特許 7551066 血液悪性腫瘍の治療のための二重特異性ＣＤ１２３×ＣＤ３ダイアボディ

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2024-09-06

(45)【発行日】2024-09-17

(54)【発明の名称】血液悪性腫瘍の治療のための二重特異性ＣＤ１２３×ＣＤ３ダイアボディ

(51)【国際特許分類】

   A61K 39/395 20060101AFI20240909BHJP

   A61P 35/02 20060101ALI20240909BHJP

   A61K 9/08 20060101ALI20240909BHJP

   G01N 33/574 20060101ALI20240909BHJP

   C12Q 1/68 20180101ALI20240909BHJP

   C07K 16/28 20060101ALN20240909BHJP

   C07K 16/46 20060101ALN20240909BHJP

【ＦＩ】

A61K39/395 D

A61K39/395 N

A61P35/02

A61K9/08

G01N33/574 Z

C12Q1/68

C07K16/28 ZNA

C07K16/46

【請求項の数】 25

(21)【出願番号】P 2021548536

(86)(22)【出願日】2019-10-29

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2022-02-07

(86)【国際出願番号】 US2019058616

(87)【国際公開番号】W WO2020092404

(87)【国際公開日】2020-05-07

【審査請求日】2022-10-18

(31)【優先権主張番号】62/878,368

(32)【優先日】2019-07-25

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】62/769,078

(32)【優先日】2018-11-19

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】62/752,659

(32)【優先日】2018-10-30

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(73)【特許権者】

【識別番号】504438727

【氏名又は名称】マクロジェニクス，インコーポレーテッド

(73)【特許権者】

【識別番号】518027885

【氏名又は名称】ナノストリング テクノロジーズ， インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．

【住所又は居所原語表記】５３０ Ｆａｉｒｖｉｅｗ Ａｖｅｎｕｅ Ｎｏｒｔｈ， Ｓｅａｔｔｌｅ， Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ９８１０９ Ｕ．Ｓ．Ａ．

(73)【特許権者】

【識別番号】521187196

【氏名又は名称】ノッティンガム トレント ユニバーシティ

(74)【代理人】

【識別番号】100123858

【弁理士】

【氏名又は名称】磯田 志郎

(72)【発明者】

【氏名】デビッドソン ジャン ケニス

(72)【発明者】

【氏名】チャーチ サラ

(72)【発明者】

【氏名】ルテラ セルジオ

【審査官】伊藤 良子

(56)【参考文献】

【文献】国際公開第２０１８／０１５３４０（ＷＯ，Ａ１）

【文献】特表２０１７－５０４５７７（ＪＰ，Ａ）

【文献】特開２００５－３３３９８７（ＪＰ，Ａ）

【文献】国際公開第２０１７／０６９２８８（ＷＯ，Ａ１）

【文献】国際公開第２０１７／２１４０９２（ＷＯ，Ａ１）

【文献】Comeau et al.，APVO436, a bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR molecule for redirected T-cell cytotoxicity, induces potent T-cell activation, proliferation and cytotoxicity with limited cytokine release，AACR Annual Meeting，Abstract No. 1786，2018年04月，Retrieved from the Internet, <URL: http://aptevo.mhwebstaging.com/wp-content/uploads/2018/06/AACR_2018_-_APVO436__Poster_FINAL_APPROVED_VERSION_040318.pdf>

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ａ６１Ｋ

Ａ６１Ｐ

Ｃ０７Ｋ

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

ＰｕｂＭｅｄ

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを生体外で判定する方法であって、
前記方法は：
（Ａ）１つ以上の標的遺伝子及び／又は１つ以上の基準遺伝子の発現に対して、前記患者から得られた細胞試料中での１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップであって、
Ｉ 前記標的遺伝子のセットは、
（ａ）ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ遺伝子：ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＳＴＡＴ１；
（ｂ）ＩＦＮ下流シグナリングシグネチャ遺伝子：ＡＰＯＬ６、ＤＴＸ３Ｌ、ＧＢＰ１、ＩＦＩ１６、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ３５、ＩＦＩ６、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ２、ＩＲＦ１、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＰＡＲＰ９、ＰＳＭＢ９、ＳＴＡＴ２、ＴＭＥＭ１４０、及びＴＲＩＭ２１；
（ｃ）炎症性ケモカインシグネチャ遺伝子：ＣＣＬ２、ＣＣＬ３／Ｌ１、ＣＣＬ４、ＣＣＬ７、及びＣＣＬ８；
（ｄ）骨髄炎症シグネチャ遺伝子：ＡＲＥＧ、ＣＳＦ３、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＣＬ２０、ＦＯＳＬ１、ＩＥＲ３、ＩＬ６、及びＰＴＧＳ２；
（ｅ）ＭＡＧＥシグネチャ遺伝子：ＭＡＧＥＡ３／Ａ６、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ１２、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＢ２、ＭＡＧＥＣ１、及びＭＡＧＥＣ２；
（ｆ）免疫プロテアソームシグネチャ遺伝子：ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、及びＰＳＭＢ１０； 並びに／又は
（ｇ）腫瘍炎症シグネチャ遺伝子：ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ‐ＤＱＡ１、ＨＬＡ‐ＤＲＢ１、ＨＬＡ‐Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、及びＴＩＧＩＴ；
を含み、
ＩＩ 前記１つ以上の基準遺伝子は、ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢの中から選択された遺伝子であり；並びに
（Ｂ）前記１つ以上の標的遺伝子の発現が、前記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の前記発現に対して増大していることが分かった場合に、前記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として識別するステップ
を含み、
前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、二重特異性抗体、二重特異性ｓｃＦｖ分子、又は２つ以上の共有結合したポリペプチド鎖を含む二重特異性ダイアボディであり、
前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、
（ｉ）ＣＤ３に結合できる抗体の軽鎖可変ドメイン（ＶＬドメイン）；
（ｉｉ）ＣＤ３に結合できる抗体の重鎖可変ドメイン（ＶＨドメイン）；
（ｉｉｉ）ＣＤ１２３に結合できる抗体のＶＬドメイン；及び
（ｉｖ） ＣＤ１２３に結合できる抗体のＶＨドメイン
を含む、方法。

【請求項2】

前記方法は：
（ｉ）前記１つ以上の標的遺伝子の発現；及び
（ｉｉ）その発現が血液悪性腫瘍と特徴的に関連していない１つ以上の基準遺伝子の発現
を評価するステップを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記方法は、前記患者の前記１つ以上の基準遺伝子のベースライン発現に対して前記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

前記方法は：
（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体、又は複数の前記個体の集団；あるいは
（ｂ）前記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していなかった個体、又は複数の前記個体の集団；あるいは
（ｃ）前記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していた個体、又は複数の前記個体の集団
から得られた細胞試料中での、前記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、前記患者の前記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

前記個体の集団における前記１つ以上の標的遺伝子の相対発現レベルは、前記個体の集団から得られた細胞試料における遺伝子発現レベルを平均することによって確立される、請求項４に記載の方法。

【請求項6】

前記患者は、前記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における前記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内である、
発現レベルを示す、請求項１に記載の方法。

【請求項7】

前記細胞試料は骨髄試料である、請求項１に記載の方法。

【請求項8】

前記発現の評価、又は前記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの前記判定は：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での前記１つ以上の標的遺伝子それぞれの発現レベルを判定するステップ；及び
（ｂ）前記１つ以上の標的遺伝子それぞれの前記発現レベルを、前記１つ以上の基準遺伝子の発現レベルと比較するステップ
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項9】

前記発現の評価、又は前記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの前記判定は：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での前記１つ以上の標的遺伝子それぞれの生ＲＮＡレベルを判定するステップ；及び
（ｂ）内部基準遺伝子の測定されたＲＮＡレベルを用いて、前記１つ以上の標的遺伝子それぞれに関する測定された前記生ＲＮＡレベルそれぞれに、相対発現値を割り当てるステップ
を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

前記１つ以上の標的遺伝子に関して遺伝子シグネチャスコアを決定する、請求項１に記載の方法。

【請求項11】

前記遺伝子シグネチャスコアは：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での、前記１つ以上の標的遺伝子それぞれに関する生ＲＮＡレベルを測定するステップ、
（ｂ）測定された前記生ＲＮＡレベルそれぞれを、前記ハウスキーピング遺伝子の幾何平均に対して正規化し、また任意に各ＲＮＡ値を標準に対して更に正規化するステップ；
（ｃ）各正規化済みＲＮＡ値を対数変換するステップ；
（ｄ）各対数変換済みＲＮＡ値と、対応する重み係数とを乗算して、重み付きＲＮＡ値を生成するステップ；及び
（ｅ）前記重み付きＲＮＡ値を足し合わせ、任意に調整係数定数を加えて、前記遺伝子シグネチャスコアを生成するステップ
を含むプロセスによって決定される、請求項１０に記載の方法。

【請求項12】

前記遺伝子シグネチャスコアは、１つ以上の前記標的遺伝子、スコアリングの重み、及び任意に表６及び１２Ａ～１２Ｇで提供される調整計数を用いて決定される、請求項１０に記載の方法。

【請求項13】

患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）前記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャスコアに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャスコアに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャスコアに関するスコアに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた前記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における前記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した前記遺伝子シグネチャスコアに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好ましい患者の応答の指標である、請求項１０に記載の方法。

【請求項14】

（ａ）前記遺伝子シグネチャスコアがＩＦＮガンマシグナリングシグネチャに関して決定され、少なくとも約２．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｂ）前記遺伝子シグネチャスコアが腫瘍炎症シグネチャに関して決定され、少なくとも約５．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｃ）前記遺伝子シグネチャスコアがＩＦＮ下流シグナリングシグネチャに関して決定され、少なくとも約４．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好ましい患者の応答の指標である、
請求項１２に記載の方法。

【請求項15】

前記遺伝子シグネチャスコアは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャである、請求項１２に記載の方法。

【請求項16】

免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の特徴である遺伝子発現シグネチャを示す患者が、前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好ましい患者の応答の指標である、請求項１２に記載の方法。

【請求項17】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ｓｃＦｖを含む二重特異性抗体又は二重特異性分子である、請求項１に記載の方法。

【請求項18】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ＪＮＪ‐６３７０９１７８、ＸｍＡｂ１４０４５、又はＡＰＶＯ４３６である、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は：
（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を有する第１のポリペプチド鎖；及び
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を有する第２のポリペプチド鎖
を含む共有結合二重特異性ダイアボディであり、
前記第１のポリペプチド鎖及び前記第２のポリペプチド鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合している、請求項１に記載の方法。

【請求項20】

前記患者の前記血液悪性腫瘍は：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；ＣＭＬの急性転化；ＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；リヒター症候群；ＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）；小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）；非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。

【請求項21】

前記患者の前記血液悪性腫瘍はＡＭＬである、請求項２０に記載の方法。

【請求項22】

前記患者の前記血液悪性腫瘍は化学療法に対して不応性である、請求項２０に記載の方法。

【請求項23】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日、１００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日、３００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日、又は５００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の投薬量で投与するためのものである、請求項１に記載の方法。

【請求項24】

前記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は連続点滴によって投与するためのものである、請求項１に記載の方法。

【請求項25】

前記患者はヒト患者である、請求項１に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

［関連出願の相互参照］
本出願は、米国特許出願第６２／８７８，３６８号（２０１９年７月２５日出願；係属中）、６２／７６９，０７８号（２０１８年１１月１９日出願；係属中）、及び６２／７５２，６５９号（２０１８年１０月３０日出願；係属中）に対する優先権を主張するものであり、各上記出願は参照によりその全体が本出願に援用される。

【0002】

配列表の参照
本出願は、連邦規則法典第３７巻第１．８２１節以下による１つ以上の配列表を含み、これらの配列表は、コンピュータ可読媒体（ファイル名：１３０１＿０１６１ＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ、２０１９年９月２６日作成、サイズ：３１，２４４バイト）において開示されており、上記ファイルは、参照によりその全体が本出願に援用される。

【0003】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は更に、上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【背景技術】

【0004】

Ｉ．ＣＤ１２３
ＣＤ１２３（インターロイキン３受容体α、ＩＬ‐３Ｒａ）は、４０ｋＤａ分子であり、インターロイキン３受容体複合体の一部である（非特許文献１）。インターロイキン３（ＩＬ‐３）は、多能性幹細胞の赤血球、骨髄及びリンパ系前駆細胞への早期分化を促進する。ＣＤ１２３は、ＣＤ３４＋コミット前駆細胞上で発現される（非特許文献２）が、ＣＤ３４＋／ＣＤ３８－正常造血幹細胞によっては発現されない。ＣＤ１２３は、好塩基球、肥満細胞、形質細胞様樹状細胞によって発現され、単球、マクロファージ、及び好酸球によって多少発現され、好中球及び巨核球によってはわずかしか又は全く発現されない。一部の非造血組織（胎盤、精巣のライディッヒ細胞、特定の脳細胞要素、及び一部の内皮細胞）はＣＤ１２３を発現するが、発現は大半が細胞質性である。

【0005】

ＣＤ１２３は、白血病性芽球及び白血病幹細胞（ＬＳＣ）によって発現されることが報告されている（非特許文献３、４）。ヒトの正常前駆体集団では、ＣＤ１２３は造血前駆細胞（ＨＰＣ）のサブセットによって発現されるものの、正常な造血幹細胞（ＨＳＣ）によっては発現されない。ＣＤ１２３はまた、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）及び好塩基球によって、並びに程度はより低いものの単球及び好酸球によって発現される（非特許文献５～９）

【0006】

ＣＤ１２３は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を含む広範な血液悪性腫瘍において、悪性細胞で過剰発現されることが報告されている（非特許文献７）。ＣＤ１２３の過剰発現は、ＡＭＬの予後不良に関連している（非特許文献１０）。

【0007】

ＩＩ．ＣＤ３
ＣＤ３は４つの別個の鎖で構成されたＴ細胞共受容体である（非特許文献１１）。哺乳類では、この複合体は、１つのＣＤ３γ鎖、１つのＣＤ３δ鎖、及び２つのＣＤ３ε鎖を含有する。これらの鎖は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）として知られる分子と会合して、Ｔリンパ球中で活性化シグナルを生成する。ＣＤ３が存在しない場合、ＴＣＲは適切に会合せず、崩壊する（非特許文献１２）。ＣＤ３は、全ての成熟Ｔ細胞の膜に結合し、実質的に他の全ての細胞タイプの膜に結合しないことが分かっている（非特許文献１３～１５を参照）。

【0008】

ＩＩＩ．ＡＭＬ及びＭＤＳ
急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）及び骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）は、一般に休眠している（即ち急速に分裂しない細胞である）ため細胞死（アポトーシス）及び従来の化学療法剤に対する耐性を有する、白血病性幹細胞（ＬＳＣ）の小さな集団で発生し、それによって永続化すると考えられる。ＬＳＣは、高レベルのＣＤ１２３発現を特徴とし、これは、正常なヒト骨髄中の、対応する正常な造血幹細胞には存在しない（非特許文献４、３）。ＣＤ１２３は、ＡＭＬの４５％～９５％、有毛細胞白血病（ＨＣＬ）の８５％、及び急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）の４０％で発現される。ＣＤ１２３発現は、以下の他の複数の悪性腫瘍／前悪性腫瘍にも関連する：慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）前駆細胞（急性転化ＣＭＬを含む）；ホジキン／リード・シュテルンベルグ（ＲＳ）細胞；形質転換された非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；一部の慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）（ＣＤ１１ｃ＋）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）のサブセット（１６％、最も未成熟、大半が成人）、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）ＤＣ２悪性腫瘍、及びＣＤ３４＋／ＣＤ３８－骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）骨髄細胞悪性腫瘍

【0009】

ＡＭＬは、形質転換された骨髄前駆細胞の、骨髄中での増殖及び蓄積を特徴とするクローン性疾患であり、これは最終的に造血不全につながる。ＡＭＬの発生率は年齢と共に上昇し、高齢の患者ほど、若年の患者に比べて治療成績が悪くなるのが典型的ある（非特許文献１６）。残念ながら現在、ＡＭＬに罹患したほとんどの成人は、この疾患によって死亡している。

【0010】

ＡＭＬの治療はまず、寛解の導入（導入療法）に焦点を合わせる。寛解が達成されると、治療は、このような寛解の確保（寛解後療法又は地固め療法）、及び場合によっては維持療法に焦点を合わせるようにシフトされる。ＡＭＬのための標準的な寛解導入パラダイムは、アントラサイクリン／シタラビンの併用による化学療法であり、またこれに続いて、集中治療に耐える患者の能力、及び化学療法単独での治癒の可能性に応じて、（通常は導入期間中に使用されたものと同一の薬剤をより多い用量で使用した）地固め化学療法、又はヒト幹細胞移植が行われる（例えば非特許文献１７を参照）。

【0011】

導入療法に頻繁に使用される作用剤としては、シタラビン及びアントラサイクリンが挙げられる。シタラビン（ＡｒａＣとしても公知）は、ＤＮＡ合成に干渉することによって、がん細胞（及び他の急速に分裂する正常な細胞）を殺滅する。ＡｒａＣ治療に関連する副作用としては：白血球産生の減少の結果としての、感染症に対する耐性の低下；血小板産生の減少の結果としての出血；及び赤血球細胞の潜在的減少による貧血が挙げられる。他の副作用としては、悪心及び嘔吐が挙げられる。アントラサイクリン（例えばダウノルビシン、ドキソルビシン、及びイダルビシン）は、ＤＮＡ及びＲＮＡ合成の阻害、ＤＮＡの高次構造の破壊、並びに細胞損傷性遊離酸素ラジカルの産生を含む、複数の作用機序を有する。アントラサイクリンの最も重要な副作用は心毒性であり、これにより、投与される生涯用量がかなり制限され、その有用性もある程度制限される。

【0012】

幹細胞移植は、初回又はその後の寛解における、ＡＭＬに罹患した患者の抗白血病療法の最も有効な形態として確立されている（非特許文献１７）。しかしながら残念なことに、新たに診断されたＡＭＬの治療における大幅な進歩にもかかわらず、患者の２０％～４０％は、標準的な導入化学療法で寛解を達成せず、第１完全寛解に達した患者の５０％～７０％は、３年以内の再発が予測される。再発時の、又は抵抗性疾患を有する患者のための最適な戦略は、依然として不確実である（非特許文献１８～２３を参照）。よって新規の治療戦略が必要とされている。

【0013】

ＩＶ．二重特異性分子
非単一特異性分子（例えば二重特異性抗体、二重特異性ダイアボディ、ＢｉＴＥ（登録商標）抗体等）の提供は、異なる複数のエピトープを発現する細胞を共連結及び共局在化する能力という、天然抗体等の単一特異性分子を上回る有意な利点を提供する。従って二重特異性分子は、療法及び免疫診断を含む広範な用途を有する。二重特異性により、様々な用途におけるダイアボディの設計及び操作に高い柔軟性がもたらされ、これにより、多量体抗原への結合活性の強化、異なる抗原の架橋、及び両方の標的抗原の存在に依存する特定の細胞タイプへの指向性標的化が提供される。特に重要なのは、異なる複数の細胞の共連結、例えば細胞傷害性Ｔ細胞等のエフェクタ細胞の、腫瘍細胞に対する架橋である（非特許文献２４、２５）。

【0014】

天然抗体よりも高い能力を有する分子を提供するために、広範な組み換え二重特異性抗体フォーマットが開発されており（例えば特許文献１～７）、これらの大半は、リンカーペプチドを用いて、更なる結合タンパク質（例えばｓｃＦｖ、ＶＬ、ＶＨ等）を、抗体コア（ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ若しくはＩｇＭ）に、若しくはこれらの中に融合させるか、複数の抗体結合部分（例えば２つのＦａｂ断片若しくはｓｃＦｖ）を互いに融合させる。別のフォーマットは、リンカーペプチドを用いて、結合タンパク質（例えばｓｃＦｖ、ＶＬ、ＶＨ等）を、ＣＨ２‐ＣＨ３ドメイン等の二量体化ドメインに、又は別のポリペプチドに融合させ（特許文献８～１１）、また他のフォーマットでは、ＣＬ及びＣＨ１ドメインがそれぞれの自然な位置から交換される、並びに／又はＶＬ及びＶＨドメインが、２つ以上の抗原に結合できるように多様化される（特許文献１２、１３）。

【0015】

当該技術分野は更に、２つ以上の異なるエピトープ種に結合できるダイアボディを産生できることに言及している（例えば非特許文献２６を参照）。安定した共有結合型ヘテロ二量体非単一特異性ダイアボディが記載されている（例えば特許文献１４～１８、非特許文献２７～２９を参照）。このようなダイアボディは、１つ以上のシステイン残基を、採用されたポリペプチド種それぞれに組み込む。例えば、システイン残基をこのような構造のＣ末端に付加すると、ポリペプチド鎖間のジスルフィド結合が可能となり、２価分子の結合特性に干渉することなく、結果として得られるヘテロ二量体を安定させることができることが示されている。更に、ダイアボディ様ドメインを含む３価分子が記載されている（例えば特許文献１９、２０を参照）。ダイアボディエピトープ結合ドメインはまた、Ｔリンパ球、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、又は他の単核細胞で発現される、ＣＤ３、ＣＤ１６、ＣＤ３２、又はＣＤ６４といったいずれの免疫エフェクタ細胞の表面決定因子を指向することもできる。多くの研究において、エフェクタ細胞決定因子、例えばＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）に結合するダイアボディは、該エフェクタ細胞を活性化することも分かった（非特許文献２５、３０、特許文献１４～１８）。通常、エフェクタ細胞の活性化は、Ｆｃ‐ＦｃγＲ相互作用による、エフェクタ細胞への抗原結合抗体の結合によってトリガされ、従ってこの点に関して、ダイアボディ分子は、Ｆｃドメインを含むかどうかにかかわらず、（例えば当該技術分野において公知の、又は本明細書で例示されている、いずれのエフェクタ機能アッセイ（例えばＡＤＣＣアッセイ）においてアッセイされるような）Ｉｇ様の機能を示し得る。腫瘍細胞とエフェクタ細胞とを架橋することにより、ダイアボディは、エフェクタ細胞を腫瘍細胞の付近に運ぶだけでなく、効果的な細胞殺滅をもたらす（例えば非特許文献３１を参照）。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0016】

【文献】国際公開第２００８／００３１１６号

【文献】国際公開第２００９／１３２８７６号

【文献】国際公開第２００８／００３１０３号

【文献】国際公開第２００７／１４６９６８号

【文献】国際公開第２００９／０１８３８６号

【文献】国際公開第２０１２／００９５４４号

【文献】国際公開第２０１３／０７０５６５号

【文献】国際公開第２００５／０７０９６６号

【文献】国際公開第２００６／１０７７８６号

【文献】国際公開第２００６／１０７６１７号

【文献】国際公開第２００７／０４６８９３号

【文献】国際公開第２００８／０２７２３６号

【文献】国際公開第２０１０／１０８１２７号

【文献】国際公開第２００６／１１３６６５号

【文献】国際公開第２００８／１５７３７９号

【文献】国際公開第２０１０／０８０５３８号

【文献】国際公開第２０１２／０１８６８７号

【文献】国際公開第２０１２／１６２０６８号

【文献】国際公開第２０１５／１８４２０３号

【文献】国際公開第２０１５／１８４２０７号

【非特許文献】

【0017】

【文献】Stomski, F.C. et al. (1996) “Human Interleukin-3 (IL-3) Induces Disulfide-Linked IL-3 Receptor Alpha- And Beta-Chain Heterodimerization, Which Is Required For Receptor Activation But Not High-Affinity Binding,” Mol. Cell. Biol. 16(6):3035-3046

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【文献】Veri, M.C. et al. (2010) “Therapeutic Control Of B Cell Activation Via Recruitment Of Fcgamma Receptor IIb (CD32B) Inhibitory Function With A Novel Bispecific Antibody Scaffold,” Arthritis Rheum. 62(7):1933-1943

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【文献】Cao et al. (2003) “Bispecific Antibody Conjugates In Therapeutics,” Adv. Drug. Deliv. Rev. 55:171-197

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0018】

ＣＤ１２３発現性悪性細胞のＴ細胞標的転換細胞殺滅を仲介できる、ＣＤ１２３及びＣＤ３を標的とするいくつかの二重特異性分子が開発中である（例えばVey, N., et al. (2017) “Interim Results From A Phase 1 First-In-Human Study Of Flotetuzumab, a CD123 x CD3 Bispecific DART Molecule In AML/MDS,” Annals of Oncology, 28(S5)5, mdx373.001; Godwin, C.D., et al. (2017) “Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 Adaptir（商標） Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro” Blood. 130(S1): 2639; Forslund, A., et al. (2016) “Ex Vivo Activity Profile of the CD123xCD3 Duobody（登録商標） Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples” Blood 128(22):2875を参照）。しかしながら、Ｔ細胞を血液悪性腫瘍の位置へと標的化できる二重特異性結合分子を採用するための努力は、十分に成功しているとは言えない。従って、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた血液悪性腫瘍の治療のための新規の戦略を開発することについて、満たされていない需要が存在し続けている。本発明はこの需要、及び以下に記載される他の需要に直接対処する。

【課題を解決するための手段】

【0019】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は更に、上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【0020】

詳細には、本発明は、患者の化学療法不応性血液悪性腫瘍を治療する方法を提供し、上記方法は、上記患者に、治療投薬量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を投与するステップを含み、上記投薬量は、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激することによって上記悪性腫瘍を治療するために有効なものである。

【0021】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前及び／又は後に、上記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現を評価するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記方法が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明はまた、上記方法が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与後に、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0022】

