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特表2022-524420コロニー形成患者における黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）感染症の低減
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-05-02
(54)【発明の名称】コロニー形成患者における黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）感染症の低減
(51)【国際特許分類】
A61K 39/395 20060101AFI20220422BHJP
A61P 31/04 20060101ALI20220422BHJP
A61P 11/00 20060101ALI20220422BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20220422BHJP
C07K 16/12 20060101ALI20220422BHJP
C12P 21/08 20060101ALI20220422BHJP
G01N 33/569 20060101ALI20220422BHJP
C12Q 1/686 20180101ALN20220422BHJP
C12Q 1/6851 20180101ALN20220422BHJP
【ＦＩ】
A61K39/395 R
A61P31/04
A61P11/00
A61K45/00
C07K16/12 ZNA
C12P21/08
G01N33/569 E
C12Q1/686 Z
C12Q1/6851 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2021554623
(86)(22)【出願日】2020-03-12
(85)【翻訳文提出日】2021-10-29
(86)【国際出願番号】 US2020022226
(87)【国際公開番号】W WO2020185986
(87)【国際公開日】2020-09-17
(31)【優先権主張番号】62/817,934
(32)【優先日】2019-03-13
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】504333972
【氏名又は名称】メディミューン，エルエルシー
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】エッサー，マーク
(72)【発明者】
【氏名】ルジン，アレクセイ
(72)【発明者】
【氏名】ジャフリ，ハサン
(72)【発明者】
【氏名】シューメイカー，キャスリン
(72)【発明者】
【氏名】セルマン，ブレット
(72)【発明者】
【氏名】ユー，リィ
【テーマコード（参考）】
4B063
4B064
4C084
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA19
4B063QQ06
4B063QQ42
4B063QQ52
4B063QR08
4B063QR32
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS32
4B063QS34
4B063QX02
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4B064AG27
4B064CA19
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4B064DA15
4C084AA19
4C084NA05
4C084ZA591
4C084ZB322
4C084ZB331
4C085AA14
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4C085CC23
4C085EE01
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA40
4H045DA75
4H045DA76
4H045EA20
4H045EA50
4H045EA53
4H045FA74
(57)【要約】
本開示は、高α毒素抗体若しくはその抗原結合断片を備える黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象を治療する方法に向けられる。本方法は、前記対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させることができる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））がコロニー形成した対象を治療する方法であって、前記方法は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素（ＡＴ）に結合する抗体若しくはその抗原結合断片を前記対象に投与する工程を含み、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が前記対象から得られた試料中における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出するために使用されている方法。
【請求項2】
前記対象から得られた前記試料は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記方法は、前記対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の前記存在に付随する感染症の発生率を低減させる、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する方法であって、前記方法は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を前記対象に投与する工程を含み、前記対象から得られた試料は、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する方法。
【請求項5】
対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎の前記発生率を低減させるための方法であって、前記方法は、前記対象にスブラトクスマブを投与する工程を含み、前記低減は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定され、任意選択的に前記発生率は約３０％低減させられる方法。
【請求項6】
対象における原因を問わない肺炎の発生率を低減させるための方法であって、前記方法は、前記対象にスブラトクスマブを投与する工程を含み、前記低減は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定され、任意選択的に前記発生率は約３０％低減させられる方法。
【請求項7】
前記感染症は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定される、請求項３及び４の何れか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記臨床的手段は、異常な体温、異常な白血球数、咳、膿性痰、気管支呼吸音、呼吸困難、頻呼吸（呼吸数＞３０回／分）、低酸素症又はそれらの任意の組み合わせを含む、請求項５、６及び７の何れか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記微生物学的手段は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性である呼吸器検体、血液培養、胸膜液吸引物又は肺組織培養を含む、請求項５、６、７及び８の何れか一項に記載の方法。
【請求項10】
前記Ｘ線写真手段は、胸部Ｘ線写真上の新規又は悪化する浸潤液を含む、請求項５、６及び７～９の何れか一項に記載の方法。
【請求項11】
ＰＣＲは、前記対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の前記レベルを検出するために使用されている、請求項５～１０の何れか一項に記載の方法。
【請求項12】
前記対象から得られた前記試料は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項13】
前記対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出する工程を更に含む、請求項１～１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項14】
前記対象から得られた前記試料は、２９以上の前記ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、請求項１～４及び１１～１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項15】
２９の前記ＰＣＲ Ｃｔ値は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の約１，６００～約１，７００コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの濃度に対応する、請求項１６に記載の方法。
【請求項16】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染がコロニー形成した対象を治療する方法であって、前記方法は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を前記対象に投与する工程を含み、前記対象から得られた試料が、１，７００ＣＦＵ／ｍＬを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度を有する方法。
【請求項17】
前記方法は、前記対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の前記存在に付随する感染症の前記発生率を低減させる、請求項１８に記載の方法
【請求項18】
対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する方法であって、前記方法は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を前記対象に投与する工程を含み、前記対象から得られた試料は、１，７００ＣＦＵ／ｍＬを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度を有する方法。
【請求項19】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴの前記濃度は、ＰＣＲを用いて測定された、請求項１８～２０の何れか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記対象には、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成している、請求項４～１７及び２０～２１の何れか一項に記載の方法。
【請求項21】
前記対象から得られた試料は、少なくともＰＣＲのＣｔ値と相関するレベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を有する、請求項１～２２の何れか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記対象から得られた試料は、少なくとも３のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、請求項２３に記載の方法。
【請求項23】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の前記レベルは、３時間以内に、任意選択的に２時間以内に検出される、請求項１～２４の何れか一項に記載の方法。
【請求項24】
前記ＰＣＲは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡを検出する、請求項１～４、１１～１５及び１９～２３の何れか一項に記載の方法。
【請求項25】
前記対象は、人工換気されており、任意選択的に前記対象には人工呼吸器が装着されている、請求項１～２４の何れか一項に記載の方法。
【請求項26】
前記対象は、抗生物質を摂取している、請求項１～２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記試料は、皮膚又は軟組織試料である、請求項１～４及び１１～２６の何れか一項に記載の方法。
【請求項28】
前記試料は、前記対象の下気道から得られている、請求項１～４及び１１～２６の何れか一項に記載の方法。
【請求項29】
前記試料は、気管内吸引物である、請求項１～４及び１１～２６の何れか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記試料は、気道試料である、請求項１～４及び１１～２６の何れか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記試料は、気管支試料である、請求項１～４及び１１～２６の何れか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記試料は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を同定するための培養中では増殖しないであろう細菌を含有する、請求項１～４及び１１～３１の何れか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記試料は、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）ではない細菌を含有する、請求項１～４及び１１～３２、１３～３４の何れか一項に記載の方法。
【請求項34】
前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、抗生物質耐性である、請求項１～５及び７～３３の何れか一項に記載の方法。
【請求項35】
前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）が抗生物質耐性であるかどうかを決定する工程を更に含む、請求項１～５及び７～３４の何れか一項に記載の方法。
【請求項36】
前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、メチシリン耐性である、請求項１～５及び７～３５の何れか一項に記載の方法。
【請求項37】
前記黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がメチシリン耐性であるかどうかを決定する工程を更に含む、請求項１～５及び７～３６の何れか一項に記載の方法。
【請求項38】
前記耐性は、ＰＣＲを用いて決定される、請求項３４～３７の何れか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記感染症は、肺炎である、請求項３、４及び７～３７の何れか一項に記載の方法。
【請求項40】
前記感染症は、集中治療室（ＩＣＵ）肺炎である、請求項３、４及び７～３７の何れか一項に記載の方法。
【請求項41】
前記対象は、ヒトである、請求項１～４０の何れか一項に記載の方法。
【請求項42】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号７の前記アミノ酸配列を含むＶＨ及び配列番号８の前記アミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体として前記同一黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴエピトープに結合する、請求項１～４及び７～４１の何れか一項に記載の方法。
【請求項43】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号７の前記アミノ酸配列を含むＶＨ及び配列番号８の前記アミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴへの結合を競合的に阻害する、請求項１～４及び７～４２の何れか一項に記載の方法。
【請求項44】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、ＭＥＤＩ４８９３のＶＨ ＣＤＲ１、ＶＨ ＣＤＲ２、ＶＨ ＣＤＲ３、ＶＬ ＣＤＲ１、ＶＬ ＣＤＲ２及びＶＬ ＣＤＲ３を含む、請求項１～４及び７～４３の何れか一項に記載の方法。
【請求項45】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号１の前記アミノ酸配列を含む可変重鎖（ＶＨ）相補性決定領域（ＣＤＲ）１、配列番号２の前記アミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ２、配列番号３の前記アミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ３、配列番号４の前記アミノ酸配列を含む可変軽鎖（ＶＬ）ＣＤＲ１、配列番号５の前記アミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ２及び配列番号６の前記アミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ３を含む、請求項１～４及び７～４４の何れか一項に記載の方法。
【請求項46】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、配列番号７の前記アミノ酸配列を含むＶＨを含む、請求項１～４及び７～４５の何れか一項に記載の方法。
【請求項47】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、配列番号８の前記アミノ酸配列を含むＶＬを含む、請求項１～４及び７～４６の何れか一項に記載の方法。
【請求項48】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号９の前記アミノ酸配列を含む重鎖を含む、請求項１～４及び７～４７の何れか一項に記載の方法。
【請求項49】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号１０の前記アミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項１～４及び７～４８の何れか一項に記載の方法。
【請求項50】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、重鎖定常領域を更に含む、請求項１～４、７～４７及び４９の何れか一項に記載の方法。
【請求項51】
