特許 7631219 フラビウイルス感染を同定する方法、並びに関連するペプチド、キット、及び組成物

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2025-02-07

(45)【発行日】2025-02-18

(54)【発明の名称】フラビウイルス感染を同定する方法、並びに関連するペプチド、キット、及び組成物

(51)【国際特許分類】

   G01N 33/569 20060101AFI20250210BHJP

   A61P 37/04 20060101ALI20250210BHJP

   A61K 38/10 20060101ALI20250210BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20250210BHJP

【ＦＩ】

G01N33/569 L ZNA

A61P37/04

A61K38/10

A61P31/14

【請求項の数】 14

(21)【出願番号】P 2021559982

(86)(22)【出願日】2020-04-10

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2022-06-10

(86)【国際出願番号】 SG2020050221

(87)【国際公開番号】W WO2020209801

(87)【国際公開日】2020-10-15

【審査請求日】2023-02-20

(31)【優先権主張番号】10201903321Y

(32)【優先日】2019-04-12

(33)【優先権主張国・地域又は機関】SG

【前置審査】

(73)【特許権者】

【識別番号】503231882

【氏名又は名称】エージェンシー フォー サイエンス，テクノロジー アンド リサーチ

(74)【代理人】

【識別番号】100136629

【弁理士】

【氏名又は名称】鎌田 光宜

(74)【代理人】

【識別番号】100080791

【弁理士】

【氏名又は名称】高島 一

(74)【代理人】

【識別番号】100125070

【弁理士】

【氏名又は名称】土井 京子

(74)【代理人】

【識別番号】100121212

【弁理士】

【氏名又は名称】田村 弥栄子

(74)【代理人】

【識別番号】100174296

【弁理士】

【氏名又は名称】當麻 博文

(74)【代理人】

【識別番号】100137729

【弁理士】

【氏名又は名称】赤井 厚子

(72)【発明者】

【氏名】ン、フォン ポー、リサ

(72)【発明者】

【氏名】アムラン、シティ ナキア

(72)【発明者】

【氏名】イー、ウェン シン

【審査官】北条 弥作子

(56)【参考文献】

【文献】国際公開第２０１８／１９７４０８（ＷＯ，Ａ１）

【文献】Yiu-Wing Kam，ZIKV-Specific NS1 Epitopes as Serological Markers of Acute Zika Virus Infection，The Journal of Infectious Diseases，2019年03月07日，220，pp.203-212，DOI: 10.1093/infdis/jiz092

【文献】Xiaojun Xu，Identifying Candidate Targets of Immune Responses in Zika Virus Based on Homology to Epitopes in Other Flavivirus Species，PLoS Curr.，2016年11月15日，8，pp.1-26，doi: 10.1371/currents.outbreaks.9aa2e1fb61b0f632f58a098773008c4b:10.1371/currents.outbreaks.9aa2e1fb61b0f632f58a098773008c4b

【文献】E. A. Salvador，Identification of relevant regions on structural and nonstructural proteins of Zika virus for vaccine and diagnostic test development: an in silico approach，New Microbe and New Infect，2019年01月31日，29, 100506，pp.1-9，https://doi.org/10.1016/j.nmni.2019.01.002

【文献】Alexandra J. Lee，Identification of diagnostic peptide regions that distinguish Zika virus from related mosquito-borne Flaviviruses，PLOS ONE，2017年03月31日，pp.1-18，https://doi.org/10.1371/journal.pone.0178199

【文献】Karin Stettler，Specificity, cross-reactivity, and function of antibodies elicited by Zika virus infection，SCIENCE RESEARCH REPORTS，2016年08月19日，353(6301)，pp.823-826, (Supplementary pp.1-39)，DOI: 10.1126/science.aaf8505

【文献】Soren Hansen，Diagnosing Zika virus infection against a background of other flaviviruses: Studies in high resolution serological analysis，Scientific Reports，2019年03月06日，9:3648，pp.1-10，https://doi.org/10.1038/s41598-019-40224-2

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｇ０１Ｎ ３３／５６９

Ａ６１Ｐ ３７／０４

Ａ６１Ｋ ３８／１０

Ａ６１Ｐ ３１／１４

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

被験体におけるジカウイルス（ＺＩＫＶ）、デングウイルス（ＤＥＮＶ）、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定するための方法であって、
前記被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチドＰと反応するかどうかを判定することを含み、

【数1】

（ｉ）前記ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【数2】

であるか、又は
（ｉｉ）前記ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【数3】

である、方法であって、
ここで、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．５０～約０．５０であり、
ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．６０～約０．３０であり、及び
０を超える結合能を有するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質が、ＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドを強く認識すること及び／又はＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドに対する結合活性が高いことを示し、
前記ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）で示される配列を含む、方法。

【請求項2】

前記サンプルが前記ペプチドと反応する場合、前記被験体が、フラビウイルス感染治療の適応となる、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

急性期のフラビウイルス感染を同定するための方法であり、
前記サンプルが前記ペプチドと反応する場合、前記被験体が、急性期のフラビウイルス感染治療の適応となる、請求項１または２に記載の方法。

【請求項4】

前記サンプルが、
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；又は
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかをさらに判定することを含み、
前記サンプルが前記１つ以上のペプチドと反応する場合、前記被験体が、ＺＩＫＶ感染治療の適応となる、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項5】

急性期のＺＩＫＶ感染を同定するための方法であり、前記サンプルが、
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
と反応するかどうかをさらに判定することを含み、
前記サンプルが前記ペプチドと反応する場合、前記被験体が、急性期のＺＩＫＶ感染治療の適応となる、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項6】

前記サンプルが、
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；及び／又は
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；
からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、
前記サンプルが前記１つ以上のペプチドと反応する場合、前記被験体が、ＤＥＮＶ感染治療の適応となる、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項7】

前記サンプルが前記ペプチドＰと反応するかどうかを判定することが、イムノアッセイを実施して、前記ペプチドに結合することができる抗原結合タンパク質が前記サンプル中に存在するかどうかを評価することを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項8】

前記被験体におけるＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの感染を治療する方法に使用するための配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）で示される配列を含むペプチドＰであって、該方法が
（ｉ）請求項１～７のいずれか一項の方法を使用して、被験者における、ＺＩＫＶ、ＤＥＮＶ及びその組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定すること、及び
（ｉｉ）ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染の適応となる場合、前記被験体に施されるＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ治療レジメンを含む、
ペプチドＰ。

【請求項9】

被験体におけるジカウイルス、デングウイルス、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定するためのキットであって、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチドＰを含み、

【数4】

前記ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【数5】

であり
前記ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【数6】

であるキットであって、
ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．５０～約０．５０であり、
ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．６０～約０．３０であり、及び
０を超える結合能を有するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質が、ＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドを強く認識すること及び／又はＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドに対する結合活性が高いことを示し、
前記ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）で示される配列を含む、キット。

【請求項10】

抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの捕捉剤でコーティングされたプレート、並びに
捕捉された抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの存在を検出するための検出剤
のうちの１つ以上を更に含み、
前記捕捉剤及び前記検出剤が、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗原並びに／又は抗免疫グロブリンを含む、請求項９に記載のキット。

【請求項11】

前記被験体が、アジア人被験体を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

前記被験者がアジア人被験体を含む、請求項９または１０に記載のキット。

【請求項13】

相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１であり、

【数7】

である単離されたペプチドＰであって、
（ｉｉｉ）ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【数8】

であり、又は
（ｉｖ）ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【数9】

であり、
ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．５０～約０．５０であり、
ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．６０～約０．３０であり、及び
前記ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）で示される配列のペプチドである、単離されたペプチドＰ。

【請求項14】

相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１であるペプチドＰを含む組成物であって、

【数10】

であり、
（ｖ）ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【数11】

又は
（ｖｉ）ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【数12】

であり、
ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．５０～約０．５０であり、
ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能が、約－０．６０～約０．３０であり、及び
前記ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）で示される配列のペプチドである、組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本開示は、広くは、フラビウイルス感染を同定する方法、並びに関連するペプチド、キット、及び組成物に関する。

【背景技術】

【0002】

フラビウイルス科（Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅ）は、プラス鎖一本鎖エンベロープＲＮＡウイルスの科である。フラビウイルス属（Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ）は、世界中で広範囲に及ぶ罹患及び死亡を引き起こすことが報告されている。一部のフラビウイルスは蚊を介して感染し、これらは、黄熱ウイルス（ＹＦＶ）、デングウイルス（ＤＥＮＶ）、日本脳炎ウイルス（ＪＥＶ）、西ナイルウイルス（ＷＮＶ）、及びジカウイルス（ＺＩＫＶ）を含む。

【0003】

ＤＥＮＶによって引き起こされるデング熱は、世界中の熱帯及び亜熱帯の気候でみられる。ここ数十年、デング熱の世界的な発生率は劇的に増加しており、現在では世界の人口の約半数が危険に曝されている。４つのＤＥＮＶ血清型：ＤＥＮＶ１、ＤＥＮＶ２、ＤＥＮＶ３、及びＤＥＮＶ４が存在する。４つの血清型は異なるので、１人のヒトが一生のうち最高４回もＤＥＮＶに感染する可能性がある。

【0004】

ＺＩＫＶは、１９４７年にウガンダで初めて同定され、感染したサルから単離された。ＺＩＫＶは、世界中で何度もジカ熱（ＺＩＫＦ）の流行を引き起こした重要なフラビウイルスとして再浮上してきている。２０１３年及び２０１５年にフランス領ポリネシア及びブラジルでジカウイルス（ＺＩＫＶ）が大流行した結果、予期せぬ重篤な神経学的及び先天性の合併症が生じた。

【0005】

分子法に強く依存している、ＤＥＮＶ及びＺＩＫＶ等のフラビウイルスの現在の診断には、幾つかの制約があるが、その理由は、患者が示す、ウイルス血症レベルの低いウイルス血症期が短いので、症候性の患者であっても検出を逃れる可能性があるためである。代替診断アプローチとしての血清学的検査は、フラビウイルス間、例えば、高いアミノ酸同一性を共有しており（５５％）、構造的にも相同であるＤＥＮＶとＺＩＫＶとの間の抗体の交差反応性が足かせとなっている。更に、両ウイルスは同じ蚊媒介動物によって伝染するので、重複する地理的領域においてみられることが多い。

【0006】

一部の抗原は、恐らく、ＺＩＫＶ感染とＤＥＮＶ感染、及び他のフラビウイルス感染間を区別することができる。計算機による研究によって複数の差次的エピトープが予測されているが、患者サンプルでの検証が未だ課題である。

【0007】

従って、フラビウイルス感染を同定する代替方法、並びに関連するペプチド、キット、及び組成物を提供することが必要とされている。

【発明の概要】

【0008】

一態様では、被験体におけるジカウイルス（ＺＩＫＶ）、デングウイルス（ＤＥＮＶ）、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定する方法であって、
当該被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチドＰと反応するかどうかを判定することを含み、

【0009】

【数1】

【0010】

（ｉ）ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【0011】

【数2】

【0012】

であるか、又は
（ｉｉ）ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【0013】

【数3】

【0014】

である方法が提供される。

【0015】

一実施形態では、ペプチドＰは、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質におけるエピトープを含む。

【0016】

一実施形態では、エピトープは、ｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質の溶媒露出領域に位置する。

【0017】

一実施形態では、ペプチドＰは、５～２５アミノ酸長である。

【0018】

ある実施形態では、ペプチドＰは、対応するペプチドＣと５０％以下の配列類似性を共有している。

【0019】

一実施形態では、ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；
配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；
配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；
配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；
配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；
配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部；
からなる群から選択される１つ以上のＺＩＫＶ由来ペプチド；及び／あるいは
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；
配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；
配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；
配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；
配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；
配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；又は
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部。
からなる群から選択される１つ以上のＤＥＮＶ由来ペプチド
を含む。

【0020】

一実施形態では、方法は、サンプルが、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；
配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；
配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；
配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；
配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部；
からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含む；及び／あるいは
当該サンプルが１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体は、フラビウイルス感染治療の適応となる。

【0021】

一実施形態では、方法は、急性期のフラビウイルス感染を同定する方法であり、サンプルが、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、
当該サンプルが１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体は、急性期のフラビウイルス感染治療の適応となる。

【0022】

一実施形態では、方法は、サンプルが、
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部；
以下からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、
当該サンプルが１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体がＺＩＫＶ感染治療の適応となる。

【0023】

一実施形態では、方法は、急性期のＺＩＫＶ感染を同定する方法であり、サンプルが、
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
それと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
それと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
その一部；
と反応するかどうかを判定することを含み、
当該サンプルが当該ペプチド又はその一部と反応する場合、被験体は、急性期のＺＩＫＶ感染治療の適応となる。

【0024】

一実施形態では、方法は、サンプルが、
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；及び／又は
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部；
からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、
当該サンプルが１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体がＤＥＮＶ感染治療の適応となる。

【0025】

一実施形態では、サンプルがペプチドＰと反応するかどうかを判定することは、イムノアッセイを実施して、ペプチドに結合することができる抗原結合タンパク質がサンプル中に存在するかどうかを評価することを含む。

【0026】

一実施形態では、方法は、被験体がＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染治療の適応となる場合、被験体にＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ治療レジメンを施すことを更に含む。

【0027】

一態様では、被験体におけるジカウイルス、デングウイルス、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定するためのキットであって、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチドＰを含み、

【0028】

【数4】

【0029】

ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【0030】

【数5】

【0031】

であり、
ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【0032】

【数6】

【0033】

であるキットが提供される。

【0034】

キットの一実施形態では、ペプチドＰは、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；
配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；
配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；
配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；
配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；
配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部；
からなる群から選択される１つ以上のＺＩＫＶ由来ペプチド；及び／あるいは
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；
配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；
配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；
配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；
配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；
配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；又は
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部
からなる群から選択される１つ以上のＤＥＮＶ由来ペプチド
を含む。

【0035】

一実施形態では、キットは、
抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの捕捉剤でコーティングされたプレート、並びに
捕捉された抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの存在を検出するための検出剤、
のうちの１つ以上を更に含み、
当該捕捉剤及び当該検出剤は、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗原並びに／又は抗免疫グロブリンを含む。

【0036】

一実施形態では、被験体は、アジア人被験体を含む。

【0037】

一態様では、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；
配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；
配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；
配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；
配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；
配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；
配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；
配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；
配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；
配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；
配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；又は
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部
からなる群から選択される単離ペプチドが提供される。

【0038】

一態様では、
配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；
配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；
配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；
配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；
配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；
配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；
配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；
配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；
配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；
配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；
配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；
配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；
配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；
配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；
配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；
配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；
配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；
配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；
配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；
配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；
配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；
配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；
配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；
配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；
配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；
配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；若しくは
これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又は
これらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又は
これらの一部
からなる群から選択されるペプチドを含む免疫系刺激組成物が提供される。

【0039】

一態様では、被験体におけるＺＩＫＶ感染をＤＥＮＶ感染と区別する方法であって、
被験体のサンプルが、配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）のペプチド、それと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はそれと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はその一部と反応するかどうかを判定することであって、当該サンプルが当該ペプチド又はその一部と反応する場合、当該被験体がＺＩＫＶ感染治療の適応となる；及び／又は
被験体のサンプルが、配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）のペプチド；それと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はそれと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はその一部と反応するかどうかを判定することであって、当該サンプルが当該ペプチド又はその一部と反応する場合、当該被験体がＤＥＮＶ感染治療の適応となる方法が提供される。

【0040】

定義
用語「同定する」とは、本明細書で感染に関連して使用するとき、感染の存在、非存在、量、又は疾患負荷のレベルを決定することを包含すると広義に解釈されるべきである。感染は、急性期、早期回復期（ｃｏｎｖａｌｅｓｃｅｎｔ ｐｈａｓｅ）、後期回復期、早期快復期（ｒｅｃｏｖｅｒｙ ｐｈａｓｅ）、後期快復期、又は完全快復期の感染であり得る。

【0041】

用語「ペプチド」とは、本明細書で使用するとき、ペプチド結合を介して接続されたアミノ酸残基の任意の鎖を広義に意味する。ペプチドは、天然に存在するものであってもよく、合成であってもよい（例えば、化学合成又は組み換えＤＮＡ技術によって生成）。用語「ペプチド」は、特定のサイズを意味するものではない。幾つかの例では、ペプチドは、ウイルス全体又は完全長の抗原を含まない場合もある。

【0042】

用語「由来」とは、ペプチドに関連して本明細書で使用するとき、ペプチドのアミノ酸配列が指定のソースを起源とするが、必ずしも指定のソースから直接得られたものではないことを示すことを意図する。例えば、「ＤＥＮＶ由来ペプチド」とは、アミノ酸配列が、天然に存在するＤＥＮＶの一部若しくは断片と類似若しくは同一であるか、又は複数の天然に存在するＤＥＮＶ株のコンセンサス配列の一部若しくは断片と類似若しくは同一であるペプチドを指す。「ＤＥＮＶ由来ペプチド」は、例えばＤＥＮＶを酵素で切断すること等によって天然に存在するＤＥＮＶから直接単離してもよく、又はより典型的には、天然に存在するＤＥＮＶのアミノ酸配列若しくは複数の天然に存在するＤＥＮＶ株のコンセンサス配列をプロトタイプ／参照として合成してもよい。合成は、組換え生成技術、遺伝子操作技術、又は化学合成等の当技術分野における標準的な手順に従って実施してよい。「ＤＥＮＶ由来ペプチド」は、人工的なアミノ酸及び非天然のアミノ酸（例えば、Ｄ－アミノ酸、アミノ酸アナログ等）を含んでいてもよい。幾つかの実施形態では、「ＤＥＮＶ由来ペプチド」は、天然に存在するＤＥＮＶ株（複数可）を起源とするアミノ酸配列に対する１つ以上の保存的置換を更に含んでいてもよい。用語「ＺＩＫＶ由来ペプチド」は、それに応じて解釈されるべきである。

【0043】

用語「単離」とは、ペプチドに関連して本明細書で使用するとき、その天然環境（例えば、細胞、組織、培養培地、体液等）から取り出されたペプチド、又はその他の方法で任意の程度まで純度を高めたペプチド（例えば、合成培地からの単離）を指す。従って、「単離」ペプチドは、天然に生成されてもよく、合成であってもよい。ペプチドは、自然界で会合する物質又は合成的生成の結果として会合する物質の一部又は全部から分離することによって「単離」され得る。従って、「単離」ペプチドは、典型的には、少なくとも部分的に精製されている。

【0044】

用語「抗原結合タンパク質」とは、本明細書で使用するとき、標的、例えば、ジカウイルス（ＺＩＫＶ）又はデングウイルス（ＤＥＮＶ）等のフラビウイルス等のウイルスを認識し、結合する任意のペプチドベースの分子を広義に意味する。抗原結合タンパク質の例としては、免疫グロブリンの５つの主要なクラスのいずれか：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭ、又はこれらのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２）、及びこれらの抗原結合断片の抗体を含む抗体が挙げられる。幾つかの例では、抗原結合タンパク質は、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧを含む。幾つかの例では、抗原結合タンパク質は、抗ＤＥＮＶ ＩｇＧを含む。

