特許 7620329 卵巣がんに対する新規の腫瘍特異的抗原およびそれらの使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2025-01-15

(45)【発行日】2025-01-23

(54)【発明の名称】卵巣がんに対する新規の腫瘍特異的抗原およびそれらの使用

(51)【国際特許分類】

   C07K 7/00 20060101AFI20250116BHJP

   C12N 15/86 20060101ALI20250116BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20250116BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20250116BHJP

   C07K 14/725 20060101ALI20250116BHJP

   C12N 5/0783 20100101ALI20250116BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20250116BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20250116BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20250116BHJP

   A61K 38/08 20190101ALI20250116BHJP

   A61K 38/10 20060101ALI20250116BHJP

【ＦＩ】

C07K7/00 ZNA

C12N15/86 Z

C12N15/63 Z

C12N5/10

C07K14/725

C12N5/0783

A61P35/00

A61K45/00

A61K35/76

A61K38/08

A61K38/10

【請求項の数】 47

(21)【出願番号】P 2021572500

(86)(22)【出願日】2020-06-22

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2022-09-08

(86)【国際出願番号】 CA2020050869

(87)【国際公開番号】W WO2020257922

(87)【国際公開日】2020-12-30

【審査請求日】2023-06-09

(31)【優先権主張番号】62/866,089

(32)【優先日】2019-06-25

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(73)【特許権者】

【識別番号】303055165

【氏名又は名称】ウニヴェルシテ ド モントリオール

(74)【代理人】

【識別番号】100147485

【弁理士】

【氏名又は名称】杉村 憲司

(74)【代理人】

【識別番号】230118913

【弁護士】

【氏名又は名称】杉村 光嗣

(74)【代理人】

【識別番号】100119530

【弁理士】

【氏名又は名称】冨田 和幸

(72)【発明者】

【氏名】チンチュアン ザオ

(72)【発明者】

【氏名】ピエール ティボー

(72)【発明者】

【氏名】クロード ペロー

(72)【発明者】

【氏名】セバスティアン ルミュー

【審査官】田ノ上 拓自

(56)【参考文献】

【文献】国際公開第２０１７／００９４００（ＷＯ，Ａ１）

【文献】国際公開第２０１８／１３８２５７（ＷＯ，Ａ１）

【文献】PNAS，2017年，E9942-9951

【文献】OncoImmunology，2016年，Vol.5, No.5，e1065369

【文献】ノンコーディングDNAに由来する腫瘍特異的抗原が癌ワクチン療法への道を広げる，crisp_bio，2018年，pp.1-2，https://crisp-bio.blog.jp/archives/14176170.html [検索日:2024/11/18]

【文献】Frontiers in Pharmacology，2018年，Vol.9 ，Article 1295 (pp.1-6)，doi: 10.3389/fphar.2018.01295

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ １５／００－１５／９０

Ｃ０７Ｋ １／００－１９／００

Ｃ１２Ｎ ５／１０

Ｃ１２Ｎ ５／０７８３

Ａ６１Ｐ ３５／００

Ａ６１Ｋ ４５／００

Ａ６１Ｋ ３５／７６

Ａ６１Ｋ ３８／０８

Ａ６１Ｋ ３８／１０

ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされる１５個以下のアミノ酸の腫瘍抗原ペプチドであり、
配列番号１、４、８、１０、１３、１５～１７、１９～２７及び３６～９９に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、腫瘍抗原ペプチド。

【請求項2】

配列番号１９～２７及び３６～９９に記載のアミノ酸配列のうちの１つからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項3】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１分子に結合し、配列番号２１、４０、４１、６６または８８に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項4】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子に結合し、配列番号１７、４５、４８、５１、５６、７５、７７、８２または９８に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項5】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子に結合し、配列番号１、１９、２０、２２、３６、５０、５２、６０、６２、７３、８４、８５、８６または９１に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項6】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子に結合し、配列番号５４、５５、６７、６９、８１、８７または９０に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項7】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子に結合し、配列番号４３に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項8】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２５：０１分子に結合し、配列番号２４に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項9】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２９：０２分子に結合し、配列番号５８に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項10】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子に結合し、配列番号１６に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項11】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子に結合し、配列番号４、８、２６、４９、７８、９２または９７に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項12】

前記腫瘍抗原ペプチドがＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１分子に結合し、配列番号２３、４２、４４、４６、５９、６３、７０、７４、７６または８３に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項13】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊１４：０１分子に結合し、配列番号５３に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項14】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１分子に結合し、配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項15】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１分子に結合し、配列番号４７、６４、９６または９９に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項16】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１分子に結合し、配列番号１３に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項17】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２分子に結合し、配列番号６５に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項18】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３分子に結合し、配列番号３７または９４に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項19】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３分子に結合し、配列番号１０、７１または９５に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項20】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１分子に結合し、配列番号１５に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項21】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１分子に結合し、配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項22】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子に結合し、配列番号７２に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項23】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１分子に結合し、配列番号３８、６１または９３に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項24】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０３分子に結合し、配列番号８０に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項25】

前記腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２分子に結合し、配列番号２５、５７または７９に記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項26】

前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）であり、前記腫瘍抗原ペプチドが、配列番号１、８、１０、１３、１５、および１９～２７のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項27】

前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、イントロンであり、前記腫瘍抗原ペプチドが、配列番号１６、１７、および３６～６４のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項28】

前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、遺伝子間領域であり、前記腫瘍抗原ペプチドが、配列番号６５～８４のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項29】

前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、非コードＲＮＡ転写物（ｎｃＲＮＡ）のエクソンであり、前記腫瘍抗原ペプチドが、配列番号４および８５～９２のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含むまたはからなる、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項30】

前記ゲノムの前記非タンパク質コード領域が、遺伝子のアンチセンス鎖であり、前記腫瘍抗原ペプチドが、配列番号９３～９９のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド。

【請求項31】

請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチドの１つ以上をコードする、核酸。

【請求項32】

ｍＲＮＡまたはウイルスベクターである、請求項３１に記載の核酸。

【請求項33】

請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド、または請求項３１もしくは３２に記載の核酸、および薬学的に許容される担体を含む、組成物。

【請求項34】

請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチド、請求項３１もしくは３２に記載の核酸、または請求項３３に記載の組成物、およびアジュバントを含む、ワクチン。

【請求項35】

細胞の表面で発現された、そのペプチド結合溝内に請求項１に記載の腫瘍抗原ペプチドを含むＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。

【請求項36】

請求項３５に記載のＴＣＲを、その細胞表面において発現する、単離されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球。

【請求項37】

少なくとも０．５％の請求項３６に定義されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球を含む、細胞集団。

【請求項38】

（ｉ）請求項１～３０のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）請求項３１もしくは３２に記載の核酸、（ｉｉｉ）請求項３３に記載の組成物、（ｉｖ）請求項３４
に記載のワクチン、（ｖ）請求項３５に記載のＴＣＲ、（ｖｉ）請求項３６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉ）請求項３７に記載の細胞集団の、対象において卵巣がんを治療するための医薬品の製造のための、使用。

【請求項39】

前記卵巣がんが、漿液性がんである、請求項３８に記載の使用。

【請求項40】

前記漿液性がんが、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である、請求項３８に記載の使用。

【請求項41】

前記医薬品は、少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法と併用するためのものである、請求項３８に記載の使用。

【請求項42】

前記少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法または手術である、請求項４１に記載の使用。

【請求項43】

対象において卵巣がんを治療することにおける使用のための、（ｉ）請求項１～３０のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）請求項３１もしくは３２に記載の核酸、（ｉｉｉ）請求項３３に記載の組成物、（ｉｖ）請求項３４に記載のワクチン、（ｖ）請求項３５に記載のＴＣＲ、（ｖｉ）請求項３６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉ）請求項３７に記載の細胞集団。

【請求項44】

前記卵巣がんが、漿液性がんである、請求項４３に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、組成物、ワクチン、ＴＣＲ、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。

【請求項45】

前記漿液性がんが、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である、請求項４４に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、組成物、ワクチン、ＴＣＲ、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。

【請求項46】

前記腫瘍抗原ペプチド、核酸、組成物、ワクチン、ＴＣＲ、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団が、少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法と併用するためのものである、請求項４３に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、組成物、ワクチン、ＴＣＲ、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。

【請求項47】

前記少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法または手術である、請求項４６に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、組成物、ワクチン、ＴＣＲ、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、参照により本明細書に組み込まれる、２０１９年６月２５日に出願された米国仮特許出願第６２／８６６，０８９号の利益を主張する。

【0002】

本開示は、概して、がんに関するものであり、より具体的には、Ｔ細胞に基づくがん免疫療法に有用な卵巣がんに特異的な腫瘍抗原に関する。

【背景技術】

【0003】

卵巣がんは、世界の婦人科悪性腫瘍による死亡の主な原因であり、米国では年間１４，０００人以上の死亡を引き起こしている（１）。高悪性度漿液性卵巣がん（ＨＧＳＣ）がこれらの死因の７０～８０％を占め、全生存期間は数十年間にわたって顕著に変化しなかった（２）。腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の存在量と全生存期間の増加との間の正の相関関係は、Ｔ細胞がＨＧＳＣにおいて生物学的に関連する腫瘍抗原を認識することができることを示唆する（３、４）。さらに、有力な証拠は、腫瘍上皮細胞に隣接するＨＧＳＣ ＴＩＬが局所免疫編集に積極的に関与していることを示唆している。実際、３８人の患者からの２１２個のＨＧＳＣ試料のマルチモーダリティ研究において、ＣＤ８^＋ＴＩＬは、悪性細胞多様性とネガティブに関連していた（５）。これに即して、またいくつかの腫瘍タイプにおける免疫チェックポイント阻害剤の治療有効性を考慮して、１つ以上のチェックポイント阻害剤を用いた臨床試験が、現在ＨＧＳＣにおいて進行中である。しかしながら、抗ＰＤ１を用いた初期の試験では、ＨＧＳＣにおける活性は限定的であることが示されている（６、７）。

【0004】

このことを考慮すると、ＨＧＳＣなどの卵巣腫瘍において再び治療的免疫応答を誘発させることができる抗原を特定することが急務である（３、８）。かかる抗原は、ワクチン（±免疫チェックポイント阻害剤）として、またはＴ細胞受容体ベースのアプローチ（細胞療法、二重特異性生物学製剤）の標的として使用され得る（９）。

【0005】

本説明は、いくつかの文書を参照し、それらの内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。

【発明の概要】

【0006】

本開示は、以下の項目１～６１を提供する。
１．配列番号１～１０３に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、腫瘍抗原ペプチド。
２．配列番号１９～１０３に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、項目１に記載の腫瘍抗原ペプチド。
３．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１分子に結合し、配列番号２１、２８、４０、４１、６６または８８に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
４．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子に結合し、配列番号１、１９、２０、２２、３０、３１、３６、５０、５２、６０、６２、７３、８４、８５、８６または９１に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
５．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子に結合し、配列番号３２、５４、５５、６７、６９、８１、８７、９０または１０２に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
６．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子に結合し、配列番号３３または４３に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
７．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２５：０１分子に結合し、配列番号２４に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
８．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊２９：０２分子に結合し、配列番号３４または５８に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
９．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１分子に結合し、配列番号１６に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１０．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子に結合し、配列番号４、６、８、９、２６、４９、７８、９２、９７、または１０１に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１１．該腫瘍抗原ペプチドがＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１分子に結合し、配列番号２３、３５、４２、４４、４６、５９、６３、７０、７４、７６、８３または１０３に記載のアミノ酸配列のうちの１つを含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１２．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊１４：０１分子に結合し、配列番号５３に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１３．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１分子に結合し、配列番号２、３または５に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１４．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１分子に結合し、配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１５．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１分子に結合し、配列番号４７、６４、９６または９９に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１６．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１分子に結合し、配列番号１１、１２または１３に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１７．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２分子に結合し、配列番号６５に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１８．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３分子に結合し、配列番号３７または９４に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
１９．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３分子に結合し、配列番号１０、２９、７１または９５に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２０．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１分子に結合し、配列番号６または１５に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２１．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１分子に結合し、配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２２．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子に結合し、配列番号１８または７２に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２３．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１分子に結合し、配列番号３８、６１または９３に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２４．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２分子に結合し、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２５．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０３分子に結合し、配列番号８０に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２６．該腫瘍抗原ペプチドが、ＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２分子に結合し、配列番号２５、５７または７９に記載のアミノ酸配列を含む、項目１または２に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２７．ゲノムの非タンパク質コード領域に位置する配列によってコードされ、配列番号１、４、６～８、１０、１３、１５～２７および３６～９９、好ましくは配列番号１９～２７および３６～９９のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目１～２６のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２８．ゲノムの該非タンパク質コード領域が、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）であり、該腫瘍抗原ペプチドが、配列番号１、８、１０、１３、１５、および１９～２７、好ましくは配列番号１９～２７のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目２７に記載の腫瘍抗原ペプチド。
２９．ゲノムの該非タンパク質コード領域が、イントロンであり、該腫瘍抗原ペプチドが、配列番号１６、１７、および３６～６４、好ましくは配列番号３６～６４のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目２７に記載の腫瘍抗原ペプチド。
３０．ゲノムの該非タンパク質コード領域が、遺伝子間領域であり、該腫瘍抗原ペプチドが、配列番号６５～８４のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目２７に記載の腫瘍抗原ペプチド。
３１．ゲノムの該非タンパク質コード領域が、非コードＲＮＡ転写物（ｎｃＲＮＡ）のエクソンであり、該腫瘍抗原ペプチドが、配列番号４および８５～９２、好ましくは配列番号８５～９２のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目２７に記載の腫瘍抗原ペプチド。
３２．ゲノムの該非タンパク質コード領域が、遺伝子のアンチセンス鎖であり、該腫瘍抗原ペプチドが、配列番号９３～９９のうちのいずれか１つに記載のアミノ酸配列を含む、項目２７に記載の腫瘍抗原ペプチド。
３３．項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチドをコードする、核酸。
３４．ｍＲＮＡまたはウイルスベクターである、項目３３に記載の核酸。
３５．項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、または項目３３もしくは３４に記載の核酸を含む、リポソーム。
３６．項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、項目３１もしくは３２に記載の核酸、または項目３３に記載のリポソーム、および薬学的に許容される担体を含む、組成物。
３７．項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、項目３３もしくは３４に記載の核酸、項目３５に記載のリポソーム、または項目３６に記載の組成物、およびアジュバントを含む、ワクチン。
３８．そのペプチド結合溝内の項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチドを含む、単離された主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
３９．多量体の形態にある、項目３８に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
４０．該多量体が、四量体である、項目３９に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
４１．（ｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、または（ｉｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むベクターを含む、単離された細胞。
４２．それらのペプチド結合溝内の項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチドを含む主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子を、その表面で発現する、単離された細胞。
４３．抗原提示細胞（ＡＰＣ）である、項目４２に記載の細胞。
４４．該ＡＰＣが、樹状細胞である、項目４３に記載の細胞。
４５．項目３８～４０のいずれか一項に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子および／または項目４２～４４のいずれか一項に記載の細胞の表面で発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
４６．項目４５に記載のＴＣＲを、その細胞表面において発現する、単離されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球。
４７．少なくとも０．５％の項目４６に定義されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球を含む、細胞集団。
４８．対象において卵巣がんを治療する方法であって、有効量の、（ｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）項目３３もしくは３４に記載の核酸、（ｉｉｉ）項目３５に記載のリポソーム、（ｉｖ）項目３６に記載の組成物、（ｖ）項目３７に記載のワクチン、（ｖｉ）項目４１～４５のいずれか一項に記載の細胞、（ｖｉｉ）項目４６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉｉ）項目４７に記載の細胞集団を、対象に投与することを含む、方法。
４９．該卵巣がんが、漿液性がんである、項目４８に記載の方法。
５０．該漿液性がんが、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である、項目４９に記載の方法。
５１．少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法を、対象に投与することをさらに含む、項目４８～５０のいずれか一項に記載の方法。
５２．該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法または手術である、項目５１に記載の方法。
５３．（ｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）項目３３もしくは３４に記載の核酸、（ｉｉｉ）項目３５に記載のリポソーム、（ｉｖ）項目３６に記載の組成物、（ｖ）項目３７に記載のワクチン、（ｖｉ）項目４１～４５のいずれか一項に記載の細胞、（ｖｉｉ）項目４６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉｉ）項目４７に記載の細胞集団の、対象において卵巣がんを治療するための、使用。
５４．（ｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）項目３３もしくは３４に記載の核酸、（ｉｉｉ）項目３５に記載のリポソーム、（ｉｖ）項目３６に記載の組成物、（ｖ）項目３７に記載のワクチン、（ｖｉ）項目４１～４５のいずれか一項に記載の細胞、（ｖｉｉ）項目４６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉｉ）項目４７に記載の細胞集団の、対象において卵巣がんを治療するための医薬品の製造のための、使用。
５５．該卵巣がんが、漿液性がんである、項目５３または５４に記載の使用。
５６．該漿液性がんが、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である、項目５５に記載の使用。
５７．少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法の使用をさらに含む、項目５３～５６のいずれか一項に記載の使用。
５８．該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法または手術である、項目５７に記載の使用。
５９．対象において卵巣がんを治療することにおける使用のための、（ｉ）項目１～３２のいずれか一項に記載の腫瘍抗原ペプチド、（ｉｉ）項目３３もしくは３４に記載の核酸、（ｉｉｉ）項目３５に記載のリポソーム、（ｉｖ）項目３６に記載の組成物、（ｖ）項目３７に記載のワクチン、（ｖｉ）項目４１～４５のいずれか一項に記載の細胞、（ｖｉｉ）項目４６に記載のＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または（ｖｉｉｉ）項目４７に記載の細胞集団。
６０．該卵巣がんが、漿液性がんである、項目５９に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、リポソーム、組成物、ワクチン、細胞、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。
６１．該漿液性がんが、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である、項目６０に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、リポソーム、組成物、ワクチン、細胞、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。
６２．腫瘍抗原ペプチド、核酸、リポソーム、組成物、ワクチン、細胞、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団が、少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法と併用される、項目５９～６１のいずれか一項に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、リポソーム、組成物、ワクチン、細胞、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。
６３．該少なくとも１つの追加の抗腫瘍剤または療法が、化学療法剤、免疫療法、免疫チェックポイント阻害剤、放射線療法または手術である、項目６２に記載の使用のための腫瘍抗原ペプチド、核酸、リポソーム、組成物、ワクチン、細胞、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、または細胞集団。

