特許 7576835 自己免疫疾患および癌を治療するための可溶性インターロイキン７受容体（ｓＩＬ７Ｒ）調節療法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2024-10-24

(45)【発行日】2024-11-01

(54)【発明の名称】自己免疫疾患および癌を治療するための可溶性インターロイキン７受容体（ｓＩＬ７Ｒ）調節療法

(51)【国際特許分類】

   A61K 48/00 20060101AFI20241025BHJP

   A61K 31/122 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 31/133 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 31/337 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 31/52 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 31/573 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 31/7088 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20241025BHJP

   A61K 38/19 20060101ALI20241025BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 17/04 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 19/00 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 19/02 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20241025BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20241025BHJP

   C12N 15/113 20100101ALI20241025BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20241025BHJP

   C12N 15/86 20060101ALI20241025BHJP

【ＦＩ】

A61K48/00

A61K31/122

A61K31/133

A61K31/337

A61K31/52

A61K31/573

A61K31/7088

A61K35/76

A61K38/19

A61K39/395 N

A61K39/395 T

A61K39/395 U

A61P1/04

A61P1/16

A61P3/10

A61P17/04

A61P19/00

A61P19/02

A61P25/00

A61P29/00

A61P29/00 101

A61P35/00

A61P37/02

A61P37/08

C12N15/113 140Z

C12N15/63 Z ZNA

C12N15/86 Z

【請求項の数】 27

(21)【出願番号】P 2020550763

(86)(22)【出願日】2019-03-22

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2021-08-12

(86)【国際出願番号】 US2019023719

(87)【国際公開番号】W WO2019183570

(87)【国際公開日】2019-09-26

【審査請求日】2022-03-22

(31)【優先権主張番号】62/646,716

(32)【優先日】2018-03-22

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(73)【特許権者】

【識別番号】506140479

【氏名又は名称】ボード・オブ・リージェンツ・オブ・ザ・ユニバーシティ・オブ・テキサス・システム

(74)【代理人】

【識別番号】100114775

【弁理士】

【氏名又は名称】高岡 亮一

(74)【代理人】

【識別番号】100121511

【弁理士】

【氏名又は名称】小田 直

(74)【代理人】

【識別番号】100202751

【弁理士】

【氏名又は名称】岩堀 明代

(74)【代理人】

【識別番号】100208580

【弁理士】

【氏名又は名称】三好 玲奈

(74)【代理人】

【識別番号】100191086

【弁理士】

【氏名又は名称】高橋 香元

(72)【発明者】

【氏名】ガルシア－ブランコ，マリアーノ，エー．

(72)【発明者】

【氏名】ガラルザ－ムノス，ガッディエル

(72)【発明者】

【氏名】ブラッドリック，シェルトン，エス．

【審査官】愛清 哲

(56)【参考文献】

【文献】米国特許出願公開第２００９／００３５７７８（ＵＳ，Ａ１）

【文献】国際公開第２０１７／１４１１０９（ＷＯ，Ａ１）

【文献】中国特許出願公開第１０４１３１０９５（ＣＮ，Ａ）

【文献】Nucleic Acids Research，2016年，Vol.44, No.14，pp.6549-6563

【文献】Proc.Natl.Acad.Sci.USA，2013年，Vol.110, No.19，E1761-1770

【文献】Cell，2017年，Vol.169，pp.72-84

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ａ６１Ｋ ４８／００

Ａ６１Ｋ ３１／００－３１／８０

Ａ６１Ｋ ３５／００－３５／７６８

Ａ６１Ｋ ３８／００－３８／５８

Ａ６１Ｋ ３９／００－３９／４４

Ａ６１Ｐ １／００－ １／１８

Ａ６１Ｐ ３／００－ ３／１４

Ａ６１Ｐ １７／００－１７／１８

Ａ６１Ｐ １９／００－１９／１０

Ａ６１Ｐ ２５／００－２５／３６

Ａ６１Ｐ ２９／００－２９／０２

Ａ６１Ｐ ３５／００－３５／０４

Ａ６１Ｐ ３７／００－３７／０８

Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

それを必要としている対象において高レベルのインターロイキン７受容体の可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）を伴う疾患または状態を治療する方法において使用するための組成物であって、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを含み、
前記オリゴヌクレオチドが、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らし、
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項2】

前記オリゴヌクレオチドが、スプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）である、請求項１に記載の組成物。

【請求項3】

前記オリゴヌクレオチドが、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、かつｓＩＬ７Ｒの発現を減らす、請求項１に記載の組成物。

【請求項4】

前記オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドが、１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート、モルホリノ、アミデートカルバメート、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全に修飾された糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの、部分的にまたは完全に改変された骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ：から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格、の修飾または置換を含む非天然に起こる改変を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項5】

前記オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドが、前記ヌクレオチド塩基に対する非天然に起こる改変を含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項6】

前記組成物が、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項7】

前記疾患または状態が、次記の少なくとも１つから選択される自己免疫障害である、請求項１に記載の組成物：多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、アトピー性皮膚炎、強直性脊椎炎、原発性胆汁性肝硬変、または潰瘍性大腸炎およびクローン病などの炎症性大腸炎症候群、または疾患または状態のない正常な対象に比べてｓＩＬ７Ｒが上昇される任意の他の状態。

【請求項8】

前記疾患または状態が、炎症性疾患または状態である、請求項１に記載の組成物。

【請求項9】

前記オリゴヌクレオチドが、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することによりエクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの分解を高める、請求項１に記載の組成物。

【請求項10】

前記方法が、前記ＳＭ－ＡＳＯと、ミトキサトロン、インターフェロンベータ１ａ、ＰＥＧ－インターフェロンベータ１ａ、アザチオプリン、フィンゴリモド、ナタリズマブ、メチルプレドニゾロン、またはオクレリズマブのうちの少なくとも１種から選択される、自己免疫疾患または炎症性疾患である疾患または状態を治療するために有効な１種または複数の活性薬剤と、の併用療法をさらに含む、請求項２に記載の組成物。

【請求項11】

前記方法が、患者から細胞を取得するステップおよびエクソン６のスプライシングに影響を与える前記インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを一時的にまたは永久的に発現するようにその細胞を改変するステップをさらに含む、請求項１に記載の組成物。

【請求項12】

それを必要としている対象において高レベルのインターロイキン７受容体の可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）を伴う疾患または状態を治療する方法において使用するための組成物であって、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを発現するベクターを含み、
前記オリゴヌクレオチドが、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らし、
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項13】

エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）のプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを含む組成物であって、
前記ＳＭ－ＡＳＯが、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らし、
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項14】

前記ＳＭ－ＡＳＯが、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、かつｓＩＬ７Ｒの発現を減らす、請求項１３に記載の組成物。

【請求項15】

前記ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドが、１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート、モルホリノ、アミデートカルバメート、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全に修飾された糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの、部分的にまたは完全に改変された骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ：から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格、の修飾または置換を含む非天然に起こる改変を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項16】

前記ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドが、前記ヌクレオチド塩基に対する非天然に起こる改変を含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項17】

前記組成物が、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む、請求項１３に記載の組成物。

【請求項18】

次記の少なくとも１つから選択される自己免疫障害の治療に適している、請求項１３に記載の組成物：多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、アトピー性皮膚炎、強直性脊椎炎、原発性胆汁性肝硬変、または潰瘍性大腸炎およびクローン病などの炎症性大腸炎症候群、またはｓＩＬ７Ｒが上昇される任意の他の状態。

【請求項19】

前記オリゴヌクレオチドが、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することによりエクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの分解を高める、請求項１３に記載の組成物。

【請求項20】

エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）のプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを発現するベクターを含む組成物であって、
前記ＳＭ－ＡＳＯが、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らし、
前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項21】

インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やす方法において使用するための組成物であって、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合しかつＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らすスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）を含み、
前記ＳＭ－ＡＳＯが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項22】

前記方法が、前記ＳＭ－ＡＳＯと、ミトキサトロン、インターフェロンベータ１ａ、ＰＥＧ－インターフェロンベータ１ａ、アザチオプリン、フィンゴリモド、ナタリズマブ、メチルプレドニゾロン、またはオクレリズマブから選択される、自己免疫疾患または炎症性疾患を治療するために有効な１種または複数の活性薬剤と、の併用療法をさらに含む、請求項２１に記載の組成物。

【請求項23】

前記ＳＭ－ＡＳＯが、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、かつｓＩＬ７Ｒの発現を減らす、請求項２１に記載の組成物。

【請求項24】

インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やす方法において使用するための組成物であって、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合しかつＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やしかつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らすスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）を発現するベクターを含み、
前記ＳＭ－ＡＳＯが、配列番号１～１３のうちのいずれか単独もしくはいずれかの組み合わせ、またはそのいずれかの部分、に対して相補的である、
組成物。

【請求項25】

前記ベクターが、発現ベクターである、請求項２４に記載の組成物。

【請求項26】

前記ベクターが、ウイルスベクターまたはプラスミドである、請求項２４に記載の組成物。

【請求項27】

患者を治療するための遺伝子治療における使用のための、請求項２４に記載の組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
なし。

【0002】

連邦政府出資研究に関する声明
本発明は、ＮＩＨにより授与されたＦ３２－ＮＳ０８７８９９による政府支援により実施された。米国政府は本発明に対し一定の権利を有する。

【0003】

発明の分野
本発明は一般に、自己免疫疾患（例えば、多発性硬化症）または癌を治療するために、可溶性ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）を、それぞれ、減らすまたは増やす新規療法に関する。

【背景技術】

【0004】

本発明の範囲を限定するものではないが、その背景は、一例として、多発性硬化症に関連して記述されている。

【0005】

多発性硬化症（ＭＳ）は、慢性自己免疫疾患であり、この疾患は、軸索脱髄、ニューロン死および進行性神経機能障害に繋がる中枢神経系（ＣＮＳ）における神経ミエリン鞘に対する自己反応性免疫細胞媒介損傷を特徴とする。現在まで、この病気の治癒はなく、利用可能な治療は、多くの場合、免疫系を全体的に抑制することにより、疾患進行を遅らせることができるだけであり、重篤で死に至らせる可能性がある極めて多くの有害な副作用を引き起こす。この全体的免疫抑制は、現在の療法の主要な制約である。

【0006】

ＭＳに繋がる免疫寛容の破綻は、環境因子と遺伝的要因の間の複雑な相互作用が原因であると考えられる。この観点に基づくと、個々の遺伝的背景が、自己反応性リンパ球の生存が可能な環境を生成し、これはその後、通常ウイルスまたは細菌感染症の形での環境刺激の存在により、活性化され得る。

