(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-01-29
(45)【発行日】2024-02-06
(54)【発明の名称】CDK7を阻害するのに有用な化合物
(51)【国際特許分類】
C07D 471/04 20060101AFI20240130BHJP
A61K 31/5377 20060101ALI20240130BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240130BHJP
【FI】
C07D471/04 108A
C07D471/04 CSP
A61K31/5377
A61P35/00
(21)【出願番号】P 2022572271
(86)(22)【出願日】2021-05-20
(86)【国際出願番号】 US2021033414
(87)【国際公開番号】W WO2021242602
(87)【国際公開日】2021-12-02
【審査請求日】2022-12-16
(32)【優先日】2020-05-27
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(73)【特許権者】
【識別番号】594197872
【氏名又は名称】イーライ リリー アンド カンパニー
(74)【代理人】
【識別番号】100092783
【氏名又は名称】小林 浩
(74)【代理人】
【識別番号】100095360
【氏名又は名称】片山 英二
(74)【代理人】
【識別番号】100103182
【氏名又は名称】日野 真美
(74)【代理人】
【識別番号】100139310
【氏名又は名称】吉光 真紀
(72)【発明者】
【氏名】フェルナンデス フィゲロア,マリア カルメン
(72)【発明者】
【氏名】ルメラス アマダー,ヴェンセスラオ
(72)【発明者】
【氏名】サンチェス-マルティネス,コンセプシオン
【審査官】宮田 透
(56)【参考文献】
【文献】国際公開第2016/160617(WO,A2)
【文献】国際公開第2010/038465(WO,A1)
【文献】国際公開第2014/140076(WO,A1)
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C07D、A61K、A61P
CAplus/REGISTRY(STN)
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下の式の化合物:
【化1】
(式中、
Xが、-CH(OH)CH
3、-CHFCH
3、-CF
2CH
3、若しくは-CF
3であり、
Yが、-CH=CH
2若しくは-C
2H=C
2H
2であり、
Zが、-CH(CH
3)
2若しくは-CH(CH
3)(CH
2
2H)である)、
又はその薬学的に許容される塩。
【請求項2】
前記化合物が、
【化2】
又はその薬学的に許容される塩である、請求項1に記載の化合物。
【請求項3】
前記化合物が、
【化3】
又はその薬学的に許容される塩である、請求項1に記載の化合物。
【請求項4】
前記化合物が、
【化4】
又はその薬学的に許容される塩である、請求項2に記載の化合物。
【請求項5】
前記化合物が、
【化5】
である、請求項2に記載の化合物。
【請求項6】
前記化合物が、
【化6】
又はその薬学的に許容される塩である、請求項2に記載の化合物。
【請求項7】
前記化合物が、
【化7】
である、請求項2に記載の化合物。
【請求項8】
前記薬学的に許容される塩が、塩酸塩である、請求項1~4又は6のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項9】
前記薬学的に許容される塩が、硫酸塩である、請求項1~4又は6のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項10】
請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物、又はその薬学的に許容される塩を、1つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤と組み合わせて含む、薬学的組成物。
【請求項11】
治療有効量の請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物、又はその薬学的に許容される塩を含む、患者の尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、
及び神経膠腫
から選択されるがんを治療する
ための薬学的組成物。
【請求項12】
前記がんが、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんである、請求項11に記載の
薬学的組成物。
【請求項13】
前記がんが、乳がんである、請求項11又は12に記載の
薬学的組成物。
【請求項14】
前記患者からの生物学的試料が、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子における少なくとも1つの機能喪失変異を含む、請求項11に記載の
薬学的組成物。
【請求項15】
前記患者からの生物学的試料が、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子における少なくとも1つの機能喪失変異に対して試験の結果陽性である場合に、前記患者が治療のために選択される、請求項11に記載の
薬学的組成物。
【請求項16】
療法に使用するための、請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物又はその塩。
【請求項17】
尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫の治療に使用するための、請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物又はその塩。
【請求項18】
前記がんが、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんである、請求項17に記載の使用のための化合物又は塩。
【請求項19】
前記がんが、乳がんである、請求項17又は18に記載の使用のための化合物又は塩。
【請求項20】
前記化合物が、患者からの生物学的試料を使用してインビトロアッセイを実施することによって決定される、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子における少なくとも1つの不活性化変異を有する前記患者に投与される、請求項17~19のいずれか一項に記載の使用のための化合物又はその塩。
【請求項21】
尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫を治療するための医薬品の製造における、請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物、又はその薬学的に許容される塩の使用。
【請求項22】
前記がんが、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんからなる群から選択される、請求項21に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
サイクリン依存性キナーゼは、がん細胞の増殖及び調節されていない発がん性転写において重要である、主要なクラスのキナーゼである。CDK7は、サイクリンH及びMATIに結合して、細胞周期制御に関与する他のサイクリン活性化キナーゼをリン酸化することによってその機能を果たす三量体サイクリン活性化キナーゼを形成する、サイクリン依存性キナーゼである。この複合体は、細胞周期における2つの後続する相間の特異的な移行を制御する。CDK7は、細胞周期の一時的制御と転写活性の両方に関係している。CDK7は、RNAポリメラーゼIIのRbp1サブユニットのリン酸化による転写開始プロセスに関与している。制御されていない細胞増殖及び調節されていない転写はがんの特徴である。CDK7の選択的な標的化は、活発な転写及び細胞周期進行を同時に阻害することによって利点を提供し得る。したがって、CDK7は、がん、特に攻撃的で治療困難ながんの治療のための有望な標的である。
【0002】
CDK7に対するいくつかの低分子阻害剤が文献に報告されている(例えば、WO2015/154022、WO2016/142855、WO2016/160617、WO2016/193939、及びWO2017/044858を参照されたい)。しかしながら、既知のCDK7阻害剤は、CDK7に特異的ではない可能性があり、がんなどの細胞増殖性障害を効果的に治療するために必要とされるほどにはまだ有用ではない。したがって、細胞増殖性障害を治療するための新しい選択的CDK7阻害剤を提供する必要性が依然として存在する。
【発明の概要】
【0003】
以下の式の化合物、
【化1】
及びその薬学的に許容される塩、並びにその薬学的組成物が本明細書に提供される。この式において、Xは、-CH(OH)CH
3、-CHFCH
3、-CF
2CH
3又は-CF
3であり得、Yは、-CH=CH
2又は-C
2H=C
2H
2であり得、Zは-CH(CH
3)
2又は-C
2H(CH
3)(CH
2
2H)であり得る。この式の化合物にはキラル中心が含まれており、ここに示すように、R-エナンチオマー型及びS-エナンチオマー型を提供する。
【化2】
X、Y、及びZが上記のように定義されるR-エナンチオマー及びS-エナンチオマー、その薬学的に許容される塩、又はその薬学的組成物も本明細書で提供される。
【0004】
尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫を治療するための、この式の化合物、その薬学的に許容される塩、及びその薬学的組成物を使用する方法も提供される。方法は、治療有効量のこの式の化合物又はその薬学的に許容される塩を、必要とする患者に投与することを含む。この方法はまた、患者からの生物学的試料中のARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子における少なくとも1つの機能喪失変異の存在について試験することと、試料が機能喪失突然変異について陽性であると試験された場合に、治療有効量のこの式の化合物、又はその薬学的に許容される塩を患者に投与することと、を含み得る。本方法は、患者からの生物学的試料がARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子に少なくとも1つの機能喪失突然変異を含むという条件で、治療有効量のこの式の化合物、又はその薬学的に許容される塩を患者に投与することを更に又は代替的に含むことができる。本方法は、追加的又は代替的に、患者からの生物学的試料がARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子の少なくとも1つの機能喪失突然変異に対して陽性であると試験された場合に、患者が治療に選択されるという条件で、治療有効量のこの式の化合物、又はその薬学的に許容される塩を患者に投与すること含むことができる。
【0005】
療法に使用するための、この式の化合物、又はその薬学的に許容される塩も本明細書に提供される。また本明細書には、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫の治療で使用するための、この式の化合物、及びその薬学的に許容される塩が提供される。更なる例について、治療は、患者からの生物学的試料を使用してインビトロアッセイを行うことと、ARID1A、KMT2C、KMT2D、及びRB1遺伝子における少なくとも1つの不活性化変異の存在を決定することと、遺伝子のいずれかにおける少なくとも1つの不活性化変異が存在する場合に、患者に治療有効量のこの式の化合物、又はその薬学的に許容される塩を投与することと、を含み得る。
【0006】
尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫の治療のための医薬品の製造における、この式の化合物、又はその薬学的に許容される塩の使用も提供される。この使用は、患者からの生物学的試料を使用してインビトロアッセイを行うことと、ARID1A、KMT2C、KMT2D及びRB1遺伝子における少なくとも1つの不活性化変異の存在を決定することと、遺伝子のいずれかにおける少なくとも1つの不活性化変異が存在する場合に、患者に、治療有効量の、R-及びS-エナンチオマー型を含む、この式の化合物、又はその塩を投与することと、を含むことができる。
【0007】
説明
新規の選択的CDK7阻害剤化合物が本明細書に記載される。これらの新しい化合物は、がん、特に転写が調節されていないがんの強力で効果的な治療に対する必要性に対処し得る。より具体的には、これらの新しい化合物は、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、及び/又は神経膠腫の強力で効果的な治療に対する必要性に対処し得る。
【0008】
本明細書に記載の化合物は、式(I)の化合物、
【化3】
又はその薬学的に許容される塩である。式(I)において、Xは、-CH(OH)CH
3、-CHFCH
3、-CF
2CH
3又は-CF
3であり、Yは、-CH=CH
2又は-C
2H=C
2H
2であり、Zは-CH(CH
3)
2又は-C
2H(CH
3)(CH
2
2H)である。式(I)の具体例には、Xが-CH(OH)CH
3、-CHFCH
3、又は-CF
2CH
3であり、Yが-CH=CH
2であり、Zが-CH(CH
3)
2である化合物が挙げられる。式(I)の更なる例には、Xが-CF
3であり、Yが-CH=CH
2又は-C
2H=C
2H
2であり、Zは-CH(CH
3)
2又は-C
2H(CH
3)(CH
2
2H)である化合物が挙げられる。当業者は、式(I)によって記載されるような化合物、又はその薬学的に許容される塩がキラル中心を含み、その位置が上述の*で示されることを理解するであろう。当業者はまた、キラル中心のカーン・インゴルド・プレローグ順位則(R)又は(S)指定が、キラル中心の周りの置換パターンに応じて変化することを理解するであろう。式Iの化合物のキラル中心は、式(II)によって示されるR-エナンチオマー型及び式(III)によって示されるS-エナンチオマー型を提供する。
【化4】
X、Y、及びZが式(I)と同様に定義される式(II)及び式(III)の化合物又はその薬学的に許容される塩も本明細書で提供される。
【0009】
特定のエナンチオマーは、キラル試薬で開始するか、又は立体選択的若しくは立体特異的合成技術によって調製され得る。代替的に、単一のエナンチオマーは、式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物の合成における任意の好都合な時点で、標準的なキラルクロマトグラフィー又は結晶化技術によって、異なるキラル型の混合物から単離され得る。全ての個々のエナンチオマー、並びにラセミ体を含む式(II)及び式(III)の化合物のエナンチオマーの混合物が、本明細書に含まれることが意図される。
【0010】
式(II)の化合物の具体例(IUPAC命名法名を含む)を以下に示す。
【化5】
1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化6】
1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化7】
1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化8】
1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化9】
1-[(2R)-2-[[4-[[3-(1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル)-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;及び
【化10】
2,3,3-トリデューテリオ-1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン。
【0011】
式(III)の化合物の具体例(IUPAC命名法名を含む)を以下に示す。
【化11】
1-[(2S)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化12】
1-[(2S)-2-[[4-[[6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化13】
1-[(2S)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化14】
1-[(2S)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;
【化15】
1-[(2S)-2-[[4-[[3-(1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル)-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン;及び
【化16】
2,3,3-トリデューテリオ-1-[(2S)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン。
【0012】
いくつかの重水素化分子、例えば、Yが-C2H=C2H2であり、Zが-C2H(CH3)(CH2
2H)である式(I)の化合物が本明細書に具体的に記載されている。他の重水素化分子が可能であり、開示された分子において水素が重水素によって置換され得る場合、本明細書に開示されると考えられる。
【0013】
