特表 2022-532998 選択的イントロンのスプライシングを調節するための方法及び組成物

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2022-07-21

(54)【発明の名称】選択的イントロンのスプライシングを調節するための方法及び組成物

(51)【国際特許分類】

   A61K 48/00 20060101AFI20220713BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61K 35/12 20150101ALI20220713BHJP

   A61K 31/7105 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 15/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 9/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 1/16 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 13/12 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 27/02 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 21/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 25/18 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 11/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 31/16 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 19/02 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20220713BHJP

   A61P 17/06 20060101ALI20220713BHJP

   A61K 9/08 20060101ALI20220713BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20220713BHJP

   C12N 15/113 20100101ALI20220713BHJP

   C12N 15/12 20060101ALN20220713BHJP

   C12N 15/55 20060101ALN20220713BHJP

   C12N 15/53 20060101ALN20220713BHJP

【ＦＩ】

A61K48/00

A61P43/00 111

A61K35/12

A61K31/7105

A61P15/00

A61P9/00

A61P35/00

A61P1/16

A61P13/12

A61P27/02

A61P21/00

A61P25/18

A61P11/00

A61P31/16

A61P25/00

A61P1/04

A61P19/02

A61P29/00 101

A61P17/06

A61K9/08

C12N5/10 ZNA

C12N15/113 Z

C12N15/113 130Z

C12N15/113 140Z

C12N15/12

C12N15/55

C12N15/53

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2021563623

(86)(22)【出願日】2020-04-24

(85)【翻訳文提出日】2021-12-21

(86)【国際出願番号】 US2020029953

(87)【国際公開番号】W WO2020219977

(87)【国際公開日】2020-10-29

(31)【優先権主張番号】62/839,572

(32)【優先日】2019-04-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】518195690

【氏名又は名称】ストーク セラピューティクス，インク．

(74)【代理人】

【識別番号】100118902

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 修

(74)【代理人】

【識別番号】100106208

【弁理士】

【氏名又は名称】宮前 徹

(74)【代理人】

【識別番号】100196508

【弁理士】

【氏名又は名称】松尾 淳一

(74)【代理人】

【識別番号】100188374

【弁理士】

【氏名又は名称】一宮 維幸

(72)【発明者】

【氏名】アズナレズ，イザベル

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C086

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA93X

4B065AB01

4B065BA01

4B065CA46

4C076AA11

4C076BB01

4C076BB11

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4C076CC10

4C076CC11

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4C076CC27

4C076CC29

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4C087ZA18

4C087ZA33

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4C087ZA66

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4C087ZA81

4C087ZA89

4C087ZA94

4C087ZA96

4C087ZB15

4C087ZB26

4C087ZB33

4C087ZC41

(57)【要約】

本明細書で提供されるのは、プレｍＲＮＡのスプライシングを調節することによって標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節するための、及び標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現レベルに関連する疾患または状態を治療するための方法及び組成物である。
【選択図】図１

【特許請求の範囲】

【請求項1】

選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）を有する細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法であって、前記ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、前記選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、前記選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接している前記エクソンの第２の部分を含み、前記細胞を、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する治療剤と接触させることを含み、これにより、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、前記細胞における前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡの前記発現を調節する、前記方法。

【請求項2】

対象の細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節することによって、疾患または状態の治療を必要とする前記対象における疾患または状態を治療する方法であって、前記対象の細胞を、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）からの選択的イントロンのスプライシングを調節する治療剤と接触させることを含み、前記ＡＩＣプレｍＲＮＡは、前記選択的イントロン、前記選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、前記選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接している前記エクソンの第２の部分を含み、前記治療剤は、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、これにより、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、前記対象の前記細胞における前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡの前記発現を調節する、前記方法。

【請求項3】

前記細胞における前記標的タンパク質の前記発現を調節することが、前記細胞における前記標的タンパク質の前記発現を増加させることを含む、請求項１または２に記載の方法。

【請求項4】

前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを調節することが、前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを増加させることを含む、請求項１または２に記載の方法。

【請求項5】

前記標的タンパク質をコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンの包含が増加する、請求項１または２に記載の方法。

【請求項6】

前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを調節することが、前記選択的イントロン、前記エクソンの前記第１の部分及び前記エクソンの前記第２の部分を含むプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを調節することを含む、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項7】

前記治療剤が小分子である、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

前記治療剤が、前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項9】

前記治療剤が、前記標的タンパク質をコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域に、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項10】

前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域の少なくとも一部が、前記選択的イントロン内にある、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項11】

前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域の少なくとも一部が、前記エクソンの前記第１の部分内にある、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項12】

前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域の少なくとも一部が、前記エクソンの前記第２の部分内にある、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項13】

産生される前記標的タンパク質が、完全に機能的なタンパク質である、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項14】

産生される前記標的ＲＮＡが、機能的ＲＮＡである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項15】

産生される前記標的ＲＮＡが、完全に機能的なＲＮＡである、請求項１～１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項16】

前記標的タンパク質がＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項17】

前記治療剤が結合する前記ＡＩＣプレｍＲＮＡの前記標的化領域が、ＣＤ２７４のエクソン４内に位置している、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項18】

前記治療剤が、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が、配列番号６８、６９、及び７１～７６から選択される配列内にある、請求項１～１６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項19】

前記治療剤が、ＣＤ２７４の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記ＡＩＣプレｍＲＮＡが、配列番号７１～７６に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１６のいずれかに記載の方法。

【請求項20】

前記標的タンパク質がＲｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３（ＡＲＨＧＡＰ２３）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項21】

前記治療剤が、Ｒｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３（ＡＲＨＧＡＰ２３）ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号７７及び９１から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項22】

前記治療剤が、ＡＲＨＧＡＰ２３の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号７７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項23】

前記治療剤が、ＡＲＨＧＡＰ２３の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項24】

前記疾患または状態が、硬化嚢胞性卵巣または多嚢胞性卵巣症候群である、請求項２０～２３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項25】

前記標的タンパク質がＢＲＤ１である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項26】

前記治療剤が、ＢＲＤ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号７８及び９２から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項27】

前記治療剤が、ＢＲＤ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号７８に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項28】

前記治療剤が、ＢＲＤ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項29】

前記疾患または状態が、統合失調症または双極性障害または腺様嚢胞癌である、請求項２５～２８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項30】

前記標的タンパク質がプロトカドヘリン－１６（ＤＣＨＳ１）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項31】

前記治療剤が、ＤＣＨＳ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号７９及び９３から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項32】

前記治療剤が、ＤＣＨＳ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号７９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項33】

前記治療剤が、ＤＣＨＳ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項34】

前記疾患または状態が、ヴァン・マルデルゲム・ヴェッツバーガー・ヴェロエス症候群（Ｖａｎ Ｍａｌｄｅｒｇｅｍ Ｗｅｔｚｂｕｒｇｅｒ Ｖｅｒｌｏｅｓ ｓｙｎｄｒｏｍｅ）または僧帽弁逸脱症、粘液腫性２または結腸直腸癌または脳室周囲異所性、常染色体劣性または家族性僧帽弁逸脱症である、請求項３０～３３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項35】

前記標的タンパク質がバンド４．１様タンパク質２（ＥＰＢ４１Ｌ２）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項36】

前記治療剤が、ＥＰＢ４１Ｌ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８０及び９４から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項37】

前記治療剤が、ＥＰＢ４１Ｌ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項38】

前記治療剤が、ＥＰＢ４１Ｌ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項39】

前記疾患または状態が肝硬変である、請求項３５～３８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項40】

前記標的タンパク質がルタチオンペルオキシダーゼ８（ＧＰＸ８）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項41】

前記治療剤が、ＧＰＸ８ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８１及び９５から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項42】

前記治療剤が、ＧＰＸ８の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項43】

前記治療剤が、ＧＰＸ８の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９５に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項44】

前記疾患または状態が肝硬変である、請求項４０～４３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項45】

前記標的タンパク質が、ヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質３（ＨＩＶＥＰ３）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項46】

前記治療剤が、ＨＩＶＥＰ３ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８２及び９６から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項47】

前記治療剤が、ＨＩＶＥＰ３の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項48】

前記治療剤が、ＨＩＶＥＰ３の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項49】

前記疾患または状態が結腸直腸癌である、請求項４５～４８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項50】

前記標的タンパク質がインバーシン（ＩＮＶＳ）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項51】

前記治療剤が、ＩＮＶＳ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８３及び９７から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項52】

前記治療剤が、ＩＮＶＳの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項53】

前記治療剤が、ＩＮＶＳの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項54】

前記疾患または状態が、ネフロン癆２または胆汁うっ滞または乳児胆汁うっ滞または腎異形成及び網膜形成不全（障害）である、請求項５０～５３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項55】

前記標的タンパク質が失読症関連タンパク質ＫＩＡＡ０３１９である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項56】

前記治療剤が、失読症関連タンパク質ＫＩＡＡ０３１９ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８４及び９８から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項57】

前記治療剤が、ＫＩＡＡ０３１９の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項58】

前記治療剤が、ＫＩＡＡ０３１９の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９８に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項59】

前記疾患または状態が、読字障害または発達性読み書き障害または失読症である、請求項５５～５８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項60】

前記標的タンパク質がＮＬＲファミリーアポトーシス阻害タンパク質（ＮＡＩＰ）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項61】

前記治療剤が、ＮＡＩＰ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８５及び９９から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項62】

前記治療剤が、ＮＡＩＰの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８５に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項63】

前記治療剤が、ＮＡＩＰの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号９９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項64】

前記疾患または状態が、脊髄性筋萎縮症ＩＩ型または脊髄性筋萎縮症、乳児慢性型または遺伝性運動性神経障害近位Ｉ型または若年性脊髄性筋萎縮症である、請求項６０～６３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項65】

前記標的タンパク質がタンパク質Ｐａｔｃｈｅｄホモログ２（ＰＴＣＨ２）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項66】

前記治療剤が、ＰＴＣＨ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８６及び１００から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項67】

前記治療剤が、ＰＴＣＨ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８６に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項68】

前記治療剤が、ＰＴＣＨ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号１００に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項69】

前記疾患または状態が、髄芽腫または色素性基底細胞癌または消化管間質肉腫または眼・歯・指症候群または髄筋芽細胞腫または基底細胞癌または小児髄芽腫または巨口症または線維形成性髄芽腫または水頭症または成人髄芽腫またはメラニン性髄芽腫または基底細胞母斑症候群である、請求項６５～６８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項70】

前記標的タンパク質が、タンパク質チロシンホスファターゼ受容体タイプＺ１（ＰＴＰＲＺ１）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項71】

前記治療剤が、ＰＴＰＲＺ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８７及び１０１から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項72】

前記治療剤が、ＰＴＰＲＺ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項73】

前記治療剤が、ＰＴＰＲＺ１の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号１０１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項74】

前記疾患または状態が、統合失調症またはじん肺症またはバガス病である、請求項７０～７３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項75】

前記標的タンパク質がＳＯＮである、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項76】

前記治療剤が、ＳＯＮ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号８８、８９、１０２、及び１０３から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項77】

前記治療剤が、ＳＯＮの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号８８または８９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項78】

前記治療剤が、ＳＯＮの前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号１０２または１０３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項79】

前記疾患または状態が、唾液腺の悪性新生物またはＺＴＴＫ症候群または腺様嚢胞癌である、請求項７５～７８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項80】

前記標的タンパク質がジンクフィンガーＣＣＨＣドメイン含有タンパク質２（ＺＣＣＨＣ２）である、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項81】

前記治療剤が、ＺＣＣＨＣ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、前記標的化領域が配列番号９０及び１０４から選択される配列内にある、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項82】

前記治療剤が、ＺＣＣＨＣ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記選択的イントロンが、配列番号９０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項83】

前記治療剤が、ＺＣＣＨＣ２の前記ＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、前記エクソンが、配列番号１０４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む、請求項１～１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項84】

前記疾患または状態がインフルエンザである、請求項８０～８３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項85】

前記疾患または前記状態が、免疫疾患または免疫障害である、請求項２～１９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項86】

前記免疫疾患または前記免疫障害が、自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、炎症性疾患もしくは炎症性障害、慢性感染症、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、移植拒絶、またはＴ細胞増殖性障害である、請求項８５に記載の方法。

【請求項87】

前記免疫疾患または前記免疫障害が、多発性硬化症、炎症性腸疾患、自己免疫性肝炎、腎臓の炎症、関節リウマチ、乾癬、ループス腎炎、角膜移植、及びブドウ膜炎、から選択される自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、または炎症性疾患もしくは炎症性障害である、請求項８６に記載の方法。

【請求項88】

前記疾患または前記状態が、前記標的タンパク質の量または活性の欠乏によって引き起こされる、請求項２～８７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項89】

前記疾患または状態が、前記標的タンパク質の量または活性の増加によって治療または予防される、請求項２～８７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項90】

前記疾患または前記状態が、前記標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘導される、請求項２～８７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項91】

前記治療剤が、前記細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを増加させる、請求項１～９０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項92】

前記治療剤と接触した前記細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１～９１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項93】

前記治療剤が、前記細胞における前記標的タンパク質の前記発現を増加させる、請求項１～９２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項94】

前記治療剤と接触した前記細胞における前記標的タンパク質のレベルが、対照細胞における前記標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する、請求項１～９３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項95】

前記標的タンパク質をコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンの包含が減少する、請求項１または２に記載の方法。

【請求項96】

前記治療剤が、前記細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルを低下させる、請求項１または２に記載の方法。

【請求項97】

前記治療剤と接触した前記細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルが、対照細胞における前記標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡの前記レベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する、請求項９６に記載の方法。

【請求項98】

前記治療剤が、前記細胞における前記標的タンパク質の前記発現を減少させる、請求項１または２に記載の方法。

【請求項99】

前記治療剤と接触した前記細胞における前記標的タンパク質の前記レベルが、対照細胞における前記標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する、請求項９８に記載の方法。

【請求項100】

前記治療剤が、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、請求項６または８～９９のいずれか１項に記載の方法。

【請求項101】

前記治療剤が、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロック核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む、請求項６または８～１００のいずれか１項に記載の方法。

【請求項102】

前記治療剤が、少なくとも１つの修飾糖部分を含む、請求項６または８～１０１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項103】

各糖部分が修飾糖部分である、請求項６または８～１０２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項104】

前記治療剤が、８～５０核酸塩基、８～４０核酸塩基、８～３５核酸塩基、８～３０核酸塩基、８～２５核酸塩基、８～２０核酸塩基、８～１５核酸塩基、９～５０核酸塩基、９～４０核酸塩基、９～３５核酸塩基、９～３０核酸塩基、９～２５核酸塩基、９～２０核酸塩基、９～１５核酸塩基、１０～５０核酸塩基、１０～４０核酸塩基、１０～３５核酸塩基、１０～３０核酸塩基、１０～２５核酸塩基、１０～２０核酸塩基、１０～１５核酸塩基、１１～５０核酸塩基、１１～４０核酸塩基、１１～３５核酸塩基、１１～３０核酸塩基、１１～２５核酸塩基、１１～２０核酸塩基、１１～１５核酸塩基、１２～５０核酸塩基、１２～４０核酸塩基、１２～３５核酸塩基、１２～３０核酸塩基、１２～２５核酸塩基、１２～２０核酸塩基、または１２～１５核酸塩基、からなる、請求項６または８～１０３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項105】

請求項１～１０４のいずれか１項に記載の方法であって、前記標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む、前記方法。

【請求項106】

前記対象がヒトである、請求項２～１０５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項107】

前記対象が非ヒト動物である、請求項２～１０５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項108】

前記対象が、胎児、胚、または小児である、請求項２～１０７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項109】

前記１つまたは複数の細胞が、エクスビボであるか、またはエクスビボで組織にあるか、もしくは器官にある、請求項１～１０８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項110】

前記治療剤が、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射によって前記対象に投与される、請求項２～１０８のいずれか１項に記載の方法。

【請求項111】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１０のいずれか１項に記載の方法。

【請求項112】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、機能的標的タンパク質をコードしないか、または機能的ＲＮＡをコードしない未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１１のいずれか１項に記載の方法。

【請求項113】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、非機能的標的タンパク質または非機能的標的ＲＮＡをコードする未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１２のいずれか１項に記載の方法。

【請求項114】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、前記選択的イントロンを含むがそれ以外は同一である、対応するプロセシングされたｍＲＮＡと比較して、前記標的タンパク質を産生するためのより低い翻訳効率または発現効率を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１３のいずれか１項に記載の方法。

【請求項115】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、ナンセンス変異依存性分解（ＮＭＤ）を受けるプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１４のいずれか１項に記載の方法。

【請求項116】

前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングによって、前記選択的イントロンを含むがそれ以外は同一である、対応するプロセシングされたｍＲＮＡよりも多く、ナンセンス変異依存性分解（ＮＭＤ）を受けるプロセシングされたｍＲＮＡが産生される、請求項１～１１５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項117】

請求項１～１１６のいずれか１項に記載の方法で使用するための治療剤。

【請求項118】

請求項１１７に記載の治療剤及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。

【請求項119】

治療を必要とする対象を治療する方法であって、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、請求項１１８に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。

【請求項120】

対象における異常なタンパク質または異常なＲＮＡに関連する、疾患または状態の治療を必要とする前記対象における疾患または状態を治療するための、細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法において使用するための治療剤を含む組成物であって、前記異常なタンパク質または前記異常なＲＮＡは、前記対象において量または活性が異常であり、前記治療剤は、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）のスプライシングを調節し、
前記標的タンパク質は：
（ａ）前記異常なタンパク質；
（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、前記疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるタンパク質；
（ｃ）前記対象における前記異常なタンパク質を機能的に増強もしくは置換するタンパク質；または
（ｄ）前記対象における前記異常なタンパク質を機能的に減少させるかもしくは阻害するタンパク質であり；
前記標的ＲＮＡは：
（ａ）前記異常なＲＮＡ；
（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、前記疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるＲＮＡ；
（ｃ）前記対象における前記異常なＲＮＡを機能的に増強もしくは置換するＲＮＡ；または
（ｄ）前記対象における前記異常なＲＮＡを機能的に減少させるかもしくは阻害するＲＮＡであり；
前記ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、前記選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、前記選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接している前記エクソンの第２の部分を含み、これにより、前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡをコードする前記ＡＩＣプレｍＲＮＡからの前記選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、前記対象における前記標的タンパク質または前記標的ＲＮＡの産生または活性を調節する、前記組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

相互参照
本出願は、２０１９年４月２６日出願の米国仮特許出願第６２／８３９，５７２号の利益を主張し、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

【0002】

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出された配列表を含み、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。２０２０年４月２３日作成の前記ＡＳＣＩＩコピーは、４７９９１－７２６＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名称であり、サイズは１，０２３，４４５バイトである。

【背景技術】

【0003】

遺伝子によってコードされるプレｍＲＮＡの選択的スプライシングイベントは、非生産的ｍＲＮＡ転写物をもたらす可能性があり、それによりタンパク質発現の減少がもたらされる可能性がある。遺伝子によってコードされるプレｍＲＮＡの選択的スプライシングイベントを標的化することができる治療剤は、患者の機能的タンパク質の発現レベルを高めることができ、及び／または異常なタンパク質発現を阻害することができる。そのような治療剤を使用して、タンパク質発現の増加から利益を得るであろう状態を治療することができ、またはタンパク質の発現レベルの変化によって引き起こされる疾患、例えば、タンパク質欠損によって引き起こされる状態もしくは疾患を治療することができる。そのような例の１つは、プログラム細胞死－１（ＰＤ－１、ＣＤ２７９）のリガンドであるプログラム死リガンド１（ＰＤ－Ｌ１、またはＣＤ２７４）である。

【0004】

ＰＤ－１（ＣＤ２７９）は、適応免疫応答、特にＴ細胞機能に重大な影響を与える非常に重要な免疫制御チェックポイント分子である（Ｋｅｉｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８， Ａｎｎ． Ｒｅｖ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， ２６： ６７７－７０４）。そのリガンドであるＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）、及びより限定された範囲でＰＤ－Ｌ２は、特殊な免疫細胞及び組織の両方において発現している。ＰＤ－Ｌ１及びＰＤ－Ｌ２は、ＰＤ－１と相互作用して、浸潤するＴ細胞に抑制性シグナルを送り、免疫制御、アネルギー、制御性表現型、及び「攻撃」の制御を誘導する。ＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１の発現は、例えば、ＰＤ－１の場合はＴ細胞が活性化され、ＰＤ－Ｌ１の場合は炎症性サイトカインにさらされると、炎症性環境において上方制御され、内因性の「ブレーキ」、すなわちチェックポイントを構成する。ＰＤ－Ｌ１は、幅広い腫瘍群でも上方制御され、その存在によって抗腫瘍Ｔ細胞応答が抑制される。

