特許 7514918 菌株、及び、単一細胞タンパク質又はバイオマス生産のための方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2024-07-03

(45)【発行日】2024-07-11

(54)【発明の名称】菌株、及び、単一細胞タンパク質又はバイオマス生産のための方法

(51)【国際特許分類】

   C12N 1/20 20060101AFI20240704BHJP

   C12P 1/04 20060101ALI20240704BHJP

   C12P 21/00 20060101ALI20240704BHJP

   A23L 33/195 20160101ALN20240704BHJP

   C12R 1/01 20060101ALN20240704BHJP

【ＦＩ】

C12N1/20 A ZNA

C12P1/04 Z

C12P21/00 A

C12P21/00 B

A23L33/195

C12R1:01

【請求項の数】 10

(21)【出願番号】P 2022519493

(86)(22)【出願日】2020-10-22

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2023-01-06

(86)【国際出願番号】 FI2020050699

(87)【国際公開番号】W WO2021084159

(87)【国際公開日】2021-05-06

【審査請求日】2022-05-23

(31)【優先権主張番号】19205786.7

(32)【優先日】2019-10-29

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

【微生物の受託番号】VTTCC  VTT E-193585

【前置審査】

(73)【特許権者】

【識別番号】522120255

【氏名又は名称】ソーラー フーズ オサケユイチア

(74)【代理人】

【識別番号】100145849

【弁理士】

【氏名又は名称】井澤 眞樹子

(72)【発明者】

【氏名】サミ ホルムストロエーム

(72)【発明者】

【氏名】ユハ ペッカ ピットカエーネン

【審査官】大久保 智之

(56)【参考文献】

【文献】特開昭６２－０５８９８９（ＪＰ，Ａ）

【文献】特表２０１９－５１７７７５（ＪＰ，Ａ）

【文献】国際公開第２０１８／１４４９６５（ＷＯ，Ａ１）

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ １／００－３８

Ｃ１２Ｐ ２１／００－０８

ＵｎｉＰｒｏｔ／ＧｅｎｅＳｅｑ

ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ／ＧｅｎｅＳｅｑ

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

バイオマスの生産方法であって、
単離された細菌株VTT-E-193585を培養することであって、
前記培養は、エネルギー源としての水素と無機炭素源とを用いた連続培養において細菌株を培養することを含み、前記無機炭素源は二酸化炭素を含み、
さらに、培養中に生産されたバイオマスの収穫の工程と、選択的に、バイオマスの乾燥の工程とを含む方法。

【請求項2】

前記培養での培養物における溶存酸素が、5%と10%の間に維持される請求項１に記載の方法。

【請求項3】

アンモニウム、尿素及び/又は硝酸塩が窒素源として使用される請求項１又は２に記載の方法。

【請求項4】

培養培地はミネラルを含み、
前記ミネラルは、1g/L未満の塩化物塩を含み、又は塩化物塩を含まない請求項１乃至３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項5】

前記培養培地は、ビタミン類を含まない請求項１乃至４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項6】

前記培養物のｐＨは、5.5と8.0の間に維持される請求項１乃至５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項7】

前記培養物は、25℃と40℃の間の温度で育成される請求項１乃至６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】

前記細菌株は、0.04～0.12/時間で育成される請求項１乃至７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

単離された細菌株VTT-E-193585を培養することを含み、さらに、
培養中に生産されたバイオマスの収穫の工程と、選択的に、バイオマスの乾燥の工程と、
前記バイオマスからのタンパクの単離の工程であって、タンパク質画分と非タンパク質成分を含む画分が得られる工程と、
前記タンパク質画分、又は前記非タンパク質成分を含む画分から、食品を製造するさらなる工程と、を含む食品を製造する方法。

【請求項10】

前記培養は、エネルギー源としての水素と無機炭素源とを用いた連続培養において細菌株を培養し、前記無機炭素源は二酸化炭素を含み、
アンモニウム、尿素及び/又は硝酸が窒素源として使用される請求項９に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、微生物を使用するタンパク質及び／又は他の高分子の生産に関する。特に、本発明は、ガス及びミネラルが細胞に供給される、細菌を使用してタンパク質又はバイオマスを生産するための新規の細菌株及び連続培養方法に関する。本発明は又、食べ物や飼料等のこれらの方法の製品、及び、これらの製品の使用に関する。

【背景技術】

【0002】

世界人口の増加、気候変動及び水不足は、伝統的な農業、及び、食糧と飼料の十分な供給にますます脅威をもたらしている。そのため、タンパク質などの有機分子の代替供給源が研究されている。潜在的な代替は、単一細胞生産、すなわち微生物を使用したタンパク質及び/又は他の高分子の生産である。

【0003】

エネルギー源として水素ガスを、及び、唯一の炭素源として二酸化炭素を用いた最小限のミネラル培地で増殖することができる化学合成独立栄養微生物が示されてきた。これらの微生物のレビューについては、例えば、「Shivelyetal（1998）Annu Rev Microbiol 52：191」が参照できる。特許出願WO2018144965は、ガス状基質を高タンパク質バイオマスに変換するための様々な微生物及びバイオプロセスを記載している。「Andersenetal （1979）Biochim Biophys Acta 585：1-11」は、従属栄養及び独立栄養条件下で容易に増殖する水素細菌であるAlcaligeneseutrophusの変異株について記載している。リブロース-1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ（ルビスコ）活性が変化した変異体の特質が説明されている。「Ohmiya et al. (2003) J. Biosci. Bioeng. 95:549-561」は、扱いにくいバイオマス利用への微生物遺伝子の適用を示している。「Yu Jianetal （2013）Int J Hydrogen Ener 38：8683-8690」は、水素酸化細菌分離株による二酸化炭素の固定について記載している。中程度の酸素濃度（10mol％）で、50％という高エネルギー効率が測定された。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0004】

【文献】国際公開 ＷＯ２０１８／１４４９６５号公報

【非特許文献】

【0005】

【文献】Shivelyetal（1998）Annu Rev Microbiol 52：191

【文献】Andersenetal （1979）Biochim Biophys Acta 585：1-11

【文献】Ohmiya et al. (2003) J. Biosci. Bioeng. 95:549-561

【文献】Yu Jianetal （2013）Int J Hydrogen Ener 38：8683-8690

【発明の概要】

【0006】

しかしながら、さまざまな化学合成独立栄養微生物は、増殖速度、収量、バイオマス組成、及び食品成分としての使用に関連する特性、例えば、人間の消費における安全性、味、匂い、口当たり、調理における技術的及び機能的特性等の点で異なる特性を持っている。すべての化学合成独立栄養微生物が十分な速度を持ち、十分な収量を供給するわけではなく、すべてのプロセスが経済的に実行可能なラージスケールプロセスに現実的にアップスケールできるわけではない。機能性タンパク質の十分な産生を得るために、例えば、食品や飼料の用途では、ラージスケールで大規模に実行できる適切な生産物と適切なプロセスを見出すことが重要である。このニーズは、本発明によって対処される。

【課題を解決するための手段】

【0007】

第１の主要な態様において、本発明は、単離された細菌株VTT-E-193585又はその誘導体に関する。

【0008】

さらなる態様において、本発明は、本発明の細菌株又はその誘導体を含む培養組成物に関する。さらに、本発明は、バイオマス及び／又はタンパク質の生産のための方法に関し、前記方法は、本発明の細菌株又はその誘導体を培養することを含む。

【0009】

さらなる態様において、本発明は、バイオマス及び／又はタンパク質の生産のための方法に関し、前記方法は、エネルギー源としての水素及び無機炭素源を用いて連続培養においてキサントバクター（Xanthobacter）属の細菌株を培養することを含み、前記無機炭素源は二酸化炭素を含む。

【0010】

さらなる主要な態様において、本発明は、本発明の方法によって得られる又は得られうる大容量のタンパク質、バイオマス又は非タンパク質の細胞又は化学成分、並びに本発明の方法によって得られる又は得られうる食品又は飼料製品に関する。

【図面の簡単な説明】

【0011】

【図1】図１は600nmで測定された光学密度（黒丸）及びVTT-E-193585として寄託された単離細菌株の化学合成独立栄養生物200 L培養中の光学密度プローブの読み取り値を示す。

【図2】図２はさまざまな窒素源においてVTT-E-193585として寄託された単離細菌株の化学合成独立栄養生物200mLの並行培養中に600nmで測定された光学密度を示す。

【発明を実施するための形態】

【0012】

[定義]
本明細書で使用される場合、「単離された」という用語、例えば、菌株の文脈では、それが自然環境から分離されていることを意味する。好ましくは、単離された菌株は純粋であり、すなわち他の菌株を含まない。

【0013】

「誘導体」という用語は、本明細書において菌株の文脈で使用される場合、参照株から誘導される、すなわち、開始点として参照株を使用して生成される菌株を指す。例えば、遺伝子操作された、あるいは突然変異した、又は遺伝子改変された菌株は、そのような誘導体の実施形態である。遺伝子改変には、点突然変異、ならびに遺伝子座全体又はその断片の挿入又は欠失を含む挿入又は欠失が含まれる。誘導体は、好ましくは、参照株と比較して、４、３、２、又は１等の５未満等の１０未満の遺伝子改変を有する。

【0014】

本明細書で使用される場合、名詞「培養物」は、液体培地中の生細胞の懸濁液を指す。

【0015】

用語「バイオマス」は、細菌発酵の分野における通常の意味を持ち、細胞材料を指す。

【0016】

本明細書で使用される場合、用語「連続培養」は、新鮮な培地が培養物に連続的に添加され、細菌培養物を含む培地が本質的に同じ速度で連続的に除去される培養プロセスを指す。

【0017】

[発明の概要と実施例]
第１の主要な態様において、本発明は、単離された細菌株VTT-E-193585又はその誘導体に関する。

【0018】

VTT-E-193585株は、フィンランドのナーンタリにあるバルト海の海岸から単離された。この生物は、限られた酸素条件で、エネルギー源として水素を、炭素源として二酸化炭素を含む最小限のミネラルの培地を使用して、適切なバイオリアクター条件で成長することができる。
16Sシーケンシングとイルミナメタゲノミクスシーケンシングは、この株がキサントバクター属に属するものである可能性が最も高いことを示しているが、既知の種ではない。
乾燥細胞粉末はタンパク質含有量が高く、すべての必須アミノ酸を含んでいるため、細菌株は食品や飼料の用途に非常に適している。
また、飽和脂肪酸よりも不飽和脂肪酸が多く、高レベルのビタミンB群が含まれている。アレルギーや毒性を引き起こす可能性のあるペプチドグリカンやリポ多糖のレベルは低い。
毒性分析が実施され、その菌株について遺伝子毒性又は細胞毒性は見られなかった。さらに、この菌株は一般的に抗生物質に対する感受性を有する。

【0019】

菌株VTT-E-193585（SoF1）は、2019年6月11日に、ブダペスト条約に基づく国際寄託機関であるフィンランドのVTT技術研究センター(VTT Technical Research Centre of Finland Ltd、 PO Box 1000、FI-02044 VTT、フィンランド)のVTTカルチャーコレクションに寄託された。
菌株の特徴及び菌株を培養するための方法に関するさらなる情報は、本明細書の実施例に示されている。

【0020】

好ましい実施形態において、菌株がVTT-E-193585株の誘導体である場合、その誘導体は、エネルギー源として水素ガスを使用し、唯一の炭素源として二酸化炭素を使用して成長する能力を保持している。

【0021】

一実施形態では、菌株がVTT-E-193585株の誘導体である場合、その誘導体は、配列番号1に記載の16SリボソームRNA又は配列番号1と最大20ヌクレオチドの相違、例えば、配列番号1と1～10、例えば1～5、例えば、1、2又は3ヌクレオチドの相違等のようなヌクレオチドの相違を有する16SリボソームRNAを含む。

【0022】

[配列番号１（SEQ ID NO:1）：VTT-E-193585株の16SリボソームRNA]

CTTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGAGCGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGCCCAGCAATGGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGATGTGCCCAATGGTACGGAATAACCCAGGGAAACTTGGACTAATACCGTATGAGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGCCATTGGATCAACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTAAAGCACTTTCGCCGGTGAAGATAATGACGGTAACCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCGTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGCTCAACTCCAGAACTGCCCTTGATACTGGCGACCTTGAGTTCGAGAGAGGTTGGTGGAACTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCAACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATGCTAGCCGTTGGGCAGCTTGCTGTTCAGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCATCCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCTTTGACATGGCAGGACGATTTCCAGAGATGGATCTCTTCCAGCAATGGACCTGCACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCTCTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGATGCGAAAGGGCGACCTCTAGCAAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGCTTTACCCGAAGGCGCTGCGCTAACCCGCAAGGGAGGCAGGCGACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT

【0023】

別の態様において、本発明は、本発明の細菌株又はその誘導体を含む培養物に関する。好ましい実施形態では、培養物の容量は100mL以上、例えば１L以上、例えば10L以上、例えば1,000L以上、例えば、10,000L以上、例えば、50,000L以上、例えば100,000L以上、例えば、200,000L以上である。

【0024】

さらなる態様において、本発明は、バイオマス及び／又はタンパク質の生産のための方法に関する。前記方法は、本発明の細菌株又はそれらの誘導体を培養することを含む。
一実施形態は、バイオマスの生産のための方法である。
別の実施形態は、タンパク質の生産のための方法である。
一実施形態は、方法は、エネルギー源としての水素及び二酸化炭素を含む無機炭素源を用いて、連続培養で菌株を培養することを含む方法である。
さらなる実施形態は、エネルギー源としての水素及び二酸化炭素を含む無機炭素源を用いて連続培養で菌株を培養することを含むバイオマスの生産のための方法である。
方法の様々なさらなる実施形態を本明細書で以下に説明する。

【0025】

さらなる主な態様において、本発明は、バイオマス及び／又はタンパク質の生産のための方法に関し、前記方法は、エネルギー源としての水素及び二酸化炭素を含む無機炭素源を用いた連続培養においてキサントバクター属の細菌株を培養することを含む。
一実施形態は、バイオマスの生産のための方法である。
別の実施形態では、タンパク質の生産のための方法である。
方法の様々なさらなる実施形態は本明細書で以下に説明する。

【0026】

ゲノム配列によると、番号VTT-E-193585で寄託された株は、二酸化炭素分子がリブロース1,5-ビスリン酸の5炭素鎖に結合し、グリセリン酸3-リン酸の２つの分子を形成する炭素固定に、おそらくカルビンーベンソンーバッシャム回路を使用する。
これにより、菌株は成長に必要な他のすべての有機分子を合成することができる。
水素からのエネルギーは、NAD⁺を還元するヒドロゲナーゼ及び/又はNiFeSeヒドロゲナーゼを介して細胞に入る可能性が最も高い。
本質的には、それは、水素（H₂）が酸化されてH⁺になり、NAD⁺が還元されてNADHになるレドックス反応である。ATPに加えて、NADHは生体内の主要なエネルギー担体の1つである。
あるいは、他のエネルギー等価物は、H₂を使用する別のヒドロゲナーゼ酵素によって還元される。
カルビンーベンソンーバッシャム回路は、CO₂を固定するためにATP及びNADH/NADPHの形でのエネルギーを必要とする。
この株は、酸化的リン酸化によってATPを生成する可能性が最も高く、これは、膜を隔てたプロトン濃度勾配を生成する4つのタンパク質複合体で構成されている。
プロトン濃度勾配は、主にNADHからのエネルギーを使用して生成される。プロトン濃度勾配はATP合成酵素複合体を駆動してATPを生成する。ゲノム配列によると、この菌株は細菌のF型ATP合成酵素を持っている。

【0027】

方法が無機炭素源を用いて菌株を培養することを含むことに特定される場合、無機炭素源が培養物の主要な炭素源であることが理解されるべきである。
従って、培養物中に少量の有機炭素源が存在する可能性があるが、培養物の主な代謝及び成長は、炭素源としての無機炭素源、好ましくは二酸化炭素の利用に基づいている。
好ましくは、有機物である培養物に供給される炭素の割合は、方法中に培養物に供給されるすべての炭素の5%未満、例えば、1%未満、例えば0.1%未満である。好ましくは、有機炭素源は方法に供給されない。

【0028】

同様に、方法がエネルギー源として水素（H₂）を用いて菌株を培養することを含むことが特定される場合、水素が培養における主要なエネルギー源であることが理解されるべきである。
従って、窒素源として供給される可能性のあるアンモニアや少量の有機化合物など、培養物に存在する他の少量のエネルギー源が存在する可能性があるが、培養物の主な代謝と成長は、エネルギーとしての水素の利用に基づいている。
方法全体において、水素は水電解によって生成されることが好ましく、すなわち、電気で水を水素ガスと酸素ガスに分解する。よって、水素ガスと酸素ガスは、近くの電解槽からバイオリアクターに供給される。あるいは、電極をバイオリアクター内に配置して、別個の電解槽ではなく、バイオリアクター内で水素と酸素を生成することもできる。

【0029】

二酸化炭素を含む無機炭素源は、一酸化炭素等の他の無機炭素源を含み得る。一実施形態では、ガス状の炭素源のみが培養物に供給される。好ましい実施形態では、二酸化炭素が培養物に供給される唯一の無機炭素源であり、実際に唯一の炭素源である。
一実施形態では、ガス及びミネラルのみが培養物に供給され、供給されるガス中の二酸化炭素のレベルは、10%から50%の間、例えば15％から45％の間、例えば20％から40％の間、例えば25％から35％の間、例えば26％から30％の間である。

【0030】

別の実施形態では、ガス及びミネラルが培養物に供給され、供給されるガス中の水素（H₂）のレベルは、30%から80%の間、例えば35%から75%の間、例えば40％から70％の間、例えば45%から65%の間、例えば50%から60%の間である。

【0031】

別の実施形態では、ガス及びミネラルが培養物に供給され、供給されるガス中の酸素（O₂）のレベルは、10%から25%の間、例えば15%から20%の間、例えば16%から18%の間である。
別の実施形態では、供給される酸素のレベルは、培養物中の溶存酸素のレベルが5%から10%の間に維持されるようなレベルである。

【0032】

好ましい実施形態では、ガス及びミネラルのみが培養物に供給され、供給されるガスは、H₂、CO₂及びO₂を含み、H₂のパーセンテージは40％から70%の間、CO₂のパーセンテージは18%から28%の間、O₂の割合は12%から22%の間である。

