(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-02-14
(45)【発行日】2024-02-22
(54)【発明の名称】食道がんの検出キット又はデバイス及び検出方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20240215BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20240215BHJP
C12N 15/09 20060101ALI20240215BHJP
C12M 1/00 20060101ALI20240215BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20240215BHJP
G01N 37/00 20060101ALI20240215BHJP
C12M 1/34 20060101ALI20240215BHJP
【FI】
C12Q1/6886 Z ZNA
C12N15/113 110Z
C12N15/09 200
C12M1/00 A
G01N33/53 M
G01N37/00 102
C12M1/34 Z
(21)【出願番号】P 2022150123
(22)【出願日】2022-09-21
(62)【分割の表示】P 2021035949の分割
【原出願日】2015-06-18
【審査請求日】2022-09-21
(31)【優先権主張番号】P 2014125036
(32)【優先日】2014-06-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(31)【優先権主張番号】P 2015070379
(32)【優先日】2015-03-30
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
【国等の委託研究の成果に係る記載事項】(出願人による申告)平成27年度、国立研究開発法人日本医療研究開発機構、「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業、体液中マイクロRNA測定技術基盤開発」に係る委託研究産業技術力強化法第17条の適用を受ける特許出願
(73)【特許権者】
【識別番号】000003159
【氏名又は名称】東レ株式会社
(73)【特許権者】
【識別番号】510097747
【氏名又は名称】国立研究開発法人国立がん研究センター
(74)【代理人】
【識別番号】110002572
【氏名又は名称】弁理士法人平木国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】須藤 裕子
(72)【発明者】
【氏名】信正 均
(72)【発明者】
【氏名】小園 聡子
(72)【発明者】
【氏名】近藤 哲司
(72)【発明者】
【氏名】河内 淳平
(72)【発明者】
【氏名】落合 淳志
(72)【発明者】
【氏名】小嶋 基寛
【審査官】坂崎 恵美子
(56)【参考文献】
【文献】特表2011-501943(JP,A)
【文献】特表2010-510769(JP,A)
【文献】米国特許出願公開第2014/0031246(US,A1)
【文献】Seminars in Cancer Biology,2013年,Vol.23,p.512-521
【文献】Computers in Biology and Medicine,2013年,Vol.43,p.1374-1381
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C12Q 1/6886
C12N 15/09
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamIII)
CAplus/MEDLINE/EMBASE/BIOSIS(STN)
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
食道がんマーカーであり、配列番号4で表される塩基配列からなるmiR-6857-5pのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅するプライマーを含む、食道がんの検出用キット。
【請求項2】
前記キットが、別の食道がんマーカーであり、それぞれ配列番号2~3、5~7、9~214及び666~676で表され塩基配列からなる、miR-1247-3p、miR-6875-5p、miR-6726-5p、miR-3188、miR-8069、miR-1343-3p、miR-7108-5p、miR-6825-5p、miR-7641、miR-3185、miR-4746-3p、miR-6791-5p、miR-6893-5p、miR-4433b-3p、miR-3135b、miR-6781-5p、miR-1908-5p、miR-4792、miR-7845-5p、miR-4417、miR-3184-5p、miR-1225-5p、miR-1231、miR-1225-3p、miR-150-3p、miR-4433-3p、miR-6125、miR-4513、miR-6787-5p、miR-6784-5p、miR-615-5p、miR-6765-3p、miR-5572、miR-6842-5p、miR-8063、miR-6780b-5p、miR-187-5p、miR-128-1-5p、miR-6729-5p、miR-6741-5p、miR-6757-5p、miR-7110-5p、miR-7975、miR-1233-5p、miR-6845-5p、miR-3937、miR-4467、miR-7109-5p、miR-6088、miR-6782-5p、miR-5195-3p、miR-4454、miR-6724-5p、miR-8072、miR-4516、miR-6756-5p、miR-4665-3p、miR-6826-5p、miR-6820-5p、miR-6887-5p、miR-3679-5p、miR-7847-3p、miR-6721-5p、miR-3622a-5p、miR-939-5p、miR-602、miR-7977、miR-6749-5p、miR-1914-3p、miR-4651、miR-4695-5p、miR-6848-5p、miR-1228-3p、miR-642b-3p、miR-6746-5p、miR-3620-5p、miR-3131、miR-6732-5p、miR-7113-3p、miR-23a-3p、miR-3154、miR-4723-5p、miR-3663-3p、miR-4734、miR-6816-5p、miR-4442、miR-4476、miR-423-5p、miR-1249、miR-6515-3p、miR-887-3p、miR-4741、miR-6766-3p、miR-4673、miR-6779-5p、miR-4706、miR-1268b、miR-4632-5p、miR-3197、miR-6798-5p、miR-711、miR-6840-3p、miR-6763-5p、miR-6727-5p、miR-371a-5p、miR-6824-5p、miR-4648、miR-1227-5p、miR-564、miR-3679-3p、miR-2861、miR-6737-5p、miR-4725-3p、miR-6716-5p、miR-4675、miR-1915-3p、miR-671-5p、miR-3656、miR-6722-3p、miR-4707-5p、miR-4449、miR-1202、miR-4649-5p、miR-744-5p、miR-642a-3p、miR-451a、miR-6870-5p、miR-4443、miR-6808-5p、miR-4728-5p、miR-937-5p、miR-135a-3p、miR-663b、miR-1343-5p、miR-6822-5p、miR-6803-5p、miR-6805-3p、miR-128-2-5p、miR-4640-5p、miR-1469、miR-92a-2-5p、miR-3940-5p、miR-4281、miR-1260b、miR-4758-5p、miR-1915-5p、miR-5001-5p、miR-4286、miR-6126、miR-6789-5p、miR-4459、miR-1268a、miR-6752-5p、miR-6131、miR-6800-5p、miR-4532、miR-6872-3p、miR-718、miR-6769a-5p、miR-4707-3p、miR-6765-5p、miR-4739、miR-4525、miR-4270、miR-4534、miR-6785-5p、miR-6850-5p、miR-4697-5p、miR-1260a、miR-4486、miR-6880-5p、miR-6802-5p、miR-6861-5p、miR-92b-5p、miR-1238-5p、miR-6851-5p、miR-7704、miR-149-3p、miR-4689、miR-4688、miR-125a-3p、miR-23b-3p、miR-614、miR-1913、miR-16-5p、miR-6717-5p、miR-3648、miR-3162-5p、miR-1909-3p、miR-8073、miR-6769b-5p、miR-6836-3p、miR-4484、miR-6819-5p及びmiR-6794-5p、miR-575、miR-24-3p、miR-675-5p、miR-486-3p、miR-6777-5p、miR-4497、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-4731-5p、miR-6889-5p、miR-6786-5p、miR-92a-3p、miR-4294、miR-4763-3p、miR-6076、miR-663a、miR-760、miR-4667-5p、miR-6090、miR-4730、miR-7106-5p、miR-3196、miR-5698、miR-6087、miR-4665-5p、miR-8059及びmiR-6879-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1に記載のキット。
【請求項3】
食道がんマーカーであり、配列番号4で表される塩基配列からなる、miR-6857-5pのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、食道がんの検出用デバイス。
【請求項4】
前記デバイスが、別の食道がんマーカーであり、それぞれ配列番号2~3、5~7、9~214及び666~676で表され塩基配列からなる、miR-1247-3p、miR-6875-5p、miR-6726-5p、miR-3188、miR-8069、miR-1343-3p、miR-7108-5p、miR-6825-5p、miR-7641、miR-3185、miR-4746-3p、miR-6791-5p、miR-6893-5p、miR-4433b-3p、miR-3135b、miR-6781-5p、miR-1908-5p、miR-4792、miR-7845-5p、miR-4417、miR-3184-5p、miR-1225-5p、miR-1231、miR-1225-3p、miR-150-3p、miR-4433-3p、miR-6125、miR-4513、miR-6787-5p、miR-6784-5p、miR-615-5p、miR-6765-3p、miR-5572、miR-6842-5p、miR-8063、miR-6780b-5p、miR-187-5p、miR-128-1-5p、miR-6729-5p、miR-6741-5p、miR-6757-5p、miR-7110-5p、miR-7975、miR-1233-5p、miR-6845-5p、miR-3937、miR-4467、miR-7109-5p、miR-6088、miR-6782-5p、miR-5195-3p、miR-4454、miR-6724-5p、miR-8072、miR-4516、miR-6756-5p、miR-4665-3p、miR-6826-5p、miR-6820-5p、miR-6887-5p、miR-3679-5p、miR-7847-3p、miR-6721-5p、miR-3622a-5p、miR-939-5p、miR-602、miR-7977、miR-6749-5p、miR-1914-3p、miR-4651、miR-4695-5p、miR-6848-5p、miR-1228-3p、miR-642b-3p、miR-6746-5p、miR-3620-5p、miR-3131、miR-6732-5p、miR-7113-3p、miR-23a-3p、miR-3154、miR-4723-5p、miR-3663-3p、miR-4734、miR-6816-5p、miR-4442、miR-4476、miR-423-5p、miR-1249、miR-6515-3p、miR-887-3p、miR-4741、miR-6766-3p、miR-4673、miR-6779-5p、miR-4706、miR-1268b、miR-4632-5p、miR-3197、miR-6798-5p、miR-711、miR-6840-3p、miR-6763-5p、miR-6727-5p、miR-371a-5p、miR-6824-5p、miR-4648、miR-1227-5p、miR-564、miR-3679-3p、miR-2861、miR-6737-5p、miR-4725-3p、miR-6716-5p、miR-4675、miR-1915-3p、miR-671-5p、miR-3656、miR-6722-3p、miR-4707-5p、miR-4449、miR-1202、miR-4649-5p、miR-744-5p、miR-642a-3p、miR-451a、miR-6870-5p、miR-4443、miR-6808-5p、miR-4728-5p、miR-937-5p、miR-135a-3p、miR-663b、miR-1343-5p、miR-6822-5p、miR-6803-5p、miR-6805-3p、miR-128-2-5p、miR-4640-5p、miR-1469、miR-92a-2-5p、miR-3940-5p、miR-4281、miR-1260b、miR-4758-5p、miR-1915-5p、miR-5001-5p、miR-4286、miR-6126、miR-6789-5p、miR-4459、miR-1268a、miR-6752-5p、miR-6131、miR-6800-5p、miR-4532、miR-6872-3p、miR-718、miR-6769a-5p、miR-4707-3p、miR-6765-5p、miR-4739、miR-4525、miR-4270、miR-4534、miR-6785-5p、miR-6850-5p、miR-4697-5p、miR-1260a、miR-4486、miR-6880-5p、miR-6802-5p、miR-6861-5p、miR-92b-5p、miR-1238-5p、miR-6851-5p、miR-7704、miR-149-3p、miR-4689、miR-4688、miR-125a-3p、miR-23b-3p、miR-614、miR-1913、miR-16-5p、miR-6717-5p、miR-3648、miR-3162-5p、miR-1909-3p、miR-8073、miR-6769b-5p、miR-6836-3p、miR-4484、miR-6819-5p、miR-6794-5p、miR-575、miR-24-3p、miR-675-5p、miR-486-3p、miR-6777-5p、miR-4497、miR-296-3p、miR-6738-5p、miR-4731-5p、miR-6889-5p、miR-6786-5p、miR-92a-3p、miR-4294、miR-4763-3p、miR-6076、miR-663a、miR-760、miR-4667-5p、miR-6090、miR-4730、miR-7106-5p、miR-3196、miR-5698、miR-6087、miR-4665-5p、miR-8059及びmiR-6879-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項3に記載のデバイス。
【請求項5】
前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項3又は4に記載のデバイス。
【請求項6】
前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項5に記載のデバイス。
【請求項7】
請求項1に記載のキット又は請求項3若しくは請求項3に従属する請求項5又は6に記載のデバイスを用いて、被験体の検体におけるmiR-6857-5pの発現量を測定し、該測定された被験体の発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを比較して、被験体の発現量が健常体の発現量よりも高いときに、その被験体が食道がんに罹患していることをin vitroで評価する、食道がんの検出を補助する方法。
【請求項8】
前記被験体が、ヒトである、請求項7に記載の方法。
【請求項9】
前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項7又は8に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、被験体において食道がんへの罹患の有無の検査のために使用される、特定の
miRNAと特異的に結合可能な核酸を含む食道がんの検出用キット又はデバイス、及び
当該核酸を用いて当該miRNAの発現量を測定することを含む食道がんの検出方法に関
する。
【背景技術】
【0002】
食道は、口から胃へ食べ物を送る管状の臓器で、気管と背骨の間に位置する。食道の壁
は、内側から外側に向かって粘膜、粘膜下層、固有筋層、外膜の4つの層に分かれており
、食物を口から胃へ送るための機能をそれぞれ担う(非特許文献1)。国立研究開発法人
国立がん研究センターがん対策情報センターが開示する2012年の日本国内における部
位別のがんの統計によると、食道がんによる死亡者数は11,592人に上り、部位別が
ん死亡原因の第10位である。また、日本における食道がんによる死亡リスクは、男性の
方が女性よりも5.6倍高く、また、喫煙やアルコール摂取が食道がんのリスク因子とさ
れる(非特許文献1)。また、米国では、男性では125人に1人、女性では435人に
1人の割合で食道がんを発症すると言われており、2014年の推定食道がん罹患者数は
18,170人にも上り、そのうち約15,450人が死亡するとされる(非特許文献1
)。
【0003】
食道がんの進行度は非特許文献2に定められており、腫瘍の大きさ(Tis、T1~3
及びT4a~b)、リンパ節転移(N1~3)、遠隔転移(M0~1)などによってステ
ージ0(Tis/N0/M0)、ステージIA(T1/N0/M0)、ステージIB(T
2/N0/M0)、ステージIIA(T3/N0/M0)、ステージIIB(T1~2/
N1/M0)、ステージIIIA(T4a/N0/M0、T3/N1/M0、及び、T1
~2/N2/M0)、ステージIIIB(T3/N2/M0)、ステージIIIC(T4
a/N1~2/M0、T4b/M0、及び、N3/M0)、及び、ステージIV(M1)
に分類される。
【0004】
食道がんの5年相対生存率は、がんの進行度に大きく依存し、食道組織に限局したがん
では39%、隣接組織までに留まっているがんでは21%、遠隔転移したがんでは4%と
報告されている(非特許文献1)。したがって、食道がんを早期に発見することは生存率
の大幅な向上につながるため、早期発見を可能にする手段の提供が強く切望されている。
【0005】
食道がんの治療法は、がんの進行度と全身状態から決められ、主に内視鏡治療、手術、
放射線治療と抗がん剤がある。ある程度進行したがんでは、これらの治療を組み合わせて
それぞれの特徴を生かしながら相乗効果を出すための集学的治療が行われる(非特許文献
1)。また、ステージ0や1などの早期の食道がんでは、患者に負担の少ない内視鏡治療
や光線力学的治療が適応できる場合がある(非特許文献1)。
【0006】
非特許文献1によると、食道がんの一般的な検査はX線による食道造影検査と内視鏡検
査である。その他にがんの広がり具合を見るためにCT検査、MRI検査、内視鏡超音波
検査、超音波検査などを行う。これらの1次検査で食道がんが疑われる所見が出た場合に
は、2次検査として病変に針を刺して細胞や組織を採取し顕微鏡で調べる病理検査を実施
する。また、食道がん検出のための血中腫瘍マーカーには、例えば、CEAやSCCなど
が知られている(非特許文献3)。
【0007】
研究段階ではあるが、特許文献1に示されるように、血液をはじめとする生体サンプル
中のマイクロRNA(miRNA)の発現量、又はmiRNAの発現量と他のタンパク質
マーカーの発現量とを組み合わせることによって、食道がんを検出するという報告がある
。
【0008】
特許文献1には、血清中のmiR-663a、miR-92a-3p、miR-575
などのmiRNAを測定し、食道がんを検出する方法が示されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0009】
【文献】米国特許出願公開第2014/031246号明細書
【非特許文献】
【0010】
【文献】American Cancer Society「Esophagus Cancer」、2014年監修、p.2~8、19~20、29~41
【文献】Sobin,L.ら、「TNM Classification of Malignant Tumours 第7版 日本語版」2009年、p.63~68
【文献】Terada,T.ら、2013年、International Journal of Clinical and Experimental Medicine、第6(3)巻、p.219-26
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0011】
本発明の課題は、新規な食道がん腫瘍マーカーを見出し、当該マーカーに特異的に結合
可能な核酸を用いて食道がんを効果的に検出できる方法を提供することである。
【0012】
非特許文献1に記載されているように、食道がんの一般的な検査はX線による食道造影
検査と内視鏡検査である。しかしながら通常の検診では胃がんの検査に重点がおかれ、食
道は充分に観察されないことが多い。また、これらの検査が一般に普及された今日におい
ても、本国の食道がんによる死亡数は増加の一途を辿っており、必ずしも画像診断が食道
がんを抑制できているとは言えない。また、CT検査やMRI検査は、高性能で食道がん
を検出することが可能であるものの、特殊な装置が必要であり、検査費用も高価であるた
め、一次検査として広く普及するには不適である。
【0013】
食道がん検出のための血中腫瘍マーカーには、例えば、CEAやSCCなどが知られて
いるが(非特許文献3)、これらのマーカーは食道がん以外のがんでも上昇するなど、精
度上の問題があるため、その有用性は確立していない。もしもこれらのマーカーの使用に
より、他のがんを食道がんと誤診した場合、適切な治療の機会を逃したり、間違った医療
を適用することとなり、患者に不要な経済的、体力的負担を強いることになる。それ故に
、米国がん協会の食道がんのガイドにもこれらのマーカーに関する記載は無い(非特許文
献1)。
【0014】
また研究段階ではあるが血液をはじめとする生体サンプル中のマイクロRNA(miR
NA)の発現量を用いて食道がんを判別するという報告が下記のようにあるが、いずれも
実用化に至っていない。
【0015】
特許文献1には、血清中のmiR-663a、miR-92a-3p、miR-575
などのmiRNAを測定し、食道がんを検出する方法が示されている。具体的には健常者
12名と比較して食道がん患者16名の血清で変動するmiRNAリストが示されており
、そのmiRNAの発現量を測定し、食道がんかどうかを判別する。しかしながら、本検
出法は食道がんを判別する具体的な精度、感度、特異度などの検出性能についての実施例
及び記載がほとんどなく、産業的実用性に乏しい。唯一検証されているhsa-miR-
345はAUCが0.814であり、単独での食道がんの判別が難しいとの記載もある。
【0016】
このように、食道がんの検出において、既存の腫瘍マーカーはその性能が低いか、又は
研究段階のマーカーについては性能や検出の方法が具体的に示されていないため、これら
を利用した場合には、健常体を食道がん患者と誤検出することによる無駄な追加検査の実
施や、食道がん患者を見落とすことによる治療機会の逸失がおこる可能性がある。また、
数十個~数百個からなるmiRNAを測定することは検査費用を増大させるため、健康診
断のような大規模なスクリーニングには使用しづらい。さらに、腫瘍マーカーを測定する
ために食道組織を採取することは患者に与える侵襲性が高く好ましくないため、低侵襲に
採取できる血液からの検出が可能であり、かつ食道がん患者を食道がん患者として、また
健常体を健常体として、正しく判別できる、精度の高い食道がんマーカーが求められる。
特に、食道がんは早期に発見し治療することで、生存率を大幅に向上することができ、ま
た治療選択においても患者に負担の少ない内視鏡治療や光線力学的治療が適応に可能にな
ることから、進行度の低い食道がんでも検出できる感度の高い食道がんマーカーが切望さ
れている。
【課題を解決するための手段】
【0017】
本発明者らは上記課題を解決すべく鋭意検討の結果、血液から食道がんの検出マーカー
に使用可能な数個の遺伝子を見出し、これに特異的に結合可能な核酸を用いることにより
、食道がんを有意に検出できることを見いだし、本発明を完成するに至った。
<発明の概要>
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)食道がんマーカーである、miR-204-3p、miR-1247-3p、mi
R-6875-5p、miR-6857-5p、miR-6726-5p、miR-31
88、miR-8069、miR-4257、miR-1343-3p、miR-710
8-5p、miR-6825-5p、miR-7641、miR-3185、miR-4
746-3p、miR-6791-5p、miR-6893-5p、miR-4433b
-3p、miR-3135b、miR-6781-5p、miR-1908-5p、mi
R-4792、miR-7845-5p、miR-4417、miR-3184-5p、
miR-1225-5p、miR-1231、miR-1225-3p、miR-150
-3p、miR-4433-3p、miR-6125、miR-4513、miR-67
87-5p、miR-6784-5p、miR-615-5p、miR-6765-3p
、miR-5572、miR-6842-5p、miR-8063、miR-6780b
-5p、miR-187-5p、miR-128-1-5p、miR-6729-5p、
miR-6741-5p、miR-6757-5p、miR-7110-5p、miR-
7975、miR-1233-5p、miR-6845-5p、miR-3937、mi
R-4467、miR-7109-5p、miR-6088、miR-6782-5p、
miR-5195-3p、miR-4454、miR-6724-5p、miR-807
2、miR-4516、miR-6756-5p、miR-4665-3p、miR-6
826-5p、miR-6820-5p、miR-6887-5p、miR-3679-
5p、miR-7847-3p、miR-6721-5p、miR-3622a-5p、
miR-939-5p、miR-602、miR-7977、miR-6749-5p、
miR-1914-3p、miR-4651、miR-4695-5p、miR-684
8-5p、miR-1228-3p、miR-642b-3p、miR-6746-5p
、miR-3620-5p、miR-3131、miR-6732-5p、miR-71
13-3p、miR-23a-3p、miR-3154、miR-4723-5p、mi
R-3663-3p、miR-4734、miR-6816-5p、miR-4442、
miR-4476、miR-423-5p、miR-1249、miR-6515-3p
、miR-887-3p、miR-4741、miR-6766-3p、miR-467
3、miR-6779-5p、miR-4706、miR-1268b、miR-463
2-5p、miR-3197、miR-6798-5p、miR-711、miR-68
40-3p、miR-6763-5p、miR-6727-5p、miR-371a-5
p、miR-6824-5p、miR-4648、miR-1227-5p、miR-5
64、miR-3679-3p、miR-2861、miR-6737-5p、miR-
4725-3p、miR-6716-5p、miR-4675、miR-1915-3p
、miR-671-5p、miR-3656、miR-6722-3p、miR-470
7-5p、miR-4449、miR-1202、miR-4649-5p、miR-7
44-5p、miR-642a-3p、miR-451a、miR-6870-5p、m
iR-4443、miR-6808-5p、miR-4728-5p、miR-937-
5p、miR-135a-3p、miR-663b、miR-1343-5p、miR-
6822-5p、miR-6803-5p、miR-6805-3p、miR-128-
2-5p、miR-4640-5p、miR-1469、miR-92a-2-5p、m
iR-3940-5p、miR-4281、miR-1260b、miR-4758-5
p、miR-1915-5p、miR-5001-5p、miR-4286、miR-6
126、miR-6789-5p、miR-4459、miR-1268a、miR-6
752-5p、miR-6131、miR-6800-5p、miR-4532、miR
-6872-3p、miR-718、miR-6769a-5p、miR-4707-3
p、miR-6765-5p、miR-4739、miR-4525、miR-4270
、miR-4534、miR-6785-5p、miR-6850-5p、miR-46
97-5p、miR-1260a、miR-4486、miR-6880-5p、miR
-6802-5p、miR-6861-5p、miR-92b-5p、miR-1238
-5p、miR-6851-5p、miR-7704、miR-149-3p、miR-
4689、miR-4688、miR-125a-3p、miR-23b-3p、miR
-614、miR-1913、miR-16-5p、miR-6717-5p、miR-
3648、miR-3162-5p、miR-1909-3p、miR-8073、mi
R-6769b-5p、miR-6836-3p、miR-4484、miR-6819
-5p及びmiR-6794-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌク
レオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、食道がんの検出用キット。
(2)miR-204-3pがhsa-miR-204-3pであり、miR-1247
-3pがhsa-miR-1247-3pであり、miR-6875-5pがhsa-m
iR-6875-5pであり、miR-6857-5pがhsa-miR-6857-5
pであり、miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、miR-
3188がhsa-miR-3188であり、miR-8069がhsa-miR-80
69であり、miR-4257がhsa-miR-4257であり、miR-1343-
3pがhsa-miR-1343-3pであり、miR-7108-5pがhsa-mi
R-7108-5pであり、miR-6825-5pがhsa-miR-6825-5p
であり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-3185がhs
a-miR-3185であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3
pであり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR-
6893-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-4433b-3pが
hsa-miR-4433b-3pであり、miR-3135bがhsa-miR-31
35bであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、mi
R-1908-5pがhsa-miR-1908-5pであり、miR-4792がhs
a-miR-4792であり、miR-7845-5pがhsa-miR-7845-5
pであり、miR-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3184-5
pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-1225-5pがhsa-miR
-1225-5pであり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、miR
-1225-3pがhsa-miR-1225-3pであり、miR-150-3pがh
sa-miR-150-3pであり、miR-4433-3pがhsa-miR-443
3-3pであり、miR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-451
3がhsa-miR-4513であり、miR-6787-5pがhsa-miR-67
87-5pであり、miR-6784-5pがhsa-miR-6784-5pであり、
miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-6765-3p
がhsa-miR-6765-3pであり、miR-5572がhsa-miR-557
2であり、miR-6842-5pがhsa-miR-6842-5pであり、miR-
8063がhsa-miR-8063であり、miR-6780b-5pがhsa-mi
R-6780b-5pであり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pで
あり、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-
6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-6741-5pがh
sa-miR-6741-5pであり、miR-6757-5pがhsa-miR-67
57-5pであり、miR-7110-5pがhsa-miR-7110-5pであり、
miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-1233-5pがhsa
-miR-1233-5pであり、miR-6845-5pがhsa-miR-6845
-5pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-4467
がhsa-miR-4467であり、miR-7109-5pがhsa-miR-710
9-5pであり、miR-6088がhsa-miR-6088であり、miR-678
2-5pがhsa-miR-6782-5pであり、miR-5195-3pがhsa-
miR-5195-3pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり、
miR-6724-5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-8072が
hsa-miR-8072であり、miR-4516がhsa-miR-4516であり
、miR-6756-5pがhsa-miR-6756-5pであり、miR-4665
-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-6826-5pがhsa-m
iR-6826-5pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5
pであり、miR-6887-5pがhsa-miR-6887-5pであり、miR-
3679-5pがhsa-miR-3679-5pであり、miR-7847-3pがh
sa-miR-7847-3pであり、miR-6721-5pがhsa-miR-67
21-5pであり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであ
り、miR-939-5pがhsa-miR-939-5pであり、miR-602がh
sa-miR-602であり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、m
iR-6749-5pがhsa-miR-6749-5pであり、miR-1914-3
pがhsa-miR-1914-3pであり、miR-4651がhsa-miR-46
51であり、miR-4695-5pがhsa-miR-4695-5pであり、miR
-6848-5pがhsa-miR-6848-5pであり、miR-1228-3pが
hsa-miR-1228-3pであり、miR-642b-3pがhsa-miR-6
42b-3pであり、miR-6746-5pがhsa-miR-6746-5pであり
、miR-3620-5pがhsa-miR-3620-5pであり、miR-3131
がhsa-miR-3131であり、miR-6732-5pがhsa-miR-673
2-5pであり、miR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、m
iR-23a-3pがhsa-miR-23a-3pであり、miR-3154がhsa
-miR-3154であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5p
であり、miR-3663-3pがhsa-miR-3663-3pであり、miR-4
734がhsa-miR-4734であり、miR-6816-5pがhsa-miR-
6816-5pであり、miR-4442がhsa-miR-4442であり、miR-
4476がhsa-miR-4476であり、miR-423-5pがhsa-miR-
423-5pであり、miR-1249がhsa-miR-1249であり、miR-6
515-3pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-887-3pがhsa
-miR-887-3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、
miR-6766-3pがhsa-miR-6766-3pであり、miR-4673が
hsa-miR-4673であり、miR-6779-5pがhsa-miR-6779
-5pであり、miR-4706がhsa-miR-4706であり、miR-1268
bがhsa-miR-1268bであり、miR-4632-5pがhsa-miR-4
632-5pであり、miR-3197がhsa-miR-3197であり、miR-6
798-5pがhsa-miR-6798-5pであり、miR-711がhsa-mi
R-711であり、miR-6840-3pがhsa-miR-6840-3pであり、
miR-6763-5pがhsa-miR-6763-5pであり、miR-6727-
5pがhsa-miR-6727-5pであり、miR-371a-5pがhsa-mi
R-371a-5pであり、miR-6824-5pがhsa-miR-6824-5p
であり、miR-4648がhsa-miR-4648であり、miR-1227-5p
がhsa-miR-1227-5pであり、miR-564がhsa-miR-564で
あり、miR-3679-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-28
61がhsa-miR-2861であり、miR-6737-5pがhsa-miR-6
737-5pであり、miR-4725-3pがhsa-miR-4725-3pであり
、miR-6716-5pがhsa-miR-6716-5pであり、miR-4675
がhsa-miR-4675であり、miR-1915-3pがhsa-miR-191
5-3pであり、miR-671-5pがhsa-miR-671-5pであり、miR
-3656がhsa-miR-3656であり、miR-6722-3pがhsa-mi
R-6722-3pであり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5p
であり、miR-4449がhsa-miR-4449であり、miR-1202がhs
a-miR-1202であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-5
pであり、miR-744-5pがhsa-miR-744-5pであり、miR-64
2a-3pがhsa-miR-642a-3pであり、miR-451aがhsa-mi
R-451aであり、miR-6870-5pがhsa-miR-6870-5pであり
、miR-4443がhsa-miR-4443であり、miR-6808-5pがhs
a-miR-6808-5pであり、miR-4728-5pがhsa-miR-472
8-5pであり、miR-937-5pがhsa-miR-937-5pであり、miR
-135a-3pがhsa-miR-135a-3pであり、miR-663bがhsa
-miR-663bであり、miR-1343-5pがhsa-miR-1343-5p
であり、miR-6822-5pがhsa-miR-6822-5pであり、miR-6
803-5pがhsa-miR-6803-5pであり、miR-6805-3pがhs
a-miR-6805-3pであり、miR-128-2-5pがhsa-miR-12
8-2-5pであり、miR-4640-5pがhsa-miR-4640-5pであり
、miR-1469がhsa-miR-1469であり、miR-92a-2-5pがh
sa-miR-92a-2-5pであり、miR-3940-5pがhsa-miR-3
940-5pであり、miR-4281がhsa-miR-4281であり、miR-1
260bがhsa-miR-1260bであり、miR-4758-5pがhsa-mi
R-4758-5pであり、miR-1915-5pがhsa-miR-1915-5p
であり、miR-5001-5pがhsa-miR-5001-5pであり、miR-4
286がhsa-miR-4286であり、miR-6126がhsa-miR-612
6であり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-
4459がhsa-miR-4459であり、miR-1268aがhsa-miR-1
268aであり、miR-6752-5pがhsa-miR-6752-5pであり、m
iR-6131がhsa-miR-6131であり、miR-6800-5pがhsa-
miR-6800-5pであり、miR-4532がhsa-miR-4532であり、
miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-718がh
sa-miR-718であり、miR-6769a-5pがhsa-miR-6769a
-5pであり、miR-4707-3pがhsa-miR-4707-3pであり、mi
R-6765-5pがhsa-miR-6765-5pであり、miR-4739がhs
a-miR-4739であり、miR-4525がhsa-miR-4525であり、m
iR-4270がhsa-miR-4270であり、miR-4534がhsa-miR
-4534であり、miR-6785-5pがhsa-miR-6785-5pであり、
miR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-4697-
5pがhsa-miR-4697-5pであり、miR-1260aがhsa-miR-
1260aであり、miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-68
80-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-6802-5pがhsa
-miR-6802-5pであり、miR-6861-5pがhsa-miR-6861