【0005】

ＰＤ－１：ＰＤ－Ｌ１相互作用は、末梢免疫寛容、すなわち自己組織を不適切に攻撃するＴ細胞の抑制の非常に重要なメディエーターであり、さらに、動物モデルで確立された自己免疫を調節することが示されている。ＰＤ－Ｌ１が重要であることが示されている炎症性疾患のモデルとしては、自己免疫性糖尿病の非肥満糖尿病（ＮＯＤ）モデル、多発性硬化症の実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）モデル、関節リウマチのコラーゲン誘発関節炎モデル、炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎、クローン病）の複数のモデル、移植及び移植片対宿主病、自己免疫性ブドウ膜炎及び他の多くの設定のモデル、が挙げられ、これらは、炎症性疾患におけるＰＤ－１：ＰＤ－Ｌ１経路の幅広い役割を示唆している（レビューについては、Ｋｅｉｒ， ２００８；Ｇｉａｎｃｈｅｃｃｈｉ， ２０１３ を参照のこと）。ヒトでは、ＰＤ－１の遺伝子多型は、全身性エリテマトーデス、１型糖尿病、関節リウマチ、バセドウ病、及び多発性硬化症に関連している（Ｏｋａｚａｋｉ ＆ Ｈｏｎｊｏ， Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， ２００７）。

【0006】

ＮＯＤマウス、ＥＡＥ、接触過敏症、ループス腎炎の研究など、ある特定の研究では、ＰＤ－Ｌ１の異所性または過剰発現によって、病原性免疫応答を制御及び抑制できることが示唆されている。

【発明の概要】

【0007】

本明細書に記載されているのは、選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）を有する細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法であって、ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含み、細胞を、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する治療剤と接触させることを含み、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する、方法である。

【0008】

本明細書に記載されているのは、対象の細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節することによって、疾患または状態の治療を必要とする対象における疾患または状態を治療する方法であって、対象の細胞を、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）からの選択的イントロンのスプライシングを調節する治療剤と接触させることを含み、ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含み、治療剤は、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する、方法である。

【0009】

いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現を調節することは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させることを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することは、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンの包含が増加する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することは、選択的イントロン、エクソンの第１の部分及びエクソンの第２の部分を含むプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することを含む。

【0010】

いくつかの実施形態では、治療剤は、小分子である。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である。いくつかの実施形態では、治療剤は、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分の上流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分の下流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、選択的イントロン内にある。いくつかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、完全に機能的なタンパク質である。いくつかの実施形態では、産生される標的ＲＮＡは、機能的ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、産生される標的ＲＮＡは、完全に機能的なＲＮＡである。

【0011】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質はＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＣＤ２７４のエクソン４内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＣＤ２７４（ＰＤ－Ｌ１）ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号６８、６９、及び７１～７６から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＣＤ２７４のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号６８に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＣＤ２７４のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、ＡＩＣプレｍＲＮＡは、配列番号７１～７６のいずれか１つに対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0012】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、Ｒｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３（ＡＲＨＧＡＰ２３）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＡＲＨＧＡＰ２３のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＡＲＨＧＡＰ２３ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号７７及び９１から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＡＲＨＧＡＰ２３のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号７７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＡＲＨＧＡＰ２３のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0013】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ブロモドメイン含有１（ＢＲＤ１）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＢＲＤ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＢＲＤ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号７８及び９２から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＢＲＤ１のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号７８に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＢＲＤ１のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0014】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プロトカドヘリン－１６（ＤＣＨＳ１）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＤＣＨＳ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＤＣＨＳ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号７９及び９３から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＤＣＨＳ１のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号７９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＤＣＨＳ１のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0015】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、赤血球膜タンパク質バンド４．１様２（ＥＰＢ４１Ｌ２）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＥＰＢ４１Ｌ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＥＰＢ４１Ｌ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８０及び９４から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＥＰＢ４１Ｌ２のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＥＰＢ４１Ｌ２のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0016】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、グルタチオンペルオキシダーゼ８（ＧＰＸ８）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＧＰＸ８のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＧＰＸ８ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８１及び９５から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＧＰＸ８のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＧＰＸ８のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９５に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0017】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質３（ＨＩＶＥＰ３）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＨＩＶＥＰ３のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＨＩＶＥＰ３ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８２及び９６から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＨＩＶＥＰ３のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＨＩＶＥＰ３のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９６に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0018】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、インバーシン（ＩＮＶＳ）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＩＮＶＳのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＩＮＶＳ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８３及び９７から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＩＮＶＳのＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＩＮＶＳのＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0019】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、失読症関連タンパク質 ＫＩＡＡ０３１９（ＫＩＡＡ０３１９）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＫＩＡＡ０３１９のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＫＩＡＡ０３１９ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８４及び９８から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＫＩＡＡ０３１９のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＫＩＡＡ０３１９のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９８に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0020】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＮＬＲファミリーアポトーシス阻害タンパク質（ＮＡＩＰ）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＮＡＩＰのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＮＡＩＰ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８５及び９９から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＮＡＩＰのＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８５に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＮＡＩＰのＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号９９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0021】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、Ｐａｔｃｈｅｄ ２（ＰＴＣＨ２）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＰＴＣＨ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＣＨ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８６及び１００から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＣＨ２のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８６に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＣＨ２のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号１００に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0022】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、プロテインチロシンホスファターゼ受容体タイプＺ１（ＰＴＰＲＺ１）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＰＴＰＲＺ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＰＲＺ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８７及び１０１から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＰＲＺ１のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８７に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＰＴＰＲＺ１のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号１０１に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0023】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質はＳＯＮである。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＳＯＮのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＳＯＮ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号８８、８９、１０２及び１０３から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＳＯＮのＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号８８または配列番号８９に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＳＯＮのＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号１０２または配列番号１０３に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0024】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ジンクフィンガーＣＣＨＣドメイン含有タンパク質２（ＺＣＣＨＣ２）である。いくつかの実施形態では、治療剤が結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＺＣＣＨＣ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＺＣＣＨＣ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、標的化領域は、配列番号９０及び１０４から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＺＣＣＨＣ２のＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、選択的イントロンは、配列番号９０に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＺＣＣＨＣ２のＡＩＣプレｍＲＮＡのエクソンからの選択的イントロンのスプライシングを調節し、エクソンは、配列番号１０４に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９２％、９５％、９７％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を含む。

【0025】

いくつかの実施形態では、疾患または状態は、免疫疾患または免疫障害である。いくつかの実施形態では、免疫疾患または免疫障害は、自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、炎症性疾患もしくは炎症性障害、慢性感染症、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、移植拒絶反応、またはＴ細胞増殖性障害である。いくつかの実施形態では、免疫疾患または免疫障害は、多発性硬化症、炎症性腸疾患、自己免疫性肝炎、腎臓の炎症、関節リウマチ、乾癬、ループス腎炎、角膜移植、及びブドウ膜炎、から選択される自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、または炎症性疾患もしくは炎症性障害である。

【0026】

いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の量または活性の欠乏によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質の量または活性の増加によって治療または予防される。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、標的タンパク質における機能喪失型変異によって誘導される。

【0027】

いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0028】

いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0029】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンの包含が減少する。いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、対照細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する。

【0030】

いくつかの実施形態では、治療剤は、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する。

【0031】

いくつかの実施形態では、治療剤は、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロック核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、または２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態では、治療剤は、少なくとも１つの修飾糖部分を含む。いくつかの実施形態では、各糖部分は、修飾糖部分である。いくつかの実施形態では、治療剤は、８～５０核酸塩基、８～４０核酸塩基、８～３５核酸塩基、８～３０核酸塩基、８～２５核酸塩基、８～２０核酸塩基、８～１５核酸塩基、９～５０核酸塩基、９～４０核酸塩基、９～３５核酸塩基、９～３０核酸塩基、９～２５核酸塩基、９～２０核酸塩基、９～１５核酸塩基、１０～５０核酸塩基、１０～４０核酸塩基、１０～３５核酸塩基、１０～３０核酸塩基、１０～２５核酸塩基、１０～２０核酸塩基、１０～１５核酸塩基、１１～５０核酸塩基、１１～４０核酸塩基、１１～３５核酸塩基、１１～３０核酸塩基、１１～２５核酸塩基、１１～２０核酸塩基、１１～１５核酸塩基、１２～５０核酸塩基、１２～４０核酸塩基、１２～３５核酸塩基、１２～３０核酸塩基、１２～２５核酸塩基、１２～２０核酸塩基、または１２～１５核酸塩基、からなる。

【0032】

いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質のｍＲＮＡレベルまたは発現レベルを評価することをさらに含む。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は非ヒト動物である。いくつかの実施形態では、対象は、胎児、胚、または小児である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数の細胞は、エクスビボであるか、またはエクスビボで組織にあるか、もしくは器官にある。

【0033】

いくつかの実施形態では、治療剤は、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射によって対象に投与される。

【0034】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、機能的標的タンパク質をコードしないか、または機能的ＲＮＡをコードしない未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、非機能的標的タンパク質または非機能的標的ＲＮＡをコードする未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、選択的イントロンを含むがそれ以外は同一である、対応するプロセシングされたｍＲＮＡと比較して、標的タンパク質を産生するためのより低い翻訳効率または発現効率を有するプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、ナンセンス変異依存性分解（ＮＭＤ）を受けるプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングによって、ナンセンス変異依存性分解（ＮＭＤ）を受けるプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。

【0035】

本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の方法において使用するための治療剤である。本明細書に提供されるのは、本明細書に記載の治療剤及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物である。

【0036】

本明細書で提供されるのは、治療を必要とする対象を治療する方法であって、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射により、請求項４８に記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、方法である。

【0037】

本明細書で提供されるのは、対象における異常なタンパク質または異常なＲＮＡに関連する、疾患または状態の治療を必要とする対象における疾患または状態を治療するための、細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法において使用するための治療剤を含む組成物であって、異常なタンパク質または異常なＲＮＡは、対象において量または活性が異常であり、治療剤は、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）のスプライシングを調節し、標的タンパク質は、（ａ）異常なタンパク質；（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるタンパク質（ｃ）対象における異常なタンパク質を機能的に増強もしくは置換するタンパク質；または（ｄ）対象における異常なタンパク質を機能的に減少させるかもしくは阻害するタンパク質であり；標的ＲＮＡは、（ａ）異常なＲＮＡ；（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるＲＮＡ；（ｃ）対象における異常なＲＮＡを機能的に増強もしくは置換するＲＮＡ；または（ｄ）対象における異常なＲＮＡを機能的に減少させるかもしくは阻害するＲＮＡであり；ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含み、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、対象における標的タンパク質または標的ＲＮＡの産生または活性を調節する、組成物である。

【0038】

参照による組み込み
この明細書において言及される全ての刊行物、特許及び特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれることが示されているのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。

【0039】

本発明の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲に特に記述される。本発明の特徴及び利点のより良い理解は、本発明の原理が利用される例示的な実施形態を記載する以下の詳細な説明、及び添付の図面を参照することによって得られるであろう。

【図面の簡単な説明】

【0040】

【図1】異なるスプライスバリアントの生成の概略図を示す。

【図2A】異なる細胞及び条件における異なるｍＲＮＡアイソフォームの測定値を示す。

【図2B】異なる細胞及び条件における異なるｍＲＮＡアイソフォームの測定値を示す。

【図2C】異なる細胞及び条件における異なるｍＲＮＡアイソフォームの測定値を示す。

【図3】ＡＳＯ ｗａｌｋの概略図を示す。

【図4】Ａ～Ｃは、異なるＡＳＯでトランスフェクトされた細胞におけるｍＲＮＡアイソフォーム及びタンパク質発現の測定値を示す。

【図5】Ａ～Ｄは、ＡＳＯ有効性の測定値を示す。

【図6A】ＡＳＯ有効性の測定値を示す。

【図6B】ＡＳＯ有効性の測定値を示す。

【図6C】ＡＳＯ有効性の測定値を示す。

【発明を実施するための形態】

【0041】

配列
本出願には、表１～３に列挙されている配列番号１～３６５１のヌクレオチド配列が含まれる。表１に配列番号１～６７として記述されたヌクレオチド配列は、本明細書に記載の方法において有用なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の例である。表２に配列番号６８として記述されたヌクレオチド配列は、本明細書に記載の方法によってＡＳＯにより標的化され得る配列の例である。表２に配列番号６９として記述されたヌクレオチド配列は、ＣＤ２７４ ｍＲＮＡ配列である。表２に配列番号７０として記述されたヌクレオチド配列は、ＣＤ２７４アミノ酸配列である。表２に配列番号７１として記述されたヌクレオチド配列は、ＣＤ２７４ゲノム配列である。配列番号７２～７６としての表２は、プレｍＲＮＡ配列である。表２に配列番号７７～９０として記述されたヌクレオチド配列は、表に列挙された遺伝子において標的化される選択的イントロンである。表２に配列番号９１～１０４として記述されたヌクレオチド配列は、表に列挙されている遺伝子において標的化されるエクソンである。表２に配列番号１０５～３６５１として記述されたヌクレオチド配列は、本明細書に記載の方法において有用なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）の例である。大文字はエクソン配列を表し、小文字はイントロン配列を表す。

【0042】

本発明の詳細な説明
スプライシング及び選択的スプライス部位
介在配列またはイントロンは、スプライソソームと呼ばれる、大きく、高度に動的なＲＮＡ－タンパク質複合体によって除去され、このことにより、一次転写物と、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）と、多数のタンパク質との間の複雑な相互作用が調整される。スプライソソームは、その都度各イントロン上に規則正しく集合し、Ｕ１ ｓｎＲＮＡによる５’スプライス部位（５’ｓｓ）またはＵ２経路による３’スプライス部位（３’ｓｓ）の認識から開始し、Ｕ２経路は、Ｕ２補助因子（Ｕ２ＡＦ）の３’ｓｓ領域への結合に関与して、Ｕ２が分岐点配列（ＢＰＳ）に結合することを容易にする。Ｕ２ＡＦは、ポリピリミジントラクト（ＰＰＴ）に結合する、Ｕ２ＡＦ２によってコードされる６５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ６５）、及び３‘ｓｓにおいて高度に保存されたＡＧジヌクレオチドと相互作用し、Ｕ２ＡＦ６５が結合することを安定化させる、Ｕ２ＡＦ１によってコードされる３５ｋＤのサブユニット（Ｕ２ＡＦ３５）から構成される安定なヘテロ二量体である。正確なスプライシングは、ＢＰＳ／ＰＰＴユニット及び３’ｓｓ／５’ｓｓに加えて、イントロンまたはエクソンスプライシングエンハンサーまたはサイレンサーとして既知の、スプライス部位認識を活性化または抑制する補助配列または構造を必要とする。これらのエレメントにより、真のスプライス部位を、同じ配列を有するが本来の部位の数を一桁上回る高等真核生物のゲノムにおける非常に過剰な潜在的または偽部位の中から認識することが可能になる。

【0043】

スプライスするか否かの決定は、最も明確なスプライシングシグナルでも、誤ってスプライスする可能性があるように、典型的には、決定論的プロセスではなく確率的プロセスとしてモデル化することができる。しかし、通常の条件下では、プレｍＲＮＡスプライシングは驚くほど高い忠実度で進行する。これは、部分的には、隣接するシス作用性補助エクソン及びイントロンスプライシング制御エレメント（ＥＳＲまたはＩＳＲ）の活性に起因する。典型的には、これらの機能的エレメントは、スプライシングを刺激または阻害する能力に基づいて、それぞれエクソンもしくはイントロンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥもしくはＩＳＥ）またはサイレンサー（ＥＳＳもしくはＩＳＳ）のいずれかに分類される。現在、一部の補助的なシス作用性エレメントは、スプライソソーム集合の動力学、例えばＵ１ ｓｎＲＮＰと５’ｓｓとの間における複合体の布置に影響を及ぼすことによって作用し得るというエビデンスが存在するが、多くのエレメントはトランス作用性ＲＮＡ結合タンパク質（ＲＢＰ）と協力して機能するという可能性は、非常に高いように思われる。例えば、セリン及びアルギニンが豊富なＲＢＰのファミリー（ＳＲタンパク質）は、エクソンの定義において重要な役割を果たす保存されたタンパク質のファミリーである。ＳＲタンパク質は、プレスプライソソームの成分を隣接するスプライス部位に動員することによって、またはその近傍においてＥＳＳの効果に拮抗することによって、エクソン認識を促進する。ＥＳＳの抑制効果は、ヘテロ核リボヌクレオタンパク質（ｈｎＲＮＰ）ファミリーのメンバーによって媒介することができ、コアスプライシング因子の隣接するスプライス部位への動員を変更することができる。サイレンサーエレメントは、スプライシング制御における役割に加えて、エクソンの典型的な間隔を有するが機能的オープンリーディングフレームを有していない数組のデコイイントロンスプライス部位である偽エクソンの抑制において役割を有することが示唆される。ＥＳＥ及びＥＳＳは、同族のトランス作用性ＲＢＰと共に、ｍＲＮＡがその前駆体から集合化する方法、場所、及び時を指定する１組のスプライシング制御における重要な成分を表す。

【0044】

エクソン－イントロン境界を示す配列は、ヒト遺伝子内に高頻度で生じ得る、様々な強度の縮重シグナルである。マルチエクソン遺伝子では、異なる対のスプライス部位が多くの異なる組合せで一緒に連結して、単一の遺伝子から多種多様な転写物を作出することができる。これは一般的に、選択的プレｍＲＮＡスプライシングと呼ばれる。選択的スプライシングによって産生される大半のｍＲＮＡアイソフォームは、核から輸送され、機能的ポリペプチドに翻訳され得るが、単一の遺伝子に由来する異なるｍＲＮＡアイソフォームは、その翻訳効率に大きくばらつきがある可能性がある。エクソンジャンクション複合体の少なくとも５０ｂｐ上流に未成熟終止コドン（ＰＴＣ）を有するこれらのｍＲＮＡアイソフォームは、ナンセンス変異依存性ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路による分解の標的となる可能性が高い。従来の（ＢＰＳ／ＰＰＴ／３’ｓｓ／５’ｓｓ）及び補助的なスプライシングモチーフにおける変異は、異常なスプライシング、例えばエクソンスキッピング、または潜在的（もしくは偽）エクソン包含またはスプライス部位活性化を引き起こし、ヒトの罹患率及び死亡率に大きく寄与する可能性がある。異常なスプライシングパターンと選択的スプライシングパターンの両方が、エクソン及びイントロンにおける天然のＤＮＡバリアントの影響を受ける可能性がある。

【0045】

潜在的（または偽スプライス部位）は、真のスプライス部位と同じスプライシング認識配列を有するが、スプライシング反応において使用されない。それらは、ヒトゲノムの真のスプライス部位の数を一桁上回り、通常、これまで十分に理解されていない分子機構によって抑制されている。潜在的５’スプライス部位は、コンセンサスなＮＮＮ／ＧＵＮＮＮＮまたはＮＮＮ／ＧＣＮＮＮＮ（ここで、Ｎは任意のヌクレオチドであり、エクソン－イントロン境界である）を有する。潜在的３’スプライス部位は、コンセンサスなＮＡＧ／Ｎを有する。これらのスプライス部位の活性化は、それらを本来のスプライス部位の最適なコンセンサス、すなわち、それぞれ、ＭＡＧ／ＧＵＲＡＧＵ及びＹＡＧ／Ｇにより類似させる周囲のヌクレオチドによって正の影響を受け、ここで、ＭはＣまたはＡであり、ＲはＧまたはＡであり、ＹはＣまたはＵである。潜在的（または偽）スプライス部位の活性化は、異常なスプライス部位の固有の強度とそれらの真の対応物との間の均衡、変異スプライス部位の近傍での従来のシグナルの利用可能性、エクソン及びイントロンのサイズ、変異の性質によって、ならびにＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥ、またはＩＳＳを妨害するかもしくは作出することによって、影響を受けるかまたは決定される可能性がある。

【0046】

スプライス部位及びその制御配列は、当業者であれば、例えば Ｋｒａｌｏｖｉｃｏｖａ， Ｊ． ａｎｄ Ｖｏｒｅｃｈｏｖｓｋｙ， Ｉ．（２００７） Ｇｌｏｂａｌ ｃｏｎｔｒｏｌ ｏｆ ａｂｅｒｒａｎｔ ｓｐｌｉｃｅ ｓｉｔｅ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｂｙ ａｕｘｉｌｉａｒｙ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ： ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ａ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｉｎ ｅｘｏｎ ａｎｄ ｉｎｔｒｏｎ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ． Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ３５， ６３９９－６４１３、に列挙されている公的に利用可能である好適なアルゴリズムを使用して容易に同定することができる。

