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特許7536642異なるタイプのがんに対する免疫療法で使用するための非標準起源のペプチドおよびペプチド組み合わせ
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-08-09
(45)【発行日】2024-08-20
(54)【発明の名称】異なるタイプのがんに対する免疫療法で使用するための非標準起源のペプチドおよびペプチド組み合わせ
(51)【国際特許分類】
C07K 7/06 20060101AFI20240813BHJP
C07K 19/00 20060101ALI20240813BHJP
C07K 16/30 20060101ALI20240813BHJP
C07K 14/725 20060101ALI20240813BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20240813BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20240813BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20240813BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20240813BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20240813BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20240813BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240813BHJP
C12N 5/0783 20100101ALI20240813BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20240813BHJP
A61K 38/08 20190101ALI20240813BHJP
A61K 38/16 20060101ALI20240813BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240813BHJP
A61K 38/17 20060101ALI20240813BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20240813BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20240813BHJP
A61K 35/12 20150101ALI20240813BHJP
A61K 35/17 20150101ALI20240813BHJP
A61K 35/66 20150101ALI20240813BHJP
A61K 36/06 20060101ALI20240813BHJP
A61K 36/062 20060101ALI20240813BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20240813BHJP
A61P 35/02 20060101ALI20240813BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20240813BHJP
【ＦＩ】
C07K7/06 ZNA
C07K19/00
C07K16/30
C07K14/725
C12N15/12
C12N15/13
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
C12N5/0783
A61K39/00 H
A61K38/08
A61K38/16
A61K39/395 E
A61K39/395 T
A61K38/17
A61K31/7088
A61K48/00
A61K35/12
A61K35/17
A61K35/66
A61K36/06 Z
A61K36/062
A61P35/00
A61P35/02
G01N33/53 D
G01N33/53 N
【請求項の数】
21
(21)【出願番号】P 2020536952
(86)(22)【出願日】2019-02-08
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2021-06-10
(86)【国際出願番号】 EP2019053168
(87)【国際公開番号】W WO2019162110
(87)【国際公開日】2019-08-29
【審査請求日】2022-02-04
(31)【優先権主張番号】102018103944.1
(32)【優先日】2018-02-21
(33)【優先権主張国・地域又は機関】DE
(31)【優先権主張番号】62/633,325
(32)【優先日】2018-02-21
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】102018107224.4
(32)【優先日】2018-03-27
(33)【優先権主張国・地域又は機関】DE
(73)【特許権者】
【識別番号】506258073
【氏名又は名称】イマティクス バイオテクノロジーズ ゲーエムベーハー
(74)【代理人】
【識別番号】100088904
【弁理士】
【氏名又は名称】庄司 隆
(74)【代理人】
【識別番号】100124453
【弁理士】
【氏名又は名称】資延 由利子
(74)【代理人】
【識別番号】100135208
【弁理士】
【氏名又は名称】大杉 卓也
(74)【代理人】
【識別番号】100163544
【弁理士】
【氏名又は名称】平田 緑
(74)【代理人】
【識別番号】100183656
【弁理士】
【氏名又は名称】庄司 晃
(72)【発明者】
【氏名】シュスター，ハイコ
(72)【発明者】
【氏名】ホフガード，フランツィスカ
(72)【発明者】
【氏名】フリッチェ，イェンス
(72)【発明者】
【氏名】ショール，オリバー
(72)【発明者】
【氏名】ヴァインシェンク，トニ
(72)【発明者】
【氏名】コバレフスキ，ダニエル
(72)【発明者】
【氏名】ツオウ，チー－チャン
【審査官】小倉 梢
(56)【参考文献】
【文献】国際公開第２０１７／０９７６９９（ＷＯ，Ａ１）
【文献】国際公開第２０１７／０３６９３６（ＷＯ，Ａ１）
【文献】国際公開第２０１６／１５６２０２（ＷＯ，Ａ１）
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／００ － １５／９０
Ｃ０７Ｋ １／００ － １９／００
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号３８に示されるアミノ酸配列からなるペプチド、またはその薬学的に許容可能な塩。
【請求項2】
ＭＨＣクラスＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合した際に、ＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになる、請求項１に記載のペプチド。
【請求項3】
請求項１もしくは２に記載のペプチドが、非ペプチド結合を含む、ペプチド、またはその薬学的に許容可能な塩。
【請求項4】
ＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）の８０個のＮ末端アミノ酸と、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドを含んでなる、融合タンパク質、またはその薬学的に許容可能な塩。
【請求項5】
抗体、可溶性抗体、膜結合抗体、モノクローナル抗体、または抗体、可溶性抗体、膜結合抗体およびモノクローナル抗体からなる群から選択される抗体の断片であって、１）請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩を特異的に認識する、または
２）ＭＨＣ分子と結合する請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩を特異的に認識する、
抗体、可溶性抗体、膜結合抗体、モノクローナル抗体、または前記断片。
【請求項6】
ＨＬＡリガンドと反応する、Ｔ細胞受容体、可溶性Ｔ細胞受容体、膜結合性Ｔ細胞受容体、またはＴ細胞受容体、可溶性Ｔ細胞受容体および膜結合性Ｔ細胞受容体からなる群から選択されるＴ細胞受容体の断片であって、前記リガンドが、
１）請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、または
２）ＭＨＣ分子と結合する請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩である、
Ｔ細胞受容体、可溶性Ｔ細胞受容体、膜結合性Ｔ細胞受容体、または前記断片。
【請求項7】
前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供される、または前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、さらに免疫刺激ドメインもしくは毒素のエフェクター機能を保有する、請求項６に記載のＴ細胞受容体。
【請求項8】
請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、または請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片をコードする核酸、あるいは請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、または請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片をコードする核酸であって、前記核酸が異種プロモーター配列に連結している核酸。
【請求項9】
請求項８に記載の核酸を発現する発現ベクター。
【請求項10】
請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、または請求項９に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞、あるいは請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、または請求項９に記載の発現ベクターを含んでなる組換え宿主細胞であって、前記宿主細胞が樹状細胞、Ｔ細胞、ＮＫ細胞および抗原提示細胞から選択される、組換え宿主細胞。
【請求項11】
Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩ ＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、請求項１または２に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
【請求項12】
請求項１または２に記載のペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、活性化Ｔリンパ球。
【請求項13】
請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の宿主細胞または請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分、またはコンジュゲートされもしくは標識された前記活性成分と、薬学的に許容可能な担体を含んでなる医薬組成物、あるいは請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の宿主細胞、または請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分、またはコンジュゲートされもしくは標識された前記活性成分と、薬学的に許容可能な担体と、薬学的に許容可能な賦形剤および／もしくは安定剤を含んでなる医薬組成物。
【請求項14】
前記医薬組成物が、さらにアジュバントを含む、
さらにアジュバントを含み、該アジュバントがインターロイキンである、または
さらにアジュバントを含み、該アジュバントがインターロイキンであり、該インターロイキンがＩＬ－２および／またはＩＬ－１５である、
請求項１３に記載の医薬組成物。
【請求項15】
請求項１０に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から、ペプチド、抗体もしくは抗体の断片、またはＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片を単離するステップとを含んでなる、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、または請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片を製造する方法。
【請求項16】
請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質もしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の宿主細胞、または請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球を含んでなる、医療用薬剤。
【請求項17】
請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球を含んでなる標的細胞死滅剤であって、その標的細胞が、請求項１または２に記載のペプチドを提示する、標的細胞死滅剤。
【請求項18】
請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチド、請求項４に記載の融合タンパク質、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはＴ細胞受容体の断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の宿主細胞、または請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球を含んでなる、がんの診断および／もしくは治療用、またはがんに対する薬剤の製造用薬剤であって、前記がんが、配列番号３８に示されるアミノ酸配列からなるペプチドの過剰提示を示す腫瘍から選択される、薬剤。
【請求項19】
前記がんが、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの群から選択される、請求項１８に記載の薬剤。
【請求項20】
（ａ）溶液または凍結乾燥形態にある、請求項１～３のいずれか一項に記載のペプチドもしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項４に記載の融合タンパク質もしくはその薬学的に許容可能な塩、請求項５に記載の抗体もしくは抗体の断片、請求項６に記載のＴ細胞受容体もしくはその断片、請求項８に記載の核酸、請求項９に記載の発現ベクター、請求項１０に記載の宿主細胞、または請求項１２に記載の活性化Ｔリンパ球を含有する医薬組成物を含んでなる容器を含んでなるキット、あるいは（ａ）および以下の（ｂ）～（ｄ）からなる群から選択される１つまたは複数を含んでなるキット、（ｂ）前記凍結乾燥形態のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器、
（ｃ）配列番号１～配列番号３７および配列番号３９～配列番号１０１からなる群から選択される少なくとももう１つのペプチド、および
（ｄ）（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥形態の再構成および／もしくは使用のための取扱説明書。
【請求項21】
（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、（ｖｉｉ）シリンジ、および（ｖｉｉｉ）アジュバントからなる群から選択される１つまたは複数をさらに含んでなる、請求項２０に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、免疫療法において使用される、ペプチド、タンパク質、核酸、および細胞に関する。特に、本発明は、がんの免疫療法に関する。本発明は、単独のまたはその他の腫瘍関連ペプチドと組み合わされた、腫瘍関連Ｔ細胞ペプチドエピトープにさらに関し、それは、例えば、抗腫瘍免疫応答を刺激し、または生体外でＴ細胞を刺激して患者に移入する、ワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子と結合しているペプチド、またはペプチドそれ自体もまた、抗体、可溶性Ｔ細胞受容体、およびその他の結合分子の標的になり得る。
【0002】
本発明は、ヒト腫瘍細胞のＨＬＡクラスＩ分子に由来する、いくつかの新規ペプチド配列およびそれらの変異型に関し、それらは抗腫瘍免疫応答を引き起こすためのワクチン組成物中で、または薬理的／免疫学的活性化合物および細胞の開発のための標的として、使用され得る。
【背景技術】
【0003】
世界保健機関（ＷＨＯ）によると、がんは、２０１２年における世界の４つの主要な非伝染性致死性疾患の１つであった。同じ年、結腸直腸がん、乳がん、および気道がんは、高所得国における１０大死亡原因の１つに挙げられた
【0004】
ＧＢＭは、最も一般的な中枢神経系悪性病変であり、米国内の１０万人当たり３．１９人の年齢調整罹患率を有する。ＧＢＭは、予後が非常に不良であり、１年生存率は３５％であり、５年生存率は５％を下回る。男性、高齢、および民族性が、ＧＢＭのリスク因子であるように見える（Ｔｈａｋｋａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。
【0005】
ＣＬＬは、西欧諸国で最も頻度の高い白血病であり、全ての白血病の約３分の１を構成する。発症率は、米国および欧州で同様であり、新規症例の推定数は年間約１６，０００件である。ＣＬＬは、アフリカ系よりも白人でより一般的であり、ヒスパニックおよび北米先住民ではより希で、アジア系ではほとんど見られない。アジア系の人々の中では、ＣＬＬ発生率は白人の３分の１である（Ｇｕｎａｗａｒｄａｎａ ｅｔ ａｌ．，２００８）。ＣＬＬがある患者の５年全生存率は、約７９％である。
【0006】
ＡＭＬは成人および小児の双方で診断される白血病の２番目に頻度の高いタイプである。米国における推定新規症例は、年間約２１，０００人である。ＡＭＬ患者の５年生存率は、およそ２５％である。
【0007】
肺がんは世界で最も一般的なタイプのがんであり、多くの国々でがんによる主な死亡原因である。肺がんは、小細胞肺がんと非小細胞肺がんに細分される。ＮＳＣＬＣは、腺がん、扁平上皮がん、および大細胞がんの組織型を含み、米国における全ての肺がんの８５％を占める。ＮＳＣＬＣの発症率は、現在および過去の喫煙者を含めた喫煙率と綿密に相関し、５年生存率は１５％と報告された（Ｗｏｒｌｄ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｐｏｒｔ，２０１４；Ｍｏｌｉｎａ ｅｔ ａｌ．，２００８）。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0008】
がん治療に関連する重篤な副作用および費用を考慮すると、がん治療全般、および特にＡＭＬ（急性骨髄性白血病）、ＢＲＣＡ（乳がん）、ＣＣＣ（胆管細胞がん）、ＣＬＬ（慢性リンパ球性白血病）、ＣＲＣ（結腸直腸がん）、ＧＢＣ（胆嚢がん）、ＧＢＭ（神経膠芽腫）、ＧＣ（胃がん）、ＧＥＪＣ（胃食道接合部がん）、ＨＣＣ（肝細胞がん）、ＨＮＳＣＣ（頭頸部扁上皮がん）、ＭＥＬ（黒色腫）、ＮＨＬ（非ホジキンリンパ腫）、ＮＳＣＬＣ（非小細胞肺がん）、ＯＣ（卵巣がん）、ＯＳＣＡＲ（食道がん）、ＰＡＣＡ（膵臓がん）、ＰＲＣＡ（前立腺がん）、ＲＣＣ（腎細胞がん）、ＳＣＬＣ（小細胞肺がん）、ＵＢＣ（膀胱がん）、およびＵＥＣ（子宮の子宮内膜がん）で使用され得る要素を同定する必要性がある。がん全般、および特に急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんのバイオマーカーを表す因子を同定し、がんのより良い診断、予後の評価、治療成功の予測をもたらす必要もある。
【0009】
がんの免疫療法は、がん細胞を特異的に標的化しながら副作用を最小化する選択肢に相当する。がん免疫療法は、腫瘍関連抗原の存在を利用する。
【0010】
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）の現行の分類は、次の主要群を含んでなる：
ａ）がん精巣抗原：Ｔ細胞によって認識され得る初めて同定されたＴＡＡはこのクラスに属し、元々はがん精巣（ＣＴ）抗原と称されたが、それは、そのメンバーが組織学的に異なるヒト腫瘍において発現され、正常組織では精巣の精母細胞／精原細胞のみに存在し、時として胎盤に存在するためであった。精巣の細胞は、クラスＩおよびＩＩ ＨＬＡ分子を発現しないので、これらの抗原は正常組織のＴ細胞によって認識され得ず、したがって免疫学的に腫瘍特異的と見なされる。ＣＴ抗原の周知の例は、ＭＡＧＥファミリーメンバーおよびＮＹ－ＥＳＯ－１である。
ｂ）分化抗原：これらのＴＡＡは、腫瘍と、それから腫瘍が生じる正常組織との間で共有される。既知の分化抗原のほとんどは、黒色腫および正常メラノサイトに見いだされる。これらのメラノサイト系関連タンパク質の多くは、メラニン生合成に関与し、したがって腫瘍特異的でないが、それでもなおがん免疫療法のために広く利用されている。例としては、黒色腫に対するチロシナーゼおよびＭｅｌａｎ－Ａ／ＭＡＲＴ－１、または前立腺がんに対するＰＳＡが挙げられるが、これに限定されるものではない。
ｃ）過剰発現ＴＡＡ：広範に発現されるＴＡＡをエンコードする遺伝子は、組織学的に異なる型の腫瘍において検出され、多数の正常組織においても概してより低い発現レベルで検出されている。正常組織によってプロセスされて潜在的に提示されるエピトープの多くは、Ｔ細胞認識の閾値レベル未満であり得る一方で、腫瘍細胞におけるそれらの過剰発現は、以前確立された免疫寛容を破壊することにより、抗がん応答を始動し得る。このクラスのＴＡＡの顕著な例は、Ｈｅｒ－２／ｎｅｕ、サバイビン、テロメラーゼ、またはＷＴ１である。
ｄ）腫瘍特異的抗原：これらのユニークなＴＡＡは、正常な遺伝子（β－カテニン、ＣＤＫ４など）の変異から生じる。これらの分子変化のいくつかは、腫瘍性形質転換および／または進行に関連している。腫瘍特異的抗原は、通常、正常組織に対する自己免疫反応のリスクなしに、強力な免疫応答を誘導できる。他方、これらのＴＡＡは、ほとんどの場合、その上でそれらが同定されたまさにその腫瘍のみと関係があり、通常は、多くの個々の腫瘍間で共有されない。腫瘍特異的（関連）イソ型を有するタンパク質では、ペプチドの腫瘍特異性（または関連性）はまた、ペプチドが腫瘍（関連）エクソンに由来する場合に生じてもよい。
ｅ）異常な翻訳後修飾から生じるＴＡＡ：このようなＴＡＡは、特異的でなく腫瘍において過剰発現もされないタンパク質から生じてもよいが、それでもなお、腫瘍において主に活性である翻訳後プロセスによって腫瘍関連になる。このクラスの例は、腫瘍でＭＵＣ１のような新規エピトープをもたらす改変グリコシル化パターンから、または腫瘍特異的であってもなくてもよい分解中のタンパク質スプライシング事象から生じる。
ｆ）オンコウイルスタンパク質：これらのＴＡＡはウイルスタンパク質であり、それらは発がん過程において重要な役割を果たしてもよく、外来性である（ヒト由来でない）ため、それらはＴ細胞応答を誘起し得る。このようなタンパク質の例は、子宮頸がんで発現される、ヒト乳頭腫１６型ウイルスタンパク質Ｅ６およびＥ７である。
ａ）がん精巣抗原：Ｔ細胞によって認識され得る初めて同定されたＴＡＡはこのクラスに属し、元々はがん精巣（ＣＴ）抗原と称されたが、それは、そのメンバーが組織学的に異なるヒト腫瘍において発現され、正常組織では精巣の精母細胞／精原細胞のみに存在し、時として胎盤に存在するためであった。精巣の細胞は、クラスＩおよびＩＩ ＨＬＡ分子を発現しないので、これらの抗原は正常組織のＴ細胞によって認識され得ず、したがって免疫学的に腫瘍特異的と見なされる。ＣＴ抗原の周知の例は、ＭＡＧＥファミリーメンバーおよびＮＹ－ＥＳＯ－１である。
ｂ）分化抗原：これらのＴＡＡは、腫瘍と、それから腫瘍が生じる正常組織との間で共有される。既知の分化抗原のほとんどは、黒色腫および正常メラノサイトに見いだされる。これらのメラノサイト系関連タンパク質の多くは、メラニン生合成に関与し、したがって腫瘍特異的でないが、それでもなおがん免疫療法のために広く利用されている。例としては、黒色腫に対するチロシナーゼおよびＭｅｌａｎ－Ａ／ＭＡＲＴ－１、または前立腺がんに対するＰＳＡが挙げられるが、これに限定されるものではない。
ｃ）過剰発現ＴＡＡ：広範に発現されるＴＡＡをエンコードする遺伝子は、組織学的に異なる型の腫瘍において検出され、多数の正常組織においても概してより低い発現レベルで検出されている。正常組織によってプロセスされて潜在的に提示されるエピトープの多くは、Ｔ細胞認識の閾値レベル未満であり得る一方で、腫瘍細胞におけるそれらの過剰発現は、以前確立された免疫寛容を破壊することにより、抗がん応答を始動し得る。このクラスのＴＡＡの顕著な例は、Ｈｅｒ－２／ｎｅｕ、サバイビン、テロメラーゼ、またはＷＴ１である。
ｄ）腫瘍特異的抗原：これらのユニークなＴＡＡは、正常な遺伝子（β－カテニン、ＣＤＫ４など）の変異から生じる。これらの分子変化のいくつかは、腫瘍性形質転換および／または進行に関連している。腫瘍特異的抗原は、通常、正常組織に対する自己免疫反応のリスクなしに、強力な免疫応答を誘導できる。他方、これらのＴＡＡは、ほとんどの場合、その上でそれらが同定されたまさにその腫瘍のみと関係があり、通常は、多くの個々の腫瘍間で共有されない。腫瘍特異的（関連）イソ型を有するタンパク質では、ペプチドの腫瘍特異性（または関連性）はまた、ペプチドが腫瘍（関連）エクソンに由来する場合に生じてもよい。
ｅ）異常な翻訳後修飾から生じるＴＡＡ：このようなＴＡＡは、特異的でなく腫瘍において過剰発現もされないタンパク質から生じてもよいが、それでもなお、腫瘍において主に活性である翻訳後プロセスによって腫瘍関連になる。このクラスの例は、腫瘍でＭＵＣ１のような新規エピトープをもたらす改変グリコシル化パターンから、または腫瘍特異的であってもなくてもよい分解中のタンパク質スプライシング事象から生じる。
ｆ）オンコウイルスタンパク質：これらのＴＡＡはウイルスタンパク質であり、それらは発がん過程において重要な役割を果たしてもよく、外来性である（ヒト由来でない）ため、それらはＴ細胞応答を誘起し得る。このようなタンパク質の例は、子宮頸がんで発現される、ヒト乳頭腫１６型ウイルスタンパク質Ｅ６およびＥ７である。
【0011】
ヒトのプロテオームの大部分は、代替読み取り枠（ａｌｔＯＲＦ（Ｖａｎｄｅｒｐｅｒｒｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３））、内因性レトロウイルス要素などの非標準起源に由来し、または追加的な転写後プロセシング（－－－ＲＮＡの選択的スプライシング（Ｎｉｌｓｅｎ ａｎｄ Ｇｒａｖｅｌｅｙ，２０１０））または翻訳後プロセシング（翻訳後修正（Ｋｈｏｕｒｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１）、プロテアソームのスプライシング（Ｌｉｅｐｅ ｅｔ ａｌ．，２０１６））ステップを伴う。プロテオームのこの部分は、これらの非標準タンパク質およびペプチドの生成に関与する細胞プロセスの多くががん細胞で頻繁に改変されるため、ＴＡＡの豊かな供給源を提示する（Ｌａｕｍｏｎｔ ａｎｄ Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，２０１８）。
【0012】
多くのメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）は、参照読み取り枠（ＯＲＦ）に加えて、非従来型の代替読み取り枠（ａｌｔＯＲＦ（ｄｅ Ｋｌｅｒｋ ａｎｄ ’ｔ Ｈｏｅｎ，２０１５））を含有する。これらの追加的なコード配列のサイズは、通常１００未満（小さな読み取り枠；ｓＯＲＦ（Ｏｌｅｘｉｏｕｋ ｅｔ ａｌ．，２０１６））から数百コドンまで変動し得て、参照ＯＲＦの上流、下流、またはそれと重複さえして位置し得る。これらのａｌｔＯＲＦの翻訳は、異なる翻訳開始部位から発生し、参照ＯＲＦとは異なる読み枠で発生してもよい。小さな読み取り枠の存在はｍＲＮＡに限定されず、以前は非コードであると考えられていたその他の調節ＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ、（Ｎａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１６））でも記載されている。いくつかの長い非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）およびマイクロＲｎａ（ｍｉＲＮＡ）は、小ペプチドをコード化して広範囲に翻訳することが示されている（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１５；Ａｓｐｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。
【0013】
ヒト内因性レトロウイルス（ＨＥＲＶ）は、ヒトゲノムのかなりの部分（約８％）を占める。これらのウイルス要素は数百万年前にゲノムに統合され、それ以来、世代を超えて垂直に伝達されてきた。ＨＥＲＶの大多数は、変異または短縮によって機能的活性を喪失しているが、ＨＥＲＶ－Ｋクレードのメンバーなどの一部の内在性レトロウイルスは、依然として機能的遺伝子をコードしており、レトロウイルス様粒子を形成することが示されている（Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。ＨＥＲＶプロウイルスの転写は、エピジェネティックに制御されており、正常な生理学的状態では発現停止されたままである。しかし、ウイルスタンパク質の活発な翻訳をもたらす再活性化と過剰発現は、特定の疾患、特に異なる種類のがんで記載されている（Ｇｏｎｚａｌｅｚ－Ｃａｏ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｋａｓｓｉｏｔｉｓ ａｎｄ Ｓｔｏｙｅ，２０１７）。このＨＥＲＶ由来タンパク質の腫瘍特異的発現は、異なるタイプのがん免疫療法に利用され得る（Ｋｒｉｓｈｎａｍｕｒｔｈｙ ｅｔ ａｌ．，２０１５；Ｓｃｈｉａｖｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２００２）。
【0014】
Ｔ細胞ベースの免疫療法は、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）の分子によって提示される、腫瘍関連または腫瘍特異的タンパク質由来ペプチドエピトープを標的化する。腫瘍特異的Ｔリンパ球によって認識される抗原、すなわちそれらのエピトープは、酵素、受容体、転写因子などの全てのタンパク質クラスに由来する分子であり得て、それはそれぞれの腫瘍細胞において発現されて、同一起源の非改変細胞と比較して、通常、上方制御される。
【0015】
ＭＨＣ分子には、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩの２つのクラスがある。ＭＨＣクラスＩ分子はα重鎖およびβ２ミクログロブリンから構成され、ＭＨＣクラスＩＩ分子はαおよびβ鎖から構成される。それらの三次元立体構造は、ペプチドとの非共有結合相互作用のために使用される結合溝をもたらす。
【0016】
ＭＨＣクラスＩ分子は、ほとんどの有核細胞上に見いだされる。それらは、主に、内因性タンパク質、欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰ）、およびより大型のペプチドのタンパク質切断から得られる、ペプチドを提示する。しかし、エンドソームコンパートメントまたは外来性起源に由来するペプチドもまた、ＭＨＣクラスＩ分子上に頻繁に見られる。この非古典的様式のクラスＩ提示は、文献中で交差提示と称される（Ｂｒｏｓｓａｒｔ ａｎｄ Ｂｅｖａｎ，１９９７；Ｒｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，１９９０）。ＭＨＣクラスＩＩ分子は、大部分はプロフェショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に見いだされ、例えば、エンドサイトーシス中にＡＰＣに取り込まれて引き続きプロセシングされる、外因性または膜貫通タンパク質のペプチドを主に提示する。
【0017】
ペプチドとＭＨＣクラスＩの複合体が、適切なＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＣＤ８陽性Ｔ細胞によって認識される一方で、ペプチドとＭＨＣクラスＩＩ分子の複合体は、適切なＴＣＲを有するＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞によって認識される。その結果、ＴＣＲ、ペプチド、およびＭＨＣは、化学量論的に１：１：１の量で存在することが良く知られている。
【0018】
ＣＤ４陽性ヘルパーＴ細胞は、ＣＤ８陽性細胞傷害性Ｔ細胞による、効果的な応答の誘導と維持に重要な役割を果たす。腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に由来するＣＤ４陽性Ｔ細胞エピトープの同定は、抗腫瘍免疫応答を始動させる医薬品の開発に非常に重要である（Ｇｎｊａｔｉｃ ｅｔ ａｌ．，２００３）。腫瘍部位において、Ｔヘルパー細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴ）親和的サイトカイン環境を維持し（Ｍｏｒｔａｒａ ｅｔ ａｌ．，２００６）、例えば、ＣＴＬ、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、マクロファージ、顆粒球などのエフェクター細胞を引きつける（Ｈｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００７）。
【0019】
炎症不在下では、ＭＨＣクラスＩＩ分子の発現は、免疫系細胞、特に、例えば、単球、単球由来細胞、マクロファージ、樹状細胞などの、プロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）に主に限定される。がん患者においては、腫瘍細胞がＭＨＣクラスＩＩ分子を発現することが判明している（Ｄｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００６）。
【0020】
本発明の伸長された（より長い）ペプチドは、ＭＨＣクラスＩＩ活性エピトープとして作用し得る。
【0021】
ＭＨＣクラスＩＩエピトープによって活性化されたＴヘルパー細胞は、抗腫瘍免疫におけるＣＴＬのエフェクター機能を統合するのに重要な役割を果たす。ＴＨ１型のＴヘルパー細胞応答を始動するＴヘルパー細胞エピトープは、それらの細胞表面に腫瘍関連ペプチド／ＭＨＣ複合体を提示する腫瘍細胞に向けられた細胞傷害機能をはじめとする、ＣＤ８陽性キラーＴ細胞のエフェクター機能を支持する。このようにして腫瘍関連Ｔヘルパー細胞ペプチドエピトープは、単独で、またはその他の腫瘍関連ペプチドとの組み合わせで、抗腫瘍免疫応答を刺激するワクチン組成物の活性医薬品成分の役割を果たし得る。
【0022】
例えば、マウスなどの哺乳類動物モデルにおいて、ＣＤ８陽性Ｔリンパ球の不在下であっても、インターフェロンγ（ＩＦＮγ）の分泌による血管新生阻害を通じて腫瘍発現を阻害するには、ＣＤ４陽性Ｔ細胞で十分であることが示された（Ｂｅａｔｔｙ ａｎｄ Ｐａｔｅｒｓｏｎ，２００１；Ｍｕｍｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。ＣＤ４ Ｔ細胞が、直接抗腫瘍エフェクターであるという証拠がある（Ｂｒａｕｍｕｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｔｒａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。
【0023】
ＨＬＡクラスＩＩ分子の構成的発現は、通常、免疫細胞に限定されるので、原発性腫瘍からクラスＩＩペプチドを直接単離する可能性があり得るとは、これまで考えられなかった。しかしＤｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．は、腫瘍からいくつかのＭＨＣクラスＩＩエピトープを直接同定することに成功した（国際公開第２００７／０２８５７４号パンフレット、欧州特許第１７６００８８Ｂ１号明細書）。
【0024】
ＣＤ８およびＣＤ４依存性の双方のタイプの応答は、抗腫瘍効果に共同して相乗的に寄与するので、ＣＤ８＋Ｔ細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩ分子＋ペプチドエピトープ）、またはＣＤ４陽性Ｔヘルパー細胞（リガンド：ＭＨＣクラスＩＩ分子＋ペプチドエピトープ）のどちらかによって認識される、腫瘍関連抗原の同定および特性解析は、腫瘍ワクチンの開発にとって重要である。
【0025】