-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR-
1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-6851-5pがh
sa-miR-6851-5pであり、miR-7704がhsa-miR-7704で
あり、miR-149-3pがhsa-miR-149-3pであり、miR-4689
がhsa-miR-4689であり、miR-4688がhsa-miR-4688であ
り、miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-23b
-3pがhsa-miR-23b-3pであり、miR-614がhsa-miR-61
4であり、miR-1913がhsa-miR-1913であり、miR-16-5pが
hsa-miR-16-5pであり、miR-6717-5pがhsa-miR-671
7-5pであり、miR-3648がhsa-miR-3648であり、miR-316
2-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-1909-3pがhsa-
miR-1909-3pであり、miR-8073がhsa-miR-8073であり、
miR-6769b-5pがhsa-miR-6769b-5pであり、miR-683
6-3pがhsa-miR-6836-3pであり、miR-4484がhsa-miR
-4484であり、miR-6819-5pがhsa-miR-6819-5pであり、
及び、miR-6794-5pがhsa-miR-6794-5pである、(1)に記載
のキット。
(3)前記核酸が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチ
ド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列から
なるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むそ
の断片、
(d)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含
むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
(4)前記キットが、別の食道がんマーカーであるmiR-575及びmiR-24-3
pからなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(1)~(3)の
いずれかに記載のキット。
(5)miR-575がhsa-miR-575であり、miR-24-3pがhsa-
miR-24-3pである、(4)に記載のキット。
(6)前記核酸が、下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の
連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導
体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
(7)前記キットが、別の食道がんマーカーである、miR-675-5p、miR-4
86-3p、miR-6777-5p、miR-4497、miR-296-3p、mi
R-6738-5p、miR-4731-5p、miR-6889-5p、miR-67
86-5p、miR-92a-3p、miR-4294、miR-4763-3p、mi
R-6076、miR-663a、miR-760、miR-4667-5p、miR-
6090、miR-4730、miR-7106-5p、miR-3196、miR-5
698、miR-6087、miR-4665-5p、miR-8059及びmiR-6
879-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結
合可能な核酸をさらに含む、(1)~(6)のいずれかに記載のキット。
(8)miR-675-5pがhsa-miR-675-5pであり、miR-486-
3pがhsa-miR-486-3pであり、miR-6777-5pがhsa-miR
-6777-5pであり、miR-4497がhsa-miR-4497であり、miR
-296-3pがhsa-miR-296-3pであり、miR-6738-5pがhs
a-miR-6738-5pであり、miR-4731-5pがhsa-miR-473
1-5pであり、miR-6889-5pがhsa-miR-6889-5pであり、m
iR-6786-5pがhsa-miR-6786-5pであり、miR-92a-3p
がhsa-miR-92a-3pであり、miR-4294がhsa-miR-4294
であり、miR-4763-3pがhsa-miR-4763-3pであり、miR-6
076がhsa-miR-6076であり、miR-663aがhsa-miR-663
aであり、miR-760がhsa-miR-760であり、miR-4667-5pが
hsa-miR-4667-5pであり、miR-6090がhsa-miR-6090
であり、miR-4730がhsa-miR-4730であり、miR-7106-5p
がhsa-miR-7106-5pであり、miR-3196がhsa-miR-319
6であり、miR-5698がhsa-miR-5698であり、miR-6087がh
sa-miR-6087であり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665-
5pであり、miR-8059がhsa-miR-8059であり、及び、miR-68
79-5pがhsa-miR-6879-5pである、(7)に記載のキット。
(9)前記核酸が、下記の(k)~(o)に示すポリヌクレオチド:
(k)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は1
5以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、
その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(7)又は(8)に記載のキット。
(10)前記キットが、(1)又は(2)に記載のすべての食道がんマーカーから選択さ
れる少なくとも2つのポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2つ
の核酸を含む、(1)から(9)のいずれかに記載のキット。
(11)食道がんマーカーである、miR-204-3p、miR-1247-3p、m
iR-6875-5p、miR-6857-5p、miR-6726-5p、miR-3
188、miR-8069、miR-4257、miR-1343-3p、miR-71
08-5p、miR-6825-5p、miR-7641、miR-3185、miR-
4746-3p、miR-6791-5p、miR-6893-5p、miR-4433
b-3p、miR-3135b、miR-6781-5p、miR-1908-5p、m
iR-4792、miR-7845-5p、miR-4417、miR-3184-5p
、miR-1225-5p、miR-1231、miR-1225-3p、miR-15
0-3p、miR-4433-3p、miR-6125、miR-4513、miR-6
787-5p、miR-6784-5p、miR-615-5p、miR-6765-3
p、miR-5572、miR-6842-5p、miR-8063、miR-6780
b-5p、miR-187-5p、miR-128-1-5p、miR-6729-5p
、miR-6741-5p、miR-6757-5p、miR-7110-5p、miR
-7975、miR-1233-5p、miR-6845-5p、miR-3937、m
iR-4467、miR-7109-5p、miR-6088、miR-6782-5p
、miR-5195-3p、miR-4454、miR-6724-5p、miR-80
72、miR-4516、miR-6756-5p、miR-4665-3p、miR-
6826-5p、miR-6820-5p、miR-6887-5p、miR-3679
-5p、miR-7847-3p、miR-6721-5p、miR-3622a-5p
、miR-939-5p、miR-602、miR-7977、miR-6749-5p
、miR-1914-3p、miR-4651、miR-4695-5p、miR-68
48-5p、miR-1228-3p、miR-642b-3p、miR-6746-5
p、miR-3620-5p、miR-3131、miR-6732-5p、miR-7
113-3p、miR-23a-3p、miR-3154、miR-4723-5p、m
iR-3663-3p、miR-4734、miR-6816-5p、miR-4442
、miR-4476、miR-423-5p、miR-1249、miR-6515-3
p、miR-887-3p、miR-4741、miR-6766-3p、miR-46
73、miR-6779-5p、miR-4706、miR-1268b、miR-46
32-5p、miR-3197、miR-6798-5p、miR-711、miR-6
840-3p、miR-6763-5p、miR-6727-5p、miR-371a-
5p、miR-6824-5p、miR-4648、miR-1227-5p、miR-
564、miR-3679-3p、miR-2861、miR-6737-5p、miR
-4725-3p、miR-6716-5p、miR-4675、miR-1915-3
p、miR-671-5p、miR-3656、miR-6722-3p、miR-47
07-5p、miR-4449、miR-1202、miR-4649-5p、miR-
744-5p、miR-642a-3p、miR-451a、miR-6870-5p、
miR-4443、miR-6808-5p、miR-4728-5p、miR-937
-5p、miR-135a-3p、miR-663b、miR-1343-5p、miR
-6822-5p、miR-6803-5p、miR-6805-3p、miR-128
-2-5p、miR-4640-5p、miR-1469、miR-92a-2-5p、
miR-3940-5p、miR-4281、miR-1260b、miR-4758-
5p、miR-1915-5p、miR-5001-5p、miR-4286、miR-
6126、miR-6789-5p、miR-4459、miR-1268a、miR-
6752-5p、miR-6131、miR-6800-5p、miR-4532、mi
R-6872-3p、miR-718、miR-6769a-5p、miR-4707-
3p、miR-6765-5p、miR-4739、miR-4525、miR-427
0、miR-4534、miR-6785-5p、miR-6850-5p、miR-4
697-5p、miR-1260a、miR-4486、miR-6880-5p、mi
R-6802-5p、miR-6861-5p、miR-92b-5p、miR-123
8-5p、miR-6851-5p、miR-7704、miR-149-3p、miR
-4689、miR-4688、miR-125a-3p、miR-23b-3p、mi
R-614、miR-1913、miR-16-5p、miR-6717-5p、miR
-3648、miR-3162-5p、miR-1909-3p、miR-8073、m
iR-6769b-5p、miR-6836-3p、miR-4484、miR-681
9-5p及びmiR-6794-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌ
クレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、食道がんの検出用デバイス。
(12)miR-204-3pがhsa-miR-204-3pであり、miR-124
7-3pがhsa-miR-1247-3pであり、miR-6875-5pがhsa-
miR-6875-5pであり、miR-6857-5pがhsa-miR-6857-
5pであり、miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、miR
-3188がhsa-miR-3188であり、miR-8069がhsa-miR-8
069であり、miR-4257がhsa-miR-4257であり、miR-1343
-3pがhsa-miR-1343-3pであり、miR-7108-5pがhsa-m
iR-7108-5pであり、miR-6825-5pがhsa-miR-6825-5
pであり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-3185がh
sa-miR-3185であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-
3pであり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR
-6893-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-4433b-3p
がhsa-miR-4433b-3pであり、miR-3135bがhsa-miR-3
135bであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、m
iR-1908-5pがhsa-miR-1908-5pであり、miR-4792がh
sa-miR-4792であり、miR-7845-5pがhsa-miR-7845-
5pであり、miR-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3184-
5pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-1225-5pがhsa-mi
R-1225-5pであり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、mi
R-1225-3pがhsa-miR-1225-3pであり、miR-150-3pが
hsa-miR-150-3pであり、miR-4433-3pがhsa-miR-44
33-3pであり、miR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-45
13がhsa-miR-4513であり、miR-6787-5pがhsa-miR-6
787-5pであり、miR-6784-5pがhsa-miR-6784-5pであり
、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-6765-3
pがhsa-miR-6765-3pであり、miR-5572がhsa-miR-55
72であり、miR-6842-5pがhsa-miR-6842-5pであり、miR
-8063がhsa-miR-8063であり、miR-6780b-5pがhsa-m
iR-6780b-5pであり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5p
であり、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR
-6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-6741-5pが
hsa-miR-6741-5pであり、miR-6757-5pがhsa-miR-6
757-5pであり、miR-7110-5pがhsa-miR-7110-5pであり
、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-1233-5pがhs
a-miR-1233-5pであり、miR-6845-5pがhsa-miR-684
5-5pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-446
7がhsa-miR-4467であり、miR-7109-5pがhsa-miR-71
09-5pであり、miR-6088がhsa-miR-6088であり、miR-67
82-5pがhsa-miR-6782-5pであり、miR-5195-3pがhsa
-miR-5195-3pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり
、miR-6724-5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-8072
がhsa-miR-8072であり、miR-4516がhsa-miR-4516であ
り、miR-6756-5pがhsa-miR-6756-5pであり、miR-466
5-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-6826-5pがhsa-
miR-6826-5pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-
5pであり、miR-6887-5pがhsa-miR-6887-5pであり、miR
-3679-5pがhsa-miR-3679-5pであり、miR-7847-3pが
hsa-miR-7847-3pであり、miR-6721-5pがhsa-miR-6
721-5pであり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pで
あり、miR-939-5pがhsa-miR-939-5pであり、miR-602が
hsa-miR-602であり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、
miR-6749-5pがhsa-miR-6749-5pであり、miR-1914-
3pがhsa-miR-1914-3pであり、miR-4651がhsa-miR-4
651であり、miR-4695-5pがhsa-miR-4695-5pであり、mi
R-6848-5pがhsa-miR-6848-5pであり、miR-1228-3p
がhsa-miR-1228-3pであり、miR-642b-3pがhsa-miR-
642b-3pであり、miR-6746-5pがhsa-miR-6746-5pであ
り、miR-3620-5pがhsa-miR-3620-5pであり、miR-313
1がhsa-miR-3131であり、miR-6732-5pがhsa-miR-67
32-5pであり、miR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、
miR-23a-3pがhsa-miR-23a-3pであり、miR-3154がhs
a-miR-3154であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5
pであり、miR-3663-3pがhsa-miR-3663-3pであり、miR-
4734がhsa-miR-4734であり、miR-6816-5pがhsa-miR
-6816-5pであり、miR-4442がhsa-miR-4442であり、miR
-4476がhsa-miR-4476であり、miR-423-5pがhsa-miR
-423-5pであり、miR-1249がhsa-miR-1249であり、miR-
6515-3pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-887-3pがhs
a-miR-887-3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり
、miR-6766-3pがhsa-miR-6766-3pであり、miR-4673
がhsa-miR-4673であり、miR-6779-5pがhsa-miR-677
9-5pであり、miR-4706がhsa-miR-4706であり、miR-126
8bがhsa-miR-1268bであり、miR-4632-5pがhsa-miR-
4632-5pであり、miR-3197がhsa-miR-3197であり、miR-
6798-5pがhsa-miR-6798-5pであり、miR-711がhsa-m
iR-711であり、miR-6840-3pがhsa-miR-6840-3pであり
、miR-6763-5pがhsa-miR-6763-5pであり、miR-6727
-5pがhsa-miR-6727-5pであり、miR-371a-5pがhsa-m
iR-371a-5pであり、miR-6824-5pがhsa-miR-6824-5
pであり、miR-4648がhsa-miR-4648であり、miR-1227-5
pがhsa-miR-1227-5pであり、miR-564がhsa-miR-564
であり、miR-3679-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-2
861がhsa-miR-2861であり、miR-6737-5pがhsa-miR-
6737-5pであり、miR-4725-3pがhsa-miR-4725-3pであ
り、miR-6716-5pがhsa-miR-6716-5pであり、miR-467
5がhsa-miR-4675であり、miR-1915-3pがhsa-miR-19
15-3pであり、miR-671-5pがhsa-miR-671-5pであり、mi
R-3656がhsa-miR-3656であり、miR-6722-3pがhsa-m
iR-6722-3pであり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5
pであり、miR-4449がhsa-miR-4449であり、miR-1202がh
sa-miR-1202であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-
5pであり、miR-744-5pがhsa-miR-744-5pであり、miR-6
42a-3pがhsa-miR-642a-3pであり、miR-451aがhsa-m
iR-451aであり、miR-6870-5pがhsa-miR-6870-5pであ
り、miR-4443がhsa-miR-4443であり、miR-6808-5pがh
sa-miR-6808-5pであり、miR-4728-5pがhsa-miR-47
28-5pであり、miR-937-5pがhsa-miR-937-5pであり、mi
R-135a-3pがhsa-miR-135a-3pであり、miR-663bがhs
a-miR-663bであり、miR-1343-5pがhsa-miR-1343-5
pであり、miR-6822-5pがhsa-miR-6822-5pであり、miR-
6803-5pがhsa-miR-6803-5pであり、miR-6805-3pがh
sa-miR-6805-3pであり、miR-128-2-5pがhsa-miR-1
28-2-5pであり、miR-4640-5pがhsa-miR-4640-5pであ
り、miR-1469がhsa-miR-1469であり、miR-92a-2-5pが
hsa-miR-92a-2-5pであり、miR-3940-5pがhsa-miR-
3940-5pであり、miR-4281がhsa-miR-4281であり、miR-
1260bがhsa-miR-1260bであり、miR-4758-5pがhsa-m
iR-4758-5pであり、miR-1915-5pがhsa-miR-1915-5
pであり、miR-5001-5pがhsa-miR-5001-5pであり、miR-
4286がhsa-miR-4286であり、miR-6126がhsa-miR-61
26であり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR
-4459がhsa-miR-4459であり、miR-1268aがhsa-miR-
1268aであり、miR-6752-5pがhsa-miR-6752-5pであり、
miR-6131がhsa-miR-6131であり、miR-6800-5pがhsa
-miR-6800-5pであり、miR-4532がhsa-miR-4532であり
、miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-718が
hsa-miR-718であり、miR-6769a-5pがhsa-miR-6769
a-5pであり、miR-4707-3pがhsa-miR-4707-3pであり、m
iR-6765-5pがhsa-miR-6765-5pであり、miR-4739がh
sa-miR-4739であり、miR-4525がhsa-miR-4525であり、
miR-4270がhsa-miR-4270であり、miR-4534がhsa-mi
R-4534であり、miR-6785-5pがhsa-miR-6785-5pであり
、miR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-4697
-5pがhsa-miR-4697-5pであり、miR-1260aがhsa-miR
-1260aであり、miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-6
880-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-6802-5pがhs
a-miR-6802-5pであり、miR-6861-5pがhsa-miR-686
1-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR
-1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-6851-5pが
hsa-miR-6851-5pであり、miR-7704がhsa-miR-7704
であり、miR-149-3pがhsa-miR-149-3pであり、miR-468
9がhsa-miR-4689であり、miR-4688がhsa-miR-4688で
あり、miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-23
b-3pがhsa-miR-23b-3pであり、miR-614がhsa-miR-6
14であり、miR-1913がhsa-miR-1913であり、miR-16-5p
がhsa-miR-16-5pであり、miR-6717-5pがhsa-miR-67
17-5pであり、miR-3648がhsa-miR-3648であり、miR-31
62-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-1909-3pがhsa
-miR-1909-3pであり、miR-8073がhsa-miR-8073であり
、miR-6769b-5pがhsa-miR-6769b-5pであり、miR-68
36-3pがhsa-miR-6836-3pであり、miR-4484がhsa-mi
R-4484であり、miR-6819-5pがhsa-miR-6819-5pであり
、及び、miR-6794-5pがhsa-miR-6794-5pである、(11)に
記載のデバイス。
(13)前記核酸が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチ
ド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列から
なるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むそ
の断片、
(d)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含
むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバ
イス。
(14)前記デバイスが、別の食道がんマーカーである、miR-575及びmiR-2
4-3pからなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(11)~
(13)のいずれかに記載のデバイス。
(15)、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-24-3pがhs
a-miR-24-3pである、(14)に記載のデバイス。
(16)前記核酸が、下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の
連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導
体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(14)又は(15)に記載のデバ
イス。
(17)前記デバイスが、別の食道がんマーカーである、miR-675-5p、miR
-486-3p、miR-6777-5p、miR-4497、miR-296-3p、
miR-6738-5p、miR-4731-5p、miR-6889-5p、miR-
6786-5p、miR-92a-3p、miR-4294、miR-4763-3p、
miR-6076、miR-663a、miR-760、miR-4667-5p、mi
R-6090、miR-4730、miR-7106-5p、miR-3196、miR
-5698、miR-6087、miR-4665-5p、miR-8059及びmiR
-6879-5pからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的
に結合可能な核酸をさらに含む、(11)~(16)のいずれかに記載のデバイス。
(18)miR-675-5pがhsa-miR-675-5pであり、miR-486
-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR-6777-5pがhsa-mi
R-6777-5pであり、miR-4497がhsa-miR-4497であり、mi
R-296-3pがhsa-miR-296-3pであり、miR-6738-5pがh
sa-miR-6738-5pであり、miR-4731-5pがhsa-miR-47
31-5pであり、miR-6889-5pがhsa-miR-6889-5pであり、
miR-6786-5pがhsa-miR-6786-5pであり、miR-92a-3
pがhsa-miR-92a-3pであり、miR-4294がhsa-miR-429
4であり、miR-4763-3pがhsa-miR-4763-3pであり、miR-
6076がhsa-miR-6076であり、miR-663aがhsa-miR-66
3aであり、miR-760がhsa-miR-760であり、miR-4667-5p
がhsa-miR-4667-5pであり、miR-6090がhsa-miR-609
0であり、miR-4730がhsa-miR-4730であり、miR-7106-5
pがhsa-miR-7106-5pであり、miR-3196がhsa-miR-31
96であり、miR-5698がhsa-miR-5698であり、miR-6087が
hsa-miR-6087であり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665
-5pであり、miR-8059がhsa-miR-8059であり、及び、miR-6
879-5pがhsa-miR-6879-5pである、(17)に記載のデバイス。
(19)前記核酸が、下記の(k)~(o)に示すポリヌクレオチド:
(k)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は1
5以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、
その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(17)又は(18)に記載のデバ
イス。
(20)前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスであ
る、(11)~(19)のいずれかに記載のデバイス。
(21)前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、(20)に記載の
デバイス。
(22)前記デバイスが、(11)又は(12)に記載のすべての食道がんマーカーから
選択される少なくとも2つのポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくと
も2つの核酸を含む、(11)~(21)のいずれかに記載のデバイス。
(23)(1)~(10)のいずれかに記載のキット又は(11)~(22)のいずれか
に記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定さ
れた発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて被験体が食道がんに罹患
していること、又は食道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを
含む、食道がんの検出方法。
(24)前記被験体が、ヒトである、(23)に記載の方法。
(25)前記検体が、血液、血清又は血漿である、(23)又は(24)に記載の方法。
<用語の定義>
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
【0018】
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、DNA、RNAなどの略号による表示は、「塩基配
列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(日本国特許庁編)及
び当技術分野における慣用に従うものとする。
【0019】
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、RNA、DNA、及びRNA/DNA(
キメラ)のいずれも包含する核酸に対して用いられる。なお、上記DNAには、cDNA
、ゲノムDNA、及び合成DNAのいずれもが含まれる。また上記RNAには、tota
l RNA、mRNA、rRNA、miRNA、siRNA、snoRNA、snRNA
、非コーディング(non-coding)RNA及び合成RNAのいずれもが含まれる
。本明細書において「合成DNA」及び「合成RNA」は、所定の塩基配列(天然型配列
又は非天然型配列のいずれでもよい。)に基づいて、例えば自動核酸合成機を用いて、人
工的に作製されたDNA及びRNAをいう。本明細書において「非天然型配列」は、広義
の意味に用いることを意図しており、天然型配列と異なる、例えば、1以上のヌクレオチ
ドの置換、欠失、挿入及び/又は付加を含む配列(すなわち、変異配列)、1以上の修飾
ヌクレオチドを含む配列(すなわち、修飾配列)、などを包含する。また、本明細書では
、ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
【0020】
本明細書において「断片」とは、ポリヌクレオチドの連続した一部分の塩基配列を有す
るポリヌクレオチドであり、15塩基以上、好ましくは17塩基以上、より好ましくは1
9塩基以上の長さを有することが望ましい。
【0021】
本明細書において「遺伝子」とは、RNA、及び2本鎖DNAのみならず、それを構成
する正鎖(又はセンス鎖)又は相補鎖(又はアンチセンス鎖)などの各1本鎖DNAを包
含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。
したがって、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムDNAを
含む2本鎖DNA、1本鎖DNA(正鎖)、当該正鎖と相補的な配列を有する1本鎖DN
A(相補鎖。cDNAを含む。)、マイクロRNA(miRNA)、及びこれらの断片、
及びそれらの転写産物のいずれも含む。また当該「遺伝子」は特定の塩基配列(又は配列
番号)で表される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるRNAと生物学
的機能が同等であるRNA、例えば同族体(すなわち、ホモログもしくはオーソログ)、
遺伝子多型などの変異体、及び誘導体をコードする「核酸」を包含する。かかる同族体、
変異体又は誘導体をコードする「核酸」としては、具体的には、後に記載したストリンジ
ェントな条件下で、配列番号1~700のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩
基配列においてuがtである塩基配列、の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有す
る「核酸」を挙げることができる。なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではな
く、例えば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。ま
た、「遺伝子」は細胞に含まれていてもよく、細胞外に放出されて単独で存在していても
よく、またエキソソームと呼ばれる小胞に内包された状態にあってもよい。
【0022】
本明細書において「エキソソーム」は、細胞から分泌される脂質二重膜に包まれた小胞
である。エキソソームは多胞エンドソームに由来し、細胞外環境に放出される際にRNA
、DNA等の「遺伝子」やタンパク質などの生体物質を内部に含むことがある。エキソソ
ームは血液、血清、血漿、リンパ液等の体液に含まれることが知られている。また、エキ
ソソームは、一般的に「エクソソーム」と呼ばれることもある。
【0023】
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のDNA配列を鋳型にして合成されたRN
Aのことをいう。RNAポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位
に結合し、DNAの塩基配列に相補的になるように3’末端にリボヌクレオチドを結合さ
せていく形でRNAが合成される。このRNAには遺伝子そのもののみならず、発現制御
領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリA配列の
末端にいたるまでの全配列が含まれる。
【0024】
また、本明細書において「マイクロRNA(miRNA)」は、特に言及しない限り、
ヘアピン様構造のRNA前駆体として転写され、RNase III切断活性を有するd
sRNA切断酵素により切断され、RISCと称するタンパク質複合体に取り込まれ、m
RNAの翻訳抑制に関与する15~25塩基の非コーディングRNAを意図して用いられ
る。
【0025】
また本明細書で使用する「miRNA」は特定の塩基配列(又は配列番号)で表される
「miRNA」だけではなく、当該「miRNA」の前駆体(pre-miRNA、pr
i-miRNA)、これらと生物学的機能が同等であるmiRNA、例えば同族体(すな
わち、ホモログもしくはオーソログ)、遺伝子多型などの変異体、及び誘導体も包含する
。かかる前駆体、同族体、変異体又は誘導体としては、具体的には、miRBase r
elease 20(http://www.mirbase.org/)により同定す
ることができ、後に記載したストリンジェントな条件下で、配列番号1~700のいずれ
かで表されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する
「miRNA」を挙げることができる。さらにまた、本明細書で使用する「miRNA」
は、miR遺伝子の遺伝子産物であってもよく、そのような遺伝子産物は、成熟miRN
A(例えば、上記のようなmRNAの翻訳抑制に関与する15~25塩基、又は19~2
5塩基、の非コーディングRNA)又はmiRNA前駆体(例えば、前記のようなpre
-miRNA又はpri-miRNA)を包含する。
【0026】
本明細書において「プローブ」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに由
来するポリヌクレオチドを特異的に検出するために使用されるポリヌクレオチド及び/又
はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
【0027】
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに
由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅するポリヌクレオチド及び/又はそれ
に相補的なポリヌクレオチドを包含する。ここで相補的なポリヌクレオチド(相補鎖、逆
鎖)とは、配列番号1~700のいずれかによって定義される塩基配列、もしくは当該塩
基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその
部分配列、(ここでは便宜上、これを正鎖と呼ぶ)に対してA:T(U)、G:Cといっ
た塩基対関係に基づいて、塩基的に相補的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。た
だし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限
らず、対象とする正鎖とストリンジェントな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係
を有するものであってもよい。
【0028】
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、核酸プローブが他の配列に対する
よりも大きな程度(例えばバックグラウンド測定値の平均+バックグラウンド測定値の標
準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ス
トリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によ
って異なる。ハイブリダイゼーション及び/又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御す
ることにより、核酸プローブに対して100%相補的である標的配列が同定され得る。「
ストリンジェントな条件」の具体例は、後述する。
【0029】
本明細書において「Tm値」とは、ポリヌクレオチドの二本鎖部分が一本鎖へと変性し
、二本鎖と一本鎖が1:1の比で存在する温度を意味する。
【0030】
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異などに起因した天然
の変異体、あるいは配列番号1~700のいずれかの塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、又はその部分配列において1又は2以上の塩基の欠失、置
換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは当該塩基配列の各々又はその部分配列と約90
%以上、約95%以上、約97%以上、約98%以上、約99%以上の同一性を示す変異
体、あるいは当該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオ
チドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味する。
【0031】
本明細書において「複数個」とは、約10、9、8、7、6、5、4、3又は2個の整
数を意味する。
【0032】
本明細書において、変異体は、部位特異的突然変異誘発法、PCR法を利用した突然変
異導入法などの周知の技術を用いて作製可能である。
【0033】
本明細書において「同一性」は、上記のBLASTやFASTAによるタンパク質又は
遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、又はギャップを導入しないで、決
定することができる(Zheng Zhangら、2000年、J.Comput.Bi
ol.、7巻、p203-214;Altschul,S.F.ら、1990年、Jou
rnal of Molecular Biology、第215巻、p403-410
;Pearson,W.R.ら、1988年、Proc.Natl.Acad.Sci.
