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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-12-26
(45)【発行日】2025-01-10
(54)【発明の名称】HDAC分解剤
(51)【国際特許分類】
   C07D 207/16 20060101AFI20241227BHJP
   C12N 9/99 20060101ALI20241227BHJP
   C12N 9/14 20060101ALI20241227BHJP
   C07D 401/04 20060101ALI20241227BHJP
   C07D 417/12 20060101ALI20241227BHJP
   A61K 47/55 20170101ALI20241227BHJP
   A61K 31/454 20060101ALI20241227BHJP
   A61K 31/427 20060101ALI20241227BHJP
   A61K 31/40 20060101ALI20241227BHJP
   A61P 35/00 20060101ALI20241227BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20241227BHJP
   C07D 417/14 20060101ALI20241227BHJP
【FI】
C07D207/16
C12N9/99
C12N9/14
C07D401/04 CSP
C07D417/12
A61K47/55
A61K31/454
A61K31/427
A61K31/40
A61P35/00
A61P43/00 105
C07D417/14
【請求項の数】 17
(21)【出願番号】P 2022543780
(86)(22)【出願日】2021-01-22
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2023-03-15
(86)【国際出願番号】 GB2021050156
(87)【国際公開番号】W WO2021148811
(87)【国際公開日】2021-07-29
【審査請求日】2023-07-21
(31)【優先権主張番号】2001023.7
(32)【優先日】2020-01-24
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
(73)【特許権者】
【識別番号】517298220
【氏名又は名称】ユニバーシティ オブ レスター
(74)【代理人】
【識別番号】110000671
【氏名又は名称】IBC一番町弁理士法人
(72)【発明者】
【氏名】カウリー,ショーン
(72)【発明者】
【氏名】ホジキンソン,ジェイムス
(72)【発明者】
【氏名】クロス,ジャスミン エム.
(72)【発明者】
【氏名】シュワべ,ジョン
(72)【発明者】
【氏名】スマリー,ジョシュア
(72)【発明者】
【氏名】アダムス,グレース
(72)【発明者】
【氏名】ミラード,クリス
【審査官】高森 ひとみ
(56)【参考文献】
【文献】米国特許出願公開第2020/0022966(US,A1)
【文献】特表2013-509441(JP,A)
【文献】特表2015-528812(JP,A)
【文献】特表2012-529514(JP,A)
【文献】特表2018-526429(JP,A)
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C07D
A61K
A61P
CAplus/REGISTRY(STN)
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、もしくは互変異性型:
【化1】

式中、
Lは、-L -L -であるリンカーであり、前記リンカーの骨格の長さは7~50原子であり、ここで、
は、存在しないか、または-L -L -L -L -であり、
は、-L -L -L -L 10 -であり、ここで、
は、置換されていてもよいC ~C アルキレン、置換されていてもよいC ~C アルケニレン、または置換されていてもよいC ~C アルキニレンであり;
はNR 、O、S、
【化2】

式中、アスタリスクは、L 、またはL がない場合はL への結合点を示す、
であり、
は、存在しないか、置換されていてもよいC ~C アルキレン、置換されていてもよいC ~C アルケニレン、もしくは置換されていてもよいC ~C アルキニレン、置換されていてもよいC ~C 12 アリーレン、または置換されていてもよい5~10員のヘテロアリーレンであり;
は、置換されていてもよいC ~C 12 アリーレン、または置換されていてもよい5~10員のヘテロアリーレンであり;
は、存在しないか、置換されていてもよいC ~C アルキレン、置換されていてもよいC ~C アルケニレン、または置換されていてもよいC ~C アルキニレンであり;
は、存在しないか、
【化3】

式中、アスタリスクはL への結合点を示す、
であり、
は、置換されていてもよいC ~C 20 アルキレン、置換されていてもよいC ~C 20 アルケニレン、または置換されていてもよいC ~C 20 アルキニレンであり、前記アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン基の骨格は、OまたはNR から選択される1つまたは複数のヘテロ原子によって中断されていてもよく、あるいは、
は、
【化4】

式中、アスタリスクは、L 10 、またはL 10 がない場合はR への結合点を示す、
であり、
10 は、存在しないか、C(O)または:
【化5】

式中、アスタリスクは、R への結合点を示す、
であり、
11 は、独立して、存在しないか、置換されていてもよいC ~C アルキレン、置換されていてもよいC ~C アルケニレン、または置換されていてもよいC ~C アルキニレンであり;
12 およびL 13 は、独立して、置換されていてもよいC ~C アルキレン、置換されていてもよいC ~C アルケニレン、または置換されていてもよいC ~C アルキニレンであり;
~X 12 は、独立して、OまたはNR であり;
およびR は、独立して、H、C ~C アルキル、C ~C アルケニル、またはC ~C アルキニルであり;
mは0、1~10の整数であり;かつ、
nは1~10の整数であり、
は、E3リガーゼのE3リガンドであり、前記R が以下のいずれかであり、
【化6】

式中、
~X およびX 13 は、それぞれNHまたはOであり;
は、H、置換されていてもよいC ~C アルキル、置換されていてもよいC ~C アルケニル、置換されていてもよいC ~C アルキニル、置換されていてもよいC ~C シクロアルキル、置換されていてもよい3~6員の複素環、置換されていてもよいフェニル、または置換されていてもよい5員もしくは6員のヘテロアリールであり、ここで、R が置換されていてもよいアルキル、置換されていてもよいアルケニル、置換されていてもよいアルキニル、置換されていてもよいシクロアルキル、置換されていてもよい複素環、置換されていてもよいフェニル、または置換されていてもよいヘテロアリールである場合、前記アルキル、前記アルケニル、前記アルキニル、前記シクロアルキル、前記複素環、前記フェニル、または前記ヘテロアリールは、置換されていないか、ハロゲン、オキソ、OHまたはNH の1つまたは複数で置換されており;
各Rは、独立して、ハロゲン、OR、NR、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、C~Cアルキニル、C~C12アリール基、または5~10員のヘテロアリール基であり;
およびRは、独立して、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、またはC~Cアルキニルであり;
別段の指定がない限り、前記または各置換されていてもよいアルキレン、置換されていてもよいアルケニレン、置換されていてもよいアルキニレン、および置換されていてもよいヘテロアリーレンは、置換されていないか、ハロゲン、オキソ、OH、NH 、C ~C アルキル、C ~C アルケニル、C ~C アルキニル、C ~C シクロアルキル、3~10員の複素環、C ~C 12 アリールおよび/または5~10員のヘテロアリールの、1つまたは複数で置換されており、前記または各置換されていてもよいアリーレンは、置換されていないか、ハロゲン、OH、NH 、C ~C アルキル、C ~C アルケニル、C ~C アルキニル、C ~C シクロアルキル、3~10員の複素環、C ~C 12 アリールおよび/または5~10員のヘテロアリールの、1つまたは複数で置換されており;
pは0または1~4までの整数である。
【請求項2】
pが0であるか、あるいはpが1であり、前記式(I)の化合物が式(Iaiii)または(Iaiv)の化合物である、請求項1に記載の化合物:
【化7】
【請求項3】
が:
【化8】


である、請求項1または2に記載の化合物。
【請求項4】
、XおよびXがNHであり、XおよびX13がOであり、Rがメチルまたは:
【化9】


である、請求項1~3のいずれか1項に記載の化合物。
【請求項5】
前記リンカーの骨格が7~40原子の長さである、請求項1~のいずれか1項に記載の化合物。
【請求項6】
が:
【化10】


式中、アスタリスクは、Lへの結合点を示す、
であるか、あるいはLが存在しない、請求項1~5のいずれか1項に記載の化合物。
【請求項7】
が:
【化11】


式中、アスタリスクは、Rへの結合点を示す、
である、請求項1~6のいずれか1項に記載の化合物。
【請求項8】
が:
【化12】


式中、
アスタリスクは、Rへの結合点を示し;
qは少なくとも5の整数であり;
rは少なくとも4の整数であり;
sは少なくとも2の整数であり;
tは少なくとも1の整数であり;
uは少なくとも3の整数であり;
vは少なくとも1の整数であり;かつ、
wは少なくとも2の整数である、
である、請求項に記載の化合物。
【請求項9】
qは5~20の整数であり;
rは4~20の整数であり;
sは2~10の整数であり;
tは1~10の整数であり;
uは3~15の整数であり;かつ、
wは2~14の整数である、請求項に記載の化合物。
【請求項10】
Lが:
【化13】


式中、
アスタリスクは、Rへの結合点を示し;
qは少なくとも5の整数であり;
rは少なくとも4の整数であり;
sは少なくとも2の整数であり;
tは少なくとも1の整数であり;
uは少なくとも3の整数であり;
vは少なくとも1の整数であり;かつ、
wは少なくとも2の整数である、
である、請求項1~のいずれか1項に記載の化合物。
【請求項11】
qが、5~20の整数であり;
rが、4~20の整数であり;
sは、2~10の整数であり;
tは、1~10の整数であり;
uは、3~15の整数であり;かつ、
wは、2~14の整数である、請求項または請求項10に記載の化合物。
【請求項12】
前記式(I)の化合物が式(Ic)、(Id)、(Ie)または(If)の化合物である、請求項1に記載の化合物:
【化14】
【請求項13】
式(Ic)の化合物でありqが11であるか、または式(Id)の化合物でありrが10である、請求項12に記載の化合物。
【請求項14】
式(101)~式(116)のいずれかの化合物である、請求項1に記載の化合物:
【化15-1】


