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▶ ラボラトリー コーポレイション オブ アメリカ ホールディングスの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2025-05-13
(45)【発行日】2025-05-21
(54)【発明の名称】ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現を決定するための方法およびシステム
(51)【国際特許分類】
G16B 20/20 20190101AFI20250514BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20250514BHJP
C12M 1/00 20060101ALI20250514BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20250514BHJP
C12N 15/09 20060101ALI20250514BHJP
C12Q 1/68 20180101ALI20250514BHJP
【ＦＩ】
G16B20/20
C12Q1/6869 Z
C12M1/00 A
C12N15/12
C12N15/09 Z
C12Q1/68 ZNA
【請求項の数】
16
(21)【出願番号】P 2022551296
(86)(22)【出願日】2021-02-22
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2023-04-13
(86)【国際出願番号】 US2021018968
(87)【国際公開番号】W WO2021173460
(87)【国際公開日】2021-09-02
【審査請求日】2023-12-08
(31)【優先権主張番号】62/982,286
(32)【優先日】2020-02-27
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】511172461
【氏名又は名称】ラボラトリー コーポレイション オブ アメリカ ホールディングス
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】アイヤル， ラクシュマナン クリシュナン
(72)【発明者】
【氏名】ノーベル， ブライアン マシュー
(72)【発明者】
【氏名】ウィリアムズ， ジョナサン デイビッド
【審査官】加藤 あいみ
(56)【参考文献】
【文献】特表２０１９－５３０４７６（ＪＰ，Ａ）
【文献】Bianca Schone et al.，Predicting an HLA-DPB1 expression marker based on standard DPB1 genotyping: Linkage analysis of over 32,000 samples，Human Immunology，［online］，Volume 79，2017年11月07日，Pages 20-27，［令和６年１２月２０日検索］，インターネット，＜ＵＲＬ：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0198885917305311＞
【文献】検体・検査について，［online］，日本，HLA研究所，2019年12月21日，［令和６年１２月２３日検索］，インターネット，＜ＵＲＬ：http://web.archive.org/web/20191221164654/https://hla.or.jp/person/kensa/＞
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｃ１２Ｑ １／６８
Ｃ１２Ｑ １／６８６９
Ｃ１２Ｍ １／００
Ｃ１２Ｎ １５／１２
Ｃ１２Ｎ １５／０９
Ｇ１６Ｂ ５／００ －９９／００
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために前記対象からのロングリード配列データを分析するためのコンピュータ実装方法であって、（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢ１発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程であって、前記同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１の前記エクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性に基づいて、前記クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、または前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列および前記強発現モチーフに特徴的な配列を示さない場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが不確定であると同定すること、を含む、同定するコンピュータ実装工程と、
（ｄ）ＤＰＢ１発現のレベルの予測に関する報告を生成するコンピュータ実装工程であって、前記ＤＰＢ１発現のレベルの前記予測は、前記クエリ核酸配列が低いＤＰＢ１発現のレベルまたは高いＤＰＢ１発現のレベルに特徴的な配列を有するかどうかに基づいており、前記ＤＰＢ１発現のレベルの前記予測は、ドナーを前記対象にマッチさせるための下流の処理または分析において使用される、生成するコンピュータ実装工程と
を含む、コンピュータ実装方法。
【請求項2】
エクソン３の前記規定された位置が、前記エクソンの５’末端から２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置にある、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項4】
前記強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項5】
エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０で前記ヌクレオチドが前記弱発現モチーフまたは前記強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、対立遺伝子が不確定として同定される、請求項２に記載の方法。
【請求項6】
前記同定することが、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが不確定であると同定することに応答して、前記規定された位置以外のエクソン３の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
前記差異のいずれかが弱い、強い、または不確定なモチーフに連鎖しているかどうかを決定することと
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項7】
前記報告は、エクソン、ｃＤＮＡ、および／またはゲノム配列内のヌクレオチドの位置を同定するために使用される実際のナンバリングとは無関係に、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記差異を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項8】
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析から前記クエリ核酸配列を除外する、請求項１に記載の方法。
【請求項9】
前記クエリ核酸配列中の前記強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていることおよび／または前記クエリ核酸配列中の前記弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを決定するためにコンピュータ実装連鎖分析を行うことをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項10】
前記参照核酸配列および／またはクエリ核酸配列が、前記ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項11】
前記参照核酸配列および／または前記クエリ核酸配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３およびＤＱＢ１のうちの少なくとも１つに対するロングリード配列データをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項12】
移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、前記結果を介護者および／または移植データベースに提供することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項13】
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、前記クエリ核酸配列に対する前記結果が介護者またはデータベースに提供されない、請求項１２に記載の方法。
【請求項14】
前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、請求項１に記載の方法。
【請求項15】
システムであって、１またはそれを超えるデータプロセッサと、
前記１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、前記１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、請求項１～１４のいずれかにおけるコンピュータ実装工程を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含む、システム。
【請求項16】
１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせるように構成された命令であって、請求項１～１４のいずれかにおけるコンピュータ実装工程を含む命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
優先権主張
本出願は、２０２０年２月２７日に出願された米国仮出願第６２／９８２，２８６号に基づく利益および優先権を主張しており、この米国出願は、その全体があらゆる目的のために参照により本明細書に援用される。
本出願は、２０２０年２月２７日に出願された米国仮出願第６２／９８２，２８６号に基づく利益および優先権を主張しており、この米国出願は、その全体があらゆる目的のために参照により本明細書に援用される。
【0002】
分野
本開示は、移植ドナーおよびレシピエントをマッチさせるために使用されるＨＬＡタイピングのためのＤＰＢ１発現を決定するための方法およびシステムに関する。
本開示は、移植ドナーおよびレシピエントをマッチさせるために使用されるＨＬＡタイピングのためのＤＰＢ１発現を決定するための方法およびシステムに関する。
【背景技術】
【0003】
非血縁ドナーからの造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）は、様々な血液障害を治癒することができるが、高レベルのドナー－レシピエントＨＬＡ適合性が成功のために重要である。現在、ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、－ＤＲＢ１、ＤＲＢ３およびＤＱＢ１対立遺伝子のマッチングが、絶対的基準である。ＨＬＡ－ＤＰＢ１も同様に考慮されることが多いが、他のＨＬＡ遺伝子からの遺伝的距離は、この遺伝子座における頻繁なミスマッチをもたらす。しかしながら、ミスマッチした場合、ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現レベルは、造血幹細胞移植において重要な役割を果たし得る。研究により、ＨＬＡ－ＤＰＢ１についての発現レベルのミスマッチを有するドナーおよびレシピエントは、移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）を発症する可能性がより高いことが示されている。
【0004】
特に、ＨＬＡ－ＤＰＢ１の発現レベルは、ＤＰＢ１の３’非翻訳領域（Ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄ Ｒｅｇｉｏｎ：ＵＴＲ）に位置するＡ→Ｇ一塩基多型（Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ：ＳＮＰ）、ｒｓ９２７７５３４と相関し得ることが見出された（Ｔｈｏｍａｓら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、８６：６９７９－８５（２０１２））。「Ａ」対立遺伝子は弱いＤＰＢ１発現に関連し、「Ｇ」対立遺伝子は強いＤＰＢ１発現に関連する（Ｐｅｔｅｒｓｄｏｒｆら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７３：５９９－６０９（２０１５））。研究は、ｒｓ９２７７５３４ Ａ→Ｇ多型がＤＰＢ１エクソン３の７つの特異的ヌクレオチドのバリアントに密接に連鎖（ｌｉｎｋ）されていることを示す（例えば、Ｓｃｈｏｎｅら、Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、７９：２０－２７（２０１８）を参照されたい）。
【0005】
ＨＬＡ－ＤＰＢ１ミスマッチに関連するＧｖＨＤのリスクは、ＨＬＡ－ＤＰＢ１ ｒｓ９２７７５３４発現マーカーによって影響される。低発現対立遺伝子（ｒｓ２７７５３４Ａ）を有するドナーからのＨＬＡ－ＤＰＢ１ミスマッチ移植（例えば、エクソン２のミスマッチまたは他のミスマッチ）のレシピエントでは、高強発現対立遺伝子を有するレシピエントは急性ＧｖＨＤのリスクが高い（Ｐｅｔｅｒｓｄｏｒｆら、（２０１５））。しかしながら、ｒｓ９２７７５３４を含有する３’ＵＴＲは、ＨＬＡ－ＤＰＢ１についての日常的な遺伝子型判定アッセイによって現在網羅されておらず、発現アッセイは日常的に行われていない。
したがって、適切なドナー：レシピエント対を同定するための手段として配列決定されたサンプルについてＨＳＣＴ移植患者のＤＰＢ１発現を特徴付ける方法を開発する必要がある。
したがって、適切なドナー：レシピエント対を同定するための手段として配列決定されたサンプルについてＨＳＣＴ移植患者のＤＰＢ１発現を特徴付ける方法を開発する必要がある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0006】
【文献】Ｔｈｏｍａｓら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．、８６：６９７９－８５（２０１２）