U.S.A.、第85巻、p2444-2448)。
【0034】
本明細書において「誘導体」とは、修飾核酸、非限定的に例えば、蛍光団などによるラ
ベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシな
どのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチド及び塩基の再構成
、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチド
など)を含む誘導体、PNA(peptide nucleic acid;Niels
en,P.E.ら、1991年、Science、254巻、p1497-500)、L
NA(locked nucleic acid;Obika,S.ら,1998年、T
etrahedron Lett.、39巻、p5401-5404)などを含むことを
意味する。
【0035】
本明細書において上記の食道がんマーカーであるmiRNAから選択されるポリヌクレ
オチドと特異的に結合可能な「核酸」は、合成又は調製された核酸であり、具体的には「
核酸プローブ」又は「プライマー」を含み、被験体中の食道がんの存在の有無を検出する
ために、又は食道がんの罹患の有無、罹患の程度、食道がんの改善の有無や改善の程度、
食道がんの治療に対する感受性を診断するために、あるいは食道がんの予防、改善又は治
療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用される。これら
には食道がんの罹患に関連して生体内、特に血液、尿等の体液等の検体において配列番号
1~700のいずれかで表される転写産物又はそのcDNA合成核酸を特異的に認識し結
合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドを包含する
。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、上記性質に基づ
いて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブとして、
また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用すること
ができる。
【0036】
本明細書で使用する「検出」という用語は、検査、測定、検出又は、判定支援という用
語で置換しうる。また、本明細書において「評価」という用語は、検査結果又は測定結果
に基づいて診断又は評価を支援することを含む意味で使用される。
【0037】
本明細書で使用される「被験体」は、ヒト、チンパンジーを含む霊長類、イヌ、ネコな
どのペット動物、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギなどの家畜動物、マウス、ラットなどの齧歯
類などの哺乳動物を意味する。また、「健常体」もまた、このような哺乳動物であって、
検出しようとするがん、すなわち食道がんに罹患していない動物を意味する。
【0038】
本明細書で使用される「P」又は「P値」とは、統計学的検定において、帰無仮説の下
で実際にデータから計算された統計量よりも極端な統計量が観測される確率を示す。した
がって「P」又は「P値」が小さいほど、比較対象間に有意差があるとみなせる。
【0039】
本明細書において、「感度」は、(真陽性の数)/(真陽性の数+偽陰性の数)の値を
意味する。感度が高ければ食道がんを早期に発見することが可能となり、完全ながん部の
切除や再発率の低下につながる。
【0040】
本明細書において、「特異度」は、(真陰性の数)/(真陰性の数+偽陽性の数)を意
味する。特異度が高ければ健常体を食道がん患者と誤判別することによる無駄な追加検査
の実施を防ぎ、患者の負担の軽減や医療費の削減につながる。
【0041】
本明細書において、「精度」は(真陽性の数+真陰性の数)/(全症例数)の値を意味
する。精度は全検体に対しての判別結果が正しかった割合を示しており、検出性能を評価
する第一の指標となる。
【0042】
本明細書において判定、検出又は診断の対象となる「検体」とは、食道がんの発生、食
道がんの進行、及び食道がんに対する治療効果の発揮にともない本発明の遺伝子が発現変
化する組織及び生体材料を指す。具体的には食道組織及びその周辺の脈管、リンパ節及び
臓器、また転移が疑われる臓器、皮膚、及び血液、尿、唾液、汗、組織浸出液などの体液
、血液から調製された血清、血漿、その他、便、毛髪などを指す。さらにこれらから抽出
された生体試料、具体的にはRNAやmiRNAなどの遺伝子を指す。
【0043】
本明細書で使用される「hsa-miR-204-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-204-3p」という用語は、配列番号1で表される塩基配列からなるhsa-miR
-204-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT002
2693)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR
-204-3p遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p
1540に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-204
-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-204」(mi
RBase Accession No.MI0000284、配列番号215)が知ら
れている。
【0044】
本明細書で使用される「hsa-miR-1247-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1247-3p」という用語は、配列番号2で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-1247-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT
0022721)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-
miR-1247-3p遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome R
es、18巻、p610-621に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-1247-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-1247」(miRBase Accession No.MI000638
2、配列番号216)が知られている。
【0045】
本明細書で使用される「hsa-miR-6875-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6875-5p」という用語は、配列番号3で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-6875-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT
0027650)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-
miR-6875-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-6875-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-6875」(miRBase Accession No.MI002
2722、配列番号217)が知られている。
【0046】
本明細書で使用される「hsa-miR-6857-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6857-5p」という用語は、配列番号4で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-6857-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT
0027614)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-
miR-6857-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-6857-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-6857」(miRBase Accession No.MI002
2703、配列番号218)が知られている。
【0047】
本明細書で使用される「hsa-miR-6726-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6726-5p」という用語は、配列番号5で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-6726-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT
0027353)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-
miR-6726-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-6726-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-6726」(miRBase Accession No.MI002
2571、配列番号219)が知られている。
【0048】
本明細書で使用される「hsa-miR-3188遺伝子」又は「hsa-miR-3
188」という用語は、配列番号6で表される塩基配列からなるhsa-miR-318
8遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015070)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3188遺
伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載
される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3188」は、その前
駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3188」(miRBase Ac
cession No.MI0014232、配列番号220)が知られている。
【0049】
本明細書で使用される「hsa-miR-8069遺伝子」又は「hsa-miR-8
069」という用語は、配列番号7で表される塩基配列からなるhsa-miR-806
9遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030996)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8069遺
伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記載
される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-8069」は、その前
駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-8069」(miRBase Ac
cession No.MI0025905、配列番号221)が知られている。
【0050】
本明細書で使用される「hsa-miR-4257遺伝子」又は「hsa-miR-4
257」という用語は、配列番号8で表される塩基配列からなるhsa-miR-425
7遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016878)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4257遺
伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載さ
れる方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4257」は、その前駆
体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4257」(miRBase Acc
ession No.MI0015856、配列番号222)が知られている。
【0051】
本明細書で使用される「hsa-miR-1343-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1343-3p」という用語は、配列番号9で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-1343-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT
0019776)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-
miR-1343-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer
Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-1343-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-
mir-1343」(miRBase Accession No.MI0017320
、配列番号223)が知られている。
【0052】
本明細書で使用される「hsa-miR-7108-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7108-5p」という用語は、配列番号10で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7108-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0028113)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7108-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-7108-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-7108」(miRBase Accession No.MI00
22959、配列番号224)が知られている。
【0053】
本明細書で使用される「hsa-miR-6825-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6825-5p」という用語は、配列番号11で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6825-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027550)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6825-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6825-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6825」(miRBase Accession No.MI00
22670、配列番号225)が知られている。
【0054】
本明細書で使用される「hsa-miR-7641遺伝子」又は「hsa-miR-7
641」という用語は、配列番号12で表される塩基配列からなるhsa-miR-76
41遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0029782)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7641
遺伝子は、Yoo JKら、2013年、Arch Pharm Res、36巻、p3
53-358に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7
641」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7641-1、
hsa-mir-7641-2」(miRBase Accession No.MI0
024975、MI0024976、配列番号226、227)が知られている。
【0055】
本明細書で使用される「hsa-miR-3185遺伝子」又は「hsa-miR-3
185」という用語は、配列番号13で表される塩基配列からなるhsa-miR-31
85遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015065)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3185
遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3185」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3185」(miRBase A
ccession No.MI0014227、配列番号228)が知られている。
【0056】
本明細書で使用される「hsa-miR-4746-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4746-3p」という用語は、配列番号14で表される塩基配列からなるhsa-
miR-4746-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0019881)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-4746-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer
Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-4746-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-4746」(miRBase Accession No.MI001738
5、配列番号229)が知られている。
【0057】
本明細書で使用される「hsa-miR-6791-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6791-5p」という用語は、配列番号15で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6791-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027482)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6791-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6791-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6791」(miRBase Accession No.MI00
22636、配列番号230)が知られている。
【0058】
本明細書で使用される「hsa-miR-6893-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6893-5p」という用語は、配列番号16で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6893-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027686)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6893-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6893-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6893」(miRBase Accession No.MI00
22740、配列番号231)が知られている。
【0059】
本明細書で使用される「hsa-miR-4433b-3p遺伝子」又は「hsa-m
iR-4433b-3p」という用語は、配列番号17で表される塩基配列からなるhs
a-miR-4433b-3p遺伝子(miRBase Accession No.M
IMAT0030414)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。
hsa-miR-4433b-3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS O
ne、7巻、e50746に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-4433b-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-m
ir-4433b」(miRBase Accession No.MI0025511
、配列番号232)が知られている。
【0060】
本明細書で使用される「hsa-miR-3135b遺伝子」又は「hsa-miR-
3135b」という用語は、配列番号18で表される塩基配列からなるhsa-miR-
3135b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00189
85)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3
135b遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-
e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-313
5b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3135b」(m
iRBase Accession No.MI0016809、配列番号233)が知
られている。
【0061】
本明細書で使用される「hsa-miR-6781-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6781-5p」という用語は、配列番号19で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6781-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027462)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6781-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6781-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6781」(miRBase Accession No.MI00
22626、配列番号234)が知られている。
【0062】
本明細書で使用される「hsa-miR-1908-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1908-5p」という用語は、配列番号20で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1908-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0007881)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1908-5p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells
、26巻、p2496-2505に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-1908-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-1908」(miRBase Accession No.MI000832
9、配列番号235)が知られている。
【0063】
本明細書で使用される「hsa-miR-4792遺伝子」又は「hsa-miR-4
792」という用語は、配列番号21で表される塩基配列からなるhsa-miR-47
92遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019964)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4792
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4792
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4792」(miRB
ase Accession No.MI0017439、配列番号236)が知られて
いる。
【0064】
本明細書で使用される「hsa-miR-7845-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7845-5p」という用語は、配列番号22で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7845-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0030420)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7845-5p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7
巻、e50746に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-7845-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-78
45」(miRBase Accession No.MI0025515、配列番号2
37)が知られている。
【0065】
本明細書で使用される「hsa-miR-4417遺伝子」又は「hsa-miR-4
417」という用語は、配列番号23で表される塩基配列からなるhsa-miR-44
17遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018929)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4417
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4417」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4417」(miRBase
Accession No.MI0016753、配列番号238)が知られている。
【0066】
本明細書で使用される「hsa-miR-3184-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3184-5p」という用語は、配列番号24で表される塩基配列からなるhsa-
miR-3184-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0015064)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-3184-5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS On
e、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-3184-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
3184」(miRBase Accession No.MI0014226、配列番
号239)が知られている。
【0067】
本明細書で使用される「hsa-miR-1225-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1225-5p」という用語は、配列番号25で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1225-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0005572)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1225-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-1225-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-1225」(miRBase Accession No.MI0006
311、配列番号240)が知られている。
【0068】
本明細書で使用される「hsa-miR-1231遺伝子」又は「hsa-miR-1
231」という用語は、配列番号26で表される塩基配列からなるhsa-miR-12
31遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005586)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1231
遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p32
8-336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-12
31」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1231」(mi
RBase Accession No.MI0006321、配列番号241)が知ら
れている。
【0069】
本明細書で使用される「hsa-miR-1225-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1225-3p」という用語は、配列番号27で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1225-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0005573)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1225-3p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-1225-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-1225」(miRBase Accession No.MI0006
311、配列番号240)が知られている。
【0070】
本明細書で使用される「hsa-miR-150-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-150-3p」という用語は、配列番号28で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-150-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04610)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-150-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Cur
r Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-150-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-150」(miRBase Accession No.MI0000
479、配列番号242)が知られている。
【0071】
本明細書で使用される「hsa-miR-4433-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4433-3p」という用語は、配列番号29で表される塩基配列からなるhsa-
miR-4433-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0018949)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-4433-3p遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、11
6巻、e118-e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-4433-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-4433」(miRBase Accession No.MI0016773、配
列番号243)が知られている。
【0072】
本明細書で使用される「hsa-miR-6125遺伝子」又は「hsa-miR-6
125」という用語は、配列番号30で表される塩基配列からなるhsa-miR-61
25遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0024598)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6125
遺伝子は、Smith JLら、2012年、J Virol、86巻、p5278-5
287に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6125
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6125」(miRB
ase Accession No.MI0021259、配列番号244)が知られて
いる。
【0073】
本明細書で使用される「hsa-miR-4513遺伝子」又は「hsa-miR-4
513」という用語は、配列番号31で表される塩基配列からなるhsa-miR-45
13遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019050)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4513
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4513」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4513」(miRBase
Accession No.MI0016879、配列番号245)が知られている。
【0074】
本明細書で使用される「hsa-miR-6787-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6787-5p」という用語は、配列番号32で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6787-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027474)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6787-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6787-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6787」(miRBase Accession No.MI00
22632、配列番号246)が知られている。
【0075】
本明細書で使用される「hsa-miR-6784-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6784-5p」という用語は、配列番号33で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6784-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027468)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6784-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6784-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6784」(miRBase Accession No.MI00
22629、配列番号247)が知られている。
【0076】
本明細書で使用される「hsa-miR-615-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-615-5p」という用語は、配列番号34で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-615-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04804)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-615-5p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl
Acad Sci U S A、103巻、p3687-3692に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-615-5p」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-615」(miRBase Accessi
on No.MI0003628、配列番号248)が知られている。
【0077】
本明細書で使用される「hsa-miR-6765-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6765-3p」という用語は、配列番号35で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6765-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027431)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6765-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6765-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6765」(miRBase Accession No.MI00
22610、配列番号249)が知られている。
【0078】
本明細書で使用される「hsa-miR-5572遺伝子」又は「hsa-miR-5
572」という用語は、配列番号36で表される塩基配列からなるhsa-miR-55
72遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022260)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-5572
遺伝子は、Tandon Mら、2012年、Oral Dis、18巻、p127-1
31に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-5572」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-5572」(miRBa
se Accession No.MI0019117、配列番号250)が知られてい
る。
【0079】
本明細書で使用される「hsa-miR-6842-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6842-5p」という用語は、配列番号37で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6842-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027586)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6842-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6842-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6842」(miRBase Accession No.MI00
22688、配列番号251)が知られている。
【0080】
本明細書で使用される「hsa-miR-8063遺伝子」又は「hsa-miR-8
063」という用語は、配列番号38で表される塩基配列からなるhsa-miR-80
63遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030990)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8063
遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-8063」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-8063」(miRBase A
ccession No.MI0025899、配列番号252)が知られている。
【0081】
本明細書で使用される「hsa-miR-6780b-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-6780b-5p」という用語は、配列番号39で表される塩基配列からなるhs
a-miR-6780b-5p遺伝子(miRBase Accession No.M
IMAT0027572)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。
hsa-miR-6780b-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Ge
nome Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることが
できる。また、「hsa-miR-6780b-5p」は、その前駆体としてヘアピン様
構造をとる「hsa-mir-6780b」(miRBase Accession N
o.MI0022681、配列番号253)が知られている。
【0082】
本明細書で使用される「hsa-miR-187-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-187-5p」という用語は、配列番号40で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-187-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04561)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-187-5p遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、
p1540に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-18
7-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-187」(m
iRBase Accession No.MI0000274、配列番号254)が知
られている。
【0083】
本明細書で使用される「hsa-miR-128-1-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-128-1-5p」という用語は、配列番号41で表される塩基配列からなるhs
a-miR-128-1-5p遺伝子(miRBase Accession No.M
IMAT0026477)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。
hsa-miR-128-1-5p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2
002年、Curr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得
ることができる。また、「hsa-miR-128-1-5p」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-128-1」(miRBase Accessi
on No.MI0000447、配列番号255)が知られている。
【0084】
本明細書で使用される「hsa-miR-6729-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6729-5p」という用語は、配列番号42で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6729-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027359)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6729-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6729-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6729」(miRBase Accession No.MI00
22574、配列番号256)が知られている。
【0085】
本明細書で使用される「hsa-miR-6741-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6741-5p」という用語は、配列番号43で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6741-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027383)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6741-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6741-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6741」(miRBase Accession No.MI00
22586、配列番号257)が知られている。
【0086】
本明細書で使用される「hsa-miR-6757-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6757-5p」という用語は、配列番号44で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6757-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027414)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6757-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6757-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6757」(miRBase Accession No.MI00
22602、配列番号258)が知られている。
【0087】
本明細書で使用される「hsa-miR-7110-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7110-5p」という用語は、配列番号45で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7110-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0028117)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7110-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-7110-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-7110」(miRBase Accession No.MI00
22961、配列番号259)が知られている。
【0088】
本明細書で使用される「hsa-miR-7975遺伝子」又は「hsa-miR-7
975」という用語は、配列番号46で表される塩基配列からなるhsa-miR-79
75遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031178)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7975
遺伝子は、Velthut-Meikas Aら、2013年、Mol Endocri
nol、オンライン版、に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-
miR-7975」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-79
75」(miRBase Accession No.MI0025751、配列番号2
60)が知られている。
【0089】
本明細書で使用される「hsa-miR-1233-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1233-5p」という用語は、配列番号47で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1233-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0022943)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1233-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-1233-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-1233-1、hsa-mir-1233-2」(miRBase Ac
cession No.MI0006323、MI0015973、配列番号261、2
62)が知られている。
【0090】
本明細書で使用される「hsa-miR-6845-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6845-5p」という用語は、配列番号48で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6845-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027590)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6845-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6845-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6845」(miRBase Accession No.MI00
22691、配列番号263)が知られている。
【0091】
本明細書で使用される「hsa-miR-3937遺伝子」又は「hsa-miR-3
937」という用語は、配列番号49で表される塩基配列からなるhsa-miR-39
37遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018352)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3937
遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS One、5巻、e10563に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3937」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3937」(miRBase A
ccession No.MI0016593、配列番号264)が知られている。
【0092】
本明細書で使用される「hsa-miR-4467遺伝子」又は「hsa-miR-4
467」という用語は、配列番号50で表される塩基配列からなるhsa-miR-44
67遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018994)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4467
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4467」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4467」(miRBase
Accession No.MI0016818、配列番号265)が知られている。
【0093】
本明細書で使用される「hsa-miR-7109-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7109-5p」という用語は、配列番号51で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7109-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0028115)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7109-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-7109-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-7109」(miRBase Accession No.MI00
22960、配列番号266)が知られている。
【0094】
本明細書で使用される「hsa-miR-6088遺伝子」又は「hsa-miR-6
088」という用語は、配列番号52で表される塩基配列からなるhsa-miR-60
88遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023713)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6088
遺伝子は、Yoo JKら、2012年、Stem Cells Dev、21巻、p2
049-2057に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6088」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6088」
(miRBase Accession No.MI0020365、配列番号267)
が知られている。
【0095】
本明細書で使用される「hsa-miR-6782-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6782-5p」という用語は、配列番号53で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6782-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027464)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6782-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6782-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6782」(miRBase Accession No.MI00
22627、配列番号268)が知られている。
【0096】
本明細書で使用される「hsa-miR-5195-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-5195-3p」という用語は、配列番号54で表される塩基配列からなるhsa-
miR-5195-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0021127)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-5195-3p遺伝子は、Schotte Dら、2011年、Leukem
ia、25巻、p1389-1399に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-5195-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-5195」(miRBase Accession No.MI0018
174、配列番号269)が知られている。
【0097】
本明細書で使用される「hsa-miR-4454遺伝子」又は「hsa-miR-4
454」という用語は、配列番号55で表される塩基配列からなるhsa-miR-44
54遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018976)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4454
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4454」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4454」(miRBase
Accession No.MI0016800、配列番号270)が知られている。
【0098】
本明細書で使用される「hsa-miR-6724-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6724-5p」という用語は、配列番号56で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6724-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0025856)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6724-5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p
330-335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
6724-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-672
4」(miRBase Accession No.MI0022559、配列番号27
1)が知られている。
【0099】
本明細書で使用される「hsa-miR-8072遺伝子」又は「hsa-miR-8
072」という用語は、配列番号57で表される塩基配列からなるhsa-miR-80
72遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030999)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8072
遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-8072」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-8072」(miRBase A
ccession No.MI0025908、配列番号272)が知られている。
【0100】
本明細書で使用される「hsa-miR-4516遺伝子」又は「hsa-miR-4
516」という用語は、配列番号58で表される塩基配列からなるhsa-miR-45
16遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019053)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4516
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4516」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4516」(miRBase
Accession No.MI0016882、配列番号273)が知られている。
【0101】
本明細書で使用される「hsa-miR-6756-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6756-5p」という用語は、配列番号59で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6756-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027412)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6756-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6756-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6756」(miRBase Accession No.MI00
22601、配列番号274)が知られている。
【0102】
本明細書で使用される「hsa-miR-4665-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4665-3p」という用語は、配列番号60で表される塩基配列からなるhsa-
miR-4665-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0019740)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-4665-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer
Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-4665-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-4665」(miRBase Accession No.MI001729
5、配列番号275)が知られている。
【0103】
本明細書で使用される「hsa-miR-6826-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6826-5p」という用語は、配列番号61で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6826-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027552)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6826-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6826-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6826」(miRBase Accession No.MI00
22671、配列番号276)が知られている。
【0104】
本明細書で使用される「hsa-miR-6820-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6820-5p」という用語は、配列番号62で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6820-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027540)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6820-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6820-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6820」(miRBase Accession No.MI00
22665、配列番号277)が知られている。
【0105】
本明細書で使用される「hsa-miR-6887-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6887-5p」という用語は、配列番号63で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6887-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027674)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6887-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6887-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6887」(miRBase Accession No.MI00
22734、配列番号278)が知られている。
【0106】
本明細書で使用される「hsa-miR-3679-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3679-5p」という用語は、配列番号64で表される塩基配列からなるhsa-
miR-3679-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0018104)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-3679-5p遺伝子は、Creighton CJら、2010年、PLo
S One、5巻、e9637に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-3679-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-
mir-3679」(miRBase Accession No.MI0016080
、配列番号279)が知られている。
【0107】
本明細書で使用される「hsa-miR-7847-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7847-3p」という用語は、配列番号65で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7847-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0030422)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7847-3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7
巻、e50746に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-7847-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-78
47」(miRBase Accession No.MI0025517、配列番号2
80)が知られている。
【0108】
本明細書で使用される「hsa-miR-6721-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6721-5p」という用語は、配列番号66で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6721-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0025852)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6721-5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p
330-335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
6721-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-672
1」(miRBase Accession No.MI0022556、配列番号28
1)が知られている。
【0109】
本明細書で使用される「hsa-miR-3622a-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-3622a-5p」という用語は、配列番号67で表される塩基配列からなるhs
a-miR-3622a-5p遺伝子(miRBase Accession No.M
IMAT0018003)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。
hsa-miR-3622a-5p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC
Biol、8巻、p58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-3622a-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-m
ir-3622a」(miRBase Accession No.MI0016013
、配列番号282)が知られている。
【0110】
本明細書で使用される「hsa-miR-939-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-939-5p」という用語は、配列番号68で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-939-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04982)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-939-5p遺伝子は、Lui WOら、2007年、Cancer Res、67
巻、p6031-6043に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-939-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir
-939」(miRBase Accession No.MI0005761、配列番
号283)が知られている。
【0111】
本明細書で使用される「hsa-miR-602遺伝子」又は「hsa-miR-60
2」という用語は、配列番号69で表される塩基配列からなるhsa-miR-602遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003270)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-602遺伝子は
、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-602」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-602」(miRBase Accession No.MI0003615
、配列番号284)が知られている。
【0112】
本明細書で使用される「hsa-miR-7977遺伝子」又は「hsa-miR-7
977」という用語は、配列番号70で表される塩基配列からなるhsa-miR-79
77遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031180)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7977
遺伝子は、Velthut-Meikas Aら、2013年、Mol Endocri
nol、オンライン版、に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-
miR-7977」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-79
77」(miRBase Accession No.MI0025753、配列番号2
85)が知られている。
【0113】
本明細書で使用される「hsa-miR-6749-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6749-5p」という用語は、配列番号71で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6749-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027398)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6749-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6749-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6749」(miRBase Accession No.MI00
22594、配列番号286)が知られている。
【0114】
本明細書で使用される「hsa-miR-1914-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1914-3p」という用語は、配列番号72で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1914-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0007890)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1914-3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells
、26巻、p2496-2505に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-1914-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-1914」(miRBase Accession No.MI000833
5、配列番号287)が知られている。
【0115】
本明細書で使用される「hsa-miR-4651遺伝子」又は「hsa-miR-4
651」という用語は、配列番号73で表される塩基配列からなるhsa-miR-46
51遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019715)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4651
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4651
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4651」(miRB
ase Accession No.MI0017279、配列番号288)が知られて
いる。
【0116】
本明細書で使用される「hsa-miR-4695-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4695-5p」という用語は、配列番号74で表される塩基配列からなるhsa-
miR-4695-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0019788)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-4695-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer
Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-4695-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-4695」(miRBase Accession No.MI001732
8、配列番号289)が知られている。
【0117】
本明細書で使用される「hsa-miR-6848-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6848-5p」という用語は、配列番号75で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6848-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027596)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6848-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6848-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6848」(miRBase Accession No.MI00
22694、配列番号290)が知られている。
【0118】
本明細書で使用される「hsa-miR-1228-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1228-3p」という用語は、配列番号76で表される塩基配列からなるhsa-
miR-1228-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0005583)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-1228-3p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-1228-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-1228」(miRBase Accession No.MI0006
318、配列番号291)が知られている。
【0119】
本明細書で使用される「hsa-miR-642b-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-642b-3p」という用語は、配列番号77で表される塩基配列からなるhsa-
miR-642b-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0018444)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-642b-3p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Bio
l、8巻、p58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-642b-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-64
2b」(miRBase Accession No.MI0016685、配列番号2
92)が知られている。
【0120】
本明細書で使用される「hsa-miR-6746-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6746-5p」という用語は、配列番号78で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6746-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027392)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6746-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6746-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6746」(miRBase Accession No.MI00
22591、配列番号293)が知られている。
【0121】
本明細書で使用される「hsa-miR-3620-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3620-5p」という用語は、配列番号79で表される塩基配列からなるhsa-
miR-3620-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0022967)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-3620-5p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Bio
l、8巻、p58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-3620-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-36
20」(miRBase Accession No.MI0016011、配列番号2
94)が知られている。
【0122】
本明細書で使用される「hsa-miR-3131遺伝子」又は「hsa-miR-3
131」という用語は、配列番号80で表される塩基配列からなるhsa-miR-31
31遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0014996)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3131
遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3131」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3131」(miRBase A
ccession No.MI0014151、配列番号295)が知られている。
【0123】
本明細書で使用される「hsa-miR-6732-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6732-5p」という用語は、配列番号81で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6732-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027365)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6732-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6732-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6732」(miRBase Accession No.MI00
22577、配列番号296)が知られている。
【0124】
本明細書で使用される「hsa-miR-7113-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7113-3p」という用語は、配列番号82で表される塩基配列からなるhsa-
miR-7113-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0028124)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-7113-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-7113-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-7113」(miRBase Accession No.MI00
22964、配列番号297)が知られている。
【0125】
本明細書で使用される「hsa-miR-23a-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-23a-3p」という用語は、配列番号83で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-23a-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
00078)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-23a-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2001年、Sci
ence、294巻、p853-858に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-23a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-23a」(miRBase Accession No.MI00000
79、配列番号298)が知られている。
【0126】
本明細書で使用される「hsa-miR-3154遺伝子」又は「hsa-miR-3
154」という用語は、配列番号84で表される塩基配列からなるhsa-miR-31
54遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015028)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3154
遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome Res、16巻、p
1289-1298に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-3154」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3154
」(miRBase Accession No.MI0014182、配列番号299
)が知られている。
【0127】
本明細書で使用される「hsa-miR-4723-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4723-5p」という用語は、配列番号85で表される塩基配列からなるhsa-
miR-4723-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0019838)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-4723-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer
Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-4723-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-4723」(miRBase Accession No.MI001735
9、配列番号300)が知られている。
【0128】
本明細書で使用される「hsa-miR-3663-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3663-3p」という用語は、配列番号86で表される塩基配列からなるhsa-
miR-3663-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0018085)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-3663-3p遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS One
、5巻、e10563に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-3663-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
3663」(miRBase Accession No.MI0016064、配列番
号301)が知られている。
【0129】
本明細書で使用される「hsa-miR-4734遺伝子」又は「hsa-miR-4
734」という用語は、配列番号87で表される塩基配列からなるhsa-miR-47
34遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019859)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4734
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4734
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4734」(miRB
ase Accession No.MI0017371、配列番号302)が知られて
いる。
【0130】
本明細書で使用される「hsa-miR-6816-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6816-5p」という用語は、配列番号88で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6816-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027532)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6816-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6816-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6816」(miRBase Accession No.MI00
22661、配列番号303)が知られている。
【0131】
本明細書で使用される「hsa-miR-4442遺伝子」又は「hsa-miR-4
442」という用語は、配列番号89で表される塩基配列からなるhsa-miR-44
42遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018960)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4442
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4442」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4442」(miRBase
Accession No.MI0016785、配列番号304)が知られている。
【0132】
本明細書で使用される「hsa-miR-4476遺伝子」又は「hsa-miR-4
476」という用語は、配列番号90で表される塩基配列からなるhsa-miR-44
76遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019003)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4476
遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4476」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4476」(miRBase
Accession No.MI0016828、配列番号305)が知られている。
【0133】
本明細書で使用される「hsa-miR-423-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-423-5p」という用語は、配列番号91で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-423-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04748)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-423-5p遺伝子は、Kasashima Kら、2004年、Biochem
Biophys Res Commun、322巻、p403-410に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-423-5p」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-423」(miRBase Access
ion No.MI0001445、配列番号306)が知られている。
【0134】
本明細書で使用される「hsa-miR-1249遺伝子」又は「hsa-miR-1
249」という用語は、配列番号92で表される塩基配列からなるhsa-miR-12
49遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005901)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1249
遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610
-621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-124
9」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1249」(miR
Base Accession No.MI0006384、配列番号307)が知られ
ている。
【0135】
本明細書で使用される「hsa-miR-6515-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6515-3p」という用語は、配列番号93で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6515-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0025487)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6515-3p遺伝子は、Joyce CEら、2011年、Hum Mol
Genet、20巻、p4025-4040に記載される方法によって得ることができ
る。また、「hsa-miR-6515-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-6515」(miRBase Accession No.MI
0022227、配列番号308)が知られている。
【0136】
本明細書で使用される「hsa-miR-887-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-887-3p」という用語は、配列番号94で表される塩基配列からなるhsa-mi
R-887-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00
04951)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-mi
R-887-3p遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome R
es、16巻、p1289-1298に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-887-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-887」(miRBase Accession No.MI000556
2、配列番号309)が知られている。
【0137】
本明細書で使用される「hsa-miR-4741遺伝子」又は「hsa-miR-4
741」という用語は、配列番号95で表される塩基配列からなるhsa-miR-47
41遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019871)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4741
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4741
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4741」(miRB
ase Accession No.MI0017379、配列番号310)が知られて
いる。
【0138】
本明細書で使用される「hsa-miR-6766-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6766-3p」という用語は、配列番号96で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6766-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027433)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6766-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6766-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6766」(miRBase Accession No.MI00
22611、配列番号311)が知られている。
【0139】
本明細書で使用される「hsa-miR-4673遺伝子」又は「hsa-miR-4
673」という用語は、配列番号97で表される塩基配列からなるhsa-miR-46
73遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019755)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4673
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4673
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4673」(miRB
ase Accession No.MI0017304、配列番号312)が知られて
いる。
【0140】
本明細書で使用される「hsa-miR-6779-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6779-5p」という用語は、配列番号98で表される塩基配列からなるhsa-
miR-6779-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMA
T0027458)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa
-miR-6779-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome
Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-6779-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-6779」(miRBase Accession No.MI00
22624、配列番号313)が知られている。
【0141】
本明細書で使用される「hsa-miR-4706遺伝子」又は「hsa-miR-4
706」という用語は、配列番号99で表される塩基配列からなるhsa-miR-47
06遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019806)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4706
遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78
-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4706
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4706」(miRB
ase Accession No.MI0017339、配列番号314)が知られて
いる。
【0142】
本明細書で使用される「hsa-miR-1268b遺伝子」又は「hsa-miR-
1268b」という用語は、配列番号100で表される塩基配列からなるhsa-miR
-1268b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018
925)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
1268b遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118
-e127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-12
68b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1268b」(
miRBase Accession No.MI0016748、配列番号315)が
知られている。
【0143】
本明細書で使用される「hsa-miR-4632-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4632-5p」という用語は、配列番号101で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4632-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0022977)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4632-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4632-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4632」(miRBase Accession No.MI00172
59、配列番号316)が知られている。
【0144】
本明細書で使用される「hsa-miR-3197遺伝子」又は「hsa-miR-3
197」という用語は、配列番号102で表される塩基配列からなるhsa-miR-3
197遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015082
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-319
7遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に
記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3197」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3197」(miRBase
Accession No.MI0014245、配列番号317)が知られている。
【0145】
本明細書で使用される「hsa-miR-6798-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6798-5p」という用語は、配列番号103で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6798-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027496)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6798-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6798-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6798」(miRBase Accession No.MI0
022643、配列番号318)が知られている。
【0146】
本明細書で使用される「hsa-miR-711遺伝子」又は「hsa-miR-71
1」という用語は、配列番号104で表される塩基配列からなるhsa-miR-711
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0012734)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-711遺伝子
は、Artzi Sら、2008年、BMC Bioinformatics、9巻、p
39に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-711」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-711」(miRBase
Accession No.MI0012488、配列番号319)が知られている。
【0147】
本明細書で使用される「hsa-miR-6840-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6840-3p」という用語は、配列番号105で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6840-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027583)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6840-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6840-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6840」(miRBase Accession No.MI0
022686、配列番号320)が知られている。
【0148】
本明細書で使用される「hsa-miR-6763-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6763-5p」という用語は、配列番号106で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6763-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027426)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6763-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6763-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6763」(miRBase Accession No.MI0
022608、配列番号321)が知られている。
【0149】
本明細書で使用される「hsa-miR-6727-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6727-5p」という用語は、配列番号107で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6727-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027355)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6727-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6727-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6727」(miRBase Accession No.MI0
022572、配列番号322)が知られている。
【0150】
本明細書で使用される「hsa-miR-371a-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-371a-5p」という用語は、配列番号108で表される塩基配列からなるhsa
-miR-371a-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0004687)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-371a-5p遺伝子は、Suh MRら、2004年、Dev Biol
、270巻、p488-498に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-371a-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-
mir-371a」(miRBase Accession No.MI0000779
、配列番号323)が知られている。
【0151】
本明細書で使用される「hsa-miR-6824-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6824-5p」という用語は、配列番号109で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6824-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027548)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6824-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6824-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6824」(miRBase Accession No.MI0
022669、配列番号324)が知られている。
【0152】
本明細書で使用される「hsa-miR-4648遺伝子」又は「hsa-miR-4
648」という用語は、配列番号110で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
648遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019710
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-464
8遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-464
8」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4648」(miR
Base Accession No.MI0017275、配列番号325)が知られ
ている。
【0153】
本明細書で使用される「hsa-miR-1227-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1227-5p」という用語は、配列番号111で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1227-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0022941)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-1227-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-1227-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-1227」(miRBase Accession No.MI000
6316、配列番号326)が知られている。
【0154】
本明細書で使用される「hsa-miR-564遺伝子」又は「hsa-miR-56
4」という用語は、配列番号112で表される塩基配列からなるhsa-miR-564
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003228)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-564遺伝子
は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-564」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-564」(miRBase Accession No.MI000357
0、配列番号327)が知られている。
【0155】
本明細書で使用される「hsa-miR-3679-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3679-3p」という用語は、配列番号113で表される塩基配列からなるhsa
-miR-3679-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0018105)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-3679-3p遺伝子は、Creighton CJら、2010年、PL
oS One、5巻、e9637に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-3679-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-3679」(miRBase Accession No.MI001608
0、配列番号279)が知られている。
【0156】
本明細書で使用される「hsa-miR-2861遺伝子」又は「hsa-miR-2
861」という用語は、配列番号114で表される塩基配列からなるhsa-miR-2
861遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0013802
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-286
1遺伝子は、Li Hら、2009年、J Clin Invest、119巻、p36
66-3677に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
2861」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-2861」(
miRBase Accession No.MI0013006、配列番号328)が
知られている。
【0157】
本明細書で使用される「hsa-miR-6737-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6737-5p」という用語は、配列番号115で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6737-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027375)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6737-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6737-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6737」(miRBase Accession No.MI0
022582、配列番号329)が知られている。
【0158】
本明細書で使用される「hsa-miR-575遺伝子」又は「hsa-miR-57
5」という用語は、配列番号116で表される塩基配列からなるhsa-miR-575
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003240)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-575遺伝子
は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-575」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-575」(miRBase Accession No.MI000358
2、配列番号330)が知られている。
【0159】
本明細書で使用される「hsa-miR-4725-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4725-3p」という用語は、配列番号117で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4725-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019844)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4725-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4725-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4725」(miRBase Accession No.MI00173
62、配列番号331)が知られている。
【0160】
本明細書で使用される「hsa-miR-6716-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6716-5p」という用語は、配列番号118で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6716-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0025844)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6716-5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、
p330-335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6716-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-67
16」(miRBase Accession No.MI0022550、配列番号3
32)が知られている。
【0161】
本明細書で使用される「hsa-miR-4675遺伝子」又は「hsa-miR-4
675」という用語は、配列番号119で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
675遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019757
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-467
5遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-467
5」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4675」(miR
Base Accession No.MI0017306、配列番号333)が知られ
ている。
【0162】
本明細書で使用される「hsa-miR-1915-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1915-3p」という用語は、配列番号120で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1915-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0007892)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-1915-3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cell
s、26巻、p2496-2505に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-1915-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-1915」(miRBase Accession No.MI00083
36、配列番号334)が知られている。
【0163】
本明細書で使用される「hsa-miR-671-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-671-5p」という用語は、配列番号121で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-671-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
003880)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-671-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome
Res、16巻、p1289-1298に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-671-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-671」(miRBase Accession No.MI00037
60、配列番号335)が知られている。
【0164】
本明細書で使用される「hsa-miR-3656遺伝子」又は「hsa-miR-3
656」という用語は、配列番号122で表される塩基配列からなるhsa-miR-3
656遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018076
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-365
6遺伝子は、Meiri Eら、2010年、Nucleic Acids Res、3
8巻、p6234-6246に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-3656」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
3656」(miRBase Accession No.MI0016056、配列番
号336)が知られている。
【0165】
本明細書で使用される「hsa-miR-6722-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6722-3p」という用語は、配列番号123で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6722-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0025854)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6722-3p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、
p330-335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6722-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-67
22」(miRBase Accession No.MI0022557、配列番号3
37)が知られている。
【0166】
本明細書で使用される「hsa-miR-4707-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4707-5p」という用語は、配列番号124で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4707-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019807)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4707-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4707-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4707」(miRBase Accession No.MI00173
40、配列番号338)が知られている。
【0167】
本明細書で使用される「hsa-miR-4449遺伝子」又は「hsa-miR-4
449」という用語は、配列番号125で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
449遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018968
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-444
9遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4449」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4449」(miRBas
e Accession No.MI0016792、配列番号339)が知られている
。
【0168】
本明細書で使用される「hsa-miR-1202遺伝子」又は「hsa-miR-1
202」という用語は、配列番号126で表される塩基配列からなるhsa-miR-1
202遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005865
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-120
2遺伝子は、Marton Sら、2008年、Leukemia、22巻、p330-
338に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1202
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1202」(miRB
ase Accession No.MI0006334、配列番号340)が知られて
いる。
【0169】
本明細書で使用される「hsa-miR-4649-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4649-5p」という用語は、配列番号127で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4649-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019711)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4649-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4649-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4649」(miRBase Accession No.MI00172
76、配列番号341)が知られている。
【0170】
本明細書で使用される「hsa-miR-744-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-744-5p」という用語は、配列番号128で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-744-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004945)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-744-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2006年、Genome
Res、16巻、p1289-1298に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-744-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-744」(miRBase Accession No.MI00055
59、配列番号342)が知られている。
【0171】
本明細書で使用される「hsa-miR-642a-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-642a-3p」という用語は、配列番号129で表される塩基配列からなるhsa
-miR-642a-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0020924)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-642a-3p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc
Natl Acad Sci U S A、103巻、p3687-3692に記載さ
れる方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-642a-3p」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-642a」(miRBase
Accession No.MI0003657、配列番号343)が知られている。
【0172】
本明細書で使用される「hsa-miR-451a遺伝子」又は「hsa-miR-4
51a」という用語は、配列番号130で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
51a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0001631
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-451
a遺伝子は、Altuvia Yら、2005年、Nucleic Acids Res
、33巻、p2697-2706に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-451a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-451a」(miRBase Accession No.MI0001729、配
列番号344)が知られている。
【0173】
本明細書で使用される「hsa-miR-6870-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6870-5p」という用語は、配列番号131で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6870-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027640)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6870-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6870-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6870」(miRBase Accession No.MI0
022717、配列番号345)が知られている。
【0174】
本明細書で使用される「hsa-miR-4443遺伝子」又は「hsa-miR-4
443」という用語は、配列番号132で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
443遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018961
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-444
3遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4443」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4443」(miRBas
e Accession No.MI0016786、配列番号346)が知られている
。
【0175】
本明細書で使用される「hsa-miR-6808-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6808-5p」という用語は、配列番号133で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6808-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027516)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6808-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6808-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6808」(miRBase Accession No.MI0
022653、配列番号347)が知られている。
【0176】
本明細書で使用される「hsa-miR-4728-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4728-5p」という用語は、配列番号134で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4728-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019849)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4728-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4728-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4728」(miRBase Accession No.MI00173
65、配列番号348)が知られている。
【0177】
本明細書で使用される「hsa-miR-937-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-937-5p」という用語は、配列番号135で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-937-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
022938)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-937-5p遺伝子は、Lui WOら、2007年、Cancer Res、6
7巻、p6031-6043に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-937-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-937」(miRBase Accession No.MI0005759、配列
番号349)が知られている。
【0178】
本明細書で使用される「hsa-miR-135a-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-135a-3p」という用語は、配列番号136で表される塩基配列からなるhsa
-miR-135a-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0004595)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-135a-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002
年、Curr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ること
ができる。また、「hsa-miR-135a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様
構造をとる「hsa-mir-135a-1」(miRBase Accession
No.MI0000452、配列番号350)が知られている。
【0179】
本明細書で使用される「hsa-miR-663b遺伝子」又は「hsa-miR-6
63b」という用語は、配列番号137で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
63b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005867
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-663
b遺伝子は、Takada Sら、2008年、Leukemia、22巻、p1274
-1278に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-66
3b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-663b」(mi
RBase Accession No.MI0006336、配列番号351)が知ら
れている。
【0180】
本明細書で使用される「hsa-miR-1343-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1343-5p」という用語は、配列番号138で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1343-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027038)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-1343-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-1343-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-1343」(miRBase Accession No.MI00173
20、配列番号223)が知られている。
【0181】
本明細書で使用される「hsa-miR-6822-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6822-5p」という用語は、配列番号139で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6822-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027544)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6822-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6822-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6822」(miRBase Accession No.MI0
022667、配列番号352)が知られている。
【0182】
本明細書で使用される「hsa-miR-6803-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6803-5p」という用語は、配列番号140で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6803-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027506)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6803-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6803-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6803」(miRBase Accession No.MI0
022648、配列番号353)が知られている。
【0183】
本明細書で使用される「hsa-miR-6805-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6805-3p」という用語は、配列番号141で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6805-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027511)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6805-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6805-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6805」(miRBase Accession No.MI0
022650、配列番号354)が知られている。
【0184】
本明細書で使用される「hsa-miR-128-2-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-128-2-5p」という用語は、配列番号142で表される塩基配列からなるh
sa-miR-128-2-5p遺伝子(miRBase Accession No.
