本出願の実施例によって提供されるギ酸脱水素酵素変異体およびその用途はバイオテクノ
ロジー分野に関し、ギ酸脱水素酵素変異体触媒により、酸化型補酵素I(Oxdized
form of nicotinamide adenine dinucleoti
de、NAD
+)を還元型補酵素I(Reduced form of nicotin
amide adenine dinucleotide、NADH)に還元することが
できる。
既存のギ酸脱水素酵素(Formate dehydrogenase、FDH)介入に
よるNADH再生活性が低く、その結果、NADH再生循環系に依存する高付加価値化学
品の生産効率が低下し、生産コストが高いという背景技術の問題を解決するために、本出
願の実施例は、ギ酸脱水素酵素変異体およびその用途を提供し、このギ酸脱水素酵素変異
体は高触媒活性の酵素として、ギ酸塩およびNAD
+を基質として反応を効率的に触媒し
て二酸化炭素およびNADHを生成することができ、NADH再生循環系に依存する高付
加価値化学品の生産効率の低下を改善し、その生産コストを低減することができる。
本出願の実施例では、用語「野生型」とは、天然に存在する供給源から単離された遺伝子
または遺伝子生成物を指す。野生型遺伝子は、集団において最も一般的に観察される遺伝
子を指し、したがって、遺伝子の「正常型」または「野生型」形態であるように任意に設
計される。逆に、用語「修飾された」、「変異体」または「バリアント」とは、野生型遺
伝子または遺伝子生成物と比較して、配列修飾(例えば、置換、切断または挿入)、翻訳
後修飾および/または機能的特性(例えば、変化した特性)を示す遺伝子または遺伝子生
成物を指す。また、天然に存在する変異体が単離され得ることに留意されたく、それらの
変異体は、野生型遺伝子または遺伝子生成物と比較して変化した特性を有するという事実
によって同定される。天然に存在する、天然に存在しないアミノ酸を導入または置換する
方法は本分野でより知られている。
本出願の実施例では、かかる一般的なアミノ酸の関連情報は表1に示される。なお、本出
願の実施例は、すべてのアミノ酸の関連情報を与えるものではなく、表1以外の他のアミ
ノ酸が存在する場合に、他の既存品を参照して他のアミノ酸の関連情報を得ることができ
ることを理解されたい。
表1:一般的なアミノ酸の名称略号および対応の一文字記号
実施例1:本出願の実施例はギ酸脱水素酵素変異体を提供し、ギ酸脱水素酵素変異体のア
ミノ酸配列は、SEQ ID NO:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列から
N24D、K185S、M334I、V377Tの少なくとも1つによる変異によって得
られる。
SEQ ID NO:1は以下に示される。
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
ここで、N24D、K185S、M334IおよびV377Tはいずれもアミノ酸の標準
的な一文字コードの標準的な置換表記を採用する。
上記N24Dは、SEQ ID NO:1に示すギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列を
指し、そのN末端の第24位のアスパラギン(N)がアスパラギン酸(D)に置換される
。
上記K185Sは、SEQ ID NO:1に示すギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列
を指し、そのN末端の第185位のリジン(K)がセリン(S)に置換される。
上記M334Iは、SEQ ID NO:1に示すギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列
を指し、そのN末端の第334位のメチオニン(M)がイソロイシン(I)に置換される
。
上記V377Tは、SEQ ID NO:1に示すギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列
を指し、そのN末端の第377位のバリン(V)がスレオニン(T)に置換される。
第1態様の実施態様において、N24D、K185S、M334I、V377Tの少なく
とも1つによる変異によって得られたギ酸脱水素酵素変異体は以下のものであり得:
第1ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異によって得られ、第1
ギ酸脱水素酵素変異体(N24D変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID
NO:2に示される。
SEQ ID NO:2
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
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SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第2ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からK185S変異によって得られ、第
2ギ酸脱水素酵素変異体(K185S変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ I
D NO:3に示される。
SEQ ID NO:3
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
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PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第3ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からM334I変異によって得られ、第
3ギ酸脱水素酵素変異体(M334I変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ I
D NO:4に示される。
