特許7587013IP Force 特許公報全文掲載

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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋

本開示の特徴の一般的な理解のために、図面を参照する。図面では、同一の要素を特定するために、全体を通して同様の参照符号が使用されている。本特許又は出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれている。カラー図面（複数可）を含む本特許又は特許出願公開のコピーは、申請に応じて、必要な手数料を支払うことにより、特許庁から提供されることになる。
【図1A】 核酸ライブラリーからの非標的核酸分子の標的化された枯渇を達成するための標的捕捉プライマーと組み合わせたポイズンプライマーの使用の概要を提供する。いくつかの実施形態では、非標的核酸分子は、ｒＲＮＡ由来ｃＤＮＡ分子である。
【図1B】 バックグラウンド分子のライブラリーを枯渇させることによる次世代シーケンシング捕捉ライブラリーからの標的核酸分子の濃縮を達成するための標的捕捉プライマーと組み合わせたポイズンプライマーの使用の概要を提供する。いくつかの実施形態では、標的核酸分子は融合転写物である。
【図2A】 本開示の一実施形態による、調製された核酸ライブラリー内の標的核酸分子を濃縮する方法の概要を示す。
【図2B】 本開示の一実施形態による、調製された核酸ライブラリー内の標的核酸分子を濃縮する方法を示す。
【図2C】 本開示の一実施形態による、標的核酸分子の少なくとも一部と、伸長されたハイブリダイズした標的捕捉プライマーとを含む形成された複合体から標的核酸分子を遊離させる方法を示す。
【図3A】 本開示の一実施形態による、非標的核酸分子に沿ったポイズンプライマーのハイブリダイゼーション及び伸長が、標的捕捉プライマーの非標的核酸へのミスプライミングの発生を防止又は低減する、プライマー伸長標的濃縮の方法を示す。
【図3B】 ユニバーサル捕捉オリゴヌクレオチドを利用する標的核酸分子捕捉の代替方法を示す。
【図4】 本開示の一実施形態による、非標的核酸分子に沿ったポイズンプライマーのハイブリダイゼーション及び伸長が、ミスプライミングされた標的捕捉プライマーから標的捕捉部分を切断する、プライマー伸長標的濃縮の方法を示す。
【図5】 本開示の一実施形態による、標的核酸分子に対するハイブリダイゼーションの前に、標的捕捉プライマーが捕捉部分を介して基質に結合される、図３Ａに示される方法の代替実施形態を示す。
【図6】 本開示の一実施形態による、標的核酸分子に対するハイブリダイゼーションの前に、標的捕捉プライマーが捕捉部分を介して基質に結合される、図４に示される方法の代替実施形態を示す。図６は、捕捉部分を介して基質に結合した標的捕捉プライマーが非標的核酸分子に対してミスプライミングされ得、基質に結合した捕捉部分がハイブリダイズしたポイズンプライマーの伸長によって遊離され得ることをさらに示す。
【図7】 本開示の一実施形態による、標的核酸分子の増幅及び／又はシーケンシングの前に、伸長されたハイブリダイズした標的捕捉プライマーを標的核酸分子から放出する方法を示す。
【図8】 ｓｇＰＥＴＥが、ライブラリー調製及び捕捉へのインプットとして１０ｎｇのＵＨＲ ＲＮＡを使用したシーケンシングリードにおいて平均約４５％のｒＲＮＡリードを示した実験の結果を示す。１μＭのポイズンプライマーをｓｇＰＥＴＥ捕捉反応に含めた場合、ｒＲＮＡリードの平均数は約２５％低かった。リボ枯渇試料では、ポイズンプライマーの包含はオフターゲット・リードの有意な増加をもたらさなかった。
【図9A】 ３５０万にサブサンプリングされたシーケンシングリードの内訳を示す。ポイズンプライマーを用いて、対照試料中に２３３万（±１７万）個の融合標的リード及び１０５万（±８万）個の融合リードを含めた。
【図9B】 対照試料が同様の数の融合標的を検出するのに必要な理論的なシーケンシングの深度及びリードの内訳を示す。

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