前記重鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２重鎖定常領域から成る群から選択される、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
前記重鎖定常領域は、ヒトＩｇＧ１定常領域である、請求項５１に記載の方法。
【請求項53】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、軽鎖定常領域を更に含む、請求項１～４、７～４８及び５１～５２の何れか一項に記載の方法。
【請求項54】
前記軽鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧκ及びＩｇＧλ軽鎖定常領域から成る群から選択される、請求項５３に記載の方法。
【請求項55】
前記軽鎖定常領域は、ヒトＩｇＧκ軽鎖定常領域である、請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、ＩｇＧ抗体若しくはその抗原結合断片である、請求項１～４及び７～４７の何れか一項に記載の方法。
【請求項57】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、半減期を改善するために遺伝子組み換えされているＦｃ領域を含む、請求項１～４、７～４７及び５６の何れか一項に記載の方法。
【請求項58】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、ＹＴＥ突然変異を備えるＦｃ領域を含む、請求項１～４、７～４７及び５６の何れか一項に記載の方法。
【請求項59】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは抗原結合断片である、請求項１～４及び７～５８の何れか一項に記載の方法。
【請求項60】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、全長抗体である、請求項１～４及び７～５９の何れか一項に記載の方法。
【請求項61】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、抗原結合断片である、請求項１～４及び７～５９の何れか一項に記載の方法。
【請求項62】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくは抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、ＤＶＤ－Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２又はｓｃＦｖ－Ｆｃを含む、請求項６１に記載の方法。
【請求項63】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する前記抗体若しくはその抗原結合断片は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに対する８０～１００ｐＭの親和性を有する、請求項１～４及び７～６２の何れか一項に記載の方法。
【請求項64】
前記抗体若しくはその抗原結合断片は、スブラトクスマブである、請求項１～４及び７～６３の何れか一項に記載の方法。
【請求項65】
２，０００ｍｇの前記抗体若しくはその抗原結合断片が投与される、請求項１～４及び７～６４の何れか一項に記載の方法。
【請求項66】
５，０００ｍｇの前記抗体若しくは抗原結合断片が投与される、請求項１～４及び７～６４の何れか一項に記載の方法。
【請求項67】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する工程は、毒素の中和、細胞溶解を阻害すること、多臓器不全を阻害すること、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）関連敗血症を阻害すること、又は前述のものの任意の組み合わせを含む、請求項１～４、７～１５及び１８～６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項68】
黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））がコロニー形成した対象を治療する際に使用するために黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片であって、前記対象から得られた試料は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、抗体若しくはその抗原結合断片。
【請求項69】
前記治療する工程は、前記対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の前記存在に付随する感染症の前記発生率を低減させる、請求項６８に記載の抗体若しくは抗原結合断片。
【請求項70】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症の予防において使用するための黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片であって、前記対象から得られた試料は、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、抗体若しくはその抗原結合断片。
【請求項71】
前記対象から得られた前記試料は、２９の前記ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する、請求項６８～７０の何れか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片。
【請求項72】
前記抗体若しくはその抗原結合断片は、前記対象から得られた試料中において黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルがＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えると検出された例では前記対象に投与されない、請求項６８～７０の何れか一項に記載の抗体若しくはその抗原結合断片。
【請求項73】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片に応答性である黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象を同定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ法であって、前記対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出する工程を含み、前記ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルが前記抗体若しくはその抗原結合断片に前記対象が応答性であることを示す方法。
【請求項74】
前記ＰＣＲ Ｃｔ値は、２９である、請求項７３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
入院患者集団又は集中治療室（ＩＣＵ）患者集団内で発生する細菌性肺炎は、罹患率及び死亡率に大きく寄与する臨床的に有意且つ深刻な疾患である。この疾患は、第２の主要なタイプの院内感染症及び米合衆国内の院内感染症に起因する主要な死因を構成する（非特許文献１）。黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）は、院内肺炎の主要な原因である。欧州ＩＣＵの近年の研究は、人工呼吸器が装着されたＩＣＵ患者の２３％が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）によって引き起こされた肺炎を発症し、その半数以上がメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）によって引き起こされたことを報告した（非特許文献２）。
【0002】
黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）は、更に皮膚及び軟組織の感染症、心内膜炎、骨髄炎、肺炎及び菌血症を含む広範な追加の疾患を引き起こす（非特許文献３）。感染中、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、組織浸潤及び壊死を引き起こす最も優勢なビルレンス因子としてのα毒素（ＡＴ）を含む多数の毒性を放出する（非特許文献４）。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の病因においてＡＴが果たす極めて重要な役割は、動物モデル（皮膚壊死、肺炎、敗血症、心内膜炎及び乳腺炎）によって、及び重度の感染中の抗ＡＴ抗体の存在に改良された転帰が結び付いていたヒトにおける解析的研究によって支持されている。
【0003】
前臨床試験は、モノクローナル抗体ベースのアプローチが黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症に対する予防及び補助療法に有望であることを示している（例えば、非特許文献５；非特許文献６；非特許文献７；及び非特許文献８を参照されたい）。抗ＡＴ抗体は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を治療及び予防するそれらの能力において前途有望な結果を示している。ＭＥＤＩ４８９３、又はスブラトクスマブは、ＡＴに高親和性で結合し、標的細胞膜内でＡＴ孔形成を効果的に遮断する長期の半減期を備えるヒトモノクローナル抗体である。前臨床試験の結果は、ＭＥＤＩ４８９３結合領域を含む抗ＡＴ抗体を用いた予防法が、皮膚壊死、肺炎及び致死性菌血症／敗血症のマウス感染症モデルにおいて疾患重症度を減少させたことを証明した（例えば、それぞれが全体として参照により本明細書に組み込まれる特許文献１及び特許文献２を参照されたい）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】国際公開第２０１２／１０９２８５号パンフレット
【特許文献2】国際公開第２０１４／０７４５４０号パンフレット
【非特許文献】
【0005】
【非特許文献1】Ｓｐｅｌｌｂｅｒｇ ａｎｄ Ｔａｌｂｏｔ，２０１０
【非特許文献2】Ｅｓｐｅｒａｔｔｉ ｅｔ ａｌ，２０１０
【非特許文献3】Ｌｏｗｙ，Ｆ．Ｄ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，３３９（８）：５２０－３２（１９９８）
【非特許文献4】Ｗｉｌｋｅ ａｎｄ Ｂｕｂｅｃｋ Ｗａｒｄｅｎｂｕｒｇ，２０１０
【非特許文献5】Ｈａｚｅｎｂｏｓ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｐａｔｈｏｇ．，９（１０）：ｅ１００３６５３．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｐａｔ．１００３６５３２０１３（２０１３）
【非特許文献6】Ｒｏｕｈａ，Ｈ．，ＭＡｂｓ，７（１）：２４３－２５４（２０１５）；Ｆｏｌｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４２５（１０）：１６４１－１６５４（２０１３）
【非特許文献7】Ｋａｒａｕｚｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．，２８７（３０）：２５２０３－１５（２０１２）
【非特許文献8】Ｈｕａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．，５８（２）：１１０８－１７（２０１４）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
しかしながら、肺炎等の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者において極めて急速に発症し得るので、そこで抗ＡＴ抗体からの最高の利益を達成するであろうリスク状態にある患者を同定する方法が必要とされる。
【課題を解決するための手段】
【0007】
黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））肺炎は、人工呼吸器が装着された集中治療室（ＩＣＵ）患者において、感染の管理及び抗生物質を行っているにもかかわらず早期に発生する生命を脅かす合併症である。本明細書で証明するように、抗α毒素（ＡＴ）抗体は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎の予防について評価され、臨床的に意味のある有効性（≧２５％の関連リスクの低減）及び容認される安全性が結び付いていることが証明されている。特に、抗ＡＴ抗体を摂取している患者においては、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎の３２％の低減が観察され、安全性の懸念は全く生じなかった。更に、所定の部分群の患者においては、より一層大きな有効性さえ観察された。従って、本明細書では、抗ＡＴ抗体を摂取することから利益を得るであろう黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を発生するリスクが高い患者を同定する方法が提供される。
【0008】
本明細書では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素（ＡＴ）に結合する抗体若しくはその抗原結合断片を対象に投与する工程を含む、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））がコロニー形成した対象を治療する方法であって、ここで対象から得られた試料中における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出するためにポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）が使用されている方法が提供される。所定の例では、対象から得られた試料は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の例では、本方法は、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させる。
【0009】
本明細書では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を対象に投与する工程を含む、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する方法であって、ここで対象から得られた試料が、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する方法が提供される。
【0010】
本明細書では、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎の発生率を低減させるための対象にスブラトクスマブを投与する工程を含む方法であって、その低減は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定され、任意選択的に発生率が約３０％低減させられる方法が提供される。
【0011】
本明細書では、対象における原因を問わない肺炎の発生率を低減させるために対象にスブラトクスマブを投与する工程を含む方法であって、その低減は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定され、任意選択的に発生率が約３０％低減させられる方法が提供される。
【0012】
所定の例では、感染症は、臨床的手段、微生物学的手段及びＸ線写真手段によって決定される。
【0013】
所定の例では、臨床的手段は、異常な体温、異常な白血球数、咳、膿性痰、気管支呼吸音、呼吸困難、頻呼吸（呼吸数＞３０回／分）、低酸素症又はそれらの任意の組み合わせを含む。
【0014】
所定の例では、微生物学的手段は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性である呼吸器検体、血液培養、胸膜液吸引物又は肺組織培養を含む。
【0015】
所定の例では、Ｘ線写真手段は、胸部Ｘ線写真上の新規又は悪化する浸潤液を含む。
【0016】
所定の例では、ＰＣＲは、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出するために使用されてきた。所定の例では、対象から得られた試料は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。
【0017】
所定の例では、本明細書で提供される方法は、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを検出する工程を更に含む。
【0018】
所定の例では、対象から得られた試料は、２９以上のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の例では、２９のＰＣＲ Ｃｔ値は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の約１，６００～約１，７００コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの濃度に対応する。
【0019】
本明細書では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染がコロニー形成した対象を治療する方法であって、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を対象に投与する工程を含み、ここで対象から得られた試料が、１，７００ＣＦＵ／ｍＬを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度を有する方法が提供される。所定の例では、本方法は、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させる。
【0020】
本明細書では、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する方法であって、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片を対象に投与する工程を含み、ここで対象から得られた試料が、１，７００ＣＦＵ／ｍＬを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度を有する方法が提供される。
【0021】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴの濃度は、ＰＣＲを用いて測定された。
【0022】
所定の例では、対象には、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成している。