【0007】

本発明の他の目的、利点および特徴は、添付図面を参照して例示としてのみ与えられる、以下の特定の実施形態の非制限的な説明を読み取ることにより明白になるであろう。

【図面の簡単な説明】

【0008】

【図1】この研究で使用したＴＳＡ特定パイプラインの概略ワークフローを示す。ＨＧＳＣ試料を、免疫沈降およびＲＮＡ配列決定のために処理した。ＲＮＡ－Ｓｅｑデータから構築されたカスタマイズされた個々のグローバルがんデータベース内の一致を検索することによって、ＭＡＰを特定したＭＳ分析を使用して、ペプチド配列を特定した。ＣＤＳ：コード配列。

【図2】図２Ａ～図２Ｂは、ａｅＴＳＡ候補をコードするＲＮＡの正常な組織における発現を示す。２７個の末梢組織におけるａｅＴＳＡコード配列の平均ＲＮＡ発現を示すヒートマップであって、１億のリードごとに平均対数変換されたリード（ｒｐｈｍ）における各組織の発現レベルに対応する色強度を有するヒートマップである。太字のボックスは、閾値ＲＮＡ発現（平均ｒｐｈｍ＞１０）を上回る組織／臓器を示す。各ペプチド配列の横の数字は、対応するＲＮＡの閾値発現を上回る組織の数を示す。

【図3】図３Ａ～図３Ｄは、ほとんどのＴＳＡが非変異非エクソン配列に由来することを示す。図３Ａ：各試料で特定されたＭＡＰ（左）およびＴＳＡ（右）の数。図３Ｂ：散布図は、試料ごとに特定されたＭＡＰの数とＴＳＡの数との間のピアソン相関を示す。図３Ｃ：本明細書で研究したコホートおよびＳｃｈｕｓｔｅｒらのデータセットにおいて特定されたＴＳＡの起源を示す棒グラフ。青色のシェードは、フレーム内エクソン翻訳（コードイン）、フレーム外エクソン翻訳（コードアウト）、または非エクソン翻訳（非コード）から生じるＴＳＡの数を示す。図３Ｄ：ａｅＴＳＡの翻訳フレーム（内円）、詳細なゲノム起源（中央円）、およびそれらのレポート状況（外円）を示す円グラフ。

【図4】卵巣がん試料全体にわたるａｅＴＳＡコード領域の発現を示す。ヒートマップは、この研究で報告された９つの試料（左）およびＴＣＧＡ－ＯＶコホートからの３７８個の試料中の各ａｅＴＳＡをコードする領域のＲＮＡ発現を示し、色強度は、１００万のリード当たりの領域でマッピングされたリード中のＲＮＡレベルを示す。

【図5】図５Ａ～図５Ｂは、コピー数の変化がいくつかのａｅＴＳＡの発現と相関することを示す。図５Ａ：ヒートマップは、遺伝子内（左）または遺伝子外（右）に位置するａｅＴＳＡについて、ａｅＴＳＡ ＲＮＡ発現レベルとＤＮＡコピー数、プロモーターメチル化または遺伝子発現との間のスピアマン（Ｓｐｅａｒｍａｎ）相関を示す。利用できないデータは、ライトグレーとして表示されている。図５Ｂ：腕レベル増幅スコア（下部）を有する各染色体腕（上部）から特定されたａｅＴＳＡの数。アスタリスクは、有意であると見なされる増幅を示す（Ｑ値＜０．２５）。

【図6】図６Ａ～図６Ｅは、３つのａｅＴＳＡの提示が、自発的な抗腫瘍免疫応答を誘発し得ることを示す。図６Ａ～図６Ｃ：カプラン・マイヤー曲線は、ＴＣＧＡ－ＯＶコホートにおける４群の患者の生存を示す。３つの個々のａｅＴＳＡについて、１つの群はａｅＴＳＡ（ＥＰ）を提示することができ、３つの群は提示することができなかった（ＥＤ、ＮＤおよびＮＰ）。ＥＤ：関連するＨＬＡアロタイプの不在でのａｅＴＳＡコードＲＮＡの発現；ＮＤ：関連するＨＬＡアロタイプの不在でのａｅＴＳＡコードＲＮＡの発現なし；ＥＰ：関連するＨＬＡアロタイプの存在でのａｅＴＳＡコードＲＮＡの発現；ＮＰ：関連するＨＬＡアロタイプの存在でのａｅＴＳＡコードＲＮＡの発現なし。カラーシェードは、９５％信頼区間を表す。ログランクＰ値が示される。図６Ｄ、図６Ｅ：図６Ｃに示される４つの群からの腫瘍中のＴおよび細胞傷害性細胞の存在量。

【図7】３つの異なる集団における個々のＨＧＳＣによって提示されるａｅＴＳＡの推定頻度を示す。各集団について１００万人の模擬患者を生成した。ａｅＴＳＡは、そのＲＮＡが発現され、関連するＨＬＡアロタイプが存在したときに、模擬患者に存在すると見なされた。ａｅＴＳＡ ＲＮＡ発現の頻度は、ＴＣＧＡ－ＯＶ ＲＮＡ－Ｓｅｑデータに基づいていた（図４に示す）。ＨＬＡアロタイプ頻度を、ＵＳＡ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｍａｒｒｏｗ Ｄｏｎｏｒ Ｐｒｏｇｒａｍから得た。赤い破線は、各集団における腫瘍当たりのａｅＴＳＡの中央値の数を示す。

【図8】図８Ａ～図８Ｂは、ｄｂＳＮＰに基づくｍＴＳＡ検証が、対合した正常試料の配列決定データによっても支持されることを示す。図８Ａ：ｄｂＳＮＰに報告されている共通の多型にマッチングする除外されたＴＳＡ候補の例。変異体ヌクレオチドは、対合した正常試料でも見られた。図８Ｂ：ｄｂＳＮＰに変異体が存在しないｍＴＳＡの例。変異体ヌクレオチドは、配列決定の誤りである可能性が高い１つのリードを有する対合した正常でのみ検出される。

【図9】生殖細胞系列多型を含有するＴＳＡ候補のコード配列の末梢発現を示す。ｄｂＳＮＰに記録された単一ヌクレオチド変異を有するＴＳＡ候補は、それらのコード配列および対応する参照配列の両方が末梢組織におけるＲＮＡ発現を制限している場合、ａｅＴＳＡと見なされた。２７個の末梢組織におけるａｅＴＳＡコード配列の平均ＲＮＡ発現を示すヒートマップであって、色強度は、１億のリードごとに平均対数変換されたリード（ｒｐｈｍ）における各組織の発現レベルに対応する、ヒートマップである。太字は平均ｒｐｈｍ値が１０より高い組織／臓器を示す。各ペプチド配列の横の数は、所与のペプチドに対するかなりのＲＮＡ発現を有する組織の数を示す。赤色のアスタリスクは、ａｅＴＳＡとして保持されているペプチドを示す。

【図10】ＭＡＰの数と腫瘍サイズとの間の相関を示すグラフである。散布図は、各試料のＨＬＡ対立遺伝子（ｙ軸）ごとに特定された腫瘍サイズ（ｘ軸）とＭＡＰ番号との間のピアソン相関を示す。このプロットでは、バッチ効果を回避するために、Ｓｃｈｕｓｔｅｒら（最大のサブグループ）からの試料のみを使用した。

【図11】図１１Ａ～図１１Ｂは、ａｅＴＳＡ発現とＤＮＡコピー数多型（ＣＮＶ）との間の関係を示すグラフである。図１１Ａ：フィッシャー（Ｆｉｓｈｅｒ）の正確検定で計算した、遺伝子内ａｅＴＳＡ ＲＮＡ発現とＣＮＶとの間の有意な相関のエンリッチメント分析。ａｅＴＳＡは、ＴＳＡを発現する腫瘍の割合（上半分および下半分）に基づいてグループ化される。図１１Ｂ：ａｅＴＳＡ数と染色体腕増幅との間の相関。散布図は、各試料の腕（ｙ軸）から特定された染色体腕増幅（ｘ軸）とａｅＴＳＡ数との間のピアソン相関を示す。

【発明を実施するための形態】

【0009】

本明細書で使用される遺伝学、分子生物学、生化学、および核酸の用語ならびに記号は、当該分野における標準的な論文およびテキスト、例えば、Ｋｏｒｎｂｅｒｇ ａｎｄ Ｂａｋｅｒ，ＤＮＡ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２）、Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９７５）、Ｓｔｒａｃｈａｎ ａｎｄ Ｒｅａｄ，Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗｉｌｅｙ－Ｌｉｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９９）、Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１）、Ｇａｉｔ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８４）などに従う。すべての用語は、関連技術分野において確立されたそれらの典型的な意味を用いて理解されなければならない。

【0010】

冠詞「ａ」および「ａｎ」は、冠詞の文法的対象の１つまたは２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。例として、「要素（ａｎ ｅｌｅｍｅｎｔ）」は、１つの要素または２つ以上の要素を意味する。本明細書全体を通して、文脈上別段の必要がない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、指定された工程もしくは要素、または工程もしくは要素の群の包含を意味するが、任意の他の工程もしくは要素、または工程もしくは要素の群の除外を意味するものではないことが理解されるであろう。

【0011】

本明細書における値の範囲の列挙は、本明細書に別段の指示がない限り、その範囲内に収まる各々の別個の値を個別に指す完結にした表現法としての役割を果たすことを意図するに過ぎず、各々の別個の値は、本明細書に個別に列挙されるかのように本明細書に組み込まれる。また、範囲内の値のすべての部分集合は、本明細書で個別に列挙されるかのように本明細書に組み込まれる。

【0012】

本明細書に記載されるすべての方法は、本明細書に別段の指示がない限り、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、任意の好適な順序で実行することができる。

【0013】

本明細書で提供される任意のおよびすべての例、または例示的な言語（例えば、「など」）の使用は、本発明をよりよく例示することのみを意図しており、別段の主張がない限り、本発明の範囲に限定を与えるものではない。

【0014】

本明細書中のいかなる言語も、本発明の実施に不可欠であると主張されていない要素を示すものとして解釈されるべきではない。

【0015】

本明細書では、「約」という用語はその普通の意味を有する。「約」という用語は、値が、値を決定するために使用されるデバイスまたは方法に対する誤差の固有の変動を含むことを示すために使用されるか、または列挙される値に近い、例えば、列挙される値（または値の範囲）の１０％または５％以内の値を包含する。

【0016】

本明細書に記載の研究において、本発明者らは、プロテオゲノムベースのアプローチを使用して、２３個のＨＧＳＣ腫瘍から１１１個のＴＳＡ候補（１０３個の新規の候補および８個の以前に報告された候補）を特定した。これらのＴＳＡ（９３）の大部分は、正常な組織では発現されない、異常発現された非変異ゲノム配列に由来する。これらの異常発現ＴＳＡ（本明細書においてａｅＴＳＡと称される）は、主に非エクソン配列、特にイントロン（３１％）および遺伝子間（２２％）配列に由来することが示され、それらの発現は、遺伝子コピー数およびＤＮＡメチル化の変動によって転写レベルで調節された。これらのａｅＴＳＡは、ＨＧＳＣの大部分によって共有され、ａｅＴＳＡ発現の頻度およびＨＬＡ対立遺伝子頻度を考慮すると、白人において、腫瘍当たりのａｅＴＳＡの数の中央値は５であると推定された。本明細書で特定された新規のＴＳＡ候補は、卵巣がんのＴ細胞に基づく免疫療法に有用であり得る。

【0017】

したがって、態様では、本開示は、配列番号１～１０３、好ましくは配列番号１９～１０３（表３Ａ、表３Ｂ）のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）に関する。

【0018】

実施形態では、本開示は、配列番号１、８、１０、１３、１５、および１９～２７、好ましくは配列番号１９～２７のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）、すなわち３’－ＵＴＲまたは５’－ＵＴＲ領域に位置する配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、配列番号１、１０、１３、１５、および１９～２３、好ましくは配列番号１９～２３のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、５’－ＵＴＲ領域に位置する配列によってコードされる。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、配列番号８、および２４～２７、好ましくは配列番号２４～２７のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、３’－ＵＴＲ領域に位置する配列によってコードされる。

【0019】

実施形態では、本開示は、配列番号１６、１７、および３６～６４、好ましくは配列番号３６～６４のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、イントロンに位置する配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0020】

実施形態では、本開示は、配列番号６５～８４のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、遺伝子間領域に位置する配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0021】

別の実施形態では、本開示は、配列番号６、７、１８および２８～３５、好ましくは配列番号２８～３５のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、エクソンに位置し、かつフレームシフトから始まる配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0022】

別の実施形態では、本開示は、配列番号４、および８５～９２、好ましくは配列番号８５～９２のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、非コードＲＮＡ配列（ｎｃＲＮＡ）（非コード転写物のエクソンに位置する）によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0023】

別の実施形態では、本開示は、配列番号９３～９９のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、遺伝子のアンチセンスである配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0024】

別の実施形態では、本開示は、配列番号１００～１０３のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる、ムチン遺伝子からの配列によってコードされる腫瘍抗原ペプチドに関する。

