IP Force 特許公報掲載プロジェクト 2022.1.31 β版

知財求人 - 知財ポータルサイト「IP Force」

▶ ジェネンテック, インコーポレイテッドの特許一覧

特許7571006乳がんの処置のための診断的および治療的方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-10-11
(45)【発行日】2024-10-22
(54)【発明の名称】乳がんの処置のための診断的および治療的方法
(51)【国際特許分類】
   C12Q 1/68 20180101AFI20241015BHJP
   C12Q 1/6886 20180101ALI20241015BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20241015BHJP
   A61K 31/416 20060101ALI20241015BHJP
   A61K 31/397 20060101ALI20241015BHJP
   A61K 31/381 20060101ALI20241015BHJP
   A61K 31/437 20060101ALI20241015BHJP
   A61K 31/136 20060101ALI20241015BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20241015BHJP
   G01N 33/574 20060101ALI20241015BHJP
【FI】
C12Q1/68
C12Q1/6886 Z ZNA
A61P35/00
A61K31/416
A61K31/397
A61K31/381
A61K31/437
A61K31/136
A61P43/00 121
G01N33/574 Z
【請求項の数】 17
(21)【出願番号】P 2021507927
(86)(22)【出願日】2019-08-16
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2021-12-09
(86)【国際出願番号】 US2019046814
(87)【国際公開番号】W WO2020037203
(87)【国際公開日】2020-02-20
【審査請求日】2022-08-09
(31)【優先権主張番号】62/719,545
(32)【優先日】2018-08-17
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】509012625
【氏名又は名称】ジェネンテック, インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】110001173
【氏名又は名称】弁理士法人川口國際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】デーメン,アンネレーン
(72)【発明者】
【氏名】メトカーフ,シアラ
【審査官】坂崎 恵美子
(56)【参考文献】
【文献】特表2005-512510(JP,A)
【文献】特表2007-505630(JP,A)
【文献】国際公開第2015/149045(WO,A1)
【文献】国際公開第2016/097072(WO,A1)
【文献】Clinical Cancer Research,2007年,Vol.13,p.6327-6334
【文献】Journal of Medicinal Chemistry,2017年,Vol.60, No.4,p.1325-1342
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C12Q 1/68
A61P 35/00
G01N 33/574
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamIII)
CAplus/REGISTRY/MEDLINE/EMBASE/BIOSIS(STN)
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
内分泌療法薬の投与を含む治療から利益を受け得る乳がんを有する個体を識別する方法であって、
前記内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、選択的ヒトエストロゲン受容体アゴニスト(ShERPA)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含み、
前記方法が、前記個体からのサンプルからエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを決定するステップを含み、前記サンプルからのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア以上であれば、前記個体が前記内分泌療法薬の投与を含む治療から利益を受け得る個体として識別され、
ここで、(1)ER経路活性スコアは、
AGR3、AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、CT62、FKBP4、FMN1、GREB1、IGFBP4、NOS1AP、NXPH3、OLFM1、PGR、PPM1J、RAPGEFL1、RBM24、RERG、RET、SGK3、SLC9A3R1、TFF1、およびZNF703からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BAMBI、BCAS1、CCNG2、DDIT4、EGLN3、FAM171B、GRM4、IL1R1、LIPH、NBEA、PNPLA7、PSCA、SEMA3E、SSPO、STON1、TGFB3、TP53INP1、およびTP53INP2からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される;
(2)ER経路活性スコアは、
AMZ1、C5AR2、CELSR2、FKBP4、GREB1、OLFM1、SLC9A3R1、およびTFF1からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、PNPLA7、SEMA3E、およびSTON1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される:
又は
(3)ER経路活性スコアは、
AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、FKBP4、FMN1、GREB1、OLFM1、RBM24、SLC9A3R1、およびTFF1
からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、NBEA、PNPLA7、SEMA3E、STON1、およびTP531NP1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される、方法。
【請求項2】
乳がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、前記方法が、前記個体からのサンプルからER経路活性スコアを決定するステップを含み、前記サンプルからのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア以上であれば、前記個体が内分泌療法薬の投与を含む治療から利益を受け得る個体として識別され、
前記内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、選択的ヒトエストロゲン受容体アゴニスト(ShERPA)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含み、 ここで、(1)ER経路活性スコアは、
AGR3、AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、CT62、FKBP4、FMN1、GREB1、IGFBP4、NOS1AP、NXPH3、OLFM1、PGR、PPM1J、RAPGEFL1、RBM24、RERG、RET、SGK3、SLC9A3R1、TFF1、およびZNF703からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BAMBI、BCAS1、CCNG2、DDIT4、EGLN3、FAM171B、GRM4、IL1R1、LIPH、NBEA、PNPLA7、PSCA、SEMA3E、SSPO、STON1、TGFB3、TP53INP1、およびTP53INP2からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される;
(2)ER経路活性スコアは、
AMZ1、C5AR2、CELSR2、FKBP4、GREB1、OLFM1、SLC9A3R1、およびTFF1からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、PNPLA7、SEMA3E、およびSTON1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される:
又は
(3)ER経路活性スコアは、
AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、FKBP4、FMN1、GREB1、OLFM1、RBM24、SLC9A3R1、およびTFF1
からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、NBEA、PNPLA7、SEMA3E、STON1、およびTP531NP1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される、方法。
【請求項3】
基準となるER経路活性スコアを下回る前記サンプルからのER経路活性スコアにより、前記個体が、前記内分泌療法薬の投与を含む治療から利益を得る可能性がより低い個体として識別される、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項4】
乳がんを有する個体を治療するための内分泌療法薬を含む医薬組成物であって、
前記内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、選択的ヒトエストロゲン受容体アゴニスト(ShERPA)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含み、
前記個体が、請求項1又は2に記載の方法によって、前記内分泌療法薬の投与を含む治療から利益を得る可能性がより高い個体として識別されている、医薬組成物。
【請求項5】
内分泌療法薬による治療に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングする方法であって、
前記内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、選択的ヒトエストロゲン受容体アゴニスト(ShERPA)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含み、
前記方法が、
(a)第1の時点で前記個体からのサンプルから第1のER経路活性スコアを決定するステップであって、
(1)ER経路活性スコアは、
AGR3、AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、CT62、FKBP4、FMN1、GREB1、IGFBP4、NOS1AP、NXPH3、OLFM1、PGR、PPM1J、RAPGEFL1、RBM24、RERG、RET、SGK3、SLC9A3R1、TFF1、およびZNF703からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BAMBI、BCAS1、CCNG2、DDIT4、EGLN3、FAM171B、GRM4、IL1R1、LIPH、NBEA、PNPLA7、PSCA、SEMA3E、SSPO、STON1、TGFB3、TP53INP1、およびTP53INP2からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される;
(2)ER経路活性スコアは、
AMZ1、C5AR2、CELSR2、FKBP4、GREB1、OLFM1、SLC9A3R1、およびTFF1からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、PNPLA7、SEMA3E、およびSTON1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される:
又は
(3)ER経路活性スコアは、
AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、FKBP4、FMN1、GREB1、OLFM1、RBM24、SLC9A3R1、およびTFF1
からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、NBEA、PNPLA7、SEMA3E、STON1、およびTP531NP1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される、前記ステップと、
(b)ステップ(a)に続いて、内分泌療法薬の投与後の第2の時点で前記個体からのサンプルから第2のER経路活性スコアを決定するステップであって、前記第2のER経路活性スコアは、ステップ(a)に記載のように計算される、前記ステップと、
(c)前記第1のER経路活性スコアを前記第2のER経路活性スコアと比較するステップと、
を含み、前記第1のER経路活性スコアに対する前記第2のER経路活性スコアの減少が、前記内分泌療法薬による治療に応答する可能性が高い個体であると予測させる、方法。
【請求項6】
前記第1のER経路活性スコアが、
(a)前記内分泌療法薬の初回用量の投与前に得られた前記個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコア、
(b)前の時点での前記個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコアであって、前記前の時点が、前記内分泌療法薬の初回用量の投与後である、ER経路活性スコア、または
(c)事前に割り当てられたER経路活性スコア
である、請求項に記載の方法。
【請求項7】
前記乳がんが、ER+乳がんである、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項8】
前記ER+乳がんが、luminal A又はluminal B乳がんである、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項9】
前記乳がんが、進行性または転移性乳がんである、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項10】
前記ER経路活性スコアは、
AMZ1、C5AR2、CELSR2、FKBP4、GREB1、OLFM1、SLC9A3R1、およびTFF1からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、PNPLA7、SEMA3E、およびSTON1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される、請求項1、2又は5に記載の方法。
【請求項11】
前記ER経路活性スコアは、
AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、FKBP4、FMN1、GREB1、OLFM1、RBM24、SLC9A3R1、およびTFF1からなる群から選択される、全てのE2誘導性遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定される、E2誘導性スコアから、
BCAS1、CCNG2、IL1R1、NBEA、PNPLA7、SEMA3E、STON1、およびTP53INP1からなる群から選択される、全てのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されるE2抑制スコアを、
を引くことによって計算される、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項12】
前記内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)である、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項13】
前記内分泌療法薬が、以下の式:
【化1】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項14】
前記内分泌療法薬が、以下の式:
【化2】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項15】
前記内分泌療法薬が、以下の式:
【化3】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項16】
前記内分泌療法薬が、以下の式:
【化4】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、請求項1、2又はに記載の方法。
【請求項17】
前記個体がヒトである、請求項1、2又はに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、2018年8月17日に出願された米国仮出願第62/719,545号の優先権を主張するものであり、その開示は、その全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0002】
「配列表」の参照
2019年8月13日に作成されたファイル048893-517001WO_SEQUENCE_LISTING_ST25.txt(560,154バイト、マシンフォーマットIBM-PC、MS-Windowsオペレーティングシステム)に書き込まれた配列表が、すべての目的のためにその全体を参照することにより、本明細書に組み込まれる。
【0003】
分野
本明細書で提供されるのは、特に、乳がんの処置のための診断的および治療的方法である。たとえば、治療応答性を予測する方法、処置への応答性をモニタリングする方法、処置を選択する方法、処置方法、および診断キットが提供される。
【背景技術】
【0004】
がんは依然として、ヒトの健康を脅かす最も深刻な脅威の一つである。米国では、毎年約130万人の患者が新たに癌に罹患し、心疾患に次いで2番目の死因であり、死者の約4件の1を占めている。それらの死因の大部分を占めるのが固形腫瘍である。特定のがんの医療処置における進歩は顕著なものであるが、すべてのがんの5年全生存率は、過去20年間で約10%しか向上していない。
【0005】
エストロゲン受容体(「ER」)は、内因性エストロゲンとの相互作用を通じてさまざまな生物学的効果の誘導を媒介するリガンド活性化転写調節タンパク質である。エストロゲンおよびエストロゲン受容体は、乳がん、肺がん、卵巣がん、結腸がん、前立腺がん、子宮内膜がん、子宮がんなどのがん、ならびに他の疾患または状態に関係している。しかしながら、免疫組織化学(IHC)で測定されるエストロゲン受容体の分解は、ER経路活性の予測因子として、または内分泌療法薬の薬力学(PD)バイオマーカーとしては不十分であり、ERタンパク質のレベルは、ER経路の状態と常に相関しているわけではない。たとえば、ERリガンドであるエストラジオール(E2)などのERシグナル伝達の活性化因子が、ERの分解を促進する。さらに、ER標的遺伝子として確立されたプロゲステロン受容体(PR)は、ER経路活性の読み取り値としてしばしば測定される。しかしながら、PRは、ER+乳房腫瘍に常に存在しているわけではなく、仮に存在していたとしても、PRの抑制により、ER経路状態を完全には把握できない場合がある。
【0006】
したがって、ER経路活性を包括的に反映し、診断的および治療的方法の両方で有用であり得るバイオマーカー(たとえば、転写シグネチャー)に対する満たされていない要求が存在する。
【発明の概要】
【0007】
本明細書で提供されるのは、特に、診断的方法、治療的方法、乳がんを有する個体の処置を知らせるためのキット、および乳がんの処置に対する個体の応答性を予測するためのキットである。
【0008】
一態様では、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別する方法であって、この方法は、個体からのサンプルからエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアにより、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法が提供される。
【0009】
一態様では、乳がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、この方法は、個体からのサンプルからER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアにより、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法が提供される。
【0010】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法は、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含み、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより高い個体として識別されている、方法が提供される。
【0011】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法であって、個体は、基準となるER経路活性スコア以上であるER経路活性スコアを有すると識別されており、この方法は、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む、方法が提供される。
【0012】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法が提供され、この方法は、(a)個体からのサンプルからER経路活性スコアを決定するステップであって、サンプルからのER経路活性スコアは、基準となるER経路活性スコア以上であると決定される、決定するステップと、(b)有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップとを含む。
【0013】
一態様では、内分泌療法による処置に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングする方法が提供され、この方法は、(a)第1の時点で個体からのサンプルから第1のER経路活性スコアを決定するステップと、(b)ステップ(a)に続いて、内分泌療法薬の投与後の第2の時点で個体からのサンプルから第2のER経路活性スコアを決定するステップと、(c)第1のER経路活性スコアを第2のER経路活性スコアと比較するステップとを含み、第1のER経路活性スコアに対する第2のER経路活性スコアの減少が、内分泌療法薬による処置に応答する可能性が高い個体を予測する。
【0014】
一態様では、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別する方法であって、この方法は、個体からのサンプルからエストラジオール(E2)誘導スコアを決定する方法を含み、サンプルからのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上であれば、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法が提供される。
【0015】
一態様では、乳がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、この方法は、個体からのサンプルからE2誘導スコアを決定するステップを含み、サンプルからのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上であれば、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法が提供される。
【0016】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法は、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含み、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより高い個体として識別されている、方法が提供される。
【0017】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法であって、個体は、基準となるE2誘導スコア以上であるE2誘導スコアを有すると識別され、この方法は、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む、方法が提供される。
【0018】
一態様では、乳がんを有する個体を処置する方法が提供され、この方法は、(a)個体からのサンプルからE2誘導スコアを決定するステップであって、サンプルからのE2誘導スコアは、基準となるE2誘導スコア以上であると決定される、決定するステップと、(b)有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップとを含む。
【0019】
一態様では、内分泌療法による処置に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングする方法が提供され、この方法は、(a)第1の時点で個体からのサンプルから第1のE2誘導スコアを決定するステップと、(b)ステップ(a)に続いて、内分泌療法の投与後の第2の時点で個体からのサンプルから第2のE2誘導スコアを決定するステップと、(c)第1のE2誘導スコアを第2のE2誘導スコアと比較するステップとを含み、第1のE2誘導スコアに対する第2のE2誘導スコアの減少が、内分泌療法による処置に応答する可能性が高い個体の予測に役立つ。
【0020】
一態様では、乳がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出する方法が提供され、この方法は、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。
【0021】
一態様では、1つ以上のプロセッサーによって、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第1の発現レベルを検出するステップと、1つ以上のプロセッサーによって、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第2の発現レベルを検出するステップと、少なくとも第1の発現レベルおよび/または第2の発現レベルに基づいて、がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出するステップと、を含む方法が提供される。
【0022】
一態様では、複数の核酸を含むキットが提供され、複数の核酸は、長さが少なくとも5ヌクレオチドであり、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、もしくは表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であるか、または5ヌクレオチド連続配列に相補的な配列と95%同一である。
【図面の簡単な説明】
【0023】
本出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも1つの図面が含まれている。本特許または特許出願のカラー図面付きの写しは,申請および必要な手数料を支払うことにより、特許庁から提供される。
【0024】
図1A】7つの乳がん細胞株(行)において赤色(列)で示されるエストラジオール(E2)誘導性遺伝子の概要である。E2誘導は、DMSOによる処置と比較して、E2処置後の発現量の倍率変化が2倍以上と定義される(p値≦0.05)。
図1B】7つの乳がん細胞株(行)において青色(列)で示されるE2抑制遺伝子の概要である。E2抑制は、DMSOでの処置と比較して、E2処置後の発現量の倍率変化が0.5倍以下と定義される(p値≦0.05)。
図1C】がんゲノムアトラス(TGCA)からの989個の乳房腫瘍における23例のE2誘導遺伝子および18例のE2抑制遺伝子の発現量をZスコア化したヒートマップであって、エストロゲン受容体(ER)免疫組織化学(IHC)ステータスおよびPAM50サブタイプで注釈を付けたものである。
図1D】TCGAのRNA-seqデータからの726個のER IHC+および213個のER IHC-乳房腫瘍について、E2誘導スコア(図1Cに示される23例のE2誘導遺伝子の平均発現量をzスコア化したものと定義される)の参照密度曲線を重ね合わせて示すグラフである。
図1E】TCGAのRNA-seqデータからの726個のER IHC+および213個のER IHC-乳房腫瘍におけるE2抑制スコア(図1Cに示される18例のE2抑制遺伝子の平均発現量をzスコア化したものと定義される)の参照密度曲線を重ね合わせて示すグラフである。
図1F】TCGAのRNA-seqデータからの726個のER IHC+および213個のER IHC-乳房腫瘍におけるER経路活性スコア(E2誘導スコアとE2抑制スコアとの間の差と定義される)の参照密度曲線を重ね合わせて示すグラフである。
図2A】ホルモン受容体(HR)陽性乳がんのHCI-013患者由来異種移植片(PDX)マウスモデルにおける、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)である化合物Aによる処置のインビボ有効性を示すグラフであって、化合物Aの示された濃度での経時的な腫瘍体積で評価したものである。
図2B】化合物Aによる処置後のHCI-013腫瘍における示された20例のE2誘導遺伝子および14例のE2抑制遺伝子について、zスコア化された発現量の相対的変を示すヒートマップである。処置計画には上記の注釈が付けられている。
図2C】化合物A曝露後のHCI-013腫瘍におけるE2誘導スコア、E2抑制スコアおよびER経路活性スコアを、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.05;**、p<0.01;***、p<0.001;1mg/kg対0.1mg/kg(黒色);10mg/kg対1mg/kg(赤色)の比較。
図2D】HR陽性がんのHCI-013PDXマウスモデルにおける、賦形剤、または化合物B(SERD)、化合物C(SERD/SERMハイブリッド)、または化合物F(SERD)による処置のインビボ有効性を示すグラフであって、示された濃度での経時的な腫瘍体積で評価したものである。
図2E】示された療法による処置後のHCI-013腫瘍における示された20例のE2誘導遺伝子および14例のE2抑制遺伝子について、zスコア化された発現量の相対的変を示すヒートマップである。処置計画には上記の注釈が付けられている。
図2F】示された化合物への曝露後のHCI-013腫瘍におけるE2誘導スコア、E2抑制スコアおよびER経路活性スコアを、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均 相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.1;**、p<0.05;***、p<0.01;****、p<0.001;化合物E対賦形剤、化合物C対化合物E、化合物D対化合物C、および化合物B対化合物Dの比較。
図2G】HR陽性乳がんのHCI-011PDXマウスモデルにおける、賦形剤、化合物B、化合物C、または化合物Fによる処置のインビボインビボ有効性を示すグラフであって、示された内分泌療法濃度での経時的な腫瘍体積で評価したものである。
図2H】示された療法による処置後のHCI-011腫瘍における示された20例のE2誘導遺伝子および14例のE2抑制遺伝子について、zスコア化された発現量の相対的変を示すヒートマップである。処置計画には上記の注釈が付けられている。
図2I】示された化合物への曝露後のHCI-011腫瘍におけるE2誘導スコア、E2抑制スコアおよびER経路活性スコアを、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.1;**、p<0.05;***、p<0.01;****、p<0.001;化合物E対賦形剤、化合物C対化合物E、化合物B対化合物C、および化合物A対化合物Bの比較。
図3A】139個のホルモン受容体陽性/ヒト上皮成長因子受容体2陰性(HR+/HER2)乳房腫瘍のコレクションからの21例の示されたE2誘導遺伝子および17例の示されたE2抑制遺伝子のzスコア化された発現量の相対的変を示すヒートマップである。
図3B】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3B)、E2抑制スコア(図3C)、およびER経路活性スコア(図3D)の一連の参照密度曲線である。6名の患者の化合物Bによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3C】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3B)、E2抑制スコア(図3C)、およびER経路活性スコア(図3D)の一連の参照密度曲線である。6名の患者の化合物Bによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3D】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3B)、E2抑制スコア(図3C)、およびER経路活性スコア(図3D)の一連の参照密度曲線である。6名の患者の化合物Bによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3E】化合物Bで処置された6名の患者の処置前のER経路活性スコア対処置前のESR1発現レベルの散布図である。
図3F】化合物Bで処置された6名の患者の処置前と処置後のER経路活性の処置誘発差対処置前のER経路活性レベルの散布図である。
図3G】化合物Bで処置された6名の患者の処置前と処置後のE2誘導スコアの処置誘発差対処置前のE2誘導スコアの散布図である。
図3H】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3H)、E2抑制スコア(図3I)、およびER経路活性スコア(図3J)の一連の参照密度曲線である。7名の患者の化合物Aによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3I】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3H)、E2抑制スコア(図3I)、およびER経路活性スコア(図3J)の一連の参照密度曲線である。7名の患者の化合物Aによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3J】139HR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおけるE2誘導スコア(図3H)、E2抑制スコア(図3I)、およびER経路活性スコア(図3J)の一連の参照密度曲線である。7名の患者の化合物Aによる処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図3K】化合物Aで処置された7名の患者の処置前のER経路活性スコア対処置前のESR1発現レベルの散布図である。
図3L】化合物Aで処置された7名の患者の処置前と処置後のER経路活性の処置誘発差対処置前のER経路活性レベルの散布図である。
図3M】化合物Aで処置された7名の患者の処置前と処置後のE2誘導スコアの処置誘発差対処置前のE2誘導スコアの散布図である。
図4A】化合物Aへの曝露後のHCI-013PDX乳房腫瘍における、41遺伝子シグネチャー(図4A)、19遺伝子シグネチャー(図4B)、または14遺伝子シグネチャー(図4C)に基づくE2誘導スコア、E2抑制スコア、およびER経路抑制を、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.05;**、p<0.01;***、p<0.001;1mg/kg対0.1mg/kg(黒色);10mg/kg対1mg/kg(赤色)の比較。
図4B】化合物Aへの曝露後のHCI-013PDX乳房腫瘍における、41遺伝子シグネチャー(図4A)、19遺伝子シグネチャー(図4B)、または14遺伝子シグネチャー(図4C)に基づくE2誘導スコア、E2抑制スコア、およびER経路抑制を、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.05;**、p<0.01;***、p<0.001;1mg/kg対0.1mg/kg(黒色);10mg/kg対1mg/kg(赤色)の比較。
図4C】化合物Aへの曝露後のHCI-013PDX乳房腫瘍における、41遺伝子シグネチャー(図4A)、19遺伝子シグネチャー(図4B)、または14遺伝子シグネチャー(図4C)に基づくE2誘導スコア、E2抑制スコア、およびER経路抑制を、賦形剤で処置された動物と比較して、平均log10倍率変化で表した一連の棒グラフである。棒グラフは、平均相対スコアと標準誤差を示し、n=4である。片側t検定:*、p<0.05;**、p<0.01;***、p<0.001;1mg/kg対0.1mg/kg(黒色);10mg/kg対1mg/kg(赤色)の比較。
図4D】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4D)、19遺伝子シグネチャー(図4E)、または14遺伝子シグネチャー(図4F)に基づくER経路活性スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図4E】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4D)、19遺伝子シグネチャー(図4E)、または14遺伝子シグネチャー(図4F)に基づくER経路活性スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図4F】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4D)、19遺伝子シグネチャー(図4E)、または14遺伝子シグネチャー(図4F)に基づくER経路活性スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのER経路活性スコアの変化の大きさと方向を示している
図4G】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4G)、19遺伝子シグネチャー(図4H)、または14遺伝子シグネチャー(図4I)に基づくE2誘導スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのE2誘導スコアの変化の大きさと方向を示している。
図4H】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4G)、19遺伝子シグネチャー(図4H)、または14遺伝子シグネチャー(図4I)に基づくE2誘導スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのE2誘導スコアの変化の大きさと方向を示している。
図4I】139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションにおける、41遺伝子シグネチャー(図4G)、19遺伝子シグネチャー(図4H)、または14遺伝子シグネチャー(図4I)に基づくE2誘導スコアの一連の参照密度曲線である。6名の患者の処置前と処置跡の発現データを重ね合わせている:処置前のスコアは菱形で示され、処置後のスコアは円で示される。矢印は、患者ごとのE2誘導スコアの変化の大きさと方向を示している。
図4J】41遺伝子シグネチャー(23例のE2誘導遺伝子および18例のE2抑制遺伝子)を示す表である。
図4K】19遺伝子シグネチャー(11例のE2誘導遺伝子および8例のE2抑制遺伝子)を示す表である。
図4L】14遺伝子シグネチャー(8例のE2誘導遺伝子および6例のE2抑制遺伝子)を示す表である。
図5】RIBO-ZERO TRUSEQ(登録商標)またはRNA ACCESS(登録商標)により作成された発現データを含む、60個の組織サンプルにおけるER経路活性スコアの散布図である。ホルマリン固定およびパラフィン包埋(FFPE)サンプルは三角形で示され、新鮮な凍結サンプルは円で示される。乳房腫瘍はピンク色で示され、他の組織は黒色で示される。
図6】ER+/HER2-乳がん細胞株のE2誘導スコアをプロットしたものである。
図7】E2誘導スコア対細胞増殖速度に及ぼすフルベストラントの影響をプロットしたものである。
【発明を実施するための形態】
【0025】
I.一般的な手法
【0026】
本明細書で説明または参照されている手法および手順は、一般的によく理解されており、たとえば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 3d edition(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.;Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel,et al.eds.,(2003));the series Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.):PCR 2:A Practical Approach(M.J.MacPherson,B.D.Hames and G.R.Taylor eds.(1995)),Harlow and Lane,eds.(1988)Antibodies,A Laboratory Manual,and Animal Cell Culture(R.I.Freshney,ed.(1987));Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait,ed.,1984);Methods in Molecular Biology,Humana Press;Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis,ed.,1998)Academic Press;Animal Cell Culture(R.I.Freshney),ed.,1987);Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather and P.E.Roberts,1998)Plenum Press;Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths,and D.G.Newell,eds.,1993-8)J.Wiley and Sons;Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir and C.C.Blackwell,eds.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller and M.P.Calos,eds.,1987);PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994);Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999);Immunobiology(C.A.Janeway and P.Travers,1997);Antibodies(P.Finch,1997);Antibodies:A Practical Approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988-1989);Monoclonal Antibodies:A Practical Approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford University Press,2000);Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press,1999);The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood Academic Publishers,1995);およびCancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita et al.,eds.,J.B.Lippincott Company,1993)に記載の広く利用されている方法論などの、従来の方法論を用いて当業者により一般的に採用されている。
II.定義
【0027】
本明細書に記載の本発明の態様および実施形態は、態様および実施形態「を含む」、「からなる」、および「から本質的になる」を含むことが理解されるべきである。本明細書で使用される場合、単数形「a」、「an」、および「the」とは、別段の指示がない限り、複数の言及を含む。
【0028】
本明細書で使用される「約」という用語は、当業者であれば容易に理解するそれぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」が付いた値またはパラメーターへの言及は、その値またはパラメーター自体を対象とする実施形態を含む(かつ説明する)。たとえば、「約X」について言及する記述は、「X」の記述を含む。
【0029】
本明細書で使用される場合、「投与する」とは、化合物(たとえば、本明細書に記載される内分泌療法または組成物(たとえば、医薬組成物、たとえば、内分泌療法(たとえば、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)(たとえば、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD))、ゴナドトロピン放出ホルモン(GnRH)アゴニスト、および/またはアロマターゼ阻害剤(AI)を含む医薬組成物)の投与量を対象に与える方法を意味する。本明細書に記載の方法で利用される化合物および/または組成物は、たとえば、経口、筋肉内、静脈内(たとえば、静脈内注入による)、皮下、皮内、動脈内、腹腔内、病変内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、鼻腔内、硝子体内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹膜内、結膜下、小胞内、粘膜内、心膜内、臍下、眼球内、局所的、吸入、注射、注入、連続注入、標的細胞を直接浸す局所的な灌流、カテーテル、潅注、クリーム、または脂質組成物で投与することができる。投与方法は、さまざまな要因(たとえば、投与される化合物または組成物、および処置される状態、疾患または障害の重症度)に依存して変化し得る。
【0030】
「抗がん療法」という用語は、がん(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、Luminal A乳がんまたはLuminal B乳がん))および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を処置するのに有用な療法を指す。抗がん治療薬の例としては、本明細書に記載される内分泌療法、増殖阻害剤、細胞毒性剤、放射線療法で使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、およびがんを処置するための他の薬剤、たとえば、抗CD20抗体、血小板由来成長因子阻害剤(たとえば、GLEEVEC(商標)(イマチニブメシル酸塩))、COX-2阻害剤(たとえば、セレコキシブ)、インターフェロン、サイトカイン、アンタゴニスト(たとえば、中和抗体)、他の生物活性剤および有機化学剤などが挙げられるが、これらに限定されない。それらの組み合わせも本明細書に含まれる。本明細書で使用される抗がん療法は、「非内分泌療法」と呼ばれることもあり、これはまた本明細書で定義される内分泌療法を除く任意の抗がん療法を指す。
【0031】
「内分泌療法」という用語は、本明細書に記載されているような、乳がんを引き起こすか、さもなければ乳がんの進行を引き起こすことが見出された1つ以上のホルモンの発現、レベル、または量の効果を調整(たとえば、調節、低減、遮断、または抑制)するのに有用な療法または処置法を指す。本明細書に記載される内分泌療法薬としては、たとえば、本明細書に記載され、当該技術分野で理解されている選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、本明細書に記載され、当該技術分野で理解されている選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、本明細書に記載され、当該技術分野で理解されているゴナドトロピン放出ホルモン(GnRH)アゴニスト、本明細書に記載され、当該技術分野で理解されている選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、本明細書に記載され、当該技術分野で理解されている選択的ヒトエストロゲン受容体部分アゴニスト(ShERPA);本明細書に記載されるアロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせが挙げられる。一実施形態では、内分泌療法薬は、本明細書のセクションIV~Aからの1種以上の化合物を含む。
【0032】
本明細書に記載の方法で使用するための追加の例示的な内分泌療薬としては、抗エストロゲン、たとえば、タモキシフェン(NOLVADEX(登録商標)タモキシフェンを含む)、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、FARESTON(登録商標)(トレミフェンクエン酸塩)、ナフォキシジン、クロミフェン、アノルドリン、バゼドキシフェン、ブロパレストロール、シクロフェニル、ラソキシフェン、オルメロキシフェン、アコルビフェン、エラセストラント(RAD1901)、クロミフェンオキシド、エタクスティル、オスペミフェン、フルベストラント(FASLODEX(登録商標))、EM800、ブリラネストラント(GDC-0810)、LX-039、AZ9496、GDC-0927(SRN-0927);GDC-9545、G1T48(G1 Therapeutics)、H3B 6545(H3 Biomedicine)、SAR439859(Sanofi)、副腎でのエストロゲン産生を制御する酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤、たとえば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、MEGASE(登録商標)、酢酸メゲストロール、AROMASIN(登録商標)(エキセメスタン)、フォルメスタニー、ファドロゾール、RIVISOR(登録商標)(ボロゾール)、FEMARA(登録商標)(レトロゾール)およびARIMIDEX(登録商標)(アナストロゾール)など;抗アンドロゲン、たとえばフルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリドおよびゴセレリン;ならびにトロキサシタビン(1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ);およびアンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路の遺伝子の発現を阻害するもの、ならびに上記の2種以上の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【0033】
化学療法剤(および適用可能な場合は非内分泌療法剤)の例としては、哺乳類ラパマイシン標的(mTOR)阻害剤、たとえばシロリムス(ラパマイシンとしても知られている)、テムシロリムス(CCI-779またはTORISEL(登録商標)としても知られている)、エベロリムス(RAD001またはAFINITOR(登録商標)としても知られている)、リダホロリムス(AP-23573、MK-8669、またはデホロリムスとしても知られている)、OSI-027、AZD8055、およびINK128;ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)阻害剤、たとえばイデラリシブ(GS-1101またはCAL-101としても知られている)、BKM120、およびペリホシン(KRX-0401としても知られている);デュアルホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)/mTOR阻害剤、たとえばXL765、GDC-0980、BEZ235(NVP-BEZ235としても知られている)、BGT226、GSK2126458、PF-04691502、およびPF-05212384(PKI-587としても知られている);およびサイクリン依存性キナーゼ(CDK)4/6阻害剤、たとえばアベマシクリブ(VERZENIO(登録商標))、パルボシクリブ(IBRANCE(登録商標))、リボシクリブ(KISQALI(登録商標))、トリラシクリブ(G1T28);アントラサイクリン、たとえばダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、バルルビシン;パクリタキセルおよびドセタキセルを含むタキサン;ポドフィロトキシン;ゲムシタビン(GEMZAR(登録商標));5-フルオロウラシル(5-FU);シクロホスファミド(CYTOXAN(登録商標));白金アナログ、たとえばシスプラチンおよびカルボプラチン;ビノレルビン(NAVELBINE(登録商標));カペシタビン(XELODA(登録商標));イクサベピロン(IXEMPRA(登録商標));およびエリブリン(HALAVEN(登録商標));リボザイム、たとえば VEGF発現阻害剤(たとえば、ANGIOZYME(登録商標)リボザイム)およびHER2発現阻害剤;遺伝子治療ワクチンなどのワクチン、たとえば、ALLOVECTIN(登録商標)ワクチン、LEUVECTIN(登録商標)ワクチン、およびVAXID(登録商標)ワクチン;PROLEUKIN(登録商標)rIL-2;LURTOTECAN(登録商標)トポイソメラーゼ1阻害剤;ABARELIX(登録商標)rmRH;ビノレルビンおよびエスペラミシン(米国特許第4,675,187号明細書を参照)、下記のセクションIV-Aに記載される化合物のいずれか、および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに上記の2種以上の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【0034】