SEQ ID NO:4
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
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SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
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PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第4ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からV377T変異によって得られ、第
4ギ酸脱水素酵素変異体(V377T変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ I
D NO:5に示される。
SEQ ID NO:5
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
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SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
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PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第5ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異およびK185S変異
によって得られ、第5ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/K185S変異体とも呼ばれる
)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:6に示される。
SEQ ID NO:6
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
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SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
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PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第6ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異およびM334I変異
によって得られ、第6ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/M334I変異体とも呼ばれる
)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:7に示される。
SEQ ID NO:7
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第7ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異およびV377T変異
によって得られ、第7ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/V377T変異体とも呼ばれる
)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:8に示される。
SEQ ID NO:8
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第8ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からK185S変異およびM334I変
異によって得られ、第8ギ酸脱水素酵素変異体(K185S/M334I変異体とも呼ば
れる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:9に示される。
SEQ ID NO:9
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第9ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID NO
:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からK185S変異およびV377T変
異によって得られ、第9ギ酸脱水素酵素変異体(K185S/V377T変異体とも呼ば
れる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:10に示される。
SEQ ID NO:10
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第10ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からM334I変異およびV377T
変異によって得られ、第10ギ酸脱水素酵素変異体(M334I/V377T変異体とも
呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:11に示される。
SEQ ID NO:11
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第11ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異、K185S変異お
よびM334I変異によって得られ、第11ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/K185
