特表 2022-513579 プログラニュリン関連障害を処置及びモニタリングするための方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2022-02-09

(54)【発明の名称】プログラニュリン関連障害を処置及びモニタリングするための方法

(51)【国際特許分類】

   G01N 27/62 20210101AFI20220202BHJP

   G01N 33/92 20060101ALI20220202BHJP

   A61K 49/00 20060101ALI20220202BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20220202BHJP

   A61P 27/02 20060101ALI20220202BHJP

   A61P 25/28 20060101ALI20220202BHJP

   A61P 25/16 20060101ALI20220202BHJP

   A61P 9/10 20060101ALI20220202BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20220202BHJP

   C12Q 1/06 20060101ALI20220202BHJP

   C07K 14/47 20060101ALN20220202BHJP

【ＦＩ】

G01N27/62 V

G01N27/62 C

G01N27/62 X

G01N33/92 Z

A61K49/00

A61K45/00

A61P27/02

A61P25/28

A61P25/16

A61P9/10 101

A61P1/16

C12Q1/06

C07K14/47 ZNA

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2021521044

(86)(22)【出願日】2019-10-15

(85)【翻訳文提出日】2021-05-17

(86)【国際出願番号】 US2019056351

(87)【国際公開番号】W WO2020081575

(87)【国際公開日】2020-04-23

(31)【優先権主張番号】62/746,293

(32)【優先日】2018-10-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】62/884,492

(32)【優先日】2019-08-08

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】518086619

【氏名又は名称】デナリ セラピューティクス インコーポレイテッド

【氏名又は名称原語表記】Ｄｅｎａｌｉ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ Ｉｎｃ．

(74)【代理人】

【識別番号】100102978

【弁理士】

【氏名又は名称】清水 初志

(74)【代理人】

【識別番号】100102118

【弁理士】

【氏名又は名称】春名 雅夫

(74)【代理人】

【識別番号】100160923

【弁理士】

【氏名又は名称】山口 裕孝

(74)【代理人】

【識別番号】100119507

【弁理士】

【氏名又は名称】刑部 俊

(74)【代理人】

【識別番号】100142929

【弁理士】

【氏名又は名称】井上 隆一

(74)【代理人】

【識別番号】100148699

【弁理士】

【氏名又は名称】佐藤 利光

(74)【代理人】

【識別番号】100128048

【弁理士】

【氏名又は名称】新見 浩一

(74)【代理人】

【識別番号】100129506

【弁理士】

【氏名又は名称】小林 智彦

(74)【代理人】

【識別番号】100205707

【弁理士】

【氏名又は名称】小寺 秀紀

(74)【代理人】

【識別番号】100114340

【弁理士】

【氏名又は名称】大関 雅人

(74)【代理人】

【識別番号】100121072

【弁理士】

【氏名又は名称】川本 和弥

(72)【発明者】

【氏名】アスタリータ ジュゼッペ

(72)【発明者】

【氏名】デヴォス サラ エル．

(72)【発明者】

【氏名】ディ パオロ ギルバート

(72)【発明者】

【氏名】ローガン トッド ピー．

(72)【発明者】

【氏名】ワン ジュンファ

【テーマコード（参考）】

2G041

2G045

4B063

4C084

4C085

4H045

【Ｆターム（参考）】

2G041CA01

2G041EA04

2G041EA06

2G041FA10

2G041FA12

2G041GA09

2G045AA25

2G045CA25

2G045CA26

2G045CB01

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2G045CB07

2G045CB30

2G045DA61

2G045FA36

2G045FB03

2G045FB06

4B063QA01

4B063QA18

4B063QQ02

4B063QQ08

4B063QQ70

4B063QQ72

4B063QR45

4B063QR46

4B063QR72

4B063QR77

4B063QS36

4B063QX01

4C084AA16

4C084NA20

4C084ZA02

4C084ZA15

4C084ZA16

4C084ZA33

4C084ZA45

4C085HH20

4C085KA36

4C085KB59

4C085LL13

4H045AA10

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA13

4H045BA15

4H045BA41

4H045CA40

4H045EA50

(57)【要約】

本開示は、ＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物をスクリーニングするための方法及び材料、またはＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物もしくは投与レジメンに対する対象の応答をモニタリングするための方法及び材料を提供する。ＰＧＲＮ関連障害を有する対象を特定及び処置するための方法及び材料もまた、提供される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

プログラニュリン（ＰＧＲＮ）関連障害の処置のための化合物を評価するための、またはＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物、医薬組成物、もしくはそれらの投与レジメンに対する対象の応答をモニタリングするための方法であって、
（ａ）ＰＧＲＮ関連障害を有する対象からの試験試料において１種以上のビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種の存在量を測定する工程であって、前記試験試料または前記対象が前記化合物またはその医薬組成物で処置されている、前記工程と、
（ｂ）工程（ａ）で測定された前記１種以上のＢＭＰ種と１つ以上の参照値との間の存在量の差を比較する工程と、
（ｃ）前記化合物、前記医薬組成物、またはそれらの投与レジメンが、ＰＧＲＮ関連障害の処置のための１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させるかどうかを前記比較から判定する工程と
を含む、前記方法。

【請求項2】

別の試験試料または対象を別の化合物で処置する工程と、
前記１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させる候補化合物を選択する工程と
をさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

（ｄ）前記化合物を前記試験試料または前記対象に投与する量または頻度を維持または調整する工程と、
（ｅ）前記化合物を前記試験試料または前記対象に投与する工程と
をさらに含む、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象を特定するための方法であって、
（ａ）対象からの試験試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定する工程と、
（ｂ）工程（ａ）で測定された前記１種以上のＢＭＰ種と１つ以上の参照値との間の存在量の差を比較する工程と、
（ｃ）前記対象がＰＧＲＮ関連障害を有しているかどうかを前記比較から判定する工程と
を含む、前記方法。

【請求項5】

ＰＧＲＮ関連障害の処置のための前記１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させるための化合物を前記対象に投与する工程をさらに含む、請求項４に記載の方法。

【請求項6】

前記化合物が、ＰＧＲＮ、ＰＧＲＮ誘導体、またはそれらの医薬組成物である、請求項１～３または５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項7】

前記参照値が、参照対象または参照対象集団から得た参照試料において測定される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

前記参照対象または前記参照対象集団が、健常対照である、請求項７に記載の方法。

【請求項9】

前記参照対象または前記参照対象集団が、ＰＧＲＮ関連障害を有していないか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していない、請求項７に記載の方法。

【請求項10】

前記ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象が、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照と比較して、骨髄由来マクロファージにおいて上昇したＢＭＰ種レベルを有している、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項11】

前記ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象が、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照と比較して、肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、または尿において低下したＢＭＰ種レベルを有している、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項12】

前記ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の試験試料におけるＢＭＰ種の存在量が、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較して、少なくとも約１．２倍、１．５倍、または２倍の差を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項13】

前記ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の試験試料におけるＢＭＰ種の存在量が、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較して、少なくとも約１．２倍～約４倍の差を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項14】

前記参照値が、処置前の前記ＢＭＰ種の値である、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項15】

前記改善されたＢＭＰ種レベルが、前記健常対照または前記ＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較した、前記処置前のＢＭＰ種レベルに対する改善である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項16】

前記改善されたＢＭＰ種レベルが、前記対照と比較して、１５％未満、１０％未満、または５％未満の差を有する、請求項１５に記載の方法。

【請求項17】

前記試験試料、前記参照試料、または前記１つ以上の参照値が、細胞、組織、全血、血漿、血清、脳脊髄液、間質液、唾液、尿、リンパ液、もしくはそれらの組み合わせを含むか、またはそれらに関連する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項18】

前記細胞が、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞、血球、赤血球、白血球、神経細胞、ミクログリア細胞、脳細胞、大脳皮質細胞、脊髄細胞、骨髄細胞、肝細胞、腎細胞、脾細胞、肺細胞、眼細胞、絨毛膜絨毛細胞、筋細胞、皮膚細胞、線維芽細胞、心臓細胞、リンパ節細胞、またはそれらの組み合わせである、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記細胞が、培養細胞である、請求項１７または１８に記載の方法。

【請求項20】

前記培養細胞が、ＢＭＤＭまたはＲＰＥ細胞である、請求項１９に記載の方法。

【請求項21】

前記組織が、脳組織、大脳皮質組織、脊髄組織、肝組織、腎組織、筋組織、心臓組織、眼組織、網膜組織、リンパ節、骨髄、皮膚組織、血管組織、肺組織、脾組織、弁組織、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１７に記載の方法。

【請求項22】

前記試験試料が、エンドソーム、リソソーム、細胞外小胞、エクソソーム、微小胞、またはそれらの組み合わせを含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項23】

前記１種以上のＢＭＰ種が、２種以上のＢＭＰ種を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項24】

前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（１６：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：０）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：３）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：２）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１６：０＿２２：５）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：５）、ＢＭＰ（１８：２＿１８：２）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：２＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、またはそれらの組み合わせを含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）、またはそれらの組み合わせを含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項26】

前記試験試料が、ＢＭＤＭを含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項27】

前記試験試料が、血漿、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、及び／または脳組織もしくは肝組織を含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項28】

前記試験試料が、肝組織を含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）、またはそれらの組み合わせを含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項29】

前記試験試料が、ＣＳＦまたは尿を含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項30】

前記試験試料が、ＣＳＦを含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項31】

前記試験試料が、ミクログリアを含み、前記１種以上のＢＭＰ種が、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項32】

前記１種以上のＢＭＰ種の存在量が、液体クロマトグラフィー－質量分析法（ＬＣ－ＭＳ）、液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）、ガスクロマトグラフィー－質量分析法（ＧＣ－ＭＳ）、ガスクロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＧＣ－ＭＳ／ＭＳ）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、またはそれらの組み合わせを使用して測定される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項33】

前記１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定する場合、内部ＢＭＰ標準物質が使用される、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項34】

前記内部ＢＭＰ標準物質が、前記対象及び／または前記参照対象もしくは前記参照対象集団において天然に存在しないＢＭＰ種を含む、請求項３３に記載の方法。

【請求項35】

前記内部ＢＭＰ標準物質が、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を含む、請求項３３または３４に記載の方法。

【請求項36】

前記ＰＧＲＮ関連障害が、ＰＧＲＮの発現、処理、グリコシル化、細胞取り込み、輸送、及び／または機能に関連する障害である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項37】

前記対象が、グラニュリン（ＧＲＮ）遺伝子において１つ以上の変異を有する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項38】

前記ＰＧＲＮ関連障害が、ＰＧＲＮレベルの低下に関連する、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項39】

前記ＰＧＲＮ関連障害が、神経変性疾患である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項40】

前記ＰＧＲＮ関連疾患が、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、ニーマン・ピック病Ａ型（ＮＰＡ）、ニーマン・ピック病Ｂ型（ＮＰＢ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）／ＦＴＤ、孤発性ＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、アテローム性動脈硬化、ゴーシェ病、パーキンソン病、及び加齢黄斑変性（ＡＭＤ）からなる群から選択される疾患である、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項41】

前記対象及び／または前記参照対象が、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、イヌ、またはブタである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項42】

前記ＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害を有する対象が、ＰＧＲＮノックアウトマウスまたはＰＧＲＮノックアウトラットである、先行請求項のいずれか１項に記載の方法。

【請求項43】

ＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物またはその投与レジメンを試験するためのキットであって、前記対象からの試験試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定するためのＢＭＰ標準物質を含む、前記キット。

【請求項44】

前記ＢＭＰ標準物質が、前記対象において天然に存在しないＢＭＰ種を含む、請求項４３に記載のキット。

【請求項45】

前記ＢＭＰ標準物質が、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を含む、請求項４３または４４に記載のキット。

【請求項46】

前記対象から前記試料を得るための試薬、前記試料を処理するための試薬、前記１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定するための試薬、またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項４３～４５のいずれか１項に記載のキット。

【請求項47】

使用説明書をさらに含む、請求項４３～４６のいずれか１項に記載のキット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年１０月１６日に出願された米国仮出願第６２／７４６，２９３号及び２０１９年８月８日に出願された米国仮出願第６２／８８４，４９２号の利益を主張し、それらの開示は、あらゆる目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【背景技術】

【0002】

背景
前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）は、認知症を有する全患者の５～１０％、及び６５歳未満で認知症を発症した患者の１０～２０％を占める、進行性の神経変性障害である（Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｎｅｕｒｏｌ．８（８）：４２３－３４，２０１２（非特許文献1））。いくつかの遺伝子がＦＴＤに関連付けられているが、ＦＴＤにおいて最も頻繁に変異する遺伝子のうちの１つがＧＲＮであり、これは、ヒト染色体１７ｑ２１に位置し、システインリッチなタンパク質であるプログラニュリン（プロエピセリン及びアクログラニンとしても既知）をコードする。ＧＲＮにおける浸透性の高い変異は、家族性ＦＴＤの常染色体優性形態の原因として、２００６年に最初に報告された（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．４４２（７１０５）：９１６－９，２００６（非特許文献2）、Ｃｒｕｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２００６ Ａｕｇ ２４；４４２（７１０５）：９２０－４（非特許文献3）、Ｇａｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１５（２０）：２９８８－３００１，２００６（非特許文献4））。最近の推定では、ＧＲＮ変異は、家族歴が陽性であるＦＴＤ患者の５～２０％、及び孤発性症例の１～５％を占めると示唆されている（Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．、上掲）。ＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物及び関連する療法を評価するための新しい方法（そのような処置に対する患者の応答をモニタリングすることを含む）、ならびにこれらの障害の処置から利益を得ることができる対象を特定するための新しい方法に対する必要性が存在する。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0003】

