特許 7730298 ＰＩＫ３ＣＡ変異を標的にするＴ細胞レセプターおよびその使用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2025-08-19

(45)【発行日】2025-08-27

(54)【発明の名称】ＰＩＫ３ＣＡ変異を標的にするＴ細胞レセプターおよびその使用

(51)【国際特許分類】

   C07K 14/725 20060101AFI20250820BHJP

   C12N 15/12 20060101ALI20250820BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20250820BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20250820BHJP

   A61K 35/17 20250101ALI20250820BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20250820BHJP

   C12N 5/0783 20100101ALN20250820BHJP

【ＦＩ】

C07K14/725 ZNA

C12N15/12

C12N15/63 Z

C12N5/10

A61K35/17

A61P35/00

C12N5/0783

【請求項の数】 17

(21)【出願番号】P 2021575393

(86)(22)【出願日】2020-06-19

(65)【公表番号】

(43)【公表日】2022-08-26

(86)【国際出願番号】 US2020038592

(87)【国際公開番号】W WO2020257553

(87)【国際公開日】2020-12-24

【審査請求日】2023-06-06

(31)【優先権主張番号】62/864,148

(32)【優先日】2019-06-20

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(73)【特許権者】

【識別番号】500213834

【氏名又は名称】メモリアル スローン ケタリング キャンサー センター

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(72)【発明者】

【氏名】クレバノフ， クリストファー エー．

(72)【発明者】

【氏名】チャンドラン， スミタ エス．

【審査官】松村 真里

(56)【参考文献】

【文献】特表２０１７－５２４３７２（ＪＰ，Ａ）

【文献】Cancers，2019年02月24日，Vol.11, No.2，Article number:266, p.1-14

【文献】PNAS，2007年，Vol.104, No.13，p.5569-5574

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｎ

Ｃ０７Ｋ

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）であって、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、Ｈ１０４７Ｌの変異を含み、前記ＴＣＲが、配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９３％同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域および配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９５％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含み、前記α鎖可変領域が、α鎖ＣＤＲ１である配列番号１のアミノ酸配列、α鎖ＣＤＲ２である配列番号２のアミノ酸配列、およびα鎖ＣＤＲ３である配列番号３のアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、β鎖ＣＤＲ１である配列番号４のアミノ酸配列、β鎖ＣＤＲ２である配列番号５のアミノ酸配列、およびβ鎖ＣＤＲ３である配列番号６のアミノ酸配列を含む、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）。

【請求項2】

配列番号２０に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むα鎖定常領域をさらに含む、請求項１に記載のＴＣＲ。

【請求項3】

配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むα鎖定常領域をさらに含む、請求項１に記載のＴＣＲ。

【請求項4】

配列番号２３に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域をさらに含む、請求項１に記載のＴＣＲ。

【請求項5】

配列番号４５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域をさらに含む、請求項１に記載のＴＣＲ。

【請求項6】

ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）であって、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、Ｈ１０４７Ｌの変異を含み、前記ＴＣＲが、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）。

【請求項7】

配列番号２０に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むα鎖定常領域をさらに含む、請求項６に記載のＴＣＲ。

【請求項8】

配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むα鎖定常領域をさらに含む、請求項６に記載のＴＣＲ。

【請求項9】

配列番号２３に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域をさらに含む、請求項６に記載のＴＣＲ。

【請求項10】

配列番号４５に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域をさらに含む、請求項６に記載のＴＣＲ。

【請求項11】

前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、配列番号１１、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号５１、または配列番号５２に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる、請求項１に記載のＴＣＲ。

【請求項12】

ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）であって、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、Ｈ１０４７Ｌの変異を含み、前記ＴＣＲが、
ａ）配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域；
ｂ）配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；
ｃ）配列番号２０または配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一であるアミノ酸配列を含むα鎖定常領域；および
ｄ）配列番号４５または配列番号２３に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％同一なアミノ酸配列を含むβ鎖定常領域
を含み、前記α鎖可変領域が、α鎖ＣＤＲ１である配列番号１のアミノ酸配列、α鎖ＣＤＲ２である配列番号２のアミノ酸配列、およびα鎖ＣＤＲ３である配列番号３のアミノ酸配列を含み、前記β鎖可変領域が、β鎖ＣＤＲ１である配列番号４のアミノ酸配列、β鎖ＣＤＲ２である配列番号５のアミノ酸配列、およびβ鎖ＣＤＲ３である配列番号６のアミノ酸配列を含む、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）。

【請求項13】

前記ＴＣＲが、組換えで発現される、および／またはベクターから発現される、請求項１～１２のいずれか一項に記載のＴＣＲ。

【請求項14】

請求項１～１２のいずれか一項に記載のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）をコードする、核酸分子。

【請求項15】

対象におけるがんの処置における使用のための組成物であって、前記組成物が、操作された免疫細胞を含み、前記操作された免疫細胞が、
請求項１～１２のいずれか一項に記載のＴＣＲ；または
請求項１～１２のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする核酸分子
を含む、組成物。

【請求項16】

前記がんが固形腫瘍がんである、請求項１５に記載の組成物。

【請求項17】

前記固形腫瘍がんが乳がんである、請求項１６に記載の組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年６月２０に出願された米国仮出願第６２／８６４，１４８号に対する優先権を主張し、その内容は、参照によりその全体が本明細書に援用され、かつその内容に対して優先権を主張する。
配列表

【0002】

本明細書は、配列表（２０２０年６月１９日に、「０７２７３４１０９３ＳＬ．ｔｘｔ」という名称のテキストファイルとして電子的に提出されている）を参照する。このテキストファイルは、２０２０年６月１８日に作成され、サイズは３７，６２３バイトである。この配列表の全内容は、参照により本明細書に援用される。

【0003】

序論
本開示の主題は、がん（例えば、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、頭頸部がん、結腸がん、多形神経膠芽腫）を処置するための方法および組成物を提供する。これは、変異を含むホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３キナーゼ触媒サブユニットα（ＰＩＫ３ＣＡ）を特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）に関連する。本開示の主題は、任意のヒトＰＩＫ３ＣＡ－変異がん（それらに限定されないが、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんが含まれる）を処置するための、このようなＴＣＲを含む免疫応答細胞、およびこのようなＴＣＲおよびこのような細胞を使用する方法をさらに提供する。

【背景技術】

【0004】

細胞ベースの免疫療法は、がんの処置のための治癒潜在力を有する療法である。Ｔ細胞および他の免疫細胞は、選択された抗原に対して特異的なＴＣＲをコードする遺伝物質を導入することによって、腫瘍抗原を標的にするように改変され得る。特異的なＴＣＲを使用する標的化Ｔ細胞療法は、血液系腫瘍の処置において、近年、臨床的な成功が示されている。

【0005】

乳がん患者の三分の一は、ＰＩＫ３ＣＡ変異を有し、ＰＩＫ３ＣＡ中のホットスポット変異の位置は、乳がんサブタイプ全体にわたって類似している。さらに、ＰＩＫ３ＣＡは、乳がんの患者全体にわたって保存されている、限られた数だけのホットスポット変異を有している。これらの特徴によって、ＰＩＫ３ＣＡの特異的な変異を標的にすることが、乳がん細胞を標的にし、排除するための有望な戦略となる。したがって、変異を含むＰＩＫ３ＣＡを標的にするＴＣＲを同定し、生成させるための新たな治療戦略の必要性、ならびに最小限の毒性および免疫原性でがんの根絶を強力に誘導し得る戦略の必要性が存在する。

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0006】

本開示の主題は、一般に、ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）を提供し、ここで、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、変異を含む。ある特定の実施形態において、前記変異は、Ｈ１０４７Ｌである。ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、８－ｍｅｒ、９－ｍｅｒ、または１０－ｍｅｒである。ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、９－ｍｅｒである。ある特定の実施形態において、ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号５１、または配列番号５２に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる。ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号１１に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる。

【0007】

ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、ＨＬＡクラスＩ複合体に関連する。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡクラスＩ複合体は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃから選択される。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡクラスＩ複合体は、ＨＬＡ－Ａである。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡ－Ａは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーである。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８、およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーは、ＨＬＡ－Ａ＊０３である。

【0008】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含み、ここで、前記細胞外ドメインは、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドに結合する。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号３に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｂ）配列番号２７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｃ）配列番号３７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0009】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号２に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；ｂ）配列番号２６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号２９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；またはｃ）配列番号３６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、を含む。

【0010】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号４に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号２８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；またはｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号３８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、を含む。

【0011】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；またはｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0012】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0013】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｂ）配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｃ）配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0014】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；またはｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0015】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0016】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号７、配列番号３１、または配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、を含む。

【0017】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号７、配列番号３１、または配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、を含む。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、を含む。

【0018】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号８、配列番号３２、または配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。

【0019】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号８、配列番号３２、または配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。

【0020】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；ｂ）配列番号３１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号３２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、またはｃ）配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。

【0021】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域；および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；ｂ）配列番号３１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域；および配列番号３２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、またはｃ）配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域；および配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域；および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域、を含む。

【0022】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、ａ）配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖；および配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖；ｂ）配列番号３３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖；および配列番号３４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖；またはｃ）配列番号４３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖；および配列番号４４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖、を含む。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖；および配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖、を含む。

【0023】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、参照ＴＣＲまたはその機能性フラグメントとしてヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド上の同じエピトープに結合し、ここで、前記参照ＴＣＲまたはその機能性フラグメントは、ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；またはｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３、を含む。

【0024】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、組換えで発現されるか、またはベクターから発現される。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドを標的にしない。

【0025】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、改変α鎖定常領域および／または改変β鎖定常領域を含む。ある特定の実施形態において、前記改変α鎖定常領域は、配列番号２０または配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変α鎖定常領域は、配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変β鎖定常領域は、配列番号２２、配列番号２３、または配列番号４５に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変β鎖定常領域は、配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む。

【0026】

前記本開示の主題は、本明細書に開示されている前記ＴＣＲを含む免疫応答細胞をさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、前記ＴＣＲで形質導入されている。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、前記免疫応答細胞の表面上に構成的に発現される。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ヒト胚性幹細胞、リンパ系前駆細胞、Ｔ細胞前駆体細胞、およびそこからリンパ系細胞が分化し得る多能性幹細胞からなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、Ｔ細胞である。ある特定の実施形態において、前記Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）、制御性Ｔ細胞、およびセントラルメモリーＴ細胞からなる群から選択される。

【0027】

本開示の主題は、本明細書に開示されている前記免疫応答細胞を含む組成物をさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記組成物は、薬学的に許容され得るキャリアーをさらに含む医薬組成物である。

【0028】

本開示の主題は、本明細書に開示されている単離された核酸分子を含むベクターをさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記ベクターは、γレトロウイルスベクターである。

【0029】

本開示の主題は、本明細書に開示されている前記Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）をコードする核酸分子をさらに提供する。本開示の主題は、免疫応答細胞内に、本明細書に開示されている前記ＴＣＲをコードする核酸分子または前記核酸分子を含むベクターに導入することを含む、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチドに結合する免疫応答細胞を作製するための方法をさらに提供する。

【0030】

本開示の主題は、本明細書に開示されている前記核酸分子を含む宿主細胞をさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記宿主細胞は、Ｔ細胞である。

【0031】

本開示の主題は、対象における、ＰＩＫ３ＣＡ変異を含む新生物を処置および／または予防する方法をさらに提供する。本開示の主題は、対象における、ＰＩＫ３ＣＡ変異を含む新生物の処置および／または予防における本明細書に開示されている前記免疫応答細胞または組成物の使用をさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡ変異は、Ｈ１０４７Ｌを含むか、またはＨ１０４７Ｌからなる。ある特定の実施形態において、前記方法は、有効量の本明細書に開示されている前記免疫応答細胞または組成物を、前記対象に投与することを含む。ある特定の実施形態において、前記新生物は、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんからなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記新生物は、乳がんである。ある特定の実施形態において、前記方法は、前記対象における腫瘍負荷を減少または根絶させる。ある特定の実施形態において、前記対象は、ヒトである。

【0032】

本開示の主題は、新生物を処置および／または予防するためのキットをさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記キットは、本明細書に開示されている前記免疫応答細胞、本明細書に開示されている前記核酸分子、または本明細書に開示されている前記ベクターを含む。ある特定の実施形態において、前記キットは、新生物を有する対象を処置するために、前記免疫応答細胞、核酸分子、またはベクターを使用するための、書面による指示をさらに含む。

【0033】

以下の詳細な説明（例として示されているが、記載されている特定の実施形態に本発明を限定することを意図するものではない）は、添付の図面と組み合わせて理解され得る。

【図面の簡単な説明】

【0034】

【図1】図１は、質量分析法による、変異型ＰＩＫ３ＣＡの最小エピトープ配列の取得の概略図を示す。ＣＯＳ－７は、１）ヒトＨＬＡ分子を欠き、かつ２）エレクトロポレーションに適する、サル由来細胞系である。ＣＯＳ－７細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１をコードするＲＮＡおよび変異ＰＩＫ３ＣＡで共エレクトロポレーションされる。ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を有する野生型ＰＩＫ３ＣＡ、および無関係なＨＬＡ（ＨＬＡ－Ａ＊６９：０１）を有する変異ＰＩＫ３ＣＡが、アッセイ対照として含められる。汎抗ＭＨＣクラスＩ抗体を使用して、全てのクラスＩペプチド－ＭＨＣ複合体が、トランスフェクトされたＣＯＳ－７細胞の表面から酸溶出される。溶出されたペプチドの配列およびサイズは、次いで、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳによって得られる。

【0035】

【図2】図２は、質量分析法による、前記最小エピトープの配列の解析を図示する。上段のパネルは、変異ＰＩＫ３ＣＡとＨＬＡ－Ａ＊０３：０１の組み合わせでエレクトロポレーションしたトランスフェクタント群における富化したシグナルを示すスカイライン解析を示す。２つの対照群においては、シグナルは検出されなかった。下段のパネルは、変異ＰＩＫ３ＣＡ＋ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１群において検出された富化したシグナルのペプチド断片化スペクトルの結果を示す。断片化パターンに基づき、前記ペプチド配列は、「ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ」［配列番号１１］と決定された。野生型ペプチドは、ＡＨＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号４６］によって示される配列からなる。

【0036】

【図3】図３は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡ最小ペプチドの間の相互作用の相対的安定性を決定するように設計された示差走査蛍光測定の結果を示す。各群について、２回の技術的な反復実験を行った。この技法において、熱的に誘導されたタンパク質変性をモニターするためのリアルタイムＰＣＲ技術を使用した。これにより、不安定なタンパク質アンフォールドとして露出している疎水性残基（ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ ｒｅｓｉｄｅｓ）に優先的に結合する色素の蛍光シグナルの変化を検出した。データにより、５４度を超える高温においてもなお保持されていたＨＬＡ－Ａ＊０３：０１分子上の変異ペプチド（ｍｕｔａｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ）に対する安定的な結合が示された。これに対し、前記野生型エピトープは、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１対してあまり安定ではなく、３６度という低い融解温度を有していた。変異型ペプチド（ｍｕｔａｎｔ ｐｅｐｔｉｄｅ）は、ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号１１］によって示される配列からなる。野生型ペプチドは、ＡＨＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号４６］によって示される配列からなる。

【0037】

【図4】図４は、変異または野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドのいずれかと複合体を形成した組換えＨＬＡ－Ａ＊０３：０１の結晶構造を図示する。右側のＸ線結晶構造は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１のαヘリックスドメイン（緑および青）内に含まれる変異ペプチド配列（赤）のトポグラフィーを示す。

【0038】

【図5】図５は、ＰＩＫ３ＣＡ変異特異的ＴＣＲ（２１ＬＴ２－２）についての制限エレメントとしてのＨＬＡ－Ａ３の同定を図示する。２１ＬＴ２－２ ＴＣＲは、非特異的な健常ドナーＴ細胞のゲノム内にレトロウイルスの方法で（ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌｌｙ）組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、１つのクラスＩ ＨＬＡアレルと、野生型または変異バージョンのいずれかのＰＩＫ３ＣＡで共エレクトロポレーションされたサル由来抗原提示細胞と共にインキュベートした。変異バージョンは、位置１０４７において、ヒスチジンからロイシンへの置換（Ｈ１０４７Ｌ）を有していた。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。炎症性サイトカイン（ＴＮＦ－α）の産生の変化を、正しいＨＬＡアレルに関して、変異特異的反応性の存在を示すために使用した。データにより、２１ＬＴ２－２は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１に関して、変異Ｈ１０４７Ｌを認識できることが示された。