【文献】Ｐｅｔｅｒｓｄｏｒｆら、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３７３：５９９－６０９（２０１５）
【文献】Ｓｃｈｏｎｅら、Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．、７９：２０－２７（２０１８）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0007】
本開示の実施形態は、ＤＰＢ１発現レベルを予測するためにロングリード配列データを分析するための方法およびシステムを含む。特定の実施形態では、方法およびシステムはコンピュータ実装される。本開示の方法および／またはシステムの実施のためのコンピュータプログラム製品も開示される。１つの実施形態では、開示される方法およびシステムは、ＨＳＣＴドナー－レシピエント適合性を決定するために有用である。方法およびシステムは、ｒｓ９２７７５３４の配列の決定またはｍＲＮＡもしくはタンパク質レベルとしてのＤＰＢ１発現の測定を必要としない。
【0008】
例えば、１つの実施形態では、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために対象由来の配列データを分析するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法が提供される。
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法が提供される。
【0009】
いくつかの実施形態では、１またはそれを超えるデータプロセッサと、１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、本明細書に開示される１またはそれを超える方法またはプロセスの一部または全部を実行させる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステムが提供される。
【0010】
いくつかの実施形態では、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化され、１またはそれを超えるデータプロセッサに、本明細書に開示された１またはそれを超える方法の一部または全部を実行させるように構成された命令を含むコンピュータプログラム製品が提供される。
【0011】
使用された用語および表現は、限定ではなく説明の用語として使用され、そのような用語および表現の使用において、示され説明された特徴またはその一部の均等物を除外する意図はないが、特許請求される発明の範囲内で様々な修正が可能であることが認識される。したがって、本開示は実施形態および任意選択の特徴によって具体的に開示されているが、本明細書に開示された概念の変形および変形は当業者によって使用されてもよく、そのような修正および変形は、添付の特許請求の範囲によって規定される本開示の範囲内にあると見なされることを理解されたい。
【0012】
本開示は、以下の非限定的な図によってよりよく理解され得る。
【図面の簡単な説明】
【0013】
【図2】図２は、ｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子および強発現に関連するハプロタイプ０１：０１：０１：０１（配列番号１）についてのヌクレオチドバリエーションＤＰＢ１ ｃＤＮＡならびにｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子および弱発現に関連するハプロタイプ０２：０１：０２：０１（配列番号２）についてのＤＰＢ１ ｃＤＮＡにおける配列を示す。
【図3】図３は、本開示の様々な実施形態による、エクソン３モチーフを同定するための本開示の方法の使用を示す。クエリプラス鎖（Ｑｒｙ＋）配列（配列番号４）は、エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０ならびに他のバリエーション（点線の長方形）に強発現モチーフ（実線の長方形）の配列を有し、参照プラス鎖配列（Ｒｅｆ＋）（配列番号３）は、弱発現モチーフを有する。この図では、シークエンシングアラインメントは、エクソン３の第４のヌクレオチドで開始する。
【図4】図４は、本開示の様々な実施形態による、エクソン３モチーフを同定するための本開示のアルゴリズムの使用を示す。クエリプラス鎖（Ｑｒｙ＋）（配列番号５）配列は、位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０ならびに他のバリエーション（点線の長方形）に弱発現モチーフ（実線の長方形）の配列を有する。参照プラス鎖配列（Ｒｅｆ＋）（配列番号３）は、図３と同じ参照配列であり、弱発現モチーフも有する。この図では、シークエンシングアラインメントはエクソン３の第４のヌクレオチドで開始する。
【図7】図７は、本開示の一実施形態による、エクソン３のＤＰＢ１ ３４：０１（弱発現および図３のＲｅｆ＋配列）（配列番号３）およびＤＰＢ１ ０１：０１（強発現）（配列番号６）配列の比較を示す。エクソン３の位置７、２０、２７、５２、８７、２３４、２４２、２７０のみが、参照（Ｒｅｆ＋）とクエリ（Ｑｒｙ＋）との間の差異を示すことが分かる。図の上部に提示されているＣｏｎｃｉｓｅ Ｉｄｉｏｓｙｎｃｒａｔｉｃ Ｇａｐｐｅｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｒｅｐｏｒｔ（ＣＩＧＡＲ）は、このアラインメントがさらなる分析のためのアルゴリズムにおいてどのように報告されるかを示している。
【図8】図８は、本開示の一実施形態によるエクソン３のＤＰＢ１ ３４：０１（弱発現）（配列番号３）配列とＤＰＢ１ ０２：０１（弱発現）（配列番号７）配列の比較を示す。エクソン３の位置７、２０、２７、５２、８７、２３４、２４２、２７０（および他のエクソン位置）について、正確なマッチがあることが分かるであろう。図の上のＣＩＧＡＲ文字列は、このアラインメントがさらなる分析のためにアルゴリズムでどのように報告されるであろうかを示す。
【図9】図９は、５つの強い配列および５つの弱い配列を示す、本開示の様々な実施形態による方法を使用して分析された様々な配列のＣＩＧＡＲとしての出力を示す図である。弱い配列の１つは、ＤＰＢ１エクソン３の位置２４３にバリアントを有する。
【図10】図１０は、位置２４３にバリアントを示す本開示の一実施形態による、図９のｃｓ：ｚ：：２４２＊ｃｔ：５９弱い配列（配列番号８）についての参照（Ｒｅｆ＋）（配列番号３）と比較した配列アラインメントを示す。
【図14】図１４は、本開示の一実施形態によるＨＬＡ遺伝子ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１およびＤＰＢ１についての結果の視覚的表示を示す。１３３個のリードを有する０２：０１：０２６配列は弱いと特徴づけられ、３８３個のリードを有する０：３：０１：０１Ｇ配列は、強発現ＳＮＰと相関するエクソン３中の規定された位置に７個のミスマッチを有し、強いと特徴づけられる。
【発明を実施するための形態】
【0014】
以下の説明は、好ましい例示的な実施形態のみを提供し、本開示の範囲、適用性または構成を限定することを意図しない。むしろ、好ましい例示的な実施形態の以下の説明は、様々な実施形態を実施するための可能な説明を当業者に提供する。添付の特許請求の範囲に記載の趣旨および範囲から逸脱することなく、要素の機能および配置に様々な変更を加えることができることが理解される。
【0015】
以下の説明では、実施形態の完全な理解を提供するために具体的な詳細が示されている。しかしながら、これらの具体的な詳細なしで実施形態を実施することができることが理解されよう。例えば、回路、システム、ネットワーク、プロセス、および他のコンポーネントは、実施形態を不必要に詳細に不明瞭にしないために、ブロック図形式のコンポーネントとして示されてもよい。他の例では、実施形態を不明瞭にすることを避けるために、周知の回路、プロセス、アルゴリズム、構造、および技術を不必要な詳細なしで示すことができる。
【0016】
定義
本開示がより容易に理解されるように、特定の用語が最初に定義される。以下の用語および他の用語の追加の定義は、本明細書全体に記載されている。
本開示がより容易に理解されるように、特定の用語が最初に定義される。以下の用語および他の用語の追加の定義は、本明細書全体に記載されている。
【0017】
本開示の広い範囲を示す数値範囲およびパラメータは近似値であるにもかかわらず、特定の例に示される数値は可能な限り正確に報告される。しかしながら、任意の数値は、それぞれの試験測定値に見られる標準偏差から必然的に生じる特定の誤差を本質的に含む。さらに、本明細書に開示されるすべての範囲は、その中に包含されるありとあらゆる部分範囲を包含すると理解されるべきである。例えば、「１～１０」と記載された範囲は、最小値１と最大値１０との間（およびそれらを含む）のありとあらゆる部分範囲を含むと見なされるべきである。すなわち、１またはそれを超える最小値、例えば１～６．１で始まり、１０またはそれ未満の最大値、例えば５．５～１０で終わるすべての部分範囲である。さらに、「本明細書に組み込まれる」と言及される任意の参照は、その全体が組み込まれると理解されるべきである。
【0018】
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、１つの指示対象に明示的かつ明確に限定されない限り、複数の指示対象を含むことにさらに留意されたい。「および／または」という用語は、一般に、少なくとも一方または他方を指すために使用される。場合によっては、「および／または」という用語は、「または」という用語と互換的に使用される。「含む」という用語は、本明細書では、「含むがこれらに限定されない」という語句を意味するために使用され、これと互換的に使用される。「など」という用語は、本明細書では、「など、ただしこれらに限定されない」という語句を意味するために使用され、これと互換的に使用される。
【0019】
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
【0020】
また、本明細書で使用される場合、「少なくとも１つ」は、１から群全体までの任意の数を意図する。例えば、４つのバリアントのリストについて、「少なくとも１つ」という語句は、１、２、３または４つのバリアントを意味すると理解される。同様に、１０個のバリアントのリストについて、「少なくとも５つ」という語句は、５、６、７、８、９、または１０個のバリアントを意味すると理解される。
【0021】
また、本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」という用語を使用してより詳細に定義される実施形態を含む。
【0022】
また、本明細書で使用される場合、「実質的に（ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ）」、「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」、および「約（ａｂｏｕｔ）」という用語は、当業者によって理解されるように、大部分が特定されるものであるが、必ずしも完全には特定されないもの（および完全に特定されるものを含む）として定義される。任意の開示された実施形態では、「実質的に」、「およそ」、または「約」という用語は、指定されたものの「［パーセンテージ］以内」で置き換えることができ、パーセンテージは、０．１、１、５、および１０％を含む。
【0023】
本明細書で使用される場合、動作が何かに「基づく」場合、これは、動作が何かの少なくとも一部に少なくとも部分的に基づくことを意味する。
【0024】
活性：本明細書で使用される場合、「活性」という用語は、遺伝子の発現レベルを指す。例えば、ＤＰＢ１活性は、ＤＰＢ１ ｍＲＮＡおよび／またはタンパク質のレベルを指す。
【0025】
対立遺伝子：本明細書で使用される場合、「対立遺伝子」という用語は、同じ遺伝子座（例えば、遺伝子）のヌクレオチド配列の異なるバージョンを指す。
【0026】
コード配列：本明細書で使用される場合、「コード配列」という用語は、転写および／または翻訳されて、ポリペプチドまたはその断片のｍＲＮＡを産生することができる核酸もしくはその相補体、またはその一部の配列を指す。コード配列は、ゲノムＤＮＡまたは未成熟一次ＲＮＡ転写物中のエクソンを含み、それらは細胞の生化学的機構によって一緒に結合して成熟ｍＲＮＡを提供する。アンチセンス鎖は、そのような核酸の相補体であり、そこからコード化配列を推定することができる。本明細書で使用される場合、「非コード配列」という用語は、インビボでアミノ酸に転写されない、またはｔＲＮＡが相互作用してアミノ酸を配置したり配置しようとしたりしない核酸もしくはその相補体またはその一部の配列を指す。非コード配列には、ゲノムＤＮＡまたは未成熟一次ＲＮＡ転写物中のイントロン配列と、プロモーター、エンハンサー、サイレンサーなどの遺伝子関連配列の両方が含まれる。
【0027】
コンティグ：本明細書で使用される場合、「コンティグ」という用語は、同一の完全または部分的に重複するＤＮＡシークエンシングリードのセットから組み立てられたＤＮＡの領域のコンセンサス配列を表すＤＮＡ配列を指す。いくつかの場合、シークエンシングリードは次世代シークエンシング反応から作製される。
【0028】
欠失：本明細書で使用される場合、「欠失」という用語は、天然に生じる核酸から１またはそれを超えるヌクレオチドを除去する突然変異を包含する。
【0029】
エクソン：本明細書で使用される場合、「エクソン」という用語は、ＲＮＡの他の部分（例えば、イントロンとして公知の介在領域）がＲＮＡスプライシングによって除去された後に成熟またはプロセシングされたＲＮＡに見られる核酸配列を指す。したがって、エクソン配列は、一般に、タンパク質またはタンパク質の一部をコードする。イントロンは、ＲＮＡスプライシングによって周囲のエクソン配列から除去されるＲＮＡの部分である。
【0030】
発現および発現ＲＮＡ：本明細書で使用される場合、発現ＲＮＡは、タンパク質またはポリペプチドをコードするＲＮＡ（「コードＲＮＡ」）、および転写されるが翻訳されない任意の他のＲＮＡ（「非コードＲＮＡ」）である。「発現」という用語は、本明細書では、ポリペプチドがＤＮＡから産生されるプロセスを意味するために使用される。このプロセスは、遺伝子のｍＲＮＡへの転写およびこのｍＲＮＡのポリペプチドへの翻訳を含む。使用される文脈に応じて、「発現」は、ＲＮＡ、タンパク質またはその両方の産生を指し得る。本明細書で使用される場合、ＤＰＢ１の「強」発現は、弱発現よりも１．５～２倍程度大きい発現レベルを含む（例えば、Ｐｅｔｅｒｓｄｏｒｆら、（２０１５）を参照されたい）。
【0031】
遺伝子：本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は遺伝の単位を指す。一般に、遺伝子は、タンパク質または機能性ＲＮＡをコードするＤＮＡの一部である。遺伝子は、遺伝の単位に対応するゲノム配列の配置可能な領域である。遺伝子は、調節領域、転写領域、および／または他の機能的配列領域に関連し得る。