本発明は更に、患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定する方法を提供し、上記方法は：
（ａ）上記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現に対して、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップ；並びに
（ｂ）上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、上記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の上記発現に対して増大していることが分かった場合に、上記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として識別するステップ
を含む。

【0023】

本発明は更に、上記方法が：（ｉ）上記１つ以上の標的遺伝子の発現；及び（ｉｉ）その発現が血液悪性腫瘍と特徴的に関連していない１つ以上の基準遺伝子を評価する、上記方法の実施形態を提供する。

【0024】

本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の基準遺伝子のベースライン発現に対して上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0025】

本発明は更に、血液悪性腫瘍に罹患している個体の、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、血液悪性腫瘍に罹患している上記個体の、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、又は第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記方法の実施形態を提供する。

【0026】

本発明は更に、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療されなかった個体（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体）、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、良好に治療されなかった上記個体又は上記個体の集団の１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、又は第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、良好に治療されなかった上記個体又は上記個体の集団の上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、少なくとも約０．４、少なくとも約０．５、少なくとも約０．６、又はそれより高いｌｏｇ₂倍率変化を有する、上記方法の実施形態を提供する。

【0027】

本発明は更に、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療された個体（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体）、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、ある患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、良好に治療された上記個体又は上記個体の集団の上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの、第１四分位数以内（即ち下２５％以内）、第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）、又は第３四分位数以内（即ち下５０～７５％）である、上記方法の実施形態を提供する。

【0028】

本発明は更に、上記集団における上記１つ以上の標的遺伝子の相対発現レベルが、上記個体の集団から得られた細胞試料における遺伝子発現レベルを平均することによって確立される、上記方法の実施形態を提供する。

【0029】

本発明は更に、上記患者が、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内である、
発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0030】

本発明は更に、上記患者が、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第２四分位数以内である、
発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0031】

本発明は更に、上記患者が、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．６のｌｏｇ₂倍率変化を有する、
発現レベルを示す、上記方法の実施形態を提供する。

【0032】

本発明は更に、血液悪性腫瘍を治療する方法を提供し、上記方法は：
（ａ）上述の実施形態のうちのいずれか１つの方法を採用して、患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定するステップ；
（ｂ）上記患者がこのような治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、治療投薬量の上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を上記患者に投与するステップ
を含み、
上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与は、上記患者の体内での血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する。

【0033】

本発明は更に、上記治療の開始後に、上記患者から得られた細胞試料中での上記１つ以上の標的遺伝子の発現を、１回以上評価するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0034】

本発明は更に、上記細胞試料が骨髄又は血液試料である、上記方法の実施形態を提供する。特に本発明は、上記細胞試料が骨髄試料である、上記方法の実施形態を提供する。

【0035】

本発明は更に、上記患者の骨髄の試料中での、上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0036】

本発明は更に、特にＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記患者の骨髄の試料中での、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0037】

本発明は更に、発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの判定が：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の遺伝子発現レベルを判定するステップ；及び
（ｂ）標的遺伝子発現レベルを、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルと比較するステップ
によって実施される、上記方法の実施形態を提供する。

【0038】

本発明は更に、発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの判定が：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームで、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の生ＲＮＡレベルを判定するステップであって、上記遺伝子発現プラットフォームは、ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む、ステップ；及び
（ｂ）内部基準遺伝子の測定されたＲＮＡレベルを用いて、上記標的遺伝子に関する測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれに、相対発現値を割り当てるステップ
によって実施される、上記方法の実施形態を提供する。

【0039】

本発明は更に、上記１つ以上の標的遺伝子が：
（ａ）ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＳＴＡＴ１のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｂ）ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ‐ＤＱＡ１、ＨＬＡ‐ＤＲＢ１、ＨＬＡ‐Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、及びＴＩＧＩＴのうちの１つ以上；並びに／又は
（ｃ）ＡＲＥＧ、ＣＳＦ３、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＣＬ２０、ＦＯＳＬ１、ＩＥＲ３（ＮＭ＿００３８９７．４）、ＩＬ６、及びＰＴＧＳ２のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｄ）ＣＣＬ２、ＣＣＬ３／Ｌ１、ＣＣＬ４、ＣＣＬ７、及びＣＣＬ８のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｅ）ＭＡＧＥＡ３／Ａ６、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ１２、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＢ２、ＭＡＧＥＣ１、及びＭＡＧＥＣ２のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｆ）ＡＰＯＬ６、ＤＴＸ３Ｌ、ＧＢＰ１、ＩＦＩ１６、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ３５、ＩＦＩ６、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ２、ＩＲＦ１、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＰＡＲＰ９、ＰＳＭＢ９、ＳＴＡＴ２、ＴＭＥＭ１４０、及びＴＲＩＭ２１のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｇ）ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、及びＰＳＭＢ１０のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｈ）ＩＬ‐１０；並びに／又は
（ｉ）ＣＤ２７４；並びに／又は
（ｊ）ＰＤＣＤ１ＬＧ２
を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0040】

本発明は更に、上記１つ以上の標的遺伝子が更にＩＦＮＧ（ＮＭ＿０００６１９．２）を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0041】

本発明は更に、上記１つ以上の基準遺伝子が、ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢのうちの１つ以上を含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0042】

本発明は更に、上記１つ以上の標的遺伝子に関して遺伝子シグネチャスコアを決定する、上記方法の実施形態を提供する。本発明の特定の実施形態では、上記遺伝子シグネチャスコアは、各上記標的遺伝子の上記生ＲＮＡレベルから：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での、各上記標的遺伝子に関する上記生ＲＮＡレベルを測定するステップ、
（ｂ）測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれを、上記ハウスキーピング遺伝子の幾何平均に対して正規化し、また任意に各ＲＮＡ値を標準に対して更に正規化するステップ；
（ｃ）各正規化済みＲＮＡ値を対数変換するステップ；
（ｄ）各対数変換済みＲＮＡ値と、対応する重み係数とを乗算して、重み付きＲＮＡ値を生成するステップ；及び
（ｅ）上記重み付きＲＮＡ値を足し合わせ、任意に調整係数定数を加えて、単一の遺伝子シグネチャスコアを生成するステップ
を含むプロセスによって決定される。

【0043】

好ましくは、遺伝子シグネチャは、表６及び１２Ａ～１２Ｇで提供される標的遺伝子を用いて決定される。本発明の特定の実施形態では、上記重み係数は、表６及び１２Ａ～１２Ｇで提供されるものである。本発明の特定の実施形態では、調整係数を各スコアに加える。特定の実施形態では、上記調整係数は、表６及び１２Ｂ～１２Ｇで提供されるものである。

【0044】

本発明は特に、遺伝子シグネチャスコアが：
（ａ）ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ；
（ｂ）腫瘍炎症シグネチャ；
（ｃ）骨髄炎症シグネチャ；
（ｄ）炎症性ケモカインシグネチャ；
（ｅ）ＭＡＧＥシグネチャ；
（ｆ）ＩＦＮ下流シグナリングシグネチャ；
（ｇ）免疫プロテアソームシグネチャ；
（ｈ）ＩＬ‐１０シグネチャ；
（ｉ）ＰＤ‐Ｌ１シグネチャ；及び／又は
（ｊ）ＰＤ‐Ｌ２シグネチャ
のうちの１つ以上に関して決定される、上記方法の実施形態を提供する。

【0045】

本発明は更に：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0046】

本発明は更に：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．５のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第２四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0047】

本発明は更に：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．６のｌｏｇ₂倍率変化を有する、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0048】

本発明は更に：
（ａ）上記遺伝子シグネチャがＩＦＮガンマシグナリングシグネチャであり、少なくとも約２．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｂ）上記遺伝子シグネチャが腫瘍炎症シグネチャであり、少なくとも約５．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｃ）上記遺伝子シグネチャがＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、少なくとも約４．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、
上記方法の実施形態を提供する。

【0049】

本発明は更に、上記遺伝子シグネチャが、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、また：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0050】

本発明は更に、上記遺伝子シグネチャが、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、また：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャのスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．５のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した遺伝子シグネチャのスコアの、少なくとも第２四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0051】

本発明はまた、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の特徴である遺伝子発現シグネチャを示す患者が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、上記方法の実施形態を提供する。

【0052】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、ｓｃＦｖを含む二重特異性抗体又は二重特異性分子である、上記方法の実施形態を提供する。

【0053】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、ＪＮＪ‐６３７０９１７８、ＸｍＡｂ１４０４５、又はＡＰＶＯ４３６である、上記方法の実施形態を提供する。

【0054】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が、２つ、３つ、又は４つのポリペプチド鎖を有する共有結合型二重特異性ダイアボディである、上記方法の実施形態を提供する。

【0055】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子が：
（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を有する第１のポリペプチド鎖；及び
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を有する第２のポリペプチド鎖
を含むダイアボディであり、上記第１のポリペプチド鎖及び上記第２のポリペプチド鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合している、上記方法の実施形態を提供する。

【0056】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍が：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；ＣＭＬの急性転化；ＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；リヒター症候群；ＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫からなる群から選択される、上記方法の実施形態を提供する。

【0057】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍がＡＭＬ、ＭＤＳ、ＢＰＤＣＮ、又はＴ‐ＡＬＬである、上記方法の実施形態を提供する。

【0058】

本発明は更に、上記患者の血液悪性腫瘍が、化学療法（ＣＴＸ）に対して不応性である、例えばシタラビン／アントラサイクリン系細胞傷害性化学療法に対して不応性である、又は低メチル化剤（ＨＭＡ）化学療法に対して不応性である、上記方法の実施形態を提供する。

【0059】

本発明は更に、芽球細胞（癌細胞）のＣＤ１２３の発現のレベルを、正常な末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）によって発現される対応するベースラインレベルＣＤ１２３と比較して決定するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0060】

本発明は更に、上記発現のレベルが、ＣＤ１２３の細胞表面発現を測定することによって決定される、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、ＣＤ１２３の細胞表面発現が、発現のベースラインレベルに対して少なくとも約２０％増大する、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、ＣＤ１２３発現の増大が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する上記患者の応答性を高める、上記方法の実施形態を提供する。

【0061】

本発明は更に、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の有効投薬量が、３０、１００、３００、及び５００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日からなる群から選択される、上記方法の実施形態を提供する。

【0062】

本発明は更に、上記治療投薬量が連続点滴として投与される、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、３０ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を３日間にわたって連続点滴で投与した後、１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量を４日間にわたって連続点滴で投与する、上記方法の実施形態を提供する。本発明は更に、上記治療投薬量が、連続点滴によって投与される５００ｎｇ／ｋｇ／日の投与を更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0063】

本発明は更に、上記患者がヒト患者である、上述の全ての方法の実施形態を提供する。

【図面の簡単な説明】

【0064】

【図1A-1C】図１Ａ～１Ｃは、例示的なダイアボディ分子の全体的構造を示す。図１Ａは、２つのエピトープ結合ドメイン、ヘテロ二量体促進ドメイン、及びシステイン含有リンカーを有する２鎖ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディ（フロテツズマブとしても知られる「ＤＡＲＴ‐Ａ」）の、第１及び第２のポリペプチド鎖の構造を提供する。図１Ｂ～１Ｃは、３つのポリペプチド鎖で構成される、２つのエピトープ結合ドメインを有するＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディの全体的構造を提供する。上記ポリペプチド鎖のうちの２つは、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを有し、従って会合した鎖はＦｃドメインの全体又は一部を形成する。ＶＬ及びＶＨドメインを含むポリペプチド鎖は更に、ヘテロ二量体促進ドメイン及びリンカーを含む。システイン残基は、リンカーに（図１Ａ及び１Ｂ）、並びに／又はヘテロ二量体促進ドメインに（図１Ｃ）、存在してよい。同一のエピトープを認識するＶＬ及びＶＨドメインは、同一の濃淡又は塗りつぶしパターンを用いて示されている。

【図2】図２は、従来の化学療法に対して不応性応答を示した患者（例えば、ダウノルビシンと組み合わせて投与されるシタラビンを用いた治療のレジメンに対して不応性応答を示した患者（７＋３導入療法（Ｒｅｆ ＣＴＸ））、又は低メチル化剤デシタビン及びアザシチジンを用いた治療のレジメンに対して不応性応答を示した患者（Ｒｅｆ ＨＭＡ、二次ＡＭＬの患者を含む））、及び全てフロテツズマブ治療の前に再発した患者（Ｒｅｌａｐｓｅ）から得られたベースライン骨髄生検から生成された、４６のＩＯ３６０シグネチャ又は細胞タイプの教師なし階層的クラスタリングを示す。また、フロテツズマブを用いたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の応答も示されている。このような応答に、抗白血病応答（Ａｎｔｉ‐ｌｅｕｋ（Ａ）：これは、完全応答（ＣＲ）、不完全な血液学的改善を伴う完全応答（ＣＲｉ）、形態学的無白血病状態（ＭＬＦ）、他の抗白血病効果（ＯＢ）、若しくは部分応答（ＰＲ）を示す患者を含んでいた）であるものとして、又は無応答（ＮＲ：これは、進行性疾患／治療失敗（ＰＤ）、及び安定性疾患（ＳＤ）を含んでいた）として、注釈を付けた。シグネチャ間の比較を容易にするために、各ＩＯ３６０シグネチャスコアを、このコホートに関するスコア内で－３～＋３のスケールに再スケーリングした。免疫疲弊及び免疫強化遺伝子シグネチャは、それぞれクラスタ２及びクラスタ３のカラム内で太線で囲まれている。

【図3A-3O】図３Ａ～３Ｏは、化学療法不応性及びＨＭＡ不応性の患者が、複数の遺伝子シグネチャの異なる発現を有することを示す。特に、再発患者の遺伝子発現プロファイルは免疫枯渇の特徴を示し、その一方でＨＭＡ不応性（ＨＭＡ不応性及び二次ＡＭＬを含む）患者のプロファイルは、ＣＴＸ不応性患者と比較して、疲弊したＣＤ８Ｔ細胞に関連する遺伝子シグネチャが増大する傾向と共に、ＴＩＧＩＴ、ＰＤ‐Ｌ１及びＴｒｅｇ遺伝子シグネチャの上方制御を含む、免疫疲弊及び適応免疫抵抗性の特徴を示す。図３Ａは、全ての不応性（ＣＴＸ及びＨＭＡ）からの再発患者の変化の間の倍率変化の違いのフォレストプロットである。図３Ｂは、再発からのＨＭＡ不応性患者の変化の間の倍率変化の違いのフォレストプロットであり、図３Ｃは、ＣＴＸ不応性患者からＨＭＡ不応性患者の変化の間の倍率変化の違いのフォレストプロットである。クラスタ２免疫疲弊（Ｃ２）及びクラスタ３免疫強化（Ｃ３）遺伝子シグネチャは、図３Ａ及び３Ｃに示されている。骨髄（図３Ｄ）、マクロファージ（図３Ｅ）、好中球（図３Ｆ）、Ｂ細胞（図３Ｇ）、ＩＦＮガンマ（ＩＦＮ‐γ、図３Ｈ）、ＰＤ‐Ｌ１（図３Ｉ）、ＴＩＧＩＴ（図３Ｊ）、ＣＴＬＡ‐４（図３Ｋ）、Ｔｈ１（図３Ｌ）、ＣＴＬ（図３Ｍ）、ＣＤ８ Ｔ細胞（図３Ｎ）、及び細胞傷害性（図３Ｏ）遺伝子シグネチャスコアが、免疫枯渇（Ｄｅｐｌ．）、免疫強化（Ｅｎｒｉｃｈｅｄ）、及び免疫疲弊（Ｅｘｈ．）プロファイルに関してプロットされている。

【図4】図４は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法の後の、２５人の患者（再発（ＲＬ）患者、ＣＴＸ不応性であった患者（ＣＴｘ）、及びＨＭＡ不応性であった患者（ＨＭＡ））由来の骨髄芽球における（ベースラインに対する）パーセント変化、並びに上記療法に対する上記患者の応答（ＣＲ、完全応答；ｍＣＲ、分子ＣＲ；ＣＲｉ、不完全な血液学的改善を伴う完全応答；ＭＬＦ、形態学的無白血病状態；ＰＲ、部分応答；ＳＤ、安定性疾患；ＰＤ、進行性疾患／治療失敗）を示す。

【図5A-5C】図５Ａ～５Ｃは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャがフロテツズマブに対する応答者においてベースラインで増大すること、従ってＩＦＮガンマシグナリングシグネチャＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する正の応答の予測因子となることを示す。図５Ａは、ＯＲ患者とＮＲ患者との間のベースライン倍率変化の違いのフォレストプロットであり、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャがＯＲ患者のベースライン試料において増大したことを示す（免疫疲弊（Ｃ２）及び免疫強化（Ｃ３）遺伝子シグネチャが示されている）。腫瘍炎症シグネチャ及びＩＦＮ下流シグネチャも増大することが確認された。図５Ｂは、患者のＮＲ及びＯＲ集団におけるＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの分布を示す（二次ＡＭＬ；Ｒｅｆ ＣＴＸ：ＣＴＸに対して不応性；Ｒｅｆ ＨＭＡ：ＨＭＡに対して不応性、再発：一次再発）。図５Ｃは、ベースラインＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの予測性能を示すＲＯＣ曲線（ＡＵＣ＝０．８１９）を示す。

【図6】図６は、治療前（「Ｂａｓｅ」）の骨髄試料由来の、又はフロテツズマブを用いた治療の第１のサイクルの後（「Ｃｙｃｌｅ １」）の骨髄試料由来のＲＮＡにおいて検査した、細胞傷害性細胞に、又はＣＤ８＋ Ｔ細胞に関連する遺伝子シグネチャの発現を示す

【図7】図７は、化学療法に対して不応性の患者集団、再発患者集団、ＨＭＡに対して不応性の患者集団、又はＨＭＡが失敗した患者集団における、ＣＤ１２３の発現を示す。

【図8】図８は、ベースライン（ＢＬ）における患者のＡＭＬ芽球のＰＤ‐Ｌ１の発現のレベルと、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する早期進行者であったか又は応答者であったかとの間の相関を示す。データは平均＋分布として表される。

【図9】図９は、従来の化学療法に対して不応性応答を示した患者（Ｐ）、及び全てフロテツズマブ治療の前に再発した患者（Ｒ）から得られたベースライン骨髄生検から生成された、４８のＩＯ３６０シグネチャ又は細胞タイプの教師なし階層的クラスタリングを示す。また、フロテツズマブを用いたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の応答も示されている。このような応答に、抗白血病応答（Ａ：これは、完全応答（ＣＲ）、不完全な血液学的改善を伴う完全応答（ＣＲｉ）、形態学的無白血病状態（ＭＬＦ）、他の抗白血病効果（ＯＢ）、若しくは部分応答（ＰＲ）を示す患者を含んでいた）であるものとして、又は無応答（Ｎ：これは、進行性疾患／治療失敗（ＰＤ）、及び安定性疾患（ＳＤ）を含んでいた）として、注釈を付けた。シグネチャ間の比較を容易にするために、各ＩＯ３６０シグネチャスコアを、このコホートに関するスコア内で－３～＋３のスケールに再スケーリングした。免疫浸潤クラスタ及び免疫枯渇クラスタへの層別化が示されている。

【図10】図１０は、再発した不応性の患者の、フロテツズマブを用いたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対して抗白血病応答（ＯＲ）を示す患者と非応答者（ＮＲ）との間の、ベースライン倍率変化の違いのフォレストプロットであり、以下を含む多数のシグネチャが、応答者由来のベースライン試料において増大した：ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、ＩＦＮ下流シグネチャ、及び腫瘍炎症シグネチャ（それぞれ太線で囲まれている）。ＩＦＮ優性モジュールを構成する遺伝子シグネチャにアスタリスクが付けられており、これらも応答者由来のベースライン試料において増大している。

【図11A-11D】図１１Ａ～１１Ｄは、複数の遺伝子シグネチャのスコア分布を示し、不応性（Ｒｅｆｒ．）及び再発（Ｒｅｌ．）患者、ＯＲ患者のＩＦＮモジュールは、大きな白い丸で示されており、ＮＲ患者は、小さな黒い点で示されている。対になったデータに関して、マン＝ホイットニーのＵ検定を用いて比較を行った。＊＊Ｐ＜０．０１である。図１１Ａは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの分布を示す。図１１Ｂは、ＩＦＮ下流シグナリングシグネチャスコアの分布を示す。図１１Ｃは、腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）スコアの分布を示す。図１１Ｄはは、ＩＦＮ優性モジュール（ＩＦＮモジュール）スコアの分布を示す。

【図12A-12J】図１２Ａ～１２Ｊは、非応答者（ＮＲ）及び応答する患者（抗白血病応答を示す患者）（ＯＲ）における、ＩＦＮ優性モジュールを構成する９個の遺伝子シグネチャ、及び腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）のスコアの分布を示す。図１２ＡはＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアを示し；図１２ＢはＩＦＮ下流シグネチャスコアを示し；図１２Ｃは骨髄炎症シグネチャスコアを示し；図１２Ｄは免疫プロテアソームシグネチャスコアを示し；図１２Ｅは炎症性ケモカインシグネチャスコアを示し；図１２ＦはＭＡＧＥシグネチャスコアを示し；図１２ＧはＰＤ‐Ｌ１シグネチャスコアを示し；図１２ＨはＰＤ‐Ｌ２シグネチャスコアを示し；図１２ＩはＩＬ１０シグネチャスコアを示し；図１２Ｊは腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）スコアを示す。

【図13A-13K】図１３Ａ～１３Ｋは、ＩＦＮ優性モジュールを構成する９個の遺伝子シグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）、及び３０人の不応性／再発患者の群に関するＩＦＮ優性モジュールに関する、ベースラインスコアの予測性能を示すＲＯＣ曲線を示す。図１３Ａは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７５０である。図１３Ｂは、ＩＦＮガンマ下流シグナリングシグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７５５である。図１３Ｃは、骨髄炎症シグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．６９である。図１３Ｄは、免疫プロテアソームシグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．５０５である。図１３Ｅは、炎症性ケモカインシグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７６４である。図１３Ｆは、ＭＡＧＥシグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７３６である。図１３Ｇは、ＰＤ‐Ｌ１シグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．６９９である。図１３Ｈは、ＰＤ‐Ｌ２シグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７２７である。図１３Ｉは、ＩＬ１０シグネチャスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．７４５である。図１３Ｊは、ＴＩＳスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．８５２である。図１３Ｋは、ＩＦＮ優性モジュールスコアに関するＲＯＣ曲線を示し、ＡＵＣ＝０．８０６である。

【図14A-14D】図１４Ａ～１４Ｄは、治療前（「Ｐｒｅ」）の骨髄試料由来の、又はフロテツズマブを用いた治療の第１のサイクルの後（「Ｐｏｓｔ‐Ｃ１」）の骨髄試料由来のＲＮＡにおいて検査した、腫瘍炎症（ＴＩＳ、図１４Ａ）、ＩＦＮガンマシグナリング（図１４Ｂ）、抗原プロセシング機械（ＡＰＭ、図１４Ｃ）、及びＰＤ‐Ｌ１（図１４Ｄ）遺伝子シグネチャのスコア分布を示し、ＯＲ患者は大きな白い丸で示されており、ＮＲ患者は小さな黒い点で示されている。対になったデータに関して、マン＝ホイットニーのＵ検定を用いて比較を行った。Ｐｒｅ＝ベースラインである。Ｃ１＝サイクル１である。＊＊Ｐ＜０．０１である。＊＊＊Ｐ＜０．００１である。

【発明を実施するための形態】

【0065】

本発明は、化学療法及び／又は低メチル化剤に対して不応性である血液悪性腫瘍を含む、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）又は骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）等の血液悪性腫瘍を治療する方法を対象とする。上記方法は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を、患者に、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激するために有効な量で投与することに関する。本発明は更に、上記患者由来の細胞試料が、１つ以上の標的遺伝子の、上記遺伝子の発現のベースラインレベル、例えば上記血液悪性腫瘍に罹患している複数の個体の基準集団における上記遺伝子の発現のベースラインレベルよりも高い、又は基準遺伝子の発現のレベルに対して高い発現を示す、上記方法の実施形態を対象とする。

【0066】

上述のように、化学療法耐性及び再発は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）に罹患した小児及び成人の死亡の重大な原因であり続けている。従来の化学療法を受けても、患者のうちの２６．９％しか、５年を超えて生存しないと予想される。

【0067】

急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）に罹患した患者における治療アプローチは、３０年以上にわたってあまり変化していない。標準的な最前線の療法は、ダウノルビシンと組み合わせて投与されるシタラビンの、２薬剤レジメン（いわゆる７＋３導入療法、本明細書中では「ＣＴＸ」と略される）である。低メチル化剤（本明細書中では「ＨＭＡ」と略される）デシタビン及びアザシチジンは一般に、比較的高齢の患者に、又はＣＴＸレジメンが適合しないと考えられる患者に投与される。しかしながら、文献による推定では、患者のうちの最高４５％が、標準的な最前線の化学療法に対して不応性であることが示されている。従来の細胞傷害性化学療法の更なる強化は、これらの薬剤によって一般に誘発される正常細胞に対する急性かつ長期の副作用の重篤度を理由として、実行不可能とみなされてきた（Tasian, S.K. (2018 “Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?,” Ther. Adv. Hematol. 9(6):135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) “Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia” Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) “Cytokine Release Syndrome,” J. Immunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14; Milone, M.C. et al. (2018) “The Pharmacology of T Cell Therapies,” Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) “Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders,” Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) “New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management,” Crit. Care 14;21(1):89）。