MIMAT0031095)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する
。hsa-miR-128-2-5p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、
2002年、Curr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって
得ることができる。また、「hsa-miR-128-2-5p」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-128-2」(miRBase Access
ion No.MI0000727、配列番号355)が知られている。
【0185】
本明細書で使用される「hsa-miR-4640-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4640-5p」という用語は、配列番号143で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4640-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019699)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4640-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4640-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4640」(miRBase Accession No.MI00172
67、配列番号356)が知られている。
【0186】
本明細書で使用される「hsa-miR-1469遺伝子」又は「hsa-miR-1
469」という用語は、配列番号144で表される塩基配列からなるhsa-miR-1
469遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007347
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-146
9遺伝子は、Kawaji Hら、2008年、BMC Genomics、9巻、p1
57に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1469」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1469」(miRBa
se Accession No.MI0007074、配列番号357)が知られてい
る。
【0187】
本明細書で使用される「hsa-miR-92a-2-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-92a-2-5p」という用語は、配列番号145で表される塩基配列からなるh
sa-miR-92a-2-5p遺伝子(miRBase Accession No.
MIMAT0004508)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する
。hsa-miR-92a-2-5p遺伝子は、Mourelatos Zら、2002
年、Genes Dev、16巻、p720-728に記載される方法によって得ること
ができる。また、「hsa-miR-92a-2-5p」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-92a-2」(miRBase Accession
No.MI0000094、配列番号358)が知られている。
【0188】
本明細書で使用される「hsa-miR-3940-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3940-5p」という用語は、配列番号146で表される塩基配列からなるhsa
-miR-3940-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019229)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-3940-5p遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS On
e、5巻、e10563に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-
miR-3940-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir
-3940」(miRBase Accession No.MI0016597、配列
番号359)が知られている。
【0189】
本明細書で使用される「hsa-miR-4281遺伝子」又は「hsa-miR-4
281」という用語は、配列番号147で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
281遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016907
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-428
1遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4281」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4281」(miRBase A
ccession No.MI0015885、配列番号360)が知られている。
【0190】
本明細書で使用される「hsa-miR-1260b遺伝子」又は「hsa-miR-
1260b」という用語は、配列番号148で表される塩基配列からなるhsa-miR
-1260b遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015
041)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
1260b遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9
685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1260
b」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1260b」(mi
RBase Accession No.MI0014197、配列番号361)が知ら
れている。
【0191】
本明細書で使用される「hsa-miR-4758-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4758-5p」という用語は、配列番号149で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4758-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019903)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4758-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4758-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4758」(miRBase Accession No.MI00173
99、配列番号362)が知られている。
【0192】
本明細書で使用される「hsa-miR-1915-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1915-5p」という用語は、配列番号150で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1915-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0007891)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-1915-5p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cell
s、26巻、p2496-2505に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-1915-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-1915」(miRBase Accession No.MI00083
36、配列番号334)が知られている。
【0193】
本明細書で使用される「hsa-miR-5001-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-5001-5p」という用語は、配列番号151で表される塩基配列からなるhsa
-miR-5001-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0021021)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-5001-5p遺伝子は、Hansen TBら、2011年、RNA B
iol、8巻、p378-383に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-5001-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-5001」(miRBase Accession No.MI001786
7、配列番号363)が知られている。
【0194】
本明細書で使用される「hsa-miR-4286遺伝子」又は「hsa-miR-4
286」という用語は、配列番号152で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
286遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016916
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-428
6遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4286」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4286」(miRBase A
ccession No.MI0015894、配列番号364)が知られている。
【0195】
本明細書で使用される「hsa-miR-6126遺伝子」又は「hsa-miR-6
126」という用語は、配列番号153で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
126遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0024599
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-612
6遺伝子は、Smith JLら、2012年、J Virol、86巻、p5278-
5287に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-612
6」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6126」(miR
Base Accession No.MI0021260、配列番号365)が知られ
ている。
【0196】
本明細書で使用される「hsa-miR-6789-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6789-5p」という用語は、配列番号154で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6789-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027478)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6789-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6789-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6789」(miRBase Accession No.MI0
022634、配列番号366)が知られている。
【0197】
本明細書で使用される「hsa-miR-4459遺伝子」又は「hsa-miR-4
459」という用語は、配列番号155で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
459遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018981
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-445
9遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4459」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4459」(miRBas
e Accession No.MI0016805、配列番号367)が知られている
。
【0198】
本明細書で使用される「hsa-miR-1268a遺伝子」又は「hsa-miR-
1268a」という用語は、配列番号156で表される塩基配列からなるhsa-miR
-1268a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005
922)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
1268a遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻
、p610-621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-1268a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-126
8a」(miRBase Accession No.MI0006405、配列番号3
68)が知られている。
【0199】
本明細書で使用される「hsa-miR-6752-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6752-5p」という用語は、配列番号157で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6752-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027404)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6752-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6752-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6752」(miRBase Accession No.MI0
022597、配列番号369)が知られている。
【0200】
本明細書で使用される「hsa-miR-6131遺伝子」又は「hsa-miR-6
131」という用語は、配列番号158で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
131遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0024615
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-613
1遺伝子は、Dannemann Mら、2012年、Genome Biol Evo
l、4巻、p552-564に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-6131」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6131」(miRBase Accession No.MI0021276、配列番
号370)が知られている。
【0201】
本明細書で使用される「hsa-miR-6800-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6800-5p」という用語は、配列番号159で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6800-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027500)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6800-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6800-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6800」(miRBase Accession No.MI0
022645、配列番号371)が知られている。
【0202】
本明細書で使用される「hsa-miR-4532遺伝子」又は「hsa-miR-4
532」という用語は、配列番号160で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
532遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019071
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-453
2遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4532」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4532」(miRBas
e Accession No.MI0016899、配列番号372)が知られている
。
【0203】
本明細書で使用される「hsa-miR-6872-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6872-3p」という用語は、配列番号161で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6872-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027645)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6872-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6872-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6872」(miRBase Accession No.MI0
022719、配列番号373)が知られている。
【0204】
本明細書で使用される「hsa-miR-718遺伝子」又は「hsa-miR-71
8」という用語は、配列番号162で表される塩基配列からなるhsa-miR-718
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0012735)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-718遺伝子
は、Artzi Sら、2008年、BMC Bioinformatics、9巻、p
39に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-718」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-718」(miRBase
Accession No.MI0012489、配列番号374)が知られている。
【0205】
本明細書で使用される「hsa-miR-6769a-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-6769a-5p」という用語は、配列番号163で表される塩基配列からなるh
sa-miR-6769a-5p遺伝子(miRBase Accession No.
MIMAT0027438)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する
。hsa-miR-6769a-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、G
enome Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ること
ができる。また、「hsa-miR-6769a-5p」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-6769a」(miRBase Accession
No.MI0022614、配列番号375)が知られている。
【0206】
本明細書で使用される「hsa-miR-4707-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4707-3p」という用語は、配列番号164で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4707-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019808)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4707-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4707-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4707」(miRBase Accession No.MI00173
40、配列番号338)が知られている。
【0207】
本明細書で使用される「hsa-miR-6765-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6765-5p」という用語は、配列番号165で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6765-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027430)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6765-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6765-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6765」(miRBase Accession No.MI0
022610、配列番号249)が知られている。
【0208】
本明細書で使用される「hsa-miR-4739遺伝子」又は「hsa-miR-4
739」という用語は、配列番号166で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
739遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019868
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-473
9遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-473
9」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4739」(miR
Base Accession No.MI0017377、配列番号376)が知られ
ている。
【0209】
本明細書で使用される「hsa-miR-4525遺伝子」又は「hsa-miR-4
525」という用語は、配列番号167で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
525遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019064
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-452
5遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4525」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4525」(miRBas
e Accession No.MI0016892、配列番号377)が知られている
。
【0210】
本明細書で使用される「hsa-miR-4270遺伝子」又は「hsa-miR-4
270」という用語は、配列番号168で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
270遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016900
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-427
0遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4270」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4270」(miRBase A
ccession No.MI0015878、配列番号378)が知られている。
【0211】
本明細書で使用される「hsa-miR-4534遺伝子」又は「hsa-miR-4
534」という用語は、配列番号169で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
534遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019073
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-453
4遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4534」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4534」(miRBas
e Accession No.MI0016901、配列番号379)が知られている
。
【0212】
本明細書で使用される「hsa-miR-6785-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6785-5p」という用語は、配列番号170で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6785-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027470)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6785-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6785-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6785」(miRBase Accession No.MI0
022630、配列番号380)が知られている。
【0213】
本明細書で使用される「hsa-miR-6850-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6850-5p」という用語は、配列番号171で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6850-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027600)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6850-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6850-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6850」(miRBase Accession No.MI0
022696、配列番号381)が知られている。
【0214】
本明細書で使用される「hsa-miR-4697-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4697-5p」という用語は、配列番号172で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4697-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019791)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4697-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4697-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4697」(miRBase Accession No.MI00173
30、配列番号382)が知られている。
【0215】
本明細書で使用される「hsa-miR-1260a遺伝子」又は「hsa-miR-
1260a」という用語は、配列番号173で表される塩基配列からなるhsa-miR
-1260a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005
911)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
1260a遺伝子は、Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻
、p610-621に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-1260a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-126
0a」(miRBase Accession No.MI0006394、配列番号3
83)が知られている。
【0216】
本明細書で使用される「hsa-miR-4486遺伝子」又は「hsa-miR-4
486」という用語は、配列番号174で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
486遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019020
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-448
6遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4486」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4486」(miRBas
e Accession No.MI0016847、配列番号384)が知られている
。
【0217】
本明細書で使用される「hsa-miR-6880-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6880-5p」という用語は、配列番号175で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6880-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027660)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6880-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6880-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6880」(miRBase Accession No.MI0
022727、配列番号385)が知られている。
【0218】
本明細書で使用される「hsa-miR-6802-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6802-5p」という用語は、配列番号176で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6802-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027504)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6802-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6802-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6802」(miRBase Accession No.MI0
022647、配列番号386)が知られている。
【0219】
本明細書で使用される「hsa-miR-6861-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6861-5p」という用語は、配列番号177で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6861-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027623)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6861-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6861-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6861」(miRBase Accession No.MI0
022708、配列番号387)が知られている。
【0220】
本明細書で使用される「hsa-miR-92b-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-92b-5p」という用語は、配列番号178で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-92b-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004792)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-92b-5p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Nat
l Acad Sci U S A、103巻、p3687-3692に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-92b-5p」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-92b」(miRBase Access
ion No.MI0003560、配列番号388)が知られている。
【0221】
本明細書で使用される「hsa-miR-1238-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1238-5p」という用語は、配列番号179で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1238-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0022947)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-1238-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol
Cell、28巻、p328-336に記載される方法によって得ることができる。ま
た、「hsa-miR-1238-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-1238」(miRBase Accession No.MI000
6328、配列番号389)が知られている。
【0222】
本明細書で使用される「hsa-miR-6851-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6851-5p」という用語は、配列番号180で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6851-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027602)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6851-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6851-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6851」(miRBase Accession No.MI0
022697、配列番号390)が知られている。
【0223】
本明細書で使用される「hsa-miR-7704遺伝子」又は「hsa-miR-7
704」という用語は、配列番号181で表される塩基配列からなるhsa-miR-7
704遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030019
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-770
4遺伝子は、Swaminathan Sら、2013年、Biochem Bioph
ys Res Commun、434巻、p228-234に記載される方法によって得
ることができる。また、「hsa-miR-7704」は、その前駆体としてヘアピン様
構造をとる「hsa-mir-7704」(miRBase Accession No
.MI0025240、配列番号391)が知られている。
【0224】
本明細書で使用される「hsa-miR-149-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-149-3p」という用語は、配列番号182で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-149-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004609)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-149-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Cu
rr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-149-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-149」(miRBase Accession No.MI000
0478、配列番号392)が知られている。
【0225】
本明細書で使用される「hsa-miR-4689遺伝子」又は「hsa-miR-4
689」という用語は、配列番号183で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
689遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019778
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-468
9遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-468
9」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4689」(miR
Base Accession No.MI0017322、配列番号393)が知られ
ている。
【0226】
本明細書で使用される「hsa-miR-4688遺伝子」又は「hsa-miR-4
688」という用語は、配列番号184で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
688遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019777
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-468
8遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-468
8」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4688」(miR
Base Accession No.MI0017321、配列番号394)が知られ
ている。
【0227】
本明細書で使用される「hsa-miR-125a-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-125a-3p」という用語は、配列番号185で表される塩基配列からなるhsa
-miR-125a-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0004602)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-125a-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002
年、Curr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ること
ができる。また、「hsa-miR-125a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様
構造をとる「hsa-mir-125a」(miRBase Accession No
.MI0000469、配列番号395)が知られている。
【0228】
本明細書で使用される「hsa-miR-23b-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-23b-3p」という用語は、配列番号186で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-23b-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
000418)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-23b-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Cu
rr Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-23b-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-23b」(miRBase Accession No.MI000
0439、配列番号396)が知られている。
【0229】
本明細書で使用される「hsa-miR-614遺伝子」又は「hsa-miR-61
4」という用語は、配列番号187で表される塩基配列からなるhsa-miR-614
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003282)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-614遺伝子
は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-614」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-614」(miRBase Accession No.MI000362
7、配列番号397)が知られている。
【0230】
本明細書で使用される「hsa-miR-1913遺伝子」又は「hsa-miR-1
913」という用語は、配列番号188で表される塩基配列からなるhsa-miR-1
913遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007888
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-191
3遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496-
2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-191
3」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1913」(miR
Base Accession No.MI0008334、配列番号398)が知られ
ている。
【0231】
本明細書で使用される「hsa-miR-16-5p遺伝子」又は「hsa-miR-
16-5p」という用語は、配列番号189で表される塩基配列からなるhsa-miR
-16-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000
069)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
16-5p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2001年、Scienc
e、294巻、p853-858に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-16-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-m
ir-16-1、hsa-mir-16-2」(miRBase Accession
No.MI0000070、MI0000115、配列番号399、400)が知られて
いる。
【0232】
本明細書で使用される「hsa-miR-675-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-675-5p」という用語は、配列番号190で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-675-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004284)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-675-5p遺伝子は、Cai Xら、2007年、RNA、13巻、p313-
316に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-675-
5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-675」(miR
Base Accession No.MI0005416、配列番号401)が知られ
ている。
【0233】
本明細書で使用される「hsa-miR-486-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-486-3p」という用語は、配列番号191で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-486-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004762)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-486-3p遺伝子は、Fu Hら、2005年、FEBS Lett、579巻
、p3849-3854に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-
miR-486-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
486、hsa-mir-486-2」(miRBase Accession No.
MI0002470、MI0023622、配列番号402、403)が知られている。
【0234】
本明細書で使用される「hsa-miR-6777-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6777-5p」という用語は、配列番号192で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6777-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027454)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6777-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6777-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6777」(miRBase Accession No.MI0
022622、配列番号404)が知られている。
【0235】
本明細書で使用される「hsa-miR-4497遺伝子」又は「hsa-miR-4
497」という用語は、配列番号193で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
497遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019032
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-449
7遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e12
7に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4497」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4497」(miRBas
e Accession No.MI0016859、配列番号405)が知られている
。
【0236】
本明細書で使用される「hsa-miR-296-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-296-3p」という用語は、配列番号194で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-296-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
004679)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-296-3p遺伝子は、Houbaviy HBら、2003年、Dev Cel
l、5巻、p351-358に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-296-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-296」(miRBase Accession No.MI0000747、配列
番号406)が知られている。
【0237】
本明細書で使用される「hsa-miR-6738-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6738-5p」という用語は、配列番号195で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6738-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027377)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6738-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6738-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6738」(miRBase Accession No.MI0
022583、配列番号407)が知られている。
【0238】
本明細書で使用される「hsa-miR-4731-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4731-5p」という用語は、配列番号196で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4731-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019853)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4731-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4731-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4731」(miRBase Accession No.MI00173
68、配列番号408)が知られている。
【0239】
本明細書で使用される「hsa-miR-6889-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6889-5p」という用語は、配列番号197で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6889-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027678)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6889-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6889-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6889」(miRBase Accession No.MI0
022736、配列番号409)が知られている。
【0240】
本明細書で使用される「hsa-miR-6786-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6786-5p」という用語は、配列番号198で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6786-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027472)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6786-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6786-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6786」(miRBase Accession No.MI0
022631、配列番号410)が知られている。
【0241】
本明細書で使用される「hsa-miR-92a-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-92a-3p」という用語は、配列番号199で表される塩基配列からなるhsa-m
iR-92a-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0
000092)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-m
iR-92a-3p遺伝子は、Mourelatos Zら、2002年、Genes
Dev、16巻、p720-728に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-92a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-92a-1、hsa-mir-92a-2」(miRBase Access
ion No.MI0000093、MI0000094、配列番号411、358)が
知られている。
【0242】
本明細書で使用される「hsa-miR-4294遺伝子」又は「hsa-miR-4
294」という用語は、配列番号200で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
294遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0016849
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-429
4遺伝子は、Goff LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4294」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4294」(miRBase A
ccession No.MI0015827、配列番号412)が知られている。
【0243】
本明細書で使用される「hsa-miR-4763-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4763-3p」という用語は、配列番号201で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4763-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019913)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4763-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4763-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4763」(miRBase Accession No.MI00174
04、配列番号413)が知られている。
【0244】
本明細書で使用される「hsa-miR-6076遺伝子」又は「hsa-miR-6
076」という用語は、配列番号202で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
076遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023701
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-607
6遺伝子は、Voellenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472-4
84に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6076」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6076」(miRBa
se Accession No.MI0020353、配列番号414)が知られてい
る。
【0245】
本明細書で使用される「hsa-miR-663a遺伝子」又は「hsa-miR-6
63a」という用語は、配列番号203で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
63a遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0003326
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-663
a遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad S
ci U S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ること
ができる。また、「hsa-miR-663a」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-663a」(miRBase Accession No.MI
0003672、配列番号415)が知られている。
【0246】
本明細書で使用される「hsa-miR-760遺伝子」又は「hsa-miR-76
0」という用語は、配列番号204で表される塩基配列からなるhsa-miR-760
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004957)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-760遺伝子
は、Berezikov Eら、2006年、Genome Res、16巻、p128
9-1298に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7
60」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-760」(miR
Base Accession No.MI0005567、配列番号416)が知られ
ている。
【0247】
本明細書で使用される「hsa-miR-4667-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4667-5p」という用語は、配列番号205で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4667-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019743)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4667-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4667-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4667」(miRBase Accession No.MI00172
97、配列番号417)が知られている。
【0248】
本明細書で使用される「hsa-miR-6090遺伝子」又は「hsa-miR-6
090」という用語は、配列番号206で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
090遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023715
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-609
0遺伝子は、Yoo JKら、2012年、Stem Cells Dev、21巻、p
2049-2057に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6090」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6090
」(miRBase Accession No.MI0020367、配列番号418
)が知られている。
【0249】
本明細書で使用される「hsa-miR-4730遺伝子」又は「hsa-miR-4
730」という用語は、配列番号207で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
730遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019852
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-473
0遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p7
8-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-473
0」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4730」(miR
Base Accession No.MI0017367、配列番号419)が知られ
ている。
【0250】
本明細書で使用される「hsa-miR-7106-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7106-5p」という用語は、配列番号208で表される塩基配列からなるhsa
-miR-7106-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0028109)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-7106-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-7106-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-7106」(miRBase Accession No.MI0
022957、配列番号420)が知られている。
【0251】
本明細書で使用される「hsa-miR-3196遺伝子」又は「hsa-miR-3
196」という用語は、配列番号209で表される塩基配列からなるhsa-miR-3
196遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015080
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-319
6遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に
記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3196」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3196」(miRBase
Accession No.MI0014241、配列番号421)が知られている。
【0252】
本明細書で使用される「hsa-miR-5698遺伝子」又は「hsa-miR-5
698」という用語は、配列番号210で表される塩基配列からなるhsa-miR-5
698遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022491
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-569
8遺伝子は、Watahiki Aら、2011年、PLoS One、6巻、e249
50に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-5698」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-5698」(miRBa
se Accession No.MI0019305、配列番号422)が知られてい
る。
【0253】
本明細書で使用される「hsa-miR-6087遺伝子」又は「hsa-miR-6
087」という用語は、配列番号211で表される塩基配列からなるhsa-miR-6
087遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0023712
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-608
7遺伝子は、Yoo JKら、2012年、Stem Cells Dev、21巻、p
2049-2057に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6087」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6087
」(miRBase Accession No.MI0020364、配列番号423
)が知られている。
【0254】
本明細書で使用される「hsa-miR-4665-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4665-5p」という用語は、配列番号212で表される塩基配列からなるhsa
-miR-4665-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0019739)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-4665-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cance
r Res、71巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-4665-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hs
a-mir-4665」(miRBase Accession No.MI00172
95、配列番号275)が知られている。
【0255】
本明細書で使用される「hsa-miR-8059遺伝子」又は「hsa-miR-8
059」という用語は、配列番号213で表される塩基配列からなるhsa-miR-8
059遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030986
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-805
9遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に
記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-8059」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-8059」(miRBase
Accession No.MI0025895、配列番号424)が知られている。
【0256】
本明細書で使用される「hsa-miR-6879-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6879-5p」という用語は、配列番号214で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6879-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027658)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hs
a-miR-6879-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genom
e Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-6879-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-6879」(miRBase Accession No.MI0
022726、配列番号425)が知られている。
【0257】
本明細書で使用される「hsa-miR-6717-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6717-5p」という用語は、配列番号666で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6717-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0025846)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-6717-5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻
、p330-335に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6717-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
717」(miRBase Accession No.MI0022551、配列番号
677)が知られている。
【0258】
本明細書で使用される「hsa-miR-3648遺伝子」又は「hsa-miR-3
648」という用語は、配列番号667で表される塩基配列からなるhsa-miR-3
648遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018068
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-36
48遺伝子は、Meiri Eら、2010年、Nucleic Acids Res、
38巻、p6234-6246に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-3648」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir
-3648」(miRBase Accession No.MI0016048、配列
番号678)が知られている。
【0259】
本明細書で使用される「hsa-miR-3162-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3162-5p」という用語は、配列番号668で表される塩基配列からなるhsa
-miR-3162-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0015036)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-3162-5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS
One、5巻、e9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-3162-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-3162」(miRBase Accession No.MI0014192、配
列番号679)が知られている。
【0260】
本明細書で使用される「hsa-miR-1909-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1909-3p」という用語は、配列番号669で表される塩基配列からなるhsa
-miR-1909-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0007883)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-1909-3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cel
ls、26巻、p2496-2505に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-1909-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-1909」(miRBase Accession No.MI0008
330、配列番号680)が知られている。
【0261】
本明細書で使用される「hsa-miR-8073遺伝子」又は「hsa-miR-8
073」という用語は、配列番号670で表される塩基配列からなるhsa-miR-8
073遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0031000
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-80
73遺伝子は、Wang HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-8073」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-8073」(miRBase
Accession No.MI0025909、配列番号681)が知られている。