【0045】

用語「と反応する」とは、本明細書で使用するとき、抗原結合タンパク質（抗体又はその断片等）と抗原／エピトープとが、非特異的な抗原結合タンパク質（例えば、健常サンプル、及び／又は非フラビウイルス感染サンプル、及び／又は非ＺＩＫＶ感染サンプル、及び／又は非ＤＥＮＶ感染サンプル等からの非特異的な抗体又はその断片等）と上記と同じ抗原／エピトープとの結合よりも高いレベルで結合することを広義に意味する。例えば、対照サンプル（例えば、非フラビウイルス感染対照サンプル）からの任意の抗原結合タンパク質と比較して、ペプチドに対してより高い結合活性を示す抗原結合タンパク質を含む場合、サンプルはペプチド「と反応する」。用語「反応」は、それに応じて解釈されるべきである。

【0046】

用語「応答」とは、本明細書で使用するとき、抗原結合タンパク質とペプチドとの間の結合活性の尺度であると理解してよい。抗原結合タンパク質とペプチドとの間の結合活性は、イムノアッセイによって測定することができる。

【0047】

用語「より強く認識する」とは、異なるフラビウイルスに由来する２つ以上のペプチド（例えば、ＺＩＫＶ由来ペプチド及びＤＥＮＶ由来ペプチド）についての抗原結合タンパク質の応答を比較するために本明細書で使用するとき、抗原結合タンパク質とあるペプチド（例えば、ＺＩＫＶ由来ペプチド）との間の結合活性が、抗原結合タンパク質と別のペプチド（例えば、ＤＥＮＶ由来ペプチド）との間の結合活性（もし存在する場合）よりも高いという意味を包含する。幾つかの例では、抗原結合タンパク質は、イムノアッセイによって測定したときに、抗原結合タンパク質とＺＩＫＶ由来ペプチドとの間の結合活性が抗原結合タンパク質とＤＥＮＶ由来ペプチドとの間の結合活性よりも高い場合、ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ由来ペプチドをより強く認識する。

【0048】

用語「免疫応答」とは、本明細書で使用するとき、細胞性及び体液性の免疫応答を両方包含する。幾つかの実施形態では、免疫応答は、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ等のフラビウイルスに対する免疫保護を提供するのに十分である。

【0049】

用語「刺激する」とは、免疫応答に関連して本明細書で使用するとき、免疫応答の増加、増幅、又はブーストを広義に意味する。用語「刺激する」は、新規の免疫応答の最初の刺激又は既存の免疫応答の増強を包含する。

【0050】

用語「治療」、「治療する」、及び「療法」、並びにこれらの同義語は、本明細書で使用するとき、治療的な処置及び予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）又は防止的（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）な措置の両方を指し、その目的は、疾患（フラビウイルス感染症等）、症状、及び障害を含むがこれらに限定されない医学的状態を予防する又は減速させる（減弱する）ことである。また、医学的状態は、疾患又は障害、例えば炎症に対する身体の応答も含む。このような治療を必要としているものは、既に医学的状態を有しているものに加えて、医学的状態になりやすいもの、又は医学的状態を予防したいものを含む。

【0051】

用語「被験体」は、本明細書で使用するとき、患者及び非患者を含む。用語「患者」とは、フラビウイルス感染等の医学的状態に罹患しているか又は罹患する可能性の高い個体を指し、一方、「非患者」とは、医学的状態に罹患しておらず、そして、罹患しない可能性の高い個体を指す。「非患者」は、健常個体、非疾患個体、及び／又は医学的状態を有していない個体を含む。用語「被験体」は、ヒト及び動物を含む。動物は、マウス等を含む。「ネズミ」とは、マウス、ラット等のネズミ科の任意の哺乳類を指す。

【0052】

用語「マイクロ」は、本明細書で使用するとき、約１マイクロメートル～約１０００マイクロメートルの寸法を含むように広義に解釈されるべきである。

【0053】

用語「ナノ」とは、本明細書で使用するとき、約１０００ｎｍ未満の寸法を含むように広義に解釈されるべきである。

【0054】

用語「粒子」とは、本明細書で使用するとき、分離した実体又は分離した本体を広義に意味する。本明細書に記載の粒子は、有機粒子、無機粒子、又は生物学的粒子を含み得る。また、本明細書に記載の使用される粒子は、複数のサブ粒子又は小さな物体の断片の集合体によって形成されたマクロ粒子であってもよい。本開示の粒子は、球形、実質的に球形、又は不規則な形状の粒子若しくは楕円状の粒子等の非球形であってよい。用語「サイズ」とは、粒子に言及するために使用するとき、粒子の最大寸法を広義に意味する。例えば、粒子が実質的に球形である場合、用語「サイズ」は、粒子の直径を指してよく、又は粒子が実質的に非球形である場合、用語は「サイズ」粒子の最大の長さを指してよい。

【0055】

用語「連結」又は「接続」とは、本明細書で使用するとき、特に明記しない限り、直接接続されているもの、又は１つ以上の中間手段を介して接続されているものの両方を網羅することを意図する。

【0056】

２つの要素に言及するときに本明細書で使用される用語「関連する」は、２つの要素間の広範な関係を指す。関係は、物理的、化学的、又は生物学的な関係を含むが、これらに限定されない。例えば、要素Ａが要素Ｂと関連している場合、要素Ａ及びＢが直接又は間接的に互いに結合していてもよく、要素Ａが要素Ｂを含有していてもよく、その逆であってもよい。

【0057】

２つの要素に言及するときに本明細書で使用される用語「隣接」とは、ある要素が別の要素に近接近していることを指し、互いに接触している要素であってもよいが、これには限定されず、又はこれらの間に配置された１つ以上の更なる要素によって分離されている要素を更に含んでいてもよい。

【0058】

用語「及び／又は」、例えば「Ｘ及び／又はＹ」は、「Ｘ及びＹ」又は「Ｘ又はＹ」のいずれかを意味すると理解され、両方の意味又はいずれかの意味についての明示的な裏付けを提供するとみなされるべきである。

【0059】

更に、本明細書における記載では、「実質的に」という語は、使用される場合は常に、「全体に」又は「完全に」等を含むがこれらに限定されないと理解される。更に、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ、ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」等の用語は、使用される場合は常に、明示的には列挙されていない他の構成要素に加えて、このような用語の後に列挙されている要素／構成要素を広く含むという点で、制限のない説明的言語であることが意図される。例えば、「含む」が使用される場合、「ある」特徴への言及は、「少なくとも１つ」のその特徴への言及でもあることが意図される。「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ、ｃｏｎｓｉｓｔ）等の用語は、適切な文脈では、「含む」等の用語の部分集合であると考えられ得る。従って、「含む」等の用語を用いて本明細書に開示されている実施形態では、これら実施形態が「からなる」等の用語を用いた対応する実施形態についての教示を提供することが理解されるであろう。更に、「約」、「およそ」等の用語は、使用される場合は常に、典型的には、合理的なばらつき、例えば、開示されている値の±５％のばらつき、又は開示されている値の４％のばらつき、又は開示されている値の３％のばらつき、開示されている値の２％のばらつき、又は開示されている値の１％のばらつきを意味する。

【0060】

更に、本明細書における記載では、特定の値を範囲で開示している場合がある。範囲の端点を示す値は、好ましい範囲を示すことを意図する。範囲が記載されている場合は常に、その範囲が、その範囲内の個々の数値に加えて全ての可能な部分範囲を網羅し、教示することが意図される。すなわち、範囲の端点を不変の限度であると解釈すべきではない。例えば、１％～５％の範囲の記載は、個々に１％、２％、３％、４％、及び５％等のその範囲内の値に加えて、１％～２％、１％～３％、１％～４％、２％～３％等の部分範囲も具体的に開示されることを意図する。上記の具体的な開示の意図は、任意の深さ／幅の範囲に適用可能である。

【0061】

更に、幾つかの実施形態について説明するとき、本開示は、特定の一連の工程として方法及び／又はプロセスを開示している場合がある。しかし、特に必要とされない限り、方法又はプロセスは、開示された特定の一連の工程に限定されるべきではないことが理解されるであろう。他の一連の工程も可能であり得る。本明細書で開示されている工程の特定の順序は、過度の制限として解釈されるべきではない。特に必要とされない限り、本明細書で開示される方法及び／又はプロセスは、記載されている順序で実行される工程に限定されるべきではない。一連の工程は変更してもよいが、依然として本開示の範囲内である。

【0062】

更に、本開示は、本明細書で論じた特徴／特性の１つ以上を有する実施形態を提供するが、これら特徴／特性の１つ以上は、他の代替実施形態では否定される場合もあり、本開示は、そのような否定及びこれら関連する代替実施形態についての裏付けを提供することが理解されるであろう。

【図面の簡単な説明】

【0063】

【図1-1】２０１６年のシンガポールコホートの健常対照及びＺＩＫＶ患者の抗体プロファイル。精製したＺＩＫＶ、ＤＥＮＶ、又はＣＨＩＫＶのビリオン及び１：２０００の血漿希釈を用いてビリオンベースのＥＬＩＳＡによって４５名の健常ドナーの全（ａ）ＩｇＭ及び（ｂ）ＩｇＧ抗体価を求めた。データは平均値で提示し、点線はそれぞれの平均値＋ＳＤ値を示す。ＩｇＭ及びＩｇＧの両方で、また３つのウイルス全てにわたってＯＤ値が平均＋ＳＤよりも小さいサンプルを黒でハイライトし（ｎ＝２２）、まとめて組み合わせて、その後の実験のためにプール健常対照を形成した。ＯＤ値がカットオフよりも大きいサンプルは、白抜きの記号で示す（ｎ＝２３）。

【図1-2】２０１６年のシンガポールコホートの健常対照及びＺＩＫＶ患者の抗体プロファイル。（ｃ）急性期（ｎ＝５８）、早期回復期（ｎ＝４３）、後期回復期（ｎ＝４５）、早期快復期（ｎ＝４１）、後期快復期（ｎ＝３８）、及び完全快復期（ｎ＝３２）の時点で、精製されたＺＩＫＶビリオンを用いたビリオンベースのＥＬＩＳＡにおいて、１：２００、１：１０００、１：２０００、１：４０００、及び１：８０００の血漿希釈で、ＺＩＫＶ患者の全抗ＺＩＫＶ ＩｇＭ及びＩｇＧを求めた。陰性対照として、健常ドナーのプール血漿を用いた。データは、平均±ＳＥＭとして提示する。

【図1-3】２０１６年のシンガポールコホートの健常対照及びＺＩＫＶ患者の抗体プロファイル。（ｄ～ｅ）最初の回収時点におけるＺＩＫＶ患者の血漿サンプル中の全抗ＤＥＮＶ（ｄ）ＩｇＭ及び（ｅ）ＩｇＧ抗体価を、（ｃ）と同様の方法で精製ＤＥＮＶビリオンを用いてビリオンベースのＥＬＩＳＡによって求めた。データは、平均±ＳＥＭとして提示する。全てのＥＬＩＳＡ読み取りをデュープリケートで行った。（ｆ）最初の血漿検体回収時に抗ＤＥＮＶ ＩｇＭ及びＩｇＧについて陽性又は陰性であった患者の数及び割合（それぞれ１：２００及び１：２０００希釈）。

【図2-1】２０１６年のシンガポールコホートのＺＩＫＶ患者の抗体プロファイルの経時変化。（ａ～ｃ）精製ＺＩＫＶビリオンを用いたビリオンベースのＥＬＩＳＡ法によって、それぞれ１：２００及び１：２０００希釈で、患者の血漿サンプル中の全抗ＺＩＫＶの（ａ）ＩｇＭ及び（ｂ）ＩｇＧの抗体価を求めた。陰性対照として、健常ドナーのプール血漿を用いた。データは平均±ＳＥＭで提示し、点線はプール健常対照の平均を示す。（ｃ）それぞれの時点における抗ＺＩＫＶのＩｇＭ及びＩｇＧについて陽性又は陰性である患者の数及び割合。

【図2-2】２０１６年のシンガポールコホートのＺＩＫＶ患者の抗体プロファイルの経時変化。（ａ～ｃ）精製ＺＩＫＶビリオンを用いたビリオンベースのＥＬＩＳＡ法によって、それぞれ１：２００及び１：２０００希釈で、患者の血漿サンプル中の全抗ＺＩＫＶの（ａ）ＩｇＭ及び（ｂ）ＩｇＧの抗体価を求めた。陰性対照として、健常ドナーのプール血漿を用いた。データは平均±ＳＥＭで提示し、点線はプール健常対照の平均を示す。（ｃ）それぞれの時点における抗ＺＩＫＶのＩｇＭ及びＩｇＧについて陽性又は陰性である患者の数及び割合。（ｄ）ＺＩＫＶビリオンベースのＥＬＩＳＡにおいて１：２００希釈で患者の血漿サンプル中のＩｇＧアイソタイプ力価を求めた。データは平均±ＳＥＭで提示し、点線はプール健常対照の平均を示す。全てのＥＬＩＳＡ読み取りをデュープリケート又はトリプリケートで行った。［急性期（ｎ＝５８）、早期回復期（ｎ＝４３）、後期回復期（ｎ＝４５）、早期快復期（ｎ＝４１）、後期快復期（ｎ＝３８）、完全快復期（ｎ＝３２）］。（ｅ～ｆ）フローサイトメトリーを介して１：１０００血漿希釈でプールＺＩＫＶ患者及びプール健常対照のインビトロ中和能を試験した。（ｅ）急性期［低（ｎ＝３７）、高（ｎ＝２１）］、早期回復期［低（ｎ＝２９）、高（ｎ＝１４）］、及び後期回復期［低（ｎ＝２８）、高（ｎ＝１７）］の時点ごとに、抗ＺＩＫＶのＩｇＧ抗体価のレベルに応じて血漿サンプルをプールした［（ｂ）に示す通り、低力価患者の群を四角の記号で示し、一方、高力価群は三角の記号で示す］。（ｆ）快復期に回収した血漿サンプルを、それぞれの時点でまとめてプールした［早期快復期（ｎ＝４１）、後期快復期（ｎ＝３８）、完全快復期（ｎ＝３２）］。結果は、対照感染の百分率として表す。データは平均±ＳＤとして提示し、２回の独立した実験の代表例である。ウイルスのみとプール健常又は患者サンプルとの間の統計解析は、多重検定についてはボンフェローニ補正を伴う両側マンホイットニーＵ検定を用いて行った（＊Ｐ＜０．０５）。

【図3】ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶに対するＺＩＫＶ患者の抗体の中和能。フローサイトメトリーを介して１：５００、１：１０００、及び１：２０００の血漿希釈で、（ａ）ＺＩＫＶ及び（ｂ）ＤＥＮＶに対するプールＺＩＫＶ患者のインビトロ中和能を試験した。急性期［低（ｎ＝３７）、高（ｎ＝２１）］、早期回復期［低（ｎ＝２９）、高（ｎ＝１４）］、及び後期回復期［低（ｎ＝２８）、高（ｎ＝１７）］の時点ごとに、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ抗体価のレベルに応じて血漿サンプルをプールした（図２に示す）。快復期に回収した血漿サンプルを、それぞれの時点でまとめてプールした［早期快復期（ｎ＝４１）、後期快復期（ｎ＝３８）、完全快復期（ｎ＝３２）］。陰性対照として、プール健常血漿を用いた。結果は、対照感染の百分率として表す。データは平均±ＳＤとして提示し、２回の独立した実験の代表例である。

【図4】ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの患者サンプルを用いたＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプロテオーム内の共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞プールエピトープの予備マッピング。（ａ）ＺＩＫＶ Ｈ／ＰＦ／２０１３のポリプロテイン（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢアクセッション：Ａ０Ａ０２４Ｂ７Ｗ１）は、プールペプチドベースのＥＬＩＳＡ実験の結果と一致した。デュープリケートで１：２０００希釈したＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプロテオームの膜の前駆体（ｐｒＭ；プール１～４）、エンベロープ（Ｅ；プール５～１７）、及び非構造１（ＮＳ１；プール１８～２５）タンパク質を網羅するプールペプチドを用いたペプチドベースのＥＬＩＳＡに供した。各プールは、１８ｍｅｒの長さの５つのペプチドからなり、１０アミノ酸の重複配列を含む。患者のＩｇＧ応答を、プール健常対照の平均に対して正規化した。ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプールペプチド対に対する患者の応答を比較し、平均結合能をヒートマップで提示する。スケールにおける０の値は、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプールペプチド対に対して患者が同等の結合応答を示すことを意味し、一方、０よりも大きい値は、患者がＺＩＫＶプールペプチドに優先的に結合することを示す。０よりも小さい値は、患者がＤＥＮＶプールペプチドに優先的に結合することを示す。（ｂ）ペプチドプールに対するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の認識率を算出した。（ｃ）上記のヒートマップ解析に基づいて、ｐｒＭ、Ｅ、及びＮＳ１にわたって潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的なプールを示す模式図。

【図5】ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの患者サンプルを用いた共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープのマッピング。（ａ）ＺＩＫＶ Ｈ／ＰＦ／２０１３のポリプロテイン（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢアクセッション：Ａ０Ａ０２４Ｂ７Ｗ１）。ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプロテオームの膜の前駆体（ｐｒＭ；プール１～１０）、エンベロープ（Ｅ；プール１１～３２）、及び非構造１（ＮＳ１；プール３３～５１）タンパク質を網羅するプールペプチドを用いて、デュープリケートでペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいて１：２０００希釈で、後期回復期のＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０～４４）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を試験した。患者のＩｇＧ応答を、プール健常対照の平均に対して正規化した。ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対に対する患者の応答を比較し、平均結合能をヒートマップで提示する。スケールにおける０の値は、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対に対して患者が同等の結合応答を示すことを意味し、一方、０よりも大きい値は、患者がＺＩＫＶペプチドに優先的に結合することを示す。０よりも小さい値は、患者がＤＥＮＶペプチドに優先的に結合することを示す。（ｂ）上記のヒートマップ解析に基づいて、ｐｒＭ、Ｅ、及びＮＳ１にわたって共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的なペプチドを示す模式図。（ｃ～ｅ）ＺＩＫＶ ｐｒＭ、Ｅ、及びＮＳ１のゲノム構成。（ｃ）ｐｒＭ、（ｄ）Ｅ、及び（ｅ）ＮＳ１における、同定された線状Ｂ細胞エピトープに対応するアミノ酸の領域を示す。枠内の数字は、ペプチドの数及びそれぞれのプロテオームにおけるアミノ酸の位置を示す。

【図6-1】潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープに対するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者のペプチド結合能。後期回復期におけるＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０～４４）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を、ペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいてデュープリケートで１：２０００希釈にて試験し、健常ドナーのプール血漿を陰性対照として用いた。それぞれのＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対について陽性である患者のＩｇＧ結合能を、［（ＺＩＫＶペプチド応答－ＤＥＮＶペプチド応答）／ＤＥＮＶペプチド応答］として算出し、潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープについての平均±ＳＥＭ値を（ａ）に提示する。共通フラビウイルスペプチドについては（ｂ）、ＺＩＫＶ特異的ペプチドについては（ｃ）、そして、ＤＥＮＶ特異的ペプチドについては（ｄ）において、個々のＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の結合能の分布を示す。データは平均±ＳＥＭとして提示する。統計解析は、多重検定についてはボンフェローニ補正を伴う両側マンホイットニーＵ検定を用いて行った（＊＊Ｐ＜０．０１）。