S/M334I変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:12に示さ
れる。
SEQ ID NO:12
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGVGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第12ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異、K185S変異お
よびV377T変異によって得られ、第12ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/K185
S/V377T変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:13に示さ
れる。
SEQ ID NO:13
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHMSGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第13ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からK185S変異、M334I変異
およびV377T変異によって得られ、第13ギ酸脱水素酵素変異体(K185S/M3
34I/V377T変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:14に
示される。
SEQ ID NO:14
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDNLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第14ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異、M334I変異お
よびV377T変異によって得られ、第14ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/M334
I/V377T変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はSEQ ID NO:15に示さ
れる。
SEQ ID NO:15
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVKHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
第15ギ酸脱水素酵素変異体、ギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列、SEQ ID N
O:1に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D変異、K185S変異、
M334I変異およびV377T変異によって得られ、第15ギ酸脱水素酵素変異体(N
24D/K185S/M334I/V377T変異体とも呼ばれる)のアミノ酸配列はS
EQ ID NO:16に示される。
SEQ ID NO:16
MAKVLCVLYDDPIDGYPTTYARDDLPKIDHYPGGQTLPTP
KAIDFTPGTMLGSVSGELGLRKYLESNGHTLVVTSDKDGP
DSVFEKELVDADIVISQPFWPAYLTPERFAKAKNLKLALT
AGIGSDHVDLQSAIDRGVTVAEVTYCNSISVAEHVVMMIL
GLVRNYLPAHDWARKGGWNIADCVSHSYDLEAMSVGTVAA
GRIGLAVLRRLAPFDVKLHYTDRHRLPESVEKELNLTWHA
SPTDMYPHCDVVTLNCPLHPETEHMVNEETLKLFKRGAYI
VNTARGKLCDRDAIARALENGTLAGYAGDVWFPQPAPADH
PWRTMAWNGMTPHISGTSLTAQTRYAAGTREILECFFEGR
PIRDEYLIVQGGNLAGTGAHSYSKGNATGGSEEAGKFKKA
G
実施例2:本出願の実施例は、実施例1中のギ酸脱水素酵素変異体をコードする核酸、上
記核酸をコードする発現ベクター、および上記発現ベクターを形質転換またはトランスフ
ェクタントする宿主細胞を提供する。
なお、本出願の実施例は、既に報告されているギ酸脱水素酵素の配列および構造情報を利
用し、NCBIなどのデータベースから非冗長検索を行うことにより、タンパク質構造類
似性、保存部位分析および宿主源の多様性などの原則に基づいて、いくつかの潜在的な酵
素遺伝子をスクリーニングする。これらの遺伝子を大腸菌発現系で機能発現させ、その後
精製して精製ギ酸脱水素酵素変異体を得た。具体的に、上記ギ酸脱水素酵素遺伝子を半合
理的設計を用いた定向進化により形質転換し、ギ酸塩およびNAD
+を基質として触媒反
応を行いいて二酸化炭素およびNADHを生成する高触媒活性のギ酸脱水素酵素変異体を
得、上記反応過程は
図1に示される。
本出願の実施例では、上記核酸、上記核酸をコードする発現ベクター、および上記発現ベ
クターを形質転換またはトランスフェクタントする宿主細胞の構築過程は以下の通りであ
る。
ステップ1、実施例1中のギ酸脱水素酵素変異体をコードする核酸および上記核酸をコー
ドする発現ベクターを構築する。
本出願の実施例では、全プラスミドPCR法により、アンシロバクター・アクアティカス
(Ancylobacter aquaticus)のギ酸脱水素酵素野生型遺伝子(金
唯智(蘇州)公司によって合成されるもの)を遺伝子変異させ、標的変異遺伝子(すなわ
ち実施例1中のギ酸脱水素酵素変異体をコードする核酸)を得、pET22bプラスミド
(すなわち上記核酸をコードする発現ベクター)上に構築した。ここで、アンシロバクタ
ー・アクアティカス(Ancylobacter aquaticus)ギ酸脱水素酵素
遺伝子はSEQ ID NO:17に示される。
SEQ ID NO:17
ATGGCGAAAGTTCTGTGCGTTCTGTACGATGATCCGATCG
