特許 7374196 ヘリコバクターピロリ連関疾患に対する遺伝子マーカー

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2023-10-26

(45)【発行日】2023-11-06

(54)【発明の名称】ヘリコバクターピロリ連関疾患に対する遺伝子マーカー

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6886 20180101AFI20231027BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20231027BHJP

   C12N 15/09 20060101ALN20231027BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6886 Z

C12Q1/686 Z

C12N15/09 Z

【請求項の数】 11

(21)【出願番号】P 2021538034

(86)(22)【出願日】2019-12-27

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2022-02-24

(86)【国際出願番号】 KR2019018607

(87)【国際公開番号】W WO2020139021

(87)【国際公開日】2020-07-02

【審査請求日】2021-08-27

(31)【優先権主張番号】10-2018-0171846

(32)【優先日】2018-12-28

(33)【優先権主張国・地域又は機関】KR

(73)【特許権者】

【識別番号】508139664

【氏名又は名称】シージェイ チェイルジェダン コーポレーション

【氏名又は名称原語表記】ＣＪ ＣＨＥＩＬＪＥＤＡＮＧ ＣＯＲＰＯＲＡＴＩＯＮ

【住所又は居所原語表記】ＣＪ Ｃｈｅｉｌｊｅｄａｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，３３０，Ｄｏｎｇｈｏ－ｒｏ，Ｊｕｎｇ－ｇｕ，Ｓｅｏｕｌ，Ｒｅｐｕｂｌｉｃ Ｏｆ Ｋｏｒｅａ

(74)【代理人】

【識別番号】100108453

【弁理士】

【氏名又は名称】村山 靖彦

(74)【代理人】

【識別番号】100110364

【弁理士】

【氏名又は名称】実広 信哉

(74)【代理人】

【識別番号】100133400

【弁理士】

【氏名又は名称】阿部 達彦

(72)【発明者】

【氏名】ドン・ユン・リ

(72)【発明者】

【氏名】スン・ヘ・チェ

(72)【発明者】

【氏名】ジ・ヨン・オ

【審査官】吉門 沙央里

(56)【参考文献】

【文献】特開２０１８－０５７３６２（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２０１８－５２６９８８（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２０１４－５１８６４０（ＪＰ，Ａ）

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｑ １／００－３／００

Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

ＦＧＦ２１（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ２１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２６２９１）遺伝子の発現量を測定する製剤を含む、ヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項2】

ＣＴＨ（ｃｙｓｔａｔｈｉｏｎｉｎｅ ｇ－ｌｙａｓｅ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１４９１）またはＣＲＥＢＲＦ（ｃＡＭＰ ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｅｌｅｍｅｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１５３２２２）遺伝子の発現量を測定する製剤を追加で含む、請求項１に記載のヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項3】

ＤＬＬ４（ｄｅｌｔａ－ｌｉｋｅ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５４５６７）、ＦＧＦ１８（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ １８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８８１７）、ＦＯＳ（Ｆｏｓ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ＡＰ－１ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ｓｕｂｕｎｉｔ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５３）、ＰＤＫ１（ｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｉｄｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ－１、Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１７０）、ＰＴＰＲＮ（ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｔｙｐｅ ｔｙｒｏｓｉｎｅ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ－ｌｉｋｅ Ｎ、Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７９８）、ＣＬＩＣ４（ｃｈｌｏｒｉｄｅ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｃｈａｎｎｅｌ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２５９３２）、ＰＴＰＲＢ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ、ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｐｅ Ｂ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７８７）、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ １ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｓｕｂｕｎｉｔ １５Ａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３６４５）、ＰＴＰＲＨ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ、ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｐｅ Ｈ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７９４）、ＤＤＩＴ３（ＤＮＡ ｄａｍａｇｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１６４９）、ＢＩＲＣ３（ｂａｃｕｌｏｖｉｒａｌ ＩＡＰ ｒｅｐｅａｔ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３３０）、ＦＯＸＯ３（ｆｏｒｋｈｅａｄ ｂｏｘ Ｏ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３０９）、ＢＣＬ２（ＢＣＬ２、ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５９６）、ＰＲＫＣＥ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ Ｃ ｅｐｓｉｌｏｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５５８１）、ＣＨＭＰ４Ｃ（ｃｈａｒｇｅｄ ｍｕｌｔｉｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｂｏｄｙ ｐｒｏｔｅｉｎ ４Ｃ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９２４２１）、ＣＬＤＮ１４（ｃｌａｕｄｉｎ １４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５６２）、ＳＬＣ７Ａ１１（ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ７ ｍｅｍｂｅｒ １１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３６５７）、ＢＯＣ（ＢＯＣ ｃｅｌｌ ａｄｈｅｓｉｏｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ、ｏｎｃｏｇｅｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９１６５３）、ＡＪＵＢＡ（ａｊｕｂａ ＬＩＭ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８４９６２）、ＬＭＯ７（ＬＩＭ ｄｏｍａｉｎ ７．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４００８）、ＭＭＰ２４（ｍａｔｒｉｘ ｍｅｔａｌｌｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ ２４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０８９３）、Ｃ３ｏｒｆ５８（ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｄｏｍａｉｎ ２Ａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２０５４２８）、ＫＬＦ１０（Ｋｒｕｐｐｅｌ ｌｉｋｅ ｆａｃｔｏｒ １０．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７０７１）、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１（ｃｈｏｎｄｒｏｉｔｉｎ ｓｕｌｆａｔｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５５７９０）、ＣＥＰ１２０（ｃｅｎｔｒｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ １２０．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１５３２４１）、ＣＨＡＣ１（ＣｈａＣ ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｇａｍｍａ－ｇｌｕｔａｍｙｌｃｙｃｌｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７９０９４）、ＡＳＮＳ（ａｓｐａｒａｇｉｎｅ ｓｙｎｔｈｅｔａｓｅ（ｇｌｕｔａｍｉｎｅ－ｈｙｄｒｏｌｙｚｉｎｇ）．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４４０）、ＮＦＥ２Ｌ２（ｎｕｃｌｅａｒ ｆａｃｔｏｒ、ｅｒｙｔｈｒｏｉｄ ２ ｌｉｋｅ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４７８０）、ＲＩＯＫ３（ＲＩＯ ｋｉｎａｓｅ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８７８０）、ＴＸＮＩＰ（ｔｈｉｏｒｅｄｏｘｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０６２８）、ＭＴＲ（５－ｍｅｔｈｙｌｔｅｔｒａｈｙｄｒｏｆｏｌａｔｅ－ｈｏｍｏｃｙｓｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４５４８）、ＩＦＲＤ１（ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３４７５）、ＡＤＧＲＡ２（ａｄｈｅｓｉｏｎ Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２５９６０）、ＴＢＸ４（Ｔ－ｂｏｘ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４９６）、ＯＶＯＬ２（ｏｖｏ ｌｉｋｅ ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５８４９５）、ＡＣＶＲＬ１（ａｃｔｉｖｉｎ Ａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｌｉｋｅ ｔｙｐｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４）、ＡＬＢ（ａｌｂｕｍｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２１３）、ＪＡＤＥ１（ｊａｄｅ ｆａｍｉｌｙ ＰＨＤ ｆｉｎｇｅｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７９９６０）、ＭＬＬＴ１１（ＭＬＬＴ１１、ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ７ ｃｏｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０９６２）、ＡＤＯＲＡ１（ａｄｅｎｏｓｉｎｅ Ａ１ ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１３４）、ＴＮＦＲＳＦ８（ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４３）、ＮＬＲＰ１２（ＮＬＲ ｆａｍｉｌｙ ｐｙｒｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９１６６２）、ＣＡＳＰ１４（ｃａｓｐａｓｅ １４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５８１）、ＬＴＡ（ｌｙｍｐｈｏｔｏｘｉｎ ａｌｐｈａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４０４９）、ＳＭＡＧＰ（ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ａｄｈｅｓｉｏｎ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７２２８）、ＮＥＯ１（ｎｅｏｇｅｎｉｎ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４７５６）、ＭＴＳＳ１（ＭＴＳＳ１、Ｉ－ＢＡＲ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９７８８）、ＴＳＰＡＮ３２（ｔｅｔｒａｓｐａｎｉｎ３２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１００７７）、ＣＬＤＮ８（ｃｌａｕｄｉｎ ８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９０７３）、ＭＹＢＰＨ（ｍｙｏｓｉｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｈ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４６０８）、ＳＧＣＥ（ｓａｒｃｏｇｌｙｃａｎ ｅｐｓｉｌｏｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８９１０）、ＣＤＨ１５（ｃａｄｈｅｒｉｎ １５．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０１３）、ＡＲＨＧＡＰ６（Ｒｈｏ ＧＴＰａｓｅ ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ６．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３９５）、ＺＦＰ３６Ｌ２（ＺＦＰ３６ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｌｉｋｅ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：６７８）、ＥＨＦ（ＥＴＳ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２６２９８）、ＳＬＡＭＦ６（ＳＬＡＭ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ６．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１１４８３６）、ＨＬＡ－ＤＰＢ１（ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ、ｃｌａｓｓ ＩＩ、ＤＰ ｂｅｔａ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３１１５）、ＳＳＣ５Ｄ（ｓｃａｖｅｎｇｅｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｃｙｓｔｅｉｎｅ ｒｉｃｈ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ｗｉｔｈ ５ ｄｏｍａｉｎｓ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２８４２９７）、ＣＣＲ４（Ｃ－Ｃ ｍｏｔｉｆ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１２３３）、ＣＣＲ７（Ｃ－Ｃ ｍｏｔｉｆ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ７．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１２３６）、ＫＬＲＧ１（ｋｉｌｌｅｒ ｃｅｌｌ ｌｅｃｔｉｎ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ Ｇ ｍｅｍｂｅｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０２１９）、ＢＬＮＫ（Ｂ ｃｅｌｌ ｌｉｎｋｅｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２９７６０）、ＩＧＦＢＰ１（ｉｎｓｕｌｉｎ－ｌｉｋｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ＝ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３４８４）、ＧＩＦ（ＭＩＦ、ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４２８２）遺伝子、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択される遺伝子の発現量を測定する製剤を追加で含む、請求項２に記載のヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項4】

