の双極子モーメントが選択的な溶解活性を維持するのを助けるという主張を支持する。
【0302】
【表8】
【0303】
表８におけるペプチドは、配列番号１４９および３２～４８（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0304】
【表9】
【0305】
表９におけるペプチドは、配列番号１４９および４９～６８（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0306】
正および負電荷スキャン研究に加えて、ＡＭＰ化合物の選択的ヒスチジン変異が作成された。ヒスチジン側鎖の正電荷は、イミダゾール内の共鳴に起因してリジン側鎖よりも「軟らかい」。さらに、イミダゾール側鎖のｐＫａは６に近くであり、生理学的条件では、残基がリジンの側鎖のように広範にプロトン化されない。細菌膜の近くの負荷電環境に起因して、細菌膜に隣接するｐＨはおそらく６未満であり、ヒスチジン残基をプロトン化させる可能性がある。さらに、ヒスタチンなどの抗微生物性ペプチドは、ヒスチジンの電荷スイッチング挙動に依存して、ペプチド活性および選択性を調節する。細菌膜に関連して正に荷電した領域を拡大し、膜貫通の可能性を増加させる、マガイニンＩＩの親水性面に近い領域にヒスチジンを設置する影響を試験した（表１０）。この例示的なペプチドライブラリーでは、残基Ｇ３、Ｓ８、Ａ１５およびＧ１８が変異された。全体として、変異は溶血活性をわずかに低下させ、抗微生物活性において適度な増加をもたらした。この群の最も有効な変異体はＭａｇ（ｉ＋４）１５（Ｓ８Ｈ）であり、試験した細菌のパネル全体にわたる活性の増加が観察され、溶血活性の適度な低下が見られた。したがって、結果は、ＡＭＰ薬物候補の選択性を保持しながら、その抗微生物活性を選択的に増加させるヒスチジン残基を設置する有用性を実証する。
【0307】
実施例１３：ＡＭＰの抗微生物活性に及ぼすヘリックスベンドの影響
ＡＭＰのαヘリックス性は膜との相互作用を促進して細菌溶解を誘導する。しかしながら、いくつかのＡＭＰ配列は、ペプチドの中心に近いグリシンまたはプロリンのようなヘリックス破壊残基を有する。ＡＭＰ配列中のヘリックス破壊因子の役割を決定するために、残基Ｇ１３がアラニンおよび２－アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）のようなヘリックス促進残基、またはプロリン、ヒドロキシプロリン、Ｄ－アラニンおよびＤ－リジンなどのヘリックス破壊因子に変異したペプチドのライブラリーを合成した（表１０）。ヘリックスプロモーターは、グラム陽性病原体およびグラム陰性病原体の両方において抗微生物活性の増加をもたらした。しかし、同時に溶血活性の増加が観察されたが、これはおそらくアラニンとＡｉｂの疎水性に起因している。対照的に、プロリンおよびヒドロキシプロリン変異は、細菌膜および哺乳動物膜の両方の溶解活性の全体的な低下をもたらした。ｄ－アラニン変異体ステープル化ＡＭＰでは、溶血活性の低下とともに抗微生物活性の増加が観察された。疎水性に関して、アラニンの２つのエナンチオマー形態は同一である。しかしながら、ｄ－アラニンはヘリックスを破壊し得る。これらの結果は、高いレベルのヘリックス剛性を有さない化合物においてさえ、ＡＭＰ選択性が達成され得ることを示唆している。
ＡＭＰのαヘリックス性は膜との相互作用を促進して細菌溶解を誘導する。しかしながら、いくつかのＡＭＰ配列は、ペプチドの中心に近いグリシンまたはプロリンのようなヘリックス破壊残基を有する。ＡＭＰ配列中のヘリックス破壊因子の役割を決定するために、残基Ｇ１３がアラニンおよび２－アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）のようなヘリックス促進残基、またはプロリン、ヒドロキシプロリン、Ｄ－アラニンおよびＤ－リジンなどのヘリックス破壊因子に変異したペプチドのライブラリーを合成した（表１０）。ヘリックスプロモーターは、グラム陽性病原体およびグラム陰性病原体の両方において抗微生物活性の増加をもたらした。しかし、同時に溶血活性の増加が観察されたが、これはおそらくアラニンとＡｉｂの疎水性に起因している。対照的に、プロリンおよびヒドロキシプロリン変異は、細菌膜および哺乳動物膜の両方の溶解活性の全体的な低下をもたらした。ｄ－アラニン変異体ステープル化ＡＭＰでは、溶血活性の低下とともに抗微生物活性の増加が観察された。疎水性に関して、アラニンの２つのエナンチオマー形態は同一である。しかしながら、ｄ－アラニンはヘリックスを破壊し得る。これらの結果は、高いレベルのヘリックス剛性を有さない化合物においてさえ、ＡＭＰ選択性が達成され得ることを示唆している。
【0308】
【表10】
【0309】
表１０におけるペプチドは、配列番号１４９および７３～８２（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0310】
