▶ ネオン セラピューティクス， インコーポレイテッドの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-08-18
(54)【発明の名称】新抗原組成物およびその使用
(51)【国際特許分類】
C12N 15/11 20060101AFI20220810BHJP
C07K 2/00 20060101ALI20220810BHJP
C07K 14/705 20060101ALI20220810BHJP
C12N 5/0783 20100101ALI20220810BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20220810BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20220810BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20220810BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20220810BHJP
A61P 37/04 20060101ALI20220810BHJP
C12N 5/10 20060101ALN20220810BHJP
【ＦＩ】
C12N15/11 Z ZNA
C07K2/00
C07K14/705
C12N5/0783
A61P35/00
A61K31/7088
A61K31/7105
A61K39/00 H
A61P37/04
C12N5/10
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2021573448
(86)(22)【出願日】2020-06-10
(85)【翻訳文提出日】2022-02-09
(86)【国際出願番号】 US2020037019
(87)【国際公開番号】W WO2020252039
(87)【国際公開日】2020-12-17
(31)【優先権主張番号】62/860,493
(32)【優先日】2019-06-12
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】518344612
【氏名又は名称】ビオンテック ユーエス インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】ジュネジャ， ヴィクラム
(72)【発明者】
【氏名】ドン， ジェンシン
(72)【発明者】
【氏名】アイザート， ロビン ジェシカ
(72)【発明者】
【氏名】ケイラバディ， マハブーベ
【テーマコード（参考）】
4B065
4C085
4C086
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B065AA94X
4B065AA94Y
4B065AB01
4B065CA24
4B065CA44
4C085AA03
4C085BB01
4C085DD62
4C085EE01
4C086AA01
4C086AA02
4C086AA03
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA04
4C086MA52
4C086MA56
4C086MA59
4C086MA66
4C086NA14
4C086ZB05
4C086ZB26
4H045AA10
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045DA50
4H045DA86
4H045EA20
4H045FA74
(57)【要約】
本明細書の開示は、ネオエピトープを含む免疫療法用ポリペプチド、免疫療法用ポリペプチドを含む抗原提示細胞、および免疫療法用ポリペプチドを含む医薬組成物に関する。疾患または状態の処置における免疫療法用ポリペプチドの使用も本明細書に開示される。本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して免疫応答を活性化する、促進する、増大させる、および／または増強する方法を提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープを含むポリペプチドであって、式（Ｉ）：Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍが前記エピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）前記ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）前記ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である前記対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数である；かつ
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である前記対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数であり、
さらに、
（ａ）前記ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）前記ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）前記エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）前記ポリペプチドが前記ＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐが前記エピトープから切断される、
ポリペプチド。
【請求項2】
前記エピトープがクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるものであり、ｍが９から２５までの整数である、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項3】
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐにより、ポリペプチドの溶解性がＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐを含有しない対応するペプチドと比較して増強される、請求項１または２に記載のポリペプチド。
【請求項4】
前記ポリペプチドが前記ＡＰＣによるプロセシングを受けると、前記エピトープがＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐから遊離する、請求項１から３までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項5】
ｎが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断される、請求項１から４までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項6】
ｎが１から１０００までの整数である場合、前記ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、前記ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強される、請求項１から５までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項7】
前記ＡＰＣにより前記エピトープが免疫細胞に提示される、請求項１から６までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項8】
ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強される、請求項１から７までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項9】
ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする前記対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強される、請求項１から８までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項10】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、リシン（Ｌｙｓ）、ポリ－Ｌｙｓ（ポリＫ）およびポリ－Ａｒｇ（ポリＲ）からなる群から選択される配列を含む、請求項１から９までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項11】
前記ポリＫが、ポリ－Ｌ－Ｌｙｓを含む、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項12】
前記ポリＲが、ポリ－Ｌ－Ａｒｇを含む、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項13】
前記ポリＫまたはポリＲが、それぞれ少なくとも２つ、３つまたは４つの連続したリシン残基またはアルギニン残基を含む、請求項１０から１２までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項14】
前記エピトープが、ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに結合する、請求項１から１３までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項15】
前記エピトープが、前記ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する、請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項16】
前記エピトープが、前記ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する、請求項１４に記載のポリペプチド。
【請求項17】
対象においてＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない、請求項１から１６までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項18】
ヒト血漿中で安定である、請求項１から１７までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項19】
ヒト血漿中で１時間から５日間までの半減期を有する、請求項１から１８までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項20】
前記対象が、ヒトである、請求項１から１９までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項21】
前記エピトープが、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満の親和性で結合する、請求項１から２０までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項22】
前記エピトープが、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分間よりも長い、３０分間よりも長い、１５分間よりも長い、または１０分間よりも長い安定性で結合する、請求項１から２１までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項23】
前記ＨＬＡ対立遺伝子が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子、および／またはＨＬＡ－Ｃ０８：０２対立遺伝子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、請求項２１または２２に記載のポリペプチド。
【請求項24】
前記エピトープが、腫瘍特異的エピトープを含む、請求項１から２３までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項25】
前記エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む、請求項１から２４までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項26】
前記少なくとも１つの突然変異型アミノ酸が、前記対象のゲノム内の核酸配列における挿入、欠失、フレームシフト、ネオＯＲＦ、または点突然変異によってコードされるものである、請求項２５に記載のポリペプチド。
【請求項27】
前記エピトープが、ＲＡＳエピトープである、請求項１から２６までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項28】
前記エピトープが、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸および前記Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、請求項２７に記載のポリペプチド。
【請求項29】
前記Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸が、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む、請求項２８に記載のポリペプチド。
【請求項30】
前記Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異が、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む、請求項２８または２９に記載のポリペプチド。
【請求項31】
前記ＲＡＳエピトープが、ＶＶＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＡＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＡＧＶＧ、ＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧ、ＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＲＧＶＧ、ＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＳＧＶＧ、ＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧ、またはＶＧＡＶＧＶＧＫのアミノ酸配列を含む、請求項２７から３０までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項32】
Ｙｎが、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＴＥＹ、ＫＴＥＹＫ、ＫＴＥＹＫＬ、ＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＴＥＹ、ＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＴＥＹＫ、ＴＥＹＫＬ、ＴＥＹＫＬＶ、ＴＥＹＫＬＶＶ、ＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、ＫＫＫＫＩＩＭＫＩＲＮＡ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む、請求項１から３１までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項33】
Ｚｐが、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＮＫＫＤＤＩ、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＫＫＫＫ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む、請求項１から３２までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項34】
ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、またはＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫのアミノ酸配列を含む、請求項１から３３までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項35】
前記エピトープが、ＲＡＳエピトープではない、請求項１から２６までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項36】
ＫＫＫＫＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴ、ＫＫＫＫＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳ、ＫＫＫＫＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬ、ＫＫＫＫＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨ、またはＫＫＫＫＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨではない、請求項１から３５までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項37】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、前記エピトープが引き出されたタンパク質とは異なるタンパク質のアミノ酸配列を含む、請求項１から３６までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項38】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、ｐｐ６５、ＨＩＶ、またはＭＡＲＴ－１などのＣＭＶのタンパク質のアミノ酸配列を含む、請求項１から３７までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項39】
ｎが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０または２０よりも大きい整数である、請求項１から３８までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項40】
ｐが、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０または２０よりも大きい整数である、請求項１から３９までのいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項41】
請求項１から４０までのいずれか一項に記載のポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチド。
【請求項42】
ｍＲＮＡである、請求項４１に記載のポリヌクレオチド。
【請求項43】