ATGGTTACCCGACCACCTACGCGCGTGACAACCTGCCGAA
AATCGACCACTATCCGGGTGGTCAGACCCTGCCGACCCCG
AAAGCGATCGATTTCACTCCGGGCACCATGCTGGGTTCTG
TTTCTGGTGAACTGGGCCTGCGTAAATACCTGGAAAGCAA
CGGTCACACCCTGGTTGTTACCTCTGATAAAGATGGTCCG
GATTCTGTTTTCGAAAAAGAATTGGTTGATGCGGATATTG
TTATCAGCCAGCCGTTCTGGCCGGCTTACCTGACCCCGGA
ACGCTTCGCTAAAGCTAAAAACCTGAAACTGGCTCTGACC
GCGGGCATCGGCTCTGATCACGTTGACCTGCAAAGCGCAA
TTGATCGTGGTGTTACCGTTGCGGAAGTGACCTACTGCAA
CTCTATCAGCGTGGCGGAACACGTTGTGATGATGATCCTG
GGCCTGGTTCGTAACTACCTGCCGGCGCACGACTGGGCGC
GTAAAGGTGGCTGGAACATCGCAGATTGCGTGAAACACTC
TTACGATCTGGAAGCGATGTCTGTTGGTACTGTGGCGGCG
GGCCGCATCGGTCTGGCGGTGCTGCGCCGCCTGGCTCCGT
TCGACGTGAAATTACACTATACCGACCGTCACCGCCTGCC
GGAAAGCGTTGAAAAAGAACTGAACCTGACCTGGCACGCT
TCTCCGACCGATATGTACCCGCACTGCGACGTGGTTACCC
TGAACTGCCCGCTGCACCCGGAAACCGAACACATGGTTAA
CGAAGAAACCCTGAAACTGTTCAAACGTGGTGCGTACATC
GTTAACACCGCGCGTGGTAAACTGTGCGACCGTGATGCGA
TCGCGCGCGCGCTGGAAAACGGCACCCTGGCCGGTTATGC
GGGCGATGTTTGGTTCCCGCAGCCGGCGCCGGCTGATCAC
CCGTGGCGTACTATGGCATGGAACGGCATGACCCCGCACA
TGAGCGGCACTAGCCTGACCGCGCAGACCCGTTATGCTGC
GGGCACCCGTGAAATCCTGGAATGCTTCTTTGAAGGCCGT
CCGATCCGTGATGAATACCTGATCGTTCAGGGCGGTAACC
TGGCGGGTGTTGGCGCACACAGCTACTCTAAAGGCAACGC
TACCGGTGGTTCTGAAGAAGCGGGTAAATTTAAAAAAGCG
GGCTAATCTCTC
上記アンシロバクター・アクアティカス(Ancylobacter aquaticu
s)ギ酸脱水素酵素遺伝子には、Aはアデニン(Adenine)を表し、Tはチミン(
Thymine)を表し、Cはシトシン(Cytosine)を表し、Gはグアニン(G
uanine)を表し、
変異部位N24D、K185S、M334IおよびV377Tのプライマーは表2に示さ
れる。
表2:N24D、K185S、M334IおよびV377Tのプライマー表
以下、実施例1中のギ酸脱水素酵素変異体コードする標的変異遺伝子のプライマーを説明
する。
(1)N24D、K185S、M334IおよびV377Tのいずれか1つによる変異に
よって得られたギ酸脱水素酵素変異体のプライマーは以下の通りである。
第1ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第1ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマー(SEQ
ID NO:18およびSEQ ID NO:19)である。
第2ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第2ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはK185Sに対応するプライマー(SE
Q ID NO:20およびSEQ ID NO:21)である。
第3ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第3ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはM334Iに対応するプライマー(SE
Q ID NO:22およびSEQ ID NO:23)である。
第4ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第4ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはV377Tに対応するプライマー(SE
Q ID NO:24およびSEQ ID NO:25)である。
(2)N24D、K185S、M334IおよびV377Tのいずれか2つによる変異に
よって得られたギ酸脱水素酵素変異体のプライマーは以下の通りである。
第5ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第5ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマーおよびK
185Sに対応するプライマーである。
第6ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第6ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマーおよびM
334Iに対応するプライマーである。
第7ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第7ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマーおよびV
377Tに対応するプライマーである。