【0023】
所定の例では、対象から得られた試料は、少なくともＰＣＲのＣｔ値と相関するレベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を有する。所定の例では、対象から得られた試料は、少なくとも３のＰＣＲ Ｃｔ値と相関するレベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を有する。
【0024】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルは、３時間以内に、任意選択的に２時間以内に検出される。
【0025】
所定の例では、ＰＣＲは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡを検出する。
【0026】
所定の例では、対象は、人工換気されるが、任意選択的に、対象には人工呼吸器が装着される。所定の例では、対象は、抗生物質を摂取している。
【0027】
所定の例では、試料は、皮膚又は軟組織試料である。所定の例では、試料は、対象の下気道から得られる。所定の例では、試料は、気管内吸引物である。所定の例では、試料は、気管試料である。所定の例では、試料は、気管支試料である。
【0028】
所定の例では、試料は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を同定するための培養中では増殖しないであろう細菌を含有する。所定の例では、試料は、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）ではない細菌を含有する。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、抗生物質耐性である。所定の例では、本明細書に提供する方法は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）が抗生物質耐性であるかどうかを決定する工程を更に含む。
【0029】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、メチシリン耐性である。所定の例では、本明細書に提供する方法は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がメチシリン耐性であるかどうかを決定する工程を更に含む。
【0030】
所定の例では、耐性は、ＰＣＲを用いて決定される。
【0031】
所定の例では、感染症は、肺炎である。所定の例では、感染症は、ＩＣＵ（集中治療室）肺炎である。
【0032】
所定の例では、対象は、ヒトである。
【0033】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ及び配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体と同一の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴエピトープに結合する。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨ及び配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＬを含む抗体の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴへの結合を競合的に阻害する。
【0034】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、ＭＥＤＩ４８９３のＶＨ ＣＤＲ１、ＶＨ ＣＤＲ２、ＶＨ ＣＤＲ３、ＶＬ ＣＤＲ１、ＶＬ ＣＤＲ２及びＶＬ ＣＤＲ３を含む。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号１のアミノ酸配列を含む可変重鎖（ＶＨ）相補性決定領域（ＣＤＲ）１、配列番号２のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ２、配列番号３のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ３、配列番号４のアミノ酸配列を含む可変軽鎖（ＶＬ）ＣＤＲ１、配列番号５のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ２及び配列番号６のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ３を含む。
【0035】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号７のアミノ酸配列を含むＶＨを含む。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号８のアミノ酸配列を含むＶＬを含む。
【0036】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号９のアミノ酸配列を含む重鎖を含む。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、配列番号１０のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
【0037】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片は、重鎖定常領域を更に含む。所定の例では、重鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２重鎖定常領域から成る群から選択される。所定の例では、重鎖定常領域は、ヒトＩｇＧ１定常領域である。
【0038】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片は、軽鎖定常領域を更に含む。所定の例では、軽鎖定常領域は、ヒト免疫グロブリンＩｇＧκ及びＩｇＧλ軽鎖定常領域から成る群から選択される。所定の例では、軽鎖定常領域は、ヒトＩｇＧκ軽鎖定常領域である。
【0039】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、ＩｇＧ抗体若しくはその抗原結合断片である。
【0040】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、半減期を改善するために遺伝子組み換えされているＦｃ領域を含む。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、ＹＴＥ突然変異を含むＦｃ領域を含む。
【0041】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは抗原結合断片である。
【0042】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片は、完全長抗体である。所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片は、抗原結合断片である。所定の例では、抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖ、イントラボディ、ＩｇＧΔＣＨ２、ミニボディ、Ｆ（ａｂ’）３、テトラボディ、トリアボディ、ダイアボディ、ＤＶＤ－Ｉｇ、Ｆｃａｂ、ｍＡｂ２、（ｓｃＦｖ）２又はｓｃＦｖ－Ｆｃを含む。
【0043】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに対する８０～１００ｐＭの親和性を有する。
【0044】
所定の例では、抗体若しくはその抗原結合断片は、スブラトクスマブである。
【0045】
所定の例では、２，０００ｍｇの抗体若しくは抗原結合断片が投与される。所定の例では、５，０００ｍｇの抗体若しくは抗原結合断片が投与される。
【0046】
所定の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防することは、毒素の中和、オプソニン化貪食作用を誘導すること、血栓塞栓症性病変形成を阻害すること、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）関連敗血症を阻害すること、又は上記の任意の組み合わせを含む。
【0047】
本明細書で提供されるのは、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））がコロニー形成した対象を治療する際に使用するための黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片であって、対象から得られた試料が、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）サイクル閾値（Ｃｔ）値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片である。所定の例では、治療する工程は、対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させる。
【0048】
本明細書で提供されるのは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症の予防において使用するための黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片であって、対象から得られた試料が、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する抗体若しくはその抗原結合断片である。
【0049】
所定の例では、対象から得られた試料は、２９のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の例では、抗体若しくはその抗原結合断片は、対象から得られた試料中での黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルがＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えないと検出された例では対象に投与されない。
【0050】
本明細書では、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）レベルを検出する工程を含む、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片に応答性である黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象を同定するためのｉｎ ｖｉｔｒｏ法であって、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルが抗体若しくはその抗原結合断片に応答性であることを示す方法が提供される。所定の例では、ＰＣＲ Ｃｔ値は、２９である。
【図面の簡単な説明】
【0051】
【図1】迅速に患者を同定するための、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＰＣＲ検査の使用を例示する略図である。ＰＣＲ検査は、閾値信号（図の右側のグラフ内の水平線によって表示）に達するために必要とされるＰＣＲサイクル数を表すサイクル閾値（Ｃｔ）値を生成する。Ｃｔ値は、細菌負荷と反比例する：試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の数が多いほど閾値レベルに達するために必要とされるサイクル数が少なくなるので、低いＣｔ値（グラフの左側の曲線）を有するが、他方試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の数が少ないほど、閾値レベルに達するためにより多くのサイクル数が必要となるので、このためより高いＣｔ値（グラフの右側の曲線）を有する。（実施例１を参照されたい。）
【図2】第ＩＩ相臨床試験におけるスクリーニング時の患者から得られたＣｔ値を示しているヒストグラムである。相当に多数の患者がスクリーニング時に低いＣｔ値（高い細菌負荷）を有していた。（実施例２を参照されたい。）
【図3】人工呼吸器上での経時的なＣｔ値の変動性を示すグラフである。初期の数日間中でさえ、Ｃｔ値は広範囲の分布を有した。（実施例２を参照されたい。）
【図4】３種のタイプの培養アッセイからの結果を示す図である：ＣＦＵ／ｍＬを測定する定量的アッセイ、半定量的アッセイ（培養スコア、ここで軽度＝＋又は＋＋；中等度＝＋＋＋及び重度＝＋＋＋）並びに定性的アッセイ（存在／非存在）。検査した対象の半数超は、高度の細菌負荷を有していた（少なくとも１０５ＣＦＵ／ｍＬ（定量的アッセイにおいて）又は中等度若しくは重度の培養スコア（ｓｕｒｅ）（半定量的アッセイにおいて）の何れかによって定義されて）。（実施例３を参照されたい。）
【図5】半定量的アッセイにおいて軽度、中等度又は高度のスコアを備える試料から得られたＣｔ値を示すグラフである。（実施例３を参照されたい。）
【図6】黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）についてのＰＣＲと培養アッセイとの間の一致及び不一致を示すグラフである。ＰＣＲアッセイにおいて検査結果が陽性であった試料２０９例中１６２例は培養アッセイにおいても陽性であったが（７７．５％の一致率）、それらの４７例は培養アッセイにおいて陰性であった（２２．５％の不一致率）。不一致結果は全例が、培養アッセイにおいて結果が陰性であり、ＰＣＲアッセイにおいて結果が陽性であった試料からであった。従って、ＰＣＲアッセイは、培養アッセイよりはるかに感受性である。（実施例３を参照されたい。）
【図7】抗生物質の使用が培養結果に不都合な影響を及ぼすことを示すグラフである。抗生物質を摂取している患者のパーセンテージは、ＰＣＲによって黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）について検査結果が陽性であった患者群においては有意に高かったが、培養による黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）についての陰性の検査結果は、ＰＣＲ及び培養の両方によって黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）について検査結果が陽性であった患者群と匹敵していた。（実施例３を参照されたい。）
【図8】抗生物質の使用歴が培養結果に影響を及ぼさなかったことを示すグラフである。（実施例３を参照されたい。）
【図9】ＰＣＲ Ｃｔ値による培養陽性及び培養陰性試料の分布を示しているグラフである。培養陰性試料の８５％は、２９より高いＣｔ値を有し、培養陽性試料の約８０％は、２９より低いＣｔ値を有する。従って、２９のＣｔ値は、培養陽性試料と培養陰性試料とを効果的に識別する。（実施例４を参照されたい。）
【図10】第２相臨床試験において測定された、試料中のＣｔ値と黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度（コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬ）との関連を示しているグラフである。Ｃｔ値とＣＦＵ／ｍＬ数との間には統計的有意な逆相関が存在した。２９より大きいＣｔ値を備える大多数の試料は、１０３ＣＦＵ／ｍＬ以下の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）負荷を有していた。２９未満のＣｔ値を備える大多数の試料は、１０３ＣＦＵ／ｍＬ超の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）負荷を有していた。２９のＣｔ値は、約３．２ｌｏｇ １０ＣＦＵ／ｍＬ（約１，６００～１，７００ＣＦＵ／ｍＬ）に対応し、このＣｔ値は低コロニー形成菌と高コロニー形成菌とを効果的に識別する。（実施例４を参照されたい。）
【図11】気管（左のグラフ）試料及び気管支（右のグラフ）試料中における、試料中のＣｔ値と黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度（コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬ）との相関関係を示すグラフである。これらの結果は、気管試料及び気管支試料の両方において、Ｃｔ値が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）付加と逆相関することを証明している。（実施例４を参照されたい。）
【図12】非ブドウ球菌（ｎｏｎ－Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）増殖を備える試料（左のグラフ）及び非ブドウ球菌（ｎｏｎ－Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）増殖を備えない試料（右のグラフ）中における、試料中のＣｔ値と黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の濃度（コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬ）との相関関係を示すグラフである。これらの結果は、Ｃｔ値が試料中の非ブドウ球菌（ｎｏｎ－Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）細菌の存在又は非存在とは無関係に黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）付加と逆相関することを示しており、これはＰＣＲ検査が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して特異的であることを証明している。（実施例４を参照されたい。）
【発明を実施するための形態】
【0052】
本開示は、低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を備える患者において黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を予防する方法並びに黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成している患者及びα毒素抗体から利益が得られる患者を同定する方法に向けられる。
【0053】
Ｉ．定義
本発明を説明する文脈における（特に以下の請求項の文脈における）用語「１つの」及び「その」及び「少なくとも１つの」並びに同様の指示対象の使用は、本明細書で別段の指示がない限り、又は文脈によって明確に矛盾しない限り、単数形及び複数形の両方を包含すると解釈すべきである。
