特許 7459509 トリコデルマ属糸状菌の変異株およびタンパク質の製造方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2024-03-25

(45)【発行日】2024-04-02

(54)【発明の名称】トリコデルマ属糸状菌の変異株およびタンパク質の製造方法

(51)【国際特許分類】

   C12N 1/15 20060101AFI20240326BHJP

   C12P 21/02 20060101ALN20240326BHJP

   C12N 15/31 20060101ALN20240326BHJP

   C12R 1/885 20060101ALN20240326BHJP

   C12N 9/42 20060101ALN20240326BHJP

【ＦＩ】

C12N1/15 ZNA

C12P21/02 C

C12N15/31

C12R1:885

C12N9/42

【請求項の数】 6

(21)【出願番号】P 2019547718

(86)(22)【出願日】2019-07-29

(86)【国際出願番号】 JP2019029563

(87)【国際公開番号】W WO2020027010

(87)【国際公開日】2020-02-06

【審査請求日】2022-06-21

(31)【優先権主張番号】P 2018142425

(32)【優先日】2018-07-30

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

(73)【特許権者】

【識別番号】000003159

【氏名又は名称】東レ株式会社

(72)【発明者】

【氏名】加川 雄介

(72)【発明者】

【氏名】平松 紳吾

(72)【発明者】

【氏名】山田 勝成

【審査官】小田 浩代

(56)【参考文献】

【文献】特表２０１４－５１３５３１（ＪＰ，Ａ）

【文献】国際公開第２０１７／１７０９１７（ＷＯ，Ａ１）

【文献】HELDWEIN, E.E. et al.，Crystal structure of the clathrin adaptor protein 1 core，Proc. Natl. Acad. Sci. USA.，2004年，Vol. 101，pp. 14108-14113

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ１５／００－１５／９０

Ｃ０７Ｋ１４／００－１９／００

Ｃ１２Ｐ２１／００－２１／０８

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ／ＷＰＩＤＳ（ＳＴＮ）

ＰｕｂＭｅｄ

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号２で表されるアミノ酸配列または配列番号２で表されるアミノ酸配列と配列同一性が９０％以上のアミノ酸配列からなるポリペプチドであるｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの発現が欠損または低下する変異を有し、当該変異株の培養液の粘度が、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下する変異を有さない親株と比較して低下することを特徴とする、トリコデルマ属糸状菌変異株。

【請求項2】

配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、または、配列番号２で表されるアミノ酸配列と配列同一性が９０％以上のアミノ酸配列からなり、当該アミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のアミノ酸残基がグルタミン残基であるポリペプチドであるｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔにおいて、当該アミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のグルタミン残基がリジン残基に変異し、当該変異株の培養液の粘度が、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を有さない親株と比較して低下することを特徴とする、トリコデルマ属糸状菌変異株。

【請求項3】

前記ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列が配列番号２から１０で表されるアミノ酸配列のいずれかである、請求項１または２に記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。

【請求項4】

前記トリコデルマ属糸状菌がＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉである、請求項１から３のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。

【請求項5】

請求項１から４のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株を培養する工程を含む、タンパク質の製造方法。

【請求項6】

請求項１から４のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株を培養する工程を含む、セルラーゼの製造方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は培養液の粘度を低く保つことができるトリコデルマ属糸状菌の変異株および当該変異株を用いたタンパク質の製造方法に関する。

【背景技術】

【0002】

トリコデルマ属糸状菌は、高いタンパク質製造能を有していることが知られており、トリコデルマ属糸状菌を用いたタンパク質の製造の検討が行われてきた。具体的には、トリコデルマ属糸状菌は、セルロース、ラクトース、セロビオースなどを誘導物質として、タンパク質の中でも特に糖化酵素に分類されるセルラーゼを製造する。セルラーゼ製造量を強化するため、古くよりセルラーゼ製造を制御する因子の過剰発現、欠損をはじめとする遺伝子の改変、培養条件の最適化などの検討が多々行われている。

【0003】

一方で、トリコデルマ属糸状菌は生育やタンパク質の製造に酸素を必須とする好気性糸状菌に属している。また、トリコデルマ属糸状菌は液体培地で培養すると、増殖に伴い培養液の粘度が高まるという特徴を有している。培養液の粘度が高まると、酸素や栄養素の分布が不均一になるため、トリコデルマ属糸状菌を培養する際には、培養液を撹拌したり、酸素供給量を増加させたりして培養中の溶存酸素飽和度の低下を防ぎ、一定以上に維持する必要がある。また、培養槽が大型化すると、酸素移動容量係数が低くなるため、培養中の溶存酸素飽和度を一定以上に保つためには、さらに撹拌数や酸素供給量を増やす必要がある。しかしながら、撹拌数を増やすと、菌体に大きなせん断ダメージを与えてしまうという課題があり、酸素供給量を増やすためにはより大きなエネルギーが必要になるという課題もある。

【0004】

特許文献１から６では、それぞれトリコデルマ属糸状菌のＳｆｂ３、Ｍｐｇ１、Ｇａｓ１、Ｓｅｂ１、Ｃｒｚ１およびＴｐｓ１のタンパク質の破壊または生成を減少させることにより、親株と比較して深部培養における好気性発酵時の溶存酸素量を低い撹拌数で維持することが可能になると開示されている。また、特許文献７には、トリコデルマ属糸状菌のＢＸＬ１遺伝子を破壊すると、培養液の溶存酸素飽和度の低下を抑制することができると記載されている。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0005】