更なる例示的な化学療法剤(および非内分泌療法剤)としては、アルキル化剤、たとえばチオテパおよびシクロホスファミド(CYTOXAN(登録商標));アルキルスルホネート、たとえばブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン;アジリジン、たとえばベンゾドーパ、カルボクオン、メツレドーパ(meturedopa)、およびウレドーパ;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミドおよびトリメチロメラミンを含むエチレンイミンおよびメチルアメラミン(methylamelamines);アセトゲニン(特にブラタシンおよびブラタシノン);δ-9-テトラヒドロカンナビノール(ドロナビノール、MARINOL(登録商標));β-ラパコン;ラパコール;コルヒチン;ベツリン酸;カンプトテシン(合成アナログトポテカン(HYCAMTIN(登録商標))、CPT-11(イリノテカン、CAMPTOSAR(登録商標))、アセチルカンプトテシン、スコポレクチン、および9-アミノカンプトテシンを含む);ブリオスタチン;カリスタチン;CC-1065(そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成アナログを含む);ポドフィロトキシン;ポドフィリン酸;テニポシド;クリプトフィシン(特にクリプトフィシン1およびクリプトフィシン8);ドラスタチン;デュオカルマイシン(合成アナログ、KW-2189およびCB1-TM1を含む);エリュテロビン;パンクラチスタチン;サルコジクチン;スポンジスタチン;ナイトロジェンマスタード、たとえばクロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード;ニトロソウレア、たとえばカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチンおよびラニムヌスチン;抗生物質、たとえばエンジイン抗生物質(たとえば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγ およびカリケアマイシンオメガル(calicheamicin omegall)(たとえば、Nicolaou et al.,Angew.Chem Intl.Ed.Engl.,33:183-186(1994)を参照);CDP323、経口α-4インテグリン阻害剤;ダイネミシンAを含むダイネミシン;エスペラマイシン;ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連するクロモプロテインエンジイン抗生物質クロモフォア)、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン(ADRIAMYCIN(登録商標)、モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン、ドキソルビシンHClリポソーム注射(DOXIL(登録商標))、リポソームドキソルビシンTLC D-99(MYOCET(登録商標))、ペグリル化リポソームドキソルビシン(CAELYX(登録商標))、およびデオキシドキソルビシン)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、たとえばマイトマイシンC、マイコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンを含む;代謝拮抗物質、たとえばメトトレキサート、ゲムシタビン(GEMZAR(登録商標))、テガフール(UFTORAL(登録商標))、カペシタビン(XELODA(登録商標))、エポチロン、および5-フルオロウラシル(5-FU);コンブレタスタチン;葉酸アナログ、たとえばデノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート;プリジンアナログ、たとえばフルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン;ピリミジンアナログ、たとえばアンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン;アンドロゲン、たとえばカルステロン、ドロスタノロンプロピオン酸エステル、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストトラクトン;抗副腎剤、たとえばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン;葉酸補充剤、たとえばフォリン酸;アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;エニルウラシル;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトレキサート;デフォファミン;デメコルシン;ジアジクオン;エルフォルミチン;酢酸エリプチニウム;エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシウレア;レンチナン;ロニダイニン;メイタンシノイド、たとえばメイタンシンおよびアンサミトシン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダンモール;ニトラエリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ロソキサントロン;2-エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK(登録商標)多糖複合体(JHS Natural Products,オレゴン州ユージーン);ラゾキサン;リゾキシン;シゾフラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジクオン;2,2’,2’-トリクロロトリエチルアミン;トリコテセン(特にT-2トキシン、ベラクリンA、ロリジンAおよびアングイジン);ウレタン;ビンデシン(ELDISINE(登録商標)、FILDESIN(登録商標));ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン;アラビノシド(「Ara-C」);チオテパ;タキソイド、たとえば、パクリタキセル(TAXOL(登録商標)、Bristol-Myers Squibb Oncology、ニュージャージー州プリンストン)、パクリタキセルのアルブミン改変ナノ粒子製剤(ABRAXANE(商標)、およびドセタキセル(TAXOTERE(登録商標)、Rhome-Poulene Rorer、ニュージャージー州アントニー);クロランブシル;6-チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキサート;白金剤、たとえばシスプラチン、オキサリプラチン(たとえば、ELOXATIN(登録商標))、およびカルボプラチン;ビンブラスチン(VELBAN(登録商標))、ビンクリスチン(ONCOVIN(登録商標))、ビンデシン(ELDISINE(登録商標)、FILDESIN(登録商標))、およびビノレルビン(NAVELBINE(登録商標))を含む、チューブリン重合を阻害して微小管の形成を防ぐビンカ類;エトポシド(VP-16);イホスファミド;ミトキサントロン;ロイコボリン;ノバントロン;エダトレキサート;ダウノマイシン;アミノプテリン;イバンドロネート;トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイド類、たとえば、ベキサロテン(TARGRETIN(登録商標))を含むレチノイン酸;ビスホスホネート、たとえばクロドロネート(たとえば、BONEFOS(登録商標)またはOSTAC(登録商標)、エチドロネート(DIDROCAL(登録商標))、NE-58095、ゾレドロン酸/ゾレドロネート(ZOMETA(登録商標))、アレンドロネート(FOSAMAX(登録商標))、パミドロネート(AREDIA(登録商標))、チルドロネート(SKELID(登録商標))、またはリセドロネート(ACTONEL(登録商標));トロキサシタビン(1,3-ジオキソランヌクレオシドシトシンアナログ);アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路の遺伝子、たとえば、PKC-α、Raf、H-Ras、および上皮増殖因子受容体(EGF-R)(たとえば、エルロチニブ(TARCEVA(商標))などの発現を防止するもの;および
細胞増殖を抑えるVEGF-A;ワクチン、たとえばTHERATOPE(登録商標)ワクチンおよび遺伝子治療ワクチン、たとえば、ALLOVECTIN(登録商標)ワクチン、LEUVECTIN(登録商標)ワクチン、およびVAXID(登録商標)ワクチン;トポイソメラーゼ1阻害剤(たとえば、LURTOTECAN(登録商標));rmRH(たとえば、ABARELIX(登録商標));BAY439006(ソラフェニブ、Bayer);SU-11248(スニチニブ、SUTENT(登録商標)、Pfizer);ペリホシン、COX-2阻害剤(たとえば、セレコキシブまたはエトリコキシブ)、プロテオソーム阻害剤(たとえば、PS341);ボルテゾミブ(VELCADE(登録商標));CCI-779;チピファルニビ(R11577);オラフェニブ、ABT510;Bcl-2阻害剤、たとえばオブリメルセンナトリウム(GENASENSE(登録商標));ピキサントロン;EGFR阻害剤;チロシンキナーゼ阻害剤;セリン-スレオニンキナーゼ阻害剤、たとえばラパマイシン(シロリムス、RAPAMUNE(登録商標));ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、たとえばロナファルニブ(SCH6636、SARASAR(商標));および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに上記の2種以上の組み合わせ、たとえばCHOP((シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、プレドニゾロンの併用療法の略語)、FOLFOX(オキサリプラチン(ELOXATIN(商標))と5-FU、ロイコボリンの併用療法の略語)、および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに上記の2種以上の組み合わせが挙げられる。
【0035】
本明細書で使用される「細胞毒性剤」という用語は、細胞の機能を阻害もしくは防止し、かつ/または細胞の死滅もしくは破壊を引き起こす物質を指す。細胞毒性剤としては、放射性同位体(たとえば、At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212、およびLuの放射性同位体);化学療法剤または薬物(たとえば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド(ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド)、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンC、クロラムブシル、ダウノルビシンまたは他の挿入剤);成長阻害剤;酵素およびそのフラグメント、たとえば核分解酵素;抗生物質;細菌、真菌、植物または動物由来の低分子毒素または酵素的活性毒素などの毒素(そのフラグメントおよび/またはバリアントを含む);ならびに下記に開示されるさまざまな抗腫瘍剤または抗がん剤が挙げられるが、これらに限定されない。細胞毒性剤は、非内分泌系薬剤であり得る。
【0036】
「製品」は、少なくとも1つの試薬、たとえば、疾患または障害(たとえば、がん、たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん)(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の処置のための薬剤、および/または本明細書に記載のバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造物(たとえば、パッケージもしくは容器)またはキットである。ある特定の実施形態では、製造物またはキットは、本明細書に記載の方法を実施するためのユニットとして奨励、配給、または販売される。
【0037】
本明細書で使用される「バイオマーカー」という用語は、サンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)において検出され得る指標、たとえば、予測的、予後的、および/または薬力学的指標を指す。バイオマーカーは、特定の分子的、病理学的、組織学的特徴、および/または臨床的特徴によって特徴づけられる疾患または障害(たとえば、乳がん、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性乳がんもしくは局所進行性乳がん)の特定のサブタイプの指標として役立ち得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、遺伝子または遺伝子セットである。バイオマーカーとしては、ポリヌクレオチド(たとえば、DNA、および/またはRNA)、ポリヌクレオチドコピー数の変化(たとえば、DNAコピー数)、ポリペプチド、ポリペプチドおよびポリヌクレオチド修飾(たとえば、翻訳後修飾)、炭水化物、および/または糖脂質ベースの分子マーカーが挙げられるが、これらに限定されない。バイオマーカーの例示的なセット が表1~6に示される。
【0038】
「バイオマーカーシグネチャー」、「シグネチャー」、「バイオマーカー発現シグネチャー」、または「発現シグネチャー」という用語は、本明細書で互換的に使用され、これらは、その発現が指標、たとえば、予測的、予後的、および/または薬力学的指標(たとえば、41遺伝子シグネチャー(たとえば、表3および6に記載されている遺伝子の組み合わせ)、19遺伝子シグネチャー(たとえば、表2および5に記載されている遺伝子の組み合わせ)、14遺伝子シグネチャー(表1および4に記載されている遺伝子の組み合わせ)となるバイオマーカーの組み合わせを指す。バイオマーカーシグネチャーは、特定の分子的、病理学的、組織学的特徴、および/または臨床的特徴によって特徴づけられる疾患または障害(たとえば、がん、たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性乳がんもしくは局所進行性乳がん)の特定のサブタイプの指標として役立ち得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーシグネチャーは、「遺伝子シグネチャー」である。「遺伝子シグネチャー」という用語は、「遺伝子発現シグネチャー」と互換的に使用され、その発現が指標、たとえば、予測的、診断的、および/または予後的指標となるポリヌクレオチドの組み合わせを指す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーシグネチャーは、「タンパク質シグネチャー」である。「タンパク質シグネチャー」という用語は、「タンパク質発現シグネチャー」と互換的に使用され、その発現が、指標、たとえば、予測的、診断的、予後的および/または薬力学的指標となるポリペプチドの組み合わせを指す。
【0039】
「AGR3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブAnterior Gradient 3、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼファミリーメンバーを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のAGR3および細胞内での処理から生じる任意の形態のAGR3も包含する。この用語は、AGR3の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。AGR3は、当該技術分野では、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼファミリーAメンバー18、乳がん膜タンパク質11、BCMP11、PDIA18、HAG-3、HAG3、AG-3、AG3、およびAnterior Gradient Protein 3ホモログとも呼ばれる。例示的なヒトAGR3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_176813.4または配列番号1に示される。ヒトAGR3によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q8TD06または配列番号2に示される。
【0040】
「AMZ1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブArchaelysin Family Metallopeptidase 1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理の AMZ1および細胞内での処理から生じる任意の形態のAMZ1も包含する。この用語は、AMZ1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。AMZ1は、当該技術分野では、Archeobacterial Metalloproteinase様タンパク質1、Archaemetzincin-1、メタロプロテイナーゼ様タンパク質、およびKIAA1950とも呼ばれる。例示的なヒトAMZ1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_133463.3または配列番号3に示される。ヒトAMZ1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q400G9または配列番号4に示される。
【0041】
「AREG」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源からの任意のネイティブアンフィレグリンを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のAREGおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のAREGも包含する。この用語は、AREGの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。AREGは、当該技術分野では、結腸直腸細胞由来成長因子、神経鞘腫由来成長因子、アンフィレグリンB、AREGB、CRDGF、およびSDGFとも呼ばれる。例示的なヒトAREGの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001657.3または配列番号5に示される。ヒトAREGによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P15514または配列番号6に示される。
【0042】
「C5AR2」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ補体成分5a受容体2を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のC5AR2および細胞内での処理から生じる任意の形態のC5AR2も包含する。この用語は、C5AR2の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。C5AR2は、当該技術分野では、補体成分5a受容体2、Gタンパク質共役受容体77、GPR77、C5L2、C5aアナフィラトキシン走化性受容体C5L2、およびGPF77とも呼ばれる。例示的なヒトC5AR2の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001271749.1または配列番号7に示される。ヒトC5AR2によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9P296または配列番号8に示される。
【0043】
「CELSR2」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブカドヘリンEGF LAG7パスG型受容体2を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のCELSR2および細胞内での処理から生じる任意の形態のCELSR2も包含する。この用語は、CELSR2の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。CELSR2は、当該技術分野では、複上皮成長因子様ドメインタンパク質3、複上皮成長因子様ドメインタンパク質3、接着Gタンパク質共役受容体C2、上皮成長因子様タンパク質2、複EGF様ドメインタンパク質3、カドヘリンファミリーメンバー10、フラミンゴホモログ3、EGF様タンパク質2、CDHF10、EGFL2、MEGF3、Flamingol、KIAA0279、およびADGRC2とも呼ばれる。例示的なヒトCELSR2の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001408.2または配列番号9に示される。ヒトCELSR2によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9HCU4または配列番号10に示される。
【0044】
「CT62」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブがん精巣抗原(Cancer/Testis Antigen)62を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のCT62、および細胞内での処理から生じる任意の形態のCT62も包含する。この用語は、CT62の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトCT62の核酸配列は、NCBI参照配列:XM_006720429または配列番号11に示される。ヒトCT62によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P0C5K7または配列番号12に示される。
【0045】
「FKBP4」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブFK506結合タンパク質4を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のFKBP4および細胞内での処理から生じる任意の形態のFKBP4も包含する。この用語は、FKBP4の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。FKBP4は、当該技術分野では、Rotamase、FKBP51、FKBP52、FKBP59、HBI、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼFKBP4、T細胞FK506結合タンパク質(59kD)、HSP結合イムノフィリン、イムノフィリンFKBP52、PPIase FKBP4、PPIASE、Hsp56、P52、およびP59とも呼ばれる。例示的なヒトFKBP4の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_002014.3または配列番号13に示される。ヒトFKBP4によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q02790または配列番号14に示される。
【0046】
「FMN1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブフォルミン1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のFMN1および細胞内での処理から生じる任意の形態のFMN1も包含する。この用語は、FMN1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。FMN1は、当該技術分野では、Limb Deformity Proteinホモログ、FMN、およびLDとも呼ばれる。例示的なヒトFMN1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001277313.1または配列番号15に示される。ヒトFMN1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q68DA7または配列番号16に示される。
【0047】
「GREB1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブGrowth Regulation By Estrogen in Breast Cancer 1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のGREB1および細胞内での処理から生じる任意の形態のGREB1も包含する。この用語は、GREB1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。GREB1は、当該技術分野では、Gene Regulated in Breast Cancer 1 ProteinおよびKIAA0575とも呼ばれる。例示的なヒトGREB1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_014668.3または配列番号17に示される。ヒトGREB1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q4ZG55または配列番号18に示される。
【0048】
「IGFBP4」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブインスリン様増殖因子結合タンパク質4を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のIGFBP4および細胞内での処理から生る任意の形態のIGFBP4も包含する。この用語は、IGFBP4の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。IGFBP4は、当該技術分野では、IGF結合タンパク質4、IBP-4、HT29-IGFBP、およびBP-4とも呼ばれる。例示的なヒトIGFBP4の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001552.2または配列番号19に示される。ヒトIGFBP4によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P22692または配列番号20に示される。
【0049】
「NOS1AP」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ一酸化窒素シンターゼ1アダプタータンパク質を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のNOS1APおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のNOS1APも包含する。この用語は、NOS1APの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。NOS1APは、当該技術分野では、神経型一酸化窒素シンターゼタンパク質のC末端PDZリガンド、一酸化窒素シンターゼ1(神経型)アダプタータンパク質、CAPON、カルボキシル末端PDZドメインを有する神経型一酸化窒素シンターゼのリガンド、6330408P19Rik、およびKIAA0464とも呼ばれる。例示的なヒトNOS1APの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_014697.2または配列番号21に示される。ヒトNOS1APによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号O75052または配列番号22に示される。
【0050】
「NXPH3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブニューレキソフィリン3を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のNXPH3および細胞内での処理から生じる任意の形態のNXPH3も包含する。この用語は、NXPH3の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。NXPH3は、当該技術分野では、NPH3またはKIAA1159とも呼ばれる。例示的なヒトNXPH3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_007225.2または配列番号23に示される。ヒトNXPH3によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号O95157または配列番号24に示される。
【0051】
「OLFM1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブオルファクトメジン1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のOLFM1および細胞内での処理から生じる任意の形態のOLFM1も包含する。この用語は、OLFM1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。OLFM1は、当該技術分野では、神経型オルファクトメジン関連ER局在化タンパク質、ノエリン、NOE1、オルファクトメジン関連ER局在化タンパク質、神経芽細胞腫タンパク質、パンコルチン1、パンコルチン、NOELIN1、NOEL1、OlfA、およびAMYとも呼ばれる。例示的なヒトOLFM1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_014279.4または配列番号25に示される。ヒトOLFM1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸 配列は、UniProtアクセッション番号Q99784または配列番号26に示される。
【0052】
「PGR」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブプロゲステロン受容体を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のPGRおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のPGRも包含する。この用語は、PGRの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。PGRは、当該技術分野では、核内受容体サブファミリー3グループCメンバー3、NR3C3、およびPRとも呼ばれる。例示的なヒトPGRの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_000926.4または配列番号27に示される。ヒトPGRによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P06401または配列番号28に示される。
【0053】
「PPM1J」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のMg2+/Mn2+依存性1Jタンパク質ホスファターゼを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のPPM1Jおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のPPM1Jも包含する。この用語は、PPM1Jの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。PPM1Jは、当該技術分野では、タンパク質ホスファターゼ1J(PP2Cドメイン含有)、プロテインホスファターゼ2Cζ、EC3.1.3.16、PP2C-ζ、タンパク質ホスファターゼ2a、触媒サブユニット、ζアイソフォーム、タンパク質ホスファターゼ1J、PP2Cζ、およびPP2CZとも呼ばれる。例示的なヒトPPM1Jの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_005167.5または配列番号29に示される。ヒト PPMIJによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q5JR12または配列番号30に示される。
【0054】
「RAPGEFL1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブRapグアニンヌクレオチド交換因子様1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のRAPGEFL1および細胞内での処理から生じる任意の形態のRAPGEFL1も包含する。この用語は、RAPGEFL1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。RAPGEFL1は、当該技術分野では、Linkグアニンヌクレオチド交換因子II、Rapグアニンヌクレオチド交換因子(GEF)様1、およびLink GEFIIとも呼ばれる。例示的なヒトRAPGEFL1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001303533.1または配列番号31に示される。ヒトRAPGEFL1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9UHV5または配列番号32に示される。
【0055】
「RBM24」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブRNA結合モチーフタンパク質24を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のRBM24および細胞内での処理から生じる任意の形態のRBM24も包含する。この用語は、RBM24の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。RBM24は、当該技術分野では、RNA結合領域(RNP1、RRM)含有6、RNPC6、RNA結合タンパク質24、およびDJ259A10.1とも呼ばれる。例示的なヒトRBM24の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001143942.1または配列番号33に示される。ヒトRBM24によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9BX46または配列番号34に示される。
【0056】
「RERG」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブRAS様エストロゲン調節成長阻害剤を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のRERGおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のRERGも包含する。この用語は、RERGの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトRERGの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_032918.2または配列番号35に示される。ヒトRERGによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q96A58または配列番号36に示される。
【0057】
「RET」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブRetプロトオンコジーンを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のRETおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のRETも包含する。この用語は、RETの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。RETは、当該技術分野では、カドヘリン関連ファミリーメンバー16、トランスフェクション中の再構成、RET受容体チロシンキナーゼ、カドヘリンファミリーメンバー12、プロトオンコジーンC-Ret、EC2.7.10.1、CDHF12、CDHR16、PTC、多発性内分泌腫瘍症および甲状腺髄様癌1、EC2.7.10、RET-ELE1、HSCR1、MEN2A、MEN2B、RET51、およびMTC1とも呼ばれる。例示的なヒトRETの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_020975.5または配列番号37に示される。ヒトRETによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P07949または配列番号38に示される。
【0058】
「SGK3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ血清/グルココルチコイド調節キナーゼファミリーメンバー3を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSGK3および細胞内での処理から生じる任意の形態のSGK3も包含する。この用語は、SGK3の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。SGK3は、当該技術分野では、サイトカイン非依存性サバイバルキナーゼ、EC2.7.11.1、SGKL、CISK、EC2.7.11、セリン/スレオニン-プロテインキナーゼSgk3、およびSGK2とも呼ばれる。例示的なヒトSGK3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001033578.2または配列番号39に示される。ヒトSGK3によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q96BR1または配列番号40に示される。
【0059】
「SLC9A3R1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブSLC9A3レギュレーター1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSLC9A3R1および細胞内での処理から生じる任意の形態のSLC9A3R1も包含する。この用語は、SLC9A3R1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。SLC9A3R1は、当該技術分野では、溶質キャリアファミリー9、サブファミリーA(NHE3、カチオンプロトンアンチポーター3)、メンバー3レギュレーター1、Na(+)/H(+)交換体の調節補因子、NHERF-1、EBP50、NHERF、エズリン-ラジキシン-モエシン結合リンタンパク質-50、ナトリウム水素交換体調節因子1、およびNPHLOP2とも呼ばれる。例示的なヒトSLC9A3R1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_004252.4または配列番号41に示される。ヒトSLC9A3R1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号O14745または配列番号42に示される。
【0060】
「TFF1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブトレフォイル因子1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のTFF1および細胞内での処理から生じる任意の形態のTFF1も包含する。この用語は、TFF1の天然に存在する バリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。TFF1は、当該技術分野では、乳がんエストロゲン誘導性タンパク質、ポリペプチドP1.A、タンパク質PS2、HP1.A、PNR-2、BCEI、PS2、胃腸トレフォイルタンパク質PS2、D21S21、およびHPS2とも呼ばれる。例示的なヒトTFF1のアミノ酸配列は、NCBI参照配列:NM_003225.2または配列番号43に示される。ヒトTFF1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P04155または配列番号44に示される。
【0061】
「ZNF703」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブジンクフィンガータンパク質703を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のZNF703および細胞内での処理から生じる任意の形態のZNF703も包含する。この用語は、ZNF703の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。ZNF703は、当該技術分野では、ジンクフィンガー肘関連プロリンドメインタンパク質1、ZEPPO1、ZPO1、ZNF503L、およびNLZ1とも呼ばれる。例示的なヒトZNF703の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_025069.2または配列番号45に示される。ヒトZNF703によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9H7S9または配列番号46に示される。
【0062】
「BAMBI」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブBMPおよびアクチビン膜結合阻害剤を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のBAMBIおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のBAMBIも包含する。この用語は、BAMBIの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。BAMBIは、当該技術分野では、推定膜貫通タンパク質NMA、非転移性遺伝子Aタンパク質、NMA、およびBMPおよびアクチビン膜結合阻害剤ホモログとも呼ばれる。例示的なヒトBAMBIの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_012342.2または配列番号47に示される。ヒトBAMBIによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q13145または配列番号48に示される。
【0063】
「BCAS1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ乳がん増幅配列1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理の BCAS1および細胞内での処理から生じる任意の形態のBCAS1も包含する。この用語は、BCAS1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。BCAS1は、当該技術分野では、Amplified and Overexpressed in Breast Cancer、Novel Amplified in Breast Cancer 1、AIBC1、およびNABC1とも呼ばれる。例示的なヒトBCAS1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_003657.3または配列番号49に示される。ヒトBCAS1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号O75363または配列番号50に示される。
【0064】
「CCNG2」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブサイクリンG2を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のCCNG2および細胞内での処理から生じる任意の形態のCCNG2も包含する。この用語は、CCNG2の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトCCNG2の核酸配列は、NCBI参照配列:XM_011532399.2または配列番号51に示される。ヒトCCNG2によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q16589または配列番号52に示される。
【0065】
「DDIT4」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブDNA損傷誘導性トランスクリプト(DNA Damage Inducible Transcript)4を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のDDIT4および細胞内での処理から生じる任意の形態のDDIT4も包含する。この用語は、DDIT4の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。DDIT4は、当該技術分野では、発生およびProtein Regulated in Development and DNA Damage Response 1、HIF-1応答性タンパク質RTP801、REDD1、RTP801、およびDig2とも呼ばれる。例示的なヒトDDIT4の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_019058.3または配列番号53に示される。ヒトDDIT4によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9NX09または配列番号54に示される。
【0066】
「EGLN3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブEgl-9ファミリー低酸素誘導性因子3を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のEGLN3および細胞内での処理から生じる任意の形態のEGLN3も包含する。この用語は、EGLN3の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。EGLN3は、当該技術分野では、プロリルヒドロキシラーゼドメイン含有タンパク質3、低酸素誘導性因子プロリルヒドロキシラーゼ3、HIF-プロリルヒドロキシラーゼ3、HPH-1、HPH-3、PHD3、Egl 9様タンパク質3アイソフォーム、Egl 9ホモログ3、EC1.14.11.29、EC 1.14.11、HIFP4H3、およびHIFPH3とも呼ばれる。例示的なヒトEGLN3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_022073.3または配列番号55に示される。ヒトEGLN3によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9H6Z9または配列番号56に示される。
【0067】
「FAM171B」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ配列類似性171メンバーBを有するファミリー(Family With Sequence Similarity 171 Member B)を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のFAM171Bおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のFAM171Bも包含する。この用語は、FAM171Bの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。FAM171Bは、当該技術分野では、KIAA1946およびタンパク質FAM171Bとも呼ばれる。例示的なヒトFAM171Bの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_177454.3または配列番号57に示される。ヒトFAM171Bによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q6P995または配列番号58に示される。
【0068】
「GRM4」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ代謝型グルタミン酸受容体4を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のGRM4および細胞内での処理から生じる任意の形態のGRM4も包含する。この用語は、GRM4の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。GRM4は、当該技術分野では、GPRC1D、MGLUR4、およびMGlu4とも呼ばれる。例示的なヒトGRM4の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_000841.4または配列番号59に示される。ヒトGRM4によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q14833または配列番号60に示される。
【0069】
「IL1R1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の 脊椎動物源由来の任意のネイティブインターロイキン1受容体タイプ1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のIL1R1 および細胞内での処理から生じる任意の形態のIL1R1も包含する。この用語は、IL1R1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。IL1R1は、当該技術分野では、CD121抗原様ファミリーメンバーA、インターロイキン-1受容体α、IL-1R-α、IL1RA、IL1R、P80、CD12la抗原、D2S1473、CD121A、およびIL1RT1とも呼ばれる。例示的なヒト IL1R1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001288706.1または配列番号61に示される。ヒトIL1R1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P14778または配列番号62に示される。
【0070】
「LIPH」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブリパーゼHを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のLIPHおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のLIPHも包含する。この用語は、LIPHの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。LIPHは、当該技術分野では、膜結合性ホスファチジン酸選択的ホスホリパーゼA1-α、PDリパーゼ関連タンパク質、ホスホリパーゼAlメンバーB、MPA-PLA1α、LPDLR、膜結合型ホスファチジン酸選択的ホスホリパーゼA1、リパーゼ膜H、EC3.1.1.3、C 3.1.、ARWH2、HYPT7、LAH2、およびAHとも呼ばれる。例示的なヒトLIPHの核酸配列は、NCBI参照配列:XM_006713529.4または配列番号63に示される。ヒトLIPHによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q8WWY8または配列番号64に示される。
【0071】
「NBEA」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源からの任意のネイティブニューロビーチンを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のNBEAおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のNBEAも包含する。この用語は、NBEAの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。NBEAは、当該技術分野では、リソソーム輸送レギュレーター(Lysosomal-Trafficking Regulator)2、BCL8B、LYST2、タンパク質BCL8B、EC1.14.14.5、EC6.1.1.11、およびKIAA1544とも呼ばれる。例示的なヒトNBEAの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_015678.4または配列番号65に示される。ヒトNBEAによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q8NFP9または配列番号66に示される。
【0072】
「PNPLA7」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブパタチン様ホスホリパーゼドメイン含有(Patatin Like Phospholipase Domain Containing)7を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のPNPLA7および細胞内での処理から生じる任意の形態のPNPLA7も包含する。この用語は、PNPLA7の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。PNPLA7は、当該技術分野では、C9orf111、パタチン様ホスホリパーゼドメイン含有タンパク質7、9番染色体9オープンリーディングフレーム111、EC 3.1.1.5、NTE-R1、およびNTEL1とも呼ばれる。例示的なヒトPNPLA7の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001098537.2または配列番号67に示される。ヒト PNPLA7によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q6ZV29または配列番号68に示される。
【0073】
「PSCA」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ前立腺幹細胞抗原を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のPSCAおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のPSCAも包含する。この用語は、PSCAの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。PSCAは、当該技術分野ではPRO232と呼ばれる。例示的なヒトPSCAの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_005672.4または配列番号69に示される。ヒトPSCAによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号 O43653または配列番号70に示される。
【0074】
「SEMA3E」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のセマフォリン3Eを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSEMA3Eおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のSEMA3Eも包含する。この用語は、SEMA3Eの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。SEMA3Eは、当該技術分野では、Semaドメイン、免疫グロブリンドメイン(Ig)、ショートベーシックドメイン、分泌型、(セマフォリン)3E、SEMAH、セマフォリン-3E、M-Sema H、KIAA0331、M-SemaK、およびColl-5とも呼ばれる。例示的なヒトSEMA3Eの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_012431.2または配列番号71に示される。ヒトSEMA3Eによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号O15041または配列番号72に示される。
【0075】
「SSPO」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブSCO-スポンジンを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSSPOおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のSSPOも包含する。この用語は、SSPOの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。SSPOは、当該技術分野では、SCOタンパク質、トロンボスポンジンドメイン含有、交連下器官スポンジン、EC 3.4.24.82、EC 3.4.21.9、およびKIAA2036とも呼ばれる。例示的なヒトSSPOの核酸配列は、NCBI参照配列:BN000852.1または配列番号73に示される。ヒトSSPOによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号A2VEC9または配列番号74に示される。
【0076】
「STON1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブStonin 1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSTON1および細胞内での処理から生じる任意の形態のSTON1も包含する。この用語は、STON1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。STON1は、当該技術分野では、Stoned B様因子、SALF、SBLF、STN1、Stoned Bホモログ1、およびSTNB1とも呼ばれる。例示的なヒトSTON1の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001198595.1または配列番号75に示される。ヒトSTON1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q9Y6Q2または配列番号76に示される。
【0077】
