特表2022-518233光学顕微鏡の基準焦点面を識別するための印刷カバースリップ及びスライド
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-03-14
(54)【発明の名称】光学顕微鏡の基準焦点面を識別するための印刷カバースリップ及びスライド
(51)【国際特許分類】
G02B 21/00 20060101AFI20220307BHJP
G02B 21/34 20060101ALI20220307BHJP
G02B 21/36 20060101ALI20220307BHJP
【ＦＩ】
G02B21/00
G02B21/34
G02B21/36
【審査請求】有
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2021541587
(86)(22)【出願日】2020-01-17
(85)【翻訳文提出日】2021-08-06
(86)【国際出願番号】 US2020014167
(87)【国際公開番号】W WO2020150652
(87)【国際公開日】2020-07-23
(31)【優先権主張番号】62/810,850
(32)【優先日】2019-02-26
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】62/794,487
(32)【優先日】2019-01-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521316349
【氏名又は名称】テックサイト・インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100088605
【弁理士】
【氏名又は名称】加藤 公延
(74)【代理人】
【識別番号】100130384
【弁理士】
【氏名又は名称】大島 孝文
(72)【発明者】
【氏名】カフーン・ベンジャミン
(72)【発明者】
【氏名】スウェンソン・シェーン
(72)【発明者】
【氏名】ラーソン・ベンジャミン・エス
【テーマコード（参考）】
2H052
【Ｆターム（参考）】
2H052AC04
2H052AC05
2H052AD09
2H052AE04
2H052AE05
2H052AE06
2H052AF14
2H052AF25
(57)【要約】
光学顕微鏡に関連する基準焦点面を識別するためのシステム、方法、及び装置。方法は、光学顕微鏡に関連して使用されるカバースリップ又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することを含む。この方法は、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算することを含む。この方法は、基準マーカの焦点距離に基づいて、カバースリップ又はスライドの表面を規定する基準焦点面を計算することを含む。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
方法であって、カバースリップの表面又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、
光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させて、前記基準マーカの焦点距離を計算することと、
前記基準マーカの前記焦点距離に基づいて、前記カバースリップの前記表面又は前記スライドの前記表面を規定する基準焦点面を計算することと、を含む、方法。
【請求項2】
前記方法が、前記カバースリップの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記カバースリップの前記表面上に印刷されている、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記カバースリップの前記底面を規定し、
前記カバースリップの前記底面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の頂面を更に規定する、請求項２に記載の方法。
【請求項4】
前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項5】
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、前記光学顕微鏡を、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記基準焦点面を計算することが、２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項7】
前記基準焦点面を計算することが、前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項8】
前記基準焦点面を計算することが、前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、請求項５に記載の方法。
【請求項9】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの前記予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項10】
前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項11】
前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料をスライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、請求項２に記載の方法。
【請求項12】
前記カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記カバースリップの配向を判定することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項13】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子深さが、前記粒子が前記カバースリップの前記底面に対して前記試料中に定位される、推定される深さである、請求項２に記載の方法。
【請求項14】
前記光学顕微鏡を前記予測される粒子深さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子深さを判定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記カバースリップの画像を受信することと、前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記カバースリップの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項16】
前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項17】
前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の前記視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項19】
前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項20】
前記カバースリップ上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、請求項２に記載の方法。
【請求項21】
前記カバースリップの印刷領域を識別することと、前記カバースリップの前記印刷領域に基づいて、前記カバースリップによって覆われた試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、請求項２に記載の方法。
【請求項22】
前記方法が、前記スライドの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記スライドの前記表面上に印刷されている、請求項１に記載の方法。
【請求項23】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記スライドの前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記スライドの前記頂面を規定し、
前記スライドの前記頂面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の底面を更に規定する、請求項２２に記載の方法。
【請求項24】
前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項25】
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、前記光学顕微鏡を、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項26】
前記基準焦点面を計算することが、２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項27】
前記基準焦点面を計算することが、前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項28】
前記基準焦点面を計算することが、前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項29】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項30】
前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項31】
前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料を前記スライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、請求項２２に記載の方法。
【請求項32】
前記スライド上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記スライドの配向を判定することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項33】
前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子高さが、前記粒子が前記スライドの前記頂面に対して前記試料中に定位される、推定される垂直距離である、請求項２２に記載の方法。
【請求項34】
前記光学顕微鏡を前記予測される粒子高さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子高さを判定することを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記スライドの画像を受信することと、前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記スライドの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項36】
前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項37】
前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項38】
前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項39】
前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
前記スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記スライド上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項41】
前記スライドの印刷領域を識別することと、前記スライドの前記印刷領域に基づいて、前記スライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、請求項２２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、光学顕微鏡法に関し、特に、光学顕微鏡法で使用するための基準焦点面に関する。
【背景技術】
【0002】
光学顕微鏡法は、可視光及びレンズのシステムを使用して、画像又は小物体を拡大する。光学顕微鏡を使用して光学顕微鏡法を実行することができる。光学顕微鏡は、典型的には、物体を見るための接眼レンズ及び／又はカメラを含む。ユーザが接眼レンズを通して物体を見るとき、ユーザは、物体の異なる部分を見るときに、顕微鏡の焦点を手動で変更することができる。更に、オブジェクト分析がカメラと通信するコンピュータプログラムによって実行される場合、コンピュータプログラムは、物体の異なる部分を見るときに、顕微鏡の焦点を繰り返し変更してもよい。しかしながら、この、顕微鏡の焦点を繰り返し変更する必要性は、人間又はコンピュータプログラムによって実行されるときに、分析の誤差につながる可能性がある。
【0003】
光学顕微鏡は、一般的に、材料の試料を見るために使用される。試料は、細菌又は小生物などの有機物を含んでもよく、結晶構造又は他の材料などの無機物質を含んでもよい。試料が視野の光学被写界深度よりも厚い場合、ユーザ又はコンピュータプログラムは、顕微鏡の焦点深度を繰り返し調節して、試料の異なる領域を見る必要があり得る。いくつかの事例では、試料がスライド上に均一に分布することを確保しようと努めて、試料がスライドとカバースリップとの間に挟まれるように、カバースリップが、試料の上に置かれる。
【0004】
理想的には、光学顕微鏡法に使用されるカバースリップ及びスライドは、滑らかで平坦であり、均一な厚さを有する。しかしながら、カバースリップ及びスライドは、多くの場合、この理想からずれている。多くの場合、カバースリップ及びスライドは、湾曲曲率又は不均一な厚さを有する。いくつかの実装形態では、試料は、手又は他の不正確な手段によってスライド上に置かれ得る流体又は可鍛性媒体からなる。そのような実装形態では、カバースリップが試料の上に置かれると、スライドとカバースリップとの間に挟まれた試料の形状及び厚さは、試料全体にわたって変化し得るか、又は変動し得る。この変動は、スライド又はカバースリップの曲率、傾き、厚さの変動、又は表面欠陥によって引き起こされる可能性がある。変動により、試料の不均一な分布が引き起こされ、したがって、人又はコンピュータプログラムが試料の異なる部分を見る際に顕微鏡の焦点を繰り返し変更することが必要となる。
【0005】
以上に照らして、本明細書では、光学顕微鏡法の基準フレームのためのシステム、方法、及び装置が開示される。本明細書に開示される基準フレームは、スライド、カバースリップ、及び試料の変動を補償し、したがって、顕微鏡法撮像を改善する。
【図面の簡単な説明】
【0006】
本開示の非限定的かつ非網羅的な実装形態は、以下の図を参照して説明され、別段の指定がない限り、様々な図の全体を通して、同様の参照番号は同様の部分を指す。当業者であれば、様々な図面が例示目的のみのためであることを理解するであろう。本開示の性質、並びに本開示による他の実施形態は、以下の詳細な説明、添付の特許請求の範囲、及びいくつかの図面を参照することによって、より明確に理解され得る。
【0007】
【図1】印刷カバースリップを使用してカバースリップの底面に基準焦点面を提供し、スライドスキャナがカバースリップの表面の下方の１つ以上の指定されたオフセットで試料を走査することができるようにすることの概念的な側面図を例示するものである。
【0008】
【図2A】複数の基準マーカを含む印刷カバースリップの底面の鳥瞰図である。
【0009】
【図2B】頂面から見た印刷カバースリップの鳥瞰図である。
【0010】
【図3A】複数の基準マーカ及び焦点フレームを含む印刷カバースリップの底面の鳥観図である。
【0011】
【図3B】頂面から見た印刷カバースリップの鳥瞰図である。
【0012】
【図4】印刷スライドを使用してスライドの頂面に基準焦点面を提供し、スライドスキャナがスライドの表面の上方の１つ以上の指定されたオフセットで試料を走査することができるようにすることの概念的な側面図を例示するものである。