本明細書に記載の化合物は反応して、薬学的に許容される塩を形成し得、式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物の薬学的に許容される塩、並びに式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物の具体例が含まれることが意図されている。薬学的に許容される塩及びそれらを調製するための一般的な方法は、当該技術分野で周知である(例えば、P.Stahl,et al.Handbook of Pharmaceutical Salts:Properties,Selection and Use,2nd Revised Edition(Wiley-VCH,2011)、S.M.Berge,et al.,“Pharmaceutical Salts,”Journal of Pharmaceutical Sciences,Vol.66,No.1,January 1977を参照されたい)。有用な薬学的に許容される塩の特定の例には、塩酸塩及び硫酸塩が含まれるが、このリストは排他的であることを意図していない。
【0014】
本明細書に記載の化合物は、概して、幅広い用量範囲にわたって有効である。例えば、1日当たりの投与量は、約1mg~約2gの範囲内に入る。実際に投与される化合物の量は、治療される状態、選択される投与経路、投与される実際の化合物又は複数の化合物、個々の患者の年齢、体重、及び応答、並びに患者の症状の重症度を含む、関連する状況に照らして、医師によって決定されることが理解されるであろう。
【0015】
本明細書に記載される化合物は、様々な経路によって投与され得る薬学的組成物として製剤化され得る。そのような薬学的組成物及びそれを調製するためのプロセスは、当該技術分野で周知である(例えば、Remington:The Science and Practice of Pharmacy(A.Gennaro,et al.,eds.,21st ed.,Mack Publishing Co.,2005)を参照されたい)。具体的には、本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、1つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤と組み合わされ得る。より具体的には、式(I)、式(II)、及び式(III)によって本明細書に記載される化合物は、薬学的組成物として製剤化され得る。更に、本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、1つ以上の他の治療薬と組み合わされ得る。例えば、本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、1つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤と、及び任意選択的に1つ以上の追加の治療薬と組み合わせた、がんの治療のための薬学的組成物の構成要素であり得る。本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、本明細書に記載される方法で使用することができる。
【0016】
本明細書で使用される場合、「治療すること」(又は「治療する」若しくは「治療」)という用語は、既存の症状、状態、又は障害の進行又は重症度を抑制すること、遅延させること、停止させること、又は回復させることを指す。
【0017】
本明細書で使用される場合、「がん」及び「がん性」という用語は、典型的には未制御の細胞増殖によって特徴付けられる患者の生理学的状態を指すか、又はこれを説明する。この定義には、良性及び悪性のがんが含まれる。「早期がん」又は「早期腫瘍」は、進行性若しくは転移性でないか、又はステージ0、I、若しくはIIのがんとして分類されるがんを意味する。がんの例としては、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫が挙げられるが、これらに限定されない。
【0018】
本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物を使用して、がんを治療する方法、特に調節されていない転写を伴うがんを治療する方法が提供される。そのような方法の1つは、治療有効量の本明細書に記載の式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物を、必要とする患者に投与することを含む。本明細書に記載の組成物を使用して治療することができるがんの種類としては、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫が挙げられる。より具体的には、がんの種類は、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんであり得る。具体的には、がんは乳がんであり得る。これらの種類のがんは、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子の機能喪失変異と関連し得る。したがって、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子の機能喪失変異は、治療が必要な兆候であり得る。ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子のうちの1つ以上における機能喪失変異は、本明細書に記載の方法のうちの1つ以上による治療が有用であり得ることを示している可能性がある。
【0019】
患者における、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫を治療する別の方法は、患者からの生物学的試料においてARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子のうちのいずれかにおける少なくとも1つの機能喪失変異の存在を試験することと、生物学的試料がARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子のうちの1つ以上に機能喪失変異について陽性であると試験された場合に、患者に治療有効量の本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を投与することと、を含む。
【0020】
患者における、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫を治療する更なる方法は、患者からの生物学的試料が、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子において少なくとも1つの機能喪失変異を含有するという条件で、患者に治療有効量の本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を投与することを含む。
【0021】
患者における、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫を治療する追加の方法は、患者からの生物学的試料が、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子において少なくとも1つの機能喪失変異について陽性であると試験されたという条件で、患者に治療有効量の本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を投与することを含む。
【0022】
本明細書に記載の方法では、生物学的試料は腫瘍試料であり得る。生物学的試料が得られる場合、この試料は、ゲノム/DNA配列決定などの当業者に既知である方法を使用して分析され得る。この方法では、本明細書に記載の式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を最初に投与する前に、試料を患者から得ることができる。
【0023】
本明細書に記載の式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩はまた、治療に使用するためのものであり、特に調節されていない転写を伴うがんの治療に使用するためのものである。本明細書に記載されるように、調節されていない転写を伴うがんには、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫が挙げられる。より具体的には、がんの種類は、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんであり得る。具体的には、がんは乳がんであり得る。式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、患者からの生物学的試料を使用してインビトロアッセイを実施することによって決定されと、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子に少なくとも1つの不活性化変異を有する患者に投与される。生物学的試料は、腫瘍試料であり得、腫瘍試料は、ゲノム/DNA配列決定などの当業者に既知である方法を使用して分析され得る。追加的に、本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を最初に投与する前に、試料を患者から得ることができる。本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩の治療における使用は、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子に少なくとも1つの不活性化変異を有することによって、患者が治療のために選択されることに基づくことができる。治療に使用される場合、本明細書に記載の式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、約1mg~2gの用量で患者に投与され得る。
【0024】
本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩はまた、がんの治療用の医薬品の製造で使用され得る。本明細書に記載される医薬品を使用して治療することができるがんとしては、尿路上皮がん、子宮がん、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、胃がん、肝胆がん、膵臓がん、子宮頸がん、前立腺がん、血液がん、肉腫、皮膚がん、又は神経膠腫が挙げられる。より具体的には、がんの種類は、結腸直腸がん、乳がん、肺がん、卵巣がん、又は胃がんであり得る。具体的には、がんは乳がんであり得る。本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩の医薬品の製造における使用はまた、患者からの生物学的試料を使用してインビトロアッセイを行うステップと、ARID1A、KMT2C、KMT2D、及びRB1遺伝子における少なくとも1つの不活性化変異の存在を決定するステップと、遺伝子のいずれかにおける少なくとも1つの不活性化変異が存在する場合に、患者に治療有効量の本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を投与するステップと、を含み得る。これらの用途では、生物学的試料は、腫瘍試料であり得、腫瘍試料は、ゲノム/DNA配列決定などの当業者に既知である方法を使用して分析され得る。追加的に、これらの使用において、本明細書に記載される式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩を最初に投与する前に、試料を患者から得ることができる。これらの使用において、本明細書に記載される式(I)、式(II)、及び式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩の治療における使用は、ARID1A、KMT2C、KMT2D、又はRB1遺伝子に少なくとも1つの不活性化変異を有することによって、患者が治療のために選択されることに基づくことができる。また、これらの使用において、本明細書に記載の式(I)、式(II)、又は式(III)の化合物、又はその薬学的に許容される塩は、約1mg~2gの用量で患者に投与され得る。
【0025】
式(I)、式(II)、及び式(III)化合物、又はその薬学的に許容される塩は、当該技術分野において既知の様々な手順、並びに以下の調製物及び実施例によって調製され得る。記載される経路の各々についての特定の合成ステップは、式(I)、式(II)、及び式(III)化合物、又はその薬学的に許容される塩を調製するために、異なる様式で、又は他のスキームからのステップと併せて、組み合わされ得る。以下のスキームにおける各ステップの生成物は、抽出、蒸発、沈殿、クロマトグラフィー、濾過、粉砕、及び結晶化を含む、当該技術分野で周知の従来の方法によって回収することできる。試薬及び出発材料は、当業者であれば容易に入手可能なものである。
【0026】
個々の異性体及びエナンチオマーは、例えば、選択的結晶化技術又はキラルクロマトグラフィーなどの方法によって、本明細書に記載の化合物の合成における任意の好都合な時点において、当業者により分離又は分割され得る(例えば、J.Jacques,et al.,“Enantiomers,Racemates,and Resolutions”,John Wiley and Sons,Inc.,1981、及びE.L.Eliel and S.H.Wilen,”Stereochemistry of Organic Compounds”,Wiley-Interscience,1994を参照されたい)。
【0027】
式(I)、式(II)、及び式(III)によって記載される化合物の合成に有用な中間体及びプロセスは、この記載に含まれることが意図されている。
【0028】
追加的に、本明細書に記載の特定の中間体は、1つ以上の保護基を含み得る。可変保護基は、実施される特定の反応条件及び特定の変換に応じて、出現ごとに同じ又は異なり得る。保護及び脱保護条件は、当業者に周知であり、文献(例えば、“Greene’s Protective Groups in Organic Synthesis”,Fourth Edition,by Peter G.M.Wuts and Theodora W.Greene,John Wiley and Sons,Inc.2007を参照されたい)に記載されている。
【0029】
以下の調製及び実施例は、本明細書に記載の方法及び化合物を例示するために提示される。
【0030】
調製物及び実施例
特定の略語は、次のように定義される:「1H NMR」は、1H-核磁気共鳴を指し、「eq」は当量指し、「THF」はテトラヒドロフランを指し、「DCM」はジクロロメタンを指し、「NCS」は、N-クロロスクシンイミドを指し、「NIS」はN-ヨードスクシンイミドを指し、「IPA」はイソプロピルアルコールを指し、「ACN」はアセトニトリルを指し、「DIPEA」は、N,N-ジイソプロピルエチルアミンを指し、「DMSO」はジメチルスルホキシドを指し、「EtOH」はエタノールを指し、「MTBE」はメチルtert-ブチルエーテルを指し、「TEA」はトリエチルアミンを指し、「2-MeTHF」は、2-メチルテトラヒドロフランを指し、「MeOH」はメタノールを指し、「UV」は紫外線を指し、「RP-LC/MS」は、逆相液体クロマトグラフィー質量分析法を指し、「ES/MS」は、エレクトロスプレー質量分析法を指し、「DMEA」はジメチルエタノールアミンを指し、「DMAP」はジメチルアミノピリジンを指し、「EtOAc」は酢酸エチルを指し、「DMF」はN,N-ジメチルホルムアミドを指し、「TFA」はトリフルオロ酢酸を指し、「SCX」は強カチオン交換を指し、「e.e.」はエナンチオマー過剰を指し、「min」は分を指し、「h」は時間を指し、「ATP」はアデノシン三リン酸を指し、「DTT」はジチオスレイトールを指し、「HEPES」は、(4-(2-ヒドロキシエチル)-1-ピペラジンエタンスルホン酸)を指し、「EDTA」はエチレンジアミン四酢酸を指し、「ATCC」は、アメリカンタイプカルチャーコレクションを指し、「RT」は室温を指し、「Rt」は保持時間を指し、「PBS」はリン酸緩衝生理食塩水を指し、「BSA」はウシ血清アルブミンを指し、「FBS」はウシ胎児血清を指し、「RNAase」はリボヌクレアーゼを指し、「His」はヒスチジンを指す。
【0031】
【化17】
スキーム1は、化合物3の合成を示す。市販のキラルヒドロキシメチルモルホリン1は、適切な塩基を使用して p-トルエンスルホネート2に変換され得る。次に、スルホネート2を、市販の4-アミノピペリジンによる求核置換によって置換して、キラルN-保護モルホリノピペリジン第一級アミン3が得られ得る。
【0032】
【化18】
スキーム2は、化合物8の合成を示す。ピリジルメタンイミン5は、市販のジフルオロエチルピリジン4を当該技術分野で周知の金属触媒(例えば、Pd)カップリング条件下でジフェニルメタンイミンで処理することにより合成され得る。イミン5は酸性条件下で脱保護され、2-アミノピリジン6が得られ得る。塩素の位置選択的付加は、好適な塩素化剤を使用してクロロピリジン7を供給することによって達成され得る。2-アミノピリジン7からのイミダゾピリジン8の合成は、環状縮合、転位、及び酸化的環化が挙げられるが、これらに限定されない、当業者に既知の様々な条件下で行われ得る。
【0033】
【化19】
スキーム3は、式Aの化合物の合成を示す。イミダゾピリジン9のヨウ素化は、適切なヨウ素含有試薬(例えば、NIS、I
2)の処理により達成され、3-ヨードイミダゾピリジン10を供給し得る。3-ヨードイミダゾピリジン10のその後のカップリングは、イソプロペニルイミダゾピリジン11を提供するための金属触媒(例えば、Pd、Ni)反応を含む、当業者に周知の様々な条件下で達成され得る。イソプロピルイミダゾピリジン12は、H