【0047】

エクソン配列は５’及び３’の両方の選択的スプライス部位を含有する場合があり、これは、Ｕ２ＡＦなどのＲＮＡ結合タンパク質をエクソン配列内の選択的スプライス部位へ推進させ、これによりプレｍＲＮＡからのエクソンの一部のスプライシングがもたらされ、エクソンの一部を欠いているプロセシングされたｍＲＮＡが産生される。エクソン内の選択的５’スプライス部位と選択的３’スプライス部位の間の領域または配列を、選択的イントロンと呼ぶことができる。エクソン配列内に位置している５’及び３’の選択的スプライス部位を有するプレｍＲＮＡを、選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）と呼ぶことができる。いくつかの実施形態では、薬剤は、選択的スプライス部位またはスプライシング制御配列に結合して、ＲＮＡ結合タンパク質の結合を防止し、それにより、選択的イントロンのスプライシングを阻害し得る。いくつかの実施形態では、薬剤は、選択的スプライス部位またはスプライシング制御配列に結合して、ＲＮＡ結合タンパク質の結合を促進し、それにより、選択的イントロンのスプライシングを増強し得る。

【0048】

本明細書で提供されるのは、選択的スプライス部位での異常なスプライシングイベントを調節して、標的遺伝子によってコードされる機能的ｍＲＮＡのレベル及び標的遺伝子によってコードされるタンパク質の発現レベルを調節することができる方法及び組成物である。本発明の方法及び組成物を使用して、対象または対象の細胞における標的タンパク質の発現レベルを調節することができる。例えば、本発明の方法及び組成物を使用して、対象または対象の細胞における標的タンパク質の発現レベルを、（タンパク質配列を変更することなく）増加または低下させることができる。本発明の方法及び組成物を使用して、対象または対象の細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することができる。例えば、本発明の方法及び組成物を使用して、対象または対象の細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加または低下させることができる。

【0049】

本明細書で提供されるのは、選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）を有する細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法である。一態様では、ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、及び選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含む。一態様では、この方法は、細胞を、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する治療剤と接触させることを含み、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する。

【0050】

本明細書で提供されるのは、対象の細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節することによって、疾患または状態の治療を必要とする対象の疾患または状態を治療する方法である。一態様では、この方法は、対象の細胞を、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）からの選択的イントロンのスプライシングを調節する治療剤と接触させることを含み、ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含み、治療剤は、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節し、対象の細胞における標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する。

【0051】

いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現を調節することは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させることを含む。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現は、調節されていない標的タンパク質の発現と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現は、調節されていない標的タンパク質の発現と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0052】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することは、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、調節されていない、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、調節されていない、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0053】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが阻害される。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することは、選択的イントロン、エクソンの第１の部分及びエクソンの第２の部分を含むプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させることは、選択的イントロン、エクソンの第１の部分及びエクソンの第２の部分を含むプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させることを含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを低下させることは、選択的イントロン、エクソンの第１の部分及びエクソンの第２の部分を含むプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを低下させることを含む。

【0054】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが促進される。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現を調節することは、細胞における標的タンパク質の発現を減少させることを含む。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現は、調節されていない標的タンパク質の発現と比較して、少なくとも１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００％減少する。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質の発現は、調節されていない標的タンパク質の発現と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍減少する。

【0055】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを調節することは、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを低下させることを含む。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、調節されていない標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、少なくとも１、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００％低下する。いくつかの実施形態では、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、調節されていない、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する。

【0056】

いくつかの実施形態では、治療剤は、小分子である。いくつかの実施形態では、治療剤は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）である。いくつかの実施形態では、治療剤は、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。

【0057】

いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分の上流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分の下流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、選択的イントロン内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分内にある。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分の上流のイントロンとエクソンの第１の部分とのジャンクションと重複する。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分と選択的イントロンとのジャンクションと重複する。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、選択的イントロンとエクソンの第２の部分とのジャンクションと重複する。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分とエクソンの第２の部分の下流のイントロンとのジャンクションと重複する。

【0058】

いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを有する対象の細胞による標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、標的タンパク質の量または活性の欠乏によって引き起こされる疾患または障害を有する、方法である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質の量の欠乏は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連している。いくつかの実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子を有する。いくつかの実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び標的タンパク質が低減されたレベルで産生される第２の対立遺伝子を有する。別の実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び非機能的標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別の実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び部分的に機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれにおいても、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子（機能的標的タンパク質をコードする）から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、機能的標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における標的タンパク質の発現の増加を引き起こす。

【0059】

いくつかの実施形態では、疾患または状態の原因となるタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、本明細書に記載のＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、疾患の原因ではないタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の変異または欠損の結果である疾患を、第２のタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを標的化することによって改善することができ、それにより第２のタンパク質の産生を増加させる。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパク質の変異または欠損（これは、疾患または状態の原因である）を補うことができる。

【0060】

いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、疾患または状態を緩和するのに役立つタンパク質をコードする。例えば、ＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、疾患に関連するシグナル伝達経路を活性化または非活性化する場合があるシグナル伝達タンパク質をコードし得る。この経路は免疫応答に関連している場合があり、免疫応答の上方制御を引き起こして、例えば、異常な細胞増殖または外来病原体に対抗する場合がある。この経路は免疫応答に関連している場合があり、免疫応答の下方制御を引き起こして、例えば、炎症または異常な免疫応答（すなわち、自己免疫またはアレルギー反応）を低下させる場合がある。

【0061】

いくつかの実施形態では、対象は：
ａ．第１の変異対立遺伝子であって、
ｉ）標的タンパク質は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低いレベルで産生されるか、
ｉｉ）標的タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生されるか、または
ｉｉｉ）標的タンパク質もしくは機能的ＲＮＡは産生されないもの；及び
ｂ．第２の変異対立遺伝子であって、
ｉ）標的タンパク質は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低いレベルで産生され、
ｉｉ）標的タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生されるもの、を有し、
ＡＩＣプレｍＲＮＡは、第１の対立遺伝子及び第２の対立遺伝子から転写される。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子及び第２の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、標的タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害することから生じる発現レベルの増加を有する標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した（部分的に機能的である）形態であるか、または同等の野生型タンパク質と比較して機能が完全な（完全に機能的である）形態のいずれかである。

【0062】

本明細書に開示されるのは、対象における異常なタンパク質または異常なＲＮＡに関連する、疾患または状態の治療を必要とする対象における疾患または状態を治療するための、細胞による標的タンパク質または標的ＲＮＡの発現を調節する方法において使用するための治療剤を含む組成物であって、異常なタンパク質または異常なＲＮＡは、対象において量または活性が異常であり、治療剤は、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）のスプライシングを調節し、
標的タンパク質は：
（ａ）異常なタンパク質；
（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるタンパク質；
（ｃ）対象における異常なタンパク質を機能的に増強もしくは置換するタンパク質；または
（ｄ）対象における異常なタンパク質を機能的に減少させるかもしくは阻害するタンパク質であり；
標的ＲＮＡは：
（ａ）異常なＲＮＡ；
（ｂ）細胞シグナル伝達機構を機能的に活性化もしくは非活性化して、疾患もしくは状態に関連する細胞活性を変化させるＲＮＡ；
（ｃ）対象における異常なＲＮＡを機能的に増強もしくは置換するＲＮＡ；または
（ｄ）対象における異常なＲＮＡを機能的に減少させるかもしくは阻害するＲＮＡであり；
ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含み、これにより、標的タンパク質または標的ＲＮＡをコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングが調節され、それにより、対象における標的タンパク質または標的ＲＮＡの産生または活性を調節する、組成物である。

【0063】

いくつかの実施形態では、産生される標的タンパク質は、完全に機能的なタンパク質である。いくつかの実施形態では、産生される標的ＲＮＡは、機能的ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、産生される標的ＲＮＡは、完全に機能的なＲＮＡである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質はＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）である。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡは、ＣＤ２７４遺伝子から転写され、かつＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする機能的ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、標的ＲＮＡは、ＣＤ２７４遺伝子から転写され、かつＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする完全に機能的なＲＮＡである。

【0064】

ＰＤ－Ｌ１タンパク質
Ｔ細胞の活性化、耐性、及び免疫病理学の間の均衡は、自己免疫疾患、例として全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、Ｉ型糖尿病、関節リウマチ、及びバセドウ病、多発性硬化症（ＭＳ）、ならびに移植片拒絶反応及び移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、において重要な役割を果たす。Ｔ細胞応答の主要な制御因子は、プログラム死１（ＰＤ－１；ＣＤ２７９としても知られている）ならびにそのリガンドであるＰＤ－Ｌ１（ＣＤ２７４）及びＰＤ－Ｌ２である。ＰＤ－１とそのリガンドとの間の相互作用は、阻害シグナルを送達することによってＴ細胞の活性化を制御し、エフェクターＴ細胞応答を制限し、免疫介在性損傷から組織を保護することによって免疫応答を制御する。

【0065】

自己免疫のマウスモデルでＴ細胞活性化の負の制御因子として最初に同定されたＰＤ－１タンパク質は、１つの免疫グロブリン（Ｉｇ）スーパーファミリードメイン、免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）、及び免疫受容体チロシンベーススイッチモチーフ（ＩＴＳＭ）を含有する２８８アミノ酸（ａａ）Ｉ型膜貫通タンパク質である。ＰＤ－１リガンドであるＰＤ－Ｌ１は、７つのエクソンを含むヒト９番染色体上のＣＤ２７４遺伝子によってコードされる２９０アミノ酸のＩ型膜貫通タンパク質である。ＰＤ－Ｌ１タンパク質は、ＩｇＶ様ドメイン、ＩｇＣ様ドメイン、及び機能不明の約３０アミノ酸の短い尾部を有する。ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１受容体との相互作用は、ＩｇＶ様ドメインによって媒介される。ＣＤ２７４遺伝子のヒトゲノム配列はＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ２９１２６に記述されている。ＣＤ２７４カノニカルｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＭ＿０１４１４３．３に記述されている。

【0066】

ＰＤ－Ｌ１は、Ｂ細胞、Ｔ細胞、形質細胞様樹状細胞（ｐＤＣ）、間葉系幹細胞、血管内皮細胞など、造血細胞と非造血細胞の両方で構成的に発現している。ＰＤ－Ｌ１の発現は、Ｉ型とＩＩ型の両方のインターフェロン（ＩＦＮ）によって上方制御され、ＭｙＤ８８、ＴＲＡＦ６、及びＭＥＫがない場合は減少する。ＰＤ－Ｌ１がＰＤ－１受容体に結合すると、ＰＤ－１細胞質チロシンのリン酸化、ＳＨＰ－２の動員、ＰＩ３Ｋ及びＡｋｔ活性の阻害が起こり、最終的にはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）シグナル伝達が阻害され、これはＣＤ２８共刺激によって克服することができる。ＣＤ２８共刺激がない場合、ＰＤ－１ライゲーションは、ＩＦＮ－γなどのサイトカイン及びＢｃｌ－ｘＬなどの細胞生存タンパク質の誘導を減少させる（参照により本明細書に組み込まれる、Ｋｅｉｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８、及びＴｒａｂａｔｔｏｎｉ， ｅｔ ａｌ．， ２００９， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． １８３： ４９８４－４９９３）。ＰＤ－１に加えて、Ｂ７－１が、ＰＤ－Ｌ１の結合パートナーとして同定されている。Ｂ７－１とＰＤ－Ｌ１との間の相互作用は、ＩｇＶ様ドメインを介して発生し、Ｔ細胞で抑制性シグナルを誘導し、それによってＴ細胞応答を制限する。

【0067】

ＰＤ１及びＰＤ－Ｌ１は、自己免疫の開始及び進行を防ぎ、末梢のＴ細胞耐性において役割を果たす（Ｋｅｉｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８、及びＴｒａｂａｔｔｏｎｉ， ｅｔ ａｌ．， ２００９）。例えば、自己免疫におけるＰＤ－１：ＰＤ－Ｌ１相互作用の役割は、ＰＤ－１を欠損したマウスにおいて実証されている。ＰＤ－１：ＰＤ－Ｌ１相互作用は、胸腺における正と負の両方のＴ細胞選択において役割を果たし、中枢性寛容誘導における役割と一致している。ＰＤ－１：ＰＤ－Ｌ１による負のＴ細胞制御は、自己反応性Ｔ細胞の応答を阻害し、制御性Ｔ細胞の応答を媒介することにより、末梢性寛容にも役割を果たす。一例として、ＰＤ－１またはＰＤ－Ｌ１の喪失は、自己免疫Ｔ細胞介在性糖尿病のマウスモデルにおいて急速なまたは悪化した糖尿病をもたらすことが報告された。マウスモデルにおける実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）の誘導中の抗ＰＤ－１または抗ＰＤ－Ｌ１ ｍＡｂの投与によって、疾患の発症及び重症度の加速がもたらされた（Ｋｅｉｒ ｅｔ ａｌ．， ２００８により要約されている）。ＮＯＤマウス（Ｌｉ ｅｔ ａｌ， ２０１５， Ｄｉａｂｅｔｅｓ ６４：５２９－５４０；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ， ２００８， Ｄｉａｂｅｔｅｓ ５７：１８６１－６９）、ＥＡＥ（Ｈｉｒａｔａ ｅｔ ａｌ， ２００５， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １７４：１８８８－１８９７）、接触過敏症（Ｒｉｔｐｒａｊａｋ ｅｔ ａｌ， ２０１０， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １８４：４９１８－４９２５）、及びループス腎炎（Ｄｉｎｇ ｅｔ ａｌ．， ２００６， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １１８：２５８－６７）の研究は、ＰＤ－Ｌ１の異所性発現または過剰発現により病原性免疫応答を制御及び抑制することができることを示している（それぞれ参照により本明細書に組み込まれる）。これらの異所性の組織ベースの過剰発現研究に加えて、多くのさらなる報告によって可溶性ＰＤ－Ｌ１－ＦｃまたはＰＤ－Ｌ１ーＩｇ融合の効果が評価されており、外因性／異所性ＰＤ－Ｌ１投与の免疫制御結果の追加のエビデンスが提供されている。

【0068】

自己免疫における役割に加えて、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１との相互作用は、臓器移植及び移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を制御する。ＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１の両方が、移植レシピエントのアロ反応性Ｔ細胞で上方制御され、アロ反応性免疫応答を制御する場合がある。ＰＤ－１はＧＶＨＤの発症後に上方制御され、ＰＤ－Ｌ１はＧＶＨＤ標的臓器のほとんどの細胞において発現する。重要なことに、ＰＤ－Ｌ１遮断抗体の投与によって、心臓、角膜、及び皮膚の移植モデルにおける移植拒絶反応が加速した。移植片耐性におけるＰＤ－Ｌ１の中心的な役割は、耐性を誘導するためにＣＴＬＡ－４－Ｉｇ治療を受け、ＣＤ２７４－／－マウスを移植ドナーまたはレシピエントとして使用する移植モデルにおいて実証されている。局所病理から保護された移植片におけるＰＤ－Ｌ１発現、及びレシピエント免疫系におけるＰＤ－Ｌ１発現は、移植寛容の誘導及び維持に必要であった。ＰＤ－Ｌ１が移植片拒絶反応を軽減し得る潜在的機構は、Ｔ細胞アポトーシスの誘導によるものである。特に、移植モデルにおけるＰＤ－１及びＰＤ－Ｌ１遮断抗体の使用は、アロ反応性Ｔ細胞アポトーシスの誘導を介した寛容の促進におけるＰＤ－Ｌ１のＰＤ－１非依存的役割を示唆した（Ｋｅｉｒ， ｅｔ ａｌ．， ２００８）。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物は、ＰＤ－Ｌ１のレベルを増加させ、それにより、例えば、病原性Ｔ細胞アポトーシス、アネルギー、及び／または消耗を含むＴ細胞機能に対する効果をもたらす。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞機能に対する本発明の方法及び組成物の効果（複数可）は、当技術分野において説明されている任意の適切な方法、例えば、Ｋｅｉｒ， ｅｔ ａｌ．， ２００８によって評価される。

【0069】

本発明の方法及び組成物を使用して、対象におけるＰＤ－Ｌ１の発現を増加させることができる。自己免疫疾患の標的組織におけるＰＤ－Ｌ１の発現の増加によって、自己免疫疾患に関与する自己免疫応答の抑制及び／または制御をもたらすことができる。いくつかの実施形態では、自己免疫応答、例えば、自己反応性Ｔ細胞応答は、活性化ＣＤ４＋及びＣＤ８＋ Ｔ細胞、例えば、キラーＣＤ８＋ Ｔ細胞上のＰＤ－１とＰＤ－Ｌ１との相互作用によって抑制及び／または制御される。ＰＤ－Ｌ１の過剰発現は、Ｔ細胞受容体抗原特異性を維持しながら、インビボで、病原性ＣＤ４＋ Ｔ_Ｈ１またはＴ_Ｈ１７エフェクター表現型からＴ細胞制御性表現型、例えばＦＯＸＰ３＋制御性Ｔ細胞（Ｔ_ＲＥＧ）表現型へのＴ細胞スイッチを誘導するものとして説明されている（参照により本明細書に組み込まれる、Ａｍａｒｎａｔｈ ｅｔ ａｌ．， ２０１１， Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３（１１１）：１－１３）。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して、ＰＤ－Ｌ１の発現を増加させて、病原性ＣＤ４＋ Ｔ細胞、例えば、Ｔ_Ｈ１またはＴ_Ｈ１７細胞から制御性Ｔ細胞、例えば、ＦＯＸＰ３＋ Ｔ細胞へのＴ細胞スイッチを誘導する。いくつかの実施形態では、Ｔｒ１制御性表現型へのスイッチが誘導される。Ｔｒ１細胞はＩＬ－１０を発現するが、古典的には、ＩＬ－２７及びその他の寛容化刺激（潜在的にＰＤ－Ｌ１）への曝露時の（Ｔｂｅｔ転写因子を発現している）Ｔｈ１細胞（Ｔｂｅｔ転写因子を発現している）の露出に由来する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞制御性表現型は、長期間安定して維持される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞制御性の長期安定性は、少なくとも約３０日間、少なくとも約３５日間、少なくとも約４０日間、少なくとも約４５日間、少なくとも約５０日間、少なくとも約５５日間、少なくとも約６０日間、少なくとも約６５日間、少なくとも約７０日間、少なくとも約７５日間、少なくとも約８０日間、少なくとも約８５日間、少なくとも約９０日間、少なくとも約９５日間、少なくとも約１００日間、少なくとも約１１０日間、少なくとも約１２０日間、約３０日～約９０日間、約４０日～約９０日間、約５０日～約９０日間、約６０日～約９０日間、約７０日～約９０日間、約３０日～約１００日間、約４０日～約１００日間、約５０日～約１００日間、約６０日～約１００日間、約７０日～約１００日間、約８０日～約１００日間、約３０日～約１２０日間、約４０日～約１２０日間、約５０日～約１２０日間、約６０日～約１２０日間、約７０日～約１２０日間、約８０日～約１２０日間、約３０日～約１２０日間、約４０日～約１２０日間、約５０日～約１２０日間、約６０日～約１２０日間、約７０日～約１２０日間、約８０日～約１２０日間、約３０日～約１５０日間、約４０日～約１５０日間、約５０日～約１５０日間、約６０日～約１５０日間、約７０日～約１５０日間、約８０日～約１５０日間、約３０日～約１５０日間、約４０日～約１５０日間、約５０日～約１５０日間、約６０日～約１５０日間、約７０日～約１５０日間、約８０日～約１５０日間、約３０日～約２００日間、約４０日～約２００日間、約５０日～約２００日間、約６０日～約２００日間、約７０日～約２００日間、約８０日～約２００日間、約３０日～約２００日間、約４０日～約２００日間、約５０日～約２００日間、約６０日～約２００日間、約７０日～約２００日間、または約８０日～約２００日間、のＴ_ＲＥＧ表現型の存在によって示される。