【0033】

典型的には、本発明の方法は、窒素源の添加を含む。窒素源は、例えば、水酸化アンモニウム、硫酸アンモニウム又は塩化アンモニウムなどのアンモニウム塩、アンモニア、尿素又は硝酸カリウム等の硝酸塩の形態で供給され得る。他の実施形態では、窒素ガス（N₂）が窒素源として供給される。好ましい実施形態では、窒素源は、水酸化アンモニウム又は硫酸アンモニウムなどのアンモニウム塩である。

【0034】

一実施形態では、供給される窒素源は、100mg/Lから10g/Lの間、例えば250mg/Lから4g/Lの間、例えば0.5g/Lから2g/Lの間、例えば0.75g/Lから1.5g/Lの間の濃度の水酸化アンモニウムである。

【0035】

典型的には、本発明の方法は、アンモニウム、リン酸塩、カリウム、ナトリウム、バナジウム、鉄、硫酸塩、マグネシウム、カルシウム、モリブデン、マンガン、ホウ素、亜鉛、コバルト、セレン、ヨウ素、銅及び/又はニッケルを含むミネラル等のミネラルの添加を含む。
適切なミネラル媒体は周知技術であり、例えば、「Thermophilic Bacteria CRC Press、フロリダ州ボカラトン、Jacob K. Krist jansson編、1992年」の87ページの表4等に記載されている。

【0036】

一実施形態では、添加されるミネラルは、次のものの一又は二以上である。
アンモニア、アンモニウム（例えば、塩化アンモニウム（NH₄Cl）、硫酸アンモニウム（（NH₄）2SO₄））、硝酸塩（例えば、硝酸カリウム（KNO₃））、尿素又は有機窒素源;リン酸（例えば、リン酸二ナトリウム（Na₂HPO₄）、リン酸カリウム（KH₂PO₄）、リン酸（H₃PO₄）、二チオリン酸カリウム（K₃PS₂O₂）、オルトリン酸カリウム（K₃PO₄）、リン酸二ナトリウム（Na₂HPO₄・2H₂O）リン酸二カリウム（K₂HPO₄）又はリン酸一カリウム（KH₂PO₄））;硫酸塩;酵母エキス;キレート鉄（例えば、EDTA又はクエン酸でキレート化）;カリウム（例えば、リン酸カリウム（KH₂PO₄）、硝酸カリウム（KNO₃）、ヨウ化カリウム（KI）、臭化カリウム（KBr））;及び他の無機塩、ミネラル及び、微量栄養素（例えば、塩化ナトリウム（NaCl）、硫酸マグネシウム（MgSO₄・7H₂O）又は塩化マグネシウム（MgCl₂）、塩化カルシウム（CaCl₂）、硫酸カルシウム（CaSO₄）又は炭酸カルシウム（CaCO₃）、硫酸マンガン（MnSO₄・7H₂O）又は塩化マンガン（MnCl₂）、塩化第二鉄（FeCl₂）、硫酸第一鉄（FeSO₄ 7H₂O）又は塩化第一鉄（FeCl₂4H₂O）、重曹（NaHCO₃）又は炭酸ナトリウム（Na₂CO₃）、硫酸亜鉛（ZnSO₄）又は塩化亜鉛（ZnCl₂）、モリブデン酸アンモニウム（NH₄MoO₄）又はモリブデン酸ナトリウム（Na₂MoO₄・2H₂O）、硫酸銅（CuSO₄）又は塩化銅（CuCl₂・2H₂O）、塩化コバルト（CoCl₂・6H₂O）又は硫酸コバルト（CoSO₄）、塩化アルミニウム（AlCl₃・6H₂O）、塩化リチウム（LiCl）、ホウ酸（H₃BO₃）、塩化ニッケル(NiCl₂・6H₂O）又は硫酸ニッケル（NiSO₄）、塩化スズ（SnCl₂・H₂O）、塩化バリウム（BaCl₂・2H₂O）、セレン酸銅（CuSeO₄ 5H₂O）、セレン酸ナトリウム（Na₂SeO₄）又は亜セレン酸ナトリウム（Na₂SeO₃）、メタバナジン酸ナトリウム（NaVO₃）、クロム塩））。

【0037】

好ましい実施形態では、本発明の方法は、NH₄OH、KH₂PO₄、Na₂HPO₄・2H₂O、NaVO₃・H₂O、FeSO₄x7H₂O、MgSO₄・7H₂O、CaSO₄、Na₂MoO₄・2H₂O、MnSO₄・7H₂O、ZnSO₄・7H₂O、H₃BO₃、CoSO₄、CuSO₄、NiSO₄のうちの１つ又は複数又はすべての添加を含む。

【0038】

一実施形態では、細胞に供給される培地は、1g/L未満の塩化物塩、例えば、0.25g/L未満の塩化物塩、例えば0.1g/L未満の塩化物塩、例えば0.025g/L未満の塩化物塩、例えば0.01g/L未満の塩化物塩を含む。一実施形態では、塩化物塩は培養物に供給されない。

【0039】

別の実施形態では、方法中にビタミンは供給されない。すなわち、培養物に供される培地はビタミンを含まない。

【0040】

別の実施形態では、方法中にアミノ酸は供給されない。すなわち、培養物に供される培地はアミノ酸を含まない。

【0041】

別の実施形態では、方法中に有機化合物は供給されない。すなわち、培養物に供される培地は有機化合物を含まない。

【0042】

特定の実施形態において、細菌培養物のｐＨは、特定のレベルで制御される。特定の実施形態において、ｐＨは、細菌の維持及び／又は成長、及び／又は有機化合物の生産のための最適範囲内に制御される。一実施形態では、培養物中のｐＨは、5.5から8.0の間、例えば、6.8等のように6.5から7.0の間に維持される。

【0043】

特定の実施形態では、細菌培養物の温度が制御される。特定の実施形態において、温度は、細菌の維持及び／又は成長、及び／又は有機化合物の生産のための最適範囲内に制御される。一実施形態では、培養物は、25℃から40℃の間、例えば、30°C等の28°Cから32°Cの間の温度で増殖される。

【0044】

典型的には、本発明の方法は、バイオリアクター内で実施される。バイオリアクターは細胞の成長曲線の特定の段階で維持されうる細胞の培養に利用される。
バイオリアクターの使用は、化学合成独立栄養成長生物を培養するために多くの点で有利である。一般に、溶存二酸化炭素、酸素、及び水素などの他のガス、ならびに他の溶存栄養素、微量元素、温度及びpHの制御を含む成長条件の制御は、バイオリアクター内で容易になる。
栄養培地及びガスは、バッチ添加として又は定期的に、又は検出された枯渇又はプログラムされた設定値に応答して、又は培養物が成長及び／又は維持されている間継続的に、バイオリアクターに添加されうる。連続培養方法では、栄養培地及びガスはバイオリアクターに連続的に添加される。
さらに、バクテリア含有培地は、バイオリアクターから継続的に除去される。

【0045】

好ましい実施形態において、細菌培養物の容量は、100mL以上、例えば1L以上、10L以上、例えば100L以上、例えば1,000L以上、例えば10,000L以上、例えば50,000L以上、例えば100,000L以上、例えば200,000L以上である。

【0046】

一実施形態では、培養物の生産性は、細胞乾燥重量が0.1gを超える、例えば0.2gを超える、例えば0.3gを超える、例えば0.4gを超える、例えば0.5gを超える、例えば0.6gを超える、例えば0.7gを超える、例えば0.8gを超える、例えば1gを超える等の0.9ｇを超えるような1時間あたり1リットルあたりの細胞乾燥重量である。

【0047】

細菌は、細胞バンクから直接接種することも、又は、小規模な種子培養を介して接種することも可能である。好ましくは、培養物への新鮮な培地の供給及び細菌を含む使い切った培地の除去は、バイオリアクター内の容量が同じままであるように、同じ速度で行われる。

【0048】

一実施形態では、適切な細胞密度に到達する初期段階の後、バクテリアは定常状態または疑似定常状態で増殖し、5を超える、例えば50から200の間、例えば50から100の間、例えば10を超える、例えば20を超えるOD₆₀₀において、対数期に継続的に留まる。

【0049】

本発明の方法の一実施形態では、細菌株は、0.04～0.12h^-1の増殖速度を有する。

【0050】

本発明の方法の別の実施形態では、連続相における液体供給速度は、成長速度の50～80%である。

【0051】

キサントバクターは、キサントバクター科のグラム陰性菌の属である。

【0052】

一実施形態では、本発明の方法で使用されるキサントバクター株は、カルビン－ベンソン－バッシャム回路を使用して二酸化炭素を有機化合物、例えば、生物に不可欠なグルコース等、に変換する株である。

【0053】

一実施形態では、本発明の方法で使用されるキサントバクター株は、水素（H₂）を細胞エネルギー等価物に変換するためにNiFeSeヒドロゲナーゼを使用する株である。

【0054】

一実施形態では、本発明の方法で使用されるキサントバクター株は、水素（H₂）を細胞エネルギー等価物に変換するためにNAD⁺－還元ヒドロゲナーゼを使用する株である。

【0055】

一実施形態は、窒素固定が可能な本発明の方法で使用されるキサントバクター株である。

【0056】

一実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、X. agilis、X. aminoxidans、X. autotrophicus、X. flavus、X. tagetidis、X. viscosus、Xanthobacter sp. 126、Xanthobacter sp. 91及びVTT-E-193585株からなる群から選択される。

【0057】

好ましい実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、VTT-E-193585またはX.tagetidisである。最も好ましくは、本発明の方法で使用される株は、VTT-E-193585である。

【0058】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号１に示される１６ＳリボソームＲＮＡ、又は配列番号１と最大20ヌクレオチドの相違を有する１６ＳリボソームＲＮＡ、例えば、配列番号１と1～10の相違、例えば1～5の相違、例えば、1、2または3ヌクレオチドの相違を有する１６ＳリボソームＲＮＡである。

【0059】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号３に示される配列を有するリブロース－1,5－ビスリン酸カルボキシラーゼ／オキシゲナーゼ（ルビスコ）ラージチェーンをコードする遺伝子、又は配列番号３に示される配列に対して、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば99％超の同一性のように93％超の同一性を有する配列を有する。

【0060】

別の実施形態において、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号５に示される配列を有するリブロース－1,5－ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ（ルビスコ）スモールチェーンをコードする遺伝子、又は配列番号５に示される配列に対して例えば86％超の同一性、例えば90％超の同一性、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば99％超の同一性のように83％超の同一性を有する配列を有する。

【0061】

[配列番号２（SEQ ID NO:２）：リブロース二リン酸カルボキシラーゼラージチェーンのヌクレオチド配列]

ATGGGTGCCGAAGCAACCGTCGGGCAGATCACGGACGCCAAGAAGAGATACGCCGCCGGCGTGCTGAAGTACGCCCAGATGGGCTACTGGAACGGCGACTACGTTCCCAAGGACACCGACCTCCTGGCGGTGTTCCGCATCACCCCCCAGGCGGGCGTGGACCCGGTGGAAGCCGCCGCGGCGGTCGCCGGCGAAAGCTCCACCGCTACCTGGACCGTGGTGTGGACCGACCGGCTCACCGCCGCCGACGTCTACCGCGCCAAGGCCTACAAGGTGGAGCCGGTGCCGGGCCAGGAAGGCCAGTATTTCTGCTACATCGCCTATGATCTCGATTTGTTCGAGGAAGGCTCCATCGCCAACCTCACGGCGTCGATCATCGGCAACGTCTTCTCCTTCAAGCCGCTGAAGGCGGCGCGGCTGGAGGACATGCGGCTTCCCGTCGCCTATGTGAAGACCTTCCGCGGCCCGCCCACCGGCATCGTGGTCGAGCGCGAGCGCCTGGACAAGTTCGGCCGCCCCCTTCTGGGCGCCACCACCAAGCCGAAGCTTGGCCTCTCGGGCAAGAATTACGGCCGCGTGGTCTATGAGGCCCTCAAGGGCGGCCTCGACTTCGTGAAGGACGACGAGAACATCAACTCGCAGCCCTTCATGCACTGGCGCGATCGCTTCCTCTATTGCATGGAGGCCGTCAACAAGGCCCAGGCCGAGACCGGCGAGGTGAAGGGGCACTATCTCAACATCACCGCCGGGACCATGGAGGAGATGTACCGCCGCGCCGAGTTCGCCAAGGAACTGGGCTCCGTGGTGGTGATGGTGGATCTCATCATCGGCTGGACCGCCATCCAGTCCATGTCCAACTGGTGCCGCGAGAACGACATGATCCTGCACATGCACCGTGCGGGCCATGGCACCTACACGCGCCAGAAGAGCCACGGCGTCTCCTTCCGCGTCATCGCCAAGTGGCTGCGGCTCGCCGGCGTCGACCACCTGCACACCGGCACCGCCGTGGGCAAGCTGGAAGGCGACCCCATGACCGTGCAGGGCTTCTACAATGTCTGCCGCGAGACGACGACGCAGCAGGACCTCACCCGCGGCCTGTTCTTCGAGCAGGACTGGGGCGGCATCCGCAAGGTGATGCCGGTGGCCTCCGGCGGCATCCATGCGGGCCAGATGCACCAGCTCATCGACCTGTTCGGCGAGGACGTGGTGCTCCAGTTCGGCGGCGGCACCATCGGCCACCCGGACGGCATCCAGGCCGGCGCCACCGCCAACCGCGTGGCGCTGGAAACCATGATCCTCGCCCGCAACGAGGGCCGCGACATCAGGAACGAGGGCCCGGAAATCCTGGTGGAAGCCGCCAAATGGTGCCGTCCGCTGCGCGCGGCGCTCGATACCTGGGGCGAGGTGACCTTCAACTACGCCTCCACCGACACGTCCGATTACGTGCCCACCGCGTCCGTCGCCTGA

【0062】

[配列番号３（SEQ ID NO:３）：リブロース二リン酸カルボキシラーゼラージチェーンのアミノ酸配列]

MGAEATVGQITDAKKRYAAGVLKYAQMGYWNGDYVPKDTDLLAVFRITPQAGVDPVEAAAAVAGESSTATWTVVWTDRLTAADVYRAKAYKVEPVPGQEGQYFCYIAYDLDLFEEGSIANLTASIIGNVFSFKPLKAARLEDMRLPVAYVKTFRGPPTGIVVERERLDKFGRPLLGATTKPKLGLSGKNYGRVVYEALKGGLDFVKDDENINSQPFMHWRDRFLYCMEAVNKAQAETGEVKGHYLNITAGTMEEMYRRAEFAKELGSVVVMVDLIIGWTAIQSMSNWCRENDMILHMHRAGHGTYTRQKSHGVSFRVIAKWLRLAGVDHLHTGTAVGKLEGDPMTVQGFYNVCRETTTQQDLTRGLFFEQDWGGIRKVMPVASGGIHAGQMHQLIDLFGEDVVLQFGGGTIGHPDGIQAGATANRVALETMILARNEGRDIRNEGPEILVEAAKWCRPLRAALDTWGEVTFNYASTDTSDYVPTASVA

【0063】

[配列番号４（SEQ ID NO:４）：リブロース二リン酸カルボキシラーゼスモールチェーンのヌクレオチド配列]

ATGCGCATCACCCAAGGCTCCTTCTCCTTCCTGCCGGACCTCACCGACACGCAGATCAAGGCCCAGGTGCAATATTGCCTGGACCAGGGCTGGGCGGTCTCGGTGGAGCACACCGACGATCCCCACCCGCGCAACACCTATTGGGAGATGTGGGGCCCGCCCATGTTCGATCTGCGCGACGCGGCCGGCGTCTTCGGCGAGATCGAAGCCTGCCGGGCCGCCAATCCCGAGCATTATGTGCGGGTGAACGCCTTCGATTCCAGCCGCGGATGGGAGACGATCCGCCTGTCCTTCATCGTTCAGCGGCCCACCGTGGAAGAGGGCTTCCGCCTCGACCGCACCGAAGGCAAGGGCCGCAACCAGAGCTACGCCATGCGCTACCGGGCGCAGTTCGCGCCGCGCTGA

【0064】

[配列番号５（SEQ ID NO:５）：リブロース二リン酸カルボキシラーゼスモールチェーンのアミノ酸配列]

Amino acid sequence of Ribulose bisphosphate carboxylase small chain:
MRITQGSFSFLPDLTDTQIKAQVQYCLDQGWAVSVEHTDDPHPRNTYWEMWGPPMFDLRDAAGVFGEIEACRAANPEHYVRVNAFDSSRGWETIRLSFIVQRPTVEEGFRLDRTEGKGRNQSYAMRYRAQFAPR

【0065】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号７に示される配列を有するNAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットアルファをコードする遺伝子配列、又は配列番号７に示される配列に対して、例えば80%以上の同一性、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように70%超の同一性を有する配列を含む。

【0066】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号９に示される配列を有するNAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットベータをコードする配列、又は配列番号９に示される配列に対して、例えば80％以上の同一性、例えば90％超の同一性、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば99％超の同一性のように77％超の同一性を有する配列を含む。

【0067】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号11に示される配列を有するNAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットガンマをコードする遺伝子、又は配列番号11に示される配列に対して、例えば80％以上の同一性、例えば90％超の同一性、例えば95％超の同一性、96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、99％超の同一性のように70％超の同一性を有する配列を含む。

【0068】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号13に示される配列を有するNAD⁺-還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットデルタをコードする遺伝子、又は配列番号13に示される配列に対して、例えば80％以上の同一性、例えば90％超の同一性、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば99％超の同一性のように79％超の同一性を有する配列を含む。

【0069】

[配列番号６（SEQ ID NO:６）：NAD⁺-還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットアルファのヌクレオチド配列]