「TGFB3」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブトランスフォーミング増殖因子β3を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のTGFB3および細胞内での処理から生じる任意の形態のTGFB3も包含する。この用語は、TGFB3の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。TGFB3は、当該技術分野では、プレプロトランスフォーミング増殖因子β-3、不整脈源性右室異形成1、TGF-β-3、ARVD1、LDS5、RNHF、およびARVDとも呼ばれる。例示的なヒトTGFB3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_003239.4または配列番号77に示される。ヒトTGFB3によってコードされる 例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Pl0600または配列番号78に示される。
【0078】
「TP53INP1」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ腫瘍タンパク質P53誘導性核内タンパク質1を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のTP53INP1および細胞内での処理から生じる任意の形態のTP53INP1も包含する。この用語は、TP53INP1の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。TP53INP1は、当該技術分野では、P53依存性損傷誘導性核タンパク質1、ストレス誘導タンパク質、P53DINP1、SIP、P53誘導性P53DINP1、TP53DINP1、TP53INP1A、TP53INP1B、およびTeapとも呼ばれる。例示的なヒトTGFB3の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_033285.3または配列番号79に示される。ヒトTP53INP1によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q96A56または配列番号80に示される。
【0079】
「TP53INP2」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源由来の任意のネイティブ腫瘍タンパク質P53誘導性核内タンパク質2を指す。この用語は、「完全長」の、未処理のTP53INP2および細胞内での処理から生じる任意の形態のTP53INP2も包含する。この用語は、TP53INP2の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。TP53INP2は、当該技術分野では、P53誘導性タンパク質U、C20orf110、PIG-U、PINH、DOR、20番染色体オープンリーディングフレーム110、糖尿病および肥満調節遺伝子、およびDJ1181N3.1とも呼ばれる。例示的なヒトTP53INP2の核酸配列は、NCBI参照配列:NM_021202.2または配列番号81に示される。ヒトTP53INP2によってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号Q8IXH6または配列番号82に示される。
【0080】
「GUSB」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブβ-グルクロニダーゼを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のGUSBおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のGUSBも包含する。この用語は、GUSBの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。GUSBは、当該技術分野では、EC 3.2.1.31、β-G1、β-D-グルクロニダーゼ、MPS7、およびBGとも呼ばれる。例示的なヒトGUSBの核酸 配列は、NCBI参照配列:NM_000181.3または配列番号83に示される。ヒトGUSBによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P08236または配列番号84に示される。
【0081】
「PPIA」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブペプチジルプロピルイソメラーゼAを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のPPIAおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のPPIAも包含する。この用語は、PPIAの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。PPIAは、当該技術分野では、シクロスポリンA結合タンパク質、シクロフィリンA、Rotamase A、EC 5.2.1.8、PPIase A、CYPA、精巣上体分泌精子結合タンパク質Li 69p、ペプチジル-プロリルシス-トランスイソメラーゼA、T細胞シクロフィリン、HEL-S-69p、およびCYPHとも呼ばれる。例示的なヒトPPIAの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_021130.4または配列番号85に示される。ヒトPPIAによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P62937または配列番号86に示される。
【0082】
「UBC」という用語は、別途示されない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物供給源に由来する任意のネイティブユビキチンCを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のUBCおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のUBCも包含する。この用語は、UBCの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。UBCは、当該技術分野では、ポリユビキチン-CおよびHMG20とも呼ばれる。例示的なヒトUBCの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_021009.6または配列番号87に示される。ヒトUBCによってコードされる例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P0CG48または配列番号88に示される。
【0083】
「SDHA」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源からの任意のネイティブコハク酸デヒドロゲナーゼ複合体フラボタンパク質サブユニットAを指す。この用語は、「完全長」の、未処理のSDHAおよび細胞内での処理から生じる任意の形態のSDHAも包含する。この用語は、SDHAの天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。例示的なヒトSDHAの核酸配列は、NCBI参照配列:NM_001330758または配列番号89に示される。ヒトSDHAによってコードされる 例示的なタンパク質のアミノ酸配列は、UniProtアクセッション番号P31040または配列番号90に示される。
【0084】
「がん」および「がん性」という用語は、制御されていない細胞増殖によって典型的には特徴づけられる、哺乳類における生理学的状態を指すか、または説明する。がんの例としては、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、および白血病またはリンパ性悪性腫瘍が挙げられるが、これらに限定されない。そのようながんのより具体的な例としては、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん));肺がん、例として、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺の腺癌、および肺の扁平上皮癌;膀胱がん(たとえば、尿路上皮膀胱がん(UBC)、筋肉侵襲性膀胱がん(MIBC)、およびBCG不応性非筋肉侵襲性膀胱がん(NMIBC));腎臓がんまたは腎がん(たとえば、腎細胞癌(RCC));尿路のがん;前立腺がん、たとえば、去勢抵抗性前立腺がん(CRPC);腹膜のがん;肝細胞がん;胃がんまたは胃のがん、例として、胃腸がんおよび胃腸間質がん;膵臓がん;膠芽腫;子宮頸がん;卵巣がん;肝がん;肝がん;大腸がん;直腸がん;結腸直腸がん;子宮内膜がんまたは子宮癌;唾液腺癌;前立腺がん;外陰がん;甲状腺がん;肝癌;肛門癌;陰茎癌;黒色腫、例として、表在性の拡がっている黒色腫、悪性黒子型黒色腫、末端性黒子性黒色腫、および結節性の黒色腫;多発性骨髄腫およびB細胞リンパ腫(例として、低悪性度/濾胞性非ホジキンリンパ腫(NHL);小リンパ球性(SL)NHL、中悪性度/濾胞性NHL;中悪性度びまん性NHL;高悪性度免疫芽細胞性NHL;高悪性度リンパ芽球性NHL;高悪性度小型非開裂細胞性NHL;巨大病変NHL;マントル細胞リンパ腫;AIDS関連リンパ腫;およびワルデンストレームマクログロブリン血症);慢性リンパ球性白血病(CLL);急性リンパ芽球性白血病(ALL);急性骨髄性白血病(AML);有毛細胞白血病;慢性骨髄芽球性白血病(CML);移植後リンパ増殖性疾患(PTLD);および骨髄異形成症候群(MDS)、ならびにファコマトーシスと関連する異常血管増殖、浮腫(脳腫瘍に関連するものなど)、メイグス症候群、脳腫瘍、頭頸部がん、および関連する転移が挙げられるが、これらに限定されない。
【0085】
本明細書で使用される「乳がん」という用語は、組織学的または細胞学的に確認された乳房のがんを指す。いくつかの実施形態では、乳がんは癌腫である。いくつかの実施形態では、乳がんは腺癌である。いくつかの実施形態では、乳がんは肉腫である。いくつかの実施形態では、乳がんはHR+乳がんである。いくつかの実施形態では、HR+乳がんは、ER+乳がんである。いくつかの実施形態では、ER+乳がんは、luminal A乳がんである。いくつかの実施形態では、ER+乳がんは、luminal B乳がんである。いくつかの実施形態では、乳がんは、転移性または局所進行性乳がんである。
【0086】
「局所進行性乳がん」という用語は、乳房で発生したがんが近くの組織またはリンパ節に拡がっているが、身体の他の部位には拡がっていないがんを指す。
【0087】
「転移性乳がん」という用語は、乳房から骨、肝臓、肺、脳などの身体の他の部位に転移したがんを指す。転移性乳がんは、IV期乳がんとも呼ばれる。
【0088】
「非浸潤性乳管がん」または(DCISがん)という用語は、当該技術分野で理解されているように、腺管内、非侵襲性、および未浸潤性の原発腫瘍であると特徴づけられる乳がんを指す。
【0089】
「細胞増殖性疾患」および「増殖性疾患」という用語は、ある程度の細胞の異常増殖を伴う疾患を指す。一実施形態では、細胞増殖性疾患は、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)である。他の実施形態では、細胞増殖性疾患は腫瘍である。
【0090】
「同時に」という用語は、本明細書にでは、投与の時間が少なくとも部分的に重複している、2つ以上の治療剤の投与を指すために使用される。したがって、同時投与は、1つ以上の他の薬剤(複数可)の投与を中断した後に1つ以上の薬剤(複数可)の投与を継続する場合の投薬レジメンを含む。
【0091】
本明細書で使用される場合、障害または疾患の「進行の遅延」とは、疾患または障害(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の発症を延ばす、妨げる、遅らせる、抑制する、安定化させる、かつ/または延期させることを意味する。この 遅延は、病歴および/または処置を受けている対象に応じて、さまざまな長さの時間にすることができる。当業者であれば明らかなように、十分な遅延または有意な遅延は、実質的に、個体が疾患を発症しないという予防を包含することができる。
【0092】
「決定(determination)」、「決定(determining)」、「検出(detection)」、「検出(detecting)」という用語、およびそれらの文法的変化形は、直接的および間接的な決定または検出を含む、決定または検出する任意の手段を含む。
【0093】
「障害」または「疾患」は、哺乳類が問題の障害(たとえば、がん、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)になる素因となる病態を含む慢性および急性の障害または疾患を含むが、これらに限定されない処置から利益を得る任意の状態である。
【0094】
「診断」という用語は、本明細書では、分子的または病理学的な状態、疾患、または状況(たとえば、がん、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の識別または分類を指すために使用される。たとえば、「診断」とは、特定のタイプの乳がんの識別を指し得る。「診断」とはまた、たとえば、組織病理学的判断基準による、または分子的特徴による特定のサブタイプ(たとえば、バイオマーカーの組み合わせ(たとえば、特定の遺伝子もしくは当該遺伝子によってコードされたタンパク質)の発現によって特徴づけられるサブタイプ)の乳がんの分類も指し得る。
【0095】
「有効量」の化合物、たとえば、本明細書に記載される内分泌療法薬、またはその組成物(たとえば、医薬組成物)は、特定の疾患または障害(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の全生存期間(OS)または無増悪生存期間(PFS)の測定可能な増加など、所望の治療または予防の結果を得るために必要とされる少なくとも最少量のことである。本明細書における有効量は、個体の病状、年齢、性別、体重などの要因、および対象における所望の応答を引き出す抗体の能力に応じて変化し得る。有効量はまた、任意の処置の毒性または有害な効果を治療上有益な効果が優る量である。予防的に使用する場合、有益なまたは所望の結果としては、疾患の生化学的、組織学的および/または挙動的な症状、その合併症、および疾患の発症中に現れる中間的な病理学的表現型を含む、疾患のリスクの除去または軽減、重症度の軽減、または疾患の発症の遅延などの結果が挙げられる。有効量は、1回の投与でも、複数回の投与でもよい。本発明の目的のために、有効量の薬物、化合物、または医薬組成物とは、直接的もしくは間接的に予防的または治療的な処置を達成するのに十分な量である。臨床的に理解されるように、有効量の薬物、化合物、または医薬組成物とは、別の薬物、化合物、または医薬組成物と組み合わせて達成されてもよいし、達成されなくてもよい。したがって、「有効量」は、1種以上の治療剤を投与する文脈で考えられてよく、1種以上の他の薬剤と組み合わせて、望ましい結果が得られるか、または達成される場合には、単一の薬剤が有効量で投与されると考えられてよい。たとえば、がん処置としての本明細書に記載される有効量の内分泌療法薬は、がん細胞の数を減少させ、原発腫瘍サイズを縮小させ、末梢臓器へのがん細胞浸潤を阻害し(すなわち、ある程度し、好ましくは停止する)、腫瘍転移を阻害し(すなわち、ある程度遅らせ、好ましくは停止する)、腫瘍転移をある程度阻害し、かつ/または障害に関連する症状のうちの1つ以上をある程度軽減することができる。薬物が既存のがん細胞の増殖を予防し、かつ/またはそれらを死滅させることができる程度まで、この薬物は、細胞増殖抑制性および/または細胞毒性であり得る。がん療法の場合、インビボでの有効性は、たとえば、生存期間から疾患進行までの時間(TTP)、応答速度(RR)、応答期間、および/または生活の質を評価することによって測定することができる。
【0096】
バイオマーカーの「発現レベル」、「量」、または「レベル」、または本明細書で互換的に使用されるものは、生物学的サンプル中の検出可能なレベルである。「発現」とは、一般に、情報(たとえば、遺伝子コード情報および/またはエピジェネティック情報)が、細胞中に存在し、そこで機能する構造に変換されるプロセスを指す。したがって、本明細書で使用される場合、「発現」とは、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、またはさらにポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド修飾(たとえば、ポリペプチドの翻訳後修飾)を指し得る。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、またはポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチド修飾(たとえば、ポリペプチドの翻訳後修飾)のフラグメントも、それらが選択的スプライシングによって生成された転写物もしくは分解された転写物に由来するか、またはたとえばタンパク質分解によるポリペプチドの翻訳後プロセシングに由来するかどうかにかかわらず、発現されたものと見なされるべきである。「発現した遺伝子」は、mRNAとしてポリヌクレオチドに転写され、次いでポリペプチドに翻訳されるもの、およびまたRNAに転写されるが、ポリペプチドに翻訳されないもの(たとえば、トランスファーRNAおよびリボソームRNA)を含む。発現レベルは、当業者に知られており、本明細書にも開示される方法によって測定され得る。バイオマーカーの発現レベルまたは量を使用して、特定の療法(たとえば、内分泌療法を含む療法、たとえば、SERM(たとえば、SERD)、GnRHアゴニスト、および/またはAl)に応答する可能性が高いか、またはその利益を得る場合がある、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する対象を同定/特性評価することができる。本明細書に記載の乳がんを有する対象における本明細書に提供されるバイオマーカーの発現レベルまたは量はまた、投与された内分泌療法薬の有益性を経時的に決定および/または追跡するために使用することができる。
【0097】
発現レベルは、RNAレベルの測定に適したアッセイおよび手法を使用して測定することができる。たとえば、RNA-Seqキットを使用して、発現レベルを測定することができ、これは本明細書に記載のキットに適している。本明細書における発現レベルの測定に有用な例示的な技術としては、RNA ACCESS(登録商標)プロトコルまたはTRUSEQ(登録商標)RIBO-ZERO(登録商標)プロトコル(ILLUMINA(登録商標)))、RT-qPCR、qPCR、マルチプレックスqPCR(たとえば、フリューダイム)、ナノストリング技術、RT-qPCR、マイクロアレイ分析、SAGE、またはMassARRAYが挙げられる、これらに限定されない。
【0098】
本明細書で使用される「E2誘導スコア」という用語は、その誘導がエストロゲン受容体(ER)経路活性を反映している所定の遺伝子セットの総発現レベルを反映した数値を指す。たとえば、E2誘導スコアは、その誘導がエストロゲン受容体(ER)経路活性を反映している、表1に記載されている遺伝子(すなわち、AMZ1、C5AR2、CELSR2、FKBP4、GREB1、OLFM1、SLC9A3R1、およびTFF1)のうちの少なくとも5、6、7、または8個の総発現レベル、表2に記載されている遺伝子(すなわち、AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、FKBP4、FMN1、GREB1、OLFM1、RBM24、SLC9A3R1、およびTFF1)のうちの少なくとも5、6、7、8、9、10、または11個の総発現レベル、または表3に記載されている遺伝子(すなわち、AGR3、AMZ1、AREG、C5AR2、CELSR2、CT62、FKBP4、FMN1、GREB1、IGFBP4、NOS1AP、NXPH3、OLFM1、PGR、PPM1J、RAPGEFL1、RBM24、RERG、RET、SGK3、SLC9A3R1、TFF1、およびZNF703)のうちの少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、または23個の総発現レベルを反映し得る。所定の遺伝子セットの総発現レベルは、たとえば、個体(たとえば、がん、たとえば、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体)から得られたサンプル(たとえば、組織 サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)において検出された所定の遺伝子セットの平均発現量をzスコア化したものとして決定することができる。しかしながら、総発現レベルは、たとえば、基準集団の空間上に描写された遺伝子の平均発現量、またはたとえば未処理もしくは賦形剤で処理された腫瘍に対する遺伝子の平均発現量(任意に倍率変化として表される)など、当該技術分野で知られている方法を用いて決定することができる。
【0099】
本明細書で使用される「E2抑制スコア」は、その抑制がエストロゲン受容体(ER)経路活性を反映している所定の遺伝子セットの総発現レベルを反映した数値を指す。たとえば、E2抑制スコアは、その抑制がエストロゲン受容体(ER)経路活性を反映している。表4に記載されている遺伝子(すなわち、BCAS1、CCNG2、IL1R1、PNPLA7、SEMA3E、およびSTON1)のうちの少なくとも3、4、5、または6個の総発現レベル、表5に記載されている遺伝子(すなわち、BCAS1、CCNG2、IL1R1、NBEA、PNPLA7、SEMA3E、STON1、およびTP53INP1)のうちの少なくとも4、5、6、7、または8個の総発現レベル、または表6に記載されている遺伝子(すなわち、BAMBI、BCAS1、CCNG2、DDIT4、EGLN3、FAM171B、GRM4、IL1R1、LIPH、NBEA、PNPLA7、PSCA、SEMA3E、SSPO、STON1、TGFB3、TP53INP1、およびTP53INP2)のうちの少なくとも4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、または18個の総発現レベルを反映し得る。所定の遺伝子セットの総発現レベルは、E2誘導スコア、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がんについて上記のように計算することができる。
【0100】
本明細書で使用される「エストロゲン受容体経路活性スコア」、「ER経路活性スコア」、および「ER経路活性の複合スコア」という用語は、E2誘導スコアとE2抑制スコアとの間の数学的な差異を反映する数値を指す。ER経路活性スコアは、予測的、予後的、および/または薬力学的バイオマーカーとして使用することができる(たとえば、乳がんを有する個体を、内分泌療法を含む療法から利益を得る可能性が高い個体として識別するために、または内分泌療法を含む処置に対する乳がんを有する個体の応答性をモニタリングするために)。
【0101】
「基準となるエストロゲン受容体経路活性スコア」および「基準となるER経路活性スコア」という用語は、たとえば、予測的、予後的、および/または治療的 決定を行うために、別のER経路活性スコアと比較されるER経路活性スコアを指す。たとえば、基準となるER経路活性スコアは、参照サンプルにおけるER経路活性スコア、基準集団(たとえば、HR+乳がんを有する患者の集団)におけるER経路活性スコア、および/または予め決定された値であり得る。いくつかの例では、基準となるER経路活性スコアは、ER経路活性を有する乳がんを有する個体を、ER経路活性が低いまたは全くない乳がんを有する個体から有意に区別するカットオフ値である(たとえば、-1.0(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)である基準となるER経路活性スコア)。いくつかの例では、基準となるER経路活性スコアは、本明細書に記載される内分泌療法を含む治療に応答する可能性が高い乳がんを有する個体を、内分泌療法を含む治療に応答する可能性が高くない個体から有意に分離するカットオフ値である(たとえば、-1.0(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)である基準となるER経路活性スコア)。当業者であれば、基準となるER経路活性スコアの数値は、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)のタイプ、ER経路活性スコアを測定するために使用される方法論、検査された特定の遺伝子シグネチャー(たとえば、表1~6)、および/またはER経路活性スコアを生成するために使用される統計学的方法に応じて変化し得ることを理解するであろう。たとえば、本明細書に記載される活性スコアは、基準集団のzスコアを計算し、以下の式を用いてサンプル全体の各遺伝子の発現量を平均0および標準偏差1に再スケーリングすることによって計算され得る。次いで、所与の患者の発現データを、本明細書に記載されているように、zスコア化された基準空間に重ね合わせることができる。
【0102】
zスコアは次式:z=(x-μ)/σで表すことができ、式中、zは再スケーリングされたスコアであり、xは測定された遺伝子発現レベルであり、μは基準集団から計算された平均遺伝子発現量であり、σは、基準集団から計算された遺伝子発現の標準偏差である。
【0103】
いくつかの実施形態では、基準エストロゲン受容体経路活性スコアは、本明細書で定義される標準的な対照を参照して計算される。
【0104】
「基準となるE2誘導活性スコア」という用語は、たとえば、予測的、予後的、および/または治療的決定を行うために、別のE2誘導活性スコアと比較されるE2誘導活性スコアを指す。たとえば、基準となるE2誘導活性スコアは、参照サンプルにおけるE2誘導活性スコア、基準集団(たとえば、HR+乳がんを有する患者の集団)におけるE2誘導活性スコア、および/または予め決定された値であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導活性スコアは、E2誘導活性を有する乳がんを有する個体を、E2誘導活性が低いまたは全くない乳がんを有する個体から有意に区別するカットオフ値である(たとえば、-2.0(たとえば、-2.0、-1.9、-1.8、-1.7、-1.6、-1.5、-1.4、-1.3、-1.2、-1.1、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)である基準となるE2誘導活性スコア)。いくつかの例では、基準となるE2誘導活性スコアは、本明細書に記載される内分泌療法を含む治療に応答する可能性が高い乳がんを有する個体を、内分泌療法を含む治療に応答する可能性が高くない個体から有意に分離するカットオフ値である(たとえば、-2.0(たとえば、-2.0(たとえば、-2.0、-1.9、-1.8、-1.7、-1.6、-1.5、-1.4、-1.3、-1.2、-1.1、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)である基準となるE2誘導活性スコア))。当業者であれば、基準となるE2誘導活性スコアの数値は、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)のタイプ、E2誘導活性スコアを測定するために使用される方法論、検査された特定の遺伝子シグネチャー(たとえば、本明細書に記載されている、たとえば、表1~6における遺伝子セットの組み合わせ)、および/またはE2誘導活性スコアを生成するために使用される統計学的方法に応じて変化し得ることを理解するであろう。E2誘導活性スコアは、エストロゲン受容体経路活性スコアについて本明細書に記載されているように計算することができる。いくつかの実施形態では、E2誘導活性スコアは、本明細書で定義される標準的な対照を参照して計算される。
【0105】
判別する能力(たとえば、本明細書で定義される活性スコアを計算する能力)は、本明細書に記載の遺伝子の発現の同定/特性評価/定量化に関連しており、遺伝子の発現レベルを決定するために使用されるアッセイの形態によるものではない。
【0106】
本明細書で使用される「基準遺伝子」は、ハウスキーピング遺伝子などの比較目的で使用される遺伝子または遺伝子の群(たとえば、1つ、2つ、3つ以上の遺伝子)を指す。「ハウスキーピング遺伝子」は、本明細書において、その活性が細胞機能の維持に必須であるタンパク質をコードし、典型的には、すべての細胞型に同様に存在する遺伝子または遺伝子の群(たとえば、1つ、2つ、3つ以上の遺伝子)を指す。例示的なハウスキーピング遺伝子としては、SDHA、GUSB、PPIA、およびUBCが挙げられる。
【0107】
本明細書で使用される場合、「個体」「患者」、および「対象」という用語は、互換的に使用され、処置が所望される任意の単一の動物、より好ましくは哺乳類(たとえば、イヌ、ネコ、ウマ、ウサギ、動物園の動物、雌ウシ、ブタ、ヒツジ、および非ヒト霊長類などの非ヒト動物を含む)を指す。ある特定の実施形態では、個体、患者、または対象は、ヒトである。
【0108】
「単離された」核酸とは、核酸分子が天然環境の構成要素から分離されたものを指す。単離された核酸は、元々その核酸分子を含む細胞に含まれているが、その核酸分子が、染色体外に存在するか、またはその本来の染色体位置とは異なる染色体位置に存在する核酸分子を含む。
【0109】
本明細書で使用される場合、「標識」という語は、検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、典型的には、ポリヌクレオチドプローブまたは抗体などの試薬に直接または間接的にコンジュゲートまたは融合され、それがコンジュゲートまたは融合する試薬の検出を容易にする。標識は、それ自体が検出可能であり得る(たとえば、放射性同位体標識もしくは蛍光標識)か、または酵素標識の場合、検出可能な生成物をもたらす基質化合物または組成物の化学的改変を触媒し得る。
【0110】
本明細書で使用される「モジュレーター」という用語は、直接的または間接的に標的と相互作用する薬剤を指す。相互作用には、アゴニスト、部分アゴニスト、インバースアゴニスト、アンタゴニスト、分解剤、またはそれらの組み合わせの相互作用が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、モジュレーターはアンタゴニストである。いくつかの実施形態では、モジュレーターは分解剤である。
【0111】
本明細書で使用される「分解剤(薬)」という用語は、核内ホルモン受容体に結合し、その後、当該受容体の定常状態のタンパク質レベルを低下させる薬剤を指す。いくつかの 実施形態では、本明細書に記載の分解薬は、定常状態のエストロゲン受容体レベルを少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%低下させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の分解剤は、定常状態のエストロゲン受容体レベルを少なくとも65%低下させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の分解剤は、定常状態のエストロゲン受容体レベルを少なくとも85%低下させる。
【0112】
「核酸」という用語は、一本鎖または二本鎖のいずれかの形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよびそれらの補体を指す。「ポリヌクレオチド」という用語は、ヌクレオチドの線形配列を指す。「ヌクレオチド」という用語は、典型的には、ポリヌクレオチドの単一の単位、すなわち、モノマーを指す。ヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはそれらの改変型であり得る。本明細書で企図されるポリヌクレオチドの例としては、一本鎖および二本鎖DNA、一本鎖および二本鎖RNA(siRNAを含む)、ならびに一本鎖および二本鎖のDNAおよびRNAの混合物を有するハイブリッド分子が挙げられる。本明細書で使用される核酸はまた、天然に存在する核酸と同じ基本的な化学構造を有する核酸を指す。そのようなアナログは、修飾された糖および/または修飾された環置換基を有するが、天然に存在する核酸と同じ基本的な化学構造を保持している。核酸ミミックは、核酸の一般的な化学構造とは異なる構造を有するが、天然に存在する核酸と同様の機能を持つ化合物を指す。そのようなアナログの例としては、ホスホロチオエート、ホスホルアミデート、メチルホスホネート、キラル-メチルホスホネート、2-O-メチルリボヌクレオチド、およびペプチド-核酸(PNA)が挙げられるが、これらに限定されない。「オリゴヌクレオチド」という用語は、一本鎖デオキシリボヌクレオチド、一本鎖または二本鎖リボヌクレオチド、RNA:DNAハイブリッドおよび二本鎖DNAを含むが、これらに限定されない、比較的短いポリヌクレオチド(たとえば、長さが約250ヌクレオチド未満)を指す。一本鎖DNAプローブオリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、多くの場合、化学的方法によって、たとえば、市販の自動オリゴヌクレオチド合成装置を使用して合成される。しかしながら、オリゴヌクレオチドは、インビトロ組換えDNA媒介技法を含むさまざまな他の方法によって、かつ細胞および生物におけるDNAの発現によって作製することができる。
【0113】
「パッケージ添付文書」という用語は、治療製品の市販パッケージに通常含まれる指示を指すために用いられ、そのような治療製品に関する適応症、使用、投薬量、投与、併用療法、禁忌および/または警告に関する情報を含む。
【0114】
「医薬品製剤」という用語、その中に含まれる有効成分の生体活性を有効にし、製剤が投与される対象に許容され得ない毒性を有する追加成分を含まない製剤をさす。
【0115】
「薬学的に許容される担体」とは、有効成分以外の医薬製剤中の成分であって、対象にとって無毒であるものを指す。薬学的に許容される担体としては、緩衝剤、医薬品添加剤、安定剤、または防腐剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【0116】
本明細書で使用される「タンパク質」という用語は、別段の指示がない限り、霊長類(たとえば、ヒト)ならびにげっ歯類(たとえば、マウスおよびラット)などの哺乳類を含む、任意の脊椎動物源からの任意のネイティブタンパク質を指す。この用語は、「完全長」、未処理のタンパク質および細胞内での処理から生じるタンパク質の任意の形態も含む。この用語は、タンパク質の天然に存在するバリアント、たとえば、スプライスバリアントまたは対立遺伝子バリアントも包含する。
【0117】
基準ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列に関する「パーセント(%)アミノ酸配列同一性 」は、最大パーセントの配列同一性を達成するために配列をアラインメントし、必要に応じてギャップを導入した後、保存的置換を配列同一性の一部として考慮しないで、基準ポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の核酸またはアミノ酸残基と同一である候補配列の核酸またはアミノ酸残基の割合として定義される。核酸またはアミノ酸配列の同一性パーセントを決定するためのアラインメントは、当該技術分野の技術の範囲内にある種々の方法において、たとえば、BLAST、BLAST-2、ALIGNまたはMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピューターソフトウェアを用いて達成することができる。当業者は、比較される配列の全長にわたって最大アラインメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインメントするのに適切なパラメーターを決定することができる。しかしながら、本明細書における目的のために、配列同一%は、配列比較コンピュータープログラムALIGN-2を用いて生成される。ALIGN-2配列比較コンピュータープログラムは、Genentech,Inc.によって作成され、ソースコードは、米国著作権庁、ワシントンD.C.、20559にユーザードキュメントと共に提出され、ここでは、米国著作権登録番号TXU510087に基づいて登録されている。ALIGN-2プログラムは、カリフォルニア州南サンフランシスコのGenentech,Inc.から公開されているが、ソースコードからコンパイルすることもできる。ALIGN-2プログラムは、デジタルUNIX V4.0Dを含むUNIXオペレーティングシステム上で使用するためにコンパイルされなければならない。すべてのシーケンス比較パラメーターは、ALIGN-2プログラムによって設定され、変化しない。
【0118】
ALIGN-2が核酸またはアミノ酸配列比較に採用されている状況においては、(あるいは所与の核酸またはアミノ酸配列Bに対する、配列Bとの、または配列Bに対向するある特定の配列同一%を有するかまたは含む所与の核酸またはアミノ酸配列Aとして購入することができる)所与の核酸またはアミノ酸配列Aの、所与の核酸またはアミノ酸配列Bに対する、配列Bとの、または配列Bに対向する配列同一%は、次のように計算される。
100×分数X/Y、
式中、Xは、配列アラインメントプログラムALIGN-2による、そのAとBのプログラムのアラインメントにおいて同一のマッチ数としてスコア化された核酸またはアミノ酸残基の数であり、Yは、Bの核酸またはアミノ酸残基の合計数である。核酸またはアミノ酸配列Aの長さが核酸またはアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、AからBへの%アミノ酸配列同一性は、BからAへの%アミノ酸配列同一性と等しくならないことが理解されるであろう。特に明記されない限り、本明細書で使用されるすべての%アミノ酸配列同一性は、ALIGN-2コンピュータープログラムを使用して、直前の段落に記載されているように得られる。
【0119】
「相関する」または「相関すること」とは、任意の方法で、第1の分析またはプロトコルの性能および/または結果を第2の分析またはプロトコルの性能および/または結果と比較することを意味する。たとえば、第2のプロトコルを行う際に第1の分析もしくはプロトコルの結果を使用することができ、かつ/または第1の分析もしくはプロトコルの結果を使用して、第2の分析もしくはプロトコルが行われるべきかを決定することができる。ポリペプチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリペプチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが行われるべきかを決定することができる。ポリヌクレオチド分析またはプロトコルの実施形態に関して、ポリヌクレオチド発現分析またはプロトコルの結果を使用して、特定の治療レジメンが行われるべきかを決定することができる。
【0120】
本明細書で互換的に使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」とは、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、DNAおよびRNAを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、および/またはそれらのアナログであっても、または DNAもしくはRNAポリメラーゼによってもしくは合成反応によってポリマーに組み込まれ得る任意の基質であってもよい。
【0121】
ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびそれらのアナログなどの修飾されたヌクレオチドを含んでもよい。存在する場合には、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーのアセンブリの前に付与されてもよいし、後に付与されてもよい。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、標識との複合などによって、合成後にさらに修飾されてもよい。他の種類の修飾としては、たとえば、「キャップ」、天然に存在するヌクレオチドのうちの1つ以上のアナログとの置換、ヌクレオチド間修飾、たとえば、非荷電結合を有するもの(たとえば、ホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバミン酸塩等)および荷電結合を有するもの(たとえば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等)、ペンダント部分、たとえば、タンパク質(たとえば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ply-L-リジン等)などを含有するもの、インターカレータを有するもの(たとえば、アクリジン、ソラレン等)、キレート剤を含有するもの(たとえば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属等)、アルキル化剤を含有するもの、修飾結合を有するもの(たとえば、アルファアノマー核酸等)、ならびにポリヌクレオチド(複数可)の非修飾形態が挙げられる。さらに、糖内に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかは、たとえば、ホスホン酸基、リン酸基により代置されるか、標準的な保護基により保護されるか、もしくは活性化されて追加のヌクレオチドへの追加の結合を準備してもよく、または固体もしくは半固体支持体に複合されてもよい。5’および3’末端OHをリン酸化するか、またはアミンもしくは1~20個の炭素原子の有機キャッピング基部分と置換することができる。他のヒドロキシルもまた、標準的な保護基に誘導体化されてもよい。ポリヌクレオチドは、たとえば、2’-O-メチル-、2’-O-アリル、2’-フルオロ-、または2’-アジド-リボース、炭素環糖のアナログ、α-アノマ-糖、エピマー糖、たとえば、アラビノース、キシロース、またはリキソース、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、アクリル酸アナログ、および脱塩基ヌクレオシドアナログ、たとえば、メチルリボシドを含む、当該技術分野で一般的に知られているリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含み得る。1つ以上のホスホジエステル結合は、代替的な連結基によって置き換えられてもよい。これらの代替的な連結基には、限定されないが、リン酸塩がP(O)S(「チオエート」)、P(S)S(「ジチオエート」)、’’(O)NR2(「アミデート」)、P(O)R、P(O)OR’、COまたはCH2(「ホルムアセタール」)に置き換えられる実施形態が含まれ、各RまたはR’は、独立してHであるか、または置換もしくは非置換アルキル(1~20C)(任意にエーテル(-O-)結合を含む)、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルである。ポリヌクレオチドにおける結合すべてが同一である必要はない。前述の説明は、RNAおよびDNAを含む本明細書で言及されるすべてのポリヌクレオチドに適用される。
【0122】
本明細書で使用される「ポリメラーゼ連鎖反応」または「PCR」技術とは、一般に、核酸、RNA、および/またはDNAの微量の特定の小片が、1987年7月28日公開の米国特許第4,683,195号明細書に記載されるように増幅される手順をさす。一般に、オリゴヌクレオチドプライマーが設計され得るように、目的とする領域の末端またはそれ以降からの配列情報が利用可能でなければならず、これらのプライマーの配列は、増幅されるテンプレートの反対側の鎖と同一または同様である。2つのプライマーの5’末端ヌクレオチドは、増幅される材料の端部と一致し得る。PCRを使用して、特定のRNA配列、全ゲノムDNAから特定のDNA配列、および全細胞RNAから転写されたcDNA、バクテリオファージ配列、またはプラスミド配列等を増幅することができる。一般に、Mullis et al.,Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol.,51:263(1987);Erlich,ed.,PCR Technology,(Stockton Press,NY,1989)を参照のこと。本明細書で使用される場合、PCRは、プライマーとしての既知の核酸(DNAまたはRNA)の使用を含む、核酸試験試料を増幅する核酸ポリメラーゼ反応法の一例であると見なされるが、唯一の例ではなく、核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、または特定の核酸に相補的な核酸の特定の小片を増幅もしくは生成するために、核酸ポリメラーゼを利用する。
【0123】
本明細書で使用される場合、「逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応」または「RT-PCR」という用語は、RNA配列の複製および増幅を指す。この方法では、逆転写は、たとえば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第5,322,770号明細書に記載されているように、PCRに結合される。RT-PCRでは、酵素の逆転写酵素活性によりRNAテンプレートがcDNAに変換され、同じ酵素または異なる酵素の重合活性を用いて増幅される。熱安定性および熱不安定性の両方の逆転写酵素とポリメラーゼを使用することができる。「逆転写酵素」(RT)は、レトロウイルス、他のウイルスからの逆転写酵素、ならびに逆転写酵素活性を示すDNAポリメラーゼも含み得る。
【0124】
本明細書で使用される場合、「逆転写酵素定量的ポリメラーゼ連鎖反応」 または「RT-qPCR」という用語は、増幅される核酸が 最初にcDNAに逆転写されるRNAであり、PCR 反応の各ステップでPCR産物の量が測定されるPCRの一形態である。
【0125】
「定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応」または「qRT-PCR」とは、PCR産物の量がPCR反応の各ステップで測定されるPCRの一形態を指す。この技術は、Cronin et al.,Am.J.Pathol.164(l):35-42(2004);およびMa et al.,Cancer Cell 5:607-616(2004)を含む、さまざまな出版物に記載されている。
【0126】
「多重PCR」という用語は、単一の反応で2つ以上のDNA配列を増幅させる目的で、1超のプライマーセットを使用して単一の供給源(たとえば、個体)から得られた核酸上で行われる単一のPCR反応を指す。
【0127】
「全トランスクリプトームショットガンシークエンシング(WTSS)」とも呼ばれる「RNA-seq」という用語は、サンプルのRNA含有量に関する情報を得るためにcDNAを配列決定および/または定量化するためのハイスループットシークエンシング技術の使用を指す。RNA-seqを記載している刊行物としては、以下のものが挙げられる:Wang et al.「RNA-Seq:a revolutionary tool for transcriptomics」 Nature Reviews Genetics 10(1):57-63(January 2009);Ryan et al.BioTechniques 45(1):81-94(2008);およびMaher et al.「Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer」.Nature 458(7234):97-101(January 2009)。例示的なRNA-seqプロトコルには、RNA ACCESS(登録商標)プロトコルまたはTRUSEQ(登録商標)RIBO-ZERO(登録商標)プロトコル(ILLUMINA(登録商標))の使用が含まれる。
【0128】
「処置への応答」、「処置に対する応答」、または「処置からの利益」は、(1)減速および完全停止を含む疾患進行(たとえば、乳がん進行)のある程度の阻害、(2)腫瘍サイズの低減、(3)隣接する末梢器官および/または組織へのがん細胞浸潤の阻害(すなわち、低減、減速、もしくは完全停止)、(4)転移の阻害(すなわち、低減、減速、もしくは完全停止)、(5)疾患もしくは障害(たとえば、がん)に関連する1つ以上の症状のある程度の軽減、(6)無再発生存期間(RFS)、無病生存期間(DFS)、全生存期間(OS HR<1)および無増悪生存期間(PFS HR<1)を含む生存期間の長さの増加もしくは延長、および/または(9)処置(たとえば、内分泌療法薬、SERM(たとえば、SERD)、GnRHアゴニスト、および/またはAIを含む処置)後の所与の時点における死亡率の減少を非限定的に含む、個体への利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができる。処置への応答はまた、薬力学的な応答または経路(たとえば、ER経路)の応答を指すことができ、当該技術分野で知られている方法を用いて評価することができる。
【0129】
本明細書で使用される場合、「無増悪生存期間」または「PFS」とは、処置中および処置後に処置対象の疾患(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん、たとえば、ER+乳がん、たとえば、luminal Aもしくはluminal Bの乳がん、たとえば、進行性もしくは転移性乳がん)が進行または悪化しない期間の長さを指す。無増悪生存期間には、個体が完全奏効または部分奏効を経験した時間量、ならびに個体が安定した疾患を経験した時間量も含まれ得る。
【0130】
本明細書で使用される場合、「全生存期間」または「OS」とは、特定の期間(たとえば、診断または処置の時点から6ヶ月、1年、2年、3年、4年、5年、10年、15年、20年、または20年以上)後に生存している可能性が高い群における対象の割合を指す。
【0131】
本明細書で使用される場合、「無増悪生存期間」または「RFS」とは、一次処置が終了した後、同じ局所または局部領域で腫瘍の徴候、症状、または再発なしに患者が生存する期間の長さを指す。
【0132】
本明細書で使用される場合、「無増悪生存期間」または「DFS」とは、一次処置が終了した後、遠隔転移の発症を含む、あらゆる領域において腫瘍の徴候、症状、または再発なしに患者が生存する期間の長さを指す。
【0133】
本明細書で使用される場合、「完全奏効」または「CR」は、処置に応答してがんの徴候がすべて消失したことを指す。これは、がんが治癒したことを必ずしも意味するものではない。
【0134】
本明細書で使用される場合、「部分奏効」または「PR」とは、処置に応答して1つ以上の腫瘍もしくは病巣のサイズ、または身体内のがんの範囲が低下したことを指す。
【0135】
本明細書で使用される場合、「ハザード比」または「HR」とは、事象発生率の統計的定義である。本発明で提供される目的のために、ハザード比は、実験群(たとえば、処置)群/アームにおける事象(たとえばPFSまたはOS)の確率を、任意の特定の時点で、対照群/アームにおける事象の確率で割ったものとして表すものとして定義される。値が1のHRは、エンドポイントの相対リスク(たとえば、死亡)が「処置」群と「対照」群の両方で等しいことを示す;1より大きい値は、リスクが対照群と比較して処置群において大きいことを示す;そして1未満の値は、リスクが処置群と比較して対照群において大きいことを示す。無増悪生存期間分析における「ハザード比」(すなわち、PFS HR)は、2つの無増悪生存期間曲線の差のまとめであり、追跡期間にまたがって、対照と比較した処置による死亡リスクの 減少を表す。全生存期間分析における「ハザード比」(すなわち、OS HR)は、追跡期間にわたる、対照と比較した処置における死亡リスクの減少を表す、2つの全生存期間曲線間の差のまとめである。
【0136】
「生存期間の延長」とは、未処置の個体と比べて(すなわち、薬品を用いて処置されていない個体と比べて)、または指定されたレベルでバイオマーカーを発現しない個体と比べて、および/または承認されている抗がん剤治療剤で処置された個体と比べて、処置される個体において全生存期間または無増悪生存期間が増加することを意味する。客観的奏効は、完全奏効(CR)または部分奏効(PR)を含む測定可能な応答を指す。
【0137】
「低減または阻害する」とは、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、以上の全体的な減少をもたらす能力を意味する。低減または阻害とは、処置対象の障害の症状(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん)(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)、転移の存在もしくはサイズ、または原発腫瘍のサイズを指し得る。低減または阻害は、腫瘍経路に言及する場合、経路の任意の成分の発現または活性の低下を指す(たとえば、発現ERの低下、ERの活性の低下、またはERの分解)。
【0138】
本明細書で使用される場合、「参照サンプル」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照サンプル」、「対照細胞」、または「対照組織」とは、比較目的のために使用されるサンプル、細胞、組織、標準物、またはレベルを指す。一実施形態では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、または対照組織は、同じ対象または個体から得られる。別の実施形態では、参照サンプルは、対象または個体ではない1以上の個体から得られる。前述の実施形態のいずれかにおいて、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、または対照組織が得られる1以上の個体は、乳がん(たとえば、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がんを有する。ある特定の実施形態では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、または対照組織が得られる1以上の個体は、乳がんを有し、抗がん剤治療剤(たとえば、内分泌療法薬の1つまたは複数の用量、たとえば、SERM(たとえば、SERD)、GnRHアゴニスト、および/またはAI)で先に処置されている。他の実施形態では、参照サンプル、参照細胞、参照組織、対照サンプル、対照細胞、または対照組織が得られる1以上の個体は、乳がんを有し、処置を受けていない。前述の実施形態のいずれにおいても、対象/個体、および対象または個体ではない1以上の個体は、同じ乳がんを有する。
【0139】
1つ以上の遺伝子の発現レベルに関して本明細書で使用される「標準的な対照」とは、対照対象(たとえば、対照対象からのサンプル)または対照対象の集団において測定された発現レベルを指す。実施形態では、対照対象は、試験対象と比較して健康な対照対象であり、健康な対照対象は乳がんを有しない。実施形態では、試験対象は、試験対象の処置前の試験対象であり、試験対象および対照対象は、乳がんを有する。たとえば、実施形態では、試験対象は、抗がん剤で乳がんの処置を受けており、対照対象は、処置前の試験対象である。実施形態では、対照対象の集団は、健康な対象および罹患した対象の多様な集合であり、試験対象の発現レベルは、対照対象の集団の発現レベル(たとえば、対照対象の集団の発現レベルの平均)と比較される。実施形態では、対照対象の集団は、乳がんを有しない健康な対象の集合であり、試験対象の発現レベルは、対照対象の集団の発現レベル(たとえば、対照対象の集団の発現レベルの平均)と比較される。実施形態では、対照対象の集団は、乳がんの処置を受けた対象の集合であり、試験対象の発現レベルは、対照対象の集団の発現レベル(たとえば、対照対象の集団の発現レベルの平均)と比較される。
【0140】
本明細書で使用される「サンプル」という用語は、たとえば、物理的、生化学的、化学的、および/または生理学的特性に基づいて、特性評価および/または同定される細胞および/または他の分子の実体を含有する、目的とする対象および/または個体から得られるか、またはそれに由来する組成物を指す。たとえば、「疾患サンプル」という語句およびその変化形は、特性評価される細胞および/または分子実体を含有することが予期されるか、または含有することが知られている、目的の対象から得られた任意のサンプルを指す。サンプル としては、組織抽出物、たとえば、ホモジナイズされた組織、腫瘍組織、細胞抽出物、初代もしくは培養細胞または細胞株、細胞上清、細胞溶解物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来の細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍溶解物、および組織培養培地、ならびにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【0141】
「組織サンプル」または「細胞サンプル」は、対象または個体の組織から得られた同様の細胞の集合を意味する。組織または細胞サンプルの供給源は、FFPE、FF、新鮮な、凍結した、および/または保存された器官、組織サンプル、生検、および/または吸引液からなどの固形組織;血漿などの血液または任意の血液構成物;脳脊髄液、羊水、腹水、または間質液などの体液;対象の妊娠または発育における任意の時期の細胞であってもよい。組織サンプルはまた、初代もしくは培養細胞または細胞株であってもよい。任意に、組織または細胞は、疾患(たとえば、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)組織/器官から得られる、組織サンプルは、保存剤、抗凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養剤、または抗生物質などの天然の組織と天然では混合しない化合物を含有し得る。