【0070】

いくつかの実施形態では、制御性Ｔ細胞表現型の存在は、Ｔ_ＲＥＧ関連マーカーまたは分泌サイトカインの発現に基づいて決定される。いくつかの実施形態では、制御性Ｔ細胞表現型の存在は、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＣＤ３９、ＣＤ７３、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１２１ａ（ＩＬ－１Ｒ１）、ＣＤ１２１ｂ（ＩＬ－１Ｒ２）、ＣＤ１２７ｌｏｗ、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１５２（ＣＴＬＡ－４）、ＣＤ３５７（ＧＩＴＲ／ＡＩＴＲ）、ＦＯＸＰ３、ＦＲ４（ｍ）、ＧＡＲＰ、Ｈｅｌｉｏｓ、ＬＡＰ／ＴＧＦβ；及びＴＩＧＩＴ、から選択される１つまたは複数のＴ_ＲＥＧ関連マーカーの発現；及び／またはＩＬ－１０、ＩＬ－３５、及びＴＧＦβから選択される１つまたは複数のＴ_ＲＥＧ関連分泌サイトカインの発現、に基づいて決定される。いくつかの実施形態では、Ｔ_ＲＥＧ表現型の存在は、ＦＯＸＰ３の発現に基づいて決定される。Ｔ細胞マーカーの発現またはサイトカイン分泌は、当業者に既知であり、かつ例えば、Ａｍａｒｎａｔｈ， ｅｔ ａｌ．， ２０１１による、文献に記載された任意の方法、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットアッセイ、フローサイトメトリーアッセイ、または任意の適切なマルチプレックスアッセイなど、により評価することができる。本発明の方法で要求されるように、サイトカイン、ケモカイン、サイトカイン受容体、及び活性化マーカーの産生を測定するための市販のアッセイが利用可能である。例えば、ヒトサイトカイン及びケモカインを検出するためのマルチプレックスアッセイは、ＢＤ（商標）Ｃｙｔｏｍｅｔｒｉｃ Ｂｅａｄ Ａｒｒａｙ Ｆｌｅｘ Ｓｅｔ ｓｙｓｔｅｍ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）を使用して作出することができる。

【0071】

選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＣＤ２７４遺伝子から転写され、かつＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＣＤ２７４ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＣＤ２７４ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるＰＤ－Ｌ１タンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはＰＤ－Ｌ１タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＣＤ２７４遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0072】

表１は、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの領域を標的化することによりＰＤ－Ｌ１の産生を増加させるために有用な、ＣＤ２７４ ＡＳＯの配列の非限定的なリストを提供する。いくつかの実施形態では、これらの目的に有用な他のＡＳＯは、例えば、本明細書に記載の方法を使用して同定される。

【表1-1】

【表1-2】

【表1-3】

【0073】

いくつかの実施形態では、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、エクソン４にある。本明細書で使用されるＣＤ２７４イントロン付番は、ＮＭ＿０１４１４３．３のｍＲＮＡ配列に対応する。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域へのＡＳＯのハイブリダイゼーションによって、エクソン４の選択的イントロンにおける選択的スプライス部位（５’スプライス部位または３’スプライス部位）でのスプライシングの阻害がもたらされ、その後ＰＤ－Ｌ１タンパク質の産生が増加する。イントロンの付番は、異なるＣＤ２７４アイソフォーム配列を参照して変更される場合があると理解されている。当業者は、本明細書で提供されるイントロン配列に基づいて、またはＮＭ＿０１４１４３．３のｍＲＮＡ配列を参照して提供されるイントロン番号を使用して、任意のＣＤ２７４アイソフォーム中の対応するイントロン番号を決定することができる。当業者はまた、本明細書で提供されるイントロン配列に基づいて、またはＮＭ＿０１４１４３．３のｍＲＮＡ配列を参照して提供されるイントロン番号を使用して、本発明の方法を使用して標的化するための任意のＣＤ２７４アイソフォーム中の隣接エクソンの配列を決定することができる。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して、任意の既知のＣＤ２７４アイソフォームの発現を増加させる。

【0074】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＡＲＨＧＡＰ２３遺伝子から転写され、かつＲｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＡＲＨＧＡＰ２３ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＡＲＨＧＡＰ２３ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＡＲＨＧＡＰ２３ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるＲｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３タンパク質の量を増加させ、ホルモン障害の症状、またはＲｈｏ ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質２３タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＡＲＨＧＡＰ２３遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0075】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＢＲＤ１遺伝子から転写され、かつブロモドメイン含有１タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＢＲＤ１ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＢＲＤ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟 ＢＲＤ１ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるブロモドメイン含有１タンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはブロモドメイン含有１タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＢＲＤ１ 遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0076】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＤＣＨＳ１遺伝子から転写され、かつプロトカドヘリン－１６タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＤＣＨＳ１ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＤＣＨＳ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＤＣＨＳ１ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるプロトカドヘリン－１６タンパク質の量を増加させ、心機能障害の症状、またはプロトカドヘリン－１６タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＤＣＨＳ１遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0077】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＥＰＢ４１Ｌ２遺伝子から転写され、かつバンド４．１様タンパク質２タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＥＰＢ４１Ｌ２ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＥＰＢ４１Ｌ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＥＰＢ４１Ｌ２ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるバンド４．１様タンパク質２タンパク質の量を増加させ、肝臓関連障害の症状、またはバンド４．１様タンパク質２タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＥＰＢ４１Ｌ２遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0078】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＧＰＸ８遺伝子から転写され、かつグルタチオンペルオキシダーゼ８タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＧＰＸ８ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＧＰＸ８ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＧＰＸ８ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるグルタチオンペルオキシダーゼ８タンパク質の量を増加させ、肝臓関連障害の症状、またはグルタチオンペルオキシダーゼ８タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＧＰＸ８遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0079】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＨＩＶＥＰ３遺伝子から転写され、かつヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質３タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＨＩＶＥＰ３ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＨＩＶＥＰ３ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＨＩＶＥＰ３ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質３タンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはヒト免疫不全ウイルスＩ型エンハンサー結合タンパク質３タンパク質タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＨＩＶＥＰ３遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0080】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＩＮＶＳ遺伝子から転写され、かつインバーシンタンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＩＮＶＳ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＩＮＶＳ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＩＮＶＳ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるインバーシンタンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはインバーシンタンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＩＮＶＳ遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0081】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＫＩＡＡ０３１９遺伝子から転写され、かつ失読症関連タンパク質ＫＩＡＡ０３１９タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＫＩＡＡ０３１９ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＫＩＡＡ０３１９ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＫＩＡＡ０３１９ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞における失読症関連タンパク質ＫＩＡＡ０３１９タンパク質の量を増加させ、発達障害の症状、または失読症関連タンパク質ＫＩＡＡ０３１９タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＫＩＡＡ０３１９遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0082】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＮＡＩＰ遺伝子から転写され、かつＮＬＲファミリーアポトーシス阻害タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＮＡＩＰ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＮＡＩＰ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＮＡＩＰ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるＮＬＲファミリーアポトーシス阻害タンパク質の量を増加させ、筋肉関連障害の症状、またはＮＬＲファミリーアポトーシス阻害タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＮＡＩＰ遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0083】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＰＴＣＨ２遺伝子から転写され、かつタンパク質Ｐａｔｃｈｅｄホモログ２タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＰＴＣＨ２ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＰＴＣＨ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＰＴＣＨ２ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるタンパク質Ｐａｔｃｈｅｄホモログ２タンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはタンパク質Ｐａｔｃｈｅｄホモログ２タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＰＴＣＨ２遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0084】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＰＴＰＲＺ１遺伝子から転写され、かつタンパク質チロシンホスファターゼ受容体タイプＺ１タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＰＴＰＲＺ１ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＰＴＰＲＺ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＰＴＰＲＺ１ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるタンパク質チロシンホスファターゼ受容体タイプＺ１タンパク質の量を増加させ、精神障害の症状、またはタンパク質チロシンホスファターゼ受容体タイプＺ１の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＰＴＰＲＺ１遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0085】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＳＯＮ遺伝子から転写され、かつＳＯＮタンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＳＯＮ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＳＯＮ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＳＯＮ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるＳＯＮタンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはＳＯＮタンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＳＯＮ遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0086】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、細胞における、ＺＣＣＨＣ２遺伝子から転写され、かつジンクフィンガーＣＣＨＣドメイン含有タンパク質２タンパク質をコードする選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）の存在を利用する。成熟した完全にスプライスされたＺＣＣＨＣ２ ｍＲＮＡを産生するための同定されたＺＣＣＨＣ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡ種のスプライシングは、選択的イントロンのスプライシングを阻害する治療剤またはアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を使用して誘導される。得られた成熟ＺＣＣＨＣ２ ｍＲＮＡは細胞質に輸送され、翻訳され、それによって患者の細胞におけるジンクフィンガーＣＣＨＣドメイン含有タンパク質２タンパク質の量を増加させ、免疫障害の症状、またはジンクフィンガーＣＣＨＣドメイン含有タンパク質２タンパク質の量もしくは活性の欠乏に関連するかまたはＺＣＣＨＣ２ 遺伝子の機能喪失型変異によって誘導された任意の疾患もしくは障害を緩和することができる。

【0087】

表３は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの領域を標的化することにより、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２によってコードされるタンパク質の産生を増加させるのに有用な、ＡＳＯの配列の非限定的なリストを提供する。いくつかの実施形態では、これらの目的に有用な他のＡＳＯは、例えば、本明細書に記載の方法を使用して同定される。

【0088】

タンパク質発現
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、タンパク質の産生の増加を必要とする対象におけるタンパク質の産生を増加させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、機能的タンパク質の産生の増加を必要とする対象における機能的タンパク質の産生を増加させる。本明細書で使用される場合、「機能的」という用語は、治療される状態の任意の１つまたは複数の症状、例えば、ＢＲＤ１遺伝子の遺伝的欠陥によって引き起こされる精神障害を排除するために必要なタンパク質の活性または機能の量を指す。いくつかの実施形態では、この方法を使用して、完全に機能的なタンパク質またはＲＮＡの産生を増加させる。いくつかの実施形態では、この方法を使用して、部分的に機能的なタンパク質またはＲＮＡの産生を増加させる。本明細書で使用される場合、「部分的に機能的」という用語は、疾患または状態の任意の１つまたは複数の症状を排除または予防するために必要な活性または機能の量よりも少ないタンパク質の活性または機能の任意の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的に機能的なタンパク質またはＲＮＡは、完全に機能的なタンパク質またはＲＮＡと比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％少ない活性を有する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びＲＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0089】

いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、ＰＤ－Ｌ１タンパク質の産生の増加を必要とする対象におけるＰＤ－Ｌ１タンパク質の産生を増加させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質の産生の増加を必要とする対象における機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質の産生を増加させる。本明細書で使用される場合、「機能的」という用語は、治療される状態の任意の１つまたは複数の症状、例えば、ＰＤ－Ｌ１の遺伝的欠陥によって引き起こされる免疫障害を排除するために必要なＰＤ－Ｌ１タンパク質の活性または機能の量を指す。いくつかの実施形態では、この方法を使用して、完全に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質またはＲＮＡの産生を増加させる。いくつかの実施形態では、この方法を使用して、部分的に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質またはＲＮＡの産生を増加させる。いくつかの実施形態では、この方法は、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを有する対象の細胞による標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、標的タンパク質の量または活性の欠乏によって引き起こされる免疫疾患または障害を有する、方法である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質の量の欠乏は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、標的タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連している。そのような実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｔｈｅ ｔａｒｇｅｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）をコードする第１の対立遺伝子、及び標的タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子を有する。そのような実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び標的タンパク質が低減されたレベルで産生される第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び非機能的標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び部分的に機能的な標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれにおいても、ＡＳＯは、両方の対立遺伝子、すなわち、（機能的標的タンパク質をコードする）第１の対立遺伝子及び（標的タンパク質が産生されないか、標的タンパク質が低下したレベルで産生されるか、または標的タンパク質が非機能的である）第２の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子からの成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における標的タンパク質の発現の増加を引き起こす。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びＲＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0090】

いくつかの実施形態では、この方法は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを有する対象の細胞によるＰＤ－Ｌ１タンパク質の発現を増加させる方法であって、対象は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質の量または活性の欠乏によって引き起こされる免疫疾患または障害を有する、方法である。いくつかの実施形態では、ＰＤ－Ｌ１タンパク質の量の欠乏は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質のハプロ不全によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、疾患または障害は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする遺伝子のハプロ不全に関連している。そのような実施形態では、対象は、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及びＰＤ－Ｌ１タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子を有する。そのような実施形態では、対象は、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及びＰＤ－Ｌ１タンパク質が低減されたレベルで産生される第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、対象は、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び非機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態では、対象は、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び部分的に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいずれにおいても、ＡＳＯは、（機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする）第１の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞におけるＰＤ－Ｌ１タンパク質の発現の増加を引き起こす。

【0091】

いくつかの実施形態では、対象は、機能的標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び部分的に機能的な標的タンパク質（ｐａｒｔｉａｌｌｙ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｔｈｅ ｔａｒｇｅｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）をコードする第２の対立遺伝子を有し、ＡＳＯは、（機能的標的タンパク質をコードする）第１の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域、または（部分的に機能的な標的タンパク質をコードする）第２の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における機能的または部分的に機能的な標的タンパク質の発現の増加を引き起こす。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びＲＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＰＤ－Ｌ１、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0092】

いくつかの実施形態では、対象は、機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及び部分的に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、ＡＳＯは、（機能的ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする）第１の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域、または（部分的に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする）第２の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、ＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における機能的または部分的に機能的なＰＤ－Ｌ１タンパク質の発現の増加を引き起こす。

【0093】

関連する実施形態では、この方法は、ＡＳＯを使用してタンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質及びＲＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯを使用してＰＤ－Ｌ１タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを有する対象の細胞におけるＰＤ－Ｌ１タンパク質の発現を増加させ、対象は、ＰＤ－Ｌ１タンパク質の量または機能に欠乏がある。

【0094】

いくつかの実施形態では、疾患または状態の原因となるタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、本明細書に記載のＡＳＯによって標的化される。いくつかの実施形態では、疾患の原因ではないタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク質の変異または欠損の結果である疾患を、第２のタンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡを標的化することによって改善することができ、それにより第２のタンパク質の産生を増加させる。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパク質の変異または欠損（これは、疾患または状態の原因である）を補うことができる。

【0095】

いくつかの実施形態では、対象は：
ａ．第１の変異対立遺伝子であって、
ｉ）タンパク質は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低いレベルで産生される、
ｉｉ）タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生される、または
ｉｉｉ）タンパク質もしくは機能的ＲＮＡは産生されないもの；及び
ｂ．第２の変異対立遺伝子であって、
ｉ）タンパク質は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、低いレベルで産生される、
ｉｉ）タンパク質は、同等の野生型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で産生されるもの、を有し、
ＡＩＣプレｍＲＮＡは、第１対立遺伝子及び第２対立遺伝子から転写され、かつ標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子及び第２の対立遺伝子から転写されたＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合し、それにより、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害し、タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルの増加、及び対象の細胞における標的タンパク質または標的機能的ＲＮＡの発現の増加を引き起こす。これらの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害することから生じる発現レベルの増加を有するタンパク質または機能的ＲＮＡは、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した（部分的に機能的である）形態であるか、または同等の野生型ＰＤ－Ｌ１タンパク質と比較して機能が完全な（完全に機能的である）形態のいずれかである。

【0096】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、対照細胞、例えば、ＡＳＯで処理されていない細胞、または標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合しない、ＡＳＯで処理された細胞、における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加しており；ここで、標的タンパク質は、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0097】

いくつかの実施形態では、本発明の方法を使用して治療される対象は、１つの対立遺伝子から部分的に機能的な標的タンパク質を発現し、部分的に機能的な標的タンパク質は、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、スプライシング変異、または部分的な遺伝子欠失によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、本発明の方法を使用して治療される対象は、１つの対立遺伝子から非機能的標的タンパク質を発現し、非機能的標的タンパク質は、１つの対立遺伝子における、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、スプライシング変異、または部分的な遺伝子欠失によって引き起こされる。いくつかの実施形態では、本発明の方法を使用して治療される対象は、１つの対立遺伝子において、標的全遺伝子欠失を有する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0098】

タンパク質発現の増加
上記のように、いくつかの実施形態では、本発明の方法を使用して、標的タンパク質の発現を増加させる。標的タンパク質は、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされ得る。これらの実施形態では、標的タンパク質をコードする選択的イントロンプレｍＲＮＡ（ＡＩＣプレｍＲＮＡ）は、細胞の核内に存在する。標的タンパク質をコードする、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、及び選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含む標的ＡＩＣプレｍＲＮＡを有する細胞は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）と接触している。ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域へのＡＳＯのハイブリダイゼーションによって、選択的イントロンのスプライシングの阻害がもたらされ、その後、標的タンパク質の産生が増加する。

【0099】

「プレｍＲＮＡ」及び「プレｍＲＮＡ転写物」という用語は交換可能に使用してもよく、少なくとも１つのイントロンを有する任意のプレｍＲＮＡ種を指すことがある。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡまたはプレｍＲＮＡ転写物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ及び／またはポリＡテールを含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡまたはプレｍＲＮＡ転写物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ及びポリＡテールの両方を含む。いくつかの実施形態では、プレｍＲＮＡ転写物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ及び／またはポリＡテールを含まない。プレｍＲＮＡ転写物は、タンパク質に翻訳されていない（または核から細胞質に輸送されていない）場合、非生産的メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。

【0100】

本明細書で使用される場合、「選択的イントロン含有プレｍＲＮＡ」（「ＡＩＣプレｍＲＮＡ」）は、少なくとも１つの選択的イントロンを含有するプレｍＲＮＡ転写物である。ＡＩＣプレｍＲＮＡは、選択的イントロン、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分、及び選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分を含有し、標的タンパク質をコードする。「標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡ」は、完全にスプライスされたときに標的タンパク質をコードすると理解されている。「選択的イントロン」は、プレｍＲＮＡがプロセシングされてｍＲＮＡを産生するときにスプライスアウトされ得るプレｍＲＮＡ転写物のエクソン内の５’選択的スプライス部位と３’選択的スプライス部位との間の領域または配列である（プロセシングされたｍＲＮＡはエクソンの一部を欠いている）。

【0101】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分の上流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分の下流のイントロン内にある。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、選択的イントロン内にある。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分内にある。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第２の部分内にある。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、エクソンの第１の部分と選択的イントロンとのジャンクションと重複する。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域の少なくとも一部は、選択的イントロンとエクソンの第２の部分とのジャンクションと重複する。領域または配列の位置を特定するために使用される場合、「内」は、列挙された位置の残基を含むと理解される。例えば、＋６～＋１００の領域には、＋６及び＋１００の位置の残基が含まれる。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0102】

いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡは、それによって産生される。いくつかの実施形態では、産生された標的タンパク質は、完全に機能的な標的タンパク質である。いくつかの実施形態では、産生された標的ＲＮＡは、機能的標的ＲＮＡである。いくつかの実施形態では、産生された標的ＲＮＡは、完全に機能的な標的ＲＮＡである。「成熟ｍＲＮＡ」、「完全にスプライスされたｍＲＮＡ」、及び機能的ＲＮＡ」という用語は、本明細書では交換可能に使用され、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたｍＲＮＡ（例えば、核から細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）または完全にプロセシングされた機能的ＲＮＡを説明する。「生産的ｍＲＮＡ」という用語を使用して、標的タンパク質をコードする完全にプロセシングされたｍＲＮＡを説明することもできる。

【0103】

本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という用語、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのその変形は、列挙された特徴（例えば、ＡＳＯの場合、定義された核酸塩基配列）を包含することを示すが、他の特徴を除外するように示してはいないと解釈されるべきである。したがって、本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は包含的であり、追加の、列挙されていない特徴（例えば、ＡＳＯの場合、追加の、列挙されていない核酸塩基の存在）を除外しない。

【0104】

本明細書で提供される方法及び組成物のいずれかのいくつかの実施形態では、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は、「から本質的になる」または「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」に置換することができる。「から本質的になる」という句は、指定された特徴（複数可）（例えば、核酸塩基配列）、ならびに特許請求される発明の性質または機能に実質的に影響を及ぼさない特徴を必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用される場合、「なる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」という用語は、列挙された特徴（例えば核酸塩基配列）単独の存在を示すために使用される（その結果、指定された核酸塩基配列からなるアンチセンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外される）

【0105】

本明細書で使用される場合、「野生型配列」は、生物学的及び科学的情報のＮＣＢＩリポジトリ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ， ８６００ Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ Ｐｉｋｅ， Ｂｅｔｈｅｓｄａ， ＭＤ ＵＳＡ ２０８９４によって運営される）に寄託された公開された参照ゲノム中の標的遺伝子に対するヌクレオチド配列を指す。本明細書で使用される場合、「野生型配列」は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ２９１２６で利用可能なカノニカル配列を指す。また本明細書で使用される、「ｅ」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエクソン（例えば、５’スプライス部位に隣接しているエクソンまたは３’スプライス部位に隣接しているエクソン）の配列中に存在することを示す。