ATGATGCCATCTGAGCCGCACGGCGCGGGCATGCCGCCCCCACGGGAAGCGGCCGCGGTTCCCACCCCCCAGGAGGTGAGCGCGGTGGTGGCCGAGGTGGTCGCGGATGCCGTGGCATCGGTGGGCGGCGCACGCACCCGGCTCATGGACATCGTCCAGCTGGCCCAGCAGCGTCTCGGCCATCTCTCCGAAGAGACCATGGCGGCCATTGCCGCGCGGCTCGCCATTCCGCCGGTGGAAGTGGCGGACATGGTGTCCTTCTACGCCTTCCTGAACCGCGCGCCCAAGGGCCGCTACCACATCCGCCTGTCGCGCAGCCCCATCTCGCTGATGAAGGGCGCCGAGGCGGTGGCTGCCGCCTTCTGCCAGATCCTCGGCATCGCCATGGGCGAGACCTCGCAGGATGGCGACTTCACCCTGGAATGGACCAACGACATCGGCATGGCCGACCAGGAGCCGGCCGCCCTCGTCAACGGCACGGTGATGACGCAGCTCGCGCCCGGCGATGCGGCCATCATCGTCGGCCGGCTGCGGGCCCATCACGCGCCCAATGCCCTGCCGCTGTTCCCTGGAGCCGGCGTGGCCGGCTCCGGCCTGCCCCATGCCCGGATCCGCCCCAGCCTGGTGATGCCGGGACAGCTTCTGTTCCGCGAGGACCACACGACGCCGGGCGCCGGCATCAAGGCGGCACTCGCCCTCACCCCGGACGAAGTGGTGCAGAAGGTCTCCGCCGCGCGCCTGCGCGGGCGGGGTGGCGCCGGCTTTCCCACCGGTCTCAAATGGAAGCTCTGCCGCCAGTCGCCCGCCACCACCCGCCATGTGATCTGCAATGCGGACGAGGGCGAGCCCGGCACCTTCAAGGATCGCGTGCTGCTCACGCAGGCGCCGCACCTCATGTTCGACGGCATGACCATCGCCGGCTACGCCTTGGGGGCGCGGGAGGGCGTGGTCTATCTGCGCGGCGAGTACGCCTATCTGTGGGAGCCTCTGCATGCGGTCCTGCGCGAGCGCTATGGGCTCGGGCTCGCCGGCGCGAACATCCTGGGACACGCGGGCTTCGACTTCGACATCCGCATCCAGCTGGGCGCCGGCGCCTATATCTGCGGCGAGGAATCCGCGCTGGTGGAATCGCTGGAAGGCAAGCGCGGCTCGCCCCGCGACCGCCCCCCCTTCCCCACCGTGCGCGGCCATCTCCAGCAGCCCACCGCCGTGGACAATGTGGAGACCTTCGCCTGCGCCGCCCGCATCCTGGAGGATGGCGTGGAGGCGTTCGCGGGCATCGGCACGCCCGAATCCGCCGGCACGAAGCTCCTCTCGGTGTCGGGCGATTGCCCGCGCCCCGGCGTGTATGAGGTGCCCTTCGGCCTCACGGTGAACGCGCTGCTCGACCTTGTCGGCGCGCCGGACGCCGCCTTCGTGCAGATGGGTGGGCCGTCCGGCCAATGCGTGGCGCCGAAGGATTACGGCCGCCGCATCGCCTTCGAGGACCTGCCCACCGGCGGCTCGGTGATGGTGTTCGGCCCGGGGCGCGACGTGCTCGCCATGGTGCGCGAGTTCGCGGATTTCTTCGCCGGCGAATCCTGCGGCTGGTGCACGCCCTGCCGGGTGGGCACCACCTTGCTCAAGGAAGAGCTGGACAAGCTCCTCGCCAACCGCGCCACCCTCGCCGACATCCGCGCGCTGGAGACCCTGGCCACGACCGTCTCCCGCACCAGCCGCTGCGGCCTCGGCCAGACGGCGCCCAACCCCATCCTTTCCACCATGCGCAACCTGCCGGAAGCCTATGAGGCGAGGCTGAGGCCCGAAGACTTCCTGCCCTGGGCCTCGCTCGACGAGGCGCTGAAGCCCGCCATCGTCATCCAGGGCCGCGCGCCCGTGCCGGAGGAAGAGGCATGA

【0070】

[配列番号７（SEQ ID NO:７）：NAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットアルファのアミノ酸配列]

MMPSEPHGAGMPPPREAAAVPTPQEVSAVVAEVVADAVASVGGARTRLMDIVQLAQQRLGHLSEETMAAIAARLAIPPVEVADMVSFYAFLNRAPKGRYHIRLSRSPISLMKGAEAVAAAFCQILGIAMGETSQDGDFTLEWTNDIGMADQEPAALVNGTVMTQLAPGDAAIIVGRLRAHHAPNALPLFPGAGVAGSGLPHARIRPSLVMPGQLLFREDHTTPGAGIKAALALTPDEVVQKVSAARLRGRGGAGFPTGLKWKLCRQSPATTRHVICNADEGEPGTFKDRVLLTQAPHLMFDGMTIAGYALGAREGVVYLRGEYAYLWEPLHAVLRERYGLGLAGANILGHAGFDFDIRIQLGAGAYICGEESALVESLEGKRGSPRDRPPFPTVRGHLQQPTAVDNVETFACAARILEDGVEAFAGIGTPESAGTKLLSVSGDCPRPGVYEVPFGLTVNALLDLVGAPDAAFVQMGGPSGQCVAPKDYGRRIAFEDLPTGGSVMVFGPGRDVLAMVREFADFFAGESCGWCTPCRVGTTLLKEELDKLLANRATLADIRALETLATTVSRTSRCGLGQTAPNPILSTMRNLPEAYEARLRPEDFLPWASLDEALKPAIVIQGRAPVPEEEA

【0071】

[配列番号８（SEQ ID NO:８）：NAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットベータのヌクレオチド配列]

ATGAGCCGGGGATCCCCCGATGCCGGGAAAGACCGCACCATGAGCGCCACCGACGGCACCACCGCCCCCCGCAAGATCGTCATCGATCCGGTGACCCGCGTGGAGGGCCACGGCAAGGTCACCATCCGCCTGGATGAAGCCGGCGCGGTGGAGGATGCGCGTTTCCACATCGTGGAGTTCCGCGGCTTCGAGCGGTTCATCCAGGGCCGGATGTACTGGGAAGTGCCCCTTATCATCCAGCGGCTGTGCGGCATCTGCCCGGTGAGCCACCATCTGGCGGCGGCGAAAGCCATGGACCAGGTGGCGGGCGTGGACCGCGTACCGCCCACCGCCGAGAAACTGCGCCGGCTGATGCATTATGGGCAGGTGCTGCAATCCAACGCTTTGCACATCTTCCACCTCGCCTCGCCCGACCTCCTGTTCGGCTTCGACGCGCCGGCCGAGCAGCGCAACATCATCGCCGTGCTCCAGCGTTATCCGGAGATCGGCAAATGGGCGATCTTCATCAGGAAGTTCGGCCAGGAGGTCATCAAGGCCACCGGCGGGCGCAAGATCCATCCCACCAGCGCCATTCCCGGCGGGGTCAACCAGAACCTCGCCGTGGAGGACCGCGACGCCCTGCGCGCCAAGGTGGGCGAGATCATCAGCTGGTGCATGGCGGCGCTGGACCATCACAAGGCCTATGTGGCGGAAAACCGGGCGCTGCATGACAGCTTCGCCGCCTTCCCCTCCGCCTTCATGAGCCTCGTGGGGCCGGATGGCGGCATGGACCTTTATGACGGCACCCTGCGGGTGATCGATGCCGAGGGCGCCCCCCTCATCGAAGGCGCGCCGCCCGCCTCCTACCGCGACCACCTCATCGAGGAGGTGCGGCCCTGGAGCTATCTGAAATTCCCCCATCTGCGCGCCTTCGGCCGCGACGATGGCTGGTATCGGGTCGGCCCCCTCGCCCAGGTCAATTGCGCCGCGTCCATCGACACGCCCCGCGCCGAGGCGGCCCGGCGGGACTTCATGGCCGAGGGCGGCGGCAAGCCGGTGCATGCCACCCTCGCTTATCACTGGGCGCGGCTCATCGTGCTGGTCCATTGCGCGGAGAAGATCGAACAGCTGCTGTTCGACGACGACCTGCAAGGCTGCGATCTGCGTGCGGAGGGCACCCGGCGCGGGGAAGGCGTCGCCTGGATCGAGGCGCCGCGCGGCACCCTCATCCACCATTACGAGGTGGACGAGAACGACCAGGTGCGCCGCGCCAACCTCATCGTCTCCACCACCCACAATAACGAGGCCATGAACCGCGCCGTGCGGCAGGTGGCGAAGACGGACCTTTCCGGTCGCGAGATCACCGAAGGGCTGCTGAACCATATCGAGGTGGCCATCCGCGCCTTCGACCCCTGCCTGTCCTGCGCCACCCATGCGCTGGGCCAGATGCCGCTGATCGTGACGCTTGAAGATGCCTCCGGCGCAGAGATCGCCCGCGGAGTGAAGGAATGA

【0072】

[配列番号９（SEQ ID NO:９）：NAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットベータのアミノ酸配列]

MSRGSPDAGKDRTMSATDGTTAPRKIVIDPVTRVEGHGKVTIRLDEAGAVEDARFHIVEFRGFERFIQGRMYWEVPLIIQRLCGICPVSHHLAAAKAMDQVAGVDRVPPTAEKLRRLMHYGQVLQSNALHIFHLASPDLLFGFDAPAEQRNIIAVLQRYPEIGKWAIFIRKFGQEVIKATGGRKIHPTSAIPGGVNQNLAVEDRDALRAKVGEIISWCMAALDHHKAYVAENRALHDSFAAFPSAFMSLVGPDGGMDLYDGTLRVIDAEGAPLIEGAPPASYRDHLIEEVRPWSYLKFPHLRAFGRDDGWYRVGPLAQVNCAASIDTPRAEAARRDFMAEGGGKPVHATLAYHWARLIVLVHCAEKIEQLLFDDDLQGCDLRAEGTRRGEGVAWIEAPRGTLIHHYEVDENDQVRRANLIVSTTHNNEAMNRAVRQVAKTDLSGREITEGLLNHIEVAIRAFDPCLSCATHALGQMPLIVTLEDASGAEIARGVKE

【0073】

[配列番号10（SEQ ID NO:10）：NAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットガンマのヌクレオチド配列]

ATGAGCGAGACCCCCTTCACCTTTACCGTGGACGGCATCGCGGTCCCGGCCACCCCCGGCCAGAGCGTCATCGAGGCGTGCGATGCGGCGGGCATCTATATCCCGCGCCTGTGCCACCACCCGGACCTGCCGCCGGCGGGCCATTGCCGGGTGTGCACCTGCATCATCGACGGGCGGCCGGCCAGCGCCTGCACCATGCCCGCCGCCAGGGGCATGGTGGTGGAGAACGAGACGCCCGCTTTGCTGGCGGAGCGGCGCACGCTGATCGAGATGCTGTTCGCGGAAGGCAACCATTTCTGCCAGTTCTGCGAGGCGAGCGGCGATTGCGAATTGCAGGCGCTGGGCTACCTGTTCGGCATGGTGGCCCCGCCCTTCCCCCATCTGTGGCCGAAGCGGCCGGTGGATGCCAGCCATCCGGATATCTATATCGACCACAATCGCTGCATCCTGTGCTCGCGCTGCGTGCGCGCCTCGCGCACCCTGGACGGCAAGTCCGTGTTCGGCTTCGAGGGGCGCGGCATCGAGATGCATCTGGCGGTGACCGGCGGGCACCTGGACGACAGCGCCATCGCCGCCGCCGACAGGGCGGTTGAGATGTGCCCGGTGGGCTGCATCGTCCTCAAGCGCACCGGCTACCGCACGCCCTATGGCCGGCGGCGCTACGACGCCGCGCCCATCGGCTCCGACATCACCGCCCGGCGCGGCGGCGCGAAGGACTGA

【0074】

[配列番号11（SEQ ID NO:11）：NAD⁺還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットガンマのアミノ酸配列]

MSETPFTFTVDGIAVPATPGQSVIEACDAAGIYIPRLCHHPDLPPAGHCRVCTCIIDGRPASACTMPAARGMVVENETPALLAERRTLIEMLFAEGNHFCQFCEASGDCELQALGYLFGMVAPPFPHLWPKRPVDASHPDIYIDHNRCILCSRCVRASRTLDGKSVFGFEGRGIEMHLAVTGGHLDDSAIAAADRAVEMCPVGCIVLKRTGYRTPYGRRRYDAAPIGSDITARRGGAKD

【0075】

[配列番号12（SEQ ID NO:12）：NAD⁺-還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットデルタのヌクレオチド配列]

ATGGCCAAGCCCAAACTCGCCACCTGCGCGCTGGCCGGCTGCTTCGGCTGCCACATGTCCTTCCTGGACATGGACGAGCGCATCGTCGAGCTCATCGACCTGGTGGACCTCGACGTCTCGCCCCTCGACGACAAGAAAAACTTCACCGGCATGGTGGAAATCGGCCTGGTGGAAGGCGGCTGCGCCGACGAGCGCCATGTGAAGGTGCTGCGCGAGTTCCGCGAGAAATCCCGCATCCTGGTGGCGGTGGGCGCCTGCGCCATCACCGGCGGCATCCCGGCATTGCGCAACCTCGCCGGCCTCGACGAATGCCTGAGGGAAGCCTACCTCACCGGCCCCACGGTGGAAGGCGGCGGGCTCATTCCCAACGACCCGGAGCTGCCGCTGCTGCTGGACAAGGTCTATCCGGTGCAGGACTTCGTGAAGATCGACCATTTCCTGCCCGGCTGCCCGCCCTCGGCCGACGCCATCTGGGCGGCTCTGAAGGCGCTGCTGACCGGCACCGAGCCGCATCTGCCCTACCCGCTTTTCAAGTACGAATGA

【0076】

[配列番号13（SEQ ID NO:13）：NAD⁺-還元ヒドロゲナーゼHoxSサブユニットデルタのアミノ酸配列]

MAKPKLATCALAGCFGCHMSFLDMDERIVELIDLVDLDVSPLDDKKNFTGMVEIGLVEGGCADERHVKVLREFREKSRILVAVGACAITGGIPALRNLAGLDECLREAYLTGPTVEGGGLIPNDPELPLLLDKVYPVQDFVKIDHFLPGCPPSADAIWAALKALLTGTEPHLPYPLFKYE

【0077】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号15に示される配列を有するNiFeSeヒドロゲナーゼラージサブユニットをコードする遺伝子、又は配列番号15に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように84%超の同一性を有する配列を含む。

【0078】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号17に示される配列を有するNiFeSeヒドロゲナーゼスモールサブユニットをコードする遺伝子、又は配列番号17に示される配列に対して、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように90%超の同一性を有する配列を含む。

【0079】

[配列番号14（SEQ ID NO:14）：ペリプラズミックNiFeSeヒドロゲナーゼラージサブユニットのヌクレオチド配列]

TCCAGACCCGGGCAACATTGCTCCATGTGCTGGGCACCCTGGCCGGCCGCTGGCCCCATACCCTCGCGCTCCAGCCCGGCGGGGTGACCCGAAGCGCCGACCAGCACGACCGCATGCGCCTGCTCGCGACGCTGAAGGCGGTGCGGGCGGCGCTGGAAGAGACCTTGTTCGGCGCGCCTTTGGAAGAGGTGGCGGCCCTGGACGGCGCCGCCGCCGTGGAGGCCTGGCGCGCCAACGGCCCGGAAGGGGATTTCCGCCTGTTCCTGGAGATCGCCGCCGACCTGGAGCTGGACCGGCTCGGCCGCGCGCACGACCGCTTTCTCTCCTTCGGCGCCTACGCCCAGGACGAGGGGCGCCTTTATGGCGCCGGCACCTTCGAGGCCGGGACGGCGGGAGGGCTCGATCCCAACGCCATCACCGAGGACCACGCCTTCGCCCGCATGGAGGACCGCGCGGCGCCCCATGCGCCCTTTGACGGCTCCACCTTCCCCGATGCCGACGACACCGAGGGCTACACCTGGTGCAAGGCGCCGCGCCTTGCCGGCCTGCCCTTCGAGACCGGCGCCTTCGCCCGGCAGGTGGTGGCGGGCCATCCGCTCGCCCGGGACCTCGTGACGCGGGAAGGCGGCACTGTGCGCAGCCGCGTGGTCGGCCGGCTGCTGGAAACCGCGCGCACCCTGATCGCCATGGAGGGCTGGGTGAAGGAACTGCGGCCCGAAGGGCCCTGGTGCGCCCAGGGCCACCTGCCCCAGGAAGGCCGCGCCTTCGGCCTCACCGAGGCGGCGCGCGGGGCGCTCGGCCACTGGATGGTGGTGGAGAAGGGCCGCATTGCCCGCTACCAGATCATCGCCCCCACCACCTGGAACTTCTCCCCCCGCGACGGCGCGGGCCTGCCCGGCCCGCTGGAGACGGCCCTGGTGGGCGCGCCCGTGCGGCAGGGAGAGACGACGCCCGTGAGCGTGCAGCACATCGTGCGCTCCTTCGACCCGTGCATGGTCTGCACTGTGCATTGA

【0080】

[配列番号15（SEQ ID NO:15）：ペリプラズミックNiFeSeヒドロゲナーゼラージサブユニットのアミノ酸配列]

MSAETRRLVVGPFNRVEGDLEVRLDVQDGRVQQAFVSSPLFRGFERILEGRDPRDALVIAPRICGICSVSQSHAAALALAGLQGIAPTHDGRIATNLIVAAENVADHLTHFHVFFMPDFARAVYEDRPWFAQAARRFKANQGVSVRRALQTRATLLHVLGTLAGRWPHTLALQPGGVTRSADQHDRMRLLATLKAVRAALEETLFGAPLEEVAALDGAAAVEAWRANGPEGDFRLFLEIAADLELDRLGRAHDRFLSFGAYAQDEGRLYGAGTFEAGTAGGLDPNAITEDHAFARMEDRAAPHAPFDGSTFPDADDTEGYTWCKAPRLAGLPFETGAFARQVVAGHPLARDLVTREGGTVRSRVVGRLLETARTLIAMEGWVKELRPEGPWCAQGHLPQEGRAFGLTEAARGALGHWMVVEKGRIARYQIIAPTTWNFSPRDGAGLPGPLETALVGAPVRQGETTPVSVQHIVRSFDPCMVCTVH