【0068】

Ｔ細胞と結合する二重特異性抗体は、炎症誘発性サイトカインの放出を刺激する。このようなサイトカインは、直接的な細胞傷害性によって、並びに免疫細胞を活性化させて腫瘍部位に動員することにより、抗白血病的効能を増大させることができる(Hoseini, S.S. et al. (2107) “Acute Myeloid Leukemia Targets For Bispecific Antibodies,” Blood Cancer Journal 7:e522, doi:10.1038/bcj.2017.2; pp. 1-12）。特に、フロテツズマブというＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療は、再発／不応性（「Ｒ／Ｒ」）ＡＭＬのフェーズ１／２試験で試験されている。血液悪性腫瘍を引き起こす癌細胞を選択的に標的とする、免疫療法の優れた能力にもかかわらず（例えばKoch, J. et al. (2017) “Recombinant Antibodies to Arm Cytotoxic Lymphocytes in Cancer Immunotherapy,” Transfus. Med. Hemother. 44:337-350; Lichtenegger, F.S. et al. (2017) “Recent Developments In Immunotherapy Of Acute Myeloid Leukemia,” J. Hematol. Oncol. 10:142, pp. 1-20を参照）、Ｔ細胞を血液悪性腫瘍の位置に標的化できる二重特異性結合分子を採用するための努力は十分に成功していない。

【0069】

従って、免疫療法を含む新規の治療戦略の発見は、依然として優先事項である。免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境（「ＴＭＥ」）を有するＡＭＬ患者は、無再発生存期間が有意に短いことが過去に報告されており、これは標準的な導入化学療法に対する不応性を示唆している（Vadakekolathu, J. et al. (2017) “Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns,” Blood 130:3942A）。

【0070】

本明細書中で使用される場合、用語「遺伝子発現シグネチャ（ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）」は、特定の細胞タイプ及び／又は生物学的プロセスに特徴的な遺伝子のグループの遺伝子発現のパターンを指すことを意図したものである（例えばStenner, F. et al. (2018) “Cancer Immunotherapy and the Immune Response in Follicular Lymphoma,” Front. Oncol. 8:219 doi: 10.3389/fonc.2018.00219, pages 1-7; Cesano, A. et al. (2018) “Bringing The Next Generation Of Immuno-Oncology Biomarkers To The Clinic,” Biomedicines 6(14) doi: 10.3390/biomedicines6010014, pages 1-11; Shrestha, G. et al. (2016) “The Value Of Genomics In Dissecting The RAS-Network And In Guiding Therapeutics For RAS-Driven Cancers,” Semin. Cell Dev. Biol. 58:108-117; Gingras, I. et al. (2015) “CCR 20th Anniversary Commentary: Gene-Expression Signature in Breast Cancer--Where Did It Start and Where Are We Now?,” Clin. Cancer Res. 21(21):4743-4746; Eberhart, C.G. (2011) “Molecular Diagnostics In Embryonal Brain Tumors,” Brain Pathol. 21(1):96-104; Baylin, S.B. (2009) “Stem Cells, Cancer, And Epigenetics,” StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.50.1, pages 1-14; Asakura, M. et al. (2009) “Global Gene Expression Profiling In The Failing Myocardium,” Circ. J. 73(9):1568-1576; Shaffer, A.L. et al. (2001) “Signatures Of The Immune Response,” Immunity 15(3):375-385; Staudt, L.M. et al. (2005) “The Biology Of Human Lymphoid Malignancies Revealed By Gene Expression Profiling,” Adv. Immunol. 87:163-208を参照）。観察された遺伝子発現シグネチャ、及び／又は変更された（若しくは変更されていない）１つ以上の生物学的プロセスに起因する該シグネチャの変化を用いて、病原性の医学的状態の存在、性質、及び／又は重篤度を評価できる。

【0071】

本発明の中心的な態様は、ＩＦＮガンマ優性ＡＭＬ腫瘍微小環境（「ＴＭＥ」）の存在の認識が、標準的な化学療法に対する抵抗性の予測とは対照的に、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を採用した療法（ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子フロテツズマブを採用した療法を含む）に対する好ましい応答を予測するという認識に関する。本発明は部分的に、不応性血液悪性腫瘍（例えば急性骨髄性白血病）に罹患した患者の特定の亜集団が、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子（例えばフロテツズマブ）を用いた治療に特に適しているという認識に由来する。この亜集団のメンバーは、上記メンバーの、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示す能力によって、容易に同定できる。

【0072】

Ｉ．本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療に特に好適な患者集団の同定
Ａ．「遺伝子発現シグネチャ」の決定方法
ある患者が、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すかどうかを判断することによって、本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に特に適しているかどうかを識別するために、患者から得られた細胞試料に由来するＲＮＡ試料を評価して、これが、上記シグネチャと相関して発現する１つ以上の「標的（ｔａｒｇｅｔ）」遺伝子の発現の増大のエビデンスとなるかどうかを判断する。このような評価は、遺伝子発現の既存の検出及び／若しくは測定を利用してよく、又はこのような遺伝子発現を検出及び／若しくは測定する１つ以上のステップを組み込んだものであってもよい。本明細書中で使用される場合、用語「細胞試料（ｃｅｌｌｕｌａｒ ｓａｍｐｌｅ）」は、細胞又は細胞の抽出物を含有する試料を指す。

【0073】

ある患者が免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すかどうかの判断において使用するためのＲＮＡ又はタンパク質のソースとして、いずれの細胞試料を採用してよい。しかしながら好ましくは、このような遺伝子発現の比較は、患者又はドナーの集団の骨髄（ＢＭ）試料から、又は血液試料から、又は芽球細胞（癌細胞）から得られたＲＮＡを使用して実施される。ドナーの集団の上述のような細胞からＲＮＡを得て、ベースライン発現レベルを提供する場合、採用された発現レベルの平均を使用してよい（例えば幾何平均を採用してよい）。多数の異なる基準集団を、このような遺伝子発現の比較に使用してよい。特定の実施形態では、患者が示す少なくとも１つの標的遺伝子の発現レベルを：血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団；上記基準発現レベルの決定時に上記血液悪性腫瘍に罹患していて、血液悪性腫瘍の治療に対する良好な応答性を有していなかった個体の集団（即ちＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）；及び／又は上記基準発現レベルの決定時に上記血液悪性腫瘍に罹患していて、その後、血液悪性腫瘍が、本発明の方法及び組成物を用いて良好に治療された個体の集団（即ちＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）において示される、上記標的遺伝子の発現レベルと比較する。比較対象集団が、血液悪性腫瘍に罹患している集団である場合、このような集団は好ましくは、同一の血液悪性腫瘍に罹患している個体を患者として含む。このような集団は、化学療法剤を用いた過去の治療後に再発した、及び／又は化学療法剤を用いた治療に対して不応性であった（即ち一次不応性の）個体を含んでよい。比較対象集団が、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた、又は有していなかった個体の集団である場合、上記集団は好ましくは、同一の血液悪性腫瘍に罹患している個体を患者として含む。

【0074】

本明細書中で使用される場合、遺伝子の発現は、ベースライン又は他の比較対象（例えばある集団におけるこのような遺伝子の発現）に対して、その発現が少なくとも約１０％多い、少なくとも約２０％多い、少なくとも約３０％多い、少なくとも約４０％多い、少なくとも約５０％多い、少なくとも約６０％多い、少なくとも約７０％多い、少なくとも約８０％多い、少なくとも約９０％多い、少なくとも約１．５倍多い、少なくとも約２倍多い、少なくとも約２．５倍多い、少なくとも約３倍多い、少なくとも約３．５倍多い、少なくとも約４倍多い、少なくとも約４．５倍多い、少なくとも約５倍多い、少なくとも約５．５倍多い、少なくとも約６倍多い、少なくとも約６．５倍多い、少なくとも約７倍多い、少なくとも約７．５倍多い、少なくとも約８倍多い、少なくとも約８．５倍多い、少なくとも約９倍多い、少なくとも約１０倍多い場合に、「増大している（ｉｎｃｒｅａｓｅｄ）」と表現される。あるいはこのような増大を、「ｌｏｇ₂倍率変化（ｌｏｇ₂‐ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ）」に関して記述できる。発現の増大に関して、例えば０．４のｌｏｇ₂倍率変化は約３０％多い発現に相当し；０．５のｌｏｇ₂倍率変化は約４０％多い発現に相当し；０．６のｌｏｇ₂倍率変化は約５０％多い発現に相当し；０．７のｌｏｇ₂倍率変化は約６０％多い発現に相当し；０．８のｌｏｇ₂倍率変化は約７０％多い発現に相当し；０．９のｌｏｇ₂倍率変化は約９０％多い発現に相当し；１のｌｏｇ₂倍率変化は２倍の増大に相当し；１．５のｌｏｇ₂倍率変化は２．８倍の増大に相当し；２のｌｏｇ₂倍率変化は４倍の増大に相当し；２．５のｌｏｇ₂倍率変化は５．７倍の増大に相当し；３のｌｏｇ₂倍率変化は８倍の増大に相当し；３．５のｌｏｇ₂倍率変化は１１．３倍の増大に相当し；４のｌｏｇ₂倍率変化は１６倍の増大に相当する。ｌｏｇ₂倍率変化は一般に、計数をアレイデータと比較する際に使用され、ｔ検定にも適当である。

【0075】

あるいは上記増大は、「遺伝子シグネチャスコア（ｇｅｎｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ ｓｃｏｒｅ）」に関して記述され、ここでは、標的遺伝子の各クラスタの発現を測定し、１つ以上のハウスキーピング遺伝子及び／又は内部標準に対して正規化し、対数変換し、重み付けして合計することにより、単一の遺伝子シグネチャスコアが生成される。上記スコアを算出するための方法は、当該技術分野において公知であり、本明細書では特定の方法を提供する（後述の実施例１を参照）。

【0076】

本明細書中で使用される場合、遺伝子シグネチャ（例えばＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ）の発現は、遺伝子シグネチャスコアが、少なくとも約２、又は少なくとも約２．５、又は少なくとも約３．０、又は少なくとも約３．５、又は少なくとも約４、又は少なくとも約４．５、又は少なくとも約５、又は少なくとも約５．５、又は少なくとも約６、又は約６．５超である場合に、「増大している」と表現される。

【0077】

また、患者の遺伝子シグネチャスコアは、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0078】

また、患者の遺伝子シグネチャスコアは、血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記遺伝子シグネチャスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0079】

また、患者の遺伝子シグネチャスコアは、血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアに対して、少なくとも約０．４、又は少なくとも約０．５、又は少なくとも約０．６、又は更に高いｌｏｇ₂倍率変化を有する場合に、「増大している」と表現される。

【0080】

また、患者の遺伝子シグネチャスコアは、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療された個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出された遺伝子シグネチャスコアの、少なくとも第１四分位数以内（即ち下２５％以内）である、より好ましくは上記遺伝子シグネチャスコアの少なくとも第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）である、少なくとも第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）である、８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0081】

遺伝子シグネチャスコアの増大の発見は、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である。

【0082】

一実施形態では、患者は、標的遺伝子の発現が、評価対象の患者における、該患者が健康だったときの若しくは該患者が血液悪性腫瘍の診断を受ける前の上記遺伝子の発現のベースラインレベルに対して、又は該患者の化学療法治療レジメンの経過中の、若しくは該患者のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を伴う治療レジメンの経過中のある時点における該遺伝子の発現に対して、「増大している」かどうかを判断することによって、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。

【0083】

第２の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベルよりも多く発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。

【0084】

第３の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、過去に本発明の方法及び組成物を用いて血液悪性腫瘍が良好に治療されなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベル以上に発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療されなかった個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。

【0085】

第４の実施形態では、患者は、１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを、過去に本発明の方法及び組成物を用いて血液悪性腫瘍が良好に治療された個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）における１つ以上のこのような標的遺伝子発現の平均又は重み付きベースラインレベルと比較することによって、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の存在の特徴である遺伝子発現シグネチャを示すものとして同定され、従って本発明の方法及び組成物を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して特に適しているものとして同定される。上記平均又は重み付きベースラインレベル以上に発現する標的遺伝子は、「増大した」発現のレベルを示すと表現され、本発明の方法及び組成物は、このような患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。例えば本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内（即ち下２５％以内）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第２四分位数以内（即ち下２５～５０％）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）の、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本発明の方法及び組成物は、１つ以上の標的遺伝子の発現の、上述のような良好に治療された個体の集団における上記１つ以上の標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第４四分位数以内の（即ち下７５％より高い）、「増大した」レベルを示す患者の血液悪性腫瘍の治療における使用に、更に好適である。

【0086】

しかしながら、標的遺伝子の発現が「増大している」かどうかは、該標的遺伝子の発現レベルを、疾患に関連しない又は疾患状態の結果として発現の増大を示さない１つ以上の遺伝子（「基準（ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ）」遺伝子）の発現レベルと比較することによって判断することが好ましい。基準遺伝子は異なる複数のレベルで発現することが多いため、基準遺伝子の発現の幾何平均を利用して、スケーリング計数を算出できる。幾何平均は、データセット内のサンプル値毎に各遺伝子を乗算し、得られた積のｎ乗根（ｎは上記セット内の数の個数である）を求めることによって得られる。幾何平均は、一連の数値の中央傾向を示すという点で算術平均と類似している。しかしながら、算術平均とは異なり、幾何平均は、プローブ間の計数レベルの大きさの変動に対する感度が低い。試料のコホートにわたって生物学的シグネチャを比較する際、１つ以上の「基準遺伝子」のセットからの幾何平均を用いて、データセットにわたる個々の試料を正規化することにより、生物学的遺伝子間の比較を、試料の質量入力及び試料の品質等の技術的変動による差異から独立させることができる。

【0087】

好ましい「基準遺伝子」は、正常な細胞及び悪性細胞において同一のレベルで恒常的に発現される。基本的な細胞機能の維持に必要な遺伝子等のハウスキーピング遺伝子（Eisenberg, E. et al. (2003) “Human Housekeeping Genes Are Compact,” Trends in Genetics. 19(7):362-365; kon Butte, A.J. et al. (2001) “Further Defining Housekeeping, Or "Maintenance," Genes Focus On 'A Compendium Of Gene Expression In Normal Human Tissues’,” Physiol. Genomics. 7(2):95-96; Zhu, J. et al. (2008) “On The Nature Of Human Housekeeping Genes,” Trends in Genetics 24(10):481-484; Eisenberg, E. et al. (2013) “Human Housekeeping Genes, Revisited,” Trends in Genetics. 29(10):569-574）が、基準遺伝子の好ましいクラスである。

【0088】

更なる実施形態では、ある患者がＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法を用いた治療に特に好適であるかどうかの判断は、以下を更に含む：
（ａ）患者の芽球細胞（癌細胞）におけるＣＤ１２３の発現のレベルを評価するステップ。上記レベルを、上記患者の化学療法治療レジメンの前若しくは経過中のある時点での、上記患者の芽球細胞におけるＣＤ１２３の発現に関連する、又は再発した個体若しくはＨＭＡ療法に対して不応性である個体の集団の芽球細胞におけるＣＤ１２３の発現に関連する、対応するベースラインレベルＣＤ１２３と比較してよい。ＣＤ１２３の発現の増大の発見は、血液悪性腫瘍のためにＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法を受けることに対する患者の好適性の更なる指標である。ＣＤ１２３発現の決定は、ＣＤ１２３をコードするｍＲＮＡの存在を評価することによって、又は細胞溶解物若しくは抽出物中のＣＤ１２３の存在を評価することによって達成できる。あるいはＣＤ１２３発現の決定は、ＣＤ１２３発現細胞（例えば芽球細胞）の細胞表面に配列されたＣＤ１２３分子の存在を評価することによって達成してよい。このようにして決定されたＣＤ１２３の増大した発現（例えば発現の少なくとも１０％の増大、発現の少なくとも１５％の増大、発現の少なくとも２０％の増大、発現の少なくとも２５％の増大、発現の少なくとも３０％の増大、又は発現の少なくとも４０％の増大）は、血液悪性腫瘍のためにＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法を受けることに対する患者の好適性の指標である；
並びに／あるいは
（ｂ）患者の芽球細胞（癌細胞）におけるＰＤ‐Ｌ１の発現のレベルを評価するステップ。特定の実施形態では、ＰＤ‐Ｌ１発現のレベルを、患者の芽球細胞のある試料にわたって評価することにより、ＰＤ‐Ｌ１を発現する芽球細胞の百分率を評価する。他の実施形態では、患者の芽球細胞におけるＰＤ‐Ｌ１発現のレベルを、上記患者の化学療法治療レジメンの経過中のある時点での、上記患者の芽球細胞におけるＰＤ‐Ｌ１の発現と比較する。このように、患者の細胞におけるＰＤ‐Ｌ１の発現のレベルを、ＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子のいずれの投与前、及び／又は上記投与後に評価できる。ＰＤ‐Ｌ１の低い発現の発見は、血液悪性腫瘍のためにＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法を受けることに対する患者の好適性の指標である。ＰＤ‐Ｌ１の高い発現の発見は、血液悪性腫瘍のために、ＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法と、ＰＤ‐１／ＰＤ‐Ｌ１軸のアンタゴニストとの組み合わせを受けることに対する患者の好適性の指標である。ＰＤ‐Ｌ１発現の決定は、ＣＤＰＤ‐Ｌ１をコードするｍＲＮＡの存在を評価することによって、又は細胞溶解物若しくは抽出物中のＰＤ‐Ｌ１の存在を評価することによって達成できる。あるいはＰＤ‐Ｌ１発現の決定は、ＰＤ‐Ｌ１発現細胞（例えばＰＢＭＣ）の細胞表面に配列されたＰＤ‐Ｌ１分子の存在を評価することによって達成してよい。このようにして決定されたＰＤ‐Ｌ１の増大した発現（例えば芽球細胞の少なくとも１０％が発現する、芽球細胞の少なくとも１５％が発現する、芽球細胞の少なくとも２０％が発現する、芽球細胞の少なくとも２５％が発現する、芽球細胞の少なくとも３０％が発現する、又は芽球細胞の少なくとも４０％が発現する）は、血液悪性腫瘍のために、ＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法と、ＰＤ‐１／ＰＤ‐Ｌ１軸のアンタゴニストとの組み合わせを受けることに対する患者の好適性の指標である（例えば国際公開第２０１７／２１４０９２号を参照）。

【0089】

更なる実施形態では、ＣＤ８＋Ｔリンパ球を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与中及び／又は投与後の腫瘍微小環境中のＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合の増大に関して監視する。

【0090】

更なる実施形態では、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法は更に、抗ヒトＰＤ‐Ｌ１抗体等の抗ヒトＰＤ‐Ｌ１結合分子、又はヒトＰＤ‐Ｌ１結合ドメインを有するダイアボディの投与を含んでよい。この実施形態に従って使用してよい抗ヒトＰＤ‐Ｌ１結合分子としては、アテゾリズマブ、アベルマブ、及びデュルバルマブが挙げられる（例えば米国特許第９，８７３，７４０号；米国特許第８，７７９，１０８号を参照）。アテゾリズマブ（WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):387）、デュルバルマブ（WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):393-394）、及びアベルマブ（WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 30(1):100-101）の完全重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、当該技術分野において公知である。

【0091】

更なる代替実施形態では、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法は更に、抗ヒトＰＤ‐１抗体等の抗ヒトＰＤ‐１結合分子、又はヒトＰＤ‐１結合ドメインを有するダイアボディの投与を含んでよい。この実施形態に従って使用してよい抗ヒトＰＤ‐１結合分子としては：ニボルマブ（５Ｃ４、ＢＭＳ‐９３６５５８、ＯＮＯ‐４５３８、ＭＤＸ‐１１０６としても公知、Ｂｒｉｓｔｏｌ‐Ｍｙｅｒｓ ＳｑｕｉｂｂがＯＰＤＩＶＯ（登録商標）として市販）、ペンブロリズマブ（旧称ランブロリズマブ、ＭＫ‐３４７５、ＳＣＨ‐９００４７５としても公知、ＭｅｒｃｋがＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）として市販）、ＥＨ１２．２Ｈ７（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄが市販）、ピジリズマブ（ＣＡＳ登録番号１０３６７３０‐４２‐３、ＣＴ‐０１１としても公知、ＣｕｒｅＴｅｃｈ）、ｈＰＤ‐１ ｍＡｂ ７（１．２）ＩｇＧ４（Ｐ）、及びＤＡＲＴ‐Ｉ（国際公開第２０１７／０１９８４６号で開示）が挙げられる（例えば米国特許第５，９５２，１３６号；米国特許第７，４８８，８０２号；米国特許第７，５２１，０５１号；米国特許第８，００８，４４９号；米国特許第８，０８８，９０５号；米国特許第８，３５４，５０９号；米国特許第８，５５２，１５４号；米国特許第８，７７９，１０５号；米国特許第８，９００，５８７号；米国特許第９，０８４，７７６号；米国特許第国際公開第２００４／０５６８７５号；国際公開第２００６／１２１１６８号；国際公開第２００８／１５６７１２号；国際公開第２０１２／１３５４０８号；国際公開第２０１２／１４５４９３号；国際公開第２０１３／０１４６６８号；国際公開第２０１４／１７９６６４号；国際公開第２０１４／１９４３０２号；国際公開第２０１５／１１２８００号；国際公開第２０１７／０１９８４６号；及び国際公開第２０１７／２１４０９２号も参照）。

【0092】

１．例示的な「標的」遺伝子
ＩＦＮガンマは、ＩＲＦ等の一次応答遺伝子、Ｆｃガンマ受容体（ＦＣＧＲ）、ＧＢＰ（グアニル酸結合タンパク質）、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及びクラスＩＩ分子、抗原提示に関与するタンパク質、ＰＫＲ等の抗ウイルスタンパク質、並びにＯＡＳタンパク質等を含む、２００を超える遺伝子の遺伝子発現を刺激する（Boehm, U. et al. (1997) “Cellular Responses To Interferon-γ,” Annu. Rev. Immunol. 15:749-795; Schroder, K. et al. (2003) “Interferon-Gamma: An Overview Of Signals, Mechanisms And Functions,” J. Leukoc. Biol. 75(2):163-189)。

【0093】

表１は、例示的な標的遺伝子と、各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）登録番号とを開示する（Der, S.D. et al. (1988) “Identification Of Genes Differentially Regulated By Interferon α, β, or γ Using Oligonucleotide Arrays,” Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 95:15623-15628; Schneider, W.M. et al. (2014) “Interferon-Stimulated Genes: A Complex Web of Host Defenses,” Annu. Rev. Immunol. 32:513-545), and those disclosed in Schroder, K. et al. (2003) (“Interferon-Gamma: An Overview Of Signals, Mechanisms And Functions,” J. Leukoc. Biol. 75(2):163-189を参照；これらの文献は参照により本出願に援用される）。

【0094】

【表1】

【0095】

本明細書中で提供される場合、患者が免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境を有していたかどうかを判断するために極めて好ましい遺伝子発現シグネチャを、「インターフェロン（ＩＦＮ）ガンマシグナリングシグネチャ」と呼ぶ。ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャの遺伝子は：ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＳＴＡＴ１である（表６）。ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャは更に、ＩＦＮＧを含んでよい（例えば代表的なＮＣＢＩ配列登録番号：ＮＭ＿０００６１９．２を参照）。ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャの増大した発現は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の好適性に特に相関する。

【0096】

更なる好適な標的遺伝子を追加できる。このような更なる標的遺伝子は、ＩＮＴＥＲＦＥＲＯＭＥデータベースを用いて、ＩＦＮガンマの下流調節遺伝子として容易に同定できる（Samarajiwa1, S.A. et al. (2009) “INTERFEROME: The Database Of Interferon Regulated Genes,” Nucleic Acids Research 37: D852-D857）。特に、好ましい更なる遺伝子は、ＰＤＣＤ１（本明細書中では一般名ＰＤＬ１でも呼称される）、ＰＤＣＤ１ＬＧ２（本明細書中では一般名ＰＤＬ２でも呼称される）、ＩＬ１０、ＣＴＬＡ４（表１３）、並びに／又は後述の実施例で提供される以下の遺伝子シグネチャ中に存在する遺伝子のうちの１つ以上である：「インターフェロン（ＩＦＮ）下流シグネチャ」（その遺伝子は表１２Ｂに列挙されている）；「骨髄炎症シグネチャ」（その遺伝子は表１２Ｃに列挙されている）；「炎症性ケモカインシグネチャ」（その遺伝子は表１２Ｄに列挙されている）；「ＭＡＧＥＳシグネチャ」（その遺伝子は表１２Ｅに列挙されている）；及び／又は「免疫プロテアソームシグネチャ」（その遺伝子は表１２Ｆに列挙されている）。

【0097】

特に、複数の遺伝子及びシグネチャの発現を、「モジュール（ｍｏｄｕｌｅ）」として集合体で評価することによって、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の好適性を評価できる。患者が免疫浸潤（免疫強化）ＩＦＮ優性腫瘍微小環境を示すかどうかを判断するために使用できる、１つの特に好ましいモジュールは、本明細書中では「ＩＦＮ優性モジュール（ＩＦＮ Ｄｏｍｉｎａｎｔ Ｍｏｄｕｌｅ）」と呼ばれる。ＩＦＮ優性モジュールに関連する標的遺伝子としては：ＰＤＬ１、ＰＤＬ２、ＩＬ１０、ＣＴＬＡ４、並びに以下の各遺伝子発現シグネチャ中に存在する遺伝子が挙げられる：ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、インターフェロン下流シグネチャ、骨髄炎症シグネチャ、炎症性ケモカインシグネチャ、ＭＡＧＥＳシグネチャ、及び免疫プロテアソームシグネチャ（表１０）。

