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▶ バイオチェーン（ペキン）サイエンス アンド テクノロジー、インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-03-27
(45)【発行日】2024-04-04
(54)【発明の名称】１１種類の癌を検出するプローブ組成物
(51)【国際特許分類】
C12N 15/11 20060101AFI20240328BHJP
C12Q 1/6886 20180101ALI20240328BHJP
【ＦＩ】
C12N15/11 Z ZNA
C12Q1/6886 Z
【請求項の数】
10
(21)【出願番号】P 2022521064
(86)(22)【出願日】2021-03-17
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2022-12-07
(86)【国際出願番号】 CN2021081276
(87)【国際公開番号】W WO2021185275
(87)【国際公開日】2021-09-23
【審査請求日】2022-04-06
(31)【優先権主張番号】202010187454.X
(32)【優先日】2020-03-17
(33)【優先権主張国・地域又は機関】CN
(73)【特許権者】
【識別番号】520191868
【氏名又は名称】バイオチェーン（ペキン）サイエンス アンド テクノロジー、インコーポレイテッド
【氏名又は名称原語表記】ＢＩＯＣＨＡＩＮ （ＢＥＩＪＩＮＧ） ＳＣＩＥＮＣＥ ＆ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ， ＩＮＣ．
【住所又は居所原語表記】Ｎｏ．１８，Ｈｏｎｇｄａ Ｓｏｕｔｈ Ｒｏａｄ，Ｅｃｏｎｏｍｉｃ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ａｒｅａ， Ｂｅｉｊｉｎｇ １００１７６，Ｃｈｉｎａ
(74)【代理人】
【識別番号】100080791
【弁理士】
【氏名又は名称】高島 一
(74)【代理人】
【識別番号】100136629
【弁理士】
【氏名又は名称】鎌田 光宜
(74)【代理人】
【識別番号】100125070
【弁理士】
【氏名又は名称】土井 京子
(74)【代理人】
【識別番号】100121212
【弁理士】
【氏名又は名称】田村 弥栄子
(74)【代理人】
【識別番号】100174296
【弁理士】
【氏名又は名称】當麻 博文
(74)【代理人】
【識別番号】100137729
【弁理士】
【氏名又は名称】赤井 厚子
(74)【代理人】
【識別番号】100151301
【弁理士】
【氏名又は名称】戸崎 富哉
(74)【代理人】
【識別番号】100152308
【弁理士】
【氏名又は名称】中 正道
(74)【代理人】
【識別番号】100201558
【弁理士】
【氏名又は名称】亀井 恵二郎
(72)【発明者】
【氏名】韓暁亮
(72)【発明者】
【氏名】李永君
(72)【発明者】
【氏名】呉寧寧
(72)【発明者】
【氏名】郭媛媛
(72)【発明者】
【氏名】王建銘
【審査官】大久保 智之
(56)【参考文献】
【文献】特表２００４－５２９６１９（ＪＰ，Ａ）
【文献】米国特許出願公開第２０１７／０２８３８８７（ＵＳ，Ａ１）
【文献】国際公開第２０１８／１５８５８９（ＷＯ，Ａ１）
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／００－９０
Ｃ１２Ｑ １／００－７０
ＵｎｉＰｒｏｔ／ＧｅｎｅＳｅｑ
ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ／ＧｅｎｅＳｅｑ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌の特異的領域を標的とするプローブ、汎癌特異的領域を標的とするプローブ、及び組織特異的領域を標的とするプローブを含み、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２であり、
前記汎癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４であり、
前記組織特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７である、
プローブ組成物。
【請求項2】
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６－６７、７９、８１－８２、９７－１０２、１１６－１１７が食道の組織特異的標的領域であり、又は前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、８２、９７－１０２が胃の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３、８７－９０、１１０が結腸直腸の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５、７０－７２、７６、９１－９２、１０３－１０４が肺の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異性領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３－７４、１０７が肝臓の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１－１１５が膵臓の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０、８４、９３、９５が前立腺の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８、８４－８６が乳腺の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域において、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７、９６、１０５が卵巣の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８－６９、７５、１０９が子宮頸部の組織特異的標的領域であり、又は
前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４、１０６、１０８が子宮内膜の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする請求項１に記載のプローブ組成物。
【請求項3】
重亜硫酸塩で変換されたＣＧがメチル化されない前記特異的領域とハイブリダイズした低メチル化プローブと、重亜硫酸塩で変換されたＣＧ全体がメチル化された前記特異的領域とハイブリダイズした高メチル化プローブとを含む請求項１－２のいずれか１項に記載のプローブ組成物。
【請求項4】
各プローブの長さは、４０～６０ｂｐである請求項３に記載のプローブ組成物。
【請求項5】
各プローブの長さは４５～５６ｂｐであり、好ましくは５０～５６ｂｐであり、さらに好ましくは５０ｂｐである請求項４に記載のプローブ組成物。
【請求項6】
前記低メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４を含む、ことを特徴とする請求項３に記載のプローブ組成物。
【請求項7】
前記高メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１を含む、ことを特徴とする請求項３に記載のプローブ組成物。
【請求項8】
請求項１－７のいずれか１項に記載のプローブ組成物を含むキット。
【請求項9】
請求項１－７のいずれか１項に記載のプローブ組成物の食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌を検出するキットの製造における使用。
【請求項10】
食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌の特異的領域を標的とするプローブ；汎癌特異的領域を標的とするプローブ及び組織特異的領域を標的とするプローブを食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌を検出するための用途：
ここで、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２であり、
前記汎癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４であり、
前記組織特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７である。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本願は、癌遺伝子メチル化検出組成物に関し、特に重亜硫酸塩（Ｂｉｓｕｌｆｉｔｅ）処理後のＤＮＡ配列を特異的に認識するプローブ組成物、及びハイスループット配列決定（ＮＧＳ）方法に基づいて食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌等という１１種類の腫瘍の遊離ＤＮＡメチル化レベルの変化を検出する応用に関する。
【背景技術】
【0002】
ハイスループット配列決定（ＮＧＳ）技術は、現代のゲノム学研究分野の革新的なイノベーションであり、該技術は、数十から数百万個のＤＮＡ分子に対して配列分析を同時に行うことができ、これは、ポストゲノム時代の到来を示した。配列決定（シーケンシング）の深さを制御することにより、デノボシーケンシング及びリシーケンシングなどの異なる目標を実現することができると共に、異なる初期処理により、ゲノム、トランスクリプトーム及びメチロームの配列を分析することができる。
【0003】
現在、臨床的遺伝子検出の技術は、主に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、蛍光ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）及び遺伝子チップ技術である。ＰＣＲ機器は、価格が低く、感度が高く、簡単で迅速に操作することができ、臨床の普及度が高いが、技術的に制限されるため、少数の遺伝子を同時に検出することしかできない。ＦＩＳＨ感度が高いが、操作難度が高い。遺伝子チップの処理量は、上記両者よりも高く、大量の遺伝子を同時に検出することができる。しかしながら、欠陥は、既知の遺伝子又は変異しか検出できず、正確性が低く、偽陽性が高い。ＮＧＳ技術は、処理量が大きく（大量の既知及び未知の遺伝子及び変異を同時に検出する）、結果が正確であり（確率が遺伝子チップよりも高い）、検出速度が速く、各遺伝子あたりの検出コストが低いなどという利点を有し、現在、徐々に臨床的疾患の検出及び監視などの分野に応用される。将来の配列決定費用のさらなる低減に伴い、ＮＧＳは、必然的に遺伝子チップ等の他のハイスループット技術を徐々に代替する。
【0004】
現在、一般的な全ゲノム配列決定の総価が高く、稀な変異を検出するために配列決定の深さを増加させると、最終価格を消費者が負担しにくい。したがって、標的配列のキャプチャシーケンシングは、主流となり、該技術は、検出の需要に応じて、関心のあるゲノム領域に対して捕捉プローブを設計し、相補的ハイブリダイゼーション原理で標的断片ＤＮＡを濃縮し、かつ後にＮＧＳ検出を行う。このようなポリシーは、研究又は検出の目的に応じて柔軟に策定することができ、少量の遺伝子領域のみを選択し、配列決定の深さを増加させ、標的領域の変異状況を効果的に発見することができ、非常に高い感度及び正確性を有する。
【0005】
癌の発生及び進行過程において、遺伝情報はＤＮＡの突然変異、挿入／欠失、染色体構造変異、コピー数変動、及びエピジェネティックな情報の変化を含む一連の変化が現れる。癌の進行プロセスにおいて、ＤＮＡ配列の変異は、ランダムに発生し、変異が重要な成長制御遺伝子に発生する場合にのみ、悪性腫瘍の発生をもたらす。多くの遺伝子発現異常は、エピジェネティックの変化に由来し、一般的には、ＤＮＡメチル化レベルの変化に由来する。研究によると、遺伝子メチル化レベルの変化は、遺伝子変異よりも早く、遺伝子メチル化の変化を追跡検出すれば、癌の発生を早期に予測することができる。近年、ゲノム学の発展に伴い、現在、３０種類を超える癌のエピゲノムを研究した。結果によると、ＤＮＡメチル化は、各種の癌においていずれも支配的ではないが、勿論のことながら、遺伝子メチル化修飾モードの変化が細胞の発展傾向及び腫瘍の表現型を変えて多くの癌の発生及び進行に重要な影響を与える。
【0006】
２０１８年初に、癌ゲノムプロフィール（ＴＣＧＡ）は、２７件の総合的な分析文章を発表し、十年以上の３０種類の癌データに対してこれまで最も全面的な汎癌ゲノム解析を行った。染色体変異、ＤＮＡメチル化、ＲＮＡ及びタンパク質等の様々なデータをまとめて分析した後、解剖学的な３３種類の癌は、分子的特徴に基づいて２８個のサブタイプに分けることができることを発見した。ある分子サブタイプは、従来通りの意味で２５種類の癌を含む。この結果は、異なる器官に由来する癌に共通の分子的特徴が存在することを示す。それと同時に、同一の器官に由来する癌は、異なるゲノムプロフィールを有する可能性がある。これから分かるように、近い将来、癌スクリーニング及び診断マーカーの開発は、必然的により多い汎癌の概念を導入することであり、解剖学的な癌を研究するだけでなく、分子レベルで癌を研究し、ある分子的タイピングを網羅することができる汎癌マーカーを開発すべきである。
【0007】
液体生検は、体外診断の１つの方式であり、非侵襲性の血液検査を採用し、腫瘍又は転移病巣が血液に放出する循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）又は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を監視することができる。該技術は、侵襲による危害を効果的に低減することができ、かつ腫瘍の各部分と全ての転移病巣へのサンプリングを実現し、腫瘍の不均一性を克服し（しかしながら、現在、用いられた標準組織の生検は、腫瘍のある部分の特徴のみを反映する）、かつリアルタイムな監視を実現することができ、より高い感度を有し、さらに、ゲノム情報により病変が発生する部位を予測することができ、患者の生存期間を効果的に延長することができる可能性がある。これらの利点に基づいて、液体生検は、腫瘍の早期診断、病期補助決定、予後及び再発監視、投薬指導などの方面に用いることができる。現在、最も一般的に液体生検に使用されるのは、遊離ＤＮＡである。