【0013】
【図5】カバースリップ及び印刷スライドを使用してカバースリップの底面及びスライドの頂面に基準焦点面を提供し、スライドスキャナがカバースリップの表面の下方及び／又はスライドの表面の上方の１つ以上の指定されたオフセットで試料を走査することができるようにすることの概念的な側面図を例示するものである。
【0014】
【図6】カバースリップ又はスライド上に印刷された基準マーカの一部分の、例示的な２０倍率の高分解能画像である。
【0015】
【図7】カバースリップ又はスライド上に印刷された基準マーカの一部分の、例示的な４０倍率の高分解能画像である。
【0016】
【図8】カバースリップ又はスライド上に印刷された基準マーカの一部分の、例示的な２０倍率の高分解能画像である。
【0017】
【図9】カバースリップ又はスライド上に印刷された基準マーカの一部分の、例示的な２０倍率の高分解能画像である。
【0018】
【図10A】基準マーカの予測される縁部を基準マーカの捕捉された縁部と比較するために、印刷カバースリップ及び／又は印刷スライドと併せて使用される自動スライドスキャナによって作成された、例示的な１０倍率の高分解能画像である。
【0019】
【図10B】本視野が基準マーカ内に全体的に内包されると判定するために印刷カバースリップ及び／又は印刷スライドと共に使用される自動スライドスキャナによって作成された、例示的な１０倍率の高分解能画像である。
【0020】
【図11A】試料移送ツールの実施形態の斜視側面図である。
【0021】
【図11B】試料移送ツールの一実施形態の正面鳥瞰図である。
【0022】
【図11C】試料移送ツールの一実施形態の正面側面図である。
【0023】
【図12A】試料移送ツールの一実施形態の斜視側面図である。
【0024】
【図12B】試料移送ツールの一実施形態の正面鳥瞰図である。
【0025】
【図12C】試料移送ツールの一実施形態の正面側面図である。
【0026】
【図13A】試料移送ツールの一実施形態の斜視側面図である。
【0027】
【図13B】試料移送ツールの一実施形態の正面鳥瞰図である。
【0028】
【図13C】試料移送ツールの一実施形態の正面側面図である。
【0029】
【図14】光学顕微鏡を試料に合焦させるための方法の概略フローチャート図である。
【0030】
【図15】光学顕微鏡を試料に合焦させるための方法の概略フローチャート図である。
【0031】
【図16】光学顕微鏡を試料に合焦させるための方法の概略フローチャート図である。
【0032】
【図17】光学顕微鏡を試料に合焦させるための方法の概略フローチャート図である。
【0033】
【図18】光学顕微鏡を試料に合焦させるための方法の概略フローチャート図である。
【0034】
【図19】複数の基準マーカに基づいて試料の基準焦点面を計算するための方法の概略フローチャート図である。
【発明を実施するための形態】
【0035】
本明細書では、光学顕微鏡で見た試料の焦点を精緻化するための基準焦点面を判定するためのシステム、方法、及びデバイスが開示される。本開示のいくつかの実施形態は、光学顕微鏡によって撮像されている試料の基準焦点面を効率的に識別するための印刷カバースリップ及び印刷スライドを対象とする。基準フレームは、試料厚さの変動、並びにスライド及びカバースリップの曲率、厚さ、又は表面平滑度を補償する。
【0036】
本開示の実施形態は、基準マーカを使用して、光学顕微鏡によって撮像されている試料の基準焦点面を識別する。一実施形態では、基準マーカは、光学顕微鏡で使用するためのカバースリップ及び／又はスライド上に印刷されている。基準焦点面、又は基準焦点面から指定されたオフセットを開始ポイントとして使用して、試料の焦点面を更に精緻化することができる。一実施形態では、焦点は、特定の場所における試料の画像に基づいて、更に精緻化される。試料全体に対する画像の場所は、基準マーカに基づいて判定される。
【0037】
本開示の実施形態は、試料に合焦することが困難であるときの光学顕微鏡に適用される。この実装形態では、試料は、スライドとカバースリップとの間に挟まれる。スライド又はカバースリップのうちの１つ以上は、基準マーカを含むように印刷されている。試料は、光学顕微鏡で走査される。基準マーカを走査及び評価して、カバースリップの底面及び／又はスライドの頂面として規定される試料の基準焦点面を規定する。次いで、試料は、基準焦点面に対して固定されたオフセットで走査される。いくつかの事例では、試料自体に合焦するか、又は所与の基準場所からの試料の焦点を改善する方法を判定するための有意義な手段はない。そのような事例では、この例示的な実装形態は、試料の焦点を精緻化するのに、及び適切な焦点を達成するための時間を早めるのに、特に有用である。
【0038】
本開示の更なる実施形態は、空気品質試料を走査するための印刷カバースリップである。そのような実装形態では、試料は、透明ゲルの表面上に空中浮遊粒子を捕捉することによって、収集される。試料は、捕捉された微粒子層がカバースリップに非常に近いように、印刷カバースリップで染色及び被覆される。いくつかの事例では、捕捉された微粒子層は、０～１０μｍの範囲の染色液の層によってのみ分離される。本実施形態では、カバースリップの印刷領域は試料を包囲するが、試料自体とは重なり合わない。システムは、印刷カバースリップを通して試料を見、カバースリップ上に印刷された基準マーカに合焦する。基準マーカに合焦した後、試料の焦点位置が、内挿を使用して推定される。これらの推定値は、可変の染色層の深さ及び試料と印刷カバースリップとの不完全な平坦性に起因して、不完全であり得る。初期の推定値は、推定される焦点長さ付近の異なる焦点長さで局所的な焦点探索を実行することによって精緻化される。それによって、最適な焦点ポイントは、カバースリップの上又は試料の下のスライド表面上のデブリなどの高焦点測度の層を混乱させることによって混同されることとなることなく、識別される。この実装形態は、サンプリングされた空気が低微粒子計数を有するときに空気品質試料が疎であり得るため、空気品質試料の正しい焦点を迅速かつ正確に見出すのに特に有効である。
【0039】
本開示の実施形態によるシステム及び方法の詳細な説明を以下で提示する。いくつかの実施形態を説明するが、本開示はいずれの一実施形態に限定されず、その代わりに数多くの代替物、変更例及び均等物を包含することを理解されたい。加えて、本明細書に開示される実施形態の完全な理解を提示するために、多数の特定の詳細を、以下の説明において述べるが、いくつかの実施形態は、これらの詳細のいくつか又は全てなしに実施され得る。その上、明瞭さの目的で、本開示を不必要に不明瞭にすることを回避するために、関連した技術分野において知られている特定の技術項目を、詳細には説明していない。
【0040】
図１は、光学顕微鏡で撮像するためのスライド１０４とカバースリップ１０２との間に挟まれた試料１０６の概念的な側面図である。カバースリップ１０２は、試料１０６全体に分布した物体を見るための基準焦点面として機能する。典型的な光学顕微鏡分析では、試料１０６は、図１に示されるように、対象の粒子１０８を識別、分析、及び／又は定量化するために試料１０６が光学顕微鏡で視覚的に検査できるように処理される。カバースリップ１０２は、スライドスキャナがカバースリップ１０２の表面の下方の１つ以上の指定されたオフセットで試料１０６を走査し得るように、基準焦点表面を提供するためのマーキングを含む。
【0041】
カバースリップ１０２は、１つ以上の基準マーカ１１０ａ、１１０ｂ、１１０ｃ（本明細書で「１１０」と総称される）を含む。基準マーカ１１０は、カバースリップ上に印刷されている。一実施形態では、基準マーカ１１０は、接眼レンズ又はカメラに対してカバースリップ１０２の底面上にのみ印刷され、すなわち、試料１０６と接触する表面上に印刷されている。一実施形態では、基準マーカ１１０は、図２Ａ～図２Ｂに例示されるように、カバースリップ１０２の領域中にわたって印刷されている。基準マーカ１１０は、試料１０６及び／又は試料１０６内の粒子１０８に光学顕微鏡を正確かつ効率的に合焦させるプロセスを単純化する。基準マーカ１１０は、人又はコンピュータプログラムが基準マーカ１１０に最初に合焦することを可能にして、カバースリップ１０２の底面の場所を識別し、それによって、試料１０６の頂面の場所を識別する。
【0042】
一実施形態では、各基準マーカ１１０は、マクロカメラ画像及び／又は光学顕微鏡の接眼レンズを通して見たときに見えることとなる好適なサイズの形状である。更に、基準マーカ１１０が、画像ベースの合焦を容易にするために底部照明されたときに、内部の細粒度化されたコントラストを呈するように、各基準マーカ１１０が印刷され得る。そのような実施形態では、各基準マーカ１１０は、細粒度化された空間的に変化する透過率を有するパターン又はテクスチャから構成され得る。基準マーカ１１０は、ドットパターン、ハッシングパターン、平行線を有するパターン、ランダム化パターンなどを有し得る。
【0043】
一実施形態では、試料１０６は、カバースリップ１０２を上に有するスライド１０４上に配設される。試料１０６は、スライド１０４を通して光学顕微鏡（又は別のデバイス）によって、背後照明される。試料１０６は、カバースリップ１０２を通して光学顕微鏡（又は別のデバイス）によって、上部照明される。好適な走査システムは、カバースリップ１０２全体のマクロ画像を撮り、それによって、全ての基準マーカ１１０をマクロレベルのパターンで可視化し得る。次いで、試料１０６の一部分の４０倍（又は他の好適な倍率）のビューが、カバースリップ１０２を通して撮られ得る。基準マーカ１１０の一部分が見える場合、例えば図２Ａ～図２Ｂに例示されるグリッドパターン基準マーカ上でのような、基準マーカ１１０のパターン上の遷移を確かめるために、ビューが合焦され得る。
【0044】
一実施形態では、カバースリップ１０２は、試料１０６に接触するカバースリップ１０２の下面の焦点面を規定する。このことは、遷移領域に合焦し、具体的には基準マーカ１１０のインク領域への空隙の縁部に合焦することによって、実現される。３つの基準マーカ１１０を可視化することができると、システムは、基準焦点面として機能するように、カバースリップ１０２の下面に対応するベース面を規定することができる。追加の基準マーカ１１０に合焦すると、規定されたベース面に使用されるモデルを、カバースリップ１０２の底面の形状を反映するように拡大することができる。ベース面を判定するための好適なソフトウェア及び数学的計算が使用されてもよく、機械学習又は自動スライド走査システムの機能の一部として統合されてもよいことが理解されよう。
【0045】
一実施形態では、試料１０６は、自動スライドスキャナを使用して可視化及び評価される。自動スライドスキャナは、１つ以上の規定された焦点面（「ＤＦＰ」）に沿って走査するために、概ね垂直又はｚ軸に沿った可動域を使用して試料１０６を走査する。規定された焦点面は、カバースリップ１０２の下面に対応する規定されたベース面に対して概ね平行である。対象の粒子１０８が、予測される粒子深さ１１２（ベース焦点面からの深さとして規定される）内に存在する場合、予想される粒子深さ１１２バンド内の規定された平面が走査され得る。一実施例では、予測される粒子深さ１１２バンドは、ベース焦点面（カバースリップ１０２の下面として規定される）から３ミクロン～１２ミクロンの深さである。走査は、３ミクロンの深さ、５ミクロンの深さ、７ミクロンの深さ、９ミクロンの深さ、１１ミクロンの深さ、１３ミクロンの深さ、及び１５ミクロンの深さで、又は場合ごとに判定される任意の他の好適な範囲で、行われ得る。これらの値は例示に過ぎず、様々な用途のための対象の媒体及び粒子の特性に基づいて変動することを理解されたい。
【0046】
対象の粒子１０８が、スライド１０４付近の試料１０６の下端により近いバンド内に存在し得る他の実施形態では、基準マーカ１１０は、カバースリップ１０２の下面上に設置されるのではなく、スライド１０４の上面上に設置され得る。カバースリップ１０２上の基準マーカ１１０と同様に、これらの基準マーカ１１０は、スライド１０４上に直接印刷することによって、設置され得る。いくつかの実施形態では、スライド１０４上及びカバースリップ１０２上の両方で、相違する基準マーカ１１０が存在し得る。これにより、上側及び下側の両方の焦点面を使用する技術の使用、沈降特性又は浮揚特性のいずれか一方に基づく対象の粒子１０８の分析が、可能になる。
【0047】
カバースリップ１０２は、光学顕微鏡スライドと共に使用するのに好適なサイズ及び形状であり得る。一実施形態では、カバースリップ２０２は、約２２ｍｍ×２２ｍｍのサイズを有する。一実施形態では、カバースリップ１０２は、約２０ｍｍ×４０ｍｍのサイズを有する。カバースリップ２０２が、特定のマクロカメラ又は光学顕微鏡用などの特定の用途に合わせてカスタマイズされたサイズ及び形状を有し得ることを理解されたい。
【0048】
いくつかの実装形態では、試料１０６は、液体形態で調製される。１つの実施例では、試料は、動物から採取された排泄物試料などの糞便物質である。この実施例では、試料１０６は、糞便物質を試薬と混合し、かつ濾過して大きな汚染物質を除去し、かつ遠心分離を実行することによって、調製される。次いで、調製された試料１０６は、対象の粒子１０８の存在について検査され得る。この実施例では、動物は、寄生条件を有すると疑われ得、糞便物質は、卵、寄生虫、又はデブリなどの粒子１０８の存在を識別するために検査され得る。試料処理は、特有の重力特性又は類似の特性に起因して、寄生卵などの対象の粒子１０８を、試料１０６内の特定の高さに存在させる得る。いくつかの事例では、対象の粒子１０８が試料１０６内に存在することが想定される、既知の予測される粒子深さ１１２がある。例示的な実施形態では、卵は、試料１０６の上面の約３ミクロン～約１２ミクロンの深さに存在し得る。カバースリップ１０２が曲率又は他の変動を有する場合、このことは、対象の粒子１０８の実際の深さを変動させ得る。そのような事例では、予測される粒子深さ１１２に対する自動標準焦点は、対象の粒子１０８を定位しない。この問題は、基準マーカ１１０に最初に合焦して、カバースリップ１０２の底面の場所を識別し、それによって、試料１０６の頂面の場所を識別することによって、克服される。基準マーカ１１０の識別された深さに基づいて、基準マーカ１１０の深さに基づいて判定された予測される粒子深さ１１２に合焦することによって、粒子１０８を識別することができる。
【0049】
本明細書で論じられるような粒子１０８は、粉塵、細胞、細胞群、繊維、物質の部分、生物、組織、生物学的物質、ミネラル、又は分類若しくは分析され得る任意の他の物品若しくは材料などの、任意の単位又は部分の物質を含む。粒子１０８の分類、検出、定量、又は同定は、特有の粒子又は物質の特有のタイプの粒子又は条件を識別することを含み得る。例えば、細胞は、特有の細胞型として識別されるだけでなく、異常、疾患、感染、又は癌に対応する条件などの特定の条件を有するか、又は表示し得る。
【0050】
図２Ａ及び図２Ｂは、カバースリップ２０２の鳥瞰図を例示している。図２Ａは、カバースリップ２０２の底面２０４の鳥瞰図を例示し、図２Ｂは、カバースリップ２０２の頂面２０８の鳥瞰図を例示している。カバースリップ２０２上のマーキングが、底面２０４又は頂面２０８のいずれか一方上に確認できるように、カバースリップ２０２は、ガラス又はプレキシガラスなどの透明材料で構成され得る。底面２０４は、光学顕微鏡のカメラ又は接眼レンズに対して下面を指す。底面２０４は、試料１０６と接触する表面である。
【0051】
カバースリップ２０２は、下面２０４上に印刷され、かつ頂面２０８を通してカバースリップを見るときに見える、複数の基準マーカ２１０を含む。図２Ａ～図２Ｂに例示される実施形態では、各基準マーカ２１０は、全体像マクロカメラ画像内で上部照明されたときに見えることとなる好適な直径の円である。加えて、各基準マーカ２１０は、細粒度化されたコントラストを呈して、底部照明し、かつ接眼レンズ又はカメラを使用して光学顕微鏡の対物レンズを通して見たときに、画像ベースの合焦を容易にする。一実施形態では、各基準マーカ２１０は、細粒度化された空間的に変動する透過率を有するパターン及び／又はテクスチャから構成されている。例示的な一実施形態では、各基準マーカ２１０は、およそ２５０μｍ～１．４ｍｍの直径の範囲内の円である。基準マーカ２１０は、カバースリップ２０２の用途に応じて任意の好適なサイズ及び形状であり得ることを理解されたい。
【0052】