【0025】

一般に、ＨＬＡクラスＩに関連して提示される腫瘍抗原ペプチドなどのペプチドは、長さが約７または８～約１５個、または好ましくは８～１４個のアミノ酸残基である。本開示の方法のいくつかの実施形態では、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチド配列を含むより長いペプチドが、抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの細胞に人工的に装填され、細胞によって処理され、腫瘍抗原ペプチドは、ＡＰＣの表面におけるＭＨＣクラスＩ分子によって提示される。この方法では、１５個のアミノ酸残基（すなわち、腫瘍抗原前駆体ペプチド）よりも長いペプチド／ポリペプチドをＡＰＣに装填することができ、提示のために本明細書に定義される対応する腫瘍抗原ペプチドを提供するＡＰＣ細胞質中のプロテアーゼによって処理される。いくつかの実施形態では、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドを生成するために使用される前駆体ペプチド／ポリペプチドは、例えば、１０００、５００、４００、３００、２００、１５０、１００、７５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、または１５個以下のアミノ酸である。したがって、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドを使用するすべての方法およびプロセスは、細胞（ＡＰＣ）による処理後の「最終的な」８～１４個の腫瘍抗原ペプチドの提示を誘導するための、より長いペプチドまたはポリペプチド（天然タンパク質を含む）、すなわち、腫瘍抗原前駆体ペプチド／ポリペプチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドは、約８～１４、８～１３、または８～１２個のアミノ酸長（例えば、８、９、１０、１１、１２、または１３個のアミノ酸長）であり、ＨＬＡクラスＩ分子に直接適合するのに十分小さい。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、２０個以下のアミノ酸、好ましくは１５個以下のアミノ酸、より好ましくは１４個以下のアミノ酸を含む。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、少なくとも７個のアミノ酸、好ましくは少なくとも８個のアミノ酸、より好ましくは少なくとも９個のアミノ酸を含む。

【0026】

本明細書で使用される「アミノ酸」という用語には、天然に存在するアミノ酸のＬ－異性体およびＤ－異性体の両方、ならびに腫瘍抗原ペプチドの合成類似体を調製するためにペプチド化学で使用される他のアミノ酸（例えば、天然に存在するアミノ酸、天然に存在しないアミノ酸、核酸配列によってコードされていないアミノ酸など）が含まれる。天然に存在するアミノ酸の例は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、スレオニンなどである。他のアミノ酸としては、例えば、非遺伝子コード形態のアミノ酸、ならびにＬ－アミノ酸の保存的置換が挙げられる。天然に存在する非遺伝子コードアミノ酸としては、例えば、β－アラニン、３－アミノプロピオン酸、２，３－ジアミノプロピオン酸、α－アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）、４－アミノ－酪酸、Ｎ－メチルグリシン（サルコシン）、ヒドロキシプロリン、オルニチン（例えば、Ｌ－オルニチン）、シトルリン、ｔ－ブチルアラニン、ｔ－ブチルグリシン、Ｎ－メチルイソロイシン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、ノルロイシン（Ｎｌｅ）、ノルバリン、２－ナフチルアラニン、ピリジルアラニン、３－ベンゾチエニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、２－フルオロフェニルアラニン、３－フルオロフェニルアラニン、４－フルオロフェニルアラニン、ペニシラミン、１，２，３，４－テトラヒドロ－イソキノリン－３－カルボン酸、β－２－チエニルアラニン、メチオニンスルホキシド、Ｌ－ホモアルギニン（Ｈｏａｒｇ）、Ｎ－アセチルリシン、２－アミノ酪酸、２－アミノ酪酸、２，４－ジアミノ酪酸（Ｄ－もしくはＬ－）、ｐ－アミノフェニルアラニン、Ｎ－メチルバリン、ホモシステイン、ホモセリン（ＨｏＳｅｒ）、システイン酸、ε－アミノヘキサン酸、δ－アミノ吉草酸、または２，３－ジアミノ酪酸（Ｄ－もしくはＬ－）などが挙げられる。これらのアミノ酸は、生化学／ペプチド化学の分野において周知である。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、天然に存在するアミノ酸のみを含む。

【0027】

実施形態では、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドは、本明細書に記載の配列と比較して、機能的に等価なアミノ酸残基の置換を含有する改変された配列を有するペプチドを含む。例えば、配列内の１つ以上のアミノ酸残基は、機能的等価物として作用し、サイレント変異（ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ）をもたらす、類似の極性（類似の物理化学的特性を有する）の別のアミノ酸によって置換され得る。配列内のアミノ酸の置換は、アミノ酸が属するクラスの他のメンバーから選択され得る。例えば、正に荷電した（塩基性）アミノ酸としては、アルギニン、リジン、およびヒスチジン（ならびにホモアルギニンおよびオルニチン）が挙げられる。非極性（疎水性）アミノ酸としては、ロイシン、イソロイシン、アラニン、フェニルアラニン、バリン、プロリン、トリプトファンおよびメチオニンが挙げられる。荷電していない極性アミノ酸としては、セリン、スレオニン、システイン、チロシン、アスパラギンおよびグルタミンが挙げられる。負に荷電した（酸性）アミノ酸としては、グルタミン酸およびアスパラギン酸が挙げられる。アミノ酸のグリシンは、非極性アミノ酸ファミリーまたは非荷電（中性）極性アミノ酸ファミリーのいずれかに含まれ得る。アミノ酸のファミリー内で行われる置換は、一般に、保存的置換であると理解される。本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドは、すべてのＬ－アミノ酸、すべてのＤ－アミノ酸、またはＬ－アミノ酸とＤ－アミノ酸との混合物を含んでもよい。実施形態では、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドは、すべてのＬ－アミノ酸を含む。

【0028】

実施形態では、表３Ａ～表３Ｂに開示される配列のうちの１つを含むかまたはそれからなる腫瘍抗原ペプチドの配列において、Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、組み込まれることが実質的にＴ細胞反応性に影響せず、関連するＭＨＣへの結合を排除しない他のアミノ酸との置き換えによって修飾され得る。

【0029】

腫瘍抗原ペプチドはまた、分解を防止し、安定性、親和性および／または取り込みを増加させるために、Ｎ末端および／またはＣ末端にキャップされてもよいし、または修飾されてもよい。したがって、別の態様では、本開示は、式Ｚ^１－Ｘ－Ｚ^２の修飾された腫瘍抗原ペプチドを提供し、式中、Ｘは、配列番号１～１０３、好ましくは配列番号１９～１０３のアミノ酸配列のうちの１つを含むか、またはそれからなる腫瘍抗原ペプチドである（表３Ａ、表３Ｂ）。

【0030】

実施形態では、腫瘍抗原ペプチドのアミノ末端残基（すなわち、Ｎ末端の遊離アミノ基）は、例えば、部分／化学基（Ｚ^１）の共有結合によって、（例えば、分解からの保護のために）修飾される。Ｚ^１は、１～８個の炭素の直鎖または分枝鎖アルキル基、またはアシル基（Ｒ－ＣＯ－）であってもよく、式中、Ｒは、疎水性部分（例えば、アセチル、プロピオニル、ブタニル、イソプロピオニル、もしくはイソ－ブタニル）、またはアロイル基（Ａｒ－ＣＯ－）であり、式中、Ａｒは、アリール基である。実施形態では、アシル基は、Ｃ_１～Ｃ_１６またはＣ_３～Ｃ_１６アシル基（直鎖または分枝、飽和または不飽和）であり、さらなる実施形態では、飽和Ｃ_１～Ｃ_６アシル基（直鎖または分枝）もしくは不飽和Ｃ_３～Ｃ_６アシル基（直鎖または分枝）、例えばアセチル基（ＣＨ_３－ＣＯ－Ａｃ）である。実施形態では、Ｚ^１は存在しない。腫瘍抗原ペプチドのカルボキシ末端残基（すなわち、腫瘍抗原ペプチドのＣ末端の遊離カルボキシ基）は、例えばアミド化（ＮＨ_２基によるＯＨ基の置換）によって修飾され得る（例えば、分解からの保護のために）ので、このような場合、Ｚ^２はＮＨ_２基である。実施形態では、Ｚ^２は、ヒドロキサメート基、ニトリル基、アミド（一級、二級または三級）基、メチルアミン、イソ－ブチルアミン、イソ－バレリルアミンまたはシクロヘキシルアミンなどの１～１０個の炭素の脂肪族アミン、アニリン、ナフチルアミン、ベンジルアミン、シンナミルアミン、またはフェニルエチルアミンなどの芳香族もしくはアリールアルキルアミン、アルコール、またはＣＨ_２ＯＨであってもよい。実施形態では、Ｚ^２は存在しない。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、配列番号１～１０３、好ましくは配列番号１９～１０３のアミノ酸配列（表３Ａ、表３Ｂ）のうちの１つを含む。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、配列番号１～１０３、好ましくは配列番号１９～１０３のアミノ酸配列（表３Ａ、表３Ｂ）のうちの１つからなり、すなわち、Ｚ^１およびＺ^２は存在しない。

【0031】

別の態様では、本開示は、配列番号２１、２８、４０、４１、６６または８８の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊０１：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0032】

別の態様では、本開示は、配列番号１４、１７、４５、４８、５１、５６、７５、７７、８２、９８または１００、好ましくは４５、４８、５１、５６、７５、７７、８２、９８または１００の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊０２：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0033】

別の態様では、本開示は、配列番号１、１９、２０、２２、３０、３１、３６、５０、５２、６０、６２、７３、８４、８５、８６または９１、好ましくは１９、２０、２２、３０、３１、３６、５０、５２、６０、６２、７３、８４、８５、８６または９１の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊０３：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0034】

別の態様では、本開示は、配列番号３２、５４、５５、６７、６９、８１、８７、９０または１０２の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊１１：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0035】

別の態様では、本開示は、配列番号３３または４３の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊２４：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0036】

別の態様では、本開示は、配列番号２４の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊２５：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0037】

別の態様では、本開示は、配列番号３４または５８の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊２９：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0038】

別の態様では、本開示は、配列番号１６の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ａ^＊３２：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0039】

別の態様では、本開示は、配列番号４、６、８、９、２６、４９、７８、９２、９７または１０１、好ましくは２６、４９、７８、９２、９７または１０１の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊０７：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0040】

別の態様では、本開示は、配列番号２３、３５、４２、４４、４６、５９、６３、７０、７４、７６、８３または１０３の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊０８：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0041】

別の態様では、本開示は、配列番号５３の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊１４：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0042】

別の態様では、本開示は、配列番号２、３または５の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊１５：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0043】

別の態様では、本開示は、配列番号８９の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊１８：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0044】

別の態様では、本開示は、配列番号４７、６４、９６または９９の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊３９：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0045】

別の態様では、本開示は、配列番号１１、１２または１３の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊４０：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0046】

別の態様では、本開示は、配列番号６５の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊４４：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0047】

別の態様では、本開示は、配列番号３７または９４の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｂ^＊４４：０３分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0048】

別の態様では、本開示は、配列番号１０、２９、７１または９５、好ましくは配列番号２９、７１または９５の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０３：０３分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0049】

別の態様では、本開示は、配列番号６または１５の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０４：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0050】

別の態様では、本開示は、配列番号２７の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０５：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0051】

別の態様では、本開示は、配列番号１８または７２、好ましくは配列番号または７２の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０６：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0052】

別の態様では、本開示は、配列番号３８、６１または９３の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０７：０１分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0053】

別の態様では、本開示は、配列番号７の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊０７：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0054】

別の態様では、本開示は、配列番号８０の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊１２：０３分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0055】

別の態様では、本開示は、配列番号２５、５７または７９の配列を含むか、またはそれからなる、ＨＬＡ－Ｃ^＊１４：０２分子に結合する、腫瘍抗原ペプチド（または腫瘍特異的ペプチド）、好ましくは卵巣腫瘍抗原ペプチドを提供する。

【0056】

実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、非翻訳転写領域（ＵＴＲ）、すなわち、３’－ＵＴＲまたは５’－ＵＴＲ領域に位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、イントロンに位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、遺伝子間領域に位置する配列によってコードされる。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、エクソン内に位置し、かつフレームシフトに由来する配列によってコードされる。

【0057】

本開示の腫瘍抗原ペプチドは、腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞での発現（組換え発現）によって、または化学合成（例えば、固相ペプチド合成）によって産生され得る。ペプチドは、当該技術分野において周知の手動および／または自動固相手順によって容易に合成することができる。好適な合成は、例えば、「Ｔ－ｂｏｃ」または「Ｆｍｏｃ」手順を利用することによって行うことができる。固相合成のための技術および手順は、例えば、Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｅ．Ａｔｈｅｒｔｏｎ ａｎｄ Ｒ．Ｃ．Ｓｈｅｐｐａｒｄ著、ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓにより１９８９年に公開）に記載されている。あるいは、腫瘍抗原ペプチドは、例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．３７：９３３－９３６，１９９６、Ｂａｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１７：１８８１－１８８７，１９９５、Ｔａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．４５：２０９－２１６，１９９５、Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ ａｎｄ Ｋｅｎｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５６：２２１－２２５，１９９２、Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１６：４１４９－４１５３，１９９４、Ｌｉｕ ａｎｄ Ｔａｍ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：６５８４－６５８８，１９９４、およびＹａｍａｓｈｉｒｏ ａｎｄ Ｌｉ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３１：３２２－３３４，１９８８）に記載されるように、セグメント凝縮によって調製されてもよい。腫瘍抗原ペプチドの合成に有用な他の方法は、Ｎａｋａｇａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７：７０８７－７０９２，１９８５に記載されている。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは化学的に合成される（合成ペプチド）。本開示の別の実施形態は、非天然に存在するペプチドであって、該ペプチドが、本明細書に定義されるアミノ酸配列からなるか、または本質的になり、薬学的に許容される塩として合成的に産生された（例えば、合成された）ペプチドに関する。本開示による腫瘍抗原ペプチドの塩は、インビボで生成されるペプチドは塩ではないため、インビボでの状態のペプチドとは大きく異なる。ペプチドの非天然塩形態は、特にペプチドを含む医薬組成物、例えば、本明細書に開示されるペプチドワクチンに関連して、ペプチドの溶解性を調節し得る。好ましくは、塩は、ペプチドの薬学的に許容される塩である。

【0058】

実施形態では、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドは、実質的に純粋である。化合物は、それに自然に付随する成分から分離されるとき、「実質的に純粋である」。典型的には、化合物は、試料中の全材料の少なくとも６０重量％、より一般的に７５重量％、８０重量％または８５重量％、好ましくは９０重量％超、より好ましくは９５重量％超である場合、実質的に純粋である。このため、例えば、組換え技術によって化学的に合成されるかまたは産生されるポリペプチドは、一般に、その天然に関連する成分、例えば、その供給源である高分子の成分を実質的に含まないであろう。核酸分子は、核酸が由来する生物の天然に存在するゲノムにおいて通常連続しているコード配列とすぐに連続していない（すなわち、共有結合していない）場合、実質的に純粋である。実質的に純粋な化合物は、例えば、天然源からの抽出によって、ペプチド化合物をコードする組換え核酸分子の発現によって、または化学合成によって得ることができる。純度は、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、ＨＰＬＣなどの任意の適切な方法を用いて測定することができる。実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、溶液中にある。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、固体形態であり、例えば、凍結乾燥されている。

【0059】

別の態様では、本開示は、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドまたは腫瘍抗原前駆体ペプチドをコードする核酸（単離された）をさらに提供する。実施形態では、核酸は、約２１ヌクレオチド～約４５ヌクレオチド、約２４～約４５ヌクレオチド、例えば、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２または４５ヌクレオチドを含む。「単離された」は、本明細書で使用する場合、分子の天然環境に存在する他の成分または天然に存在する供給源の高分子（例えば、他の核酸、タンパク質、脂質、糖などを含む）から分離されたペプチドまたは核酸分子を指す。「合成的」は、本明細書で使用する場合、例えば、組換え技術を通してまたは化学合成を使用して産生される、その天然源から単離されていないペプチドまたは核酸分子を指す。本開示の核酸は、本開示の腫瘍抗原ペプチドの組換え発現のために使用され得、宿主細胞にトランスフェクトされ得るクローニングベクターまたは発現ベクターなどの、ベクターまたはプラスミドに含まれ得る。実施形態では、本開示は、本開示の腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸配列を含むクローニング、発現、またはウイルスベクターもしくはプラスミドを提供する。あるいは、本開示の腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれ得る。いずれの場合においても、宿主細胞は、腫瘍抗原ペプチドまたは核酸によってコードされるタンパク質を発現する。本明細書で使用される「宿主細胞」という用語は、特定の対象細胞を指すだけでなく、そのような細胞の子孫または潜在的な子孫を指す。宿主細胞は、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドを発現することができる任意の原核細胞（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）または真核細胞（例えば、昆虫細胞、酵母細胞または哺乳動物細胞）であることができる。ベクターまたはプラスミドは、挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要な要素を含有し、耐性遺伝子、クローニング部位などの他の構成要素を含有し得る。当業者に周知の方法を使用して、ペプチドまたはポリペプチドをコードする配列、およびそれに作動可能に連結された適切な転写および翻訳制御／調節要素を含む発現ベクターを構築してもよい。これらの方法には、インビトロの組換えＤＮＡ技術、合成技術、およびインビボの遺伝子組換えが挙げられる。そのような技術は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．、およびＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。「作動可能に連結されている」とは、成分、特にヌクレオチド配列の正常な機能を行うことができるようにする成分の並列配置を指す。したがって、調節配列に作動可能に連結されているコード配列は、調節配列の調節制御、すなわち、転写および／または翻訳制御下でコード配列を発現させることができるヌクレオチド配列の構成を指す。「調節／制御領域」または「調節／制御配列」は、本明細書で使用する場合、コード核酸の発現の調節に関与する非コードヌクレオチド配列を指す。したがって、調節領域という用語は、プロモーター配列、調節タンパク質結合部位、上流活性化因子配列などを含む。実施形態では、本開示の腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸（ＤＮＡ、ＲＮＡ）は、リポソームまたは任意の他の好適なビヒクル内に含まれるか、またはそれに結合している。