【0008】
遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）は、循環血液中に存在し細胞外に遊離し、部分的に分解される内因性ＤＮＡである。研究によると、腫瘍組織が発生及び発展過程において、その腫瘍細胞がアポトーシスした後、血漿中にＤＮＡを放出し、分解された後、遊離腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を形成する。ＣｔＤＮＡの分子遺伝的特徴（例えば、遺伝子変異、マイクロサテライトの不安定性及び癌抑制遺伝子プロモーターメチル化等）は腫瘍組織ＤＮＡに一致する。多重癌の早期スクリーニング及び検出において、末梢血の採取は、他の臨床検出手段よりも簡便であり、基幹病院に普及しやすく、かつその非侵襲的特徴のため、無症候性の人々によって受けられやすい。したがって、血漿中のｃｔＤＮＡメチル化レベルの変化を検出することは、多重癌の早期スクリーニング及び診断の重要な手段の一つとなる。
【0009】
標的配列の捕捉技術をＮＧＳと組み合わせてｃｆＤＮＡの変異及びメチル化レベルの変化を監視し、腫瘍の早期スクリーニング、感受性遺伝子監視、コンパニオン診断、個別化医療、予後監視等の各方面の応用を実現することができる。現在、中国内外の複数の会社は、いずれも異なる規模の、異なる応用シーンに対する癌検出ｐａｎｅｌを打ち上げ、一部のｐａｎｅｌがＦＤＡ又はＣＦＤＡの承認番号を取得した。例えば、Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅが打ち出したＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ ＣＤｘは、３２４個の遺伝子を網羅することができるものであり、メモリアルスローンケタリング癌センター（ＭＳＫ）が打ち出したＩＭＰＡＣＴは、４６８種類の癌関連遺伝子を網羅することができるものであり、バーニングロックバイオテックが打ち出した「ヒトＥＧＦＲ／ＡＬＫ／ＢＲＡＦ／ＫＲＡＳ遺伝子突然変異ジョイント検出キット」、ノボジーンが打ち出した「ヒトＥＧＦＲ、ＫＲＡＳ、ＢＲＡＦ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＬＫ、ＲＯＳ１遺伝子変異検出キット」等がある。Ｓｉｎｇｌｅｒａ Ｇｅｎｏｍｉｃｓも、２０１８年に結腸直腸癌メチル化レベルを検出する製品「ＣｏｌｏｎＥＳ」を打ち出した。
【発明の概要】
【0010】
しがたって、現在の多重癌の検出製品の欠乏及び技術上の制約に対して、本願は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌等という１１種類の癌の早期スクリーニングに用いることができるプローブ組成物を提供する。該プローブ組成物は、１）非侵襲的な方式で無症候性の人々の早期スクリーニング、及び癌患者の予後検出に用いられ、侵襲性検出による危害を低減し、２）配列決定の深さを増加させ、検出遺伝子の広さが従来の技術及び製品より優れるようにし、処理量が高く、検出速度が速く、各遺伝子の検出コストが低いなどの利点を有し、３）腫瘍の各部分と全ての転移病巣へのサンプリングを実現することができ、腫瘍の不均一性を克服し、４）より高い感度及び正確性を有し、リアルタイムな監視を実現することができ、さらに、ゲノム情報により病変が発生する部位を予測して、患者の生存期間を効果的に延長することができる可能性がある。
【0011】
具体的には、本願は、以下の内容に関する。
１、プローブ組成物であって、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブを含み、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択される、プローブ組成物。
２、さらに、汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブを含み、前記汎癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される、第１項に記載のプローブ組成物。
３、さらに、組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブを含み、前記組織特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される、第１項に記載のプローブ組成物。
４、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６－６７、７９、８１－８２、９７－１０２、１１６－１１７が食道の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
５、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、８２、９７－１０２が胃の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
６、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３、８７－９０、１１０が結腸直腸の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
７、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５、７０－７２、７６、９１－９２、１０３－１０４が肺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
８、前記組織特異性領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３－７４、１０７が肝臓の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
９、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１－１１５が膵臓の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１０、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０、８４、９３、９５が前立腺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１１、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８、８４－８６が乳腺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１２、前記組織特異的領域において、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７、９６、１０５が卵巣の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする請求項３に記載のプローブ組成物。
１３、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８－６９、７５、１０９が子宮頸部の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１４、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４、１０６、１０８が子宮内膜の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１５、重亜硫酸塩で変換されたＣＧがメチル化されない前記特異的領域とハイブリダイズした低メチル化プローブと、重亜硫酸塩で変換されたＣＧ全体がメチル化された前記特異的領域とハイブリダイズする高メチル化プローブとを含む、第１－１４項のいずれか１項に記載のプローブ組成物。
１６、各プローブの長さは、４０～６０ｂｐである、第１５項に記載のプローブ組成物。
１７、各プローブの長さは４５～５６ｂｐであり、好ましくは５０～５６ｂｐであり、さらに好ましくは５０ｂｐである、第１６項に記載のプローブ組成物。
１８、前記低メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれかを含む、ことを特徴とする第１５項に記載のプローブ組成物。
１９、前記高メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれかを含む、ことを特徴とする第１５項に記載のプローブ組成物。
２０、キットであって、第１－１９項のいずれか１項に記載のプローブ組成物を含むキット。
２１、第１－１９項のいずれか１項に記載のプローブ組成物の食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌を検出するキットの製造における使用。
１、プローブ組成物であって、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブを含み、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択される、プローブ組成物。
２、さらに、汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブを含み、前記汎癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される、第１項に記載のプローブ組成物。
３、さらに、組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブを含み、前記組織特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される、第１項に記載のプローブ組成物。
４、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６－６７、７９、８１－８２、９７－１０２、１１６－１１７が食道の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
５、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、８２、９７－１０２が胃の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
６、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３、８７－９０、１１０が結腸直腸の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
７、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５、７０－７２、７６、９１－９２、１０３－１０４が肺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
８、前記組織特異性領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３－７４、１０７が肝臓の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
９、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１－１１５が膵臓の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１０、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０、８４、９３、９５が前立腺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１１、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８、８４－８６が乳腺の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１２、前記組織特異的領域において、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７、９６、１０５が卵巣の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする請求項３に記載のプローブ組成物。
１３、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８－６９、７５、１０９が子宮頸部の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１４、前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４、１０６、１０８が子宮内膜の組織特異的標的領域である、ことを特徴とする第３項に記載のプローブ組成物。
１５、重亜硫酸塩で変換されたＣＧがメチル化されない前記特異的領域とハイブリダイズした低メチル化プローブと、重亜硫酸塩で変換されたＣＧ全体がメチル化された前記特異的領域とハイブリダイズする高メチル化プローブとを含む、第１－１４項のいずれか１項に記載のプローブ組成物。
１６、各プローブの長さは、４０～６０ｂｐである、第１５項に記載のプローブ組成物。
１７、各プローブの長さは４５～５６ｂｐであり、好ましくは５０～５６ｂｐであり、さらに好ましくは５０ｂｐである、第１６項に記載のプローブ組成物。
１８、前記低メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれかを含む、ことを特徴とする第１５項に記載のプローブ組成物。
１９、前記高メチル化プローブが癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれかを含む、ことを特徴とする第１５項に記載のプローブ組成物。