【文献】特表２０１３－５３３７５１号公報

【文献】特表２０１４－５１３５２９号公報

【文献】特表２０１４－５１３５３０号公報

【文献】特表２０１４－５１３５３１号公報

【文献】特表２０１４－５１３５３２号公報

【文献】特表２０１４－５１３５３３号公報

【文献】国際公開第２０１７／１７０９１７号

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

上記のとおり、トリコデルマ属糸状菌を用いてタンパク質を製造するにあたり、培養液中の溶存酸素濃度の低下を抑制し、一定以上に保つことは非常に重要である。本発明では、トリコデルマ属糸状菌を用いた液体培養によるタンパク質の製造の際に、培養液の粘度を低く保つことができれば、培養スケールを大型化した場合でも、攪拌に必要なエネルギーを低減することができると共に、培養液中の溶存酸素飽和度の低下を抑制することもできると考え、培養液の粘度を低下させるトリコデルマ属糸状菌の変異株の取得および当該トリコデルマ属糸状菌の変異株を用いたタンパク質の製造方法を提供することを課題とする。

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明者は、培養液の粘度を低く保つことを可能にするトリコデルマ属糸状菌の遺伝子を特定するために鋭意検討した結果、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの変異が培養液の粘度を低く保つことができるようになり、さらに培養液中の溶存酸素飽和度の低下を抑制できることを見出し、本発明を完成するに至った。

【0008】

すなわち、本発明は以下の（１）～（８）で構成される。
（１）ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下する変異を有し、当該変異株の培養液の粘度が、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下する変異を有さない親株と比較して低下することを特徴とする、トリコデルマ属糸状菌変異株。
（２）ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を有し、当該変異株の培養液の粘度が、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を有さない親株と比較して低下することを特徴とする、トリコデルマ属糸状菌変異株。
（３）前記アミノ酸配列の変異が、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のグルタミン残基のグルタミン以外のアミノ酸残基への変異である、（２）に記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。
（４）前記グルタミン以外のアミノ酸残基がリジンである、（３）に記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。
（５）前記ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列が配列番号２から１０で表されるアミノ酸配列のいずれかである、（１）から（４）のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。
（６）前記トリコデルマ属糸状菌がＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉである、（１）から（５）のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株。
（７）（１）から（６）のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株を培養する工程を含む、タンパク質の製造方法。
（８）（１）から（６）のいずれかに記載のトリコデルマ属糸状菌変異株を培養する工程を含む、セルラーゼの製造方法。

【発明の効果】

【0009】

本発明のトリコデルマ属糸状菌変異株は、変異導入前の親株と比較して培養液の粘度を低く保つことが可能であり、培養液中の溶存酸素飽和度の低下も抑制することができる。さらに、タンパク質、特にセルラーゼの製造量も向上するという予想外の効果も得られる。

【図面の簡単な説明】

【0010】

【図1-1】トリコデルマ属糸状菌が有するｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成する全長アミノ酸配列の比較。

【図1-2】トリコデルマ属糸状菌が有するｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成する全長アミノ酸配列の比較。

【図2】Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株とＱＭ９４１４変異株ＩをＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００を用いて培養した際の培養液中の溶存酸素飽和度の経時的な推移。

【図3】Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株とＱＭ９４１４変異株ＩをＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００を用いて培養した際の培養液中の粘度の経時的な推移。

【図4】Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株とＱＭ９４１４変異株ＩＩをＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００を用いて培養した際の培養液中の溶存酸素飽和度の経時的な推移。

【図5】Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株とＱＭ９４１４変異株ＩＩをＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００を用いて培養した際の培養液中の粘度の経時的な推移。

【発明を実施するための形態】

【0011】

本発明は、もともとタンパク質の製造能に優れる微生物であるトリコデルマ属糸状菌の親株に変異を導入することによって、培養液の粘度を低く保つことができることを特徴としている。本発明で用いるトリコデルマ属糸状菌の親株は野生株に制限されず、タンパク質製造能が高まるように改良されたトリコデルマ属糸状菌の変異株も親株として好ましく用いることができる。例えば、トリコデルマ属糸状菌の変異株には、変異剤や紫外線照射などで変異処理を施し、タンパク質の製造性が向上した変異株を上記親株として利用することができる。

【0012】

前記親株の具体例としては、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの先祖にあたるＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｐａｒａｒｅｅｓｅｉ（ＡＴＣＣ ＭＹＡ－４７７７）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉに属する公知の変異株であるＱＭ６ａ株（ＮＢＲＣ３１３２６）、ＱＭ９１２３株（ＡＴＣＣ２４４４９）、ＱＭ９４１４株（ＮＢＲＣ３１３２９）、ＰＣ－３－７株（ＡＴＣＣ６６５８９）、ＱＭ９１２３株（ＮＢＲＣ３１３２７）、ＲｕｔＣ－３０株（ＡＴＣＣ５６７６５）、ＣＬ－８４７株（Ｅｎｚｙｍｅ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．１０，３４１－３４６（１９８８））、ＭＣＧ７７株（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．Ｓｙｍｐ．８， ８９（１９７８））、ＭＣＧ８０株（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｅｎｇ．１２，４５１－４５９（１９８２））、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｃｉｔｒｉｎｏｖｉｒｉｄｅ（ＡＴＣＣ２４９６１）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ（ＡＴＣＣ１８６４８）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｎｓ（ＡＴＣＣ９６４５）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｔｒｏｖｉｒｉｄｅ（ＡＴＣＣ２０４７６）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｇａｍｓｉｉ（ＮＦＣＣＩ２１７７）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｓｐｅｒｅｌｌｕｍ（ＡＴＣＣ５２４３８）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｈａｒｚｉａｎｕｍ（ＡＴＣＣ２０８４６）、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｇｕｉｚｈｏｕｅｎｓｅなどが挙げられる。なお、ＱＭ６ａ株、ＱＭ９４１４株、ＱＭ９１２３株はＮＢＲＣ（ＮＩＴＥ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｓｏｕｒｃｅ Ｃｅｎｔｅｒ）より、ＰＣ－３－７株、ＲｕｔＣ－３０株、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｃｉｔｒｉｎｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｎｓ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｔｒｏｖｉｒｉｄｅ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｓｐｅｒｅｌｌｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｈａｒｚｉａｎｕｍはＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）より、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｇａｍｓｉｉはＮＦＣＣＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｆｕｎｇａｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｉｎｄｉａ）より入手することができる。これら具体例のうち、親株として特に好ましく用いられるのはＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉに属する菌株である。