【0262】
本明細書で使用される「hsa-miR-6769b-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-6769b-5p」という用語は、配列番号671で表される塩基配列からなるh
sa-miR-6769b-5p遺伝子(miRBase Accession No.
MIMAT0027620)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含され
る。hsa-miR-6769b-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、
Genome Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得るこ
とができる。また、「hsa-miR-6769b-5p」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-6769b」(miRBase Accession
No.MI0022706、配列番号682)が知られている。
【0263】
本明細書で使用される「hsa-miR-6836-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6836-3p」という用語は、配列番号672で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6836-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027575)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-6836-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Geno
me Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができ
る。また、「hsa-miR-6836-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-6836」(miRBase Accession No.MI
0022682、配列番号683)が知られている。
【0264】
本明細書で使用される「hsa-miR-4484遺伝子」又は「hsa-miR-4
484」という用語は、配列番号673で表される塩基配列からなるhsa-miR-4
484遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019018
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-44
84遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e1
27に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4484」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4484」(miRBa
se Accession No.MI0016845、配列番号684)が知られてい
る。
【0265】
本明細書で使用される「hsa-miR-6819-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6819-5p」という用語は、配列番号674で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6819-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027538)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-6819-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Geno
me Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができ
る。また、「hsa-miR-6819-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-6819」(miRBase Accession No.MI
0022664、配列番号685)が知られている。
【0266】
本明細書で使用される「hsa-miR-6794-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6794-5p」という用語は、配列番号675で表される塩基配列からなるhsa
-miR-6794-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIM
AT0027488)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。h
sa-miR-6794-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Geno
me Res、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができ
る。また、「hsa-miR-6794-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-6794」(miRBase Accession No.MI
0022639、配列番号686)が知られている。
【0267】
本明細書で使用される「hsa-miR-24-3p遺伝子」又は「hsa-miR-
24-3p」という用語は、配列番号676で表される塩基配列からなるhsa-miR
-24-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000
080)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR
-24-3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2001年、Scien
ce、294巻、p853-858に記載される方法によって得ることができる。また、
「hsa-miR-24-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-
mir-24-1,hsa-mir-24-2」(miRBase Accession
No.MI0000080、MI0000081、配列番号687、688)が知られ
ている。
【0268】
また、成熟型のmiRNAは、ヘアピン様構造をとるRNA前駆体から成熟型miRN
Aとして切出されるときに、配列の前後1~数塩基が短く、又は長く切出されることや、
塩基の置換が生じて変異体となることがあり、isomiRと称される(Morin R
D.ら、2008年、Genome Res.、第18巻、p.610-621)。mi
RBase Release20では、配列番号1~214及び666~676のいずれ
かで表される塩基配列のほかに、数々のisomiRと呼ばれる配列番号426~665
及び689~700のいずれかで表される塩基配列の変異体及び断片も示されている。こ
れらの変異体もまた、配列番号1~214及び666~676のいずれかで表される塩基
配列を有するmiRNAとして得ることができる。
【0269】
すなわち、本発明の配列番号1、2、6、9、13、18、20、21、23、28、
29、30、31、34、36、40、41、46、47、50、52、54、55、5
6、58、64、66、67、68、72、73、74、76、77、79、80、83
、84、85、87、89、90、91、92、93、94、95、97、99、100
、101、102、104、108、110、112、113、114、117、118
、120、121、122、124、125、126、127、128、129、130
、132、134、135、136、137、142、143、145、146、147
、148、149、150、151、152、153、155、156、158、160
、162、164、166、167、173、174、178、182、183、184
、185、186、187、188、189、190、191、193、194、196
、199、201、203、204、205、207、209、210、211、212
、666、667、668、669、673及び676で表される塩基配列もしくは該塩
基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチドの変異体のうち、例えば
miRBase Release 20に登録されている最も長い変異体として、それぞ
れ配列番号426、428、430、432、434、436、438、440、442
、444、446、448、450、452、454、456、458、460、462
、464、466、468、470、472、474、476、478、480、482
、484、486、488、490、492、494、496、498、500、502
、504、506、508、510、512、514、516、518、520、522
、524、526、528、530、532、534、536、538、540、542
、544、546、548、550、552、554、556、558、560、562
、564、566、568、570、572、574、576、578、580、582
、584、586、588、590、592、594、596、598、600、602
、604、606、608、610、612、614、616、618、620、622
、624、626、628、630、632、634、636、638、640、642
、644、646、648、650、652、654、656、658、660、662
、664、689、691、693、695、697及び699で表されるポリヌクレオ
チドが挙げられる。また、本発明の配列番号1、2、6、9、13、18、20、21、
23、28、29、30、31、34、36、40、41、46、47、50、52、5
4、55、56、58、64、66、67、68、72、73、74、76、77、79
、80、83、84、85、87、89、90、91、92、93、94、95、97、
99、100、101、102、104、108、110、112、113、114、1
17、118、120、121、122、124、125、126、127、128、1
29、130、132、134、135、136、137、142、143、145、1
46、147、148、149、150、151、152、153、155、156、1
58、160、162、164、166、167、173、174、178、182、1
83、184、185、186、187、188、189、190、191、193、1
94、196、199、201、203、204、205、207、209、210、2
11、212、666、667、668、669、673及び676で表される塩基配列
もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、の変異体
のうち、例えばmiRBase Release 20に登録されている最も短い変異体
として、それぞれ配列番号427、429、431、433、435、437、439、
441、443、445、447、449、451、453、455、457、459、
461、463、465、467、469、471、473、475、477、479、
481、483、485、487、489、491、493、495、497、499、
501、503、505、507、509、511、513、515、517、519、
521、523、525、527、529、531、533、535、537、539、
541、543、545、547、549、551、553、555、557、559、
561、563、565、567、569、571、573、575、577、579、
581、583、585、587、589、591、593、595、597、599、
601、603、605、607、609、611、613、615、617、619、
621、623、625、627、629、631、633、635、637、639、
641、643、645、647、649、651、653、655、657、659、
661、663、665、690、692、694、696、698及び700で表され
る配列のポリヌクレオチドが挙げられる。また、これらの変異体及び断片以外にも、mi
RBaseに登録された、配列番号1~214及び666~676で表される塩基配列か
らなる数々のisomiRであるポリヌクレオチドが挙げられる。さらに、配列番号1~
214及び666~676のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチドの例と
しては、それぞれ前駆体である配列番号215~425及び677~688のいずれかで
表されるポリヌクレオチドが挙げられる。
【0270】
配列番号1~700で表される塩基配列からなる遺伝子の名称とmiRBase Ac
cession No.(登録番号)を表1に記載した。
【0271】
本明細書において「特異的に結合可能な」とは、本発明で使用する核酸プローブ又はプ
ライマーが、特定の標的核酸と結合し、他の核酸と実質的に結合できないことを意味する
。
【0272】
【0273】
【0274】
【0275】
【0276】
【0277】
【0278】
【0279】
【0280】
【0281】
【0282】
【0283】
【0284】
【0285】
【0286】
【0287】
【0288】
【0289】
【0290】
【0291】
本明細書は本願の優先権の基礎である日本国特許出願2014-125036号、2015-070379号の
明細書及び/又は図面に記載される内容を包含する。
【発明の効果】
【0292】
本発明により、食道がんを容易にかつ高い精度で検出することが可能になった。例えば
、低侵襲的に採取できる患者の血液、血清及び又は血漿中の数個のmiRNA測定値を指
標とし、容易に患者が食道がんであるか否かを検出することができる。
【図面の簡単な説明】
【0293】
【
図1】この図は、前駆体である配列番号223で表される塩基配列からなるhsa-mir-1343から生成される配列番号9で表される塩基配列からなるhsa-miR-1343-3p、及び配列番号138で表される塩基配列からなるhsa-miR-1343-5pの関係を示す。
【
図2】左図:学習検体群として選択した健常体(100人)と食道がん患者(34人)のhsa-miR-204-3p(配列番号1)の発現量測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の水平線はフィッシャーの判別分析によって最適化された、両群を判別する閾値(12.3)を示す。右図:テスト検体群として選択した健常体(50人)と食道がん患者(16人)のhsa-miR-204-3p(配列番号1)の発現量測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の水平線は学習検体群で設定した、両群を判別する閾値(12.3)を示す。
【
図3】左図:学習検体群として選択した健常体(100人、丸)と食道がん患者(34人、三角)のhsa-miR-1247-3p(配列番号2)の発現量測定値を横軸として、hsa-miR-6857-5p(配列番号4)の発現量測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の線はフィッシャーの判別分析によって最適化された、両群を判別する判別関数(0=2.42x+y-21.17)を示す。右図:テスト検体群として選択した健常体(50人、丸)と食道がん患者(34人、三角)のhsa-miR-1247-3p(配列番号2)の発現量測定値を横軸として、hsa-miR-6857-5p(配列番号4)の発現量測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の線は学習検体群で設定した、両群を判別する閾値(0=2.42x+y-21.17)を示す。
【
図4】A:学習検体群として選択した食道がん患者34人、健常体103人、膵臓がん患者69人、胆道がん患者66人、大腸がん患者30人、胃がん患者33人、肝がん患者32人、及び、膵胆道良性疾患患者15人のhsa-miR-204-3p(配列番号1)、hsa-miR-6726-5p(配列番号5)、hsa-miR-4723-5p(配列番号85)、hsa-miR-1343-5p(配列番号138)、hsa-miR-4739(配列番号166)、hsa-miR-6717-5p(配列番号666)の発現量測定値からフィッシャーの判別分析を用いて判別式を作成し(-2.65xhsa-miR-4739―3.01xhsa-miR-1343-5p+0.69xhsa-miR-204-3p+0.95xhsa-miR-4723-5p-0.56xhsa-miR-6726-5p-0.99xhsa-miR-6717-5p+57.33)、該判別式から得られた判別得点を縦軸とし、検体群を横軸として表したものである。図中の点線は判別得点が0となる両群を判別する判別境界を示す。B:テスト検体群として選択した食道がん患者16人、健常体47人、膵臓がん患者30人、胆道がん患者33人、大腸がん患者20人、胃がん患者17人、肝がん患者20人、及び膵胆道良性疾患患者6名のhsa-miR-204-3p(配列番号1)、hsa-miR-6726-5p(配列番号5)、hsa-miR-4723-5p(配列番号85)、hsa-miR-1343-5p(配列番号138)、hsa-miR-4739(配列番号166)、hsa-miR-6717-5p(配列番号666)の発現量測定値に対して、学習検体群で作成した該判別式から得られた判別得点を縦軸とし、検体群を横軸として表したものである。図中の点線は判別得点が0となる両群を判別する判別境界を示す。
【発明を実施するための形態】
【0294】
以下に本発明をさらに具体的に説明する。
1.食道がんの標的核酸
本発明の上記定義の食道がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、食道が
ん又は食道がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、食道がんマーカーとして
の主要な標的核酸には、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-1247-3
p、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-mi
R-6726-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-8069、hsa-
miR-4257、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-7108-5p
、hsa-miR-6825-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-31
85、hsa-miR-4746-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-m
iR-6893-5p、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-3135
b、hsa-miR-6781-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-mi
R-4792、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4417、hsa-
miR-3184-5p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1231
、hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-
4433-3p、hsa-miR-6125、hsa-miR-4513、hsa-mi
R-6787-5p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-615-5p
、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-68
42-5p、hsa-miR-8063、hsa-miR-6780b-5p、hsa-
miR-187-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-6729
-5p、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-
miR-7110-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-1233-5p
、hsa-miR-6845-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-44
67、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6088、hsa-miR-
6782-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4454、hsa
-miR-6724-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-4516、h
sa-miR-6756-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-6
826-5p、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-6887-5p、h
sa-miR-3679-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6
721-5p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-939-5p、h
sa-miR-602、hsa-miR-7977、hsa-miR-6749-5p、
hsa-miR-1914-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-469
5-5p、hsa-miR-6848-5p、hsa-miR-1228-3p、hsa
-miR-642b-3p、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-362
0-5p、hsa-miR-3131、hsa-miR-6732-5p、hsa-mi
R-7113-3p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-3154、hs
a-miR-4723-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-47
34、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR-
4476、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1249、hsa-miR
-6515-3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-4741、hsa
-miR-6766-3p、hsa-miR-4673、hsa-miR-6779-5
p、hsa-miR-4706、hsa-miR-1268b、hsa-miR-463
2-5p、hsa-miR-3197、hsa-miR-6798-5p、hsa-mi
R-711、hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6763-5p、hs
a-miR-6727-5p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-68
24-5p、hsa-miR-4648、hsa-miR-1227-5p、hsa-m
iR-564、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-2861、hsa-
miR-6737-5p、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-6716
-5p、hsa-miR-4675、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR
-671-5p、hsa-miR-3656、hsa-miR-6722-3p、hsa
-miR-4707-5p、hsa-miR-4449、hsa-miR-1202、h
sa-miR-4649-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-64
2a-3p、hsa-miR-451a、hsa-miR-6870-5p、hsa-m
iR-4443、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-4728-5p、
hsa-miR-937-5p、hsa-miR-135a-3p、hsa-miR-6
63b、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-6822-5p、hsa-
miR-6803-5p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-128-
2-5p、hsa-miR-4640-5p、hsa-miR-1469、hsa-mi
R-92a-2-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4281、
hsa-miR-1260b、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-19
15-5p、hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-4286、hsa-m
iR-6126、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-4459、hsa
-miR-1268a、hsa-miR-6752-5p、hsa-miR-6131、
hsa-miR-6800-5p、hsa-miR-4532、hsa-miR-687
2-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-6769a-5p、hsa-mi
R-4707-3p、hsa-miR-6765-5p、hsa-miR-4739、h
sa-miR-4525、hsa-miR-4270、hsa-miR-4534、hs
a-miR-6785-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-46
97-5p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4486、hsa-miR
-6880-5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-miR-6861-5p
、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-
6851-5p、hsa-miR-7704、hsa-miR-149-3p、hsa-
miR-4689、hsa-miR-4688、hsa-miR-125a-3p、hs
a-miR-23b-3p、hsa-miR-614、hsa-miR-1913、hs
a-miR-16-5p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-3648
、hsa-miR-3162-5p、hsa-miR-1909-3p、hsa-miR
-8073、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-6836-3p、h
sa-miR-4484、hsa-miR-6819-5p、及びhsa-miR-67
94-5pからなる群から選択される少なくとも1つのmiRNAを用いることができる
。さらにこれらのmiRNAと組み合わせることができる他の食道がんマーカー、すなわ
ち、hsa-miR-575及びhsa-miR-24-3pからなるmiRNAも標的
核酸として好ましく用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせること
ができる他の食道がんマーカー、すなわち、hsa-miR-675-5p、hsa-m
iR-486-3p、hsa-miR-6777-5p、hsa-miR-4497、h
sa-miR-296-3p、hsa-miR-6738-5p、hsa-miR-47
31-5p、hsa-miR-6889-5p、hsa-miR-6786-5p、hs
a-miR-92a-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-4763-3
p、hsa-miR-6076、hsa-miR-663a、hsa-miR-760、
hsa-miR-4667-5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-473
0、hsa-miR-7106-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5
698、hsa-miR-6087、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR
-8059及びhsa-miR-6879-5pからなる群から選択される少なくとも1
つのmiRNAも標的核酸として好ましく用いることができる。
【0295】
上記のmiRNAには、例えば、配列番号1~214及び666~676のいずれかで
表される塩基配列を含むヒト遺伝子(すなわち、それぞれ、hsa-miR-204-3
p、hsa-miR-1247-3p、hsa-miR-6875-5p、hsa-mi
R-6857-5p、hsa-miR-6726-5p、hsa-miR-3188、h
sa-miR-8069、hsa-miR-4257、hsa-miR-1343-3p
、hsa-miR-7108-5p、hsa-miR-6825-5p、hsa-miR
-7641、hsa-miR-3185、hsa-miR-4746-3p、hsa-m
iR-6791-5p、hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-4433b
-3p、hsa-miR-3135b、hsa-miR-6781-5p、hsa-mi
R-1908-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-7845-5p、h
sa-miR-4417、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-1225
-5p、hsa-miR-1231、hsa-miR-1225-3p、hsa-miR
-150-3p、hsa-miR-4433-3p、hsa-miR-6125、hsa
-miR-4513、hsa-miR-6787-5p、hsa-miR-6784-5
p、hsa-miR-615-5p、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR
-5572、hsa-miR-6842-5p、hsa-miR-8063、hsa-m
iR-6780b-5p、hsa-miR-187-5p、hsa-miR-128-1
-5p、hsa-miR-6729-5p、hsa-miR-6741-5p、hsa-
miR-6757-5p、hsa-miR-7110-5p、hsa-miR-7975
、hsa-miR-1233-5p、hsa-miR-6845-5p、hsa-miR
-3937、hsa-miR-4467、hsa-miR-7109-5p、hsa-m
iR-6088、hsa-miR-6782-5p、hsa-miR-5195-3p、
hsa-miR-4454、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-807
2、hsa-miR-4516、hsa-miR-6756-5p、hsa-miR-4
665-3p、hsa-miR-6826-5p、hsa-miR-6820-5p、h
sa-miR-6887-5p、hsa-miR-3679-5p、hsa-miR-7
847-3p、hsa-miR-6721-5p、hsa-miR-3622a-5p、
hsa-miR-939-5p、hsa-miR-602、hsa-miR-7977、
hsa-miR-6749-5p、hsa-miR-1914-3p、hsa-miR-
4651、hsa-miR-4695-5p、hsa-miR-6848-5p、hsa
-miR-1228-3p、hsa-miR-642b-3p、hsa-miR-674
6-5p、hsa-miR-3620-5p、hsa-miR-3131、hsa-mi
R-6732-5p、hsa-miR-7113-3p、hsa-miR-23a-3p
、hsa-miR-3154、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-36
63-3p、hsa-miR-4734、hsa-miR-6816-5p、hsa-m
iR-4442、hsa-miR-4476、hsa-miR-423-5p、hsa-
miR-1249、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-887-3p、
hsa-miR-4741、hsa-miR-6766-3p、hsa-miR-467
3、hsa-miR-6779-5p、hsa-miR-4706、hsa-miR-1
268b、hsa-miR-4632-5p、hsa-miR-3197、hsa-mi
R-6798-5p、hsa-miR-711、hsa-miR-6840-3p、hs
a-miR-6763-5p、hsa-miR-6727-5p、hsa-miR-37
1a-5p、hsa-miR-6824-5p、hsa-miR-4648、hsa-m
iR-1227-5p、hsa-miR-564、hsa-miR-3679-3p、h
sa-miR-2861、hsa-miR-6737-5p、hsa-miR-4725
-3p、hsa-miR-6716-5p、hsa-miR-4675、hsa-miR
-1915-3p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-3656、hsa
-miR-6722-3p、hsa-miR-4707-5p、hsa-miR-444
9、hsa-miR-1202、hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-7
44-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-451a、hsa-m
iR-6870-5p、hsa-miR-4443、hsa-miR-6808-5p、
hsa-miR-4728-5p、hsa-miR-937-5p、hsa-miR-1
35a-3p、hsa-miR-663b、hsa-miR-1343-5p、hsa-
miR-6822-5p、hsa-miR-6803-5p、hsa-miR-6805
-3p、hsa-miR-128-2-5p、hsa-miR-4640-5p、hsa
-miR-1469、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-3940-
5p、hsa-miR-4281、hsa-miR-1260b、hsa-miR-47
58-5p、hsa-miR-1915-5p、hsa-miR-5001-5p、hs
a-miR-4286、hsa-miR-6126、hsa-miR-6789-5p、
hsa-miR-4459、hsa-miR-1268a、hsa-miR-6752-
5p、hsa-miR-6131、hsa-miR-6800-5p、hsa-miR-
4532、hsa-miR-6872-3p、hsa-miR-718、hsa-miR
-6769a-5p、hsa-miR-4707-3p、hsa-miR-6765-5
p、hsa-miR-4739、hsa-miR-4525、hsa-miR-4270
、hsa-miR-4534、hsa-miR-6785-5p、hsa-miR-68
50-5p、hsa-miR-4697-5p、hsa-miR-1260a、hsa-
miR-4486、hsa-miR-6880-5p、hsa-miR-6802-5p
、hsa-miR-6861-5p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-
1238-5p、hsa-miR-6851-5p、hsa-miR-7704、hsa
-miR-149-3p、hsa-miR-4689、hsa-miR-4688、hs
a-miR-125a-3p、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-614
、hsa-miR-1913、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-6717
-5p、hsa-miR-3648、hsa-miR-3162-5p、hsa-miR
-1909-3p、hsa-miR-8073、hsa-miR-6769b-5p、h
sa-miR-6836-3p、hsa-miR-4484、hsa-miR-6819
-5p、hsa-miR-6794-5phsa-miR-575、hsa-miR-2
4-3p、hsa-miR-675-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-m
iR-6777-5p、hsa-miR-4497、hsa-miR-296-3p、h
sa-miR-6738-5p、hsa-miR-4731-5p、hsa-miR-6
889-5p、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR-92a-3p、hs
a-miR-4294、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-6076、
hsa-miR-663a、hsa-miR-760、hsa-miR-4667-5p
、hsa-miR-6090、hsa-miR-4730、hsa-miR-7106-
5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5698、hsa-miR-608
7、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-8059及びhsa-miR-
6879-5p)、その同族体、その転写産物、及びその変異体又は誘導体が含まれる。
ここで、遺伝子、同族体、転写産物、変異体及び誘導体は、上記定義のとおりである。
【0296】
好ましい標的核酸は、配列番号1~700のいずれかで表される塩基配列を含むヒト遺
伝子、又はその転写産物であり、より好ましくは当該転写産物、すなわちmiRNA、そ
の前駆体RNAであるpri-miRNA又はpre-miRNAである。
【0297】
第1の標的遺伝子は、hsa-miR-204-3p遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0298】
第2の標的遺伝子は、hsa-miR-1247-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0299】
第3の標的遺伝子は、hsa-miR-6875-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0300】
第4の標的遺伝子は、hsa-miR-6857-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0301】
第5の標的遺伝子は、hsa-miR-6726-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0302】
第6の標的遺伝子は、hsa-miR-3188遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0303】
第7の標的遺伝子は、hsa-miR-8069遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0304】
第8の標的遺伝子は、hsa-miR-4257遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0305】
第9の標的遺伝子は、hsa-miR-1343-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0306】
第10の標的遺伝子は、hsa-miR-7108-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0307】
第11の標的遺伝子は、hsa-miR-6825-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0308】
第12の標的遺伝子は、hsa-miR-7641遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0309】
第13の標的遺伝子は、hsa-miR-3185遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0310】
第14の標的遺伝子は、hsa-miR-4746-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0311】
第15の標的遺伝子は、hsa-miR-6791-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0312】
第16の標的遺伝子は、hsa-miR-6893-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0313】
第17の標的遺伝子は、hsa-miR-4433b-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0314】
第18の標的遺伝子は、hsa-miR-3135b遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0315】
第19の標的遺伝子は、hsa-miR-6781-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0316】
第20の標的遺伝子は、hsa-miR-1908-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0317】
第21の標的遺伝子は、hsa-miR-4792遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0318】
第22の標的遺伝子は、hsa-miR-7845-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0319】
第23の標的遺伝子は、hsa-miR-4417遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0320】
第24の標的遺伝子は、hsa-miR-3184-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0321】
第25の標的遺伝子は、hsa-miR-1225-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0322】
第26の標的遺伝子は、hsa-miR-1231遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0323】
第27の標的遺伝子は、hsa-miR-1225-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0324】
第28の標的遺伝子は、hsa-miR-150-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0325】
第29の標的遺伝子は、hsa-miR-4433-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0326】
第30の標的遺伝子は、hsa-miR-6125遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0327】
第31の標的遺伝子は、hsa-miR-4513遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0328】
第32の標的遺伝子は、hsa-miR-6787-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0329】
第33の標的遺伝子は、hsa-miR-6784-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0330】
第34の標的遺伝子は、hsa-miR-615-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0331】
第35の標的遺伝子は、hsa-miR-6765-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0332】
第36の標的遺伝子は、hsa-miR-5572遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0333】
第37の標的遺伝子は、hsa-miR-6842-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0334】
第38の標的遺伝子は、hsa-miR-8063遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0335】
第39の標的遺伝子は、hsa-miR-6780b-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0336】
第40の標的遺伝子は、hsa-miR-187-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0337】
第41の標的遺伝子は、hsa-miR-128-1-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0338】
第42の標的遺伝子は、hsa-miR-6729-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0339】
第43の標的遺伝子は、hsa-miR-6741-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0340】
第44の標的遺伝子は、hsa-miR-6757-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0341】
第45の標的遺伝子は、hsa-miR-7110-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0342】
第46の標的遺伝子は、hsa-miR-7975遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0343】
第47の標的遺伝子は、hsa-miR-1233-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0344】
第48の標的遺伝子は、hsa-miR-6845-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0345】
第49の標的遺伝子は、hsa-miR-3937遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0346】
第50の標的遺伝子は、hsa-miR-4467遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0347】
第51の標的遺伝子は、hsa-miR-7109-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0348】
第52の標的遺伝子は、hsa-miR-6088遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0349】
第53の標的遺伝子は、hsa-miR-6782-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0350】
第54の標的遺伝子は、hsa-miR-5195-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0351】
第55の標的遺伝子は、hsa-miR-4454遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0352】
第56の標的遺伝子は、hsa-miR-6724-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0353】
第57の標的遺伝子は、hsa-miR-8072遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0354】
第58の標的遺伝子は、hsa-miR-4516遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0355】
第59の標的遺伝子は、hsa-miR-6756-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0356】
第60の標的遺伝子は、hsa-miR-4665-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0357】
第61の標的遺伝子は、hsa-miR-6826-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0358】
第62の標的遺伝子は、hsa-miR-6820-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0359】
第63の標的遺伝子は、hsa-miR-6887-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0360】
第64の標的遺伝子は、hsa-miR-3679-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0361】
第65の標的遺伝子は、hsa-miR-7847-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0362】
第66の標的遺伝子は、hsa-miR-6721-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0363】
第67の標的遺伝子は、hsa-miR-3622a-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0364】
第68の標的遺伝子は、hsa-miR-939-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0365】
第69の標的遺伝子は、hsa-miR-602遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0366】
第70の標的遺伝子は、hsa-miR-7977遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0367】
第71の標的遺伝子は、hsa-miR-6749-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0368】
第72の標的遺伝子は、hsa-miR-1914-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0369】
第73の標的遺伝子は、hsa-miR-4651遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0370】
第74の標的遺伝子は、hsa-miR-4695-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0371】
第75の標的遺伝子は、hsa-miR-6848-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0372】
第76の標的遺伝子は、hsa-miR-1228-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0373】
第77の標的遺伝子は、hsa-miR-642b-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0374】
第78の標的遺伝子は、hsa-miR-6746-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0375】
第79の標的遺伝子は、hsa-miR-3620-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0376】
第80の標的遺伝子は、hsa-miR-3131遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0377】
第81の標的遺伝子は、hsa-miR-6732-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0378】
第82の標的遺伝子は、hsa-miR-7113-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0379】
第83の標的遺伝子は、hsa-miR-23a-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0380】
第84の標的遺伝子は、hsa-miR-3154遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0381】
第85の標的遺伝子は、hsa-miR-4723-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0382】
第86の標的遺伝子は、hsa-miR-3663-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0383】
第87の標的遺伝子は、hsa-miR-4734遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0384】
第88の標的遺伝子は、hsa-miR-6816-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0385】
第89の標的遺伝子は、hsa-miR-4442遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0386】
第90の標的遺伝子は、hsa-miR-4476遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0387】
第91の標的遺伝子は、hsa-miR-423-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0388】
第92の標的遺伝子は、hsa-miR-1249遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0389】
第93の標的遺伝子は、hsa-miR-6515-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0390】
第94の標的遺伝子は、hsa-miR-887-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0391】
第95の標的遺伝子は、hsa-miR-4741遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0392】
第96の標的遺伝子は、hsa-miR-6766-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0393】
第97の標的遺伝子は、hsa-miR-4673遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0394】
第98の標的遺伝子は、hsa-miR-6779-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0395】
第99の標的遺伝子は、hsa-miR-4706遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0396】
第100の標的遺伝子は、hsa-miR-1268b遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0397】
第101の標的遺伝子は、hsa-miR-4632-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0398】
第102の標的遺伝子は、hsa-miR-3197遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0399】
第103の標的遺伝子は、hsa-miR-6798-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0400】
第104の標的遺伝子は、hsa-miR-711遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0401】
第105の標的遺伝子は、hsa-miR-6840-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0402】
第106の標的遺伝子は、hsa-miR-6763-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0403】
第107の標的遺伝子は、hsa-miR-6727-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0404】
第108の標的遺伝子は、hsa-miR-371a-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0405】
第109の標的遺伝子は、hsa-miR-6824-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0406】
第110の標的遺伝子は、hsa-miR-4648遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0407】
第111の標的遺伝子は、hsa-miR-1227-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0408】
第112の標的遺伝子は、hsa-miR-564遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0409】
第113の標的遺伝子は、hsa-miR-3679-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0410】
第114の標的遺伝子は、hsa-miR-2861遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0411】
第115の標的遺伝子は、hsa-miR-6737-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0412】
第116の標的遺伝子は、hsa-miR-575遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られている(特許文献
1)。
【0413】
第117の標的遺伝子は、hsa-miR-4725-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0414】
第118の標的遺伝子は、hsa-miR-6716-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0415】
第119の標的遺伝子は、hsa-miR-4675遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0416】
第120の標的遺伝子は、hsa-miR-1915-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0417】
第121の標的遺伝子は、hsa-miR-671-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0418】
第122の標的遺伝子は、hsa-miR-3656遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0419】
第123の標的遺伝子は、hsa-miR-6722-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0420】
第124の標的遺伝子は、hsa-miR-4707-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0421】
第125の標的遺伝子は、hsa-miR-4449遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0422】
第126の標的遺伝子は、hsa-miR-1202遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0423】
第127の標的遺伝子は、hsa-miR-4649-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0424】
第128の標的遺伝子は、hsa-miR-744-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0425】
第129の標的遺伝子は、hsa-miR-642a-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0426】
第130の標的遺伝子は、hsa-miR-451a遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0427】
第131の標的遺伝子は、hsa-miR-6870-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0428】
第132の標的遺伝子は、hsa-miR-4443遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0429】
第133の標的遺伝子は、hsa-miR-6808-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0430】
第134の標的遺伝子は、hsa-miR-4728-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0431】
第135の標的遺伝子は、hsa-miR-937-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0432】
第136の標的遺伝子は、hsa-miR-135a-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0433】
第137の標的遺伝子は、hsa-miR-663b遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0434】
第138の標的遺伝子は、hsa-miR-1343-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0435】
第139の標的遺伝子は、hsa-miR-6822-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0436】
第140の標的遺伝子は、hsa-miR-6803-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0437】
第141の標的遺伝子は、hsa-miR-6805-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0438】
第142の標的遺伝子は、hsa-miR-128-2-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0439】
第143の標的遺伝子は、hsa-miR-4640-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0440】
第144の標的遺伝子は、hsa-miR-1469遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0441】
第145の標的遺伝子は、hsa-miR-92a-2-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0442】
第146の標的遺伝子は、hsa-miR-3940-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0443】
第147の標的遺伝子は、hsa-miR-4281遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0444】
第148の標的遺伝子は、hsa-miR-1260b遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0445】
第149の標的遺伝子は、hsa-miR-4758-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0446】
第150の標的遺伝子は、hsa-miR-1915-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0447】
第151の標的遺伝子は、hsa-miR-5001-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0448】
第152の標的遺伝子は、hsa-miR-4286遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0449】
第153の標的遺伝子は、hsa-miR-6126遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0450】
第154の標的遺伝子は、hsa-miR-6789-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0451】
第155の標的遺伝子は、hsa-miR-4459遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0452】
第156の標的遺伝子は、hsa-miR-1268a遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0453】
第157の標的遺伝子は、hsa-miR-6752-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0454】
第158の標的遺伝子は、hsa-miR-6131遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0455】
第159の標的遺伝子は、hsa-miR-6800-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0456】
第160の標的遺伝子は、hsa-miR-4532遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0457】
第161の標的遺伝子は、hsa-miR-6872-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0458】
第162の標的遺伝子は、hsa-miR-718遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0459】
第163の標的遺伝子は、hsa-miR-6769a-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0460】
第164の標的遺伝子は、hsa-miR-4707-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0461】
第165の標的遺伝子は、hsa-miR-6765-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0462】
第166の標的遺伝子は、hsa-miR-4739遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0463】
第167の標的遺伝子は、hsa-miR-4525遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0464】
第168の標的遺伝子は、hsa-miR-4270遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0465】
第169の標的遺伝子は、hsa-miR-4534遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0466】
第170の標的遺伝子は、hsa-miR-6785-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0467】
第171の標的遺伝子は、hsa-miR-6850-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0468】
第172の標的遺伝子は、hsa-miR-4697-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0469】
第173の標的遺伝子は、hsa-miR-1260a遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0470】
第174の標的遺伝子は、hsa-miR-4486遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0471】
第175の標的遺伝子は、hsa-miR-6880-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0472】
第176の標的遺伝子は、hsa-miR-6802-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0473】
第177の標的遺伝子は、hsa-miR-6861-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0474】
第178の標的遺伝子は、hsa-miR-92b-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0475】
第179の標的遺伝子は、hsa-miR-1238-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0476】
第180の標的遺伝子は、hsa-miR-6851-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0477】
第181の標的遺伝子は、hsa-miR-7704遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0478】
第182の標的遺伝子は、hsa-miR-149-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0479】
第183の標的遺伝子は、hsa-miR-4689遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0480】
第184の標的遺伝子は、hsa-miR-4688遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0481】
第185の標的遺伝子は、hsa-miR-125a-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られていない
。
【0482】
第186の標的遺伝子は、hsa-miR-23b-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られていない。
【0483】
第187の標的遺伝子は、hsa-miR-614遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られていない。
【0484】
第188の標的遺伝子は、hsa-miR-1913遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られていない。
【0485】
第189の標的遺伝子は、hsa-miR-16-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られていない。
【0486】
第190の標的遺伝子は、hsa-miR-675-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0487】
第191の標的遺伝子は、hsa-miR-486-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0488】
第192の標的遺伝子は、hsa-miR-6777-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0489】
第193の標的遺伝子は、hsa-miR-4497遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0490】
第194の標的遺伝子は、hsa-miR-296-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0491】
第195の標的遺伝子は、hsa-miR-6738-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0492】
第196の標的遺伝子は、hsa-miR-4731-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0493】
第197の標的遺伝子は、hsa-miR-6889-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0494】
第198の標的遺伝子は、hsa-miR-6786-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0495】
第199の標的遺伝子は、hsa-miR-92a-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られている(特
許文献1)。
【0496】
第200の標的遺伝子は、hsa-miR-4294遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0497】
第201の標的遺伝子は、hsa-miR-4763-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0498】
第202の標的遺伝子は、hsa-miR-6076遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0499】
第203の標的遺伝子は、hsa-miR-663a遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られている(特許文
献1)。
【0500】
第204の標的遺伝子は、hsa-miR-760遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0501】
第205の標的遺伝子は、hsa-miR-4667-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0502】
第206の標的遺伝子は、hsa-miR-6090遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0503】
第207の標的遺伝子は、hsa-miR-4730遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0504】
第208の標的遺伝子は、hsa-miR-7106-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0505】
第209の標的遺伝子は、hsa-miR-3196遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0506】
第210の標的遺伝子は、hsa-miR-5698遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0507】