本発明を説明する文脈における（特に以下の請求項の文脈における）用語「１つの」及び「その」及び「少なくとも１つの」並びに同様の指示対象の使用は、本明細書で別段の指示がない限り、又は文脈によって明確に矛盾しない限り、単数形及び複数形の両方を包含すると解釈すべきである。
【0054】
１つ以上の項目の列挙に続く用語「少なくとも１つの」の使用（例えば、「Ａ及びＢの少なくとも１つ」）は、本明細書で別段の指示がない限り、又は文脈によって明確に矛盾しない限り、列挙した項目（Ａ又はＢ）から選択された１つの項目、又は列挙した項目の２つ以上の任意の組み合わせ（Ａ及びＢ）を意味すると解釈すべきである。
【0055】
用語「含む」、「有する」、「包含する」及び「含有する」は、別途注記のない限り、非限定的用語として解釈すべきである（即ち、「含むが、それらに限定されない」を意味する）。
【0056】
本明細書で使用する用語「α毒素」若しくは「ＡＴ」は、天然α毒素ポリペプチド及びα毒素ポリペプチドのアイソフォームを含むがそれらに限定されない細菌性α毒素ポリペプチドを指す。「α毒素」は、完全長の未処理α毒素ポリペプチド並びに細胞内のプロセッシングの結果として生じるα毒素ポリペプチドの形態を含む。本明細書で使用する用語「黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素」は：
のアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。
【化1】
【0057】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素Ｈ３５Ｌ突然変異体は、配列
を有する。
【化2】
【0058】
「α毒素ポリヌクレオチド」、「α毒素ヌクレオチド」若しくは「α毒素核酸」は、α毒素をコードするポリヌクレオチドを指す。
【0059】
用語「抗体」は、免疫グロブリン分子の可変領域内の少なくとも１つの抗原認識部位を介して、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質又は前述の組み合わせ等の標的を認識し、それに特異的に結合する免疫グロブリン分子を意味する。本明細書で使用する用語「抗体」は、その抗体が所望の生物学的活性を示す限り、インタクトポリクローナル抗体、インタクトモノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体を含む融合タンパク質及び任意の他の改変免疫グロブリン分子を包含する。抗体は、免疫グロブリンの５つの主要なクラス：それぞれα（アルファ）、δ（デルタ）、ε（イプシロン）、γ（ガンマ）及びμ（ミュー）と呼ばれる、それらの重鎖定常ドメインの同一性に基づいて、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭ又はそれらのサブクラス（アイソタイプ）（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）の何れかであり得る。免疫グロブリンの異なるクラスは、異なる周知のサブユニット構造及び３次元立体配置を有する。抗体は、裸であり得るか、又は毒素、放射性同位体等の他の分子と共役され得る。
【0060】
用語「モノクローナル抗体」は、本発明で使用する場合、Ｂ細胞の単独クローンによって産生され、同一エピトープに結合する抗体を指す。対照的に、用語「ポリクローナル抗体」は、異なるＢ細胞によって産生され、同一抗原の異なるエピトープに結合する抗体の集団を指す。
【0061】
用語「抗体断片」は、インタクト抗体の一部分を指す。「抗原結合断片」、「抗原結合ドメイン」又は「抗原結合領域」は、抗原に結合するインタクト抗体の一部分を指す。抗原結合断片は、インタクト抗体の抗原決定領域（例えば、相補性決定領域（ＣＤＲ））を含み得る。抗体の抗原結合断片の例として、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２及びＦｖ断片、線状抗体並びに一本鎖抗体が挙げられるが、これらに限定されない。抗体の抗原結合断片は、げっ歯類（例えば、マウス、ラット又はハムスター）及びヒト等の任意の動物種から得ることができるか、又は人工的に作製することができる。
【0062】
全抗体は、典型的には、下記の４つのポリペプチド：重（Ｈ）鎖ポリペプチドの２つの同一コピー及び軽（Ｌ）鎖ポリペプチドの２つの同一コピーから成る。重鎖の各々は、１つのＮ末端可変（ＶＨ）領域と、３つのＣ末端定常（ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３）領域とを含み、各軽鎖は、１つのＮ末端可変（ＶＬ）領域と、１つのＣ末端定常（ＣＬ）領域とを含む。軽鎖及び重鎖の各対の可変領域は、抗体の抗原結合部位を形成する。ＶＨ領域及びＶＬ領域は、同一の一般構造を有し、各領域は、それらの配列が比較的に保存されている４つのフレームワーク領域を含む。本明細書で使用する用語「フレームワーク領域」は、超可変領域又は相補性決定領域（ＣＤＲ）間に位置する可変領域内の比較的に保存されたアミノ酸配列を指す。各可変ドメインには、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３及びＦＲ４と指定されている４つのフレームワーク領域がある。これらのフレームワーク領域は、可変領域の構造フレームワークを提供するβシートを形成する（例えば、Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ（２００１）を参照されたい）。ＣＤＲ１、ＣＤＲ２及びＣＤＲ３として公知の３つのＣＤＲは、抗原結合を担っている、抗体の「超可変領域」を形成する。
【0063】
用語「ＶＬ」及び「ＶＬドメイン」は、抗体の軽鎖可変領域を意味するために互換的に使用される。
【0064】
用語「ＶＨ」及び「ＶＨドメイン」は、抗体の重鎖可変領域を意味するために互換的に使用される。
【0065】
用語「Ｋａｂａｔ付番」及び同様の用語は、当該技術分野において認識されており、抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域又はそれらの抗原結合断片のアミノ酸残基を付番する方式を指す。所定の態様では、ＣＤＲは、Ｋａｂａｔ付番方式に従って決定され得る（例えば、Ｋａｂａｔ ＥＡ＆Ｗｕ ＴＴ（１９７１）Ａｎｎ ＮＹ Ａｃａｄ Ｓｃｉ １９０：３８２－３９１及びＫａｂａｔ ＥＡ ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２を参照されたい）。Ｋａｂａｔ付番方式を使用すると、抗体重鎖分子内のＣＤＲは、典型的には、３５に続く１つ又は２つの追加のアミノ酸（Ｋａｂａｔ付番スキームでは３５Ａ及び３５Ｂと呼ばれる）を任意選択的に含み得るアミノ酸位置３１～３５（ＣＤＲ１）、アミノ酸位置５０～６５（ＣＤＲ２）及びアミノ酸位置９５～１０２（ＣＤＲ３）に存在する。Ｋａｂａｔ付番方式を使用すると、抗体軽鎖分子内のＣＤＲは、典型的には、アミノ酸位置２４～３４（ＣＤＲ１）、アミノ酸位置５０～５６（ＣＤＲ２）及びアミノ酸位置８９～９７（ＣＤＲ３）に存在する。特定の実施形態では、本明細書で記載されている抗体のＣＤＲは、Ｋａｂａｔ付番スキームに従って決定されている。
【0066】
Ｃｈｏｔｈｉａは、その代わりに、構造ループの位置について言及している（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７（１９８７））。Ｋａｂａｔ付番規則を使用して付番した場合のＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループの末端は、このループの長さに応じてＨ３２～Ｈ３４で変化する（これは、Ｋａｂａｔ付番スキームがＨ３５Ａ及びＨ３５Ｂに挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しない場合、このループは、３２で終わり、３５Ａのみが存在する場合、このループは、３３で終わり、３５Ａ及び３５Ｂの両方が存在する場合、このループは、３４で終わる）。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの妥協案を示し、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアにより使用される。
【0067】
【表1】
【0068】
本明細書で使用する用語「定常領域」又は「定常ドメイン」は、互換的であり、当該技術分野において一般的な意味を有する。定常領域は、抗体部分、例えば、抗体の抗原への結合に直接的には関与しないが、Ｆｃ受容体との相互作用等の様々なエフェクター機能を示し得る軽鎖及び／又は重鎖のカルボキシル末端部分である。免疫グロブリン分子の定常領域は、一般に、免疫グロブリン可変ドメインと比較してより保存されたアミノ酸配列を有する。
【0069】
本明細書で使用する用語「重鎖」は、抗体に関して使用する場合は、任意の別個のタイプ、例えば、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、ＩｇＧ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４のサブクラスを含む、抗体のＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭクラスをそれぞれを生じさせる、α（アルファ）、δ（デルタ）、ε（イプシロン）、γ（ガンマ）及びμ（ミュー）を指す。重鎖アミノ酸配列は、当該技術分野において周知である。特定の実施形態では、重鎖は、ヒト重鎖である。
【0070】
本明細書で使用する用語「軽鎖」は、抗体に関して使用する場合は、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、任意の別個のタイプ、例えばκ（カッパ）又はλ（ラムダ）を指すことができる。軽鎖アミノ酸配列は、当該技術分野において周知である。特定の実施形態では、軽鎖は、ヒト軽鎖である。
【0071】
「キメラ」抗体は、ヒト領域及び非ヒト領域の両方を含む抗体若しくはその断片を指す。「ヒト化」抗体は、ヒト抗体骨格と、非ヒト抗体から得られるか又は誘導される少なくとも１つのＣＤＲとを含む抗体である。非ヒト抗体として、例えばげっ歯類（例えば、マウス又はラット）等の任意の非ヒト動物から単離される抗体が挙げられる。ヒト化抗体は、非ヒト抗体から得られるか又は誘導される１つ、２つ又は３つのＣＤＲを含み得る。完全ヒト抗体は、非ヒト動物から得られるか又は誘導されるいかなるアミノ酸残基も含まない。完全ヒト抗体及びヒト化抗体は、マウス抗体又はキメラ抗体と比べて、ヒトにおける免疫反応を誘発するリスクが低いと理解されるであろう（例えば、Ｈａｒｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２（３）：２５６－２６（２０１０）を参照されたい）。
【0072】
本明細書で使用する「エピトープ」は、当技術分野の用語であり、抗体若しくはその抗原結合断片が特異的に結合し得る、抗原の局所的な領域を指す。エピトープは、例えば、ポリペプチド（線状エピトープ若しくは連続エピトープ）の連続アミノ酸であり得、又はエピトープは例えば、１つ以上のポリペプチドの２つ以上の非連続領域から一体となり得る（コンフォメーションエピトープ、非線状エピトープ、不連続エピトープ若しくは非連続エピトープ）。所定の実施形態では、抗体若しくはその抗原結合断片が結合するエピトープは、例えばＮＭＲ分光法、Ｘ線回折結晶学的検査、ＥＬＩＳＡアッセイ、質量分析を伴う水素／重水素交換（例えば、液体クロマトグラフィー液体スプレー質量分析）、アレイベースのオリゴペプチドスキャニングアッセイ及び／又は変異誘発マッピング（例えば、部位特異的変異誘発マッピング）により決定することができる。Ｘ線結晶構造解析の場合、結晶化は、当技術分野において既知の方法の何れかを使用して達成され得る（例えば、Ｇｉｅｇｅ Ｒ ｅｔ ａｌ．，（１９９４）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５０（Ｐｔ ４）：３３９－３５０；ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ Ａ（１９９０）Ｅｕｒ Ｊ Ｂｉｏｃｈｅｍ １８９：１－２３；Ｃｈａｙｅｎ ＮＥ（１９９７）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ５：１２６９－１２７４；ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ Ａ（１９７６）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２５１：６３００－６３０３）。抗体／その抗原結合断片：抗原の結晶は、公知のＸ線回折技術を使用して研究し得、且つＸ－ＰＬＯＲ（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，１９９２，ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｂｙ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．；例えば、Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ（１９８５）ｖｏｌｕｍｅｓ １１４＆１１５，ｅｄｓ Ｗｙｃｋｏｆｆ ＨＷ ｅｔ ａｌ．，；米国特許出願公開第２００４／００１４１９４号明細書）及びＢＵＳＴＥＲ（Ｂｒｉｃｏｇｎｅ Ｇ（１９９３）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ４９（Ｐｔ １）：３７－６０；Ｂｒｉｃｏｇｎｅ Ｇ（１９９７）Ｍｅｔｈ Ｅｎｚｙｍｏｌ ２７６Ａ：３６１－４２３，ｅｄ Ｃａｒｔｅｒ ＣＷ；Ｒｏｖｅｒｓｉ Ｐ ｅｔ ａｌ．，（２０００）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ Ｄ Ｂｉｏｌ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ ５６（Ｐｔ １０）：１３１６－１３２３を参照されたい）等のコンピューターソフトウェアを使用して精製することができる。変異誘発マッピング研究は、当業者に既知の任意の方法を使用して達成され得る。例えば、アラニンスキャニング変異誘発技術等の変異誘発技術の説明に関しては、Ｃｈａｍｐｅ Ｍ ｅｔ ａｌ．，（１９９５）Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２７０：１３８８－１３９４及びＣｕｎｎｉｎｇｈａｍ ＢＣ＆Ｗｅｌｌｓ ＪＡ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１－１０８５を参照されたい。
【0073】
参照抗体と「同一エピトープに結合する」抗体は、参照抗体と同一アミノ酸残基に結合する抗体を指す。抗体の、参照抗体と同一エピトープに結合する能力は、水素／重水素交換アッセイ（Ｃｏａｌｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ．Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．２００９；２３：６３９－６４７を参照されたい）又はＸ線結晶構造解析により決定し得る。
【0074】
本明細書で使用する用語「免疫特異的に結合する」、「免疫特異的に認識する」、「特異的に結合する」及び「特異的に認識する」は、抗体若しくはその抗原結合断片の状況における類似の用語である。これらの用語は、抗体若しくはその抗原結合断片がその抗原結合ドメインを介してエピトープに結合すること並びに結合が抗原結合ドメイン及びエピトープ間の一部の相補性を必要とすることを意味する。従って、第１黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ロイコトキシンに「特異的に結合する」抗体は、更に他の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ロイコトキシンにも結合できるが、非関連性、非ロイコトキシンタンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ＢｉａＣｏｒｅ又はｏｃｔｅｔ結合アッセイによって測定される抗体の第１黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ロイコトキシンへの結合の約１０％未満である。
【0075】
抗体は、それが所与のエピトープへの参照抗体の結合を何らかの程度遮断する限りにおいて、そのエピトープ又は重複エピトープに優先的に結合する場合に、当該のエピトープに対する参照抗体の結合を「競合的に阻害する」と言われる。競合的阻害は、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば競合ＥＬＩＳＡアッセイによって決定され得る。抗体は、所与のエピトープへの参照抗体の結合を少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％又は少なくとも５０％競合的に阻害すると言うことができる。
【0076】
用語「核酸配列」は、ＤＮＡ又はＲＮＡのポリマー、即ち、一本鎖又は二本鎖であり得、非天然又は改変されたヌクレオチドを含み得るポリヌクレオチドを包含することが意図されている。本発明で使用する用語「核酸」及び「ポリヌクレオチド」は、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）又はデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）の何れかの、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。これらの用語は、分子の一次構造を指しており、従って、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ並びに二本鎖及び一本鎖ＲＮＡが含まれる。これらの用語は、同等物として、ヌクレオチド類似体及び改変されたポリヌクレオチド、例えば、限定されないが、メチル化及び／又はキャップ化ポリヌクレオチドから作製されたＲＮＡ又はＤＮＡの何れかの類似体を含む。核酸は、典型的には、リン酸結合を介して連結され、核酸配列又はポリヌクレオチドを形成するが、当該技術分野においては他の多くの連結が知られている（例えば、ホスホロチオエート、ボラノホスフェート等）。
【0077】