請求項１から４０までのいずれか一項に記載のポリペプチドまたは請求項４１もしくは４２に記載のポリヌクレオチド；および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
【請求項44】
疾患または状態を処置するための方法であって、それを必要とする対象に請求項４３に記載の医薬組成物を治療有効量で投与するステップを含む方法。
【請求項45】
前記疾患または前記状態が、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がん、前立腺がん、肝がん、胆道悪性腫瘍、子宮体がん、子宮頸がん、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、肝がん、骨髄性白血病および乳がんからなる群から選択されるがんである、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
投与するステップが、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む、請求項４４または４５に記載の方法。
【請求項47】
抗原特異的Ｔ細胞を調製する方法であって、請求項１から４０までのいずれか一項に記載のポリペプチドまたは請求項４１または４２に記載のポリヌクレオチドを含む抗原提示細胞を用いてＴ細胞を刺激するステップを含む方法。
【請求項48】
ｅｘ ｖｉｖｏで実施される、請求項４７に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１９年６月１２日出願の米国仮出願第６２／８６０，４９３号の利益を主張するものである。本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０２０年５月７日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０３１８９８号に関する。
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１９年６月１２日出願の米国仮出願第６２／８６０，４９３号の利益を主張するものである。本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０２０年５月７日出願の国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０３１８９８号に関する。
【背景技術】
【0002】
背景
がん免疫療法は、免疫系を使用してがんを処置するものである。免疫療法では、がん細胞が多くの場合、免疫系により検出することができる分子を表面上に有するという事実を活用する。この分子は腫瘍抗原として公知であり、多くの場合タンパク質または他の巨大分子（例えば炭水化物）である。能動免疫療法は、腫瘍抗原を標的とすることによって腫瘍細胞を攻撃するように免疫系を方向づけるものである。受動免疫療法は、既存の抗腫瘍応答を増強するものであり、モノクローナル抗体、リンパ球、およびサイトカインの使用を含む。腫瘍ワクチンは、一般には、腫瘍細胞を認識し、溶解させる抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を誘導するように共に働く腫瘍抗原と免疫賦活分子（例えば、アジュバント、サイトカイン、またはＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド）で構成される。悪性細胞内の遺伝的変化（例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異など）の結果として生じる腫瘍新抗原は最も腫瘍特異的なクラスの抗原を代表するものであり、患者に特異的であり得るかまたは共有され得る。腫瘍新抗原は腫瘍細胞に特有のものであり、これは、突然変異およびその対応するタンパク質が腫瘍にしか存在しないからである。腫瘍新抗原はまた中枢性免疫寛容も回避し、したがって、免疫原性である可能性がより高い。したがって、腫瘍新抗原は、体液性免疫および細胞性免疫のどちらも含めた免疫認識の優れた標的をもたらすものである。
がん免疫療法は、免疫系を使用してがんを処置するものである。免疫療法では、がん細胞が多くの場合、免疫系により検出することができる分子を表面上に有するという事実を活用する。この分子は腫瘍抗原として公知であり、多くの場合タンパク質または他の巨大分子（例えば炭水化物）である。能動免疫療法は、腫瘍抗原を標的とすることによって腫瘍細胞を攻撃するように免疫系を方向づけるものである。受動免疫療法は、既存の抗腫瘍応答を増強するものであり、モノクローナル抗体、リンパ球、およびサイトカインの使用を含む。腫瘍ワクチンは、一般には、腫瘍細胞を認識し、溶解させる抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を誘導するように共に働く腫瘍抗原と免疫賦活分子（例えば、アジュバント、サイトカイン、またはＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド）で構成される。悪性細胞内の遺伝的変化（例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異など）の結果として生じる腫瘍新抗原は最も腫瘍特異的なクラスの抗原を代表するものであり、患者に特異的であり得るかまたは共有され得る。腫瘍新抗原は腫瘍細胞に特有のものであり、これは、突然変異およびその対応するタンパク質が腫瘍にしか存在しないからである。腫瘍新抗原はまた中枢性免疫寛容も回避し、したがって、免疫原性である可能性がより高い。したがって、腫瘍新抗原は、体液性免疫および細胞性免疫のどちらも含めた免疫認識の優れた標的をもたらすものである。
【0003】
ワクチン接種でＴ細胞応答を引き出すためには、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によりエピトープ含有ペプチドがプロセシングされ、エピトープが主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）ＩまたはＭＨＣ ＩＩ上に提示されなければならない。治癒的かつ腫瘍特異的な免疫療法の開発に関する極めて重要な関門の１つは、適正な免疫応答を生じさせるための抗原提示のためのプロセシングおよび最小エピトープの遊離が不十分であることである。したがって、効率的かつ十分なエピトープのプロセシングおよび提示を確実にするための追加的ながん治療用ワクチンの開発が必要とされている。
【0004】
参照による組込み
本明細書において言及されている全ての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、具体的にかつ個別に参照により組み込まれることが示されたものと同じく参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書において言及されている全ての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、具体的にかつ個別に参照により組み込まれることが示されたものと同じく参照により本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0005】
概要
一部の態様では、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープを含むポリペプチドであって、式（Ｉ）：
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数である；かつ
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチドが本明細書で提供される。
一部の態様では、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープを含むポリペプチドであって、式（Ｉ）：
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数である；かつ
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチドが本明細書で提供される。
【0006】
一部の実施形態では、エピトープは、クラスＩＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、ｍは９から２５までの整数である。一部の実施形態では、ｔは１、２、３、４、または５またはそれよりも大きく、ｒは０である。一部の実施形態では、ｕは１、２、３、４、または５またはそれよりも大きく、ｓは０である。一部の実施形態では、ｔは１またはそれよりも大きく、ｒは０であり、ｎは１～１０００である。一部の実施形態では、ｕは１またはそれよりも大きく、ｓは０であり、ｐは１～１０００である。一部の実施形態では、ｔは０である。一部の実施形態では、ｕは０である。一部の実施形態では、ｔは少なくとも１であり、Ｂｔはリシンを含む。一部の実施形態では、ｕは少なくとも１であり、Ｃｕはリシンを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＢｔがエピトープから切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＣｕがエピトープから切断される。一部の実施形態では、ｎは１から５までまたは７から１０００までの整数である。一部の実施形態では、ｐは１から４までまたは６から１０００までの整数である。
【0007】
一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない。一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープを含まない。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む。一部の実施形態では、エピトープは少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列における挿入、欠失、フレームシフト、ネオＯＲＦ、または点突然変異によってコードされるものである。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される。一部の実施形態では、Ｘｍのｍは少なくとも８であり、Ｘｍは、ＡＡ１ＡＡ２ＡＡ３ＡＡ４ＡＡ５ＡＡ６ＡＡ７ＡＡ８ＡＡ９ＡＡ１０ＡＡ１１ＡＡ１２ＡＡ１３ＡＡ１４ＡＡ１５ＡＡ１６ＡＡ１７ＡＡ１８ＡＡ１９ＡＡ２０ＡＡ２１ＡＡ２２ＡＡ２３ＡＡ２４ＡＡ２５であり、ここで、各ＡＡはアミノ酸であり、ＡＡ９、ＡＡ１０、ＡＡ１１、ＡＡ１２、ＡＡ１３、ＡＡ１４、ＡＡ１５、ＡＡ１６、ＡＡ１７、ＡＡ１８、ＡＡ１９、ＡＡ２０、ＡＡ２１、ＡＡ２２、ＡＡ２３、ＡＡ２４、およびＡＡ２５のうちの１つまたは複数は必要に応じて存在し、さらに、少なくとも１つのＡＡが突然変異型アミノ酸である。一部の実施形態では、ｒは１である。一部の実施形態では、ｓは１である。一部の実施形態では、ｒは１であり、ｓは１である。一部の実施形態では、ｒは０である。一部の実施形態では、ｓは０である。一部の実施形態では、ｒは０であり、ｓは０である。
【0008】
一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは非ポリペプチドリンカーである。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは化学リンカーである。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは非天然（ｎｏｎ－ｎａｔｕｒａｌ）アミノ酸を含む。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓはアミノ酸を含まない。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは天然アミノ酸を含まない。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓはペプチド結合以外の結合を含む。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓはジスルフィド結合を含む。一部の実施形態では、ＡｒとＡｓは異なる。一部の実施形態では、ＡｒとＡｓは同じである。
【0009】
一部の実施形態では、ポリペプチドは親水性尾部を含む。一部の実施形態では、Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐにより、ポリペプチドの溶解性がＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｚｐを含有しない対応するペプチドと比較して増強される。一部の実施形態では、Ｘｍの各Ｘは天然アミノ酸である。
【0010】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとエピトープがＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐから遊離する。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡｒおよび／またはＡｓにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ｎが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、かつ／または、ポリペプチドは、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断される。
【0011】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、ｎが１から１０００までの整数である場合、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、ここで、ｔは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒは０である；かつ／または、ポリペプチドは、ｐが１から１０００までの整数である場合、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、ここで、ｕは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓは０である。
【0012】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、ｎが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率でＡｒにおいて切断され、かつ／または、ポリペプチドは、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率でＡｓにおいて切断される。
【0013】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強される。
【0014】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、ここで、ｔは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒは０である；かつ／または、ＡＰＣによるエピトープ提示は、ｐが１から１０００までの整数である場合、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、ここで、ｕは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓは０である。
【0015】
一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞に提示される。一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが食細胞に提示される。一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に提示される。一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞、食細胞、樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に優先的にまたは特異的に提示される。
【0016】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強される。
【0017】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、ここで、ｔは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒは０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、ここで、ｕは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓは０である。
【0018】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強される。
【0019】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、ここで、ｔは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒは０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、ここで、ｕは少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓは０である。
【0020】
一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐは、ポリ－Ｌｙｓ（ポリＫ）およびポリ－Ａｒｇ（ポリＲ）からなる群から選択される配列を含む。一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐは、ポリＫ－ＡＡ－ＡＡおよびポリＲ－ＡＡ－ＡＡからなる群から選択される配列を含み、ここで、各ＡＡはアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。一部の実施形態では、ポリＫはポリ－Ｌ－Ｌｙｓを含む。一部の実施形態では、ポリＲはポリ－Ｌ－Ａｒｇを含む。一部の実施形態では、ポリＫまたはポリＲはそれぞれ少なくとも３つまたは４つの連続したリシン残基またはアルギニン残基を含む。一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓはジスルフィド；ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢＣ）；およびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣからなる群から選択され、ここで、各ＡＡはアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。一部の実施形態では、ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣはＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ、およびＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣからなる群から選択される。