２０、キットであって、第１－１９項のいずれか１項に記載のプローブ組成物を含むキット。
２１、第１－１９項のいずれか１項に記載のプローブ組成物の食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌を検出するキットの製造における使用。
【0012】
本願は、さらに、前記プローブ組成物を利用して食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌等という１１種類の癌を検出する方法を提供する。
【0013】
本願は、また、前記キットを利用して上記１１種類の癌のメチル化レベルの変化を同時に検出する方法も提供する。
【0014】
従来の癌検出技術に制限があるため、以下の利点を有するプローブ組成物を開発する必要がある。
１、液体生検は、非侵襲性腫瘍検出に属し、組織サンプルを取得できない無症候性の人々及び患者集団にも適用することができる。
２、中国の一般的な１１種類の癌のメチル化レベルの変化を同時に検出することができ、８０％を超える癌発症集団を網羅する。
３、検出の正確性を増加させるために、各癌に対して、平均な配列決定の深さが５０００Ｘを超える。
４、被検者に対して、一回限り全ての発病率が高い癌のスクリーニングを完了し、検出効率を向上させることができ、各マーカーの平均価格は、市場の従来の単一マーカーの検出よりも低い。
５、企業に対して、１つのｐｅｎａｌだけを用いて主要な癌のスクリーニングを完了することができ、プローブの合成コストを節約し、実験フローを簡略化し、実験員の操作を容易にすることができる。
６、原則として、癌患者の予後の癌の監視に用いられてもよい。
１、液体生検は、非侵襲性腫瘍検出に属し、組織サンプルを取得できない無症候性の人々及び患者集団にも適用することができる。
２、中国の一般的な１１種類の癌のメチル化レベルの変化を同時に検出することができ、８０％を超える癌発症集団を網羅する。
３、検出の正確性を増加させるために、各癌に対して、平均な配列決定の深さが５０００Ｘを超える。
４、被検者に対して、一回限り全ての発病率が高い癌のスクリーニングを完了し、検出効率を向上させることができ、各マーカーの平均価格は、市場の従来の単一マーカーの検出よりも低い。
５、企業に対して、１つのｐｅｎａｌだけを用いて主要な癌のスクリーニングを完了することができ、プローブの合成コストを節約し、実験フローを簡略化し、実験員の操作を容易にすることができる。
６、原則として、癌患者の予後の癌の監視に用いられてもよい。
【図面の簡単な説明】
【0015】
【発明を実施するための形態】
【0016】
本願は、癌遺伝子メチル化検出用のプローブ組成物を提供する。ハイスループット配列決定（ＮＧＳ）方法に基づいて、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌等という１１種類の腫瘍遊離ＤＮＡメチル化レベルの変化を検出する。それは、非侵襲的な方式で１１種類の一般的な癌のメチル化レベルの変化を同時に検出することができ、感度及び正確性が高く、配列決定の深さが深く、かつコストが低く、組織サンプルを取得できない無症候性の人々及び患者集団、及び癌患者の予後の癌の監視に適用する。
【0017】
定義
本明細書の他の箇所で具体的に限定されない限り、本明細書で使用される全ての他の技術及び科学的用語は、本願の属する分野の当業者に一般的に理解されるものである。
本明細書の他の箇所で具体的に限定されない限り、本明細書で使用される全ての他の技術及び科学的用語は、本願の属する分野の当業者に一般的に理解されるものである。
【0018】
プローブは、長さが数十から数百ひいては数千の塩基対の一本鎖又は二本鎖ＤＮＡであり、分子の変性、アニーリング及び相補的塩基対形成の高精度を利用し、測定対象のサンプルにおける相補的な非標識一本鎖ＤＮＡ又はＲＮＡと水素結合（ハイブリダイズ）し、二本鎖複合体（ハイブリッド）を形成することができる。対合されないプローブを洗浄した後、オートラジオグラフィー又は酵素結合反応などの検出システムを用いてハイブリダイゼーション反応結果を検出することができる。本願において、プローブと相補的に結合又はハイブリダイズした領域は、特異的標的領域である。複数のプローブは、プローブ組成物に組み合わせる。
【0019】
癌特異的領域とは、少ない癌の種類において、正常な対照組織と比較して、該領域のメチル化レベルに有意差があることを意味する。
【0020】
汎癌特異的領域とは、大部分の癌の種類において、正常な対照組織と比較して、該領域のメチル化レベルに有意差があることを意味する。
【0021】
組織特異的領域とは、該領域の特定組織におけるメチル化レベルが他の組織と比較して有意差があることを意味する。
【0022】
ＤＮＡメチル化とは、ＣｐＧジヌクレオチドにおけるシトシン上の第５位の炭素原子のメチル化過程の発生を意味し、安定した修飾状態として、ＤＮＡメチルトトランスフヱラーゼの作用で、ＤＮＡの複製過程に伴って新生の子孫ＤＮＡに遺伝することができ、重要なエピジェネティックメカニズムであり、ＤＮＡメチル化の時に、遺伝子プロモーター領域のメチル化は、癌抑制遺伝子の転写サイレンシングを引き起こすことができ、したがって、それと腫瘍の発生との関係が密接である。異常メチル化は、癌抑制遺伝子とＤＮＡ修復遺伝子の高メチル化、反復配列ＤＮＡの低メチル化、いくつかの遺伝子のインプリンティング喪失を含み、それは、多種の腫瘍の発生に関連する。
【0023】
本明細書において、Ｐａｎｅｌは、本明細書で使用されるプローブ組成物を指す。
【0024】
以下、本願の技術的解決手段を詳細に説明する。
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６－６７、７９、８１－８２、９７－１０２、１１６－１１７は、食道の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、８２、９７－１０２は、胃の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３、８７－９０、１１０は、結腸直腸の組織特異的標的領域である。
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６－６７、７９、８１－８２、９７－１０２、１１６－１１７は、食道の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、８２、９７－１０２は、胃の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３、８７－９０、１１０は、結腸直腸の組織特異的標的領域である。
【0025】
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５、７０－７２、７６、９１－９２、１０３－１０４は、肺の組織特異的標的領域である。
【0026】
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３－７４、１０７は、肝臓の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１－１１５は、膵臓の組織特異的標的領域である。
【0027】
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０、８４、９３、９５が前立腺の組織特異的標的領域である。
【0028】
本願の１つの具体的な実施形態において、プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌のうち任意の癌の特異的領域を標的とするプローブであって、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択されるプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３－６４のいずれかから選択される汎癌特異的領域のいずれかを標的とするプローブと、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される組織特異的領域のいずれかを標的とするプローブとを含む。前記組織特異的領域におけるＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８、８４－８６は、乳腺の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７、９６、１０５は、卵巣の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８－６９、７５、１０９は、子宮頸部の組織特異的標的領域であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４、１０６、１０８は、子宮内膜の組織特異的標的領域である。
【0029】
本願の１つの具体的な実施形態において、上記プローブ組成物は、重亜硫酸塩で変換されたＣＧがメチル化されない前記特異的領域とハイブリダイズした低メチル化プローブと、重亜硫酸塩で変換されたＣＧ全体がメチル化された前記特異的領域とハイブリダイズした高メチル化プローブとを含む。前記低メチル化プローブは、癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれかを含む。前記高メチル化プローブは、癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれかを含む。
【0030】
以下の表１に示すように、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３２、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８９、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１３９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３００及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４６は、いずれもＳＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１４９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５３、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５４、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５５は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１０、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１１、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１５９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１６９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３２９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７４及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７５は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３４及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３５は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１７９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブ
であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２００は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６４及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６５は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３が示す標的領域を標的とす
る高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４００は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０６はＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１００が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１００が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６４、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６５、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２１、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２２、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。表１にプローブの標的とする標的配列を示す。