【図6-2】潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープに対するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者のペプチド結合能。後期回復期におけるＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０～４４）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を、ペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいてデュープリケートで１：２０００希釈にて試験し、健常ドナーのプール血漿を陰性対照として用いた。それぞれのＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対について陽性である患者のＩｇＧ結合能を、［（ＺＩＫＶペプチド応答－ＤＥＮＶペプチド応答）／ＤＥＮＶペプチド応答］として算出し、潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープについての平均±ＳＥＭ値を（ａ）に提示する。共通フラビウイルスペプチドについては（ｂ）、ＺＩＫＶ特異的ペプチドについては（ｃ）、そして、ＤＥＮＶ特異的ペプチドについては（ｄ）において、個々のＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の結合能の分布を示す。データは平均±ＳＥＭとして提示する。統計解析は、多重検定についてはボンフェローニ補正を伴う両側マンホイットニーＵ検定を用いて行った（＊＊Ｐ＜０．０１）。

【図6-3】潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープに対するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者のペプチド結合能。後期回復期におけるＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０～４４）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を、ペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいてデュープリケートで１：２０００希釈にて試験し、健常ドナーのプール血漿を陰性対照として用いた。それぞれのＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対について陽性である患者のＩｇＧ結合能を、［（ＺＩＫＶペプチド応答－ＤＥＮＶペプチド応答）／ＤＥＮＶペプチド応答］として算出し、潜在的な共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープについての平均±ＳＥＭ値を（ａ）に提示する。共通フラビウイルスペプチドについては（ｂ）、ＺＩＫＶ特異的ペプチドについては（ｃ）、そして、ＤＥＮＶ特異的ペプチドについては（ｄ）において、個々のＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の結合能の分布を示す。データは平均±ＳＥＭとして提示する。統計解析は、多重検定についてはボンフェローニ補正を伴う両側マンホイットニーＵ検定を用いて行った（＊＊Ｐ＜０．０１）。

【図7】共通フラビウイルス及びＺＩＫＶ特異的な線状Ｂ細胞エピトープに対するＺＩＫＶ患者の抗体プロファイル動態の特性評価、並びにＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプロテオーム内の潜在的なエピトープの局在。（ａ～ｂ）ペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいてＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチドを用いて、デュープリケートで１：２０００希釈にて、急性期、後期回復期、及び完全快復期のＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝２７）をＩｇＧについて試験した。健常ドナーのプール血漿を陰性対照として使用し、患者のデータをプール健常対照の平均に対して正規化した。（ａ）ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチドに対して陽性に結合するＺＩＫＶ患者の割合並びに（ｂ）ペプチドに対して陽性に結合するＺＩＫＶ患者の結合能を算出し、ヒートマップで提示した。（ｃ～ｅ）（ｃ）ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質（ＰＤＢ：３Ｃ６Ｅ）、（ｄ）ＺＩＫＶ（ＰＤＢ：５ＪＨＭ）及びＤＥＮＶ（ＰＤＢ：１ＵＺＧ）のＥ糖タンパク質、（ｅ）ＺＩＫＶ（ＰＤＢ：５ＩＺ７）及びＤＥＮＶ（ＰＤＢ：３Ｊ２Ｐ）のＥ糖タンパク質のステム膜貫通（ＴＭ）ドメイン、並びに（ｆ）ＺＩＫＶ（ＰＤＢ：５Ｋ６Ｋ）及びＤＥＮＶ（ＰＤＢ：４Ｏ６Ｂ）のＮＳ１タンパク質における共通フラビウイルス、ＺＩＫＶ特異的、及びＤＥＮＶ特異的なエピトープの局在を示す模式図。

【図8-1】患者コホートを用いた、同定された線状Ｂ細胞エピトープの予備診断による検証。シンガポールのＺＩＫＶ患者の回復期血漿サンプル（ｎ＝１０）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝１０）、並びにタイのＤＥＮＶ患者（ｎ＝５）、細菌患者（ｎ＝５）、及び不明患者（ｎ＝８）を、デュープリケートで１：２０００希釈にてペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいて試験した。陰性対照としてプール健常血漿を用いた。（ａ）個々のペプチドについて、感度及び特異度を求めた。

【図8-2】患者コホートを用いた、同定された線状Ｂ細胞エピトープの予備診断による検証。シンガポールのＺＩＫＶ患者の回復期血漿サンプル（ｎ＝１０）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝１０）、並びにタイのＤＥＮＶ患者（ｎ＝５）、細菌患者（ｎ＝５）、及び不明患者（ｎ＝８）を、デュープリケートで１：２０００希釈にてペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいて試験した。陰性対照としてプール健常血漿を用いた。（ｂ）選択したエピトープのペプチドミックスの感度及び特異度を求めた。（ｃ）プールした健常及び患者の抗ＩｇＧペプチドの応答（ＯＤ値）の主成分分析（ＰＣＡ）をグラフにプロットし、分散の割合を示した。（ｄ～ｅ）ペプチドに陽性に結合する患者のペプチド結合能を算出し、クラスカル・ワリス検定を用いることによって統計的に解析し、多重検定についてはボンフェローニ補正を行った。ダンの多重比較検定を用いて事後検定を行って、（ｄ）識別力のあるペプチド及び（ｅ）患者のペプチド結合能分布を求めた。データは、平均±ＳＤとして提示する。（＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１）。

【図8-3】患者コホートを用いた、同定された線状Ｂ細胞エピトープの予備診断による検証。シンガポールのＺＩＫＶ患者の回復期血漿サンプル（ｎ＝１０）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝１０）、並びにタイのＤＥＮＶ患者（ｎ＝５）、細菌患者（ｎ＝５）、及び不明患者（ｎ＝８）を、デュープリケートで１：２０００希釈にてペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいて試験した。陰性対照としてプール健常血漿を用いた。（ｄ～ｅ）ペプチドに陽性に結合する患者のペプチド結合能を算出し、クラスカル・ワリス検定を用いることによって統計的に解析し、多重検定についてはボンフェローニ補正を行った。ダンの多重比較検定を用いて事後検定を行って、（ｄ）識別力のあるペプチド及び（ｅ）患者のペプチド結合能分布を求めた。データは、平均±ＳＤとして提示する。（＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１）。

【図9-1】抗体及びペプチド応答の相関解析。（ａ）抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ抗体価のレベルに応じてＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝６５）をプールした（図２ｂに示す）。プールＺＩＫＶ患者の平均中和能（図２ｅ～ｆに示す）及びＺＩＫＶ患者の平均抗ＺＩＫＶ ＩｇＧレベルを全ての時点（急性期から完全快復期まで）について算出し、相関解析を行った。（ｂ～ｄ）ビリオンベースのＥＬＩＳＡにおいて精製ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶビリオンを用いて、後期回復期時点におけるＺＩＫＶ患者の血漿サンプル（ｎ＝３０～４４）及びＤＥＮＶ患者の血清サンプル（ｎ＝２０）を、１：２０００希釈でそれぞれ抗ＺＩＫＶ又は抗ＤＥＮＶのＩｇＧについて試験した。更に、ペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいてＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチドを用いて、ペプチド特異的ＩｇＧについてデュープリケートで１：２０００希釈にて血漿／血清サンプルを試験した。ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド対に対する患者の応答を比較し、ペプチド結合能を算出した。

【図9-2】抗体及びペプチド応答の相関解析。（ｂ）共通フラビウイルスペプチドに対するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの両患者の抗体応答。相関解析は、スピアマンの順位相関を用いて行った。スピアマンのロー（ρ）及びＰ値（Ｐ）を提示する。

【図9-3】抗体及びペプチド応答の相関解析。（ｃ）ＺＩＫＶ特異的ペプチドに対するＺＩＫＶ患者の抗体応答、及び（ｄ）ＤＥＮＶ特異的ペプチドに対するＤＥＮＶ患者の抗体応答の相関。相関解析は、スピアマンの順位相関を用いて行った。スピアマンのロー（ρ）及びＰ値（Ｐ）を提示する。

【発明を実施するための形態】

【0064】

フラビウイルス感染を同定する方法の例示的で非限定的な実施形態を以下に開示する。

【0065】

様々な実施形態では、フラビウイルス感染を同定する方法であって、被験体のサンプルがペプチドと反応するかどうかを判定することを含む方法が提供される。

【0066】

様々な実施形態では、ペプチドは、約０．１０以下、約０．０９以下、約０．０８以下、約０．０７以下、約０．０６以下、約０．０５以下、約０．０４以下、約０．０３以下、約０．０２以下、約０．０１以下、約０．１０未満又は約０．１０、約０．０９未満若しくは約０．０９、約０．０８未満若しくは約０．０８、約０．０７未満若しくは約０．０７、約０．０６未満若しくは約０．０６、約０．０５未満若しくは約０．０５、約０．０４未満若しくは約０．０４、約０．０３未満若しくは約０．０３、約０．０２未満若しくは約０．０２、又は約０．０１未満若しくは約０．０１の相対結合能に関連するあるいはこれら相対結合能を与えることができる。

【0067】

様々な実施形態では、ペプチドは、約０．５０以上、約０．４５以上、約０．４０以上、約０．３５以上、約０．３０以上、約０．２５以上、約０．２０以上、約０．１５以上、約０．１０以上、約０．０５以下、約０．５０超若しくは約０．５０、約０．４５超若しくは約０．４５、約０．４０超若しくは約０．４０、約０．３５超若しくは約０．３５、約０．３０超若しくは約０．３０、約０．２５超若しくは約０．２５、約０．２０超若しくは約０．２０、約０．１５超若しくは約０．１５、約０．１０超若しくは約０．１０、又は約０．０５若しくは約０．０５の相対結合能に関連するあるいはこれら相対結合能を与えることができる。

【0068】

様々な実施形態では、相対結合能は、以下のうちの１つ以上の関数である：ジカウイルス（ＺＩＫＶ）誘導抗原結合タンパク質の結合能、デングウイルス（ＤＥＮＶ）誘導抗原結合タンパク質の結合能、ペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答、対応するペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答、ペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答、及び対応するペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答。様々な実施形態では、相対結合能は、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能とＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能との差である。様々な実施形態では、相対結合能は、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能からＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能を減じることによって算出することができる。様々な実施形態では、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、ＤＥＮＶと比べたＺＩＫＶについてのＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能である。幾つかの実施形態では、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、［（対応するペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答－ペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答）／ペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答］により算出される。幾つかの実施形態では、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、［（ペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答－対応するペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答）／対応するペプチドに対するＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の応答］により算出される。様々な実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、ＤＥＮＶと比べたＺＩＫＶについてのＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能である。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、［（対応するペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答－ペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答）／ペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答］により算出される。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、［（ペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答－対応するペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答）／対応するペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の応答］により算出される。

【0069】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ由来ペプチド又はＤＥＮＶ由来ペプチドを含む。様々な実施形態では、ペプチドがＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、対応するペプチドは、当該ペプチド／ＺＩＫＶ由来ペプチドに相同な配列を有するＤＥＮＶ由来ペプチドを含む。様々な実施形態では、ペプチドがＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、対応するペプチドは、当該ペプチド／ＤＥＮＶ由来ペプチドに相同な配列を有するＺＩＫＶ由来ペプチドを含む。

【0070】

幾つかの例では、ペプチドがＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、当該ペプチド／ＺＩＫＶ由来と相同な配列を有するＤＥＮＶ由来ペプチドを含む対応するペプチドは、ＺＩＫＶ配列及びＤＥＮＶ配列をアラインメントすることによって同定することができる。幾つかの例では、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの相同領域は、ほぼ同じアミノ酸位置にある。従って、幾つかの例では、ペプチド／ＺＩＫＶ由来と相同な配列を有するＤＥＮＶ由来ペプチドを含む対応するペプチドは、ＺＩＫＶ配列及びＤＥＮＶ配列をアラインメントし、ＺＩＫＶ由来ペプチドがマッピングされるＺＩＫＶ上の領域を決定し、ＤＥＮＶの同じ領域又は同じアミノ酸位置にある対応するアミノ酸残基を同定することによって同定することができる。例えば、ペプチド／ＺＩＫＶ由来ペプチドが、ＺＩＫＶのｐｒＭタンパク質の５６～７２位のアミノ酸に対応する配列を有する場合（ｐｒＭタンパク質の１番目のアミノ酸を１とする）、対応するペプチドは、ＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質のほぼ同じ位置、すなわち、ＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質の５６～７２位のアミノ酸に対応する配列を有し得る。ＤＥＮＶ由来ペプチドと相同な配列を有するＺＩＫＶ由来ペプチドを含む対応するペプチドも、同様の方法で同定することができる。ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの相同配列は、高い配列類似性又は共通の進化的起源を共有してもよく、共有していなくてもよい。様々な実施形態では、複数の株を有するフラビウイルス、例えばＤＥＮＶの場合、フラビウイルス、例えばＤＥＮＶのコンセンサス配列からアミノ酸配列を得てもよい。理解される通り、コンセンサス配列とは、各位置が、複数の配列（例えば、フラビウイルスの異なる株の配列）を比較／アラインメントしたときに最も高頻度でみられるアミノ酸を表す「平均的な」配列を表す。

【0071】

様々な実施形態では、フラビウイルス感染は、ジカウイルス（ＺＩＫＶ）及び／又はデングウイルス（ＤＥＮＶ）を含む。

【0072】

様々な実施形態では、被験体におけるジカウイルス（ＺＩＫＶ）、デングウイルス（ＤＥＮＶ）、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定する方法であって、当該被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチド、例えばペプチドＰと反応するかどうかを判定することを含み、

【0073】

【数7】

【0074】

ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【0075】

【数8】

【0076】

であり、
ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【0077】

【数9】

【0078】

である方法が提供される。

【0079】

理論に束縛されるものではないが、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの感染に応答して被験体の体内で生成されるので、様々な期の病状を有する被験体由来のサンプル中に存在すると考えられる。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの感染に応答して被験体内で生成される抗体、任意で血清抗体を含む。ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の例としては、抗ＺＩＫＶ ＩｇＭ（例えば、ヒト抗ＺＩＫＶ ＩｇＭ）、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ（例えば、ヒト抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、並びに抗ＺＩＫＶ ＩｇＡ（例えば、ヒト抗ＺＩＫＶ ＩｇＡ）が挙げられる。ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の例としては、抗ＤＥＮＶ ＩｇＭ（例えば、ヒト抗ＤＥＮＶ ＩｇＭ）、抗ＤＥＮＶ ＩｇＧ（例えば、ヒト抗ＤＥＮＶ ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４）、並びに抗ＤＥＮＶ ＩｇＡ（例えば、ヒト抗ＤＥＮＶ ＩｇＡ）が挙げられる。

【0080】

ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、急性期、早期回復期、後期回復期、早期快復期、後期快復期、完全快復期を含むＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染の様々な期で被験体の体内に存在し得るか又は検出可能であり得るが、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質のレベルは、異なる期で変化する場合がある。例えば、抗ＺＩＫＶ ＩｇＭは、ＺＩＫＶ感染の急性期の間に検出可能になり、早期回復期にピークに達し、快復期の間に減少し得る。例えば、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧは、早期回復期にピークに達し、後期快復期の間も高レベルで維持され、感染の１年後も検出可能なままであり得る。また、ＩｇＧアイソタイプ内でもばらつきが生じ得る。例えば、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ１は、早期回復期にピークに達し得るが、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ３は、後期回復期にピークに達し得る。従って、例えば、本明細書に開示されているペプチドを使用することによって、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質を検出すると、被験体におけるＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの感染を同定することができ、更に、感染の期又は以前の感染も同定することができる。

【0081】

様々な実施形態では、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶに対して保護的である。幾つかの例では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質は、中和アッセイにおいてＺＩＫＶを実質的に中和することができる。

【0082】

様々な実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、約－０．５０～約０．５０、約－０．４０～約０．４０、約－０．３０～約０．４０、約－０．２５～約０．３５、約－０．２１～約０．３４、約－０．２０～約－０．０１、約－０．１０～約－０．０１、約０．０１～約０．３５、約０．０１～約０．３０、約０．０１～約０．２０、又は約０．０１～約０．１０である。

【0083】

様々な実施形態では、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の結合能は、約－０．６０～約０．３０、約－０．５０～約０．２０、約－０．４５５～約０．１７３、約－０．５０～約－０．０１、約－０．４０～約－０．０１、約－０．３０～約－０．０１、約－０．２０～約－０．０１、約－０．１０～約－０．０１、約０．０１～約０．３０、約０．０１～約０．２０、又は約０．０１～約０．１０である。

【0084】

様々な実施形態では、０を超える結合能を有するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質又はＤＥＮＶ由来抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質が、ＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドを強く認識すること及び／又はＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドよりもＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドに対する結合活性が高いことを示す。例えば、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ペプチド（複数可）に対する結合活性を測定するイムノアッセイにおいて、ＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドと比較してＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドでより強い強度／大きさのシグナル／リードアウト、例えば、より強い強度の化学発光のシグナル／リードアウトを与えることができる。

【0085】

様々な実施形態では、０未満の結合能を有するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質又はＤＥＮＶ由来抗原結合タンパク質は、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質が、ＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドよりもＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドを強く認識すること及び／又はＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドよりもＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドに対する結合活性が高いことを示す。例えば、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、ペプチド（複数可）に対する結合活性を測定するイムノアッセイにおいて、ＺＩＫＶ／ＺＩＫＶ由来ペプチドと比較してＤＥＮＶ／ＤＥＮＶ由来ペプチドでより強い強度／大きさのシグナル／リードアウト、例えば、より強い強度の化学発光のシグナル／リードアウトを与えることができる。

【0086】

様々な実施形態では、ペプチドは、感染の様々な期において、任意で、様々な期において同様の強度／強さで、（例えば、被験体のサンプル中の）ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得る。幾つかの実施形態では、ペプチドは、（任意で、同様の強度／強さで）感染の特定の期（複数可）のみにおいて、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得るが、他の期（複数可）では反応もせず、認識もされない。幾つかの実施形態では、ペプチドは、感染の急性期において、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得る。幾つかの実施形態では、ペプチドは、（任意で、同様の強度／強さで）感染の後期回復期以降において、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得る。幾つかの実施形態では、ペプチドは、（任意で、同様の強度／強さで）感染の急性期及び後期回復期及びそれ以降において、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得る。幾つかの実施形態では、ペプチドは、（任意で、同様の強度／強さで）感染の急性期から完全快復期又は感染の全ての期において、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と反応することができる又はＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって認識され得る。

【0087】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶのエピトープを含む。様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの免疫優性エピトープを含む。

【0088】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質における抗原／エピトープを含む。幾つかの実施形態では、ペプチドは、ｐｒＭタンパク質及びＥ糖タンパク質から選択されるＺＩＫＶ構造タンパク質のエピトープを含む。幾つかの実施形態では、ペプチドは、ＮＳ１タンパク質から選択されるＺＩＫＶ非構造タンパク質のエピトープを含む。幾つかの実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質における線状抗原／エピトープを含む。

【0089】

幾つかの実施形態では、抗原／エピトープは、ｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質上の露出残基を含む。幾つかの実施形態では、抗原／エピトープは、ｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質の溶媒露出領域に位置する。従って、抗原／エピトープは高い溶媒接触性（ｓｏｌｖｅｎｔ ａｃｃｅｓｓｉｂｉｌｉｔｙ）を有し得る。抗原／エピトープは、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶの接触性／露出領域に位置し得る。