【0007】

本発明者らおよび他の研究者は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）遺伝子のエクソン６内のバリアントｒｓ６８９７９３２（Ｃ／Ｔ、Ｃはリスクアレル）がＭＳリスクの増大に強く関連していることを以前に示した（Ｇｒｅｇｏｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｌｕｎｄｍａｒｋ ｅｔ ａｌ．，２００７）。さらに、本発明者らは、このバリアントのリスク「Ｃ」アレルは、エクソンのスキッピングを増大させ（Ｅｖｓｙｕｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｇｒｅｇｏｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００７）、ｓＩＬ７Ｒの発現上昇をもたらす（Ｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，２０１３）ことを示した。重要なことに、ｓＩＬ７Ｒは実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）ＭＳマウスモデルで疾患の臨床的進行および重症度を悪化させることが示され、これは、おそらくＩＬ７サイトカインのバイオアベイラビリティおよび／または生物活性を増強することによると思われる（Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。多発性硬化症、およびおそらく自己免疫性一般の病因におけるｓＩＬ７Ｒの役割をさらに裏付けて、高レベルのｓＩＬ７Ｒタンパク質またはＲＮＡが、多発性硬化症（ＭｃＫａｙ ｅｔ ａｌ．２００８）、関節リウマチ（Ｂａｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１）、１型糖尿病（Ｍｏｎｔｉ ｅｔ ａｌ．，２０１３）、および全身性エリテマトーデス（Ｌａｕｗｅｒｙｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４）の患者で報告されている。全体として、これらのデータは、高いレベルのｓＩＬ７ＲをＭＳおよび自己免疫性の病因に結び付け、およびＩＬ７Ｒエクソン６の位置選択的スプライシングをＭＳおよび自己免疫性のための新規治療標的として位置付ける。

【0008】

これらの文献は、ｓＩＬ７Ｒの存在が多発性硬化症と関連することを教示し、また、動物試験は、ｓＩＬ７ＲがＭＳ様状態を悪化させることを示すが、ｓＩＬ７Ｒの産生を標的にすることによるＭＳなどの自己免疫疾患を治療するための新規組成物および方法の必要性がまだ残されている。

【0009】

自己免疫疾患に対する多くの異なる病因が存在し、これらのそれぞれは、正確なまたは個別化された治療の標的であり得る。この発明で、本発明者らは、高レベルのｓＩＬ７Ｒが原因であるこのような病因の１つを扱い、それは、ＭＳ患者および高いｓＩＬ７Ｒにより引き起こされる他の自己免疫障害を有する多くの数の患者の６０％に影響を及ぼす可能性がある。

【0010】

癌免疫療法は、急速に拡大している分野であり、これまで制御困難であった癌を有する患者にとって、かなり有望であるが、しかし、免疫療法の効果は、いくつかの癌および個体においては極めて低い応答率により制限されている。

【0011】

アンチセンスオリゴヌクレオチド療法は、標的配列に相補的な短いオリゴヌクレオチドを用いて、特定の疾患の原因である特定の遺伝子の遺伝子配列を標的にする。通常、標的配列のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）またはプレｍＲＮＡに結合する核酸の鎖が設計される（ＤＮＡ、ＲＮＡまたは化学的類似体）。スプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）の場合には、相補的な核酸は、得られるｍＲＮＡのエクソン含有量を調節するプレｍＲＮＡ中の特異的配列に結合するように設計される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、癌、糖尿病、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、脊髄性筋萎縮症、毛細血管拡張性運動失調症、喘息、および関節炎などの疾患を標的にするために使用されてきた。いくつかのアンチセンスオリゴヌクレオチド薬物は、２～３例挙げると、サイトメガロウィルス網膜炎、ホモ接合家族性高コレステロール血症、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、および脊髄性筋萎縮症の治療用として米国食品医薬品局（ＦＤＡ）により承認されている。後者の２つは、ＳＭ－ＡＳＯである。しかし、それぞれの場合で、オリゴヌクレオチド標的配列は、当該疾患の根底にある特定の病因に合わせて調整される必要がある。

【発明の概要】

【0012】

一実施形態では、本発明は、それを必要としている対象での、高レベルのインターロイキン７受容体の可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）を伴う疾患または状態の治療の方法を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを含む組成物の有効量を投与することを含み、このオリゴヌクレオチドは、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、かつＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）である。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、かつｓＩＬ７Ｒの発現を減らす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然の改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の組み合わせ。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然改変を含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせで、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれかを、全体でまたは部分的に標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、疾患または状態は次記の少なくとも１つから選択される自己免疫障害である：多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、アトピー性皮膚炎、強直性脊椎炎、原発性胆汁性肝硬変、または潰瘍性大腸炎、クローン病などの炎症性大腸炎症候群、または疾患または状態のない正常な対象に比べてｓＩＬ７Ｒが上昇している任意の他の状態。別の実施形態では、疾患または状態は、炎症性疾患または状態である。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、例えば、ｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの安定性を低下させる（例えば、分解を増やす）ＡＳＯ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡを用いて、および／またはｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの翻訳を減らすＡＳＯを用いて、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することにより、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの分解を強化する。別の態様では、方法は、ＳＭ－ＡＳＯと、自己免疫疾患の治療に有効な１種または複数の活性薬剤、例えば、限定されないが、ミトキサトロン（ｍｉｔｏｘａｔｒｏｎｅ）、インターフェロンベータ１ａ、ＰＥＧ－インターフェロンベータ１ａ、アザチオプリン、フィンゴリモド、ナタリズマブ、メチルプレドニゾロン、またはオクレリズマブなどとの併用療法をさらに含む。別の態様では、方法は、患者から細胞を取得し、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを一時的にまたは永久的に発現するようにその細胞を改変するステップをさらに含む。別の態様では、方法は、遺伝子治療で使用するために、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを発現するベクターを生成し、そのベクターで患者を治療することをさらに含む。

【0013】

別の実施形態では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを含む組成物を含み、このオリゴヌクレオチドは、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）のプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、ｓＩＬ７Ｒの発現を減らす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然の改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然改変を含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせで、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれかを、全体でまたは部分的に標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、組成物は、次記の少なくとも１つから選択される自己免疫障害の治療に適している：多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、アトピー性皮膚炎、強直性脊椎炎、原発性胆汁性肝硬変、または潰瘍性大腸炎およびクローン病などの炎症性大腸炎症候群、またはｓＩＬ７Ｒが上昇している任意の他の状態。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、例えば、ｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの安定性を低下させる（例えば、分解を増やす）ＡＳＯ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡを用いて、および／またはｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの翻訳を減らすＡＳＯを用いて、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することにより、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの分解を強化する。

【0014】

さらに別の実施形態では、本発明は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡのエクソン６の含有を増やす方法を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）に接触させることを含み、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、組成物中のＳＭ－ＡＳＯは、エクソン内スプライシング抑制配列（ＥＳＳ）および／またはイントロン内スプライシング抑制配列（ＩＳＳ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を高め、ｓＩＬ７Ｒの発現を減らす。別の態様では、組成物中のＳＭ－ＡＳＯは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然の改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然改変を含む。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、例えば、ｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの安定性を低下させる（例えば、分解を増やす）ＡＳＯ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡを用いて、および／またはｓＩＬ７Ｒ ＲＮＡの翻訳を減らすＡＳＯを用いて、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することにより、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの分解を強化する。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの翻訳を阻止する。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせで、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表１の配列（配列番号１～１３）のいずれかを、全体でまたは部分的に標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、自己免疫障害は、次記の少なくとも１つから選択される：多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、アトピー性皮膚炎、強直性脊椎炎、原発性胆汁性肝硬変、または潰瘍性大腸炎およびクローン病などの炎症性大腸炎症候群、またはｓＩＬ７Ｒが上昇しているなんらかの状態。別の態様では、方法は、患者から細胞を取得し、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを一時的にまたは永久的に発現するようにその細胞を改変するステップをさらに含む。別の態様では、方法は、遺伝子治療で使用するために、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを発現するベクターを生成し、そのベクターで患者を治療することをさらに含む。

【0015】

別の実施形態では、本発明は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やすための組成物を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）に接触させることを含み、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、方法は、組成物は、ＳＭ－ＡＳＯの、限定されないがミトキサトロン（ｍｉｔｏｘａｔｒｏｎｅ）、インターフェロンベータ１ａ、ＰＥＧ－インターフェロンベータ１ａ、アザチオプリン、フィンゴリモド、ナタリズマブ、メチルプレドニゾロン、またはオクレリズマブから選択される自己免疫疾患の治療に有効な１種または複数の活性薬剤との併用療法をさらに含む。

【0016】

別の実施形態では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを含む核酸を発現するベクターを含み、このオリゴヌクレオチドは、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、ベクターはウイルスベクターまたはプラスミドである。

【0017】

別の実施形態では、本発明は、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ＲＮＡの抑制または分解を強化するインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合する、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）、スプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）、翻訳阻止アンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡまたはｍｉＲＮＡを含む核酸を発現するベクターを含み、核酸はＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、ベクターはウイルスベクターまたはプラスミドである。

【0018】

別の実施形態では、本発明は、それを必要としている対象の多発性硬化症を治療する方法を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）を含む有効量の組成物を投与することを含み、ＳＭ－ＡＳＯは、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やし、薬学的に許容可能な賦形剤中のＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を減らす。一態様では、方法は、ＳＭ－ＡＳＯと、多発性硬化症の治療に有効な１種または複数の活性薬剤との併用療法をさらに含む。別の態様では、多発性硬化症の治療のための１種または複数の薬剤は、限定されないが、ミトキサトロン（ｍｉｔｏｘａｔｒｏｎｅ）、インターフェロンベータ１ａ、ＰＥＧ－インターフェロンベータ１ａ、アザチオプリン、フィンゴリモド、ナタリズマブ、メチルプレドニゾロン、またはオクレリズマブから選択される。

【0019】

別の実施形態では、本発明は、それを必要としている対象の癌の治療方法を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを含む組成物の有効量を投与することを含み、オリゴヌクレオチドは、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を増やす。一態様では、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）である。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、エクソン内スプライシング促進配列（ＥＳＥ）および／またはイントロン内スプライシング促進配列（ＩＳＥ）からなる群の少なくとも１つのＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりエクソン６の含有を減らし、ｓＩＬ７Ｒの発現を増やす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の組み合わせ。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然の改変を含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表２の配列（配列番号１４～５０）のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせて、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表２の配列（配列番号１４～５０）のいずれかまたはその一部を標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、癌は、従来の免疫療法に対し低い応答を示す（例えば、肝細胞癌）。別の態様では、方法は、ＳＭ－ＡＳＯの、癌の治療に有効な１種または複数の活性薬剤、例えば、限定されないが免疫チェックポイント抑制剤（例えば、ニボルバム）、治療抗体（例えば、ハーセプチン）、従来の化学療法剤（例えば、タキソール）、または放射線治療などとの併用療法をさらに含む。別の態様では、方法は、患者から細胞を取得し、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを一時的にまたは永久的に発現するようにその細胞を改変するステップをさらに含む。別の態様では、方法は、遺伝子治療で使用するために、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを発現するベクターを生成し、そのベクターで患者を治療することをさらに含む。

【0020】

別の実施形態では、本発明は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）のプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合する、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを含む組成物を含み、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を増やす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、エクソン内スプライシング促進配列（ＥＳＥ）および／またはイントロン内スプライシング促進配列（ＩＳＥ）からなる群の少なくとも１つにおいてＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それにより、エクソン６の含有を減らし、ｓＩＬ７Ｒの発現を増やす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然の改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ。別の態様では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然の改変を含む。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表２の配列（配列番号１４～５０）のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせて、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表２の配列（配列番号１４～５０）のいずれかを、全体でまたは部分的に標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、組成物は、癌の治療のための投与に適する。