ＭＨＣクラスＩペプチドが、細胞性免疫応答を始動（惹起）するためには、それはまた、ＭＨＣ分子に結合しなくてはならない。この過程は、ＭＨＣ分子の対立遺伝子と、ペプチドのアミノ酸配列の特定の多型性とに依存する。ＭＨＣクラスＩ結合ペプチドは、通常は、８～１２アミノ酸残基長であり、通常は、それらの配列中に、ＭＨＣ分子の対応する結合溝と相互作用する２つの保存残基（「アンカー」）を含有する。このようにして、各ＭＨＣ対立遺伝子は、どのペプチドが結合溝と特異的に結合し得るかを決定する、「結合モチーフ」を有する。
【0026】
ＭＨＣクラスＩ依存免疫反応においては、ペプチドは腫瘍細胞によって発現される特定のＭＨＣクラスＩ分子に結合できるだけでなく、それらはまた、引き続いて特異的Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を有するＴ細胞によって認識されなくてはならない。
【0027】
タンパク質が、Ｔリンパ球によって腫瘍特異的または腫瘍関連抗原として認識され、治療で利用されるためには、特定の必要条件が満たされなくてはならない。抗原は、主に腫瘍細胞によって発現され、健常組織によって発現されず、または比較的少量発現されるべきである。好ましい実施形態では、ペプチドは、健常組織と比較して、腫瘍細胞によって過剰提示されるべきである。それぞれの抗原は、ある種の腫瘍に存在するだけでなく、高い濃度（すなわち、それぞれのペプチド細胞当たりのコピー数）で存在することもさらに望ましい。腫瘍特異的および腫瘍関連抗原は、例えば細胞周期調節またはアポトーシス抑制における機能のために、正常細胞から腫瘍細胞への形質転換に直接関与するタンパク質に由来することが多い。さらに、形質転換の直接原因であるタンパク質の下流標的が、上方制御されてもよく、したがって間接的に腫瘍関連であってもよい。このような間接的腫瘍関連抗原もまた、ワクチン接種アプローチの標的であってもよい（Ｓｉｎｇｈ－Ｊａｓｕｊａ ｅｔ ａｌ．，２００４）。このようなペプチド（「免疫原性ペプチド」）が、腫瘍関連抗原に由来して、生体外または生体内Ｔ細胞応答をもたらすことを確実にするためには、抗原のアミノ酸配列内にエピトープが存在することが必須である。
【0028】
基本的に、ＭＨＣ分子に結合できるあらゆるペプチドが、Ｔ細胞エピトープとして機能してもよい。生体外または生体内Ｔ細胞応答誘導のための必要条件は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞の存在、およびこの特定のエピトープに対する免疫寛容の不在である。
【0029】
したがって、ＴＡＡは、腫瘍ワクチンをはじめとするが、これに限定されるものではない、Ｔ細胞ベースの治療法開発の出発点である。ＴＡＡを同定し特性決定する方法は、通常は、患者または健常人から単離され得るＴ細胞の使用に基づき、またはそれらは、腫瘍と正常組織との間の示差的転写プロファイル、またはペプチド発現パターンの生成に基づく。しかし、腫瘍組織またはヒト腫瘍細胞株において過剰発現され、またはこのような組織または細胞株において選択的に発現される遺伝子の同定は、免疫療法においてこれらの遺伝子から転写される抗原の使用に関する、正確な情報を提供しない。それは、これらの抗原のエピトープの個々の亜集団のみが、このような用途に適するためであり、その理由は、対応するＴＣＲを有するＴ細胞が存在しなくてはならず、この特定のエピトープに対する免疫寛容が不在または最小でなくてはならないからである。 したがって本発明の非常に好ましい実施形態では、それに対する機能性および／または増殖性Ｔ細胞がある、過剰にまたは選択的に提示されるペプチドのみを選択することが、重要である。 このような機能的Ｔ細胞は、特異的抗原による刺激時にクローン増殖され得て、エフェクター機能を果たすことができるＴ細胞（「エフェクターＴ細胞」）と定義される。
【0030】
本発明による特異的ＴＣＲ（例えば、可溶性ＴＣＲ）および抗体またはその他の結合分子（スキャフォールド）によってペプチドＭＨＣを標的化する場合、基礎となるペプチドの免疫原性は二次的である。これらの場合には、提示が決定要因である。
【課題を解決するための手段】
【0031】
本発明の第１の態様では、本発明は、配列番号８８～配列番号１０１、または配列番号１～配列番号１０１と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは、少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチドに関し、その中で前記変異型は、ＭＨＣと結合し、および／またはＴ細胞と前記ペプチドまたはその薬学的に許容可能な塩との交差反応を誘導し、その中で前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【0032】
本発明は、配列番号１～配列番号１０１、または配列番号１～配列番号１０１と少なくとも７７％、好ましくは少なくとも８８％相同的な（好ましくは少なくとも７７％または少なくとも８８％同一の）その変異型からなる群から選択される配列を含んでなる、本発明のペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたはその変異型は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４アミノ酸の全長を有する。
【0033】
続く表は、本発明によるペプチド、それらの各配列番号、およびそれらのペプチドの予測される起源（基礎）遺伝子を示す。表３のペプチドは、いわゆる「代替」または「短い」読み取り枠に由来するペプチドである。各ペプチド配列について、１つの例示的な起源転写物ＩＤ（Ｅｎｓｅｍｂｌｅ（Ａｋｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１６）またはＲｅｆＳｅｑ（Ｏ’Ｌｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．，２０１６）アノテーション）が提示される。ペプチドはさらに、本明細書で列挙されないその他の追加的なまたは代替の転写物に由来してもよい。
【0034】
表３では、配列番号１～配列番号７１を有するペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２に結合する。表４のペプチドは、ヒト内因性レトロウイルスに由来するペプチドである。各ペプチドについて、１つの例示的染色体位置が提示される。ペプチドは、本明細書で列挙されない追加的なまたは代替の染色体位置に、さらにマッピングされてもよい。表４では、配列番号７２～配列番号７４を有するペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２に結合し、配列番号７５～配列番号９５を有するペプチドは、異なるＨＬＡ－クラスＩに結合する（ＨＬＡ対立遺伝子を参照されたい）。表５のペプチドは、ヒトゲノムに直接参照されていないペプチドである。表５では、配列番号９６～配列番号１０１を有するペプチドは、ＨＬＡ－Ａ＊０２に結合する。
【0035】
【表1-1】
【表1-2】
【表1-3】
【0036】
【表2-1】
【表2-2】
【0037】
【表3】
【0038】
【表4】
【0039】
驚くべきことに、本発明の文脈において、代替の読み取り枠が、有効な腫瘍関連抗原の供給源であることが見いだされた。これまでのところ、このような抗原は、例えばｇｐ７５（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ ｏｆ ａ ｎｏｒｍａｌ ｇｅｎｅ ｉｎ ｇｅｎｅｒａｔｉｎｇ ａ ｎｏｖｅｌ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ ａｎｔｉｇｅｎ．Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．１９９６ Ｍａｒ １；１８３（３）：１１３１－４０）、およびＮＹ－ＥＳＯ－１／ＬＡＧＥ－１ＯＲＦ２（Ｍａｎｄｉｃ，ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｅ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ ｏｆ ＬＡＧＥ－１ ｇｉｖｅｓ ｒｉｓｅ ｔｏ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ ＨＬＡ－ＤＲ－ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｒｅｃｏｇｎｉｚｅｄ ｂｙ Ｔ－ｈｅｌｐｅｒ １－ｔｙｐｅ ｔｕｍｏｒ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ＣＤ４＋ Ｔ ｃｅｌｌｓ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００３ Ｏｃｔ １；６３（１９）：６５０６－１５）に由来するものなど、非常にわずかな報告しかない。同様に、内因性レトロウイルス（ＨＥＲＶ）配列を腫瘍関連抗原の実際の供給源として考察した報告もわずかしかない（Ｍｕｌｌｉｎｓ ＣＳ ａｎｄ Ｌｉｎｎｅｂａｃｈｅｒ Ｍ．Ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｓ ａ ｎｏｖｅｌ ｃｌａｓｓ ｏｆ ｔｕｍｏｒ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎｔｉｇｅｎｓ：ａｎ ｅｘａｍｐｌｅ ｏｆ ＨＥＲＶ－Ｈ ｅｎｖ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｓｔｒｏｎｇ ＣＴＬ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２０１２ Ｊｕｌ；６１（７）：１０９３－１００；およびＡｔｔｅｒｍａｎｎ ＡＳ，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓｅｓ ａｎｄ ｔｈｅｉｒ ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ｏｆ ｃａｎｃｅｒ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ．２０１８ Ｎｏｖ １；２９（１１）：２１８３－２１９１）。ＨＥＲＶは、おそらくがん細胞を免疫学的認識に感作させる「内在性アジュバント」として、または多発性硬化症や統合失調症などの神経精神疾患で自己免疫を誘導し得る自己抗原として、提案されている（Ｔｕ Ｘ，ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ ｌｅｕｋｅｍｉａ ａｎｔｉｇｅｎ－Ａ＊０２０１－ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ ｒｅｔｒｏｖｉｒｕｓ Ｗ ｆａｍｉｌｙ ｅｎｖｅｌｏｐｅ（ＨＥＲＶ－Ｗ ｅｎｖ）ｉｎｄｕｃｅ ｓｔｒｏｎｇ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ．Ｖｉｒｏｌ Ｓｉｎ．２０１７ Ａｕｇ；３２（４）：２８０－２８９）。
【0040】
本発明は、さらに、例えば、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんなどの増殖性疾患の治療で使用するための本発明によるペプチドに一般に関する。特に好ましいのは、配列番号１～配列番号１０１からなる群から選択される、本発明による単独のまたは組み合わされたペプチドである。より好ましいのは、配列番号１～配列番号１４、配列番号７２～配列番号８１、配列番号９６～配列番号１０１（表３、表４、および表５を参照されたい）からなる群から選択される単独のまたは組み合わせのペプチドと、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの免疫療法におけるそれらの使用である。したがって、本発明の別の態様は、好ましくは、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの群から選択される増殖性疾患の併用治療のための、本発明によるペプチドの使用に関する。
【0041】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩの分子に結合する能力を有し、または長さ変異型などの伸長形態では、ＭＨＣクラスＩＩに結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【0042】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは（それぞれ）配列番号１～配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【0043】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む。
【0044】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、前記ペプチドは、融合タンパク質の一部であり、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸に融合されているか、または例えば樹状細胞に特異的な抗体などの抗体に融合されている（またはその配列内に融合されている）。
【0045】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関する。本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡ、またはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【0046】
本発明は、本発明による核酸を発現でき、および／または発現する、発現ベクターにさらに関する。
【0047】
本発明は、疾患の治療においてそして医療において、特にがんの治療において使用するための本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【0048】
本発明は、本発明によるペプチドに対して、または前記本発明によるペプチドとＭＨＣの複合体に対して特異的な対抗と、それらを製造する方法とにさらに関する。
【0049】
本発明は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、特に、自己由来または同種異系Ｔ細胞に組み込まれた可溶性ＴＣＲ（ｓＴＣＲ）およびクローン化ＴＣＲ；これらを製造する方法；ならびに前記ＴＣＲを有するまたは前記ＴＣＲと交差反応する、ＮＫ細胞またはその他の細胞を製造する方法にさらに関する。
【0050】
抗体およびＴＣＲは、本発明によるペプチドの免疫療法的使用の追加的な実施形態である。
【0051】
本発明は、前述のような本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる、宿主細胞にさらに関する。本発明は、抗原提示細胞であり、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【0052】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【0053】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子上に抗原が負荷される、本発明による前記方法にさらに関する。
【0054】
本発明は、本発明による方法にさらに関し、抗原提示細胞は、配列番号１～配列番号１０１を含有する、好ましくは配列番号１～配列番号１４、配列番号７２～配列番号８１、配列番号９６～配列番号１０１または変異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現できまたはそれを発現する、発現ベクターを含んでなる。
【0055】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを発現する細胞を選択的に認識する。
【0056】
本発明は、本発明によって製造されるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【0057】
本発明は、薬剤としてのまたは薬剤の製造における、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、本発明による活性化Ｔリンパ球、Ｔ細胞受容体または抗体またはその他のペプチドおよび／またはペプチドＭＨＣ結合分子の使用にさらに関する。好ましくは、前記薬剤は、がんに対して有効である。
【0058】
好ましくは、前記薬剤は、可溶性ＴＣＲまたは抗体に基づく、細胞療法、ワクチンまたはタンパク質である。
【0059】
本発明は、本発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん、および好ましくは急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん細胞である。
【0060】
本発明は、がん、好ましくは急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドをベースとするバイオマーカーにさらに関する。マーカーは、ペプチドそれ自体の過剰提示、または対応遺伝子の過剰発現であり得る。マーカーはまた、好ましくは免疫療法、最も好ましくはバイオマーカーによって同定されるのと同じ標的を標的化する免疫療法である、治療の成功確率を予測するために使用されてもよい。例えば抗体または可溶性ＴＣＲを使用して腫瘍切片が染色され、ＭＨＣと複合体形成した目的ペプチドの存在が検出され得る。
【0061】
任意選択的に、抗体は、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する。
【0062】
本発明はまた、がん治療の文脈におけるこれらの新規標的の使用に関する。
【発明を実施するための形態】
【0063】
免疫応答の刺激は、宿主免疫系によって外来性として認識された抗原の存在に依存する。腫瘍関連抗原の存在の発見は、宿主の免疫系を利用して腫瘍成長に介入する可能性を高めた。免疫系の体液性および細胞性アームの双方を活用する様々な機構が、がん免疫療法のために目下探求されている。
【0064】
細胞性免疫応答の特異的要素は、腫瘍細胞を特異的に認識して破壊できる。腫瘍浸潤性細胞集団からの、または末梢血からのＴ細胞の単離は、がんに対する自然免疫防御において、このような細胞が重要な役割を果たすことを示唆する。特に、細胞質ゾル内に位置するタンパク質または欠陥リボソーム産物（ＤＲＩＰＳ）に由来する、通常は８～１０アミノ酸残基の主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）保有ペプチドのクラスＩ分子を認識するＣＤ８陽性Ｔ細胞が、この応答において重要な役割を果たす。ヒトのＭＨＣ分子はまた、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）とも称される。
【0065】
本明細書の用法では、別段の記載がない限り、全ての用語は下述のとおり定義される。
【0066】
「Ｔ細胞応答」という用語は、生体外または生体内でペプチドによって誘導される、エフェクター機能の特異的増殖および活性化を意味する。ＭＨＣクラスＩ拘束性細胞傷害性Ｔ細胞では、エフェクター機能は、ペプチドパルスされた、ペプチド前駆体パルスされた、または天然にペプチドを提示する、標的細胞の溶解；好ましくはペプチドによって誘導されるインターフェロン－γ、ＴＮＦ－α、またはＩＬ－２であるサイトカインの分泌；好ましくはペプチドによって誘導されるグランザイムまたはパーフォリンであるエフェクター分子の分泌；または脱顆粒であってもよい。
【0067】
「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のαアミノ基とカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書で使用される。ペプチドは、好ましくは９アミノ酸長であるが、８アミノ酸長程度に短くあり得て、１０、１１、または１２以上に長くあり得て、ＭＨＣクラスＩＩペプチド（本発明のペプチドの伸長された変異型）の場合、それらは１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０アミノ酸長以上に長くあり得る。
【0068】
さらに「ペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のα－アミノおよびカルボニル基の間のペプチド結合によって互いに連結する、一連のアミノ酸残基の塩を含むものとする。好ましくは、塩は、例えば、塩化物塩または酢酸塩（トリフルオロ酢酸塩）などの、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。本発明によるペプチドの塩は、ペプチドが生体内で塩の形態ではなく、または対イオンと会合していないため、生体内でのそれらの状態のペプチドとは、実質的に異なることに留意すべきである。
【0069】
「ペプチド」という用語は、「オリゴペプチド」もまた含むものとする。「オリゴペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のαアミノ基とカルボニル基との間のペプチド結合によって互いに連結される、一連のアミノ酸残基を命名するために、本明細書で使用される。オリゴペプチドの長さは、その中で正しいエピトープまたはエピトープ群が保持されれば、本発明にとって重要でない。オリゴペプチドは、典型的に、約３０アミノ酸残基長未満であり、約１５アミノ酸長を超える。
【0070】
「ポリペプチド」という用語は、典型的に、隣接するアミノ酸のαアミノ基とカルボニル基との間のペプチド結合によって互いに連結される、一連のアミノ酸残基を指す。正しいエピトープが保持されれば、ポリペプチドの長さは本発明にとって重要でない。ペプチドまたはオリゴペプチドという用語とは対照的に、ポリペプチドという用語は、約３０を超えるアミノ酸残基を含有する分子を指すことが意図される。
【0071】
ペプチド、オリゴペプチド、タンパク質またはこのような分子をコードするポリヌクレオチドは、免疫応答を誘導できれば「免疫原性」である（したがって本発明における「免疫原」である）。本発明では、免疫原性は、より具体的には、Ｔ細胞応答を誘導する能力と定義される。したがって「免疫原」は、免疫応答を誘導できる分子であり、本発明では、Ｔ細胞応答を誘導できる分子である。別の態様では、免疫原は、それに対する特異的抗体またはＴＣＲを生じさせるために使用される、ペプチド、ペプチドとＭＨＣの複合体、オリゴペプチド、および／またはタンパク質であり得る。
【0072】
クラスＩ Ｔ細胞「エピトープ」は、クラスＩ ＭＨＣ受容体に結合している短いペプチドを必要とし、三成分複合体（ＭＨＣクラスＩα鎖、β－２－ミクログロブリン、およびペプチド）を形成し、それは、適切な親和性でＭＨＣ／ペプチド複合体に結合する適合Ｔ細胞受容体を保有するＴ細胞によって、認識され得る。ＭＨＣクラスＩ分子に結合しているペプチドは、典型的に８～１４アミノ酸長であり、最も典型的には９アミノ酸長である。
【0073】
ヒトにおいては、ＭＨＣクラスＩ分子（ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）ともまた称されるヒトのＭＨＣ分子）をコードする、３つの異なる遺伝子座、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃがある。ＨＬＡ－Ａ＊０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２、およびＨＬＡ－Ｂ＊０７は、これらの遺伝子座から発現され得る、異なるＭＨＣクラスＩ対立遺伝子の例である。
【0074】
【表5】
【0075】
本発明のペプチドは、好ましくは、本明細書に記載される本発明のワクチンに包含される場合、Ａ＊０２に結合する。ワクチンはまた、汎結合ＭＨＣクラスＩＩペプチドを含んでもよい。したがって、本発明のワクチンを使用して、Ａ＊０２陽性の患者においてがんを治療し得る一方で、これらのペプチドの汎結合特性のために、ＭＨＣクラスＩＩアロタイプを選択する必要はない。
【0076】
本発明のＡ＊０２ペプチドが、例えばＡ＊２４などの別の対立遺伝子に結合するペプチドと組み合わされた場合、ＭＨＣクラスＩ対立遺伝子のいずれか単独による対処と比較して、任意の患者集団のより高い割合を治療し得る。大多数の集団では、対立遺伝子のいずれか単独によって、５０％未満の患者が対処され得た一方で、ＨＬＡ－Ａ＊２４およびＨＬＡ－Ａ＊０２エピトープを含んでなるワクチンは、任意の妥当な集団で、少なくとも６０％の患者を治療し得る。具体的には、以下の様々な地域において、これらの対立遺伝子の少なくとも１つが、以下の百分率の患者で陽性である：米国６１％、西欧６２％、中国７５％、韓国７７％、日本８６％（ｗｗｗ．ａｌｌｅｌｅｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ．ｎｅｔから計算された）。
【0077】
【表6】
【0078】
好ましい実施形態では、「ヌクレオチド配列」という用語は、デオキシリボヌクレオチドのヘテロ重合体を指す。
【0079】
特定のペプチド、オリゴペプチド、またはポリペプチドをコードするヌクレオチド配列は、天然起源であってもよく、またはそれらは合成的に構築されてもよい。一般に、本発明のペプチド、ポリペプチド、およびタンパク質をエンコードするＤＮＡ断片は、ｃＤＮＡ断片と短いオリゴヌクレオチドリンカーから構築され、または一連のオリゴヌクレオチドから構築されて、微生物またはウイルスオペロンに由来する調節因子を含んでなる、組換え転写単位で発現できる、合成遺伝子を提供する。
【0080】
本明細書の用法では「ペプチドをコーディング（またはコード）するヌクレオチド」という用語は、配列が、例えば、ＴＣＲの生産に有用な樹状細胞または別の細胞株によって発現される生体系と適合性である、人工（人造）開始および停止コドンを含むペプチドをコードする、ヌクレオチド配列を指す。
【0081】
本明細書の用法では、核酸配列への言及は、一本鎖および二本鎖の核酸の双方を含む。したがって、例えば、特異的配列は、文脈上明らかに別の意味が示唆されない限り、このような配列の一本鎖ＤＮＡ、このような配列とその補体との二本鎖（二本鎖ＤＮＡ）、およびこのような配列の補体を指す。
【0082】
「コード領域」という用語は、その天然ゲノム環境内で、遺伝子の発現産物を天然にまたは普通にコードする遺伝子の部分、すなわち、遺伝子の天然発現産物を生体内でコードする領域を指す。
【0083】
コード領域は、非変異（「正常」）、変異または改変遺伝子に由来し得て、またはＤＮＡ合成技術の当業者に周知の方法を使用して実験室で完全に合成された、ＤＮＡ配列または遺伝子にさえ由来し得る。
【0084】
「発現産物」という用語は、遺伝子の、そして遺伝コード縮重に起因する同等物をコードし、したがって同一アミノ酸をコードする任意の核酸配列の、天然翻訳産物であるポリペプチドまたはタンパク質を意味する。
【0085】
コード配列に言及する場合、「断片」という用語は、その発現産物が、完全コード領域の発現産物と本質的に同一の生物学的機能または活性を保つ、完全未満のコード領域を含んでなるＤＮＡの部分を意味する。
【0086】
「ＤＮＡセグメント」という用語は、別々の断片の形態の、またはより大型のＤＮＡコンストラクトの構成要素としての、ＤＮＡポリマーを指し、それは、実質的に純粋な、すなわち、混入内在性物質を含まない形態で、例えばクローニングベクターを使用する標準生化学的方法によって、セグメントおよびその構成ヌクレオチド配列を同定、操作、および回収できるようにする量または濃度で、少なくとも１回単離されたＤＮＡに由来する。このようなセグメントは、典型的に真核生物遺伝子内に存在する内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されていない、読み取り枠の形態で提供される。非翻訳ＤＮＡ配列は、それがコード領域の操作または発現を妨げない、読み取り枠下流に存在してもよい。
【0087】
「プライマー」という用語は、短い核酸配列を意味し、それはＤＮＡの１本鎖と対合し得て、ＤＮＡポリメラーゼがそこでデオキシリボヌクレオチド鎖合成を開始する、遊離３’－ＯＨ末端を提供する。
【0088】
「プロモーター」という用語は、転写を開始するためのＲＮＡポリメラーゼ結合に関与する、ＤＮＡの領域を意味する。
【0089】
「単離」という用語は、物質が、その元の環境（例えばそれが天然起源であれば、天然環境）から取り出されることを意味する。例えば、生きている動物中に存在する天然ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されていないが、天然システムで共存する物質の一部または全部から分離された同一ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、単離されている。このようなポリヌクレオチドはベクターの一部であり得て、および／またはこのようなポリヌクレオチドまたはポリペプチドは組成物の一部であり得るが、このようなベクターまたは組成物がその天然環境の一部でないと言う意味では、なおも単離されている。
【0090】
本発明によって開示されるポリヌクレオチド、および組換えまたは免疫原性ポリペプチドは、「精製」形態であってもよい。「精製」という用語は、完全に純粋である必要はなく；むしろ、それは相対的定義であることが意図され、これらの用語が当業者によって理解されるように、高度に精製された調製物、または部分的にのみ精製された調製物を含み得る。例えば、ｃＤＮＡライブラリーから単離された個々のクローンは、電気泳動的に均一に、従来法で精製されている。少なくとも１桁、好ましくは２または３桁、より好ましくは４または５桁までの、出発原料または天然物質の精製が明示的に検討される。さらに、重量基準で、好ましくは９９．９９９％、または少なくとも９９．９９％または９９．９％；さらに望ましくは９９％以上の純度を有する、特許請求されるポリペプチドが明示的に包含される。
【0091】
本発明によって開示される核酸およびポリペプチド発現産物、ならびにこのような核酸および／またはこのようなポリペプチドを含有する発現ベクターは、「富化形態」であってもよい。本明細書の用法では、「富化」という用語は、（例えば）その天然濃度の少なくとも約２、５、１０、１００、または１０００倍の物質濃度を意味し、有利には重量基準で０．０１％、好ましくは重量基準で少なくとも約０．１％である。重量基準で約０．５％、１％、５％、１０％、および２０％の富化調製物もまた、検討される。本発明を構成する、配列、コンストラクト、ベクター、クローン、およびその他の物質は、有利には、富化または単離形態であり得る。「活性断片」という用語は、通常は、単独で、または任意選択的に適切なアジュバントと共に、またはベクター中で、例えば、ウサギまたはマウスなどのそしてまたヒトをはじめとする哺乳類などの動物に投与されると免疫応答を生じる（すなわち、免疫原性を有する）ペプチド、ポリペプチドまたは核酸配列の断片を意味し、このような免疫応答は、ヒトなどのレシピエント動物内でＴ細胞応答を刺激する形態を取る。代案としては、「活性断片」はまた、生体外Ｔ細胞応答を誘導するために使用されてもよい。
【0092】
本明細書の用法では、ポリペプチドとの関連で使用される場合、「部分」、「セグメント」、および「断片」という用語は、アミノ酸残基などの連続する残基の配列を指し、その配列はより大型の配列のサブセットを形成する。例えば、ポリペプチドが、トリプシンまたはキモトリプシンなどの一般的エンドペプチダーゼのいずれかによって処理されれば、このような処理から得られるオリゴペプチドは、出発ポリペプチドの部分、セグメントまたは断片に相当するであろう。ポリヌクレオチドに関して使用される場合、これらの用語は、いずれかのエンドヌクレアーゼによる前記ポリヌクレオチドの処理によって生じる生成物を指す。
【0093】
本発明によると、配列に言及する場合、「同一性百分率」または「パーセント同一」という用語は、比較される配列（「比較配列」）と、記載されまたは特許請求される配列（「参照配列」）とのアライメント後に、配列が、特許請求されまたは記載される配列と比較されることを意味する。次に同一性百分率は、次式に従って判定される：
同一性百分率＝１００［１－（Ｃ／Ｒ）］
式中、Ｃは、参照配列と比較される配列との間のアライメント長にわたる、参照配列と比較配列の間の差異の数であり、
（ｉ）比較配列中に対応する整列塩基またはアミノ酸を有しない、参照配列中の各塩基またはアミノ酸、および
（ｉｉ）参照配列中の各ギャップ、および
（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基またはアミノ酸と異なる参照配列中の各整列塩基またはアミノ酸が、差異を構成して、
（ｉｉｉｉ）アライメントは、整合配列の１位から開始しなくてはならず；
Ｒは、比較配列とのアライメント長にわたる参照配列中の塩基またはアミノ酸の数であり、参照配列中に生じるあらゆるギャップも塩基またはアミノ酸として数えられる。
同一性百分率＝１００［１－（Ｃ／Ｒ）］
式中、Ｃは、参照配列と比較される配列との間のアライメント長にわたる、参照配列と比較配列の間の差異の数であり、
（ｉ）比較配列中に対応する整列塩基またはアミノ酸を有しない、参照配列中の各塩基またはアミノ酸、および
（ｉｉ）参照配列中の各ギャップ、および
（ｉｉｉ）比較配列中の整列塩基またはアミノ酸と異なる参照配列中の各整列塩基またはアミノ酸が、差異を構成して、
（ｉｉｉｉ）アライメントは、整合配列の１位から開始しなくてはならず；
Ｒは、比較配列とのアライメント長にわたる参照配列中の塩基またはアミノ酸の数であり、参照配列中に生じるあらゆるギャップも塩基またはアミノ酸として数えられる。
【0094】
比較配列と、それに対して同一性百分率が上のように計算される参照配列との間に、特定の最小同一性百分率とほぼ同じまたはそれを上回るアライメントが存在すれば、その中に、上記のように計算された同一性百分率が特定の同一性百分率未満であるアライメントが存在したとしても、比較配列は、参照配列との特定の最小同一性百分率を有する。
【0095】
したがって上述したように、本発明は、配列番号１～配列番号１０１、または配列番号１～配列番号１０１と８８％相同的であるその変異型、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異型からなる群から選択される配列を含んでなる、ペプチドを提供する。本発明のペプチドは、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子または前記ペプチドの伸長バージョンをクラスＩＩに結合する能力を有する。
【0096】
本発明では、「相同的」という用語は、２つのアミノ酸配列、すなわちペプチドまたはポリペプチド配列の配列間の同一性の程度を指す（上の同一性百分率を参照されたい）。前述の「相同性」は、比較される配列にわたり、最適条件下でアライメントされた２つの配列を比較することで判定される。このような配列相同性は、例えばＣｌｕｓｔａｌＷアルゴリズムを使用してアライメントを作成することによって、計算され得る。一般に利用できる配列解析ソフトウェア、より具体的には、Ｖｅｃｔｏｒ ＮＴＩ、ＧＥＮＥＴＹＸまたはその他のツールが、公共データベースによって提供される。
【0097】
当業者は、特定のペプチドの変異型によって誘導されるＴ細胞が、ペプチドそれ自体と交差反応できるかどうかを評価できるであろう（Ａｐｐａｙ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｃｏｌｏｍｂｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｆｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００１；Ｚａｒｅｍｂａ ｅｔ ａｌ．，１９９７）。
【0098】
所与のアミノ酸配列の「変異型」によって、本発明者らは、ペプチドが、配列番号１～配列番号１０１からなる所与のアミノ酸配列からなるペプチドと実質的に同様に、ＨＬＡ分子となおも結合できるように、（例えば、それらを別の天然アミノ酸残基の側鎖で、またはその他の側鎖で置換することにより）例えば、アミノ酸の１つまたは２つの残基の側鎖が変化することを意味する。例えば、ペプチドは、それがＨＬＡ－Ａ＊０２または－ＤＲなどの適切なＭＨＣ分子の結合溝と相互作用して結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持するように修飾されてもよく、このようにしてそれは、活性化Ｔ細胞のＴＣＲに結合する能力を改善せずとも、少なくとも維持する。
【0099】
これらのＴ細胞は、引き続いて細胞と交差反応して、本発明の態様で定義される同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞を殺滅し得る。学術文献およびデータベース（Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ ｅｔ ａｌ．，１９９９；Ｇｏｄｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９９７）から演繹され得るように、ＨＬＡ結合ペプチドの特定の位置は、典型的にアンカー残基であり、結合溝を構成するポリペプチド鎖の極性、電気物理的、疎水性、および空間特性によって画定されるＨＬＡ受容体の結合モチーフと適合する、コア配列を形成する。したがって、当業者は、既知のアンカー残基を保つことで、配列番号１～配列番号１０１に記載されるアミノ酸配列を修飾でき、このような変異型がＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を維持するかどうかを判定できるであろう。本発明の変異型は、活性化Ｔ細胞のＴＣＲに結合する能力を維持し、それは引き続いて、本発明の態様で定義されるような同族ペプチドの天然アミノ酸配列を含有するポリペプチドを発現する細胞と交差反応して、それを殺滅し得る。