第211の標的遺伝子は、hsa-miR-6087遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0508】
第212の標的遺伝子は、hsa-miR-4665-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0509】
第213の標的遺伝子は、hsa-miR-8059遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0510】
第214の標的遺伝子は、hsa-miR-6879-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0511】
第215の標的遺伝子は、hsa-miR-6717-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0512】
第216の標的遺伝子は、hsa-miR-3648遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0513】
第217の標的遺伝子は、hsa-miR-3162-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0514】
第218の標的遺伝子は、hsa-miR-1909-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0515】
第219の標的遺伝子は、hsa-miR-8073遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0516】
第220の標的遺伝子は、hsa-miR-6769b-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0517】
第221の標的遺伝子は、hsa-miR-6836-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0518】
第222の標的遺伝子は、hsa-miR-4484遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0519】
第223の標的遺伝子は、hsa-miR-6819-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0520】
第224の標的遺伝子は、hsa-miR-6794-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0521】
第225の標的遺伝子は、hsa-miR-24-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が食道がんのマーカーになりうるという報告が知られている(特許文
献1)。
2.食道がんの検出用の核酸プローブ又はプライマー
本発明においては、上記の食道がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核
酸を、食道がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとし
て用いることができる。
【0522】
本発明において、食道がんを検出するための、あるいは食道がんを診断するために使用
可能な核酸プローブ又はプライマーは、上記食道がんマーカーとしての標的核酸、例えば
、ヒト由来のhsa-miR-204-3p、hsa-miR-1247-3p、hsa
-miR-6875-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-672
6-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-8069、hsa-miR-4
257、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-7108-5p、hsa-
miR-6825-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-3185、hs
a-miR-4746-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR-68
93-5p、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-3135b、hsa
-miR-6781-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-479
2、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4417、hsa-miR-3
184-5p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1231、hsa-
miR-1225-3p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-4433-
3p、hsa-miR-6125、hsa-miR-4513、hsa-miR-678
7-5p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-615-5p、hsa-
miR-6765-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-6842-5p
、hsa-miR-8063、hsa-miR-6780b-5p、hsa-miR-1
87-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-6729-5p、h
sa-miR-6741-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-7
110-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-1233-5p、hsa-
miR-6845-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-4467、hs
a-miR-7109-5p、hsa-miR-6088、hsa-miR-6782-
5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4454、hsa-miR-
6724-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-4516、hsa-mi
R-6756-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-6826-5
p、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-6887-5p、hsa-mi
R-3679-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6721-5
p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-939-5p、hsa-mi
R-602、hsa-miR-7977、hsa-miR-6749-5p、hsa-m
iR-1914-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-4695-5p、
hsa-miR-6848-5p、hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-
642b-3p、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-3620-5p、
hsa-miR-3131、hsa-miR-6732-5p、hsa-miR-711
3-3p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-3154、hsa-miR
-4723-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4734、hs
a-miR-6816-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR-4476、
hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1249、hsa-miR-6515
-3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-4741、hsa-miR-
6766-3p、hsa-miR-4673、hsa-miR-6779-5p、hsa
-miR-4706、hsa-miR-1268b、hsa-miR-4632-5p、
hsa-miR-3197、hsa-miR-6798-5p、hsa-miR-711
、hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6763-5p、hsa-miR
-6727-5p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-6824-5p
、hsa-miR-4648、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-56
4、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-2861、hsa-miR-6
737-5p、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-6716-5p、h
sa-miR-4675、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR-671-
5p、hsa-miR-3656、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-
4707-5p、hsa-miR-4449、hsa-miR-1202、hsa-mi
R-4649-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-642a-3p
、hsa-miR-451a、hsa-miR-6870-5p、hsa-miR-44
43、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-4728-5p、hsa-m
iR-937-5p、hsa-miR-135a-3p、hsa-miR-663b、h
sa-miR-1343-5p、hsa-miR-6822-5p、hsa-miR-6
803-5p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-128-2-5p、
hsa-miR-4640-5p、hsa-miR-1469、hsa-miR-92a
-2-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4281、hsa-m
iR-1260b、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-1915-5p
、hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-4286、hsa-miR-61
26、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-4459、hsa-miR-
1268a、hsa-miR-6752-5p、hsa-miR-6131、hsa-m
iR-6800-5p、hsa-miR-4532、hsa-miR-6872-3p、
hsa-miR-718、hsa-miR-6769a-5p、hsa-miR-470
7-3p、hsa-miR-6765-5p、hsa-miR-4739、hsa-mi
R-4525、hsa-miR-4270、hsa-miR-4534、hsa-miR
-6785-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-4697-5p
、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4486、hsa-miR-6880
-5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-miR-6861-5p、hsa-
miR-92b-5p、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6851-
5p、hsa-miR-7704、hsa-miR-149-3p、hsa-miR-4
689、hsa-miR-4688、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR
-23b-3p、hsa-miR-614、hsa-miR-1913、hsa-miR
-16-5p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-3648、hsa-
miR-3162-5p、hsa-miR-1909-3p、hsa-miR-8073
、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-mi
R-4484、hsa-miR-6819-5p、もしくはhsa-miR-6794-
5p又はそれらの組み合わせ、又はそれらの同族体、それらの転写産物、それらの変異体
若しくは誘導体、並びに、それらと場合により組み合わせることができる、hsa-mi
R-575もしくはhsa-miR-24-3p、又はそれらの組み合わせ、又はそれら
の同族体、それらの転写産物、それらの変異体若しくは誘導体、並びに、それらと場合に
より組み合わせることができる、hsa-miR-675-5p、hsa-miR-48
6-3p、hsa-miR-6777-5p、hsa-miR-4497、hsa-mi
R-296-3p、hsa-miR-6738-5p、hsa-miR-4731-5p
、hsa-miR-6889-5p、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR
-92a-3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-4763-3p、hsa
-miR-6076、hsa-miR-663a、hsa-miR-760、hsa-m
iR-4667-5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-4730、hsa
-miR-7106-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5698、h
sa-miR-6087、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-8059
もしくはhsa-miR-6879-5p、又はそれらの組み合わせ、又はそれらの同族
体、それらの転写産物、それらの変異体もしくは誘導体の、存在、発現量又は存在量を定
性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
【0523】
上記の標的核酸は、健常体と比べて食道がんに罹患した被験体において、該標的核酸の
種類に応じてそれらの発現量が増加するものもあれば、又は低下するものもある(以下、
「増加/低下」と称する。)。それゆえ、本発明の核酸は、食道がんの罹患が疑われる被
験体(例えばヒト)由来の体液と健常体由来の体液について上記標的核酸の発現量を測定
し、それらを比較して、食道がんを検出するために有効に使用することができる。
【0524】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1~115、117~1
89、及び、666~675の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオ
チドと特異的に結合可能な核酸プローブ、あるいは、配列番号1~115、117~18
9、及び、666~675の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチ
ドを増幅するためのプライマーである。
【0525】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、配列番号116及び676
で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ、ある
いは、配列番号116で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを増幅するためのプ
ライマーを含むことができる。
【0526】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、配列番号190~214の
少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸
プローブ、あるいは、配列番号190~214の少なくとも1つで表される塩基配列から
なるポリヌクレオチドを増幅するためのプライマーをさらに含むことができる。
【0527】
具体的には、上記の核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1~700のいずれかで
表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含むポリヌ
クレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、当該塩基配列に相補的な塩基配列から
なるDNAとストリンジェントな条件(後述)でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレ
オチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、並びにそれらのポリヌクレオチド群の塩基
配列において15以上、好ましくは17以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群か
ら選ばれた1又は複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。これらのポリヌクレオチ
ドは、標的核酸である上記食道がんマーカーを検出するための核酸プローブ及びプライマ
ーとして使用できる。
【0528】
さらに具体的には、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーの例は、以下のポ
リヌクレオチド(a)~(e)からなる群から選択される1又は複数のポリヌクレオチド
である。
(a)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレ
オチド、その変異体、その誘導体、は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列
からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含
むその断片、
(d)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列
を含むポリヌクレオチド、並びに、
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド。
【0529】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、上記のポリヌクレオチド(
a)~(e)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドの他に、下記
の(f)~(j)からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含むことができる。
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuが
tである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の
連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その
誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド。
【0530】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、上記のポリヌクレオチド(
a)~(j)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドの他に、下記
の(k)~(o)からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含むことができる。
(k)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は1
5以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異
体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド。
【0531】
上記のポリヌクレオチドにおいて「15以上の連続した塩基を含むその断片」は、各ポ
リヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、1
7から配列の全塩基数未満、19から配列の全塩基数未満、などの範囲の塩基数を含むこ
とができるが、これらに限定されないものとする。
【0532】
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもDNAでもよい
しRNAでもよい。
【0533】
本発明で使用可能な上記のポリヌクレオチドは、DNA組換え技術、PCR法、DNA
/RNA自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
【0534】
DNA組換え技術及びPCR法は、例えばAusubelら,Current Pro
tocols in Molecular Biology,John Willey&
Sons,US(1993);Sambrookら,Molecular Clonin
g A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor
Laboratory Press,US(1989)などに記載される技術を使用す
ることができる。
【0535】
配列番号1~214及び666~676で表されるヒト由来のhsa-miR-204
-3p、hsa-miR-1247-3p、hsa-miR-6875-5p、hsa-
miR-6857-5p、hsa-miR-6726-5p、hsa-miR-3188
、hsa-miR-8069、hsa-miR-4257、hsa-miR-1343-
3p、hsa-miR-7108-5p、hsa-miR-6825-5p、hsa-m
iR-7641、hsa-miR-3185、hsa-miR-4746-3p、hsa
-miR-6791-5p、hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-443
3b-3p、hsa-miR-3135b、hsa-miR-6781-5p、hsa-
miR-1908-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-7845-5p
、hsa-miR-4417、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-12
25-5p、hsa-miR-1231、hsa-miR-1225-3p、hsa-m
iR-150-3p、hsa-miR-4433-3p、hsa-miR-6125、h
sa-miR-4513、hsa-miR-6787-5p、hsa-miR-6784
-5p、hsa-miR-615-5p、hsa-miR-6765-3p、hsa-m
iR-5572、hsa-miR-6842-5p、hsa-miR-8063、hsa
-miR-6780b-5p、hsa-miR-187-5p、hsa-miR-128
-1-5p、hsa-miR-6729-5p、hsa-miR-6741-5p、hs
a-miR-6757-5p、hsa-miR-7110-5p、hsa-miR-79
75、hsa-miR-1233-5p、hsa-miR-6845-5p、hsa-m
iR-3937、hsa-miR-4467、hsa-miR-7109-5p、hsa
-miR-6088、hsa-miR-6782-5p、hsa-miR-5195-3
p、hsa-miR-4454、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-8
072、hsa-miR-4516、hsa-miR-6756-5p、hsa-miR
-4665-3p、hsa-miR-6826-5p、hsa-miR-6820-5p
、hsa-miR-6887-5p、hsa-miR-3679-5p、hsa-miR
-7847-3p、hsa-miR-6721-5p、hsa-miR-3622a-5
p、hsa-miR-939-5p、hsa-miR-602、hsa-miR-797
7、hsa-miR-6749-5p、hsa-miR-1914-3p、hsa-mi
R-4651、hsa-miR-4695-5p、hsa-miR-6848-5p、h
sa-miR-1228-3p、hsa-miR-642b-3p、hsa-miR-6
746-5p、hsa-miR-3620-5p、hsa-miR-3131、hsa-
miR-6732-5p、hsa-miR-7113-3p、hsa-miR-23a-
3p、hsa-miR-3154、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-
3663-3p、hsa-miR-4734、hsa-miR-6816-5p、hsa
-miR-4442、hsa-miR-4476、hsa-miR-423-5p、hs
a-miR-1249、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-887-3
p、hsa-miR-4741、hsa-miR-6766-3p、hsa-miR-4
673、hsa-miR-6779-5p、hsa-miR-4706、hsa-miR
-1268b、hsa-miR-4632-5p、hsa-miR-3197、hsa-
miR-6798-5p、hsa-miR-711、hsa-miR-6840-3p、
hsa-miR-6763-5p、hsa-miR-6727-5p、hsa-miR-
371a-5p、hsa-miR-6824-5p、hsa-miR-4648、hsa
-miR-1227-5p、hsa-miR-564、hsa-miR-3679-3p
、hsa-miR-2861、hsa-miR-6737-5p、hsa-miR-57
5、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-6716-5p、hsa-mi
R-4675、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR-671-5p、hs
a-miR-3656、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-4707-
5p、hsa-miR-4449、hsa-miR-1202、hsa-miR-464
9-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-642a-3p、hsa-
miR-451a、hsa-miR-6870-5p、hsa-miR-4443、hs
a-miR-6808-5p、hsa-miR-4728-5p、hsa-miR-93
7-5p、hsa-miR-135a-3p、hsa-miR-663b、hsa-mi
R-1343-5p、hsa-miR-6822-5p、hsa-miR-6803-5
p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-128-2-5p、hsa-m
iR-4640-5p、hsa-miR-1469、hsa-miR-92a-2-5p
、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4281、hsa-miR-12
60b、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-1915-5p、hsa-
miR-5001-5p、hsa-miR-4286、hsa-miR-6126、hs
a-miR-6789-5p、hsa-miR-4459、hsa-miR-1268a
、hsa-miR-6752-5p、hsa-miR-6131、hsa-miR-68
00-5p、hsa-miR-4532、hsa-miR-6872-3p、hsa-m
iR-718、hsa-miR-6769a-5p、hsa-miR-4707-3p、
hsa-miR-6765-5p、hsa-miR-4739、hsa-miR-452
5、hsa-miR-4270、hsa-miR-4534、hsa-miR-6785
-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-4697-5p、hsa-
miR-1260a、hsa-miR-4486、hsa-miR-6880-5p、h
sa-miR-6802-5p、hsa-miR-6861-5p、hsa-miR-9
2b-5p、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6851-5p、hs
a-miR-7704、hsa-miR-149-3p、hsa-miR-4689、h
sa-miR-4688、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-23b-
3p、hsa-miR-614、hsa-miR-1913、hsa-miR-16-5
p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-3648、hsa-miR-3
162-5p、hsa-miR-1909-3p、hsa-miR-8073、hsa-
miR-6769b-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-448
4、hsa-miR-6819-5p、hsa-miR-6794-5phsa-miR
-675-5p、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-486-3p、hsa
-miR-6777-5p、hsa-miR-4497、hsa-miR-296-3p
、hsa-miR-6738-5p、hsa-miR-4731-5p、hsa-miR
-6889-5p、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR-92a-3p、
hsa-miR-4294、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-607
6、hsa-miR-663a、hsa-miR-760、hsa-miR-4667-
5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-4730、hsa-miR-710
6-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5698、hsa-miR-6
087、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-8059及びhsa-mi
R-6879-5pは公知であり、前述のようにその取得方法も知られている。このため
、この遺伝子をクローニングすることによって、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプ
ライマーとしてのポリヌクレオチドを作製することができる。
【0536】
そのような核酸プローブ又はプライマーは、DNA自動合成装置を用いて化学的に合成
することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によっ
て約100塩基までの一本鎖DNAを自動合成することができる。DNA自動合成装置は
、例えばPolygen社、ABI社、Applied BioSystems社などか
ら市販されている。
【0537】
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、cDNAクローニング法によって作製するこ
ともできる。cDNAクローニング技術は、例えばmicroRNA Cloning
Kit Wakoなどを利用できる。
【0538】
ここで、配列番号1~214及び666~676のいずれかで表される塩基配列からな
るポリヌクレオチドを検出するための核酸プローブ及びプライマーの配列は、miRNA
又はその前駆体としては生体内に存在していない。例えば、配列番号9及び配列番号13
8で表される塩基配列は、配列番号223で表される前駆体から生成されるが、この前駆
体は
図1に示すようなヘアピン様構造を有しており、配列番号9及び配列番号138で表
される塩基配列は互いにミスマッチ配列を有している。同様に、配列番号9又は配列番号
138で表される塩基配列に対する、完全に相補的な塩基配列が生体内で自然に生成され
ることはない。このため、配列番号1~214及び666~676のいずれかで表される
塩基配列を検出するための核酸プローブ及びプライマーは生体内に存在しない人工的な塩
基配列を有することになる。
3.食道がん検出用キット又はデバイス
本発明はまた、食道がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核
酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片
、又は誘導体を含みうる。;以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある)の1つ
又は複数を含む食道がん検出用キット又はデバイスを提供する。
【0539】
本発明における食道がんマーカーである標的核酸は、以下のA群から選択される。
【0540】
(A群)hsa-miR-204-3p、hsa-miR-1247-3p、hsa-
miR-6875-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6726
-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-8069、hsa-miR-42
57、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-7108-5p、hsa-m
iR-6825-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-3185、hsa
-miR-4746-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR-689
3-5p、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-3135b、hsa-
miR-6781-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-4792
、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4417、hsa-miR-31
84-5p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1231、hsa-m
iR-1225-3p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-4433-3
p、hsa-miR-6125、hsa-miR-4513、hsa-miR-6787
-5p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-615-5p、hsa-m
iR-6765-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-6842-5p、
hsa-miR-8063、hsa-miR-6780b-5p、hsa-miR-18
7-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-6729-5p、hs
a-miR-6741-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-71
10-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-1233-5p、hsa-m
iR-6845-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-4467、hsa
-miR-7109-5p、hsa-miR-6088、hsa-miR-6782-5
p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4454、hsa-miR-6
724-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-4516、hsa-miR
-6756-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-6826-5p
、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-6887-5p、hsa-miR
-3679-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6721-5p
、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-939-5p、hsa-miR
-602、hsa-miR-7977、hsa-miR-6749-5p、hsa-mi
R-1914-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-4695-5p、h
sa-miR-6848-5p、hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-6
42b-3p、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-3620-5p、h
sa-miR-3131、hsa-miR-6732-5p、hsa-miR-7113
-3p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-3154、hsa-miR-
4723-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4734、hsa
-miR-6816-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR-4476、h
sa-miR-423-5p、hsa-miR-1249、hsa-miR-6515-
3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-4741、hsa-miR-6
766-3p、hsa-miR-4673、hsa-miR-6779-5p、hsa-
miR-4706、hsa-miR-1268b、hsa-miR-4632-5p、h
sa-miR-3197、hsa-miR-6798-5p、hsa-miR-711、
hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6763-5p、hsa-miR-
6727-5p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-6824-5p、
hsa-miR-4648、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-564
、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-2861、hsa-miR-67
37-5p、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-6716-5p、hs
a-miR-4675、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR-671-5
p、hsa-miR-3656、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-4
707-5p、hsa-miR-4449、hsa-miR-1202、hsa-miR
-4649-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-642a-3p、
hsa-miR-451a、hsa-miR-6870-5p、hsa-miR-444
3、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-4728-5p、hsa-mi
R-937-5p、hsa-miR-135a-3p、hsa-miR-663b、hs
a-miR-1343-5p、hsa-miR-6822-5p、hsa-miR-68
03-5p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-128-2-5p、h
sa-miR-4640-5p、hsa-miR-1469、hsa-miR-92a-
2-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4281、hsa-mi
R-1260b、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-1915-5p、
hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-4286、hsa-miR-612
6、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-4459、hsa-miR-1
268a、hsa-miR-6752-5p、hsa-miR-6131、hsa-mi
R-6800-5p、hsa-miR-4532、hsa-miR-6872-3p、h
sa-miR-718、hsa-miR-6769a-5p、hsa-miR-4707
-3p、hsa-miR-6765-5p、hsa-miR-4739、hsa-miR
-4525、hsa-miR-4270、hsa-miR-4534、hsa-miR-
6785-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-4697-5p、
hsa-miR-1260a、hsa-miR-4486、hsa-miR-6880-
5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-miR-6861-5p、hsa-m
iR-92b-5p、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6851-5
p、hsa-miR-7704、hsa-miR-149-3p、hsa-miR-46
89、hsa-miR-4688、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-
23b-3p、hsa-miR-614、hsa-miR-1913、hsa-miR-
16-5p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-3648、hsa-m
iR-3162-5p、hsa-miR-1909-3p、hsa-miR-8073、
hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR
-4484、hsa-miR-6819-5p及びhsa-miR-6794-5p
場合により測定に使用しうる追加の標的核酸は、以下のB群から選択される。
(B群)hsa-miR-575及びhsa-miR-24-3p
場合によりさらに測定に使用しうる追加の標的核酸は、以下のC群から選択される。
(C群)hsa-miR-675-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-mi
R-6777-5p、hsa-miR-4497、hsa-miR-296-3p、hs
a-miR-6738-5p、hsa-miR-4731-5p、hsa-miR-68
89-5p、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR-92a-3p、hsa
-miR-4294、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-6076、h
sa-miR-663a、hsa-miR-760、hsa-miR-4667-5p、
hsa-miR-6090、hsa-miR-4730、hsa-miR-7106-5
p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5698、hsa-miR-6087
、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-8059及びhsa-miR-6
879-5p
本発明のキット又はデバイスは、上記の食道がんマーカーである標的核酸と特異的に結
合可能な核酸、好ましくは、上記2に記載したポリヌクレオチド類から選択される1又は
複数のポリヌクレオチド又はその変異体等を含む。
【0541】
具体的には、本発明のキット又はデバイスは、配列番号1~115、117~189、
及び、666~675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列
を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリン
ジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド
配列の15以上の連続した塩基を含む変異体又は断片、を少なくとも1つ含むことができ
る。
【0542】
本発明のキット又はデバイスはさらに、配列番号116及び676で表される塩基配列
、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含む(もしくは、からなる)
ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、そ
れらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチ
ド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続した塩基を含む変異体又は断片
、を1つ以上含むことができる。
【0543】
本発明のキット又はデバイスはさらに、配列番号190~214のいずれかで表される
塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含む(もしくは、か
らなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオ
チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌ
クレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続した塩基を含む変異体
又は断片、を1つ以上含むことができる。
【0544】
本発明のキット又はデバイスに含むことができる断片は、例えば下記の(1)~(3)
からなる群より選択される1つ以上、好ましくは2つ以上のポリヌクレオチドである。
(1)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列においてuがtである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続
した塩基を含むポリヌクレオチド。
(2)配列番号116及び676で表される塩基配列においてuがtである塩基配列又は
その相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
(3)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基
配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【0545】
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号1~115、117~18
9、及び、666~675のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列におい
てuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌク
レオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポ
リヌクレオチド、又はそれらの15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上
の連続した塩基を含む変異体である。
【0546】
また、好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号116及び676の
いずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、か
らなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌク
レオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれら
の15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変異体
である。
【0547】
また、好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号190~214のい
ずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、から
なるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレ
オチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの
15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変異体で
ある。
【0548】
好ましい実施形態では、前記断片は、15以上、好ましくは17以上、より好ましくは
19以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
【0549】
本発明において、ポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列
において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、17から配列の全塩基数未満
、19から配列の全塩基数未満などの範囲の塩基数である。
【0550】
本発明のキット又はデバイスを構成する上記ポリヌクレオチドの組み合わせとしては、
具体的には表1に示される配列番号1~214及び666~676の組み合わせに関する
上記のポリヌクレオチドを2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又
はそれ以上を組み合わせた場合を挙げることができるが、それらはあくまでも例示であり
、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるものとする。
【0551】
例えば、本発明において食道がんと健常体を判別するためのキット又はデバイスを構成
する上記の組合せとしては、表1に示される配列番号1~214及び666~676で表
される塩基配列からなる上記のポリヌクレオチドを2個以上組み合わせることが望ましく
、通常では2個の組み合わせで充分な性能を得ることができる。
【0552】
具体的に食道がんと健常体を判別するためのポリヌクレオチドの2個の組み合わせとし
て、配列番号1~214及び666~676に表される塩基配列からなる上記のポリヌク
レオチドで構成される2個の組み合わせのうち、新規に見出された配列番号1~115、
117~189及び666~675で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを少な
くとも1つ含む組み合わせが好ましい。
【0553】
また、食道がんを健常体だけではなく、他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポ
リヌクレオチドの組み合わせとして、例えば配列番号1、2、5、8、22、32、33
、35、43、44、56、85、98、106、109、115、121、126、1
33、138、155、157、166、177、179、185、202、212、6
66、667、668、669、670、671、672、673、674、675及び
676で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドからなる群(以降、本群を「がん種
特異性ポリヌクレオチド群1」とする)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチ
ドと、その他の配列番号のポリヌクレオチドとの複数個の組み合わせが好ましい。
【0554】
がん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせとしてより好ましい組み合わせは、
がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複数個のポリヌクレオチドの組み合わ
せである。
【0555】
また、がん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせとしてさらに好ましい組み合
わせは、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複数個のポリヌクレオチドの
組み合わせのうち、がん種特異性ポリヌクレオチド群1に含まれる、配列番号1、22、
85、109、121、126、133、138、166及び666で表される塩基配列
からなるポリヌクレオチからなる群(以降、本群を「がん種特異性ポリヌクレオチド群2
」とする)から選択されるポリヌクレオチドを少なくとも1つ含む組み合わせである。
【0556】
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個
、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数を組み合わせ
が可能であるが、より好ましくは6個以上の組み合わせであり、通常では6個の組み合わ
せで充分な性能を得ることができる。
【0557】
以下に、非限定的に、配列番号1で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌクレ
オチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
との組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び668(マーカー:hsa-m
iR-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-204-3p、h
sa-miR-4723-5p、hsa-miR-3162-5p、及びhsa-miR
-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、98、138、166、及び666(マーカー:hsa-mi
R-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-6779-5p、h
sa-miR-204-3p、hsa-miR-4723-5p、及びhsa-miR-
6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、85、138、155、166、及び666(マーカー:hsa-m
iR-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-204-3p、h
sa-miR-4723-5p、hsa-miR-4459、及びhsa-miR-67
17-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、5、85、138、166、及び666(マーカー:hsa-miR
-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-204-3p、hsa
-miR-4723-5p、hsa-miR-6726-5p、及びhsa-miR-6
717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号1、35、85、138、166、及び666(マーカー:hsa-mi
R-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-204-3p、hs
a-miR-4723-5p、hsa-miR-6765-3p、及びhsa-miR-
6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、22、85、138、166、及び666(マーカー:hsa-mi
R-4739、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-7845-5p、h
sa-miR-204-3p、hsa-miR-4723-5p、及びhsa-miR-
6717-5p)の組み合わせ
(2)配列番号22、32、121、133、166、及び666(マーカー:hsa-
miR-4739、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-671-5p、
hsa-miR-6787-5p、hsa-miR-6808-5p、及びhsa-mi
R-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、22、126、138、166、及び666(マーカー:hsa-m
iR-4739、hsa-miR-1202、hsa-miR-1343-5p、hsa
-miR-7845-5p、hsa-miR-204-3p、及びhsa-miR-67
17-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、22、121、155、166、及び666(マーカー:hsa-m
iR-4739、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-671-5p、h
sa-miR-204-3p、hsa-miR-4459、及びhsa-miR-671
7-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号22、32、109、121、666、及び667(マーカー:hsa-
miR-7845-5p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-3648、
hsa-miR-6787-5p、hsa-miR-6824-5p、及びhsa-mi
R-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号85、138、166、185、666、及び669マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5p
、miR-1909-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号85、138、166、185、666、及び676(マーカー:miR
-4739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5
p、miR-6717-5p、及びmiR-24-3p)で表される塩基配列からなるポ
リヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号85、138、166、177、185、及び666(マーカー:miR
-4739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5
p、miR-6861-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からな
るポリヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号85、138、166、185、666、及び667(マーカー:miR
-4739、miR-1343-5p、miR-3648、miR-125a-3p、m
iR-4723-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号33、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR-
6784-5p、miR-4739、miR-1343-5p、miR-125a-3p
、miR-4723-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌ
クレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオ
チドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号109、121、126、138、166、及び666(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-671-5p、m
iR-6824-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、109、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR-4723-5p、m
iR-6824-5p、miR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌク
レオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、109、121、138、166、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-6824-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号109、126、138、166、666、及び676(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6824-5p、
miR-6717-5p、及びmiR-24-3p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(5)配列番号109、126、138、166、202、及び666(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6824-5p、
miR-6076、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌク
レオチドの組み合わせ
更に、非限定的に、配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、121、138、166、666、及び668(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-3162-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、33、121、138、166、及び666(マーカー:miR-6
784-5p、miR-4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、m
iR-204-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、85、121、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、mi
R-4723-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、138、166、179、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-1238-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号1、121、138、166、177、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-6861-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌ
クレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオ
チドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号32、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR
-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6787-5p、m
iR-6824-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、126、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR-
4723-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレ
オチドの組み合わせ
(3)配列番号1、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR
-6824-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌク
レオチドの組み合わせ
(4)配列番号22、109、126、138、166、及び666(マーカー:miR
-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-7845-5p、m
iR-6824-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(5)配列番号109、126、138、157、166、及び666(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-6752-5p、miR-1343-5p、
miR-6824-5p、及びmiR-6717-5p)の組み合わせ
更に、非限定的に、配列番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号126、133、138、166、666、及び672(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6808-5p、
miR-6836-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポ
リヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号126、133、138、166、666、(マーカー:miR-473
9、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6808-5p、及びmiR
-6717-5p、)で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号109、126、133、138、166、及び666(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチド-5p、miR-6824-5p、miR-6808-5p、及びmiR-6
717-5p)の組み合わせ
(4)配列番号126、133、138、166、666、及び673(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-4484、miR
-6808-5p、及びmiR-6717-5p)の組み合わせ
(5)配列番号126、133、138、166、666、及び675(マーカー:mi
R-4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-6794-5p、
miR-6808-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポ
リヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌ
クレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオ
チドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び669(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR-4723-5p、m
iR-1909-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号8、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5p、
miR-4257、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌク
レオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、35、121、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、mi
R-6765-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、126、138、166、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1202、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR
-204-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレ
オチドの組み合わせ
(5)配列番号1、121、138、166、666、及び672(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-6836-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌ
クレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオ
チドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、85、138、166、666、及び672(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR-4723-5p、m
iR-6836-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号56、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-6724-5p
、miR-4723-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、32、121、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、mi
R-6787-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、22、121、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-7845-5p、miR-671-5p、m
iR-204-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌ
クレオチドの組み合わせ
(5)配列番号5、85、138、166、185、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5p、
miR-6726-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポ
リヌクレオチドの組み合わせ
さらに、非限定的に、配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される5つのポリヌ
クレオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオ
チドとの組み合わせを例示する。
(1)配列番号1、121、138、157、166、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-6752-5p、miR-1343-5p、miR-671-5p、
miR-204-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(2)配列番号1、85、133、138、166、及び666(マーカー:miR-4
739、miR-1343-5p、miR-204-3p、miR-4723-5p、m
iR-6808-5p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(3)配列番号1、121、138、166、185、及び666(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-204-3p、m
iR-125a-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリ
ヌクレオチドの組み合わせ
(4)配列番号1、121、138、166、666、及び667(マーカー:miR-
4739、miR-1343-5p、miR-671-5p、miR-3648、miR
-204-3p、及びmiR-6717-5p)で表される塩基配列からなるポリヌクレ
オチドの組み合わせ
(5)配列番号85、138、166、185、及び666(マーカー:miR-473
9、miR-1343-5p、miR-125a-3p、miR-4723-5p、及び
miR-6717-5p、)の組み合わせ
本発明のキット又はデバイスには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド(こ
れには、変異体、断片又は誘導体を包含しうる。)に加えて、食道がん検出を可能とする
既知のポリヌクレオチド又は将来見出されるであろうポリヌクレオチドも含めることがで
きる。
【0558】
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドなどに加えて、C
EAやSCCなどの公知の食道がん検査用マーカーを測定するための抗体も含めることが
できる。
【0559】
本発明のキットに含まれる上記ポリヌクレオチドは、個別に又は任意に組み合わせて異
なる容器に包装されうる。
【0560】
本発明のキットには、体液、細胞又は組織から核酸(例えば、total RNA)を
抽出するためのキット、標識用蛍光物質、核酸増幅用酵素及び培地、使用説明書、などを
含めることができる。
【0561】
本発明のデバイスは、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドなどの核酸が、例
えば、固相に結合もしくは付着されたがんマーカー測定のためのデバイスである。固相の
材質の例は、プラスチック、紙、ガラス、シリコン、などであり、加工のしやすさから、
好ましい固相の材質はプラスチックである。固相の形状は、任意であり、例えば、方形、
丸形、短冊形、フィルム形などである。本発明のデバイスは、例えば、ハイブリダイゼー
ション技術による測定のためのデバイスが含まれ、具体的にはブロッティングデバイス、
核酸アレイ(例えば、マイクロアレイ、DNAチップ、RNAチップなど)などが例示さ
れる。
【0562】
核酸アレイ技術は、必要に応じてLリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官
能基導入などの表面処理が施された固相の表面に、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる
高密度分注機を用いて核酸をスポットする方法、ノズルより微少な液滴を圧電素子などに
より噴射するインクジェットを用いて核酸を固相に吹き付ける方法、固相上で順次ヌクレ
オチド合成を行う方法などの方法を用いて、上記の核酸を1つずつ結合又は付着させるこ
とによりチップなどのアレイを作製し、このアレイを用いてハイブリダイゼーションを利
用して標的核酸を測定する技術である。
【0563】
本発明のキット又はデバイスは、上記の群1の食道がんマーカーであるmiRNAの少
なくとも1つ、好ましくは少なくとも2つ、さらに好ましくは少なくとも3つ、最も好ま
しくは少なくとも5つから全部のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な核酸