【0021】

さらに別の実施形態では、本発明は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らす方法を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）に接触させることを含み、ＳＭ－ＡＳＯはＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を増やす。別の態様では、組成物中のオリゴヌクレオチドは、エクソン内スプライシング促進配列（ＥＳＥ）および／またはイントロン内スプライシング促進配列（ＩＳＥ）からなる群の少なくとも１つにおけるＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合し、それによりエクソン６の含有を減らし、ｓＩＬ７Ｒの発現を増やす。別の態様では、組成物中のＳＭ－ＡＳＯは、イントロン－エクソンスプライス部位、ブランチポイント配列、および／またはポリピリミジントラクトで、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ上の配列に特異的に結合する。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、下記から選択される、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の修飾または置換を含む非天然の改変を含む：１つまたは複数のホスホロチオエート、ジチオリン酸、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｒｉｄａｔｅ）、モルホリノ、アミデートカルバメート（ａｍｉｄａｔｅ ｃａｒｂａｍａｔｅ）、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換体；完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）、２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；ヌクレオチド模倣物質、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）、ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせ。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯ中の少なくとも１つまたは複数のヌクレオチドは、ヌクレオチド塩基に対する非天然の改変を含む。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、ＩＬ７Ｒエクソン５～エクソン７境界を標的化することにより、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの安定性を高める。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、エクソン６を欠くＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡの翻訳を強化する。別の態様では、ＳＭ－ＡＳＯは、表２の配列のいずれか、またはその一部から、単独でまたは組み合わせて、またはＩＬ７Ｒ ＲＮＡ内の全標的配列に対して少なくとも、７０、７５、８０、８４、８５、８８、９２、９３、９４、９５、または９６％の同一性を有する配列から、選択される。別の態様では、オリゴヌクレオチドは、表２の配列のいずれかを、全体でまたは部分的に標的にする。別の態様では、組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、塩、または担体をさらに含む。別の態様では、障害は癌の一種である。別の態様では、方法は、患者から細胞を取得し、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを一時的にまたは永久的に発現するようにその細胞を改変するステップをさらに含む。別の態様では、方法は、遺伝子治療で使用するために、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの配列に特異的に結合するオリゴヌクレオチドを発現するベクターを生成し、そのベクターで患者を治療することをさらに含む。

【0022】

別の実施形態では、本発明は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を増やす組成物を含み、方法は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合するスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）に接触させることを含み、ＳＭ－ＡＳＯは、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を増やす。一態様では、組成物は、ＳＭ－ＡＳＯの、癌の治療に有効な１種または複数の活性薬剤、例えば、限定されないが、免疫チェックポイント抑制剤（例えば、ニボルバム）、治療抗体（例えば、ハーセプチン）、従来の化学療法剤（例えば、タキソール）、または放射線治療などとの併用療法をさらに含む。

【0023】

別の実施形態では、本発明は、エクソン６のスプライシングに影響を与えるインターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡ中の配列に特異的に結合する、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）であるオリゴヌクレオチドを含む核酸を発現するベクターを含み、ＳＭ－ＡＳＯは、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を減らし、ＩＬ７Ｒの可溶性アイソフォーム（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を増やす。一態様では、ベクターはウイルスベクターまたはプラスミドである。
この発明の特徴および利点をより完全に理解するために、以降で、添付図面に加えて、本発明の詳細な説明に言及がなされる。

【図面の簡単な説明】

【0024】

【図1A】図１Ａ～１Ｃは、スプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）のスクリーニングのためのＧＦＰ－ＩＬ７Ｒ蛍光スプライシングレポーターの検証を示す。

【図1B】同上。

【図1C】同上。

【図2A】図２Ａ～２Ｅは、エクソン６中の配列に相補的なＩＬ７Ｒスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）の標的化スクリーニングを示す。

【図2B】同上。

【図2C】同上。

【図2D】同上。

【図2E】同上。

【図3A】図３Ａ～３Ｅは、ＩＬ７Ｒイントロン５および６中のＳＭ－ＡＳＯウォークスクリーン（ｗａｌｋ ｓｃｒｅｅｎ）ターゲティング配列を示す。

【図3B】同上。

【図3C】同上。

【図3D】同上。

【図3E】同上。

【図4A】図４Ａ～４Ｄは、ＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォームの発現に対する選択ＳＭ－ＡＳＯの効果を示す。

【図4B】同上。

【図4C】同上。

【図4D】同上。

【図5A】図５Ａ～５Ｄは、ＩＬ７Ｒエクソン６スプライシングの調節時にｓＩＬ７Ｒを減らすリードＳＭ－ＡＳＯの用量反応効果を示す。

【図5B】同上。

【図5C】同上。

【図5D】同上。

【図6A】図６Ａ～６Ｄは、ＩＬ７Ｒエクソン６スプライシングの調節時にｓＩＬ７Ｒを増やすリードＳＭ－ＡＳＯの用量反応効果を示す。

【図6B】同上。

【図6C】同上。

【図6D】同上。

【図7A】図７Ａ～７Ｂは、ＭＳにおけるＩＬ７Ｒエクソン６の排除を増やしかつｓＩＬ７Ｒレベルを高める遺伝子異常の影響の、ＩＬ７Ｒ－００５による訂正を示す。

【図7B】同上。

【発明を実施するための形態】

【0025】

本発明の種々の実施形態の形成および使用が以下で詳細に考察されるが、本発明は、多種多様の具体的状況で実施できる多くの適用可能な発明概念を提供することを理解されたい。本明細書で考察される具体的実施形態は、本発明を形成し、使用するための具体的な例に過ぎず、本発明の範囲を限定するものではない。

【0026】

本発明の理解を容易にするために、多くの用語を以下で定義する。本明細書で定義される用語は、本発明に関連する領域の当業者により、一般的に理解されている意味を有する。「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」等の用語は、１つの実体のみを指すことを意図するものではなく、具体例を例示のために用いることができる一般分類を含む。本明細書の用語は、本発明の特定の実施形態を記述するために使用されるが、それらの使用法は、特許請求の範囲で概説する場合を除いて、本発明を限定するものではない。

【0027】

本発明は、自己免疫疾患（例えば、多発性硬化症）または癌を治療するために、可溶性ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）を、それぞれ、減らすまたは増やす新規組成物および方法に関する。本発明はＳＭ－ＡＳＯを使用して、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）プレｍＲＮＡの選択的スプライシングを制御し、ｓＩＬ７Ｒの発現を防止もしくは減少させる、または逆にｓＩＬ７Ｒの発現を増やす。例えば、自己反応性を高めるｓＩＬ７Ｒの能力を考慮して、ｓＩＬ７Ｒレベルの増大は現在用いられる免疫療法（例えば、免疫チェックポイント阻害剤）に対する応答を高めることが、本明細書で実証される。

【0028】

特に断らなければ、本明細書で使用されるすべての技術的および科学的用語は通常、本発明が属する当業者により一般に理解されているものと同じ意味を有する。一般に、本明細書で使われる命名法および細胞培養、分子遺伝学、有機化学、有機合成、核酸化学および核酸ハイブリダイゼーションでの実験室手順は、当該技術分野において既知であり、一般に使用されているものである。さらに、標準的技術を核酸およびペプチド合成に使用できる。このような技術および手順は通常、当該技術分野において既知であり種々の一般的参考文献（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，２０１２，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，ａｎｄ Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ；関連する部分は、参照により本明細書に組み込まれる）由来の従来の方法に従って実施される。

【0029】

従来の表記法を本明細書で用いて、ポリヌクレオチド配列を記述し、例えば、コード配列になるものなどの配列に関して、一本鎖ポリヌクレオチド配列の左側末端は、５’－末端であり、逆側は、３’－末端（右側末端）であり；二本鎖ポリヌクレオチド配列の左側は、５’－方向と呼ばれ、逆側は、３’－方向（右側方向）と呼ばれる。発生期のＲＮＡ転写物に対するヌクレオチドの５’から３’への付加の方向は、転写方向と呼ばれる。ｍＲＮＡと同じ配列を有するＤＮＡ鎖は、「コード鎖」と呼ばれる。ＤＮＡまたはＲＮＡ上の基準点に対し５’に位置するＤＮＡまたはＲＮＡ鎖上の配列は、「上流配列」と呼ばれ、ＤＮＡまたはＲＮＡ上の基準点に対し３’であるＤＮＡまたはＲＮＡ鎖上の配列は、「下流配列」と呼ばれる。

【0030】

本明細書で使用される場合、「アンチセンス」という用語は、ワトソン・クリック塩基対によりＲＮＡ中の標的配列にハイブリッド形成して、標的配列、通常はｍＲＮＡまたはプレｍＲＮＡと、ＲＮＡ：オリゴヌクレオチドヘテロ二本鎖を形成する配列を有するオリゴヌクレオチドを指す。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的配列に対して正確な配列相補性または近似の相補性を有し得る。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ｍＲＮＡの翻訳を阻止または抑制し、ｍＲＮＡのスプライスバリアントを産生するｍＲＮＡのプロセッシングを調節し、および／または所与のｍＲＮＡまたはｍＲＮＡのバリアントの特異的分解を促進し得る。１つの非限定的例はまた、ＲＮアーゼＨ依存性分解であり得る。アンチセンス配列がＲＮＡ分子のコード部分にのみ相補性であることは必ずしも必須ではない。アンチセンス配列は、タンパク質をコードするＲＮＡ分子のノンコーディング領域（例えば、イントロン、非翻訳領域）上で特定される調節配列に相補的であってもよく、この調節配列はコード配列の発現を制御する。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、典型的には約５～約１００ヌクレオチド長、より典型的には約７～約５０ヌクレオチド長、さらにより典型的には約１０～約３０ヌクレオチド長である。

【0031】

本明細書で使用される場合、「核酸」または「核酸分子」という用語は、直鎖または環状形態に関係なく、一本鎖または二本差のいずれかの、任意のＤＮＡまたはＲＮＡ分子を指す。本発明の核酸に関して、用語の「単離核酸」は、ＤＮＡまたはＲＮＡに適用される場合、それが由来する生物の天然のゲノムまたは遺伝子産物中の隣接配列から分離されているＤＮＡまたはＲＮＡ分子を指す。例えば、「単離核酸」は、プラスミドまたはウイルスベクターなどのベクター中に挿入される、または原核生物または真核細胞または宿主生物のゲノムＤＮＡ中に組み込まれるＤＮＡ分子を含み得る。

【0032】

本明細書で使用される場合、「特異的にハイブリッド形成する」または「実質的に相補的な」という用語は、当該技術分野において通常使用される所定の条件下でハイブリダイゼーションを可能にするのに十分に相補的な２つのヌクレオチド分子間の結合を指す。低い、中位のまたは中間的なおよび高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件の例は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，２０１２，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，またはＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ、を活用して、当業者には周知であり、これらの文献の関連部分は参照により本明細書に組み込まれる。