【0039】

【図6】図６は、ＰＩＫ３ＣＡ変異体特異的ＴＣＲ（２１ＬＴ２－２）が、内因的にプロセシングされた抗原および最小ペプチドを認識したことを図示する。２１ＬＴ２－２ ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内に、レトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１をコードするＲＮＡと、（左）野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡ ＲＮＡのいずれかでエレクトロポレーションされたサル由来抗原提示細胞と共にインキュベートし、または（右）野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡ 最小９アミノ酸ペプチド（１ｕｇ／ｍＬ）でパルスした。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。ＣＤ１０７ＡとＴＮＦαの産生の変化を、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１に関して、変異特異的反応性の存在を示すために使用した。データにより、２１ＬＴ２－２が、内因的にプロセシングおよび提示された変異抗原（左）、ならびに、受動的にパルスされた変異最小ペプチド（右）の両方を認識できることが示された。

【0040】

【図7】図７は、ＰＩＫ３ＣＡ変異体特異的ＴＣＲ（２１ＬＴ２－２）が、コレセプター非依存性であることを図示する。２１ＬＴ２－２ ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内に、レトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１をコードするＲＮＡと、（左）野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡ ＲＮＡのいずれかでエレクトロポレーションされたサル由来抗原提示細胞と共にインキュベートし、または（右）前記最小９アミノ酸ペプチド（１ｕｇ／ｍＬ）でパルスした。細胞は、ＣＤ４^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。ＣＤ１０７ＡとＴＮＦαの産生の変化を、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１に関して、変異特異的反応性の存在を示すために使用した。データにより、２１ＬＴ２－２は、また、ＣＤ４^＋Ｔ細胞バックボーン内においても機能性であり、変異Ｈ１０４７Ｌを認識するためにＣＤ８コレセプターの存在を必要としないことが示された。

【0041】

【図8-1】図８は、Ｐ４を除く全ての位置が、ｐＭＨＣ：ＴＣＲ相互作用に不可欠であることを示すアラニン置換を図示する。２１ＬＴ２－２ ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内に、レトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１をコードするＲＮＡをエレクトロポレーションされたサル由来抗原提示細胞と共にインキュベートし、およびアラニン置換ペプチド（１０μｇ／ｍＬ）でパルスした。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。アラニン置換ペプチドでパルスした場合に、非改変９アミノ酸変異配列（表；Ｐ２における変異）と比較して、認識が＞５０％低下していることは、ＴＣＲ認識のために、その位置のネイティブアミノ酸が重要であることを示しているであろう。ここで示したデータは、位置４のグリシン残基を除いて、この９アミノ酸配列中の全てのアミノ酸が、ｐＭＨＣ－ＴＣＲ相互作用に重要と考えられることを実証している。これらのペプチド配列は、左から右に、それぞれ配列番号１１～１９である。

【図8-2】同上。

【0042】

【図9】図９は、２１ＬＴ２－２についての潜在的な交差反応性に関するヒトプロテオームのスキャンを図示する。

【0043】

【図10】図１０は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１によって制限された変異ＰＩＫ３ＣＡを認識する、追加のユニークなＴ細胞レセプターの同定を図示する。

【0044】

【図11】図１１は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１によって制限された変異ＰＩＫ３ＣＡを認識することができる、複数のユニークなＴ細胞レセプターを図示する。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋細胞でゲートした。

【0045】

【図12】図１２は、変異ＰＩＫ３ＣＡ特異的Ｔ細胞レセプターの、コレセプター依存性を図示する。細胞は、ＣＤ４^＋ＴＣＲ^＋細胞でゲートした。

【0046】

【図13】図１３は、ＰＩＫ３ＣＡネオ抗原特異的レセプターが、細胞溶解能を示したことを示す。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋細胞でゲートした。

【0047】

【図14-1】図１４Ａ～１４Ｃは、異なるＴＣＲ－ＨＬＡ／ペプチド相互作用プロファイルを示したアラニン置換ペプチドを図示する。図１４Ａは、Ｐ２～Ｐ５に関し；図１４Ｂは、Ｐ６～Ｐ９に関し；ならびに図１４Ｃは、ネイティブの野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドおよび変異ＰＩＫ３ＣＡ Ｐ１ペプチドに関する。Ｐ１ペプチドは、配列番号１１（ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ２ペプチドは、配列番号１２（ＡＡＨＧＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ３ペプチドは、配列番号１３（ＡＬＡＧＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ４ペプチドは、配列番号１４（ＡＬＨＡＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ５ペプチドは、配列番号１５（ＡＬＨＧＡＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ６ペプチドは、配列番号１６（ＡＬＨＧＧＡＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ７ペプチドは、配列番号１７（ＡＬＨＧＧＷＡＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ８ペプチドは、配列番号１８（ＡＬＨＧＧＷＴＡＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。Ｐ９ペプチドは、配列番号１９（ＡＬＨＧＧＷＴＴＡ）に記載のアミノ酸配列からなる。野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号４６（ＡＨＨＧＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。

【図14-2】同上。

【図14-3】同上。

【0048】

【図15】図１５は、ＴＣＲ認識および交差反応性決定のために重要な残基を確定するために割り当てられたモチーフを図示する。点線は、最大の反応性の５０％を示す。これに基づき、潜在的な交差反応性を決定するためのモチーフが、右側に示されている。「ｘ」は、ＴＣＲ認識のために重要ではない残基を示す。位置１は、この位置のネイティブアミノ酸がアラニンであり、したがってこの試験に適用できないため、デフォルトとして「ｘ」が割り当てられている。ＸＬＨＸＧＷＴＴＫは、配列番号４８であり；ＸＸＸＸＧＷＴＴＫは、配列番号４９であり、およびＸＬＨＧＧＷＴＴＫは、配列番号５０である。

【0049】

【図16-1】図１６Ａおよび１６Ｂは、潜在的な交差反応性に関するヒトプロテオームのスキャンニングを図示する。図１６は、ＴＣＲ ２１ＬＴ２－２および１０２２Ｔ８に関して、交差反応性エピトープが検出されなかったことを示す。ＴＣＲ ０６０６Ｔ１－２に関して、１つの潜在的に交差反応性のエピトープ（ｉｖｆｍＧＷＴＴＫ）が検出された。図１６Ｂは、潜在的に交差反応性のエピトープでパルスされたＨＬＡ＊Ａ０３：０１＋標的細胞が、０６０６Ｔ１－２をトリガーしなかったことを示す。変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドを、対照として使用した。ＡＬＨＧＧＷＴＴＫは、配列番号１１である。ｉｖｆｍＧＷＴＴＫは、配列番号４７である。

【図16-2】同上。

【0050】

【図17】図１７は、ＰＩＫ３ＣＡ変異体特異的ＴＣＲが、別の長さの変異ペプチドを認識することができることを図示する。変異ＰＩＫ３ＣＡ特異的ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内にレトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１＋抗原提示細胞と共にインキュベートし、８－ｍｅｒおよび１０－ｍｅｒの変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドプール（１ｕｇ／ｍＬ）でパルスした。野生型および９－ｍｅｒペプチドを、対照として使用した。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。ＴＮＦα産生における変異型ペプチド特異的なアップレギュレーションは、異なるペプチド長が認識されることを示す。野生型９－ｍｅｒは、配列番号４６（ＡＨＨＧＧＷＴＴＫ）に記載のアミノ酸配列からなる。変異型９－ｍｅｒは、ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ（配列番号１１）によって示されるアミノ酸配列からなる。変異体プールは、ＬＨＧＧＷＴＴＫ（配列番号５１）によって示されるアミノ酸配列からなる８－ｍｅｒペプチド、およびＤＡＬＨＧＧＷＴＴＫ（配列番号５２）によって示されるアミノ酸配列からなる１０－ｍｅｒペプチドを含む。

【発明を実施するための形態】

【0051】

本開示の主題は、変異を含むＰＩＫ３ＣＡ（例えば、ヒトＰＩＫ３ＣＡ）を標的にするＴＣＲを提供し、例えば、変異は、Ｈ１０４７Ｌを含むか、またはＨ１０４７Ｌからなる。

【0052】

本開示の主題は、また、ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞（例えば、Ｔ細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）、制御性Ｔ細胞、セントラルメモリーＴ細胞など）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ヒト胚性幹細胞、リンパ系前駆細胞、Ｔ細胞前駆体細胞、およびそこからリンパ系細胞が分化し得る多能性幹細胞、および新生物（例えば、乳がん）を処置するための、このような免疫応答細胞の使用方法も提供する。
Ｉ．定義

【0053】

別段の定めがない限り、本明細書において使用されている全ての技術的および化学的用語は、本発明が属する分野における当業者によって一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、当業者に対して、本発明で使用されている多くの用語の一般的な定義を提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎら、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ編、１９８８）；Ｔｈｅ Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒら（編），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；およびＨａｌｅ＆Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。

【0054】

本明細書で使用される場合、用語「約（ａｂｏｕｔ）」または「およそ（ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ）」は、当業者によって決定される特定の値について許容できる誤差範囲内であることを意味し、その値がどのようにして測定または決定されるか、すなわち、測定システムの制約に部分的に依存する。例えば、「約」は、当該技術分野のプラクティスによって、３標準偏差内、または３標準偏差超を意味し得る。あるいは、「約」は、所与の値に対して、２０％まで、好ましくは１０％まで、より好ましくは５％まで、さらに好ましくは１％までの範囲を意味し得る。あるいは、特に生物学的なシステムまたはプロセスに関して、この用語は、ある値について、一桁以内、好ましくは５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味し得る。

【0055】

本明細書で使用される場合、用語「細胞集団」は、類似の表現型または異なる表現型を発現する、少なくとも２つの細胞の群を指す。非限定的な例において、細胞集団は、類似の表現型または異なる表現型を発現する、少なくとも約１０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００の細胞を含み得る。

【0056】

本明細書で使用される場合、用語「ベクター」は、任意の遺伝的エレメント、例えば、プラスミド、ファージ、トランスポゾン、コスミド、染色体、ウイルス、ビリオンなどを指し、適切な制御エレメントを伴う場合、複製することができ、遺伝子配列を細胞内に移送することができる。よって、この用語は、クローニングおよび発現ビヒクル、ならびにウイルスベクターおよびプラスミドベクターを含む。

【0057】

本明細書で使用される場合、用語「発現ベクター」は、所望のコード配列、および、特定の宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要な適切な核酸配列を含む、組換え核酸配列（例えば、組換えＤＮＡ分子）を指す。原核生物における発現に必要な核酸配列は、通常、プロモーター、オペレーター（必要に応じた）、およびリボソーム結合部位を（多くの場合、他の配列と共に）含む。真核細胞は、プロモーター、エンハンサー、ならびに終止シグナルおよびポリアデニル化シグナルを利用することが知られている。

【0058】

本明細書で使用される場合、「ＣＤＲ」は、ＴＣＲの相補性決定領域アミノ酸配列と定義され、これらは、ＴＣＲα鎖およびＴＣＲβ鎖の超可変領域である。一般に、ＴＣＲは、α鎖可変領域内に少なくとも３つのＣＤＲ、およびβ鎖可変領域内に少なくとも３つのＣＤＲを含む。ＣＤＲは、ＴＣＲの抗原またはエピトープに対する結合のための接触残基の大半を提供する。ＣＤＲ領域は、Ｋａｂａｔシステム（Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．ら（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ、Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２）、Ｃｈｏｔｈｉａナンバリングシステム（Ｃｈｏｔｈｉａら、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．（１９８７）１９６：９０１－１７）、ＡｂＭナンバリングシステム（Ａｂｈｉｎａｎｄａｎら、Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００８，４５，３８３２－３８３９）、またはＩＭＧＴナンバリングシステム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／ＩＭＧＴＩＧＶＬｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｉｎｄｅｘ／ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ．ｐｈｐでアクセスできる）を使用することによって描写することができる。ある特定の実施形態において、ＣＤＲ領域は、ＩＭＧＴナンバリングシステムを使用して描写される。

【0059】

本開示の主題において有用な核酸分子には、ポリペプチドまたはそのフラグメントをコードする任意の核酸分子が含まれる。ある特定の実施形態において、本開示の主題において有用な核酸分子には、ＴＣＲまたはその標的結合部位をコードする核酸分子が含まれる。このような核酸分子は、内在の核酸配列と１００％同一である必要はなく、典型的には、実質的同一性を示す。内在性配列と「実質的相同性」または「実質的同一性」を有するポリヌクレオチドは、典型的には、二本鎖核酸分子の少なくとも１本の鎖とハイブリダイズすることができる。「ハイブリダイズする」は、種々のストリンジェンシー条件下で、相補的ポリヌクレオチド配列（例えば、本明細書に記載されている遺伝子）、またはその部分との間で、ペアが二本鎖分子を形成することを意図している。（例えば、Ｗａｈｌ，Ｇ．Ｍ．およびＳ．Ｌ．Ｂｅｒｇｅｒ（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：３９９；Ｋｉｍｍｅｌ，Ａ．Ｒ．（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：５０７を参照のこと）。

【0060】

用語「実質的に相同」または「実質的に同一」は、参照アミノ酸配列（例えば、本明細書に記載されているアミノ酸配列のいずれか１つ）または核酸配列（例えば、本明細書に記載されている核酸配列のいずれか１つ）に対して、少なくとも５０％の相同性または同一性を示すポリペプチドまたは核酸分子を意味する。例えば、このような配列は、比較に使用される配列と、アミノ酸レベルまたは核酸で、少なくとも約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、または、さらには約９９％相同または同一である。

【0061】

配列相同性または配列同一性は、典型的には、配列解析ソフトウェア（例えば、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｅｎｔｅｒ，１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７０５、ＢＬＡＳＴ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、またはＰＩＬＥＵＰ／ＰＲＥＴＴＹＢＯＸ ｐｒｏｇｒａｍｓ）を使用して測定される。このようなソフトウェアは、種々の置換、欠失、および／または他の改変に対して、類似性の度合いを割り当てることによって、同一または類似の配列をマッチさせる。同一性の度合いを決定するための例示的なアプローチにおいて、ＢＬＡＳＴプログラムを使用することができ、ｅ^－３～^{ｅ－１００}の確率スコアは、配列の関連性が高いことを示す。

【0062】

本明細書で使用する場合、用語「アナログ」は、参照ポリペプチドまたは核酸分子の機能を有する、構造的に関連するポリペプチドまたは核酸分子を指す。

【0063】

本明細書で使用される場合、用語「リガンド」は、レセプターに結合する分子を指す。特に、リガンドは、別の細胞上のレセプターに結合し、細胞間認識および／または相互作用を可能にする。

【0064】

本明細書で使用される場合、用語「疾患」は、細胞、組織、または器官の正常な機能を阻害または妨害する、任意の状態または障害を指す。疾患の例としては、新生物、または細胞の病原体感染があげられる。

【0065】

「有効量」（または「治療有効量」）は、処置の際に、有益または所望の臨床結果をもたらすために十分な量である。有効量は、対象に対して、１またはそれを超える用量で投与され得る。処置に関して、有効量は、疾患（例えば、新生物）を緩和する、改善する、安定化する、反転させる、もしくは疾患（例えば、新生物）の進行を遅らせるか、または疾患（例えば、新生物）の病理学的結果をその他の方法で減少させるために十分な量である。有効量は、一般に、医師によってケースバイケースで決定され、当該技術分野の技術の範囲内である。有効量を達成するために適切な投与量を決定する場合、典型的には、いくつかの因子が考慮される。これらの因子としては、対象の年齢、性別、および体重、処置される状態、状態の重篤度、ならびに投与される免疫応答細胞の形態および有効濃度があげられる。

【0066】

本明細書で使用される場合、用語「新生物」は、細胞または組織の病的な増殖、およびそれに続く他の組織または器官への移動または浸潤によって特徴付けられる疾患を指す。新生物の成長は、典型的には、制御されずかつ進行性であり、ならびに、正常な細胞の増殖を誘発しないであろう、または停止させるであろう条件下で起こる。新生物は、種々の細胞タイプ、組織、または器官（それらに限定されないが、膀胱、結腸、骨、脳、乳房、軟骨、グリア、食道、卵管、胆嚢、心臓、腸、腎臓、肝臓、肺、リンパ節、神経組織、卵巣、胸膜、膵臓、前立腺、骨格筋、皮膚、脊髄、脾臓、胃、睾丸、胸腺、甲状腺、気管、泌尿生殖路、尿管、尿道、子宮、および膣からなる群から選択される器官、またはその組織もしくは細胞タイプが含まれる）に影響を及ぼし得る。新生物には、がん、例えば、肉腫、癌、または形質細胞腫（形質細胞の悪性腫瘍）が含まれる。