前記遺伝子の発現量を測定する製剤は、前記遺伝子のｍＲＮＡの量を測定する製剤、前記遺伝子から発現されたタンパク質の量を測定する製剤、またはこれら２つ全てである、請求項１に記載のヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項5】

前記遺伝子のｍＲＮＡの量を測定する製剤は、前記遺伝子のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡに特異的に結合するプライマーまたはプローブを含む、請求項４に記載のヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項6】

前記遺伝子から発現されたタンパク質の量を測定する製剤は、前記遺伝子から発現されたタンパク質に特異的な抗体またはアプタマーを含む、請求項４に記載のヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用組成物。

【請求項7】

請求項１から６の何れか一項に記載の組成物を含むヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断用キット。

【請求項8】

ヘリコバクターピロリに感染した患者のサンプルから試料ＤＮＡを準備するステップ；
前記試料ＤＮＡを請求項１から６の何れか一項に記載の組成物を用いて増幅するステップ；及び
前記増幅の結果からヘリコバクターピロリ感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現の程度を確認するステップ；
を含むヘリコバクターピロリに感染した患者においてヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断のために必要な情報を提供する方法。

【請求項9】

前記遺伝子の発現の程度を確認するステップは、前記遺伝子のｍＲＮＡの量、前記遺伝子から発現されたタンパク質の量、またはこれら２つ全てを測定するものである、請求項８に記載のヘリコバクターピロリに感染した患者においてヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断のために必要な情報を提供する方法。

【請求項10】

前記遺伝子のｍＲＮＡの量を測定することは、前記遺伝子のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡに特異的に結合するプライマーまたはプローブを用いるものである、請求項９に記載のヘリコバクターピロリに感染した患者においてヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断のために必要な情報を提供する方法。

【請求項11】

前記遺伝子から発現されたタンパク質の量を測定することは、前記遺伝子から発現されたタンパク質に特異的な抗体またはアプタマーを用いるものである、請求項９に記載のヘリコバクターピロリに感染した患者においてヘリコバクターピロリの感染による胃癌の診断のために必要な情報を提供する方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本出願は、ヘリコバクターピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ ｐｙｌｏｒｉ）連関疾患の診断及び治療に有用に用いることができる遺伝子マーカーに関する。

【背景技術】

【0002】

１９８３年、オーストラリアの微生物学者であるマーシャル（Ｍａｒｃｈａｌｌ）とウォレン（Ｗａｒｒｅｎ）は、初めてＢ型胃炎患者の胃粘膜生検組織で曲がった細菌を発見し、前記細菌を培養してカンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｇｅｎｕｓ）と連関された新たな種の細菌であることを究明して以来、ヘリコバクターピロリと胃炎及び消化性潰瘍などの上部胃腸管疾患との間の連関性に対する活発な研究がなされてきた。ヘリコバクターピロリは、グラム陰性桿菌として薄い膜で覆われた鞭毛があり、多量のウレアーゼ（ｕｒｅａｓｅ）を放出し、大便－口腔経路を介して伝播されるものと知られており、１９９４年には、世界保健機構（ＷＨＯ）が確実な発癌因子であると明らかにして世界的に注目を浴びている病源菌である。

【0003】

現在、ヘリコバクターピロリによる疾病の発病メカニズムは、食物とともに胃内腔に入ってきた細菌が、強い運動性を有した鞭毛を用いて胃の粘液層を突き抜け、胃粘液層内の胃の上皮細胞層の上部と細胞間の接合部に生食しながら、多量のウレアーゼを分泌して粘液層をアルカリ性に変化させることにより、ガストリンによる胃酸分泌の促進を異常に過多に誘導し、結局、炎症及び潰瘍をもたらすものと知られている。また、ヘリコバクターピロリが胃腺癌（ｇａｓｔｒｉｃ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）発病の重要な危険要素であることを究明した最近の研究報道により、世界保健機構ではヘリコバクターピロリを第１群発癌物質に指定した。

【0004】

特に、ヘリコバクターピロリによる感染は、韓国をはじめとした発展途上国で多く発生するものと報告されており、上部胃腸管の症状がない５，７３２名を対象に実施した全国疫学調査の結果によると、ヘリコバクターピロリ感染率は、全国民で４６．６％であり、１６歳以上の大人で６９．４％、特に、４０代において７８．５％という高い感染率を示すことが確認された。また、消化性潰瘍患者１，０３１名を対象にヘリコバクターピロリ感染率を調査した結果、胃潰瘍患者の６６％及び十二指膓潰瘍患者の７９％がヘリコバクターピロリに感染したものと確認され、胃及び十二指膓同伴の潰瘍患者の７１％がヘリコバクターピロリに感染したものと報告された。

【0005】

多数の疾病状態は、遺伝子ＤＮＡのコピー（ｃｏｐｙ）数の変化または特定遺伝子の転写水準の変化による（例えば、開始制御、ＲＮＡ前駆体の提供、ＲＮＡプロセッシングなどによる）多様な遺伝子の発現水準の差を特徴とする。例えば、遺伝物質の損失及び獲得は、悪性転換（ｍａｌｉｇｎａｎｔ ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎ）及び進行において重要な役割を担う。このような獲得及び損失は、少なくとも２種類の遺伝子、すなわち、腫瘍遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子によって「駆動される（ｄｒｉｖｅｎ）」ものと考えられる。腫瘍遺伝子は、腫瘍発生の陽性調節因子であり、腫瘍抑制遺伝子は、腫瘍発生の陰性調節因子である。よって、特定の遺伝子（例えば、腫瘍遺伝子または腫瘍抑制遺伝子）の発現（転写）水準の変化は、多様な疾患、例えば、癌の存在及び進行に対する道標として機能する。

【0006】

ヘリコバクターピロリの感染は、前記遺伝子発現パターンの一部または全部を反転させる。よって、このような遺伝子の一部または全部の発現パターンの変化は、治療剤の効能をモニターしたり予測する方法として用いられ得る。遺伝子発現変化の分析は、関心のある標的組織（例えば、腫瘍）またはいくつかの代用細胞集団（例えば、末梢血白血球）で行われてよい。後者の場合、遺伝子発現の変化と効能（例えば、腫瘍収縮または非成長（ｎｏｎ－ｇｒｏｗｔｈ））の相関関係は、効能に対するマーカーとして用いようとする遺伝子発現パターンの変化に対して特に強力でなければならない。従来、ヘリコバクターピロリ感染を検出することができる多数の診断用製剤が本技術分野に公知となっている（特許文献１及び特許文献２）。

【0007】

しかし、現在までヘリコバクターピロリの感染によりその発現パターンが変化し得る特定の遺伝子群に対する情報と、このような情報を用いてヘリコバクターピロリ連関疾患の発生、進行及び予後を診断または予測する方法に対してはほとんど知られていない。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0008】

