▶ プロビンシャル ヘルス サービシズ オーソリティーの特許一覧 ▶ ユーブイアイシー インダストリー パートナーシップス インコーポレテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-04-27
(54)【発明の名称】抗微生物ペプチド
(51)【国際特許分類】
C12N 15/12 20060101AFI20220420BHJP
C07K 14/46 20060101ALI20220420BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20220420BHJP
A61P 31/00 20060101ALI20220420BHJP
A61P 31/04 20060101ALI20220420BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20220420BHJP
A61P 29/00 20060101ALI20220420BHJP
A61K 38/16 20060101ALI20220420BHJP
C40B 30/04 20060101ALI20220420BHJP
【ＦＩ】
C12N15/12
C07K14/46 ZNA
C12N15/63 Z
A61P31/00
A61P31/04
A61P35/00
A61P29/00
A61K38/16
C40B30/04
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2021533350
(86)(22)【出願日】2019-12-10
(85)【翻訳文提出日】2021-08-02
(86)【国際出願番号】 CA2019051778
(87)【国際公開番号】W WO2020118427
(87)【国際公開日】2020-06-18
(31)【優先権主張番号】62/778,450
(32)【優先日】2018-12-12
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521252900
【氏名又は名称】プロビンシャル ヘルス サービシズ オーソリティー
(71)【出願人】
【識別番号】521253701
【氏名又は名称】ユーブイアイシー インダストリー パートナーシップス インコーポレテッド
(74)【代理人】
【識別番号】110000855
【氏名又は名称】特許業務法人浅村特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】ビロル、イナック
(72)【発明者】
【氏名】ヘルビング、カレン シー．
(72)【発明者】
【氏名】ハモンド、スチュワート オースティン
【テーマコード（参考）】
4C084
4H045
【Ｆターム（参考）】
4C084AA02
4C084BA01
4C084BA08
4C084BA09
4C084BA18
4C084BA19
4C084DA27
4C084DA41
4C084MA52
4C084MA59
4C084MA60
4C084MA63
4C084NA14
4C084ZB26
4C084ZB32
4C084ZB35
4H045AA10
4H045AA30
4H045BA17
4H045BA18
4H045BA19
4H045CA53
4H045DA83
4H045EA22
4H045FA10
4H045FA74
(57)【要約】
広スペクトル抗微生物活性をしばしば呈する小化合物である抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）は、抗生物質耐性細菌性病原体に対する潜在的治療法として関心を集めている。新たなＡＭＰの開発は、古典的なタンパク質に基づく発見手法に実際的な制限があるため困難である。北米ウシガエル［ラナ（リトバテス）カテスベイアナ］ゲノムから公知のＡＭＰの同定を確認できる高スループットバイオインフォマティクス手法が記載され、バイオインフォマティクス手法が、新たなＡＭＰを開発するために使用されている。記載されているＡＭＰは、マイクロタイターブロス希釈アッセイによってマイコバクテリウム・スメグマチスに対する抗微生物活性を呈し、より広い有効性を示す。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下を含む抗微生物ペプチド：配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つのアミノ酸配列、又はその断片若しくはバリアントであって、配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つと少なくとも６５％のアミノ酸配列同一性を有するもの。
【請求項2】
断片又はバリアントが、配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性を有する、請求項１に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項3】
バリアントが、修飾として保存的アミノ酸置換を含む、請求項１又は２に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項4】
Ｄ－アミノ酸を含む、請求項１～３のいずれかに記載の抗微生物ペプチド。
【請求項5】
３０アミノ酸までの長さである、請求項１～４のいずれかに記載の抗微生物ペプチド。
【請求項6】
２０アミノ酸までの長さである、請求項５に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項7】
配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つのアミノ酸配列、又はその断片若しくはバリアントを含む、請求項１に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項8】
配列番号１～配列番号６５のうちのいずれか１つのアミノ酸配列、又はその断片若しくはバリアントを含む、請求項７に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項9】
配列番号１～配列番号６５のうちのいずれか１つのアミノ酸配列、又はその断片若しくはバリアントからなる、請求項８に記載の抗微生物ペプチド。
【請求項10】
請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチド及び適切な賦形剤を含む組成物。
【請求項11】
疾患又は状態の処置又は予防における使用のための、請求項１０に記載の組成物。
【請求項12】
疾患又は状態が感染性である、請求項１１に記載の組成物。
【請求項13】
疾患又は状態が抗酸菌に起因するものである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項14】
疾患又は状態が他の薬物に耐性を有する細菌に起因するものである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項15】
疾患又は状態が固形腫瘍に起因するものである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項16】
疾患又は状態が液性腫瘍に起因するものである、請求項１１に記載の組成物。
【請求項17】
経口送達用、注射送達用、経直腸送達用、局所送達用、経皮送達用、経鼻送達用又は経眼送達用として製剤化されている、請求項１０～１６のいずれかに記載の組成物。
【請求項18】
凍結乾燥されている請求項１０～１６のいずれかに記載の組成物。
【請求項19】
疾患又は状態の処置又は予防を必要としている対象における前記処置又は予防のための、請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドの使用。
【請求項20】
疾患又は状態の処置又は予防を必要としている対象における前記処置又は予防のための医薬品を調製するための、請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドの使用。
【請求項21】
疾患又は状態が感染性である、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項22】
疾患又は状態がグラム陰性細菌に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項23】
疾患又は状態がグラム陽性細菌に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項24】
疾患又は状態が抗酸菌に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項25】
疾患又は状態が他の薬物に耐性を有する細菌に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項26】
疾患又は状態が固形腫瘍に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項27】
疾患又は状態が、液性腫瘍に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項28】
疾患又は状態が大腸菌、Ｓ．エンテリカ、黄色ブドウ球菌、緑膿菌、化膿レンサ球菌、Ｍ．スメグマチス、ＭＲＳＡ、Ｓ．エンテリティディス又はＳ．ハイデルベルク細菌に起因するものである、請求項１９又は２０に記載の使用。
【請求項29】
対象がヒトである、請求項１９～２８のいずれかに記載の使用。
【請求項30】
対象が動物である、請求項１９～２８のいずれかに記載の使用。
【請求項31】
それを必要とする対象に請求項１～９のいずれかに記載のペプチド又は請求項１０に記載の組成物の有効量を投与することを含む、疾患又は状態を処置又は予防する方法。
【請求項32】
疾患又は状態がグラム陰性細菌に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
疾患又は状態がグラム陽性細菌に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項34】
疾患又は状態が抗酸菌に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項35】
疾患又は状態が他の薬物に耐性を有する細菌に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項36】
疾患又は状態が固形腫瘍に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項37】
疾患又は状態が液性腫瘍に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項38】
疾患又は状態が大腸菌、Ｓ．エンテリカ、黄色ブドウ球菌、緑膿菌、化膿レンサ球菌、Ｍ．スメグマチス、ＭＲＳＡ、Ｓ．エンテリティディス又はＳ．ハイデルベルク細菌に起因するものである、請求項３１に記載の方法。
【請求項39】
対象がヒトである、請求項３２～３８のいずれかに記載の方法。
【請求項40】
対象が動物である、請求項３２～３８のいずれかに記載の方法。
【請求項41】
請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドを含む脂質小胞。
【請求項42】
請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドをコードする核酸分子。
【請求項43】
請求項４２に記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項44】
以下を含む、感染因子と関連する標的分子を同定する方法、ただし前記標的分子は請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドに結合するものである：前記感染因子と関連する候補標的分子のライブラリーのスクリーニングを、前記抗微生物ペプチドに結合する分子について行うステップ。
【請求項45】
感染因子がグラム陰性細菌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
感染因子がグラム陽性細菌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項47】
感染因子が抗酸菌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項48】
感染因子が他の薬物に耐性を有する細菌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項49】
感染因子が大腸菌、Ｓ．エンテリカ、黄色ブドウ球菌、緑膿菌、化膿レンサ球菌、Ｍ．スメグマチス、ＭＲＳＡ、Ｓ．エンテリティディス又はＳ．ハイデルベルク細菌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項50】
以下を含む、生物学的活性をモジュレートするための標的分子を同定する方法、ただし前記標的分子は請求項１～９のいずれかに記載のペプチドに結合するものである：候補標的分子のライブラリーのスクリーニングを、前記ペプチドに結合する分子について行うステップ。
【請求項51】
生物学的活性のモジュレートが、抗腫瘍作用、抗炎症作用又は炎症作用を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
抗腫瘍作用が固形腫瘍に対してのものである、請求項５１に記載の方法。
【請求項53】
抗腫瘍作用が液性腫瘍に対してのものである、請求項５１に記載の方法。
【請求項54】
候補標的分子のライブラリーのスクリーニングがｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングを含む、請求項４４～５３のいずれかに記載の方法。
【請求項55】
感染因子と関連する標的分子を同定するためのキットであって、請求項１～９のいずれかに記載の抗微生物ペプチドを、請求項４４～４９のいずれかに記載の方法を行うための指示書とともに含むもの。
【請求項56】
生物学的活性をモジュレートするための標的分子を同定するためのキットであって、請求項１～９のいずれかに記載のペプチドを、請求項５０～５３のいずれかに記載の方法を行うための指示書とともに含むもの。【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１８年１２月１２日に出願された米国特許仮出願第６２／７７８，４５０号の優先権の利益を主張し、その主題は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
連邦政府による資金助成を受けた研究又は開発に関する記述
本出願は、２０１８年１２月１２日に出願された米国特許仮出願第６２／７７８，４５０号の優先権の利益を主張し、その主題は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
連邦政府による資金助成を受けた研究又は開発に関する記述
【0002】
本発明は、国立衛生研究所によって授与された助成金番号Ｒ０１ＨＧ００７１８２の下で米国政府支援により部分的に行われた。米国政府は、本発明に特定の権利を有する。
【0003】
本開示は一般に、疾患の処置又は緩和のための抗微生物ペプチドに関する。
【0004】
背景
微生物感染症の治療として又は微生物感染症の進行を遅くする若しくは抑える化学予防薬として有用なペプチド及びその医薬組成物のニーズが存在する。
微生物感染症の治療として又は微生物感染症の進行を遅くする若しくは抑える化学予防薬として有用なペプチド及びその医薬組成物のニーズが存在する。
【0005】
家畜における抗生物質の使用は、ヒト疾患に対処するための医学的使用に対して直接及び間接的な影響を有する場合がある。全産業における抗生物質の遍在的使用は、最も一般的な抗生物質に対して耐性を持つようになった超細菌の出現の一因となった。いくつかの系統は、多剤耐性を示し、これは世界的な懸念である。とはいえ、ヒトと動物両方の健康における難題に対処するために新たな抗生手法の探索が、本格的に続いている。
【0006】
潜在的な環境の影響、薬剤耐性の増大、及び抗生物質入り肉又は乳製品の摂取の可能性のため、消費者は、予防的抗生物質の使用を懸念している。これらの懸念に対処するために家畜における予防的抗生物質使用の制限が実施されてきたが、疾患負担の増大により動物の感染率が増大し生産性の低下を招くなどの下流の結果を有する。その後に抗生物質で処置される病気の動物は、潜在的な薬剤耐性を助長し続けることになる。狭い所で生産される家禽及びブタは、疾患の急速な蔓延の影響を特に受けやすい。家畜動物において感染性疾患を減少させる異なる手法が開発中であり、新たな抗生手法の調査及びワクチン開発を包含する。小分子薬物が、従来使用されてきたが、抗微生物ペプチド及びポリペプチド治療的手法も検討中である。
【0007】
したがって、新たな抗微生物手法を発見して、ヒト並びに動物において疾患の発生及び蔓延を減少させることが望ましい。
【0008】
概要
抗微生物特性を持つペプチド及び／又はアミノ酸配列が、本明細書に記載されている。効果を呈する配列から開始し、戦略的な修飾をそれに行うというバイオインフォマティクス手法により、抗微生物ペプチドの発見に至った。バイオインフォマティクス手法では、機能的同等性を可能にするために、配列間の充分な類似性が維持され得る。コンセンサスが得られる単離された配列と類似の配列も記載されている。そのような類似配列は、保存アミノ酸の置換及び限定された数の非保存的修飾を含有する。
抗微生物特性を持つペプチド及び／又はアミノ酸配列が、本明細書に記載されている。効果を呈する配列から開始し、戦略的な修飾をそれに行うというバイオインフォマティクス手法により、抗微生物ペプチドの発見に至った。バイオインフォマティクス手法では、機能的同等性を可能にするために、配列間の充分な類似性が維持され得る。コンセンサスが得られる単離された配列と類似の配列も記載されている。そのような類似配列は、保存アミノ酸の置換及び限定された数の非保存的修飾を含有する。
【0009】
これまでの抗微生物手法のうちの少なくとも１つの短所を回避又は緩和し得る抗微生物ペプチドを提供することが本開示の目的である。
【0010】
配列番号１～配列番号１６６のうちのいずれか１つによるアミノ酸配列、又は配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つと少なくとも６５％のアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくはバリアントを含む抗微生物ペプチドが、本明細書に記載されている。
【0011】
更に、記載されている抗微生物ペプチドを適切な賦形剤と一緒に含む組成物が、本明細書に記載されている。
【0012】
記載されている抗微生物ペプチドを含む組成物は、感染性疾患などの疾患又は状態の処置又は予防における使用のための組成物であり得る。
【0013】
それを必要とする対象における疾患又は状態の処置又は予防のための抗微生物ペプチドの使用が提供される。更に、それを必要とする対象における疾患又は状態の処置又は予防のための医薬品を調製するための抗微生物ペプチドの使用も、本明細書に記載されている。加えて、それを必要とする対象に抗微生物ペプチド又はその組成物の有効量を投与することを含む、疾患又は状態を処置又は予防する方法が記載されている。疾患は、例えば、感染性疾患であってよい。対象は、ヒト又は家畜動物若しくは伴侶動物などの動物でよい。
【0014】
抗微生物ペプチドを含む脂質小胞が記載されている。抗微生物ペプチドをコードしている核酸分子も、そのような核酸分子を含むベクターとして提供される。
【0015】