2ガス雰囲気下でPd/Cを含むがこれに限定されない還元条件を使用して、イソプロペニルイミダゾピリジン11から合成され得る。化合物12の塩化アリールは、4-アミノピペリジン3で置換されて、アミノイミダゾピリジン13が得られ得る。N-保護モルホリン13の脱保護は、適切な強酸で処理して二級アミン14を得ることによって達成され得る。式Aのアクリルアミドは、二級アミン14を塩基及び適切な酸塩化物で処理することによって形成され得る。
【0034】
【化20】
スキーム4は、式A1の化合物の合成を示す。ヘテロアリールエノールエーテル16は、適切なスズ試薬及び金属触媒作用を使用して、ヘテロアリールクロリド15から合成され得る。エノールエーテル16を適切な強酸水溶液で処理すると、ヘテロアリールケトン17をもたらす。後続のメタノール誘導体18への還元は、極性非プロトン性溶媒中の金属水素化物、水素化ホウ素塩、又はジボランなどの一連の還元剤を使用してもたらされ得る。二級アルコール18は、DAST、Deoxofluor、XtalFluorなどの適切なフッ素化試薬を使用してフッ化ベンジル19に変換され得る。次いで、式A1は、本質的にスキーム3に記載されるように調製され得る。
【0035】
【化21】
スキーム5は、式A2の化合物の合成を示す。重水素化イソプロピルイミダゾピリジン22は、高温で重水素の加圧雰囲気下で遷移金属触媒作用を使用して、イソプロペニルイミダゾピリジン21から調製され得る。ヘテロアリールクロリド22は、本質的にスキーム3に記載されているように、N-保護4-アミノピペリジンによる求核置換によって置換され、適切な強酸を使用して脱保護されて二級アミンになり得る。ピペリジン24は、基本的にスキーム1に記載されているように、N-保護モルホリノスルホネート2で置換され、基本的にスキーム3に記載されているように、式A2まで用いられ得る。
【0036】
【化22】
スキーム6は、本質的にスキーム3に記載されているように行われ得る式A3の合成を示す。
【0037】
【化23】
スキーム7は、式A4の化合物の合成を示す。28の脱保護及びその後のN保護モルホリノスルホネート2による置換は、基本的にスキーム5に記載されているように行われ得る。エノールエーテルの付加、それに続く加水分解及び二級アルコール33への還元は、基本的にスキーム4に記載されているように行われ得る。イソプロペニルイミダゾピリジン33の還元は、基本的にスキーム3に記載されているように行われ得る。N-保護モルホリノ18の脱保護及びアクリルアミド式A4の形成は、基本的にスキーム3に記載されているように行われ得る。
【0038】
調製物1
N-[5-(1,1-ジフルオロエチル)-2-ピリジル]-1,1-ジフェニルメタンイミン
【化24】
ジフェニルメタンイミン(9.5g、52mmol)、(rac)-2,2’-ビス(ジフェニルホスフィノ)-1,1’-ビナフチル(4.2g、6.5mmol)、及びCs
2CO
3(18.5g、57mmol)を、トルエン(175mL)中の2-ブロモ-5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン(10g、44mmol)の溶液に添加する。酢酸パラジウム(II)(0.98g、4.4mmol)を添加し、N
2でパージし、100℃で加熱する。16時間後、珪藻土のパッドを通して濾過し、EtOAc(400mL)で洗浄する。減圧下で溶媒を除去して、茶色の油状物を得る。EtOAc:ヘキサン(0~30%勾配)で溶出するカラムクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、減圧下で濃縮して、N-[5-(1,1-ジフルオロエチル)-2-ピリジル]-1,1-ジフェニル-メタンイミンを得る。この調製の後、8.2g(収率49%)を黄色油状物として得た。ES/MS(m/z):323(M+H)。
【0039】
調製物2
5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミン
【化25】
HCl(IPA中5M、13mL、67mmol)を、DCM(134mL)及びMeOH(134mL)中のN-[5-(1,1-ジフルオロエチル)-2-ピリジル]-1,1-ジフェニル-メタンイミン(8.6g、27mmol)の溶液に添加する。室温で1時間撹拌する。溶媒を蒸発させ、残渣をヘキサン/MTBE(9:1)(50mL)で超音波処理する。固形物をデカントし、より多くの溶媒混合物(2×50mL)で洗浄する。固形物をMeOH(40mL)中の2NのNH
3で処理する。減圧下で溶媒を蒸発させて、5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミンを得る。この調製の後、4.77g(収率96%)を油状の白色固形物として得た。ES/MS(m/z):159(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.10(dd,J=0.9,2.3Hz,1H),7.54-7.49(m,1H),6.47(dd,J=0.6,8.7Hz,1H),6.31(bs,2H),1.93(t,J=18Hz,3H)。
【0040】
調製3
3-クロロ-5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミン
【化26】
ACN(26mL)中の5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミン(1.5g、6.5mmol)の溶液に、NCS(1.3g、9.8mmol)を20分かけて少しずつ加え、室温で3日間撹拌する。減圧下で揮発性物質を除去し、SCXカラム(50g):2容量のMeOHで残渣を精製する。粗物質をDCM(5×3mL)に溶解し、カラムに充填する。最初にDCMで洗浄し、次にMeOHで洗浄し、MeOH中7MのNH
3(250mL)で溶出する。塩基性画分を蒸発させて、3-クロロ-5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミンを得る。この調製に続いて、1.17g(収率84%)を暗褐色の油状物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 193/195。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.12-8.11(m,1H),7.76(d,J=2.1Hz,1H),6.72(s,2H),1.96(t,J=18Hz,3H)。
【0041】
調製物4
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化27】
3-クロロ-5-(1,1-ジフルオロエチル)ピリジン-2-アミン(4.5g、19mmol)のEtOH(95mL)溶液を2-クロロアセトアルデヒド(55質量%、8.9mL、76mmol)で処理する。反応物を2.5時間還流する。EtOHを蒸発させ、残渣を飽和NaHCO
3水溶液で処理し、DCM(2×80mL)で抽出する。無水Na
2SO
4で有機相を乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して暗褐色の油状物を得る。EtOAc:ヘキサン(0~60%勾配)で溶出するカラムクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、減圧下で濃縮して、8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、1.48g(収率36%)を褐色油状物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 217/219。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.95(q,J=1.5Hz,1H),8.15(d,J=1.3Hz,1H),7.72(d,J=1.3Hz,1H),7.64(d,J=1.5Hz,1H),2.06(t,J=19Hz,3H)。
【0042】
調製物5
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化28】
ACN(34mL)中の8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(1.48g、6.7mmol)の溶液にNIS(1.7g、7.4mmol)を添加し、室温で16時間撹拌する。全ての揮発性物質を蒸発させ、粗物質を2-MeTHF(350mL)に溶解し、1MのNa
2S2O
3(1×50mL)及び飽和NaHCO
3(3×50mL)水溶液で洗浄する。無水Na
2SO
4で有機層を乾燥させ、濾過し、蒸発させて褐色の油状物を得る。EtOAc:ヘキサン(0~35%勾配)で溶出するカラムクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、減圧下で濃縮して、8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、1.9g(81%収率)を明るい褐色固形物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 343/345。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.36(q,J=1.5Hz,1H),7.89(s,1H),7.78(d,J=1.5Hz,1H),2.11(t,J=19Hz,3H)。
【0043】
調製物6
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化29】
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(2.2g、6.4mmol)をEtOH(43mL)に溶解する。N
2で水(16mL、19.3mmol)に1.2MのK
2CO
3を添加する。出口針で5分間、N
2でパージする。2-イソプロペニル-4,4,5,5-テトラメチル-1,3,2-ジオキサボロラン(1.25g、7.1mmol)及びBrettPhos Pd G3(0.3g、0.32mmol)を添加する。N
2で5分間再度パージし、室温で20時間撹拌する。揮発性物質を除去し、残渣を2-MeTHF(22mL)と水(11mL)に分配する。水層を2-MeTHF(22mL)で更に抽出し、無水Na
2SO
4で有機物を乾燥させ、濾過し、全ての揮発性物質を蒸発させて褐色の油状物を得る。EtOAc:ヘキサン(0~40%勾配)で溶出するカラムクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、減圧下で濃縮して、8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、1.49g(収率90%)を明るい褐色油状物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 257/259。
1H NMR(400.21MHz,DMSO):8.61(q,J=1.5Hz,1H),7.86(s,1H),7.70(d,J=1.5Hz,1H),5.51(s,1H),5.47(dd,J=0.7,1.4Hz,1H),2.09(t,J=19Hz,3H)。
【0044】
調製物7
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化30】
8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(1.49g、5.80mmol)をMeOH(41mL)に溶解する。N
2で白金(タイプ128M、5.34%のPt(乾燥重量基準)、水分58%、1.06g、0.12mmol)を添加する。H
2雰囲気(バルーン)下で80分間撹拌する。1:1 MeOH/EtOH混合物(100mL)で溶出するケイソウ土のパッドを通して濾過する。減圧下で全ての揮発性物質を除去して、8-クロロ-6-(1,1-ジフルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、1.47g(収率91%)を明るい黄色油状物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 259/261。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.52(q,J=1.5Hz,1H),7.61(d,J=1.5Hz,1H),7.56(d,J=0.7Hz,1H),2.10(t,J=19Hz,3H),1.33(d,J=6.8Hz,6H)。
【0045】
調製物8
6,8-ジクロロ-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化31】
NIS(70.3g、306mmol)を、ACN(1.4L)中の6,8-ジクロロイミダゾ[1,2-a]ピリジン(52.1g、278.5mmol)溶液に添加し、室温で30時間撹拌する。懸濁液を濾過し、固形物をACNで洗浄する。空気流の下で乾燥させて、6,8-ジクロロ-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(54.4g、収率62%)を薄い褐色固形物として得る。減圧下で母液を蒸発させる。粗生成物を2-MeTHF(520mL)に溶解し、Na
2S
2O
3(25%w/v)(520mL)及びNaHCO
3(9%w/v)(520mL)で洗浄する。有機層を分離し、無水MgSO
4上で乾燥させ、減圧下で濃縮して、6,8-ジクロロ-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、30.4g(収率35%)を白色固形物として得た。ES/MS(m/z):(
35Cl/
37Cl) 312/314。
1H NMR(400.21MHz,CDCl
3):8.17(d,J=1.7Hz,1H),7.79(s,1H),7.38(d,J=1.7Hz,1H)。
【0046】
調製物9
6,8-ジクロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化32】
高圧管に6,8-ジクロロ-3-ヨード-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(54.9g、175.7mmol)、1,4-ジオキサン(1.1L)、水中の1.2MのK
2CO
3(440mL、527mmol)を添加する。N
2流で混合物をパージし(3回)、2-イソプロペニル-4,4,5,5-テトラメチル-1,3,2-ジオキサボロラン(34.2g、193mmol)、Brettphos Pd G3(4.06g、4.39mmol)と再度パージした(3回)。混合物を50℃で26時間加熱する。減圧下で揮発性物質を除去する。残渣を2-MeTHF(550mL)と水(275mL)に懸濁させる。有機相を分離させ、無水MgSO
4で乾燥させ、減圧下で濃縮する。EtOAc:ヘキサン(0~40%勾配)で溶出するフラッシュクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、還元下で濃縮して、6,8-ジクロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、36.4g(収率87%)を黄色固形物として得た。ES/MS(m/z):(
35Cl/
37Cl) 227/229。
【0047】
調製物10
6,8-ジクロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化33】
6,8-ジクロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(23.6g、98.7mmol)、白金(18.1g、2.0mmol)、及びMeOH(592mL)の溶液を室温で、H
2下7時間撹拌する。珪藻土のパッドを通して混合物を濾過し、MeOHですすぎ、減圧下で濃縮する。288mLの水で粗物質を一晩トリチュレートする。焼結漏斗(3Åの孔径)を使用して、減圧下でフィルター処理する。空気流下及び高真空下で一晩乾燥させて、6,8-ジクロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、14.9g(収率63%)を白色固形物として得た。ES/MS(m/z):(
35Cl/
37Cl) 229/231。
1H NMR(400.13MHz,CDCl
3):7.94(d,J=1.7Hz,1H),7.50(d,J=0.6Hz,1H),7.27(d,J=1.8Hz,1H),3.19-3.12(m,1H),1.42(d,J=6.8Hz,6H)。
【0048】
調製物11
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化34】
高圧管に6,8-ジクロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(1.0g、4.17mmol)、tert-ブチル(2R)-2-[(4-アミノ-1-ピペリジル)メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(1.9g、6.25mmol)、ナトリウムtert-ブトキシド(1.24g、12.5mmol)、及び1,4-ジオキサン(21mL)を添加する。溶液にN
2を吹き込み、BrettPhos Pd G3(0.24g、0.25mmol)を添加する。管に蓋をして、反応混合物を、N
2下で、100℃にて22時間加熱する。反応混合物を室温まで冷却し、MTBEで希釈し、水で洗浄する。相を分離させ、水相をMTBEで抽出する(2回)。有機層を分離させ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~3%勾配)で溶出するフラッシュクロマトグラフィーにより粗物質を精製する。適切な画分を減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)を得る。アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、1.37g(収率66%)を緑がかった泡状物として得た。ES/MS(m/z):492(M+H)。