【化15-2】


【化15-3】


【化15-4】
【請求項15】
請求項1~14のいずれか1項に記載の式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、もしくは互変異性型、および薬学的に許容されるビヒクルを含む、医薬組成物。
【請求項16】
請求項1~14のいずれか1項に記載の式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、もしくは互変異性型、および薬学的に許容されるビヒクルを含む、対象の癌を治療するための医薬組成物。
【請求項17】
前記癌が血液癌、腸癌、脳癌、乳癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、胃癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、または皮膚癌である、請求項16に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、酵素のヒストンデアセチラーゼ(HDAC)ファミリー、特にコリプレッサー錯体に存在するHDAC1、HDAC2およびHDAC3を分解し得る化合物に関する。本発明は、これらの化合物を含む医薬組成物、および治療におけるこれらの化合物の使用に及ぶ。本発明は、これらの化合物が癌を治療するためにどのように使用され得るかを説明する。
【背景技術】
【0002】
ヒストン脱アセチル化酵素(HDAC)ファミリーの酵素は、しばしばエピジェネティックな消去因子と呼ばれ、ヒストン尾部からアセチル部分を除去することによって機能し、それによってクロマチン構造および遺伝子発現を変更する。現在、5つのHDAC阻害剤が、T細胞リンパ腫および多発性骨髄腫を他の化合物とともに治療する臨床試験での臨床使用が承認されている。ヒトには18個のHDAC酵素が含まれており、そのうち11個は触媒部位に2価の亜鉛カチオンを有し、7個のサーチュインはその活性がNAD+に依存している。バルプロ酸またはSAHA(Zolinza)などのZn2+依存性酵素の阻害剤は、CTCLおよび双極性障害の治療に現在臨床で使用されている。しかしながら、これらの薬剤は限られた選択性を示し、この選択性の欠如は、HDAC阻害薬を使用している患者が示す衰弱性の副作用の原因であると考えられてきた。
【0003】
HDAC1、HDAC2、およびHDAC3は核に局在し、全細胞デアセチラーゼ活性の約50%を構成し、遺伝子発現において最も顕著なHDACである。それらは単一の存在として機能しないが、Sin3、NuRD、CoREST、MiDAC、およびNCoRなどのはるかに大きなマルチタンパク質コリプレッサー錯体の触媒サブユニットとしてインビボで存在する。これらの錯体は、ゲノムの特定の領域にHDAC酵素を組み込む重要な役割を果たし、異なる細胞型の機能を示す。
【0004】
本発明は、酵素のHDACファミリーを標的とする他の化合物を開発しようとする発明者らの研究から生じたものである。
【発明の概要】
【0005】
第1の態様によれば、式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、互変異性型もしくは多形型が提供される:
【0006】
【化1】
【0007】
式中、
Lは、少なくとも1つの基を含む骨格を有するリンカーであり、前記基または各基は、独立して、置換されていてもよいC~C30アルキレン、置換されていてもよいC~C30アルケニレン、置換されていてもよいC~C30アルキニレン、NR、O、S、SO、SO、置換されていてもよいC~C12アリーレン、および置換されていてもよい5~10員のヘテロアリーレンからなるリストから選択され、前記リンカーの骨格の長さは7~50原子であり;
は、E3リガンドであり;
各Rは、独立して、ハロゲン、OR、NR、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、C~Cアルキニル、C~C12アリール基、または5~10員のヘテロアリール基であり;
およびRは、独立して、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、またはC~Cアルキニルであり;
pは0または1~4までの整数である。
【0008】
前記式(I)の化合物は、タンパク質分解標的キメラ(PROTAC)である。PROTACは、目的のタンパク質(POI)のリガンドをE3リガンドのリガンドと結合させるヘテロ二官能性分子であり、E3リガーゼを動員してPOIのポリユビキチン化および分解をもたらす。有利なことに、式(I)の化合物は、HDAC酵素とのタンパク質間相互作用および分解の成功を誘導し得る。特に、本発明者らは、HCT116結腸癌細胞株において、式(I)の化合物がヒストンアセチル化レベルを上昇させ、臨床候補CI-994に匹敵する細胞生存率を低下し得ることを見出した。
【0009】
本発明者らが知る限り、CI-994などの選択的ベンズアミドHDAC阻害剤を摂取し、それをPROTACに変換し、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3の分解を示したのはこれが初めてである。疾患におけるHDAC薬の意義および重要性、およびPROTAC技術の利点を考えると、医学的重要性および潜在的有用性は非常に高くなり得る。
【0010】
本明細書で使用される「アルキレン」という用語は、別段の指定がない限り、二価飽和直鎖炭化水素を指す。本明細書で使用される用語「アルケニレン」および「アルキニレン」は、別段の指定がない限り、それぞれ、二価オレフィン性不飽和直鎖炭化水素または二価アセチレン性不飽和直鎖炭化水素を指す。「アリーレン」という用語は、二価の芳香族6~12員炭化水素基を指す。「ヘテロアリーレン」という用語は、少なくとも1個の環原子がヘテロ原子である二価の芳香族5~10員環系を指す。
【0011】
前記または各置換されていてもよいアルキレン、置換されていてもよいアルケニレン、置換されていてもよいアルキニレン、および置換されていてもよいヘテロアリールは、置換されていないか、ハロゲン、オキソ、OH、NH、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、C~Cアルキニル、C~Cシクロアルキル、3~10員の複素環、C~C12アリールおよび/または5~10員の複素環の、1つまたは複数で置換され得る。前記または各置換されていてもよいアリールは、置換されていないか、ハロゲン、OH、NH、C~Cアルキル、C~Cアルケニルおよび/またはC~Cアルキニル、C~Cシクロアルキル、3~10員の複素環、C~C12アリールおよび/または5~10員の複素環の、1つまたは複数で置換され得る。
【0012】
「リンカーの主鎖」という用語は、
【0013】
【化2】
【0014】
とRとの間の結合原子の最短連続鎖を指すことが理解されよう。
【0015】
いくつかの実施形態において、pは1である。したがって、式(I)の化合物は、式(Iai)または(Iaii)の化合物であり得る:
【0016】
【化3】
【0017】
は、ハロゲンまたは5員または10員のヘテロアリール基であり得る。Rが5員または10員のヘテロアリール基である実施形態では、それは5員または6員のヘテロアリール基であり得る。したがって、Rは、1H-ピロリル、フラニルまたはチオフェニルであり得る。Rがハロゲンである実施形態では、それはフッ素、塩素、ヨウ素または臭素であり得る。好ましくは、Rはフッ素または塩素であり、最も好ましくはフッ素である。
【0018】
したがって、前記式(I)の化合物は、式(Iaiii)または式(Iaiv)であり得る:
【0019】
【化4】
【0020】
他の実施形態では、pは0である。したがって、前記式(I)の化合物は、式(Ib)の化合物であってもよい:
【0021】
【化5】
【0022】
E3リガンドはE3リガーゼのリガンドであることが理解されよう。前記E3リガンドは、フォン・ヒッペル・リンダウ(VHL)E3ユビキチンリガーゼ、セレブロンE3ユビキチンリガーゼ、cIAP1 E3ユビキチンリガーゼまたはMDM2 E3ユビキチンリガーゼ、または生物学的に活性なアイソフォームまたはその類似体に対するものであり得る。これらのE3リガンドには多数の結合位置が可能であり、前記リンカーは可能な結合位置のいずれかでE3リガンドを結合し得ることが理解されよう。
【0023】
例として、Rは次の構造を有し得る:
【0024】
【化6】
【0025】
式中、
~XおよびX13は、それぞれNHまたはOであり、
は、H、置換されていてもよいC~Cアルキル、置換されていてもよいC~Cアルケニル、置換されていてもよいC~Cアルキニル、置換されていてもよいC~Cシクロアルキル、置換されていてもよい3~6員の複素環、置換されていてもよいフェニル、または置換されていてもよい5員もしくは6員の複素環である。前記アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、複素環、フェニルまたはヘテロアリールは、置換されていないか、ハロゲン、オキソ、OHまたはNHの1つまたは複数で置換され得る。前記ハロゲンは、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素であってよく、好ましくはフッ素または塩素であり、より好ましくはフッ素である。
【0026】
より好ましくは、Rは以下のものである:
【0027】
【化7】
【0028】
好ましくは、XおよびXはNHである。好ましくはXはOである。好ましくはXはOである。好ましくはXはNHである。好ましくは、X13はOである。
【0029】
好ましくは、Rは、置換されていてもよいC~Cアルキル、置換されていてもよいC~Cアルケニル、置換されていてもよいC~Cアルキニル、置換されていてもよいシクロプロピルまたは置換されていてもよい3員複素環である。より好ましくは、Rはメチルまたは:
【0030】
【化8】
【0031】
である。
【0032】
最も好ましくは、Rは、
【0033】
【化9】
【0034】
である。
【0035】
前記リンカーの骨格は、長さが7~40原子、より好ましくは長さが8~30原子、9~25原子、10~20原子、または11~15原子、最も好ましくは、長さが13原子であり得る。
【0036】
前記リンカーの骨格は、長さが7~40原子、より好ましくは、長さが8~30原子、9~25原子、10~20原子、または11~18原子、最も好ましくは長さが13~16原子であり得る。
【0037】
実施例で説明したように、本発明者らは、より長いリンカー長を有する化合物についてインビボで特に有望な結果を得た。前記インビボでの結果は、リンカーが短い分子ほど活性が高いことを示していたため、これは驚くべきことである。さらに、本発明者らは、より長いリンカーを有する化合物が細胞膜を通過するのが困難であると予測したであろう。リンカーの長さが長い化合物ほど活性が高いという事実は、予測することができなかった。
【0038】
Lは、-L-L-であってよく、ここで、
は、存在しないか、または-L-L-L-L-であり、
は、-L-L-L-L10-であり、ここで、
は、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレン、または置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり;
はNR、O、S、
【0039】
【化10】
【0040】
であり、式中、アスタリスクは、L、またはLがない場合はLへの結合点を示し;
は、存在しないか、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレン、置換されていてもよいC~Cアルキニレン、置換されていてもよいC~C12アリーレン、または置換されていてもよい5~10員のヘテロアリーレンであり;
は、置換されていてもよいC~C12アリーレン、または置換されていてもよい5~10員のヘテロアリーレンであり;
は、存在しないか、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレン、または置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり;
は、存在しないか、
【0041】
【化11】
【0042】
であり、式中、アスタリスクはLへの結合点を示し;
は、置換されていてもよいC~C20アルキレン、置換されていてもよいC~C20アルケニレン、または置換されていてもよいC~C20アルキニレンであり、前記アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン基の骨格は、OまたはNRから選択される1つまたは複数のヘテロ原子によって中断されていてもよく、あるいは、
は、
【0043】
【化12】
【0044】
であり、式中、アスタリスクは、L10、またはL10がない場合はRへの結合点を示し;
10は、存在しないか、C(O)または:
【0045】
【化13】
【0046】
であり、式中、アスタリスクは、Rへの結合点を示し;
11は、存在しないか、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレン、または置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり;
12およびL13は、独立して、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレン、または置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり;
~X12は、独立して、OまたはNRであり;
およびRは、独立して、H、C~Cアルキル、C~Cアルケニル、またはC~Cアルキニルであり;
mは、0、1~10の整数であり;かつ、
nは、1~10の整数である。
【0047】
いくつかの実施形態では、Lは存在している。
【0048】
は、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり得る。したがって、Lは-CH-であり得る。
【0049】
は、NRまたは、
【0050】
【化14】
【0051】
であり得る。好ましくは、XはNRである。好ましくは、XはOである。好ましくは、RはHである。
【0052】
は、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり得る。したがって、Lは-CH-であり得る。
【0053】
あるいは、Lは、置換されていてもよいフェニル、または置換されていてもよい5員もしくは6員ヘテロアリールであり得る。前記5員または6員ヘテロアリールは、置換されていてもよいピリジニル、置換されていてもよいピリダジニル、置換されていてもよいピリミジニルまたは置換されていてもよいトリアジニルであり得る。前記フェニルまたはヘテロアリールは非置換であり得る。
【0054】
あるいは、Lが存在しなくてもよい。
【0055】
は、置換されていてもよいフェニル、または置換されていてもよい5員もしくは6員ヘテロアリールであり得る。前記5員または6員ヘテロアリールは、置換されていてもよいピロリル、置換されていてもよいイミダゾリル、置換されていてもよいピラゾリル、置換されていてもよいトリアゾリル、置換されていてもよいピリジニル、置換されていてもよいピリダジニル、置換されていてもよいピリミジニルまたは置換されていてもよいトリアジニルであり得る。前記フェニルまたはヘテロアリールは、非置換であるか、フェニルまたは5員もしくは6員ヘテロアリールで置換され得る。
【0056】
したがって、いくつかの実施形態では、Lは:
【0057】
【化15】
【0058】
であってよく、アスタリスクは、Lへの結合点を示す。
【0059】
あるいは、Lが存在しなくてもよい。
【0060】
は、置換されていてもよいC~Cアルキレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキレンであり得る。したがって、Lは-CH-であり得る。
【0061】
いくつかの実施形態では、Lは存在しない。
【0062】
は:
【0063】
【化16】
【0064】
であり得る。好ましくは、X10はNRである。好ましくは、RはHである。
【0065】
いくつかの実施形態では、Lは存在しない。
【0066】
いくつかの実施形態では、Lは、置換されていてもよいC~C15アルキレン、置換されていてもよいC~C15アルケニレンまたは置換されていてもよいC~C15アルキニレンであり得る。アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン基の骨格は、いかなるヘテロ原子によっても中断されてはならない。より好ましくは、Lは、置換されていてもよいC~C13アルキレン、置換されていてもよいC~C13アルケニレンまたは置換されていてもよいC~C13アルキニレンであり、最も好ましくはC10~C12アルキレンである。したがって、いくつかの実施形態では、Lは-(CH11-であり得る。
【0067】
あるいは、Lは、置換されていてもよいC~C10アルキレン、置換されていてもよいC~C10アルケニレンまたは置換されていてもよいC~C10アルキニレンであり得る。アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレン基の骨格は、いかなるヘテロ原子によっても中断されてはならない。より好ましくは、Lは、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり、最も好ましくはC~Cアルキレンである。したがって、いくつかの実施形態では、Lは-(CH-であり得る。
【0068】
あるいは、Lは、置換されていてもよいC~C15アルキレン、置換されていてもよいC~C15アルケニレンまたは置換されていてもよいC~C15アルキニレンであってよく、前記アルキレン基、アルケニレン基またはアルキニレン基の骨格は、1つまたは複数のヘテロ原子によって中断される。より好ましくは、Lは、置換されていてもよいC~C12アルキレン、置換されていてもよいC~C12アルケニレンまたは置換されていてもよいC~C12アルキニレンであり、最も好ましくはC~C10アルキレンアルキニレンであり、前記アルキレン基、アルケニレン基またはアルキニレン基の骨格は、1つまたは複数のヘテロ原子によって中断されている。好ましくは、前記アルキレン基、アルケニレン基またはアルキニレン基の骨格は、1~4、より好ましくは1~3、最も好ましくは1~2のヘテロ原子によって中断される。好ましくは、前記または各ヘテロ原子はOである。
【0069】
いくつかの実施形態では、Lは:
【0070】
【化17】
【0071】
であってよく、式中、vは少なくとも1の整数であり、wは少なくとも2の整数であり、アスタリスクはL10、またはL10が存在しない場合にはRへの結合点を示す。
【0072】
他の実施形態では、Lは:
【0073】
【化18】
【0074】
であり得る。L11は、独立して、存在しないか、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり得る。より好ましくは、L11はCHである。L12は、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり得る。いくつかの実施形態では、L12は-CHCH-である。nは1~5までの整数である。いくつかの実施形態では、nは1、2または3であってもよい。L13は独立して、置換されていてもよいC~Cアルキレン、置換されていてもよいC~Cアルケニレンまたは置換されていてもよいC~Cアルキニレンであり得る。より好ましくは、L13はCHである。いくつかの実施形態では、mは0である。他の実施形態では、mは1である。
【0075】
いくつかの実施形態では、L10はC(O)である。
【0076】
他の実施形態では、L10は存在しない。
【0077】
したがって、Lは:
【0078】
【化19】
【0079】
であってよく、アスタリスクは、Rへの結合点を示す。
【0080】
好ましい実施形態では、Lは:
【0081】
【化20】
【0082】
であってよく、式中、
アスタリスクは、Rへの結合点を示し;
qは少なくとも5の整数であり;
rは少なくとも4の整数であり;
sは少なくとも2の整数であり;
tは少なくとも1の整数であり;
uは少なくとも3の整数であり;
vは少なくとも1の整数であり;かつ、
wは少なくとも2の整数である。
【0083】
好ましい実施形態では、Lは、
【0084】
【化21】
【0085】
であってよく、式中、q、r、s、t、u、vおよびwは上記で定義した通りである。
【0086】
好ましくは、qは5~20、より好ましくは7~15、最も好ましくは10~12の整数である。いくつかの実施形態では、qは5、8または11である。好ましい実施形態では、qは11である。
【0087】
好ましくは、rは4~20、より好ましくは7~15、最も好ましくは9~11の整数である。いくつかの実施形態では、rは4、7、10または12である。好ましい実施形態では、rは10である。他の実施形態では、rは12である。
【0088】
好ましくは、sは2~10、より好ましくは2~5の整数である。好ましい実施形態では、sは2または3である。
【0089】
好ましくは、tは1~10、より好ましくは1~5の整数である。好ましい実施形態では、tは1または2である。
【0090】
好ましくは、uは、2~15、3~12、4~10、または6~8の整数である。いくつかの実施形態では、uは7である。
【0091】
好ましくは、vは1~13、3~12、4~10、または6~9の整数である。いくつかの実施形態では、vは6である。他の実施形態では、vは9である。
【0092】
好ましくは、wは、2~14、3~12、5~10、または7~9の整数である。いくつかの実施形態では、wは8である。
【0093】
式(I)の化合物は、式(Ic)、(Id)、(Ie)または(If)の化合物であり得る:
【0094】
【化22】
【0095】
式中、q、r、sおよびtは上記で定義した通りである。
【0096】
式(I)の化合物は、式(101)~(116)の化合物であり得る:
【0097】
【化23-1】
【0098】
【化23-2】
【0099】
【化23-3】
【0100】
【化23-4】
【0101】
「薬学的に許容される塩」という用語は、その生物学的特性を保持し、毒性がなく、または、その他の点では薬学的使用に望ましくないものではない、本明細書で提供される化合物のいずれかの塩を指すと理解され得る。そのような塩は、当技術分野で公知の様々な有機対イオンおよび無機対イオンから誘導され得る。そのような塩には以下が挙げられるが、これらに限定されない:
(1)塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、スルファミン酸、酢酸、アデピック、アスパラギン酸、トリフルオロ酢酸、トリクロロ酢酸、プロピオン酸、ヘキサン酸、シクロペンチルプロピオン酸、グリコール酸、グルタル酸、ピルビン酸、乳酸、マロン酸、コハク酸、ソルビン酸、アスコルビン酸、リンゴ酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、3-(4-ヒドロキシベンゾイル)安息香酸、ピクリン酸、桂皮酸、マンデル酸、フタル酸、ラウリン酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、1,2-エタンジスルホン酸、2-ヒドロキシエタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸、4-クロロベンゼンスルホン酸、2-ナフタレンスルホン酸、4-トルエンスルホン酸、カンファー酸、カンファースルホン酸、4-メチルビシクロ[2.2.2]-オクタ-2-エン-1-カルボン酸、グルコヘプトン、3-フェニルプロピオン、トリメチル酢酸、tert-ブチル酢酸、ラウリル硫酸、グルコン酸、安息香酸、グルタミン酸、ヒドロキシナフトエ酸、サリチル酸、ステアリン酸、シクロヘキシルスルファミン酸、キナ酸、ムコン酸、およびそのような酸などの、有機酸または無機酸で形成される酸付加塩;または
(2)以下のいずれか一方である、親化合物に酸性プロトンが存在する場合に形成される塩基付加塩:
(a)金属イオン、例えばアルカリ金属イオン、アルカリ土類イオンもしくはアルミニウムイオン、または水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、水酸化カルシウム、水酸化マグネシウム、水酸化アルミニウム、水酸化リチウム、水酸化亜鉛、水酸化バリウムなどのアルカリ金属またはアルカリ土類金属水酸化物、アンモニアによって置換される、あるいは、
(b)アンモニア、メチルアミン、ジメチルアミン、ジエチルアミン、ピコリン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミン、エチレンジアミン、リジン、アルギニン、オルニチン、コリン、N,N’-ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、ジエタノールアミン、プロカイン、N-ベンジルフェネチルアミン、N-メチルグルカミンピペラジン、トリス(ヒドロキシメチル)-アミノメタン、水酸化テトラメチルアンモニウムなどの脂肪族、脂環式、または芳香族有機アミンなどの有機塩基と相互作用する。
【0102】
薬学的に許容される塩としては、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、アンモニウム、テトラアルキルアンモニウムなどが挙げられて、前記化合物が塩基性官能基を含む場合、例えば、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩などのハロゲン化水素酸塩、炭酸塩または炭酸水素塩、硫酸塩または硫酸水素塩、ホウ酸塩、リン酸塩、リン酸水素塩、リン酸二水素塩、ピログルタミン酸塩、糖酸塩、ステアリン酸塩、スルファミン酸塩、硝酸塩、オロチン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸、パモ酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、トリクロロ酢酸、プロピオン酸、ヘキサン酸、シクロペンチルプロピオン酸、グリコール酸、グルタル酸、ピルビン酸、乳酸、マロン酸、コハク酸、タン酸、酒石酸、トシル酸、ソルビン酸、アスコルビン酸、リンゴ酸、マレイン酸、フマル酸、酒石酸、カンシル酸、クエン酸、シクラミン酸、安息香酸、イセチオン酸、エシル酸、ギ酸、3-(4-ヒドロキシベンゾイル)安息香酸、ピクリン酸、桂皮酸、マンデル酸、フタル酸、ラウリン酸、メタンスルホン酸(メシル酸)、メチル硫酸、ナフチル酸、2-ナプシル酸、ニコチン酸、エタンスルホン酸、1,2-エタンジスルホン酸、2-ヒドロキシエタンスルホン酸、ベンゼンスルホン酸(ベシル酸)、4-クロロベンゼンスルホン酸、2-ナフタレンスルホン酸、4-トルエンスルホン酸、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸塩、4-メチルビシクロ[2.2.2]-オクタ-2-エン-1-カルボン酸塩、グルコヘプトン酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、酢酸トリメチル、酢酸tert-ブチル、硫酸ラウリル、グルセプト酸、グルコン酸、グルクロン酸、六フッ化リン酸、ヒベンズ酸、安息香酸、グルタミン酸、ヒドロキシナフトエ酸、サリチル酸、ステアリン酸、シクロヘキシルスルファミン酸、キナ酸、ムコン酸、キシノホ酸などの、毒性のない有機酸または無機酸の塩が挙げられる。