本明細書で使用する「トランスフェクション」、「形質転換」又は「形質導入」は、物理的又は化学的方法を使用することによる宿主細胞への１つ以上の外因性ポリヌクレオチドの導入を指す。多くのトランスフェクション技術は、当該技術分野において公知であり、例えば、リン酸カルシウムＤＮＡ共沈法（例えば、Ｍｕｒｒａｙ Ｅ．Ｊ．（ｅｄ．），Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７，Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ（１９９１））；ＤＥＡＥ－デキストラン；エレクトロポレーション；カチオン性リポソーム媒介性トランスフェクション；タングステン粒子促進性微粒子衝撃法（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３４６：７７６－７７７（１９９０））；及びリン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈法（Ｂｒａｓｈ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，７：２０３１－２０３４（１９８７）を参照されたい）が挙げられる。ファージ又はウイルスベクターは、多くが市販されている好適なパッケージング細胞中での感染性粒子の増殖後に宿主細胞に導入することができる。
【0078】
本明細書で使用する用語「治療」、「治療すること」等は、診断された病的状態又は障害の症状を治癒させ、緩徐化し、軽減し、且つ／又はその進行を停止させる手段（例えば、対象への本明細書に提供した抗体若しくはその抗原結合断片の投与）を指す。従って、治療を必要とする対象としては、障害を有すると既に診断されたか又は障害を有することが疑われる対象が挙げられる。「治療有効量」は、所望の治療結果（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症の治療）を達成するために、必要な投与量及び期間に渡り有効な量を指す。
【0079】
予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ又はｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）手段は、標的とされる病的状態又は障害の発生を予防及び／又は緩徐化する手段（例えば、対象への本明細書に提供した抗体若しくはその抗原結合断片の投与）を指す。従って、予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ又はｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）手段を必要とする対象としては、障害に罹患し易い対象及び障害が予防されなければならない対象が挙げられる。「予防有効量」は、所望の予防結果（例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症又は発病開始の予防）を達成するために、必要な投与量及び期間に渡り有効な量を指す。
【0080】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）が「コロニー形成した」対象は、身体中又は身体上に黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）が存在する対象を指す。コロニー形成は、例えば、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を検出する工程によって決定することができる。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、例えば、培養する工程又はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって検出することができる。対象の身体中又は身体上の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在の結果として生じる、又はそれに付随する感染症は、細菌のＸ線写真徴候及び／又は臨床的徴候を示す。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症は、例えば、皮膚若しくは軟組織感染症（ＳＳＴＩ）又は菌血症として発生し得る。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）細菌は、血流を通って移動することができ、身体内の部位に感染し、結果として肺炎、ＩＣＵ肺炎、骨若しくは関節感染症、デバイス感染症、創傷感染症、手術部位感染症又は骨髄炎を生じさせる。Ｘ線写真徴候としては、例えば、浸潤物を示すＸ線が挙げられる。臨床的徴候としては、例えば、異常な体温、異常な白血球数、咳、膿性痰、気管支呼吸音、呼吸困難、頻呼吸（呼吸数＞３０回／分）及び／又は低酸素症が挙げられる。
【0081】
本明細書で使用する用語「投与する」、「投与する工程」、「投与」等は、所望の生物学的作用部位への薬物、例えば抗黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗体若しくはその抗原結合断片の組み合わせの送達を可能にするために使用できる方法（例えば、静脈内投与）を指す。本明細書に記載した薬剤及び方法と共に用いられ得る投与技術は、例えば、下記の：Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ，Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，ｃｕｒｒｅｎｔ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｅｒｇａｍｏｎ；及びＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ｃｕｒｒｅｎｔ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．，Ｅａｓｔｏｎ，Ｐａに見出される。
【0082】
１種以上の更なる治療薬「との組み合わせ」投与は、同時（併用）投与及び任意の順序での継続投与を含む。
【0083】
特に明記されない限り又は文脈から明らかでない限り、本明細書で使用する場合、用語「又は」は、包括的であると理解されている。本明細書の「Ａ及び／又はＢ」等の語句において使用される用語「及び／又は」は、「Ａ及びＢ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ」及び「Ｂ」の両方を含むことが意図されている。同様に、「Ａ、Ｂ及び／又はＣ」等の語句において使用される用語「及び／又は」は、下記の実施形態：Ａ、Ｂ及びＣ；Ａ、Ｂ又はＣ；Ａ又はＣ；Ａ又はＢ；Ｂ又はＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；及びＣ（単独）の各々を含むことが意図されている。
【0084】
ＩＩ．抗黄色ブドウ球菌（Ａｎｔｉ－Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）α毒素抗体
本明細書に提供するように、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素に結合する抗体及びその抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体及び断片）は、低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象において黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を回避するために使用することができる。
本明細書に提供するように、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素に結合する抗体及びその抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体及び断片）は、低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象において黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を回避するために使用することができる。
【0085】
α毒素（ＡＴ）は、肺炎、皮膚及び軟組織感染症（ＳＳＴＩ）、菌血症等を含む何種かの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）症状の重要な病原性因子である（Ｂｕｂｅｃｋ Ｗａｒｄｅｎｂｕｒｇ，Ｊ．ａｎｄ Ｏ．Ｓｃｈｎｅｅｗｉｎｄ，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，２０５：２８７－２９４（２００８）；Ｉｎｏｓｈｉｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｅｒｍａｔｏｌ．，１３２：１５１３－１５１６（２０１２）；及びＦｏｌｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，上記を参照されたい）。抗ＡＴモノクローナル抗体による受動免疫は、肺炎及び皮膚壊死モデルにおける疾患の重症度を軽減し（Ｈｕａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．，５８：１１０８－１１１７（２０１４）；Ｔｋａｃｚｙｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｖａｃｃｉｎｅ Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９：３７７－３８５（２０１２）；及びＲａｇｌｅ，Ｂ．Ｅ．ａｎｄ Ｊ．Ｗａｒｄｅｎｂｕｒｇ Ｂｕｂｅｃｋ，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．，７７：２７１２－２７１８（２００９））、Ｈ３５Ｌ変異（ＡＴＨ３５Ｌ）を含有するＡＴ類毒素によるワクチン接種は、マウス致死性菌血症及び肺炎モデルにおける死亡を防御した（Ｂｕｂｅｃｋ Ｗａｒｄｅｎｂｕｒｇ，上記、Ｆｏｌｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，上記、Ｈｕａ ｅｔ ａｌ．，上記、Ｒａｇｌｅ，上記、Ｍｅｎｚｉｅｓ，Ｂ．Ｅ．ａｎｄ Ｄ．Ｓ Ｋｅｒｎｏｄｌｅ，Ｉｎｆｅｃｔ． Ｉｍｍｕｎ．，７７：２７１２－２７１８（２００９）；及びＡｄｈｉｋａｒｉ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，７：ｅ３８５６７（２０１２））。ＡＴは、血管の完全性の喪失につながる、敗血症に特徴的な過炎症反応の刺激及びＡＤＡＭ１０媒介性内皮密着結合の切断の活性化を含む、菌血症及び敗血症時の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の病因の複数の態様に寄与する（Ｐｏｗｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．，２０６：３５２－３５６（２０１２）；Ｗｉｌｋｅ，Ｇ．Ａ．ａｎｄ Ｊ．Ｂｕｂｅｃｋ Ｗａｒｄｅｎｂｕｒｇ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１０７：１３４７３－１３４７８（２０１０）；及びＢｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｎａｔｅ Ｉｍｍｕｎ．，６：６１９－６３１（２０１４））。ＡＴは又、血小板を標的とすることも実証されており、これは損傷した内皮バリアの修復を妨げ、血小板－好中球凝集体の形成を通じて臓器機能障害を促進する（Ｐｏｗｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１７：７７５－７８７（２０１５））。α毒素の構造及び機能は、例えば、Ｂｈａｋｄｉ，Ｓ．ａｎｄ Ｊ．Ｔｒａｎｕｍ－Ｊｅｎｓｅｎ，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．，５５（４）：７３３－７５１（１９９１）に詳細に記載されている。
【0086】
ＡＴに結合するモノクローナル及びポリクローナル抗体も又は、当該技術分野において公知であり（例えば、Ｈｕａ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．，５８（２）：１１０８－１１１７（２０１４）；及びＯｇａｎｅｓｙａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２８９：２９８７４－２９８８０（２０１４）を参照されたい）、例えば、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）及びＡｂＣａｍ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）等の供給元から市販されている。ＡＴに結合する代表的な抗体は、国際公開第２０１２／１０９２８５号パンフレット及び同第２０１４／０７４５４０号パンフレット（これらはどちらも、その全体において参照により本明細書中に組み込まれる）に開示されている。
【0087】
１つの例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）α毒素（ＡＴ）に特異的に結合する抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、（ｉ）配列番号１のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号２のＣＤＲ２アミノ酸配列、及び配列番号３のＣＤＲ３アミノ酸配列を含む重鎖ポリペプチド、及び（ｉｉ）配列番号４のＣＤＲ１アミノ酸配列、配列番号５のＣＤＲ２アミノ酸配列及び配列番号６のＣＤＲ３アミノ酸配列を含む軽鎖ポリペプチドを含む、それらから本質的に成る、又はそれらから成る。別の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに特異的に結合する抗体若しくは抗原結合断片の重鎖ポリペプチド（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、配列番号７の可変領域アミノ酸配列を含む、それから本質的に成る、又はそれから成る。別の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに特異的に結合する抗体若しくは抗原結合断片の軽鎖ポリペプチド（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、配列番号８の可変領域アミノ酸配列を含む、それから本質的に成る、又はそれから成る。別の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに特異的に結合する抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、配列番号７のアミノ酸配列を含む、それから本質的に成る又はそれから成る可変重鎖及び配列番号８のアミノ酸配列を含む、それから本質的に成る又はそれから成る軽鎖可変領域を含む、それから本質的に成る又はそれから成る。別の例では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに特異的に結合する抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、配列番号９のアミノ酸配列を含む、それから本質的に成る又はそれから成る重鎖及び／又は配列番号１０のアミノ酸配列を含む、それから本質的に成る又はそれから成る軽鎖可変領域を含む、それから本質的に成る又はそれから成る。
【0088】
代表的な抗ＡＴ抗体の配列を下記に提供する。追加の抗ＡＴ抗体は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第９，５２７，９０５号明細書に提供されている。所定の例では、本明細書で記載される抗体若しくはその抗原結合断片は、ＡＴに結合し、以下の２つの表に列挙した抗体の６つのＣＤＲ（即ち、第１の表で列挙した抗体の３つのＶＨ ＣＤＲ及び第２の表で列挙した同一抗体の３つのＶＬ ＣＤＲ）を有する。
【0089】
抗ＡＴ抗体ＭＥＤＩ４８９３（スブラトクスマブとしても公知である）は、ＡＴに高親和性で結合し、標的細胞膜内でＡＴ孔形成を効果的に遮断する長期の半減期を備えるヒトモノクローナル抗体である。半減期の延長は、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合を増加させ、結果として血清半減期を増加させるためのＦｃドメイン内の３つのアミノ酸置換（Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅ；ＹＴＥと呼ばれる）を導入して達成された。ＹＴＥの突然変異は、抗体半減期及びマウスにおける曝露を低減させるために、ＭＥＤＩ４８９３の同一バージョンは、「ＭＥＤＩ４８９３＊」又は「ＬＣ１０」と呼ばれるＹＴＥ修飾を除いて、国際公開第２０１２／１０９２８５号パンフレット及び同第２０１４／０７４５４０号パンフレット（その両方が全体として本明細書に参照により組み込まれる）において以前に記載された前臨床試験モデルにおける有効性を証明するために利用されてきた。ＭＥＤＩ４８９３（若しくはスブラトクスマブ）は、配列番号９に規定したアミノ酸配列を含む重鎖及び配列番号１０に規定したアミノ酸配列を含む軽鎖を含有する。ＭＥＤＩ４８９３（スブラトクスマブ）及びＭＥＤＩ４８９３＊の同一のＣＤＲ配列、ＶＨ配列及びＶＬ配列を下記の表に提供する。
【0090】
【表2】
【0091】
所定の例では、本明細書で記載した抗体若しくはその抗原結合断片は、ＡＴに結合し、以下の表で列挙した抗体のＶＨを例えばＶＬと組み合わせて含む。
【0092】
【表3】
【0093】
所定の例では、本明細書で記載した抗体若しくはその抗原結合断片は、ＡＴに結合し、以下の表で列挙した抗体のＶＬを、例えばＶＨと組み合わせて、任意選択的に前表で列挙した同一抗体のＶＨと組み合わせて含む。
【0094】
【表4】
【0095】
所定の例では、本明細書で記載した抗体若しくはその抗原結合断片は、ＡＴに結合し、以下の表で列挙した抗体の重鎖を例えば軽鎖と組み合わせて含む。
【0096】
【表5】
【0097】
所定の例では、本明細書で記載した抗体若しくはその抗原結合断片は、ＡＴに結合し、以下の表で列挙した抗体の軽鎖を、例えば重鎖と組み合わせて、任意選択的に前表で列挙した同一抗体の重鎖を含む。
【0098】
【表6】
【0099】