【0032】
遺伝子型：本明細書で使用される場合、「遺伝子型」という用語は、生物の遺伝的構成を指す。より具体的には、この用語は、個体に存在する対立遺伝子の同一性を指す。個体またはＤＮＡサンプルの「遺伝子型決定」は、既知の多型部位において個体が有する２つの対立遺伝子の性質をヌクレオチド塩基に関して同定することを指す。
【0033】
ヘテロ接合：本明細書で使用される場合、「ヘテロ接合」という用語は、同じ遺伝子の２つの異なる対立遺伝子を有する個体を指す。本明細書で使用される場合、「ヘテロ接合」という用語は、「複合ヘテロ接合」または「複合ヘテロ接合変異体」を包含する。本明細書で使用される場合、「複合ヘテロ接合」という用語は、２つの異なる対立遺伝子を有する個体を指す。本明細書で使用される場合、「複合ヘテロ接合変異体」という用語は、対立遺伝子の２つの異なるコピーを有する個体を指し、そのような対立遺伝子は遺伝子の変異形態として特徴付けられる。
【0034】
ホモ接合：本明細書で使用される場合、「ホモ接合」という用語は、同じ対立遺伝子の２つのコピーを有する個体を指す。本明細書で使用される場合、「ホモ接合変異体」という用語は、同じ対立遺伝子の２つのコピーを有する個体を指し、そのような対立遺伝子は、遺伝子の変異形態として特徴付けられる。
【0035】
挿入または付加：本明細書で使用される場合、「挿入」または「付加」という用語は、天然に生じる分子と比較して、それぞれ１またはそれを超えるアミノ酸残基またはヌクレオチドの付加をもたらすアミノ酸またはヌクレオチド配列の変化を指す。
【0036】
ロングリードシークエンシング：本明細書で使用される場合、「ロングリードシークエンシング」は、第三世代シークエンシングとも呼ばれ、一度に１０，０００塩基対～１００，０００塩基対のＤＮＡのロングリード配列のヌクレオチド配列を決定することができるＤＮＡシークエンシング技術である。これにより、他のＤＮＡシークエンシング技術で通常必要とされるＤＮＡを切断し、次いで増幅する必要がなくなる。ロングリードシークエンシングはまた、ＤＰＢ１のエクソン２と３との間の明確な連鎖を可能にする。ショートリードシークエンシングは、しばしばフェージングを失い、強いまたは弱いモチーフを適切なエクソン２に連鎖することができない。
【0037】
ロングリード配列：本明細書で使用される場合、「ロングリード配列」は、よりショートリード技術で必要とされるフェージングの排除を可能にする、ＰＣＲアンプリコンなどの単一分子の連続リードである。
【0038】
突然変異および／またはバリアント：本明細書で使用される場合、「突然変異」および「バリアント」という用語は、核酸またはタンパク質の配列変化を説明するために交換可能に使用される。本明細書で使用される「変異体」という用語は、遺伝子の変異型または潜在的に非機能的な形態を指す。この用語は、当技術分野で知られているように、点突然変異から大きな染色体再編成まで遺伝子を機能しないようにする任意の突然変異を含む。
【0039】
核酸：本明細書で使用される場合、「核酸」という用語は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）などのポリヌクレオチドを指す。この用語は、一本鎖核酸、二本鎖核酸、ｍＲＮＡ、ならびにヌクレオチドまたはヌクレオシド類似体から作製されたＲＮＡおよびＤＮＡを含むために使用される。
【0040】
多型：本明細書で使用される場合、「多型」という用語は、遺伝子またはその一部の２つ以上の形態の共存を指す。
【0041】
クエリ配列：本明細書で使用される場合、「クエリ配列」または「クエリ」または「Ｑｒｙ」という用語は、未知の配列内容の分析のために既知の配列と比較される特徴づけられていない核酸コンセンサス配列を指す。配列は、ゲノムＤＮＡまたはメッセンジャーＲＮＡ（ｃＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）から増幅されたコピーＤＮＡなどのデオキシリボ核酸であり得る。１つの実施形態では、配列はゲノムＤＮＡである。
【0042】
参照配列：本明細書で使用される場合、「参照配列」または「参照」または「Ｒｅｆ」という用語は、クエリまたは未知の配列の分析のための標準として使用される既知の配列を指す。配列は、ゲノムＤＮＡまたはメッセンジャーＲＮＡ（ｃＤＮＡ）またはリボ核酸（ＲＮＡ）から増幅されたコピーＤＮＡなどのデオキシリボ核酸であり得る。１つの実施形態では、配列はゲノムＤＮＡである。
【0043】
サンプル：本明細書で使用される場合、「サンプル」という用語は、核酸を単離することができる任意の種類の適切な生物学的検体またはサンプル（例えば、試験サンプル）を指す。生物学的検体またはサンプルは、対象またはその一部（例えば、ヒト対象、妊婦、胎児）から単離されるかまたは得られる任意の検体またはサンプルであり得る。検体またはサンプルの非限定的な例としては、限定されないが、血液または血液製剤（例えば、血清、血漿など）、臍帯血、絨毛膜羊水、脳脊髄液、髄液、洗浄液（例えば、気管支肺胞、胃、腹膜、管、耳、関節鏡）、生検サンプル（例えば、着床前胚から）、腹腔穿刺サンプル、細胞（血球、胎盤細胞、胚または胎児細胞、胎児有核細胞または胎児細胞残骸）またはその一部（例えば、ミトコンドリア、核、抽出物など）、女性生殖管洗浄、尿、便、痰、唾液、鼻粘膜、前立腺液、洗浄液、精液、リンパ液、胆汁、涙、汗、母乳、乳汁などまたはそれらの組み合わせを含む、対象からの流体または組織が挙げられる。
【0044】
センス鎖対アンチセンス鎖：本明細書で使用される場合、「センス鎖」という用語は、機能性タンパク質のコード配列の少なくとも一部を含む二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の鎖を指す。本明細書で使用される場合、「アンチセンス鎖」という用語は、センス鎖の逆相補体であるｄｓＤＮＡの鎖を指す。本明細書で使用される場合、プラス鎖または＋鎖はセンス鎖である。本明細書で使用される場合、「＋」はセンス鎖を指し、「－」はアンチセンス鎖を指す。
【0045】
対象または個体または患者：本明細書で使用される場合、「対象」または「個体」という用語は、ヒトまたは任意の非ヒト動物を指す。対象または個体は、疾患の診断または処置のために医療提供者に提示するヒトを指す患者であってよく、場合によっては、疾患は造血幹細胞移植を必要とする。また、本明細書で使用される場合、用語「個体」、「対象」または「患者」は、全ての温血動物を含む。
【0046】
ＤＰＢ１発現レベルを予測するために配列データを分析する方法
ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現は、造血幹細胞移植において重要な役割を果たすことが示されている。研究により、ＨＬＡ－ＤＰＢ１についての発現レベルのミスマッチを有するドナーおよびレシピエントは、移植片対宿主病を発症する可能性がより高いことが実証されている。本開示の実施形態は、ＤＰＢ１発現レベルを予測するために配列データを分析するための方法を含む。この方法は、ドナーデータベースを評価して、移植を必要とする個体に対するマッチを見出すために、または参照研究室でのＨＬＡタイピングのためのシークエンシング中に使用され得る。１つの実施形態では、移植は造血幹細胞移植である。特定の実施形態では、工程の少なくともいくつかはコンピュータ実装されてもよい。
ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現は、造血幹細胞移植において重要な役割を果たすことが示されている。研究により、ＨＬＡ－ＤＰＢ１についての発現レベルのミスマッチを有するドナーおよびレシピエントは、移植片対宿主病を発症する可能性がより高いことが実証されている。本開示の実施形態は、ＤＰＢ１発現レベルを予測するために配列データを分析するための方法を含む。この方法は、ドナーデータベースを評価して、移植を必要とする個体に対するマッチを見出すために、または参照研究室でのＨＬＡタイピングのためのシークエンシング中に使用され得る。１つの実施形態では、移植は造血幹細胞移植である。特定の実施形態では、工程の少なくともいくつかはコンピュータ実装されてもよい。
【0047】
この方法は、ＨＬＡハプロタイピング分析の一部としてＤＰＢ１の発現レベルを決定する必要性を解決することができる。ＨＬＡハプロタイピングのためのＤＰＢ１配列の分析は、ＤＰＢ１エクソン２のみに基づいていることが多く、そのため、エクソン２の外側にある配列を含まない（すなわち、エクソン１、３、４および５、上流および／または下流配列、調節配列、エピジェネティック配列、イントロンなど）。しかし、エクソン２の多型がＤＰＢ１活性に関連するという示唆はない。代わりに、ＤＰＢ１の３’ＵＴＲにおけるマーカーｒｓ９２７７５３４がＨＬＡ－ＤＰＢ１発現を遺伝的に制御し、エクソン３内の７つの特異的塩基対がマーカーｒｓ９２７７５３４の単一ヌクレオチドバリアント（発現レベルを決定する単一ヌクレオチドバリアント）を予測することができることが発見された。したがって、ロングリードシークエンシングによって得られた配列データを使用してエクソン３内のこれらの７つの明確に規定された位置を分析することにより、ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現を予測することができる。図１は、ｒｓ９２７７５４３マーカーを予測するエクソン３中の位置および塩基を有するＤＰＢ１遺伝子構造を示す。このマーカーにおける単一ヌクレオチドバリアントは、ＤＰＢ１発現レベルを制御する。図２は、弱発現配列を示すＤＰＢ１＊０４：０１：０１：０１についてのエクソン３配列および強発現配列を示すＤＰＢ１＊０１：０１：０１：０１を示す。
【0048】
様々な実施形態では、ＤＰＢ１エクソン３の配列、特にＤＰＢ１活性に関連するヌクレオチドバリエーションを決定することを含む方法が提供される。１つの実施形態ではＤＰＢ１活性に関連するＤＰＢ１エクソン３内の７つの明確に規定された位置を分析する方法が開示される。配列は、ロングリードまたはショートリードのシークエンシング実験の一部として構築されるコンティグであり得る。いくつかの実施形態では、シークエンシングは、ロングリードシークエンシングなどの次世代シークエンシング（ＮＧＳ）によって行われる。したがって、ある特定の実施形態では、上記方法は、ＨＬＡ－ＤＰＢ１発現を予測するために使用される場合がある。方法はまた、移植拒絶および／または移植片対宿主病（ＧｖＨＤ）を予測するために使用され得る。特定の実施形態では、方法およびシステムは、バイオインフォマティクスを使用して、ドナーおよび患者のＮＧＳデータ（例えば、ロングリード配列）のエクソン３配列を分析し、各ＨＬＡ－ＤＰＢ１対立遺伝子の発現レベルを予測する。
【0049】
例えば、１つの実施形態では、対象からのロングリード配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するための方法が提供され、この方法は、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む。
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む。
【0050】
１つの実施形態では、方法は、対象に対するクエリ配列を決定する工程をさらに含む。例えば、クエリ配列は、ロングリードシークエンシングなどの次世代シークエンシング実験の一部として生成された（工程（ｂ）の前に）ロングリード配列データから得られ得る。または、核酸シークエンシングの別の方法が使用され得る。
【0051】
様々な実施形態において、方法の工程の少なくともいくつかはコンピュータ実装される。例えば、１つの実施形態では、工程（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、またはそれらの任意の組み合わせがコンピュータ実装される。特定の実施形態では、方法の工程は、本明細書で詳細に説明するように、ロングリードシークエンサーを使用し、コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用し、コンピュータ実装アルゴリズムを使用して実装される。いくつかの例では、ロングリードシークエンサーは、コンピュータ実装アラインメントプログラムおよび／またはコンピュータ実装アルゴリズムを含み得る。他の例では、ロングリードシークエンサーは、コンピュータ実装アラインメントプログラムおよび／またはコンピュータ実装アルゴリズムとは別個であり、コンピュータ実装アラインメントプログラムおよび／またはコンピュータ実装アルゴリズムは、１またはそれを超える専用コンピューティングデバイスに実装される。
【0052】
１つの実施形態では、方法は、ＤＰＢ１発現モチーフおよび／または対象にとって関心対象の他の部位について個々の対立遺伝子を同定することをさらに含む。
【0053】
配列データは、ＤＰＢ１のエクソン３に対する配列に加えてデータを含み得る。１つの実施形態では、配列データは、ロングリード配列データである。データは、ＤＰＢ１遺伝子のゲノムシークエンシングを包含し得る。データは、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３および／またはＤＱＢ１遺伝子のゲノムシークエンシングをさらに含み得る。１つの実施形態では、配列データはＤＰＢ１の３’ＵＴＲを含まない。また、１つの実施形態では、配列データはｒｓ９２７７５３４の配列を含まない。１つの実施形態では、データは、任意の骨髄登録所からの配列データ、または登録所もしくは移植センターに提出するために生成されたデータである。
【0054】
アラインメントは、様々な異なる方法によって実行されてもよい。１つの実施形態、および本明細書の例で使用されるアラインメントは、プログラムＭｉｎｉｍａｐ２（Ｈｅｎｇ Ｌｉ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、３４（１８）、２０１８、３０９４－３１００）を使用して実行される。Ｍｉｎｉｍａｐ２は、Ｃプログラミング言語で実装され、ＣおよびＰｙｔｈｏｎの両方のＡＰＩを伴う。それはＭＩＴライセンスの下で配布され、商業的使用と学術的使用の両方に自由である。当技術分野で知られているように、Ｍｉｎｉｍａｐ２は、ほとんどの全ゲノムアライナに典型的なシード－チェーン－アライン手順に従う。本質的に、プログラムは、参照配列のミニマイザを収集し、ミニマイザをハッシュテーブルにインデックスする。次いで、各クエリ配列について、ミニマイザのハッシュおよび位置のリストである値を使用して、Ｍｉｎｉｍａｐ２はクエリミニマイザをシードとして取り、参照との完全マッチ（すなわち、アンカー）を見つけ、共線形アンカーのセットをチェーンとして識別する。ベースレベルのアラインメントのために、ｍｉｎｉｍａｐ２は、動的プログラミング（ＤＰ）を適用して、チェーンの端部から延在し、チェーン内の隣接するアンカー間の領域（例えば、Ｈｅｎｇ Ｌｉ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、３４（１８）、２０１８、３０９４－３１００を参照のこと）を閉じてアラインメントを生成することができる。使用され得る他の方法としては、ＢＬＡＳＲ（ｖ１．ＭＣ．ｒｃ６４；Ｃｈａｉｓｓｏｎ ａｎｄ Ｔｅｓｌｅｒ、２０１２年）、ＢＷＡ－ＭＥＭ（ｖ０．７．１５；Ｌｉ、２０１３）、ＧｒａｐｈＭａｐ（ｖ０．５．２；Ｓｏｖｉｃら、２０１６）、Ｋａｒｔ（ｖ２．２．５；ＬｉｎおよびＨｓｕ、２０１７）、ｍｉｎｉａｌｉｇｎ（ｖ０．５．３；ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍのウェブで入手可能）およびＮＧＭＬＲ（ｖ０．２．５；Ｓｅｄｌａｚｅｃｋら、２０１８）が挙げられる。