を含む。本発明のキット又はデバイスはさらに、場合により、上記の群2の食道がんマー
カーであるmiRNAの少なくとも1つ、好ましくは少なくとも2つ、さらに好ましくは
少なくとも3つ、最も好ましくは少なくとも5つから全部のポリヌクレオチドのそれぞれ
と特異的に結合可能な核酸を含むことができる。
【0564】
本発明のキット又はデバイスは、下記4の食道がんの検出のために使用することができ
る。
4.食道がんの検出方法
本発明はさらに、上記「3.食道がん検出用キット又はデバイス」で説明した本発明の
キット又はデバイス(本発明で使用可能な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以
下の群1から選択される、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-1247-
3p、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-m
iR-6726-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-8069、hsa
-miR-4257、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-7108-5
p、hsa-miR-6825-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-3
185、hsa-miR-4746-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-
miR-6893-5p、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-313
5b、hsa-miR-6781-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-m
iR-4792、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4417、hsa
-miR-3184-5p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-123
1、hsa-miR-1225-3p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR
-4433-3p、hsa-miR-6125、hsa-miR-4513、hsa-m
iR-6787-5p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-615-5
p、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-6
842-5p、hsa-miR-8063、hsa-miR-6780b-5p、hsa
-miR-187-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-672
9-5p、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa
-miR-7110-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-1233-5
p、hsa-miR-6845-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-4
467、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6088、hsa-miR
-6782-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4454、hs
a-miR-6724-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-4516、
hsa-miR-6756-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-
6826-5p、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-6887-5p、
hsa-miR-3679-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-
6721-5p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-939-5p、
hsa-miR-602、hsa-miR-7977、hsa-miR-6749-5p
、hsa-miR-1914-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-46
95-5p、hsa-miR-6848-5p、hsa-miR-1228-3p、hs
a-miR-642b-3p、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-36
20-5p、hsa-miR-3131、hsa-miR-6732-5p、hsa-m
iR-7113-3p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-3154、h
sa-miR-4723-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4
734、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR
-4476、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1249、hsa-mi
R-6515-3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-4741、hs
a-miR-6766-3p、hsa-miR-4673、hsa-miR-6779-
5p、hsa-miR-4706、hsa-miR-1268b、hsa-miR-46
32-5p、hsa-miR-3197、hsa-miR-6798-5p、hsa-m
iR-711、hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6763-5p、h
sa-miR-6727-5p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-6
824-5p、hsa-miR-4648、hsa-miR-1227-5p、hsa-
miR-564、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-2861、hsa
-miR-6737-5p、hsa-miR-4725-3p、hsa-miR-671
6-5p、hsa-miR-4675、hsa-miR-1915-3p、hsa-mi
R-671-5p、hsa-miR-3656、hsa-miR-6722-3p、hs
a-miR-4707-5p、hsa-miR-4449、hsa-miR-1202、
hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-6
42a-3p、hsa-miR-451a、hsa-miR-6870-5p、hsa-
miR-4443、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-4728-5p
、hsa-miR-937-5p、hsa-miR-135a-3p、hsa-miR-
663b、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-6822-5p、hsa
-miR-6803-5p、hsa-miR-6805-3p、hsa-miR-128
-2-5p、hsa-miR-4640-5p、hsa-miR-1469、hsa-m
iR-92a-2-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4281
、hsa-miR-1260b、hsa-miR-4758-5p、hsa-miR-1
915-5p、hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-4286、hsa-
miR-6126、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-4459、hs
a-miR-1268a、hsa-miR-6752-5p、hsa-miR-6131
、hsa-miR-6800-5p、hsa-miR-4532、hsa-miR-68
72-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-6769a-5p、hsa-m
iR-4707-3p、hsa-miR-6765-5p、hsa-miR-4739、
hsa-miR-4525、hsa-miR-4270、hsa-miR-4534、h
sa-miR-6785-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-4
697-5p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4486、hsa-mi
R-6880-5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-miR-6861-5
p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR
-6851-5p、hsa-miR-7704、hsa-miR-149-3p、hsa
-miR-4689、hsa-miR-4688、hsa-miR-125a-3p、h
sa-miR-23b-3p、hsa-miR-614、hsa-miR-1913、h
sa-miR-16-5p、hsa-miR-6717-5p、hsa-miR-364
8、hsa-miR-3162-5p、hsa-miR-1909-3p、hsa-mi
R-8073、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-6836-3p、
hsa-miR-4484、hsa-miR-6819-5p及びhsa-miR-67
94-5pから選択される食道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群
2から選択される、hsa-miR-575及びhsa-miR-24-3pから選択さ
れる食道がん由来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群3から選択される、h
sa-miR-675-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-miR-677
7-5p、hsa-miR-4497、hsa-miR-296-3p、hsa-miR
-6738-5p、hsa-miR-4731-5p、hsa-miR-6889-5p
、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR-92a-3p、hsa-miR-
4294、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-6076、hsa-mi
R-663a、hsa-miR-760、hsa-miR-4667-5p、hsa-m
iR-6090、hsa-miR-4730、hsa-miR-7106-5p、hsa
-miR-3196、hsa-miR-5698、hsa-miR-6087、hsa-
miR-4665-5p、hsa-miR-8059及びhsa-miR-6879-5
pから選択される食道がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される食道がん由来の
遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、食道がんの罹患が疑われる被験
体と、健常体(非食道がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の検体につい
て、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば、両発現量
を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に差がある場合、被験体が、食道がんに罹患
していると評価することを含む、食道がんの検出方法を提供する。
【0565】
本発明の上記方法は、低侵襲的に、感度及び特異度の高い、がんの早期診断を可能とし
、これにより、早期の治療及び予後の改善をもたらし、さらに、疾病憎悪のモニターや外
科的、放射線療法的、及び化学療法的な治療の有効性のモニターを可能にする。
【0566】
本発明の血液、血清、血漿等の検体から食道がん由来の遺伝子を抽出する方法では、3
D-Gene(登録商標)RNA extraction reagent from
liquid sample kit (東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を加えて
調製するのが特に好ましいが、一般的な酸性フェノール法(Acid Guanidin
ium-Phenol-Chloroform(AGPC)法)を用いてもよいし、Tr
izol(登録商標)(Life Technologies社)用いてもよいし、Tr
izol(life technologies社)やIsogen(ニッポンジーン社
)などの酸性フェノールを含むRNA抽出用試薬を加えて調製してもよい。さらに、mi
RNeasy(登録商標)Mini Kit(Qiagen社)などのキットを利用でき
るが、これらの方法に限定されない。
【0567】
本発明はまた、本発明のキット又はデバイスの、被験体由来の検体中の食道がん由来の
miRNA遺伝子の発現産物のin vitroでの検出のための使用を提供する。
【0568】
本発明の上記方法において、上記キット又はデバイスは、上で説明したような、本発明
で使用可能なポリヌクレオチドを単一であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが
使用される。
【0569】
本発明の食道がんの検出又は(遺伝子)診断において、本発明のキット又はデバイスに
含まれるポリヌクレオチドは、プローブ又はプライマーとして用いることができる。プラ
イマーとして用いる場合には、Life Technologies社のTaqMan(
登録商標) MicroRNA Assays、Qiagen社のmiScript P
CR Systemなどを利用できるが、これらの方法に限定されない。
【0570】
本発明のキット又はデバイスに含まれるポリヌクレオチドは、ノーザンブロット法、サ
ザンブロット法、in situ ハイブリダイゼーション法、ノーザンハイブリダイゼ
ーション法、サザンハイブリダイゼーション法などのハイブリダイゼーション技術、定量
RT-PCR法などの定量増幅技術などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法に
おいて、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象検
体としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験体の血液、血清、血漿、尿等の体液
を採取する。あるいは、そのような体液上記の方法によって調製したtotal RNA
を用いてもよいし、さらに当該RNAをもとにして調製される、cDNAを含む各種のポ
リヌクレオチドを用いてもよい。
【0571】
本発明のキット又はデバイスは、食道がんの診断又は罹患の有無の検出のために有用で
ある。具体的には、当該キット又はデバイスを使用した食道がんの検出は、食道がんの罹
患が疑われる被験体から、血液、血清、血漿、尿等の検体を用いて、当該キット又はデバ
イスに含まれる核酸プローブ又はプライマーで検出される遺伝子の発現量をin vit
roで検出することによって行うことができる。食道がんの罹患が疑われる被験体の血液
、血清、血漿、尿等の検体中の、配列番号1~115、117~189、及び、666~
675の少なくとも1つで表される塩基配列若しくはその相補的配列、並びに場合により
配列番号116及び676の1つ以上で表される塩基配列若しくはその相補的配列、並び
に場合により配列番号190~214の1つ以上で表される塩基配列若しくはその相補的
配列、からなるポリヌクレオチド(その変異体、断片又は誘導体を包含する。)によって
測定される標的miRNAマーカーの発現量が、健常体の血液、血清、又は血漿、尿等の
検体中のそれらの発現量と比べて統計学的に有意に高い場合、当該被験体は食道がんに罹
患していると評価することができる。
【0572】
本発明の方法は、食道造影検査、内視鏡検査、CT検査、MRI検査、内視鏡超音波検
査、超音波検査などの画像診断法と組み合わせることができる。本発明の方法は、食道が
んを特異的に検出することが可能であり、食道がん以外のがんから実質的に識別すること
ができる。
【0573】
本発明のキット又はデバイスを利用した検体中に食道がん由来の遺伝子の発現産物が含
まれないこと、又は食道がん由来の遺伝子の発現産物が含まれること、の検出方法は、被
験体の血液、血清、血漿、尿等の体液を採取して、そこに含まれる標的遺伝子の発現量を
、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド(変異体、
断片又は誘導体を包含する。)を用いて測定することにより、食道がんの有無を評価する
又は食道がんを検出することを含む。また本発明の食道がんの検出方法を用いて、例えば
、食道がん患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における当該疾患
の改善の有無又は改善の程度を評価又は診断することもできる。
【0574】
本発明の方法は、例えば、以下の(a)、(b)及び(c)のステップ:
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリ
ヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマ
ーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の食道がん(細胞)の存在又は不存在を評価
するステップ、
を含むことができる。
【0575】
具体的には、本発明は、miR-204-3p、miR-1247-3p、miR-6
875-5p、miR-6857-5p、miR-6726-5p、miR-3188、
miR-8069、miR-4257、miR-1343-3p、miR-7108-5
p、miR-6825-5p、miR-7641、miR-3185、miR-4746
-3p、miR-6791-5p、miR-6893-5p、miR-4433b-3p
、miR-3135b、miR-6781-5p、miR-1908-5p、miR-4
792、miR-7845-5p、miR-4417、miR-3184-5p、miR
-1225-5p、miR-1231、miR-1225-3p、miR-150-3p
、miR-4433-3p、miR-6125、miR-4513、miR-6787-
5p、miR-6784-5p、miR-615-5p、miR-6765-3p、mi
R-5572、miR-6842-5p、miR-8063、miR-6780b-5p
、miR-187-5p、miR-128-1-5p、miR-6729-5p、miR
-6741-5p、miR-6757-5p、miR-7110-5p、miR-797
5、miR-1233-5p、miR-6845-5p、miR-3937、miR-4
467、miR-7109-5p、miR-6088、miR-6782-5p、miR
-5195-3p、miR-4454、miR-6724-5p、miR-8072、m
iR-4516、miR-6756-5p、miR-4665-3p、miR-6826
-5p、miR-6820-5p、miR-6887-5p、miR-3679-5p、
miR-7847-3p、miR-6721-5p、miR-3622a-5p、miR
-939-5p、miR-602、miR-7977、miR-6749-5p、miR
-1914-3p、miR-4651、miR-4695-5p、miR-6848-5
p、miR-1228-3p、miR-642b-3p、miR-6746-5p、mi
R-3620-5p、miR-3131、miR-6732-5p、miR-7113-
3p、miR-23a-3p、miR-3154、miR-4723-5p、miR-3
663-3p、miR-4734、miR-6816-5p、miR-4442、miR
-4476、miR-423-5p、miR-1249、miR-6515-3p、mi
R-887-3p、miR-4741、miR-6766-3p、miR-4673、m
iR-6779-5p、miR-4706、miR-1268b、miR-4632-5
p、miR-3197、miR-6798-5p、miR-711、miR-6840-
3p、miR-6763-5p、miR-6727-5p、miR-371a-5p、m
iR-6824-5p、miR-4648、miR-1227-5p、miR-564、
miR-3679-3p、miR-2861、miR-6737-5p、miR-472
5-3p、miR-6716-5p、miR-4675、miR-1915-3p、mi
R-671-5p、miR-3656、miR-6722-3p、miR-4707-5
p、miR-4449、miR-1202、miR-4649-5p、miR-744-
5p、miR-642a-3p、miR-451a、miR-6870-5p、miR-
4443、miR-6808-5p、miR-4728-5p、miR-937-5p、
miR-135a-3p、miR-663b、miR-1343-5p、miR-682
2-5p、miR-6803-5p、miR-6805-3p、miR-128-2-5
p、miR-4640-5p、miR-1469、miR-92a-2-5p、miR-
3940-5p、miR-4281、miR-1260b、miR-4758-5p、m
iR-1915-5p、miR-5001-5p、miR-4286、miR-6126
、miR-6789-5p、miR-4459、miR-1268a、miR-6752
-5p、miR-6131、miR-6800-5p、miR-4532、miR-68
72-3p、miR-718、miR-6769a-5p、miR-4707-3p、m
iR-6765-5p、miR-4739、miR-4525、miR-4270、mi
R-4534、miR-6785-5p、miR-6850-5p、miR-4697-
5p、miR-1260a、miR-4486、miR-6880-5p、miR-68
02-5p、miR-6861-5p、miR-92b-5p、miR-1238-5p
、miR-6851-5p、miR-7704、miR-149-3p、miR-468
9、miR-4688、miR-125a-3p、miR-23b-3p、miR-61
4、miR-1913、miR-16-5p、miR-6717-5p、miR-364
8、miR-3162-5p、miR-1909-3p、miR-8073、miR-6
769b-5p、miR-6836-3p、miR-4484、miR-6819-5p
及びmiR-6794-5pからなる群から選択される少なくとも1つ、好ましくは少な
くとも2つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を用いて、被験体の検体におけ
る標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発
現量と、を用いて被験体が食道がんに罹患していること、又は食道がんに罹患していない
ことをin vitroで評価することを含む、食道がんの検出方法を提供する。
【0576】
本明細書において「評価」するとは、医師による判定ではなく、in vitroでの
検査による結果に基づいた評価支援である。
【0577】
上記のとおり、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、miR-20
4-3pがhsa-miR-204-3pであり、miR-1247-3pがhsa-m
iR-1247-3pであり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5
pであり、miR-6857-5pがhsa-miR-6857-5pであり、miR-
6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、miR-3188がhsa-
miR-3188であり、miR-8069がhsa-miR-8069であり、miR
-4257がhsa-miR-4257であり、miR-1343-3pがhsa-mi
R-1343-3pであり、miR-7108-5pがhsa-miR-7108-5p
であり、miR-6825-5pがhsa-miR-6825-5pであり、miR-7
641がhsa-miR-7641であり、miR-3185がhsa-miR-318
5であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3pであり、miR-
6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR-6893-5pがh
sa-miR-6893-5pであり、miR-4433b-3pがhsa-miR-4
433b-3pであり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、mi
R-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-1908-5p
がhsa-miR-1908-5pであり、miR-4792がhsa-miR-479
2であり、miR-7845-5pがhsa-miR-7845-5pであり、miR-
4417がhsa-miR-4417であり、miR-3184-5pがhsa-miR
-3184-5pであり、miR-1225-5pがhsa-miR-1225-5pで
あり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、miR-1225-3pが
hsa-miR-1225-3pであり、miR-150-3pがhsa-miR-15
0-3pであり、miR-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、m
iR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-4513がhsa-miR
-4513であり、miR-6787-5pがhsa-miR-6787-5pであり、
miR-6784-5pがhsa-miR-6784-5pであり、miR-615-5
pがhsa-miR-615-5pであり、miR-6765-3pがhsa-miR-
6765-3pであり、miR-5572がhsa-miR-5572であり、miR-
6842-5pがhsa-miR-6842-5pであり、miR-8063がhsa-
miR-8063であり、miR-6780b-5pがhsa-miR-6780b-5
pであり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-12
8-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-6729-5pがh
sa-miR-6729-5pであり、miR-6741-5pがhsa-miR-67
41-5pであり、miR-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、
miR-7110-5pがhsa-miR-7110-5pであり、miR-7975が
hsa-miR-7975であり、miR-1233-5pがhsa-miR-1233
-5pであり、miR-6845-5pがhsa-miR-6845-5pであり、mi
R-3937がhsa-miR-3937であり、miR-4467がhsa-miR-
4467であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7109-5pであり、m
iR-6088がhsa-miR-6088であり、miR-6782-5pがhsa-
miR-6782-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-
3pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり、miR-6724-
5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-8072がhsa-miR-8
072であり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-6756
-5pがhsa-miR-6756-5pであり、miR-4665-3pがhsa-m
iR-4665-3pであり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5
pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5pであり、miR-
6887-5pがhsa-miR-6887-5pであり、miR-3679-5pがh
sa-miR-3679-5pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-78
47-3pであり、miR-6721-5pがhsa-miR-6721-5pであり、
miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、miR-939
-5pがhsa-miR-939-5pであり、miR-602がhsa-miR-60
2であり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-6749-5
pがhsa-miR-6749-5pであり、miR-1914-3pがhsa-miR
-1914-3pであり、miR-4651がhsa-miR-4651であり、miR
-4695-5pがhsa-miR-4695-5pであり、miR-6848-5pが
hsa-miR-6848-5pであり、miR-1228-3pがhsa-miR-1
228-3pであり、miR-642b-3pがhsa-miR-642b-3pであり
、miR-6746-5pがhsa-miR-6746-5pであり、miR-3620
-5pがhsa-miR-3620-5pであり、miR-3131がhsa-miR-
3131であり、miR-6732-5pがhsa-miR-6732-5pであり、m
iR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-23a-3p
がhsa-miR-23a-3pであり、miR-3154がhsa-miR-3154
であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pであり、miR-3
663-3pがhsa-miR-3663-3pであり、miR-4734がhsa-m
iR-4734であり、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであ
り、miR-4442がhsa-miR-4442であり、miR-4476がhsa-
miR-4476であり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり
、miR-1249がhsa-miR-1249であり、miR-6515-3pがhs
a-miR-6515-3pであり、miR-887-3pがhsa-miR-887-
3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-6766-
3pがhsa-miR-6766-3pであり、miR-4673がhsa-miR-4
673であり、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5pであり、mi
R-4706がhsa-miR-4706であり、miR-1268bがhsa-miR
-1268bであり、miR-4632-5pがhsa-miR-4632-5pであり
、miR-3197がhsa-miR-3197であり、miR-6798-5pがhs
a-miR-6798-5pであり、miR-711がhsa-miR-711であり、
miR-6840-3pがhsa-miR-6840-3pであり、miR-6763-
5pがhsa-miR-6763-5pであり、miR-6727-5pがhsa-mi
R-6727-5pであり、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5p
であり、miR-6824-5pがhsa-miR-6824-5pであり、miR-4
648がhsa-miR-4648であり、miR-1227-5pがhsa-miR-
1227-5pであり、miR-564がhsa-miR-564であり、miR-36
79-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-2861がhsa-mi
R-2861であり、miR-6737-5pがhsa-miR-6737-5pであり
、miR-4725-3pがhsa-miR-4725-3pであり、miR-6716
-5pがhsa-miR-6716-5pであり、miR-4675がhsa-miR-
4675であり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり、m
iR-671-5pがhsa-miR-671-5pであり、miR-3656がhsa
-miR-3656であり、miR-6722-3pがhsa-miR-6722-3p
であり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-4
449がhsa-miR-4449であり、miR-1202がhsa-miR-120
2であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-
744-5pがhsa-miR-744-5pであり、miR-642a-3pがhsa
-miR-642a-3pであり、miR-451aがhsa-miR-451aであり
、miR-6870-5pがhsa-miR-6870-5pであり、miR-4443
がhsa-miR-4443であり、miR-6808-5pがhsa-miR-680
8-5pであり、miR-4728-5pがhsa-miR-4728-5pであり、m
iR-937-5pがhsa-miR-937-5pであり、miR-135a-3pが
hsa-miR-135a-3pであり、miR-663bがhsa-miR-663b
であり、miR-1343-5pがhsa-miR-1343-5pであり、miR-6
822-5pがhsa-miR-6822-5pであり、miR-6803-5pがhs
a-miR-6803-5pであり、miR-6805-3pがhsa-miR-680
5-3pであり、miR-128-2-5pがhsa-miR-128-2-5pであり
、miR-4640-5pがhsa-miR-4640-5pであり、miR-1469
がhsa-miR-1469であり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92
a-2-5pであり、miR-3940-5pがhsa-miR-3940-5pであり
、miR-4281がhsa-miR-4281であり、miR-1260bがhsa-
miR-1260bであり、miR-4758-5pがhsa-miR-4758-5p
であり、miR-1915-5pがhsa-miR-1915-5pであり、miR-5
001-5pがhsa-miR-5001-5pであり、miR-4286がhsa-m
iR-4286であり、miR-6126がhsa-miR-6126であり、miR-
6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-4459がhsa-
miR-4459であり、miR-1268aがhsa-miR-1268aであり、m
iR-6752-5pがhsa-miR-6752-5pであり、miR-6131がh
sa-miR-6131であり、miR-6800-5pがhsa-miR-6800-
5pであり、miR-4532がhsa-miR-4532であり、miR-6872-
3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-718がhsa-miR-71
8であり、miR-6769a-5pがhsa-miR-6769a-5pであり、mi
R-4707-3pがhsa-miR-4707-3pであり、miR-6765-5p
がhsa-miR-6765-5pであり、miR-4739がhsa-miR-473
9であり、miR-4525がhsa-miR-4525であり、miR-4270がh
sa-miR-4270であり、miR-4534がhsa-miR-4534であり、
miR-6785-5pがhsa-miR-6785-5pであり、miR-6850-
5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-4697-5pがhsa-mi
R-4697-5pであり、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、
miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-6880-5pがhsa
-miR-6880-5pであり、miR-6802-5pがhsa-miR-6802
-5pであり、miR-6861-5pがhsa-miR-6861-5pであり、mi
R-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR-1238-5pがh
sa-miR-1238-5pであり、miR-6851-5pがhsa-miR-68
51-5pであり、miR-7704がhsa-miR-7704であり、miR-14
9-3pがhsa-miR-149-3pであり、miR-4689がhsa-miR-
4689であり、miR-4688がhsa-miR-4688、miR-125a-3
pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-23b-3pがhsa-miR-
23b-3pであり、miR-614がhsa-miR-614であり、miR-191
3がhsa-miR-1913であり、miR-16-5pがhsa-miR-16-5
pであり、miR-6717-5pがhsa-miR-6717-5pであり、miR-
3648がhsa-miR-3648であり、miR-3162-5pがhsa-miR
-3162-5pであり、miR-1909-3pがhsa-miR-1909-3pで
あり、miR-8073がhsa-miR-8073であり、miR-6769b-5p
がhsa-miR-6769b-5pであり、miR-6836-3pがhsa-miR
-6836-3pであり、miR-4484がhsa-miR-4484であり、miR
-6819-5pがhsa-miR-6819-5pであり、及び、miR-6794-
5pがhsa-miR-6794-5pである。
【0578】
また、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、核酸(具体的には、プ
ローブ又はプライマー)が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレ
オチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(c)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列
からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含
むその断片、
(d)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列
を含むポリヌクレオチド、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
本発明の方法ではさらに、miR-575及びmiR-24-3pからなるポリヌクレオ
チドと特異的に結合可能な核酸を用いることができる。
【0579】
具体的には、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-24-3pが
hsa-miR-24-3pである。
【0580】
さらに、具体的には、核酸が、下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は15以
上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号116及び676で表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その
誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号116及び676で表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてu
がtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
【0581】
本発明の方法における核酸にはさらに、miR-675-5p、miR-486-3p
、miR-6777-5p、miR-4497、miR-296-3p、miR-673
8-5p、miR-4731-5p、miR-6889-5p、miR-6786-5p
、miR-92a-3p、miR-4294、miR-4763-3p、miR-607
6、miR-663a、miR-760、miR-4667-5p、miR-6090、
miR-4730、miR-7106-5p、miR-3196、miR-5698、m
iR-6087、miR-4665-5p、miR-8059及びmiR-6879-5
pから選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含むこ
とができる。
【0582】
好ましい実施形態では、そのような核酸は、具体的には、miR-675-5pがhs
a-miR-675-5pであり、miR-486-3pがhsa-miR-486-3
pであり、miR-6777-5pがhsa-miR-6777-5pであり、miR-
4497がhsa-miR-4497であり、miR-296-3pがhsa-miR-
296-3pであり、miR-6738-5pがhsa-miR-6738-5pであり
、miR-4731-5pがhsa-miR-4731-5pであり、miR-6889
-5pがhsa-miR-6889-5pであり、miR-6786-5pがhsa-m
iR-6786-5pであり、miR-92a-3pがhsa-miR-92a-3pで
あり、miR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-4763-3pが
hsa-miR-4763-3pであり、miR-6076がhsa-miR-6076
であり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-760がhsa
-miR-760であり、miR-4667-5pがhsa-miR-4667-5pで
あり、miR-6090がhsa-miR-6090であり、miR-4730がhsa
-miR-4730であり、miR-7106-5pがhsa-miR-7106-5p
であり、miR-3196がhsa-miR-3196であり、miR-5698がhs
a-miR-5698であり、miR-6087がhsa-miR-6087であり、m
iR-4665-5pがhsa-miR-4665-5pであり、miR-8059がh
sa-miR-8059であり、及び、miR-6879-5pがhsa-miR-68
79-5pである。
【0583】
さらに、好ましい実施形態では、そのような核酸は、具体的には、下記の(k)~(o
)に示すポリヌクレオチド:
(k)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又
は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(l)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(m)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異
体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(n)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(o)前記(k)~(n)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである。
【0584】
本発明方法で用いられる検体として、被験体の生体組織(好ましくは、食道組織)、血
液、血清、血漿、尿等の体液など、から調製される検体を挙げることができる。具体的に
は、当該組織から調製されるRNA含有検体、それからさらに調製されるポリヌクレオチ
ドを含む検体、血液、血清、血漿、尿等の体液、被験体の生体組織の一部又は全部をバイ
オプシーなどで採取するか、手術によって摘出した生体組織、などであり、これらから、
測定のための検体を調製することができる。
【0585】
本明細書で被験体とは、哺乳動物、例えば、非限定的にヒト、サル、マウス、ラットな
どを指し、好ましくはヒトである。
【0586】
本発明の方法は、測定対象として用いる検体の種類に応じてステップを変更することが
できる。
【0587】
測定対象物としてRNAを利用する場合、食道がん(細胞)の検出は、例えば、下記の
ステップ(a)、(b)及び(c):
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチ
ド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステ
ップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成された
cDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーション
によって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT-PCR
によって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、食道がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不
存在を評価するステップ、
を含むことができる。
【0588】
本発明によって食道がん(由来の遺伝子の発現)をin vitroで検出、検査、評
価又は診断するために、例えば、種々のハイブリダイゼーション法を使用することができ
る。このようなハイブリダイゼーション法には、例えば、ノーザンブロット法、サザンブ
ロット法、RT-PCR法、DNAチップ解析法、in situハイブリダイゼーショ
ン法、ノーザンハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用
することができる。
【0589】
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明で使用可能な上記核酸プローブを用いる
ことによって、RNA中の各遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができ
る。具体的には、核酸プローブ(相補鎖)を放射性同位元素(32P、33P、35Sな
ど)や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトラン
スファーした被検者の生体組織由来のRNAとハイブリダイズさせたのち、形成されたD
NA/RNA二重鎖の標識物(放射性同位元素又は蛍光物質)に由来するシグナルを放射
線検出器(BAS-1800II(富士写真フィルム株式会社)、などを例示できる)又
は蛍光検出器(STORM 865(GEヘルスケア社)、などを例示できる)で検出、
測定する方法を例示することができる。
【0590】
定量RT―PCR法を利用する場合には、本発明で使用可能な上記プライマーを用いる
ことによって、RNA中の遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができる
。具体的には、被検体の生体組織由来のRNAから常法にしたがってcDNAを調製して
、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の1対のプライマ
ー(上記cDNAに結合する正鎖と逆鎖からなる)をcDNAとハイブリダイズさせて常
法によりPCR法を行い、得られた二本鎖DNAを検出する方法を例示することができる
。なお、二本鎖DNAの検出法としては、上記PCRをあらかじめ放射性同位元素や蛍光
物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、PCR産物をアガロースゲルで電気
泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖DNAを染色して検出する方法、産生された
二本鎖DNAを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせ、標識し
た核酸プローブとハイブリダイズさせて検出する方法を含むことができる。
【0591】
核酸アレイ解析を利用する場合は、本発明の核酸プローブ(一本鎖又は二本鎖)を基板
(固相)に貼り付けたRNAチップ又はDNAチップを用いる。核酸プローブを貼り付け
た領域をプローブスポット、核酸プローブを貼り付けていない領域をブランクスポットと
称する。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般に核酸チップ、核酸アレイ、マイク
ロアレイなどという名称があり、DNA又はRNAアレイには、DNA又はRNAマクロ
アレイとDNA又はRNAマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではチップといった
場合、それらの全てを含むものとする。DNAチップとしては3D-Gene(登録商標
)Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用いることができ
るが、これに限られない。
【0592】
DNAチップの測定は、限定されないが、例えば、核酸プローブの標識物に由来するシ
グナルを画像検出器(Typhoon 9410(GEヘルスケア社)、3D-Gene
(登録商標)スキャナー(東レ株式会社)などを例示できる)で検出、測定する方法を例
示することができる。
【0593】
本明細書中で使用する「ストリンジェントな条件」とは、上述のように核酸プローブが
他の配列に対するよりも大きな程度(例えば、バックグラウンド測定値の平均+バックグ
ラウンド測定値の標準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズ
する条件である。
【0594】
ストリンジェントな条件はハイブリダイゼーションとその後の洗浄条件によって、規定
される。そのハイブリダイゼーションの条件は、限定されないが、例えば、30℃~60
℃で、SSC、界面活性剤、ホルムアミド、デキストラン硫酸塩、ブロッキング剤などを
含む溶液中で1~24時間の条件とする。ここで、1×SSCは、150mM塩化ナトリ
ウム及び15mMクエン酸ナトリウムを含む水溶液(pH7.0)であり、界面活性剤は
SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)、Triton、もしくはTweenなどを含む。ハ
イブリダイゼーション条件としては、より好ましくは3~10×SSC、0.1~1%
SDSを含む。ストリンジェントな条件を規定するもうひとつの条件である、ハイブリダ
イゼーション後の洗浄条件としては、例えば、30℃の0.5×SSCと0.1%SDS
を含む溶液、及び30℃の0.2×SSCと0.1%SDSを含む溶液、及び30℃の0
.05×SSC溶液による連続した洗浄などの条件を挙げることができる。相補鎖はかか
る条件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望
ましい。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関
係にある塩基配列からなる鎖、並びに当該鎖と少なくとも80%、好ましくは少なくとも
85%、より好ましくは少なくとも90%又は少なくとも95%、例えば少なくとも98
%又は少なくとも99%の同一性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
【0595】
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例につい
ては、例えば、Sambrook,J.&Russel,D.著、Molecular
Cloning,A LABORATORY MANUAL、Cold Spring
Harbor Laboratory Press、2001年1月15日発行、の第1
巻7.42~7.45、第2巻8.9~8.17などに記載されており、本発明において
利用できる。
【0596】
本発明のキット中のポリヌクレオチド断片をプライマーとしてPCRを実施する際の条
件の例としては、例えば、10mM Tris-HCL(pH8.3)、50mM KC
L、1~2mM MgCl2などの組成のPCRバッファーを用い、当該プライマーの配
列から計算されたTm値+5~10℃において15秒から1分程度処理することなどが挙
げられる。かかるTm値の計算方法としてTm値=2×(アデニン残基数+チミン残基数
)+4×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
【0597】
また、定量RT-PCR法を用いる場合には、TaqMan(登録商標)MicroR
NA Assays(Life Technologies社):LNA(登録商標)-
based MicroRNA PCR(Exiqon社):Ncode(登録商標)m
iRNA qRT-PCT キット(invitrogen社)などの、miRNAを定
量的に測定するために特別に工夫された市販の測定用キットを用いてもよい。
【0598】
遺伝子発現量の算出には、限定されないが、例えば、Statistical ana
lysis of gene expression microarray data
(Speed T.著、Chapman and Hall/CRC)、及びA beg
inner’s guide Microarray gene expression
data analysis(Causton H.C.ら著、Blackwell
publishing)などに記載された統計学的処理を、本発明において利用できる。
例えば、DNAチップ上のブランクスポットの測定値の平均値に、ブランクスポットの測
定値の標準偏差の2倍、好ましくは3倍、より好ましくは6倍を加算し、その値以上のシ
グナル値を有するプローブスポットを検出スポットとみなすことができる。さらに、ブラ
ンクスポットの測定値の平均値をバックグラウンドとみなし、プローブスポットの測定値
から減算し、遺伝子発現量とすることができる。遺伝子発現量の欠損値については、解析
対象から除外するか、好ましくは各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値で置換す
るか、より好ましくは遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値、で置換す
ることができる。さらに、低シグナルの遺伝子を除去するために、測定サンプル数の20
%以上、好ましくは50%以上、より好ましくは80%以上において2の6乗、好ましく
は2の8乗、より好ましくは2の10乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを解析対
象として選択することができる。遺伝子発現量の正規化(ノーマライゼーション)として
は、限定されないが、例えば、global normalizationやquant
ile normalization(Bolstad,B.M.ら、2003年、Bi
oinformatics、19巻、p185-193)、などが挙げられる。
【0599】
本発明はまた、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例えば、チップ
)、又はそれらの組み合わせを用いて、被験体由来の検体中の標的遺伝子又は遺伝子の発
現量を測定し、食道がん患者由来の検体と健常体由来の検体の遺伝子発現量を教師サンプ
ルとして判別式(判別関数)を作成し、検体が食道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又
は含まないことを決定又は評価する方法を提供する。
【0600】
すなわち、本発明はさらに、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例
えば、チップ)、又はそれらの組み合わせを用いて、検体が食道がん由来の遺伝子を含む
こと/又は食道がん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価することが既知の複数の
検体中の標的遺伝子(標的核酸)の発現量をin vitroで測定する第1のステップ
、前記第1のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を教師サンプルとした
判別式を作成する第2のステップ、被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を第1
のステップと同様にin vitroで測定する第3のステップ、前記第2のステップで
得られた判別式に第3のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を代入し、
当該判別式から得られた結果に基づいて、検体が食道がん由来の遺伝子を含むこと/又は
食道がん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価する第4のステップを含み、ここで
、当該標的遺伝子が当該ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えば、チップ)に含
まれる検出用ポリヌクレオチドによって検出可能なものである、方法を提供する。ここで
、フィッシャーの判別分析、マハラノビス距離による非線形判別分析、ニューラルネット
ワーク、Support Vector Machine(SVM)などを用いて判別式
を作成できるが、これらに限定されない。
【0601】
線形判別分析は群分けの境界が直線あるいは超平面である場合、式1を判別式として用
いて群の所属を判別する方法である。ここで、xは説明変数、wは説明変数の係数、w0
は定数項とする。
【0602】
【0603】
判別式で得られた値を判別得点と呼び、新たに与えられたデータセットの測定値を説明
変数として当該判別式に代入し、判別得点の符号で群分けを判別することができる。
【0604】
線形判別分析の一種であるフィッシャーの判別分析はクラス判別を行うのに適した次元
を選択するための次元削減法であり、合成変数の分散に着目して、同じラベルを持つデー
タの分散を最小化することで識別力の高い合成変数を構成する(Venables,W.
N.ら著 Modern Applied Statistics with S.Fo
urth edition.Springer.、2002年)。フィッシャーの判別分
析では式2を最大にするような射影方向wを求める。ここで、μは入力の平均、ngはク
ラスgに属するデータ数、μgはクラスgに属するデータの入力の平均とする。分子・分
母はそれぞれデータをベクトルwの方向に射影したときのクラス間分散、クラス内分散と
なっており、この比を最大化することで判別式係数wiを求める。(金森敬文ら著、「パ
ターン認識」、共立出版(2009年)、Richard O.ら著、Pattern
Classification Second Edition.、Wiley-Int
erscience、2000年)。
【0605】
【0606】
マハラノビス距離はデータの相関を考慮した式3で算出され、各群からのマハラノビス
距離の近い群を所属群として判別する非線形判別分析として用いることができる。ここで
、μは各群の中心ベクトル、S-1はその群の分散共分散行列の逆行列である。中心ベク
トルは説明変数xから算出され、平均ベクトルや中央値ベクトルなどを用いることができ
る。
【0607】
【0608】
SVMとはV.Vapnikが考案した判別分析法である(The Nature o
f Statistical Leaning Theory、Springer、19
95年)。分類すべき群分けが既知のデータセットの特定のデータ項目を説明変数、分類
すべき群分けを目的変数として、当該データセットを既知の群分けに正しく分類するため
の超平面と呼ばれる境界面を決定し、当該境界面を用いてデータを分類する判別式を決定
する。そして当該判別式は、新たに与えられるデータセットの測定値を説明変数として当
該判別式に代入することにより、群分けを判別することができる。また、このときの判別
結果は分類すべき群でも良く、分類すべき群に分類されうる確率でも良く、超平面からの
距離でも良い。SVMでは非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高
次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。非線形に写像し
た空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式
のことをカーネルと呼び、カーネルの一例としてリニアカーネル、RBF(Radial
Basis Function)カーネル、ガウシアンカーネルを挙げることができる
。カーネルによって高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避
けてカーネルの計算のみで最適な判別式、すなわち判別式を構成することができる。(例
えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア6「パターン認識と学習の統計学 新しい
概念と手法」、岩波書店(2004年)、Nello Cristianiniら著、S
VM入門、共立出版(2008年))。
【0609】
SVM法の一種であるC-support vector classificati
on(C-SVC)は、2群の説明変数で学習を行って超平面を作成し、未知のデータセ
ットがどちらの群に分類されるかを判別する(C.Cortesら、1995年、Mac
hine Learning、20巻、p273-297)。
【0610】
本発明の方法で使用可能なC-SVCの判別式の算出例を以下に示す。まず全被験体を
食道がん患者と健常体の2群に群分けする。被験体が食道がん患者である、又は健常体で
あると判断するには、例えば、食道組織検査を用いることができる。
【0611】
次に、分けられた2群の血清由来の検体の網羅的遺伝子発現量からなるデータセット(
以下、学習検体群)を用意し、当該2群の間で遺伝子発現量に明確な差が見られる遺伝子
を説明変数、当該群分けを目的変数(例えば、-1と+1)としたC-SVCによる判別
式を決定する。式4は最適化する目的関数であり、ここで、eは全ての入力ベクトル、y
は目的変数、aはLagrange未定乗数ベクトル、Qは正定値行列、Cは制約条件を
調整するパラメータを表す。
【0612】
【0613】
式5は最終的に得られた判別式であり、判別式によって得られた値の符号で所属する群
を決定できる。ここで、xはサポートベクトル、yは群の所属を示すラベル、aは対応す
る係数、bは定数項、Kはカーネル関数である。
【0614】
【0615】
カーネル関数としては例えば、式6で定義されるRBFカーネルを用いることができる
。ここで、xはサポートベクトル、γは超平面の複雑さを調整するカーネルパラメータを
表す。
【0616】
【0617】
これらのほかにも被験体由来の検体が食道がん由来の標的遺伝子の発現を含むこと及び
/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較
し評価する、方法として、ニューラルネットワーク、k-近傍法、決定木、ロジスティッ
ク回帰分析などの手法を選択することができる。
【0618】
本発明の方法は、例えば、下記のステップ(a)、(b)及び(c):
(a)食道がん患者由来の食道がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の食道が
ん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量
を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えば、DNAチップ
)を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1~3、5及び6の判別式を作
成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による診断(検出)用ポ
リヌクレオチド、キット又はデバイス(例えば、DNAチップ)を用いて測定し、(b)
で作成した判別式にそれらを代入して、得られた結果に基づいて検体が食道がん由来の標
的遺伝子の発現を含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発
現量を健常体由来の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1~3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2
節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片を測定す
ることによって得られる値を含み、具体的には本発明の食道がん患者と健常体を判別する
ための説明変数は、例えば、下記の(1)~(3)より選択される遺伝子発現量である。
(1)配列番号1~115、117~189、及び、666~675のいずれかで表され
る塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれ
かによって測定される食道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号116及び676で表される塩基配列又はその相補的配列において、15
以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される食道がん患者もしくは健
常体の血清における遺伝子発現量。
(3)配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列におい
て、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される食道がん患者も
しくは健常体の血清における遺伝子発現量。
【0619】
以上に示すように、被験体由来の検体が食道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又は含
まないことを決定又は評価する方法として、判別式の作成には、学習検体群から作成した
判別式が必要であり、当該判別式の判別精度を上げるためには、学習検体群中の2群間に
明確な差がある遺伝子を判別式に用いることが必要である。
【0620】
また、判別式の説明変数に用いる遺伝子の決定は、次のように行うことが好ましい。ま
ず、学習検体群である、食道がん患者群の網羅的遺伝子発現量と健常体群の網羅的遺伝子
発現量をデータセットとし、パラメトリック解析であるt検定のP値、ノンパラメトリッ
ク解析であるMann-WhitneyのU検定のP値、又はWilcoxon検定のP
値などを利用して、当該2群間における各遺伝子の発現量の差の大きさを求める。
【0621】
検定によって得られたP値の危険率(有意水準)が例えば、5%、1%又は0.01%
より小さい場合に統計学的に有意とみなすことができる。
【0622】
検定を繰り返し行うことに起因する第一種の過誤の確率の増大を補正するために公知の
方法、例えば、ボンフェローニ、ホルムなどの方法によって補正することができる(例え
ば、永田靖ら著、「統計的多重比較法の基礎」、サイエンティスト社(2007年))。
ボンフェローニ補正を例示すると、例えば、検定によって得られたP値を検定の繰り返し
回数、即ち、解析に用いる遺伝子数で乗じ、所望の有意水準と比較することにより検定全
体での第一種の過誤を生じる確率を抑制できる。
【0623】
また、検定ではなく食道がん患者群の遺伝子発現量と健常体群の遺伝子発現量の間で、
各々の遺伝子発現量の中央値の発現比の絶対値(Fold change)を算出し、判
別式の説明変数に用いる遺伝子を選択してもよい。また、食道がん患者群と健常体群の遺
伝子発現量を用いてROC曲線を作成し、AUROC値を基準にして判別式の説明変数に
用いる遺伝子を選択してもよい。
【0624】
次に、ここで求めた遺伝子発現量の差が大きい任意の数の遺伝子を用いて、上記の種々
の方法で算出することができる判別式を作成する。最大の判別精度を得る判別式を構築す
る方法として、例えば、P値の有意水準を満たした遺伝子のあらゆる組み合わせで判別式
を構築する方法や、判別式を作成するために使用する遺伝子を、遺伝子発現量の差の大き
い順に一つずつ増やしながら繰り返して評価する方法などがある(Furey TS.ら
、2000年、Bioinformatics.、16巻、p906-14)。この判別
式に対し、別の独立の食道がん患者もしくは健常体の遺伝子発現量を説明変数に代入して
、この独立の食道がん患者もしくは健常体について所属する群の判別結果を算出する。す
なわち、見出した診断用遺伝子セット及び診断用遺伝子セットを用いて構築した判別式を
、独立の検体群で評価することにより、より普遍的な食道がんを検出することができる診
断用遺伝子セット及び食道がんを判別する方法を見出すことができる。
【0625】
また、当該判別式の判別性能(汎化性)の評価には、Split-sample法を用
いることが好ましい。すなわち、データセットを学習検体群とテスト検体群に分割し、学
習検体群で統計学的検定による遺伝子の選択と判別式作成を行い、該判別式でテスト検体
群を判別した結果とテスト検体群が所属する真の群を用いて精度・感度・特異度を算出し
、判別性能を評価する。一方、データセットを分割せずに、全検体を用いて統計学的検定
による遺伝子の選択と判別式作成を行い、新規に用意した検体を該判別式で判別して精度
・感度・特異度を算出し、判別性能を評価することもできる。
【0626】
本発明は、食道がんの診断及び治療に有用な検出用又は疾患診断用ポリヌクレオチド、
当該ポリヌクレオチドを用いた食道がんの検出方法、並びに当該ポリヌクレオチドを含む
食道がんの検出キット及びデバイスを提供する。特に、既存の腫瘍マーカーCEAによる
食道がん診断法を超える精度を示す診断用遺伝子の選定と判別式の作成を実施するため、
本発明の方法において、例えば、CEAによって陰性と判断されたにもかかわらず、造影
剤を用いたコンピュータ断層撮影等の精密検査によって最終的に食道がんが存在すること
が明らかとなった患者由来の血清中の発現遺伝子と、食道がんが存在しない患者由来の血
清中の発現遺伝子を比較することによって、CEAを超える精度を示す、診断用遺伝子セ
ット及び判別式を構築できる。
【0627】
例えば、上に記載したような配列番号1~115、117~189、及び、666~6
75のいずれかで表される塩基配列若しくはその相補的配列、に基づく1又は2以上の上
記ポリヌクレオチド、並びに場合により、配列番号116及び676で表される塩基配列
若しくはその相補的配列、に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、並びに場合に
より、配列番号190~214のいずれかで表される塩基配列若しくはその相補的配列、
に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせを診断用遺伝子
セットとする。さらに、組織診断の診断結果がクラスIの食道がん患者由来の検体と、ク
ラスIIの健常体由来の検体における該診断用遺伝子セットの発現量を用いて判別式を構
築する。その結果、未知の検体の該診断用遺伝子セットの発現量を測定することにより、
未知の検体が食道がん由来遺伝子を含むこと又は食道がん由来遺伝子を含まないことを最
高で100%の精度で見分けることができる。
【実施例】
【0628】
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、こ
の実施例によって制限されないものとする。
[参考例1]
<食道がん患者と健常体検体の採取>
インフォームドコンセントを得た、健常体100人と食道がん以外の原発がんが認めら
れていない食道がん患者34人(ステージIBが3例、ステージIIAが1例、ステージ
IIBが5例、ステージIIIAが4例、ステージIIIBが7例、ステージIIICが
2例、また治療後に病理検査を実施しステージ分類した検体(yp)として、ypステー
ジIAが1例、ypステージIIAが3例、ypステージIIBが2例、ypステージI
IIAが5例、ypステージIIICが1例)からベノジェクトII真空採血管VP-A
S109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、学習検体群とした。
同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と食道がん以外の原発がんが認め
られていない食道がん患者16人(ステージIIAが3例、ステージIIIAが2例、ス
テージIIICが2例、また治療後に病理検査を実施しステージ分類した検体(yp)と
して、ypステージ0が1例、ypステージIAが1例、ypステージIIAが2例、y
pステージIIIAが2例、ypステージIIIBが1例、ypステージIIICが1例
、ypステージIVが1例)からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(
テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
<totalRNAの抽出>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と食道がん患者50
人の合計200人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D-Gene(登録商標
)RNA extraction reagent from liquid samp
le kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコー
ルに従ってtotal RNAを得た。
<遺伝子発現量の測定>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と食道がん患者50
人の合計200人の血清から得たtotal RNAに対して、3D-Gene(登録商
標) miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定めるプ
ロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチッ
プとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で、
2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D-Gene(
登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い、
同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA中
のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダイ
ゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D-Gene(登録商標)スキャナー(
東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D-Gene(登録商標)Ext
raction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を、
底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各DN
Aチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。そ
の結果、食道がん患者50人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なmiR
NAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及び統
計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team(20
13).R:A language and environment for sta
tistical computing.R Foundation for Stat
istical Computing,URL http://www.R-proje
ct.org/.)及びMASSパッケージ7.3-30(Venables,W.N.