【0021】
一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは、
である。
【化1】
【0022】
一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは、
であり、式中、Ｒ１およびＲ２は、独立に、Ｈまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；ｊは１または２であり；Ｇ１はＨまたはＣＯＯＨであり；ｉは１、２、３、４、または５である。
【化2】
【0023】
一部の実施形態では、ポリペプチドはユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは切断前にユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは対象においてＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは対象の血液中で、ＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは血液中でプロテアーゼによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはプラスミン、血漿カリクレイン、組織カリクレイン、トロンビン、または凝固因子によって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で安定である。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で１時間から５日間までの半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドはリソソーム、エンドリソソーム、エンドソーム、または小胞体（ＥＲ）において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはアミノペプチダーゼによって切断される。一部の実施形態では、アミノペプチダーゼは、インスリン調節性アミノペプチダーゼ（ＩＲＡＰ）または小胞体アミノペプチダーゼ（ＥＲＡＰ）である。一部の実施形態では、ポリペプチドはプロテアソームおよび／または免疫プロテアソームのトリプシン様ドメインによってプロセシングされる。一部の実施形態では、トリプシン様ドメインは、トリプシン様活性、キモトリプシン様活性、またはペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）活性を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはプロテアーゼによって切断される。一部の実施形態では、プロテアーゼは、トリプシン様プロテアーゼ、キモトリプシン様プロテアーゼ、またはペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）である。一部の実施形態では、プロテアーゼは、アスパラギンペプチドリアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、およびトレオニンプロテアーゼからなる群から選択される。一部の実施形態では、プロテアーゼは、カルパイン、カスパーゼ、カテプシンＢ、カテプシンＣ、カテプシンＦ、カテプシンＨ、カテプシンＫ、カテプシンＬ１、カテプシンＬ２、カテプシンＯ、カテプシンＳ、カテプシンＷ、およびカテプシンＺからなる群から選択されるシステインプロテアーゼである。
【0024】
一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。一部の実施形態では、対象はヒトである。
【0025】
一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭの親和性で結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、ｎは１から２０までまたは５から１２までの整数である。一部の実施形態では、ｐは１から２０までまたは５から１２までの整数である。一部の実施形態では、エピトープは腫瘍特異的エピトープを含む。
【0026】
一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも２つのポリペプチドを含み、少なくとも２つのポリペプチドのうちの２つまたはそれよりも多くが同じ式Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐを有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも２つのポリペプチド分子を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＸｍは同じである。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＹｎは同じである。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＺｐは同じである。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＡｒおよび／またはＡｓは異なる。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｒ＝０であり、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｒ＝１である。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｓ＝０であり、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｓ＝１である。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれよりも多くのポリペプチドまたはポリペプチド分子を含む。
【0027】
一部の実施形態では、エピトープはＲＡＳエピトープである。一部の実施形態では、エピトープは、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸およびＧ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異はＧ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐはｐｐ６５、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、またはＭＡＲＴ－１などのサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）のタンパク質のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ｎおよび／またはｐは１、２、３、または３よりも大きい整数である。一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐはリシンまたはポリ－リシンを含む。一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐはＫ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫまたはＫＫＫＫＫを含む。
【0028】
一部の実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、エピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分間よりも長い、３０分間よりも長い、１５分間よりも長い、または１０分間よりも長い安定性で結合する。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子、および／またはＨＬＡ－Ｃ０８：０２対立遺伝子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【0029】
一部の実施形態では、エピトープは、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、またはＤＩＬＤＴＡＧＫＥのアミノ酸配列を含む。
【0030】
一部の実施形態では、Ｙｎは、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＴＥＹＫＬＶ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、ＫＫＫＫＩＩＭＫＩＲＮＡ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｚｐは、ＫＫＮＫＫＤＤＩ、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む。
【0031】
一部の実施形態では、エピトープはＲＡＳエピトープではない。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＫＫＫＫＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴ、ＫＫＫＫＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳ、ＫＫＫＫＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬ、ＫＫＫＫＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨ、またはＫＫＫＫＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨではない。
【0032】
一部の実施形態では、エピトープはＧＡＴＡ３エピトープである。一部の実施形態では、ＧＡＴＡ３エピトープは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＶＬＰＥＰＨＬＡＬ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＰＡＶＰＦＤＬＨＦ、ＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＦＡＴＬＱＲＳＳＬ、ＡＲＶＰＡＶＰＦＤ、ＩＭＫＰＫＲＤＧＹ、ＤＧＹＭＦＬＫＡ、ＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦ、ＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＡＲＶＰＡＶＰＦ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲ、ＲＶＰＡＶＰＦＤＬ、またはＬＴＧＰＰＡＲＶＰのアミノ酸配列を含む。
【0033】
一部の態様では、本明細書に記載のポリペプチドを含む細胞が本明細書で提供される。一部の実施形態では、細胞は抗原提示細胞である。一部の実施形態では、細胞は樹状細胞である。一部の実施形態では、細胞は成熟抗原提示細胞である。
【0034】
一部の態様では、ポリペプチドを切断する方法であって、本明細書に記載のポリペプチドを抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法をｉｎ ｖｉｖｏで実施する。一部の実施形態では、方法をｅｘ ｖｉｖｏで実施する。
【0035】
一部の態様では、ポリペプチドを製造する方法であって、Ｙｎ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｚｐをエピトープ配列を含む配列と連結するステップを含み、エピトープ配列が、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるものであり；（ｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、ｎが０から１０００までの整数であり；（ｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、ｐが、０から１０００までの整数であり；かつ、（ｉｉｉ）Ａｒがリンカーであり、Ａｓがリンカーであり、ｒおよびｓの少なくとも一方が１であり、さらに、（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または、（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、方法が本明細書で提供される。
【0036】
一部の態様では、ポリペプチドを製造する方法であって、ＹｎをＢｔ－Ｘｍと連結し、かつ／またはＺｐをＸｍ－Ｃｕと連結するステップを含み、Ｘｍが、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープ配列であり；かつ、（ｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流にある対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｔが０から１０００までの整数である；（ｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｕが０から１０００までの整数である；（ｉｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、Ｂｔ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、ｎが０から１０００までの整数であり；かつ、（ｉｖ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、Ｘｍ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、ｐが、０から１０００までの整数である；さらに、（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎ－Ｂｔおよび／またはＣｕ－Ｚｐがエピトープから切断される、方法が本明細書で提供される。
【0037】
一部の実施形態では、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である。一部の実施形態では、各Ｘは、独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる任意の連続したアミノ酸配列を含むペプチド配列のアミノ酸を表し、かつ、（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数である、または（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である。
【0038】
一部の態様では、本明細書に記載のポリペプチドおよび薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物が本明細書で提供される。一部の実施形態では、医薬組成物は、免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む。一部の実施形態では、免疫調節剤またはアジュバントは、ポリ－ＩＣＬＣ、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ＡＲＮＡＸ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、ベクター系、ＰＬＧＡ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、ベータ－グルカン、Ｐａｍ２Ｃｙｓ、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、およびＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スチムロンからなる群から選択される。一部の実施形態では、免疫調節剤またはアジュバントは、ポリ－ＩＣＬＣを含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、ワクチン組成物である。一部の実施形態では、医薬組成物は水性または液体である。
【0039】
一部の実施形態では、エピトープは、医薬組成物中に１ｎｇから１０ｍｇまで、または５μｇから１．５ｍｇまでの量で存在する。一部の実施形態では、医薬組成物はＤＭＳＯをさらに含む。一部の実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は水を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は１ｍＭよりも低い濃度または１ｍＭよりも高い濃度で存在するｐＨ調節剤を含む。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はジカルボン酸塩またはトリカルボン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はコハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はクエン酸のトリカルボン酸塩、またはトリクエン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤は、コハク酸二ナトリウムである。一部の実施形態では、コハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩は医薬組成物中に０．１ｍＭ～１ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態では、コハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩は医薬組成物中に１ｍＭ～５ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態では、対象に投与されると、エピトープに対する免疫応答が増大する。
【0040】
一部の態様では、疾患または状態を処置するための方法であって、それを必要とする対象に本明細書に記載の医薬組成物を治療有効量で投与するステップを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、疾患または状態はがんである。一部の実施形態では、がんは、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がん、および肝がんからなる群から選択される。一部の実施形態では、投与するステップは、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む。
【0041】
一部の態様では、対象の予防方法であって、対象の細胞を本明細書に記載のポリペプチド、細胞、または医薬組成物と接触させるステップを含む方法が本明細書で提供される。
【0042】
一部の態様では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープを同定するステップと、エピトープを含むポリペプチドを作製するステップであって、ポリペプチドが、式（Ｉ）、
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、また （ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数である；かつ