【0106】

この方法は、細胞を、標的タンパク質をコードするプレｍＲＮＡの領域に相補的である治療剤またはＡＳＯと接触させることを含み、これによって、標的の発現が増加する。本明細書で使用される場合、「接触させること」または細胞に投与することは、ＡＳＯと細胞が相互作用するように、ＡＳＯを細胞に近接させる任意の方法を指す。ＡＳＯと接触している細胞は、ＡＳＯを細胞に取り込むか、または輸送する。この方法は、状態もしくは疾患に関連する細胞または状態もしくは疾患に関係する細胞を、本明細書に記載のＡＳＯのいずれかと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯを、さらに修飾するかまたは別の分子に付着させて（例えば、共有結合させて）、ＡＳＯを細胞型に対して標的化する、ＡＳＯと状態もしくは疾患に関連する細胞または状態もしくは疾患に関係する細胞との間の接触を強化する、またはＡＳＯの取り込みを強化することができる。

【0107】

本明細書で使用される場合、「タンパク質産生を増加させる」または「標的タンパク質の発現を増加させる」という用語は、細胞においてｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を増強することを意味する。「標的タンパク質」は、発現／産生の増加が望まれる任意のタンパク質であり得る。

【0108】

いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡを発現する細胞を、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物の標的化領域に相補的であるＡＳＯと接触させることによって、プレｍＲＮＡによってコードされた標的タンパク質（例えば標的タンパク質）の量の測定可能な増加がもたらされる。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業者には明らかであり、任意の既知の方法、例えば、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、及びＥＬＩＳＡを含む。

【0109】

いくつかの実施形態では、治療剤、すなわちＡＳＯは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、細胞を、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物の標的化領域に相補的であるＡＳＯと接触させることによって、産生される標的タンパク質の量が、ＡＳＯの非存在下／治療の不在下で細胞によって産生されるタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯが接触した細胞によって産生された標的タンパク質の発現レベルは、対照化合物によって産生された標的タンパク質の発現レベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではないオリゴヌクレオチドであり得る。

【0110】

いくつかの実施形態では、治療剤、すなわちＡＳＯは、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルを増加させる。いくつかの実施形態では、細胞を、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡ転写物の標的化領域に相補的であるＡＳＯと接触させることによって、標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡを含む、標的をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルが増加する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡ、または標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルは、ＡＳＯの非存在下／処理の不在下での細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、または１０００％増加する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡ、またはＡＳＯが接触した細胞において産生された標的タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルは、未処理の細胞、例えば、未処理の細胞または対照化合物で処理された細胞におけるプロセシングされたｍＲＮＡまたは成熟ＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。対照化合物は、例えば、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではないオリゴヌクレオチドであり得る。

【0111】

アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）
本開示の一態様は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合することによってスプライシングを調節する（例えば、阻害または増強する）治療剤を含む方法及び組成物である。いくつかの実施形態では、本開示は、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合することによってスプライシングを調節する（例えば、阻害または増強する）アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含む方法及び組成物を含む。本明細書で使用される場合、「ＡＳＯ」、「アンチセンスオリゴマー」、及び「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は交換可能に使用され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ－Ｕ）によって標的核酸（例えば、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡ）配列にハイブリダイズする核酸塩基を含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的である正確な配列か、またはほぼ相補性（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でのスプライシングを増強するのに十分な相補性）を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、プレｍＲＮＡ転写物の標的化領域）に結合（ハイブリダイズ）し、生理学的条件下でハイブリダイズしたままになるように設計されている。典型的には、ＡＳＯは、意図した（標的化された）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計では、プレｍＲＮＡ転写物の標的化領域の核酸配列、またはゲノムもしくは細胞プレｍＲＮＡもしくはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似した核酸配列の出現を考慮に入れることができ、したがって、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可能性は、限定されている。当技術分野において既知である任意のＡＳＯ、例えば、「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ－Ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」という表題の、ＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されている、ＰＣＴ出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１にあるＡＳＯを使用して、本明細書に記載の方法を実践することができる。

【0112】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に「特異的にハイブリダイズする」か、または「特異的」である。典型的には、そのようなハイブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高いＴｍで、好ましくは少なくとも５０℃で、及び典型的に６０℃～およそ９０℃の間で発生する。そのようなハイブリダイゼーションは、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に対応する。与えられたイオン強度及びｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。

【0113】

オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが２つの一本鎖ポリヌクレオチド間の逆平行構成において生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であり得る。相補性（あるポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）は、一般に許容された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予想される対向する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から定量化可能である。ＡＳＯの配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である可能性がある；しかし、ＡＳＯの配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相補的である必要はない。ある特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的化される標的核酸配列内の標的領域に対する、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば、オリゴマー化合物の２０核酸塩基中１８核酸塩基が標的領域に相補的であり、したがって特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を示す。この例では、残りの非相補的核酸塩基は、ともにクラスタ化していても、残りの非相補的核酸塩基に相補的核酸塩基が散在していてもよく、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基と連続している必要もない。ＡＳＯの、標的核酸の領域との相補性パーセントは、ＢＬＡＳＴプログラム（基本局所配列検索ツール（（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌｓ）、及び当技術分野において既知であるＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ．， １９９０， ２１５， ４０３－４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９９７， ７， ６４９－６５６）を使用して、定型的に決定され得る。

【0114】

ＡＳＯは、標的配列内の全ての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、ＡＳＯがハイブリダイズする核酸塩基は、連続していても非連続であってもよい。ＡＳＯは、介在セグメントまたは隣接セグメントがハイブリダイゼーションイベントに関与しないように、プレｍＲＮＡ転写物の１つまたは複数のセグメントにわたってハイブリダイズしてもよい（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。ある特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的プレｍＲＮＡ転写物中の非連続核酸塩基にハイブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つまたは複数の核酸塩基によって分離されている、プレｍＲＮＡ転写物中の核酸塩基にハイブリダイズすることができる。

【0115】

本明細書に記載のＡＳＯは、ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的領域に存在する核酸塩基に相補的である核酸塩基を含む。ＡＳＯという用語は、オリゴヌクレオチド、及び標的ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペプチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯは、天然に存在するヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾ヌクレオチド、または前述の２つまたは３つの任意の組合せを含み得る。「天然に存在するヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドを含む。「修飾ヌクレオチド」という用語は、修飾または置換された糖基及び／または修飾された骨格を有するヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドの全てが、修飾ヌクレオチドである。本明細書に記載の方法及び組成物と適合性のあるＡＳＯの化学修飾またはＡＳＯの成分は、当業者に明らかであり、例えば、米国特許第８，２５８，１０９号Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／０１９０７２８、及びＤｉａｓ ａｎｄ Ｓｔｅｉｎ， Ｍｏｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ． ２００２， １， ３４７－３５５に見出すことができ、それら全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0116】

ＡＳＯの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、及びウラシルなどの任意の天然に存在する未修飾の核酸塩基、または標的プレｍＲＮＡ上に存在する核酸塩基との水素結合が可能であるような程度で未修飾の核酸塩基に類似している任意の合成または修飾核酸塩基であってもよい。修飾核酸塩基の例には、ヒポキサンチン、キサンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、及び５－ヒドロキシメトイルシトシンが含まれるが、これらに限定されない。

【0117】

本明細書に記載のＡＳＯはまた、オリゴマーの成分を接続する骨格構造を含む。「骨格構造」及び「オリゴマー結合」という用語は交換可能に使用され得、ＡＳＯのモノマー間の接続を指すことができる。天然に存在するオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部分を接続する３’－５’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載のＡＳＯの骨格構造またはオリゴマー結合には、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート（ｐｈｏｓｐｈｏｒｏａｎｉｌｏｔｈｉｏａｔｅ）、ホスホルアニリデート（ｐｈｏｓｈｏｒａｎｉｌｉｄａｔｅ）、ホスホルアミデートなどが含まれ得る（ただしこれらに限定されない）。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １４：９０８１（１９８６）；Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １０６：６０７７（１９８４）， Ｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １６：３２０９（１９８８）， Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５３９（１９９１）；Ｚｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｐｐ． ８７－１０８（Ｆ． Ｅｃｋｓｔｅｉｎ， Ｅｄ．， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ（１９９１））；Ｓｔｅｃ ｅｔ ａｌ．，米国特許第５，１５１，５１０号；Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ， Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３（１９９０）を参照のこと。いくつかの実施形態では、ＡＳＯの骨格構造は、リンを含有せず、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、またはカルバメート、アミド、ならびに直鎖状及び環状炭化水素基を含む連結基におけるペプチド結合を含有する。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホチオエート結合である。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホルアミデート結合である。

【0118】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間結合のそれぞれにおける立体化学は、ランダムである。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間結合のそれぞれにおける立体化学は制御されており、ランダムではない。例えば、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１４／０１９４６１０号「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴマー中の各リン原子におけるキラリティーの掌性を独立して選択するための方法を記載している。いくつかの実施形態では、本明細書において表１または３に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本発明の方法で使用されるＡＳＯは、ランダムではないリンヌクレオチド間結合を有するＡＳＯを含む。いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。いくつかの実施形態では、本発明の方法で使用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、約１００％、約９０％～約１００％、約９１％～約１００％、約９２％～約１００％、約９３％～約１００％、約９４％～約１００％、約９５％～約１００％、約９６％～約１００％、約９７％～約１００％、約９８％～約１００％、または約９９％～約１００％のジアステレオマー純度を有するＡＳＯを含む。

【0119】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間結合において、Ｒｐ及びＳｐ配置の非ランダム混合物を有する。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドでは、良好な活性とヌクレアーゼ安定性との間の均衡をとるために、ＲｐとＳｐの混合物が必要であることが示唆されている（参照により本明細書に組み込まれる、Ｗａｎ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４， “Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ， ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ，” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４２（２２）： １３４５６－１３４６８）。いくつかの実施形態では、本明細書において表１または３に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本発明の方法で使用されるＡＳＯは、約５～１００％Ｒｐ、少なくとも約５％Ｒｐ、少なくとも約１０％Ｒｐ、少なくとも約１５％Ｒｐ、少なくとも約２０％Ｒｐ、少なくとも約２５％Ｒｐ、少なくとも約３０％Ｒｐ、少なくとも約３５％Ｒｐ、少なくとも約４０％Ｒｐ、少なくとも約４５％Ｒｐ、少なくとも約５０％Ｒｐ、少なくとも約５５％Ｒｐ、少なくとも約６０％Ｒｐ、少なくとも約６５％Ｒｐ、少なくとも約７０％Ｒｐ、少なくとも約７５％Ｒｐ、少なくとも約８０％Ｒｐ、少なくとも約８５％Ｒｐ、少なくとも約９０％Ｒｐ、または少なくとも約９５％Ｒｐを、残りのＳｐとともに含み、または約１００％Ｒｐを含む。いくつかの実施形態では、本明細書において表１または３に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本発明の方法で使用されるＡＳＯは、約１０％～約１００％Ｒｐ、約１５％～約１００％Ｒｐ、約２０％～約１００％Ｒｐ、約２５％～約１００％Ｒｐ、約３０％～約１００％Ｒｐ、約３５％～約１００％Ｒｐ、約４０％～約１００％Ｒｐ、約４５％～約１００％Ｒｐ、約５０％～約１００％Ｒｐ、約５５％～約１００％Ｒｐ、約６０％～約１００％Ｒｐ、約６５％～約１００％Ｒｐ、約７０％～約１００％Ｒｐ、約７５％～約１００％Ｒｐ、約８０％～約１００％Ｒｐ、約８５％～約１００％Ｒｐ、約９０％～約１００％Ｒｐ、または約９５％～約１００％Ｒｐ、約２０％～約８０％Ｒｐ、約２５％～約７５％Ｒｐ、約３０％～約７０％Ｒｐ、約４０％～約６０％Ｒｐ、または約４５％～約５５％Ｒｐを、残りのＳｐとともに含む。

【0120】

いくつかの実施形態では、本明細書において表１または３に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本発明の方法で使用されるＡＳＯは、約５～１００％Ｓｐ、少なくとも約５％Ｓｐ、少なくとも約１０％Ｓｐ、少なくとも約１５％Ｓｐ、少なくとも約２０％Ｓｐ、少なくとも約２５％Ｓｐ、少なくとも約３０％Ｓｐ、少なくとも約３５％Ｓｐ、少なくとも約４０％Ｓｐ、少なくとも約４５％Ｓｐ、少なくとも約５０％Ｓｐ、少なくとも約５５％Ｓｐ、少なくとも約６０％Ｓｐ、少なくとも約６５％Ｓｐ、少なくとも約７０％Ｓｐ、少なくとも約７５％Ｓｐ、少なくとも約８０％Ｓｐ、少なくとも約８５％Ｓｐ、少なくとも約９０％Ｓｐ、または少なくとも約９５％Ｓｐを、残りのＲｐとともに含み、または約１００％Ｓｐを含む。いくつかの実施形態では、本明細書において表１または３に記述されているＡＳＯのいずれかを含むがこれらに限定されない、本発明の方法で使用されるＡＳＯは、約１０％～約１００％Ｓｐ、約１５％～約１００％Ｓｐ、約２０％～約１００％Ｓｐ、約２５％～約１００％Ｓｐ、約３０％～約１００％Ｓｐ、約３５％～約１００％Ｓｐ、約４０％～約１００％Ｓｐ、約４５％～約１００％Ｓｐ、約５０％～約１００％Ｓｐ、約５５％～約１００％Ｓｐ、約６０％～約１００％Ｓｐ、約６５％～約１００％Ｓｐ、約７０％～約１００％Ｓｐ、約７５％～約１００％Ｓｐ、約８０％～約１００％Ｓｐ、約８５％～約１００％Ｓｐ、約９０％～約１００％Ｓｐ、または約９５％～約１００％Ｓｐ、約２０％～約８０％Ｓｐ、約２５％～約７５％Ｓｐ、約３０％～約７０％Ｓｐ、約４０％～約６０％Ｓｐ、または約４５％～約５５％Ｓｐを、残りのＲｐとともに含む。

【0121】

本明細書に記載のＡＳＯのいずれも、天然に存在するヌクレオチドに存在するリボースまたはデオキシリボースを含む糖部分、または修飾糖部分またはモルホリン環を含む糖アナログを含有し得る。修飾糖部分の非限定的な例には、２’置換基、例として２’－Ｏ－メチル（２’－Ｏ－Ｍｅ）、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミノエチル、２’－フルオロ（２’Ｆ）；Ｎ３’－＞Ｐ５’ホスホルアミデート、２’ジメチルアミノオキシエトキシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－グアニジニジウム（２’－ｇｕａｎｉｄｉｎｉｄｉｕｍ）、２’－Ｏ－グアニジニウムエチル、カルバメート修飾糖、及び二環式修飾糖、が含まれる。いくつかの実施形態では、糖部分修飾は、２’－Ｏ－Ｍｅ、２’Ｆ、及び２’ＭＯＥから選択される。いくつかの実施形態では、糖部分の修飾は、ロック核酸（ＬＮＡ）などの追加の架橋結合である。いくつかの実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモルホリン環を含有している。いくつかの実施形態では、糖部分は、リボフラノシル（ｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）または２’デオキシリボフラノシル（２’ｄｅｏｘｙｒｉｂｏｆｕｒａｎｓｙｌ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、２’，４’拘束２’Ｏ－メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、ｃＥｔ ２’，４’拘束２’－ＯエチルＢＮＡ修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部分は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当技術分野において既知であり、文献、例えば、この目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Ｊａｒｖｅｒ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４， “Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）： ３７－４７に記載されている。

【0122】

いくつかの例では、ＡＳＯの各モノマーは同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格の各結合はホスホロチオエート結合を含むか、または各リボース糖部分は２’Ｏ－メチル修飾を含む。ＡＳＯのモノマー成分のそれぞれに存在するこのような修飾は、「均一修飾」と呼ばれる。いくつかの例では、異なる修飾の組合せが望まれる場合があり、例えば、ＡＳＯは、ホスホロジアミデート結合とモルホリン環（モルホリノ）を含む糖部分との組合せを含み得る。ＡＳＯに対する異なる修飾の組合せは、「混合修飾」または「混合化学」と呼ばれる。

【0123】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の糖部分修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つまたは複数の骨格修飾及び１つまたは複数の糖部分修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’ＭＯＥ修飾及びホスホロチオエート骨格を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載のＡＳＯのいずれかまたはＡＳＯの任意の成分（例えば、核酸塩基、糖部分、骨格）を、ＡＳＯの所望の特性または活性を達成するため、またはＡＳＯの望ましくない特性または活性を低減するために修飾することができる。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つまたは複数の成分は、プレｍＲＮＡ転写物上の標的配列への結合親和性を増強するように；任意の非標的配列への結合を低減するように；細胞ヌクレアーゼ（すなわち、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を低減するように；細胞及び／または細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善するように；ＡＳＯの薬物動態または薬力学を変更するように；ＡＳＯの半減期を調整するように；修飾することができる。

【0124】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）ホスホロチオエート修飾ヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成されたＡＳＯは、本明細書に開示されている方法に特に良好に適しており；そのような修飾を有するオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する抵抗性が著しく増強され、生物学的利用能が増加することが示されており、これにより、例えば、本明細書に記載のいくつかの実施形態における経口送達に好適となる。例えば、Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１；２９６（３）：８９０－７；Ｇｅａｒｙ ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１；２９６（３）：８９８－９０４を参照のこと。

【0125】

ＡＳＯを合成する方法は、当業者に既知であろう。あるいは、またはさらに、ＡＳＯは、商業的供給源から入手することができる。

【0126】

特に明記しない限り、一本鎖核酸（例えば、プレｍＲＮＡ転写物、オリゴヌクレオチド、ＡＳＯなど）配列の左手端は５’末端であり、一本鎖または二本鎖核酸配列の左手方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右手端または右手方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対して５’側にある領域または配列は「上流」と呼ばれ、核酸の基準点に対し３’側にある領域または配列は「下流」と呼ばれる。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端は、開始（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ）コドンまたは読み始め（ｓｔａｒｔ）コドンが位置する場所であり、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。いくつかの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定することができるが、一方、基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定することができる。例えば、基準点（例えば、ｍＲＮＡ中のエクソン－エクソンジャンクション）は「ゼロ」部位として指定することができ、基準点に直接隣接しその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」例えば「－１」と指定され、一方、基準点に直接隣接しその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」例えば「＋１」と指定される。

【0127】

他の実施形態では、ＡＳＯは、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡにおける選択的イントロンの５’スプライス部位の下流（３’方向）（例えば、選択的イントロンの５’選択的スプライス部位に対して正の数で指定された方向）にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、相補的である（及びそれに結合する）。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して＋１～＋１００の領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対してヌクレオチド＋１～ヌクレオチド＋５０の間の領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して、＋１～＋９０、＋１～＋８０、１６～＋７０、＋１～＋６０、１～＋５０、＋１～＋４０、＋１～＋３０、または＋１～＋２０の領域内にある標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0128】

他の実施形態では、ＡＳＯは、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡにおける選択的イントロンの５’スプライス部位の下流（３’方向）（例えば、選択的イントロンの５’選択的スプライス部位に対して正の数で指定された方向）にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、相補的である（及びそれに結合する）。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して＋１～＋１００の領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対してヌクレオチド＋１～ヌクレオチド＋５０の間の領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的であり得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して、＋１～＋９０、＋１～＋８０、１６～＋７０、＋１～＋６０、＋１～＋５０、＋１～＋４０、＋１～＋３０、または＋１～＋２０の領域内にある標的化領域に相補的である。

【0129】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡにおける選択的イントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）（例えば、負の数で指定された方向）にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して－１～－１００の領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して－１～－５０の領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して、－１～－９０、－１～－８０、－１～－７０、－１～－６０、－１～－５０、－１～－４０、または－１～－３０の領域内にある標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0130】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡにおける選択的イントロンの３’スプライス部位の上流（５’方向）（例えば、負の数で指定された方向）にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に、相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して－１～－１００の領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して－１～－５０の領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して、－１～－９０、－１～－８０、－１～－７０、－１～－６０、－１～－５０、－１～－４０、または－１～－３０の領域内にある標的化領域に相補的である。

【0131】

いくつかの実施形態では、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して＋１００の領域～選択的イントロンの３’スプライス部位に対して－１００の領域内にある。