【非特許文献1】Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｎｅｕｒｏｌ．８（８）：４２３－３４，２０１２

【非特許文献2】Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．４４２（７１０５）：９１６－９，２００６

【非特許文献3】Ｃｒｕｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２００６ Ａｕｇ ２４；４４２（７１０５）：９２０－４

【非特許文献4】Ｇａｓｓ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１５（２０）：２９８８－３００１，２００６

【発明の概要】

【0004】

説明
一態様では、本開示は、プログラニュリン（ＰＧＲＮ）関連障害の処置のための化合物を評価するための、またはＰＧＲＮ関連障害の処置のための化合物、医薬組成物、もしくはそれらの投与レジメンに対する対象の応答をモニタリングするための方法を提供し、この方法は、（ａ）ＰＧＲＮ関連障害を有する対象からの試験試料において１種以上のビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種の存在量を測定する工程であって、試験試料または対象が化合物またはその医薬組成物で処置されている、工程と、（ｂ）工程（ａ）で測定された１種以上のＢＭＰ種と１つ以上の参照値との間の存在量の差を比較する工程と、（ｃ）化合物、医薬組成物、またはそれらの投与レジメンが、ＰＧＲＮ関連障害の処置のための１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させるかどうかを比較から判定する工程とを含む。

【0005】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、別の試験試料または対象を別の化合物で処置する工程と、１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させる候補化合物を選択する工程とをさらに含む。

【0006】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、（ｄ）化合物を試験試料または対象に投与する量または頻度を維持または調整する工程と、（ｅ）化合物を試験試料または対象に投与する工程とをさらに含む。

【0007】

一態様では、ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象を特定するための方法が提供され、この方法は、（ａ）対象からの試験試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定する工程と、（ｂ）工程（ａ）で測定された１種以上のＢＭＰ種と１つ以上の参照値との間の存在量の差を比較する工程と、（ｃ）対象がＰＧＲＮ関連障害を有しているかどうかを比較から判定する工程とを含む。

【0008】

いくつかの実施形態では、本明細書に提供される方法は、ＰＧＲＮ関連障害の処置のための１種以上のＢＭＰ種レベルを改善させるための化合物を対象に投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害の１つ以上の徴候または症状のうちの少なくとも１つは、処置後に改善する。

【0009】

いくつかの実施形態では、処置は、ＰＧＲＮ、その誘導体、またはそれらの医薬組成物を対象に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ誘導体は、ＰＧＲＮが血液脳関門を通過することを可能にする化学部分またはペプチド断片を含有する。いくつかの実施形態では、処置は、複数の対象または試験試料に化合物のライブラリーを投与する工程を含む。

【0010】

いくつかの実施形態では、参照値は、参照対象または参照対象集団から得た参照試料において測定される。いくつかの実施形態では、参照値は、参照試料において測定された１種以上のＢＭＰ種の存在量である。いくつかの実施形態では、参照試料は、試験試料と同じ種類の細胞、組織、または体液である。いくつかの実施形態では、異なる種類の細胞、組織、または体液からの少なくとも２つの参照値が測定される。

【0011】

いくつかの実施形態では、参照試料は、健常対照である。いくつかの実施形態では、参照対象または参照対象集団は、ＰＧＲＮ関連障害を有していないか、または低下したＰＧＲＮレべルを有していない。特定の実施形態では、参照対象または参照対象集団は、そのような障害のいかなる徴候または症状も有していない。

【0012】

いくつかの実施形態では、ＢＭＰ種レベルは、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照と比較して、ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の骨髄細胞からインビトロで得た骨髄由来マクロファージにおいて上昇している。

【0013】

いくつかの実施形態では、ＢＭＰ種レベルは、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照と比較して、ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、または尿において低下している。

【0014】

いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の試験試料におけるＢＭＰ種の存在量は、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較して、少なくとも約１．２倍、１．５倍、または２倍の差を有する。他の実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の試験試料におけるＢＭＰ種の存在量は、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較して、約１．２倍～約４倍の差を有する。いくつかの実施形態では、参照値と比較した差は、約２倍～約３倍である。いくつかの実施形態では、対象は、ＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害及び／またはＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害の１つ以上の徴候もしくは症状を有する。

【0015】

いくつかの実施形態では、参照値は、処置前のＢＭＰ種の値である。いくつかの実施形態では、対象は、ＰＧＲＮレベルの低下またはＰＧＲＮ関連障害について処置され、試験試料は、処置を開始する前に対象から得た１つ以上の処置前の試験試料、及び処置を開始した後に対象から得た１つ以上の処置後の試験試料を含む。いくつかの実施形態では、方法は、１種以上の処置後のＢＭＰ種のうちの少なくとも１種の存在量が、健常対照と比較して、１種以上の処置前のＢＭＰ種に対して改善を示す場合、対象が処置に応答していると判定する工程をさらに含む。

【0016】

いくつかの実施形態では、方法は、（ａ）対象から得た試験試料において１種以上のビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種の存在量を測定する工程と、（ｂ）化合物、医薬組成物、またはそれらの投与レジメンで試験試料または対象を処置する工程と、（ｃ）処置された対象から得た試験試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定する工程と、（ｄ）工程（ａ）及び工程（ｃ）で測定された１種以上のＢＭＰ種の存在量を比較する工程と、（ｅ）化合物または投与レジメンがＰＧＲＮ関連障害の処置のためのＢＭＰレベルを改善させるかどうかを判定する工程とを含む。

【0017】

いくつかの実施形態では、２つ以上の処置後の試験試料を、処置を開始した後の異なる時点で得、この方法は、処置後の試料において測定された１種以上のＢＭＰ種のうちの少なくとも１種の存在量が、処置前の試料において測定された対応する１種以上のＢＭＰ種の存在量よりも、ａ）骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）において低い場合、またはｂ）肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において高い場合、対象が処置に応答していると判定する工程をさらに含む。いくつかの実施形態では、対象は、処置後の試料において測定された１種以上のＢＭＰ種のうちの少なくとも１種の存在量が、処置前の試料において測定された対応する１種以上のＢＭＰ種の存在量よりも、ａ）ＢＭＤＭにおいて少なくとも約１．２倍低い場合、またはｂ）肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において少なくとも約１．２倍高い場合、処置に応答していると判定される。

【0018】

いくつかの実施形態では、改善されたＢＭＰ種レベルは、健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照などの対照の参照値と比較した、処置前のＢＭＰ種レベルに対する改善である。いくつかの実施形態では、改善されたＢＭＰ種レベルは、処置前のＢＭＰ種レベルの対照に対する値よりも、対照に近い値である。いくつかの実施形態では、改善されたＢＭＰ種レベルは、対照と比較して、１５％、１０％、または５％未満の差を有する。いくつかの実施形態では、改善されたＢＭＰ種レベルは、健常対照と比較して、１０％または５％未満の差を有する。いくつかの実施形態では、改善されたＢＭＰ種レベルは、健常対照と比較して、５％未満の差を有する。

【0019】

いくつかの実施形態では、方法は、１種以上の処置後の試験試料のうちの少なくとも１つにおいて測定された、１種以上のＢＭＰ種のうちの少なくとも１種の存在量が、健常対照の対応する参照値とほぼ同じである場合、対象が処置に応答していると判定する工程をさらに含む。

【0020】

いくつかの実施形態では、試験試料、参照試料、または１つ以上の参照値は、細胞、組織、全血、血漿、血清、脳脊髄液、間質液、唾液、尿、大便、気管支肺胞洗浄液、リンパ液、精液、母乳、羊水、もしくはそれらの組み合わせを含むか、またはそれらに関連する。いくつかの実施形態では、細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞、血球、赤血球、白血球、神経細胞、ミクログリア細胞、脳細胞、大脳皮質細胞、脊髄細胞、骨髄細胞、肝細胞、腎細胞、脾細胞、肺細胞、眼細胞、絨毛膜絨毛細胞、筋細胞、皮膚細胞、線維芽細胞、心臓細胞、リンパ節細胞、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、細胞は、培養細胞である。いくつかの実施形態では、培養細胞は、ＢＭＤＭまたはＲＰＥ細胞である。

【0021】

いくつかの実施形態では、組織は、脳組織、大脳皮質組織、脊髄組織、肝組織、腎組織、筋組織、心臓組織、眼組織、網膜組織、リンパ節、骨髄、皮膚組織、血管組織、肺組織、脾組織、弁組織、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、試験試料及び／または参照試料は、細胞及び／または組織から精製されており、エンドソーム、リソソーム、細胞外小胞、エクソソーム、微小胞、またはそれらの組み合わせを含む。

【0022】

いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種は、２種以上のＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（１６：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：０）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：３）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：２）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１６：０＿２２：５）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：５）、ＢＭＰ（１８：２＿１８：２）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：２＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、またはそれらの組み合わせを含む。

【0023】

いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）、またはそれらの組み合わせを含む。

【0024】

いくつかの実施形態では、試験試料は、培養細胞を含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、血漿、組織、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、及び／または脳組織もしくは肝組織を含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、肝組織を含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、ＣＳＦまたは尿を含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、ＣＳＦを含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）を含む。いくつかの実施形態では、試験試料は、ミクログリアを含み、１種以上のＢＭＰ種は、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）を含む。

【0025】

いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種の存在量は、液体クロマトグラフィー－質量分析法（ＬＣ－ＭＳ）、液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）、ガスクロマトグラフィー－質量分析法（ＧＣ－ＭＳ）、ガスクロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＧＣ－ＭＳ／ＭＳ）、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される方法を使用して測定される。いくつかの実施形態では、内部ＢＭＰ標準物質を使用して、工程（ａ）中の１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定、及び／または対応する参照値を決定する。いくつかの実施形態では、内部ＢＭＰ標準物質は、対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団において天然に存在しないＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、内部ＢＭＰ標準物質は、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を含む。

【0026】

いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害は、ＰＧＲＮの発現、処理、グリコシル化、細胞取り込み、輸送、及び／または機能に関連する障害である。いくつかの実施形態では、対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団は、ＰＧＲＮレベルの低下及び／またはＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害を有し、試験試料は、候補化合物と接触している。いくつかの実施形態では、対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団は、ＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害の１つ以上の徴候または症状を有する。いくつかの実施形態では、対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団は、グラニュリン（ＧＲＮ）遺伝子に変異を有する。いくつかの実施形態では、ＧＲＮ遺伝子における変異は、ＰＧＲＮの発現及び／または活性を低下させる。いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害は、アテローム性動脈硬化、ゴーシェ病、または加齢黄斑変性（ＡＭＤ）である。いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害は、ゴーシェ病１型である。いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害は、ＴＤＰ－４３に関連する障害である。他の実施形態では、ＴＤＰ－４３関連障害は、ＡＤまたはＡＬＳである。

【0027】

いくつかの実施形態では、ＰＧＲＮ関連障害は、神経変性疾患である。いくつかの実施形態では、神経変性疾患は、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、ニーマン・ピック病Ａ型（ＮＰＡ）、ニーマン・ピック病Ｂ型（ＮＰＢ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）／ＦＴＤ、孤発性ＡＬＳ、アルツハイマー病（ＡＤ）、ゴーシェ病２型及び３型、ならびにパーキンソン病からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、対象及び／または参照対象は、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、イヌ、またはブタである。

【0028】

別の態様では、本開示は、対象におけるＰＧＲＮレベルをモニタリングするためのキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットは、対象から得た試験試料及び／または参照対象もしくは参照対象集団から得た参照試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定するための、ビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）標準物質を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、対象及び／または参照対象において天然に存在しないＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を含む。

【0029】

いくつかの実施形態では、キットは、対象及び／または参照対象から試料を得るための試薬、試料を処理するための試薬、１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定するための試薬、またはそれらの組み合わせをさらに含む。いくつかの実施形態では、キットは、使用説明書をさらに含む。

【図面の簡単な説明】

【0030】

【図1】Ａ及びＢは、各々がＦｃポリペプチド二量体及びＰＧＲＮを含有する、融合タンパク質Ｆ１及びＦ２の概略図をそれぞれ示す。Ａでは、ＰＧＲＮのＮ末端は、Ｆｃポリペプチド二量体のＣ末端に－ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ－（配列番号：１）のリンカーを介して融合されている。Ｂでは、ＰＧＲＮのＣ末端は、Ｆｃポリペプチド二量体のＮ末端に（Ｇ_４Ｓ）_２（配列番号：１）のリンカーを介して融合されている。融合タンパク質Ｆ１及びＦ２は、実施例１にさらに記載されている。

【図2A】野生型と比較して、Ｇｒｎノックアウトマウスの骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）におけるビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種のレベルが上昇したことを示す。ＧｒｎノックアウトマウスのＢＭＤＭを、実施例１のＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）レベルの上昇が低下したことを示す。