感染因子と関連する標的分子を同定する方法が記載され、標的分子は、抗微生物ペプチドに結合する。本方法は、抗微生物ペプチドに結合する分子について、感染因子と関連する候補標的分子のライブラリーをスクリーニングすることを含む。感染因子と関連する標的分子を同定するためにそのような方法を行うためのキットについても記載され、キットは、本明細書に記載されている抗微生物ペプチドを指示書と一緒に含む。
【0016】
本開示の他の側面及び特徴は、添付の図と併せて特定の態様の以下の説明の総説により通常の熟練した当業者に明らかになるであろう。
【0017】
本開示の態様は、添付の図を参照して、例のためだけに、次に記載されることになる。
【図面の簡単な説明】
【0018】
【図1】推定のＡＭＰ前駆体配列とそれに最も近い公知のＡＭＰとの一致のクラスタルオメガ整列化を示す図である。パネルＡは、シューダクリス・レジラ（Ｐｓｅｕｄａｃｒｉｓ ｒｅｇｉｌｌａ）ラナツエリン－２ＰＲｃ（配列番号１５）とＲ．カテスベイアナ（Ｒ．ｃａｔｅｓｂｅｉａｎａ）ＨＰ２（配列番号１６）とを比較する。パネルＢは、７つのラナツエリン前駆体配列（配列番号１７～配列番号２３）を整列させる。パネルＣは、Ｒ．カテスベイアナ由来の３つのラナサイクリン（Ｒａｎａｃｙｃｌｉｎ）前駆体配列（配列番号２４～配列番号２６）を整列させる。パネルＤは、Ｒ．カテスベイアナ由来のカテスベイアニン（Ｃａｔｅｓｂｅｉａｎｉｎ）－１前駆体配列（配列番号２７及び配列番号２８）を比較する。パネルＥは、Ｒ．カテスベイアナ由来のパラストリン－Ｃａ前駆体配列（配列番号２９及び配列番号３０）を整列させる。
【0019】
【図2】パネルＡ－ＨＰ２；パネルＢ－ＨＰ３；及びパネルＣ－ＨＰ５の得られた成熟ペプチド対公知の成熟ＡＭＰ配列間のＳＡＢＬＥ二次構造予測の対比を示す図である。パネルＤはＳＡＢＬＥ予測の凡例として、指示されたアミノ酸（ＡＡ）位置を上段に、予測される二次構造を中段に及び相対的溶媒接触性（ＲＳＡ）を下段に、提供している。
【0020】
【図3】推定及び公知のＡＭＰをコードしている転写産物が、Ｒ．カテスベイアナ変態前期のオタマジャクシの背部表皮（黒い棒）、肝臓（濃い灰色の棒）、嗅上皮（明るい灰色の棒）及び尾鰭（白色の棒）において差異的発現を示すことを例示する図である。
【0021】
【図4】推定のＡＭＰ前駆体配列とそれに最も近い公知のＡＭＰとの一致のクラスタルオメガ整列化を示す図である。パネルＡは、アモロプス・ロロエンシス（Ａｍｏｌｏｐｓ ｌｏｌｏｅｎｓｉｓ）カテリシジン－ＡＬ配列（配列番号３１）を対応するＲ．カテスベイアナ カテリシジン－ＡＬ配列（配列番号３２）と比較する。パネルＢは、ナノラナ・パーケリ（Ｎａｎｏｒａｎａ ｐａｒｋｅｒｉ）予測ＬＥＡＰ２配列（配列番号３３）を対応するＲ．カテスベイアナＬＥＡＰ２配列（配列番号３４）と比較する。
【0022】
【図5】指示された推定及び公知のＡＭＰをコードしている転写産物を表すＲＮＡ－ｓｅｑデータが、１０ｎＭ Ｔ３に４８時間曝露したオタマジャクシ（灰色の棒）と対比して、対照のオタマジャクシのパネルＡ－背部表皮；パネルＢ－肝臓；パネルＣ－嗅上皮；及びパネルＤ尾鰭（黒色の棒）について示される図である。
【0023】
【図6】選択的にスプライスされる２つのエクソンを含有するラナツエリン－１及びラナツエリン－３ＲＣ遺伝子を示す図である。（パネルＡ）ラナツエリン－１及びラナツエリン－１（ＨＰ４）及び（パネルＢ）ラナツエリン－３ＲＣ及びラナツエリン－３ＲＣ（ＨＰ８）をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造、最上段の実例は、指示された尺度に描かれた遺伝子を表し、エクソン部分が黒色の長方形として図示され、イントロン領域が太い黒色の線で図示される。イントロン領域は、遺伝子の下の標識された転写産物においてスプライスされる細い線として示される。スプライスされた転写産物における灰色の長方形は、非翻訳領域を示し、斜線の長方形は、オープンリーディングフレームを示す。
【0024】
【図7】３つのエクソンを有するラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）、ラナツエリン－２ＲＣ及びラナツエリン－４遺伝子を示す図である。（パネルＡ）ラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）、（パネルＢ）ラナツエリン－２ＲＣ、及び（パネルＣ）ラナツエリン－４をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が示される。
【0025】
【図8】一方が３つのエクソン、他方が１つのエクソンを含むラナサイクリンをコードする２つの遺伝子を示す図である。（パネルＡ）ラナサイクリン－Ｃａ及びラナサイクリン－Ｃｃ、及び（パネルＢ）ラナサイクリン－Ｃａ（ＨＰ３）をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。
【0026】
【図9】２つのエクソン遺伝子によってコードされるパラストリン－Ｃａ、並びに単一のエクソン遺伝子によってコードされるパラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）及びＨＰ５を示す図である。（パネルＡ）パラストリン－Ｃａ、（パネルＢ）パラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）、及び（パネルＣ）ＨＰ５をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が示される。
【0027】
【図10】４つのエクソンから得られるものとしてＬＥＡＰ２及びカテリシジン－ＡＬを例示する図である。Ｒ．カテスベイアナ（パネルＡ）ＬＥＡＰ２及び（パネルＢ）カテリシジン－ＡＬをコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。
【0028】
詳細な説明
抗微生物特性を持つペプチド及び／又はアミノ酸配列が、本明細書に記載されている。効果を呈する配列から開始し、戦略的な修飾をそれに行うというバイオインフォマティクス手法により、抗微生物ペプチドの発見に至った。バイオインフォマティクス手法では、機能的同等性を可能にするために、配列間の充分な類似性が維持され得る。コンセンサスが得られる単離された配列と類似の配列も記載されている。そのような類似配列は、保存的アミノ酸置換を限定された数の、修飾又は欠失などの非保存的置換と一緒に含有してよいが、機能性をなお維持している。
抗微生物特性を持つペプチド及び／又はアミノ酸配列が、本明細書に記載されている。効果を呈する配列から開始し、戦略的な修飾をそれに行うというバイオインフォマティクス手法により、抗微生物ペプチドの発見に至った。バイオインフォマティクス手法では、機能的同等性を可能にするために、配列間の充分な類似性が維持され得る。コンセンサスが得られる単離された配列と類似の配列も記載されている。そのような類似配列は、保存的アミノ酸置換を限定された数の、修飾又は欠失などの非保存的置換と一緒に含有してよいが、機能性をなお維持している。
【0029】
これらのペプチド及びその医薬組成物並びにその修飾物も、微生物感染症の治療として又は微生物感染症の進行を遅くする若しくは抑える化学予防薬として有用である。本明細書に記載されているペプチドの修飾は、それだけには限らないが、脂質小胞中にペプチド又はその修飾物を組み込んで、治療的送達及び他のＡＤＭＥＴ特性（吸収、分布、代謝、排出、毒性）のモジュレーションを増強することも同様に包含し得る。
【0030】
ペプチドの化学的修飾が記載され、その修飾が、安定性を増強させるのに有用であり、さもなければ所望の適用のためにペプチドをより薬物様且つ有用にさせることは、ペプチド化学の熟練した当業者に公知である。そのような修飾には、ペプチド環化及び反対の鏡像異性、いわゆるＤ－アミノ酸のアミノ酸の使用がある。そのような修飾は、選択的な骨格化学及び結合特異性を保持する新規側鎖も包含する。
【0031】
他の微生物標的に対するペプチドの適用及び当業技術者にとって明らかなペプチドの修飾も記載されている。ある型の感染症に有用で有効な抗微生物治療は、他の疾患において有用で有効であり得る。
【0032】
抗微生物ペプチドを生産する目的で開示されたペプチド及び／又はそのアミノ酸配列並びにコーディング核酸配列を組み込んだベクター構築物も記載されている。
【0033】
本明細書に記載されているペプチド、及びその修飾物は、感染性疾患又はがんなどの疾患の処置若しくは予防のための他の抗微生物剤と組み合わせても有用である。
【0034】
感染因子と関連するＡＭＰの結合相手（標的分子）を単離及び同定する手順における、ＡＭＰ単独か又はキット部分としてかいずれかの使用も記載されている。
【0035】
本明細書に記載されているペプチド及び／又はアミノ酸の配列は、選択的な抗微生物特性を有する。更なる側面及び利点は、様々な態様の続く説明に関する考察から明らかになるであろう。当技術に熟達した者は、他の態様、組み合わせ及び変形が可能であり、本明細書に記載されている詳細が、全て、全体の概念を逸脱することなくいくつかの点で改変され得ることを認識することになる。従って、以下の図面、説明及び例は、事実上例示的であり、制限的でないと考えられる。
【0036】
疾患又は状態の処置又は予防は、疾患又は状態の外的徴候又は症状が対象に見られる前後における処置を包含する。例えば、感染因子に曝露された対象は、症状を呈し得る又は呈し得ない。更に、疾患又は状態の予防又は予防は、部分的な予防、発病が起こる場合に重症度を減弱する、外的徴候若しくは症状の可能性を低下させる、又は重症度を検出不可能な若しくは無視できるほどに低く保つことによって感染症の蔓延を予防することを包含し得る。処置及び予防は、対象自身の防衛力が感染症などの疾患又は状態を撃退する程度まで対象の免疫系をモジュレートすることを含み得る。本明細書に記載されているペプチドの炎症性又は抗炎症性効果は、疾患又は状態の外的徴候又は症状をモジュレートし得る。
【0037】
固形腫瘍又は液性腫瘍に対するなど、抗がん活性は、本明細書に記載されているペプチドによってモジュレートされ得る。ペプチドによる免疫系に対する効果を介する本明細書に記載されているペプチドによるがん細胞への間接的攻撃は、がん性細胞の増殖を軽減し得る。
【0038】
配列番号１～配列番号１６６のうちのいずれか１つによるアミノ酸配列、又は配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つと少なくとも６５％のアミノ酸配列同一性を有するその断片若しくはバリアントを含む抗微生物ペプチドが記載されている。バリアント又は断片に対するアミノ酸配列同一性の閾値は、任意に、配列番号１～配列番号１６６のいずれか１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％のアミノ酸配列同一性でよい。
【0039】
抗微生物ペプチドは、修飾されてよく、又は保存的アミノ酸置換である修飾を含むバリアントでよい。当業者に公知であるそのようなアミノ酸配列には、以下の候補：Ａｌａ（Ｇｌｙ、Ｓｅｒ）；Ａｒｇ（Ｇｌｙ、Ｇｌｎ）；Ａｓｎ（Ｇｌｎ、Ｈｉｓ）；Ａｓｐ（Ｇｌｕ）；Ｃｙｓ（Ｓｅｒ）；Ｇｌｎ（Ａｓｎ、Ｌｙｓ）；Ｇｌｕ（Ａｓｐ）；Ｇｌｙ（Ａｌａ、Ｐｒｏ）；Ｈｉｓ（Ａｓｎ、Ｇｌｎ）；Ｉｌｅ（Ｌｅｕ、Ｖａｌ）；Ｌｅｕ（Ｉｌｅ、Ｖａｌ）；Ｌｙｓ（Ａｒｇ、Ｇｌｎ）；Ｍｅｔ（Ｌｅｕ、Ｉｌｅ）；Ｐｈｅ（Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｔｙｒ）；Ｓｅｒ（Ｔｈｒ、Ｇｌｙ）；Ｔｈｒ（Ｓｅｒ；Ｖａｌ）；Ｔｒｐ（Ｔｙｒ）；Ｔｙｒ（Ｔｒｐ、Ｐｈｅ）；及びＶａｌ（Ｉｌｅ、Ｌｅｕ）があり、置換可能な選択肢を括弧内に示す。更に、「機能的」バリアント、突然変異、挿入、又は欠失は、活性又は機能が、変更された配列が得られる参照配列と実質的に同じ配列を包含する。活性又は機能は、ＭＩＣ又はＭＢＣなど、本明細書に記載されているパラメーターにより試験されてよい。更に、例えばＰＥＧ化によって、ペプチドの抗原性を減少させることが望ましい場合があり、又はペプチドはＤ－アミノ酸を含んでよい。ペプチドは環化されてよい。
【0040】
抗微生物ペプチドは、長さ最大３０アミノ酸であるペプチド又は断片でよい。例えば、それは長さ最大２０アミノ酸のペプチド又は断片でよい。典型的な抗微生物ペプチドは、配列番号１～配列番号６５のうちのいずれか１つによるアミノ酸配列を含む又はそれからなるものでよい。
【0041】
薬学的に許容可能な担体など、本明細書に記載されている抗微生物ペプチドを含む組成物が、適切な賦形剤と一緒に本明細書に記載されている。組成物は、感染性疾患、若しくは固形腫瘍若しくは液性腫瘍に起因し得る可能性があるようながんなどの疾患又は状態の処置又は予防における使用に適切なものでよい。
【0042】
組成物は、経口、注射可能、直腸、局所、経皮、経鼻又は眼送達用として製剤化されてよい。従って、そのような組成物は、局所的（散剤、軟膏又は目薬による）；口内錠、カプセル剤、ゲル若しくは液剤；又は肛門座剤などあらゆる許容可能な経路によってそれを必要とする対象に投与され得る。送達の更なる様式には、粘膜、舌下、非経口、経腟、腹膜内、口腔（ｂｕｃａｌｌｙ）、眼又は鼻腔内的がある。
【0043】
液体製剤での経口使用又は投与のために製剤化される場合、賦形剤又は成分は、それだけには限らないが、医薬製剤の当業者に受け入れられるもの、例えば乳剤、マイクロ乳剤、液剤、懸濁剤、シロップ及びエリキシルを包含し得る。液体剤形は、水又は他の溶媒、可溶化剤、乳化剤、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、炭酸エチル、酢酸エチル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコール、若しくはジメチルホルムアミドなどの不活性希釈剤を含有してよい。更に、液体製剤は、綿実、落花生、トウモロコシ、胚芽、オリーブ、トウゴマ及びゴマ油などの油；グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコール及びソルビタンの脂肪酸エステル；並びにその混合物を含んでよい。不活性希釈剤に加えて、このような経口組成物は、湿潤剤、乳化及び懸濁化剤、甘味剤、香味剤並びに芳香剤などのアジュバントを包含することもできる。
【0044】
組成物は、凍結乾燥されるものでよい。組成物は、適切な保存剤を含んでよい。
【0045】
組成物は、ブタ又は家禽などの家畜を対象とする食餌中に均一に分布しているものでよい。そのような組成物は、粉砕若しくは粉末化された成分に噴霧又は混合され、その後より粗い動物飼料中に均一に混合されて、均一な分布を確実にされ得る。
【0046】
それを必要とする対象における感染性疾患などの疾患又は状態の処置又は予防のための、抗微生物ペプチドの使用が、本明細書で提供される。疾患又は状態は、固形腫瘍又は液性腫瘍などのがんでよい。
【0047】
更に、それを必要とする対象におけるそのような疾患又は状態の処置又は予防のための医薬品を調製するための使用が提供される。そのような疾患又は状態を処置又は予防する方法も本明細書に記載され、その方法は、それを必要とする対象に本明細書に記載されているペプチド又は組成物の有効量を投与することを含む。
【0048】
疾患又は状態は、グラム陰性細菌に起因し得るものでよく、又はグラム陽性細菌に起因し得る疾患又は状態でよい。疾患又は状態は、抗酸菌に起因し得るもの、又は他の薬物に耐性になった細菌に起因し得るものでよい。そのような疾患又は状態は、例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、Ｓ．エンテリカ（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｃａ）、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ｍ．スメグマチス（Ｍ．ｓｍｅｇｍａｔｉｓ）、ＭＲＳＡ、Ｓ．エンテリティディス（Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ）又はＳ．ハイデルベルク（Ｓ．Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ）細菌に起因し得るものでよい。
【0049】
更に、疾患又は状態は、固形腫瘍又は液性腫瘍などのがんでよい。
【0050】
脂質小胞を使用して、本明細書に記載されている抗微生物ペプチドを送達してよい。記載されている抗微生物ペプチドをコードしている核酸分子も想定されている。核酸分子を含むベクターも包含される。
【0051】
感染因子と関連する標的分子を同定する方法が記載され、標的分子は、本明細書に記載されている抗微生物ペプチドに結合する。そのような方法は、抗微生物ペプチドに結合する分子について、感染因子と関連する候補標的分子のライブラリーをスクリーニングすることを含む。感染因子は、グラム陰性細菌でよく、又はグラム陽性細菌でよい。更に、感染因子は、抗酸菌、又は他の薬物に耐性になった細菌でよい。典型的な感染因子は、それだけには限らないが、大腸菌、Ｓ．エンテリカ、黄色ブドウ球菌、緑膿菌、化膿レンサ球菌、Ｍ．スメグマチス、ＭＲＳＡ、Ｓ．エンテリティディス又はＳ．ハイデルベルク細菌を包含する。更に、生物学的活性をモジュレートするための標的分子を同定する方法が記載され、標的分子は、本明細書に記載されているペプチドに結合する。ペプチドに結合する分子について候補標的分子のライブラリーをスクリーニングすることを含む方法。生物学的活性のモジュレートは、抗腫瘍作用、抗炎症作用又は炎症作用を含み得る。標的を同定するそのような方法において、候補標的分子のライブラリーのスクリーニングは、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏスクリーニングを含んでよい。
【0052】
感染因子と関連する標的分子を同定するためのキットが、本明細書に包含される。そのようなキットは、本明細書に記載されている抗微生物ペプチドを、感染因子と関連する標的分子を同定するための本明細書に記載されている方法を行うための指示書と一緒に含む。任意に、追加の試薬が、キットと共に提供されてよい。生物学的活性をモジュレートするための標的分子を同定するためのキットも記載されている。そのようなキットは、本明細書に記載されているペプチドを、ペプチドに結合する分子のスクリーニング方法を行うための指示書と一緒に含む。
【0053】
例
以下の例は、典型的な態様及び／又はそれに関係して行われた研究を概説する。例は例示的なものであり、制限的であると見られるべきではない。
（例１）
以下の例は、典型的な態様及び／又はそれに関係して行われた研究を概説する。例は例示的なものであり、制限的であると見られるべきではない。
（例１）
【0054】
バイオインフォマティクス手法：Ｒ．カテスベイアナ転写産物由来抗微生物ペプチド
【0055】