であり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３３９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１８９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３４９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１９９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２００は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０２は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３５９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０４は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６４及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６５は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２０９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６６及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６７は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．５９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３６９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７０は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２８及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２２９は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３８９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８３が示す標的領域を標的とす
る高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２３９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３９９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４００は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２４９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０６はＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４０９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１００が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１００が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１２及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２５９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０８が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４１９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０８が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０９が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１０９が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６４、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６５、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６６は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１０が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２１、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２２、及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２３は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１０が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６７は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６８は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１２が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２５は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１２が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２６９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１３が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２６は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１３が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７０及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７１は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１４が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２７及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２８は、いずれもＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１４が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７２は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１５が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４２９は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１５が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７３は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１６が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３０は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１６が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７４は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１７が示す標的領域を標的とする低メチル化プローブであり、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．４３１は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１７が示す標的領域を標的とする高メチル化プローブである。表１にプローブの標的とする標的配列を示す。
【0031】
本願の１つの具体的な実施形態において、上記プローブ組成物における各プローブの長さは、４０～６０ｂｐであり、好ましくは、４５～５６ｂｐであり、好ましくは、５０～５６ｂｐであり、さらに好ましくは、５０ｂｐである。
【0032】
本願は、さらに、キットを提供する。
【0033】
本願の１つの具体的な実施形態において、前記キットは、上記いずれかの実施形態に記載のプローブ組成物を含む。
【0034】
本願は、さらに、プローブ組成物の用途を提供する。
【0035】
本願の１つの具体的な実施形態において、上記プローブ組成物は、食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌を検出するキットを製造するために用いられる。
【0036】
本願は、さらに、チップを提供する。
【0037】
本願の１つの具体的な実施形態において、前記チップに上記いずれかの実施形態に記載のプローブ組成物が固定される。
【0038】
本願は、さらに、前記プローブ組成物を利用して食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌等という１１種類の癌を検出する方法を提供する。
【0039】
本願の１つの具体的な実施形態において、前記検出方法は、ハイブリダイゼーションによる捕捉方式を採用してｃｆＤＮＡを濃縮し、かつＮＧＳ技術を用いて癌に密接に関連するメチル化部位を検出する。中国の発病率が最も高い６つの悪性腫瘍（肺癌、胃癌、結腸直腸癌、肝臓癌、乳癌及び食道癌）、及び悪性度が極めて高い膵臓癌を網羅する。また、他の３種類の女性腫瘍及び男性腫瘍（子宮頸癌、卵巣癌、子宮内膜癌、及び前立腺癌）を含む。最後に、検出された血漿ｃｆＤＮＡにおける遺伝子メチル化の変化レベルに基づいて、多重癌の早期スクリーニング及び早期診断に情報を提供する。
【0040】
本願は、また、前記キットを利用して上記１１種類の癌のメチル化レベルの変化を同時に検出する方法も提供する。
【0041】
具体的には、本願は、被験者の１１種類の癌のインビトロ検出方法に関し、この方法は、被験者サンプルを採取するステップと、前記サンプルにおけるＤＮＡを抽出し精製するステップと、精製されたＤＮＡサンプルに対して配列決定用のＤＮＡライブラリーを構築するステップと、前記構築されたＤＮＡライブラリーを重亜硫酸塩で変換するステップと、プレＰＣＲにより前記重亜硫酸塩で変換されたＤＮＡライブラリーを増幅するステップと、プローブ組成物を利用してプレＰＣＲにより増幅されたサンプルに対してハイブリダイゼーションによる捕捉を行うステップと、ＰＣＲを利用してハイブリダイゼーションにより捕捉された生成物を増幅するステップと、ＰＣＲ増幅後のハイブリダイゼーションにより捕捉された生成物に対してハイスループット次世代配列決定を行うステップと、配列決定データを分析し、サンプルのメチル化レベルを決定するステップと、前記サンプルのメチル化レベルに基づいて前記患者の罹患状況を判読するステップとを含む。
【0042】
具体的には、前記被験者は癌がかかる疑いがある。具体的には、採取された被験者サンプルは、血漿サンプルである。具体的には、前記変換は、重亜硫酸塩処理を用いる。
【0043】
具体的には、前記プローブ組成物は、汎癌特異的領域を標的とする２つのプローブと、癌特異的領域を標的とするｎ個のプローブと、組織特異的領域を標的とするｍ個のプローブとを含む。前記プローブ組成物は、重亜硫酸塩で変換されたＣＧがメチル化されない前記癌特異的領域、汎癌特異的領域、及び組織特異的領域にハイブリダイズした低メチル化プローブと、重亜硫酸塩で変換されたＣＧ全体がメチル化された前記癌特異的領域、汎癌特異的領域、及び組織特異的領域とハイブリダイズする高メチル化プローブとを含む。前記プローブ組成物における各プローブの長さは、４０～６０ｂｐである。例えば、前記プローブ組成物における各プローブの長さは、４５～５６ｂｐであり、好ましくは、５０～５６ｂｐであり、さらに好ましくは、５０ｂｐである。
【0044】
具体的には、前記プローブ組成物におけるｎ個のプローブは、癌特異的領域を標的とし、ｎは、１－１９２から選択される任意の整数であり、前記癌特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１－６２のいずれかから選択される。前記プローブ組成物におけるｍ個のプローブは前記組織特異的領域を標的とし、ｍは、１－１１６から選択されるいずれかの整数であり、前記組織特異的領域は、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６５－１１７のいずれかから選択される。前記低メチル化プローブは、癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれかを含む。前記高メチル化プローブは、癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及び組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれかを含む。
【0045】