1H NMR(400.21MHz,DMSO):7.74(d,J=1.7Hz,1H),7.22(s,1H),6.14(d,J=1.5Hz,1H),5.94(d,J=8.3Hz,1H),3.86-3.68(m,3H),3.49-3.41(m,3H),3.26-3.20(m,1H),2.87-2.79(m,3H),2.40-2.31(m,2H),2.23-2.10(m,2H),1.90-1.87(m,2H),1.62-1.50(m,2H),1.41(s,9H),1.28(d,J=6.8Hz,6H)。
【0049】
調製物12
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化35】
トリブチル(1-エトキシビニル)スタンナン(0.86mL、2.5mmol)、CsF(0.59g、3.9mmol)、及びXPhos-Pd G2(0.15g、0.19mmol)を、トルエン(10mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(1.0g、1.9mmol)の溶液に添加する。反応混合物をN
2でパージし、95℃で4時間撹拌する。室温まで冷却し、珪藻土のパッドを通して混合物を濾過し、EtOAcですすぎ、減圧下で濃縮する。残渣を2-プロパノール(19mL)に再溶解する。HCl(水中0.2M)(19mL)を添加し、室温で5.5時間撹拌する。飽和NaHCO
3水溶液で中和する。EtOAcを添加して10分間撹拌する。有機層を分離させ、追加のEtOAcで水相を抽出する。有機層を分離させ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。最初にDCM:ヘキサン(50%の均一濃度)で溶出し、次にMeOH:DCM(0~3%の勾配)で溶出するシリカゲルによって粗物質を精製する。減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)を得る。アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、0.76g(収率68%)を黄色の泡状固形物として得た。ES/MS(m/z):500(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,CDCl
3):8.04(d,J=1.4Hz,1H),7.30(d,J=0.7Hz,1H),6.60(d,J=1.1Hz,1H),5.22-5.16(m,1H),4.01-4.00(m,3H),3.63-3.58(m,3H),3.26-3.20(m,1H),2.97-2.89(m,3H),2.62(s,5H),2.41-2.34(m,3H),2.19-2.11(m,2H),1.82-1.80(m,2H),1.49(s,9H),1.44(d,J=6.9Hz,6H)。
【0050】
調製物13
Rac-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化36】
MeOH(4mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(460mg、0.79mmol)の溶液を、N
2下で0℃に冷却する。NaBH
4(0.04g、0.9mmol)を少しずつ添加し、混合物を室温で15分間撹拌する。MeOHで希釈し、水をゆっくりと添加する。有機溶媒を減圧下で除去する。残渣をEtOAc及び水で希釈する。有機層を合わせ、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、表題化合物を得る。この調製の後、0.4g(収率88%)を薄い褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):502(M+H)。
1H NMR(400.21MHz,CDCl
3):7.38(s,1H),7.22(d,J=0.7Hz,1H),6.09(d,J=0.7Hz,1H),5.12(d,J=7.9Hz,1H),4.89(q,J=6.4Hz,1H),3.97-3.86(m,3H),3.60-3.50(m,3H),3.19-3.12(m,1H),2.94(d,J=9.5Hz,3H),2.72-2.56(m,2H),2.37-2.25(m,3H),2.13-2.10(m,2H),1.74-1.64(m,4H),1.57(d,J=6.4Hz,3H),1.49(s,9H),1.39(d,J=6.8Hz,3H)。
【0051】
調製物14
Rac-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化37】
テフロン(登録商標)チューブに、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(406mg、0.7mmol)及びDCM(2.3mL)を、N
2下で入れ、-78℃に冷却する。TEA(0.1mL、0.7mmol)、トリメチルアミン三フッ化水素酸塩(0.2mL、1.4mmol)、Xtalfluoro-E(279mg、1.1mmol)を順次添加する。混合物を-78℃で30分間撹拌し、室温に温め、20時間撹拌する。混合物を氷冷し、飽和NaHCO
3水溶液、水及びDCMをゆっくり添加してクエンチする。水層をDCMで更に抽出する。有機層を分離させ、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~5%勾配)で溶出するシリカゲルにより粗物質を精製する。減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、ラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-[1-フルオロエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(アスタリスクを付したキラル)を得る。この調製の後、0.23g(収率60%)を褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):504(M+H)。
【0052】
調製物15&16
異性体1-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
異性体2-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化38】
ラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-[1-フルオロエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(0.23g、0.4mmol)を精製する。[計器:SFC10(セピアテック);カラム:Chiralpak IG(25×2cm、5um);移動相:CO
2(A)/IPA(0.2%DMEA)(B);溶出プログラム:40%均一濃度のB;出口圧力:100bar;カラム温度:40℃;流速:65mL/分;検出:220nmでのUVにより、分離された両方のエナンチオマーが得る。
異性体1:この方法に従って、72mgのtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(収率19%)を、褐色固形物として得た。(RP-LC/MSによるアキラル純度、Rt=1.3分、92%)。ES/MS(m/z):504(M+H)。(キラル分析、Rt=1.1分、e.e.>98%)。
異性体2:この方法に従って、105mgのtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(収率27%)を、褐色固形物として得た。(RP-LC/MSによるアキラル純度、Rt=1.3分、90%)。ES/MS(m/z):504(M+H)。(キラル分析、Rt=1.4分、e.e.>98%)。
調製物15及び16の異性体1及び異性体2エナンチオマーは分離されたが、アスタリスク位置での各エナンチオマーの特定のキラリティーは決定されなかった。
【0053】
調製物17
異性体1-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化39】
ジオキサン(0.32mL、1.3mmol)中の4MのHClを、DCM(1.3mL)中の異性体1-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(72mg、0.13mmol)の溶液に添加し、室温で1時間撹拌する。減圧下で揮発性物質を除去し、SCXカラム(10g):2容量のMeOHで残渣を精製する。粗物質をMeOHに溶解し、カラムに充填し、MeOHで洗浄し、MeOH中2MのNH
3で溶出する。塩基性画分を蒸発させて異性体1-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る。この調製の後、55mg(収率98%)を白色固形物として得た。ES/MS(m/z):404(M+H)。
【0054】
実施例1
異性体1-1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化40】
塩化アクリロイル(0.009ml、0.118mmol)を異性体1-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(56mg、0.131mmol)及びTEA(0.07ml、0.527mmol)をDCM(1.3mL)に溶解し、混合物をこの温度で30分間撹拌する。反応混合物を飽和NaHCO
3水溶液でクエンチし、室温で5分間撹拌し、水を添加し、DCMで抽出する。有機相を分離して合わせ、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~6%勾配)で溶出するシリカゲルにより粗物質を精製する。減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、ラセミ化合物異性体1-1-[(2R)-2-[[4-[[6-[1-フルオロエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オンを得る。この調製の後、白色固形物として20mg(収率31%)を得た。ES/MS(m/z):458(M+H)。
1H NMR(400.21MHz,CDCl
3):7.38(s,1H),7.25(s,1H),6.62-6.60(m,1H),6.35(dd,J=1.7,16.8Hz,1H),6.09-6.07(m,1H),5.77-5.74(m,1H),5.70-5.55(m,1H),4.60-4.56(m,1H),4.01-3.95(m,2H),3.69-3.65(m,3H),3.34-3.32(m,5H),2.66-2.61(m,7H),1.75-1.68(m,5H),1.40(dd,J=0.5,6.8Hz,6H)。
【0055】
調製物18
異性体2-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化41】
ジオキサン(0.4mL、1.8mmol)中の4MのHClを、DCM(1.8mL)中の異性体2-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(90mg、0.18mmol)の溶液に添加し、室温で1時間撹拌する。減圧下で揮発性物質を除去し、SCXカラム(10g):2容量のMeOHで残渣を精製する。粗物質をMeOHに溶解し、カラムに充填し、MeOHで洗浄し、MeOH中2MのNH
3で溶出する。塩基性画分を蒸発させて異性体2-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る。この調製の後、75mg(収率98%)を薄い褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):404(M+H)。
【0056】
実施例2
異性体2-1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化42】
塩化アクリロイル(0.012ml、0.159mmol)を異性体2-6-(1-フルオロエチル)-3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(75mg、0.176mmol)及びTEA(0.098mL、0.706mmol)をDCM(1.7mL)に溶解し、混合物をこの温度で30分撹拌する。反応混合物を飽和NaHCO
3水溶液でクエンチし、室温で5分間撹拌し、水を添加し、DCMで抽出する。有機相を分離して合わせ、無水MgSO
4で乾燥させる。濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~6%勾配)で溶出するシリカゲルにより粗物質を精製する。減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、異性体2-1-[(2R)-2-[[4-[[6-[1-フルオロエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オンを得る。この調製の後、28mg(収率33%)を薄い褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):458(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,CDCl
3):7.37(s,1H),7.25(s,1H),6.66-6.61(m,1H),6.34(dd,J=1.7,16.8Hz,1H),6.06(s,1H),5.77-5.57(m,2H),4.61-4.57(m,1H),4.00-3.95(m,2H),3.69-3.65(m,3H),3.33-3.32(m,5H),2.67-2.62(m,7H),1.75-1.68(m,5H),1.40(d,J=6.9Hz,6H)。
【0057】
調製物19
tert-ブチル4-[(6-クロロ-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレート
【化43】
高圧容器に、6,8-ジクロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン(3.42g、12.3mmol)、1,4-ジオキサン(84mL)、tert-ブチル4-アミノピペリジン-1-カルボキシレート(3.05g、15.2mmol)、及びナトリウムtert-ブトキシド(3.65g、38.0mmol)を入れる。N
2を溶液に吹き込み、Brettphos Pd G3(940mg、1.02mmol)を添加する。得られた混合物に再度N
2を吹き込み、チューブに蓋をして、反応混合物をN
2下95℃で2時間加熱する。反応混合物を室温まで冷却し、EtOAcで希釈し、飽和NaHCO
3水溶液で洗浄する。有機相を分離し、飽和NaCl水溶液を洗浄し、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。混合物MTBE:ヘキサン(10~60%勾配)、続いてアセトン:ヘキサン(10~40%勾配)で溶出するフラッシュクロマトグラフィーにより残渣を精製する。減圧下で濃縮し、乾燥させて、tert-ブチル 4-[(6-クロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレートを得る。この調製の後、3.16g(収率62.8%)を黄色油状物として得た。ES/MS(m/z):391(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):7.88(d,J=1.7Hz,1H),7.56(s,1H),6.33(d,J=1.7Hz,1H),6.20(d,J=8.8Hz,1H),5.35(d,J=30.3Hz,2H),3.95(d,J=12.8Hz,2H),3.72-3.62(m,1H),2.99-2.81(m,2H),2.17(s,3H),1.90(dd,J=2.0,12.7Hz,2H),1.58-1.37(m,2H),1.42(s,9H)。
【0058】
調製物20
6-クロロ-3-イソプロペニル-N-(4-ピペリジル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化44】
TFA(12mL、158.7mmol)を、DCM(50mL)中のtert-ブチル4-[(6-クロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレート(2.96g、7.57mmol)の溶液に添加し、混合物を室温で1時間撹拌する。減圧下で揮発性物質を除去し、残渣をMeOHに溶解する。MeOHで前処理したSCXカートリッジ(50g)に溶液を充填する。MeOH及びMeOH(7N NH
3)で溶出する。真空中で塩基性画分を集めて濃縮し、6-クロロ-3-イソプロペニル-N-(4-ピペリジル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る。この調製の後、2.2g(収率98.9%)を緑色油状物として得た。ES/MS(m/z):291(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):7.87(d,J=1.8Hz,1H),7.55(s,1H),6.26(d,J=1.5Hz,1H),5.98(d,J=8.4Hz,1H),5.35(d,J=29.7Hz,2H),3.59-3.53(m,2H),2.97-2.92(m,2H),2.60(td,J=12.1,2.1Hz,2H),2.17(d,J=0.6Hz,3H),1.90-1.87(m,2H),1.58-1.37(m,2H)。