概要。抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）は、広スペクトル抗微生物活性を呈し、新たな治療的薬剤としての将来性を有する。北アメリカウシガエル（ラナ［リトバテス］カテスベイアナ）（Ｒａｎａ［Ｌｉｔｈｏｂａｔｅｓ］ｃａｔｅｓｂｅｉａｎａ）の成体は、高効力のＡＭＰの豊富な供給源であるが、水生オタマジャクシは、新たなＡＭＰ発見のために比較的利用されていない供給源を示す。ウシガエルゲノム及びトランスクリプトーム資源の最近の発表は、公知のＡＭＰとバイオインフォマティクスによるＡＭＰの発見の間の絶好の架け橋を提供する。本研究の目的は、バイオインフォマティクスとウェットラボの組み合わせに基づく手法を使用して治療的潜在性を持つ新規のＡＭＰを同定することであった。本研究において、オタマジャクシにおいて発現される新規の７種のＡＭＰ前駆体コード転写産物が、同定された。それらのアミノ酸配列と公知のＡＭＰとの比較から、プレプロ配列に変動はあるが、成熟ペプチド配列の保存の証拠が明らかになった。２つの成熟ペプチド配列が固有であり、マイコバクテリアに対する静菌及び殺菌作用が実証されたが、グラム陰性又はグラム陽性細菌に対しては実証されなかった。９種の公知の及び新規の７種のＡＭＰコード転写産物が、変態前期のオタマジャクシ背部表皮、嗅上皮、肝臓及び／又は尾鰭に検出された。１０ｎＭ ３，５，３’－トリヨードサイロニンによる４８時間のオタマジャクシの処置は、背部表皮中の転写産物の存在量に影響を及ぼさず、他の３つの組織ではこれらの転写産物に対して限定的な影響があった。遺伝子マッピングから、ＡＭＰコード遺伝子のサイズ（１．６～１５ｋｂｐ）及びエクソン数（１～４個）には相当な多様性があり、プレプロと成熟アミノ酸配列の両方の多様性をもたらす選択的スプライシングの明確な証拠が明らかになった。これらの発見は、ウシガエルのゲノムアセンブリの精度及び有用性を検証し、バイオインフォマティクスに基づくＡＭＰの発見の確固たる基盤を整えた。
【0056】
導入
流行性の世界的疾患を引き起こす細菌性病原体の中で抗生物質耐性は、今日、世界が直面する最も重大な公共の脅威の１つとして出現した１－３。疾病対策予防センターによって行われた分析によると、米国において毎年少なくとも２３０００名の死亡が、抗生物質耐性生物によって引き起こされる感染症に起因すると推定されている１。２０１５年に、世界保健機構は、抗微生物剤の使用の最適化及び抗微生物耐性に対抗するための持続可能な投資を包含する戦略目的による抗微生物耐性に対抗するための世界的行動計画を承認した４。従って、選択的な抗微生物性物質の発見及び開発は、世界的に切迫したニーズである。従来の抗生物質治療に代わるものとして、抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）が、潜在的治療法として関心を集めている５。ＡＭＰは、細菌、真菌及びウイルスを包含した広スペクトルの病原体に対する防御として全ての多細胞生物によって産生される多様なクラスのペプチドであり、自然免疫系の中心成分と考えられている６－８。
流行性の世界的疾患を引き起こす細菌性病原体の中で抗生物質耐性は、今日、世界が直面する最も重大な公共の脅威の１つとして出現した１－３。疾病対策予防センターによって行われた分析によると、米国において毎年少なくとも２３０００名の死亡が、抗生物質耐性生物によって引き起こされる感染症に起因すると推定されている１。２０１５年に、世界保健機構は、抗微生物剤の使用の最適化及び抗微生物耐性に対抗するための持続可能な投資を包含する戦略目的による抗微生物耐性に対抗するための世界的行動計画を承認した４。従って、選択的な抗微生物性物質の発見及び開発は、世界的に切迫したニーズである。従来の抗生物質治療に代わるものとして、抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）が、潜在的治療法として関心を集めている５。ＡＭＰは、細菌、真菌及びウイルスを包含した広スペクトルの病原体に対する防御として全ての多細胞生物によって産生される多様なクラスのペプチドであり、自然免疫系の中心成分と考えられている６－８。
【0057】
全体のＡＭＰが、注目に値する配列及び構造的多様性を呈するが、共通性は、１００アミノ酸未満の典型的な長さ、正の正味電荷、並びに二次構造：β鎖、αらせん、拡張コイル及びループに基づく４つの固有の群のうちの１つの一員であること、を包含する。これらの群の中で、αらせんＡＭＰが、最も研究されており、最も一般的である６、９、１０。疎水性残基の分布に加えて、ＡＭＰの陽イオン性の性質は、これらのペプチドが病原体と相互作用し、中和することを可能にし、その全体の機能に寄与している６、１１。
【0058】
ＡＭＰの構造は、系統樹の間で変動性を示し得る１２。両生類のＡＭＰは、Ｎ末端シグナルペプチド先行配列、ＡＭＰを不活性形態に維持するために機能する隣接するプロ配列及びＣ末端成熟ペプチド配列で一般に構成される。全ての真核生物ＡＭＰは、プロペプチド転換酵素によってタンパク質分解性にプロセシングされて活性な成熟ペプチドを生ずる前駆体として合成される８、１３－１５。ＡＭＰシグナルペプチド及びプロ配列は、ファミリー内で一般に保存されているが、成熟ペプチド配列はかなり変動しており、抗微生物ペプチドの機能的部分を構成している８。これらの特徴は、大きいデータセットから新規のＡＭＰを同定し、特徴付けるために利用され得る１０。更に、微生物膜の破壊１６、巨大分子合成の阻害１７及び免疫系のペプチド誘導型モジュレーション１８など、ＡＭＰによって利用される抗微生物作用の多面的な機序のため、微生物は、従来通りの抗生物質よりこれらのペプチドに対して耐性を発症する可能性が低い。いくつかのＡＭＰは、現在臨床背景において使用されており、より多くのＡＭＰが、治療的潜在性を確かめるために臨床試験を受けている１１。
【0059】
新たなＡＭＰを単離するための主要な手法は、抗微生物アッセイ、ペプチド配列決定、並びにｄｅ ｎｏｖｏペプチド合成と組み合わせた体液若しくは組織由来タンパク質サンプルのクロマトグラフィー及び／又は質量分析に基づく分析を含む。しかしながら、分析化学を利用する従来のＡＭＰ同定方法に伴うコンテキスト特異的タンパク質の発現、実施費用及び低スループットの実験が、ＡＭＰ発見の進歩を妨げてきた。このことから、治療的潜在性を持つ新規ＡＭＰを同定するための代替手法を開発するニーズが強調されている。
【0060】
これらのペプチドを合成し、貯蔵する真皮内の特殊な顆粒腺のため、成体カエルの皮膚はＡＭＰの豊富な供給源であり、そのペプチドは、傷害又は微生物チャレンジの最初の徴候で皮膚表面に分泌される６、９、１９。進化的生存の観点から、カエル皮膚におけるＡＭＰのこの豊かなレパートリーは、病原体が多い湿った泥だらけの環境に対する有益な適応である。これを書いている時点で、組織されているＡｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＡＰＤ）１９は、カエル皮膚を起源とする９７８種（１０４３種の両生類ペプチドのうち）の活性ペプチドの配列を含有する。これは、ＡＭＰデータベース大要の３４％を表し、そのデータベースは、細菌、古細菌、原生生物、真菌、植物及び動物を包含する６つの界から得られるペプチド配列並びにいくつかの合成ペプチドを包含する（ｈｔｔｐ：／／ａｐｓ．ｕｎｍｃ．ｅｄｕ／ＡＰ／ｍａｉｎ．ｐｈｐ）。更に、潜在的治療法としていくつかのカエルＡＭＰの有用性及び有効性が、これまでに実証されてきた２０－２２。
【0061】
ＡＭＰ分泌は、両生類だけに限定されるものでなく、表皮又は特定の発達段階に限定されるものでもない。例えば、肝臓で発現される抗微生物ペプチド（ＬＥＡＰ）は、肝臓及び中腸内で非常に豊富であり、ヒト及び魚においては血液中に分泌される２３－２５。両生類として、ほとんどのカエルは、２つの固有の発生後形態：自由生息の水生幼生であるオタマジャクシ、及び空気呼吸する陸生のカエルとして生命を受ける。各環境に棲息している病原菌の型は、実質的に異なり得るので、自然免疫系に対する要求は異なる。従って、幼生段階に発現される新規のＡＭＰを同定する機会が存在する。現在までに行われているオタマジャクシ特異的研究は、ノルエピネフリン中に浸漬又はそれを注射した後の異なる世代のオタマジャクシの混合物から採集される天然の皮膚分泌物の試験に焦点を合わせてきた。このことは、これらの皮膚分泌物が、寄生虫感染及び生存に対して防御し得ることを確立した２６。質量分析を使用して、Ｗｏｏｄｈａｍｓ及び共同研究者ら２７は、１７種のカエルのノルエピネフリン誘導される皮膚分泌物を比較し、ラナツエリン－２、－４、－６、－７、－８、及び－９、パラストリン－２ＣＢａ、ブラジキニン、テンポリン－１Ｐ並びにラナレキシンが、最も豊富なペプチドであることを見出した。一般に、オタマジャクシは、成体と比較してより低い割合のＡＭＰを有したが、そのプロファイルは互いに異なっている２７。これらのうち、ラナツエリン－２、－７、－８、－９及びラナレキシンは、ノルエピネフリン誘導がない場合にも見られた２７。興味深い発見は、Ｒ．カテスベイアナなど幼生期間のより長いオタマジャクシが、幼生期間の短いオタマジャクシより強いＡＭＰ防御応答を生じ、これが、この水生発育相での自然免疫応答における差異的投資を示すことである２７。
【0062】
本明細書において、ペプチド相同性に基づいて推定のＡＭＰを同定及び特徴付けるためのバイオインフォマティクス手法の開発が、実証される。手作業で組織されたＡＭＰ配列データベースを使用して、北米ウシガエル、ラナ（リトバテス）カテスベイアナについて編集された豊富なゲノム資源を検索した２８。確立されているマイクロタイター液体希釈法により抗微生物活性を実証した２種の新規のウシガエルＡＭＰが、同定された２９。トランスクリプトミクス並びにゲノムデータに適用されるコンピュータ方法によって、２０種のＡＭＰコード転写産物の発現プロファイル及び遺伝子構造が調べられ、そのうちの１６種は、オタマジャクシ組織に見られた。
【0063】
結果
推定のＡＭＰをコードしている転写産物の同定。Ｂｕｌｌｆｒｏｇ Ａｎｎｏｔａｔｅｄ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ（ＢＡＲＴ２８）データベースの系統的な段階的ｉｎ ｓｉｌｉｃｏクエリーについては、方法の節に概説されており、結果として新規の前駆体ＡＭＰをコードしているＲ．カテスベイアナ転写産物（表１に示される）７種及び公知の前駆体ＡＭＰ（表２に示される）１１種を同定した。
推定のＡＭＰをコードしている転写産物の同定。Ｂｕｌｌｆｒｏｇ Ａｎｎｏｔａｔｅｄ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ（ＢＡＲＴ２８）データベースの系統的な段階的ｉｎ ｓｉｌｉｃｏクエリーについては、方法の節に概説されており、結果として新規の前駆体ＡＭＰをコードしているＲ．カテスベイアナ転写産物（表１に示される）７種及び公知の前駆体ＡＭＰ（表２に示される）１１種を同定した。
【0064】
表１は、ウシガエルオタマジャクシＲＮＡ－ｓｅｑデータのバイオインフォマティクス分析によって同定される推定のＡＭＰ配列の特徴を示す。各ペプチド配列は、プレプロ配列及び推定される成熟ペプチド配列に分離される。成熟ペプチドの正味電荷、分子量（ＭＷ）及び等電点（ｐＩ）のコンピュータ予測、並びに簡単な参照のためのペプチドＩＤが、示される。
【表1】
【0065】
翻訳された「新規の」前駆体ＡＭＰは、トリプシン切断部位（ＡＭＰにおいて一般的な転換酵素切断部位）を包含し、バリン（ＨＰ３）から始まる１つの配列を除いて、全てＮ末端にメチオニンを有する（表１）。更に、推定の成熟ペプチドは全て、中性ｐＨで予測される正の正味電荷を保有し、長さ１９～３３ＡＡであり、等電点（ｐＩ）８．０～１０．９を有する（表１）。これらの物理化学的特性の全ては、公知のＡＭＰと一致する１９。
【0066】
表２は、本研究内で評価された２０種の公知の並びに推定のＡＭＰの転写産物、タンパク質及び遺伝子の特徴を示す。
【表2-1】
【表2-2】
【0067】
推定のＡＭＰタンパク質配列の考察。７つの転写産物のＢｌａｓｔｘ分析は、ＮＣＢＩ ｎｒデータベースにおいて配列同一性４９～７７％のタンパク質配列の一致を同定し（表３）、１つの配列（ＨＰ５）は、いかなる公知のＡＭＰとも顕著な一致を有さなかった。
【0068】
図１は、推定のＡＭＰ前駆体配列とそれに最も近い公知のＡＭＰとの一致のクラスタルオメガ整列化を示す。パネルＡは、シューダクリス・レジラ ラナツエリン－２ＰＲｃ配列（上段）（配列番号１５）とＲ．カテスベイアナ ＨＰ２配列（下段）（配列番号１６）との比較を示す。パネルＢは、Ｒ．カテスベイアナ由来の７種のラナツエリン前駆体配列（配列番号１７～配列番号２３）の整列化を示す。パネルＣは、Ｒ．カテスベイアナ由来のラナサイクリン前駆体配列（配列番号２４～配列番号２６）の整列化を示す。パネルＤは、Ｒ．カテスベイアナ由来のカテスベイアニン－１前駆体配列（配列番号２７及び配列番号２８）の整列化を示す。パネルＥは、Ｒ．カテスベイアナ由来のパラストリン－Ｃａ前駆体配列（配列番号２９及び配列番号３０）の整列化を示す。保存されているタンパク質分解性切断部位を、太字体で示し、下線を引く。この切断部位は、Ｎ末端プレプロ配列とＣ末端成熟配列の境界を示す。前駆体ペプチド長を、各配列の右側に示す。点は保存的アミノ酸置換を表し、星印は正確な一致を示す。ダッシュを、配列整列化を最大化するために導入した。ＮＣＢＩアクセッション番号に関する更なる詳細は、表２にある。
【0069】
表３は、全配列にわたる（前駆体）、又はプレプロ配列若しくは成熟配列による、ＡＭＰ候補と最もよく知られているＡＭＰとのｂｌａｓｔｐ一致の配列同一性（％）の比較を示す。いかなるＡＭＰもＨＰ５と一致しなかった。
【表3】
【0070】
ペプチド配列の綿密な考察から、予測された成熟ペプチドのうち４種（ＨＰ４、ＨＰ６、ＨＰ８、ＨＰ９）が公知のＡＭＰと同一であり（表３及び図１）、対応するプレプロ領域は、６５～７６％の範囲で同一性を呈することが明らかになった（表３及び図１）。残りの２種の候補ＡＭＰペプチド（ＨＰ２及びＨＰ３）は、その最もよく知られているＡＭＰ成熟ペプチド配列との一致に対して６９％（ＨＰ２）及び６８％（ＨＰ３）の同一性を呈した（表３）。ＨＰ２及びＨＰ３プレプロ配列は、最もよく知られているＡＭＰとの一致からの相当な相違も示す（それぞれ、７７％及び４９％のアミノ酸同一性；表３）。
【0071】
ＨＰ２配列は、シューダクリス・レジラ ラナツエリン－２ＰＲｃ配列のＲ．カテスベイアナ相対物である（図１、パネルＡ）。他の公知又は推定のＡＭＰ前駆体と比較した場合、ラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）配列は、プレプロ配列において他のラナツエリンと合理的な程度の配列保存を呈するが、成熟ペプチドにおいては相当な相違を呈する（図１、パネルＢ）。ＨＰ４及びＨＰ８の推定成熟ペプチド配列は、ラナツエリン－１及びラナツエリン－３ＲＣの成熟ペプチドとそれぞれ同一であるが、それぞれは、固有のプレプロ配列を有する（図１、パネルＢ）。ＨＰ３の成熟ペプチド領域は、ラナサイクリン－Ｃａと６８％同一であり、プレプロ配列においては実質的な配列相違がある（同一性４１％；図１、パネルＣ）。ＨＰ６及びＨＰ９の成熟ペプチド領域は、それぞれカテスベイアニン－１及びパラストリン－Ｃａと同一であるが、プレプロ配列において異なるＮ末端終端部を有する（図１、パネルＤ及びパネルＥ）。
【0072】
図２は、パネルＡ－ＨＰ２；パネルＢ－ＨＰ３；及びパネルＣ－ＨＰ５の得られた成熟ペプチド対公知の成熟ＡＭＰ配列間のＳＡＢＬＥ二次構造予測比較を示す。パネルＤは、上段に指示されたアミノ酸（ＡＡ）位置、中段に予測された二次構造及び下段に相対的溶媒接触性（ＲＳＡ）によるＳＡＢＬＥ予測の凡例を示す。信頼予測は、予測される二次構造及びＲＳＡより劣る。予測された二次構造について、赤色線、αらせん；緑色矢印、βシート；青色線、拡張コイルである。ＲＳＡを、黒色（０～９％ＲＳＡ）～白色（９０～１００％ＲＳＡ）のグレースケールによって示し、各箱は、アミノ酸を表す。
【0073】
推定の成熟ＨＰ２ペプチドの二次構造は、ラナツエリン－１及びラナツエリン－２ＲＣ二次構造の混合物に似ているαらせん、拡張コイル、β鎖の配置を含有する（図２、パネルＡ）。推定の成熟ＨＰ３ペプチドは、ラナサイクリン－Ｃａと類似の拡張コイルだけである（図２、パネルＢ）が、推定の成熟ＨＰ５ペプチドは、小さい拡張コイルによって隔てられた２つのαらせんを含む（図２、パネルＣ）。
【0074】
マイクロタイター液体希釈アッセイ。ＨＰ２、ＨＰ３及びＨＰ５ペプチドは、ＡＭＰ文献にまだ記載されていない新規の配列を含む。ペプチドの抗微生物活性を確立するための一般的な方法は、マイクロタイター液体アッセイを実行することである。マイクロタイター液体希釈方法を、最少阻害濃度（ＭＩＣ）及び最小殺菌濃度（ＭＢＣ）の決定のために実行した。陽性対照としてＨＰ３及びＨＰ５を、ラナツエリン－１／ＨＰ４ペプチドに加えて試験した。複数回のペプチド合成の試みに失敗したので、ＨＰ２を試験することができなかった。ヒトカテリシジン、ＬＬ－３７３０を、追加の陽性対照として使用し、梅毒トレポネーマ（Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ）タンパク質Ｔｐ０７５１由来の無関係な類似のサイズの陽イオン性ペプチドを、陰性対照として使用した。ＡＭＰに使用される主要な機序が、細胞壁／膜の標的化であることを踏まえて、潜在的ＡＭＰを、公知の細胞エンベロープの３つ全ての型（グラム陽性、陰性、並びに複雑で固有のミコバクテリウム細胞壁／エンベロープ）を代表する細菌に対して試験した。
【0075】
グラム陰性［大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）及び緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）］、グラム陽性［黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）及び化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ）］及びマイコバクテリウム・スメグマチス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｍｅｇｍａｔｉｓ）（真のグラム陽性ではなく、グラム陰性でもない）にわたる５つの菌種を試験した。ラナツエリン－１ペプチドは、大腸菌及び黄色ブドウ球菌に対する活性を若干有し（それぞれ、ＭＩＣ：４８μＭ及び９７μＭ）、それは、これまでに報告されているより高く３１、若干の殺菌活性が、観察された（それぞれ、ＭＢＣ：１２～４８μＭ及び９７μＭ）。このペプチドは、化膿レンサ球菌又は緑膿菌に対して効果がなかった。ＨＰ３及びＨＰ５は、大腸菌、黄色ブドウ球菌、化膿レンサ球菌又は緑膿菌に対する阻害若しくは静菌活性に対する効果がなかった。
【0076】
表４は、最低５回（ＭＩＣ）及び３回（ＭＢＣ）の独立した実験により試験した公知の並びに推定のＡＭＰについて、Ｍ．スメグマチスに対する最少阻害濃度（ＭＩＣ）及び最小殺菌濃度（ＭＢＣ）をμＭで示す。ＬＬ－３７は、ヒトカテリシジン陽性対照であり、Ｔｐ０７５１は、梅毒トレポネーマ由来の陰性対照ペプチドである。「－」効果が観察されなかった。
【表4】
【0077】
陰性対照ペプチドを除いて、全てのペプチドは、Ｍ．スメグマチスに対する静菌作用を有した（表４）。ラナツエリン－１と比較して、ＨＰ３の静菌作用は、同程度であり（ＭＩＣ：４～１４対２～１２μＭ；表４）、殺菌作用はより良好であった（ＭＢＣ：７～１４対３～４８μＭ；表４）。ＨＰ５は、Ｍ．スメグマチスに対して弱い静菌及び殺菌活性を呈した（表４）。
【0078】
Ｒ．カテスベイアナオタマジャクシ組織におけるＡＭＰコード転写産物の発現。２０種のＡＭＰコード転写産物（公知１３種、上で新規に同定の７種；表２に挙げる）の存在量レベルを、以前の研究の標準化したＲＮＡ－ｓｅｑデータを使用して変態前期のＲ．カテスベイアナオタマジャクシの背部表皮、肝臓、嗅上皮及び尾鰭において査定した２８、３２、３３。
【0079】
図３は、推定及び公知のＡＭＰをコードしている転写産物が、Ｒ．カテスベイアナ変態前期のオタマジャクシの背部表皮、肝臓、嗅上皮及び尾鰭において差異的発現を示すことを示す。指示された推定及び公知のＡＭＰをコードしている転写産物を表すＲＮＡ－ｓｅｑデータを、オタマジャクシ背部表皮（黒色の棒、ｎ＝３）、肝臓（濃い灰色の棒、ｎ＝１５）、嗅上皮（明るい灰色の棒、ｎ＝１５）、及び尾鰭（白色の棒、ｎ＝１５）について示す。棒は、リード１００万個当たりの標準化したリードカウントの中央値を表し、ひげは、絶対偏差の中央値を表す。ＮＤ、検出されなかった。
【0080】
