(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-08-13
(45)【発行日】2024-08-21
(54)【発明の名称】相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法
(51)【国際特許分類】
C12N 15/10 20060101AFI20240814BHJP
C12N 15/113 20100101ALN20240814BHJP
【ＦＩ】
C12N15/10 Z ZNA
C12N15/113 Z
【請求項の数】
14
(21)【出願番号】P 2021502052
(86)(22)【出願日】2020-02-18
(86)【国際出願番号】 JP2020006366
(87)【国際公開番号】W WO2020171092
(87)【国際公開日】2020-08-27
【審査請求日】2023-01-26
(31)【優先権主張番号】P 2019026868
(32)【優先日】2019-02-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(31)【優先権主張番号】P 2019174557
(32)【優先日】2019-09-25
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(73)【特許権者】
【識別番号】000000066
【氏名又は名称】味の素株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】110002147
【氏名又は名称】弁理士法人酒井国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】高橋 大輔
(72)【発明者】
【氏名】萩原 佑介
(72)【発明者】
【氏名】梶本 祥平
(72)【発明者】
【氏名】小西 美和
【審査官】中野 あい
(56)【参考文献】
【文献】Bioconjugate Chem., 2014, Vol. 25, pp. 433-441，2014年，Vol. 25，pp. 433-441
【文献】Biochem. J.，2006年，Vol. 398，pp. 135-144
【文献】Mol. Cell，2004年，Vol. 16，pp. 211-221
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して該修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含み、
合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法：
（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；
（ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；
（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、
（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～１７塩基長の相補部分を含み、かつ
（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。
【請求項2】
（ｉｉ）における突出末端が、２～６塩基長である、請求項１記載の方法。
【請求項3】
（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の相補部分における突出末端以外の部分が、４～１６塩基長である、請求項１または２記載の方法。
【請求項4】
オリゴヌクレオチドリガーゼが、ＲＮＡリガーゼである、請求項１～３のいずれか一項記載の方法。
【請求項5】
オリゴヌクレオチドリガーゼが、二本鎖ＲＮＡリガーゼである、請求項４記載の方法。
【請求項6】
二本鎖ＲＮＡリガーゼが、Ｒｎｌ２ファミリーまたはＲｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼである、請求項５記載の方法。
【請求項7】
修飾オリゴヌクレオチドが、修飾型ヌクレオチド残基を含む、請求項１～６のいずれか一項記載の方法。
【請求項8】
修飾型ヌクレオチド残基が、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基、５’－または３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基、架橋型修飾型ヌクレオチド残基、キャリア付加修飾型ヌクレオチド残基、または糖骨格置換型ヌクレオチド残基である、請求項７記載の方法。
【請求項9】
修飾型ヌクレオチド残基が、ｉ）１’、２’、３’、もしくは４’部位が、Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル、－Ｏ－Ｃ６～１４アリール、－Ｃ－アリール、ハロゲン原子、－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン、または－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、－Ｏ－アミノプロピル、－Ｏ－ＡＰ）で置換された、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉ）水酸基が、保護基で置換されていてもよい、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、もしくは－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２で置換された、５’－もしくは３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉｉ）２’部位と４’部位が、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－エチレン－４’、２’－Ｏ－メチル置換メチレン－４’、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－Ｃ１～６アルキレン－４’（ここで、Ｒはメチル、水素原子またはベンジルを示す）、２’－Ｎ（Ｒ）－Ｃ（Ｏ）－４’、２’－ＮＨ－Ｃ１～６アルキレン－４’、もしくは、２’－Ｃ１～６アルキレン－４’に置換された、または、３’部位と５’部位が、３’－Ｃ１～６アルキレン－５’に置換された、架橋型修飾型ヌクレオチド残基；または
ｉｖ）ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）残基、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）残基、もしくはモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基
である、請求項８記載の方法。
【請求項10】
オリゴヌクレオチド原料断片より選ばれる任意の２本のオリゴヌクレオチド原料断片の全モル比が、０．５～２である、請求項１～９のいずれか一項記載の方法。
【請求項11】
オリゴヌクレオチド原料断片が、１０ｍＭ以下の一価カチオン塩濃度下で処理される、請求項１～１０のいずれか一項記載の方法。
【請求項12】
前記処理することの前に、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を６５℃以上の高温に置きその後クールダウンすることが行われない、請求項１～１１のいずれか一項記載の方法。
【請求項13】
前記修飾オリゴヌクレオチド以外の核酸夾雑物の生成が抑制される、請求項１～１２のいずれか一項記載の方法。
【請求項14】
前記修飾オリゴヌクレオチドを精製することをさらに含む、請求項１～１３のいずれか一項記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法に関する。
【背景技術】
【0002】
ｓｉＲＮＡ、アンチセンス等のオリゴヌクレオチドは、核酸医薬としての有用性が示され、近年、開発が活発化している。オリゴヌクレオチドは、主に合成法にて製造されており、例えば、ホスホロアミダイト法など固相合成にてヌクレオチド残基を１塩基ずつ順次直列的に伸長合成することにより製造することができる。しかしながら、この手法は、オリゴヌクレオチドの鎖長が長くなるにつれて産物の純度および収量が低下したり、製造効率が低いなどの課題を有している。そこで、オリゴヌクレオチドを各短鎖断片として合成し、それらを縮合して目的のオリゴヌクレオチドを得る並列的合成手法が求められている。
【0003】
特許文献１には、目的のオリゴヌクレオチドを分割した断片に相当する複数のオリゴヌクレオチド原料断片を、目的のオリゴヌクレオチドに相補的な鋳型オリゴヌクレオチドとアニールさせ、アニールしたオリゴヌクレオチド原料断片同士を酵素的に縮合させ、得られた目的のオリゴヌクレオチド鎖を鋳型オリゴヌクレオチドから分離することにより、一本鎖オリゴヌクレオチドを製造することが記載されている。
非特許文献１には、オリゴＤＮＡ断片とＰＥＧ化オリゴＤＮＡ断片を、付着性末端においてＤＮＡリガーゼで連結させることによる、オリゴＤＮＡのＰＥＧ化が記載されている。しかし、非特許文献１では天然型オリゴＤＮＡ断片でしか実施していないため、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチドを原料として用いた、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの酵素的縮合が可能であるかどうかは不明である。
非特許文献２および３には、１本のオリゴヌクレオチド鎖とこれに相補的な２本のオリゴヌクレオチド原料断片をアニールさせることにより形成されるニックを、リガーゼで連結させることが記載されている。
非特許文献４には、付着性末端を有する２４ｍｅｒ二本鎖オリゴＲＮＡをＲＮＡリガーゼで連結させて、４８ｍｅｒ以上の大きさを有する二本鎖ＲＮＡを形成させることが記載されている。しかしながら、非特許文献４では、基質は２４塩基長、生成物も４８塩基長といずれも長いことから、基質のアニーリング能が高い条件でしか実施していないため、アニーリング能が著しく低下することが示唆される短鎖かつ修飾型塩基の導入による酵素の連結活性の低下が予想されるオリゴヌクレオチド基質を用いた場合に２箇所以上の縮合点を有する酵素反応が進行するかは知られていなかった。
非特許文献５には、ｓｉＲＮＡを合成的に作成したことが記載されている。
非特許文献６には、ＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌがＲｎｌ５ファミリーに含まれることが記載されている。
非特許文献１には、オリゴＤＮＡ断片とＰＥＧ化オリゴＤＮＡ断片を、付着性末端においてＤＮＡリガーゼで連結させることによる、オリゴＤＮＡのＰＥＧ化が記載されている。しかし、非特許文献１では天然型オリゴＤＮＡ断片でしか実施していないため、アニーリング能の低下が示唆される短鎖かつ修飾型塩基を含むオリゴヌクレオチドを原料として用いた、相補部分を含むオリゴヌクレオチドの酵素的縮合が可能であるかどうかは不明である。
非特許文献２および３には、１本のオリゴヌクレオチド鎖とこれに相補的な２本のオリゴヌクレオチド原料断片をアニールさせることにより形成されるニックを、リガーゼで連結させることが記載されている。
非特許文献４には、付着性末端を有する２４ｍｅｒ二本鎖オリゴＲＮＡをＲＮＡリガーゼで連結させて、４８ｍｅｒ以上の大きさを有する二本鎖ＲＮＡを形成させることが記載されている。しかしながら、非特許文献４では、基質は２４塩基長、生成物も４８塩基長といずれも長いことから、基質のアニーリング能が高い条件でしか実施していないため、アニーリング能が著しく低下することが示唆される短鎖かつ修飾型塩基の導入による酵素の連結活性の低下が予想されるオリゴヌクレオチド基質を用いた場合に２箇所以上の縮合点を有する酵素反応が進行するかは知られていなかった。
非特許文献５には、ｓｉＲＮＡを合成的に作成したことが記載されている。
非特許文献６には、ＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌがＲｎｌ５ファミリーに含まれることが記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【文献】米国特許出願公開第２０１８／００２３１２２号明細書
【非特許文献】
【0005】
【文献】Ｓｏｓｉｃ Ａ， Ｐａｓｑｕａｌｉｎ Ｍ， Ｐａｓｕｔ Ｇ， Ｇａｔｔｏ Ｂ． ２０１４． Ｅｎｚｙｍａｔｉｃ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ＰＥＧｙｌａｔｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ． Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ Ｃｈｅｍ ２５：４３３－４４１．
【文献】Ｂｕｌｌａｒｄ， Ｄ． Ｒ．， ＆ Ｂｏｗａｔｅｒ， Ｒ． Ｐ． （２００６）． Ｄｉｒｅｃｔ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｎｉｃｋ－ｊｏｉｎｉｎｇ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｌｉｇａｓｅｓ ｆｒｏｍ ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｔ４． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｊ， ３９８， １３５－１４４．
【文献】Ｎａｎｄａｋｕｍａｒ， Ｊ．， ＆ Ｓｈｕｍａｎ， Ｓ． （２００４）． Ｈｏｗ ａｎ ＲＮＡ Ｌｉｇａｓｅ Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅｓ ＲＮＡ ｖｅｒｓｕｓ ＤＮＡ Ｄａｍａｇｅ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ， １６（２）， ２１１－２２１．
【文献】Ｎａｎｄａｋｕｍａｒ Ｊ， Ｈｏ ＣＫ， Ｌｉｍａ ＣＤ， Ｓｈｕｍａｎ Ｓ． ２００４． ＲＮＡ ｓｕｂｓｔｒａｔｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ－ｇｕｉｄｅｄ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉｏｐｈａｇｅ Ｔ４ ＲＮＡ ｌｉｇａｓｅ ２． Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７９：３１３３７－３１３４７．
【文献】Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ Ｋ． Ｎａｉｒ， ｅｔ ａｌ． （２０１４）， Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ Ｎ－Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ－Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ ｓｉＲＮＡ Ｌｏｃａｌｉｚｅｓ ｉｎ Ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅｓ ａｎｄ Ｅｌｉｃｉｔｓ Ｒｏｂｕｓｔ ＲＮＡｉ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ Ｇｅｎｅ Ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ． Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ．， １３６， １６９５８－１６９６１.