【0067】

本明細書で使用される場合、用語「異種核酸分子またはポリペプチド」は、細胞や細胞から得たサンプル中に通常存在しない核酸分子（例えば、ｃＤＮＡ分子、ＤＮＡ分子、またはＲＮＡ分子）またはポリペプチドを指す。この核酸は、別の生物由来であってもよく、または、例えば、細胞またはサンプル中で通常発現されないｍＲＮＡ分子であってもよい。

【0068】

本明細書で使用される場合、用語「免疫応答細胞」は、免疫応答において機能する細胞、またはそのプロジェニター、またはその子孫を指す。

【0069】

本明細書で使用される場合、用語「モジュレートする」は、ポジティブに、またはネガティブに変えることを指す。例示的なモジュレーションには、約１％、約２％、約５％、約１０％、約２５％、約５０％、約７５％、または約１００％の変化が含まれる。

【0070】

本明細書で使用される場合、用語「増加させる」は、ポジティブに、少なくとも約５％変えることを指し、それらに限定されないが、ポジティブに、約５％、約１０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、または約１００％変えることが含まれる。

【0071】

本明細書で使用される場合、用語「減少させる」は、ネガティブに、少なくとも約５％変えることを指し、それらに限定されないが、ネガティブに、約５％、約１０％、約２５％、約３０％、約５０％、約７５％、または約１００％変えることが含まれる。

【0072】

本明細書で使用される場合、用語「単離細胞」は、細胞に天然に付随する分子成分および／または細胞成分から分離された細胞を指す。

【0073】

本明細書で使用される場合、用語「単離された」、「精製された」、または「生物学的に純粋な」は、天然状態において見られるように、ある物質に通常付随する成分を、様々な程度で含まないその物質を指す。「単離」は、元になる原料または環境からの分離の程度を意味する。「精製」は、単離よりも高度な分離の程度を意味する。「精製された」または「生物学的に純粋な」タンパク質は、いかなる不純物も、タンパク質の生物学的な特性に実質的に影響せず、他の有害な結果を引き起こさない程度に、他の物質を含まない。すなわち、本開示の主題の核酸またはポリペプチドは、組換えＤＮＡ技術によって生成された場合には細胞性の物質、ウイルス性の物質、や培養培地を実質的に含まず、化学的に合成された場合には化学的前駆体や他の化学物質を実質的に含まない場合、精製されている。純度および均一性は、典型的には、分析化学的技術、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動または高速液体クロマトグラフィーを使用して決定される。用語「精製された」は、核酸またはタンパク質が、電気泳動ゲル中に、本質的に１本のバンドを生じさせることを意味し得る。改変（例えば、リン酸化またはグリコシル化）を受け得るタンパク質について、異なる改変は、異なる単離タンパク質（これらは別々に精製され得る）を生じ得る。

【0074】

本明細書で使用される場合、用語「分泌された」は、小胞体、ゴルジ装置を通る分泌経路によって、および細胞形質膜で一時的に融合し、タンパク質を細胞の外部に放出するベシクルとして、細胞から放出されるポリペプチドを意図している。

【0075】

本明細書で使用される場合、用語「特異的に結合する」または「に特異的に結合する」または「特異的に標的にする」は、目的の生体分子（例えば、ポリペプチド）を認識および結合するが、サンプル（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチドを含むか、または発現する、生物学的サンプル）中の他の分子を実質的に認識および結合しない、ポリペプチドまたはそのフラグメントを意図している。

【0076】

本明細書で使用される場合、用語「処置する」または「処置」は、処置される個体または細胞の疾患経過を変更する試みにおける臨床的介入を指し、予防のために、または臨床病理学的な過程の間に実施することができる。処置の治療効果には、限定されないが、疾患の発生または再発の防止、症状の軽減、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移の防止、疾患進行速度の低減、病態の改善または緩和、および予後の寛解または改善が含まれる。疾患または障害の進行を防止することによって、処置は、罹患したもしくは診断された対象、または障害を有する疑いがある対象における、障害に起因する増悪を防止することができるが、処置は、また、障害のリスクがあるか、または障害を有する疑いがある対象における、障害の発生または障害の症状を防止し得る。

【0077】

本明細書で使用される場合、用語「対象」は、任意の動物（例えば、哺乳動物）を指し、それらに限定されないが、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類など（例えば、特定の処置のレシピエントになるか、またはそこから細胞が収集される）が含まれる。
ＩＩ．ＰＩＫ３ＣＡ

【0078】

ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３キナーゼ触媒サブユニットα（ＰＩＫ３ＣＡ；遺伝子ＩＤ：５２９０（ＭＣＭ、ＣＷＳ５、ＭＣＡＰ、ＰＩ３Ｋ、ＣＬＯＶＥ、ＭＣＭＴＣ、ＰＩ３Ｋ－アルファ、およびｐ１１０－アルファとしても知られる））は、ホスファチジルイノシトール３キナーゼ（ＡＴＰを使用してＰｔｄＩｎｓ、ＰｔｄＩｎｓ４Ｐ、およびＰｔｄＩｎｓ（４，５）Ｐ２をリン酸化する）の触媒サブユニットをコードする遺伝子である。ＰＩＫ３ＣＡは、腫瘍形成性であることがわかっており、乳がんおよび子宮頸がんと関連付けられている。
ＩＩＩ．Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）

【0079】

ＴＣＲは、不変ＣＤ３鎖分子との複合体の部分として発現される２つの可変鎖からなる、ジスルフィドで結合したヘテロダイマータンパク質である。ＴＣＲは、Ｔ細胞表面に見出され、主要組織適合複合体（ＭＨＣ）分子に結合するペプチドとしての抗原の認識に関与する。ある特定の実施形態において、ＴＣＲは、α鎖とβ鎖（それぞれ、ＴＲＡとＴＲＢによってコードされる）を含む。ある特定の実施形態において、ＴＣＲは、γ鎖とδ鎖を含む（それぞれ、ＴＲＧとＴＲＤによってコードされる）。

【0080】

ＴＣＲのそれぞれの鎖は、２つの細胞外ドメイン、すなわち可変領域と定常領域を含む。定常領域は、細胞膜に近く、膜貫通ドメインおよび短い細胞質側末端（すなわち、細胞内ドメイン）が続いている。可変領域は、ペプチド／ＭＨＣ複合体に結合する。両方の鎖の可変領域は、それぞれ３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有している。

【0081】

ある特定の実施形態において、ＴＣＲは、３つのダイマー性シグナル伝達モジュール ＣＤ３δ／ε、ＣＤ３γ／ε、およびＣＤ２４７ζ／ζまたはζ／ηと、レセプター複合体を形成し得る。ＴＣＲ複合体がその抗原およびＭＨＣ（ペプチド／ＭＨＣ）と結合した場合、そのＴＣＲ複合体を発現するＴ細胞が活性化する。

【0082】

ある特定の実施形態において、本開示の主題は、組換えＴＣＲを提供する。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、天然に存在しないＴＣＲである。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、任意の天然に存在するＴＣＲと、少なくとも１つのアミノ酸残基が異なる。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、任意の天然に存在するＴＣＲと、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００またはそれを超えるアミノ酸残基が異なる。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、天然に存在するＴＣＲから、少なくとも１つのアミノ酸残基が改変されている。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、天然に存在するＴＣＲから、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００またはそれを超えるアミノ酸残基が改変されている。

【0083】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にし、ここで、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、変異を含むか、または変異からなる（「変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド」）。ある特定の実施形態において、前記変異は、Ｈ１０４７Ｒ、Ｅ５４５Ｋ、Ｅ５４２Ｋ、Ｎ３４５Ｋ、Ｈ１０４７Ｌ、Ｅ７２６Ｋ、Ｃ４２０Ｒ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記変異は、Ｈ１０４７ＲまたはＨ１０４７Ｌである。ある特定の実施形態において、前記変異は、Ｈ１０４７Ｌである。ある特定の実施形態において、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号１１に記載のアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる変異Ｈ１０４７Ｌからなる。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドを標的にしない。ある特定の実施形態において、前記野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号４６に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなるペプチドである。配列番号４６を以下に示す。

【化1】

【0084】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、図８および図１４Ａ～１４Ｃに列挙されているＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。ある特定の実施形態において、ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号５１、または配列番号５２に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる。配列番号１１～１９、５１、および５２を以下に示す。

【化2】

【0085】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号１１に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなるＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号１２、配列番号１３、または配列番号１４に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなるＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。

【0086】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ＨＬＡクラスＩ複合体（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃ）と結合するＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ＨＬＡクラスＩＩ複合体（例えば、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯ、ＨＬＡ－ＤＱ、およびＨＬＡ－ＤＲ）と結合するＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。

【0087】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーと（例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリー依存的な様式で）結合するＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にする。ある特定の実施形態において、前記ＨＬＡ＊Ａ０３スーパーファミリーメンバーは、それらに限定されないが、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８、およびＨＬＡ－Ａ＊７４中のアレルおよびサブアレルを含む。
ＴＣＲクローン型

【0088】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。配列番号９および配列番号１０を表１に示す。

【0089】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。配列番号７および８を表１に示す。

【0090】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合し、２１ＬＴ２－２と呼ばれる。

【0091】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖および／または配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。

【0092】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域と、β鎖可変領域、または表１から選択されるＣＤＲを含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。例えば、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。例えば、ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一を含むであるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。

【0093】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。配列番号１～３を表１に示す。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。配列番号４～６を表１に示す。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号３に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号４に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。
表１．（２１ＬＴ２－２）

【表1-1】

【表1-2】

【0094】

ある特定の実施形態において、上述（表１を含む）の前記ＣＤＲ領域は、ＩＭＧＴナンバリングシステム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／ＩＭＧＴＩＧＶＬｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｉｎｄｅｘ／ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ．ｐｈｐでアクセスできる）を使用することによって描写される。

【0095】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号３３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号３４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。配列番号３３および配列番号３４を表２に示す。

【0096】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。配列番号３１および配列番号３２を表２に示す。

【0097】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合し、０６０６Ｔ１－２と呼ばれる。

【0098】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、配列番号３３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖および／または配列番号３４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。

【0099】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域とβ鎖可変領域、または表２から選択されるＣＤＲを含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。例えば、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。例えば、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３２に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号３２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号３２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。

【0100】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号２７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。表２に開示されているとおりの配列番号２５～２７。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。表２に開示される通りの配列番号２８～３０。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号２７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号２８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。
表２．（０６０６Ｔ１－２）

【表2-1】

【表2-2】

【0101】

ある特定の実施形態において、上述（表２を含む）の前記ＣＤＲ領域は、ＩＭＧＴナンバリングシステム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／ＩＭＧＴＩＧＶＬｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｉｎｄｅｘ／ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ．ｐｈｐでアクセスできる）を使用することによって描写される。

【0102】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号４３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、配列番号４４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。配列番号４３および４４を表２に開示する。

【0103】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。配列番号４１および４２を表３に開示する。

【0104】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合し、１０２２Ｔ８と呼ばれる。

【0105】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲは、ヒトＴＣＲであり、配列番号４３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖および／または配列番号４４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む。

【0106】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、α鎖可変領域とβ鎖可変領域、または表３から選択されるＣＤＲを含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。例えば、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。例えば、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％（例えば、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％）相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む。

【0107】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。配列番号３５～３７を表３に開示する。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。配列番号３８～４０を表３に開示する。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号３７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号３８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１、配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。
表３．（１０２２Ｔ８）

【表3】

【0108】

ある特定の実施形態において、上述（表３を含む）の前記ＣＤＲ領域は、ＩＭＧＴナンバリングシステム（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ／ＩＭＧＴＩＧＶＬｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ．ｈｔｍｌ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴｉｎｄｅｘ／ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ．ｐｈｐでアクセスできる）を使用することによって描写される。

【0109】

本明細書で使用される場合、用語「保存的配列改変」は、前記アミノ酸配列を含む、本開示のＴＣＲの結合特性に有意に影響を及ぼさず、変化もさせない、アミノ酸改変を指す。保存的改変は、アミノ酸の置換、付加、および欠失を含み得る。アミノ酸は、電荷および極性などの物理化学的特性によってグループに分類することができる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が、同じグループ内のアミノ酸で置き換えられるものである。例えば、アミノ酸は、電荷によって分類することができ、正電荷アミノ酸は、リジン、アルギニン、ヒスチジンを含み、負電荷アミノ酸は、アスパラギン酸、グルタミン酸を含み、中性電荷アミノ酸は、アラニン、アスパラギン、システイン、グルタミン、グリシン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシン、およびバリンを含む。さらに、アミノ酸は、極性によって分類することができ、極性アミノ酸は、アルギニン（塩基性極性）、アスパラギン、アスパラギン酸（酸性極性）、グルタミン酸（酸性極性）、グルタミン、ヒスチジン（塩基性極性）、リジン（塩基性極性）、セリン、スレオニン、およびチロシンを含み；非極性アミノ酸は、アラニン、システイン、グリシン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、トリプトファン、およびバリンを含む。よって、ＣＤＲ領域内の１つまたはそれを超えるアミノ酸残基は、同じクループからの他のアミノ酸残基で置き換えられ得、この変化させたＴＣＲは、保持する機能（すなわち、上記の（ｃ）～（ｌ）に記載されている機能）について、本明細書に記載されている機能アッセイを使用して試験することができる。ある特定の実施形態において、特定の配列またはＣＤＲ領域内の、１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。

【0110】

ある特定の実施形態において、前記α鎖可変領域および／またはβ鎖可変領域のアミノ酸配列は、特定の配列（例えば、配列番号７、８、３１、３２、４１、および４２）に対して、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、または少なくとも約９５％（例えば、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％）の相同性または同一性を有し、前記特定の配列（単数または複数）に対する置換（例えば、保存的置換）、挿入、または欠失を限定することなく含む改変を含むが、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に結合する能力を保持している。ある特定の実施形態において、このような改変は、前記可変領域のＣＤＲドメイン内にはない。

【0111】

ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合するが、対応する野生型ペプチド配列には結合しない。

【0112】

ある特定の実施形態において、配列番号７、配列番号８、配列番号３１、配列番号３２、配列番号４１、または配列番号４２において、合計で１～１０個のアミノ酸が、置換され、挿入され、および／または欠失している。ある特定の実施形態において、置換、挿入、または欠失は、前記細胞外ドメインのＣＤＲの外側の領域で起こる。ある特定の実施形態において、前記細胞外ドメインは、配列番号７、８、３１、３２、４１、および４２からなる群から選択されるα鎖可変領域および／またはβ鎖可変領域配列を含み、その配列（配列番号７、配列番号８、配列番号３１、配列番号３２、配列番号４１、または配列番号４２）の翻訳後修飾を含む。

【0113】

本明細書で使用される場合、２つのアミノ酸配列の間のパーセント相同性は、それら２つの配列の間のパーセント同一性と等価である。２つの配列の間のパーセント同一性は、ギャップの数、および各ギャップの長さ（それら２つの配列の最適なアライメントのために取り入れる必要がある）を考慮した、その配列によって共有される同一位置の数の関数である（すなわち、％相同性＝同一位置の数／位置の総数×１００）。配列の比較、および２つの配列の間のパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを使用して行うことができる。

【0114】

２つのアミノ酸配列の間のパーセント相同性は、ＰＡＭ１２０重み付け残基表、ギャップ長ペナルティーとして１２、およびギャップペナルティーとして４を使用し、Ｅ．ＭｅｙｅｒｓとＷ．Ｍｉｌｌｅｒのアルゴリズム（Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．，４：１１－１７（１９８８））（これは、ＡＬＩＧＮアルゴリズム（バージョン２．０）に組み込まれている）を使用して決定することができる。さらに、２つのアミノ酸配列の間のパーセント相同性は、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２行列またはＰＡＭ２５０行列のいずれか、ギャップ重みとして１６、１４、１２、１０、８、６、または４、および長さ重みとして１、２、３、４、５、または６を使用し、ＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈのアルゴリズム（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４－４５３（１９７０））（これは、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用可能）中のＧＡＰプログラムに組み込まれている）を使用して決定することができる。