【0033】

本明細書で使用される場合、表現の「化学修飾オリゴヌクレオチド」は、Ｗａｎ ａｎｄ Ｓｅｔｈ，“Ｔｈｅ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ”，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２０１６，５９，２１，９６４５－９６６７（関連部分は本明細書に組み込まれる）により教示されるものなどの修飾または置換を含むセンスまたはアンチセンスであり得る短い核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）を指し、これらは、（１）リボースまたは他の糖単位、（２）塩基、または（３）骨格の改変を含み得、これらは、天然では、当技術分野において既知の、ホスフェートで構成される。改変またはヌクレオチド類似体の非限定的例としては、限定されないが、１つまたは複数のホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、リン酸ジエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホロアリデート、モルホリノ、アミデートカルバメート、カルボキシメチル、アセトアミデート、ポリアミド、スルホネート、スルホンアミド、スルファメート、ホルムアセタール、チオホルムアセタール、および／またはアルキルシリル置換を含むホスフェート修飾を有するヌクレオチド（例えば、Ｈｕｎｚｉｋｅｒ ａｎｄ Ｌｅｕｍａｎｎ（１９９５）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，ｉｎ Ｍｏｄｅｒｎ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｍｅｔｈｏｄｓ，ＶＣＨ，３３１－４１７；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｏｖｅｌ Ｂａｃｋｂｏｎｅ Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，ｉｎ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，ＡＣＳ，２４－３９を参照）；修飾糖を有するヌクレオチド（例えば、米国特許出願公開第２００５／０１１８６０５号を参照）および２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－メチルヌクレオチド）および２’－Ｏ－メチルオキシエトキシ（２’－Ｏ－ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アルキル修飾糖部分、または二環式糖部分などの糖修飾；および限定されないが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ核酸、シクロヘキセニル核酸、アンヒドロヘキシトール核酸、グリコール核酸、トレオース核酸、およびロックド核酸（ＬＮＡ）などのヌクレオチド模倣物質、ならびに、完全修飾糖ホスフェート骨格、ロックド核酸骨格、ペプチド骨格、ホスホトリエステル骨格、ホスホラミデート骨格、シロキサン骨格、カルボキシメチルエステル骨格、アセトアミデート骨格、カルバメート骨格、チオエーテル骨格、架橋メチレンホスホネート骨格、ホスホロチオエート骨格、メチルホスホネート骨格、アルキルホスホネート骨格、ホスフェートエステル骨格、アルキルホスホノチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、カーボネート骨格、ホスフェートトリエステル骨格、カルボキシメチルエステル骨格、メチルホスホロチオエート骨格、ホスホロジチオエート骨格、ｐ－エトキシ結合を有する骨格などの部分的または完全改変骨格；ならびに前述のいずれかの２つ以上の任意の組み合わせが挙げられる（例えば、米国特許第５，８８６，１６５号；同第６，１４０，４８２号；同第５，６９３，７７３号；同第５，８５６，４６２号；同第５，９７３，１３６号；同第５，９２９，２２６号；同第６，１９４，５９８号；同第６，１７２，２０９号；同第６，１７５，００４号；同第６，１６６，１９７号；同第６，１６６，１８８号；同第６，１６０，１５２号；同第６，１６０，１０９号；同第６，１５３，７３７号；同第６，１４７，２００号；同第６，１４６，８２９号；同第６，１２７，５３３号；および同第６，１２４，４４５号を参照）。

【0034】

本明細書で使用される場合、「発現カセット」という用語は、転写、プロセッシングおよび、任意選択で、コード配列の翻訳またはスプライシングに必要なプロモーター／調節配列に動作可能に連結されたコード配列を含む核酸分子を指す。

【0035】

ｓＩＬ７Ｒを減らすＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯは、自己免疫疾患および／または炎症性疾患などの疾患または障害の治療に使用できる。ｓＩＬ７Ｒを増やすＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯは、癌免疫療法用途に使用できる。ｓＩＬ７Ｒメッセージまたはタンパク質の発現の増大または減少に関わらず、本発明は、遺伝子治療およびエクスビボ適用と共に使用できる。例えば、オリゴヌクレオチドは、細胞がその対象または別の対象から単離され、その細胞がｓＩＬ７Ｒの発現を調節するオリゴヌクレオチドを発現するように改変され、その後その細胞をその対象に戻し得る方法で使用できる。本発明は、プラスミドまたはウイルスベクターなどの、種々の既知の送達および発現方法と共に使用できる。また、本発明は、全ての細胞の改変方法、例えば、一時的または永久的に関わらず、または調節可能なプロモーターの制御下で、遺伝子編集、核酸（任意の天然の、合成のまたは改変された核酸）、タンパク質（完全長タンパク質またはペプチド）の送達と共に使用できる。オリゴヌクレオチドまたはこれを発現するベクターは、例えば、トランスフェクション、電気穿孔、担体媒介、ウイルス、などの既知の方法を介して送達できる。

【0036】

本明細書で使用される場合、「プロモーター／調節配列」という用語は、プロモーター／調節配列に動作可能に連結された遺伝子産物の発現に必要とされる核酸配列を指す。いくつかの事例では、プロモーター／調節配列は、コアプロモーター配列であり得、他の事例では、この配列はまた、エンハンサー配列および遺伝子産物の発現に必要とされる他の調節エレメントを含み得る。プロモーター／調節配列は、例えば、構成的におよび／または誘導的に遺伝子産物の発現を促進する配列であり得る。本明細書で使用される場合、「誘導性プロモーター」という用語は、遺伝子産物をコードまたは指定するポリヌクレオチドと作動可能に連結される場合、実質的にプロモーターに対応する誘導因子が存在する場合にのみ遺伝子産物を産生させる、ヌクレオチド配列を指す。

【0037】

本明細書で使用される場合、「パーセント類似性」、「パーセント同一性」および「パーセント相同性」という用語は、２つの特定の配列の間での比較に言及する場合、特定の配列に沿って同じであるパーセンテージまたは塩基を特定する。類似性、同一性または相同性のパーセンテージは、例えば、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ ＧＣＧソフトウェアプログラムまたは同等品を用いて計算できる。

【0038】

本明細書で使用される場合、「レプリコン」という用語は、主にそれ自身の制御下で複製できる、任意の遺伝要素、例えば、プラスミド、コスミド、バクミド、ファージまたはウイルスを指す。レプリコンは、ＲＮＡまたはＤＮＡであってよく、一本鎖または二本鎖であってよい。

【0039】

本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、別の遺伝子配列または要素（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が結合され得るプラスミド、コスミド、バクミド、ファージまたはウイルスなどの遺伝要素を指す。ベクターは、結合された配列またはエレメントの複製をもたらすようなレプリコンであり得る。「発現ベクター」は、宿主細胞または生物中の、オリゴヌクレオチドなどの核酸、またはポリペプチドをコードする核酸配列の発現を促進するベクターである。

【0040】

本明細書で使用される場合、用語の「作動可能に連結された」は、別の核酸配列との機能的関連に置かれる核酸配列を指す。作動可能に連結され得る核酸配列の例としては、限定されないが、プロモーター、転写ターミネーター、転写促進因子または活性化因子および転写されかつ、必要に応じ翻訳される場合、タンパク質、リボザイムまたはＲＮＡ分子などの機能的生成物を産生する、異種遺伝子が挙げられる。

【0041】

本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」という用語は、通常、遺伝子のコード配列より短い長さを有する一本鎖または二本鎖の核酸鎖を指し、例えば、オリゴヌクレオチドは通常、少なくとも４～６、最大約２００塩基または塩基対長であり、最も典型的なオリゴヌクレオチドは、８～２０、１０～２５、１２～３０、または約３０、３５、４０、または５０塩基または塩基対長である。本発明の具体的例では、オリゴヌクレオチドは、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）遺伝子のプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を調節する配列を有する核酸鎖であり、２つ以上、好ましくは５つ以上のリボまたはデオキシリボヌクレオチドからなる核酸分子として定義される。オリゴヌクレオチドの正確なサイズは、各種要因にならびにオリゴヌクレオチドの特定用途および使用に依存し、本明細書の教示に従って過度な実験をすることなく当業者に既知であるように、および、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌ，２０１２，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，またはＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，ＮＹ、で教示されるように、変動し得る。これらの文献の関連部分は参照により本明細書に組み込まれる。

【0042】

本明細書で使用される場合、「ｍＲＮＡのスプライスバリアントまたはアイソフォーム」という用語は、バリアントｍＲＮＡを意味し、これは欠陥がある、または病原性である可能性があり、かつタンパク質をコードするＲＮＡの選択的スプライシングの結果であり得る。欠陥があるまたは病態をもたらすｍＲＮＡのスプライスバリアントを産生するスプライシングイベントは、本発明では、スプライシング異常と呼ばれる。このようなスプライシング異常の一例は、より短いタンパク質、可溶性ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を引き起こすＩＬ７Ｒのエクソン６の排除である。ｓＩＬ７Ｒは、細胞から分泌され、例えば、血流または体液中でのその存在をもたらす。本発明は、最終成熟またはプロセッシングされたｍＲＮＡ中のＩＬ７Ｒエクソン６の含有または排除を制御するＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ内のエレメント（すなわち、配列）、またはｓＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡ内の、その翻訳または安定性を制御する配列を標的にする。

【0043】

本明細書で使用される場合、「タンパク質のスプライスバリアントまたはアイソフォーム」という用語は、バリアントタンパク質を意味し、これは、欠陥がある、または病原性である可能性があり、タンパク質をコードするＲＮＡの選択的スプライシングの結果であり得る。あるいは、分解を増やすバリアントについて論ずる場合、これらのスプライスバリアントは、タンパク質産生を減らすまたはなくするであろう。欠陥があるまたは病態をもたらすタンパク質のスプライスバリアントを産生するスプライシングイベントは、本発明では、スプライシング異常と呼ばれる。このようなスプライシング異常の一例は、より短いタンパク質、可溶性ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）の発現を引き起こすＩＬ７Ｒのエクソン６の排除である。ｓＩＬ７Ｒは、細胞から分泌され、例えば、血流または体液中のその存在をもたらす。本発明は、最終成熟またはプロセッシングされたｍＲＮＡ中のＩＬ７Ｒエクソン６の含有または排除を制御するＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ内のエレメント（すなわち、配列）、またはｓＩＬ７Ｒ ｍＲＮＡ内の、その翻訳または安定性を制御する配列を標的にする。

【0044】

本明細書で使用される場合、「治療」という用語は、疾患または障害もしくは１つまたは複数のその症状の発症を元に戻す、緩和する、遅らせる、進行を抑制する、および／または防止することを意味し、この用語は、例えば、自己免疫疾患または障害の対象での病状またはその発症に対し適用される。いくつかの実施形態では、治療は、１つまたは複数の症状が発生した後で適用され得る。他の実施形態では、治療は、症状の非存在下で投与され得る。例えば、治療は、症状の前に（例えば、症状の経過および／または１つまたは複数の他の感受性因子を考慮して）、または症状が回復した後で、例えば、その再発を防止するまたは遅らせるために、投与され得る。１つのこのような非限定的例は、再発寛解型ＭＳである。

【0045】

本明細書で使用される場合、「有効量」および「薬学的有効量」という用語は、所望の生物学的結果を得るための薬剤の十分な量を指す。好ましくは、薬剤の十分な量は、毒性副作用を誘導しない。ｓＩＬ７Ｒを減らすＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯを使用する本発明は、自己免疫疾患または障害の兆候、症状、または原因の低減もしくは緩和をもたらすはずである。設計としては、本発明は、宿主の免疫応答の低下を引き起こすとは予測されず、従って、広範な免疫抑制に関連する副作用はほとんどないかまたは少ない。任意の個別の場合での適切な有効量は、通常の実験を用いて当業者により決定され得る。ｓＩＬ７Ｒを増やすＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯを使用する本発明は、癌の兆候、症状、または原因の低減もしくは緩和をもたらすはずである。設計としては、本発明は、宿主の免疫応答の増強を引き起こすと予測され、従って、現在の免疫療法を強化すると予測される。任意の個別の場合での適切な有効量は、通常の実験を用いて当業者により決定され得る。