具体的には、前記判読は、（１）汎癌特異的領域データベースを比較し、かつ判読して被験者が癌に罹患しているか否かを確認するステップと、（２）癌特異的領域データベースを比較し、かつ判読して被験者が罹患している癌がいくつかの疑われる癌のうちの１種類であることを確認するステップと、（３）組織特異的領域データベースを比較し、かつ判読して被験者の癌に罹患する部位を確認するステップと、を含む。前記ステップ（１）は、前記汎癌特異的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３のメチル化レベルが５５％以上であるか否かを判断し、かつ前記汎癌特異的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４のメチル化レベルが６０％以上であるか否かを判断し、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３のメチル化レベルが５５％以上であり、かつＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４のメチル化レベルが６０％以上であると、前記患者が癌に罹患していると判読することを含む。前記ステップ（２）は、前記癌特異的領域を標的とするｎ個のプローブにおいて、ｎ１個のプローブの標的とする領域のメチル化レベルがそれぞれの閾値以上であり、かつｎ１／ｎ≧２０％であり、好ましくは、ｎ１／ｎ≧３０％であると、患者が組織特異的癌のいずれかに罹患していると判読することを含む。前記ステップ（３）は、前記組織特異的領域を標的とするｍ個のプローブのうちｍ１個のプローブの標的とする領域のメチル化レベルがそれぞれの閾値以上である場合、それぞれの閾値以上のｍ１個のプローブの標的とする組織をさらに分析し、かつ各組織の閾値以上であるプローブの個数をカウントし、患者の癌に罹患している組織が、メチル化レベルが閾値以上である、プローブの数が最も多い組織であると判読することを含む。下記表１には、各標的領域のメチル化の閾値も示される。
【0046】
【表1-1】
【0047】
【表1-2】
【0048】
【表1-3】
【0049】
【表1-4】
【0050】
【表1-5】
【0051】
【表1-6】
【0052】
【表1-7】
【0053】
【表1-8】
【0054】
【表1-9】
【0055】
【表1-10】
【0056】
【表1-11】
【0057】
【表1-12】
【0058】
【表1-13】
【0059】
【表1-14】
【0060】
【表1-15】
【0061】
【表1-16】
【0062】
【表1-17】
【0063】
【表1-18】
【0064】
【表1-19】
【0065】
【表1-20】
【0066】
【表1-21】
【0067】
【表1-22】
【0068】
【表1-23】
【0069】
【表1-24】
【0070】
【表1-25】
【0071】
【表1-26】
【0072】
【表1-27】
【0073】
【表1-28】
【0074】
【表1-29】
【0075】
【表1-30】
【実施例】
【0076】
実施例１：
図１に示すように、本願の実施フローは、具体的には以下のとおりである。
図１に示すように、本願の実施フローは、具体的には以下のとおりである。
【0077】
１．１．ｃｆＤＮＡの抽出精製
１．１．１．血漿サンプルの調製：
４℃、２０００ｇで血液サンプルを１０ｍｉｎ遠心分離し、血漿を新しい遠心分離管に移した。４℃、１６０００ｇで血漿サンプルを１０ｍｉｎ遠心分離し、使用された収集管タイプに基づいて、次のステップを実行し、本実験で使用された収集管タイプは、他である。
１．１．１．血漿サンプルの調製：
４℃、２０００ｇで血液サンプルを１０ｍｉｎ遠心分離し、血漿を新しい遠心分離管に移した。４℃、１６０００ｇで血漿サンプルを１０ｍｉｎ遠心分離し、使用された収集管タイプに基づいて、次のステップを実行し、本実験で使用された収集管タイプは、他である。
【0078】
【表2】
【0079】
１．１．２．溶解及び結合
１．１．２．１．以下の表に従って結合しようとする溶液／ビーズ混合物を用意し、その後に完全に均一に混合した。
１．１．２．１．以下の表に従って結合しようとする溶液／ビーズ混合物を用意し、その後に完全に均一に混合した。
【0080】
【表3】
【0081】
適量の体積の血漿サンプルを添加した。
１．１．２．２．血漿サンプルと結合溶液／ビーズ混合物を完全に均一に混合した。
１．１．２．３．ローティッセリで１０ｍｉｎ十分に結合し、ｃｆＤＮＡを磁気ビーズに結合した。
１．１．２．４．溶液が清澄になるまで結合管を磁気スタンドに５ｍｉｎ置き、磁気ビーズが磁気スタンドに完全に吸着された。
１．１．２．５．ピペットで上澄液を注意深く捨て、管を磁気スタンドに数分間保持し続け、ピペットで残留上澄液を除去した。
１．１．２．２．血漿サンプルと結合溶液／ビーズ混合物を完全に均一に混合した。
１．１．２．３．ローティッセリで１０ｍｉｎ十分に結合し、ｃｆＤＮＡを磁気ビーズに結合した。
１．１．２．４．溶液が清澄になるまで結合管を磁気スタンドに５ｍｉｎ置き、磁気ビーズが磁気スタンドに完全に吸着された。
１．１．２．５．ピペットで上澄液を注意深く捨て、管を磁気スタンドに数分間保持し続け、ピペットで残留上澄液を除去した。
【0082】
１．１．３．洗浄
１．１．３．１．ビーズを１ｍｌの洗浄溶液に再懸濁した。
１．１．３．２．再懸濁液を新しい吸着されない１．５ｍｌの遠心分離管に移した。結合管を残した。
１．１．３．３．ビーズ懸濁液を含有する遠心分離管を磁気スタンドに２０ｓ置いた。
１．１．３．４．分離して得られた上澄液を、洗浄結合管から吸い出し、洗浄後の残留ビーズを再懸濁液に再収集し、溶解／結合管を捨てた。
１．１．３．５．溶液が清澄になり、ビーズが磁気スタンドに凝集するまで管を磁気スタンドに２ｍｉｎ置き、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．６．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留した液体をできるだけ除去した。
１．１．３．７．管を磁気スタンドから取り外し、１ｍｌの洗浄溶液を添加し、３０ｓボルテックスした。
１．１．３．８．溶液が清澄になり、ビーズが磁気スタンドに凝集するまで磁気スタンドに２ｍｉｎに置き、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．９．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留液体を完全に除去した。
１．１．３．１０．管を磁気スタンドから取り外し、１ｍｌの８０％のエタノールを添加し、３０ｓボルテックスした。
１．１．３．１１．磁気スタンドに２ｍｉｎ置き、溶液が清澄になり、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．１２．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留液体を除去した。
１．１．３．１３．８０％のエタノールで上記１．１．３．１０．－１．１．３．１２．のステップを１回繰り返し、上澄液をできるだけ除去した。
１．１．３．１４．管を磁気スタンドに残し、空気にビーズを３～５分間乾燥させた。
１．１．３．１．ビーズを１ｍｌの洗浄溶液に再懸濁した。
１．１．３．２．再懸濁液を新しい吸着されない１．５ｍｌの遠心分離管に移した。結合管を残した。
１．１．３．３．ビーズ懸濁液を含有する遠心分離管を磁気スタンドに２０ｓ置いた。
１．１．３．４．分離して得られた上澄液を、洗浄結合管から吸い出し、洗浄後の残留ビーズを再懸濁液に再収集し、溶解／結合管を捨てた。
１．１．３．５．溶液が清澄になり、ビーズが磁気スタンドに凝集するまで管を磁気スタンドに２ｍｉｎ置き、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．６．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留した液体をできるだけ除去した。
１．１．３．７．管を磁気スタンドから取り外し、１ｍｌの洗浄溶液を添加し、３０ｓボルテックスした。
１．１．３．８．溶液が清澄になり、ビーズが磁気スタンドに凝集するまで磁気スタンドに２ｍｉｎに置き、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．９．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留液体を完全に除去した。
１．１．３．１０．管を磁気スタンドから取り外し、１ｍｌの８０％のエタノールを添加し、３０ｓボルテックスした。
１．１．３．１１．磁気スタンドに２ｍｉｎ置き、溶液が清澄になり、１ｍｌのピペットで上澄液を除去した。
１．１．３．１２．管を磁気スタンドに残し、２００μＬのピペットで残留液体を除去した。
１．１．３．１３．８０％のエタノールで上記１．１．３．１０．－１．１．３．１２．のステップを１回繰り返し、上澄液をできるだけ除去した。
１．１．３．１４．管を磁気スタンドに残し、空気にビーズを３～５分間乾燥させた。
【0083】
１．１．４．ｃｆＤＮＡの溶離
１．１．４．１．下記表に従って溶離液を加えた。
１．１．４．１．下記表に従って溶離液を加えた。
【0084】
【表4】
【0085】
１．１．４．２．５ｍｉｎボルテックスし、磁気スタンドに２ｍｉｎ置き、溶液が清澄になり、上澄液中のｃｆＤＮＡを吸い取った。
１．１．４．３．精製されたｃｆＤＮＡを直ちに使用し、又は上澄液を新しい遠心分離管に移し、－２０℃で保存した。
１．１．４．３．精製されたｃｆＤＮＡを直ちに使用し、又は上澄液を新しい遠心分離管に移し、－２０℃で保存した。
【0086】
１．２．ｇＤＮＡの断片化及び精製：
１．２．１．Ｑｕｂｉｔ濃度に応じて、２μｇのｇＤＮＡに、水を添加して１２５μｌまで補充し、ｃｏｖａｒｉｓの１３０μｌの断片化管に加え、プログラムを、５０Ｗ、２０％、２００サイクル、２５０ｓに設定した。
１．２．１．Ｑｕｂｉｔ濃度に応じて、２μｇのｇＤＮＡに、水を添加して１２５μｌまで補充し、ｃｏｖａｒｉｓの１３０μｌの断片化管に加え、プログラムを、５０Ｗ、２０％、２００サイクル、２５０ｓに設定した。
【0087】
１．２．２．断片化が終了した後に１μｌのサンプルに対してＡｇｉｌｅｎｔ２１００を用いて断片を検出し、正常に断片化した後に、サンプルの検出メインピークは、約１５０ｂｐ－２００ｂｐであった。
ｃｆＤＮＡサンプルについて、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００で、断片検出を行い、直接的にＱｕｂｉｔを行って後続の実験のために用意した。
ｃｆＤＮＡサンプルについて、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００で、断片検出を行い、直接的にＱｕｂｉｔを行って後続の実験のために用意した。
【0088】
１．３．末端修復、３’端への「Ａ」テイル化。
１．３．１．２０ｎｇの断片化されたｇＤＮＡ又はｃｆＤＮＡをＰＣＲチューブに入れ、ヌクレアーゼフリー水を５０μｌになるまで加え、以下の試薬を加え、ボルテックスして均一に混合した。
１．３．１．２０ｎｇの断片化されたｇＤＮＡ又はｃｆＤＮＡをＰＣＲチューブに入れ、ヌクレアーゼフリー水を５０μｌになるまで加え、以下の試薬を加え、ボルテックスして均一に混合した。
【0089】
【表5】
【0090】
１．３．２．以下のプログラムを設定してＰＣＲ機器で反応を行った：ホットリッド温度８５℃。
【0091】
【表6】
【0092】
１．４．リンカー連結及び精製：
１．４．１．以下の表を参照してリンカーを適切な濃度に予め希釈した。
１．４．１．以下の表を参照してリンカーを適切な濃度に予め希釈した。
【0093】
【表7】
【0094】
１．４．２．以下の表に従って以下の試薬を調製し、軽くピペッティングして均一に混合し、短時間遠心分離した。
【0095】
【表8】
【0096】
１．４．３．以下のプログラムを設定してＰＣＲ機器で反応を行った：ホットリッドなし。
【0097】
【表9】
【0098】
１．４．４．以下の系に従って、精製された磁気ビーズを加えて実験を行った（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ磁気ビーズを事前に室温にして振盪し均一に混合して使用に備える）。
【0099】
【表10】
【0100】
１．４．４．１．軽くピペッティングして６回均一に混合した。
１．４．４．２．室温で５－１５ｍｉｎ静置してインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．４．４．３．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した。
１．４．４．４．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した（１０μｌのピペットを用いて底部に残留するエタノール溶液を除去することを薦める）。
１．４．４．５．室温で３－５ｍｉｎ静置し、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．４．４．６．２２μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、ＰＣＲチューブを磁気スタンドから取り外し、軽くピペッティングし磁気ビーズを再懸濁し、気泡の生成を回避し、室温で２ｍｉｎ静置した。
１．４．４．７．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．４．４．８．ピペットで２０μｌの上澄液を吸引し、新しいＰＣＲチューブに移した。
１．４．４．２．室温で５－１５ｍｉｎ静置してインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．４．４．３．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した。
１．４．４．４．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した（１０μｌのピペットを用いて底部に残留するエタノール溶液を除去することを薦める）。
１．４．４．５．室温で３－５ｍｉｎ静置し、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．４．４．６．２２μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、ＰＣＲチューブを磁気スタンドから取り外し、軽くピペッティングし磁気ビーズを再懸濁し、気泡の生成を回避し、室温で２ｍｉｎ静置した。
１．４．４．７．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．４．４．８．ピペットで２０μｌの上澄液を吸引し、新しいＰＣＲチューブに移した。
【0101】
１．５重亜硫酸塩処理及び精製：
１．５．１．必要な試薬を予め取り出し、かつ溶解した。以下の表に基づいて各試薬を加えた。