【0059】
調製物21
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化45】
DIPEA(4mL、22.9mmol)を、無水ACN(25mL)中の6-クロロ-3-イソプロペニル-N-(4-ピペリジル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(2.2g、7.5mmol)及びtert-ブチル(2S)-2-(p-トリルスルホニルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート(3.4g、9.2mmol)の撹拌溶液に添加する。混合物を100℃で一晩撹拌する。反応混合物を室温に冷却し、減圧下で揮発性物質を蒸発させる。MeOH:DCM(0~10%勾配)でフラッシュクロマトグラフィーにより残渣を精製する。真空で濃縮して、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、2.18g(収率59%)を明るい緑色半固形物として得た。ES/MS(m/z):490(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,CDCl
3):7.80(d,J=1.7Hz,1H),7.44(s,1H),7.28(s,1H),6.09(d,J=1.7Hz,1H),5.34-5.25(m,3H),4.02-3.97(m,3H),3.60-3.52(m,3H),2.95(d,J=8.3Hz,3H),2.69-2.63(m,2H),2.38-2.25(m,3H),2.13-2.10(m,2H),1.75-1.65(m,3H),1.49(s,9H
【0060】
調製物22
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-エトキシビニル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化46】
マイクロ波管に、トルエン(17mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-クロロ-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(0.42g、0.85mmol)溶液、トリブチル(1-エトキシビニル)スズ(0.39mL、1.12mmol)、クロロ(2-ジシクロヘキシルホスフィノ-2’,4,’,6’-トリ-i-プロピル-1,1’-ビフェニル)(2’-アミノ-1,1’-ビフェニル-2-イル)パラジウム(II)(75mg、0.093mmol)、及びCsF(0.26g、1.71mmol)を添加する。反応混合物にN
2を5分間吹き込み、管に蓋をして100℃で3時間加熱する。室温まで冷却し、粗混合物にEtOAcを添加し、珪藻土のパッドで濾過し、EtOAcですすぐ。減圧下で揮発性物質を除去して、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-エトキシビニル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、0.757g(粗物質)を褐色油状物として得た。ES/MS(m/z):526(M+H)。
【0061】
調製物23
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化47】
水中のHCl(4mL、0.2M)を、2-プロパノール(1.5mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-エトキシビニル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(0.72g、0.82mmol)の溶液に添加する。反応混合物を室温で1時間撹拌する。EtOAc、続いてNaHCO
3の飽和水溶液を添加し、混合物を室温で1時間撹拌する。有機を分離し、水で洗浄し、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。EtOH:ヘキサン(20~50%勾配)で溶出するフラッシュクロマトグラフで残渣を精製し、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、0.25g(収率58%)を褐色油状物として得た。ES/MS(m/z):498(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):8.50(d,J=1.3Hz,1H),7.65(s,1H),6.54(d,J=1.1Hz,1H),5.87(d,J=8.6Hz,1H),5.51(s,1H),5.40(s,1H),3.89-3.77(m,3H),3.50-3.43(m,4H),2.90-2.75(m,3H),2.60(s,3H),2.42-2.33(m,2H),2.28-2.10(m,4H),1.97-1.78(m,2H),1.65-1.54(m,3H),1.41(s,9H)。
【0062】
調製物24
Rac-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化48】
NaBH
4(0.04g、1.03mmol)を、EtOH(7.5mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[(6-アセチル-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(0.39g、0.756mmol)の溶液に添加する。反応混合物を室温で1時間撹拌する。水、続いてEtOAcを添加して、過剰のNaBH
4を中和する。有機層を分離し、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、ラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(アスタリスクを付したキラル)を得る。この調製の後、0.376g(粗物質、収率94%)を褐色油状物として得た。ES/MS(m/z):500(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):7.83(s,1H),7.50(s,1H),6.21(s,1H),5.54-5.18(m,4H),4.75-4.69(m,1H),4.09(q,J=5.3Hz,1H),3.90-3.77(m,3H),3.52-3.27(m,5H),2.92-2.88(m,2H),2.42-2.33(m,2H),2.18-2.15(m,4H),2.02-1.95(m,2H),1.41-1.36(m,14H)。
【0063】
調製物25
Rac-tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化49】
Lindlar触媒(0.25g、0.23mmol)中のパラジウム(10質量%)を、MeOH(30mL)中のラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロペニル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(0.29g、0.59mmol)の溶液に添加する。得られた混合物にN
2を吹き込み、続いて真空とH
2のサイクルを3回繰り返す。反応混合物をH
2(1気圧)下、室温で5時間撹拌する。珪藻土のパッドを通して反応混合物を濾過し、MeOHで十分に洗浄する。減圧下で揮発性物質を除去し、乾燥させて、ラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル]-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(アスタリスクを付したキラル)を得る。この調製の後、0.18g(収率55.6%)を褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):502(M+H)。
1H NMR(400.21MHz,DMSO):7.47(s,1H),7.15(d,J=0.7Hz,1H),6.13(s,1H),5.43-5.41(m,1H),5.27-5.22(m,1H),4.72-4.68(m,1H),3.90-3.85(m,4H),3.50-3.27(m,8H),3.23-3.16(m,1H),2.96-2.93(m,4H),2.40-2.33(m,2H),2.29-2.28(m,2H),2.03-2.00(m,2H),1.41-1.29(m,14H)。
【0064】
調製物26
Rac-1-[3-イソプロピル-8-[[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]アミノ]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6-イル]エタノール
【化50】
TFA(0.5mL)を、DCM(3mL)中のラセミ化合物のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(160mg、0.319mmol)の溶液に添加する。反応混合物を室温で2時間撹拌する。減圧下で溶媒を蒸発させ、残渣をSCX(10gカートリッジ)で精製し、MeOH(3CV)、次いでMeOH中2NのNH
3(3CV)で溶出する。塩基性画分を合わせ、真空中で溶媒を除去して、ラセミ化合物の1-[3-イソプロピル-8-[[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]アミノ]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6-イル]エタノール(アスタリスクを付したキラル)を得る。この調製の後、120mg(収率88%)を褐色固形物として得た。ES/MS(m/z):402(M+H)。
1H NMR(400.13MHz,DMSO):7.47(s,1H),7.15(s,1H),6.12(s,1H),5.39(d,J=8.4Hz,1H),5.18-5.11(m,1H),4.74-4.65(m,1H),3.72-3.63(m,1H),3.50-3.45(m,4H),3.23-3.14(m,2H),2.90-2.73(m,2H),2.70-2.63(m,2H),2.43-2.41(m,4H),2.04-2.01(m,2H),1.62-1.55(m,2H),1.38-1.29(m,10H)。
【0065】
実施例3
Rac-1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化51】
DIPEA(156μL、0.894mmol)を、アセトニトリル(5mL)中のラセミ化合物の1-[3-イソプロピル-8-[[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]アミノ]イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6-イル]エタノール(120mg、0.299mmol)の溶液に添加する。反応混合物を0℃に冷却し、塩化プロパ-2-エノイル(25μL、0.307mmol)のDCM(1.5mL)溶液を滴加する。得られた混合物を0℃で60分間撹拌する。減圧下で溶媒を蒸発させる。反応混合物をNaHCO
3の飽和溶液で処理し、EtOAcで抽出する。有機層を分離し、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~10%の勾配)中NH
37Nで溶出するフラッシュクロマトグラフィーにより残渣を精製する。適切な画分を濃縮して、rac-1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オンを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、72mg(収率47%)を黄色油状物として得た。ES/MS(m/z):456(M+H)。
【0066】
実施例4&5
異性体3:1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン、
異性体4:1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化52】
ラセミ化合物-1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジルの精製]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン(0.072g、0.141mmol)をキラルクロマトグラフィーによって精製する。[機器:SFC10(Sepiatec)、カラム:Chiralpak AD(25cm×2cm、5um)。移動相:CO
2(A)/MeOH(0.2%のDMEA)(B)。溶出プログラム:均一濃度20%。流量65mL/分。充填量:9.92分ごとに15mgを注入]により、両方の分離されたエナンチオマーを得る。
【0067】
異性体3:この方法に従って、18.4mgの1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン(収率27%)を薄い黄色油状物として得た。(RP-LC/MSによるアキラル純度、Rt=0.87分、0.96%)。(キラル分析、Rt=0.92分、e.e.>98%)。ES/MS(m/z):456(M+H)。1H NMR(400.21MHz,DMSO):7.47(s,1H),7.15(s,1H),6.82-6.75(m,1H),6.15-6.11(m,2H),5.71(d,J=10.3Hz,1H),5.47-5.39(m,1H),5.14(d,J=4.4Hz,1H),4.73-4.67(m,1H),4.41-4.23(m,1H),4.00-3.86(m,2H),3.51-3.47(m,3H),3.25-3.20(m,1H),3.01-2.92(m,3H),2.48-2.33(m,3H),2.30-2.17(m,2H),1.95-1.92(m,2H),1.58-1.50(m,2H),1.38-1.29(m,9H)。
【0068】
異性体4:この方法に従って、24.5mgの1-[(2R)-2-[[4-[[6-(1-ヒドロキシエチル)-3-イソプロピル-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン(収率36.7%)を薄い黄色油状物として得た。(RP-LC/MSによるアキラル純度、Rt=0.87分、0.97%)。(キラル分析、Rt=1.16分、e.e.>90%)。ES/MS(m/z):456(M+H)。1H NMR(400.21MHz,DMSO):7.47(s,1H),7.15(s,1H),6.79(dd,J=10.4,16.5Hz,1H),6.15-6.11(m,2H),5.71(d,J=10.3Hz,1H),5.44-5.39(m,1H),5.15(d,J=4.4Hz,1H),4.73-4.67(m,1H),4.41-4.14(m,1H),3.97-3.80(m,3H),3.23-3.13(m,2H),2.98-2.85(m,3H),2.45-2.33(m,3H),2.26-2.14(m,2H),1.95-1.92(m,2H),1.60-1.47(m,2H),1.38-1.29(m,9H)。
【0069】
実施例4及び5の異性体3及び異性体4のエナンチオマーは分離されたが、アスタリスク位置における各エナンチオマーの特定のキラリティーは決定されなかった。
【0070】
実施例6
2,3,3-トリデューテリオ-1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化53】
2,4,6-トリプロピル-1,3,5,2,4,6-トリオキサトリホスホラン-2,4,6-トリオキシド(DMF中50%)(0.25mL、0.42mmol)を、乾燥DMF(3mL)及びTEA(0.2mL、1mmol)中の2,3,3-トリデューテリオプロパ-2-エン酸(0.029g、0.3863mmol)(Adv.Synth.Catal.2018,360,2303に記載されるように調製)、及び3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(0.15g、0.35mmol)の溶液に室温で添加し、混合物を2時間撹拌する。NaHCO
3の飽和水溶液1mLで反応混合物をクエンチし、MTBEで抽出する(2回)。有機相を分離して合わせ、無水Na
2SO
4で乾燥させる。濾過し、減圧下で濃縮する。DCM:(DCM:MeOH9/1)(0%の均一濃度)、次に勾配DCM:(DCM:MeOH9/1)(0~60%の勾配)で溶出することにより、粗物質を精製する。減圧下で濃縮し、高真空下で乾燥させて、2,3,3-トリデューテリオ-1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オンを得る。この調製の後、85.6mg(収率50%)を白色固形物として得た。ES/MS(m/z):482(M+H)。(アキラル Rt=1.128分、100%)。
1H NMR(400.21MHz,DMSO):8.02(s,1H,NH),7.34(s,1H),6.11-6.03(m,1H),4.40-4.12(m,1H),4.00-3.80(m,2H),3.51-3.27(m,3H),3.22-3.08(m,1H),2.90-2.80(m,3H),2.41-2.40(d,J=5.5Hz,2H),2.25-2.14(m,2H),1.91-1.88(m,2H),1.63-1.55(m,2H),1.30(d,J=6Hz,6H)。
【0071】
調製物27