【0013】

ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔは、４量体から構成されるアダプタープロテイン複合体を構成するタンパク質のひとつである。アダプタープロテイン複合体は、真核生物に広く保存されている。当該アダプタープロテインはクラスリンと結合し、細胞内外や菌体内外の輸送に関与する小胞を構成することが知られている（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．１０１,１４１０８－１４１１３（２００４））。

【0014】

トリコデルマ属糸状菌の有するｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの具体例としては、好ましくは配列番号２から１０のいずれかで表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである。配列番号２で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ由来であり、配列番号３で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｃｉｔｒｉｎｏｖｉｒｉｄｅ由来であり、配列番号４で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ由来であり、配列番号５で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｖｉｒｅｎｓ由来であり、配列番号６で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｔｒｏｖｉｒｉｄｅ由来であり、配列番号７で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｇａｍｓｉｉ由来であり、配列番号８で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ａｓｐｅｒｅｌｌｕｍ由来であり、配列番号９で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｈａｒｚｉａｎｕｍ由来であり、配列番号１０で表されるアミノ酸配列は、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｇｕｉｚｈｏｕｅｎｓｅ由来である。ここで、配列番号２から１０で表されるアミノ酸配列のアライメント結果を図１－１および図１－２に示す。図１－１および図１－２に示す通り、配列番号２から１０の配列同一性は９０％以上であり、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔは、トリコデルマ属糸状菌においてアミノ酸の配列保存性が高いことがわかる。また、図１－１で示した通り、配列番号２から１０で表されるアミノ酸配列のＮ末端側より３００番目のアミノ酸残基には、グルタミン残基が共通して保存されている。以下、配列番号２を例にその特徴をさらに説明する。

【0015】

配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは、上記のとおりＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉが有するポリペプチドであり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎでは、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ６ａ株が持つａｄａｐｔｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＡＰ－１）ｃｏｍｐｌｅｘ ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ（ＥＧＲ４８９１０）として登録されている。また、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＣｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｄｏｍａｉｎ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ Ｔｏｏｌによれば、Ｎ末端側から１４番目～５３１番目のアミノ酸残基はＡｄａｐｔｉｎ Ｎ ｔｅｒｍｉｎａｌ ｒｅｇｉｏｎドメインを有すると開示されている。

【0016】

本発明における、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を有するとは、アミノ酸の欠失、置換、または付加のいずれであってもよい。好ましくは、配列番号２から１０のいずれかで表されるアミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のグルタミン残基が、グルタミン以外のアミノ酸残基に変異していることが好ましく、特に好ましくはリジンへ変異していることが好ましい。

【0017】

配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする遺伝子の具体例として、配列番号１で表される塩基配列が挙げられる。

【0018】

配列番号２で表されるアミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のグルタミン残基が、グルタミン以外のアミノ酸残基に変異したアミノ酸配列をコードする塩基配列の具体例としては、配列番号１で表される塩基配列のうち、１０８０番目の塩基であるシトシンがアデニンへの変異した配列が挙げられる。当該変異により、配列番号２で表されるアミノ酸配列のＮ末端側から３００番目のアミノ酸残基がグルタミンからリジンへ変異する。

【0019】

また、本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株は、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下した変異株であってもよい。

【0020】

ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損するとは、そのポリペプチドが全て無くなる、一部が無くなる、全てが異なるアミノ酸に変わる、一部が異なるアミノ酸に変わる、またはそれらの組み合わせのことを指す。さらに具体的には、配列番号２で表されるアミノ酸配列において、上記に示したｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔのアミノ酸配列と配列同一性が８０％以下になることを指し、好ましくは５０％以下であり、さらに好ましくは２０％以下であり、さらに好ましくは１０％以下であり、さらに好ましくは５％以下であり、さらに好ましくは３％以下であり、さらに好ましくは１％以下であり、最も好ましくは０％である。ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの全欠損、一部欠損、全て異なるアミノ酸に変わる、一部が異なるアミノ酸に変わる方法として、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする遺伝子配列に対して、塩基の欠失、挿入、置換などによるフレームシフトやストップコドン変異が挙げられる。

【0021】

ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下するとは、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの全欠損や一部欠損が挙げられ、また、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの発現量の低下または発現量の消失させる変異を導入することによっても、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能を低下させることができる。ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの発現量の低下または発現の消失は、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔをコードする遺伝子のプロモーターやターミネーター領域の変異により行われる。一般的に、プロモーターとターミネーター領域は、転写に関与する遺伝子の前後数百塩基の領域に相当する。ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列自体にアミノ酸の欠失、置換、または付加などの変異が起こらない場合でも、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ外に位置するアミノ酸配列にアミノ酸の欠失、置換、または付加などの変異が起こることにより、タンパク質の機能が低下することが知られている。また、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔをコードする遺伝子自体に塩基の欠失、置換、または付加などの変異が起こらない場合でも、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔをコードする遺伝子外に位置する塩基配列に塩基の欠失、置換、または付加などの変異が起こることにより、タンパク質の機能が低下することが知られている。

【0022】

ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下する変異、あるいはｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を導入する方法は、当業者にとって公知の変異剤または紫外線照射などによる変異処理、選択マーカーを用いた相同組換えなどの遺伝子組換え、トランスポゾンによる変異など、公知の遺伝子変異方法を用いることができる。

