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特許7551495ＨＰＶワクチン

書誌要約請求の範囲詳細な説明課題実施例実施するための形態図面の説明

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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2024-09-06

(45)【発行日】2024-09-17

(54)【発明の名称】ＨＰＶワクチン

(51)【国際特許分類】

C12N 15/37 20060101AFI20240909BHJP

C12N 15/861 20060101ALI20240909BHJP

C07K 14/025 20060101ALI20240909BHJP

C12N 15/86 20060101ALI20240909BHJP

A61P 37/04 20060101ALI20240909BHJP

A61K 31/7088 20060101ALI20240909BHJP

A61P 31/20 20060101ALI20240909BHJP

A61K 48/00 20060101ALI20240909BHJP

A61K 39/12 20060101ALI20240909BHJP

A61K 39/235 20060101ALI20240909BHJP

A61K 38/02 20060101ALI20240909BHJP

【ＦＩ】

C12N15/37 ZNA

C12N15/861 Z

C07K14/025

C12N15/86 Z

A61P37/04

A61K31/7088

A61P31/20

A61K48/00

A61K39/12

A61K39/235

A61K38/02

【請求項の数】 11

(21)【出願番号】P 2020508007

(86)(22)【出願日】2018-08-16

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2020-12-17

(86)【国際出願番号】 GB2018052335

(87)【国際公開番号】W WO2019034887

(87)【国際公開日】2019-02-21

【審査請求日】2021-08-13

(31)【優先権主張番号】1713163.2

(32)【優先日】2017-08-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB

(73)【特許権者】

【識別番号】516245900

【氏名又は名称】オックスフォードユニバーシティイノベーションリミテッド

【氏名又は名称原語表記】ＯＸＦＯＲＤＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＩＮＮＯＶＡＴＩＯＮＬＩＭＩＴＥＤ

(74)【代理人】

【識別番号】100114775

【弁理士】

【氏名又は名称】高岡亮一

(74)【代理人】

【識別番号】100121511

【弁理士】

【氏名又は名称】小田直

(74)【代理人】

【識別番号】100202751

【弁理士】

【氏名又は名称】岩堀明代

(74)【代理人】

【識別番号】100191086

【弁理士】

【氏名又は名称】高橋香元

(72)【発明者】

【氏名】ドレル，ルーシー

(72)【発明者】

【氏名】ブライト，ジョシュア

(72)【発明者】

【氏名】レイズ－サンドヴァル，アルトゥーロ

【審査官】山本匡子

(56)【参考文献】

【文献】特表２００４－５１２８１４（ＪＰ，Ａ）

【文献】国際公開第２０１４／１０３６０８（ＷＯ，Ａ１）

【文献】特表２０１１－５１２４８６（ＪＰ，Ａ）

【文献】3 Biotech(2016)6:39

【文献】Vaccine(2017)vol.27, pp.431-440

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ１５／００－９０

Ｃ０７Ｋ

ＭＥＤＬＩＮＥ／ＢＩＯＳＩＳ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＣＡＰＬＵＳ（ＳＴＮ）

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

複数の保存ペプチド配列またはそのバリアントを含むポリペプチドをコードする核酸であって、前記ポリペプチドが、配列番号６１あるいは配列番号６６の配列を含む；または配列番号６６の配列を含み更にペプチドアジュバンドを含む、核酸。

【請求項2】

前記核酸が、配列番号６０あるいは配列番号６５の配列を含む、請求項１に記載の核酸。

【請求項3】

前記核酸は、
配列番号６２の配列を含み、
ＡＴＧＧＡＴＧＣＴＡＴＧＡＡＧＡＧＧＧＧＣＣＴＧＴＧＣＴＧＣＧＴＧＣＴＧＣＴＧＣＴＧＴＧＴＧＧＣＧＣＣＧＴＧＴＴＴＧＴＧＴＣＣＣＣＣＡＧＣＣＡＧＧＡＡＡＴＣＣＡＣＧＣＣＣＧＧＴＴＣＡＧＡＡＧＡＧＧＣＡＧＣＡＡＧＣＴＧＧＣＣ
のＴＰＡリード配列をコードする、
請求項１または２に記載の核酸。

【請求項4】

前記核酸が、ワクチン接種のためのプラスミドベクターである、及び／又は
前記核酸がウイルスベクター配列を含む、請求項１又は２に記載の核酸。

【請求項5】

請求項１～４のいずれか１項に記載の前記核酸を含む、ワクチン。

【請求項6】

別の治療または予防に有効な成分をさらに含む、及び／又は
アジュバントをさらに含む、請求項５に記載のワクチン。

【請求項7】

任意選択的に薬学的に許容され得る組成物である、請求項１～４のいずれか１項に記載の複数の異なる核酸を含む、組成物。

【請求項8】

請求項１～４のいずれか１項に記載の前記核酸によってコードされる、ポリペプチド。

【請求項9】

請求項１～４のいずれか１項に記載の前記核酸を含み、任意選択的に、ウイルスベクターがアデノウイルスベクターである、ウイルスベクター。

【請求項10】

組成物であって、
－請求項１～４のいずれか１項に記載の核酸
－請求項８に記載のポリペプチド；および／または
－請求項９に記載のウイルスベクター
のうちの１つまたは複数を含み、任意選択的に、前記組成物が哺乳動物に免疫原性を示す、及び／又は、任意選択的に、薬学的に許容され得る担体をさらに含む、組成物。

【請求項11】

ＨＰＶ感染の予防または処置で用いる、請求項１～４のいずれか１項に記載の核酸；請求項５又は６のいずれか１項に記載のワクチン；請求項８に記載のポリペプチド；請求項９に記載のウイルスベクター；または請求項１０に記載の組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、ＨＰＶ感染に対するワクチン接種で用いるウイルスベクター化ワクチンに関する。

【背景技術】

【0002】

ヒトパピローマウイルス感染は、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）による感染である。ほとんどのＨＰＶ感染は無症状であり、自然に消失する。しかし、場合によっては感染が持続し、それにより、疣贅または前がん病変を発生させ得る。前がん病変は、子宮頸部、外陰、膣、陰茎、肛門、口腔、または咽頭の癌リスクを増加させる。