【0055】
１つの実施形態では、開示される方法は、弱発現モチーフを以下：エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含み得る。さらにおよび／またはあるいは、開示される方法は、強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含み得る。方法は、強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されているか、および／または弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されているかを決定することをさらに含み得る。他の実施形態では、エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０のヌクレオチドが弱発現モチーフまたは強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、開示される方法は、対立遺伝子を不確定として規定することを含み得る。
【0056】
開示される方法は、ＤＰＢ１エクソン３の他の位置におけるクエリ配列と参照配列との間の任意の差異を決定することをさらに含み得る。例えば、参照配列および／またはクエリ配列は、ＤＰＢ１遺伝子全体の配列データを含み得る。さらにおよび／またはあるいは、開示された方法は、クエリ配列と参照配列との間の任意の他の差異を決定すること（例えば、ＤＰＢ１の他のエクソンおよび／またはＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３および／またはＤＱＢ１などの関心対象の他のＨＬＡ遺伝子）をさらに含み得る。例えば、参照配列およびクエリ配列は、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、およびＤＱＢ１のうちの少なくとも１つのための配列データをさらに含むことができる。また、この方法は、ＤＰＢ１エクソン３および／またはＤＰＢ１遺伝子の他の領域中の他のバリアントが、強発現に関連するｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子および／または弱発現に関連するｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されているかどうかを決定することを含み得る。１つの実施形態では、この追加のデータは、介護者または移植データベースに提出され得る。このようにして、ＤＰＢ１発現に関連する追加のバリアントを、ＤＰＢ１発現レベルの指標として使用するために評価することができる。
【0057】
１つの実施形態では、追加の配列データは、ＤＰＢ１エクソン３の配列でコンパイルされる。例えば、他の配列とＤＰＢ１エクソン３の活性プロファイルとの連鎖は、移植レシピエントにおけるＧｖＨＤの基礎をさらに特徴付けるのに有用であり得る。
【0058】
いくつかの実施形態では、ＤＰＢ１エクソン３における位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０以外の位置でのクエリ配列と参照配列との間の差異の数が所定の数（例えば、１０）よりも大きい場合、そのクエリ配列はさらなる分析から除外される。例えば、これは、分析されている配列が実際にはＤＰＢ１ではなく、ＮＧＳデータに存在する別の配列である場合であり得る。
【0059】
特定の実施形態では、対象は、移植レシピエントに対する潜在的なドナーである。１つの実施形態では、レシピエントは、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントである。分析は、潜在的なドナーを移植レシピエントにマッチさせるために使用され得る。したがって、特定の実施形態では、方法は、移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために結果を介護者に提供することをさらに含み得る。または、方法は、介護者および／または潜在的なレシピエントへの将来の分配のために配列分析をデータベースに提供することをさらに含み得る。特定の実施形態では、レシピエントは、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントである。
【0060】
したがって、開示された方法は、クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価することを含み得る。図１は、ＤＰＢ１ ｃＤＮＡ中の特定の位置でのヌクレオチドの比較を示す。エクソン１および２の長さ（３５４ｎｔ）を差し引くことによって、エクソン３におけるこれらのヌクレオチドのそれぞれについての位置が記載される（すなわち、２０、２６、５２、８７、２３４、２４２および２７０）。図１は、ｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子（弱発現）および／またはｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子（強発現）に関連する配列モチーフを示す。例えば、図２は、ＤＰＢ１のＤＰＢ１弱発現エクソン３モチーフを有するＨＬＡハプロタイプ０２：０１：０２：０１と比較した、ＤＰＢ１のＤＰＢ１強発現エクソン３モチーフを有するＨＬＡハプロタイプ０１：０１：０１：０１のエクソン２配列の比較を示す。ナンバリングは、ｃＤＮＡ配列に基づく。
【0061】
図３および図４は、２つの異なるクエリサンプル（Ｑｒｙ）からの配列データの、弱い遺伝子型をコードする参照配列（Ｒｅｆ）との比較のための実施形態を示す。図中、＋記号は、プラス（センスまたはコード）鎖（すなわち、ｍＲＮＡ転写物の配列に直接対応する鎖）を示す。したがって、図３は、強いエクソン３モチーフを同定するための開示されたアルゴリズムの使用を示す。クエリ（Ｑｒｙ＋）配列は、２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置に強発現モチーフ（実線の長方形）の配列ならびに他のバリアント（破線の長方形）を有する。この実験では、参照配列（Ｒｅｆ＋）は、弱発現モチーフを有する。図４は、弱いエクソン３モチーフを特定するための開示されたアルゴリズムの使用を示す。クエリ（Ｑｒｙ＋）配列は、２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置に弱発現モチーフ（実線の長方形）の配列ならびに他のバリエーション（破線の長方形）を有する。この図では、シークエンシングは、エクソン３の第４のヌクレオチドで開始する。この実験では、参照配列（Ｒｅｆ＋）は、弱発現モチーフを有する。
【0062】
図５は、ＤＰＢ１発現を予測するためにロング配列リードデータを分析するために使用することができるコンピュータ実装および／またはアルゴリズム方法５００の一実施形態を示す。この方法は、データベースまたはＨＬＡシークエンシング実行から配列データを得る工程５１０を含み得る。１つの実施形態では、クエリ核酸配列は、ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルから得られる。様々な実施形態によって使用することができるロングリードシークエンサーの例としては、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ＲＳＩＩ、ＳｅｑｕｅｌおよびＳｅｑｕｅｌ ＩＩ、ならびにＯｘｆｏｒｄ Ｎａｎｏｐｏｒｅが挙げられる。ロングリードシークエンシングデータは、ＤＰＢ１のエクソン２と３との間の明確な連鎖を可能にし、フェージング損失および強いまたは弱いモチーフを適切なエクソン２に連鎖することができないことを最小限に抑えるので、ＤＢＩ発現の臨床サンプルにより適用可能である。１つの実施形態では、データベースは、ＨＬＡタイピングに基づくドナーの選択に使用される任意の骨髄登録データベースである。１つの実施形態では、クエリ核酸配列は、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む。さらに、他の配列データが含まれてもよい（例えば、ＤＰＢ１の他のエクソンおよび／またはＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３および／またはＤＱＢ１などの関心対象の他のＨＬＡ遺伝子）。
【0063】
方法は、参照配列とクエリ配列とをアラインメントさせ、二つの配列間の差異を記載および／または比較する工程５１２を含み得る。１つの実施形態では、参照配列およびクエリ配列の両方が、少なくともＤＰＢ１のエクソン３を含む。方法はまた、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置におけるクエリ配列に対するヌクレオチドの同一性を決定する工程５１４を含み得る。
【0064】
次に、方法は、クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価する工程を含み得る。したがって、クエリが、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴの配列を有する場合、それは弱発現モチーフ５１６として規定される。クエリが、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴおよびエクソン３の位置２７０におけるＣの配列を有する場合、それは強発現モチーフ５１８として規定される。しかしながら、エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０のヌクレオチドが、弱発現モチーフまたは強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、方法は、対立遺伝子を不確定５２０として規定することを含み得る。
【0065】
方法は、ＤＰＢ１エクソン３またはＤＰＢ１の他のエクソンおよび／または移植適合性に重要な他の配列中の他の位置に（参照と比較して）クエリ中にバリアントがあるかどうかを決定する任意選択の工程５２２を含み得る。この方法は、他のバリアントのいずれかが、弱い、強い、または不確定なモチーフのいずれかに連鎖されているかどうかを決定すること５２４を含み得る。この方法は、強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されているか、または弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されているかを決定することをさらに含み得る（図５には示されていない）。
【0066】
ＤＰＢ１エクソン３におけるエクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０以外の位置でのクエリ配列と参照配列との間の差異の数が所定のカットオフより大きい（例えば、５、または７、または８、または１０、または１５、または２０、または２５、または３０、またはそれを超える）場合、クエリ配列は、さらなる分析５２６から除外され得る。例えば、これは、分析されている配列が実際にはＤＰＢ１ではなく、配列データに存在する別の配列である場合であり得る。
【0067】
方法は、分析の結果を出力する最終工程を含み得る。結果は、ＤＰＢ１発現の予測であり、ＤＰＢ１発現は、潜在的なドナーを移植レシピエントにマッチさせるための下流の処理または分析において使用され得る。したがって、特定の実施形態では、方法は、移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、結果をデータベースまたは介護者に提供すること５２８をさらに含み得る。特定の実施形態では、レシピエントは、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントである。特定の実施形態では、方法は、分析の結果を使用して、１人またはそれを超える潜在的なドナーを１人またはそれを超える移植レシピエントにマッチさせることをさらに含み得る。有利には、ＤＰＢ１発現を最終的に予測するためにロング配列リードデータを分析するために本明細書に記載される技術は、計算時間を短縮し、ＤＰＢ１発現のより正確な予測を提供し、ロング配列リードデータを計算／分析する際の誤りによって引き起こされる臨床リスクを低減する。
【0068】
図６は、本開示の方法６００の別の実施形態の一例を示す。したがって、図６に示されるように、これらの工程は、データベースから配列データを得ること、またはデータベース６１０に提出する前に実行されるＨＬＡシークエンシング実行を含み得る。１つの実施形態では、クエリ核酸配列６０５は、ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルから得られる。１つの実施形態では、データベースは、ＨＬＡタイピングに基づくドナーの選択に使用される任意の骨髄登録データベースである。次のいくつかの工程は、クエリ配列６０５の特徴付けを含み得る。したがって、方法は、参照配列とクエリ配列とをアラインメントさせる工程６１２を含み得る。次に、方法は、参照配列とクエリ配列との間の差異を比較すること６１４を含み得る。方法は、ＤＰＢ１エクソン３の規定された位置、および必要に応じて、例えばＤＰＢ１の他のエクソン中の他の配列、ならびに／またはＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、－Ｃ、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３および／もしくはＤＱＢ１などの関心対象の他のＨＬＡ遺伝子におけるクエリ配列の同一性を決定する工程６１６をさらに含み得る。方法はまた、エクソン３の強－弱モチーフ内および必要に応じてエクソン３の強－弱モチーフ外のクエリ配列中のバリアントをコンパイルする工程６１８を含み得る。所定数を超えるバリアント（例えば、１０）がある場合、配列は分析６１９から「ドロップ」され得る。いくつかの実施形態では、これは、ドナーが問題になっているレシピエントに適したドナーであるかどうかを予測するものと見なされない配列をもたらす。
【0069】
