知財求人 - 知財ポータルサイト「IP Force」
▶ 株式会社日立製作所の特許一覧 ▶ 国立大学法人富山大学の特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-03-11
(45)【発行日】2024-03-19
(54)【発明の名称】菌数計測方法及び菌数計測システム
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/06 20060101AFI20240312BHJP
C12M 1/34 20060101ALI20240312BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/06
C12M1/34 D
【請求項の数】
13
(21)【出願番号】P 2020071027
(22)【出願日】2020-04-10
(65)【公開番号】P2021166489
(43)【公開日】2021-10-21
【審査請求日】2023-03-02
(73)【特許権者】
【識別番号】000005108
【氏名又は名称】株式会社日立製作所
(73)【特許権者】
【識別番号】305060567
【氏名又は名称】国立大学法人富山大学
(74)【代理人】
【識別番号】110001807
【氏名又は名称】弁理士法人磯野国際特許商標事務所
(72)【発明者】
【氏名】川邉 駿佑
(72)【発明者】
【氏名】内保 裕一
(72)【発明者】
【氏名】野田 英之
(72)【発明者】
【氏名】仁井見 英樹
(72)【発明者】
【氏名】松井 篤
【審査官】太田 雄三
(56)【参考文献】
【文献】特開２００８－０８６２７９（ＪＰ，Ａ）
【文献】特開２０１９－０８８３３９（ＪＰ，Ａ）
【文献】A Rapid ATP Bioluminescence-based Test for Detecting Levofloxacin Resistance Starting from Positive Blood Culture Bottles.，Scientific reports，2019年10月02日，Vol. 9, No. 1，pp. 13565，doi:10.1038/s41598-019-49358-9
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｑ １／００
Ｃ１２Ｍ １／００
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
細菌に関する既知の増殖曲線が予め格納されている記憶部の情報に基づいて解析する解析部を有し、前記解析部は、
菌数計測の対象となる細菌である計測対象細菌が含まれている菌液を含む第１の培地を複数有するとともに、前記菌液及び抗菌薬を含む、前記第１の培地とは異なる第２の培地を有し、前記第１の培地及び前記第２の培地における培養が開始されている培養部に対し、前記第１の培地における菌数を計測する第１の計測を行い、
当該第１の計測の結果を、前記記憶部に格納されている前記増殖曲線と照合することにより、前記計測対象細菌の最小発育阻止濃度を判定するため、前記第２の培地における菌数の計測である第２の計測のタイミングを決定し、
決定した前記タイミングに従って前記第２の計測を行う
ことを特徴とする菌数計測方法。
【請求項2】
前記解析部は、当該第１の計測の結果と、データベースに格納されている増殖曲線との照合の結果、前記計測対象細菌が対数増殖期に移行していれば、前記第２の計測を行う
ことを特徴とする請求項１に菌数計測方法。
【請求項3】
前記解析部は、当該第１の計測の結果を、前記記憶部に格納されている、複数の細菌に関する前記増殖曲線と照合することにより、前記計測対象細菌の増殖曲線として特定された前記増殖曲線を基に、前記第２の計測を行う第２の計測時刻を算出し、
算出した前記第２の計測時刻までに待機した後、前記第２の計測を行う
ことを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項4】
前記解析部は、当該第１の計測の結果を、前記記憶部に格納されている、複数の前記細菌に関する前記増殖曲線と照合することにより、当該増殖曲線が、前記計測対象細菌の増殖曲線であると確定するために、追加して行われる前記第１の計測の回数を算出し、
前記第１の計測を算出された回数、追加して行った後、再度、前記記憶部に格納されている増殖曲線と照合することにより、前記計測対象細菌の増殖曲線が特定されると、特定された前記増殖曲線を基に、前記第２の計測を行う第２の計測時刻を算出し、
算出した前記第２の計測時刻までに待機した後、前記第２の計測を行う
ことを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項5】
前記解析部は、前記第２の計測の結果を基に、前記計測対象細菌の最小発育阻止濃度を決定する
ことを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項6】
前記第１の計測、及び、前記第２の計測のうち、少なくとも一方は、ＡＴＰ化学発光を含む化学発光を利用した計測、または、前記計測対象細菌の遺伝子、あるいは、タンパク質の蛍光発光を利用した計測であることを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項7】
前記第１の計測、及び、前記第２の計測のうち、少なくとも一方は、濁度測定、及び、顕微鏡観察による菌数の計測を含む非破壊検査を利用した計測であることを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項8】
前記第１の計測の結果と、前記増殖曲線との照合は、決定木分析、回帰分析、クラスタリング分析、ニューラルネットワークを含む機械学習のうち、いずれかが使用される
ことを特徴とした請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項9】
前記解析部は、前記タイミングが決定するまで、複数回、前記第１の計測を行い、
前記タイミングが決定すると、前記第１の計測を停止する
ことを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項10】
前記第１の計測と、前記第２の計測とでは、同じ計測方法が用いられることを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項11】
前記第１の計測と、前記第２の計測とでは、異なる計測方法が用いられることを特徴とする請求項１に記載の菌数計測方法。
【請求項12】
菌数計測の対象となる細菌である計測対象細菌が含まれている菌液を含む第１の培地を複数有するとともに、前記菌液及び抗菌薬を含む、前記第１の培地とは異なる第２の培地を有し、前記第１の培地及び前記第２の培地における培養が開始されている培養部における菌数を計測する計測部と、細菌に関する既知の増殖曲線が予め格納されている記憶部に基づいて解析する解析部と、
前記計測部を制御する制御部と、
を有し、
前記計測部が、
前記第１の培地における菌数を計測する第１の計測を行い、
前記解析部が、
当該第１の計測の結果を、前記記憶部に格納されている前記増殖曲線と照合することにより、前記計測対象細菌の最小発育阻止濃度を判定するため、前記第２の培地における菌数の計測である第２の計測のタイミングを決定し、
前記計測部が、
決定した前記タイミングに従って前記第２の計測を行う
ことを特徴とする菌数計測システム。
【請求項13】
前記培養部において、複数の前記第１の培地が、互いに隣接するよう前記菌液が分注されていることを特徴とする請求項１２に記載の菌数計測システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、菌数計測方法及び菌数計測システムの技術に関する。
【背景技術】
【0002】
細菌感染症の患者に対して、適切な投薬判断を行うため、細菌の薬剤感受性試験を行い、最小発育阻止濃度（Minimum Inhibitory Concentration:以下、ＭＩＣと称する）を求めることが行われている。このような薬剤感受性試験は、細菌と抗菌薬とを混合して培養し、細菌の増殖挙動を評価することで行われる。細菌の増殖挙動を評価するために菌数を知る必要があるが、菌数を計測する方法として、例えば、吸光度測定による濁度評価や、化学発光によるＡＴＰ（Adenosine Triphosphate）量評価、顕微鏡による直接観察等が挙げられる。
【0003】
近年、より迅速にＭＩＣを求めるため、増殖挙動を常にモニタリングし、事前に収集したデータベースと照合することで、迅速にＭＩＣを判定する方法が提案されている。モニタリング頻度は数分から数十分毎に行うことが多い。
【0004】
このようなＭＩＣを判定する方法として、例えば、特許文献１が開示されている。特許文献１には、「被検微生物又は腫瘍細胞の薬剤感受性を評価する方法であって、薬剤に対するＭＩＣが既知の微生物又はＩＣ50が既知の腫瘍細胞について、当該薬剤が１又は２以上の異なる濃度の培地で培養して得られる増殖曲線をそれぞれ曲線データとして予めデータベース化し、被検微生物又は腫瘍細胞を同一条件下で培養して得られる増殖曲線の各曲線データを当該データベースに照合し、類似性評価法に基づき非類似度を求め、非類似度が最小値を示す微生物又は腫瘍細胞の当該薬剤に対するＭＩＣ又はＩＣ50を被検微生物のＭＩＣ又は腫瘍細胞のＩＣ50と判定することを特徴とする」薬剤感受性評価方法及び微生物同定方法が開示されている（要約参照）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0005】