実施例１４：電荷スキャンライブラリーおよびヒスチジン変異体からの統合洞察
上記のステープルスキャニングおよび突然変異スキャニングライブラリーの結果に基づく一連の化合物を設計した。二重ステープル化ＳＴＡＭＰ候補であるＭａｇ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）およびＭａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）を用いて、以前のデータに基づいて変異体位置を選択したペプチド誘導体のパネルを作成した（表１１）。例えば、最も強力な二重ステープル化ＡＭＰの１つであるＭａｇ（ｉ＋４）２,１５の選択性を高める目的で、これらの二重ステープル化ＳＴＡＭＰにグルタミン酸変異（Ｎ２１Ｅ）を導入した。抗微生物活性の潜在的損失を補うために、および／または膜選択性を増加させるために、他の変異を組み込んだ。このパネルでは、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ）はほんのわずかに弱毒化された抗微生物活性を示したが、以前に観察された１６％溶血活性は完全に排除された。さらなるヒスチジン変異を導入することによって正電荷を増強することは、選択性が維持または改善されることを確実にしながら、抗微生物活性を維持または改善することが示された。
上記のステープルスキャニングおよび突然変異スキャニングライブラリーの結果に基づく一連の化合物を設計した。二重ステープル化ＳＴＡＭＰ候補であるＭａｇ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）およびＭａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）を用いて、以前のデータに基づいて変異体位置を選択したペプチド誘導体のパネルを作成した（表１１）。例えば、最も強力な二重ステープル化ＡＭＰの１つであるＭａｇ（ｉ＋４）２,１５の選択性を高める目的で、これらの二重ステープル化ＳＴＡＭＰにグルタミン酸変異（Ｎ２１Ｅ）を導入した。抗微生物活性の潜在的損失を補うために、および／または膜選択性を増加させるために、他の変異を組み込んだ。このパネルでは、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ）はほんのわずかに弱毒化された抗微生物活性を示したが、以前に観察された１６％溶血活性は完全に排除された。さらなるヒスチジン変異を導入することによって正電荷を増強することは、選択性が維持または改善されることを確実にしながら、抗微生物活性を維持または改善することが示された。
【0311】
【表11】
【0312】
表１１におけるペプチドは、配列番号１４９および１７０～１７４（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0313】
実施例１５：ＳＴＡＭＰ疎水性パッチの検証
疎水性パッチの重要性を研究するために、冬のヒラメ（winter flounder）の皮膚に見出される抗微生物性ペプチドであるリューロシジンが選択された。リューロシジンは、低溶血活性をもってグラム陽性病原体およびグラム陰性病原体の両方に対して抗微生物活性を示す。しかしながら、このペプチドの構造化されていない性質は、インビボでの有用性を妨げている。負荷電ミセルの存在下でのリューロシジンのＮＭＲ構造を用いて、αヘリックス折りたたみ構造内の疎水性表面領域が同定された（図２２Ａ）。次いで、これらの疎水性領域の境界内に二重ステープルを挿入した（図２２Ｂ）。不連続な疎水性面を作成し、それによって、（上記の実験に基づいて）抗微生物活性を保持しながら哺乳動物細胞溶解のリスクを低減するために、Ａ９残基をリジンに変異させた（図２２Ｃ）。グラム陽性病原体およびグラム陰性病原体に対して試験した場合、ＳＴＡＭＰ構築物は、親の非ステープル化ペプチドよりも優れた１つの希釈範囲であった改善された抗微生物活性を示した。Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）と同様の低溶血活性を維持しながら、二重ステープル化ＡＭＰ、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）の抗微生物活性のこの改善が達成された（表１２）。