図４は、推定のＡＭＰ前駆体配列とそれに最も近い公知のＡＭＰとの一致のクラスタルオメガ整列化を示す。パネルＡは、アモロプス・ロロエンシス カテリシジン－ＡＬ配列（ＮＣＢＩアクセッション番号ＡＥＩ６９６９８；上段）と対応するＲ．カテスベイアナ カテリシジン－ＡＬ配列（下段）との比較を示す。パネルＢは、ナノラナ・パーケリの予測ＬＥＡＰ２配列（ＮＣＢＩアクセッション番号ＸＰ＿０１８４１８７２２；上段）と対応するＲ．カテスベイアナＬＥＡＰ２配列（下段）との比較を示す。保存されているタンパク質分解性切断部位は、太字体であり、下線を引く。この切断部位は、Ｎ末端プレプロ配列とＣ末端成熟配列の境界を示す。前駆体ペプチド長を、各配列の右側に示す。点は保存的アミノ酸置換を表し、星印は正確な一致を示す。ダッシュを、配列整列化を最大化するために導入した。ＮＣＢＩアクセッション番号に関する更なる詳細は、表２にある。
【0081】
これらの転写産物のうち１６種は、これらの組織の１つ又は２つ以上にある（図３）。図３に示した転写産物の全てを、カテリシジン－ＡＬ（アモロプス・ロロエンシス前駆体タンパク質と８７％同一性；図４）及びＬＥＡＰ２（ナノラナ・パーケリ予測前駆体タンパク質と８８％同一性；図４）をコードしている転写産物を包含するＲ．カテスベイアナ コンティグから配列検証した。いくつかの場合において、ＲＮＡ－ｓｅｑ由来配列は、ＧｅｎＢａｎｋで既に管理されている転写産物配列に比べて、長さに相当な改善を与えた（表２）。
【0082】
１６種全ての転写産物が、オタマジャクシ背部表皮に存在し、１１種は、肝臓及び嗅上皮に、１２種は尾鰭に存在する（図３）。最も豊富な転写産物は、背部表皮においてラナツエリン－４、ラナサイクリン－Ｃｃ、ラナツエリン－２ＲＣ及びラナツエリン－１（ＨＰ４）；肝臓においてｌｅａｐ２、カテリシジン－ＡＬ、カテリシジン－ＲＣ２及びカテスベイアニン－１（ＨＰ６）；嗅上皮においてｌｅａｐ２、カテリシジン－ＡＬ、カテスベイアニン－１（ＨＰ６）及びカテリシジン様２；並びに尾鰭においてカテリシジン－ＡＬ、カテスベイアニン－１（ＨＰ６）、ｌｅａｐ２及びカテリシジン様２（図３）である。注目すべきは、カテスベイアニン－１、ラナサイクリン－Ｃａ、ラナツエリン－１及びパラストリン－Ｃａなど、これらの変態前期のオタマジャクシ組織に存在しない転写産物である。カエル成体の皮膚内３１に検出されるこれらの転写産物は、カテスベイアニン－１（ＨＰ６）、ラナサイクリン－Ｃａ（ＨＰ３）、ラナツエリン－１（ＨＰ４）、ラナツエリン－３ＲＣ（ＨＰ８）及びパラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）によって置き換えられる（図３）。
【0083】
先行する研究は、いくつかのＡＭＰをコードしているｍＲＮＡが、甲状腺ホルモン依存的な変態の結果としてオタマジャクシにおいて非常に低い又は検出不可能なレベルから、カエルにおいて高レベルに増大することを示した３４－３７。これらの決定は、オタマジャクシ全体のホモジェネート３４、３６又は皮膚３５、３７のいずれかで行われた。
【0084】
図５は、推定及び公知のＡＭＰコード転写産物が、オタマジャクシの１０ｎＭ Ｔ３処理に対して一般に応答性でないことを示す。指示した推定及び公知のＡＭＰをコードしている転写産物を表すＲＮＡ－ｓｅｑデータを、媒体対照のオタマジャクシの（パネルＡ）背部表皮（ｎ＝３）、（パネルＢ）肝臓（ｎ＝５）、（パネルＣ）嗅上皮（ｎ＝５）及び（パネルＤ）尾鰭（ｎ＝５）（黒色の棒）又は１０ｎＭ Ｔ３に４８時間曝露したオタマジャクシ（灰色の棒）について示す。棒は、リードカウントの中央値を表し、ひげは、絶対偏差の中央値を表す。星印は、ｐ＜０．０５での処理の間の統計的有意性を示す。ＮＤ、検出されなかった。
【0085】
変態前期のオタマジャクシを、組織特異的遺伝子発現プログラムを変更することによって変態を早期に誘導する１０ｎＭトリヨードサイロニン（Ｔ３）中に４８時間浸漬し２８、３２、３３、ＡＭＰコード転写産物の存在量を決定した（図５）。これらの転写産物のいずれも、背部表皮においてＴ３に応答性でなかった（図５、パネルＡ）。肝臓、嗅上皮及び尾鰭において転写産物の圧倒的多数も、Ｔ３処理に応答性でなかった（図５、パネルＢ～パネルＤ）が、ラナツエリン－３ＲＣ（ＨＰ８）転写産物は、肝臓及び嗅上皮に現れた（図５、パネルＢ及びパネルＣ）。ｍＲＮＡ存在量の有意な増大は、肝臓においてカテリシジン－ＲＣ２（２倍）；嗅上皮においてラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）（２倍）及びパラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）（４倍）；並びに尾鰭においてラナツエリン－４（２倍）観察された（図５、パネルＢ～パネルＤ）。ＨＰ５転写産物においてわずかであるが、有意な減少（１．３倍）が嗅上皮に観察された（図５、パネルＣ）。パラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）ｍＲＮＡは、尾鰭においてＴ３処理により消滅したが、これは、有意でなかった（図５、パネルＤ）。
【0086】
ウシガエルゲノムにおけるＡＭＰコード遺伝子構造。上記の転写産物の新たなバージョンは、選択的遺伝子スプライシングの産物であった可能性がある。最近公開されたウシガエルのドラフトゲノム２８を使用して、ｇｍａｐ及びｂｌａｓｔｎを使用して、転写産物配列から遺伝子モデルを創出した。
【0087】
図６は、ラナツエリン－１及びラナツエリン－３ＲＣ遺伝子が２つのエクソンを含有し、選択的にスプライスされることを示す。パネルＡ－ラナツエリン－１及びラナツエリン－１（ＨＰ４）並びにパネルＢ－ラナツエリン－３ＲＣ及びラナツエリン－３ＲＣ（ＨＰ８）をコードしている遺伝子の構造及び得られる転写産物が、示される。最上段の実例は、指示された尺度に描かれた対応する遺伝子を表し、エクソン部分が黒色の長方形として図示され、イントロン領域が太い黒色の線で図示される。示した遺伝子に隣接する追加の非遺伝子配列は、指示した場合を除き全ての場合に存在した。ウシガエルゲノムのＮＣＢＩ ｖ３．０骨格識別子を、各骨格の左上に示す。複数の骨格が、線破断によって示される。イントロン領域は、遺伝子の下の標識された転写産物においてスプライスされる細い線として示される。スプライスされた転写産物における灰色の長方形は、非翻訳領域を示し、斜線の長方形は、オープンリーディングフレームを示す。
【0088】
１．６ｋｂｐの２－エクソン遺伝子は、選択的スプライシングによってラナツエリン－１及びラナツエリン－１（ＨＰ４）を生じ（図６、パネルＡ）、類似の２－エクソン遺伝子構造は、選択的スプライシングによってラナツエリン－３ＲＣ及びラナツエリン－３ＲＣ（ＨＰ８）を生じる（図６、パネルＢ）。対照的に、３つのラナツエリンであるラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）、ラナツエリン－２ＲＣ及びラナツエリン－４は各々、非常に大きい固有の３－エクソン遺伝子から得られる（例えばラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）の場合１５ｋｂｐ；図７を参照のこと）。
【0089】
図７は、ラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）、ラナツエリン－２ＲＣ及びラナツエリン－４遺伝子が、３つのエクソンを含むことを示す。パネルＡ－ラナツエリン－２ＰＲｃ（ＨＰ２）、パネルＢ－ラナツエリン－２ＲＣ、及びパネルＣ－ラナツエリン－４をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。実例は、指示された尺度に描かれる。イタリック体の数字は、イントロン領域が大きかった場合の介在塩基対の数を示す。詳細な情報については図６を参照のこと。
【0090】
図８は、一方が３つのエクソン、他方が１つのエクソンを含むラナサイクリンをコードする２つの遺伝子を示す。パネルＡ－ラナサイクリン－Ｃａ及びラナサイクリン－Ｃｃ、及びパネルＢ－ラナサイクリン－Ｃａ（ＨＰ３）をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。実例は、指示された尺度に描かれる。イタリック体の数字は、イントロン領域が大きかった場合の介在塩基対の数を示す。詳細な情報については図６を参照のこと。「Ａ」における点線は、骨格の５’末端が、利用可能な転写産物情報の前で終了したことを示す。
【0091】
ラナサイクリン－Ｃａ（ＨＰ３）をコードしている遺伝子は、異なる骨格上の単一エクソンを含むのに対して、ラナサイクリン－Ｃａ及びラナサイクリン－ＣＣをコードしている転写産物は、同じ３－エクソン遺伝子からなる（図８）。類似の関係は、パラストリン－Ｃａの場合も起こる。ここでパラストリン－Ｃａ転写産物は、２つのエクソン（図８、パネルＡ）から得られ、パラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）は、同じ遺伝子の異なる単一のエクソン（図８、パネルＢ）から得られる。
【0092】
図９は、２つのエクソン遺伝子によってコードされるパラストリン－Ｃａを示し、パラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）及びＨＰ５は、単一エクソン遺伝子によってコードされる。パネルＡ－パラストリン－Ｃａ；パネルＢ－パラストリン－Ｃａ（ＨＰ９）；及びパネルＣ－ＨＰ５をコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。漫画は、示した尺度に対する実例である。イタリック体の数字は、イントロン領域が大きかった場合の介在塩基対の数を示す。詳細な情報については図６を参照のこと。
【0093】
ＨＰ５をコードしている遺伝子は、単一エクソンを含む（図９、パネルＣ）。最終的に、ｌｅａｐ２及びカテリシジン－ＡＬ転写産物は、４つのエクソンのスプライシングから得られる例である（図１０）。上のアセンブルした転写産物配列の全てが、標準的なスプライス部位を持つ個別に得られたウシガエルゲノムと整列するという事実は、同定されたＡＭＰ転写産物配列の正当性を更に支持する。
【0094】
図１０は、ＬＥＡＰ２とカテリシジン－ＡＬの両方が、４つのエクソンから得られることを示す。Ｒ．カテスベイアナ パネルＡ－ＬＥＡＰ２及びパネルＢ－カテリシジン－ＡＬをコードしている遺伝子並びに得られる転写産物の構造が、示される。実例は、指示された尺度に描かれる。イタリック体の数字は、イントロン領域が大きかった場合の介在塩基対の数を示す。図６は、追加の情報を提供する。
【0095】
考察
経験的に検証されているペプチドからＡＭＰの公知の配列相同性及び構造的特徴を利用することによって、バイオインフォマティクス手法をアセンブルしたウシガエルオタマジャクシ参照トランスクリプトームに適用し、推定の新規のＡＭＰをコードしている転写産物を同定し、公知のＡＭＰに利用可能な配列情報を増やした。歴史的に、カエルはＡＭＰの豊かな供給源である。しかしながら、幼生オタマジャクシ段階における研究、特に遺伝子発現研究に関係する研究は、限られている。
経験的に検証されているペプチドからＡＭＰの公知の配列相同性及び構造的特徴を利用することによって、バイオインフォマティクス手法をアセンブルしたウシガエルオタマジャクシ参照トランスクリプトームに適用し、推定の新規のＡＭＰをコードしている転写産物を同定し、公知のＡＭＰに利用可能な配列情報を増やした。歴史的に、カエルはＡＭＰの豊かな供給源である。しかしながら、幼生オタマジャクシ段階における研究、特に遺伝子発現研究に関係する研究は、限られている。
【0096】
本研究は、微生物防備について自然免疫系に主に依存している生物として変態前期のオタマジャクシに焦点を合わせた。カエルにおいて観察されたものと同様に、オタマジャクシ組織はいくつかのＡＭＰを発現し、背部表皮に最も高い濃度がある。アフリカツメガエル（Ｘｅｎｏｐｕｓ ｌａｅｖｉｓ）における先行研究では、マゲイニンをコードしている転写産物並びに「アミノ末端グリシン及びカルボキシ末端ロイシンアミドを持つペプチド」（ＰＧＬａ）は、変態クライマックスまで及びカエル段階において検出されないことを示した３４。これらのｍＲＮＡの存在量は、早熟の変態を誘導する５ｎＭ Ｔ３中に７日間の長期間の浸漬によって変態前期のオタマジャクシ全部において増大する３４。他の研究は、Ｒ．カテスベイアナ３５においてラナレキシン、Ｒ．シルヴァティカ（Ｒ．ｓｙｌｖａｔｉｃａ）３６においてブレビニン－１ＳＹ及びＲ．オルナティヴェントリス（Ｒ．ｏｒｎａｔｉｖｅｎｔｒｉｓ）３７においてプレプロテンポリンをコードしているｍＲＮＡが、甲状腺ホルモン依存的変態によってオタマジャクシにおける検出不可能な又は非常に低いレベルからカエルにおける高レベルへと一般に遷移することを確立した。２×１０－９Ｍ Ｔ３によるＲ．オルナティヴェントリスの成体の注射に応じたプレプロテンポリンコードｍＲＮＡの誘導を観察した３７。本研究において２０種の公知及び推定のＡＭＰコード転写産物の存在量レベルを調べ、そのうち１６種は、４つの変態前期のオタマジャクシ組織のうち少なくとも１つにおいて発現されていた。ＡＭＰコード転写産物の圧倒的多数は、４８時間後にＴ３処理による影響を受けず、いずれも背部表皮においてホルモン応答性でなかった。複数の理由：特定の組織ではなくオタマジャクシ全部のホモジェネートを使用した、及び／又はＴ３注射研究の場合にオタマジャクシの代わりに成体を使用した、のため現在の結果と以前の研究を比較することは困難である。より長時間のＴ３曝露は、より多くのＡＭＰコード転写産物のモジュレーションをもたらし得るかもしれないが、これはまだ決定されていない。データは、ＡＭＰ発現における変態依存的変化が、後期の間接的な甲状腺ホルモン依存的応答であり、生命遷移と同時に起こる自然免疫系のリセットをもたらし得ることを示唆する。
【0097】
カテスベイアニン－１、ラナサイクリン－Ｃａ、ラナツエリン－１、ラナツエリン－３ＲＣ及びパラストリン－Ｃａの抗微生物特性は、以前から知られていた６－８。この例は、選択的スプライシングの結果としてそれぞれのＡＭＰの成熟ペプチド配列を保持しているが、そのプレプロ配列には多様性があり得るという発見を表す。興味深い可能性は、遺伝子スプライスバリアントが、発生後の発達の間に免疫系をリセットする一部として発達上調節され得ることである。この推移の結果は、それぞれのＡＭＰの成熟ペプチドよりもむしろプレプロ配列における変化を具体化している。これは、まだ決定されていないペプチド局在化、プロセシング及び／又は活性化の調節結果を有する可能性があり、同様に発現された活性化プロテアーゼにおける発達推移をおそらく反映している可能性がある３８。発達中及び異なる組織におけるスプライスバリアントの発現プロファイルの更なる考察が、必要とされる。
【0098】
多くの試みが、タンパク質レベルでのＡＭＰの系統発生的比較に対して行われてきた（例えば３９、４０）が、ＡＭＰコード転写産物を生じる遺伝子の構造については、ほとんど理解されていない。現在の研究は、カエルにおいて公知の抗微生物機能を持つＡＭＰの第１の遺伝子構造情報を示し、ＡＭＰ遺伝子構造の範囲が表されることが判明した。Ｒ．カテスベイアナ カテリシジンにおいて観察された４－エクソン遺伝子構造は、３番染色体上にあるヒトＬＬ３７カテリシジン遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＭ＿００４３４５．４）と保存されているが、Ｒ．カテスベイアナ ｌｅａｐ２遺伝子は、魚及びヒトにおける３つと比較して４つのエクソンを有する４１。この明らかな相違は、非翻訳領域に完全に含まれる第４のエクソンによる可能性がある（図１０）。Ｒ．カテスベイアナ ｌｅａｐ２遺伝子の構造は、現在２つの骨格で構成されているので、ｌｅａｐ２転写産物が、アセンブリアーティファクトであり得るという可能性を明確に無視することはできないが、ウシガエルゲノムアセンブリに対する日常的な改善が、この非常に低い可能性を解決することになる。
【0099】
Ｒ．カテスベイアナにおいてラナツエリンコード遺伝子は、選択的スプライシングを受け、２つ又は３つのエクソンを保有し、ラナツエリンとラナサイクリンとの緊密な関係は、３－エクソン遺伝子構造の保持に反映される。更に、ＡＭＰ成熟ペプチド配列の多様性は、先祖遺伝子からの遺伝子重複の結果であると示唆された４２。本研究は、ＡＭＰ多様性のための別の機序として選択的スプライシングに加えて遺伝子重複への支持を提供する。
【0100】
ラナツエリン－１に加えて、新たな２つの成熟ＡＭＰ配列候補は、Ｍ．スメグマチスに対する抗微生物活性を実証した。特に注目すべきことに、ＨＰ３及び確立されたＡＭＰであるラナツエリン－１は、ミコバクテリウムであるＭ．スメグマチスに対して類似の抗微生物活性を呈した。この種を使用して、本明細書に記載されている新規のＡＭＰが、マイコバクテリアに対して活性であることを確立した。全てのマイコバクテリウム種が類似の細胞構造を有するので、古典的な非病原性種に対する活性を実証することは、今後の実験において病原性種に対する新規ＡＭＰの活性を次に査定するのに価値がある証拠を提供する。
【0101】
本明細書で示される活性の結果の中に多少の変動性はあるが、この例は、一貫性、再現性、安定性の改善及び活性の増強を呈する最適化されたＡＭＰを設計するプロセスを明らかに例示している４３。新たなＡＭＰ候補の配列分析は、ＡＭＰの組み合わせを増加させるプレプロ及び成熟ペプチド配列内の多様性を明らかにした。新たなプレプロ配列への公知のＡＭＰ配列の連結は、更なるＡＭＰ候補を発見するための新たな可能性を開く。本研究に使用されたバイオインフォマティクス方法によって同定されたＡＭＰの機能的試験の成功は、バイオインフォマティクス手法を使用して本明細書に記載されているウシガエルゲノムを発掘することの価値を確約する。
【0102】
ＡＭＰは自然免疫において重大な役割を演ずるので６、４４、その発現の状況及びその正常な機能を破壊する可能性のある因子の更なる考察は、保存の取り組みの情報を与える可能性がある。両生類は、感染性病原体のため、世界的に集団数の大幅な減少を受けている４４、４５。ＡＭＰと病原体との相互影響は、感染に対する宿主生存の重要な決定因子であり、一部の両生類のＡＭＰが、例えば、ツボかび、バトラコキトリウム・デンドロバティディス（Ｂａｔｒａｃｈｏｈｙｔｒｉｕｍ ｄｅｎｄｒｏｂａｔｉｄｉｓ）を死滅させることは公知である４６、４７。耐性は、両生類のＡＭＰの機能を切断し、破壊するプロテアーゼの真菌による分泌によって付与され得ることから３３、ＡＭＰの調節の機序並びに疾患防備及び病原体回避との関係の更なる調査のニーズが明らかになる。加えて、両生類によって産生される天然の抗菌性化合物の財産への継続的な調査はまた、主要な及び増大する抗生物質耐性の世界的な健康への脅威と戦うための有効な治療法の開発に至る可能性がある新規ＡＭＰの更なる発見を確実にもたらすことになる。
【0103】
配列有効性
ＮＣＢＩを通じて利用できるようなアクセッション番号によって本明細書で参照される全ての生物学的配列は、あたかもその配列が、本文、図又は表の中でその全体が列挙されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
ＮＣＢＩを通じて利用できるようなアクセッション番号によって本明細書で参照される全ての生物学的配列は、あたかもその配列が、本文、図又は表の中でその全体が列挙されたかのように、参照により本明細書に組み込まれる。
【0104】
方法
本明細書で使用されている方法の更なる詳細を以下に提供する。引用は、更なる詳細を示すために提供され、本明細書において使用した方法に関連する参照文献は全て、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用されている方法の更なる詳細を以下に提供する。引用は、更なる詳細を示すために提供され、本明細書において使用した方法に関連する参照文献は全て、参照により本明細書に組み込まれる。
【0105】