【文献】ＭＩＨＡＥＬＡ－ＣＡＲＭＥＮ ＵＮＣＩＵＬＥＡＣ ａｎｄ ＳＴＥＷＡＲＴ ＳＨＵＭＡＮ （２０１９），ＲＮＡ ２１：８２４－８３２
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
本発明の目的は、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド等の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの効率的な製造方法を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【0007】
本発明者らは、鋭意検討した結果、目的の相補部分を含むオリゴヌクレオチドの両相補部分を分割した断片に相当する４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼで処理することにより、二本鎖などの相補部分を含むオリゴヌクレオチドを直接構築することを見出し、固相合成などの直列合成法に比し高い製造効率、高い純度で製造できることなどを見出し、本発明を完成するに至った。
【0008】
従来、ｓｉＲＮＡなど、比較的短い二本鎖オリゴヌクレオチドは、化学合成が容易かつ簡便であったことから、化学合成により製造されていた。具体的には、構成する２本のオリゴヌクレオチド鎖をそれぞれ化学合成（例、固相合成）し、それらを精製後、両鎖をアニーリングさせることによって製造されていた。そのため、酵素的縮合を用いる方法はさほど報告されておらず、その中でも、４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片から酵素的合成する方法は、２８塩基長以上の比較的長鎖の二本鎖オリゴヌクレオチドを製造する方法しか報告されていなかった。短いオリゴヌクレオチドは、その製造に用いられるオリゴヌクレオチド原料断片の塩基長も自ずと短くなるが、短い塩基長のオリゴヌクレオチド原料断片は、アニーリング能も低下すると考えられる。構成するヌクレオチドが修飾されているとさらにアニーリング能が低下してしまうことも考えられた。したがって、リガーゼを用いる酵素的なオリゴヌクレオチド合成手法では、オリゴヌクレオチド原料断片のアニーリング能が重要と考えられていたことから、リガーゼを用いて４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片とした２８塩基長未満などのより短鎖のオリゴヌクレオチドを製造する方法は試みられていなかった。
しかし、本発明者らは、鋭意検討した結果、予想に反して、リガーゼおよび４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片を用いた場合、アニーリング能に影響されることなく、２８塩基長未満の二本鎖オリゴヌクレオチドを首尾よく製造できることを見出した。また、短鎖のオリゴヌクレオチドの場合、製造されるオリゴヌクレオチドの純度も向上することなどを見出し、本発明を完成するに至った。
しかし、本発明者らは、鋭意検討した結果、予想に反して、リガーゼおよび４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片を用いた場合、アニーリング能に影響されることなく、２８塩基長未満の二本鎖オリゴヌクレオチドを首尾よく製造できることを見出した。また、短鎖のオリゴヌクレオチドの場合、製造されるオリゴヌクレオチドの純度も向上することなどを見出し、本発明を完成するに至った。
【0009】
すなわち、本発明は、以下のとおりである。
〔１〕１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、
該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理することを含み、
該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法：
（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；
（ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；
（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、
（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～２５塩基長の相補部分を含み、かつ
（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。
〔２〕（ｉｉ）における突出末端が、２～６塩基長である、〔１〕の方法。
〔３〕（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の相補部分における突出末端以外の部分が、４～１６塩基長である、〔１〕または〔２〕の方法。
〔４〕オリゴヌクレオチドリガーゼが、ＲＮＡリガーゼである、〔１〕～〔３〕のいずれかの方法。
〔５〕オリゴヌクレオチドリガーゼが、二本鎖ＲＮＡリガーゼである、〔４〕の方法。
〔６〕二本鎖ＲＮＡリガーゼが、Ｒｎｌ２ファミリーまたはＲｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼである、〔５〕の方法。
〔７〕修飾オリゴヌクレオチドが、修飾型ヌクレオチド残基を含む、〔１〕～〔６〕のいずれかの方法。
〔８〕修飾型ヌクレオチド残基が、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基、５’－または３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基、架橋型修飾型ヌクレオチド残基、キャリア付加修飾型ヌクレオチド残基、または糖骨格置換型ヌクレオチド残基である、〔７〕の方法。
〔９〕修飾型ヌクレオチド残基が、
ｉ）１’、２’、３’、もしくは４’部位が、Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル、－Ｏ－Ｃ６～１４アリール、－Ｃ－アリール、ハロゲン原子、－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン、または－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、－Ｏ－アミノプロピル、－Ｏ－ＡＰ）で置換された、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉ）水酸基が、保護基で置換されていてもよい、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、もしくは－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２で置換された、５’－もしくは３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉｉ）２’部位と４’部位が、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－エチレン－４’、２’－Ｏ－メチル置換メチレン－４’、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－Ｃ１～６アルキレン－４’（ここで、Ｒはメチル、水素原子またはベンジルを示す）、２’－Ｎ（Ｒ）－Ｃ（Ｏ）－４’、２’－ＮＨ－Ｃ１～６アルキレン－４’、もしくは、２’－Ｃ１～６アルキレン－４’に置換された、または、３’部位と５’部位が、３’－Ｃ１～６アルキレン－５’に置換された、架橋型修飾型ヌクレオチド残基；または
ｉｖ）ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）残基、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）残基、もしくはモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基
である、〔８〕の方法。
〔１０〕合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片より選ばれる任意の２本のオリゴヌクレオチド原料断片の全モル比が、０．５～２である、〔１〕～〔９〕のいずれかの方法。
〔１１〕オリゴヌクレオチド原料断片が、１０ｍＭ以下の一価カチオン塩濃度下で処理される、〔１〕～〔１０〕のいずれかの方法。
〔１２〕前記処理することの前に、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を高温に置きその後クールダウンすることが行われない、〔１〕～〔１１〕のいずれかの方法。
〔１３〕前記修飾オリゴヌクレオチドの不純物の生成が抑制される、〔１〕～〔１２〕のいずれかの方法。
〔１４〕前記修飾オリゴヌクレオチドを精製することをさらに含む、〔１〕～〔１３〕のいずれかの方法。
〔１〕１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドの製造方法であって、
該方法は、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理することを含み、
該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、該修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当する、方法：
（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；
（ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；
（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、
（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～２５塩基長の相補部分を含み、かつ
（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。
〔２〕（ｉｉ）における突出末端が、２～６塩基長である、〔１〕の方法。
〔３〕（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の相補部分における突出末端以外の部分が、４～１６塩基長である、〔１〕または〔２〕の方法。
〔４〕オリゴヌクレオチドリガーゼが、ＲＮＡリガーゼである、〔１〕～〔３〕のいずれかの方法。
〔５〕オリゴヌクレオチドリガーゼが、二本鎖ＲＮＡリガーゼである、〔４〕の方法。
〔６〕二本鎖ＲＮＡリガーゼが、Ｒｎｌ２ファミリーまたはＲｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼである、〔５〕の方法。
〔７〕修飾オリゴヌクレオチドが、修飾型ヌクレオチド残基を含む、〔１〕～〔６〕のいずれかの方法。
〔８〕修飾型ヌクレオチド残基が、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基、５’－または３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基、架橋型修飾型ヌクレオチド残基、キャリア付加修飾型ヌクレオチド残基、または糖骨格置換型ヌクレオチド残基である、〔７〕の方法。
〔９〕修飾型ヌクレオチド残基が、
ｉ）１’、２’、３’、もしくは４’部位が、Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル、－Ｏ－Ｃ６～１４アリール、－Ｃ－アリール、ハロゲン原子、－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン、または－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、－Ｏ－アミノプロピル、－Ｏ－ＡＰ）で置換された、１’、２’、３’、もしくは４’化学修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉ）水酸基が、保護基で置換されていてもよい、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、もしくは－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２で置換された、５’－もしくは３’－リン酸基修飾型ヌクレオチド残基；
ｉｉｉ）２’部位と４’部位が、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－エチレン－４’、２’－Ｏ－メチル置換メチレン－４’、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’、２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－Ｃ１～６アルキレン－４’（ここで、Ｒはメチル、水素原子またはベンジルを示す）、２’－Ｎ（Ｒ）－Ｃ（Ｏ）－４’、２’－ＮＨ－Ｃ１～６アルキレン－４’、もしくは、２’－Ｃ１～６アルキレン－４’に置換された、または、３’部位と５’部位が、３’－Ｃ１～６アルキレン－５’に置換された、架橋型修飾型ヌクレオチド残基；または
ｉｖ）ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）残基、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）残基、もしくはモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基
である、〔８〕の方法。
〔１０〕合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片より選ばれる任意の２本のオリゴヌクレオチド原料断片の全モル比が、０．５～２である、〔１〕～〔９〕のいずれかの方法。
〔１１〕オリゴヌクレオチド原料断片が、１０ｍＭ以下の一価カチオン塩濃度下で処理される、〔１〕～〔１０〕のいずれかの方法。
〔１２〕前記処理することの前に、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を高温に置きその後クールダウンすることが行われない、〔１〕～〔１１〕のいずれかの方法。
〔１３〕前記修飾オリゴヌクレオチドの不純物の生成が抑制される、〔１〕～〔１２〕のいずれかの方法。
〔１４〕前記修飾オリゴヌクレオチドを精製することをさらに含む、〔１〕～〔１３〕のいずれかの方法。
【発明の効果】
【0010】
本発明の方法によれば、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド等の修飾オリゴヌクレオチドを効率的に高純度で製造することができる。
【図面の簡単な説明】
【0011】
【図2-1】図２－１～図２－６は、実施例１において、同じｓｉＲＮＡを生成するための６パターン（組合せ番号１～６）の４断片の短鎖天然型ＲＮＡの組合せをＴ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応させた場合のＴ４ ＲＮＡリガーゼ２濃度に応じたｓｉＲＮＡの生成量を示すグラフである。
【図5】図５は、実施例５における、酵素なし、およびＤｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ由来ＲＮＡリガーゼ（ＤｒａＲｎｌ）存在下での反応生成物、ならびに、ＲＮＡ標品（センス鎖およびアンチセンス鎖）のＨＰＬＣによる分析チャートを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0012】
（本発明の概要）
以下、本発明を説明する。本発明の説明を容易にするため、本発明の機構の一例を図１の模式図に示す。ただし、この模式図は、本発明を説明するための例示にすぎず、本発明を限定するものではない。
以下、本発明を説明する。本発明の説明を容易にするため、本発明の機構の一例を図１の模式図に示す。ただし、この模式図は、本発明を説明するための例示にすぎず、本発明を限定するものではない。