【図2B】野生型と比較して、Ｇｒｎノックアウトマウスの骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）におけるビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種のレベルが上昇したことを示す。ＧｒｎノックアウトマウスのＢＭＤＭを、実施例１のＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）レベルの上昇が低下したことを示す。

【図2C】ＧｒｎノックアウトマウスのＢＭＤＭを、組換えＰＧＲＮまたは実施例２のレンチウイルスによって発現されたＰＧＲＮで処理することにより、ＢＭＰレベル（総ＢＭＰならびにＢＭＰ（１８：１＿１８：１））の上昇が低下したことを示す。総ＢＭＰのデータを示す。

【図2D】ＧｒｎノックアウトマウスのＢＭＤＭを、組換えＰＧＲＮまたは実施例２のレンチウイルスによって発現されたＰＧＲＮで処理することにより、ＢＭＰレベル（総ＢＭＰならびにＢＭＰ（１８：１＿１８：１））の上昇が低下したことを示す。ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）のデータを示す。

【図3A】野生型と比較して、Ｇｒｎノックアウトマウスの末梢肝臓、血漿、及び尿においてＢＭＰ４４：１２が低下したことを示す。

【図3B】野生型と比較して、脳脊髄液（ＣＳＦ）及び中枢神経系（ＣＮＳ）の脳においてＢＭＰ４４：１２が低下したことを示す。

【図4】２～１９か月齢の範囲のＧｒｎノックアウトマウスが、野生型と比較して、血漿のＢＭＰ４４：１２において年齢非依存性の低下を示したことを示す。

【図5】Ａ及びＢは、ＧｒｎノックアウトマウスをＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、肝臓のＢＭＰ４４：１２及び２０：４＿２０：４レベルが上昇したことを示す。

【図6】ＧｒｎノックアウトマウスをＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、血漿のＢＭＰ４４：１２レベルが上昇したことを示す。

【図7】ＧｒｎノックアウトマウスをＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、尿のＢＭＰ４４：１２レベルが上昇（クレアチンに対して正規化）したことを示す。

【図8】ＧｒｎノックアウトマウスをＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、ＣＳＦのＢＭＰ４４：１２レベルが上昇したことを示す。

【図9】Ａ及びＢは、ＧｒｎノックアウトマウスをＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２で処理することにより、脳のＢＭＰ４４：１２及び２０：４＿２０：４レベルがそれぞれ上昇したことを示す。

【図10A】臨床的に正常な対照と比較して、孤発性及びＧｒｎ ＦＴＤ患者試料においてＢＭＰ１８：１＿１８：１及び２２：６＿２２：６が低下したことを示す。

【図10B】臨床的に正常な対照と比較して、孤発性及びＧｒｎ ＦＴＤ患者試料においてＢＭＰ１８：１＿１８：１及び２２：６＿２２：６が低下したことを示す。

【発明を実施するための形態】

【0031】

定義
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が別段明確に指示しない限り、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「細胞」への言及は、２つ以上のそのような細胞などを含み得る。

【0032】

本明細書で使用される場合、「約」及び「およそ」という用語は、数値または範囲で指定された量を修正するために使用される場合、その数値ならびに当業者に既知の値からの妥当な偏差、例えば、±２０％、±１０％、または±５％が、詳述された値の意図する意味の範囲内であることを示す。

【0033】

用語「存在量」は、分子、化合物、または薬剤（例えば、ビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）分子）の量または濃度を指す。この用語には、絶対量または絶対濃度、ならびに相対量または相対濃度が含まれる。いくつかの実施形態では、参照標準物質（例えば、内部ＢＭＰ標準物質）は、（例えば、試料中に）存在する分子、化合物、もしくは薬剤の絶対量もしくは絶対濃度を決定するために較正に使用され、及び／または存在する分子、化合物、もしくは薬剤の相対量もしくは相対濃度を決定するために対照に正規化される。

【0034】

「ＰＧＲＮレベル」という用語は、対象内または試料（例えば、対象から得た試料）中のいずれかに存在するプログラニュリンの量、濃度、及び／または活性レベルを指す。ＰＧＲＮレベルは、存在するＰＧＲＮの絶対量、絶対濃度、及び／または絶対活性レベルを指すことができるか、あるいは相対量、相対濃度、及び／または相対活性レベルを指すことができる。この用語はまた、存在するＰＧＲＮポリペプチド及び／またはＰＧＲＮ ｍＲＮＡ（例えば、ＧＲＮ遺伝子から発現されるもの）の量または濃度も指す。

【0035】

「プログラニュリン」または「ＰＧＲＮ」という用語（「プロエピセリン」及び「アクログラニン」としても既知）は、ヒト染色体１７ｑ２１に位置する遺伝子ＧＲＮによってコードされる、システインリッチなタンパク質である。ＰＧＲＮは、リソソームタンパク質であるとともに、保存されたグラニュリンペプチドの７．５回のタンデム反復からなる分泌タンパク質であり、その各々は、約６０アミノ酸長であり、様々な細胞外プロテアーゼ（例えば、エラスターゼ）及びリソソームプロテアーゼ（例えば、カテプシンＬ）による切断によって放出され得る（Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１８（６）：３２５－３３３，２０１７）。一般に、ＰＧＲＮは、先天免疫の制御において、ならびにＰＧＲＮが様々なカテプシン及び他の加水分解酵素の活性及びレベルを調節するリソソームの機能において、細胞自律的役割及び細胞非自律的役割の両方を果たすと考えられている（Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．、上掲）。ＰＧＲＮはまた、神経栄養性機能を有し、神経突起伸長及び神経細胞生存を促進する（Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．、上掲）。ＰＧＲＮポリペプチドは、ヒトＰＧＲＮ配列を含み得る。ＰＧＲＮポリペプチドは、例えば、最初の１７個のアミノ酸がシグナルペプチドを構成する、未成熟ＰＧＲＮであり得る。ＰＧＲＮポリペプチドはまた、例えば、１７個のアミノ酸のシグナルペプチドが切断されている、成熟ＰＧＲＮでもあり得る。他の非限定的な例として、ＰＧＲＮポリペプチドは、未成熟または成熟した形態のいずれかで、マウス（ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿０３２２０１．２）、ラット（ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿０５８８０９．２またはＮＰ＿００１１３９３１４．１）、またはチンパンジー（ＮＣＢＩ参照番号ＸＰ＿０１６７８７１４４．１またはＸＰ＿０１６７８７１４５．１）などの非ヒト種からの配列を含み得る。「プログラニュリン誘導体」または「ＰＧＲＮ誘導体」という用語は、修飾されたＰＧＲＮを指す。ＰＧＲＮに体内の特定の領域を標的とさせる修飾などの、ＰＧＲＮのドラッガビリティを高めるための修飾、及び／またはその薬物動態学的もしくは薬力学的特性を改善するための修飾を行うことができる。他の修飾を行って、その製造及び／または貯蔵寿命を支援することができる。ＰＧＲＮ誘導体は、Ｆｃポリペプチドの二量体に付着したＰＧＲＮを含む、Ｆｃ融合タンパク質を含むことができる。

【0036】

「ＰＧＲＮ関連障害」という用語は、発現、処理、グリコシル化、細胞取り込み、輸送、及び／または機能を含む、ＰＧＲＮに関連する任意の病態を指す。「ＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害」という用語は、細胞、組織、及び／または対象内の正常な生理的機能を可能にするには不十分な（すなわち、可能にするには低すぎる）ＰＧＲＮのレベルから直接または間接的に生じる任意の病態、ならびにそのような状態の前兆を指す。いくつかの実施形態では、障害は、神経変性疾患及び／またはリソソーム蓄積症である。

【0037】

「骨髄由来マクロファージ」または「ＢＭＤＭ」という用語は、哺乳動物の骨髄（例えば、対象から得た骨髄）からインビトロで生成されるかまたはそれに由来する、マクロファージ細胞を指す。非限定的な例として、ＢＭＤＭは、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）などのサイトカインの存在下で、未分化骨髄細胞を培養することによって生成することができる。

【0038】

「処置」、「処置する」などの用語は、概して、所望の薬理学的及び／または生理学的効果を得ることを意味するように本明細書で使用される。「処置する」または「処置」は、患者の生存における緩和、寛解、改善、生存期間もしくは生存率の向上、症状を減少させることもしくは障害を患者にとってより耐えられるものにすること、変性もしくは減退の速度を緩慢にすること、または患者の身体的もしくは精神的幸福を向上させることなどのあらゆる客観的及び主観的パラメータを含む、神経変性疾患（例えば、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）、アテローム性動脈硬化、ゴーシェ病、アルツハイマー病（ＡＤ）、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、ニーマン・ピック病Ａ型（ＮＰＡ）、ニーマン・ピック病Ｂ型（ＮＰＢ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）／ＦＴＤ、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、及びパーキンソン病）を含む、疾患の処置または改善における成功のあらゆる兆候を指し得る。症状の処置または改善は、客観的または主観的パラメータに基づくことができる。処置の効果は、処置を受けていない個体もしくは個体のプールと、または処置前の同じ患者もしくは処置中の異なる時点での同じ患者と比較することができる。

【0039】

本明細書で互換的に使用される場合、「対象」、「個体」、及び「患者」という用語は、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類（例えば、ラット、マウス、及びモルモット）、ウサギ、イヌ、ウシ、ブタ、ウマ、及び他の哺乳動物種を含むがこれらに限定されない、哺乳動物を指す。一実施形態では、対象は、ヒトである。

【0040】

本明細書で使用される場合、薬剤の「治療量」または「治療有効量」は、対象において疾患の症状を処置する薬剤の量である。

【0041】

「投与する」という用語は、薬剤、化合物、または組成物を、所望の生物学的作用部位に送達する方法を指す。これらの方法としては、局所送達、非経口送達、静脈内送達、皮内送達、筋肉内送達、皮下送達、髄腔内送達、経口送達、結腸送達、直腸送達、または腹腔内送達が挙げられるが、これらに限定されない。

【0042】

ビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）
（例えば、試料において、細胞において、組織において、及び／または対象において）ＰＧＲＮレベルをモニタリングする方法が本明細書に提供され、ＰＧＲＮレベルを判定することは、（例えば、試料、細胞、組織、及び／または対象において）ビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）の存在量を測定することを含む。ＢＭＰは、式Ｉに示す構造を有する、（例えば、後期エンドソーム及びリソソーム内に通常存在するｐＨで）負に荷電したグリセロリン脂質である。

【0043】

ＢＭＰ分子は、２つの脂肪酸側鎖を含む。式ＩのＲ及びＲ’は、独立して選択された飽和または不飽和脂肪族鎖を表し、脂肪族鎖の各々は、典型的には、１４、１６、１８、２０、または２２個の炭素原子を含有する。脂肪酸側鎖が不飽和の場合、脂肪酸側鎖は、１、２、３、４、５、または６つ以上の炭素－炭素二重結合を含有することができる。さらに、ＢＭＰ分子は、１つまたは２つのアルキルエーテル置換基を含有することができ、一方または両方の脂肪酸側鎖のカルボニル酸素は、２つの水素原子で置き換えられている。

【0044】

特定のＢＭＰ種を記載するために本明細書で使用される命名法は、２つの脂肪酸側鎖を有する種を指し、脂肪酸側鎖の構造が、ＢＭＰ形式で括弧内に示される（例えば、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１））。数字は、「脂肪酸炭素原子の数：二重結合の数」の標準的な脂肪酸の表記形式に従う。接頭辞「ｅ－」は、アルキルエーテル置換基の存在を示すために使用され、脂肪酸側鎖のカルボニル酸素は、２つの水素原子で置き換えられている。例えば、「ＢＭＰ（１６：０ｅ＿１８：０）」中の「ｅ」は、１６個の炭素原子を有する側鎖がアルキルエーテル置換基であることを示す。

【0045】

ＢＭＰは、他のグリセロリン脂質においては観察されないｓｎ－１；ｓｎ－１’構造配置を有する（すなわち、リン酸結合型グリセロール炭素に基づく）という点で珍しい。ＢＭＰの合成には、多くのアシル化及びジアシル化ステップが関与し、トランスアシラーゼ活性が関与する。これにより、グリセロール骨格が再配向され、珍しい構造配置が生成される。ｓｎ－１；ｓｎ－１’配置は、多数のホスホリパーゼによる切断に対するＢＭＰの耐性と、後期エンドソーム及びリソソームにおけるその安定性に寄与すると考えられている。ＢＭＰは、多数の異なる細胞の種類において少量見られるが、ＢＭＰ含有量は、マクロファージ、ならびに肝臓及び他の組織の種類のリソソームにおいて有意に高い。

【0046】

消化器官としての機能と一致して、リソソームは、大量の加水分解酵素を酸性ｐＨ（すなわち、約４．６～約５のｐＨ）で含有する。様々な細胞成分及び外来抗原が、リソソームへの取り込み及び送達のために細胞表面上の受容体によって捕捉される。細胞内では、マンノース－６－リン酸受容体などの受容体が結合し、加水分解酵素を生合成経路からリソソームに迂回させる。捕捉された分子は、エンドソームとして既知の中間の不均一な細胞小器官のセットを通過する。エンドソームは、加水分解酵素及び他の材料をリソソームに送る前に受容体を再利用する、選別ステーションとして機能する。そこで、加水分解酵素が活性化され、不要な材料が消化される。特に、成熟または「後期」エンドソーム及びリソソームの内部小胞及び／または膜は、大量のＢＭＰを含有する。