【0132】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン内（上流）にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域（例えば、選択的イントロンが位置しているエクソンの第１の部分）に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分における＋２ｅ～－１ｅの領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して－１ｅ～－１００ｅ、－１ｅ～－９０ｅ、－１ｅ～－８０ｅ、－１ｅ～－７０ｅ、－１ｅ～－６０ｅ、－１ｅ～－５０ｅ、－１～－４０ｅ、－１ｅ～－３０ｅ、または－１ｅ～－２０ｅの領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0133】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソン内（上流）にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域（例えば、選択的イントロンが位置しているエクソンの第１の部分）に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分における＋２ｅ～－１ｅの領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して－１ｅ～－１００ｅ、－１ｅ～－９０ｅ、－１ｅ～－８０ｅ、－１ｅ～－７０ｅ、－１ｅ～－６０ｅ、－１ｅ～－５０ｅ、－１～－４０ｅ、－１ｅ～－３０ｅ、または－１ｅ～－２０ｅの領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。

【0134】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソン内（下流）にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域（例えば、選択的イントロンが位置しているエクソンの第２の部分）に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋１ｅ～－４ｅの領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して＋１ｅ～＋１００ｅ、＋１ｅ～＋９０ｅ、＋１ｅ～＋８０ｅ、＋１ｅ～＋７０ｅ、＋１ｅ～＋６０ｅ、＋１ｅ～＋５０ｅ、＋１～＋４０ｅ、＋１ｅ～＋３０ｅ、または＋１ｅ～＋２０ｅの領域内にある標的ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。

【0135】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソン内（下流）にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域（例えば、選択的イントロンが位置しているエクソンの第２の部分）に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける＋１ｅ～－４ｅの領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、選択的イントロンの３’スプライス部位に対して＋１ｅ～＋１００ｅ、＋１ｅ～＋９０ｅ、＋１ｅ～＋８０ｅ、＋１ｅ～＋７０ｅ、＋１ｅ～＋６０ｅ、＋１ｅ～＋５０ｅ、＋１～＋４０ｅ、＋１ｅ～＋３０ｅ、または＋１ｅ～＋２０ｅの領域内にあるＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的である。

【0136】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号６８、６９、及び７１～７６から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＣＤ２７４のエクソン４内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１～６７から選択される配列を有する。

【0137】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＡＲＨＧＡＰ２３ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号７７及び９１から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＡＲＨＧＡＰ２３のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１０５～１５３から選択される配列を有する。

【0138】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＢＲＤ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号７８及び９２から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＢＲＤ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１５４～２１７から選択される配列を有する。

【0139】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＤＣＨＳ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号７９及び９３から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＤＣＨＳ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号２１８～３３４から選択される配列を有する。

【0140】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＥＰＢ４１Ｌ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８０及び９４から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＥＰＢ４１Ｌ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号３３５～４０６から選択される配列を有する。

【0141】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＧＰＸ８ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８１及び９５から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＧＰＸ８のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号４０７～４４３から選択される配列を有する。

【0142】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＨＩＶＥＰ３ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８２及び９６から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＨＩＶＥＰ３のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号４４４～１０２７から選択される配列を有する。

【0143】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＩＮＶＳ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８３～９７から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＩＮＶＳのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１０２８～１１１２から選択される配列を有する。

【0144】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＫＡＩＩ０３１９ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８４～９８から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＫＡＩＩ０３１９のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１０１３～１２１２から選択される配列を有する。

【0145】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＮＡＩＰ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８５～９９から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＮＡＩＰのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１２１３～１５０１から選択される配列を有する。

【0146】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＰＴＣＨ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８６～１００から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＰＴＣＨ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１５０２～１５４７から選択される配列を有する。

【0147】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＰＴＰＲＺ１ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８７～１０１から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＰＴＰＲＺ１のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号１５４８～２０３９から選択される配列を有する。

【0148】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＳＯＮ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号８８、８９、１０２及び１０３から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＳＯＮのエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号２０４０～３４５８から選択される配列を有する。

【0149】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、ＺＣＣＨＣ２ ＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に結合する。いくつかの実施形態では、標的化領域は、配列番号９０及び１０４から選択される配列内にある。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯが結合するＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域は、ＺＣＣＨＣ２のエクソン内に位置している。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、配列番号３４５９～３６５１から選択される配列を有する。

【0150】

ＡＳＯは、特異的結合及びスプライシングの効果的な調節（例えば、阻害または増強）に好適な任意の長さであり得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、８～５０核酸塩基からなる。例えば、ＡＳＯは、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、４０、４５、または５０核酸塩基長であり得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５０を超える核酸塩基からなる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、８～５０核酸塩基、８～４０核酸塩基、８～３５核酸塩基、８～３０核酸塩基、８～２５核酸塩基、８～２０核酸塩基、８～１５核酸塩基、９～５０核酸塩基、９～４０核酸塩基、９～３５核酸塩基、９～３０核酸塩基、９～２５核酸塩基、９～２０核酸塩基、９～１５核酸塩基、１０～５０核酸塩基、１０～４０核酸塩基、１０～３５核酸塩基、１０～３０核酸塩基、１０～２５核酸塩基、１０～２０核酸塩基、１０～１５核酸塩基、１１～５０核酸塩基、１１～４０核酸塩基、１１～３５核酸塩基、１１～３０核酸塩基、１１～２５核酸塩基、１１～２０核酸塩基、１１～１５核酸塩基、１２～５０核酸塩基、１２～４０核酸塩基、１２～３５核酸塩基、１２～３０核酸塩基、１２～２５核酸塩基、１２～２０核酸塩基、１２～１５核酸塩基、１３～５０核酸塩基、１３～４０核酸塩基、１３～３５核酸塩基、１３～３０核酸塩基、１３～２５核酸塩基、１３～２０核酸塩基、１４～５０核酸塩基、１４～４０核酸塩基、１４～３５核酸塩基、１４～３０核酸塩基、１４～２５核酸塩基、１４～２０核酸塩基、１５～５０核酸塩基、１５～４０核酸塩基、１５～３５核酸塩基、１５～３０核酸塩基、１５～２５核酸塩基、１５～２０核酸塩基、２０～５０核酸塩基、２０～４０核酸塩基、２０～３５核酸塩基、２０～３０核酸塩基、２０～２５核酸塩基、２５～５０核酸塩基、２５～４０核酸塩基、２５～３５核酸塩基、または２５～３０核酸塩基長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１８ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１５ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２５ヌクレオチド長である。

【0151】

いくつかの実施形態では、異なる化学的性質を有するが、ＡＩＣプレｍＲＮＡの同じ標的化領域に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。いくつかの実施形態では、ＡＩＣプレｍＲＮＡの異なる標的化領域に相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。

【0152】

いくつかの実施形態では、本発明のＡＳＯは、１つもしくは複数の部分またはコンジュゲート、例えば、オリゴヌクレオチドの活性もしくは細胞取り込みを増強する標的化部分または他のコンジュゲートに化学的に連結している。そのような部分には、脂質部分、例えばコレステロール部分、コレステリル部分、脂肪族鎖、例えばドデカンジオールもしくはウンデシル残基、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸が含まれるが、これらに限定されない。親油性部分を含むオリゴヌクレオチド及び調製方法は、公開文献に記載されている。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃ－グルコサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、またはマンノース（例えば、マンノース－６－リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物、を含む部分とコンジュゲートされる。コンジュゲートは、当技術分野で理解され、文献に記載されているように、例えばリンカーを使用して、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つまたは複数に連結することができる。リンカーとしては、二価または三価の分岐鎖リンカーを挙げることができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に付着している。オリゴヌクレオチドコンジュゲートを調製する方法は、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許第８，４５０，４６７号、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載されている。

【0153】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯによって標的化される核酸は、細胞、例として真核細胞において発現するＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡである。いくつかの実施形態では、「細胞」という用語は、細胞の集団を指すことができる。いくつかの実施形態では、細胞は対象にある。いくつかの実施形態では、細胞は対象から単離される。いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボである。いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボで組織にある。いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボで器官にある。いくつかの実施形態では、細胞は、状態もしくは疾患関連細胞または細胞株である。いくつかの実施形態では、細胞はインビトロ（例えば、細胞培養中）である。

【0154】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを阻害する。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを増加させる。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯと接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、対照細胞、例えば、治療剤もしくはＡＳＯと接触していない細胞、またはＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではない治療剤もしくはＡＳＯと接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0155】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、細胞における標的タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞、例えば、治療剤もしくはＡＳＯと接触していない細胞、またはＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではない治療剤もしくはＡＳＯと接触した細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍増加する。

【0156】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、標的タンパク質をコードするＡＩＣプレｍＲＮＡからの選択的イントロンのスプライシングを促進または増強する。いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルを低下させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルは、対照細胞、例えば、治療剤もしくはＡＳＯと接触していない細胞、またはＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではない治療剤もしくはＡＳＯと接触した細胞における標的タンパク質をコードするプロセシングされたｍＲＮＡのレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する。

【0157】

いくつかの実施形態では、治療剤またはＡＳＯは、細胞における標的タンパク質の発現を減少させる。いくつかの実施形態では、治療剤と接触した細胞における標的タンパク質のレベルは、対照細胞、例えば、治療剤もしくはＡＳＯと接触していない細胞、またはＡＩＣプレｍＲＮＡの標的化領域に相補的ではない治療剤もしくはＡＳＯと接触した細胞における標的タンパク質のレベルと比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍低下する。

【0158】

疾患及び障害
いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して、免疫疾患または免疫障害の治療を必要とする対象における任意の免疫疾患または免疫障害を治療する。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される免疫疾患または免疫障害は、例えば、自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、炎症性疾患もしくは炎症性障害、慢性感染症、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、移植拒絶反応、またはＴ細胞増殖性障害である。いくつかの実施形態では、免疫疾患または免疫障害は、多発性硬化症、炎症性腸疾患、自己免疫性肝炎、腎臓の炎症、関節リウマチ、乾癬、ループス腎炎、角膜移植、及びブドウ膜炎、から選択される自己免疫疾患もしくは自己免疫障害、または炎症性疾患もしくは炎症性障害である。いくつかの実施形態では、免疫障害の免疫疾患は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、またはＮＫ細胞によって媒介される障害である。

【0159】

自己免疫疾患または自己免疫障害は、対象自身の細胞、組織、及び／または器官に対する対象の免疫学的反応によって引き起こされる細胞、組織、及び／または器官の損傷を特徴とする状態である。炎症性疾患または炎症性障害は、例えば、慢性炎症を含む、炎症を特徴とする対象の状態を指す。自己免疫疾患は、炎症に関連している場合または関連していない場合がある。炎症は、自己免疫疾患によって引き起こされる場合または引き起こされない場合がある。したがって、ある特定の障害は、自己免疫障害と炎症性障害の両方として特徴付けられる場合がある。本発明の方法及び組成物を使用して治療される自己免疫疾患または自己免疫障害は、例えば、円形脱毛症、強直性脊椎炎、抗リン脂質抗体症候群、自己免疫性アジソン病、自己免疫性副腎疾患、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎及び精巣炎、自己免疫性血小板減少症、ベーチェット病、水疱性類天疱瘡、心筋症、セリアックスプルー皮膚炎、慢性疲労免疫不全症候群（ＣＦＩＤＳ）、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、チャーグ・ストラウス症候群、瘢痕性類天疱瘡、ＣＲＥＳＴ症候群、寒冷凝集素症、クローン病、円板状狼瘡、本態性混合型クリオグロブリン血症、糖尿病、好酸球性筋膜炎（ｆａｓｃｉｔｅｓ）、線維筋痛症・線維筋炎、糸球体腎炎、バセドウ病、ギラン・バレー、橋本甲状腺炎、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、特発性肺線維症、特発性／自己免疫性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、ＩｇＡ神経障害、若年性関節炎、扁平苔癬、全身性エリテマトーデス、メニエール病、混合性結合組織病、多発性硬化症、１型または免疫介在性真性糖尿病、重症筋無力、天疱瘡関連障害（例えば、尋常性天疱瘡）、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性軟骨炎（ｐｏｌｙｃｈｒｏｎｄｒｉｔｉｓ）、多腺症候群、リウマチ性多発筋痛、多発性筋炎及び皮膚筋炎、原発性無ガンマグロブリン血症、原発性胆道性肝硬変、乾癬、乾癬性関節炎、レイノー現象、ライター症候群、関節リウマチ、サルコイドーシス、強皮症、シェーグレン症候群、全身硬直症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、スウィート症候群、スティル病、エリテマトーデス、高安動脈炎、側頭動脈炎／巨細胞性動脈炎、潰瘍性大腸炎、ブドウ膜炎、疱疹状皮膚炎血管炎などの血管炎、白斑、及びウェゲナー肉芽腫症、であり得る。

【0160】

いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される免疫疾患または免疫障害は、炎症性疾患または炎症性障害、例えば、関節炎（例えば、関節リウマチ、変形性関節症）、肺炎、肝炎（ウイルス性肝炎を含む）に伴う炎症、感染疾患に伴う炎症、炎症性腸疾患、腸炎、腎炎（例えば、糸球体腎炎、腎線維症）、胃炎、血管炎、膵炎、腹膜炎、気管支炎、心筋炎、脳炎、虚血後再灌流傷害（心筋虚血再灌流傷害）における炎症、組織及び臓器の移植後の免疫拒絶に起因する炎症、火傷、種々の皮膚炎症（乾癬、アレルギー性接触型皮膚炎、扁平苔癬）、多臓器不全における炎症、ＰＴＣＡまたはＰＴＣＲの手術後の炎症、動脈硬化を伴う炎症、自己免疫性甲状腺炎、喘息、脳炎、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、アレルギー性疾患、敗血症性ショック、肺線維症、診断未確定脊椎関節症、診断未確定関節症、脊椎関節症（例えば、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、ライター症候群または反応性関節炎）、炎症性骨溶解、ウィルソン病、及び慢性ウイルス感染または細菌感染に起因する慢性炎症、である。

【0161】

いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される免疫疾患または免疫障害は、例えば、炎症性腸疾患（クローン病及び潰瘍性大腸炎など）、バセドウ病、橋本甲状腺炎、アレルギー性接触型皮膚炎、慢性炎症性皮膚症（例えば、扁平苔癬）、及び真性糖尿病（ｄｉａｂｅｔｅｓ ｍｅｌｌｉｔｉｓ）、から選択される慢性炎症性疾患または慢性炎症性障害である。

【0162】

いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される免疫疾患または免疫障害は、例えば、毒素性ショック症候群、炎症性腸疾患、輸血による同種感作、またはＴ細胞依存性Ｂ細胞介在性疾患、骨関節炎（ＯＡ）、移植片対宿主反応（ＧＶＨ反応）、移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、組織（例えば、皮膚、角膜、骨）もしくは臓器（例えば、肝臓、心臓、肺、腎臓、膵臓）の移植に伴う免疫拒絶、外来抗原もしくは自己抗原によって引き起こされる免疫応答（例えば、当該抗原に対する抗体の産生、細胞増殖、サイトカインの産生）、または異常な腸の免疫によって引き起こされる障害（例えば、炎症性腸障害、クローン病、潰瘍性大腸炎、及び消化管アレルギー）、である。

【0163】

自己免疫疾患は、限定されないが、心臓、脳、神経、筋肉、皮膚、眼、関節、肺、腎臓、腺（例えば、甲状腺）、消化管、及び血管を含む、あらゆる組織または身体部分に影響を与える可能性がある。自己免疫疾患の全身性エリテマトーデスは、皮膚、関節、腎臓、心臓、神経、血管、及びその他の組織に影響を与える可能性がある。１型糖尿病は、例えば、腺、眼、腎臓、及び筋肉に影響を与える可能性がある。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される対象は、治療時に自己免疫疾患を発症する傾向を有する。いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される対象は、予防的に治療される。

【0164】

いくつかの実施形態では、自己炎症性障害を有する対象は、本発明の方法及び組成物を使用して治療される。自己炎症性障害は、発熱、発疹、関節の腫れなどの症状をもたらす激しい炎症のエピソードを特徴とする。場合によっては、慢性状態が原因で炎症性障害が発生する。例えば、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、脂肪肝疾患に関連する炎症性障害である。本発明の方法及び組成物を使用する治療のために企図される他の炎症性障害としては、例えば、家族性地中海熱（ＦＭＦ）、新生児期発症多臓器系炎症性疾患（ＮＯＭＩＤ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）受容体関連周期性症候群（ＴＲＡＰＳ）、インターロイキン１受容体アンタゴニスト欠損症（ＤＩＲＡ）、連鎖球菌感染後及び自己免疫性（ａｕｔｉｏｍｍｕｎｅ）腎不全、敗血症性ショック、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、成人呼吸窮迫症候群（ＡＲＤＳ）、及び毒物注入による炎症、が挙げられる。

【0165】

本発明により治療される自己免疫障害の例としては、例えば、全身性エリテマトーデス、甲状腺炎、ブドウ膜炎、白斑、多発血管炎性肉芽腫症（ウェゲナー病）、多発性硬化症、全身性エリテマトーデス／ループス腎炎、橋本甲状腺炎、自己免疫性肝炎、重症筋無力症、心筋炎、多発性硬化症、天疱瘡／類天疱瘡、悪性貧血、結節性多発動脈炎、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、乾癬、関節リウマチ、強皮症／全身性硬化症、シェーグレン症候群、円形脱毛症、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性肝炎、皮膚筋炎、糖尿病（１型）、若年性特発性関節炎、糸球体腎炎、バセドウ病、ギラン・バレー症候群、特発性血小板減少性紫斑病、ベーチェット病、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症（全身性強皮症及び進行性全身性強皮症）、強皮症、多発性筋炎、皮膚筋炎、結節性動脈周囲炎（結節性多発動脈炎及び顕微鏡的多発血管炎）、大動脈炎症候群（高安動脈炎）、悪性関節リウマチ、関節リウマチ、混合性結合組織病、成人発症スティル病、アレルギー性肉芽腫性血管炎、過敏性血管炎、コーガン症候群、ＲＳ３ＰＥ、側頭動脈炎、リウマチ性多発筋痛、線維筋痛症候群、抗リン脂質抗体症候群、好酸球性筋膜炎、ＩｇＧ４関連疾患（例えば、原発性硬化性胆管炎、自己免疫性膵炎）、ギラン・バレー症候群、重症筋無力症、慢性萎縮性胃炎、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、大動脈炎症候群、グッドパスチャー症候群、急速進行性糸球体腎炎、巨赤芽球性貧血、自己免疫性溶血性貧血、自己免疫性好中球減少症、特発性血小板減少性紫斑病、バセドウ病（甲状腺機能亢進症）、橋本甲状腺炎、自己免疫性副腎機能不全、原発性甲状腺機能低下症、特発性アジソン病（慢性副腎機能不全）、Ｉ型糖尿病、慢性円板状エリテマトーデス、限局性強皮症、乾癬、乾癬性関節炎、天疱瘡、類天疱瘡、妊娠性疱疹、線状ＩｇＡ水疱性皮膚疾患、後天性表皮水疱症、円形脱毛症、白斑、原田病、自己免疫性視神経症、特発性無精子症、再発性胎児喪失、及び炎症性腸疾患（潰瘍性大腸炎及びクローン病）、が挙げられる。

【0166】

いくつかの実施形態では、本発明の方法は、対象の細胞をＡＳＯと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、接触された細胞は、任意の分化状態にある免疫系細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、幹細胞、前駆細胞、樹状細胞、マクロファージ、腹膜Ｂ１ Ｂ細胞、メモリーＢ細胞、骨髄（ＢＭ）由来肥満細胞、造血細胞、非造血細胞、Ｂ細胞、またはＴ細胞である。いくつかの実施形態では、免疫系細胞はＴ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、またはキラーＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、活性化Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、病原性ＣＤ４＋ Ｔ_Ｈ１またはＴ_Ｈ１７エフェクター細胞である。

【0167】

いくつかの実施形態では、本発明の方法において接触された細胞は、非造血細胞、例えば、血管内皮細胞、線維芽細網細胞、上皮細胞、膵島細胞、星状細胞、ニューロン、ＣＮＳ／ＰＮＳのシュワン細胞、肝細胞、角膜、腎細胞、または胎盤の栄養膜もしくは眼の網膜色素上皮細胞またはニューロンを含む免疫特権部位の細胞、または当技術分野において既知であり、免疫学的障害の治療における標的化のために同定された他の適切な細胞型、である。いくつかの実施形態では、接触された細胞は、標的タンパク質を発現する細胞型である。いくつかの実施形態では、接触された細胞は、ＰＤ－Ｌ１を発現する細胞型である。