【0090】

幾つかの実施形態では、抗原／エピトープは、ｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質上の非露出残基、又は埋没残基、又は半埋没残基を含む。幾つかの実施形態では、抗原／エピトープは、ｐｒＭタンパク質、Ｅ糖タンパク質、又はＮＳ１タンパク質の溶媒非接触領域に位置する。従って、幾つかの実施形態では、抗原／エピトープは、低い溶媒接触性を有し得る。抗原／エピトープは、ＺＩＫＶ又はＤＥＮＶの非接触／埋没領域に位置し得る。一例では、抗原／エピトープは、Ｅ糖タンパク質の比較的非接触性のステム領域に存在する。一例では、Ｅ糖タンパク質の非接触性のステム領域における抗原／エピトープは、配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）又は配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）、あるいは配列番号３２若しくは８３と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド、又はその一部、あるいは配列番号３２若しくは８３と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド、又はその一部、あるいは配列番号３２又は８３の一部を含む。

【0091】

タンパク質上のエピトープ又は配列の接触性を評価するために、様々な構造データ及びソフトウェアプログラムが利用可能である。例えば、Ｅ糖タンパク質又はＮＳ１タンパク質上のエピトープの接触性は、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋで入手可能な構造データに基づいて評価することができる。例えば、ｐｒＭタンパク質上のエピトープの接触性は、ＵＣＳＦ Ｃｈｉｍｅｒａソフトウェアを使用する可視化と合わせてＴ－ＴＡＳＳＥＲクエリを使用して予測することができる。本明細書で使用するとき、語句「溶媒露出領域」とは、溶媒接触性を指し、これは、三次元タンパク質構造におけるアミノ酸残基の埋没又は露出の程度として定義される。幾つかの例では、ＰｙＭＯＬ（Ｓｃｈｒｏｅｎｄｉｎｇｅｒ）等であるがこれに限定されない当技術分野において公知のソフトウェアを使用して、溶媒露出領域を可視化することができる。

【0092】

様々な実施形態では、ペプチドの長さ／サイズは、約３０以下、約２９以下、約２８以下、約２７以下、約２６以下、約２５以下、約２４以下、約２３以下、約２２以下、約２１以下、約２０以下、約１９以下、約１８以下、約１７以下、約１６以下、約１５以下、約１４以下、約１３以下、約１２以下、約１１以下、約１０以下、約９以下、約８以下、約７以下、約６以下、又は約５以下のアミノ酸長である。様々な実施形態では、ペプチドの長さ／サイズは、約５～約３０、約１０～約２５、又は約１５～約２０のアミノ酸長である。一実施形態では、ペプチドは、約５～約２５アミノ酸長である。幾つかの実施形態では、ペプチドの長さ／サイズは、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、又は約２１のアミノ酸長である。様々な実施態様では、ペプチドは、オリゴペプチドを含む。様々な実施形態では、ペプチドは、短いオリゴペプチドを含む。様々な実施形態では、ペプチドは、線状ペプチドを含む。

【0093】

幾つかの実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の配列類似性／同一性は、約１％、約５％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約１００％である。

【0094】

幾つかの実施形態では、ペプチドは、対応するペプチドと高い配列類似性／同一性を共有している。様々な実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の配列類似性／同一性は、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又は少なくとも約１００％である。様々な実施形態では、ペプチドと対応するペプチドフラビウイルスとの間の配列類似性／同一性は、約５０％～約１００％、約６０％～約１００％、約７０％～約１００％、約８０％～約１００％、又は約９０％～約１００％である。幾つかの実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の高い配列類似性／同一性は、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の両方によって認識及び／又は結合されるそれぞれの能力に寄与し得る又は関連し得る。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、実質的に等しい強度／強さでペプチド及び／又は対応するペプチドを認識及び／又は結合することができる。

【0095】

幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の両方によって認識及び／又は結合され得る。幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質の両方と反応し得る。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質は、実質的に等しい強度／強さでペプチド及び／又は対応するペプチドを認識する及び／又は当該ペプチドに結合する及び／又は当該ペプチドと反応することができる。

【0096】

従って、有利なことに、ペプチドの実施形態は、フラビウイルス感染を他の感染と識別するため、又はＺＩＫＶ若しくはＤＥＮＶ感染のいずれかを識別するため、又はＺＩＫＶ若しくはＤＥＮＶ感染を他のフラビウイルス感染（例えば、黄熱ウイルス（ＹＦＶ）、日本脳炎ウイルス、ウエストナイル脳炎ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、キャサヌール森林病ウイルス、及びアルクルマ出血熱ウイルス等）と区別するためのマーカー、例えば血清学的マーカーとして機能し得る。

【0097】

幾つかの実施形態では、ペプチドは、対応するペプチドと低い配列類似性／同一性を共有している。様々な実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の配列類似性／同一性は、約５％以下、約１０％以下、約１５％以下、約２０％以下、約２５％以下、約３０％以下、約３５％以下、約４０％以下、約４５％以下、約５０％以下、約５５％以下、約６０％以下、約６５％以下、約７０％以下、又は約７５％以下である。様々な実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の配列類似性／同一性は、約５％～約７５％、約５％～約５０％、約１５％～約７５％、又は約１５％～約５０％である。幾つかの実施形態では、ペプチドと対応するペプチドとの間の低い配列類似性／同一性は、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質に異なって認識及び／又は結合されるそれぞれの能力に寄与し得る又は関連し得る。従って、同じペプチド又は対応するペプチドに対するＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質とＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質との間の交差反応性が低くなる可能性があり、それに応じて、フラビウイルス、例えばＺＩＫＶとＤＥＮＶとの間の検出における鑑別性能が向上する。

【0098】

幾つかの実施形態では、ペプチドは、対応するペプチドと約５０％以下の配列類似性しか共有していない。

【0099】

幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質によって特異的に認識及び／又は特異的に結合され得るが、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によっては特異的に認識及び／又は特異的に結合されない。幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質とは反応し得るが、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質とは反応しない。従って、有利には、ペプチドの実施形態は、ＺＩＫＶ感染を識別するための及び／又はＺＩＫＶ感染をＤＥＮＶ感染若しくは他のフラビウイルス感染と区別するためのマーカー、例えば血清学的マーカーとして機能することができる。

【0100】

幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質によって特異的に認識及び／又は特異的に結合され得るが、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質によっては特異的に認識及び／又は特異的に結合されない。幾つかの実施形態では、ペプチド及び／又は対応するペプチドは、ＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質とは反応し得るが、ＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質とは反応しない。従って、有利には、ペプチドの実施形態は、ＤＥＮＶ感染を識別するための及び／又はＤＥＮＶ感染をＺＩＫＶ感染若しくは他のフラビウイルス感染と区別するためのマーカー、例えば血清学的マーカーとして機能することができる。

【0101】

様々な実施形態では、ペプチドは、表８のペプチド、当該ペプチドと少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、当該ペプチドと約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は当該ペプチドの一部から選択される。

【0102】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶのｐｒＭタンパク質における以下の位置のアミノ酸配列に対応する配列を含む（ｐｒＭタンパク質の１番目のアミノ酸を１とする）：約３～約２６、約６～約２３、約１２～約３５、約１５～約３２、約２１～約４４、約２４～約４１、約３０～約５３、約３３～約５０、約３９～約６２、約４２～約５９、約４８～約７１、約５１～約６８、約５３～約７５、約５６～約７２、約６６～約８９、約６９～約８６、約７５～約９５、約７８～約９２、約９７～約１２１、又は約１００～約１１８。様々な実施形態では、ペプチドは、当該アミノ酸配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列の一部を含む。

【0103】

様々な実施態様では、ペプチドは、以下からなる群から選択される：配列番号１（ＲＧＳＡＹＹＭＹＬＤＲＮＤＡＧＥＡＩ）、配列番号５２（ＲＤＧＥＰＲＭＩＶＧＫＮＥＲＧＫＳＬ）、配列番号２（ＤＲＮＤＡＧＥＡＩＳＦＰＴＴＬＧＭＮ）、配列番号５３（ＧＫＮＥＲＧＫＳＬＬＦＫＴＡＳＧＩＮ）、配列番号３ ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）、配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）、配列番号４（ＫＣＹＩＱＩＭＤＬＧＨＭＣＤＡＴＭＳ）、配列番号５５（ＭＣＴＬＩＡＭＤＬＧＥＭＣＤＤＴＶＴ）、配列番号５（ＧＨＭＣＤＡＴＭＳＹＥＣＰＭＬＤＥＧ）、配列番号５６（ＧＥＭＣＤＤＴＶＴＹＫＣＰＨＩＴＥ）、配列番号６（ＹＥＣＰＭＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷ）、配列番号５７（ＹＫＣＰＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷ）、配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）、配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）、配列番号８（ＣＮＴＴＳＴＷＶＶＹＧＴＣＨＨＫＫＧ）、配列番号５９（ＣＮＬＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）、配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）、配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）、配列番号１０（ＨＳＴＲＫＬＱＴＲＳＱＴＷＬＥＳＲＥＹ）、配列番号６１（ＶＧＭＧＬＤＴＲＴＱＴＷＭＳＡＥＧＡＷ）、上記配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、上記配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は上記配列の一部。

【0104】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶのＥ糖タンパク質における以下の位置のアミノ酸配列に対応する配列を含む（Ｅ糖タンパク質の１番目のアミノ酸を１とする）：約３４～約５７、約３７～約５４、約５８～約７５、約６１～約７２、約７０～約９３、約７３～約９０、約８８～約１１１、約９１～約１０８、約１１０～約１３３、約１１３～約１３０、約１２０～約１４３、約１２３～約１４０、約１２８～約１５２、約１３１～約１４９、約１４６～約１６９、約１４９～約１６６、約１５４～約１７７、約１５７～約１７４、約１６３～約１８６、約１６６～約１８３、約１８８～約２０６、約１９１～約２０３、約１９６～約２１９、約１９９～約２１６、約２１４～約２３７、約２１７～約２３４、約２３２～約２４８、約２３５～約２４５、約２４１～約２６４、約２４４～約２６１、約２６８～約２９１、約２７１～約２８８、約３０３～約３２２、約３０６～約３１９、約３２２～約３４５、約３２５～約３４２、約３４０～約３５８、約３４３～約３５５、約３５８～約３８１、約３６１～約３７８、約３９９～約４２２、約４０２～約４１９、約４５０～約４７３、又は約４５３～約４７０。様々な実施形態では、ペプチドは、当該アミノ酸配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列の一部を含む。

【0105】

様々な実施態様では、ペプチドは、以下からなる群から選択される：配列番号１１（ＤＫＰＴＶＤＩＥＬＶＴＴＴＶＳＮＭＡ）、配列番号６２（ＮＫＰＴＬＤＩＥＬＱＫＴＥＡＴＱＬＡ）、配列番号１２（ＹＥＡＳＩＳＤＭＡＳＤＳ）、配列番号６３（ＩＥＧＫＩＴＮＩＴＴＤＳ）、配列番号１３（ＲＣＰＴＱＧＥＡＹＬＤＫＱＳＤＴＱＹ）、配列番号６４（ＲＣＰＴＱＧＥＡＶＬＰＥＥＱＤＱＮＹ）、配列番号１４（ＶＣＫＲＴＬＶＤＲＧＷＧＮＧＣＧＬＦ）、配列番号６５（ＶＣＫＨＴＹＶＤＲＧＷＧＮＧＣＧＬＦ）、配列番号１５（ＬＶＴＣＡＫＦＡＣＳＫＫＭＴＧＫＳＩ）、配列番号６６（ＬＶＴＣＡＫＦＱＣＬＥＰＩＥＧＫＶＶ）、配列番号１６（ＫＫＭＴＧＫＳＩＱＰＥＮＬＥＹＲＩＭ）、配列番号６７（ＥＰＩＥＧＫＶＶＱＹＥＮＬＫＹＴＶＩ）、配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）、配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）、配列番号１８（ＳＧＭＩＶＮＤＴＧＨＥＴＤＥＮＲＡＫ）、配列番号６９（ＧＤＱＨＱＶＧＮＥＴＱＧＶＴＡＥＩＴ）、配列番号１９（ＧＨＥＴＤＥＮＲＡＫＶＥＩＴＰＮＳＰ）、配列番号７０（ＧＮＥＴＱＧＶＴＡＥＩＴＰＱＡＳＴＴ）、配列番号２０（ＫＶＥＩＴＰＮＳＰＲＡＥＡＴＬＧＧＦ）、配列番号７１（ＴＡＥＩＴＰＱＡＳＴＴＥＡＩＬＰＥＹ）、配列番号２１（ＥＰＲＴＧＬＤＦＳＤＬＹＹ）、配列番号７２（ＳＰＲＴＧＬＤＦＮＥＭＩＬ）、配列番号２２（ＳＤＬＹＹＬＴＭＮＮＫＨＷＬＶＨＫＥ）、配列番号７３（ＮＥＭＩＬＬＴＭＫＮＫＡＷＭＶＨＲＱ）、配列番号２３（ＷＦＨＤＩＰＬＰＷＨＡＧＡＤＴＧＴＰ）、配列番号７４（ＷＦＦＤＬＰＬＰＷＴＳＧＡＴＴＥＴＰ）、配列番号２４（ＨＷＮＮＫＥＡＬＶＥＦ）、配列番号７５（ＴＷＮＲＫＥＬＬＶＴＦ）、配列番号２５（ＥＦＫＤＡＨＡＫＲＱＴＶＶＶＬＧＳＱ）、配列番号７６（ＴＦＫＮＡＨＡＫＫＱＥＶＶＶＬＧＳＱ）、配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）、配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）、配列番号２７（ＳＬＣＴＡＡＦＴＦＴＫＩＰＡ）、配列番号７８（ＡＭＣＴＮＴＦＶＬＫＫＥＶＳ）、配列番号２８（ＴＶＴＶＥＶＱＹＡＧＴＤＧＰＣＫＶＰ）、配列番号７９（ＴＩＬＩＫＶＥＹＫＧＥＤＡＰＣＫＩＰ）、配列番号２９（ＡＱＭＡＶＤＭＱＴＬＴＰＶ）、配列番号８０（ＦＳＴＥＤＧＱＧＫＡＨＮ）、配列番号３０（ＡＮＰＶＩＴＥＳＴＥＮＳＫＭＭＬＥＬ）、配列番号８１（ＡＮＰＶＶＴＫＫＥＥＰＶＮＩＥＡ）、配列番号３１（ＲＳＧＳＴＩＧＫＡＦＥＡＴＶＲＧＡＫ）、配列番号８２（ＫＫＧＳＳＩＧＫＭＦＥＡＴＡＲＧＡＲ）、配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）、配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）、上記配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、上記配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は上記配列の一部。

【0106】

様々な実施形態では、ペプチドは、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶのＮＳ１タンパク質における以下の位置のアミノ酸配列に対応する配列を含む（ＮＳ１タンパク質の１番目のアミノ酸を１とする）：約１～約２１、約１～約１８、約１６～約３９、約１９～約３６、約５２～約７５、約５５～約７２、約６７～約８８、約７０～約８５、約８８～約１１５、約９１～約１１２、約１１６～約１３９、約１１９～約１３６、約１３４～約１５７、約１３７～約１５４、約１５２～約１７９、約１５５～約１７６、約２３６～約２５９、約２３９～約２５６、約２４５～約２６８、約２４８～約２６５、約２５４～約２７７、約２５７～約２７４、約２６７～約２８４、約２７０～約２８１、約２７２～約２９５、約２７５～約２９２、約２８１～約３０４、約２８４～約３０１、約２９０～約３１３、約２９３～約３１０、約２９９～約３２２、約３０２～約３１９、約３１２～約３２９、約３１５～約３２６、約３１７～約３４０、約３２０～約３３７、約３３５～約３５６、又は約３３８～約３５３。様々な実施形態では、ペプチドは、当該アミノ酸配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、若しくは少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は当該アミノ酸配列の一部を含む。

【0107】

様々な実施態様では、ペプチドは、以下からなる群から選択される：配列番号３３（ＤＶＧＣＳＶＤＦＳＫＫＥＴＲＣＧＴＧ）、配列番号８４（ＤＭＧＣＶＩＮＷＫＧＫＥＬＫＣＧＳＧ）、配列番号３４（ＶＦＶＹＮＤＶＥＡＷＲＤＲＹＫＹＨＰ）、配列番号８５（ＩＦＶＴＮＥＶＨＴＷＴＥＱＹＫＦＱＡ）、配列番号３５（ＣＧＩＳＳＶＳＲＭＥＮＩＭＷＲＳＶＥ）、配列番号８６（ＣＧＩＲＳＴＴＲＭＥＮＬＬＷＫＱＩＡ）、配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）、配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）、配列番号３７（ＧＳＶＫＮＰＭＷＲＧＰＱＲＬＰＶＰＶＮＥＬＰ）、配列番号８８（ＧＤＩＩＧＶＬＥＱＧＫＲＴＬＴＰＱＰＭＥＬＫ）、配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）、配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）、配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）、配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）、配列番号４０（ＶＥＤＨＧＦＧＶＦＨＴＳＶＷＬＫＶＲＥＤＹＳ）、配列番号９１（ＶＥＤＹＧＦＧＶＦＴＴＮＩＷＬＫＬＲＥＶＹＴ）、配列番号４１（ＳＤＬＩＩＰＫＳＬＡＧＰＬＳＨＨＮＴ）、配列番号９２（ＳＤＭＩＩＰＫＳＬＡＧＰＩＳＱＨＮＨ）、配列番号４２（ＡＧＰＬＳＨＨＮＴＲＥＧＹＲＴＱＭＫ）、配列番号９３（ＡＧＰＩＳＱＨＮＨＲＰＧＹＨＴＱＴＡ）、配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）、配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）、配列番号４４（ＳＥＥＬＥＩＲＦＥＥＣＰ）、配列番号９５（ＬＧＫＬＥＬＤＦＮＹＣＥ）、配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）、配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）、配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）、配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）、配列番号４７（ＴＲＧＰＳＬＲＳＴＴＡＳＧＲＶＩＥＥ）、配列番号９８（ＴＲＧＰＳＬＲＴＴＴＶＳＧＫＬＩＨＥ）、配列番号４８（ＴＡＳＧＲＶＩＥＥＷＣＣＲＥＣＴＭＰ）、配列番号９９（ＴＶＳＧＫＬＩＨＥＷＣＣＲＳＣＴＬＰ）、配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）、配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）、配列番号５０（ＰＬＳＦＲＡＫＤＧＣＷＹＧＭＥＩＲＰ）、配列番号１０１（ＰＬＲＹＭＧＥＤＧＣＷＹＧＭＥＩＲＰ）、配列番号５１（ＲＫＥＰＥＳＮＬＶＲＳＭＶＴＡＧ）、配列番号１０２（ＩＳＥＫＥＥＮＭＶＫＳＬＶＳＡＧ）、上記配列と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、又は少なくとも約９９％の配列同一性を共有しているペプチド若しくはその一部、上記配列と約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、若しくはそれ以上のアミノ酸が異なるペプチド若しくはその一部、又は上記配列の一部。

【0108】

様々な実施形態では、ペプチドは、以下からなる群から選択される１つ以上のＺＩＫＶ由来ペプチド：配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部；及び／あるいは以下からなる群から選択される１つ以上のＤＥＮＶ由来ペプチド：配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）；又はこれらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部を含む。

【0109】

方法の実施形態は、フラビウイルス感染、ＺＩＫＶ感染及びＤＥＮＶ感染の一方又は両方、ＺＩＶＫ感染又はＤＥＮＶ感染を同定することができる。

【0110】

様々な実施形態では、方法は、サンプルが、配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部からなる群から選択される１つ以上のペプチド（例えば、共通フラビウイルスペプチド）と反応するかどうかを判定することを含み；及び／あるいはサンプルが上記１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体はフラビウイルス感染治療の適応となるか、又はＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ感染治療の一方若しくは両方の適応となる。