【文献】特開２００８－８６２７９号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
図１３に示すように細菌の増殖期間は、誘導期４０１、対数増殖期４０２、静止期４０３、死滅期４０４の４種類で構成されている。このうち、対数増殖期４０２が抗菌薬の影響を最も受けやすく、迅速なＭＩＣ判定において重要な計測時期である。そのため、対数増殖期４０２以外のタイミングで菌数の計測を行っても、ＭＩＣ判定に有益な情報は得られない。この４つの期４０１～４０４のタイミングは菌種や菌株によって異なる。
【0007】
従来技術では、ＭＩＣ判定を目的として、抗菌薬と混合された菌数の計測を一定時間毎に行い、データベースと照合してＭＩＣ判定を行っている。このような判定は、一般に、複数のウェル（凹部）を有するマイクロプレートを用い、ウェル毎に菌数の計測を行うことで行われる。そして、１個のマイクロプレートにつき少なくとも数分間の測定時間を必要とする。従って、濁度測定や、顕微鏡観察等の非破壊検査でも、ＡＴＰ発光計測等の破壊検査でも、複数のマイクロプレートを同時に処理することは困難である。また、前記した通り、対数増殖期４０２以外のタイミングで菌数の計測を行っても、ＭＩＣ判定に有効な情報を得ることはできないため、ＭＩＣ判定の精度が低下する。また、予め決められた培養時間でＭＩＣ判定のための計測を行うことも、菌種や菌株によって対数増殖期のタイミングが異なるため、困難である。
【0008】
また、破壊検査、例えば細菌内に含まれるＡＴＰや核酸を利用した化学発光計測、蛍光発光計測などは、高感度に菌数を評価できるという利点がある。しかし、一方で、一回の計測毎に細菌を破壊しなければいけないため、菌数の計測毎にサンプルの一部を細菌を培養している培養部から抜き取り、細菌を破壊して計測しなければいけない。そのため、計測回数に比例して計測コストや煩雑な作業が増える課題がある。
【0009】
このような背景に鑑みて本発明がなされたのであり、本発明は、効率的なＭＩＣ判定を実現することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【0010】
前記した課題を解決するため、本発明は、細菌に関する既知の増殖曲線が予め格納されている記憶部の情報に基づいて解析する解析部を有し、前記解析部は、菌数計測の対象となる細菌である計測対象細菌が含まれている菌液を含む第１の培地を複数有するとともに、前記菌液及び抗菌薬を含む、前記第１の培地とは異なる第２の培地を有し、前記第１の培地及び前記第２の培地における培養が開始されている培養部に対し、前記第１の培地における菌数を計測する第１の計測を行い、当該第１の計測の結果を、前記記憶部に格納されている前記増殖曲線と照合することにより、前記計測対象細菌の最小発育阻止濃度を判定するため、前記第２の培地における菌数の計測である第２の計測のタイミングを決定し、決定した前記タイミングに従って前記第２の計測を行うことを特徴とする。
その他の解決手段は実施形態中に適宜記載する。
その他の解決手段は実施形態中に適宜記載する。
【発明の効果】
【0011】
本発明によれば、効率的なＭＩＣ判定を実現することができる。
【図面の簡単な説明】
【0012】
【図1】第１実施形態に係る薬剤感受性試験システムの構成例を示す図である。
【図2】第１実施形態における計測装置の構成例を示す図である。
【図3】第１実施形態における解析制御装置の構成例を示す図である。
【図4】解析制御装置のハードウェア構成を示す図である。
【図5】第１実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。
【図6】マイクロプレートを示す図である。
【図7】第１実施形態において横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数を示すグラフである。
【図8A】本実施形態の薬剤感受性試験システムを用いてＭＩＣ計測が行われたＭＩＣ判定用ウェルの菌数を示す図である。
【図8B】並行処理によるＭＩＣ決定を説明するための図である。
【図9】第２実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。
【図11A】第３実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである（その１）。
【図11B】第３実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである（その２）。
【図12】第３実施形態において横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数を示すグラフである。
【図13】細菌の増殖期間を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0013】
次に、本発明を実施するための形態（「実施形態」という）について、適宜図面を参照しながら詳細に説明する。
【0014】
［第１実施形態］
（薬剤感受性試験システムＺ）
図１は、第１実施形態に係る薬剤感受性試験システムＺの構成例を示す図である。
薬剤感受性試験システムＺは、計測装置２及び解析制御装置１を有する。
計測装置２は、マイクロプレート３（図２参照）に対して菌数の計測（菌数計測）を行い、その結果を取得して解析制御装置１へ送信する。菌数計測には、ＡＴＰ発光計測や、濁度計測、顕微鏡による菌数の計測等が用いられる。
解析制御装置１は、マイクロプレート３への菌液や、抗菌薬の分注を制御する。また、解析制御装置１は、菌数計測の制御を行う。さらに、解析制御装置１は、菌数計測の結果から、計測対象細菌が対数増殖期４０２（図１３参照）に移行したか否かの判定や、ＭＩＣの判定を行う。ここで、計測対象細菌とは、ＭＩＣ判定のための菌数計測の対象となっている細菌であり、マイクロプレート３に分注される細菌である。
（薬剤感受性試験システムＺ）
図１は、第１実施形態に係る薬剤感受性試験システムＺの構成例を示す図である。
薬剤感受性試験システムＺは、計測装置２及び解析制御装置１を有する。
計測装置２は、マイクロプレート３（図２参照）に対して菌数の計測（菌数計測）を行い、その結果を取得して解析制御装置１へ送信する。菌数計測には、ＡＴＰ発光計測や、濁度計測、顕微鏡による菌数の計測等が用いられる。
解析制御装置１は、マイクロプレート３への菌液や、抗菌薬の分注を制御する。また、解析制御装置１は、菌数計測の制御を行う。さらに、解析制御装置１は、菌数計測の結果から、計測対象細菌が対数増殖期４０２（図１３参照）に移行したか否かの判定や、ＭＩＣの判定を行う。ここで、計測対象細菌とは、ＭＩＣ判定のための菌数計測の対象となっている細菌であり、マイクロプレート３に分注される細菌である。
【0015】
（計測装置２）
図２は、第１実施形態における計測装置２の構成例を示す図である。
計測装置２は、分注部２１、計測部２２及び培養部２３を有する。
分注部２１は、菌液や、抗菌薬をマイクロプレート３の凹部であるウェル３０１に分注する。
計測部２２は、マイクロプレート３のウェル３０１に対して菌数計測を行う。ウェル３０１については後記する。前記したように、菌数計測にはＡＴＰ発光計測や、濁度計測、顕微鏡による菌数の計測等が用いられる。
培養部２３は、一定の温度に保たれている。そして、培養部２３は、マイクロプレート３に分注された計測対象細菌の培養が行われる。
図２は、第１実施形態における計測装置２の構成例を示す図である。
計測装置２は、分注部２１、計測部２２及び培養部２３を有する。
分注部２１は、菌液や、抗菌薬をマイクロプレート３の凹部であるウェル３０１に分注する。
計測部２２は、マイクロプレート３のウェル３０１に対して菌数計測を行う。ウェル３０１については後記する。前記したように、菌数計測にはＡＴＰ発光計測や、濁度計測、顕微鏡による菌数の計測等が用いられる。
培養部２３は、一定の温度に保たれている。そして、培養部２３は、マイクロプレート３に分注された計測対象細菌の培養が行われる。
【0016】
（解析制御装置１）
図３は、第１実施形態における解析制御装置１の構成例を示す図である。
解析制御装置１は、解析部１１０、制御部１２０、対数増殖期データベース１３０及びＭＩＣ判定用データベース１４０を有する。
対数増殖期データベース１３０には、様々な菌種の増殖パターンＬ（図７参照；増殖曲線）が格納されている。対数増殖期データベース１３０には、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である
ＭＩＣ判定用データベース１４０には、複数の抗菌薬に対する様々な菌種のＭＩＣ判定用のデータが格納されている。具体的には、ＭＩＣ判定用データベース１４０には、過去におけるＭＩＣ判定での菌数のデータが菌種毎及び薬剤毎に格納されている。
図３は、第１実施形態における解析制御装置１の構成例を示す図である。
解析制御装置１は、解析部１１０、制御部１２０、対数増殖期データベース１３０及びＭＩＣ判定用データベース１４０を有する。
対数増殖期データベース１３０には、様々な菌種の増殖パターンＬ（図７参照；増殖曲線）が格納されている。対数増殖期データベース１３０には、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である
ＭＩＣ判定用データベース１４０には、複数の抗菌薬に対する様々な菌種のＭＩＣ判定用のデータが格納されている。具体的には、ＭＩＣ判定用データベース１４０には、過去におけるＭＩＣ判定での菌数のデータが菌種毎及び薬剤毎に格納されている。
【0017】
解析部１１０は、対数増殖期解析部１１１及びＭＩＣ解析部１１２を有する。