疎水性パッチの重要性を研究するために、冬のヒラメ（winter flounder）の皮膚に見出される抗微生物性ペプチドであるリューロシジンが選択された。リューロシジンは、低溶血活性をもってグラム陽性病原体およびグラム陰性病原体の両方に対して抗微生物活性を示す。しかしながら、このペプチドの構造化されていない性質は、インビボでの有用性を妨げている。負荷電ミセルの存在下でのリューロシジンのＮＭＲ構造を用いて、αヘリックス折りたたみ構造内の疎水性表面領域が同定された（図２２Ａ）。次いで、これらの疎水性領域の境界内に二重ステープルを挿入した（図２２Ｂ）。不連続な疎水性面を作成し、それによって、（上記の実験に基づいて）抗微生物活性を保持しながら哺乳動物細胞溶解のリスクを低減するために、Ａ９残基をリジンに変異させた（図２２Ｃ）。グラム陽性病原体およびグラム陰性病原体に対して試験した場合、ＳＴＡＭＰ構築物は、親の非ステープル化ペプチドよりも優れた１つの希釈範囲であった改善された抗微生物活性を示した。Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５（Ａ９Ｋ）と同様の低溶血活性を維持しながら、二重ステープル化ＡＭＰ、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１,１５（Ａ９Ｋ）の抗微生物活性のこの改善が達成された（表１２）。
【0314】
【表12】
【0315】
表１２におけるペプチドは、配列番号１７５～１７７（上から下へ連続して番号が付けられた）である。
【0316】
実施例で用いた方法
固相ペプチド合成法：Ｆｍｏｃベースの固相ペプチド合成法を使用して、抗微生物性ペプチドおよびそれらのステープル化誘導体を合成した。様々なステープル長を達成するために、α－メチル、α－アルケニルアミノ酸を２個、３個、または６個の残基に隣接して使用した。Ｒ5残基は位置ｉで組み込まれ、Ｓ5は位置ｉ＋３で組み込まれ、一方、２個のＳ5残基はｉおよびｉ＋４位置で使用され、Ｒ8は位置ｉで使用され、Ｓ5はｉ＋７で使用された［２９］。別のステープリングアミノ酸カップルを使用して、対応するステープル（例えば、ｉ,ｉ＋３についてはＲ3／Ｓ5またはＳ3／Ｒ5、ｉ,ｉ＋４についてはＲ5／Ｒ5；ｉ,ｉ＋７についてはＳ8／Ｒ5）を作成した。ステープリング反応のために、ジクロロエタンに溶解したＧｒｕｂｂｓの第一世代ルテニウム触媒をなおも樹脂上にあるペプチドに加えた。最大変換を確実にするために、ステープリングを３～５ラウンド行った。一旦ステープル化した後、トリフルオロ酢酸を用いて該ペプチドを樹脂から切断し、次いで、ヘキサン：エーテル（１：１）混合物を用いて沈殿させ、その後、風乾し、ＬＣ－ＭＳを用いて精製した。精製されたペプチドの量を正確に決定するため、および正確な配列が確実に作成されるようにアミノ酸分析を行った。
固相ペプチド合成法：Ｆｍｏｃベースの固相ペプチド合成法を使用して、抗微生物性ペプチドおよびそれらのステープル化誘導体を合成した。様々なステープル長を達成するために、α－メチル、α－アルケニルアミノ酸を２個、３個、または６個の残基に隣接して使用した。Ｒ5残基は位置ｉで組み込まれ、Ｓ5は位置ｉ＋３で組み込まれ、一方、２個のＳ5残基はｉおよびｉ＋４位置で使用され、Ｒ8は位置ｉで使用され、Ｓ5はｉ＋７で使用された［２９］。別のステープリングアミノ酸カップルを使用して、対応するステープル（例えば、ｉ,ｉ＋３についてはＲ3／Ｓ5またはＳ3／Ｒ5、ｉ,ｉ＋４についてはＲ5／Ｒ5；ｉ,ｉ＋７についてはＳ8／Ｒ5）を作成した。ステープリング反応のために、ジクロロエタンに溶解したＧｒｕｂｂｓの第一世代ルテニウム触媒をなおも樹脂上にあるペプチドに加えた。最大変換を確実にするために、ステープリングを３～５ラウンド行った。一旦ステープル化した後、トリフルオロ酢酸を用いて該ペプチドを樹脂から切断し、次いで、ヘキサン：エーテル（１：１）混合物を用いて沈殿させ、その後、風乾し、ＬＣ－ＭＳを用いて精製した。精製されたペプチドの量を正確に決定するため、および正確な配列が確実に作成されるようにアミノ酸分析を行った。
【0317】
円偏光二色性分光法：
化合物を水溶液（例えば、ｐＨ７の５ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留水で、２５～５０μＭの濃度）に溶解した。標準的な測定パラメータ（例えば、温度、３７℃；波長、１９０～２６０ｎｍ；ステップ解像度、０.５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；帯域幅、１ｎｍ；光路長、０.１ｃｍ）を用いて分光偏光計（Ａｖｉｖ）で円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルを得た。平均残基楕円率を、モデルヘリックスデカペプチドについて報告されている値（例えば、Yang et al., Meth Enzymol. 130:208 (1986を参照）で割ることによって、各ペプチドのαヘリックス含量を算出した。
化合物を水溶液（例えば、ｐＨ７の５ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留水で、２５～５０μＭの濃度）に溶解した。標準的な測定パラメータ（例えば、温度、３７℃；波長、１９０～２６０ｎｍ；ステップ解像度、０.５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；蓄積、１０；応答、１秒；帯域幅、１ｎｍ；光路長、０.１ｃｍ）を用いて分光偏光計（Ａｖｉｖ）で円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルを得た。平均残基楕円率を、モデルヘリックスデカペプチドについて報告されている値（例えば、Yang et al., Meth Enzymol. 130:208 (1986を参照）で割ることによって、各ペプチドのαヘリックス含量を算出した。