しかしながら、強－弱モチーフ位置の外側に１０個未満のバリアントが存在する場合、配列はさらに分析され得る６２０。これは、弱い、強い、または不確定のいずれかであるエクソン３モチーフを有するものとしてクエリ配列を同定すること６２２を含み得る。１つの実施形態では、この決定は、本明細書中に記載されるようなエクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０における配列に基づく。また、分析により、エクソン３または他のＤＰＢ１領域内の他のバリアントが、弱いまたは強い（または不確定な）モチーフのいずれかに関連する（すなわち、遺伝子連鎖を示す）かどうかを決定することができる６２４。
【0070】
この時点で、さらなる分析を実行することができる６２５。例えば、エクソン３モチーフ（すなわち、強い、弱い、または不確定）の配列は、ｒｓ９２７７５３４内の配列に連鎖されてよく、「Ａ」対立遺伝子は「弱」発現に関連すると仮定され、「Ｇ」対立遺伝子は強発現に関連すると仮定される。したがって、データを使用して、ｒｓ９２７７５３４ Ａ／Ｇと弱発現および／または強発現のそれぞれの関連を確認することができ、および／または遺伝子型分析をさらに改良することができる（すなわち、それぞれｒｓ９２７７５３４ ＡおよびＧ対立遺伝子に関連する他のバリアントを発見することによって）６３０。
【0071】
最後に、結果を第三者に提出することができる６３５。例えば、結果は、データベースに追加されてもよく６３８、および／または介護者に提供されてもよい６４０。１つの実施形態では、データベースは、クエリ（および／または参照）配列が得られたのと同じデータベースであってもよい。または、データベースは、別のデータベースであってもよい。いくつかの実施形態では、介護者は、特定のレシピエントに対するドナーのマッチを見出すことを望む医師であり得る。
【0072】
分析を報告するための方法も本明細書に開示される。１つの実施形態ではＣｏｎｃｉｓｅ Ｉｄｉｏｓｙｎｃｒａｔｉｃ Ｇａｐｐｅｄ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｒｅｐｏｒｔ（ＣＩＧＡＲ）手法が使用される。この分析では、所定の開始部位を使用して配列が５’から３’に分析される。バリアントは、それらのヌクレオチド同一性（例えば、Ａ、Ｃ、ＧまたはＴ）、バリエーションの性質（挿入、欠失、塩基変化）および配列の領域内のバリアントの位置（例えば、コンティグ）に基づいてスコア化される。例えば、上記のように、クエリ配列に対する強いエクソン３モチーフは、エクソンの位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０におけるヌクレオチド同一性に基づいて報告され得る。または、バリアントは、ｃＤＮＡまたはゲノムにおけるそれらの位置に基づいて同定され得る。そのような提示は、これらの位置におけるヌクレオチドの絶対的同一性に基づいてもよく、または参照配列と比較した任意の変化としてもよい。したがって、弱いモチーフについて図４に示される配列は、関心対象の位置：２０：ｇ、２７：ｔ、５２：ｔ、８７：ｇ、２３４：ｔ、２４２：ｃおよび２７０：ｔに以下の配列を有するものとして表され得る（すなわち、非ＣＩＧＡＲアプローチ）。あるいは、弱いモチーフ配列が参照である場合、配列は、２０：ｇｇ、２７：ｔｔ、５２：ｔｔ、８７：ｇｇ、２３４：ｔｔ、２４２：ｃｃおよび２７０：ｔｔとして表されてよく、クエリ（対の第２のヌクレオチド）と比較して、参照（対の第１のヌクレオチド）中のエクソン３のモチーフ位置にバリアントがないことを示す。同様に、図３の強配列は、２０：ｇａ、２７：ｔｃ、５２：ｔｃ、８７：ｇａ、２３４：ｔｃ、２４２：ｃｔおよび２７０：ｔｃ（非ＣＩＧＡＲアプローチ）と表され得る。
【0073】
しかしながら、ＣＩＧＡＲ法を使用して、モチーフは、特定のエクソン、ｃＤＮＡおよび／またはゲノム配列内のヌクレオチドの位置を同定するために使用される実際のナンバリングとは無関係に、参照配列とクエリ配列との間の任意の変化として報告され得る。これにより、配列データのコンティグの迅速な比較を容易にすることができる。１つの実施形態ではｃｓ ＣＩＧＡＲタグは、ショート形式の配列またはロング形式（参照配列データが一般的に提供される形式である）のクエリ配列および参照配列全体の配列の差異をコードする。
【0074】
１つの実施形態ではスコアリング方法は、表１に概説されている通りである。
【表1】
【0075】
例えば、配列番号９（上の配列）および配列番号１０（下の配列）について表２に示す配列アラインメントは、６－ａｔａ：１０＋ｇｔｃ：４＊ａｔ：３として表され、：［０－９］＋は同一のブロックを表し、－ａｔａは欠失を表し、＋ｇｔｃは挿入を表し、＊ａｔは参照塩基「ａ」が「ｔ」で置換されることを示す。
【表2】
【0076】
次いで、アルゴリズムは、ＣＩＧＡＲを解析して、強いモチーフまたは弱いモチーフがクエリ配列に存在するかどうかを決定することができる。ＣＩＧＡＲフォーマットを使用して報告された強および弱配列の実施形態をそれぞれ図７および図８に示す。したがって、強いモチーフ３＊ｃｇ：１２＊ｇａ：６＊ｔｃ：２４＊ｔｃ：３４＊ｇａ：１４６＊ｔｃ：７＊ｃｔ：２７＊ｔｃ：３２（図７）について、ＣＩＧＡＲコード化は以下の通りである。３－コンティグは、バリアントの前の参照とマッチする塩基の数；参照の最初から開始する；ｃｇ－バリアントは、ｃの代わりにｇである；１２－次のバリアントの前にコンティグがマッチする塩基の数；ｇａ変数は、ｇの代わりにａであり、以下同様である。最終的な数（「３２」）は、参照の終わりの前にコンティグが参照とマッチする塩基の数である。弱いバリアントと比較した図８の弱いモチーフの場合、ＣＩＧＡＲスコアリングは、ｃｓ：ｚ：：３０２であり、これは、クエリと参照がエクソン３の３０２ヌクレオチドにわたって同一であることを示す。１つの実施形態では、配列は、弱いモチーフまたはロングモチーフのいずれかとの全体的なマッチを含み得る。位置２４３（すなわち、モチーフ位置２４２から除去された一方の位置）にミスマッチを有する弱いモチーフ（ｃｓ：Ｚ：：２４２＊ｃｔ：５９）の例を図９および図１０に示す。
【0077】
ロングリード配列データを分析してＤＰＢ１発現レベルを予測するためのシステム
本開示の実施形態は、ＤＰＢ１発現レベルを予測するためにロングリード配列データを分析するためのコンピュータ化されたシステムおよびコンピュータプログラム製品を含む。
本開示の実施形態は、ＤＰＢ１発現レベルを予測するためにロングリード配列データを分析するためのコンピュータ化されたシステムおよびコンピュータプログラム製品を含む。
【0078】
例えば、開示されるのは、１またはそれを超えるデータプロセッサと、１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を、参照核酸配列に対してアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステムである。
【0079】
開示されるのはまた、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程、（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程、および（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程、のコンピュータ実装工程を含み、同定する工程が、（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法である。
【0080】
システムおよびコンピュータ製品は、本明細書に開示される方法のいずれかを実行することができる。本明細書に記載の１またはそれを超える実施形態は、プログラムモジュール、エンジン、またはコンポーネントを使用して実施することができる。プログラムモジュール、エンジン、またはコンポーネントは、プログラム、サブルーチン、プログラムの一部、または１もしくはそれを超える記載されたタスクもしくは機能を実行することができるソフトウェアコンポーネントもしくはハードウェアコンポーネントを含むことができる。本明細書で使用される場合、モジュールまたはコンポーネントは、他のモジュールまたはコンポーネントとは独立してハードウェアコンポーネント上に存在することができる。あるいは、モジュールまたはコンポーネントは、他のモジュール、プログラムまたは機械の共有要素またはプロセスであり得る。
【0081】
図１１は、ＤＰＢ１配列分析システムのブロック図を示す。図１１に示すように、様々な実施形態による分析装置システムの様々なサブシステムを実装するために使用され得る１またはそれを超えるプロセッサによって実行可能なモジュール、エンジン、またはコンポーネント（例えば、プログラム、コード、または命令）。モジュール、エンジン、またはコンポーネントは、非一時的コンピュータ媒体に記憶されてもよい。必要に応じて、モジュール、エンジン、またはコンポーネントのうちの１またはそれを超えるものをシステムメモリ（例えば、ＲＡＭ）にロードし、分析装置システムの１またはそれを超えるプロセッサによって実行することができる。図１１に示す例では、本開示の方法を実施するためのモジュール、エンジン、またはコンポーネントが示されている。
【0082】
したがって、図１１は、本開示によるシステムおよび方法での使用に適した例示的なコンピューティングデバイス１１００を示す。例示的なコンピューティングデバイス１１００は、１またはそれを超える通信バス１１１５を使用してメモリ１１１０およびコンピューティングデバイス１１００の他のコンポーネントと通信するプロセッサ１１０５を含む。プロセッサ１１０５は、メモリ１１１０に記憶されたプロセッサ実行可能命令を実行して、図５および図６に関して上述した例示的なプロセス５００または６００の一部または全部などの異なる例に従ってＤＰＢ１発現レベルを評価するための１またはそれを超える方法を実行するように構成される。この例では、メモリ１１１０は、本明細書で論じるように、ＤＰＢ１配列分析１１２０および発現決定１１２５を提供するプロセッサ実行可能命令を記憶する。
【0083】
この例でのコンピューティングデバイス１１００はまた、ユーザ入力を受け入れるために、キーボード、マウス、タッチスクリーン、マイクロフォンなどのような１またはそれを超えるユーザ入力デバイス１１３０を含む。コンピューティングデバイス１１００はまた、ユーザインターフェースなどのユーザに視覚的出力を提供するためのディスプレイ１１３５を含む。コンピューティングデバイス１１００はまた、通信インターフェース１１４０を含む。いくつかの例では、通信インターフェース１１４０は、ローカルエリアネットワーク（「ＬＡＮ」）、インターネットなどの広域ネットワーク（「ＷＡＮ」）、メトロポリタン・エリア・ネットワーク（「ＭＡＮ」）、ポイントツーポイントまたはピアツーピア接続などを含む１またはそれを超えるネットワークを使用した通信を可能にすることができる。他のデバイスとの通信は、任意の適切なネットワークプロトコルを使用して達成され得る。例えば、１つの適切なネットワークプロトコルは、インターネットプロトコル（「ＩＰ」）、伝送制御プロトコル（「ＴＣＰ」）、ユーザデータグラムプロトコル（「ＵＤＰ」）、またはＴＣＰ／ＩＰもしくはＵＤＰ／ＩＰなどのそれらの組み合わせを含むことができる。
【実施例】
【0084】
実施例１－強いモチーフおよび弱いモチーフの同定
開示された方法は、骨髄ドナー登録のＨＬＡタイピング産生データの編集物からの脱同定されたＤＮＡ配列（すなわち、配列が乱数によって識別されるように個人、登録または他の識別情報が除去された配列）を特徴付けるために使用されている。個体ごとに１つのＦＡＳＴＱファイルに保存された、以前にタイプ分けされた１７，８０１人の個体からの配列データをこのプログラムで分析した。ｒｓ９２７７５３４においてＧを予測する正確な７つの塩基配列を含むすべてのＦＡＳＴＱファイルを、「強」発現を有するとしてタイプ分けした。次いで、ｒｓ９２７７５３４でＡを予測する正確な７つの塩基配列を含むすべてのＦＡＳＴＱファイルを、「弱」発現を有するとしてタイプ分けした。いずれのモチーフとも正確にマッチしない任意の配列を「未決定」としてタイプ分けした。図１５に示すように、合計３１，２７４個のＤＰＢ１配列が分析され、そのうち１０，７７４個は、「強」とタイプ分けされ、２０，３６９個は、「弱」とタイプ分けされ、１３１個は、「未決定」とタイプ分けされた。３０（０．００１％）の不合格品質スコア基準。試験した全ＨＬＡ－ＤＰＢ１配列の０．４２％のみが「未決定」と判定され、残りの９９．５８％は、発現を予測するのに必要な正確な配列を示した。さらに、他のバリアントが認められた。３０（０．００１％）の不合格品質スコア基準。すべての配列をエクソン３弱参照にマッピングした。図１６のプロットは、強、弱および未決定あたり約６０サンプルのダウンサンプルであり、参照に対するユニークバリアントが生じるエクソン３の位置を示す。縦線は、予測位置を示す。
開示された方法は、骨髄ドナー登録のＨＬＡタイピング産生データの編集物からの脱同定されたＤＮＡ配列（すなわち、配列が乱数によって識別されるように個人、登録または他の識別情報が除去された配列）を特徴付けるために使用されている。個体ごとに１つのＦＡＳＴＱファイルに保存された、以前にタイプ分けされた１７，８０１人の個体からの配列データをこのプログラムで分析した。ｒｓ９２７７５３４においてＧを予測する正確な７つの塩基配列を含むすべてのＦＡＳＴＱファイルを、「強」発現を有するとしてタイプ分けした。次いで、ｒｓ９２７７５３４でＡを予測する正確な７つの塩基配列を含むすべてのＦＡＳＴＱファイルを、「弱」発現を有するとしてタイプ分けした。いずれのモチーフとも正確にマッチしない任意の配列を「未決定」としてタイプ分けした。図１５に示すように、合計３１，２７４個のＤＰＢ１配列が分析され、そのうち１０，７７４個は、「強」とタイプ分けされ、２０，３６９個は、「弱」とタイプ分けされ、１３１個は、「未決定」とタイプ分けされた。３０（０．００１％）の不合格品質スコア基準。試験した全ＨＬＡ－ＤＰＢ１配列の０．４２％のみが「未決定」と判定され、残りの９９．５８％は、発現を予測するのに必要な正確な配列を示した。さらに、他のバリアントが認められた。３０（０．００１％）の不合格品質スコア基準。すべての配列をエクソン３弱参照にマッピングした。図１６のプロットは、強、弱および未決定あたり約６０サンプルのダウンサンプルであり、参照に対するユニークバリアントが生じるエクソン３の位置を示す。縦線は、予測位置を示す。
【0085】
強いモチーフを有する配列についての結果を図３に示す。クエリ（Ｑｒｙ＋）配列（配列番号４）は、位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０にＤＰＢ１強発現モチーフのエクソン３配列（実線の長方形）を有することが見出された。配列のさらなる特徴付けは、クエリがエクソン中の他の位置（破線の長方形）で参照と比較して、他のバリアントを有することを示した。この図では、シークエンシングは、エクソン３の第４のヌクレオチドで始まり、参照配列（Ｒｅｆ＋）（配列番号３）は、弱発現モチーフを有する。
【0086】