【文献】韓国公開特許第２００３－０００１５０６号公報

【文献】韓国公開特許第２０００－００３３０１３号公報

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0009】

本出願は、ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現量を測定する製剤を含むヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物、及び前記組成物を用いてヘリコバクターピロリ連関疾患を有する患者の診断、予後の予測及び治療戦略の決定に助けとなる方法を提供することを課題とする。

【0010】

また、本出願は、哺乳動物組織または細胞サンプルにおいて、ヘリコバクターピロリ感染によりその発現が特異的に変化する遺伝子群を確認及び分析する方法を提供し、前記遺伝子群をバイオマーカーとして哺乳動物個体においてヘリコバクターピロリ連関疾患を診断し治療効果を予測する方法を提供することを課題とする。

【課題を解決するための手段】

【0011】

前記課題を達成するため、本出願の一側面は、ヘリコバクターピロリの感染により発現が増減する遺伝子の発現量を測定する製剤を含むヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物及びキットを提供する。

【0012】

本出願の他の側面は、ヘリコバクターピロリに感染した患者の生物学的試料からヘリコバクターピロリの感染により発現が増減する遺伝子のｍＲＮＡ、または前記遺伝子から発現されるタンパク質が存在する量を測定し、正常である個体の試料から測定した量と比較するステップを含むヘリコバクターピロリ連関疾患の診断または予後予測の情報を提供する方法を提供する。

【発明の効果】

【0013】

本出願は、ヘリコバクターピロリの感染に関し、その発現が特異的に増加または減少する遺伝子群を確認し、ヘリコバクターピロリの感染が回復する場合、前記遺伝子群の発現が正常状態に回復することを確認した。よって、本発明の組成物及びキットは、ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断や予後の予測に効果的に用いることができる。

【0014】

但し、本出願の効果は、前記で言及した効果に制限されるものではなく、言及されていないまた他の効果は、下記の記載から本技術分野の通常の技術者に明確に理解され得るであろう。

【図面の簡単な説明】

【0015】

【図1】ヘリコバクターピロリの感染によりその発現が特異的に増加する遺伝子の種類を示すグラフである。

【図2】ヘリコバクターピロリが感染し特定の遺伝子の発現が増加した細胞株に本出願のキムチ抽出物を処理することにより、その発現が正常状態に回復する遺伝子のリストを示すヒートマップ（Ｈｅａｔｍａｐ）及び電気泳動写真である。

【図3】ヘリコバクターピロリの感染によりその発現が特異的に減少する遺伝子の種類を示すグラフである。

【図4】ヘリコバクターピロリが感染し特定の遺伝子の発現が減少した細胞株に本出願のキムチ抽出物を処理することにより、その発現が正常状態に回復する遺伝子のリストを示すヒートマップ及び電気泳動写真である。

【図5】動物モデルにおいて、ヘリコバクターピロリの感染により増加したＥＲストレス遺伝子の発現が、本出願のキムチ抽出物を処理することにより正常状態に回復することを示すグラフである。

【図6】動物モデルにおいて、ヘリコバクターピロリの感染により減少した抗酸化関連遺伝子の発現が、本出願のキムチ抽出物を処理することにより正常状態に回復することを示すグラフである。

【発明を実施するための形態】

【0016】

以下、本出願の内容を具体的に説明する。

【0017】

本明細書において、別に定義されない限り、本明細書で用いられた全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する技術分野の通常の技術者により通常理解されるものと同一の意味を有する。一般的に、本明細書で用いられた命名法及び以下に記述する実験方法は、本技術分野でよく知られており、通常用いられるものである。

【0018】

以下、本発明を詳細に説明する。

【0019】

１．ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物及びキット
本出願は、ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現量を測定する製剤を含むヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物、及び前記組成物を含むヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用キットを提供する。本出願の一具現形態において、前記ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加する遺伝子は、ＦＧＦ２１（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ２１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２６２９１）、ＣＴＨ（ｃｙｓｔａｔｈｉｏｎｉｎｅ ｇ－ｌｙａｓｅ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１４９１）、ＣＲＥＢＲＦ（ｃＡＭＰ ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｅｌｅｍｅｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１５３２２２）、ＤＬＬ４（ｄｅｌｔａ－ｌｉｋｅ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５４５６７）、ＦＧＦ１８（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ １８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８８１７）、ＦＯＳ（Ｆｏｓ ｐｒｏｔｏ－ｏｎｃｏｇｅｎｅ、ＡＰ－１ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ｓｕｂｕｎｉｔ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５３）、ＰＤＫ１（ｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｉｄｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ－１、Ｇｅｎｅ ＩＤ：５１７０）、ＰＴＰＲＮ（ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｔｙｐｅ ｔｙｒｏｓｉｎｅ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ－ｌｉｋｅ Ｎ、Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７９８）、ＣＬＩＣ４（ｃｈｌｏｒｉｄｅ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｃｈａｎｎｅｌ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２５９３２）、ＰＴＰＲＢ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ、ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｐｅ Ｂ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７８７）、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ １ ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ ｓｕｂｕｎｉｔ １５Ａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３６４５）、ＰＴＰＲＨ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ、ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｔｙｐｅ Ｈ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７９４）、ＤＤＩＴ３（ＤＮＡ ｄａｍａｇｅ ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１６４９）、ＢＩＲＣ３（ｂａｃｕｌｏｖｉｒａｌ ＩＡＰ ｒｅｐｅａｔ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３３０）、ＦＯＸＯ３（ｆｏｒｋｈｅａｄ ｂｏｘ Ｏ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３０９）、ＢＣＬ２（ＢＣＬ２、ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５９６）、ＰＲＫＣＥ（ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ Ｃ ｅｐｓｉｌｏｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５５８１）、ＣＨＭＰ４Ｃ（ｃｈａｒｇｅｄ ｍｕｌｔｉｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｂｏｄｙ ｐｒｏｔｅｉｎ ４Ｃ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９２４２１）、ＣＬＤＮ１４（ｃｌａｕｄｉｎ １４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５６２）、ＳＬＣ７Ａ１１（ｓｏｌｕｔｅ ｃａｒｒｉｅｒ ｆａｍｉｌｙ ７ ｍｅｍｂｅｒ １１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３６５７）、ＢＯＣ（ＢＯＣ ｃｅｌｌ ａｄｈｅｓｉｏｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ、ｏｎｃｏｇｅｎｅ ｒｅｇｕｌａｔｅｄ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９１６５３）、ＡＪＵＢＡ（ａｊｕｂａ ＬＩＭ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８４９６２）、ＬＭＯ７（ＬＩＭ ｄｏｍａｉｎ ７．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４００８）、ＭＭＰ２４（ｍａｔｒｉｘ ｍｅｔａｌｌｏｐｅｐｔｉｄａｓｅ ２４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０８９３）、Ｃ３ｏｒｆ５８（ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｉｎａｓｅ ｄｏｍａｉｎ ２Ａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２０５４２８）、ＫＬＦ１０（Ｋｒｕｐｐｅｌ ｌｉｋｅ ｆａｃｔｏｒ １０．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７０７１）、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１（ｃｈｏｎｄｒｏｉｔｉｎ ｓｕｌｆａｔｅ Ｎ－ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５５７９０）、ＣＥＰ１２０（ｃｅｎｔｒｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ １２０．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１５３２４１）、ＣＨＡＣ１（ＣｈａＣ ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｇａｍｍａ－ｇｌｕｔａｍｙｌｃｙｃｌｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７９０９４）、ＡＳＮＳ（ａｓｐａｒａｇｉｎｅ ｓｙｎｔｈｅｔａｓｅ（ｇｌｕｔａｍｉｎｅ－ｈｙｄｒｏｌｙｚｉｎｇ）．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４４０）、ＮＦＥ２Ｌ２（ｎｕｃｌｅａｒ ｆａｃｔｏｒ、ｅｒｙｔｈｒｏｉｄ ２ ｌｉｋｅ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４７８０）、ＲＩＯＫ３（ＲＩＯ ｋｉｎａｓｅ３．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８７８０）、ＴＸＮＩＰ（ｔｈｉｏｒｅｄｏｘｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０６２８）、ＭＴＲ（５－ｍｅｔｈｙｌｔｅｔｒａｈｙｄｒｏｆｏｌａｔｅ－ｈｏｍｏｃｙｓｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４５４８）、ＩＦＲＤ１（ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３４７５）、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではなく、前記遺伝子の発現の増加有無を確認することによりヘリコバクターピロリの感染有無を診断することができる。本出願の一具現形態において、前記ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加する遺伝子は、ＦＧＦ２１、ＣＴＨ、ＣＲＥＢＲＦ、ＰＴＰＲＮ及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではない。