【0081】

[配列番号16（SEQ ID NO:16）：ペリプラズミックNiFeSeヒドロゲナーゼスモールサブユニットのヌクレオチド配列]

ACGGGGGAGGAAGCCCGCGCCATCTTCGACGCCATCCTTGCCGGCGTTATCGTCCTCGACGCCCTGTGCGTGGAAGGCGCGCTGCTGCGCGGGCCGAACGGCACCGGGCGCTTCCATGTGCTGGCGGGCACGGACACCCCCACCATCGACTGGGCGCGGCAGCTCGCCGGCATGGCGCGCCACGTGGTGGCGGTGGGCACCTGCGCCGCCTATGGGGGCGTGACGGCGGCGGGCATCAACCCCACCGATGCCTGCGGCCTCCAGTTCGACGGACGCCGGAAGGGTGGGGCGCTGGGGGCGGACTTCCGCTCCCGCTCGGGGCTTCCGGTCATCAATGTGGCCGGCTGCCCCACCCATCCCAACTGGGTGACGGAAACCCTGATGCTGCTCGCCTGCGGCCTGCTGGGCGAGGCCGACCTCGACGTCTATGGCCGCCCGCGCTTCTATGCGGACCTGCTGGTGCATCACGGCTGCCCGCGCAACGAATACTATGAATACAAGGCGAGCGCCGAGAAGATGAGCGACCTCGGCTGCATGATGGAGCATCTGGGCTGCCTCGGCACCCAGGCCCACGCCGACTGCAACACGCGCCTTTGGAATGGCGAGGGCTCGTGCACCCGCGGCGGCTATGCCTGCATCAACTGCACGGCGCCGGAATTCGAGGAGCCGGGCCACGCCTTCCTGGAGACGCCCAAGATCGGCGGCATCCCCATCGGCCTGCCCACCGACATGCCCAAGGCCTGGTTCATCGCCTTGTCCTCCCTCGCCAAGGCGGCGACGCCGGAGCGGCTGCGCAAGAACGCGGTGTCCGACCATGTGGTCACGCCGCCCGCCGTCAAGGACATCAAGCGGCGATGA

【0082】

[配列番号17（SEQ ID NO:17）：ペリプラズミックNiFeSeヒドロゲナーゼスモールサブユニットのアミノ酸配列]

MSTPFSVLWLQSGGCGGCTMSLLCAEAPDLATTLDAAGIGFLWHPALSEETGEEARAIFDAILAGVIVLDALCVEGALLRGPNGTGRFHVLAGTDTPTIDWARQLAGMARHVVAVGTCAAYGGVTAAGINPTDACGLQFDGRRKGGALGADFRSRSGLPVINVAGCPTHPNWVTETLMLLACGLLGEADLDVYGRPRFYADLLVHHGCPRNEYYEYKASAEKMSDLGCMMEHLGCLGTQAHADCNTRLWNGEGSCTRGGYACINCTAPEFEEPGHAFLETPKIGGIPIGLPTDMPKAWFIALSSLAKAATPERLRKNAVSDHVVTPPAVKDIKRR

【0083】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号19に示される配列を含むATP合成酵素ガンマチェーンatpG_1をコードする遺伝子、又は配列番号19に示される配列に対して、例えば80%超の同一性、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように70%超の同一性を有する配列を含む。

【0084】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号21に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットアルファatpA_1をコードする配列、又は配列番号21に示される配列に対して、例えば80%以上の同一性、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように78%超の同一性を有する配列を含む。

【0085】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号23に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットb atpF_1をコードする遺伝子、又は配列番号23に示される配列に対して、例えば70%以上の同一性、例えば80%以上の同一性、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように62%超の同一性を有する配列を含む。

【0086】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号25に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットc、ナトリウムイオン特異性atpE_1をコードする遺伝子、又は配列番号25に示される配列に対して、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように90%超の同一性を有する配列を含む。

【0087】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号27に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットa atpB_1をコードする遺伝子配列、又は配列番号27に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように80%超の同一性を有する配列を含む。

【0088】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号29に示される配列を有するATP合成酵素イプシロンチェーン atpC_1をコードする遺伝子、又は配列番号29に示される配列に対して、例えば80%超の同一性、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように71%超の同一性を有する配列を含む。

【0089】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号31に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットベータ atpD_1をコードする遺伝子、又は配列番号31に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように84%超の同一性を有する配列を含む。

【0090】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号33に示される配列を含むATP合成酵素サブユニットベータ atpD_2をコードする遺伝子、又は配列番号33に示される配列に対して、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように97%超の同一性を有する配列を含む。

【0091】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号35に示される配列を有するATP合成酵素ガンマチェーン atpG_2をコードする遺伝子、又は配列番号35に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように86%超の同一性を有する配列を含む。

【0092】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号37に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットアルファ atpA_2をコードする遺伝子、又は配列番号37に示される配列に対して、例えば99%超の同一性のように98%超の同一性を有する配列を含む。

【0093】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号39に示される配列、又は配列番号39に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、95%超の同一性、96%超の同一性、97%超の同一性、98%超の同一性、99%超の同一性のように85%超の同一性を有するATP合成酵素サブユニットデルタ atpHをコードする遺伝子を含む。

【0094】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号41に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットb atpF_2をコードする遺伝子、又は配列番号41に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように87%超の同一性を有する配列を含む。

【0095】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号43に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットb' atpG_3をコードする遺伝子、又は配列番号43に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように81%超の同一性を有する配列を含む。

【0096】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号45に示される配列を有するATP合成酵素サブユニットc atpE_2をコードする遺伝子、又は配列番号45に示される配列に対して、例えば99%超の同一性のように98%超の同一性を有する配列を含む。

【0097】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号47に示れる配列を有するATP合成酵素サブユニット a atpB_2をコードする遺伝子、又は、前記配列番号47の配列に対して、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば99％超の同一性のように92％超の同一性を有する配列を含む。

【0098】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号49に示される配列を有するATP合成酵素タンパク I atpIをコードする遺伝子、又は、前記配列番号49の配列に対して、例えば70％超の同一性、例えば80％超の同一性、例えば90％超の同一性、例えば95％超の同一性、例えば96％超の同一性、例えば97％超の同一性、例えば98％超の同一性、例えば99％超の同一性のように60％超の同一性を有する配列を含む。

【0099】

[配列番号18（SEQ ID NO:18）：ATP合成酵素ガンマチェーンatpG_1のヌクレオチド配列]

GTGACCGAGCGCCTGTCCGACGTCAACGCCCGCATCGCCTCGGTGCGGCAGCTCTCATCGGTCATCACGGCCATGCGGGGCATTGCGGCGGCGCGGGCGCGGGAGGCGCGGGGTCGGCTCGACGGCATCCGCGCCTATGCGCAGACCATCGCCGAGGCCATCGGCCATGTGCTCGCCGTGCTGCCCGAGGAGGCCCGCGCCCGGTCCTCCGGGCACCGGCATCGGGGCCATGCGGTCATCGCCCTGTGCGCGGAGCAGGGCTTTGCCGGCGTCTTCAACGAGCGGGTGCTGGACGAGGCCGCCCGGCTGCTGACCGGCGGGGCGGGGCCGGCCGAGCTGCTGCTGGTGGGCGACCGGGGCCTGATGGTGGCCCGCGAGCGGGGGCTCGATGTCTCCTGGTCGGTGCCCATGGTGGCCCATGCGGGCCAGGCCTCGGCGCTGGCGGACCGCATCAGCGAGGAGCTCTACCGGCGGATCGATGCGGGACGGGTGACGCGGGTGTCGGTGGTGCACGCCGAGCCCGCCGCGTCCGCCGCCATCGAGACGGTGGTGAAAGTGCTGGTGCCGTTCGACTTCGCCCGCTTCCCCCTGGCGCGGGTGGCATCCGCCCCGCTCATGACCATGCCGCCGCCGCGGCTGCTGGCCCAGCTGTCGGAGGAATATGTGTTCGCCGAGCTGTGCGAGGCGCTCACCTTGTCCTTCGCGGCGGAGAACGAGGCCCGCATGCGGGCCATGATCGCCGCCCGCGCCAATGTGGCCGATACCCTGGAGGGCCTCGTCGGCCGCGCCCGGCAGATGCGCCAGGAGGAGATCACCAACGAGATCATCGAGCTGGAAGGCGGCGCCGGCAGCGCCCGGCATGCGGATTGA

【0100】

[配列番号19（SEQ ID NO:19）：ATP合成酵素ガンマチェーンatpG_1のアミノ酸配列]

MTERLSDVNARIASVRQLSSVITAMRGIAAARAREARGRLDGIRAYAQTIAEAIGHVLAVLPEEARARSSGHRHRGHAVIALCAEQGFAGVFNERVLDEAARLLTGGAGPAELLLVGDRGLMVARERGLDVSWSVPMVAHAGQASALADRISEELYRRIDAGRVTRVSVVHAEPAASAAIETVVKVLVPFDFARFPLARVASAPLMTMPPPRLLAQLSEEYVFAELCEALTLSFAAENEARMRAMIAARANVADTLEGLVGRARQMRQEEITNEIIELEGGAGSARHAD

【0101】

[配列番号20（SEQ ID NO:20）：ATP合成酵素サブユニットアルファatpA_1のヌクレオチド配列]

ATGAGCACGGGCGCGCAAGCGAGCGAGGATTGGCTCACCCGGAGCCGGGCGGCCCTGGCCGGGACGCGCCTTTCCCAGCAATCCCAATCGGTGGGCCGGGTGGAGGAGATGGCCGACGGCATCGCCCGCGTCTCCGGCCTGCCGGATGTGCGGCTCGACGAGCTTCTCACCTTCGAGGGCGGCCAGACCGGCTATGCCCTCACCCTCGATCGCACCGAGATCGCCGTGGTGCTGCTGGATGACGCCTCCGGCGTGGAGGCGGGCGCCCGGGTGTTCGGCACCGGCGAGGTGGTGAAGGTGCCGGTGGGGCCGGGGCTGCTGGGCCGCATCGTCGACCCCCTCGGCCGGCCCATGGACCGCTCCGAGCCGGTGGTGGCGCAGGCGCACCATCCCATCGAGCGGCCGGCGCCGGCCATCATCGCCCGCGACCTGGTCTCGCAGCCGGTTCAGACCGGCACGCTGGTGGTGGATGCGCTGTTCTCCCTCGGCCGGGGCCAGCGCGAGCTCATCATCGGCGACCGGGCTACCGGCAAGACCGCCATCGCGGTGGACACCATCATCAGCCAGAAGCATTCGGACATCGTGTGCATCTACGTGGCGGTGGGCCAGCGCGCCGCCGCCGTGGAGCGGGTGGTGGAGGCGGTGCGCGCCCACGGGGCGATCGAGCGCTGCATCTTCGTGGTCGCCTCGGCCGCCGCCTCGCCAGGGCTGCAATGGATCGCGCCGTTCGCCGGCATGACCATGGCGGAATATTTCCGCGACAACGGCCAGCATGCGCTCATCATCATCGATGATCTCACCAAGCATGCGGCCACCCATCGCGAGCTGGCGCTGCTCACCCACGAGCCGCCGGGCCGCGAGGCCTATCCCGGCGACATCTTCTATGTGCACGCCCGCCTTCTGGAGCGGGCCGCCAAGCTCTCCGCCGAGCTGGGCGGTGGCTCGCTCACGGCCCTGCCCATCGCGGAGACGGACGCGGGAAACCTCTCCGCCTATATCCCCACCAACCTCATCTCCATCACCGATGGGCAGATCGTGCTGGATTCGCGGCTGTTCGCGGCCAACCAGCGCCCGGCGGTGGATGTGGGCCTCTCCGTGAGCCGGGTGGGCGGCAAGGCGCAGCATCCCGCGCTTCGGGCCGTGTCCGGGCGCATCCGGCTCGATTATTCCCAGTTCCTGGAGCTGGAAATGTTCACCCGCTTCGGCGGCATCACCGATACCCGCGTGAAGGCGCAGATCACCCGGGGCGAGCGCATCCGCGCGCTGCTCACCCAGCCGCGCTTTTCCACCCTGCGCCTTCAGGACGAGGTGGCGCTGCTGGCCGCGCTGGCGGAGGGGGTGTTCGACACTTTGGCCCCGGGGCTGATGGGCGCCGTGCGTGCCCGCATTCCGGCCCAGCTGGATGCGCAGGTGAAGGACGTGGCCTCGGCCCTCGCCGAGGGCAAGGTGCTGGAGGAGGGCTTGCACGCCCGTCTCGTGGCGGCCGTGCGGGCCGTCGCGGCGGACGTGGCCGCGACCGCGAAGGCCGGGCCGTGA

【0102】

[配列番号21（SEQ ID NO:21）：ATP合成酵素サブユニットアルファatpA_1のアミノ酸配列]

MSTGAQASEDWLTRSRAALAGTRLSQQSQSVGRVEEMADGIARVSGLPDVRLDELLTFEGGQTGYALTLDRTEIAVVLLDDASGVEAGARVFGTGEVVKVPVGPGLLGRIVDPLGRPMDRSEPVVAQAHHPIERPAPAIIARDLVSQPVQTGTLVVDALFSLGRGQRELIIGDRATGKTAIAVDTIISQKHSDIVCIYVAVGQRAAAVERVVEAVRAHGAIERCIFVVASAAASPGLQWIAPFAGMTMAEYFRDNGQHALIIIDDLTKHAATHRELALLTHEPPGREAYPGDIFYVHARLLERAAKLSAELGGGSLTALPIAETDAGNLSAYIPTNLISITDGQIVLDSRLFAANQRPAVDVGLSVSRVGGKAQHPALRAVSGRIRLDYSQFLELEMFTRFGGITDTRVKAQITRGERIRALLTQPRFSTLRLQDEVALLAALAEGVFDTLAPGLMGAVRARIPAQLDAQVKDVASALAEGKVLEEGLHARLVAAVRAVAADVAATAKAGP

【0103】

[配列番号22（SEQ ID NO:22）：ATP合成酵素サブユニットb atpF_1のヌクレオチド配列]

ATGCAGATCGACTGGTGGACGCTGGGCCTGCAGACGGTCAACGTCCTCGTTCTCATCTGGCTCCTGAGCCGCTTCCTGTTCAAGCCGGTGGCGCAGGTCATCGCGCAGCGCCGTGCCGAGATCGAGAAGCTGGTGGAGGATGCGCGCGCCGCCAAGGCCGCCGCCGAGGCCGAGCGGGACACGGCGAAGGCGGAGGAGGCGCGCCTTGCCGCCGAGCGCGGCGCCCGCATGGCGGCGGTCGCCAAGGAGGCGGAGGCGCAGAAGGCGGCATTGCTGGCCGCCGCCAAGACCGAGGCCGAGGCCCTGCACGCGGCCGCGGAAGCGGCCATCGTCCGGGCGCGGGCGAGCGAGGAGGAAGCCGCCGCCGACCGCGCCAGCCGCCTTGCCGTGGACATCGCCGCCAAGCTGCTGGACCGGCTGCCCGACGACGCCCGGGTCGCGGGCTTCATCGATGGCCTCGCCGAGGGGCTTGAAGCCCTGCCCGAGGCGAGCCGGGCGGTGATCGGCGTCGACGGCGCGCCAGTGCGCGTGACGGCCGCGCGCGCCCTTATGCCGGCGGAGGAGGAGGCCTGCCGCACGCGGCTCTCCCAGGCGCTGGGCCGTCCGGTGACGCTGGCCGTGACCATCGACCCCGCCCTCATCGCCGGCCTGGAGATGGAGACGCCCCACGCGGTGGTGCGCAATTCCTTCAAGGCCGATCTCGACCGCGTCACCGCGGCGCTCACCCATCATGGGACCTGA

【0104】

[配列番号23（SEQ ID NO:23）：ATP合成酵素サブユニットb atpF_1のアミノ酸配列]

MQIDWWTLGLQTVNVLVLIWLLSRFLFKPVAQVIAQRRAEIEKLVEDARAAKAAAEAERDTAKAEEARLAAERGARMAAVAKEAEAQKAALLAAAKTEAEALHAAAEAAIVRARASEEEAAADRASRLAVDIAAKLLDRLPDDARVAGFIDGLAEGLEALPEASRAVIGVDGAPVRVTAARALMPAEEEACRTRLSQALGRPVTLAVTIDPALIAGLEMETPHAVVRNSFKADLDRVTAALTHHGT

【0105】

[配列番号24（SEQ ID NO:24）：ATP合成酵素サブユニットc、ナトリウムイオン特異性atpE_1のヌクレオチド配列]

ATGACTGTCGAGATGGTCAGCATCTTCGCGGCGGCGCTCGCCGTCTCCTTCGGCGCCATCGGGCCGGCCCTGGGCGAGGGCCGGGCGGTGGCCGCGGCCATGGACGCCATCGCCCGCCAGCCGGAGGCGGCCGGAACCTTGTCGCGCACGCTCTTCGTCGGCCTCGCCATGATCGAGACCATGGCGATCTACTGCCTGGTGATCGCGCTCCTGGTGCTCTTCGCCAATCCGTTCGTGAAGTGA

【0106】

[配列番号25（SEQ ID NO:25）：ATP合成酵素サブユニットc、ナトリウムイオン特異性atpE_1のアミノ酸配列]

MTVEMVSIFAAALAVSFGAIGPALGEGRAVAAAMDAIARQPEAAGTLSRTLFVGLAMIETMAIYCLVIALLVLFANPFVK

【0107】

[配列番号26（SEQ ID NO:26）：ATP合成酵素サブユニットa atpB_1のヌクレオチド配列]