所定の態様では、抗体若しくはその抗原結合断片のＣＤＲは、免疫グロブリン構造ループの位置を指すＣｈｏｔｈｉａ付番スキームに従って決定することができる（例えば、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ＆Ｌｅｓｋ ＡＭ，（１９８７），Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ １９６：９０１－９１７；Ａｌ－Ｌａｚｉｋａｎｉ Ｂ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２７３：９２７－９４８；Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ ｅｔ ａｌ．，（１９９２）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２２７：７９９－８１７；Ｔｒａｍｏｎｔａｎｏ Ａ ｅｔ ａｌ．，（１９９０）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２１５（１）：１７５－８２；及び米国特許第７，７０９，２２６号明細書を参照されたい）。典型的には、Ｋａｂａｔ付番規則を使用する場合、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループは、重鎖アミノ酸２６～３２、３３又は３４に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ２ループは、重鎖アミノ酸５２～５６に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ３ループは、重鎖アミノ酸９５～１０２に存在するが、同時にＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ１ループは、軽鎖アミノ酸２４～３４に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ２ループは、軽鎖アミノ酸５０～５６に存在し、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｌ３ループは、軽鎖アミノ酸８９～９７に存在する。Ｋａｂａｔ付番規則を使用して付番した場合のＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ－Ｈ１ループの末端は、このループの長さに応じてＨ３２～Ｈ３４で変化する（これは、Ｋａｂａｔ付番スキームがＨ３５Ａ及びＨ３５Ｂに挿入を置くためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しない場合、このループは、３２で終わり、３５Ａのみが存在する場合、このループは、３３で終わり、３５Ａ及び３５Ｂの両方が存在する場合、このループは、３４で終わる）。
【0100】
所定の態様では、本明細書では、ＭＥＤＩ４８９３抗体のＣｈｏｔｈｉａ ＶＨ ＣＤＲ及びＶＬ ＣＤＲを含む抗体及びその抗原結合断片の組み合わせが提供される。所定の実施形態では、抗体若しくはその抗原結合断片は、１つ以上のＣＤＲを含み、ここで、Ｃｈｏｔｈｉａ ＣＤＲ及びＫａｂａｔ ＣＤＲは同一のアミノ酸配列を有する。所定の実施形態では、本明細書では、提供されるのは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲ及びＣｈｏｔｈｉａ ＣＤＲの組み合わせを含む抗体及びその抗原結合断片である。
【0101】
所定の態様では、抗体若しくはその抗原結合断片のＣＤＲは、Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ，（１９９９）Ｔｈｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｓｔ ７：１３２－１３６及びＬｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ ２７：２０９－２１２で説明されているように、ＩＭＧＴ付番方式に従って決定することができる。ＩＭＧＴ付番スキームによれば、ＶＨ－ＣＤＲ１は、２６～３５位であり、ＶＨ－ＣＤＲ２は、５１～５７位であり、ＶＨ－ＣＤＲ３は、９３～１０２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ１は、２７～３２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ２は、５０～５２位であり、ＶＬ－ＣＤＲ３は、８９～９７位である。所定の実施形態では、本明細書では、例えば、Ｌｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ（１９９９）上記及びＬｅｆｒａｎｃ Ｍ－Ｐ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）上記）で記載されているように、ＭＥＤＩ４８９３のＩＭＧＴ ＶＨ ＣＤＲ及びＶＬ ＣＤＲを含む抗体及びその抗原結合断片の組み合わせが提供される。
【0102】
所定の態様では、抗体若しくはその抗原結合断片のＣＤＲは、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ＲＭ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２６２：７３２－７４５に従って決定され得る。例えば、Ｍａｒｔｉｎ Ａ．“Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｖａｒｉａｂｌｅ Ｄｏｍａｉｎｓ，”ｉｎ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ、Ｋｏｎｔｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｄｕｅｂｅｌ，ｅｄｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ ３１，ｐｐ．４２２－４３９，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ－Ｖｅｒｌａｇ，Ｂｅｒｌｉｎ（２００１）もまた参照されたい。特定の実施形態では、本明細書では、ＭａｃＣａｌｌｕｍ ＲＭ ｅｔ ａｌ．における方法によって決定されたＭＥＤＩ４８９３抗体のＶＨ ＣＤＲ及びＶＬ ＣＤＲを含む抗体若しくはその抗原結合断片の組み合わせが提供される。
【0103】
所定の態様では、抗体若しくはその抗原結合断片のＣＤＲは、Ｋａｂａｔ ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの妥協案を示し、且つＯｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェア（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｉｎｃ．）により使用されるＡｂＭ超可変領域を指すＡｂＭ付番スキームに従って決定することができる。特定の実施形態では、本明細書では、ＡｂＭ付番スキームにより決定されたＭＥＤＩ４８９３抗体のＶＨ ＣＤＲ及びＶＬ ＣＤＲを含む抗体若しくは抗原結合断片の組み合わせが提供される。
【0104】
別の態様では、本明細書に記載した抗体若しくはその抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）の半減期を改善するために改変されている任意の好適なクラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＭ及びＩｇＥ）の定常領域（Ｆｃ）を含むことができる。例えば、本明細書に記載した抗体若しくはその抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、変異していない同一の抗体と比べて半減期を延長する変異を含むＦｃを含み得る。
【0105】
Ｆｃ領域の遺伝子操作は、治療用抗体の半減期を延長し、且つＩｎ ｖｉｖｏでの分解から防御するために当技術分野において広く使用されている。幾つかの実施形態では、ＩｇＧ抗体若しくは抗原結合断片のＦｃ領域を改変して、ＩｇＧ異化作用を媒介し、且つＩｇＧ分子を分解から防御する胎児性Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）に対するＩｇＧ分子の親和性を高め得る。好適なＦｃ領域アミノ酸置換又は改変は、当該技術分野において既知であり、例えば、三重置換Ｍ２５２Ｙ／Ｓ２５４Ｔ／Ｔ２５６Ｅが挙げられる（「ＹＴＥ」と呼ばれる）（例えば、米国特許第７，６５８，９２１号明細書；米国特許出願公開第２０１４／０３０２０５８号明細書；及びＹｕ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ． Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．，６１（１）：ｅ０１０２０－１６（２０１７）を参照されたい）。所定の態様では、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）ＡＴに結合する抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、ＹＴＥ突然変異を含むＦｃ領域を含む。
【0106】
本明細書で記載した抗体若しくは抗原結合断片（例えば、モノクローナル抗体若しくは断片）は、ヒト抗体、ヒト化抗体、非ヒト抗体又はキメラ抗体であり得るか又はそれらから得られ得る。一態様では、本明細書で記載した抗体若しくはその抗原結合断片は、完全ヒト抗体である。
【0107】
ヒト抗体、非ヒト抗体、キメラ抗体又はヒト化抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏの供給源（例えば、ハイブリドーマ又は組換え的に抗体を産生する細胞株）及びｉｎ ｖｉｖｏの供給源（例えば、げっ歯類、ヒト扁桃腺）を含む任意の手段によって入手することができる。抗体を生成する方法は、当技術分野において公知であり、例えばＫｏｅｈｌｅｒ ａｎｄ Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，５：５１１－５１９（１９７６）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ（ｅｄｓ．），Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ＣＳＨ Ｐｒｅｓｓ（１９８８）；及びＪａｎｅｗａｙ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｇａｒｌａｎｄ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．（２００１））に記載されている。所定の実施形態では、ヒト抗体又はキメラ抗体は、１つ又は複数の内因性免疫グロブリン遺伝子が１つ又は複数のヒト免疫グロブリン遺伝子に置き換えられているトランスジェニック動物（例えば、マウス）を使用して生成することができる。内因性抗体遺伝子が効果的にヒト抗体遺伝子と置き換えられているトランスジェニックマウスの例としては、限定されるものではないが、Ｍｅｄａｒｅｘ ＨＵＭＡＢ－ＭＯＵＳＥ（商標）、Ｋｉｒｉｎ ＴＣ ＭＯＵＳＥ（商標）及びＫｙｏｗａ Ｋｉｒｉｎ ＫＭ－ＭＯＵＳＥ（商標）が挙げられる（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２３（９）：１１１７－２５（２００５），及びＬｏｎｂｅｒｇ，Ｈａｎｄｂ．Ｅｘｐ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，１８１：６９－９７（２００８）を参照されたい）。ヒト化抗体は、任意の好適な当該技術分野において既知の方法を用いて生成することができ（例えば、Ａｎ，Ｚ．（ｅｄ．），Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｆｒｏｍ Ｂｅｎｃｈ ｔｏ Ｃｌｉｎｉｃ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｈｏｂｏｋｅｎ，Ｎ．Ｊ．（２００９）を参照されたい）、例えば、非ヒトＣＤＲのヒト抗体骨格への移植（例えば、Ｋａｓｈｍｉｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ，３６（１）：２５－３４（２００５）；及びＨｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１４４（１）：１１５－１２０（２００８）を参照されたい）が挙げられる。一実施形態では、ヒト化抗体は、例えば、米国特許出願公開第２０１１／０２８７４８５Ａ１号明細書に記載された方法を用いて生成することができる。
【0108】
ＩＩＩ．核酸、ベクター及び宿主細胞
同様に本明細書で提供されるのは、ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片（任意選択的に、この抗体若しくはその抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは断片である）をコードする１種以上の単離された核酸配列である。
同様に本明細書で提供されるのは、ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片（任意選択的に、この抗体若しくはその抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは断片である）をコードする１種以上の単離された核酸配列である。
【0109】
本開示は、ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片（任意選択的に、この抗体若しくはその抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは断片である）をコードする１種以上の核酸配列を含む１種以上のベクターを更に提供する。ベクターは、例えば、プラスミド、エピソーム、コスミド、ウイルスベクター（例えば、レトロウイルス若しくはアデノウイルス）又はファージであり得る。
【0110】
ＡＴに結合する抗体若しくはその抗原結合断片（任意選択的に、この抗体若しくはその抗原結合断片は、モノクローナル抗体若しくは断片である）をコードする核酸配列を含むベクターは、任意の好適な原核細胞又は真核細胞を含む、コードされたポリペプチドを発現し得る宿主細胞に導入し得る。従って、本開示は、このベクターを含む単離細胞を提供する。使用され得る宿主細胞としては、容易且つ確実に増殖し得、適度に速い増殖速度を有し、十分に特徴付けられた発現系を有し、容易に且つ効率的に形質転換され得るか又はトランスフェクトされ得る細胞が挙げられる。
【0111】
本明細書に記載した抗体若しくは抗原結合断片（任意選択的に、モノクローナル抗体又は断片）の何れかのアミノ酸をコードする核酸配列は、「トランスフェクション」、「形質転換」又は「形質導入」によって細胞に導入され得る。
【0112】
ＩＶ．医薬組成物及び抗ＡＴ抗体を投与する方法
本開示は、有効量の本明細書に記載した任意のＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片及び薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。その量は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象における感染症のリスクを低減させるために有効であり得る。
本開示は、有効量の本明細書に記載した任意のＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片及び薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。その量は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象における感染症のリスクを低減させるために有効であり得る。
【0113】
別の態様では、本組成物は、ＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片をコードする核酸配列を含み得る。核酸配列は、ベクター内又はベクターの組み合わせ内で存在し得る。
【0114】
一態様では、本組成物は、担体、例えば薬学的に許容される（例えば、生理学的に許容される）担体及びＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片核酸配列又はベクターを含む、薬学的に許容される（例えば、生理学的に許容される）組成物である。
【0115】
任意の好適な担体は、本開示の文脈の範囲内で使用することができ、このような担体は当該技術分野において周知である。担体の選択は、部分的には、本組成物を投与し得る所定の部位及びこの組成物を投与するために使用される所定の方法により決定されるであろう。この組成物は、任意選択的に、無菌であり得る。組成物は、保存のために冷凍又は凍結乾燥することができ、使用前に好適な無菌担体で再構成できる。この組成物は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ（２００１）で記載された従来の技術に従って生成し得る。
【0116】
本組成物は、望ましくは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症のリスクを低減させるために有効な量でＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片を含む。この目的のために、本開示の方法は、ＡＴ結合抗体若しくはその抗原結合断片又は上述の抗体若しくは断片（モノクローナル抗体若しくは断片を含む）の組成物の治療上有効な量又は予防上有効な量を投与することを含む。
【0117】
状態に応じた数日以上の反復投与の場合、疾患症状の所望の抑制が起こるまで治療を繰り返すことができる。しかしながら、他の投与レジメンが有用である可能性があり、本開示の範囲内に含まれる。所望の投与量は、組成物の単回ボーラス投与、組成物の複数回ボーラス投与又は組成物の持続注入投与によって送達することができる。
【0118】
有効量の抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、ヒト等の対象に、静脈内、腹腔内、皮下及び筋肉内投与経路を含む標準の投与技術を用いて投与され得る。抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、非経口投与のために好適であり得る。本発明で使用する用語「非経口」としては、静脈内、筋肉内、皮下及び腹腔内投与が挙げられる。幾つかの実施形態では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、静脈内、腹腔内又は皮下注射による末梢全身送達を使用して対象に投与される。
【0119】
ＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片又は同一物を含む組成物は、単独で投与され得るか、又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染症を治療するために従来使用されている他の薬物（例えば、アジュバント）と組み合わせて投与され得る。ＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片を含む組成物は、例えばペニシリナーゼ耐性β－ラクタム抗生物質（例えば、オキサシリン又はフルクロキサシリン）等の１種以上の抗生物質と組み合わせ使用され得る。ゲンタマイシンは、心内膜炎等の深刻な感染症を治療するために使用することができる。しかしながら、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のほとんどの菌株は、現在、ペニシリンに対して耐性を示し、１００人中２人が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のメチシリン耐性菌（ＭＲＳＡ）を保有している。ＭＲＳＡ感染症は、典型的には、バンコマイシンで治療され、軽度の皮膚感染症は、３剤の抗生物質軟膏で治療され得る。