【0046】

本発明は、動物およびさらに限定すればヒトに使用するための米国薬局方またはその他の一般に認められている薬局方にリストされている、通常は連邦政府または州政府の規制当局による承認を示す、１種または複数の「薬学的に許容可能な」薬剤、担体、緩衝液、塩、または他の薬剤と共に提供され得る。オリゴヌクレオチドと共に使用するための典型的薬学的に許容可能な製剤は、限定されないが、塩化カルシウム二水和物（米国薬局方（ＵＳＰ））、塩化マグネシウム６水和物ＵＳＰ、塩化カリウムＵＳＰ、塩化ナトリウムＵＳＰなどの塩を含み、さらに、リン酸ナトリウム二塩基性無水物ＵＳＰ、リン酸ナトリウム一塩基性二水和物ＵＳＰ、および水ＵＳＰなどの緩衝液を含んでもよい。通常、生成物のｐＨは、塩酸または水酸化ナトリウムを用いて、ｐＨ約６．８、６．９、７．０、７．１、または７．２に変更されてよい。

【0047】

本発明は、治療の有効性を実証するために使用される１種または複数の診断検査と組み合わせて提供され得る。

【0048】

本明細書で使用される場合、「担体」という用語は、例えば、希釈剤、保存剤、可溶化剤、乳化剤、アジュバント、賦形剤、助剤またはビークルを指し、これらと共に、本発明の活性薬剤が投与される。このような医薬キャリアは、石油、動物、植物、または人工起源のもの、例えば、ピーナッツオイル、大豆油、鉱物油、ゴマ油などを含む無菌の液体、例えば、水および油などであってよい。水または生理食塩水および水性デキストロースならびにグリセリン溶液を、担体として用い得る。適切な医薬担体は、「Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、２０１２」に記載されている。

【0049】

一実施形態では、本発明は、限定されないが、多発性硬化症（ＭＳ）を含む、自己免疫障害を治療するための、新規組成物および方法に関する。ＭＳは、成人早期の最もよくある神経疾患であり、中枢神経系での脱髄および神経損傷を引き起こす自己免疫性機序により媒介され、進行性神経機能障害をもたらす。現在まで、この病気の治癒はなく、現在の利用可能な治療は、多くの場合免疫系を抑制することにより、将来の免疫学的な攻撃を防ぐことに重点が置かれている。この免疫抑制手法は、極めて多くの有害な副作用を引き起こし、その中で、特に、癌および重篤で致死であり得る感染症のリスクの増大を引き起こす。従って、本発明者らは、ＭＳ発生を抑えるために、有害免疫抑制副作用がなく、効果的で、耐容性良好な治療法の開発に対する未充足の明確なニーズを満たす新規治療法を開発した。

【0050】

本発明はまた、癌を治療するための新規組成物および方法にも関する。癌は、米国における死亡の２番目の原因であり、多くの病因により媒介される。現在まで、多くの癌は治療され得ないが、しかし、最近では、癌細胞の免疫認識および死滅に基づく治療法が新しい希望をもたらした。残念なことに、免疫療法を受けている多くの患者は、十分に応答せず、いくつかの癌型（例えば、肝細胞癌）は応答率が低い。従って、本発明者らは、従来の免疫療法の強化に対する、未充足の明確なニーズを満たすために新規治療法を開発した。

【0051】

本発明者らは、特定のＭＳ病因を矯正するために、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）および／またはスプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）などの、標的化アンチセンスオリゴヌクレオチドを開発した。ＳＭ－ＡＳＯは、異常ＲＮＡスプライシングにより引き起こされる障害を治療するための新規で有用な治療手段であることが実証された。２種のこのようなＳＭ－ＡＳＯが、脊髄性筋萎縮症（スピンラザ、Ｂｉｏｇｅｎ）およびデュシェンヌ型筋ジストロフィー（Ｅｘｏｎｄｙｓ ５１、Ｓａｒｅｐｔａ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）の治療用として、最近ＦＤＡによる認可を受けた。

【0052】

新規標的療法薬は、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）ＲＮＡの異常スプライシングを矯正し、選択的エクソン６の排除は、高レベルの病原性可溶型ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）をもたらす。次に示すいくつかの証拠が、ＩＬ７Ｒエクソン６の選択的スプライシングのＭＳおよび他の自己免疫疾患の病因における役割に直接に結びつき、強くその役割を裏付ける：（１）このエクソンの排除を増やす遺伝子バリアントは、ＭＳリスクの増大と強く関連する（Ｇａｌａｒｚａ－Ｍｕｎｏｚ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｇｒｅｇｏｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００７）；（２）ｓＩＬ７Ｒは、ＭＳの実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）マウスモデルにおいて疾患の重症度および進行を悪化させる（Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，２０１３）；および（３）ｓＩＬ７Ｒは、ＭＳ、Ｉ型糖尿病、関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスを含むいくつかの自己免疫疾患の患者中で上昇している（Ｂａｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｂａｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｌａｕｗｅｒｙｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４；ＭｃＫａｙ ｅｔ ａｌ．，２００８；Ｍｏｎｔｉ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。

【0053】

本発明者らは、いくつかのＳＭ－ＡＳＯ（表１）を開発し、その中でも特に、培養細胞中のＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を促進しかつＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォームの発現を矯正する、リードＡＳＯ ＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６を開発した。この治療手法にとって極めて重要なのは、これらのＳＭ－ＡＳＯが、膜結合型のＩＬ７Ｒ（ｍＩＬ７Ｒ）の発現に悪い影響を与えることなく、ｓＩＬ７Ｒレベルを下げることである。自己免疫性を治療するために、本発明は、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の排除を促進する特定の配列をブロックするために使用され、それによりエクソン６の含有を促進しｓＩＬ７Ｒレベルを下げる。さらに、癌を治療するために、本発明は、ＩＬ７ＲプレｍＲＮＡ中のエクソン６の含有を促進する特定の配列をブロックするために使用され、それによりエクソン６の含有を減らしｓＩＬ７Ｒレベルを高める。当業者なら、本発明のＳＭ－ＡＳＯを、単独で、または他の治療法と組み合わせて使用できることを理解するであろう。さらに、単純な単一塩基変異により、ＳＭ－ＡＳＯは、ヒトＩＬ７Ｒの、または異なる動物における、または多型を有するまたは標的化配列で変異が発生した場合の個体におけるＩＬ７Ｒの、アレルバリアント中のエクソン６のスプライシングを制御するように適合させることができ、従って、バリアント配列に対するＳＭ－ＡＳＯの相補性を調整できる。

【表1】

【0054】

多種多様なＳＭ－ＡＳＯ、例えば、多種多様のＳＭ－ＡＳＯに対する塩基修飾または骨格修飾を含むものなどを、本発明で使用できる。ＳＭ－ＡＳＯの非限定的例は、天然核酸を含んでよいが、しかし、ＳＭ－ＡＳＯの結合効率を高める、ＳＭ－ＡＳＯの安定性（例えば、半減期）を高める、その発現を増大させる、その発現、分布または局在化場所を制御する、などの骨格または塩基の修飾（化学修飾オリゴヌクレオチド）も含んでよい。

【0055】

ＭＳなどの自己免疫疾患に対する現在の治療は、自己免疫疾患患者がその症状を管理するのを支援してきたが、重篤で致死であり得る、薬物がもたらす各種の有害副作用を考慮すると、これらの薬物は理想とはほど遠い。効果的で、しかもより安全なＭＳ薬物の開発は、多数の原因がＭＳの病態形成をもたらす、この疾患の複雑な性質により妨げられてきた。全てのこれらの病因が結果的にミエリンに対する免疫寛容の破綻になることを考慮して、この分野は、これまで、多様な機序を介して免疫反応を漸減させる治療法を開発することを重視してきた。例えば、ナタリズマブは、血液脳関門を通過する白血球の移動およびそれらの炎症部位への動員を遮断するように設計されている。別の例は、オクレリズマブであり、これは、Ｂ細胞を枯渇させる。しかし、これらの機序の両方は（異なる作用を介するが）、最終的に免疫抑制をもたらす。効果的で、しかもより安全な薬物を患者に提供するために、免疫調節を介して所定の病因の結果を取り扱うのではなく、特定のＭＳ病因の矯正を標的にする新規治療法（これは本発明者らが本明細書で免疫矯正として言及する）を開発することが必須である。

【0056】

標準的な膜結合型インターロイキン７受容体（ｍＩＬ７Ｒ）は、ＭＳおよび多数の自己免疫障害における治療的介入の以前の候補であった。しかし、ｍＩＬ７Ｒは、Ｔ細胞恒常性および正常な免疫機能にとって重要であり、ヒトおよびマウスの両方でＩＬ７Ｒ機能の喪失は、重大な免疫不全を引き起こす（Ｍａｒａｓｋｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，１９９６；Ｐｅｓｃｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９４；Ｐｕｅｌ ｅｔ ａｌ．，１９９８；Ｒｏｉｆｍａｎ ｅｔ ａｌ．，２０００）。従って、ｍＩＬ７Ｒの発現および機能を抑制する新規ＭＳ治療法は、重大な免疫不全を生ずるであろう。本明細書で開発した治療的ＳＭ－ＡＳＯは、ＩＬ７Ｒエクソン６の異常スプライシングを矯正し、そうすることにより、それらはｓＩＬ７Ｒレベルを漸減させ、同時にｍＩＬ７Ｒ発現および／または機能に対する悪影響を防止する。従って、免疫抑制機序に依存する現在のＭＳ治療薬とは異なり、ｓＩＬ７Ｒを減らす本発明の治療的ＳＭ－ＡＳＯ（表１）は、免疫抑制を回避する効果的でより安全なＭＳ治療のための選択肢である。ｓＩＬ７Ｒを減らす本発明のＳＭ－ＡＳＯ（表１）は、これらが免疫系を抑制することによりその結果に対処するのではなく、問題の根本を矯正する点で、現在の薬物より大きな改善を示す。

【0057】

さらに、ｓＩＬ７Ｒの高められたレベル（自己免疫疾患を有さない対象の正常レベルのｓＩＬ７Ｒと比較した場合）は、Ｉ型糖尿病、関節リウマチおよび全身性エリテマトーデスなどの他の自己免疫疾患と関連しており、これらの疾患の患者は、上昇したレベルの循環ｓＩＬ７Ｒを有することが示された（Ｂａｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｂａｄｏｔ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｌａｕｗｅｒｙｓ ｅｔ ａｌ．，２０１４；Ｍｏｎｔｉ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。従って、治療的ＳＭ－ＡＳＯは、上昇したレベルのｓＩＬ７Ｒを有する多数の疾患または障害の治療に使用され得る。

【0058】

癌は、米国における死亡の２番目の主要な原因である。癌を編成する多くの病因があることを考慮すると、多くの癌に対する効果的治療法は不十分である。癌免疫療法は、以前には制御困難であった癌に対する新規治療法として身体の免疫系を使用する、急速に拡大している分野である。負の免疫調節因子ＣＴＬＡ－４（ヤーボイ、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）ならびにＰＤ－１（ペムブロリズマブ（キイトルーダ、Ｍｅｒｃｋ）およびニボルバム（オプジーボ、Ｂｒｉｓｔｏｌ－Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）を標的とする、モノクローナル抗体などの免疫チェックポイント抑制剤がＦＤＡ認可されている。それらの潜在能力の一例は、ニボルバムおよびイピリムマブの組み合わせで治療された、以前に未治療で、手術不能なまたは転移性黒色腫の患者での試験であり、この場合、５０％の全体応答率が報告された（Ｌａｒｋｉｎ Ｊ，Ｃｈｉａｒｉｏｎ－Ｓｉｌｅｎｉ Ｖ，Ｇｏｎｚａｌｅｚ Ｒ，Ｇｒｏｂ ＪＪ，Ｃｏｗｅｙ ＣＬ，ｅｔ ａｌ．２０１５．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７３：２３－３４）。