推定の抗微生物ペプチドのｉｎ ｓｉｌｉｃｏ予測及び特徴付け。７種の新規ＡＭＰ候補が、以下の３つのことを使用してＢｕｌｌｆｒｏｇ Ａｎｎｏｔａｔｅｄ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ（ＢＡＲＴ バージョン３、ＮＣＢＩ ＴＳＡアクセッション番号ＧＦＢＳ０１００００００）２８、３３から最初に同定された。
【0106】
第１に、全てがＴｒａｎｓ－ＡＢｙＳＳ４８を用いて鎖特異的ＲＮＡ－Ｓｅｑライブラリー２８からｄｅ ｎｏｖｏアセンブルされたＢＡＲＴ転写産物配列は、Ｔｒａｎｓｄｅｃｏｄｅｒ（－ｍ ２０ －Ｓ；バージョン２．０．１）（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ＴｒａｎｓＤｅｃｏｒｄｅｒ／ＴｒａｎｓＤｅｃｏｒｄｅｒ）を使用してｉｎ ｓｉｌｉｃｏ翻訳され、長さ１００アミノ酸までの予測された完全なオープンリーディングフレームを保持した。
【0107】
第２に、３５個のタンパク質ファミリーに由来するＡＭＰの顕著な特徴を表すヒドンマルコフモデル（ＨＭＭ）を、Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｐｅｐｔｉｄｅデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃａｍｐ．ｂｉｃｎｉｒｒｈ．ｒｅｓ．ｉｎ／ｐａｔｔｅｒｎ＿ｈｍｍ．ｐｈｐ？ｑ＝ＨＭＭ＿ｆａｍ）からダウンロードし、ｈｍｍｅｒ４９を使用して、１つ又は２つ以上のＨＭＭと類似性を持つＢＡＲＴペプチド配列を同定した（初期設定、有意性は、Ｅ＜０．００１と見なした）。次いでこれらのヒットを、タンパク質ドメインＨＭＭのＰｆａｍデータベース５１（バージョン２９．０）を用いてＩｎｔｅｒＰｒｏＳｃａｎ５０の初期設定を使用して更に洗練した。
【0108】
第３に、候補ＡＭＰは、以下の基準：１）推定オープンリーディングフレームが、Ｖｉｒｔｕａｌ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ ２．０５２分析によって確認されたメチオニン又はバリン残基で始まる、及び２）タンパク質配列が、ＥｘＰＡＳｙ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｃｕｔｔｅｒ（ｈｔｔｐ：／／ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｐｅｐｔｉｄｅ＿ｃｕｔｔｅｒ）で決定される標準的なプロペプチド転換酵素切断部位Ｌｙｓ－Ａｒｇ（ＫＲ）を含有する、を満たす必要があった。また、１つのＡＭＰ候補を除いて、全てのペプチド配列は、ＮＣＢＩ ｎｒデータベースに対してｂｌａｓｔｘ又はｂｌａｓｔｐを使用してＥ値スコア＜１０－４と定義された公知の前駆体ＡＭＰに対して強い整列化を有した。候補ＡＭＰ配列が、９０％を超える同一性及び陽性スコアでＮＣＢＩ ｎｒデータベース中の配列に対して完全な前駆体整列化を有した場合、その後配列を「公知」であると見なした。７種の「新規の」及び１１種の「公知の」ＡＭＰコードＲ．カテスベイアナ転写産物の最終的な組は、オタマジャクシ組織から見つかった（表２）。成体カエルにおける以前の研究からＮＣＢＩ ｎｒデータベースに既に存在した追加の２種のＡＭＰ配列も、本研究において調べた（表２）。最終的なタンパク質整列化を、Ｃｌｕｓｔａｌ Ｏｍｅｇａバージョン１．４．２（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｍｓａ／ｃｌｕｓｔａｌｏ）５３を使用して生成した。
【0109】
成熟ＡＭＰペプチドの二次構造を、ＳＡＢＬＥ Ｐｒｏｔｅｉｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ（ｈｔｔｐ：／／ｓａｂｌｅ．ｃｃｈｍｃ．ｏｒｇ／）を使用して査定した。成熟ペプチドの正味電荷、分子量及び等電点（ｐＩ）を、ＥｘＰＡＳｙ ＰｒｏｔＰａｒａｍ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｐｒｏｔｐａｒａｍ）を使用して決定した。
【0110】
遺伝子発現分析。ＡＭＰをコードするＲ．カテスベイアナ転写産物２０種（表２）のレベルを、オタマジャクシ組織の以前の研究から得られるＲＮＡ－ｓｅｑデータによって変態前期のＲ．カテスベイアナオタマジャクシの背部表皮、尾鰭、嗅上皮及び肝臓組織において決定した２８、３２、３３。鎖特異的ｍＲＮＡライブラリーを構築し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑによって配列決定し、ＢＡＲＴ参照トランスクリプトーム２８に対して整列させてカウントを生成した。全てのＲＮＡ－ｓｅｑ実験は、同程度の配列決定深度を有し、サンプル当たりのリードの総数に対して標準化した。カウントを標準化するために、リードの数を対応するサンプルにおけるリードの総数によって除算し、１００，０００，０００を乗算した。
【0111】
遺伝子構造の決定。ＡＭＰをコードするＲ．カテスベイアナ転写産物２０種（表２）のそれぞれからの最も長いｃＤＮＡ配列を使用して、ｇｍａｐ バージョン２０１７－０４－１３を使用してウシガエルの高品質ドラフトゲノム（ＮＣＢＩアクセッション番号ＬＩＡＧ００００００００、ＢｉｏＰｒｏｊｅｃｔ ＰＲＪＮＡ２８５８１４）２８に照会した。関連する骨格を、表２に示す。
【0112】
マイクロタイター液体希釈アッセイ。抗微生物活性について試験するために、ＨＰ３、ＨＰ４／ラナツエリン－１、及びＨＰ５ペプチドをＧｅｎＳｃｒｉｐｔ（Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ、米国）によって合成した。サービスプロバイダが複数回試みたにもかかわらずペプチドを合成できなかったので、ＨＰ２は試験されなかった。梅毒トレポネーマ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐａｌｌｉｄｕｍ）タンパク質Ｔｐ０７５１５５由来の無関係な類似サイズのペプチドを、陰性対照として使用し、ヒトカテリシジン、ＬＬ－３７を、陽性対照として包含した。ペプチドを、ろ過滅菌した超純水に溶解し、非選択的な寒天プレートに播き、その後３７℃で４８時間インキュベーションすることによって無菌性について試験した。各ペプチドの２倍段階希釈を調製して、１０段階の必要な試験濃度（２５６０、１２８０、６４０、３２０、１６０、８０、４０、２０、１０及び５μｇ／ｍＬ）に相当する系列を得た２９。
【0113】
陽イオン性ＡＭＰの場合にはＲ．Ｅ．Ｗ．Ｈａｎｃｏｃｋ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ２９、並びに希釈抗微生物性感受性試験の場合にはＣＬＳＩ方法５６から改作した手順を使用してマイクロタイター液体希釈法を実行して、４種の推定のＡＭＰ及び陰性対照ペプチドの最少阻害濃度（ＭＩＣ）及び最小殺菌濃度（ＭＢＣ）を決定した。
【0114】
多様な範囲の菌種にわたって抗微生物活性を査定するために、凍結グリセロールストックからコロニーを、ミューラーヒントン寒天プレート（ＭＨＡ；化膿レンサ球菌の場合＋５％ヒツジ血液）５６上で終夜培養した。試験した細菌は、グラム陰性桿菌（大腸菌：ＡＴＣＣ登録番号９７２３Ｈ；緑膿菌：ＡＴＣＣ登録番号１０１４８）、グラム陽性球菌（黄色ブドウ球菌：ＡＴＣＣ登録番号６５３８Ｐ；化膿レンサ球菌：未知の系統、病院分離株）及びマイコバクテリウム・スメグマチス（ＭＣ２ １５５；グラム陽性でなく、グラム陰性でもないと分類される）を包含する。細菌懸濁液を、成長したプレートからの形態学的に類似したコロニー３～５個をミューラーヒントン培養液（ＭＨＢ；化膿レンサ球菌の場合＋５％溶解したウマ血液）５６２ｍＬを含有する滅菌ガラス培養試験管に入れることによって調製した。細菌懸濁液の微生物接種物を、６００ｎｍで濁度０．０８～０．１に分光光度調整して、０．５マクファーランド標準（１～２×１０８ＣＦＵ／ｍＬ）２９に等しい濁度を達成することによって調製した。標準化した細菌接種物をＭＨＢ中に次いで希釈して、およそ５．０×１０５ＣＦＵ／ｍＬの最終細胞密度を得た。
【0115】
９６ウェルマイクロタイタープレート（Ｆｉｓｈｅｒカタログ番号ＣＳ００３７９０；Ｎｅｐｅａｎ、Ｏｎｔａｒｉｏ、カナダ）を、１～１１列の各ウェルに分注した大腸菌、緑膿菌、黄色ブドウ球菌、化膿レンサ球菌又はＭ．スメグマチス細菌懸濁液（５×１０５ＣＦＵ／ｍＬ）１００μＬで調製した。４つ全てのペプチドの１０×ＡＭＰ希釈系列１１μＬを、全てのプレートにおいて列１（２５６０μｇ／ｍＬ）～列１０（５μｇ／ｍＬ）の各ウェルに添加した。列１１は、ＡＭＰ非存在下での細菌増殖に対する陽性対照として機能した。各プレートの列１２は、無菌対照としてＭＨＢ（化膿レンサ球菌の場合＋５％溶解ウマ血液）５６１００μＬを含有した。プレートを、接種物を添加して１５分間以内に、３７℃で１６～２４時間インキュベートした。
【0116】
ＭＩＣ値を、ＡＭＰを含有するウェルにおける細菌増殖の量（濁度）をいかなる量のペプチドも含有しない対照ウェルにおける増殖と比較することによって視覚的に決定した。ＭＢＣ値を、ＭＩＣを表すペプチド／細菌混合物を含有するウェルの全内容物並びに２倍及び４倍濃度のＡＭＰ希釈液／細菌混合物を含有する前の２つのウェルの全内容物を非選択的ＭＨＡプレートへ播き、その後３７℃で２４時間インキュベーションすることによって決定した。
【0117】
（例２）
抗微生物ペプチド
本明細書に記載されている通り位置する以下のペプチド配列は、記載の通り抗微生物適用に使用されてよい。ペプチドは、下で概説した通りに調製及び試験された。
抗微生物ペプチド
本明細書に記載されている通り位置する以下のペプチド配列は、記載の通り抗微生物適用に使用されてよい。ペプチドは、下で概説した通りに調製及び試験された。
【0118】
群Ｐ１
XXXPXXXXXGGK（配列番号６６）
FYFPXXXXXGGK（配列番号６７）
XYFXXSRKXXXX（配列番号６８）
FXFXVSRKXXXX（配列番号６９）
XYFXXXXKFXXK（配列番号７０）
XXXXXXXXFGGK（配列番号７１）
FYXPVXRXFXXX（配列番号７２）
XXXPXXXXXGGK（配列番号６６）
FYFPXXXXXGGK（配列番号６７）
XYFXXSRKXXXX（配列番号６８）
FXFXVSRKXXXX（配列番号６９）
XYFXXXXKFXXK（配列番号７０）
XXXXXXXXFGGK（配列番号７１）
FYXPVXRXFXXX（配列番号７２）
【0119】
配列例Ｐ１＿ＣＣＨ、「天然」
FYFPVSRKFGGK（配列番号３５）
FYFPVSRKFGGK（配列番号３５）
【0120】
配列例Ｐ１＿ＣＣＨ＿Ｆ９Ｒ＿Ｙ２Ｐ、「合成」
FPFPVSRKRGGK（配列番号３６）
FPFPVSRKRGGK（配列番号３６）
【0121】
群Ｐ２
FFPRXXXXXXXFLPTXXXXXXXSVGN（配列番号７３）
XXXXVLPLANKXXXXIYCXXXXXXXX（配列番号７４）
FFPXXLPLANXXLPXXXXXLPXXVGN（配列番号７５）
XXPRVLXXXXXXXXXXXXXXPKSXXX（配列番号７６）
FXXXXXXLANKXXXTIYCXXXXSVXX（配列番号７７）
FFXXVLPXXXXXLXTXYCALPKXVXN（配列番号７８）
XXXXXXXLANXFXPXIXXALPKXXGX（配列番号７９）
FFPRXXXXXXXFLPTXXXXXXXSVGN（配列番号７３）
XXXXVLPLANKXXXXIYCXXXXXXXX（配列番号７４）
FFPXXLPLANXXLPXXXXXLPXXVGN（配列番号７５）
XXPRVLXXXXXXXXXXXXXXPKSXXX（配列番号７６）
FXXXXXXLANKXXXTIYCXXXXSVXX（配列番号７７）
FFXXVLPXXXXXLXTXYCALPKXVXN（配列番号７８）
XXXXXXXLANXFXPXIXXALPKXXGX（配列番号７９）
【0122】
配列例Ｐ２＿ＣＣＨ、「天然」
FFPRVLPLANKFLPTIYCALPKSVGN（配列番号３７）
FFPRVLPLANKFLPTIYCALPKSVGN（配列番号３７）
【0123】
配列例Ｐ２＿ＣＣＨ＿Ｔ１５Ｋ＿Ｐ７Ｒ、「合成」
FFPRVLRLANKFLPKIYCALPKSVGN（配列番号３８）
FFPRVLRLANKFLPKIYCALPKSVGN（配列番号３８）
【0124】
群Ｐ３
GLLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCPPSS（配列番号８０）
XXXXXXKXXXKXXGXLMXXXXXXMXGXXPPXS（配列番号８１）
GLLXIIXXXGXTTGILMXXLXXXMXGXXPPXX（配列番号８２）
XLXXXXXXXXKXXXXXXXTLKCQMTXXCXXSS（配列番号８３）
GLLXIIKXTGKTTGILMXXLKXXXXGXXXXXX（配列番号８４）
GXLXIIKXTGXXTXIXMXTLKCQXTGRXPPSS（配列番号８５）
GLLXXXKXTGKXTXIXXXTLKXQXTGRXXXXX（配列番号８６）
XXXXIIXXTXXTXGXLXXTXXCQXTXRXXXXX（配列番号８７）
GLLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXCPPSS（配列番号８０）
XXXXXXKXXXKXXGXLMXXXXXXMXGXXPPXS（配列番号８１）
GLLXIIXXXGXTTGILMXXLXXXMXGXXPPXX（配列番号８２）
XLXXXXXXXXKXXXXXXXTLKCQMTXXCXXSS（配列番号８３）
GLLXIIKXTGKTTGILMXXLKXXXXGXXXXXX（配列番号８４）
GXLXIIKXTGXXTXIXMXTLKCQXTGRXPPSS（配列番号８５）
GLLXXXKXTGKXTXIXXXTLKXQXTGRXXXXX（配列番号８６）
XXXXIIXXTXXTXGXLXXTXXCQXTXRXXXXX（配列番号８７）
【0125】
配列例Ｐ３＿ＣＣＨ、「天然」
GLLDIIKDTGKTTGILMDTLKCQMTGRCPPSS（配列番号３９）
GLLDIIKDTGKTTGILMDTLKCQMTGRCPPSS（配列番号３９）
【0126】
配列例Ｐ３＿ＣＣＨ＿Ｄ８Ｋ＿Ｑ２３Ｃ、「合成」
GLLDIIKKTGKTTGILMDTLKCCMTGRCPPSS（配列番号４０）
GLLDIIKKTGKTTGILMDTLKCCMTGRCPPSS（配列番号４０）
【0127】
群Ｐ４
GLLXIIXXXGXXXXXXILXXLXXXLAGGXXX（配列番号８８）
GLLXXXKTTGKXFAVKILXNLXXXXXXXXPP（配列番号８９）
XXXXIIKTXXXXFAVXXXXXXKCKLAGGXXX（配列番号９０）
XXXXIIXXXXKXXXXKXXXNLKCKXXXXCPP（配列番号９１）
GLLXXXKTTGXXXXXXXLXNLKCXXAXXCXX（配列番号９２）
GLLXXXKXXXXXFAVXXLXXLXXXXXXXXPP（配列番号９３）
GLLXIIXXXGXXXXXXILXXLXXXLAGGXXX（配列番号８８）
GLLXXXKTTGKXFAVKILXNLXXXXXXXXPP（配列番号８９）
XXXXIIKTXXXXFAVXXXXXXKCKLAGGXXX（配列番号９０）
XXXXIIXXXXKXXXXKXXXNLKCKXXXXCPP（配列番号９１）
GLLXXXKTTGXXXXXXXLXNLKCXXAXXCXX（配列番号９２）
GLLXXXKXXXXXFAVXXLXXLXXXXXXXXPP（配列番号９３）
【0128】
配列例Ｐ４＿ＣＣＨ、「天然」
GLLDIIKTTGKDFAVKILDNLKCKLAGGCPP（配列番号４１）
GLLDIIKTTGKDFAVKILDNLKCKLAGGCPP（配列番号４１）
【0129】
配列例Ｐ４＿ＣＣＨ＿Ｐ３１Ｋ、「合成」
GLLDIIKTTGKDFAVKILDNLKCKLAGGCPK（配列番号４２）
GLLDIIKTTGKDFAVKILDNLKCKLAGGCPK（配列番号４２）
【0130】
群Ｐ５
XXXXXXXLAAKXXXSLVXXXXKKC（配列番号９４）
XFPIIAXLAAXVIPXLVXAVTXXX（配列番号９５）
FFPXXAXXXXKXXPXXXXXXXXXX（配列番号９６）
XXXXXXXLAAXVIPXLXXXXTXXX（配列番号９７）
FFPIIAXXXXXXXXXXVCAVTKKC（配列番号９８）
XXXIIXRXXXKVIXSXVCXVTKKC（配列番号９９）
FFPIIARLAAXVIXSLXCAVXXXX（配列番号１００）
XXXXXXXLAAKXXXSLVXXXXKKC（配列番号９４）
XFPIIAXLAAXVIPXLVXAVTXXX（配列番号９５）
FFPXXAXXXXKXXPXXXXXXXXXX（配列番号９６）
XXXXXXXLAAXVIPXLXXXXTXXX（配列番号９７）
FFPIIAXXXXXXXXXXVCAVTKKC（配列番号９８）
XXXIIXRXXXKVIXSXVCXVTKKC（配列番号９９）
FFPIIARLAAXVIXSLXCAVXXXX（配列番号１００）
【0131】
配列例Ｐ５＿ＣＣＨ、「天然」
FFPIIARLAAKVIPSLVCAVTKKC（配列番号４３）
FFPIIARLAAKVIPSLVCAVTKKC（配列番号４３）
【0132】
配列例Ｐ５＿ＣＣＨ＿Ａ１９Ｋ、「合成」
FFPIIARLAAKVIPSLVCKVTKKC（配列番号４４）
FFPIIARLAAKVIPSLVCKVTKKC（配列番号４４）
【0133】
群Ｐ６
GLWETIKXXXKXXXXXXXXKXXXXXXGGCPP（配列番号１０１）
XXXXXXXTTGXXXXXXXXXXXKCKXXXXCXX（配列番号１０２）
XXXXTIXXXGXXIALXLLXXIXXXIAXXXPP（配列番号１０３）
GLWETXKTTXXSXXLNLLDKIXXKIAXXXPP（配列番号１０４）
XXXXXIKXXGKSIALXXXXKXKXKXXGGXXX（配列番号１０５）
XXXXXXXXXXKSIAXNLLXXIXCXIAGGXXX（配列番号１０６）
GLWETIKXXXKXXXXXXXXKXXXXXXGGCPP（配列番号１０１）
XXXXXXXTTGXXXXXXXXXXXKCKXXXXCXX（配列番号１０２）
XXXXTIXXXGXXIALXLLXXIXXXIAXXXPP（配列番号１０３）
GLWETXKTTXXSXXLNLLDKIXXKIAXXXPP（配列番号１０４）
XXXXXIKXXGKSIALXXXXKXKXKXXGGXXX（配列番号１０５）
XXXXXXXXXXKSIAXNLLXXIXCXIAGGXXX（配列番号１０６）
【0134】
配列例Ｐ６＿ＣＣＨ、「天然」
GLWETIKTTGKSIALNLLDKIKCKIAGGCPP（配列番号４５）
GLWETIKTTGKSIALNLLDKIKCKIAGGCPP（配列番号４５）
【0135】
配列例Ｐ６＿ＣＣＨ＿Ｓ１２Ｋ、「合成」
GLWETIKTTGKKIALNLLDKIKCKIAGGCPP（配列番号４６）
GLWETIKTTGKKIALNLLDKIKCKIAGGCPP（配列番号４６）
【0136】
群Ｐ７
ATAWXIXXXGMXXIIXIXIXXLXGXX（配列番号１０７）
ATAWXIXXXGMXXIIXIXIXXLXGXX（配列番号１０７）
【0137】
XXXWXIXXXGMQXXXXXXXXXXCGKQ（配列番号１０８）
XXXXXXPPPXXQPXXPXXXXPXXXXX（配列番号１０９）
ATAXXXPPPXXXPXXPXXXXPXCXKQ（配列番号１１０）
XXXWXIXXXGMXXXXXIXIXXLXGXX（配列番号１１１）
XXXXXXXXXXXXPXXPXXIXXLXGXX（配列番号１１２）
ATAXRXXXXXXQXIIXIRIRXLCXKQ（配列番号１１３）
XXXXXXPPPXXQPXXPXXXXPXXXXX（配列番号１０９）
ATAXXXPPPXXXPXXPXXXXPXCXKQ（配列番号１１０）