【0115】

それに加えて、または代えて、本開示の主題のアミノ酸配列は、さらに、例えば関連する配列を同定するために、公開されているデータベースに対して検索を行うための「問い合わせ配列」としても使用することができる。このような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して行うことができる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で行い、本明細書に開示されている特定の配列と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的のためのギャップありアライメントを行うために、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されているように、ギャップありＢＬＡＳＴを利用することができる。ＢＬＡＳＴおよびギャップありＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメーターを使用することができる。

【0116】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、参照ＴＣＲとしての変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）またはその機能性フラグメント上の同じエピトープに結合する。例えば、本開示のＴＣＲの前記細胞外ドメインは、例えば、本開示のＴＣＲのいずれか１つの、α鎖可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列およびβ鎖可変領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３配列を含む、参照ＴＣＲとしての変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）またはその機能性フラグメント上の同じエピトープに結合する。ある特定の実施形態において、本開示のＴＣＲの前記細胞外ドメインは、例えば、本開示のＴＣＲのいずれか１つの、α鎖可変領域配列とβ鎖可変領域配列を含む、参照ＴＣＲとしての変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）またはその機能性フラグメント上の同じエピトープに結合する。

【0117】

ＣＤＲ３ドメインは、ＣＤＲ１および／またはＣＤＲ２ドメイン（単数または複数）とは独立して、単独で、同族抗原に対するＴＣＲまたはその機能性フラグメントの結合特異性を決定することができること、および、同じ結合特異性を有する複数のＴＣＲを、共通のＣＤＲ３配列に基づいて、予測通りに作製することができることが、当該技術分野においてよく知られている。

【0118】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；および配列番号６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号１に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；および配列番号４に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。

【0119】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号２９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号２５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；および配列番号２８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。

【0120】

ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２をさらに含む。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの細胞外ドメインは、配列番号３５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；および配列番号３８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１をさらに含む。

【0121】

ある特定の実施形態において、前記本開示の主題のＴＣＲは、ヒト細胞において核酸配列を発現させるための、誘導性プロモーターをさらに含む。ＴＣＲ遺伝子の発現に使用するためのプロモーターは、構成的プロモーター（例えばユビキチンＣ（ＵｂｉＣ）プロモーター）であり得る。

【0122】

本開示の主題は、また、本明細書に記載されている変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲをコードする核酸分子も提供する。ある特定の実施形態において、前記核酸分子は、本開示のＴＣＲのα鎖とβ鎖の両方をコードする。ある特定の実施形態において、前記α鎖と前記β鎖は、自己切断ペプチド（例えば、２Ａ－ペプチド）によって分離される。ある特定の実施形態において、前記α鎖と前記β鎖は、フューリン２Ａペプチドによって分離される。ある特定の実施形態において、前記ペプチドは、配列番号２４に記載のアミノ酸配列を含む。

【化3】

【0123】

ある特定の実施形態において、前記核酸分子は、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲの機能性部位／フラグメントをコードする。本明細書で使用される場合、用語「機能性部位」または「機能性フラグメント」は、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲの任意の部位、部分、またはフラグメントを指し、この部位、部分、またはフラグメントは、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲ（親ＴＣＲ）の生物学的活性を保持している。例えば、機能性部位は、親ＴＣＲに対して、類似する程度、同じ程度、さらには上回る程度に、標的細胞を認識し、疾患（例えば、乳がん）を処置する能力を保持する、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲの部位、部分、またはフラグメントを包含する。ある特定の実施形態において、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲの機能性部位をコードする前記核酸分子は、親ＴＣＲの、例えば、約１０％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、および約９５％、または約９５％超を含むタンパク質をコードする。
ＣＤＲ内に改変を有するＴＣＲ

【0124】

ある特定の実施形態において、本開示のＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）は、ＣＤＲ１配列、ＣＤＲ２配列、およびＣＤＲ３配列を含むα鎖可変領域、およびＣＤＲ１配列、ＣＤＲ２配列、およびＣＤＲ３配列を含むβ鎖可変領域を含み、ここで、これらの１つまたはそれを超えるＣＤＲ配列は、本明細書に記載されているＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）（表１～３を参照のこと）に基づく特定のアミノ酸配列、またはその改変を含み、また、ここで、前記ＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）は、本開示の主題の前記変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド特異的ＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）の所望の機能的特性を保持している。

【0125】

ある特定の実施形態において、本開示のＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）は、α鎖定常領域およびβ鎖定常領域を含み、ここで、前記定常領域の少なくとも１つは、本明細書に記載されているＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）（表１～３を参照のこと）に基づく特定のアミノ酸配列、またはその改変を含み、また、ここで、前記ＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）は、本開示の主題の前記変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド特異的ＴＣＲ（またはその機能性フラグメント）の所望の機能的特性を保持している。

【0126】

ある特定の実施形態において、このような改変は、前記アミノ酸配列を含む前記ＴＣＲの結合特性に有意に影響を及ぼさず、変化もさせない。このような改変の非限定的な例は、アミノ酸の置換、付加、および欠失を含む。改変は、本開示のＴＣＲまたはその機能性フラグメント中に、当該技術分野において知られている標準的な技術（例えば部位特異的変異誘発およびＰＣＲを利用した変異誘発）によって導入することができる。

【0127】

前記改変は、保存的改変、非保存的改変、または保存的改変と非保存的改変の組み合わせであり得る。上記で論じたように、保存的アミノ酸置換は、前記アミノ酸残基が、類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野において定義されている。例示的な保存的アミノ酸置換を表４に示す。ある特定の実施形態において、アミノ酸置換を目的のＴＣＲ中に導入し、その産物を、所望の活性（例えば、抗原結合の保持／改善、免疫原性の低下、またはＡＤＣＣもしくはＣＤＣの改善）についてスクリーニングしてもよい。
表４

【表4】

【0128】

アミノ酸は、共通する側鎖特性によってグループ分けすることができる：
・疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
・中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
・酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
・塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
・鎖の向きに影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
・芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。

【0129】

ある特定の実施形態において、ＣＤＲ領域内の１つまたはそれを超えるアミノ酸残基を同じグループからの他のアミノ酸残基で置き換えもよく、この変化させたＴＣＲを、本明細書に記載されている機能的アッセイを使用して試験してもよい。

【0130】

非保存的置換は、これらのクラスの１つのメンバーを、他のクラスに交換することを必然的に伴う。

【0131】

ある特定の実施形態において、特定の配列またはＣＤＲ領域内の、１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。

【0132】

ある特定の実施形態において、ＴＣＲの定常領域内の１つまたはそれを超えるアミノ酸残基は、安定性および／または前記ＴＣＲの細胞表面発現を増強するために、改変してもよい。ある特定の実施形態において、特定の配列または定常領域内の１個以下、２個以下、３個以下、４個以下、５個以下の残基が変更される。ある特定の実施形態において、前記改変は、それらに限定されないが、マウス化、システイン改変、および膜貫通改変（Ｃｏｈｅｎら、Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｍｕｒｉｎｅ－ｈｕｍａｎ ｈｙｂｒｉｄ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒ（ＴＣＲ）ｉｎ ｈｕｍａｎ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｐａｉｒｉｎｇ ａｎｄ ＴＣＲ／ＣＤ３ ｓｔａｂｉｌｉｔｙ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００６；６６（１７）：８８７８－８８８６；Ｃｏｈｅｎら、Ｅｎｈａｎｃｅｄ ａｎｔｉｔｕｍｏｒ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｔｏ ｅｘｐｒｅｓｓ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ｗｉｔｈ ａ ｓｅｃｏｎｄ ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ ｂｏｎｄ，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００７；６７（８）：３８９８－３９０３；Ｋｕｂａｌｌら、Ｆａｃｉｌｉｔａｔｉｎｇ ｍａｔｃｈｅｄ ｐａｉｒｉｎｇ ａｎｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＴＣＲ ｃｈａｉｎｓ ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ ｉｎｔｏ ｈｕｍａｎ Ｔ ｃｅｌｌｓ，Ｂｌｏｏｄ ２００７；１０９（６）：２３３１－２３３８；Ｈａｇａ－Ｆｒｉｅｄｍａｎら、Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ＴＣＲ ｅｎｈａｎｃｅ ｉｔｓ ｓｕｒｆａｃｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｔ ｃｅｌｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ａｖｉｄｉｔｙ，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１２；１８８（１１）：５５３８－５５４６（これらのそれぞれの内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される））を含む。

【0133】

ある特定の実施形態において、本明細書に開示されているＴＣＲは、配列番号２０または配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、改変ＴＣＲα鎖定常領域を含む。ある特定の実施形態において、前記改変ＴＣＲα鎖定常領域は、配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変ＴＣＲα鎖定常領域は、配列番号２１に記載のアミノ酸配列を含む。

【0134】

ある特定の実施形態において、本明細書に開示されているＴＣＲは、配列番号２２、配列番号２３、配列番号４５に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む改変ＴＣＲβ鎖定常領域を含む。ある特定の実施形態において、前記改変ＴＣＲβ鎖定常領域は、配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変ＴＣＲβ鎖定常領域は、配列番号２３に記載のアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、前記改変ＴＣＲβ鎖定常領域は、配列番号４５に記載のアミノ酸配列を含む。

【0135】

ヒトα鎖定常領域：

【化4】

マウスα鎖定常領域：（膜貫通ドメインにおけるシステイン改変およびＬＶＬ改変に下線を引いている）

【化5】

ヒトβ鎖定常領域：

【化6】

マウスβ鎖定常領域：（システイン改変に下線を引いている）

【化7】

ヒトβ鎖定常領域：

【化8】

Ｖ．免疫応答細胞

【0136】

本開示の主題は、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチドを標的にするＴＣＲ（例えば、本明細書に開示されているＴＣＲ）を含む細胞を提供する。このような細胞は、新生物（例えば、乳がん）を処置および／または予防するために、それを必要とするヒト対象に投与される。ある特定の実施形態において、前記細胞は、免疫応答細胞である。

【0137】

本開示の主題は、上述の変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合するＴＣＲを含む免疫応答細胞を提供する。

【0138】

前記免疫応答細胞は、本開示のＴＣＲで、細胞が前記ＴＣＲを発現するように形質導入され得る。本開示の主題は、また、このような細胞を、新生物（例えば、乳がん）の処置のために使用する方法も提供する。

【0139】

本開示の主題の前記免疫応答細胞は、リンパ系統の細胞であり得る。前記リンパ系統（Ｂ細胞、Ｔ細胞、およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞が含まれる）は、ＴＣＲの産生、細胞免疫系の調節、血液中の外来因子の検出、宿主にとって外来の細胞の検出などを提供する。前記リンパ系統の免疫応答細胞の非限定的な例は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、胚性幹細胞、および多能性幹細胞（例えば、そこからリンパ系細胞が分化し得るもの）を含む。Ｔ細胞は、胸腺で成熟し、主に細胞媒介免疫に重要なリンパ球であり得る。Ｔ細胞は、適応免疫系に関与する。本開示の主題のＴ細胞は、任意の種類のＴ細胞（それらに限定されないが、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、メモリーＴ細胞（セントラルメモリーＴ細胞、幹細胞様メモリーＴ細胞（または幹様メモリーＴ細胞（ｓｔｅｍ－ｌｉｋｅ ｍｅｍｏｒｙ Ｔ ｃｅｌｌ））、および２種類のエフェクターメモリーＴ細胞（例えば、Ｔ_ＥＭ細胞およびＴ_ＥＭＲＡ細胞）、制御性Ｔ細胞（サプレッサーＴ細胞としても知られる）、ナチュラルキラーＴ細胞、粘膜関連インバリアントＴ細胞、およびγδＴ細胞が含まれる）であり得る。細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬまたはキラーＴ細胞）は、感染した体細胞または腫瘍細胞の死を誘導することができるＴリンパ球のサブセットである。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲ発現Ｔ細胞は、Ｆｏｘｐ３を発現し、Ｔ制御性表現型を達成および維持する。

【0140】

ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、細胞媒介免疫の一部であり、自然免疫応答の間に働くリンパ球であり得る。ＮＫ細胞は、標的細胞に対する細胞毒性効果を発揮するために、事前の活性化を必要としない。

【0141】

本開示の主題の免疫応答細胞は、がん（例えば、乳がん）を処置するための、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合するＴＣＲを発現することができる。このような免疫応答細胞は、がん（例えば、乳がん）の処置のために、それを必要とする対象（例えば、ヒト対象）に投与され得る。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、Ｔ細胞である。前記Ｔ細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞またはＣＤ８^＋Ｔ細胞であり得る。ある特定の実施形態において、前記Ｔ細胞は、ＣＤ４^＋Ｔ細胞である。ある特定の実施形態において、前記Ｔ細胞は、ＣＤ８^＋Ｔ細胞である。

【0142】

本開示の免疫応答細胞は、少なくとも１つの組換えまたは外来性共刺激リガンドをさらに含み得る。例えば、本開示の免疫応答細胞は、前記免疫応答細胞が、ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲと少なくとも１つの共刺激リガンドを共発現するか、または共発現するように誘導されるように、少なくとも１つの共刺激リガンドでさらに形質導入され得る。前記ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲと少なくとも１つの共刺激リガンドの間の相互作用は、免疫応答細胞（例えば、Ｔ細胞）の完全な活性化のために重要な非抗原特異的シグナルをもたらす。共刺激リガンドは、それらに限定されないが、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ（ｔｕｍｏｒ ｎｅｃｒｏｓｉｓ ｆａｃｔｏｒ））スーパーファミリーリガンド、および免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーリガンドのメンバーを含む。ＴＮＦは、全身性炎症に関与するサイトカインであり、急性期反応を刺激する。その主要な役割は、免疫細胞の調節におけるものである。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、多くの共通する特徴を共有している。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーの大半は、短い細胞質内セグメントと、比較的長い細胞外領域とを含むＩＩ型膜貫通タンパク質（細胞外Ｃ末端）として合成される。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、限定されないが、神経成長因子（ＮＧＦ）、ＣＤ４０Ｌ（ＣＤ４０Ｌ）／ＣＤ１５４、ＣＤ１３７Ｌ／４－１ＢＢＬ、ＴＮＦ－α、ＣＤ１３４Ｌ／ＯＸ４０Ｌ／ＣＤ２５２、ＣＤ２７Ｌ／ＣＤ７０、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ）、ＣＤ３０Ｌ／ＣＤ１５３、腫瘍壊死因子β（ＴＮＦβ）／リンホトキシンα（ＬＴα）、リンホトキシンβ（ＬＴβ）、ＣＤ２５７／Ｂ細胞活性化因子（ＢＡＦＦ）／Ｂｌｙｓ／ＴＨＡＮＫ／Ｔａｌｌ－１、グルココルチコイド誘導性ＴＮＦレセプターリガンド（ＧＩＴＲＬ）、およびＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＲＡＩＬ）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４）を含む。免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリーは、細胞の認識プロセス、結合プロセス、または付着プロセスに関与する、細胞表面の可溶性タンパク質の大きなグループである。これらのタンパク質は、免疫グロブリンと構造的な特徴を共有し、これらは免疫グロブリンドメイン（フォールド）を有している。免疫グロブリンスーパーファミリーリガンドは、それらに限定されないが、ＣＤ８０およびＣＤ８６（両方ともＣＤ２８のリガンドである）、ＰＤ－Ｌ１／（Ｂ７－Ｈ１）（ＰＤ－１のリガンドである）を含む。ある特定の実施形態において、前記少なくとも１つの共刺激リガンドは、４－１ＢＢＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ７０、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ４８、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＰＤ－Ｌ１、およびそれらの組み合わせからなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、４－１ＢＢＬである、１つの組換え共刺激リガンドを含む。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞は、４－１ＢＢＬおよびＣＤ８０である、２つの組換え共刺激リガンドを含む。

【0143】

さらに、本開示の免疫応答細胞は、少なくとも１つの外来性サイトカインを含み得る。例えば、本開示の免疫応答細胞は、その免疫応答細胞が、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを発現するだけでなく、少なくとも１つのサイトカインを分泌するように、前記少なくとも１つのサイトカインでさらに形質導入され得る。ある特定の実施形態において、前記少なくとも１つのサイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１１、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－１７、ＩＬ－１８、およびＩＬ－２１からなる群から選択される。ある特定の実施形態において、前記サイトカインは、ＩＬ－１２である。