ATGGGCTCGCCGCTGATCCTCGAACCCCTGTTCCATATCGGGCCCGTGCCCATCACCGCGCCGGTGGTGGTCACCTGGCTCATCATGGCCGCCTTCATTGGGCTGGCGCGGCTCATCACCCGGAAGCTTTCCACCGATCCCACCCGGACCCAGGCGGCGGTGGAAACGGTGCTGACCGCCATCGATTCCCAGATCGCCGACACCATGCAGGCCGATCCCGCGCCTTATCGCGCGCTCATCGGCACCATCTTCCTTTATGTGCTGGTGGCCAACTGGTCCTCGCTCATCCCGGGCATCGAGCCGCCCACGGCGCATATCGAGACCGATGCGGCGCTCGCTTTCATCGTGTTCGCCGCCACCATCGGGTTCGGGTTGAAGACAAGGGGTGTGAAGGGCTATCTCGCCACCTTCGCCGAACCCTCCTGGGTGATGATCCCGCTCAATGTGGTGGAGCAGATCACCCGGACCTTCTCGCTCATCGTGCGCCTGTTCGGCAACATCATGAGCGGGGTGTTCGTGGTCGGCATCATCCTGTCCCTCGCCGGGCTGCTGGTGCCCATCCCCCTCATGGCGCTCGATCTCCTGACCGGCGCCGTGCAGGCCTACATCTTCGCGGTGCTGGCCTGCGTGTTCATCGGCGCGGCCATTGGCGAGGCGCCGGCAAAGCCCCAATCGAAGGAGCCAGGGAAAACATCATGA

【0108】

[配列番号27（SEQ ID NO:27）：ATP合成酵素サブユニットa atpB_1のアミノ酸配列]

MGSPLILEPLFHIGPVPITAPVVVTWLIMAAFIGLARLITRKLSTDPTRTQAAVETVLTAIDSQIADTMQADPAPYRALIGTIFLYVLVANWSSLIPGIEPPTAHIETDAALAFIVFAATIGFGLKTRGVKGYLATFAEPSWVMIPLNVVEQITRTFSLIVRLFGNIMSGVFVVGIILSLAGLLVPIPLMALDLLTGAVQAYIFAVLACVFIGAAIGEAPAKPQSKEPGKTS

【0109】

[配列番号28（SEQ ID NO:28）：ATP合成酵素イプシロンチェーン atpC_1のヌクレオチド配列]

GTGAGCGCGCCGCTGCACCTCACCATCACCACGCCGGCCGCCGTTCTGGTGGACCGTGCCGACATCGTGGCCCTGCGTGCCGAGGACGAGAGCGGCAGCTTCGGCATCCTGCCCGGCCATGCGGATTTCCTGACCGTTCTGGAGGCCTGCGTGGTGCGCTTCAAGGATGGGGCCGACGGCGTGCATTATTGTGCTCTCAGTGGTGGCGTGCTGTCGGTCGAGGAGGGCCGGCGCATCGCCATCGCCTGCCGTCAGGGCACGGTGAGCGACGACCTGGTCGCCCTGGAAGGGGCGGTGGACGCCATGCGTTCGGCGGAGAGCGATGCCGACAAGCGGGCCCGGGTGGAGCAGATGCGCCTTCATGCCCACGCCGTGCGCCAGCTCCTGCACTATCTGCGGCCCGGCCGGGCCGGCGGCGTGGCGCCGGCCGCCGCGCCGGAGGAGGGGCCGTCATGA

【0110】

[配列番号29（SEQ ID NO:29）：ATP合成酵素イプシロンチェーン atpC_1のアミノ酸配列]

MSAPLHLTITTPAAVLVDRADIVALRAEDESGSFGILPGHADFLTVLEACVVRFKDGADGVHYCALSGGVLSVEEGRRIAIACRQGTVSDDLVALEGAVDAMRSAESDADKRARVEQMRLHAHAVRQLLHYLRPGRAGGVAPAAAPEEGPS

【0111】

[配列番号30（SEQ ID NO:30）：ATP合成酵素サブユニットベータ atpD_1のヌクレオチド配列]

ATGGCAGCGGCAGATGAGGAGGCGCAATCGGCCGCCGGCCCCGCCTCGGGCCGGGTGGTGGCCGTGCGCGGCGCGGTGATCGACATCGCCTTTGCCCAGCCTCCGCTGCCGCCGCTGGACGACGCCCTTCTCATCACCGACGGCCGGGGCGGCACGGTGCTGGTGGAGGTGCAGAGCCATATGGATCGGCACACGGTGCGCGCCATCGCCCTTCAGGCCACCACCGGCCTCAGCCGGGGGCTGGAGGCGGCGCGGGTGGGCGGGCCGGTGAAGGTGCCGGTGGGAGACCATGTGCTCGGCCGCCTCCTGGATGTCACCGGCGCCATCGGCGACAAGGGCGGGCCGCTGCCGGCCGACGTGCCCACGCGGCCGATCCACCACGCGCCGCCATCCTTCGCCGCGCAGGGCGGCACGTCCGATCTGTTTCGCACCGGCATCAAGGTCATCGACCTCCTGGCGCCCCTCGCCCAGGGCGGCAAGGCGGCCATGTTCGGCGGGGCCGGCGTGGGCAAGACCGTGCTGGTGATGGAGCTGATCCACGCCATGGTGGCGAGCTACAAGGGCATCTCGGTGTTTGCCGGCGTGGGGGAGCGCTCCCGCGAGGGCCACGAGATGCTGCTGGACATGACCGATTCCGGCGTGCTCGACCGCACCGTTCTGGTCTATGGCCAGATGAACGAGCCCCCCGGGGCCCGCTGGCGGGTGCCCATGACGGCGCTGACCATCGCCGAATATTTCCGCGACGAGAAGCACCAGAACGTCCTGCTGCTGATGGACAACATCTTCCGCTTCGTCCAGGCGGGGGCGGAGGTCTCCGGCCTTTTGGGCCGTCCGCCCTCCCGGGTGGGATACCAGCCGACGCTGGCGAGCGAGGTGGCGGCGCTCCAGGAACGCATCACCTCCGTGGGCGAGGCCTCGGTGACCGCCATCGAGGCGGTCTACGTGCCGGCGGATGACTTCACCGATCCCGCCGTGACCACCATCGCCGCCCACGTGGATTCCATGGTGGTGCTCTCCCGCGCCATGGCGGCGGAGGGCATGTATCCGGCGGTGGACCCCATCTCCTCCTCGTCGGTGCTGCTCGACCCGCTCATCGTGGGGGACGAGCATGCGCGCGTCGCCAACGAGGTGCGCCGGACCATCGAGCATTATCGCGAGCTTCAGGATGTGATCTCGCTGCTGGGCATGGAGGAATTGGGCACCGAGGATCGCCGCATCGTGGAGCGGGCGCGCCGGCTCCAGCGCTTCCTCACCCAGCCCTTCACGGTCACCGAGGCCTTCACCGGCGTGCCCGGCCGCTCGGTGGCCATCGCCGACACCATCGCCGGCTGCAGGATGATCCTGTCCGGCGCCTGCGACGACTGGCAGGAAAGCGCCCTCTACATGGTGGGCACCATCGACGAGGCCCGCCAGAAGGAGGAGGCCGCTCGCGCCAAGGCGGGGCAGGGCGCCCCGGCCGGGACGGCAGCCGAGACGGCGGAGGCCGCCCCGTGA

【0112】

[配列番号31（SEQ ID NO:31）：ATP合成酵素サブユニットベータ atpD_1のアミノ酸配列]

MAAADEEAQSAAGPASGRVVAVRGAVIDIAFAQPPLPPLDDALLITDGRGGTVLVEVQSHMDRHTVRAIALQATTGLSRGLEAARVGGPVKVPVGDHVLGRLLDVTGAIGDKGGPLPADVPTRPIHHAPPSFAAQGGTSDLFRTGIKVIDLLAPLAQGGKAAMFGGAGVGKTVLVMELIHAMVASYKGISVFAGVGERSREGHEMLLDMTDSGVLDRTVLVYGQMNEPPGARWRVPMTALTIAEYFRDEKHQNVLLLMDNIFRFVQAGAEVSGLLGRPPSRVGYQPTLASEVAALQERITSVGEASVTAIEAVYVPADDFTDPAVTTIAAHVDSMVVLSRAMAAEGMYPAVDPISSSSVLLDPLIVGDEHARVANEVRRTIEHYRELQDVISLLGMEELGTEDRRIVERARRLQRFLTQPFTVTEAFTGVPGRSVAIADTIAGCRMILSGACDDWQESALYMVGTIDEARQKEEAARAKAGQGAPAGTAAETAEAAP

【0113】

[配列番号32（SEQ ID NO:32）：ATP合成酵素サブユニットベータ atpD_2のヌクレオチド配列]

ATGGCGAACAAGGTCGGACGCATCACCCAGATCATCGGCGCCGTCGTCGACGTGCAGTTCGACGGGCATCTGCCGGCGATTCTCAACGCGATCGAGACCACCAACCAGGGCAACCGGCTGGTGCTCGAAGTGGCTCAGCATCTCGGCGAGAACACCGTGCGCTGCATCGCCATGGATGCCACTGAAGGCCTGGTGCGTGGCCAGGAGGTGGCCGACACCGATGCGCCCATCCAGGTGCCCGTGGGCGCCGCCACCCTCGGCCGCATCATGAACGTGATCGGCGAGCCGGTGGACGAGCTGGGCCCCATCGAGGGCGAAGCGCTGCGCGGCATCCATCAGCCGGCCCCCTCCTATGCGGAGCAGGCCACGGAAGCTGAGATCCTCGTCACCGGCATCAAGGTGGTGGATCTGCTGGCGCCCTATTCCAAGGGCGGCAAGGTGGGCCTGTTCGGCGGCGCCGGCGTGGGCAAGACCGTGCTCATCATGGAGCTGATCAACAACGTGGCCAAGGCGCACGGCGGCTATTCCGTGTTCGCCGGCGTGGGTGAGCGCACCCGCGAGGGCAACGACCTCTACCACGAGATGATCGAGTCCAACGTGAACAAGGACCCGCACGAGAACAATGGCTCGGCGGCCGGTTCCAAGTGCGCCCTGGTCTATGGCCAGATGAACGAGCCGCCCGGCGCCCGCGCCCGCGTGGCCCTCACCGGCCTCACCGTCGCCGAGCATTTCCGCGACCAGGGCCAGGACGTGCTGTTCTTCGTGGACAACATCTTCCGCTTCACCCAGGCGGGCTCCGAGGTGTCGGCGCTTCTCGGCCGCATCCCCTCGGCGGTGGGCTACCAGCCGACGCTGGCCACCGACATGGGCCAGCTGCAGGAGCGCATCACCACCACCACCAAGGGCTCCATCACCTCGGTGCAGGCCATCTACGTGCCGGCGGACGATCTGACCGATCCGGCGCCGGCCGCCTCCTTCGCCCATCTGGACGCCACCACGGTGCTGTCGCGCTCCATCGCGGAGAAGGGCATCTACCCGGCGGTGGATCCGCTGGACTCCACCTCGCGCATGCTGTCTCCCGCCATCCTCGGCGACGAGCACTACAACACCGCGCGCCAGGTGCAGCAGACCCTGCAGCGCTACAAGGCGCTCCAGGACATCATCGCCATCCTGGGCATGGACGAACTCTCCGAAGAGGACAAGCTCACCGTGGCCCGCGCCCGCAAGATCGAGCGCTTCCTCTCCCAGCCCTTCCACGTGGCCGAGGTGTTCACCGGTTCGCCCGGCAAGCTGGTCGACCTCGCCGACACCATCAAGGGCTTCAAGGGCCTGGTGGACGGCAAGTACGACTACCTGCCCGAGCAGGCCTTCTACATGGTGGGCACCATCGAAGAAGCCATCGAGAAGGGCAAGAAGCTGGCGGCCGAGGCGGCCTGA

【0114】

[配列番号33（SEQ ID NO:33）：ATP合成酵素サブユニットベータ atpD_2のアミノ酸配列]

MANKVGRITQIIGAVVDVQFDGHLPAILNAIETTNQGNRLVLEVAQHLGENTVRCIAMDATEGLVRGQEVADTDAPIQVPVGAATLGRIMNVIGEPVDELGPIEGEALRGIHQPAPSYAEQATEAEILVTGIKVVDLLAPYSKGGKVGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESNVNKDPHENNGSAAGSKCALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEHFRDQGQDVLFFVDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGQLQERITTTTKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPAASFAHLDATTVLSRSIAEKGIYPAVDPLDSTSRMLSPAILGDEHYNTARQVQQTLQRYKALQDIIAILGMDELSEEDKLTVARARKIERFLSQPFHVAEVFTGSPGKLVDLADTIKGFKGLVDGKYDYLPEQAFYMVGTIEEAIEKGKKLAAEAA

【0115】

[配列番号34（SEQ ID NO:34）：ATP合成酵素サブユニットガンマチェーンatpG_2のヌクレオチド配列]

ATGGCGAGTCTGAAGGACCTGAGAAACCGCATTGCCTCGGTGAAGGCGACGCAGAAGATCACCAAGGCGATGCAGATGGTCGCCGCGGCGAAGCTGCGTCGCGCCCAGGCGGCGGCTGAAGCGGCCCGTCCCTATGCGGAACGCATGGAGACGGTGCTCGGAAATCTTGCCTCCGGCATGGTGGTGGGCGCGCAGGCGCCTGTTCTCATGACCGGGACGGGCAAGAGCGACACCCACCTGCTGCTGGTGTGCACCGGCGAGCGCGGCCTGTGCGGCGCCTTCAACTCGTCCATCGTGCGCTTCGCCCGCGAGCGGGCGCAGCTGCTGCTGGCCGAGGGCAAGAAGGTGAAAATCCTGTGCGTGGGCCGCAAGGGCCACGAGCAGCTGCGCCGCATCTACCCGGACAACATCATCGACGTGGTGGACCTGCGCGCGGTGCGCAACATCGGCTTCAAGGAGGCCGACGCCATCGCCCGCAAGGTGCTGGCCCTGCTCGATGAAGGCGCATTCGACGTCTGCACGCTCTTCTACTCCCACTTCAGGAGCGTGATCGCCCAGGTGCCGACGGCCCAGCAGCTCATTCCGGCCACCTTCGACGAGCGGCCGGCCGTCGCCGATGCGCCGGTCTATGAATATGAGCCGGAGGAGGAGGAGATCCTCGCCGAGCTGCTGCCGCGCAACGTGGCGGTGCAGATCTTCAAGGCCCTCCTCGAGAACCAGGCTTCTTTCTATGGCTCCCAGATGAGCGCCATGGACAACGCCACGCGCAATGCGGGCGAGATGATCAAGAAGCAGACGCTCACCTACAACCGTACCCGCCAGGCCATGATCACGAAGGAACTCATCGAGATCATCTCCGGCGCCGAGGCCGTCTGA

【0116】

[配列番号35（SEQ ID NO:35）：ATP合成酵素サブユニットガンマチェーンatpG_2のアミノ酸配列]

MASLKDLRNRIASVKATQKITKAMQMVAAAKLRRAQAAAEAARPYAERMETVLGNLASGMVVGAQAPVLMTGTGKSDTHLLLVCTGERGLCGAFNSSIVRFARERAQLLLAEGKKVKILCVGRKGHEQLRRIYPDNIIDVVDLRAVRNIGFKEADAIARKVLALLDEGAFDVCTLFYSHFRSVIAQVPTAQQLIPATFDERPAVADAPVYEYEPEEEEILAELLPRNVAVQIFKALLENQASFYGSQMSAMDNATRNAGEMIKKQTLTYNRTRQAMITKELIEIISGAEAV

【0117】

[配列番号36（SEQ ID NO:36）：ATP合成酵素サブユニットアルファatpA_2のヌクレオチド配列]

ATGGACATTCGAGCCGCTGAAATCTCTGCCATCCTGAAAGAGCAGATCCAGAATTTCGGCCAGGAGGCGGAAGTCTCCGAGGTGGGTCAGGTTCTGTCCGTGGGTGACGGCATCGCGCGCGTCTACGGCCTCGACAACGTCCAGGCGGGCGAGATGGTCGAGTTCGAGAACGGCACGCGCGGCATGGCGCTGAACCTCGAGCTCGACAATGTCGGCATCGTGATCTTCGGTTCCGACCGCGAGATCAAGGAAGGCCAGACCGTCAAGCGGACCGGCGCCATCGTGGACGCCCCCGTCGGCAAGGGCCTGCTCGGCCGCGTCGTGGACGCTCTCGGCAACCCGATCGACGGCAAGGGCCCGATCATGTTCACCGAGCGTCGCCGGGTCGACGTGAAGGCGCCGGGCATCATCCCGCGCAAGTCGGTGCACGAGCCCATGCAGACCGGCCTGAAGGCCATCGATGCGCTCATCCCCATCGGCCGCGGCCAGCGCGAGCTCATCATCGGCGACCGCCAGACCGGCAAGACCGCCGTGGCGCTCGACTCGATCCTGAACCAGAAGCCCATCAACCAGGGCGACGACGAGAAGGCCAAGCTCTACTGCGTCTATGTCGCGGTGGGCCAGAAGCGTTCCACTGTCGCGCAGTTCGTGAAGGTGCTCGAGGAGCACGGCGCGCTGGAATATTCCATCGTCGTCGCCGCCACCGCCTCGGACGCGGCCCCCATGCAGTTCCTGGCGCCGTTCACCGGCACCGCCATGGGCGAGTATTTCCGCGACAACGGCATGCACGCCCTCATCATCCATGATGACCTGTCCAAGCAGGCCGTGGCCTACCGCCAGATGTCGCTGCTGCTGCGCCGCCCGCCGGGCCGCGAGGCCTATCCCGGCGATGTGTTCTACCTGCACTCCCGCCTCTTGGAGCGCGCCGCCAAGCTCAATGACGAGCACGGCGCCGGCTCGCTGACCGCCCTGCCGGTGATCGAGACCCAGGCCAACGACGTGTCGGCCTACATCCCGACCAACGTGATCTCCATCACCGACGGTCAGATCTTCCTTGAATCCGATCTGTTCTACCAGGGCATCCGCCCGGCGGTGAACGTGGGCCTGTCGGTGTCGCGCGTGGGCTCTTCGGCCCAGATCAAGGCGATGAAGCAGGTGGCCGGCAAGATCAAGGGCGAGCTCGCCCAGTATCGCGAGCTGGCGGCCTTCGCCCAGTTCGGTTCGGACCTGGACGCGGCCACCCAGAAGCTGCTGAACCGCGGCGCCCGCCTCACCGAGCTGCTGAAGCAGAGCCAGTTCTCGCCCCTCAAGGTGGAGGAGCAGGTGGCGGTGATCTATGCCGGCACCAATGGCTATCTCGATCCGCTGCCGGTCTCCAAGGTGCGCGAGTTCGAGCAGGGTCTGCTCCTGTCGCTGCGCTCGCAGCATCCGGAGATCCTGGACGCCATCCGCACGTCCAAGGAGCTTTCCAAGGACACCGCCGAGAAGCTGACGAAGGCCATCGACGCCTTCGCCAAGAGCTTCTCCTGA