【0047】

リソソームのｐＨで負に荷電され、ＢＭＰは、酸性ｐＨで正に荷電され、活性化のための水－脂質界面を必要とする管腔酸ヒドロラーゼとドッキングすることができる。このように結合することにより、ＢＭＰは、酸性スフィンゴミエリナーゼ、酸性セラミダーゼ、酸性ホスホリパーゼＡ２、及びトリアシルグリセロールとコレステロールエステルを加水分解する能力を有する酸性リパーゼを含む、多くのリソソーム脂質分解酵素を刺激することができる。

【0048】

エンドソーム膜はリソソーム膜の続きであり、それらは、材料を選別し、原形質膜及び小胞体に再利用するように機能する。したがって、細胞内に取り込まれる低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）は後期エンドソームに到達し、構成要素であるコレステロールエステルとトリグリセリドは酸性リパーゼによって加水分解される。後期エンドソームまたはリソソーム内に含有されるＢＭＰリッチな膜の特徴的なネットワークは、遊離コレステロールの収集及び再分配点として機能することによりコレステロール輸送を調節するという点で、コレステロール恒常性の重要な要素である。例えば、リソソーム膜を抗ＢＭＰ抗体とインキュベートすると、かなりの量のコレステロールが蓄積する。

【0049】

本開示の方法のいくつかの実施形態では、単一のＢＭＰ種の存在量が測定される。いくつかの実施形態では、２種以上のＢＭＰ種の存在量が測定される。いくつかの実施形態では、表１のＢＭＰ種のうちの少なくとも２、３、４、または５種以上の存在量が測定される。２種以上のＢＭＰ種の存在量が測定される場合、異なるＢＭＰ種の任意の組み合わせを使用することができる。

【0050】

いくつかの実施形態では、２種以上のＢＭＰ種の存在量を合計することができ、総存在量を参照値と比較することになる。例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、１４２、１４３、１４４、１４５、１４６、または１４７種以上のＢＭＰ種（例えば、表１に列挙されているＢＭＰ種）の各々の存在量を合計し、次いで、総存在量を参照値と比較することができる。

【0051】

場合によっては、１種以上のＢＭＰ種は、ある種類の試料において、例えば、組織ベースの試料または血液試料に対する細胞ベースの試料（例えば、培養細胞）などのように、別の試料と比較した場合、差次的に（例えば、より豊富にまたはより少なく）発現され得る。したがって、いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種の選択（すなわち、存在量の測定のための選択）は、試料の種類に依存する。いくつかの実施形態では、１種以上のＢＭＰ種は、例えば、試料（例えば、試験試料及び／または参照試料）が骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）である場合、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）を含む。他の実施形態では、１種以上のＢＭＰ種は、例えば、試料が組織（例えば、脳組織、肝組織）、または血漿、尿、もしくはＣＳＦを含む場合、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）を含む。

【0052】

いくつかの実施形態では、内部ＢＭＰ標準物質（例えば、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０））を使用して、試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定、及び／または参照値を決定（例えば、参照試料において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定）する。例えば、既知量の内部ＢＭＰ標準物質を試料（例えば、試験試料及び／または参照試料）に添加して、較正点として機能させることができ、それによって試料中に存在する１種以上のＢＭＰ種の量を判定することができる。いくつかの実施形態では、ＢＭＰを試料から抽出または単離するのに使用する試薬（例えば、メタノール）を、内部ＢＭＰ標準物質で「スパイク」する。典型的には、内部ＢＭＰ標準物質は、対象内で天然に生じないものである。

【0053】

ＰＧＲＮ関連障害を有しているかまたは有するリスクがある対象の特定
いくつかの実施形態では、対象（例えば、標的対象）は、試験試料における少なくとも１種（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、または１４５種以上）のＢＭＰ種（例えば、表１に列挙されているＢＭＰ種）の存在量が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の対応する細胞、組織、または体液の参照値よりも高い場合（試験試料がＢＭＤＭである場合）、または低い場合（試験試料が肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿である場合）、ＰＧＲＮ関連疾患を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0054】

いくつかの実施形態では、対象（例えば、標的対象）は、ＢＭＰ（１６：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：０）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：３）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：２）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１６：０＿２２：５）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：５）、ＢＭＰ（１８：２＿１８：２）、ＢＭＰ（１６：０＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿１８：２）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：０ｅ＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：２＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、及びＢＭＰ（１８：３＿２２：５）からなる群から選択されるＢＭＰ種のうちの少なくとも１種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３種すべて）の存在量が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の対応する細胞、組織、または体液の参照値と比較してＢＭＤＭにおいて上昇している場合、または肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において減少している場合、ＰＧＲＮ関連疾患を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0055】

いくつかの実施形態では、対象（例えば、標的対象）は、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）、ＢＭＰ（１８：０＿２０：４）、ＢＭＰ（２０：４＿２０：４）、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）、ＢＭＰ（２０：４＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２２：６）、ＢＭＰ（１８：１＿２０：４）、ＢＭＰ（１８：０＿２２：６）、及びＢＭＰ（１８：３＿２２：５）からなる群から選択されるＢＭＰ種のうちの少なくとも１種（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、または８種すべて）の存在量が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の対応する細胞、組織、または体液の参照値と比較してＢＭＤＭにおいて上昇している場合、または肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において減少している場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0056】

いくつかの実施形態では、対象は、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）レベルが健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の参照値と比較してＢＭＤＭにおいて上昇している場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。他の実施形態では、対象は、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の参照値と比較して血漿、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、及び／または脳組織もしくは肝組織において低下している場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。他の実施形態では、対象は、ＢＭＰ（２２：６＿２２：６）レベル及び／またはＢＭＰ（１８：３＿２２：５）レベルが肝組織において低下している場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。他の実施形態では、対象は、ＢＭＰ（１８：３＿２２：５）レベルがミクログリアにおいて低下している場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0057】

いくつかの実施形態では、対象（例えば、標的対象）は、（例えば、試験試料において測定された）少なくとも１種のＢＭＰ種の存在量が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の対応する細胞、組織、または体液の参照値と比較して少なくとも約１．１倍（例えば、約１．１倍、１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４倍、４．５倍、５倍、５．５倍、６倍、６．５倍、７倍、７．５倍、８倍、８．５倍、９倍、９．５倍、または１０倍以上）ＢＭＤＭにおいて高い場合、または肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において低い場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0058】

いくつかの実施形態では、対象（例えば、標的対象）は、（例えば、試験試料において測定された）少なくとも１種のＢＭＰ種の存在量が参照値（例えば、対応する参照値）よりも少なくとも約１．２倍～約４倍（例えば、少なくとも約１．２倍、１．３倍、１．４倍、１．５倍、１．６倍、１．７倍、１．８倍、１．９倍、２倍、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、３倍、３．１倍、３．２倍、３．３倍、３．４倍、３．５倍、３．６倍、３．７倍、３．８倍、３．９倍、または４倍）高い場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。いくつかの実施形態では、対象は、少なくとも１種のＢＭＰ種の存在量が健常対照またはＰＧＲＮ関連障害に無関係である対照の対応する細胞、組織、または体液の参照値と比較して約２倍～約３倍（例えば、約２倍、２．１倍、２．２倍、２．３倍、２．４倍、２．５倍、２．６倍、２．７倍、２．８倍、２．９倍、または３倍）ＢＭＤＭにおいて高い場合、または肝臓、脳、脳脊髄液、血漿、もしくは尿において低い場合、ＰＧＲＮ関連障害を有しているか、または低下したＰＧＲＮレベルを有していると判定される。

【0059】

処置に対する応答のモニタリング
一態様では、本開示は、対象（例えば、標的対象）におけるＰＧＲＮレベルをモニタリングするための方法を提供する。別の態様では、化合物、医薬組成物、もしくはそれらの投与レジメンに対する対象の応答、またはＰＧＲＮ関連障害の処置のための任意の療法もしくは治療薬に対する応答をモニタリングするための方法が提供される。

【0060】

典型的には、試験試料における１種以上のＢＭＰ種の各々の存在量を、１つ以上の参照値（例えば、対応する参照値）と比較することになる。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ値は、処置前に、及び処置後の１つ以上の時点で測定される。より後の時点で測定された存在量の値を、処置前の値、ならびに健常対照または罹患対照の値などの対照値と比較して、対象が療法に対してどのように応答しているかを判定することができる。１つ以上の参照値は、試験試料の細胞、組織、または体液に対応する異なる細胞、組織、または体液からのものであり得る。

【0061】

いくつかの実施形態では、参照値は、参照試料において測定された１種以上のＢＭＰ種の存在量である。参照値は、測定された存在量の値（例えば、参照試料において測定された存在量の値）である場合もあれば、または測定された存在量の値から導出もしくは外挿される場合もある。いくつかの実施形態では、参照値は、例えば、参照値を複数の試料または対象集団から得る場合、値の範囲である。さらに、参照値は、単一の値（例えば、測定された存在量の値、平均値、もしくは中央値）として、または標準偏差もしくは標準誤差を伴うかもしくは伴わない値の範囲として、表すことができる。

【0062】

２つ以上の試験試料を（例えば、対象から）得る場合、それらを得る時点は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、もしくは６０分間以上；約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、もしくは２４時間以上；約１、２、３、４、５、６、もしくは７日間以上；約１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０週間以上；またはさらに長い期間、間隔を空けることができる。３つ以上の試験試料を得る場合、各試験試料を得るときの間の時間間隔は、すべて同じであってもよく、間隔はすべて異なっていてもよく、またはそれらの組み合わせであってもよい。

【0063】

いくつかの実施形態では、第１の試験試料と第２の試験試料の両方を、対象が処置された後に対象（例えば、標的対象）から得る。すなわち、第１の試験試料を、第２の試験試料よりも、処置中のより早い時点で対象から得る。いくつかの実施形態では、第１の試験試料を、対象がＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害について処置される前に得（すなわち、処置前の試験試料）、第２の試験試料を、対象がＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害について処置された後に得る（すなわち、処置後の試験試料）。いくつかの実施形態では、２つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個以上）の処置前及び／または処置後の試験試料を対象から得る。さらに、得る処置前及び処置後の試験試料の数は、同じである必要はない。

【0064】

いくつかの実施形態では、測定されたＢＭＰ種の存在量が参照値の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、または２０％以内である場合、対象は処置に応答していないと判定され得る。

【0065】

対象（例えば、標的対象）が、（例えば、ＰＧＲＮレベルの低下に関連する障害のための）処置に応答していない場合、いくつかの実施形態では、１つ以上の治療剤（例えば、ＰＧＲＮ）の投与量を変更（例えば、増加）及び／または投与間隔を変更する（例えば、投与間の時間を短縮する）。いくつかの実施形態では、対象が処置に応答していない場合、異なる治療剤が選択される。いくつかの実施形態では、対象が処置に応答していない場合、１つ以上の治療剤を中止する。

【0066】

ＢＭＰ検出技法
いくつかの実施形態では、抗体を使用して、１種以上のＢＭＰ種の存在量を検出及び／または測定することができる。抗体に結合したＢＭＰ種は、顕微鏡検査法または酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）などによって検出することができる。

【0067】

他の実施形態では、本開示の方法に従って、質量分析法（ＭＳ）を使用して、１種以上のＢＭＰ種の存在量を検出及び／または測定する。質量分析法は、化合物をイオン化し、得られたイオンをそれらの質量電荷比（ｍ／Ｑ、ｍ／ｑ、ｍ／Ｚ、またはｍ／ｚと略される）によって選別する技法である。気体、液体、または固体形態で存在し得る試料（例えば、ＢＭＰ分子を含む試料）をイオン化し、次いで、得られたイオンを電場及び／または磁場を通じて加速させ、それにより、イオンをそれらの質量電荷比によって分離する。イオンは、最終的にイオン検出器に衝突し、質量スペクトログラムが生成される。検出したイオンの質量電荷比を、それらの相対存在量と一緒に使用して、場合により、既知の質量（例えば、分子全体もしくはインタクトな分子の既知の質量）を検出したイオンの質量と相関させることによって、及び／または質量スペクトログラムで検出されたパターンの認識によって、親化合物（複数可）を特定することができる。

【0068】

質量分析計は、典型的には、少なくとも４つの主要な構成要素：（１）試料導入装置（例えば、気化器）、（２）イオン化装置、（３）イオン経路、及び（４）イオン検出器を含む。さらに、質量分析計は、一般的に、試料を導入装置に適した形態に変換、及び／または試料内に存在する化合物を分離する装置を含み、これは、いくつかの実施形態では、クロマトグラフィー装置（例えば、液体クロマトグラフィーまたはガスクロマトグラフィー）、またはマトリックス支援レーザー脱離／イオン化法（ＭＡＬＤＩ）もしくは固体試料に適した別の技法のための固体の標的であり得る。質量分析計はまた、一般的に、検出シグナルのシグナル処理のための装置（例えば、アナログ－デジタル変換器（ＡＤＣ））、及び／または検出シグナルの処理、分析、及び表示のためのソフトウェアも含む。