XXXWXIXXXGMXXXXXIXIXXLXGXX（配列番号１１１）
XXXXXXXXXXXXPXXPXXIXXLXGXX（配列番号１１２）
ATAXRXXXXXXQXIIXIRIRXLCXKQ（配列番号１１３）
【0138】
配列例Ｐ７＿ＣＣＨ、「天然」
ATAWRIPPPGMQPIIPIRIRPLCGKQ（配列番号４７）
ATAWRIPPPGMQPIIPIRIRPLCGKQ（配列番号４７）
【0139】
配列例Ｐ７＿ＣＣＨ＿Ｐ９Ｒ＿Ｒ５Ｍ、「合成」
ATAWMIPPRGMQPIIPIRIRPLCGKQ（配列番号４８）
ATAWMIPPRGMQPIIPIRIRPLCGKQ（配列番号４８）
【0140】
群Ｐ８
FPAIIXXXXXXX（配列番号１１４）
FXXXXCXXXKXC（配列番号１１５）
XXAIIXXVSKXX（配列番号１１６）
XPAXXCKXXXXX（配列番号１１７）
FPXXXXXVSKNC（配列番号１１８）
XXXIICKVSXNX（配列番号１１９）
FPAIIXXXXXXX（配列番号１１４）
FXXXXCXXXKXC（配列番号１１５）
XXAIIXXVSKXX（配列番号１１６）
XPAXXCKXXXXX（配列番号１１７）
FPXXXXXVSKNC（配列番号１１８）
XXXIICKVSXNX（配列番号１１９）
【0141】
配列例Ｐ８＿ＣＣＨ、「天然」
FPAIICKVSKNC（配列番号４９）
FPAIICKVSKNC（配列番号４９）
【0142】
配列例Ｐ８＿ＣＣＨ＿Ｎ１１Ｋ、「合成」
FPAIICKVSKKC（配列番号５０）
FPAIICKVSKKC（配列番号５０）
【0143】
群Ｐ９
FLTFXGXXFGXXXGX（配列番号１２０）
XXXXPGMXFXXLLXX（配列番号１２１）
XXXXPGMXXXKXXXK（配列番号１２２）
FLTFXXXXXXXLLGX（配列番号１２３）
FXXFXXXTFGKXXXK（配列番号１２４）
XLTXXXXTFGKLLGK（配列番号１２５）
FLTFXGXXFGXXXGX（配列番号１２０）
XXXXPGMXFXXLLXX（配列番号１２１）
XXXXPGMXXXKXXXK（配列番号１２２）
FLTFXXXXXXXLLGX（配列番号１２３）
FXXFXXXTFGKXXXK（配列番号１２４）
XLTXXXXTFGKLLGK（配列番号１２５）
【0144】
配列例Ｐ９＿ＣＣＨ、「天然」
N/A
N/A
【0145】
配列例Ｐ９＿ＣＣＨ＿２、「合成」
FLTKPGMTFGKLLGK（配列番号５１）
FLTKPGMTFGKLLGK（配列番号５１）
【0146】
群Ｐ１０
XXXXFFXVNIFXLXX（配列番号１２６）
SNXXXXXVXXXRXXX（配列番号１２７）
XXXXFFXXXIFXLCG（配列番号１２８）
SNXXXXKXXXXXLCG（配列番号１２９）
XXRXXXKVNIFXXCX（配列番号１３０）
SXXXFFXVXIXXXXG（配列番号１３１）
SXRDFFKXNXXRXCX（配列番号１３２）
XXXXFFXVNIFXLXX（配列番号１２６）
SNXXXXXVXXXRXXX（配列番号１２７）
XXXXFFXXXIFXLCG（配列番号１２８）
SNXXXXKXXXXXLCG（配列番号１２９）
XXRXXXKVNIFXXCX（配列番号１３０）
SXXXFFXVXIXXXXG（配列番号１３１）
SXRDFFKXNXXRXCX（配列番号１３２）
【0147】
配列例Ｐ１０＿ＣＣＨ、「天然」
SNRDFFKVNIFRLCG（配列番号５２）
SNRDFFKVNIFRLCG（配列番号５２）
【0148】
配列例Ｐ１０＿ＣＣＨ＿２、「合成」
SNRKFFKVRIFRLCG（配列番号５３）
SNRKFFKVRIFRLCG（配列番号５３）
【0149】
群Ｐ１１
XXXXXIQKXXXXNTLKXXKXXLXXX（配列番号１３３）
ALVAKXXXFPVFXXXXLCXLXXXXX（配列番号１３４）
ALVAKIQKXXXXXXXXXXKLXXXII（配列番号１３５）
XXXXXXXKXPXXNTLKXCKXEXEXX（配列番号１３６）
XXXXXXQXFXVFXTLKLXKLXLXXX（配列番号１３７）
XLVAKIXXXPVXNXXXLXXXXLXII（配列番号１３８）
AXXAXIXXFXXFXXXXXCXXEXEII（配列番号１３９）
XXXXXIQKXXXXNTLKXXKXXLXXX（配列番号１３３）
ALVAKXXXFPVFXXXXLCXLXXXXX（配列番号１３４）
ALVAKIQKXXXXXXXXXXKLXXXII（配列番号１３５）
XXXXXXXKXPXXNTLKXCKXEXEXX（配列番号１３６）
XXXXXXQXFXVFXTLKLXKLXLXXX（配列番号１３７）
XLVAKIXXXPVXNXXXLXXXXLXII（配列番号１３８）
AXXAXIXXFXXFXXXXXCXXEXEII（配列番号１３９）
【0150】
配列例Ｐ１１＿ＣＣＨ、「天然」
ALVAKIQKFPVFNTLKLCKLELEII（配列番号５４）
ALVAKIQKFPVFNTLKLCKLELEII（配列番号５４）
【0151】
配列例Ｐ１１＿ＣＣＨ＿Ｅ２１Ｋ＿Ｅ２３Ｒ、「合成」
ALVAKIQKFPVFNTLKLCKLKLRII（配列番号５５）
ALVAKIQKFPVFNTLKLCKLKLRII（配列番号５５）
【0152】
群Ｐ１２
XXGQVXXXKXKXX（配列番号１４０）
IAXXXAAAXXXXX（配列番号１４１）
XXGXXXXXKXKHI（配列番号１４２）
IXXQVXXXKQKHI（配列番号１４３）
XXXQVXXXXQXHI（配列番号１４４）
配列例Ｐ１２＿ＣＣＨ、「天然」
IAGQVAAAKQKHI（配列番号５６）
配列例Ｐ１２＿ＣＣＨ２、「合成」
IAGQKARAKQKHI（配列番号５７）
XXGQVXXXKXKXX（配列番号１４０）
IAXXXAAAXXXXX（配列番号１４１）
XXGXXXXXKXKHI（配列番号１４２）
IXXQVXXXKQKHI（配列番号１４３）
XXXQVXXXXQXHI（配列番号１４４）
配列例Ｐ１２＿ＣＣＨ、「天然」
IAGQVAAAKQKHI（配列番号５６）
配列例Ｐ１２＿ＣＣＨ２、「合成」
IAGQKARAKQKHI（配列番号５７）
【0153】
群Ｐ１３
XXRXPXXXXXKLWKXXLXXX（配列番号１４５）
IQXXXVXXXLXXXXLXXXII（配列番号１４６）
XXXLXXXNMXXXWKXXXXXX（配列番号１４７）
XXXLPXINMXKLXXXXLXXX（配列番号１４８）
XXRXPXXXXXKLWKXXLXXX（配列番号１４５）
IQXXXVXXXLXXXXLXXXII（配列番号１４６）
XXXLXXXNMXXXWKXXXXXX（配列番号１４７）
XXXLPXINMXKLXXXXLXXX（配列番号１４８）
【0154】
配列例Ｐ１３＿ＣＣＨ、「天然」
IQRLPVINMLKLWKLELEII（配列番号５８）
IQRLPVINMLKLWKLELEII（配列番号５８）
【0155】
配列例Ｐ１３＿ＣＣＨ＿Ｎ８Ｋ＿Ｅ１８Ｋ、「合成」
IQRLPVIKMLKLWKLELKII（配列番号５９）
IQRLPVIKMLKLWKLELKII（配列番号５９）
【0156】
群Ｐ１４
IQRLXXXXXXXSLYXXXCRTC（配列番号１４９）
XXXLPVXVXLPSLYXXXXXXX（配列番号１５０）
IQRXXXIVIXXXXXCVIXXXX（配列番号１５１）
XXXXPVXXXXPSLYXXXCRTC（配列番号１５２）
IQRLXVIXILXXXXCXXCXXC（配列番号１５３）
XXXLPXXXXXPXXXXVIXXTX（配列番号１５４）
XXXLXVIVILXSLYCVICRTC（配列番号１５５）
IQRLXXXXXXXSLYXXXCRTC（配列番号１４９）
XXXLPVXVXLPSLYXXXXXXX（配列番号１５０）
IQRXXXIVIXXXXXCVIXXXX（配列番号１５１）
XXXXPVXXXXPSLYXXXCRTC（配列番号１５２）
IQRLXVIXILXXXXCXXCXXC（配列番号１５３）
XXXLPXXXXXPXXXXVIXXTX（配列番号１５４）
XXXLXVIVILXSLYCVICRTC（配列番号１５５）
【0157】
配列例Ｐ１４＿ＣＣＨ、「天然」
IQRLPVIVILPSLYCVICRTC（配列番号６０）
IQRLPVIVILPSLYCVICRTC（配列番号６０）
【0158】
配列例Ｐ１４＿ＣＣＨ＿２、「合成」
IQRLPVIVILPSLYCVICRKK（配列番号６１）
IQRLPVIVILPSLYCVICRKK（配列番号６１）
【0159】
群Ｐ１５
LXXPXPXYXFXXGIGXXXXWXXXWLNAQQMXXXXX（配列番号１５６）
XXCPTPXXXFXXXXXNHLXXXIIWLXXXXMXXXXX（配列番号１５７）
LRCXXXXXXXENGXXXXXMWNXXXXXXXXXSYKNK（配列番号１５８）
XXXXTXHYNXENGIGNHLMXNXXXXNXQXXXXKXK（配列番号１５９）
LXCXXXHXNXXXXXGNHXXWXXXWLXXXXMSXXNX（配列番号１６０）
XRXPXPHXXFXXXXXXXXXXXIIXXXAXQXSYXXX（配列番号１６１）
LXXPXPXYXFXXGIGXXXXWXXXWLNAQQMXXXXX（配列番号１５６）
XXCPTPXXXFXXXXXNHLXXXIIWLXXXXMXXXXX（配列番号１５７）
LRCXXXXXXXENGXXXXXMWNXXXXXXXXXSYKNK（配列番号１５８）
XXXXTXHYNXENGIGNHLMXNXXXXNXQXXXXKXK（配列番号１５９）
LXCXXXHXNXXXXXGNHXXWXXXWLXXXXMSXXNX（配列番号１６０）
XRXPXPHXXFXXXXXXXXXXXIIXXXAXQXSYXXX（配列番号１６１）
【0160】
配列例Ｐ１５＿ＣＣＨ、「天然」
LRCPTPHYNFENGIGNHLMWNIIWLNAQQMSYKNK（配列番号６２）
LRCPTPHYNFENGIGNHLMWNIIWLNAQQMSYKNK（配列番号６２）
【0161】
配列例Ｐ１５＿ＣＣＨ＿２、「合成」
LRCPTPHYRFENGIGNHLMWNIIWLNAQQMSYCNK（配列番号６３）
LRCPTPHYRFENGIGNHLMWNIIWLNAQQMSYCNK（配列番号６３）
【0162】
群Ｐ１６
SNRXXXMXXXXGLXGPXXIMXXXXX（配列番号１６２）
XXXXFFMXXXXXXCXXFGXXXXKXX（配列番号１６３）
SNRDXXXXXIFGLXGPXXIMXRKRR（配列番号１６４）
SXXXXXXVNXXXXCXXFGXXEXXXX（配列番号１６５）
XXXXXXXVNIFXXXXPXXXXXRXRR（配列番号１６６）
SNRXXXMXXXXGLXGPXXIMXXXXX（配列番号１６２）
XXXXFFMXXXXXXCXXFGXXXXKXX（配列番号１６３）
SNRDXXXXXIFGLXGPXXIMXRKRR（配列番号１６４）
SXXXXXXVNXXXXCXXFGXXEXXXX（配列番号１６５）
XXXXXXXVNIFXXXXPXXXXXRXRR（配列番号１６６）
【0163】
配列例Ｐ１６＿ＣＣＨ、「天然」
SNRDFFMVNIFGLCGPFGIMERKRR（配列番号６４）
SNRDFFMVNIFGLCGPFGIMERKRR（配列番号６４）
【0164】
配列例Ｐ１６＿ＣＣＨ＿２、「合成」
SNRKFFMVNIFGLCGPFGIMKRKRR（配列番号６５）
SNRKFFMVNIFGLCGPFGIMKRKRR（配列番号６５）
【0165】
方法
ペプチドを、最少阻害濃度（ＭＩＣ）及び最小殺菌濃度（ＭＢＣ）決定として使用して活性について試験した。特定のペプチドについて、溶血性試験も行って、５０％の赤血球を死滅させる抗微生物化合物の濃度に基づく溶血活性の指標であるＨＣ５０（μｇ／ｍＬ）を決定した。
ペプチドを、最少阻害濃度（ＭＩＣ）及び最小殺菌濃度（ＭＢＣ）決定として使用して活性について試験した。特定のペプチドについて、溶血性試験も行って、５０％の赤血球を死滅させる抗微生物化合物の濃度に基づく溶血活性の指標であるＨＣ５０（μｇ／ｍＬ）を決定した。
【0166】
ペプチドを、大腸菌、黄色ブドウ球菌、緑膿菌、化膿レンサ球菌及びＭ．スメグマチスに対する活性について試験した。
【0167】
独立した実験を、ＡＴＣＣ大腸菌（大腸菌－ＡＴＣＣ２５９２２「野生型」）；ＥＳＢＬ大腸菌（大腸菌－広域スペクトルベータラクタマーゼ）；ＣＰＯ大腸菌（ＫＰＣ）（大腸菌－カルバペネマーゼ産生生物；クレブシエラ・ニューモニエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）カルバペネマーゼ）；及びＣＰＯ大腸菌（ＮＤＭ）（大腸菌－カルバペネマーゼ産生生物；ニューデリー・メタロベータラクタマーゼ）を包含する４系統の大腸菌で行った。
【0168】
独立した実験を、黄色ブドウ球菌－ＡＴＣＣ ２９２１３「野生型」；及び黄色ブドウ球菌－メチシリン耐性黄色ブドウ球菌の異なる系統で行った。
【0169】
ＡＴＣＣ（アメリカンタイプカルチャーコレクション）系統を、Ｃｅｄａｒｌａｎｅから入手した。多剤耐性（ＭＤＲ）系統を、臨床分離株として、Ｌｉｎｄａ Ｈｏａｎｇ博士の研究室から入手した。
【0170】
推定の抗微生物ペプチドを、ＧｅｎｅＳｃｒｉｐｔによって合成した。Ａ－リストの抗微生物ペプチドを、ＧｅｎｅＳｃｒｉｐｔによって再合成した。Ｐ２＿ＣＣＨ、Ｐ５＿ＣＣＨ及びＰ５＿ＣＣＨ＿Ａ１９Ｋを、２つの条件：ＴＦＡを使用する標準的な合成及び対イオンとして酢酸塩を使用するＴＦＡを除去した他の合成、で各々合成した。陽イオン性抗微生物ペプチドによる使用に適応させたＭＩＣ方法を使用して、ＭＩＣ抗微生物活性を評価した（Ｈａｎｃｏｃｋ、１９９９年）。
【0171】
結果
【0172】
ＭＩＣ及びＭＢＣの結果を、下表に提供する。特に明記しない限り、濃度の単位は、ＭＩＣ及びＭＢＣの場合μｇ／ｍＬである。
【表5】
【表6】
【表7】
【表8】
【表9】
【表10】
【表11】
【表12】
【表13】
【表14】
【表15】
【表16】
【表17】
【表18】
【0173】
以下のデータは、本明細書に記載されている特定の抗微生物ペプチドの活性（μｇ／ｍＬでＭＩＣ／ＭＢＣ）を指定された置換を有する修飾／合成バージョンと比較して示すために提示される。上の表に示されるデータは、再度示されてよく、又は下の表に提供されるデータ内に表されてよいが、そのような重複は、読者が比較に容易に気づくことを助けると考えられる。以下の表に記述される異なる実施番号は、異なる日に行われた実験を意味し、各実施は、複数のｎ値を反映する。
【表19】
【表20】
【表21】
【表22】
【表23】
【表24】
【表25】
【表26】
【0174】
表２７は、最少阻害濃度（ＭＩＣ）の測定基準のため、及び標準方法を使用して５０％の赤血球を死滅させる抗微生物化合物の濃度に基づく溶血活性の指標であるＨＣ５０（μｇ／ｍＬ）を決定するための溶血性試験による本明細書に記載されている選択ペプチドの活性試験を示す。表２７において、名称Ｐ２、Ｐ２Ｍ、Ｐ３、Ｐ３Ｍ、Ｐ４、Ｐ４Ｍ、Ｐ５、Ｐ５Ｍ、Ｐ６及びＰ６Ｍは、上で定義した通りペプチドＰ２＿ＣＣＨ、Ｐ２＿ＣＣＨ＿Ｔ１５Ｋ＿Ｐ７Ｒ、Ｐ３＿ＣＣＨ、Ｐ３＿ＣＣＨ＿Ｄ８Ｋ＿Ｑ２３Ｃ、Ｐ４＿ＣＣＨ、Ｐ４＿ＣＣＨ＿Ｐ３１Ｋ、Ｐ５＿ＣＣＨ、Ｐ５＿ＣＣＨ＿Ａ１９Ｋ、Ｐ６＿ＣＣＨ及びＰ６＿ＣＣＨ＿Ｓ１２Ｋのことをそれぞれ指す。
【表27】
【0175】
表２８は、本明細書に記載されている配列及び対応する配列番号の概要を提供する。「ｘ」が、配列表中に示される場合、それは３文字コード「Ｘａａ」と同等の物であり、あらゆる配列が存在し得ることを意味する。整列化を例示している表又は図が、ダッシュ「－」を示し得る場合、これは、示される比較可能な配列と可能な限り最良の整列化を維持するための位置に存在しない残基を示す。特に明記しない限り、配列は、合成される及び／又は北米ウシガエル、ラナ（リトバテス）カテスベイアナのＢｕｌｌｆｒｏｇ Ａｎｎｏｔａｔｅｄ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ（ＢＡＲＴ）から得られる。合成ペプチド、及び／又は単離した配列である。
【表28-1】
【表28-2】
【表28-3】
【表28-4】
【表28-5】
【表28-6】
【0176】
前の説明では、説明のために、多数の詳細が、態様の徹底的な理解を得るために述べられている。しかしながら、これらの特定の詳細が必要とされないことは、当業者に明らかになろう。
【0177】
上に記載の態様は、単に例を意図したものである。変更、改変及び変形が、当業技術者によって特定の態様に実施されてよい。特許請求の範囲は、本明細書で述べられる特定の態様によって限定されるべきではなく、全体として本明細書と一致する様式で解釈されるべきである。
【0178】
参照文献
以下の刊行物は参照することにより本明細書に組み入れられる。
以下の刊行物は参照することにより本明細書に組み入れられる。
【配列表フリーテキスト】
【0179】
配列番号１：＜２２３＞北米ウシガエル、ラナ（リトバテス）カテスベイアナに関連する抗微生物ペプチド
配列番号２～１４：＜２２３＞北米ウシガエル、ラナ（リトバテス）カテスベイアナに基づく抗微生物ペプチド
配列番号１５：＜２２３＞シューダクリス・レジラ ラナツエリン－２ＰＲｃに基づく推定ＡＭＰ前駆体
配列番号１６：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナＨＰ２に基づく推定ＡＭＰ前駆体
配列番号１７～２３：＜２２３＞ラナツエリン前駆体配列
配列番号２４～２６：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来ラナサイクリン前駆体配列
配列番号２７、２８：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来カテスベイアニン－１前駆体配列
配列番号２９、３０：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来パラストリン－Ｃａ前駆体配列
配列番号３１：＜２２３＞アモロプス・ロロエンシス カテリシジン－ＡＬ配列
配列番号３２：＜２２３＞アモロプス・ロロエンシス カテリシジン－ＡＬ配列と整列化するＲ．カテスベイアナ カテリシジン－ＡＬ配列
配列番号３３：＜２２３＞ナノラナ・パーケリ 予測ＬＥＡＰ２配列
配列番号３４：＜２２３＞ナノラナ・パーケリ予測ＬＥＡＰ２配列と整列化するＲ．カテスベイアナ ＬＥＡＰ２配列
配列番号３５：＜２２３＞Ｐ１＿ＣＣＨ、「天然」抗微生物ペプチド
配列番号３６：＜２２３＞Ｐ１＿ＣＣＨ＿Ｆ９Ｒ＿Ｙ２Ｐ、「合成」ＡＭＰ
配列番号３７：＜２２３＞Ｐ２＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号３８：＜２２３＞Ｐ２＿ＣＣＨ＿Ｔ１５Ｋ＿Ｐ７Ｒ、「合成」ＡＭＰ