【0118】

[配列番号37（SEQ ID NO:37）：ATP合成酵素サブユニットアルファatpA_2のアミノ酸配列]

MDIRAAEISAILKEQIQNFGQEAEVSEVGQVLSVGDGIARVYGLDNVQAGEMVEFENGTRGMALNLELDNVGIVIFGSDREIKEGQTVKRTGAIVDAPVGKGLLGRVVDALGNPIDGKGPIMFTERRRVDVKAPGIIPRKSVHEPMQTGLKAIDALIPIGRGQRELIIGDRQTGKTAVALDSILNQKPINQGDDEKAKLYCVYVAVGQKRSTVAQFVKVLEEHGALEYSIVVAATASDAAPMQFLAPFTGTAMGEYFRDNGMHALIIHDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKLNDEHGAGSLTALPVIETQANDVSAYIPTNVISITDGQIFLESDLFYQGIRPAVNVGLSVSRVGSSAQIKAMKQVAGKIKGELAQYRELAAFAQFGSDLDAATQKLLNRGARLTELLKQSQFSPLKVEEQVAVIYAGTNGYLDPLPVSKVREFEQGLLLSLRSQHPEILDAIRTSKELSKDTAEKLTKAIDAFAKSFS

【0119】

[配列番号38（SEQ ID NO:38）：ATP合成酵素サブユニットデルタatpHのヌクレオチド配列]

GTGGCGGAAACGATCGTGTCAGGCATGGCGGGACGCTATGCGACCGCGCTGTTCGAGCTGGCGGACGAAGCCGGTGCCATCGATTCCGTCCAGGCGGATCTTGATCGCCTGTCCGGCCTTCTGGCCGAGAGCGCGGATCTGGCGCGGCTGGTCAAGAGCCCGGTCTTCACCGCCGAGCAGCAGCTCGGCGCGATGGCGGCCATTCTCGATCAAGCAGGCATTTCCGGCCTTGCGGGCAAATTCGTGAAGCTGGTGGCGCAGAACCGCCGCCTGTTCGCACTGCCGCGCATGATTGCCGAATACGCCGTCCTGGTGGCCCGGAAGAAGGGCGAGACCTCGGCGAGCGTGACCGTTGCCACCCCCCTGAGCGATGAGCATCTGGCCACGCTCAAGGCGGCCCTGGCTGAAAAGACCGGCAAGGACGTGAAGCTCGACGTCACCGTCGATCCGTCCATCCTCGGTGGTCTCATCGTGAAGCTCGGCTCGCGCATGGTCGATGCTTCCCTGAAGACCAAACTCAATTCTATCCGGCATGCGATGAAAGAGGTCCGCTGA

【0120】

[配列番号39（SEQ ID NO:39）：ATP合成酵素サブユニットデルタatpHのアミノ酸配列]

MAETIVSGMAGRYATALFELADEAGAIDSVQADLDRLSGLLAESADLARLVKSPVFTAEQQLGAMAAILDQAGISGLAGKFVKLVAQNRRLFALPRMIAEYAVLVARKKGETSASVTVATPLSDEHLATLKAALAEKTGKDVKLDVTVDPSILGGLIVKLGSRMVDASLKTKLNSIRHAMKEVR

【0121】

[配列番号40（SEQ ID NO:40）：ATP合成酵素サブユニットb atpF_2のヌクレオチド配列]

ATGACCGAAATGGAACTGGCTGAGCTCTGGGTCGCCATCGCCTTCCTGGTTTTCGTAGGCCTCCTGATCTATGCGGGCGCCCACCGCGCCATCGTCTCCGCCCTGGATTCCCGCGGCTCGCGCATCGCCTCGGAACTGGAGGAGGCCCGTCGGCTCAAGGAAGAGGCCCAGAAGCTGGTGGCCGAATTCAAGCGCAAGCAGCGCGAGGCCGAGGCCGAGGCCGAATCCATCGTCACCGGCGCCAAGGCCGAGGCCGAGCGCCTCGCCGCCGAGGCCAAGGCGAAGATCGAGGATTTCGTCACCCGCCGCACCAAGATGGCCGAGGACAAGATCGCCCAGGCCGAGCATCAGGCTCTGGCGGACGTGAAGTCCATCGCCGCCGAGGCGGCGGCCAAGGCGGCCGAGGTGATCCTCGGCGCCCAGGCCACCGGCGCGGTGGCGGAGCGTCTGCTGTCGGGCGCCATCTCCGAGGTCAAGACCAAGCTCAACTGA

【0122】

[配列番号41（SEQ ID NO:41）：ATP合成酵素サブユニットb atpF_2のアミノ酸配列]

MTEMELAELWVAIAFLVFVGLLIYAGAHRAIVSALDSRGSRIASELEEARRLKEEAQKLVAEFKRKQREAEAEAESIVTGAKAEAERLAAEAKAKIEDFVTRRTKMAEDKIAQAEHQALADVKSIAAEAAAKAAEVILGAQATGAVAERLLSGAISEVKTKLN

【0123】

[配列番号42（SEQ ID NO:42）：ATP合成酵素サブユニットb' atpG_3のヌクレオチド配列]

ATGATGATTGCATGGAAGCGGACCTTCGCAGTCGTGACCTTCGGGGCCGCCCTGATGGCCATGCCCGTCGCGGGCGTGGTCGCAGCTGAGACTTCTCCCGCTCCGGCGGCAGTGGCGCAGGCCGATCATGCGGTGCCCACCGAGGCGGCCGGCCAGGGCACCGCCGATGCGGCCCATGCCGCCGCGCCGGGCGAGGCCGCCCATGGTGGCGCGGCCAAGCACGAAACCCATTTCCCGCCCTTCGACGGCACCACCTTCGCCTCCCAGTTGCTGTGGCTCGCCGTCACCTTCGGCCTGCTTTACTACCTCATGAGCAAGGTCACGCTGCCGCGCATCGGCCGCATCCTGGAAGAGCGCCACGACCGCATCGCCGATGATCTGGAGGAAGCCTCCAAGCATCGCGCCGAGAGCGAGGCCGCCCAGCGGGCCTATGAGAAGGCGCTGAGCGAGGCCCGCGCGAAGGCCCATTCCATCGCCGCGGAAACCCGCGACCGCCTTGCCGCCCACGCCGACACCAACCGCAAGGCGCTGGAGAGCGAGCTCACCGCCAAGCTGCAGGCGGCCGAGGAGCGCATCGCCACCACCAAGAGCGAAGCCCTCACCCATGTGCGCGGCATCGCGGTGGACGCCACCCAATCCATCGTCTCCACCCTCATCGGTGTCGCGCCCGCGGCGGCCGACGTGGAAAAAGCGGTGGACGGCGCCCTGTCCCAGCACGGCCAGGCCTGA

【0124】

[配列番号43（SEQ ID NO:43）：ATP合成酵素サブユニットb' atpG_3のアミノ酸配列]

MMIAWKRTFAVVTFGAALMAMPVAGVVAAETSPAPAAVAQADHAVPTEAAGQGTADAAHAAAPGEAAHGGAAKHETHFPPFDGTTFASQLLWLAVTFGLLYYLMSKVTLPRIGRILEERHDRIADDLEEASKHRAESEAAQRAYEKALSEARAKAHSIAAETRDRLAAHADTNRKALESELTAKLQAAEERIATTKSEALTHVRGIAVDATQSIVSTLIGVAPAAADVEKAVDGALSQHGQA

【0125】

[配列番号44（SEQ ID NO:44）：ATP合成酵素サブユニットc atpE_2のヌクレオチド配列]

ATGGAAGCGGAAGCTGGAAAGTTCATCGGTGCCGGCCTCGCCTGCCTCGGCATGGGTCTCGCTGGCGTCGGCGTCGGTAACATCTTCGGTAACTTCCTCTCCGGCGCCCTGCGCAACCCGTCCGCTGCCGACGGCCAGTTCGCCCGCGCCTTCATCGGCGCCGCCCTCGCGGAAGGTCTCGGCATCTTCTCGCTGGTCGTTGCGCTCGTCCTGCTGTTCGTGGCCTGA

【0126】

[配列番号45（SEQ ID NO:45）：ATP合成酵素サブユニットc atpE_2のアミノ酸配列]

MEAEAGKFIGAGLACLGMGLAGVGVGNIFGNFLSGALRNPSAADGQFARAFIGAALAEGLGIFSLVVALVLLFVA

【0127】

[配列番号46（SEQ ID NO:46）：ATP合成酵素サブユニットa atpB_2のヌクレオチド配列]

ATGACCGTCGATCCGATCCACCAGTTCGAGATCAAGCGCTACGTGGATCTGCTGAACGTCGGCGGTGTCCAGTTCTCCTTCACCAACGCAACGGTGTTCATGATTGGCATCGTCCTGGTGATTTTCTTCTTCCTGACTTTCGCGACACGCGGTCGCACCCTTGTGCCGGGCCGGATGCAGTCGGCGGCGGAGCTGAGCTACGAGTTCATCGCCAAGATGGTGCGCGACGCGGCCGGCAGCGAGGGAATGGTGTTCTTTCCCTTCGTCTTCTCGCTCTTCATGTTCGTGCTGGTGGCGAACGTATTGGGGCTCATCCCCTACACCTTCACGGTGACCGCCCACCTCATCGTCACCGCCGCCCTGGCGGCGACGGTGATCCTCACCGTCATCATCTACGGCTTCGTGCGGCACGGCACCCACTTCCTGCACCTGTTCGTGCCGTCGGGCGTGCCGGGCTTCCTCCTGCCCTTCCTCGTGGTGATCGAGGTGGTGTCGTTCCTGTCGCGGCCCATCAGCCTCTCGCTGCGTCTGTTCGCCAACATGCTGGCGGGCCACATCGCCCTCAAGGTGTTCGCCTTCTTCGTCGTGGGACTGGCCTCGGCCGGCGCGATCGGCTGGTTCGGCGCCACCCTGCCCTTCTTCATGATCGTGGCGCTCACCGCGCTGGAGCTGCTGGTGGCGGTGCTGCAGGCCTACGTGTTCGCGGTGCTGACCTCGATCTACCTCAACGACGCCATCCATCCCGGCCACTGA

【0128】

[配列番号47（SEQ ID NO:47）：ATP合成酵素サブユニットa atpB_2のアミノ酸配列]

MTVDPIHQFEIKRYVDLLNVGGVQFSFTNATVFMIGIVLVIFFFLTFATRGRTLVPGRMQSAAELSYEFIAKMVRDAAGSEGMVFFPFVFSLFMFVLVANVLGLIPYTFTVTAHLIVTAALAATVILTVIIYGFVRHGTHFLHLFVPSGVPGFLLPFLVVIEVVSFLSRPISLSLRLFANMLAGHIALKVFAFFVVGLASAGAIGWFGATLPFFMIVALTALELLVAVLQAYVFAVLTSIYLNDAIHPGH

【0129】

[配列番号48（SEQ ID NO:48）：ATP合成酵素タンパクI atpIのヌクレオチド配列]

ATGTCCGAGCCGAATGATCCATCCCGCAGGGACGGTGCGAAGGCGAAAGACGAGACGCAGGACTCCCGGCCCGGTGAGGCGGATCTTGCTCGGCGCCTCGATGCGCTCGGCACCTCCATCGGTCAGGTCAAGTCCAGAAGCGGGGAGCCCGCGGCGACGCCGCGCAAGGACACCTCCTCGGCCTCCGGCGCGGCCCTGGCGTTTCGGCTGGGCGCCGAGTTTGTTTCAGGCGTGCTGGTGGGCTCGCTCATCGGCTACGGGTTGGATTATGCGTTTGCGATTTCGCCCTGGGGGCTGATCGCCTTCACGCTGATCGGCTTTGCCGCCGGCGTCCTGAACATGCTGCGCGTGGCGAACAGCGATGCCAAGCGCCACAGCGCGGACAGGTGA

【0130】

[配列番号49（SEQ ID NO:49）：ATP合成酵素タンパクI atpIのアミノ酸配列]

MSEPNDPSRRDGAKAKDETQDSRPGEADLARRLDALGTSIGQVKSRSGEPAATPRKDTSSASGAALAFRLGAEFVSGVLVGSLIGYGLDYAFAISPWGLIAFTLIGFAAGVLNMLRVANSDAKRHSADR

【0131】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号51に示される配列を有するニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーン nifD_1をコードする遺伝子、又は配列番号51に示される配列に対して、例えば70%超の同一性、例えば92%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように60%超の同一性を有する配列を含む。

【0132】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号53に示される配列を有するニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーン nifD_2をコードする遺伝子、又は配列番号53に示される配列に対して、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように60%超の同一性を有する配列を含む。

【0133】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号55に示される配列を有するニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーン nifK_1をコードする遺伝子、又は配列番号55に示される配列に対して、例えば90%超の同一性、例えば95%超の同一性、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように87%超の同一性を有する配列を含む。

【0134】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号57に示される配列を有するニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーン nifK_2をコードする遺伝子、又は配列番号57に示される配列に対して、例えば96%超の同一性、例えば97%超の同一性、例えば98%超の同一性、例えば99%超の同一性のように95%超の同一性を有する配列を含む。

【0135】

別の実施形態では、本発明の方法で使用される細菌株は、配列番号59に示される配列を有するニトロゲナーゼ 鉄タンパク nifHをコードする遺伝子、又は配列番号59に示される配列に対して98.5%超の同一性を有する配列を含む。

【0136】

[配列番号50（SEQ ID NO:50）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーンnifD_1のヌクレオチド配列]

ATGAGTTCGCTCTCCGCCACTATTCAACAGGTCTTCAACGAGCCGGGCTGCGCGAAGAACCAGAATAAGTCCGAGGCGGAGAAGAAGAAGGGCTGCACCAAGCAGCTGCAACCCGGCGGAGCGGCCGGCGGCTGCGCGTTCGACGGCGCGAAGATCGCGCTCCAGCCCTTGACCGACGTCGCCCACCTGGTGCACGGCCCCATCGCCTGCGAAGGCAATTCCTGGGACAATCGTGGCGCCAAGTCCTCCGGCTCGAACATCTGGCGCACCGGCTTCACCACGGACATCAACGAAACCGACGTGGTGTTCGGCGGCGAGAAGCGTCTGTTCAAGTCCATCAAGGAAATCATCGAGAAGTACGACCCGCCGGCCGTCTTCGTCTATCAGACCTGCGTCCCCGCCATGATCGGCGACGACATCGACGCGGTGTGCAAGGCGGCCAGGGAGAAGTTCGGAAAGCCGGTGATCCCGATCAATTCCCCCGGCTTCGTGGGGCCGAAGAATCTCGGCAACAAGCTCGCCGGCGAGGCGCTCCTCGACCATGTGATCGGCACCGAGGAGCCCGATTACACGACGGCCTACGACATCAACATCATCGGCGAATACAATCTCTCCGGCGAGTTGTGGCAGGTGAAGCCGCTGCTGGACGAGCTGGGCATCCGCATCCTCGCCTGCATCTCCGGCGACGGGAAGTACAAGGATGTGGCGTCCTCCCACCGCGCCAAGGCGGCGATGATGGTGTGCTCCAAGGCCATGATCAACGTGGCCCGCAAGATGGAGGAGCGCTACGACATCCCCTTCTTCGAAGGCTCCTTCTACGGCATCGAGGATAGCTCCGATTCCCTGCGCGAGATTGCGCGCATGCTCATCGAGAAGGGCGCCGATCCGGAGCTGATGGACCGCACCGAGGCGCTGATTGAGCGGGAAGAGAAGAAGGCGTGGGACGCCATCGCCGCCTACAAGCCCCGCTTCAAGGACAAGAAGGTGCTGCTCATCACCGGCGGCGTGAAATCCTGGTCGGTGGTGGCAGCGCTCCAGGAAGCCGGCCTCGAACTGGTGGGCACCTCGGTGAAGAAGTCCACCAAGGAGGACAAGGAGCGCATCAAGGAACTGATGGGCCAGGACGCCCACATGATCGACGACATGACGCCCCGCGAAATGTACAAGATGCTGAAGGACGCCAAGGCGGACATCATGCTCTCGGGCGGGCGCTCGCAATTCATCGCGCTCAAGGCCGCCATGCCCTGGCTCGACATCAACCAGGAGCGCCACCACGCCTATATGGGCTATGTGGGCATGGTGAAGCTGGTCGAGGAGATCGACAAGGCGCTCTACAATCCCGTGTGGGAACAGGTGCGCAAGCCCGCCCCGTGGGAAAATCCGGAAGACACCTGGCAGGCCCGTGCGCTCGCCGAAATGGAGGCGGAGGCCGCCGCGCTCGCCGCCGATCCGGTGCGCGCGGAAGAGGTGCGCCGGTCCAAGAAGATCTGCAATTGCAAGAGCGTCGACCTCGGAACCATTGAGGACGCCATCAAGGCTCACGCGCTGACCACCGTGGAGGGTGTGCGAGAGCACACCAATGCCTCGGGAGGCTGCGGAGCCTGCAGCGGGCGGATCGAGGAGATCTTCGAGGCCGTGGGCGTTGTCGCCGCCCCGCCTCCCGCGGAGGCCGCCCCGTCTCCGCAGGAGATCGCGCCCGATCCGCTCGCTGCGGAGGAAAAGCGCCGCGCCAAGAAGGCCTGCGGCTGCAAGGAGGTAGCGGTCGGCACCATTGAGGATGCCATCCGCGCCAAGGGTCTGCGAAACATCGCGGAGGTGCGTGCGGCCACCGATGCCAACACCGGCTGCGGCAATTGCCAGGAGCGGGTGGAGGGCATCCTCGACCGGGTTCTCGCCGAGGCGGCCTCAGAACTCCAGGCGGCGGAATAG

【0137】

[配列番号51（SEQ ID NO:51）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーンnifD_1のアミノ酸配列]