１．５．１．必要な試薬を予め取り出し、かつ溶解した。以下の表に基づいて各試薬を加えた。
【0102】
【表11】
【0103】
１．５．２．ＤＮＡ保護緩衝液に液体を加えると青色になった。軽くピペッティングして均一に混合し、次に２つの管に分けてＰＣＲ機器に置いた。
１．５．３．以下のプログラムを設定し、かつ実行した：ホットリッド１０５℃。
１．５．３．以下のプログラムを設定し、かつ実行した：ホットリッド１０５℃。
【0104】
【表12】
【0105】
１．５．４．短時間で遠心分離して２つの管の同じサンプルを同一のきれいな１．５ｍｌの遠心分離管に合わせた。
１．５．５．各サンプルに３１０μｌの緩衝液ＢＬを加え（サンプル量が１００ｎｇよりも少ないと、１μｌのキャリアＲＮＡ（１μｇ／μｌ）を加える）、ボルテックスし均一に混合し、短時間で遠心分離した。
１．５．６．２５０μｌの無水エタノールを各サンプルに加え、１５ｓボルテックスし均一に混合し、短時間で遠心分離し、混合液を準備された対応するスピンカラムに入れた。
１．５．７．１ｍｉｎ静置し、１ｍｉｎ遠心分離し、収集管内の液体をスピンカラムに改めて移し、１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離管の液体を捨てた。
１．５．８．５００μｌの緩衝液ＢＷを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、１ｍｉｎ遠心分離し、廃液を捨てた。
１．５．９．５００μｌの緩衝液ＢＤを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、管にキャップを付けて、室温で１５ｍｉｎ放置した。１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離後の液体を捨てた。
１．５．１０．５００μｌの緩衝液ＢＷを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離後の液体を捨て、１回繰り返し、合計２回であった。
１．５．１１．２５０μｌの無水エタノールを加え、１ｍｉｎ遠心分離し、スピンカラムを新しい２ｍｌの収集管に置き、全ての残りの液体を捨てた。
１．５．１２．スピンカラムをきれいな１．５ｍｌの遠心分離管に置き、２０μｌのヌクレアーゼフリー水をスピンカラム膜の中央に加え、管にキャップを軽く付けて、室温で１ｍｉｎ放置し、１ｍｉｎ遠心分離した。
１．５．１３．収集管中の液体をスピンカラムに改めて移し、室温で１ｍｉｎ置き、１ｍｉｎ遠心分離した。
１．５．５．各サンプルに３１０μｌの緩衝液ＢＬを加え（サンプル量が１００ｎｇよりも少ないと、１μｌのキャリアＲＮＡ（１μｇ／μｌ）を加える）、ボルテックスし均一に混合し、短時間で遠心分離した。
１．５．６．２５０μｌの無水エタノールを各サンプルに加え、１５ｓボルテックスし均一に混合し、短時間で遠心分離し、混合液を準備された対応するスピンカラムに入れた。
１．５．７．１ｍｉｎ静置し、１ｍｉｎ遠心分離し、収集管内の液体をスピンカラムに改めて移し、１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離管の液体を捨てた。
１．５．８．５００μｌの緩衝液ＢＷを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、１ｍｉｎ遠心分離し、廃液を捨てた。
１．５．９．５００μｌの緩衝液ＢＤを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、管にキャップを付けて、室温で１５ｍｉｎ放置した。１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離後の液体を捨てた。
１．５．１０．５００μｌの緩衝液ＢＷを加え（無水エタノールを添加するか否かに気をつける）、１ｍｉｎ遠心分離し、遠心分離後の液体を捨て、１回繰り返し、合計２回であった。
１．５．１１．２５０μｌの無水エタノールを加え、１ｍｉｎ遠心分離し、スピンカラムを新しい２ｍｌの収集管に置き、全ての残りの液体を捨てた。
１．５．１２．スピンカラムをきれいな１．５ｍｌの遠心分離管に置き、２０μｌのヌクレアーゼフリー水をスピンカラム膜の中央に加え、管にキャップを軽く付けて、室温で１ｍｉｎ放置し、１ｍｉｎ遠心分離した。
１．５．１３．収集管中の液体をスピンカラムに改めて移し、室温で１ｍｉｎ置き、１ｍｉｎ遠心分離した。
【0106】
１．６．ハイブリダイゼーション前のプレ増幅及び精製：
１．６．１．以下の表に従って反応系を調製し、ピペッティングして均一に混合し、短時間で遠心分離した。
１．６．１．以下の表に従って反応系を調製し、ピペッティングして均一に混合し、短時間で遠心分離した。
【0107】
【表13】
【0108】
１．６．２．以下のプログラムを設定してＰＣＲプログラムを起動した：ホットリッド１０５℃。
【0109】
【表14】
【0110】
１．６．３．ＰＣＲサイクル数は、投入されたＤＮＡの量に応じて調整され、基準データは、以下のように示された。
【0111】
【表15】
【0112】
１．６．４．反応終了後のＰＣＲチューブに５０μｌのＡｇｅｎｃｏｕｒｔ ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ磁気ビーズを加え、気泡の生成を避けるように、ピペットでピペッティングして均一に混合した（事前にＡｇｅｎｃｏｕｒｔ ＡＭＰｕｒｅ ＸＰを室温で均一に混合してバランスした）。
１．６．５．室温で５－１５ｍｉｎインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．６．６．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を添加し、３０ｓ静置した。
１．６．７．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した（１０μｌのピペットを用いて底部に残留するエタノール溶液を除去することを薦める）。
１．６．８．室温で５ｍｉｎ静置し、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．６．９．３０μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、遠心分離管を磁気スタンドから取り外し、ピペットを使用し、軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁した。
１．６．１０．室温で２ｍｉｎ静置し、２００μｌのＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．６．１１．ピペットで上澄液を新しい２００μｌのＰＣＲチューブに移し（アイスボックスに置き）、反応管にサンプル番号をマーク付けし、次の反応に備える。
１．６．１２．１μｌのサンプルを取ってＱｕｂｉｔを用いてライブラリー濃度測定を行い、ライブラリー濃度を記録した。
１．６．１３．１μｌのサンプルに対してアジレント２１００を用いてライブラリー断片の長さを測定し、ライブラリーの長さは、約２７０ｂｐ－３２０ｂｐの間にあった。
１．６．５．室温で５－１５ｍｉｎインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．６．６．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を添加し、３０ｓ静置した。
１．６．７．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノール溶液を加え、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した（１０μｌのピペットを用いて底部に残留するエタノール溶液を除去することを薦める）。
１．６．８．室温で５ｍｉｎ静置し、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．６．９．３０μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、遠心分離管を磁気スタンドから取り外し、ピペットを使用し、軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁した。
１．６．１０．室温で２ｍｉｎ静置し、２００μｌのＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．６．１１．ピペットで上澄液を新しい２００μｌのＰＣＲチューブに移し（アイスボックスに置き）、反応管にサンプル番号をマーク付けし、次の反応に備える。
１．６．１２．１μｌのサンプルを取ってＱｕｂｉｔを用いてライブラリー濃度測定を行い、ライブラリー濃度を記録した。
１．６．１３．１μｌのサンプルに対してアジレント２１００を用いてライブラリー断片の長さを測定し、ライブラリーの長さは、約２７０ｂｐ－３２０ｂｐの間にあった。
【0113】
１．７．サンプルとプローブとのハイブリダイゼーション：
１．７．１．以下の体系に応じてサンプルライブラリーと様々なＨｙｂブロッカーを均一に混合し、Ｂと表記した：
１．７．１．以下の体系に応じてサンプルライブラリーと様々なＨｙｂブロッカーを均一に混合し、Ｂと表記した：
【0114】
【表16】
【0115】
１．７．２．準備されたサンプルとＨｙｂブロッカーの混合物を真空濃縮遠心分離機に入れ、ＰＣＲチューブキャップを開き、遠心分離機を起動し、真空ポンプスイッチを開き、濃縮を開始した。
１．７．３．吸引され乾燥したサンプルを改めて約９μｌのヌクレアーゼフリー水に溶解し、全体積が１０μｌであり、軽くピペッティングして均一に混合し、短時間で遠心分離した後に氷に置いて使用に備え、Ｂと表記した。
１．７．４．Ｈｙｂ緩衝液を室温で融解し、融解した後に沈殿が出て、均一に混合した後に６５℃の水浴槽内に置いて予熱し、完全に溶解した後（沈殿及び濁りがない）、２０μｌのＨｙｂ緩衝液を新しい２００μｌのＰＣＲチューブ内に置き、チューブにキャップを付けて、Ａと表記し、６５℃の水浴槽内に置き続けてインキュベートして使用に備えた。
１．７．３．吸引され乾燥したサンプルを改めて約９μｌのヌクレアーゼフリー水に溶解し、全体積が１０μｌであり、軽くピペッティングして均一に混合し、短時間で遠心分離した後に氷に置いて使用に備え、Ｂと表記した。
１．７．４．Ｈｙｂ緩衝液を室温で融解し、融解した後に沈殿が出て、均一に混合した後に６５℃の水浴槽内に置いて予熱し、完全に溶解した後（沈殿及び濁りがない）、２０μｌのＨｙｂ緩衝液を新しい２００μｌのＰＣＲチューブ内に置き、チューブにキャップを付けて、Ａと表記し、６５℃の水浴槽内に置き続けてインキュベートして使用に備えた。
【0116】
１．７．５．ｉＧｅｎｅＴｅｃｈ Ｂｉｏｔｅｃｈ（北京）有限公司により、以下の低メチル化プローブを合成した。
ａ）癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、ｂ）汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及びｃ）組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれか。
かつ、以下の高メチル化プローブを合成した。
ｄ）癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、ｅ）汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及びｆ）組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれか。
かつ、ａ：ｂ：ｃ：ｄ：ｅ：ｆ＝１：１：１：１：１：１の比率でプローブ組成物を調製した。
ａ）癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１８－２１４のいずれか、ｂ）汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１５－２１６のいずれか、及びｃ）組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２１７－２７４のいずれか。
かつ、以下の高メチル化プローブを合成した。
ｄ）癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．２７５－３７１のいずれか、ｅ）汎癌特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７２－３７３のいずれか、及びｆ）組織特異的領域を標的とするプローブＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．３７４－４３１のいずれか。
かつ、ａ：ｂ：ｃ：ｄ：ｅ：ｆ＝１：１：１：１：１：１の比率でプローブ組成物を調製した。
【0117】
１．７．６．５μｌのＲＮａｓｅブロッカーと２μｌのプローブ組成物を２００μｌのＰＣＲチューブ内に置き、軽くピペッティングして均一に混合し、短時間で遠心分離した後に氷に置いて使用に備え、Ｃと表記した。
１．７．７．ＰＣＲ機器パラメータを、ホットリッド１００℃、９５℃、５ｍｉｎ、６５℃で保持するように設定した。
１．７．８．ＰＣＲチューブＢをＰＣＲ機器に置き、以上のプログラムを実行した。
１．７．９．ＰＣＲ機器の温度が６５℃に低下する時、ＰＣＲチューブＡをＰＣＲ機器に置いてインキュベートし、ＰＣＲ機器のホットリッドをつけた。
１．７．１０．５ｍｉｎ後、ＣをＰＣＲに置いてインキュベートし、ＰＣＲ機器のホットリッドを付けた。
１．７．１１．ＰＣＲチューブＣをＰＣＲ機器に２ｍｉｎ置いた後、ピペットを１３μｌに調整し、ＰＣＲチューブＡから１３μｌのＨｙｂ緩衝液を吸引してＰＣＲチューブＣに移し、全てのＰＣＲチューブＢ内のサンプルを吸い取ってＰＣＲチューブＣに移し、１０回軽くピペッティングし、十分に均一に混合し、大量の気泡の生成を回避し、チューブキャップを密封し、ＰＣＲ機器にホットリッドをし、６５℃で（１６－２４ｈ）一晩インキュベートした。
１．７．７．ＰＣＲ機器パラメータを、ホットリッド１００℃、９５℃、５ｍｉｎ、６５℃で保持するように設定した。