【0100】
本明細書で開示される元の（未修飾）ペプチドは、特に明記されない場合は、ペプチド鎖内の異なる、おそらくは選択的な部位における、１つまたは複数の残基の置換によって修飾され得る。好ましくはこれらの置換は、アミノ酸鎖の末端に位置する。このような置換は、保存的性質であってもよく、例えば、疎水性アミノ酸が別の疎水性アミノ酸によって置換されるなど、構造および特徴の類似したアミノ酸によってアミノ酸が置換される。さらにより保存的な置換は、ロイシンのイソロイシンによる置換などの、同一または類似サイズおよび化学的性質のアミノ酸の置換である。天然起源相同タンパク質ファミリーの配列多様性の研究では、特定のアミノ酸置換は、他よりも耐容されることが多く、これらは、元のアミノ酸とその置換物との間のサイズ、電荷、極性、および疎水性の類似性との相関を示すことが多く、これが「保存的置換」の定義の基礎である。
【0101】
保存的置換は、本明細書では、以下の５つのグループの１つの中の交換として定義される：グループ１－小型脂肪族、非極性またはわずかに極性の残基（Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｐｒｏ、Ｇｌｙ）；グループ２－極性の負に帯電した残基およびそれらのアミド（Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、Ｇｌｎ）；グループ３－極性の正に帯電した残基（Ｈｉｓ、Ａｒｇ、Ｌｙｓ）；グループ４－大型脂肪族非極性残基（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、Ｃｙｓ）；およびグループ５－大型芳香族残基（Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｔｒｐ）。
【0102】
一態様では、保存的置換としては、その内容全体が参照により援用される、Ｄａｙｈｏｆｆによって”Ｔｈｅ Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．Ｖｏｌ．５”，Ｎａｔｌ．Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈに記載されるものが挙げられてもよい。例えば、一態様では、以下のグループの１つに属するアミノ酸は、互いに交換され得て、したがって、保守的な交換を構成する：グループ１：アラニン（Ａ）、プロリン（Ｐ）、グリシン（Ｇ）、アスパラギン（Ｎ）、セリン（Ｓ）、スレオニン（Ｔ）；グループ２：システイン（Ｃ）、セリン（Ｓ）、チロシン（Ｙ）、スレオニン（Ｔ）；グループ３：バリン（Ｖ）、イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、アラニン（Ａ）、フェニルアラニン（Ｆ）；グループ４：リジン（Ｋ）、アルギニン（Ｒ）、ヒスチジン（Ｈ）；グループ５：フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）、ヒスチジン（Ｈ）；およびグループ６：アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）。一態様では、保存的アミノ酸置換は、Ｔ→Ａ、Ｇ→Ａ、Ａ→Ｉ、Ｔ→Ｖ、Ａ→Ｍ、Ｔ→Ｉ、Ａ→Ｖ、Ｔ→Ｇ、および／またはＴ→Ｓから選択されてもよい。
【0103】
一態様では、保存的アミノ酸置換としては、例えば、（１）非極性：Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｐｒｏ、Ｍｅｔ、Ｐｈｅ、Ｔｒｐ；（２）非荷電極性：Ｇｌｙ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｃｙｓ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；および（４）塩基性：Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓなど、同一クラスの別のアミノ酸によるアミノ酸の置換が挙げられてもよい。その他の保存的アミノ酸置換はまた、以下のように行われ得る：（１）芳香族：Ｐｈｅ、Ｔｙｒ、Ｈｉｓ；（２）プロトン供与体：Ａｓｎ、Ｇｌｎ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ、Ｈｉｓ、Ｔｒｐ；および（３）プロトン受容体：Ｇｌｕ、Ａｓｐ、Ｔｈｒ、Ｓｅｒ、Ｔｙｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ（例えば、その内容全体が参照により援用される、米国特許第１０，１０６，８０５号明細書を参照されたい）。
【0104】
別の態様では、表Ａに従って保存的置換が行なわれてもよい。タンパク質修飾に対する耐性を予測する方法は、例えば、その内容全体が参照により援用される、Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ，１０１（２５）：９２０５－９２１０（２００４）にある。
【0105】
【表7】
【0106】
別の態様では、保存的置換は、「保存的置換」の見出しの下で表Ｂに示されるものであってもよい。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表Ｂで「例示的な置換」と命名される、より実質的な変化が導入され、必要に応じて生成物がスクリーニングされてもよい。
【0107】
【表8】
【0108】
より保存的でない置換は、アラニンのイソロイシン残基による置換などの、類似した特徴を有するがサイズがいくらか異なる別のアミノ酸による置換を伴うかもしれない。高度に非保存的な置換は、酸性アミノ酸による極性アミノ酸の置換、または塩基性でさえあるアミノ酸の置換を伴うかもしれない。しかし化学効果は完全に予測可能でなく、遊離基置換は単純な化学的原理からは予測できない偶然の効果をもたらす可能性があるので、このような「過激な」置換でも、潜在的に無効であるとして却下し得ない。
【0109】
もちろんこのような置換には、通常のＬ－アミノ酸以外の構造体が関与してもよい。したがってＤ－アミノ酸が、本発明の抗原性ペプチドに通常見いだされるＬ－アミノ酸を置換するかもしれず、依然として本明細書の開示に包含される。さらに、非標準アミノ酸（すなわち、一般的な天然タンパク質新生アミノ酸以外）もまた置換目的で使用して、本発明による免疫原および免疫原性ポリペプチドが製造されてもよい
【0110】
２つ以上の位置における置換が、以下に定義されるように実質的に同等のまたはそれを超える抗原活性のあるペプチドをもたらすことが判明した場合、これらの置換の組み合わせを試験して、置換の組み合わせが、ペプチドの抗原性に相加または相乗効果をもたらすかどうかが判定される。最大でも、ペプチド内の４つを超える位置が、同時に置換されることはない。
【0111】
本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドは、非修飾ペプチドと比較すると、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が実質的に変化したり悪影響を受けたりすることなく交換される、１つまたは２つの非アンカーアミノ酸を有し得る（アンカーモチーフについては下記を参照されたい）。別の実施形態では、本明細書で示されるようなアミノ酸配列から本質的になるペプチドにおいては、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力が非修飾ペプチドと比較して実質的に変化したり悪影響を受けることなく、１つまたは２つのアミノ酸が、それらの保存的交換パートナー（以下を参照されたい）で交換され得る。
【0112】
Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、その組み込みが、Ｔ細胞反応性に実質的に影響を及ぼさず、関連ＭＨＣとの結合を排除しない、その他のアミノ酸での置換によって修飾され得る。したがって与えられた但し書きを除いて、本発明のペプチドは、与えられたようなアミノ酸配列またはそれらの部分または変異型を含む、任意のペプチド（本発明者らは、その用語にオリゴペプチドまたはポリペプチドを含める）であってもよい。
【0113】
【表9-1】
【表9-2】
【表9-3】
【表9-4】
【0114】
より長い（伸長された）ペプチドもまた、適切であってもよい。ＭＨＣクラスＩエピトープは、通常は８～１１アミノ酸長であるが、実際のエピトープを含むより長いペプチドまたはタンパク質から、ペプチドプロセッシングによって作製することが可能である。実際のエピトープ側面に位置する残基は、プロセッシング中に実際のエピトープを曝露させるのに必要なタンパク質分解切断に、実質的に影響を及ぼさない残基であることが好ましい。
【0115】
本発明のペプチドは、最大４個のアミノ酸で伸長させ得て、すなわち４：０～０：４の間のあらゆる組み合わせで、どちらかの末端に１、２、３または４個のアミノ酸が付加され得る。本発明による伸長の組み合わせは、表１０にある。
【0116】
【表10】
【0117】
伸長／延長のためのアミノ酸は、元のタンパク質配列のペプチドまたは任意のその他のアミノ酸であり得る。伸長を利用して、ペプチドの安定性または溶解度を高め得る。
【0118】
したがって本発明のエピトープは、天然起源腫瘍関連または腫瘍特異的エピトープと同一であってもよく、またはそれらが実質的に同一の抗原活性を有しさえすれば、４つ以下の残基が参照ペプチドと異なるエピトープを含んでもよい。
【0119】
代案の実施形態では、ペプチドは、４つを超えるアミノ酸で、好ましくは最大３０アミノ酸の全長まで、片側または両側で伸長される。これは、ＭＨＣクラスＩＩ結合ペプチドをもたらしてもよい。ＭＨＣクラスＩＩへの結合は、当該技術分野で公知の方法によって試験される得る。
【0120】
したがって、本発明は、ＭＨＣクラスＩエピトープのペプチドおよび変異型を提供し、ペプチドまたは変異型は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４、すなわち８、９、１０、１１、１２、１３、１４アミノ酸の全長を有し、伸長されたクラスＩＩ結合ペプチドの場合、長さはまた、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１または２２アミノ酸であり得る。
【0121】
もちろん、本発明によるペプチドまたは変異型は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する。ペプチドまたは変異型のＭＨＣ複合体への結合は、当該技術分野で既知の方法によって試験されてもよい。
【0122】
好ましくは、本発明によるペプチドに特異的なＴ細胞を置換ペプチドについて試験する場合、置換ペプチドが背景に対して最大溶解増加の半分を達成するペプチド濃度は、約１ｍＭ以下、好ましくは約１μＭ以下、より好ましくは約１ｎＭ以下、さらにより好ましくは約１００ｐＭ以下、最も好ましくは約１０ｐＭ以下である。置換ペプチドが、２人以上、少なくとも２人、より好ましくは３人の個人からのＴ細胞によって認識されることもまた好ましい。
【0123】
本発明の特に好ましい実施形態では、ペプチドは、配列番号１～配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる。
【0124】
「から本質的になる」は、本発明によるペプチドが、配列番号１～配列番号１０１のいずれかに記載の配列またはその変異型に加えて、ＭＨＣ分子エピトープのエピトープとして機能するペプチドの一部を必ずしも構成しない、追加的なＮおよび／またはＣ末端に位置するアミノ酸の一連の配列を含有することを意味するものとする。
【0125】
それでもなお、これらの一連の配列は、本発明によるペプチドの細胞への効率的な導入を提供するのに重要であり得る。本発明の一実施形態では、ペプチドは、例えば、ＮＣＢＩ、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号Ｘ００４９７に由来する、ＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（ｐ３３、以下の「Ｉｉ」）の８０個のＮ末端アミノ酸を含んでなる、融合タンパク質の一部である。その他の融合物においては、本発明のペプチドは、本明細書に記載されるような抗体、またはその機能的部分に、特に抗体の配列に、前記抗体によって特異的に標的化されるように融合し得て、または例えば、本明細書に記載されるような樹状細胞に対して特異的な抗体に、またはその中に融合し得る。
【0126】
さらにペプチドまたは変異型は、より強力な免疫応答を引き起こすために、安定性および／またはＭＨＣ分子への結合を改善するようにさらに修飾されてもよい。ペプチド配列のこのような最適化方法は当該技術分野で周知であり、例えば、逆ペプチド結合または非ペプチド結合の導入が挙げられる。
【0127】
逆ペプチド結合中では、アミノ酸残基はペプチド（－ＣＯ－ＮＨ－）結合によって連結せず、ペプチド結合が逆転する。このようなレトロインベルソペプチド模倣剤は、例えば参照により本明細書に援用される、Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ（１９９７）（Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）に記載されるものなどの当該技術分野で既知の方法を使用して製造されてもよい。このアプローチは、側鎖の方向でなく、主鎖に関与する変化を含有する、擬ペプチドを作製することを伴う。Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．（Ｍｅｚｉｅｒｅ ｅｔ ａｌ．，１９９７）は、ＭＨＣ結合およびＴヘルパー細胞応答のために、これらの擬ペプチドが有用であることを示す。ＣＯ－ＮＨペプチド結合の代わりにＮＨ－ＣＯ結合を含有するレトロインバースペプチドは、タンパク質分解に対してはるかにより高い抵抗性がある。
【0128】
非ペプチド結合は、例えば、－ＣＨ２－ＮＨ、－ＣＨ２Ｓ－、－ＣＨ２ＣＨ２－、－ＣＨ＝ＣＨ－、－ＣＯＣＨ２－、－ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２－、および－ＣＨ２ＳＯ－である。米国特許第４，８９７，４４５号明細書は、標準手順によって合成されるポリペプチド、およびＮａＣＮＢＨ３の存在下でアミノアルデヒドとアミノ酸を反応させることで合成される非ペプチド結合が関与する、ポリペプチド鎖中の非ペプチド結合（－ＣＨ２－ＮＨ）を固相合成する方法を提供する。
【0129】
上述の配列を含んでなるペプチドは、それらのアミノおよび／またはカルボキシ末端に存在する追加的な化学基と共に合成されて、ペプチドの安定性、生物学的利用能、および／または親和性が向上されてもよい。例えば、カルボベンゾキシル、ダンシル、またはｔ－ブチルオキシカルボニル基などの疎水性基が、ペプチドのアミノ末端に付加されてもよい。同様に、アセチル基または９－フルオレニルメトキシカルボニル基が、ペプチドのアミノ末端に配置されてもよい。さらに、疎水性基、ｔ－ブチルオキシカルボニル、またはアミド基が、ペプチドのカルボキシ末端に付加されてもよい。
【0130】
さらに、本発明のペプチドは、それらの立体配置を改変するように合成されてもよい。例えば、通常のＬ異性体でなく、ペプチドの１つまたは複数のアミノ酸残基のＤ異性体が使用されてもよい。なおもさらに、本発明のペプチドのアミノ酸残基の少なくとも１つは、周知の非天然起源アミノ酸残基の１つで置換されてもよい。これらのような改変は、本発明のペプチドの安定性、生物学的利用能および／または結合作用の増大に役立ってもよい。
【0131】
同様に、本発明のペプチドまたは変異型は、ペプチド合成の前または後のどちらかに、特定のアミノ酸を反応させることで化学的に修飾されてもよい。このような修飾の例は、当技術分野で周知であり、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｒ．Ｌｕｎｄｂｌａｄ，Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ，３ｒｄ ｅｄ．ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，２００４（Ｌｕｎｄｂｌａｄ，２００４）に要約される。アミノ酸の化学修飾としては、これに限定されるものではないが、アシル化、アミジン化、リジンのピリドキシル化、還元アルキル化、２，４，６－トリニトロベンゼンスルホン酸（ＴＮＢＳ）によるアミノ基のトリニトロベンジル化、システインのシステイン酸への過ギ酸酸化によるカルボキシル基のアミド修飾およびスルフヒドリル修飾、水銀誘導体形成、その他のチオール化合物との混合ジスルフィド形成、マレイミドとの反応、ヨード酢酸またはヨードアセトアミドによるカルボキシメチル化、およびアルカリ性ｐＨでのシアネートによるカルバモイル化による修飾が挙げられるが、これに限定されるものではない。この点において、当業者は、タンパク質の化学修飾に関するより詳細な手順について、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ Ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，Ｅｄｓ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ ＮＹ １９９５－２０００）（Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９５）の第１５章を参照されたい。
【0132】
簡単に述べると、例えば、タンパク質中のアルギニル残基の修飾は、付加体を形成するためのフェニルグリオキサール、２，３－ブタンジオン、および１，２－シクロヘキサンジオンなどの隣接するジカルボニル化合物の反応に基づくことが多い。別の例は、メチルグリオキサールとアルギニン残基の反応である。システインは、リジンおよびヒスチジンなどのその他の求核性部位の同時の修飾なしに修飾され得る。その結果、多数の試薬がシステイン修飾のために利用可能である。Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈなどの会社のウェブサイト（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｉｇｍａ－ａｌｄｒｉｃｈ．ｃｏｍ）が、特定の試薬に関する情報を提供する。
【0133】
タンパク質中のジスルフィド結合の選択的還元もまた、一般的である。ジスルフィド結合は、生物医薬品の加熱処理中に形成されて酸化され得る。ウッドワード試薬Ｋを使用して、特定のグルタミン酸残基が修飾されてもよい。Ｎ－（３－（ジメチルアミノ）プロピル）－Ｎ’－エチルカルボジイミドを使用して、リジン残基とグルタミン酸残基の間に分子内架橋が形成され得る。例えば、ジエチルピロ炭酸は、タンパク質中のヒスチジル残基修飾のための試薬である。ヒスチジンはまた、４－ヒドロキシ－２－ノネナールを使用して修飾され得る。リジン残基およびその他のα－アミノ基の反応物は、例えば、ペプチドの表面への結合またはタンパク質／ペプチド架橋で有用である。リジンはポリ（エチレン）グリコールの付着部位であり、タンパク質のグリコシル化の主要な修飾部位である。タンパク質中のメチオニン残基は、例えば、ヨードアセトアミド、ブロモエチルアミン、およびクロラミンＴによって修飾され得る。
【0134】
チロシル残基の修飾には、テトラニトロメタンおよびＮ－アセチルイミダゾールが使用され得る。ジチロシンの形成を通じた架橋は、過酸化水素／銅イオンによって達成され得る。
【0135】
トリプトファンの修飾に関する最近の研究では、Ｎ－ブロモサクシニミド、臭化２－ヒドロキシ－５－ニトロベンジルまたは３－ブロモ－３－メチル－２－（２－ニトロフェニルメルカプト）－３Ｈ－インドール（ＢＰＮＳ－スカトール）が使用された。
【0136】
ＰＥＧによる治療用タンパク質およびペプチドの成功裏の修飾が、循環半減期の延長にしばしば関連している一方で、タンパク質と、グルタルアルデヒド、ポリエチレングリコールジアクリレート、およびホルムアルデヒドとの架橋は、ハイドロゲル調製のために使用される。免疫療法のためのアレルゲンの化学修飾は、シアン酸カリウムを用いるカルバミル化によって達成されることが多い。
【0137】
ペプチド、または修飾されまたは非ペプチド結合を含むペプチド変異型は、本発明の好ましい実施形態である。
【0138】
本発明の別の実施形態は、非天然ペプチドに関し、前記ペプチドは、配列番号１～配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になり、薬学的に許容可能な塩として合成的に生産される（例えば、合成される）。ペプチドを合成的に生産する方法は、当該技術分野で周知である。生体内で産生されるペプチドは塩でないため、本発明によるペプチドの塩は、ペプチドの生体内での状態と実質的に異なる。ペプチドの非天然塩形態は、特に、ペプチドを含んでなる医薬組成物、例えば、本明細書で開示されるペプチドワクチンなどの文脈で、ペプチドの溶解性を媒介する。治療される対象にペプチドを効率的に提供するためには、ペプチドの十分で少なくとも実質的な溶解性が必要である。好ましくは、塩は、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。本発明によるこれらの塩としては、アニオンとしてのＰＯ４
３－、ＳＯ４
２－、ＣＨ３ＣＯＯ－、Ｃｌ－、Ｂｒ－、ＮＯ３
－、ＣｌＯ４
－、Ｉ－、ＳＣＮ－、およびカチオンとしてのＮＨ４
＋、Ｒｂ＋、Ｋ＋、Ｎａ＋、Ｃｓ＋、Ｌｉ＋、Ｚｎ２＋、Ｍｇ２＋、Ｃａ２＋、Ｍｎ２＋、Ｃｕ２＋およびＢａ２＋を含んでなるホフマイスター系列の塩類などのアルカリ塩およびアルカリ土類塩類が挙げられる。特に塩類は、（ＮＨ４）３ＰＯ４、（ＮＨ４）２ＨＰＯ４、（ＮＨ４）Ｈ２ＰＯ４、（ＮＨ４）２ＳＯ４、ＮＨ４ＣＨ３ＣＯＯ、ＮＨ４Ｃｌ、ＮＨ４Ｂｒ、ＮＨ４ＮＯ３、ＮＨ４ＣＩＯ４、ＮＨ４Ｉ、ＮＨ４ＳＣＮ、Ｒｂ３ＰＯ４、Ｒｂ２ＨＰＯ４、ＲｂＨ２ＰＯ４、Ｒｂ２ＳＯ４、Ｒｂ４ＣＨ３ＣＯＯ、Ｒｂ４Ｃｌ、Ｒｂ４Ｂｒ、Ｒｂ４ＮＯ３、Ｒｂ４ＣＩＯ４、Ｒｂ４Ｉ、Ｒｂ４ＳＣＮ、Ｋ３ＰＯ４、Ｋ２ＨＰＯ４、ＫＨ２ＰＯ４、Ｋ２ＳＯ４、ＫＣＨ３ＣＯＯ、ＫＣｌ、ＫＢｒ、ＫＮＯ３、ＫＣｌＯ４、ＫＩ、ＫＳＣＮ、Ｎａ３ＰＯ４、Ｎａ２ＨＰＯ４、ＮａＨ２ＰＯ４、Ｎａ２ＳＯ４、ＮａＣＨ３ＣＯＯ、ＮａＣｌ、ＮａＢｒ、ＮａＮＯ３、ＮａＣＩＯ４、ＮａＩ、ＮａＳＣＮ、ＺｎＣＩ２Ｃｓ３ＰＯ４、Ｃｓ２ＨＰＯ４、ＣｓＨ２ＰＯ４、Ｃｓ２ＳＯ４、ＣｓＣＨ３ＣＯＯ、ＣｓＣｌ、ＣｓＢｒ、ＣｓＮＯ３、ＣｓＣＩＯ４、ＣｓＩ、ＣｓＳＣＮ、Ｌｉ３ＰＯ４、Ｌｉ２ＨＰＯ４、ＬｉＨ２ＰＯ４、Ｌｉ２ＳＯ４、ＬｉＣＨ３ＣＯＯ、ＬｉＣｌ、ＬｉＢｒ、ＬｉＮＯ３、ＬｉＣｌＯ４、ＬｉＩ、ＬｉＳＣＮ、Ｃｕ２ＳＯ４、Ｍｇ３（ＰＯ４）２、Ｍｇ２ＨＰＯ４、Ｍｇ（Ｈ２ＰＯ４）２、Ｍｇ２ＳＯ４、Ｍｇ（ＣＨ３ＣＯＯ）２、ＭｇＣｌ２、ＭｇＢｒ２、Ｍｇ（ＮＯ３）２、Ｍｇ（ＣｌＯ４）２、ＭｇＩ２、Ｍｇ（ＳＣＮ）２、ＭｎＣｌ２、Ｃａ３（ＰＯ４），、Ｃａ２ＨＰＯ４、Ｃａ（Ｈ２ＰＯ４）２、ＣａＳＯ４、Ｃａ（ＣＨ３ＣＯＯ）２、ＣａＣｌ２、ＣａＢｒ２、Ｃａ（ＮＯ３）２、Ｃａ（ＣｌＯ４）２、ＣａＩ２、Ｃａ（ＳＣＮ）２、Ｂａ３（ＰＯ４）２、Ｂａ２ＨＰＯ４、Ｂａ（Ｈ２ＰＯ４）２、ＢａＳＯ４、Ｂａ（ＣＨ３ＣＯＯ）２、ＢａＣｌ２、ＢａＢｒ２、Ｂａ（ＮＯ３）２、Ｂａ（ＣｌＯ４）２、ＢａＩ２、およびＢａ（ＳＣＮ）２から選択される。特に好ましいのは、例えば、塩化物塩または酢酸塩（トリフルオロ酢酸塩）などのＮＨ酢酸塩、ＭｇＣｌ２、ＫＨ２ＰＯ４、Ｎａ２ＳＯ４、ＫＣｌ、ＮａＣｌ、およびＣａＣｌ２である。
【0139】
一般に、ペプチドおよび変異型（少なくともアミノ酸残基間にペプチド結合を含有するもの）は、Ｌｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．（Ｌｕｋａｓ ｅｔ ａｌ．，１９８１）によって、そしてその中で引用される参考文献によって開示される、Ｆｍｏｃ－ポリアミド様式の固相ペプチド合成によって合成されてもよい。一時的なＮ－アミノ基保護は、９－フルオレニルメチルオキシカルボニル（Ｆｍｏｃ）基によってもたらされる。この高度に塩基不安定性の保護基の反復切断は、Ｎ、Ｎ－ジメチルホルムアミド中の２０％ピペリジンを使用して実施される。側鎖官能基は、それらのブチルエーテル（セリン、スレオニン、およびチロシンの場合）、ブチルエステル（グルタミン酸およびアスパラギン酸の場合）、ブチルオキシカルボニル誘導体（リジンおよびヒスチジンの場合）、トリチル誘導体（システインの場合）、および４－メトキシ－２，３，６－トリメチルベンゼンスルホニル誘導体（アルギニンの場合）として保護されてもよい。グルタミンまたはアスパラギンがＣ末端残基である場合、側鎖アミド官能基を保護するために、４，４’－ジメトキシベンズヒドリル基が活用される。固相担体は、ジメチルアクリルアミド（主鎖単量体）、ビスアクリロイルエチレンジアミン（架橋剤）、およびアクリロイルサルコシンメチルエステル（機能化因子）の３つの単量体から構成される、ポリジメチル－アクリルアミドポリマーをベースとする。使用されるペプチドと樹脂との切断可能な結合剤は、酸不安定性４－ヒドロキシメチル－フェノキシ酢酸誘導体である。逆転Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシル－カルボジイミド／１ヒドロキシベンゾトリアゾール媒介共役手順を使用して付加されるアスパラギンおよびグルタミンを除いて、全てのアミノ酸誘導体は、それらのあらかじめ形成された対称的な無水物誘導体として付加される。全ての共役および脱保護反応は、ニンヒドリン、トリニトロベンゼンスルホン酸またはイサチン試験手順を使用してモニターされる。合成完了時に、ペプチドは樹脂担体から切断され、同時に、５０％スカベンジャー混合物を含有する９５％トリフルオロ酢酸処理によって、側鎖保護基が除去される。一般に使用されるスカベンジャーとしては、エタンジチオール、フェノール、アニソール、および水が挙げられ、正確な選択は、合成されるペプチドの構成アミノ酸に左右される。ペプチドの合成のための固相法と溶液相法の組み合わせもまた、可能である（例えば、（Ｂｒｕｃｋｄｏｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００４）、およびその中で引用される参考文献を参照されたい）。
【0140】
トリフルオロ酢酸は、真空蒸発によって除去され、引き続くジエチルエーテルを用いた磨砕は、粗製ペプチドをもたらす。存在するあらゆるスカベンジャーは、単純な抽出手順によって除去され、それは水相の凍結乾燥に際して、スカベンジャーを含まない粗製ペプチドを与える。ペプチド合成のための試薬は、通常、例えば、Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ－Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（英国ノッティンガム）から入手できる。
【0141】
精製は、再結晶化、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、および（通常は）例えば、アセトニトリル／水勾配分離を使用した逆相高速液体クロマトグラフィーなどの技術の任意の１つまたは組み合わせによって実施されてもよい。
【0142】
ペプチドの分析は、薄層クロマトグラフィー、電気泳動法、特にキャピラリー電気泳動法、固相抽出（ＣＳＰＥ）、逆相高速液体クロマトグラフィー、酸加水分解後のアミノ酸分析を使用して、高速原子衝撃（ＦＡＢ）質量分光分析によって、ならびにＭＡＬＤＩおよびＥＳＩ－Ｑ－ＴＯＦ質量分光分析によって、実施されてもよい。
【0143】
過剰提示ペプチドを選択するために、中央値サンプル提示ならびに反復試験変動を示す、提示プロファイルが計算される。プロファイルは、関心のある腫瘍実体のサンプルを正常なサンプルのベースラインに並置させる。次に、線形混合効果モデルのｐ値を計算し（Ｐｉｎｈｅｉｒｏ ｅｔ ａｌ．，２０１５）、偽発見率によって複数試験について補正することで（Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ ａｎｄ Ｈｏｃｈｂｅｒｇ，１９９５）、これらの各プロファイルが過剰提示スコアに統合され得る（実施例１、図１参照）。
【0144】
質量分析によるＨＬＡリガンドの同定と相対的定量化のために、衝撃凍結サンプルからのＨＬＡ分子が精製されて、ＨＬＡ関連ペプチドが単離された。単離ペプチドを分離して、オンラインナノエレクトロスプレーイオン化（ｎａｎｏＥＳＩ）液体クロマトグラフィー質量分析（ＬＣ－ＭＳ）実験によって配列を同定した。得られたペプチド配列は、同一配列の対応する合成参照ペプチドの断片化パターンと、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんサンプル（Ｎ＝４９０サンプル）から記録された天然腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）の断片化パターンとの比較によって、検証された。ペプチドは、原発性腫瘍のＨＬＡ分子のリガンドとして直接、同定されたので、これらの結果は、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん患者から入手された原発性がん組織上における、同定されたペプチドの天然プロセッシングおよび提示の直接的証拠を提供する。
【0145】
発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）ｖ２．１（例えば、その内容全体が参照により本明細書に援用される、米国特許第２０１３－００９６０１６号明細書を参照されたい）は、いくつかの異なる非がん性組織および臓器と比較した、がん組織上のＨＬＡ拘束性ペプチドレベルの直接相対定量化に基づく、妥当な過剰提示ペプチドワクチン候補の同定と選択ができるようにする。これは、独自仕様のデータ解析パイプラインで処理された獲得ＬＣ－ＭＳデータを使用して、配列同定のためのアルゴリズム、スペクトルクラスタリング、イオン計数、滞留時間アライメント、電荷状態のデコンボリューション、および正規化を組み合わせる、無標識示差定量化の開発によって達成された。
【0146】
公開リソースからの追加的な配列情報（Ｏｌｅｘｉｏｕｋ ｅｔ ａｌ．，２０１６；Ｓｕｂｒａｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．，２０１１）がＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）発見パイプラインに統合され、非標準起源からのＴＵＭＡＰの同定を可能にした。直交データベース非依存型検索戦略でｄｅ－ｎｏｖｏ配列決定法が採用され、ＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）によって判定された腫瘍特異的スペクトルクラスターのペプチド配列が同定された。それによって、ヒトゲノムまたはプロテオミクスデータベースで直接参照されていない新規ＴＵＭＡＰが同定され得た。各ペプチドおよびサンプルの誤差推定値を含む、提示レベルが確立された。腫瘍組織上で排他的に提示されるペプチド、および腫瘍において過剰提示されるペプチドが、非がん性の組織および臓器との比較で同定されている。
【0147】
急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん組織サンプルからのＨＬＡ－ペプチド複合体が精製され、ＨＬＡ関連ペプチドが単離され、ＬＣ－ＭＳによって分析された（実施例１を参照されたい）。本出願に含まれる全てのＴＵＭＡＰは、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんサンプル上におけるこのアプローチによって同定され、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん上におけるそれらの存在が確認される。
【0148】
多発性急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんおよび正常組織上で同定されたＴＵＭＡＰは、ラベルフリーＬＣ－ＭＳデータのイオンカウントを使用して定量化された。方法は、ペプチドのＬＣ－ＭＳシグナル面積が、サンプル中のその存在量と相関すると仮定する。様々なＬＣ－ＭＳ実験におけるペプチドの全ての定量的シグナルは、中心傾向に基づいて正規化され、サンプル当たりで平均化されて、提示プロファイルと称される棒グラフにマージされた。提示プロファイルは、タンパク質データベース検索、スペクトルクラスタリング、電荷状態デコンボリューション（除電）、および滞留時間アライメントおよび正規化のような、異なる解析法を統合する。
【0149】
さらに、発見パイプラインＸＰＲＥＳＩＤＥＮＴ（登録商標）は、がんまたはその他の感染組織上で、ＭＨＣ拘束性、好ましくはＨＬＡ拘束性のペプチドレベルの直接絶対定量化ができるようにする。簡単に述べると、分析された組織サンプルの全ＤＮＡ含有量から、総細胞数が計算された。組織サンプル中のＴＵＭＡＰの全ペプチド量は、天然ＴＵＭＡＰと、既知量のＴＵＭＡＰの同位体標識バージョン、いわゆる内標準との比率として、ナノＬＣ－ＭＳ／ＭＳによって測定された。ＴＵＭＡＰ単離の効率は、ＴＵＭＡＰ単離手順の可能な限り早い時点で、全ての選択されたＴＵＭＡＰのペプチド：ＭＨＣ複合体を組織溶解産物に添加して、ペプチド単離手順の完了に続く、ナノＬＣ－ＭＳ／ＭＳによるそれらの検出によって判定された。総細胞数および全ペプチド量は、組織サンプル当たり三連の測定から計算された。ペプチド単離効率は、それぞれ三連で測定された、９回の添加実験からの平均として計算された（実施例６および表１５を参照されたい）。
【0150】
ペプチドの過剰提示に加えて、基礎遺伝子のｍＲＮＡ発現が試験された。ｍＲＮＡデータは、正常組織およびがん組織のＲＮＡＳｅｑ分析を通じて得られた（実施例２の図２を参照されたい）。正常組織データのさらなる出典は、約３０００の正常組織サンプル（Ｌｏｎｓｄａｌｅ，２０１３）に由来する、公的に利用可能なＲＮＡ発現データのデータベースであった。それがコードするｍＲＮＡが、がん組織では高度に発現されるが、生命維持に必要な正常組織では非常に低いかまたは存在しない、タンパク質に由来するペプチドが、好ましくは本発明に包含される。
【0151】
本発明は、本発明のペプチドを過剰にまたは排他的に提示する、がん／腫瘍、好ましくは急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの治療に有用なペプチドを提供する。これらのペプチドは、質量分析法によって、原発性ヒト急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんサンプル上で上で、ＨＬＡ分子によって自然に提示されたことが示された。
【0152】
それにペプチドが由来する、起源遺伝子／タンパク質の多く（「完全長タンパク質」または「基本的タンパク質」とも称される）は、正常組織と比較して、がんにおいて非常に過剰発現されることが示され、本発明に関して「正常組織」は、起源遺伝子の高度な腫瘍関連性を示す、健康な血液、脳、心臓、肝臓、肺、脂肪組織、副腎、胆管、膀胱、骨髄、食道、眼、胆嚢、頭頸部、大腸、小腸、腎臓、リンパ節、中枢神経、末梢神経、膵臓、副甲状腺腺、腹膜、下垂体、胸膜、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、甲状腺、気管、および尿管細胞、またはその他の正常組織細胞のどちらかを意味するものとする（実施例２を参照されたい）。さらに、ペプチドそれ自体が腫瘍組織上で大きく過剰提示され、本発明に関して「腫瘍組織」は、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんに罹患している患者からのサンプルを意味するが、正常組織は意味しないものとする（実施例１を参照されたい）。
【0153】
ＨＬＡ結合ペプチドは、免疫系、特にＴリンパ球によって認識され得る。Ｔ細胞は、例えば、誘導されたペプチドを提示する、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん細胞などの認識されているＨＬＡ／ペプチド複合体を提示する細胞を破壊し得る。
【0154】
本発明のペプチドは、Ｔ細胞応答を刺激でき、および／または過剰提示されることが示されおり、したがって本発明に従って、抗体および／または可溶性ＴＣＲなどのＴＣＲの製造のために使用され得る（実施例３を参照されたい）。さらに、ペプチドは、それぞれのＭＨＣと複合体化した場合に、本発明による抗体および／またはＴＣＲ、特にＴＣＲ製造のためにも使用され得る。それぞれの方法は当業者に良く知られており、それぞれの参考文献にもまた見られる（下記もまた参照されたい）。したがって本発明のペプチドは、それによって腫瘍細胞が破壊され得る、患者における免疫応答を生じさせるのに有用である。患者における免疫応答は、理想的には免疫原性を増強する薬剤（すなわちアジュバント）との組み合わせで、記載されるペプチド、または適切な前駆体（例えば、伸長ペプチド、タンパク質、またはこれらのペプチドをコードする核酸）を患者に直接投与することで、誘導され得る。本発明の標的ペプチドは、正常組織上では同等のコピー数で提示されないので、このような治療的ワクチン接種から生じる免疫応答は、腫瘍細胞に対して高度に特異的であることが予測され得て、患者の正常細胞に対する望まれない自己免疫反応のリスクを防止する。