【0069】

試料導入装置は、後続の処理及び分析に必要とされる、固体または液体の検体の気相への転移を容易にする。イオン化装置は、例えば、ハードイオン化法（例えば、電子イオン化法）、またはソフトイオン化法（例えば、高速原子衝撃法（ＦＡＢ）、化学イオン化法（ＣＩ）、エレクトロスプレーイオン化法（ＥＳＩ）、ＭＡＬＤＩ、または大気圧化学イオン化法（ＡＰＣＩ））に利用することができる。ＥＳＩ法は、ある長さのキャピラリーチューブに溶液を通過させることを含み、そのチューブの末端には高い正電位または負電位が印加されている。チューブの末端に到達した溶液は、溶媒蒸気中に溶液の極小の液滴を含む噴流または噴霧へと気化される。この液滴の噴霧は、凝縮を防止し溶媒を蒸発させるためにわずかに加熱された、蒸発室を通って流動する。液滴が小さくなるにつれ、類似の電荷間の自然な反発作用によりイオンならびに中性分子が放出されるまで、表面電荷密度が増加する。

【0070】

イオン経路中で、イオンは、大気圧近傍環境から、イオンをそれらの質量電荷比に従って分離する質量分析計の低圧（例えば、高真空）環境へと移行し、イオン検出器に向かって移動される。イオン検出器は、一般的に、イオンによる衝突に応答して電子のカスケードを放出する電子増倍管またはマイクロチャンネルプレートである。

【0071】

異なる種類の質量分析計を使用することができ、それらの例としては、セクターフィールド質量分析計、飛行時間型（ＴＯＦ）質量分析計、及び四重極型質量分析計が挙げられる。セクターフィールド質量分析計は、静電場及び／または磁場を使用して、イオン経路及び／または速度を変更し、イオンの質量電荷比に従ってイオンの軌道を効果的に曲げる。より高い電荷及び／またはより小さな質量のイオンは、より低い電荷及び／またはより大きな質量のイオンよりも大きく偏向する。ＴＯＦ質量分析計は、電場を使用して特定の電位によってイオンを加速させ、イオンが検出器に衝突するまでに要する時間を測定する。すべてのイオンが同じ電荷を有している場合、それらの速度はそれらの質量の関数としてのみ異なり、より小さな質量のイオンが最初に検出器に衝突する。四重極型質量分析計は、４本の平行棒の１つ以上のセット（４本の平行棒のセットは四重極として既知である）を用いて、４本の棒の間に作られた四重極電場（例えば、高周波（ＲＦ）四重極電場）を通過する際に、イオンの経路を安定化または不安定化させる振動する電場を発生させる。具体的には、質量電荷比の特定の範囲内のイオンのみが、任意の所与の時間で質量分析計を通過することができる。しかしながら、棒の電位を変化させることによって、幅広い範囲の質量電荷比を迅速に掃引することができる。質量電荷比は、連続的に、または不連続な飛び（ｄｉｓｃｒｅｔｅ ｊｕｍｐ）を特定してのいずれかで掃引することができる。

【0072】

単一の質量分析計（例えば、四重極）を使用する単一質量分析法（ＭＳ）に対し、タンデム質量分析法（ＭＳ／ＭＳ）は、一連の質量分析計（例えば、３つの質量分析計）を使用して、複数のラウンドの質量分析法を実施し、典型的には、ラウンドの間に分子断片化ステップを有する。非限定的な例として、ＭＳ／ＭＳ装置は、一般的に、３つの四重極型質量分析計を用いる。第１の四重極（Ｑ１）は、目的の種またはタンパク質をより大きな不均一な集団から分離する、第１の質量フィルタとして機能することができる。第２の四重極（Ｑ２）は、Ｑ１を通過したイオンを安定化させる、衝突室として機能することができ、イオンが衝突する低圧力ガスを充満させて、イオンの断片化を引き起こすことができる（衝突誘起断片化（ＣＩＤ））。第３の四重極（Ｑ３）は、Ｑ２で生成された断片を分離して検出器に送る、第２の質量フィルタとして機能することができる。あるいは、空間的タンデム質量分析法を実施する代わりに、四重極イオントラップを使用しかつ電場が経時的に変化する場合などに、単一の質量分析計を使用して、タンデム質量分析法を経時的に実施することができる。簡潔に述べると、四重極イオントラップは、四重極型質量分析計と同じ物理学的原理に基づいて作動するが、イオンは四重極内にトラップされ（すなわち、イオンが脱出するのに必要な時間よりも速く電場が変化して）、四重極によって発生した電場を変化させることによって、経時的に選択的に放出される。

【0073】

いくつかの方法を断片化のために使用することができ、それらの方法としては、ＣＩＤ、電子捕獲解離（ＥＣＤ）、電子移動解離（ＥＴＤ）、赤外多光子解離（ＩＲＭＰＤ）、黒体赤外放射解離（ＢＩＲＤ）、電子脱離解離（ＥＤＤ）、及び表面誘起解離（ＳＩＤ）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0074】

タンデム質量分析計を使用して、フルスキャン、プロダクトイオンスキャン、プリカーサーイオンスキャン、ニュートラルロススキャン、及び選択（または多重）反応モニタリング（ＳＲＭまたはＭＲＭ）スキャンを含む、異なる種類の実験を実行することができる。フルスキャン実験では、両方の質量分析計（例えば、Ｑ１及びＱ３）の全体の質量範囲（またはその一部）をスキャンし、第２の質量分析計（例えば、Ｑ２）はいかなる衝突ガスも含有しない。これにより、試料中に含有されるすべてのイオンを検出することができる。プロダクトイオンスキャン実験では、特定の質量電荷比を第１の質量分析計（例えば、Ｑ１）用に選択し、第２の質量分析計（例えば、Ｑ２）を衝突ガスで充満させて、選択した質量電荷比を有するイオンを断片化し、次いで、第３の質量分析計（例えば、Ｑ３）の全体の質量範囲（またはその一部）をスキャンする。これにより、選択したプリカーサーイオンのすべての断片イオンを検出することができる。プリカーサーイオンスキャン実験では、第１の質量分析（例えば、Ｑ１）の全体の質量範囲（またはその一部）をスキャンし、第２の質量分析計（例えば、Ｑ２）を衝突ガスで充満させて、スキャン範囲内のイオンを断片化し、特定の質量電荷比を第３の質量分析計（例えば、Ｑ３）用に選択する。プロダクトイオンの検出の間の時間と、その検出の直前に選択した特定の質量電荷比とを相関させることにより、この種類の実験によって、ユーザーは、どのプリカーサーイオン（複数可）が目的のプロダクトイオンを生成させた可能性があるのかを判定することができる。ニュートラルロススキャン実験では、第１の質量分析計（例えば、Ｑ１）の全体の質量範囲（またはその一部）をスキャンし、第２の質量分析計（例えば、Ｑ２）を衝突ガスで充満させて、スキャン範囲内のすべてのイオンを断片化し、第３の質量分析計（例えば、Ｑ３）を、プリカーサースキャン範囲内のすべての潜在的なイオンに生じた単一の特定の質量の断片化誘起喪失に対応する特定の範囲にわたってスキャンする。この種類の実験により、目的の特定の化学基（例えば、メチル基）を共通して喪失したすべてのプリカーサーの特定が可能となる。ＭＲＭ実験では、ある特定の質量電荷比を第１の質量分析計（例えば、Ｑ１）用に選択し、第２の質量分析計（例えば、Ｑ２）を衝突ガスで充満させ、第３の質量分析計（例えば、Ｑ３）を別の特定の質量電荷比用に設定する。この種類の実験により、第３の質量分析計において選択された生成物に断片化されることが既知である分子の特異性の高い検出が可能となる。ＭＳ及びＭＳ／ＭＳ法は、あらゆる目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる、Ｇｒｅｂｅ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．（２０１１）３２：５－３１にさらに記載されている。

【0075】

さらに、ＭＳ及びＭＳ／ＭＳ技術は、液体クロマトグラフィー（ＬＣ）またはガスクロマトグラフィー（ＧＣ）技法と連結させることができる。そのような液体クロマトグラフィー－質量分析法（ＬＣ－ＭＳ）、液体クロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）、ガスクロマトグラフィー－質量分析法（ＧＣ－ＭＳ）、及びガスクロマトグラフィー－タンデム質量分析法（ＧＣ－ＭＳ／ＭＳ）の方法により、典型的にはＭＳまたはＭＳ／ＭＳ単独で可能であるものよりも強化された質量分解及び質量測定が可能となる。

【0076】

液体クロマトグラフィーは、流体が均一に微細物質のカラムを通って、またはキャピラリー通路を通って浸透する際に、流体溶液の１つ以上の構成成分を選択的に遅延させるプロセスを指す。遅延は、１つ以上の固定相とバルク流体（すなわち、移動相）との間において、流体が固定相（複数可）に対して動く際の、混合物構成成分の分布の結果として生じる。「高圧液体クロマトグラフィー」としても知られている場合がある高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）は、移動相を圧力下で固定相、典型的には、高密度に圧縮されたカラムに押し通すことにより分離度が向上した、ＬＣの変形である。

【0077】

さらに、「超高圧液体クロマトグラフィー」または「超高性能液体クロマトグラフィー（ＵＰＬＣ）」としても既知である、超高速液体クロマトグラフィー（ＵＨＰＬＣ）は、従来のＨＰＬＣ技法よりもはるかに高い圧力を使用して実施される、ＨＰＬＣの変形である。

【0078】

いくつかの実施形態では、カラム内の粒径は、約２．０μｍ未満（例えば、約１．９μｍ、１．８μｍ、１．７μｍ、１．６μｍ、または１．５μｍ以下）である。いくつかの実施形態では、粒径は、約１．７μｍである。

【0079】

いくつかの実施形態では、カラムの作動圧力は、約４００ｂａｒ～約１，０００ｂａｒ（例えば、約４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、または１，０００ｂａｒ）である。

【0080】

いくつかの実施形態では、クロマトグラフィー中、カラムの温度は、約４０℃～約６０℃（例えば、約４０℃、４１℃、４２℃、４３℃、４４℃、４５℃、４６℃、４７℃、４８℃、４９℃、５０℃、５１℃、５２℃、５３℃、５４℃、５５℃、５６℃、５７℃、５８℃、５９℃、または６０℃）の間の温度で維持される。いくつかの実施形態では、カラムは、約５５℃の温度で維持される。

【0081】

いくつかの実施形態では、カラムの流量は、約０．１０ｍＬ／分～約０．５０ｍＬ／分（例えば、約０．１０ｍＬ／分、０．１１ｍＬ／分、０．１２ｍＬ／分、０．１３ｍＬ／分、０．１４ｍＬ／分、０．１５ｍＬ／分、０．１６ｍＬ／分、０．１７ｍＬ／分、０．１８ｍＬ／分、０．１９ｍＬ／分、０．２０ｍＬ／分、０．２１ｍＬ／分、０．２２ｍＬ／分、０．２３ｍＬ／分、０．２４ｍＬ／分、０．２５ｍＬ／分、０．２６ｍＬ／分、０．２７ｍＬ／分、０．２８ｍＬ／分、０．２９ｍＬ／分、０．３０ｍＬ／分、０．３１ｍＬ／分、０．３２ｍＬ／分、０．３３ｍＬ／分、０．３４ｍＬ／分、０．３５ｍＬ／分、０．３６ｍＬ／分、０．３７ｍＬ／分、０．３８ｍＬ／分、０．３９ｍＬ／分、０．４０ｍＬ／分、０．４１ｍＬ／分、０．４２ｍＬ／分、０．４３ｍＬ／分、０．４４ｍＬ／分、０．４５ｍＬ／分、０．４６ｍＬ／分、０．４７ｍＬ／分、０．４８ｍＬ／分、０．４９ｍＬ／分、または０．５０ｍＬ／分）である。いくつかの実施形態では、流量は、約０．４０ｍＬ／分である。

【0082】

勾配溶出は、２つの溶媒（例えば、Ａ溶媒及びＢ溶媒）を使用して行うことができる。いくつかの実施形態では、Ａ溶媒は、水中の１０ｍＭギ酸アンモニウム＋０．１％ギ酸であり、Ｂ溶媒は、０．１％ギ酸を含むアセトニトリルである。いくつかの実施形態では、勾配は、以下の方法、すなわち、Ａ５％及びＢ９５％で１分間、Ａ５０％及びＢ５０％に６分間かけて変更、Ａ５％及びＢ９５％に０．１分間かけて変更、次いでＡ５％及びＢ９５％で４．９分間維持する方法により生成される。ＬＣ、ＨＰＬＣ、またはＵＨＰＬＣによって化合物が分離されると、それらを質量分析計に導入することができる。

【0083】

ガスクロマトグラフィーは、分解せずに気化することができる化合物を分離及び／または分析するための方法を指す。移動相は、典型的には不活性ガス（例えば、ヘリウム）または非反応性ガス（例えば、窒素）である、キャリアガスであり、固定相は、典型的には、「カラム」として機能するガラス管または金属管内部の不活性固体支持体上に配置された、微視的な液体またはポリマー層である。目的のガス状化合物がカラム内の固定相と相互作用するにつれて、それら化合物は、差次的に遅延され、異なる時点でカラムから溶出する。次いで、分離した化合物を、質量分析計に導入することができる。

