さらに、ゲノム情報科学では、次世代配列決定の重要な段階は、シーケンサからやってくる読み込みの二次解析である。ヒトゲノムについての標準的な操作手順は、サンプリルが逆多重化され、ヒト参照ゲノムにアライメントされ、そして異常についてアルゴリズム的に検査される（例えば、改変体の呼び出し、生殖系列試験、発現分析、融合分析など）ことである。アラインメントに続く全ての所見は、アラインメントの質および参照ゲノム自体の質に依存する。しかし、ヒト参照ゲノムは完全ではなく、少数の個人のコンセンサスに基づく単一の線形配列であり、ヒト集団中の配列の豊富な多様性を具体化しているわけではない。これは、ミスアラインメント（ゲノム上の誤った位置にマッピングされた読み取り）または非アラインメント（全くマッピングされていない読み取り）を含むいくつかの実際的な問題をもたらし、臨床的に関連性があり、非常に可変性のあるゲノムの領域において広範な不正確さ（偽陽性、偽陰性）をもたらす。参照を改善するための、比較的新生ではあるが、最も有望なアプローチは、ゲノムのグラフを構築することであり、ここで、各サンプルはグラフ中の経路によって表される。グラフに基づく構造により、臨床医はヒト集団において、遺伝子型またはハプロタイプの多様性、そして重要なことには、複雑なものを捕捉し、発見することができ、より正確な読み取りアラインメントが可能になる。

様々な例示的な実施形態の簡単な概要を以下に提示する。以下の概要では、いくつかの簡略化および省略を行うことがあり、それらは様々な例示的な実施形態のいくつかの態様を強調および導入することを意図しているが、本発明の範囲を限定するものではない。当業者が本発明の概念を作成し、使用することを可能にするのに十分な例示的な実施形態の詳細な説明は、後のセクションで続く。