【0013】
本発明は、１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチド（以下、「目的の修飾オリゴヌクレオチド」等と呼ぶこともある）の製造方法を提供する。本発明の方法は、原料である合計４以上のオリゴヌクレオチド原料断片を、オリゴヌクレオチドリガーゼの存在下で処理して、目的の修飾オリゴヌクレオチドを生成することを含む。以下、本発明の方法で製造される目的の修飾オリゴヌクレオチド、本発明の方法に用いるオリゴヌクレオチド原料断片およびオリゴヌクレオチドリガーゼ、ならびに、本発明の方法を行なうための処理の各条件等の詳細を説明する。
【0014】
（目的の修飾オリゴヌクレオチド）
本発明の方法で製造される目的の修飾オリゴヌクレオチドは、１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドである。
本発明の方法で製造される目的の修飾オリゴヌクレオチドは、１１～２７塩基長の相補部分を含む修飾オリゴヌクレオチドである。
【0015】
「オリゴヌクレオチド」とは、ヌクレオチド残基をモノマー単位として含むオリゴマーをいう。「オリゴヌクレオチド」としては、例えば、オリゴＲＮＡ、オリゴＤＮＡ、およびＲＮＡ－ＤＮＡ混成オリゴヌクレオチドが挙げられる。
【0016】
オリゴヌクレオチドは、「天然型オリゴヌクレオチド」および「修飾オリゴヌクレオチド」に分類することができる。「天然型オリゴヌクレオチド」とは、細胞に含まれるポリヌクレオチド（ＲＮＡおよびＤＮＡ）を構成するヌクレオチド残基（アデノシン（Ａ）、グアノシン（Ｇ）、シチジン（Ｃ）、ウリジン（Ｕ）、デオキシアデノシン（ｄＡ）、デオキシグアノシン（ｄＧ）、デオキシシチジン（ｄＣ）、チミジン（ｄＴ）。以下、「天然型ヌクレオチド残基」と呼ぶ。）から構成されるオリゴヌクレオチドをいう。「修飾オリゴヌクレオチド」とは、「天然型オリゴヌクレオチド」以外のオリゴヌクレオチドをいい、天然型ヌクレオチド残基以外の構成要素（以下、「修飾残基」と呼ぶ。）を含むオリゴヌクレオチドである。修飾残基としては、例えば、修飾型ヌクレオチド残基、アミノ酸残基、リンカーが挙げられる。修飾型ヌクレオチド残基としては、例えば、後述する修飾を含むヌクレオチド残基が挙げられる。アミノ酸には、アミノ酸の誘導体を含む。アミノ酸としては、例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、セリン、スレオニン、アスパラギン、グルタミン、チロシン、システイン、アスパラギン酸、グルタミン酸、ヒスチジン、リジン、アルギニン、およびこれらの誘導体が挙げられる。アミノ酸の誘導体とは、アミノ酸中の任意の原子または基が、別の原子または基で置換されたアミノ酸をいい、例えば、アミノ基中の水素原子、カルボキシル基中の水素原子、酸素原子、水酸基、側鎖中の任意の原子もしくは基、または骨格炭素原子（例、α－、β－、γ－、δ－炭素原子）に結合した水素原子が、別の原子（例、フッ素原子、塩素原子、臭素原子、ヨウ素原子等のハロゲン原子）または基（例、後述する化学修飾における置換後の置換基）で置換されたアミノ酸が挙げられる。
【0017】
「修飾型ヌクレオチド残基」における「修飾」には、ヌクレオチド残基の糖部分（リボースまたはデオキシリボース）の置換基の置換、ヌクレオチド残基の糖部分自体（糖骨格）の置換、およびヌクレオチド残基の核酸塩基部分の修飾（例、核酸塩基部分の置換基の置換）が含まれる。
【0018】
「ヌクレオチド残基の糖部分の置換基の置換」としては、例えば、１’－Ｈ、２’－ＯＨ（リボースのみ）、２’－Ｈ、３’－ＯＨ、３’－ＮＨ２、３’－Ｈ、３’－リン酸基、４’－Ｈ、５’－リン酸基、またはこれらの組合せの置換が挙げられる。ここで、「リン酸基」は、－Ｏ－Ｐ(Ｏ）（ＯＨ)２だけでなく、酸素原子が硫黄原子またはΝＨに置き換わった基（例えば、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２）も包含する。また、リン酸基中の水酸基（－ＯＨ)がＯＲ＊(式中、Ｒ＊は、リン酸基の保護基などの有機基を示す）に置き換わった基（例えば、保護されたリン酸基）も、上記「リン酸基」に包含される。このような置換としては、例えば、１’、２’、３’、もしくは４’－化学修飾（１’、２’、３’、または４’部位における他の置換基への置換）、５’－または３’－リン酸基修飾（５’－または３’－リン酸基の他の置換基への置換）、架橋型修飾（１’、２’、３’、または４’部位の２つ同士を架橋する置換）、およびキャリア付加修飾（１’、２’、３’、４’、または５’部位におけるキャリアへの置換）が挙げられる。
【0019】
化学修飾は、例えば、オリゴヌクレオチドの分解耐性を向上させるために導入されてもよい。化学修飾における置換後の置換基としては、例えば、Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン（例、メトキシエチル：ＭＯＥ）、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル（例、－Ｏ－Ｍｅ）、－Ｏ－Ｃ６～１４アリール（例、－Ｏ－フェニル）、－Ｃ－アリール（例、－Ｃ－フェニル）、ハロゲン原子（例、フッ素原子）、－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン（例、－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド、－Ｏ－ＮＭＡ）、－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン（例、－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル、－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、および－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、－Ｏ－アミノプロピル、－Ｏ－ＡＰ）が挙げられる。化学修飾は、２’－化学修飾（２’部位の置換）、３’－化学修飾（３’部位の置換）が好ましく、中でも、２’－化学修飾（２’部位の置換）がより好ましい。２’－化学修飾における置換後の置換基としては、例えば、２’－Ｃ１～６アルキルオキシＣ１～６アルキレン（例、２’－メトキシエチル）、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキル（例、２’－Ｏ－Ｍｅ）、２’－Ｏ－Ｃ６～１４アリール（例、２’－Ｏ－フェニル）、２’－Ｃ－アリール（例、２’－Ｃ－フェニル）、２’－ハロゲン原子（例、２’－Ｆ）、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキルＮ－アミドＣ１～６アルキレン（例、２’－Ｏ－Ｎ－メチルアセトアミド、２’－Ｏ－ＮＭＡ）、２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキル－（Ｃ１～６アルキル－）アミノ－Ｃ１～６アルキレン（例、２’－Ｏ－ジメチルアミノエトキシエチル、２’－Ｏ－ＤＭＡＥＯＥ）、および２’－Ｏ－アミノＣ１～６アルキル（例、２’－Ｏ－アミノプロピル、２’－Ｏ－ＡＰ）が挙げられる。３’－化学修飾における置換後の置換基としては、例えば、３’－Ｏ－Ｐ(Ｏ）（ＯＨ)２、３’－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２、３’－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、３’－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２）、および、リン酸基中の水酸基（－ＯＨ)がＯＲ＊(式中、Ｒ＊は、後述するリン酸基の保護基などの有機基を示す）に置き換わった基が挙げられる。
【0020】
５’－または３’－リン酸基修飾は、例えば、オリゴヌクレオチドの分解耐性を向上させるために導入されてもよい。５’－または３’－リン酸基修飾としては、例えば、リン酸基（－Ｏ－Ｐ(Ｏ）（ＯＨ)２）から、リン酸基において酸素原子が硫黄原子またはΝＨに置き換わった基への置換が挙げられる。このような基としては、例えば、－Ｏ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２（チオリン酸基：ホスホロチオエート型修飾）、－ＮＨ－Ρ（Ｏ）（ＯＨ）２、－ＮＨ－Ρ（Ｓ）（ＯＨ）２が挙げられる。また、５’－または３’－リン酸基修飾には、リン酸基中の水酸基（－ＯＨ）がＯＲ＊(式中、Ｒ＊は、リン酸基の保護基などの有機基、を示す）に置き換わった基（例えば、保護されたリン酸基）も含まれる。リン酸基の保護基としては、例えば、トリチル（Ｔｒ）基、ｐ－メトキシフェニルジフェニルメチル（ＭＭＴｒ）基、ジ（ｐ－メトキシフェニル）フェニルメチル（ＤＭＴｒ）基、シアノエチル基（ＣＮ－Ｃ２Ｈ４－）が挙げられる。
【0021】
架橋型修飾は、例えば、ヌクレオチド残基の立体構造安定性を向上させるために導入されてもよい。架橋型修飾としては、例えば、２’４’－架橋型修飾（２’－ＯＨと４’－Ｈを架橋する置換）、３’５’－架橋型修飾（３’－Ｈと５’－Ｈを架橋する置換）等が挙げられる。２’４’－架橋型修飾としては、例えば、２’－ＯＨと４’－Ｈの２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’への置換（例、２’－Ｏ－メチレン－４’（ロック核酸：ＬＮＡ）、２’－Ｏ－エチレン－４’（エチレン架橋核酸：ＥＮＡ）、２’－Ｏ－メチル置換メチレン－４’への置換（コンストレインドエチル架橋化核酸：ＢＮＡの一種（ｃＥｔ－ＢＮＡ））、２’－ＯＨと４’－Ｈの２’－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－Ｏ－Ｃ１～６アルキレン－４’への置換（例、２’－Ｏ－メチレン－Ｏ－メチレン－４’（架橋化核酸：ＢＮＡの一種（ＢＮＡＣＯＣ））、２’－ＯＨと４’－Ｈの２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－Ｃ１～６アルキレン－４’への置換（例、２’－Ｏ－Ｎ（Ｒ）－メチレン－４’（架橋化核酸：ＢＮＡの一種（ＢＮＡＮＣ）、ここで、Ｒはメチル、水素原子またはベンジルを示す）、２’－ＮＨ２と４’－Ｈの２’－Ｎ（Ｒ）－Ｃ（Ｏ）－４’への置換（例、２’－Ｎ（メチル）－Ｃ（Ｏ）－４’（アミド架橋核酸：ＡｍＮＡ））、２’－ＮＨ２と４’－Ｈの２’－ＮＨ－Ｃ１～６アルキレン－４’への置換（例、２’－ＮＨ－メチレン－４’）、２’－Ｈと４’－Ｈの２’－Ｃ１～６アルキレン－４’への置換（例、２’－メチル置換エチレン－４’）が挙げられる。また、３’５’－架橋型修飾としては、例えば、３’－Ｈと５’－Ｈの３’ －Ｃ１～６アルキレン－５’への置換（例、３’－エチレン－５’（ビシクロ核酸：Ｂｃ核酸）、Ｂｃ核酸の一種：ｔｃ核酸等））が挙げられる。
【0022】
キャリア付加修飾におけるキャリアは、目的の修飾オリゴヌクレオチドに安定性、標的指向性、薬効等の性能を向上または付与するためのキャリアであってもよい。このようなキャリアは、使用目的に応じて、公知のキャリアから適宜選択することができる。キャリアとしては、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、ペプチド、リン酸、コレステロール、トコフェロール、脂肪鎖、葉酸が挙げられる。キャリア付加修飾における付加部位は、目的の修飾オリゴヌクレオチドの末端に相当する３’または５’部位が好ましい。
【0023】
「ヌクレオチド残基の糖部分自体の置換」を含む修飾型ヌクレオチド残基（糖骨格置換型ヌクレオチド残基）としては、例えば、ヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、シクロヘキセニル核酸（ＣｅＮＡ）等のオリゴヌクレオチド中の５員環の糖から６員環の擬似糖への置換を含むヌクレオチド残基が挙げられる。また、「ヌクレオチド残基の糖部分自体の置換」を含む修飾型ヌクレオチド残基としてはさらに、生体内の酵素（例、ＲＮａｓｅ等のヌクレアーゼ）により分解を受けずかつ免疫応答を誘導しないモルフォリノ環構造を持つヌクレオチド類似人工化合物であるモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基も挙げられる。
【0024】
「ヌクレオチド残基の核酸塩基部分の修飾」としては、例えば、ヌクレオチド残基の核酸塩基部分がアルキル置換したもの（例えば、シトシル基の５位にメチル基が置換したもの）が挙げられる。
【0025】
「相補部分を含むオリゴヌクレオチド」とは、相補的ヌクレオチド配列同士が対合した構造を含むオリゴヌクレオチドをいう。「相補部分を含むオリゴヌクレオチド」としては、例えば、二本鎖オリゴヌクレオチド、二本鎖様構造含有一本鎖オリゴヌクレオチド（例、ヘアピン型オリゴヌクレオチド、ダンベル型オリゴヌクレオチド等のループ型オリゴヌクレオチド）が挙げられる。二本鎖オリゴヌクレオチドは、各鎖が上述したオリゴヌクレオチドである二本鎖オリゴヌクレオチドであってもよく、例えば、二本鎖オリゴＲＮＡ、二本鎖オリゴＤＮＡ、オリゴＲＮＡおよびオリゴＤＮＡからなるヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド、オリゴＲＮＡおよびＲＮＡ－ＤＮＡ混成オリゴヌクレオチドからなる二本鎖オリゴヌクレオチド、オリゴＤＮＡおよびＲＮＡ－ＤＮＡ混成オリゴヌクレオチドからなる二本鎖オリゴヌクレオチド、およびＲＮＡ－ＤＮＡ混成オリゴヌクレオチド同士からなる二本鎖オリゴヌクレオチドが挙げられる。二本鎖オリゴヌクレオチドとしては、例えば、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチドが挙げられる。相補部分を含むオリゴヌクレオチドにおいて、相補的ヌクレオチド配列同士が対合した部分を「相補部分」と呼ぶ。用語「相補部分」とは、相補部分を含むオリゴヌクレオチド中の相補部分のみならず、相補部分を含むオリゴヌクレオチドをオリゴヌクレオチド原料断片に分けた場合における、相補部分を含むオリゴヌクレオチド中の相補部分に相当するオリゴヌクレオチド原料断片中の部分も指す。便宜上、相補部分における任意の片方の相補的ヌクレオチド配列を「センス鎖」と呼び、他方の相補的ヌクレオチド配列を「アンチセンス鎖」と呼ぶことがある。本発明において、用語「センス」および「アンチセンス」は、相補部分の任意の一方および他方を指す便宜上の呼称にすぎず、生物学的意義（特に、ＲＮＡｉにおける意義）を意図するものではない。相補部分を含むオリゴヌクレオチドは、ループ部分を含んでも含まなくてもよい。「ループ部分」とは、相補部分のセンス側とアンチセンス側とを同一末端側で（例えば、５’末端と３’末端とを）連結するリンカーをいう。相補部分を含むオリゴヌクレオチドは、特に、転写後遺伝子サイレンシング（例、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ））作用のために用いられる。
【0026】
目的の修飾オリゴヌクレオチドは、上述した修飾残基を相補部分に含む。目的の修飾オリゴヌクレオチドとしては、例えば、修飾型ヌクレオチド残基を含む二本鎖オリゴヌクレオチドまたはループ型オリゴヌクレオチド（例、相補部分に修飾型ヌクレオチド残基を含む二本鎖オリゴヌクレオチドまたはループ型オリゴヌクレオチド）、ループ部分に修飾型ヌクレオチド残基またはヌクレオチド残基以外の残基（例、アミノ酸残基やリンカー等）を含むループ型オリゴヌクレオチドが挙げられる（例、国際公開第２０１２／００５３６８号）。目的の修飾オリゴヌクレオチドにおいて、一部のヌクレオチド残基が修飾型ヌクレオチド残基であってもよく、全てのヌクレオチド残基が修飾型ヌクレオチド残基であってもよいが、「修飾型ヌクレオチド残基」がモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基の場合には、目的の修飾オリゴヌクレオチドにおいて、一部のヌクレオチド残基がモルフォリノ核酸（ＰＭＯ）残基であるのが好ましい。また、目的の修飾オリゴヌクレオチドには、その配列の両端に修飾型ヌクレオチド残基を有し、その配列の中央部にＲＮａｓｅの認識を受けるギャップ領域を有するオリゴヌクレオチドであるギャップマーが含まれ、さらに、その配列中に修飾型ヌクレオチド残基が混在しているオリゴヌクレオチドであるミックスマー、その配列中の全てのヌクレオチド残基が修飾型ヌクレオチド残基であるオリゴヌクレオチドである全修飾型オリゴヌクレオチド等のＲＮａｓｅ活性を誘導しないオリゴヌクレオチドも含まれる。