【0111】

様々な実施形態では、方法は、急性期のフラビウイルス感染を同定する方法であり、方法は、サンプルが、配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）からなる群から選択される１つ以上のペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、サンプルが上記１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体は急性期のフラビウイルス感染治療の適応となるか、又はＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ感染治療の一方若しくは両方の適応となる。

【0112】

様々な実施形態では、方法は、サンプルが、配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）からなる群から選択される１つ以上のペプチド（例えば、ＺＩＫＶ特異的ペプチド）；これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部と反応するかどうかを判定することを含み、サンプルが上記１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体はＺＩＫＶ感染治療の適応となる。

【0113】

様々な実施形態では、方法は、急性期のＺＩＫＶ感染を同定する方法であり、方法は、サンプルが、配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；それと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はそれと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はその一部と反応するかどうかを判定することを含み、サンプルが上記ペプチド又はその一部と反応する場合、被験体は急性期のＺＩＫＶ感染治療の適応となる。

【0114】

様々な実施形態では、方法は、サンプルが、配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）からなる群から選択される１つ以上のペプチド（例えば、ＤＥＮＶ特異的ペプチド）；及び／又はこれらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部と反応するかどうかを判定することを含み、サンプルが上記１つ以上のペプチド又はその一部と反応する場合、被験体はＤＥＮＶ感染治療の適応となる。

【0115】

方法の実施形態は、本明細書に記載されている多数又は複数のペプチドの使用を含んでいてもよい。幾つかの実施形態では、サンプル中のＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質を検出するために、少なくとも約２つ、少なくとも約３つ、少なくとも約４つ、又は少なくとも約５つの異なるペプチドを使用してよい。幾つかの実施形態では、複数のペプチドは、以下の群：共通フラビウイルスペプチド、ＺＩＫＶ特異的ペプチド、及びＤＥＮＶ特異的ペプチドのうちの１つ以上からの少なくとも１つのペプチドを含む。

【0116】

様々な実施形態では、被験体のサンプルがペプチドと反応するかどうかを判定することは、当該ペプチドを認識又は結合することができる抗原結合タンパク質（例えば、抗体）が当該サンプル中に存在するかどうかを評価するために、イムノアッセイを行うことを含む。イムノアッセイの例としては、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、化学発光及び蛍光イムノアッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素結合免疫吸着スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）、Ｌｕｍｉｎｅｘベースのビーズアレイ、タンパク質マイクロアレイアッセイ、イムノクロマトグラフィー（ＩＣＧ）ベースのアッセイ、並びにイムノクロマトグラフィーストリップ検査等の迅速検査フォーマットが挙げられる。アッセイは、競合的及び非競合的なサンドイッチアッセイであってよい。

【0117】

幾つかの実施形態では、イムノアッセイは、例えば、直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ、競合ＥＬＩＳＡ、サンドイッチＥＬＩＳＡ等であるがこれらに限定されないＥＬＩＳＡを含む。幾つかの実施形態では、イムノアッセイは、サンドイッチＥＬＩＳＡを含む。使用する具体的なＥＬＩＳＡの適合性は、当業者の技能の範囲内であろう。しかし、本発明の例示として、幾つかの実施形態では、アッセイは、検出及び／又は定量されるＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗体又はこれらの断片が、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗体又はこれらの断片の抗体並びに／あるいはＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗原に結合する、非競合サンドイッチアッセイの形態である。幾つかの例では、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原は、例えばビオチンで標識されていてもよく、そして、任意のＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗体又はこれらの断片を捕捉するために、例えばビーズ、ウェル若しくは他の封入体の表面、チップ、又はストリップ等の固相に結合していてもよく、任意の捕捉されたＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗体を検出するために、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗体の抗体が使用される。検出抗体は、例えば、色素、放射性同位体、又は反応性若しくは触媒活性のある部分で標識されていてもよい。一例では、検出抗体は、セイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）で標識されており、可視化のためにテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）基質を添加してもよい。また、他の好適な標識及び基質を使用してもよいことが理解される。幾つかの例では、ストレプトアビジンでコーティングされたプレート（例えば、マイクロプレート、マイクロタイタープレート等）が、ビオチン標識されたＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原を捕捉するために使用され、これは、次に、任意のＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗体又はこれらの断片を捕捉するために使用され、そして、標識された抗免疫グロブリンが検出のために使用される。抗免疫グロブリンは、抗ＩｇＧ、抗ＩｇＭ、又は抗ＩｇＡであってよい。幾つかの例では、抗免疫グロブリンは、抗ヒトＩｇＭ、抗ヒトＩｇＧ、抗ヒトＩｇＧ１、抗ヒトＩｇＧ２、抗ヒトＩｇＧ３、及び／又は抗ヒトＩｇＧ４を含む。

【0118】

様々な実施態様では、サンプルは、生物学的サンプルを含む。様々な実施形態では、生物学的サンプルは、流体生物学的サンプル又は液体生物学的サンプルを含む。流体生物学的サンプル又は液体生物学的サンプルは、血液、血清、血漿、痰、洗浄液、脳脊髄液、尿、精液、汗、涙、唾液等であってよい。幾つかの実施形態では、流体生物学的サンプル又は液体生物学的サンプルは、全血、血清、血漿、又はこれらの加工された画分を含む。幾つかの実施形態では、流体生物学的サンプルは、血清又は血漿を含む。幾つかの実施形態では、流体生物学的サンプルは、抗体等の抗原結合タンパク質を含む。

【0119】

様々な実施形態では、サンプルは、急性期（病気発症後（ｐｉｏ）約２日～約７日）、早期回復期（ｐｉｏ約１０日～約１４日）、後期回復期（ｐｉｏ約１ヶ月）、早期快復期（ｐｉｏ約３ヶ月）、後期快復期（ｐｉｏ約５ヶ月～約６ヶ月）、又は完全快復期（ｐｉｏ約１年）中に被験体から回収されたサンプルを含む。幾つかの実施形態では、被験体が、発熱、関節炎／関節痛、皮疹、結膜炎、関節痛、頭痛、ギラン・バレー症候群（ＧＢＳ）、及び先天性中枢神経系（ＣＮＳ）異常等、ＺＩＫＶ感染に関連する症状を示したときに、被験体からサンプルを回収する。幾つかの実施形態では、被験体がＺＩＫＶ感染について無症候性であるか又は無症候性になっているときに、被験体からサンプルを回収する。幾つかの実施形態では、被験体が、発熱（典型的には、高熱）、頭痛、筋肉、骨、及び関節の疼痛、吐き気、嘔吐、目の奥の痛み、腺の腫れ、発疹、激しい腹痛、持続的な嘔吐、歯茎又は鼻からの出血、尿、便、又は嘔吐物中の血液、皮下出血、呼吸困難又は呼吸促迫、寒冷皮膚（ショック）、疲労感、並びに易刺激性又は不穏状態等、ＤＥＮＶ感染に関連する症状を示したときに、被験体からサンプルを回収する。幾つかの実施形態では、被験体がＤＥＮＶ感染について無症候性であるか又は無症候性になっているときに、被験体からサンプルを回収する。

【0120】

様々な実施形態では、方法は、診断法又は予後判定法を含む。例えば、被験体のサンプルとペプチドとの反応は、被験体におけるＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染の指標となり得る。例えば、被験体のサンプルの反応レベルがそれ以前のサンプル（例えば、同じ被験体からより早い時点で回収されたサンプル）に比べて低下していることは、被験体におけるＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染の予後の指標となり得る。

【0121】

様々な実施形態では、方法は、高い感度及び／又は特異度を有する。様々な実施形態では、方法は、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又は少なくとも約１００％の感度を有する。

【0122】

様々な実施形態では、方法は、少なくとも約５０％、少なくとも約５５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８１％、少なくとも約８２％、少なくとも約８３％、少なくとも約８４％、少なくとも約８５％、少なくとも約８６％、少なくとも約８７％、少なくとも約８８％、少なくとも約８９％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、又は少なくとも約１００％の特異度を有する。

【0123】

様々な実施形態では、方法は、インビトロ又はエクスビボの方法を含む。

【0124】

幾つかの実施形態では、方法は、フラビウイルス感染を他の感染、例えば、細菌感染、他のウイルス感染、又は他の非フラビウイルス感染と識別／区別することができる。幾つかの実施形態では、方法は、フラビウイルス感染を、フラビウイルス感染と類似の症状（複数可）を共有する他の感染と識別／区別することができる。例えば、方法は、フラビウイルス感染をインフルエンザ、チクングニア感染、マラリア、腸チフス等と識別／区別することができる。幾つかの実施形態では、方法は、ＺＩＫＶ感染及び／又はＤＥＮＶ感染を他のフラビウイルス感染と区別することができる。幾つかの実施形態では、方法は、ＺＩＫＶ感染をＤＥＮＶ感染と、及び／又はＤＥＮＶ感染をＺＩＫＶ感染と区別することができる。

【0125】

幾つかの実施形態では、被験体におけるフラビウイルス感染を他の感染と区別する方法であって、当該被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５を与えることができるペプチドと反応するかどうかを判定することを含む方法が提供される。幾つかの実施形態では、被験体におけるＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染を他のフラビウイルス感染と区別する方法であって、当該被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５を与えることができるペプチドと反応するかどうかを判定することを含む方法が提供される。幾つかの実施形態では、被験体におけるＺＩＫＶ感染をＤＥＮＶ感染と、及び／又はＤＥＮＶ感染をＺＩＫＶ感染と区別する方法であって、当該被験体のサンプルが、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≧０．１を与えることができるペプチドと反応するかどうかを判定することを含む方法が提供される。

【0126】

幾つかの実施形態では、被験体におけるＺＩＫＶ感染をＤＥＮＶ感染と区別する方法であって、当該被験体のサンプルが、配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）のペプチド；これと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部と反応するかどうかを判定することを含み、当該サンプルが当該ペプチド又はその一部と反応する場合、当該被験体はＺＩＫＶ感染治療の適応となる；及び／あるいは当該被験体のサンプルが、配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）のペプチド；これと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部と反応するかどうかを判定することを含み、当該サンプルが当該ペプチド又はその一部と反応する場合、当該被験体はＤＥＮＶ感染治療の適応となる方法が提供される。

【0127】

幾つかの実施形態では、方法は、被験体がフラビウイルス感染、ＺＩＫＶ感染、及び／又はＤＥＮＶ感染治療の適応となる場合、被験体にＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ治療レジメンを施すことを更に含む。

【0128】

幾つかの実施形態では、方法は、被験体がＺＩＫＶ感染及び／又はＤＥＮＶ感染治療の適応となる場合、被験体にＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ治療レジメンを施すことを更に含む。従って、幾つかの実施形態では、フラビウイルス感染、ＺＩＫＶ感染、及び／又はＤＥＮＶ感染を治療する方法であって、被験体のサンプルがペプチドと反応するかどうかを判定することを含み、当該サンプルがペプチドと反応する場合、被験体にＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶの治療レジメンを施す方法が提供される。

【0129】

幾つかの実施形態では、共通フラビウイルス抗原／エピトープ、ＺＩＫＶ特異的抗原／エピトープ、及び／又はＤＥＮＶ特異的抗原／エピトープを同定する方法であって、試験ペプチド及びその対応するペプチドを、結合に好適な条件下でＺＩＫＶ誘導抗原結合タンパク質及びＤＥＮＶ誘導抗原結合タンパク質と接触させることと、相対結合能を求めることと、を含み、相対結合能が≦０．０５である場合、試験ペプチドは共通フラビウイルス抗原／エピトープであると同定され、相対的結合能が≧０．１である場合、試験ペプチドはＺＩＫＶ特異的抗原／エピトープ又はＤＥＮＶ特異的抗原／エピトープであると同定される方法が提供される。

【0130】

幾つかの実施形態では、方法は、試験ペプチド及び／又は対応するペプチドとして使用するために、フラビウイルス、例えばＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶから短い線状ペプチド、任意で短い重複する線状ペプチドのライブラリを作製することを更に含む。幾つかの実施形態では、方法は、ＥＬＩＳＡ法を含む。

【0131】

様々な実施形態では、被験体におけるジカウイルス、デングウイルス、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定するためのキットであって、本明細書に開示されている１つ以上のペプチドを含むキットが提供される。幾つかの実施形態では、被験体におけるジカウイルス、デングウイルス、及びこれらの組み合わせから選択されるフラビウイルス感染を同定するためのキットであって、相対結合能ＢＣ_{ｒｅｌａｔｉｖｅ}≦０．０５又は≧０．１を与えることができるペプチドを含み、

【0132】

【数10】

【0133】

ペプチドＰが、ＺＩＫＶ由来ペプチドを含む場合、

【0134】

【数11】

【0135】

であり、
ペプチドＰが、ＤＥＮＶ由来ペプチドを含む場合、

【0136】

【数12】

【0137】

であるキットが提供される。

【0138】

キットの様々な実施形態では、ペプチドは、：配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）からなる群から選択される１つ以上のＺＩＫＶ由来ペプチド；これらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部；及び／あるいは配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）からなる群から選択される１つ以上のＤＥＮＶ由来ペプチド；又はこれらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部を含む。

【0139】

また、キットは、抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの捕捉剤でコーティングされたプレート並びに捕捉された抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの存在を検出するための検出剤とのうちの１つ以上を更に含んでいてもよい。捕捉及び検出剤は、独立して、精製されたＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗原、抗ＺＩＫＶ及び／若しくは抗ＤＥＮＶの抗体、又は抗免疫グロブリンから選択してよい。抗免疫グロブリンは、抗ＩｇＡ、抗ＩｇＭ、抗ＩｇＧ、抗ＩｇＧ１、抗ＩｇＧ２、抗ＩｇＧ３、及び抗ＩｇＧ４、抗ヒトＩｇＡ、抗ヒトＩｇＭ、抗ヒトＩｇＧ、抗ヒトＩｇＧ１、抗ヒトＩｇＧ２、抗ヒトＩｇＧ３、及び抗ヒトＩｇＧ４のうちの１つ以上であってよい。幾つかの実施形態では、捕捉剤は、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原を含み、検出剤は、標識された抗免疫グロブリンを含む。幾つかの実施形態では、捕捉剤は、抗免疫グロブリンを含み、検出剤は、標識されたＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原を含む。幾つかの実施形態では、捕捉剤及び検出剤は、ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原及び／又は抗免疫グロブリンを含む。幾つかの実施形態では、捕捉剤及び検出剤は、（ｉ）ＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原と、標識された抗免疫グロブリンのうちの１つ以上、並びに（ｉｉ）抗免疫グロブリンと、標識されたＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原からなる群から選択される。

【0140】

幾つかの実施形態では、キットは、抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの捕捉剤でコーティングされたプレート、並びに捕捉された抗ＺＩＫＶ及び／又は抗ＤＥＮＶの存在を検出するための検出剤のうちの１つ以上を更に含み、当該捕捉剤及び当該検出剤は、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ抗原及び／又は抗免疫グロブリンを含む。

【0141】

キットは、診断用キットであっても、予後判定用キットであってもよい。

【0142】

様々な実施態様では、被験体は、哺乳類を含む。様々な実施形態では、被験体は、ヒト被験体を含む。様々な実施形態では、被験体は、アジア人被験体を含む。幾つかの実施形態では、被験体は、東南アジア人被験体を含む。様々な実施形態では、被験体（東南アジア人被験体であろうとなかろうと）は、アジアで、又は任意で東南アジアでフラビウイルスに感染している。東南アジア諸国は、インドネシア、マレーシア、シンガポール、フィリピン、東ティモール、ブルネイ、カンボジア、ラオス、ミャンマー（ビルマ）、タイ、及びベトナムを含む。

【0143】

ＺＩＫＶは、アフリカ若しくはアジアの株であってよい、アフリカ若しくはアジアの遺伝子型を有している、又はアフリカ若しくはアジアの系統であってよい。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶは、アジア株、任意で東南アジア株を含む。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶは、アジア遺伝子型、任意で東南アジア遺伝子型を含む。幾つかの実施形態では、ＺＩＫＶは、アジア系統、任意で東南アジア系統のＺＩＫＶを含む。アジアＺＩＫＶ株／アジア遺伝子型を有するＺＩＫＶ／アジア系統のＺＩＫＶの非限定的な例としては、Ｈ／ＰＦ／２０１３（ＫＪ７７６７９１）、ＳＰＨ２０１５、ＰＲＶＡＢＣ５９、Ｒ１０３４５１、Ｐ６－７４０、及びＦＳＳ１３０２５が挙げられる。アフリカＺＩＫＶ株／アフリカ遺伝子型のＺＩＫＶ／アフリカ系統のＺＩＫＶの非限定的な例としては、ＭＲ－７６６及びＤａｋＡｒ４１５２４が挙げられる。

【0144】

ＤＥＮＶは、血清型１（ＤＥＮＶ－１）、２（ＤＥＮＶ－２）、３（ＤＥＮＶ－３）、若しくは４（ＤＥＮＶ－４）、又は１つ以上の血清型のコンセンサス配列であってよい。ＤＥＮＶ－１は、遺伝子型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ（ｓｙｌｖａｔｉｃ）、ＩＶ、Ｖ、及びＶＩであってよい。ＤＥＮＶ－２は、Ａｓｉａｎ－Ｉ、Ａｓｉａｎ－ＩＩ、Ａｓｉａｎ／Ａｍｅｒｉｃａｎ、Ａｍｅｒｉｃａｎ、Ｃｏｓｍｏｐｏｌｉｔａｎ、ｓｙｌｖａｔｉｃのいずれであってもよい。ＤＥＮＶ－３は、遺伝子型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、及びＶであってよい。ＤＥＮＶ－４は、遺伝子型Ｉ、ＩＩＡ、ＩＩＢ、ＩＩＩ、及びｓｙｌｖａｔｉｃであってよい。幾つかの実施形態では、ＤＥＮＶは、アジアの国、任意で東南アジアの国で発見された、及び／又は当該国を起源とする、及び／又は当該国で優勢な株／遺伝子型／系統のＤＥＮＶを含む。このようなＤＥＮＶの非限定的な例としては、ＫＲ２９６７４３株、ＫＦ９７３４８７株、ＥＵ０８１１８１株、ＫＦ０４１２５４株、ＪＦ８０８１２０株、ＪＦ８０８１２１株、ＫＪ１８９２９３株、ＫＣ７６２６９２株、ＫＣ４２５２１９株、ＫＪ８３０７５１株、ＫＦ９７３４７９株、及びＡＹ０９９３３６株が挙げられる。

【0145】

様々な実施形態では、本明細書に開示されているペプチドを含むペプチド、任意で単離ペプチドが提供される。様々な実施形態では、配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）からなる群から選択されるペプチド、任意で単離ペプチド；又はこれらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部が提供される。