カバースリップ２０２は、底面２０４上に印刷されたキラルインジケータ２１２を更に含む。キラルインジケータ２１２は、語又は記号が正しい配向を有するようなキラルである。キラルインジケータ２１２のキラル性は、カバースリップ２０２を、正しい配向で、かつ正しい側を上向きにして配向させる際に、ユーザを誘導する。図２Ａ～図２Ｂに例示される実施例では、キラルインジケータ２１２は、「ＣＨＩＲＡＬ ＩＮＤＩＣＡＴＯＲ」という語であり、正確な配向を明確に有する。キラルインジケータ２１２を、カバースリップ２０２の上面２０８を通して見たときに正しい配向で見ることができるように、キラルインジケータ２１２は、カバースリップ２０２の底面２０４上に鏡像として印刷されている。これにより、底面２０２が試料１０６と接触するように、実施者がカバースリップ２０２を正確に配向することが、確保される。キラルインジケータ２１２のキラル性は、検討者又はコンピュータプログラムが、カバースリップがマクロ画像又は高倍率画像の検査によって正しい配向を有することを確認することを、更に可能にする。キラルインジケータ２１２が、図２Ａ～図２Ｂに例示されるようなテキストを含んでもよいし、キラルインジケータ２１２が、記号又は形状を含んでもよいことを理解されたい。キラルインジケータ２１２は、幾何学的形状、書かれたテキスト、一連の線、パターンなどであってもよい。
【0053】
一実施形態では、基準マーカ２１０は、背後照明されたときに、１．０μｍ／画素の分解能で５００μｍ×５００μｍの視野内に、高コントラストの鮮明なエッジの空間的変動性を呈する。基準マーカ２１０は、視野の全体にわたる複数の暗光の遷移を、更に呈する。このことを達成するために、空間的変動は、２００μｍ未満の、好ましくはより微細な構造又はテクスチャを有する、１μｍもの微細な直径の、微細フィーチャサイズを有し得る。多周波数のテクスチャ及びパターンを使用して、単一周波数のパターン又は数周波数のパターンと比較して、干渉アーチファクトを最小化し得る。いくつかの実施形態では、このことは、インク中の顔料構造、印刷画像デザインにおける明示的な構造、又は微細スクリーン印刷を介した暗黙的な構造、及びインキング下で、達成され得る。このことはまた、エッチング、レーザ印刷、オフセット印刷、スタンピング、インクジェット、フォトリソグラフィ、３Ｄ印刷、又は任意の他の実行可能なマーキング機構によっても、達成され得る。微細なフィーチャ縁部に沿った明から暗への遷移のための理想的な距離は、１μｍ未満であり得る。基準マーカ２１０のテクスチャ及び／又は構造は、９０度刻みでの回転、又は任意の度の回転に対して、統計的に不変であり得る。
【0054】
各カバースリップ２０２は、印刷側が対象の試料１０６の溶液と接触しながら浮遊することが、想定されるため、印刷された基準マーカ２１０は、この環境において安定な材料で形成されなければならない。下面上のスクリーン印刷が、好適であり得る。印刷は正確である必要はなく、微細な細部が統計的に一貫している限り、粗いフィーチャが空間的変動を許容することができることが理解されよう。実際には、安定した有色インクは、背後照明されたときに統計的に一貫した回転不変の高コントラストの細粒度化された構造を有するため、許容可能な結果を提示することができる。
【0055】
いくつかの実施形態では、スライド１０４上に、１つ以上の基準マーカ２１０及びキラルインジケータ２１２が印刷されている。スライド１０４は、カバースリップ２０２に加えて基準マーカ２１０を含み得る。いくつかの実施形態では、カバースリップ２０２上に任意の基準マーカ２１０を印刷する代わりに、スライド１０４が、基準マーカ２１０を含む。このことは、撮像される試料１０６のタイプ、及び／又は試料１０６内に呈され得る対象の粒子１０８に基づいて、判定され得る。例えば、所与の試料タイプ及び調製方法に対して粒子１０８の想定される場所がカバースリップ付近に定位される場合には、印刷カバースリップが最良である。あるいは、所与の試料タイプ及び調製方法に対して粒子１０８の想定される場所がスライド付近に定位される場合には、印刷スライドが最良である。更に、このことは、試料１０６が、スライド１０４を通した背後照明及び／又はカバースリップ１０２を通した上部照明を通して照明されるかどうかに基づいて、判定されてもよい。
【0056】
基準マーカ２１０がスライド１０４上に印刷される一実施形態では、スライド１０４は、図２Ａ及び図２Ｂに例示されるカバースリップ２０２と同様の外観であり得る。１つの違いは、基準マーカ２１０が、カバースリップの底面上に印刷されているのとは対照的に、スライドの頂面上に印刷されていることである。更に、キラルインジケータ２１２は、スライドの頂面上に印刷されており、鏡像として印刷されてはいないが、代わりに、正しい、読み取り可能な形態で印刷されている。
【0057】
図３Ａ及び図３Ｂは、図２Ａ及び図２Ｂに例示されるカバースリップ２０２との類似点を有するカバースリップ３０２の実施形態を例示している。図３Ａは、カバースリップ３０２の底面３０４の鳥瞰図であり、底面３０４は、顕微鏡のカメラ又は接眼レンズに対して規定され、試料１０６と接触することが意図されている。図３Ｂは、カバースリップ３０２の頂面３０８の鳥瞰図であり、頂面３０８は、顕微鏡のカメラ又は接眼レンズに対して規定され、試料１０６の反対方向に面することが意図されている。カバースリップ３０２は、複数の基準マーカ３１０及びキラルインジケータ３１２を含む。加えて、カバースリップ３０２は、試料３０６を定位する場所又は見るべき場所を規定するためにカバースリップ３０２上に印刷され得る、焦点フレーム３１４を含む。
【0058】
図３Ａ～図３Ｂに例示される実施形態では、１０個の印刷された基準マーカ３１０がある。基準マーカ３１０は、任意の好適なサイズ又は形状であり得ることを理解されたい。図３Ａ～図３Ｂに例示される実施形態では、は、基準マーカ３１０は各々、マクロカメラ画像内で上部照明されたときに見えることとなるグリッドパターンを含む好適な直径の円である。加えて、基準マーカ３１０は、画像ベースの合焦を容易にするために底部照明されたときに、４０倍の対物レンズに内部の細粒度化されたコントラストを呈する。
【0059】
カバースリップ３０２は、キラルインジケータ３１２を更に含む。この実施形態では、キラルインジケータ３１２は、底面３０４上に印刷された「ＬＥＦＴ」という語である。キラルインジケータ３１２は、キラルインジケータ３１２が、ユーザがカバースリップ３０２を正しく配向するのを支援するように、キラルである。ＬＥＦＴという語は、図３Ｂに例示されるように、頂面３０８を通して見たときに、語を正しく読み取ることができるように、カバースリップ３０２の下面３０４上に鏡像として印刷されている。ＬＥＦＴという語は、語が正しく読めるときに（図３Ｂのように、頂面３０８が上向きに向いている）、カバースリップ３０２が正しく配向されていることを示し、ＬＥＦＴという語は、顕微鏡のカメラ又は接眼レンズを通して上方から見たときに、カバースリップ３０２の左側にある。
【0060】
カバースリップ３０２は、焦点フレーム３１４を更に含む。焦点フレームは、カバースリップ３０２の中央場所に定位されてもよいし、用途に応じて、カバースリップ上の他の何らかの好適な場所に定位されてもよい。焦点フレーム３１４は、撮像目的での境界ボックスとして機能する。描示されるように、焦点フレーム３１４は、試料３０６の上に位置決めするための線を含まない中央空間又は窓を有する形状を規定する、一連の平行線として形成され得る。描示される実施形態では、形状は、平行線と同一線である２つの平行な長辺、及びこれらの長辺に対して横方向である２つの短辺を有する矩形である。基準マーカ３１０に加えて、焦点フレーム３１４の線を使用して、焦点面を計算するために、試料３０６の周囲の焦点フレーム３１０内の任意の数の位置に、一連の焦点ポイントを作成することができる。焦点フレーム３１４は任意の好適な形状であってもよく、試料３０６を撮像する目的での境界ボックスとして作用するように平行であってもなくてもよい、線、ドット、又は他の情報から形成されてもよいことが理解されよう。
【0061】
図３Ａ～図３Ｂの実施形態と同様の実施形態のための１つの潜在的な使用法は、中に任意の粒子を捕捉した後に顕微鏡法によって検査できる試３０６ストリップを生成する、好適な材料のストリップの上に空気流を方向付けることによって作製された空気品質試料の検査である。１つの例示的な実施形態では、この試料３０６ストリップは、約１ｍｍ×約１３ｍｍの寸法を有し得る。包囲する焦点フレーム３１４は、約７．５ｍｍ×約１９ｍｍの寸法を有し、中央空間が、約５ｍｍ×約１７ｍｍの寸法を有し得る。これらの形状及び寸法は、例示に過ぎず、かつ異なるアッセイに対して特定の試料サイズが変動するように変動し得ることが理解されよう。例えば、他の標準的なサイズ及び形状の試料を生成する試験は、そのような試料から離間した好適なフレームを形成するためのサイズ及び形状を有する焦点フレーム３１４を有するカバースリップを利用し得る。
【0062】
いくつかの実施形態では、スライド１０４上に、１つ以上の基準マーカ３１０及びキラルインジケータ３１２が印刷されている。スライド１０４は、カバースリップ３０２に加えて基準マーカ３１０を含み得る。いくつかの実施形態では、カバースリップ３０２上に任意の基準マーカ３１０を印刷する代わりに、スライド１０４が、基準マーカ３１０を含む。このことは、撮像される試料１０６のタイプ、及び／又は試料１０６内に呈され得る対象の粒子１０８に基づいて、判定され得る。例えば、所与の試料タイプ及び調製方法に対して粒子１０８の想定される場所がカバースリップ付近に定位される場合には、印刷カバースリップが最良である。あるいは、所与の試料タイプ及び調製方法に対して粒子１０８の想定される場所がスライド付近に定位される場合には、印刷スライドが最良である。更に、このことは、試料１０６が、スライド１０４を通した背後照明及び／又はカバースリップ３０２を通した上部照明を通して照明されるかどうかに基づいて、判定されてもよい。
【0063】
基準マーカ３１０がスライド１０４上に印刷される一実施形態では、スライド１０４は、図３Ａ及び図３Ｂに例示されるカバースリップ３０２と同様の外観であり得る。１つの違いは、基準マーカ３１０が、カバースリップの底面上に印刷されているのとは対照的に、スライドの頂面上に印刷されていることである。更に、キラルインジケータ３１２は、スライドの頂面上に印刷されており、鏡像として印刷されてはいないが、代わりに、正しい、読み取り可能な形態で印刷されている。
【0064】
図４は、光学顕微鏡で撮像するためのスライド１０４とカバースリップ１０２との間に挟まれた試料１０６の概念的な側面図である。図４に例示される実施形態では、基準マーカ１１０は、図１に例示されるように、カバースリップ１０２の底面ではなく、スライド１０４の頂面上に印刷されている。スライド１０４は、スライド１０４上に印刷された基準マーカ１１０ｄ、１１０ｅ、１１０ｆ（「１１０」と総称される）に少なくとも部分的に基づいて基準焦点面を判定することができるように、印刷されている。スライド１０４は、スライドスキャナがスライド１０４の表面の上方の１つ以上の指定されたオフセットで試料１０６を走査することができるように基準焦点面を提供するために、基準マーカ１１０を含む。
【0065】
図５は、光学顕微鏡で撮像するためのスライド１０４とカバースリップ１０２との間に挟まれた試料１０６の概念的な側面図である。図５に例示される実施形態では、基準マーカ１１０は、図１に例示されるようなカバースリップ１０２のみ、又は図４に例示されるようなスライド１０４のみではなく、カバースリップ１０２及びスライド１０４上に印刷されている。カバースリップ１０２及びスライド１０４は各々、カバースリップ１０２及びスライド１０４上に印刷された基準マーカ１１０ａ、１１０ｂ、１１０ｃ、１１０ｄ、１１０ｅ、１１０ｆ（「１１０」と総称される）に少なくとも部分的に基づいて基準焦点面を判定することができるように、印刷されている。
【0066】
図１に関して論じられた走査技術がまた、いくつかの変更を伴って、図４及び図５に例示される代替的実施形態にも、適用される。基準マーカ１１０が、カバースリップ１０２の底面ではなくスライド１０４の頂面上に印刷されているとき、基準焦点面は、カバースリップ１０２ではなくスライド１０４に対して識別される。別の言い方をすれば、基準焦点面は、スライド１０４の頂面を識別したのであり、それによって、試料１０６の底面を識別する。このことは、基準焦点面がカバースリップ１０２の底面を識別し、それによって、図１に関連して論じられるように、試料１０６の頂面を識別するのとは、異なる。
【0067】
カバースリップ１０２又はスライド１０４上に印刷することにより、試料自体の外観を識別することが困難であっても、ユーザ又はコンピュータプログラムが試料１０６の場所を検出することが、可能になる。印刷カバースリップ１０２の場合、カバースリップ１０２は、試料１０６の上に置かれる。印刷スライド１０４の場合、試料１０６は、スライド１０４の印刷領域内で配向される。いずれの場合でも、走査領域は、全体像画像によってカバースリップ１０２又はスライド１０４の印刷領域を識別するために最適化される。適切な走査領域は、印刷領域に基づいて、その試料タイプに対して規定される。
【0068】
例えば、複数の基準マーカを有する湿潤糞便カバースリップは、全ての基準マーカを内包する２０ｍｍ×２０ｍｍの境界ボックスを規定する。次いで、これを、２２ｍｍ×２２ｍｍの全カバースリップ領域まで拡大するか、又は走査前により小さい領域まで低減することができる。このことを、走査時間と走査ファイルサイズと試験感度との間の所望のトレードオフに基づいて判定することができる。更に、例えば、空気品質印刷パターンは、図３Ａ～図３Ｂに例示されるような、試料領域を包囲する矩形ボックスを含む。矩形ボックスを使用して、その試料タイプの走査領域を規定することができる。
【0069】
一実施形態では、方法は、印刷カバースリップ１０２全体の全体像画像を捕捉することから始まる。代替的実施形態では、カバースリップ１０２ではなく、スライド１０４がインプリントされ、全体像画像は、印刷スライド全体を捕捉する。一実施形態では、スライド上に試料が配設され、試料上にカバースリップが配設され、全体像画像は、カバースリップ、試料、及びスライドの各々を捕捉する。全体像画像は、例えば、図２Ａ～図２Ｂのカバースリップ２０２上にインプリントされた１８個（１８）の基準マーカ２１０の各々を捕捉するであろう。更に、全体像画像は、例えば、１０個（１０）の基準マーカ、及び図３Ａ～図３Ｂのカバースリップ３０２上にインプリントされた焦点フレームを捕捉するであろう。全体像画像の内容は、印刷カバースリップ、試料、及び／又は印刷スライドの実装形態に依存するものとなることを理解されたい。
【0070】
この実施形態では、全体像画像が捕捉された後、基準焦点面が計算される。カバースリップ１０２がインプリントされる実施形態では、基準焦点面は、カバースリップ１０２の底面を規定する。スライド１０４がインプリントされる実施形態では、基準焦点面は、スライド１０４の頂面を規定する。いずれの実装形態でも、基準焦点面は、試料１０６と接触するカバースリップ１０２又はスライド１０４の表面を規定する。試料１０６は、カバースリップ１０２とスライド１０４との間に挟まれる。
【0071】
基準焦点面の計算を進めるために、光学顕微鏡を、基準マーカに合焦させる。基準マーカから対物レンズ、カメラ、レンズ、接眼レンズ、又は光学顕微鏡の他の関連構成要素までの焦点距離は、基準マーカへの合焦の結果に基づいて、計算される。焦点距離は、基準マーカから、対物レンズ、カメラレンズ、接眼レンズレンズ、画像センサなどの光学顕微鏡の関連構成要素までの距離である。焦点距離は、異なる実装形態に基づいて異なる距離を規定し得ることを理解されたい。カバースリップ１０２がインプリントされる実施形態では、基準マーカまでの焦点距離は、カバースリップ１０２の底面を規定し、試料１０６の頂面を更に規定する。スライド１０４がインプリントされる実施形態では、基準マーカまでの焦点距離は、スライド１０４の頂面を規定し、試料１０６の底面を更に規定する。
【0072】
各基準マーカについての（ｘ，ｙ，ｚ）座標は、特定の基準マーカに対する焦点距離と、全体像画像に対する特定の基準マーカについての（ｘ，ｙ）座標と、に基づいて、判定される。特定の基準マーカの焦点距離は、その基準マーカについてのｚ軸座標を提示する。全体像画像内の特定の基準マーカの場所は、その基準マーカについての（ｘ，ｙ）座標を提示する。基準焦点面は、複数の基準マーカの各々の（ｘ，ｙ，ｚ）座標に基づいて、計算される。
【0073】