【0027】
本発明では、目的の修飾オリゴヌクレオチド中の相補部分は、１１～２７塩基長（例、１２～２７塩基長、１５～２７塩基長、または１８～２７塩基長）である。例えば、目的の修飾オリゴヌクレオチドは、相補部分のみからなる二本鎖修飾オリゴヌクレオチドである場合、１１～２７塩基長であってもよい。あるいは、目的の修飾オリゴヌクレオチドは、相補部分に加えて非相補部分を有していてもよい。この場合、非相補部分は、１～１６塩基長、例えば１～１０塩基長、好ましくは１～５塩基長、より好ましくは１、２または３塩基長であってもよい。１１～２７塩基長の相補部分に加えて非相補部分を有する目的の修飾オリゴヌクレオチドにおいて、１１～２７塩基長の相補部分は、連続形態であってもよいが、非相補部分としてのミスマッチ塩基対により分断された非連続形態であってもよい。
【0028】
目的の修飾オリゴヌクレオチドの合計残基数は、目的の修飾オリゴヌクレオチドの機能、本発明の方法における各条件から適宜選択してもよい。目的の修飾オリゴヌクレオチドの合計残基数は、例えば、２４～７４であってもよい。
【0029】
（オリゴヌクレオチド原料断片）
本発明の方法で原料として用いられる合計４以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、目的の修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部（「切断部位」とも呼ぶ）で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当するように設計することができる：
（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；
（ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端（「付着性末端」とも呼ぶ）が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；
（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、
（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～２５塩基長の相補部分を含み、かつ
（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。
本発明の方法で原料として用いられる合計４以上のオリゴヌクレオチド原料断片は、目的の修飾オリゴヌクレオチドを、下記条件（ｉ）～（ｖ）を満たす断片連結部（「切断部位」とも呼ぶ）で分けた場合に得られるオリゴヌクレオチド原料断片に相当するように設計することができる：
（ｉ）断片連結部は、相補部分の各鎖側中のそれぞれに１以上存在し、かつ断片連結部は、該修飾オリゴヌクレオチド中に合計２つ以上存在し；
（ｉｉ）該修飾オリゴヌクレオチドを断片連結部で分けた場合に、突出末端（「付着性末端」とも呼ぶ）が相補部分中に形成され、かつ該突出末端が１～１０塩基長であり；
（ｉｉｉ）少なくとも１本のオリゴヌクレオチド原料断片が、修飾ヌクレオチドを含み、
（ｉｖ）該合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片が、５～２５塩基長の相補部分を含み、かつ
（ｖ）オリゴヌクレオチド原料断片の相補部分の各鎖側に相当する塩基長の合計が、いずれも１１～２７塩基長である。
【0030】
オリゴヌクレオチド原料断片の数は、４本以上であり、４～６本（４、５、６本）が好ましい。オリゴヌクレオチド原料断片の数は、目的の修飾オリゴヌクレオチド（主に２本鎖核酸）を構成するセンス鎖及びアンチセンス鎖に主に対応する数の観点から特徴付けることもできる。上記条件（ｉ）より、このようなセンス鎖及びアンチセンス鎖に主に対応するオリゴヌクレオチド原料断片の数は、それぞれ、２本以上であることが理解される。このようなセンス鎖及びアンチセンス鎖に対応するオリゴヌクレオチド原料断片の数は、それぞれ、３断片または４断片であってもよく、２断片又は３断片が好ましい。上記条件（ｉｉ）における突出末端は、５’突出末端または３’突出末端のいずれであってもよい。上記条件（ｉｖ）における「相補部分」とは、目的の修飾オリゴヌクレオチド中の相補部分に相当するオリゴヌクレオチド原料断片中の部分を指す。本発明において、用語「断片連結部」と「切断部位」は同じ意味を有する。「断片連結部」（「切断部位」）は、オリゴヌクレオチド原料断片の組合せを設計するために便宜上設定される部位を意味し、本発明の方法において実際に切断される部位を意味しない。上記（ｉｖ）における４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、好ましくは５～２５塩基長、より好ましくは５～２０塩基長、さらにより好ましくは５～１７塩基長の相補部分を目的の修飾オリゴヌクレオチドが含むように設計されたものであってもよい。
【0031】
上記条件（ｉｖ）における「相補部分」の塩基長は、対合を形成することができる塩基長であればよく、１塩基長以上であればよい。また、オリゴヌクレオチド合成において塩基長が長くなるにつれて産物の純度、収量、製造効率が低下し得るため、全オリゴヌクレオチド原料断片のうち４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、相補部分が１７塩基長以下となるように設計されるのが好ましい。相補部分を構成する２本の鎖が、５～２５塩基長（例、５～２２塩基長、５～２０塩基長、５～１７塩基長、８～２５塩基長、８～２２塩基長、８～２０塩基長、８～１７塩基長）であることが好ましい。
【0032】
突出末端は、例えば１～１０塩基長であり、好ましくは１～８塩基長であり、より好ましくは１～６塩基長であり、さらにより好ましくは２～６塩基長、３～６塩基長または４～６塩基長である。
【0033】
上記条件（ｉｖ）における「相補部分」の塩基長の数値と、突出末端の塩基長の数値は、上述した範囲を満たしかつ互いに整合する値が設定される。例えば、突出末端が５塩基長である場合、相補部分は、突出末端を形成するために６～２５塩基長であってもよく、例えば、突出末端が６塩基長である場合、相補部分は、突出末端を形成するために７～２５塩基長であってもよい。
【0034】
上記条件（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片の「相補部分」における突出末端以外の部分は、４～２４塩基長、４～２１塩基長、４～１９塩基長、または４～１６塩基長であることが好ましい。
【0035】
特定の実施形態では、上記条件（ｉｖ）で規定される４本のオリゴヌクレオチド原料断片は、それぞれ、５塩基長以上、好ましくは６塩基長以上、より好ましくは７塩基長以上、さらにより好ましくは８塩基長以上、特に好ましくは９塩基長以上であってもよい。このような４本のオリゴヌクレオチド原料断片はまた、１９塩基長以下、好ましくは１８塩基長以下、より好ましくは１７塩基長以下、さらにより好ましくは１６塩基長以下、特に好ましくは１５塩基長以下であってもよい。このような４本のオリゴヌクレオチド原料断片はまた、５～１９塩基長、好ましくは６～１８塩基長、より好ましくは７～１７塩基長、さらにより好ましくは８～１６塩基長、特に好ましくは９～１５塩基長であってもよい。
【0036】
目的の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に相当するオリゴヌクレオチド原料断片の５’末端は、５’－リン酸基のままであってもよく、５’－ＯＨに置換されていてもよく、５’－リン酸基修飾が導入されていてもよく、あるいは目的の修飾オリゴヌクレオチドの５’末端と同じ構造を有していてもよい。５’－リン酸基修飾としては、例えば上述のものが挙げられる。それ以外のオリゴヌクレオチド原料断片の５’末端は、オリゴヌクレオチドリガーゼによる連結反応の観点から、５’－リン酸基のままであることが好ましい。目的の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端に相当するオリゴヌクレオチド原料断片の３’末端は、３’－ＯＨのままであってもよく、３’－リン酸基修飾が導入されていてもよく、あるいは目的の修飾オリゴヌクレオチドの３’末端と同じ構造を有していてもよい。３’－リン酸基修飾としては、例えば上述のものが挙げられる。それ以外のオリゴヌクレオチド原料断片の３’末端は、オリゴヌクレオチドリガーゼによる連結反応の観点から、３’－ＯＨのままであることが好ましい。
【0037】
オリゴヌクレオチド原料断片は、遊離の形態であっても、複合体化されていても、固定化されていてもよい。
【0038】
オリゴヌクレオチド原料断片は、公知の化学合成法または酵素的合成法で製造されてもよい。公知の化学合成法としては、固相合成法や液相合成法、例えば、国際公開第２０１２／１５７７２３号、国際公開第２００５／０７０８５９号に記載の方法などが挙げられる。
【0039】
目的の修飾オリゴヌクレオチドへの機能性部分の付加が所望される場合、オリゴヌクレオチド原料断片は、その対応部分において機能性部分が付加されていてもよい。
【0040】
（リガーゼ処理）
オリゴヌクレオチドリガーゼは、オリゴヌクレオチド原料断片同士を連結させる酵素である。本発明の方法において、オリゴヌクレオチドリガーゼの触媒作用により、オリゴヌクレオチド原料断片同士が「切断部位」（「連結部位」とも呼ぶ）において連結されて、目的の修飾オリゴヌクレオチドが生成される。オリゴヌクレオチドリガーゼとしては、例えば、ＲＮＡリガーゼおよびＤＮＡリガーゼが挙げられる。ＲＮＡリガーゼは、一本鎖ＲＮＡリガーゼまたは二本鎖ＲＮＡリガーゼのいずれであってもよく、二本鎖ＲＮＡリガーゼが好ましい。二本鎖ＲＮＡリガーゼとしては、例えばＲｎｌ２ファミリーのＲＮＡリガーゼ（「ＲＮＡリガーゼ２」と呼ぶこともある）、Ｒｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼが挙げられる。ＲＮＡリガーゼとしては、本発明の目的を達成する限りにおいて如何なる生物種またはウイルス種に由来するＲＮＡリガーゼを用いてもよく、例えば、Ｔ４ファージ由来ＲＮＡリガーゼ（Ｔ４ＲＮＡリガーゼ１、Ｔ４ＲＮＡリガーゼ２）を用いてもよい。ＤＮＡリガーゼとしては、本発明の目的を達成する限りにおいて如何なる生物種またはウイルス種に由来するＤＮＡリガーゼを用いてもよく、例えば、Ｔ４ファージ由来ＤＮＡリガーゼを用いてもよい。
オリゴヌクレオチドリガーゼは、オリゴヌクレオチド原料断片同士を連結させる酵素である。本発明の方法において、オリゴヌクレオチドリガーゼの触媒作用により、オリゴヌクレオチド原料断片同士が「切断部位」（「連結部位」とも呼ぶ）において連結されて、目的の修飾オリゴヌクレオチドが生成される。オリゴヌクレオチドリガーゼとしては、例えば、ＲＮＡリガーゼおよびＤＮＡリガーゼが挙げられる。ＲＮＡリガーゼは、一本鎖ＲＮＡリガーゼまたは二本鎖ＲＮＡリガーゼのいずれであってもよく、二本鎖ＲＮＡリガーゼが好ましい。二本鎖ＲＮＡリガーゼとしては、例えばＲｎｌ２ファミリーのＲＮＡリガーゼ（「ＲＮＡリガーゼ２」と呼ぶこともある）、Ｒｎｌ５ファミリーのＲＮＡリガーゼが挙げられる。ＲＮＡリガーゼとしては、本発明の目的を達成する限りにおいて如何なる生物種またはウイルス種に由来するＲＮＡリガーゼを用いてもよく、例えば、Ｔ４ファージ由来ＲＮＡリガーゼ（Ｔ４ＲＮＡリガーゼ１、Ｔ４ＲＮＡリガーゼ２）を用いてもよい。ＤＮＡリガーゼとしては、本発明の目的を達成する限りにおいて如何なる生物種またはウイルス種に由来するＤＮＡリガーゼを用いてもよく、例えば、Ｔ４ファージ由来ＤＮＡリガーゼを用いてもよい。
【0041】
オリゴヌクレオチドリガーゼの存在下での処理（以下、「リガーゼ処理」と呼ぶ）は、オリゴヌクレオチドリガーゼの触媒作用によりオリゴヌクレオチド原料断片を連結させる反応である。リガーゼ処理の操作は、オリゴヌクレオチド原料断片とオリゴヌクレオチドリガーゼを混合することである。リガーゼ処理においては、全てのオリゴヌクレオチド原料断片とオリゴヌクレオチドリガーゼを混合して、連結反応を一段階で行なってもよい。また、リガーゼ処理においては、多段階連結反応として、一部のオリゴヌクレオチド原料断片とオリゴヌクレオチドリガーゼを混合して連結反応を行なった後で残りのオリゴヌクレオチド原料断片と反応物を混合して次なる連結反応を行なってもよい。混合は、オリゴヌクレオチドリガーゼをオリゴヌクレオチド原料断片に添加すること、オリゴヌクレオチド原料断片をオリゴヌクレオチドリガーゼを含む系に添加すること、またはオリゴヌクレオチド原料断片およびオリゴヌクレオチドリガーゼを反応のための系に添加することであってもよい。
【0042】
リガーゼ処理を行う系としては、水溶液を用いることができる。水溶液としては、緩衝液が好ましい。緩衝液としては、例えば、リン酸緩衝液、Ｔｒｉｓ緩衝液、炭酸緩衝液、酢酸緩衝液、クエン酸緩衝液が挙げられる。ｐＨは、例えば約５～９であってもよい。例えば、リガーゼ処理におけるオリゴヌクレオチド原料断片の濃度が高い場合、ｐＨは、７．５～９．０（例えば、８．０～８．５）であってもよい。
【0043】
リガーゼ処理における各オリゴヌクレオチド原料断片の濃度は、オリゴヌクレオチド原料断片が溶解し、かつ目的の修飾オリゴヌクレオチドを生成するために十分な濃度であればよい。各オリゴヌクレオチド原料断片の濃度は、例えば１μＭ以上、１０μＭ以上、５０μＭ以上、１００μＭ以上、３００μＭ以上、５００μＭ以上または１０００μＭ以上であってもよい。各オリゴヌクレオチド原料断片の濃度はまた、例えば１Ｍ、１００ｍＭ、または１０ｍＭ以下であってもよい。目的の修飾オリゴヌクレオチドの効率的な大量生産が特に所望される場合には、上記濃度のうち１００μＭ以上の濃度および上記ｐＨ範囲のうち７．５～９．０のｐＨ範囲で各オリゴヌクレオチド原料断片を用いることが好ましい。
【0044】
リガーゼ処理における全オリゴヌクレオチド原料断片のモル数は、未反応のオリゴヌクレオチド原料断片量の低減により製造効率を向上させる観点から、ほぼ等量であることが好ましい。全オリゴヌクレオチド原料断片のモル数がほぼ等量であるためには、合計４本以上のオリゴヌクレオチド原料断片より選ばれる任意の２本のオリゴヌクレオチド原料断片の全モル比が、例えば０．５～２、好ましくは１／１．８～１．８、より好ましくは１／１．５～１．５、さらにより好ましくは１／１．２～１．２、特に好ましくは１／１．１～１．１の範囲内であってもよい。
【0045】
リガーゼ処理におけるオリゴヌクレオチドリガーゼの濃度は、目的の修飾オリゴヌクレオチドを生成するために十分な濃度であればよい。オリゴヌクレオチドリガーゼの濃度は、例えば０．０１Ｕ／μＬ以上、好ましくは０．０２Ｕ／μＬ以上、より好ましくは０．０３Ｕ／μＬ以上、さらにより好ましくは０．０４Ｕ／μＬ以上であってもよい。オリゴヌクレオチドリガーゼの濃度は、例えば１Ｕ／μＬ以下、好ましくは０．５Ｕ／μＬ以下、より好ましくは０．２Ｕ／μＬ以下、さらにより好ましくは０．１Ｕ／μＬ以下であってもよい。より具体的には、オリゴヌクレオチドリガーゼの濃度は、例えば０．０１～１Ｕ／μＬ、好ましくは０．０２～０．５Ｕ／μＬ、より好ましくは０．０３～０．２Ｕ／μＬ、さらにより好ましくは０．０４～０．１Ｕ／μＬであってもよい。
【0046】
リガーゼ処理を行う系は、オリゴヌクレオチドリガーゼの補因子を含んでいてもよい。オリゴヌクレオチドリガーゼの補因子としては、例えば、ＡＴＰ、二価金属塩（例、塩化マグネシウム等のマグネシウム塩）が挙げられる。処理を行う系は、オリゴヌクレオチドリガーゼの安定化剤を含んでいてもよい。オリゴヌクレオチドリガーゼの安定化剤としては、例えば、酸化防止剤（例、ジチオスレイトール、メルカプトエタノール等の還元剤）が挙げられる。リガーゼ処理を行う系は、酵素の安定保持および反応速度向上のため、界面活性剤を含んでいてもよい。界面活性剤としては、例えば、非イオン性界面活性剤（例、Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１００等のＴｒｉｔｏｎシリーズの界面活性剤）、およびイオン性界面活性剤が挙げられる。イオン性界面活性剤としては、例えば、カチオン性界面活性剤、アニオン性界面活性剤、両イオン性界面活性剤）が挙げられる。また、リガーゼ処理を行う系は、反応速度向上のため、ポリエチレングリコールを含んでいてもよい。