【0142】
本明細書では、組織サンプルの「切片」とは、組織サンプルの単一部分または一片、たとえば、組織サンプルから切り取られた組織または細胞の薄片を意味する。組織サンプルの複数の切片が採取されて分析されることが理解される。ただし、組織サンプルの同じ切片が形態学的レベルおよび分子レベルの両方で分析され得るか、またはポリペプチドおよびポリヌクレオチドの両方に関して分析され得ることが理解される。
【0143】
本明細書で使用される場合、「処置(treatment)」(および「処置する(treat)」または「処置すること(treating)」などのその文法的変化形)は、処置される対象の自然経過を変える試みにおける臨床的介入を意味し、予防のために、または臨床病理学の経過中に実施することができる。所望の処置効果として、疾患(たとえば、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の発生または再発の予防、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病的状態、転移の予防、疾患の進行率を下げる、疾患状態の軽減または緩和、回復または改良された予後が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される処置を使用して、疾患(たとえば、乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)の発症を延ばすか、または疾患の進行を遅らせることができる。いくつかの例では、処置は全生存期間(OS)を増加させ得る(たとえば、約20%以上、約25%以上、約30%以上、約35%以上、約40%以上、約45%以上、約50%以上、約55%以上、約60%以上、約65%以上、約70%以上、約75%以上、約80%以上、約85%以上、約90%以上、約95%以上、約96%以上、約97%以上、約98%以上、または約99%以上)。いくつかの例では、処置はOSを、たとえば、約5%~約500%、たとえば、約10%~約450%、たとえば、約20%~約400%、たとえば、約25%~約350%、たとえば、約30%~約400%、たとえば、約35%~約350%、たとえば、約40%~約300%、たとえば、約45%~約250%、たとえば、約50%~約200%、たとえば、約55%~約150%、たとえば、約60%~約100%、たとえば、約65%~約100%、たとえば、約70%~約100%、たとえば、約75%~約100%、たとえば、約80%~約100%、たとえば、約85%~約100%、たとえば、約90%~約100%、たとえば、約95%~約100%、たとえば、約98%~約100%増加させ得る。いくつかの例では、処置は無増悪生存期間(PFS)を増加させ得る(たとえば、約20%以上、約25%以上、約30%以上、約35%以上、約40%以上、約45%以上、約50%以上、約55%以上、約60%以上、約65%以上、約70%以上、約75%以上、約80%以上、約85 %以上、約90%以上、約95%以上、約96%以上、約97%以上、約98%以上、または約99%以上)。いくつかの例では、処置はPFSを、たとえば、約5%~約500%、たとえば、約10%~約450%、たとえば、約20%~約400%、たとえば、約25%~約350%、たとえば、約30%~約400%、たとえば、約35%~約350%、たとえば、約40%~約300%、たとえば、約45%~約250%、たとえば、約50%~約200%、たとえば、約55%~約150%、たとえば、約60%~約100%、たとえば、約65%~約100%、たとえば、約70%~約100%、たとえば、約75%~約100%、たとえば、約80%~約100%、たとえば、約85%~約100%、たとえば、約90%~約100%、たとえば、から約95%~約100%、たとえば、約98%~約100%増加させ得る。
【0144】
本明細書で使用される「腫瘍」とは、悪性であるか良性であるかを問わず、すべての腫瘍細胞の成長および増殖、ならびにすべての前がん性およびがん性の細胞および組織を指す。本明細書で言及される「がん」、「がん性」、「細胞増殖性疾患」、「増殖性疾患」および「腫瘍」という用語は、相互に排他的ではない。
III.方法
【0145】
本明細書で提供されるのは、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性のある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がんを有する個体を識別するための、乳がんを有する個体のための療法を選択すること、本明細書に記載の診断方法に基づいて乳がんを有する個体を処置すること、および内分泌療法の治療効果をモニタリングするための方法およびアッセイが提供される。一実施形態では、内分泌療法薬は、本明細書に記載されている化合物である。別の実施形態では、内分泌療法薬は、SERM、SERD、AI、またはそれらの組み合わせである。
【0146】
本明細書に記載の方法およびアッセイは、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたエストラジオール(E2)誘導スコアまたはエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを使用して、本明細書に記載される内分泌療法の治療効果を予測することができるという発見に基づいている。いずれの方法も、内分泌療法薬(たとえば、以下のセクションIV-Aに記載される)を個体に投与するステップをさらに含み得る。
【0147】
したがって、本明細書には、個体からのサンプルからE2誘導スコアおよび/またはER経路活性スコアを決定する方法およびアッセイも提供される。本明細書で提供されるいずれの方法も、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬(たとえば、以下のセクションIV-Aに記載される)を個体に投与するステップを含み得る。いずれの方法も、本明細書に記載されているように、有効量の追加の治療剤を個体に投与するステップをさらに含み得る。
(a)A.診断方法およびアッセイ
【0148】
予測診断方法およびアッセイ
【0149】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア以上であるER経路活性スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0150】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア以上であるE2誘導スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0151】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア以上であるER経路活性スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0152】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは 局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア以上であるE2誘導スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0153】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア未満であるER経路活性スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される。
【0154】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア未満であるE2誘導スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される。
【0155】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア未満であるER経路活性スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される。たとえば、この方法は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体のために選択するステップを含む。
【0156】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア未満であるE2誘導スコアにより、個体は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される。たとえば、この方法は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体のために選択するステップを含む。
【0157】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア未満であるER経路活性スコアにより、個体は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0158】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア未満であるE2誘導スコアにより、個体は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0159】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは 局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み、基準となるER経路活性スコア未満であるER経路活性スコアにより、個体は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0160】
特定の例において、本明細書で提供される方法およびアッセイを使用して、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体のための療法を選択することができ、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み、基準となるE2誘導スコア未満であるE2誘導スコアにより、個体は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。
【0161】
前述の例のいずれにおいても、基準となるER経路活性スコアは、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体の基準集団におけるER経路活性スコアであり得る。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置を受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載される内分泌療法を先に受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載される内分泌療法を含む、抗がん剤処置を受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、事前に割り当てられた基準となる経路活性スコアであり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは-1.0以上(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2それ以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、基準となるER経路活性スコアは、約-1.0~約-0.2(たとえば、約-0.9~約-0.2、たとえば、約-0.8~約-0.2、たとえば、約-0.7~約-0.2、たとえば、約-0.6~約-0.2、たとえば、約-0.5~約-0.2、たとえば、約-0.4~約-0.2、またはたとえば、約-0.3~約-0.2)であり得る。
【0162】
前述の例のいずれにおいても、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのER経路活性スコアは、-1.0以上(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは-0.7以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、約-1.0~約-0.2(たとえば、約-0.9~約-0.2、たとえば、約-0.8~約-0.2、たとえば、約-0.7~約-0.2、たとえば、約-0.6~約-0.2、たとえば、約-0.5~約-0.2、たとえば、約-0.4~約-0.2、またはたとえば、約-0.3~約-0.2)であり得る。いくつかの例では、サンプルのER活性スコアは、-1.0未満であり得る。
【0163】
前述の例のいずれにおいても、基準となるE2誘導スコアは、ホルモン受容体(HR)+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体の基準集団におけるE2誘導スコアであり得る。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置を受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、事前に割り当てられた参照E2誘導スコアであり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-2.0以上(たとえば、-2.0、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-1.0以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.1以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、約-2.0~約-0.1(たとえば、約-1.0~約-0.1、たとえば、約-0.7~約-0.1、たとえば、約-0.6~約-0.1、たとえば、約-0.5~約-0.1、たとえば、約-0.4~約-0.1、たとえば、約-0.3~約-0.1、またはたとえば、約-0.2~約-0.1)であり得る。
【0164】
前述の例のいずれにおいても、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのE2誘導スコアは、-2.0以上(たとえば、-2.0、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2、-0.1以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、E2誘導スコアは、-1.0以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.1以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、約-2.0~約-0.1(たとえば、約-1.0~約-0.1、たとえば、約-0.7~約-0.1、たとえば、約-0.6~約-0.1、たとえば、約-0.5~約-0.1、たとえば、約-0.4~約-0.1、たとえば、約-0.3~約-0.1、またはたとえば、約-0.2~約-0.1)であり得る。いくつかの例では、サンプルからのE2誘導スコアは、-2.0未満であり得る。
【0165】
上記の予測的な方法およびアッセイのいずれにおいても、方法およびアッセイは、個体に内分泌療法薬を投与するステップをさらに含み得る(たとえば、以下のセクションIV-Aに記載される)。特定の例において、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア以上である場合、この方法は、個体に内分泌療法薬を投与するステップをさらに含む。特定の例において、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結した腫瘍組織サンプル)からのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上である場合、この方法は、個体に内分泌療法薬を投与するステップをさらに含む。
【0166】
上記の予測的な方法およびアッセイのいずれにおいても、方法およびアッセイは、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体に投与するステップをさらに含み得る(たとえば、以下のセクションIV-Aに記載される)。特定の例において、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア未満である場合、この方法は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体に投与するステップをさらに含む。特定の例において、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア未満である場合、この方法は、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体に投与するステップをさらに含む。
【0167】
本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結サンプル腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み得る。本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み得る。いくつかの実施形態では、サンプルは、FFPE腫瘍サンプルであり得る。いくつかの実施形態では、サンプルは、FF腫瘍サンプルであり得る。
【0168】
前述の例のいずれにおいても、個体はHR+乳がんを有し得る。いくつかの例では、HR+がんはER+乳がんであり得る。いくつかの例では、個体は、たとえば、luminal A乳がんまたはluminal B乳がんから選択されるER+乳がんを有し得る。いくつかの例では、乳がんは進行性または転移性 乳がんであり得る。
【0169】
個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアおよび/またはE2誘導スコアを決定するステップを含む、前述の方法またはアッセイのいずれかのいくつかの例において、個体は、本明細書に記載される内分泌療法で先に処置されている。他の例では、個体は、内分泌療法で先に処置されていない。別の実施形態では、個体は、本明細書に記載の方法およびアッセイを実施する前に、1つ以上の療法を先に受けており、そのような療法は、本明細書に記載される内分泌療法または非内分泌療法であり得る。
【0170】
いくつかの例では、本方法は、個体、または別の者もしくは実体、介護者、内科医、腫瘍医、病院、診療所、第3者の支払人、保険会社、製薬会社もしくはバイオテクノロジー企業、もしくは官庁に対して、報告書、たとえば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成するステップをさらに含む。いくつかの実施形態では、報告書は、ER経路活性および/またはE2誘導スコアの評価を含む方法からの出力を含む。
【0171】
薬力学的診断方法
【0172】
薬力学方法も本明細書で提供される。いくつかの例では、方法は、本明細書に記載される内分泌療法による処置に対する個体の反応をモニタリングするステップを含み得る。
【0173】
いくつかの例では、この方法には、(a)第1の時点で個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえばFFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から第1のER経路活性スコアを決定するステップと、(b)ステップ(a)に続いて、本明細書に記載される内分泌療法薬の投与後の第2の時点で個体からのサンプルから第2のER経路活性スコアを決定するステップと、(c)第1のER経路活性スコアを第2のER経路活性スコアと比較するステップとが含まれ、第1のER経路活性スコアに対する第2のER経路活性スコアの増加(たとえば、約0.1、0.2、0.3以上のER経路活性スコアの増加)が、内分泌療法薬、たとえば、SERM(たとえば、SERD)、GnRHアゴニスト、および/またはAlによる処置に応答する可能性が高い個体を予測する。いくつかの例では、ER経路活性スコアの低下は、ER経路活性スコアの全体的な低下が少なくとも0.1であることを指す。いくつかの例では、ER経路活性スコアの低下は、ER経路活性スコアの 全体的な低下が少なくとも0.2であることを指す。いくつかの例では、ER経路活性スコアの低下は、ER経路活性スコアの全体的な低下が少なくとも0.3であることを指す。
【0174】
いくつかの例では、この方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)における第2のER経路活性スコアが、第1の経路活性スコアに対して低下している場合、1種以上の追加用量の内分泌療法薬を投与するステップをさらに含む。いくつかの例では、低下したER経路活性スコアは、少なくとも0.1(たとえば、0.1、0.2、0.3以上の低下)のER経路活性スコアの全体的な低下を指す。いくつかの例では、ER経路活性スコアの低下は、ER経路活性スコアの全体的な低下が少なくとも0.2であることを指す。いくつかの例では、ER経路活性の低下は、ER経路活性スコアの全体的な低下が少なくとも0.3であることを指す。
【0175】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、第1のER経路活性スコアは、本明細書に記載される初回用量の内分泌療法薬を投与する前に得られた個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたER経路活性スコアである。言い換えると、サンプルは、ベースラインサンプルであり得る。他の例では、第1のER経路活性スコアは、前の時点で得られた個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコアであり、前の時点が、本明細書に記載される内分泌療法薬の初回用量の投与後である。他の例では、第1のER経路活性スコアは、前の時点で得られた個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコアであり、前の時点が、本明細書に記載される非内分泌療法薬の初回用量の投与後である。他の例では、第1のER経路活性スコアは、予め決定されたER経路活性スコアである。
【0176】
いくつかの例では、この方法には、(a)第1の時点で個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえばFFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から第1のE2誘導スコアを決定するステップと、(b)ステップ(a)に続いて、本明細書に記載される内分泌療法薬の投与後の第2の時点でからのから第2のE2誘導スコアを決定するステップと、(c)第1のE2誘導スコアを第2のE2誘導スコアと比較するステップとが含まれ、第1のE2誘導スコアに対する第2のE2誘導スコアの低下(たとえば、少なくとも0.1、0.2、0.3以上の E2誘導スコアの低下)が、本明細書に記載される内分泌療法薬による処置に応答する可能性が高い個体を予測する。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、少なくとも0.1の全体的な低下を指す。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、少なくとも0.2の全体的な低下を指す。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、少なくとも0.3の全体的な低下を指す。
【0177】
いくつかの例では、この方法は、サンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)における第2のE2誘導スコアが、第1のE2誘導スコアに対して低下している場合、1種以上の追加用量の内分泌療法薬を投与するステップをさらに含む。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、E2誘導スコアの全体的な低下が少なくとも0.1(たとえば、0.1、0.2、0.3以上の低下)を指す。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、E2誘導スコアの全体的な低下が少なくとも0.2であることを指す。いくつかの例では、E2誘導スコアの低下は、E2誘導スコアの全体的な低下が少なくとも0.3であることを指す。
【0178】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、第1のE2誘導スコアは、本明細書に記載される初回用量の抗がん療法薬(たとえば、内分泌療法薬を投与する前に得られたからの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたE2誘導スコアである。言い換えると、サンプルは、ベースラインサンプルであり得る。他の例では、第1のE2誘導スコアは、前の時点で得られた個体からのサンプルから決定されたE2誘導スコアであり、前の時点が、本明細書に記載される内分泌療法薬の初回用量の投与後である。他の例では、第1のE2誘導スコアは、予め決定されたE2誘導スコアである。
【0179】
いくつかの例では、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からの第2のER経路活性スコアは、第1の経路活性スコアに対して低下しており、この方法またはアッセイはさらに、本明細書に記載される追加用量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む。いくつかの例では、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からの第2のE2誘導スコアは、第1のE2誘導スコアに対して低下しており、この方法またはアッセイはさらに、本明細書に記載される追加用量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む。
【0180】
本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結サンプル腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み得る。本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み得る。いくつかの例では、サンプルは、FFPE腫瘍サンプルであり得る。いくつかの例では、サンプルは、FF腫瘍サンプルであり得る。
【0181】
前述の例のいずれにおいても、個体はHR+乳がんを有し得る。いくつかの例では、HR+がんは、ER+乳がんであり得る。いくつかの例では、個体は、たとえば、luminal A乳がんまたはluminal B乳がんから選択されるER+乳がんを有し得る。いくつかの例では、乳がんは進行性または転移性乳がんであり得る。
【0182】
からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアおよび/またはE2誘導スコアを決定するステップを含む、前述の方法またはアッセイのいずれかのいくつかの例において、個体は、本明細書に記載される内分泌療法で先に処置されている。他の例では、個体は、内分泌療法で先に処置されていない。方法およびアッセイのいずれかのいくつかの例では、サンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)は、本明細書に記載される内分泌療法薬の投与前(たとえば、数分、数時間、数日、数週間、数ヶ月、または数年前)の個体から得られる。言い換えると、サンプルは、ベースラインサンプルであり得る。前述の方法のいずれかのいくつかの例では、サンプルは、内分泌療法薬の投与後(たとえば、数分、数時間、または数日後)の個体から得られる。いくつかの例では、個体からのサンプルは、内分泌療法薬の投与後30時間以内に得られる。いくつかの例では、異なる時点(たとえば、内分泌療法の投与の前後)で同じ個体から複数のサンプルが得られる。
【0183】
いくつかの例では、本方法は、個体、または別の者もしくは実体、介護者、内科医、腫瘍医、病院、診療所、第3者の支払人、保険会社、製薬会社もしくはバイオテクノロジー企業、もしくは官庁に対して、報告書、たとえば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成するステップをさらに含む。いくつかの例では、報告書は、ER経路活性および/またはE2誘導スコアの評価を含む方法からの出力を含む。
【0184】
一態様では、乳がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出する方法が提供される。この方法は、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。
【0185】
本明細書で提供される方法に使用される対照は、データの重要性を判断する上で貴重である。たとえば、特定のパラメーターの値が対照において大きく変動する場合、テストサンプルのばらつきは重要であるとは考えられない。開示された方法のいくつかの例では、表1~6に提供される遺伝子のいずれかの発現レベルが評価されるとき、その発現レベルは、遺伝子の対照発現レベルと比較される。対照発現レベルとは、乳がんを患っていないサンプルもしくは対象、乳がんもしくはがん状態の選択されたステージにあるサンプルもしくは対象、または治療剤などの特定の変数がない場合の遺伝子の発現レベルを意味する。あるいは、対照レベルは、既知量の遺伝子を含む。そのような既知量は、乳がんを患っていないサンプルもしくは対象、乳がんもしくはがん状態の選択されたステージにあるサンプルもしくは対象、または治療薬などの特定の変数がない場合の平均レベルと相関する。対照レベルはまた、本明細書に記載される1つ以上の選択されたサンプルまたは対象からの遺伝子の発現レベルを含む。たとえば、対照レベルは、乳がんを有しない、乳がんもしくはがん状態の選択されたステージにある、または乳がんを有するが乳がんの処置をまだ受けていない対象からのサンプルにおける遺伝子の発現レベルの評価を含む。別の例示的な対照レベルは、乳がんを有しない、乳がんもしくはがん状態の選択されたステージにある、または乳がんを有するが乳がんの処置をまだ受けていない複数の対象から採取したサンプルにおける遺伝子の発現レベルの評価を含む。実施形態では、上昇した 遺伝子発現レベルの閾値が、対照サンプル群の発現レベルの中央値を上回っており、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。
【0186】
実施形態では、この方法は、表1に記載されている少なくとも5つの(たとえば、5、6、7、8つ等)遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。実施形態では、この方法は、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。実施形態では、この方法は、表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。
【0187】
実施形態では、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表1に記載されているすべての遺伝子、表2に記載されているすべての遺伝子、または表3に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表1に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表2に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表3に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。
【0188】
実施形態では、上昇した遺伝子発現レベル(表1~6に記載されている任意の1つの遺伝子の発現)の閾値が、対照サンプル群の発現レベルの中央値を上回っており、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の第1四分位数より上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の第3四分位数より上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の5パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の10パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の20パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の30パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の40パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の45パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の50パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の60パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の70パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の80パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の90パーセンタイルより上であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。
【0189】
実施形態では、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表4に記載されているすべての遺伝子、表5に記載されているすべての遺伝子、または表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表4に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表5に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。実施形態では、表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。
【0190】
実施形態では、減少した遺伝子発現レベル(表1~6に記載されている任意の1つの遺伝子の発現)の閾値が、対照サンプル群の発現レベルの中央値を下回っており、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の第1四分位数より下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の第3四分位数より下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の5パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の10パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の20パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の30パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の40パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の45パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の50パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の60パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の70パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の80パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。実施形態では、その閾値は、対照サンプル群における遺伝子発現の90パーセンタイルより下であり、対照サンプルは、任意に、乳がんを有する対象群である。
【0191】
実施形態では、対象は、検出前に内分泌療法で処置される。実施形態では、対象は、検出続いて内分泌療法で処置される。
【0192】
実施形態では、この方法は、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。実施形態では、この方法は、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。実施形態では、この方法は、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む。実施形態では、この方法は、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む。実施形態では、この方法は、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む。実施形態では、この方法は、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む。
【0193】
実施形態では、対象は、内分泌療法薬で処置され、内分泌療法薬は、選択的エストロゲン受容体分解薬である。
【0194】
実施形態では、この方法は、対象からのサンプルからエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを決定するステップを含む。実施形態では、基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアにより、個体は、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される。実施形態では、この方法は、基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアを比較することにより、個体を、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別するステップを含む。
【0195】
一態様では、1つ以上のプロセッサーによって、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第1の発現レベルを検出するステップと、1つ以上のプロセッサーによって、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第2の発現レベルを検出するステップと、少なくとも第1の発現レベルおよび/または第2の発現レベルに基づいて、がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出するステップと、を含む方法が提供される。実施形態では、第1の発現は、第2の発現レベルと比較して上昇している。実施形態では、第1の発現は、第2の発現レベルと比較して減少している。
【0196】
実施形態では、上昇した第1の遺伝子発現レベル(たとえば、表1~6に記載されている任意の1つの遺伝子の第1の発現レベル)の閾値は、第2の発現レベルを上回っている。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの第1四分位数より上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの第3四分位数より上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの5パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの10パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの20パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの30パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの40パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの45パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの50パーセンタイルより上である。実施形態では、それは、第2の遺伝子発現レベルの60パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの70パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの80パーセンタイルより上である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの90パーセンタイルより上である。
【0197】
実施形態では、上昇した第1の遺伝子発現レベル(たとえば、表1~6に記載されている任意の1つの遺伝子の第1の発現レベル)の閾値は、第2の発現レベルを下回っている。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの第1四分位数より下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの第3四分位数より下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの5パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの10パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの20パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの30パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの40パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの45パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの50パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの60パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの70パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベル80パーセンタイルより下である。実施形態では、その閾値は、第2の遺伝子発現レベルの90パーセンタイルより下である。
【0198】
実施形態では、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも高い。実施形態では、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルは、標準的な対照よりも低い。
【0199】
実施形態では、この方法は、検出前に対象を内分泌療法で処置するステップを含む。実施形態では、この方法は、少なくとも対象において検出されたエストロゲン受容体(ER)経路活性に基づいて、対象を内分泌療法で処置するステップを含む。
B.B.治療方法
【0200】
乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法も提供される。したがって、いくつかの例では、本明細書で提供される方法は、本明細書に記載される内分泌療法を個体に投与するステップを含む。他の例では、本明細書で提供される方法は、内分泌療法薬以外の抗がん剤を個体に投与するステップを含む。本明細書に記載され(たとえば、以下のセクションIVに記載され)、または当該技術分野で知られている抗がん剤のいずれかを、この方法に関連して使用することができる。
【0201】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、(i)からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップであって、ER経路活性スコアは、基準となるER経路活性スコア(たとえば、基準集団における基準となるER経路活性スコア、たとえば、-1.0以上の基準となるER経路活性スコア)以上であると決定される、決定するステップと、(ii)本明細書に記載される有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップとを含む、方法である。
【0202】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、本明細書に記載される内分泌療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のうちの1つ以上によって、内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより高いと識別されている、ステップを含む、方法である。
【0203】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、本明細書に記載される内分泌療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のいずれかによって、基準となるER経路活性以上であるER経路活性を有すると識別されている、ステップを含む、方法である。
【0204】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、(i)からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップであって、E2誘導スコアは、基準となるE2誘導スコア(たとえば、基準集団における基準となるE2誘導スコア、たとえば、-2.0以上の基準となるE2誘導スコア)以上であると決定される、決定するステップと、(ii)本明細書に記載される有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップとを含む、方法である。
【0205】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、本明細書に記載される内分泌療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のうちのいずれかによって、基準となるE2誘導スコア以上であるE2誘導スコアを有すると識別されている、ステップを含む、方法である。
【0206】
本明細書で提供されるのはまた、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、(i)からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップであって、ER経路活性スコアは、基準となるER経路活性スコア(たとえば、基準集団における基準となるER経路活性スコア、たとえば、-1.0未満の基準となるER経路活性スコア)未満であると決定される、決定するステップと、(ii)内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップとを含む、方法である。
【0207】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のうちの1つ以上によって、内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低いと識別されている、ステップを含む、方法である。
【0208】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のうちの1つ以上によって、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を含む処置から利益を得る可能性がより高いと識別されている、ステップを含む、方法である。
【0209】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のいずれかによって、基準となるER経路活性スコア未満であるER経路活性スコアを有すると識別されている、ステップを含む、方法である。
【0210】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、(i)からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップであって、E2誘導スコアは、基準となるE2誘導スコア(たとえば、基準集団における基準となるE2誘導スコア、たとえば、-2.0未満の基準となるE2誘導スコア)未満であると決定される、決定するステップと、(ii)内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップとを含む、方法である。
【0211】
本明細書で提供されるのは、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法であって、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を個体に投与するステップであって、個体は、上記のセクションIII-Aに記載される予測診断方法のいずれかによって、基準となるE2誘導スコア未満であるE2誘導スコアを有すると識別されている、ステップを含む、方法である。
【0212】
前述の例のいずれにおいても、基準となるER経路活性スコアは、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体の基準集団におけるER経路活性スコアであり得る。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載されるものを含む内分泌療法を含む処置を受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、事前に割り当てられた基準となる経路活性スコアであり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは-1.0以上(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、および-0.2以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアが-0.4以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、基準となる経路活性スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、基準となるER経路活性スコアは、約-1.0~約-0.2(たとえば、約-0.9~約-0.2、たとえば、約-0.8~約-0.2、たとえば、約-0.7~約-0.2、たとえば、約-0.6~約-0.2、たとえば、約-0.5~約-0.2、たとえば、約-0.4~約-0.2、またはたとえば、約-0.3~約-0.2)であり得る。
【0213】
前述の例のいずれにおいても、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのER経路活性スコアは、-1.0以上(たとえば、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは-0.7以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、ER経路活性スコアは、約-1.0~約-0.2(たとえば、約-0.9~約-0.2、たとえば、約-0.8~約-0.2、たとえば、約-0.7~約-0.2、たとえば、約-0.6~約-0.2、たとえば、約-0.5~約-0.2、たとえば、約-0.4~約-0.2、またはたとえば、約-0.3~約-0.2)であり得る。いくつかの例では、サンプルのER活性スコアは、-1.0未満であり得る。
【0214】
前述の例のいずれにおいても、基準となるE2誘導スコアは、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体の基準集団におけるE2誘導スコアであり得る。いくつかの例では、基準集団は、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置を受けていない個体の集団である。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、事前に割り当てられた参照E2誘導スコアであり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-2.0以上(たとえば、-2.0、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2以上)であり得る。たとえば、いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-1.0以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは-0.9以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.8以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは-0.4以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、-0.1以上であり得る。いくつかの例では、基準となるE2誘導スコアは、約-2.0~約-0.1(たとえば、約-1.0~約-0.1、たとえば、約-0.7~約-0.1、たとえば、約-0.6~約-0.1、たとえば、約-0.5~約-0.1、たとえば、約-0.4~約-0.1、たとえば、約-0.3~約-0.1、またはたとえば、約-0.2~約-0.1)であり得る。
【0215】
前述の例のいずれにおいても、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのE2誘導スコアは、-2.0以上(たとえば、-2.0、-1.0、-0.9、-0.8、-0.7、-0.6、-0.5、-0.4、-0.3、-0.2、-0.1以上)であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-1.0以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.9以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.8以上であり得る。たとえば、いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.7以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.6以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.5以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.4以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.3以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.2以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、-0.1以上であり得る。いくつかの例では、E2誘導スコアは、約-2.0~約-0.1(たとえば、約-1.0~約-0.1、たとえば、約-0.7~約-0.1、たとえば、約-0.6~約-0.1、たとえば、約-0.5~約-0.1、たとえば、約-0.4~約-0.1、たとえば、約-0.3~約-0.1、またはたとえば、約-0.2~約-0.1)であり得る。いくつかの例では、サンプルからのE2誘導スコアは、-2.0未満であり得る。
【0216】
本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結サンプル腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアを決定するステップを含み得る。本明細書で提供される方法は、個体からのサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からE2誘導スコアを決定するステップを含み得る。いくつかの例では、サンプルは、FFPE腫瘍サンプルであり得る。いくつかの例では、サンプルは、FF腫瘍サンプルであり得る。
【0217】