図４は、エクソン３モチーフを特定するための開示されたアルゴリズムの使用を示す。クエリ（Ｑｒｙ＋）配列は、２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置に弱発現モチーフ（実線の長方形）の配列ならびに他のバリエーション（破線の長方形）を有する。この図では、シークエンシングは、エクソン３の第４のヌクレオチドで開始する。この実験では、参照配列（Ｒｅｆ＋）は、弱発現モチーフを有する。
【0087】
図７および図８は、異なるクエリ配列およびエクソン３の弱いモチーフを有する参照配列（配列番号３）を用いて行われた同様の実験を示す。図７に示すように、クエリ配列（配列番号６）は、強いモチーフに特徴的なバリアントを表示し、ＣＩＧＡＲ表記でｃｓ：Ｚ：：３８ｃｇ：１２＊ｇａ：６＊ｔｃ：２４＊ｔｃ：３４＊ｇａ：１４６＊ｔｃ：７＊ｃｔ：２７＊ｔｃ：３２と報告されている。追加のバリアントはない。興味深いことに、この配列分析および他の配列分析により、位置２４２のバリアントはＴであり、最初に報告されたＡではないことが確認された（Ｓｃｈｏｎｅら、２０１８）。図８に示すクエリ配列（配列番号７）は、「弱発現」モチーフを含有する参照配列（配列番号３）との同一性に基づいて弱発現を有するとして規定され、ｃｓ：Ｚ：：３０２として報告され得る。
【0088】
図９は、強発現モチーフを有すると特徴付けられた５つのサンプルおよび「弱」発現モチーフを有する５つのサンプルについてのＣＩＧＡＲ形式での要約を提示する。一方の弱発現サンプルは、ｃＤＮＡ位置２４３にＴ突然変異を有する。これは、図１０にクエリ（Ｑｒｙ－）配列として示されている（配列番号８）。強いモチーフ（追加のバリアントありおよびなし）および弱いモチーフ（追加のバリアントありおよびなし）を有する配列、ならびに未決定として分類された配列を示す追加の配列結果を、図１２および図１３に示す。次いで、ＤＰＢ１発現に関する情報を他のＨＬＡタイピングデータと併せて評価して、潜在的な造血幹細胞ドナーとレシピエントを対にすることができるように、この配列データをコンパイルおよび分析することができる。
【0089】
配列の分析のプリントアウトを図１４に示す。
【0090】
要約すると、データは、開示されるＨＬＡ－ＤＰＢ１発現予測プログラムが、造血幹細胞移植を必要とする患者のためのドナーの選択を助けるための非常に有用なツールであり得ることを示す。
【0091】
実施例２－実施形態
Ａ１．対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために対象からの配列データを分析するための方法であって、
（ａ）対象からのクエリ配列を参照配列にアラインメントすることであって、参照配列およびクエリ配列がＤＰＢ１の少なくともエクソン３を含む、アラインメントすることと、
（ｂ）クエリ配列と参照配列との間の差異を比較することと、
（ｃ）ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置におけるクエリ配列についてのヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｄ）クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価することと、を含む、方法。
Ａ１．対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために対象からの配列データを分析するための方法であって、
（ａ）対象からのクエリ配列を参照配列にアラインメントすることであって、参照配列およびクエリ配列がＤＰＢ１の少なくともエクソン３を含む、アラインメントすることと、
（ｂ）クエリ配列と参照配列との間の差異を比較することと、
（ｃ）ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置におけるクエリ配列についてのヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｄ）クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価することと、を含む、方法。
【0092】
Ａ２．工程（ａ）～（ｄ）のうちの少なくとも１つがコンピュータ実装される、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0093】
Ａ３．対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために対象からの配列データを分析するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法である。
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法である。
【0094】
Ａ４．エクソン３の規定された位置が、エクソンの５’末端から２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置にある、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0095】
Ａ５．弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0096】
Ａ６．強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0097】
Ａ７．エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０でヌクレオチドが弱発現モチーフまたは強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、対立遺伝子が不確定として同定される、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0098】
Ａ８．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、規定された位置以外のエクソン３の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0099】
Ａ９．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の他の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0100】
Ａ１０．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析からクエリ配列を除外する、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0101】
Ａ１１．クエリ核酸配列中の強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていること、および／またはクエリ核酸配列中の弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを、必要に応じてコンピュータ実装型連鎖分析によって、決定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0102】
Ａ１２．参照核酸配列および／またはクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0103】
Ａ１３．参照核酸配列および／またはクエリ核酸配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１、ＤＲＢ４、ＤＲＢ５、ＤＱＡ１、またはＤＰＡ１のうちの少なくとも１つのロングリード配列データをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0104】
Ａ１４．移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、結果を介護者および／または移植データベースに提供することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0105】
Ａ１５．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、クエリ配列に対する結果が介護者またはデータベースに提供されない、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0106】
Ａ１６．対象が造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0107】
Ａ１７．対象に対するクエリ核酸配列を決定する工程をさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0108】
Ａ１８．クエリ配列が、次世代シークエンシング実験の一部として（工程（ａ）の前に）生成されたロングリード配列データまたはショートリード配列データから得られる、前述または後述の実施形態のいずれかに記載の方法。
【0109】
Ｂ１．システムであって、
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照配列およびクエリ配列がＤＰＢ１の少なくともエクソン３を含む、アラインメントする工程と、
（ｂ）クエリ配列と参照配列との間の差異を比較する工程と、
（ｃ）ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置におけるクエリ配列についてのヌクレオチドの同一性を決定する工程と、
（ｄ）クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価する工程と、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照配列およびクエリ配列がＤＰＢ１の少なくともエクソン３を含む、アラインメントする工程と、
（ｂ）クエリ配列と参照配列との間の差異を比較する工程と、
（ｃ）ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置におけるクエリ配列についてのヌクレオチドの同一性を決定する工程と、
（ｄ）クエリが弱発現モチーフもしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないかを決定し、それによって対象のＤＰＢ１の発現レベルを評価する工程と、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含むシステム。
【0110】
Ｂ２．システムであって、
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、と含む、システム。
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、と含む、システム。
【0111】
Ｂ３．動作が、弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0112】
Ｂ４．動作が、強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0113】
Ｂ５．エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０でヌクレオチドが弱発現モチーフまたは強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、対立遺伝子が不確定として規定される、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0114】
Ｂ６．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、規定された位置以外のエクソン３の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0115】
Ｂ７．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の他の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0116】
Ｂ８．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析からクエリ配列を除外する、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0117】
Ｂ９．動作が、強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されているか、または弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されているかを決定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0118】
Ｂ１０．動作が、クエリ核酸配列中の強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていること、および／またはクエリ核酸配列中の弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを、必要に応じてコンピュータ実装型連鎖分析によって、決定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0119】
Ｂ１１．参照配列および／またはクエリ配列が、ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0120】
Ｂ１２．参照および／またはクエリ配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１、ＤＲＢ４、ＤＲＢ５、ＤＱＡ１、またはＤＰＡ１のうちの少なくとも１つのロングリード配列データをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0121】
Ｂ１３．動作が、移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、結果を介護者および／またはデータベースに提供することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0122】
Ｂ１４．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、クエリ配列に対する結果が介護者またはデータベースに提供されない、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0123】
Ｂ１５．対象が造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0124】