【0047】
リガーゼ処理を行う系は、低濃度の一価カチオン塩濃度を有するか、または一価カチオン塩を実質的に含まなくてもよい。処理を行う系の一価カチオン塩濃度は、例えば１０ｍＭ以下、好ましくは１ｍＭ以下、より好ましくは０．１ｍＭ以下、さらにより好ましくは０．０１ｍＭ以下であってもよい。特に好ましくは、処理を行う系は、一価カチオン塩を実質的に含まなくてよい。一価カチオン塩としては、例えば、リチウムイオン、ナトリウムイオン、カリウムイオン、ルビジウムイオン、セシウムイオン、アンモニウムイオン等の一価カチオンと、フッ化物イオン、塩化物イオン、臭化物イオン、ヨウ化物イオン等のアニオンとの塩が挙げられる。
【0048】
リガーゼ処理における温度は、オリゴヌクレオチドリガーゼを活性化するために十分な温度であればよい。このような温度は、例えば２～５０℃、好ましくは１６～５０℃、より好ましくは２５～５０℃であってもよい。
【0049】
リガーゼ処理が行われる時間は、目的の修飾オリゴヌクレオチドを生成するために十分な時間であればよい。このような時間は、例えば１～７２時間であってもよい。
【0050】
本発明によれば、目的の修飾オリゴヌクレオチドについて、Ｎ－１ｍｅｒやＮ＋１ｍｅｒなどの目的塩基長以外の塩基長を有する不純物の生成および混入を抑制することができる。例えば、本発明では、目的の修飾オリゴヌクレオチドが、単一の二本鎖核酸（例、ｓｉＲＮＡ、ヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド）として製造される。このような単一の二本鎖核酸を構成するセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ、Ｎ個及びＭ個の塩基長である。Ｎ個及びＭ個の塩基長は、それぞれ独立して、１１～３０塩基長（例、１８～３０塩基長）である。Ｎ個及びＭ個の塩基長はまた、それぞれ独立して、１１～２７塩基長（例、１８～２７塩基長）であってもよい。本発明において、目的の修飾オリゴヌクレオチドの不純物は、上記目的の修飾オリゴヌクレオチド）以外の核酸夾雑物が意図される。このような核酸夾雑物を構成するセンス鎖及びアンチセンス鎖は、それぞれ、Ｎ個及びＭ個の塩基長ではなく、（Ｎ±α）個及びＭ個の塩基長、Ｎ個及び（Ｍ±β）個の塩基長、又は（Ｎ±α）個及び（Ｍ±β）個の塩基長からなる。ここで、Ｎ個及びＭ個は上記と同様であり、α個及びβ個は、例えば１個、２個又は３個である。
【0051】
（その他の任意工程）
本発明の方法は、オリゴヌクレオチド原料断片を合成する工程（例、固相合成等の化学合成）を含んでいてもよい。本発明の方法は、目的の修飾オリゴヌクレオチド以外の核酸夾雑物の生成を抑制できることから、合成されたオリゴヌクレオチド原料断片の試料からの目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製を省略することができる。しかし、本発明の方法は、目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製が行われた場合であっても、当該精製後に残存し得る少量の目的外のオリゴヌクレオチド原料断片に起因する二本鎖核酸夾雑物（不純物）の生成を抑制できるため、目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製が行われてもよい。このような精製は、例えば、クロマトグラフィ（例、ＨＰＬＣ、ＩＥＸ）、ゲル濾過等の方法により行うことができる。
本発明の方法は、オリゴヌクレオチド原料断片を合成する工程（例、固相合成等の化学合成）を含んでいてもよい。本発明の方法は、目的の修飾オリゴヌクレオチド以外の核酸夾雑物の生成を抑制できることから、合成されたオリゴヌクレオチド原料断片の試料からの目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製を省略することができる。しかし、本発明の方法は、目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製が行われた場合であっても、当該精製後に残存し得る少量の目的外のオリゴヌクレオチド原料断片に起因する二本鎖核酸夾雑物（不純物）の生成を抑制できるため、目的の修飾オリゴヌクレオチドの精製が行われてもよい。このような精製は、例えば、クロマトグラフィ（例、ＨＰＬＣ、ＩＥＸ）、ゲル濾過等の方法により行うことができる。
【0052】
本発明の方法は、リガーゼ処理工程の後に反応停止工程を含んでもよい。反応停止工程としては、例えば、高温処理（例、８０℃）や酸・アルカリ、有機溶剤の添加によるオリゴヌクレオチドリガーゼ失活処理、ＥＤＴＡなどのキレート剤の添加による補因子の金属イオンの除去、が挙げられる。また、担体に酵素を固定化して反応を行い、膜分離によって酵素を反応液から除去する方法も挙げられる。
【0053】
本発明の方法は、リガーゼ処理工程の後に目的の修飾オリゴヌクレオチドを精製する工程を含んでもよい。例えば、本工程は、クロマトグラフィ（例、ＨＰＬＣ）、ゲル濾過等の任意の適切な方法により行うことができる。
【0054】
オリゴヌクレオチド原料断片をアニールさせる場合において、一般に、オリゴヌクレオチド原料断片を変性状態（非対合状態）にするために、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を高温に加熱し、その後、相補的ヌクレオチド配列同士の対合を形成させるために、高温のオリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を空冷等により徐々に冷却する操作が行われることが多い。しかし、本発明の方法では、リガーゼ処理工程の前に、そのような変性のために高温に加熱する操作および対合形成のために冷却する処理（加熱－冷却処理）を行わずに、簡略化された操作で、目的の修飾オリゴヌクレオチドを製造することができる。高温に置くこととしては、例えば、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を６５℃以上、７０℃以上、７５℃以上、８０℃以上、８５℃以上、９０℃以上、９５℃以上、または１００℃以上で保持（例、５分以上、または１０分以上）することが挙げられる。冷却することとしては、例えば、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を室温（例、１５～２５℃、または２０～２５℃）または所定の温度（例、３７℃）下で静置（例、５時間以上）すること、オリゴヌクレオチド原料断片混合溶液を所定の温度（例、３７℃）に保持（例、１５分以上）することが挙げられる。
【0055】
加熱－冷却処理を省略するために、リガーゼ処理工程の前にオリゴヌクレオチド原料断片混合溶液が高温に置かれる時間は、例えば、５分未満、４．５分以下、４分以下、３．５分以下、３分以下、２．５分以下、２分以下、１．５分以下、１分以下、または０．５分以下となるように制御されてもよい。
【0056】
加熱－冷却処理を省略するために、本発明の方法において、オリゴヌクレオチド原料断片同士を溶液中で混合してからリガーゼ処理工程を行なうまで、オリゴヌクレオチド原料断片を含む溶液は、２～５０℃に保持されていてもよい。すなわち、本発明の方法において、上記組合せに含まれる全てのオリゴヌクレオチド原料断片およびオリゴヌクレオチドリガーゼのいかなる混合およびいかなる混合間のインターバル、ならびにリガーゼ反応は、２～５０℃の条件下で行なわれてもよい。このような実施形態において、本発明の方法は、以下を含む：
（１）別個の系に存在する上記組合せに含まれる全てのオリゴヌクレオチド原料断片、およびオリゴヌクレオチドリガーゼを、全ての混合が２～５０℃で行なわれかつ全ての混合間のインターバルにおいて混合物が２～５０℃に保持される条件下で混合して、混合溶液を得ること；および
（２）混合溶液を２～５０℃で保持したままで反応させて、目的の修飾オリゴヌクレオチドを含む溶液を得ること。
（１）別個の系に存在する上記組合せに含まれる全てのオリゴヌクレオチド原料断片、およびオリゴヌクレオチドリガーゼを、全ての混合が２～５０℃で行なわれかつ全ての混合間のインターバルにおいて混合物が２～５０℃に保持される条件下で混合して、混合溶液を得ること；および
（２）混合溶液を２～５０℃で保持したままで反応させて、目的の修飾オリゴヌクレオチドを含む溶液を得ること。
【0057】
この実施形態において、上記組合せに含まれる全てのオリゴヌクレオチド原料断片は、別個の系で得られる。この実施形態において、本発明は、例えば、当該オリゴヌクレオチド原料断片を２～５０℃で混合してオリゴヌクレオチド原料断片混合物を得て、当該オリゴヌクレオチド原料断片混合物とオリゴヌクレオチドリガーゼを２～５０℃で混合することにより行われてもよい。この実施形態において、本発明は、例えば、オリゴヌクレオチドリガーゼを含む溶液に当該オリゴヌクレオチド原料断片を順次２～５０℃で添加することにより行われてもよい。
【0058】
本発明の方法は、例えばラージスケールでの目的の修飾オリゴヌクレオチドの工業的製造に用いることができる。
【実施例】
【0059】
次に実施例を示して本発明をさらに詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【0060】
〔実施例１〕天然型ＲＮＡを用いた断片の組み合わせのパターンの比較
１）基質および生成物標品の合成
４断片の短鎖天然型ＲＮＡからｓｉＲＮＡを酵素的に合成する反応において、当該断片の塩基長の影響を評価した。目的とするｓｉＲＮＡを表１のＲＮＡ１－Ｓ（２１ｍｅｒ）およびＲＮＡ１－Ａ（２３ｍｅｒ）からなる二本鎖とした（以下、それぞれをセンス鎖、アンチセンス鎖と呼ぶ）。表１に示す１８種のＲＮＡ断片を合成し、これらを用いて表２に示す６パターンの断片の組合せを評価した。
１）基質および生成物標品の合成
４断片の短鎖天然型ＲＮＡからｓｉＲＮＡを酵素的に合成する反応において、当該断片の塩基長の影響を評価した。目的とするｓｉＲＮＡを表１のＲＮＡ１－Ｓ（２１ｍｅｒ）およびＲＮＡ１－Ａ（２３ｍｅｒ）からなる二本鎖とした（以下、それぞれをセンス鎖、アンチセンス鎖と呼ぶ）。表１に示す１８種のＲＮＡ断片を合成し、これらを用いて表２に示す６パターンの断片の組合せを評価した。
【0061】
【表1】
【0062】
【表2】
【0063】
２）Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応
４断片のオリゴヌクレオチドを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は１０μＬとした。酵素の添加濃度を０．０２５、０．０５、０．１、０．２Ｕ／μＬとして生成物の濃度を比較した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で１時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。
４断片のオリゴヌクレオチドを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は１０μＬとした。酵素の添加濃度を０．０２５、０．０５、０．１、０．２Ｕ／μＬとして生成物の濃度を比較した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で１時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。
【0064】
３）ＨＰＬＣによる分析
反応液をＸｂｒｉｄｇｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ ｃｏｌｕｍｎ（Ｗａｔｅｒｓ、２．５μｍ，４．６ｍｍ×５０ｍｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度６０℃、検出波長２５４ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相は溶離液Ａ（ヘキサフルオロイソプロパノール－トリエチルアミン）および溶離液Ｂ（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の濃度を定量した。
反応液をＸｂｒｉｄｇｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ ｃｏｌｕｍｎ（Ｗａｔｅｒｓ、２．５μｍ，４．６ｍｍ×５０ｍｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度６０℃、検出波長２５４ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相は溶離液Ａ（ヘキサフルオロイソプロパノール－トリエチルアミン）および溶離液Ｂ（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の濃度を定量した。
【0065】
４）結果
各断片の塩基長の組み合わせにおけるセンス鎖およびアンチセンス鎖の蓄積を図２に示す。組み合わせ３ではライゲーション産物がほとんど蓄積しなかったが、それ以外の組合せでは酵素濃度の増加に応じてライゲーション産物の蓄積が増大することが観察された。
各断片の塩基長の組み合わせにおけるセンス鎖およびアンチセンス鎖の蓄積を図２に示す。組み合わせ３ではライゲーション産物がほとんど蓄積しなかったが、それ以外の組合せでは酵素濃度の増加に応じてライゲーション産物の蓄積が増大することが観察された。
【0066】
〔実施例２〕天然型ＲＮＡのライゲーション反応における反応温度の影響の評価
短鎖のライゲーション反応における反応温度による影響を検討した。基質として表２の１のオリゴヌクレオチドを用い、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、酵素濃度０．２Ｕ／μＬ、ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は１０μＬとした。反応温度を１６℃、２５℃、３０℃および３７℃として、それぞれ１、２、および４時間反応後に、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例１に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析した。
短鎖のライゲーション反応における反応温度による影響を検討した。基質として表２の１のオリゴヌクレオチドを用い、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、酵素濃度０．２Ｕ／μＬ、ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は１０μＬとした。反応温度を１６℃、２５℃、３０℃および３７℃として、それぞれ１、２、および４時間反応後に、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例１に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析した。
【0067】
結果を図３に示す。反応温度２５℃以上では反応１時間後にセンス鎖、アンチセンス鎖ともに約１０μＭのライゲーション産物が蓄積した。一方、２５℃以上に比べ１６℃では特にセンス鎖のライゲーション差物の生成速度が低かった。
【0068】
〔実施例３〕修飾型ＲＮＡを用いた反応進行の確認
１）基質および生成物標品の合成
修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を評価した。目的のｓｉＲＮＡを表３に示す、センス鎖（ＭＯＤ１－Ｓ）およびアンチセンス鎖（ＭＯＤ１－Ａ）からなる二本鎖とした。このｓｉＲＮＡは実施例１および２で用いた天然型ＲＮＡと塩基配列は同一であるが、すべての残基が２’－Ｆまたは２’－Ｏ－メチルにより修飾されており、一部のリン酸基がチオリン酸基に置換されている。また、それぞれの断片として表３に示す４断片を合成した。これら４断片の塩基配列は表２の番号１の組合せと同一である。