【0003】

世界中で毎年発生するＨＰＶに起因する子宮頸癌の症例はおよそ５０万件あり、そのうちの半数超が致死性である。約８５％の症例が、処置が限られているか、処置できない中／低所得国で発生している。予防ワクチンを受けていない女性は、子宮頸部上皮内新形成（ＣＩＮ）を同定して処置するために３年毎のスクリーニングが必要である。スクリーニングのために英国国民保健サービスが負担する費用は年間およそ１億７５００万ポンドである。

【0004】

現在のＣＩＮ治療は、電気焼灼または手術による異常な子宮頸部組織の切除である。現時点でＨＰＶウイルス感染を排除するのに利用可能な治療は存在しない。女性は、再発がないことを確認するために、処置後に追跡のための複数回の来院が必要である。治療は、早産リスクの増加にも関連する。

【0005】

既存のＨＰＶ感染治療のために開発されたＨＰＶワクチンには、Ｉｎｏｖｉｏ－ＶＧＸ－３１００（Ｅ６、Ｅ７をコードするＤＮＡ）、類似物Ｇｅｎｅｘｉｎｅ（ＧＸ－１８８Ｅ）；Ｅ２、Ｅ６、Ｅ７融合タンパク質をコードするＪａｎｓｓｅｎ－Ａｄ２６／Ａｄ３５＋／－ＭＶＡ；合成長ペプチド（Ｅ６、Ｅ７）および類似物（例えば、ＰｅｐＣａｎ、ＧＴＬ００１）；Ａｄｖａｘｉｓ－ＡＤＸＳ－ＨＰＶ；およびＥ７をコードするＬ．Ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓが含まれる。しかし、かかる開発済みワクチンは、ＨＰＶ１６および１８のみを標的としており、安全性への懸念があり、そして／または低効率である。例えば、第ＩＩｂ相ランダム化対照試験におけるＶＧＸ－３１００の正味の有効性は、１８％であった（ワクチンアームで４８％対プラセボアームで３０％）。

【0006】

これまでに試験された治療用ワクチン候補よりも安全であり、送達が容易であり、有効性がより高いワクチンが必要である。したがって、本発明の目的は、ＨＰＶ感染のための改良されたワクチンを提供することである。

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明の第１の態様によれば、複数の保存ペプチド配列またはそのバリアントを含むポリペプチドをコードする核酸であって、
ここで、前述の保存配列が、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８にわたって保存されており；
ここで、前述のポリペプチドが、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の保存ペプチド配列を含む、核酸を提供する。

【0008】

本発明は、ビリオンの比較的保存された抗原に対してＴ細胞を誘導することができるワクチン接種の新規のより安全な代替アプローチを提供するのに有利である。非構造タンパク質由来の特別に設計された保存ウイルスセグメントを使用することにより、複数の重要な遺伝子型からの防御が可能である。

【0009】

１つの実施形態では、ポリペプチドは融合ポリペプチドである。ポリペプチドは、野生型ポリペプチドでなくてよい。ポリペプチドは、合成／人工であってよく、例えば、ポリペプチドは、自然界に存在しなくてよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、完全な遺伝子配列を含まなくてよい。ポリペプチドは、保存ペプチド配列から本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびペプチドアジュバント配列から本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびその間の１以上のリンカーから本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列、ペプチドアジュバント配列、およびその間の１以上のリンカーから本質的になってよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、組換えポリペプチド（組換え融合ポリペプチドなど）である。

【0010】

本明細書中で使用される用語「融合ポリペプチド」は、異なる遺伝子産物（例えば、異なるＨＰＶタンパク質）に由来する配列の組み合わせまたは同一の遺伝子産物（例えば、単一のＨＰＶタンパク質）に由来する配列（ここで、前述の配列は、野生型遺伝子産物の別個の／別々の領域に由来する）の組み合わせを含むポリペプチドを意味すると理解される。例えば、融合ポリペプチドは、野生型において通常は他の配列セグメントによって分離されている配列の組み合わせを含んでよく、前述の分離している配列（複数可）は除去されている。

【0011】

本明細書中で使用される用語「保存ペプチド配列」または「保存セグメント」は、以下に定義されるように１以上の遺伝子型で保存されている配列と定義される。保存の評価前に、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８由来のＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の全ての利用可能な全長配列をＮＣＢＩタンパク質データベースから収集し（アクセス日付：２０１４）、本発明のアプローチのための入力データとして使用した。選択した保存ペプチド配列が確実に環境集団全体を等しく表すように全ての利用可能な配列を使用した（表１を参照のこと）。保存ペプチド配列を、「バリアント」アプローチを使用して同定した（図１Ａ）；全ての遺伝子型をアラインメントし、各遺伝子型内の配列を、保存評価前に確実に遺伝子型の多様性が等しく表されるように重み付けし、それにより、確実にワクチン候補は環境集団全体を代表していた。次いで、遺伝子型内の保存（遺伝子型内保存）を、１５アミノ酸スライディングウィンドウを使用して評価し、それにより、各ウィンドウについて、保存値をウィンドウ内のアミノ酸優先度の組み合わせに基づいて決定し、各配列の値を重み付けして各遺伝子型内で保存された断片を同定し、各ウィンドウについて正規化遺伝子型内コンセンサスを作製した。「正規化コンセンサス」は、重み付けした遺伝子型配列組を表すアミノ酸配列を意味し、各位置での最も一般的なアミノ酸ではない。保存と分類されるためには、ウィンドウは、タンパク質の全ウィンドウ保存値の第一四分位数内の保存値を持たなければならない。引き続いて、全ての遺伝子型にわたって同一の位置で保存された遺伝子型内ウィンドウを、遺伝子型間で共有された遺伝子型内正規化コンセンサスの同一率（遺伝子型間保存）と無関係に同定した。次いで、得られた領域の系統樹を作製し、系統樹内群配列を組み合わせてコンセンサス同一性の共有レベルが高い遺伝子型間コンセンサスを作製した。この場合、「遺伝子型間コンセンサス」は、各遺伝子型から作製した正規化コンセンサスを使用して作製したコンセンサスを指す。いくつかのシナリオでは、遺伝子型間の遺伝子型内正規化コンセンサスの同一性の共有率が６０％を超える、全タンパク質にわたって同一の位置で保存された遺伝子型内ウィンドウを同定した「改変バリアント」を作製した。