【0023】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株は、当該変異導入前の親株と比較して、培養液の粘度が低下し、培養液中の溶存酸素飽和度の低下も抑制することができる。これにより、通気撹拌に必要なエネルギーや、回転数を低減させることができる。また、撹拌の回転数を低く設定できるため、菌糸への剪断ダメージを低減させることもできる。特に、大きなスケールでの培養の際には、通気に必要なブロワや撹拌モーターの容量、撹拌エネルギーの削減につながるためさらに効果的である。

【0024】

本発明において、培養液の粘度は以下の条件で測定した値を用い、粘度の比較は以下の条件で測定した値のうち最大値同士を比較する。まず、評価対象とするトリコデルマ属糸状菌の変異株と親株の胞子を前培養培地１ｍＬあたり１．０×１０^５胞子となるよう前培養培地（具体的な培地組成の一例は、実施例中の表１のとおり。）へ接種し、振盪培養機にて２８℃、１２０ｒｐｍの条件にて菌体量が１１ｇ／Ｌ前後になるまで培養を行う。次に、１００ｇ／Ｌ（ｗ／ｖ）になるようＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００（レッテンマイヤー社製）を添加した表２で示した本培養培地に対し、１０％（ｖ／ｖ）になるよう前培養培地を接種させ、５Ｌジャーファーメンターを用い、深部培養を行う。培養条件は、本培養培地に前培養培地を接種後、２８℃、７００ｒｐｍ、通気量１００ｍＬ／ｍｉｎの培養条件にて、ｐＨ５．０に制御しながら深部培養を行う。培養液の粘度の測定は、デジタル回転粘度計を用いる。デジタル回転粘度計は、予め０点校正を行う。培養開始から、３９、４８、６２、７２、８６、９６、１１１時間後の採取直後の培養液をそれぞれ指定の容器に１６ｍＬ採取し、培養液にスピンドルを浸して０．３ｒｐｍの回転数にて回転させ、この時のスピンドルに働く粘性抵抗であるトルクを室温条件下にて測定することにより、培養液の粘度を測定する。粘度の単位は、センチポアズ（ｃＰ）とする。１ポアズは、流体内に１ｃｍにつき１ｃｍ／秒の速度勾配があるとき、その速度勾配の方向に垂直な面において速度の方向１ｃｍ^２につき１ダインの力の大きさの応力が生ずる粘度と定義される。デジタル回転粘度計には、ＤＶ２Ｔ（ＢＲＯＯＫＦＩＥＬＤ社）、スピンドルには、ＵＬ ＡＤＡＰＴＯＲ（ＢＲＯＯＫＦＩＥＬＤ社）などを用いることができる。

【0025】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株は、当該変異導入前の親株を同様の条件で培養した場合と比較すると、変異株は親株に比べて、培養液の粘度が低くなり、培養中の粘度の最大値が、好ましくは１００ｃＰ以上、より好ましくは２００ｃＰ以上、より好ましくは４００ｃＰ以上、より好ましくは５００ｃＰ以上、さらに好ましくは６００ｃＰ以上、さらに好ましくは７００ｃＰ以上、さらに好ましくは８００ｃＰ以上、さらに好ましくは９００ｃＰ以上、特に好ましくは１０００ｃＰ以上低くなる。

【0026】

培養液中の溶存酸素飽和度は、培養液中の酸素利用速度を測定することによって算出することができる。本発明における酸素利用速度（ｍＭ／Ｌ／ｈｒ）は、培養開始後２４時間後の単位時間当たりの培養液１Ｌ当たりの酸素消費速度のことを指す。具体的な算出方法は、培養条件を一定に保って培養を行い、培養開始後２４時間時点で酸素の供給を止め、溶存酸素（ｍｇ／Ｌ）の値（ＤＯ値）を１０秒間ごとにプロットし、その曲線の中で対数的に減少している３点以上のプロットについて、その傾き（Ａ）（単位；ＤＯ／ｓｅｃ）を求める。酸素利用速度の算出には式は以下に示す式１を用いる。

【0027】

酸素利用速度（ｍＭ／Ｌ／ｈｒ）＝（－Ａ）×（１／３２）×６０×６０・・・（式１）。

【0028】

ＤＯ値の測定には市販のＤＯ計を使用することができる。使用するＤＯ計には特に制限はなく、ＤＯ値を正確に測定できるものであれば良い。例として、密閉型ＤＯ電極（エイブル株式会社製）や溶存酸素センサー（メトラー・トレド株式会社製）などが挙げられる。ＤＯ計は予め０点校正とスパン校正を行っておく。０点校正は亜硫酸ソーダ２％溶液を使用して行う。スパン校正は実際に培養する条件において菌体が存在しない状態で通気、攪拌を行い、溶存酸素が飽和になるまで待ち、その後計器の指示値が安定していることを確認し、その温度での飽和溶存酸素に合わせて校正を行う。また、培養槽を加圧してＤＯ測定を行う際は、圧補正を行う必要がある。さらに、培養槽が大きい場合は静水圧補正を行う必要がある。補正を行う際には、以下に示す式２を用いて算出する。

【0029】

Ｄ＝ＤＯ（１＋α＋β）・・・（式２）
Ｄ：補正した飽和溶存酸素
ＤＯ：１気圧、純水中での飽和溶存酸素
α：ゲージ圧（ｋｇ／ｃｍ^２）
β：静水圧（ＤＯ計取り付け位置の液深（ｍ）／１０）。

【0030】

溶存酸素飽和度は、菌を含まない培地を用いてｐＨや温度を培養条件に設定し、空気を通気した際の溶存酸素の飽和状態を１００％とした場合の、飽和溶存酸素に対する培養期間中の溶存酸素の割合を溶存酸素飽和度として算出する。溶存酸素（ｍｇ／Ｌ）は、水中に溶解している酸素の濃度を表す。飽和溶存酸素とは、実際に培養を行なう培養条件において、菌体が存在しない状態で通気、攪拌を行い、溶存酸素が一定になった状態での溶存酸素のことを指す。また、溶存酸素飽和度を算出する際は、培養期間中に通気条件など培養条件を変化させることはしないこととする。酸素要求性 が低下すると、溶存酸素飽和度は増加する。溶存酸素飽和度は以下の式３に従って算出する。