前述の例のいずれにおいても、個体はHR+乳がんを有し得る。いくつかの例では、HR+がんは、ER+乳がんであり得る。いくつかの例では、個体は、たとえば、luminal A乳がんまたはluminal B乳がんから選択されるER+乳がんを有し得る。いくつかの例では、乳がんは進行性または転移性乳がんであり得る。
【0218】
からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)におけるER経路活性スコアおよび/またはE2誘導スコアを決定するステップを含む、前述の方法またはアッセイのいずれかのいくつかの例において、個体は、本明細書に記載される内分泌療法で先に処置されている。他の例では、個体は、内分泌療法で先に処置されていない。
【0219】
いくつかの例では、本方法は、個体、または別の者もしくは実体、介護者、内科医、腫瘍医、病院、診療所、第3者の支払人、保険会社、製薬会社もしくはバイオテクノロジー企業、もしくは官庁に対して、報告書、たとえば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成するステップをさらに含む。いくつかの例では、報告書は、ER経路活性および/またはE2誘導スコアの評価を含む方法からの出力を含む。
C.C.E2誘導、E2抑制、およびER経路活性スコアを決定するための例示的な方法
【0220】
本明細書で提供される方法およびアッセイは、個体(たとえば、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体)のサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)における所定の遺伝子セット(たとえば、バイオマーカー)の発現レベルに基づいて、E2誘導、E2抑制、および/またはER経路活性スコアを決定することを含み得る。いくつかの例では、所定の遺伝子セットは、表1~3のうちのいずれか一つに記載されている遺伝子セットである。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表1および表4に記載されている遺伝子セット(たとえば、14遺伝子シグネチャー)である。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表2および表5に記載されている遺伝子セット(たとえば、19遺伝子シグネチャー)である。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表3および表6に記載されている 遺伝子セット(たとえば、41遺伝子のシグネチャー)である。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表1および表4に記載されている遺伝子セット(たとえば、14遺伝子シグネチャー)であり、他の遺伝子はない。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表2および表5に記載されている遺伝子セット(たとえば、19遺伝子シグネチャー)であり、他の遺伝子はない。いくつかの例では、予め決定された遺伝子セットは、表3および表6に記載されている遺伝子セット(たとえば、41遺伝子シグネチャー)であり、他の遺伝子はない。
【0221】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、8遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0222】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、9遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、9遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0223】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、10遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、10遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、10遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0224】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、11遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、11遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、11遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0225】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、12遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、12遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、12遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、12遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0226】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、13遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの 3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、13遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、13遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、13遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0227】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている11のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている3つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている10のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている4つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている9つのE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている5つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている8つのE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている6つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表1に記載されている8つのE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表4に記載されている6つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている7つのE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている7つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0228】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、15遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、15遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、15遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、15遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、15遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0229】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、16遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0230】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの 12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、17遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0231】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、18遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0232】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表2に記載されている11のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表5に記載されている8つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0233】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、20遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0234】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、21遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0235】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの19の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、22遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0236】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの20の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの19の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、23遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0237】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの21の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの20の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの19の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、24遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0238】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの22の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている E2誘導遺伝子のうちの21の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの20の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの19の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、25遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0239】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの3つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの22の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの21の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの20の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの19の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの18の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、26遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0240】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、27遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの4つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0241】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、28遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの5つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0242】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、29遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの6つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0243】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、30遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの7つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0244】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、31遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの8つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0245】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、32遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの9つの遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0246】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、33遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの10の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0247】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、34遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの11の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0248】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、35遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの12の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0249】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、36遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの13の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0250】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、37遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの14の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0251】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、38遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの15の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0252】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、39遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの16の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0253】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、40遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されているE2誘導遺伝子のうちの23の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されているE2抑制遺伝子のうちの17の遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0254】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、41遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている23のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている18のE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。
【0255】
いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、14遺伝子シグネチャーを使用して、表1に記載されている8つのE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表4に記載されている6つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、19遺伝子シグネチャーを使用して、表2に記載されている11のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表5に記載されている8つのE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。いくつかの実施形態では、ER経路活性スコアは、41遺伝子シグネチャーを使用して、表3に記載されている23のE2誘導遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2誘導スコアから、表6に記載されている18のE2抑制遺伝子のzスコア化された平均発現量から決定されたE2抑制スコアを差し引くことにより算出される。ER経路活性スコアは、個体の腫瘍におけるER経路活性の代用バイオマーカーとして役立ち得る。
【0256】
所定の遺伝子セットの発現レベルがからの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)において決定される、本明細書で提供される方法またはアッセイのいずれにおいても、所定の遺伝子セットの発現レベルは、たとえば、基準遺伝子、たとえば、ハウスキーピング遺伝子に対して正規化され得ることが理解されるべきである。いくつかの例では、基準遺伝子はSDHA、GUSB、PPIA、および/またはUBCである。いくつかの例では、2つ以上の目的の遺伝子(たとえば、表1~6のいずれか一つに記載される所定の遺伝子セット)の発現レベルは、たとえば、目的の遺伝子の全ての発現レベルの中央値または平均値を計算することを含む、当業者に知られており、また本明細書に開示されている集計方法によって決定され得る。集計の前に、目的の各遺伝子の発現レベルは、たとえば、1つ以上のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに正規化すること、基準集団にわたって測定された各遺伝子の中央値もしくは平均発現レベル値に正規化すること、ライブラリー全体のサイズに正規化すること、または測定されたすべての遺伝子にわたる中央値もしくは平均発現レベル値に正規化することを含む、当業者に知られており、また本明細書に開示されている統計学的方法を用いて正規化されてもよい。いくつかの例では、複数の目的の遺伝子にわたる集計の前に、各目的の遺伝子の正規化された発現レベルは、たとえば、各目的の遺伝子の正規化された発現レベルのZスコアを計算することによる方法、または、たとえば、各遺伝子の正規化された発現レベルを基準集団における発現レベルのそれぞれのスケーリングにスケーリングすることによる方法を含む、当業者に知られており、また本明細書に開示されている統計学的方法を用いて正規化されてもよい。
【0257】
個体からのサンプルは、FFPEサンプル、FFサンプル、新鮮サンプル、凍結サンプル、またはアーカイブサンプルであり得る。いくつかの例では、サンプルは、FFPEサンプルである。いくつかの例では、サンプルは、FFサンプルである。所定の遺伝子セットの発現レベルは、個体におけるmRNA、DNA、cDNA、および/または遺伝子コピー数レベルの測定を含むがこれらに限定されない、当該技術分野で知られている任意の適切な基準に基づいて定量的に決定することができる。
【0258】
【表1】
【0259】
【表2】
【0260】
【表3】
【0261】
【表4】
【0262】
【表5】
【0263】
【表6】
【0264】
前述の方法およびアッセイのいずれかのいくつかの例では、遺伝子の発現レベルは、核酸発現レベル(たとえば、RNA発現レベル(たとえば、mRNA発現レベル)またはDNA発現レベル)であり得る。核酸発現レベルを決定する任意の適切な方法は、たとえば、以下のセクションVIIに記載されているように使用することができる。いくつかの例では、核酸発現レベルは、RNA-seq(たとえば、RNA ACCESS(登録商標)プロトコルまたはTRUSEQ(登録商標)RIBO-ZERO(登録商標)プロトコル(ILLUMINA(登録商標)))、RT-qPCR、qPCR、マルチプレックスqPCRまたはRT-qPCR、マイクロアレイ分析、SAGE、MassARRAY技術、またはそれらの組み合わせが挙げられる、これらに限定されない。
【0265】
細胞内のmRNAを評価する方法はよく知られており、たとえば、RNAシークエンシング(RNA-seq)、全ゲノムシークエンシング(WGS)、遺伝子発現連鎖分析(SAGE)、およびさまざまな核酸増幅アッセイ(たとえば、所定の遺伝子セットに特異的な相補的プライマーを使用するRT-PCR(たとえば、qRT-PCR)が挙げられる。加えて、そのような方法は、(たとえば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較対照mRNA配列のレベルを同時に試験することによって)生物学的サンプル中の標的mRNAのレベルを決定することを可能にする1つ以上のステップを含み得る。任意に、増幅標的cDNAの配列が決定され得る。任意の方法は、マイクロアレイ技術によって組織または細胞サンプル中の標的mRNAなどのmRNAを試験または検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験および対照組織サンプルからの試験および対照mRNAサンプルを逆転写し、標識して、cDNAプローブを生成する。次いで、プローブを、固体支持体に固定した核酸のアレイにハイブリダイズする。アレイは、アレイの各メンバーの配列および位置が分かるように構成する。たとえば、免疫療法および抑制性間質アンタゴニストを含む処置の臨床的利益の増加または減少と相関する発現を有する遺伝子のセレクションが、固体支持体上にアレイされ得る。特定のアレイメンバーとの標識されたプローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来するサンプルがその遺伝子を発現することを示す。
【0266】
方法およびアッセイのいずれかのいくつかの例では、サンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)は、本明細書に記載される内分泌療法薬の投与前(たとえば、数分、数時間、数日、数週間、数ヶ月、または数年前)の個体から得られる。言い換えると、サンプルは、ベースラインサンプルであり得る。前述の方法のいずれかのいくつかの例では、サンプルは、内分泌療法薬の投与後(たとえば、数分、数時間、または数日後)の個体から得られる。いくつかの例では、個体からのサンプルは、内分泌療法薬の投与後30時間以内に得られる。いくつかの例では、異なる時点(たとえば、内分泌療法の投与の前後)で同じ個体から複数のサンプルが得られる。
【0267】
前述の例のいずれにおいても、個体はHR+乳がんを有し得る。いくつかの例では、HR+がんは、ER+乳がんであり得る。いくつかの例では、個体は、たとえば、luminal A乳がんまたはluminal B乳がんから選択されるER+乳がんを有し得る。いくつかの例では、乳がんは進行性または転移性乳がんであり得る。
【0268】
からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からER経路活性スコアおよび/またはE2誘導スコアを決定するステップを含む、前述の方法またはアッセイのいずれかのいくつかの例において、個体は、本明細書に記載される内分泌療法で先に処置されている。他の例では、個体は、内分泌療法で先に処置されていない。
【0269】
いくつかの例では、本方法は、個体、または別の者もしくは実体、介護者、内科医、腫瘍医、病院、診療所、第3者の支払人、保険会社、製薬会社もしくはバイオテクノロジー企業、もしくは官庁に対して、報告書、たとえば、電子報告書、ウェブベース報告書、または書面報告書を作成するステップをさらに含む。いくつかの例では、報告書は、ER経路活性および/またはE2誘導スコアの評価を含む方法からの出力を含む。
IV.抗がん剤
【0270】
乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を処置する方法が提供される。前述の方法のいずれも、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)からのE2誘導スコアおよび/またはER経路活性スコアの決定に基づくものであり得る。
【0271】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、本明細書に記載される方法で利用される抗がん剤治療薬は、たとえば、経口、筋肉内、皮下、静脈内、皮内、動脈内、腹腔内、病変内、頭蓋内、関節内、前立腺内、胸膜内、気管内、髄腔内、鼻腔内、膣内、直腸内、局所的、腫瘍内、腹膜内、結膜下、小胞内、粘膜内、心膜内、臍下、眼球内、眼窩内、硝子体内(たとえば、硝子体内注射による)、点眼、局所的、経皮、非経口、吸入、注射、移植、注入、持続注入、標的細胞を直接浸す局所的な灌流、カテーテル、潅注、クリーム、脂質組成物で投与することができる。前述の方法のいずれかのいくつかの例では、本明細書に記載される方法で利用される抗がん剤治療薬は、経口投与することができる。たとえば、いくつかの例では、本明細書に記載される内分泌療法薬は、経口または筋肉内に投与することができる。いくつかの例では、SERMは、経口または筋肉内に投与することができる。いくつかの例では、SERDは、経口または筋肉内に投与することができる。前述の方法のいずれかのいくつかの例では、本明細書に記載される方法で利用される抗がん剤治療薬は、筋肉内投与することができる。たとえば、いくつかの例では、本明細書に記載される内分泌療法薬は、経口投与することができる。いくつかの例では、SERMは、経口投与することができる。いくつかの例では、SERDは、経口投与することができる。本明細書に記載される方法で利用される組成物はまた、全身投与されてもよいし、または局所投与されてもよい。投与方法は、さまざまな要因(たとえば、投与される化合物または組成物、および処置される状態、疾患または、または障害(たとえば、乳がん))に依存して変化し得る。
【0272】
本明細書に記載される内分泌系薬剤(および任意の追加の治療剤)を含む抗がん剤は、良好な医療行為と一致する方法で処方、適用、および投与されてもよい。本文脈で考慮する因子としては、処置される特定の障害、処置される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床状態、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与計画、および医学専門家に既知の他の因子が挙げられる。抗がん剤は、必須ではないが任意選択的に、問題の障害を予防または処置するために現在使用されている1種以上の薬剤と共に製剤化および/または同時投与される。そのような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在する抗がん剤の量、障害または処置の種類、および上記で考察された他の因子に依存する。これらは、一般に、本明細書に記載されている用量と同じ投与量で、または本明細書に記載されている用量の約1~約99%、または経験的/臨床的に適切であると判断される任意の用量および任意の投与経路で使用される。
【0273】
乳がん、たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性または局所進行性乳がん)の予防または処置のために、本明細書に記載される抗がん剤(たとえば、内分泌療法薬)の適切な用量(単独でまたは1種以上の他の追加の治療剤と組み合わせて使用される場合)は、処置される疾患の種類、重症度および経過、抗がん剤が予防目的または治療目的のどちらで投与されるか、以前の治療、個体の病歴および抗がん剤への応答、ならびに主治医の裁量に依存する。本発明の抗がん剤は、適切には、一度にまたは一連の処置にわたって個体に投与される。数日以上の繰り返し投与の場合、状態にもよるが、一般には疾患症状の所望の抑制が起こるまで処置を継続することになる。最初の高負荷用量を投与し、その後、1つまたは複数の低負荷用量を投与してもよい。しかしながら、他の投薬計画が有用な場合もある。この治療の進行状況は、従来の技術およびアッセイで簡単にモニタリングすることができる。いくつかの例では、本明細書で提供される内分泌療法薬は、約1mg/kg~約100mg/kgの量で投与される。別の例では、本明細書で提供される内分泌療法薬は、約100mg/kg~約1000mg/kgの量で投与される。さらに別の例では、本明細書に記載される内分泌療法薬は、約1000mg/kg~約2000mg/kgの量で投与される。本明細書に記載される特定の内分泌療法薬は、当該技術分野で理解されているように、周期的投与ルーチンで投与することができ、たとえば、20、21、22、23、24、25、26、27、または28日以上の連続した日数と、その後の1、2、3、4、5、6、7、またはそれ以上の日数の休息期間で投与することができる。さらに別の例では、本明細書に記載される内分泌療法薬は、添付文書に従って投与される。
A.内分泌療法薬
【0274】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、内分泌療法薬が個体に投与され得る。
【0275】
本明細書に記載のされる方法で使用するための例示的な内分泌療法薬には、エストロゲン受容体の活性を調節する化合物が含まれる。特定の例では、本明細書の化合物は、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含む。
【0276】
いくつかの例では、内分泌療法薬は、アロマターゼ阻害剤を含む。アロマターゼ阻害剤は、当該技術分野で知られている薬剤であり得る。たとえば、一例では、アロマターゼ阻害剤は、レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン、またはテストトラクトン、またはそれらの薬学的に許容される塩、またはそれらの組み合わせである。
【0277】
別の例では、内分泌療法薬はSERMを含む。
【0278】
内分泌療法薬は、ERに対してアンタゴニスト活性を有することが知られている四置換オレフィン化合物であり得る化合物を含み得る。たとえば、内分泌療法薬は、ヒドロキシタモキシフェンなどのその誘導体を含むタモキシフェンであり得る。一例では、内分泌療法薬はナフォキシジンを含む。別の例では、内分泌療法薬は、クロミフェン、トレミフェン、ラロキシフェン、アノルドリン、バゼドキシフェン、ブロパレストロール、シクロフェニル、ラソフォキシフェン、オルメロキシフェン、アコルビフェン、エラストラント、ブリラネストラント、クロミフェノキシド、ドロロキシフェン、エタクシル、またはオスペミフェン、またはそれらの薬学的に許容される塩、またはそれらの組み合わせを含む。別の例では、内分泌療法薬は、G1T48、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0279】
さらに別の例では、内分泌療法薬はSERDを含む。
【0280】
一例では、内分泌療法薬はフルベストラント
【化1】
またはその薬学的に許容される塩を含む
【0281】
一態様では、内分泌療法薬は、式(1):
【化2】
式中、
Zは、-OHまたは-OR10であり、
は、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、C1~4ジューテロアルキル、C3~6シクロアルキル、またはC1~4アルキレン-Wであり、
Wは、ヒドロキシ、ハロゲン、CN、C1~4アルキル、C1~4ハロアルキル、C1~4アルコキシ、C1~4ハロアルコキシ、またはC3~6シクロアルキルであり、
各Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルであり、
各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OR、-S(O)10、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ヘテロアルキルであり、
各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OR、-S(O)10、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ヘテロアルキルであり、
は、H、またはC1~4アルキル、またはハロゲンであり、
は、H、またはC1~4アルキル、またはハロゲンであり、
は、H、C1~6アルキル、C1~6フルオロアルキル、またはC3~6シクロアルキルであり、
10は、C1~6アルキルであり、
mは、0、1、または2であり、
nは、0、1、2、3、または4であり、
pは、0、1または2である、
を有する化合物を含む。
【0282】
式(1)の化合物の別の例では、Zは、-OHまたは-OR10であり、Rは、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、C1~4ジューテロアルキル、C3~6シクロアルキル、またはC1~4アルキレン-Wであり、Wは、ヒドロキシ、ハロゲン、CN、またはC1~4アルキルであり、各Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルであり、各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OR、-S(O)2R10、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ヘテロアルキルであり、各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OR、-S(O)2R10、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ヘテロアルキルであり、Rは、H、C1~4アルキル、またはハロゲンであり、Rは、H、C1~4アルキル、またはハロゲンであり、Rは、H、C1~6アルキル、C1~6フルオロアルキル、またはC3~6シクロアルキルであり、R10は、C1~6アルキルであり、mは、0、1または2であり、nは、0、1、2、3、または4であり、pは、0、1、または2である。
【0283】
式(1)の化合物の別の例では、Zは-OHである。式(1)の化合物の別の例では、Zは-OR10である。式(1)の化合物の別の例では、Zは、-OH、-OCH、または-OCHCHである。
【0284】
式(1)の化合物の別の例では、Rは、H、-CH、F、またはClである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、Hである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、H、-CH、F、またはClである。式(1)の化合物の別の例では、R は、Hである。
【0285】
式(1)の化合物の別の例では、Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、F、Cl、または-CHである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OH、-OR、-S(O)10、C1-4アルキル、C1-4フルオロアルキル、またはC1-4ヘテロアルキルである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OH、-S(O)CH、-S(O)CHCH、-CH、-CHCH、-CF、-CHOH、-OCF、-OCH、または-OCHCHである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、F、Cl、-CN、-OH、-CH、-CHCH、-CF、-CHOH、-OCF、-OCH、または-OCHCHである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、FまたはClである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルである。式(1)の化合物の別の例では、各Rは、独立して、F、Cl、または-CHである。
【0286】
式(1)の化合物の別の例では、mは0または1である。式(1)の化合物の別の例では、mは0である。式(1)の化合物の別の例では、mは1である。式(1)の化合物の別の例では、nは0、1、または2である。式(1)の化合物の別の例では、nは0である。式(1)の化合物の別の例では、nは1である。式(1)の化合物の別の例では、nは2である。式(1)の化合物の別の例では、pは0または1である。式(1)の化合物の別の例では、pは0である。式(1)の化合物の別の例では、pは1である。
【0287】
式(1)の化合物の別の例では、Zは-OHであり、Rは、H、-CH、F、またはClであり、Rは、H、-CH、F、またはClであり、各Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルであり、各Rは、独立して、ハロゲン、-CN、-OR、-S(O)10、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ヘテロアルキルであり、各Rは、独立して、ハロゲン、C1~4アルキル、またはC1~4フルオロアルキルであり、mは、0または1であり、nは、0、1、または2であり、pは、0または1である。
【0288】
式(1)の化合物の別の例では、Rは、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、C1~4ジューテロアルキル、C3~6シクロアルキル、またはC1~4アルキレン-Wであり、Wは、ヒドロキシ、ハロゲン、CN、C1~4アルコキシ、またはC3~6シクロアルキルである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、C1~4アルキル、C1~4フルオロアルキル、またはC1~4ジュウテロアルキルである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、C1~4アルキルである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、-CH、-CHCH、-CHCHCH、-CH(CH、CHCHCHCH、-CHCH(CH、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CD、-CHCD、-CDCD、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、-CH-W、または-CHCH-Wであり、Wは、ヒドロキシ、F、Cl、-CN、-OCH、-OCHCH、-OCHCHCH、-OCH(CH、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、またはシクロヘキシルである。式(1)の化合物の別の例では、Wは、ヒドロキシ、F、Cl、-CN、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、またはシクロヘキシルである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、-CH、-CHCH、-CHCHCH、-CH(CH、-CHCHCHCH、-CHCH(CH、-CHF,-CHF、-CF、-CHCF、-CDs,-CHCD、-CDCD、-CH-W,または-CHCH-Wである。式(1)の化合物の別の例では、Rは、-CH、-CHCH、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CD、-CDCD、-CHCD、またはシクロプロピルである。
【0289】
式(1)の化合物の別の例では、Zは-OHであり、RはHであり、RはHであり、mは0であり、nは、0、1、または2であり、pは0である。
【0290】
式(1)の化合物の別の例では、式(1)の化合物は、式(1a):
【化3】
の構造、またはその薬学的に許容される塩、またはそのN-オキシドを有する。
【0291】
別の態様では、内分泌療法薬は、米国特許第8,299,112号明細書に、たとえば、その中の表1に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0292】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式を有する化合物:
(E)-エチル3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-ベンゾ[d] [1,2,3]トリアゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-メトキシフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-(ヒドロキシメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-(ヒドロキシメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-(ヒドロキシメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(o-トリル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(m-トリル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(p-トリル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-メトキシフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-メトキシフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;((E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-クロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-エチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-(トリフルオロメチル)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-クロロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-4-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-シアノフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジフルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-3-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロプロピル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-フルオロ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,6-ジフルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2,6-ジクロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4,4,4-トリデウテロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-フルオロ-3-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(5-フルオロ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2,3-ジフルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,5-ジフルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-5-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-6-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(7-クロロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(4-メチル-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(7-メチル-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(6-メチル-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(3-メチル-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(3-クロロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルペント-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-シアノフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-シアノフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-ヒドロキシ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-4-メトキシ-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-3-メトキシ-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インドール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(6-クロロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-4-メチル-2-フェニルペント-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-ベンゾ[d] [1,2,3]トリアゾール-5-イル)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(4-クロロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロペンチル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロヘキシル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-3-メチル-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-3-シクロプロピル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロフェニル)-2-シクロプロピル-1-(1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(6-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-ベンゾ[d]イミダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルヘキサ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-3-シクロペンチル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(7-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(7-フルオロ-1H-インドール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-4-メチルペント-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-3,3-ジフルオロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(7-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-4-フルオロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-クロロ-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-3,3,3-トリフルオロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルプロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-フルオロ-2-メチルフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-メチルフェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロプロピル-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-フルオロ-2-メチルフェニル)ビニル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-メチルフェニル)-2-シクロプロピル-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(4-クロロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-3,3-ジフルオロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)プロパ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロプロピル-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-クロロ-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-クロロ-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-4-フルオロ-2-(4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-4-フルオロ-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-5-メトキシ-2-フェニルペント-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-6-メトキシ-2-フェニルヘキサ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-
(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-3-メチルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-(トリフルオロメトキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロブチル-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-2-シクロブチル-1-(1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(3-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロブチル-1-(3-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(3-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-2-シクロブチル-1-(3-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-エチル3-(4-((E)-2-(4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート;(E)-エチル3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-メトキシフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート;(E)-エチル3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-メトキシフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)-2-メチルアクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-3-メチルフェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-2-メチルフェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-2-クロロフェニル)アクリル酸;(Z)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)-2-フルオロアクリル酸;(Z)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)-2-クロロアクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-3-フルオロフェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-2-フルオロフェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-2-(トリフルオロメチル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-3-メトキシフェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((Z)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)-2-メトキシフェニル)アクリル酸;