【0103】
酸および塩基のヘミ塩、例えば、ヘミ硫酸塩も形成され得る。
【0104】
「溶媒和物」という用語は、非共有分子間力によって結合された化学量論量または非化学量論量の溶媒をさらに含む、本明細書で提供される化合物またはその塩を指すと理解され得る。溶媒が水の場合、溶媒和物は水和物である。
【0105】
第2の態様では、治療に使用するための、第1の態様で定義した式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、互変異性体もしくは多形体が提供される。
【0106】
第3の態様では、癌の治療に使用するための、第1の態様で定義した式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、互変異性型もしくは多形型が提供される。
【0107】
第4の態様では、対象の癌を治療、予防、または改善する方法が提供され、この方法は、そのような治療を必要とする対象に、第1の態様で定義されるような治療有効量の式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、互変異性型もしくは多形型を投与することを含む。
【0108】
前記癌は、固形腫瘍または固形癌であり得る。前記癌は、血液癌、腸癌、脳癌、乳癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、胃癌、肝臓癌、肺癌、卵巣癌、膵臓癌、前立腺癌、または皮膚癌であり得る。前記血液癌は、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫であり得る。前記リンパ腫は、皮膚T細胞リンパ腫(CTCL)であり得る。前記腸癌は、結腸癌または直腸癌であり得る。前記脳腫瘍は、神経膠腫または神経膠芽腫であり得る。前記乳癌はBRCA陽性乳癌であり得る。前記乳癌は、HER2陽性乳癌またはHER2陰性乳癌であり得る。前記乳癌は、トリプルネガティブ乳癌であり得る。前記肝臓癌は、肝細胞癌であり得る。前記肺癌は、非小細胞肺癌、または小細胞肺癌であり得る。前記皮膚癌は黒色腫であり得る。
【0109】
本明細書に記載の式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物は、癌を治療、改善、または予防するための、単剤療法で使用され得る医薬品において(すなわち、阻害剤のみの使用)、使用され得ることが理解されるであろう。あるいは、前記阻害剤またはその薬学的に許容される塩もしくは溶媒和物は、癌を治療、改善、または予防するための既知の療法の補助として、または組み合わせて使用され得る。
【0110】
前記式(I)の化合物は、特に前記組成物が使用される方法に応じて、多くの異なる形態を有する組成物に組み合わせられ得る。したがって、例えば、前記組成物は、粉末、錠剤、カプセル、液体、軟膏、クリーム、ゲル、ヒドロゲル、エアロゾル、スプレー、ミセル溶液、経皮パッチ、リポソーム懸濁液、または治療が必要な人や動物に投与され得る他のいずれかの適切な形態、の形態であり得る。本発明による薬剤のビヒクルは、それが投与される対象によって十分に許容されるものであるべきであることが理解されるであろう。
【0111】
前記式(I)の化合物を含む薬剤は、多くの方法で使用され得る。式(I)の化合物を含む組成物は、吸入(例えば、鼻腔内)によって投与され得る。組成物は、局所使用のために処方をもされ得る。例えば、クリームや軟膏を皮膚に塗布され得る。
【0112】
前記式(I)の化合物はまた、徐放または遅延放出デバイス内に組み込まれ得る。そのようなデバイスは、例えば、皮膚の上または下に挿入され得て、薬剤は数週間または数ヶ月にわたって放出されることがある。前記デバイスは、治療部位に少なくとも隣接して配置され得る。そのようなデバイスは、本発明に従って使用される阻害剤による長期治療が必要であり、通常は頻繁な投与(例えば、少なくとも毎日の注射)を必要とする場合に特に有利であり得る。
【0113】
前記式(I)の化合物、および前記化合物を含む組成物は、血流への注射によって、または治療を必要とする部位、例えば癌性腫瘍またはそれに隣接する血流への直接注射によって対象に投与され得る。注射は、静脈内(ボーラスまたは注入)または皮下(ボーラスまたは注入)、皮内(ボーラスまたは注入)または筋肉内(ボーラスまたは注入)であり得る。
【0114】
好ましい実施形態において、前記式(I)の化合物は経口投与される。したがって、前記式(I)の化合物は、例えば、錠剤、カプセルまたは液体の形態で経口摂取され得る組成物内に含有され得る。
【0115】
必要とされる前記式(I)の化合物の量は、その生物学的活性およびバイオアベイラビリティによって決定され、これは投与様式、式(I)の化合物の物理化学的特性、および単剤療法として使用されているか、あるいは併用療法で使用されているか、に依存することが理解されるであろう。前記投与頻度はまた、治療される対象における式(I)の化合物の半減期によっても影響を受ける。投与される最適用量は、当業者によって決定され得て、使用中の前記特定の阻害剤、前記医薬組成物の強度、前記投与様式、および前記癌の進行によって変化する。治療を受ける前記特定の対象に依存する追加の要因により、対象の年齢、体重、性別、食事、投与時期などの投与量を調整する必要がある。
【0116】
前記式(I)の化合物は、治療する前記癌の発症前、発症中、または発症後に投与され得る。1日量は1回の投与で与えられ得る。あるいは、前記式(I)の化合物は、1日に2回またはそれ以上与えられて、かつ1日に2回与えられ得る。
【0117】
通常、前記式(I)の化合物の0.01μg/kg体重~500mg/kg体重の1日量を、癌の治療、改善または予防に使用され得る。より好ましくは、1日量は、0.01mg/kg体重~400mg/kg体重であり、より好ましくは、0.1mg/kg体重~200mg/kg体重であり、最も好ましくは、約1mg/kg体重~100mg/kg体重である。
【0118】
治療を受けている患者は、起床時に1回目の用量を服用し、その後夕方に2回目の用量を服用するか(2回の服用体制の場合)、その後3時間または4時間間隔で服用する。あるいは、徐放装置を使用して、反復用量を投与する必要なく、本発明による阻害剤の最適用量を患者に提供し得る。
【0119】
製薬業界で従来から使用されているものなどの既知の手順(例えば、インビボ実験、臨床試験など)を使用して、本発明による阻害剤および正確な治療計画(阻害剤の1日量および投与頻度など)を含む特定の製剤を形成し得る。本発明者らは、前記式(I)の化合物の使用に基づいて癌を治療するための医薬組成物を記載した最初の者であると信じている。
【0120】
したがって、第5の態様では、対象の癌を治療するための医薬組成物が提供され、前記組成物は、第1の態様で定義される式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、互変異性体型もしくは多形型、および薬学的に許容されるビヒクルを含む。
【0121】
前記医薬組成物は、癌の対象における治療的改善、予防または治療に使用され得る。
【0122】
前記医薬組成物は、癌を治療、改善、または予防するための既知の治療法をさらに含み得る。
【0123】
本発明はまた、第6の態様において、式(I)の化合物、またはその薬学的に許容される錯体、塩、溶媒和物、互変異性体もしくは多形体、および薬学的に許容されるビヒクル、の治療有効量を接触させることを含む、第5の態様による組成物の製造方法を提供する。
【0124】
「対象」は、脊椎動物、哺乳類、または家畜であり得る。したがって、本発明による式(I)の化合物、組成物および医薬品は、いずれかの哺乳動物、例えば家畜(例えばウマ)、ペットの治療に使用され得て、または他の獣医学的用途に使用され得る。しかしながら、最も好ましくは、前記対象はヒトである。
【0125】
式(I)の化合物の「治療有効量」は、対象に投与された場合、前記癌を治療するのに必要な薬物の量であるいずれかの量である。
【0126】
例えば、使用される式(I)の化合物の治療有効量は、約0.01mg~約800mg、好ましくは約0.01mg~約500mgであり得る。前記式(I)の化合物の量は、約0.1mg~約250mgであることが好ましく、約0.1mg~約20mgであることが最も好ましい。
【0127】
本明細書で言及される「薬学的に許容されるビヒクル」は、医薬組成物の処方に有用であることが当業者に知られている、いずれかの既知の化合物、または公知の化合物の組み合わせである。
【0128】
一実施形態では、前記薬学的に許容されるビヒクルは固体であってよく、前記組成物は粉末または錠剤の形態であり得る。固体の薬学的に許容されるビヒクルは、香味剤、潤滑剤、可溶化剤、懸濁剤、染料、増量剤、流動促進剤、圧縮助剤、不活性結合剤、甘味料、防腐剤、染料、コーティング、または錠剤崩壊剤、としても作用し得る1つまたは複数の物質を含み得る。前記ビヒクルはまた封入材料であり得る。粉末において、前記ビヒクルは、本発明による微粉化された活性剤(すなわち阻害剤)と混合された微粉化された固体である。錠剤において、前記阻害剤は、必要な圧縮特性を有するビヒクルと適切な割合で混合され、望ましい形状およびサイズに圧縮され得る。前記粉末および錠剤は、好ましくは99%までの阻害剤を含有する。適切な固体ビヒクルとしては、例えば、リン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、糖、ラクトース、デキストリン、デンプン、ゼラチン、セルロース、ポリビニルピロリジン、低融点ワックス、およびイオン交換樹脂が挙げられる。他の実施形態では、前記薬学的ビヒクルはゲルであってよく、前記組成物はクリームなどの形態であり得る。
【0129】
しかしながら、前記薬学的ビヒクルは液体であってよく、前記薬学的組成物は溶液の形態である。液体ビヒクルは、溶液、懸濁液、エマルジョン、シロップ、エリキシル、および加圧組成物の調製に使用される。前記式(I)の化合物は、水、有機溶媒、両方の混合物、または薬学的に許容される油もしくは脂肪などの、薬学的に許容される液体ビヒクルに溶解または懸濁され得る。前記液体ビヒクルは、可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、防腐剤、甘味料、香味剤、懸濁剤、増粘剤、着色剤、粘度調節剤、安定剤、または浸透圧調節剤などの、他の適切な医薬品添加物を含み得る。経口および非経口投与のための液体ビヒクルの適切な例としては、水(上記の添加剤、例えばセルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液を部分的に含有する)、アルコール(一価アルコール、例えば、グリコール、および多価アルコールが挙げられる)およびその誘導体、並びに油(例えば、分別ココナッツオイルおよびラッカセイ油)が挙げられる。非経口投与の場合、前記ビヒクルは、オレイン酸エチルおよびミリスチン酸イソプロピルなどの、油性エステルでもあり得る。無菌液体ビヒクルは、非経口投与用の無菌液体形態組成物において有用である。加圧組成物用の液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素または他の薬学的に許容される噴射剤であり得る。
【0130】
無菌溶液または懸濁液である液体医薬組成物は、例えば、筋肉内注射、髄腔内注射、硬膜外注射、腹腔内注射、静脈内注射、および特に皮下注射によって利用され得る。前記式(I)の化合物は、無菌水、生理食塩水、または他の適切な無菌注射媒体を使用して、投与時に溶解または懸濁され得る無菌固体組成物として調製され得る。
【0131】
前記式(I)の化合物および本発明の組成物は、他の溶質または懸濁剤(例えば、溶液を等張にするのに十分な生理食塩水またはグルコース)、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、モノオレイン酸ソルビタン、ポリソルベート80(ソルビトールのオレイン酸エステルとその無水物にエチレンオキサイドとを共重合させたもの)などを含有する滅菌溶液または懸濁液の形態で投与され得る。本発明に従って使用される式(I)の化合物はまた、液体または固体組成物の形態で経口投与され得る。経口投与に適した組成物には、丸薬、カプセル、顆粒、錠剤、および散剤などの固体形態、並びに溶液、シロップ、エリキシル、並びに懸濁液などの液体形態が含まれる。非経口投与に有用な形態としては、滅菌溶液、エマルジョン、および懸濁液が挙げられる。
【0132】
本明細書に記載されたすべての特徴(添付の特許請求の範囲、要約および図面を含む)、および/またはそのように開示されたいずれかの方法またはプロセスのすべてのステップは、そのような機能および/またはステップの少なくとも一部が相互に排他的である組み合わせを除いて、いずれかの組み合わせで上記の態様のいずれかと組み合わせられ得る。
【0133】
本発明をよりよく理解するために、また、本発明の実施形態がどのように実施されるかを示すために、例として添付の図面を参照する。
【図面の簡単な説明】
【0134】
図1図1は、ベンズアミドベースのHDAC阻害剤を示している。CI-994は、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3の選択的阻害、細胞増殖の阻害、アポトーシスの誘導、および抗腫瘍活性を示す。MS-275は、抗腫瘍活性を有するHDAC1およびHDAC3の選択的阻害剤で、現在、乳癌の第III相臨床試験が行われている。MGCD0103は、固形腫瘍および非小細胞肺癌の臨床試験におけるHDAC1、HDAC2、HDAC3、およびHDAC11阻害剤である。
図2A図2Aは、CI-994がHDAC2の結合ポケットに位置する場合、CI-994のアセチル基がHDAC2触媒活性部位(PDB:4LY1)から表面に露出する様子を示す模式図である。
図2B図2Bおよび図2Cは、本発明者らによって合成された化合物の構造を示す。
図2C図2Bおよび図2Cは、本発明者らによって合成された化合物の構造を示す。
図3A図3Aは、LSD1-CoREST-HDAC錯体によるAMC-蛍光ヒストン脱アセチル化酵素阻害アッセイを示すグラフである。
図3B図3Bは、24時間後のE14マウス胚性幹細胞におけるヒストン3リジン56アセチル化(H3K56Ac)レベルを示す。CI-994=40μM、パノビノスタット=30nM
図4A図4Aは、HCT116結腸癌細胞株を示した試薬で24時間処理した後の、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3抗体による免疫ブロットを示している。数値はDMSOコントロール=100%に対する百分率を表す。
図4B図4Bは、HCT116結腸癌細胞株における示された処理の24時間後のヒストンH3リジン9アセチル化レベルを示している。
図4C図4Cは、不活性なVHLジアステレオ異性体を含むNC-PROTAC4がHCT116細胞の分解を誘発しないことを示している。CI-994=40μM、パノビノスタット=30nM
図5図5は、HCT116結腸癌細胞株における化合物4およびCI-994の蛍光活性化セルソーティング(FACS)データを示している。
図6A図6は、本発明者らによって合成されたさらなる化合物の構造を示す。
図6B図6は、本発明者らによって合成されたさらなる化合物の構造を示す。
図7図7は、24時間処理後のHCT116細胞におけるHDAC1/HDAC2のレベルに対する化合物2の効果を示す。
図8図8は、24時間処理後のHCT116細胞におけるHDAC1/HDAC2に対する他の代表的な化合物の効果を示している。
【発明を実施するための形態】
【0135】
実施例1:4つの予備的タンパク質分解標的キメラ(PROTAC)の合成
PROTAC設計のために、本発明者らは、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3に対する選択性を示すベンズアミドベースのHDAC阻害剤を選択した。CI-994(図1を参照)は、HDAC1に対して0.41μM、HDAC3に対して0.75μM、およびHDAC8に対して約100μMのKi値を報告している。この阻害剤は、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3に関連する表現型を示し、細胞増殖を阻害し、アポトーシスを誘導し、インビトロおよびインビボで幅広い抗腫瘍活性を示す。CI-994はその抗腫瘍特性について臨床試験中であり、類似のベンズアミドMS-275およびMGCD0103(図1を参照)は現在、乳癌および非小細胞肺癌に対する第III相臨床試験中である。より最近では、CI-994は、脊髄損傷後のマウスにおける神経保護効果、認知障害の治療、および心房細動の軽減についても報告されている。
【0136】
本発明者らは、類似のベンズアミド阻害剤のアセチル基が触媒活性部位から突出し、HDAC2において表面露出しているため(図2Bおよび図2Cに示されるPROTAC1~PROTAC4を参照のこと)、フェニル部分のアセチル基からCI-994を官能化した(図2A)。したがって、本発明者らは、この位置での官能化がHDAC結合を維持し得るという仮説を立てた。以前のPROTAC研究で、リンカーの長さが分解の誘導に重要な役割を果たすことが示されているように、短いアルキルリンカーの長さを用意し(n=6)、長いリンカーの長さを用意した(n=12)。合成を早めるためにアルキルリンカーを選択した。2つの異なるE3リガンドもまた選択され;フォン・ヒッペル・リンダウ(VHL)リガンド、およびE3リガンドの選択としてのセレブロンリガンド、並びにリンカーの長さもまた、E3リガーゼとのタンパク質間結合の成功、よって分解に影響を与え得る。
【0137】
実施例2:インビボでの予備的PROTACの評価
本発明者らは、LSD1-CoREST-HDAC1錯体を用いた確立された蛍光デアセチラーゼアッセイを使用して、彼らの予備的なPROTACをインビトロで評価した。この錯体を典型的なHDAC多タンパク質錯体として使用して、そのようなヘテロ二官能性分子PROTAC1~4が無傷の多タンパク質錯体の文脈でHDAC酵素に依然として関与し得るかどうかを決定した。PROTAC1~PROTAC4のIC50値は、陽性対照としてCI-994と並べて決定され;陰性対照として、本発明者らは、Boc保護CI-994、化合物5をも合成した(図3参照)。化合物5は、HDAC活性部位で亜鉛をキレートすることができず、HDAC阻害を示さないはずである。
【0138】
考察
本発明者らは、CI-994が、文献と一致する約0.5μMのIC50値を有し、HDAC阻害を示さないことを観察した(図3A参照のこと)。リンカー長が短い暫定的なPROTAC1およびPROTAC3はすべて、CI-994に直接匹敵するIC50値でCoREST錯体のHDAC1に関与し、一方、より長いリンカー長であるPROTAC2およびPROTAC4は依然として阻害を維持していたが、PROTAC1およびPROTAC3と比較して約10~15倍の阻害低下を有していた。
【0139】
実施例3:細胞内での予備的PROTACの評価
本発明者らは、細胞におけるHDAC活性に対するそれらの化合物の効果を評価することを進めた。以前の研究で、本発明者らは、アセチル化ヒストンH3 Lys56(H3K56ac)が胚性幹(ES)細胞におけるHDAC1の直接基質であることを実証した。
【0140】
考察
PROTAC1~PROTAC4が細胞内のHDAC1、HDAC2、およびHDAC3の活性を低下させる能力を調べるために、彼らは定量的ウェスタンブロッティングを使用してH3K56acを測定することから開始した(図3Bを参照のこと)。CI-994および汎HDAC阻害剤パノビノスタットを陽性対照として使用した。H3K56のアセチル化レベルは、予測通りパノビノスタットおよびCI-994で増加し、興味深いことに、より長いリンカー長を有するPROTAC、すなわちPROTAC2およびPROTAC4のみが、アセチル化を同様のレベルまで増加させた(図3Bを参照のこと)。
【0141】
本発明者らは、PROTAC1およびPROTAC3はインビトロで活性であるが、HDAC阻害または分解のための細胞標的に到達できない場合があると推測している。
【0142】
PROTAC2およびPROTAC4がインビトロおよび細胞内でヒストン脱アセチル化活性を低下させるというコンフォメーションにより、本発明者らは、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3タンパク質存在量の定量化を進めた。ES細胞では部分的な分解が観察されたが(データは示していない)、分解はヒト結腸癌細胞株HCT116でさらに顕著であった。24時間後、用量依存的に分解が観察された(図4Aを参照のこと)。VHLベースのPROTAC4は、Cereblon PROTAC2よりも効果的な分解剤であった(図7を参照のこと)。HDAC1およびHDAC2は、PROTAC4を使用した10μMでほぼ完全に分解されたが、HDAC3レベルも低下した。1μMでは、HDAC1、HDAC2、およびHDAC3で約50%の分解が観察された。興味深いことに、10nMのPROTAC4でさえ、完全なHDAC1およびHDAC2レベルは回復しなかった。
【0143】
PROTAC4を用いて24時間処理した後のHCT116細胞において、HDAC活性のもう1つの確立された残基であるヒストンH3 Lys9(H3K9ac)のアセチル化レベルも測定された。10μMのPROTAC4アセチル化レベルは、DMSOコントロールと比較して非常に上昇し(図4B)、10μMでのHDAC1およびHDAC2レベルの減少と一致した(図4A)。しかし、HDAC1、HDAC2およびHDAC3を含む1μMでは、約40~48%のレベルで、H3K9アセチル化レベルはDMSOコントロールと同様であった。少なくともH3K9acにおいて、アセチル化が大幅に増加していることを示しており、ほぼ完全なHDACの分解が必要であり、部分的な分解では十分ではない。HDAC分解がVHL媒介プロテアソーム分解経路を介して起こっていることを確認するために、本発明者らは、VHLの不活性ジアステレオ異性体を有するNC-PROTAC4を合成した(図4C)。PROTAC4と並べて比較した場合、HDAC1およびHDAC2の分解は観察されず、VHLを介したE3リガーゼ経路を介して分解が起こっていることが確認された。
【0144】
実施例4:蛍光活性化セルソーティング(FAC)を使用した結腸癌HCT116細胞株の細胞周期に対するPROTAC4の効果の評価
次に、本発明者らは、結腸癌HCT116細胞株における細胞周期に対するPROTAC4の効果を調査した。
【0145】
48時間後、10μMのPROTAC4で有意な細胞死が観察された(図5)。40μMにおいて、48時間後の細胞死は、CI-994と同様のレベルであった。PROTAC4の細胞生存率に対する効果はCI-994に匹敵するものであったが、インビトロにおけるLSD1-CoREST-HDAC1錯体に対するPROTAC4のIC50は16.8μMであり、CI-994の0.5μMと比較して、PROTAC4では10μMでほぼ完全なHDAC1およびHDAC2の分解が観察されることに注意することが重要である。したがって、PROTAC4で観察された表現型は、細胞内のCoREST錯体並びに他のHDAC1およびHDAC2含有錯体の阻害ではなく、分解による可能性が最も高い。
【0146】
実施例5:さらなるPROTACの合成
本発明者らは、PROTAC5~PROTAC10をさらに合成した(図2B図2C図6A、および図6Bを参照のこと)。
【0147】
実施例6:さらなるPROTACの合成および評価
本発明者らはさらに以下のPROTACを合成した。
【0148】
【化24-1】
【0149】
【化24-2】
【0150】
【化24-3】
【0151】
前記化合物は、HCT116細胞系において0.1μM、1μMおよび10μMでスクリーニングされた。濃度に関係なく、観察された最大の分解が記録された。新規の化合物のスクリーニングは、スループットを向上させるためにウェルあたり400,000細胞の6ウェルプレート、5mL培地で行った。図8に代表的な化合物を示す。
【0152】
前記化合物の活性を分析し、PROTAC4と比較し、結果を以下の表に示す。CI-994およびBocCI-994は、それぞれCoREST、NuRD、MiDAC、およびSMRTアッセイのポジティブコントロールおよびネガティブコントロールとして提供される。
【0153】
PROTAC4のIC50値は、アッセイが異なる条件下で実行されたため、図3のものとは異なることに注意すること。
【0154】
【表1】
【0155】
【表2】
【0156】
考察
本発明者らは、CoREST、NuRD、MiDACおよびSMRT錯体においてCI-994に匹敵するIC50値を有する多数の化合物を合成した。さらに、細胞においてテストした場合、前記化合物はHDAC分解剤でもあることが見出された。
【0157】
理論に拘束されることを望むものではないが、本発明者らは、低い分解が観察される場合、PROTACが特定の錯体を標的にしていることを示し得ることに注目する。例えば、PROTAC22のヘッド基のチオフェン基は、PROTACをCoRESTに対して選択的にすると考えられている。したがって、この化合物で観察される比較的低い%のHDAC分解は、この選択性によるものであり得る。
【0158】
結論
PROTACアプローチは多くのタンパク質標的に適用されているが、重要なことに、すべてのタンパク質が分解しやすいわけではない。これは、非選択的パンキナーゼ阻害剤に基づくPROTACで観察されている。錯体を形成しない、細胞質に局在するHDAC6もまた最近、ヒドロキサム酸ベースのPROTACによる分解の優先的な標的として同定された。本発明者らは、多タンパク質コリプレッサー錯体の構成要素である核局在HDAC1、HDAC2およびHDAC3のデグレーダーを同定した。細胞内の特定のHDACマーカーのアセチル化レベルに大きな影響を与えるには、ほぼ完全なHDAC1、HDAC2、およびHDAC3の分解が必要である。しかしながら、潜在的な複雑な選択的分解因子により、全体的なアセチル化レベル、および特定のHDACアセチル化マーカーが予測され、汎HDAC阻害剤と比較して増加していない場合があるが、特定の疾患に関連するHDACコリプレッサー錯体に対して、より高い有効性または副作用の軽減を示しうる。意外なことに、本発明者らは、アルキルリンカーの長さが細胞透過性にとって重要であることを発見した。化合物1および化合物3は、化合物2および化合物4よりも分子量が低く、インビトロでのHDAC阻害剤が優れているにもかかわらず、細胞内のヒストンのアセチル化レベルを変化させることができなかった。PROTACリンカーの長さおよび化学的性質は、細胞内での活性に大きな影響を与えると考えられる。上記のようなHDAC分解は、重要なHDACコリプレッサー錯体の化学プローブおよび治療法に代わる戦略を提供し得る。
【0159】
材料および方法
一般的方法
使用した出発物質および溶媒は、商業的に入手可能な供給源から購入し、さらに精製することなく使用した。脱水THFおよび脱水DCMを、Innovative Technology inc. PureSolv溶媒精製システムを用いて乾燥した。すべての化学名は、ChemDraw Professionalを使用して生成されている。特に明記しない限り、すべての反応は攪拌し、窒素下で行った。すべての反応は、アルミニウムで支持されたシリカで実行されるTLCを使用して観察した。Biotage Isolera精製システムを使用する分取カラムクロマトグラフィーおよびフラッシュカラムクロマトグラフィーは、シリカゲル60(230~400メッシュ)を使用して実施した。
【0160】