第8ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第8ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはK185Sに対応するプライマーおよび
M334Iに対応するプライマーである。
第9ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第9ギ酸脱水素
酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはK185Sに対応するプライマーおよび
V377Tに対応するプライマーである。
第10ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第10ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはM334Iに対応するプライマーお
よびV377Tに対応するプライマーである。
(3)N24D、K185S、M334IおよびV377Tのいずれか3つによる変異に
よって得られたギ酸脱水素酵素変異体のプライマーは以下の通りである。
第11ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第11ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマー、K
185Sに対応するプライマーおよびM334Iに対応するプライマーである。
第12ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第12ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマー、K
185Sに対応するプライマーおよびV377Tに対応するプライマーである。
第13ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第13ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはK185Sに対応するプライマー、
M334Iに対応するプライマーおよびV377Tに対応するプライマーである。
第14ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第14ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマー、M
334Iに対応するプライマーおよびV377Tに対応するプライマーである。
(4)N24D、K185S、M334IおよびV377Tの合計4つの変異によって得
られたギ酸脱水素酵素変異体のプライマー。
第15ギ酸脱水素酵素変異体をコードする標的変異遺伝子(すなわちコード第15ギ酸脱
水素酵素変異体の核酸)について、そのプライマーはN24Dに対応するプライマー、K
185Sに対応するプライマー、M334Iに対応するプライマーおよびV377Tに対
応するプライマーである。
上記全プラスミドPCRのPCR反応系は、表3に示される。
表3:PCR反応系表
上記全プラスミドPCRのPCR反応程序は、表4に示される。
表4:PCR反応程序表
標的断片のPCR増幅後、増幅生成物を0.9%アガロースゲル電気泳動で検出した結果
、増幅生成物はそれぞれ約6000bpの大きさの単一バンドである。DNAゲル回収精
製キットで増幅生成物を精製回収した。
最終的にそれぞれ第1ギ酸脱水素酵素変異体のpET22bプラスミド~第15ギ酸脱水
素酵素変異体のpET22bプラスミドを得、すなわち、第1ギ酸脱水素酵素変異体の発
現ベクター、第2ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第3ギ酸脱水素酵素変異体の発
現ベクター、第4ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第5ギ酸脱水素酵素変異体の発
現ベクター、第6ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第7ギ酸脱水素酵素変異体の発
現ベクター、第8ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第9ギ酸脱水素酵素変異体の発
現ベクター、第10ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第11ギ酸脱水素酵素変異体
の発現ベクター、第12ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクター、第13ギ酸脱水素酵素変
異体の発現ベクター、第14ギ酸脱水素酵素変異体の発現ベクターおよび第15ギ酸脱水
素酵素変異体の発現ベクターを得る。
ステップ2、上記発現ベクターを形質転換またはトランスフェクタントする宿主細胞を構
築する。
本出願の実施例では、大腸菌BL21(DE3)菌株(以下、E. coli BL21
(DE3)と略称する)を発現宿主(すなわち宿主細胞)とし、塩基配列の解析に成功し
たpET22bプラスミドをE. coli BL21(DE3)にトランスフェクトし
、組換え変異発現菌株E.coli BL21(DE3)/pET22b-AqFDHを
構築する。
具体的に、精製後の遺伝子断片をEasyCutエンドヌクレアーゼ-DpnIで消化し
てテンプレートを除去し、その後組換え酵素で組換えた。組換え生成物をE.coliD
H5α受容体細胞に形質転換し、100 g/mLアンピシリン(Ampicillin
)を含むLB固体培地表面に塗布し、37℃で14h培養し、シングルコロニーをLB液
体培養に摘出し、37℃、220rpmで16h振とう培養した。培養後、一部の菌液に
減菌グリセロールをグリセロール最終濃度が25%になるように加えた後、番号付け、8
0℃で保存して用意し、組換え変異プラスミドクローン菌株E.coli DH5α/p
ET22b-AqFDHを得、一部の菌液を8,000rpmで3min遠心分離して細胞
を回収し、高純度プラスミドミニ抽出キットを用いてE.coli DH5α/pET2
2b-AqFDHからプラスミドを抽出し、シークエンスにより変異部位の正しさを確認