【0012】

系統樹内群由来の同定された血清型間断片の同一率が６０％未満である場合、この配列を、バリアントアプローチで使用した「低不一致」配列に対比して、「高不一致」として分類した。遺伝子型間で高度に不一致のタンパク質については、「キメラ」アプローチを使用して、保存ペプチド配列を同定した（図１Ｂ）；系統樹を作製し、遺伝子型内群のみを相互にアラインメントし、遺伝子型内保存配列を評価した。したがって、遺伝子型間保存は、選択した遺伝子型にわたってコンセンサス同一性の共有率が６０％を超える内群と血清型内保存ウィンドウとの間のみで評価した。いくつかの場合、遺伝子型を「キメラ」として管理したが、遺伝子型間保存は評価しなかった（「キメラ－バリアント」）。

【0013】

複数の保存ペプチド配列は、１０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、１５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、２０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、２５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、３０以上の保存ペプチド配列を含み得る。複数の保存配列は、３５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、４０以上の保存ペプチド配列を含み得る。複数の保存ペプチド配列は、４５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、５０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、５５以上の保存ペプチド配列を含み得る。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５６以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５７以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５８以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５９以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５９の保存ペプチド配列からなる。

【0014】

コードされたポリペプチドは、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ５の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ７の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0015】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ７の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0016】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0017】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0018】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0019】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0020】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0021】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも１０の異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１０の異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0022】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも１１の異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１１の異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0023】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４の異なる保存ペプチド配列を含み得る。

【0024】

コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の１１以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の２４以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の９以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ５の３以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の８以上の異なる保存ペプチド配列、およびＨＰＶタンパク質Ｅ７の４以上の異なる保存ペプチド配列を含み得るか、からなり得る。

【0025】

複数の保存ペプチド配列は、相互に比較して別個の配列領域に由来し得る（すなわち、天然に存在しない）。例えば、「異なる保存ペプチド配列」という言及は、相互に比較して野生型配列の別個の領域に由来する配列を含み得る（すなわち、天然に存在しない）。例えば、野生型の遺伝子型では、保存配列は、野生型の遺伝子型において可変／非保存配列によって分離され得る。複数の保存ペプチド配列は、相互に重複しなくてよいか、有意に重複しなくてよい。複数の保存ペプチド配列のうちの２以上か、全ては、ポリペプチド中で相互に直接連結することができ、例えば、その間にいかなる非保存／可変残基も含まない。ポリペプチド配列は、自然界に見出されてなくてよい。ポリペプチドは、非保存配列または残基を含まなくてよい。例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において１、２、３、４、または５個を超える残基分離れていなくてもよい。あるいは、例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において６、７、８、９、または１０個を超える残基分離れていなくてもよい。ポリペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のアミノ酸より長い非保存配列を含まなくてよい。

【0026】

１つの実施形態では、リンカー残基は、１以上か、全ての保存ペプチド配列の間に提供され得る（例えば、ポリペプチド中の保存ペプチド配列の間に接合部が提供される）。リンカー残基は、ランダムなアミノ酸配列、またはエピトープ予測コンピュータプログラムもしくは動物モデルにおける実験に基づいて非免疫原性であるように選択されたアミノ酸を含み得る。例えば、リンカーがエピトープであると予想されるか、知られている場合（すなわち、エピトープ（例えば、ＨＰＶで見出されない人工エピトープ）に対する免疫応答を回避するために）、リンカーは考慮されなくてよい。リンカーは、可動性であり得る。リンカーは、Ｋ、Ｇ、Ｐ、Ａ、もしくはＳアミノ酸残基、またはその組み合わせを含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、リンカーは、Ｇおよび／またはＰアミノ酸残基を含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、リンカーは、１以上のアラニン（Ａ）アミノ酸残基を含んでよいか、これらからなってよい。リンカー残基は、１アミノ酸長と１０アミノ酸長との間であってよい。別の実施形態では、リンカー残基は、２残基長と８残基長との間であってよい。別の実施形態では、リンカー残基は、１残基長と６残基長との間であってよい。例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において１残基分と１０残基分との間で離れていてよい。

【0027】

１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列および１以上のリンカーから本質的になってよく、任意選択的に、１以上のリンカーが隣接する保存ペプチド配列の間に配置されている。

【0028】

保存ペプチド配列を、配列番号１～５９を含む群、そのバリアント、または組み合わせのうちのいずれかから選択することができる。別の実施形態では、保存ペプチド配列を、配列番号１～５９を含む群、そのバリアント、または組み合わせのうちのいずれかから任意の順序で選択することができる。１つの実施形態では、保存ペプチド配列は、配列番号１～５９を含む群からなってよい。

【0029】

ポリペプチドは、配列番号１～１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２～３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６～４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５～４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８～５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６～５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0030】

ポリペプチドは、配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５～４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0031】

ポリペプチドは、配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５～４７のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0032】

保存配列は、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８にわたって保存されている。保存配列は、全てのＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８にわたって保存されている。

【0033】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0034】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0035】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0036】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0037】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７から選択される３つの保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0038】

ポリペプチドは、以下：
配列番号１～１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２～３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６～４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５～４７から選択される３つの保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８～５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６～５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。

【0039】

「遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が表される」または「遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が表される」との言及は、同定された各遺伝子型が保存ペプチド配列の少なくとも１つのコンセンサス配列を定義するために使用されていることを意味することが意図される。したがって、所与の群は、各遺伝子型由来の保存ペプチドを含んでよいか、保存ペプチドは、２以上の遺伝子型のコンセンサスに由来し得る。配列同一性が十分に類似する場合、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を、単一の保存ペプチド配列によって表すことができ、この配列は、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８のぞれぞれのコンセンサスであり得る。しかし、配列同一性の相違により、単一の保存ペプチドは、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８由来のコンセンサス配列を表すことができない可能性があり、その代わり、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を対象とする／表すために２以上の保存ペプチド配列を必要とする。例えば（例示のみを目的とする）、１つの保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型１６および１８を表すことができ、別の保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型５２を表すことができ、第３の保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型５３および５８を表すことができ、その結果、群内の３つ全ての保存Ｅ６ペプチド配列は、全てのＥ６遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を表す。

【0040】

核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。別の実施形態では、核酸は、配列番号６５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。

【0041】

核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号６０または６５と同一のペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。

【0042】

核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。

【0043】

核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９．５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９．９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号６２と同一のウイルスベクターおよび／またはペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。