MSSLSATIQQVFNEPGCAKNQNKSEAEKKKGCTKQLQPGGAAGGCAFDGAKIALQPLTDVAHLVHGPIACEGNSWDNRGAKSSGSNIWRTGFTTDINETDVVFGGEKRLFKSIKEIIEKYDPPAVFVYQTCVPAMIGDDIDAVCKAAREKFGKPVIPINSPGFVGPKNLGNKLAGEALLDHVIGTEEPDYTTAYDINIIGEYNLSGELWQVKPLLDELGIRILACISGDGKYKDVASSHRAKAAMMVCSKAMINVARKMEERYDIPFFEGSFYGIEDSSDSLREIARMLIEKGADPELMDRTEALIEREEKKAWDAIAAYKPRFKDKKVLLITGGVKSWSVVAALQEAGLELVGTSVKKSTKEDKERIKELMGQDAHMIDDMTPREMYKMLKDAKADIMLSGGRSQFIALKAAMPWLDINQERHHAYMGYVGMVKLVEEIDKALYNPVWEQVRKPAPWENPEDTWQARALAEMEAEAAALAADPVRAEEVRRSKKICNCKSVDLGTIEDAIKAHALTTVEGVREHTNASGGCGACSGRIEEIFEAVGVVAAPPPAEAAPSPQEIAPDPLAAEEKRRAKKACGCKEVAVGTIEDAIRAKGLRNIAEVRAATDANTGCGNCQERVEGILDRVLAEAASELQAAE

【0138】

[配列番号52（SEQ ID NO:52）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーンnifD_2のヌクレオチド配列]

ATGAGTGTCGCACAGTCCCAGAGCGTCGCCGAGATCAAGGCGCGCAACAAGGAACTCATCGAAGAGGTCCTCAAGGTCTATCCCGAGAAGACCGCCAAGCGCCGCGCCAAGCACCTGAACGTCCACGAAGCCGGCAAGTCCGACTGCGGCGTGAAGTCCAACATCAAGTCCATCCCGGGCGTGATGACCATCCGCGGTTGCGCTTATGCCGGCTCCAAGGGTGTGGTGTGGGGTCCCATCAAGGACATGATCCACATCTCCCACGGCCCGGTGGGCTGCGGCCAGTATAGCTGGGCCGCCCGCCGCAACTACTATATCGGCACGACCGGCATCGACACCTTCGTGACGATGCAGTTCACCTCCGACTTCCAGGAGAAGGACATCGTCTTCGGCGGCGACAAGAAGCTCGCCAAGATCATGGACGAGATCCAGGAGCTGTTCCCGCTGAACAACGGCATCACCGTTCAGTCCGAGTGCCCCATCGGCCTCATCGGCGACGACATCGAGGCCGTCTCCAAGCAGAAGTCCAAGGAGTATGAGGGCAAGACCATCGTGCCGGTGCGCTGCGAGGGCTTCCGCGGCGTGTCCCAGTCCCTGGGCCACCACATCGCCAACGACGCCATCCGCGATTGGGTGTTCGACAAGATCGCGCCCGACGCCGAGCCGCGCTTTGAGCCGACCCCGTACGACGTCGCCATCATCGGCGACTACAATATCGGTGGTGACGCCTGGTCGTCCCGTATCCTCCTGGAGGAGATGGGCCTGCGCGTGATCGCCCAGTGGTCCGGCGACGGTTCGCTCGCTGAGCTGGAGGCCACCCCGAAGGCCAAGCTCAACGTGCTGCACTGCTACCGCTCCATGAACTACATCTCGCGCCACATGGAAGAGAAGTACGGTATCCCGTGGTGCGAGTACAACTTCTTCGGTCCTTCCAAGATCGCCGAGTCCCTGCGCAAGATCGCCAGCTACTTCGACGACAAGATCAAGGAAGGCGCGGAGCGCGTCATCGCCAAGTATCAGCCGCTCATGGATGCGGTGATCGCGAAGTATCGTCCCCGCCTCGAGGGCAAGACCGTGATGCTGTACGTGGGCGGCCTGCGTCCCCGTCACGTCATCGGCGCCTACGAGGACCTGGGCATGGAAGTGGTCGGCACGGGCTACGAGTTCGCCCATAACGACGACTACCAGCGCACCGCCCAGCACTACGTCAAGGATGGCACCATCATCTATGACGACGTGACCGGCTACGAGTTCGAGAAGTTCGTCGAGAAGATCCAGCCGGACCTGGTCGGTTCGGGCATCAAGGAAAAGTACGTCTTCCAGAAGATGGGCGTGCCGTTCCGCCAGATGCACTCCTGGGACTACTCGGGCCCGTACCACGGCTATGACGGCTTCGCGATCTTCGCGCGCGACATGGACATGGCCATCAACAGCCCCGTGTGGAAGATGACCCAGGCTCCGTGGAAGAGCGTCCCCAAGCCGACGATGCTCGCGGCTGAATGA

【0139】

[配列番号53（SEQ ID NO:53）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク アルファチェーンnifD_2のアミノ酸配列]

MSVAQSQSVAEIKARNKELIEEVLKVYPEKTAKRRAKHLNVHEAGKSDCGVKSNIKSIPGVMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSWAARRNYYIGTTGIDTFVTMQFTSDFQEKDIVFGGDKKLAKIMDEIQELFPLNNGITVQSECPIGLIGDDIEAVSKQKSKEYEGKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAIRDWVFDKIAPDAEPRFEPTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRVIAQWSGDGSLAELEATPKAKLNVLHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWCEYNFFGPSKIAESLRKIASYFDDKIKEGAERVIAKYQPLMDAVIAKYRPRLEGKTVMLYVGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYQRTAQHYVKDGTIIYDDVTGYEFEKFVEKIQPDLVGSGIKEKYVFQKMGVPFRQMHSWDYSGPYHGYDGFAIFARDMDMAINSPVWKMTQAPWKSVPKPTMLAAE

【0140】

[配列番号54（SEQ ID NO:54）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーンnifK_1のヌクレオチド配列]

ATGGCCACCGTTTCCGTCTCCAAGAAGGCCTGCGCGGTCAACCCCCTCAAGATGAGCCAGCCGGTGGGCGGCGCGCTCGCCTTCATGGGCGTGCGCAAGGCCATGCCGCTGCTGCACGGCTCGCAGGGCTGCACCTCCTTCGGCCTGGTGCTGTTCGTGCGCCACTTCAAGGAAGCCATCCCCATGCAGACCACCGCCATGAGCGAGGTGGCGACGGTTCTGGGCGGCCTTGAGAATGTGGAGCAGGCCATTCTCAACATCTACAATCGCACCAAGCCGGAGATCATCGGCATCTGCTCCACCGGCGTCACCGAGACCAAGGGCGATGATGTCGACGGCTACATCAAGCTGATCCGGGACAAGTATCCCCAGCTGGCCGACTTCCCGCTGGTCTATGTCTCCACCCCCGATTTCAAGGACGCCTTCCAGGACGGTTGGGAGAAGACCGTGGCGAAGATGGTGGAGGCGCTGGTGAAGCCCGCCGCCGACAAGCAGAAGGACAAGACCCGCGTCAACGTCCTGCCCGGCTGCCACCTCACGCCCGGCGATCTGGATGAGATGCGGACCATCTTCGAGGATTTCGGGCTCACACCCTATTTCCTGCCGGATCTGGCCGGCTCGCTGGATGGGCATATCCCCGAGGACTTCTCGCCCACCACCATCGGCGGCATCGGCATCGATGAGATCGCCACCATGGGCGAGGCGGCCCACACCATCTGCATCGGCGCGCAGATGCGCCGGGCGGGCGAGGCCATGGAGAAGAAGACCGGCATTCCCTTCAAGCTGTTCGAGCGCCTGTGCGGCCTGGAGGCGAACGACGCCTTCATCATGCACCTGTCGCAGATCTCCGGCCGGCCGGTGCCGGTGAAGTATCGCCGGCAGCGGGGCCAGCTGGTGGATGCCATGCTGGACGGCCACTTCCATCTGGGCGGTCGCAAGGTGGCCATGGGGGCGGAGCCGGACCTGCTCTACGACGTGGGCTCCTTCCTGCACGAGATGGGCGCCCACATCCTTTCCGCGGTCACCACCACCCAGTCGCCGGTGCTGGCGCGCCTGCCTGCCGAGGAGGTGCTTATCGGCGACCTGGAGGATCTGGAGACCCAGGCGAAGGCGCGCGGATGCGATCTCCTGCTCACCCATTCCCATGGGCGCCAGGCGGCGGAGCGCCTCCACATCCCCTTCTACCGGATCGGCATTCCCATGTTTGACCGGCTGGGGGCGGGGCATCTGTTGTCGGTGGGCTATCGCGGCACCCGCGACCTCATCTTCCATCTCGCCAACCTTGTGATCGCCGACCACGAGGAAAATCACGAGCCGACGCCCGACACCTGGGCCACCGGCCATGGCGAGCATGCCGCCGCCCCCACTTCCCATTGA

【0141】

[配列番号55（SEQ ID NO:55）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーンnifK_1のアミノ酸配列]

MATVSVSKKACAVNPLKMSQPVGGALAFMGVRKAMPLLHGSQGCTSFGLVLFVRHFKEAIPMQTTAMSEVATVLGGLENVEQAILNIYNRTKPEIIGICSTGVTETKGDDVDGYIKLIRDKYPQLADFPLVYVSTPDFKDAFQDGWEKTVAKMVEALVKPAADKQKDKTRVNVLPGCHLTPGDLDEMRTIFEDFGLTPYFLPDLAGSLDGHIPEDFSPTTIGGIGIDEIATMGEAAHTICIGAQMRRAGEAMEKKTGIPFKLFERLCGLEANDAFIMHLSQISGRPVPVKYRRQRGQLVDAMLDGHFHLGGRKVAMGAEPDLLYDVGSFLHEMGAHILSAVTTTQSPVLARLPAEEVLIGDLEDLETQAKARGCDLLLTHSHGRQAAERLHIPFYRIGIPMFDRLGAGHLLSVGYRGTRDLIFHLANLVIADHEENHEPTPDTWATGHGEHAAAPTSH

【0142】

[配列番号56（SEQ ID NO:56）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーンnifK_2のヌクレオチド配列]

ATGCCACAAAATGCTGACAATGTGCTCGATCACTTCGAGCTCTTCCGTGGTCCCGAATACCAGCAGATGCTGGCCAATAAGAAAAAGATGTTCGAGAACCCCCGCGATCCGGCCGAAGTCGAGCGCGTGCGGGAATGGGCGAAGACTCCTGAATACAAGGAGCTGAACTTCGCCCGCGAGGCGCTCACCGTGAATCCGGCCAAGGCTTGTCAGCCGCTGGGCGCGGTGTTCGTCGCCGTCGGCTTCGAGAGCACGATCCCCTTCGTGCACGGCTCGCAGGGTTGCGTCGCGTATTACCGCTCGCACCTCTCCCGCCACTTCAAGGAGCCGTCCTCCTGCGTCTCCTCGTCCATGACCGAGGATGCGGCGGTGTTCGGCGGCCTCAACAACATGATTGACGGCCTCGCCAACACCTACAACATGTACAAGCCGAAGATGATCGCCGTCTCCACCACCTGCATGGCGGAAGTCATCGGCGACGATCTGAACGCCTTCATCAAGACCGCGAAGGAAAAGGGCTCGGTTCCGGCCGAATACGACGTGCCCTTCGCCCACACCCCGGCGTTCGTCGGCAGCCATGTCACCGGCTACGACAATGCGCTCAAGGGCATCCTCGAGCACTTCTGGGACGGCAAGGCCGGCACCGCGCCGAAGCTGGAGCGCGTTCCCAACGAGAAGATCAACTTCATCGGCGGCTTCGACGGCTACACCGTCGGCAACACTCGCGAAGTGAAGCGCATCTTCGAGGCGTTCGGCGCCGATTACACCATCCTCGCCGACAATTCCGAAGTGTTCGACACCCCGACCGACGGCGAGTTCCGCATGTATGACGGCGGCACGACCCTGGAGGACGCGGCGAACGCGGTGCACGCCAAGGCCACCATCTCCATGCAGGAATACTGCACGGAGAAGACCCTGCCCATGATCGCCGGTCATGGCCAGGACGTGGTCGCCCTCAACCACCCCGTGGGCGTGGGCGGCACCGACAAGTTCCTCATGGAGATCGCCCGCCTCACCGGCAAGGAGATCCCCGAGGAGCTGACCCGCGAGCGCGGCCGTCTCGTGGACGCTATCGCGGACTCTTCCGCGCACATCCACGGCAAGAAGTTCGCCATCTACGGCGATCCGGATCTGTGCCTGGGCCTCGCCGCGTTCCTGCTGGAGCTGGGCGCCGAGCCGACCCATGTGCTGGCCACCAACGGCACCAAGAAGTGGGCCGAGAAGGTTCAGGAACTGTTCGACTCTTCGCCGTTCGGCGCCAACTGCAAGGTCTATCCCGGCAAGGACCTGTGGCACATGCGCTCGCTCCTGTTCGTGGAGCCGGTGGATTTCATCATCGGCAACACCTACGGCAAGTATCTCGAGCGCGACACGGGCACCCCGCTGATCCGTATCGGCTTCCCGGTGTTCGACCGTCACCACCACCACCGCCGTCCGGTGTGGGGCTATCAGGGCGGCATGAACGTCCTGATCACGATCCTCGACAAGATCTTTGACGAGATCGACCGCAACACCAACGTGCCGGCCAAGACCGACTACTCGTTCGACATCATTCGTTGA

【0143】

[配列番号57（SEQ ID NO:57）：ニトロゲナーゼ モリブデン－鉄タンパク ベータチェーンnifK_2のアミノ酸配列]

MPQNADNVLDHFELFRGPEYQQMLANKKKMFENPRDPAEVERVREWAKTPEYKELNFAREALTVNPAKACQPLGAVFVAVGFESTIPFVHGSQGCVAYYRSHLSRHFKEPSSCVSSSMTEDAAVFGGLNNMIDGLANTYNMYKPKMIAVSTTCMAEVIGDDLNAFIKTAKEKGSVPAEYDVPFAHTPAFVGSHVTGYDNALKGILEHFWDGKAGTAPKLERVPNEKINFIGGFDGYTVGNTREVKRIFEAFGADYTILADNSEVFDTPTDGEFRMYDGGTTLEDAANAVHAKATISMQEYCTEKTLPMIAGHGQDVVALNHPVGVGGTDKFLMEIARLTGKEIPEELTRERGRLVDAIADSSAHIHGKKFAIYGDPDLCLGLAAFLLELGAEPTHVLATNGTKKWAEKVQELFDSSPFGANCKVYPGKDLWHMRSLLFVEPVDFIIGNTYGKYLERDTGTPLIRIGFPVFDRHHHHRRPVWGYQGGMNVLITILDKIFDEIDRNTNVPAKTDYSFDIIR

【0144】

[配列番号58（SEQ ID NO:58）：ニトロゲナーゼ 鉄タンパクnifHのヌクレオチド配列]

GTGGAGTCCGGTGGTCCTGAGCCGGGCGTGGGCTGCGCCGGCCGCGGCGTGATCACCTCCATCAACTTCCTGGAGGAGAACGGCGCCTACGAGGACATCGACTATGTGTCCTACGACGTGCTGGGCGACGTGGTGTGCGGCGGCTTCGCCATGCCCATCCGCGAGAACAAGGCGCAGGAAATCTACATCGTGATGTCCGGCGAGATGATGGCCATGTATGCGGCCAACAACATCTCCAAGGGCATCCTGAAGTATGCCAATTCCGGCGGCGTGCGCCTGGGCGGGCTGGTCTGCAACGAGCGCCAGACCGACAAGGAGCTGGAGCTGGCGGAGGCTCTGGCGAAGAAGCTCGGCACCGAGCTGATCTACTTCGTGCCGCGCGACAACATCGTGCAGCATGCCGAGCTGCGCCGCATGACAGTGATCGAGTATGCGCCCGATTCCGCCCAGGCCCAGCACTACCGGAACCTGGCCGAGAAGGTGCACGCCAACAAGGGCAACGGCATCATCCCGACCCCGATCACCATGGACGAGCTGGAAGACATGCTCATGGAGCACGGCATCATGAAGGCCGTGGACGAGAGCCAGATCGGCAAGACCGCCGCCGAGCTCGCCGTCTGA

【0145】

[配列番号59（SEQ ID NO:59）：ニトロゲナーゼ 鉄タンパクnifHのアミノ酸配列]

MESGGPEPGVGCAGRGVITSINFLEENGAYEDIDYVSYDVLGDVVCGGFAMPIRENKAQEIYIVMSGEMMAMYAANNISKGILKYANSGGVRLGGLVCNERQTDKELELAEALAKKLGTELIYFVPRDNIVQHAELRRMTVIEYAPDSAQAQHYRNLAEKVHANKGNGIIPTPITMDELEDMLMEHGIMKAVDESQIGKTAAELAV

【0146】

（下流工程）
一実施形態では、本発明の方法は、培養中に生成されたバイオマスを収穫するさらなるステップを含む。バイオマスは、例えば沈降（重力に基づく沈降）、ろ過、遠心分離または凝集によって収穫されうる。凝集には、凝集剤の添加が要求されていてもよい。遠心分離は、例えば、連続フロー遠心分離機を使用して実施されてもよい。

【0147】

一実施形態では、収穫されたバイオマスはその後乾燥される。乾燥は、例えば、遠心分離、ドラム乾燥、蒸発、凍結乾燥、加熱、噴霧乾燥、真空乾燥及び／又は真空濾過等を含む公知の方法を用いて実施されうる。乾燥したバイオマスは、その後、製品、例えば、食品又は飼料製品、又は、飼料又は食品の成分等の製品に使用することができる。

【0148】

別の実施形態では、収穫されたバイオマスの細胞は溶解される。いくつかの実施形態では、溶解物を不溶性画分と可溶性画分とに分離することができ、そのいずれか又は両方を、その後濃縮または乾燥し、その後、例えば、食品又は飼料製品等の製品に使用することができる。