【0120】
ＡＴ結合抗体若しくは抗原結合断片を含む組成物は、例えば、１種以上の抗ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗生物質と組み合わせて使用することができる。
【0121】
Ｖ．抗ＡＴ抗体から利益の得られるであろう患者を同定するための方法
本明細書で証明するように、低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の閾値レベルを超えないレベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成している対象への抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片の投与は、その対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させることができる。
本明細書で証明するように、低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、例えば、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の閾値レベルを超えないレベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成している対象への抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片の投与は、その対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在に付随する感染症の発生率を低減させることができる。
【0122】
対象における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量は、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量に基づいて決定することができる。試料は、例えば、皮膚若しくは軟組織試料であり得る。試料は、例えば、対象の下気道から得ることができる。試料は、例えば、気管内吸引物、気管試料又は気管支試料であり得る。
【0123】
所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、３．２ｌｏｇ１０ ＣＦＵ／ｍＬ（約１，６００～１，７００ＣＦＵ／ｍＬ）であると推定される所定の閾値を超えない濃度の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を有する。
【0124】
対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて定量することができる。例えば、対象から得られた試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量は、「サイクル閾値」若しくは「Ｃｔ値」と本明細書では呼ぶ、閾値信号に達するために必要とされるＰＣＲサイクル数に基づいて定量できる数であり得る。高いＣｔ値（即ち、閾値信号に達するために必要とされる多数のＰＣＲサイクル）は低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を示すが、他方低いＣｔ値（即ち、閾値信号に達するために必要とされる少数のＰＣＲサイクル）は、高レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を示す。
【0125】
ＰＣＲは、迅速且つ均等に実施できるので、試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量を定量するために特に有益な方法である。例えば、ＰＣＲは、試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量を２時間以内で検出することができる。研究所は、細菌培養に関する方法において極めて様々であるが、研究所は様々な研究所に渡って一様なＰＣＲ産出量を作製する同一タイプの機器を使用してＰＣＲを実施するであろう。
【0126】
ＰＣＲは、試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の量を単一黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）遺伝子又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）遺伝子の組み合わせの増幅に基づいて決定するために使用することができる。例えば、ＰＣＲは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡ遺伝子を検出するために使用することができる。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡの検出は、それらのメチシリン感受性とは無関係に、全黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を検出する。しかしながら、ＰＣＲは、更に黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）が抗生物質耐性、例えばメチシリン耐性であるか否かを決定するためにも使用することができる。例えば、ＰＣＲは、メチシリン耐性決定因子（ｍｅｃＡ）及びブドウ球菌染色体カセット（ＳＣＣｍｅｃ））の存在を検出するために使用することができる。ｍｅｃＡ及びＳＣＣｍｅｃの両方の検出は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がメチシリン耐性であることを示している。
【0127】
所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、ＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の最高レベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、約２９のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、２９～３６のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを超えない黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。
【0128】
所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、少なくともＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の最低レベルにある黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、約３～約２９のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。所定の態様では、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片は、対象に投与されるが、ここで対象から得られた試料は、３～２９のＰＣＲ Ｃｔ値と相関する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを有する。
【0129】
２９のＰＣＲ Ｃｔ値は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の約１，６００～１，７００コロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの濃度に対応すると推定されている。
【0130】
本明細書で提供される、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片を摂取することから利益を得るであろう対象を同定するための方法は、人工呼吸器が装着されている対象において特に有用であり得る。従って、対象は人工呼吸器が装着されている対象であり得る。総疾患発生率は約１～２％と相当に低いが、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者においては、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）肺炎の発生率は、はるかに高い（２０％超）。人工呼吸器が装着されている対象では、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）肺炎は、一般に人工換気開始後の最初の１週間以内に発生する早期事象であるので、抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片のより早期の投与は、肺炎を回避する際に極めて重要であり得る。患者における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のレベルを評価するためのＰＣＲに基づく技術は、約２時間以内に完了できるが、他方培養技術は、はるかに緩徐である（及び更にＰＣＲに基づく技術の正確な定量的性質が欠如する）。
【0131】
ＰＣＲに基づく技術は、更に黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成のための培養に基づく技術と比較して有益であるが、それはＰＣＲに基づく技術が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を検出する際に、特に抗生物質を摂取している対象においてはより感受性が高い可能性があるためである。従って、対象は、抗生物質を摂取することができる。更に、本明細書に提供した方法の所定の態様では、対象から得られた試料のＰＣＲ分析は、対象が抗ＡＴ抗体若しくはその抗原結合断片を摂取することから利益を得るであろうことを示しており、同時にその試料は、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在を決定するために使用される培養アッセイにおいて増殖するであろう細菌を含有していない。
【0132】
下記の実施例では、本発明を更に例示するが、当然のことながら、本発明の範囲を限定するものであると解釈されるべきではない。
【実施例】
【0133】
実施例１
人工呼吸器が装着されている患者における黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））肺炎は、一般的には人工換気後の最初の１週間以内に発生する早期事象である。従って、この感染症を発症するリスク状態にある患者の迅速な同定は、人命救助となる可能性がある。総疾患発生率は約１～２％と相当に低いが、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者においては、その発生率は、はるかに高い（２０％超）。
人工呼吸器が装着されている患者における黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））肺炎は、一般的には人工換気後の最初の１週間以内に発生する早期事象である。従って、この感染症を発症するリスク状態にある患者の迅速な同定は、人命救助となる可能性がある。総疾患発生率は約１～２％と相当に低いが、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者においては、その発生率は、はるかに高い（２０％超）。
【0134】
急速ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、集中治療室（ＩＣＵ）における人工呼吸器が装着された第２相臨床試験における下部呼吸器（ＬＲＴ）において黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成したリスク状態にある患者を同定するためのアッセイとして分析した。Ｘｐｅｒｔ（登録商標）ＭＲＳＡ／ＳＡ ＳＳＴＩアッセイ（Ｃｅｐｈｅｉｄ，Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）は、ＰＣＲを実施するための製品プロトコルに従って使用した。このアッセイは、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）及び黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＳＡ）を皮膚検体及び軟組織検体から直接的に同時に検出するための高速全自動ＤＮＡ検定である。検体は、溶出試薬を含有するチューブ内に配置される、二重スワブ上に収集される。ボルテックスミキサーに短時間かけた後、アッセイと共に提供された溶出材料及び２種の単回使用の試薬（試薬１及び試薬２）は、使い捨て流体カートリッジ（Ｘｐｅｒｔ ＭＲＳＡ／ＳＡカートリッジ）の様々な固有に表示されたチャンバーに移される。このカートリッジは、ＤＮＡを検出するために自動リアルタイム多重ＰＣＲを実施する、ＧｅｎｅＥｘｐｅｒｔ（登録商標）ＤＸシステム機器プラットフォームに配置される。このプラットフォームでは、追加の試料調製、増幅及びリアルタイム検出が完全自動化され完全に統合されている。
【0135】
Ｘｐｅｒｔ ＭＲＳＡ／ＳＡアッセイにおけるプライマー及びプローブは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡ（ｓｐａ）、ＭｅｃＡ媒介性オキサシリン耐性（ｍｅｃＡ）のための遺伝子及びＳＡ染色体ａｔｔＢ部位に挿入されたブドウ球菌カセット染色体（ＳＣＣｍｅｃ）の核酸配列を検出する。この検定は、標的細菌の適正なプロセッシングを管理するため、及びＰＣＲアッセイにおける阻害剤の存在を監視するための試料プロセッシング制御を含む。プローブチェック管理装置は、試薬の再水和、カートリッジ内のＰＣＲチューブ充填、プローブ完全性及び線量安定性を検証する。
【0136】
アッセイは、図１に描出した：気管内吸引物（ＥＴＡ）試料を患者から入手し、試料のスワブを溶出試薬内に挿入した。混合物をボルテックスミキサーにかけ、カートリッジ内に分注した。カートリッジは次に、検査を開始するためにＰＣＲ機器内に挿入した。検査の総実施時間は２分間未満であり、全検査は、７５分間以内に完了する。
【0137】
ＰＣＲ検査は、閾値信号に達するために必要とされるＰＣＲサイクル数を表す、サイクル閾値（Ｃｔ）値を生成する。Ｃｔ値は、細菌負荷と反比例する：試料中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の数がより多いほど、閾値レベルに達するために必要とされるサイクル数は少なくなるので、低いＣｔ値を有するが、他方試料中のより少ない数の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）は、閾値レベルに達するためにより多くのサイクル数を必要とするので、このためより高いＣｔ値を有する。
【0138】
実施例２
実施例１で考察した迅速なＰＣＲ検査を使用して、３種の分子標的を見ることによって、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在若しくは非存在を検出し、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ））であるかどうかを決定した。第１標的は、それらのメチシリン感受性状態とは無関係に、全ての黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を検出する、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡ（ＳＰＡ）を検出する。第２標的及び第３標的は、メチシリン耐性（ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ）決定因子（ｍｅｃＡ）及びＭＲＳＡを検出するために使用される黄色ブドウ球菌染色体カセット（ＳＣＣｍｅｃ）である。
実施例１で考察した迅速なＰＣＲ検査を使用して、３種の分子標的を見ることによって、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在若しくは非存在を検出し、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ））であるかどうかを決定した。第１標的は、それらのメチシリン感受性状態とは無関係に、全ての黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）を検出する、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）プロテインＡ（ＳＰＡ）を検出する。第２標的及び第３標的は、メチシリン耐性（ｍｅｔｈｉｃｉｌｌｉｎ－ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔ）決定因子（ｍｅｃＡ）及びＭＲＳＡを検出するために使用される黄色ブドウ球菌染色体カセット（ＳＣＣｍｅｃ）である。
【0139】
迅速なＰＣＲ検査は、第２相臨床試験におけるスクリーニング時の患者７２０例を対象に実施した。これらの患者中２９９例（４１．５％）には、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成していた。この数は、一般公衆の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のコロニー形成率（２５～３０％）よりは高いが、ＩＣＵにおいて人工呼吸器が装着されている患者にとっては妥当な数である。黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者２９９例中２７７例（９２．６％）は、メチシリン感受性黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＭＳＳＡ）を有し、２２例（７．４％）は、ＭＲＳＡを有していた。
【0140】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した患者２９９例中２９５例についてのＣｔ値は図２に示した。（４ＰＣＲ＋ゼロ又は数値の得られなかったＣｔ値を備える患者については示していない。）これらの患者における平均Ｃｔ値は２５．７であり、スクリーニング時には相当に多数の患者が低いＣｔ値（高細菌負荷）を有していた。