【0144】

前記変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド特異的または変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ヒトリンパ球は、末梢ドナーリンパ球（例えば、Ｓａｄｅｌａｉｎ，Ｍ．ら、２００３ Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ ３：３５－４５（ＴＣＲを発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球を開示している）に開示されているもの、Ｍｏｒｇａｎ，Ｒ．Ａ．ら、２００６ Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１４：１２６－１２９（αβヘテロダイマーを含む腫瘍抗原認識Ｔ細胞レセプター複合体の完全長を発現するように遺伝子改変された末梢ドナーリンパ球を開示している）に開示されているもの、Ｐａｎｅｌｌｉ，Ｍ．Ｃ．ら、２０００ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６４：４９５－５０４；Ｐａｎｅｌｌｉら、２０００ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６４：４３８２－４３９２（腫瘍バイオプシーにおける腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）に由来するリンパ球培養物を開示している）に開示されているもの、およびＤｕｐｏｎｔ，Ｊ．ら、２００５ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ６５：５４１７－５４２７；Ｐａｐａｎｉｃｏｌａｏｕ，Ｇ．Ａ．ら、２００３ Ｂｌｏｏｄ １０２：２４９８－２５０５（人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）またはパルスされた樹状細胞を利用してｉｎ ｖｉｔｒｏで選択的に増殖された抗原特異的末梢血白血球を開示している）に開示されているもの）において使用され得る。前記免疫応答細胞（例えば、Ｔ細胞）は、自家であるか、非自家（例えば、同種異系）であるか、または操作された前駆または幹細胞からｉｎ ｖｉｔｒｏで誘導され得る。

【0145】

ＣＴＬの未精製の原料は、当該技術分野で知られているいずれでもよく、例えば、骨髄、胎児、新生児、もしくは成体、または他の造血細胞源（例えば、胎児肝臓、末梢血、または臍帯血）であってもよい。種々の技術が、細胞を分離するために採用され得る。例えば、ネガティブ選択方法によって、最初に非ＣＴＬを除去し得る。

【0146】

最終分化した細胞の大部分は、まず、比較的大まかな分離によって除去され得る。例えば、まず、多くの無関係な細胞を除去するために、磁気ビーズ分離を使用し得る。好ましくは、細胞単離に先立って、全造血細胞の少なくとも約８０％、通常少なくとも約７０％が除去される。

【0147】

分離のための手順は、それらに限定されないが、密度勾配遠心分離；リセッティング；細胞密度を改変する粒子へのカップリング；ＴＣＲ被覆磁気ビーズによる磁気分離；アフィニティークロマトグラフィー；ｍＡｂと結合させた、または併用する細胞傷害性薬剤（それらに限定されないが、補体および細胞毒が含まれる）；および固体マトリックス（例えば、プレート、チップ）に結合させたＴＣＲによるパニング、エルトリエーション、または任意の他の都合のよい技術、を含む。

【0148】

分離および分析のための技術は、それらに限定されないが、フローサイトメトリー（様々な程度の精巧化（例えば、複数のカラーチャンネル、低角度で鈍角の光散乱検出チャンネル、インピーダンスチャンネル）を有し得る）を含む。

【0149】

前記細胞は、死細胞に関連する色素（ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）など）を利用することによって、死細胞と対比して選択され得る。好ましくは、前記細胞は、２％ウシ胎児血清（ＦＣＳ）もしくは０．２％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）を含む培地、または任意の他の適切な、好ましくは無菌の、等張培地中で収集される。
ＶＩ．ベクター

【0150】

免疫応答細胞（例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞）の遺伝子改変は、実質的に均質な細胞組成物を組換えＤＮＡまたはＲＮＡコンストラクトで形質導入することによって達成し得る。前記ベクターは、レトロウイルスベクター（例えば、ガンマレトロウイルス）であり得、ＤＮＡまたはＲＮＡコンストラクトを宿主細胞ゲノムに導入するために利用される。例えば、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲをコードするポリヌクレオチドをレトロウイルスベクター中にクローニングすることができ、発現は、その内在的プロモーターから、レトロウイルスの長末端反復から、または代替的な内部プロモーターから駆動され得る。

【0151】

非ウイルスベクターまたはＲＮＡも、同様に使用され得る。ランダム染色体組込み、または標的化組込み（例えば、ヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、および／またはクラスター化した規則的な散在性の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ（ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｒｅｇｕｌａｒｌｙ ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ ｓｈｏｒｔ ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ）を使用する、または導入遺伝子発現（例えば、天然または化学改変ＲＮＡを使用する）が使用され得る。

【0152】

変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲ発現細胞を提供するための最初の細胞の遺伝子改変のために、レトロウイルスベクターが、一般に形質導入のために利用されるが、任意の他の適切なウイルス性ベクターまたは非ウイルス性送達システムを使用することができる。少なくとも２つの共刺激リガンドを含む抗原提示複合体を含む細胞を提供するための次の細胞の遺伝子改変のために、レトロウイルス性遺伝子導入（形質導入）が同様に有効であることが分かっている。レトロウイルスベクターと適切なパッケージングラインの組み合わせもまた適しており、この場合、ヒト細胞への感染のために、カプシドタンパク質が機能する。種々のアンホトロピックウイルス産生細胞系が知られており、それらに限定されないが、ＰＡ１２（Ｍｉｌｌｅｒら、（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：４３１－４３７）；ＰＡ３１７（Ｍｉｌｌｅｒら（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．６：２８９５－２９０２）；およびＣＲＩＰ（Ｄａｎｏｓら（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：６４６０－６４６４）が含まれる。非アンホトロピックな粒子（例えば、ＶＳＶＧ、ＲＤ１１４、またはＧＡＬＶエンベロープでシュードタイプ化された粒子、および当該技術分野で知られている任意の他の粒子）もまた適切である。

【0153】

形質導入のあり得る方法には、また、前記細胞と産生細胞の直接的な共培養（例えば、Ｂｒｅｇｎｉら（１９９２）Ｂｌｏｏｄ ８０：１４１８－１４２２の方法による）、または、適切な成長因子およびポリカチオンの存在下または非存在下で、ウイルス上清単独、または濃縮ベクターストックと共に培養すること（Ｘｕら（１９９４）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔ．２２：２２３－２３０；およびＨｕｇｈｅｓら（１９９２）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．８９：１８１７の方法による）も含まれる。

【0154】

ウイルスベクターの形質導入は、免疫応答細胞において、共刺激リガンドを発現、および／またはサイトカイン（例えば、４－１ＢＢＬおよび／またはＩＬ－１２）を分泌するために使用し得る。好ましくは、選択したベクターは、高い感染効率、ならびに安定した組込みおよび発現を示す（例えば、Ｃａｙｏｕｅｔｔｅら、Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ８：４２３－４３０，１９９７；Ｋｉｄｏら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｅｙｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １５：８３３－８４４，１９９６；Ｂｌｏｏｍｅｒら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ７１：６６４１－６６４９，１９９７；Ｎａｌｄｉｎｉら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７２：２６３ ２６７，１９９６；およびＭｉｙｏｓｈｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９４：１０３１９，１９９７を参照のこと）。使用することができる他のウイルスベクターとしては、例えば、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、およびアデノ随伴ウイルスベクター、ワクシニアウイルス、ウシパピローマウイルス、またはＥｐｓｔｅｉｎ－Ｂａｒｒウイルスなどのヘルペスウイルスがあげられる（例えば、Ｍｉｌｌｅｒ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １５－１４，１９９０；Ｆｒｉｅｄｍａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１２７５－１２８１，１９８９；Ｅｇｌｉｔｉｓら、ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６０８－６１４，１９８８；Ｔｏｌｓｔｏｓｈｅｖら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ １：５５－６１，１９９０；Ｓｈａｒｐ，Ｔｈｅ Ｌａｎｃｅｔ ３３７：１２７７－１２７８，１９９１；Ｃｏｒｎｅｔｔａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ３６：３１１－３２２，１９８７；Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２６：４０１－４０９，１９８４；Ｍｏｅｎ，Ｂｌｏｏｄ Ｃｅｌｌｓ １７：４０７－４１６，１９９１；Ｍｉｌｌｅｒら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ７：９８０－９９０，１９８９；Ｌｅ Ｇａｌ Ｌａ Ｓａｌｌｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：９８８－９９０，１９９３；およびＪｏｈｎｓｏｎ，Ｃｈｅｓｔ １０７：７７Ｓ－８３Ｓ，１９９５のベクターも参照のこと）。レトロウイルスベクターは、特に開発が進んでおり、臨床実践場面で使用されている（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇら、Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ ３２３：３７０，１９９０；Ａｎｄｅｒｓｏｎら、米国特許第５，３９９，３４６号）。

【0155】

ある特定の非限定的な実施形態において、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを発現するベクターは、レトロウイルスベクター（例えば、オンコレトロウイルスベクター）である。

【0156】

非ウイルス的なアプローチもまた、細胞におけるタンパク質の発現のために利用し得る。例えば、核酸分子は、細胞内に、リポフェクション（Ｆｅｉｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８４：７４１３，１９８７；Ｏｎｏら、Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｅｔｔｅｒｓ １７：２５９，１９９０；Ｂｒｉｇｈａｍら、Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｓｃｉ．２９８：２７８，１９８９；Ｓｔａｕｂｉｎｇｅｒら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １０１：５１２，１９８３）、アシアロオロソムコイド－ポリリジンコンジュゲーション（Ｗｕら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６３：１４６２１，１９８８；Ｗｕら、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２６４：１６９８５，１９８９）の存在下で核酸を投与することによって、または外科的条件下のマイクロインジェクション（Ｗｏｌｆｆら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１４６５，１９９０）によって導入することができる。遺伝子導入のための他の非ウイルス的な方法には、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥデキストラン、エレクトロポレーション、およびプロトプラスト融合を使用したｉｎ ｖｉｔｒｏのトランスフェクションが含まれる。リポソームもまた、細胞内へのＤＮＡの送達のために潜在的に有益であり得る。対象の冒された組織内への正常遺伝子の移植は、また、正常核酸を、培養可能な細胞タイプ内に、ｅｘ ｖｉｖｏ（例えば、自家細胞もしくは異種性初代細胞、またはその子孫）で導入し、その後、その細胞（またはその子孫）を、標的組織に注入するか、または全身的に注入することによって達成することもできる。組換えレセプターは、また、トランスポザーゼまたは標的化ヌクレアーゼ（例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、またはＴＡＬＥヌクレアーゼ）を使用することによって誘導する、または取得することもできる。一過性の発現は、ＲＮＡエレクトロポレーションによって行うことができる。

【0157】

ポリヌクレオチド治療方法に使用するためのｃＤＮＡ発現は、任意の適切なプロモーター（例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、またはメタロチオネインプロモーター）から指示され得、任意の適切な哺乳類の調節エレメントまたはイントロン（例えば、伸長因子１αエンハンサー／プロモーター／イントロン構造）によって調節され得る。例えば、所望の場合、特定の細胞タイプにおいて優先的に遺伝子発現を指示することが知られているエンハンサーを、核酸の発現を指示するために使用することができる。使用されるエンハンサーには、限定されないが、組織特異的エンハンサーまたは細胞特異的エンハンサーとして特徴付けられるものが含まれ得る。あるいは、ゲノムクローンが治療用コンストラクトとして使用される場合、調節は、同族の調節配列によって、または、所望の場合、異種供給源由来の調節配列（上述の任意のプロモーターまたは調節エレメントが含まれる）によって媒介され得る。

【0158】

得られた細胞は、改変されていない細胞の場合と同様の条件下で成長させることができ、それによって改変された細胞を増殖させ、種々の目的のために使用することができる。
ＶＩＩ．免疫応答細胞へのゲノム組込み

【0159】

ある特定の実施形態において、本開示のＴＣＲは、免疫応答細胞のゲノムの選択された遺伝子座の中に組み込まれ得る。任意の標的化ゲノム編集方法を、免疫応答細胞のゲノムの選択された遺伝子座にＴＣＲを組み込むために使用し得る。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの発現は、前記遺伝子座の中または近傍の内在性プロモーター／エンハンサーによって駆動される。ある特定の実施形態において、前記ＴＣＲの発現は、前記遺伝子座の中に組み込まれた外来性プロモーターによって駆動される。前記ＴＣＲが組み込まれる遺伝子座は、前記遺伝子座内の前記遺伝子の発現レベル、および前記遺伝子座内の前記遺伝子の遺伝子発現のタイミングに基づいて選択される。前記発現レベルおよびタイミングは、種々の細胞分化のステージおよびマイトジェン／サイトカイン微小環境（これらは、選択を行う場合に考慮される因子に含まれる）において異なり得る。

【0160】

ある特定の実施形態において、ＣＲＩＳＰＲシステムが、免疫応答細胞のゲノムの選択された遺伝子座の中に前記ＴＣＲを組み込むために使用される。クラスター化した規則的な散在性の短い回文配列リピート（ＣＲＩＳＰＲ（ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｒｅｇｕｌａｒｌｙ－ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ ｓｈｏｒｔ ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ））システムは、原核細胞中で発見されたゲノム編集ツールである。ゲノム編集のために利用される場合、このシステムは、Ｃａｓ９（ｃｒＲＮＡをそれのガイドとして利用してＤＮＡを改変することができるタンパク質）、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ、Ｃａｓ９と活性な複合体を形成するｔｒａｃｒＲＮＡ（通常、ヘアピンループ形態）に結合する領域と共に、ホストＤＮＡの正しいセクションにガイドするためにＣａｓ９によって使用されるＲＮＡを含む）、トランス活性化型ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ、ｃｒＲＮＡに結合し、またＣａｓ９と活性な複合体を形成する）、および必要に応じた部分であるＤＮＡ修復テンプレート（特定のＤＮＡ配列の挿入を可能にする、細胞の修復プロセスをガイドするＤＮＡ）を含む。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９は、標的細胞をトランスフェクトするために、プラスミドを利用することが多い。ｃｒＲＮＡは、Ｃａｓ９が細胞中の標的ＤＮＡを識別し直接結合するために使用する配列であるため、適用ごとに設計する必要がある。ＴＣＲ発現カセットを有する修復テンプレートもまた、切断のいずれかのサイドの配列とオーバーラップし、かつ挿入配列をコードしていなければならないため、適用ごとに設計する必要がある。複数のｃｒＲＮＡと前記ｔｒａｃｒＲＮＡをひとまとめにして、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を形成してもよい。このｓｇＲＮＡは、Ｃａｓ９遺伝子と結合し、細胞内にトランスフェクトするためにプラスミドにされ得る。ＣＲＩＳＰＲシステムの使用方法は、例えば、ＷＯ２０１４０９３６６１Ａ２、ＷＯ２０１５１２３３３９Ａ１、およびＷＯ２０１５０８９３５４Ａ１（これらは、参照によりその全体が援用される）に記載されている。

【0161】

ある特定の実施形態において、ジンクフィンガーヌクレアーゼが、免疫応答細胞のゲノムの選択された遺伝子座の中に前記ＴＣＲを組み込むために使用される。ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）は、ジンクフィンガーＤＮＡ結合ドメインをＤＮＡ切断ドメインと組み合わせることによって生成される人工制限酵素である。ジンクフィンガードメインは、特定のＤＮＡ配列を標的化するように設計することができ、それによって、ジンクフィンガーヌクレアーゼが、ゲノム内の所望の配列を標的化することが可能になる。個別のＺＦＮのＤＮＡ結合ドメインは、典型的には、複数の個別のジンクフィンガーリピートを含み、それぞれが複数の塩基対を認識することができる。新たなジンクフィンガードメインを生成するための最も一般的な方法は、特異性が分かっているより小さいジンクフィンガードメインを組み合わせることである。ＺＦＮにおける最も一般的な切断ドメインは、ＩＩｓ型の制限酵素ＦｏｋＩに由来する非特異的な切断ドメインである。内在性相同組換え（ＨＲ（ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ））機構と、ＴＣＲ発現カセットを有する相同ＤＮＡテンプレートを使用して、ＺＦＮは、ＴＣＲ発現カセットをゲノム内に挿入するために使用することができる。標的配列がＺＦＮによって切断される場合、前記ＨＲ機構は、損傷を受けた染色体と前記相同ＤＮＡテンプレートの間の相同性を検索し、次いで、前記染色体の２つの切断端の間に前記テンプレートの配列を複製し、それによって前記相同ＤＮＡテンプレートは、前記ゲノム内に組み込まれる。ＺＦＮシステムを使用する方法は、例えば、ＷＯ２００９１４６１７９Ａ１、ＷＯ２００８０６０５１０Ａ２、およびＣＮ１０２１７４５７６Ａ（これらは、参照によりその全体が援用される）に記載されている。