【0059】

最近の癌免疫療法は新しい希望をもたらしたが、残念なことに、免疫療法を受けている多くの患者は十分に応答せず、いくつかの癌型（例えば、肝細胞癌）は応答率が低い。例えば、ニボルバムは、キナーゼ抑制剤ソラフェニブに対し応答しなかった肝細胞癌の患者に対しＦＤＡ認可されているが、試験された１５４人の患者中の全体の応答率は、１４．３％に過ぎず、完全応答は、３人の患者のみで観察された（ＮＣＴ０１６５８８７８）。期待が持てるものではあるが、これらのデータは、応答率を高めるという不可欠な必要性があることを示す。

【0060】

免疫療法の応答率を高めるニーズは、現在採用されている免疫チェックポイント遮断薬の成功を予見するマーカー（例えば、腫瘍細胞中のＰＤ－Ｌ１発現および高いマイクロサテライト不安定性）の集中的探索を動機づけた。あまり開発されなかったが、同様に刺激的なのは、チェックポイント遮断と相乗作用を示し得る免疫調節促進剤（ｐｒｏ－ｉｍｍｕｎｅ ｍｏｄｕｌａｔｏｒ）の研究である。高レベルのｓＩＬ７Ｒは、サイトカインＩＬ７のバイオアベイラビリティおよび／または生物活性を増強することにより免疫応答を強化し、Ｔ細胞の生存を高めると考えられる（Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。これは、癌に対する免疫応答を高める潜在力を有する炎症促進性環境をもたらす。従って、本発明は、ｓＩＬ７Ｒを高めるＳＭ－ＡＳＯ、例えば、リードＳＭ－ＡＳＯであるＩＬ７Ｒ－００１およびＩＬ７Ｒ－００４など、および表２の追加のＳＭ－ＡＳＯを、癌に対する新規免疫療法として使用する。

【表2】

【0061】

図１Ａ～１Ｃは、スプライス調節アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＳＭ－ＡＳＯ）のスクリーニングのためのＧＦＰ－ＩＬ７Ｒ蛍光スプライシングレポーターの検証を示す。図１Ａは、ＳＭ－ＡＳＯ目標（赤）および対応するシススプライシングエレメント（青）の位置を示すＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターの概略図を示す。図１Ｂは、ＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターからの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。ＷＴ（Ｃ）または変異バージョンのレポーター（５’Ｍｕｔ、５’Ｃｏｎｓ、ΔＥＳＥ２およびΔＥＳＳ２）を安定に発現しているＨｅＬａ細胞を、対照（Ｃｔｒｌ）または実験の（ＩＬ７Ｒ－００１およびＩＬ７Ｒ－００２）ＳＭ－ＡＳＯで遺伝子導入した。エクソン６スプライシングを、ＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーター（＋Ｅ６＝エクソン６含有；－Ｅ６＝エクソン６排除）に特異的なプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲで分析し、エクソン６含有パーセンテージを、次式で計算した：［含有／（含有＋排除）］＊１００。図１Ｃは、ＧＦＰ発現の分析を示す。ＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）を、フローサイトメトリーで定量化した。データは、対照ＳＭ－ＡＳＯ（Ｃｔｒｌ）に正規化して示される。

【0062】

ＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシングを調節するＳＭ－ＡＳＯについてスクリーニングするこのレポーターシステムの実現可能性を評価するために、本発明者らは、エクソン６中の特定のシス作用性スプライシングエレメントをブロックする効果を、対応するエレメントの変異と比較した。例えば、ＳＭ－ＡＳＯ ＩＬ７Ｒ－００１は、エクソン６の５'－スプライス部位をブロックし、この５'－スプライス部位の機能を無効にする変異と等価のエクソンのほぼ完全な排除を押し進める。同様に、以前に特定したエクソン内スプライシング転写促進因子２（ＥＳＥ２）のＩＬ７Ｒ－００２によるブロックは、この転写促進因子の変異（ΔＥＳＥ２）と同等の効果をもたらす。ＩＬ７Ｒ－００２は、ＩＬ７Ｒ ＲＮＡに対し低い親和性を有し、これは、ΔＥＳＥ２に比べてわずかに低い大きさをおそらく説明する。所与のシススプライシングエレメントのＳＭ－ＡＳＯ媒介ブロックまたは変異が同等の効果をもたらしたという事実は、このレポーターシステムにおけるスプライシングの決定を制御するＳＭ－ＡＳＯの能力を示す。より重要なことに、エクソン６スプライシングで観察された変化は、ＧＦＰ発現において予測された変化をもたらし、それにより、このレポーターシステムにおけるスプライシング結果の読み出しとしての、ＧＦＰ発現の使用の妥当性を確認する。

【0063】

図２Ａ～２Ｅは、エクソン６内のシス作用性スプライシングエレメントに相補的なＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯの標的化スクリーニングを示す。図２Ａは、スクリーニングに使用されたＧＦＰ－ＩＬ７Ｒスプライシング蛍光レポーターの概略図を示す。イントロン５および６にまたがるＩＬ７Ｒのゲノム配列を、ＧＦＰコード配列を割り込んでクローン化し、それによりＧＦＰ発現はＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシングにより決定される。図２Ｂおよび２Ｃは、ＧＦＰ発現の分析を示す。蛍光レポーターを安定に発現しているＨｅＬａ細胞を、対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）または実験のモルホリノＳＭ－ＡＳＯ（ＩＬ７Ｒ－００１～ＩＬ７Ｒ－００５）で遺伝子導入し、ＧＦＰ発現を、フローサイトメトリーにより定量化した。図２Ｂは、選択したＳＭ－ＡＳＯに対するＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）の代表的ヒストグラムを示し、図２Ｃは、対照ＡＳＯ（ＡＳＯ－ｃｔｒｌ）に正規化したＧＦＰ ＭＦＩの定量化を示す。赤色破線は、いずれかの方向での、ＧＦＰ発現における１．５倍率変化の有効性カットオフを示す。図２Ｄは、ＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターからの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。ＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシングを、ＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーター（＋Ｅ６＝エクソン６含有；－Ｅ６＝エクソン６排除）に特異的なプライマーを用いてＲＴ－ＰＣＲによりレポーターからの転写物で分析し、エクソン６含有パーセンテージを、次式で決定した：［含有／（含有＋排除）］＊１００。赤色破線は、エクソン６含有パーセンテージの１．５倍率変化の有効性カットオフを示す。図２Ｅは、内在性ＩＬ７Ｒ遺伝子からの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。ＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシングを、内在性転写物に特異的なプライマーを用いて内在性ＩＬ７Ｒ遺伝子からの転写物中で分析し（ＦＬ＝含有エクソン６；ΔＥ６＝排除エクソン６）、エクソン６含有パーセンテージを、次式で決定した：［ＦＬ／（ＦＬ＋ΔＥ６）］＊１００。全てのパネルで、統計的有意性を、実験のＡＳＯ対対照を比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。

【0064】

この標的化スクリーニングは、ＩＬ７Ｒエクソン６のいずれかの方向でのスプライシングを調節するいくつかのＳＭ－ＡＳＯを明らかにした。例えば、５’スプライス部位（ＩＬ７Ｒ－００１）または以前に特定したＥＳＥ２（ＩＬ７Ｒ－００２）のブロックは、ほとんど完全なエクソンの排除を誘導する。最も重要なことに、これは、ほぼ完全なエクソン含有を促進するエクソン内スプライシング抑制配列３（ＥＳＳ３）をブロックする、ＩＬ７Ｒ－００５を明らかにした。この１つのＳＭ－ＡＳＯは、自己免疫疾患の治療に特に有用であることが明らかになった。加えて、本発明者らは、エクソン６排除を強化する４つのＳＭ－ＡＳＯ（ＩＬ７Ｒ－００１、ＩＬ７Ｒ－００２、ＩＬ７Ｒ－００３およびＩＬ７Ｒ－００４）を明らかにした。これらは、癌免疫療法適用のための候補である。治療目的にとって重要なことは、全ての試験したＳＭ－ＡＳＯは、ＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターおよび内在性ＩＬ７Ｒ遺伝子の両方からの転写物中のエクソン６のスプライシングの類似の調節を誘導したことである。

【0065】

図３Ａ～３Ｅは、ＩＬ７Ｒイントロン５および６中のＳＭ－ＡＳＯウォークスクリーン（ｗａｌｋ ｓｃｒｅｅｎ）ターゲティング配列を示す。図３Ａは、ＳＭ－ＡＳＯウォークアプローチ（ｗａｌｋ ａｐｐｒｏａｃｈ）の概略図を示す。一例として、本発明者らは、ＩＬ７Ｒエクソン６の近位にあるイントロン領域内の５ｎｔ毎の重複配列に相補的な１５～２５ｎｔ長のモルホリノＳＭ－ＡＳＯを設計した。これらの領域は、ＩＬ７Ｒイントロン５の最後の２０９ｎｔを含み、ブランチポイント配列、ポリピリミジントラクトおよび３’－スプライス部位などのコアスプライシングエレメントを含む最後の４０ｎｔを避け、ＩＬ７Ｒイントロン６の最初の１６９ｎｔを含み、５’－スプライス部位を含む最初の１５ｎｔを避ける。対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）またはこれらのイントロン領域を標的とする実験的ＳＭ－ＡＳＯ（例えば、ＩＬ７Ｒ－００６～ＩＬ７Ｒ－０６５）を、図２Ａに示すようにレポーターシステムを安定に発現しているＨｅＬａ細胞中に遺伝子導入した。ＩＬ７Ｒ－００１およびＩＬ７Ｒ－００５をポジティブコントロールとして使用した。図３Ｂおよび３Ｃは、イントロン５（図３Ｂ）および６（図３Ｃ）を標的とするＳＭ－ＡＳＯのＧＦＰ発現分析を示す。ＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）を、前に示したようにフローサイトメトリーで測定した。赤および青色の線は、それぞれ、ＧＦＰ ＭＦＩの２０％増加または減少のカットオフを示す。図３Ｄおよび３Ｅは、イントロン５（図３Ｄ）および６（図３Ｅ）を標的とする選択されたＳＭ－ＡＳＯに対するＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターからの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。レポーターからの転写物中のエクソン６含有のパーセンテージを、前述のように決定した。赤色破線は、対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）中のエクソン６含有のレベルを示す。全てのパネルで、統計的有意性を、実験のＳＭ－ＡＳＯ対対照を比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。
この手法は、別のＳＭ－ＡＳＯであるＩＬ７Ｒ－００６を明らかにした。これは、イントロン６内の配列をブロックすることにより高レベルのエクソン６含有を促進する。ＳＭ－ＡＳＯ ＩＬ７Ｒ－００６（ＵＡＡＵＡＡＡＧＡＧＧＧＵＧＡＵＵＧＵＧ）の標的配列内に、イントロン６の５’スプライス部位の近くにポリアデニル化シグナル（ＡＡＵＡＡＡ）が存在し、これは、発明者らが以前にエクソン６のスキッピングを促進することを見出したもので、おそらく、ＣＰＳＦ１により結合された場合に５’－スプライス部位をブロックすることによる（Ｅｖｓｙｕｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。しかし、本発明のＩＬ７Ｒ－００６オリゴヌクレオチドは、追加のスプライシング調節配列を含む２０ｎｔ配列をブロックし、これは、Ｅｖｓｙｕｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３で報告された結果とは異なる。