Phenomenex Luna C18カラムにChromeleonソフトウェアを搭載したThermoFisher Ultimate 3000システムで、分析およびセミ分取HPLCを実行した。方法1、A=HO、B=CHCN、5~100%B、10mL/分の流量、45分のグラジエント。方法2、A=HO中の0.1%TFA、B=CHCN中の0.1%TFA、5~100%B、10mL/分の流量、45分のグラジエント。
【0161】
核磁気共鳴(NMR)スペクトルは、Bruker500(H,500MHz;13C 125MHz)またはBruker400(H,400MHz;13C 100MHz)機器を使用して、参照として重水素化溶媒-CDCl(δ=7.26ppm,δ=77.00ppm)、DMSO-d(δ=2.50ppm,δ=39.51ppm)、CDOD(δ=3.31ppm,δ=49.15ppm)、またはCDCN(δ=1.94ppm,δ=1.39,118.69ppm)を使用して周囲温度で取得した。ACDLabsソフトウェア(ChemsketchおよびSpectrus Processor)を使用して、ピークの選択、統合、結合定数の計算を行った。高分解能質量スペクトル(HRMS)は、Water Aquity XEVO Q ToFマシンで記録され、m/zで測定された。
【0162】
一般的方法A.DIPEA(1.5当量)を置換アニリン(1当量)の脱水DCM(2.5mL/mmol)溶液に0℃で添加し、続いて4-ニトロベンゾイルクロリド(1.1当量)を脱水DCM溶液として添加した。混合物を0℃で30分間、次いで室温で一晩撹拌した。反応混合物をDCMで希釈し、次いで飽和NaHCO、1M HClおよび飽和NaClで洗浄した。次いで、有機層をNaSOで乾燥させ、真空で濃縮し、その後、適宜精製して、望みの化合物を得た。
【0163】
一般的方法B.トリエチルアミン(3当量)を4-アミノベンズアミド出発物質(1当量)の脱水THF(10mL/mmol)溶液に0℃で加えた後、塩化アセチル(1.2当量)を滴下した。混合物を0℃で30分間、次いで室温で2時間撹拌した。反応混合物を真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0164】
一般的方法C.TFA(20当量)を、DCM(10mL/mmol)中のBoc保護HDAC阻害剤/阻害剤-リンカー(1当量)の撹拌溶液に添加し、得られた反応混合物を室温で6時間撹拌した。反応混合物を真空で濃縮し、MeOH(0.1M)に溶解し、MP-カーボネート樹脂(3.02mmol/g負荷容量)中で2~3時間攪拌し、次いで濾過した。濾液を真空中で濃縮して、望みのHDAC阻害剤/阻害剤-リンカーを得た。
【0165】
一般的方法D.ジカルボン酸(1当量)の1,4-ジオキサン/DMF(1:1、4mL/mmol)溶液に、臭化ベンジル(1当量)を添加し、続いてNaHCO(1当量)を添加した。得られた懸濁液を90℃で一晩加熱した。反応混合物を室温まで放冷した後、減圧濃縮した。次いで、粗残留物をEtOAcに懸濁させて、飽和NaClおよび水で洗浄した。有機相をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0166】
一般的方法E.0℃の酸リンカー(1.1~1.3当量)の脱水DMF(10mL/mmol)溶液に、DIPEA(3当量)およびHATU(1.3~1.5当量)を添加した。反応混合物を15分間撹拌し、その後アミン(1当量)のDMF溶液をゆっくりと加え、得られた溶液を室温で一晩撹拌した。反応混合物をEtOAcで希釈し、次いで飽和NaHCOおよび飽和NaClで洗浄した。有機層をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0167】
一般的方法F.ベンジルエステル保護HDACi-リンカーコンジュゲート(1当量)のTHF溶液に、10%Pd/C(10%wt)を添加した。反応フラスコを窒素で満たし、シュレンクラインを使用して3回排気した後、水素のバルーンを追加して、得られた混合物を4~18時間激しく撹拌した。水素のバルーンを取り除き、フラスコを窒素でフラッシュした。反応混合物をガラスマイクロファイバー濾紙を通して濾過し、濾液を真空で濃縮して、望みの化合物を得た。
【0168】
一般的方法G.0℃のHDACi-リンカー酸(1.2当量)の乾燥DMF(1mL)溶液に、DIPEA(3当量)およびHATU(1.3当量)を添加した。反応混合物を15分間攪拌した後、(4R)-3-メチル-L-バリル-4-ヒドロキシ-N-[[4-(4-メチル-5-チアゾリル)フェニル]メチル]-L-プロリンアミド塩酸塩(VH_032アミン、0.08~0.10mmol)のDMF(1mL)溶液をゆっくりと添加し、得られた溶液を室温で16時間撹拌した。反応混合物をEtOAc(10mL)で希釈し、次いで飽和NaHCO(2×5mL)および飽和NaCl(2×5mL)で洗浄した。有機層をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0169】
一般的方法H.TFA(0.4mLまたは20当量)をDCM(2mL)中のBoc保護PROTAC(1当量)の攪拌溶液に加え、得られた反応混合物を室温で4~6時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮し、MeOH(2mL)に溶解し、MP-カーボネート樹脂(3.02mmol/g負荷容量)中で2~3時間攪拌し、次いで濾過した。濾液を真空濃縮し、得られた固体をMeCN:HO(1:1)に溶解し、凍結乾燥して残留TFA不純物を除去し、最終PROTACを得た。
【0170】
一般的方法I.脱水DMF(0.8mL)中のE3配位子フェノール(1当量)、臭化アルキル(1当量)およびKCO(3当量)の混合物を70℃で一晩撹拌した。反応物を真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0171】
一般的方法J.2-((2-(2,6-ジオキソピペリジン-3-イル)-1,3-ジオキソイソインドリン-4-イル)オキシ)酢酸(CRBN酸、1当量)の脱水DMF(2mL)溶液に、0℃において、DIPEA(3当量)およびHATU(1.2当量)を追加した。反応混合物を15分間撹拌し、その後HDACi-リンカーアミン(1当量)のDMF(1mL)溶液をゆっくりと加え、得られた溶液を室温で18時間撹拌した。反応混合物をEtOAc(10mL)で希釈し、次いで飽和NaHCO(2×10mL)および飽和NaCl(2×10mL)で洗浄した。有機層をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、最終的なPROTACを得た。
【0172】
一般的方法K.0℃のHDACi-リンカー酸(1.2当量)の脱水DMF(1mL)溶液に、DIPEA(3当量)およびHATU(1.3当量)を添加した。反応混合物を15分間攪拌した後、tert-ブチル((S)-1-(((S)-2-((2S,4S)-4-アミノ-2-(((R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-1-イル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-1-シクロヘキシル-2-オキソエチル)アミノ)-1-オキソプロパン-2-イル)(メチル)カルバメート塩酸塩DMF(1mL)中の(A 410099.1アミン、0.04mmol)をゆっくりと添加し、得られた溶液を室温で16時間撹拌した。反応混合物をEtOAc(10mL)で希釈し、次いで飽和NaHCO(2×5mL)および飽和NaCl(2×5mL)で洗浄した。有機層をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、対応する粗生成物を得て、これをクロマトグラフィーで精製して、望みの化合物を得た。
【0173】
HDAC阻害剤(HDACi)の合成
【0174】
【化25】
【0175】
tert-ブチル(2-アミノフェニル)カルバメート(2):BocO(6.05g、27.7mmol)のTHF(50mL)溶液を、7(3.00g、27.7mmol)およびトリエチルアミン(4.64mL、33.3mmol)のTHF(25mL)溶液に3時間かけて滴下し、その後、混合物を室温で15時間撹拌した。反応混合物を真空で濃縮して、灰色の結晶性固体を得て、次いで、EtOAc(50mL)に再溶解した。この溶液を水(2×30mL)および飽和ブライン(2×30mL)で洗浄し、NaSOで濾過した後、真空で濃縮して、黄色/灰色の固体を得た。粗固体をカラムクロマトグラフィー(固体ロード、ヘキサン中10~25%EtOAc)によって精製して、8(4.72g、22.5mmol、収率82%)を黄色/灰色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C11H16N2O2Na: 231.1109, found 231.1112.
tert-ブチル(5-フルオロ-2-ニトロフェニル)カルバメート(4):2(4.61g、19.2mmol)のTHF(5mL)溶液を、3(3.00g、19.2mmol)、DMAP(59mg、0.48mmol)およびトリエチルアミン(1.54mL、11.06mmol)のTHF(35mL)溶液に0℃で滴下し、次いで混合物を80℃で15時間撹拌した。反応混合物を真空濃縮し、次いでEtOAc(100mL)に再溶解し、2M HCl(100mL)を添加した。EtOAc層を回収し、次いで水層をさらなるEtOAc(2×100mL)で抽出した。合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮して、オレンジ色のオイル(5.10g)を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中10~20%のEtOAc)によって精製して、4(2.77g、10.7mmol、収率56%)を黄色の結晶固体として得た。HRMS (ESI, direct infusion) m/z: [M-H]- calculated for C11H12N2O4F: 255.0781, found 255.0780.
tert-ブチル(2-アミノ-5-フルオロフェニル)カルバメート(5):4(1.68g、6.56mmol)のMeOH(50mL)溶液に、10%Pd/C(170mg)を添加した。反応フラスコを窒素で満たし、シュレンクラインを使用して3回排気した後、水素のバルーンを加え、得られた混合物を4.5時間激しく撹拌した。水素のバルーンを取り外し、フラスコを窒素でフラッシュした。反応混合物をガラスマイクロファイバーフィルターを通して濾過し、次いで濾液を真空で濃縮して、5(1.43g、6.26mmol、収率96%)をベージュ色の固体として得た。MS (ESI) m/z: 227 [M+H]+.
tert-ブチル(4-ブロモ-2-ニトロフェニル)カルバメート(7):BocO(2.21g、10.14mmol)のTHF(5mL)溶液を、6(2.00g、9.22mmol)、DMAP(0.113g、0.92mmol)およびトリエチルアミン(1.54mL、11.06mmol)のTHF(35mL)溶液に0℃で滴下し、次いで混合物を60℃で16時間撹拌した。反応混合物を真空中で濃縮し、次いでカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、7(1.524g、4.76mmol、収率47%)を黄色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [(M-Boc)+H]+ calculated for C6H6BrN2O4 (81Br): 218.9592, found 218.9594.
tert-ブチル(2-ニトロ-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(8):DME/水(2:1、36mL)の溶液に、チオフェン-2-イルボロン酸(0.77g、6.05mmol)、7(1.60g、5.05mmol)、NaCO(0.80g、7.57mmol)、およびPd(PPh(0.38g、0.33mmol)を添加した。得られた混合物を110℃で16時間激しく攪拌した。反応混合物をさらに水(40mL)で希釈し、次いで生成物をEtOAc(3×50mL)で抽出した。有機層を合わせ、水(2×70mL)で洗浄し、MgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、茶色の固体(1.920g)を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ドライロード、ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、8(1.21g、3.74mmol、収率74%)をオレンジ色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M-H]-calculated for C15H15N2O4S: 319.0753, found 319.0753.
tert-ブチル(2-アミノ-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(9):8(1.181g、3.69mmol)のMeOH(15mL)溶液に、10%Pd/C(0.120g)を添加した。反応フラスコを窒素で満たし、シュレンクラインを使用して3回排気した後、水素のバルーンを加え、得られた混合物を4時間激しく撹拌した。水素のバルーンを取り外し、フラスコを窒素でフラッシュした。反応混合物をガラスマイクロファイバーフィルターを通して濾過し、次いで濾液を真空で濃縮して、9(1.057g、3.60mmol、収率98%)を褐色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C15H19N2O2S: 291.1167, found 291.1167.
tert-ブチル(2-(4-ニトロベンズアミド)フェニル)カルバメート(10a):一般的方法Aに従って、2(4.17g、20.0mmol)および4-ニトロベンゾイルクロリド(4.09g、22.0mmol)から10aを得た。粗生成物をEtOH中で摩砕し、次いで濾過して、10a(5.52g、15.3mmol、収率76%)を淡黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C18H19N3O5Na: 380.1222, found 380.1223.
tert-ブチル(5-フルオロ-2-(4-ニトロベンズアミド)フェニル)カルバメート(10b):一般的方法Aに従い、5(1.27g、5.60mmol)および塩化4-ニトロベンゾイル(1.15g、6.17mmol)から10bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、10b(1.87g、4.93mmol、収率88%)を綿毛状の薄茶色の固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C18H18N3O5FNa: 398.1128, found 398.1125.
tert-ブチル(2-(4-ニトロベンズアミド)-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(10c):一般的方法Aに従い、9(400mg、1.38mmol)および4-ニトロベンゾイルクロリド(284mg、1.53mmol)から10cを得た。粗生成物をEtOH中で摩砕し、次いで濾過して、10c(459mg、1.04mmol、収率76%)を淡緑色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C22H22N3O5S: 440.1280, found 440.1280.
tert-ブチル(2-(4-アミノベンズアミド)フェニル)カルバメート(11a):10a(5.52g、15.3mmol)のMeOH/THF(1:1、100mL)溶液に、10%Pd/C(0.55g)を加えた。反応フラスコを窒素で満たし、シュレンクラインを使用して3回排気した後、水素のバルーンを加え、得られた混合物を18時間激しく撹拌した。水素のバルーンを取り外し、フラスコを窒素でフラッシュした。反応混合物をセライトを通して濾過し、次いでセライトをさらなるMeOH(3×50mL)で洗浄し、濾液を真空で濃縮して、11a(5.23g、15.3mmol、収率100%)を綿毛状の白色結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C18H21N3O3Na: 350.1481, found 350.1486.
tert-ブチル(2-(4-アミノベンズアミド)-5-フルオロフェニル)カルバメート(11b):10b(1.525g、4.063mmol)のMeOH(100mL)溶液に、10%Pd/C(0.155g)を加えた。反応フラスコを窒素で満たし、シュレンクラインを使用して排気を3回行った後、水素のバルーンを加え、得られた混合物を7時間激しく撹拌した。水素のバルーンを取り外し、フラスコを窒素でフラッシュした。反応混合物をガラスマイクロファイバーフィルターを通して濾過し、次いで濾液を真空で濃縮して、11b(1.335g、3.827mmol、収率94%)を淡灰色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C18H21N3O3F: 346.1567, found 346.1563.
tert-ブチル(2-(4-アミノベンズアミド)-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(11c):10c(0.333g、0.76mmol)のMeOH/DCM(1:1、120mL)溶液に、SnCl(0.863g、4.55mmol)を添加し、得られた混合物を室温で1週間撹拌した。反応混合物を0℃に冷却し、次いで飽和NaCO(40mL)をゆっくりと添加した。生成物をDCM(4×40mL)で抽出し、次いで有機層を合わせ、ブライン(2×80mL)で洗浄した。有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、11c(0.283g、0.62mmol、収率82%)を黄色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C22H24N3O3S: 410.1538, found 410.1530.
tert-ブチル(2-(4-アセトアミドベンズアミド)フェニル)カルバメート(12a):一般的方法Bに従い、11a(200mg、0.611mmol)および塩化アセチル(0.052mL、0.733mmol)から12aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ドライロード、100%EtOAc)によって精製して、12a(193mg、0.517mmol、収率85%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C20H23N3O4Na: 392.1586, found 392.1586.
tert-ブチル(2-(4-アセトアミドベンズアミド)-5-フルオロフェニル)カルバメート(12b):一般的方法Bに従って、11b(95.7mg、0.277mmol)および塩化アセチル(0.024mL、0.333mmol)から12bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ドライロード、50~100%EtOAc)によって精製して、12b(101.0mg、0.258mmol、収率93%)を淡黄色/褐色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C20H23FN3O4: 388.1673, found 388.1672.
tert-ブチル(2-(4-アセトアミドベンズアミド)-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(12c):一般的方法Bに従って、11c(96.6mg、0.236mmol)および塩化アセチル(0.020mL、0.283mmol)から12cを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(0~100%EtOAc)によって精製して、12c(72.8mg、0.160mmol、収率68%)を淡黄色/緑色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C24H26N3O4S: 452.1644, found 452.1643.
4-アセトアミド-N-(2-アミノフェニル)ベンズアミド(CI-994):一般的方法Cに従って、12a(47.5mg、0.129mmol)のBoc脱保護を行って、CI-994(35.6mg、0.126mmol、収率97%)を黄色/白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C15H16N3O2: 270.1243, found 270.1247.
4-アセトアミド-N-(2-アミノ-4-フルオロフェニル)ベンズアミド(BRD3308):一般的方法Cに従って、12b(87.0mg、0.225mmol)のBoc脱保護を行い、BRD3308(59.3mg、0.202mmol、収率90%)を黄色/茶色の固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C15H15FN3O2: 288.1148, found 288.1139.
4-アセトアミド-N-(2-アミノ-5-(チオフェン-2-イル)フェニル)ベンズアミド(Cpd-60):一般的方法Cに従って、12c(48.2mg、0.107mmol)のBoc脱保護を行い、Cpd-60(35.5mg、0.100mmol、収率93%)を淡黄色/緑色の固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C19H18N3O2S: 352.1120, found 352.1120.
リンカーの合成
【0176】
【化26】
【0177】
9-(ベンジルオキシ)-9-オキソノナン酸(14a):一般的方法Dに従って、13a(2.00g、10.63mmol)および臭化ベンジル(1.26mL、10.63mmol)から14aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中50%EtOAc)によって精製して、14a(1.083g、3.85mmol、収率36%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+calculated for C16H22O4Na: 301.1416, found 301.1415.
12-(ベンジルオキシ)-12-オキソドデカン酸(14b):一般的方法Dに従って、13b(2.00g、8.68mmol)および臭化ベンジル(1.03mL、8.68mmol)から14bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中50%EtOAc)によって精製して、14b(0.998g、2.99mmol、収率34%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C19H28O4Na: 343.1885, found 343.1887.
14-(ベンジルオキシ)-14-オキソテトラデカン酸(14c):一般的方法Dに従って、13c(1.50g、5.81mmol)および臭化ベンジル(0.69mL、5.81mmol)から14cを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中50%EtOAc)によって精製して、14c(0.628g、1.78mmol、収率31%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C21H33O4: 349.2379, found 349.2374.
3-オキソ-1-フェニル-2,5,8,11-テトラオキサトリデカン-13-酸(16):一般的方法Dに従って、15(1.00g、3.15mmol)および臭化ベンジル(0.37mL、3.15mmol)から16を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%のMeOH)によって精製して、16(0.484g、1.53mmol、収率49%)を透明黄色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C15H21O7: 313.1287, found 313.1290.
bi-tert-ブチル-2,2’-(ヘキサン-1,6-ジイルビス(オキシ))ジアセテート(17):ヘキサン-1,6-ジオール(1.50g、12.69mmol)をDCM(52ml)に溶解させた後、tert-ブチル-2-ブロモアセテート(15.0ml、102.28mmol)を滴下し、続いてテトラ-n-ブチルアンモニウムブロミド(4.50g、13.96mmol)を添加した。次いで、反応混合物を0℃に冷却した後、NaOH(37%w/w、52ml)を添加した。次いで、反応混合物を室温で16時間激しく攪拌した。粗反応混合物は二相であり、有機層(上層)は黄色であった。有機層を分離し、次いで水層をDCM(3×15ml)で洗浄した。有機層を合わせ、MgSOで乾燥させた後、濾過し、真空で濃縮して、透明な淡黄色のオイル(6.87g)を得て、これはゆっくりと結晶化した。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中1%MeOH)により精製して、17(1.015g、2.90mmol、収率23%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+calculated for C18H34O6Na: 369.2253, found 369.2255.
ジ-tert-ブチル-2,2’-(ノナン-1,9-ジイルビス(オキシ))ジアセテート(18)およびtert-ブチル-2-((9-ヒドロキシノニル)オキシ)アセテート(19):ノナン-1,9-ジオール(2.00g、12.48mmol)をDCM(50ml)に溶解した後、tert-ブチル-2-ブロモアセテート(5.53ml、37.44mmol)を滴下し、続いてテトラ-n-ブチルアンモニウムブロミド(4.43g、13.73mmol)を添加した。次いで、反応混合物を0℃に冷却した後、NaOH(37%w/w、50ml)を添加した。次いで、反応混合物を室温で16時間激しく攪拌した。粗反応混合物は二相であり、有機層(上層)は淡黄色であった。有機層を分離し、次いで水層をDCM(3×15ml)で洗浄した。有機層を合わせ、MgSOで乾燥させた後、濾過し、真空で濃縮して、透明淡黄色オイルを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中10~30%EtOAc)によって精製して、18(2.80g、7.14mmol、収率57%)および19(1.387g、5.01mmol、収率40%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C15H30O4Na: 297.2042, found 297.2046.