した。
最終的に、それぞれ第1ギ酸脱水素酵素変異体の組換え変異プラスミドクローン菌株~第
15ギ酸脱水素酵素変異体の組換え変異プラスミドクローン菌株および対応の組換え変異
プラスミドを得、すなわち、それぞれ第1ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタント
する発現ベクターの宿主細胞、第2ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発
現ベクターの宿主細胞、第3ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベク
ターの宿主細胞、第4ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの
宿主細胞、第5ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細
胞、第6ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第
7ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第8ギ酸
脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第9ギ酸脱水素
酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第10ギ酸脱水素酵素
変異体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第11ギ酸脱水素酵素変異
体をトランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第12ギ酸脱水素酵素変異体を
トランスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第13ギ酸脱水素酵素変異体をトラ
ンスフェクタントする発現ベクターの宿主細胞、第14ギ酸脱水素酵素変異体をトランス
フェクタントする発現ベクターの宿主細胞および第15ギ酸脱水素酵素変異体をトランス
フェクタントする発現ベクターの宿主細胞を得る。
本出願の実施例は、上記第15ギ酸脱水素酵素変異体をトランスフェクタントする発現ベ
クターの宿主細胞(以下、エシェリヒア・コリ(大腸菌)NJUXR-FX-1と称する)
を保存する。上記エシェリヒア・コリ(大腸菌)NJUXR-FX-1は、中国典型培養物
保存センターに保存され、保存地は中国.武漢.武漢大学であり、保存日は2025年0
1月13日であり、保存ユニットから付与された保存番号はCCTCC NO:M 20
25101であり、上記エシェリヒア・コリ(大腸菌)NJUXR-FX-1(生物材料と
も呼ばれる)の分類学的名称はエシェリヒア・コリ(大腸菌)NJUXR-FX-1であり
、この分類学的名称のラテン語名称はEscherichia coli NJUXR-
FX-1である。
実施例3:本実施例に記載の上記ギ酸脱水素酵素変異体の調製方法は、組換え変異タンパ
ク質発現菌株を構築し、ギ酸脱水素酵素変異体を含む培養物を得ることを含む。
本出願の実施例では、塩基配列の解析に成功したpET22bプラスミドをE. col
i BL21(DE3)に発現宿主(すなわち宿主細胞)としてトランスフェクタントし
、組換え変異タンパク質発現菌株E.coli BL21(DE3)/pET22b-A
qFDHを構築した。
以下、上記調製方法を詳細に説明する。
構築に成功した組換え変異プラスミドをE. coli BL21(DE3)受容体細胞
に形質転換し、最終濃度100μg/mLのアンピシリンプレートに塗布し、シングルコ
ロニーを摘出して100μg/mLアンピシリン含有の5mLのLB液体培地の培養管に
接種し、37℃、220rpm条件下で16h振とう培養し、組換え変異タンパク質発現
菌株E.coli BL21(DE3)/pET22b-AqFDHを得た。3mLの接
種量で100μg/mLアンピシリン含有の500mLの抗性LB培地に移し、OD
60
0が約0.6に達した時点で1mLの0.5 MのIPTG(すなわちイソプロピル-β-
D-チオガラクトピラノシド)を加え、IPTGの最終濃度を0.5mMとし、18℃条
件下で約16h誘導し、ギ酸脱水素酵素変異体を含む培養物を得た。
最終的にそれぞれ第1ギ酸脱水素酵素変異体を含む培養物~第15ギ酸脱水素酵素変異体
を含む培養物を得た。
誘導後、遠心分離して菌体を得、緩衝液で再懸濁し、氷浴条件下で細胞を超音波破砕(5
sごとに2s動作し、動作時間30min)、4℃、12,000rpm/minで20
min遠心分離した。上清を回収し、0.22μm水性フィルターチップで濾過したもの
を検体とし、ニッケルカラムに供して酵素を精製した。AqFDHのアミノ酸配列から、
タンパク質のモル吸光係数を算出し、精製後のタンパク質をA
280法によりタンパク質
の吸光度を測定することにより、タンパク質(野生型ギ酸脱水素酵素とギ酸脱水素酵素変
異体の総称)の濃度を算出することができる。
実施例4:本出願の実施例は、実施例1によって提供されるギ酸脱水素酵素変異体、実施
例2によって提供されるギ酸脱水素酵素変異体の核酸、実施例2によって提供される核酸
の発現ベクター、実施例2によって提供される宿主細胞または実施例3によって提供され
る調製方法により調製された培養物の、酸化型補酵素Iを還元型補酵素Iに還元する触媒活
性の向上における用途を提供する。
一実施態様では、実施例3で得られた第1ギ酸脱水素酵素変異体を含む培養物~第15ギ
酸脱水素酵素変異体を含む培養物から、NAD
+をNADHに還元触媒する触媒を得、上
記触媒は全細胞または純粋な酵素溶液であってもよい。
一適用シナリオでは、第3ギ酸脱水素酵素変異体(M334I変異体とも呼ばれる)、第
8ギ酸脱水素酵素変異体(K185S/M334I変異体とも呼ばれる)、第6ギ酸脱水
素酵素変異体(N24D/M334I変異体とも呼ばれる)、第12ギ酸脱水素酵素変異
体(N24D/K185S/V377T変異体とも呼ばれる)および第15ギ酸脱水素酵