【0318】
抗微生物活性アッセイ：以下のマイクロブロス希釈プロトコールを、各ペプチドの最小阻止濃度（ＭＩＣ）を決定するために適合させた。最初に、Ｍｕｅｌｌｅｒ－Ｈｉｎｔｏｎブロス（ＭＨＢ）をアニオン交換カラムに通してポリアニオン種を除去し、精製ＭＨＢを得た。この精製ブロスをハンコック（Hancock）および共同研究者らが考案した９６ウェルプレート用の標準的なマイクロブロス希釈プロトコールに使用した（注：ＢＳＡは、最初の研究でペプチド活性を妨げる可能性があることが判明したので、該プロトコールには使用しなかった）。簡潔には、細菌細胞を精製ＭＨＢ中にて３７℃で一夜増殖させ、次いで、希釈し、再び数時間増殖させた。透明な丸底ポリプロピレン９６ウェルプレートを用いて、水（１０μｌ）によるペプチドストックの段階希釈物を調製した。次いで、精製ＭＨＢ中の細菌９０μｌを添加して、５×１０5ＣＦＵ／ｍｌの最終接種物を得た。次いで、プレートを多孔性テープで覆って蒸発を減少させ、３７℃で２０～２４時間インキュベートした。ＭＩＣは、目に見える成長が観察されない最小のペプチド濃度である。
【0319】
溶血活性アッセイ：溶血活性の決定のために、ヒト血液サンプルを遠心分離して赤血球（ＲＢＣ）を単離し、次いで、これを洗浄し、リン酸緩衝生理食塩水に懸濁させて１％（ｖ／ｖ）懸濁液を得た。次いで、懸濁液を透明丸底ポリプロピレン９６－ウェルプレート中の水によるペプチドストックの段階希釈物に加え、プレートを３７℃で１時間インキュベートした。インキュベーション後、プレートを遠心分離し、上清を単離して、放出されたヘモグロビンの量を、分光光度計（５７０ｎｍ）を用いて、式：％溶血＝(処理された吸光度 － 未処理対照吸光度) ／ (１％Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００処理された吸光度 － 未処理対照吸光度)に従って決定した。最小溶血濃度（ＭＨＣ）は、ヘモグロビン放出が１％未満であるペプチド濃度である。
【0320】
他の態様
本発明は、その詳細な説明と共に記載されているが、前記説明は、特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであって限定するものではないことを理解すべきである。他の態様、利点、および変更は、特許請求の範囲の範囲内である。
本書で引用したすべての特許出願、特許、および他の刊行物は、出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する。
本発明には、次の態様が含まれる。
１． 式：
［化１］
［式中、
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する化合物またはその薬学的に許容される塩。
２． ｘが２、３または６である、項目１記載の化合物。
３． ｘが２であり；Ｒ 3 がＣ 8 アルキレン、Ｃ 8 アルケニレン、またはＣ 8 アルキニレンであり；ｘ、ｗおよびｙの合計が少なくとも１０である、項目２記載の化合物。
４． ｘが３であり；Ｒ 3 がＣ 8 アルキレン、Ｃ 8 アルケニレン、またはＣ 8 アルキニレンであり；ｘ、ｗおよびｙの合計が少なくとも１０である、項目１記載の化合物。
５． Ｒ 3 が、１、２、３、４、５または６個のＲ 4 で置換されており、各Ｒ 4 が、独立して、－ＮＨ 3 または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ 3 が、別の化学物質とカップリングしていてもよい、項目１記載の化合物。
６． Ｒ 3 が、２個のＲ 4 で置換されており、両方のＲ 4 が－ＯＨである、項目５記載の化合物。
７． Ｒ 3 が、２個のＲ 4 で置換されており、１個のＲ 4 が置換されていてもよい－ＮＨ 3 であり、他方のＲ 4 が－ＯＨである、項目５記載の化合物。
８． 少なくとも１個のＸａａが、非天然アミノ酸であるアミノ酸である、項目１記載の化合物。
９． 該化合物がヘリックスを含む、項目１記載の化合物。
１０． ヘリックスがαヘリックスである、項目８記載の化合物。
１１． Ｒ 3 が、αヘリックスの１～２ターンにまたがる、項目１記載の化合物。