【0098】

ＩＦＮ優性モジュールは、モジュールスコアが少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約２６、少なくとも約２７、少なくとも約２８、少なくとも約２９、少なくとも約３０、少なくとも約３１、少なくとも約３２、少なくとも約３３、又は少なくとも約３５である場合に、「増大している」と表現される。

【0099】

また、患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出されたＩＦＮ優性モジュールスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0100】

また、患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出されたＩＦＮ優性モジュールスコアの、第１四分位数より高い（即ち下２５％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの第２四分位数より高い（即ち下５０％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの第３四分位数より高い（即ち下７５％を超える）、上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0101】

また、患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、本発明の方法及び組成物を用いて過去に血液悪性腫瘍が良好に治療された個体の集団（例えばＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団）におけるこのような標的遺伝子の発現レベルから算出されたＩＦＮ優性モジュールスコアの、少なくとも第１四分位数以内（即ち下２５％以内）である、より好ましくは上記ＩＦＮ優性モジュールスコアの少なくとも第２四分位数以内（即ち下２５％～５０％）である、少なくとも第３四分位数以内（即ち下５０％～７５％）である、８５％を超える、９０％を超える、又は９５％を超える場合に、「増大している」と表現される。

【0102】

ＩＦＮ優性モジュールに関連する遺伝子シグネチャ（ＣＤ２７４、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＩＬ１０、ＣＴＬＡ４、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、インターフェロン下流シグネチャ、骨髄炎症シグネチャ、炎症性ケモカインシグネチャ、ＭＡＧＥＳシグネチャ、及び免疫プロテアソームシグネチャ）を別個に評価することによって、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の好適性を評価できる。

【0103】

本明細書中で更に提供されるように、患者が腫瘍内の抑制された適応免疫応答に関連する遺伝子発現シグネチャ（本明細書中では「腫瘍炎症シグネチャ（Ｔｕｍｏｒ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）」、又は簡単に「ＴＩＳ」とも呼ばれる）を示すかどうかを判断するために使用できる、極めて好ましい標的遺伝子の別のセットとしては、以下の遺伝子が挙げられる：ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ‐ＤＱＡ１、ＨＬＡ‐ＤＲＢ１、ＨＬＡ‐Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、及び／又はＴＩＧＩＴ（表１２Ａ）。腫瘍炎症シグネチャの増大した発現は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の好適性に特に相関する。

【0104】

２．例示的な「基準」遺伝子
正常な細胞及び悪性細胞において同一のレベルで恒常的に発現されるハウスキーピング遺伝子は、基準遺伝子の１つの好ましいクラスを構成する。ハウスキーピング遺伝子としては、一般的な遺伝子発現に関与する遺伝子（例えば転写因子、リプレッサ、ＲＮＡスプライシング因子、翻訳因子、ｔＲＮＡ合成酵素、ＲＮＡ結合タンパク質、リボソームタンパク質、ミトコンドリアリボソームタンパク質、ＲＮＡポリメラーゼ、タンパク質プロセシング因子、熱ショックタンパク質、ヒストン、細胞周期調節因子、アポトーシス、癌遺伝子、ＤＮＡ修復／複製等をコードする遺伝子）、代謝に関与する遺伝子（例えば：炭水化物代謝、クエン酸サイクル、脂質代謝、アミノ酸代謝、ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ、シトクロムＣオキシダーゼ、ＡＴＰａｓｅｓ、リソソーム酵素、プロテアソームタンパク質、リボヌクレアーゼ、チオレダクターゼ等の酵素をコードする遺伝子）、細胞構造の完全性に関与する遺伝子（例えば細胞骨格タンパク質、オルガネラ合成に関与するタンパク質、ミトコンドリアタンパク質等をコードする遺伝子）、並びに細胞表面タンパク質（例えば細胞接着タンパク質、イオンチャネル及びトランスポータ、受容体、ＨＬＡ／免疫グロブリン／細胞認識タンパク質等をコードする遺伝子）、及びキナーゼ／シグナリングタンパク質（例えば成長因子、組織壊死因子、カゼインキナーゼ等）に関与する遺伝子が挙げられる。この目的に好適な基準遺伝子は、以下をコードする遺伝子を含む：
・ステロール調節要素結合タンパク質（例えばＡＴＦ１、ＡＴＦ２、ＡＴＦ４、ＡＴＦ６、ＡＴＦ７、ＡＴＦ７、ＢＴＦ３、Ｅ２Ｆ４、ＥＲＨ、ＨＭＧＢ１、ＩＬＦ２、ＩＥＲ２、ＪＵＮＤ、ＴＣＥＢ２等）；
・リプレッサ（例えばＰＵＦ６０等）；
・ＲＮＡスプライシングタンパク質（例えばＢＡＴ１、ＨＮＲＰＤ、ＨＮＲＰＫ、ＰＡＢＰＮ１、ＳＲＳＦ３等）；
・翻訳因子（例えばＥＩＦ１、ＥＩＦ１ＡＤ、ＥＩＦ１Ｂ、ＥＩＦ２Ａ、ＥＩＦ２ＡＫ１、ＥＩＦ２ＡＫ３、ＥＩＦ２ＡＫ４、ＥＩＦ２ＡＫ１、ＥＩＦ２Ｂ２、ＥＩＦ２Ｂ３、ＥＩＦ２Ｂ４、ＥＩＦ２Ｓ２、ＥＩＦ３Ａ、ＥＩＦ３Ｂ、ＥＩＦ３Ｄ、ＥＩＦ３Ｇ、ＥＩＦ３Ｉ、ＥＩＦ３Ｈ、ＥＩＦ３Ｊ、ＥＩＦ３Ｋ、ＥＩＦ３Ｌ、ＥＩＦ３Ｍ、ＥＩＦ３Ｓ５、ＥＩＦ３Ｓ８、ＥＩＦ４Ａ１、ＥＩＦ４Ａ２、ＥＩＦ４Ａ３、ＥＩＦ４Ｅ２、ＥＩＦ４Ｇ１、ＥＩＦ４Ｇ２、ＥＩＦ４Ｇ３、ＥＩＦ４Ｈ、ＥＩＦ５、ＥＩＦ５、ＥＩＦ５Ａ、ＥＩＦ５ＡＬ１、ＥＩＦ５Ｂ、ＥＩＦ６、ＴＵＦＭ等）；
・ｔＲＮＡ合成酵素（例えばＡＡＲＳ、ＡＡＲＳ２、ＡＡＲＳＤ１４３４、ＣＡＲＳ、ＣＡＲＳ２、ＤＡＲＳ、ＤＡＲＳ２、ＥＡＲＳ２６１４、ＦＡＲＳ２、ＦＡＲＳＡ、ＦＡＲＳＢ、ＧＡＲＳ、ＨＡＲＳ、ＨＡＲＳ２、ＩＡＲＳ、ＩＡＲＳ２、ＫＡＲＳ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＲＳ、ＭＡＲＳ２、ＮＡＲＳ、ＮＡＲＳ２、ＱＡＲＳ、ＲＡＲＳ、ＲＡＲＳ２、ＳＡＲＳ、ＴＡＲＳ、ＶＡＲＳ２、ＷＡＲＳ２、ＹＡＲＳ、ＹＡＲＳ２４３６等）；
・ＲＮＡ結合タンパク質（例えばＥＬＡＶＬ１等）；
・リボソームタンパク質（例えばＲＰＬ５、ＲＰＬ８、ＲＰＬ９、ＲＰＬ１０Ａ、ＲＰＬ１１、ＲＰＬ１４、ＲＰＬ２５、ＲＰＬ２６Ｌ１、ＲＰＬ２７、ＲＰＬ３０、ＲＰＬ３２、ＲＰＬ３４、ＲＰＬ３５、ＲＰＬ３５Ａ、ＲＰＬ３６ＡＬ、ＲＰＳ５、ＲＰＳ６、ＲＰＳ６ＫＡ３、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＲＰＳ６ＫＢ２、ＲＰＳ１３、ＲＰＳ１９ＢＰ１、ＲＰＳ２０、ＲＰＳ２３、ＲＰＳ２４、ＲＰＳ２７、ＲＰＮ１等）；
・ミトコンドリアリボソームタンパク質（例えばＭＲＰＬ９、ＭＲＰＬ１、ＭＲＰＬ１０、ＭＲＰＬ１１、ＭＲＰＬ１２、ＭＲＰＬ１３、ＭＲＰＬ１４、ＭＲＰＬ１５、ＭＲＰＬ１６、ＭＲＰＬ１７、ＭＲＰＬ１８、ＭＲＰＬ１９、ＭＲＰＬ２、ＭＲＰＬ２０、ＭＲＰＬ２１、ＭＲＰＬ２２、ＭＲＰＬ２３、ＭＲＰＬ２４、ＭＲＰＬ２７、ＭＲＰＬ２８、ＭＲＰＬ３、ＭＲＰＬ３０、ＭＲＰＬ３２、ＭＲＰＬ３３、ＭＲＰＬ３５、ＭＲＰＬ３６、ＭＲＰＬ３７、ＭＲＰＬ３８、ＭＲＰＬ４、ＭＲＰＬ４０、ＭＲＰＬ４１、ＭＲＰＬ４２、ＭＲＰＬ４３、ＭＲＰＬ４４、ＭＲＰＬ４５、ＭＲＰＬ４６、ＭＲＰＬ４７、ＭＲＰＬ４８、ＭＲＰＬ４９、ＭＲＰＬ５０、ＭＲＰＬ５１、ＭＲＰＬ５２、ＭＲＰＬ５３、ＭＲＰＬ５４、ＭＲＰＬ５５、ＭＲＰＬ９、ＭＲＰＳ１０、ＭＲＰＳ１１、ＭＲＰＳ１２、ＭＲＰＳ１４、ＭＲＰＳ１５、ＭＲＰＳ１６、ＭＲＰＳ１７、ＭＲＰＳ１８Ａ、ＭＲＰＳ１８Ｂ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＭＲＰＳ２、ＭＲＰＳ２１、ＭＲＰＳ２２、ＭＲＰＳ２３、ＭＲＰＳ２４、ＭＲＰＳ２５、ＭＲＰＳ２６、ＭＲＰＳ２７、ＭＲＰＳ２８、ＭＲＰＳ３０、ＭＲＰＳ３１、ＭＲＰＳ３３、ＭＲＰＳ３４、ＭＲＰＳ３５、ＭＲＰＳ５、ＭＲＰＳ６、ＭＲＰＳ７、ＭＲＰＳ９等）；
・ＲＮＡポリメラーゼ（例えばＰＯＬＲ１Ｃ、ＰＯＬＲ１Ｄ、ＰＯＬＲ１Ｅ、ＰＯＬＲ２Ａ、ＰＯＬＲ２Ｂ、ＰＯＬＲ２Ｃ、ＰＯＬＲ２Ｄ、ＰＯＬＲ２Ｅ、ＰＯＬＲ２Ｆ、ＰＯＬＲ２Ｇ、ＰＯＬＲ２Ｈ、ＰＯＬＲ２Ｉ、ＰＯＬＲ２Ｊ、ＰＯＬＲ２Ｋ、ＰＯＬＲ２Ｌ、ＰＯＬＲ３Ｃ、ＰＯＬＲ３Ｅ、ＰＯＬＲ３ＧＬ、ＰＯＬＲ３Ｋ等）；
・タンパク質プロセシングタンパク質（例えばＰＰＩＤ、ＰＰＩＥ、ＰＰＩＦ、ＰＰＩＧ、ＰＰＩＨ、ＣＡＮＸ、ＣＡＰＮ１、ＣＡＰＮ７、ＣＡＰＮＳ１、ＮＡＣＡ、ＮＡＣＡ２、ＰＦＤＮ２、ＰＦＤＮ４、ＰＦＤＮ５、ＰＦＤＮ６、ＳＮＸ２、ＳＮＸ３、ＳＮＸ４、ＳＮＸ５、ＳＮＸ６、ＳＮＸ９、ＳＮＸ１２、ＳＮＸ１３、ＳＮＸ１７、ＳＮＸ１８、ＳＮＸ１９、ＳＮＸ２５、ＳＳＲ１、ＳＳＲ２、ＳＳＲ３、ＳＵＭＯ１、ＳＵＭＯ３等）；
・熱ショックタンパク質（例えばＨＳＰＡ４、ＨＳＰＡ５、ＨＳＰＡ８、ＨＳＰＡ９、ＨＳＰＡ１４、ＨＳＢＰ１等）；
・ヒストン（例えばＨＩＳＴ１Ｈ２ＢＣ、Ｈ１ＦＸ、Ｈ２ＡＦＶ、Ｈ２ＡＦＸ、Ｈ２ＡＦＹ、Ｈ２ＡＦＺ等）；
・細胞周期タンパク質（例えばＡＲＨＧＡＰ３５、ＡＲＨＧＡＰ５、ＡＲＨＧＤＩＡ、ＡＲＨＧＥＦ１０Ｌ、ＡＲＨＧＥＦ１１、ＡＲＨＧＥＦ４０、ＡＲＨＧＥＦ７、ＲＡＢ１０、ＲＡＢ１１Ａ、ＲＡＢ１１Ｂ、ＲＡＢ１４、ＲＡＢ１８、ＲＡＢ１Ａ、ＲＡＢ１Ｂ、ＲＡＢ２１、ＲＡＢ２２Ａ、ＲＡＢ２Ａ、ＲＡＢ２Ｂ３８０、ＲＡＢ３ＧＡＰ１、ＲＡＢ３ＧＡＰ２、ＲＡＢ４０Ｃ、ＲＡＢ４Ａ、ＲＡＢ５Ａ、ＲＡＢ５Ｂ、ＲＡＢ５Ｃ、ＲＡＢ６Ａ、ＲＡＢ７Ａ、ＲＡＢ９Ａ、ＲＡＢＥＰ１、ＲＡＢＥＰＫ、ＲＡＢＧＥＦ１、ＲＡＢＧＧＴＡ、ＲＡＢＧＧＴＢ、ＣＥＮＰＢ、ＣＴＢＰ１、ＣＣＮＢ１ＩＰ１、ＣＣＮＤＢＰ１、ＣＣＮＧ１、ＣＣＮＨ、ＣＣＮＫ４０２、ＣＣＮＬ１、ＣＣＮＬ２、ＣＣＮＹ、ＰＰＰ１ＣＡ、ＰＰＰ１ＣＣ、ＰＰＰ１Ｒ１０、ＰＰＰ１Ｒ１１、ＰＰＰ１Ｒ１５Ｂ、ＰＰＰ１Ｒ３７、ＰＰＰ１Ｒ７、ＰＰＰ１Ｒ８、ＰＰＰ２ＣＡ、ＰＰＰ２ＣＢ５５２、ＰＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＰＰ２Ｒ２Ａ、ＰＰＰ２Ｒ２Ｄ、ＰＰＰ２Ｒ３Ｃ、ＰＰＰ２Ｒ４、ＰＰＰ２Ｒ５Ａ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｂ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｃ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｄ、ＰＰＰ２Ｒ５Ｅ、ＰＰＰ４Ｃ、ＰＰＰ４Ｒ１、ＰＰＰ４Ｒ２、ＰＰＰ５Ｃ、ＰＰＰ６Ｃ、ＰＰＰ６Ｒ２、ＰＰＰ６Ｒ３、ＲＡＤ１、ＲＡＤ１７、ＲＡＤ２３Ｂ、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＩＳＴ１等）；
・アポトーシスタンパク質（例えばＤＡＤ１、ＤＡＰ３、ＤＡＸＸ等）；
・癌遺伝子タンパク質（例えばＡＲＡＦ、ＭＡＺ、ＭＹＣ等）；
・ＤＮＡ修復／複製タンパク質（例えばＭＣＭ３ＡＰ、ＸＲＣＣ５、ＸＲＣＣ６等）；
・代謝タンパク質（例えばＰＲＫＡＧ１、ＰＲＫＡＡ１、ＰＲＫＡＢ１、ＰＲＫＡＣＡ、ＰＲＫＡＧ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＫＲＩＰ１等）；
・炭水化物代謝タンパク質（例えばＡＬＤＯＡ、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ３、Ｂ４ＧＡＬＴ５、Ｂ４ＧＡＬＴ７、ＧＳＫ３Ａ、ＧＳＫ３Ｂ、ＴＰＩ１、ＰＧＫ１、ＰＧＡＭ５、ＥＮＯＰＨ１、ＬＤＨＡ、ＴＡＬＤＯ１、ＴＳＴＡ３）；
・クエン酸サイクルタンパク質（例えばＳＤＨＡ、ＳＤＨＡＦ２、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＣ、ＳＤＨＤ等）；
・脂質代謝タンパク質（例えばＨＡＤＨＡ等）；
・アミノ酸代謝タンパク質（例えばＣＯＭＴ等）；
・ＮＡＤＨデヒドロゲナーゼ（例えばＮＤＵＦＡ２、ＮＤＵＦＡ３、ＮＤＵＦＡ４、ＮＤＵＦＡ５、ＮＤＵＦＡ６、ＮＤＵＦＡ７、ＮＤＵＦＡ８、ＮＤＵＦＡ９、ＮＤＵＦＡ１０、ＮＤＵＦＡ１１、ＮＤＵＦＡ１２、ＮＤＵＦＡ１３、ＮＤＵＦＡＦ２、ＮＤＵＦＡＦ３、ＮＤＵＦＡＦ４、ＮＤＵＦＢ２、ＮＤＵＦＢ３、ＮＤＵＦＢ４、ＮＤＵＦＢ５、ＮＤＵＦＢ６、ＮＤＵＦＢ７、ＮＤＵＦＢ１０、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤＵＦＢ８、ＮＤＵＦＢ９、ＮＤＵＦＣ１、ＮＤＵＦＣ２、ＮＤＵＦＣ２、ＮＤＵＦＳ５、ＮＤＵＦＶ２、ＮＤＵＦＳ２、ＮＤＵＦＳ３、ＮＤＵＦＳ４、ＮＤＵＦＳ５、ＮＤＵＦＳ６、ＮＤＵＦＳ７、ＮＤＵＦＳ８、ＮＤＵＦＶ１、ＮＤＵＦＶ２等）；
・シトクロムＣオキシダーゼ（例えばＣＯＸ４Ｉ１、ＣＯＸ５Ｂ、ＣＯＸ６Ｂ１、ＣＯＸ６Ｃ、ＣＯＸ７Ａ２、ＣＯＸ７Ａ２Ｌ、ＣＯＸ７Ｃ、ＣＯＸ８、ＣＯＸ８Ａ、ＣＯＸ１１、ＣＯＸ１４、ＣＯＸ１５、ＣＯＸ１６、ＣＯＸ１９６１７、ＣＯＸ２０、ＣＹＣ１、ＵＱＣＣ、ＵＱＣＲ１０、ＵＱＣＲ１１、ＵＱＣＲＢ、ＵＱＣＲＣ１、ＵＱＣＲＣ２、ＵＱＣＲＨＬ５９１、ＵＱＣＲＱ、ＡＴＰａｓｅ、ＡＴＰ２Ｃ１、ＡＴＰ５Ａ１、ＡＴＰ５Ｂ、ＡＴＰ５Ｃ１、ＡＴＰ５Ｄ、ＡＴＰ５Ｆ１、ＡＴＰ５Ｇ２、ＡＴＰ５Ｇ３、ＡＴＰ５Ｈ、ＡＴＰ５Ｊ、ＡＴＰ５Ｊ２、ＡＴＰ５Ｊ２、ＡＴＰ５Ｌ、ＡＴＰ５Ｏ、ＡＴＰ５Ｓ、ＡＴＰ５ＳＬ、ＡＴＰ６ＡＰ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ａ２、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｃ、ＡＴＰ６Ｖ０Ｄ１、ＡＴＰ６Ｖ０Ｅ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｃ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｄ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｅ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｆ、ＡＴＰ６Ｖ１Ｇ１、ＡＴＰ６Ｖ１Ｈ、ＡＴＰＡＦ２、ＡＴＰＩＦ１等）；
・リソソームタンパク質（例えばＣＴＳＤ、ＣＳＴＢ、ＬＡＭＰ１、ＬＡＭＰ２、Ｍ６ＰＲ等）；
・プロテアソームタンパク質（例えばＰＳＭＡ１、ＰＳＭＡ２、ＰＳＭＡ３、ＰＳＭＡ４、ＰＳＭＡ５、ＰＳＭＡ６、ＰＳＭＡ７、ＰＳＭＢ１、ＰＳＭＢ２、ＰＳＭＢ３、ＰＳＭＢ４、ＰＳＭＢ５、ＰＳＭＢ６、ＰＳＭＢ７、ＰＳＭＣ２、ＰＳＭＣ３、ＰＳＭＣ４、ＰＳＭＣ５、ＰＳＭＣ６、ＰＳＭＤ１、ＰＳＭＤ１０、ＰＳＭＤ１１、ＰＳＭＤ１２、ＰＳＭＤ１３、ＰＳＭＤ１４、ＰＳＭＤ２、ＰＳＭＤ３、ＰＳＭＤ４、ＰＳＭＤ５、ＰＳＭＤ６、ＰＳＭＤ７、ＰＳＭＤ８、ＰＳＭＤ９、ＰＳＭＥ２、ＰＳＭＥ３、ＰＳＭＦ１、ＰＳＭＧ２、ＰＳＭＧ３、ＰＳＭＧ４５９１、ＵＢＡ１、ＵＢＡ２、ＵＢＡ３、ＵＢＡ５、ＵＢＡ５２、ＵＢＡＣ２、ＵＢＡＬＤ１、ＵＢＡＰ１、ＵＢＡＰ２Ｌ、ＵＢＢ、ＵＢＣ、ＵＢＥ２Ａ、ＵＢＥ２Ｂ、ＵＢＥ２Ｄ２、ＵＢＥ２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｄ４、ＵＢＥ２Ｅ１、ＵＢＥ２Ｅ２、ＵＢＥ２Ｅ３、ＵＢＥ２Ｆ、ＵＢＥ２Ｇ２、ＵＢＥ２Ｈ、ＵＢＥ２Ｉ、ＵＢＥ２Ｊ１、ＵＢＥ２Ｊ２、ＵＢＥ２Ｋ、ＵＢＥ２Ｌ３、ＵＢＥ２Ｍ、ＵＢＥ２Ｎ、ＵＢＥ２ＮＬ９８９、ＵＢＥ２Ｑ１、ＵＢＥ２Ｒ２、ＵＢＥ２Ｖ１、ＵＢＥ２Ｖ２、ＵＢＥ２Ｗ、ＵＢＥ２Ｚ、ＵＢＥ３Ａ、ＵＢＥ３Ｂ、ＵＢＥ３Ｃ、ＵＢＥ４Ａ、ＵＢＥ４Ｂ、ＵＳＰ１０、ＵＳＰ１４、ＵＳＰ１６、ＵＳＰ１９、ＵＳＰ２２、ＵＳＰ２５、ＵＳＰ２７Ｘ０７３、ＵＳＰ３３、ＵＳＰ３８、ＵＳＰ３９、ＵＳＰ４、ＵＳＰ４７、ＵＳＰ５、ＵＳＰ７、ＵＳＰ８、ＵＳＰ９Ｘ５９０等）；
・リボヌクレアーゼ（例えばＲＮＨ等）；
・チオレダクターゼ（例えばＴＸＮ２、ＴＸＮＤＣ１１、ＴＸＮＤＣ１２、ＴＸＮＤＣ１５、ＴＸＮＤＣ１７、ＴＸＮＤＣ９、ＴＸＮＬ１、ＴＸＮＬ４Ａ、ＴＸＮＬ４Ｂ、ＴＸＮＲＤ１、細胞骨格、ＡＮＸＡ６、ＡＮＸＡ７、ＡＲＰＣ１Ａ、ＡＲＰＣ２、ＡＲＰＣ５Ｌ、ＣＡＰＺＡ２、ＣＡＰＺＢ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＴ１、ＲＨＯＴ２、ＴＵＢＢ、ＷＤＲ１等）；
・オルガネラ合成に関与するタンパク質（例えばＢＬＯＣ１Ｓ１、ＢＬＯＣ１Ｓ２、ＢＬＯＣ１Ｓ３、ＢＬＯＣ１Ｓ４、ＢＬＯＣ１Ｓ６、ＡＰ１Ｇ１、ＡＰ１Ｍ１、ＡＰ２Ａ１、ＡＰ２Ａ２、ＡＰ２Ｍ１、ＡＰ２Ｓ１、ＡＰ３Ｂ１、ＡＰ３Ｄ１、ＡＰ３Ｍ１、ＡＰ３Ｓ１、ＡＰ３Ｓ２、ＡＰ４Ｂ１、ＡＰ５Ｍ１、ＡＮＸＡ６、ＡＮＸＡ７、ＡＰ１Ｂ１、ＣＬＴＡ、ＣＬＴＢ、ＣＬＴＣ等）；
・ミトコンドリアタンパク質（例えばＭＴＸ２等）；
・細胞表面タンパク質（例えばＡＰ２Ｓ１、ＣＤ８１、ＧＰＡＡ１、ＬＧＡＬＳ９、ＭＧＡＴ２、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＶＡＭＰ３等）；
・細胞接着タンパク質（例えばＣＴＮＮＡ１、ＣＴＮＮＢ１、ＣＴＮＮＢＩＰ１、ＣＴＮＮＢＬ１、ＣＴＮＮＤ１４５８等）；
・イオンチャネル及びトランスポータタンパク質（例えばＡＢＣＢ１０、ＡＢＣＢ７、ＡＢＣＤ３、ＡＢＣＥ１、ＡＢＣＦ１、ＡＢＣＦ２、ＡＢＣＦ３、ＣＡＬＭ１、ＭＦＳＤ１１、ＭＦＳＤ１２、ＭＦＳＤ３、ＭＦＳＤ５、ＳＬＣ１５Ａ４、ＳＬＣ２０Ａ１、ＳＬＣ２５Ａ１１、ＳＬＣ２５Ａ２６、ＳＬＣ２５Ａ２８、ＳＬＣ２５Ａ３、ＳＬＣ２５Ａ３２、ＳＬＣ２５Ａ３８、ＳＬＣ２５Ａ３９、ＳＬＣ２５Ａ４４、ＳＬＣ２５Ａ４６、ＳＬＣ２５Ａ５、ＳＬＣ２７Ａ４、ＳＬＣ３０Ａ１、ＳＬＣ３０Ａ５、ＳＬＣ３０Ａ９、ＳＬＣ３５Ａ２、ＳＬＣ３５Ａ４、ＳＬＣ３５Ｂ１、ＳＬＣ３５Ｂ２、ＳＬＣ３５Ｃ２、ＳＬＣ３５Ｅ１、ＳＬＣ３５Ｅ３、ＳＬＣ３５Ｆ５、ＳＬＣ３８Ａ２、ＳＬＣ３９Ａ１、ＳＬＣ３９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ７、ＳＬＣ４１Ａ３、ＳＬＣ４６Ａ３、ＳＬＣ４８Ａ１、受容体、ＡＣＶＲ１、ＡＣＶＲ１Ｂ、ＣＤ２３等）；
・ＨＬＡ／免疫グロブリン／細胞認識タンパク質（例えばＢＡＴ１、ＢＳＧ、ＭＩＦ、ＴＡＰＢＰ等）；
・キナーゼ／シグナリングタンパク質（例えばＡＤＲＢＫ１、ＡＧＰＡＴ１、ＡＲＦ１、ＡＲＦ３、ＡＲＦ４、ＡＲＦ５、ＡＲＬ２、ＣＳＦ１、ＣＳＫ、ＤＣＴ、ＥＦＮＡ３、ＦＫＢＰ１Ａ、ＧＤＩ１、ＧＮＡＳ１、ＧＮＡＩ２、ＨＡＸ１、ＩＬＫ、ＭＡＰＫＡＰＫ２、ＭＡＰ２Ｋ２、ＭＡＰ３Ｋ１１、ＰＩＴＰＮＭ、ＲＡＣ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＧＡ、ＳＴＫ１９、ＳＴＫ２４、ＳＴＫ２５、ＹＷＨＡＢ、ＹＷＨＡＨ、ＹＷＨＡＱ、ＹＷＨＡＺ等）；
・成長因子（例えばＡＩＦ１、ＨＤＧＦ、ＨＧＳ、ＬＴＢＰ４、ＶＥＧＦＢ、ＺＦＰ３６Ｌ１、組織壊死因子、ＣＤ４０、カゼインキナーゼ、ＣＳＮＫ１Ｅ、ＣＳＮＫ２Ｂ等）；及び
・雑多なタンパク質（例えばＡＬＡＳ１、ＡＲＨＧＥＦ２、ＡＲＭＥＴ、ＡＥＳ、ＢＥＣＮ１、ＢＵＤ３１、ＣＫＢ、ＣＰＮＥ１、ＥＮＳＡ、ＦＴＨ１、ＧＤＩ２、ＧＵＫ１、ＨＰＲＴ、ＩＦＩＴＭ１、ＪＴＢ、ＭＭＰＬ２、ＮＭＥ２、ＮＯＮＯ、Ｐ４ＨＢ、ＰＲＤＸ１、ＰＴＭＡ、ＲＰＡ２、ＳＵＬＴ１Ａ３、ＳＹＮＧＲ２、ＴＴＣ１、Ｃ１１Ｏｒｆ１３、Ｃ１４ｏｒｆ２、Ｃ２１ｏｒｆ３３、ＳＰＡＧ７、ＳＲＭ、ＴＥＧＴ、ＤＡＺＡＰ２、ＭＥＡ１等）。