【0020】

本出願の他の具現形態において、前記ヘリコバクターピロリの感染により発現が減少する遺伝子は、ＡＤＧＲＡ２（ａｄｈｅｓｉｏｎ Ｇ ｐｒｏｔｅｉｎ－ｃｏｕｐｌｅｄ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ａ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２５９６０）、ＴＢＸ４（Ｔ－ｂｏｘ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４９６）、ＯＶＯＬ２（ｏｖｏ ｌｉｋｅ ｚｉｎｃ ｆｉｎｇｅｒ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５８４９５）、ＡＣＶＲＬ１（ａｃｔｉｖｉｎ Ａ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｌｉｋｅ ｔｙｐｅ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４）、ＡＬＢ（ａｌｂｕｍｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２１３）、ＪＡＤＥ１（ｊａｄｅ ｆａｍｉｌｙ ＰＨＤ ｆｉｎｇｅｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：７９９６０）、ＭＬＬＴ１１（ＭＬＬＴ１１、ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ７ ｃｏｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０９６２）、ＡＤＯＲＡ１（ａｄｅｎｏｓｉｎｅ Ａ１ ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１３４）、ＴＮＦＲＳＦ８（ＴＮＦ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９４３）、ＮＬＲＰ１２（ＮＬＲ ｆａｍｉｌｙ ｐｙｒｉｎ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ １２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９１６６２）、ＣＡＳＰ１４（ｃａｓｐａｓｅ １４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２３５８１）、ＬＴＡ（ｌｙｍｐｈｏｔｏｘｉｎ ａｌｐｈａ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４０４９）、ＳＭＡＧＰ（ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ａｄｈｅｓｉｏｎ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：５７２２８）、ＮＥＯ１（ｎｅｏｇｅｎｉｎ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ１．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４７５６）、ＭＴＳＳ１（ＭＴＳＳ１、Ｉ－ＢＡＲ ｄｏｍａｉｎ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９７８８）、ＴＳＰＡＮ３２（ｔｅｔｒａｓｐａｎｉｎ３２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１００７７）、ＣＬＤＮ８（ｃｌａｕｄｉｎ ８．Ｇｅｎｅ ＩＤ：９０７３）、ＭＹＢＰＨ（ｍｙｏｓｉｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｈ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４６０８）、ＳＧＣＥ（ｓａｒｃｏｇｌｙｃａｎ ｅｐｓｉｌｏｎ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：８９１０）、ＣＤＨ１５（ｃａｄｈｅｒｉｎ １５．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０１３）、ＡＲＨＧＡＰ６（Ｒｈｏ ＧＴＰａｓｅ ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ ６．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３９５）、ＺＦＰ３６Ｌ２（ＺＦＰ３６ ｒｉｎｇ ｆｉｎｇｅｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｌｉｋｅ ２．Ｇｅｎｅ ＩＤ：６７８）、ＥＨＦ（ＥＴＳ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２６２９８）、ＳＬＡＭＦ６（ＳＬＡＭ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ６．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１１４８３６）、ＨＬＡ－ＤＰＢ１（ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ、ｃｌａｓｓ ＩＩ、ＤＰ ｂｅｔａ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３１１５）、ＳＳＣ５Ｄ（ｓｃａｖｅｎｇｅｒ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｃｙｓｔｅｉｎｅ ｒｉｃｈ ｆａｍｉｌｙ ｍｅｍｂｅｒ ｗｉｔｈ ５ ｄｏｍａｉｎｓ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２８４２９７）、ＣＣＲ４（Ｃ－Ｃ ｍｏｔｉｆ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ４．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１２３３）、ＣＣＲ７（Ｃ－Ｃ ｍｏｔｉｆ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ７．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１２３６）、ＫＬＲＧ１（ｋｉｌｌｅｒ ｃｅｌｌ ｌｅｃｔｉｎ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ Ｇ ｍｅｍｂｅｒ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：１０２１９）、ＢＬＮＫ（Ｂ ｃｅｌｌ ｌｉｎｋｅｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：２９７６０）、ＩＧＦＢＰ１（ｉｎｓｕｌｉｎ－ｌｉｋｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ＝ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ １．Ｇｅｎｅ ＩＤ：３４８４）、ＧＩＦ（ＭＩＦ、ｍａｃｒｏｐｈａｇｅ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ｆａｃｔｏｒ．Ｇｅｎｅ ＩＤ：４２８２）、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではなく、前記遺伝子の発現の減少有無を確認することによりヘリコバクターピロリの感染有無を診断することができる。

【0021】

本出願において、前記で例示されたもののようなヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子の塩基配列、及び前記遺伝子から発現されたタンパク質のアミノ酸配列は、ＮＣＢＩのＧｅｎＢａｎｋなどの公開されたデータベースや文献から本技術分野の通常の技術者が容易に入手することができる。具体的に、本出願のＧｅｎｅ ＩＤは、ＮＣＢＩ（Ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のＵＩＤ（Ｕｎｉｑｕｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒｓ）であり、ＮＣＢＩの遺伝子検索（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｅ／）を介して確認することができる。

【0022】

本出願の一具現形態において、ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現量を測定する製剤は、前記遺伝子のｍＲＮＡが存在する量、または前記遺伝子から発現されたタンパク質が存在する量を測定する製剤であってよい。前記遺伝子のｍＲＮＡが存在する量を測定する製剤は、前記遺伝子のｍＲＮＡに特異的に結合して認識できるようにするか、量を増幅させることができる製剤を意味する。具体的な例として、前記ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡを逆転写させて作ったｃＤＮＡの塩基配列に特異的に結合するプライマー対やプローブであってよいが、これに限定されるものではない。

【0023】

本出願において、前記「プライマー」は、遊離３’－末端水酸化基（ｆｒｅｅ ３’ ｈｙｄｒｏｘｙｌ ｇｒｏｕｐ）を有する短い長さの核酸配列であって、相補的な鋳型鎖（ｔｅｍｐｌａｔｅ ｓｔｒａｎｄ）と塩基対を形成することにより、核酸重合酵素が鋳型鎖を複製して増幅する際の開始地点を提供する役割を担う核酸配列を示す。そして、前記「プローブ」は、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡと特異的結合をなすことができる配列からなる数塩基から数百塩基の長さを有する核酸切片を示す。

【0024】

本出願の一具現形態において、前記遺伝子のｍＲＮＡが存在する量は、前記遺伝子配列のセンス及びアンチセンスプライマーを用いてＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、競合的ＲＴ－ＰＣＲ（Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ ＲＴ－ＰＣＲ）、リアルタイムＲＴ－ＰＣＲ（Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＲＴ－ＰＣＲ）などの方法を行うことにより測定することができ、前記遺伝子のｍＲＮＡまたは逆転写して作られたｃＤＮＡに特異的結合をなし得る配列を有したプローブを用いてノーザンブロット（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ）、マイクロアレイ（Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ）などの方法を行うことにより測定することができ、さらには、ＲＮａｓｅ保護分析法（ＲＮａｓｅ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）、塩基配列分析（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）などの方法で測定することができるが、これに限定されるものではなく、本技術分野の通常の技術者に知られている如何なる方法を用いるのに必要な製剤でも可能である。

【0025】

前記遺伝子から発現されたタンパク質が存在する量を測定する製剤は、前記タンパク質に特異的に結合して認識できるようにする製剤を意味する。具体的な例として、前記タンパク質に特異的に結合する抗体またはアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）であってよいが、これに限定されるものではない。

【0026】

前記「抗体」は、免疫学的に前記タンパク質のエピトープ（ｅｐｉｔｏｐｅ）と特異的結合して反応性を有する兔疫グロブリン分子を意味し、単クローン抗体、多クローン抗体、全長の鎖構造を有した抗体、少なくとも抗原結合機能を有する機能的な断片の抗体及び組換え抗体を非制限的に全て含む意味で用いられる。前記アプタマーは、前記タンパク質を標的として特異的な結合を形成することができる特徴を有し、安定的な３次立体構造をなしている一本鎖核酸分子を意味し、ＳＥＬＥＸ（Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ Ｅｘｐｏｎｅｎｔｉａｌ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ）技術などを用いて前記タンパク質に特異性を有したアプタマーを合成することができる。