(E)-エチル3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート塩酸塩;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-エチル3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリレート;(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
s(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-(トリフルオロメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-2-シクロプロピル-1-(1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-(1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-フルオロ-2-(トリフルオロメチル)フェニル)ブチル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-(トリフルオロメチル)フェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-4-フルオロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-メトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-4-フルオロ-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロプロピル-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-2-シクロプロピル-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロプロピル-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-メチルフェニル)-2-シクロプロピル-1-(1H-インダゾール-5-イル)ビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-メチル-5-(メチルスルホニル)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-メトキシ-2-メチルフェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-フルオロ-4-メトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-5-メトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-フルオロ-4-(メチルスルホニル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-3,3,4,4,4-ペンタデューテロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-(メチルスルホニル)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(7-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-3-メトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2,4-ジクロロフェニル)-1-(7-フルオロ-1H-インドール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(7-フルオロ-1H-インドール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-3,3,4,4,4-ペンタデューテロ-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-クロロ-2-シアノフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-シアノ-4-フルオロフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-シアノ-4-(トリフルオロメチル)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-シアノフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-シアノ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(4-シアノ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(5-シアノ-2-メチルフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-シアノ-4-メトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(3-ヒドロキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-ヒドロキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-ヒドロキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-(1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルブタ-1-エン-1-イル)フェニル)プロパン酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-(2-メトキシエトキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-(3-メトキシプロポキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-(2-メトキシエトキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-(3-メトキシプロポキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-(シクロヘキシルオキシ)フェニル)-1-(4-フルオロ-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-ブトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(3-(ペンチルオキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(3-(ヘキシルオキシ)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-ブトキシフェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(4-(ペンチルオキシ)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(4-(ヘキシルオキシ)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(4-(2-ヒドロキシエトキシ)フェニル)-1-(1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-1-(1H-インダゾール-5-イル)-2-(2-(メチルスルホニル)フェニル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;
(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロフェニル)-1-(1-メチル-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-シクロブチル-1-(1-メチル-1H-インダゾール-5-イル)-2-フェニルビニル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1-メチル-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;(E)-3-(4-((E)-2-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-1-(1-(ジフルオロメチル)-1H-インダゾール-5-イル)ブタ-1-エン-1-イル)フェニル)アクリル酸;または
薬学的に許容される塩、またはそれらのN-オキシド、またはそれらの組み合わせを含む。
【0293】
一例では、内分泌療法薬は、以下の構造:
【化4】
を有するブリラネストラント(GDC-0810)、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0294】
別の態様では、内分泌療法薬は、USPN 9,499,538または9,586,952に記載されている化合物を含み、これらのそれぞれは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0295】
別の態様では、内分泌療法薬は、USPN 7,612,114または8,399,520に記載されている化合物を含み、これらのそれぞれは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。一例では、内分泌療法薬は、エラセストラント(RAD1901):
【化5】
またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0296】
別の態様では、内分泌療法薬は、国際特許出願第WO2018077260号、たとえば、その中の表2に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。一例では、内分泌療法はLX-039を含む。別の例では、内分泌療法薬は、以下の構造:
【化6】
有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0297】
別の態様では、内分泌療法薬は、国際特許出願第WO2017136688号、WO2017162206号、WO2017140669号、WO2017216280号、WO2017216279号、WO2018091153号、WO2018019793号、WO2018077630号に記載されている化合物を含み、これらのそれぞれは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0298】
別の例では、内分泌療法薬は、以下の構造:
【化7】
を有するAZ9496、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0299】
別の態様では、内分泌療法薬は、米国特許出願第20150284357号明細書に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。別の態様では、内分泌療法薬は、USPN 9,475,791に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。さらに別の態様では、内分泌療法薬は、国際特許出願第WO2018081168号またはWO2018129387号に記載されている化合物を含み、これらのそれぞれは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。一態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化8】
を有する化合物、またはその立体異性体および/または薬学的に許容される塩を含む。
【0300】
別の態様では、内分泌療法薬は、USPN 8,703,810に記載されている化合物、たとえば、その中で提供される化合物の表に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0301】
一態様では、内分泌療法薬は、式(2):
【化9】
式中、
は、H、F、C~Cアルキル、またはC~Cフルオロアルキルであり、
は、H、ハロゲン、C~Cアルキル、C~Cシクロアルキル、またはC~Cフルオロアルキルであり、
各Rは、H、ハロゲン、-CN、-OH、-OR、-SR、-S(O)R10、-S(O)10、-C(O)R10、-C(O)OHかC(O)OR10、-C(O)NHR10、-C(O)N(R10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルコキシ、置換または非置換C~Cアルコキシ、および置換または非置換C~Cヘテロアルキルから独立して選択され、
各Rは、H、ハロゲン、-CN、-OH、-OR、-SR、-S(O)R10、-S(O)10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換Cフルオロアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルコキシ、置換または非置換C~Cアルコキシ、および置換または非置換C~Cヘテロアルキルから独立して選択され、
各Rは、H、ハロゲン、-CN、-OH、-OR、-SR、-S(O)R10、-S(O)10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルコキシ、置換または非置換C~Cアルコキシ、および置換または非置換Cヘテロアルキルから独立して選択され、
【化10】
は、ピロリジニルまたはアゼチジニルであり、
は、HまたはC~Cアルキルであり、
各Rは、F、Cl、-CN、-OH、-OR、-SR、-S(O)R10、-S(O)10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルコキシ、置換または非置換C~Cアルコキシ、および置換または非置換C~Cヘテロアルキルから独立して選択され、
または、1つのRがRと一緒になって、RをRに結合する介在原子と共に、5、6、もしくは7員環を形成し、
各Rは、H、-C(O)R10、-C(O)OR10、-C(O)NHR10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換C~Cヘテロアルキル、置換または非置換 C~Cフルオロアルキル、置換または非置換C~C10シクロアルキル、置換または非置換C~C10ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、置換または非置換ヘテロアリール、-C~Cアルキレン-(置換または非置換C~C10シクロアルキル)、-C~Cアルキレン-(置換または非置換C-C10ヘテロシクロアルキル)、-C~Cアルキレン-(置換または非置換アリール)、および-C~Cアルキレン-(置換または非置換ヘテロアリール)から独立して選択され、または
各R10は、置換または非置換C-Cアルキル、置換または非置換C~Cヘテロアルキル、置換または非置換 C~Cフルオロアルキル、置換または非置換C~C10シクロアルキル、置換または非置換C~C10ヘテロシクロアルキル、置換または非置換アリール、置換または非置換ヘテロアリール、-C~Cアルキレン-(置換または非置換C~C10シクロアルキル)、-C~Cアルキレン-(置換または非置換C~C10ヘテロシクロアルキル)、-C~Cアルキレン-(置換または非置換アリール)、および-C~Cアルキレン-(置換または非置換)非置換ヘテロアリール)から独立して選択され、
Yは、-O-、-S-、または-NR11-であり、R11は、H、-C(O)R10、置換または非置換C~Cアルキル、置換または非置換C~Cフルオロアルキル、または置換または非置換~Cヘテロアルキルであり、
Xは、-O-、-S-、-CH-、-NH-または-N(C~Cアルキル)-であり、
mは、0、1、2、3または4であり、
nは、0、1、2、または3であり、
pは、0、1、2、3または4であり、
tは、1、2、3、または4である、
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0302】
一例では、式(2)の化合物は、Rが、HまたはC~Cアルキルであり、Rが、C~CアルキルまたはC~Cフルオロアルキルであり、各Rが、H、ハロゲン、-CN、-OH、-OR、-SR、-S(=O)R10、-S(=O)10、C~Cアルキル、C~Cフルオロアルキル、C~Cフルオロアルコキシ、C~Cアルコキシ、およびC~Cヘテロアルキルから独立して選択され、各Rが、H、F、Cl、-OH、-CH、-CF、-OCF、および-OCHから独立して選択され、各Rが、H、F、Cl、-OH、-CH、-CF、-OCF、および-OCHから独立して選択され、RがHであり、各Rが、H、F、Cl、-OH、C~Cアルキル、C~Cフルオロアルキル、C~Cフルオロアルコキシ、C~Cアルコキシ、およびC~Cヘテロアルキルから独立して選択され、Yが、-O-または-S-であり、Xが、-O-、-S-、-CH-、-NH-または-N(CH)-であり、pは0、1、または2である化合物である。
【0303】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式を有する化合物:
3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;(S)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;(R)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-(2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((R)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-(2-((S)-3-メチルピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((S)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((R)-2-((S)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;2-(4-((S)-2-(3,3-ジメチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2H-クロメン-6-オール;2-(4-(2-(3,3-ジメチルピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2H-クロメン-6-オール;
3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-(2-((R)-2-メチルピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-2-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((S)-2-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-7-オール;3-(4-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-7-オール;4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-フェニル-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;(S)-3-(4-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;(R)-3-(4-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-フルオロ-4-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
2-(2-フルオロ-4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシ-4-メチルフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシ-2-メチルフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(4-ヒドロキシ-2-メチルフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-ヒドロキシ-3-メチルフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-フルオロ-5-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-クロロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(2-フルオロ-4-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3,4-ジフルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(3,5-ジフルオロ-4-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(2,4-ジフルオロ-3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3,4-ジフルオロ-5-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(2-クロロ-4-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(2,4-ジフルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(4-ブロモフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-(o-トリル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-フルオロ-3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(4-エチニルフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-(4-(メチルスルホニル)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(2-フルオロ-3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;5-フルオロ-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(2-フルオロ-5-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(4-フルオロフェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-2-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;2-(4-((S)-2-((R)-3-フルオロピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-3-(3-ヒドロキシフェニル)-4-メチル-2H-クロメン-6-オール;
3-(4-ヒドロキシフェニル)-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-4-(トリフルオロメチル)-2H-クロメン-6-オール;3-(3-ヒドロキシフェニル)-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-4-(トリフルオロメチル)-2H-クロメン-6-オール;
3-(3-ヒドロキシ-4-(トリフルオロメチル)フェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;3-(4-ヒドロキシ-3-(トリフルオロメチル)フェニル)-4-メチル-2-(4-((S)-2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2H-クロメン-6-オール;または、その薬学的に許容される塩、またはそれらの組み合わせを含む。
【0304】
一例では、内分泌療法薬は、以下の構造:
【化11】
を有するGDC-0927(SRN-0927)、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0305】
別の態様では、内分泌療法薬は、USPN 9,980,947、たとえばその中の表1に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0306】
一態様では、内分泌療法薬は、式(3):
【化12】
式中、
は、CRまたはNであり、
は、-(CH)-、-(CHCH)-、またはNRであり、
は、NRまたはC(Rであり、
、Y、およびYのうちの一つが、NまたはNRであり、
は、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、プロパルギル、C~Cシクロアルキル、またはC~Cヘテロシクリルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHからなる群から独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、H、-O((C~C アルキル)、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、プロパルギル、-(C~Cアルキルジイル)-(C~Cシクロアルキル)、C~Cシクロアルキル、またはC~Cヘテロシクリルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、OH、OCH、およびSOCH3;からなる群から独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、H、C~Cアルキル、アリル、またはプロパルギルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHからなる群から独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、CR、C(O)、または結合であり、
Cyは、C~C20アリールジイル、C~C12カルボシクリルジイル、C~C20ヘテロシクリルジイル、またはC~C20ヘテロアリールジイルであり、
は、O、S、NR、C~Cアルキルジイル、C~Cフルオロアルキルジイル、O-(C~Cアルキルジイル)、O-(C~Cフルオロアルキルジイル)、C(O)、または結合であり、
、R、RおよびRは、独立して、H、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
は、H、C~Cルキル、C~Cシクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、-(C~Cアルキルジイル)-(C~Cシクロアルキル)、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C複素環)、C(O)R、C(O)NR、SO、またはSONRであって、任意に、ハロゲン、CN、OR、N(R、C~Cアルキル、C~C シクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、C(O)R、C(O)NR、SO、またはSONRの1つ以上の基で置換されており、
は、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H,シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
mは、0、1、2、3または4であり、
アルキルジイル、フルオロアルキルジイル、アリールジイル、カルボシクリルジイル、ヘテロシクリルジイル、およびヘテロアリールジイルは、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN,-CHCN、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-COH,-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCHs、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、およびモルホリノからなる群から選択される1つ以上の基で任意に置換されている、
の化合物、または、その立体異性体、互変異性体、薬学的に許容される塩を含む。
【0307】
式(3)の化合物の一例では、YはCRであり、YはNRである。式(3)の化合物の別の例では、YはNであり、YはC(Rである。式(3)の化合物の別の例では、Yは、-(CH)-である。式(3)の化合物の別の例では、Yは、-(CHCH)-である。
【0308】
式(3)の化合物の別の例では、RはHである。式(3)の化合物の別の例では、CyはC~C20アリールジイルであり、C~C20アリールジイルはフェニルジイルであり、フェニルジイルは1つ以上のFで置換されている。式(3)の化合物の別の例では、RおよびRはHである。式(3)の化合物の別の例では、RはHであり、Rは-CHである。式(3)の化合物の別の例では、Rは、C~Cフルオロアルキルである。式(3)の化合物の別の例では、mは0である。
【0309】
別の例では、内分泌療法薬は、式(3a):
【化13】
式中、
は、CRまたはNであり、
は、-(CH)-、-(CHCH)-、またはNRであり、
は、NRまたはC(Rであり、
、Y、およびYのうちの一つが、NまたはNRであり、
は、独立して、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、プロパルギル、C~Cシクロアルキル、およびC~Cヘテロシクリルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、またはSOCHから選択される1つ以上の基で置換されており、
は、独立して、H、-O((C~C アルキル)、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、プロパルギル、-(C~Cアルキルジイル)-(C~Cシクロアルキル)、C~Cシクロアルキル、およびC~Cヘテロシクリルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、OH、OCH、またはSOCH3;から選択される1つ以上の基で置換されており、
は、独立して、H、C~Cアルキル、アリル、プロパルギルであって、任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHから独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、CR、C(O)、または結合であり、
Cyは、C~C20アリールジイル、C~C12カルボシクリルジイル、C~C20ヘテロシクリルジイル、またはC~C20ヘテロアリールジイルであり、
はOであり、
、R、RおよびRは、それぞれ、H、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
は、H、C~Cルキル、C~Cシクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、-(C~Cアルキルジイル)-(C~Cシクロアルキル)、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C複素環)、C(O)R、C(O)NR、SO、およびSONRであって、任意に、ハロゲン、CN、OR、N(R、C~Cアルキル、C~C シクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、C(O)R、C(O)NR、SO、またはSONRの1つ以上の基で置換されており、
は、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
mは、0、1、2、3または4であり、
アルキルジイル、フルオロアルキルジイル、アリールジイル、カルボシクリルジイル、ヘテロシクリルジイル、およびヘテロアリールジイルは、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN,-CHCN、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-COH,-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、およびモルホリノからなる群から選択される1つ以上の基で任意に置換される、
を有する式(3)の化合物、または、その立体異性体、互変異性体、薬学的に許容される塩を含む。
【0310】
一例では、式(3a)の化合物は式(3b):
【化14】
を含む。
【0311】
別の例では、式(3a)の化合物は式(3c):
【化15】
式中、
は、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H,シクロプロピル、シクロプロピルアミド、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
nは、0、1、2、3、または4である、
を含む。
【0312】
別の例では、式(3a)の化合物は式(3d):
【化16】
を含む。
【0313】
さらに別の例では、式(3a)の化合物は式(3e):
【化17】
式中、Rは、Hまたは-CHである、
を含む。
【0314】
式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、YはCRであり、YはNRである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、YはNであり、YはC(Rである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、Yは、-(CH)-または-(CHCH)-である。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、RはHである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、Cyはフェニルジイルである。式(3a)~(3e)の化合物の一例では、フェニルジイルは、1つ以上のFで置換されている。
【0315】
式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、RおよびRはHである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、RはHであり、Rは-CHである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、RはC~Cフルオロアルキルである。式(3a)~(3e)の化合物の別の例では、mは0である。
【0316】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式を有する化合物:
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-メチルプロパン-1-オン;1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オン;
(1R,3R)-1-(4-(2-(3-(ジフルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)-2,6-ジフルオロフェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(4-((1-(3-クロロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)-2,6-ジフルオロフェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-プロピルアゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2、3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((S)-2-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(6-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)ピリジン-3-イル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(3-フルオロ-5-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)ピリジン-2-イル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-2-(シクロブチルメチル)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2,3、4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-((3-メチルオキセタン-3-イル)メチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-(オキセタン-3-イルメチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-(オキセタン-3-イル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(ピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(ピペリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1-(2-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェノキシ)エチル)アゼチジン-3-イル)メタノール;
(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)エタノン;
1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-ヒドロキシ-2-メチルプロパン-1-オン;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;
((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)((1s,3S)-3-ヒドロキシシクロブチル)メタノン;1-(1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3,3-ジメチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-メチルプロパン-1-オン;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-(メチルスルホニル)-2,3、4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-2-オール;(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(ジフルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-(3-クロロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-プロピルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;((1S,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-3-イル)メタノール;(1R,3R)-1-[4-(アゼチジン-3-イルオキシ)-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-2-シクロブチル-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4、9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3S)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-(フルオロメチル)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-[(3-フルオロオキセタン-3-イル)メチル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
シクロヘキシル((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)メタノン;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジメチル-プロパン-1-オン;シクロプロピル((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)メタノン;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-(3-メチルアゼチジン-1-イル)エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-((R)-3-メチルピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[(2S)-2-ピロリジン-1-イルプロポキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[3-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]プロポキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[(E)-3-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]プロパ-1-エニル]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-2-[(3,3-ジフルオロシクロブチル)メチル]-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2,2-ジメチルプロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;シクロブチル-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イルメタノン;シクロペンチル-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]メタノン;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[(3S)-3-メチルピロリジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[(2R)-2-ピロリジン-1-イルプロポキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[(1-プロピルアゼチジン-3-イル)メトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-[(1-フルオロシクロブチル)メチル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(2R)-3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-フルオロ-2-メチル-プロパン-1-オール;(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
2-シクロプロピル-1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]エタノン;2-シクロブチル-1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]エタノン;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジフルオロ-プロパン-1-オン;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)-3-メチル-アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-(1-エチルアゼチジン-3-イル)オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-ペンチルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-[1-(シクロプロピルメチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-(シクロペンチルメチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(2-フルオロエチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-プロプ-2-イニルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-イソプロピルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-イソブチルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;tert-ブチル3-[3,5-ジフルオロ-4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-ブジンドール-1-イル]フェノキシ]アゼチジン-1-カルボキシレート;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-エチル-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-エチル-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-[(1-メチルシクロブチル)メチル]-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-、3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1S,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-[1-(3,3-ジメトキシプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2-フルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1S,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-(メチルスルホニル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-3-ヒドロキシ-2-メチルプロパン-1-オン;アゼチジン-3-イル-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]メタノン;
((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)(2-フルオロシクロプロピル)メタノン;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[(2S)-2-[(3R)-3-メチルピロリジン-1-イル]プロポキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-フェニル-メタノン;(1R,3R)-2-(シクロプロピルメチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-[1-(2-シクロプロピルエチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-(1-アリルアゼチジン-3-イル)オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-(シクロブチルメチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-イソペンチルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(2-メチルブチル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(ペンタン-2-イル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-(1-シクロブチルアゼチジン-3-イル)オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(オキセタン-3-イル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-(1-シクロプロピルアゼチジン-3-イル)オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]スルファニル-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-イソブチル-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-((R)-2-フェニルプロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2-((S)-2-フェニルプロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-(1-プロピルアゼチジン-3-イル)オキシ-フェニル]-2-イソブチル-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1-[4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシフェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;[1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(3-フルオロシクロブチル)メタノン;(1R,3R)-1-[4-[(2S)-2-[3-(ジフルオロメチル)アゼチジン-1-イル]プロポキシ]-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-フルオロ-3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;4-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-4-オキソ-ブタンニトリル;(1R,3R)-2-(シクロヘキシルメチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-[2-(オキセタン-3-イル)エチル]アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-(シクロヘキシルメチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[2-クロロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2-クロロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-3-ヒドロキシブタン-1-オン;[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(オキセタン-3-イル)メタノン;
[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(チエタン-3-イル)メタノン;(R)-1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-3-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オン;(1R,3R)-2-(シクロペンチルメチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-[(4,4-ジフルオロシクロヘキシル)メチル]アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(S)-1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-3-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オン;((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)(オキセタン-2-イル)メタノン;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
2-フルオロ-1-[(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-1-オン;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-フルオロ-2-メチル-プロパン-1-オン;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-(ジメチルアミノ)エタノン;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-[(1-フルオロシクロプロピル)メチル]アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(1-フルオロシクロブチル)メタノン;[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(1-メチルシクロプロピル)メタノン;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-[[1-(フルオロメチル)シクロプロピル]メチル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;;[1-[[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]メチル]シクロプロピル]メタノール;