2,2’-(ヘキサン-1,6-ジイルビス(オキシ))二酢酸(20a):DCM(2mL)中の17(0.460g、1.33mmol)の攪拌溶液にTFA(0.4mL)を加え、得られた反応混合物を室温で4時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮して、20a(319.0mg、1.36mmol、収率99%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C10H19O6: 235.1182, found 235.1182.
2,2’-(ノナン-1,9-ジイルビス(オキシ))二酢酸(20b):DCM(3mL)中の18(1.55g、3.99mmol)の攪拌溶液にTFA(3mL)を加え、得られた反応混合物を室温で4.5時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮して、20b(1.09g、mmol、3.95mmol、収率99%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C13H25O6: 277.1651, found 277.1656.
2-((6-(2-(ベンジルオキシ)-2-オキソエトキシ)ヘキシル)オキシ)酢酸(21a):一般的方法Dに従って、20a(0.304g、1.30mmol)および臭化ベンジル(0.15mL、1.30mmol)から21aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~100%EtOAc)によって精製して、21a(0.110g、0.34mmol、収率26%)を黄色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C17H25O6: 325.1651, found 325.1659.
2-((9-(2-(ベンジルオキシ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)酢酸(21b):一般的方法Dに従って、20b(1.047g、3.79mmol)および臭化ベンジル(0.45mL、3.79mmol)から21bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、21b(0.463g、1.24mmol、収率33%)を透明な淡黄色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C20H31O6: 367.2121, found 367.2121.
9-(2-(tert-ブトキシ)-2-オキソエトキシ)ノナン酸(22):二クロム酸ピリジニウム(685.5mg、1.822mmol)を、19(100.0mg、0.364mmol)の脱水DMF(2mL)溶液に少しずつ加え、室温で6時間撹拌した。反応混合物を10%クエン酸溶液(30mL)で希釈し、EtOAc(4×20mL)で抽出した。合わせた有機層を飽和NaCl(3×30mL)で洗浄し、NaSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、22(109.8mg、0.361mmol、収率99%)を淡黄色オイルとして得た。HRMS (ESI -ve, Direct Infusion) m/z: [M-H]-calculated for C15H27O5: 287.1858, found 287.1862.
ベンジル-9-(2-(tert-ブトキシ)-2-オキソエトキシ)ノナノエート(23):22(215.3mg、0.747mmol)の1,4-ジオキサン/DMF(1:1、8mL)溶液に、臭化ベンジル(0.10mL、0.821mmol)を加え、続いてNEt(0.12mL、0.885mmol)を添加し、得られた混合物を室温で5時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮して黄色オイルを得て、次いで粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~40%EtOAc)によって精製して、23(159.9mg、0.418mmol、収率56%)を透明淡黄色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C22H34O5Na: 401.2304, found 401.2303.
2-((9-(ベンジルオキシ)-9-オキソノニル)オキシ)酢酸(24):DCM(2mL)中の23(159.9mg、0.422)の攪拌溶液にTFA(1mL)を加え、得られた反応混合物を室温で4時間攪拌した。反応混合物を真空で濃縮して、24(132.5mg、0.407mmol、収率98%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C18H27O5: 323.1858, found 323.1862.
VHLリガンドを用いたHDACi-リンカーコンジュゲートの合成
【0178】
【化27】
【0179】
ベンジル-12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデカノアート(25a):一般的方法Eに従い、14a(257mg、0.802mmol)および11a(200mg、0.611mmol)から25aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中50%EtOAc)によって精製して、25a(274mg、0.430mmol、収率70%)を淡黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C37H47N3O6Na: 652.3363, found 652.3364.
ベンジル-9-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-9-オキソノナノアート(25b):一般的方法Eに従い、14b(0.475g、1.71mmol)および11a(0.430g、1.31mmol)から25bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、25b(0.540g、0.94mmol、収率53%)を黄色のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C34H42N3O6: 588.3074, found 588.3067.
ベンジル-14-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-14-オキソテトラデカン酸(25c):一般的方法Eに従い、14c(421.4mg、1.21mmol)および11a(300.0mg、0.92mmol)から25cを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、25c(372.4mg、0.56mmol、収率61%)を黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C39H52N3O6: 658.3856, found 658.3880.
ベンジル-2-((6-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ヘキシル)オキシ)アセテート(25d):一般的方法Eに従い、21a(78.2mg、0.241mmol)および11a(71.8mg、0.219mmol)から25dを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~100%のEtOAc)によって精製して、25d(76.5mg、0.120mmol、収率55%)を淡黄色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C35H44N3O8: 634.3128, found 634.3125.
tert-ブチル-2-((9-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-9-オキソノニル)オキシ)アセテート(25e):一般的方法Eに従い、22(85.0mg、0.295mmol)および11a(88.4mg、0.270mmol)から25eを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~100%のEtOAc)によって精製して、25e(66.3mg、0.110mmol、収率41%)を黄色のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C33H48N3O7: 598.3492, found 598.3484.
ベンジル-9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノナノアート(25f):一般的方法Eに従い、24(130.0mg、0.403mmol)および11a(110.0mg、0.336mmol)から25fを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~100%のEtOAc)によって精製して、25f(157.4mg、0.247mmol、収率73%)を無色透明のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C36H46N3O7: 632.3336, found 632.3335.
ベンジル-2-((9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセテート(25g):一般的方法Eに従って、21b(145.0mg、0.396mmol)および11a(99.6mg、0.304mmol)から25gを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~70%のEtOAc)によって精製して、25g(157.8mg、0.229mmol、収率75%)を無色透明のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C38H50N3O8: 676.3598, found 676.3605.
ベンジル-12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデカン酸(25h):一般的方法Eに従い、14a(246.4mg、0.767mmol)および11b(201.8mg、0.584mmol)から25hを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中10~80%のEtOAc)によって精製して、25h(332.4mg、0.508mmol、収率87%)を濃いオレンジ色のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C37H47FN3O6: 648.3449, found 648.3452.
ベンジル-2-((9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセテート(25i):一般的方法Eに従い、21b(167.7mg、0.458mmol)および11b(120.0mg、0.347mmol)から25iを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中25~30%のEtOAc)によって精製して、25i(114.8mg、0.164mmol、収率42%)をオレンジ色のタールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C38H49FN3O8: 694.3504, found 694.3517.
ベンジル-2-(2-(2-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-5-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)エトキシ)エトキシ)アセテート(25j):一般的方法Eに従い、16(114.0mg、0.362mmol)および11c(114.0mg、0.278mmol)から25jを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~100%EtOAc、生成物は80~90%EtOAcで溶出)により精製して、25i(117.5mg、0.162mmol、収率58%)を暗黄色タールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C37H42N3O9S: 704.2642, found 704.2637.
12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデカン酸(26a):一般的方法Fに従い、25a(171mg、0.271mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26a(146mg、0.266mmol、収率98%)を淡白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C30H41N3O6Na: 562.2893, found 562.2886.
9-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-9-オキソノナン酸(26b):一般的方法Fに従い、25b(370.8mg、0.63mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26b(295.1mg、0.59mmol、収率93%)を白色結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C27H36N3O6: 498.2604, found 498.2597.
14-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-14-オキソテトラデカン酸(26c):一般的方法Fに従って、25c(348.6mg、0.530mmol)のベンジルエステル水素化分解を行い、26c(302.0mg、0.527mmol、収率99%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C32H46N3O6: 568.3387, found 568.3391.
2-((6-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ヘキシル)オキシ)酢酸(26d):一般的方法Fに従い、25d(76.5mg、0.121mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26d(65.8mg、0.120mmol、収率99%)を無色透明オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C28H38N3O8: 544.2659, found 544.2645.
2-((9-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-9-オキソノニル)オキシ)酢酸(26e):25e(62.7mg、0.111mmol)のDCM(2.7mL)溶液に、NaOHのMeOH溶液(4M、0.3mL)を添加した。反応物を室温で16時間撹拌した。反応混合物を真空中で濃縮し、次いで水(10mL)に再溶解させ、HCl(3M、約1mL)でpH2に酸性化した。次に、生成物をEtOAc(2×20mL)で抽出し、NaSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、26e(55.4mg、0.101mmol、収率91%)を黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C29H40N3O7: 542.2866, found 542.2861.
9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノナン酸(26f):一般的方法Fに従い、25f(120.2mg、0.190mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26f(105.6mg、0.189mmol、収率99%)を無色透明タールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C29H40N3O7: 542.2866, found 542.2863.
2-((9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)酢酸(26g):一般的方法Fに従い、25g(134.8mg、0.199mmol)のベンジルエステル水素化分解を行い、26g(118.7mg、0.199mmol、収率100%)を無色透明タールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C31H44N3O8: 586.3128, found 586.3128.
12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデカン酸(26h):一般的方法Fに従い、25h(219.6mg、0.339mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26h(192.9mg、0.266mmol、収率98%)を淡紫/褐色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C30H41FN3O6: 558.2979, found 558.2974.
2-((9-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)酢酸(26i):一般的方法Fに従って、25i(114.0mg、0.164mmol)のベンジルエステル水素化分解を実施して、26i(99.8mg、0.164mmol、収率100%)を黄色/褐色タールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C31H43FN3O8: 604.3034, found 604.3046.
2-(2-(2-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)-5-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)エトキシ)エトキシ)酢酸(26j):25j(111.6mg、0.159mmol)のMeOH(10mL)溶液に、溶液がpH10(MeOH中0.4M NaOH)に達するまでNaOH(160mg)を添加し、次いで得られた溶液を室温で4時間撹拌した。反応混合物を真空濃縮し、次いで水(10mL)に溶解し、EtOAC(20mL)で洗浄した。水層をHCl(1M)でpH2に酸性化し、生成物をEtOAc(2×20mL)で抽出し、次いで合わせた有機層をNaSOで乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮して、26j(96.7mg、0.154mmol、87%収率)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C30H36N3O9S: 614.2172, found 614.2161.
tert-ブチル(2-(4-(12-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)))ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-12-オキソドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27a):一般的方法Gに従い、26a(65.5mg、0.121mmol)およびVH_032アミン(50.0mg、0.099mmol)から27aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)により精製して、27a(61.9mg、0.064mmol、収率64%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C52H70N7O8S: 952.5007, found 952.5009.
tert-ブチル(2-(4-(9-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-9-オキソノナンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27b):一般的方法Gに従い、26b(59.9mg、0.120mmol)およびVH_032アミン(50.0mg、0.099mmol)から27bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)によって精製して、27b(76.1mg、0.083mmol、収率84%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C49H64N7O8S: 910.4537, found 910.4529.
tert-ブチル(2-(4-(14-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-14-オキソテトラデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27c):一般的方法Gに従って、26c(53.5mg、0.094mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27cを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)によって精製して、27c(62.5mg、0.063mmol、収率79%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C54H74N7O8S: 980.5320, found 980.5303.
tert-ブチル(2-(4-(2-((6-(2-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ヘキシル)オキシ)アセトアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27d):一般的方法Gに従い、26d(67.2mg、0.124mmol)およびVH_032アミン(50.0mg、0.099mmol)から27dを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、27d(92.4mg、0.093mmol、収率94%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C50H66N7O10S: 956.4592, found 956.4590.
tert-ブチル(2-(4-(9-(2-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノナンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27e):一般的方法Gに従い、26e(52.3mg、0.099mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27eを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、27e(68.4mg、0.071mmol、収率89%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C51H68N7O9S: 954.4799, found 954.4798.
tert-ブチル(2-(4-(2-((9-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-9-オキソノニル)オキシ)アセトアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27f):一般的方法Gに従い、26f(52.8mg、0.097mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27fを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、27f(72.9、0.076mmol、収率95%)を淡黄色/白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C51H68N7O9S: 954.4799, found 954.4792.
tert-ブチル(2-(4-(2-((9-(2-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセトアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27g):一般的方法Gに従い、26g(56.2mg、0.096mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27gを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~8%MeOH)によって精製して、27g(68.4mg、0.068mmol、収率85%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C53H72N7O10S: 998.5061, found 998.5048.
tert-ブチル(5-フルオロ-2-(4-(12-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-12-オキソドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27h):一般的方法Gに従い、26h(53.2mg、0.095mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27hを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)により精製して、27h(58.7mg、0.060mmol、収率75%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C52H69FN7O8S: 970.4912, found 970.4913.
tert-ブチル(5-フルオロ-2-(4-(2-((9-(2-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセトアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27i):一般的方法Gに従い、26i(57.6mg、0.096mmol)およびVH_032アミン(40.0mg、0.080mmol)から27iを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~8%MeOH)によって精製して、27i(75.7、0.072mmol、収率90%)を淡黄色/白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C53H71FN7O10S: 1016.4967, found 1016.4928.