対数増殖期解析部１１１は、図２に示すマイクロプレート３のモニタリング用ウェル３１のそれぞれのウェル３０１における菌数計測を基に、マイクロプレート３に分注されている計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行しているか否かを判定する。
ＭＩＣ解析部１１２は、対数増殖期解析部１１１によってマイクロプレート３に分注されている計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行していると判定されると、ＭＩＣ判定用ウェル３２の各ウェル３０１に対し一斉に菌数計測を行わせる。ここで、「一斉に」とは、ＭＩＣ判定用ウェル３２の各ウェル３０１を順に、かつ、連続して菌数計測することである。そして、ＭＩＣ解析部１１２は、得られた菌数計測の結果を基に、計測対象細菌のＭＩＣを判定する。なお、モニタリング用ウェル３１及びＭＩＣ判定用ウェル３２については後記する。また、後記する第２実施形態や、第３実施形態では、ＭＩＣ解析部１１２が、ＭＩＣ計測の時刻（ＭＩＣ計測時刻）を決定する。ＭＩＣ計測とは、ＭＩＣ判定を行うため、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対して菌数計測を行うことである。
対数増殖期解析部１１１は、図２に示すマイクロプレート３のモニタリング用ウェル３１のそれぞれのウェル３０１における菌数計測を基に、マイクロプレート３に分注されている計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行しているか否かを判定する。
ＭＩＣ解析部１１２は、対数増殖期解析部１１１によってマイクロプレート３に分注されている計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行していると判定されると、ＭＩＣ判定用ウェル３２の各ウェル３０１に対し一斉に菌数計測を行わせる。ここで、「一斉に」とは、ＭＩＣ判定用ウェル３２の各ウェル３０１を順に、かつ、連続して菌数計測することである。そして、ＭＩＣ解析部１１２は、得られた菌数計測の結果を基に、計測対象細菌のＭＩＣを判定する。なお、モニタリング用ウェル３１及びＭＩＣ判定用ウェル３２については後記する。また、後記する第２実施形態や、第３実施形態では、ＭＩＣ解析部１１２が、ＭＩＣ計測の時刻（ＭＩＣ計測時刻）を決定する。ＭＩＣ計測とは、ＭＩＣ判定を行うため、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対して菌数計測を行うことである。
【0018】
制御部１２０は、分注制御部１２１及び計測制御部１２２を有する。
分注制御部１２１は、計測装置２の分注部２１を制御して抗菌薬や、計測対象細菌が含まれる菌液をマイクロプレート３へ分注させる。
計測制御部１２２は、計測装置２の計測部２２を制御して、マイクロプレート３に対し菌数計測を行い、その結果得られる菌数を取得する。
分注制御部１２１は、計測装置２の分注部２１を制御して抗菌薬や、計測対象細菌が含まれる菌液をマイクロプレート３へ分注させる。
計測制御部１２２は、計測装置２の計測部２２を制御して、マイクロプレート３に対し菌数計測を行い、その結果得られる菌数を取得する。
【0019】
（ハードウェア構成）
図４は、解析制御装置１のハードウェア構成を示す図である。
解析制御装置１は、メモリ１５１、ＣＰＵ（Central Processing Unit）１５２．通信装置１５３、記憶装置１５４等を有する。
記憶装置１５４に格納されているプログラムがメモリ１５１にロードされ、ＣＰＵ１５２によって実行される。これにより、図３に示される解析部１１０、制御部１２０、解析部１１０を構成する対数増殖期解析部１１１、ＭＩＣ解析部１１２、制御部１２０を構成する分注制御部１２１、計測制御部１２２が具現化する。
また、記憶装置１５４は、図３の対数増殖期データベース１３０及びＭＩＣ判定用データベース１４０に相当するものでもある。
通信装置１５３は、計測装置２の分注部２１へ制御指示を送信したり、計測部２２から菌数のデータを受信したりする。
図４は、解析制御装置１のハードウェア構成を示す図である。
解析制御装置１は、メモリ１５１、ＣＰＵ（Central Processing Unit）１５２．通信装置１５３、記憶装置１５４等を有する。
記憶装置１５４に格納されているプログラムがメモリ１５１にロードされ、ＣＰＵ１５２によって実行される。これにより、図３に示される解析部１１０、制御部１２０、解析部１１０を構成する対数増殖期解析部１１１、ＭＩＣ解析部１１２、制御部１２０を構成する分注制御部１２１、計測制御部１２２が具現化する。
また、記憶装置１５４は、図３の対数増殖期データベース１３０及びＭＩＣ判定用データベース１４０に相当するものでもある。
通信装置１５３は、計測装置２の分注部２１へ制御指示を送信したり、計測部２２から菌数のデータを受信したりする。
【0020】
（フローチャート）
図５は、第１実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。
まず、分注制御部１２１は、分注部２１にマイクロプレート３のウェル３０１（図６参照）に抗菌薬を分注させる（Ｓ１０１）。
ステップＳ１０１における抗菌薬の分注について図６を参照して説明する。
図５は、第１実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。
まず、分注制御部１２１は、分注部２１にマイクロプレート３のウェル３０１（図６参照）に抗菌薬を分注させる（Ｓ１０１）。
ステップＳ１０１における抗菌薬の分注について図６を参照して説明する。
【0021】
（モニタリング用ウェル３１及びＭＩＣ判定用ウェル３２）
図６は、マイクロプレート３を示す図である。
図６に示すように、本実施形態で使用するマイクロプレート３は、１２×８＝９６個のウェル３０１を有する。ここで、ウェル３０１とは計測対象細菌や、薬剤を分注する凹部である。
ここで、図６に示すように、各列には「１」～「１２」の番号が振られており、各行には「Ａ」～「Ｈ」の番号が振られている。そして、個々のウェル３０１は「Ａ」～「Ｈ」の番号と、「１」～「１２」の番号で表されるものとする。例えば、符号３１１のウェル３０１は、「Ｆ－７」と表される。
図６は、マイクロプレート３を示す図である。
図６に示すように、本実施形態で使用するマイクロプレート３は、１２×８＝９６個のウェル３０１を有する。ここで、ウェル３０１とは計測対象細菌や、薬剤を分注する凹部である。
ここで、図６に示すように、各列には「１」～「１２」の番号が振られており、各行には「Ａ」～「Ｈ」の番号が振られている。そして、個々のウェル３０１は「Ａ」～「Ｈ」の番号と、「１」～「１２」の番号で表されるものとする。例えば、符号３１１のウェル３０１は、「Ｆ－７」と表される。
【0022】
分注部２１は、以下の手順で抗菌薬を分注する。
【0023】
まず、「Ａ－１」～「Ａ－１２」の各ウェル３０１には計測対象細菌が混合されている菌液の分注が行われるものの、抗菌薬の分注は行われない。「Ａ－１」～「Ａ－１２」のウェル３０１のように、菌液（計測対象細菌）の分注が行われるものの、抗菌薬の分注が行われない（コントロール）ウェル３０１をモニタリング用ウェル３１と称する。図６に示すように、モニタリング用ウェル３１におけるそれぞれのウェル３０１は、互いに隣接するように設けられる。換言すれば、分注部２１は、モニタリング用ウェル３１において、互いに隣接するように菌液を分注する。このような配置とすることにより、この後の処理を効率的に行うことができる。
【0024】
そして、「Ｂ」～「Ｈ」の各行のウェル３０１には菌液が分注され、さらに抗菌薬が分注される。このように、菌液が分注され、さらに抗菌薬が分注されるウェル３０１をＭＩＣ判定用ウェル３２と称する。
【0025】
ここで、列「１」～「１２」には異なる抗菌薬が分注され、「Ｂ」～「Ｈ」では異なる濃度で抗菌薬が分注される。例えば、「Ｂ－１」～「Ｈ－１」には「α」の抗菌薬が分注される。このとき、「Ｈ－１」にはある希釈濃度の抗菌薬「α」が分注されるとすると、「Ｇ－１」には「Ｈ－１」より２倍の希釈濃度の抗菌薬「α」が分注される。さらに、「Ｆ－１」には「Ｇ－１」より２倍の希釈濃度の抗菌薬「α」が分注され、「Ｅ－１」には「Ｆ－１」より２倍の希釈濃度の抗菌薬「α」が分注される。このように、「Ｈ－１」→「Ｂ－１」の順に、希釈濃度が２倍の抗菌薬「α」が分注される。
【0026】
同様に、「Ｈ－２」～「Ｂ－２」の各ウェル３０１において、「Ｈ－２」→「Ｂ－２」の順に、希釈濃度が２倍の抗菌薬「β」が分注される。ここで、抗菌薬「β」は抗菌薬「α」とは別の抗菌薬である。
以下、同様に、「Ｈ－３」～「Ｂ－３」、「Ｈ－４」～「Ｂ－４」、・・・、「Ｈ－１２」～「Ｂ－１２」の各ウェル３０１に、列毎に異なる抗菌薬が、「Ｈ」→「Ｂ」の順に、希釈濃度２倍ずつに増加させて分注される。
以下、同様に、「Ｈ－３」～「Ｂ－３」、「Ｈ－４」～「Ｂ－４」、・・・、「Ｈ－１２」～「Ｂ－１２」の各ウェル３０１に、列毎に異なる抗菌薬が、「Ｈ」→「Ｂ」の順に、希釈濃度２倍ずつに増加させて分注される。
【0027】
なお、図６では、マイクロプレート３は、１２×８＝９６個のウェル３０１を有するものとしているが、ウェル３０１の個数はこれに限らない。また、マイクロプレート３は、長方形の形状を有しているが、丸型等、長方形に限らない。そして、モニタリング用ウェル３１は、「Ａ」の１行のみとしているが、「Ａ」及び「Ｂ」の行のウェル３０１をモニタリング用ウェル３１とする等、複数の行をモニタリング用ウェル３１としてもよい。さらに、「１」の列をモニタリング用ウェル３１とする等、所定の列をモニタリング用ウェル３１としてもよい。