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ、
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ステップとを含む方法が本明細書で提供される。
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、また （ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数である；かつ
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ、
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ステップとを含む方法が本明細書で提供される。
【0043】
一部の実施形態では、同定するステップは、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールから、対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールには存在しない、１つまたは複数の異なる突然変異を含む複数の候補ペプチド配列をコードする複数の核酸配列を選択することを含み、ここで、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールおよび対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールは、全ゲノム配列決定または全エクソーム配列決定によって配列決定される。一部の実施形態では、同定するステップは、複数の候補ペプチド配列のうちのいずれの候補ペプチド配列が同じ対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質と複合体を形成するかを、ＨＬＡペプチド結合解析によって予測するまたは測定することをさらに含む。一部の実施形態では、同定するステップは、ＨＬＡペプチド結合解析に基づいて、候補ペプチド配列から、複数の選択された腫瘍特異的ペプチドまたは複数の選択された腫瘍特異的ペプチドをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを選択することをさらに含む。
【0044】
一部の実施形態では、方法は、ポリペプチドを対象に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、投与するステップは、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む。一部の実施形態では、対象において免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープは新抗原、腫瘍関連抗原、突然変異した腫瘍関連抗原であり、かつ／または、対象の腫瘍細胞におけるエピトープの発現が正常な対象の細胞におけるエピトープの発現と比較して高い。
【0045】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープを含むポリペプチドであって、式（Ｉ）：
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数であり；各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされないか、式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされないか、または式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；さらに、ｎが０から１０００までの整数である；各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされないか、式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされないか、または式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数である；ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１であり、Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１であり、各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｔが０から１０００までの整数である；かつ、各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｕが０から１０００までの整数である；さらに、ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない； ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／またはポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチドが本明細書で提供される。
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数であり；各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされないか、式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされないか、または式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；さらに、ｎが０から１０００までの整数である；各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされないか、式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされないか、または式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；さらに、ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数である；ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１であり、Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１であり、各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｔが０から１０００までの整数である；かつ、各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、ｕが０から１０００までの整数である；さらに、ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない； ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／またはポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとＹｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチドが本明細書で提供される。
【0046】
一部の実施形態では、エピトープは、クラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるものであり、ｍは９から２５までの整数である。
【0047】
一部の実施形態では、Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐにより、ポリペプチドの溶解性がＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐを含有しない対応するペプチドと比較して増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとエピトープがＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐから遊離する。一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、ポリペプチドは、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ポリペプチドは、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断される。一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強される。一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞に提示される。
【0048】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強される。
【0049】
一部の実施形態では、ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強される。
【0050】
一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐは、リシン（Ｌｙｓ）、ポリ－Ｌｙｓ（ポリＫ）およびポリ－Ａｒｇ（ポリＲ）からなる群から選択される配列を含む。一部の実施形態では、ポリＫはポリ－Ｌ－Ｌｙｓを含む。一部の実施形態では、ポリＲはポリ－Ｌ－Ａｒｇを含む。一部の実施形態では、ポリＫまたはポリＲはそれぞれ少なくとも２つ、３つまたは４つの連続したリシン残基またはアルギニン残基を含む。
【0051】
一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、エピトープはＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する。
【0052】
一部の実施形態では、ポリペプチドは対象においてＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で安定である。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で１時間から５日間までの半減期を有する。一部の実施形態では、対象はヒトである。
【0053】
一部の実施形態では、エピトープはＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、エピトープはＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分間よりも長い、３０分間よりも長い、１５分間よりも長い、または１０分間よりも長い安定性で結合する。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子、および／またはＨＬＡ－Ｃ０８：０２対立遺伝子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、エピトープは腫瘍特異的エピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープは少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は対象のゲノム内の核酸配列における挿入、欠失、フレームシフト、ネオＯＲＦ、または点突然変異によってコードされるものである。
【0054】
一部の実施形態では、エピトープはＲＡＳエピトープである。一部の実施形態では、エピトープは、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸およびＧ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳペプチド配列を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープは、ＶＶＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＡＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＡＧＶＧ、ＶＧＡＡＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＣＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＶＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＣＧＶＧ、ＶＧＡＣＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＤＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＤＧＶ、ＶＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＤＧＶＧ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＲＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＲＧＶＧ、ＶＧＡＲＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＳＧＶＧ、ＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＶＧＡＶＧＶＧ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＶＶＧＡＶＧＶＧ、またはＶＧＡＶＧＶＧＫのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｙｎは、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＴＥＹ、ＫＴＥＹＫ、ＫＴＥＹＫＬ、ＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＴＥＹ、ＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＴＥＹＫ、ＴＥＹＫＬ、ＴＥＹＫＬＶ、ＴＥＹＫＬＶＶ、ＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、ＫＫＫＫＩＩＭＫＩＲＮＡ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｚｐは、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＮＫＫＤＤＩ、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＫＫＫＫ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、またはＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、エピトープはＲＡＳエピトープではない。一部の実施形態では、ポリペプチドはＫＫＫＫＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴ、ＫＫＫＫＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳ、ＫＫＫＫＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬ、ＫＫＫＫＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨ、またはＫＫＫＫＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨではない。
【0055】
一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐは、エピトープが引き出されたタンパク質とは異なるタンパク質のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、Ｙｎおよび／またはＺｐは、ｐｐ６５、ＨＩＶ、またはＭＡＲＴ－１などのＣＭＶのタンパク質のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ｎは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０または２０よりも大きい整数である。一部の実施形態では、ｐは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０または２０よりも大きい整数である。
【0056】
一部の実施形態では、エピトープはＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧエピトープである。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧエピトープはＡＬＮＳＥＡＬＳＶのアミノ酸配列を含む。
【0057】
本明細書に記載のポリペプチドをコードする配列を含むポリヌクレオチドも本明細書で提供される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドはｍＲＮＡである。
【0058】
本明細書に記載のポリペプチドまたは本明細書に記載のポリヌクレオチド；および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物も本明細書で提供される。
【0059】
疾患または状態を処置するための方法であって、それを必要とする対象に本明細書に記載の医薬組成物を治療有効量で投与するステップを含む方法も本明細書で提供される。一部の実施形態では、疾患または状態は、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がん、前立腺がん、肝がん、胆道悪性腫瘍、子宮体がん、子宮頸がん、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、肝がん、骨髄性白血病および乳がんからなる群から選択されるがんである。一部の実施形態では、投与するステップは、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む。
【0060】
抗原特異的Ｔ細胞を調製する方法であって、本明細書に記載のポリペプチドまたは本明細書に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む抗原提示細胞を用いてＴ細胞を刺激するステップを含む方法も本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法をｅｘ ｖｉｖｏで実施する。
【0061】
本開示の特色は、添付の特許請求の範囲において詳細に記載されている。本開示の原理が利用される例示的な実施形態が記載されている以下の詳細な説明、および以下の付属図を参照することにより、本開示の特色および利点のよりよい理解が得られよう。
【図面の簡単な説明】
【0062】
【0063】
【0064】
【0065】
【0066】