【0066】

ＩＬ７Ｒ－００６に加えて、本発明者らはまた、エクソン６含有を増やす追加の標的配列も明らかにした（表１に列挙される）。これらは、２つのＳＭ－ＡＳＯのクラスター、クラスター１（イントロン５）およびクラスター２（イントロン６）、およびリードＳＭ－ＡＳＯのＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６より効率は低いが、エクソン６含有を増やす他のいくつかのＳＭ－ＡＳＯを含む。本発明者らは現在、それらの効率を向上させるために新しく発見したＳＭ－ＡＳＯに対する最終標的配列を精密化している。

【0067】

このスクリーニングはまた、エクソン６含有を減らすいくつかのＳＭ－ＡＳＯを明らかにした（図３Ｂおよび３Ｃで増大したＧＦＰ発現として認められるように、および表２で列挙されるように）。後者は、癌免疫療法での治療的介入の候補である。重要なことに、この手法は、前臨床モデルで試験されるべき自己免疫性および癌のための新規ＳＭ－ＡＳＯ標的を特定した。

【0068】

図４Ａ～４Ｄは、ＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォームの発現に及ぼす選択されたＳＭ－ＡＳＯの効果を示す。ＨｅＬａ細胞を、前述したようにＥｎｄｏ－Ｐｏｒｔｅｒ遺伝子導入システム（Ｇｅｎｅ Ｔｏｏｌｓ）を用いて、対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）または実験の（ＩＬ７Ｒ－００１、ＩＬ７Ｒ－００４、ＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６）モルホリノＳＭ－ＡＳＯで遺伝子導入した。図４Ａは、内在性ＩＬ７Ｒ遺伝子からの転写物中のエクソン６のスプライシング分析を示す。全ＲＮＡを細胞から単離し、エクソン６含有のパーセンテージを、前述のようにＲＴ－ＰＣＲで決定した。図４Ｂは、可溶性ＩＬ７Ｒ（ｓＩＬ７Ｒ）分泌物の定量化を示す。ｓＩＬ７Ｒの分泌を、パネルＡの細胞から収集した上清中でＥＬＩＳＡにより定量した。データを、対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）に対し正規化した実験のＳＭ－ＡＳＯの平均吸光度として示す。図４Ｃは、膜結合型ＩＬ７Ｒ（ｍＩＬ７Ｒ）の細胞表面発現の定量化を示す。ｍＩＬ７Ｒの細胞表面発現を、未処理細胞でＩＬ７Ｒ染色を用いてフローサイトメトリーにより決定した。データを、対照に対し正規化したＩＬ７Ｒ染色の平均蛍光強度（ＭＦＩ）として示す。図４Ｄは、ＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォーム発現の比率を示す。ｍＩＬ７ＲのｓＩＬ７Ｒに対する比率（ｍＩＬ７Ｒ／ｓＩＬ７Ｒ）を、ｍＩＬ７Ｒ細胞表面発現の値（図４Ｃ）をｓＩＬ７Ｒ分泌物の値（図４Ｂ）で除算することにより決定した。全てのパネルで、統計的有意性を、実験のＳＭ－ＡＳＯ対対照を比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。

【0069】

これらの結果は、ＩＬ７Ｒエクソン６またはイントロン６中のＳＭ－ＡＳＯターゲティング配列が、エクソン６スプライシングにおける所望の結果を誘導するのみでなく、さらに重要なことに、一定の比率のＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォーム（ｍＩＬ７Ｒ／ｓＩＬ７Ｒ）における所望の結果を誘導することを実証する。顕著なのは、ＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６が、ｍＩＬ７Ｒ細胞表面発現への最小限の影響を有してｓＩＬ７Ｒレベルを減らすことである。後者は、ｍＩＬ７Ｒ発現または活性の抑制が免疫抑制を引き起こすので、ＭＳおよび自己免疫性の治療にとって極めて重要である。ＳＭ－ＡＳＯのＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６は、第１の有効性評価項目を満たし、これは、ＩＬ７Ｒタンパク質アイソフォームを回復させる。重要なことに、これらのＳＭ－ＡＳＯは、免疫抑制を防ぐ機序を介し、ＭＳおよび他の自己免疫疾患用の安全で、しかも効果的な治療薬であると予測される。

【0070】

加えて、これらの分析は、エクソン６含有を減らすＩＬ７Ｒ ＳＭ－ＡＳＯ（ＩＬ７Ｒ－００１およびＩＬ７Ｒ－００４）が、ｓＩＬ７Ｒレベルを効果的に増やし、有望な癌免疫療法のための第１の有効性評価項目を満たすことを示す。これらのＳＭ－ＡＳＯは、癌細胞を撃退および根絶する免疫系の力を強化すると予測される。

【0071】

図５Ａ～５Ｄは、ｓＩＬ７Ｒを減らすリードＳＭ－ＡＳＯのＩＬ７Ｒエクソン６スプライシングの用量反応調節を示す。蛍光レポーターを安定に発現しているＨｅＬａ細胞を、前述のように漸増濃度［０、１、５、および１０μＭ］の対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ＝０μＭ）または実験の（ＩＬ７Ｒ－００５およびＩＬ７Ｒ－００６）モルホリノＳＭ－ＡＳＯで遺伝子導入した。図５Ａおよび５Ｂは、ＧＦＰ発現の分析を示す。ＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）を、前述のようにフローサイトメトリーで測定した。図５Ａは、異なる濃度のＩＬ７Ｒ－００５のＧＦＰ ＭＦＩの代表的ヒストグラムを示し、図５Ｂは、ＳＭ－ＡＳＯ濃度の関数として正規化ＧＦＰ ＭＦＩを示す。図５Ｃおよび５Ｄは、レポーター（図５Ｃ）または内在性遺伝子（図５Ｄ）からの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。レポーターまたは内在性遺伝子からの転写物中のエクソン６含有のパーセンテージを、前述のように決定し、ＳＭ－ＡＳＯ濃度の関数として示す。全てのパネルで、統計的有意性を、実験濃度対対照を比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。

【0072】

図６Ａ～６Ｄは、ｓＩＬ７Ｒを増やすリードＳＭ－ＡＳＯのＩＬ７Ｒエクソン６スプライシングの用量反応調節を示す。蛍光レポーターを安定に発現しているＨｅＬａ細胞を、前述のように漸増濃度［０、１、５、および１０μＭ］の対照（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ＝０μＭ）または実験の（ＩＬ７Ｒ－００１およびＩＬ７Ｒ－００４）モルホリノＳＭ－ＡＳＯで遺伝子導入した。図６Ａおよび６Ｂは、ＧＦＰ発現の分析を示す。ＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）を、前述のようにフローサイトメトリーで測定した。図６Ａは、異なる濃度のＩＬ７Ｒ－００１のＧＦＰ ＭＦＩの代表的ヒストグラムを示し、図６Ｂは、ＳＭ－ＡＳＯ濃度の関数として正規化ＧＦＰ ＭＦＩを示す。図６Ｃおよび６Ｄは、レポーター（図６Ｃ）または内在性遺伝子（図６Ｄ）からの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。レポーターまたは内在性遺伝子からの転写物中のエクソン６含有のパーセンテージを、前述のように決定し、ＳＭ－ＡＳＯ濃度の関数として示す。全てのパネルで、統計的有意性を、実験濃度対対照を比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。

【0073】

図５Ａ～５Ｄおよび６Ａ～６Ｄの分析は、使用するＳＭ－ＡＳＯの用量を操作することによりＩＬ７Ｒエクソン６スプライシングが用量依存的に微調整可能であることを示し、細胞培養でのＩＬ７Ｒスプライシング調節のための最小有効濃度を明らかにした。重要なことに、これらの結果は、非ヒト霊長類における前臨床試験およびヒトにおける臨床試験でのインビボ投与を推定するために使用され得る。この用量反応分析は、リードＳＭ－ＡＳＯの用量応答性の例を示し、試験した濃度の範囲に我々の適用を限定するものではない。

【0074】

図７Ａ～７Ｂは、ＭＳ関連ＳＮＰ ｒｓ６８９７９３２に駆動されるＩＬ７Ｒエクソン６の異常排除のＩＬ７Ｒ－００５による矯正を示す。ＩＬ７Ｒエクソン６中のＭＳ関連バリアント ｒｓ６８９７９３２の保護「Ｔ」アレルまたはリスク「Ｃ」アレルのいずれかを含むＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターのバージョンを安定に発現するＨｅＬａ細胞を、対照ＳＭ－ＡＳＯ（ＡＳＯ－Ｃｔｒｌ）またはＩＬ７Ｒ－００５のいずれかで遺伝子導入した。図７Ａは、ｒｓ６８９７８９３２の代替アレル（ＣまたはＴ）を含むＧＦＰ－ＩＬ７Ｒレポーターからの転写物中のＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング分析を示す。エクソン６含有のパーセンテージを、前述のようにＲＴ－ＰＣＲで決定した。図７Ｂは、図７Ａからの細胞中のＧＦＰ発現分析を示す。ＧＦＰ平均蛍光強度（ＭＦＩ）を、前述のようにフローサイトメトリーで測定し、対照ＳＭ－ＡＳＯで処理した「Ｔ」レポーターを発現している細胞に対し正規化して示す。全てのパネルで、統計的有意性を、実験のＳＭ－ＡＳＯ対対照を、または示したように、比較する両側スチューデントのｔ検定により評価した（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．００５、＊＊＊ｐ＜０．０００５）。

【0075】

本発明者らおよび他の研究者による以前の調査は、ＩＬ７Ｒエクソン６中の遺伝子バリアントｒｓ６８９７９３２（ＣまたはＴ）のリスク「Ｃ」アレルは、エクソン６の排除およびｓＩＬ７Ｒレベルを高めることによりＭＳリスクを増大させることを見出した（Ｇｒｅｇｏｒｙ ｅｔ ａｌ．，２００７；Ｅｖｓｙｕｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｌｕｎｄｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。上記分析は、自己免疫性の治療のためのリードＳＭ－ＡＳＯであるＩＬ７Ｒ－００５が、ｒｓ６８９７９３２のリスク「Ｃ」アレルの効果を回復することを示し、これは、ＩＬ７Ｒ－００５の治療能力を強く裏付ける。