【0028】
例えば、計測対象細菌がグラム陰性菌であれば、アンピシリン、タゾバクタム／ピペラシリン、セフタジジム、セフォタキシム、セフェピム、シプロフロキサシン、レボフロキサシン、ミノサイクリン、アミカシン、アズトレオナム、メロペネム、イミペネム等が抗菌薬として用いられる。計測対象細菌がグラム陽性菌であれば、オキサシリン、セファゾリン、ベンジルペニシリン、アンピシリン、レボフロキサシン、エリスロマイシン、クリンダマイシン、ミノサイクリン、ダプトマイシン、リネゾリド、バンコマイシン、ゲンタマイシン等が抗菌薬として用いられる。抗菌薬の濃度はＣＬＳＩ（Clinical and Laboratory Standards Institute）で報告されているブレイクポイント濃度が希釈系列の範囲に入るように設定される。
【0029】
図５の説明に戻る。
次に、ユーザは、ＭＩＣ判定対象の菌を、例えば、菌濃度１０５ＣＦＵ／ｍＬに調製した菌液を作成し、分注制御部１２１は、分注部２１にマイクロプレート３における、すべてのウェル３０１に作成した菌液を分注させる（Ｓ１０２）。
ここで、菌濃度の調整には、例えば、濁度計が使用される。０．５ＭｃＦに調製した菌液を５００倍に希釈すると、およそ１０５ＣＦＵ／ｍＬになることが知られている。希釈液には例えば、陽イオン調整を行ったミューラヒントン培地を使用する。ＭＩＣ判定対象の菌は、例えばグラム染色を用いて、事前にグラム陰性菌かグラム陽性菌かを判定しておく。その上で、マイクロプレート３における、すべてのウェル３０１に菌液が１００μＬずつ分注される。
次に、ユーザは、ＭＩＣ判定対象の菌を、例えば、菌濃度１０５ＣＦＵ／ｍＬに調製した菌液を作成し、分注制御部１２１は、分注部２１にマイクロプレート３における、すべてのウェル３０１に作成した菌液を分注させる（Ｓ１０２）。
ここで、菌濃度の調整には、例えば、濁度計が使用される。０．５ＭｃＦに調製した菌液を５００倍に希釈すると、およそ１０５ＣＦＵ／ｍＬになることが知られている。希釈液には例えば、陽イオン調整を行ったミューラヒントン培地を使用する。ＭＩＣ判定対象の菌は、例えばグラム染色を用いて、事前にグラム陰性菌かグラム陽性菌かを判定しておく。その上で、マイクロプレート３における、すべてのウェル３０１に菌液が１００μＬずつ分注される。
【0030】
この結果、前記したように、モニタリング用ウェル３１である「Ａ」の行（「Ａ－１」～「Ａ－１２」）のウェル３０１には、コントロールとして計測対象細菌のみが分注され、その他のウェル３０１には抗菌薬と計測対象細菌とが分注される。
【0031】
次に、培養部２３において培養が開始される（Ｓ１０３）。培養は、例えば、３５℃の環境下で行われる。
【0032】
培養を開始して一定時間後（例えば５分後）、計測制御部１２２はモニタリング用ウェル３１、すなわち行「Ａ」のウェル３０１のうち、菌数計測が行われていないウェル３０１を１つ（例えば「Ａ－１」）選択する（Ｓ１１１）。そして、計測制御部１２２は、計測部２２に選択したウェル３０１に対して、菌数計測を行わせる（Ｓ１１２）。前記したように、菌数計測にはＡＴＰ発光計測や、濁度計測、顕微鏡観察による菌数の計測等の手法が用いられる。
【0033】
例えば、菌数計測としてＡＴＰ発光計測が用いられる場合、ステップＳ１１２では、ＡＴＰ発光計測に必要な抽出液と発光試薬とがステップＳ１１１で選択されたウェル３０１に分注されることで、ＡＴＰ発光計測が行われる。発光試薬は、例えば、キッコーマンバイオケミファ株式会社のルシフェール（登録商標）ＨＳセットが使用される。計測装置２は例えばＴＥＣＡＮ（登録商標）社のマイクロプレートリーダ等が使用される。
【0034】
そして、対数増殖期解析部１１１は、対数増殖期データベース１３０を参照して、これまで、ステップＳ１１２において行われた菌数計測の結果に対して機械学習を行う（Ｓ１２１）。ここで、対数増殖期解析部１１１は、ランダムフォレストや、ニューラルネットワーク等を用いて、これまで行われた菌数計測の結果（つまり、計測された菌数）と近似する増殖パターンＬ（図７参照）を対数増殖期データベース１３０から抽出する。菌数計測にＡＴＰ発光計測が用いられる場合、計測された菌数はＡＴＰ発光量となる。
そして、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ１２１の結果を基に、計測対象細菌の増殖が対数増殖期４０２（図１３参照）に移行しているか否かを判定する（Ｓ１２２）。ここでは、対数増殖期解析部１１１が、抽出した増殖パターンＬと、これまで行われた菌数計測の結果（菌数）とを比較し計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行したか否かを判定する。
そして、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ１２１の結果を基に、計測対象細菌の増殖が対数増殖期４０２（図１３参照）に移行しているか否かを判定する（Ｓ１２２）。ここでは、対数増殖期解析部１１１が、抽出した増殖パターンＬと、これまで行われた菌数計測の結果（菌数）とを比較し計測対象細菌が対数増殖期４０２に移行したか否かを判定する。
【0035】
計測対象細菌が対数増殖期に移行していなかった場合（Ｓ１２２→Ｎｏ）、解析部１１０は、所定時間（例えば、２０分）待機（Ｓ１２３）後、ステップＳ１１１へ処理を戻す。
計測対象細菌が対数増殖期に移行している場合（Ｓ１２２→Ｙｅｓ）、ＭＩＣ解析部１１２は、計測制御部１２２を介して、計測部２２にＭＩＣ判定用ウェル３２におけるすべてのウェル３０１について一斉にＭＩＣ計測を行わせる（Ｓ１３１）。
ステップＳ１３１の処理は、ステップＳ１２２で「Ｙｅｓ」と判定されてから、すぐに行われてもよいし、所定時間（例えば、２０分）待機した後、行われてもよい。すなわち、ステップＳ１２２で「Ｙｅｓ」と判定されることによりＭＩＣ解析部１１２は、ＭＩＣ計測を行うタイミングを決定する。前記したように、ＭＩＣ計測とは、ＭＩＣを判定するため、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対して菌数計測を行うことである。
そして、ＭＩＣ解析部１１２はステップＳ１３１で行ったＭＩＣ計測の結果に対し、ＭＩＣ判定用データベース１４０との照合を行う（Ｓ１３２）。これにより、ＭＩＣ解析部１１２は各抗菌薬でのＭＩＣを決定する（Ｓ１３３）。ステップＳ１３２の照合は、機械学習や、最小二乗法等等による照合が行われる。
計測対象細菌が対数増殖期に移行している場合（Ｓ１２２→Ｙｅｓ）、ＭＩＣ解析部１１２は、計測制御部１２２を介して、計測部２２にＭＩＣ判定用ウェル３２におけるすべてのウェル３０１について一斉にＭＩＣ計測を行わせる（Ｓ１３１）。
ステップＳ１３１の処理は、ステップＳ１２２で「Ｙｅｓ」と判定されてから、すぐに行われてもよいし、所定時間（例えば、２０分）待機した後、行われてもよい。すなわち、ステップＳ１２２で「Ｙｅｓ」と判定されることによりＭＩＣ解析部１１２は、ＭＩＣ計測を行うタイミングを決定する。前記したように、ＭＩＣ計測とは、ＭＩＣを判定するため、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対して菌数計測を行うことである。
そして、ＭＩＣ解析部１１２はステップＳ１３１で行ったＭＩＣ計測の結果に対し、ＭＩＣ判定用データベース１４０との照合を行う（Ｓ１３２）。これにより、ＭＩＣ解析部１１２は各抗菌薬でのＭＩＣを決定する（Ｓ１３３）。ステップＳ１３２の照合は、機械学習や、最小二乗法等等による照合が行われる。
【0036】
（計測結果）
次に、図７を基に、図５の処理を説明する。
図７は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。菌数の測定にＡＴＰ発光計測が用いられた場合、縦軸はＡＴＰ発光量となる。
プロットＰ１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。また、増殖パターンＬは対数増殖期データベース１３０に予め格納されている増殖曲線である。
それぞれのプロットＰ１が得られる毎に機械学習による照合が行われる（図５のステップＳ１２１）。
そして、プロットＰ２の時点で対数増殖期４０２（図１３参照）に移行していると判定されると、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対してＭＩＣ計測及びＭＩＣ判定処理が行われる（図５のステップＳ１３１，Ｓ１３３）。図７に示す符号ＭＴはＭＩＣ計測（菌数計測）の結果得られる菌数を示している。
次に、図７を基に、図５の処理を説明する。
図７は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。菌数の測定にＡＴＰ発光計測が用いられた場合、縦軸はＡＴＰ発光量となる。
プロットＰ１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。また、増殖パターンＬは対数増殖期データベース１３０に予め格納されている増殖曲線である。
それぞれのプロットＰ１が得られる毎に機械学習による照合が行われる（図５のステップＳ１２１）。
そして、プロットＰ２の時点で対数増殖期４０２（図１３参照）に移行していると判定されると、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対してＭＩＣ計測及びＭＩＣ判定処理が行われる（図５のステップＳ１３１，Ｓ１３３）。図７に示す符号ＭＴはＭＩＣ計測（菌数計測）の結果得られる菌数を示している。
【0037】
（ＭＩＣ計測結果）