【0162】

ある特定の実施形態において、前記ＴＡＬＥＮシステムは、前記ＴＣＲを、免疫応答細胞のゲノムの選択された遺伝子座の中に組み込むために使用される。転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）は、ＤＮＡの特定の配列を切断するように設計され得る制限酵素である。ＴＡＬＥＮシステムは、ＺＦＮとほぼ同じ原理によって機能する。それらは、転写活性化因子様エフェクターのＤＮＡ結合ドメインを、ＤＮＡ切断ドメインと組み合わせることによって生成される。転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、特定のヌクレオチドに対する強力な認識性を有する２つの可変部位を有する３３～３４アミノ酸繰り返しモチーフから構成されている。これらのＴＡＬＥのアレイを構築することによって、前記ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメインは、所望のＤＮＡ配列に結合し、それによって前記ヌクレアーゼがゲノム内の特定の場所を切断するようにガイドするように設計することができる。ＴＡＬＥＮシステムを使用する方法は、ＷＯ２０１４１３４４１２Ａ１、ＷＯ２０１３１６３６２８Ａ２、およびＷＯ２０１４０４０３７０Ａ１（これらは、参照によりその全体が援用される）に記載されている。

【0163】

前記ゲノム編集剤を送達するための方法は、必要に応じて異なり得る。ある特定の実施形態において、選択されたゲノム編集方法のコンポーネントは、１つまたはそれを超えるプラスミド中のＤＮＡコンストラクトとして送達される。ある特定の実施形態において、前記コンポーネントは、ウイルスベクターによって送達される。一般的な送達方法としては、それらに限定されないが、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、遺伝子銃、インペルフェクション、静水圧、持続注入、超音波処理、マグネトフェクション、アデノ随伴ウイルス、ウイルスベクターのエンベロープタンパク質シュードタイピング、複製コンピテントベクターシスおよびトランス作用性エレメント、単純ヘルペスウイルス、および化学的ビヒクル（例えば、オリゴヌクレオチド、リポプレックス、ポリマーソーム、ポリプレックス、デンドリマー、無機ナノ粒子、および細胞透過性ペプチド）があげられる。

【0164】

改変は、選択された遺伝子座内のどこの場所にも、または前記組込まれたＴＣＲの遺伝子発現に影響を及ぼし得るどこの場所にも行うことができる。ある特定の実施形態において、前記改変は、前記組込まれたＴＣＲの転写開始点の上流に導入される。ある特定の実施形態において、前記改変は、組込まれたＴＣＲの転写開始部位とタンパク質コード領域の間に導入される）ある特定の実施形態において、前記改変は、前記組込まれたＴＣＲのタンパク質コード領域の下流に導入される。
ＶＩＩＩ．ポリペプチドおよびアナログおよびポリヌクレオチド

【0165】

また、本開示の主題において、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合するＴＣＲ、またはその機能性フラグメント、および免疫応答細胞内で発現された場合にその抗腫瘍活性を増強するような様式で改変された、前記ＴＣＲをコードするポリヌクレオチドがあげられる。本開示の主題は、配列内に変更を生じさせることによって、アミノ酸配列または核酸配列を最適化する方法を提供する。このような変更は、ある特定の変異、欠失、挿入、または翻訳後修飾を含み得る。本開示の主題は、本開示の主題の任意の天然に存在するポリペプチドのアナログをさらに含む。アナログは、本開示の主題の天然に存在するポリペプチドと、アミノ酸配列の相異によって異なり得、翻訳後修飾によって異なり得、またはその両方によって異なり得る。本開示の主題のアナログは、一般に、本開示の主題の天然に存在するアミノ酸配列の全部または一部と、少なくとも約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％またはそれを超える同一性または相同性を示し得る。配列比較の長さは、少なくとも約５、約１０、約１５、約２０、約２５、約５０、約７５、約１００またはそれを超えるアミノ酸残基である。再び、同一性の度合いを決定するための例示的なアプローチにおいて、ＢＬＡＳＴプログラムを使用することができ、ｅ^－３～ｅ^－１００の確率スコアは、配列の関連性が高いことを示す。改変は、ポリペプチドのｉｎ ｖｉｖｏおよびｉｎ ｖｉｔｒｏ化学的誘導体化（例えば、アセチル化、カルボキシル化、リン酸化、またはグリコシル化）を含む；このような改変は、ポリペプチド合成またはプロセシングの間、または単離された修飾酵素による処理の後に行い得る。アナログは、また、本開示の主題の天然に存在するポリペプチドと、一次配列内の変更によって異なり得る。これらには、天然と誘導の両方の、遺伝的バリアントが含まれる（例えば、放射線照射、もしくはエタンメチルサルフェート（ｅｔｈａｎｅｍｅｔｈｙｌｓｕｌｆａｔｅ）への曝露による、またはＳａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ ａｎｄ Ｍａｎｉａｔｉｓ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｄ ｅｄ．），ＣＳＨ Ｐｒｅｓｓ，１９８９、またはＡｕｓｕｂｅｌら（上記））に記載されている部位特異的変異誘発による、ランダム変異誘発によって得られる）。また、Ｌ－アミノ酸以外の残基（例えば、Ｄ－アミノ酸、または天然に存在しないまたは合成のアミノ酸（例えば、ベータ（β）またはガンマ（γ）アミノ酸））を含む環化ペプチド、分子、およびアナログも含まれる。

【0166】

完全長ポリペプチドに加えて、本開示の主題は、また、本開示の主題のポリペプチドまたはペプチドドメインのいずれか１つのフラグメントも提供する。フラグメントは、少なくとも約５、約１０、約１３、または約１５アミノ酸であり得る。いくつかの実施形態において、フラグメントは、少なくとも約２０の連続したアミノ酸、少なくとも約３０の連続したアミノ酸、または少なくとも約５０の連続したアミノ酸である。いくつかの実施形態において、フラグメントは、少なくとも約６０～約８０、約１００、約２００、約３００またはそれを超える連続したアミノ酸である。本開示の主題のフラグメントは、当業者に知られている方法によって作製することができ、または通常のタンパク質プロセシング（例えば、新生ポリペプチドからの生物学的活性に必要ではないアミノ酸の除去、または選択的ｍＲＮＡスプライシングもしくは選択的タンパク質プロセシングイベントによるアミノ酸の除去）の結果であり得る。

【0167】

非タンパク質アナログは、本発明のタンパク質の機能活性を模倣するように設計された化学構造を有する。このようなアナログは、本開示の主題の方法に従って投与される。このようなアナログは、元になったポリペプチドの生理活性を上回り得る。アナログ設計の方法は、当該技術分野においてよく知られており、アナログの合成は、そのような方法に従って、得られたアナログが、免疫応答細胞において発現された場合に、元になったポリペプチドの抗新生物活性を増加させるように、化学構造を改変することによって行われ得る。これらの化学的改変は、それらに限定されないが、代替のＲ基を置換し、参照ポリペプチドの特定の炭素原子における飽和度を変えることを含む。タンパク質アナログは、ｉｎ ｖｉｖｏ分解に対して比較的抵抗性であり得、投与した場合に、より長期間の治療効果をもたらし得る。機能活性を測定するためのアッセイには、それらに限定されないが、以下の実施例に記載されているものが含まれる。

【0168】

本開示の主題に従って、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド（例えば、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に特異的に結合する細胞外ドメインをコードする前記ポリヌクレオチドは、コドン最適化によって改変され得る。コドン最適化は、任意の与えられた発現システムにおける可能な最高レベルの生産性を達成するために、天然に存在するおよび組換え遺伝子配列の両方を変更することができる。タンパク質発現の様々なステージに関与する因子には、コドン適応性、ｍＲＮＡ構造、ならびに転写および翻訳における種々のシスエレメントが含まれる。当業者に知られている任意の適切なコドン最適化方法または技術（それらに限定されないが、ＯｐｔｉｍｕｍＧｅｎｅ（商標）、Ｅｎｃｏｒ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ、およびＢｌｕｅ Ｈｅｒｏｎが含まれる）を、本開示の主題のポリヌクレオチドを改変するために使用することができる。
Ｘ．投与

【0169】

本開示のＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲおよびそれを含む免疫応答細胞は、新生物を処置および／または予防するために、対象に対して、全身的にまたは直接的に提供され得る。ある特定の実施形態において、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲおよびそれを含む免疫応答細胞は、興味対象となる器官（例えば、新生物に冒された器官）の中に直接的に注入される。それに代えて、または加えて、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲおよびそれを含む免疫応答細胞は、目的の器官に、間接的に（例えば、循環系（例えば、腫瘍脈管構造）内への投与によって）提供される。増殖剤および分化剤を、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏにおけるＴ細胞生成を増加させるために、細胞および組成物の投与に先立って、投与の間に、または投与の後に提供してもよい。

【0170】

本開示の主題の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲおよびそれを含む免疫応答細胞は、任意の生理学的に供与され得るビヒクルで、通常血管内に、投与することができるが、また、骨へと、または前記細胞が再生および分化するために適切な部位を見いだし得る他の好都合な部位（例えば、胸腺）の中に導入することもできる。ある特定の実施形態において、少なくとも約１×１０^５個の細胞（最終的には約１×１０^１０に達するか、またはそれを超える）を投与し得る。ある特定の実施形態において、少なくとも約１×１０^６個の細胞を投与し得る。変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞を含む細胞集団は、細胞の精製された集団を含み得る。当業者は、種々のよく知られている方法（例えば、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ））を使用して、細胞集団内の免疫応答細胞の割合を容易に決定することができる。変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド特異的ＴＣＲを含む遺伝的に改変された免疫応答細胞を含む細胞集団における純度の範囲は、約５０％～約５５％、約５５％～約６０％、約６５％～約７０％、約７０％～約７５％、約７５％～約８０％、約８０％～約８５％；約８５％～約９０％、約９０％～約９５％、または約９５～約１００％であり得る。投薬量は、当業者によって、容易に調整され得る（例えば、純度が低下すると、投薬量の増量が必要になり得る）。免疫応答細胞は、注射、カテーテルなどによって投与され得る。所望の場合、それらに限定されないが、インターロイキン、例えばＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ ６、ＩＬ－１１、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、ならびに他のインターロイキン、コロニー刺激因子、例えばＧ－、Ｍ－、およびＧＭ－ＣＳＦ、インターフェロン（例えば、γ－インターフェロン）もまた含められ得る。

【0171】

本開示の主題は、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む本開示の免疫応答細胞を含む組成物をさらに提供する。ある特定の実施形態において、前記組成物は、薬学的に許容され得るキャリアーをさらに含む医薬組成物である。投与は、自家であってもよく、非自家であってもよい。例えば、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞、およびそれを含む組成物は、ある対象から取得し、その同じ対象、または異なる適合性の対象に投与することができる。本開示の主題の末梢血由来のＴ細胞、またはその子孫（例えば、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｔｒｏ由来）は、局所注射（カテーテル投与を含む）、全身性注射、局所注射、静脈注射、または非経口投与によって投与され得る。本開示の主題の医薬組成物（例えば、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞を含む医薬組成物）を投与する場合、注射可能な単位投与形態（液剤、懸濁剤、乳剤）に製剤化され得る。
ＸＩ．製剤化

【0172】

本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む本開示の免疫応答細胞、およびそれを含む組成物は、無菌液体調製物（例えば、等張水性液剤、懸濁剤、乳剤、分散液剤、または粘稠性組成物）（これらは、選択されたｐＨに緩衝化され得る）として便利に提供され得る。液体調製物は、通常、ゲル剤、その他の粘稠性組成物、および固体組成物よりも、調製が容易である。さらに、液体組成物は、（特に、注射による）投与に、ある程度、より使いやすい。これに対して、粘稠性組成物は、特定の組織とのより長い接触期間を提供するために、適切な粘度範囲内に製剤化し得る。液体または粘稠性組成物は、キャリアーを含んでいてもよく、このキャリアーは、例えば、水、食塩水、リン酸緩衝食塩水、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、液体ポリエチレングリコールなど）、およびそれらの適切な混合物を含む、溶媒または分散媒であり得る。

【0173】

無菌注射用溶液は、本開示の主題の組成物（例えば、本開示の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞を含む組成物）を、必要な量の適切な溶媒中に、所望のとおり様々な量の他の成分と共に、混和することによって調製することができる。このような組成物は、滅菌水、生理食塩水、グルコース、デキストロースなどの、適切なキャリアー、希釈剤、または賦形剤と混合されていてもよい。前記組成物は、また、凍結乾燥され得る。前記組成物は、投与経路および所望の製剤に応じて、例えば湿潤剤、分散剤、または乳化剤（例えば、メチルセルロース）、ｐＨ緩衝剤、ゲル化添加剤または増粘添加剤、保存料、着香料、色素などの補助的な物質を含んでいてもよい。適切な製剤を調製するために、過度の実験を行うことなく、標準的なテキスト、例えば「ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥ」，１７ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８５（参照により本明細書に援用される）を参照し得る。

【0174】

組成物の安定性および無菌性を向上させる種々の添加剤（抗菌性保存料、抗酸化剤、キレート剤、およびバッファーを含む）を加えてもよい。種々の抗菌剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸など）によって、微生物の活動の阻害を確実にすることができる。注射可能な医薬形態の吸収期間の延長は、吸収を遅らせる薬剤（例えば、ａｌｕｍ ｉｎｕｒｎモノステアレートおよびゼラチン）を使用することによってもたらされ得る。しかしながら、本開示の主題に従って、使用されるいかなるビヒクル、希釈剤、または添加剤も、本開示の主題の（一般に）変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞と適合性でなければならない。

【0175】

前記組成物は、等張であり得る。すなわち、血液および涙液と同じ浸透圧を有し得る。本開示の主題の組成物の所望の等張性は、塩化ナトリウム、または他の薬学的に許容され得る剤（例えば、デキストロース、ホウ酸、酒石酸ナトリウム、プロピレングリコール、または他の無機溶質または有機溶質）を使用することによって達成され得る。塩化ナトリウムは、ナトリウムイオンを含むバッファーのために特に好ましい。

【0176】

前記組成物の粘度は、所望の場合、薬学的に許容され得る増粘剤を使用して、選択されたレベルに維持され得る。たやすく経済的に利用でき、かつ取扱いが容易であるため、メチルセルロースが使用され得る。他の適切な増粘剤としては、例えば、キサンタンガム、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、カルボマーなどがあげられる。増粘剤の濃度は、選択された剤に依存し得る。重要な点は、選んだ粘度を達成する量を使用することである。言うまでもないが、適切なキャリアーおよび他の添加剤の選択は、厳密な投与経路および特定の剤形（例えば、液体剤形）の性質（例えば、組成物が、液剤、懸濁剤、ゲル剤、または別の液体形態（例えば徐放性形態または液体封入形態など）に製剤化されるかどうか）に依存する。

【0177】

当業者は、組成物の成分は、化学的に不活性であるように選択されるべきであり、本開示の主題に記載されているような免疫応答細胞の生存能および有効性に影響しないことを認識する。このことは、化学および医薬原理の当業者にとって問題にならないし、または問題は、本開示および本明細書で引用されている文献から、標準的なテキストを参照することによって、もしくは単純な実験（過度な実験を含まない）によって回避されうる。

【0178】

本開示の主題の免疫応答細胞の治療用途に関して考慮すべきことの１つは、最適な効果を達成するために必要な細胞の数である。投与される細胞の数は、処置を受けている対象に応じて変わる。ある特定の実施形態において、約１０^４～約１０^１０、約１０^５～約１０^９、または約１０^６～約１０^８の本開示の主題の免疫応答細胞が、対象に投与される。より有効な細胞は、さらに少数で投与され得る。いくつかの実施形態において、少なくとも約１×１０^８、約２×１０^８、約３×１０^８、約４×１０^８、および約５×１０^８の本開示の主題の免疫応答細胞が、ヒト対象に投与される。何を有効量と考えるかについての厳密な決定は、各対象に固有の因子（その対象のサイズ、年齢、性別、体重、およびその特定の対象の状態を含む）に基づき得る。投薬量は、本開示および当該技術分野の知見に基づいて、容易に把握することができる。