tert-ブチル(2-(4-((S)-13-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-カルボニル)-14,14-ジメチル-11-オキソ-3,6,9-トリオキサ-12-アザペンタデカンアミド)ベンズアミド)-4-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバメート(27j):一般的方法Gに従って、26j(35.1mg、0.057mmol)およびVH_032アミン(24.0mg、0.048mmol)から27jを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)により精製して、27j(30.3mg、0.029mmol、収率61%)を黄色タールとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C52H64N7O11S2: 1026.4105, found 1026.4066.
【0180】
【化28】
【0181】
N1-(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)-N12-((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)ドデカンジアミド(PROTAC4):一般的方法Hに従い、27a(37.6mg、0.0395mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC4(25.8mg、0.0288mmol、収率73%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 39-CH), 7.95 (d, J=8.8 Hz, 2 H, 15-CH), 7.72 (d, J=8.8 Hz, 2 H, 14-CH), 7.43 - 7.48 (m, 2 H, 36-CH), 7.38 - 7.42 (m, 2 H, 35-CH), 7.18 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 23-CH), 7.07 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 6.76 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 4.60 - 4.66 (m, 1 H, 24-CH), 4.55 - 4.60 (m, 1 H, 31-CH), 4.50 - 4.55 (m, 1 H, 33-CH), 4.47 - 4.50 (m, 1 H, 29-CH), 4.31 - 4.39 (m, 1 H, 33-CH), 3.86 - 3.93 (m, 1 H, 28-CH), 3.76 - 3.83 (m, 1 H, 28-CH), 2.47 (s, 3 H, 41-CH3), 2.40 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.18 - 2.33 (m, 3 H, 2-CH2,30-CH), 2.03 - 2.12 (m, 1 H, 30-CH), 1.70 (quin, J=7.5 Hz, 2 H, 10-CH2), 1.53 - 1.64 (m, 2 H, 3-CH2), 1.28 - 1.41 (m, 12 H, (4-9)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 26-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C47H62N7O6S: 852.4476, found 852.4482.
【0182】
【化29】
【0183】
N1-(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)-N9-((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)ノナンジアミド(PROTAC6):一般的な方法Hに従い、27b(37.6mg、0.0395mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC6(37.0mg、0.044mmol、収率99%)を淡白色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 36-CH), 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 12-CH), 7.71 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 11-CH), 7.45 (d, J=8.4 Hz, 2 H, 33-CH), 7.40 (d, J=8.4 Hz, 2 H, 32-CH), 7.18 (app. dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 7.07 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 18-CH), 6.90 (app. dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 17-CH), 6.76 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 19-CH), 4.63 (s, 1 H, 21-CH), 4.55 - 4.61 (m, 1 H, 28-CH), 4.50 - 4.55 (m, 1 H, 30-CH), 4.47 - 4.50 (m, 1 H, 29-CH), 4.31 - 4.38 (m, 1 H, 30-CH), 3.87 - 3.94 (m, 1 H, 25-CH), 3.76 - 3.83 (m, 1 H, 25-CH), 2.46 (s, 3 H, 38-CH3), 2.39 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 8-CH3), 2.17 - 2.33 (m, 3 H, 2-CH2,27-CH), 2.03 - 2.11 (m, 1 H, 27-CH), 1.70 (quin, J=7.5 Hz, 2 H, 7-CH2), 1.61 (quin, J=6.9 Hz, 2 H, 3-CH2), 1.27 - 1.44 (m, 6 H, (4-6)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 23-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C44H56N7O6S: 810.4013, found 810.4005.
【0184】
【化30】
【0185】
N1-(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)-N14-((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)テトラデカンジアミド(PROTAC34):一般的な方法Hに従って、27c(62.5mg、0.064mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC34(51.6mg、0.058mmol、収率91%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 41, CH), 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 17-CH), 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 16-CH), 7.43 - 7.47 (m, 2 H, 38-CH), 7.38 - 7.43 (m, 2 H, 37-CH), 7.18 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 25-CH), 7.06 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 23-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 6.76 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 24-CH), 4.63 (s, 1 H, 26-CH), 4.55 - 4.60 (m, 1 H, 33-CH), 4.52 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 35-CH), 4.46 - 4.50 (m, 1 H, 31-CH), 4.34 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 35-CH), 3.86 - 3.93 (m, 1 H, 30-CH), 3.75 - 3.82 (m, 1 H, 30-CH), 2.46 (s, 3 H, 43-CH3), 2.39 (t, J=7.4 Hz, 2 H, 13-CH2), 2.17 - 2.32 (m, 3 H, 2-CH2,32-CH), 2.03 - 2.11 (m, 1 H, 32-CH), 1.70 (quin, J=7.4 Hz, 2 H, 12-CH2), 1.52 - 1.65 (m, 2 H, 3-CH2), 1.27 - 1.39 (m, 16 H, (4-11)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 28-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C49H66N7O6S: 880.4795, found 880.4762.
【0186】
【化31】
【0187】
(2S,4R)-1-((S)-2-(2-((6-(2-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ヘキシル)オキシ)アセトアミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC12):一般的方法Hに従い、27d(86.3mg、0.090mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC12(71.7mg、0.083mmol、収率90%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.85 (s, 1 H, 37-CH), 7.96 (d, J=8.6 Hz, 2 H, 13-CH), 7.75 (d, J=8.6 Hz, 2 H, 12-CH), 7.42 - 7.45 (m, 2 H, 34-CH), 7.37 - 7.41 (m, 2 H, 33-CH), 7.18 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 21-CH), 7.07 (td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 19-CH), 6.89 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 18-CH), 6.76 (td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 20-CH), 4.69 (s, 1 H, 22-CH), 4.55 - 4.62 (m, 1 H, 29-CH), 4.45 - 4.55 (m, 2 H, 27,31-CH), 4.31 - 4.38 (m, 1 H, 31-CH), 4.05 - 4.11 (m, 2 H, 9-CH2), 3.95 - 4.00 (m, 1 H, 2-CH), 3.89 - 3.94 (m, 1 H, 2-CH), 3.83 - 3.89 (m, 1 H, 26-CH), 3.75 - 3.82 (m, 1 H, 26-CH), 3.53 - 3.62 (m, 4 H, 3,8-CH2), 2.46 (s, 3 H, 39-CH3), 2.18 - 2.27 (m, 1 H, 28-CH), 2.03 - 2.13 (m, 1 H, 28-CH), 1.62 - 1.73 (m, 4 H, 4,7-CH2), 1.42 - 1.52 (m, 4 H, 5,6-CH2), 1.03 (s, 9 H, 24-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C45H58N7O8S: 856.4068, found 856.4064.
【0188】
【化32】
【0189】
(2S,4R)-1-((S)-2-(2-((9-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-9-オキソノニル)オキシ)アセトアミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC13):一般的な方法Hに従い、27e(66.9mg、0.070mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC13(52.5mg、0.060mmol、収率86%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.85 (s, 1 H, 38-CH), 7.94 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 13-CH), 7.43 - 7.47 (m, 2 H, 35-CH), 7.37 - 7.42 (m, 2 H, 34-CH), 7.17 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 22-CH), 7.07 (app. td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 20-CH), 6.89 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 19-CH), 6.76 (app. td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 21-CH), 4.69 (s, 1 H, 23-CH), 4.56 - 4.63 (m, 1 H, 30-CH), 4.47 - 4.55 (m, 2 H, 28,32-CH), 4.35 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 32-CH), 3.94 - 3.99 (m, 1 H, 2-CH), 3.89 - 3.94 (m, 1 H, 2-CH), 3.84 - 3.89 (m, 1 H, 27-CH), 3.76 - 3.82 (m, 1 H, 27-CH), 3.53 (t, J=6.3 Hz, 2 H, 3-CH2), 2.46 (s, 3 H, 40-CH3), 2.37 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 10-CH2), 2.19 - 2.27 (m, 1 H, 29-CH), 2.04 - 2.12 (m, 1 H, 29-CH), 1.59 - 1.71 (m, 4 H, 4,9-CH2), 1.33 - 1.43 (m, 8 H, (5-8)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 25-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C46H60N7O7S: 854.4275, found 854.4277.
【0190】
【化33】
【0191】
(2S,4R)-1-((S)-2-(9-(2-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノナンアミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC14):一般的方法Hに従い、27f(60.2mg、0.063mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC14(50.6mg、0.059mmol、収率93%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 38-CH), 7.98 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.77 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 13-CH), 7.45 (d, J=8.3 Hz, 2 H, 35-CH), 7.41 (d, J=8.3 Hz, 2 H, 34-CH), 7.18 (dd, J=7.6, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 7.07 (app. td, J=7.6, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 6.90 (dd, J=7.6, 1.3 Hz, 1 H, 19-CH), 6.77 (app. td, J=7.6, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH), 4.63 (s, 1 H, 23-CH), 4.56 - 4.59 (m, 1 H, 30-CH), 4.52 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 32-CH), 4.46 - 4.50 (m, 1 H, 28-CH), 4.35 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 32-CH), 4.09 (s, 2 H, 10-CH2), 3.86 - 3.92 (m, 1 H, 27-CH), 3.76 - 3.82 (m, 1 H, 27-CH), 3.60 (t, J=6.6 Hz, 2 H, 9-CH2), 2.47 (s, 3 H, 40-CH3), 2.18 - 2.32 (m, 3 H, 2-CH2,29-CH), 2.03 - 2.12 (m, 1 H, 29-CH), 1.68 (quin, J=6.6 Hz, 2 H, 8-CH2), 1.56 - 1.64 (m, 2 H, 3-CH2), 1.32 - 1.45 (m, 8 H, (4-7)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 25-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C46H60N7O7S: 854.4275, found 854.4268.
【0192】
【化34】
【0193】
(2S,4R)-1-((S)-2-(2-((9-(2-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセトアミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC16):一般的方法Hに従い、27g(66.7mg、0.067mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC16(58.2mg、0.064mmol、収率96%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、PROTACをセミ分取HPLC(HO中5~95%のMeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 40-CH), 7.97 (d, J=8.6 Hz, 2 H, 16-CH), 7.76 (d, J=8.6 Hz, 2 H, 15-CH), 7.45 (d, J=8.3 Hz, 2 H, 37-CH), 7.39 (d, J=8.3 Hz, 2 H, 36-CH), 7.18 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 24-CH), 7.07 (app. td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 22-CH), 6.90 (dd, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 21-CH), 6.76 (app. td, J=7.7, 1.1 Hz, 1 H, 23-CH), 4.69 (s, 1 H, 25-CH), 4.56 - 4.61 (m, 1 H, 32-CH), 4.53 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 34-CH), 4.46 - 4.50 (m, 1 H, 30-CH), 4.34 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 34-CH), 4.07 (s, 2 H, 12-CH2), 3.97 (d, J=15.4 Hz, 1 H, 2-CH2), 3.92 (d, J=15.4 Hz, 1 H, 2-CH2), 3.83 - 3.90 (m, 1 H, 29-CH), 3.75 - 3.82 (m, 1 H, 29-CH), 3.50 - 3.59 (m, 4 H, 3,11-CH2), 2.46 (s, 3 H, 42-CH3), 2.17 - 2.26 (m, 1 H, 31-CH), 2.03 - 2.11 (m, 1 H, 31-CH), 1.59 - 1.69 (m, 4 H, 4,10-CH2), 1.32 - 1.44 (m, 10 H, (5-9)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 27-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C48H64N7O8S: 898.4537, found 898.4531.
【0194】
【化35】
【0195】
N1-(4-((2-アミノ-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)-N12-((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)ドデカンジアミド(PROTAC17):一般的方法Hに従い、27h(58.7mg、0.061mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC17(49.2mg、0.056mmol、収率92%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 39-CH), 7.94 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.43 - 7.47 (m, 2 H, 36-CH), 7.37 - 7.42 (m, 2 H, 35-CH), 7.11 (dd, JHH=8.6, JHF=6.0 Hz, 1 H, 23-CH), 6.58 (dd, JHF=10.7, JHH=2.8 Hz, 1 H, 20-CH), 6.41 (app. td, JHF=8.6, JHH =8.6, 2.8 Hz, 1 H, 22-CH), 4.63 (s, 1 H, 24-CH), 4.55 - 4.60 (m, 1 H, 31-CH), 4.52 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 33-CH), 4.47 - 4.50 (m, 1 H, 29-CH), 4.35 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 33-CH), 3.86 - 3.93 (m, 1 H, 28-CH), 3.76 - 3.82 (m, 1 H, 28-CH), 2.46 (s, 3 H, 41-CH3), 2.39 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.17 - 2.31 (m, 3 H, 2-CH2,30-CH), 2.03 - 2.12 (m, 1 H, 30-CH), 1.69 (quin, J=7.5 Hz, 2 H, 10-CH2), 1.53 - 1.63 (m, 2 H, 3-CH2), 1.29 - 1.37 (m, 12 H, (4-9)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 26-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C47H61FN7O6S: 870.4388, found 870.4376.
【0196】
【化36】
【0197】
(2S,4R)-1-((S)-2-(2-((9-(2-((4-((2-アミノ-4-フルオロフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)ノニル)オキシ)アセトアミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC20):一般的方法Hに従って、27i(70.8mg、0.070mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC20(63.3mg、0.068、収率98%)を薄茶色の固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 40-CH), 7.96 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 16-CH), 7.75 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.42 - 7.47 (m, 2 H, 37-CH), 7.37 - 7.42 (m, 2 H, 36-CH), 7.11 (dd, JHH=8.6, JHF=6.1 Hz, 1 H, 24-CH), 6.58 (dd, JHF=10.7, JHH=2.8 Hz, 1 H, 20-CH), 6.41 (td, JHF=8.6, JHH=8.6, 2.8 Hz, 1 H, 23-CH), 4.68 (s, 1 H, 25-CH), 4.59 (dd, J=9.0, 7.8 Hz, 1 H, 32-CH), 4.52 (d, J=15.6 Hz, 1 H, 34-CH), 4.47 - 4.50 (m, 1 H, 30-CH), 4.34 (d, J=15.6 Hz, 1 H, 34-CH), 4.07 (s, 2 H, 12-CH2), 3.95 (d, J=15.4 Hz, 1 H, 2-CH2), 3.94 (d, J=15.4 Hz, 1 H, 2-CH2), 3.84 - 3.89 (m, 1 H, 29-CH), 3.74 - 3.82 (m, 1 H, 29-CH), 3.50 - 3.59 (m, 4 H, (3,11)-CH2), 2.46 (s, 3 H, 42-CH3), 2.18 - 2.27 (m, 1 H, 31-CH), 2.02 - 2.12 (m, 1 H, 31-CH), 1.58 - 1.68 (m, 4 H, (4,10)-CH2), 1.32 - 1.43 (m, 12 H, (5-9)-CH2), 1.03 (s, 9 H, 27-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C48H63FN7O8S: 916.4443, found 916.4426.