【図5】図５は、ＫＲＡＳ特異的ジャーカット細胞を、等量の、ＫＲＡＳ－Ｇ１２Ｖエピトープのみを含有するペプチド、ＫＲＡＳ－Ｇ１２ＶエピトープとＫＲＡＳ－Ｇ１２ＶエピトープのＮ末端およびＣ末端に天然に隣接する追加的なアミノ酸配列とを含有するペプチド、またはＫＲＡＳ－Ｇ１２Ｖエピトープと、ＫＲＡＳ－Ｇ１２ＶエピトープのＮ末端および／またはＣ末端の合理的に設計された天然に隣接するものではない追加的なアミノ酸配列とを含有するペプチド（合理的な状況）のいずれかを負荷させた末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）と４８時間にわたって共培養した後にＫＲＡＳ特異的ジャーカット細胞から分泌されたＩＬ－２のレベル（ｐｇ／ｍＬ）を実証するグラフを示す。
【0067】
【0068】
【0069】
【0070】
【0071】
【図10】図１０は、ジャーカット細胞を、ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープのみを含有するペプチドを負荷させた２９３Ｔ細胞、または、天然の状況のＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープを含有するペプチド（すなわち、ペプチドは、エピトープ配列のＮ末端および／もしくはＣ末端に天然に隣接するアミノ酸もしくはアミノ酸配列をさらに含む）をコードするプラスミドを用いて形質導入した２９３Ｔ細胞、非天然の状況のＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープを含有するペプチド（すなわち、ペプチドは、エピトープ配列に天然に隣接するものではないアミノ酸もしくはアミノ酸配列をさらに含む）をコードするプラスミドを用いて形質導入した２９３Ｔ細胞、または非天然の状況で無関連のエピトープをコードするプラスミドを用いて形質導入した２９３Ｔ細胞（対照として）と２４時間にわたって共培養した（ジャーカットと２９３Ｔ細胞の比５：１）後にジャーカット細胞によって分泌されたＩＬ－２のレベル（ｐｇ／ｍＬ）を実証するグラフを示す。
【0072】
【0073】
【0074】
【0075】
【0076】
【発明を実施するための形態】
【0077】
詳細な説明
エピトープのプロセシングおよび提示を増強して免疫応答を刺激するための方法の発見に基づいた、個々の腫瘍特異的抗原またはネオエピトープを含む新しい免疫療法用組成物ならびにその使用が本明細書に記載されている。したがって、本明細書に記載の開示は、例えば、腫瘍関連抗原またはネオエピトープに対する免疫応答を刺激するため、がん、疾患または状態の処置に使用するための免疫原性組成物またはがんワクチンを創出するために使用することができるペプチドを提供する。
エピトープのプロセシングおよび提示を増強して免疫応答を刺激するための方法の発見に基づいた、個々の腫瘍特異的抗原またはネオエピトープを含む新しい免疫療法用組成物ならびにその使用が本明細書に記載されている。したがって、本明細書に記載の開示は、例えば、腫瘍関連抗原またはネオエピトープに対する免疫応答を刺激するため、がん、疾患または状態の処置に使用するための免疫原性組成物またはがんワクチンを創出するために使用することができるペプチドを提供する。
【0078】
以下の説明および例は、本開示の実施形態を詳細に例示するものである。本開示は本明細書に記載の特定の実施形態に限定されず、したがって、変動し得ることが理解されるべきである。本開示の多数の変形および改変が存在し、それらが本開示の範囲内に包含されることが当業者には理解されよう。
【0079】
用語は全て、当業者によって理解されるように理解されることが意図されている。別段の定義のない限り、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、本開示が関係する分野の当業者に一般に理解されるものと同じ意味を有する。
【0080】
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載の主題を限定するものとは解釈されない。
【0081】
本開示の種々の特色を単一の実施形態の関連で説明することができるが、特色を別々にまたは任意の適切な組合せで提供することもできる。逆に、本開示を本明細書では明確にするために別々の実施形態の関連で説明することができるが、本開示を単一の実施形態で実行することもできる。
【0082】
以下の定義は、当業者を補うものであり、本出願を対象とし、いかなる関連するまたは関連しない場合にも帰するものではない、例えば、いかなる共同所有特許または出願にも帰するものではない。本明細書に記載の方法および材料と類似した、またはそれと等しい任意の方法および材料を本開示の試験のための実施に使用することができるが、本明細書には、好ましい材料および方法が記載されている。したがって、本明細書において使用される用語は、特定の実施形態を説明するためだけのものであり、限定的とすることを意図するものではない。
１．定義
１．定義
【0083】
本明細書において使用される用語は、単に特定の場合を説明するためのものであり、限定的とすることを意図するものではない。本出願では、他に特に指定がなければ、単数形の使用は複数形を含む。本明細書で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、および「その（ｔｈｅ）」は、文脈によりそうでないことが明白に示されない限り、複数の形態も含むものとする。
【0084】
本出願では、「または」の使用は、別段の指定のない限り、「および／または」を意味する。「および／または」および「これらの任意の組合せ」という用語およびそれらの文法上の等価物は、本明細書で使用される場合、互換的に使用され得る。これらの用語は、あらゆる組合せが具体的に意図されていることを表し得る。単に例示的な目的で、以下の句「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」または「Ａ、Ｂ、Ｃ、またはこれらの任意の組合せ」は、「個別にＡ；個別にＢ；個別にＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；ＡおよびＣ；ならびにＡ、Ｂ、およびＣ」を意味し得る。「または」という用語は、文脈が具体的に離接的使用を指すものである場合を除き、接続的または離接的に使用され得る。
【0085】
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって決定される特定の値に対する許容される誤差範囲内に入ることを意味し得、許容される誤差範囲は、値の測定または決定の仕方、すなわち、測定系の限界に一部依存することになる。例えば、「約」は、当技術分野における慣習に従って、１または１よりも大きい標準偏差内に入ることを意味し得る。あるいは、「約」は、所与の値の２０％まで、１０％まで、５％まで、または１％までの範囲を意味し得る。あるいは、特に生物系またはプロセスに関しては、この用語は、値の１桁分以内、５倍以内、より好ましくは２倍以内であることを意味し得る。本出願および特許請求の範囲に特定の値が記載されている場合、別段の指定のない限り、特定の値に対する許容される誤差範囲内に入ることを意味する「約」という用語を前提とすべきである。
【0086】
本明細書および請求項（複数可）で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という単語（および含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）の任意の形態、例えば「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」など）、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」（および有する（ｈａｖｉｎｇ）の任意の形態、例えば「有する（ｈａｖｅ）」および「有する（ｈａｓ）」など）、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」（および含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）の任意の形態、例えば「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」など）または「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」（および含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）の任意の形態、例えば「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」および「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」）などは、包括的またはオープンエンドであり、追加的な、列挙されていない要素または方法のステップは排除されない。本明細書において考察されている任意の実施形態を本開示の任意の方法または組成物に関して実行することができ、逆もまた同じであることが意図されている。さらに、本開示の組成物を使用して本開示の方法を実現することができる。
【0087】
本明細書において「一部の実施形態」、「ある実施形態」、「一実施形態」または「他の実施形態」と言及される場合、実施形態に関連して記載されている特定の特色、構造、または特徴が本開示の少なくとも一部の実施形態に含まれるが、必ずしも全ての実施形態に含まれるわけではないことを意味する。本開示の理解を容易にするために、いくつかの用語および句を以下に定義する。
【0088】
ペプチドまたはタンパク質を記載するために使用される命名法は従来の慣習に従い、各アミノ酸残基のアミノ基が左側（アミノ末端またはＮ末端）およびカルボキシル基が右側（カルボキシ末端またはＣ末端）に示される。ペプチドエピトープ内のアミノ酸残基の位置が参照される場合、アミノからカルボキシルへの方向で番号付けされ、エピトープ、またはそれが一部になり得るペプチドもしくはタンパク質のアミノ末端に位置する残基が１位になる。本開示の選択された特定の実施形態を表す式では、アミノ末端基およびカルボキシル末端基は、具体的には示していないが、別段の指定のない限り、生理的ｐＨ値で想定されるそれらの形態にある。アミノ酸構造式において、各残基は一般に標準の３文字または１文字の名称で表される。Ｌ形態のアミノ酸残基は大文字１文字または最初の文字が大文字の３文字記号で表され、Ｄ形態を有するアミノ酸残基のＤ形態は小文字１文字または小文字３文字記号で表される。しかし、大文字を伴わずに３文字記号またはフルネームが使用される場合にはＬアミノ酸残基を指し得る。グリシンは非対称炭素原子を有さず、単に「Ｇｌｙ」または「Ｇ」と称される。本明細書に記載のペプチドのアミノ酸配列は、一般に、標準の１文字記号を使用して示される（Ａ、アラニン；Ｃ、システイン；Ｄ、アスパラギン酸；Ｅ、グルタミン酸；Ｆ、フェニルアラニン；Ｇ、グリシン；Ｈ、ヒスチジン；Ｉ、イソロイシン；Ｋ、リシン；Ｌ、ロイシン；Ｍ、メチオニン；Ｎ、アスパラギン；Ｐ、プロリン；Ｑ、グルタミン；Ｒ、アルギニン；Ｓ、セリン；Ｔ、トレオニン；Ｖ、バリン；Ｗ、トリプトファン；およびＹ、チロシン）。
【0089】
「残基」という用語は、ペプチドまたはタンパク質にアミド結合もしくはアミド結合模倣物によって組み入れられるアミノ酸残基もしくはアミノ酸模倣物残基、またはアミノ酸もしくはアミノ酸模倣物をコードする核酸（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）を指す。
【0090】
「ポリペプチド」、「ペプチド」、およびそれらの文法上の等価物は、本明細書で使用される場合、アミノ酸残基のポリマーを指す。「成熟タンパク質」は、全長（ｆｕｌｌ－ｌｅｎｇｔｈ）であり、必要に応じて、グリコシル化または所与の細胞環境においてタンパク質に典型的な他の修飾を含むタンパク質である。本明細書に開示されるポリペプチドおよびタンパク質（その機能的部分および機能的バリアントを含む）は、１つまたは複数の天然に存在するアミノ酸の代わりに合成アミノ酸を含み得る。そのような合成アミノ酸は当技術分野で公知であり、それらとしては、例えば、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、α－アミノｎ－デカン酸、ホモセリン、Ｓ－アセチルアミノメチル－システイン、トランス－３－およびトランス－４－ヒドロキシプロリン、４－アミノフェニルアラニン、４－ニトロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、４－カルボキシフェニルアラニン、β－フェニルセリンβ－ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α－ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン－２－カルボン酸、１，２，３，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’－ベンジル－Ｎ’－メチル－リシン、Ｎ’，Ｎ’－ジベンジル－リシン、６－ヒドロキシリシン、オルニチン、α－アミノシクロペンタンカルボン酸、α－アミノシクロヘキサンカルボン酸、α－アミノシクロヘプタンカルボン酸、α－（２－アミノ－２－ノルボルナン）－カルボン酸、α，γ－ジアミノ酪酸、α，β－ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、およびα－ｔｅｒｔ－ブチルグリシンが挙げられる。本開示では、工学的に操作された細胞における本明細書に記載のポリペプチドの発現にはポリペプチド構築物の１つまたは複数のアミノ酸の翻訳後修飾が付随し得ることがさらに意図されている。翻訳後修飾の非限定的な例としては、リン酸化、アセチル化およびホルミル化を含めたアシル化、グリコシル化（Ｎ結合およびＯ結合を含む）、アミド化、ヒドロキシル化、メチル化およびエチル化を含めたアルキル化、ユビキチン化、ピロリドンカルボン酸の付加、ジスルフィド架橋の形成、硫酸化、ミリストイル化、パルミトイル化、イソプレニル化、ファルネシル化、ゲラニル化、グリピエーション、リポイル化およびヨウ素化が挙げられる。
【0091】
「ペプチド」という用語は、１つのアミノ酸残基と他のアミノ酸残基が一般にはα－アミノと隣のアミノ酸残基のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続したアミノ酸残基のひと続きを指す。
【0092】
「合成ペプチド」は、非天然供給源から得られる、例えば、人間により作出されたペプチドを指す。そのようなペプチドは、化学合成または組換えＤＮＡ技術などの方法を使用して作製することができる。「合成ペプチド」は「融合タンパク質」を含む。
【0093】
「エピトープ」は、例えば免疫グロブリン、Ｔ細胞受容体、ＨＬＡ分子、またはキメラ抗原受容体によって認識される部位を一緒になって形成する、一次、二次、および三次ペプチド構造、ならびに電荷などの分子の集合的な特色である。あるいは、エピトープは、特定の免疫グロブリンによる認識に関与するアミノ酸残基のセット、またはＴ細胞に関しては、Ｔ細胞受容体タンパク質、キメラ抗原受容体、および／もしくは主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）受容体による認識に必要な残基のセットと定義することができる。「Ｔ細胞エピトープ」は、クラスＩまたはＩＩのＭＨＣ分子がペプチド提示ＭＨＣ分子またはＭＨＣ複合体の形態で結合することができ、次いで、この形態で、Ｔリンパ球またはヘルパーＴ細胞などのＴ細胞が認識し、結合することができるペプチド配列を意味するものと理解されるべきである。エピトープは、天然の供給源から単離することによって調製することもでき、当技術分野における標準のプロトコールに従って合成することもできる。合成エピトープは、人工的なアミノ酸残基、「アミノ酸模倣物」、例えば、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体またはシクロヘキシルアラニンなどの天然に存在しないアミノ酸残基などを含み得る。本開示全体を通して、エピトープは一部の場合ではペプチドまたはペプチドエピトープと称され得る。本明細書に記載のエピトープまたは類似体ならびに追加的なアミノ酸（複数可）を含むタンパク質またはペプチドがそれでも本開示の範囲内に入ることが理解されるべきである。ある特定の実施形態では、ペプチドは抗原の断片を含む。ある特定の実施形態では、本開示のペプチドの長さは限定される。長さが限定される実施形態は、本明細書に記載のエピトープを含むタンパク質またはペプチドがネイティブな配列に対して１００％の同一性を有する領域（すなわち、連続したアミノ酸残基のひと続き）を含む場合に生じる。読み取りからのエピトープの規定を回避するために、例えば、天然分子全体に対して、ネイティブなペプチド配列に対して１００％の同一性を有するあらゆる領域の長さが限定される。したがって、本明細書に記載のエピトープおよびネイティブなペプチド配列に対して１００％の同一性を有する領域を含むペプチドに関しては、ネイティブな配列に対して１００％の同一性を有する領域は、一般に、６００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、５００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、４００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、２５０アミノ酸残基未満またはそれと等しい、１００アミノ酸残基未満またはそれと等しい、８５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、７５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、６５アミノ酸残基未満またはそれと等しい、および５０アミノ酸残基未満またはそれと等しい長さを有する。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の「エピトープ」は、ネイティブなペプチド配列に対して１００％の同一性を有する５１アミノ酸残基未満、任意の変化量で５アミノ酸残基まで；例えば、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、２０、１９、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１アミノ酸残基の領域を有するペプチドによって構成される。
【0094】
「引き出された（ｄｅｒｉｖｅｄ）」という用語およびその文法上の等価物は、エピトープの考察に使用される場合、「調製された（ｐｒｅｐａｒｅｄ）」およびその文法上の等価物と同義語である。引き出されたエピトープは、天然の供給源から単離することもでき、当技術分野における標準のプロトコールに従って合成することもできる。合成エピトープは、天然に存在するＬアミノ酸残基のＤ異性体などの人工的なアミノ酸残基「アミノ酸模倣物」またはシクロヘキシルアラニンなどの非天然アミノ酸残基を含み得る。引き出されたまたは調製されたエピトープはネイティブなエピトープの類似体であり得る。
【0095】
「免疫原性」ペプチドまたは「免疫原性」エピトープまたは「ペプチドエピトープ」は、対立遺伝子特異的モチーフを含むペプチドであり、したがって、当該ペプチドはＨＬＡ分子に結合し、細胞媒介性または体液性応答、例えば、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋））、ヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋））および／またはＢリンパ球応答を誘導する。したがって、本明細書に記載の免疫原性ペプチドは、適当なＨＬＡ分子に結合し、その後、当該ペプチドに対するＣＴＬ（細胞傷害性）応答、またはＨＴＬ（および体液性）応答を誘導することができる。