【0155】
本明細書は、α鎖およびβ鎖（「α／βＴＣＲ」）を含んでなるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）にさらに関する。また、ＭＨＣ分子によって提示されるとＴＣＲおよび抗体に結合できる、本発明によるペプチドもまた提供される。
【0156】
Ｔｈｅ本明細書はまた、ＨＬＡ分子によって提示され際に、本発明によるペプチド抗原と結合できる、本発明によるＴＣＲの断片にも関する。本用語は、特に、例えば膜貫通部分および／または定常領域が欠損しているＴＣＲなどの可溶性ＴＣＲ断片、一本鎖ＴＣＲ、および例えばＩｇなどのそれらの融合物に関する。
【0157】
本明細書はまた、本明細書のＴＣＲおよびペプチドを発現するための核酸、ベクター、および宿主細胞；そしてそれを使用する方法にも関する。
【0158】
「Ｔ細胞受容体」（ＴＣＲと略記される）という用語は、αポリペプチド鎖（α鎖）およびβポリペプチド鎖（β鎖）を含んでなるヘテロ二量体分子を指し、ヘテロ二量体受容体は、ＨＬＡ分子によって提示されるペプチド抗原と結合できる。本用語は、いわゆるγ／δＴＣＲもまた含む。
【0159】
一実施形態では、本明細書は、本明細書に記載されるようなＴＣＲを製造する方法を提供し、方法は、ＴＣＲの発現を促進するのに適した条件下でＴＣＲを発現できる、宿主細胞を培養するステップを含んでなる。
【0160】
別の態様における説明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞または人工抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子上に抗原が負荷され、または抗原／クラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ複合体モノマーを四量体化することで、クラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ四量体上に抗原が負荷される、本明細書に記載の方法に関する。
【0161】
α／βＴＣＲのαおよびβ鎖、そしてγ／δＴＣＲのγおよびδ鎖は、一般にそれぞれ２つの「ドメイン」、すなわち可変および定常ドメインを有すると見なされる。可変ドメインは、可変領域（Ｖ）と接合領域（Ｊ）の連結からなる。可変ドメインはまた、リーダー領域（Ｌ）を含んでもよい。βおよびδ鎖はまた、多様性領域（Ｄ）を含んでもよい。αおよびβ定常ドメインはまた、αおよびβ鎖を細胞膜に固着させるＣ末端膜貫通（ＴＭ）ドメインを含んでもよい。
【0162】
γ／δＴＣＲに関して、「ＴＣＲγ可変ドメイン」という用語は、本明細書の用法ではリーダー領域（Ｌ）のないＴＣＲγＶ（ＴＲＧＶ）領域とＴＣＲγＪ（ＴＲＧＪ）領域との連結を指し、ＴＣＲγ定常ドメインという用語は、細胞外ＴＲＧＣ領域を指し、またはＣ末端切断型ＴＲＧＣ配列を指す同様に「ＴＣＲδ可変ドメイン」という用語は、リーダー領域（Ｌ）のないＴＣＲδＶ（ＴＲＤＶ）領域とＴＣＲδＤ／Ｊ（ＴＲＤＤ／ＴＲＤＪ）領域との連結を指し、「ＴＣＲδ定常ドメイン」という用語は、細胞外ＴＲＤＣ領域を指し、またはＣ末端切断型ＴＲＤＣ配列を指す。
【0163】
本明細書のＴＣＲは、好ましくは、約１μＭ以下、約００１μＭ以下、約２５μＭ以下、または約１０μＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で、ペプチド－ＨＬＡ分子複合体に結合する。より好ましいのは、約１μＭ以下、約１００ｎＭ以下、約５０ｎＭ以下、約２５ｎＭ以下の結合親和性を有する、高親和性ＴＣＲである。本発明のＴＣＲの好ましい結合親和性範囲の非限定的例としては、約１ｎＭ～約１０ｎＭ；約１０ｎＭ～約２０ｎＭ；約２０ｎＭ～約３０ｎＭ；約３０ｎＭ～約４０ｎＭ；約４０ｎＭ～約５０ｎＭ；約５０ｎＭ～約６０ｎＭ；約６０ｎＭ～約７０ｎＭ；約７０ｎＭ～約８０ｎＭ；約８０ｎＭ～約９０ｎＭ；および約９０ｎＭ～約１００ｎＭが挙げられる。
【0164】
本明細書の用法では、本明細書のＴＣＲとの関連で、「特異的結合」およびそれらの文法的変種は、ペプチド－ＨＬＡ分子複合体に対して、１００μＭ以下の結合親和性（ＫＤ）を有するＴＣＲを意味するために使用される。
【0165】
本明細書のα／βヘテロ二量体ＴＣＲは、それらの定常ドメインの間に導入された、ジスルフィド結合を有してもよい。このタイプの好ましいＴＣＲとしては、ＴＲＡＣ定常ドメイン配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常ドメイン配列とを有するものが挙げられるが、ただし、ＴＲＡＣのＴｈｒ４８およびＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２のＳｅｒ５７は、システイン残基によって置換されており、前記システインは、ＴＣＲのＴＲＡＣ定常ドメイン配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常ドメイン配列との間に、ジスルフィド結合を形成する。
【0166】
上述の導入された鎖間結合の存在下または不在下で、本明細書のα／βヘテロ二量体ＴＣＲは、ＴＲＡＣ定常ドメイン配列とＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常ドメイン配列とを有してもよく、ＴＣＲのＴＲＡＣ定常ドメイン配列と、ＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２定常ドメイン配列とが、ＴＲＡＣのエクソン２のＣｙｓ４と、ＴＲＢＣ１またはＴＲＢＣ２のエクソン２のＣｙｓ２との間の天然ジスルフィド結合によって連結されてもよい。
【0167】
本明細書のＴＣＲは、放射性核種、フルオロフォア、およびビオチンからなる群から選択される、検出可能な標識を含んでなってもよい。本明細書のＴＣＲは、放射性核種、化学療法剤、または毒素などの治療的活性薬剤にコンジュゲートされてもよい。
【0168】
一実施形態では、α鎖に少なくとも１つの変異を有し、および／またはβ鎖に少なくとも１つの変異を有する本明細書のＴＣＲは、非変異ＴＣＲと比較して修飾されたグリコシル化を有する。
【0169】
一実施形態では、ＴＣＲα鎖および／またはＴＣＲβ鎖に少なくとも１つの変異を含んでなるＴＣＲは、ペプチドＨＬＡ分子複合体に対して、非変異ＴＣＲα鎖および／または非変異ＴＣＲβ鎖を含んでなるＴＣＲの少なくとも２倍の結合親和性および／または結合半減期を有する。腫瘍特異的ＴＣＲの親和性増強とその利用は、最適ＴＣＲ親和性のウィンドウの存在に依存する。このようなウィンドウの存在は、例えばＨＬＡ－Ａ２拘束性病原体に対して特異的なＴＣＲが、例えばＨＬＡ－Ａ２拘束性腫瘍関連自己抗原に対して特異的なＴＣＲと比較して、一般に約１０分の１のＫＤ値を有するという観察に基づく。腫瘍抗原は免疫原性である可能性を有するが、腫瘍は個人自身の細胞から生じるので、改変された翻訳プロセッシングのある変異タンパク質またはタンパク質のみが、免疫系によって異質と見なされることが今や知られている。上方制御されまたは過剰発現される抗原（いわゆる自己抗原）は、腫瘍に対する機能的免疫応答を必ずしも誘導せず；これらの抗原に対して高度に反応性のＴＣＲを発現するＴ細胞は、中枢性免疫寛容として知られている過程、すなわち自己抗原に対する低親和性ＴＣＲを有するＴ細胞のみが残留する過程によって、胸腺において負選択される。したがって、ペプチドに対する本明細書のＴＣＲまたは変異型の親和性は、当技術分野で周知の方法によって高め得る。
【0170】
本明細書は、本明細書によるＴＣＲを同定し単離する方法にさらに関し、前記方法は、ＨＬＡ－Ａ＊０２陰性健常ドナーに由来するＰＢＭＣをＡ２／ペプチドモノマーと共にインキュベートするステップと、ＰＢＭＣを四量体フィコエリトリン（ＰＥ）と共にインキュベートするステップと、高結合活性Ｔ細胞を蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）－Ｃａｌｉｂｕｒ分析によって単離するステップとを含んでなる。
【0171】
本明細書は、本明細書に従ってＴＣＲを同定し単離する方法にさらに関し、前記方法は、そのＴ細胞がマウスＴＣＲ欠損を補償する多様なヒトＴＣＲレパートリーを発現する、全ヒトＴＣＲαβ遺伝子遺伝子座（１．１および０．７Ｍｂ）を有する遺伝子組換えマウスを得るステップと、マウスをペプチドで免疫化するステップと、四量体フィコエリトリン（ＰＥ）を有する遺伝子組換えマウスから得られたＰＢＭＣをインキュベートするステップと、高結合活性Ｔ細胞を蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）Ｃａｌｉｂｕｒ分析によって単離するステップとを含んでなる。
【0172】
一態様では、本明細書のＴＣＲを発現するＴ細胞を得るために、本明細書のＴＣＲ－αおよび／またはＴＣＲ－β鎖をコードする核酸が、γレトロウイルスまたはレンチウイルスなどの発現ベクターにクローン化される。組換えウイルスが作製され、次に、抗原特異性および機能的結合活性などの機能について試験される。次に、最終生成物のアリコートを使用して、標的Ｔ細胞集団（一般に患者のＰＢＭＣから精製される）が形質導入され、患者への輸液前に増殖される。
【0173】
別の態様では、本明細書のＴＣＲを発現するＴ細胞を得るために、例えば、生体外転写システムなどの当該技術分野で公知の技術によって、ＴＣＲ ＲＮＡが合成される。次に生体外で合成されたＴＣＲ ＲＮＡは、健常ドナーから得られた原発性ＣＤ８＋Ｔ細胞内に電気穿孔によって導入され、腫瘍特異的ＴＣＲ－αおよび／またはＴＣＲ－β鎖が再発現される。
【0174】
発現を増加させるために、本明細書のＴＣＲをコードする核酸は、レトロウイルス長末端反復（ＬＴＲ）、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）Ｕ３、ホスホグリセリン酸キナーゼ（ＰＧＫ）、β－アクチン、ユビキチン、およびシミアンウイルス４０（ＳＶ４０）／ＣＤ４３複合プロモーター、伸長因子（ＥＦ）－１ａ、および脾臓フォーカス形成ウイルス（ＳＦＦＶ）プロモーターなどの強力なプロモーターと作動可能に連結されてもよい。好ましい実施形態では、プロモーターは、発現される核酸に対して異種である。
【0175】
強力なプロモーターに加えて、本明細書のＴＣＲ発現カセットは、レンチウイルスコンストラクトの核転座を促進する、中央ポリプリントラクト（ｃＰＰＴ）（Ｆｏｌｌｅｎｚｉ ｅｔ ａｌ．，２０００）、およびＲＮＡ安定性を増大させることで導入遺伝子発現のレベルを高める、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節因子（ｗＰＲＥ）（Ｚｕｆｆｅｒｅｙ ｅｔ ａｌ．，１９９９）をはじめとする導入遺伝子発現を高め得る追加的な要素を含有してもよい。
【0176】
本発明のＴＣＲのαおよびβ鎖は、別々のベクターにある核酸によってコードされてもよく、または同一ベクターにあるポリヌクレオチドによってコードされてもよい。
【0177】
高レベルのＴＣＲ表面発現の達成には、導入されたＴＣＲのＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖の双方が高レベルで転写される必要がある。これを行うために、本明細書のＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖は、この障害を克服できることが示されている、単一ベクター内のバイシストロニックコンストラクトにクローン化されてもよい。ＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖は、翻訳中に２つのタンパク質に分かれて等モル比のＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖の生成を確実にする単一転写物から生成されるので、ＴＣＲ－α鎖とＴＣＲ－β鎖との間のウイルス配列内リボソーム進入部位の使用は、双方の鎖の協調発現をもたらす（Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００９）。
【0178】
本明細書のＴＣＲをコードする核酸はコドン最適化されて、宿主細胞からの発現が増加されてもよい。遺伝コードの重複は、いくつかのアミノ酸が２つ以上のコドンによってコードされるようにするが、特定のコドンは、適合ｔＲＮＡの相対可用性ならびにその他の要因のために、他のものよりも「最適」でない（Ｇｕｓｔａｆｓｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２００４）。各アミノ酸が、哺乳類遺伝子発現のための最適コドンによってコードされるように、ＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β遺伝子配列を修飾すること、ならびにｍＲＮＡ不安定モチーフまたは潜在的なスプライス部位を除去することは、ＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β遺伝子発現を有意に高めることが示されている（Ｓｃｈｏｌｔｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００６）。
【0179】
さらに、導入ＴＣＲ鎖と内因性ＴＣＲ鎖との間の誤対合は、重大な自己免疫リスクをもたらす特異性の獲得を引き起こすこともある。例えば、混合ＴＣＲ二量体の形成は、適切に対合するＴＣＲ複合体を形成するために利用できるＣＤ３分子の数を減少させてもよく、ひいては導入ＴＣＲを発現する細胞の機能的結合活性を有意に低下させ得る（Ｋｕｂａｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００７）。
【0180】
誤対合を減少させるために、本明細書の導入ＴＣＲ鎖のＣ末端領域は、鎖間親和性を高める一方で、導入鎖が内因性ＴＣＲと対形成する能力を低下させるために、修飾されてもよい。これらのストラテジーとしては、ヒトＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－βのＣ末端領域をそれらのマウス対応物（マウス化Ｃ末端領域）で置換すること；導入ＴＣＲのＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖の双方に第２のシステイン残基を導入することによって、Ｃ末端領域に第２の鎖間ジスルフィド結合を生成すること（システイン修飾）；ＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖のＣ末端領域内の相互作用残基を交換すること（「ノブ・イン・ホール」）；そしてＴＣＲ－αおよびＴＣＲ－β鎖の可変領域をＣＤ３ζに直接融合させる（ＣＤ３ζ融合）ことが挙げられる。（Ｓｃｈｍｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００９）。
【0181】
一実施形態では、宿主細胞は、本細書のＴＣＲを発現するように遺伝子操作される。好ましい実施形態では、宿主細胞は、ヒトＴ細胞またはＴ細胞前駆体である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞またはＴ細胞前駆体は、がん患者から得られる。その他の実施形態では、Ｔ細胞またはＴ細胞前駆体は、健常ドナーから得られる。本明細書の宿主細胞は、治療される患者に関して、同種異系または自己由来であり得る。一実施形態では、宿主は、α／βＴＣＲを発現するように形質転換されたγ／δＴ細胞である。
【0182】
「医薬組成物」は、医学的状況においてヒトへの投与に適する組成物である。好ましくは、医薬組成物は無菌であり、ＧＭＰガイドラインに準拠して製造される。
【0183】
医薬組成物は、遊離形態または薬学的に許容可能な塩の形態のどちらかのペプチドを含んでなる（上記もまた参照されたい）。本明細書の用法では、「薬学的に許容可能な塩」は、開示されたペプチドの誘導体を指し、ペプチドは、薬剤の酸性または塩基性塩を生成することで修飾される。例えば、適切な酸との反応を伴って、遊離塩基（典型的には中性形態の薬物が中性の－ＮＨ２基を有する）から酸性塩が調製される。酸性塩を調製するための適切な酸としては、例えば、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、リンゴ酸、マロン酸、コハク酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、ｐ－トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸、ならびに例えば、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸リン酸などの無機酸の双方が挙げられる。逆に、ペプチド上に存在してもよい酸部分の塩基性塩の調製物は、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化アンモニウム、水酸化カルシウム、トリメチルアミンなどの薬学的に許容可能な塩基を使用して調製される。
【0184】
特に好ましい一実施形態では、医薬組成物は、酢酸（酢酸塩）、トリフルオロ酢酸または塩酸（塩化物）の塩としてのペプチドを含んでなる。
【0185】
好ましくは、本発明の薬剤はワクチンなどの免疫療法である。それは、患者に直接、罹患臓器に、または全身的に、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．投与され、または生体外で患者またはヒト細胞株に由来する細胞に適用されて、それが引き続いて患者に投与され、または生体外で使用されて患者に由来する免疫細胞の亜集団が選択され、次にそれが患者に再投与されてもよい。核酸が、生体外で細胞に投与される場合、インターロイキン２などの免疫刺激サイトカインを同時発現させるように、細胞を形質移入することが有用であってもよい。ペプチドは、実質的に純粋であり、または免疫刺激アジュバント（下記参照）と組み合わされ、または免疫賦活性サイトカインと組み合わせて使用され、または例えば、リポソームなどの適切な送達系によって投与されてもよい。ペプチドはまた、キーホールリンペットヘモシニアン（ＫＬＨ）またはマンナンなどの適切な担体に共役されてもよい（国際公開第９５／１８１４５号パンフレットおよび（Ｌｏｎｇｅｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９３）を参照されたい）。ペプチドはまた、標識されてもよく、融合タンパク質であってもよく、またはハイブリッド分子であってもよい。その配列が本発明に記載されるペプチドは、ＣＤ４またはＣＤ８ Ｔ細胞を刺激することが予測される。しかし、ＣＤ８ Ｔ細胞の刺激は、ＣＤ４ Ｔヘルパー細胞によって提供される援助の存在下で、より効率的である。したがって、ＣＤ８ Ｔ細胞を刺激するＭＨＣクラスＩエピトープでは、ハイブリッド分子の融合パートナーまたはセクションは、適切にはＣＤ４陽性Ｔ細胞を刺激するエピトープを提供する。ＣＤ４およびＣＤ８刺激エピトープは、当該技術分野で周知であり、本発明で同定されたものが含まれる。
【0186】
一態様では、ワクチンは、配列番号１～配列番号１０１に記載されるアミノ酸配列を有する少なくとも１つのペプチドと、少なくとも１つの追加的なペプチド、好ましくは２～５０、より好ましくは２～２５、なおもより好ましくは２～２０、最も好ましくは２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７または１８個のペプチドとを含んでなる。ペプチドは、１つまたは複数の特異的ＴＡＡから誘導されてもよく、ＭＨＣクラスＩ分子に結合してもよい。
【0187】
本発明のさらなる態様は、本発明のペプチドまたはペプチド変異型をエンコードする核酸（例えばポリヌクレオチド）を提供する。ポリヌクレオチドは、それがペプチドをコードしさえすれば、例えば、一本鎖および／または二本鎖のいずれかのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよく、または例えばホスホロチオエート主鎖を有するポリヌクレオチドなどのポリヌクレオチドの未変性または安定化形態であってもよく、それはイントロンを含有してもまたはしなくてもよい。もちろん、天然起源ペプチド結合によって連結する天然アミノ酸残基を含有するペプチドのみが、ポリヌクレオチドによってエンコードされ得る。本発明のなおもさらなる態様は、本発明によるポリペプチドを発現できる発現ベクターを提供する。
【0188】
例えば、相補的付着端を通じて、ポリヌクレオチド、特にＤＮＡをベクターに連結する、多様な方法が開発されている。例えば、ベクターＤＮＡに挿入されるＤＮＡセグメントに、相補的ホモポリマー配列が付加され得る。次に、相補的ホモポリマー尾部間の水素結合によって、ベクターとＤＮＡセグメントが連結されて、組換えＤＮＡ分子が形成する。
【0189】
１つまたは複数の制限部位を含有する合成リンカーは、ＤＮＡセグメントをベクターに連結する代替え方法を提供する。多様な制限エンドヌクレアーゼ部位を含有する合成リンカーは、米国コネチカット州ニューヘイブンのＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．をはじめとするいくつかの供給元から商業的に入手できる。
【0190】
本発明のポリペプチドをコードするＤＮＡを修飾する望ましい方法は、Ｓａｉｋｉ ＲＫ，ｅｔ ａｌ．（Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９８８）で開示されるようなポリメラーゼ連鎖反応を用いる。この方法は、例えば、適切な制限部位を遺伝子操作することで、ＤＮＡを適切なベクターに導入するために使用されてもよく、またはそれは、当該技術分野で既知のその他の有用な様式でＤＮＡを修飾するために使用されてもよい。ウイルスベクターを使用するのであれば、ポックスウイルスまたはアデノウイルスベクターが好ましい。
【0191】
次にＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）を適切な宿主において発現させ、本発明のペプチドまたは変異型を含んでなるポリペプチドが製造されてもよい。このようにして、本明細書に含まれる教示を考慮して適切に修正された既知の技術に従って、本発明のペプチドまたは変異型をコードするＤＮＡを使用して、発現ベクターが構築されてもよく、次にそれを使用して、本発明のポリペプチドの発現および製造のために、適切な宿主細胞が形質転換される。このような技術としては、例えば、米国特許第４，４４０，８５９号明細書、米国特許第４，５３０，９０１号明細書、米国特許第４，５８２，８００号明細書、米国特許第４，６７７，０６３号明細書、米国特許第４，６７８，７５１号明細書、米国特許第４，７０４，３６２号明細書、米国特許第４，７１０，４６３号明細書、米国特許第４，７５７，００６号明細書、米国特許第４，７６６，０７５号明細書、および米国特許第４，８１０，６４８号明細書で開示されるものが挙げられる。
【0192】
本発明の化合物を構成するポリペプチドをエンコードするＤＮＡ（またはレトロウイルスベクターの場合はＲＮＡ）は、適切な宿主への導入のために、多種多様なその他のＤＮＡ配列に連結されてもよい。コンパニオンＤＮＡは、宿主の性質、ＤＮＡの宿主への導入様式、およびエピソームの維持または組み込みが所望されるかどうかに左右される。
【0193】
一般に、ＤＮＡは、発現のための適切な方向および正しい読み枠で、プラスミドなどの発現ベクターに挿入される。必要ならば、ＤＮＡは、所望の宿主によって認識される適切な転写および翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結されてもよいが、このような制御は、一般に発現ベクター中で利用できる。次に、標準的な技術を通じて、ベクターが宿主に導入される。一般に、全ての宿主がベクターによって形質転換されるわけではない。したがって、形質転換された宿主細胞を選択することが必要になる。一選択技術は、抗生物質耐性などの形質転換細胞内で選択可能な形質をコードする、任意の必要な制御要素があるＤＮＡ配列を発現ベクター内に組み込むことを伴う。
【0194】
代案としては、このような選択可能な形質の遺伝子は、所望の宿主細胞を同時形質転換するために使用される、別のベクター上にあり得る。
【0195】
次に、本明細書で開示される教示を考慮して、当業者に知られている適切な条件下で十分な時間にわたり、本発明の組換えＤＮＡによって形質転換された宿主細胞が培養されてポリペプチドが発現され、次にそれが回収され得る。
【0196】
細菌（例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）およびバチルス・サブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、酵母（例えばサッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、糸状菌（例えばアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ））、植物細胞、動物細胞、および昆虫細胞をはじめとする多数の発現系が知られている。好ましくは、発現系は、ＡＴＣＣ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎから入手できるＣＨＯ細胞などの哺乳類細胞であり得る。
【0197】
構成的発現のための典型的な哺乳類細胞ベクタープラスミドは、適切なポリＡ尾部を有するＣＭＶまたはＳＶ４０プロモーター、およびネオマイシンなどの耐性マーカーを含んでなる。一例は、米国ニュージャージー州ピスカタウェイのＰｈａｒｍａｃｉａから入手できるｐＳＶＬである。誘導性哺乳類発現ベクターの一例であるｐＭＳＧもまた、Ｐｈａｒｍａｃｉａから入手できる。有用な酵母プラスミドベクターは、ｐＲＳ４０３－４０６およびｐＲＳ４１３－４１６であり、通常、米国郵便番号９２０３７カリフォルニア州ラホヤのＳｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓから入手できる。プラスミドｐＲＳ４０３、ｐＲＳ４０４、ｐＲＳ４０５、およびｐＲＳ４０６は、酵母組み込みプラスミド（ＹＩｐｓ）であり、酵母の選択可能なマーカーＨＩＳ３、ＴＲＰ１、ＬＥＵ２、およびＵＲＡ３が組み込まれている。プラスミドｐＲＳ４１３－４１６は、酵母セントロメアプラスミド（Ｙｃｐｓ）である。ＣＭＶプロモーターベースのベクター（例えばＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ製）は、一過性または安定性発現、細胞質内発現または分泌、およびＦＲＡＧ、３ｘＦＬＡＧ、ｃ－ｍｙｃまたはＭＡＴの様々な組み合わせでのＮ末端またはＣ末端標識付けを提供する。これらの融合タンパク質は、組換えタンパク質を検出、精製、および分析できるようにする。二重標識融合物は、検出に融通性を与える。
【0198】
強力なヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）プロモーター調節領域は、ＣＯＳ細胞において構成タンパク質発現レベルを１ｍｇ／Ｌ程度の高さに上昇させる。効力がより低い細胞株では、タンパク質レベルは、典型的に約０．１ｍｇ／Ｌである。ＳＶ４０複製起点の存在は、ＳＶ４０複製許容ＣＯＳ細胞内で高レベルのＤＮＡ複製をもたらす。ＣＭＶベクターは、例えば、細菌細胞内のｐＭＢ１（ｐＢＲ３２２の誘導体）複製起点、細菌におけるアンピシリン耐性選択のためのｂ－ラクタマーゼ遺伝子、ｈＧＨポリＡ、およびｆ１起点を含有し得る。プレプロトリプシンリーダー（ＰＰＴ）配列を含有するベクターは、抗ＦＲＡＧ抗体、樹脂、およびプレートを使用した精製のために、培養液中へのＦＲＡＧ融合タンパク質分泌を誘導し得る。多様な宿主細胞と共に使用するためのその他のベクターおよび発現系が、当該技術分野で周知である。
【0199】
別の実施形態では、本発明の２つ以上のペプチドまたはペプチド変異型がコードされ、したがって順次発現される（「数珠玉構造」コンストラクトに類似する）。その際に、ペプチドまたはペプチド変異型は、例えばＬＬＬＬＬＬなどの一続きのリンカーアミノ酸によって、共に連結または融合してもよく、またはそれらの間の任意の追加的なペプチドなしに連結してもよい。これらのコンストラクトはまた、がん療法のために使用され得て、ＭＨＣ ＩとＭＨＣ ＩＩの双方が関与する免疫応答を誘導してもよい。
【0200】
本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドベクターコンストラクトで形質転換された宿主細胞にも関する。宿主細胞は、原核または真核生物のどちらかであり得る。細菌細胞は、いくつかの状況では、好ましい原核宿主細胞であってもよく、典型的には、例えば、米国メリーランド州ベセスダのＢｅｔｈｅｓｄａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ Ｉｎｃ．，から入手できる大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＤＨ５株、および米国メリーランド州ロックビルの米国微生物系統保存機関（ＡＴＣＣ）から入手できるＲＲ１（ＡＴＣＣ番号３１３４３）などの大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）株である。好ましい真核宿主細胞としては、酵母、昆虫、および哺乳類細胞、好ましくはマウス、ラット、サルまたはヒトの線維芽細胞株および結腸細胞株に由来するものなどの脊椎動物細胞が挙げられる。酵母宿主細胞としては、米国郵便番号９２０３７カリフォルニア州ラホヤのＳｔｒａｔａｇｅｎｅ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｓｙｓｔｅｍｓから一般に入手できる、ＹＰＨ４９９、ＹＰＨ５００、およびＹＰＨ５０１が挙げられる。好ましい哺乳類宿主細胞としては、ＡＴＣＣからＣＣＬ６１として入手できるチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５８として入手できるＮＩＨ Ｓｗｉｓｓマウス胚細胞ＮＩＨ／３Ｔ３、ＡＴＣＣからＣＲＬ１６５０として入手できるサル腎臓由来ＣＯＳ－１細胞、およびヒト胎児由来腎細胞である２９３細胞が挙げられる。好ましい昆虫細胞は、バキュロウイルス発現ベクターで形質移入され得るＳｆ９細胞である。発現のための適切な宿主細胞の選択に関する概説は、例えば、Ｐａｕｌｉｎａ ＢａｌｂａｓおよびＡｒｇｅｌｉａ Ｌｏｒｅｎｃｅの教科書、”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ｒｅｖｉｅｗｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，”Ｐａｒｔ Ｏｎｅ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＩＳＢＮ ９７８－１－５８８２９－２６２－９、および当業者に知られているその他の文献にある。
【0201】
本発明のＤＮＡコンストラクトによる適切な細胞宿主の形質転換は、典型的に使用されるベクターのタイプに左右される周知の方法によって達成される。原核宿主細胞の形質転換に関しては、例えば、Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９７２）および（Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｓａｍｂｒｏｏｋ，２０１２）を参照されたい。酵母細胞の形質転換は、Ｓｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｓｈｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８６）に記載される。Ｂｅｇｇｓ（Ｂｅｇｇｓ，１９７８）の方法もまた有用である。脊椎動物細胞に関しては、このような細胞を形質移入するのに有用な、例えば、リン酸カルシウムおよびＤＥＡＥ－デキストランまたはリポソーム製剤などの試薬が、米国郵便番号２０８７７メリーランド州ゲイザースバーグのＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｉｎｃ．から入手できる。電気穿孔もまた、細胞を形質転換および／または形質移入するために有用であり、酵母細胞、細菌細胞、昆虫細胞、および脊椎動物細胞を形質転換する技術分野で周知である。
【0202】
成功裏に形質転換された細胞、すなわち本発明のＤＮＡコンストラクトを含有する細胞は、ＰＣＲなどの周知の技術によって同定され得る。代案としては、抗体を使用して、上清中のタンパク質の存在が検出され得る。
【0203】
例えば、細菌、酵母、および昆虫細胞などの本発明の特定の宿主細胞は、本発明のペプチドの調製において有用であることが理解されるであろう。しかしその他の宿主細胞が、特定の治療法において有用であってもよい。例えば、樹状細胞などの抗原提示細胞は、それらが適切なＭＨＣ分子中に負荷されてもよいように、本発明のペプチドを発現するために有用に使用されてもよい。したがって、本発明は、本発明による核酸または発現ベクターを含んでなる宿主細胞を提供する。
【0204】
好ましい実施形態では、宿主細胞は、抗原提示細胞、特に樹状細胞または抗原提示細胞である。前立腺酸性ホスファターゼ（ＰＡＰ）を含有する組換え融合タンパク質が負荷されたＡＰＣは、無症候性または微小症候性転移性ＨＲＰＣを治療するために、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって２０１０年４月２０日に認可された（シプロイセルＴ）（Ｒｉｎｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｓｍａｌｌ ｅｔ ａｌ．，２００６）。
【0205】
本発明のさらなる態様は、宿主細胞を培養するステップと、宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、ペプチドまたはその変異型を製造する方法を提供する。
【0206】
別の実施形態では、本発明のペプチド、核酸または発現ベクターは、医療で使用される。例えば、ペプチドまたはその変異型は、静脈内（ｉ．ｖ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、筋肉内（ｉ．ｍ．）注射のために調合されてもよい。ペプチド注射の好ましい方法としては、ｓ．ｃ．、ｉ．ｄ．、ｉ．ｐ．、ｉ．ｍ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。ＤＮＡ注射の好ましい方法としては、ｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．、ｉ．ｐ．、およびｉ．ｖ．が挙げられる。例えば、５０μｇ～１．５ｍｇ、好ましくは１２５μｇ～５００μｇのペプチドまたはＤＮＡの用量が投与されてもよく、それぞれのペプチドまたはＤＮＡに左右される。この範囲の用量は、以前の治験で成功裏に使用された（Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。
【0207】
活性ワクチン接種のために使用されるポリヌクレオチドは、実質的に純粋であってもよく、または適切なベクターまたは送達系に含有されてもよい。核酸は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせであってもよい。このような核酸をデザインして導入する方法は、当該技術分野で周知である。概説は、例えばＴｅｕｆｅｌ ｅｔ ａｌ．（Ｔｅｕｆｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００５）によって提供される。ポリヌクレオチドワクチンは調製が容易であるが、免疫応答誘導におけるこれらのベクターの作用機序は、完全には分かっていない。適切なベクターおよび送達系としては、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルスまたは２つ以上のウイルスの構成要素を含有するハイブリッドベースのシステムなどのウイルスＤＮＡおよび／またはＲＮＡが挙げられる。非ウイルス送達系としては、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマーが挙げられ、ＤＮＡ送達技術分野において周知である。「遺伝子銃」などを介した、物理的送達もまた使用されてもよい。核酸によってコードされるペプチド（単数）またはペプチド（複数）は、例えば上述のように、それぞれの逆ＣＤＲのＴ細胞を刺激する、エピトープとの融合タンパク質であってもよい。
【0208】