【0198】
【化37】
【0199】
(2S,4R)-1-((S)-14-((4-((2-アミノ-5-(チオフェン-2-イル)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-(tert-ブチル)-4,14-ジオキソ-6,9,12-トリオキサ-3-アザテトラデカノイル)-4-ヒドロキシ-N-(4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC22):一般的方法Hに従い、27j(30.3mg、0.029mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC22(26.8mg、0.029mmol、収率99%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.84 (s, 1 H, 39-CH), 7.98 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 11-CH), 7.75 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 10-CH), 7.49 (d, J=2.1 Hz, 1 H, 19-CH), 7.40 - 7.44 (m, 2 H, 36-CH), 7.36 - 7.39 (m, 2 H, 35-CH), 7.34 (dd, J=8.3, 2.1 Hz, 1 H, 17-CH), 7.22 (d, J=5.0 Hz, 1 H, 23-CH), 7.19 (d, J=3.7 Hz, 1 H, 21-CH), 7.01 (dd, J=5.0, 3.7 Hz, 1 H, 22-CH), 6.89 (d, J=8.3 Hz, 1 H, 16-CH), 4.68 (s, 1 H, 24-CH), 4.54 - 4.60 (m, 1 H, 31-CH), 4.51 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 33-CH), 4.46 - 4.49 (m, 1 H, 29-CH), 4.31 (d, J=15.5 Hz, 1 H, 33-CH), 4.15 (d, J=15.8 Hz, 1 H, 7-CH), 4.09 (d, J=15.8 Hz, 1 H, 7-CH), 4.02 (d, J=15.6 Hz, 1 H, 2-CH), 3.91 (d, J=15.6 Hz, 1 H, 2-CH), 3.82 - 3.87 (m, 1 H, 28-CH), 3.69 - 3.81 (m, 9 H, 28-CH,(3-6)-CH2), 2.45 (s, 3 H, 41-CH3), 2.16 - 2.24 (m, 1 H, 30-CH), 2.03 - 2.11 (m, 1 H, 30-CH), 1.02 (s, 9 H, 26-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C47H56N7O9S2: 926.3581, found 926.3556.
代替VHLリガンドを含むHDAC PROTACの合成
【0200】
【化38】
【0201】
tert-ブチル(2-(4-(12-ブロモデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(29):一般的方法Eに従い、28(332.6mg、1.19mmol)および11a(300.0mg、0.92mmol)から29を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~50%のEtOAc)によって精製して、29(207.0mg、0.35mmol、収率38%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C30H43 81BrN3O4: 590.2416, found 590.2411.
tert-ブチル(2-(4-(12-(2-(((2S,4R)-1-((S)-2-アセトアミド-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシピロリジン-2-カルボキサミド)メチル)-5-(4-メチルチアゾール-5-イル)フェノキシ)ドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(30a):一般的方法Iに従い、(2S,4R)-1-((S)-2-アセトアミド-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(2-ヒドロキシ-4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(VH 032フェノール、17.2mg、0.034mmol)および29(20.0mg、0.034mmol)から30aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、30a(17.8mg、0.018mmol、収率52%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C54H74N7O9S: 996.5269 , found 996.5239.
tert-ブチル(2-(4-(12-(2-(((2S,4R)-1-((S)-2-(1-フルオロシクロプロパン-1-カルボキサミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシピロリジン-2-カルボキサミド)メチル)-5-(4-メチルチアゾール-5-イル)フェノキシ)ドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(30b):一般的方法Iに従い、(2S,4R)-1-((S)-2-(1-フルオロシクロプロパン-1-カルボキサミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシ-N-(2-ヒドロキシ-4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)ピロリジン-2-カルボキサミド(VH 101フェノール、18.6mg、0.034mmol)および29(20.0mg、0.034mmol)から30bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中1~10%MeOH)により精製して、30b(24.2mg、0.022mmol、収率64%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C56H75FN7O9S: 1040.5331, found 1040.5304.
【0202】
【化39】
【0203】
(2S,4R)-1-((S)-2-アセトアミド-3,3-ジメチルブタノイル)-N-(2-((12-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデシル)オキシ)-4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)-4-ヒドロキシピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC35):一般的方法Hに従って、30a(17.8mg、0.018mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC35(16.1mg、0.018mmol、収率99%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 28-CH), 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.47 (d, J=8.2 Hz, 1 H, 32-CH), 7.17 (dd, J=7.7, 1.3 Hz, 1 H, 23-CH), 7.07 (app. td, J=7.7, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH), 6.94 - 7.00 (m, 2 H, 25,31-CH), 6.90 (dd, J=7.7, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 6.76 (app. td, J=7.7, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 4.57 - 4.65 (m, 2 H, 36,41-CH), 4.48 - 4.52 (m, 1 H, 38-CH), 4.46 (d, J=16.1 Hz, 1 H, 34-CH), 4.39 (d, J=16.1 Hz, 1 H, 34-CH), 4.05 (t, J=6.3 Hz, 2 H, 1-CH2), 3.86 - 3.92 (m, 1 H, 39-CH2), 3.75 - 3.81 (m, 1 H, 39-CH2), 2.48 (s, 3 H, 30-CH3), 2.40 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.17 - 2.25 (m, 1 H, 37-CH), 2.07 - 2.15 (m, 1 H, 37-CH), 1.99 (s, 3 H, 45-CH3), 1.78 - 1.87 (m, 2 H, 2-CH2), 1.71 (quin, J=7.3 Hz, 2 H, 10-CH2), 1.46 - 1.56 (m, 2 H, 3-CH2), 1.32 - 1.42 (m, 12 H, (4-9)-CH2), 1.02 (s, 9 H, 43-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C49H66N7O7S: 896.4744, found 896.4744.
【0204】
【化40】
【0205】
(2S,4R)-N-(2-((12-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデシル)オキシ)-4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)-1-((S)-2-(1-フルオロシクロプロパン-1-カルボキサミド)-3,3-ジメチルブタノイル)-4-ヒドロキシピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC36):一般的方法Hに従い、30b(24.2mg、0.022mmol)のBoc脱保護を行い、続いてカラムクロマトグラフィー(DCM中2~5%MeOH)による精製を行い、PROTAC36(11.7mg、0.012mmol、収率57%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 28-CH), 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.47 (d, J=7.7 Hz, 1 H, 32-CH), 7.17 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 23-CH), 7.06 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH), 6.96 - 7.02 (m, 2 H, 25,31-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 6.76 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 4.74 (d, JHF=0.8 Hz, 1 H, 41-CH), 4.60 - 4.67 (m, 1 H, 36-CH), 4.49 - 4.53 (m, 1 H, 38-CH), 4.47 (d, J=16.0 Hz, 1 H, 34-CH), 4.39 (d, J=16.0 Hz, 1 H, 34-CH), 4.06 (t, J=6.3 Hz, 2 H, 1-CH2), 3.82 - 3.88 (m, 1 H, 39-CH), 3.76 - 3.81 (m, 1 H, 39-CH), 2.48 (s, 3 H, 30-CH3), 2.40 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.19 - 2.27 (m, 1 H, 37-CH), 2.09 - 2.16 (m, 1 H, 37-CH), 1.78 - 1.89 (m, 2 H, 2-CH2), 1.64 - 1.76 (m, 2 H, 10-CH2), 1.48 - 1.57 (m, 2 H, 3-CH2), 1.28 - 1.40 (m, 16 H, (4-9)-CH2,46-CH2), 1.04 (s, 9 H, 43-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C51H67FN7O7S: 940.4807, found 940.4781.
IAPリガンドを含むHDAC PROTACの合成
【0206】
【化41】
【0207】
tert-ブチル((S)-1-(((S)-2-((2S,4S)-4-(12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデカンアミド)-2-(((R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-1-イル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-1-シクロヘキシル-2-オキソエチル)アミノ)-1-オキソプロパン-2-イル)(メチル)カルバメート(32a):一般的方法Kに従い、26a(24.3mg、0.045mmol)およびA 410099.1アミン(24.5mg、0.038mmol)から32aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、32a(26.1mg、0.023mmol、収率60%)を淡黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C62H89N8O10: 1105.6702, found 1105.6704.
tert-ブチル((S)-1-(((S)-2-((2S,4S)-4-(2-(2-(2-(2-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)エトキシ)エトキシ)アセトアミド)-2-(((R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-1-イル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-1-シクロヘキシル-2-オキソエチル)アミノ)-1-オキソプロパン-2-イル)(メチル)カルバメート(32b):一般的方法Kに従い、31(24.0mg、0.045mmol)およびA 410099.1アミン(24.5mg、0.038mmol)から32bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)によって精製して、32b(34.0mg、0.031mmol、収率81%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C58H81N8O13: 1097.5923, found 1097.5881.
【0208】
【化42】
【0209】
-(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)-N12-((3S,5S)-1-((S)-2-シクロヘキシル-2-((S)-2-(メチルアミノ)プロパンアミド)アセチル)-5-(((R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-1-イル)カルバモイル)ピロリジン-3-イル)ドデカンジアミド(PROTAC26):一般的方法Hに従って、32a(26.1mg、0.0227mmol)の2か所のBoc脱保護を実行して、PROTAC26(21.0mg、0.0223mmol、収率98%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.73 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH), 7.35 - 7.42 (m, 1 H, 35-CH), 7.18 (dd, J=7.8, 1.2 Hz, 1 H, 23-CH), 7.11 - 7.15 (m, 2 H, 36,37-CH), 7.05 - 7.10 (m, 2 H, 21,38-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.2 Hz, 1 H, 20-CH), 6.77 (app. td, J=7.8, 1.2 Hz, 1 H, 22-CH), 5.02 - 5.09 (m, 1 H, 29-CH), 4.41 - 4.53 (m, 3 H, 24,26,40-CH), 4.16 (dd, J=10.3, 6.2 Hz, 1 H, 27-CH), 3.57 (dd, J=10.3, 5.4 Hz, 1 H, 27-CH), 3.13 (q, J=6.8 Hz, 1 H, 48-CH), 2.72 - 2.84 (m, 2 H, 32-CH2), 2.46 - 2.55 (m, 1 H, 25-CH), 2.40 (t, J=7.4 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.29 (s, 3 H, 50-CH3), 2.19 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 2-CH2), 1.67 - 1.96 (m, 13 H, 10,30,31-CH2,25,41,(42-46)-CH), 1.57 - 1.64 (m, 2 H, 3-CH2), 1.32 - 1.42 (m, 12 H, (4-9)-CH2), 1.23-1.29 (m, 3 H, (43-45)-CH), 1.20 (d, J=6.8 Hz, 3 H, 49-CH3), 1.03 - 1.05 (m, 2 H, 42,46-CH). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C52H73N8O6: 905.5653, found 905.5648.
【0210】
【化43】
【0211】
(2S,4S)-4-(2-(2-(2-(2-((4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-2-オキソエトキシ)エトキシ)エトキシ)アセトアミド)-1-((S)-2-シクロヘキシル-2-((S)-2-(メチルアミノ)プロパンアミド)アセチル)-N-((R)-1,2,3,4-テトラヒドロナフタレン-1-イル)ピロリジン-2-カルボキサミド(PROTAC28):一般的方法Hに従って、32b(34.0mg、0.031mmol)の二重Boc脱保護を実施して、PROTAC28(26.8mg、0.029mmol、収率95%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 7.98 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 11-CH), 7.80 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 10-CH), 7.33 - 7.39 (m, 1 H, 31-CH), 7.19 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 19-CH), 7.03 - 7.15 (m, 4 H, 17,32,33,34-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 16-CH), 6.75 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 18-CH), 5.00 - 5.08 (m, 1 H, 25-CH), 4.58 - 4.65 (m, 1 H, 20-CH), 4.46 (dd, J=8.9, 4.7 Hz, 1 H, 22-CH), 4.43 (d, J=8.4 Hz, 1 H, 36-CH), 4.08 - 4.18 (m, 3 H, 7-CH2,23-CH), 4.01 (s, 2 H, 2-CH2), 3.79 - 3.87 (m, 2 H, PEG-CH2), 3.70 - 3.79 (m, 6 H, PEG-CH2x 3), 3.62 - 3.68 (m, 1 H, 23-CH), 3.09 (q, J=6.8 Hz, 1 H, 44-CH), 2.68 - 2.85 (m, 2 H, 28-CH2), 2.44 - 2.53 (m, 1 H, 21-CH2), 2.26 (s, 3 H, 46-CH3), 1.62 - 1.98 (m, 11 H, 26,27-CH2,21,37,(38-42)-CH), 1.17 - 1.27 (m, 3 H, (39-41)-CH), 1.16 (d, J=6.9 Hz, 3 H, 45-CH3), 0.98 - 1.13 (m, 2 H, 38,42-CH). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C48H65N8O9: 897.4875, found 897.4860.
tert-ブチル((S)-1-(((S)-2-((S)-2-(4-(3-((12-((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル))アミノ)フェニル)カルバモイル)フェニル)アミノ)-12-オキソドデシル)オキシ)ベンゾイル)チアゾール-2-イル)ピロリジン-1-イル)-1-シクロヘキシル-2-オキソエチル)アミノ)-1-オキソプロパン-2-イル)(メチル)カルバメート(33):一般的方法Iに従い、tert-ブチル((S)-1-(((S)-1-シクロヘキシル-2-((S)-2-(4-(3-ヒドロキシベンゾイル)チアゾール-2-イル)ピロリジン-1-イル)-2-オキソエチル)アミノ)-1-オキソプロパン-2-イル)(メチル)カルバメート(LCL161フェノール、20.5mg、0.034mmol)および29(20.0mg、0.034mmol)から33を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中1~8%MeOH)により精製して、33(14.7mg、0.013mmol、収率37%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C61H84N7O10S: 1106.6000, found 1106.5963.
【0212】
【化44】
【0213】
N-(2-アミノフェニル)-4-(12-(3-(2-((S)-1-((S)-2-シクロヘキシル-2-((S)-2-(メチルアミノ)プロパンアミド)アセチル)ピロリジン-2-イル)チアゾール-4-カルボニル)フェノキシ)ドデカンアミド)ベンズアミド(PROTAC37):一般的方法Hに従って、33(14.7mg、0.013mmol)の2か所のBoc脱保護を行い、続いてカラムクロマトグラフィー(DCM中0~10%MeOH)による精製を行い、PROTAC37(9.4mg、0.0103mmol、収率82%)を白い固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.32 (s, 1 H, 32-CH), 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH), 7.65 - 7.76 (m, 4 H, 14,27,29-CH), 7.42 (app. t, J=8.0 Hz, 1 H, 26-CH), 7.15 - 7.22 (m, 2 H, 23,25-CH), 7.07 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH), 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH), 6.77 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 5.48 (dd, J=7.8, 3.1 Hz, 1 H, 34-CH), 4.52 - 4.60 (m, 1 H, 39-CH), 4.04 (t, J=6.4 Hz, 2 H, 1-CH2), 3.95 - 4.01 (m, 1 H, 37-CH), 3.86 - 3.93 (m, 1 H, 37-CH), 3.20 (q, J=6.8 Hz, 1 H, 47-CH), 2.40 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.29 - 2.37 (m, 4 H, 35-CH,49-CH3), 2.18 - 2.28 (m, 2 H, 35,36-CH), 2.08 - 2.17 (m, 1 H, 36-CH), 1.77 - 1.85 (m, 2 H, 2-CH2), 1.54 - 1.77 (m, 8 H, 10-CH2,40-CH,(41-45)-CH),1.46 - 1.53 (m, 2 H, 3-CH2), 1.32 - 1.43 (m, 12 H, (4-9)-CH2), 1.24 (d, J=6.8 Hz, 3 H, 48-CH3), 1.00 - 1.18 (m, 5 H, (41-45)-CH). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+calculated for C51H68N7O6S: 906.4952, found 906.4925.
CRBNリガンドを含むHDAC PROTACの合成
【0214】
【化45】
【0215】
9-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)ノナン酸(35a):ジ-tert-ブチルジカーボネート(0.305g、1.40mmol)の1,4-ジオキサン/水(2:1、2mL)溶液を、34a(0.220g、1.27mmol)およびNaOH(0.051g,1.27mmol)の1,4-ジオキサン/水(2:1,7mL)溶液に0℃においてゆっくりと加え、その後混合物を室温で64時間撹拌した。反応混合物を真空中で濃縮して淡黄色固体(0.391g)を得て、次に塩基性残渣を水(20mL)に再溶解し、EtOAc(2×20mL)で洗浄した。次いで、水相を1M HCl(約2mL)でpH1に酸性化し、EtOAc(3×20mL)で抽出した。有機相を合わせ、NaSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、35a(0.260g、0.94mmol、収率74%)を透明黄色タール(ゆっくりと結晶化)として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C14H28NO4: 274.2018, found 274.2017.