【0031】

溶存酸素飽和度（％）＝（培養中の溶存酸素）／（培養開始前の飽和溶存酸素）×１００・・・（式３）。

【0032】

溶存酸素飽和度を比較する場合には、最小値同士を比較する。

【0033】

酸素利用速度や、溶存酸素飽和度を比較する場合には、培地、酸素供給量、撹拌速度、温度、培養容量、植菌量などの培養条件を揃えて測定した結果を用いる。測定の際の植菌量は本培養液に対し、１０％（ｖ／ｖ）程度が好ましい。

【0034】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株と、当該変異導入前の親株の溶存酸素を同様の条件で培養すると、変異株は、親株に比べて溶存酸素飽和度の最小値が高くなり、好ましくは５％以上、さらに好ましくは６％以上、さらに好ましくは７％以上、さらに好ましくは８％以上、さらに好ましくは９％以上、さらに好ましくは１０％以上、さらに好ましくは１１％以上、さらに好ましくは１２％以上、さらに好ましくは１３％以上、さらに好ましくは１４％以上、特に好ましくは１５％以上高くなる。

【0035】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株は、当該変異導入前の親株と比較して、増殖能が低下しないことが好ましい。増殖能の差は菌体量を測定することで比較することができる。菌体量は、乾燥菌体重量として測定する。培養液１０ｍＬを定性ろ紙（グレード４、ＧＥヘルスケア社）を用いて吸引ろ過し、残渣をろ紙ごと一緒に１００℃にて乾燥させる。そして、重量を測定し、ろ過前後のろ紙の重量差を乾燥菌体重量とする。

【0036】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株は、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が欠損または低下する変異、あるいはｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列の変異以外にも、タンパク質製造量が向上する遺伝子変異を有していてもよい。具体的には、配列番号１１および／または配列番号１３で表されるポリペプチドの機能が低下する遺伝子変異が挙げられる。

【0037】

配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉが有するポリペプチドであり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎでは、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ６ａ株が持つｐｒｅｄｉｃｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎのＥＧＲ５０６５４として登録されている。配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは機能未知のポリペプチドであるが、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＣｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｄｏｍａｉｎ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ Ｔｏｏｌによれば、Ｎ末端側から９５番目～２７７番目のアミノ酸残基は「Ｍｉｄｄｌｅ ｄｏｍａｉｎ ｏｆ ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ４Ｇドメイン（以降ＭＩＦ４Ｇドメインと記載する。）、Ｎ末端側から３８０番目～４８５番目のアミノ酸残基はＭＡ－３ドメインを有すると開示されている。ＭＩＦ４ＧおよびＭＡ－３の両ドメインは、ＤＮＡまたはＲＮＡに結合する機能を有することが知られている（Ｂｉｏｃｈｅｍ．４４，１２２６５－１２２７２（２００５）、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１，１４７－１５６（２００７））。これらの記載により配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは、少なくともＤＮＡおよび／またはＲＮＡに結合する機能を有すると推定される。

【0038】

配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする遺伝子の具体例として、配列番号１２で表される塩基配列が挙げられる。ＥＧＲ５０６５４の機能が低下する遺伝子変異とは、ＥＧＲ５０６５４が有するＭＩＦ４Ｇドメインおよび／またはＭＡ－３ドメインの全欠損、ＭＩＦ４Ｇドメインおよび／またはＭＡ－３ドメインの一部欠損、ＭＩＦ４ＧドメインとＭＡ－３ドメインとの立体配置関係の変化する遺伝子変異が挙げられる。さらに、配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドの発現量の低下や消失させる変異を導入することによっても当該ポリペプチドの機能を低下させることができる。配列番号１１で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドの機能が欠損する具体例としては、配列番号１２で表される塩基配列において、１０３９番目から１０４４番目のいずれかの塩基が欠失する変異が挙げられる。

【0039】

配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉが有するポリペプチドであり、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎでは、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ６ａ株が持つｐｒｅｄｉｃｔｅｄ ｐｒｏｔｅｉｎのＥＧＲ４４４１９として登録されている。配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは機能未知のポリペプチドであるが、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのＣｏｎｓｅｒｖｅｄ Ｄｏｍａｉｎ Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ Ｒｅｔｒｉｅｖａｌ Ｔｏｏｌによれば、Ｎ末端側から２６番目～４９９番目のアミノ酸残基は「Ｓｕｇａｒ（ａｎｄ ｏｔｈｅｒ） Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒドメインを有すると開示されている。この記載により配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドは、少なくとも菌体の内側と外側の間における糖の輸送に関与していると推定される。

【0040】

配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする遺伝子の具体例として、配列番号１４で表される塩基配列が挙げられる。ＥＧＲ４４４１９の機能が低下する遺伝子変異とは、ＥＧＲ４４４１９が有するＳｕｇａｒ（ａｎｄ ｏｔｈｅｒ） Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒドメインの全欠損、Ｓｕｇａｒ（ａｎｄ ｏｔｈｅｒ） Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒドメインの一部欠損、Ｓｕｇａｒ（ａｎｄ ｏｔｈｅｒ） Ｔｒａｎｓｐｏｒｔｅｒドメインの立体配置関係の変化する遺伝子変異が挙げられる。さらに、配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドの発現量の低下や消失させる変異を導入することによっても当該ポリペプチドの機能を低下させることができる。配列番号１３で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドの機能が欠損する具体例としては、配列番号１４で表される塩基配列において、１４１５番目に１１塩基が挿入する変異が挙げられる。

【0041】

また、本発明はｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異を有するトリコデルマ属糸状菌の変異株を培養する工程を含むタンパク質の製造方法に関する。