【0149】

一実施形態では、バイオマスが収穫され、タンパク質が前記バイオマスから単離されて、タンパク質画分及び非タンパク質成分を含む画分が得られる。従って、一実施形態では、方法はタンパク質の生産のためであり、菌株VTT-E-193585又はその誘導体を培養するステップ、続いてバイオマスを収穫するステップ、及び前記バイオマスからタンパク質を単離するさらなるステップを含む。
別の実施形態では、この方法はタンパク質の生産のためのものであり、エネルギー源としての水素及び二酸化炭素を含む無機炭素源を用いて連続培養でキサントバクター属の細菌株を培養することを含み、その後にバイオマスを収穫するステップ、および前記バイオマスからタンパク質を単離するさらなるステップが続く。
タンパク質の単離方法によって、得られる画分はより純粋な場合とより低純粋の場合がある。従って、「タンパク質画分（protein fraction）」という用語は、タンパク質が豊富な画分を意味する。タンパク質画分であってもかなりの量の他の成分を含み得、またかなりの量のタンパク質は最終的に「非タンパク質成分を含む画分」中に存在しうる。

【0150】

タンパク質の単離は、どのような適切な方法を用いて実施してもよい。例えば、一実施形態では、タンパク質は、細胞を機械的に破壊し、1つ又は複数のろ過ステップ、例えば、細孔サイズを小さくしながら複数のフィルターで連続ろ過するようなろ過ステップで細胞片からタンパク質を分離するような、任意の適切な方法を使用して実施することができる。
機械的破壊は、ボールミル粉砕、超音波処理、ホモジナイゼーション、高圧ホモジナイゼーション、機械的剪断等を用いて実施することができる。
結果的に得られるろ過されたタンパク質画分はタンパク質が豊富になるが、他の、より微細な成分も含まれる。タンパク質は、任意に、適切な方法を用いてこの画分からさらに精製することができる。

【0151】

別の実施形態では、タンパク質画分は、エタノール抽出とそれに続く１つ又は複数の濾過ステップを実行することによって単離される。そのような方法は、例えば、大豆タンパク質の調製（例えば、Berk FAO Agricultural Services Bulletin No. 97（1992）による「Technology of production of edible flours and protein products from soybeans」の第５章「大豆タンパク質濃縮物」を参照）等から知られている。
結果的に得られるろ過されたタンパク質画分はタンパク質が豊富になるが、他のより細かい成分も含まれる。タンパク質は、任意に、適切な方法を用いてこの画分からさらに精製することができる。

【0152】

一実施形態では、本発明の方法は、本発明の方法から得られたタンパク質画分を加水分解してアミノ酸及び小ペプチドを得るためのさらなるステップを含む。

【0153】

本発明の方法の一実施形態では、方法は、前記バイオマス、前記タンパク質画分又は非タンパク質成分を含む画分から、食品または飼料製品を製造するさらなるステップを含む。
前記さらなるステップは、前記バイオマス、タンパク質画分又は非タンパク質成分を含む画分を、食品又は飼料製品の製造中に添加することによって、食品または飼料製品に単に組み込むことを含み得る。
他の実施形態では、バイオマス又はそれらの画分のさらなる精製又は改変は、食品又は飼料製品へのその組み込みの過程で行われる

【0154】

さらなる態様では、本発明は、本発明による方法によって得られる、又は得られる可能性がある、バイオマス、タンパク質、または非タンパク質成分などの製品に関する。

【0155】

一実施形態では、本発明の方法で得られる製品は、40％を超えるタンパク質、例えば40％から99％の間のタンパク質、例えば40％から90％の間のタンパク質、例えば40％から60％の間のタンパク質を含む。
特定の実施形態では、製品は、25％から75％の間のタンパク質、0％から20％の間の脂質、及び、5％から40％の間の炭水化物を含む。
さらなる実施形態では、製品は、40％から60％の間のタンパク質、0％から15％の間の脂質、及び10％から25％の間の炭水化物を含む。
さらに別の実施形態では、本発明の方法で得られた製品は、45％から55％の間のタンパク質、5％から10％の間の脂質、及び10％から20％の間の炭水化物を含む。

【0156】

上記のとおり、さらなる態様における本発明は、本発明の方法によって得られる、または得られる可能性のある食品または飼料製品に関する。
本明細書で使用される場合、「食品」および「飼料」という用語は、加工食品等の従来の食品及び飼料製品だけでなく、プロテインバー、粉末又はシェイク、肉の代替品、食品成分、プロバイオティクス、プレバイオティクス、栄養補助食品等の食品および飼料サプリメントなどの関連製品も含むことを意図している。
特定の実施形態において、前記バイオマス、前記タンパク質画分、又は非タンパク質成分を含む前記画分は、ベジタリアン又はヴィーガン食品の生産に利用される。

【0157】

本発明は、以下に示す非限定的な実施例でさらに説明される。

【実施例】

【0158】

（実施例1）化学合成独立栄養増殖が可能な細菌株の分離
フィンランドのナーンタリにあるバルト海の海岸から、土壌と海水を含む50mLのサンプルを滅菌ファルコンチューブに収集した。土壌サンプルの一部を、滅菌三角フラスコ内で10mLのミネラル培地と混合した。
培地は、1g/L NH₄OH、0.23g/L KH₂PO₄、0.29g/L Na₂HPO₄・2H₂O、0.005g/L NaVO₃・H₂O、0.2g/L FeSO₄・7H₂O、0.5g/L MgSO₄・7H₂O、0.01g/L CaSO₄、0.00015g/L Na₂MoO₄・2H₂O、0.005g/L MnSO₄、0.0005g/L ZnSO₄・7H₂O、0.0015g/L H₃BO₃、0.001g/L CoSO₄、0.00005g/L CuSO₄、0.0001g/L NiSO₄、を水道水で調製して構成された。
土壌と培地の懸濁液を、温度30℃の振とうインキュベーター内で、以下のガス混合物で連続的にフラッシュされた密閉スチールボックス中でインキュベートした。

ガス混合物：150mL/minのN₂、18mL/minのH₂、3mL/minO₂及び6mL/minのCO₂。

三角フラスコ内の培地9mLに1mLの懸濁液を無菌状態で加えて７日間隔で培養を更新し、インキュベーションボックスに戻した。４回目の希釈後、懸濁液に目に見える土壌は残っていなかった。
バイオリアクター培養用のバイオマスを増殖させるために、細胞懸濁液の量を100mLに増やした。１５容器の200mLパラレルバイオリアクターシステム（Medicel Explorer、Medicel Oy、フィンランド）で190mLのミネラル培地に接種した場合は懸濁液の光学密度（ＯＤ_６００）は、1.53であった。
培養条件は、800rpm攪拌、温度30℃及びpHは1M NaOHで6.8に設定した。
14mL/minのH₂、3mL/minのO₂及び6mL/minのCO₂のガス混合物がセパレターを通して供給された。
リアクターのヘッドスペースには、300ml/minでエアが流された。連続培養は、6mL/hのミネラル培地が供給され、細胞懸濁液をキャピラリーを介して反応器から吸引し、容量200mLの一定に保った。
反応器から引き出された細胞懸濁液は4℃で保存された。バイオリアクターから毎日自動的にサンプルを採取し、600nmでの吸光度を測定して成長をモニターした。
498時間のバイオリアクター培養の後、サンプルを無菌的に採取し、懸濁液を希釈して、上記のミネラルと2%細菌寒天を含む寒天ミネラル培地プレートにプレーティングした。プレートは、三角フラスコについての上述した条件と同じ条件でインキュベートされた。
次に、コロニーを寒天プレートから選び、新しい寒天プレートにストリークして、1つのコロニー内の１つの生物を分離した。これを２回繰り返した。単一コロニーを拾い上げ、96ウェルのマイクロタイタープレートの200μLの培地に懸濁した。
懸濁液を温度30℃でインキュベートし、150mL/minのN₂、18mL/minのH₂、3mL/minのO₂及び6mL/minのCO₂で連続的にフラッシュしたEnzyScreen気密ボックス内で625rpmで振とうした。1つのウェルから懸濁液を三角フラスコに移し、新鮮な培地を補充した。バイオリアクター培養を行うのに十分なバイオマスが得られるまで、容量を増やした。生物はVTT-E-193585としてVTT培養コレクションに寄託された。

【0159】

サンプルの16SrRNAシーケンスは、サンプルに1つの生物しか含まれていないことを示した。同じサンプルをイルミナのNextSeqシーケンスに使用して、1x150bpのメタゲノムショットガンシーケンスを提供した。Unicycler（Wick et al、2017 PLoS計算生物学13：e1005595）を使用して、101個のコンティグからなるメタゲノムシーケンスのdenovoアセンブリが作成された。総ゲノム長は4,846,739bpで、GC含量は67.9％だった。遺伝子予測と機能アノテーションは、Prokkaを使用して実行された（Seemann、2014 Bioinformatics 30：2068）。ゲノムアノテーションは4,429個の遺伝子を生成した。
Roary panゲノムアラインメント（Page et al、2015 Bioinformatics 31：3691）は、キサントバクター種間でVTT-E-193585をグループ化した。
従って、この菌株はXanthobacter sp.として同定され、最も近いゲノムはXanthobacter tagetidisであった。
オーソロガスフラグメント（OrthoANI）のみを考慮したアラインメントベースの平均ヌクレオチド同一性の計算（Lee et al、2016 Int J Syst Evol Microbiol 66：1100）は、Xanthobacter tagetidis（ATCC 700314; GCF_003667445.1）と80.4％の最良の一致を示した。
提案された種の境界カットオフは95～96％であった（たとえば、Chun et al、2018 Int J Syst Evol Microbiol、68：461-466を参照）。
Xanthobacter autotrophicus Py2は79.6％の一致性を示したが、Xanthobacter sp. 91は79.0％だった。
よって、VTT-E-193585として寄託された単離された細菌株は、門：Proteobacteria、網：Alpha Proteobacteria、目：Rhizobiales、に属すると結論付けることができた。最も可能性の高い科はXanthobacteraceae、及び属はXanthobacterである。
VTT-E-193585細菌株は、既知の種に明確に割り当てることはできなかった。

【0160】

推定抗菌薬耐性遺伝子の検索が実施された。ABRicate（https://github.com/tseemann/abricate）ツールを使用して、blastn又はblastpを使用してArg-Annot、NCBI、ResFinder、ecOH、Megares、及びVFDBデータベースに対してゲノムを検索した。
ヌクレオチドレベルとタンパク質レベルの両方について、同一性とカバー長の両方に50％のしきい値が設定された。２つの推定抗菌薬耐性遺伝子のみが同定された。
これらの２つの遺伝子には、抗生物質耐性に関連するアミノ酸の変化が含まれていなかったため、耐性の表現型は予想されていない。

【0161】

（実施例２）分離された細菌株のパイロット培養と分析
VTT-E-193585として寄託された分離菌株は、従来の200リットルの撹拌槽型バイオリアクター（MPF-U、丸菱、日本）で培養された。
混合は、400rpmで回転するラシュトン型インペラを使用して行った。培養温度は30℃に維持した。ソフトウェア制御により8MNaOHまたは3.6MH₃PO₄を添加することによりpHを6.8±0.2に維持した。
培養培地は、1g/L NH₄OH、0.23g/L KH₂PO₄、0.29g/L Na₂HPO₄・2H₂O、0.005g/L NaVO₃・H₂O、0.2g/L FeSO₄・7H₂O、0.5g/L MgSO₄・7H₂O、0.01g/L CaSO₄、0.00015g/L Na₂MoO₄・2H₂O、0.005g/L MnSO₄、0.0005g/L ZnSO₄・7H₂O、0.0015g/L H₃BO₃、0.001g/L CoSO₄、0.00005g/L CuSO₄、0.0001g/L NiSO₄を水道水で調製して構成された。
1.8～10.5L/minの水素ガス、0.6～2.5L/minの酸素ガス及び1.8～5L/minの二酸化炭素ガスを含む混合物が、主なエネルギー源及び炭素源として定期的に供給された。
ガス混合物の組成を調整することにより、溶存酸素レベルを7.2±0.5％に維持した。培養用の接種材料は、実施例１に記載されているように調製された。
サンプルを手動で採取し、600nmでの吸光度を測定して細胞密度を光学密度として分析すること（Ultrospec 2100 pro UV /可視分光光度計、Biochrom Ltd.、England）、及び、105°Cのオーブンで一晩乾燥させて細胞乾燥重量（CDW）を測定することにより増殖をモニターした。光学密度も、適切な吸光度プローブ（Trucell 2、Finesse Ltd、USA）を用いてモニターされた。
培養の増殖カーブを図１に示す。
バッチフェーズでの最大成長率は0.06h^-1であった。最大細胞密度は92時間で4.5g_CDW/Lだった。
92時間培養した後、上記のような新鮮な培養培地の供給を0.01h^-1の希釈率で開始した。継続的な供給の間、細胞密度は平均2.9g_CDW/Lであった。培養液は常に冷却した（10°C）タンクに集められ、そこから300リットルのバッチで連続遠心分離機（BTPX-205, Alfa-Laval AB, Sweden）に供給された。
分離器から収集された細胞含有スラリーを大気圧のダブルドラムドライヤー（Buflovak 6x8 ADDD、Hebeler process Solutions Llc、USA）に供給し、４バールの蒸気で加熱し、ドラムを3.5rpmで回転させた。
これにより、乾物含量が約96％の乾燥細胞粉末が得られた。
乾燥細胞粉末の分析結果は、近似組成については表1に、アミノ酸組成については表2に、脂肪酸組成については表3に、ビタミン含有量については表4に示す。分析は、乾燥した細胞粉末がすべての必須アミノ酸を含む高いタンパク質含有量を持っていることを示している。また、飽和脂肪酸よりも不飽和脂肪酸が多く、及び、ビタミンＢ群が多く含まれていた。
ペプチドグリカン含有量はわずか0.002mg/g_CDWであり、リポ多糖含有量は０.01mg/g_CDWであった。これらの濃度は可能な限り低いことが有益であろう。
比較すると、同時に分析された市販の乳酸菌調製物では、ペプチドグリカン含有量は0.244mg/g_DWであり、リポ多糖含有量は0.015mg/g_DWであった。
細胞毒性および遺伝子毒性アッセイは、培養の上清サンプルを使用して行われた。HepG2又はHeLa229ヒト細胞株に対する細胞毒性は観察されなかった。
Escherichia coliWP2trp^-又はCM871uvrArecAlexA株に対する遺伝子毒性は観察されなかった。

【0162】

【表1】

【0163】

【表2】

【0164】

【表3】

【0165】

【表4】

【0166】

（実施例３）異なる窒素源で単離された細菌株の培養
VTT-E-193585として寄託された分離された細菌株は、１５容器の２００ｍＬパラレルバイオリアクターシステム（Medicel Explorer、Medicel Oy、フィンランド）内で培養された。混合は、800rpmで回転するラシュトン型インペラを使用して行われた。
培養は、温度30℃に維持された。ｐＨは1M NaOHを添加することで6.8に維持された。培地は、0.23g/L KH₂PO₄、0.29g/L Na₂HPO₄・2H₂O、0.005g/L NaVO₃・H₂O、0.2g/L FeSO₄・7H₂O、0.5g/L MgSO₄・7H₂O、0.01g/L CaSO₄、0.00015g/L Na₂MoO₄・2H₂O、0.005g/L MnSO₄、0.0005g/L ZnSO₄・7H₂O、0.0015g/L H₃BO₃、0.001g/L CoSO₄、0.00005g/L CuSO₄、及び0.0001g/L NiSO₄を水道水で調製して構成された。
さらに、窒素源は、４つの培養物は18.7 mM NH₄OHを含み、４つの培養物は9.34 mM尿素(OC(NH₂)₂)を含み、４つの培養物は18.7 mM硝酸カリウム(KNO₃)を含み、３つの培養物は培地中の窒素源なしとなるように変えた。22 mL/min の水素ガス、3.2mL/minのエア、及び6.4mL/minの二酸化炭素ガスを含む混合物が、主なエネルギー源及び炭素源として定期的に供給された。
さらに空気を使用すると、すべての栽培に窒素ガスも供給された。サンプルを自動的に採取し、600nmでの吸光度を測定して細胞密度を光学密度として分析することにより、増殖をモニターした（Ultrospec 2100 pro UV /可視分光光度計、Biochrom Ltd.、英国）。
培養物の成長曲線を図2に示す。アンモニアと尿素での成長は同等であった。硝酸塩または窒素ガスでの成長は、アンモニア又は尿素よりも明らかに遅かった。
培養の終わりに向かって、硝酸塩での成長は、唯一の窒素源としての窒素ガスでの成長よりも良かった。それにもかかわらず、窒素ガスが唯一の窒素源である培養においても成長があり、VTT-E-193585として寄託された分離菌株は窒素固定が可能であることを示している。

【0167】

（実施例４）抗生物質感受性の特性
VTT-E-193585として寄託された分離細菌株に対するゲンタマイシン、カナマイシン、ストレプトマイシン、テトラサイクリン、アンピシリン、シプロフロキサシン、コリスチンおよびホスホマイシンの抗生物質感受性をCLSI M07-A111標準（臨床検査標準協会。好気的に増殖する細菌の希釈抗菌薬感受性試験の方法、第11版 CLSI標準M07、2018）に従って測定した。
アンピシリン、シプロフロキサシン、コリスチンにはハンドメイドの微量希釈プレートを、ゲンタマイシン、カナマイシン、ストレプトマイシン及びテトラサイクリンにはVetMIC Lact-1プレート（SVA National Veterinary Institute, Uppsala, Sweden)でブロス微量希釈法を使用し、ホスホマイシンには、陽イオン調整ミューラーヒントンブロス培地（LabM、LAB114、陽イオンMg²+およびCa²+を別々に添加）を使用して、35±2°Cで48±1時間の好気性条件で寒天希釈法を使用して測定した。
Escherichia coli ATCC 25922がクオリティコントロール株として使用され、好気性条件で35±2℃で18±2時間培養された。菌株の抗生物質感受性の結果を表5に示す。
分離細菌菌株は一般的に抗生物質に感受性があることがわかった。ゲンタマイシン、カナマイシン、ストレプトマイシン、およびテトラサイクリンのVTT-E-193585の最小発育阻止濃度（MIC）値は、E.coli ATCC 25922よりも低いか同等であったが、アンピシリン、シプロフロキサシン、コリスチン、およびホスホマイシンの場合、MIC値はVTT-E-193585より高かった。

【0168】

【表5】

【図1】

【図2】

【配列表】

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