１）基質および生成物標品の合成
修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を評価した。目的のｓｉＲＮＡを表３に示す、センス鎖（ＭＯＤ１－Ｓ）およびアンチセンス鎖（ＭＯＤ１－Ａ）からなる二本鎖とした。このｓｉＲＮＡは実施例１および２で用いた天然型ＲＮＡと塩基配列は同一であるが、すべての残基が２’－Ｆまたは２’－Ｏ－メチルにより修飾されており、一部のリン酸基がチオリン酸基に置換されている。また、それぞれの断片として表３に示す４断片を合成した。これら４断片の塩基配列は表２の番号１の組合せと同一である。
【0069】
【表3】
【0070】
２）Ｔ４ＲＮＡリガーゼ２によるライゲーション反応
４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は５０μＬとした。酵素の添加濃度を０．２または１．０Ｕ／μＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で１時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。
４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は５０μＬとした。酵素の添加濃度を０．２または１．０Ｕ／μＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で１時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。
【0071】
３）ＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析
反応液をＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ Ｃｏｌｕｍｎ （Ｗａｔｅｒｓ、２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度８０℃、検出波長２６０ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相はＡ液（ヘキサフルオロイソプロパノール－トリエチルアミン）およびＢ液（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の生成を確認した。また、Ａｇｉｌｅｎｔ ６２３０ ＴＯＦ ＬＣ／ＭＳシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によりライゲーション産物の質量分析を行った。
反応液をＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ Ｃｏｌｕｍｎ （Ｗａｔｅｒｓ、２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度８０℃、検出波長２６０ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相はＡ液（ヘキサフルオロイソプロパノール－トリエチルアミン）およびＢ液（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の生成を確認した。また、Ａｇｉｌｅｎｔ ６２３０ ＴＯＦ ＬＣ／ＭＳシステム（Ａｇｉｌｅｎｔ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によりライゲーション産物の質量分析を行った。
【0072】
４）結果
ＨＰＬＣによる分析の結果を図４に示す。ＨＰＬＣによる分析では酵素の添加により、標品と一致する保持時間にライゲーション産物のピークが得られるとともに、陰性対照と比較して基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少した。また、酵素添加量の増加に伴いライゲーション産物のピーク面積も増加した。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では酵素添加条件においてセンス鎖およびアンチセンス鎖の生成が観察された。
センス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２２６６．１３， ｆｏｕｎｄ ２２６５．９７０３［Ｍ－３Ｈ］３－
アンチセンス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２５３１．０４， ｆｏｕｎｄ ２５３１．０１９９［Ｍ－３Ｈ］３－
ＨＰＬＣによる分析の結果を図４に示す。ＨＰＬＣによる分析では酵素の添加により、標品と一致する保持時間にライゲーション産物のピークが得られるとともに、陰性対照と比較して基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少した。また、酵素添加量の増加に伴いライゲーション産物のピーク面積も増加した。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では酵素添加条件においてセンス鎖およびアンチセンス鎖の生成が観察された。
センス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２２６６．１３， ｆｏｕｎｄ ２２６５．９７０３［Ｍ－３Ｈ］３－
アンチセンス鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２５３１．０４， ｆｏｕｎｄ ２５３１．０１９９［Ｍ－３Ｈ］３－
【0073】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２による修飾型ＲＮＡの４断片からのｓｉＲＮＡの生成が可能であることが示された。
【0074】
〔実施例４〕ＤＮＡリガーゼによる反応進行の確認
修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を、ＤＮＡリガーゼを用いて評価した。ＤＮＡリガーゼとしてＴ４ ＤＮＡリガーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いた。
修飾型オリゴヌクレオチドにおける４断片からのｓｉＲＮＡの酵素的ライゲーション反応の進行を、ＤＮＡリガーゼを用いて評価した。ＤＮＡリガーゼとしてＴ４ ＤＮＡリガーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いた。
【0075】
反応液の組成は、ＤＮＡリガーゼ５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０ｍＭジチオスレイトール、１ｍＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。酵素濃度は４７０ｎＭ、オリゴヌクレオチド断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は３０μＬとした。オリゴヌクレオチド断片は表３に示す組み合わせを用いた。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に１０μＬを採取し、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例３に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析した。標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の濃度を定量した。
【0076】
ＨＰＬＣによる分析の結果、ライゲーション産物の蓄積が確認され、反応４時間後の蓄積はセンス鎖が０．５８μＭ、アンチセンス鎖が５．１μＭであった。以上のように、ＤＮＡリガーゼにおいても４断片の修飾型ＲＮＡからのｓｉＲＮＡの生成反応が進行した。
【0077】
〔実施例５〕デイノコッカス・ラディオデュランス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）ＲＮＡリガーゼの調製とライゲーション反応
（１）Ｅ． ｃｏｌｉによる組換え発現株の構築
Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ由来のＲｎｌ５ファミリーに属するＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌをＥ． ｃｏｌｉで発現する株を構築し、精製酵素を調製した。まず、ＤｒａＲｎｌのアミノ酸配列（配列番号１７）をＥ． ｃｏｌｉコドンに最適化した塩基配列を有するプラスミドを遺伝子全合成により作成し、次にこの配列をｐＥＴ１６ｂベクターのＮｄｅＩ／ＢａｍＨＩサイトにサブクローニングした。本発現プラスミドをＥ． ｃｏｌｉ ＢＬ２１（ＤＥ３）を形質転換し、ＤｒａＲｎｌの発現株を得た。この発現株では、Ｎ末端にＨｉｓ－ｔａｇが付与されたＤｒａＲｎｌが発現される。
（１）Ｅ． ｃｏｌｉによる組換え発現株の構築
Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ由来のＲｎｌ５ファミリーに属するＲＮＡリガーゼＤｒａＲｎｌをＥ． ｃｏｌｉで発現する株を構築し、精製酵素を調製した。まず、ＤｒａＲｎｌのアミノ酸配列（配列番号１７）をＥ． ｃｏｌｉコドンに最適化した塩基配列を有するプラスミドを遺伝子全合成により作成し、次にこの配列をｐＥＴ１６ｂベクターのＮｄｅＩ／ＢａｍＨＩサイトにサブクローニングした。本発現プラスミドをＥ． ｃｏｌｉ ＢＬ２１（ＤＥ３）を形質転換し、ＤｒａＲｎｌの発現株を得た。この発現株では、Ｎ末端にＨｉｓ－ｔａｇが付与されたＤｒａＲｎｌが発現される。
【0078】
（２）組換え酵素の調製
各発現株をアンピシリン１００ｍｇ／Ｌを含むＬＢ寒天培地で３７℃、一晩生育させた。得られたコロニーをアンピシリン１００ｍｇ／Ｌを含むＬＢ培地１００ｍＬに植菌し、坂口フラスコを用いて振とう培養を行った。３７℃で２時間培養後、終濃度でそれぞれ０．１ｍＭまたは２％になるようにＩＰＴＧおよびエタノールを添加した。さらに１７℃で１６時間培養した。
各発現株をアンピシリン１００ｍｇ／Ｌを含むＬＢ寒天培地で３７℃、一晩生育させた。得られたコロニーをアンピシリン１００ｍｇ／Ｌを含むＬＢ培地１００ｍＬに植菌し、坂口フラスコを用いて振とう培養を行った。３７℃で２時間培養後、終濃度でそれぞれ０．１ｍＭまたは２％になるようにＩＰＴＧおよびエタノールを添加した。さらに１７℃で１６時間培養した。
【0079】
培養終了後、得られた培養液より菌体を遠心分離により集め、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、２５０ｍＭ ＮａＣｌ、１０％ ｓｕｃｒｏｓｅ、１５ｍＭ ｉｍｉｄａｚｏｌｅ、１％ Ｌｙｓｏｚｙｍｅ、０．１％ Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００からなる緩衝液に懸濁し、超音波破砕を行った。遠心分離により破砕液から菌体残渣を除き、得られた上清を可溶性画分とした。
【0080】
得られた可溶性画分を、前記緩衝液で平衡化したＨｉｓ－ｔａｇタンパク質精製カラムＨｉｓＴＡＬＯＮ Ｓｕｐｅｒｆｌｏｗ Ｃａｒｔｒｉｄｇｅ（タカラバイオ）に供して、担体に吸着させた。担体に吸着しなかったタンパク質（非吸着タンパク質）を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．６）、２５０ｍＭ ＮａＣｌ、１０％ ｓｕｃｒｏｓｅ、１５ｍＭ ｉｍｉｄａｚｏｌｅからなる緩衝液を用いて洗い流した後、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、２５０ｍＭ ＮａＣｌ、１０％ ｇｌｙｃｅｒｏｌ、２００ｍＭ ｉｍｉｄａｚｏｌｅからなる緩衝液で吸着したタンパク質の溶出を行った。
【0081】
酵素が含まれる溶出画分を集めて、Ａｍｉｃｏｎ Ｕｌｔｒａ－１５ １０ｋＤａ（メルクミリポア）を用いて、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ８．０）、２００ｍＭ ＮａＣｌ、２ｍＭ ＤＴＴ、２ｍＭ ＥＤＴＡ、１０％ ｇｌｙｃｅｒｏｌ、０．１％ Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ－１０からなる緩衝液にバッファー交換し、精製酵素溶液とした。
【0082】
（３）ＤｒａＲｎｌによるライゲーション反応
４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＤｒａＲｎｌにより反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１０ｍＭ ＭｎＳＯ４、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は２５μＬとした。修飾型ＲＮＡ断片は表３の組み合わせを用いた。酵素の添加濃度を７２μｇ／ｍＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で３時間反応した後、終濃度１ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。
４断片の修飾型ＲＮＡを用いてＤｒａＲｎｌにより反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）、１０ｍＭ ＭｎＳＯ４、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、修飾型ＲＮＡ断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は２５μＬとした。修飾型ＲＮＡ断片は表３の組み合わせを用いた。酵素の添加濃度を７２μｇ／ｍＬとし、陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で３時間反応した後、終濃度１ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。
【0083】
（４）ＨＰＬＣによる分析
反応液をＡＣＱＵＩＴＹ ＨＰＬＣ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ Ｃｏｌｕｍｎ （Ｗａｔｅｒｓ、２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度６０℃、検出波長２６０ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相はＡ液ヘキサフルオロイソプロパノール-トリエチルアミンおよびＢ液（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の生成を確認した。
反応液をＡＣＱＵＩＴＹ ＨＰＬＣ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ＢＥＨ Ｃ１８ Ｃｏｌｕｍｎ （Ｗａｔｅｒｓ、２．１×１００ｍｍ、１．７μｍ）を用いたＨＰＬＣにより分析した。分析条件は、カラム温度６０℃、検出波長２６０ｎｍ、インジェクション量１０μＬ、流速０．４ｍＬ／ｍｉｎとした。移動相はＡ液ヘキサフルオロイソプロパノール-トリエチルアミンおよびＢ液（メタノール）を用いたリニアグラジエントにより分析した。センス鎖およびアンチセンス鎖の標品も同様に分析することにより、ライゲーション産物の生成を確認した。
【0084】
ＨＰＬＣによる分析の結果を図５に示す。ＨＰＬＣによる分析では酵素の添加により、標品と一致する保持時間にライゲーション産物のピークが得られるとともに、陰性対照と比較して基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少した。以上から、ＤｒａＲｎｌによる修飾型ＲＮＡの４断片からの目的の修飾オリゴヌクレオチドの生成が可能であることが示された。
【0085】
〔実施例６〕ループ構造を持つ修飾オリゴヌクレオチドの生成
４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、ループ構造を持つ修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表４に示す。