【0027】

本出願の一具現形態において、前記遺伝子から発現されたタンパク質の量は、前記抗体またはアプタマーを用いてウエスタンブロット（Ｗｅｓｔｅｒｎ ｂｌｏｔ）、タンパク質マイクロアレイ（タンパク質チップ）、ＥＬＩＳＡ（Ｅｎｚｙｍｅ Ｌｉｎｋｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ Ａｓｓａｙ）、二次元電気泳動法（２－Ｄｉｍｅｎｔｉｏｎａｌ Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ）、免疫化学染色法（Ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、ＩＨＣ）、免疫蛍光法（Ｉｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ）、共免疫沈降法（Ｃｏ－Ｉｍｍｕｎｏｐｒｅｃｉｐｉｔａｔｉｏｎ Ａｓｓａｙ）、ＦＡＣＳ（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｃｔｉｖａｔｅｄ Ｃｅｌｌ Ｓｏｒｔｅｒ）、放射線免疫分析（Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ、ＲＩＡ）、放射免疫拡散法（Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏｄｉｆｆｕｓｉｏｎ）、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ分析（Ｍａｔｒｉｘ Ａｓｓｉｓｔｅｄ Ｌａｓｅｒ Ｄｅｓｏｒｐｔｉｏｎ／Ｉｏｎｉｚａｔｉｏｎ Ｔｉｍｅ ｏｆ Ｆｌｉｇｈｔ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）などの方法で測定することができるが、これに限定されるものではなく、本技術分野の通常の技術者に知られている如何なる方法を用いるのに必要な製剤でも可能である。

【0028】

前記遺伝子の発現量を測定する製剤を含む組成物は、ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断だけではなく、前記疾患を有する患者の予後に対する予測の用途として用いることができる。本出願の一具現形態において、前記遺伝子の発現量を測定した結果、前記遺伝子の発現量が増加または減少している場合、ヘリコバクターピロリ連関疾患を有する患者の予後が悪いとの予測ができるようにし、治療のための戦略と対策を樹立することができる。

【0029】

本出願において、「診断」との用語は、病理状態の存在または特徴を確認するものであって、本発明の目的上、癌患者の転移有無による癌治療効果の差を確認することだけではなく、癌の治療後、当該個体の再発、薬物反応性、耐性などの有無を判断することを意味する。好ましくは、本発明の遺伝子の突然変異を用いる場合、腎臓癌患者の試料から突然変異の有無を確認することにより、当該腎臓癌患者の転移による腎臓癌治療効果の差、及び今後の当該患者の予後が分かる生存率の差に対しても予測が可能である。

【0030】

本出願において、「予後」との用語は、ヘリコバクターピロリ連関疾患の例を挙げて、再発、転移性拡散及び薬物耐性を含めた病気の経過及び完治可否を意味する。本出願の一具現形態において、前記ヘリコバクターピロリ連関疾患としては、胃炎、胃潰瘍、胃癌などを挙げることができるが、これに限定されるものではない。

【0031】

本出願において、「癌」との用語は、異常細胞の調節されない成長を特徴とする疾患部類の任意の一員を含む。前記用語は、悪性、陽性、軟組織または固形のうちいずれかに特徴されるにかかわらず、全ての既知の癌及び新生物の状態、及び転移前／後の癌を含む全ての時期及び等級の癌を含む。

【0032】

本出願において、「遺伝子」及びこの変形物との用語は、ポリペプチド鎖の生成に関与したＤＮＡ断片を含み；これはコーディング部位以前及び以後の部位、例えば、プロモーター及び３’非翻訳領域をそれぞれ含むだけでなく、個別的なコーディング断片（エクソン）間の介入配列（イントロン）を含む。

【0033】

本出願の一具現形態において、前記遺伝子の突然変異は、任意の１つ以上の突然変異を含んでよく、例えば、切断型（ｔｒｕｎｃａｔｉｎｇ）突然変異、ミスセンス（ｍｉｓｓｅｎｓｅ）突然変異（または、過誤突然変異）、ナンセンス（ｎｏｎｓｅｎｓｅ）突然変異、フレームシフト（ｆｒａｍｅ ｓｈｉｆｔ）突然変異、インフレーム（ｉｎ－ｆｒａｍｅ）突然変異（または、読み枠内突然変異）、スプライス突然変異及びスプライスサイト（ｓｐｌｉｃｅ ｒｅｇｉｏｎ）突然変異よりなる群から選択される少なくとも１つの突然変異を有することができる。前記フレームシフト突然変異は、フレームシフト挿入（ｆｒａｍｅ ｓｈｉｆｔ ｉｎｓｅｒｔ、ＦＳ ｉｎｓ）突然変異及びフレームシフト欠失突然変異（ｆｒａｍｅ ｓｈｉｆｔ ｄｅｌｅｔｅ、ＦＳ ｄｅｌ）のうち少なくとも１つであってよい。前記インフレーム突然変異は、インフレーム挿入（ｉｎ－ｆｒａｍｅ ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ、ＩＦ ｉｎｓ）突然変異及びインフレーム欠失（ｉｎ－ｆｒａｍｅ ｄｅｌｅｔｅ、ＩＦ ｄｅｌ）突然変異のうち少なくとも１つであってよい。

【0034】

ポリペプチド配列における突然変異に関し、「Ｘ＃Ｙ」との用語は、本技術分野の通常の技術者に自明に認識されるものであって、ここで、「＃」は、ポリペプチドのアミノ酸番号と関連して突然変異の位置を示し、「Ｘ」は、野生型アミノ酸配列のその位置から発見されるアミノ酸を示し、「Ｙ」は、その位置での突然変異体アミノ酸を示す。

【0035】

前記遺伝子の発現の増加または減少を用いて、ヘリコバクターピロリ連関疾患の予後を診断するための分析方法としては、次世代塩基配列分析法（ｎｅｘｔ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＮＧＳ）、ＲＴ－ＰＣＲ、直接核酸配列分析方法、マイクロアレイなどを挙げることができるが、これに限定されるものではない。本出願の一具現形態において、遺伝子発現の増加または減少を確認するための抗体または核酸プローブは検出可能に標識され、前記標識は、免疫蛍光標識、化学発光標識、リン光標識、酵素標識、放射性標識、アビジン／ビオチン、コロイド性金粒子、着色粒子及び磁気粒子よりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではない。本出願の他の具現形態において、遺伝子発現の増加または減少は、放射性免疫検定、ウエスタンブロット検定、免疫蛍光検定、酵素免疫検定、免疫沈澱検定、化学発光検定、免疫組織化学検定、ドットブロット検定、スロットブロット検定または流動細胞測定検定により決定されてよいが、これに限定されるものではない。

【0036】

本出願において、「ポリヌクレオチド」との用語は、一般的に非修飾されたＲＮＡまたはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡまたはＤＮＡであり得る任意のポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチドを示す。よって、例えば、本出願で定義されたところのようなポリヌクレオチドは、非制限的に一本及び二本鎖ＤＮＡ、一本及び二本鎖領域を含むＤＮＡ、一本及び二本鎖ＲＮＡ、及び一本及び二本鎖領域を含むＲＮＡ、一本鎖またはより典型的には二本鎖であり得るか、または一本及び二本鎖領域を含み得るＤＮＡ及びＲＮＡを含むハイブリッド分子を含んでよい。よって、安定性または他の理由により修飾されたバックボーンを有するＤＮＡまたはＲＮＡも、本出願で意図された用語のような「ポリヌクレオチド」に該当する。また、イノシンのような通常でない塩基、または三重水素化塩基のような修飾された塩基を含むＤＮＡまたはＲＮＡが、本出願で定義されたところのような「ポリヌクレオチド」に含まれる。一般的に、「ポリヌクレオチド」との用語は、非修飾されたポリヌクレオチドの全て化学的に、酵素的に、及び／または代謝的に修飾された形態を含む。ポリヌクレオチドは、試験管内組換えＤＮＡ－媒介技術を含めた多様な方法により、そして、細胞及び有機体内のＤＮＡの発現により製造されてよいが、これに限定されるものではない。

【0037】

本出願のキットは、前記で説明したような本出願の組成物を含んでおり、本出願のキットは、従来の一般的な遺伝子の検索方法に比べて時間とコストが節減されるので非常に経済的である。本出願の一具現形態において、本出願のキットは、チップ１つに多様な遺伝子の発現の程度を検出することができるプライマーセットがともに集積できるため、従来の方法に比べ、時間だけでなくコストまで節減することができる。

【0038】

２．ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断のために必要な情報を提供する方法
本出願の他の側面は、個体のサンプルから試料ＤＮＡを準備するステップ；前記試料ＤＮＡを本出願の組成物またはキットを用いて増幅するステップ；増幅結果からヘリコバクターピロリ感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現の程度を確認するステップを含む、個体のヘリコバクターピロリ連関疾患の診断のために必要な情報を提供する方法を提供する。