【0146】

様々な実施形態では、本明細書に開示されているペプチドを含む組成物、任意で免疫系調節組成物、更に任意で免疫系刺激／活性化組成物、更に任意でワクチン組成物が提供される。組成物は、被験体に投与された場合、被験体におけるフラビウイルス及び／又はＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染に対する免疫応答を刺激する、例えば、増加させる、増幅させる、又はブーストすることができる。様々な実施形態では、組成物は、被験体への投与後に当該被験体におけるフラビウイルス及び／又はＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ感染に対する免疫応答を少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約１００％、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、少なくとも約６倍、少なくとも約７倍、少なくとも約８倍、少なくとも約９倍、又は少なくとも約１０倍増加させることができる。幾つかの例では、被験体の免疫応答は、被験体からのサンプル中のＺＩＫＶ及び／又はＤＥＮＶ抗原結合タンパク質の量を測定することによって判定することができる。組成物は、アジュバントを更に含んでいてもよい。好適なアジュバントの例としては、水酸化アルミニウム及びリン酸アルミニウムが挙げられ、これらは、投与されたときに身体の免疫応答を高めることができる。

【0147】

幾つかの実施形態では、配列番号７（ＬＤＥＧＶＥＰＤＤＶＤＣＷＣＮＴＴ）；配列番号３６（ＳＶＥＧＥＬＮＡＩＬＥＥＮＧＶＱ）；配列番号３８（ＧＫＳＹＦＶＲＡＡＫＴＮＮＳＦＶＶＤ）；配列番号３９（ＧＤＴＬＫＥＣＰＬＫＨＲＡＷＮＳＦＬ）；配列番号４６（ＫＶＨＶＥＥＴＣＧＴＲＧＰＳＬＲＳＴ）；配列番号４９（ＥＣＴＭＰＰＬＳＦＲＡＫ）；配列番号３（ＳＦＰＴＴＬＧＭＮＫＣＹＩＱＩＭＤＬ）；配列番号２６（ＧＡＬＥＡＥＭＤＧＡＫＧＲＬＳＳＧＨ）；配列番号３２（ＦＫＳＬＦＧＧＭＳＷＦＳＱＩＬＩＧＴ）；配列番号９（ＹＧＴＣＨＨＫＫＧＥＡＲＲＳＲ）；配列番号１７（ＰＥＮＬＥＹＲＩＭＬＳＶＨＧＳＱＨＳ）；配列番号４３（ＲＥＧＹＲＴＱＭＫＧＰＷＨＳＥＥＬＥ）；配列番号４５（ＩＲＦＥＥＣＰＧＴＫＶＨＶＥＥＴＣＧ）；配列番号５８（ＨＩＴＥＶＥＰＥＤＩＤＣＷＣＮＬＴ）；配列番号８７（ＱＩＡＮＥＬＮＹＩＬＷＥＮＮＩＫ）；配列番号８９（ＧＫＡＫＩＶＴＡＥＴＱＮＳＳＦＩＩＤ）；配列番号９０（ＧＰＮＴＰＥＣＰＳＡＳＲＡＷＮＶＷＥ）；配列番号９７（ＴＶＶＩＴＥＮＣＧＴＲＧＰＳＬＲＴＴ）；配列番号１００（ＳＣＴＬＰＰＬＲＹＭＧＥ）；配列番号５４（ＬＦＫＴＡＳＧＩＮＭＣＴＬＩＡＭＤＬ）；配列番号７７（ＧＡＴＥＩＱＮＳＧＧＴＳＩＦＡＧＨ）；配列番号８３（ＹＴＡＬＦＳＧＶＳＷＶＭＫＩＧＩＧＶ）；配列番号６０（ＴＳＴＷＶＴＹＧＴＣＮＱＡＧ）；配列番号６８（ＹＥＮＬＫＹＴＶＩＩＴＶＨＴＧＤＱＨ）；配列番号９４（ＲＰＧＹＨＴＱＴＡＧＰＷＨＬＧＫＬＥ）；配列番号９６（ＬＤＦＮＹＣＥＧＴＴＶＶＩＴＥＮＣＧ）からなる群から選択されるペプチド；又はこれらと少なくとも７５％の配列同一性を共有しているペプチド；又はこれらと１個、２個、３個、若しくは４個のアミノ酸が異なるペプチド；又はこれらの一部を含む組成物、任意で免疫調節組成物、更に任意で免疫系刺激／活性化組成物、更に任意でワクチン組成物が提供される。

【0148】

様々な実施形態では、被験体において免疫応答を誘導する方法であって、組成物、任意で免疫調節組成物、更に任意で免疫系刺激／活性化組成物、更に任意でワクチン組成物を被験体に投与することを含む方法が提供される。

【0149】

様々な実施形態では、本明細書に記載の方法、キット、ペプチド、又は組成物が提供される。

【実施例】

【0150】

本開示の例示的な実施形態は、以下の議論から、また適用可能な場合には図面と併せて、当業者により深く理解され、容易に明らかになるであろう。本発明の範囲を逸脱することなく、構造的、電気的、及び光学的な変更に関連する他の改変を行うことができることを理解すべきである。例示的な実施形態は、一部は１つ以上の実施形態と組み合わせて新規の例示的な実施形態を形成することができるので、必ずしも相互に排他的ではない。

【0151】

ＺＩＫＶ患者はロバストかつ保護的な体液性応答を生じさせる
まず、ビリオンベースのＥＬＩＳＡを用いて、シンガポール及びアジアの幾つかの地域で同時に流行している３つの主なアルボウイルスであるＺＩＫＶ、ＤＥＮＶ、及びチクングンヤウイルス（ＣＨＩＫＶ）に対するＩｇＭ及びＩｇＧの存在について、４５人の健常ドナーをスクリーニングした。３つのウイルス全てにおいて、割り当てられたカットオフ（平均＋ＳＤ）よりも低い抗体レベルを有していた２２人のドナー（図１ａ～ｂ）を健常対照プールとして使用し、ベースライン基準として設定した。

【0152】

２０１６年のシンガポールにおける大流行からのＺＩＫＶ患者の抗ＺＩＫＶ ＩｇＭ及びＩｇＧレベルを、ビリオンベースのＥＬＩＳＡを用いて長期的に評価した。患者の大多数が、ロバストなＺＩＫＶ特異的体液性応答を示した図２ａ～ｃ、図１ｃ）。抗ＺＩＫＶ ＩｇＭは、急性期（病気発症後（ｐｉｏ）２～７日）に早くも検出され、早期回復期（ｐｉｏ１０～１４日）にピークに達した後、快復期（ｐｉｏ３ヶ月～１年）中に減少した（図２ａ及びｃ、図１ｃ）。ＺＩＫＶ特異的ＩｇＧ抗体価は、早期回復期にピークに達し、後期快復期の間も高レベルで維持され、感染の１年後も検出可能なままであった（図２ｂ～ｃ、図１ｃ）。これら患者をＤＥＮＶ特異的抗体の存在についてもスクリーニングしたところ、患者の８０％が、急性期に採取したサンプルにおいて抗ＤＥＮＶ ＩｇＭ陰性であった（図１ｄ及び１ｆ）。しかし、患者の７５％が抗ＤＥＮＶ ＩｇＧを有することが判明し（図１ｅ～ｆ）、これは、ＩｇＭではなく、ＺＩＫＶのＩｇＧがＤＥＮＶと交差反応することを示唆している。

【0153】

次いで、ＺＩＫＶ患者によって産生されるＩｇＧアイソタイプを調べたところ、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧ１及びＩｇＧ３サブタイプの最も高い力価は、ＩｇＧ３については早期回復期に、そして、ＩｇＧ１については後期回復期に生じた（図２ｄ）。これら患者で産生された抗体がＺＩＫＶに対して保護的であるかどうかを調べるために、フローサイトメトリーを介した中和アッセイを実施した（図２ｅ～ｆ、図３ａ）。早期及び後期の回復期には効率的な中和（７１％～９３％）が観察された（図２ｅ）が、後期快復期及び完全快復期では弱い中和（３７％～４７％）しかみられなかった（図２ｆ）。ＺＩＫＶ患者の中和能は、抗ＺＩＫＶ ＩｇＧのレベルと相関していた（図１ｃ及び図９ａ）。これら患者由来の血漿は、ＤＥＮＶを最小限しか中和しなかった（図３ｂ）、ＺＩＫＶ特異性を示す。

【0154】

ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者由来の抗体によって認識される特異的Ｂ細胞線状エピトープの同定
まず、プールされた線状ＺＩＫＶペプチド及びコンセンサスＤＥＮＶペプチドを用いて、最も抗原性の高いフラビウイルス抗原であるｐｒＭ、Ｅ、ＮＳ１に対するペプチドベースのＥＬＩＳＡにおいて、特異的なＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのエピトープの予備マッピングを実施した。後期回復期に採取したＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の血漿／血清サンプルを使用したが、それは、この時点でＩｇＧレベルが最も高かったためである（図１ｃ）。結果は、具体的には、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのプロテオーム内で、２つの共通フラビウイルスプール（プール１及び２１）、６つの潜在的なＺＩＫＶ特異的プール（プール６、１０、１１、１６、１７、及び２４）、及び１つの潜在的なＤＥＮＶ特異的プール（プール１９）が同定されたことを示した（表１、図４）。

【0155】

【表1-1】

【0156】

【表1-2】

【0157】

その後、露出残基及び計算機による予測に基づいて選択的に設計された新規のペプチドを、その後の実験のために再度合成した（表２）。

【0158】

【表2-1】

【0159】

【表2-2】

【0160】

【表2-3】

【0161】

興味深いことに、結果は、プールペプチドと個々のペプチドとの間で差を示した（表３、図５）。

【0162】

【表3-1】

【0163】

【表3-2】

【0164】

【表3-3】

【0165】

これら差は、プールペプチドの干渉に起因している可能性があるが、単一のペプチドは、特異的結合をより強化することができた。それにもかかわらず、ＺＩＫＶ患者とＤＥＮＶ患者との間の結合能の相対差が０．０５未満であった６つの潜在的な共通フラビウイルスペプチドが同定された（ペプチド７、３６、３８、３９、４６、４９）（表３、図５、図６）。また、これらペプチドは、ＺＩＫＶペプチド配列とＤＥＮＶペプチド配列との間の近い類似性に基づいて選択された（表２）。更に、結合能の差が０．１よりも大きい３つの潜在的なＺＩＫＶ特異的ペプチド（ペプチド３、２６、及び３２）及び４つの潜在的なＤＥＮＶ特異的ペプチド（ペプチド９、１７、４３、及び４５）が同定された（表３、図５、図６）。

【0166】

ＺＩＫＶ患者によるエピトープ認識の経時変化
ＺＩＫＶ患者によるエピトープ認識の経時的変化を特性評価するために、急性期、後期回復期、及び完全快復期のＺＩＫＶ患者の血漿を用いて、共通フラビウイルスペプチド及びＺＩＫＶ特異的ペプチドをスクリーニングした。共通フラビウイルスのヒットについては、ＺＩＫＶ患者の６０％超が、後期回復期以降に６つのペプチド対を認識することができた（図７ａ）。しかし、急性期には、ペプチド７、３６、及び３８のみがＺＩＫＶ患者によって認識された（図７ａ）。結合能の点では、ペプチド７、３６、３８、及び４９において、経時的にＺＩＫＶ及びＤＥＮＶペプチド対の間で同等の結合が存在していた（図７ｂ）。

【0167】

ＺＩＫＶ特異的エピトープについては、ＺＩＫＶ患者サンプルの６０％超がペプチド３及び２６を認識することができ（図７ａ）、後期回復期には正のペプチド結合能を有していた（図７ｂ）。一方、ペプチド３２は、患者のサンプルによる強い認識を示した（図７ａ）ことに加えて、急性期から完全快復期までの様々な時点で高い結合能（図７ｂ）を示した。ウイルスタンパク質内の全ての潜在的なエピトープの局在を図７ｃ～ｆに示す。

【0168】

患者コホートを用いたエピトープの評価
同定されたエピトープの診断性能を評価するために、ＤＥＮＶ、細菌、又は不明の感染を有していたタイコホートからの患者血清サンプルを用いて１３個のペプチドをスクリーニングした。また、シンガポールのＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の無作為化選択の結果も並行して分析した（表４）。

【0169】

【表4-1】

【0170】

【表4-2】

【0171】

興味深いことに、結果は、各ペプチドごとに広範囲に及ぶ特異度及び感度を示した（表５、図８ａ）。

【0172】

【表5-1】

【0173】

【表5-2】

【0174】

Ｅタンパク質のドメインＩ／ＩＩ（ＥＤＩ／ＩＩ）におけるＺＩＫＶ特異的ペプチド２６（アミノ酸残基２７１～２８８）が、最も優れた感度及び特異度のプロファイルを有していた（それぞれ８０％及び８５．７％）（表５、図８ａ）。とはいえ、８つのペプチド（共通フラビウイルスペプチド３６、３８、４６、４９；ＺＩＫＶ特異的ペプチド３、２６、３２；及びＤＥＮＶ特異的ペプチド９）は、５０％を超える感度及び特異度を示した（表５、図８ａ）ので、更なる評価のために選択した。これらペプチドを用いて患者を「診断」し（表６）、エピトープのグループ分けに基づくペプチドの組み合わせの性能をまとめて判定した（表５、図８ｂ）。

【0175】

【表6-1】

【0176】

【表6-2】

【0177】

【表6-3】

【0178】

共通フラビウイルス群及びＤＥＮＶ特異的群は中程度の測定値を示したが、ＺＩＫＶ特異的ペプチドミックスは９６．４％というロバストな特異度を示した（表５、図８ｂ）。更に、患者の抗ペプチドＩｇＧ応答を主成分分析（ＰＣＡ）でプロットしたところ、診断及びコホートの異なる患者が別々のクラスターを形成しており、ＺＩＫＶ患者は健常対照と比べて際立っていることが観察された（図８ｃ）。識別力を有するペプチドを同定するために、陽性ペプチドの結合能を算出した。ウイルス特異的なＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのエピトープは有意に異なっていた（図８ｄ）。ペプチド３２（Ｅタンパク質上のアミノ酸残基４５３～４７０）が最も性能の優れたＺＩＫＶ特異的エピトープであり、シンガポールのＺＩＫＶ患者をタイの細菌及び不明の感染と区別することができた（図８ｄ～ｅ）。ＤＥＮＶ特異的ペプチド９（ｐｒＭのアミノ酸残基７８～９２）を用いて、シンガポールのＤＥＮＶ患者をタイの細菌感染患者と区別することができた（図８ｅ）。全体として、ＤＥＮＶ患者とＺＩＫＶ患者とを鑑別するための最適な差次的エピトープを同定することができた。

【0179】

結論
ＺＩＫＶ患者は、高レベルのＺＩＫＶ特異的ＩｇＧ抗体を産生することが示された。具体的には、ＩｇＧ１及びＩｇＧ３は、ＺＩＫＶ感染後に誘導されるサブクラスであり、ＤＥＮＶ感染患者と非常に類似していた。このコホートの患者は、フラビウイルス間の交差反応性が高レベルであることから検出可能なＤＥＮＶ ＩｇＧレベルを有していたが、ＤＥＮＶの中和はＺＩＫＶに比べて著しく効率が低く、これは、抗体がＺＩＫＶ特異的であることを示す（図２ｅ～ｆ、図３）。この観察結果は、ニカラグア、スリランカ、及びタイの患者のＺＩＫＶ中和抗体のプロファイルが過去のＤＥＮＶ感染の影響を受けなかったという別の研究でも裏付けられている。それにもかかわらず、ウイルス感染強化の関与の可能性を考慮することは避けられない。更に、本発明者らの研究では、抗体依存性増強（ＡＤＥ）の発生を示唆するような重篤な症状を示したＺＩＫＶ患者はおらず、同様の観察結果がブラジルからも報告されている。

【0180】

Ｂ細胞エピトープマッピングから同定されたペプチドは、患者及び動物モデルの抗体からフラビウイルスＥ、ｐｒＭ ＮＳ１、及びＮＳ３抗原において報告されている。抗原性エピトープの同定及び交差反応性エピトープの特性評価は、ワクチン及び免疫診断の開発において極めて重要である。ＺＩＫＶとＤＥＮＶとを鑑別するためのＮＳ１抗原の特異性については様々な報告で示されているが、本開示で同定された共通フラビウイルスペプチドの大部分はＮＳ１タンパク質におけるものであり、これは恐らくフラビウイルス間でＮＳ１の領域が保存されているためである。例えば、南米の他の患者コホートでは、共通フラビウイルスペプチド３６（アミノ酸残基７０～８５）、３８（アミノ酸残基１１９～１３６）、及び４９（アミノ酸残基３１５～３２６）がＺＩＫＶ特異的であると同定されている。しかし、これらペプチドが、黄熱ウイルス（ＹＦＶ）及び日本脳炎ウイルス（ＪＥＶ）等の全てのフラビウイルスを検出するために使用できるかどうかは、未だ不明である。

【0181】

同定された差次的なＺＩＫＶ及びＤＥＮＶエピトープは、ｐｒＭ、Ｅ、及びＮＳ１にくわたって位置していた。注目すべきは、ＤＥＮＶ特異的ペプチド１７（アミノ酸残基１３１～１４９）及びＺＩＫＶ特異的ペプチド２６は、Ｅ糖タンパク質のＥＤＩ及びＥＤＩＩにみられ、これらはＺＩＫＶとＤＥＮＶとの間でそれぞれ３５％及び５１％のアミノ酸の同一性を共有しているが、ＺＩＫＶ特異的ペプチド３２は、アンカー領域の膜貫通ドメインにみられる（図７ｅ）。興味深いことに、ペプチド３２（アミノ酸残基４５３～４７０）は、ＤＥＮＶ－２感染患者の免疫血清について記載されたＤＥＮＶ－２エピトープ（アミノ酸残基４５１～４６８）と重複する領域にマッピングされる。ＺＩＫＶ特異的ペプチド３２及びＤＥＮＶ－２等価エピトープの計算機による解析は、これらがウイルス粒子に対して中程度の接触性を維持していることを示した。これらは共有している配列の同一性が低い（４３．７５％）ため、このエピトープは構造的に異なり、従って、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ特異的抗体によって異なって認識される可能性がある。また、同定されたペプチド、特にペプチド２６及び３２のＺＩＫＶワクチンの標的としての使用を評価することも有用である。興味深いことに、これらＺＩＫＶ及びＤＥＮＶペプチド対の配列が類似しているにもかかわらず（表２）、ＺＩＫＶ患者とＤＥＮＶ患者とを区別することができた。更に、異なる病期のＺＩＫＶ患者は異なるペプチド認識を有するため、今回の設定では、患者のＺＩＫＶ特異的抗体のレベルとは無関係に、任意の時点でＺＩＫＶ感染を同定することができた（図９ｂ～Ｃ）。しかし、同定されたエピトープは、成人患者のサンプルを用いてスクリーニングされ、検証されたものであることに鑑みて、これらエピトーププロファイルが他の患者コホート、特にブラジルのＺＩＫＶ感染妊婦でどのように機能するかを評価することが重要である。

【0182】

同定された推定エピトープは、３８の患者サンプルで予備診断的に評価された。興味深いことに、シンガポールのＤＥＮＶ患者及びタイのＤＥＮＶ患者は、ＰＣＡにおいて一緒にクラスターを形成していなかった（図８ｃ）。検証のために選択されたシンガポールのＤＥＮＶ患者の大部分が、ＤＥＮＶ感染の重篤な徴候の臨床的特徴である中等度から重度の血漿漏出を有していたが、タイのＤＥＮＶ患者は軽度の症状を示した（未発表のデータ）。従って、本発明者らのアッセイにおいて後者が「陰性」だったのは、異なるＤＥＮＶの病状におけるエピトープ認識の違い、並びにシンガポール及びタイで流行しているウイルスの株統の違いに起因している可能性がある。それにもかかわらず、血清型特異的ＤＥＮＶエピトープを同定するには、更なる改良が必要である。