１２． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１３． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１４． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１５． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１６． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１７． 該化合物が、Ｍａｇ（ｉ＋４）２（配列番号１３６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）４（配列番号１３８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）５（配列番号１３９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１１（配列番号１４５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（配列番号１４９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ)（配列番号１７０）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ)（配列番号１７１）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７２）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７３）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１,１５(Ｓ８Ｈ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７４）の配列を含む、項目１記載の化合物。
１８． 該化合物が、Ｍａｇ（ｉ＋４）１（配列番号１３５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）６（配列番号１４０）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１６（配列番号１５０）の配列を含む、項目１記載の化合物。
１９． 抗微生物効果が約０.１μＭ～約５０μＭの最小阻止濃度である、項目１記載の化合物。
２０． 抗微生物効果が約０.５μＭ～約２０μＭの最小阻止濃度である、項目１記載の化合物。
２１． 微生物が細菌性生物である、項目１記載の化合物。
２２． 細菌性生物がグラム陽性である、項目２１記載の化合物。
２３． 細菌性生物がグラム陰性である、項目２１記載の化合物。
２４． 細菌性生物がマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）である、項目２１記載の化合物。
２５． 微生物によって引き起こされる感染症の処置方法であって、該微生物によって引き起こされる感染症にかかっているかまたはそのリスクがある対象体に式：
［化２］
［式中、
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩の治療有効量を投与することを含む、方法。
２６． 対象体が動物である、項目２５記載の方法。
２７． 動物が哺乳動物である、項目２６記載の方法。
２８． 動物がヒトである、項目２６記載の方法。
２９． 対象体が植物である、項目２５記載の方法。
３０． 微生物が細菌性生物である、項目２５記載の方法。
３１． 細菌性生物がグラム陽性である、項目３０記載の方法。
３２． 細菌性生物がグラム陰性である、項目３０記載の方法。
３３． 細菌性生物がマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）である、項目３０記載の方法。
３４． 感染症が細菌性膣感染症である、項目２５記載の方法。
３５． 細菌性膣感染症が細菌性膣症である、項目３４記載の方法。
３６． 細菌性膣感染症が、対象体へのウイルス感染症の感染の可能性を増大させる１種類以上の細菌性生物による感染症である、項目３４記載の方法。
３７． ウイルス感染症がヒト免疫不全ウイルス１型感染症である、項目３６記載の方法。
３８． ウイルス感染症がヒト免疫不全ウイルス－２感染症である、項目３６記載の方法。
３９． 投与が膣への局所投与である、項目２５記載の方法。
４０． 感染症が細菌性バイオフィルムを含む、項目２５記載の方法。
４１． 対象体が、嚢胞性線維症にかかっているかまたはそのリスクがある、項目２５記載の方法。
４２． 投与が肺に対するものである、項目４１記載の方法。
４３． 該対象体に、さらに抗生物質の治療有効量を投与することを含む、項目２５記載の方法。
４４． 該化合物および該抗生物質が感染症を相乗的に処置するように作用する、項目４３記載の方法。
４５． 該化合物および該抗生物質が抗生物質に対する感染症の抵抗性を相乗的に克服するように作用する、項目４３記載の方法。
４６． 微生物の増殖を阻害する方法であって、微生物と、式：
［化３］
［式中、