【0168】

本発明のいくつかの実施形態では、細胞は、細胞を必要とする対象から得られ、エクスビボでＡＳＯにより修飾されて、標的タンパク質発現（例えば、ＰＤ－Ｌ１）を誘導し、対象に養子移入される。他の実施形態では、細胞、例えば、Ｔ_Ｈ１細胞は、それを必要とする対象から得られ、Ｔ_ＲＥＧ細胞に変換するように誘導され、それを必要とする当該患者に養子移入され得る。場合によっては、細胞を必要とする対象は、移植関連の自己免疫疾患を有する。いくつかの実施形態では、ＧＶＨＤは、標的細胞集団においてＰＤ－Ｌ１発現を誘導することによって治療される。いくつかの実施形態では、免疫障害は、エクスビボで修飾された細胞を使用する本発明の方法によって治療される。いくつかの実施形態では、免疫障害は、本発明の治療法の全身注入により治療される。

【0169】

いくつかの実施形態では、遺伝的障害または状態は、常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害であり得る。時には、遺伝性疾患はまた、常染色体優性、常染色体劣性、Ｘ連鎖優性、Ｘ連鎖劣性、Ｙ連鎖、ミトコンドリア、または多因子性もしくは多遺伝子性の遺伝性疾患として特徴付けることもできる。常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害は、タンパク質の産生障害を特徴とする可能性がある。常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害は、欠陥スプライシングを特徴とする可能性がある。常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害を有する対象は、完全にプロセシングされたｍＲＮＡに適切に転写されると、タンパク質の完全長機能（ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ）をコードすることができるエクソンを含む遺伝子のコピーを含むことができるゲノムを有することができる。常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害を有する対象は、完全にプロセシングされたｍＲＮＡに適切に転写されると、タンパク質の完全長機能形態をコードすることができる１組のエクソンを含む遺伝子のコピーを含むことができるゲノムを有することができる。常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害を有する対象は、遺伝子の欠陥コピーであって、タンパク質の完全長機能形態を産生することができない可能性があるものを含むことができるゲノムを有することができる。

【0170】

例示的な遺伝性疾患としては、軟骨発育不全症、遺伝性ヘモクロマトシス、ダウン症候群、遺伝性球状赤血球症、テイ・サックス症、アッシャー症候群、遺伝性果糖不耐症、血友病、筋ジストロフィー（例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィーまたはＤＭＤ）、多遺伝子障害、乳癌、卵巣癌、パーキンソン病、バルデー・ビードル症候群、プラダー・ウィリー症候群、糖尿病、心疾患、関節炎、運動ニューロン疾患、色素欠乏症、猫鳴き症候群、嚢胞性線維症、脆弱Ｘ症候群、ガラクトース血症、ハンチントン病、ジャクソン・ワイス症候群、クラインフェルター症候群、クラッベ病、ランガー・ギーディオン症候群、レッシュ・ナイハン症候群、マルファン症候群、筋強直性ジストロフィー、ネイル・パテラ症候群、神経線維腫症、ヌーナン症候群、トリプルＸ症候群、骨形成不全症、パトウ症候群、フェニルケトン尿症、ポルフィリン症、網膜芽細胞腫、レット症候群、鎌状赤血球症、ターナー症候群、アッシャー症候群、フォン・ピッぺル・リンドウ症候群、ワールデンブルグ症候群、ウィルソン病、色素性乾皮症、ＸＸＸＸ症候群、またはＹＹ症候群、を挙げることができる。

【0171】

遺伝性疾患、例えば、軟骨発育不全症、遺伝性ヘモクロマトシス、ダウン症候群、遺伝性球状赤血球症、テイ・サックス症、アッシャー症候群、遺伝性果糖不耐症、血友病、筋ジストロフィー（例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィーまたはＤＭＤ）、多遺伝子疾患、乳癌、卵巣癌、パーキンソン病、バルデー・ビードル症候群、プラダー・ウィリー症候群、糖尿病、心疾患、関節炎、運動ニューロン疾患、色素欠乏症、猫鳴き症候群、嚢胞性線維症、脆弱Ｘ症候群、ガラクトース血症、ハンチントン病、ジャクソン・ワイス症候群、クラインフェルター症候群、クラッベ病、ランガー・ギーディオン症候群、レッシュ・ナイハン症候群、マルファン症候群、筋強直性ジストロフィー、ネイル・パテラ症候群、神経線維腫症、ヌーナン症候群、トリプルＸ症候群、骨形成不全症、パトウ症候群、フェニルケトン尿症、ポルフィリン症、網膜芽細胞腫、レット症候群、鎌状赤血球症、ターナー症候群、アッシャー症候群、フォン・ピッぺル・リンドウ症候群、ワールデンブルグ症候群、ウィルソン病、色素性乾皮症、ＸＸＸＸ症候群、またはＹＹ症候群などは、タンパク質の産生障害、または欠陥スプライシングを特徴とする場合がある。遺伝性疾患、例えば、軟骨発育不全症、遺伝性ヘモクロマトシス、ダウン症候群、遺伝性球状赤血球症、テイ・サックス症、アッシャー症候群、遺伝性果糖不耐症、血友病、筋ジストロフィー（例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィーまたはＤＭＤ）、多遺伝子疾患、乳癌、卵巣癌、パーキンソン病、バルデー・ビードル症候群、プラダー・ウィリー症候群、糖尿病、心疾患、関節炎、運動ニューロン疾患、色素欠乏症、猫鳴き症候群、嚢胞性線維症、脆弱Ｘ症候群、ガラクトース血症、ハンチントン病、ジャクソン・ワイス症候群、クラインフェルター症候群、クラッベ病、ランガー・ギーディオン症候群、レッシュ・ナイハン症候群、マルファン症候群、筋強直性ジストロフィー、ネイル・パテラ症候群、神経線維腫症、ヌーナン症候群、トリプルＸ症候群、骨形成不全症、パトウ症候群、フェニルケトン尿症、ポルフィリン症、網膜芽細胞腫、レット症候群、鎌状赤血球症、ターナー症候群、アッシャー症候群、フォン・ピッぺル・リンドウ症候群、ワールデンブルグ症候群、ウィルソン病、色素性乾皮症、ＸＸＸＸ症候群、またはＹＹ症候群などは、完全にプロセシングされたｍＲＮＡに適切に転写されると、タンパク質の完全長機能をコードすることができるエクソンを含む遺伝子のコピーを含むことができる、完全にプロセシングされたｍＲＮＡに適切に転写されると、タンパク質の完全長機能形態をコードすることができる１組のエクソンを含む遺伝子のコピーを含むことができる（遺伝子のコピーを含むことができる）、または遺伝子の欠陥コピーであって、タンパク質の完全長機能形態を産生することができない可能性があるものを含むことができる。

【0172】

上記のように、遺伝的障害または状態は、常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害であり得る。遺伝的障害または状態は、常染色体優性障害、常染色体劣性障害、Ｘ連鎖優性障害、Ｘ連鎖劣性障害、Ｙ連鎖障害、ミトコンドリア疾患、または多因子性もしくは多遺伝子性障害であり得、タンパク質の産生障害、または欠陥スプライシングを特徴とする場合がある。

【0173】

例示的な常染色体優性疾患としては、ハンチントン病、神経線維腫症１型、神経線維腫症２型、マルファン症候群、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸癌、遺伝性多発性外骨腫、結節性硬化症、フォン・ウィルブランド病、または急性間欠性ポルフィリン症を挙げることができる。

【0174】

医薬組成物
記載された組成物のアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を含み、記載された方法のいずれかで使用するための医薬組成物または製剤は、医薬業界において周知であり、公開文献に記載されている従来の技術に従って調製することができる。いくつかの実施形態では、対象を治療するための医薬組成物または製剤は、有効量の上記の任意のＡＳＯ、またはその薬学的に許容される塩、溶媒和物、水和物、もしくはエステル、及び薬学的に許容される希釈剤を含む。ＡＳＯの医薬製剤は、薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、または担体をさらに含み得る。

【0175】

薬学的に許容される塩は、過度の毒性、刺激、アレルギー応答等を伴わないためにヒト及び下等動物の組織との接触における使用に好適であり、合理的な利益／リスク比に見合ったものである。塩は、化合物の最終単離及び精製の間にインサイチュで、またはその遊離塩基官能基を好適な有機酸と反応させることによって別個に調製することができる。薬学的に許容される非毒性酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、及び過塩素酸などの無機酸を用いて、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸、もしくはマロン酸などの有機酸を用いて、あるいはイオン交換などの他の文書化された方法論を使用することによって形成されるアミノ基の塩である。他の薬学的に許容される塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。さらなる薬学的に許容される塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボキシレート、サルフェート、ホスフェート、ニトレート、低級アルキルスルホネート塩、及びアリールスルホネートなどの対イオンを使用して形成される、非毒性アンモニウム、第四級アンモニウム、及びアミンカチオンが挙げられる。

【0176】

いくつかの実施形態では、組成物は、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、液体シロップ剤、ソフトゲル、坐剤、及び浣腸剤などであるがこれらに限定されない多くの可能な剤形のいずれかに製剤化される。いくつかの実施形態では、組成物は、水性、非水性、または混合媒体中の懸濁液として製剤化される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトール、及び／またはデキストランを含む、懸濁液の粘度を増加させる物質をさらに含有し得る。懸濁液はまた、安定剤を含有してもよい。いくつかの実施形態では、本発明の医薬製剤または組成物は、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体、またはリポソーム含有製剤（例えば、カチオン性または非カチオン性リポソーム）を含むが、これらに限定されない。

【0177】

本発明の医薬組成物または製剤は、必要に応じて、当業者に周知であるか、または公開文献に記載されている、１つもしくは複数の浸透促進剤、担体、賦形剤、または他の活性もしくは不活性成分を含んでもよい。いくつかの実施形態では、リポソームにはまた、立体的に安定化したリポソーム、例えば、１つまたは複数の特殊化された脂質を含むリポソームが含まれる。これらの特殊化された脂質によって、循環寿命が向上したリポソームがもたらされる。いくつかの実施形態では、立体的に安定化したリポソームは、１つまたは複数の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分などの１つまたは複数の親水性ポリマーで誘導体化される。いくつかの実施形態では、界面活性剤は、医薬製剤または組成物中に含まれる。医薬品、製剤、及びエマルションにおける界面活性剤の使用は、当技術分野で周知である。いくつかの実施形態では、本発明は、浸透促進剤を使用して、ＡＳＯの効率的な送達をもたらし、例えば、細胞膜を越える拡散を助け、及び／または親油性薬物の透過性を増強する。いくつかの実施形態では、浸透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート性非界面活性剤である。

【0178】

いくつかの実施形態では、医薬製剤は複数のＡＳＯを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、別の薬物または治療剤と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、当技術分野において既知の任意の方法によって、血液脳関門を通過する対象ＡＳＯの浸透を促進することができる１つまたは複数の薬剤とともに投与される。例えば、アデノウイルスベクターの投与による筋肉組織の運動ニューロンへの薬剤の送達は、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，６３２，４２７号、「Ａｄｅｎｏｖｉｒａｌ－ｖｅｃｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。ベクターの、脳、例えば、線条体、視床、海馬、または黒質への直接の送達は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒａｉｎ」に記載されている。

【0179】

いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、望ましい薬学的または薬力学的特性を提供する薬剤と連結またはコンジュゲートされる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、血液脳関門を通過する浸透または輸送を促進することが当技術分野において既知である物質、例えば、トランスフェリン受容体に対する抗体に結合する。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ウイルスベクターと連結して、例えば、アンチセンス化合物をより効果的にするか、または血液脳関門を通過する輸送を増加させる。いくつかの実施形態では、浸透圧性血液脳関門破壊は、糖、例えば、メソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（＋）キシロース、ダルシトール、ミオイノシトール、Ｌ（－）フルクトース、Ｄ（－）マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（－）アラビノース、セロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋）メリビオース、Ｄ（－）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（－）アラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（－）フコース、Ｄ（－）リキソース、Ｌ（＋）リキソース、及びＬ（－）リキソース、またはアミノ酸、例えば、グルタミン、リシン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン、及びタウリンの注入によって補助される。血液脳関門浸透を増強させるための方法及び材料は、例えば、それぞれが参照によって本明細書に組み込まれる、米国特許第４，８６６，０４２号、「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号、「Ｍａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ－ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、及び米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されている。

【0180】

いくつかの実施形態では、本発明のＡＳＯは、１つもしくは複数の部分またはコンジュゲート、例えば、オリゴヌクレオチドの活性もしくは細胞取り込みを増強する標的化部分または他のコンジュゲートに化学的に連結している。そのような部分には、限定されないが、脂質部分、例えばコレステロール部分、コレステリル部分、脂肪族鎖、例えばドデカンジオールもしくはウンデシル残基、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖、またはアダマンタン酢酸が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチド及び調製方法は、公開文献に記載されている。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃ－グルコサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、またはマンノース（例えば、マンノース－６－リン酸）、脂質、またはポリ炭化水素化合物、を含む部分とコンジュゲートされる。コンジュゲートは、当技術分野で理解され、文献に記載されているように、例えばリンカーを使用して、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置のいずれかでＡＳＯを含む任意のヌクレオチドの１つまたは複数に連結することができる。リンカーとしては、二価または三価の分岐鎖リンカーを挙げることができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲートは、ＡＳＯの３’末端に付着している。オリゴヌクレオチドコンジュゲートを調製する方法は、例えば、本明細書に参照によって組み込まれる米国特許第８，４５０，４６７号、「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載されている。

【0181】

対象の治療
本明細書で提供される組成物のいずれも、個体に投与することができる。「個体」は、「対象」または「患者」と交換可能に使用することができる。個体は、哺乳動物、例えば、ヒト、または非ヒト霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、もしくはヒツジなどの動物であり得る。いくつかの実施形態では、個体はヒトである。いくつかの実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。いくつかの実施形態では、個体は非ヒト動物である。他の実施形態では、個体は、植物などの別の真核生物であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、エクスビボで細胞に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、臓器または組織の移植の前に、エクスビボで（例えば、灌流または他の手段によって）臓器または組織に投与される。

【0182】

いくつかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、疾患または障害を治療する方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記載の疾患のいずれかなどの自己免疫疾患または炎症性疾患を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記載の疾患のいずれかなどの疾患を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個体は、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増加している。個体が、不十分な量のタンパク質またはタンパク質の不十分な活性によって引き起こされる疾患または障害を有する「リスクが増加している」場合、この方法は予防（ｐｒｅｖｅｎｔａｔｉｖｅ）または予防的（ｐｒｏｐｈｙｌａｃｔｉｃ）治療を伴う。例えば、個体は、疾患の家族歴のためにそのような疾患または障害を有するリスクが増加している場合がある。典型的には、そのような疾患または障害を有するリスクが増加している個体は、予防的治療から（例えば、疾患または障害の発症または進行を予防または遅延させることによって）利益を得る。いくつかの実施形態では、個体は、異常な量のタンパク質またはタンパク質の異常な活性によって引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増加している。

【0183】

いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物を使用して治療される対象は、疾患または障害（例えば、免疫疾患または免疫障害）の以前の治療を受けている。以前の治療としては、例えば、コルチコステロイド、シクロホスファミド及びアザチオプリンなどの移植薬、ＴＮＦ、ＩＬ－１７、ＩＬ－１２／２３を遮断する、またはＣＤ２０（リツキシマブ）もしくはＣＤ５２（アレムツズマブ）、ＩＦＮ－βを含むサイトカインに対して向けられた、ｍＡｂを含む標的生物製剤、フマル酸ジメチルなどの小分子、及びＪＡＫもしくはスフィンゴシン１リン酸阻害剤、または静脈内免疫グロブリン、が挙げられる。いくつかの実施形態では、本発明の方法は、他の治療と同時に、または他の治療に続いて使用される。

【0184】

一般に、本発明のＡＳＯの投与のための好適な経路は、ＡＳＯの送達が望まれる細胞型に応じて変化するであろう。当業者に既知であり、文献に記載されているように、障害及び影響を受ける個体に応じて、異なる組織及び器官が障害（例えば、免疫障害）によって影響を受ける可能性がある。いくつかの実施形態では、本発明のＡＳＯは、非経口的に患者に投与される。いくつかの実施形態では、本発明のＡＳＯは、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射によって患者に投与される。いくつかの実施形態では、胎児は、例えば、ＡＳＯ組成物を胎児に直接的または間接的に（例えば、母親を介して）投与することによって、子宮内で治療される。

【0185】

いくつかの実施形態では、脳またはＣＮＳに影響を与える免疫障害、例えば、多発性硬化症などの自己免疫障害を有する対象は、髄腔内注射によって、脳室内注射によって、皮下投与によって、または静脈内投与によって治療される。腸に影響を与える免疫障害、例えば、炎症性腸疾患などの炎症性障害を有する対象は、本発明の経口または皮下投与により治療される。いくつかの実施形態では、肝臓または腎臓の炎症に影響を与える炎症状態は、本発明の皮下または静脈内投与により治療される。いくつかの実施形態では、関節炎症、例えば、関節リウマチまたは乾癬性関節炎は、本発明の直接滑膜注射または局所投与により治療される。いくつかの実施形態では、例えば乾癬を有する対象における皮膚の炎症は、本発明の局所投与により治療される。いくつかの実施形態では、例えば、角膜移植後またはブドウ膜炎における眼の炎症は、本発明の局所または硝子体内または網膜下またはインプラント投与により治療される。いくつかの実施形態では、狼瘡を有する対象は、本発明の皮下投与により治療される。いくつかの実施形態では、投与様式は、組織特異性を達成するために、すなわち、標的組織における標的タンパク質レベル（例えば、ＰＤ－Ｌ１）を上方制御して、抗病原体免疫の抑制の可能性を最小化するように選択される。いくつかの実施形態では、適切な投与様式は、当業者により、入手可能な文献及び所与の状態に関する当業者の知識に基づいて選択される。

【0186】

いくつかの実施形態では、本発明の方法及び組成物は、免疫抑制療法と組み合わせて使用される。免疫抑制療法は、免疫系を抑制する任意の治療を含むことができる。免疫抑制療法は、レシピエントにおける移植拒絶を緩和、最小化、または排除するのに役立ち得る。例えば、免疫抑制療法は、免疫抑制薬を含むことができる。移植前、移植中、及び／または移植後に使用することができる免疫抑制薬としては、例えば、ＭＭＦ（ミコフェノール酸モフェチル（Ｃｅｌｌｃｅｐｔ））、ＡＴＧ（抗胸腺細胞グロブリン）、抗ＣＤ１５４（ＣＤ４ＯＬ）、抗ＣＤ４０（２Ｃ１０、ＡＳＫＰ１２４０、ＣＣＦＺ５３３Ｘ２２０１）、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ）、抗ＣＤ２０（リツキシマブ）、抗ＩＬ－６Ｒ抗体（トシリズマブ、Ａｃｔｅｍｒａ）、抗ＩＬ－６抗体（サリルマブ、オロキズマブ（ｏｌｏｋｉｚｕｍａｂ））、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ（アバタセプト／オレンシア）、ベラタセプト（ＬＥＡ２９Ｙ）、シロリムス（Ｒａｐｉｍｕｎｅ）、エベロリムス、タクロリムス（Ｐｒｏｇｒａｆ）、ダクリズマブ（Ｚｅ－ｎａｐａｘ）、バシリキシマブ（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ）、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）、シクロスポリン、デオキシスパガリン、可溶性補体受容体１、コブラ毒因子、コンプスタチン、抗Ｃ５抗体（エクリズマブ／Ｓｏｌｉｒｉｓ）、メチルプレドニゾロン、ＦＴＹ７２０、エベロリムス、レフルノミド、抗ＩＬ－２Ｒ－Ａｂ、ラパマイシン、抗ＣＸＣＲ３抗体、抗ＩＣＯＳ抗体、抗ＯＸ４０抗体、及び抗ＣＤ１２２抗体、が挙げられる。いくつかの実施形態では、２つ以上の免疫抑制剤または薬物が一緒にまたは連続して使用される。免疫抑制はまた、全身照射、胸腺照射、及び脾臓全摘出術及び／または部分的脾臓摘出術を含むがこれらに限定されない非薬物レジメンを使用して達成することができる。これらの技術はまた、必要に応じて、本発明の方法及び組成物と併せて、１つまたは複数の免疫抑制薬と組み合わせて使用することができる。