&Ripley,B.D.(2002)Modern Applied Statist
ics with S.Fourth Edition.Springer,New Y
ork.ISBN 0-387-95457-0)を用いて実施した。
[参考例2]
<食道がん以外のがんの検体の採取>
他の臓器にがんが認められていない、インフォームドコンセントを得た、膵臓がん患者
69人、胆道がん患者66人、大腸がん患者30人、胃がん患者33人、肝がん患者32
人、及び、膵胆道良性疾患患者15人からベノジェクトII真空採血管VP-AS109
K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の食道がん患者34
人と健常体103人と合わせて学習検体群とした。
【0629】
同様に、他の臓器にがんが認められていない、インフォームドコンセントを得た、膵臓
がん患者30人、胆道がん患者33人、大腸がん患者20人、胃がん患者17人、肝がん
患者20人、及び膵胆道良性疾患患者6名からベノジェクトII真空採血管VP-AS1
09K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の食道以外の臓
器にがんが認められていない食道がん患者16人、健常体47人と合わせてテスト検体群
とした。以降の操作は参考例1と同様に行った。
[実施例1]
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の
遺伝子マーカーの食道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から食道がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選
定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーにつ
いてそれぞれ単独での食道がん判別性能を評価する方法を検討した。
【0630】
具体的には、まず上記の参考例で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量を
合わせてquantile normalizationで正規化した。
【0631】
次に、学習検体群を用いて診断用遺伝子の選定を行った。ここで、より信頼性の高い診
断マーカーを獲得するため、学習検体群の食道がん患者群又は学習検体群の健常体群のい
ずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを
選択した。さらに食道がん患者群と健常体群を判別するための統計的有意性がある遺伝子
として、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側t検定で得られたP値をボン
フェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を、判別式の説明変数に用いる遺伝子マ
ーカーとして獲得し、後述の表2に記載した。
【0632】
このようにして、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-1247-3p、
hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-
6726-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-8069、hsa-mi
R-4257、hsa-miR-1343-3p、hsa-miR-7108-5p、h
sa-miR-6825-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-3185
、hsa-miR-4746-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR
-6893-5p、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-3135b、
hsa-miR-6781-5p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-
4792、hsa-miR-7845-5p、hsa-miR-4417、hsa-mi
R-3184-5p、hsa-miR-1225-5p、hsa-miR-1231、h
sa-miR-1225-3p、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-44
33-3p、hsa-miR-6125、hsa-miR-4513、hsa-miR-
6787-5p、hsa-miR-6784-5p、hsa-miR-615-5p、h
sa-miR-6765-3p、hsa-miR-5572、hsa-miR-6842
-5p、hsa-miR-8063、hsa-miR-6780b-5p、hsa-mi
R-187-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-6729-5
p、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-mi
R-7110-5p、hsa-miR-7975、hsa-miR-1233-5p、h
sa-miR-6845-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-4467
、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6088、hsa-miR-67
82-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4454、hsa-m
iR-6724-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-4516、hsa
-miR-6756-5p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-682
6-5p、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-6887-5p、hsa
-miR-3679-5p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-672
1-5p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-939-5p、hsa
-miR-602、hsa-miR-7977、hsa-miR-6749-5p、hs
a-miR-1914-3p、hsa-miR-4651、hsa-miR-4695-
5p、hsa-miR-6848-5p、hsa-miR-1228-3p、hsa-m
iR-642b-3p、hsa-miR-6746-5p、hsa-miR-3620-
5p、hsa-miR-3131、hsa-miR-6732-5p、hsa-miR-
7113-3p、hsa-miR-23a-3p、hsa-miR-3154、hsa-
miR-4723-5p、hsa-miR-3663-3p、hsa-miR-4734
、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-4442、hsa-miR-44
76、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-1249、hsa-miR-6
515-3p、hsa-miR-887-3p、hsa-miR-4741、hsa-m
iR-6766-3p、hsa-miR-4673、hsa-miR-6779-5p、
hsa-miR-4706、hsa-miR-1268b、hsa-miR-4632-
5p、hsa-miR-3197、hsa-miR-6798-5p、hsa-miR-
711、hsa-miR-6840-3p、hsa-miR-6763-5p、hsa-
miR-6727-5p、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-6824
-5p、hsa-miR-4648、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR
-564、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-2861、hsa-mi
R-6737-5p、hsa-miR-575、hsa-miR-4725-3p、hs
a-miR-6716-5p、hsa-miR-4675、hsa-miR-1915-
3p、hsa-miR-671-5p、hsa-miR-3656、hsa-miR-6
722-3p、hsa-miR-4707-5p、hsa-miR-4449、hsa-
miR-1202、hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-744-5p、
hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-451a、hsa-miR-687
0-5p、hsa-miR-4443、hsa-miR-6808-5p、hsa-mi
R-4728-5p、hsa-miR-937-5p、hsa-miR-135a-3p
、hsa-miR-663b、hsa-miR-1343-5p、hsa-miR-68
22-5p、hsa-miR-6803-5p、hsa-miR-6805-3p、hs
a-miR-128-2-5p、hsa-miR-4640-5p、hsa-miR-1
469、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-3940-5p、hsa
-miR-4281、hsa-miR-1260b、hsa-miR-4758-5p、
hsa-miR-1915-5p、hsa-miR-5001-5p、hsa-miR-
4286、hsa-miR-6126、hsa-miR-6789-5p、hsa-mi
R-4459、hsa-miR-1268a、hsa-miR-6752-5p、hsa
-miR-6131、hsa-miR-6800-5p、hsa-miR-4532、h
sa-miR-6872-3p、hsa-miR-718、hsa-miR-6769a
-5p、hsa-miR-4707-3p、hsa-miR-6765-5p、hsa-
miR-4739、hsa-miR-4525、hsa-miR-4270、hsa-m
iR-4534、hsa-miR-6785-5p、hsa-miR-6850-5p、
hsa-miR-4697-5p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-44
86、hsa-miR-6880-5p、hsa-miR-6802-5p、hsa-m
iR-6861-5p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-1238-5
p、hsa-miR-6851-5p、hsa-miR-7704、hsa-miR-1
49-3p、hsa-miR-4689、hsa-miR-4688、hsa-miR-
125a-3p、hsa-miR-23b-3p、hsa-miR-614、hsa-m
iR-1913及びhsa-miR-16-5p遺伝子、これらに関連する配列番号1~
189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを見出した。
【0633】
このうち、食道がんの有無を検査するマーカーとして新規に見出された遺伝子は、配列
番号1~115、117~189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドである。
【0634】
さらに、これらの遺伝子の発現量を指標として、フィッシャーの判別分析により食道が
んの有無を判別する判別式を作成した。すなわち、学習検体群において見出された配列番
号1~189のいずれかで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを式2に入力して
判別式を作成し、算出した精度、感度、特異度を後述の表3に示した。またそのときの判
別式係数と定数項を表4に示した。
【0635】
ここで、例えば、配列番号1、3、4、5、6、9、10、13、15、17、18、
19、26、28、29、30、32、33、35、40、41、43、55、58、6
1、63、67、68、70、76、77、80、90、92、93、95、109、1
16、119、122、127及び150で表される塩基配列からなる42個のポリヌク
レオチドは、学習検体群に含まれるステージI検体3例も全て食道がんと判別できるマー
カーとして選定した。
【0636】
上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選
定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した(表3)。例えば、配列
番号1で表される塩基配列の遺伝子発現量の測定値を学習検体群の健常体(100人)と
食道がん患者(34人)で比較した場合、健常体群に対し食道がん患者群の発現量測定値
が有意に低いことが示され(
図2左参照)、さらにこの結果はテスト検体群の健常体(5
0人)と食道がん患者(16人)でも再現できた(
図2右参照)。同様に配列番号2~1
89で表される他のポリヌクレオチドにおいても、健常体群に対し食道がん患者群の発現
量測定値が有意に低い(-)又は高い(+)結果が得られ(表2)、これらの結果はテス
ト検体群で検証ができた。また、例えば、この配列番号1で表される塩基配列に関し、学
習検体群で設定した両群を判別する閾値(12.3)を用いてテスト検体群における食道
がん検出の的中率を算出したところ、真陽性13例、真陰性48例、偽陽性2例、偽陰性
3例であり、これらの値から検出性能として、精度92.4%、感度81.2%、特異度
96%が得られた。このようにして配列番号1~189で表される全てのポリヌクレオチ
ドの検出性能を算出し、表3に記載した。同様に、表2に示す配列番号1、2、3、4、
5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、
20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、3
3、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46
、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、
60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、7
3、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86
、87、88、89、90、92、93、94、95、96、97、98、99、100
、101、102、103、104、106、107、109、110、112、113
、114、115、116、117、119、120、130、131、134、139
、143、151、159、173、182、185、186、187、188及び18
9で表される塩基配列からなる129個のポリヌクレオチドは、テスト検体群においてそ
れぞれ感度81.2%、87.5%、93.8%、100%、87.5%、87.5%、
81.2%、75%、87.5%、100%、100%、87.5%、81.2%、75
%、87.5%、87.5%、81.2%、93.8%、93.8%、81.2%、10
0%、87.5%、68.8%、87.5%、81.2%、75%、87.5%、81.
2%、81.2%、87.5%、75%、68.8%、81.2%、75%、68.8%
、100%、68.8%、87.5%、87.5%、81.2%、68.8%、75%、
75%、87.5%、68.8%、62.5%、93.8%、75%、81.2%、62
.5%、56.2%、56.2%、56.2%、75%、68.8%、62.5%、62
.5%、62.5%、68.8%、68.8%、68.8%、56.2%、56.2%、
56.2%、81.2%、56.2%、50%、68.8%、75%、56.2%、56
.2%、56.2%、62.5%、43.8%、50%、56.2%、56.2%、68
.8%、62.5%、62.5%、68.8%、56.2%、43.8%、62.5%、
56.2%、43.8%、43.8%、75%、56.2%、56.2%、62.5%、
56.2%、87.5%、43.8%、50%、43.8%、50%、56.2%、43
.8%、50%、43.8%、68.8%、62.5%、56.2%、43.8%、43
.8%、56.2%、56.2%、62.5%、56.2%、62.5%、50%、68
.8%、56.2%、43.8%、62.5%、43.8%、43.8%、43.8%、
43.8%、50%、56.2%、43.8%、43.8%、75%、62.5%、43
.8%、50%及び62.5%を示した(表3)。ここで、後述の比較例から、テスト検
体群における食道がんの既存マーカーSCCの感度は37.5%であったことから(表5
-2)、テスト検体群において、配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、
11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、2
4、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37
、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、
51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、6
4、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77
、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、
92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、
104、106、107、109、110、112、113、114、115、116、
117、119、120、130、131、134、139、143、151、159、
173、182、185、186、187、188及び189で表される塩基配列からな
る129個のポリヌクレオチドは、単独でCEAを上回る感度で食道がんを判別すること
が証明できた。
【0637】
したがって、これらのポリヌクレオチドは、早期の食道がんも検出することができ、食
道がんの早期診断に貢献する。
[実施例2]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる食道がん判別性能の評
価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて食道がん判別性能を評
価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1~189で
表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのいずれのうち、新規に見出された配列番号
1~115、117~189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定
値をのうちいずれか2種の組み合わせ17,766通りについてフィッシャーの判別分析
を行い、食道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別
式を用いてテスト検体群における精度、感度、特異度を算出し、選定されたポリヌクレオ
チドの判別性能を独立した検体で検証した。
【0638】
例えば、配列番号2と配列番号4で表される塩基配列の遺伝子発現量の測定値を学習検
体群の健常体(100人)と食道がん患者(34人)で比較した場合、健常体群と食道が
ん患者群の測定値が有意に分離する散布図が得られ(
図3左参照)、さらにこの結果はテ
スト検体群の健常体(50人)と食道がん患者(16人)でも再現できた(
図3右参照)
。同様に、新規に見出された配列番号1~115、及び、117~189で表される塩基
配列からなるポリヌクレオチドの遺伝子発現量の測定値のいずれか2個の他の組み合わせ
においても、健常体群と食道がん患者群の測定値を有意に分離する散布図が得られ、これ
らの結果はテスト検体群で検証ができた。また、
図3で示すように、例えばこの配列番号
2と配列番号4で示される塩基配列に関し、学習検体群で設定した両群を判別する関数(
0=2.42x+y―21.17)を用いて食道がん検出の的中率を算出したところ、真
陽性15例、真陰性49例、偽陽性1例、偽陰性1例であり、これらの値から検出性能と
して精度97%、感度93.8%、特異度98%が得られた。このようにして、配列番号
1~189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの2個の組み合わせ全通りの検
出性能を算出した。このうち例として、配列番号1で表される塩基配列からなるポリヌク
レオチドの発現量測定値を含む組み合わせ188通りとその検出性能について表6に記載
した。例えば配列番号1と配列番号6、配列番号1と配列番号9、配列番号1と配列番号
13、及び、配列番号1と配列番号14、で表される塩基配列からなるポリヌクレオチド
の発現量測定値の組み合わせについては全て、テスト検体群において感度100%を示し
た。同様に配列番号1と配列番号2~189で表される2個の塩基配列からなるポリヌク
レオチドの残りの組み合わせについても全て感度81%以上を示し、食道がんの既存マー
カーSCCの感度(37.5%)(表5-2)を上回った。さらに、SCCの感度を上回
る2個のポリヌクレオチドの発現量測定値の組み合わせはテスト検体群で17,096通
り得られ、この組み合わせには実施例1で得られた表2に記載の塩基配列1~189の全
てが少なくとも1回は使用された。したがって、配列番号1~189で表される塩基配列
からなるポリヌクレオチドは、2個の塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値
を組み合わせた場合においても、優れた食道がんの検出感度が得られた。
【0639】
さらに、配列番号1~189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測
定値を3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数を組み合
わせることで、さらに優れた感度で食道がんを検出するマーカーが得られる。例えば、実
施例1で選択された配列番号1~189で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの
うち新規に見出された配列番号1~115、及び、117~189で表される塩基配列か
らなるポリヌクレオチドについて、テスト検体群における健常体群と食道がん群の間で測
定された発現量値を得て、群間の差の統計的有意性を示すStudent’sのt-te
stによるP値の降順に全ポリヌクレオチドを順位付けし(P値が最も低いものが1位と
なる)、上位のポリヌクレオチドから1個ずつ組み合わせに加えることにより、1個から
複数個のポリヌクレオチドの組み合わせの食道がん検出感度を評価した。すなわち、この
評価におけるポリヌクレオチドの組み合わせの順番は、配列番号で表すと、表2に示す配
列番号189から、188、187、と順番にさかのぼった順となる。その結果、テスト
検体群における感度は、1個のポリヌクレオチド(配列番号189)で31.2%、2個
のポリヌクレオチド(配列番号188及び189)で56.2%、3個のポリヌクレオチ
ド(配列番号187~189)で75.0%、5個のポリヌクレオチド(配列番号185
~189)で93.8%、11個のポリヌクレオチド(配列番号179~189)で10
0%、30個のポリヌクレオチド(配列番号160~189)で100%、50個のポリ
ヌクレオチド(配列番号140~189)で100%、100個のポリヌクレオチド(配
列番号89~115、及び、117~189)で100%、150個のポリヌクレオチド
(配列番号39~115、及び117~189)で100%、189個のポリヌクレオチ
ド(配列番号1~115、117~189)で100%であった。
【0640】
すなわち、単独のポリヌクレオチド、又は、より少数のポリヌクレオチドよりも、複数
のポリヌクレオチドを組み合わせた場合の方が、高い食道がん判別性能を得ることが可能
であることが示された。ここで、複数のポリヌクレオチドの組み合わせは、上記のように
統計的有意差の順に組み合わせる場合に限らず、どのような複数個のポリヌクレオチドの
組み合わせを用いても食道がんの検出に用いることができる。
【0641】
これらの結果から配列番号1~189で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオ
チドは、優れた食道がんの検出用マーカーであるといえる。
【0642】
【0643】
【0644】
【0645】
【0646】
【0647】
【0648】
【0649】
【0650】
【0651】
【0652】
【0653】
【0654】
【0655】
【0656】
【0657】
【0658】
【0659】
【0660】
【0661】
【0662】
【0663】
【0664】
【0665】
【0666】
【0667】
【0668】
[実施例3]
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの食道がん判別
性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体
を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定、及びその食道がん判別性能評価を行っ
た。
【0669】
具体的には、上記の参考例で得た食道がん患者50人の血清及び健常体150人の血清
に対するmiRNA発現量について、quantile normalizationで
正規化した。より信頼性の高い診断マーカーを獲得するため、遺伝子マーカーの選定では
食道がん患者群又は健常体群のいずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上の遺
伝子発現量を有する遺伝子のみを選択した。さらに食道がん患者群と健常体群を判別する
ための統計的有意性を得るために、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側t
検定で得られたP値をボンフェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を判別式の説
明変数に用いる遺伝子マーカーとして選択し表7に記載した。このようにして、表2に記
載した遺伝子に加え、hsa-miR-675-5p、hsa-miR-486-3p、
hsa-miR-6777-5p、hsa-miR-4497、hsa-miR-296
-3p、hsa-miR-6738-5p、hsa-miR-4731-5p、hsa-
miR-6889-5p、hsa-miR-6786-5p、hsa-miR-92a-
3p、hsa-miR-4294、hsa-miR-4763-3p、hsa-miR-
6076、hsa-miR-663a、hsa-miR-760、hsa-miR-46
67-5p、hsa-miR-6090、hsa-miR-4730、hsa-miR-
7106-5p、hsa-miR-3196、hsa-miR-5698、hsa-mi
R-6087、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-8059及びhsa
-miR-6879-5p遺伝子、これらに関連する配列番号190~214で表される
塩基配列を見出した。配列番号1~189の塩基配列と同様に、配列番号190~214
の塩基配列で示されるポリヌクレオチドにおいても、健常体群に対し食道がん患者群の測
定値が有意に低い(-)又は高い(+)結果が得られ(表7)、これらの結果はテスト検
体群で検証ができた。したがって、表7に記載した遺伝子の発現量測定値を単独又は表2
に記載の遺伝子の発現量測定値と組合せて用いることにより、実施例1及び実施例2に記
載した方法で新規に得た検体を判別することができる。
【0670】
【0671】
【0672】
【0673】
【0674】
【0675】
【0676】
[実施例4]
<テスト検体群の検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組み合わせによる食道がん特異的
な判別性能の評価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを使用して、及び、参考例2に記
載した学習検体群を対象として、実施例1に記載の方法と同様の方法で、食道がん患者と
、健康体、膵臓がん患者、胆道がん患者、大腸がん患者、胃がん患者、肝がん患者及び膵
胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子発現量の比較を行い、
診断用遺伝子を選択した。その結果新たに選択された配列番号666~676で表される
塩基配列からなるポリヌクレオチドを配列番号1~214で表される塩基配列からなるポ
リヌクレオチドとさらに組合せて膵臓がん特異的な判別性能を評価する方法を検討した。
【0677】
具体的には、まず上記の参考例2で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量
を合わせてquantile normalizationで正規化した。次に、配列番
号1~214、666~676で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測
定値を含む2~6個の組み合わせについてフィッシャーの判別分析を行い、食道がんの存
在の有無を判別する判別式を構築した。次に、食道がん患者群を陽性検体群、一方で、健
常体群、膵臓がん患者群、胆道がん患者群、大腸がん患者群、胃がん患者群、肝がん患者
群及び膵胆道良性疾患患者群を陰性検体群として、上記で作成した判別式を用いてテスト
検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を
独立した検体で検証した。
【0678】
上記の配列番号1~214及び666~676で表される塩基配列もしくはその相補的
配列からなるポリヌクレオチドの多くが食道がんの存在の有無の判別において比較的高い
精度、感度、特異度を提供することができるうえに、食道がんをその他のがんから特異的
に識別可能であった。例えば、配列番号1、2、5、8、22、32、33、35、43
、44、56、85、98、106、109、115、121、126、133、138
、155、157、166、177、179、185、202、212、666、667
、668、669、670、671、672、673、674、675及び676で表さ
れる塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドからなる群(がん種特異
性ポリヌクレオチド群1)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドは、標的マ
ーカーと特異的に結合可能であった。
【0679】
特に、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複数個のポリヌクレオチドの
組み合わせのうち、配列番号1、22、85、109、121、126、133、138
、166及び666で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドからなる群(がん種特異性ポリヌクレオチド群2)から選択されるポリヌクレオチドを
少なくとも1つ含む組み合わせにおいて、高精度に、食道がんをその他のがんから特異的
に識別可能であった。
【0680】
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個
、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数を組み合わせ
が可能であるが、6個以上の組み合わせにおいて判別精度85%以上を示すことができた
。がん種特異性ポリヌクレオチド群2のそれぞれのポリヌクレオチドを用いて測定したと
きの判別精度の具体的結果を以下で説明する。
【0681】
配列番号1で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを用
いて測定した場合の判別精度を表8-1に示す。配列番号1で表される塩基配列もしくは
その相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において精度65.4%、テスト検体群において精度65.4%を示した。
また、例えば、配列番号1で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌク
レオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度
78.3%、テスト検体群において精度77.7%を示した。また、例えば、配列番号1
で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3個の組み
合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度85.9%、テスト検体群
において精度79.8%を示した。また、例えば、配列番号1で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度89.2%、テスト検体群において精度88.8%を
示した。また、例えば、配列番号1で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最
高で精度91.1%、テスト検体群において精度90.4%を示した。また、例えば、配
列番号1で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む6
個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度92.7%、テス
ト検体群において精度93.1%を示した。
【0682】
配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを
用いて測定した場合の判別精度を表8-2に示す。配列番号22で表される塩基配列もし
くはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において精度70.9%、テスト検体群において精度69.1%を示し
た。また、例えば、配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポ
リヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高
で精度83.0%、テスト検体群において精度77.7%を示した。また、例えば、配列
番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3
個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.9%、テス
ト検体群において精度81.9%を示した。また、例えば、配列番号22で表される塩基
配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わせを用いて
測定した場合、学習検体群において最高で精度89.3%、テスト検体群において精度8
7.2%を示した。また、例えば、配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的
配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体
群において最高で精度91.4%、テスト検体群において精度86.7%を示した。また
、例えば、配列番号22で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレ
オチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度9
1.9%、テスト検体群において精度90.4%を示した。
【0683】
配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを
用いて測定した場合の判別精度を表8-3に示す。配列番号85で表される塩基配列もし
くはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において精度65.2%、テスト検体群において精度61.2%を示し
た。また、例えば、配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポ
リヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高
で精度79.1%、テスト検体群において精度77.1%を示した。また、例えば、配列
番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む3
個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度84.3%、テス
ト検体群において精度78.1%を示した。また、例えば、配列番号85で表される塩基
配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わせを用いて
測定した場合、学習検体群において最高で精度88.5%、テスト検体群において精度8
8.8%を示した。また、例えば、配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的
配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体
群において最高で精度90.8%、テスト検体群において精度91.0%を示した。また
、例えば、配列番号85で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレ
オチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度9
1.6%、テスト検体群において精度91.0%を示した。
【0684】
配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-4に示す。配列番号109で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度57.6%、テスト検体群において精度54.8%を
示した。また、例えば、配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度83.0%、テスト検体群において精度76.1%を示した。また、例えば
、配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度85.9
%、テスト検体群において精度81.9%を示した。また、例えば、配列番号109で表
される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わ
せを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度88.7%、テスト検体群にお
いて精度84.5%を示した。また、例えば、配列番号109で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度91.1%、テスト検体群において精度90.4%を
示した。また、例えば、配列番号109で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度91.9%、テスト検体群において精度90.4%を示した。
【0685】
配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-5に示す。配列番号121で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度72.3%、テスト検体群において精度67.6%を
示した。また、例えば、配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度81.9%、テスト検体群において精度73.9%を示した。また、例えば
、配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.1
%、テスト検体群において精度79.7%を示した。また、例えば、配列番号121で表
される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わ
せを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.0%、テスト検体群にお
いて精度83.0%を示した。また、例えば、配列番号121で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度91.4%、テスト検体群において精度86.2%を
示した。また、例えば、配列番号121で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度91.6%、テスト検体群において精度89.9%を示した。
【0686】
配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-6に示す。配列番号126で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度73.6%、テスト検体群において精度66.0%を
示した。また、例えば、配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度83.5%、テスト検体群において精度76.1%を示した。また、例えば
、配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度88.5
%、テスト検体群において精度79.8%を示した。また、例えば、配列番号126で表
される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わ
せを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.8%、テスト検体群にお
いて精度84.0%を示した。また、例えば、配列番号126で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度91.1%、テスト検体群において精度91.5%を
示した。また、例えば、配列番号126で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度92.7%、テスト検体群において精度90.4%を示した。
【0687】
配列番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-7に示す。配列番号133で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度52.9%、テスト検体群において精度54.8%を
示した。また、例えば、配列番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度81.7%、テスト検体群において精度79.3%を示した。また、例えば
、配列番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を少なくとも1つ含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高
で精度86.1%、テスト検体群において精度83.5%を示した。また、例えば、配列
番号133で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む
4個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.0%、テ
スト検体群において精度86.1%を示した。また、例えば、配列番号133で表される
塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用
いて測定した場合、学習検体群において最高で精度90.8%、テスト検体群において精
度89.4%を示した。また、例えば、配列番号133で表される塩基配列もしくはその
相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学
習検体群において最高で精度91.3%、テスト検体群において精度89.4%を示した
。
【0688】
配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-8に示す。配列番号138で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度70.1%、テスト検体群において精度68.1%を
示した。また、例えば、配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度80.1%、テスト検体群において精度77.7%を示した。また、例えば
、配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度85.8
%、テスト検体群において精度92.0%を示した。また、例えば、配列番号138で表
される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わ
せを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.5%、テスト検体群にお
いて精度88.8%を示した。また、例えば、配列番号138で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度91.6%、テスト検体群において精度90.4%を
示した。また、例えば、配列番号138で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度91.9%、テスト検体群において精度90.4%を示した。
【0689】
配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-9に示す。配列番号166で表される塩基配列
もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測定
した場合、学習検体群において精度71.7%、テスト検体群において精度72.3%を
示した。また、例えば、配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度80.9%、テスト検体群において精度77.7%を示した。また、例えば
、配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度86.9
%、テスト検体群において精度81.9%を示した。また、例えば、配列番号166で表
される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合わ
せを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度90.1%、テスト検体群にお
いて精度87.2%を示した。また、例えば、配列番号166で表される塩基配列もしく
はその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した場
合、学習検体群において最高で精度92.1%、テスト検体群において精度90.4%を
示した。また、例えば、配列番号166で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群におい
て最高で精度91.6%、テスト検体群において精度91.5%を示した。
【0690】
配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
を用いて測定した場合の判別精度を表8-10に示す。配列番号666で表される塩基配
列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む1個の組み合わせを用いて測
定した場合、学習検体群において精度56.0%、テスト検体群において精度53.2%
を示した。また、例えば、配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列か
らなるポリヌクレオチドを含む2個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群にお
いて最高で精度81.2%、テスト検体群において精度78.2%を示した。また、例え
ば、配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドを含む3個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度85.
9%、テスト検体群において精度81.4%を示した。また、例えば、配列番号666で
表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個の組み合
わせを用いて測定した場合、学習検体群において最高で精度89.2%、テスト検体群に
おいて精度89.9%を示した。また、例えば、配列番号666で表される塩基配列もし
くはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを含む5個の組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において最高で精度91.3%、テスト検体群において精度91.0%
を示した。また、例えば、配列番号666で表される塩基配列もしくはその相補的配列か
らなるポリヌクレオチドを含む6個の組み合わせを用いて測定した場合、学習検体群にお
いて最高で精度92.1%、テスト検体群において精度91.5%を示した。
【0691】
さらに、配列番号1、5、85、138、166、666で表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドの発現量測定値を用いて、学習検体群の食道がん患者34人、健常体1
03人、膵臓がん患者69人、胆道がん患者66人、大腸がん患者30人、胃がん患者3
3人、肝がん患者32人、及び、膵胆道良性疾患患者15人を比較した場合、学習検体群
では食道がん患者群とその他の群の判別得点が有意に分離する散布図が得られ(
図4A参
照)、さらにこの結果はテスト検体群でも再現ができた(
図4B参照)。
【0692】
【0693】
【0694】
【0695】
【0696】
【0697】
【0698】
【0699】
【0700】
【0701】
【0702】
[比較例1]
<既存血中腫瘍マーカーの食道がん判別性能>
上記の参考例で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の食道がん腫瘍マーカー
CEA及びSCCの血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献3
に記載される基準値(CEAは5ng/mL、SCCは1.5ng/mL)よりも血中濃
度が高いとがんの疑いがあるとされる。したがって、各検体毎にCEAの血中濃度が基準
値を超えているか否かを確認し、その結果が食道がん患者をがんと判定しているか見定め
、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した。この結果を表
5に示した。CEAの感度は学習検体群において12.1%、テスト検体群においては1
8.8%しかなく、一方、SCCの感度は学習検体群において36.4%、テスト検体群
においては37.5%に留まり、いずれのマーカーも食道がんの検出には有用でないこと
が分かった(表5-1、表5-2)。
【0703】
一方、上記の実施例1及び実施例2の表3及び表6に示したように、配列番号1~18
9で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオチドは、既存の食道がんマーカー以上
の感度を示す1個又は2個の組み合わせが存在し、優れた診断マーカーであるといえる。
【0704】
以上の実施例、比較例に示すように、本発明のキット等及び方法によれば、既存の腫瘍
マーカーよりも食道がんを感度よく検出できるので、食道がんを早期に発見し治療するこ
とが可能となり、その結果、生存率を大幅に向上することができ、また治療選択において
も患者に負担の少ない内視鏡治療や光線力学的治療が適応可能になる。
【産業上の利用可能性】
【0705】
本発明により、簡易かつ安価な方法で、食道がんを効果的に検出することができるため
、食道がんの早期発見、診断及び治療が可能になる。また、本発明の方法により、患者血
液を用いて食道がんを低侵襲的に検出できるため、食道がんを簡便かつ迅速に検出するこ
とが可能になる。
【0706】
本明細書で引用した全ての刊行物、特許及び特許出願をそのまま参考として本明細書に
とり入れるものとする。
【配列表】