2-フルオロ-1-[(1S,3R)-1-[2-フルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-1-オン;2-フルオロ-1-[(1R,3R)-1-[2-フルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-1-オン;(1S,3R)-1-[2-フルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2-フルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;2-フルオロ-1-[(1S,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-1-オン;(1R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1S)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-(1-フルオロシクロプロピル)メタノン;(1R,3R)-6-クロロ-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-7-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1-(((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)メチル)シクロプロピル)メタノール;
(1S,3S)-6-クロロ-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-2-[(3-メチルオキセタン-3-イル)メチル]-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-5-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-7-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-5-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1-[4-[2-[(3R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1S、3 S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-5-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-7-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-5-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;2-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-N、N-ジメチルアセトアミド;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-1-[4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2-メチル-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3,3-ジメチル-4,9-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3,3-ジメチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-[1-[(3,3-ジフルオロシクロブチル)メチル]アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-8-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-8-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-8-フルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(S)-1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)プロパン-2-オール;(R)-1-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)プロパン-2-オール;
(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(クロロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[3-クロロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[3-フルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(2R)-3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]プロパン-1,2-ジオール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-[[(1S、2R)-2-フルオロシクロプロピル]メチル]アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-((S)-3-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1,2-ジオール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(3-フルオロ-2,2-ジメチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(R)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;
(R)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(2R)-3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン-1,2-ジオール;(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(3-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(3-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,3-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(((1S、2S)-2-フルオロシクロプロピル)メチル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;1-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]プロパン-2-オン;
3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジメチル-プロパン-1-オール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-エチルスルホニル-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジフルオロ-プロパン-1-オール;3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[ 2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジメチル-プロパン-1-オール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
1-((1S,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)プロパン-2-オン;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-N、N、2-トリメチルプロパンアミド;
(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-N、N、2-トリメチルプロパンアミド;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン酸;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン酸;
(1R,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-(フルオロメチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;(1R,3R)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1S,3R)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[1-(3,3-ジフルオロシクロブチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-[(E)-3-フルオロアリル]アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-2-(2-(メチルスルホニル)プロピル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-ビニルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-N、3-ジメチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-スルホンアミド;3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジメチル-プロパンニトリル;(1R,3R)-1-[4-[1-(3,3-ジフルオロアリル)アゼチジン-3-イル]オキシ-2,6-ジフルオロ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(S)-2-(((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)メチル)-3,3,3-トリフルオロプロパン-1-オール;(R)-2-(((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)メチル)-3,3,3-トリフルオロプロパン-1-オール;
(1R,3R)-2-エチルスルホニル-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-N、N、3-トリメチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-スルホンアミド;(1R,3R)-1-[4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシフェニル]-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;3-[3-[3,5-ジフルオロ-4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェノキシ]アゼチジン-1-イル]シクロブタノール;
(1R,3R)-1-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-((S)-イソプロピルスルフィニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-((R)-イソプロピルスルフィニル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3s)-3-(3-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェノキシ)アゼチジン-1-イル)シクロブタノール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(5-フルオロペンチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-[3,5-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(4-フルオロブチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[3,5-ジフルオロ-4-[1-(5-フルオロペンチル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-[2,5-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチルアミノ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジフルオロ-プロパン-1-オール;
(1S,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(5-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)ピラジン-2-イル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)-3-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;2-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]-5-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-ベンゾニトリル;4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)-1-(3-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)プロピル)ピリジン-2(1H)-オン;
[4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェニル]-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]メタノン;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパンアミド;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン酸;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン酸;3-[1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン酸;
3-[1-[2,6-ジフルオロ-4-[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]オキシ-フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン酸;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;
(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-(3,3,3-トリフルオロプロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;(1S,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-2-(3,3,3-トリフルオロプロピル)-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチイン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;3-((1S、3 S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;3-((1S、3 S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジメチルプロパン酸;(R)-2-(((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)メチル)-3,3,3-トリフルオロプロパン-1-オール;(S)-2-(((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)メチル)-3,3,3-トリフルオロプロパン-1-オール;(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(2-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)ピリミジン-5-イル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
3-[(1S,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジメチル-プロパン酸;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2,2-ジフルオロプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(S)-(4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)(1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)メタノール;(R)-(4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)(1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)メタノール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-シス-(3-(フルオロメチル)シクロブチル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-トランス-(3-(フルオロメチル)シクロブチル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-((1-フルオロシクロブチル)メチル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロプロパン-1-オール;;
(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロプロパン-1-オール;;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-(フルオロメチル)プロパン-1-オール;;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b)]インドール-2(9H)-イル)-2-(フルオロメチル)プロパン-1-オール;;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イルオキシ)フェニル)-2-((3-フルオロオキセタン-3-イル)メチル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イルオキシ)フェニル)-6,8-ジフルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル))-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;;(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-((1-(フルオロメチル)シクロプロピル)メチル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;;
(1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-(1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イルオキシ)フェニル)-6,7-ジフルオロ-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル))-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール;または(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-1-(1-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)メチル)-1H-ピラゾール-4-イル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール、またはそれらの薬学的に許容される塩またはそれらの組み合わせを含む。
【0317】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化18】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0318】
別の態様では、内分泌療法薬は、式(4):
【化19】
式中、
は、-(CH)であり、
は、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、プロパルギル、C~Cシクロアルキル、またはC~Cヘテロシクリルからなる群から独立して選択され、それぞれ任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHからなる群から独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、H、-O(C~Cアルキル)、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、およびプロパルギルからなる群から独立して選択され、それぞれ任意に、F、Cl、Br、I、CN、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CHCHF、OH、OCH、およびSOCH3;から独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
はHであり、
、R、Rおよびは、H、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF,-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF,-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、および-CHCNからなる群から独立して選択され、
は、C~Cアルキル、C~Cシクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、-(C~Cアルキルジイル)-(C~Cシクロアルキル)、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C複素環)、C(O)NR、SO、およびSONRからなる群から選択され、それぞれ任意に、ハロゲン、CN、OR、N(R、C~Cアルキル、C~Cシクロアルキル、C~C複素環、C~Cアリール、C~Cヘテロアリール、C(O)R、C(O)NR、SO、およびSONRの1つ以上で置換されており、
は、独立して、FまたはClであり、
mは、0、1、2、3または4であり、
式中、Rは、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H,シクロプロピル、シクロプロピルアミド、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、またはモルホリノであり、
nは、0、1、または2であり、
は、独立して、ハロゲンである、
を有する化合物、または、その立体異性体、互変異性体、薬学的に許容される塩を含む。
【0319】
変数R、R、R、R、R、R、R、R、m、n、およびYは、式(3)の化合物について本明細書で定義されているとおりである。
【0320】
一例では、式(4)の化合物は式(4a):
【化20】
を含む。
【0321】
別の例では、式(4)の化合物は式(4b):
【化21】
を含む。
【0322】
さらに別の例では、式(4)の化合物は式(4c):
【化22】
を含む。
【0323】
式(4a)~(4c)の化合物の一例では、RはFである。式(4a)~(4c)の化合物の一例では、RおよびRはHである。式(4a)~(4c)の化合物の一例では、RはHであり、Rは-CHである。式(4a)~(4c)の化合物の一例では、Rは C~Cフルオロアルキルである。式(4a)~(4c)の化合物の一例では、mは0である。
【0324】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式を有する化合物:
N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(R)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(2-フルオロ-4-((-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;
(S)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(2-フルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;(R)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;3,5-ジフルオロ-N-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)-4-((1R,3R)-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)アニリン;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
1-(3-フルオロプロピル)-N-[4-[(1R,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェニル]アゼチジン-3-アミン;N-[3,5-ジフルオロ-4-[(1R,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェニル]-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;1-(3-フルオロプロピル)-N-[4-[(1S,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェニル]アゼチジン-3-アミン;N-[3,5-ジフルオロ-4-[(1S,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]フェニル]-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
3,5-ジフルオロ-N-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチル]-4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]アニリン;3-フルオロ-N-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチル]-4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]アニリン;N-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチル]-4-[(1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチル-プロピル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]アニリン;
N-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチル]-4-[(1R,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]アニリン;3,5-ジフルオロ-N-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エチル]-4-[(1R,3R)-3-メチル-2-メチルスルホニル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]アニリン;2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(2-フルオロ-4-((2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;2-フルオロ-3-((1R,3R)-1-(4-((2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-メチルプロパン-1-オール;
3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]アミノ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2,2-ジフルオロ-プロパン-1-オール;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エチル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(2R)-3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]アミノ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン酸;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1S、3 S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;(2S)-3-[(1R,3R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[[1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル]アミノ]フェニル]-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-2-イル]-2-メチル-プロパン酸;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
N-(3,5-ジフルオロ-4-((1S,3S)-6-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2,2-ジメチルプロパン酸;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-6-フルオロ-3-メチル-2-(メチルスルホニル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
N-(3,5-ジフルオロ-4-((1S,3S)-6-フルオロ-3-メチル-2-(メチルスルホニル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;N-(4-((1R,3R)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)-3,5-ジフルオロフェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
N-(4-((1S,3S)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-6-フルオロ-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)-3,5-ジフルオロフェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-7-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1S,3S)-7-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(R)-3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
(S)-3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-2-(2-フルオロ-2-メチルプロピル)-3-メチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)-N-メチルアゼチジン-3-アミン;
(R)-N-(4-(2-(2,2-ジフルオロエチル)-3,3-ジメチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)-3,5-ジフルオロフェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;(S)-N-(4-(2-(2,2-ジフルオロエチル)-3,3-ジメチル-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)-3,5-ジフルオロフェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-5-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1S,3S)-5-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;N-(3,5-ジフルオロ-4-((1S,3S)-8-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;
N-(3,5-ジフルオロ-4-((1R,3R)-8-フルオロ-3-メチル-2-(2,2,2-トリフルオロエチル)-2,3,4,9-テトラヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-1-イル)フェニル)-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;(S)-3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(R)-3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-5-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;
(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)プロパンニトリル;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)プロパンニトリル;(R)-3-(1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3,3-ジメチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;(S)-3-(1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-3,3-ジメチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;
3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-8-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-8-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-7-フルオロ-3-メチル-3,4-ジヒドロ-1H-ピリド[3,4-b]インドール-2(9H)-イル)-2,2-ジフルオロプロパン-1-オール;
N-[4-[(1R,3R)-2-(2,2-ジフルオロエチル)-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロピリド[3,4-b]インドール-1-イル]-3,5-ジフルオロ-フェニル]-1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-アミン;(R)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;
(S)-3-((1S,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;(S)-3-((1R,3R)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール;または(R)-3-((1R,3S)-1-(2,6-ジフルオロ-4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フルオロ-3-メチル-1,3,4,9-テトラヒドロ-2H-ピリド[3,4-b]インドール-2-イル)-2-フルオロ-2-メチルプロパン-1-オール、またはその薬学的に許容される塩、またはそれらの組み合わせを含む。
【0325】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化23】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0326】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化24】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0327】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化25】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0328】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化26】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0329】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化27】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0330】
別の態様では、内分泌療法薬は、以下の式:
【化28】
を有する化合物、その立体異性体、またはその薬学的に許容される塩を含む。
【0331】
別の態様では、内分泌療法薬は、米国特許出願第20170129855号明細書、たとえばその中の表1に記載されている化合物を含み、これは参照によりその全体およびすべての目的のために本明細書に組み込まれる。
【0332】
一態様では、内分泌療法薬は、式(5):
【化29】
式中、
は、CRまたはNであり、
は、-(CH)-、-(CHCH)-、またはNRであり、
は、NRまたはC(Rであり、
、Y、およびYのうちの一つが、NまたはNRであり、
およびRは、H、C~Cアルキル、C~C フルオロアルキル、アリル、プロパルギル、C~Cシクロアルキル、およびC~Cヘテロシクリルから独立して選択され、これらは任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHから独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
は、H、-O(C~Cアルキル)、C~Cアルキル、C-Cフルオロアルキル、アリル、プロパルギル、C~Cシクロアルキル、およびC~Cヘテロシクリルから独立して選択され、これらは任意に、F、Cl、Br、I、CN、OH、OCH、およびSOCHから独立して選択される1つ以上の基で置換されており、
およびRのうちの少なくとも1つは、-CHCl、-CHF、-CHF、-CF、-CHCHF、-CHCHF、-CHCF、CHCHCl、CHCHCHF、CHCHCHF、CHCHCF、またはCHCHCHClであり、
、X、X、およびXは、CH、CR、およびNから独立して選択され、X、X、X、およびXのうちの1つ、または2つがNであるか、いずれもNではなく、
Zは、O、S、S(O)、S(O)、C(=O)、CH(OH)、C~Cアルキルジイル、CH(OH)-(C~Cアルキルジイル)、C-Cフルオロアルキルジイル、NR、NR-(C~Cアルキルジイル,NR-(C~C フルオロアルキルジイル)、O-(C~Cアルキルジイル)、およびO-(C~C フルオロアルキルジイル)から選択され、
およびは、H、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH,-CHCH(CH,-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHCl、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF,-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN,-CHCN、-COH,-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH,-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、およびモルホリノから独立して選択され、
は、C~C20シクロアルキル、C~C20 ヘテロシクリル、C~C20アリール、C~C20 ヘテロアリール、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C20シクロアルキル)、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C20ヘテロシクリル)、-(C~Cアルキルジイル)-(C~C20)、および-(C~Cアルキルジイル)-(C~C20ヘテロアリール)から選択され、
またはRは3~6員のスピロ炭素環式基または複素環式基を形成し、
およびR は、独立して、H、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CONHCHCH、-CONHCH(CH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH3、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、N-メチル-N-オキセタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルホリノメチル、モルホリノ-メタノン、およびモルホリノから選択され、
mは、0、1、2、3および4から選択され、
アルキルジイル、フルオロアルキルジイル、アリール、カルボシクリル、ヘテロシクリル、およびヘテロアリールは、任意に、F、Cl、Br、I、-CN、-CH、-CHCH、-CH(CH、-CHCH(CH、-CHOH、-CHOCH、-CHCHOH、-C(CHOH、-CH(OH)CH(CH、-C(CHCHOH、-CHCHSOCH、-CHOP(O)(OH)、-CHF、-CHF、-CF、-CHCF、-CHCHF、-CH(CH)CN、-C(CHCN、-CHCN、-CHNH、-CHNHSOCH、-CHNHCH、-CHN(CH、-COH、-COCH、-COCH、-COC(CH、-COCH(OH)CH、-CONH、-CONHCH、-CON(CH、-C(CHCONH、-NH、-NHCH、-N(CH、-NHCOCH、-N(CH)COCH、-NHS(O)CH、-N(CH)C(CHCONH、-N(CH)CHCHS(O)CH、-NO、=O、-OH、-OCH、-OCHCH、-OCHCHOCH、-OCHCHOH、-OCHCHN(CH、-OP(O)(OH)、-S(O)N(CH、-SCH、-S(O)CH、-S(O)H、シクロプロピル、シクロプロピルアミド、シクロブチル、オキセタニル、アゼチジニル、1-メチルアゼチジン-3-イル)オキシ、Nメチル-N-オキソエタン-3-イルアミノ、アゼチジン-1-イルメチル、ベンジルオキシフェニル、ピロリジン-1-イル、ピロリジン-1-イル-メタノン、ピペラジン-1-イル、モルプホリノメチル、モルホリノ-メタノン、およびモルホリノから選択される1つ以上の基で置換される、
の化合物、または、その立体異性体、互変異性体、薬学的に許容される塩を含む。
【0333】
式(5)の化合物の一例では、YはNであり、YはC(Rである。式(5)の化合物の一例では、Yは-(CH)-である。式(5)の化合物の一例では、Yは-(CHCH)-である。式(5)の化合物の一例では、Yは NRであり、Rは、-CHCl、-CHF、-CHF、-CF、-CHCHF、-CHCHF、または-CHCFである。式(5)の化合物の一例では、X、X、X、およびXは、CHおよびCRから独立して選択される。式(5)の化合物の一例では、X、X、X、およびXうちの1つはNである。式(5)の化合物の一例では、Zは、OまたはO-(C~C6アルキルジイル)である。式(5)の化合物の一例では、RおよびRはHである。式(5)の化合物の一例では、Rは、C~C20アリールである。式(5)の化合物の一例では、C~C20アリールは、フェニルである。式(5)の化合物の一例では、フェニルは1つ以上のFで置換されている。式(5)の化合物の一例において。式(5)の化合物の一例では、RはOHであり、mは1である。式(5)の化合物の一例では、RはFであり、nは2である。式(5)の化合物の一例では、RはHである。式(5)の化合物の一例では、nは0である。
【0334】
一態様では、内分泌療法薬は、以下の式を有する化合物:
(1R,2S)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-フェニル-テトラリン-6-オール;(1S、2R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-フェニル-テトラリン-6-オール;(1S、2R)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(4-フルオロフェニル)テトラリン-6-オール;(1R、2R)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-フェニル-テトラリン-6-オール;(1S、2S)-1-[2,6-ジフルオロ-4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-フェニル-テトラリン-6-オール;
(1R,2S)-1-[4-[2-[3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル]エトキシ]フェニル]-2-(4-フルオロフェニル)テトラリン-6-オール;(5R,6R)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-(テトラヒドロ-2H-ピラン-4-イル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6S)-6-(4,4-ジフルオロシクロヘキシル)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6S)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-(テトラヒドロ-2H-ピラン-4-イル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;
(5R,6R)-6-(4,4-ジフルオロシクロヘキシル)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6S)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6S)-5-(4-(2-(3-(クロロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;
(5S,6R)-5-(4-(2-(3-(クロロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-(4-(メチルスルホニル)フェニル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-(2-(3-(ジフルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6S)-5-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-(4-(メチルスルホニル)フェニル)-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;
(5R,6S)-5-(4-(2-(3-(ジフルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6R)-5-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6S)-5-(2-フルオロ-4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(S)-1’-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3’,4’-ジヒドロ-rH-スピロ[シクロペンタン-1,2’-ナフタレン]-6’-オール;;(R)-1’-(4-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)フェニル)-3’,4’-ジヒドロ-1’H-スピロ[シクロペンタン-1,2’-ナフタレン]-6’-オール;(5R,6S)-5-(4-((S)-2-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;
(5S,6R)-5-(4-((S)-2-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)プロポキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6S)-5-(4-(((R)-1-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)プロパン-2-イル)オキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-(((R)-1-((R)-3-(フルオロメチル)ピロリジン-1-イル)プロパン-2-イル)オキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;
(5S,6S)-5-(6-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)ピリジン-3-イル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6R)-5-(6-(2-(3-(フルオロメチル)アゼチジン-1-イル)エトキシ)ピリジン-3-イル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5R,6S)-5-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)オキシ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;(5S,6R)-5-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール;または(5R,6S)-5-(4-((1-(3-フルオロプロピル)アゼチジン-3-イル)アミノ)フェニル)-6-フェニル-5,6,7,8-テトラヒドロナフタレン-2-オール、またはその薬学的に許容される塩、または組み合わせを含む。
B.非内分泌系抗がん剤治療薬
【0335】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬が個体に投与され得る。内分泌療法薬以外の例示的な抗がん剤治療薬としては、哺乳類ラパマイシン標的(mTOR)阻害剤、たとえばシロリムス(ラパマイシンとしても知られている)、テムシロリムス(CCI-779またはTORISEL(登録商標)としても知られている)、エベロリムス(RAD001またはAFINITOR(登録商標)としても知られている)、リダホロリムス(AP-23573、MK-8669、またはデホロリムスとしても知られている)、OSI-027、AZD8055、およびINK128;ホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)阻害剤、たとえばイデラリシブ(GS-1101またはCAL-101としても知られている)、BKM120、およびペリホシン(KRX-0401としても知られている);デュアルホスファチジルイノシトール3-キナーゼ(PI3K)/mTOR阻害剤、たとえばXL765、GDC-0980、BEZ235(NVP-BEZ235としても知られている)、BGT226、GSK2126458、PF-04691502、およびPF-05212384(PKI-587としても知られている);およびサイクリン依存性キナーゼ(CDK)4/6阻害剤、たとえばアベマシクリブ(VERZENIO(登録商標))、パルボシクリブ(IBRANCE(登録商標))、リボシクリブ(KISQALI(登録商標))、トリラシクリブ(G1T28);アントラサイクリン、たとえばダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、バルルビシン;パクリタキセルおよびドセタキセルを含むタキサン;ポドフィロトキシン;ゲムシタビン(GEMZAR(登録商標));5-フルオロウラシル(5-FU);シクロホスファミド(CYTOXAN(登録商標));白金アナログ、たとえばシスプラチンおよびカルボプラチン;ビノレルビン(NAVELBINE(登録商標));カペシタビン(XELODA(登録商標));イクサベピロン(IXEMPRA(登録商標));エリブリン(HALAVEN(登録商標));および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体;ならびに上記の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。特定の例では、本明細書に記載される抗がん剤は、本明細書に記載される方法において、本明細書に記載される内分泌療法薬と組み合わせて使用することができる。たとえば、一実施形態では、パルボシクリブなどのCDK4/6阻害剤を、本明細書に記載される内分泌療法薬(たとえば、本明細書に記載されているSERD)と組み合わせて投与することができる。たとえば、いくつかの例では、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬は、化学療法剤およびPI3K阻害剤を含む。
【0336】
非内分泌療法薬は、たとえば、AKT阻害剤(たとえば、イパタセルチブ)、血管新生剤(たとえば、アバスチン)、BCL-2阻害剤(たとえば、ベネトクラクス)、HDAC阻害剤、AURK阻害剤、またはがん免疫療法剤(たとえば、抗PD1/PDL1剤(たとえば、アテゾルジマブ、ペンブロリズマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、およびピジリズマブを含む)。
C.併用療法
【0337】
本明細書に記載の方法は、単剤で投与するか、またはたとえば、2剤、3剤、または4剤などの組み合わせで投与するかどうかにかかわらず、本明細書に記載のすべての化合物で使用できることを理解されたい。一例では、本明細書に記載の化合物は、試験された患者が手術を受ける前に投与されている。別の例では、本明細書に記載の化合物は、試験された患者が手術を受けた後に投与されている。さらに別の例では、本明細書に記載の化合物は、1L、2L、3Lまたはそれ以上の療法のいずれかとして投与されている。特定の例では、本明細書に記載の患者は、本明細書に記載の化合物による処置の前、最中、または後に、たとえば、パルボシクリブ、リボシクリブ、またはアベマシクリブなどのCDK4/6阻害剤による前処置を受けていてもよい。
【0338】
前述の方法のいずれかのいくつかの例では、内分泌療法薬と1種以上の追加の抗がん剤を含む併用療法薬を個体に投与することができる。上述したそのような併用療法は、併用投与(ここでは、2種以上の治療剤が同一または別個の製剤中に含まれる)および別個の投与を包含し、この場合、本明細書に記載される内分泌療法薬の投与は、追加の治療剤または薬剤の投与に先立って、同時に、かつ/またはそれに続いて、行われ得る。
V.組成物および医薬製剤
【0339】