【0187】

スプライシングを調節する追加のＡＳＯを同定する方法
また、本発明の範囲内にあるのは、ＡＩＣプレｍＲＮＡ、具体的には選択的イントロンのスプライシングを調節する（例えば、阻害または増強する）追加のＡＳＯを同定（決定）するための方法である。いくつかの実施形態では、標的ＡＩＣプレｍＲＮＡは、ＡＲＨＧＡＰ２３、ＢＲＤ１、ＤＣＨＳ１、ＥＰＢ４１Ｌ２、ＧＰＸ８、ＨＩＶＥＰ３、ＩＮＶＳ、ＫＩＡＡ０３１９、ＮＡＩＰ、ＣＤ２７４、ＰＴＣＨ２、ＰＴＰＲＺ１、ＳＯＮ、ＺＣＣＨＣ２から選択される遺伝子によってコードされる。いくつかの実施形態では、本発明の範囲内にあるのは、ＣＤ２７４ ＡＩＣプレｍＲＮＡ、具体的には選択的イントロンのスプライシングを調節する（例えば、阻害または増強する）追加のＡＳＯを同定（決定）するための方法である。プレｍＲＮＡの標的領域内の異なるヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするＡＳＯをスクリーニングして、選択的イントロンのスプライシングの速度及び／または範囲を調節する（例えば、減じるまたは改善する）ＡＳＯを同定（決定）することができる。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、スプライシングリプレッサー（複数可）／サイレンサーの結合を促進し得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、スプライシングリプレッサー（複数可）／サイレンサーの結合部位（複数可）を遮断または妨害し得る。当技術分野において既知の任意の方法を使用して、プレｍＲＮＡの標的領域にハイブリダイズしたときに所望の効果（例えば、増強されたタンパク質または機能的ＲＮＡ産生）をもたらすＡＳＯを同定（決定）することができる。また、これらの方法を使用して、選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分の上流のイントロンにおける、選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２部分の下流のイントロンにおける、エクソンの第１部分における、エクソンの第２部分における、または選択的イントロンにおける、標的化領域に結合することにより、選択的イントロンのスプライシングを調節するＡＳＯを特定することができる。使用できる方法の例を以下に提供する。

【0188】

ＡＳＯ「ｗａｌｋ」と呼ばれる、１ラウンドのスクリーニングを、プレｍＲＮＡの標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実行してもよい。例えば、ＡＳＯ ｗａｌｋで使用されるＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的イントロンもしくは選択的イントロンの上流に位置するエクソンの配列の一部、または選択的イントロンの５’スプライス部位に隣接しているエクソンの第１の部分の配列の一部）から、選択的イントロンの５’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、及び／または、選択的イントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から、選択的イントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流（例えば、標的イントロンもしくは選択的イントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部、または選択的イントロンの３’スプライス部位に隣接しているエクソンの第２の部分の配列の一部）まで、５ヌクレオチドごとにタイル表示することができる。例えば、１５ヌクレオチド長の第１のＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して＋１～＋１５ヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計され得る。第２のＡＳＯは、選択的イントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋２０ヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、プレｍＲＮＡの標的領域に跨るように設計されている。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、より密接に、例えば、１、２、３、または４ヌクレオチドごとにタイル表示することができる。さらに、ＡＳＯは、５’スプライス部位の下流の１００ヌクレオチドから３’スプライス部位の上流の１００ヌクレオチドまでタイル表示することができる。

【0189】

１つもしくは複数のＡＳＯまたは対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予想されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えば、トランスフェクションによって、標的プレｍＲＮＡ（例えば、本明細書の他の場所に記載されているＡＩＣプレｍＲＮＡ）を発現する疾患関連細胞株に送達される。ＡＳＯのそれぞれのスプライシング調節効果（例えば、スプライシング阻害効果またはスプライシング誘導効果）は、当技術分野における既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに跨るプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲによって評価され得る。対照ＡＳＯ処理細胞と比較して、ＡＳＯ処理細胞におけるスプライスジャンクションに跨るプライマーを使用して産生されたＲＴ－ＰＣＲ産物の増加は、標的イントロンのスプライシングが阻害されたことを示している。対照ＡＳＯ処理細胞と比較して、ＡＳＯ処理細胞におけるスプライスジャンクションに跨るプライマーを使用して産生されたＲＴ－ＰＣＲ産物の減少または不存在は、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。実施例２に記載されるように、ＲＴ－ＰＣＲはまた、スプライスジャンクションに隣接しているプライマーを使用し得る。ＲＴ－ＰＣＲ産物は、スプライシングイベントの不存在もしくは存在またはスプライスジャンクションの変更もしくは追加のために、異なるサイズであり得る。例えば、より小さなＲＴ－ＰＣＲ産物の存在は、追加のスプライシングイベントが起こったこと、またはスプライシングイベントが異なる位置で発生したことを示している場合がある。より小さいＲＴ－ＰＣＲ産物は、選択的イントロンがスプライスアウトされたことを示している場合がある。

【0190】

いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライスされたプレｍＲＮＡのスプライシングされていないプレｍＲＮＡに対する比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲を、本明細書に記載のＡＳＯを使用して調節する（例えば、減じるまたは改善する）ことができる。標的プレｍＲＮＡによってコードされるタンパク質または機能的ＲＮＡの量を評価して、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定することもできる。ｑＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、及びＥＬＩＳＡなど、ＲＮＡまたはタンパク質産生を評価及び／または定量化するための当技術分野において既知である任意の方法を使用することができる。

【0191】

ＡＳＯ「ｍｉｃｒｏ－ｗａｌｋ」と呼ばれる、第２のラウンドのスクリーニングを、プレｍＲＮＡの標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを使用して実行してもよい。ＡＳＯ ｍｉｃｒｏ－ｗａｌｋで使用されるＡＳＯは、１ヌクレオチドごとにタイル表示されて、ＡＳＯによりハイブリダイズされると、スプライシングが変調する（例えば、阻害または強化される）プレｍＲＮＡのヌクレオチド酸配列をさらに精密化する。

【0192】

標的イントロンのスプライシングを阻害または促進するＡＳＯによって定義される領域を、１ヌクレオチドステップで間隔を空けたＡＳＯ、ならびに典型的には１８～２５ヌクレオチドのより長いＡＳＯを伴うＡＳＯ「ｍｉｃｒｏ－ｗａｌｋ」によってより詳細に調査する。

【0193】

上記でＡＳＯ ｗａｌｋについて説明したように、ＡＳＯ ｍｉｃｒｏ－ｗａｌｋを、１つまたは複数のＡＳＯ、または対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予想されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって標的プレｍＲＮＡを発現する疾患関連細胞株へ送達することにより実行する。それぞれのＡＳＯのスプライシング阻害効果またはスプライシング誘導効果は、当技術分野における既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに跨るプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲによって評価され得る。対照ＡＳＯ処理細胞と比較して、ＡＳＯ処理細胞におけるスプライスジャンクションに跨るプライマーを使用して産生されたＲＴ－ＰＣＲ産物の増加は、標的イントロンのスプライシングが阻害されたことを示している。対照ＡＳＯ処理細胞と比較して、ＡＳＯ処理細胞におけるスプライスジャンクションに跨るプライマーを使用して産生されたＲＴ－ＰＣＲ産物の減少または不存在は、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。実施例２に記載されるように、ＲＴ－ＰＣＲはまた、スプライスジャンクションに隣接しているプライマーを使用し得る。ＲＴ－ＰＣＲ産物は、スプライシングイベントの不存在もしくは存在またはスプライスジャンクションの変更もしくは追加のために、異なるサイズであり得る。例えば、より小さなＲＴ－ＰＣＲ産物の存在は、追加のスプライシングイベントが起こったこと、またはスプライシングイベントが異なる位置で発生したことを示している場合がある。より小さいＲＴ－ＰＣＲ産物は、選択的イントロンがスプライスされたことを示している場合がある。いくつかの実施形態では、スプライシング効率、スプライスされたプレｍＲＮＡに対するスプライシングされていないプレｍＲＮＡの比、スプライシングの速度、またはスプライシングの範囲を、本明細書に記載のＡＳＯを使用して調節する（例えば、減じるまたは改善する）ことができる。標的プレｍＲＮＡによってコードされるタンパク質または機能ＲＮＡの量を評価して、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定することもできる。ｑＰＣＲ、ＲＴ－ＰＣＲ、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡法、及びＥＬＩＳＡなど、ＲＮＡまたはタンパク質産生を評価及び／または定量化するための当技術分野において既知である任意の方法を使用することができる。

【0194】

プレｍＲＮＡの領域にハイブリダイズしたときに、スプライシングの調節（例えば、スプライシングの阻害または増強）及びタンパク質産生の調節（例えば、タンパク質産生の増加または減少）をもたらすＡＳＯは、動物モデル、例えば、完全長ヒト遺伝子がノックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用して、インビボで試験され得る。ＡＳＯの投与のための好適な経路は、ＡＳＯの送達が望まれる疾患及び／または細胞型に応じて変化し得る。ＡＳＯは、例えば、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、髄腔内注射、皮下注射、経口投与、滑膜注射、硝子体内投与、網膜下注射、局所適用、移植、または静脈内注射によって投与してもよい。投与後に、モデル動物の細胞、組織、及び／または臓器を評価して、例えば、当技術分野において既知でありかつ本明細書に記載の方法によって、スプライシング（効率、速度、範囲）及びタンパク質産生を評価することにより、ＡＳＯ治療の効果を判定することができる。動物モデルはまた、疾患または疾患重症度の任意の表現型指標または行動指標であり得る。

【0195】

本発明の好適な実施形態が本明細書に示され記載されたが、そのような実施形態は、ほんの一例として提供されることが当業者に自明であろう。ここで、当業者は、多数の変化形、変更、及び置換を本発明から逸脱することなく想定するであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する種々の代替手段が、本発明の実施において使用され得ることを理解すべきである。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲に含まれる方法及び構造、ならびにそれらの等価物が、それにより包含されることが意図される。

【実施例】

【0196】

本開示を以下の実施例によってより具体的に例証する。しかしながら、本発明は、これらの実施例によっていかなる方法でも限定されないことを理解すべきである。

【0197】

実施例１：次世代シーケンシングを使用したＲＮＡｓｅｑによるＣＤ２７４転写物における選択的イントロンの同定
全トランスクリプトームショットガンシーケンシングを、次世代シーケンシングを使用して実行し、ＣＤ２７４遺伝子によって産生された転写物のスナップショットを明らかにして、選択的イントロンを同定することができる。この目的のために、ＡＳＴ（ヒト星状細胞）細胞の核及び細胞質画分からのポリＡ＋ ＲＮＡを単離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリー調製キットを使用してｃＤＮＡライブラリーを構築することができる。ライブラリーはペアエンドシーケンシングが可能であり、これにより、１００ヌクレオチドのリードが可能になり、ヒトゲノムにマッピングすることができる。マッピングされたリードは、ＵＣＳＣゲノムブラウザー（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｇｒｏｕｐ（Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， ＣＡ ９５０６４）によって運営され、例えば、Ｒｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅｔ ａｌ．， ２０１５， “Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔａｂａｓｅ： ２０１５ ｕｐｄａｔｅ，” Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ， ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇｋｕ１１７７に記載されている）を使用して視覚化され、カバレッジ及びリード数を、ピークシグナルによって推測することができる。シーケンシングリードに基づいて、ＣＤ２７４におけるエクソン４は潜在的な選択的イントロンを有すると同定された。選択的イントロン構築物の概略図を図１に示す。機能的タンパク質をコードするｍＲＮＡ配列は１１０とラベル付けされている。配列１１０は、３つのエクソン、すなわち１０１、１０３～１０５、及び１０７で構成されている。イントロン１０２及び１０６はスプライスアウトされており、構築物１１０の一部ではない。しかし、１２０とラベル付けされたｍＲＮＡの代替形態が生成される場合があり、これにより未成熟終止コドン（ＰＴＣ）が生じ、したがってこれは機能的タンパク質をコードしない。この代替ｍＲＮＡは、代わりに１０１、１０３、１０５、及び１０７で構成されおり、１０４（構築物１１０のエクソンの一部）が「選択的イントロン」としてスプライスアウトされる。

【0198】

実施例２：エクソン４における選択的イントロンのインビトロ観察。
ＰＣＲプライマーは、エクソン４及びエクソン６と相同性を伴って設計されており、ＲＴ－ＰＣＲ反応を実行して、Ｈｕｈ７細胞におけるｍＲＮＡ転写物に関連するアンプリコンを生成する。全ＲＮＡ（ラベルＴ）、ならびに核（ラベルＮ）及び細胞質（ラベルＣ）に対応する分画細胞からのＲＮＡを使用して増幅反応を実行して、ｍＲＮＡ転写物のアンプリコンを生成する。アンプリコンをポリアクリルアミドゲル上で泳動させて、異なるＰＣＲ産物の強度を観察することができる。「選択的イントロン」（ａ．ｉ．）の除去から生じる産物は、完全長の機能的ｍＲＮＡ転写物（ｃａｎとラベル付けされている）に対応する産物よりもゲル上で低く、サイズが小さいことが観察される。ａ．ｉ．除去のレベルを視覚化するために、細胞をシクロヘキシミド（ＣＨＸ）またはＤＭＳＯ対照により処理した。翻訳阻害剤であるＣＨＸは、ａ．ｉ．の除去がＰＴＣの導入につながるため、通常は選択的イントロンを欠くｍＲＮＡを分解するナンセンス変異依存性ｍＲＮＡ分解機構（ｎｏｎｓｅｎｓｅ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ ｄｅｃａｙ）を阻害する。図２Ａは、ｃａｎ及びａ．ｉ．産物のゲルならびに概略図を示している。図２Ｂは、合計（ＣＡＮ＋ａ．ｉ．）に対するａ．ｉ．の除去から得られる産物の存在量パーセントを示す。図２Ｃは、２つのヒト細胞株（ＡＲＰＥ－１９及びＨＵＶＥＣ）及び非ヒト霊長類網膜（ｃｙｎｏ網膜）における合計に対するａ．ｉ．の除去から得られる産物のゲル、概略図、及び存在量パーセントを示す。

【0199】

実施例３：ＣＤ２７４のエクソン４を標的化するＡＳＯ－ｗａｌｋの設計
ＡＳＯ ｗａｌｋを、エクソン４（配列番号１～６７）を標的化するように設計した。ヌクレオチド＋６８～＋２５３に跨る領域を、５ヌクレオチド間隔でシフトされた２’－Ｏ－ＭＯＥ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８－ｍｅｒ ＡＳＯを用いて標的化した。図３は、このＡＳＯ ｗａｌｋを示しており、黒いボックスそれぞれは、ＡＳＯの範囲を示し、黒いブロックの下に示されている配列は、エクソン４の標的配列を示している。各ブロックは１８ヌクレオチドに跨り、１８ヌクレオチドのＡＳＯを表し、５ヌクレオチド離れて開始して、５ヌクレオチド間隔の「ｗａｌｋ」を表す。

【0200】

実施例４：ＣＤ２７４のエクソン４を標的化するＡＳＯ－ｗａｌｋのスクリーニング
実施例３からのＡＳＯを、ＡＲＰＥ－１９細胞を使用してスクリーニングした。ＡＳＯを、図３に示す８０ｎＭのＡＳＯを使用してＡＲＰＥ－１９細胞に２４時間トランスフェクトした。ＲＴ－ＰＣＲ産物を、エクソン４及びエクソン６におけるプライマーを使用して増幅させ、ポリアクリルアミドゲル上で泳動させた。図４Ａは、完全長ｃａｎ ｍＲＮＡに対応するより高いバンド、及びより短いａ．ｉ．ｍＲＮＡに対応するより低いバンドを示す。図４Ｂは、選択的イントロンのパーセンテージとしてプロットされたＲＴ－ＰＣＲ産物の定量化を示す（ａ．ｉ．／（ｃａｎ＋ａ．ｉ．）＊１００）。ａ．ｉ．の相対的存在量が減少した場合、ＡＳＯは潜在的候補として示された。例えば、ＡＳＯ３４による処理は、対照（モック（ｍｏｃｋ））と比較して相対的な存在量の減少と相関している。図４Ｃは、パネルＡのサンプルからのＲＮＡを使用したＴａｑｍａｎ ｑＰＣＲ分析を示す。Ｔａｑｍａｎプローブはエクソン３－エクソン４ジャンクション上に配置されている。観察されたように、ＣＤ２４７ ｍＲＮＡの発現は、ａ．ｉ．転写物の相対的な存在量と一般的に逆相関がある。例えば、ＡＳＯ３４は、対照と比較してＣＤ２４７発現の増加を示している。

【0201】

実施例５：ＡＳＯ活性の測定
選択したＡＳＯを、８０ｎＭのＡＳＯを使用してＨｕｈ７細胞に２１時間トランスフェクトした。複数のアッセイを使用して、選択したＡＳＯの一般的な活性を決定した。図５Ａは、選択されたた８０ｎＭ ＡＳＯにより２１時間トランスフェクトし、それに続いて３時間のシクロヘキシミド処理を行ったＨｕｈ７細胞からのＲＮＡを使用したＲＴ－ＰＣＲを示す。プライマーを、エクソン４及び６に配置した。図５Ｂは、選択的イントロンのパーセンテージとしてプロットされたＲＴ－ＰＣＲ産物の定量化を示す（ａ．ｉ．／（ｃａｎ＋ａ．ｉ．）＊１００）。ＡＳＯ３４により、ａ．ｉ．産物の量の減少がもたらされた。これは図５Ｂで観察され、ａ．ｉ．に対応するバンドの強度は、モックトランスフェクト細胞と比較して、ＡＳＯ３４トランスフェクト細胞では低くなっている。図５Ｃは、２４時間トランスフェクトされたＨｕｈ７細胞からのＲＮＡを使用したＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲ分析を使用して、モックと比較した８０ｎＭのＡＳＯの活性を定量化したことを示す。ＴａｑＭａｎ ｑＰＣＲプローブを、エクソン３－４ジャンクション上に配置した。結果は、モックトランスフェクト細胞と比較して、ＡＳＯ３４トランスフェクト細胞における完全長ｃａｎ ｍＲＮＡの相対的存在量が高いことを示している。図５Ｄは、ＰＤ－Ｌ１タンパク質の発現を定量化するために、対照（モック）に対する倍率変化としてプロットされた、８０ｎＭ ＡＳＯ３４により５日間トランスフェクトされたＨｕｈ７細胞のフローサイトメトリー分析の平均蛍光強度を示す。

【表2】

【0202】

実施例６：種々の遺伝子転写物における選択的イントロン
全トランスクリプトームショットガンシーケンシングを、次世代シーケンシングを使用して実行し、遺伝子によって産生された転写物のスナップショットを明らかにして、選択的イントロンを同定することができる。実施例１にも記載されているように、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリー調製キットを使用して、細胞を単離し、ｃＤＮＡライブラリーを構築することができる。ライブラリーを分析し、シーケンシングリードに基づいて、他の遺伝子におけるエクソンが潜在的な選択的イントロンを有すると同定することができる。
ＡＳＯ ｗａｌｋを、実施例３と同様に５ヌクレオチド間隔でシフトされた２’－Ｏ－ＭＯＥ ＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８－ｍｅｒ ＡＳＯを使用して同定されたエクソンを標的化するように設計することができる。次に、実施例４の例示的なスクリーニング方法を介してＡＳＯをバリデーションすることができ、次に、このＡＳＯを使用して、ｍＲＮＡ転写物への選択的イントロンイベントの包含を防止または促進することができる。ＡＳＯをマウスモデルにさらに注射して、活性及び発現の増加を確認することができる。種々の動物疾患モデルを使用して、標的タンパク質の発現増加をバリデーションすることができる。表３は、上記で説明した方法で標的化することができる遺伝子の一部の例を提供する。表３に列挙されている遺伝子は、選択的イントロンを構成することが知られている。標的エクソンに加えて、遺伝子の染色体座標が提供されている。表３にはまた、遺伝子の発現の増加によって治療することができるいくつかの例示的な疾患を列挙している。表３に提供されている配列及び染色体座標は、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８アセンブリから生成されている。

【表3-1】

【表3-2】

【表3-3】

【0203】

本開示の好ましい実施形態を示し、本明細書に記載しているが、そのような実施形態が、例示として提供されるにすぎないことは当業者に明らかである。そして、当業者は、本開示から逸脱することなく、数多くの変形、変更及び置換を思いつくであろう。本開示を実施する際には、本明細書に記載されている本開示の実施形態に対する種々の代替物を用いてよいことを理解すべきである。以下の特許請求の範囲が本開示の範囲を定義し、これらの特許請求の範囲の方法及び構造ならびにそれらの均等物がそれにより包含されることが意図されている。

【図1】

【図2A】

【図2B】

【図2C】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6A】

【図6B】

【図6C】

【配列表】

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【国際調査報告】