１．７．８．ＰＣＲチューブＢをＰＣＲ機器に置き、以上のプログラムを実行した。
１．７．９．ＰＣＲ機器の温度が６５℃に低下する時、ＰＣＲチューブＡをＰＣＲ機器に置いてインキュベートし、ＰＣＲ機器のホットリッドをつけた。
１．７．１０．５ｍｉｎ後、ＣをＰＣＲに置いてインキュベートし、ＰＣＲ機器のホットリッドを付けた。
１．７．１１．ＰＣＲチューブＣをＰＣＲ機器に２ｍｉｎ置いた後、ピペットを１３μｌに調整し、ＰＣＲチューブＡから１３μｌのＨｙｂ緩衝液を吸引してＰＣＲチューブＣに移し、全てのＰＣＲチューブＢ内のサンプルを吸い取ってＰＣＲチューブＣに移し、１０回軽くピペッティングし、十分に均一に混合し、大量の気泡の生成を回避し、チューブキャップを密封し、ＰＣＲ機器にホットリッドをし、６５℃で（１６－２４ｈ）一晩インキュベートした。
【0118】
１．８．標的領域ＤＮＡライブラリーの捕捉：
１．８．１．磁気ビーズを捕捉する準備
１．８．１．１．磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ ＭｙＯｎｅ Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ Ｔ１磁気ビーズ）を４℃で取り出し、ボルテックスし振盪し再懸濁した。
１．８．１．２．５０μｌの磁気ビーズを新しいＰＣＲチューブ内に置き、磁気スタンドに１ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．１．３．磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り外し、２００μＬの結合緩衝液を加えて複数回軽くピペッティングして均一に混合し、磁気ビーズを再懸濁した。
１．８．１．４．磁気スタンドに１ｍｉｎ置き、上澄液を除去した。
１．８．１．５．ステップ３－４を２回繰り返し、磁気ビーズを計３回洗浄した。
１．８．１．６．磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り出し、２００μＬの結合緩衝液を加えて６回軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁して使用に備えた。
１．８．１．磁気ビーズを捕捉する準備
１．８．１．１．磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ ＭｙＯｎｅ Ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ Ｔ１磁気ビーズ）を４℃で取り出し、ボルテックスし振盪し再懸濁した。
１．８．１．２．５０μｌの磁気ビーズを新しいＰＣＲチューブ内に置き、磁気スタンドに１ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．１．３．磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り外し、２００μＬの結合緩衝液を加えて複数回軽くピペッティングして均一に混合し、磁気ビーズを再懸濁した。
１．８．１．４．磁気スタンドに１ｍｉｎ置き、上澄液を除去した。
１．８．１．５．ステップ３－４を２回繰り返し、磁気ビーズを計３回洗浄した。
１．８．１．６．磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り出し、２００μＬの結合緩衝液を加えて６回軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁して使用に備えた。
【0119】
１．８．２．標的ＤＮＡライブラリーの捕捉
１．８．２．１．ハイブリダイゼーション生成物ＰＣＲチューブＣをＰＣＲ機器に保持し、準備された２００μＬの捕捉用磁気ビーズをハイブリダイゼーション後の生成物ＰＣＲチューブＣに加え、ピペットで６回ピペッティングして均一に混合し、ローティッセリに置いて室温で３０ｍｉｎ結合した（回転速度は、好ましくは１０回転／ｍｉｎ以下である）。
１．８．２．２．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．２．３．ＰＣＲチューブＣ内に２００μＬの洗浄緩衝液１を加え、６回軽くピペッティングして均一に混合し、ローティッセリに置いて１５ｍｉｎ洗浄し（回転速度は、好ましくは１０回転／ｍｉｎ以下である）、次に短時間で遠心分離し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．２．４．２００μｌの６５℃で予熱した洗浄緩衝液２を加え、６回軽くピペッティングして均一に混合し、ミキサーに置いて６５℃で１０ｍｉｎインキュベートし、８００回転／ｍｉｎの回転速度で洗浄した。
１．８．２．５．短時間で遠心分離し、ＰＣＲチューブを磁気スタンド上に２ｍｉｎ置いて、上澄液を除去した。洗浄緩衝液２を用いて洗浄を２回繰り返し、合計３回であった。最後に洗浄緩衝液２を完全に除去した。
１．８．２．６．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノールを添加し、３０ｓ静置した後にエタノール溶液を完全に除去し、室温で２ｍｉｎ乾燥させた。
１．８．２．７．ＰＣＲチューブに３０μＬのヌクレアーゼフリー水を加え、磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り外し、６回軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁して使用に備えた。
１．８．２．１．ハイブリダイゼーション生成物ＰＣＲチューブＣをＰＣＲ機器に保持し、準備された２００μＬの捕捉用磁気ビーズをハイブリダイゼーション後の生成物ＰＣＲチューブＣに加え、ピペットで６回ピペッティングして均一に混合し、ローティッセリに置いて室温で３０ｍｉｎ結合した（回転速度は、好ましくは１０回転／ｍｉｎ以下である）。
１．８．２．２．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．２．３．ＰＣＲチューブＣ内に２００μＬの洗浄緩衝液１を加え、６回軽くピペッティングして均一に混合し、ローティッセリに置いて１５ｍｉｎ洗浄し（回転速度は、好ましくは１０回転／ｍｉｎ以下である）、次に短時間で遠心分離し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化し、上澄液を除去した。
１．８．２．４．２００μｌの６５℃で予熱した洗浄緩衝液２を加え、６回軽くピペッティングして均一に混合し、ミキサーに置いて６５℃で１０ｍｉｎインキュベートし、８００回転／ｍｉｎの回転速度で洗浄した。
１．８．２．５．短時間で遠心分離し、ＰＣＲチューブを磁気スタンド上に２ｍｉｎ置いて、上澄液を除去した。洗浄緩衝液２を用いて洗浄を２回繰り返し、合計３回であった。最後に洗浄緩衝液２を完全に除去した。
１．８．２．６．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、ＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％のエタノールを添加し、３０ｓ静置した後にエタノール溶液を完全に除去し、室温で２ｍｉｎ乾燥させた。
１．８．２．７．ＰＣＲチューブに３０μＬのヌクレアーゼフリー水を加え、磁気スタンドからＰＣＲチューブを取り外し、６回軽くピペッティングして磁気ビーズを再懸濁して使用に備えた。
【0120】
１．９．捕捉後の増幅及び精製
１．９．１．以下の表に基づいて反応系を調製して捕捉ライブラリーの濃縮を行い、軽くピペッティングして均一に混合した後、短時間で遠心分離した。
１．９．１．以下の表に基づいて反応系を調製して捕捉ライブラリーの濃縮を行い、軽くピペッティングして均一に混合した後、短時間で遠心分離した。
【0121】
【表17】
【0122】
１．９．２．以下のプログラムを設定し、サンプルをＰＣＲ機器に置き、プログラムを実行する：ホットリッド１０５℃。
【0123】
【表18】
【0124】
１．９．３．ＰＣＲが終了した後にサンプルに５５μｌのＡｇｅｎｃｏｕｒｔ ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ磁気ビーズを加え、ピペットで軽くピペッティングして均一に混合した。
１．９．４．室温で５ｍｉｎインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．９．５．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、２００μｌの８０％の無水エタノールを加え、３０ｓ静置した。
１．９．６．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％の無水エタノールを添加し、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した。
１．９．７．室温で５ｍｉｎ放置することにより、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．９．８．２５μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、ＰＣＲチューブを磁気スタンドから取り外し、軽くピペッティングして均一に混合して磁気ビーズを再懸濁し、室温で２ｍｉｎ置いた。
１．９．９．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．９．１０．ピペットで２３μｌの上澄液を吸い取って１．５ｍｌの遠心分離管に移し、サンプル情報を付けた。
１．９．１１．１μｌのライブラリーを取ってＱｕｂｉｔを用いて定量し、ライブラリー濃度を記録した。
１．９．１２．サンプルを１μｌ取り、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００を用いてライブラリー断片の長さを測定した。
１．９．１３．Ｉｌｌｕｍｉｎａハイスループット配列決定プラットフォームを用いて配列決定を行った。
１．９．４．室温で５ｍｉｎインキュベートし、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに３ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．９．５．上澄液を除去し、ＰＣＲチューブを磁気スタンドに置き続け、２００μｌの８０％の無水エタノールを加え、３０ｓ静置した。
１．９．６．上澄液を除去し、次にＰＣＲチューブ内に２００μｌの８０％の無水エタノールを添加し、３０ｓ静置した後に上澄液を完全に除去した。
１．９．７．室温で５ｍｉｎ放置することにより、残留エタノールを完全に揮発させた。
１．９．８．２５μｌのヌクレアーゼフリー水を加え、ＰＣＲチューブを磁気スタンドから取り外し、軽くピペッティングして均一に混合して磁気ビーズを再懸濁し、室温で２ｍｉｎ置いた。
１．９．９．ＰＣＲチューブを磁気スタンドに２ｍｉｎ置いて溶液を清澄化した。
１．９．１０．ピペットで２３μｌの上澄液を吸い取って１．５ｍｌの遠心分離管に移し、サンプル情報を付けた。
１．９．１１．１μｌのライブラリーを取ってＱｕｂｉｔを用いて定量し、ライブラリー濃度を記録した。
１．９．１２．サンプルを１μｌ取り、Ａｇｉｌｅｎｔ２１００を用いてライブラリー断片の長さを測定した。
１．９．１３．Ｉｌｌｕｍｉｎａハイスループット配列決定プラットフォームを用いて配列決定を行った。
【0125】
１．１０．メチル化生体情報の分析フローとして、一般的に、ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ等の品質制御ソフトウェアを使用して配列決定品質をチェックし、低品質のリードを除去し、その後にＢｉｓｍａｒｋｅｒ等の比較ソフトウェアを用いて品質制御後のクリーンなデータを参照ゲノムと照合し、ｍｅｔｈｙｋｉｔ等のＲパッケージを用いて対応するメチル化部位を抽出した。最後に、Ｐａｎｅｌ上の各標的領域のメチル化比率を算出した。
【0126】
実施例２
病理学的に評価されたサンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表１９に示すとおりである（表１９は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
病理学的に評価されたサンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、Ｉｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表１９に示すとおりである（表１９は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0127】
【表19-1】
【0128】
【表19-2】
【0129】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＯＴＸ１、ＳＦＲＰ２、ＣＤＯ１、ＴＲＩＭ１５、ＡＬＸ４、ＣＣＮＡ１のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表１９に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表１９におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、胃組織特異性の６つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８１、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８２、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９７、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９８、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１００がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、胃組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが胃癌に罹患しているサンプルであると判断する。