8-クロロ-3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化54】
グローブボックスで、1,1’-ビス(ジ-I-プロピルホスフィノ)フェロセン(1,5-シクロオクタジエン)ロジウム(I)テトラフルオロボレート(0.124g、0.17mmol)を3つの撹拌棒を備えた10~20mLのBiotageチューブに均等に分割する。8-クロロ-3-イソプロペニル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(1.84g、7.04mmol)をTHF(24ml)に溶解し、溶液を3本のバイアルに均等に分ける。バイアルにキャップをして、グローブボックスから取り出す。バイアルを(一緒に)オートクレーブに入れる。各バイアルに針を挿入して、ガスの流れを可能にする。オートクレーブを密閉し、最終圧力が80psiになるまで重水素で3回パージする。混合物を3時間40分間撹拌する。オートクレーブをベントし、オレンジ色の溶液を含む3つのチューブを開く。EtOAcでフラスコに洗い流す。3つのチューブを結合し、減圧下で溶媒を除去する。残渣をDCMに溶解し、EtOAc:DCMの勾配(0~20%の勾配)でシリカゲルにより精製する。減圧下で溶媒を除去して、8-クロロ-3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、1.72g(収率92%)を明るい黄色固形物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl):265/267。
1H NMR(399.80MHz,DMSO):8.93-8.92(m,1H),7.75(d,J=1.5Hz,1H),7.63(s,1H),1.31-1.30(m,5H)。
【0072】
調製物28
tert-ブチル4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレート
【化55】
封管に8-クロロ-3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(0.503g、1.90mmol)、tert-ブチル 4-アミノピペリジン-1-カルボキシレート(0.418g、2.09mmol)、ナトリウムtert-ブトキシド(0.6g、6mmol)、及び1,4-ジオキサン(10mL)を添加する。混合物をN
2でパージした後、真空でパージする(3サイクル)。brettphos Pd G3(0.1g、0.1mmol)を添加し、N
2-真空で再度パージし、チューブに蓋をして、混合物を95℃で2.5時間加熱する。反応混合物を室温まで冷却し、混合物をMTBEで希釈し、水で洗浄する。有機相を分離し、MTBE(3X)で水層を抽出する。有機相を合わせ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、茶色油状物の残渣を得る。DCM/Hex及びDCM/MeOH(1:1)(0~2%の勾配)で溶出するシリカゲルカートリッジによって残渣を精製する。適切な画分を収集し、揮発性物質を除去し、高真空下で乾燥させて、tert-ブチル 4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレートを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、0.52g(収率55%)を黄色泡状物として得た。ES/MS(m/z):429(M+H)。
【0073】
調製物29
3-(rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル)-N-(4-ピペリジル)-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化56】
TFA(1.6mL、21mmol)を、DCM(7mL)中のtert-ブチル4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル)アミノ]ピペリジン-1-カルボキシレート(0.524g、1.05mmol)の溶液に添加し、混合物を室温で3時間撹拌する。反応混合物を水(20mL)で処理し、有機層を分離し、廃棄する。水層をNaHCO
3の飽和溶液で処理し、DCM(3×20mL)で抽出する。有機相を合わせ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、濃縮して3-(rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル)-N-(4-ピペリジル)-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、0.27g(収率78%)を黄色固形物として得た。ES/MS(m/z) 329(M+H)
+。
1H NMR(400.21MHz,CDCl
3):7.68(d,J=1.2Hz,1H),7.29(d,J=7.1Hz,1H),6.15(d,J=1.2Hz,1H),5.36-5.32(m,1H),3.62-3.53(m,1H),3.22(d,J=11.7Hz,2H),2.83(t,J=10.0Hz,2H),2.25-2.04(m,3H),1.58-1.50(m,2H),1.40-1.39(m,5H)。
【0074】
調製物30
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化57】
封管に、3-(rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル)-N-(4-ピペリジル)-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(0.27g、0.82mmol)、tert-ブチル(2S)-2-(p-トリルスルホニルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート(0.361g、0.97mmol)、及びACN(4mL)を添加する。得られたオレンジ色の溶液にTEA(0.23mL、1.7mmol)を添加する。フラスコに蓋をして、混合物を95℃で24時間加熱する。真空下で揮発性物質を除去し、残渣をDCM(20mL)及び水(20mL)で処理する。有機層を分離し、水層をDCM(2回)で抽出する。有機相を、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~3%の勾配)で溶出するシリカゲルにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、揮発性物質を除去し、高真空下で乾燥させて、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、0.34g(収率69%)を赤みがかった固形物として得た。ES/MS(m/z):528(M+H)。
【0075】
調製物31
3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化58】
TFA(0.855mL、11.3mmol)を、DCM(5mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[3-[-rac-1.2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)-イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(338mg、0.56mmol)の溶液に添加する。得られた混合物を室温で16時間撹拌する。反応混合物を飽和NaHCO
3水溶液(30mL)で処理し、DCM(2×15mL)で抽出する。有機相を合わせ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、222mg(収率82.3%)を赤みがかった泡状物として得た。ES/MS(m/z):428(M+H)。
【0076】
実施例7
1-[(2R)-2-[[4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化59】
TEA(0.199mL、1.43mmol)、続いて塩化アクリロイル(0.048mL、0.58mmol)を、ジクロロメタン(2.2mL)中の3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(220mg、0.46mmol)の溶液に添加し、0℃に冷却した。得られた混合物をこの温度で20分間撹拌する。反応混合物を飽和NaHCO
3水溶液5mLでクエンチし、DCM(2回)で抽出する。有機層を合わせ、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮する。MeOH:DCM(0~4%勾配)で溶出するシリカゲルにより残渣を精製する。適切な画分を合わせ、揮発性物質を除去し、高真空下で乾燥させて、1-[(2R)-2-[[4-[[3-[rac-1,2-ジデューテリオ-1-メチル-エチル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-塩-1-オンを得る(アスタリスクを付したキラル)。この調製の後、103mg(収率45.3%)を赤みがかった泡状物として得た。ES/MS(m/z):482(M+H)。
1H NMR(400.21MHz,CD
3OD):7.96(s,1H),7.34(s,1H),6.83-6.73(m,1H),6.30-6.22(m,2H),5.79(d,J=10.5Hz,1H),4.48-4.45(m,4H),4.07-3.96(m,2H),3.68-3.56(m,3H),3.15-2.91(m,2H),2.67-2.49(m,4H),2.13(dd,J=4.0,8.9Hz,2H),1.75-1.67(m,2H),1.40-1.38(m,5H)。
【0077】
調製物33
tert-ブチル(2S)-2-(p-トリルスルホニルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート
【化60】
DMAP(5.62g、46.1mmol、0.1当量)、TEA(112g、154mL、1.11mol、2.4当量)、及びp-トルエンスルホニルクロリド(105.4g、553mmol、1.2当量)を、THF(921mL)中のtert-ブチル(2S)-2-(ヒドロキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート(100g、461mmol)の溶液に添加し、混合物を23℃で24時間撹拌する。9%のNaHCO
3水溶液(1151mL)を添加し、EtOAc(506mL)で抽出する。有機相を飽和NaCl水溶液(506mL)で洗浄し、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。残渣にヘプタン(1000mL)を添加し、24時間撹拌する。濾過し、ヘプタン(2×150mL)で洗浄し、空気流の下で1時間、10mbarの真空下、45℃で一晩乾燥させて、tert-ブチル(2S)-2-(p-トリルスルホニルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、147g(収率86%)を白色固形物として得た。ES/MS m/z 394(M+Na)
+。
【0078】
調製物34
tert-ブチル(2R)-2-[(4-アミノ-1-ピペリジル)メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化61】
圧力容器に、tert-ブチル(2S)-2-(p-トリルスルホニルオキシメチル)モルホリン-4-カルボキシレート(81.2g、216mmol)、ピペリジン-4-アミン(43.3g、433mmol、2当量)、メチルエチルケトン(216mL)、及びDIPEA(55.9g、75.5mL、433mmol、2当量)を入れる。混合物を80℃で40時間撹拌する。加熱を止め、23℃まで冷却し、MTBE(649mL)で希釈し、水(649mL)、5%クエン酸水溶液(649mL)で洗浄し、水相をMTBE(649mL)で逆抽出する。18MのNaOH水溶液(35.3mL)で撹拌することにより、合わせた水相を塩基性化し、DCM(3×649mL)で抽出する。合わせた有機物を、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。残渣をヘプタン(649mL)に2時間懸濁し、濾過し、真空で濃縮し、10mBar下、45℃で48時間乾燥させて、tert-ブチル(2R)-2-[(4-アミノ-1-ピペリジル)メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、47.7g(収率69%)を無色油状物として得た。ES/MS m/z 300(M+H)
+。
1H NMR(CDCl
3) δ1.34-1.62(m,2H),1.47(s,9H),1.71-1.85(m,2H),2.00-2.18(m,2H),2.20-2.38(m,1H),2.50(dd,1H),2.54-2.74(m,2H),2.83-2.99(m,2H),3.44-3.63(m,2H),3.78-4.04(m,4H)。
【0079】
調製物35
8-クロロ-3-ヨード-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化62】
ACN(1164mL)中の8-クロロ-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(51.4g、233mmol)の溶液に、NIS(69.5g、303mmol、1.3当量)を添加し、混合物を23℃で72時間撹拌する。真空中で濃縮する。残渣を2-Me-THF(514mL)に溶解し、25%のNa
2S
2O
3(514mL)水溶液、及び9%のNaHCO
3(3×514mL)水溶液で洗浄する。無水MgSO
4で有機相を乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、8-クロロ-3-ヨード-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、71.3g(収率88%)を白色固形物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 346/348。
1H NMR(CDCl
3) δ7.53(d,1H),7.89(s,1H),8.46(m,1H)。
【0080】
調製物36
8-クロロ-3-イソプロペニル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化63】
N
2下で、8-クロロ-3-ヨード-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(25.1g、72.4mmol)、EtOH(483mL)、及び1.2MのK
2CO
3水溶液(180mL)の混合物を5分間脱気する。2-イソプロペニル-4,4,5,5-テトラメチル-1,3,2-ジオキサボロラン(14.1g、79.6mmol、1.1当量)及びBrettPhos Pd G3(1.67g、1.81mmol、0.025当量)を添加し、5分間脱気する。23℃で24時間撹拌する。真空中で濃縮し、残渣を2-MeTHF(251mL)に溶解し、水(125mL)で洗浄する。合わせた有機物を、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。シリカゲルクロマトグラフィー EtOAc:ヘキサン(0~50%の勾配)によって残渣を精製し、8-クロロ-3-イソプロペニル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、16.9g(収率85%)を薄い黄色固形物として得た。ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl) 261/263。
1H NMR(d
6-DMSO) δ2.22(m,3H),5.47(m,1H),5.51(m,1H),7.70(d,1H),7.86(s,1H),8.61(m,1H)。
【0081】
調製物37
8-クロロ-3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン
【化64】
8-クロロ-3-イソプロペニル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(33.2g、110mmol)、白金(20.1g、2.31mmol、0.021当量)、及びMeOH(659mL)の混合物を、N
2下で脱気する。3回の真空サイクルを使用して、N
2雰囲気をH
2に置き換える。混合物を23℃で8時間撹拌する。珪藻土のパッドを通して濾過し、MeOHですすぐ。真空中で濃縮する。シリカゲルクロマトグラフィー EtOAc:ヘキサン(10~70%の勾配)によって残渣を精製し、8-クロロ-3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジンを得る。この調製の後、24.2g(収率65%)を黄色固形物として得た ES/MS m/z(
35Cl/
37Cl)263/265。
1H NMR(d
6-DMSO) δ1.33(d,6H),3.51(dq,1H),7.63(d,1H),7.75(d,1H),8.92(m,1H)。
【0082】
調製物38
tert-ブチル(2R)-2-[[4-[(3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート
【化65】