【0044】

核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。

【0045】

核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９．５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９．９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号７１、７３、または７５と同一のウイルスベクターおよび／またはペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。

【0046】

ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列を含まない。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含む。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。

【0047】

ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列を含まない。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含む。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。

【0048】

１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびペプチドアジュバントから本質的になってよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列、１以上のリンカー、およびペプチドアジュバントから本質的になってよい。１以上のリンカーは、隣接する保存ペプチド配列の間に配置され得る。ペプチドアジュバントは、Ｎ末端であり得る。

【0049】

ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。

【0050】

保存ペプチド配列のバリアントは、保存ペプチド配列の短縮配列を含んでよいか、それからなってよい。例えば、本明細書中の配列番号１～５９の配列のうちのいずれか１以上を短縮しても、ポリペプチドにおいて免疫原性を提供することができる。短縮配列は、配列番号１～５９の配列のうちのいずれか１つのうちの配列由来の認識可能なエピトープを形成するのに十分な数のアミノ酸（例えば、特異的Ｔ細胞認識のための少なくとも最小数の残基）を含んでよい。短縮配列は、配列番号１～５９の配列の少なくとも７つのアミノ酸を含んでよい。あるいは、短縮配列は、配列番号１～５９の配列の少なくとも８つのアミノ酸を含んでよい。あるいは、短縮配列は、配列番号１～５９の配列の少なくとも９、１０、１１、または１２のアミノ酸を含んでよい。複数の短縮配列を、配列番号１～５９の保存ペプチド配列のうちの１つに提供してよい。

【0051】

１つの実施形態では、配列番号１～５９の保存ペプチド配列のうちのいずれか１つを、例えば、残基の置換、付加、または欠失によって変化させることができる。別の実施形態では、配列番号１～５９の保存ペプチド配列のうちのいくつかまたは全てを、例えば、残基の置換、付加、または欠失によって変化させることができる。変異保存ペプチド配列は、依然として認識可能なＨＰＶエピトープを提供するように機能し得る。当業者は、任意の所与の集団に自然変異が存在すること、および、これらのバリアントがコンセンサス配列（例えば、配列番号１～５９中の提供された患者の配列）にいくらかの配列多様性をもたらし得ると理解するであろう。したがって、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも７０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも７４％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも７５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも７９％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも８０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも８２％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも８３％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも８５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも８８％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９２％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９８％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９９％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１～５９のうちのいずれか１つと少なくとも９９．５％の配列同一性を有し得る。

【0052】

本明細書中で使用される配列「同一性」という言及は、標準的なＮＣＢＩＢＬＡＳＴｐパラメーター（ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）を使用してアラインメントした２配列間の同一率を指し得る。

【0053】

保存ペプチド配列は長さが変動してよく、最小長を、認識可能なエピトープを形成するために必要な最小残基数として定義する。したがって、保存ペプチド配列は、約７～２５０アミノ酸長、またはそれを超えるアミノ酸長であってよい。例えば、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約７アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約８アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約１０アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約１５アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約２０アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約３０アミノ酸長であってよい。１つの実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２０アミノ酸長と約２２０アミノ酸長との間であってよい。１つの実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約３００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２５０アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約１５０アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約１００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約５５アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約５４アミノ酸長以下であってよい。

【0054】

保存ペプチド配列は、保存ペプチド配列集団における平均長が約１５アミノ酸と約５０アミノ酸との間であってよい。

【0055】

本発明のいくつかの実施形態では、ポリペプチドは、ペプチドアジュバント（ＴＰＡ（組織プラスミノゲンアクチベーター）配列など）、またはその機能的バリアントをさらに含んでよい。ＴＰＡは、配列：ＭＤＡＭＫＲＧＬＣＣＶＬＬＬＣＧＡＶＦＶＳＰＳＱＥＩＨＡＲＦＲＲ（配列番号６３）、またはその機能的バリアントを含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、ペプチドアジュバントは、例えば、配列ＳＬＬＷＧＧＶＴＶＬＡＡＭＬＩＡＧＱＶＡＳＳＶＶＦＬＶ（配列番号６４）のＳｈａｒｋインバリアント鎖またはその機能的バリアントを含んでよい。ペプチドアジュバントは、本発明のポリペプチドのＮ末端に存在してもよい。ペプチドアジュバントの機能的バリアントは、依然としてアジュバントとして機能することができる短縮または変異したペプチドバリアント（例えば、依然としてアジュバントとして機能するＴＰＡまたはｓｈａｒｋインバリアント鎖の短縮バリアントまたは変異バリアント）であってよい。当業者は、機能に影響を及ぼさずに１、２、３、４、５、またはそれを超えるアミノ酸残基を置換、付加、または除去することができると認識するであろう。例えば、保存的置換を考慮することができる。ペプチドアジュバントが提供される（または、適切にコードされる）実施形態では、ペプチドアジュバントと第１の保存ペプチド配列との間に提供される（またはコードされる）リンカー配列をさらに提供することができる。ペプチドアジュバントを含まない実施形態では、第１のリンカー配列は提供されてなくてもよい。

【0056】

核酸の組み合わせは、本発明の異なるポリペプチドをコードすることができ、ワクチンとして提供され得る。例えば、初回刺激および／または追加免疫ワクチン製剤は、相互に比較して異なり得る２以上の本発明のポリペプチドをコードする核酸またはウイルスベクターを含んでよい。

【0057】

核酸を、ワクチン中で別の治療または予防に有効な成分と組み合わせて使用してよい。核酸を、ワクチン中でアジュバントと組み合わせて使用してよい。

【0058】

本発明の別の態様によれば、複数の異なる本発明の核酸を含む組成物を提供し、任意選択的に、組成物は薬学的に許容され得る組成物である。

【0059】

本発明の別の態様によれば、本発明の核酸によってコードされるポリペプチドを本明細書中に提供する。

【0060】

１つの実施形態では、ポリペプチドは、単離ポリペプチドである。ポリペプチド、ポリペプチドをコードする核酸、または関連するウイルス粒子を、薬学的に許容され得る担体中に提供してよい。