【0039】

前記方法は、追加でヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子が確認された個体に任意のヘリコバクターピロリ連関疾患の治療候補物質を処理したり、任意の方法で治療するステップ；及び任意の治療候補物質または任意の治療方法が前記疾患を改善したり、治療する場合、前記患者に好適な治療候補物質または治療方法に採用するステップ；を含む、ヘリコバクターピロリに感染した個体の治療効果の差を判定するために必要な情報を提供する方法を提供する。

【0040】

本出願のまた他の側面は、ヘリコバクターピロリに感染した患者のサンプルから試料ＤＮＡを準備するステップ；前記試料ＤＮＡを本出願の組成物またはキットを用いて増幅するステップ；及び前記増幅結果からヘリコバクターピロリ感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現の程度を確認するステップ；を含む、ヘリコバクターピロリに感染した患者においてヘリコバクターピロリ連関疾患の診断、例えば予後の診断のために必要な情報を提供する方法を提供する。

【0041】

前記「ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物及びキット」に対する説明は、「１．ヘリコバクターピロリ連関疾患の診断用組成物及びキット」に記載したところと同一なので、具体的な説明を省略する。

【0042】

前記任意の治療候補物質は、ヘリコバクターピロリ連関疾患の治療のために通常用いられる治療剤、または前記疾患に対する治療効果が知られていない新規の物質であってよいが、これに限定されるものではない。前記任意の治療候補物質をヘリコバクターピロリに感染した患者に処理した後、治療効果を確認することにより、治療候補物質が特定の患者群に効果があるのか否かが分かる。もしヘリコバクターピロリの感染により発生した胃炎に治療効果があれば、ヘリコバクターピロリの感染により発生する他の疾患、例えば、胃潰瘍または胃癌を有する患者群に適用する際にも治療効果が高いものと予測することができるので、治療戦略の決定に有用な情報を提供することができる。また、もしヘリコバクターピロリの感染により発生した胃炎に対して任意の治療候補物質を使用時に治療効果が現れない場合には、ヘリコバクターピロリの感染により発生する他の疾患、例えば、胃潰瘍または胃癌を有する患者群にはこれ以上治療を進めないことにより不要な治療を実施しなくてもよいので、治療戦略を効率的に設計することができる。

【0043】

本出願において、「サンプル」との用語は、患者から収得した任意の生物学的標本を非制限的に含む意味で用いられる。本出願の一具現形態において、前記サンプルは、患者の胃から入手された微細針吸引物（例えば、無作為な乳腺微細針吸引により採取された吸引物）、組織サンプル（例えば、胃炎、胃潰瘍、胃癌の組織）、例えば、腫瘍生検（例えば、穿刺生検、腫瘍の手術的切除）、及びその細胞抽出物を非制限的に含むことができる。本出願の一具現形態において、前記サンプルは、例えば、胃炎、胃潰瘍、または胃癌から製造されたホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織サンプルである。本出願の他の具現形態において、前記サンプルは、胃炎、胃潰瘍、または胃癌を有する対象から収得した凍結組織から製造された組織溶解物または抽出物である。

【0044】

本出願の「個体」は、ヒトを含むラット、マウス、家畜などの全ての動物であってよく、具体的に、ヘリコバクターピロリに感染したか、感染が疑われる個体であってよく、他の一例として、ヘリコバクターピロリ連関疾患が発病したか発病し得る個体であってよい。より具体的に、ヘリコバクターピロリに感染した患者であってよい。

【0045】

本出願において、「患者」との用語は、通常、ヒトを含むだけでなく、他の動物、例えば、他の霊長類、齧歯類、イヌ、ネコ、ウマ、ヒツジ、ブタなどを含む意味として用いられる。

【0046】

本出願において、「改善」との用語は、治療と連関されたパラメータ、例えば、症状の程度を少なくとも減少させる全ての行為を制限なく示す意味として用いられる。

【0047】

本出願において、「予防」との用語は、ヘリコバクターピロリ連関疾患の症状を抑制させるか遅延させる全ての行為を含む意味として用いられる。

【0048】

本出願において、「治療」との用語は、ヘリコバクターピロリ連関疾患の症状が好転するかよく変更される全ての行為を制限なく含む意味として用いられる。

【0049】

また、本出願において、「投与」との用語は、適切な方法で個体に所定の物質を導入する意味として用いられる。

【0050】

本出願において、ヘリコバクターピロリ連関疾患を有する患者のサンプルで、本出願で開示しているヘリコバクターピロリの感染により発現が増加または減少する遺伝子の発現を分析することにより、対象試料を有した個体が前記ヘリコバクターピロリ連関疾患に対して如何なる予後を有するのかを確認することができる。本出願の一具現形態において、前記ヘリコバクターピロリの感染により発現が増加する遺伝子は、ＦＧＦ２１、ＣＴＨ、ＣＲＥＢＲＦ、ＤＬＬ４、ＦＧＦ１８、ＦＯＳ、ＰＤＫ１、ＰＴＰＲＮ、ＣＬＩＣ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＰＴＰＲＨ、ＤＤＩＴ３、ＢＩＲＣ３、ＦＯＸＯ３、ＢＣＬ２、ＰＲＫＣＥ、ＣＨＭＰ４Ｃ、ＣＬＤＮ１４、ＳＬＣ７Ａ１１、ＢＯＣ、ＡＪＵＢＡ、ＬＭＯ７、ＭＭＰ２４、Ｃ３ｏｒｆ５８、ＫＬＦ１０、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＥＰ１２０、ＣＨＡＣ１、ＡＳＮＳ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＲＩＯＫ３、ＴＸＮＩＰ、ＭＴＲ、ＩＦＲＤ１、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよく、具体的に、ＦＧＦ２１、ＣＴＨ、ＣＲＥＢＲＦ、ＰＴＰＲＮ、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではない。本出願の他の具現形態において、前記ヘリコバクターピロリの感染により発現が減少する遺伝子は、ＡＤＧＲＡ２、ＴＢＸ４、ＯＶＯＬ２、ＡＣＶＲＬ１、ＡＬＢ、ＪＡＤＥ１、ＭＬＬＴ１１、ＡＤＯＲＡ１、ＴＮＦＲＳＦ８、ＮＬＲＰ１２、ＣＡＳＰ１４、ＬＴＡ、ＳＭＡＧＰ、ＮＥＯ１、ＭＴＳＳ１、ＴＳＰＡＮ３２、ＣＬＤＮ８、ＭＹＢＰＨ、ＳＧＣＥ、ＣＤＨ１５、ＡＲＨＧＡＰ６、ＺＦＰ３６Ｌ２、ＥＨＦ、ＳＬＡＭＦ６、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＳＳＣ５Ｄ、ＣＣＲ４、ＣＣＲ７、ＫＬＲＧ１、ＢＬＮＫ、ＩＧＦＢＰ１、ＧＩＦ、及びこれらの組み合わせよりなる群から選択されてよいが、これに限定されるものではない。

【0051】

本発明者達は、前記遺伝子の発現の増加または減少を、ヘリコバクターピロリ連関疾患を有する患者に対する治療効果の差を予測したり、予後を診断することができる診断マーカーとして用いることができることを最初に究明した。本出願の一具現形態において、本出願のヘリコバクターピロリ連関疾患の予後の診断のために必要な情報を提供する方法は、前記疾患の発生有無を診断したり、前記疾患を有する患者の生存率を高めたり、または再発率を下げたりするのに用いられ得る。本出願の他の具現形態において、本出願の方法を介して前記疾患に対する治療効果を予測したり、前記疾患を有する患者の生存率または再発率を予測することができるため、各患者に好適な治療剤の発掘だけでなく、治療法の選択において情報を提供することができるので、ヘリコバクターピロリ連関疾患に関する治療的戦略を効率的に設計することができる。

【0052】

本出願は、ヘリコバクターピロリ感染による生体内の遺伝子発現の変化を分析することにより、疾病の診断及び予後を予測する方法を提供する。本出願の一具現形態において、分類化を介して治療法の最適化、特定治療法の進行可否の決定及び治療剤の容量、選択などの最適化が可能である。また、単一細胞に対する遺伝子群の発現パターンを分析することにより、疾病状態の細胞において突然変異及び／または経路を標的とする治療法の同定及び開発を提供することができる。