【0060】

別の態様では、本開示は、腫瘍抗原ペプチドを含む（すなわち、提示する、または結合する）ＭＨＣクラスＩ分子を提供する。実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ１分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ３分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ１１分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２４分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２５分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊２５：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ２９分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊２９：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ３２分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ０７分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ０８分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ１４分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊１４：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ１５分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ１８分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ３９分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ４０分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ４４分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２分子またはＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０３分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０４分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０５分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０６分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ０７分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０１またはＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ１２分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊１２：０３分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ１４分子であり、さらなる実施形態では、ＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２分子である。

【0061】

実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子に非共有結合される（すなわち、腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝／ポケットに装填されるか、または非共有結合される）。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子（α鎖）に共有結合（ａｔｔａｃｈｅｄ）／結合（ｂｏｕｎｄ）される。そのような構築物において、腫瘍抗原ペプチドおよびＭＨＣクラスＩ分子（α鎖）は、典型的には、短い（例えば、５～２０個の残基、好ましくは、約８～１２個、例えば、１０個）柔軟リンカーまたはスペーサー（例えば、ポリグリシンリンカー）を有する合成融合タンパク質として産生される。別の態様では、本開示は、ＭＨＣクラスＩ分子（α鎖）に融合した本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドを含む融合タンパク質をコードする核酸を提供する。実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子（α鎖）－ペプチド複合体は、多量体化される。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチドを（共有結合的にまたは非共有結合的に）装填したＭＨＣクラスＩ分子の多量体を提供する。そのような多量体は、多量体の検出を可能にするタグ、例えば、蛍光タグに結合してもよい。ＭＨＣ二量体、四量体、五量体、八量体などを含む、ＭＨＣ多量体の産生のための多数の戦略が開発されている（Ｂａｋｋｅｒ ａｎｄ Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２００５，１７：４２８－４３３に概説されている）。ＭＨＣ多量体は、例えば、抗原特異的Ｔ細胞の検出および精製に有用である。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドに特異的なＣＤ８^＋Ｔリンパ球を検出または精製する（単離、濃縮する）ための方法であって、細胞集団を、腫瘍抗原ペプチドと共に（共有結合的にまたは非共有結合的に）装填されたＭＨＣクラスＩ分子の多量体と接触させることと、ＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されるＣＤ８^＋Ｔリンパ球を検出または単離することとを含む、方法を提供する。ＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球は、既知の方法、例えば、蛍光活性化細胞選別法（ＦＡＣＳ）または磁気活性化細胞選別法（ＭＡＣＳ）を使用して単離されてもよい。

【0062】

さらに別の態様では、本開示は、本明細書に記載の本開示の核酸、ベクターまたはプラスミド、すなわち、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸またはベクターを含む細胞（例えば、宿主細胞）、実施形態では単離された細胞を提供する。別の態様では、本開示は、本開示による腫瘍抗原ペプチドに結合したまたはそれを提示するＭＨＣクラスＩ分子（例えば、上記開示の対立遺伝子のうちの１つのＭＨＣクラスＩ分子）を発現する細胞を提供する。一実施形態では、宿主細胞は、真核細胞、例えば、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞、細胞株または不死化細胞である。別の実施形態では、細胞は抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。一実施形態では、宿主細胞は、初代細胞、細胞株または不死化細胞である。別の実施形態では、細胞は抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。核酸およびベクターは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術を介して細胞に導入することができる。「形質転換」および「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウムもしくは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、電気穿孔法、マイクロインジェクションおよびウイルス媒介性トランスフェクションを含む、外来の核酸を宿主細胞に導入するための技術を指す。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクションするための好適な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（上記）、および他の実験室マニュアルに見出すことができる。インビボで哺乳動物細胞に核酸を導入する方法も既知であり、遺伝子治療のために本開示のベクターまたはプラスミドを対象に送達するために使用され得る。

【0063】

当該技術分野において既知の様々な方法を使用して、ＡＰＣなどの細胞に、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドを装填することができる。本明細書で使用される場合、腫瘍抗原ペプチドを「細胞に装填する」とは、腫瘍抗原ペプチドまたは腫瘍抗原ペプチドをコードするＲＮＡまたはＤＮＡが細胞にトランスフェクトされるか、別の方法としては、ＡＰＣが腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸で形質転換されることを意味する。細胞はまた、細胞表面に存在するＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ペプチドパルス細胞）に直接結合することができる外因性腫瘍抗原ペプチドと細胞を接触させることによって装填することができる。腫瘍抗原ペプチドはまた、ＭＨＣクラスＩ分子によるその提示を容易にするドメインまたはモチーフ、例えば、小胞体（ＥＲ）回収シグナル、Ｃ末端Ｌｙｓ－Ａｓｐ－Ｇｌｕ－Ｌｅｕ配列に融合することができる（Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００４ Ｄｅｃ：３４（１２）：３５８２－９４を参照されたい）。

【0064】

別の態様では、本開示は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチド（または該ペプチドをコードする核酸）のうちのいずれか１つ、もしくは任意の組み合わせを含む、組成物またはペプチド組み合わせ／プールを提供する。実施形態では、組成物は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせ（２、３、４、５、６、７、８、９、１０個以上の腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせ）、または該腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸の組み合わせを含む）。本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせ／部分的組み合わせを含む組成物は、本開示に包含される。別の実施形態では、組み合わせまたはプールは、１つ以上の既知の腫瘍抗原を含んでもよい。

【0065】

したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドのうちのいずれか１つ、または任意の組み合わせと、ＭＨＣクラスＩ分子（例えば、上記に開示した対立遺伝子のうちの１つのＭＨＣクラスＩ分子）を発現する細胞と、を含む、組成物を提供する。本開示において使用するためのＡＰＣは、特定の種類の細胞に限定されず、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球によって認識されるように、その細胞表面にタンパク質性抗原を提示することが知られている、樹状細胞（ＤＣ）、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、およびＢ細胞などのプロフェッショナルＡＰＣを含む。例えば、ＡＰＣは、インビトロ、エクスビボまたはインビボのいずれかで、末梢血単核球からＤＣを誘導し、次いで腫瘍抗原ペプチドを接触させる（刺激する）ことによって得ることができる。ＡＰＣはまた、本開示の腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上が対象に投与され、腫瘍抗原ペプチドを提示するＡＰＣが対象の体内で誘導される、腫瘍抗原ペプチドをインビボで提示するように活性化され得る。「ＡＰＣを誘導する」または「ＡＰＣを刺激する」という語句は、腫瘍抗原ペプチドがＭＨＣクラスＩ分子によってその表面で提示されるように、細胞を１つ以上の腫瘍抗原ペプチド、または腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸と接触させること、またはそれらを装填することを含む。本明細書に記載されるように、本開示によれば、腫瘍抗原ペプチドは、例えば、腫瘍抗原ペプチド（天然タンパク質を含む）の配列を含むより長いペプチド／ポリペプチドを使用して間接的に装填されてよく、その後、腫瘍抗原ペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体を細胞表面で生成するために、ＡＰＣ内部で処理される（例えば、プロテアーゼによって）。ＡＰＣに腫瘍抗原ペプチドを装填し、ＡＰＣが腫瘍抗原ペプチドを提示することを可能にした後、ＡＰＣをワクチンとして対象に投与することができる。例えば、エクスビボ投与は、以下の工程：（ａ）第１の対象からＡＰＣを採取することと、（ｂ）工程（ａ）のＡＰＣを腫瘍抗原ペプチドと接触させ／装填して、ＡＰＣの表面でＭＨＣクラスＩ／腫瘍抗原ペプチド複合体を形成することと、（ｃ）治療を必要とする第２の対象に、ペプチド装填ＡＰＣを投与することと、を含むことができる。

【0066】

第１の対象および第２の対象は、同じ対象（例えば、自己ワクチン）であってもよく、または異なる対象（例えば、同種ワクチン）であってもよい。あるいは、本開示によれば、抗原提示細胞を誘導するための組成物（例えば、薬学的組成物）を製造するための本明細書に記載の腫瘍抗原ペプチド（またはそれらの組み合わせ）の使用が提供される。加えて、本開示は、抗原提示細胞を誘導するための薬学的組成物を製造する方法またはプロセスを提供し、方法またはプロセスは、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせを薬学的に許容される担体と混合または製剤化する工程を含む。本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドのうちのいずれか１つ、または任意の組み合わせで装填されたＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ－Ａ１、ＨＬＡ－Ａ２、ＨＬＡ－Ａ３、ＨＬＡ－Ａ１１、ＨＬＡ－Ａ２４、ＨＬＡ－Ａ２５、ＨＬＡ－Ａ２９、ＨＬＡ－Ａ３２、ＨＬＡ－Ｂ０７、ＨＬＡ－Ｂ０８、ＨＬＡ－Ｂ１４、ＨＬＡ－Ｂ１５、ＨＬＡ－Ｂ１８、ＨＬＡ－Ｂ３９、ＨＬＡ－Ｂ４０、ＨＬＡ－Ｂ４４、ＨＬＡ－Ｃ０３、ＨＬＡ－Ｃ０４、ＨＬＡ－Ｃ０５、ＨＬＡ－Ｃ０６、ＨＬＡ－Ｃ０７、ＨＬＡ－Ｃ１２、またはＨＬＡ－Ｃ１４分子）を発現するＡＰＣなどの細胞は、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球、例えば、自己ＣＤ８^＋Ｔリンパ球を刺激／増幅するために使用することができる。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチド（またはそれをコードする核酸もしくはベクター）のうちのいずれか１つ、または任意の組み合わせ、ＭＨＣクラスＩ分子およびＴリンパ球、より具体的にはＣＤ８^＋Ｔリンパ球を発現する細胞（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球を含む細胞の集団）を含む、組成物を提供する。

【0067】

実施形態では、組成物は、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または培地（例えば、培養培地）をさらに含む。さらなる実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤および／または培地は、薬学的に許容される緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤および／または培地（培地）である。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤および／または培地」は、生理学的に適合性であり、活性成分の生物活性の有効性を妨げない、対象に対して毒性のない、任意かつすべての溶媒、緩衝液、結合剤、潤滑剤、充填剤、増粘剤、崩壊剤、可塑剤、コーティング剤、バリア層配合物、潤滑剤、安定化剤、放出遅延剤、分散媒、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤などを含む。そのような培地および薬剤を薬学的に活性な物質に使用することは、当該技術分野において周知である（Ｒｏｗｅ ｅｔ ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，２００３，４^ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ ＵＫ）。任意の従来の培地または薬剤が活性化合物（ペプチド、細胞）と適合性がない場合を除き、本開示の組成物におけるそれらの使用が企図される。実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、および／または培地は、天然には存在しない緩衝液、賦形剤、担体、および／または培地である。実施形態では、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチド、または該１つ以上の腫瘍抗原ペプチドをコードする核酸（例えば、ｍＲＮＡ）のうちの１つ以上は、リポソーム、例えば、カチオン性リポソーム内に含まれるか、またはリポソームに複合体化される（例えば、Ｖｉｔｏｒ ＭＴ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｃｅｎｔ Ｐａｔ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ Ｆｏｒｍｕｌ．２０１３ Ａｕｇ；７（２）：９９－１１０を参照されたい）。

【0068】

別の態様では、本開示は、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチド（または該ペプチドをコードする核酸）のうちのいずれか１つ、もしくは任意の組み合わせ、ならびに緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤および／または培地のうちの１つ以上を含む、組成物を提供する。細胞（例えば、ＡＰＣ、Ｔリンパ球）を含む組成物について、組成物は、生存細胞の維持を可能にする好適な培地を含む。そのような培地の代表的な例としては、生理食塩水、Ｅａｒｌ’ｓ平衡塩類溶液（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））、またはＰｌａｓｍａＬｙｔｅ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（登録商標））が挙げられる。実施形態では、組成物（例えば、薬学的組成物）は、「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」または「ワクチン」である。「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」または「ワクチン」という用語は、本明細書で使用される場合、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドまたはワクチンベクターを含み、対象に投与したときにその中に存在する１つ以上の腫瘍抗原ペプチドに対する免疫応答を誘導することができる組成物または製剤を指す。哺乳動物における免疫応答を誘導するためのワクチン接種法は、ワクチン分野において既知の任意の従来の経路によって、例えば、粘膜（例えば、眼、鼻腔内、肺、経口、胃、腸、直腸、膣、または尿路）表面を介して、非経口（例えば、皮下、皮内、筋肉内、静脈内、または腹腔内）経路を介して、または局所投与（例えば、パッチなどの経皮送達システムを介して）によって投与されるワクチンまたはワクチンベクターの使用を含む。実施形態では、腫瘍抗原ペプチド（またはそれらの組み合わせ）を担体タンパク質にコンジュゲートして（コンジュゲートワクチン）、腫瘍抗原ペプチドの免疫原性を増加させる。したがって、本開示は、腫瘍抗原ペプチド（もしくはその組み合わせ）、または腫瘍抗原ペプチドもしくはその組み合わせをコードする核酸、および担体タンパク質を含む組成物（コンジュゲート）を提供する。例えば、腫瘍抗原ペプチドまたは核酸は、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド（例えば、Ｚｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１２，１１４：１７７－２０１）またはポリマー／デンドリマー（例えば、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１３ Ａｕｇ １２；１４（８）：２７９８－８０６を参照されたい）にコンジュゲートまたは複合体化されてもよい。実施形態では、免疫原性組成物またはワクチンは、アジュバントをさらに含む。「アジュバント」とは、抗原（本開示による腫瘍抗原ペプチド、核酸および／または細胞）などの免疫原性剤に添加した場合、混合物への曝露時に宿主内の薬剤への免疫応答を非特異的に向上または増強する物質を指す。現在ワクチンの分野で使用されているアジュバントの例としては、（１）鉱物塩（リン酸アルミニウムおよび水酸化アルミニウムなどのアルミニウム塩、リン酸カルシウムゲル）、スクアレン、（２）油ベースのアジュバント（油エマルションおよび界面活性剤ベースの配合物など）、例えば、ＭＦ５９（マイクロ流動化洗剤安定化水中油型エマルジョン）、ＱＳ２１（精製サポニン）、ＡＳ０２［ＳＢＡＳ２］（水中油型エマルション＋ＭＰＬ＋ＱＳ－２１）、（３）粒子状アジュバント、例えば、ビロソーム（インフルエンザヘマグルチニンを組み込んだ単層リポソームビヒクル）、ＡＳ０４（ＭＰＬを含む［ＳＢＡＳ４］アルミニウム塩）、ＩＳＣＯＭＳ（サポニンおよび脂質の構造複合体）、ポリラクチドコグリコリド（ＰＬＧ）、（４）微生物誘導体（天然および合成）、例えば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、Ｄｅｔｏｘ（ＭＰＬ＋Ｍ．Ｐｈｌｅｉ細胞壁骨格）、ＡＧＰ［ＲＣ－５２９］（合成アシル化単糖類）、ＤＣ＿Ｃｈｏｌ（リポソームへと自己構築することができるリポイド免疫促進物質）、ＯＭ－１７４（リピドＡ誘導体）、ＣｐＧモチーフ（免疫促進性ＣｐＧモチーフを含有する合成オリゴヌクレオチド）、改変ＬＴおよびＣＴ（非毒性アジュバント効果を提供するために遺伝子改変した細菌毒素免疫組織化体）、（５）内因性ヒト免疫調節剤、例えば、ｈＧＭ－ＣＳＦまたはｈＩＬ－１２（タンパク質またはコードされるプラスミドのいずれかとして投与され得るサイトカイン）、Ｉｍｍｕｄａｐｔｉｎ（Ｃ３ｄタンデムアレイ）、および／または（６）金粒子などの不活性ビヒクルなどが挙げられる。