４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、ループ構造を持つ修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表４に示す。
【0086】
【表4】
【0087】
表４の４断片の基質オリゴヌクレオチドを用いてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）により反応した。反応液の組成は５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５、オリゴヌクレオチド断片をそれぞれ１０μＭとし、反応液量は１００μＬとした。酵素の添加濃度１７．８μｇ／μＬとして生成物の濃度を比較した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で３時間反応した後、８０℃で５分間加熱することにより反応を停止した。実施例５の条件でＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより反応液を分析した。
【0088】
ＨＰＬＣによる分析では図６に示すように、酵素の添加により、陰性対照と比較して、基質の修飾型ＲＮＡのピーク面積が減少し、基質と比較して保持時間の長い位置にピーク（５．６分付近）を検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では酵素添加条件において目的生成物が観察された。
ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２７２７．３３， ｆｏｕｎｄ ２７２７．２１［Ｍ－６Ｈ］６－
ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２７２７．３３， ｆｏｕｎｄ ２７２７．２１［Ｍ－６Ｈ］６－
【0089】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、ループ構造を持つ目的の修飾オリゴヌクレオチドを４断片から生成可能であることが示された。
【0090】
〔実施例７〕ＤＮＡ鎖およびＲＮＡ鎖からなるヘテロ二本鎖の生成
二本鎖ＲＮＡリガーゼにより、修飾型ＤＮＡ鎖および修飾型ＲＮＡ鎖からなるヘテロ二本鎖を生成した。二本鎖ＲＮＡリガーゼとしてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いた。
二本鎖ＲＮＡリガーゼにより、修飾型ＤＮＡ鎖および修飾型ＲＮＡ鎖からなるヘテロ二本鎖を生成した。二本鎖ＲＮＡリガーゼとしてＴ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）を用いた。
【0091】
反応液の組成は、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。酵素濃度は３．５６μｇ／ｍＬ、基質は表５に示す４断片のオリゴヌクレオチドをそれぞれ１０μＭとし、反応液量は４０μＬとした。サーマルサイクラーを用いて３７℃で反応し、１８時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0092】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件において修飾型ＤＮＡ鎖および修飾型ＲＮＡ鎖の生成が観察された。
修飾型ＤＮＡ鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２１１９．５０， ｆｏｕｎｄ ２１１９．３４［Ｍ－２Ｈ］２－
修飾型ＲＮＡ鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２１２６．８９， ｆｏｕｎｄ ２１２６．３６［Ｍ－２Ｈ］２－
修飾型ＤＮＡ鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２１１９．５０， ｆｏｕｎｄ ２１１９．３４［Ｍ－２Ｈ］２－
修飾型ＲＮＡ鎖ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ ２１２６．８９， ｆｏｕｎｄ ２１２６．３６［Ｍ－２Ｈ］２－
【0093】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、修飾型ＤＮＡ鎖および修飾型ＲＮＡ鎖からなるヘテロ二本鎖の生成が可能であることが示された。
【0094】
【表5】
【0095】
〔実施例８〕ミスマッチ塩基対を含むオリゴヌクレオチド断片を用いた反応
４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、塩基対にミスマッチ部分を持った二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表６に、４断片の組み合わせを図７に示す。
４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、塩基対にミスマッチ部分を持った二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表６に、４断片の組み合わせを図７に示す。
【0096】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として4断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0097】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖の生成を確認できた。
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １３６１．７７， ｆｏｕｎｄ １３６１．７５［Ｍ－５Ｈ］５－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １５１７．４１， ｆｏｕｎｄ １５１７．３５［Ｍ－５Ｈ］５－
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １３６１．７７， ｆｏｕｎｄ １３６１．７５［Ｍ－５Ｈ］５－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １５１７．４１， ｆｏｕｎｄ １５１７．３５［Ｍ－５Ｈ］５－
【0098】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、ミスマッチ配列を有する二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0099】
【表6】
【0100】
〔実施例９〕５断片および６断片のオリゴヌクレオチドを用いた反応
５断片および６断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表７に、４断片の組み合わせを図８に示す。
５断片および６断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより、二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表７に、４断片の組み合わせを図８に示す。
【0101】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質としてオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、３０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて３７℃で反応し、１６時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析した。
【0102】
ＨＰＬＣによる分析では、図９に示すように酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。これらのピークの保持時間は生成物の標品と一致した。
【0103】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、５断片および６断片の基質オリゴヌクレオチドから二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0104】
【表7】
【0105】
〔実施例１０〕５’末端にＤＭＴｒ基が付加されたオリゴヌクレオチドを用いた反応
５’末端にジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）基が付加された２断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表８に、４断片の組み合わせを図１０に示す。
５’末端にジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）基が付加された２断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表８に、４断片の組み合わせを図１０に示す。
【0106】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0107】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖の生成を確認できた。
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７６４．８０， ｆｏｕｎｄ １７６４．７９［Ｍ－４Ｈ］４－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３８．７６， ｆｏｕｎｄ １７３８．７５［Ｍ－４Ｈ］４－
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７６４．８０， ｆｏｕｎｄ １７６４．７９［Ｍ－４Ｈ］４－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３８．７６， ｆｏｕｎｄ １７３８．７５［Ｍ－４Ｈ］４－
【0108】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２により、ＤＭＴｒ基を有する基質断片から二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0109】
【表8】
【0110】
〔実施例１１〕キャリア付加型オリゴヌクレオチド断片を用いた反応
５’末端にＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）が付加された１断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表９に、４断片の組み合わせを図１１に示す。ＧａｌＮＡｃで修飾した断片は、Ｔｒｉｖａｌｅｎｔ β－Ｄ－ＧａｌＮＡｃ ｗｉｔｈ ｃａｒｂｏｘｙｌ－ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ ＰＥＧ５ Ｌｉｎｋｅｒ （Ｓｕｓｓｅｘ社製）をアミノＣ６リンカーを介してオリゴヌクレオチドの５’末端に連結して合成した。
５’末端にＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）が付加された１断片を含む４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表９に、４断片の組み合わせを図１１に示す。ＧａｌＮＡｃで修飾した断片は、Ｔｒｉｖａｌｅｎｔ β－Ｄ－ＧａｌＮＡｃ ｗｉｔｈ ｃａｒｂｏｘｙｌ－ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ ＰＥＧ５ Ｌｉｎｋｅｒ （Ｓｕｓｓｅｘ社製）をアミノＣ６リンカーを介してオリゴヌクレオチドの５’末端に連結して合成した。
【0111】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0112】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖が検出され、生成を確認できた。
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３０．４０， ｆｏｕｎｄ １７３０．３７［Ｍ－５Ｈ］５－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １３３０．３８ ｆｏｕｎｄ １３３０．３６［Ｍ－５Ｈ］５－
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７３０．４０， ｆｏｕｎｄ １７３０．３７［Ｍ－５Ｈ］５－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １３３０．３８ ｆｏｕｎｄ １３３０．３６［Ｍ－５Ｈ］５－
【0113】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２を用いた４断片からの反応により、末端をＮ－アセチルガラクトサミンで修飾した二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0114】
【表9】
【0115】
〔実施例１２〕連結部にチオリン酸ジエステル結合を有する二本鎖修飾オリゴヌクレオチドの生成反応
リン酸基をチオリン酸基に置き換えた４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１０に、４断片の組み合わせを図１２に示す。
リン酸基をチオリン酸基に置き換えた４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションにより二本鎖修飾オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１０に、４断片の組み合わせを図１２に示す。
【0116】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0117】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに２本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件においてＡ鎖およびＢ鎖が検出され、生成を確認できた。
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７６９．１５， ｆｏｕｎｄ １７６９．１３［Ｍ－４Ｈ］４－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７４３．１１ ｆｏｕｎｄ １７４３．１０［Ｍ－４Ｈ］４－
Ａ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７６９．１５， ｆｏｕｎｄ １７６９．１３［Ｍ－４Ｈ］４－
Ｂ鎖 ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １７４３．１１ ｆｏｕｎｄ １７４３．１０［Ｍ－４Ｈ］４－
【0118】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２を用いた４断片からの反応により、連結部にチオリン酸結合を有する二本鎖修飾オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0119】
【表10】
【0120】
〔実施例１３〕ヘアピン型オリゴヌクレオチドの生成反応
４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションによりヘアピン型オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１１に、４断片の組み合わせを図１３に示す。リンカーとして文献（Ｈａｍａｓａｋｉ Ｔ， Ｓｕｚｕｋｉ Ｈ， Ｓｈｉｒｏｈｚｕ Ｈ， ｅｔ ａｌ． Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ａ ｎｏｖｅｌ ｃｌａｓｓ ｏｆ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｇｅｎｔｓ． ＰＬｏＳ ＯＮＥ． ２０１２；７（８）：ｅ４２６５５．）に記載のプロリン誘導体を用いた。