【0053】

本出願の他の具現形態において、本出願は、哺乳動物組織または細胞サンプルで１つ以上の遺伝子マーカーの発現を検査及び分析する方法を提供する。一具現形態において、１つ以上の遺伝子マーカーの発現は、それから組織または細胞サンプルを採取した哺乳動物個体がヘリコバクターピロリ連関疾患にかかっている可能性がより大きいことを示す。

【0054】

本出願の一具現形態において、ヘリコバクターピロリに感染した個体は、乳酸菌を含むキムチを摂取または投与することにより、ヘリコバクターピロリ連関疾患の症状が改善または治療され得る。本出願の一具現形態において、前記キムチは、ロイコノストック・メセンテロイデスＣＪＬＭ１１９及びラクトバチルス・プランタラムＣＪＬＰ１３３を含むキムチであってよいが、これに限定されるものではない。前記ロイコノストック・メセンテロイデスＣＪＬＭ１１９は、韓国生命工学研究院の遺伝子バンクに受託番号ＫＣＴＣ １３０４３ＢＰとして寄託された微生物菌株であって、前記菌株の分離及び同定の方法に対しては韓国登録特許第１，８０７，９９５号公報に具体的に開示されている。また、前記ラクトバチルス・プランタラムＣＪＬＰ１３３は、韓国生命工学研究院の遺伝子バンクに受託番号ＫＣＴＣ １１４０３ＢＰとして寄託された微生物菌株であって、前記菌株の分離及び同定の方法に対しては韓国登録特許第１，４８６，９９９号公報に具体的に開示されている。

【0055】

前記「キムチ」は、野菜を塩に漬けた後、薬味を混合して発酵させた食品を制限なく含む意味として用いられる。例えば、前記野菜は、白菜、大根、長ネギ、カラシナ、キュウリなどが用いられてよく、具体的に白菜が用いられてよいが、これら以外の任意の野菜がいずれもキムチの原料として用いられてよい。本出願の一具現形態において、前記野菜は、白菜、具体的に、リコペンの含量が高い白菜であってよいが、これに限定されるものではない。

【0056】

本出願の一具現形態において、前記薬味は、唐辛子粉、ニンニク、生姜、塩辛などの材料を混合して製造されるものであって、薬味を構成する材料は、これらの他にも個人の嗜好度、発酵方式、発酵期間などに応じて必要時に他の任意の材料が適宜追加又は除外されてよい。前記キムチは、通常のキムチの製造方法により塩に漬けた野菜、例えば、塩に漬けた白菜に薬味を和えた後に発酵させる方法により製造されてよい。前記白菜としては、リコペン含量が高い白菜を用いるのがより適切であるが、これに限定されるものではなく、通常の白菜がキムチの製造に制限なく用いられてよい。

【0057】

本出願の一具現形態によると、試験管内または生体内で、ヘリコバクターピロリの感染によりＥＲストレス遺伝子、酸化ストレス遺伝子、組織再生遺伝子、血管新生遺伝子などの遺伝子の発現が増加し得る（図１、図２及び図５参照）。

【0058】

本出願の他の具現形態によると、試験管内または生体内で、ヘリコバクターピロリの感染により細胞防御反応遺伝子、組織再生遺伝子、抗酸化遺伝子、細胞結合遺伝子などの遺伝子の発現が減少し得る（図３、図４及び図６参照）。

【0059】

このように、本出願で確認されたヘリコバクターピロリの感染によりその発現が増加または減少する遺伝子のリストは、ヘリコバクターピロリから誘発され得る多様な疾患、例えば、胃炎、胃潰瘍及び胃癌の予防、治療、または改善のために有用に用いられ得る。

【0060】

以下、本発明を実施例及び実験例により詳細に説明する。

【0061】

但し、下記の実施例及び実験例は本発明を例示するためのものに過ぎず、本発明の内容が下記の実施例及び実験例により限定されるものではない。

【0062】

下記の実施例及び実験例において、統計分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ，ＵＳＡ）とＳＰＳＳソフトウェア（Ｖｅｒｓｉｏｎ １２．０；ＳＰＳＳ Ｉｎｃ．，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ，ＵＳＡ）を用いて行い、グループ間の統計的有意性は、マン・ホイットニーのＵ検定（Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ Ｕ ｔｅｓｔ）により決定され、統計的有意性は、ｐ＜０．０５で認定された。

【0063】

実施例１：ヘリコバクターピロリ感染の胃癌細胞及び動物モデルの準備
＜１－１＞ ヘリコバクターピロリ感染の胃癌細胞モデル
胃腺癌種（ＡＧＳ）は、ＡＴＣＣ（Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）で購入して保管しながら用いた。全ての細胞は、蘇生後６ヶ月以上用いなかった。ＡＧＳ細胞は、ＲＰＭＩ－１６４０培養液（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）及び１０％ＦＢＳ（ｆｅｔａｌ ｂｏｖｉｎｅ ｓｅｒｕｍ，Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）が含まれている培地で３７℃、５％ＣＯ_２で培養した。細胞を６ウェルプレートに１０^５細胞／ｍｌ濃度で分株し、２４時間吸着させた後、細胞にヘリコバクターピロリを５０ＭＯＩ（５００^５ ＣＦＵ）で６時間露出させて感染させた。

【0064】

＜１－２＞ 坑癌キムチの準備
キムチは、通常のキムチの製法により製造した。坑癌キムチ（以下、「ＣｐＫｉｍｃｈｉ」又は「ＣＰＫ」で示す場合がある）は、一般の白菜ではないリコペン含量が高い白菜を主原料に用い、ロイコノストック・メセンテロイデスＣＪＬＭ１１９及びラクトバチルス・プランタラムＣＪＬＰ１３３の２種の乳酸菌を用いたことを除いては、一般キムチ（以下、「ｓＫｉｍｃｈｉ」又は「ＳＫ」で示す場合がある）の製法と同一に製造した。前記ロイコノストック・メセンテロイデスＣＪＬＭ１１９は、韓国生命工学研究院の遺伝子バンクに受託番号ＫＣＴＣ １３０４３ＢＰとして寄託された微生物菌株であって、前記菌株の分離及び同定の方法に対しては韓国登録特許第１０－１８０７９９５号公報に具体的に開示されている。また、前記ラクトバチルス・プランタラムＣＪＬＰ１３３は、韓国生命工学研究院の遺伝子バンクに受託番号ＫＣＴＣ １１４０３ＢＰとして寄託された微生物菌株であって、前記菌株の分離及び同定の方法に対しては韓国登録特許第１０－１４８６９９９号公報に具体的に開示されているので、その具体的な記載を省略する。

【0065】

＜１－３＞ キムチ抽出物の濃縮液の製造
前記実施例＜１－２＞で製造されたキムチを凍結乾燥した後、粉砕して粉末として準備した。ここに２０倍重量のメタノールを加えた後、攪拌機を用いて１２時間抽出した。抽出された上澄み液を濾過紙で濾過し、残った沈殿物は再びメタノールを追加して１２時間抽出した。前記抽出物を濃縮器で約４０℃の温度で加温濃縮した濃縮物を製造した後、これを４℃で貯蔵して追加的な実験に用いた。

【0066】

＜１－４＞ 試験管内及び生体内実験モデルのための準備
試験管内実験には、実施例＜１－３＞で製造したキムチ抽出物の濃縮液５ ｍｇ／ｍｌ及び１０ｍｇ／ｍｌでそれぞれ用いた。生体内実験のためのキムチ摂取量は、次のように設定した：韓国人の通常のキムチ摂取量は、個人の趣向に応じて一日に約３０から１００ｇであり、坑癌キムチ抽出物の濃縮液は、動物モデルの食餌療法ペレットに１週間に１回、体重２倍、１．７ｇ／ｋｇ／日、５．１ｇ／ｋｇ／日の比率で混合し、一般的な韓国人のキムチ摂取量に換算して用いた。

【0067】

＜１－５＞ ＲＮＡの分離及びＲＴ－ＰＣＲの遂行
実施例＜１－１＞で製造したヘリコバクターピロリに感染した胃癌細胞の培養培地を吸引して除去した後、前記細胞をダルベッコ（Ｄｕｌｂｅｃｃｏ）のＰＢＳで２回洗浄した。ＲｉｂｏＥＸ（５００μｌ，ＧｅｎｅＡｌｌ，Ｓｅｏｕｌ，Ｋｏｒｅａ）を４℃で１０分間培養したプレートに添加した。ＲｉｂｏＥＸを収去して１．５ｍｌチューブに移した後、１００μｌのクロロホルムを入れてゆっくり混合した。氷で１０分間静置した後、サンプルを１０，０００ｇで３０分間遠心分離した。上澄み液を２００μｌのイソプロパノールと混合した後、前記混合物を４℃で１時間静置した。１３，０００ｇで３０分間遠心分離した後、沈殿物を７０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）のエタノールで洗浄した。エタノールを完全に蒸発させた後、沈殿物を１００μｌのＤＥＰＣ（Ｄｉｅｔｈｙｌｅｎｅ ｐｙｒｏｃａｒｂｏｎａｔｅ）で処理された水（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）に溶解させた。モロニーマウス白血病ウイルス（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）から由来された逆転写酵素を用いてｃＤＮＡを製造した。ＰＣＲは、９４℃で２０秒、５８℃で３０秒、７２℃で４５秒の３０サイクルを用いて行った。