【0069】

実施形態では、腫瘍抗原ペプチドまたはそれを含む組成物は、凍結乾燥された形態である。別の実施形態では、腫瘍抗原ペプチドまたはそれを含む組成物は、液体組成物である。さらなる実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、組成物中、約０．０１μｇ／ｍＬ～約１００μｇ／ｍＬの濃度である。さらなる実施形態では、腫瘍抗原ペプチドは、組成物中、約０．２μｇ／ｍＬ～約５０μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬ～約１０、２０、３０、４０、または５０μｇ／ｍＬ、約１μｇ／ｍＬ～約１０μｇ／ｍＬ、または約２μｇ／ｍＬの濃度である。

【0070】

本明細書に記載されるように、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドのうちのいずれか１つ、もしくは任意の組み合わせを装填するか、またはそれに結合するＭＨＣクラスＩ分子を発現するＡＰＣなどの細胞は、インビボまたはエクスビボでＣＤ８＋Ｔリンパ球を刺激／増幅するために使用され得る。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に記載のＭＨＣクラスＩ分子／腫瘍抗原ペプチド複合体と相互作用または結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）、およびそのようなＴＣＲ分子をコードする核酸分子、ならびにそのような核酸分子を含むベクターを提供する。本開示によるＴＣＲは、好ましくはインビトロまたはインビボで、生細胞の表面で、ＭＨＣクラスＩ分子上に装填されるか、またはＭＨＣクラスＩ分子によって提示される腫瘍抗原ペプチドと特異的に相互作用または結合することができる。ＴＣＲ、特に本開示のＴＣＲをコードする核酸は、例えば、ＭＨＣクラスＩ／腫瘍抗原ペプチド複合体を特異的に認識する新しいＴリンパ球クローンを生成する、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）または他のタイプのリンパ球を遺伝的に形質転換／改変するために適用され得る。特定の実施形態では、患者から得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）は、腫瘍抗原ペプチドを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞は、患者に投与される（自己細胞輸血）。特定の実施形態では、ドナーから得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）は、腫瘍抗原ペプチドを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞は、レシピエントに投与される（同種細胞輸血）。別の実施形態では、本開示は、Ｔリンパ球、例えば、腫瘍抗原ペプチド特異的ＴＣＲをコードするベクターまたはプラスミドによって形質転換／トランスフェクトされたＣＤ８^＋Ｔリンパ球を提供する。さらなる実施形態では、本開示は、腫瘍抗原ペプチド特異的ＴＣＲで形質転換された自己または同種細胞を用いて患者を治療する方法を提供する。さらに別の実施形態では、がんの治療のための自己または同種細胞の製造における腫瘍抗原特異的ＴＣＲの使用が提供される。

【0071】

いくつかの実施形態では、本開示の組成物（例えば、薬学的組成物）で治療される患者は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＬ）、同種リンパ球注入または自己リンパ球注入による治療の前または後に治療される。本開示の組成物は、腫瘍抗原ペプチドに対してエクスビボで活性化された同種Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）、腫瘍抗原ペプチドを装填した同種もしくは自己ＡＰＣワクチン、腫瘍抗原ペプチドワクチンおよび腫瘍抗原特異的ＴＣＲで形質転換した同種もしくは自己Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）またはリンパ球を含む。本開示による腫瘍抗原ペプチドを認識することができるＴリンパ球クローンを提供するための方法は、対象（例えば、移植片レシピエント）、例えば、ＡＳＣＴおよび／またはドナーリンパ球注入（ＤＬＩ）レシピエントにおいて、腫瘍抗原ペプチドを発現する腫瘍細胞のために生成されてもよく、それを特異的に標的とすることができる。したがって、本開示は、腫瘍抗原ペプチド／ＭＨＣクラスＩ分子複合体を特異的に認識または結合することができるＴ細胞受容体をコードおよび発現するＣＤ８^＋Ｔリンパ球を提供する。該Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球）は、組換え（操作された）または自然選択されたＴリンパ球であり得る。したがって、本明細書は、インビトロまたはインビボで行われ得る（すなわち、ＡＰＣが腫瘍抗原ペプチドが装填されているＡＰＣワクチンを投与された患者において、または腫瘍抗原ペプチドが投与された患者において行われ得る）Ｔ細胞活性化および増殖を引き起こすのに有利な条件下で、未分化リンパ球を腫瘍抗原ペプチド／ＭＨＣクラスＩ分子複合体（典型的には、ＡＰＣなどの細胞の表面で発現される）と接触させる工程を含む、本開示のＣＤ８^＋Ｔリンパ球を産生するための少なくとも２つの方法を提供する。ＭＨＣクラスＩ分子に結合した腫瘍抗原ペプチドの組み合わせまたはプールを使用して、複数の腫瘍抗原ペプチドを認識することができる集団ＣＤ８^＋Ｔリンパ球を生成することが可能である。あるいは、腫瘍抗原特異的または標的化Ｔリンパ球は、ＭＨＣクラスＩ分子／腫瘍抗原ペプチド複合体（すなわち、操作されたまたは組換えＣＤ８^＋Ｔリンパ球）に特異的に結合するＴＣＲ（より具体的には、α鎖およびβ鎖）をコードする１つ以上の核酸（遺伝子）をクローニングすることによって、インビトロまたはエクスビボで産生され／生成され得る。本開示の腫瘍抗原ペプチド特異的ＴＣＲをコードする核酸は、当該秘術分野において既知の方法を使用して、腫瘍抗原ペプチドに対してエクスビボで活性化されたＴリンパ球（例えば、腫瘍抗原ペプチドを装填したＡＰＣ）、またはペプチド／ＭＨＣ分子複合体に対する免疫応答を示す個体から得ることができる。本開示の腫瘍抗原ペプチド特異的ＴＣＲは、宿主細胞および／または移植片レシピエントもしくは移植片ドナーから得られた宿主リンパ球において組換え的に発現され、任意にインビトロで分化して、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を提供し得る。ＴＣＲαおよびβ鎖をコードする核酸（導入遺伝子）は、トランスフェクション（例えば、電気穿孔法）または形質導入（例えば、ウイルスベクターを使用）などの任意の好適な方法を使用して、（例えば、治療される対象または別の個体から）Ｔ細胞に導入されてもよい。腫瘍抗原ペプチドに特異的なＴＣＲを発現する操作されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球は、周知の培養方法を使用してインビトロで増殖され得る。

【0072】

本開示は、腫瘍抗原ペプチド（すなわち、細胞表面で発現されるＭＨＣクラスＩ分子に結合した腫瘍抗原ペプチド）、または腫瘍抗原ペプチドの組み合わせによって特異的に誘導され、活性化され、かつ／または増幅される（増殖される）単離されたＣＤ８^＋Ｔリンパ球を提供する。本開示はまた、本開示による、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせを認識することができるＣＤ８^＋Ｔリンパ球（すなわし、ＭＨＣクラスＩ分子に結合した１つ以上の腫瘍抗原ペプチド）および該腫瘍抗原ペプチドを含む組成物を提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に記載の１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／腫瘍抗原ペプチド複合体を特異的に認識するＣＤ８^＋Ｔリンパ球を濃縮した細胞集団または細胞培養物（例えば、ＣＤ８^＋Ｔリンパ球集団）を提供する。かかる濃縮された集団は、本明細書に開示される腫瘍抗原ペプチドのうちの１つ以上を装填した（例えば、提示する）ＭＨＣクラスＩ分子を発現するＡＰＣなどの細胞を使用して、特異的Ｔリンパ球のエクスビボ増殖を実施することによって得ることができる。本明細書で使用される「濃縮された」は、集団における腫瘍抗原特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の割合が、細胞の天然集団と比較して、すなわち、特異的Ｔリンパ球のエクスビボ増殖の工程に供されていないものよりも顕著に高いことを意味する。さらなる実施形態では、細胞集団における腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の割合は、少なくとも約０．５％、例えば、少なくとも約０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、１．５％、２％または３％である。いくつかの実施形態では、細胞集団中の腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の割合は、約０．５～約１０％、約０．５～約８％、約０．５～約５％、約０．５～約４％、約０．５～約３％、約１％～約５％、約１％～約４％、約１％～約３％、約２％～約５％、約２％～約４％、約２％～約３％、約３％～約５％または約３％～約４％である。目的の１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ペプチド（腫瘍抗原ペプチド）複合体を特異的に認識する、ＣＤ８＋Ｔリンパ球を濃縮したかかる細胞集団または培養物（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球集団）は、以下に詳述するように、腫瘍抗原ベースのがん免疫療法において使用され得る。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の集団は、例えば、本明細書に定義される腫瘍抗原ペプチドを（共有結合的にまたは非共有結合的に）装填したＭＨＣクラスＩ分子の多量体を使用して、さらに濃縮される。したがって、本開示は、例えば、腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の割合が、少なくとも約３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の精製または単離された集団を提供する。

【0073】

本開示はさらに、医薬品として、または医薬品の製造における、本開示による、いずれかの腫瘍抗原ペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／または組成物、またはそれらの任意の組み合わせの使用に関する。実施形態では、医薬品は、がんの治療のためのものであり、例えば、がんワクチンである。本開示は、例えばがんワクチンとしてがんの治療に使用するための、本開示による任意の腫瘍抗原ペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／または組成物（例えば、ワクチン組成物）、またはそれらの任意の組み合わせに関する。本明細書で特定される腫瘍抗原ペプチド配列は、ｉ）腫瘍患者に注射される腫瘍抗原特異的Ｔ細胞のインビトロプライミングおよび増殖のために使用される、および／またはｉｉ）がん患者における抗腫瘍Ｔ細胞応答を誘導または増強するためのワクチンとして使用される、合成ペプチドの産生のために使用され得る。

【0074】

別の態様では、本開示は、対象においてがんを治療するためのワクチンとして、本明細書に記載される腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせ（例えば、ペプチドプール）の使用を提供する。本開示はまた、対象においてがんを治療するためのワクチンとして、本明細書に記載される腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせ（例えば、ペプチドプール）の使用を提供する。実施形態では、対象は、腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８^＋Ｔリンパ球のレシピエントである。したがって、別の態様では、本開示は、がんを治療する方法（例えば、腫瘍細胞の数を減少させること、腫瘍細胞を死滅させること）を提供し、該方法は、有効量の、１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／腫瘍抗原ペプチド複合体（ＡＰＣなどの細胞の表面で発現された）を認識する（すなわち、それに結合するＴＣＲを発現する）ＣＤ８^＋Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与する（注入する）ことを含む。実施形態では、方法は、該ＣＤ８^＋Ｔリンパ球の投与／注入後に、有効量の、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせ、ならびに／または腫瘍抗原ペプチドを装填したＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞（例えば、樹状細胞などのＡＰＣ）を該対象に投与することをさらに含む。さらに別の実施形態では、方法は、治療有効量の、１つ以上の腫瘍抗原ペプチドを装填した樹状細胞を、それを必要とする対象に投与することを含む。なおさらなる実施形態では、方法は、有効量の、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示される腫瘍抗原ペプチドに結合する組換えＴＣＲを発現する同種または自己細胞を、それを必要とする患者に投与することを含む。

【0075】

別の態様では、本開示は、対象のがんを治療する（例えば、腫瘍細胞の数を減少させ、腫瘍細胞を死滅させる）ための、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせを装填した（提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８^＋Ｔリンパ球の使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象のがんを治療する（例えば、腫瘍細胞の数を減少させ、腫瘍細胞を死滅させる）ための医薬品の調製／製造のための、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせを装填した（提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８^＋Ｔリンパ球の使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象のがんを治療において使用するための（例えば、腫瘍細胞の数を減少させ、腫瘍細胞を死滅させるための）、腫瘍抗原ペプチド、またはそれらの組み合わせを装填した（提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８^＋Ｔリンパ球（細胞傷害性Ｔリンパ球）を提供する。さらなる実施形態では、使用は、該腫瘍抗原ペプチド特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の使用後の、有効量の、腫瘍抗原ペプチド（もしくはそれらの組み合わせ）、および／または腫瘍抗原ペプチドを装填（提示）した１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞（例えば、ＡＰＣ）の使用をさらに含む。

【0076】

本開示はまた、本明細書に開示される腫瘍抗原ペプチドのいずれかまたはそれらの組み合わせを装填したヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫応答を対象において生じさせる方法を提供し、方法は、腫瘍抗原ペプチドまたは腫瘍抗原ペプチドの組み合わせを装填したクラスＩ ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞傷害性Ｔリンパ球を投与することを含む。本開示はまた、腫瘍抗原ペプチドまたはそれらの組み合わせを装填したヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫応答を生じさせるための、本明細書に開示される腫瘍抗原ペプチドまたは腫瘍抗原ペプチドの組み合わせのいずれかを装填したクラスＩ ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞傷害性Ｔリンパ球の使用も提供する。

【0077】

実施形態では、本明細書に記載の方法または使用は、治療／使用の前に患者によって発現されるＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を決定することと、患者によって発現されるＨＬＡクラスＩ対立遺伝子のうちの１つ以上に結合する腫瘍抗原ペプチドを投与または使用することと、をさらに含む。例えば、患者がＨＬＡ－Ａ２＊０１、ＨＬＡ－Ｂ１４＊０１およびＨＬＡ－Ｃ０５＊０１を発現すると判定される場合、（ｉ）配列番号１４、１７、４５、４８、５１、５６、７５、７７、８２、９８および／または１００（ＨＬＡ－Ａ２＊０１に結合する）、（ｉｉ）配列番号５３（ＨＬＡ－Ｂ１４＊０１に結合する）、および／または（ｉｉｉ）配列番号２７（ＨＬＡ－Ｃ０５＊０１に結合する）の腫瘍抗原ペプチドの任意の組み合わせが、患者に投与または使用され得る。

【0078】

実施形態では、がんは固形がん、好ましくは卵巣がんである。実施形態では、卵巣がんは、卵巣がん腫である。実施形態では、卵巣がんは、上皮がん、漿液性がん、小細胞がん、原発性腹膜がん、明細胞がんもしくは腺がん、子宮内膜腺がん、悪性混合ミュラー腫瘍、粘液腺がんもしくは嚢胞腺がん、悪性ブレナー腫瘍、移行上皮がん、性索間質腫瘍、顆粒細胞腫瘍、セルトリ・ライディッグ腫瘍、生殖細胞腫瘍、未分化胚細胞腫、絨毛腫瘍、未熟（充実性）奇形腫もしくは成熟奇形腫瘍、卵黄嚢腫瘍、扁平上皮がん、または二次性卵巣がんである。実施形態では、卵巣がんは、Ｉ型卵巣がん腫である。別の実施形態では、卵巣がんは、ＩＩ型卵巣がんである。実施形態では、卵巣がんは、漿液性がんである。さらなる実施形態では、漿液性がんは、高悪性度漿液性がん（ＨＧＳＣ）である。実施形態において、卵巣がんは、Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩまたはＩＶ期卵巣がんである。

【0079】

実施形態では、本開示による腫瘍抗原ペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／または組成物、またはそれらの任意の組み合わせは、化学療法（例えば、ビンカアルカロイド、微小管形成を妨げる薬剤（例えば、コルヒチンおよびその誘導体）、抗血管新生剤、治療用抗体、ＥＧＦＲ標的化剤、チロシンキナーゼ標的化剤（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤）、遷移金属錯体、プロテアソーム阻害剤、代謝拮抗剤（例えば、ヌクレオシド類似体）、アルキル化剤、白金系薬剤、アントラサイクリン抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、マクロライド、レチノイド（例えば、すべてのトランスレチノイン酸またはその誘導体）、ガルダミンまたはその誘導体（１７－ＡＡＧ）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ－１／－ＰＤ－Ｌ１阻害剤およびＣＴＬＡ－４阻害剤、Ｂ７－１／Ｂ７－２阻害剤）抗体、細胞に基づく療法（例えば、ＣＡＲ Ｔ細胞）などの、がんを治療するために、１つ以上の追加の活性薬剤または療法と組み合わせて使用してもよい。実施形態では、本開示による腫瘍抗原ペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／または組成物は、免疫チェックポイント阻害剤と組み合わせて投与／使用される。