配列番号３９：＜２２３＞Ｐ３＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４０：＜２２３＞Ｐ３＿ＣＣＨ＿Ｄ８Ｋ＿Ｑ２３Ｃ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４１：＜２２３＞Ｐ４＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４２：＜２２３＞Ｐ４＿ＣＣＨ＿Ｐ３１Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４３：＜２２３＞Ｐ５＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４４：＜２２３＞Ｐ５＿ＣＣＨ＿Ａ１９Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４５：＜２２３＞Ｐ６＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４６：＜２２３＞Ｐ６＿ＣＣＨ＿Ｓ１２Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４７：＜２２３＞Ｐ７＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４８：＜２２３＞Ｐ７＿ＣＣＨ＿Ｐ９Ｒ＿Ｒ５Ｍ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４９：＜２２３＞Ｐ８＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５０：＜２２３＞Ｐ８＿ＣＣＨ＿Ｎ１１Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号５１：＜２２３＞Ｐ９＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５２：＜２２３＞Ｐ１０＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５３：＜２２３＞Ｐ１０＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５４：＜２２３＞Ｐ１１＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５５：＜２２３＞Ｐ１１＿ＣＣＨ＿Ｅ２１Ｋ＿Ｅ２３Ｒ、「合成」ＡＭＰ
配列番号５６：＜２２３＞Ｐ１２＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５７：＜２２３＞Ｐ１２＿ＣＣＨ２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５８：＜２２３＞Ｐ１３＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５９：＜２２３＞Ｐ１３＿ＣＣＨ＿Ｎ８Ｋ＿Ｅ１８Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号６０：＜２２３＞Ｐ１４＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６１：＜２２３＞Ｐ１４＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６２：＜２２３＞Ｐ１５＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６３：＜２２３＞Ｐ１５＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６４：＜２２３＞Ｐ１６＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６５：＜２２３＞Ｐ１６＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６６：＜２２３＞Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６７：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６８：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６９：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７０：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７１：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７２：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７３：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７４：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７５：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７６：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７７：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７８：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７９：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８０：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８１：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８２：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８３：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８４：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８５：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８６：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８７：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８８：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号８８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８９：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号８９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９０：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９１：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９２：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９３：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９４：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９５：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９６：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９７：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９８：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９９：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１００：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１００：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０１：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０２：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０３：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０４：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０５：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０６：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０７：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０８：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０９：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１０：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１１：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１２：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１３：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１４：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１５：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１６：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１７：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１８：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１９：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２０：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２１：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２２：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２３：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２４：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２５：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２６：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２７：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２８：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２９：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３０：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３１：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３２：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３３：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３４：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３５：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３６：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３７：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３８：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３９：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４０：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４１：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４２：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４３：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４４：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４５：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４６：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４７：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４８：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４９：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５０：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５１：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５２：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５３：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５４：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５５：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５６：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５７：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５８：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５９：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６０：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６１：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６２：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６３：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６４：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６５：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６６：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６７：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１６８：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１６９：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７０：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７１：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７２：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７３：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７４：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７５：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７６：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７７：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７８：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号２～１４：＜２２３＞北米ウシガエル、ラナ（リトバテス）カテスベイアナに基づく抗微生物ペプチド
配列番号１５：＜２２３＞シューダクリス・レジラ ラナツエリン－２ＰＲｃに基づく推定ＡＭＰ前駆体
配列番号１６：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナＨＰ２に基づく推定ＡＭＰ前駆体
配列番号１７～２３：＜２２３＞ラナツエリン前駆体配列
配列番号２４～２６：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来ラナサイクリン前駆体配列
配列番号２７、２８：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来カテスベイアニン－１前駆体配列
配列番号２９、３０：＜２２３＞Ｒ．カテスベイアナ由来パラストリン－Ｃａ前駆体配列
配列番号３１：＜２２３＞アモロプス・ロロエンシス カテリシジン－ＡＬ配列
配列番号３２：＜２２３＞アモロプス・ロロエンシス カテリシジン－ＡＬ配列と整列化するＲ．カテスベイアナ カテリシジン－ＡＬ配列
配列番号３３：＜２２３＞ナノラナ・パーケリ 予測ＬＥＡＰ２配列
配列番号３４：＜２２３＞ナノラナ・パーケリ予測ＬＥＡＰ２配列と整列化するＲ．カテスベイアナ ＬＥＡＰ２配列
配列番号３５：＜２２３＞Ｐ１＿ＣＣＨ、「天然」抗微生物ペプチド
配列番号３６：＜２２３＞Ｐ１＿ＣＣＨ＿Ｆ９Ｒ＿Ｙ２Ｐ、「合成」ＡＭＰ
配列番号３７：＜２２３＞Ｐ２＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号３８：＜２２３＞Ｐ２＿ＣＣＨ＿Ｔ１５Ｋ＿Ｐ７Ｒ、「合成」ＡＭＰ