【0068】

＜１－６＞ ｍＲＮＡ塩基配列の分析
ＳＭＡＲＴｅｒ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ＲＮＡ－Ｓｅｑキット（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，ＵＳＡ）を用いて２μｇの総ＲＮＡからライブラリを準備した。ｍＲＮＡの分離は、Ｐｏｌｙ（Ａ）ＲＮＡ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＬＥＸＯＧＥＮ，Ｉｎｃ．，Ａｕｓｔｒｉａ）を用いて行った。分離されたｍＲＮＡは、ｃＤＮＡ合成及び切断に用いた。インデックスは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ指数１－１２を用い、ＰＣＲを用いて増幅した。次いで、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（ＤＮＡ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｋｉｔ）を用いてライブラリを確認することで、平均断片の大きさを評価した。定量は、Ｓｔｅｐ ＯｎｅリアルタイムＰＣＲシステム（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．，ＵＳＡ）を用いてライブラリ定量キットを用いた。大量－高効率配列分析（ｈｉｇｈ－ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）は、ＨｉＳｅｑ ２５００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，ＵＳＡ）を用いてペアエンド（ｐａｉｒｅｄ－ｅｎｄ）１００配列分析で行った。

【0069】

＜１－７＞ データの分析
ｍＲＮＡ－Ｓｅｑ分析は、整列ファイルを得るためにＴｏｐＨａｔソフトウェア（Ｃｏｌｅ Ｔｒａｐｎｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００９）ツールを用いた。差別的に発現された遺伝子は、Ｂｅｄｔｏｏｌｓ（Ｑｕｉｎｌａｎ ＡＲ，２０１０）の適用範囲を用いて固有及び多重整列の計数に基づいて決定した。ＲＴ（Ｒｅａｄ Ｃｏｕｎｔ）データは、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ（Ｇｅｎｔｌｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２００４）を用いて統計プログラムＲ（Ｒ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｃｏｒｅ Ｔｅａｍ，２０１６）のＥｄｇｅＲを用いるＱｕａｎｔｉｌｅ正規化法に基づいて処理した。Ｃｕｆｆｌｉｎｋｓを用いて転写体を組み立て、存在量を推定し、発現及び調節を分析しており、遺伝子またはアイソ（ｉｓｏ）フォームの差別的な発現を検出するのに用いた。遺伝子領域の発現水準を決定する方法として、ＦＰＫＭ（ｆｒａｇｍｅｎｔｓ ｐｅｒ ｋｉｌｏｂａｓｅ ｏｆ ｅｘｏｎ ｐｅｒ ｍｉｌｌｉｏｎ ｆｒａｇｍｅｎｔｓ）を用いた。遺伝子の分類は、ＤＡＶＩＤ（ｈｔｔｐ：／／ｄａｖｉｄ．ａｂｃｃ．ｎｃｉｆｃｒｆ．ｇｏｖ／）で行った検索を基盤とした。

【0070】

実施例２：ヘリコバクターピロリ感染により特異的に増加する遺伝子
＜２－１＞ ＲＮＡｓｅｑを介した遺伝子の確認
ヘリコバクターピロリ感染による標的遺伝子を探すためにＲＮＡｓｅｑ分析を行い、遺伝子中、ヘリコバクターピロリ感染で発現が増加したがＣｐＫｉｍｃｈｉの併用処理で正常化された遺伝子１２６個を確認した。これらの遺伝子は、ＥＲストレス遺伝子、酸化ストレス遺伝子、組織再生遺伝子、血管新生遺伝子などで表れた（図１）。

【0071】

＜２－２＞ ＲＮＡｓｅｑの結果をＲＴ－ＰＣＲで検証
ＲＮＡｓｅｑのヒートマップ分析結果をＲＴ－ＰＣＲで検証した。血管新生遺伝子のうち、ＤＬＬ４（ｄｅｌｔａ－ｌｉｋｅ ４）及びＦＧＦ１８（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ １８）がＣｐＫｉｍｃｈｉ 併用処理後にその発現が有意に減少し、ＥＲストレス遺伝子のうちＦＧＦ２１（ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ ２１）、ＣＴＨ（ｃｙｓｔａｔｈｉｏｎｉｎｅ－ｌｙａｓｅ）及びＣＲＥＢＰＦ（ｃＡＭＰ ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅ ｅｌｅｍｅｎｔ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ）と、酸化的ストレス遺伝子のうちＦＯＳ、ＰＤＫ１（ｐｈｏｓｐｈｏｉｎｏｓｉｔｉｄｅ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｋｉｎａｓｅ－１）及びＰＴＰＲＮ（ｒｅｃｅｐｔｏｒ－ｔｙｐｅ ｔｙｒｏｓｉｎｅ－ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ－ｌｉｋｅ Ｎ）もまた、ＣｐＫｉｍｃｈｉ併用処理後にその発現が有意に減少した（図２）。

【0072】

実施例３：ヘリコバクターピロリ感染により特異的に減少する遺伝子
＜３－１＞ ＲＮＡｓｅｑを介した遺伝子の確認
遺伝子中、ヘリコバクターピロリ感染で発現が減少したがＣｐＫｉｍｃｈｉの処理で正常化され発現が増加する遺伝子を分析した。総２６２個の遺伝子が同定された。ヘリコバクターピロリ感染により発現が減少したがＣｐＫｉｍｃｈｉの併用治療で正常化された遺伝子を分類してみると、細胞防御反応遺伝子、組織再生遺伝子、抗酸化遺伝子、細胞結合遺伝子などである（図３）。

【0073】

＜３－２＞ ＲＮＡｓｅｑの結果をＲＴ－ＰＣＲで検証
ＲＮＡｓｅｑのヒートマップ分析結果をＲＴ－ＰＣＲで検証し、ＡＬＢ、ＮＥＯ１（ｎｅｏｇｅｎｉｎ ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ１）、ＣＬＤＮ８（ｃｌａｕｄｉｎ ８）、ＫＬＲＧ１（ｋｉｌｌｅｒ ｃｅｌｌ ｌｅｃｔｉｎ－ｌｉｋｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｓｕｂｆａｍｉｌｙ Ｇ ｍｅｍｂｅｒ １）及び ＩＧＦＢＰ１（ｉｎｓｕｌｉｎ－ｌｉｋｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ＝ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ １）の場合、ＣｐＫｉｍｃｈｉ処理後に減少した遺伝子の発現が正常化されたことを確認した（図４）。

【0074】

実施例４：ヘリコバクターピロリの感染により特異的に増加する遺伝子の生体内検証
ヘリコバクターピロリ感染動物モデル実験において、ＲＮＡｓｅｑ結果と同様にＥＲストレス遺伝子の発現を確認した。ヘリコバクターピロリに感染したグループ２でＥＲストレス遺伝子の発現が有意に増加しており、これはＲＮＡｓｅｑの結果と一致した。ＥＲストレスに関与するこれらの遺伝子は、ＣｐＫｉｍｃｈｉが投与されたグループ３とグループ４で有意に改善され、やはりＲＮＡｓｅｑ結果と一致した（図５）。

【0075】

実施例５：ヘリコバクターピロリ感染により特異的に減少する遺伝子の生体内検証
ヘリコバクターピロリ感染動物モデル実験において、ＲＮＡｓｅｑ結果と同様に抗酸化関連遺伝子の発現を確認した。抗酸化遺伝子は、ヘリコバクターピロリに感染したグループ２で有意に減少したが、ＣｐＫｉｍｃｈｉが投与されたグループ３とグループ４で全て有意に発現が増加して回復された（図６）。

【0076】

前記では、本出願の好ましい実施形態を例示的に説明したが、本出願の範囲は前記のような特定の実施形態だけに限定されず、当該分野で通常の知識を有する者であれば、本出願の特許請求の範囲に記載された範疇内で適宜変更が可能であろう。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】