【0179】

当業者は、組成物中および本開示の主題の方法において投与される細胞、ならびに必要に応じた添加剤、ビヒクル、および／またはキャリアーの量は、当業者が容易に決定することができる。典型的には、任意の添加剤（活性な細胞（単数または複数）および／または活性剤（単数または複数）に加えて）は、リン酸緩衝食塩水中に約０．００１重量％～約５０重量％）溶液の量で存在し、活性成分は、マイクログラムからミリグラムのオーダー（例えば、約０．０００１重量％～約５重量％、約０．０００１重量％～約１重量％、約０．０００１重量％～約０．０５重量％、約０．００１重量％～約２０重量％、約０．０１重量％～約１０重量％、または約０．０５重量％～約５重量％）で存在する。動物またはヒトに投与される任意の組成物について、および投与の任意の特定の方法について、毒性は、例えば適切な動物モデル（例えば，マウスなどのげっ歯類）における致死量（ＬＤ）およびＬＤ５０；および適切な反応を誘発する、組成物（単数または複数）の投薬量、その中の成分の濃度、および組成物（単数または複数）の投与のタイミングを決定することによって決定すべきである。このような決定は、当業者の知見、本開示、および本明細書で引用されている文献に基づき、過度の実験を必要としない。また、連続的な投与の時間は、過度の実験なしで確かめることができる。
ＸＩＩ．処置方法

【0180】

本明細書において、対象において新生物を処置する方法が提供される。本方法は、本開示の免疫応答細胞を、所望の効果（それが既存の状態の軽減であっても、再発の防止であっても）を達成するために十分な量で投与することを含む。処置のために、投与される量は、所望の効果を生じさせるために有効な量である。有効量は、１回または一連の投与で提供され得る。有効量は、ボーラスで、または連続的な灌流によって提供することができる。

【0181】

抗原特異的Ｔ細胞を使用した養子免疫療法のために、典型的には、約１０^６～約１０^１０（例えば、約１０^９または約１０^６）の細胞用量が注入される。対象への免疫応答細胞の投与およびそれに続く分化の際、１つの特定の抗原（例えば、変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド）に向けられた免疫応答細胞が誘導される。Ｔ細胞の「誘導」には、抗原特異的Ｔ細胞の（例えば、欠失またはアネルギーによる）不活性化が含まれ得る。不活性化は、自己免疫障害などの、寛容の確立または再確立のために特に有用である。本開示の主題の免疫応答細胞は、当技術分野において知られている任意の方法（それらに限定されないが、胸膜投与、静脈内投与、皮下投与、結節内投与、腫瘍内投与、髄腔内投与、胸膜内投与、腹腔内投与、および胸腺に対する直接投与が含まれる）によって投与され得る。ある特定の実施形態において、前記免疫応答細胞およびそれを含む組成物は、必要とする対象に、静脈内投与される。

【0182】

本開示の主題は、変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞（例えば、Ｔ細胞）を使用する種々の方法を提供する。例えば、本開示の主題は、対象における腫瘍負荷を減少させる方法を提供する。ある特定の実施形態において、腫瘍負荷を減少させる方法は、有効量の本開示の免疫応答細胞を、対象に投与することを含む。本開示の免疫応答細胞は、腫瘍の数を減少させることができ、腫瘍サイズを減少させることができ、および／または対象における腫瘍を根絶することができる。

【0183】

本開示の主題は、また、新生物を有する対象の生存期間を増加または延長する方法も提供する。ある特定の実施形態において、新生物を有する対象の生存期間を増加または延長する前記方法は、有効量の本開示の免疫応答細胞を、対象に投与することを含む。

【0184】

本開示の主題の免疫応答細胞を使用して成長が阻害されるがんは、免疫療法に対して典型的に反応するがんを含む。処置のためのがんの非限定的な例は、ＰＩＫ３ＣＡ変異がん（それらに限定されないが、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんを含む）を含む。ある特定の実施形態において、前記がんは、乳がんである。

【0185】

さらに、本開示の主題は、対象におけるがん細胞に応答する免疫活性化サイトカイン産生を増加させる方法を提供する。ある特定の実施形態において、前記方法は、本開示の免疫応答細胞を、対象に投与することを含む。前記免疫活性化サイトカインは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、ＩＦＮ－α、ＩＦＮ－β、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ－α、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－６、ＩＬ－１１、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２１、ＩＬ－１８、インターフェロン調節因子７（ＩＲＦ７）、およびその組み合わせであり得る。ある特定の実施形態において、本開示の主題の変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチド特異的ＴＣＲを含む免疫応答細胞は、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＦＮ－γ、および／またはＴＮＦ－αの産生を増加させる。

【0186】

療法に適したヒト対象は、典型的には、臨床基準によって識別され得る２つの処置グループを含む。「進行性疾患」または「抗腫瘍負荷」を有する対象は、臨床的に測定可能な腫瘍（例えば、乳がん）を有する対象である。臨床的に測定可能な腫瘍は、腫瘍量に基づいて（例えば、触診、ＣＴスキャン、ソノグラム、マンモグラム、またはＸ線によって；腫瘍自体の生化学的または組織病理学的なポジティブマーカーは、この集団を同定するためには不十分である）検出可能な腫瘍である。本開示の主題において具体化される医薬組成物は、これらの対象に対して、その状態を緩和する目的で、抗腫瘍反応を誘発するために投与される。理想的には、その結果として腫瘍量の減少が起こるが、任意の臨床的改善が利益になる。臨床的改善は、腫瘍（例えば、乳がん）の増悪のリスクもしくは速度の低下、または病理学的帰結の軽減を含む。

【0187】

適切な対象の第２のグループは、当該技術分野において、「アジュバントグループ」として知られている。これらは、新生物（例えば、乳がん）の病歴を有するが、別の治療方法に応答性であった個体である。前の治療には、それらに限定されないが、外科的切除、放射線療法、および従来の化学療法が含まれ得る。その結果、これらの個体は、臨床的に測定可能な腫瘍を有していない。しかしながら、元の腫瘍部位の近傍に、または転移による、当該疾患の増悪のリスクがあると疑われる。このグループは、高リスクグループと低リスクグループにさらに細分化され得る。この細分化は、最初の処置の前、または後に観察される特徴に基づいて行われる。これらの特徴は、臨床分野で知られており、種々の新生物のそれぞれについて適切に定義される。ハイリスクサブグループに特有の特徴は、腫瘍（例えば、乳がん）が隣接する組織に浸潤しているか、リンパ節への侵襲がみられることである。別のグループは、新生物（例えば、乳がん）の遺伝的素因を有するが、まだ新生物（例えば、乳がん）の臨床徴候が表れていない。例えば、乳がんに関与する遺伝的変異について検査でポジティブとされたが、まだ出産可能な年齢である女性は、予防的手術を行うことが適切になるまで、新生物の発生を防止するための予防的処置において、本明細書に記載されている１つまたはそれを超えるＴＣＲの投与を希望することがあり得る。

【0188】

対象は、進行した状態の疾患（例えば、乳がん）を有する場合があり、その場合、処置の目的は、疾患進行の緩和もしくは逆転、および／または副作用の改善を含み得る。前記対象は、そのような状態の病歴を有し、その状態について既に処置を受けていてもよく、その場合、治療の目的は、典型的には、再発リスクの低減または遅延を含む。
ＸＩＩＩ．キット

【0189】

本開示の主題は、新生物（例えば、乳がん）の処置および／または予防のためのキットを提供する。ある特定の実施形態において、キットは、有効量の変異型ＰＩＫ３ＣＡ標的化ＴＣＲを含む免疫応答細胞を含む治療または予防組成物を、単位剤形の形態で含む。特定の実施形態において、細胞は、少なくとも１つの共刺激リガンドをさらに発現する。

【0190】

所望の場合、前記免疫応答細胞は、新生物（例えば、乳がん）を有するか、または発症するリスクがある対象に、前記細胞を投与するための指示と共に提供され得る。前記指示は、一般に、新生物（例えば、乳がん）の処置または予防のための組成物の使用についての情報を含む。他の実施形態において、前記指示は、以下のうちの少なくとも１つを含む：新生物（例えば、乳がん）またはその症状の処置または予防のための投薬スケジュールおよび投与；使用上の注意；警告；適応症；禁忌症；過剰投与情報；有害反応；動物薬理学；臨床試験；および／または参考文献。前記指示は、容器（もしあれば）に直接、または容器に付けられたラベルとして印刷されていてもよく；または容器内または容器と共に提供される独立したシート、パンフレット、カード、またはフォルダーであってもよい。

【実施例】

【0191】

本発明の実施には、別段の指定がない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の通常の技術（これらは、十分に、当業者の認識範囲内である）を利用する。このような技術は、「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」（Ｇａｉｔ，１９８４）；「Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ」（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（Ｗｅｉｒ，１９９６）；「Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ」（ＭｉｌｌｅｒおよびＣａｌｏｓ、１９８７）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ」（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；「ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ」，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）などの文献中に十分に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドの作製に利用可能であり、また、そうであるから、本発明の完成および実施において考慮され得る。特定の実施形態のために特に有用な技術は、以下のセクションで論じる。

【0192】

以下の実施例は、当業者に対して、本発明の組成物の作製および使用方法、ならびにアッセイ、スクリーニング、および治療方法の完全な開示および説明を提供するために記載されており、本発明者らが発明と考えているものの範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１

【0193】

ＰＩＫ３ＣＡの天然にプロセシングおよび提示されたエピトープを同定するために、本発明者らは、ヒトＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を、野生型（ＷＴ）または変異型ＰＩＫ３ＣＡのいずれかと、ＣＯＳ－７サル細胞系に共エレクトロポレーションすることによって、一過性のトランスフェクタントを作製した。図１を参照のこと。細胞表面ペプチド－ＭＨＣ複合体は、次いで、抗クラスＩ抗体によって結合させ、細胞表面から剥離し、かつ溶離されたペプチドを、精製し、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳによって配列決定した。

【0194】

図２（上段のパネル）に示すように、スカイライン解析によって、変異ＰＩＫ３ＣＡとＨＬＡ－Ａ＊０３：０１の組み合わせによってエレクトロポレーションされたトランスフェクタント群における富化されたシグナルが示される。ＷＴ＋ＰＩＫ３ＣＡと変異ＰＩＫ３ＣＡ＋ＨＬＡ－Ａ＊６９：０１のいずれにおいても、シグナルは検出されなかった。図２（下段のパネル）に示すように、変異ＰＩＫ３ＣＡ＋ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１群において検出された富化されたシグナルのペプチド断片化スペクトルによって、富化されたペプチドの配列は、配列「ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ」（配列番号１１）を有する９アミノ酸ペプチドであることが示された。前記ペプチドにおけるアミノ酸は、Ｐ２位において、ヒスチジンからロイシンに置換されている。

【0195】

ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１にロードされた最小エピトープの配列情報に基づいて、野生型および変異型ペプチドのＨＬＡ－Ａ＊０３：０１に対する生物物理学的相互作用の安定性を決定するために、示差走査蛍光測定アッセイを実施した。結果を図３に示す。図３に示すように、変異ペプチドの結合は、野生型ペプチドと比較して、熱的に有意に、より安定であった。さらに、野生型および変異ペプチドの両方について、図４に示すように、ペプチド－ＭＨＣ複合体の結晶構造を作製した。ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける健常ドナーＰＢＭＣの変異ＰＩＫ３ＣＡによる感作によって、変異特異的ＣＤ８^＋Ｔ細胞クローン（２１ＬＴ２－２）が同定および単離された。そのＴＣＲ配列は、１０ｘゲノミクス配列決定によって得られ、その配列を、レトロウイルスベクター中にクローニングし、同種異系（ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ）ドナーＰＢＭＣに形質導入した。

【0196】

単離されたＴＣＲの反応性および制限エレメントを試験するために、ＣＯＳ－７細胞を、個別のクラスＩ ＨＬＡ分子と、野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡのいずれかでエレクトロポレーションし、２１ＬＴ２－２ ＴＣＲで形質導入されたドナーＴ細胞と共培養した。図５を参照のこと。２１ＬＴ２－２ ＴＣＲ反応性は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１に関して、炎症性サイトカイン（ＴＮＦ－α）のアップレギュレーションからわかるように、変異型Ｈ１０４７Ｌ ＰＩＫ３ＣＡの組み合わせに特異的であることが示された。

【0197】

次に、もともとはＣＤ８^＋Ｔ細胞から単離された２１ＬＴ２－２ ＴＣＲが、ＣＤ４^＋Ｔ細胞内でも機能的であるかを判定するための試験を、ＣＤ８^＋コレセプター存在下で行った。ＴＣＲ^＋ＣＤ８およびＣＤ４サブセットを分離し、ｉ）プロセシングおよび提示された抗原、またはｉｉ）受動的にパルスされた最小ペプチドの２種類の標的と共に共培養した。単離されたＴＣＲは、ＣＤ１０７ａとＴＮＦ－αの変異特異的アップレギュレーションからわかるように、ＣＤ８^＋（図６を参照のこと）およびＣＤ４^＋（図７を参照のこと）Ｔ細胞サブセットの両方において機能することから、ＣＤ８コレセプター非依存性であることが示された。コレセプター依存性がないことは、一般に、高親和性ＴＣＲ相互作用に関連する。さらに、２１ＬＴ２－２ ＴＣＲは、プロセシングおよび提示された抗原、ならびに受動的にパルスされた最小エピトープの両方を認識できることが示された。

【0198】

次に、ｐＭＨＣ－ＴＣＲ相互作用および認識に重要であった最小エピトープ内に含まれるアミノ酸残基を決定するための試験を行った（図８を参照のこと）。アラニンペプチド置換を、９アミノ酸配列にわたって各位置に生じさせ、無置換の変異型配列と比較した場合の認識の喪失を調査した。データは、Ｐ４のグリシンを除き、全ての位置がｐＭＨＣ－ＴＣＲ相互作用および認識に重要であることを示す。ここで観察されたように、重要な残基が大半を占めていることによって、２１ＬＴ２－２ ＴＣＲに結合し、トリガーすることができる交差反応性ペプチドの数が潜在的に制限されている。図９に示すように、配列をマッチングするためのヒトプロテオームをスキャンするＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅツールを使用した検索によって、いかなるヒットも得られなかった。
実施例２

【0199】

本発明者らは、臨床開発のための最適な候補を同定するための、特有の免疫学的属性を有するＨＬＡ－Ａ＊０３：０１変異型ＰＩＫ３ＣＡ特異的ＴＣＲのライブラリーを確立することを目指していた。２１ＬＴ２－２による知見に基づいて、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と複合体を形成した変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドの注文のデキストラマー試薬（フルオロフォアにコンジュゲートしたペプチド－ＭＨＣ複合体の高次構造）を作製した。図１０は、同定された変異型ＰＩＫ３ＣＡ特異的ＴＣＲでレトロウイルスの方法で形質導入され、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋Ｔ細胞でゲートされたドナーＴ細胞のデキストラマー染色プロファイルを示す。３つのＴＣＲ ２１ＬＴ２－２、０６０６Ｔ１－２、１０２２Ｔ８は、３人のユニークな健常ドナー由来であった。これらは、全てデキストラマーでポジティブに染色された。１０２２Ｔ８の染色プロファイルは、２１ＬＴ２－２および０６０６Ｔ１－２と異なっており、より低親和性のＴＣＲであることを示していた可能性がある。

【0200】

ＰＩＫ３ＣＡネオ抗原特異的ＴＣＲ ２１ＬＴ２－２、０６０６Ｔ１－２、１０２２Ｔ８は、健常ドナーＴ細胞のゲノム内にレトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、野生型または変異ＰＩＫ３ＣＡ ＲＮＡのいずれかを有するＨＬＡ－Ａ＊０３：０１をコードするＲＮＡをエレクトロポレーションされた人工抗原提示細胞（ａＡＰＣ）と共に共培養する。変異特異的反応性の存在を、炎症性サイトカイン（ＴＮＦ－α）の産生によって評価した。結果を図１１および１２に示す。図１１に示す細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋細胞でゲートし、図１２に示す細胞は、ＣＤ４^＋ＴＣＲ^＋細胞でゲートした。図１１に示すように、２１ＬＴ２－２に加えて、０６０６Ｔ１－２と１０２２Ｔ８の両方が、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１によって提示される、内因的にプロセシングおよび提示された変異抗原を認識できる。図１２に示すように、２１ＬＴ２－２と同様に、０６０６Ｔ１－２は、コレセプター非依存性であり、ＣＤ４^＋Ｔ細胞において機能することができた；１０２２－Ｔ８は、コレセプター依存性ＴＣＲであった（このことは、２１ＬＴ２－２および０６０６Ｔ１－２と比較して、より低いアフィニティーを有していた可能性があることを示唆している）。