【実施例】

【0080】

本開示は、以下の非限定的な実施例によってさらに詳細に例示される。

【0081】

実施例１：材料および方法
ヒトＨＧＳＣ試料。ＨＧＳＣ１～６の腫瘍断片およびＨＧＳＣ１～３の整合した正常隣接組織は、Ｔｉｓｓｕｅ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（Ｇｌａｓｇｏｗ、ＧＢ）から入手した。腫瘍組織（ＯＶ６０６）または腹水（ＯＶ６３３およびＯＶ６４２）は、Ｐｒｉｎｃｅｓｓ Ｍａｒｇａｒｅｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｇｉｓｔｒｙ（Ｔｏｒｏｎｔｏ，ＯＮ，Ｃａｎａｄａ）から入手した。急速凍結（ｓｎａｐ ｆｒｏｚｅｎ）試料を、ＲＮＡ抽出およびＭＨＣＩ関連ペプチド単離に使用した。ＯｖＣａ４８～１１４のＲＮＡシーケンシングデータを、ＰＲＪＮＡ３９８１４１というプロジェクトの下で、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｒｅａｄ Ａｒｃｈｉｖｅからダウンロードし、ｆａｓｔｑファイルに変換し、他の試料と同様に処理した。このコホート内の試料のＭＳ生データを、識別子ＰＸＤ００７６３５のＰＲＩＤＥパートナーを介してＰｒｏｔｅｏｍｅＸｃｈａｎｇｅコンソーシアムからダウンロードした。各試料のＨＬＡタイピングは、デフォルトパラメータ（２４）を用いたＯｐｔｉＴｙｐｅ（商標）ｖ１．０を用いたＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）データから得た。試料情報を表１に提示する。

【表1】

【0082】

ＲＮＡ抽出および配列決定。ＨＧＳＣ１～６については、ＡｌｌＰｒｅｐ（登録商標）ＤＮＡ／ＲＮＡ／ｍｉＲＮＡユニバーサルキット（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、製造業者の推奨に従って総ＲＮＡを単離した。ＯＶ６０６、ＯＶ６３３、およびＯＶ６４２については、ＴＲＩｚｏｌ（登録商標）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して総ＲＮＡを単離した。各試料のＲＮＡを２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（登録商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）で評価して、ＲＩＮ＞６であること確認し、それを使用して、試料当たりＲＮＡ－Ｓｅｑの複製を１回実行した。ＫＡＰＡ標準ｍＲＮＡ－Ｓｅｑ Ｋｉｔを使用して、ｐｏｌｙＡリッチｍＲＮＡからｃＤＮＡライブラリを調製した。ライブラリをさらに増幅し、ＨｉＳｅｑ（登録商標）２０００またはＩｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑ（登録商標）５００でのペアエンドＲＮＡ－Ｓｅｑに使用し、１試料当たり１億５０００～３億リードを得た。

【0083】

ＭＳ分析のためのカスタマイズされた参照データベースの生成。各試料について、カスタマイズされた「グローバルがんデータベース」を、前述のように（１５および米国仮出願第６２／７２４，７６０号）、「カノニカルがんプロテオーム」および「がん特異的プロテオーム」の２つのモジュールを連結することによって生成した。簡単に述べると、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ ｖ０．３５（２５）を使用して、ＲＮＡ－Ｓｅｑのリードをアダプターおよび低品質３’塩基をトリミングした。カノニカルがんプロテオームを生成するために、トリミングされたリードを、ＳＴＡＲ ｖ２．５．１ｂを使用して参照ヒトゲノムバージョンＧＲＣｈ３８．８８にアラインした。転写物の発現は、デフォルトパラメータを使用して、ｋａｌｌｉｓｔｏ ｖ０．４３．０を用いて、百万個当たりの転写物数（ｔｐｍ）で定量化した。ヌクレオチド変異体を、ＦｒｅｅＢａｙｅｓ（２６）を使用して特定し、ｐｙＧｅｎｏ（２７）に対する入力としてアグノスティック（ａｇｎｏｓｔｉｃ）一塩基多型ファイルフォーマットに変換した。次いで、各試料の試料特異的プロテオームを、参照ゲノムに単一塩基変異体（ＦｒｅｅＢａｙｅｓクオリティ＞２０）を挿入することによって、ｐｙＧｅｎｏで構築した。発現タンパク質の試料特異的配列（ｔｐｍ＞０）を、ｆａｓｔａフォーマットでカノニカルがんプロテオームに添加した。

【0084】

がん特異的プロテオームを生成するために、トリミングされたＲ１リードをＦＡＳＴＸ－Ｔｏｏｌｋｉｔバージョン０．０．１４を使用して逆相補的にし、トリミングされたＲ２リードと共に３３ヌクレオチド長および２４ヌクレオチド長のｋ－ｍｅｒデータベースを生成するために使用した。配列決定エラーを除外し、データベースサイズを制限するために、下記のように最小ｋ－ｍｅｒの発生の試料特異的閾値を、３３ヌクレオチドに対して適用した：ＨＧＳＣ１～３については７、ＯＶ６４２については８、ＯＶ６３３については１０、ＨＧＳＣ４およびＯＶ６０６については４、ＨＧＳＣ５については６、ＨＧＳＣ６については５、ＯｖＣａ４８～１１４については３。ヒト胸腺上皮細胞（ＴＥＣ）で発現されたｋ－ｍｅｒを減算してがん特異的ｋ－ｍｅｒを得た後、ＮＥＫＴＡＲ（社内で開発されたソフトウェア、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｉｒｉｃ－ｓｏｆｔ／ｎｅｋｔａｒ）のｋｍｅｒ＿ａｓｓｅｍｂｌｙツールによってより長い配列（コンティグ）に組み立てた。コンティグ＞３４ヌクレオチド長を３フレーム翻訳してアミノ酸配列とし、内部終止コドンで分割した。得られた少なくとも８つのアミノ酸長の連鎖は、関連するがん特異的プロテオームに含まれた。

【0085】

ＭＡＰの単離。腫瘍および組織試料を小片（立方体、サイズ約３ｍｍ）に切断し、タンパク質阻害剤カクテル（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号Ｐ８３４０－５ｍｌ）を含有する氷冷ＰＢＳ ５ｍｌを添加した。最初に、速度２００００ｒｐｍに設定したＵｌｔｒａ Ｔｕｒｒａｘ（商標）Ｔ２５ホモジナイザー（ＩＫＡ－Ｌａｂｏｒｔｅｃｈｎｉｋ）を使用して２０秒間、次いで、速度２５，０００ｒｐｍに設定したＵｌｔｒａ Ｔｕｒｒａｘ（商標）Ｔ８ホモジナイザー（ＩＫＡ－Ｌａｂｏｒｔｅｃｈｎｉｋ）を使用して２０秒間、２回均質化した。次いで、５５０μｌの氷冷１０倍溶解緩衝液（５％ｗ／ｖのＣＨＡＰＳ）を各試料に添加した。４℃でタンブリングしながら６０分間インキュベーションした後、試料を１００００ｇで、４℃にて３０分間遠心分離した。上清を、１ｍｇのＷ６／３２抗体共有結合タンパク質Ａ磁気ビーズを含有する新しいチューブに移し、ＭＡＰを前述のように（２８）免疫沈降させた。次いで、ＭＡＰ抽出物を、Ｓｐｅｅｄ－Ｖａｃを使用して乾燥させ、ＭＳ分析の前に凍結したままにした。

【0086】

ＭＳ分析。乾燥したペプチド抽出物を０．２％のギ酸に再懸濁した。ペプチド抽出物を、自家製のＣ１８分析カラム（Ｃ１８ Ｊｕｐｉｔｅｒ Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ（商標）を充填した１５ｃｍ×１５０μｍの内径）に、０～３０％のアセトニトリル（０．２％のギ酸）からの５６分間の勾配と、Ｅａｓｙ－ｎＬＣ ＩＩシステム上で６００ｎｌ．分^－１の流速で充填した。試料を、Ｑ－Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）ＨＦ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で分析した。６０，０００分解能で取得された各完全ＭＳスペクトルの後に、２０個のＭＳ／ＭＳスペクトルが続き、３０，０００の分解能、５×１０^４の自動ゲイン制御ターゲット、１００ｍｓの注入時間、および２５％の衝突エネルギーを有するＭＳ／ＭＳ配列決定のために最も豊富な多価イオンを選択した。ＨＧＳＣ４～６については、６０，０００分解能で取得された各完全ＭＳスペクトルの後に、２０個のＭＳ／ＭＳスペクトルが続き、３０，０００の分解能、２×１０^４の自動ゲイン制御ターゲット、８００ｍｓの注入時間、および２５％の衝突エネルギーを有するＭＳ／ＭＳ配列決定のために最も豊富な多価イオンを選択した。

【0087】

ＭＡＰの特定。ＰＥＡＫＳ ８．５またはＰｅａｋｓ Ｘ（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ Ｉｎｃ．）を使用してペプチドを特定し、グローバルがんデータベースに対してペプチド配列を検索した。ペプチドの特定については、前駆イオンおよびフラグメントイオンの許容度をそれぞれ１０ｐｐｍおよび０．０１Ｄａに設定した。Ｓｃｈｕｓｔｅｒらからの試料（１３）については、前駆イオンおよびフラグメントイオンの許容度をそれぞれ５ｐｐｍおよび０．５Ｄａに設定した。酸化（Ｍ）および脱アミド（ＮＱ）の発生を、翻訳後修飾として見なされた。ＭＡＰのリストがデコイ特定の５％のみを含むことを保証するために、試料に固有の閾値をＰＥＡＫＳスコアに適用した。この閾値を超えたペプチドを、以下の基準に従ってさらにフィルタ処理した：ペプチド長８～１１個のアミノ酸、およびＮｅｔＭＨＣ４．０の予測に基づいたＭＨＣ対立遺伝子親和性ランク≦２％（２９）。

【0088】

ＴＳＡ候補の特定および検証。ＴＳＡ候補を特定するために、各ＭＡＰおよびそのコード配列を、それぞれ、関連するがんおよび正常なカノニカルプロテオーム、またはがんおよび正常な２４ヌクレオチド長のｋ－ｍｅｒデータベースに問い合わせた（ｑｕｅｒｉｅｄ）。通常のカノニカルプロテオームおよび通常の２４ヌクレオチド長のｋ－ｍｅｒデータベースを、６つのヒト胸腺（ｔｈｙｍｅ）から採取した精製ＴＥＣからのＲＮＡ－Ｓｅｑのリードを用いて構築した（１５および米国仮出願第６２／７２４，７６０号）。ＭＡＰは、２つの場合：ｉ）試料の正常なカノニカルプロテオームにおいても、正常な（すなわち、ＴＥＣ）ｋ－ｍｅｒにおいてもペプチド配列が検出されなかった場合か、またはｉｉ）ペプチドが、がんおよび正常なカノニカルプロテオームの両方に存在せず、それらのＲＮＡコード配列が、ＴＥＣと比較して、がん細胞において少なくとも１０倍過剰発現された場合に、ＴＳＡ候補としてラベル付けされた。ＭＡＰがいくつかのＲＮＡ配列に対応する場合、それは、すべての配列がＴＳＡ候補ステータスと一致している場合にのみ、ＴＳＡ候補として見なされた。すべてのＴＳＡ候補のＭＳ／ＭＳスペクトルを手動で検証し、いかなる偽の特定も除去した。ＭＳによって区別可能であったＲＮＡデータによって支持されるＩ／Ｌ変異体を有するＴＳＡ候補について、最も発現された変異体がＴＳＡ候補である場合、両方の変異体をさらに検査した。

【0089】

最後に、参照ゲノム（ＧＲＣｈ３８）上のＭＡＰコード配列を含むマッピングリードをＢＬＡＴ（ＵＣＳＣゲノムブラウザ）を使用してマッピングすることによって、ゲノム位置をすべてのＭＳ検証済みＴＳＡ候補に割り当てた。超可変領域（ＨＬＡ、ＩｇまたはＴＣＲ遺伝子）にマッチしたリードのＴＳＡ候補を除外した。ＴＳＡ候補は、ＭＡＰコード配列に、既知の生殖細胞系列多型（ｄｂＳＮＰ ｖ１４９で報告）と一致しない変異体を含有する場合、ｍＴＳＡとして分類した。非変異候補をａｅＴＳＡ候補として分類し、正常な組織および臓器におけるそれらの発現のさらなる評価に供した。

【0090】

ａｅＴＳＡ候補をコードする配列の組織発現。２７種の異なる組織のＲＮＡ－Ｓｅｑデータを、Ｇｅｎｏｔｙｐｅ－Ｔｉｓｓｕｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥｘ）ポータルからダウンロードし（２０１８年４月１６日にアクセスされたｐｈｓ０００４２４．ｖ７．ｐ２）、前述（１５）のように、ａｅＴＳＡ候補のコード配列の発現を評価するために使用した。ＲＮＡ－Ｓｅｑデータは、子宮頸部（ｎ＝６）、卵管（ｎ＝７）、脂肪組織（ｎ＝４９）、膀胱（ｎ＝１２）、および腎臓（ｎ＝３８）を除けば、５０人のドナーから得た。この研究で使用したＧＴＥｘデータセットの登録番号を表２に列挙した。簡単に述べると、ＭＡＰコード配列を完全にカバーするリードの数は、各組織のＲＮＡ－Ｓｅｑリードから形質転換された２４－ｍｅｒのデータベース中のＭＡＰコード配列の２４－ｍｅｒセットの最小出現によって推定した。リードカウントを、配列決定された１億回当たりのリード（ｒｐｈｍ）に正規化し、さらに対数変換し（ｌｏｇ_１０（ｒｐｈｍ＋１））、各組織に対して利用可能なすべてのＲＮＡ－Ｓｅｑ実験にわたって平均化した。ＭＨＣ^低組織（脳皮質、神経、および精巣）以外の組織においてｒｐｈｍ＞１０で末梢発現を示さないａｅＴＳＡ候補を、真正なａｅＴＳＡと見なした。

【表2-1】

【表2-2】

【表2-3】

【表2-4】

【0091】

ＴＳＡコード領域の発現．ＴＳＡコード領域のＲＮＡ発現は、ＴＳＡコード鎖上のＴＳＡコード領域と重複するすべてのリードのカウントとして、パラメータ配向＝「同じ」のＲパッケージ『ＱｕａｓＲ』（３０）の『ｑＣｏｕｎｔ』関数を使用して、マッピングされたＢＡＭファイルから定量化した。カウントを、マッピングされた１億リード当たりのリード数に正規化した。ａｅＴＳＡ発現分析では、周囲の配列の前後関係（ｃｏｎｔｅｘｔ）がａｅＴＳＡ発現に影響を及ぼし得るため、個々のａｅＴＳＡがマッピングされたユニーク領域を具体的に分析した。

【0092】

ＴＣＧＡからの臨床およびゲノムデータ。ＨＭ２７メチル化のためのｈｇ３８、ＤＮＡコピー数変異、ＲＮＡ－Ｓｅｑ遺伝子発現、ならびに臨床データを用いて処理および正規化したレベル３データを、Ｒパッケージ『ＴＣＧＡｂｉｏｌｉｎｋｓ』（３１）を使用してＴＣＧＡオープンアクセスデータベースからダウンロードした。腕レベルＤＮＡコピー数変化を、Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ＴＣＧＡゲノムデータ分析センター（ｄｏｉ：１０．７９０８／Ｃ１Ｐ８４Ｂ９Ｑ）からダウンロードした。

【0093】

免疫細胞スコア。免疫細胞集団を表す免疫細胞スコアを、ＲＮＡ－Ｓｅｑデータに基づいて推定した。各腫瘍について、スコアを、Ｄａｎａｈｅｒら（３２）によって説明されるように、それらのマーカー遺伝子の対数変換されたＦＰＫＭ値の平均として推定した。