【0084】

いくつかの実施形態では、抗体ベースの方法を使用して、１種以上のＢＭＰ種の存在量を検出及び／または測定する。好適な方法の非限定的な例としては、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光法、及び放射免疫測定法（ＲＩＡ）技法が挙げられる。ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光法、及びＲＩＡ技法を実施するための方法は、当該技術分野において既知である。

【0085】

本開示の方法において、試料が検出に十分な量のＢＭＰを含み、それによりその存在量を測定することができる限り、任意の数の試料の種類を試験試料及び／または参照試料として使用することができる。非限定的な例としては、細胞、組織、血液（例えば、全血、血漿、血清）、体液（例えば、脳脊髄液、尿、気管支肺胞洗浄液、リンパ液、精液、母乳、羊水）、大便、唾液、またはそれらの任意の組み合わせが挙げられる。好適な細胞の種類の非限定的な例としては、骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ）、血球（例えば、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、赤血球、白血球）、神経細胞（例えば、脳細胞、大脳皮質細胞、脊髄細胞）、骨髄細胞、肝細胞、腎細胞、脾細胞、肺細胞、眼細胞（例えば、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞などの網膜細胞）、絨毛膜絨毛細胞、筋細胞、皮膚細胞、線維芽細胞、心臓細胞、リンパ節細胞、またはそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、試料は、細胞の一部を含む。いくつかの実施形態では、試料は、細胞または組織から精製されている。精製試料の非限定的な例としては、エンドソーム、リソソーム、細胞外小胞（例えば、エクソソーム、微小胞）、及びそれらの組み合わせが挙げられる。

【0086】

いくつかの実施形態では、試料（例えば、試験試料及び／または参照試料）は、培養細胞である細胞を含む。非限定的な例としては、ＢＭＤＭ及びＲＰＥ細胞が挙げられる。ＢＭＤＭは、例えば、ＰＢＭＣを含む試料を入手し、その中に含有される単球を培養することによって得ることができる。

【0087】

好適な組織試料の種類の非限定的な例としては、神経組織（例えば、脳組織、大脳皮質組織、脊髄組織）、肝組織、腎組織、筋組織、心臓組織、眼組織（例えば、網膜組織）、リンパ節、骨髄、皮膚組織、血管組織、肺組織、脾組織、弁組織、及びそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、試験試料及び／または参照試料は、脳組織または肝組織を含む。いくつかの実施形態では、試験試料及び／または参照試料は、血漿を含む。

【0088】

ＰＧＲＮ欠損に関連する障害
ＰＧＲＮは、リソソーム恒常性の維持及び脂質代謝の調節に関与し、ＰＧＲＮ欠損は、リソソーム機能障害（Ｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ ２０：２５６５－２５７４，２０１７）に関連している。同様に、多くの疾患が、未消化のまたは部分的に消化された高分子の蓄積を特徴とするリソソーム蓄積症に起因するかまたは関連付けられる可能性があり、これは、最終的には細胞及び生物の機能障害ならびに臨床的異常をもたらす。リソソーム蓄積症は、蓄積された基質の種類によって定義され、コレステロール蓄積症、スフィンゴリピド症、オリゴ糖症（ｏｌｉｇｏｓａｃｃｈａｒｉｄｏｓｅｓ）、ムコ脂質症、ムコ多糖症、リポタンパク質蓄積症、神経セロイドリポフスチン症などに分類され得る。場合によっては、リソソーム蓄積症には、リソソーム酵素の正常な翻訳後修飾に必要なタンパク質または適切なリソソーム輸送に重要なタンパク質などの、高分子の蓄積をもたらすタンパク質における欠損または異常も含まれる。ＰＧＲＮ欠損に起因するかまたは関連付けられ、リソソーム蓄積症をもたらす可能性がある疾患の非限定的な例としては、前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）（例えば、ＧＲＮ－ＦＴＤ、ＭＡＰＴ－ＦＴＤ、Ｃ９ＯＲＦ７２－ＡＬＳ／ＦＴＤ）、アテローム性動脈硬化、ゴーシェ病、アルツハイマー病（ＡＤ）、遅発性ＡＤ、神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）、ニーマン・ピック病Ａ型（ＮＰＡ）、ニーマン・ピック病Ｂ型（ＮＰＢ）、ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）、Ｃ９ＯＲＦ７２関連筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）／ＦＴＤ、パーキンソン病、及び加齢黄斑変性（ＡＭＤ）が挙げられる。

【0089】

前頭側頭型認知症（ＦＴＤ）は、進行性の神経変性障害である。ＦＴＤは、前頭葉及び側頭葉に選択的な影響を呈する、臨床的、病理学的、及び遺伝的に不均一である疾患の範囲を含む（Ｇａｚｚｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．８１７：７６－８５，２０１７）。ＦＴＤの臨床症状には、行動及び性格の変化、前頭部の実行障害、及び言語機能障害が挙げられる。臨床表現型の相違に基づいて、行動障害型ＦＴＤ（ｂｖＦＴＤ）、及び非流暢／失文法型ＰＰＡ（ａｖＰＰＡ）または意味型ＰＰＡ（ｓｖＰＰＡ）のいずれかであり得る原発性進行性失語（ＰＰＡ）などの、異なる症状が特定されている。これらの臨床症状はまた、大脳皮質基底核症候群（ＣＢＳ）、進行性核上性麻痺（ＰＳＰ）、及び筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）などの非定型パーキンソニズムと重複する場合がある（Ｇａｚｚｉｎａ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．８１７：７６－８５，２０１７）。ＦＴＤは、神経細胞及びアストロサイト中のタウ病変、または神経細胞中の細胞質ユビキチン封入体を含む、様々な神経病理学的特徴を伴う。４３ｋＤａの分子量を有するトランス活性化ＤＮＡ結合タンパク質（ＴＤＰ－４３）は、ＦＴＤの症例の大部分ならびにＡＬＳにおいて蓄積する、最も顕著なユビキチン化タンパク質病変である（Ｐｅｔｋａｕ ａｎｄ Ｌｅａｖｉｔｔ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．３７（７）：３８８－９８，２０１４）。ＦＴＤは、早発性認知症の重大な原因であり、症例の最大８０％が４５～６４歳の間に発症する。この疾患はまた、顕著な家族性要素を呈し、約３０～５０％の症例で疾患の家族歴が報告されている（Ｐｅｔｋａｕ ａｎｄ Ｌｅａｖｉｔｔ、上掲）。

【0090】

いくつかの遺伝子がＦＴＤに関連付けられているが、ＦＴＤにおいて最も頻繁に変異する遺伝子のうちの１つがＧＲＮであり、これは、ヒト染色体１７ｑ２１に位置し、システインリッチなタンパク質であるＰＧＲＮ（プロエピセリン及びアクログラニンとしても既知）をコードする。最近の推定では、ＧＲＮ変異は、家族歴が陽性であるＦＴＤ患者の５～２０％、及び孤発性症例の１～５％を占めると示唆されている（Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．、上掲）。ＧＲＮ関連ＦＴＤにおける神経変性及び疾患過程の根底にある正確な分子機構及び細胞機構は不明であるが、患者の脳の組織分析と組み合わせたＧｒｎノックアウトマウスの表現型の特性評価により、炎症及びリソソーム異常の両方が疾患の中核をなすことが示唆されている（Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１８（６）：３２５－３３３，２０１７）。実際、大量のグリオーシスが患者の皮質領域に存在し（Ｌｕｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ．１６５（４）：９２１－３５，２０１６）、リソソーム障害を意味するリソソーム色素であるリポフスチンが、前駆症状性の個体及び患者の両方を含む変異ＧＲＮ保因者の眼及び皮質において報告されている（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．９（３８５），２０１７）。

【0091】

７０を超えるＧＲＮ疾患変異が報告され、遺伝子全体にわたってマッピングされており、結果として、それらは機能喪失（ＬＯＦ）対立遺伝子であると確認または予測されている（Ｊｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｍｅｄ Ｇｅｎｅｔ．５４：１４５－１５４，２０１７）。ＦＴＤに関連付けられる大部分のヘテロ接合性変異は、主にナンセンスｍＲＮＡ減衰の結果としてのｍＲＮＡレベルの約５０％の低下、及びＰＧＲＮタンパク質レベルの同等の低下を引き起こす（Ｐｅｔｋａｕ ａｎｄ Ｌｅａｖｉｔｔ、上掲、Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．、上掲）。低レベルのＰＧＲＮはまた、前駆症状性の個体を含む保因者の血液（血清）及び脳脊髄液（ＣＳＦ）においても見られる（Ｆｉｎｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．１８（６）：３２５－３３３，２０１７、Ｇｏｏｓｓｅｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｚｈｅｉｍｅｒｓ Ｒｅｓ．Ｔｈｅｒ．１０（１）：３１，２０１８、Ｍｅｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｍｅｎｔ．Ｇｅｒｉａｔｒ．Ｃｏｇｎ．Ｄｉｓ．Ｅｘｔｒａ．６（２）：３３０－３４０，２０１６）。したがって、ハプロ不全は、ＧＲＮ関連ＦＴＤにおける主要な疾患機構であると考えられており、保因者のＰＧＲＮレベルを上昇させる治療的アプローチが、ＦＴＤの発症年齢ならびに進行を遅延させる可能性があることを示唆している（Ｐｅｔｋａｕ ａｎｄ Ｌｅａｖｉｔｔ、上掲、Ｋａｏ ｅｔ ａｌ．、上掲）。この考えは、遺伝子ＴＭＥＭ１０６Ｂの変異体がＰＧＲＮレベルを２５％増強させ、かつＧＲＮ関連ＦＴＤの発症年齢を１３年遅延させることを示す、ヒト遺伝学研究によって裏付けられる（Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ａｎｄ Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ，Ａｃｔａ Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．１３２（５）：６３９－６５１，２０１６）。

【0092】

ホモ接合性のＧＲＮ変異もまた報告されているが、保因者は、リソソーム蓄積症である神経セロイドリポフスチン症（ＮＣＬ）（バッテン病、出生数１００，０００中の発症数１～２．５、Ｃｏｔｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｎｅｕｒｏｌ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．Ｒｅｐ．１３（８）：３６６，２０１３）として既知の幅広く異なる臨床表現型を呈する（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．９０（６）：１１０２－７，２０１２、Ａｌｍｅｉｄａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｂｉｏｌ．Ａｇｉｎｇ．４１：２００．ｅ１－２００．ｅ５，２０１６）。ＧＲＮは、実際、ＮＣＬに関連付けられていると報告されている１４個の神経セロイドリポフスチン症（ＣＬＮ）遺伝子のうちの１つであり、ＧＲＮは、ＣＬＮ１１としても既知である（Ｋｏｌｌｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ．１８３２（１１）：１８６６－８１，２０１３）。

【0093】

ＧＢＡ遺伝子にホモ接合性変異を保有するゴーシェ病患者は、血清中に低レベルのＰＧＲＮを有する（Ｊｉａｎ ｅｔ ａｌ．，ＥＢｉｏＭｅｄｉｃｉｎｅ １１：１２７－１３７，２０１６）。ＧＢＡにヘテロ接合性変異を有するパーキンソン病患者もまた、低レベルのＰＧＲＮを有する。

【0094】

ＧＲＮにおける変異体は、ＡＤに関連付けられており（Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，上掲、Ｂｒｏｕｗｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ．７１（９）：６５６－６４，２００８、Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｄｅｇｅｎｅｒ．Ｄｉｓ．８（４）：２１６－２０，２０１１、Ｖｉｓｗａｎａｔｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．Ｂ．Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｉａｔｒ．Ｇｅｎｅｔ．１５０Ｂ（５）：７４７－５０，２００９）、ＴＤＰ－４３病変は、ＡＤ患者の脳において一般的である（Ｙｏｕｍａｎｓ ａｎｄ Ｗｏｌｏｚｉｎ，Ｅｘｐ．Ｎｅｕｒｏｌ．２３７（１）：９０－５，２０１２）。また、ＰＧＲＮ遺伝子の送達は、ＡＤのマウスモデルにおいてアミロイド負荷を減少させることも示されている（ｖａｎ Ｋａｍｐｅｎ ａｎｄ Ｋａｙ，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．１２（８）：ｅ０１８２８９６，２０１７）。

【0095】

ニーマン・ピック病Ａ型及びＢ型（ＮＰＡ及びＮＰＢ）は、酸性スフィンゴミエリナーゼをコードする遺伝子（ＳＭＰＤ１）における変異に起因する。ニーマン・ピック病Ｃ型（ＮＰＣ）は、コレステロール輸送に関与する遺伝子、すなわち、ＮＰＣ１及びＮＰＣ２における変異に起因する（Ｋｏｌｔｅｒ ａｎｄ Ｓａｎｄｈｏｆｆ，Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｃｅｌｌ Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．２１：８１－１０３，２００５、Ｋｏｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１（２）：１１３－８，１９９９）。