一実施形態では、基準焦点面は、２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を内挿することによって、計算される。一実施形態では、２つの隣接する基準マーカ間の、カバースリップ１０２及び／又はスライド１０４の表面曲率は、２つの隣接する基準マーカについてのｚ軸座標を内挿することによって計算される。
【0074】
一実施形態では、基準焦点面は、特定の基準マーカに対する焦点距離を外挿して、特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することによって、計算される。そのような実施形態では、特定の基準マーカを包囲する領域の、カバースリップ１０２及び／又はスライド１０４の表面曲率は、特定の基準マーカの（ｘ，ｙ，ｚ）座標に基づいて、計算される。
【0075】
一実施形態では、基準焦点面は、３つの基準マーカを識別し、かつ３つの基準マーカ間の（ｘ、ｙ、ｚ）距離を計算することによって、計算される。本実施形態では、３つの基準マーカの（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定される三角形に、平面がフィッティングされる。このプロセスは、カバースリップ１０２及び／又はスライド１０４の表面曲率及び寸法を規定する三角形メッシュを生成するために、３つの基準マーカの複数のセットに対して繰り返され得る。
【0076】
一実施形態では、基準焦点面は、４つ以上の基準マーカ、及び４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することによって、計算される。本実施形態では、カバースリップ１０２及び／又はスライド１０４の曲率は、４つ以上の基準マーカの座標によって規定される（ｘ、ｙ、ｚ）ポイントにフィッティングされる。このことは、カバースリップ１０２及び／又はスライド１０４の表面全体を近似する表面トポロジの計算を進めるために、実行される。
【0077】
基準焦点面は、本明細書で論じられる実施形態のうちの１つ以上に基づいて計算され得ることを理解されたい。一実施形態では、基準焦点面は、内挿、外挿、三角形への平面のフィッティングに基づいて、更には複数の基準マーカの座標に基づいて曲率を推定することによって、計算される。
【0078】
【0079】
図６は、基準マーカ１１０の一部分の、２０倍率の高分解能画像である。図６は、画像の上縁部上の丸みを帯びたプロファイル６０２によって示される基準マーカ１１０の頂面を描示している。外部縁部６０２は、焦点評価のための対照領域を提示し、また、基準の配向及び場所を判定するために使用され得る。基準の内部の印刷領域６０４は、背景又は試料が見える外部領域６０６と視覚的に区別される。内部空隙領域６０８は、最適な焦点がこの実施形態のインクテクスチャによって提示される細粒度化されたコントラストを利用して判定され得る、基準の内部領域が不透明から透明への遷移領域６１０を内包することを確保する。
【0080】
図７は、移行領域６１０及び外部縁部６０２の対照テクスチャに関する追加の詳細を提示する基準マーカ１１０の一部分の４０倍率の高分解能画像である。
【0081】
図８は、基準マーカ１１０の一部分の、２０倍率の高分解能画像である。図８は、画像の左側の丸みを帯びたプロファイル６０２によって示される基準マーカ１１０の左側を描示している。図８に示される画像は、焦点最適化に使用できる、テクスチャ遷移領域６１０内の細粒度化されたインクテクスチャの、比較的密な分布を含む。
【0082】
図９は、基準マーカ１１０の一部分の、２０倍率の高分解能画像である。図９の細粒度化されたインクテクスチャは、図９が、基準マーカの好適なインク分布及び密度の範囲の下端を例示するように、大きな内部空隙領域６０８を有する図８のインクテクスチャよりも疎である。比較的大量の変動を許容することによって、カバースリップ１０２の印刷プロセスは、単純なままであり、コストを低減する。
【0083】
図１０Ａ及び図１０Ｂは、本明細書で論じられるような印刷カバースリップ１０２と併せて使用される自動スライドスキャナによって作成された、例示的な画像を描示している。図１０Ａは、基準マーカ１１０の縁部を描示する画像であり、明部分は、カバースリップ１０２のクリアな部分を表し（基準マーカ１１０なしで）、暗部分は、基準マーカ１１０を表す。図１０Ｂは、図２Ａ～図２Ｂ又は図３Ａ～図３Ｂに描示されるハッシング又はドットアレイなどの基準マーカ１１０の内部グリッドを描示する画像である。
【0084】
図１０Ａ～図１０Ｂに描写される画像の捕捉を進めるために、自動スライドスキャナ対物レンズを、基準マーカ１１０上に定位して、基準マーカに合焦する前に基準の（ｘ，ｙ）座標を計算する。図１０Ａ～図１０Ｂでは、点線は、基準マーカ１１０の想定される縁部１００２を表す。想定される縁部１００２は、自動スライドスキャナなどのシステムによって計算される。想定される縁部１００２は、印刷カバースリップ又は印刷スライド全体の全体像画像などの基準画像に基づいて、計算され得る。非破線は、図１０Ａ～図１０Ｂに例示される画像内に捕捉されるような基準マーカ１１０の、捕捉された縁部１００４を表す。図１０Ａ～図１０Ｂに表される画像は、自動スライドスキャナ対物レンズ及びカメラを使用して捕捉されたズームアウト画像を表し得る。捕捉された縁部１００２は、高倍率視野内に捕捉されるような基準マーカ１１０の明から暗への実際の遷移を表す。矢印は、基準マーカ１１０の中心に顕微鏡対物レンズを置くのに必要な相対位置移動を示す位置移動又はベクトル１００６を表す。
【0085】
一実施形態では、試料１０６及びカバースリップ１０２のマクロ画像が捕捉された後、自動スライドスキャナ又は他のシステムが、基準マーカ１１０の想定される縁部１００２を計算する。想定される縁部１００２は、カバースリップ１０２上に印刷された少なくとも１つの基準マーカ１１０の予測されるサイズ及び形状を示す。一実施形態では、想定される縁部は、基準マーカ１１０の形状のシステムへの前の入力に基づいて、計算される。別の実施形態では、想定される縁部は、マクロ画像内の基準マーカ１１０の形状に基づいて、計算される。マクロ画像内の基準マーカ１１０の場所を使用して、基準マーカ１１０を自動スライドスキャナ対物レンズの高倍率視野内に持ち込むこととなる顕微鏡ステージ位置を予測する。システムは、顕微鏡ステージを基準マーカ１１０の予測される場所に移動させ、内向き又は外向きの螺旋運動などのサーチパターンで試料１０６を走査する。基準マーカ１１０の少なくとも一部分がビュー内にあるとき、システムは、基準マーカ１１０の捕捉された縁部１００４を判定する。捕捉された縁部１００４は、基準マーカ１１０内の明から暗への遷移の場所であると判定される。システムは、想定される縁部１００２を捕捉された縁部１００４と比較して、カバースリップ１０２のマクロ画像に対する捕捉された高倍率画像の場所を判定する。一実施形態では、カバースリップ１０２に対するマクロ画像の場所は、想定される縁部１００２を、許容誤差閾値内で、捕捉された縁部１００４に一致させることによって、判定される。
【0086】
図１０Ａに示されるように、想定される縁部１００２（点線で表される）は、明から暗への遷移が起こると予測される、基準マーカ１１０の想定される縁部の周りで湾曲する。捕捉された縁部１００４（非破線によって表される）は、明から暗への遷移が実際に生じる、基準マーカ１１０の縁部を辿ると評価される。
【0087】
いくつかの事例では、計算された焦点面の生成のためのポイントの所望の配置は、基準マーカ１１０の実際の縁部ではなく、基準マーカ１１０の「内部グリッド」である。基準マーカ１１０の内部グリッドは、図２Ａ～図２Ｂ及び図３Ａ～図３Ｂに例示されるように、基準マーカ１１０内にドット又はハッシングを含む。そのような事例では、システムは、高倍率画像における暗及び明の相対的な割合、及びカバースリップ１０２に対するマクロ画像の配置を利用して、基準マーカ１１０の中心に顕微鏡対物レンズを置くための相対位置移動又はベクトル１００６を計算し得る。この相対位置移動又はベクトル１００６は、図１０Ａの矢印によって表される。
【0088】
いくつかの事例では、捕捉された画像は、基準マーカ１１０の内部グリッドの描示を含む。このことは、図１０Ｂに例示されている。図１０Ｂに描示される明領域及び暗領域は、基準マーカ１１０内のハッシング又はドットアレイを表す。図１０Ｂに示される画像は、その場所の画像に必要とされる位置移動又はベクトル１００６を計算することによって、捕捉され得る。あるいは、図１０Ｂに示される画像は、その場所を起動時に直接撮像することによって、捕捉されてもよい。
【0089】
一実施形態では、想定される縁部１００２、計算された縁部１００４、及び位置移動又はベクトル１００６は、システムを最適化するための様々な目的に使用され得る。例えば、これらのパラメータのうちの１つ以上は、システム較正に、データ保持に、又はオペレータ制御に、使用され得る。より低分解能の画像の捕捉及び保持は、より速い計算及びデータ操作時間を可能にし得る。これにより、データストレージのコストが追加的に低下する。
【0090】
一実施形態では、高倍率画像が、光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉される。高倍率画像は、基準マーカが画像内に捕捉されているかどうかを判定するために評価される。画像内に撮像された基準マーカがない場合には、光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させて、光学顕微鏡と関連付けられたカメラの視野を変化させる。光学顕微鏡のステージ又は対物レンズは、任意の好適な様式で、例えば、元の高倍率画像場所から外向きに移動する螺旋形状で移動され得る。ステージ又は対物レンズが移動された後、新たな高倍率画像が捕捉される。新たな高倍率画像は、基準マーカが画像内に捕捉されているかどうかを判定するために評価される。このプロセスは、基準マーカが高倍率画像内に捕捉されるまで、任意の回数繰り返され得る。
【0091】
基準マーカが高倍率画像内に捕捉されていると判定することに応答して、高倍率画像は、基準マーカの全体、又は基準マーカの一部分のみが、高倍率画像内に捕捉されているかどうかを判定するために、評価される。あるいは、基準マーカが光学顕微鏡カメラによって捕捉された高倍率視野よりも大きい場合、視野全体が基準マーカによって覆われているかどうか、又は視野の一部分のみが基準マーカを内包するかどうかを判定するために、画像が評価され得る。視野の一部分のみが基準マーカを内包すること、及び基準マーカの一部分のみが画像内に捕捉されていることに応答して、基準マーカの捕捉された縁部１００４が、識別される。捕捉された縁部１００４は、基準マーカの想定される縁部１００２と比較される。想定される縁部１００２は、印刷されたカバースリップ又はスライド全体を捕捉し、かつ高倍率画像内に捕捉された基準マーカを含む、全体像マクロ画像に基づいて、判定され得る。捕捉された縁部１００４と想定される縁部１００２とを比較して、想定されるエッジ１００２が許容誤差閾値内で捕捉されたエッジ１００４と一致するかどうかを判定する。
【0092】
図１１Ａ～図１３Ｃは、試料移送ツール１１００、１２００、１３００の異なる実施形態の様々な図を例示している。図１１Ａ、図１２Ａ、及び図１３Ａは、試料移送ツール１１００、１２００、１３００の異なる実施形態の斜視図を例示している。図１１Ｂ、図１２Ｂ、及び図１３Ｂは、試料移送ツール１１００、１２００、１３００の異なる実施形態の正面鳥瞰図を例示している。図１１Ｃ、図１２Ｃ、及び図１３Ｃは、試料移送ツール１１００、１２００、１３００の異なる実施形態の正面側面図を例示している。
【0093】
図１１Ａ～図１１Ｃは、長尺部材１１０２が外側ループ１１０４内の中心に置かれている、試料移送ツール１１００の実施形態を例示している。試料移送ツール１１００は、液体試料に対して光学顕微鏡分析を実行するために、スライド１０４上に液体試料を置くのに使用できる。試料移送ツール１１００は、円筒形試験管などの試験管内に格納された試料を捕捉するのに特に有用である。いくつかの事例では、試料１０６を試験管内で遠心分離して、溶媒又は他の溶液などの試料１０６の他の成分から対象の粒子１０８を分離する。いくつかの事例では、粒子１０８は、遠心分離後に試料１０６の最上部に定位される。そのような事例では、試料移送ツール１１００は、試験管内の試料１０６の最上部に定位された粒子１０８を捕捉するのに特に有効である。
【0094】
試料移送ツール１１００は、ハンドルとして機能する長尺部材１１０２を含む。長尺部材１１０２の一端において、試料移送ツール１１００は、外側ループ１１０４を含み、１つ以上のスポーク１１０６が、外側ループ１１０４に取り付けられ、かつ外側ループ１１０４によって規定される内部空間内に定位されている。外側ループ１１０４と組み合わせられた１つ以上のスポーク１１０６は、試料捕捉ループ１１０８を規定するように機能する。試料捕捉ループ１１０８は、試料が表面張力の力によって捕捉される内部空間を規定する。
【0095】
試料捕捉ループ１１０８は、１つ以上のスポーク１１０６と外側ループ１１０４の一部分との組み合わせによって、規定される。図は、例示目的のみで試料捕捉ループ１１０８によって規定される内部空間を指し示すことに留意されたい。試料捕捉ループ１１０８の各々は、表面張力の力を使用して試料１０８を捕捉するか又は「ピックアップする」ように機能する。試料は、試料捕捉ループ１１０８を規定するスポーク１１０６及び外側ループ１１０４に付着することができ、試料は、試料捕捉ループ１１０８によって規定された空の内部空間中にわたって、表面張力の力によって「伸張する」ことができる。試料捕捉ループ１１０８は、図１１Ａ～図１１Ｃに示されるような半三角形形状であり得るか、又は試料捕捉ループ１１０８は、円形又は楕円形状、矩形状、いくつかの他の抽象的な形状などの、任意の好適な形状を規定し得る。
【0096】
外側ループ１１０４は、例示されるように円形であり得るか、又は外側ループ１１０４は、正方形、矩形、楕円形などの別の好適な形状であり得る。描示されるように、外側ループ１１０４及びスポーク１１０６は、長尺部材１１０２と概ね直交する平面内に形成され得る。外側ループ１１０４及びスポーク１１０６は、液体試料に挿入されたときに表面張力によって外側ループ１１０４及びスポーク１１０６の中に液体を保持するように、サイズ設定されている。描示される実施形態では、外側ループ１１０４内に４つのスポーク１１０６がある。外側ループ１１０４内に任意の数のスポーク１１０６があり得ることを理解されたい。あるいは、外側ループ１１０４内にスポーク１１０６がなくてもよく、外側ループ１１０４は、長尺部材１１０２に直接取り付けられてもよい。
【0097】
実施例の例示的な実装形態では、試料移送ツール１１００は、動物性糞便物を含有する液体溶液を、光学顕微鏡による分析のためにスライド１０４に移送するのに使用される。糞便物試料は、得られた排泄物試料を好適な試薬と混合し、混合物を濾過し、試験管などの好適な容器内で遠心分離を実行することによって、調製され得る。例示的な実装形態では、糞便物内の対象の粒子１０８は、遠心分離後に溶液の最上部に定位される。したがって、試料のこの部分が対象の粒子１０８を含むため、試験管内に定位される試料のメニスカス又は最上部分のみを捕捉することが望ましい。試料移送ツール１１００は、試料の液体部分に接触するための試験管への挿入に合わせて、サイズ設定され得る。次いで、液体は、表面張力によって試料移送ツール１１００の複数の試料捕捉ループ１１０８内に保持される。次いで、試料移送ツール１１００は、顕微鏡スライド１０４と接触するように置かれ得る。次いで、スライド１０４に接触している液体は、試料捕捉ループ１１０８から解放されて、スライド１０４上にプールを形成し得る。次いで、カバースリップ１０２が、プールの上に置かれて、分析のための配置された試料を形成し得る。試料移送ツール１１００は、所望の分析のための好適な厚さを有するカバースリップ１０２の領域に対応するプールを作成するための、試験管への挿入に合わせて、かつ更には外側ループ１１０２に合わせて、サイズ設定され得る。
【0098】
外側ループ１１０４は、内部空間を規定する。外側ループ１１０４が円形状又は楕円形状である、図１１Ａ～図１３Ｃに例示されるような一実施形態では、外側ループ１１０４の内部空間は、円形状又は楕円形状を形成する。外側ループ１１０４は、あるいは、正方形状、矩形状、五角形状、六角形状、八角形状などであってもよい。１つ以上のスポーク１１０６は、外側ループ１１０４に取り付けられ、外側ループ１１０４によって規定される内部空間内に配設されている。一実施形態では、１つ以上のスポーク１１０６は、長尺部材１１０２に対して垂直であるか、又は長尺部材１１０２に対してほぼ垂直である。次に、外側ループ１１０４もまた、長尺部材１１０２に対して垂直であるか、又は長尺部材１１０２に対してほぼ垂直である。