【0094】

ａｅＴＳＡ提示の頻度。個々の患者によって提示されるａｅＴＳＡの数を推定するために、バイオインフォマティクスシミュレーションを実施した。この推定は２つのパラメータに基づいていた。第一に、ａｅＴＳＡ発現の可能性は、ＴＣＧＡ－ＯＶコホートにおける対応するＲＮＡを発現する腫瘍の割合に基づいていた。生殖細胞系ＳＮＰを含有するａｅＴＳＡについて、以下のように発現尤度を計算した。（ａｅＴＳＡを発現するＴＣＧＡ腫瘍の割合）×（所与の集団におけるＳＮＰ頻度）ＳＮＰ頻度は、Ｇｅｎｏｍｅ Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅから入手した。第二に、ヨーロッパ系アメリカ人集団（ｎ＝１２４２８９０）、アフリカ系アメリカ人（ｎ＝４１６５８１）および中国人（ｎ＝９９６７２）について、米国骨髄バンク（ＮＭＤＰ）からＨＬＡ対立遺伝子頻度を取得した。次に、患者のＨＬＡ遺伝子型を、所与の集団における報告された頻度に基づいて、６つのＨＬＡクラスＩ対立遺伝子でシミュレートした。６つのＨＬＡ対立遺伝子が独立した事象であると仮定されたため、いくつかのＨＬＡ遺伝子座は、模擬患者においてホモ接合であった。ａｅＴＳＡと関連するＨＬＡ対立遺伝子の両方が発現されたときに、ａｅＴＳＡが模擬患者に提示されると見なされた。各ａｅＴＳＡの発現は、同じ重複群について発現状態が１回のみシミュレートされた重複ａｅＴＳＡを除いて、独立した事象であると考えられた。１００万人の模擬患者とそのａｅＴＳＡ提示ステータスを３つの集団ごとに生成し、分布をプロットするために使用した。

【0095】

統計分析およびデータ可視化。分析および数値は、Ｒ ｖ３．５．１またはＰｙｔｈｏｎ ｖ２．７．６を使用して行った。Ｒ中の『ｇｐｌｏｔｓ』パッケージを使用して、腫瘍におけるＴＳＡコード領域発現のヒートマップを生成した。相関試験は、別段の指示がない限り、スピアマンの方法を用いて、Ｒ関数『ｃｏｒ．ｔｅｓｔ』を用いて行った。分布の比較を伴う検定をＡＮＯＶＡ検定で行い、群間のペアワイズ比較を、ウルコクソンの順位和検定により実施した。生存期間分析のログランクＰ値を『ｓｕｒｖｉｖａｌ』パッケージで計算した。

【0096】

実施例２：プロテオゲノム分析は、２３のＨＧＳＣにおける１１１のＴＳＡを特定する。
ＴＳＡランドスケープのシステムレベルの特性評価を得るために、高スループットタンデムＭＳ（ＭＳ／ＭＳ）分析（３４～３６）を用いた直接ＭＡＰ特定を実施した。現在の検索エンジンは、各獲得されたＭＳ／ＭＳスペクトルをペプチド配列と一致させるために、ユーザー定義のタンパク質データベースに依存する（３７）。したがって、被験試料中のペプチドは、その配列が参照データベースに含まれる場合にのみ検索エンジンによって特定することができる。ＵｎｉＰｒｏｔなどの一般参照タンパク質データベースは、試料特異的変異、フレーム外翻訳事象、および非エクソン配列を含有しないため、すべてのゲノム領域によってコード化されたＴＳＡを捕捉するための探索は、各腫瘍について腫瘍特異的翻訳生成物を含有するカスタマイズされたデータベースの構築を必要とする。したがって、最近記載されたプロテオゲノムアプローチ（１５）を使用して、分析された各試料のＲＮＡ－Ｓｅｑ読み取りからカスタマイズされた検索データベースを構築した。そのようなカスタマイズされたデータベースは、２つのモジュール：カノニカルプロテオーム（エクソンのフレーム内翻訳）およびがん特異的プロテオームを含有し、これは、（ＴＥＣからの）正常なＲＮＡ配列の減算後のがん特異的ＲＮＡ配列の３フレーム翻訳である（図１）。ＴＥＣは、ｉ）未成熟Ｔ細胞の発生中に免疫寛容を確立する上でのそれらの重要な役割（すなわち、中水性寛容）、およびｉｉ）他のタイプの体細胞よりも多くの転写産物を乱交的に発現する顕著な能力（３８）の２つの理由により、正常対照として使用した。９つの原発性ＨＧＳＣ試料からのＭＡＰを、ＭＨＣ Ｉ分子の免疫沈降によって得た後、液体クロマトグラフィー－ＭＳ／ＭＳ（１５、２８）によって分析した。Ｓｃｈｕｓｔｅｒら（１３）によって報告された１４個のＨＧＳＣの追加コホートの免疫ペプチド血症データも、一致するＲＮＡ－ＳｅｑおよびＭＳデータが利用可能な試料に本明細書に記載されるプロテオゲノミックアプローチを適用することによって再分析した。ＴＳＡ候補の各々を、スペクトルおよびゲノム位置の手動検証によって確認した。

【0097】

ｄｂＳＮＰに存在しない重複ゲノム変異体の候補は、生殖細胞系列多型を表す可能性が低く、したがってｍＴＳＡとしてラベル付けした。このような分類は、分析した２３個の試料から１８個のｍＴＳＡを得た（表３Ａ）。これらのｍＴＳＡは、いずれも以前に報告されていない。１８個のｍＴＳＡのうち、７個はフレーム内エクソン翻訳から生じ、４個はフレーム外エクソン翻訳から生じ、８個は非コード配列から生じた。３つの腫瘍について、整合した正常組織が利用可能であり、ＲＮＡ－Ｓｅｑ分析は、ｍＴＳＡ変異体が生殖細胞系列多型ではないことを確認した（図８Ａ～図８Ｂ）。正常組織が整合しない腫瘍の場合、いくつかのｍＴＳＡがｄｂＳＮＰに存在しない希少な多型に対応する可能性があることは、正式に除外することはできない。ｍＴＳＡの数がわずかに過大評価され得る可能性は、腫瘍当たり１つ未満のｍＴＳＡ（１８個のｍＴＳＡ／２３個の腫瘍）では、ｍＴＳＡはＨＧＳＣにおいて稀であり、したがって、あまり魅力がない標的を表すという結論を強固にするだけである。さらに、古典的なＴＳＡ発見方法は、フレーム内エクソン翻訳から生じるｍＴＳＡに厳密に焦点を当てているため、それらは、本明細書に報告されている１１１個のＴＳＡのうちの７個のみを明らかにするであろう。

【表3】

【0098】

非変異ＴＳＡ候補について、厳密な基準を適用して、純粋なａｅＴＳＡ、すなわち、その発現ががん特異的であるものを特定した。これを受けて、ヒトの全身にわたる２７個の末梢組織におけるそれらのＲＮＡ発現を分析した。ＭＨＣ^低組織（脳、神経、精巣）以外の任意の末梢組織においてコードＲＮＡが発現されたすべての候補（ｒｐｈｍ＞１０）を、ａｅＴＳＡリストから除外した。ａｅＴＳＡ候補のコード配列が生殖細胞系列一塩基多型を含有する場合（ｄｂＳＮＰにおいて報告されている）、この候補は、ＳＮＰ含有配列および参照配列が上記基準を満たす場合にのみ、有効なａｅＴＳＡとしてラベル付けした（図９）。全体として、９３個のａｅＴＳＡ候補は、これらの厳格な基準を満たし（図２、表３Ｂおよび表３Ｃ）、そのうち、８５個は、我々の知る限り報告されたことがない（表２Ｂ）。興味深いことに、９３個のａｅＴＳＡのうち５個が精巣において発現され、いくつかのがん細菌抗原（ＣＧＡ）がａｅＴＳＡであるが、ほとんどのａｅＴＳＡがＣＧＡではないことが示された。ＣＧＡは生殖細胞のみによって通常発現されるカノニカルエクソンによってコードされ、がん細胞におけるそれらの異常発現は主にエピジェネティックな変化によって促進される。しかし、いくつかのＣＧＡは、成人のｍＴＥＣによって発現され（１６）、ｍＴＥＣ（または他の体組織）で発現されたＣＧＡは、ＴＡＡとして、および任意の正常な組織（ｍＴＥＣを含む）によって発現されないものは、真正なａｅＴＳＡとして見なされる。

【0099】

各ａｅＴＳＡにゲノム位置を割り当てた。複数の位置が可能な場合、マッチングＲＮＡリードの発生率が最も高いものを選択した。すべてのＴＳＡの特徴を表３Ｂおよび表３Ｃに報告する。ストリンジェントなアプローチは、非定型翻訳（５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、遺伝子間、フレームシフト）から生じるａｅＴＳＡの総数を過小評価することが形式的に可能である。実際、腫瘍においてＭＡＰを生成するために使用される読み取りフレームは既知であるが、それらのコードＲＮＡがいくつかの正常組織において発現されるとき、どのリーディングフレームが翻訳され得るかを推測することはできない。したがって、ＴＳＡリストに偽陽性が含まれることを避けるために、そのようなａｅＴＳＡ候補は除外した。

【表4-1】

【表4-2】

^１「翻訳事象」列は、ＴＳＡコード配列とＯＲＦとの関係を要約し、ＯＲＦの外側を「非コード」、ＯＲＦ重複しているがフレームシフトしたものを「コードアウト」、ＯＲＦマッチングしたものを「コードイン」とした。
^２「ゲノム起源」列は、Ｅｎｓｅｍｂｌからの生物型に従って、ａｅＴＳＡにさらに注釈を付ける。例えば、「アンチセンス」は、配列が注釈が付けられた遺伝子として反対側のスタンドにあることを意味し、「カノニカル」は、カノニカル／注釈が付けられたＯＲＦを指し、「ｎｃＲＮＡ」は、Ｅｎｓｅｍｂｌに従うＯＲＦを含まない注釈が付けられたＲＮＡである。
^３「ｎｃＲＮＡ」とは、ＴＳＡコード配列が非コード転写産物のエクソンと整合する場合を指す。
^４「非コード化アンチセンス」とは、ＴＳＡコード配列が、Ｅｎｓｅｍｂｌ注釈における遺伝子のアンチセンスであることを意味し、したがって、それは非コード領域である。

【表5】

【0100】

実施例３：ほとんどのＨＧＳＣのＴＳＡは、非カノニカル翻訳から得られる非変異ＭＡＰである。
試料ごとに特定された平均２２００個のユニークなＭＡＰにより、合計１１１個の独自のＴＳＡが見出された（図３Ａ）。試料当たりに特定されたＴＳＡの数は、ＭＡＰの数と有意に相関した（図３Ｂ）。さらに、ＨＬＡ対立遺伝子当たりのＭＡＰの数と腫瘍試料サイズとの間には適度な相関があった（図１０）。これは、腫瘍試料サイズがＭＳ分析における制限要因であるという考え方と一致する（２８）。原則として、変異した非コード配列に由来するＴＳＡは、ｍＴＳＡまたはａｅＴＳＡの両方として指定することができる。適宜に、それらをｍＴＳＡとしてラベル付けすると決定した。その根拠は、ゲノム起源（エクソン性かそうではないか）にかかわらず、ｍＴＳＡは、「プライベートＴＳＡ」、すなわち、多数の腫瘍によって共有されないことが予想されることであった。対照的に、非変異ａｅＴＳＡは、理論的には、かなりの割合のＨＧＳＣによって共有され得る。

【0101】

注目すべきことに、本研究において初めに処理された、またはＳｃｈｕｓｔｅｒらによって処理された試料中で特定されたＴＳＡの特徴は、著しく類似していた（図３Ｃ）。これは、本明細書に記載されるプロテオゲノムアプローチが一般的にＲＮＡ－ＳｅｑおよびＭＳデータに適用され得ることを示唆し、表面的には実験室間変動に影響されないことを示唆する。両方のコホートにおいて、約８３％のＴＳＡは変異しておらず、ＴＳＡの大部分は、非典型的な翻訳から生じた：主に非コード領域からであり、少ない範囲では、フレーム外エクソン翻訳からであった（図３Ｃ）。ａｅＴＳＡの２つの特徴が注目に値する：ｉ）８０％は非コード配列、特にイントロン（３１％）および遺伝子間（２２％）に由来し、ｉｉ）９０％は新規のＭＡＰである（図３Ｄ）。これまでに報告されたＭＡＰは、対応するタンパク質アイソフォームがＵｎｉＰｒｏｔデータベース（１３、３９～４３および米国特許公開第２０１２／００７７６９６Ａ１号）に含まれている処理済み転写物（Ｅｎｓｅｍｂｌデータベースによって注釈が付けされた生物型）に一致するものを除いて、フレーム内のエクソン翻訳から誘導された。

【0102】

実施例４：卵巣がん試料中のａｅＴＳＡコード転写産物の発現。
ａｅＴＳＡコード転写産物のがん特異的発現が、ランダムな転写ノイズから生じるのか、それとも反復的な転写異常から生じるのかを決定するために、本研究およびＴＣＧＡ卵巣がんコホートからの試料中で同定された９３個のａｅＴＳＡをコードするゲノム領域のＲＮＡ発現を分析した。ａｅＴＳＡをコードする領域は、かなりの割合の卵巣がんにおいて発現した。試料の少なくとも１０％で７２個（７７％）が発現され、試料の少なくとも８０％で１６個（１７％）が発現された（図４）。これらの共通に発現される領域は、患者間で共有ＴＳＡを生成する可能性が高い。したがって、ＨＧＳＣにおける９３個のａｅＴＳＡコード転写産物のこのセットの発現は、希少またはランダムな事象ではなく、むしろＨＧＳＣの共通の特徴であると結論され得る。

【0103】

実施例５：ａｅＴＳＡ発現のゲノム相関。
ａｅＴＳＡ発現のメカニズムを理解するために、ＴＣＧＡ－ＯＶデータセットからのマルチオミックデータを使用して、ａｅＴＳＡ ＲＮＡ発現と局所的な遺伝子またはエピジェネティックな異常との間の関係を探索した。該当する場合、局所ＤＮＡコピー数変化、遺伝子プロモーター領域上のＤＮＡメチル化レベル、および各ａｅＴＳＡに対するＲＮＡ発現の間の相関を試験した（図５Ａ）。遺伝子の一部であるゲノム領域（エクソン、イントロンまたはＵＴＲ）に由来するａｅＴＳＡを用いた場合には、関連する遺伝子の発現とａｅＴＳＡの発現との間の相関も分析した。後者の状況では、遺伝子とａｅＴＳＡ発現との間に顕著な相関が観察された（図５Ａ）。これは、コード領域が遺伝子内にあるａｅＴＳＡにとって、ａｅＴＳＡ発現の調節は、一般に遺伝子全体に影響を及ぼすことを示唆する。さらに、ＤＮＡコピー数の変化は、ａｅＴＳＡのＲＮＡ発現レベルと正の相関を示した。これは、遺伝子内ａｅＴＳＡおよび遺伝子外ａｅＴＳＡ（アンチセンスおよび遺伝子間）の両方で同様であった。これは、ＤＮＡコピー数の変化がａｅＴＳＡ発現に実質的な影響を及ぼすことを示唆する。特に、この相関は、より大きな割合の腫瘍において発現される遺伝子内ａｅＴＳＡに関して特に強かった（図１１Ａ）。ａｅＴＳＡコード領域の染色体分布を調べたところ、ＨＧＳＣで頻繁に増幅されるいくつかの染色体腕が多くのａｅＴＳＡを産生したことが分かった（図５Ｂ）。例えば、卵巣がんにおいて一般的に増幅される第３染色体の長腕（４４）は、８つのａｅＴＳＡの供給源であった。上位増幅領域の１つとして、３ｑ２６．２（４４）に位置するＭＥＣＯＭは、３つの重複したエクソン性フレーム外ａｅＴＳＡを生成した（表３Ｂ）。しかしながら、染色体腕の増幅は、必ずしも必要ではなく（例えば、１５ｑ）、ａｅＴＳＡを生成するのに十分ではなかった（例えば、８ｑ）（図５Ｂ、図１１Ｂ）。