図８Ａは、本実施形態の薬剤感受性試験システムＺを用いてＭＩＣ計測（菌数計測）が行われたＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数を示す図である。
図８Ａでは、例えば、「Ｂ－１」～「Ｈ－１」に相当するウェル３０１の菌数を示しており、横軸が同一の抗菌薬の濃度を示し、縦軸が菌数を示している。ヒストグラムＨ１は「Ｂ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ２が「Ｃ－１」で計測された菌数に相当する。また、ヒストグラムＨ３は「Ｄ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ４が「Ｅ－１」で計測された菌数に相当する。同様に、ヒストグラムＨ５は「Ｆ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ６が「Ｇ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ７が「Ｈ－１」で計測された菌数に相当する。
図８Ａは、本実施形態の薬剤感受性試験システムＺを用いてＭＩＣ計測（菌数計測）が行われたＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数を示す図である。
図８Ａでは、例えば、「Ｂ－１」～「Ｈ－１」に相当するウェル３０１の菌数を示しており、横軸が同一の抗菌薬の濃度を示し、縦軸が菌数を示している。ヒストグラムＨ１は「Ｂ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ２が「Ｃ－１」で計測された菌数に相当する。また、ヒストグラムＨ３は「Ｄ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ４が「Ｅ－１」で計測された菌数に相当する。同様に、ヒストグラムＨ５は「Ｆ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ６が「Ｇ－１」で計測された菌数に相当し、ヒストグラムＨ７が「Ｈ－１」で計測された菌数に相当する。
【0038】
図８Ａに示すように、ヒストグラムＨ５（「Ｆ－１」）において菌数が急激に減少している。ＭＩＣ解析部１１２は、各濃度における菌数（符号Ｈ１～Ｈ７）をＭＩＣ判定用データベース１４０と照合する（図５のステップＳ１３２）ことにより、抗菌薬濃度１６μｇ／ｍＬがＭＩＣであることがわかる。前記したように、ＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数と、ＭＩＣ判定用データベース１４０とを照合することによって、ＭＩＣが決定される（図５のステップＳ１３３）。
【0039】
これまでの技術でも、抗菌薬を分注しない、いわゆるコントロールのウェル３０１が設けられることはある（コントロールが設けられない場合もある）。しかし、これまでの技術では、コントロールのウェル３０１は、計測対象外の菌によるコンタミネーションがないかや、抗菌薬も、菌も分注しないことで、培地そのものに菌がコンタミネーションしていないかを確認するために設けられる。これに対して、本実施形態におけるモニタリング用ウェル３１は、対数増殖期４０２（図１３参照）に移行しているか否かを判定するために設けられている点が、これまでの技術と異なる点である。
【0040】
また、第１実施形態では、モニタリング用ウェル３１によって対数増殖期４０２への移行を判定することで、対数増殖期４０２の判定までは、それぞれのマイクロプレート３について１個のウェル３０１の菌数計測が行われればよい。これにより、本実施形態によれば、菌数計測の並行処理が可能、あるいは、並行処理するマイクロプレート３の個数を増加させることができる。
【0041】
以下、このことについて図８Ｂを参照して説明する。
１０分毎に菌数の計測が行わなければならないものとし、菌数計測の開始時刻を時刻ｔ０とし、時刻ｔ０から１０分後を時刻ｔ１０とし、時刻ｔ１０から１０分後を時刻ｔ２０とする。以下、同様に１０分経過する毎に、時刻ｔ３０，ｔ４０，・・・とする。なお、図８Ｂでは、説明上必要な時刻のみ示している。
これまでの技術では、コントロールのウェル３０１を設けても、設けなくても、マイクロプレート３についてすべてのウェル３０１の計測が毎回行われる。従って、１個のマイクロプレート３における計測部２２の連続占有時間が長くなってしまう。例えば、１個のウェル３０１で菌数計測する時間が５秒であるとすると、１つのマイクロプレート３あたりの計測時間は８分となる。前記したように、１０分毎に菌数の計測が行わなければならないとすると、時刻ｔ０から時刻ｔ１０の間に１個のマイクロプレート３しか菌数計測できない。同様に、時刻ｔ１０から時刻ｔ２０の間に１個のマイクロプレート３しか菌数計測できない。
１０分毎に菌数の計測が行わなければならないものとし、菌数計測の開始時刻を時刻ｔ０とし、時刻ｔ０から１０分後を時刻ｔ１０とし、時刻ｔ１０から１０分後を時刻ｔ２０とする。以下、同様に１０分経過する毎に、時刻ｔ３０，ｔ４０，・・・とする。なお、図８Ｂでは、説明上必要な時刻のみ示している。
これまでの技術では、コントロールのウェル３０１を設けても、設けなくても、マイクロプレート３についてすべてのウェル３０１の計測が毎回行われる。従って、１個のマイクロプレート３における計測部２２の連続占有時間が長くなってしまう。例えば、１個のウェル３０１で菌数計測する時間が５秒であるとすると、１つのマイクロプレート３あたりの計測時間は８分となる。前記したように、１０分毎に菌数の計測が行わなければならないとすると、時刻ｔ０から時刻ｔ１０の間に１個のマイクロプレート３しか菌数計測できない。同様に、時刻ｔ１０から時刻ｔ２０の間に１個のマイクロプレート３しか菌数計測できない。
【0042】
これに対し、第１実施形態によれば、対数増殖期４０２と判定されるまで、モニタリング用ウェル３１が１つずつ計測される。これにより、複数のマイクロプレート３を並行して処理することが可能となる。
例えば、前記したように、１つのウェル３０１の菌数計測にかかる時間が５秒であり、仮に１０個のマイクロプレート３の並行処理が行われるとする。この１０個のマイクロプレート３をマイクロプレート３－１～３－１０とする。対数増殖期４０２と判定されるまで、それぞれのマイクロプレート３におけるモニタリング用ウェル３１が１つずつ菌数計測される。図６を参照すると、つまり、マイクロプレート３－１の「Ａ－１」のウェル３０１→マイクロプレート３－２の「Ａ－１」のウェル３０１→マイクロプレート３－３の「Ａ－１」のウェル３０１→・・・→マイクロプレート３－１０の「Ａ－１」のウェル３０１の順に菌数計測が行われる。従って、マイクロプレート３－１～３－１０のそれぞれにおける「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測にかかる時間は５０秒である。ここでは、計測部２２の動作や、対数増殖期４０２への移行判定処理を考慮し、マイクロプレート３－１～３－１０のそれぞれにおける「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測及び対数増殖期４０２への移行判定にかかる時間を６０秒（＝１分）とする。
例えば、前記したように、１つのウェル３０１の菌数計測にかかる時間が５秒であり、仮に１０個のマイクロプレート３の並行処理が行われるとする。この１０個のマイクロプレート３をマイクロプレート３－１～３－１０とする。対数増殖期４０２と判定されるまで、それぞれのマイクロプレート３におけるモニタリング用ウェル３１が１つずつ菌数計測される。図６を参照すると、つまり、マイクロプレート３－１の「Ａ－１」のウェル３０１→マイクロプレート３－２の「Ａ－１」のウェル３０１→マイクロプレート３－３の「Ａ－１」のウェル３０１→・・・→マイクロプレート３－１０の「Ａ－１」のウェル３０１の順に菌数計測が行われる。従って、マイクロプレート３－１～３－１０のそれぞれにおける「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測にかかる時間は５０秒である。ここでは、計測部２２の動作や、対数増殖期４０２への移行判定処理を考慮し、マイクロプレート３－１～３－１０のそれぞれにおける「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測及び対数増殖期４０２への移行判定にかかる時間を６０秒（＝１分）とする。
【0043】
ここで、前記した時刻ｔ０から１分経過した時刻を時刻ｔ１、２分経過した時刻をｔ２、・・・とする。また、時刻ｔ１０から１分経過した時刻を時刻ｔ１１、２分経過した時刻をｔ１２、・・・とし、以下、同様に時刻が定義されるものとする。
時刻ｔ０で対数増殖期４０２の判定のための菌数計測（１巡目）が開始されたとする。時刻ｔ１には、マイクロプレート３－１～３－１０すべてについて「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測及び対数増殖期４０２への移行判定が終了する（図５のＳ１１１～１２２）。ここで、マイクロプレート３－１～３－１０すべてが対数増殖期４０２へ移行していないと判定されたものとする（図５のＳ１２２→「Ｎｏ」）。解析部１１０は次に菌数計測が行われる時刻ｔ１０まで待機する（図５のＳ１２３）。
時刻ｔ０で対数増殖期４０２の判定のための菌数計測（１巡目）が開始されたとする。時刻ｔ１には、マイクロプレート３－１～３－１０すべてについて「Ａ－１」のウェル３０１の菌数計測及び対数増殖期４０２への移行判定が終了する（図５のＳ１１１～１２２）。ここで、マイクロプレート３－１～３－１０すべてが対数増殖期４０２へ移行していないと判定されたものとする（図５のＳ１２２→「Ｎｏ」）。解析部１１０は次に菌数計測が行われる時刻ｔ１０まで待機する（図５のＳ１２３）。