【0183】

更に、これら結果と計算機で予測された診断ペプチド領域とを比較すると、違いが明らかになった。まず、計算機で予測されたペプチド領域の大部分はＺＩＫＶ特異的ではなかった。例えば、ＮＳ１ペプチド３６は差次的であると予測されたが、実際には共通フラビウイルスであった。更に、ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶの両方を認識すると予測されたＥ糖タンパク質のペプチド２６は、本開示においてＺＩＫＶ特異的であることが示された。様々なアプローチにおける違いにもかかわらず、計算機による予測は有用なツールであり続けている。

【0184】

全体的に、本開示は、ＺＩＫＶに対するヒトの抗体応答についての重要な価値のある情報及びエピトープの交差反応性に関する洞察を提供する。注目すべきは、有望な診断有効性を有する幾つかの新規の差次的なＺＩＫＶ及びＤＥＮＶエピトープが、ｐｒＭ及びＥタンパク質において同定されたことである。これら結果は、診断薬又はワクチンの開発に有用な洞察を与える。

【0185】

方法
倫理宣言
ヘルシンキ宣言の趣旨に則り、参加者から書面によるインフォームド・コンセントを得た。シンガポールのＺＩＫＶ（２０１６年～２０１８年）及びＤＥＮＶ（２０１０年～２０１２年）患者コホートの研究プロトコルは、それぞれＳｉｎｇＨｅａｌｔｈ Ｃｅｎｔｒａｌｉｓｅｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄ（ＣＩＲＢ Ｒｅｆ２０１６／２２１９）及びＮａｔｉｏｎａｌ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｇｒｏｕｐ（ＮＨＧ）Ｄｏｍａｉｎ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄ（ＤＳＲＢ－Ｅ－２００９／４３２）によって承認された。シンガポールの健常ドナー（２０１０年～２０１５年）及びタイの患者（２０１１年～２０１３年）の検体は、それぞれ承認番号ＮＵＳ－ＩＲＢ ０９－２５６及びＮＵＳ－ＩＲＢ １０－４４５；ＭＵＴＭ ２０１１－００８－０１、ＯＸＴＲＥＣ ４２－１０、及びＴＣＡＢ－０１－１１の研究ガイドラインに従って収集した。

【0186】

研究対象及びサンプル回収
シンガポールのＺＩＫＶ患者
２０１６年のＺＩＫＶ大流行中の被験体からの検体回収については、既述の通りであった^３０。簡潔に述べると、全血又は尿においてＺＩＫＶについてのＲＴ－ＰＣＲが陽性であり、かつＤＥＮＶのＲＴ－ＰＣＲが陰性であった６５名の患者を登録した。全血検体は、末梢静脈穿刺後にＥＤＴＡでコーティングされたバキュテイナチューブ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ，Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ，ＮＪ，ＵＳＡ）に回収し、１２０００ｒｐｍで１０分間遠心分離した。血漿を回収し、５６℃で３０分間熱不活化した後、－８０℃で保存した。以下の６つの時点にわたって検体を得た：（１）急性期［病気発症後（ｐｉｏ）２～７日］、（２）早期回復期（ｐｉｏ１０～１４日）、（３）後期回復期（ｐｉｏ１ヶ月）、（４）早期快復期（ｐｉｏ３ヶ月）、（５）後期快復期（ｐｉｏ５～６ヶ月）、（６）完全快復期（ｐｉｏ１年）。

【0187】

シンガポールのＤＥＮＶ患者
本研究では、ＺＩＫＶの大流行前に回収された２０名のＤＥＮＶ患者の血清サンプル（２０１０年～２０１２年）を使用した。患者は、入院時にＤＥＮＶ ＰＣＲ及び／又はＮＳ１について陽性であり、かつ血清型不明患者１名、ＤＥＮＶ－１患者６名、ＤＥＮＶ－２患者７名、ＤＥＮＶ－３患者３名、及びＤＥＮＶ－４患者３名の組み合わせであった。使用した血清サンプルは、後期回復期（ｐｉｏ２１～３７日）に入手した。

【0188】

タイの患者
Ｓｈｏｋｌｏ Ｍａｌａｒｉａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｕｎｉｔ（ＳＭＲＵ）で行われた未分化型熱研究からアーカイブされた血清サンプルを使用した。５名のＤＥＮＶ患者は、ゴールドスタンダードのペア血清検査によって確認され、１名を除いて全員がＤＥＮＶ ＰＣＲ陽性であった。５名の細菌感染患者は、レプトスピラ症、ツツガムシ病、ネズミチフス、又は肺炎連鎖球菌感染症、又は上記の組み合わせと診断され、全員がＤＥＮＶ ＰＣＲ並びにＤＥＮＶ ＮＳ１、ＩｇＭ、及びＩｇＧ ＲＤＴ陰性であった。診断名が不明の８名の患者は、血清学的検査、血液培養、及びＰＣＲにより上記の病原体について陰性であった。使用した回復期の血清サンプルは、ｐｉｏ１４～２０日に回収した。

【0189】

ウイルス
ＺＩＫＶポリネシア分離株（Ｈ／ＰＦ／２０１３）は、Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｖｉｒｕｓ Ａｒｃｈｉｖｅ（ＥＶＡ，Ｍａｒｓｅｉｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅ）から入手した。東南アジアで蔓延しているのでＤＥＮＶ－３を基準血清型として使用し、これはＮａｔｉｏｎａｌ Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＮＰＨＬ），Ｓｉｎｇａｐｏｒｅから供与された。ＣＨＩＫＶ ＳＧＰ０１１は、シンガポールの患者から単離された。ウイルスは、ＶｅｒｏＥ６細胞（ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）で増殖させ、超遠心分離を介して精製した後、ＶｅｒｏＥ６細胞で標準的なプラークアッセイによって力価を測定した。

【0190】

ビリオンベースのＥＬＩＳＡ
既述の通り^{１８、２４～２７}、ビリオンベースのＥＬＩＳＡによって抗体価を求めた。簡潔に述べると、精製したウイルスを９６ウェルｍａｘｉｓｏｒｐマイクロタイタープレートに一晩固定化した（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）。３７℃で１．５時間、５％スキムミルク（ナカライテスク、京都、日本）を含有する０．０５％ＰＢＳＴ［ＰＢＳ中０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓａｉｎｔ Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）］でウェルをブロッキングした。２．５％ミルクを含むＰＢＳＴ中で調製した１：２００～１：８０００希釈の熱不活化された患者及びプール健常対照血漿サンプルを３７℃で１時間インキュベートした。検出には、ＨＲＰコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＭ又はＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）又はマウス抗ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｃｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）抗体を用いた。ＴＭＢ（３，３，５，５－テトラメチルベンジジン）基質（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を用いて反応物を呈色し、停止試薬（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）で反応を終了させ、マイクロプレートオートリーダー（Ｔｅｃａｎ，Ｍaｎｎｅｄｏｒｆ，Ｚuｒｉｃｈ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）１８、２４～２７で４５０ｎｍにおける吸光度を測定した。ＥＬＩＳＡの読み取りは、トリプリケート又はデュープリケートで行った。

【0191】

血清中和
ＺＩＫＶ患者由来の抗体の中和能を、フローサイトメトリーを介して求めた。簡潔に述べると、１：５００、１：１０００、及び１：２０００希釈したプール患者及び健常血漿サンプルを、ＭＯＩ １０のＺＩＫＶ又はＤＥＮＶ－３と共に３７℃で２時間、穏やかに撹拌しながら（３５０ｒｐｍ）インキュベートした。次いで、ウイルス－抗体懸濁液を３７℃でＨＥＫ ２９３Ｔ細胞（ＡＴＣＣ）にデュープリケートで添加した。２時間後、培地を除去し、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ；ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ，ＵＳＡ）を含むダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ；ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を添加した。４８時間後、細胞を収集し、ＺＩＫＶ ＮＳ３タンパク質特異的ウサギポリクローナル抗体又はＤＥＮＶヒトモノクローナル抗体１Ｂ２５を用いて既述の通り^５４染色し、それぞれフルオロフォアタグ付きヤギ抗ウサギ又は抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で対比染色した。細胞は、ＭａｃｓＱｕａｎｔ Ａｎａｌｙｓｅｒ １０（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ－Ｂｉｏｔｅｃ，Ｂｅｒｇｉｓｃｈ Ｇｌａｄｂａｃｈ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて取得した。アッセイは、２回の独立した実験においてデュープリケートで行った。フローサイトメトリーの結果を、ＦｌｏｗＪｏ（バージョン１０．４．１、Ｔｒｅｅ Ｓｔａｒ Ｉｎｃ，Ａｓｈｌａｎｄ，ＯＲ，ＵＳＡ）を用いて分析した。患者及びプール健常の中和アッセイのデータを、それぞれの未治療感染を用いて正規化し、ウイルスのみの対照感染の割合として算出した。

【0192】

エピトープの決定
線状ペプチドライブラリー
ｐｒＭ、Ｅ、及びＮＳ１タンパク質のビオチン化された線状ペプチドの設計に用いた配列は、ＺＩＫＶポリネシア分離株（ＫＪ７７６７９１）及びＤＥＮＶ－３株のコンセンサス配列（ＫＲ２９６７４３、ＫＦ９７３４８７、ＥＵ０８１１８１、ＫＦ０４１２５４、ＪＦ８０８１２０、ＪＦ８０８１２１、ＫＪ１８９２９３、ＫＣ７６２６９２、ＫＣ４２５２１９、ＫＪ８３０７５１、ＫＦ９７３４７９、及びＡＹ０９９３３６）に由来していた。ペプチドは、対応する配列のＺＩＫＶ及びＤＥＮＶペプチド対として生成した。予備的なエピトープのスクリーニングには、１８ｍｅｒの重複配列からなるペプチドのライブラリ（Ｍｉｍｏｔｏｐｅｓ，Ｍｕｌｇｒａｖｅ，Ｖｉｃｔｏｒｉａ，Ａｕｓｔｒａｌｉａ）を用いた。５つのペプチドを組み合わせて、１つのプールされたペプチドセットを形成した。患者のスクリーニング及び検証は、１１～２２ｍｅｒの長さを有する、より高純度のペプチド（（≧９０％、ＥＭＣ ｍｉｃｒｏｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎｓ ＧｍｂＨ，Ｔｕｅｂｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて行った（表２）。ペプチドをＤＭＳＯ（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）に溶解させて、原液濃度を３．７５μｇ／μＬとした。

【0193】

ペプチドベースのＥＬＩＳＡ
既述の通り^{２４、２５、２７}ペプチドベースのＥＬＩＳＡを介してエピトープの決定を行った。簡潔に述べると、ストレプトアビジンでコーティングされたプレート（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を、１％カゼイン酸ナトリウム（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）及び１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ；Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を含有する０．１％ＰＢＳＴ（ＰＢＳ中０．１％Ｔｗｅｅｎ－２０）を用いて４℃で一晩ブロッキングした後、ビオチン化ペプチド（０．１％ＰＢＳＴで１：１０００希釈）を添加し、続いて、熱不活性化されたプール健常対照及び患者の血漿／血清サンプル（０．１％ＰＢＳＴで１：２０００希釈）を添加した。ペプチドに結合している抗体の検出には、０．１％ブロッキングバッファーで調製したＨＲＰコンジュゲートヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）抗体（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を用いた。ＴＭＢ基質及び停止試薬（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を使用して呈色した後、４５０ｎｍにおける吸光度を測定した（Ｔｅｃａｎ）。全てのインキュベーション工程は、回転シェーカーを用いて室温で１時間行い、ＥＬＩＳＡの読み取りは、デュープリケートで行った。

【0194】

データ解析
ＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチドベースのＥＬＩＳＡ実験で得られたＯＤ値を、まずプール健常ドナーの平均ＯＤ値に対して正規化した。正規化された応答が１．０１超である場合、患者サンプルを陽性であるとみなした。その後、［（ＺＩＫＶペプチド応答－ＤＥＮＶペプチド応答）／ＤＥＮＶペプチド応答］として、正規化した値を用いてペプチド結合能を算出した。正の値を有する結合能は、ＺＩＫＶペプチドに対してサンプルが優先的に結合することを意味し、一方、負の値は、対応するＤＥＮＶペプチドに対して優先的に結合することを意味する。ＺＩＫＶ患者及びＤＥＮＶ患者のペプチド対（すなわち、相補的な配列を有するＺＩＫＶ及びＤＥＮＶのペプチド）の平均ペプチド結合能の差を算出した。相対差が０．１以上であるペプチドは、対象となる差次的なＺＩＫＶ及びＤＥＮＶエピトープであると考えられるが、一方、差が０．０５以下でありかつペプチド対の間にアミノ酸類似性を共有しているペプチド（表２）は、共通フラビウイルスエピトープであると考えられる。

【0195】

データの可視化及び統計解析
Ｍｕｌｔｉ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ Ｖｉｅｗｅｒ（バージョン４．８、Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｓｕｉｔｅ ＴＭ４，Ｂｏｓｔｏｎ，ＭＡ，ＵＳＡ）を用いてヒートマップを作成した。構造の局在化のために、Ｐｈｙｒｅ（バージョン２、Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ，Ｌｏｎｄｏｎ，ＵＫ）５５を用いてＺＩＫＶ ｐｒＭのシミュレーションを行った。ＤＥＮＶ－３ ｐｒＭ、ＺＩＫＶ Ｅ糖タンパク質、ＤＥＮＶ－３ Ｅ糖タンパク質、ＺＩＫＶ Ｅ糖タンパク質のステム膜貫通ドメイン、ＤＥＮＶ－３ Ｅ糖タンパク質のステム膜貫通ドメイン、ＺＩＫＶ ＮＳ１、及びＤＥＮＶ－３ ＮＳ１の構造を、それぞれ、ＰＤＢ ３Ｃ６Ｅ、５ＪＨＭ、１ＵＺＧ、５ＩＺ７、３Ｊ２Ｐ、５Ｋ６Ｋ、及び４Ｏ６Ｂに基づいてモデル化した。ＰｙＭｏｌ（Ｓｃｈｒｏｅｄｉｎｇｅｒ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ，ＵＳＡ）を用いて全ての構造を可視化した。Ｒ（バージョン３．３．１；Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ，Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ）のｐｒｃｏｍｐ関数を用いて、患者ごとの抗ペプチドＩｇＧ応答のＯＤ値を用いて主成分分析（ＰＣＡ）を行った。

【0196】

ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ（バージョン７．０３、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）を用いて統計解析を行った。多重検定についてはボンフェローニ補正を伴う両側マンホイットニーＵ検定又は多重検定についてはボンフェローニ補正を伴うクラスカル・ワリス検定、及びダンの多重比較検定を用いた事後検定を使用して、任意の統計的有意性を導出した。相関解析は、スピアマンの順位相関を用いて行った。Ｐ値が０．０５未満の場合を有意であるとみなす。

【0197】

当業者であれば、広く記載されている本開示の趣旨又は範囲から逸脱することなく、本明細書に開示されている実施形態に他の変形及び／又は変更を加えることができることを理解するであろう。例えば、本明細書の記載では、異なる例示的な実施形態の特徴を、異なる例示的な実施形態間で混合、結合、交換、組み込み、採用、改変、包含等してもよい。従って、本実施形態は、全ての観点で例示的なものであり、限定するものではないと考えられる。