【0105】

好ましいハウスキーピング遺伝子としては、表２に列挙されているものが挙げられる。表２はまた、各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を提供する。これらの遺伝子（及び／又はそのスプライス多様体）のいずれの組み合わせ又は部分的組み合わせを採用してもよい。

【0106】

【表2】

【0107】

以下の基準遺伝子が特に好ましい：ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢ。

【0108】

３．標的及び基準遺伝子の発現を評価するための例示的方法
ベースライン又は１つ以上の基準遺伝子に対する１つ以上の標的遺伝子の発現のレベルを明らかにするために、評価される各標的遺伝子に対応する細胞試料中のｍＲＮＡの量を決定し、ベースライン又は１つ以上の基準遺伝子に対応するｍＲＮＡの発現に対して正規化する。このような分析を達成するために、いずれの好適な方法を採用してよい。好ましい方法は、ｎＣＯＵＮＴＥＲ（登録商標）分析システム（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）を採用する。ｎＣＯＵＮＴＥＲ（登録商標）分析システムでは、試料のＲＮＡを、遺伝子特異的レポータプローブ及びキャプチャプローブのセットの存在下で、上記試料ＲＮＡが上記プローブにハイブリダイズできるようにするために十分な条件でインキュベートする。各レポータプローブは蛍光バーコードを担持し、各キャプチャプローブは、データ収集のためにハイブリダイズされた複合体を剛性支持体に固定化できるビオチン部分を含有する。ハイブリダイズ後、余剰のプローブを除去し、上記支持体を自動蛍光顕微鏡で走査する。標的分子毎にバーコードを計数する。データ分析は好ましくは、ｎＳｏｌｖｅｒ（登録商標）４．０分析ソフトウェア（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）を用いて実施される。実施例１で提示されているデータは、ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）遺伝子発現パネルキット（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｉｎｃ．）を用いて得られたものであり、上記キットは、７７０の異なる遺伝子（腫瘍、腫瘍微小環境、及び免疫応答の境界における主要な経路をカバーする７５０の遺伝子と、データの正規化に使用できる２０の内部基準遺伝子（表５））のためのプローブのセットを内包する。遺伝子シグネチャスコアは、以下のように算出される：
・各遺伝子に関する生データ数を、各サンプルに対して選択されたハウスキーピング（ＨＫ）遺伝子（例えばＡＢＣＦ１、ＮＲＤＥ２、Ｇ６ＰＤ、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、ＵＢＢ）の幾何平均に対して正規化する。
・次に、ＨＫ正規化データを、ＩＯ３６０パネル標準、好ましくは試験試料と同一のカートリッジで実行した標準に対して正規化する。
・次に、正規化された各遺伝子数を対数変換する。
・正規化及び対数変換後、各遺伝子に重み値を乗算する。
・これらの各重み付き数を合計して単一のスコアを生成する。最終的に算出されたスコアに、定数である調整係数を加算する（例えば＋７）。調整係数は、スコアの範囲が０を超えるように、（ＴＣＧＡ及び／又は細胞株分析からの）観察された最低スコアから導出できる。

【0109】

表３では、遺伝子を以下のように分類する：列１：遺伝子名；列２：内部基準遺伝子；列３：細胞タイプ（Ｂ：Ｂ細胞；ＣＤ８：ＣＤ８Ｔ細胞；Ｃｙｔｏ：細胞傷害性細胞；ＣＤ４５：ＣＤ４５発現性細胞；ＣＤ５６ｄ：ＮＫ ＣＤ５６^dim細胞；ＤＣ：樹状細胞；ｅＣＤ８：疲弊したＣＤ８細胞；Ｍ：マクロファージ；ＭＣ：肥満細胞；Ｎ：好中球；ＮＫ：ＮＫ細胞；Ｔ：Ｔ細胞；Ｔｈ１：Ｔｈ１細胞；Ｔｒｅｇ：Ｔｒｅｇ細胞）；列４：癌抗原の放出；列５：癌抗原提示；列６：Ｔ細胞のプライミング及び活性化；列７：腫瘍に対する免疫細胞の局在化；列８：間質因子；列９：Ｔ細胞による癌細胞の認識；列１０：癌細胞の殺滅；列１１：骨髄細胞活性；列１２：ＮＫ細胞活性；列１３：細胞周期及び増殖；列１４：腫瘍の内因性因子；列１５：免疫代謝；列１６：共通のシグナリング経路。特定の遺伝子発現シグネチャを構成する追加の経路及び細胞タイプに関連する遺伝子、並びに遺伝子発現シグネチャスコアを算出するための方法が、以下の実施例で提供される。

【0110】

【表3】

【0111】

Ｂ．「遺伝子発現シグネチャ」の分析
ベースラインにおける骨髄（ＢＭ）細胞試料の遺伝子発現分析により、化学療法不応性、ＨＭＡ不応性（二次ＡＭＬを含む）、及び再発患者を、免疫学的連続体内の３つのクラスタグループ：免疫枯渇遺伝子発現シグネチャを示す患者、免疫疲弊遺伝子発現シグネチャを示す患者、及び免疫強化遺伝子発現シグネチャを示す患者に層別化する。

【0112】

以下で更に詳細に説明されるように、一次不応性疾患を有する患者（２回以上の導入試行に対して不応性、最初のＣＲが６ヶ月未満、又は４サイクル以上の低メチル化剤ＨＭＡの後に失敗）は、免疫浸潤腫瘍微小環境の遺伝子発現シグネチャを示し、これは、（再発患者で観察されるレベルに対して）およそ３３％高い炎症性ケモカインレベル（３．２７±０．２２ ｖｓ ２．４６±０．０７、ｐ＝０．０２６）によって確認される。

【0113】

このグループの中で、化学療法不応性患者及びＨＭＡ不応性患者を、免疫疲弊腫瘍微小環境の遺伝子シグネチャを示す第１の亜集団（図２、クラスタ２に関して示された、太線で囲まれたシグネチャを参照）と、インターフェロンガンマ（本明細書中では「ＩＦＮガンマ」とも呼ばれる）シグナリングシグネチャを含む免疫強化腫瘍微小環境の遺伝子シグネチャを示す第２の亜集団（図２、クラスタ３に関して示された、太線で囲まれたシグネチャを参照）とに、更に層別化する。ＨＭＡ不応性患者は、免疫疲弊及び適応免疫抵抗性の特徴を示し、これは、化学療法不応性患者に対しておよそ４４％のＴＩＧＩＴ発現の増大（５．５５±０．３４ ｖｓ ３．８５±０．２４、ｐ＝０．００６）、およそ４８％のＰＤ‐Ｌ１発現ＰＤ‐Ｌ１の増大（３．５５±０．１８ ｖｓ ２．４±０．２９、ｐ＝０．００９）、及びおよそ３２％のＴｒｅｇ細胞特異的発現の増大（４．８７±０．２３ ｖｓ ３．６９±０．１９、ｐ＝０．０００９）を含む。ＨＭＡ不応性患者もまた、化学療法不応性患者と比較して、（ＣＤ２４４、ＥＯＭＥＳ、ＬＡＧ３、及びＰＴＧＥＲ４の発現によって測定される）ＣＤ８Ｔ細胞がますます疲弊する傾向を示す。

【0114】

化学療法不応性（即ち２回以上の導入試行に対して不応性、最初のＣＲが６ヶ月未満）であり、かつ再発したＡＭＬ患者だけに注目して（即ちＨＭＡ不応性患者を含まずに）、（以下で説明されるように３つのシグネチャモジュールのスコアを集計することによって実施される）より広範な遺伝子のセットの更なる分析により、再発及び不応性のＡＭＬ患者のＢＭ試料をベースラインにおいて、本明細書中で「免疫浸潤（ｉｍｍｕｎｅ‐ｉｎｆｉｌｔｒａｔｅｄ）」及び「免疫枯渇（ｉｍｍｕｎｅ‐ｄｅｐｌｅｔｅｄ）」サブタイプと呼ばれる２つの免疫サブタイプに層別化した。

【0115】

ＩＩ．例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子
Ａ．ＪＮＪ‐６３７０９１７８
ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、サイレンシングされたＦｃ機能を有するヒト化ＩｇＧ４二重特異性抗体である。この抗体は、Ｇｅｎｍａｂ ＤｕｏＢｏｄｙ（登録商標）技術を用いて生成されたものであり、腫瘍細胞上のＣＤ１２３、及びＴ細胞上のＣＤ３の両方に結合できる。ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、Ｔ細胞をＣＤ１２３発現性腫瘍細胞に動員して、これらの腫瘍細胞の試験管内での殺滅を誘発できる（ＭＯＬＭ‐１３、ＯＣＩ‐ＡＭＬ５、及びＫＧ‐１；ＥＣ５０＝０．５１‐０．９１ｎＭ）。ＪＮＪ‐６３７０９１７８は、国際公開第２０１６／０３６９３７号、Gaudet, F. et al. (2016) “Development of a CD123 x CD3 Bispecific Antibody (JNJ-63709178) for the Treatment of Acute Myeloid Leukemia (AML),” Blood 128:2824；及びForslund, A. et al. (2016) “Ex Vivo Activity Profile of the CD123 x CD3 Duobody（登録商標） Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples,” Blood 128:2875において開示されており、これらの文献は参照により本出願に援用される。ＪＮＪ‐６３７０９１７８並びに／又は関連抗体：１３ＲＢ１７９、１３ＲＢ１８０、１３ＲＢ１８１、１３ＲＢ１８２、１３ＲＢ１８３、１３ＲＢ１８６、１３ＲＢ１８７、１３ＲＢ１８８、１３ＲＢ１８９、ＣＤ３Ｂ１９、７９５９、３９７８、７９５５、９９５８、８７４７、８８７６、４４３５及び５４６６の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、国際公開第２０１６／０３６９３７号において開示されている。

【0116】

Ｂ．ＸｍＡｂ１４０４５
ＸｍＡｂ１４０４５（ビベコタマブとしても公知）は、ＣＤ１２３結合ドメイン及び細胞傷害性Ｔ細胞結合ドメイン（ＣＤ３）の両方を含む腫瘍指向性抗体である。ＸｍＡｂ二重特異性Ｆｃドメインは、これら２つの抗原結合ドメインの足場として機能し、ＸｍＡｂ１４０４５に対して、長い循環半減期、安定性、及び製造の容易さを付与する。ＸｍＡｂ１４０４５によるＣＤ３の結合は、ＣＤ１２３発現性腫瘍細胞の、極めて強力で標的化された殺滅のために、Ｔ細胞を活性化する（米国公開特許第２０１７／０３４９６６０号；Chu, S.Y. et al. (2014) “Immunotherapy with Long-Lived Anti-CD123 x CD3 Bispecific Antibodies Stimulates Potent T Cell-Mediated Killing of Human AML Cell Lines and of CD123+ Cells in Monkeys: A Potential Therapy for Acute Myelogenous Leukemia,” Blood 124(21):2316、これらの文献は参照により本出願に援用される）。ＸｍＡｂ１４０４５及び類似のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、米国公開特許第２０１７／０３４９６６０号、及びWHO Drug Information, Proposed INN: List 120, 2018, 32(4):658-660において開示されている。

【0117】

Ｃ．ＡＰＶＯ４３６
ＡＰＶＯ４３６は、抗ＣＤ１２３ ｓｃＦｖ部分及び抗ＣＤ３ ｓｃＦｖ部分を有するＡＤＡＰＴＩＲ（商標）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子である。上記ｓｃＦｖ部分はそれぞれ、ＡＤＣＣ／ＣＤＣエフェクタ機能を無効化するように修飾されたＦｃドメインに結合する。ＡＰＶＯ４３６は、低ｎＭ範囲内のＥＣ₅₀値でヒトＣＤ１２３及びＣＤ３発現性細胞に結合すること、及び低いエフェクタ：標的比において、ＣＤ１２３発現性腫瘍細胞株に対する強力な標的特異的活性を示すことが開示されている。ＡＰＶＯ４３６は、一次ＡＭＬ被験者試料及び正常ドナー試料を用いた実験において、ＣＤ１２３発現性細胞の枯渇を伴う内因性Ｔ細胞活性化及び増殖を強力に誘発できることが開示されている。ＡＰＶＯ４３６（Comeau, M.R. et al. (2018) “APVO436, a Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR（商標）Molecule for Redirected T-cell Cytotoxicity, Induces Potent T-cell Activation, Proliferation and Cytotoxicity with Limited Cytokine Release,” AACR Annual Meeting April 2018, Abstract 1786; Godwin, C.D. et al. (2017) “Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 ADAPTIR（商標） Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro,” American Society of Hematology Annual Meeting, December 2017, Blood 130:2639; Comeau, M.R. et al. (2017) “Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR（商標） Molecules for Redirected T-cell Cytotoxicity in Hematological Malignancies,” AACR Annual Meeting April 2017, Abstract 597参照）。ＡＰＶＯ４３６ ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の、重鎖及び軽鎖のアミノ酸配列は、国際公開第２０１８／０５７８０２Ａ１号において開示されている。

【0118】

Ｄ．ＤＡＲＴ‐Ａ
ＤＡＲＴ‐Ａ（フロテツズマブとしても公知、ＣＡＳ番号：１６６４３５５‐２８‐５）は、本発明の好ましいＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子である。ＤＡＲＴ‐Ａは、ＣＤ１２３のエピトープ及びＣＤ３のエピトープに同時に特異的に結合できる、配列最適化二重特異性ダイアボディＣＤ３（「ＣＤ１２３×ＣＤ３」二重特異性ダイアボディ）である（米国公開特許第２０１６‐０２００８２７号、国際公開第２０１５／０２６８９２号、Al-Hussaini, M. et al. (2016) “Targeting CD123 In Acute Myeloid Leukemia Using A T-Cell-Directed Dual-Affinity Retargeting Platform,” Blood 127:122-131, in Vey, N. et al. (2017) “A Phase 1, First-in-Human Study of MGD006/S80880 (CD123 x CD3) in AML/MDS,” 2017 ASCO Annual Meeting, June 2-6, 2017, Chicago, IL: Abstract TPS7070、これらの各文献は参照によりその全体が本出願に援用される）。ＤＡＲＴ‐Ａは、同様の組成の他の非配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディに比べて強化された機能的活性を示すことが分かっているため、「配列最適化（ｓｅｑｕｅｎｃｅ‐ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ）」ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディと呼ばれる。国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１７／０５０４７１は、患者にＤＡＲＴ‐Ａを投与するための好ましい投薬レジメンを記載しており、参照によりその全体が本出願に援用される。

【0119】

ＤＡＲＴ‐Ａは、第１のポリペプチド鎖及び第２のポリペプチド鎖を含む（図１）。この二重特異性ダイアボディの第１のポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体の軽鎖可変ドメイン（ＶＬドメイン）（ＶＬ_CD3）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体の重鎖可変ドメイン（ＶＨドメイン）（ＶＨ_CD123）、及びＣ末端を含むことになる。

【0120】

このようなＶＬ_CD3ドメインに関する好ましい配列は、配列番号１：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG
である。

【0121】

ＶＬ_CD3の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_L１（配列番号２）：RSSTGAVTTSNYAN
ＣＤＲ_L２（配列番号３）：GTNKRAP
ＣＤＲ_L３（配列番号４）：ALWYSNLWV
を含む。

【0122】

このようなリンカー１に関する好ましい配列は、配列番号５：GGGSGGGGである。このようなＶＨ_CD123ドメインに関する好ましい配列は、配列番号６：
EVQLVQSGAE LKKPGASVKV SCKASGYTFT DYYMKWVRQA PGQGLEWIGD
IIPSNGATFY NQKFKGRVTI TVDKSTSTAY MELSSLRSED TAVYYCARSH
LLRASWFAYW GQGTLVTVSS
である。

【0123】

ＶＨ_CD123の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_H１（配列番号７）：DYYMK
ＣＤＲ_H２（配列番号８）：DIIPSNGATFYNQKFKG
ＣＤＲ_H３（配列番号９）：SHLLRASWFAY
を含む。

【0124】

第２のポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD123）、介在リンカーペプチド（例えばリンカー１）、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD3）、及びＣ末端を含むことになる。このようなＶＬ_CD123ドメインに関する好ましい配列は、配列番号１０：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIK
である。

【0125】

ＶＬ_CD123の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_L１（配列番号１１）：KSSQSLLNSGNQKNYLT
ＣＤＲ_L２（配列番号１２）：WASTRES
ＣＤＲ_L３（配列番号１３）：QNDYSYPYT
である。

【0126】

このようなＶＨ_CD3ドメインに関する好ましい配列は、配列番号１４：
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS TYAMNWVRQA PGKGLEWVGR
IRSKYNNYAT YYADSVKDRF TISRDDSKNS LYLQMNSLKT EDTAVYYCVR
HGNFGNSYVS WFAYWGQGTL VTVSS
である。

【0127】

ＶＨ_CD3の抗原結合ドメインは：
ＣＤＲ_H１（配列番号１５）：TYAMN
ＣＤＲ_H２（配列番号１６）：RIRSKYNNYATYYADSVKD
ＣＤＲ_H３（配列番号１７）：HGNFGNSYVSWFAY
である。

【0128】

本発明の配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディを、上記第１及び第２のポリペプチドがその長さに沿ってシステイン残基を介して互いに共有結合するように、操作する。このようなシステイン残基は、上記ポリペプチドのＶＬドメインとＶＨドメインとを隔てる介在リンカー（例えばリンカー１）に導入してよい。あるいは、そしてより好ましくは、第２のペプチド（リンカー２）を、例えば上記ポリペプチド鎖のＮ末端からＶＬドメインまで、又はＣ末端からＶＨドメインまでの位置において、各ポリペプチド鎖に導入する。このようなリンカー２に関する好ましい配列は、配列番号１８：GGCGGGである。

【0129】

上記ポリペプチド鎖を、反対の電荷のポリペプチドコイルを含有するように更に操作することによって、ヘテロ二量体の形成を促進できる。従ってある好ましい実施形態では、ポリペプチド鎖のうちの一方を、その残基がｐＨ７において負の電荷を形成する「Ｅコイル（Ｅ‐ｃｏｉｌ）」ドメイン（配列番号１９：EVAALEKEVAALEKEVAALEKEVAALEK）を含有するように操作し、２つのポリペプチド鎖のうちのもう一方を、その残基がｐＨ７において正の電荷を形成する「Ｋコイル（Ｋ‐ｃｏｉｌ）」ドメイン（配列番号２０：KVAALKEKVAALKEKVAALKEKVAALKE）を含有するように操作することになる。このような荷電ドメインの存在は、第１のポリペプチド鎖と第２のポリペプチド鎖との間の会合を促進し、従ってヘテロ二量体化を助長する。

【0130】

どのコイルを第１のポリペプチド鎖又は第２のポリペプチド鎖に提供するかは重要ではない。しかしながら、本発明のある好ましい配列最適化ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディ（「ＤＡＲＴ‐Ａ」）は、以下の配列（配列番号２１）：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG GGGSGGGGEV QLVQSGAELK KPGASVKVSC KASGYTFTDY
YMKWVRQAPG QGLEWIGDII PSNGATFYNQ KFKGRVTITV DKSTSTAYME
LSSLRSEDTA VYYCARSHLL RASWFAYWGQ GTLVTVSSGG CGGGEVAALE
KEVAALEKEV AALEKEVAAL EK
を有する第１のポリペプチド鎖を有する。

【0131】

ＤＡＲＴ‐Ａの鎖１は：配列番号１‐配列番号５‐配列番号６‐配列番号１８‐配列番号１９で構成される。ＤＡＲＴ‐Ａの第１のポリペプチド鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２２：
caggctgtgg tgactcagga gccttcactg accgtgtccc caggcggaac
tgtgaccctg acatgcagat ccagcacagg cgcagtgacc acatctaact
acgccaattg ggtgcagcag aagccaggac aggcaccaag gggcctgatc
gggggtacaa acaaaagggc tccctggacc cctgcacggt tttctggaag
tctgctgggc ggaaaggccg ctctgactat taccggggca caggccgagg
acgaagccga ttactattgt gctctgtggt atagcaatct gtgggtgttc
gggggtggca caaaactgac tgtgctggga gggggtggat ccggcggcgg
aggcgaggtg cagctggtgc agtccggggc tgagctgaag aaacccggag
cttccgtgaa ggtgtcttgc aaagccagtg gctacacctt cacagactac
tatatgaagt gggtcaggca ggctccagga cagggactgg aatggatcgg
cgatatcatt ccttccaacg gggccacttt ctacaatcag aagtttaaag
gcagggtgac tattaccgtg gacaaatcaa caagcactgc ttatatggag
ctgagctccc tgcgctctga agatacagcc gtgtactatt gtgctcggtc
acacctgctg agagccagct ggtttgctta ttggggacag ggcaccctgg
tgacagtgtc ttccggagga tgtggcggtg gagaagtggc cgcactggag
aaagaggttg ctgctttgga gaaggaggtc gctgcacttg aaaaggaggt
cgcagccctg gagaaa
である。

【0132】

ＤＡＲＴ‐Ａの第２のポリペプチド鎖は、以下の配列（配列番号２３）：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIKGGGSGGG GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF
STYAMNWVRQ APGKGLEWVG RIRSKYNNYA TYYADSVKDR FTISRDDSKN
SLYLQMNSLK TEDTAVYYCV RHGNFGNSYV SWFAYWGQGT LVTVSSGGCG
GGKVAALKEK VAALKEKVAA LKEKVAALKE
を有する。