本明細書で提供される方法および組成物に従って使用される、本明細書で提供される抗癌剤または本明細書で提供される内分泌療法薬を含む治療剤の治療用製剤は、所望の純度を有する治療剤を、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、任意の薬学的に許容される担体、医薬品添加剤、または安定剤と混合することにより、保存のために調製される。製剤に関する一般的な情報については、たとえば、Gilman et al.(eds.)The Pharmacological Bases of Therapeutics,8th Ed.,Pergamon Press,1990;A.Gennaro(ed.),Remington’s Pharmaceutical Sciences,22nd Edition,Mack Publishing Co.,Pennsylvania,2012;Avis et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Parenteral Medications Dekker,New York,1993;Lieberman et al.(eds.)Pharmaceutical Dosage Forms:Tablets Dekker,New York,1990;Lieberman et al.(eds.),Pharmaceutical Dosage Forms:Disperse Systems Dekker,New York,1990;およびWalters(ed.)Dermatological and Transdermal Formulations(Drugs and the Pharmaceutical Sciences),Vol 119,Marcel Dekker,2002を参照のこと。
【0340】
許容される担体、賦形剤、または安定剤は、受容者に対し、使用される用量および濃度で非毒性であり、これにはリン酸塩、クエン酸塩、および他の有機酸などの緩衝剤;アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤;防腐剤(オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム;塩化ヘキサメトニウム;塩化ベンザルコニウム;塩化ベンゼトニウム;フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール;メチルまたはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン;カテコール;レゾルシノール;シクロヘキサノール;3-ペンタノール;およびm-クレゾールなど);低分子量(約10残基未満)ポリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリンなどのタンパク質;ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー;グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジンなどのアミノ酸;単糖類、二糖類、およびグルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含む他の炭水化物;EDTAなどのキレート剤;スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトールなどの糖;ナトリウムなどの塩形成対イオン;金属錯体(たとえば、Zn-タンパク質錯体);ならびに/またはTWEEN(商標)、PLURONICS(商標)、もしくはポリエチレングリコール(PEG)などの非イオン性界面活性剤が挙げられる。
【0341】
本明細書の製剤は、2種以上の活性化合物、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものも含有し得る。そのような薬品の種類および有効量は、たとえば、製剤中に存在する本明細書に記載された治療剤の量と種類、および個体の臨床パラメーターに依存する。
【0342】
活性成分はまた、たとえば、コアセルベーション技術によって、または界面重合によって調製されたマイクロカプセル、たとえば、それぞれ、ヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチンマイクロカプセルおよびポリ(メチルメタクリレート)マイクロカプセル内に、コロイド薬物送達系(たとえば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロ乳濁液、ナノ粒子、およびナノカプセル)中、またはマクロ乳濁液中に取り込まれ得る。そのような技術は、Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.,1980に開示されている。
【0343】
徐放性製剤を調製してもよい。徐放性製剤の適切な例としては、治療剤を含有する固体の疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、これらのマトリックスは、成形品、たとえば、フイルムまたはマイクロカプセルの形態をとる。徐放性マトリックスの例としては、ポリエステル、ヒドロゲル(たとえば、ポリ(2-ヒドロキシエチル-メタクリレート)、またはポリ(ビニルアルコール))、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号明細書)、L-グルタミン酸およびγエチル-L-グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン-酢酸ビニル、分解性乳酸-グリコール酸コポリマー(LUPRON DEPOT(商標)(乳酸-グリコール酸コポリマーおよび酢酸ロイプロリドから構成される注射可能なマイクロスフェア)など)、ならびにポリ-D-(-)-3-ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【0344】
インビボ投与に使用される製剤は、滅菌されなければならない。これは、滅菌濾過膜による濾過により容易に達成される。
VI.製品およびキット
【0345】
本発明の別の態様では、個体の処置、診断、および/またはモニタリングに有用な材料を含有するキットまたは製品が提供される。
【0346】
いくつの例では、そのような診断キットは、本明細書に記載される内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を有する個体を、当該からの(たとえば、組織サンプル、たとえば腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、また凍結腫瘍組織サンプル)から本明細書に記載されるER経路活性スコアまたはE2誘導スコアを決定することによって識別するための1種以上の試薬を含む。いくつかの例では、キットは、サンプルからER経路活性スコアまたはE2誘導スコアを決定するための1種以上の試薬をさらに含む。
【0347】
任意に、キットは、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、また凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたER経路活性スコアまたはE2誘導スコアが基準となるER経路活性スコアまたは基準となるE2誘導スコア以上である場合に、乳がんを処置するために本明細書で提供される内分泌療法などの療法を選択するためにキットを使用するための指示をさらに含み得る。別の例では、この指示は、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたER経路活性スコアまたはE2誘導スコアが基準となるER経路活性スコアまたは基準となるE2誘導スコア未満である場合に、内分泌療法薬以外の抗がん療法薬を選択するためにキットを使用することである。
【0348】
他の例では、製品またはキットには、本明細書に記載される内分泌療法による処置に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングおよび/または評価するためにキットを使用する指示が含まれ得る。
【0349】
一態様では、複数の核酸を含むキットが提供される。複数の核酸は、長さが少なくとも5ヌクレオチドであり、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、もしくは表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であるか、または当該5ヌクレオチド連続配列に相補的な配列と95、98、99または100%同一である。
【0350】
実施形態では、複数の核酸が固体支持体に付着している。実施形態では、複数の核酸は、検出可能な標識を含む。実施形態では、複数の核酸は、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であり、標準的な対照よりも高い。実施形態では、複数の核酸は、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であり、標準的な対照よりも低い。実施形態では、複数の核酸は、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一である。実施形態では、複数の核酸は、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一である。実施形態では、複数の核酸は、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一である。実施形態では、複数の核酸は、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であり、他の遺伝子は存在しない。実施形態では、複数の核酸は、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であり、他の遺伝子は存在しない。実施形態では、複数の核酸は、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95、98、99または100%同一であり、対象の他の遺伝子は存在しない。
【0351】
更なる実施形態では、複数の核酸は、少なくとも10、20、25、50、75、100、150、または200ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列と少なくとも95、98、99または100%同一である。
【0352】
本明細書で提供されるのはまた、本明細書に記載される内分泌療法薬を、薬学的に許容される担体と、内分泌療法薬が、からの(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたER経路活性スコアまたはE2誘導スコアに基づいて、本明細書に記載される乳がんを有する個体を処置するためのものであることを示す添付文書とを一緒にパッケージ化した製品である。
【0353】
製品は、たとえば、容器、および容器上のまたは容器に関連するラベルまたは添付文書を含んでもよい。適切な容器としては、たとえば、ボトル、バイアル、シリンジなどが挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどのさまざまな材料から形成され得る。容器は、がんの医薬品を活性薬剤として含む組成物を保持または収容し、滅菌アクセスポートを有し得る(例えば、容器は、皮下注射針によって穿刺可能なストッパーを有する静脈用溶液袋またはバイアルであり得る)。
【0354】
製品は、注射用静菌水(BWFI)、リン酸干渉食塩水、リンガー溶液、及び/またはデキストロース溶液などの薬学的に許容される希釈緩衝剤を含む第2の容器をさらに含んでもよい。製品は、他の緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、商業的およびユーザーの観点から望ましい他の材料をさらに含んでもよい。
【0355】
本明細書に記載されるキットまたは製品は、多数の実施形態を有し得る。1つの事例では、このキットまたは製品は、容器と、当該容器上のラベルと、当該容器内に収容された組成物と、を備え、この組成物は、厳しい条件下で、本明細書に記載される遺伝子(たとえば、表1~6のいずれか1つに示される遺伝子セット)の相補体に対してハイブリダイズする1つ以上のポリヌクレオチドを含み、当該容器上のラベルは、組成物を使用して、サンプル中の本明細書に記載される遺伝子(例えば、表1~6のいずれか1つに示される遺伝子セット)の存在を評価し得ることを示しており、このキットは、特定サンプルタイプにおける遺伝子RNAまたはDNAの存在を評価するために、ポリヌクレオチド(複数可)を使用するための説明書を備える。
【0356】
オリゴヌクレオチドに基づく製品またはキットに関しては、この製品またはキットは、たとえば:(1)オリゴヌクレオチド、たとえば、タンパク質をコードする核酸配列にハイブリダイズする、検出可能に標識されたオリゴヌクレオチド、または(2)核酸分子を増幅させるために有用な一対のプライマーを備えてもよい。この製品またはキットはまた、たとえば、緩衝剤、防腐剤、またはタンパク質安定化剤を備えてもよい。この製品またはキットは、検出可能な標識(たとえば、酵素または基質)を検出するのに必要な構成要素を更に備えてもよい。この製品またはキットはまた、アッセイされ、試験サンプルと比較され得る、対照サンプルを含んでも、または一連の対照サンプルを含んでもよい。この製品またはキットの各構成要素は、個別の容器内に封入されてもよく、様々な容器の全ては、キットを使用して行われたアッセイの結果の解釈のための説明書と共に単一のパッケージ中にあってもよい。
【0357】
本明細書で提供される製品にはまた、組成物が、本明細書に記載される個体のサンプル(たとえば、組織サンプル、たとえば、腫瘍組織サンプル、たとえば、FFPEサンプル、FFサンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結腫瘍組織サンプル)から決定されたER経路活性スコアまたはE2誘導スコアに基づいて、乳がん(たとえば、HR+乳がん(たとえば、ER+乳がん(たとえば、luminal A乳がんもしくはluminal B乳がん))、DCIS、および/または転移性もしくは局所進行性乳がん)を処置するためのものであることを示す情報が、たとえば添付文書の形態で含まれる。添付文書またはラベルは、紙面、または電子媒体上、例えば、磁気記録媒体(例えば、フロッピーディスク)、CD-ROM、汎用シリアルバス(USB)フラッシュドライブ、および同様のものなどの任意の形態をとってもよい。ラベルまたは添付文書はまた、キットまたは製品中の薬学的組成物および投与剤形に関する他の情報も含み得る。
【実施例
【0358】
VII.実施例
【0359】
以下は、本明細書で提供される方法および組成物の実施例である。先に与えた一般的な説明を考慮すると、種々の他の実施形態が実施されてもよいことは理解される。
実施例1.ER経路活動シグネチャーの同定
【0360】
乳がん細胞株および乳がん異種移植マウスモデルにおける遺伝子発現レベルとエストロゲン受容体(ER)経路活性との関連性を評価し、予測目的のための潜在的なバイオマーカーを同定した。
【0361】
インビトロ由来のER経路活性シグネチャー。ER経路活性の転写シグネチャーを導き出すために、7つの乳がん細胞株をDMSOまたは1μMのエストラジオール(E2)のいずれかで24時間処理した後、RNAシークエンシングを行った。簡単に説明すると、細胞株のRNAライブラリーは、製造元のプロトコルに従って、TRUSEQ(登録商標)RNAサンプル調製キット(ILLUMINA(登録商標))を用いて作成した。ライブラリーは、細胞株あたり1~4レーンを使用して、ILLUMINA(登録商標)HiSeq2000でシーケンスした。RNAシークエンシング(RNA-seq)データは、BioConductor(Huber et al.Nature Methods.112:115-21,2015)のHTSeqGenie(Rパッケージバージョン3.14.0)を使用して、次のように解析した:リードを75塩基対(bp)にトリミングし、品質およびrRNA/アダプター汚染をフィルタリングし、GSNAPを使用して参照ゲノムGRCh38にアラインメントした(Wu et al.Bioinforma Oxf Engl.26:873-81,2010)。遺伝子発現は、サイズファクター(nRPKM)で正規化された100万マップリードあたりのエクソンモデルのキロベースあたりのリード数として定量化し、サンプル中の遺伝子にアラインメントするリード数/(そのサンプルの一箇所だけにマッピングされたリード総数×遺伝子長xサイズファクター)と定義した。遺伝子記号のない遺伝子および機能が不明な遺伝子(LOCおよびCorf記号)は除外した。
【0362】
個々の細胞株において、E2がDMSOに比べて有意に誘導した遺伝子は233~1390個(倍率変化≧2、およびp値≦0.05)(図1A)であり、個々の細胞株において、E2が有意に抑制した遺伝子は365~1251個であった(倍率変化≦0.5、およびp値≦0.05)(図1B)。異種腫瘍全体のER経路の活性を最もよく反映しており、したがって、ER擾動に対して広く感受性である可能性が高いER応答性遺伝子のコアセットを捕捉するために、7つの細胞株のうち少なくとも6つの細胞株において、E2によって有意かつ一貫して誘導または抑制される遺伝子を選択した。E2誘導遺伝子は、25個のER IHC-乳房細胞株と比較して、12個のER IHC+乳房細胞株で高発現している必要が(片側t検定p<0.05)。ER+乳房細胞株とER-乳房細胞株とを比較するために、37の乳房細胞株のRNAシークエンシングを、Klijn et al,Nat Biotech 2015に記載されているように実施し、European Genome-phenome Archive(http://www.ebi.ac.uk/ega/)under accession number EGAS00001000610.に寄託した。これらのデータは、7つの乳房ラインのRNAseqデータと同じ方法で処理した(前の段落)。この結果、一緒に28のE2誘導遺伝子と19のE2抑制遺伝子が同定された。
【0363】
このE2誘導遺伝子とE2抑制遺伝子のコアセットを患者データに一般化するために、The Cancer Genome Atlas(TCGA)に登録されている939の乳房腫瘍のRNA-seqデータを調べたところ、ER+(IHCによる)乳房腫瘍が726、ER-乳房腫瘍が213であった。簡単に説明すると、RNA-seqデータは、National Cancer Institute Genomic Data Commons(https://gdc.cancer.gov)からダウンロードし、BioConductorのHTSeqGenieを用いて以下のとおり解析した:まず、ヌクレオチド品質が低いリード(<23の品質の塩基が70%)またはrRNAおよびアダプター汚染があらうリードを除去した。パスしたリードは、GSNAPを用いて参照ゲノムGRCh38にアラインメントした。GSNAPによって「一箇所だけのマッピング」として報告されたリードのアラインメントを、その後の分析に使用した。生データをcpm(counts per million)に変換し、低発現遺伝子のフィルタリングを行い(たとえば、90%以上のサンプルでcpm<0.25)、edgeRパッケージのTMM正規化を用いて正規化し、最後にRのlimmaパッケージを用いてvoom変換を行った。腫瘍の84%でER IHCが利用可能であり、RNA-seq由来のPAM50サブタイプラベルは以前に説明したように割り当てられた(Daemen et al.Breast Cancer Research.20:8,2018)。726例のER+(IHCによる)乳房腫瘍全体で、平均して発現量が少なかった遺伝子は除外した(下位15パーセンタイルでの平均発現)。
【0364】
TCGAのER+腫瘍ではシグネチャー遺伝子の発現が必須であり、ER+腫瘍ではER-腫瘍に比べてE2誘導遺伝子の発現が高いことが必要であった(片側t検定p<0.05)。この結果、E2誘導遺伝子23個とE2抑制遺伝子18個(下記の表7に示される)から構成される41遺伝子のシグネチャーにさらに改良された。図1Cを参照されたい。
【0365】
【表7】
【0366】
大規模な患者集団におけるER活性のスペクトルを評価するために、939の未処置の原発性乳房腫瘍からのTCGA RNA-seqデータを用いて、3つのスコアの密度曲線を導き出した。E2誘導スコアは、23個のE2誘導遺伝子の平均発現量をzスコア化したものとして定義し(図1D)、E2抑制スコアは、18個のE2抑制遺伝子の平均発現量をzスコア化したものとして定義し(図1E)、ER経路活性スコアは、E2誘導スコアとE2抑制スコアの差として定義した(図1F)。シグネチャーに含まれるERによって調節されると同定された遺伝子は、E2によって誘導されるか抑制されるかにかかわらず、ER-/Basal腫瘍では低レベルで発現していた。したがって、E2抑制遺伝子は、ER+腫瘍よりもER-腫瘍で高度に発現するとは必ずしも予想されない。
【0367】
ER経路活性シグネチャーのインビボ検証。HCI-013 PDX乳房モデルに、賦形剤または異なる用量の化合物Aである選択的エストロゲン受容体分解剤(SERD)(0.1mg/kg、1mg/kg、または10 mg/kg)で処置し、処置群あたり4匹の動物を用いた。(図2A)。最終投与の8時間後にサンプルを採取し、23個のE2誘導遺伝子、18個のE2抑制遺伝子、およびハウスキーピング遺伝子の発現をFLUIDIGM(登録商標)を用いて測定し、データをSPOTFIRE(登録商標)ソフトウェアを使用して処理した。発現データは、ハウスキーピング遺伝子である。GUSB、PPIA、およびUBCに対して正規化した。品質管理基準を満たさなかった3つの遺伝子(GRM-4、FMN1、およびおよびTP52INP2)は除外した。この研究では腫瘍全体で発現量が少なかった2個のE2誘導遺伝子AMZ1とCT62、および2つのE2抑制遺伝子EGLN3とSEMA3Aも除外した(ハウスキーピングで正規化した平均発現量が、発現遺伝子の下位10パーセンタイルに含まれる)(図2B)。
【0368】
HCI-013 PDXモデルのER経路活性に対する化合物Aの処置効果は、20個のE2誘導遺伝子と14個のE2抑制遺伝子に基づいて評価した。化合物A曝露後の各遺伝子の発現の倍率変化を、4匹の賦形剤処置動物におけるその遺伝子の平均発現量に対する相対値として計算した。E2誘導スコアは、20個のE2誘導遺伝子の発現量の平均log10倍率変化として計算した。E2抑制スコアは、14個のE2抑制遺伝子の発現量の平均log10倍率変化として計算した。ER経路活性の複合スコアは、E2誘導スコアとE2抑制スコアの差として計算した(図2C)。3つのスコアは、用量反応性を示し、(0.1~1~10 mg/kg)の用量の増加に伴い、ER経路の抑制効果が増大した。
【0369】
HCI-013およびHCI-011PDX乳房モデルに、化合物A、化合物B、化合物D、または化合物Fを含むさまざまな内分泌剤をさまざまな用量で処置し、処置群あたり4匹の動物を用いた。最終投与の8時間後に腫瘍サンプルを採取し、23個のE2誘導遺伝子、18個のE2抑制遺伝子、ハウスキーピング遺伝子の発現をFLUIDIGM(登録商標)アッセイを用いて測定し、発現量の少ない遺伝子または品質管理基準を満たさない遺伝子を上記のように、解析から除外した。図2D~2Fに示すデータでは、発現データをハウスキーピング遺伝子であるGUSB、SDHA、UBCで正規化した。品質管理基準を満たさなかった1つの遺伝子は除外した(FMN1)。この研究では、腫瘍全体で発現量が少なかった1個のE2誘導遺伝子AMZ1と4個のE2抑制遺伝子EGLN3、GRM4、SEMA3A、およびTP53INP2も除外した(発現遺伝子の下位10パーセンタイルでの平均ハウスキーピング正規化発現)(図2E)。図2G~2Iでは、発現データをハウスキーピング遺伝子であるGUSB、PPIA、およびUBCで正規化した。品質管理基準を満たさなかった2つの遺伝子(CXCL12およびTP52INP2)は除外した。この研究では腫瘍全体で発現量が少なくとも2個のE2誘導遺伝子FMN1およびCT62、ならびに3個のE2誘導遺伝子GRM4、IL1R1およびSSPOも除外した(発現遺伝子の下位10パーセンタイルでの平均ハウスキーピング正規化発現)(図2B)。HCI-013およびHCI-011腫瘍の遺伝子発現分析により、ER標的遺伝子発現の調節が明らかになった。21個のE2誘導遺伝子は化合物での処理により確実に減少し、14個のE2抑制遺伝子は化合物によって有意にアップレギュレートされた(図2Eおよび2H)。シグネチャーによる捕捉としてのER経路抑制の程度は、抗腫瘍活性と関連している(図2Fおよび2I)。
実施例2.ER経路活動シグネチャーは、患者のSERD処置に応じたER経路活動の抑制を捉える。
【0370】
臨床診療では、RNA ACCESS(登録商標)プロトコルを使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織から転写プロファイリングが日常的に生成されている。
【0371】
ER経路活性シグネチャーをSERD活性のPDバイオマーカーとして、または患者の潜在的なER経路依存性の予測バイオマーカーとして使用するために、ER活性の参照分布をRNA ACCESS(登録商標)データから導き出した。RNA ACCESS(登録商標)データは、調達した139個のHR+/HER2-乳房腫瘍コレクションのFFPE組織から作成した。139個の乳房腫瘍の生データをcpm(counts per million)に変換し、低発現遺伝子のフィルタリングを行い(たとえば、90%以上のサンプルでcpm<0.25)、edgeRパッケージのTMM正規化を用いて正規化し、最後にRのlimmaパッケージを用いてvoom変換を行った。すべての遺伝子の下位5パーセンタイルにある139個の腫瘍すべてにわたって平均voom正規化発現を示すER経路シグネチャー遺伝子は、下流の解析から除外した。
【0372】
この参照コレクションでは、2個のE2誘導遺伝子、SGK3およびCT62は発現していないか、低発現であり、E2抑制遺伝子PSCAは低発現であった。次に、これら3つの遺伝子を除くシグネチャー遺伝子の発現量を評価した(図3A)。RNA ACCESS(登録商標)基準密度は、139個のHR+/HER2-乳房腫瘍のコレクションについて、21個のE2誘導遺伝子と17個のE2抑制遺伝子に基づいて、E2誘導スコア、E2抑制スコア、およびER経路活性に対して定義した(図3B~3D、3H~3J)。
【0373】
HR+/HER2-乳がん患者6名をSERD(化合物B)で処置し、HR+/HER2-乳がん患者7名には別のSERD(化合物A)で処置した。RNA ACCESS(登録商標)データは、スクリーニング時(処置前)およびSERD処置の2サイクル目または3サイクル目(処置後)に採取したFFPE組織から(上記のように)作成した。遺伝子は、参照コレクションからの平均値と標準偏差を用いて、再中心化し、再スケーリングした。
【0374】
化合物Bで処置した患者6名(図3B~3D)と、化合物Aで処置した患者7名(図3H~3J)について、処置前と処置後の腫瘍のシグネチャースコアを計算し、参照密度の上に表示した。化合物Bで処置された患者6名の最初のコホートでは、ER経路活性は6名中4名の患者でSERD処置により抑制された。処置前のER経路活性が低い患者2名(患者PbおよびPf)のER経路活性に変化は見られなかった。したがって、SERD処置に応答したER経路抑制は、処置前にER経路活性の証拠を示す腫瘍での。捉えられる(図3F)。患者2名がPR+(発現>4)と見なされ、患者4名がPR-と見なされた。処置前のESR1発現レベルも、ER経路活性バイオマーカーとしては不十分である(図3E)。これらの結果は、化合物Aで処置された患者7名の第2のコホートで確認され(図3H-M)、そのうち4名のPR+患者と3名のPR乳がん患者で、7名中6名の患者でSERD処置によるER経路活性の抑制が観察された。まとめると、これらの結果は、シグネチャーが処置前のER経路活性の尺度として、またPR+およびPR-乳房腫瘍の両方においてPDバイオマーカーとして使用できることを示している。
実施例3:コアシグネチャー遺伝子の同定
【0375】
ER経路活性スコアに含めるコア遺伝子セットを同定するために、化合物BがER経路の抑制に有効であった化合物Bで処置された患者6名のうち4名からの処置前後の発現データ(患者PbおよびPfを除く)を分析した。これら4名の患者において、内分泌療法の処置によって最も一貫して影響を受けた41個のインビトロ由来遺伝子の中から遺伝子サブセットを選択し、11個のE2誘導遺伝子と8個のE2抑制遺伝子を含む19個の遺伝子シグネチャー(片側t検定、p<0.1)と、8個のE2誘導遺伝子と6個のE2抑制遺伝子を含む14個の遺伝子シグネチャー(片側t検定、p<0.05)を作成した。化合物Aの異なる用量で処置したHCI-013 PDXモデルでは、41遺伝子のシグネチャーと比較して、除外された両遺伝子セットが同等の効果を示した(図4A~4C)。E2誘導遺伝子とE2抑制遺伝子の両方を含めることで、このインビボモデルでは、用量によるER経路抑制のダイナミックレンジが最大になった。遺伝子セットの減少はまた、41遺伝子シグネチャーで得られたものと同様に、患者Pa~Pfにおいて化合物Bでの処置による同様のER経路抑制をもたらした(図4D~4F)。E2誘導遺伝子のみに基づいてER経路活性の変化を評価した場合にも、同様の結果が観察された(図4G~4I)。シグネチャー遺伝子を表1-6に示している。
実施例4.ER経路活性シグネチャーレベルは、採用されているシークエンシングプラットフォームや組織調製法に依存しない。
【0376】
5つの乳房腫瘍サンプルを含む30のFFPEサンプル、および5つの乳房腫瘍サンプルを含む30のFF(新鮮凍結)サンプルのER経路活性スコアを決定した。すべての乳房サンプルは、原発性ER+乳房組織、ステージIIまたはIII、非浸潤性乳管がんであった。2種類のライブラリーキットを用いて、全サンプルのRNAシーケンスデータを作成した:RNA ACCESS(登録商標)、およびRIBO-ZERO(登録商標)TRUSEQ(登録商標)。60の組織サンプルにおいて、いずれのシークエンシング法で得られた ER 経路活性レベルも非常に類似していた(図5;ピアソン相関0.97)。さらに、乳房FFPE(ピンクの三角形)と乳房FFサンプル(ピンクの円)のER経路活性スコアは同じ範囲であった(図5)。これらの結果は、シグネチャーがプラットフォームにとらわれない方法(RNA ACCESS(登録商標)、TRUSEQ(登録商標))および組織標本にとらわれない方法(FFPE、FF)で使用できることを示唆している。
実施例5.ER阻害とER転写活性
【0377】
ER経路活性とERアンタゴニストフルベストラントの抗増殖効果との関係を、14のER+/HER2-乳がん細胞株のパネルにおいて調査した。RNAシーケンシングデータを利用して、標準的な培養条件下でエストロゲンの存在下に培養した一連のER+/HER2-乳がん細胞株のE2誘導遺伝子セット(上記のとおり)の発現によって決定されたE2誘導スコアを決定した。細胞増殖に及ぼす300nMフルベストラントによるER阻害の効果は、Hafner et al.(Nat Methods 13:6,2016)によって記載されたGR(成長率)法を使用した8日間のインビトロ生存率アッセイで決定した。次いで、E2誘発スコアをフルベストラントの細胞成長率に対する効果と比較してプロットした。
【0378】
ER+/HER2-乳がん細胞株は、1.73~-0.57の範囲のE2誘導スコアを示し、中央値は0.63であった(図6)。フルベストラントは、E2誘導スコアが最低25パーセンタイルの14の細胞株(ZR-75-1、MDA-MB-415、MDA-MB-175-VII、KPL-1)の成長率にはほとんど影響を与えなかったが、E2誘導スコアの高い細胞株にはかなり大きな影響を与えた(図7)。これらのインビトロデータは、遺伝子発現プロファイルがER転写活性を反映している状況において、ER阻害が最も効果的である可能性が高いという仮説を裏付けるものである。
VIII 他の実施形態
【0379】
前述の方法および組成物は、明確に理解することを目的として、図示および例示としてある程度詳細に説明してきたが、説明および実施例は、本明細書で提供される方法および組成物の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書で引用されたすべての特許文献および科学文献の開示は、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。
実施形態
【0380】
実施形態1.内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別する方法であって、この方法が、個体からのサンプルからエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを決定するステップを含み、サンプルからのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア以上であれば、個体が内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法。
【0381】
実施形態2.乳がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、この方法が、個体からのサンプルからER経路活性スコアを決定するステップを含み、サンプルからのER経路活性が基準となるER経路活性スコア以上であれば、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法。
【0382】
実施形態3.サンプルから決定されたER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコア以上であり、かつこの方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態1または2に記載の方法。
【0383】
実施形態4.基準となるER経路活性スコアを下回るサンプルからのER経路活性スコアにより、個体が、内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される、実施形態1または2に記載の方法。
【0384】
実施形態5.サンプルからのER経路活性スコアが基準となるER経路活性スコアを下回っており、かつこの方法が、内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態4に記載の方法。
【0385】
実施形態6.乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含み、個体が、実施形態1に記載の方法による内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより高い個体として識別されている、方法。
【0386】
実施形態7.乳がんを有する個体を処置する方法であって、個体が、基準となるER経路活性スコア以上であるER経路活性スコアを有すると識別されており、この方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む、方法。
【0387】
実施形態8.乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法が、
(a)個体からのサンプルからER経路活性スコアを決定するステップであって、サンプルからのER経路活性スコアが、基準となるER経路活性スコア以上であると決定される、決定するステップと、
(b)有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップと、
を含む、方法。
【0388】
実施形態9.基準となるER経路活性スコアが、基準集団におけるER経路活性スコアである、実施形態1から8のいずれか一つに記載の方法。
【0389】
実施形態10.サンプルにおけるER経路活性スコアが-1.0以上である、実施形態1から3および6から9のいずれか一つに記載の方法。
【0390】
実施形態11.サンプルにおけるER経路活性スコアが-0.2以上である、実施形態10に記載の方法。
【0391】
実施形態12.サンプルにおけるER経路活性スコアが-0.2未満である、実施形態4または5に記載の方法。
【0392】
実施形態13.サンプルにおけるER経路活性スコアが-1.0未満である、実施形態4または5に記載の方法。
【0393】
実施形態14.基準集団がホルモン受容体陽性(HR+)乳がんを有する個体の集団である、実施形態9から13のいずれか一つに記載の方法。
【0394】
実施形態15.内分泌療法による処置に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングする方法であって、この方法が、
(a)第1の時点で個体からのサンプルから第1のER経路活性スコアを決定するステップと、
(b)ステップ(a)に続いて、内分泌療法薬の投与後の第2の時点で個体からのサンプルから第2のER経路活性スコアを決定するステップと、
(c)第1のER経路活性スコアを第2のER経路活性スコアと比較するステップと、
を含み、第1のER経路活性スコアに対する第2のER経路活性スコアの減少が、内分泌療法薬による処置に応答する可能性が高い個体を予測する、方法。
【0395】
実施形態16.第2のER経路活性スコアが第1のER経路活性スコアと比較して減少しており、かつこの方法が、追加用量の内分泌療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態15に記載の方法。
【0396】
実施形態17.第1のER経路活性スコアに対する第2のER経路活性スコアの減少が少なくとも0.1の減少である、実施形態15または16に記載の方法。
【0397】
実施形態18.第1のER経路活性スコアが、
(a)内分泌療法薬の初回用量の投与前に得られた個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコア、
(b)前の時点での個体からのサンプルから決定されたER経路活性スコアであって、前の時点が、内分泌療法薬の初回用量の投与後である、ER経路活性スコア、または
(c)事前に割り当てられたER経路活性スコア、
である、実施形態15から17のいずれか一つに記載の方法。
【0398】
実施形態19.内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある乳がんを有する個体を識別する方法であって、この方法が、個体からのサンプルからエストラジオール(E2)誘導スコアを決定するステップを含み、サンプルからのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上であれば、個体が内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法。
【0399】
実施形態20.乳がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、この方法が、個体からのサンプルからE2誘導スコアを決定するステップを含み、サンプルからのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上であれば、個体は内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、方法。
【0400】
実施形態21.サンプルからのE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコア以上であると決定され、この方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態19または20に記載の方法。
【0401】
実施形態22.基準となるE2誘導スコアを下回るサンプルからのE2誘導スコアにより、個体が、内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより低い個体として識別される、実施形態19または20に記載の方法。
【0402】
実施形態23.サンプルから決定されたE2誘導スコアが基準となるE2誘導スコアを下回っており、かつこの方法が、内分泌療法薬以外に有効量の抗がん療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態22に記載の方法。
【0403】
実施形態24.乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含み、個体が、実施形態19に記載の方法による内分泌療法を含む処置から利益を得る可能性がより高い個体として識別されている、方法。
【0404】
実施形態25.乳がんを有する個体を処置する方法であって、個体が、基準となるE2誘導スコア以上であるE2誘導スコアを有すると識別され、この方法が、有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップを含む、方法。
【0405】
実施形態26.乳がんを有する個体を処置する方法であって、この方法が、
(a)個体からのサンプルからE2誘導スコアを決定するステップであって、サンプルからのE2誘導スコアは、基準となるE2誘導スコア以上であると決定される、決定するステップと、
(b)有効量の内分泌療法薬を個体に投与するステップと、
を含む、方法。
【0406】
実施形態27.基準となるE2誘導スコアが、基準集団におけるE2誘導スコアである、実施形態19から26のいずれか一つに記載の方法。
【0407】
実施形態28.サンプルにおけるE2誘導スコアが-2.0以上である、実施形態19から21および24から27のいずれか一つに記載の方法。
【0408】
実施形態29.サンプルにおけるE2誘導スコアが-0.1以上である、実施形態28に記載の方法。
【0409】
実施形態30.サンプルにおけるE2誘導スコアが-0.1未満である、実施形態22または23に記載の方法。
【0410】
実施形態31.サンプルにおけるE2誘導スコアが-2.0未満である、実施形態30に記載の方法。
【0411】
実施形態32.基準集団が、HR+乳房腫瘍を有する個体の集団である、実施形態27から31のいずれか一つに記載の方法。
【0412】
実施形態33.内分泌療法による処置に対する乳がんを有する個体の応答をモニタリングする方法であって、この方法が、
(a)(a)第1の時点で個体からのサンプルから第1のE2誘導スコアを決定するステップと、
(b)(b)ステップ(a)に続いて、内分泌療法薬の投与後の第2の時点で個体からのサンプルから第2のE2誘導活性スコアを決定するステップと、
(c)(c)第1のE2誘導スコアを第2のE2誘導スコアと比較するステップとを含み、第1のE2誘導スコアに対する第2のE2誘導スコアの減少が、内分泌療法薬による処置に応答する可能性が高い個体を予測する、方法。
【0413】
実施形態34.第2のE2誘導スコアが第1のE2誘導スコアに対して減少しており、かつこの方法が、追加用量の内分泌療法薬を個体に投与するステップをさらに含む、実施形態33に記載の方法。
【0414】
実施形態35.第1のE2誘導スコアに対する第2のE2誘導スコアの減少が少なくとも0.1の減少である、実施形態33または34に記載の方法。
【0415】
実施形態36.第1のE2誘導スコアが、
(a)内分泌療法薬の初回用量の投与前に得られた個体からのサンプルから決定されたE2誘導スコア、
(b)前の時点での個体からのサンプルから決定されたE2誘導スコアであって、前の時点が、内分泌療法薬の初回用量の投与後である、E2誘導スコア、または
(c)事前に割り当てられたE2誘導スコア、
である、実施形態33から35のいずれか一つに記載の方法。
【0416】
実施形態37.サンプルが、細胞サンプルである、実施形態1~6、8~24、および26~36のいずれか一つに記載の方法。
【0417】
実施形態38.組織サンプルが、腫瘍組織サンプルである、実施形態37に記載の方法。
【0418】
実施形態39.腫瘍組織サンプルが、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプル、新鮮凍結(FF)サンプル、アーカイブサンプル、新鮮サンプル、または凍結サンプルである、実施形態38に記載の方法。
【0419】
実施形態40.組織サンプルが、FFPEサンプルである、実施形態39に記載の方法。
【0420】
実施形態41.腫瘍組織サンプルが、FFサンプルである、実施形態39に記載の方法。
【0421】
実施形態42.乳がんが、ER+乳がんである、実施形態1から41のいずれか一つに記載の方法。
【0422】
実施形態43.ER+乳がんが、luminal A乳がんである、実施形態42に記載の方法。
【0423】
実施形態44.ER+乳がんが、luminal B乳がんである、実施形態42に記載の方法。
【0424】
実施形態45.乳がんが、進行性または転移性乳がんである、実施形態1から44のいずれか一つに記載の方法。
【0425】
実施形態46.内分泌療法が、経口、静脈内、腫瘍内、筋肉内、皮下、局所、または鼻腔内で投与される、実施形態3、5から18、21、および23から45のいずれか一つに記載の方法。
【0426】
実施形態47.内分泌療法薬が、経口投与される、実施形態46に記載の方法。
【0427】
実施形態48.内分泌療法薬が、筋肉内投与される、実施形態46に記載の方法。
【0428】
実施形態49.乳がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出する方法であって、この方法が、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベル、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、方法。
【0429】
実施形態50.表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルが、標準的な対照よりも高い、実施形態49に記載の方法。
【0430】
実施形態51.表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルが、標準的な対照よりも低い、実施形態49に記載の方法。
【0431】
実施形態52.対象が、検出前に内分泌療法で処置されている、実施形態49から51のうちの一つに記載の方法。
【0432】
実施形態53.対象が、検出に続いて内分泌療法で処置される、実施形態49から52のうちの一つに記載の方法。
【0433】
実施形態54.表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0434】
実施形態55.表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0435】
実施形態56.表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出するステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0436】
実施形態57.表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、かつ対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0437】
実施形態58.表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、かつ対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0438】
実施形態59.表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子の発現レベルを検出し、かつ対象における他のいずれの遺伝子の発現レベルも検出しないステップを含む、実施形態49から53のうちの一つに記載の方法。
【0439】
実施形態60.対象を、選択的エストロゲン受容体分解薬を含む内分泌療法薬で処置する、実施形態49から59のうちの一つに記載の方法。
【0440】
実施形態61.対象からのサンプルからエストロゲン受容体(ER)経路活性スコアを決定することをさらに含む、実施形態49から60のうちの一つに記載の方法。
【0441】
実施形態62.基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアにより、個体が、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別される、実施形態61に記載の方法。
【0442】
実施形態63.基準となるER経路活性スコア以上であるサンプルからのER経路活性スコアを比較することにより、個体を、内分泌療法を含む処置から利益を得る場合がある個体として識別するステップをさらに含む、実施形態61に記載の方法。
【0443】
実施形態64.1つ以上のプロセッサーによって、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第1の発現レベルを検出するステップと、
1つ以上のプロセッサーによって、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子、または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の第2の発現レベルを検出するステップと、
少なくとも第1の発現レベルおよび/または第2の発現レベルに基づいて、がんを有する対象におけるエストロゲン受容体(ER)経路活性を検出するステップと、
を含む、方法。
【0444】
実施形態65.表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルが、標準的な対照よりも高い、実施形態64に記載の方法。
【0445】
実施形態66.表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子の発現レベルが、標準的な対照よりも低い、実施形態64に記載の方法。
【0446】
実施形態67.検出前に内分泌療法で対象を治療するステップをさらに含む、実施形態64から66のうちの一つに記載の方法。
【0447】
実施形態68.
少なくとも対象において検出されたエストロゲン受容体(ER)経路活性に基づいて、対象を内分泌療法で治療するステップをさらに含む、実施形態64から67のうちの一つに記載の方法。
【0448】
実施形態69.内分泌療法薬が、選択的エストロゲン受容体分解薬(SERD)、選択的エストロゲン受容体モジュレーター(SERM)、選択的エストロゲン受容体共有結合アンタゴニスト(SERCA)、選択的ヒトエストロゲン受容体アゴニスト(ShERPA)、アロマターゼ阻害剤(AI)、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0449】
実施形態70.SERDが、以下の構造:
【化30】
を有するブリラネストラント(GDC-0810)、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態69に記載の方法。
【0450】
実施形態71.SERDが、以下の構造:
【化31】
を有するGDC-0927(SRN-0927)、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態69に記載の方法。
【0451】
実施形態72.内分泌療法薬が、以下の式:
【化32】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0452】
実施形態73.内分泌療法薬が、以下の式:
【化33】
を有する化合物を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0453】
実施形態74.内分泌療法薬が、以下の式:
【化34】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0454】
実施形態75.内分泌療法薬が、以下の式:
【化35】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0455】
実施形態76.内分泌療法薬が、以下の式:
【化36】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0456】
実施形態77.内分泌療法薬が、以下の式:
【化37】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0457】
実施形態78.内分泌療法薬が、以下の式:
【化38】
を有する化合物、またはその薬学的に許容される塩を含む、実施形態1から68のいずれか一つに記載の方法。
【0458】
実施形態79.内分泌療法薬以外の抗がん療法薬が化学療法薬を含む、実施形態5または23に記載の方法。
【0459】
実施形態80.化学療法薬が、アントラサイクリン、タキサン、5-フルオロウラシル、シクロホスファミド、白金剤、ビノレルビン、カペシタビン、ゲムシタビン、イクサベピロン、エリブリン、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態79に記載の方法。
【0460】
実施形態81.内分泌療法薬以外の抗がん療法薬が、PI3K阻害剤、mTOR阻害剤、CDK4/6阻害剤、またはそれらの組み合わせを含む、実施形態79に記載の方法。
【0461】
実施形態82.個体がヒトである、実施形態1から81のいずれか一項に記載の方法。
【0462】
実施形態83.複数の核酸を含むキットであって、複数の核酸が、長さが少なくとも5ヌクレオチドであり、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、もしくは表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子および表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であるか、または5ヌクレオチド連続配列に相補的な配列と95%同一である、キット。
【0463】
実施形態84.複数の核酸が固体支持体に付着している、実施形態83に記載のキット。
【0464】
実施形態85.複数の核酸が検出可能な標識を含む、実施形態84に記載のキット。
【0465】
実施形態86.複数の核酸が、表1に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表2に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表3に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であり、標準的な対照よりも大きい、実施形態83に記載のキット。
【0466】
実施形態87.複数の核酸が、表4に記載されている少なくとも5つの遺伝子、表5に記載されている少なくとも5つの遺伝子または表6に記載されている少なくとも5つの遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であり、標準的な対照よりも小さい、実施形態83に記載のキット。
【0467】
実施形態88.複数の核酸が、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一である、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0468】
実施形態89.複数の核酸が、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一である、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0469】
実施形態90.複数の核酸が、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一である、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0470】
実施形態91.複数の核酸が、表1に記載されているすべての遺伝子および表4に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であり、かつ他の遺伝子は存在しない、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0471】
実施形態92.複数の核酸が、表2に記載されているすべての遺伝子および表5に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であり、かつ他の遺伝子は存在しない、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0472】
実施形態93.複数の核酸が、表3に記載されているすべての遺伝子および表6に記載されているすべての遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と少なくとも95%同一であり、かつ他の遺伝子は存在しない、実施形態83から87のうちの一つに記載のキット。
【0473】
実施形態94.複数の核酸が遺伝子内の5ヌクレオチド連続配列と同一である、実施形態83から93のうちの一つに記載のキット。
【0474】
実施形態95.複数の核酸が、少なくとも10、20、25、50、75、100、150、または200ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列と同一である、実施形態83から94のうちの一つに記載のキット。
図1A
図1B
図1C
図1D
図1E
図1F
図2A
図2B
図2C
図2D
図2E
図2F
図2G
図2H
図2I
図3A
図3B
図3C
図3D
図3E
図3F
図3G
図3H
図3I
図3J
図3K
図3L
図3M
図4A
図4B
図4C
図4D
図4E
図4F
図4G
図4H
図4I
図4J
図4K
図4L
図5
図6
図7
【配列表】
0007571006000001.app