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩の治療有効量と接触させることを含む、方法。
４７． 微生物が細胞外微生物である、項目４６記載の方法。
４８． 微生物が細胞内微生物である、項目４６記載の方法。
４９． 接触が、微生物を含む対象体内で生じる、項目４６記載の方法。
５０． 接触がインビトロで生じる、項目４６記載の方法。
５１． 微生物の増殖の阻害が、微生物を死滅させることである、項目４６記載の方法。
５２． 式：
［化４］
［式中、
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する化合物またはその薬学的に許容される塩を含む、医薬組成物。
５３． 各ｘが２、３または６である、項目２５、４６および５２のいずれかに記載の方法。
本発明は、その詳細な説明と共に記載されているが、前記説明は、特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであって限定するものではないことを理解すべきである。他の態様、利点、および変更は、特許請求の範囲の範囲内である。
本書で引用したすべての特許出願、特許、および他の刊行物は、出典明示によりその全体として本明細書の一部を構成する。
本発明には、次の態様が含まれる。
１． 式：
［化１］
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する化合物またはその薬学的に許容される塩。
２． ｘが２、３または６である、項目１記載の化合物。
３． ｘが２であり；Ｒ 3 がＣ 8 アルキレン、Ｃ 8 アルケニレン、またはＣ 8 アルキニレンであり；ｘ、ｗおよびｙの合計が少なくとも１０である、項目２記載の化合物。
４． ｘが３であり；Ｒ 3 がＣ 8 アルキレン、Ｃ 8 アルケニレン、またはＣ 8 アルキニレンであり；ｘ、ｗおよびｙの合計が少なくとも１０である、項目１記載の化合物。
５． Ｒ 3 が、１、２、３、４、５または６個のＲ 4 で置換されており、各Ｒ 4 が、独立して、－ＮＨ 3 または－ＯＨであり、ここで、各－ＮＨ 3 が、別の化学物質とカップリングしていてもよい、項目１記載の化合物。
６． Ｒ 3 が、２個のＲ 4 で置換されており、両方のＲ 4 が－ＯＨである、項目５記載の化合物。
７． Ｒ 3 が、２個のＲ 4 で置換されており、１個のＲ 4 が置換されていてもよい－ＮＨ 3 であり、他方のＲ 4 が－ＯＨである、項目５記載の化合物。
８． 少なくとも１個のＸａａが、非天然アミノ酸であるアミノ酸である、項目１記載の化合物。
９． 該化合物がヘリックスを含む、項目１記載の化合物。
１０． ヘリックスがαヘリックスである、項目８記載の化合物。
１１． Ｒ 3 が、αヘリックスの１～２ターンにまたがる、項目１記載の化合物。
１２． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも６０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１３． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１４． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１５． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列と少なくとも９０％同一であるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１６． 該化合物が、配列番号１～１７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、項目１記載の化合物。
１７． 該化合物が、Ｍａｇ（ｉ＋４）２（配列番号１３６）、Ｍａｇ（ｉ＋４）４（配列番号１３８）、Ｍａｇ（ｉ＋４）５（配列番号１３９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１１（配列番号１４５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）１５（配列番号１４９）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ)（配列番号１７０）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ)（配列番号１７１）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７２）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２,１５(Ｉ２Ｋ、Ａ９Ｈ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７３）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１,１５(Ｓ８Ｈ、Ａ９Ｋ、Ｇ１８Ｈ、Ｎ２１Ｅ)（配列番号１７４）の配列を含む、項目１記載の化合物。