本発明の薬剤は、１つまたは複数のアジュバントもまた含んでもよい。アジュバントは、免疫応答（例えば、ＣＤ８陽性Ｔ細胞およびヘルパーＴ（ＴＨ）細胞によって媒介される抗原に対する免疫応答を非特異的に促進または増強する物質であり、したがって本発明の薬剤中で有用であると見なされる。適切なアジュバントとしては、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、ＡＭＰＬＩＶＡＸ（登録商標）、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、フラジェリンまたはフラジェリン由来ＴＬＲ５リガンド、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド（ＡＬＤＡＲＡ（登録商標））、レシキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＬ－２やＬ－１３やＩＬ－２１などのインターロイキン、インターフェロン－αまたは－βまたはそれらのＰＥＧ化誘導体、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＩＳＣＯＭ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ（登録商標）、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＡＬＰ２、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、モンタニドＩＭＳ１３１２、モンタニドＩＳＡ２０６、モンタニドＩＳＡ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ－５１、油中水型および水中油型エマルション、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＯｓｐＡ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ポリ（ラクチドコグリコリド）［ＰＬＧ］ベースおよびデキストラン微粒子、タラクトフェリンＳＲＬ１７２、ビロソームおよびその他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、β－グルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、サポニンに由来するＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１ ｓｔｉｍｕｌｏｎ、マイコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣体、およびＲｉｂｉ’ｓ ＤｅｔｏｘまたはＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどのその他の独自仕様の補助剤が挙げられるが、これに限定されるものではない。フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが好ましい。樹状細胞およびそれらの調製物に対して特異的な、いくつかの免疫学的アジュバント（例えばＭＦ５９）が、以前記載されている（Ａｌｌｉｓｏｎ ａｎｄ Ｋｒｕｍｍｅｌ，１９９５）。サイトカインもまた使用されてもよい。数種のサイトカインは、樹状細胞のリンパ組織（例えばＴＮＦ－）への遊走に影響を与えること、Ｔリンパ球（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１、およびＩＬ－４）のための効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟を加速すること（その内容全体が参照により本明細書に具体的に援用される、米国特許第５，８４９，５８９号明細書）、および免疫増強剤（例えば、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２３、ＩＬ－７、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β）として作用することと、直接関連付けられている（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，１９９６）。
【0209】
ＣｐＧ免疫賦活性オリゴヌクレオチドもまた、ワクチン環境において、アジュバント効果を増強することが報告されている。理論により拘束されることなく、ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）、主にＴＬＲ９を通じた、内在的（非適応性）免疫系の活性化によって作用する。ＣｐＧ誘導性ＴＬＲ９活性化は、ペプチドまたはタンパク質抗原、生きたまたは死滅ウイルス、樹状細胞ワクチン、自己細胞ワクチン、そして予防的および治療的ワクチンの双方における多糖コンジュゲートをはじめとする多種多様な抗原に対する、抗原特異的体液性および細胞性応答を増強する。より重要なことには、それは樹状細胞の成熟と分化を増強し、ＣＤ４ Ｔ細胞援助の不在下であってさえも、ＴＨ１細胞の活性化の促進、および強力な細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）生成をもたらす。ＴＬＲ９刺激によって誘導されるＴＨ１バイアスは、通常はＴＨ２バイアスを促進するミョウバンまたは不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）などのワクチンアジュバント存在下であってさえも、維持される。ＣｐＧオリゴヌクレオチドは、その他のアジュバントと調合されまたは同時投与された際に、または微粒子、ナノ粒子、脂質エマルションなどの配合物または類似配合物中で、なおもより高いアジュバント活性を示し、それは、抗原が比較的弱い場合、強力な応答を誘導するのに特に必要である。それらは免疫応答もまた加速し、いくつかの実験では、ＣｐＧなしのワクチン総量と同等の抗体応答で、抗原用量のほぼ２桁分の低減を可能にする（Ｋｒｉｅｇ，２００６）。米国特許第６，４０６，７０５Ｂ１号明細書は、抗原特異的免疫応答を誘導するためのＣｐＧオリゴヌクレオチド、非核酸アジュバント、および抗原の併用を記載する。ＣｐＧ ＴＬＲ９拮抗薬は、本発明の医薬組成物の好ましい構成要素である、Ｍｏｌｏｇｅｎ（独国ベルリン）製のｄＳＬＩＭ（二重ステムループ免疫調節剤）である。ＲＮＡ結合ＴＬＲ７、ＴＬＲ８および／またはＴＬＲ９などのその他のＴＬＲ結合分子もまた、使用されてもよい。
【0210】
有用なアジュバントその他の例としては、化学修飾ＣｐＧ（例えば、ＣｐＲ、Ｉｄｅｒａ）；ポリ（Ｉ：Ｃ）などのｄｓＲＮＡアナログおよびそれらの誘導体（例えばＡｍｐｌｉＧｅｎ（登録商標）、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標）、ポリ（ＩＣＬＣ）、ポリ（ＩＣ－Ｒ）、ポリ（Ｉ：Ｃ１２Ｕ）、非ＣｐＧ細菌ＤＮＡまたはＲＮＡ；ならびにシクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ（登録商標）、セレブレックス、ＮＣＸ－４０１６、シルデナフィル、タダラフィル、バルデナフィル、ソラフェニブ、テモゾロマイド、テムシロリムス、ＸＬ－９９９、ＣＰ－５４７６３２、パゾパニブ、ＶＥＧＦ Ｔｒａｐ、ＺＤ２１７１、ＡＺＤ２１７１、抗ＣＴＬＡ４などの免疫活性小型分子および抗体；免疫系の重要な構造体を標的にするその他の抗体（例えば、抗ＣＤ４０、抗ＴＧＦβ、抗ＴＮＦα受容体）；ＳＣ５８１７５が挙げられるが、これに限定されるものではなく、これらは治療的におよび／またはアジュバントとして作用してもよい。本発明の文脈で有用なアジュバントおよび添加剤の量と濃度は、過度の実験を実施することなく、当業者によって容易に判定され得る。
【0211】
好ましいアジュバントは、抗ＣＤ４０、イミキモド、レシキモド、ＧＭ－ＣＳＦ、シクロホスファミド、スニチニブ、ベバシズマブ、インターフェロンα、ＣｐＧオリゴヌクレオチドおよび誘導体、ポリ（Ｉ：Ｃ）および誘導体、ＲＮＡ、シルデナフィル、およびＰＬＧまたはビロソーム微粒子調合物である。
【0212】
本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、レシキモド、およびインターフェロンαなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。
【0213】
本発明による医薬組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ、サルグラモスチム）、シクロホスファミド、イミキモド、およびレシキモドなどのコロニー刺激因子からなる群から選択される。本発明による薬剤組成物の好ましい実施形態では、アジュバントは、シクロホスファミド、イミキモドまたはレシキモドである。なおもより好ましいアジュバントは、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ｐｏｌｙ－ＩＣＬＣ（Ｈｉｌｔｏｎｏｌ（登録商標））、および抗ＣＤ４０ｍＡＢまたはそれらの組み合わせである。
【0214】
この組成物は、皮下、皮内、筋肉内などの非経口投与、または経口投与のために使用される。このためには、ペプチドおよび任意選択的にその他の分子が、薬学的に許容可能な、好ましくは水性担体に溶解され、または懸濁される。さらに組成物は、緩衝液、結合剤、ブラスチング剤、希釈剤、風味、潤滑剤などの賦形剤を含有し得る。ペプチドはまた、サイトカインなどの免疫刺激物質と共に投与され得る。このような組成物中で使用され得る賦形剤の詳細な一覧は、例えば、Ａ．Ｋｉｂｂｅ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ（Ｋｉｂｂｅ，２０００）から採用され得る。組成物は、腺腫様またはがん性疾患の阻止、予防法および／または治療法のために使用され得る。例示的調合物は、例えば、欧州特許第２１１２２５３号明細書にある。
【0215】
本発明によるワクチンによって引き起こされる免疫応答は、異なる細胞分裂期および異なる発生段階のがんを攻撃することを理解することが重要である。さらに、異なるがん関連シグナル伝達経路が攻撃される。これは、１つまたは少数の標的のみに対処して、攻撃に対する腫瘍の容易な適応（腫瘍エスケープ）を引き起こすこともある、ワクチンに優る利点である。さらに個々の腫瘍の全てが、同一パターンの抗原を発現するとは限らない。したがって、いくつかの腫瘍関連ペプチドの組み合わせによって、ありとあらゆる腫瘍が標的の少なくとも一部を有することが確実になる。組成物は、それぞれの腫瘍が抗原のいくつかを発現することを予期して設計され、腫瘍の増殖と維持に必要ないくつかの独立した経路をカバーする。したがって、ワクチンは、より大きな患者集団のために、容易に「出来合」で使用され得る。これは、ワクチンで治療される患者の予備選択が、ＨＬＡタイピングに限定され得て、抗原発現に関する任意の追加的なバイオマーカーアセスメントを必要としないことを意味するが、いくつかの標的が誘導免疫応答によって同時に攻撃されることはなおも確実であり、これは有効性にとって重要である（Ｂａｎｃｈｅｒｅａｕ ｅｔ ａｌ．，２００１；Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。
【0216】
本明細書の用法では、「スキャフォールド」という用語は、（例えば、抗原性）決定因子に特異的に結合する分子を指す。一実施形態では、スキャフォールドはまた、それが付着する実体（例えば、（第２の）抗原結合部分）を例えば、抗原決定基（例えば本出願書に記載のペプチドとＭＨＣの複合体）を有する特異的腫瘍細胞または腫瘍間質などの型標的部位に誘導できる。別の実施形態では、キャフォールドは、例えば、Ｔ細胞受容体複合体抗原などのその標的抗原を通じて、シグナル伝達を活性化できる。スキャフォールドとしては、抗体およびそれらの断片、抗体重鎖可変領域および抗体軽鎖可変領域を含んでなる抗体の抗原結合ドメイン、少なくとも１つのアンキリンリピートモチーフと単一ドメイン抗原結合（ＳＤＡＢ）分子とを含んでなる結合タンパク質、アプタマー、（可溶性）ＴＣＲ、および同種または自己由来Ｔ細胞などの（改変）細胞が挙げられるが、これに限定されるものではない。分子が標的に結合するスキャフォールドであるかどうかを評価するために、結合アッセイが実施され得る。
【0217】
「特異的」結合は、特異的標的を保有する細胞を殺滅できる活性分子を装備したスキャフォールドが、特異的標的は有しないがその他のペプチド－ＭＨＣ複合体を提示する別の細胞を殺滅できない程度に、スキャフォールドがその他の天然ペプチド－ＭＨＣ－複合体よりもさらに良好に、目的ペプチド－ＭＨＣ－複合体に結合することを意味する。交差反応性ペプチドＭＨＣのペプチドが天然に存在せず、すなわち、ヒトＨＬＡペプチドームに由来しない場合、その他のペプチドＭＨＣ複合体への結合は無関係である。標的細胞死滅を評価する試験は、当該技術分野で周知である。それらは、非改変ペプチドＭＨＣ提示を有する標的細胞（初代細胞または細胞株）、または天然に存在するペプチドＭＨＣレベルに達するようにペプチドを負荷された細胞を使用して、実施されるべきである。
【0218】
各スキャフォールドは標識を含んでなり得て、それは、標識によって提供されるシグナルの存在または不在を判定することで、結合スキャフォールドが検出され得ることを提供する。例えば、スキャフォールドは、蛍光染料または任意のその他の適用可能な細胞マーカー分子で標識され得る。このようなマーカー分子は、当該技術分野で周知である。例えば、蛍光染料によって提供される蛍光標識は、蛍光またはレーザー走査顕微鏡またはフローサイトメトリーによる、結合アプタマーの視覚化を提供し得る。
【0219】
各スキャフォールドは、例えば、ＩＬ－２１、抗－ＣＤ３、および抗－ＣＤ２８などの第２の活性分子にコンジュゲートされ得る。
【0220】
ポリペプチドスキャフォールドに関するさらなる情報については、例えば国際公開第２０１４／０７１９７８Ａ１号パンフレットの背景セクション、およびその中で引用される参考文献を参照されたい。
【0221】
本発明は、アプタマーにさらに関する。アプタマー（例えば、国際公開第２０１４／１９１３５９号パンフレット、およびその中で引用される文献を参照されたい）は、短い一本鎖核酸分子であり、それは、所定の三次元構造に折り畳まれて、特異的標的構造体を認識し得る。それらは、標的療法を開発するための適切な代案のようであった。アプタマーは、高い親和性および特異性で、多様な複合体標的と選択的に結合することが示されている。
【0222】
細胞表面に位置する分子を認識するアプタマーは、過去１０年内に同定されており、診断および治療的アプローチを開発する手段を提供する。アプタマーは、毒性および免疫原性がほぼ皆無であることが示されているので、それらは生物医学的用途のための有望な候補である。確かに、例えば、前立腺特異的膜抗原認識アプタマーなどのアプタマーは、標的療法のために成功裏に用いられており、異種移植片生体内モデルにおいて機能できることが示されている。さらに、特異的腫瘍細胞株を認識するアプタマーが同定されている。
【0223】
ＤＮＡアプタマーは、様々ながん細胞、特に固形腫瘍に由来するものに対して広域スペクトル認識特性を示す一方で、非腫瘍発生性および主要健常細胞を認識しないように選択され得る。同定されたアプタマーが、特異的腫瘍サブタイプを認識するだけでなく、むしろ一連の腫瘍と相互作用する場合、これは、アプタマーをいわゆる広域スペクトル診断薬および治療薬として応用可能にする。
【0224】
さらに、フローサイトメトリーによる細胞結合挙動の調査は、アプタマーがナノモル濃度範囲内の非常に良好な見かけの親和性を見せたことを示した。
【0225】
アプタマーは、診断および治療目的で有用である。さらに、アプタマーの一部は腫瘍細胞に取り込まれ、したがって腫瘍細胞内へのｓｉＲＮＡなどの抗がん剤の標的化送達のための分子ビヒクルとして、機能し得ることが示され得た。
【0226】
アプタマーは、細胞ＳＥＬＥＸ（試験管内進化法）技術を使用して、細胞および組織などの複合体標的に対して、および本発明による配列番号１～配列番号１０１のいずれかに記載の配列とＭＨＣ分子とを含んでなり、好ましくはそれからなるペプチド複合体などに対して、選択され得る。
【0227】
本発明のペプチドを使用して、ＭＨＣ／ペプチド複合体に対する特異的抗体が製造され開発され得る。これらは、毒素または放射性物質を患部組織に標的化する治療法のために、使用され得る。これらの抗体の別の用途は、ＰＥＴなどのイメージング目的の放射性核種の患部組織への標的化であり得る。この用途は、小規模な転移の検出、または病的組織の大きさと正確な位置確認の判定を助け得る。
【0228】
したがって前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩを発現する細胞を含んでなる遺伝子操作された非ヒト哺乳類を、前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した可溶性形態のＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子によって免疫化するステップと；ｍＲＮＡ分子を前記非ヒト哺乳類の抗体産生細胞から単離するステップと；前記ｍＲＮＡ分子によってコードされるタンパク質分子を提示する、ファージディスプレイライブラリーを作成するステップと；少なくとも１つのファージを前記ファージディスプレイライブラリーから単離するステップとを含んでなる、ＨＬＡ拘束性抗原（好ましくは本発明によるペプチド）と複合体化した、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、組換え抗体を製造する方法を提供することが、本発明のさらなる態様であり、前記少なくとも１つのファージは、前記ＨＬＡ拘束性抗原と複合体化した前記ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する、前記抗体を提示する。
【0229】
したがってＨＬａｎｎ拘束性抗原と複合体化したヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩと特異的に結合する抗体を提供することも、本発明のさらなる態様であり、その中で抗体は、好ましくは、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体および／またはキメラ抗体である。
【0230】
このような抗体および一本鎖クラスＩ主要組織適合性複合体を生産するそれぞれの方法、ならびにこれらの抗体を生産するためのその他のツールは、本発明の目的で、その内容全体が参照により全て明示的に援用される、国際公開第０３／０６８２０１号パンフレット、国際公開第２００４／０８４７９８号パンフレット、国際公開第０１／７２７６８号パンフレット、国際公開第０３／０７０７５２号パンフレット、および文献（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００３ａ；Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，２００３ｂ；Ｄｅｎｋｂｅｒｇ ｅｔ ａｌ．，２００３）で開示される。
【0231】
好ましくは、抗体は、２０ナノモル濃度未満、好ましくは１０ナノモル濃度未満の結合親和性で複合体に結合し、それは本発明の文脈で「特異的」とも見なされる。
【0232】
本発明は、配列番号１～配列番号１０１からなる群から選択される配列、または配列番号１～配列番号１０１と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異型を含んでなるペプチド、またはＴ細胞を前記ペプチドと交差反応させるその変異型に関し、前記ペプチドは、基礎となる完全長ポリペプチドでない。
【0233】
本発明は、配列番号１～配列番号１０１からなる群から選択される配列、または、配列番号１～配列番号１０１と少なくとも８８％相同的な（好ましくは同一の）その変異型を含んでなるペプチドにさらに関し、前記ペプチドまたは変異型は、８～１００、好ましくは８～３０、最も好ましくは８～１４アミノ酸の全長を有する。
【0234】
本発明は、ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩまたはＩＩの分子に結合する能力を有する、本発明によるペプチドにさらに関する。
【0235】
本発明は、ペプチドが、配列番号１～配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、本発明によるペプチドにさらに関する。
【0236】
本発明は、ペプチドが（化学的に）修飾されおよび／または非ペプチド結合を含む、本発明によるペプチドにさらに関する。
【0237】
本発明は、本発明によるペプチドにさらに関し、ペプチドは、融合タンパク質の一部であり、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなり、またはペプチドは、例えば樹状細胞特異的抗体などの抗体に（またその中に）融合する。
【0238】
本発明は、本発明によるペプチドをエンコードする核酸にさらに関するが、ただしペプチドは完全（完全長）ヒトタンパク質でない。
【0239】
本発明は、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＲＮＡまたはそれらの組み合わせである、本発明による核酸にさらに関する。
【0240】
本発明は、本発明による核酸を発現できる、発現ベクターにさらに関する。
【0241】
本発明は、医療、特に急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、子宮内膜がんの治療で使用するための、本発明によるペプチド、本発明による核酸または本発明による発現ベクターにさらに関する。
【0242】
本発明は、本発明による核酸または本発明による発現ベクターを含んでなる宿主細胞にさらに関する。
【0243】
本発明は、抗原提示細胞、好ましくは樹状細胞である、本発明による宿主細胞にさらに関する。
【0244】
本発明は、本発明による宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞またはその培養液からペプチドを単離するステップとを含んでなる、本発明によるペプチドを製造する方法にさらに関する。
【0245】
本発明は、十分な量の抗原を抗原提示細胞に接触させることで、適切な抗原提示細胞の表面に発現されるクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子上に、抗原が負荷される、本発明による方法にさらに関する。
【0246】
本発明は、抗原提示細胞が、配列番号１～配列番号１０１または前記異アミノ酸配列を含有する、前記ペプチドを発現できる、発現ベクターを含んでなる、本発明による方法にさらに関する。
【0247】
本発明は、本発明による方法によって製造される活性化Ｔ細胞にさらに関し、前記Ｔ細胞は、本発明によるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。
【0248】
本発明は、本発明によるＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、患者において、本発明による任意のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する標的細胞を死滅させる方法にさらに関する。
【0249】
本発明は、記載される任意のペプチド、本発明による核酸、本発明による発現ベクター、本発明による細胞、または本発明による活性化細胞傷害性Ｔリンパ球の、薬剤としての、または薬剤の製造における、使用にさらに関する。本発明は、本発明による使用にさらに関し、薬剤はがんに対して有効である。
【0250】
本発明は、薬剤がワクチンである、本発明による使用にさらに関する。本発明は、薬剤ががんに対して有効である、本発明による使用にさらに関する。
【0251】
本発明は、発明による使用にさらに関し、前記がん細胞は、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんであり、または急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんなどのその他の固形または血液腫瘍細胞である。
【0252】
本発明は、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんの診断および／または予後診断において使用され得る、本明細書で「標的」と称される、本発明によるペプチドベースの特定の標識タンパク質およびバイオマーカーにさらに関する。本発明はまた、がん治療のためのこれらの新規標的の使用に関する。
【0253】
「抗体（単数）」または「抗体（複数）」という用語は、本明細書では広義に使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体の双方を含む。無傷のまたは「完全な」免疫グロブリン分子に加えて、「抗体」という用語には、本発明による所望の特性（例えば、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんマーカー（ポリ）ペプチドの特異的結合；増加したレベルでがんマーカー遺伝子を発現する、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんへの毒素の送達；および／または急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんマーカーポリペプチドの活性の阻害）のいずれかを示す限り、それらの免疫グロブリン分子の断片（例えば、ＣＤＲ、Ｆｖ、Ｆａｂ、およびＦｃ断片）またはポリマー、および免疫グロブリン分子のヒト化バージョンも含まれる。
【0254】
可能ならばいつでも、本発明の抗体は、商業的供給元から購入されてもよい。また本発明の抗体は、周知の方法を使用して製造されてもよい。当業者は、完全長急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんマーカーポリペプチドまたはその断片のどちらかが使用されて、本発明の抗体が生成されてもよいことを理解するであろう。本発明の抗体を製造するために使用されるポリペプチドは、天然原料から部分的にまたは完全に精製されてもよく、または組換えＤＮＡ技術を使用して製造されてもよい。
【0255】
例えば、配列番号１～配列番号１０１ポリペプチドに記載のペプチドなどの本発明によるペプチドをコードするｃＤＮＡ；またはその変異型もしくは断片が、原核細胞（例えば、細菌）または真核細胞（例えば、酵母、昆虫、または哺乳類細胞）で発現され得て、その後組換えタンパク質が精製され、本発明による抗体を生成するために使用される、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんマーカーポリペプチドと特異的に結合するモノクローナルまたはポリクローナル抗体調製物を生成するために使用され得る。
【0256】
当業者は、モノクローナルまたはポリクローナル抗体の２つ以上の異なるセットの作製が、その目的の用途（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学的検査、生体内イメージング、免疫毒素療法）に必要な特異性および親和性がある抗体を得る可能性を最大化することを理解するであろう。抗体は、抗体が使用される目的に応じて、既知の方法（例えば、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学、免疫療法など）により、所望の活性について試験される；抗体の製造と試験のさらなるガイダンスについては、例えば、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４（Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１４））を参照されたい。例えば、抗体は、ＥＬＩＳＡアッセイ、またはウエスタンブロット、ホルマリン固定がんまたは冷凍組織切片の免疫組織化学染色で試験されてもよい。それらの最初の生体外特性解析後、治療または生体内診断用途を意図した抗体が、既知の臨床試験法によって試験される。
【0257】
「モノクローナル抗体」という用語は、本明細書の用法では、実質的に均質な抗体集団から入手される抗体を指し；すなわち、母集団を構成する個々の抗体は、微量で存在してもよい可能な自然発生的変異を除き同一である。本明細書では、「モノクローナル抗体」は、それらが所望の拮抗活性を示しさえすれば、その中で重鎖および／または軽鎖の一部が、特定の種に由来しまたは特定の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同的である一方、鎖の残部は、別の種に由来しまたは別の抗体クラスまたはサブクラスに属する抗体中の対応する配列と同一または相同的である、「キメラ」抗体、ならびにこのような抗体の断片を特に含む（その内容全体が本明細書に援用される、米国特許第４，８１６，５６７号明細書）。
【0258】
本発明のモノクローナル抗体は、ハイブリドーマ法を使用して調製されてもよい。ハイブリドーマ法においては、マウスまたはその他の適切な宿主動物が免疫剤によって典型的に免疫化されて、免疫剤と特異的に結合する抗体を産生するまたは産生できるリンパ球を生じさせる。代案としては、リンパ球は、生体外で免疫化されてもよい。
【0259】
モノクローナル抗体はまた、米国特許第４，８１６，５６７号明細書に記載されるものなどの組換えＤＮＡ法によって生産されるものであってもよい。本発明のモノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、従来の手順を使用して、容易に単離および配列決定され得る（例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合できる、オリゴヌクレオチドプローブの使用によって）。
【0260】
インビトロ法もまた、一価の抗体を調製するのに適する。抗体断片、特にＦａｂ断片を作製するための抗体の消化は、当該技術分野で既知の通例の技術を使用して達成され得る。例えば、消化は、パパインを使用して実施され得る。パパイン消化の例は、国際公開第９４／２９３４８号パンフレットおよび米国特許第４，３４２，５６６号明細書に記載される。抗体のパパイン消化は、それぞれ単一抗原結合部位を有するＦａｂ断片と称される２つの同一の抗原結合断片と、残りのＦｃ断片とを典型的に生じる。ペプシン処理は、Ｆ（ａｂ’）２断片およびｐＦｃ’断片をもたらす。
【0261】
抗体断片は、その他の配列に付着するかどうかに関わりなく、断片の活性が非修飾抗体または抗体断片と比較して顕著に変化せずまたは損なわれないという条件で、特定領域または特定アミノ酸残基の挿入、欠失、置換、またはその他の選択された修飾もまた含み得る。これらの修飾は、ジスルフィド結合できるアミノ酸の除去／付加、そのバイオ寿命増大、その分泌特性改変などのいくつかの追加的な特性を提供し得る。いずれの場合も、抗体断片は、結合活性、結合領域における結合調節などの生理活性特性を有しなくてはならない。抗体の機能性または活性領域は、タンパク質の特定領域の変異誘発と、それに続く発現および発現ポリペプチドの試験によって、同定されてもよい。このような方法は、当該技術分野の熟練した実務家には容易に分かり、抗体断片をエンコードする核酸の部位特異的変異誘発を含み得る。
【0262】
本発明の抗体は、ヒト化抗体またはヒト抗体をさらに含んでなってもよい。非ヒト（例えばマウス）抗体などのヒト化形態は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖またはその断片（抗体のＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’またはその他の抗原結合部分配列など）である。ヒト化抗体としては、その中でレシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、所望の特異性、親和性、および能力を有する、マウス、ラットまたはウサギなどの非ヒト生物種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基によって置換されている、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）が挙げられる。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク（ＦＲ）残基が、対応する非ヒト残基によって置換される。ヒト化抗体はまた、レシピエント抗体または移入ＣＤＲまたはフレームワーク配列のどちらにも見られない、残基を含んでなってもよい。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つおよび典型的に２つの可変領域の実質的に全てを含んでなり、その中ではＣＤＲ領域の全てまたは実質的に全てが、非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全てまたは実質的に全てが、ヒト免疫グロブリン共通配列のものである。ヒト化抗体は、至適には、典型的にヒト免疫グロブリン定常領域である、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部もまた含んでなる。
【0263】
非ヒト抗体をヒト化する方法は、当該技術分野で周知である。通常、ヒト化抗体は、非ヒト起源から導入された、１つまたは複数のアミノ酸残基を有する。これらの非ヒトアミノ酸残基は、しばしば「移入」残基と称され、それは典型的に「移入」可変ドメインから得られる。ヒト化は、齧歯類ＣＤＲ（複数）またはＣＤＲ（単数）配列を対応するヒト抗体配列によって置換することで、基本的に実施され得る。したがって、このような「ヒト化」抗体は、キメラ抗体（米国特許第４，８１６，５６７号明細書）であり、その中では実質的に完全でないヒト可変ドメインが、非ヒト生物種からの対応する配列によって置換されている。実際には、ヒト化抗体は典型的にヒト抗体であり、その中では、いくつかのＣＤＲ残基と、おそらくはいくつかのＦＲ残基とが、齧歯類抗体中の類似部位からの残基によって置換されている。
【0264】
免疫化に際して、内因性免疫グロブリン産生の不在下で、ヒト抗体の完全レパートリーを産生できる遺伝子組換え動物（例えばマウス）を用い得る。例えば、キメラおよび生殖細胞系変異マウスにおける、抗体重鎖連結領域遺伝子のホモ接合型欠失が、内在性抗体産生の完全阻害をもたらすことが記載されている。このような生殖細胞系変異マウスにおけるヒト生殖細胞系免疫グロブリン遺伝子アレイの転写は、抗原チャレンジに際してヒト抗体の産生をもたらす。ヒト抗体はまた、ファージディスプレイライブラリー中でも生成され得る。
【0265】
本発明の抗体は、好ましくは薬学的に許容可能な担体中で、対象に投与される。典型的に、適当量の薬理的に許容可能な塩が製剤中で使用され、製剤を等張にする。薬理的に許容可能な担体の例としては、生理食塩水、リンゲル液、およびデキストロース溶液が挙げられる。溶液のｐＨは、好ましくは約５～約８、より好ましくは約７～約７．５である。さらなる担体としては、抗体を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックス徐放性製剤が挙げられ、そのマトリックスは、例えば、フィルム、リポソームまたは微粒子などの造形品の形態である。当業者には、例えば、投与される抗体の投与経路と濃度次第で、特定の担体がより好ましくあってもよいことが明らかであろう。
【0266】
抗体は、注射（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内）によって、またはその有効形態での血流への送達を確実にする輸液などのその他の方法によって、対象、患者、または細胞に投与され得る。抗体はまた、腫瘍内または腫瘍周囲経路によって投与されて、局所性ならびに全身性の治療効果を発揮してもよい。局所注射または静脈注射が好ましい。
【0267】
抗体を投与するための有効投与量およびスケジュールは、経験的に判定されてもよく、このような判定をすることは、当該技術分野の技術範囲内である。当業者では、投与すべき抗体用量が、例えば、抗体を投与される対象、投与経路、使用される特定の抗体型、および投与されるその他の薬剤次第で変動することを理解するであろう。単独使用される抗体の典型的な１日量は、上述の要素次第で、１日当たり約１（μｇ／ｋｇ～最大１００ｍｇ／ｋｇ体重またはそれ以上の範囲に及ぶかもしれない。好ましくは急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんを治療するためである、抗体の投与後に、治療用抗体の有効性が、熟練した実務家に良く知られている様々な方法で評価され得る。例えば、標準腫瘍イメージング技術を使用して、治療を受ける対象におけるがんの大きさ、数、および／または分布がモニターされてもよい。抗体投与不在下で起こるであろう疾患経過と比較して、腫瘍成長を停止させ、腫瘍収縮をもたらし、および／または新規腫瘍の発生を予防する、治療的に投与された抗体は、がん治療のための有効な抗体である。
【0268】
特異的ペプチドＭＨＣ複合体を認識する可溶性Ｔ細胞受容体（ｓＴＣＲ）を製造する方法を提供することもまた、本発明のさらなる態様である。このような可溶性Ｔ細胞受容体は、特異的Ｔ細胞クローンから生成され得て、それらの親和性は、相補性決定領域を標的化する変異誘発によって増加され得る。Ｔ細胞受容体の選択目的で、ファージディスプレイが利用され得る（米国特許第２０１０／０１１３３００号明細書、（Ｌｉｄｄｙ ｅｔ ａｌ．，２０１２））。ファージディスプレイにおいて、および薬剤としての実用において、Ｔ細胞受容体を安定化する目的で、例えば非天然ジスルフィド結合、その他の共有結合（一本鎖Ｔ細胞受容体）、または二量体化ドメインによって、αおよびβ鎖を連結させ得る（Ｂｏｕｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００３；Ｃａｒｄ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｗｉｌｌｃｏｘ ｅｔ ａｌ．，１９９９）。Ｔ細胞受容体は、標的細胞上で特定機能を発揮させるために、毒素、薬剤、サイトカイン（例えば、米国特許第２０１３／０１１５１９１号明細書を参照されたい）、および抗ＣＤ３ドメインのようなエフェクター細胞動員ドメインなどに、連結させ得る。さらにそれは、養子免疫伝達のために使用されるＴ細胞において発現され得た。さらなる情報は、国際公開第２００４／０３３６８５Ａ１号パンフレットおよび国際公開第２００４／０７４３２２Ａ１号パンフレットに見いだされ得る。ｓＴＣＲの併用は、国際公開第２０１２／０５６４０７Ａ１号パンフレットに記載される。さらなる製造法は、国際公開第２０１３／０５７５８６Ａ１号パンフレットで開示される。