該患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
該患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0130】
実施例３
結腸直腸癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２０に示すとおりである（表２０は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
結腸直腸癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２０に示すとおりである（表２０は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0131】
【表20-1】
【0132】
【表20-2】
【0133】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＴＲＨ、ＣＤＯ１、ＥＬＭＯ１、ＧＦＲＡ１、ＣＣＮＡ１、ＳＡＬＬ１のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２０に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２０におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、結腸直腸組織特異性の６つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６３、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６４、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８７、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８８、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８９、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９０がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、結腸直腸組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが結腸直腸癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0134】
実施例４
肺癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２１に示すとおりである（表２１は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
肺癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２１に示すとおりである（表２１は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0135】
【表21】
【0136】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＲＵＮＸ３、ＡＰＣ、ＨＯＸＡ１１ ＡＳ、ＰＨＯＸ２Ａ、ＧＡＬＲ１のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２１に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２１におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、肺臓組織特異性の５つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７１、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７２、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７６、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９１及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．９２がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、肺臓組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが肺癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0137】
実施例５
肝臓癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２２に示すとおりである（表２２は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
肝臓癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２２に示すとおりである（表２２は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0138】
【表22】
【0139】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＲＡＳＳＦ１、ＡＰＣ、ＴＲＩＭ１５、ＨＯＸＡ１１ ＡＳ、ＣＣＮＤ２のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２２に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２２におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、肝組織特異性の２つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７３及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７４がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、肝組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが肝臓癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0140】
実施例６
食道癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２３に示すとおりである（表２３は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
食道癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２３に示すとおりである（表２３は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0141】
【表23】
【0142】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＣＰＥ、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＴＲＨ、Ｃ１１ｏｒｆ２１、ＥＤＮＲＢのメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２３に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２３におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、食道組織特異性の４つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６６、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．６７、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７９及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８０がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、食道組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが食道癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0143】
実施例７
膵臓癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２４に示すとおりである（表２４は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
膵臓癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２４に示すとおりである（表２４は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0144】
【表24-1】
【0145】
【表24-2】
【0146】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＨＯＰＸ、ＳＦＲＰ２、ＧＦＲＡ１、ＨＯＸＢ４、ＳＡＬＬ１のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２４に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２４におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、膵臓組織特異性の５つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１１、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１２、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１３、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１４及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．１１５がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、膵臓組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが膵臓癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0147】
実施例８
乳癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２５に示すとおりである（表２５は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
乳癌サンプルを一例として、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、かつＩｌｌｕｍｉｎａプラットフォームにより配列決定する。配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、メチル化レベルを得て、結果は、以下の表２５に示すとおりである（表２５は、検出されたメチル化閾値以上の標的領域を示す）。
【0148】
【表25】
【0149】
検出サンプルに対してパターン認識分類同定を行い、まず、汎癌特異的マーカーＴＢＸ１５及びＣＲＹＧＤ遺伝子のメチル化レベルが５５％及び６０％以上であることを判読すると、該サンプルが、癌に罹患しているサンプルであると予備的に判断し、次に、癌特異的マーカーＴＲＩＭ１５、ＲＵＮＸ３、ＴＦＡＰ２Ｅ、ＲＡＳＳＦ１、ＳＦＲＰ２、ＣＣＮＤ２のメチル化レベルがいずれも表１に示されたそれぞれの閾値以上である（上記表２５に示すとおりである）と判読すると、該サンプルが、以下の１１種類の癌（食道癌、胃癌、結腸直腸癌、肺癌、肝臓癌、膵臓癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌及び子宮内膜癌）における任意の癌に罹患しているサンプルであると判断し、最後に、組織特異的マーカーを判読し、表２５におけるそれぞれの閾値以上の標的領域に基づいて、乳腺組織特異性の３つの標的領域Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．７８、Ｓｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８５及びＳｅｑ ＩＤ Ｎｏ．８６がそれぞれのメチル化レベルの閾値以上であり、他の組織特異的マーカーのメチル化がそのそれぞれの閾値以上ではないことが分かり、したがって、それぞれのメチル化閾値以上の組織特異的マーカーにおいて、乳腺組織特異的マーカーが最も多い場合、最終的に、該サンプルが乳癌に罹患しているサンプルであると判断する。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
患者は、術後４８時間後に、再び採血し、本願のＰａｎｅｌ検出を採用し、実施例１の方法で末梢血を採取する。ライブラリーを構築し、配列決定し、配列決定データは、上記生体情報の分析フローにより処理され、パターン認識の方法で、全ての配列決定データを分析し、結果は、上記表における遺伝子メチル化レベルが正常なレベルに復帰することを示す。
【0150】
当業者にとって、以上の技術的解決手段及び構想に基づいて、様々な対応する変更及び変形を行うことができ、全てのこれらの変更及び変形はいずれも本願の請求項の保護範囲内に含まれるべきである。
【図1】
【配列表】