【0133】

ＤＡＲＴ‐Ａの鎖２は配列番号１０‐配列番号５‐配列番号１４‐配列番号１８‐配列番号２０で構成される。ＤＡＲＴ‐Ａの第２のポリペプチド鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２４：
gacttcgtga tgacacagtc tcctgatagt ctggccgtga gtctggggga
gcgggtgact atgtcttgca agagctccca gtcactgctg aacagcggaa
atcagaaaaa ctatctgacc tggtaccagc agaagccagg ccagccccct
aaactgctga tctattgggc ttccaccagg gaatctggcg tgcccgacag
attcagcggc agcggcagcg gcacagattt taccctgaca atttctagtc
tgcaggccga ggacgtggct gtgtactatt gtcagaatga ttacagctat
ccctacactt tcggccaggg gaccaagctg gaaattaaag gaggcggatc
cggcggcgga ggcgaggtgc agctggtgga gtctggggga ggcttggtcc
agcctggagg gtccctgaga ctctcctgtg cagcctctgg attcaccttc
agcacatacg ctatgaattg ggtccgccag gctccaggga aggggctgga
gtgggttgga aggatcaggt ccaagtacaa caattatgca acctactatg
ccgactctgt gaaggataga ttcaccatct caagagatga ttcaaagaac
tcactgtatc tgcaaatgaa cagcctgaaa accgaggaca cggccgtgta
ttactgtgtg agacacggta acttcggcaa ttcttacgtg tcttggtttg
cttattgggg acaggggaca ctggtgactg tgtcttccgg aggatgtggc
ggtggaaaag tggccgcact gaaggagaaa gttgctgctt tgaaagagaa
ggtcgccgca cttaaggaaa aggtcgcagc cctgaaagag
である。

【0134】

ＤＡＲＴ‐Ａは、ヒト及びカニクイザル細胞によって配列されるようなＣＤ１２３及びＣＤ３に同時に結合できる能力を有する。ＤＡＲＴ‐Ａの提供はＴ細胞の活性化を引き起こし、芽球の減少を仲介し、Ｔ細胞膨張を促進し、Ｔ細胞活性化を誘発し、標的癌細胞の標的転換殺滅を引き起こすことが分かった（表４）。

【0135】

【表4】

【0136】

より詳細には、ＤＡＲＴ‐Ａは、最高活性の５０％（ＥＣ₅₀）を達成するために必要な濃度がｎｇ／ｍＬ未満の範囲で、強力な標的転換殺滅能力を示し、これは、ＣＤ１２３発現の程度が高い標的細胞株（Ｋａｓｕｍｉ‐３（ＥＣ₅₀＝０．０１ｎｇ／ｍＬ））、ＣＤ１２３発現の程度が中程度の標的細胞株（Ｍｏｌｍ１３（ＥＣ_５０＝０．１８ｎｇ／ｍＬ）及びＴＨＰ‐１（ＥＣ₅₀＝０．２４ｎｇ／ｍＬ））、並びにＣＤ１２３発現の程度が中程度のうちの低い方であるか又は低い標的細胞株（ＴＦ‐１（ＥＣ₅₀＝０．４６ｎｇ／ｍＬ）及びＲＳ４‐１１（ＥＣ₅₀＝０．５ｎｇ／ｍＬ））におけるＣＤ３エピトープ結合特異性とは無関係である。同様に、ＤＡＲＴ‐Ａ標的転換殺滅は、異なるドナーに由来するＴ細胞を含む複数の標的細胞株でも観察され、またＣＤ１２３を発現しない細胞株では標的転換殺滅は観察されなかった。結果を表５にまとめる。

【0137】

【表5】

【0138】

更に、ヒトＴ細胞及び腫瘍細胞（Ｍｏｌｍ１３又はＲＳ４‐１１）を組み合わせて、ＮＯＤ／ＳＣＩＤガンマ（ＮＳＧ）ノックアウトマウスに皮下注射した場合、ＭＯＬＭ１３腫瘍は、０．１６、０．５、０．２、０．１、０．０２、及び０．００４ｍｇ／ｋｇの用量レベルにおいて有意に阻害された。０．００４ｍｇ／ｋｇ以上の用量が、ＭＯＬＭ１３モデルにおいて活性であった。ＲＳ４‐１１モデルと比較した場合にＭＯＬＭ１３モデルにおいて腫瘍成長の阻害に関連するＤＡＲＴ‐Ａの用量がより少ないことは、ＭＯＬＭ１３細胞がＲＳ４‐１１細胞よりも高いＣＤ１２３発現レベルを有することを実証する試験管内データと一致しており、これは、ＭＯＬＭ１３細胞における試験管内でのＤＡＲＴ‐Ａ仲介細胞傷害性に対する感度の上昇と相関していた。

【0139】

ＤＡＲＴ‐Ａは、ＡＭＬ患者由来の一次ＡＭＬ試験片（骨髄単核球（ＢＭＮＣ）及び末梢血単核球（ＰＢＭＣ））に対して活性を有する。一次ＡＭＬ骨髄試料をＤＡＲＴ‐Ａと共にインキュベートすると、これに付随する残留Ｔ細胞（ＣＤ４及びＣＤ８の両方）の膨張と、Ｔ細胞活性化マーカー（ＣＤ２５及びＫｉ‐６７）の誘発とを伴う、経時的な白血病細胞集団の枯渇がもたらされた。ＣＤ８及びＣＤ４ Ｔ細胞の両方における、グランザイムＢ及びパーフォリンレベルの上方制御が観察された。一次ＡＭＬ骨髄試料をＤＡＲＴ‐Ａと共にインキュベートすると、未処理の対照、即ち対照ＤＡＲＴに比べて、経時的な白血病細胞集団の枯渇がもたらされた。Ｔ細胞を計数し（ＣＤ８及びＣＤ４染色）、活性化（ＣＤ２５染色）をアッセイすると、未処理の、即ち対照ＤＡＲＴ試料に比べて、ＤＡＲＴ‐ＡではＴ細胞が膨張して活性化された。またＤＡＲＴ‐Ａは、ヒトＰＢＭＣ及びカニクイザルＰＢＭＣの両方において、ｐＤＣ細胞の枯渇を仲介できることが分かり、カニクイザルｐＤＣは、わずか１０ｎｇ／ｋｇのＤＡＲＴ‐Ａの点滴のわずか４日後に枯渇した。サイトカインであるインターフェロンガンマ、ＴＮＦアルファ、ＩＬ６、ＩＬ５、ＩＬ４、及びＩＬ２のレベルの上昇は、ＤＡＲＴ‐Ａで処置した動物では観察されなかった。これらのデータは、ＤＡＲＴ‐Ａ仲介標的細胞殺滅が、グランザイムＢ及びパーフォリン経路を介して仲介されたことを示している。

【0140】

ＣＤ１２３陰性標的（Ｕ９３７細胞）又は対照ＤＡＲＴでは活性が観察されず、これは、観察されたＴ細胞の活性化が、標的細胞結合に強く依存していたこと、及びＤＡＲＴ‐ＡによるＣＤ３の１価結合は、Ｔ細胞の活性化をトリガするには不十分であったことを示している。

【0141】

要約すると、ＤＡＲＴ‐Ａは、ＴＣＲのＣＤ３εサブユニットに結合して、いくつかの血液悪性腫瘍において上方制御される抗原であるＣＤ１２３を発現する細胞に対してＴリンパ球を標的転換する、抗体ベースの分子である。ＤＡＲＴ‐Ａは、ヒト及びカニクイザルの抗原に同様の親和性で結合し、両方の種からのＴ細胞を標的転換してＣＤ１２３＋細胞を殺滅する。週毎にＤＡＲＴ‐Ａの用量を増加させながら１週間に４又は７日の点滴を受けたサルは、処置の開始の７２時間後に、循環ＣＤ１２３＋Ｔ細胞の枯渇を示し、これは、投薬スケジュールに関係なく、４週間の処置全体を通して持続した。循環Ｔ細胞の減少も発生したが、４日の投薬スケジュールでは、サルにおける後の点滴の前のベースラインに回復し、これはＤＡＲＴ‐Ａ仲介型の固定化と一致していた。ＤＡＲＴ‐Ａの投与は、循環ＰＤ１＋Ｔ細胞を増大させたが、ＴＩＭ‐３＋Ｔ細胞を増大させず；更に、処置後のサル由来のＴ細胞の生体外分析により、標的転換された標的細胞の溶解が変化していないことが示され、これは疲弊が発生していないことを示している。細胞傷害性は、ＤＡＲＴ‐Ａの最初の点滴後、最小限の一過性のサイトカイン放出に制限されたが、後続の投与の後では、用量を増加させ、ＣＤ１２３＋骨髄前駆細胞の減少を伴う赤血球量の最小限の可逆的減少が発生した場合であっても制限されなかった。

【0142】

Ｅ．更なる二重特異性ダイアボディ分子
Ｆｃ領域を含み、かつ図１Ｂに示されている一般構造を有する、ＤＡＲＴ‐Ａの別のバージョンは、米国公開特許第２０１６‐０２００８２７号に記載されている。ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有する好ましいポリペプチドは、配列（配列番号２５）（「ノブ担持」Ｆｃドメイン）：
APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED PEVKFNWYVD
GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA
PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLWCLVK GFYPSDIAVE
WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLYSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE
ALHNHYTQKS LSLSPGX
（ここでＸはＫであるか、又は不在である）；
及び配列（配列番号２６）（「ホール担持」Ｆｃドメイン）：
APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED PEVKFNWYVD
GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK CKVSNKALPA
PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLSCAVK GFYPSDIAVE
WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLVSKL TVDKSRWQQG NVFSCSVMHE
ALHNRYTQKS LSLSPGX
（ここでＸはＫであるか、又は不在である）
を有する。

【0143】

例示的なＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃ構築物の第１のポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD123）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD3）、リンカー２、Ｅコイルドメイン、リンカー５、ペプチド１、ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有するポリペプチド、並びにＣ末端を含むことになる。好ましいリンカー５は、配列：ＧＧＧを有する。好ましいペプチド１は、配列：DKTHTCPPCP（配列番号２９）を有する。従って、このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第１のポリペプチドは：配列番号１０‐配列番号５‐配列番号１４‐配列番号１８‐配列番号１９‐ＧＧＧ‐配列番号２９‐配列番号２５（ここでＸはＫである）で構成される。

【0144】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第１のポリペプチドの好ましい配列は、配列（配列番号２７）：
DFVMTQSPDS LAVSLGERVT MSCKSSQSLL NSGNQKNYLT WYQQKPGQPP
KLLIYWASTR ESGVPDRFSG SGSGTDFTLT ISSLQAEDVA VYYCQNDYSY
PYTFGQGTKL EIKGGGSGGG GEVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCAASGFTF
STYAMNWVRQ APGKGLEWVG RIRSKYNNYA TYYADSVKDR FTISRDDSKN
SLYLQMNSLK TEDTAVYYCV RHGNFGNSYV SWFAYWGQGT LVTVSSGGCG
GGEVAALEKE VAALEKEVAA LEKEVAALEK GGGDKTHTCP PCPAPEAAGG
PSVFLFPPKP KDTLMISRTP EVTCVVVDVS HEDPEVKFNW YVDGVEVHNA
KTKPREEQYN STYRVVSVLT VLHQDWLNGK EYKCKVSNKA LPAPIEKTIS
KAKGQPREPQ VYTLPPSREE MTKNQVSLWC LVKGFYPSDI AVEWESNGQP
ENNYKTTPPV LDSDGSFFLY SKLTVDKSRW QQGNVFSCSV MHEALHNHYT
QKSLSLSPGK
である。

【0145】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第２の鎖は、Ｎ末端からＣ末端への方向に、Ｎ末端、ＣＤ３に結合できるモノクローナル抗体のＶＬドメイン（ＶＬ_CD3）、介在リンカーペプチド（リンカー１）、ＣＤ１２３に結合できるモノクローナル抗体のＶＨドメイン（ＶＨ_CD123）、リンカー２、Ｋコイルドメイン、並びにＣ末端を含むことになる。よって、このようなＤＡＲＴ‐Ａｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第２のポリペプチドは：配列番号１‐配列番号５‐配列番号６‐配列番号１８‐配列番号２０で構成される。このようなポリペプチドは、配列（配列番号２８）：
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCRSSTGAVT TSNYANWVQQ KPGQAPRGLI
GGTNKRAPWT PARFSGSLLG GKAALTITGA QAEDEADYYC ALWYSNLWVF
GGGTKLTVLG GGGSGGGGEV QLVQSGAELK KPGASVKVSC KASGYTFTDY
YMKWVRQAPG QGLEWIGDII PSNGATFYNQ KFKGRVTITV DKSTSTAYME
LSSLRSEDTA VYYCARSHLL RASWFAYWGQ GTLVTVSSGG CGGGKVAALK
EKVAALKEKV AALKEKVAAL KE
を有する。

【0146】

このようなＤＡＲＴ‐Ａ ｗ／Ｆｃバージョン１構築物の第３のポリペプチド鎖は、ＩｇＧ ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含むことになる。好ましいポリペプチドは、ペプチド１（DKTHTCPPCP；配列番号２９）と、ＦｃドメインのＣＨ２及びＣＨ３ドメイン（配列番号２６、ここでＸはＫである）とで構成され、配列番号３０：
DKTHTCPPCP APEAAGGPSV FLFPPKPKDT LMISRTPEVT CVVVDVSHED
PEVKFNWYVD GVEVHNAKTK PREEQYNSTY RVVSVLTVLH QDWLNGKEYK
CKVSNKALPA PIEKTISKAK GQPREPQVYT LPPSREEMTK NQVSLSCAVK
GFYPSDIAVE WESNGQPENN YKTTPPVLDS DGSFFLVSKL TVDKSRWQQG
NVFSCSVMHE ALHNRYTQKS LSLSPGK
の配列を有する。

【0147】

別の最適化された抗ＣＤ３結合ドメインを含む追加のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性ダイアボディは、米国特許出願第６２／６３１，０４３号（２０１８年２月１５日出願）、及び米国特許出願第６２／７３８，６３２号（２０１８年９月２８日出願）（これらは全て参照により本出願に援用される）において提供されている。

【0148】

ＩＩＩ．医薬製剤
本発明の組成物は、医薬組成物の製造において有用なバルク薬剤組成物（例えば単位剤形の調製に使用できる不純又は非滅菌組成物）（即ち被験者又は患者への投与に好適な組成物）を含む。このような組成物は、予防又は治療的有効量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子と、薬学的に許容可能な担体とを含む。

【0149】

好ましい医薬製剤は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子及び水性安定剤、並びに任意に薬学的に許容可能な担体を含む。

【0150】

本明細書中で使用される場合、用語「薬学的に許容可能な担体（ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｌｙ ａｃｃｅｐｔａｂｌｅ ｃａｒｒｉｅｒ）」は、動物、より詳細にはヒトの体内への送達に好適なものとして、規制当局に承認されている、又は米国薬局方若しくは別の一般に認識されている薬局方に記載されている、希釈剤、アジュバント（例えばフロイントアジュバント（完全及び不完全）、賦形剤、又はビヒクルを指すことを意図したものである。このような薬学的担体は、無菌液体、例えば水及び油であってよく、油は、石油由来、動物由来、植物由来、又は合成によるもの、例えば落花生油、大豆油、鉱油、ゴマ油等を含む。水は、医薬組成物が静脈内投与される場合に好ましい担体である。生理食塩水、並びにデキストロース及びグリセロール水溶液も、特に駐車用溶液のための液体担体として採用できる。好適な薬学的賦形剤としては、デンプン、ブドウ糖、乳糖、ショ糖、ゼラチン、麦芽、米、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、乾燥スキムミルク、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノール等が挙げられる。必要に応じて、上記組成物は少量の湿潤剤若しくは乳化剤、又はｐＨ緩衝剤も含有してよい。これらの組成物は、溶液、懸濁液、乳液、錠剤、丸剤、カプセル、粉体、徐放性製剤等の形態を取ることができる。

【0151】

一般に、本発明の組成物の成分は、例えば活性作用剤の量を示すバイアル、アンプル又はサシェ等の気密性コンテナ中の液体製剤、凍結乾燥粉末又は無水濃縮物として、別個に、又は単位剤形にまとめて混合された状態で供給される。組成物を点滴によって投与する場合、組成物は、滅菌された薬学的グレードの水又は食塩水を内包する点滴ボトルを用いて吐出できる。組成物を注射によって投与する場合、投与前に成分を混合できるように、注射用無菌水又は食塩水のアンプルを提供できる。

【0152】

本発明はまた、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を単独で又は安定剤若しくは薬学的に許容可能なキャリアと組み合わせて内包する１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。更に、疾患の治療に有用な１つ以上の他の予防剤又は治療剤も、上記医薬パック又はキットに含めることができる。本発明はまた、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つ又は複数で充填された１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。任意に、このような１つ以上のコンテナは、医薬製品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知と関連するものとすることができ、上記通知は、ヒトへの投与のための製造、使用又は販売の機関による承認を反映したものである。

【0153】

ＩＶ．キット
本発明は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子、（例えば保管、投薬量、適応症、副作用、対抗適応症等に関連する）説明資料、並びに任意に上述の方法で使用できる安定剤及び／又は担体を含む、キットを提供する。このようなキットでは、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は好ましくは、アンプル、バイアル、サシェ等の気密性コンテナ内にパッケージされ、上記気密性コンテナは好ましくは、内包されている上記分子の量を示す。上記コンテナは、ガラス、樹脂、プラスチック等のいずれの薬学的に許容可能な材料で形成してよい。このようなキットのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は好ましくは、気密性コンテナ内の液体溶液、滅菌凍結乾燥粉体、又は無水濃縮物として供給され、例えば水又は生理食塩水を用いて、被験者への投与に適当な濃度に再構築できる。このような液体又は凍結乾燥材料は、その元のコンテナ内で２～８℃で保管する必要があり、また上記材料は、再構築後１２時間以内、好ましくは６時間以内、５時間以内、３時間以内、又は１時間以内に投与する必要がある。上記キットは、１つ以上のコンテナ内に、癌の治療に有用な１つ以上の他の予防及び／若しくは治療剤を更に含むことができ、並びに／又は癌に関連する１つ以上の癌抗原に結合する１つ以上の細胞傷害性抗体を更に含むことができる。特定の実施形態では、上記他の予防又は治療剤は化学療法剤である。他の実施形態では、上記予防又は治療剤は生物学的治療剤又はホルモン療法剤である。上記キットは、使用のための説明書、又は他の印刷された情報を更に含むことができる。

【0154】

更に、疾患の治療に有用な１つ以上の他の予防剤又は治療剤も、上記医薬パック又はキットに含めることができる。本発明はまた、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つ又は複数で充填された１つ以上のコンテナを含む、医薬パック又はキットも提供する。任意に、このような１つ以上のコンテナは、医薬製品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知と関連するものとすることができ、上記通知は、ヒトへの投与のための製造、使用又は販売の機関による承認を反映したものである。

【0155】

Ｖ．投与方法
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、有効量の本発明の分子、又は本発明の融合タンパク質若しくはコンジュゲート分子を含む医薬組成物を、被験者に投与することによる、疾患、障害又は感染症に関連する１つ以上の症状の治療、予防及び改善のために提供できる。ある好ましい態様では、上記組成物は実質的に精製される（即ち上記組成物の効果を制限する、又は望ましくない副作用を生成する物質を実質的に含まない）。ある具体的実施形態では、被験者は動物、好ましくは非霊長類（例えばウシ属、ウマ科、ネコ科、イヌ科、げっ歯類等）又は霊長類（例えばカニクイザル等のサル、ヒト等）といった哺乳類である。ある好ましい実施形態では、被験者又は患者はヒトである。

【0156】

本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤を投与する方法としては、非経口投与（例えば皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内及び皮下）が挙げられるがこれらに限定されない。ある具体的実施形態では、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、静脈内投与される。組成物は、いずれの便利な経路によって、例えば点滴によって投与してよく、他の生物学的活性作用剤と共に投与してよい。

【0157】

点滴による投与は好ましくは、注入ポンプを用いて達成される。「注入ポンプ（ｉｎｆｕｓｉｏｎ ｐｕｍｐ）」は、患者の体内に流体を制御下で、特に所定の速度で長期間にわたって送達する、医療デバイスである。注入ポンプは物理的に動力供給されてよいが、より好ましくは電気によって動力供給される。一部の注入ポンプは「据置型（ｓｔａｔｉｏｎａｒｙ）」注入ポンプであり、患者のベッドサイドで使用するために設計されている。「移動式（ａｍｂｕｌａｔｏｒｙ）」注入ポンプと呼ばれる他の注入ポンプは、携帯式又はウェアラブルなものとして設計される。「シリンジ（ｓｙｒｉｎｇｅ）」ポンプは、送達対象の流体がチャンバのリザーバ（例えばシリンジ）内に保持されている注入ポンプであり、可動ピストンを用いて、上記チャンバの容積、従って流体の送達を制御する。「エラストマ（ｅｌａｓｔｏｍｅｒｉｃ）」注入ポンプでは、流体が伸縮性のバルーンリザーバ内に保持され、バルーンの伸縮自在の壁による圧力によって流体の送達が実施される。「蠕動（ｐｅｒｉｓｔａｌｔｉｃ）」注入ポンプでは、複数のローラのセットが可撓性配管を挟んで、その長さに沿って下がり、流体を押し出す。「マルチチャネル（ｍｕｌｔｉ‐ｃｈａｎｎｅｌ）」注入ポンプでは、流体を複数のリザーバから複数の速度で送達できる。「スマートポンプ（ｓｍａｒｔ ｐｕｍｐ）」は、コンピュータ制御流体送達システムを備えた注入ポンプであり、有害な薬物相互作用のリスクに応じて、又はポンプのパラメータが指定された限界を超えて設定されている場合に、警告を発することができる。注入ポンプの例は公知であり、例えば［著者不明］2002 “General-Purpose Infusion Pumps,” Health Devices 31(10):353-387；及び米国特許第１０，０２９，０５１号、米国特許第１０，０２９，０４７号、米国特許第１０，０２９，０４５号、米国特許第１０，０２２，４９５号、米国特許第１０，０２２，４９４号、米国特許第１０，０１６，５５９号、米国特許第１０，００６，４５４号、米国特許第１０，００４，８４６号、米国特許第９，９９３，６００号、米国特許第９，９８１，０８２号、米国特許第９，９７４，９０１号、米国特許第９，９６８，７２９号、米国特許第９，９３１，４６３号、米国特許第９，９２７，９４３号等において提供されている。

【0158】

患者が治療レジメン中に移動できるように、本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、１つ以上の移動式ポンプによって促進される点滴によって、投与することが好ましい。本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子医薬製剤は、連続点滴で投与することが好ましい。ある好ましい実施形態では、７日連続点滴レジメンは、３日間にわたる約３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の治療投薬量と、これに続く４日間にわたる約１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量（例えば３日間にわたる３０ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日の治療投薬量と、これに続く４日間にわたる１００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量）を含む。特に好ましい実施形態では、このような７日連続点滴レジメンの後に２１日連続点滴レジメンが続き、ここでは、５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量が、上記２１日レジメンの各週の１～４日目に投与され、各週の５～７日目には一切の治療投薬量が投与されない。あるいは、７日連続点滴レジメンの後に２１日連続点滴レジメンが続き、ここでは、５００ｎｇ／ｋｇ／日の治療投薬量が、２１日にわたって毎日投与される。

【0159】

上述の治療経過のいずれにおいて、腫瘍微小環境内のＣＤ８＋Ｔリンパ球の割合を更に監視してよい。このような監視は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子の投与前、ＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法の経過中、及び／又はＣＤ１２３×ＣＤ３結合分子療法の１回のサイクルの完了後に実施してよい。

【0160】

ＶＩ．本発明の組成物の使用
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、ＣＤ１２３の発現に関連する、又はこれを特徴とする、いずれの疾患又は状態を治療するために使用できる。特に本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、血液悪性腫瘍を治療するために使用できる。本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、化学療法不応性血液悪性腫瘍を含む血液悪性腫瘍の治療における使用に特に好適である。本明細書中で使用される場合、化学療法不応性血液悪性腫瘍は、２回以上の導入試行に対して不応性である、最初のＣＲが６ヶ月未満である、又は２サイクル以上の低メチル化剤を用いた治療の後に失敗する、血液悪性腫瘍である。

【0161】

よって、限定するものではないが、このような分子は：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（一次化学療法不応性ＡＭＬを含む）；ＣＭＬの急性転化、及びＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）を含む、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；リヒター症候群、又はＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化を含む、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫の診断又は治療に採用できる。本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は更に、上述の状態の治療のための医薬品の製造に使用できる。

【0162】

本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ、一次化学療法不応性急性骨髄性白血病を含む）、血液骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、又は急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）の治療における使用に特に好適である。

【0163】

ＶＩＩ．本発明の特定の実施形態
ここまで本発明を概説してきたが、以下の番号付与された実施形態（「Ｅ１」～「Ｅ６０」）を参照することによって、本発明は更に容易に理解されるだろう。これらの実施形態は単なる例示として提供されており、特段の記載がない限り、本発明の限定となることを意図したものではない。

【0164】

Ｅ１．患者の化学療法不応性血液悪性腫瘍を治療する方法であって、上記方法は、上記患者に、治療投薬量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を投与するステップを含み、上記投薬量は、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激することによって上記悪性腫瘍を治療するために有効なものである、方法。

【0165】

Ｅ２．上記方法は、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前及び／又は後に、上記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現を評価するステップを更に含む、Ｅ１に記載の方法。