【0269】
さらに本発明のペプチドおよび／またはＴＣＲまたは抗体またはその他の結合分子を使用して、病理学者の生検サンプルに基づくがん診断を確認し得る。
【0270】
抗体またはＴＣＲはまた、生体内診断アッセイのために使用されてもよい。通常、抗体は、腫瘍が位置確認され得るように、免疫シンチグラフィーを使用して、放射性ヌクレオチド（１１１Ｉｎ、９９Ｔｃ、１４Ｃ、１３１Ｉ、３Ｈ、３２Ｐまたは３５Ｓなど）で標識される。一実施形態では、抗体またはそれらの断片は、上述のタンパク質からなる群から選択されるタンパク質の２つ以上の標的の細胞外ドメインに結合し、親和性（Ｋｄ）は１×１０μＭ未満である。
【0271】
診断用の抗体は、様々なイメージング法による検出に適するプローブで標識されてもよい。プローブの検出方法としては、蛍光、光学、共焦点および電子顕微鏡検査；磁気共鳴画像法および分光法；蛍光透視法、コンピュータ断層撮影および陽電子放射型断層撮影法が挙げられるが、これに限定されるものではない。適切なプローブとしては、フルオレセイン、ローダミン、エオシン、およびその他のフルオロフォア、放射性同位体、金、ガドリニウムおよびその他のランタニド、常磁性鉄、フッ素１８およびその他の陽電子放出放射性核種が挙げられるが、これに限定されるものではない。さらに、プローブは二官能価または多官能価であってもよく、列挙される方法の２つ以上によって検出可能であってもよい。これらの抗体は、前記プローブで直接または間接的に標識されてもよい。特に技術分野で良く認識されている、プローブの抗体への付着としては、プローブの共有結合、プローブの抗体への組み込み、およびプローブ結合のためのキレート化合物の共有結合が挙げられる。免疫組織化学的検査では、疾患組織サンプルは、新鮮または冷凍であってもよく、またはパラフィン包埋されてホルマリンなどの保存料で固定されていてもよい。サンプルを含有する固定または包埋切片は、標識一次抗体および二次抗体と接触されて、抗体を使用して原位置タンパク質発現が検出される。
【0272】
本発明の別の態様は、活性化Ｔ細胞を生成するインビトロ法を含み、方法は、生体外Ｔ細胞を適切な抗原提示細胞の表面に発現される抗原負荷ヒトＭＨＣ分子に、Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり接触させるステップを含んでなり、抗原は本発明によるペプチドである。好ましくは、抗原提示細胞と共に、十分な量の抗原が使用される。
【0273】
好ましくは、哺乳類細胞は、ＴＡＰペプチド輸送体のレベルまたは機能が皆無でありまたは低下している。ＴＡＰペプチド輸送体が欠如している適切な細胞としては、Ｔ２、ＲＭＡ－Ｓ、およびショウジョウバエ細胞が挙げられる。ＴＡＰは、抗原プロセシングに関連する輸送体である。
【0274】
ヒトペプチド負荷欠乏細胞系Ｔ２は、カタログ番号ＣＲＬ１９９２の下に、米国微生物系統保存機関、１２３０１ Ｐａｒｋｌａｗｎ Ｄｒｉｖｅ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ ２０８５２，ＵＳＡから入手でき；ショウジョウバエ細胞株Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ株２は、カタログ番号ＣＲＬ１９８６３の下にＡＴＣＣから入手でき；マウスＲＭＡ－Ｓ細胞株はＬｊｕｎｇｇｒｅｎ ｅｔ ａｌ．（Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ ａｎｄ Ｋａｒｒｅ，１９８５）に記載される。
【0275】
好ましくは、移入前に、宿主細胞はＭＨＣクラスＩ分子を実質的に発現しない。刺激因子細胞が、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＣＡＭ－１、およびＬＦＡ３のいずれかなどのＴ細胞のための共刺激シグナルを提供するのに重要な分子を発現することもまた好ましい。多数のＭＨＣクラスＩ分子および共刺激因子分子の核酸配列は、ＧｅｎＢａｎｋおよびＥＭＢＬデータベースから公的に入手可能である。
【0276】
ＭＨＣクラスＩエピトープが抗原として使用される場合、Ｔ細胞はＣＤ８陽性Ｔ細胞である。
【0277】
抗原提示細胞が、このようなエピトープを発現するために形質移入される場合、好ましくは、細胞は、配列番号１～配列番号１０１、またはその変異アミノ酸配列を含有するペプチドを発現する能力がある発現ベクターを含んでなる。
【0278】
生体外でＴ細胞を生成するために、その他のいくつかの方法が使用されてもよい。例えば、自己由来腫瘍浸潤性リンパ球が、ＣＴＬを生成するために使用され得る。Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．（Ｐｌｅｂａｎｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９９５）は、Ｔ細胞の調製において、自己由来末梢血リンパ球（ＰＬＢ）を利用した。さらに、樹状細胞をペプチドまたはポリペプチドでパルス処理する、または組換えウイルスで感染させることによる、自己由来Ｔ細胞の生成も可能である。Ｂ細胞もまた、自己由来Ｔ細胞の製造において使用され得る。さらに、ペプチドまたはポリペプチドでパルス処理された、または組換えウイルスで感染されたマクロファージが、自己ＣＴＬの調製において使用されてもよい。Ｓ．Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｗａｌｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００３）は、人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）を使用したＴ細胞の生体外プライミングを記載し、それはまた、選択されたペプチドに対するＴ細胞を製造するための適切な方法でもある。本発明では、ビオチン：ストレプトアビジン生化学によって、あらかじめ形成されたＭＨＣ：ペプチド複合体を表面ポリスチレン粒子（ミクロビーズ）に共役することで、ａＡＰＣが生成される。このシステムは、ａＡＰＣ上のＭＨＣ密度の正確な調節を可能にし、それは、血液サンプルから高効率で、高または低結合活性の抗原特異的Ｔ細胞応答を選択的に引き起こすことを可能にする。ＭＨＣ：ペプチド複合体の他に、ａＡＰＣは、それらの表面に共役する、抗ＣＤ２８抗体のような共刺激活性を有するその他のタンパク質を保有すべきである。さらにこのようなａＡＰＣベースのシステムは、例えばサイトカイン様インターロイキン１２などの適切な可溶性因子の付加を要することが多い。
【0279】
Ｔ細胞の調製では、同種異系細胞もまた使用されてもよく、方法は、参照によって本明細書に援用される、国際公開第９７／２６３２８号パンフレットで詳述される。例えば、ショウジョウバエ細胞およびＴ２細胞に加えて、その他の細胞を使用して、ＣＨＯ細胞、バキュロウイルス感染昆虫細胞、細菌、酵母、およびワクシニア感染標的細胞などの抗原が提示されてもよい。さらに植物ウイルスが使用されてもよい（例えば、外来性ペプチド提示のための高収率システムとしてのササゲモザイクウイルス開発を記載するＰｏｒｔａ ｅｔ ａｌ．（Ｐｏｒｔａ ｅｔ ａｌ．，１９９４）を参照されたい）。
【0280】
本発明のペプチドに向けられた活性化Ｔ細胞は、治療法において有用である。したがって、本発明のさらなる態様は、前述の本発明の方法によって入手可能な活性化Ｔ細胞を提供する。
【0281】
上記方法によって製造される活性化Ｔ細胞は、配列番号１～配列番号１０１のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する細胞を選択的に認識する。
【0282】
好ましくは、Ｔ細胞は、そのＴＣＲを通じた、ＨＬＡ／ペプチド複合体（例えば結合）との相互作用によって、細胞を認識する。Ｔ細胞は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法で有用であり、患者には、有効数の活性化Ｔ細胞が投与される。患者に投与されるＴ細胞は、患者に由来して、上述のように活性化されてもよい（すなわち、それらは自己Ｔ細胞である）。代案としては、Ｔ細胞は、患者でなく別の個人に由来する。もちろん、個人が健常人であれば、それが好ましい。「健常人」によって、本発明者らは、個人が概して健康良好であり、好ましくは有能な免疫系を有して、より好ましくは容易に検査され検出され得るいかなる疾患にも罹患していないことを意味する。
【0283】
生体内で、本発明によるＣＤ８陽性Ｔ細胞の標的細胞は、（時にＭＨＣクラスＩＩを発現する）腫瘍細胞であり得て、および／または（時にＭＨＣクラスＩＩもまた発現する；（Ｄｅｎｇｊｅｌ ｅｔ ａｌ．，２００６））腫瘍（腫瘍細胞）周囲の間質細胞であり得る。
【0284】
本発明のＴ細胞は、治療用組成物の活性成分として使用されてもよい。したがって、本発明は、その標的細胞が、本発明のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを異常に発現する患者において、標的細胞を死滅させる方法もまた提供し、方法は、上で定義されるようなＴ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる。
【0285】
「異常に発現される」によって、本発明者らは、正常組織における発現レベルと比較して、ポリペプチドが過剰発現されること、または腫瘍がそれに由来する組織においては遺伝子がサイレントであるが、腫瘍においてはそれが発現されることもまた意味する。「過剰発現」によって、本発明者らは、ポリペプチドが、正常組織に存在するレベルの少なくとも１．２倍のレベルで；好ましくは正常組織に存在するレベルの少なくとも２倍、より好ましくは少なくとも５倍または１０倍のレベルで存在することを意味する。
【0286】
Ｔ細胞は、例えば、上で記載されるものなどの当該技術分野で公知の方法によって得られてもよい。
【0287】
Ｔ細胞のこのいわゆる養子免疫伝達のためのプロトコルは、当該技術分野で周知である。レビューは、Ｇａｔｔｉｏｎｉ ｅｔ ａｌ．およびＭｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．（Ｇａｔｔｉｎｏｎｉ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，２００６）にある。
【0288】
本発明の別の態様は、その核酸がクローン化されて、好ましくはＴ細胞である宿主細胞に導入されるＴ細胞受容体を生成するための、ＭＨＣと複合体形成するペプチドの使用を含む。次に、この遺伝子操作Ｔ細胞は、がん治療のために患者に移入され得る。
【0289】
本発明の任意の分子、すなわちペプチド、核酸、抗体、発現ベクター、細胞、活性化Ｔ細胞、Ｔ細胞受容体またはそれをエンコードする核酸は、免疫応答を逃れた細胞によって特徴付けられる障害の治療に有用である。したがって本発明の任意の分子は、薬剤として、または薬剤の製造において使用されてもよい。分子は、単独で、または本発明のその他の分子または既知の分子との組み合わせで、使用されてもよい。
【0290】
本発明は、
（ａ）溶液中のまたは凍結乾燥形態の上述の医薬組成物を含有する容器；
（ｂ）任意選択的に、凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；および
（ｃ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキットをさらに目的とする。
（ａ）溶液中のまたは凍結乾燥形態の上述の医薬組成物を含有する容器；
（ｂ）任意選択的に、凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；および
（ｃ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキットをさらに目的とする。
【0291】
キットは、（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなってもよい。容器は好ましくはボトル、バイアル、シリンジまたは試験管であり；それは多回使用容器であってもよい。医薬組成物は、好ましくは凍結乾燥される。
【0292】
本発明のキットは、好ましくは、適切な容器内の本発明の凍結乾燥製剤と、その再構成および／または使用のための取扱説明書とを含んでなる。適切な容器としては、例えば、ボトル、バイアル（例えば二重チャンバーバイアル）、シリンジ（二重チャンバーシリンジなど）、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの多様な材料から形成されてもよい。好ましくは、キットおよび／または容器は、容器上の、または容器に付随する、取扱説明を含み、それは再構成および／または使用上の指示を示す。例えば、ラベルは、凍結乾燥製剤が、上述されるようなペプチド濃度に再構成されることを表示してもよい。ラベルは、製剤が皮下投与のために有用であり、または皮下投与用であることをさらに表示してもよい。
【0293】
製剤を収容する容器は、多回使用バイアルであってもよく、それは再構成製剤の反復投与（例えば２～６回の投与）を可能にする。キットは、適切な希釈剤（例えば、炭酸水素ナトリウム溶液）を含んでなる、第２の容器をさらに含んでなってもよい。
【0294】
希釈剤と凍結乾燥製剤の混合時に、再構成製剤中の最終ペプチド濃度は、好ましくは少なくとも０．１５ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝７５μｇ）であり、好ましくは３ｍｇ／ｍＬ／ペプチド（＝１５００μｇ）以下である。キットは、その他の緩衝液、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、および取扱説明が掲載されるパッケージインサートをはじめとする、商業的および使用者観点から望ましい、その他の材料をさらに含んでもよい。
【0295】
本発明のキットは、その他の構成要素（例えば、その他の化合物またはこれらのその他の化合物の医薬組成物）が添加されたまたは添加されない、本発明による医薬組成物製剤を含有する単回容器を有してもよく、または各構成要素のための別個の容器を有してもよい。
【0296】
好ましくは、本発明のキットは、第２の化合物（アジュバント（例えばＧＭ－ＣＳＦ）、化学療法剤、天然物、ホルモンまたは拮抗薬、抗血管新生剤または阻害剤、アポトーシス誘導剤またはキレート剤など）またはその医薬組成物の同時投与と合わせて使用するためにパッケージされた、本発明の製剤を含む。キットの構成要素は、あらかじめ混合されてもよく、または各構成要素は、患者への投与前に別個の異なる容器内にあってもよい。キットの構成要素は、１つまたは複数の液体溶液、好ましくは水溶液、より好ましくは無菌水溶液中で、提供されてもよい。またキットの構成要素は、固体として提供されてもよく、それは、好ましくは別の異なる容器内に提供される、適切な溶媒の添加によって液体に変換されてもよい。
【0297】
治療用キットの容器は、バイアル、試験管、フラスコ、ボトル、シリンジ、または固体または液体を封入するその他のあらゆる手段であってもよい。通常、２つ以上の構成要素がある場合、キットは、第２のバイアルまたは別の容器を含有して、別々の投薬を可能にする。キットは、薬学的に許容可能な液体のための別の容器もまた含有してもよい。好ましくは、治療用キットは、装置（例えば、１本または複数本の針、シリンジ、点眼器、ピペットなど）を含有して、本キットの構成要素である本発明の作用物質の投与を可能にする。
【0298】
本製剤は、経口（腸内）、経鼻、眼、皮下、皮内、筋肉内、静脈内または経皮などの任意の許容できる手段によるペプチド投与に適するものである。好ましくは、投与はｓ．ｃ．であり、最も好ましくはｉ．ｄ．投与であり、輸液ポンプによってもよい。
【0299】
本発明のペプチドは、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんから単離されたことから、本発明の薬剤は、好ましくは、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんを治療するのに使用される。
【0300】
本発明は、プレスクリーニングＴＵＭＡＰの貯蔵庫から選択される少なくとも１つのペプチドを含んでなる医薬組成物を製造するステップを含んでなる、個々の患者のための個別化薬剤を製造する方法にさらに関し、医薬組成物中で使用される少なくとも１つのペプチドは、個々の患者における適切さについて選択される。一実施形態では、医薬組成物はワクチンである。方法はまた、ＴＣＲ単離などの下流用途、または可溶性抗体、およびその他の治療選択肢のためのＴ細胞クローンを製造するためにも適応され得る。
【0301】
「個別化医薬品」は、積極的個別化がんワクチンおよび自己由来患者組織を使用した養子細胞療法をはじめとするこのような個々の患者の治療のためにのみ使用される、一個人の患者のために特に調整された治療法を意味するものとする。
【0302】
本明細書の用法では、「貯蔵庫」という用語は、特定の腫瘍型における免疫原性および／または過剰提示について予備スクリーニングされている、一群のまたは一組のペプチドを指すものとする。「貯蔵庫」という用語は、ワクチンに含まれる特定のペプチドが、予備製造されて物理的設備内で貯蔵されることを暗示することは意図されないが、その可能性も検討される。ペプチドは、製造される各個別化ワクチンのために新規に製造されてもよく、または予備製造されて貯蔵されてもよいことが、明示的に検討される。貯蔵庫（例えば、データベースの形態）は、様々なＨＬＡ－ＡＨＬＡ－ＢおよびＨＬＡ－Ｃ対立遺伝子を有する、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん患者の腫瘍組織において高度に過剰発現された腫瘍関連ペプチドから構成される。それは、ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩペプチドまたは伸長ＭＨＣクラスＩペプチドを含有してもよい。いくつかの急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん組織から収集された腫瘍関連ペプチドに加えて、貯蔵庫は、ＨＬＡ－Ａ＊０２、ＨＬＡ－Ａ＊０１、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊２４、ＨＬＡ－Ｂ＊０７、ＨＬＡ－Ｂ＊０８、およびＨＬＡ－Ｂ＊４４マーカーペプチドを含有してもよい。これらのペプチドは、ＴＵＭＡＰによって誘導されるＴ細胞免疫の規模を定量的に比較できるようにし、したがって抗腫瘍応答を引き起こすワクチンの能力について、重要な結論が導かれるようにする。第２に、それらは、患者において、「自己」抗原に由来するＴＵＭＡＰに対するいかなるワクチン誘導Ｔ細胞応答も観察されない症例において、「非自己」抗原に由来する重要な陽性対照ペプチドとして機能する。第３に、それは、患者の免疫能力状態に関する結論が導かれるようにしてもよい。
【0303】
貯蔵庫のためのＴＵＭＡＰは、遺伝子発現解析、質量分析、およびＴ細胞免疫学（ＸＰｒｅｓｉｄｅｎｔ（登録商標））を組み合わせた、統合ゲノム機能解析アプローチを使用して同定される。アプローチは、高い割合の腫瘍上に真に存在するが、正常組織上では発現されず、または最小限にのみ発現されるＴＵＭＡＰだけが、さらなる分析のために選択されることを保証する。最初のペプチド選択では、患者からの急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんサンプルと、健常ドナーからの血液とが、段階的なアプローチで分析された：
１．悪性物質からのＨＬＡリガンドは、質量分析法によって同定された
２．ゲノム全域にわたるメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を用いて、一連の正常な臓器および組織と比較して、悪性組織（急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん）で過剰発現される遺伝子が同定された
３．同定されたＨＬＡリガンドは、遺伝子発現データと比較された。好ましくは、ステップ２で検出されたような選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、腫瘍組織上で過剰提示されまたは選択的に提示されるペプチドが、多重ペプチドワクチンのための適切なＴＵＭＡＰ候補と見なされた。
４．同定されたペプチドのＴＵＭＡＰとしての妥当性を支持する追加的な証拠を同定するために、文献調査が実施された
５．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性は、ステップ３からの選択されたＴＵＭＡＰの腫瘍組織上における再検出と、健常組織における検出の欠如（または稀な）検出によって確認された。
６．選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーならびに急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイが実施された。
１．悪性物質からのＨＬＡリガンドは、質量分析法によって同定された
２．ゲノム全域にわたるメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を用いて、一連の正常な臓器および組織と比較して、悪性組織（急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん）で過剰発現される遺伝子が同定された
３．同定されたＨＬＡリガンドは、遺伝子発現データと比較された。好ましくは、ステップ２で検出されたような選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、腫瘍組織上で過剰提示されまたは選択的に提示されるペプチドが、多重ペプチドワクチンのための適切なＴＵＭＡＰ候補と見なされた。
４．同定されたペプチドのＴＵＭＡＰとしての妥当性を支持する追加的な証拠を同定するために、文献調査が実施された
５．ｍＲＮＡレベルでの過剰発現の関連性は、ステップ３からの選択されたＴＵＭＡＰの腫瘍組織上における再検出と、健常組織における検出の欠如（または稀な）検出によって確認された。
６．選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導が可能かどうかを評価するために、健常ドナーならびに急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん患者からのヒトＴ細胞を使用して、生体外免疫原性アッセイが実施された。
【0304】
一態様では、ペプチドを貯蔵庫に含める前に、免疫原性について予備スクリーニングする。一例として、そして制限的でなく、貯蔵庫に含まれるペプチドの免疫原性は、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞による、健常ドナーからのＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激を通じた生体外Ｔ細胞プライミングを含んでなる方法によって判定される。
【0305】
この方法は、稀ながんに、そして稀な発現プロファイルを有する患者にとって、好ましい。一定組成を有する多重ペプチド混合物とは対照的に、現在開発されている貯蔵庫は、腫瘍における抗原の実際の発現とワクチンとの有意により高いマッチングを可能にする。多標的アプローチでは、各患者のために、選択された単一のまたは組み合わされた数種の「既製」ペプチドが利用される。理論上は、例えば５０個の抗原性ペプチドのライブラリーからの５つの異なる抗原性ペプチドの選択に基づくアプローチだけで、およそ１７００万個の可能な医薬品（ＤＰ）組成物がもたらされる。
【0306】
一態様では、ペプチドは、本明細書に記載される、または以下のような本発明による方法に基づく、個々の患者に対するそれらの適切さに基づいて、ワクチンへの包含のために選択される。
【0307】
ＨＬＡ表現型、トランスクリプトミクスおよびペプチドミクスデータが、患者の腫瘍材料および血液サンプルから収集されて、「貯蔵庫」および患者に特有の（すなわち変異）ＴＵＭＡＰを含有する、各患者に対して最も適切なペプチドが同定される。患者の腫瘍において選択的にまたは過剰発現されて、可能であれば、患者の個々のＰＢＭＣと共に試験すると、強力な生体外免疫原性を示すペプチドが選択される。
【0308】
好ましくは、ワクチンに含まれるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で同定されたペプチドを上述のペプチド貯蔵庫（データベース）と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドに関連がある貯蔵庫（データベース）から選択するステップとを含んでなる方法によって同定される。例えば、腫瘍サンプルによって提示されるＴＵＭＡＰは、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現または異常発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される。好ましくは、ＭＨＣリガンドの配列は、腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から結合ペプチドを溶出させて、溶出したリガンドを配列決定することで同定される。好ましくは、腫瘍サンプルおよび正常組織は、同一患者から入手される。
【0309】
貯蔵庫（データベース）モデルを使用してペプチドを選択するのに加えて、またはその代案として、ＴＵＭＡＰを患者において新規に同定し、次に、ワクチンに含めてもよい。一例として、（ａ１）腫瘍サンプルからの発現データを腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；（ａ２）発現データを腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩおよび／またはクラスＩＩ分子と結合するＭＨＣリガンドの配列と相関させて、腫瘍によって過剰発現または異常発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって、候補ＴＵＭＡＰが患者において同定されてもよい。別の例として、個々の患者からの正常な対応組織と比較して、腫瘍サンプルに特有の変異を含有するタンパク質が同定されてもよく、特異的に変異を標的とするＴＵＭＡＰが同定され得る。例えば、腫瘍のゲノム、および対応する正常組織のゲノムは、全ゲノム配列決定によって配列決定され得る。遺伝子のタンパク質コード領域における非同義の変異を発見するために、ゲノムＤＮＡおよびＲＮＡが腫瘍組織から抽出され、正常な非変異ゲノム生殖細胞系ＤＮＡが末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から抽出される。適用されたＮＧＳアプローチは、タンパク質コード領域の再配列決定（エクソーム再配列決定）に限定される。この目的で、供給業者が提供する標的富化キットを使用して、ヒトサンプルからのエクソンＤＮＡが捕捉され、例えばＨｉＳｅｑ２０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）による配列決定がそれに続く。それに加えて、遺伝子発現の直接定量化のため、そして変異遺伝子が患者の腫瘍で発現されることの妥当性評価のために、腫瘍ｍＲＮＡが配列決定される。結果として得られる数百万の配列読み取りは、ソフトウェアアルゴリズムを通じて処理される。出力一覧は、変異および遺伝子発現を含有する。ＰＢＭＣ由来生殖細胞系の多様性と比較することで腫瘍特異的体細胞変異が判定され、優先順位がつけられる。次に、新規に同定されたペプチドは、貯蔵庫について上述した免疫原性について試験され得て、適切な免疫原性を保持する候補ＴＵＭＡＰが、ワクチンへの包含のために選択される。
【0310】
例示的な一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を上述の方法によって同定するステップと；（ｂ）対応する正常組織との比較で、ａ）で同定されたペプチドを、免疫原性および腫瘍中の過剰提示について予備検査されたペプチドの貯蔵庫と比較するステップと；（ｃ）少なくとも１つのペプチドを患者において同定された腫瘍関連ペプチドに関連がある貯蔵庫から選択するステップと；（ｄ）任意選択的に、（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。例示的な一実施形態では、ワクチンに包含されるペプチドは、（ａ）個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；（ｂ）（ａ）で新規に同定された少なくとも１つのペプチドを選択して、その免疫原性を確認するステップとによって同定される。
【0311】
ひとたび個別化ペプチドベースのワクチンのためのペプチドを選択したら、ワクチンを製造する。ワクチンは、好ましくは、約３３％ＤＭＳＯなどの２０～４０％ＤＭＳＯ、好ましくは約３０～３５％ＤＭＳＯに溶解された、個々のペプチドからなる液体製剤である。
【0312】
製品に包含される各ペプチドをＤＭＳＯに溶解する。単一ペプチド溶液の濃度は、製品に包含されるペプチドの数に応じて選択されなくてはならない。単一ペプチドＤＭＳＯ溶液を等量で混合し、ペプチド当たり約２．５ｍｇ／ｍｌの濃度で、製品に包含される全てのペプチドを含有する溶液を得る。次に、混合溶液を注射用水で１：３に希釈して、３３％ＤＭＳＯ中でペプチド当たり０．８２６ｍｇ／ｍｌの濃度を得る。希釈溶液を０．２２μｍの無菌フィルターを通して濾過する。最終バルク溶液を得る。
【0313】
最終バルク溶液をバイアルに充填して、使用時まで－２０℃で保存する。１本のバイアルは、０．５７８ｍｇの各ペプチドを含有する７００μＬの溶液を含有する。このうち、５００μＬ（ペプチド当たりおよそ４００μｇ）を皮内注射のために適用する。
【0314】
がんを治療するために有用であるのに加えて、本発明のペプチドは、診断薬としてもまた有用である。ペプチドは、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がん細胞から生成されたことから、そしてこれらのペプチドは正常組織中に存在せず、またはより低いレベルで存在すると判定されたことから、これらのペプチドは、がんの存在を診断するために使用され得る。
【0315】
特許請求されるペプチドの血液サンプル中の組織生検上の存在は、がん診断において病理学者を補佐し得る。抗体、質量分析法またはその他の当該技術分野で公知の方法の手段による特定のペプチドの検出は、組織サンプルが悪性、または炎症性または概して病的であり、または急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんのためのバイオマーカーとして利用され得ることを病理学者に告げ得る。ペプチド基の存在は、病的組織の分類または下位分類を可能にし得る。
【0316】
患部組織検体上のペプチドの検出は、特にＴリンパ球が作用機序に関与することが知られておりまたは予測される場合に、免疫系が関与する治療法の利点を判定できるようにする。ＭＨＣ発現の喪失は、それによって感染悪性細胞が免疫監視を逃れる、十分に説明された機序である。したがってペプチドの存在は、この機序が、分析した細胞によって活用されていないことを示す。
【0317】
本発明のペプチドは、ペプチドまたはＭＨＣ分子と複合体化したペプチドに対するＴ細胞応答または抗体応答などの、これらのペプチドに対するリンパ球応答を分析するのに使用されるかもしれない。これらのリンパ球応答は、さらなる治療ステップを決定するための予後マーカーとして使用され得る。これらの応答はまた、例えば、タンパク質、核酸、自己材料のワクチン接種や、リンパ球の養子免疫伝達などの異なる手段によるリンパ球応答の誘導を目指す、免疫療法アプローチにおける代理応答マーカーとして使用され得る。遺伝子治療の設定では、副作用の評価において、ペプチドに対するリンパ球応答が考慮され得る。リンパ球応答のモニタリングはまた、例えば移植片対宿主病および宿主対移植片病の検出など、移植治療の経過観察検査のための有益な手段かもしれない。
【0318】
本発明をここで、その好ましい実施形態を描写する以下の実施例において、添付図面を参照して説明するが、それでもなお、それらには限定されないものとする。本発明の目的で、本明細書で引用される全ての参考文献は、その内容全体が参照により援用される。
【図面の簡単な説明】
【0319】
図１Ａ－Ｆは、異なるがん組織における様々なペプチドの過剰提示を示す（黒点）。上部：技術的反復測定からの中央値ＭＳ信号強度は、単一ＨＬＡ－Ａ＊０２陽性正常（灰色ドット、図の左側）、およびその上でペプチドが検出された腫瘍サンプル（黒色ドット、図の右側）のドットとしてプロットされる。箱が、正規化された信号強度の中央値、２５および７５パーセンタイル数を提示する一方で、ひげは、下位四分位数の１．５四分位範囲（ＩＱＲ）内にある最も低いデータ点、および上位四分位数の１．５ＩＱＲ内にある最も高いデータ点まで伸びる。正常臓器は、リスクカテゴリーによって順序付けられる。（血液細胞、血管、脳、肝臓、肺：高リスク、灰色点；生殖器、乳房、前立腺：低リスク、灰色点；全てのその他の臓器：中リスク；灰色点）。下部：各臓器中の相対ペプチド検出頻度が、棒グラフとして示される。パネル下の数値は、各臓器（Ｎ＝４４０個の正常サンプル、Ｎ＝４９０個の腫瘍サンプル）について分析された、サンプル総数あたりのペプチドが検出されたサンプル数を示す。ペプチドがサンプル上で検出されたが、技術的理由で定量化され得なかった場合、サンプルは、この検出頻度表示に含まれるが、図の上部に点は示されない。組織（左から右へ）：正常サンプル：血液細胞；ｂｌｏｏｄｖｅｓｓ（血管）；脳；心臓；肝臓；肺；単球；Ｔ細胞；脂肪（脂肪組織）；ａｄｒｅｎａｌ ｇｌ（副腎）；胆管；膀胱；骨髄；ｅｓｏｐｈ（食道）；眼；ｇａｌｌ ｂｌ（胆嚢）；頭頸部；ｉｎｔｅｓｔ．ｌａ（大腸）；ｉｎｔｅｓｔ．ｓｍ（小腸）；腎臓；リンパ節；ｎｅｒｖｅ ｃｅｎｔ（中枢神経）；ｎｅｒｖｅ ｐｅｒｉｔｈ（末梢神経）；膵臓；ｐａｒａｔｈｙｒ（副甲状腺）；ｐｅｒｉｔ（腹膜）；ｐｉｔｕｉｔ（下垂体）；胸膜；ｓｋｅｌ．ｍｕｓ（骨格筋）；皮膚；脊髄；脾臓；胃；甲状腺；気管；尿管；乳房；卵巣；胎盤；前立腺；精巣；胸腺；子宮。腫瘍サンプル：ＡＭＬ（急性骨髄性白血病）；ＢＲＣＡ（乳がん）；ＣＣＣ（胆管細胞がん）；ＣＬＬ（慢性リンパ球性白血病）；ＣＲＣ（結腸直腸がん）；ＧＢＣ（胆嚢がん）；ＧＢＭ（神経膠芽腫）；ＧＣ（胃がん）；ＧＥＪＣ（胃食道接合部がん）；ＨＣＣ（肝細胞がん）；ＨＮＳＣＣ（頭頸部扁上皮がん）；ＭＥＬ（黒色腫）；ＮＨＬ（非ホジキンリンパ腫）；ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏ（非小細胞肺がん腺がん）；ＮＳＣＬＣｏｔｈｅｒ（ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏまたはＮＳＣＬＣｓｑｕａｍに明確に割り当てることができなかったＮＳＣＬＣサンプル）；ＮＳＣＬＣｓｑｕａｍ（扁平上皮細胞非小細胞肺がん）；ＯＣ（卵巣がん）；ＯＳＣＡＲ（食道がん）；ＰＡＣＡ（膵臓がん）；ＰＲＣＡ（前立腺がん）；ＲＣＣ（腎細胞がん）；ＳＣＬＣ（小細胞肺がん）；ＵＢＣ（膀胱がん）；ＵＥＣ（子宮内膜がん）。
【図1A】ペプチド：ＫＬＬＤＦＳＴＲＩ（配列番号１）。
【図1B】ペプチド：ＡＬＬＤＶＬＶＫＬ（配列番号２）。
【図1C】ペプチド：ＦＬＬＶＰＳＰＩＷＱＬ（配列番号３）。
【図1D】ペプチド：ＬＶＷＥＶＶＥＳＶ（配列番号５）。
【図1E】ペプチド：ＳＬＬＤＫＬＳＧＩ（配列番号１０）。