【0061】

核酸は、ワクチン接種のためのプラスミドベクターであってよい。核酸は、ウイルスベクター配列を含んでよい。

【0062】

本発明の別の態様によれば、本発明の核酸を含むウイルスベクターを本明細書中に提供する。

【0063】

ウイルスベクターは、ウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、アデノウイルス（ヒトまたはサルアデノウイルスなど）を含んでよい。ウイルスベクターは、初回刺激・追加免疫レジメの初回刺激ワクチンで使用する場合にアデノウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、ＣｈＡｄＯｘ１（Ｅ群サルアデノウイルス、マラリア試験で安全に使用されるＡｄＣｈ６３ベクターなど）またはＣｈＡｄＯｘ２（Ｍｏｒｒｉｓｅｔａｌ２０１６．ＦｕｔｕｒｅＶｉｒｏｌ１１（９），ｐｐ．６４９－６５９に記載）を含んでよい。ＣｈＡｄＯｘ２配列は、本明細書中に記載の配列（例えば、配列番号６７＋６８）を含んでよいか、これらからなってよい。ウイルスベクターは、ＡｄＣｈ６３を含んでよい。ウイルスベクターは、ＡｄＣ３またはＡｄＨ６を含んでよい。ウイルスベクターは、ヒト血清型であってよい。ウイルスベクターは、改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）を含んでよい。ウイルスベクターは、Ｆ１１ＭＶＡ（例えば、Ｆ１１遺伝子座に核酸構築物インサートを有するＭＶＡ）を含んでよい。本発明の核酸（ＨＰＶワクチン構築物インサート）を、例えば、ｐ７．５ＭＶＡシャトルプラスミド（配列番号１５８）を用いた組換えによって、ｐ７．５プロモーターの調節下で親ＭＶＡウイルスのＴＫ遺伝子座に挿入することができる。核酸は、配列番号１５８中に提供した核酸ワクチン構築物インサート（下線部）を有するか、本発明の別の核酸ワクチン構築物を有する配列番号１５８の配列を本明細書中に含んでよい。別の実施形態では、本発明の核酸（ＨＰＶワクチン構築物インサート）を、例えば、Ｆ１１シャトルプラスミド（配列番号１５９）を用いた組換えによって、Ｆ１１プロモーターの調節下で親ＭＶＡウイルスのＦ１１遺伝子座に挿入することができる。核酸は、配列番号１５９中に提供した核酸ワクチン構築物インサート（下線部）を有するか、本発明の別の核酸ワクチン構築物を有する配列番号１５９の配列を本明細書中に含んでよい。ＭＶＡ配列は、本明細書中に記載される配列（例えば、配列番号６９＋７０）を含んでよいか、これからなってよい。ウイルスベクターは、初回刺激・追加免疫レジメにおけるワクチン追加免疫として使用する場合にＭＶＡを含んでよい。ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）またはレンチウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、弱毒化ウイルスベクターであってよい。本発明のポリペプチド配列を、良好な免疫応答を誘発することが公知の任意の適切なウイルスベクターにクローン化することができる。適切なウイルスベクターは、Ｄｉｃｋｓｅｔａｌ（Ｖａｃｃｉｎｅ．２０１５Ｆｅｂ２５；３３（９）：１１２１－８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖａｃｃｉｎｅ．２０１５．０１．０４２．Ｅｐｕｂ２０１５Ｊａｎ２５）、Ａｎｔｒｏｂｕｓｅｔａｌ（ＭｏｌＴｈｅｒ．２０１４Ｍａｒ；２２（３）：６６８－７４．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔ．２０１３．２８４．Ｅｐｕｂ２０１３Ｄｅｃ３０．）、および（Ｗａｒｉｍｗｅｅｔａｌ．（ＶｉｒｏｌＪ．２０１３Ｄｅｃ５；１０：３４９．ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４３－４２２Ｘ－１０－３４９）（本明細書中で参考として援用される）に記載されている。

【0064】

本発明の別の態様によれば、以下：
－本発明のポリペプチド；
－本発明の核酸；および
－本発明のウイルスベクター
のうちの１以上を含む組成物を提供する。

【0065】

組成物は、例えば、ヒトなどの哺乳動物において免疫原性を示し得る。組成物は、薬学的に許容され得る担体を含んでよい。組成物は、薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物であってよい。組成物は、ＨＰＶ感染の予防または処置で用いられるものであり得る。

【0066】

本発明の別の態様によれば、ＨＰＶ感染を処置または予防する方法であって、以下：
－本発明のポリペプチド；
－本発明の核酸；
－本発明の組成物または
－本発明のウイルスベクター
の投与を含む方法を提供する。

【0067】

ＨＰＶ感染を処置または予防する方法は、ワクチン接種方法であり得る。

【0068】

本発明の別の態様によれば、ＨＰＶ感染の予防または処置で用いる薬剤であって、以下：
－本発明のポリペプチド；
－本発明の組成物；
－本発明の核酸；または
－本発明のウイルスベクター
を含むか、これからなる薬剤を提供する。

【0069】

１つの実施形態では、ＨＰＶ感染の処置または予防は、肛門生殖器ＨＰＶ駆動病変（肛門、外陰、膣、または陰茎の上皮内新形成など）の処置または予防を含む。さらにまたはあるいは、ＨＰＶ感染の処置または予防は、ＨＰＶに原因する口腔咽頭病変の処置または予防を含む。

【0070】

本発明の別の態様によれば、ワクチン中で、またはワクチンとして使用するための本発明のポリペプチド；本発明の組成物；本発明の核酸；または本発明のウイルスベクターを提供する。

【0071】

本発明の別の態様によれば、本発明の核酸；本発明のポリペプチド；本発明の組成物；または本発明のウイルスベクターを含むワクチンを提供する。

【0072】

ワクチンは、初回刺激ワクチンであってよい。ワクチンは追加免疫ワクチンであってよい。追加免疫ワクチンを初回刺激ワクチン後に提供する場合、ポリペプチドは異なっていてよい。例えば、ポリペプチドは、保存ペプチド配列の並べ替えた配列を含んでよい。保存ペプチド配列は同一であってよいが、ポリペプチドに提供される順序は変更してよい。したがって、本発明は、保存ペプチド配列が提供される順序を変更することができる本発明の配列／実施形態のいずれかを提供する。かかる実施形態には、並べ替えたか異なるリンカー／接合配列も含まれ得る。