【0096】

ＡＬＳ症例の大多数はＴＤＰ－４３病変を呈し、これは、ＧＲＮ変異を保有する患者にも共通している（Ｐｅｔｋａｕ ａｎｄ Ｌｅａｖｉｔｔ，Ｔｒｅｎｄｓ Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．３７（７）：３８８－９８，２０１４、Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｎｅｕｒｏｌ．８（８）：４２３－３４，２０１２）。すべてのＡＬＳ症例のなかでも、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子内のＧＧＧＧＣＣ反復伸長は、ＡＬＳの最も一般的な原因であり、ＦＴＤの重大な原因である。北米及びヨーロッパ集団において報告された平均変異頻度は、家族性ＡＬＳ患者が３７％、孤発性ＡＬＳ患者が６％、家族性ＦＴＤ患者が２１％、及び孤発性ＦＴＤ患者が６％である（Ｒａｄｅｍａｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．、上掲）。さらに、ＧＲＮ関連ＦＴＤにおいて保護的であるＴＭＥＭ１０６Ｂ変異体はまた、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子内に反復伸長を保有するＦＴＤ患者においても保護的である（ｖａｎ Ｂｌｉｔｔｅｒｓｗｉｊｋ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｎｅｕｒｏｐａｔｈｏｌ．１２７（３）：３９７－４０６，２０１４）。

【0097】

ＡＭＤは、変性疾患であり、先進国における失明の主要な原因である。ＡＭＤは、網膜の中心近傍の小さな点であり鮮明な中心視覚に必要な眼の一部である黄斑に、損傷を引き起こす。眼内の変性変化及び視覚の喪失は、リソソーム機能の障害及び網膜後部の有害なタンパク質の蓄積に起因し得る（Ｖｉｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ．８（７）：ｅ６９５６３，２０１３）。疾患が進行するにつれて、中心視覚領域における網膜の感覚細胞が損傷し、中心視覚の喪失に至る。

【0098】

キット
別の態様では、本開示は、対象（例えば、試験対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団）においてＰＧＲＮレベルをモニタリングする際に使用するためのキットを提供する。いくつかの実施形態では、キットは、（例えば、対象から得た試験試料において、及び／または参照対象もしくは参照対象集団から得た参照試料において）１種以上のビス（モノアシルグリセロ）ホスフェート（ＢＭＰ）種の測定または較正に使用するためのものである。いくつかの実施形態では、キットは、（例えば、試験試料及び／または参照試料などの試料において）１つ以上のＢＭＰ種の存在量を測定または較正するために使用することができる、ＢＭＰ標準物質（例えば、内部ＢＭＰ標準物質）を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、対象において天然に存在しないＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、ヒト、非ヒト霊長類、げっ歯類、イヌ、及び／またはブタにおいて天然に存在しないＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、ヒトにおいて天然に存在しないＢＭＰ種を含む。いくつかの実施形態では、ＢＭＰ標準物質は、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を含む。

【0099】

いくつかの実施形態では、キットは、１つ以上の試薬をさらに含む。例えば、いくつかの実施形態では、キットは、（例えば、対象から）試験試料及び／または（例えば、参照対象または参照対象集団から）参照試料を得るための試薬、試料を処理する（例えば、試験試料及び／または参照試料から１種以上のＢＭＰ種を単離または精製する）ための試薬、試料（例えば、試験試料及び／または参照試料）において１種以上のＢＭＰ種の存在量を測定するための試薬、及び／または試料（例えば、試験試料及び／または参照試料）において１種以上のＢＭＰ種の存在量を較正するための試料を含む。

【0100】

いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に記載の方法を実践するための指示（例えば、プロトコール）を含有する説明用資料（例えば、対象（例えば、試験対象及び／または参照対象もしくは参照対象集団）におけるＰＧＲＮレベルをモニタリングするキットを使用するための説明書）をさらに含む。説明用資料は、典型的には、書面または印刷物で構成されるが、そのようなものに限定されない。そのような説明書を保管することができ、それらをエンドユーザーに伝達することができる任意の媒体が、本開示により企図される。そのような媒体としては、電子記憶媒体（例えば、磁気ディスク、磁気テープ、磁気カートリッジ、磁気チップ）、光学媒体（例えば、ＣＤ－ＲＯＭ）などが挙げられるが、これらに限定されない。そのような媒体には、そのような説明用資料を提供するインターネットサイトへのアドレスが含まれ得る。

【実施例】

【0101】

以下の実施例は、例示目的のためのみに提供され、いかなる様式でも本開示を限定することを意図しない。

【0102】

試料調製
細胞（例えば、骨髄由来マクロファージ（ＢＭＤＭ））をＰＢＳで十分に洗浄し、内部標準物質としてＢＭＰ（１４：０＿１４：０）でスパイクしたメタノールでＢＭＰ種を抽出した。ＢＭＰ種をメタノールで抽出した後、試料をボルテックス混合し、４℃で２０分間、１４，０００ｒｐｍで遠心分離した。次いで、さらなる分析のために、上清を液体クロマトグラフィー－質量分析用バイアルに移した。

【0103】

組織試料を計量し（例えば、２０ｍｇ）、次いで、ＴｉｓｓｕｅＬｙｓｅｒホモジナイザー（Ｑｉａｇｅｎ，Ｖａｌｅｎｃｉａ，ＣＡ，ＵＳＡ）を使用して、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）でスパイクしたメタノール（２００μＬ）中でホモジナイズした。ホモジネートを、４℃で２０分間、１４，０００ｒｐｍで回転させた。次いで、さらなる分析のために、上清を液体クロマトグラフィー－質量分析用バイアルに移した。

【0104】

生体液（１０μＬ）を、ＢＭＰ（１４：０＿１４：０）含有メタノール（１００μｌ）でタンパク質沈殿させ、４℃で２０分間、１４，０００ｒｐｍで回転させた。次いで、さらなる分析のために、上清を液体クロマトグラフィー－質量分析用バイアルに移した。

【0105】

リピドミクス手順
全体的手順：脂質抽出中、動物群及び試料採取物をランダム化した。

【0106】

尿からの脂質及び代謝物の抽出：尿をＴｈｅｒｍｏ Ｍａｔｒｉｘチューブに採取し、－８０℃で保存した。尿を氷上で解凍し、４℃で１０分間、１，０００×ｇで遠心分離して、微粒子を除去した。１０μＬの尿を、２．０ｍＬのＳａｆｅ－Ｌｏｃｋエッペンドルフチューブ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆカタログ番号０２２６０００４４）に、及び内部標準物質混合物（試料あたり２μＬ）を含有するＭＳグレードの氷冷メタノール２００μＬに移した。試料を、５分間、２，５００ｒｐｍでボルテックスした。試料を、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離した。メタノール上清を、９６ウェルプレート中のＬＣＭＳガラスバイアルに移した。試料を、ＬＣＭＳにかけるまで、－８０℃で保存した。

【0107】

血漿からの脂質及び代謝物の抽出：血漿試料を氷上で解凍した。血漿／血清（１０μＬ）または尿（２０μＬ）を、２ｍＬのＳａｆｅ－Ｌｏｃｋエッペンドルフチューブ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆカタログ番号０２２６０００４４）に移した。内部標準物質混合物（試料あたり２μＬ）を含有するＭＳグレードの氷冷メタノール（２００μＬ）を、５分間ボルテックスして、次いで、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離した。リピドミクス分析及びメタボロミクス分析のために、メタノール上清を、９６ウェルプレート中のＬＣＭＳガラスバイアルに移した。試料を、ＬＣＭＳにかけるまで、－８０℃で保存した。

【0108】

脳からの脂質及び代謝物の抽出：マウス脳の前頭皮質（１８～２０ｍｇ）を、５ｍｍのステンレス鋼ビーズ（ＱＩＡＧＥＮカタログ番号６９９８９）を含有する、ドライアイス中に保存された２ｍＬのＳａｆｅ－Ｌｏｃｋエッペンドルフチューブ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆカタログ番号０２２６０００４４）に移した。内部標準物質混合物（試料あたり２μＬ）を含有するＭＳグレードのメタノール（４００μＬ）を添加した。組織を、ＴｉｓｓｕｅＬｙｓｅｒを用いて、冷蔵室内で３０秒間、２５Ｈｚでホモジナイズして、次いで、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離した（ビーズはチューブ内に残した）。メタノール上清を、新しい１．５ｍＬのエッペンドルフバイアルに移し、－２０℃で１時間放置して、タンパク質をさらに沈殿させた。バイアルを、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離して、リピドミクス分析及びメタボロミクス分析のために、メタノール上清をＬＣＭＳガラスバイアルに移した。試料を、ＬＣＭＳにかけるまで、－８０℃で保存した。

【0109】

ＣＳＦからの脂質及び代謝物の抽出：ＣＳＦを、ピペット法によりマウスから採取した。ＣＳＦ（５μＬ）を、ガラスバイアル中の内部標準物質混合物（試料あたり０．２μＬ）を含有するＭＳグレードの氷冷ＭｅＯＨ（１００μＬ）に直接添加した。ＣＳＦ及びＭｅＯＨを含むガラスバイアルを５分間ボルテックスし、直接ＬＣＭＳにかけた。

【0110】

肝臓からの脂質及び代謝物の抽出：肝臓（２０ｍｇ）を、５ｍｍのステンレス鋼ビーズ（ＱＩＡＧＥＮカタログ番号６９９８９）を含有する、ドライアイス中に保存された２ｍＬのＳａｆｅ－Ｌｏｃｋエッペンドルフチューブ（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆカタログ番号０２２６０００４４）に移した。次いで、内部標準物質混合物（試料あたり２μＬ）を含有するＭＳグレードのメタノール（４００μＬ）を添加した。組織を、ＴｉｓｓｕｅＬｙｓｅｒを用いて、（冷蔵室内で）３０秒間、２５Ｈｚでホモジナイズして、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離した（ビーズはチューブ内に残した）。メタノール上清を、新しい１．５ｍＬのエッペンドルフバイアルに移し、－２０℃で３時間放置して、タンパク質をさらに沈殿させた。バイアルを、４℃で２０分間、２１，０００×ｇで遠心分離して、リピドミクス分析及びメタボロミクス分析のために、メタノール上清をＬＣＭＳガラスバイアルに移した。試料を、ＬＣＭＳにかけるまで、－８０℃で保存した。

【0111】

液体クロマトグラフィー－質量分析法
ＢＭＰ分析を、エレクトロスプレー質量分析法（Ｓｃｉｅｘ ６５００＋ＱＴＲＡＰ、Ｓｃｉｅｘ，Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）と連結した液体クロマトグラフィー（Ｓｈｉｍａｄｚｕ Ｎｅｘｅｒａ Ｘ２システム、Ｓｈｉｍａｄｚｕ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔ，Ｃｏｌｕｍｂｉａ，ＭＤ，ＵＳＡ）により実施した。各分析のために、５μＬの試料を、５５℃で、０．４０ｍＬ／分の流量を使用して、ＢＥＨアミド１．７μｍ、２．１×１５０ｍｍカラム（Ｗａｔｅｒｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｍｉｌｆｏｒｄ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，ＵＳＡ）に注入した。移動相Ａを、１０ｍＭギ酸アンモニウム＋０．１％ギ酸を含む水で構成した。移動相Ｂを、０．１％ギ酸を含むアセトニトリルで構成した。勾配を以下の通り、すなわち、０．０～１．０分をＢ９５％で、１．０～７．０分でＢ５０％まで、７．０～７．１分でＢ９５％まで、及び７．１～１２．０分をＢ９５％でプログラムした。エレクトロスプレーイオン化を、以下の設定、すなわち、カーテンガスを２５で、衝突ガスを中等度に設定し、イオンスプレー電圧を－４５００で、温度を６００で、イオン源ガス１を５０で、イオン源ガス２を６０で、コリジョンエネルギーを－５０で、ＣＸＰを－１５で、ＤＰを－６０で、ＥＰを－１０で、滞留時間を２０ミリ秒で使用して、陰イオンモードで実施した。Ａｎａｌｙｓｔ １．６．３（Ｓｃｉｅｘ）を多重反応モニタリングモード（ＭＲＭ）で使用して、データ収集を実施した。ＢＭＰ種を、表１に報告されているＭＲＭ遷移パラメータを使用して検出した。ＢＭＰ種を、内部標準物質としてＢＭＰ（１４：０＿１４：０）を使用して定量化した。ＢＭＰ種を、それらの保持時間及びＭＲＭ特性に基づいて特定した。同位体のオーバーラップの補正後、ＭｕｌｔｉＱｕａｎｔ ３．０２（Ｓｃｉｅｘ）を使用して定量化を実施した。ＢＭＰ種を、総タンパク質量、組織重量、または生体液体積のいずれかに対して正規化した。タンパク質濃度を、ビシンコニン酸（ＢＣＡ）アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ，Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ，ＵＳＡ）を使用して測定した。

【0112】

プリカーサー（Ｑ１）［Ｍ－Ｈ］^－及びプロダクトイオン（Ｑ３）ｍ／ｚトランジションを使用して、ＢＭＰ種を測定した。ＢＭＰ種を、表１に従ってＱ１値及びＱ３値から特定した。略称は、本明細書では２つの側鎖を有する種を指すものとして使用し、脂肪酸側鎖の構造を、ＢＭＰ形式で括弧内に示す（例えば、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１））。数字は、脂肪酸炭素原子の数：二重結合の数の、標準的な脂肪酸の表記形式に従う。接頭辞「ｅ－」は、アルキルエーテル置換基の存在を示すために使用され（例えば、ＢＭＰ（１６：０ｅ＿１８：０））、脂肪酸側鎖のカルボニル酸素は、２つの水素原子で置き換えられている。あるいは、ＢＭＰ種を、炭素原子の総数：二重結合の総数に従って総称的に指すことができ、類似の値を有する種は、それらのＱ１値及びＱ３値によって区別することができる。