【0099】
試料移送ツール１１００は、ポリカーボネート、金属、木材などの剛性材料で構成され得る。試料移送ツール１１００は、半剛性材料で構成されてもよい。
【0100】
１つ以上のスポーク１１０６と組み合わせられた外側ループ１１０４は、１つ以上の試料捕捉ループ１１０８を規定する。１つ以上の試料捕捉ループ１１０８の各々は、１つ以上のスポーク１１０６と共に、外側ループ１１０４によって規定される内部空間の全体を形作っている。試料捕捉ループ１１０８は、表面張力特性として液体を保持することのために規定される。試料捕捉ループ１１０８は、試料移送ツール１１００が、液体試料をピックアップし、かつ試料捕捉ループ１１０８中にわたって液体を「伸張させる」ことを可能にする。試料捕捉ループ１１０８は、図１１Ａ～図１１Ｂ、図１２Ａ～図１２Ｂ、及び図１３Ａ～図１３Ｂに例示されるように、外側ループ１１０４の壁及び１つ以上のスポーク１１０６によって規定される。
【0101】
図１１Ａ～図１１Ｃに例示される実施形態では、試料移送ツール１１００は、４つのスポーク１１０６を含む。４つのスポーク１１０６は、外側ループ１１０４と共に、４つの別個の試料捕捉ループ１１０８をまとめて規定する。試料移送ツール１１００は、任意の好適な数のスポーク１１０４を含んでもよく、したがって、任意の好適な数の試料捕捉ループ１１０８を含んでもよいことを理解されたい。
【0102】
一実施形態では、この数の試料捕捉ループ１３０８は、試料移送ツール１１００の測定コンポーネントを提示する。いくつかの事例では、移送される試料のタイプ又はその試料の調製方法に応じて、多くの小さな試料捕捉ループ１１０８を有することが望ましい場合がある。試料捕捉ループ１１０８の各々は、試料内の対象の粒子１０８をピックアップするのに有効であり得る。したがって、試料を多数回移送するのではなく、多くの試料捕捉ループ１１０８を有する試料移送ツール１１００を使用することが望ましい場合がある。いくつかの実装形態では、試料移送ツール１１００は、ユーザが試験管から試料を１回だけスライドし、かつなおも、撮像される対象の例示的な数の粒子１０８を収集することを、可能にする。
【0103】
図１２Ａ～図１２Ｃは、試料移送ツール１２００の実施形態を例示している。図１１Ａ～図１１Ｃに例示される実施形態と同様に、試料移送ツール１２００は、長尺部材１２０２、外側ループ１２０４、１つ以上のスポーク１２０６、及び外側ループと１つ以上のスポーク１２０６との組み合わせによって規定される１つ以上の試料捕捉ループ１２０８を含む。図１２Ａ～図１２Ｃに例示される実施形態では、長尺部材１２０２は、外側ループ１２０４の中心からオフセットされ、図１１Ａ～図１１Ｃに示されるようにスポーク１２０６のうちの１つ以上ではなく、代わりに、外側ループ１２０４自体に取り付けられている。
【0104】
図１３Ａ～図１３Ｃは、試料移送ツール１３００の実施形態を例示している。図１１Ａ～図１１Ｃ及び図１２Ａ～図１２Ｃに例示される実施形態と同様に、試料移送ツール１３００は、長尺部材１３０２、外側ループ１３０４、１つ以上のスポーク１３０６、及び１つ以上の試料捕捉ループ１３０８を含む。１つ以上の試料捕捉ループ１３０８は、スポーク１３０６のうちの１つ以上、及び外側ループ１３０４の少なくとも一部分によって、規定される。試料捕捉ループ１３０８は、試料が捕捉され、表面張力の力を使用してピックアップされ得る、空の内部空間を規定する。
【0105】
図１３Ａ～図１３Ｃに例示される実施形態では、外側ループ１３０４は、リブ付け縁部又はギザギザ縁部を含む。外側ループ１３０４のリブ付けは、試料への追加の接触ポイントを提示するために有用であり得、したがって、試料が試料移送ツール１３００によって捕捉される可能性を増加させるのに有用であり得る。外側ループ１３０４上のリブ付けは、特定の試料又は溶液に特に有用であり得る。更なる実施形態では、スポーク１３０４は、リブ付け縁部又はギザギザ縁部を追加的に含み得る。
【0106】
更に、試料移送ツール１３００のこの実施形態では、外側ループ１３０４に取り付けられた８つのスポーク１３０６がある。８つのスポーク１３０６は、外側ループ１３０４と共に、８つの別個の試料捕捉ループ１３０８を規定する。外側ループ１３０４によって規定される内部空間内に任意の数のループ１３０６があり得ることを理解されたい。したがって、試料移送ツール１３００は、任意の好適な数の試料捕捉ループ１３０８を含み得る。
【0107】
図１４は、光学顕微鏡を使用して試料に合焦するための方法１４００の概略フローチャート図である。方法１４００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１４００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0108】
方法１４００が、開始し、人又はコンピュータプログラムが、１４０２において、カバースリップの表面上に印刷された基準マーカを識別する。方法１４００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１４０４において、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算する。方法１４００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１４０６において、基準マーカの焦点距離に少なくとも部分的に基づいて、カバースリップの表面を規定する基準焦点面を計算する。基準マーカの場所は、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させた結果に基づいて、判定され得る。
【0109】
図１５は、光学顕微鏡を使用して試料に合焦するための方法１５００の概略フローチャート図である。方法１５００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１５００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0110】
方法１５００が、開始し、人又はコンピュータプログラムが、１５０２において、スライドの表面上に印刷された基準マーカを識別する。方法１５００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１５０４において、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算する。方法１５００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１５０６において、基準マーカの焦点距離に少なくとも部分的に基づいて、スライドの表面を規定する基準焦点面を計算する。基準マーカの場所は、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させた結果に基づいて、判定され得る。
【0111】
図１６は、光学顕微鏡を使用して試料に合焦するための方法１６００の概略フローチャート図である。方法１６００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１６００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0112】
方法１６００が、開始し、人又はコンピュータプログラムが、１６０２において、カバースリップ上に印刷された基準マーカを識別し、基準マーカは、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してカバースリップの底面上に印刷されている。方法１６００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１６０４において、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させる。方法１６００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１６０６において、基準マーカの場所に基づいて、カバースリップの底面を規定する基準焦点面を計算する。基準マーカの場所は、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させた結果に基づいて、判定され得る。
【0113】
図１７は、光学顕微鏡を使用して試料に合焦するための方法１７００の概略フローチャート図である。方法１７００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１７００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0114】
方法１７００が、開始し、人又はコンピュータプログラムが、１７０２において、スライド上に印刷された基準マーカを識別し、基準マーカは、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してスライドの頂面上に印刷されている。方法１７００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１７０４において、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させる。方法１７００は、継続し、人又はコンピュータプログラムが、１７０６において、基準マーカの場所に基づいて、スライドの頂面を規定する基準焦点面を計算する。基準マーカの場所は、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させた結果に基づいて、判定され得る。
【0115】
図１８は、光学顕微鏡を使用して試料に合焦するための方法１８００の概略フローチャート図である。方法１８００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１８００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0116】
方法１８００が、開始し、人又はコンピュータプログラムが、１８０２において、カバースリップの表面又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別する。人又はコンピュータプログラムが、１８０４において、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算する。人又はコンピュータプログラムが、１８０６において、基準マーカの焦点距離に基づいて、カバースリップの表面又はスライドの表面のいずれか一方を規定する基準焦点面を計算する。
【0117】
図１９は、カバースリップ又はスライド上に印刷された複数の基準マーカに基づいて、カバースリップ又はスライドに対する基準焦点面を規定するための方法１９００の概略フローチャート図である。方法１９００は、光学顕微鏡を使用する人によって、及び／又は光学顕微鏡のカメラと通信するコンピュータプログラムによって、実行され得る。方法１９００は、光学顕微鏡によって捕捉された画像を分析する機械学習アルゴリズムを動作させるコンピュータシステムによって、実行され得る。
【0118】
方法１９００が、開始し、ヒト又はコンピューティングシステムが、１９０２において、光学顕微鏡を、カバースリップ又はスライドの表面上に印刷された複数の基準マーカの各々に合焦させて、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算する。一実施形態では、光学顕微鏡は、複数の基準マーカの各々に、１つずつ独立して合焦する。方法１９００は、継続し、人又はコンピュータシステムが、１９０４において、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を、複数の基準マーカの各々に対する対応する場所と一致させる。対応する場所は、カバースリップ又はスライド全体の全体像画像に基づいて、判定され得る。方法１９００は、継続し、人又はコンピューティングシステムが、１９０６において、複数の基準マーカ１９０６の各々の対応する焦点距離及び場所に基づいて、カバースリップ又はスライドの基準焦点面を計算する。カバースリップ又はスライドに対する基準焦点面は、カバースリップとスライドとの間に挟まれた試料の表面を、更に規定する。
【実施例】
【0119】
以下の実施例は、更なる実施形態に関連する。
【0120】
実施例１は、方法である。方法は、カバースリップの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算することと、を含む。方法は、基準マーカの焦点距離に基づいて、カバースリップの表面を規定する基準焦点面を計算することを含む。
【0121】
実施例２は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してカバースリップの底面上に印刷されており、底面が、試料と接触するようになっており、カバースリップの表面を規定する基準焦点面が、カバースリップの底面を規定し、カバースリップの底面を規定する基準焦点面が、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対する試料の頂面を更に規定する、実施例１における方法である。
【0122】
実施例３は、光学顕微鏡でカバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、全体像走査に基づいて、カバースリップの表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、全体像走査に基づいて、カバースリップの表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、全体像走査に基づいて、カバースリップ上に印刷された複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施例１又は２における方法である。
【0123】
実施例４は、カバースリップの表面を規定する基準焦点面を計算することが、光学顕微鏡を、カバースリップ上に印刷された複数の基準マーカの各々に合焦させて、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を、複数の基準マーカの各々の対応する場所と一致させることと、複数の基準マーカの各々の対応する焦点距離及び場所に基づいて、基準焦点面を計算することと、を含む、実施例１から３のいずれかにおける方法である。
【0124】
実施例５は、基準焦点面を計算することが、２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する焦点距離を外挿して、特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施例１から４のいずれかにおける方法である。
【0125】
実施例６は、基準焦点面を計算することが、複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、全体像走査に対する３つの基準マーカの各々に対する場所を識別することと、３つの基準マーカの各々に対する焦点距離及び場所に少なくとも部分的に基づいて、３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施例１から５のいずれかにおける方法である。
【0126】
実施例７は、基準焦点面を計算することが、複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、４つ以上の基準マーカの各々対する焦点距離と、全体像走査に対する４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ、ｙ、ｚ）座標を識別することと、４つ以上の基準マーカの各々の（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を含む、実施例１から６のいずれかにおける方法である。
【0127】