【0073】

有利には、初回刺激ワクチンと追加免疫ワクチンとの間のポリペプチドの保存ペプチド配列の並べ替えにより、１つの保存ペプチド配列の別の保存ペプチド配列との接合によって形成される「偽」エピトープの提供を回避することができる（すなわち、並べ替えたポリペプチドにおいては同一の接合が起こり得ない）。

【0074】

本発明の別の態様によれば、ワクチン中で、またはワクチンとして使用するための本発明の核酸またはポリペプチドを提供する。

【0075】

本発明の別の態様によれば、
－本発明の初回刺激ワクチン接種；
－本発明の追加免疫ワクチン接種
を含む、初回刺激・追加免疫ワクチン接種キットを提供する。

【0076】

初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は異なっていてよい。初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は、ポリペプチド配列が異なっていてよい。初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は、異なるウイルスベクター（すなわち、ＭＶＡ対アデノウイルスなどの異なるウイルスファミリーに由来する）を含んでよい。

【0077】

本発明の別の態様によれば、本発明の核酸および薬学的に許容され得る担体を含む組成物を提供する。

【0078】

組成物は、野生型ＨＰＶを含まなくてよい。組成物は、全長ＨＰＶタンパク質配列を含まなくてよい。ウイルスベクターまたは核酸は、ＨＰＶの非保存タンパク質／ペプチド配列をコードしなくてよい。

【0079】

薬学的に許容され得る担体と共に使用してよい。さらにまたはあるいは、アジュバントと共に使用してよい。

【0080】

用語「免疫原性」は、本発明の核酸、ポリペプチド、または組成物に適用する場合、ヒトまたは動物の体内で免疫応答を誘発することができることを意味する。免疫応答は防御的であってよい。

【0081】

用語「防御的」は、疾患の予防、疾患の感染、伝播および／もしくは進行のリスクの低下、疾患の重症度の低下、容態もしくは疾患の治癒、症状の緩和、または疾患もしくは病徴の重症度の低下を意味する。

【0082】

用語「予防」は、疾患の予防または予防的処置を意味する。予防には、疾患の感染、伝播および／もしくは進行のリスクの低下、または疾患の重症度の低下が含まれ得る。

【0083】

用語「処置」は、容態もしくは疾患の治癒、症状の緩和、または疾患もしくは病徴の重症度の低下を意味する。

【0084】

当業者は、本発明の１つの実施形態または態様の任意選択的な特徴を、適切な場合には、本発明の他の実施形態または態様に適用可能であり得ると理解するであろう。

【0085】

ここで、本発明の実施形態を、ほんの一例として、添付の図面を参照して、より詳細に説明するであろう。

【図面の簡単な説明】

【0086】

【図1】ＨＰＶ候補を作製するために使用したキメラ法およびバリアント法。

【図2】以下の得られたバリアントを有する保存領域。

【図3】Ａ）キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。Ｂ）改変バリアントの保存プロット。

【図4】Ａ）キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。Ｂ）バリアントの保存プロット。

【図5】キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。

【図6】キメラ－バリアントを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。

【図7】キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。

【図8】ワクチン特異的Ｔ細胞は、初回刺激・追加免疫ワクチン接種後に高頻度で誘導される。ＩＦＮγＥｌｉｓｐｏｔを、ＤＮＡ－ＨＰＶ、ＭＶＡ－ＨＰＶ、またはＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３で筋肉内に初回刺激し、次いで、２週間後に異種または同種のワクチンで筋肉内に追加免疫したＣ５７ＢＬ／６マウス（６匹／群）由来のＰＢＭＣに対して行った。初回刺激の２週間後および追加免疫の１週間後および２週間後にＰＢＭＣを尾静脈出血によって回収した。

【図9】初回刺激・追加免疫ワクチン接種は、免疫原中のコードされた全ての抗原に対する応答を誘導することができる。ＰＢＭＣを２週間追加免疫時に回収し、タンパク質供給源に応じてプールした全免疫原配列にわたるペプチドを使用したＩＦＮγ Ｅｌｉｓｐｏｔにおいて使用した。免疫原のＥ２領域にわたるペプチドを、ペプチドが多数であるので２つのプールに分割し、Ｅ４およびＥ５にわたる領域のペプチドを１つのプールに合わせた。

【図10】ワクチン特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の６週間後に高頻度で検出することができる。１０ａ：追加免疫の２、３、４、および６週間後に尾静脈出血によって回収したＰＢＭＣを用いたＩＦＮγ Ｅｌｉｓｐｏｔ（ＤＭ；ＤＮＡ－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫、ＣＭ；ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫）。１０ｂ：ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後および６週間後に得たＰＢＭＣに対してＩＣＳを行った。ＰＢＭＣを、Ｅ６およびＥ７ペプチドプールで刺激した。ＩＦＮ－γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ－α、およびＩＬ２を測定した。

【図11】ＨＰＶＥ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は多機能であり、細胞毒性の可能性がある。ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した尾静脈出血由来のＰＢＭＣを、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞は、３つの機能（ＣＤ１０７、ＩＦＮγ、およびＴＮＦα）を優性に発現する。

【図12】ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫はまた、ＨＰＶＥ６およびＥ７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を初回刺激し、この応答は、追加免疫の６週間後にも依然として検出可能である。ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後および６週間後に得たＰＢＭＣに対してＩＣＳを行った。ＰＢＭＣをＥ６およびＥ７ペプチドプールで刺激した。ＩＦＮ－γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ－α、およびＩＬ２を測定した。

【図13】ほとんどのＥ６およびＥ７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が２つの機能を発現する。ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した尾静脈出血由来のＰＢＭＣを、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ４＋Ｔ細胞は、２つの機能（ＣＤ１０７の減少＋単機能細胞）を優性に発現する。

【図14】ＨＰＶＥ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を、子宮頸部中に検出することができる。ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の２週間後にマウスから単離した頸膣リンパ球に対してＩＣＳを行い、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにサブプール２２で刺激した。ＩＦＮ－γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ－α、およびＩＬ２を測定した。

【図15】頸膣ＨＰＶＥ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は、多機能である。ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した頸膣リンパ球を、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞は、３つの機能（ＣＤ１０７、ＩＦＮγ、およびＴＮＦα）を優性に発現する。