１８． 該化合物が、Ｍａｇ（ｉ＋４）１（配列番号１３５）、Ｍａｇ（ｉ＋４）６（配列番号１４０）、またはＭａｇ（ｉ＋４）１６（配列番号１５０）の配列を含む、項目１記載の化合物。
１９． 抗微生物効果が約０.１μＭ～約５０μＭの最小阻止濃度である、項目１記載の化合物。
２０． 抗微生物効果が約０.５μＭ～約２０μＭの最小阻止濃度である、項目１記載の化合物。
２１． 微生物が細菌性生物である、項目１記載の化合物。
２２． 細菌性生物がグラム陽性である、項目２１記載の化合物。
２３． 細菌性生物がグラム陰性である、項目２１記載の化合物。
２４． 細菌性生物がマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）である、項目２１記載の化合物。
２５． 微生物によって引き起こされる感染症の処置方法であって、該微生物によって引き起こされる感染症にかかっているかまたはそのリスクがある対象体に式：
［化２］
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩の治療有効量を投与することを含む、方法。
２６． 対象体が動物である、項目２５記載の方法。
２７． 動物が哺乳動物である、項目２６記載の方法。
２８． 動物がヒトである、項目２６記載の方法。
２９． 対象体が植物である、項目２５記載の方法。
３０． 微生物が細菌性生物である、項目２５記載の方法。
３１． 細菌性生物がグラム陽性である、項目３０記載の方法。
３２． 細菌性生物がグラム陰性である、項目３０記載の方法。
３３． 細菌性生物がマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Mycobacterium tuberculosis）である、項目３０記載の方法。
３４． 感染症が細菌性膣感染症である、項目２５記載の方法。
３５． 細菌性膣感染症が細菌性膣症である、項目３４記載の方法。
３６． 細菌性膣感染症が、対象体へのウイルス感染症の感染の可能性を増大させる１種類以上の細菌性生物による感染症である、項目３４記載の方法。
３７． ウイルス感染症がヒト免疫不全ウイルス１型感染症である、項目３６記載の方法。
３８． ウイルス感染症がヒト免疫不全ウイルス－２感染症である、項目３６記載の方法。
３９． 投与が膣への局所投与である、項目２５記載の方法。
４０． 感染症が細菌性バイオフィルムを含む、項目２５記載の方法。
４１． 対象体が、嚢胞性線維症にかかっているかまたはそのリスクがある、項目２５記載の方法。
４２． 投与が肺に対するものである、項目４１記載の方法。
４３． 該対象体に、さらに抗生物質の治療有効量を投与することを含む、項目２５記載の方法。
４４． 該化合物および該抗生物質が感染症を相乗的に処置するように作用する、項目４３記載の方法。
４５． 該化合物および該抗生物質が抗生物質に対する感染症の抵抗性を相乗的に克服するように作用する、項目４３記載の方法。
４６． 微生物の増殖を阻害する方法であって、微生物と、式：
［化３］
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩の治療有効量と接触させることを含む、方法。
４７． 微生物が細胞外微生物である、項目４６記載の方法。
４８． 微生物が細胞内微生物である、項目４６記載の方法。
４９． 接触が、微生物を含む対象体内で生じる、項目４６記載の方法。
５０． 接触がインビトロで生じる、項目４６記載の方法。
５１． 微生物の増殖の阻害が、微生物を死滅させることである、項目４６記載の方法。
５２． 式：
［化４］
各Ｒ 1 およびＲ 2 は、独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキル、またはヘテロシクリルアルキルであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各Ｒ 3 は、独立して、アルキレン、アルケニレン、またはアルキニレンであり、いずれも置換されているかまたは非置換であり；
各ｘは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各ｗおよびｙは、独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
各Ｘａａは、独立して、アミノ酸である］
を有する化合物またはその薬学的に許容される塩であって、少なくとも１種類の微生物に対して抗微生物効果を呈する化合物またはその薬学的に許容される塩を含む、医薬組成物。
５３． 各ｘが２、３または６である、項目２５、４６および５２のいずれかに記載の方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【配列表】