実施例８は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してカバースリップの底面上に印刷されており、底面が、試料と接触するようになっており、方法が、１つ以上の基準マーカへの光学顕微鏡の合焦の結果に基づいて、試料までの予測される焦点距離を計算することと、試料までの予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施例１から７のいずれかにおける方法である。
【0128】
実施例９は、光学顕微鏡でカバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、全体像走査内の基準マーカを識別することと、基準マーカまでの焦点距離に基づいて基準マーカのｚ軸場所を計算することと、全体像走査に対する基準マーカの場所に基づいて、基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施例１から８のいずれかにおける方法である。
【0129】
実施例１０は、試料移送ツールを使用してスライド上に試料を置くことによって、光学顕微鏡で撮像するための試料を調製することを更に含み、試料移送ツールが、長尺部材と、内部空間を規定する外側ループと、外側ループに取り付けられ、かつ外側ループの内部空間内に配設された１つ以上のスポークと、を含み、１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポーク、及び外側ループの少なくとも一部分が、試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、長尺部材が、１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施例１から９のいずれかにおける方法である。
【0130】
実施例１１は、カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、キラルインジケータに基づいてカバースリップの配向を判定することと、を更に含む、実施例１から１０のいずれかにおける方法である。
【0131】
実施例１２は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してカバースリップの底面上に印刷されており、底面が、試料と接触するようになっており、方法が、光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、予測される粒子深さが、粒子がカバースリップの底面に対して試料中に定位される、推定される深さである、実施例１から１１のいずれかにおける方法である。
【0132】
実施例１３は、光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることが、基準焦点面に基づいて、光学顕微鏡に対する予測される粒子深さを判定することを含む、実施例１から１２のいずれかにおける方法である。
【0133】
実施例１４は、光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉されたカバースリップの画像を受信することと、画像を評価して、画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、画像内に基準マーカが見えないことに応答して、光学顕微鏡と関連付けられたカメラの視野を変更することと、変更された視野を有するカメラによって捕捉されたカバースリップの新たな画像を受信することと、新たな画像を評価して、画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施例１から１３のいずれかにおける方法である。
【0134】
実施例１５は、画像及び／又は新たな画像内に基準マーカが撮像されていることに応答して、画像及び／又は新たな画像を評価して、捕捉された基準マーカの全体が、画像及び／若しくは新たな画像内に存在するか、又は捕捉された基準マーカの一部分が、画像及び／若しくは新たな画像内に存在するかを判定することと、捕捉された基準マーカの一部分のみが画像及び／又は新たな画像内に存在することに応答して、捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、全ての基準マーカを含むカバースリップの全体像画像に基づいて、捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、捕捉された縁部輪郭を想定される縁部輪郭と比較して、捕捉された基準マーカの全体が光学顕微鏡の視野内に存在するように、光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施例１から１４のいずれかにおける方法である。
【0135】
実施例１６は、光学顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズを、推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、ステージ及び／又は対物レンズの（ｘ，ｙ）座標に基づいて、捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施例１から１５のいずれかにおける方法である。
【0136】
実施例１７は、画像及び／又は新たな画像内に基準マーカが撮像されていることに応答して、画像及び／又は新たな画像を評価して、捕捉された基準マーカによって視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、捕捉された基準マーカによって視野の一部分のみが覆われていることに応答して、捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、全ての基準マーカを含むカバースリップの全体像画像に基づいて、捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、光学顕微鏡の視野全体が基準マーカによって覆われるように、光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるために必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施例１から１６のいずれかにおける方法である。
【0137】
実施例１８は、光学顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズを、推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、ステージ及び／又は対物レンズの（ｘ，ｙ）座標に基づいて、捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施例１から１７のいずれかにおける方法である。
【0138】
実施例１９は、カバースリップ上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、カバースリップ上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、第１の基準マーカの想定される縁部輪郭を第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭と比較することと、第１の基準マーカの想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施例１から１８のいずれかにおける方法である。
【0139】
実施例２０は、カバースリップの印刷領域を識別することと、カバースリップの印刷領域に基づいて、カバースリップによって被覆された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施例１から１９のいずれかにおける方法である。
【0140】
実施例２１は、方法である。方法は、スライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、光学顕微鏡を基準マーカに合焦させて、基準マーカの焦点距離を計算することと、を含む。方法は、基準マーカの焦点距離に基づいて、スライドの表面を規定する基準焦点面を計算することを含む。
【0141】
実施例２２は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してスライドの頂面上に印刷されており、スライドの頂面が、試料と接触するようになっており、スライドの表面を規定する基準焦点面が、スライドの頂面を規定し、スライドの頂面を規定する基準焦点面が、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対する試料の底面を更に規定する、実施例２１における方法である。
【0142】
実施例２３は、光学顕微鏡でスライドを走査して、全体像走査を生成することと、全体像走査に基づいて、スライドの表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、全体像走査に基づいて、スライドの表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、全体像走査に基づいて、スライド上に印刷された複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施例２１又は２２における方法である。
【0143】
実施例２４は、スライドの表面を規定する基準焦点面を計算することが、光学顕微鏡を、スライド上に印刷された複数の基準マーカの各々に合焦させて、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を、複数の基準マーカの各々の対応する場所と一致させることと、複数の基準マーカの各々の対応する焦点距離及び場所に基づいて、基準焦点面を計算することと、を含む、実施例２１から２３のいずれかにおける方法である。
【0144】
実施例２５は、基準焦点面を計算することが、２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する焦点距離を外挿して、特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施例２１から２４のいずれかにおける方法である。
【0145】
実施例２６は、基準焦点面を計算することが、複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、全体像走査に対する３つの基準マーカの各々に対する場所を識別することと、３つの基準マーカの各々に対する焦点距離及び場所に少なくとも部分的に基づいて、３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施例２１から２５のいずれかにおける方法である。
【0146】
実施例２７は、基準焦点面を計算することが、複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、４つ以上の基準マーカの各々対する焦点距離と、全体像走査に対する４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ、ｙ、ｚ）座標を識別することと、４つ以上の基準マーカの各々の（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を含む、実施例２１から２６のいずれかにおける方法である。
【0147】
実施例２８は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してスライドの頂面上に印刷されており、頂面が、試料と接触するようになっており、方法が、１つ以上の基準マーカへの光学顕微鏡の合焦の結果に基づいて、試料までの予測される焦点距離を計算することと、試料までの予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施例２１から２７のいずれかにおける方法である。
【0148】
実施例２９は、光学顕微鏡でスライドを走査して、全体像走査を生成することと、全体像走査内の基準マーカを識別することと、基準マーカまでの焦点距離に基づいて基準マーカのｚ軸場所を計算することと、全体像走査に対する基準マーカの場所に基づいて、基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施例２１から２８のいずれかにおける方法である。
【0149】
実施例３０は、試料移送ツールを使用してスライド上に試料を置くことによって、光学顕微鏡で撮像するための試料を調製することを更に含み、試料移送ツールが、長尺部材と、内部空間を規定する外側ループと、外側ループに取り付けられ、かつ外側ループの内部空間内に配設された１つ以上のスポークと、を含み、１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポーク、及び外側ループの少なくとも一部分が、試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、長尺部材が、１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施例２１から２９のいずれかにおける方法である。
【0150】
実施例３１は、スライド上のキラルインジケータを識別することと、キラルインジケータに基づいてスライドの配向を判定することと、を更に含む、実施例２１から３０のいずれかにおける方法である。
【0151】
実施例３２は、基準マーカが、光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対してスライドの頂面上に印刷されており、頂面が、試料と接触するようになっており、方法が、光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、予測される粒子高さが、粒子がスライドの頂面に対して試料中に定位される、推定される垂直距離である、実施例２１から３１のいずれかにおける方法である。
【0152】
実施例３３は、光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることが、基準焦点面に基づいて、光学顕微鏡に対する予測される粒子深さを判定することを含む、実施例２１から３２のいずれかにおける方法である。
【0153】
実施例３４は、光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉されたスライドの画像を受信することと、画像を評価して、画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、画像内に基準マーカが見えないことに応答して、光学顕微鏡と関連付けられたカメラの視野を変更することと、変更された視野を有するカメラによって捕捉されたスライドの新たな画像を受信することと、新たな画像を評価して、画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施例２１から３３のいずれかにおける方法である。
【0154】
実施例３５は、画像及び／又は新たな画像内に基準マーカが撮像されていることに応答して、画像及び／又は新たな画像を評価して、捕捉された基準マーカの全体が、画像及び／若しくは新たな画像内に存在するか、又は捕捉された基準マーカの一部分が、画像及び／若しくは新たな画像内に存在するかを判定することと、捕捉された基準マーカの一部分のみが画像及び／又は新たな画像内に存在することに応答して、捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、全ての基準マーカを含むスライドの全体像画像に基づいて、捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、捕捉された縁部輪郭を想定される縁部輪郭と比較して、捕捉された基準マーカの全体が光学顕微鏡の視野内に存在するように、光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施例２１から３４のいずれかにおける方法である。
【0155】
実施例３６は、光学顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズを、推定される方向及び距離に従って移動させることと、移動後の顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、ステージ及び／又は対物レンズの（ｘ，ｙ）座標に基づいて、捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施例２１から３５のいずれかにおける方法である。