【0042】

本発明の方法では、菌体外に分泌されるタンパク質を効率的に製造することができる。製造されるタンパク質に制限はないが、好ましくは酵素であり、より好ましくはセルラーゼ、アミラーゼ、インベルターゼ、キチナーゼ、ペクチナーゼ等の糖化酵素であり、特に好ましくはセルラーゼである。

【0043】

本発明で製造されるセルラーゼには、様々な加水分解酵素が含まれており、キシラン、セルロース、ヘミセルロースに対する分解活性を持つ酵素などが含まれている。具体例としては、セルロース鎖の加水分解によりセロビオースを製造するセロビオハイドラーゼ（ＥＣ ３．２．１．９１）、セルロース鎖の中央部分から加水分解するエンドグルカナーゼ（ＥＣ ３．２．１．４）、セロオリゴ糖およびセロビオースを加水分解するβ－グルコシダーゼ（ＥＣ ３．２．１．２１）、ヘミセルロースや特にキシランに作用することを特徴とするキシラナーゼ（ＥＣ ３．２．１．８）、キシロオリゴ糖を加水分解するβ－キシロシダーゼ（ＥＣ ３．２．１．３７）などが挙げられる。

【0044】

セルラーゼのタンパク質濃度は以下の通り測定を行う。本発明の方法でトリコデルマ属糸状菌を培養することにより得られた培養液を１５，０００×ｇで１０分間遠心分離し、上清をセルラーゼ溶液とする。Ｑｕｉｃｋ Ｓｔａｒｔ Ｂｒａｄｆｏｒｄ プロテインアッセイ（Ｂｉｏ－Ｒａｄ社製）２５０μＬに希釈したセルラーゼ溶液を５μＬ添加し、室温で１５分間静置後の５９５ｎｍで用いる吸光度を測定する。牛血清アルブミン溶液を標準液とし、検量線に基づいて糖化酵素溶液に含まれるタンパク質濃度を算出する。

【0045】

本発明でトリコデルマ属糸状菌を培養する培養方法は特に限定されず、例えば遠沈管、フラスコ、ジャーファーメンター、タンクなどを用いた液体培養や、プレートなどを用いた固体培養などで培養することができる。トリコデルマ属糸状菌は、好気的条件で培養することが好ましく、これらの培養方法の中でも、特にジャーファーメンターや、タンク内に通気や撹拌を行いながら培養する深部培養が好ましい。

【0046】

培養工程の培地組成は、トリコデルマ属糸状菌がタンパク質を製造できるような培地組成となっていれば特に制限はなく、トリコデルマ属細菌の周知の培地組成を採用することができる。窒素源としては、例えば、ポリペプトン、肉汁、ＣＳＬ、大豆かすなどを用いることができる。また、培地にはタンパク質を製造させるための誘導物質を添加してもよい。

【0047】

本発明によりセルラーゼを製造する場合には、培地にラクトース、セルロースおよびキシランからなる群から選択される少なくとも１種類または２種類以上の誘導剤を含む培地で培養することができる。また、セルロースやキシランは、セルロースやキシランを含むバイオマスを誘導物質として添加してもよい。セルロールやキシランを含有するバイオマスの具体例としては、種子植物、シダ植物、コケ植物、藻類、水草などの植物の他、廃建材なども用いることができる。種子植物は、裸子植物と被子植物に分類されるが、どちらも好ましく用いることができる。被子植物はさらに単子葉植物と双子葉植物に分類され、単子葉植物の具体例としてはバガス、スイッチグラス、ネピアグラス、エリアンサス、コーンストーバー、コーンコブ、稲わら、麦わらなどが挙げられ、双子葉植物の具体例としてはビートパルプ、ユーカリ、ナラ、シラカバなどが挙げられる。

【0048】

また、セルロースやキシランを含むバイオマスは、前処理されたものを用いてもよい。前処理方法は特に限定されないが、例えば、酸処理、硫酸処理、希硫酸処理、アルカリ処理、水熱処理、亜臨界処理、微粉砕処理、蒸煮処理、など公知の手法を用いることができる。このような前処理をされたセルロールやキシランを含むバイオマスとして、パルプを用いてもよい。

【0049】

本発明のトリコデルマ属糸状菌の変異株の培養方法は特に限定されず、例えば遠沈管、フラスコ、ジャーファーメンター、タンクなどを用いた液体培養や、プレートなどを用いた固体培養などで培養することができる。Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの変異株である場合は、好気的条件で培養することが好ましく、特にジャーファーメンターや、タンク内に通気や撹拌を行いながら培養する深部培養が好ましい。通気量は、０．１～２．０ｖｖｍ程度が好ましく、０．３～１．５ｖｖｍがより好ましく、０．５～１．０ｖｖｍが特に好ましい。培養温度は、２５～３５℃程度が好ましく、２５～３１℃がより好ましい。培養におけるｐＨの条件は、ｐＨ３．０～７．０が好ましく、ｐＨ４．０～６．０がより好ましい。培養時間は、タンパク質が生産される条件で、回収可能な量のタンパク質が蓄積されるまで行える時間であれば特に制限はないが、通常、２４～２８８時間、好ましくは２４～２４０時間、より好ましくは３６～２４０時間、さらに好ましくは３６～１９２時間である。

【0050】

トリコデルマ属糸状菌の変異株を培養した培養液に含まれるタンパク質を回収する方法は特に限定されないが、トリコデルマ属糸状菌の菌体を培養液から除去し、タンパク質を回収することができる。菌体の除去方法としては、遠心分離法、膜分離法、フィルタープレス法などが例として挙げられる。

【0051】

また、トリコデルマ属糸状菌の変異株を培養した培養液から菌体を除去せずに、タンパク質の溶解液として利用する場合には、培養液中でトリコデルマ属糸状菌の菌体が生育できないように処理することが好ましい。菌体が生育できないように処理する方法としては、熱処理、薬剤処理、酸・アルカリ処理、ＵＶ処理などが挙げられる。