配列番号３９：＜２２３＞Ｐ３＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４０：＜２２３＞Ｐ３＿ＣＣＨ＿Ｄ８Ｋ＿Ｑ２３Ｃ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４１：＜２２３＞Ｐ４＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４２：＜２２３＞Ｐ４＿ＣＣＨ＿Ｐ３１Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４３：＜２２３＞Ｐ５＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４４：＜２２３＞Ｐ５＿ＣＣＨ＿Ａ１９Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４５：＜２２３＞Ｐ６＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４６：＜２２３＞Ｐ６＿ＣＣＨ＿Ｓ１２Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４７：＜２２３＞Ｐ７＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号４８：＜２２３＞Ｐ７＿ＣＣＨ＿Ｐ９Ｒ＿Ｒ５Ｍ、「合成」ＡＭＰ
配列番号４９：＜２２３＞Ｐ８＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５０：＜２２３＞Ｐ８＿ＣＣＨ＿Ｎ１１Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号５１：＜２２３＞Ｐ９＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５２：＜２２３＞Ｐ１０＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５３：＜２２３＞Ｐ１０＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５４：＜２２３＞Ｐ１１＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５５：＜２２３＞Ｐ１１＿ＣＣＨ＿Ｅ２１Ｋ＿Ｅ２３Ｒ、「合成」ＡＭＰ
配列番号５６：＜２２３＞Ｐ１２＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５７：＜２２３＞Ｐ１２＿ＣＣＨ２、「合成」ＡＭＰ
配列番号５８：＜２２３＞Ｐ１３＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号５９：＜２２３＞Ｐ１３＿ＣＣＨ＿Ｎ８Ｋ＿Ｅ１８Ｋ、「合成」ＡＭＰ
配列番号６０：＜２２３＞Ｐ１４＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６１：＜２２３＞Ｐ１４＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６２：＜２２３＞Ｐ１５＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６３：＜２２３＞Ｐ１５＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６４：＜２２３＞Ｐ１６＿ＣＣＨ、「天然」ＡＭＰ
配列番号６５：＜２２３＞Ｐ１６＿ＣＣＨ＿２、「合成」ＡＭＰ
配列番号６６：＜２２３＞Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６７：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６８：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号６９：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号６９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７０：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７１：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７２：＜２２３＞群Ｐ１バリアントＡＭＰ配列
配列番号７２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７３：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７４：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７５：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７６：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７７：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７８：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号７９：＜２２３＞群Ｐ２バリアントＡＭＰ配列
配列番号７９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８０：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８１：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８２：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８３：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８４：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８５：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８６：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８７：＜２２３＞群Ｐ３バリアントＡＭＰ配列
配列番号８７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８８：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号８８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号８９：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号８９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９０：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９１：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９２：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９３：＜２２３＞群Ｐ４バリアントＡＭＰ配列
配列番号９３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９４：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９５：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９６：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９７：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９８：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号９９：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号９９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１００：＜２２３＞群Ｐ５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１００：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０１：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０２：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０３：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０４：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０５：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０６：＜２２３＞群Ｐ６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０７：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０８：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１０９：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１０９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１０：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１１：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１２：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１３：＜２２３＞群Ｐ７バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１４：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１５：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１６：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１７：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１８：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１１９：＜２２３＞群Ｐ８バリアントＡＭＰ配列
配列番号１１９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２０：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２１：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２２：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２３：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２４：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２５：＜２２３＞群Ｐ９バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２６：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２７：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２８：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１２９：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１２９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３０：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３１：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３２：＜２２３＞群Ｐ１０バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３３：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３４：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３５：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３６：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３７：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３８：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１３９：＜２２３＞群Ｐ１１バリアントＡＭＰ配列
配列番号１３９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４０：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４１：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４２：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４３：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４４：＜２２３＞群Ｐ１２バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４５：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４６：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４７：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４８：＜２２３＞群Ｐ１３バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１４９：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１４９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５０：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５１：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５２：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５３：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５４：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５５：＜２２３＞群Ｐ１４バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５６：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５７：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５７：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５８：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５８：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１５９：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１５９：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６０：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６０：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６１：＜２２３＞群Ｐ１５バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６１：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６２：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６２：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６３：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６３：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６４：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６４：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６５：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６５：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６６：＜２２３＞群Ｐ１６バリアントＡＭＰ配列
配列番号１６６：＜２２３＞Ｘａａは、任意のアミノ酸である
配列番号１６７：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１６８：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１６９：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７０：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７１：＜２２３＞抗微生物ペプチド
配列番号１７２：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７３：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７４：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７５：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７６：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７７：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
配列番号１７８：＜２２３＞抗微生物ペプチド前駆体
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【配列表】
【国際調査報告】