【0166】

Ｅ３．上記方法は、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２に記載の方法。

【0167】

Ｅ４．上記方法は、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与後に、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２に記載の方法。

【0168】

Ｅ５．患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定する方法であって、上記方法は：
（ａ）上記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の発現に対して、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に、上記患者由来の細胞試料中での１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップ；並びに
（ｂ）上記１つ以上の標的遺伝子の発現が、上記１つ以上の標的及び／又は基準遺伝子の上記発現に対して増大していることが分かった場合に、上記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として識別するステップ
を含む、方法。

【0169】

Ｅ６．上記方法は：
（ｉ）上記１つ以上の標的遺伝子の発現；及び
（ｉｉ）その発現が血液悪性腫瘍と特徴的に関連していない１つ以上の基準遺伝子
を評価する、Ｅ２～Ｅ６のいずれか１つに記載の方法。

【0170】

Ｅ７．上記方法は、上記患者の上記１つ以上の基準遺伝子のベースライン発現に対して上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２～Ｅ６のいずれか１つに記載の方法。

【0171】

Ｅ８．上記方法は、上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２～Ｅ７のいずれか１つに記載の方法。

【0172】

Ｅ９．上記方法は、上記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していなかった個体、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２～Ｅ７のいずれか１つに記載の方法。

【0173】

Ｅ１０．上記方法は、上記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対して良好な応答性を有していた個体、又は複数の上記個体の集団の、上記１つ以上の標的遺伝子の発現に対して、上記患者の上記１つ以上の標的遺伝子の発現を評価するステップを含む、Ｅ２～Ｅ７のいずれか１つに記載の方法。

【0174】

Ｅ１１．上記集団における上記１つ以上の標的遺伝子の相対発現レベルは、上記個体の集団から得られた細胞試料における遺伝子発現レベルを平均することによって確立される、Ｅ７～Ｅ１０のいずれか１つに記載の方法。

【0175】

Ｅ１２．上記患者は、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第１四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第１四分位数以内である、
発現レベルを示す、Ｅ２～Ｅ１１のいずれか１つに記載の方法。

【0176】

Ｅ１３．上記患者は、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第２四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．５のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの少なくとも第２四分位数以内である、
発現レベルを示す、Ｅ２～Ｅ１１のいずれか１つに記載の方法。

【0177】

Ｅ１４．上記患者は、上記標的遺伝子のうちの少なくとも１つの発現レベルであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルの第３四分位数より高い；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子の発現レベルに対して少なくとも約０．６のｌｏｇ₂倍率変化を有する、
ＣＤ１２３×ＣＤ３発現レベルを示す、Ｅ２～Ｅ１１のいずれか１つに記載の方法。

【0178】

Ｅ１５．血液悪性腫瘍を治療する方法であって、上記方法は：
（ａ）Ｅ６～Ｅ１４のうちのいずれか１つに記載の方法を採用して、患者が、上記血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかを判定するステップ；
（ｂ）上記患者が上記治療に対する好適な応答者であると判定された場合に、治療投薬量の上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を上記患者に投与するステップ
を含み、
上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の上記投与は、上記患者の体内での上記血液悪性腫瘍の細胞の殺滅を刺激する、方法。

【0179】

Ｅ１６．上記方法は、上記治療の開始後に、上記患者から得られた上記１つ以上の標的遺伝子の発現を１回以上評価するステップを更に含む、Ｅ１５に記載の方法。

【0180】

Ｅ１７．血液悪性腫瘍を治療する方法であって：
（ａ）有効治療投薬量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を投与するステップ；
（ｂ）上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与後の１つ以上の時点において患者から得られた細胞試料における、１つ以上の標的遺伝子の発現を、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の投与前に得られた対応する発現ベースラインレベルに対して、決定するステップ；
（ｃ）上記１つ以上の標的遺伝子の上記発現が、上記対応する発現ベースラインレベルに対して増大しているかどうかを決定するステップであって、上記遺伝子発現の増大の決定によって、上記患者を、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する好適な応答者として同定する、ステップ；及び
（ｄ）調整された又は追加の有効治療投薬量の上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を、いずれの上記好適な応答者である上記患者に投与するステップ
を含む、方法。

【0181】

Ｅ１８．上記細胞試料は血液試料である、Ｅ２～Ｅ１７のいずれか１つに記載の方法。

【0182】

Ｅ１９．上記細胞試料は骨髄試料である、Ｅ２～Ｅ１７のいずれか１つに記載の方法。

【0183】

Ｅ２０．上記患者の骨髄の試料中での、上記１つ以上の標的遺伝子及び／又は上記１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、Ｅ２～Ｅ１７のいずれか１つに記載の方法。本発明は更に、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルを検出するステップを更に含む、上記方法の実施形態を提供する。

【0184】

Ｅ２１．上記発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの上記判定は：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の遺伝子発現レベルを判定するステップ；及び
（ｂ）上記標的遺伝子発現レベルを、１つ以上の基準遺伝子の発現レベルと比較するステップ
によって実施される、Ｅ２～Ｅ２０のいずれか１つに記載の方法。

【0185】

Ｅ２２．上記発現の評価、又は上記患者が、血液悪性腫瘍を治療するためのＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の使用に対する好適な応答者であるかどうかの上記判定は：
（ａ）遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での各標的遺伝子の生ＲＮＡレベルを判定するステップであって、上記遺伝子発現プラットフォームは、ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む、ステップ；及び
（ｂ）内部基準遺伝子の測定されたＲＮＡレベルを用いて、上記標的遺伝子に関する測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれに、相対発現値を割り当てるステップ
によって実施される、Ｅ２～Ｅ２１のいずれか１つに記載の方法。

【0186】

Ｅ２３．上記１つ以上の標的遺伝子は：
（ａ）ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、及びＳＴＡＴ１のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｂ）ＣＣＬ５、ＣＤ２７、ＣＤ２７４、ＣＤ２７６、ＣＤ８Ａ、ＣＭＫＬＲ１、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＲ６、ＨＬＡ‐ＤＱＡ１、ＨＬＡ‐ＤＲＢ１、ＨＬＡ‐Ｅ、ＩＤＯ１、ＬＡＧ３、ＮＫＧ７、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＳＭＢ１０、ＳＴＡＴ１、及びＴＩＧＩＴのうちの１つ以上；並びに／又は
（ｃ）ＡＲＥＧ、ＣＳＦ３、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ２、ＣＸＣＬ３、ＣＣＬ２０、ＦＯＳＬ１、ＩＥＲ３（ＮＭ＿００３８９７．４）、ＩＬ６、及びＰＴＧＳ２のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｄ）ＣＣＬ２、ＣＣＬ３／Ｌ１、ＣＣＬ４、ＣＣＬ７、及びＣＣＬ８のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｅ）ＭＡＧＥＡ３／Ａ６、ＭＡＧＥＡ１、ＭＡＧＥＡ１２、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＢ２、ＭＡＧＥＣ１、及びＭＡＧＥＣ２のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｆ）ＡＰＯＬ６、ＤＴＸ３Ｌ、ＧＢＰ１、ＩＦＩ１６、ＩＦＩ２７、ＩＦＩ３５、ＩＦＩ６、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ２、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ２、ＩＲＦ１、ＩＲＦ９、ＩＳＧ１５、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＰＡＲＰ９、ＰＳＭＢ９、ＳＴＡＴ２、ＴＭＥＭ１４０、及びＴＲＩＭ２１のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｇ）ＰＳＭＢ８、ＰＳＭＢ９、及びＰＳＭＢ１０のうちの１つ以上；並びに／又は
（ｈ）ＩＬ‐１０；並びに／又は
（ｉ）ＣＤ２７４；並びに／又は
（ｊ）ＰＤＣＤ１ＬＧ２
を含む、Ｅ２～Ｅ２２のいずれか１つに記載の方法。

【0187】

Ｅ２４．上記１つ以上の標的遺伝子は更にＩＦＮＧを含む、Ｅ２３に記載の方法

【0188】

Ｅ２５．上記１つ以上の基準遺伝子は、ＡＢＣＦ１、Ｇ６ＰＤ、ＮＲＤＥ２、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、及びＵＢＢのうちの１つ以上を含む、Ｅ２～Ｅ２４のいずれか１つに記載の方法。

【0189】

Ｅ２６．上記１つ以上の標的遺伝子に関して遺伝子シグネチャスコアを決定する、Ｅ２～Ｅ２５のいずれか１つに記載の方法。

【0190】

Ｅ２７．上記遺伝子シグネチャスコアは：
（ａ）ハウスキーピング遺伝子の基準遺伝子セットを含む遺伝子発現プラットフォームを用いて、１つ以上の細胞試料中での、各上記標的遺伝子に関する上記生ＲＮＡレベルを測定するステップ、
（ｂ）測定された上記生ＲＮＡレベルそれぞれを、上記ハウスキーピング遺伝子の幾何平均に対して正規化し、また任意に各ＲＮＡ値を標準に対して更に正規化するステップ；
（ｃ）各正規化済みＲＮＡ値を対数変換するステップ；
（ｄ）各対数変換済みＲＮＡ値と、対応する重み係数とを乗算して、重み付きＲＮＡ値を生成するステップ；及び
（ｅ）上記重み付きＲＮＡ値を足し合わせ、任意に調整係数定数を加えて、単一の遺伝子シグネチャスコアを生成するステップ
を含むプロセスによって決定される、Ｅ２６に記載の方法。

【0191】

Ｅ２８．上記遺伝子シグネチャスコアは、１つ以上の上記標的遺伝子、スコアリングの重み、及び任意に表６及び１２Ａ～１２Ｇで提供される調整計数を用いて決定される、Ｅ２６又はＥ２７に記載の方法。

【0192】

Ｅ２９．上記遺伝子シグネチャスコアは：
（ａ）ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ；
（ｂ）腫瘍炎症シグネチャ；
（ｃ）骨髄炎症シグネチャ；
（ｄ）炎症性ケモカインシグネチャ；
（ｅ）ＭＡＧＥシグネチャ；
（ｆ）ＩＦＮ下流シグナリングシグネチャ；
（ｇ）免疫プロテアソームシグネチャ；
（ｈ）ＩＬ‐１０シグネチャ；
（ｉ）ＣＤ２７４シグネチャ；及び／又は
（ｊ）ＰＤＣＤ１ＬＧ２シグネチャ
のうちの１つ以上に関して決定される遺伝子シグネチャスコアである、Ｅ２６～Ｅ２８のいずれか１つに記載の方法。

【0193】

Ｅ３０．患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２６～Ｅ２９のいずれか１つに記載の方法。

【0194】

Ｅ３１．患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．５のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第２四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２６～Ｅ２９のいずれか１つに記載の方法。

【0195】

Ｅ３２．患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．６のｌｏｇ₂倍率変化を有する、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２６～Ｅ２９のいずれか１つに記載の方法。

【0196】

Ｅ３３．
（ａ）上記遺伝子シグネチャがＩＦＮガンマシグナリングシグネチャであり、少なくとも約２．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｂ）上記遺伝子シグネチャが腫瘍炎症シグネチャであり、少なくとも約５．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標であり；及び／又は
（ｃ）上記遺伝子シグネチャがＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、少なくとも約４．５の患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、
Ｅ２８又はＥ２９に記載の方法。

【0197】

Ｅ３４．上記遺伝子シグネチャは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、
患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャのスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャのスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．４のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２８又はＥ２９に記載の方法。

【0198】

Ｅ３５．上記遺伝子シグネチャは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、
患者遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャのスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．５のｌｏｇ₂倍率変化を有する；又は
（ｄ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの、少なくとも第２四分位数以内である、
患者遺伝子シグネチャスコアが、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２８又はＥ２９に記載の方法。

【0199】

Ｅ３６．上記遺伝子シグネチャは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、腫瘍炎症シグネチャ、又はＩＦＮ下流シグナリングシグネチャであり、
患者の遺伝子シグネチャスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアの第３四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記遺伝子シグネチャに関するスコアに対して少なくとも約０．６のｌｏｇ₂倍率変化を有する、
患者の遺伝子シグネチャスコアは、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２８又はＥ２９に記載の方法。

【0200】

Ｅ３７．ＩＦＮ優性モジュールスコアが決定され、少なくとも約２５の患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２９に記載の方法。

【0201】

Ｅ３８．ＩＦＮ優性モジュールスコアが決定され、
患者のＩＦＮ優性モジュールスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記ＩＦＮ優性モジュールのスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記ＩＦＮ優性モジュールのスコアの第１四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記ＩＦＮ優性モジュールのスコアの、少なくとも第１四分位数以内である、
患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２９に記載の方法。

【0202】

Ｅ３９．ＩＦＮ優性モジュールスコアが決定され
患者のＩＦＮ優性モジュールスコアであって：
（ａ）上記血液悪性腫瘍に罹患している個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記ＩＦＮ優性モジュールのスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｂ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していなかった個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出した上記ＩＦＮ優性モジュールのスコアの第２四分位数より大きい；又は
（ｃ）ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を使用する上記血液悪性腫瘍の治療に対して良好な応答性を有していた個体の集団における上記標的遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルから算出したＩＦＮ優性モジュールのスコアの、少なくともの第２四分位数以内である、
患者のＩＦＮ優性モジュールスコアは、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２９に記載の方法。

【0203】

Ｅ４０．免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境の特徴である遺伝子発現シグネチャを示す患者が、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する比較的好ましい患者の応答の指標である、Ｅ２６～Ｅ３９のいずれか１つに記載の方法。

【0204】

Ｅ４１．上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ｓｃＦｖを含む二重特異性抗体又は二重特異性分子である、Ｅ１～Ｅ４０のいずれか１つに記載の方法。

【0205】

Ｅ４２．上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、ＪＮＪ‐６３７０９１７８、ＸｍＡｂ１４０４５、又はＡＰＶＯ４３６である、Ｅ４１に記載の方法。

【0206】

Ｅ４３．上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は、２つ、３つ、又は４つのポリペプチド鎖を有する共有結合型二重特異性ダイアボディである、Ｅ１～Ｅ４０のいずれか１つに記載の方法。

【0207】

Ｅ４４．上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子は：
（ａ）配列番号２１のアミノ酸配列を有する第１のポリペプチド鎖；及び
（ｂ）配列番号２３のアミノ酸配列を有する第２のポリペプチド鎖
を含むダイアボディであり、
上記第１のポリペプチド鎖及び上記第２のポリペプチド鎖はジスルフィド結合によって互いに共有結合している、Ｅ４３に記載の方法。

【0208】

Ｅ４５．上記患者の上記血液悪性腫瘍は：急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）；慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）；ＣＭＬの急性転化；ＣＭＬに関連するＡｂｅｌｓｏｎ癌遺伝子（Ｂｃｒ‐ＡＢＬ転座）；骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）；急性Ｂリンパ芽球性白血病（Ｂ‐ＡＬＬ）；急性Ｔリンパ芽球性白血病（Ｔ‐ＡＬＬ）；慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）；リヒター症候群；ＣＬＬにおけるリヒター症候群の転化；有毛細胞白血病（ＨＣＬ）；芽球性形質細胞様樹状細胞新生物（ＢＰＤＣＮ）；マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）及び小リンパ球性リンパ腫（ＳＬＬ）を含む非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）；ホジキンリンパ腫、全身性肥満細胞症；並びにバーキットリンパ腫からなる群から選択される、Ｅ１～Ｅ４４のいずれか１つに記載の方法。

【0209】

Ｅ４６．上記患者の上記血液悪性腫瘍はＡＭＬである、Ｅ４５に記載の方法。

【0210】

Ｅ４７．上記患者の上記血液悪性腫瘍はＭＤＳである、Ｅ４５に記載の方法。

【0211】

Ｅ４８．上記患者の上記血液悪性腫瘍はＢＰＤＣＮである、Ｅ４５に記載の方法。

【0212】

Ｅ４９．上記患者の上記血液悪性腫瘍はＴ‐ＡＬＬである、Ｅ４５に記載の方法。

【0213】

Ｅ５０．上記患者の上記血液悪性腫瘍は化学療法に対して不応性である、Ｅ２～Ｅ４９のいずれか１つに記載の方法。

【0214】

Ｅ５１．上記患者の上記血液悪性腫瘍はシタラビン／アントラサイクリン系細胞傷害性化学療法に対して不応性である、Ｅ１又はＥ５０に記載の方法。

【0215】

Ｅ５２．上記患者の上記血液悪性腫瘍は低メチル化剤化学療法に対して不応性である、Ｅ１又はＥ５０に記載の方法。

【0216】

Ｅ５３．芽球細胞（癌細胞）のＣＤ１２３の発現のレベルを、正常なＰＢＭＣによって発現される対応するベースラインレベルＣＤ１２３と比較して決定するステップを更に含む、Ｅ２～Ｅ５２のいずれか１つに記載の方法。

【0217】

Ｅ５４．上記発現のレベルは、ＣＤ１２３の細胞表面発現を測定することによって決定される、Ｅ５６に記載の方法。

【0218】

Ｅ５５．ＣＤ１２３の上記細胞表面発現は、発現のベースラインレベルに対して少なくとも約２０％増大する、Ｅ５４に記載の方法。

【0219】

Ｅ５６．ＣＤ１２３発現の上記増大は、上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子を用いた治療に対する上記患者の応答性を高める、Ｅ５５に記載の方法。

【0220】

Ｅ５７．上記ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性分子の上記治療投薬量は、３０、１００、３００、及び５００ｎｇ／患者の体重ｋｇ／日からなる群から選択される少なくとも１つの用量を含む、Ｅ１～Ｅ４及びＥ６～Ｅ５６のいずれか１つに記載の方法。

【0221】

Ｅ５８．上記治療投薬量は３０ｎｇ／ｋｇ／日の用量を含む、Ｅ５７に記載の方法。

【0222】

Ｅ５９．上記治療投薬量は１００ｎｇ／ｋｇ／日の用量を含む、Ｅ５７に記載の方法。

【0223】

Ｅ６０．上記治療投薬量は３００ｎｇ／ｋｇ／日の用量を含む、Ｅ５７に記載の方法。

【0224】

Ｅ６１．上記治療投薬量は５００ｎｇ／ｋｇ／日の用量を含む、Ｅ５７に記載の方法。

【0225】

Ｅ６２．上記治療投薬量は連続点滴によって投与される、Ｅ１～Ｅ４及びＥ６～Ｅ６１のいずれか１つに記載の方法。

【0226】

Ｅ６３．上記患者はヒト患者である、Ｅ１～Ｅ６２のいずれか１つに記載の方法。

【実施例】

【0227】

ここまで本発明を概説してきたが、以下の実施例を参照することによって、本発明は更に容易に理解されるだろう。これらの実施形態は例示として提供されており、特段の記載がない限り、本発明の限定となることを意図したものではない。

【0228】

実施例１
本発明のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子を用いた治療に特に好適な患者集団の遺伝子発現シグネチャ
血液悪性腫瘍、特にＡＭＬに罹患した患者の遺伝子の発現パターンと、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法の好ましい結果との間の相関を実証するために、フロテツズマブ（ＮＣＴ＃０２１５２９５６、例示的なＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子）のフェーズ１／２臨床試験に登録した４０人の再発又は不応性ＡＭＬ患者から、個々の患者に同意を得て得られた７８の骨髄（「ＢＭ」）試料（ベースラインにおいて３６、第１の処置サイクル後に２７、及び第２の処置サイクル後に１５）から、ＲＮＡを単離した。１回の反応の少量の転写産物の直接多重ｍＲＮＡ定量を、高い感度かつ高い線形性で実施できる、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（商標）システム（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ）を用いて、遺伝子発現を評価した（Vadakekolathu, J., et al. (2017) “Immune gene Expression Profiling In Children And Adults With Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns,” Blood 130:3942-3942; Payton, J.E., et al. (2009). “High throughput digital quantification of mRNA abundance in primary human acute myeloid leukemia samples,” J Clin Invest 119:1714-1726）。３６人の患者からのベースライン骨髄試料を分析に含めたが、そのうち３５人の患者は５００ｎｇ／ｋｇ／日以上の用量で処置された。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）アッセイ（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）によって、１４の免疫細胞タイプ及び３２の免疫腫瘍学的シグネチャのレベルを含む、腫瘍、腫瘍微小環境、及び免疫応答の境界における主要な経路をカバーする７５０の遺伝子を比較した。また、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）アッセイによって、以下で提供されるようなデータ正規化のために、対照及び内部基準遺伝子の発現プロファイルを比較した。

【0229】

発現プロファイルは、以下の経路又は細胞の遺伝子シグネチャを含んでいた：増殖、ＪＡＫＳＴＡＴ損失、内皮細胞、Ｂ７‐Ｈ３、ＡＰＭ損失、解糖活性、肥満細胞、細胞傷害性、細胞傷害性細胞、ＣＤ８ Ｔ細胞、リンパ細胞、Ｔ細胞、Ｔｒｅｇ細胞、ＣＴＬＡ４、ＴＩＳ、Ｔｈ１細胞、ＴＩＧＩＴ、ＮＫ ＣＤ５６^dim細胞、ＮＫ細胞、アポトーシス、低酸素症、ＡＲＧ１、ＩＬ‐１０、ＩＦＮガンマ、マクロファージ、骨髄細胞、好中球、ＰＤ‐Ｌ２、間質、樹状細胞（ＤＣ）、ＭＡＧＥ、ＩＤＯ１、Ｂ細胞、ＰＤ‐１、ＮＯＳ２、炎症性ケモカイン、ＰＤ‐Ｌ１、ＣＤ４５、疲弊したＣＤ８ Ｔ細胞、免疫プロテアソーム、ＡＰＭ、ＩＦＮ下流調節遺伝子、骨髄炎症遺伝子、ＭＨＣ２遺伝子、ＴＧＦベータ、ＭＭＲ損失。

【0230】

全てのＩＯ３６０遺伝子シグネチャ分析は、基本的に以下に記載されているように、ＩＯ３６０レポートモジュールを備えたｎＣｏｕｎｔｅｒ（商標）システム（ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）を用いて実施された。

【0231】

（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）インターフェロン（ＩＦＮ）ガンマシグナリングシグネチャ遺伝子、及び重み係数を、以下の表６に示す。

【0232】

【表6】

【0233】

ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアを算出するために、以下のステップを実施する：
・各遺伝子に関する生データ数を、各サンプルに対しての１０個ハウスキーピング（ＨＫ）遺伝子（ＡＢＣＦ１、ＮＲＤＥ２、Ｇ６ＰＤ、ＯＡＺ１、ＰＯＬＲ２Ａ、ＳＤＨＡ、ＳＴＫ１１ＩＰ、ＴＢＣ１Ｄ１０Ｂ、ＴＢＰ、ＵＢＢ）の幾何平均に対して正規化する。
・次に、ＨＫ正規化データを、ＩＯ３６０パネル標準、この場合はコホート試料と同一のカートリッジで実行した標準に対して正規化する。
・次に、正規化された各遺伝子数を対数変換する。
・正規化及び対数変換後、各遺伝子に表６の重み値を乗算する。
・これらの各重み付き数を合計して単一のスコアを生成する。最終的に算出されたスコアに、定数である調整係数を加算する。ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャに関しては、上記調整係数は６．４５７０２６である。調整係数は、スコアの範囲が０を超えるように、（ＴＣＧＡ及び細胞株分析からの）観察された最低スコアから導出できる。

【0234】

一般に、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの可能な範囲は０～１０である。この第１のコホートに関して、上記範囲は１～５である。スコアを、各ベースライン（スクリーニング日－１４）試料に関して算出する。

【0235】

検査される追加のシグネチャに関する遺伝子及び重み係数を、以下で提供する。

【0236】

以下で詳述するように、このコホートに関して、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコア（及び全てのＩＯ３６０シグネチャスコア）を比較するいくつかの分析を実施した。異なる患者グループ間での倍数変化の差は、フォレストプロットとして提供され、ここでは囲みのサイズが有意性を表し、各線が信頼区間を表す（例えば図３Ａ～３Ｃ、及び図５Ａを参照）。患者グループ間のＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの分布は、箱ひげ図として提供される（例えば図５Ｂを参照）。

【0237】

プロファイリングされた遺伝子のベースライン発現は、患者が従来の化学療法に対して不応性応答を示すかどうか（即ち、ダウノルビシンと組み合わせて投与されるシタラビンを用いた治療のレジメン（７＋３導入療法）に対して不応性応答を示した患者（Ｒｅｆ ＣＴＸ若しくはＣＴＸ不応性と略される）であるか、又は低メチル化剤（例えばデシタビン及びアザシチジン）を用いた治療のレジメンに対して不応性応答を示した患者（Ｒｅｆ ＨＭＡ若しくはＨＭＡ不応性と略される）であるか、又は再発患者（Ｒｅｌａｐｓｅ）であるか）に相関していた。二次ＡＭＬ（即ち骨髄異形成から発生した、又は過去の化学療法の産物としてのＡＭＬ）に罹患した患者は、これらの分析についてＨＭＡ不応性グループに含まれる。データは、フロテツズマブを用いたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の応答にも相関していた。図４は、標的用量で処置した２５人の評価可能な患者のウォーターフォールプロットを提供する。これらの応答は、客観的応答（ＯＲ）又は無応答（ＮＲ）としてスコアリングされた。完全応答（ＣＲ）を示す患者に加えて、ＯＲは、分子完全応答（ｍＣＲ）、不完全な血液学的改善を伴う完全応答（ＣＲｉ）、形態学的無白血病状態（ＭＬＦ）、及び部分応答（ＰＲ）を示す全ての患者を含んでいた。無応答患者に加えて、ＮＲは、進行性疾患／治療失敗（ＰＤ）、及び安定性疾患（ＳＤ）を示す全ての患者を含んでいた。