【0076】

従って、本発明者らは、自己免疫性および癌における治療的介入のために、インターロイキン７受容体（ＩＬ７Ｒ）ＲＮＡのエクソン６の選択的スプライシングを制御するアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用するための組成物および方法を記載した。これらのアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＩＬ７Ｒ ＲＮＡに埋め込まれた特定のシグナルをブロックすることにより、ＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシングを制御する。これらのシグナルは、ＩＬ７Ｒエクソン６のスプライシング結果を決定する特異的配列である。さらに、ｓＩＬ７Ｒを減らすためにアンチセンスオリゴヌクレオチドによりブロックされるべきＩＬ７Ｒ ＲＮＡ中の特異的配列は、表１に列挙され、ＩＬ７Ｒエクソン６の含有を増やし、従ってｓＩＬ７Ｒ分泌を減らすこれらの配列の変種、これらの配列の任意の部分、またはこれらの配列に隣接する任意のヌクレオチドを含む。さらに、ｓＩＬ７Ｒを増やすためにアンチセンスオリゴヌクレオチドによりブロックされるべきＩＬ７Ｒ ＲＮＡ中の追加のシグナルは、表２に列挙され、ＩＬ７Ｒエクソン６の含有を減らし、従ってｓＩＬ７Ｒ分泌を増やすこれらの配列の変種、これらの配列の任意の部分、またはこれらの配列に隣接する任意のヌクレオチドを含む。これらの配列のほんの少数のヌクレオチドをブロックすることは、エクソン６のスプライシングに影響を与えることができ、その理由は、排除／含有を推進する実際のエレメントは、標的化配列全体ではなく、通常、標的化配列内の４～８ｎｔの配列であるためである。例えば、ＩＬ７Ｒ－００５標的配列内の重要な配列は、最後の５ｎｔのＵＧＧＵＣであり、従って、この５ｎｔだけまたはこの配列の少数のｎｔをブロックするＡＳＯは、所望の効果をもたらすのに十分である可能性がある。しかし、機能的配列に対する標的化特異性および効率を最大化するために、オリゴヌクレオチドは多くの場合、より長い相補的配列にされる。最終的に、アンチセンスオリゴヌクレオチド中の１つまたは複数の塩基を置換して、塩基対を改変し、同時に、前記標的配列に対する高い親和性、選択性および効率的アンチセンス活性を維持することができることがよく知られている。ＳＭ－ＡＳＯの長さに応じた非限定的例は、１５、２０、または２５ヌクレオチドを有するものであり、それらは、表１および２の配列のいずれか、またはその一部に対し、単独でまたは組み合わせて、全体でまたは部分的に、または自己免疫疾患、炎症性疾患または癌のそれぞれの治療のためのこれらの配列の任意の生物学的に活性な並べ換え配列、またはそれに相補的な配列に対し、７０、７５、８０、８４、８５、８７、８８、９０、９２、９３、９４、９５、または９６パーセント同一性を有してよく、自己免疫性および／または炎症性疾患の治療のためにＩＬ７Ｒエクソン６の含有を高めることにより可溶性ＩＬ７Ｒの発現を減らすための、または癌の治療のためにＩＬ７Ｒエクソン６の含有を減らすことにより可溶性ＩＬ７Ｒの発現を高めるための、組成物として、およびそのための方法で使用するためである。５、１０、１５、２０または２５ヌクレオチドを有するＳＭ－ＡＳＯの場合、ミスマッチは、例えば、１、２、３、４、５つ、またはそれを超えるミスマッチであり得る。

【表3】

【0077】

本明細書で考察されるいずれの実施形態も、本発明のいずれかの方法、キット、試薬、または組成物で実施でき、逆もまた同じであることが意図される。さらに、本発明の組成物を使って、本発明の方法を実現できる。

【0078】

本明細書で記載の特定の実施形態は、実例として示されており、本発明を限定するものではない。本発明の主要な特徴は、本発明の範囲から逸脱することなく種々の実施形態で採用できる。当業者は、本明細書に記載された特定の操作に対する多数の等価物を、ルーチン実験のみを用いて認識し、確認できるであろう。このような等価物は、本発明の範囲内にあると考えられ、特許請求の範囲により包含される。

【0079】

本明細書に記述した全ての刊行物および特許出願は、本発明が属する分野の当業者のレベルを示すものである。全ての刊行物および特許出願は、あたかもそれぞれの刊行物また特許出願が具体的かつ個々に、参照により組み込まれると示されるのと同程度に参照により本明細書に組み込まれる。

【0080】

特許請求の範囲および／または明細書中の用語の「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」と共に使用される場合、単語の「ａ」または「ａｎ」の使用は、「１つ」を意味してよいが、これはまた、「１つまたは複数」、「少なくとも１つ」、および「１つまたは２つ以上」の意味と一致する。特許請求の範囲中で用語の「または」の使用は、代替物のみまたは代替物が相互排他的であることを意味すると明示的に示されない限り、「および／または」の意味で使用されるが、本開示は、代替物および「および／または」のみを意味するという定義を支持する。本出願の全体を通して、用語の「約」は、値が、装置の誤差の固有の変動を含むことを示すために使用され、その方法は、その値、または試験対象中に存在するその変動を測定するために採用される。

【0081】

本明細書で使用されるように、単語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」（および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅおよびｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」などの含むの任意の形態）、「有している（ｈａｖｉｎｇ）」（および「有する（ｈａｖｅおよびｈａｓ）などの有しているの任意の形態）、「含有している（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（および「含有する（ｉｎｃｌｕｄｅｓおよびｉｎｃｌｕｄｅ）」などの含有しているの任意の形態）または「含んでいる（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」（および「含む（ｃｏｎｔａｉｎｓおよびｃｏｎｔａｉｎ）」などの含んでいるの任意の形態）は包括的または開放型であり、追加の、列挙されていない要素または方法のステップを排除しない。本明細書で提供されるいずれかの組成物および方法のいくつかの実施形態では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」または「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」で置換され得る。本明細書で使用される場合、表現の「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」は、指定された整数またはステップならびに請求発明の性質または機能に実質的に影響を与えないものを必要とする。本明細書で使用される場合、「なる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」という用語は、記述されている整数（例えば、特徴、エレメント、特性、性質、方法／工程のステップまたは制限）または整数群（特徴、エレメント、特性、性質、方法／工程のステップまたは制限の群）のみの存在を示す。

【0082】

本明細書で使用される場合、用語の「またはこれらの組み合わせ」は、その用語の前にあるリストされた項目の全ての並べ替えおよび組み合わせを指す。例えば、「Ａ、Ｂ、Ｃ、またはこれらの組み合わせ」は、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＡＢ、ＡＣ、ＢＣ、またはＡＢＣの少なくとも１つ、および特定の状況において順番が重要な場合には、ＢＡ、ＣＡ、ＣＢ、ＣＢＡ、ＢＣＡ、ＡＣＢ、ＢＡＣ、またはＣＡＢも含むと意図される。この例で続けると、明示的に含まれるのは、ＢＢ、ＡＡＡ、ＡＢ、ＢＢＣ、ＡＡＡＢＣＣＣＣ、ＣＢＢＡＡＡ、ＣＡＢＡＢＢ、などの１つまたは複数の項目または用語の反復を含む組み合わせである。当業者なら、通常、特に文脈から別儀が明らかでない限り、任意の組み合わせにおける項目または用語の数に制限はないことは理解されよう。

【0083】

本明細書で使用される場合、「限定されない」、「約」、「実質的な」または「実質的に」などの近似の単語は、そのように修飾された場合、絶対または完全であるとは限らないが当業者が上記条件を存在するとして指定するのを保証するのに十分近いと見なされる得る条件を指す。記述が変わり得る程度は、どのくらい大きい変化を導入でき、それでも、当業者に、修飾された特徴を、必要とされる非修飾の特性および能力をまだ有すると認識させ得るかに依存するであろう。前段の考察を前提とするが、一般に、「約」などの接近単語により修飾されている本明細書の数値は、少なくとも±１、２、３、４、５、６、７、８、１０、１２または１５％だけ示した値から変わってよい。

【0084】

本明細書で開示し、請求した全ての組成物および／または方法は、本開示を考慮して、過度な実験をすることなく作製および実施できる。本発明の組成物および方法は、好ましい実施形態の観点から説明されてきたが、本発明の概念、趣旨および範囲を逸脱することなく、本明細書で記載の組成物および／または方法、および方法のステップまたはステップの配列に、変更を適用し得る。当業者に明らかな全てのこのような類似の置換物および修飾物は、添付の特許請求の範囲により定められる本発明の趣旨、範囲および概念の範囲内であると見なされる。

【0085】

特許庁および本願で発行されるいずれかの特許の全ての読者の本明細書に添付の特許請求の範囲の解釈を支援するために、出願者らは、いずれの添付特許請求の範囲に対しても、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１２のパラグラフ６、またはＡＩＡ３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１２パラグラフ（ｆ）、または均等物を行使する意図がないことに留意されたい。理由は、それは、用語の「ための手段（ｍｅａｎｓ ｆｏｒ）」または「ためのステップ（ｓｔｅｐ ｆｏｒ）」が明示的に使用されない限り、本件の出願日に存在しているためである。

【0086】

先行する請求項が、請求項の用語または要素に関して適切な先行する記載を提供する限りにおいて、請求項のそれぞれに対し、それぞれの従属請求項は、独立請求項から、およびそれぞれのおよび全ての請求項に対するそれぞれの先行する従属請求項からの両方に従属できる。

【0087】

参考文献
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Ｇａｌａｒｚａ－Ｍｕｎｏｚ，Ｇ．，Ｂｒｉｇｇｓ，Ｆ．Ｂ．，Ｅｖｓｙｕｋｏｖａ，Ｉ．，Ｓｃｈｏｔｔ－Ｌｅｒｎｅｒ，Ｇ．，Ｋｅｎｎｅｄｙ，Ｅ．Ｍ．，Ｎｙａｎｈｅｔｅ，Ｔ．，Ｗａｎｇ，Ｌ．，Ｂｅｒｇａｍａｓｃｈｉ，Ｌ．，Ｗｉｄｅｎ，Ｓ．Ｇ．，Ｔｏｍａｒａｓ，Ｇ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．（２０１７）．Ｈｕｍａｎ Ｅｐｉｓｔａｔｉｃ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ｃｏｎｔｒｏｌｓ ＩＬ７Ｒ Ｓｐｌｉｃｉｎｇ ａｎｄ Ｉｎｃｒｅａｓｅｓ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ Ｒｉｓｋ．Ｃｅｌｌ １６９，７２－８４ ｅ１３．
Ｇｒｅｇｏｒｙ，Ｓ．Ｇ．，Ｓｃｈｍｉｄｔ，Ｓ．，Ｓｅｔｈ，Ｐ．，Ｏｋｓｅｎｂｅｒｇ，Ｊ．Ｒ．，Ｈａｒｔ，Ｊ．，Ｐｒｏｋｏｐ，Ａ．，Ｃａｉｌｌｉｅｒ，Ｓ．Ｊ．，Ｂａｎ，Ｍ．，Ｇｏｒｉｓ，Ａ．，Ｂａｒｃｅｌｌｏｓ，Ｌ．Ｆ．，ｅｔ ａｌ．（２００７）．Ｉｎｔｅｒｌｅｕｋｉｎ ７ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｌｐｈａ ｃｈａｉｎ（ＩＬ７Ｒ）ｓｈｏｗｓ ａｌｌｅｌｉｃ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ ｇｅｎｅｔｉｃｓ ３９，１０８３－１０９１．
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【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図2A】

【図2B】

【図2C】

【図2D】

【図2E】

【図3A】

【図3BC】

【図3D】

【図3E】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図4D】

【図5A】

【図5B】

【図5C】

【図5D】

【図6A】

【図6B】

【図6C】

【図6D】

【図7A】

【図7B】

【配列表】

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