【0141】
人工呼吸器の装着を開始後の様々な時点にスクリーニングを実施した。そこで、Ｃｔ値は、人工呼吸器の装着の日数と比較した。図３に示した結果は、Ｃｔ値が人工呼吸器の装着の日数とは無関係に広範囲の分布を有することを証明している。そこで、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）のコロニー形成又はＣｔ値を予測するために人工呼吸器の装着日数を使用することはできなかった。
【0142】
実施例３
本実施例では、迅速なＰＣＲが黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を検出する際に培養アッセイより感受性であることを証明する。培養アッセイは、通常は寒天プレートを含有する寒天上の未希釈試料若しくは連続希釈物何れかを平板培養する工程又は画線培養する工程の何れかを含み、様々な研究所間で大きく変動する。プレートを２４～４８時間に渡りインキュベートした後、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の散在性コロニーを計数した（定量的培養法）、又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）増殖の四分円の数及び増殖密度（半定量的培養法）の何れかを評価した。定性的培養は定量を提供せず、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在又は非存在しか評価しない。（図４を参照されたい。）従って、異なる培養法を用いると、培養の状態（黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染について陽性又は陰性）が異なる可能性があり、正確でない場合は治療レジメンを不都合に偏らせる可能性がある。
本実施例では、迅速なＰＣＲが黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を検出する際に培養アッセイより感受性であることを証明する。培養アッセイは、通常は寒天プレートを含有する寒天上の未希釈試料若しくは連続希釈物何れかを平板培養する工程又は画線培養する工程の何れかを含み、様々な研究所間で大きく変動する。プレートを２４～４８時間に渡りインキュベートした後、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の散在性コロニーを計数した（定量的培養法）、又は黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）増殖の四分円の数及び増殖密度（半定量的培養法）の何れかを評価した。定性的培養は定量を提供せず、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）の存在又は非存在しか評価しない。（図４を参照されたい。）従って、異なる培養法を用いると、培養の状態（黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）感染について陽性又は陰性）が異なる可能性があり、正確でない場合は治療レジメンを不都合に偏らせる可能性がある。
【0143】
患者２９９例の無作為化部分群（Ｎ＝２０９）を対象に培養を実施した。これらの患者２０９例中１６２例（７７．５％）だけが陽性培養結果を生成し、他方４７例（２２．５％）は陰性の培養結果を生成した。従って、培養アッセイは、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成した対象中の２２．５％を見逃すであろう。言い換えると、迅速なＰＣＲ検査と培養アッセイとの間には７７．５％の一致率及び２２．５％の不一致率が見られた。この不一致の全ては、検査結果が迅速なＰＣＲにより陽性及び培養により陰性であった試料に起因した。（図６を参照されたい。）
【0144】
結果についての更なる精査は、検査結果がＰＣＲにより陽性及び培養により陰性であった試料を有する患者の有意に高いパーセンテージは、ＰＣＲ及び培養による検査結果が陽性であった試料を有する患者よりも多くが同時に抗生物質を用いていたことを証明した。（図７を参照されたい。）これらのデータは、抗生物質の使用が培養結果に否定的な影響を及ぼすことを示唆している。しかしながら、抗生物質使用歴は培養結果には何の影響も及ぼさなかった。（図８を参照されたい。）
【0145】
更に、培養アッセイの感受性は、様々な研究所において平板培養における相違（例えば、試料の希釈、平板培養容積及び平板数）に起因して変動した。研究所の調査を下記の表に要約した。
【0146】
【表7】
【0147】
これらの９カ所の研究所間で、検出限界は３．３～１０５ＣＦＵ／ｍＬの間で変動した。従って、幾つかの研究所における低い培養感度は、更にＰＣＲと培養アッセイとの間の不一致にも寄与した。
【0148】
培養が軽度、中等度又は重度の何れに分類されるのかに関するＣｔカットオフ値について検査した。重度と分類された培養の大多数は、２９のＰＣＲ Ｃｔ値未満に低下した。しかしながら、中等度と分類された培養の有意な部分もまた２９のＰＣＲ Ｃｔ値未満に低下した。実際に、更に軽度と分類された一部の培養もまた２９のＰＣＲ Ｃｔ値未満に低下した。従って、これらの培養の評価は、矛盾していた。（図５を参照されたい。）
【0149】
メチシリン感受性の決定は、迅速なＰＣＲ又は培養アッセイの何れかを使用して一致していた。ＰＣＲ及び培養の両方によって検査した試料１６２例中、方法とは無関係に、９例（５．６％）はＭＲＳＡであると同定され、１５３例（９４．４％）はＭＳＳＡであると同定された。
【0150】
これらの結果は、培養及びＰＣＲアッセイがメチシリン感受性を検出することに同一に有効であるが、ＰＣＲアッセイの方が黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成に関してより感受性であることを証明している。
【0151】
実施例４
Ｃｔ値を培養陽性及び培養陰性試料において分析した。Ｃｔ値による培養陽性及び培養陰性試料の分布を図９に示し、結果についても下記の表に要約した。
Ｃｔ値を培養陽性及び培養陰性試料において分析した。Ｃｔ値による培養陽性及び培養陰性試料の分布を図９に示し、結果についても下記の表に要約した。
【0152】
【表8】
【0153】
これらの結果に基づいて、２９のＣｔ値は、培養陽性試料と培養陰性試料とを識別する最善の仕事を行う。
【0154】
Ｃｔ値は、更に黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）濃度とも相関していた。図１０に示した結果は、Ｃｔ値とＣＦＵ／ｍＬ数との間の統計的有意な逆線形相関が存在することを証明している。２９より大きいＣｔ値を備える試料の大多数は低い黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）負荷（≦１０３ＣＦＵ／ｍＬ）を有し、２９未満のＣｔ値を備える試料の大多数は高い黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）負荷（＞１０４ＣＦＵ／ｍＬ）を有する。２９のＣｔ値は、約３．２ｌｏｇ１０ ＣＦＵ／ｍＬ（約１，６００～１，７００ＣＦＵ／ｍＬ）に対応した。
【0155】
Ｃｔ値と黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）濃度との間の類似の相関は、気管支培養物と気管培養物において検出された。（図１１を参照されたい。）
【0156】
非黄色ブドウ球菌（ｎｏｎ－Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）増殖が観察されるか否かについてもＣｔ値と黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）濃度との間の類似の相関もまた検出された。（図１２を参照されたい。）
【0157】
これらの結果は、ＰＣＲが黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を定量するための堅固な方法であること、及び２９のＣｔカットオフ値が低黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成と高黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を効果的に識別することを証明している。
【0158】
実施例５
人工呼吸器が装着されたＩＣＵ患者における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎を防止する際の抗黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗体であるＭＥＤＩ４８９３の有効性は、２９のＣｔカットオフ値を用いて低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成及び高レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を備える患者において比較した。
人工呼吸器が装着されたＩＣＵ患者における黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎を防止する際の抗黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗体であるＭＥＤＩ４８９３の有効性は、２９のＣｔカットオフ値を用いて低レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成及び高レベルの黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を備える患者において比較した。
【0159】
対象は、彼らに（ｉ）気管内若しくは経鼻気管チューブが挿管されており、陽圧換気サポートを受けている場合、又は（ｉｉ）気管内チューブも経鼻気管チューブも挿管されていないが、直近２４時間以内に８時間以上の陽圧換気（例えば、気管切開術、持続的気道陽圧［ＣＰＡＰ］等を受けた患者）を必要とした場合に、人工呼吸器が装着されていると見なした。
【0160】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）肺炎は、診断時点に、何らかの明白な非感染性原因に起因しない下記のＸ線写真基準、臨床的基準及び微生物学的基準を満たして、人工呼吸器が装着された患者において診断された。
【0161】
Ｘ線写真基準：事象の２４時間以内に得られた胸部Ｘ線上の肺炎と一致する新たな又は悪化した浸潤影（有資格放射線科医により診断）、及び
【0162】
臨床基準：以下の小さな、若しくは１つの大きな呼吸徴候又は初発の症状の内の少なくとも２つ
・小基準：
感染症の全身性徴候（下記の１つ以上）：
異常な体温（＞３８℃の口腔体温若しくは鼓膜温度、又は≧３８．３℃の深部体温、又は＜３５℃の深部体温により定義される低体温症）、及び／又は異常な白血球数（＞細胞１０，０００個／ｍｍ３のＷＢＣ数、＜細胞４，５００個／ｍｍ３のＷＢＣ数、又は＞１５％の桿状好中球）
化膿性気管内分泌物の産生
肺炎／肺硬変と一致する新たな健康診断所見（例えば、水泡音、ロンカイ、気管支呼吸音）、打診による濁音
・大基準：
下記により決定される、酸素供給を向上させるための換気サポート系において生じる急激な変化
少なくとも４時間維持される、＜２４０ｍｍＨｇのＰａＯ２／ＦｉＯ２比、又は
少なくとも４時間維持されるＰａＯ２／ＦｉＯ２の≧５０ｍｍＨｇの低減
及び
・小基準：
感染症の全身性徴候（下記の１つ以上）：
異常な体温（＞３８℃の口腔体温若しくは鼓膜温度、又は≧３８．３℃の深部体温、又は＜３５℃の深部体温により定義される低体温症）、及び／又は異常な白血球数（＞細胞１０，０００個／ｍｍ３のＷＢＣ数、＜細胞４，５００個／ｍｍ３のＷＢＣ数、又は＞１５％の桿状好中球）
化膿性気管内分泌物の産生
肺炎／肺硬変と一致する新たな健康診断所見（例えば、水泡音、ロンカイ、気管支呼吸音）、打診による濁音
・大基準：
下記により決定される、酸素供給を向上させるための換気サポート系において生じる急激な変化
少なくとも４時間維持される、＜２４０ｍｍＨｇのＰａＯ２／ＦｉＯ２比、又は
少なくとも４時間維持されるＰａＯ２／ＦｉＯ２の≧５０ｍｍＨｇの低減
及び
【0163】
微生物学的確認（事象開始後２４時間以内に得られた）下記のうちの少なくとも１つ
・ 呼吸器検体は、培養による黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性である。挿管された対象における気管内吸引により得られた、又は気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）を用いた気管支鏡検査若しくは検体保護ブラシ（ＰＳＢ）サンプリングにより得られる呼吸分泌物の検体が挙げられる。挿管はされていないが人工呼吸器のプロトコル定義を満たす対象において、喀痰の検体は許容可能であった。
・ 黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性（及び肺外側の明らかな一次感染源はない）である血液培養物
・ 肺炎のエピソード中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）について陽性の胸膜液吸引物又は肺組織培養物
・ 呼吸器検体は、培養による黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性である。挿管された対象における気管内吸引により得られた、又は気管支肺胞洗浄（ＢＡＬ）を用いた気管支鏡検査若しくは検体保護ブラシ（ＰＳＢ）サンプリングにより得られる呼吸分泌物の検体が挙げられる。挿管はされていないが人工呼吸器のプロトコル定義を満たす対象において、喀痰の検体は許容可能であった。
・ 黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対して陽性（及び肺外側の明らかな一次感染源はない）である血液培養物
・ 肺炎のエピソード中の黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）について陽性の胸膜液吸引物又は肺組織培養物
【0164】
結果は、以下の表に示した。
【0165】
【表9】
【0166】
相対リスクの低減（５，０００ｍｇのＭＥＤＩ４８９３対プラセボ；９０％の信頼区間（ＣＩ）及び堅固な変動を伴うポアゾン回帰に基づくｐ値。
【0167】
黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）単独肺炎の８２．６％の相対リスクの低減（９０％のＣＩ：－１．０％、９７．０％）、あらゆる原因の肺炎の３０．６％の相対リスクの軽減（９０％のＣＩ：－４．９％、５４．０％）及びあらゆる原因の肺炎又は死亡の２３．１％の相対リスクの軽減（９０％のＣＩ：２３．１％～４．９％、４３．６％）もまた観察された。
【0168】
【表10】
【0169】
相互作用のｐ値は、治療群、検査中の部分群及び部分群相互作用による処置を含む、堅固な変動を伴うポアゾン回帰分析から得られる。相対リスクの低減（５，０００ｍｇのＭＥＤＩ４８９３対プラセボ）及び９０％の信頼区間（ＣＩ）は、比率に関する無条件の信頼区間に基づいた。
【0170】
少なくとも２９のＣｔ値（低黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））を有する患者は、３３．３％の発病率を有し、ＭＥＤＩ４８９３は、約６７％の統計的有意な相対的低減リスク（ＲＲＲ）を生じさせた。これとは対照的に、全集団は、２６％の発病率を有し、ＭＥＤＩ４８９３は、統計的に有意ではない３２％のＲＲＲを生成した。２９未満のＣｔ値（高黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ））を有する患者は２２．２％の発病率及び統計的に有意ではない約２．５％のＲＲＲを有していた。
【0171】
これらの結果は、抗α毒素抗体であるＭＥＤＩ４８９３が低黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）コロニー形成を有する患者において有効性の増加を示したことを証明している。
【0172】
実施例６
抗黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗体が医療資源利用の節約に及ぼす作用についてもまた分析した。主要な結果は、下記の表に要約した。
抗黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）抗体が医療資源利用の節約に及ぼす作用についてもまた分析した。主要な結果は、下記の表に要約した。
【0173】
【表11】
【0174】
これらの結果は、ＭＥＤＩ４８９３が入院期間、ＩＣＵ滞在期間及び人工呼吸器装着期間を低減させたことを証明している。
【0175】
本明細書に引用した刊行物、特許出願及び特許を含む参考文献は全て、各参考文献が参照により組み込まれることが個別且つ具体的に示され、本明細書にその全体が記載されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【0176】
本明細書の数値の範囲の列挙は、本明細書で別段の指示がない限り、範囲内にある各個別の数値を個別に参照する簡略化された方法として役立つことが単に意図され、各個別の値は、本明細書に個別に引用されているかのように本明細書に組み込まれる。本明細書に記載した全ての方法は、本明細書で別段の指示がない限り、又は文脈によって別に明確に矛盾しない限り、任意の好適な順序で実施することができる。本明細書で提供するありとあらゆる例、又は例示的な言葉（例えば「等の」）の使用は、本発明を、単に、より明らかにするためのものであり、別に主張されない限り、本発明の範囲に対する制限を与えない。本明細書中の言葉は、本発明の実施に不可欠であるものとしての何れかの主張されていない要素を示すと解釈すべきではない。
【0177】
本発明の好ましい実施形態は、本発明を実施するために発明者に知られているベストモードを含めて、本明細書に記載されている。それらの好ましい実施形態の変形は、前述の説明を読むと、当業者には明らかになり得る。本発明者らは、当業者がそのような変形形態を適切に用いることを期待し、本発明者らは、本明細書で具体的に説明されている以外の方法で本発明を実施することを意図している。従って、本発明は、適用可能な法律により許可されるように、本明細書に添付された特許請求の範囲で列挙された主題の全ての改変形態及び均等物を含む。更に、その全ての可能な変形形態における上記の要素の任意の組み合わせは、別途本明細書で指示されない限り又は別途文脈により明確に矛盾しない限り、本発明に包含される。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【配列表】
【国際調査報告】