【0198】

参照文献
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１２ Ｃｈａｎｇ Ｈ－Ｈ，Ｈｕｂｅｒ ＲＧ，Ｂｏｎｄ ＰＪ ｅｔ ａｌ．Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ａｎｄ ｏｔｈｅｒ ａｒｔｈｒｏｐｏｄ－ｂｏｒｎｅ ｖｉｒｕｓｅｓ．Ｂｕｌｌ Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ ２０１７；９５：５１７－５２５Ｉ．
１３ Ｘｕ Ｘ，Ｖａｕｇｈａｎ Ｋ，Ｗｅｉｓｋｏｐｆ Ｄ ｅｔ ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｃａｎｄｉｄａｔｅ ｔａｒｇｅｔｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｔｏ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ ｏｔｈｅｒ ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ ｓｐｅｃｉｅｓ．ＰＬｏＳ Ｃｕｒｒ ２０１６；８：ｅｃｕｒｒｅｎｔｓ．ｏｕｔｂｒｅａｋｓ．９ａａ２ｅ１ｆｂ６１ｂ０ｆ６３２ｆ５８ａ０９８７７ ３００８ｃ４ｂ．
１４ Ｘｕ Ｘ，Ｓｏｎｇ Ｈ，Ｑｉ Ｊ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｉｎｔｅｒｔｗｉｎｅｄ ｌｏｏｐ ｔｏ ｍｅｍｂｒａｎｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈ ＮＳ１ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ．ＥＭＢＯ Ｊ ２０１６；３５：２１７０－２１７８．
１５ Ｈａｒｒｉｓｏｎ ＳＣ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ｃｒｏｓｓ－ｔａｌｋ ｂｅｔｗｅｅｎ ｄｅｎｇｕｅ ａｎｄ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓｅｓ．Ｎａｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１６；１７：１０１０－１０１２．
１６ Ｍｏｈｎｓ ＭＳ，Ｂａｉｌｅｙ Ａ，Ｂｒｅｉｔｂａｃｈ ＭＥ ｅｔ ａｌ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｔｏ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ ｐｒｅｇｎａｎｔ ａｎｄ ｎｏｎ－ｐｒｅｇｎａｎｔ ｍａｃａｑｕｅｓ．ＰＬｏＳ Ｎｅｇｌ Ｔｒｏｐ Ｄｉｓ ２０１８；１２：ｅ０００６９０３．
１７ Ｆｕｎｋ Ｓ，Ｋｕｃｈａｒｓｋｉ ＡＪ，Ｃａｍａｃｈｏ Ａ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｄｅｎｇｕｅ ａｎｄ Ｚｉｋａ ｏｕｔｂｒｅａｋｓ ｒｅｖｅａｌｓ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｂｙ ｓｅｔｔｉｎｇ ａｎｄ ｖｉｒｕｓ．ＰＬｏＳ Ｎｅｇｌ Ｔｒｏｐ Ｄｉｓ ２０１６；１０：１－１６．
１８ Ｃｈｉａ ＰＹ，Ｙｅｗ ＨＳ，Ｈｏ Ｈ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｚｉｋａ ａｎｄ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｃｏ－ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ ２０１７；７４：６１１－６１５．
１９ Ｃａｍｐｏｓ Ｇ，Ｂａｎｄｅｉｒａ Ａ，Ｓａｒｄｉ Ｓ．Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｏｕｔｂｒｅａｋ，Ｂａｈｉａ，Ｂｒａｚｉｌ．Ｅｍｅｒｇ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１５；２１：１８８５－１８８６．
２０ Ｓｔｅｉｎｈａｇｅｎ Ｋ，Ｐｒｏｂｓｔ Ｃ，Ｒａｄｚｉｍｓｋｉ Ｃ ｅｔ ａｌ．Ｓｅｒｏｄｉａｇｎｏｓｉｓ ｏｆ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ（ＺＩＫＶ）ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ ｂｙ ａ ｎｏｖｅｌ ＮＳ１－ｂａｓｅｄ ＥＬＩＳＡ ｄｅｖｏｉｄ ｏｆ ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｗｉｔｈ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｍｕｌｔｉｃｏｈｏｒｔ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ａｓｓａｙ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ，２０１５ ｔｏ ２０１６．Ｅｕｒｏｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ ２０１６；２１：１－１６．
２１ Ｂａｌｍａｓｅｄａ Ａ，Ｓｔｅｔｔｌｅｒ Ｋ，Ｍｅｄｉａｌｄｅａ－Ｃａｒｒｅｒａ Ｒ ｅｔ ａｌ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｂａｓｅｄ ａｓｓａｙ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅｓ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ｏｔｈｅｒ ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓｅｓ．Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ２０１７；１１４：８３８４－８３８９．
２２ Ｍｉｓｈｒａ Ｎ，Ｃａｃｉｕｌａ Ａ，Ｐｒｉｃｅ Ａ ｅｔ ａｌ．Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ｏｆ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｂｙ ｐｅｐｔｉｄｅ ａｒｒａｙ ａｎｄ ＥＬＩＳＡ．ＭＢｉｏ ２０１８；９：１－１６．
２３ Ｌｅｅ ＡＪ，Ｂｈａｔｔａｃｈａｒｙａ Ｒ，Ｓｃｈｅｕｅｒｍａｎｎ ＲＨ，Ｐｉｃｋｅｔｔ ＢＥ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｐｅｐｔｉｄｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｔｈａｔ ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｆｒｏｍ ｒｅｌａｔｅｄ ｍｏｓｑｕｉｔｏ－ｂｏｒｎｅ Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓｅｓ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ２０１７；１２：１－１８．
２４ Ｋａｍ ＹＷ，Ｌｕｍ ＦＭ，Ｔｅｏ ＴＨ ｅｔ ａｌ．Ｅａｒｌｙ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ＩｇＧ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｔａｒｇｅｔｓ ａ ｄｏｍｉｎａｎｔ ｌｉｎｅａｒ ｅｐｉｔｏｐｅ ｏｎ ｔｈｅ Ｅ２ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ．ＥＭＢＯ Ｍｏｌ Ｍｅｄ ２０１２；４：３３０－３４３．
２５ Ｋａｍ Ｙ－Ｗ，Ｌｅｅ ＣＹ－Ｐ，Ｔｅｏ Ｔ－Ｈ ｅｔ ａｌ．Ｃｒｏｓｓ－ｒｅａｃｔｉｖｅ ｄｅｎｇｕｅ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｐｒｅｖｅｎｔｓ ｓｅｖｅｒｅ ｐａｔｈｏｌｏｇｉｅｓ ａｎｄ ｄｅａｔｈ ｆｒｏｍ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ．ＪＣＩ Ｉｎｓｉｇｈｔ ２０１７；２：１－１０．
２６ Ｋａｍ ＹＷ，Ｓｉｍａｒｍａｔａ Ｄ，Ｃｈｏｗ Ａ ｅｔ ａｌ．Ｅａｒｌｙ ａｐｐｅａｒａｎｃｅ ｏｆ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｇ３ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ ｖｉｒｕｓ ｃｌｅａｒａｎｃｅ ａｎｄ ｌｏｎｇ－ｔｅｒｍ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１２；２０５：１１４７－１１５４．
２７ Ｋａｍ Ｙ－Ｗ，Ｌｅｉｔｅ ＪＡ，Ａｍｒｕｎ ＳＮ ｅｔ ａｌ．ＺＩＫＶ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＮＳ１ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ａｓ ｓｅｒｏｌｏｇｉｃａｌ ｍａｒｋｅｒｓ ｏｆ ａｃｕｔｅ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１９；ｅ－ｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ ７ Ｍａｒｃｈ ２０１９；ｄｏｉ：１０．１０９３／ｉｎｆｄｉｓ／ｊｉｚ０９２．
２８ Ｈｏ ＺＪＭ，Ｈａｐｕａｒａｃｈｃｈｉ ＨＣ，Ｂａｒｋｈａｍ Ｔ ｅｔ ａｌ．Ｏｕｔｂｒｅａｋ ｏｆ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ：ａｎ ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｉｃａｌ，ｅｎｔｏｍｏｌｏｇｉｃａｌ，ｖｉｒｏｌｏｇｉｃａｌ，ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１７；１７：８１３－８２１．
２９ Ｌｕｍ Ｆ－Ｍ，Ｌｉｎ Ｃ，Ｓｕｓｏｖａ ＯＹ ｅｔ ａｌ．Ａ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ’ ｗｈｏｌｅ－ｂｌｏｏｄ ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ ａｓ ａｎ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ａｐｐｒｏａｃｈ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１７；２１６：１８２－１９０．
３０ Ｌｕｍ Ｆ－Ｍ，Ｌｙｅ ＤＣＢ，Ｔａｎ ＪＪＬ ｅｔ ａｌ．Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｃｅｌｌｕｌａｒ ａｎｄ ｓｙｓｔｅｍｉｃ ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｔｏ ｄｅｆｉｎｅ ｔｈｅ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ａ ｂａｌａｎｃｅｄ ｉｍｍｕｎｅ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｄｕｒｉｎｇ ｄｉｓｅａｓｅ ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ ｉｎ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ－ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１８；２１８：８１４－８２４．
３１ Ｖａｕｇｈａｎ Ｋ，Ｇｒｅｅｎｂａｕｍ Ｊ，Ｂｌｙｔｈｅ Ｍ，Ｐｅｔｅｒｓ Ｂ，Ｓｅｔｔｅ Ａ．Ｍｅｔａ－ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｌｌ ｉｍｍｕｎｅ ｅｐｉｔｏｐｅ ｄａｔａ ｉｎ ｔｈｅ Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ ｇｅｎｕｓ：ｉｎｖｅｎｔｏｒｙ ｏｆ ｃｕｒｒｅｎｔ ｉｍｍｕｎｅ ｅｐｉｔｏｐｅ ｄａｔａ ｓｔａｔｕｓ ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｎｔｅｘｔ ｏｆ ｖｉｒｕｓ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ．Ｖｉｒａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０；２３：２５９－２８４．
３２ Ｌｏｗ ＪＧＨ，Ｏｏｉ Ｅ－Ｅ，Ｔｏｌｆｖｅｎｓｔａｍ Ｔ ｅｔ ａｌ．Ｅａｒｌｙ ｄｅｎｇｕｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｏｕｔｃｏｍｅ ｓｔｕｄｙ（ＥＤＥＮ）－ ｓｔｕｄｙ ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ ｆｉｎｄｉｎｇｓ．Ａｎｎ Ａｃａｄ Ｍｅｄ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ ２００６；３５：７８３－７８９．
３３ Ｋｏｒａｋａ Ｐ，Ｓｕｈａｒｔｉ Ｃ，Ｓｅｔｉａｔｉ ＴＥ ｅｔ ａｌ．Ｋｉｎｅｔｉｃｓ ｏｆ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｅｒｕｍ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｃｌａｓｓｅｓ ａｎｄ ｓｕｂｃｌａｓｓｅｓ ｃｏｒｒｅｌａｔｅ ｗｉｔｈ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｏｕｔｃｏｍｅ ｏｆ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００１；３９：４３３２－４３３８．
３４ Ｍｏｎｔｏｙａ Ｍ，Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｍ，Ｄｅｊｎｉｒａｔｔｉｓａｉ Ｗ ｅｔ ａｌ．Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ａｎｄ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ Ａｓｉａ ａｎｄ ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｓ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１８；２１８：５３６－５４５．
３５ Ｍａｒｔiｎ－Ａｃｅｂｅｓ ＭＡ，Ｓａｉｚ Ｊ－Ｃ，Ｊｉｍeｎｅｚ ｄｅ Ｏｙａ Ｎ．Ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｚｉｋａ：ｒｅａｌ ｔｈｒｅａｔ ｏｒ ｐｈａｎｔｏｍ ｍｅｎａｃｅ？ Ｆｒｏｎｔ Ｃｅｌｌ Ｉｎｆｅｃｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０１８；８：２０１４－２０１７．
３６ Ｔｅｒｚｉａｎ ＡＣＢ，Ｓｃｈａｎｏｓｋｉ ＡＳ，Ｍｏｔａ ＭＴＯ ｅｔ ａｌ．Ｖｉｒａｌ ｌｏａｄ ａｎｄ ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｐｒｏｆｉｌｅ ｄｏｅｓ ｎｏｔ ｓｕｐｐｏｒｔ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ ｉｎ ｄｅｎｇｕｅ－ｐｒｉｍｅｄ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ－ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１７；６５：１２６０－１２６５．
３７ Ｋｕｈｎ ＲＪ，Ｄｏｗｄ ＫＡ，Ｂｅｔｈ Ｃ，Ｐｉｅｒｓｏｎ ＴＣ．Ｓｈａｋｅ，ｒａｔｔｌｅ，ａｎｄ ｒｏｌｌ：ｉｍｐａｃｔ ｏｆ ｔｈｅ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ ｐａｒｔｉｃｌｅｓ ｏｎ ｔｈｅｉｒ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｈｏｓｔ．Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ２０１５；４８０：５０８－５１７．
３８ Ｒａｍａｎａｔｈａｎ Ｂ，Ｐｏｈ ＣＬ，Ｋｉｒｋ Ｋ，ＭｃＢｒｉｄｅ ＷＪＨ，Ａａｓｋｏｖ Ｊ，Ｇｒｏｌｌｏ Ｌ．Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｂ－ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｅｌｉｃｉｔｉｎｇ ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｆｕｔｕｒｅ ｄｅｎｇｕｅ ｖａｃｃｉｎｅ．ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ２０１６；１１：１－２２．
３９ Ｃｒｉｌｌ ＷＤ，Ｃｈａｎｇ ＧＪ．Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ Ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓ ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ．Ｃｅｌｌ ２００４；７８：１３９７５－１３９８６．
４０ Ｓｕｎ ＥＣ，Ｚｈａｏ Ｊ，Ｌｉｕ ＮＨ ｅｔ ａｌ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｗｅｓｔ ｎｉｌｅ ｖｉｒｕｓ（ＷＮＶ）－ａｎｄ ｊａｐａｎｅｓｅ ｅｎｃｅｐｈａｌｉｔｉｓ ｖｉｒｕｓ ｓｅｒｏｃｏｍｐｌｅｘ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｌｉｎｅａｒ Ｂ－ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｆｒｏｍ ＷＮＶ ｎｏｎ－ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ １．Ｊ Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ ２０１２；９３：５０－６０．
４１ Ｌｅｅ Ｈ－Ｊ，Ｃｈｏ Ｙ，Ｋａｎｇ ＨＪ ｅｔ ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｅｐｔｉｄｅ ｂａｓｅｄ Ｂ－ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｉｎ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ＮＳ１．Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ ２０１８；５０５：１０１０－１０１４．
４２ Ｆｒｅｉｒｅ ＭＣＬＣ，Ｐｏｌ－Ｆａｃｈｉｎ Ｌ，Ｃｏeｌｈｏ ＤＦ ｅｔ ａｌ．Ｍａｐｐｉｎｇ ｐｕｔａｔｉｖｅ Ｂ－ｃｅｌｌ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ＮＳ１ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ａｎｔｉ－ＮＳ１ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｚｉｋａ ａｎｄ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓｅｓ．ＡＣＳ Ｏｍｅｇａ ２０１７；２：３９１３－３９２０．
４３ Ｓｏｎｇ Ｈ，Ｑｉ Ｊ，Ｈａｙｗｏｏｄ Ｊ，Ｓｈｉ Ｙ，Ｇａｏ ＧＦ．Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ＮＳ１ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ ｓｕｒｆａｃｅｓ ａｍｏｎｇ ｆｌａｖｉｖｉｒｕｓｅｓ．Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２０１６；２３：４５６－４５８．
４４ Ｂｕｊａｎｇ ＭＡ，Ａｄｎａｎ ＴＨ．Ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ ｆｏｒ ｍｉｎｉｍｕｍ ｓａｍｐｌｅ ｓｉｚｅ ｆｏｒ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｓｐｅｃｉｆｉｃｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｒｅｓ ２０１６；１０：１－６．
４５ Ｗｕ ＨＣ，Ｈｕａｎｇ ＹＬ，Ｃｈａｏ ＴＴ ｅｔ ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｂ－ｃｅｌｌ ｅｐｉｔｏｐｅ ｏｆ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｔｙｐｅ １ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ｏｆ ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２００１；３９：９７７－９８２．
４６ Ｍａｇａｌｈａｅｓ Ｔ，Ｙｅｎ Ｃ－Ｗ，Ｍａｒiｎ Ｋ ｅｔ ａｌ．Ｒａｐｉｄ ａｎｔｉｇｅｎ ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ ａｎｄ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔ ｓｅｒｕｍ．Ｓｃｉ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ ２０１７；９：ｅａａｎ１５８９．
４７ Ｈｅｒ Ｚ，Ｋａｍ ＹＷ，Ｇａｎ ＶＣ ｅｔ ａｌ．Ｓｅｖｅｒｉｔｙ ｏｆ ｐｌａｓｍａ ｌｅａｋａｇｅ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｈｉｇｈ ｌｅｖｅｌｓ ｏｆ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ γ－ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎ １０，ｈｅｐａｔｏｃｙｔｅ ｇｒｏｗｔｈ ｆａｃｔｏｒ，ｍａｔｒｉｘ ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ ２（ＭＭＰ－２），ａｎｄ ＭＭＰ－９ ｄｕｒｉｎｇ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ ２０１７；２１５：４２－５１．
４８ Ｍｅｓｓｉｎａ ＪＰ，Ｂｒａｄｙ ＯＪ，Ｓｃｏｔｔ ＴＷ ｅｔ ａｌ．Ｇｌｏｂａｌ ｓｐｒｅａｄ ｏｆ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｔｙｐｅｓ：ｍａｐｐｉｎｇ ｔｈｅ ７０ ｙｅａｒ ｈｉｓｔｏｒｙ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ２０１４；２２：１３８－１４６．
４９ Ｓｕｗａｎｄｏｎｏ Ａ，Ｋｏｓａｓｉｈ Ｈ，Ｎｕｒｈａｙａｔｉ ｅｔ ａｌ．Ｆｏｕｒ ｄｅｎｇｕｅ ｖｉｒｕｓ ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ ｆｏｕｎｄ ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ｄｕｒｉｎｇ ａｎ ｏｕｔｂｒｅａｋ ｏｆ ｄｅｎｇｕｅ ｆｅｖｅｒ ａｎｄ ｄｅｎｇｕｅ ｈａｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ ｆｅｖｅｒ ｉｎ Ｊａｋａｒｔａ，Ｉｎｄｏｎｅｓｉａ，ｄｕｒｉｎｇ ２００４．Ｔｒａｎｓ Ｒ Ｓｏｃ Ｔｒｏｐ Ｍｅｄ Ｈｙｇ ２００６；１００：８５５－８６２．
５０ Ｎｇ Ｌ－Ｃ，Ｃｈｅｍ Ｙ－Ｋ，Ｋｏｏ Ｃ ｅｔ ａｌ．２０１３ ｄｅｎｇｕｅ ｏｕｔｂｒｅａｋｓ ｉｎ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ ａｎｄ Ｍａｌａｙｓｉａ ｃａｕｓｅｄ ｂｙ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｖｉｒａｌ ｓｔｒａｉｎｓ．Ａｍ Ｊ Ｔｒｏｐ Ｍｅｄ Ｈｙｇ ２０１５；９２：１１５０－１１５５．
５１ Ｒａｊａｒｅｔｈｉｎａｍ Ｊ，Ａｎｇ Ｌ，Ｏｎｇ Ｊ ｅｔ ａｌ．Ｄｅｎｇｕｅ ｉｎ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ ｆｒｏｍ ２００４ ｔｏ ２０１６：ｃｙｃｌｉｃａｌ ｅｐｉｄｅｍｉｃ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｄｏｍｉｎａｔｅｄ ｂｙ ｓｅｒｏｔｙｐｅｓ １ ａｎｄ ２．Ａｍ Ｊ Ｔｒｏｐ Ｍｅｄ Ｈｙｇ ２０１８；９９：２０４－２１０．
５２ Ｈｅｒ Ｚ，Ｍａｌｌｅｒｅｔ Ｂ，Ｃｈａｎ Ｍ ｅｔ ａｌ．Ａｃｔｉｖｅ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｈｕｍａｎ ｂｌｏｏｄ ｍｏｎｏｃｙｔｅｓ ｂｙ ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ ｖｉｒｕｓ ｔｒｉｇｇｅｒｓ ａｎ ｉｎｎａｔｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１０；１８４：５９０３－５９１３．
５３ Ｈａｍｅｌ Ｒ，Ｄｅｊａｒｎａｃ Ｏ，Ｗｉｃｈｉｔ Ｓ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｚｉｋａ ｖｉｒｕｓ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｓｋｉｎ ｃｅｌｌｓ．Ｊ Ｖｉｒｏｌ ２０１５；８９：８８８０－８８９６．
５４ Ａｎｇ ＬＷ，Ｋａｍ ＹＷ，Ｌｉｎ Ｃ ｅｔ ａｌ．Ｓｅｒｏｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ａｇａｉｎｓｔ ｃｈｉｋｕｎｇｕｎｙａ ｖｉｒｕｓ ｉｎ Ｓｉｎｇａｐｏｒｅ ｒｅｓｉｄｅｎｔ ａｄｕｌｔ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．ＰＬｏＳ Ｎｅｇｌ Ｔｒｏｐ Ｄｉｓ ２０１７；１１：１－１３．
５５ Ｋｅｌｌｅｙ ＬＡ，Ｍｅｚｕｌｉｓ Ｓ，Ｙａｔｅｓ ＣＭ，Ｗａｓｓ ＭＮ，Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ ＭＪＥ．Ｔｈｅ Ｐｈｙｒｅ２ ｗｅｂ ｐｏｒｔａｌ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｍｏｄｅｌｉｎｇ，ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ ２０１５；１０：８４５．

【0199】

【表7-1】

【0200】

【表7-2】

【0201】

【表8-1】

【0202】

【表8-2】

【0203】

【表8-3】

【0204】

用途
本開示では、シンガポールのＺＩＫＶ患者による抗体及び中和応答を長期的に特性評価した。次いで、シンガポールのＺＩＫＶ及びＤＥＮＶ患者の抗体によって認識される共通の及び差次的な線状Ｂ細胞エピトープを同定した。重要なことに、タイで既にＤＥＮＶ、細菌と診断されていた患者（及び不明の感染者を含む）からの血清を用いて、診断の状況におけるこれら同定されたエピトープの潜在的価値を更に評価した。

【0205】

この本開示は、血清学的検査に基づくフラビウイルス、特にＺＩＫＶとＤＥＮＶとの間の鑑別診断の開発を促進し、患者管理を改善する正確な診断を可能にする。また、この用途は、血清有病率及びワクチン戦略の研究にも更に拡大することができる。

【0206】

方法の実施形態は、有利なことに、ＺＩＫＶ及び／若しくはＤＥＮＶ等のフラビウイルス感染を正確に識別することができる、又は２つのフラビウイルス感染、例えば、ＺＩＫＶとＤＥＮＶとの間を鑑別することができる適切な血清診断ツールを提供する。

【図1-1】

【図1-2】

【図1-3】

【図2-1】

【図2-2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6-1】

【図6-2】

【図6-3】

【図7】

【図8-1】

【図8-2】

【図8-3】

【図9-1】

【図9-2】

【図9-3】

【配列表】

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