【0156】
実施例３７は、画像及び／又は新たな画像内に基準マーカが撮像されていることに応答して、画像及び／又は新たな画像を評価して、捕捉された基準マーカによって視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、捕捉された基準マーカによって視野の一部分のみが覆われていることに応答して、捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、全ての基準マーカを含むスライドの全体像画像に基づいて、捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、光学顕微鏡の視野全体が基準マーカによって覆われるように、光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるために必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施例２１から３６のいずれかにおける方法である。
【0157】
実施例３８は、光学顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズを、推定された方向及び距離に従って移動させることと、移動後の顕微鏡のステージ及び／又は対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、ステージ及び／又は対物レンズの（ｘ，ｙ）座標に基づいて、捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施例２１から３７のいずれかにおける方法である。
【0158】
実施例３９は、スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、スライド上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、第１の基準マーカの想定される縁部輪郭を第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭と比較することと、第１の基準マーカの想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施例２１から３８のいずれかにおける方法である。
【0159】
実施例４０は、スライドの印刷領域を識別することと、スライドの印刷領域に基づいてスライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施例２１から３９のいずれかにおける方法である。
【0160】
実施例４１は、装置である。装置は、長尺部材と、内部空間を規定する外側ループと、を含む。装置は、外側ループに取り付けられ、かつ外側ループによって規定される内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含む。
【0161】
実施例４２は、１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、外側ループの少なくとも一部分と、が、試料捕捉ループを規定する、実施例４１における装置である。試料捕捉ループは、液体試料が表面張力の力として捕捉され得る空の内部空間を規定する。
【0162】
実施例４３は、長尺部材が、１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施例４１又は４２における装置である。
【0163】
実施例４４は、１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つが、長尺部材に取り付けられている、実施例４１から４３のいずれかにおける装置である。
【0164】
実施例４５は、外側ループ又は１つ以上のスポークのうちの１つ以上が、リブ付けを含む、実施例４１から４４のいずれかにおける装置である。
【0165】
実施例４６は、方法である。方法は、実施例４１から４５のいずれかの装置で試料をピックアップすることによって、光学顕微鏡で撮像するための試料を調製することを含む。
【0166】
実施例４７は、試料をピックアップすることが、試験管内に配設された溶液の頂面を、実施例４１から４５のいずれかの装置の外側表面と接触させることを含む、実施例４６における方法である。
【0167】
実施例４８は、試料をピックアップすることが、試験管内に配設された試料のメニスカスを、実施例４１から４５のいずれかの装置の外側表面と接触させることを含む、実施例４６又は４７における方法である。
【0168】
実施例４９は、スライド上の装置の外側ループをタップすることによって、光学顕微鏡で撮像するために、試料をスライドに移送することを更に含む、実施例４６から４８のいずれかにおける方法である。
【0169】
実施例５０は、装置内の一定の数のスポークに基づいて、実施例４１から４５のいずれかにおける装置を選択することを更に含み、一定の数のスポークは、試料中の粒子の数、試料中の粒子のサイズ、試料中の粒子の予測される粒子深さなどのうちの１つ以上に基づいて選択される、実施例４６から４９のいずれかにおける方法である。
【0170】
本明細書を通した「実施例」への言及は、実施例に関連して説明する特定の機構、構造、又は特性が本開示の少なくとも一実施形態内に含まれていることを意味する。したがって、語句「実施例では」が本明細書を通して様々な場所で登場しても、必ずしも全て同じ実施形態を指しているわけではない。
【0171】
本明細書で使用するとき、複数の項目、構造要素、構成要素、及び／又は材料が、便宜上共通のリストで提示されている場合がある。しかしながら、これらのリストは、あたかもリストのそれぞれの要素が別個かつ独自の要素と個別に識別されるように解釈されたい。したがって、そのようなリストの個々の要素は、単にそれとは反対に表示なく共通のグループにおける提示に基づいて同じリストの任意の他の要素の事実上の等価物と解釈されたい。更に、本開示の様々な実施形態及び実施例が、様々な構成要素の代替物と共に本明細書で参照されている場合がある。了解事項として、そのような実施形態、実施例、及び代替物は、互いの事実上の均等物と解釈せず、本開示の別個かつ自律的な表現とみなされたい。
【0172】
上記は明瞭さを期すためにある程度詳細に説明したが、特定の変更及び修正がその原理から逸脱することなく行われ得ることが明らかであろう。本明細書で説明するプロセス及び装置を実装する多くの別な方法があることに注意されたい。したがって、本発明の実施形態は、例示的であって制限的ではないとみなされたい。
【0173】
当業者は、多くの変更が本開示の根本的な諸原理から逸脱することなく上記の実施形態の詳細に行われ得ることが認識するであろう。したがって、本開示の範囲は、存在する場合には特許請求の範囲によってのみ決定されたい。
【0174】
〔実施の態様〕
（１） 方法であって、
カバースリップの表面又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、
光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させて、前記基準マーカの焦点距離を計算することと、
前記基準マーカの前記焦点距離に基づいて、前記カバースリップの前記表面又は前記スライドの前記表面を規定する基準焦点面を計算することと、を含む、方法。
（２） 前記方法が、
前記カバースリップの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記カバースリップの前記表面上に印刷されている、実施態様１に記載の方法。
（３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記カバースリップの前記底面を規定し、
前記カバースリップの前記底面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の頂面を更に規定する、実施態様２に記載の方法。
（４） 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（５） 前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様４に記載の方法。
（１） 方法であって、
カバースリップの表面又はスライドの表面上に印刷された基準マーカを識別することと、
光学顕微鏡を前記基準マーカに合焦させて、前記基準マーカの焦点距離を計算することと、
前記基準マーカの前記焦点距離に基づいて、前記カバースリップの前記表面又は前記スライドの前記表面を規定する基準焦点面を計算することと、を含む、方法。
（２） 前記方法が、
前記カバースリップの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記カバースリップの前記表面上に印刷されている、実施態様１に記載の方法。
（３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、
前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記カバースリップの前記底面を規定し、
前記カバースリップの前記底面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の頂面を更に規定する、実施態様２に記載の方法。
（４） 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（５） 前記カバースリップの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記カバースリップ上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様４に記載の方法。
【0175】
（６） 前記基準焦点面を計算することが、
２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（７） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（８） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（９） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの前記予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（１０） 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（７） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（８） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記カバースリップの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様５に記載の方法。
（９） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの前記予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（１０） 前記光学顕微鏡で前記カバースリップを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
【0176】
（１１） 前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料をスライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様２に記載の方法。
（１２） 前記カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記カバースリップの配向を判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（１３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子深さが、前記粒子が前記カバースリップの前記底面に対して前記試料中に定位される、推定される深さである、実施態様２に記載の方法。
（１４） 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子深さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子深さを判定することを含む、実施態様１３に記載の方法。
（１５） 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記カバースリップの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記カバースリップの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様２に記載の方法。
（１２） 前記カバースリップ上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記カバースリップの配向を判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
（１３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記カバースリップの底面上に印刷されており、前記底面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子深さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子深さが、前記粒子が前記カバースリップの前記底面に対して前記試料中に定位される、推定される深さである、実施態様２に記載の方法。
（１４） 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子深さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子深さを判定することを含む、実施態様１３に記載の方法。
（１５） 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記カバースリップの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記カバースリップの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
【0177】
（１６） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様１５に記載の方法。
（１７） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様１６に記載の方法。
（１８） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の前記視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様１５に記載の方法。
（１９） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様１８に記載の方法。
（２０） 前記カバースリップ上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様１５に記載の方法。
（１７） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様１６に記載の方法。
（１８） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の前記視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様１５に記載の方法。
（１９） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様１８に記載の方法。