【0201】

さらに、ＣＤ１０７ａ（細胞溶解能と関連するプロトタイプマーカー）の発現を測定した。図１３に示すように、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と変異ＰＩＫ３ＣＡの共発現に応答して、ＴＣＲ形質導入細胞は、ＣＤ１０７ａの発現をアップレギュレートした。

【0202】

変異ＰＩＫ３ＣＡ特異的ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内にレトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１を発現する標的細胞と共にインキュベートし、アラニン置換ペプチド（１０μｇ／ｍＬ）でパルスした。野生型およびネイティブ変異型ＰＩＫ３ＣＡ ９－ｍｅｒペプチドを個別のＴＣＲそれぞれについての反応性の範囲を確立するために、対照として使用した。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋でゲートした。アラニン置換ペプチドでパルスした場合に、非改変９アミノ酸変異配列（表；Ｐ２における変異）と比較して、認識が＞５０％低下していることは、ＴＣＲの認識のために、その位置のネイティブアミノ酸が重要であることを示している。結果を図１４Ａ～１４Ｃに示す。図１４Ａ～１４Ｃに示すように、２１ＬＴ２－２について、位置４のグリシン残基を除いて、この９アミノ酸配列中の全てのアミノ酸が、ｐＭＨＣ－ＴＣＲ相互作用に重要であると考えられた。さらに、図１４Ａ～１４Ｃに示すように、０６０６Ｔ１－２について、Ｐ２置換、Ｐ３置換、およびＰ４置換は、ＴＣＲの機能に対して許容されると考えられた。さらに、図１４Ａ～１４Ｃに示すように、１０２２Ｔ８について、あらゆる位置におけるアラニン置換が、機能の＞５０％の低下をもたらすことから、全ての位置が、ＴＣＲの機能に重要であると考えられた。

【0203】

本発明者らは、ＴＣＲの反応性の低下に基づいて位置モチーフを得て、ＴＣＲ認識および交差反応性のために重要な残基を確定した。図１４Ａ～１４Ｃからのデータを、グラフ形式で図１５に示す。点線は、最大の反応性の５０％を示す。これに基づき、潜在的な交差反応性を決定するためのモチーフが、右側に示されている。「ｘ」は、ＴＣＲ認識のために重要ではない残基を示す。位置１は、この位置のネイティブアミノ酸がアラニンであり、したがってこの試験に適用できないため、デフォルトとして「ｘ」が割り当てられている。

【0204】

最小ペプチド配列における重要な残基を決定した後、本発明者らは、ＳｃａｎＰｒｏｓｉｔｅツールを使用して、ヒトプロテオームにおける、２１Ｔ２－２についてはモチーフｘ－Ｌ－Ｈ－ｘ－Ｇ－Ｗ－Ｔ－Ｔ－Ｋ［配列番号４８］、０６０６Ｔ１－２についてはモチーフｘ－ｘ－ｘ－ｘ－Ｇ－Ｗ－Ｔ－Ｔ－Ｋ［配列番号４９］、および１０２２Ｔ８についてはモチーフｘ－Ｌ－Ｈ－Ｇ－Ｇ－Ｗ－Ｔ－Ｔ－Ｋ［配列番号５０］を含むタンパク質について、全てのＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ（１０－Ａｐｒ－１９のリリース２０１９＿０３：５５９，６３４エントリー）データベース配列を検索した。図１６Ａを参照のこと。２１ＬＴ２－２および１０２２Ｔ８について、ヒトプロテオームにおける潜在的交差反応配列にマッチするヒットは検出されなかった。０６０６Ｔ１－２について、膜貫通タンパク質８７Ｂ（ｉｖｆｍＧＷＴＴＫ［配列番号４７］）に由来する１つのヒットが得られた。図１６Ｂを参照のこと。本発明者らは、このペプチドを合成し、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１＋標的細胞にパルスした。ネイティブ変異型９－ｍｅｒペプチド（ＡＬＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号１１］）を対照として使用した。０６０６Ｔ１－２ ＴＣＲによって、交差反応ペプチドは認識されなかった。

【0205】

さらに、本発明者らは、ＰＩＫ３ＣＡ変異型特異的ＴＣＲが、別の長さの変異ペプチドを認識できるかどうかを研究した。変異ＰＩＫ３ＣＡ特異的ＴＣＲは、健常ドナーＴ細胞のゲノム内にレトロウイルスの方法で組み込まれた。形質導入後４～６日目において、Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１^＋抗原提示細胞と共にインキュベートし、８－ｍｅｒおよび１０－ｍｅｒ変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドプール（１μｇ／ｍＬ）でパルスした。野生型および配列番号１１に記載のアミノ酸配列からなる９－ｍｅｒペプチドを対照として使用した。細胞は、ＣＤ８^＋ＴＣＲ^＋発現でゲートした。ＴＮＦα産生における変異型ペプチド特異的なアップレギュレーションは、代わりのペプチド長が認識されることを示す。８－ｍｅｒ変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、ＬＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号５１］に記載のアミノ酸配列からなる。１０－ｍｅｒ変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドは、ＤＡＬＨＧＧＷＴＴＫ［配列番号５２］に記載のアミノ酸配列からなる。結果を図１７に示す。図１７に示すように、３種のＴＣＲは、全て８－ｍｅｒおよび１０－ｍｅｒ変異ＰＩＫ３ＣＡペプチドの両方を認識することができる。

【0206】

上記の説明から、本明細書に記載されている発明に対して、種々の用途および条件に適合させるために、変形や変更を行い得ることが明らかである。このような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲の範囲内である。

【0207】

全ての特許、刊行物、および受託番号または参照番号によって引用されている配列は、個別の特許および刊行物、ならびに配列が、それぞれ具体的かつ個別に参照により援用されるべきものと示されている場合と同程度に、参照により本明細書に援用される。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される：
（項目１）
ＰＩＫ３ＣＡペプチドを特異的に標的にするＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）であって、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、Ｈ１０４７Ｌの変異を含む、Ｔ細胞レセプター（ＴＣＲ）。
（項目２）
前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、８－ｍｅｒ、９－ｍｅｒ、または１０－ｍｅｒである、項目１に記載のＴＣＲ。
（項目３）
前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、９－ｍｅｒである、項目１または２に記載のＴＣＲ。
（項目４）
前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号５１、または配列番号５２に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる、項目１～３のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目５）
前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、配列番号１１に記載のアミノ酸配列を含む、またはそれからなる、項目１～４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドが、ＨＬＡクラスＩ複合体に関連する、項目１～４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目６）
前記ＨＬＡクラスＩ複合体が、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、およびＨＬＡ－Ｃから選択される、項目５に記載のＴＣＲ。
（項目７）
前記ＨＬＡクラスＩ複合体が、ＨＬＡ－Ａである、項目５または６に記載のＴＣＲ。
（項目８）
前記ＨＬＡ－Ａが、ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーである、項目６または７に記載のＴＣＲ。
（項目９）
前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーが、ＨＬＡ－Ａ＊０３、ＨＬＡ－Ａ＊１１、ＨＬＡ－Ａ＊３１、ＨＬＡ－Ａ＊３３、ＨＬＡ－Ａ＊６６、ＨＬＡ－Ａ＊６８、およびＨＬＡ－Ａ＊７４からなる群から選択される、項目８に記載のＴＣＲ。
（項目１０）
前記ＨＬＡ－Ａ＊０３スーパーファミリーが、ＨＬＡ－Ａ＊０３である、項目８または９に記載のＴＣＲ。
（項目１１）
細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含み、前記細胞外ドメインが、前記ＰＩＫ３ＣＡペプチドに結合する、項目１～１０のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１２）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号３に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；
ｂ）配列番号２７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号３０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；または
ｃ）配列番号３７に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３、および配列番号４０に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３
を含む、項目１～１１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１３）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号２に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；
ｂ）配列番号２６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号２９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；または
ｃ）配列番号３６に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２、および配列番号３９に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２
を含む、項目１２に記載のＴＣＲ。
（項目１４）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号４に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；
ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号２８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；または
ｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１、および配列番号３８に記載のアミノ酸配列またはその保存的改変を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１
を含む、項目１２または１３に記載のＴＣＲ。
（項目１５）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；
ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；または
ｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３
を含む、項目１～１４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１６）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；
ｂ）配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；または
ｃ）配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３
を含む、項目１～１５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１７）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；
ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；または
ｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３
を含む、項目１～１６のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１８）
前記細胞外ドメインが、配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３を含む、項目１～１７のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目１９）
前記細胞外ドメインが、配列番号７、配列番号３１、または配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む、項目１～１８のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目２０）
前記細胞外ドメインが、配列番号７、配列番号３１、または配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む、項目１９のＴＣＲ。
（項目２１）
前記細胞外ドメインが、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域を含む、項目２０に記載のＴＣＲ。
（項目２２）
前記細胞外ドメインが、配列番号８、配列番号３２、または配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一なアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む、項目１～２１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目２３）
前記細胞外ドメインが、配列番号８、配列番号３２、または配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む、項目２２に記載のＴＣＲ。
（項目２４）
前記細胞外ドメインが、配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む、項目２３に記載のＴＣＲ。
（項目２５）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号７に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；
ｂ）配列番号３１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号３２に記載のアミノ酸配列に対し
て少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；または
ｃ）配列番号４１に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号４２に記載のアミノ酸配列に対して少なくとも約８０％相同または同一であるアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域
を含む、項目１～２４のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目２６）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；
ｂ）配列番号３１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号３２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域；
ｃ）配列番号４１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号４２に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域
を含む、項目１～２５のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目２７）
前記細胞外ドメインが、配列番号７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域、および配列番号８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域を含む、項目２６に記載のＴＣＲ。
（項目２８）
前記細胞外ドメインが、
ａ）配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖、および配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖；
ｂ）配列番号３３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖、および配列番号３４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖；または
ｃ）配列番号４３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖、および配列番号４４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖
を含む、項目１～２７のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目２９）
前記細胞外ドメインが、配列番号９に記載のアミノ酸配列を含むα鎖、および配列番号１０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖を含む、項目２８に記載のＴＣＲ。
（項目３０）
前記細胞外ドメインが、参照ＴＣＲまたはその機能性フラグメントとしてヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡポリペプチド上の同じエピトープに結合し、ここで、前記参照ＴＣＲまたはその機能性フラグメントが、
ａ）配列番号１に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号４に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号５に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号６に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；
ｂ）配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号２９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３；または
ｃ）配列番号３５に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３６に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ２；配列番号３７に記載のアミノ酸配列を含むα鎖可変領域ＣＤＲ３；配列番号３８に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ１；配列番号３９に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ２；および配列番号４０に記載のアミノ酸配列を含むβ鎖可変領域ＣＤＲ３
を含む、項目１～２９のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目３１）
前記ＴＣＲが、組換えで発現される、および／またはベクターから発現される、項目１～３０のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目３２）
前記ＴＣＲが、野生型ＰＩＫ３ＣＡペプチドを標的にしない、項目１～３１のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目３３）
前記ＴＣＲが、改変α鎖定常領域および／または改変β鎖定常領域を含む、項目１～３２のいずれか一項に記載のＴＣＲ。
（項目３４）
前記改変α鎖定常領域が、配列番号２０または配列番号２１に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、項目３３に記載のＴＣＲ。
（項目３５）
前記改変α鎖定常領域が、配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む、項目３４に記載のＴＣＲ。
（項目３６）
前記改変β鎖定常領域が、配列番号２２、配列番号２３、または配列番号４５に記載のアミノ酸配列に対して約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、または約９９％相同または同一であるアミノ酸配列を含む、項目３５に記載のＴＣＲ。
（項目３７）
前記改変β鎖定常領域が、配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む、項目３６に記載のＴＣＲ。
（項目３８）
項目１～３７のいずれか一項に記載のＴＣＲを含む、免疫応答細胞。
（項目３９）
前記免疫応答細胞が、前記ＴＣＲで形質導入される、項目３８に記載の免疫応答細胞。
（項目４０）
前記ＴＣＲが、前記免疫応答細胞の表面上に構成的に発現される、項目３８または３９に記載の免疫応答細胞。
（項目４１）
前記免疫応答細胞が、Ｔ細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、ヒト胚性幹細胞、リンパ系前駆細胞、Ｔ細胞前駆体細胞、およびそこからリンパ系細胞が分化し得る多能性幹細胞からなる群から選択される、項目３８～４０のいずれか一項に記載の免疫応答細胞。
（項目４２）
前記免疫応答細胞が、Ｔ細胞である、項目４１に記載の免疫応答細胞。
（項目４３）
前記Ｔ細胞が、細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）、制御性Ｔ細胞、およびセントラルメモリーＴ細胞からなる群から選択される、項目４２に記載の免疫応答細胞。
（項目４４）
項目３８～４３のいずれか一項に記載の免疫応答細胞を含む、組成物。
（項目４５）
薬学的に許容され得るキャリアーをさらに含む医薬組成物である、項目４４に記載の組成物。
（項目４６）
項目１～３７のいずれか一項に記載のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）をコードする、核酸分子。
（項目４７）
項目４６に記載の核酸分子を含む、ベクター。
（項目４８）
前記ベクターが、γレトロウイルスベクターである、項目４７に記載のベクター。
（項目４９）
項目４６に記載の核酸分子を含む、宿主細胞。
（項目５０）
前記宿主細胞が、Ｔ細胞である、項目４９に記載の宿主細胞。
（項目５１）
免疫応答細胞内に、項目１～３７のいずれか一項に記載のＴＣＲをコードする核酸分子もしくは項目４６に記載の核酸分子、または項目４７または４８に記載のベクターを導入することを含む、ヒト変異型ＰＩＫ３ＣＡペプチドに結合する免疫応答細胞を作製するための方法。
（項目５２）
有効量の項目３８～４３のいずれか一項に記載の免疫応答細胞または項目４４もしくは４５に記載の組成物を対象に投与することを含む、前記対象における、ＰＩＫ３ＣＡ変異を含む新生物を処置および／または予防する方法。
（項目５３）
前記ＰＩＫ３ＣＡ変異が、Ｈ１０４７Ｌを含む、またはそれからなる、項目５２に記載の方法。
（項目５４）
前記新生物が、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんからなる群から選択される、項目５２または５３に記載の方法。
（項目５５）
前記新生物が、乳がんである、項目５４に記載の方法。
（項目５６）
前記方法が、前記対象における腫瘍負荷を減少または根絶させる、項目５２～５５のいずれか一項に記載の方法。
（項目５７）
前記対象が、ヒトである、項目５２～５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目５８）
対象における、ＰＩＫ３ＣＡ変異を含む新生物の処置および／または予防に使用するための、項目３８～４３のいずれか一項に記載の免疫応答細胞または項目３７または３８に記載の組成物。
（項目５９）
前記ＰＩＫ３ＣＡ変異が、Ｈ１０４７Ｌを含む、またはそれからなる、項目５８に記載の使用のための細胞または組成物。
（項目６０）
前記新生物が、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんからなる群から選択される、項目５８または５９に記載の使用のための細胞または組成物。
（項目６１）
前記新生物が、乳がんである、項目６０に記載の使用のための細胞または組成物。
（項目６２）
前記対象が、ヒトである、項目５８～６１のいずれか一項に記載の使用のための細胞または組成物。
（項目６３）
項目３８～４３のいずれか一項に記載の免疫応答細胞、項目４６に記載の核酸分子、または項目４７または４８に記載のベクターを含む、ＰＩＫ３ＣＡ変異を含む新生物を
処置および／または予防するためのキット。
（項目６４）
前記新生物を有する対象を処置するための前記免疫応答細胞、核酸分子、またはベクターを使用するための書面による指示をさらに含む、項目６３に記載のキット。
（項目６５）
前記新生物が、乳がん、乳がん、子宮内膜がん、子宮頸がん、肛門がん、膀胱がん、結腸直腸がん、頭頸部扁平上皮癌、非黒色腫皮膚がん、および唾液腺がんからなる群から選択される、項目６４に記載のキット。
（項目６６）
前記新生物が、乳がんである、項目６５に記載のキット。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8-1】

【図8-2】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14-1】

【図14-2】

【図14-3】

【図15】

【図16-1】

【図16-2】

【図17】

【配列表】

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