【0096】
「新抗原」は、タンパク質の腫瘍特異的変化から生じるクラスの腫瘍抗原を意味する。新抗原は、これだけに限定されないが、例えば、タンパク質配列内の置換、フレームシフト突然変異、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、内因性レトロウイルスポリペプチドの発現、およびポリペプチドの腫瘍特異的過剰発現から生じる腫瘍抗原を包含する。
【0097】
「突然変異型ペプチド」、「腫瘍特異的ペプチド」、「新抗原ペプチド」、および「新抗原性ペプチド」という用語は、本明細書では「ペプチド」と互換的に使用され、１つの残基、一般にはＬ－アミノ酸が他の残基、一般にはＬ－アミノ酸と一般にはα－アミノと隣のアミノ酸のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続したひと続きを指す。同様に、「ポリペプチド」という用語は、本明細書では「突然変異型ポリペプチド」、「新抗原ポリペプチド」、および「新抗原性ポリペプチド」と互換的に使用され、１つの残基、例えばＬ－アミノ酸が他の残基、例えばＬ－アミノ酸と一般にはα－アミノと隣のアミノ酸のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続した一続きを指す。ポリペプチドまたはペプチドは、種々の長さであってよく、中性（非荷電）形態であっても塩の形態であってもよく、また、グリコシル化、側鎖の酸化、またはリン酸化などの修飾を有さないものであっても、これらの修飾を含有するものであってもよく、修飾により本明細書に記載のポリペプチドの生物活性が損なわれない条件に供することができる。ペプチドまたはポリペプチドは、本明細書で使用される場合、少なくとも１つの隣接配列を含む。「隣接配列」という用語は、本明細書で使用される場合、新抗原ペプチドの、ネオエピトープの一部ではない断片または領域を指す。
【0098】
「ネオエピトープ」、「腫瘍特異的ネオエピトープ」、「腫瘍特異的エピトープ」、または「腫瘍抗原」は、非疾患細胞、例えば非がん性細胞または生殖細胞系列細胞などの参照には存在しないが、疾患細胞、例えばがん細胞には見いだされるエピトープまたは抗原性決定領域を指す。これは、対応するエピトープが正常な非疾患細胞または生殖細胞系列細胞において見いだされるが、疾患細胞、例えば、がん細胞における１つまたは複数の突然変異に起因して、エピトープの配列が変化し、その結果、ネオエピトープが生じた状況を含む。「ネオエピトープ」という用語は、本明細書で使用される場合、ペプチドまたは新抗原性ペプチド内の抗原性決定領域を指す。ネオエピトープは、少なくとも１つの「アンカー残基」および少なくとも１つの「アンカー残基隣接領域」を含み得る。ネオエピトープは、「分離領域」をさらに含み得る。「アンカー残基」という用語は、ＨＬＡ上の特異的なポケットに結合し、ＨＬＡとの相互作用の特異性をもたらすアミノ酸残基を指す。一部の場合では、アンカー残基は、標準的アンカー位置にあり得る。他の場合では、アンカー残基は、非標準的アンカー位置にあり得る。ネオエピトープは、ＨＬＡ分子に、ペプチド結合性溝内のポケットの中に突出した一次および二次アンカー残基を通じて結合し得る。ペプチド結合性溝では、特定のアミノ酸が、提示されたネオエピトープのアンカー残基の対応する側鎖を収容するポケットを構成する。ＨＬＡ Ｉ分子およびＨＬＡ ＩＩ分子のどちらも、異なる対立遺伝子の間でペプチド結合性選好が存在する。ＨＬＡクラスＩ分子は短いネオエピトープに結合し、当該ネオエピトープのＮ末端およびＣ末端がネオエピトープ結合性溝の末端に位置するポケット内に係留される。大多数のＨＬＡクラスＩ結合性ネオエピトープは約９アミノ酸であるが、より長いネオエピトープも、それらの中心部分のふくらみに収容され得、その結果、約８～１２アミノ酸の結合性ネオエピトープがもたらされる。ＨＬＡクラスＩＩタンパク質に結合するネオエピトープのサイズに制約はなく、約１６アミノ酸から２５アミノ酸まで変動し得る。ＨＬＡクラスＩＩ分子のネオエピトープ結合性溝は両末端において開いており、それにより、長さが比較的長いペプチドが結合することが可能になる。ネオエピトープの認識にはコアの９アミノ酸残基長のセグメントが最も大きく寄与するが、アンカー残基隣接領域もペプチドのＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に対する特異性のために重要である。一部の場合では、アンカー残基隣接領域はＮ末端残基である。別の場合では、アンカー残基隣接領域はＣ末端残基である。さらに別の場合では、アンカー残基隣接領域はＮ末端残基およびＣ末端残基の両方である。一部の場合では、アンカー残基隣接領域には少なくとも２つのアンカー残基が隣接している。アンカー残基が隣接しているアンカー残基隣接領域は「分離領域」である。
【0099】
「主要組織適合性遺伝子複合体」または「ＭＨＣ」は、生理的免疫応答を担う細胞相互作用の調節において役割を果たす遺伝子のクラスターである。ヒトでは、ＭＨＣ複合体はヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体としても公知である。ＭＨＣおよびＨＬＡ複合体の詳細な説明については、Paul, Fundamental Immunology, 3rd Ed., Raven Press, New York (1993)を参照されたい。「主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）のタンパク質または分子」、「ＭＨＣ分子」、「ＭＨＣタンパク質」または「ＨＬＡタンパク質」は、タンパク質抗原のタンパク質分解性切断の結果生じたペプチドに結合し、潜在的なリンパ球エピトープ（例えば、Ｔ細胞エピトープおよびＢ細胞エピトープ）を表し、それらを細胞表面に輸送し、そこで特定の細胞、特に細胞傷害性Ｔリンパ球、ヘルパーＴ細胞、またはＢ細胞に提示することができるタンパク質を意味するものと理解されるべきである。ゲノム内の主要組織適合性遺伝子複合体は、細胞表面上に発現される遺伝子産物が内因性および／または外来抗原に結合し、それを提示するため、したがって、免疫学的プロセスを調節するために重要なものである、遺伝子領域を含む。主要組織適合性遺伝子複合体は、異なるタンパク質、すなわちＭＨＣクラスＩの分子およびＭＨＣクラスＩＩの分子をコードする２つの遺伝子群に分類される。２つのＭＨＣクラスの細胞生物学および発現パターンはこれらの異なる役割に適合する。
【0100】
「ヒト白血球抗原」または「ＨＬＡ」はヒトクラスＩまたはクラスＩＩ主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）タンパク質である（例えば、Stites, et al., Immunology, 8th Ed., Lange Publishing, Los Altos, Calif. (1994)を参照されたい）。
【0101】
「ペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）安定性」は、生化学的アッセイにおいて特定のペプチドの半分量が同類ＨＬＡから解離するのにかかる時間の長さを指す。
【0102】
「抗原提示細胞」（ＡＰＣ）は、ＭＨＣ分子と結び付いたタンパク質抗原のペプチド断片を細胞表面上に提示する細胞である。一部のＡＰＣは抗原特異的Ｔ細胞を活性化し得る。成熟プロフェッショナル抗原提示細胞は、抗原をファゴサイトーシスによってまたは受容体媒介性エンドサイトーシスによってのいずれかで内部移行させ、次いで、クラスＩＩ ＭＨＣ分子と結合した抗原の断片を膜上にディスプレイすることに関して非常に効率的である。Ｔ細胞が抗原提示細胞の膜上の抗原－クラスＩＩ ＭＨＣ分子複合体を認識し、それと相互作用する。次いで、追加的な共刺激シグナルが抗原提示細胞によって生成され、それにより、Ｔ細胞の活性化が導かれる。共刺激分子の発現はプロフェッショナル抗原提示細胞の決定的な特色である。プロフェッショナル抗原提示細胞の主要な型は、最も広範な抗原提示の範囲を有し、おそらく最も重要な抗原提示細胞である樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、およびある特定の活性化された上皮細胞である。「樹状細胞（ＤＣ）」は、末梢組織において捕捉された抗原を、ＭＨＣクラスＩＩ抗原提示経路およびＭＨＣクラスＩ抗原提示経路の両方を介してＴ細胞に提示する白血球集団である。樹状細胞は免疫応答の強力な誘導因子であり、これらの細胞の活性化が抗腫瘍性免疫の誘導のための極めて重要なステップであることが周知である。樹状細胞は、「未成熟」細胞と「成熟」細胞に都合よくカテゴリー化され、これを、２つのよく特徴付けられた表現型を区別する単純なやり方として使用することができる。しかし、この命名法は、分化の可能性のある中間段階を全て排除するものと解釈されるべきではない。未成熟樹状細胞は、抗原の取り込みおよびプロセシングに関する能力が高い抗原提示細胞と特徴付けられ、これは、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）およびマンノース受容体の高発現と相関する。成熟表現型は、一般には、これらのマーカーは低発現であるが、クラスＩ ＭＨＣおよびクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならびに共刺激分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４－１ＢＢ）などのＴ細胞活性化を担う細胞表面分子が高発現であることを特徴とする。
【0103】
「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」、「核酸」、「ポリ核酸」、または「オリゴヌクレオチド」という用語およびそれらの文法上の等価物は、本明細書では互換的に使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡおよびＲＮＡ、例えばｍＲＮＡを含む。したがって、これらの用語は、二本鎖および一本鎖ＤＮＡ、三本鎖ＤＮＡ、ならびに二本鎖および一本鎖ＲＮＡを包含する。この用語は、例えばメチル化によっておよび／またはキャップ形成によって修飾された形態のポリヌクレオチド、ならびに修飾されていない形態のポリヌクレオチドも含む。この用語はまた、天然に存在しないまたは合成ヌクレオチドならびにヌクレオチド類似体を含む分子を含むものとする。本明細書において開示または意図されている核酸配列およびベクターを、例えばトランスフェクション、形質転換、または形質導入によって細胞に導入することができる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチドもしくは塩基、および／もしくはそれらの類似体、またはＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによってポリマーに組み入れることができる任意の基質であり得る。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドおよび核酸は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写されたｍＲＮＡであり得る。一部の実施形態では、本開示の方法を使用して投与されるポリヌクレオチドはｍＲＮＡである。
【0104】
「参照」は、本開示の方法において腫瘍検体から得られた結果を相関させ、比較するために使用することができるものである。一般には、「参照」は、患者または１もしくは複数の異なる個体、例えば健康な個体、特に同じ種の個体のいずれかから得られた１つまたは複数の正常な検体、特に、がん疾患の影響を受けていない検体に基づいて得ることができる。「参照」は、十分に多数の正常な検体を試験することによって経験的に決定することができる。
【0105】
「突然変異」または「突然変異体」という用語は、参照と比較した核酸配列の変化または差異（ヌクレオチドの置換、付加、挿入、または欠失）を指す。「体細胞突然変異」は、生殖細胞（精子および卵）以外の体の細胞のいずれかに生じ得るものであり、したがって、子供には伝えられない。これらの変更によりがんまたは他の疾患が引き起こされ得る（必ずしもではない）。一部の実施形態では、突然変異は非同義突然変異である。「非同義突然変異」という用語は、翻訳産物におけるアミノ酸置換などのアミノ酸変化をもたらす突然変異、例えばヌクレオチド置換を指す。「フレームシフト」は、突然変異により遺伝子のコドン周期性（「読み枠」としても公知）の通常の相が乱され、非ネイティブなタンパク質配列の翻訳がもたらされる場合に生じる。遺伝子における異なる突然変異により同じ変更された読み枠が実現される可能性がある。ミスセンス突然変異、融合転写物、フレームシフト、および／または終止コドン喪失などの、ゲノムにおける種々の突然変異事象によってオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）が変更されると、「ネオＯＲＦ」が創出され得る。ネオＯＲＦは、正常なゲノムには存在しない新規のアミノ酸配列をコードし得る。
【0106】
「保存的アミノ酸置換」は、１アミノ酸残基が同様の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置き換えられた置換である。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当技術分野で定義されており、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、無電荷極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。例えば、チロシンのフェニルアラニンでの置換は保存的置換である。ペプチド機能を排除しないヌクレオチドおよびアミノ酸の保存的置換を同定する方法は当技術分野で周知である。
【0107】
「ネイティブな」または「野生型」配列は、天然に見いだされる配列を指す。そのような配列は、天然ではより長い配列を含み得る。
【0108】
本明細書で使用される場合、「親和性」という用語は、結合対の２つのメンバー、例えばＨＬＡ結合性ペプチドとクラスＩまたはＩＩ ＨＬＡの間の結合の強度の評価基準を指す。ＫＤは解離定数であり、単位は容積モル濃度である。親和定数は解離定数の逆数である。時には親和定数がこの化学的実体を説明するための一般用語として使用される。親和定数は結合のエネルギーの直接的な評価基準である。親和性は、実験的に、例えば、市販のＢｉａｃｏｒｅ ＳＰＲ ｕｎｉｔを使用して表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって決定することができる。親和性は、阻害濃度５０（ＩＣ５０）として表すこともでき、これは、ペプチドの５０％が取って代わられる濃度である。同様に、ｌｎ（ＩＣ５０）はＩＣ５０の自然対数を指す。Ｋｏｆｆは、例えば、ＨＬＡ結合性ペプチドとクラスＩまたはＩＩ ＨＬＡの解離についての解離速度定数を指す。本開示全体を通して、「結合データ」または「結合解析」の結果は、「ＩＣ５０」によって表され得る。ＩＣ５０は、結合アッセイにおいて、標識された参照ペプチドの結合の５０％阻害が観察される、試験したペプチドの濃度である。アッセイが実行される条件（すなわち、ＨＬＡタンパク質および標識された参照ペプチド濃度の限定）を考慮すると、これらの値はＫＤ値に近づく。結合を決定するためのアッセイは当技術分野で周知であり、例えば、ＰＣＴ公開第ＷＯ９４／２０１２７およびＷＯ９４／０３２０５、ならびにSidney et al., Current Protocols in Immunology 18.3.1 (1998)；Sidney, et al., J. Immunol. 154:247 (1995)；およびSette, et al., Mol. Immunol. 31:813 (1994) などの他の刊行物に詳細に記載されている。あるいは、結合は、参照標準ペプチドによる結合と比べて表すことができる。例えば、参照標準ペプチドのＩＣ５０と比べたＩＣ５０に基づくものであってよい。結合はまた、以下を使用するものを含めた他のアッセイ系を使用して決定することもできる：生細胞（例えば、Ceppellini et al., Nature 339: 392 (1989)； Christnick et al., Nature 352: 67 (1991)； Busch et al., Int. Immunol. 2: 443 (1990)； Hill et al., J. Immunol. 147: 189 (1991)； del Guercio et al., J. Immunol. 154: 685 (1995)）、界面活性剤溶解物を使用した無細胞系（例えば、Cerundolo et al., J. Immunol. 21: 2069 (1991)）、固定化した精製ＭＨＣ（例えば、Hill et al., J. Immunol. 152, 2890 (1994)； Marshall et al., J. Immunol. 152: 4946 (1994)）、ＥＬＩＳＡ系（例えば、Reay et al., EMBO J. 11: 2829 (1992)）、表面プラズモン共鳴（例えば、Khilko et al., J. Biol. Chem. 268: 15425 (1993)）；高流量可溶性相アッセイ（Hammer et al., J. Exp. Med. 180: 2353 (1994)）、およびクラスＩ ＭＨＣ安定化またはアセンブリの測定（例えば、Ljunggren et al., Nature 346: 476 (1990)； Schumacher et al., Cell 62: 563 (1990)； Townsend et al., Cell 62: 285 (1990)； Parker et al., J. Immunol. 149: 1896 (1992)）。「交差反応性結合」は、ペプチドに１つよりも多くのＨＬＡ分子が結合することを示す；同義語は縮重結合である。
【0109】
「天然に存在する」という用語およびその文法上の等価物は、本明細書で使用される場合、物体を天然に見いだすことができるという事実を指す。例えば、生物体（ウイルスを含む）内に存在し、天然の供給源から単離することができ、実験室で人間によって意図的に改変されていないペプチドまたは核酸は、天然に存在するものである。
【0110】
「抗原プロセシング」または「プロセシング」およびその文法上の等価物は、ポリペプチドまたは抗原の、前記ポリペプチドまたは抗原の断片であるプロセシング産物への分解（例えば、ポリペプチドのペプチドへの分解）、および、細胞、例えば抗原提示細胞による特定のＴ細胞への提示のためのこれらの断片の１つまたは複数のＭＨＣ分子との結びつき（例えば、結合によるもの）を指す。
【0111】
「対象」という用語は、これだけに限定されないが、特定の処置のレシピエントになるヒト、非ヒト霊長類、イヌ科の動物、ネコ科の動物、齧歯類などを含めた任意の動物（例えば、哺乳動物）を指す。一般には、「対象」および「患者」という用語は、ヒト対象に関して本明細書では互換的に使用される。
【0112】
「細胞」およびそれらの文法上の等価物は、ヒトまたは非ヒト動物起源の細胞を指す。
【0113】
「Ｔ細胞」は、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を含む。Ｔ細胞という用語は、Ｔヘルパー１型Ｔ細胞およびＴヘルパー２型Ｔ細胞の両方も含む。
【0114】