【0044】
時刻ｔ１０になると、対数増殖期４０２の判定のための菌数計測（２巡目）が開始される。ここでは、マイクロプレート３－１～３－１０それぞれの「Ａ－２」のウェル３０１について、菌数計測（図５のＳ１１２）、対数増殖期４０２への移行判定（図５のＳ１２２）が順に行われる。この菌数計測及び対数増殖期４０２への移行判定も時刻ｔ１１には終了する。
以下、同様に処理が進み、時刻ｔ５１（５巡目）で、マイクロプレート３－１において対数増殖期４０２への移行が判定されたものとする。なお、ここでは、マイクロプレート３－２～３－１０では対数増殖期４０２への移行が観察されないものとする。
対数増殖期４０２への移行が判定されたマイクロプレート３－１に対して、ＭＩＣ計測～ＭＩＣ決定（図５のＳ１３１～Ｓ１３３）が行われる。このとき、マイクロプレート３－１のＭＩＣ判定用ウェル３２における８４個のウェル３０１に対して、ＭＩＣ計測（図５のＳ１３１＝菌数計測）～ＭＩＣ決定（図５のＳ１３３）が行われる。ＭＩＣ判定用ウェル３２における８４個のウェル３０１において菌数計測にかかる時間は７分である。従って、マイクロプレート３－１において対数増殖期４０２への移行が判定された時刻ｔ５１から開始された、マイクロプレート３－１におけるＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数計測（ＭＩＣ計測）は、時刻ｔ５８には終了する。従って、次に、マイクロプレート３－２～３－１０に対して対数増殖期４０２への移行判定のための菌数計測が開始される時刻ｔ６０までに、余裕をもってマイクロプレート３－１におけるＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数計測（ＭＩＣ計測）が終了する。
以下、同様に処理が進み、時刻ｔ５１（５巡目）で、マイクロプレート３－１において対数増殖期４０２への移行が判定されたものとする。なお、ここでは、マイクロプレート３－２～３－１０では対数増殖期４０２への移行が観察されないものとする。
対数増殖期４０２への移行が判定されたマイクロプレート３－１に対して、ＭＩＣ計測～ＭＩＣ決定（図５のＳ１３１～Ｓ１３３）が行われる。このとき、マイクロプレート３－１のＭＩＣ判定用ウェル３２における８４個のウェル３０１に対して、ＭＩＣ計測（図５のＳ１３１＝菌数計測）～ＭＩＣ決定（図５のＳ１３３）が行われる。ＭＩＣ判定用ウェル３２における８４個のウェル３０１において菌数計測にかかる時間は７分である。従って、マイクロプレート３－１において対数増殖期４０２への移行が判定された時刻ｔ５１から開始された、マイクロプレート３－１におけるＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数計測（ＭＩＣ計測）は、時刻ｔ５８には終了する。従って、次に、マイクロプレート３－２～３－１０に対して対数増殖期４０２への移行判定のための菌数計測が開始される時刻ｔ６０までに、余裕をもってマイクロプレート３－１におけるＭＩＣ判定用ウェル３２の菌数計測（ＭＩＣ計測）が終了する。
【0045】
以下、対数増殖期４０２への移行が観察されていないマイクロプレート３－２～３－１０において同様の処理が繰り返される。
【0046】
このように、第１実施形態における手法によれば、対数増殖期４０２の判定のために必要なウェル３０１は、１巡毎に１個である。このため、図８Ｂに示すように並行処理できるマイクロプレート３の個数を大幅に増加させることができる。これにより、第１実施形態における手法によれば、作業効率を大幅に向上させることができる。このような効果は、菌数計測の手法が破壊検査でも、非破壊検査でも奏することができる。
【0047】
また、第１実施形態によれば、菌数計測に非破壊検査を用いる場合、予めモニタリング用ウェル３１を準備することで、対数増殖期４０２のための菌数計測毎に菌液を分取する作業が不要となる。これにより、検査コストや煩雑な作業を軽減することが可能となる。また、対数増殖期データベース１３０に格納されている増殖パターンＬと、ステップＳ１１２における菌数計測の結果とを照合し、この照合結果から、ＭＩＣ解析部１１２はＭＩＣ計測のタイミングを決定している。このようにすることで、効率的なＭＩＣ判定を実現することができる。そして、このタイミングで行われたＭＩＣ計測の結果により、ＭＩＣが決定されることにより、効率的にＭＩＣを決定することができる。
【0048】
そして、第１実施形態によれば、計測対象細菌が現在、対数増殖期４０２にあれば、ＭＩＣ計測を行っている。このようにすることで、適切かつ効率的なＭＩＣ判定を行うことができる。
【0049】
また、例えば、「Ａ－１」のウェル３０１からステップＳ１１２の菌数計測が行われ、「Ａ－７」の菌数計測によって計測対象細菌が対数増殖期４０２に入っていることがわかったものとする。この場合、「Ａ－８」～「Ａ－１２」のウェル３０１に対して菌数計測が行われることはない。このようにすることによって、菌数計測に用いられる試薬の量を減らすことができる。
【0050】
［第２実施形態］
次に、図９及び図１０を参照して、本発明の第２実施形態を説明する。
第２実施形態において、解析制御装置１は、モニタリング用ウェル３１（コントロール）のみを、計測対象細菌の増殖特性が判定できるまで、一定時間間隔で菌数計測を行い続ける。計測対象細菌の増殖特性が判明した時点で、解析制御装置１は、すべての菌数計測を止めて待機し、予測した時間（＝十分に対数増殖期４０２に移行している時間）になったら、ＭＩＣ判定用ウェル３２におけるすべてのウェル３０１を菌数計測することでＭＩＣ判定を行うものである。
次に、図９及び図１０を参照して、本発明の第２実施形態を説明する。
第２実施形態において、解析制御装置１は、モニタリング用ウェル３１（コントロール）のみを、計測対象細菌の増殖特性が判定できるまで、一定時間間隔で菌数計測を行い続ける。計測対象細菌の増殖特性が判明した時点で、解析制御装置１は、すべての菌数計測を止めて待機し、予測した時間（＝十分に対数増殖期４０２に移行している時間）になったら、ＭＩＣ判定用ウェル３２におけるすべてのウェル３０１を菌数計測することでＭＩＣ判定を行うものである。
【0051】
（フローチャート）
図９は、第２実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。図９において、図５と同様の処理については同一のステップ番号を付して説明を省略する。
対数増殖期データベース１３０には、第１実施形態と同様に、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である。
図９において、図５と同様の処理については同一のステップ番号を付して説明を省略する。
ステップＳ１０１～Ｓ１１２の処理は、図５の処理と同様である。
ステップＳ１１２の後、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ１１２で菌数計測した結果を、機械学習によって対数増殖期データベース１３０と照合する（Ｓ２０１）。ここで、対数増殖期解析部１１１は、対数増殖期データベース１３０に格納されている、いずれの増殖パターンＬと似ているか、機械学習を用いて評価することで、増殖パターンＬの候補を絞り込む（特定する）。機械学習は、決定木分析等が用いられる。
図９は、第２実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。図９において、図５と同様の処理については同一のステップ番号を付して説明を省略する。
対数増殖期データベース１３０には、第１実施形態と同様に、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である。
図９において、図５と同様の処理については同一のステップ番号を付して説明を省略する。
ステップＳ１０１～Ｓ１１２の処理は、図５の処理と同様である。
ステップＳ１１２の後、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ１１２で菌数計測した結果を、機械学習によって対数増殖期データベース１３０と照合する（Ｓ２０１）。ここで、対数増殖期解析部１１１は、対数増殖期データベース１３０に格納されている、いずれの増殖パターンＬと似ているか、機械学習を用いて評価することで、増殖パターンＬの候補を絞り込む（特定する）。機械学習は、決定木分析等が用いられる。
【0052】
対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ２０１の処理で増殖パターンＬを絞り込む（特定する）ことができたか否かを判定する（Ｓ２０２）。
増殖パターンＬの候補を絞り込めなかった場合（Ｓ２０２→Ｎｏ）、解析部１１０は、一定時間（例えば２０分）待機（Ｓ２０３）した後にステップＳ１１１へ処理を戻す。
増殖パターンＬの候補が絞り込めた場合（Ｓ２０２→Ｙｅｓ）、対数増殖期解析部１１１は、絞り込んだ増殖パターンＬを基に、対数増殖期４０２に達する時期を予測する（Ｓ２０４）。
増殖パターンＬの候補を絞り込めなかった場合（Ｓ２０２→Ｎｏ）、解析部１１０は、一定時間（例えば２０分）待機（Ｓ２０３）した後にステップＳ１１１へ処理を戻す。
増殖パターンＬの候補が絞り込めた場合（Ｓ２０２→Ｙｅｓ）、対数増殖期解析部１１１は、絞り込んだ増殖パターンＬを基に、対数増殖期４０２に達する時期を予測する（Ｓ２０４）。
【0053】