【0052】

タンパク質がセルラーゼのような酵素の場合には、上記のように菌体を除去又は生育していないように処理した培養液を、そのまま酵素液として利用することができる。

【実施例】

【0053】

以下に実施例を挙げて本発明を具体的に説明する。

【0054】

＜参考例１＞タンパク質濃度測定方法
タンパク質濃度測定試薬（Ｑｕｉｃｋ Ｓｔａｒｔ Ｂｒａｄｆｏｒｄプロテインアッセイ、Ｂｉｏ－Ｒａｄ製）を使用した。室温に戻したタンパク質濃度測定試薬２５０μＬに希釈した糸状菌の培養液を５μＬ添加し、室温で５分間静置後の５９５ｎｍにおける吸光度をマイクロプレートリーダーで測定した。標準品としてＢＳＡを使用し、検量線に照らし合わせてタンパク質濃度を算出した。

【0055】

＜参考例２＞溶存酸素飽和度の算出
溶存酸素飽和度は、菌を含まない培地を用いてｐＨや温度を培養条件に設定し、空気を通気した際の溶存酸素の飽和状態を１００％とした場合の、飽和溶存酸素に対する培養期間中の溶存酸素の割合を溶存酸素飽和度として算出した。ＤＯ計は密閉型溶存酸素電極ＳＤＯＣ－１２Ｆ－Ｌ１２０（エイブル株式会社製）を使用した。

【0056】

＜参考例３＞培養液の粘度の測定
採取した培養液の粘度を測定するため、培養開始３９、４８、６２、７２、８６、９６、１１１時間後の培養液をデジタル回転粘度計 ＤＶ２Ｔとスピンドル ＵＬ ＡＤＡＰＴＯＲ（ＢＲＯＯＫＦＩＥＬＤ社製）を使用し、回転数を０．３ｒｐｍに設定した際の粘度（ｃＰ）を求めた。

【0057】

＜参考例４＞菌体量の測定
培養液中に含まれる菌体量を測定するため、培養液をろ紙で吸引ろ過し、吸引ろ過前後のろ紙の乾燥菌体重量の差を菌体量とした。

【0058】

＜実施例１＞ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４変異株Ｉの作製
ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔを構成するアミノ酸配列に変異の入った配列番号２で表されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする遺伝子を含むＤＮＡ断片として、配列番号１５で表される遺伝子配列からなるＤＮＡ断片を作製し、当該ＤＮＡ断片をＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉＱＭ９４１４株に形質転換することで、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの変異株を作製した。この方法により、配列番号１において、１０８０番目のシトシンがアデニンへ変わり、配列番号２において、３００番目がグルタミンからリジンへ変異したポリペプチドを有するＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの変異株が得られる。ＤＮＡ断片導入のための選択マーカーとしてアセトアミドおよびアセトアミドを分解することができるアセトアミダーゼ（ＡｍｄＳ）遺伝子（ａｍｄＳ）を使用した。ａｍｄＳを含むＤＮＡ配列の上流および下流に、上記の配列番号１５で表される塩基配列からなるＤＮＡ断片を導入するために、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉＱＭ９４１４株の遺伝子配列と相同的な部分を付加するように変異導入用プラスミドを作製した。

【0059】

具体的には、配列番号１６で示す合成したＤＮＡ断片を制限酵素ＫｐｎＩとＮｏｔＩで処理したＤＮＡ断片を上流ＤＮＡ断片とした。また、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株から定法に従って抽出したゲノムＤＮＡと配列番号１７および１８で表されるオリゴＤＮＡを用いてＰＣＲをし、得られた増幅断片を制限酵素ＭｌｕＩとＳｐｅＩで処理したＤＮＡ断片を下流ＤＮＡ断片とし、上流及び下流ＤＮＡ断片をＫｐｎＩとＮｏｔＩ、ＭｌｕＩとＳｐｅＩの制限酵素をそれぞれ用いてａｍｄＳが挿入されたプラスミドへ導入し、変異導入用プラスミドを構築した。そして、変異導入用プラスミドを制限酵素ＡｐａＩとＡｓｃＩで処理し、配列番号１５で示す得られたＤＮＡ断片でＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株（ＮＢＲＣ３１３２９）を形質転換した。得られた変異株をＱＭ９４１４変異株Ｉとして以下の実験に用いた。

【0060】

なお、分子生物学的手法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌｏｎｉｎｇ，ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ，１ｓｔ，２ｎｄ，３ｒｄ（１９８９）の記載通りに行った。また、形質転換は、標準的な手法であるプロトプラスト－ＰＥＧ法を用い、具体的にはＧｅｎｅ，６１，１６５－１７６（１９８７）の記載通りに行った。

【0061】

＜実施例２＞ＱＭ９４１４変異株Ｉを用いたタンパク質の製造試験
（前培養）
実施例１で作製したＱＭ９４１４変異株Ｉの胞子を１．０×１０^７／ｍＬになるように生理食塩水で希釈し、その希釈胞子溶液２．５ｍＬを表１に示した１Ｌバッフル付フラスコへ入れた２５０ｍＬの前培養培地へ接種させ、振盪培養機にて２８℃、１２０ｒｐｍの条件にて７２時間培養を行った。

【0062】

【表1】

【0063】

（本培養）
Ａｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００（レッテンマイヤー社）を表２で示した本培養培地に添加し、５Ｌジャーファーメンター（バイオット社製）を用い、深部培養検討を行った。Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株および実施例１で作成したＱＭ９４１４変異株Ｉの前培養液２５０ｍＬをＡｒｂｏｃｅｌ Ｂ８００が添加された本培養培地２．５Ｌに接種した。培養条件は、本培養培地に前培養培地を接種後、２８℃、７００ｒｐｍ、通気量１００ｍＬ／ｍｉｎの培養条件にて、ｐＨ５．０に制御しながら深部培養を行った。