本開示によると、「ワクチン」という用語は、投与されると、がん細胞などの病原体または疾患細胞を認識し、攻撃する免疫応答、例えば細胞性または体液性免疫応答を誘導する医薬調製物（医薬組成物）または製品に関する。ワクチンは、疾患の防止または処置のために使用することができる。「個人に合わせたがんワクチン」または「個別化がんワクチン」という用語は、特定のがん患者に関し、がんワクチンが個々のがん患者の必要性または特別な状況に適合させたものであることを意味する。
【0115】
「有効量」または「治療有効量」または「治療効果」という用語は、対象または哺乳動物における疾患または障害を「処置する（ｔｒｅａｔ）」ために治療効果のある量を指す。治療有効量の薬物には治療効果があり、したがって、疾患もしくは障害の発症を防止すること；疾患もしくは障害の発症を緩徐化すること；疾患もしくは障害の増悪を緩徐化すること；疾患または障害に付随する症状の１つまたは複数をいくらかの程度まで軽減すること；罹患率および死亡率を低下させること；生活の質を改善すること；またはそのような影響の組合せがなされ得る。
【0116】
「処置すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」または「処置（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」または「処置すること（ｔｏ ｔｒｅａｔ）」または「緩和すること（ａｌｌｅｖｉａｔｉｎｇ）」または「緩和すること（ｔｏ ａｌｌｅｖｉａｔｅ）」という用語は、（１）診断された病的状態または障害を治癒する、緩徐化する、その症状を和らげる、および／または増悪を止める治療的措置；ならびに（２）標的化された病的状態または障害を防止するまたはその発症を緩徐化させる予防的または防止的措置の両方を指す。したがって、処置を必要とするものは、すでに障害を有するもの；障害を有しやすいもの；および障害を防止すべきものを含む。
【0117】
「薬学的に許容される」は、一般に無毒性であり、不活性であり、かつ／または生理的に適合性の組成物または組成物の構成成分を指す。
【0118】
「医薬賦形剤」または「賦形剤」は、アジュバント、担体、ｐＨ調整および緩衝剤、張度調整剤、湿潤剤、保存剤などの材料を含む。「医薬賦形剤」は、薬学的に許容される賦形剤である。
【0119】
「免疫調節剤」またはその文法上の等価物は、本明細書で使用される場合、免疫系を刺激または抑制することができ、個体の体が疾患、例えば、感染、がんなどと闘うために役立ち得る物質を指し得る。免疫系の特定の部分に影響を及ぼす特異的免疫調節剤の例としては、これだけに限定されないが、モノクローナル抗体、サイトカイン、およびワクチンが挙げられる。非特異的免疫調節剤は免疫系に全般的に影響を及ぼし、その非限定的な例としては、カルメット－ゲラン桿菌（ＢＣＧ）およびレバミソールが挙げられる。
【0120】
「がん」という用語およびその文法上の等価物は、本明細書で使用される場合、正常調節の喪失という独特の形質により、制御されない成長、分化の欠如、局所的組織浸潤、および転移がもたらされる、細胞の過剰増殖を指し得る。本発明の組成物および方法に関して、がんは、急性リンパ球性がん、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ）、胞巣状横紋筋肉腫、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、骨がん、脳がん、乳がん、肛門、肛門管、直腸のがん、眼のがん、肝内胆管のがん、関節のがん、頸部、胆嚢、もしくは胸膜のがん、鼻、鼻腔、もしくは中耳のがん、口腔のがん、外陰部のがん、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性がん、結腸がん、食道がん、子宮頸がん、線維肉腫、消化管カルチノイド腫瘍、ホジキンリンパ腫、下咽頭がん、腎がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、喉頭がん（ｌａｒｙｎｘ ｃａｎｃｅｒ）、白血病、液性腫瘍、肝がん、肺がん、リンパ腫、悪性中皮腫、肥満細胞腫、黒色腫、多発性骨髄腫、上咽頭がん、非ホジキンリンパ腫、卵巣がん、膵がん、腹膜、網、および腸間膜がん、咽頭がん、前立腺がん、直腸がん（ｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ）、腎がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、皮膚がん、小腸がん、軟部組織がん、固形腫瘍、胃がん、精巣がん、甲状腺がん、尿管がん、および／または膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）のいずれかを含めた任意のがんであり得る。本明細書で使用される場合、「腫瘍」という用語は、細胞または組織の、例えば悪性型または良性型の異常な成長を指す。
【0121】
「エクソーム」という用語は、機能的なタンパク質をコードするゲノムの一部、またはゲノム内のタンパク質コード遺伝子の全てのエクソンもしくはコード領域を包含する配列を指す。エクソームは種に応じて全ゲノムの約１～２％である。
【0122】
「希釈剤」は、石油、動物、野菜または合成起源のもの、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油などを含めた、水および油などの滅菌された液体を含む。水も医薬組成物用の希釈剤である。生理食塩水溶液および水性ブドウ糖およびグリセロール溶液も、例えば注射液の希釈剤として使用することができる。
【0123】
「受容体」は、リガンドに結合することができる生体分子または分子の群を意味するものと理解されるべきである。受容体は、細胞、細胞形成、または生物体における情報の伝達に役立ち得る。受容体は、少なくとも１つの受容体単位を含み、例えば、各受容体単位がタンパク質分子からなり得る。受容体は、リガンドの構造を補完する構造を有し、リガンドと結合パートナーとして複合体を形成することができる。情報は、特に、細胞の表面上でリガンドと複合体を形成した後の受容体のコンフォメーションの変化によって伝達される。一部の実施形態では、受容体は、特に、リガンド、特に適切な長さのペプチドまたはペプチド断片と受容体／リガンド複合体を形成することができるＭＨＣクラスＩおよびＩＩのタンパク質を意味するものと理解されるべきである。
【0124】
「リガンド」は、受容体の構造と相補的な構造を有し、この受容体と複合体を形成することができる分子を意味するものと理解されるべきである。一部の実施形態では、リガンドは、適切な長さおよびアミノ酸配列内の適切な結合性モチーフを有するペプチドまたはペプチド断片であり、したがって、ＭＨＣクラスＩまたはＭＨＣクラスＩＩのタンパク質と複合体を形成することができるペプチドまたはペプチド断片を意味するものと理解されるべきである。
【0125】
一部の実施形態では、「受容体／リガンド複合体」も同様に、ペプチドを提示するまたはペプチド断片を提示するクラスＩまたはクラスＩＩのＭＨＣ分子を含む「受容体／ペプチド複合体」または「受容体／ペプチド断片複合体」を意味するものと理解されるべきである。
【0126】
「モチーフ」という用語は、特定のＨＬＡ分子によって認識される、長さが規定されたアミノ酸配列内の残基のパターン、例えば、約１５アミノ酸残基未満の長さ、または約１３アミノ酸残基未満の長さ、例えば、クラスＩ ＨＬＡモチーフについては約８アミノ酸残基から約１３アミノ酸残基まで（例えば、８、９、１０、１１、１２、または１３）、およびクラスＩＩ ＨＬＡモチーフについては約６アミノ酸残基から約２５アミノ酸残基まで（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５）のペプチドを指す。モチーフは、一般には、所与のヒトＨＬＡ対立遺伝子によってコードされる各ＨＬＡタンパク質によって異なる。これらのモチーフは、一次および二次アンカー残基のパターンが異なる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩモチーフは９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、または１１個のアミノ酸残基の長さのペプチドを同定する。
【0127】
本明細書で使用される「同一」という用語およびその文法上の等価物、または２つの核酸配列またはポリペプチドのアミノ酸配列に関して「配列同一性」は、指定の比較ウインドウにわたって最大の対応でアラインメントした場合に２つの配列内の残基が同じであることを指す。「比較ウインドウ」は、本明細書で使用される場合、配列を、同じ数の連続した位置の参照配列と、２つの配列を最適にアラインメントした後に比較することができる少なくとも約２０カ所、通常約５０～約２００カ所、より通常では約１００～約１５０カ所の連続した位置のセグメントを指す。比較のために配列をアラインメントする方法は、当技術分野で周知である。比較のための配列の最適なアラインメントは、Smith and Waterman, Adv. Appl. Math., 2: 482 (1981)の局所相同性アルゴリズムによって；Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol., 48: 443 (1970)のアラインメントアルゴリズムによって；Pearson and Lipman, Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A., 85: 2444 (1988)の類似性法の検索によって；これらのアルゴリズムのコンピュータによる実行によって（これだけに限定されないが、ＩｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔｉｃｓによるＰＣ／Ｇｅｎｅプログラム中のＣＬＵＳＴＡＬ、Ｍｏｕｎｔａｉｎ Ｖｉｅｗ Ｃａｌｉｆ．、ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＷｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ（ＧＣＧ）、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．、Ｕ．Ｓ．Ａ．中のＴＦＡＳＴＡを含む）行うことができる；ＣＬＵＳＴＡＬプログラムは、Higgins and Sharp, Gene, 73: 237-244 (1988)およびHiggins and Sharp, CABIOS, 5: 151-153 (1989)； Corpet et al., Nucleic Acids Res., 16: 10881-10890 (1988)； Huang et al., Computer Applications in the Biosciences, 8: 155-165 (1992)；ならびにPearson et al., Methods in Molecular Biology, 24: 307-331 (1994)によって十分に記載されている。アラインメントはまた、多くの場合、検査および手動のアラインメントによっても実施される。実施形態の１つのクラスでは、本明細書のポリペプチドは、例えば、ＢＬＡＳＴＰ（またはＣＬＵＳＴＡＬ、または任意の他の利用可能なアラインメントソフトウェア）により、デフォルトパラメータを使用して測定して、参照ポリペプチドまたはその断片に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する。同様に、核酸も出発核酸を参照して説明することができ、核酸は、例えば、ＢＬＡＳＴＮ（またはＣＬＵＳＴＡＬ、または任意の他の利用可能なアラインメントソフトウェア）により、デフォルトパラメータを使用して測定して、参照核酸またはその断片に対して、例えば５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有し得る。１つの分子がより大きな分子に対してある特定の配列同一性のパーセンテージを有するといえる場合、２つの分子を最適にアラインメントした場合に、より小さな分子内の前記パーセンテージの残基が、２つの分子を最適にアラインメントした順序に従ってより大きな分子内の残基とマッチすることを意味する。
【0128】
「実質的に同一」という用語およびその文法上の等価物は、核酸またはアミノ酸配列に適用される場合、核酸またはアミノ酸配列が、上記のプログラム、例えばＢＬＡＳＴを使用し、標準のパラメータを使用して、参照配列と比較して少なくとも９０％またはそれよりも大きい、少なくとも９５％、少なくとも９８％、および少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含むことを意味する。例えば、ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列に関して）では、デフォルトとしてワード長（ｗｏｒｄ ｌｅｎｇｔｈ）（Ｗ）１１、期待値（ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ）（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝－４、および両鎖の比較を使用する。アミノ酸配列に関しては、ＢＬＡＳＴＰプログラムでは、デフォルトとしてワード長（ｗｏｒｄ ｌｅｎｇｔｈ）（Ｗ）３、期待値（ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ）（Ｅ）１０、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリング行列を使用する（Henikoff & Henikoff, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915 (1992)を参照されたい）。配列同一性のパーセンテージは、比較ウインドウにわたって最適にアラインメントされた２つの配列を比較することによって決定し、ここで、２つの配列を最適にアラインメントするために、比較ウインドウ内のポリヌクレオチド配列の一部は参照配列（付加または欠失を含まない）と比較して付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含み得る。パーセンテージは、両方の配列内に同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が存在する位置の数を決定してマッチする位置の数を得、マッチする位置の数を比較のウインドウの位置の総数で割り、結果に１００を掛けて配列同一性のパーセンテージを得ることによって算出する。複数の実施形態では、少なくとも約５０残基の長さである配列の領域にわたって、少なくとも約１００残基の領域にわたって実質的な同一性が存在し、複数の実施形態では、配列は少なくとも約１５０残基にわたって実質的に同一である。複数の実施形態では、配列はコード領域の長さ全体にわたって実質的に同一である。
【0129】
「ベクター」という用語は、本明細書で使用される場合、目的の１つまたは複数の遺伝子または配列を宿主細胞に送達し、通常はそこで発現させることができる構築物を意味する。ベクターの例としては、これだけに限定されないが、ウイルスベクター、ネイキッドＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクター、プラスミド、コスミド、またはファージベクター、カチオン性縮合剤と結び付いたＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクター、およびリポソームに封入されたＤＮＡもしくはＲＮＡ発現ベクターが挙げられる。
【0130】
「単離された」ポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、天然に見いだされない形態のポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物である。単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、もはや天然に見いだされる形態ではない程度まで精製されたものを含む。一部の実施形態では、単離されたポリペプチド、抗体、ポリヌクレオチド、ベクター、細胞、または組成物は、実質的に純粋である。一部の実施形態では、「単離されたポリヌクレオチド」は、ＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応で増幅されたポリヌクレオチドを含むＰＣＲまたは定量的ＰＣＲ反応物を包含する。
【0131】
「単離された」、「生物学的に純粋」という用語またはそれらの文法上の等価物は、材料が、その材料がネイティブな状態で見いだされる場合に通常付随する構成成分を実質的にまたは基本的に含まないことを指す。したがって、本明細書に記載の単離されたペプチドは、ペプチドのｉｎ ｓｉｔｕ環境でそれらに通常付随する材料の一部または全部を含有しない。「単離された」エピトープは、エピトープが引き出される抗原の配列全体を含まないエピトープを指す。一般には「単離された」エピトープには、ネイティブな配列の長さ全体にわたって１００％の同一性を有する配列をもたらす追加的なアミノ酸残基は付着していない。ネイティブな配列は、エピトープが引き出される腫瘍関連抗原などの配列であり得る。したがって、「単離された」という用語は、材料がその元の環境（例えば、天然に存在する場合には天然の環境）から取り出されていることを意味する。「単離された」核酸は、その天然の環境から取り出された核酸である。例えば、生きている動物の中に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはペプチドは単離されたものではないが、天然系において共存する材料の一部または全部から分離された同じポリヌクレオチドまたはペプチドは単離されたものである。そのようなポリヌクレオチドはベクターの一部であり得、かつ／またはそのようなポリヌクレオチドまたはペプチドは組成物の一部であり得、それでもなお、そのようなベクターまたは組成物はその天然の環境の一部ではないという点で「単離された」ものである。単離されたＲＮＡ分子は、本明細書に記載のＤＮＡ分子のｉｎ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるＲＮＡ転写物を含み、合成により作製されたそのような分子をさらに含む。
【0132】
「実質的に純粋」という用語は、本明細書で使用される場合、材料が少なくとも５０％純粋である（すなわち、夾雑物を含まない）、少なくとも９０％純粋である、少なくとも９５％純粋である、少なくとも９８％純粋である、または少なくとも９９％純粋であることを指す。
【0133】
「トランスフェクション」、「形質転換」、または「形質導入」は、本明細書で使用される場合、１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを宿主細胞に物理的または化学的方法を使用することによって導入することを指す。多くのトランスフェクション技法が当技術分野で公知であり、それらとしては、例えば、リン酸カルシウムＤＮＡ共沈澱（例えば、Murray E. J. (ed.), Methods in Molecular Biology, Vol. 7, Gene Transfer and Expression Protocols, Humana Press (1991)を参照されたい）；ＤＥＡＥ－デキストラン； 電気穿孔；カチオン性リポソーム媒介性トランスフェクション；タングステン粒子促進性微小粒子衝撃（Johnston, Nature, 346: 776-777 (1990)）；およびリン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈澱（Brash et al., Mol. Cell Biol., 7: 2031-2034 (1987)）が挙げられる。ファージベクターまたはウイルスベクターは、感染性粒子を適切なパッケージング細胞で成長させた後、宿主細胞に導入することができ、パッケージング細胞の多くは市販されている。