【図16】子宮頸部内のワクチン誘導性Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞は、ほぼ例外なくエフェクター表現型である。ナイーブ：ＣＤ４４－ＣＤ６２Ｌ＋。抗原経験あり：セントラルメモリー－ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＤ１２７＋；エフェクターメモリー－ＣＤ６２Ｌ－、ＣＤ１２７＋；エフェクター－ＣＤ６２Ｌ－、ＣＤ１２７－。リンパ球数が少ないので、６匹のマウス由来の子宮頸部リンパ球を３つの対にプールした。

【図17】子宮頸部と対照的に、脾臓内のワクチン誘導性Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞は、エフェクター集団およびエフェクターメモリー集団を含む。

【図18】ＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫でワクチン接種したマウスは、対照マウスよりも生存期間が増加した。マウスに、５×１０^４個のＴＣ－１細胞を０日目に接種し、次いで、３日目に初回刺激し、１７日目に追加免疫した。腫瘍をデジタルカリパスで２日毎に測定し、腫瘍が任意の１つの方向において１０ｍｍに到達したときにマウスを屠殺した。

【図19】非近交系ＣＤ１マウスのワクチン接種により、Ｔ細胞応答が高頻度で誘導される。ＩＦＮγ Ｅｌｉｓｐｏｔを、ＤＮＡ－５ＧＨＰＶ３、ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３、またはＣｈＡｄＯｘ１－５ＧＨＰＶ３で筋肉内に初回刺激し、次いで、２週間後に異種または同種のワクチンで筋肉内に追加免疫したＣＤ１マウス（１０匹／群）由来のＰＢＭＣに対して行った。初回刺激の２週間後ならびに追加免疫の２週間後および３週間後にＰＢＭＣを尾静脈出血によって回収した。

【図20】ワクチン接種したＣＤ１マウスにおけるＴ細胞応答は、免疫原全体に向かう。ＰＢＭＣを２週間追加免疫時に回収し、免疫原配列全体にわたるペプチドを使用したＩＦＮγ Ｅｌｉｓｐｏｔで使用し、タンパク質供給源に応じてプールした。免疫原のＥ２領域にわたるペプチドを、ペプチドが多数であるので２つのプールに分割し、Ｅ４およびＥ５にわたる領域のペプチドを１つのプールに合わせた。

【図21】上のパネル：１６～２４歳の７６人の女性由来の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、ｅｘｖｉｖｏＩＦＮ－γ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイにおいて高リスクＨＰＶ（ｈｒＨＰＶ）由来の初期タンパク質に基づいたペプチド認識について試験した。「インサート」は、ｈｒＨＰＶ導入遺伝子にわたって１１アミノ酸が重複した１５量体ペプチドのプールである。「基準」ペプチドは、以下のように組み合わせたＨＰＶ１６およびＨＰＶ５２由来の初期タンパク質に基づいたペプチドのプールであった：Ｅ１／Ｅ２、Ｅ４／Ｅ５、およびＥ６／Ｅ７。「ＦＥＣ」（ｆｌｕ、ＥＢＶ、およびＣＭＶ）ペプチドおよびＰＨＡ（フィトヘマグルチニン（ｐｈｙｔｏｈａｅｍａｇｌｕｔｉｎｎｉｎ））を、ポジティブコントロールとして使用した。示したデータは、ネガティブコントロール値（偽刺激細胞）を差し引いた後のペプチド刺激ウェルから得たスポット形成単位（ＳＦＵ）である。陽性反応のカットオフを、２５ＳＦＵ／百万個のＰＢＭＣ（全ドナー由来の偽刺激値の平均＋２標準偏差から導く）で設定した。膣試料採取時に女性をｈｒＨＰＶＤＮＡについて同時に試験した：試験した女性の２６％が陽性であった。データは、現在ｈｒＨＰＶ感染しているか、過去に曝露されていた９／７６人の女性が導入遺伝子中にコードされたＨＰＶ配列を認識したことを示す。下のパネル：ＰＢＭＣをインサートプールのサブプール（左、ＳＦＵ／百万個のＰＢＭＣ）で試験し、その後にプール内の個別のペプチド（右、ＳＦＵ／ウェル）で試験し、それにより、真のＨＰＶ特異的応答の存在を確認することによって、応答する１ドナーにおけるインサートプールに対する応答をさらに調査した。ＳＦＵ－２００，０００ＰＢＭＣを含むウェルあたり、または百万個のＰＢＭＣあたり報告されたスポット形成単位。

【図22】ＣｈＡｄＯＸ１－５Ｇ－ＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ－５ＧＨＰＶ３追加免疫後のＣ５７ＢＬ／６マウス（上のパネル）およびＣＤ１マウス（下のパネル）におけるサブプールマッピング。追加免疫の２週間後にマウスを屠殺し、脾細胞を単離した。脾細胞を、免疫原配列を対象とするサブプールを使用したＩＦＮγ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイで使用した。サブプール２１、２５、および２６（例えば）は、ＨＰＶ５３配列を含まず、かつ依然として高い応答が得られるため、ＨＰＶ５３セグメントを持たない配列は依然として免疫原性を示すという証拠が得られる。

【発明を実施するための形態】

【0087】

ＨＰＶ免疫原のデザイン
ＨＰＶ免疫原は、保存されたアミノ酸断片から構成され、タンパク質レベルで世界的なＨＰＶ集団を地理的に代表している。各断片を、キメラまたはバリアントベースの断片のいずれかを作製するために利用されている保存アルゴリズムを使用して作製する。アルゴリズムの選択は、使用した各ＨＰＶタンパク質の特徴に依存する。

【0088】

コア保存アルゴリズムは、コレクションバイアルを考慮した正規化法とスライディングウィンドウアプローチを組み合わせて使用して、遺伝子型の内部（遺伝子型内）および間（遺伝子型間）の両方で保存されているウィンドウを同定する。遺伝子型内保存ウィンドウを、配列全体についての全ウィンドウ保存値の和の１四分位数未満の保存値を有するウィンドウと分類する。このプロセス中の各遺伝子型についての典型的な正規化コンセンサス配列を作製する。引き続いて、遺伝子型間ウィンドウを、保存され、コンセンサス同一性の共有率が６０％を超える各遺伝子型内の同一の位置のウィンドウとして同定する。