【0113】

（表１）ＢＭＰ種及びＭＲＭ遷移パラメータ

【0114】

実施例１．組換え融合タンパク質の発現及び単離
組換えＦｃ二量体：ＰＧＲＮ融合タンパク質をＥｘｐｉ２９３（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ）で発現させるために、細胞を、製造業者（Ｔｈｅｒｍｏ－Ｆｉｓｈｅｒ）の説明書に従って、Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）２９３／プラスミドＤＮＡ複合体を用いて、２×１０^６個の細胞／ｍＬの密度でトランスフェクトした。トランスフェクション後、オービタルシェーカー（Ｉｎｆｏｒｓ ＨＴ Ｍｕｌｔｉｔｒｏｎ）中、６～８％のＣＯ_２の湿潤雰囲気で、細胞を３７℃でインキュベートした。トランスフェクション後の翌日、Ｅｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅ（商標）トランスフェクションエンハンサー１及び２を培養物に添加した。トランスフェクション後の９６時間後、遠心分離によって培地上清を採集した。清澄化した上清にＥＤＴＡ不含プロテアーゼ阻害剤（Ｒｏｃｈｅ）を追加して、－８０℃で保存した。

【0115】

組換え融合タンパク質の単離のために、清澄化した培地上清をＨｉＴｒａｐ ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕＲｅプロテインＡアフィニティーカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）に充填し、洗浄緩衝液Ｉ（ｐＨ７．４のＰＢＳ緩衝液）及び洗浄緩衝液ＩＩ（ｐＨ７．４のＰＢＳ緩衝液及び１５０ｍＭのＮａＣｌ）で洗浄した。融合タンパク質を、１５０ｍＭのＮａＣｌを含むｐＨ３．０の５０ｍＭのＱＢクエン酸塩緩衝液中に溶出した。溶出直後に、アルギニン－コハク酸塩緩衝液（１Ｍのアルギニン、６８５ｍＭのコハク酸、ｐＨ５．０）を添加して、ｐＨを調整した。タンパク質凝集体を、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ２００ ｉｎｃｒｅａｓｅ １６／６０ ＧＬカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）でのサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によって、単分散融合タンパク質から分離した。ＳＥＣの移動相を、アルギニン－コハク酸塩のｐＨ５．０の緩衝液中に維持した。すべてのクロマトグラフィーステップを、ＡＫＴＡ ｐｕｒｅシステムまたはＡＫＴＡ Ａｖａｎｔシステム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）上で実施した。

【0116】

ＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２を、図１Ａ及び１Ｂに示す。Ｆ１では、ＰＧＲＮは、そのＮ末端で、－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｇｌｙ－Ｓｅｒ－（（Ｇ４Ｓ）_２）（配列番号：１）を介してＦｃポリペプチドのうちの１つに融合された。Ｆ２では、ＰＧＲＮは、そのＣ末端で、（Ｇ４Ｓ）_２（配列番号：１）を介してＦｃポリペプチドのうちの１つに融合された。Ｆ１とＦ２の両方で、プログラニュリンに融合したＦｃポリペプチドは、別のＦｃポリペプチドのヒンジ領域においてジスルフィド結合を介して共有結合し、Ｆｃヘテロ二量体を形成した。

【0117】

実施例２．Ｇｒｎノックアウトマウス由来のＢＭＤＭの処理
ＢＭＤＭを、Ｔｒｏｕｐｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（Ｊ．Ｖｉｓ．Ｅｘｐ．２０１３（８１）５０９６６）に記載の方法と同様の方法を使用して（ただし、分化を誘導するために、組換えＭ－ＣＳＦを細胞増殖培地に直接添加して）、野生型マウス及びＧｒｎノックアウトマウスの骨髄からインビトロで得た。ＢＭＤＭを、５０ｎＭの実施例１のＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２、またはＲＳＶ（呼吸器合胞体ウイルス）対照で、７２時間処理した。細胞脂質を、内部標準物質混合物を含有するメタノールの添加により抽出し、ＢＭＰ存在量を、Ｑ－ｔｒａｐ ６５００（ＳＣＩＥＸ）上で液体クロマトグラフィー－質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）により測定した。図２Ａ及び２Ｂに示すように、ＢＭＰ（１８：１＿１８：１）及びＢＭＰ（２０：４＿２０：４）の存在量は、野生型対照と比較して、未処理Ｇｒｎノックアウトマウス由来のＢＭＤＭにおいて増加した。さらに、図２Ｃ及び２Ｄに示す別個の実験（３回の技術的反復）では、総ＢＭＰ及びＢＭＰ（１８：１＿１８：１）の存在量は、組換えＰＧＲＮ（Ａｄｉｐｏｇｅｎ）またはレンチウイルスによって発現されたＰＧＲＮのいずれかで処理されたＧｒｎノックアウトＢＭＤＭにおいて減少した。

【0118】

グラニュリン（ＧＲＮ）ノックアウト動物由来のＢＭＤＭにおいて存在量の増加が見出されたＢＭＰ種を、表２に示す。特に顕著な存在量の増加を示した種に、星印を付す。

【0119】

（表２）ＧｒｎＫＯマウスのＢＭＤＭにおいて上昇したＢＭＰ種

【0120】

実施例３．表現型を回復させるためのＧｒｎＫＯマウスの処理
実施例１の融合体１及び融合体２プログラニュリン融合タンパク質を、Ｇｒｎ ＷＴ及びＧｒｎ ＫＯマウスに尾静脈を介して注射して、末梢及びＣＮＳのＧｒｎ ＫＯ表現型を単回の５０ｍｇ／ｋｇの注射後に回復させることができるかどうかを判定した。

【0121】

材料及び方法
動物：この研究に使用したマウスは、ＪＡＸ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓから入手し、３～５か月齢のＧｒｎ ＫＯマウス２１匹（雄ｎ＝１２、雌ｎ＝９）及びＧｒｎ ＷＴマウス１０匹（雄ｎ＝５、雌ｎ＝５）から構成されていた（表３）。少なくとも研究開始の７日前に、動物を標準的条件の飼育場に収容し、飼料及び水を自由摂取させた。

【0122】

（表３）研究計画／実験群

【0123】

動物の実験群への割り当て：マウスを、同腹仔、性別、及び年齢の間の差異を考慮して、各実験群に均等に分配した。

【0124】

処方：Ｆｃ二量体：ＰＧＲＮ融合タンパク質である融合体１及び融合体２を、それぞれ５．０５ｍｇ／ｍＬ及び４．９０ｍｇ／ｍＬの生理食塩水で使用した。

【0125】

全体的手順：実験条件を、組織を採取する際に交互にした。動物群及び試料採取物をランダム化した。

【0126】

生存中の手順：３ｍｍのランセット（ＧｏｌｄｅｎＲｏｄアニマルランセット）を使用して、顎下出血を実施した。血漿の採取：血液をＥＤＴＡチューブ（Ｓａｒｓｔｅｄｔ Ｍｉｃｒｏｖｅｔｔｅ ５００ Ｋ３Ｅ、参照番号２０１３４１１０２）に採取し、１０回穏やかに反転させた。少量（１００μＬ未満）の血液については、血液を、キャピラリーチューブを備えたＥＤＴＡチューブ（Ｓａｒｓｔｅｄｔ Ｍｉｃｒｏｖｅｔｔｅ １００ Ｋ３Ｅ、参照番号２０１２７８１００）に採取した。ＥＤＴＡチューブを、血漿の調製まで、冷蔵庫内で直ちに保存した。保存してから調製するまでの時間は、１時間以下であった。採取時間及び処理時間は一貫していた。チューブを、４℃で７分間、１２，７００ｒｐｍで遠心分離した。血漿（最上層）を、ゴムシール付きの０．６ｍＬマトリックスチューブに移した。マトリックスチューブをドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。尿の採取：尿を、プラスチックの計量ボートにマウスを拘束し、ほとんどのマウスに計量ボート内に尿を排出させることにより採取した。尿をｐ２００ピペットで採取し、ゴムシール付きの０．６ｍＬマトリックスチューブに移した。マトリックスチューブをドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。

【0127】

末端体液／組織採取手順：動物を、２．５％のアバチンの腹腔内（ｉ．ｐ．）注射により深く麻酔をかけ、次いで、組織を以下に記載の通りの順序で採取した。

【0128】

心臓内灌流前に採取した試料：血漿の採取：血液を、２５ゲージ針を装着した１ｍＬのＴｅｒｕｍｏツベルクリンシリンジ（参照番号ＳＳ－０１Ｔ２５１６）（ＥＤＴＡによる前処理なし）を使用して、心臓穿刺により採取した。次いで、針を取り外し、血液をＥＤＴＡチューブ（Ｓａｒｓｔｅｄｔ Ｍｉｃｒｏｖｅｔｔｅ ５００ Ｋ３Ｅ、参照番号２０１３４１１０２）に移し、１０回穏やかに反転させた。この手順の後、採取後の方法を、生存中の手順において前述したように続けた。脳脊髄液の採取：後頸部の３つの筋層を小型剪刀及び鉗子で引き剥がし、露出した大槽の周囲領域を焼灼して血液からの汚染を防止し、膜をＱ－ｔｉｐ及びＰＢＳで洗浄した。膜を乾燥させ、大槽を２８ １／２ゲージのインスリンシリンジ針の先端で穿刺した。次いで、ｐ２０ピペットを、先ほど穿刺した孔に手早く配置し、ＣＳＦをピペットチップ内に吸い上げた。ＣＳＦを０．５ｍＬのＬｏ－ｂｉｎｄエッペンドルフチューブに入れ、４℃で７分間、１２，７００ｒｐｍで回転させた。ＣＳＦ上清を０．５ｍＬのＬｏ－ｂｉｎｄエッペンドルフチューブに移し、ドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。

【0129】

心臓内灌流後に採取した試料については、動物を、蠕動ポンプ（Ｇｉｌｓｏｎ Ｉｎｃ．Ｍｉｎｉｐｕｌｓ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ Ｆ１１０７０１）を使用して、氷冷ＰＢＳで５分間、５ｍＬ／分の流量で経心的に灌流した。採取の間に切開及び事前の重み付けが可能な組織については、試料を直接１．５ｍＬのエッペンドルフチューブに入れた。組織を、以下の順序で採取した。肝臓（灌流後）：約１５０ｍｇの肝臓を１．５ｍＬのエッペンドルフチューブに採取した。エッペンドルフチューブをドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。眼：両眼を取り外し、筋肉及び視神経を取り外して、眼を１本の１．５ｍＬのエッペンドルフチューブに入れた。エッペンドルフチューブをドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。脳：嗅球及び小脳を除く右半球を採取し、計量してから、１．５ｍＬのエッペンドルフチューブに入れた。エッペンドルフチューブをドライアイス上で急速冷凍してから、－８０℃に移行させた。

【0130】

図３～９に示すように、ＰＧＲＮ融合タンパク質Ｆ１及びＦ２の投与による、肝臓、血漿、尿、ＣＳＦ、及び脳におけるＢＭＰレベルの増加及び回復が見られた。

【0131】

実施例４．ＦＴＤ患者試料のＣＳＦにおけるＢＭＰ変化
国立老化研究所（ＮＩＡ）により付与される共同契約助成（Ｕ２４ ＡＧ２１８８６）の下で政府支援を受けている、アルツハイマー病全国細胞貯蓄所（ＮＣＲＡＤ）からの試料を、この研究に用いた。孤発性ＦＴＤ患者（ｎ＝２５）、ＧＲＮ変異型ＦＴＤ患者（ｎ＝１６）、及び臨床的に正常な対照対象（ｎ＝２０）からのＣＳＦ試料を、盲検化し、ランダム化し、メタノールによる代謝物／脂質抽出を行い、定量ＬＣ／ＭＳ／ＭＳプラットフォーム上で分析した。分析対象物の同一性を本物の化合物で確認し、各分析対象物のシグナルを、対応する内部標準物質に対して正規化した。孤発性及びＧＲＮ ＦＴＤ患者試料のＣＳＦにおけるＢＭＰ１８：１＿１８：１及び２２：６＿２２：６の減少が、臨床的に正常な対照と比較して観察された（図１０Ａ及び１０Ｂ）。

【0132】

本明細書に記載の実施例及び実施形態は、例示目的のためのみであり、それらを考慮した様々な修正または変更が当業者に提案され、本出願の趣旨及び範囲ならびに添付の特許請求の範囲内に含まれるべきであることが理解される。本明細書に引用される配列アクセッション番号の配列は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0133】

略式の配列表

【図1】

【図2A】

【図2B】

【図2C】

【図2D】

【図3A】

【図3B】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10A】

【図10B】

【配列表】

2022513579000001.xml

【手続補正書】

【提出日】2021-06-16

【手続補正1】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】配列表

【補正方法】追加

【補正の内容】

【配列表】

2022513579000001.app

【国際調査報告】