【0104】

ＴＣＧＡがＤＮＡメチル化（ＨＭ２７アレイ）の分析に使用する技術のために、遺伝子外ａｅＴＳＡおよびいくつかのａｅＴＳＡ供給源遺伝子のプロモーターについては、メチル化データは利用できなかった。したがって、プロモーターメチル化の分析は、１７個のａｅＴＳＡのサブセットに限定された。それでも、６個のａｅＴＳＡについて、ＤＮＡメチル化とａｅＴＳＡ発現との間に有意な相関が見出された（図５Ａ）。相関関係は５例が負であり、１例が正であった。これは、プロモーターの脱メチル化が頻繁に転写の増強をもたらすという考え方と一致している。特に、最も高い負の相関を示す２つの遺伝子は、ＭＡＧＥＣ１（ρ＝－０．５３、Ｐ_ａｄｊ＝１．６ｘ１０^－２６）およびＭＡＧＥＡ４（ρ＝－０．５１、Ｐ_ａｄｊ＝６．７ｘ１０^－２５）であり、これらは、図５Ａの矢印を伴う暗い棒で表される。ＭＡＧＥファミリーの遺伝子は、ＨＧＳＣを含むいくつかのがんタイプで過剰発現されるＣＧＡである（３）。全体として、ａｅＴＳＡの発現は、少なくとも部分的には、遺伝子コピー数およびＤＮＡメチル化の変動によって、転写レベルで調節されると結論付けることができる。

【0105】

実施例６：３つのａｅＴＳＡの発現は、生存率の向上と相関している。
次に、いくつかのａｅＴＳＡが自発的な防御免疫応答を誘発し得るかを評価した。ペプチドレベルでのａｅＴＳＡの発現は、ａｅＴＳＡ ＲＮＡの発現に加えて、関連するＨＬＡアロタイプの存在を必要とするという事実により、この問題に対処することは複雑である。したがって、ＴＣＧＡコホートからの患者を、個々のａｅＴＳＡ ＲＮＡの発現に基づく（または基づかない）、および関連するＨＬＡアロタイプの存在に基づく（または基づかない）４つのサブグループに細分化した。３つのａｅＴＳＡの提示は、より好ましい臨床転帰と相関した（図６Ａ～図６Ｃ）。ＨＬＡ対立遺伝子の多型は、各群のサイズをかなり減少させ、したがって、この分析の検出力を低下させた。したがって、３つのａｅＴＳＡについてのログランクｐ値は、０．０１３～０．０７６の範囲であった（図６Ａ～図６Ｃ）。それにもかかわらず、２つの観察結果は、これらの相関が生物学的に有意義であることを裏付ける証拠を提供する。第一に、これらのａｅＴＳＡの「防御効果」は、ＨＬＡに制限されているように見えた：ａｅＴＳＡ ＲＮＡを発現する患者では、関連するＨＬＡ対立遺伝子も発現した場合、生存率が優れていた。第二に、ＲＴＨＱＭＮＴＦＱＲ ａｅＴＳＡおよびその関連するＨＬＡアロタイプの発現は、Ｔ細胞および細胞傷害性Ｔ細胞による腫瘍浸潤と正の相関を示した（図６Ｄ、図６Ｅ）；ＡＮＯＶＡ、ｐ＜０．０５）。

【0106】

実施例７：個々の腫瘍によって提示されるａｅＴＳＡの数の中央値
９３ ａｅＴＳＡのリストを用いて、最終的に、この研究がＴＳＡ標的免疫療法にどの程度の利益をもたらす可能性があるかを推定した。したがって、１００万人の患者の９３個のａｅＴＳＡの提示状態をランダムにシミュレートした。ＨＬＡ対立遺伝子の頻度を推定するために、米国骨髄バンクからの３つの最大のデータセット：ヨーロッパ系アメリカ人、アフリカ系アメリカ人、中国人（４５）を使用した。所与の集団における対立遺伝子頻度、ＴＣＧＡ－ＯＶ腫瘍における発現割合、および該当する場合、ＳＮＰ頻度を使用して、６個のＨＬＡ対立遺伝子およびａｅＴＳＡ発現状態を独立して生成した。個々の腫瘍当たりのａｅＴＳＡの数を、発現されたＨＬＡ－ａｅＴＳＡ対の合計として計算した。これらのシミュレーションに基づいて、ヨーロッパ白人の９８％、アフリカ系アメリカ人の７４％、および中国人の７８％に少なくとも１つのａｅＴＳＡが見出され得ることを決定し、腫瘍当たりのａｅＴＳＡの数の中央値は、ヨーロッパ白人の５、アフリカ系アメリカ人の２、および中国人の４であった（図７）。これらの集団間の差異は、ＨＬＡ対立遺伝子頻度の変化、および腫瘍試料が主にヨーロッパ系白人からのものであるという事実から生じた。これらの計算は、主に３つの理由から、腫瘍ごとのａｅＴＳＡの数を過小評価している疑いがある。第一には、２つ以上のＨＬＡアロタイプに結合するＭＡＰの５０％超が、多くの場合、スーパータイプまたは遺伝子座にわたって結合するという事実（４６）が、考慮されていないためである。第二には、所与のＭＡＰをコードするゲノム領域は、異なるＨＬＡアロタイプによって提示される重複ＭＡＰを頻繁に生成する（２３）ためである。第三には、ｄｂＳＮＰに列挙されている非同義ＳＮＰを含む５つのａｅＴＳＡについて、試料中のＭＡＰを生成するＳＮＰ変異体のみが有効であり、他のＳＮＰ変異体はＭＡＰを生成しなかったと仮定した。単一アミノ酸の変化は、ＭＡＰ提示を無効にするのに十分である可能性があるため、この慎重な戦略が採用された（４７）。現在の９３個のａｅＴＳＡのセットを含むワクチンは、ＨＧＳＣを有するほぼすべての白人、およびアフリカ系アメリカ人およびアジア人（例えば、中国人）のかなりの割合をカバーすると結論付けることができる。

【0107】

本発明技術は、その特定の実施形態によって上記に記載されているが、添付の特許請求の範囲に定義される主題発明の趣旨および性質から逸脱することなく、変更することができる。特許請求の範囲では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という単語は、「含むが、これらに限定されない（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ，ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」という表現と実質的に等価である、開放型（ｏｐｅｎ－ｅｎｄｅｄ）の用語として使用される。単数形の「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈により明らかにそうではないと指示されない限り、対応する複数の参照物を含む。

【0108】

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３２．Ｄａｎａｈｅｒ Ｐ，Ｗａｒｒｅｎ Ｓ，Ｄｅｎｎｉｓ Ｌ，Ｄ’Ａｍｉｃｏ Ｌ，Ｗｈｉｔｅ Ａ，Ｄｉｓｉｓ ＭＬ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｃａｎｃｅｒ ２０１７；５：１８
３３．Ｐｅｒｅｚ－Ｒｉｖｅｒｏｌ Ｙ，Ｃｓｏｒｄａｓ Ａ，Ｂａｉ Ｊ，Ｂｅｒｎａｌ－Ｌｌｉｎａｒｅｓ Ｍ，Ｈｅｗａｐａｔｈｉｒａｎａ Ｓ，Ｋｕｎｄｕ ＤＪ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＰＲＩＤＥ ｄａｔａｂａｓｅ ａｎｄ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏｏｌｓ ａｎｄ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｉｎ ２０１９：ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｓｕｐｐｏｒｔ ｆｏｒ ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｄａｔａ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２０１９；４７：Ｄ４４２－ｄ５０
３４．Ｓｈａｏ Ｗ，Ｐｅｄｒｉｏｌｉ ＰＧＡ，Ｗｏｌｓｋｉ Ｗ，Ｓｃｕｒｔｅｓｃｕ Ｃ，Ｓｃｈｍｉｄ Ｅ，Ｖｉｚｃａｉｎｏ ＪＡ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＳｙｓｔｅＭＨＣ Ａｔｌａｓ ｐｒｏｊｅｃｔ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２０１８；４６：Ｄ１２３７－Ｄ４７
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３６．Ｖｉｌｌａｎｉ ＡＣ，Ｓａｒｋｉｚｏｖａ Ｓ，Ｈａｃｏｈｅｎ Ｎ．Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ：Ｌｅａｒｎｉｎｇ ｔｈｅ Ｒｕｌｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｓｙｓｔｅｍ．Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１８；３６：８１３－４２
３７．Ｃａｒｏｎ Ｅ，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ ＤＪ，Ｃｈｉｅｋ Ｋｏｈ Ｃ，Ｓｔｕｒｍ Ｔ，Ｓｃｈｕｓｔｅｒ Ｈ，Ａｅｂｅｒｓｏｌｄ Ｒ．Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｍａｊｏｒ Ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｃｏｍｐｌｅｘ（ＭＨＣ）Ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅｓ Ｕｓｉｎｇ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２０１５；１４：３１０５－１７
３８．Ｓａｎｓｏｍ ＳＮ，Ｓｈｉｋａｍａ－Ｄｏｒｎ Ｎ，Ｚｈａｎｙｂｅｋｏｖａ Ｓ，Ｎｕｓｓｐａｕｍｅｒ Ｇ，Ｍａｃａｕｌａｙ ＩＣ，Ｄｅａｄｍａｎ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｉｎｇｌｅ－ｃｅｌｌ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ｒｅｖｅａｌ ｔｈｅ Ａｉｒｅ ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｙ，ｒｅｌｉｅｆ ｆｒｏｍ Ｐｏｌｙｃｏｍｂ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ，ａｎｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｓｅｌｆ－ａｎｔｉｇｅｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｉｎ ｔｈｙｍｉｃ ｅｐｉｔｈｅｌｉａ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ ２０１４；２４：１９１８－３１
３９．Ｂａｓｓａｎｉ－Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ Ｍ，Ｐｌｅｔｓｃｈｅｒ－Ｆｒａｎｋｉｌｄ Ｓ，Ｊｅｎｓｅｎ ＬＪ，Ｍａｎｎ Ｍ．Ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ ａｎｔｉｇｅｎ ｃｌａｓｓ Ｉ ｐｅｐｔｉｄｏｍｅｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｓｔｒｏｎｇ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｂｕｎｄａｎｃｅ ａｎｄ ｔｕｒｎｏｖｅｒ ｏｎ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ ２０１５；１４：６５８－７３
４０．Ｂａｓｓａｎｉ－Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ Ｍ，Ｂｒａｕｎｌｅｉｎ Ｅ，Ｋｌａｒ Ｒ，Ｅｎｇｌｅｉｔｎｅｒ Ｔ，Ｓｉｎｉｔｃｙｎ Ｐ，Ａｕｄｅｈｍ Ｓ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉｒｅｃｔ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｌｉｎｉｃａｌｌｙ ｒｅｌｅｖａｎｔ ｎｅｏｅｐｉｔｏｐｅｓ ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｏｎ ｎａｔｉｖｅ ｈｕｍａｎ ｍｅｌａｎｏｍａ ｔｉｓｓｕｅ ｂｙ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０１６；７：１３４０４
４１．Ｒｉｚｖｉ ＮＡ，Ｈｅｌｌｍａｎｎ ＭＤ，Ｓｎｙｄｅｒ Ａ，Ｋｖｉｓｔｂｏｒｇ Ｐ，Ｍａｋａｒｏｖ Ｖ，Ｈａｖｅｌ ＪＪ，ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ＰＤ－１ ｂｌｏｃｋａｄｅ ｉｎ ｎｏｎ－ｓｍａｌｌ ｃｅｌｌ ｌｕｎｇ ｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１５；３４８：１２４－８
４２．Ｇｌｏｇｅｒ Ａ，Ｒｉｔｚ Ｄ，Ｆｕｇｍａｎｎ Ｔ，Ｎｅｒｉ Ｄ．Ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｐｅｐｔｉｄｏｍｅ ｏｆ ｍｅｌａｎｏｍａ ｃｅｌｌ ｌｉｎｅｓ ａｓ ａ ｐｒｏｍｉｓｉｎｇ ｔｏｏｌ ｆｏｒ ｔｈｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｕｔａｔｉｖｅ ｔｕｍｏｒ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ＨＬＡ ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ２０１６；６５：１３７７－９３
４３．ＵｎｉＰｒｏｔ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ：ａ ｗｏｒｌｄｗｉｄｅ ｈｕｂ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２０１９；４７：Ｄ５０６－Ｄ１５
４４．Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｎａｔｕｒｅ ２０１１；４７４：６０９－１５
４５．Ｍａｉｅｒｓ Ｍ，Ｇｒａｇｅｒｔ Ｌ，Ｋｌｉｔｚ Ｗ．Ｈｉｇｈ－ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ＨＬＡ ａｌｌｅｌｅｓ ａｎｄ ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｈｕｍ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００７；６８：７７９－８８
４６．Ｒａｏ Ｘ，Ｈｏｏｆ Ｉ，Ｃｏｓｔａ ＡＩ，ｖａｎ Ｂａａｒｌｅ Ｄ，Ｋｅｓｍｉｒ Ｃ．ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ａｌｌｅｌｅ ｐｒｏｍｉｓｃｕｉｔｙ ｒｅｖｉｓｉｔｅｄ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ２０１１；６３：６９１－７０１
４７．Ｇｒａｎａｄｏｓ ＤＰ，Ｓｒｉｒａｎｇａｎａｄａｎｅ Ｄ，Ｄａｏｕｄａ Ｔ，Ｚｉｅｇｅｒ Ａ，Ｌａｕｍｏｎｔ ＣＭ，Ｃａｒｏｎ－Ｌｉｚｏｔｔｅ Ｏ，ｅｔ ａｌ．Ｉｍｐａｃｔ ｏｆ ｇｅｎｏｍｉｃ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｏｎ ｔｈｅ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｏｆ ｈｕｍａｎ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ－ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０１４；５：３６００
４８．Ｄｅｌａｎｅｙ ＪＲ，Ｐａｔｅｌ ＣＢ，Ｗｉｌｌｉｓ ＫＭ，Ｈａｇｈｉｇｈｉａｂｙａｎｅｈ Ｍ，Ａｘｅｌｒｏｄ Ｊ，Ｔａｎｃｉｏｎｉ Ｉ，ｅｔ ａｌ．Ｈａｐｌｏｉｎｓｕｆｆｉｃｉｅｎｃｙ ｎｅｔｗｏｒｋｓ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ｔａｒｇｅｔａｂｌｅ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｏｆ ａｌｌｅｌｉｃ ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ ｉｎ ｌｏｗ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ２０１７；８：１４４２３
４９．Ｋａｈｌｅｓ Ａ，Ｌｅｈｍａｎｎ ＫＶ，Ｔｏｕｓｓａｉｎｔ ＮＣ，Ｈｕｓｅｒ Ｍ，Ｓｔａｒｋ ＳＧ，Ｓａｃｈｓｅｎｂｅｒｇ Ｔ，ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ Ｓｐｌｉｃｉｎｇ Ａｃｒｏｓｓ Ｔｕｍｏｒｓ ｆｒｏｍ ８，７０５ Ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２０１８；３４：２１１－２４ ｅ６
５０．Ａｌｉ Ｍ，Ｆｏｌｄｖａｒｉ Ｚ，Ｇｉａｎｎａｋｏｐｏｕｌｏｕ Ｅ，Ｂｏｓｃｈｅｎ ＭＬ，Ｓｔｒｏｎｅｎ Ｅ，Ｙａｎｇ Ｗ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ－ｒｅａｃｔｉｖｅ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｆｒｏｍ ｈｅａｌｔｈｙ ｄｏｎｏｒｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２０１９
５１．Ｃｒｏｆｔ ＮＰ，Ｓｍｉｔｈ ＳＡ，Ｐｉｃｋｅｒｉｎｇ Ｊ，Ｓｉｄｎｅｙ Ｊ，Ｐｅｔｅｒｓ Ｂ，Ｆａｒｉｄｉ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｍｏｓｔ ｖｉｒａｌ ｐｅｐｔｉｄｅｓ ｄｉｓｐｌａｙｅｄ ｂｙ ｃｌａｓｓ Ｉ ＭＨＣ ｏｎ ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｃｅｌｌｓ ａｒｅ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ ２０１９；１１６：３１１２－７．

【図1】

【図2A】

【図2B】

【図3-1】

【図3-2】

【図4A】

【図5】

【図6A】

【図6B】

【図6C】

【図6D】

【図6E】

【図7】

【図8A】

【図8B】

【図9】

【図10】

【図11】

【配列表】

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