次に、ＭＩＣ解析部１１２は、ステップＳ２０４で予測した対数増殖期４０２に達する時期を基に、ＭＩＣ計測時刻を決定する（Ｓ２１１）。ＭＩＣ計測時刻とは、ＭＩＣ判定用ウェル３２に対してＭＩＣ計測（菌数計測）が行われる時刻である。
その後、ＭＩＣ解析部１１２は、時刻がＭＩＣ計測時刻になるまで待機する（Ｓ２１２）
以降、図５と同様の処理であるステップＳ１３１～ステップＳ１３３が行われる。
その後、ＭＩＣ解析部１１２は、時刻がＭＩＣ計測時刻になるまで待機する（Ｓ２１２）
以降、図５と同様の処理であるステップＳ１３１～ステップＳ１３３が行われる。
【0054】
ステップＳ２１１の処理では、ステップＳ２０１で絞り込まれた増殖パターンＬにおいて、例えば、倍加時間２０～２５分の速育性の菌である可能性が高いと分かった場合、ＭＩＣ解析部１１２は、培養開始時刻から２時間待機するようＭＩＣ計測時刻を決定する。あるいは、倍加時間１時間の遅育性の菌である可能性が高いと分かった場合、ＭＩＣ解析部１１２は、培養開始時刻から５時間待機するようＭＩＣ計測時刻を決定する。
【0055】
（計測結果）
次に、図１０を基に、図９の処理を説明する。
図１０は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。増殖パターンＬは図７と同様である。
プロットＰ１１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。それぞれのプロットＰ１１が得られる毎に機械学習による照合が行われる（図９のステップＳ２０２）。
そして、プロットＰ１２で増殖パターンＬの特定ができたものとする（図９のステップＳ２０２→Ｙｅｓ）。そして、ＭＩＣ解析部１１２は、特定した増殖パターンＬを基に、ＭＩＣ計測時刻Ｔを算出する（図９のステップＳ２１１）。
次に、図１０を基に、図９の処理を説明する。
図１０は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。増殖パターンＬは図７と同様である。
プロットＰ１１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。それぞれのプロットＰ１１が得られる毎に機械学習による照合が行われる（図９のステップＳ２０２）。
そして、プロットＰ１２で増殖パターンＬの特定ができたものとする（図９のステップＳ２０２→Ｙｅｓ）。そして、ＭＩＣ解析部１１２は、特定した増殖パターンＬを基に、ＭＩＣ計測時刻Ｔを算出する（図９のステップＳ２１１）。
【0056】
第２実施形態によれば、計測対象細菌の増殖パターンＬが分かった時点でＭＩＣ計測時刻を決定し、ＭＩＣ計測時刻まで菌数計測を行わないようにすることができる。これにより、不必要な計測時間や、菌数計測に用いる試薬の量を減らすことができる。従って、第１実施形態と同様に、複数のマイクロプレート３の並行処理や、コストの削減が可能となる。特に、菌数計測にＡＴＰ発光計測が用いられる場合、ＡＴＰ発光計測の試薬の使用量を減らすことができる。
【0057】
［第３実施形態］
次に、図１１Ａ，図１１Ｂ及び図１２を参照して本発明の第３実施形態について説明する。
第３実施形態では、対数増殖期解析部１１１は、計測対象細菌の増殖特性を判定するのに必要な最小回数のみモニタリング用ウェル３１の菌数計測を行う。そして、増殖特性が確定した時点で、解析部１１０は、モニタリング用ウェル３１の菌数計測を止めて待機し、ＭＩＣ計測時刻になったら、すべてのＭＩＣ判定用ウェル３２を菌数計測してＭＩＣ判定を行う。
次に、図１１Ａ，図１１Ｂ及び図１２を参照して本発明の第３実施形態について説明する。
第３実施形態では、対数増殖期解析部１１１は、計測対象細菌の増殖特性を判定するのに必要な最小回数のみモニタリング用ウェル３１の菌数計測を行う。そして、増殖特性が確定した時点で、解析部１１０は、モニタリング用ウェル３１の菌数計測を止めて待機し、ＭＩＣ計測時刻になったら、すべてのＭＩＣ判定用ウェル３２を菌数計測してＭＩＣ判定を行う。
【0058】
（フローチャート）
図１１Ａ及び図１１Ｂは、第３実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。図１１Ａ及び図１１Ｂにおいて、図５及び図９と同様の処理については同一のステップ番号を付して、説明を省略する。
また、対数増殖期データベース１３０には、第１実施形態と同様に、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である。
図１１ＡにおけるステップＳ１０１～Ｓ１１２の処理までは、図９の処理と同様である。
ステップＳ１１２の後、対数増殖期解析部１１１は、菌数が、最初の菌数計測の時点よりｎ倍以上となったか否かを判定する（Ｓ３０１）。菌数は、菌数計測の結果（すなわち、菌数）から算出可能である。なお、ｎとして、どのような値が使用されるかは、試験前のグラム染色や質量分析装置等によって想定される菌種によるが、ここではｎ＝２とする。
菌数がｎ倍未満である場合（Ｓ３０１→Ｎｏ）、解析部１１０はステップＳ２０１へ処理を戻す。
図１１Ａ及び図１１Ｂは、第３実施形態におけるＭＩＣ決定処理の手順を示すフローチャートである。図１１Ａ及び図１１Ｂにおいて、図５及び図９と同様の処理については同一のステップ番号を付して、説明を省略する。
また、対数増殖期データベース１３０には、第１実施形態と同様に、例えば、過去に取得された全部で数千パターンの菌の増殖曲線（増殖パターンＬ）及び最小発育阻止濃度が保存されている。例えば、大腸菌数百パターン、黄色ブドウ球菌数百パターン、肺炎桿菌数百パターン、緑膿菌数百パターン、等である。
図１１ＡにおけるステップＳ１０１～Ｓ１１２の処理までは、図９の処理と同様である。
ステップＳ１１２の後、対数増殖期解析部１１１は、菌数が、最初の菌数計測の時点よりｎ倍以上となったか否かを判定する（Ｓ３０１）。菌数は、菌数計測の結果（すなわち、菌数）から算出可能である。なお、ｎとして、どのような値が使用されるかは、試験前のグラム染色や質量分析装置等によって想定される菌種によるが、ここではｎ＝２とする。
菌数がｎ倍未満である場合（Ｓ３０１→Ｎｏ）、解析部１１０はステップＳ２０１へ処理を戻す。
【0059】
菌数がｎ倍以上となっている場合（Ｓ３０１→Ｙｅｓ）、解析部１１０はステップＳ２０１へ処理を進める。
なお、第３実施形態のステップＳ２０１では、「接種菌数」と、「２倍になるまでに必要な時間」とを、対数増殖期データベース１３０に照らし合わせて機械学習によって菌種の特徴推定を行う。これによって、増殖パターンＬが絞り込まれる。機械学習としては、例えば決定木分析等が用いられる。制御装置は、推定した増殖パターンＬから、次回の菌数計測までの時間Ｔ１を決める。例えば、増殖が速い菌であればＴ１＝１時間後、増殖が遅い菌であればＴ１＝３時間後である。なお、分注した菌種が試験前から質量分析や遺伝子検査等で分かっている場合でも、菌株毎に増殖速度が異なるため、ここで改めて、増殖パターンの推定が行われる。
なお、第３実施形態のステップＳ２０１では、「接種菌数」と、「２倍になるまでに必要な時間」とを、対数増殖期データベース１３０に照らし合わせて機械学習によって菌種の特徴推定を行う。これによって、増殖パターンＬが絞り込まれる。機械学習としては、例えば決定木分析等が用いられる。制御装置は、推定した増殖パターンＬから、次回の菌数計測までの時間Ｔ１を決める。例えば、増殖が速い菌であればＴ１＝１時間後、増殖が遅い菌であればＴ１＝３時間後である。なお、分注した菌種が試験前から質量分析や遺伝子検査等で分かっている場合でも、菌株毎に増殖速度が異なるため、ここで改めて、増殖パターンの推定が行われる。
【0060】
そして、ステップＳ２０２で「Ｙｅｓ」と判定された後、絞り込んだ増殖パターンＬを基に、さらに増殖パターンＬを絞り込むために、追加して行われる菌数計測回数ｎと、それぞれの菌数計測時刻Ｙ１～Ｙｎを算出する（図１１ＢのＳ３１１）。
例えば、ステップＳ２０２、Ｓ２０３で、速育性の菌という範囲まで絞り込めれば、対数増殖期解析部１１１は、２０分毎に計４回、モニタリング用ウェル３１に対して菌数計測を行うと計算する。ステップＳ２０２、Ｓ２０３で、で遅育性の菌という範囲まで絞り込めれば、対数増殖期解析部１１１は４０分毎に計３回、モニタリング用ウェル３１に対して菌数計測を行うと計算する。
例えば、ステップＳ２０２、Ｓ２０３で、速育性の菌という範囲まで絞り込めれば、対数増殖期解析部１１１は、２０分毎に計４回、モニタリング用ウェル３１に対して菌数計測を行うと計算する。ステップＳ２０２、Ｓ２０３で、で遅育性の菌という範囲まで絞り込めれば、対数増殖期解析部１１１は４０分毎に計３回、モニタリング用ウェル３１に対して菌数計測を行うと計算する。
【0061】
そして、対数増殖期解析部１１１は、現在の時刻ｔが、ステップＳ３１１で算出された菌数計測時刻Ｙｍ（ｍ＝１～ｎ）のいずれかであるか否かを判定する（Ｓ３１２）。
現在の時刻ｔが、菌数計測時刻Ｙｍ（ｍ＝１～ｎ）のいずれでもない場合（Ｓ３１２→Ｎｏ）、解析部１１０ステップＳ３１２へ処理を戻す。
現在の時刻ｔが、菌数計測時刻Ｙｍ（ｍ＝１～ｎ）のいずれでもない場合（Ｓ３１２→Ｎｏ）、解析部１１０ステップＳ３１２へ処理を戻す。
【0062】
現在の時刻ｔが、菌数計測時刻Ｙｍ（ｍ＝１～ｎ）のいずれかである場合（Ｓ３１２→Ｙｅｓ）、対数増殖期解析部１１１は菌数計測を行っていないモニタリング用ウェル３１について菌数計測を行う（Ｓ３２１）。
そして、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ３２１を行った回数Ｎが、ステップＳ３１１で算出した菌数計測回数ｎと同じであるか否かを判定する（Ｓ３２２）。
同じではない場合（Ｓ３２２→Ｎｏ）、解析部１１０は、ステップＳ３１２へ処理を戻す。