8-クロロ-3-イソプロペニル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン(22.7g、79.2mmol)、tert-ブチル(2R)-2-[(4-アミノ-1-ピペリジル)メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(37.9g、119mmol、1.5mmol)、ナトリウムtert-ブトキシド(23.5g、238mmol、3当量)、及び1,4-ジオキサン(396mL)の混合物を、N
2下で脱気する。BrettPhos Pd G3(4.53g、4.75mmol、0.06当量)を添加し、混合物を5分間脱気する。100℃で48時間加熱する。23℃に冷却し、真空中で濃縮し、残渣を2-MeTHF(227mL)に溶解し、水(127mL)で洗浄する。水相を2-MeTHF(114mL)で抽出し、合わせた有機物を無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮して、tert-ブチル(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6]-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレートを得る。この調製の後、59.7g(純度70%、収率100%)を褐色ゴム状物として得た。ES/MS m/z 526(M+H)
+。
1H NMR(d
6-DMSO) δ1.30(d,6H),1.41(s,9H),1.52-1.68(m,2H),1.81-1.95(m,2H),2.09-2.29(m,2H),2.31-2.43(m,2H),2.75-2.94(m,3H),3.25-3.58(m,5H),3.62-3.92(m,3H),6.07(d,1H),6.21(d,1H),7.34(d,1H),8.03(m,1H)。
【0083】
調製物39
3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン
【化66】
2-プロパノール中のHCl(5.5M、86mL、6当量)を、2-プロパノール(476mL)中のtert-ブチル(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-カルボキシレート(59.5g、純度70%、79.1mmol)の懸濁液に添加する。混合物を95℃で4時間加熱する。23℃に冷却し、真空中で濃縮する。残渣を2-MeTHF(476mL)に懸濁し、NaOHの2M水溶液(198mL)を添加し、23℃で5分間撹拌する。珪藻土のパッドを通して濾過し、2-MeTHFですすぐ。有機相を20%クエン酸水溶液(2×476mL)で抽出する。合わせた水相をNaOHの18.4M水溶液(476mL)で処理し、2-MeTHF(2×476mL)で抽出する。合わせた有機物を、無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮する。残渣を23℃でSiliaMetS(登録商標)チオール樹脂(40~63μm;充填量=1.46mmol/g;10.8g、15.7mmol)で処理し、65℃に18時間加熱する。23℃に冷却し、濾過し、真空中で濃縮して、3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミンを得る。この調製の後、27.2g(収率76%)をオレンジ色の固形物として得た。ES/MS m/z 426(M+H)
+。
1H NMR(d
6-DMSO) δ1.30(d,6H),1.51-1.68(m,2H),1.80-1.94(m,2H),2.07-2.23(m,2H),2.23-2.42(m,3H),2.58-2.76(m,2H),2.76-2.92(m,3H),3.28-3.59(m,5H),3.66-3.78(m,1H),6.04(d,1H),6.21(bs,1H),7.34(bs,1H),8.02(m,1H)。
【0084】
実施例8
1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オン
【化67】
TEA(16.3g、22.4mL、161mmol、4当量)、及びDCM(34mL)中の塩化アクリロイル(3.79g、3.40mL、40.1mmol、1.0当量)の溶液を、DCM(268mL)中の3-イソプロピル-N-[1-[[(2S)-モルホリン-2-イル]メチル]-4-ピペリジル]-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-アミン(17.7g、40.1mmol)の溶液に0℃で滴加し、15分間撹拌する。9%のNaHCO
3水溶液(142mL)を加え、有機相を無水MgSO
4で乾燥させ、濾過し、真空で濃縮する。MeOH:DCM(0~10%の勾配)のシリカゲルクロマトグラフィーにより残渣を精製して、1-[(2R)-2-[[4-[[3-イソプロピル-6-(トリフルオロメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-8-イル]アミノ]-1-ピペリジル]メチル]モルホリン-4-イル]プロパ-2-エン-1-オンを得る。この調製の後、12.9g(収率67%)をベージュ色の泡状物として得た。ES/MS m/z 480(M+H)
+。
1H NMR(d
6-DMSO) δ1.30(d,6H),1.52-1.71(m,2H),1.83-1.95(m,2H),2.10-2.30(m,2H),2.36-2.46(m,2H),2.74-3.23(m,3H),3.31-3.60(m,5H),3.78-4.02(m,2H),4.08-4.47(m,1H),5.71(d,1H),6.06(m,1H),6.14(dd,1H),6.22(d,1H),6.79(dd,1H),7.39(d,1H),8.02(m,1H)。
【0085】
生物学的アッセイ
以下のアッセイは、本明細書に記載の化合物が、CDK7活性の阻害剤であることを示す。またアッセイの結果により、本明細書に記載の化合物が、がん細胞におけるCDK7シグナル伝達を阻害することが示される。追加的に、本明細書に記載の化合物は、がん細胞株における増殖及びがんの異種移植腫瘍モデルにおける腫瘍増殖を阻害する。
【0086】
「IC50」は、その薬物について可能な最大阻害応答の50%を生じる薬物の濃度、又は代替的に、受容体へのリガンド特異的結合の50%置換を生じる薬物の濃度を指し、相対IC50値は、蛍光ユニットを使用して、プレート上の「MIN」及び「MAX」対照に関して阻害パーセントを計算し、次いで10点用量反応データを4パラメーターロジスティック式に当てはめることにより決定される。
【0087】
CDK7及びCDK9キナーゼ活性アッセイ
これらのアッセイの目的は、本明細書に記載の化合物の、CDK7/CyclinH/Mat1複合体のキナーゼ活性を阻害する能力を測定することである。本明細書に記載の化合物がCDK7及びCDK9に対して何らかの親和性を示すかどうかを実証するために、生化学的アッセイは、化合物と酵素のプレインキュベーションなしで、又は3時間のプレインキュベーションをして行われる。機能アッセイにより、本明細書に記載の化合物がCDK7及びCDK9キナーゼ活性を阻害する能力を示すかどうかについての裏付けが提供される。以下のアッセイで使用される全てのリガンド、溶媒、及び試薬は、商業的供給源から容易に入手可能であるか、又は当業者によって容易に合成され得る。CDK7及びCDK9についてのIC50の決定は、以下のように決定される。
【0088】
CDK7/CyclinH/MAT1の阻害についての生化学的アッセイ
本明細書に記載の化合物のIC50活性は、ATP/[33P]ATP及びペプチド基質の存在下で精製ヒト組換え酵素を使用した放射標識フィルター結合(FB)アッセイを使用して決定される。選択されるATP濃度は、ATPに対する酵素Km又はその付近である。
【0089】
反応は、96ウェルポリスチレンプレート中で、1ウェル当たり25μLの最終容量で行われる。20%DMSO中の5μLの試験化合物、10μLの基質溶液(ATP/33PATP及びCDK7/9)及び10μLの酵素溶液を混合する。基質溶液を、4mMのMgCl2、0.01%のTRITON(商標)X-100、2mMのDTT及び20mMのHEPESのキナーゼ緩衝液中に希釈された、最終濃度100μMのATP/[33P]ATP(NEN 10μCi/μL、3000Ci/mmol)及び250μMのCDK7/9ペプチド((YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSKKKK)(配列番号1))を得るように調製する。キナーゼ緩衝液中に希釈された最終濃度1nMのCDK7/CyclinH/Mat1酵素[Proqinase 0366-0360-4 Lot 002)]で酵素溶液を調製する。試験化合物を20%DMSOで1:3に段階希釈して、20μMの開始濃度で10点曲線を作成する。試験化合物を含まない20%DMSO緩衝液単独を高対照(任意の阻害剤の非存在下での全活性)として用い、500mM EDTAを使用して酵素活性の非存在下でのバックグラウンドのレベルを決定する(低対照)。5μLの化合物を10μLの酵素溶液と混合した後、プレートを22℃で0又は180分間インキュベートする。その後、10μLの基質溶液を添加して反応を開始させ、22℃で50分間インキュベートする。反応を、80μLの冷10%オルトリン酸溶液を添加することによって終了させる。フィルタープレート(不透明、無菌のフィルタープレート)を、各ウェルに10μLの10%オルトリン酸溶液で予備洗浄する。100μLの混合物をホスホセルロースフィルターに移し、室温で45分間インキュベートする。フィルタープレートを、フィルタープレートプロセッサーで200μLの0.5%オルトリン酸で3回洗浄する。33Piの取り込み(「cpm」の計数)は、各ウェルに80μLのMICROSCINT(商標)を添加し、1時間後にカウンターで読むことによって決定される。データは、GENEDATA SCREENER(登録商標)ツールを介して処理される。データは、4パラメーター非線形ロジスティック式(4パラメーターロジスティック濃度-応答曲線)を使用して分析され、Y=bot+[(top-bot)/1+(x/IC50)slope]、式中、Y=阻害%、X=y阻害%をもたらす濃度、Bottom=曲線によって達成されるyの最小値、Top=曲線によって達成されるyの最大値、及びSlope=IC50での曲線の勾配。阻害%=[(最大中央値-x/最大中央値-最小中央値)]・100
IC50:所与の応答(リガンド結合、酵素応答)を50%減少させる化合物の濃度。
【0090】
実施例1、2、4、5、6、7、及び8に記載の化合物は、プレインキュベーションなしのCDK7において、それぞれ0.123μM、0.256μM、0.155μM、0.367μM、0.0674μM、0.0845μM、及び0.0656μMのIC50を示す。実施例1、2、4、5、6、7、及び8とのCDK7酵素の3時間のプレインキュベーションの後、これらはそれぞれ、0.0143μM、0.0266μM、0.0143μM、0.0415μM、0.00396μM、0.00625μM、及び0.00574μMのIC50を示す。これらのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8がCDK7を阻害することを示している。
【0091】
CDK9/CyclinT1キナーゼ活性の阻害についてのアッセイ:
阻害剤のIC50活性は、ATP及びペプチド基質の存在下で精製ヒト組換え酵素を使用した放射標識フィルター結合(FB)アッセイを使用して決定される。選択されるATP濃度は、ATPに対する酵素Km又はその付近である。反応は、96ウェルポリスチレンプレート中で、1ウェル当たり25μLの最終容量で行われる。20%DMSO中の5μLの試験化合物、10μLの基質溶液(ATP/[33P]ATP及びCDK7/9)及び10μLの酵素溶液を混合する。基質溶液を、4mMのMgCl2、0.0025%のTRITON(商標)X-100、1.58mMのDTT及び15.80mMのHEPESのキナーゼ緩衝液中に希釈された、最終濃度100μMのATP/[33P]ATP(NEN 10uCi/μL、3000Ci/mmol)及び200μMのCDK7/9ペプチド((YSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSKKKK)(配列番号1))を得るように調製する。キナーゼ緩衝液中に希釈された最終濃度7.5nMのCDK9/CyclinT1酵素[Proqinase 0371-0345-1(Lot 004)]で酵素溶液を調製する。試験化合物を20%DMSOで1:3に段階希釈して、20μMの開始濃度で10点曲線を作成する。試験化合物を含まない20%DMSO緩衝液単独を高対照(任意の阻害剤の非存在下での全活性)として用い、500mM EDTAを使用して酵素活性の非存在下でのバックグラウンドのレベルを決定する(低対照)。5μLの化合物を10μLの酵素溶液と混合した後、プレートを22℃で0又は180分間インキュベートする。その後、10μLの基質溶液を添加して反応を開始させ、22℃で60分間インキュベートする。反応を、80μLの冷10%オルトリン酸溶液を添加することによって終了させる。フィルタープレート(不透明、無菌のフィルタープレート)を、1ウェル当たり10μLの10%オルトリン酸溶液で予備洗浄する。100μLの混合物をホスホセルロースフィルターに移し、室温で45分間インキュベートする。フィルタープレートを、フィルタープレートプロセッサーで200μLの0.5%オルトリン酸で3回洗浄する。80μLのMICROSCINT(商標)を各ウェルに添加し、1時間後にシンチレーションカウンターで読み取る。データは、GENEDATA SCREENER(登録商標)ツールを介して処理される。データは、4パラメーター非線形ロジスティック式(4パラメーターロジスティック濃度-応答曲線)を使用して分析され、Y=bot+[(top-bot)/1+(x/IC50)slope]、式中、Y=阻害%、X=y阻害%をもたらす濃度、Bottom=曲線によって達成されるyの最小値、Top=曲線によって達成されるyの最大値、及びSlope=IC50での曲線の勾配。阻害%=[(最大中央値-x/最大中央値-最小中央値)]・100 IC50:所与の反応(リガンド結合、酵素反応)を50%減少させる化合物の濃度。相対IC50:化合物の最大応答の半分を与える濃度。
【0092】
実施例1、2、4、5、6、7、及び8に記載の化合物は、プレインキュベーションなしのCDK9について(3時間のプレインキュベーション)、それぞれ1.77μM、3.18μM、8.05μM、7.13μM、1.61μM、2.03μM、及び2.14μMのIC50を示す。これらのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8がCDK9活性を強力に阻害しないことを示している。
【0093】
まとめると、上記のアッセイからのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8の化合物がCDK9よりもCDK7を選択的に阻害することを実証している。
【0094】
CDK7及びCDK9の細胞メカニズムアッセイ
これらのアッセイの目的は、本明細書に記載の化合物の、インビトロでがん細胞におけるCDK7及びCDK9のシグナル伝達を阻害する能力を測定することである。
【0095】
ホスホ-カルボキシル末端ドメイン(Rbp2)(Ser2)p-CTD(S2)細胞ベースのAcumenアッセイ
HCT116細胞(ATCC CCL-247)を、10%FBS、1%NaPyr及び1%Pen/Strepを補充したMcCoyの5Å培地修飾培地中で培養し、100μL容量中の1ウェル当たり5,000細胞の密度で96ウェル平底プレート中で平板培養する(70%コンフルエントになる前に)。次いで、細胞を、細胞培養インキュベーター(5%CO2、95%相対湿度(RH)、及び37℃)で一晩インキュベートし、プレートに付着させる。翌朝、細胞に化合物が投与される。化合物阻害剤を、0.6%DMSOを含有する培地中に60μMで最初に可溶化する。続いて、化合物連続希釈物(1:3)を、60μM~0.003μMの範囲にわたって調製する。細胞に、連続希釈プレートから100μLの培地を付着させた細胞を含有するアッセイプレートに50μLを添加することで投与し、最終化合物濃度が20~0.001μMの範囲で投与されて、最終DMSO濃度0.2%を生じる。最高点については0.2%のDMSOを含有する培地を使用し、最低点については、0.2%のDMSOを含有する増殖培地中の0.83μMの最終濃度に希釈した対照化合物を使用する。化合物を投与した後、細胞プレートを、37℃及び5%CO2で4時間インキュベートする。増殖培地を注意深く除去し、100μLの4%パラホルムアルデヒドを室温で30分間添加することにより細胞を固定する。細胞をPBSで1回洗浄し、細胞透過のために室温で15分間100μLの冷MeOHとともにインキュベートする。細胞をPBS(各100μL)で2回洗浄し、100μL/ウェルの1%BSA/PBSで室温で30分間ブロックする。1%BSA/PBS中に希釈した1:1000一次抗体(抗ホスホCTD Ser2 Abcam、カタログ番号ab5095-100)50μLを各ウェルに添加し、プレートを密封し、4℃で一晩インキュベートする。
【0096】
翌日、細胞を、PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄し、PBS中の二次抗体(1:2000希釈、ヤギ抗ウサギIgM ALEXA FLUOR(商標)488)50μL/ウェルとともに室温で1時間インキュベートする。PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄した後、50μg/mLのRNAase100μL及びPBS中の1:1000のヨウ化プロピジウム希釈物を各ウェルに添加する。プレートを密封し、ベンチ上で室温で1時間インキュベートする(光から保護する)。プレートをAcumenのFL2(平均強度)、及びFL3(全強度)で分析する。蛍光プレートを、ACUMEN EXPLORER(商標)[TTP LABTECH LTDによって製造されたレーザー走査蛍光マイクロプレートサイトメーター]を用いて走査して、セリン2における抗ホスホカルボキシル末端ドメイン(pCTD)を測定する。画像分析は、陽性細胞を同定するための細胞蛍光シグナルに基づく。pCTD(S2)陽性細胞は、閾値を超える500~530の平均強度によって同定される。ヨウ化プロピジウム/DNAからの575~640の全強度を使用して、個々の細胞を同定する。アッセイ出力は、%pCTD陽性細胞である。