【0089】

各タンパク質領域について選択された全ての遺伝子型を表す配列の作製における主要な課題は、多数の遺伝子型が固有の系統発生的クラスタリングを示すことであった。遺伝子型にわたって保存された領域の同定とこれらの領域間のコンセンサス同一性の共有率レベルとの間のバランスが重要である。多くの場合、遺伝子型間の多様性は、コンセンサス同一性の共有率を犧牲にするほど極端であった。いくつかの遺伝子型は相互に非常に異なっているので、代表的な配列を作製するのは不可能であった。この問題を解決するために、生の配列データを以下の２つの方法のうちの１つにおけるコアアルゴリズムに入力した（図１）。（ｉ）バリアント；全ての遺伝子型の配列をアルゴリズムに入力し、遺伝子型間の保存領域を、コンセンサス同一性の共有率と無関係に同定する。得られた領域から系統樹を作製し、内群配列を組み合わせてコンセンサスの同一性の共有レベルが高いコンセンサスを作製した（図１ｂ）。（ｉｉ）キメラ；いくつかの場合、遺伝子型間に、遺伝子型が適切にアラインメントされないほどの距離がある。したがって、遺伝子型内群のみを共にアルゴリズムに入力し、コンセンサス同一性の共有率が６０％を超える内群間で保存された領域を同定する（図１ａ）。

【0090】

ＨＰＶ候補
ＮＣＢＩタンパク質データベースから収集した入力配列を使用して６つのＨＰＶタンパク質（Ｅ１～２、Ｅ４～７）の候補配列を作製し、アラインメントし、手作業で監査して、不完全で低品質の配列を除去した（表１）。

【0091】

【表1】

【0092】

【表2】

【0093】

ウィンドウを用いて同定したＥ１タンパク質内の５つの断片は、その各遺伝子型内の同一の位置に保存されていた。分岐分類により、コンセンサス同一性を高レベルで共有する最も適切な遺伝子型の組み合わせを同定した（図２）。

【0094】

【表3】

【0095】

アラインメントの不一致により、系統樹に基づいて３つのキメラが作製された（１６および３１、５２および５８、５３および１８）（図３ａ）。さらに、全ての遺伝子型を類似の様式でアルゴリズムに入力してバリアントを作製したが、各遺伝子型から６０％を超えるコンセンサス同一性の共有率を有する保存ウィンドウのみを選択するためのプログラムのフィルタリングを無効にした。この同定された１つの断片を、「改変バリアント」と呼んだ（図３ｂ）。

【0096】

【表4】

【0097】

４つのキメラを作製し、断片のうちの２つは遺伝子型特異的である（図４ａ）。さらに、バリアント解析により１つの領域を同定した（図４ｂ）。

【0098】

【表5】

【0099】

３つのキメラを作製した（図５）。

【0100】

【表6】

【0101】

Ｅ６タンパク質は、遺伝子型にわたって保存が非常に制限されていた。その代わりとして内群を処理してコンセンサス同一性共有率のフィルターを用いずにキメラを生成したが、遺伝子型５２および５８を除いて、保存されたウィンドウを組み合わせずにコンセンサスを生成した（図６）。

【0102】

【表7】

【0103】

遺伝子型１６および３１ならびに５２および５８のキメラを作製した（図７）。遺伝子型５３および１８はキメラバリアントである。

【0104】

【表8】

【0105】

ＨＰＶ３ヌクレオチド配列（配列番号６０）
開始コドンを先頭にして、追加のリンカーと共にコードされるＴＰＡリーディング配列から始まっている（ＴＰＡおよびリンカーを、下線を引いた太字で示す）。

【化1】

【化2】

【0106】

ペプチドアジュバント／ＴＰＡをコードしていないＨＰＶ３ヌクレオチド配列（配列番号６５）

【化3】

【化4】

【化5】

【0107】

ＨＰＶ３ポリペプチド配列（配列番号６１）
開始コドンを先頭にして、ＴＰＡリーディング配列から始まっている。

【化6】

【0108】

ＴＰＡ／ペプチドアジュバント配列を持たないＨＰＶ３ポリペプチド配列（配列番号６６）

【化7】

【化8】

【0109】

免疫原コード配列インサートを有するウイルスベクター配列ＣｈＡｄＯｘ１。
免疫原コード配列インサートの開始コドンおよび終止コドンに下線を引いている。リードＴＰＡ配列およびリンカーを太字で表している。
（配列番号６２）

【化9】

【化10】

【化11】

【化12】

【化13】

【化14】

【化15】

【化16】

【化17】

【化18】

【化19】

【化20】

【化21】

【化22】

【化23】

【化24】

【化25】

【化26】

【0110】

ＣｈＡｄＯｘ２配列（配列番号６７＋６８）
免疫原カセットに対して５’側のＣｈＡｄＯｘ２配列を配列番号６７として提供し、免疫原カセットに対して３’側のＣｈＡｄＯｘ２配列を配列番号６８として提供する。

【0111】

ＭＶＡ配列（配列番号６９＋７０）
免疫原カセットに対して５’側のＭＶＡ配列を配列番号６９として提供し、免疫原カセットに対して３’側のＭＶＡ配列を配列番号７０として提供する。

【0112】

以下の２つの異なるシャトルプラスミドを使用してＭＶＡワクチンを作製した：
１．Ｐ７．５シャトルプラスミド。親ＭＶＡウイルス中のＴＫ遺伝子座領域に相同な上流および下流に隣接するＨＰＶインサート。ｐ７．５プロモーターの制御下のインサート。
２．Ｆ１１シャトルプラスミド。親ＭＶＡウイルス中のＦ１１遺伝子座領域に相同な上流および下流に隣接するＨＰＶインサート。Ｆ１１プロモーターの制御下のインサート。

【0113】

次いで、ニワトリ胚線維芽細胞にＭＶＡ親ウイルスを感染させ、ｐ７．５ＭＶＡシャトルプラスミドまたはＦ１１ＭＶＡシャトルプラスミドのいずれかでトランスフェクトして、ＭＶＡゲノムを用いた相同組換えを起こす。それにより、目的の遺伝子がＭＶＡゲノム内のＴＫ遺伝子座（ｐ７．５シャトルプラスミド）またはＦ１１遺伝子座（Ｆ１１シャトルプラスミド）のいずれかに挿入された親ＭＶＡが得られる。２つのＭＶＡワクチンバージョンが得られる。

【0114】

Ｐ７．５シャトルプラスミド（配列番号１５８）（インサートに下線を付す）

【化27】