【図1F】異なるがん組織における様々なペプチドの過剰提示を示す（黒色ドット）。上部：技術的反復測定からの中央値ＭＳ信号強度は、単一ＨＬＡ－Ａ＊０３陽性正常（灰色ドット、図の左側）、およびその上でペプチドが検出された腫瘍サンプル（黒色ドット、図の右側）のドットとしてプロットされる。箱が、正規化された信号強度の中央値、２５および７５パーセンタイル数を提示する一方で、ひげは、下位四分位数の１．５四分位範囲（ＩＱＲ）内にある最も低いデータ点、および上位四分位数の１．５ＩＱＲ内にある最も高いデータ点まで伸びる。正常臓器は、リスクカテゴリーによって順序付けられる。（血液細胞、血管、脳、肝臓、肺：高リスク、灰色点；生殖器、乳房、前立腺：低リスク、灰色点；全てのその他の臓器：中リスク；灰色点）。下部：各臓器中の相対ペプチド検出頻度が、棒グラフとして示される。パネル下の数値は、各臓器（Ｎ＝３６個の正常サンプル、Ｎ＝１０７個の腫瘍サンプル）について分析された、サンプル総数あたりのペプチドが検出されたサンプル数を示す。ペプチドがサンプル上で検出されたが、技術的理由で定量化され得なかった場合、サンプルは、この検出頻度表示に含まれるが、図の上部に点は示されない。組織（左から右へ）：正常サンプル：血液細胞；ｂｌｏｏｄｖｅｓｓ（血管）；脳；心臓；肝臓；肺；ａｄｒｅｎａｌ ｇｌ（副腎）；膀胱；ｇａｌｌ ｂｌ（胆嚢）；ｉｎｔｅｓｔ．ｓｍ（小腸）；リンパ節；膵臓；皮膚；脾臓；気管。腫瘍サンプル：ＡＭＬ（急性骨髄性白血病）；ＢＲＣＡ（乳がん）；ＣＣＣ（胆管細胞がん）；ＣＬＬ（慢性リンパ球性白血病）；ＣＲＣ（結腸直腸がん）；ＧＢＣ（胆嚢がん）；ＧＢＭ（神経膠芽腫）；ＧＣ（胃がん）；ＨＣＣ（肝細胞がん）；ＨＮＳＣＣ（頭頸部扁上皮がん）；ＭＥＬ（黒色腫）；ＮＨＬ（非ホジキンリンパ腫）；ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏ（非小細胞肺がん腺がん）；ＮＳＣＬＣｏｔｈｅｒ（ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏまたはＮＳＣＬＣｓｑｕａｍに明確に割り当てることができなかったＮＳＣＬＣサンプル）；ＮＳＣＬＣｓｑｕａｍ（扁平上皮細胞非小細胞肺がん）；ＯＣ（卵巣がん）；ＯＳＣＡＲ（食道がん）；ＰＡＣＡ（膵臓がん）；ＰＲＣＡ（前立腺がん）；ＲＣＣ（腎細胞がん）；ＳＣＬＣ（小細胞肺がん）；ＵＢＣ（膀胱がん）；ＵＥＣ（子宮内膜がん）。図１Ｆペプチド：ＳＬＬＧＡＡＴＶＥＰＰＫ（配列番号８１；Ａ＊０３）。図２Ａ－２Ｆは、異なるがんサンプルにおいて過剰発現される、本発明の起源遺伝子の例示的発現プロファイルを示す。腫瘍（黒点）および正常（灰色点）サンプルは、起源臓器によってグループ分けされる。箱ひげ図は、中央値ＦＰＫＭ値、２５および７５パーセンタイル数（ボックス）に加えて、下側四分位数のなおも１．５四分位間範囲（ＩＱＲ）内にある最低データ点、および上側四分位数のなおも１．５ＩＱＲ内にある最高データ点まで伸びるひげに相当する。正常臓器は、リスクカテゴリーによって順序付けられる。ＦＰＫＭ：１００万個のマッピングされた読み取り当たりキロベース当たりのフラグメント数。組織（左から右へ）：正常サンプル：血液細胞；ｂｌｏｏｄｖｅｓｓ（血管）；脳；心臓；肝臓；肺；脂肪（脂肪組織）；副腎ｇｌ（副腎）；胆管；膀胱；骨髄；ｅｓｏｐｈ（食道）；眼；ｇａｌｌ ｂｌ（胆嚢）；頭頸部；ｉｎｔｅｓｔ．ｌａ（大腸）；ｉｎｔｅｓｔ．ｓｍ（小腸）；腎臓；リンパ節；ｎｅｒｖｅ ｐｅｒｉｔｈ（末梢神経）；膵臓；ｐａｒａｔｈｙｒ（副甲状腺）；ｐｅｒｉｔ（腹膜）；ｐｉｔｕｉｔ（下垂体）；胸膜；ｓｋｅｌ．ｍｕｓ（骨格筋）；皮膚；脾臓；胃；甲状腺；気管；尿管；乳房；卵巣；胎盤；前立腺；精巣；胸腺；子宮．腫瘍サンプル：ＡＭＬ（急性骨髄性白血病）；ＢＲＣＡ（乳がん）；ＣＣＣ（胆管細胞がん）；ＣＬＬ（慢性リンパ球性白血病）；ＣＲＣ（結腸直腸がん）；ＧＢＣ（胆嚢がん）；ＧＢＭ（神経膠芽腫）；ＧＣ（胃がん）；ＨＣＣ（肝細胞がん）；ＨＮＳＣＣ（頭頸部扁上皮がん）；ＭＥＬ（黒色腫）；ＮＨＬ（非ホジキンリンパ腫）；ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏ（非小細胞肺がん腺がん）；ＮＳＣＬＣｏｔｈｅｒ（ＮＳＣＬＣａｄｅｎｏまたはＮＳＣＬＣｓｑｕａｍに明確に割り当てることができなかったＮＳＣＬＣサンプル）；ＮＳＣＬＣｓｑｕａｍ（扁平上皮細胞非小細胞肺がん）；ＯＣ（卵巣がん）；ＯＳＣＡＲ（食道がん）；ＰＡＣＡ（膵臓がん）；ＰＲＣＡ（前立腺がん）；ＲＣＣ（腎細胞がん）；ＳＣＬＣ（小細胞肺がん）；ＵＢＣ（膀胱がん）；ＵＥＣ（子宮内膜がん）。
【図2A】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００２２５９６４、ペプチド：ＡＬＬＤＶＬＶＫＬ（配列番号２）。
【図2B】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００３７４４７２、ペプチド：ＳＬＬＤＫＬＳＧＩ（配列番号１０）。
【図2C】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００６１７９２４、ペプチド：ＦＡＳＥＲＰＰＳＶ（配列番号３３）。
【図2D】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００６０３１９８、ペプチド：ＹＩＹＥＤＥＶＲＬ（配列番号３９）。
【図2E】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００４２０４５３、ペプチド：ＡＩＷＳＴＩＬＩＡ（配列番号４３）。
【図2F】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００４７３９８４、ペプチド：ＩＡＩＳＱＬＴＦＶ（配列番号６５）。
【図2G】Ｅｎｓｅｍｂｌ ＩＤ：ＥＮＳＴ０００００３７５１０５．７、ペプチド：ＬＬＬＡＬＲＬＳＬ（配列番号６４）。
【図3】健常ＨＬＡ－Ａ＊０２＋ドナーのペプチド特異的生体外ＣＤ８＋Ｔ細胞応答の例示的結果を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、配列番号１０２ペプチド（ＧＬＤＰＴＱＦＲＶ、ペプチドコード：ＰＯＬＡ１－００３）（Ａ、左側パネル）および配列番号１０３ペプチド（ＳＬＶＳＹＬＤＫＶ、ペプチドコード：ＫＲＴ１６Ｐ－００１）（Ｂ、左側パネル）と複合体形成した抗ＣＤ２８ｍＡｂおよびＨＬＡ－Ａ＊０２で被覆された人工ＡＰＣを使用して、プライミングされた。３サイクルの刺激後、ペプチド反応性細胞の検出は、Ａ＊０２／配列番号１０２（Ａ）、およびＡ＊０２／配列番号１０３（Ｂ）を用いた、２Ｄ多量体染色によって実施された。右側パネル（ＡおよびＢ）は、無関係のＡ＊０２／ペプチド複合体で刺激された細胞の対照染色を示す。生存シングレット細胞は、ＣＤ８＋リンパ球についてゲートされた。ブーリアンゲートは、異なるペプチドに対して特異的な多量体によって検出された、擬陽性事象の排除を助けた。ＣＤ８＋リンパ球の中の特異的多量体＋細胞の頻度が示される。
【図4-1】健常ＨＬＡ－Ａ＊０２＋ドナーのペプチド特異的生体外ＣＤ８＋Ｔ細胞応答の例示的結果を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、それぞれ配列番号１８ペプチド（ＫＭＭＴＦＦＱＧＬ）（Ａ、左側パネル）、配列番号６８ペプチド（ＫＬＬＡＤＡＦＫＶ）（Ｂ、左側パネル）、配列番号４０ペプチド（ＦＴＬＰＦＬＶＮＬ）（Ｃ、左側パネル）、配列番号１９ペプチド（ＭＬＬＰＷＬＰＫＬ）（Ｄ、左側パネル）または配列番号４８ペプチド（ＭＬＡＥＩＨＰＫＡ）（Ｅ、左側パネル）と複合体形成した抗ＣＤ２８ｍＡｂおよびＨＬＡ－Ａ＊０２で被覆された人工ＡＰＣを使用して、プライミングされた。３サイクルの刺激後、ペプチド反応性細胞の検出は、Ａ＊０２／配列番号１８（Ａ）、Ａ＊０２／配列番号６８（Ｂ）、Ａ＊０２／配列番号４０（Ｃ）、Ａ＊０２／配列番号１９（Ｄ）またはＡ＊０２／配列番号４８（Ｅ）を用いた、２Ｄ多量体染色によって実施された。右側パネル（Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｄ、Ｅ、およびＦ）は、無関係のＡ＊０２／ペプチド複合体で刺激された細胞の対照染色を示す。生存単一細胞は、ＣＤ８＋リンパ球についてゲートされた。ブーリアンゲートは、異なるペプチドに対して特異的な多量体によって検出された、擬陽性事象の排除を助けた。ＣＤ８＋リンパ球の中の特異的多量体＋細胞の頻度が示される。
【図4-2】同上
【図4-3】同上
【実施例】
【0320】
実施例１
細胞表面に提示された腫瘍関連ペプチドの同定および定量
組織サンプル
患者の腫瘍組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州ブレア）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ（独国ハイデルベルク）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｌｔｄ（英国グラスゴー）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｍｕｎｉｃｈ（独国ミュンヘン）から入手された。正常組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州ブレア）；ＢｉｏＳｅｒｖｅ（米国メリーランド州ベルツビル）；Ｃａｐｉｔａｌ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｉｎｃ．（米国メリーランド州ロックビル）；Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ（独国チュービンゲン）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；京都府立医科大学（ＫＰＵＭ）（日本国京都）；大阪市立大学（ＯＣＵ）（日本国大阪）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｌｔｄ（英国グラスゴー）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｇｅｎｅｖａ（スイス国ジュネーブ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ（独国ハイデルベルク）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｔｕｂｉｎｇｅｎ（独国チュービンゲン）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｍｕｎｉｃｈ（独国ミュンヘン）から入手された。
細胞表面に提示された腫瘍関連ペプチドの同定および定量
組織サンプル
患者の腫瘍組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州ブレア）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ（独国ハイデルベルク）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｌｔｄ（英国グラスゴー）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｍｕｎｉｃｈ（独国ミュンヘン）から入手された。正常組織は、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州ブレア）；ＢｉｏＳｅｒｖｅ（米国メリーランド州ベルツビル）；Ｃａｐｉｔａｌ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｉｎｃ．（米国メリーランド州ロックビル）；Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｔｒａｎｓｆｕｓｉｏｎ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ（独国チュービンゲン）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；京都府立医科大学（ＫＰＵＭ）（日本国京都）；大阪市立大学（ＯＣＵ）（日本国大阪）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｌｔｄ（英国グラスゴー）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｇｅｎｅｖａ（スイス国ジュネーブ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ（独国ハイデルベルク）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｔｕｂｉｎｇｅｎ（独国チュービンゲン）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｍｕｎｉｃｈ（独国ミュンヘン）から入手された。
【0321】
外科手術または検死解剖前に、全ての患者の告知に基づく同意書が与えられていた。組織は切除の直後に衝撃凍結し、ＴＵＭＡＰの単離まで－７０℃未満で保存した。
【0322】
組織サンプルからのＨＬＡペプチドの単離
衝撃凍結組織サンプルからのＨＬＡペプチド貯留は、わずかに修正されたプロトコル（Ｆａｌｋ ｅｔ ａｌ．，１９９１；Ｓｅｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９９）に従って、ＨＬＡ－Ａ＊０２－特異的抗体ＢＢ７．２、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ特異的抗体Ｗ６／３２、ＨＬＡ－ＤＲ特異的抗体Ｌ２４３およびＨＬＡ ＤＰ特異的抗体Ｂ７／２１、ＣＮＢｒ活性化セファロース、酸処理、および限外濾過を用いて、免疫沈殿によって固形組織から得た。
衝撃凍結組織サンプルからのＨＬＡペプチド貯留は、わずかに修正されたプロトコル（Ｆａｌｋ ｅｔ ａｌ．，１９９１；Ｓｅｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９９）に従って、ＨＬＡ－Ａ＊０２－特異的抗体ＢＢ７．２、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ特異的抗体Ｗ６／３２、ＨＬＡ－ＤＲ特異的抗体Ｌ２４３およびＨＬＡ ＤＰ特異的抗体Ｂ７／２１、ＣＮＢｒ活性化セファロース、酸処理、および限外濾過を用いて、免疫沈殿によって固形組織から得た。
【0323】
質量分析
得られたＨＬＡペプチド貯留は、逆相クロマトグラフィー（ｎａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬ Ｃ ｓｙｓｔｅｍ，Ｗａｔｅｒｓ）によってそれらの疎水性に従って分離し、ＥＳＩ源を装着したＬＴＱ－ｖｅｌｏｓおよびｆｕｓｉｏｎ ｈｙｂｒｉｄ質量分光計（ＴｈｅｒｍｏＥｌｅｃｔｒｏｎ）内で溶出ペプチドを分析した。ペプチド貯留は、毎分４００ｎＬの流速を適用して、１．７μｍ Ｃ１８逆相材料（Ｗａｔｅｒｓ）で充填された分析用融合シリカマイクロキャピラリーカラム（７５μｍ内径×２５０ｍｍ）上に直接装入した。引き続いて、毎分３００ｎＬの流速で１０％から３３％へのＢの二段階１８０分間二成分勾配を用いて、ペプチドを分離した。勾配は、溶媒Ａ（水中の０．１％ギ酸）および溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）から構成された。ｎａｎｏＥＳＩ源への導入には、金被覆ガラス毛管（ＰｉｃｏＴｉｐ，Ｎｅｗ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）を使用した。ＬＴＱ－Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分光計は、ＴＯＰ５ストラテジーを使用してデータ依存モードで操作した。手短に述べると、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝３００００）内の高質量精度の完全スキャンでスキャンサイクルを開始し、これもまたＯｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝７５００）内の５種の最も豊富な前駆イオンのＭＳ／ＭＳスキャンがそれに続き、以前選択されたイオンを動的に排除した。タンデム質量スペクトルは、固定偽検出率（ｑ≦０．０５）および追加的な手動制御で、またはＳＥＱＵＥＳＴによって解釈した。同定されたペプチド配列が不確実である場合には、生成された天然ペプチド断片化パターンと合成配列同一参照ペプチドの断片化パターンとの比較によって、それをさらに検証した。
得られたＨＬＡペプチド貯留は、逆相クロマトグラフィー（ｎａｎｏＡｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬ Ｃ ｓｙｓｔｅｍ，Ｗａｔｅｒｓ）によってそれらの疎水性に従って分離し、ＥＳＩ源を装着したＬＴＱ－ｖｅｌｏｓおよびｆｕｓｉｏｎ ｈｙｂｒｉｄ質量分光計（ＴｈｅｒｍｏＥｌｅｃｔｒｏｎ）内で溶出ペプチドを分析した。ペプチド貯留は、毎分４００ｎＬの流速を適用して、１．７μｍ Ｃ１８逆相材料（Ｗａｔｅｒｓ）で充填された分析用融合シリカマイクロキャピラリーカラム（７５μｍ内径×２５０ｍｍ）上に直接装入した。引き続いて、毎分３００ｎＬの流速で１０％から３３％へのＢの二段階１８０分間二成分勾配を用いて、ペプチドを分離した。勾配は、溶媒Ａ（水中の０．１％ギ酸）および溶媒Ｂ（アセトニトリル中の０．１％ギ酸）から構成された。ｎａｎｏＥＳＩ源への導入には、金被覆ガラス毛管（ＰｉｃｏＴｉｐ，Ｎｅｗ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ）を使用した。ＬＴＱ－Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分光計は、ＴＯＰ５ストラテジーを使用してデータ依存モードで操作した。手短に述べると、Ｏｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝３００００）内の高質量精度の完全スキャンでスキャンサイクルを開始し、これもまたＯｒｂｉｔｒａｐ（Ｒ＝７５００）内の５種の最も豊富な前駆イオンのＭＳ／ＭＳスキャンがそれに続き、以前選択されたイオンを動的に排除した。タンデム質量スペクトルは、固定偽検出率（ｑ≦０．０５）および追加的な手動制御で、またはＳＥＱＵＥＳＴによって解釈した。同定されたペプチド配列が不確実である場合には、生成された天然ペプチド断片化パターンと合成配列同一参照ペプチドの断片化パターンとの比較によって、それをさらに検証した。
【0324】
イオン計数によって、すなわちＬＣ－ＭＳ特性の抽出と解析によって、無標識相対ＬＣ－ＭＳ定量化を実施した（Ｍｕｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００７）。この方法は、ペプチドのＬＣ－ＭＳシグナル面積がサンプル中のその存在量と相関すると仮定する。抽出された特性は、電荷状態デコンボリューションと滞留時間アライメントによってさらに処理した（Ｍｕｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｓｔｕｒｍ ｅｔ ａｌ．，２００８）。最終的に、全てのＬＣ－ＭＳ特性を配列同定結果と相互参照して、異なるサンプルの定量的データと、組織からペプチドへの提示プロファイルとを組み合わせた。定量的データは、技術的および生物学的反復試験内の変動を考慮した中心傾向に従って、二段法で正規化した。このようにして、それぞれの同定されたペプチドが定量的データに関連付けられ得て、サンプルと組織との間の相対定量化ができるようになる。さらに、ペプチド候補について得られた全ての定量的データを手動で検査し、データ整合性を保証して自動解析の確度を確認した。各ペプチドについて提示プロファイルを計算し、平均サンプル提示ならびに反復試験変動を示した。プロファイルは、正常組織サンプルのベースラインに、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんサンプルを並置する。例示的な過剰提示ペプチドの提示プロファイルは、図１に示される。例示的なペプチドの腫瘍上のペプチド提示は、表１１に示される。
【0325】
表１１は、選択されたペプチドについての様々ながん実体の提示を示し、したがって示されたがんの診断および／または治療に関して言及されたペプチドの特定の関連性を示す（例えば、急性骨髄性白血病、結腸直腸がん、神経膠芽腫、胃がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、子宮内膜がんに対するペプチド配列番号１；乳がん、結腸直腸がん、胆嚢がん、胃食道接合部がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、小細胞肺がん、子宮内膜がんに対するペプチド配列番号２）。
【0326】
【表11-1】
【表11-2】
【表11-3】
【表11-4】
【0327】
実施例２
本発明のペプチドをコードする遺伝子発現プロファイリング
正常細胞と比較した腫瘍細胞上のペプチドの過剰提示または特異的提示は、免疫療法におけるその有用性にとって十分であり、いくつかのペプチドは、それらの起源タンパク質が正常組織にもまた存在するにもかかわらず、腫瘍特異的である。それでもなお、ｍＲＮＡ発現プロファイリングは、免疫療法のためのペプチド標的の選択において、安全性のレベルを高めることができる。特に、アフィニティ成熟ＴＣＲなどの安全性リスクが高い治療選択肢では、理想的な標的ペプチドは、腫瘍に特有で正常組織上には見いだされないタンパク質に由来するであろう。
本発明のペプチドをコードする遺伝子発現プロファイリング
正常細胞と比較した腫瘍細胞上のペプチドの過剰提示または特異的提示は、免疫療法におけるその有用性にとって十分であり、いくつかのペプチドは、それらの起源タンパク質が正常組織にもまた存在するにもかかわらず、腫瘍特異的である。それでもなお、ｍＲＮＡ発現プロファイリングは、免疫療法のためのペプチド標的の選択において、安全性のレベルを高めることができる。特に、アフィニティ成熟ＴＣＲなどの安全性リスクが高い治療選択肢では、理想的な標的ペプチドは、腫瘍に特有で正常組織上には見いだされないタンパク質に由来するであろう。
【0328】
ＲＮＡ起源および調製
外科的に除去された組織標本は、告知に基づく同意書が各患者から入手された後に、上述の通り提供された（実施例１を参照されたい）。腫瘍組織標本を手術直後にスナップ凍結し、その後、液体窒素下で乳鉢と乳棒を用いて均質化した。ＴＲＩ試薬（独国ダルムシュタットのＡｍｂｉｏｎ）を使用して、これらのサンプルから全ＲＮＡを調製し、ＲＮｅａｓｙ（独国ヒルデンのＱＩＡＧＥＮ）による精製がそれに続き；どちらの方法も製造業者のプロトコルに従って実施した。
外科的に除去された組織標本は、告知に基づく同意書が各患者から入手された後に、上述の通り提供された（実施例１を参照されたい）。腫瘍組織標本を手術直後にスナップ凍結し、その後、液体窒素下で乳鉢と乳棒を用いて均質化した。ＴＲＩ試薬（独国ダルムシュタットのＡｍｂｉｏｎ）を使用して、これらのサンプルから全ＲＮＡを調製し、ＲＮｅａｓｙ（独国ヒルデンのＱＩＡＧＥＮ）による精製がそれに続き；どちらの方法も製造業者のプロトコルに従って実施した。
【0329】
ＲＮＡＳｅｑ実験のための健常ヒト組織からの全ＲＮＡは、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；Ｂｉｏ－Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州ブレア）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｌｔｄ（英国グラスゴー）から入手された。
【0330】
ＲＮＡＳｅｑ実験のための腫瘍組織からの全ＲＮＡは、Ａｓｔｅｒａｎｄ（米国ミシガン州デトロイトおよび英国ハートフォードシャー州ロイストン）；ＢｉｏＣａｔＧｍｂＨ（独国ハイデルベルク）；ＢｉｏＳｅｒｖｅ（米国メリーランド州ベルツビル）；Ｇｅｎｅｔｉｃｉｓｔ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州グレンデール）；Ｉｓｔｉｔｕｔｏ Ｎａｚｉｏｎａｌｅ Ｔｕｍｏｒｉ”Ｐａｓｃａｌｅ”（イタリア国ナポリ）；ＰｒｏｔｅｏＧｅｎｅｘ Ｉｎｃ．（米国カリフォルニア州カルバーシティ）；Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ（独国ハイデルベルク）から入手された。
【0331】
全てのＲＮＡサンプルの品質および量は、ＲＮＡ ６０００ Ｐｉｃｏ ＬａｂＣｈｉｐキット（独国バルトブロンのＡｇｉｌｅｎｔ）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ ２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ）上で評価した。
【0332】
ＲＮＡｓｅｑ実験
腫瘍および正常組織ＲＮＡサンプルの遺伝子発現解析は、ＣｅＧａＴ（独国チュービンゲン）によって、次世代配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）によって実施した。簡単に述べると、ＲＮＡ断片化、ｃＤＮＡ転換、および配列決定アダプターの付加を含むＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ｖ４試薬キットを使用して、販売業者（米国カリフォルニア州サンディエゴのＩｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．）のプロトコルに従って、配列決定ライブラリーを作成する。複数のサンプルに由来するライブラリーを等モル混合し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００配列決定装置上で製造会社の使用説明書に従って配列決定し、５０ｂｐのシングルエンドリードを生成する。処理された読み取りをＳＴＡＲソフトウェアを使用して、ヒトゲノム（ＧＲＣｈ３８）にマッピングする。発現データは、ｅｎｓｅｍｂｌ配列データベース（Ｅｎｓｅｍｂｌ７７）の注釈に基づいて、ＲＰＫＭ（Ｒｅａｄｓ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ ｐｅｒ Ｍｉｌｌｉｏｎ ｍａｐｐｅｄ ｒｅａｄｓ：１００万個のマッピングされた読み取り当たりキロベース当たり読み取り、ソフトウェアＣｕｆｆｌｉｎｋｓによって作成される）として転写物レベルで、そしてエクソンレベルで（全読み取り、ソフトウェアＢｅｄｔｏｏｌｓによって作成される）提供される。エクソン読み取りをエクソン長さおよびアライメントサイズについて正規化し、ＲＰＫＭ値を得る。
腫瘍および正常組織ＲＮＡサンプルの遺伝子発現解析は、ＣｅＧａＴ（独国チュービンゲン）によって、次世代配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）によって実施した。簡単に述べると、ＲＮＡ断片化、ｃＤＮＡ転換、および配列決定アダプターの付加を含むＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ｖ４試薬キットを使用して、販売業者（米国カリフォルニア州サンディエゴのＩｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．）のプロトコルに従って、配列決定ライブラリーを作成する。複数のサンプルに由来するライブラリーを等モル混合し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００配列決定装置上で製造会社の使用説明書に従って配列決定し、５０ｂｐのシングルエンドリードを生成する。処理された読み取りをＳＴＡＲソフトウェアを使用して、ヒトゲノム（ＧＲＣｈ３８）にマッピングする。発現データは、ｅｎｓｅｍｂｌ配列データベース（Ｅｎｓｅｍｂｌ７７）の注釈に基づいて、ＲＰＫＭ（Ｒｅａｄｓ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ ｐｅｒ Ｍｉｌｌｉｏｎ ｍａｐｐｅｄ ｒｅａｄｓ：１００万個のマッピングされた読み取り当たりキロベース当たり読み取り、ソフトウェアＣｕｆｆｌｉｎｋｓによって作成される）として転写物レベルで、そしてエクソンレベルで（全読み取り、ソフトウェアＢｅｄｔｏｏｌｓによって作成される）提供される。エクソン読み取りをエクソン長さおよびアライメントサイズについて正規化し、ＲＰＫＭ値を得る。
【0333】
急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんにおいて高度に過剰発現されるかまたは排他的に発現される本発明の起源遺伝子の例示的な発現プロファイルは、図１に示される。さらなる例示的遺伝子の発現スコアは、表１２に示される。
【0334】
【表12-1】
【表12-2】
【0335】
実施例３
ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの生体外免疫原性
本発明のＴＵＭＡＰの免疫原性に関する情報を得るために、本発明者らは、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）によるＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激に基づく、生体外Ｔ細胞プライミングアッセイを用いて研究を実施した。このようにして、本発明者らは、本発明のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１拘束性ＴＵＭＡＰの免疫原性を示し得て、これらのペプチドが、それに対するＣＤ８＋前駆Ｔ細胞がヒトに存在する、Ｔ細胞エピトープであることを実証した（表１３ａおよび１３ｂ）。
ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの生体外免疫原性
本発明のＴＵＭＡＰの免疫原性に関する情報を得るために、本発明者らは、ペプチド／ＭＨＣ複合体および抗ＣＤ２８抗体を負荷した人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）によるＣＤ８＋Ｔ細胞の反復刺激に基づく、生体外Ｔ細胞プライミングアッセイを用いて研究を実施した。このようにして、本発明者らは、本発明のＨＬＡ－Ａ＊０２：０１拘束性ＴＵＭＡＰの免疫原性を示し得て、これらのペプチドが、それに対するＣＤ８＋前駆Ｔ細胞がヒトに存在する、Ｔ細胞エピトープであることを実証した（表１３ａおよび１３ｂ）。
【0336】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の生体外プライミング
ペプチドＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）および抗ＣＤ２８抗体を負荷した、人工抗原提示細胞による生体外刺激を実施するために、本発明者らは、最初に、告知に基づく同意後に、独国のＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｃｌｉｎｉｃｓ Ｍａｎｎｈｅｉｍから得られた健常ドナーのＣＤ８ミクロビーズ（独国ベルギッシュ・グラートバッハのＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用した正の選択を通じて、新鮮ＨＬＡ－Ａ＊０２白血球除去生成物からＣＤ８＋Ｔ細胞を単離した。
ペプチドＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）および抗ＣＤ２８抗体を負荷した、人工抗原提示細胞による生体外刺激を実施するために、本発明者らは、最初に、告知に基づく同意後に、独国のＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｃｌｉｎｉｃｓ Ｍａｎｎｈｅｉｍから得られた健常ドナーのＣＤ８ミクロビーズ（独国ベルギッシュ・グラートバッハのＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用した正の選択を通じて、新鮮ＨＬＡ－Ａ＊０２白血球除去生成物からＣＤ８＋Ｔ細胞を単離した。
【0337】
ＰＢＭＣおよび単離ＣＤ８＋リンパ球またはＰＢＭＣは、１０％熱不活性化ヒトＡＢ血清（独国アイデンバッハのＰＡＮ－Ｂｉｏｔｅｃｈ）、１００Ｕ／ｍｌペニシリン／１００μｇ／ｍｌストレプトマイシン（独国ケルンのＣａｍｂｒｅｘ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（独国オーバードルラのＣＣ Ｐｒｏ）、２０μｇ／ｍｌゲンタマイシン（Ｃａｍｂｒｅｘ）を添加した、ＲＰＭＩ－Ｇｌｕｔａｍａｘ（独国カールスルーエのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）からなるＴ細胞培地（ＴＣＭ）中で、使用時までインキュベートした。２．５ｎｇ／ｍｌのＩＬ－７（独国ハイデルベルクのＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）および１０Ｕ／ｍｌのＩＬ－２（独国ニュルンベルクのＮｏｖａｒｔｉｓ Ｐｈａｒｍａ）もまた、この段階でＴＣＭに添加した。
【0338】
ｐＭＨＣ／抗ＣＤ２８被覆ビーズの生成、Ｔ細胞刺激、および読み取りは、高度に定義された生体外システム内で、刺激条件当たり４種の異なるｐＭＨＣ分子と、読み取り条件当たり８種の異なるｐＭＨＣ分子を使用して実施した。
【0339】
製造会社（独国ボンのＰｅｒｂｉｏ）が推奨する通りにスルホ－Ｎ－ヒドロキシスクシンイミドビオチンを使用して、精製共刺激マウスＩｇＧ２ａ抗ヒトＣＤ２８ Ａｂ９．３（Ｊｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，１９８７）を化学的にビオチン化した。使用されたビーズは、直径５．６μｍのストレプトアビジン被覆ポリスチレン粒子（米国イリノイ州のＢａｎｇｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）であった。
【0340】
陽性および陰性対照刺激のために使用されたｐＭＨＣは、それぞれ、Ａ＊０２０１／ＭＬＡ－００１（修飾Ｍｅｌａｎ－Ａ／ＭＡＲＴ－１に由来するペプチドＥＬＡＧＩＧＩＬＴＶ（配列番号１０４））およびＡ＊０２０１／ＤＤＸ５－００１（ＤＤＸ５に由来するＹＬＬＰＡＩＶＨＩ、配列番号１０５）であった。
【0341】
４×１２．５ｎｇの異なるビオチンｐＭＨＣの存在下で、８００，０００個のビーズ／２００μｌを９６ウェルプレート内で被覆し、洗浄して、引き続いて２００μｌの容量中で６００ｎｇのビオチン抗ＣＤ２８を添加した。５ｎｇ／ｍｌのＩＬ－１２（ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ）を添加した２００μｌのＴＣＭ中で、１×１０６個のＣＤ８＋Ｔ細胞を２×１０５個の洗浄被覆ビーズと、３７℃で３日間にわたり共インキュベートすることによって、９６ウェルプレート内で刺激を開始した。次に８０Ｕ／ｍｌのＩＬ－２を添加した新鮮ＴＣＭで培地の半分を交換し、３７℃で４日間にわたりインキュベートを継続した。この刺激サイクルを合計３回実施した。条件あたり８個の異なるｐＭＨＣ分子を使用したｐＭＨＣ多量体読み取りでは、５つの異なる蛍光色素との共役を包含するわずかな修正を加えて、以前記載されたような二次元コンビナトリアルコーディングアプローチ（Ａｎｄｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）を使用した。最後に、Ｌｉｖｅ／ｄｅａｄ近赤外染料（独国カールスルーエのＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ＣＤ８－ＦＩＴＣ抗体クローンＳＫ１（独国ハイデルベルクのＢＤ）、および蛍光性ｐＭＨＣ多量体による細胞の染色によって多量体解析を実施した。解析では、適切なレーザーおよびフィルターを装着したＢＤ ＬＳＲＩＩ ＳＯＲＰ血球計数器を使用した。ペプチド特異的細胞を全ＣＤ８＋細胞の百分率として計算した。ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（米国オレゴン州のＴｒｅｅ Ｓｔａｒ）を使用して、多量体解析の評価を実施した。陰性対照刺激と比較することで、特異的多量体＋ＣＤ８＋リンパ球の生体外初回刺激を検出した。１人の健常ドナーの少なくとも１つの評価可能生体外刺激ウェルが、生体外刺激後に特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞株を含有することが判明したら、所与の抗原の免疫原性が検出された（すなわちこのウェルは、ＣＤ８＋Ｔ細胞内に少なくとも１％の特異的多量体＋を含有し、特異的多量体＋細胞の百分率は、陰性対照刺激の中央値の少なくとも１０倍であった）。
【0342】
急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、および子宮内膜がんペプチドの生体外免疫原性
試験されたＨＬＡクラスＩペプチドでは、ペプチド特異的Ｔ細胞株の生成によって、生体外免疫原性を実証し得た。本発明の７つのペプチドについてのＴＵＭＡＰ特異的多量体染色後の例示的なフローサイトメトリー結果は、対応する陰性対照と共に、図３Ａおよび３Ｂならびに図４Ａ～Ｅに示される。本発明からの３０個のペプチドに関する結果は、表１３ａおよび表１３ｂに要約される。
試験されたＨＬＡクラスＩペプチドでは、ペプチド特異的Ｔ細胞株の生成によって、生体外免疫原性を実証し得た。本発明の７つのペプチドについてのＴＵＭＡＰ特異的多量体染色後の例示的なフローサイトメトリー結果は、対応する陰性対照と共に、図３Ａおよび３Ｂならびに図４Ａ～Ｅに示される。本発明からの３０個のペプチドに関する結果は、表１３ａおよび表１３ｂに要約される。
【0343】
【表13a】
【0344】
【表13b】
【0345】
実施例４
ペプチドの合成
Ｆｍｏｃストラテジーを使用した標準的な十分に確立された固相ペプチド合成を使用して、全てのペプチドを合成した。個々のペプチドのアイデンティティーおよび純度は、質量分析および分析用ＲＰ－ＨＰＬＣによって判定した。ペプチドは、純度＞５０％の白色から灰白色の凍結乾燥物（トリフルオロ酢酸塩）として得た。全てのＴＵＭＡＰは、好ましくはトリフルオロ酢酸塩または酢酸塩として投与され、その他の塩形態もまた可能である。
ペプチドの合成
Ｆｍｏｃストラテジーを使用した標準的な十分に確立された固相ペプチド合成を使用して、全てのペプチドを合成した。個々のペプチドのアイデンティティーおよび純度は、質量分析および分析用ＲＰ－ＨＰＬＣによって判定した。ペプチドは、純度＞５０％の白色から灰白色の凍結乾燥物（トリフルオロ酢酸塩）として得た。全てのＴＵＭＡＰは、好ましくはトリフルオロ酢酸塩または酢酸塩として投与され、その他の塩形態もまた可能である。
【0346】
実施例５
ＭＨＣ結合アッセイ