【0064】

【表2】

【0065】

（培養液の採取）
培養開始３９、４８、６２、７２、８６、９６、１１１時間後にそれぞれ２０ｍＬの培養液を採取した。採取した培養液の一部を１５，０００×ｇ、４℃の条件下で１０分間遠心分離して上清を得た。その上清を０．２２μｍのフィルターでろ過し、そのろ液をセルラーゼ溶液として以下の実験に用いた。

【0066】

（タンパク質濃度の測定）
参考例１で記載した手法を用い、培養開始９６時間目に採取した培養液におけるセルラーゼのタンパク質濃度を測定した。その結果、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株と比較して、ＱＭ９４１４変異株Ｉは、相対値でタンパク質濃度は１．３倍高かった。

【0067】

（培養液中の溶存酸素飽和度の測定）
参考例２で記載した手法を用い、培養液中の経時的な溶存酸素飽和度を測定した。その結果、図２に示されるとおりＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株は培養開始後６０時間前後に培養液中の溶存酸素飽和度が最小値として１．７％まで低下したのに対して、ＱＭ９４１４変異株Ｉは培養液中の溶存酸素飽和度は最小値として３７．６％であった。

【0068】

（培養液の粘度の測定）
参考例３で記載した手法を用い、培養液中の経時的な粘度を測定した。その結果、図３で示されるとおりＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株の最大粘度は１，８００ｃＰ以上であったのに対し、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ変異株の最大粘度は８００ｃＰ以下であった。これらの結果から、ＱＭ９４１４変異株Ｉでは培養液中の粘度を低く保つことが可能であり、溶存酸素飽和度の低下も抑制されることがわかった。

【0069】

（菌体量の測定）
参考例４で記載した手法を用い、実施例２（前培養）の培養にて、培養開始７２時間目の培養液中に含まれる菌体量を測定した。その結果、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株の菌体量は１１．３ｇ／Ｌ、ＱＭ９４１４変異株Ｉの菌体量は１１．０ｇ／Ｌであり、両株間で菌体量の差は確認できなかった。

【0070】

＜実施例３＞ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４変異株ＩＩの作製
ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの変異株は、配列番号１９で表される遺伝子配列からなるＤＮＡ断片を作製し、当該ＤＮＡ断片をＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株に形質転換することで作製した。この方法により、配列番号１において、７９１番目と７９２番目の間にａｍｄＳが挿入され、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉの変異株が得られる。上記の配列番号１９からなるＤＮＡ断片を導入するために、ａｍｄＳを含むＤＮＡ断片配列の上流および下流に、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株の遺伝子配列と相同的な部分を付加するように変異導入用プラスミドを作製した。

【0071】

具体的には、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株から定法に従って抽出したゲノムＤＮＡと配列番号２０および２１で表されるオリゴＤＮＡを用いてＰＣＲし、得られた増幅断片を制限酵素ＡｆｌＩＩとＮｏｔＩで処理したＤＮＡ断片を上流断片とした。また、ゲノムＤＮＡと配列番号２２および２３で表されるオリゴＤＮＡを用いてＰＣＲし、得られた増幅断片を制限酵素ＭｌｕＩとＳｐｅＩで処理したＤＮＡ断片を下流断片とし、上流および下流ＤＮＡ断片をＡｆｌＩＩとＮｏｔＩ、ＭｌｕＩとＳｐｅＩの制限酵素をそれぞれ用いてａｍｄＳが挿入されたプラスミドへ導入し、変異導入用プラスミドを構築した。そして、変異導入用プラスミドを制限酵素ＡｆｌＩＩとＳｐｅＩで処理し、配列番号１９で示す得られたＤＮＡ断片でＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株を実施例１の記載通りに形質転換を行った。得られたＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ変異株をＱＭ９４１４変異株ＩＩとして以下の実験に用いた。

【0072】

＜実施例４＞ＱＭ９４１４変異株ＩＩを用いたタンパク質の製造試験
実施例１で作製したＱＭ９４１４変異株Ｉの代わりにＱＭ９４１４変異株ＩＩを用いた以外は、実施例２と同様の操作・条件で培養を行い、培養液中に含まれるタンパク質の濃度、培養液中の溶存酸素飽和度および培養液の粘度を測定した。

【0073】

（タンパク質濃度の測定）
Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株を培養した培養液に含まれるタンパク質濃度を１とした場合、ＱＭ９４１４変異株ＩＩの培養液に含まれるタンパク質濃度の相対値は１．４であった。この結果から、ｂｅｔａ－ａｄａｐｔｉｎ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔの機能が低下したＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉを培養することによって、当該タンパク質の機能を低下させない場合と比べてタンパク質の製造量を向上できることがわかった。

【0074】

（培養液中の溶存酸素飽和度の測定）
参考例２で記載した手法を用い、培養液中の経時的な溶存酸素飽和度を測定した。その結果、図４に示されるとおりＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株は培養開始後６０時間前後に培養液中の溶存酸素飽和度が最小値として１．９％まで低下したのに対して、ＱＭ９４１４変異株ＩＩは培養液中の溶存酸素飽和度は最小値として２７．７％であった。

【0075】

（培養液の粘度の測定）
参考例３で記載した手法を用い、培養液中の経時的な粘度を測定した。その結果、図５に示されるとおりＴｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｅｉ ＱＭ９４１４株の最大粘度は１，９００ｃＰ以上であったのに対し、ＱＭ９４１４変異株ＩＩの最大粘度は１，０００ｃＰ以下であった。これらの結果から、ＱＭ９４１４変異株ＩＩでは培養液中の粘度を低く保つことが可能であり、溶存酸素飽和度の低下も抑制されることがわかった。

【図1-1】

【図1-2】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【配列表】

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