12-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)ドデカン酸(35b):BocO(2.23g、10.22mmol)の1,4-ジオキサン/水(2:1、10mL)溶液を、34b(2.00g、9.29mmol)およびNaOH(0.37g、9.29mmol)の1,4-ジオキサン/水(2:1、50mL)溶液に、0℃においてゆっくりと加え、室温で18時間攪拌した。反応混合物を真空濃縮し、次いで塩基性残留物を水(100mL)に再溶解し、EtOAc(2×50mL)で洗浄した。次いで、水相を1M HCl(約15mL)でpH1に酸性化し、EtOAc(3×100mL)で抽出した。有機相を合わせ、NaSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、35b(2.41g、7.56mmol、収率81%)を綿毛状の白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C17H33NO4Na: 338.2307, found 338.2307.
tert-ブチル(2-(4-(9-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)ノナアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(36a):一般的方法Eに従って、35a(247.5mg、0.91mmol)および11a(250.0mg、0.76mmol)から36aを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中0~80%のEtOAc)によって精製して、36a(255.8mg、0.43mmol、収率57%)を得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C32H47N4O6: 583.3496, found 583.3492.
tert-ブチル(2-(4-(12-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)ドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(36b):一般的方法Eに従って、35b(318mg、1.01mmol)および11a(300mg、0.92mmol)から36bを得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中50%EtOAc)によって精製して、36b(374mg、0.59mmol、収率65%)を淡黄色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C35H52N4O6Na: 647.3785, found 647.3792.
4-(9-アミノノナンアミド)-N-(2-アミノフェニル)ベンズアミド(37a):一般的方法Cに従い、36a(96.0mg、0.165mmol)のBoc脱保護を実施して、37a(54.0mg、0.140mmol、収率85%)を淡黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C22H31N4O2: 383.2447, found 383.2440.
4-(12-アミノドデカンアミド)-N-(2-アミノフェニル)ベンズアミド(37b): 一般的方法Cに従って、36b(159mg、0.255mmol)のBoc脱保護を実施して、37b(104mg、0.242mmol、収率95%)を淡黄色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C25H37N4O2: 425.2917, found 425.2918.
【0216】
【化46】
【0217】
N-(2-アミノフェニル)-4-(9-(2-((2-(2,6-ジオキソピペリジン-3-イル)-1,3-ジオキソイソインドリン-4-イル)オキシ)アセトアミド)ノナンアミド)ベンズアミド(PROTAC5):一般的方法Jに従い、CRBN酸(33.9mg、0.102mmol)および37a(39.0mg、0.102mmol)からPROTAC5を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中5%MeOH)によって精製して、PROTAC5(22.5mg、0.032mmol、収率31%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 7.94 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 12-CH), 7.79 (dd, J=8.4, 7.3 Hz, 1 H, 25-CH), 7.71 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 11-CH), 7.52 (dd, J=7.3, 0.5 Hz, 1 H, 26-CH), 7.41 (dd, J=8.4, 0.5 Hz, 1 H, 24-CH), 7.18 (app. dd, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 20-CH), 7.08 (app. td, J= 7.7, 1.4 Hz, 1 H, 18-CH), 6.90 (app. dd, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 17-CH), 6.77 (app. td, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 19-CH), 5.13 (dd, J=12.5, 5.5 Hz, 1 H, 31-CH), 4.75 (s, 2 H, 22-CH2), 3.29 - 3.33 (m, 2 H, 1-CH2), 2.82 - 2.93 (m, 1 H, 34-CH), 2.66 - 2.79 (m, 2 H, 34-CH,35-CH), 2.39 (t, J=7.5 Hz, 2 H, 8-CH2), 2.10 - 2.18 (m, 1 H, 35-CH), 1.70 (quin, J=7.1 Hz, 2 H, 7-CH2), 1.58 (quin, J=7.1 Hz, 2 H, 2-CH2), 1.35 - 1.40 (m, 8 H, (3-6)-CH2). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C37H41N6O8; 697.2986, found 697.2981.
【0218】
【化47】
【0219】
N-(2-アミノフェニル)-4-(12-(2-((2-(2,6-ジオキソピペリジン-3-イル)-1,3-ジオキソイソインドリン-4-イル)オキシ)アセトアミド)ドデカンアミド)ベンズアミド(PROTAC2):一般的方法Jに従い、CRBN酸(31.6mg、0.095mmol)および37b(40.4mg、0.095mmol)からPROTAC2を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中5%MeOH)によって精製して、PROTAC2(25.4mg、0.033mmol、収率34%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δH ppm 11.11 (br s, 1 H, NH), 10.11 (s, 1 H, NH), 9.54 (s, 1 H, NH), 7.93 (d, J=8.8 Hz, 2 H, 15-CH), 7.91 (s, 1H, NH), 7.81 (dd, J=8.4, 7.2 Hz, 1 H, 28-CH), 7.70 (d, J=8.8 Hz, 2 H, 14-CH), 7.50 (d, J=7.2 Hz, 1 H, 29-CH), 7.39 (d, J=8.4 Hz, 1 H, 27-CH), 7.15 (dd, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 23-CH), 6.96 (app. td, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 21-CH), 6.78 (dd, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 20-CH), 6.59 (app. td, J=7.7, 1.4 Hz, 1 H, 22-CH), 5.12 (dd, J=12.9, 5.4 Hz, 1 H, 34-CH), 4.87 (s, 2 H, NH2), 4.76 (s, 2 H, 25-CH2), 3.13 (q, J=6.5 Hz, 2 H, 1-CH2), 2.85 - 2.95 (m, 1 H, 37-CH), 2.53 - 2.63 (m, 2 H, 37-CH,38-CH), 2.33 (t, J=7.4 Hz, 2 H, 11-CH2), 2.00 - 2.07 (m, 1 H, 38-CH), 1.59 (quin, J=7.0 Hz, 2 H, 10-CH2), 1.39 - 1.47 (m, 2 H, 2-CH2), 1.23 - 1.31 (m, 14 H, (3-9)-CH2). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C40H47N6O8: 739.3455, found 739.3455.
VHLリガンドを含むHDAC PROTACを合成するためのクリックケミストリーの利用
【0220】
【化48】
【0221】
4-({[(Prop-2-yn-1-イルオキシ)カルボニル]アミノ}メチル)安息香酸(38):プロパルギルアルコール(0.12mL、1.98mmol)およびカルボニルジイミダゾール(0.32g、1.98mmol)をTHF(5mL)に溶解し、10℃で1時間攪拌した。4-(アミノメチル)安息香酸(0.30g、1.98mmol)、DBU(0.29mL、1.98mmol)およびトリエチルアミン(0.27mL、1.98mmol)をTHF(5mL)に懸濁させ、CDI中間体溶液を合わせ、反応物を室温で16時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、HO(10mL)に懸濁させ、溶液を1M HCl溶液でpH5に酸性化した。得られた沈殿物を重力濾過によって回収し、風乾して38(0.35g、収率75%)を白色粉末として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C12H12NO4: 234.0766, found 234.0764.
tert-ブチル-N-{2-[4-({[(prop-2-yn-1-イルオキシ)カルボニル]アミノ}メチル)ベンズアミド]フェニル}カルバメート(39):38およびHATU(0.49g、1.28mmol)を脱水DMF(5mL)に溶解し、室温で1時間撹拌した。tert-ブチル-N-(2-アミノフェニル)カルバメート(0.18g、0.85mmol)およびジイソプロピルエチルアミン(0.30mL、1.71mmol)を加え、反応物を室温で16時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、EtOAc(20mL)に懸濁した。有機溶液を飽和NaHCO(2×20mL)、ブライン(20mL)で洗浄し、有機層を合わせ、MgSOで乾燥させ、濾過し、溶媒を減圧下で除去した。粗油状物をシリカのフラッシュクロマトグラフィー(ヘキサン:EtOAc 30:70~50:50グラジエント)により精製して、39(0.28g、収率76%)を淡いピンク色オイルとして得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C23H26N3O5:424.1872, found 424.1871.
8-(4-((((4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)ベンジル)カルバモイル)オキシ)メチル)-1H-1,2,3-トリアゾール-1-イル)オクタン酸(40):39(0.13g、0.29mmol)、8-アジド-オクタン酸(0.05g、0.29mmol)およびCuI(0.01g、0.10mmol)を、不活性雰囲気下で脱気したDMF:MeCN(5mL、2:1)に懸濁させた。2,6-ルチジン(0.06g、0.52mmol)を加え、反応物を室温で16時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、EtOAc(10mL)に懸濁し、飽和NaHCOで洗浄した。NaHCO(2×10mL)、ブライン(2×10mL)で洗浄し、有機層を合わせ、MgSOで乾燥させ、濾過し、溶媒を減圧下で除去した。粗油状物をシリカのフラッシュクロマトグラフィー(3~5%MeOH:DCM溶媒グラジエント)により精製して、40(0.08g、46%)を淡白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C31H40N6O7Na: 631.2856, found 631.2856.
(1-(8-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-8-オキソオクチル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)メチル(4-((2-((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)フェニル)カルバモイル)ベンジル)カルバメート(41):一般的方法Gに従い、40(0.075g、0.12mmol)およびVH_032アミン(0.05g、0.10mmol)から41を得た。粗生成物をシリカでのフラッシュクロマトグラフィー(2~7%MeOH:DCM溶媒グラジエント)により精製して、41(0.08g、78%)を淡白色の結晶固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C53H68N10O9SNa: 1043.4789, found 1043.4758.
【0222】
【化49】
【0223】
(1-(8-(((S)-1-((2S,4R)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-8-オキソオクチル)-1H-1,2,3-トリアゾール-4-イル)メチル(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)ベンジル)カルバメート(PROTAC29):一般的方法Hに従って、41(0.08g、0.08mmol)のBoc脱保護を実施して、PROTAC29(0.06g、84%)を淡白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.75 (s, 1H, 45-CH), 7.87 (s, 1H, 1-CH), 7.82 (m, 2H, 9-CH), 7.35-7.33 (m, 2H, 41-CH), 7.31-7.27 (m, 4H, 8-CH, 42-CH), 7.08-7.06 (m, 1H, 14-CH), 6.98-6.94 (m, 1H, 16-CH), 6.80-6.77 (m, 1H, 17-CH), 6.67-6.63 (m, 1H, 15-CH), 5.05 (s, 2H, 3-CH2), 4.51 (s, 1H, 29-CH), 4.47-4.39 (m, 2H, 36-CH, 39-CH), 4.38-4.36 (m, 1H, 34-CH), 4.28-4.19 (m, 3H, 20-CH2, 39-CH), 4.25 (s, 2H, 6-CH2), 3.79-3.76 (m, 1H, 33-CH), 3.69-3.65 (m, 1H, 33-CH), 2.35 (s, 3H, 47-CH3), 2.17-2.06 (m, 3H, 26-CH2, 35-CH), 1.99-1.92 (m, 1H, 35-CH), 1.80-1.73 (m, 2H, 21-CH2), 1.49-1.42 (m, 2H, 25-CH2), 1.23-1.14 (m, 6H, 22-CH2, 23-CH2, 24-CH2). 0.91 (s, 9H, 31-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+Na]+ calculated for C48H60N10O7SNa: 943.4265, found 943.4246.
VHLリガンドの不活性異性体を使用したPROTAC4ネガティブコントロールの合成
【0224】
【化50】
【0225】
tert-ブチル(2-(4-(12-(((S)-1-((2S,4S)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)))ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)アミノ)-12-オキソドデカンアミド)ベンズアミド)フェニル)カルバメート(27a*):0℃の26a(51.4mg、0.095mmol)の脱水DMF(1mL)溶液に、DIPEA(0.04mL、0.238mmol)およびHATU(39.3mg、0.103mmol)を添加した。反応混合物を15分間攪拌し、その後(2S,4S)-1-[(2S)-2-アミノ-3,3-ジメチル-ブタノイル]-4-ヒドロキシ-N-[[4-(4-メチルチアゾール-5-イル)フェニル]メチル]ピロリジン-2-カルボキサミド二塩酸塩(VH_032*アミン、40.0mg、0.079mmol)のDMF(1mL)溶液をゆっくり加え、得られた溶液を室温で16時間撹拌した。反応混合物をEtOAc(10mL)で希釈し、次いで飽和NaHCO(2×5mL)および飽和NaCl(2×5mL)で洗浄した。有機層をMgSOで乾燥させ、濾過し、真空で濃縮して、暗黄色のタール(104mg)を得た。粗生成物をカラムクロマトグラフィー(DCM中0~5%MeOH)によって精製して、27a*(50.8mg、0.053mmol、収率67%)を白色固体として得た。HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C52H70N7O8S: 952.5007, found 952.4999.
【0226】
【化51】
【0227】
N1-(4-((2-アミノフェニル)カルバモイル)フェニル)-N12-((S)-1-((2S,4S)-4-ヒドロキシ-2-((4-(4-メチルチアゾール-5-イル)ベンジル)カルバモイル)ピロリジン-1-イル)-3,3-ジメチル-1-オキソブタン-2-イル)ドデカンジアミド(NC-PROTAC4):一般的方法Hに従って、27a*(29.0mg、0.030mmol)のBoc脱保護を実行して、NC-PROTAC4(25.6mg、0.029mmol、収率98%)を淡黄色固体として得た。生物学的評価の前に、生成物をセミ分取HPLC(HO中の5~95%MeCN、260nm、45分のグラジエント)によってさらに精製した。1H NMR (400 MHz, Methanol-d4) δH ppm 8.86 (s, 1 H, 39-CH) 7.95 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 15-CH) 7.72 (d, J=8.7 Hz, 2 H, 14-CH) 7.44 (d, J=8.5 Hz, 2 H, 36-CH) 7.40 (d, J=8.5 Hz, 2 H, 35-CH) 7.18 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 23-CH) 7.07 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 21-CH) 6.90 (dd, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 20-CH) 6.76 (app. td, J=7.8, 1.3 Hz, 1 H, 22-CH), 4.47 - 4.58 (m, 3 H, 24-CH,31-CH,33-CH) 4.32 - 4.40 (m, 2 H, 29-CH,33-CH) 4.03 (dd, J=10.5, 5.1 Hz, 1 H, 28-CH) 3.69 (dd, J=10.5, 3.5 Hz, 1 H, 28-CH) 2.47 (s, 3 H, 41-CH3) 2.42 - 2.45 (m, 1 H, 30-CH) 2.40 (t, J=7.4 Hz, 2 H, 11-CH2) 2.18 - 2.32 (m, 2 H, 2-CH2) 1.97 (dt, J=13.3, 4.3 Hz, 1 H, 30-CH) 1.70 (quin, J=7.4 Hz, 2 H, 10-CH2) 1.53 - 1.63 (m, 2 H, 3-CH2) 1.33 - 1.39 (m, 4 H, 4-CH2,9-CH2) 1.29 - 1.33 (m, 8 H, (5-8)-CH2) 1.03 (s, 9 H, 26-CH3). HRMS (ESI) m/z: [M+H]+ calculated for C47H62N7O6S: 852.4482, found 852.4483.
CoREST錯体を用いたインビトロHDACアッセイ
LSD1-HDAC-CoREST錯体に対する阻害試験は、2酵素蛍光ベースのHDACアッセイを使用して実行された。阻害剤/PROTACをDMSOに50mMで溶解し、HDACアッセイ緩衝液(50mM Tris pH7.5、150mM NaCl)を使用して1:2段階希釈を行い、濃度範囲を得た。これらの溶液10μLを個々のウェルに添加し、続いてHDACアッセイ緩衝液(18nM)に溶解したHDAC錯体20μLおよびHDACアッセイ緩衝液に溶解した基質Boc-(Ac)Lys-AMC20μLを添加した。
【0228】
アッセイは、ウェルあたり50μLの反応量で黒の96ウェルプレートで実行された。すべての決定は三重に行った。阻害剤を含まない対照ウェルを使用して、阻害がいつ停止したかを決定した。37℃、150rpmにおいて20分間インキュベーションした後、トリプシン(50mM Tris pH7.5、100mM NaCl、10mg/mLトリプシン)を含む展開液50μLを添加して脱アセチル化を停止した。蛍光強度はプレートリーダー(PerkinElmer、2030マルチラベルリーダー、VICTOR X5、λex 335nm、λem 460nm)で測定した。HDAC活性は、ウェル蛍光から平均ブランク蛍光を差し引くことによって計算した。Graphpad Prismソフトウェアを利用して、IC50値を決定した。
【0229】
細胞株および材料
E14野生型(WT)マウス胚性幹(mES)細胞は、15%ウシ胎児血清(FBS)(Sigma、F9665)、1X グルタミン/ペニシリン/ストレプトマイシン(GIBCO、10378-016)、100μM β-メルカプトエタノール(シグマ)および白血病抑制因子(社内で合成)を添加したノックアウトダルベッコ改変イーグル培地(KO DMEM)(GIBCO、10829-018)からなる標準的なmES培地中のゼラチン化プレート上で維持された。HCT116ヒト結腸癌細胞は、10%ウシ胎児血清(FBS)(Sigma)および1X グルタミン/ペニシリン/ストレプトマイシン(GIBCO、10378-016)を添加したダルベッコ変法イーグル培地(DMEM)(GIBCO、41965-039)で増殖させた。両方の細胞株を37℃において、5%COでインキュベートした。対照としてHDAC阻害剤CI-994(10/40μM)およびパノビノスタット(30nM)と共にPROTAC(0.01~40μM)を用いて細胞を処理した。
【0230】
ウェスタンブロッティング
HCT116細胞またはmES細胞は、播種の24時間後に処理された。処理の24時間後、細胞を回収し、プロテアーゼ阻害剤(Sigma、P8340)を含む溶解バッファー(50mM Tris-HCl、150mM NaCl、0.5%NP-40、0.5%Triton X-100)で溶解し、氷上で30分間インキュベートした後、遠心分離を行った(18,000rcf、15分、4℃)。上清を回収し、タンパク質アッセイ色素試薬濃縮物(BIO-RAD)を使用したブラッドフォードアッセイによってタンパク質濃度を定量化した。ヒストン抽出のために、等量の0.4N HSOをペレットに添加し、抽出物を4℃において一晩置いた。一晩インキュベートした後、チューブを遠心分離し(18,000rcf、15分、4℃)、上清(ヒストン抽出物)を回収した。
【0231】
ウエスタンブロットは、NuPAGETM LDS Sample Buffer(4X)を使用して、レーンあたり20~30μgのタンパク質または10μLの酸抽出ヒストンをロードしたNuPAGETM 4~12%Bis-Trisゲルで実行した。サイズ基準にはPageRuler Plus Prestained Ladderを使用した。140Vで75~90分間ゲル電気泳動した後、分離したタンパク質をニトロセルロース膜に30Vで60分間転写した。メンブレンを一次抗体(以下にリストされる)で60~90分間プローブした。ブロットは、相補的なIRDye共役二次抗体で展開され、バンドはOdyssey Infrared Imaging Systemを使用して可視化された。Image Studio Liteを使用して、画像処理およびバンド強度の定量化を実行した。
【0232】
抗体情報
一次抗体;
α-チューブリン-Sigma、t5168(1:10,000希釈)
HDAC1-アブカム、109411(1:2,000希釈)
HDAC2-メルク ミリポア、05-814(1:2,000希釈)
HDAC3-Abcam、32369(1:2,000希釈)
H3-メルク ミリポア、05-499(1:1,000希釈)
H3K9Ac-Upstate、06-942(1:1,000希釈)
H3K27Ac-メルク ミリポア、07-360(1:1,000希釈)
H3K56Ac-アクティブモチーフ、39281(1:1,000希釈)
二次抗体;
IRDye(登録商標)680LT-LI-COR Biosciences、926-68023(1:10,000希釈)
IRDye(登録商標)800CW-LI-COR Biosciences、926-32210(1:10,000希釈)
細胞生存率アッセイ
細胞死を分析するため、細胞は、播種の24時間後にDMSO、CI-994(40μM)、またはPROTAC4(1~40μM)を用いて処理された。処理の24時間後、細胞を回収し、70%(vol/vol)エタノールで-20℃で一晩固定した。細胞をPBSで洗浄し、その後暗所において室温で30分間、50μgのヨウ化プロピジウムおよびRNase A(10μg/mL)と共にインキュベーションした。サンプルは、BD FACSDivaソフトウェアを備えたPE_AチャネルでBD FACSCanto IIフローサイトメーター(BD Biosciences)を使用して分析した。
図1
図2A
図2B
図2C
図3A
図3B
図4A
図4B
図4C
図5
図6A
図6B
図7
図8