素変異体(N24D/K185S/M334I/V377T変異体とも呼ばれる)を例に
取ると、NAD
+をNADHに還元触媒する反応系は以下の通りであり:最終濃度0.0
05mg/mlギ酸脱水素酵素変異体またはOD
600=0.1の組換え変異発現菌株の
全細胞菌液、1mM NAD
+、5mM HCOONa、反応緩衝液は100mM、pH
=7のリン酸二水素カリウム/リン酸水素二カリウム緩衝液である。10min反応後、
酵素マーカーで生成物NADHの340nmにおける吸光値変化を測定し、相対活性を比
較した結果が、
図2に示され、野生型ギ酸脱水素酵素(
図2中のaqFDH(WT)に対
応)と比較すると、第3ギ酸脱水素酵素変異体、第8ギ酸脱水素酵素変異体、第6ギ酸脱
水素酵素変異体、第12ギ酸脱水素酵素変異体および第15ギ酸脱水素酵素変異体では、
NAD
+をNADHに還元触媒する効率が著しく向上した。
ここで、全細胞菌液を介して触媒反応を行った結果が、表5に示される。ギ酸脱水素酵素
変異体の純粋な酵素溶液を介して触媒反応を行った結果が、表6に示される。
表5:全細胞菌液の触媒反応結果表
表6:ギ酸脱水素酵素変異体の触媒反応結果表
表5および表6から分かるように、変異体の触媒形質転換率はいずれも野生型ギ酸脱水素
酵素よりも高かった。特に、第15ギ酸脱水素酵素変異体(N24D/K184S/M3
34I/V377T変異体とも呼ばれる)の触媒効率は、野生型ギ酸脱水素酵素触媒効率
の1.5倍であった。以上のことから、本出願の実施例により得られたギ酸脱水素酵素変
異体は、NAD
+をNADHに還元触媒する活性が野生型ギ酸脱水素酵素よりも高いため
、NADH再生循環系に依存する高付加価値化学品の生産効率を向上させ、上記高付加価
値化学品の生産コストを低減することができる。
さらに、上記触媒反応の触媒条件を議論する。
(1)ギ酸脱水素酵素変異体がNAD
+をNADHに還元触媒する際の好ましい温度を決
定する。
実施例2で得られたギ酸脱水素酵素変異体の全細胞または純粋な酵素溶液を触媒として、
ギ酸脱水素酵素変異体がNAD
+をNADHに触媒還元する触媒反応の好ましい温度を調
べた。
第15ギ酸脱水素酵素変異体を例に取ると、反応系は以下の通りであり:最終濃度0.0
05mg/mlタンパク質またはOD
600=0.1の全細胞菌液、1mM NAD
+、
5mM HCOONa、反応緩衝液は100mM、pH=7のリン酸二水素カリウム/リ
ン酸水素二カリウム緩衝液である。水浴により反応温度を20℃、25℃、30℃、35
℃、40℃、45℃、50℃、55℃に制御し、酵素マーカーで生成物NADHの340
nmにおける吸光値を検出し、相対活性を比較した結果が
図3に示され、50℃で、最適
な触媒効果が観察され、25~55℃の範囲内で酵素活性がいずれも良好であった。実験
によると、温度の違いが異なる変異体の触媒作用に大きな影響を及ぼし、その反応活性は
温度の変化によって正規分布に偏る傾向があることが示された。50℃で、最適な触媒効
果が観察され、この温度から外れると、酵素活性が相対的に低かった。
(1)ギ酸脱水素酵素変異体がNAD
+をNADHに触媒還元する際の好ましいpH値を
決定する。
実施例2で得られたギ酸脱水素酵素変異体の全細胞または純粋な酵素溶液を触媒として、
ギ酸脱水素酵素変異体がNAD
+をNADHに触媒還元する触媒反応の好ましいpH値を
調べた。
具体的に、第15ギ酸脱水素酵素変異体を例に取ると、上記触媒反応の反応系は以下の通
りであり:最終濃度OD
600=0.1の全細胞菌液、1mM NAD
+、5mM HC
OONa、反応緩衝液は100mM、pH=7のリン酸二水素カリウム/リン酸水素二カ
リウム緩衝液である。反応緩衝溶液は異なるpHの緩衝液であり、すなわち、pHがそれ
ぞれ6、6.5、7、7.5、8である100mMリン酸二水素カリウム/リン酸水素二
カリウム緩衝液(KPi)であり、pHがそれぞれ8、8.5、9、9.5の100mM
Tris-HCl緩衝液であり、pHが10.25であるグリシン-水酸化ナトリウム(
Gly-NaOH)緩衝液である。反応温度を30℃に制御し、酵素マーカーで生成物N
ADHの340nmにおける吸光値を検出し、相対活性を比較した結果が
図4に示され、
異なるpHがギ酸脱水素酵素の触媒作用に及ぼす影響が小さい。pHが9.5である場合
、最適な触媒効果が観察された。
実験による、異なる緩衝溶液が酵素の活性に及ぼす影響が異なり、リン酸二水素カリウム
/リン酸水素二カリウム緩衝液を反応系とすると、酵素の活性が高いレベルに保持され、
Tris-HCl緩衝液を反応系とすると、pH=9.5の場合、野生型酵素と変異体活
性が最大値になる。
(2)ギ酸脱水素酵素変異体がNAD
+をNADHに触媒還元する際の好ましい速度論的
パラメータを決定する。
上記触媒反応の反応系を基に、野生型ギ酸脱水素酵素およびその変異体のNADH濃度を
変えた場合の反応速度を求め、反応速度と基質濃度の逆数から二重逆グラフ法により速度
論的パラメータを算出し、結果が表7に示され、野生型ギ酸脱水素酵素と比較すると、第
15ギ酸脱水素酵素変異体Kmが減少し、Kcatが増加し、変異体触媒活性が有意に上
昇したことが示された。
表7:速度論的パラメータ表
注:Kmは、ミカエリス定数(Michaelis constant)であり、rは反
応速度(reaction rate)であり、Kcatは触媒定数である。
<微生物の寄託の受託証の写し>
[配列表]
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</ST26SequenceListing>
【課題】NADHを効率的に再生することにより、NADH再生循環系に依存する高付加価値化学品の生産効率を向上させ、上記高付加価値化学品の生産コストを低減することができるギ酸脱水素酵素変異体およびその用途を提供する。
【解決手段】このギ酸脱水素酵素変異体のアミノ酸配列は、特定の配列に示す野生型ギ酸脱水素酵素のアミノ酸配列からN24D、K185S、M334I、V377Tの少なくとも1つによる変異によって得られる。酸化型補酵素Iを還元型補酵素Iに還元する触媒活性を向上させることを目的とする。
【選択図】なし