４断片のオリゴヌクレオチドから、酵素的ライゲーションによりヘアピン型オリゴヌクレオチドを生成する反応の進行を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１１に、４断片の組み合わせを図１３に示す。リンカーとして文献（Ｈａｍａｓａｋｉ Ｔ， Ｓｕｚｕｋｉ Ｈ， Ｓｈｉｒｏｈｚｕ Ｈ， ｅｔ ａｌ． Ｅｆｆｉｃａｃｙ ｏｆ ａ ｎｏｖｅｌ ｃｌａｓｓ ｏｆ ＲＮＡ ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｇｅｎｔｓ． ＰＬｏＳ ＯＮＥ． ２０１２；７（８）：ｅ４２６５５．）に記載のプロリン誘導体を用いた。
【0121】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0122】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、新たに１本のピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件において目的生成物が検出され、生成を確認できた。
ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １８９１．６１ ｆｏｕｎｄ １８９１．６０［Ｍ－９Ｈ］９－
ＬＣ／ＭＳ ｍ／ｚ： ｃａｌｃｄ １８９１．６１ ｆｏｕｎｄ １８９１．６０［Ｍ－９Ｈ］９－
【0123】
以上から、Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２を用いた４断片からの反応により、ヘアピン型オリゴヌクレオチドが生成可能であることが示された。
【0124】
【表11】
【0125】
〔実施例１４〕突出末端の塩基長の反応性への影響
生成物は同一で、１～６塩基長の突出末端を形成するように基質のオリゴ核酸を設計し、突出末端の塩基長の差による反応性の違いを比較した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。それぞれの組み合わせにおいて、Ｂ鎖を構成する基質は共通する配列とし、Ａ鎖の切断位置を異なる位置とした。合成した目的生成物標品および基質断片の配列を表１２に、４断片の組み合わせを図１４に示す。
生成物は同一で、１～６塩基長の突出末端を形成するように基質のオリゴ核酸を設計し、突出末端の塩基長の差による反応性の違いを比較した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。それぞれの組み合わせにおいて、Ｂ鎖を構成する基質は共通する配列とし、Ａ鎖の切断位置を異なる位置とした。合成した目的生成物標品および基質断片の配列を表１２に、４断片の組み合わせを図１４に示す。
【0126】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、１５分、３０分、１時間、２時間および４時間後に５μＬを回収し終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物および生成物標品の濃度を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析し、ライゲーション産物の濃度を算出した。
【0127】
ＨＰＬＣ分析により確認した結果、いずれの塩基長の突出末端においても、Ａ鎖およびＢ鎖の生成が観察された。１塩基長の突出末端では反応速度が低い傾向があった。
【0128】
【表12】
【0129】
〔実施例１５〕生成物の塩基長の反応性への影響
１１～１４塩基長の相補部分からなる短い目的生成物を製造した場合の反応性の違いを比較した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１３に、４断片の組み合わせを図１５に示す。
１１～１４塩基長の相補部分からなる短い目的生成物を製造した場合の反応性の違いを比較した。目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１３に、４断片の組み合わせを図１５に示す。
【0130】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後に終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。陰性対照として酵素非添加の条件でも反応した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析した。
【0131】
ＨＰＬＣによる分析では、酵素の添加により、陰性対照と比較して、各基質のピーク面積が減少し、保持時間の遅い位置に新たなピークを検出することができた。さらに反応液のＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳによる分析では、酵素添加条件において表１４に示すように、いずれの塩基長の生成物においてもＡ鎖およびＢ鎖の２価または３価のイオンが検出され、反応の進行が確認された。
【0132】
ＨＰＬＣにより各反応条件における基質のピーク面積値を算出し、基質の残存率を以下の式で算出した。
残存率（％）＝（酵素添加条件における基質のピーク面積の合計）
／陰性対照における基質のピーク面積の合計）×１００
残存率（％）＝（酵素添加条件における基質のピーク面積の合計）
／陰性対照における基質のピーク面積の合計）×１００
【0133】
１１塩基長の相補部分からなる生成物では、１２塩基長以上の相補部分からなる生成物と比べて、基質の残存率が高い傾向があった。
【0134】
【表13】
【0135】
【表14】
【0136】
〔実施例１６〕高濃度基質での反応
より高濃度の基質存在下での修飾オリゴヌクレオチドの生成反応速度を、各ｐＨで比較した。反応の目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１５に、４断片の組み合わせを図１６に示す。
より高濃度の基質存在下での修飾オリゴヌクレオチドの生成反応速度を、各ｐＨで比較した。反応の目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１５に、４断片の組み合わせを図１６に示す。
【0137】
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰとし、バッファーとして５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．０～９．０）を用いた。基質としてオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度１０μＭ、３００μＭ、５００μＭまたは１０００μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、１５分または１時間後にサンプリングし終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析し、Ａ鎖およびＢ鎖の合計の濃度から生成速度を算出した。基質濃度３００μＭ以上においても反応進行が確認され、これらの濃度ではｐＨ８．０および８．５で高い反応速度を示した。
【0138】
【表15】
【0139】
〔実施例１７〕界面活性剤添加の効果
界面活性剤の添加による修飾オリゴヌクレオチドの生成反応速度を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１５に、４断片の組み合わせを図１６に示す。
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）とし、界面活性剤として終濃度０．１％のＴｒｉｔｏｎＸ－１００を使用した。基質としてオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度２０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。
評価では、酵素溶液を保存バッファー（１０ ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ ｍＭ ＫＣｌ、３５ ｍＭ 硫酸アンモニウム、０．１ｍＭジチオスレイトール、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、５０％ グリセロール、ｐＨ７．５）で１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに反応液中に１／１０量添加する条件（対照条件）、酵素溶液を保存バッファーで１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに終濃度０．１％の ＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む反応液中に１／１０量添加する条件（試験条件１）、酵素溶液を０．１％ ＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む保存バッファーで１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに０．０９％のＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む反応液中に１／１０量添加する条件（試験条件２、ＴｒｉｔｏｎＸ－１００終濃度０．１％）、の３条件を比較した。
サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後にサンプリングし終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析し、Ａ鎖およびＢ鎖の濃度を算出した。
試験条件１および試験条件２では、対照条件に比べて、より高濃度のA鎖およびB鎖の生成物が観察された。
界面活性剤の添加による修飾オリゴヌクレオチドの生成反応速度を評価した。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１５に、４断片の組み合わせを図１６に示す。
反応液の組成は、１．７８μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ（ｐＨ７．５）とし、界面活性剤として終濃度０．１％のＴｒｉｔｏｎＸ－１００を使用した。基質としてオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度２０μＭとなるように添加し、４０μＬの液量で反応した。
評価では、酵素溶液を保存バッファー（１０ ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、５０ ｍＭ ＫＣｌ、３５ ｍＭ 硫酸アンモニウム、０．１ｍＭジチオスレイトール、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、５０％ グリセロール、ｐＨ７．５）で１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに反応液中に１／１０量添加する条件（対照条件）、酵素溶液を保存バッファーで１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに終濃度０．１％の ＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む反応液中に１／１０量添加する条件（試験条件１）、酵素溶液を０．１％ ＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む保存バッファーで１７．８μｇ／ｍＬに希釈したのちに０．０９％のＴｒｉｔｏｎＸ－１００を含む反応液中に１／１０量添加する条件（試験条件２、ＴｒｉｔｏｎＸ－１００終濃度０．１％）、の３条件を比較した。
サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、４時間後にサンプリングし終濃度１０ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。反応液に含まれるライゲーション産物を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣにより分析し、Ａ鎖およびＢ鎖の濃度を算出した。
試験条件１および試験条件２では、対照条件に比べて、より高濃度のA鎖およびB鎖の生成物が観察された。
【0140】
〔実施例１８〕生成物の塩基長の違いによる不純物の淘汰性の比較
基質および生成物について塩基長の異なる反応を実施し、基質オリゴ核酸断片および酵素反応後の溶液に含まれる不純物を分析した。反応の目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１６に、４断片の組み合わせを図１７に示す。
基質および生成物について塩基長の異なる反応を実施し、基質オリゴ核酸断片および酵素反応後の溶液に含まれる不純物を分析した。反応の目的生成物のそれぞれの鎖をＡ鎖及びＢ鎖とした。目的生成物および合成した基質断片の配列を表１６に、４断片の組み合わせを図１７に示す。
【0141】
反応液の組成は、修飾オリゴヌクレオチドを用いた反応では８．９μｇ／ｍＬ Ｔ４ ＲＮＡリガーゼ２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。ＤＮＡを用いた反応では２２．０μｇ／ｍＬ Ｔ７ ＤＮＡリガーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭジチオスレイトール、４００μＭ ＡＴＰ、ｐＨ７．５とした。基質として４断片のオリゴヌクレオチド断片をそれぞれ終濃度５０μＭとなるように添加し、３０μＬの液量で反応した。サーマルサイクラーを用いて２５℃で反応し、８時間後に終濃度１２．５ｍＭになるようにＥＤＴＡを加えることで反応を停止した。反応液を実施例５に記載の条件にてＨＰＬＣおよびＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析し、目的の反応進行を確認した。
【0142】
得られた質量分析結果から先行文献（Ｒｏｕｓｓｉｓ ｅｔ ａｌ．， Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ． ２０１９；１５８４：１０６－１１４．）の方法に基づき、目的の構造の生成物に対する不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の含有率を算出した。また、反応に供した基質オリゴヌクレオチド溶液も同様にＬＣ－ＴＯＦ／ＭＳにより分析し、基質に対する不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の含有率を算出した。
【0143】
上記で算出した値から、各反応のＡ鎖およびＢ鎖のそれぞれについて、以下の式で不純物の残存率（％）を算出した。
不純物の残存率（％）＝（反応液中の目的生成物に対するＮ±１ｍｅｒの比率）／（基質溶液中の基質に対するＮ±１ｍｅｒの比率）×１００
不純物の残存率（％）＝（反応液中の目的生成物に対するＮ±１ｍｅｒの比率）／（基質溶液中の基質に対するＮ±１ｍｅｒの比率）×１００
【0144】
結果を表１７に示す。２８塩基長のオリゴ核酸を生成する反応では、不純物（Ｎ±１ｍｅｒ）の残存率は８６％以上であるのに対し、２５塩基長以下のオリゴ核酸を生成する反応では、２３～５９％であった。
【0145】
【表16】
【0146】
【表17】
【産業上の利用可能性】
【0147】
本発明は、核酸医薬等の製品に利用可能な修飾オリゴヌクレオチド（例、ｓｉＲＮＡやヘテロ二本鎖オリゴヌクレオチド等）の製造のために有用である。
【図1】
【図2-1】
【図2-2】
【図2-3】
【図2-4】
【図2-5】
【図2-6】
【図3-1】
【図3-2】
【図3-3】
【図3-4】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【配列表】