【0097】
IC50は、GENE DATA(商標)を使用して各出力について4パラメーターロジスティックにカーブフィッティングすることにより決定される。実施例1、2、4、5、6、7、及び8に記載の化合物は、phosphoCTD(S2)に対して、それぞれ5.73μM、6.36μM、3.71μM、7.79μM、3.79μM、2.92μM、及び2.59μMのIC50を示す。これらのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8が細胞中のCDK9を強力に阻害しないことを示している。
【0098】
ホスホ-カルボキシル末端ドメイン(Rbp2)(Ser5)p-CTD(S5)細胞ベースのAcumenアッセイ
HCT116細胞(ATCC CCL-247)を、10%FBS、1%NaPyr及び1%Pen/Strepを補充したMcCoyの5A培地修飾培地中で培養し、100μL容量中の1ウェル当たり5,000細胞の密度で96ウェル平底プレート中で平板培養する(70%コンフルエントになる前に)。細胞を、細胞培養インキュベーター(5%CO2、95%相対湿度(RH)、及び37℃)で一晩インキュベートし、プレートに付着させる。翌朝、細胞に化合物が投与される。化合物阻害剤を、0.6%DMSOを含有する培地中に60μMで可溶化する。続いて、化合物連続希釈物(1:3)を、60μM~0.003μMの範囲にわたって調製する。細胞に、連続希釈プレートから100μLの培地を付着させた細胞を含有するアッセイプレートに50μLを添加することで投与し、最終化合物濃度が20~0.001μMの範囲で投与されて、最終DMSO濃度0.2%を生じる。最高点については0.2%のDMSOを含有する培地を使用し、最低点については、0.2%のDMSOを含有する増殖培地中の0.83μMの最終濃度に希釈した対照化合物を使用する。化合物を投与した後、細胞プレートを、37℃及び5%CO2で4時間インキュベートする。増殖培地を注意深く除去し、100μLの4%パラホルムアルデヒドを室温で30分間添加することにより細胞を固定する。細胞をPBSで1回洗浄し、細胞透過のために室温で15分間100μLの冷MeOHとともにインキュベートする。また細胞をPBS(各100μL)で2回洗浄し、100μL/ウェルの1%BSA/PBSで室温で30分間ブロックする。1%BSA/PBS中に希釈した1:1000一次抗体(抗ホスホCTD Ser5 Bethyl Laboratories、カタログ番号A300-655A)50μLを各ウェルに添加し、プレートを密封し、4℃で一晩インキュベートする。
【0099】
翌日、細胞を、PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄し、PBS中の二次抗体(1:2000希釈、ヤギ抗ウサギIgM ALEXA FLUOR(商標)488)50μL/ウェルとともに室温で1時間インキュベートする。PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄した後、50μg/mLのRNAase(Sigma)100μL及びPBS中の1:1000のヨウ化プロピジウム希釈物を各ウェルに添加する。プレートを密封し、ベンチ上で室温で1時間インキュベートする(光から保護する)。プレートをAcumenのFL2(平均強度)、及びFL3(全強度)で分析する。蛍光プレートを、ACUMEN EXPLORER(商標)[TTP LABTECH LTDによって製造されたレーザー走査蛍光マイクロプレートサイトメーター]を用いて走査して、セリン5における抗ホスホカルボキシル末端ドメイン(pCTD)を測定する。画像分析は、陽性細胞を同定するための細胞蛍光シグナルに基づく。pCTD(S5)陽性細胞は、閾値を超える500~530の平均強度によって同定される。ヨウ化プロピジウム/DNAからの575~640の全強度を使用して、個々の細胞を同定する。アッセイ出力は、%pCTD陽性細胞である。IC50は、GENE DATA(商標)を使用して各出力について4パラメーターロジスティックにカーブフィッティングすることにより決定される。
【0100】
実施例1、2、4、5、6、7、及び8に記載の化合物は、pCTD Ser5に対して、それぞれ0.161μM、0.162μM、0.0551μM、0.118μM、0.0159μM、0.0717μM、及び0.0262μMのIC50を示す。これらのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8がCDK7細胞活性を阻害することを示している。
【0101】
cMyc細胞ベースのAcumenアッセイ
HCT116細胞(ATCC CCL-247)を、10%FBS、1%NaPyr及び1%Pen/Strepを補充したMcCoyの5Å培地修飾培地中で培養し、100μL容量中の1ウェル当たり5,000細胞の密度で96ウェル平底プレート中で平板培養する(70%コンフルエントになる前に)。次いで、細胞を、細胞培養インキュベーター(5%CO2、95%相対湿度(RH)、及び37℃)で一晩インキュベートし、プレートに付着させる。翌朝、細胞に化合物が投与される。化合物阻害剤を、0.6%DMSOを含有する培地中に60μMで可溶化する。続いて、化合物連続希釈物(1:3)を、60μM~0.003μMの範囲にわたって調製する。細胞に、連続希釈プレートから100μLの培地を付着させた細胞を含有するアッセイプレートに50μLを添加することで投与し、最終化合物濃度が20μM~0.001μMの範囲で投与されて、最終DMSO濃度0.2%を生じる。最高点については0.2%のDMSOを含有する培地を使用し、最低点については、0.2%のDMSOを含有する増殖培地中の0.83μMの最終濃度に希釈した対照化合物を使用する。化合物を投与した後、細胞プレートを、37℃及び5%CO2で4時間インキュベートする。増殖培地を注意深く除去し、100μLの4%パラホルムアルデヒドを室温で30分間添加することにより細胞を固定する。細胞をPBSで1回洗浄し、細胞透過のために室温で15分間100μLの冷MeOHとともにインキュベートする。また細胞をPBS(各100μL)で2回洗浄し、100μL/ウェルの1%BSA/PBSで室温で30分間ブロックする。1%BSA/PBS中に希釈した1:1000一次抗体(抗cMyc抗体[Y69]Abcam、カタログ番号ab32072)50μLを各ウェルに添加し、プレートを密封し、4℃で一晩インキュベートする。翌日、細胞を、PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄し、PBS中の二次抗体(1:2000希釈、ヤギ抗ウサギIgM ALEXA FLUOR(商標)488)50μL/ウェルとともに室温で1時間インキュベートする。PBS(100μL/ウェル)で3回洗浄した後、50μg/mLのRNAase100μL及びPBS中の1:1000のヨウ化プロピジウム(Invitrogene)希釈物を各ウェルに添加する。プレートを密封し、ベンチ上で室温で1時間インキュベートする(光から保護する)。プレートをAcumenのFL2(平均強度)、及びFL3(全強度)で分析する。蛍光プレートを、ACUMEN EXPLORER(商標)[TTP LABTECH LTDによって製造されたレーザー走査蛍光マイクロプレートサイトメーター]を用いて走査して、セリン5における抗ホスホカルボキシル末端ドメイン(pCTD)を測定する。画像分析は、陽性細胞を同定するための細胞蛍光シグナルに基づく。pCTD(S5)陽性細胞は、閾値を超える500~530の平均強度によって同定される。ヨウ化プロピジウム/DNAからの575~640の全強度を使用して、個々の細胞を同定する。アッセイ出力は、%pCTD陽性細胞である。IC50は、GENE DATA(商標)を使用して各出力について4パラメーターロジスティックにカーブフィッティングすることにより決定される。
【0102】
実施例1、2、4、5、6、7、及び8に記載の化合物は、cMycに対して、0.082μM、0.0947μM、0.038μM、0.14μM、0.00791μM、0.0138μM、及び0.0245μMの相対IC50を示す。これらのデータは、実施例1、2、4、5、6、7、及び8が、HCT116細胞におけるcMycの転写を阻害することを示している。
【0103】
選択性プロファイリング実験:DiscoverX ScanMax
この研究の目的は、実施例8の化合物のインビトロ選択性プロファイルを作成することである。選択性に対処するために、KINOMEscan(商標)スクリーニングプラットフォームを使用して、DiscoverX Corporationで468個のヒトキナーゼのパネルで実施例8の化合物を試験する。KINOMEscan(商標)スクリーニングプラットフォームは、新規かつ独自開発の(proprietary)活性部位特異的競合結合アッセイを、試験化合物と450を超えるヒトキナーゼ及び疾患関連変異体バリアントとの間の相互作用を定量的に測定するために用いる。KINOMEscan(商標)アッセイはATPを必要としないため、ATP濃度に依存する可能性があるIC50値とは対照的に、真の熱力学的相互作用親和性を報告する。
【0104】
キナーゼ活性部位に結合して固定化リガンドへのキナーゼの結合を直接(立体的に)又は間接的に(アロステリックに)阻害する化合物は、固体支持体に捕捉されるキナーゼの量を減らすであろう。しかしながら、キナーゼに結合しない化合物は、固体支持体に捕捉されるキナーゼの量に影響を及ぼさない。化合物活性を、会合したDNA標識を検出するqPCR法を使用して対照試料と比較して試験試料に捕捉されたキナーゼの量を測定することによって監視する。DiscoverX Corporation KINOMEscan(商標)スクリーニングプラットフォームの詳細については、http://www.discoverx.comで見出すことができる。
【0105】
468キナーゼパネルへの結合を監視するためのアッセイをDiscoverX(登録商標)Corporation(Fremont,CA)で行う。実施例8は、20μM、2μM、及び0.2μMの最終濃度で試験される。キナーゼをqPCR検出のためにDNAでタグ付けする。ストレプトアビジンコーティング磁気ビーズをビオチン化低分子リガンドで室温で30分間処理して、キナーゼアッセイ用のアフィニティー樹脂を得る。リガンドビーズを過剰量のビオチンでブロックし、ブロッキング緩衝液(Pierce SeaBlock、1%BSA、0.05%Tween 20、及び1mMのDTT)で洗浄して結合していないリガンドを除去し、非特異的結合を減少させる。結合反応物を、1×結合緩衝液(20%SeaBlock、0.17×PBS、0.05%Tween 20、及び6mMのDTT)中で、キナーゼ、リガンド結合アフィニティービーズ、及び試験化合物を組み合わせることによって構築する。試験化合物を100%DMSO中40倍ストックとして調製し、アッセイに直接希釈する。全ての反応を、0.02mlの最終体積でポリプロピレン384ウェルプレートで行う。アッセイプレートを振盪しながら室温で1時間インキュベートし、アフィニティービーズを洗浄緩衝液(1×PBS及び0.05%Tween 20)で洗浄する。その後、ビーズを溶出緩衝液(1×PBS、0.05%Tween 20、0.5μM非ビオチン化親和性リガンド)中に再懸濁し、振盪しながら室温で30分間インキュベートする。溶出液中のキナーゼ濃度をqPCRによって測定する。
【0106】
一次スクリーニング結合相互作用の結果を「対照に対する%」として報告し、ここで、数値が小さいほど、マトリックス内のヒットが強いことを示す。
%Ctrlの計算:
【数1】
陰性対照=DMSO(100%Ctrl)
陽性対照=対照化合物(0%Ctrl)
【0107】
実施例8の化合物は、468タンパク質キナーゼパネルに対して優れた選択性を示した。CDK7は、実施例8の化合物の0.2μM濃度で35%未満の対照活性を示す唯一のキナーゼであった。具体的には、実施例8の化合物は、CDK7に対して約4%の対照活性(すなわち、約96%の阻害)を示した。
【0108】
細胞増殖アッセイ
表1のデータは、実施例1の化合物が特定の腫瘍細胞株の増殖及び生存率を阻害することを示している。細胞株を、1ウェル当たり100μLの増殖培地中、1ウェル当たり細胞5000個の密度で、白色の96ウェル細胞培養プレートにプレーティングする。細胞株及び培地の情報については表1を参照されたい。プレートを37℃及び5%CO
2でインキュベートする。翌日、試験化合物の連続希釈物を、化合物をDMSO中に1:3で10点で希釈することによって調製する。DMSOプレートは最終濃度の1000倍である。CDK7阻害剤に加えて、DMSO単独カラムが最大増殖対照として含まれ、10μMスタウロスポリン最終カラムが最大増殖阻害対照として含まれる。次いで、1000×DMSOプレートからウェル当たり2μLをOMEM(Life Technologies、Carlsbad,CA、カタログ番号31985-070)198μLに添加することによって10倍希釈プレートを調製する。1×最終濃度のために、1ウェル当たり100μLの増殖培地を含有する細胞プレートに、10×OMEMプレートから1ウェル当たり11μLを添加することによって、指示された化合物で細胞を処理する。プレートを37℃及び5%CO
2のインキュベーターに戻す。化合物添加の6日又は7日後、HCC1806又はA2780細胞については、プレートをインキュベーターから取り出し、室温に平衡化させる。CELL TITER GLO(登録商標)試薬を室温で解凍し、次いで1バイアルのアッセイ緩衝液を1バイアルの基質と混合することにより調製し、穏やかに回転させて混合する。次いで、CELL TITER GLO(登録商標)試薬を細胞プレートに100μL/ウェルで添加し、Titer Plate Shaker上にスピード設定2で室温で15分間置く。振盪機上で15分間インキュベートした後、Wallac VICTOR 2(商標)を使用して、1ウェル当たり1秒間発光を読み取る。Graphpad Prism 6ソフトウェアを用いて、非線形回帰及びシグモイド用量反応曲線を使用して半最大阻害濃度(IC
50)を計算する。
【表1】
【0109】
これらのデータは、実施例Iの化合物が乳房及び卵巣を含む種々の組織からのがん細胞株のインビトロ増殖を用量依存的に阻害することを示している。
【0110】
異種移植腫瘍モデル
このアッセイの目的は、実施例1の化合物に応答する腫瘍体積の減少を測定することである。試験化合物のインビボでの有効性を評価するために、複数の異種移植腫瘍モデルが利用される。手短に言えば、1:1MATRIGEL(登録商標)混合物(総体積0.2mL)中の2.5×106個の腫瘍細胞を、雌性無胸腺ヌードマウス(Envigo、Harlan laboratories)に皮下注射する。腫瘍を約300~500mm3の所望の大きさに到達させた後、動物は、有効性試験のための5のグループに無作為に分けられる。試験化合物は、指示された用量及び計画で強制経口投与(PO)により投与される。腫瘍増殖及び体重を経時的にモニターして、有効性及び毒性の徴候を評価する。
【0111】
試験化合物は、精製水(HEC)中の1%ヒドロキシエチルセルロース、0.25%ポリソルベート80、0.05%消泡剤中に製剤化され、表2に示す用量で経口胃管栄養法(最終容量0.2mL)で投与される。試験化合物は、毎週製剤化され、4℃で保存される。ビヒクルは、1用量当たり0.2mLの容量を使用して上記で用いたスケジュールに従って対照群に投与される。マウスに経口胃管栄養法により投与し、腫瘍試料を終了時に収集し、-80℃で保存する。
【0112】
腫瘍サイズ及び体重を記録し、隔週で分析する。
【0113】
実施例1の化合物は、ヒトがん異種移植モデルにおいて有意な抗腫瘍活性を示す(表2)。
【表2】
【0114】
デルタT/C%は、処置群におけるエンドポイント腫瘍体積がベースライン腫瘍体積にあるか、又は超える場合に算出する。式は100×(T-T0)/(C-C0)である。ここで、T及びCは、それぞれ処置群又は対照群における平均エンドポイント腫瘍体積である。T0及びC0は、これらの群における平均ベースライン腫瘍体積である。
【0115】
本明細書に開示された特定の代表的な化合物、材料、及び方法ステップのみが具体的に説明されているが、化合物、材料、及び方法ステップの他の組み合わせも、具体的に列挙されていない場合でも、添付の特許請求の範囲に含まれることが意図されている。したがって、ステップ、要素、構成要素、又は構成成分の組み合わせが、本明細書で明示的に言及され得るが、明示的に述べられていない場合でも、ステップ、要素、構成要素、及び構成成分の他の組み合わせが含まれる。本明細書で使用される「含む(comprising)」という用語及びその変形は、「含む(including)」という用語及びその変形と同義的に使用され、オープンで非限定的な用語である。「含む(comprising)」及び「含む(including)」という用語は、様々な実施形態を説明するために本明細書で使用されているが、「含む(comprising)」及び「含む(including)」の代わりに、「から本質的になる(consisting essentially of)」及び「からなる(consisting of)」という用語を使用して、より具体的な実施形態を提供することができ、かつ開示されている。