（２０） 前記カバースリップ上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記カバースリップ上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２に記載の方法。
【0178】
（２１） 前記カバースリップの印刷領域を識別することと、
前記カバースリップの前記印刷領域に基づいて、前記カバースリップによって覆われた試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施態様２に記載の方法。
（２２） 前記方法が、
前記スライドの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記スライドの前記表面上に印刷されている、実施態様１に記載の方法。
（２３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記スライドの前記頂面が、試料と接触するようになっており、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記スライドの前記頂面を規定し、
前記スライドの前記頂面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の底面を更に規定する、実施態様２２に記載の方法。
（２４） 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（２５） 前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様２４に記載の方法。
前記カバースリップの前記印刷領域に基づいて、前記カバースリップによって覆われた試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施態様２に記載の方法。
（２２） 前記方法が、
前記スライドの前記表面上に印刷された前記基準マーカを識別することと、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することと、を含むように、前記基準マーカが、前記スライドの前記表面上に印刷されている、実施態様１に記載の方法。
（２３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記スライドの前記頂面が、試料と接触するようになっており、
前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面が、前記スライドの前記頂面を規定し、
前記スライドの前記頂面を規定する前記基準焦点面が、前記光学顕微鏡の前記接眼レンズ又は前記カメラに対する前記試料の底面を更に規定する、実施態様２２に記載の方法。
（２４） 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された複数の基準マーカを識別することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライドの前記表面上に印刷された基準マーカの量を計算することと、
前記全体像走査に基づいて、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々の場所を識別することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（２５） 前記スライドの前記表面を規定する前記基準焦点面を計算することが、
前記光学顕微鏡を、前記スライド上に印刷された前記複数の基準マーカの各々に合焦させて、前記複数の基準マーカの各々に対する焦点距離を計算することと、
前記複数の基準マーカの各々に対する前記焦点距離を、前記複数の基準マーカの各々についての対応する場所と一致させることと、
前記複数の基準マーカの各々の前記対応する焦点距離及び場所に基づいて、前記基準焦点面を計算することと、を含む、実施態様２４に記載の方法。
【0179】
（２６） 前記基準焦点面を計算することが、
２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２７） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２８） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２９） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（３０） 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
２つ以上の基準マーカ間の間隔に対する焦点距離を、前記２つ以上の基準マーカに対する焦点距離に基づいて内挿することと、
前記複数の基準マーカのうちの特定の基準マーカに対する前記焦点距離を外挿して、前記特定の基準マーカを包囲する領域に対する焦点距離を推定することと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２７） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの３つの基準マーカを識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する焦点距離を識別することと、
前記全体像走査に対する前記３つの基準マーカの各々についての場所を識別することと、
前記３つの基準マーカの各々に対する前記焦点距離及び前記場所に少なくとも部分的に基づいて、前記３つの基準マーカによって規定される三角形に平面をフィッティングさせることと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２８） 前記基準焦点面を計算することが、
前記複数の基準マーカのうちの４つ以上の基準マーカを識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々に対する焦点距離と、前記全体像走査に対する前記４つ以上の基準マーカの各々の場所と、に基づいて、前記４つ以上の基準マーカの各々についての（ｘ，ｙ，ｚ）座標を識別することと、
前記４つ以上の基準マーカの各々の前記（ｘ，ｙ，ｚ）座標によって規定されるポイントに湾曲した表面をフィッティングさせて、前記スライドの表面全体を近似する表面トポロジを生成することと、を更に含む、実施態様２５に記載の方法。
（２９） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、
１つ以上の基準マーカへの前記光学顕微鏡の前記合焦の結果に基づいて、前記試料までの予測される焦点距離を計算することと、
前記試料までの前記予測される焦点距離よりも大きい、及び／又は前記試料までの予測される焦点距離よりも小さい焦点距離の閾値範囲を試験することによって、前記試料への焦点を精緻化することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（３０） 前記光学顕微鏡で前記スライドを走査して、全体像走査を生成することと、
前記全体像走査内の前記基準マーカを識別することと、
前記基準マーカまでの前記焦点距離に基づいて、前記基準マーカのｚ軸場所を計算することと、
前記全体像走査に対する前記基準マーカの場所に基づいて、前記基準マーカのｘ軸場所及びｙ軸場所を計算することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
【0180】
（３１） 前記光学顕微鏡で撮像するための試料を、試料移送ツールを使用して前記試料を前記スライド上に置くことによって、調製することを更に含み、前記試料移送ツールが、
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様２２に記載の方法。
（３２） 前記スライド上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記スライドの配向を判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（３３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子高さが、前記粒子が前記スライドの前記頂面に対して前記試料中に定位される、推定される垂直距離である、実施態様２２に記載の方法。
（３４） 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子高さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子高さを判定することを含む、実施態様３３に記載の方法。
（３５） 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記スライドの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記スライドの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
長尺部材と、
内部空間を規定する外側ループと、
前記外側ループに取り付けられ、かつ前記外側ループの前記内部空間内に配設された、１つ以上のスポークと、を含み、
前記１つ以上のスポークのうちの少なくとも１つのスポークと、前記外側ループの少なくとも一部分と、が、前記試料を捕捉するための試料捕捉ループを規定し、
前記長尺部材が、前記１つ以上のスポークに対してほぼ垂直である、実施態様２２に記載の方法。
（３２） 前記スライド上のキラルインジケータを識別することと、前記キラルインジケータに基づいて前記スライドの配向を判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
（３３） 前記基準マーカが、前記光学顕微鏡の接眼レンズ又はカメラに対して前記スライドの頂面上に印刷されており、前記頂面が、試料と接触するようになっており、前記方法が、前記光学顕微鏡を予測される粒子高さに合焦させることによって、前記試料内に対象の粒子を定位することを更に含み、前記予測される粒子高さが、前記粒子が前記スライドの前記頂面に対して前記試料中に定位される、推定される垂直距離である、実施態様２２に記載の方法。
（３４） 前記光学顕微鏡を前記予測される粒子高さに合焦させることが、前記基準焦点面に基づいて、前記光学顕微鏡に対する前記予測される粒子高さを判定することを含む、実施態様３３に記載の方法。
（３５） 前記光学顕微鏡と関連付けられたカメラによって捕捉された前記スライドの画像を受信することと、
前記画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、
前記画像内に基準マーカが見えないことに応答して、前記光学顕微鏡と関連付けられた前記カメラの視野を変更することと、
前記変更された視野を有する前記カメラによって捕捉された前記スライドの新たな画像を受信することと、
前記新たな画像を評価して、前記画像内に基準マーカが捕捉されているかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
【0181】
（３６） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様３５に記載の方法。
（３７） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様３６に記載の方法。
（３８） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様３５に記載の方法。
（３９） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様３８に記載の方法。
（４０） 前記スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記スライド上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカの全体が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するか、又は前記捕捉された基準マーカの一部分が、前記画像及び／若しくは前記新たな画像内に存在するかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカの一部分のみが前記画像及び／又は前記新たな画像内に存在することに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記捕捉された基準マーカの前記全体が前記光学顕微鏡の視野内に存在するように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様３５に記載の方法。
（３７） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様３６に記載の方法。
（３８） 前記画像及び／又は前記新たな画像内に基準マーカが捕捉されていることに応答して、
前記画像及び／又は前記新たな画像を評価して、前記捕捉された基準マーカによって前記視野の全体が覆われているかどうかを判定することと、
前記捕捉された基準マーカによって前記視野の一部分のみが覆われていることに応答して、前記捕捉された基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
全ての基準マーカを含む前記カバースリップの全体像画像に基づいて、前記捕捉された基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記捕捉された縁部輪郭を前記想定される縁部輪郭と比較して、前記光学顕微鏡の視野の前記全体が前記基準マーカによって覆われるように、前記光学顕微鏡のステージ又は対物レンズを移動させるのに必要な推定される方向及び距離を計算することと、を更に含む、実施態様３５に記載の方法。
（３９） 前記光学顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズを、前記推定される方向及び距離に従って移動させることと、
移動後の前記顕微鏡の前記ステージ及び／又は前記対物レンズについての（ｘ，ｙ）座標を判定することと、
前記ステージ及び／又は前記対物レンズの前記（ｘ，ｙ）座標に基づいて、前記捕捉された基準マーカの（ｘ，ｙ）座標をメモリに記憶することと、を更に含む、実施態様３８に記載の方法。
（４０） 前記スライド上に印刷された全ての基準マーカを含む全体像画像に基づいて、前記スライド上に印刷された第１の基準マーカの想定される縁部輪郭をメモリから取り出すことと、
前記光学顕微鏡で捕捉された画像に基づいて、前記第１の基準マーカの捕捉された縁部輪郭を識別することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭を、前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と比較することと、
前記第１の基準マーカの前記想定される縁部輪郭が、許容誤差閾値内で前記第１の基準マーカの前記捕捉された縁部輪郭と一致するかどうかを判定することと、を更に含む、実施態様２２に記載の方法。
【0182】
（４１） 前記スライドの印刷領域を識別することと、
前記スライドの前記印刷領域に基づいて、前記スライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施態様２２に記載の方法。
前記スライドの前記印刷領域に基づいて、前記スライド上に配設された試料の走査領域を最適化することと、を更に含み、
前記走査領域が、走査時間、走査ファイルサイズ、又は試験感度のうちの１つ以上に基づいて最適化される、実施態様２２に記載の方法。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3A】
【図3B】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10A】
【図10B】
【図11A】
【図11B】
【図11C】
【図12A】
【図12B】
【図12C】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】
【図19】
【国際調査報告】