本発明によるＴ細胞ベースの治療法のための候補ペプチドを、それらのＭＨＣ結合能力（親和性）についてさらに試験した。本発明からの７９種のペプチドの結果は、表１４に要約される。
ＭＨＣ結合アッセイ
本発明によるＴ細胞ベースの治療法のための候補ペプチドを、それらのＭＨＣ結合能力（親和性）についてさらに試験した。本発明からの７９種のペプチドの結果は、表１４に要約される。
【0347】
個々のペプチドＭＨＣ複合体をＵＶリガンド交換によって生成し、ＵＶ感受性ペプチドはＵＶ照射に際して切断されて、分析される目的ペプチドで交換された。ペプチド受容性ＭＨＣ分子と効果的に結合して安定化し得るペプチド候補のみが、ＭＨＣ複合体の分離を防止する。交換反応の収率を判定するために、安定化ＭＨＣ複合体の軽鎖（β２ｍ）の検出に基づくＥＬＩＳＡを実施した。アッセイは、Ｒｏｄｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．（Ｒｏｄｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．，２００６）に一般的に記載されるようにして実施した。
【0348】
９６ウェルＭＡＸＩＳｏｒｐプレート（ＮＵＮＣ）をＰＢＳ中の２ｕｇ／ｍｌストレプトアビジンで室温で一晩被覆し、４回洗浄して、ブロック緩衝液を含有する２％ＢＳＡ中で３７℃で１時間ブロックした。再折り畳みされたＨＬＡ－Ａ＊０２：０１／ＭＬＡ－００１単量体が、１５～５００ｎｇ／ｍｌの範囲をカバーする標準物質の役割を果たした。ＵＶ交換反応のペプチド－ＭＨＣ単量体をブロック緩衝液で１００倍に希釈した。サンプルを３７℃で１時間インキュベートして４回洗浄し、２ｕｇ／ｍｌのＨＲＰ共役結合抗β２ｍと共に３７℃で１時間インキュベートして再度洗浄し、ＮＨ２ＳＯ４で停止させたＴＭＢ溶液で検出した。吸光度を４５０ｎｍで測定した。抗体またはそれらの断片、および／またはＴ細胞受容体またはそれらの断片の生成および製造のためには、高い交換収率（好ましくは５０％より高い、最も好ましくは７５％より高い）を示す候補ペプチドが一般に好ましいが、これはそれらがＭＨＣ分子に対する十分な結合活性を示し、ＭＨＣ複合体の分離を防止するためである。
【0349】
【表14-1】
【表14-2】
【表14-3】
【0350】
実施例６
細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの絶対定量化
抗体および／またはＴＣＲなどのバインダーの作製は、骨の折れる工程であり、いくつかの選択された標的に対してのみ実施されることもある。腫瘍関連および特異的ペプチドの場合、選択基準としては、提示の排他性および細胞表面に提示されるペプチドの密度が挙げられるが、これに限定されない。実施例１に記載されるペプチドの単離および相対定量化に加えて、本発明者らは、国際公開第２０１６／１０７７４０号パンフレットに記載されるように、細胞当たり絶対ペプチドコピー数を分析した。固形腫瘍サンプル中の細胞当たりのＴＵＭＡＰコピーの定量化は、単離されたＴＵＭＡＰの絶対定量化、ＴＵＭＡＰ単離工程の効率、および分析される組織サンプルの細胞計数を必要とする。
細胞表面に提示される腫瘍関連ペプチドの絶対定量化
抗体および／またはＴＣＲなどのバインダーの作製は、骨の折れる工程であり、いくつかの選択された標的に対してのみ実施されることもある。腫瘍関連および特異的ペプチドの場合、選択基準としては、提示の排他性および細胞表面に提示されるペプチドの密度が挙げられるが、これに限定されない。実施例１に記載されるペプチドの単離および相対定量化に加えて、本発明者らは、国際公開第２０１６／１０７７４０号パンフレットに記載されるように、細胞当たり絶対ペプチドコピー数を分析した。固形腫瘍サンプル中の細胞当たりのＴＵＭＡＰコピーの定量化は、単離されたＴＵＭＡＰの絶対定量化、ＴＵＭＡＰ単離工程の効率、および分析される組織サンプルの細胞計数を必要とする。
【0351】
ナノＬＣ－ＭＳ／ＭＳによるペプチド定量
質量分析によるペプチドの正確な定量のために、２つの異なる同位体標識ペプチド変異型を使用して、それぞれの個々のペプチドについて検量線を作成した（ＴＵＭＡＰ合成中に、１つまたは２つの同位体標識アミノ酸が含まれる）。． これらの同位体標識変異型は、腫瘍関連ペプチドとはそれらの質量のみが異なるが、その他の物理化学的特性の違いは示さない（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ペプチド検量線では、一連のナノＬＣ－ＭＳ／ＭＳ測定を実施し、定数（二重同位体標識ペプチド）同位体標識ペプチドに対する、滴定された（単一同位体標識ペプチド）のＭＳ／ＭＳ信号の比率を判定した。
質量分析によるペプチドの正確な定量のために、２つの異なる同位体標識ペプチド変異型を使用して、それぞれの個々のペプチドについて検量線を作成した（ＴＵＭＡＰ合成中に、１つまたは２つの同位体標識アミノ酸が含まれる）。． これらの同位体標識変異型は、腫瘍関連ペプチドとはそれらの質量のみが異なるが、その他の物理化学的特性の違いは示さない（Ａｎｄｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。ペプチド検量線では、一連のナノＬＣ－ＭＳ／ＭＳ測定を実施し、定数（二重同位体標識ペプチド）同位体標識ペプチドに対する、滴定された（単一同位体標識ペプチド）のＭＳ／ＭＳ信号の比率を判定した。
【0352】
内標準とも称される二重同位体標識ペプチドを各ＭＳサンプルにさらにスパイクし、全てのＭＳ信号を内標準のＭＳ信号に正規化して、ＭＳ実験間の潜在的な技術的分散を平準化した。
【0353】
少なくとも３つの異なるマトリックス中、すなわち、ルーチンのＭＳサンプルに類似した天然サンプルからのＨＬＡペプチド溶出液中で検量線を作成し、各調製物を二連のＭＳ試験で測定した。評価のために、ＭＳシグナルを内標準のシグナルに対して正規化し、検量線をロジスティック回帰によって算出した。
【0354】
組織サンプルからの腫瘍関連ペプチドの定量化のために、それぞれのサンプルにも内標準を添加し；ＭＳシグナルを内標準に対して正規化し、ペプチド検量線を使用して定量化した。
【0355】
ペプチド／ＭＨＣ単離の効率
あらゆるタンパク質精製処理と同様に、組織サンプルからのタンパク質の単離には、目的タンパク質のいくらかの損失が伴う。ＴＵＭＡＰ単離の効率を判定するために、絶対定量化のために選択された全てのＴＵＭＡＰについて、ペプチド／ＭＨＣ複合体を作製した。添加されたものを天然ペプチド／ＭＨＣ複合体から識別できるように、ＴＵＭＡＰの単一同位体標識バージョンを使用し、すなわち、１つの同位体標識アミノ酸をＴＵＭＡＰ合成に含めた。これらの複合体は、新鮮に調製された組織溶解産物に、すなわち、ＴＵＭＡＰ単離手順の可能な限り早い時点で添加され、次に、以下の親和性精製において、天然ペプチド／ＭＨＣ複合体のように捕捉した。したがって単一標識されたＴＵＭＡＰの回収率を測定することで、個々の天然ＴＵＭＡＰの単離効率に関する結論が可能になる。
あらゆるタンパク質精製処理と同様に、組織サンプルからのタンパク質の単離には、目的タンパク質のいくらかの損失が伴う。ＴＵＭＡＰ単離の効率を判定するために、絶対定量化のために選択された全てのＴＵＭＡＰについて、ペプチド／ＭＨＣ複合体を作製した。添加されたものを天然ペプチド／ＭＨＣ複合体から識別できるように、ＴＵＭＡＰの単一同位体標識バージョンを使用し、すなわち、１つの同位体標識アミノ酸をＴＵＭＡＰ合成に含めた。これらの複合体は、新鮮に調製された組織溶解産物に、すなわち、ＴＵＭＡＰ単離手順の可能な限り早い時点で添加され、次に、以下の親和性精製において、天然ペプチド／ＭＨＣ複合体のように捕捉した。したがって単一標識されたＴＵＭＡＰの回収率を測定することで、個々の天然ＴＵＭＡＰの単離効率に関する結論が可能になる。
【0356】
単離効率は少数のサンプルで分析され、これらの組織サンプル間で同等であった。対照的に、単離効率は個々のペプチド間で異なる。これは、単離効率が、限定数の組織サンプルにおいてのみ判定されるが、任意のその他の組織標本に外挿されてもよいことを提案する。しかしながら、単離効率がペプチドからその他のペプチドに外挿されないこともあるので、各ＴＵＭＡＰは個別に分析する必要がある。
【0357】
固体冷凍組織中の細胞数測定
絶対ペプチド定量化に供した組織サンプルの細胞数を測定するために、本発明者らはＤＮＡ含有量分析を適用した。この方法は、起源の異なる幅広いサンプルに、最も重要なことには冷凍サンプルに、適用できる（Ａｌｃｏｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｆｏｒｓｅｙ ａｎｄ Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ，２００９；Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ペプチド単離プロトコル中に、組織サンプルを均質溶解産物に処理して、それから小さな溶解産物アリコートを取る。アリコートを３つに分割し、それからＤＮＡを単離する（ＱｉａＡｍｐ ＤＮＡ ＭｉｎｉＫｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ、独国ヒルデン）。蛍光ベースのＤＮＡ定量化アッセイ（Ｑｕｂｉｔ ｄｓＤＮＡ ＨＳ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、独国ダルムシュタット）を使用して、少なくとも２つの反復試験において、各ＤＮＡ単離からの全ＤＮＡ含有量を定量化する。
絶対ペプチド定量化に供した組織サンプルの細胞数を測定するために、本発明者らはＤＮＡ含有量分析を適用した。この方法は、起源の異なる幅広いサンプルに、最も重要なことには冷凍サンプルに、適用できる（Ａｌｃｏｓｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｆｏｒｓｅｙ ａｎｄ Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ，２００９；Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。ペプチド単離プロトコル中に、組織サンプルを均質溶解産物に処理して、それから小さな溶解産物アリコートを取る。アリコートを３つに分割し、それからＤＮＡを単離する（ＱｉａＡｍｐ ＤＮＡ ＭｉｎｉＫｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ、独国ヒルデン）。蛍光ベースのＤＮＡ定量化アッセイ（Ｑｕｂｉｔ ｄｓＤＮＡ ＨＳ Ａｓｓａｙ Ｋｉｔ、Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、独国ダルムシュタット）を使用して、少なくとも２つの反復試験において、各ＤＮＡ単離からの全ＤＮＡ含有量を定量化する。
【0358】
細胞数を計算するために、定義された細胞数の範囲で、複数のドナーから単離された健常血液細胞のアリコートからＤＮＡ標準曲線が作成されている。標準曲線を使用して、各ＤＮＡ単離物からの全ＤＮＡ含有量から、全細胞含有量を計算する。次に、既知の溶解産物アリコートの容量および全溶解産物容量を考慮して、ペプチド単離のために使用された組織サンプルの平均総細胞数を外挿する。
【0359】
細胞当たりペプチドコピー数
前述の実験のデータを用いて、本発明者らは、サンプルの全ペプチド量を総細胞数で除算し、それに続いて単離効率により除算することで、細胞当たりのＴＵＭＡＰコピー数を算出した。選択されたペプチドの細胞コピー数は、表１５に示される。
前述の実験のデータを用いて、本発明者らは、サンプルの全ペプチド量を総細胞数で除算し、それに続いて単離効率により除算することで、細胞当たりのＴＵＭＡＰコピー数を算出した。選択されたペプチドの細胞コピー数は、表１５に示される。
【0360】
【表15】
【0361】
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本発明は、以下よりなる。
１．配列番号１～配列番号１０１、および配列番号１～配列番号１０１と少なくとも８８％相同的なその変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチド、およびその薬学的に許容可能な塩であって；前記変異型が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子と結合し、および／またはＴ細胞を前記変異型ペプチドと交差反応させ；前記ペプチドが完全長ポリペプチドでない、ペプチド。
２．ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合した際に、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになる、前項１に記載のペプチド。
３．そのアミノ酸配列が、配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つに記載の一続きのアミノ酸を含んでなる、前項１または２に記載のペプチドまたはその変異型。
４．前記ペプチドまたはその変異型が、８～１００、好ましくは８～３０、より好ましくは８～１６のアミノ酸の全長を有し、最も好ましくは前記ペプチドが、配列番号１～配列番号１０１のいずれかに記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、前項１～３のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
５．前記ペプチドが、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む、前項１～４のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
６．前記ペプチドが、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなる融合タンパク質の一部である、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
７．ＭＨＣ分子と結合した際に、好ましくは前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型である、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型を特異的に認識する、特に可溶性または膜結合抗体である、抗体、好ましくはモノクローナル抗体またはその断片。
８．ＭＨＣ分子と結合した際に、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型であり、好ましくは前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型である、ＨＬＡリガンドと反応する、Ｔ細胞受容体、好ましくは可溶性または膜結合性、またはその断片。
９．前記リガンドアミノ酸配列が、配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つと少なくとも８８％同一であり、または前記リガンドアミノ酸配列が配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つからなる、前項８に記載のＴ細胞受容体。
１０．前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、任意選択的に、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する、前項８または９に記載のＴ細胞受容体。
１１．前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、好ましくはＭＨＣ分子と結合している前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型を特異的に認識する、アプタマー。
１２．前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片をコードする核酸であって、任意選択的に異種プロモーター配列または前記核酸を発現する発現ベクターに連結している、核酸。
１３．前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、または前項１２に記載の核酸または発現ベクターを含んでなり、好ましくは樹状細胞、Ｔ細胞またはＮＫ細胞などの抗原提示細胞から選択される、組換え宿主細胞。
１４．Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、前項１～４のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
１５．前項１～４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、前項１４に記載の方法によって製造される活性化Ｔリンパ球。
１６．前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球、またはコンジュゲートされまたは標識された活性成分からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容可能な担体、および任意選択的に、薬学的に許容可能な賦形剤および／または安定剤を含んでなる医薬組成物。
１７．前項１３に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から、ペプチドまたはその変異型、抗体またはその断片、またはＴ細胞受容体またはその断片を単離するステップとを含んでなる、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、または前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片を製造する方法。
１８．医薬品で使用するための前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球。
１９．前項１５で定義される活性Ｔ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、その標的細胞が、前項１～４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する患者において、標的細胞を死滅させる方法。
２０．がんの診断および／または治療で使用するための、またはがんに対する薬剤の製造で使用するための、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球。
２１．前記がんが、ペプチド配列番号１～配列番号１０１がそれに由来するタンパク質の過剰発現を示す、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、子宮内膜がん、およびその他の腫瘍の群から選択される、前項２０に記載の使用。
２２．（ａ）溶液または凍結乾燥形態にある、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチドまたは変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球を含有する医薬組成物を含んでなる容器；
（ｂ）任意選択的に、前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
（ｃ）任意選択的に、配列番号１～配列番号１０３からなる群から選択される少なくとももう１つのペプチド、および
（ｄ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキット。
２３．（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、前項２２に記載のキット。
２４．ａ）前記個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；
ｂ）ａ）で同定された前記ペプチドを、正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および／または過剰提示について予備選別されたペプチド貯蔵庫と比較するステップと；
ｃ）少なくとも１つのペプチドを、前記患者において同定されたＴＵＭＡＰと一致する前記貯蔵庫から選択するステップと；
ｄ）ステップｃ）に基づいて、個別化ワクチンまたは化合物ベースのまたは細胞療法を作成および／または処方するステップと
を含んでなる、個々の患者のための化合物ベースのおよび／または細胞療法のための個別化抗がんワクチンを生産する方法。
２５．前記ＴＵＭＡＰが、
ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；
ａ２）前記発現データを、前記腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩ／またはクラスＩＩ分子と結合しているＭＨＣリガンドの配列と相関させて、前記腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される、前項２４に記載の方法。
２６．結合ペプチドを前記腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から溶出させて、前記溶出したリガンドを配列決定することで、ＭＨＣリガンドの配列が同定される、前項２４または２５に記載の方法。
２７．前記腫瘍サンプルの組織型に対応する前記正常組織が、前記同一患者から得られる、前項２４～２６のいずれか一項に記載の方法。
２８．前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドが、
ａａ．正常組織または組織群と比較して悪性組織で過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ａｂ．ステップａａで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ａｃ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用した生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップ；または
ｂａ．ＨＬＡリガンドを前記腫瘍サンプルから質量分析を使用して同定するステップと；
ｂｂ．正常組織または組織群と比較して悪性組織で過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ｂｃ．前記同定されたＨＬＡリガンドを前記遺伝子発現データと比較するステップと； ｂｄ．ステップｂｃで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ｂｅ．ステップｂｄから選択されたＴＵＭＡＰを腫瘍組織上で再検出し、健常組織上の検出の欠如または希な検出が、ｍＲＮＡレベルにおける過剰発現の関連性を裏付けるステップと；
ｂｆ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用した生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップ
に基づいて同定される、前項２４～２７のいずれか一項に記載の方法。
２９．前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、個々のＨＬＡ結合についての患者免疫モニタリング、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび／または細胞内サイトカイン染色を含んでなる方法によって判定される、前項２４～２８のいずれか一項に記載の方法。
３０．前記貯蔵庫が、配列番号１～配列番号１０３からなる群から選択される複数のペプチドを含んでなる、前項２４～２９のいずれか一項に記載の方法。
３１．前記個々の患者からの正常な対応する組織と比較して前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定するステップと、前記ワクチンに包含するために、または細胞療法を作成するために、前記変異に関連があるペプチドを選択するステップとをさらに含んでなる、前項２４～３０のいずれか一項に記載の方法。
３２．前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、前項３１に記載の方法。
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本発明は、以下よりなる。
１．配列番号１～配列番号１０１、および配列番号１～配列番号１０１と少なくとも８８％相同的なその変異配列からなる群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるペプチド、およびその薬学的に許容可能な塩であって；前記変異型が、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子と結合し、および／またはＴ細胞を前記変異型ペプチドと交差反応させ；前記ペプチドが完全長ポリペプチドでない、ペプチド。
２．ＭＨＣクラスＩまたはＩＩ分子に結合する能力を有し、前記ＭＨＣに結合した際に、ＣＤ４および／またはＣＤ８Ｔ細胞によって認識されることができるようになる、前項１に記載のペプチド。
３．そのアミノ酸配列が、配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つに記載の一続きのアミノ酸を含んでなる、前項１または２に記載のペプチドまたはその変異型。
４．前記ペプチドまたはその変異型が、８～１００、好ましくは８～３０、より好ましくは８～１６のアミノ酸の全長を有し、最も好ましくは前記ペプチドが、配列番号１～配列番号１０１のいずれかに記載のアミノ酸配列からなり、またはそれから本質的になる、前項１～３のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
５．前記ペプチドが、修飾され、および／または非ペプチド結合を含む、前項１～４のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
６．前記ペプチドが、特にＨＬＡ－ＤＲ抗原関連不変鎖（Ｉｉ）のＮ末端アミノ酸を含んでなる融合タンパク質の一部である、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型。
７．ＭＨＣ分子と結合した際に、好ましくは前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型である、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型を特異的に認識する、特に可溶性または膜結合抗体である、抗体、好ましくはモノクローナル抗体またはその断片。
８．ＭＨＣ分子と結合した際に、前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型であり、好ましくは前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型である、ＨＬＡリガンドと反応する、Ｔ細胞受容体、好ましくは可溶性または膜結合性、またはその断片。
９．前記リガンドアミノ酸配列が、配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つと少なくとも８８％同一であり、または前記リガンドアミノ酸配列が配列番号１～配列番号１０１のいずれか１つからなる、前項８に記載のＴ細胞受容体。
１０．前記Ｔ細胞受容体が可溶性分子として提供され、任意選択的に、免疫刺激ドメインまたは毒素などのさらなるエフェクター機能を保有する、前項８または９に記載のＴ細胞受容体。
１１．前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、好ましくはＭＨＣ分子と結合している前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型を特異的に認識する、アプタマー。
１２．前項１～５のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片をコードする核酸であって、任意選択的に異種プロモーター配列または前記核酸を発現する発現ベクターに連結している、核酸。
１３．前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、または前項１２に記載の核酸または発現ベクターを含んでなり、好ましくは樹状細胞、Ｔ細胞またはＮＫ細胞などの抗原提示細胞から選択される、組換え宿主細胞。
１４．Ｔ細胞を、適切な抗原提示細胞の表面または抗原提示細胞を模倣する人工コンストラクトの表面に発現される抗原負荷ヒトクラスＩまたはＩＩ ＭＨＣ分子に、前記Ｔ細胞を抗原特異的様式で活性化するのに十分な時間にわたり、生体外で接触させるステップを含んでなり、前記抗原が、前項１～４のいずれか一項に記載のペプチドである、活性化Ｔリンパ球を製造するインビトロ法。
１５．前項１～４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する細胞を選択的に認識する、前項１４に記載の方法によって製造される活性化Ｔリンパ球。
１６．前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球、またはコンジュゲートされまたは標識された活性成分からなる群から選択される、少なくとも１つの活性成分と、薬学的に許容可能な担体、および任意選択的に、薬学的に許容可能な賦形剤および／または安定剤を含んでなる医薬組成物。
１７．前項１３に記載の宿主細胞を培養するステップと、前記宿主細胞および／またはその培養液から、ペプチドまたはその変異型、抗体またはその断片、またはＴ細胞受容体またはその断片を単離するステップとを含んでなる、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチドまたはその変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、または前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片を製造する方法。
１８．医薬品で使用するための前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球。
１９．前項１５で定義される活性Ｔ細胞の有効数を患者に投与するステップを含んでなる、その標的細胞が、前項１～４のいずれか一項に記載のアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドを提示する患者において、標的細胞を死滅させる方法。
２０．がんの診断および／または治療で使用するための、またはがんに対する薬剤の製造で使用するための、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチド、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球。
２１．前記がんが、ペプチド配列番号１～配列番号１０１がそれに由来するタンパク質の過剰発現を示す、急性骨髄性白血病、乳がん、胆管細胞がん、慢性リンパ球性白血病、結腸直腸がん、胆嚢がん、神経膠芽腫、胃がん、胃食道接合部がん、肝細胞がん、頭頸部扁上皮がん、黒色腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺がん、卵巣がん、食道がん、膵臓がん、前立腺がん、腎細胞がん、小細胞肺がん、膀胱がん、子宮内膜がん、およびその他の腫瘍の群から選択される、前項２０に記載の使用。
２２．（ａ）溶液または凍結乾燥形態にある、前項１～６のいずれか一項に記載のペプチドまたは変異型、前項７に記載の抗体またはその断片、前項８または９に記載のＴ細胞受容体またはその断片、前項１１に記載のアプタマー、前項１２に記載の核酸または発現ベクター、前項１３に記載の宿主細胞、または前項１５に記載の活性化Ｔリンパ球を含有する医薬組成物を含んでなる容器；
（ｂ）任意選択的に、前記凍結乾燥製剤のための希釈剤または再構成溶液を含有する第２の容器；
（ｃ）任意選択的に、配列番号１～配列番号１０３からなる群から選択される少なくとももう１つのペプチド、および
（ｄ）任意選択的に、（ｉ）溶液の使用、または（ｉｉ）凍結乾燥製剤の再構成および／または使用のための取扱説明書
を含んでなるキット。
２３．（ｉｉｉ）緩衝液、（ｉｖ）希釈剤、（ｖ）フィルター、（ｖｉ）針、または（ｖ）シリンジの１つまたは複数をさらに含んでなる、前項２２に記載のキット。
２４．ａ）前記個々の患者からの腫瘍サンプルによって提示される腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）を同定するステップと；
ｂ）ａ）で同定された前記ペプチドを、正常組織との比較で腫瘍における免疫原性および／または過剰提示について予備選別されたペプチド貯蔵庫と比較するステップと；
ｃ）少なくとも１つのペプチドを、前記患者において同定されたＴＵＭＡＰと一致する前記貯蔵庫から選択するステップと；
ｄ）ステップｃ）に基づいて、個別化ワクチンまたは化合物ベースのまたは細胞療法を作成および／または処方するステップと
を含んでなる、個々の患者のための化合物ベースのおよび／または細胞療法のための個別化抗がんワクチンを生産する方法。
２５．前記ＴＵＭＡＰが、
ａ１）前記腫瘍サンプルからの発現データを前記腫瘍サンプルの組織型に対応する正常組織サンプルからの発現データと比較して、前記腫瘍サンプルにおいて過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質を同定するステップと；
ａ２）前記発現データを、前記腫瘍サンプル中のＭＨＣクラスＩ／またはクラスＩＩ分子と結合しているＭＨＣリガンドの配列と相関させて、前記腫瘍によって過剰発現されまたは異常に発現されるタンパク質に由来するＭＨＣリガンドを同定するステップとによって同定される、前項２４に記載の方法。
２６．結合ペプチドを前記腫瘍サンプルから単離されたＭＨＣ分子から溶出させて、前記溶出したリガンドを配列決定することで、ＭＨＣリガンドの配列が同定される、前項２４または２５に記載の方法。
２７．前記腫瘍サンプルの組織型に対応する前記正常組織が、前記同一患者から得られる、前項２４～２６のいずれか一項に記載の方法。
２８．前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドが、
ａａ．正常組織または組織群と比較して悪性組織で過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ａｂ．ステップａａで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ａｃ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用した生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップ；または
ｂａ．ＨＬＡリガンドを前記腫瘍サンプルから質量分析を使用して同定するステップと；
ｂｂ．正常組織または組織群と比較して悪性組織で過剰発現される遺伝子を同定するステップを含んでなる、マイクロアレイまたは配列決定ベース発現プロファイリングなどの高度並列法によって、ゲノム規模メッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）発現解析を実施するステップと；
ｂｃ．前記同定されたＨＬＡリガンドを前記遺伝子発現データと比較するステップと； ｂｄ．ステップｂｃで検出された、選択的に発現されまたは過剰発現される遺伝子によってコードされる、ペプチドを選択するステップと；
ｂｅ．ステップｂｄから選択されたＴＵＭＡＰを腫瘍組織上で再検出し、健常組織上の検出の欠如または希な検出が、ｍＲＮＡレベルにおける過剰発現の関連性を裏付けるステップと；
ｂｆ．健常ドナーまたは前記患者からのヒトＴ細胞を使用した生体外免疫原性アッセイを含んでなる、前記選択されたペプチドによる生体内Ｔ細胞応答の誘導を判定するステップ
に基づいて同定される、前項２４～２７のいずれか一項に記載の方法。
２９．前記貯蔵庫に包含される前記ペプチドの免疫原性が、生体外免疫原性アッセイ、個々のＨＬＡ結合についての患者免疫モニタリング、ＭＨＣ多量体染色、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイおよび／または細胞内サイトカイン染色を含んでなる方法によって判定される、前項２４～２８のいずれか一項に記載の方法。
３０．前記貯蔵庫が、配列番号１～配列番号１０３からなる群から選択される複数のペプチドを含んでなる、前項２４～２９のいずれか一項に記載の方法。
３１．前記個々の患者からの正常な対応する組織と比較して前記腫瘍サンプルに特有の少なくとも１つの変異を同定するステップと、前記ワクチンに包含するために、または細胞療法を作成するために、前記変異に関連があるペプチドを選択するステップとをさらに含んでなる、前項２４～３０のいずれか一項に記載の方法。
３２．前記少なくとも１つの変異が、全ゲノム配列決定によって同定される、前項３１に記載の方法。
【図1A】
【図1B】
【図1C】
【図1D】
【図1E】
【図1F】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図2D】
【図2E】
【図2F】
【図2G】
【図3】
【図4-1】
【図4-2】
【図4-3】
【配列表】