Ｂ１６．工程（ａ）～（ｄ）のうちの少なくとも１つがコンピュータ実装される、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0125】
Ｂ１７．動作が、対象に対するクエリ配列を決定する工程をさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0126】
Ｂ１８．クエリ配列が、シークエンシング実験の一部として（工程（ａ）の前に）生成されたロングリード配列データまたはショートリード配列データから得られる、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステム。
【0127】
Ｂ１９．シークエンシング実験が、次世代シークエンシング実験である、Ｂ１８に記載のシステム。
【0128】
Ｂ２０．システムであって、
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、前述の実施形態のいずれかの方法を実行するための動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含む、システム。
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、１またはそれを超えるデータプロセッサに、前述の実施形態のいずれかの方法を実行するための動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含む、システム。
【0129】
Ｃ１．前述または後述の実施形態のいずれかに記載のシステムを実行し、および／または方法を実行するように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体で有形に具現化されたコンピュータプログラム製品。
【0130】
Ｃ２ １またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータプログラム製品。
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、対象からのクエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、参照核酸配列およびクエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列に基づいて、クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程と、を含み、同定する工程が、
（ｉ）アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと参照核酸配列とを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）クエリ配列核酸配列と参照核酸配列との間の同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における参照核酸配列と比較したときのクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置におけるクエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）クエリ核酸配列が弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、またはクエリ核酸配列が強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータプログラム製品。
【0131】
Ｃ３．動作が、弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0132】
Ｃ４．動作が、強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0133】
Ｃ５．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、規定された位置以外のエクソン３の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0134】
Ｃ６．同定することが、アラインメントされたクエリ核酸配列および参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、クエリ核酸配列と参照核酸配列との間の任意の他の差異の存在を同定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0135】
Ｃ７．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析からクエリ配列を除外する、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0136】
Ｃ８．動作が、強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されているか、または弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されているかを決定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0137】
Ｃ９．動作が、クエリ核酸配列中の強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていること、および／またはクエリ核酸配列中の弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを、必要に応じてコンピュータ実装型連鎖分析によって、決定することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0138】
Ｃ１０．参照配列および／またはクエリ配列が、ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0139】
Ｃ１１．参照および／またはクエリ配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３、ＤＱＢ１、ＤＲＢ４、ＤＲＢ５、ＤＱＡ１、またはＤＰＡ１のうちの少なくとも１つのロングリード配列データをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0140】
Ｃ１２．動作が、移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、結果を介護者および／またはデータベースに提供することをさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0141】
Ｃ１３．エクソン３中の規定された位置以外の位置におけるクエリ核酸配列と参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、クエリ配列に対する結果が介護者またはデータベースに提供されない、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0142】
Ｃ１４．対象が造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0143】
Ｃ１５．工程（ａ）～（ｄ）のうちの少なくとも１つがコンピュータ実装される、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0144】
Ｃ１６．動作が、対象に対するクエリ核酸配列を決定する工程をさらに含む、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0145】
Ｃ１７．クエリ配列が、シークエンシング実験の一部として（工程（ａ）の前に）生成されたロングリード配列データまたはショートリード配列データから得られる、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0146】
Ｃ１８．シークエンシング実験が次世代シークエンシング実験である、前述または後述の実施形態のいずれかに記載のコンピュータプログラム製品。
【0147】
追加の考察
上記の説明では、実施形態の完全な理解を提供するために具体的な詳細が示されている。しかしながら、これらの具体的な詳細なしで実施形態を実施することができることが理解される。例えば、実施形態を不必要に詳細に不明瞭にしないために、回路をブロック図に示すことができる。他の例では、実施形態を不明瞭にすることを避けるために、周知の回路、プロセス、アルゴリズム、構造、および技術を不必要な詳細なしで示すことができる。
上記の説明では、実施形態の完全な理解を提供するために具体的な詳細が示されている。しかしながら、これらの具体的な詳細なしで実施形態を実施することができることが理解される。例えば、実施形態を不必要に詳細に不明瞭にしないために、回路をブロック図に示すことができる。他の例では、実施形態を不明瞭にすることを避けるために、周知の回路、プロセス、アルゴリズム、構造、および技術を不必要な詳細なしで示すことができる。
【0148】
上述した技術、ブロック、工程、および手段の実装は、様々な方法で行うことができる。例えば、これらの技法、ブロック、工程、および手段は、ハードウェア、ソフトウェア、またはそれらの組み合わせで実施することができる。ハードウェア実装の場合、処理ユニットは、１またはそれを超える特定用途向け集積回路（ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｃｉｒｃｕｉｔ：ＡＳＩＣ）、デジタル信号プロセッサ（ｄｉｇｉｔａｌ ｓｉｇｎａｌ ｐｒｏｃｅｓｓｏｒ：ＤＳＰ）、デジタル信号処理デバイス（ｄｉｇｉｔａｌ ｓｉｇｎａｌ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｄｅｖｉｃｅ：ＤＳＰＤ）、プログラマブルロジックデバイス（ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ ｌｏｇｉｃ ｄｅｖｉｃｅ：ＰＬＤ）、フィールドプログラマブルゲートアレイ（ｆｉｅｌｄ ｐｒｏｇｒａｍｍａｂｌｅ ｇａｔｅ ａｒｒａｙ：ＦＰＧＡ）、プロセッサ、コントローラ、マイクロコントローラ、マイクロプロセッサ、上述した機能を実行するように設計された他の電子ユニット、および／またはそれらの組み合わせ内で実装され得る。
【0149】
また、実施形態は、フローチャート、フロー図、データフロー図、構造図、またはブロック図として示されるプロセスとして説明することができることに留意されたい。フローチャートは、動作を順次プロセスとして説明することができるが、動作の多くは並行してまたは同時に実行することができる。さらに、動作の順序を並べ替えることができる。プロセスは、その動作が完了したときに終了するが、図に含まれていない追加の工程を有することができる。プロセスは、方法、機能、手順、サブルーチン、サブプログラムなどに対応することができる。プロセスが関数に対応する場合、その終了は、呼び出し関数またはメイン関数への関数の返しに対応する。
【0150】
さらに、実施形態は、ハードウェア、ソフトウェア、スクリプト言語、ファームウェア、ミドルウェア、マイクロコード、ハードウェア記述言語、および／またはそれらの任意の組み合わせによって実施することができる。ソフトウェア、ファームウェア、ミドルウェア、スクリプト言語、および／またはマイクロコードで実装される場合、必要なタスクを実行するためのプログラムコードまたはコードセグメントは、記憶媒体などの機械可読媒体に記憶することができる。コードセグメントまたは機械実行可能命令は、手順、関数、サブプログラム、プログラム、ルーチン、サブルーチン、モジュール、ソフトウェアパッケージ、スクリプト、クラス、または命令、データ構造、および／もしくはプログラム文の任意の組み合わせを表すことができる。コードセグメントは、情報、データ、引数、パラメータ、ならびに／またはメモリ内容を渡すおよび／もしくは受け取ることによって、別のコードセグメントまたはハードウェア回路に結合することができる。情報、引数、パラメータ、データなどは、メモリ共有、メッセージパッシング、チケットパッシング、ネットワーク送信などを含む任意の適切な手段を介して渡す、転送する、または送信することができる。
【0151】
ファームウェアおよび／またはソフトウェア実装の場合、方法論は、本明細書に記載の機能を実行するモジュール（例えば、手順、機能など）で実装することができる。本明細書に記載の方法論を実施する際に、命令を実体的に具現化する任意の機械可読媒体を使用することができる。例えば、ソフトウェアコードをメモリに記憶することができる。メモリは、プロセッサ内またはプロセッサの外部に実装することができる。本明細書で使用される場合、「メモリ」という用語は、任意のタイプの長期、短期、揮発性、不揮発性、または他の記憶媒体を指し、任意の特定のタイプのメモリまたはメモリの数、またはメモリが記憶される媒体のタイプに限定されるものではない。
【0152】
さらに、本明細書で開示されるように、「記憶媒体」、「記憶」または「メモリ」という用語は、読み出し専用メモリ（ＲＯＭ）、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、磁気ＲＡＭ、コアメモリ、磁気ディスク記憶媒体、光記憶媒体、フラッシュメモリデバイス、および／または情報を記憶するための他の機械可読媒体を含む、データを記憶するための１またはそれを超えるメモリを表すことができる。「機械可読媒体」という用語は、携帯型もしくは固定型ストレージデバイス、光ストレージデバイス、無線チャネル、ならびに／または命令および／もしくはデータを含むもしくは搬送する記憶することができる様々な他の記憶媒体を含むが、これらに限定されない。
【0153】
本開示の原理は、特定の装置および方法に関連して上述されているが、この説明は、例としてのみ行われ、本開示の範囲に対する限定としてではないことを明確に理解されたい。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために前記対象からのロングリード配列データを分析するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、前記同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１の前記エクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性に基づいて、前記クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法。
（項目２）
エクソン３の前記規定された位置が、前記エクソンの５’末端から２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置にある、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目５）
エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０で前記ヌクレオチドが前記弱発現モチーフまたは前記強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、対立遺伝子が不確定として同定される、項目２に記載の方法。
（項目６）
前記同定することが、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、前記規定された位置以外のエクソン３の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の任意の差異の存在を同定することをさらに
含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記同定することが、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の任意の他の差異の存在を同定することをさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析から前記クエリ配列を除外する、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記クエリ核酸配列中の前記強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていることおよび／または前記クエリ核酸配列中の前記弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを決定するためにコンピュータ実装連鎖分析を行うことをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記参照核酸配列および／またはクエリ核酸配列が、前記ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記参照核酸配列および／または前記クエリ核酸配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３およびＤＱＢ１のうちの少なくとも１つに対するロングリード配列データをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、前記結果を介護者および／または移植データベースに提供することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１３）
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、前記クエリ配列に対する前記結果が介護者またはデータベースに提供されない、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、項目１に記載の方法。
（項目１５）
システムであって、
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
前記１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、前記１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、前記同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列
とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含む、システム。
（項目１６）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして前記弱発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１５に記載のシステム。
（項目１７）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして前記強発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１５に記載のシステム。
（項目１８）
１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程、および
（ｂ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程、のコンピュータ実装工程を含み、前記同定する工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータプログラム製品。
（項目１９）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして前記弱発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１８に記載のコンピュータプログラム製品。
（項目２０）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして前記強発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１８に記載のコンピュータプログラム製品。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
（項目１）
対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測するために前記対象からのロングリード配列データを分析するためのコンピュータ実装方法であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、前記同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１の前記エクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性に基づいて、前記クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータ実装方法。
（項目２）
エクソン３の前記規定された位置が、前記エクソンの５’末端から２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０の位置にある、項目１に記載の方法。
（項目３）
前記弱発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして規定することをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目４）
前記強発現モチーフを、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして規定することをさらに含む、項目１または２に記載の方法。
（項目５）
エクソン３の位置２０、２７、５２、８７、２３４、２４２および２７０で前記ヌクレオチドが前記弱発現モチーフまたは前記強発現モチーフのいずれにも特徴的でない場合、対立遺伝子が不確定として同定される、項目２に記載の方法。
（項目６）
前記同定することが、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、前記規定された位置以外のエクソン３の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の任意の差異の存在を同定することをさらに
含む、項目１に記載の方法。
（項目７）
前記同定することが、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列内のヌクレオチドを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の任意の他の差異の存在を同定することをさらに含む、項目６に記載の方法。
（項目８）
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０より大きい場合、さらなる分析から前記クエリ配列を除外する、項目１に記載の方法。
（項目９）
前記クエリ核酸配列中の前記強発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ｇ対立遺伝子に連鎖されていることおよび／または前記クエリ核酸配列中の前記弱発現モチーフがｒｓ９２７７５３４ Ａ対立遺伝子に連鎖されていることを決定するためにコンピュータ実装連鎖分析を行うことをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１０）
前記参照核酸配列および／またはクエリ核酸配列が、前記ＤＰＢ１遺伝子全体についてのロングリード配列データを含む、項目１に記載の方法。
（項目１１）
前記参照核酸配列および／または前記クエリ核酸配列が、ＤＲＢ１、ＤＲＢ３およびＤＱＢ１のうちの少なくとも１つに対するロングリード配列データをさらに含む、項目９に記載の方法。
（項目１２）
移植レシピエントにおける移植片対宿主病のリスクを低下させるために、前記結果を介護者および／または移植データベースに提供することをさらに含む、項目１に記載の方法。
（項目１３）
エクソン３中の前記規定された位置以外の位置における前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異の数が１０を超える場合、前記クエリ配列に対する前記結果が介護者またはデータベースに提供されない、項目１２に記載の方法。
（項目１４）
前記対象が、造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントに対する潜在的なドナーである、項目１に記載の方法。
（項目１５）
システムであって、
１またはそれを超えるデータプロセッサと、
前記１またはそれを超えるデータプロセッサ上で実行されると、前記１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得るコンピュータ実装工程と、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントするコンピュータ実装工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントするコンピュータ実装工程と、
（ｃ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定するコンピュータ実装工程と、を含み、前記同定するコンピュータ実装工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列
とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）前記エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対するヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体と、を含む、システム。
（項目１６）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして前記弱発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１５に記載のシステム。
（項目１７）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして前記強発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１５に記載のシステム。
（項目１８）
１またはそれを超えるデータプロセッサに、対象からの配列データを分析して、前記対象におけるＤＰＢ１発現レベルを予測することを含む動作を行わせるように構成された命令を含む、非一時的機械可読記憶媒体に有形に具現化されたコンピュータプログラム製品であって、
（ａ）ロングリードシークエンサーを使用して、前記対象のサンプルからクエリ核酸配列を得る工程、
（ｂ）コンピュータ実装アラインメントプログラムを使用して、前記対象からの前記クエリ核酸配列を参照核酸配列にアラインメントする工程であって、前記参照核酸配列および前記クエリ核酸配列が、ＤＰＢ１の少なくともエクソン３についてのロングリード配列データを含む、アラインメントする工程、および
（ｂ）コンピュータ実装アルゴリズムを使用して、前記アラインメントされたクエリ核酸配列および前記参照核酸配列に基づいて、前記クエリ核酸配列が低レベルのＤＰＢ１発現または高レベルのＤＰＢＩ発現の特徴的な配列を有するかどうかを同定する工程、のコンピュータ実装工程を含み、前記同定する工程が、
（ｉ）前記アラインメントされたクエリ核酸配列内のヌクレオチドと前記参照核酸配列とを比較して、前記クエリ核酸配列と前記参照核酸配列との間の差異を同定することと、
（ｉｉ）前記クエリ配列核酸配列と前記参照核酸配列との間の前記同定された差異に基づいて、ＤＰＢ１のエクソン３中の規定された位置における前記参照核酸配列と比較したときの前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性を決定することと、
（ｉｉｉ）エクソン３中の規定された位置における前記クエリ核酸配列に対する前記ヌクレオチドの同一性に基づいて、クエリ配列が弱発現モチーフに特徴的な配列もしくは強発現モチーフに特徴的な配列を示すか、またはどちらでもないことを決定することと、
（ｉｖ）前記クエリ核酸配列が前記弱発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが低いと同定すること、または前記クエリ核酸配列が前記強発現モチーフに特徴的な配列を示す場合、前記対象をＤＰＢ１の発現レベルが高いと同定することと、を含む、コンピュータプログラム製品。
（項目１９）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＧ、エクソン３の位置２７におけるＴ、エクソン３の位置５２におけるＴ、エクソン３の位置８７におけるＧ、エクソン３の位置２３４におけるＴ、エクソン３の位置２４２におけるＣ、およびエクソン３の位置２７０におけるＴを含むものとして前記弱発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１８に記載のコンピュータプログラム製品。
（項目２０）
前記動作が、エクソン３の位置２０におけるＡ、エクソン３の位置２７におけるＣ、エクソン３の位置５２におけるＣ、エクソン３の位置８７におけるＡ、エクソン３の位置２３４におけるＣ、エクソン３の位置２４２におけるＴ、およびエクソン３の位置２７０におけるＣを含むものとして前記強発現モチーフを規定することをさらに含む、項目１８に記載のコンピュータプログラム製品。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【配列表】