そして、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ３２１を行った回数Ｎが、ステップＳ３１１で算出した菌数計測回数ｎと同じであるか否かを判定する（Ｓ３２２）。
同じではない場合（Ｓ３２２→Ｎｏ）、解析部１１０は、ステップＳ３１２へ処理を戻す。
【0063】
同じである場合（Ｓ３２２→Ｙｅｓ）、対数増殖期解析部１１１は、ステップＳ１１２及びステップＳ３２１における菌数計測の結果それぞれと、ステップＳ２０１、Ｓ２０２で絞り込んだ増殖パターンＬを照合し、増殖パターンＬが完全に絞り込めた（特定できた）か否かを判定する（Ｓ３２３）。
増殖パターンＬを絞り込めなかった場合（Ｓ３２３→Ｎｏ）、所定時間（例えば２０分）待機後（Ｓ３２４）、まだ、菌数計測を行っていないモニタリング用ウェル３１について菌数計測を行う（Ｓ３２５）。その後、解析部１１０は、ステップＳ２０１へ処理を戻す。例えば、最初は速育性だと思っていたが、改めて菌数計測を行った結果、遅育性の可能性が浮上した場合は、改めて、菌数計測回数と、それぞれの菌数計測時刻Ｙ１～Ｙｎを再計算する。
増殖パターンＬを絞り込めなかった場合（Ｓ３２３→Ｎｏ）、所定時間（例えば２０分）待機後（Ｓ３２４）、まだ、菌数計測を行っていないモニタリング用ウェル３１について菌数計測を行う（Ｓ３２５）。その後、解析部１１０は、ステップＳ２０１へ処理を戻す。例えば、最初は速育性だと思っていたが、改めて菌数計測を行った結果、遅育性の可能性が浮上した場合は、改めて、菌数計測回数と、それぞれの菌数計測時刻Ｙ１～Ｙｎを再計算する。
【0064】
増殖パターンＬを絞り込めた場合（Ｓ３２３→Ｙｅｓ）、絞り込んだ増殖パターンＬを基に、ＭＩＣ計測時刻を決定する（Ｓ２１１）。
以降の処理は、図９と同様であるので、ここでの説明を省略する。
以降の処理は、図９と同様であるので、ここでの説明を省略する。
【0065】
（計測結果）
次に、図１２を基に、図１１Ａ及び図１１Ｂの処理を説明する。
図１２は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。増殖パターンＬは図７と同様である。
プロットＰ３１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。
そして、プロットＰ３２で増殖パターンＬの特定ができたものとする（図９のステップＳ２０２→Ｙｅｓ）。
ここで、対数増殖期解析部１１１は、確認用の菌数計測を行う菌数計測時刻Ｙ１，Ｙ２を算出する。菌数計測時刻Ｙ１，Ｙ２で行った菌数計測の結果（プロットＰ３３）が増殖パターンＬにのることが確認されれば、ＭＩＣ解析部１１２は、この増殖パターンＬに基づいてＭＩＣ計測時刻Ｔを算出する。
次に、図１２を基に、図１１Ａ及び図１１Ｂの処理を説明する。
図１２は、横軸に培養経過時間を示し、縦軸に菌数（菌数計測の結果）を示すグラフである。増殖パターンＬは図７と同様である。
プロットＰ３１は、ステップＳ１１２で行われる菌数計測によって得られる菌数を示している。
そして、プロットＰ３２で増殖パターンＬの特定ができたものとする（図９のステップＳ２０２→Ｙｅｓ）。
ここで、対数増殖期解析部１１１は、確認用の菌数計測を行う菌数計測時刻Ｙ１，Ｙ２を算出する。菌数計測時刻Ｙ１，Ｙ２で行った菌数計測の結果（プロットＰ３３）が増殖パターンＬにのることが確認されれば、ＭＩＣ解析部１１２は、この増殖パターンＬに基づいてＭＩＣ計測時刻Ｔを算出する。
【0066】
第３実施形態によれば、計測対象細菌として緑膿菌などの遅育性細菌の可能性が高いと分かった時点で、モニタリングの計測間隔時間を長く設定することにより、不必要な高頻度でのモニタリングを回避することができる。これにともない、モニタリング用ウェル３１の菌数計測の回数を減らすことができる。これによって、菌数計測に用いる試薬の消費を抑えることができる。従って、コストの削減が可能となる。また、不必要なモニタリング回数を削減することによって、第１実施形態と同様、同一の薬剤感受性試験システム１内で並行して処理することが可能なマイクロプレート３の数が増加する。なお、モニタリングとは、モニタリング用ウェル３１による菌数計測のことである。
【0067】
本実施形態では、菌数計測の手法として、前記したようにＡＴＰ発光計測、濁度測定、顕微鏡観察による菌数の計測等が用いられている。しかし、これ以外の手法が用いられてもよい。例えば、非破壊検査方法として、自家蛍光測定、分光測定、電気抵抗値などの電気的検出法、菌外代謝物による検出法等が菌数計測の手法として用いられてもよい。あるいは、破壊検査として、菌内代謝物や菌特異的な酵素を利用した検出法、核酸（つまり遺伝子）を利用した検出法、細菌の遺伝子やタンパク質の蛍光発光を利用した検出法等が菌数計測等の手法として用いられてもよい。
【0068】
なお、第３実施形態のステップＳ３０１において、対数増殖期解析部１１１は、菌数が最初の菌数計測の時点よりｎ倍以上となったか否かを判定している。しかし、これに限らず、所定回数の菌数計測が行われたか否かが判定されてもよい。
【0069】
また、本実施形態では、ステップＳ１２１，Ｓ２０１で用いられている機械学習として、決定木分析が用いられているが、回帰分析、クラスタリング分析、ニューラルネットワーク等が用いられてもよい。また、ステップＳ１１２，Ｓ１３１，Ｓ３２１，Ｓ３２５で行われる菌数計測は、それぞれ同じ手法が用いられてもよいし、少なくとも１つにおいて異なる手法が用いられてもよい。
【0070】
また、対数増殖期データベース１３０を解析制御装置１自身が備えている必要はなく、解析制御装置１が図示しないクラウド上にある対数増殖期データベース１３０にアクセスできるものであってもよい。同様に、ＭＩＣ判定用データベース１４０を解析制御装置１自身が備えている必要はなく、解析制御装置１が図示しないクラウド上にあるＭＩＣ判定用データベース１４０にアクセスできるものであってもよい。
【0071】
本発明は前記した実施形態に限定されるものではなく、様々な変形例が含まれる。例えば、前記した実施形態は本発明を分かりやすく説明するために詳細に説明したものであり、必ずしも説明したすべての構成を有するものに限定されるものではない。また、ある実施形態の構成の一部を他の実施形態の構成に置き換えることが可能であり、ある実施形態の構成に他の実施形態の構成を加えることも可能である。また、各実施形態の構成の一部について、他の構成の追加・削除・置換をすることが可能である。
【0072】
また、前記した各構成、機能、各部１１０～１１２，１２０～１２２、記憶装置１５４等は、それらの一部又はすべてを、例えば集積回路で設計すること等によりハードウェアで実現してもよい。また、図４に示すように、前記した各構成、機能等は、ＣＰＵ１５２等のプロセッサがそれぞれの機能を実現するプログラムを解釈し、実行することによりソフトウェアで実現してもよい。各機能を実現するプログラム、テーブル、ファイル等の情報は、ＨＤ（Hard Disk）に格納すること以外に、メモリ１５１や、ＳＳＤ（Solid State Drive）等の記録装置、又は、ＩＣ（Integrated Circuit）カードや、ＳＤ（Secure Digital）カード、ＤＶＤ（Digital Versatile Disc）等の記録媒体に格納することができる。
また、各実施形態において、制御線や情報線は説明上必要と考えられるものを示しており、製品上必ずしもすべての制御線や情報線を示しているとは限らない。実際には、ほとんどすべての構成が相互に接続されていると考えてよい。
また、各実施形態において、制御線や情報線は説明上必要と考えられるものを示しており、製品上必ずしもすべての制御線や情報線を示しているとは限らない。実際には、ほとんどすべての構成が相互に接続されていると考えてよい。
【符号の説明】
【0073】
１ 解析制御装置
２ 計測装置
３ マイクロプレート（培養部）
２２ 計測部
３１ モニタリング用ウェル（第１の培地；計測対象細菌が含まれる）
３２ ＭＩＣ判定用ウェル（第２の培地；計測対象細菌及び抗菌薬が含まれる）
１１０ 解析部
１１１ 対数増殖期解析部（解析部）
１１２ ＭＩＣ解析部（解析部）
１２０ 制御部
１２２ 計測制御部（制御部）
１３０ 対数増殖期データベース（記憶部）
３０１ ウェル（培地）
Ｓ１１２ 菌数計測（第１の計測）
Ｓ１１２ 機械学習による照合（第１の計測結果と、増殖曲線との照合）
Ｓ１２２ 対数増殖期への移行判定（第２の計測のタイミングの決定）
Ｓ２１１ ＭＩＣ計測時刻の決定（第２の計測のタイミングの決定）
Ｓ１３１ ＭＩＣ計測（第２の計測）
Ｌ 増殖パターン（増殖曲線）
Ｚ 薬剤感受性試験システム（菌数計測システム）
２ 計測装置
３ マイクロプレート（培養部）
２２ 計測部
３１ モニタリング用ウェル（第１の培地；計測対象細菌が含まれる）
３２ ＭＩＣ判定用ウェル（第２の培地；計測対象細菌及び抗菌薬が含まれる）
１１０ 解析部
１１１ 対数増殖期解析部（解析部）
１１２ ＭＩＣ解析部（解析部）
１２０ 制御部
１２２ 計測制御部（制御部）
１３０ 対数増殖期データベース（記憶部）
３０１ ウェル（培地）
Ｓ１１２ 菌数計測（第１の計測）
Ｓ１１２ 機械学習による照合（第１の計測結果と、増殖曲線との照合）
Ｓ１２２ 対数増殖期への移行判定（第２の計測のタイミングの決定）
Ｓ２１１ ＭＩＣ計測時刻の決定（第２の計測のタイミングの決定）
Ｓ１３１ ＭＩＣ計測（第２の計測）
Ｌ 増殖パターン（増殖曲線）
Ｚ 薬剤感受性試験システム（菌数計測システム）
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【図9】
【図10】
【図11A】
【図11B】
【図12】
【図13】