【0238】

図２は、上記結果から生成された４６のＩＯ３６０シグネチャ又は細胞タイプの教師なし階層的クラスタリングを提供する。この結果は、（それぞれ別個の列の）３６の骨髄試料の発現のベースラインレベルを、（それぞれ別個の行の）評価された遺伝子シグネチャに対して示す。シグネチャ間の比較を容易にするために、各ＩＯ３６０シグネチャスコアを、このコホートに関するスコア内で－３～＋３のスケールに再スケーリングした。

【0239】

ベースラインにおけるＢＭ試料の遺伝子発現分析により、ＡＭＬ患者を、免疫学的連続体内の３つのクラスタ：免疫枯渇、免疫疲弊、及び免疫強化に層別化し（図２）、一次不応性疾患を有する患者（再発；２回以上の導入試行に対して不応性、最初のＣＲが６ヶ月未満、又は４サイクル以上の低メチル化剤ＨＭＡの後に失敗）は、主に免疫浸潤腫瘍微小環境（ＴＭＥ）表現型を示し、これは、再発患者と比較して高い炎症性ケモカインスコアを含んでいた（３．２７±０．２２ ｖｓ ２．４６±０．０７、ｐ＝０．０２６）。このグループの中で、化学療法不応性及びＨＭＡ不応性患者を、それぞれ免疫強化及び免疫疲弊表現型に更に層別化する。免疫疲弊及び免疫強化表現型に関連する遺伝子シグネチャを、以下の表７に列挙し、また図３Ａ、３Ｂ、及び４Ａに示されているフォレストプロット上に示す。

【0240】

【表7】

【0241】

全ての不応性患者と再発患者（図３Ａ）、ＨＭＡ不応性患者と再発患者（図３Ｂ）、ＨＭＡ不応性患者とＣＴＸ不応性患者（図３Ｃ）の間の、多数の遺伝子シグネチャのベースライン倍数変化の差のフォレストプロットは、ＨＭＡ不応性患者が、より老化した表現型を示すことを示している。具体的には、ＨＭＡ不応性患者は、免疫疲弊及び適応免疫抵抗性の特徴を示し、ＣＴＸ不応性患者と比較して、ＣＤ８Ｔ細胞（ＣＤ２４４、ＥＯＭＥＳ、ＬＡＧ３、及びＰＴＧＥＲ４）がますます疲弊する傾向と共に、ＴＩＧＩＴ（５．５５±０．３４ ｖｓ ３．８５±０．２４、ｐ＝０．００６）、ＰＤ‐Ｌ１（３．５５±０．１８ ｖｓ ２．４±０．２９、ｐ＝０．００９）及びＴｒｅｇ細胞（４．８７±０．２３ ｖｓ ３．６９±０．１９、ｐ＝０．０００９）の上方制御を含む、免疫疲弊及び適応免疫抵抗性の特徴を示した（図３Ａ～３Ｃ）。図３Ｄ～３Ｏにプロットされているのは、免疫強化（クラスタ２、図３Ｄ～３Ｉ）又は免疫疲弊（クラスタ３、図３Ｊ～３Ｏ）プロファイルに関連するいくつかの遺伝子シグネチャスコアである。骨髄（図３Ｄ）、マクロファージ（図３Ｅ）、好中球（図３Ｆ）、Ｂ細胞（図３Ｇ）、ＩＦＮガンマ（図３Ｈ）、ＰＤ‐Ｌ１（図３Ｉ）、ＴＩＧＩＴ（図３Ｊ）、ＣＴＬＡ‐４（図３Ｋ）、Ｔｈ１（図３Ｌ）、ＣＴＬ（図３Ｍ）、ＣＤ８Ｔ細胞（図３Ｎ）、及び細胞傷害性（図３Ｏ）において、遺伝子シグネチャスコアを各クラスタについてプロットし（免疫枯渇（Ｄｅｐｌ．）、免疫強化（Ｅｎｒｉｃｈｅｄ）、及び免疫疲弊（Ｅｘｈ．））、ｐ値（クラスカル・ウォリス）を報告する。

【0242】

ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの比較分析を、ＯＲ患者（ＣＲ、完全な応答；ｍＣＲ、分子ＣＲ；ＣＲｉ、不完全な血液学的改善を伴う完全な応答；ＭＬＦ、形態学的無白血病状態；又はＰＲ、部分応答を示した全ての患者を含む）とＮＲ患者（ＳＤ、安定性疾患；又はＰＤ、進行性疾患／治療失敗を示す全ての患者を含む）との間で実施した。図４は、５００ｎｇ／ｋｇ／ｄａｙの標的用量のＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子フロテツズマブに対する応答の尺度として、（再発（ＲＬ）患者、又は化学療法不応性（ＣＴＸ）若しくはＨＭＡ不応性（ＨＭＡ）の患者に分類される）２５人の患者由来の骨髄試料中に存在する芽球細胞における（ベースラインに対する）変化を示す。一次不応性患者についての、上記療法に対する客観的応答（ＯＲ）率は、５０％（７／１４）であった。一次不応性患者についての完全な応答（ＣＲ）は、３５．７％（５／１４）であった。

【0243】

図５Ａは、ＯＲ患者とＮＲ患者（ＰＤ、ＳＤ、ＴＦ、ＮＥを含む）との間のベースライン倍数変換の差のフォレストプロットを提示しており、これは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャの発現がＯＲ患者のベースライン試料において増大したことを示す（図５Ａ中の囲み、ＮＲからの変化を示す）。更に、ＴＩＳ及びＩＦＮ下流シグネチャがＯＲ患者において有意に増大した。図５Ｂは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの分布がＯＲ患者において増大していることを示している。特に、フロテツズマブに対する応答者は、非応答者と比較して、ベースラインにおいて有意に高いＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアを示した（３．３１±０．３２ ｖｓ ２．２７±０．１１、ｐ＝０．０００５）。ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの感度及び特異度を測定して、応答の診断能力を予測した。このコホートのデータの範囲に対して異なる閾値カットオフを用いて、全ての試料に対するブートストラップを実行する。閾値又は感度及び特異度値の信頼区間（ＣＩ）は、ブートストラップリサンプリング及び平均化法を用いて計算した。全てのブートストラップＣＩにおいて、患者をリサンプリングし、修正された曲線を構築した後、関心対象の統計を計算する。ブートストラップ比較試験と同様、リサンプリングは既定では層別化された様式で実施される。曲線下面積（ＡＵＣ）＝０．８１９のＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアの予測性能を示す、レシーバ動作特性（本明細書中ではＲＯＣと略される）曲線下の面積が、図５Ｃにプロットされている。このプロットは、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアが高い又は低い試料を求めるために、このコホートの最適なスコアカットオフを用いて達成される、真陽性率（ＴＰＲ）及び偽陽性率（ＦＰＲ）を示す。予測力のないシグネチャは、対角線に沿ったＲＯＣ曲線を有することになり、完璧な予測力を有するシグネチャは、左上の隅に達する曲線を有することになる。線を取り囲む影になった領域は、信頼区間を示す。これらのデータは、一次不応性患者中の応答者の頻度が高いこととも一致しており、上記応答者は一般に、再発患者と比較して高いＩＮＦガンマシグナリングシグネチャを示した。従って、ベースラインＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアは、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する患者の応答との強い相関を示す（フロテツズマブで治療された患者に関するＡＵＣ＝０．９１９；図５Ｃ）。ベースラインにおける免疫シグネチャ及び応答率の、クラスタ間での比較を、表８（クラスタ免疫枯渇（クラスタ１）及び免疫浸潤（クラスタ２～３））、並びに表９（免疫疲弊（クラスタ２）及び免疫強化（クラスタ３））にまとめる。

【0244】

【表8】

【0245】

【表9】

【0246】

細胞傷害性細胞の刺激に関連する、又はＣＤ８＋Ｔ細胞に関連する、遺伝子のパネルの遺伝子発現シグネチャを、治療前の骨髄試料（「ベース」）由来の、及びフロテツズマブを用いた治療の第１のサイクルの後の骨髄試料（「サイクル１」）由来のＲＮＡにおいて検査した。この調査の結果を図６に示す。この結果は、フロテツズマブを用いた治療が、腫瘍微小環境において免疫細胞を刺激できたことを実証している。更に、サイクル１後のＢＭ試料とベースライン試料との比較により、フロテツズマブを用いた治療が、免疫細胞浸潤及び免疫活性化スコアの上昇（これはより高い腫瘍炎症シグネチャとして表れる）（６．４９±０．２０ ｖｓ ５．９３±０．１２、ｐ＝０．０１５）と、強化免疫プロテアソームスコア（５．７２±０．０７ ｖｓ ５．２３±０．１０、ｐ＝０．０００２）及びＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコア（３．３８±０．２３ ｖｓ ２．５３±０．１４、ｐ＝０．００１５）の増進とにつながることが示された。従って、フロテツズマブによって誘発される腫瘍微小環境（ＴＭＥ）遺伝子活性化は、免疫疲弊シグネチャではなく免疫強化シグネチャの指標であった。

【0247】

図７に示されているように、フロテツズマブ応答性集団、及び特に化学療法に対して過去に不応性であった患者は、ＣＤ１２３のより高い発現を示した。

【0248】

スクリーニング中に収集したＡＭＬ芽球試料を、フローサイトメトリーによってＰＤ‐Ｌ１発現に関して分析した。図８に示されているように、フロテツズマブ治療において早期に（１５日未満で）進行した患者は、他の患者に比べて、ＡＭＬ細胞上のＰＤ‐Ｌ１のベースラインレベルが高く、応答（ＳＤ、ＯＢ、ＰＲ、ＣＲ）のエビデンスを有していた。この調査の結果は、ＰＤ‐Ｌ１発現が生体内での活性低下と関連していることを示しており、ＰＤ‐１／ＰＤ‐Ｌ１アンタゴニストとＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法との併用を支持する（例えば国際公開第２０１７／２１４０９２号を参照）。

【0249】

これらのデータは全体として、ベースラインにおけるＩＦＮガンマシグナリングシグネチャが、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する応答と相関することを示している。ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対して抗白血病活性のエビデンスを示すほとんどの患者（６／７；８６％）は、骨髄における高い免疫浸潤を有しており、最も感度が高い集団は免疫強化集団である。更に、過去にＨＭＡを用いて治療された患者は、免疫強化されているが疲弊した腫瘍微小環境（例えば骨髄）を示し、チェックポイント発現が増大しており、これは、免疫チェックポイント阻害と組み合わせたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法の潜在的な利益を示唆している。いずれの特定の理論によって束縛されるものではないが、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法は、この集団における２５％の抗白血病活性によって示されるように、免疫疲弊腫瘍微小環境を活性化できる。特に、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子であるＤＡＲＴ‐Ａを用いた治療は、免疫活性化、抗原処理／提示、及びＩＦＮガンマシグナリングシグネチャスコアを増強することが観察された。

【0250】

実施例２
再発した化学療法不応性患者集団の遺伝子発現シグネチャ
免疫浸潤ＡＭＬの場合における、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、ＴＩＳ、及びインターフェロン下流シグネチャを含むがこれらに限定されない遺伝子のより高い発現と、ＣＤ１２３×ＣＤ３を標的とする二重特異性免疫療法剤、例えばフロテツズマブを用いた治療による利益との間の相関を更に探求するために、更なる分析を実施した。この分析は、ＣＰ‐ＭＧＤ００６‐０１臨床試験（ＮＣＴ＃０２１５２９５６）に登録した３０人の化学療法不応性（２回以上の導入試行に対して不応性、最初の完全な応答が６ヶ月未満）又は再発ＡＭＬ患者からの、（基本的に以下に記載されているようなＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ ＰａｎＣａｎｃｅｒ ＩＯ３６０（商標）アッセイを用いて得られた）遺伝子シグネチャ及びシグネチャの組み合わせに焦点を当てた。この分析は、ＨＭＡ不応性患者由来の試料を排除し、過去に分析されていない再発及び化学療法不応性患者由来の更なる試料を含んでいた。

【0251】

この分析は、３つのシグネチャモジュール、即ち：ＩＦＮ優性、適応、及び骨髄のスコアを集計することによって、ベースラインにおける再発及び不応性ＡＭＬ患者のＢＭ試料を、本明細書中で免疫浸潤及び免疫枯渇と呼ばれる２つの免疫サブタイプに層別化した（図９）。これら３つのシグネチャモジュールに関連する遺伝子シグネチャを、以下の表１０に列挙する。モジュールスコアは、各試料の個々の遺伝子シグネチャスコアの合計である（各遺伝子シグネチャスコアは上述のように算出した）。

【0252】

【表10】

【0253】

図９は、ＣＰ‐ＭＧＤ００６‐０１臨床試験（ＮＣＴ＃０２１５２９５６）のフロテツズマブ免疫療法を受ける前の、再発／不応性ＡＭＬに罹患した患者の骨髄（ＢＭ）微小環境における免疫及び生物学的活性シグネチャの、教師なし階層的クラスタリング（ユークリッド距離、完全連結）を提供する。応答者は、完全寛解（ＣＲ）、不完全な血液学的回復を伴うＣＲ（ＣＲｉ）、部分的な血液学的回復を伴うＣＲ（ＣＲｈ）、部分寛解（ＰＲ）、又は「他の利益（ｏｔｈｅｒ ｂｅｎｅｆｉｔ）（ＯＢ；ＢＭ芽球の３０％超の減少）として定義される抗白血病応答を示す個体であった。非応答者は、治療失敗（ＴＦ）、安定性疾患（ＳＤ）、又は進行性疾患（ＰＤ）を伴う個体であった。化学療法不応性は、２回以上の導入試行、又は６ヶ月未満の初期ＣＲ期間を有する最初のＣＲとして定義された。シグネチャ間の比較を容易にするために、各ＩＯ３６０シグネチャスコアを、このコホートに関するスコア内で－３～＋３のスケールに再スケーリングした。

【0254】

フロテツズマブを用いたＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する抗白血病応答のエビデンスを有する患者の９２％（１２人中１１人）に由来するＢＭ試料は、非応答者に比べて、免疫浸潤ＴＭＥを有していた（図９）。

【0255】

図１０は、３０人の化学療法不応性又は再発ＡＭＬ患者からの、応答者（ＣＲ、ＣＲｉ、ＣＲｈ、ＰＲ、及びＯＢ）と非応答者（ＰＤ、ＳＤ、ＴＦ）との間のベースライン倍数変化の差のフォレストプロットを提示する。上述の実施例１で提供された分析と一致するように、（図１０において太線で囲まれている）ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、ＩＦＮ下流シグネチャ、及び腫瘍炎症シグネチャの発現は、非応答者に比べて応答者のベースライン試料で増大した。更に、ＩＦＮ優性モジュールを構成する遺伝子シグネチャの大半は、非応答者に比べて応答者のベースライン試料で増大した（図１０においてアスタリスクが付けられている）。

【0256】

不応性患者と再発患者との間の、ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ（図１１Ａ）、ＩＦＮ下流シグネチャ（図１１Ｂ）、腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ、図１１Ｃ）、及びＩＦＮ優性モジュール（図１１Ｄ）スコアの分布が、図１１Ａ～１１Ｄにプロットされている。スコアの分布は、不応性患者において増大している。非応答者（ＮＲ）及び応答者（ＯＲ）における、ＩＦＮ優性モジュールを構成する９個の遺伝子シグネチャ及び腫瘍炎症シグネチャのスコアの分布が、図１２Ａ～１２Ｊにプロットされている：ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ（図１２Ａ）；ＩＦＮ下流シグネチャ（図１２Ｂ）；骨髄炎症シグネチャ（図１２Ｃ）；免疫プロテアソームシグネチャ（図１２Ｄ）；炎症性ケモカインシグネチャ（図１２Ｅ）；ＭＡＧＥシグネチャ（図１２Ｆ）；ＰＤ‐Ｌ１シグネチャ（図１２Ｇ）；ＰＤ‐Ｌ２シグネチャ（図１２Ｈ）；ＩＬ１０シグネチャ（図１２Ｉ）；腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ、図１２Ｊ）。これらの遺伝子シグネチャに関するスコアの分布は、応答性の患者において増大している。特に表１１に示されているように、応答者は、非応答者と比較して、ベースラインにおいて有意に高いＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、ＩＦＮ下流シグネチャ、ＴＩＳ、及びＩＦＮ優性モジュールスコアを示した。対応していない決定に関して、マン＝ホイットニーのＵ検定を用いて比較を行った。

【0257】

【表11】

【0258】

基本的に上述のようにして、ＩＦＮ優性モジュールを構成する９個の遺伝子シグネチャ、ＴＩＳ、及びこのグループの患者のＩＦＮ優性モジュールに関するスコアの感度（真陽性率）及び特異度（偽陽性率）を測定することにより、応答診断能力（ＲＯＣ ＡＵＣ）を予測した。予測性能を示すＲＯＣ曲線が図１３Ａ～１３Ｋに提示されている：ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ（図１３Ａ、ＡＵＣ＝０．７５０）；ＩＦＮ下流シグネチャ（図１３Ｂ、ＡＵＣ＝０．７５５）；骨髄炎症シグネチャ（図１３Ｃ、ＡＵＣ＝０．６９）；免疫プロテアソームシグネチャ（図１３Ｄ、ＡＵＣ＝０．５０５）；炎症性ケモカインシグネチャ（図１３Ｅ、ＡＵＣ＝０．７６４）；ＭＡＧＥシグネチャ（図１３Ｆ、ＡＵＣ＝０．７３６）；ＰＤ‐Ｌ１シグネチャ（図１３Ｇ、ＡＵＣ＝０．６９９）；ＰＤ‐Ｌ２シグネチャ（図１３Ｈ、ＡＵＣ＝０．７２７）；ＩＬ１０シグネチャ（図１３Ｉ、ＡＵＣ＝０．７４５）；ＴＩＳ（図１３Ｊ、ＡＵＣ＝０．８５２）；及びＩＦＮ優性モジュール（図１３Ｋ、ＡＵＣ＝０．８０６）。

【0259】

（サイクル１の終了時に１９人の患者から得られた）治療中のＢＭ試料は、ベースライン試料に対して増大した抗原提示及び免疫活性化を示し（対応していない決定に関して、マン＝ホイットニーのＵ検定を用いて比較を行った）、これは、より高いＴＩＳスコア（６．４７±０．２２ ｖｓ ５．９３±０．１５、ｐ＝０．０００６、図１４Ａ）、抗原プロセシング機械（ＡＰＭ）シグネチャスコア（５．６７±０．１６ ｖｓ ５．３１±０．１２、ｐ＝０．００２、図１４Ｃ）、ＩＦＮ‐ガンマシグナリングシグネチャスコア（３．５８±０．２７ ｖｓ ２．８１±０．２４、ｐ＝０．０００４、図１４Ｂ）、及びＰＤ‐Ｌ１シグネチャスコア（３．４３±０．２８ ｖｓ ２．７３±０．２１、ｐ＝０．００６２；図１４Ｄ）に反映されている。この結果は、免疫浸潤ＴＭＥを有するＡＭＬ患者の臨床的利益を実証し、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法の局所免疫調節効果を支持する。

【0260】

上述のように、免疫強化及びＩＦＮガンマ優性腫瘍微小環境（「ＴＭＥ」）を有するＡＭＬ患者は、無再発生存期間が有意に短いことが報告されており、これは標準的な導入化学療法に対する不応性を示唆している（Vadakekolathu, J. et al. (2017) “T Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns,” Blood 130:3942A）。これらのデータは、ベースラインにおけるＩＦＮガンマシグナリングシグネチャ、ＩＦＮ下流シグネチャ、及びＩＦＮ優性モジュールスコアが、標準的な化学療法に対する不応性、及びＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する応答と強く相関していることを示す。更に、ここで評価した、高度な予備治療を受けた個体（平均４件の予備療法）において、ＩＦＮ優性モジュールを構成する遺伝子シグネチャの大半、及び腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）は、ＣＤ１２３×ＣＤ３二重特異性結合分子療法に対する応答と相関することが示された。これらの各スコアは、治療時において、再発ＡＭＬと比較して、化学療法不応性ＡＭＬに罹患した患者において有意に高く、また非応答者と比較して、抗白血病活性のエビデンスを有する個体において有意に高かった。上記強い相関は、ＲＯＣ曲線及びＡＵＣ値に反映されている。

【0261】

遺伝子シグネチャ
ＩＯ３６０遺伝子数は、基本的に以下のようにして、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）ｓｙｓｔｅｍ （ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．）を用いて生成された：ＲＮＡ（～１００ｎｇ／試料）を骨髄穿刺液から精製し、ハイブリダイゼーションのために、レポータ及びキャプチャプローブ混合物と共にインキュベートした。高解像度セッティングを用いて、ｎＣｏｕｎｔｅｒ ＦＬＥＸ分析システム上で転写物数を分析した。本明細書中で詳述されているように、レポータコード数（ｒｅｐｏｒｔｅｒ ｃｏｄｅ ｃｏｕｎｔ：ＲＣＣ）出力ファイルを使用し、基本的に上述されているような生物学的に関連する遺伝子セットの事前に定義された線形結合（重み付き平均）を用いて、遺伝子シグネチャスコアを算出する。

【0262】

ＩＦＮガンマシグナリングシグネチャについては、既に詳述されている。免疫細胞タイプの豊富なシグネチャは、Danaher, P., et al., 2017, “Gene Expression Markers of Tumor Infiltrating Leukocytes,” J Immunother Cancer 5, 18において定義されており、腫瘍炎症シグネチャはDanaher, P., et al., 2018 (“Pan-cancer Adaptive Immune Resistance as Defined by the Tumor Inflammation Signature (TIS): Results From The Cancer Genome Atlas (TCGA),” J Immunother Cancer. 6(1):63）に記載されているものであり（Ayers. M., et al. 2017, “IFN-γ-Related mRNA Profile Predicts Clinical Response to PD-1 blockade” J Clin Invest. 127(8):2930-2940に記載されているＴ細胞炎症性、及び国際公開第２０１６／０９４３７７号も参照）；他のシグネチャは、Danaher, P., et al., (2018, “Development of Gene Expression Signatures Characterizing The Tumor-Immune Interaction,” J Clin Oncol 36, 205-205 において定義されている。参照を容易にするために、これらの研究で使用されている選択された遺伝子シグネチャに関する遺伝子及び重み係数を以下に提供する。

【0263】

腫瘍炎症シグネチャ（ＴＩＳ）遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数（例えば国際公開第２０１６／０９４３７７号を参照）を、以下の表１２Ａに示す。

【0264】

【表12】

【0265】

インターフェロン（ＩＦＮ）下流シグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数を、以下の表１２Ｂに示す。このシグネチャに関する調整係数は、５．３４２５９８である。

【0266】

【表13】

【0267】

炎症性ケモカイン（Ｉｎｆｌａｍ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅｓ）シグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数を、以下の表１２Ｃに示す。このシグネチャに関する調整係数は、６．０９６８である。

【0268】

【表14】

【0269】

ＭＡＧＥシグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数を、以下の表１２Ｄに示す。このシグネチャに関する調整係数は、３．９６５６２５である。

【0270】

【表15】

【0271】

骨髄炎症（Ｍｙｅｌｏｉｄ Ｉｎｆｌａｍ）シグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数を、以下の表１２Ｅに示す。このシグネチャに関する調整係数は、５．４１９３１である。

【0272】

【表16】

【0273】

免疫プロテアソームシグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び重み係数を、以下の表１２Ｆに示す。このシグネチャに関する調整係数は、６．０９６８１２である。

【0274】

【表17】

【0275】

単一遺伝子シグネチャ遺伝子（各遺伝子に関する代表的かつ非制限的なＮＣＢＩ登録番号を含む）、及び調整係数を、以下の表１２Ｇに示す。

【0276】

【表18】

【0277】

シグネチャスコアは、正規化及び対数変換後、各遺伝子に表１２Ａ～１２Ｆで提供されている重みを乗算し、指示されている調整係数を加算することを除いて、基本的に上述されているように算出される。単一遺伝子シグネチャ（例えばＰＤＬ１）に関しては重みが使用されず、ｌｏｇ₂正規化遺伝子発現値を、表１２Ｇで提供されている調整係数に加算する。

【0278】

本明細書において言及されている全ての公刊物及び特許は、個々の公刊物又は特許出願それぞれの全体が参照により本明細書に援用されていることが具体的かつ独立に指示されている場合と同程度に、参照により本明細書に援用されている。本発明をその具体的実施形態に関して説明したが、更なる修正形態が可能であり、本出願は、本発明が属する分野の公知の方法又は慣例の範囲内であるような、及びこれまでに挙げた必須の特徴に適用できるような、本開示からの逸脱を含む、本発明の原理に概ね従う本発明のいずれの変形、使用又は改変を包含することを意図していることを理解されたい。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図3D】

【図3E】

【図3F】

【図3G】

【図3H】

【図3I】

【図3J】

【図3K】

【図3L】

【図3M】

【図3N】

【図3O】

【図4】

【図5A】

【図5B】

【図5C】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11A】

【図11B】

【図11C】

【図11D】

【図12A】

【図12B】

【図12C】

【図12D】

【図12E】

【図12F】

【図12G】

【図12H】

【図12I】

【図12J】

【図13A】

【図13B】

【図13C】

【図13D】

【図13E】

【図13F】

【図13G】

【図13H】

【図13I】

【図13J】

【図13K】

【図14A】

【図14B】

【図14C】

【図14D】

【配列表】

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