２．増強された切断およびその使用
２．増強された切断およびその使用
【0134】
治癒的かつ腫瘍特異的免疫療法の開発に関する極めて重要な関門の１つは、適正な免疫応答を生じさせるための抗原提示のためのプロセシングおよび最小エピトープの遊離が不十分であることである。抗原のプロセシングおよび提示は、タンパク質の断片化またはタンパク質分解、タンパク質断片またはペプチドの主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子との結び付き、およびＴ細胞上のＴ細胞受容体（ＴＣＲ）による認識のための細胞表面上でのペプチド－ＭＨＣ（ｐＭＨＣ）分子の発現をもたらす、細胞内で生じるプロセスを指す。抗原提示は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）およびある特定の他の細胞の表面上に見いだされるＭＨＣクラスＩ分子およびＭＨＣクラスＩＩ分子によって媒介される。ＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩ分子により短いペプチドが細胞表面に送達され、それにより、これらのペプチドがそれぞれ細胞傷害性（ＣＤ８＋）Ｔ細胞およびヘルパー（ＣＤ４＋）Ｔ細胞によって認識されることが可能になる。ＴＣＲは、抗原を細胞表面上でＭＨＣ分子と結合したペプチドの形態でのみ認識することができ、Ｔ細胞によって認識される抗原は、高分子構造の分解、個々のタンパク質のアンフォールディング、および、それらの、抗原プロセシングによる短い断片への切断から生じるペプチドである。
【0135】
細胞表面上の抗原提示には、最小エピトープを遊離するためのプロテアソームによるペプチドの正確なプロセシング、細胞質基質および小胞体（ＥＲ）アミノペプチダーゼ、効率的な抗原プロセシング関連輸送体（ＴＡＰ）の輸送、およびＭＨＣクラスＩ分子との十分な結合が必要である。エピトープ生成の効率は、エピトープ自体だけでなく、その隣接領域またはエピトープのアミノ酸配列に隣接するアミノ酸配列にも依存する。エピトープ配列およびエピトープ配列に隣接するアミノ酸配列を含むペプチドからの最小エピトープのプロセシングの効率は完全には理解されていないが、ペプチド内の切断部位の両側の特定のアミノ酸残基および近くの他の競合する切断部位を含めた多数の因子の影響を受けることが公知である。
【0136】
プロセシングおよび最小エピトープの遊離が不十分である問題に対処するための１つのやり方は、ペプチドの切断およびプロセシングならびにエピトープの提示を増強するためにエピトープ配列のＮ末端および／またはＣ末端に付加することができる特定のアミノ酸残基または配列を試験し、設計することである。例えば、効率的にプロセシングされることが公知の他のエピトープ由来のアミノ酸残基または配列をエピトープ配列に付加することができる。別の例は、一般にエピトープの周囲に観察されることが公知のアミノ酸残基を使用することである（Abelin, et al., 2017, Immunity 46, 315-326）。この手法では、ペプチドの製造（例えば、合成、精製、および／もしくは製剤化）を容易にすることまたは容易な下流の修飾（例えば、他の分子とのコンジュゲーション）を含めた追加的な利益を付与することができる。
【0137】
効率的なプロセシングおよび最小エピトープの遊離に関する現在の関門に対処する別のやり方は、プロテアーゼにより切断可能なリンカーを使用して、エピトープ含有ペプチドをエピトープの遊離のための部位特異的プロテアーゼプロセシングの標的とすることである。例えば、樹状細胞（ＤＣ）の内側で容易に切断されて最小エピトープ配列を遊離し得る特定のリンカーを使用して、ワクチン接種後のＣＤ８依存性免疫応答を増強することができる。これらのペプチドは、さらに、非プロフェッショナルＡＰＣの表面上のＭＨＣクラスＩ分子への非選択的結合性は有さず、その代わりに、特異的（例えば、エンドサイトーシス）経路を通過して適当にプロセシングされ、Ｔ細胞に提示される。さらに、十分なエピトープのプロセシングおよび提示を促進するための別の例は、２つの戦略、すなわち、特定のアミノ酸残基と特定のリンカーを組み合わせることである。
【0138】
対象のゲノムによってコードされるエピトープ配列、対象のゲノム内のエピトープ配列をコードする核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされる場合もありコードされない場合もあるアミノ酸もしくはアミノ酸配列、アミノ酸もしくはアミノ酸配列、および／またはリンカーを含むポリペプチドが本明細書で提供される。エピトープ配列へのアミノ酸、アミノ酸配列、および／またはリンカーの付加により、免疫応答を生じさせるためのＡＰＣによるエピトープのプロセシングおよび提示を増強することができる。一態様では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、アミノ酸配列またはペプチド配列のものである。一実施形態では、アミノ酸配列またはペプチド配列は、エピトープ配列をコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされない。別の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列はエピトープ配列と連続しており、エピトープ配列をコードする対象のゲノムによってコードされる。例えば、エピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列は、ポリペプチドの切断を増強する１つまたは複数のアミノ酸残基（例えば、リシン）を含み得る。そのような実施形態では、ポリペプチドはエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み得、対象のゲノム内のエピトープ配列をコードする核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含み得る。
【0139】
一部の実施形態では、エピトープは、ＡＰＣのクラスＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープは、ＡＰＣのクラスＩＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープの各アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる任意の連続したアミノ酸配列を含むペプチド配列のアミノ酸を表す。一部の実施形態では、エピトープは、８～１２個の連続したアミノ酸残基を含み、ＡＰＣのクラスＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープは、８個、９個、１０個、１１個、または１２個の連続したアミノ酸残基を含み、ＡＰＣのクラスＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープは、９～２５個の連続したアミノ酸残基を含み、ＡＰＣのクラスＩＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープは、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個の連続したアミノ酸残基を含み、ＡＰＣのクラスＩＩ ＭＨＣによって提示される。一部の実施形態では、エピトープ配列は、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個の連続したアミノ酸残基を含み、そのうち、１３番目～２５番目のアミノ酸のうちの１つまたは複数は必要に応じて存在し、少なくとも１つのアミノ酸が突然変異型アミノ酸である。一部の実施形態では、エピトープ配列は、ＡＡ１ＡＡ２ＡＡ３ＡＡ４ＡＡ５ＡＡ６ＡＡ７ＡＡ８ＡＡ９ＡＡ１０ＡＡ１１ＡＡ１２ＡＡ１３ＡＡ１４ＡＡ１５ＡＡ１６ＡＡ１７ＡＡ１８ＡＡ１９ＡＡ２０ＡＡ２１ＡＡ２２ＡＡ２３ＡＡ２４ＡＡ２５を含み、ここで、各ＡＡはアミノ酸であり、ＡＡ９、ＡＡ１０、ＡＡ１１、ＡＡ１２、ＡＡ１３、ＡＡ１４、ＡＡ１５、ＡＡ１６、ＡＡ１７、ＡＡ１８、ＡＡ１９、ＡＡ２０、ＡＡ２１、ＡＡ２２、ＡＡ２３、ＡＡ２４、およびＡＡ２５のうちの１つまたは複数は必要に応じて存在し、少なくとも１つのＡＡが突然変異型アミノ酸である。
【0140】
一部の実施形態では、エピトープ配列およびエピトープ配列と連続しており、対象のゲノム内のエピトープをコードする核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドはリンカーを含まない場合がある。一部の実施形態では、エピトープ配列およびエピトープ配列と連続しており、対象のゲノム内のエピトープをコードする核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドは、リンカーを含む場合がある。一部の実施形態では、エピトープ配列およびエピトープ配列をコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドは、リンカーをさらに含む場合がある。一部の実施形態では、エピトープ配列およびエピトープ配列をコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドはリンカーを含まない場合がある。
【0141】
一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は０～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列は０～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列は０～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、０アミノ酸残基よりも長い、１アミノ酸残基よりも長い、２アミノ酸残基よりも長い、３アミノ酸残基よりも長い、４アミノ酸残基よりも長い、５アミノ酸残基よりも長い、６アミノ酸残基よりも長い、７アミノ酸残基よりも長い、８アミノ酸残基よりも長い、９アミノ酸残基よりも長い、１０アミノ酸残基よりも長い、１５アミノ酸残基よりも長い、２０アミノ酸残基よりも長い、２５アミノ酸残基よりも長い、３０アミノ酸残基よりも長い、３５アミノ酸残基よりも長い、４０アミノ酸残基よりも長い、４５アミノ酸残基よりも長い、５０アミノ酸残基よりも長い、５５アミノ酸残基よりも長い、６０アミノ酸残基よりも長い、６５アミノ酸残基よりも長い、７０アミノ酸残基よりも長い、７５アミノ酸残基よりも長い、８０アミノ酸残基よりも長い、８５アミノ酸残基よりも長い、９０アミノ酸残基よりも長い、９５アミノ酸残基よりも長い、１００アミノ酸残基よりも長い、１５０アミノ酸残基よりも長い、２００アミノ酸残基よりも長い、２５０アミノ酸残基よりも長い、３００アミノ酸残基よりも長い、３５０アミノ酸残基よりも長い、４００アミノ酸残基よりも長い、４５０アミノ酸残基よりも長い、５００アミノ酸残基よりも長い、５５０アミノ酸残基よりも長い、６００アミノ酸残基よりも長い、６５０アミノ酸残基よりも長い、７００アミノ酸残基よりも長い、７５０アミノ酸残基よりも長い、８００アミノ酸残基よりも長い、８５０アミノ酸残基よりも長い、９００アミノ酸残基よりも長い、または９５０アミノ酸残基よりも長いアミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列は、０アミノ酸残基よりも長い、１アミノ酸残基よりも長い、２アミノ酸残基よりも長い、３アミノ酸残基よりも長い、４アミノ酸残基よりも長い、５アミノ酸残基よりも長い、６アミノ酸残基よりも長い、７アミノ酸残基よりも長い、８アミノ酸残基よりも長い、９アミノ酸残基よりも長い、１０アミノ酸残基よりも長い、１５アミノ酸残基よりも長い、２０アミノ酸残基よりも長い、２５アミノ酸残基よりも長い、３０アミノ酸残基よりも長い、３５アミノ酸残基よりも長い、４０アミノ酸残基よりも長い、４５アミノ酸残基よりも長い、５０アミノ酸残基よりも長い、５５アミノ酸残基よりも長い、６０アミノ酸残基よりも長い、６５アミノ酸残基よりも長い、７０アミノ酸残基よりも長い、７５アミノ酸残基よりも長い、８０アミノ酸残基よりも長い、８５アミノ酸残基よりも長い、９０アミノ酸残基よりも長い、９５アミノ酸残基よりも長い、１００アミノ酸残基よりも長い、１５０アミノ酸残基よりも長い、２００アミノ酸残基よりも長い、２５０アミノ酸残基よりも長い、３００アミノ酸残基よりも長い、３５０アミノ酸残基よりも長い、４００アミノ酸残基よりも長い、４５０アミノ酸残基よりも長い、５００アミノ酸残基よりも長い、５５０アミノ酸残基よりも長い、６００アミノ酸残基よりも長い、６５０アミノ酸残基よりも長い、７００アミノ酸残基よりも長い、７５０アミノ酸残基よりも長い、８００アミノ酸残基よりも長い、８５０アミノ酸残基よりも長い、９００アミノ酸残基よりも長い、または９５０アミノ酸残基よりも長いアミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列は、０アミノ酸残基よりも長い、１アミノ酸残基よりも長い、２アミノ酸残基よりも長い、３アミノ酸残基よりも長い、４アミノ酸残基よりも長い、５アミノ酸残基よりも長い、６アミノ酸残基よりも長い、７アミノ酸残基よりも長い、８アミノ酸残基よりも長い、９アミノ酸残基よりも長い、１０アミノ酸残基よりも長い、１５アミノ酸残基よりも長い、２０アミノ酸残基よりも長い、２５アミノ酸残基よりも長い、３０アミノ酸残基よりも長い、３５アミノ酸残基よりも長い、４０アミノ酸残基よりも長い、４５アミノ酸残基よりも長い、５０アミノ酸残基よりも長い、５５アミノ酸残基よりも長い、６０アミノ酸残基よりも長い、６５アミノ酸残基よりも長い、７０アミノ酸残基よりも長い、７５アミノ酸残基よりも長い、８０アミノ酸残基よりも長い、８５アミノ酸残基よりも長い、９０アミノ酸残基よりも長い、９５アミノ酸残基よりも長い、１００アミノ酸残基よりも長い、１５０アミノ酸残基よりも長い、２００アミノ酸残基よりも長い、２５０アミノ酸残基よりも長い、３００アミノ酸残基よりも長い、３５０アミノ酸残基よりも長い、４００アミノ酸残基よりも長い、４５０アミノ酸残基よりも長い、５００アミノ酸残基よりも長い、５５０アミノ酸残基よりも長い、６００アミノ酸残基よりも長い、６５０アミノ酸残基よりも長い、７００アミノ酸残基よりも長い、７５０アミノ酸残基よりも長い、８００アミノ酸残基よりも長い、８５０アミノ酸残基よりも長い、９００アミノ酸残基よりも長い、または９５０アミノ酸残基よりも長いアミノ酸残基の長さを含む。
【0142】
一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、１～５または７～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、６アミノ酸残基の長さを含まない。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされるペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列は、１～５または７～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされるペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列は、６アミノ酸残基の長さを含まない。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされるペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列は、１～４または６～１０００アミノ酸残基の長さを含む。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされるペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列は、５アミノ酸残基の長さを含まない。
【0143】
一部の実施形態では、ポリペプチドはリンカーをさらに含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない。一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープを含まない。一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される少なくとも２つの異なるエピトープを含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはクラスＩ ＭＨＣによって提示される少なくとも３つ、少なくとも５つ、または少なくとも６つの異なるエピトープを含む。一部の実施形態では、エピトープは少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は対象のゲノム内の核酸配列における挿入、欠失、フレームシフト、ネオＯＲＦ、または点突然変異によってコードされるものである。一部の実施形態では、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流または上流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列は、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けるとエピトープから切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも３つ、少なくとも４つ、または少なくとも５つの異なるポリペプチド分子を含む。
【0144】
一部の実施形態では、本開示は、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流または上流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーを含むポリペプチドを含む。アミノ酸またはアミノ酸配列および／またはリンカーは、ポリペプチドに溶解性、安定性、免疫原性、抗原プロセシング、または抗原提示の増大などの所望の特性をもたらすことができるものである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、例えば免疫応答を生じさせるためのＡＰＣによるエピトープのプロセシングおよび提示を増強するアミノ酸またはアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、エピトープ配列のＮ末端および／またはＣ末端のいずれかのアミノ酸またはアミノ酸配列を含み得る。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、ポリ－リシン（ポリ－ＬｙｓまたはポリＫ）またはポリ－アルギニン（ポリ－ＡｒｇまたはポリＲ）を含み得る。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、エピトープを発現する対象において発現されない（例えば、エピトープ配列をコードする対象のゲノムによってコードされない）タンパク質のポリペプチド配列のものであり得る。別の実施形態では、ポリペプチドは、プロテアーゼによって切断可能なリンカーを含み得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、プロテアーゼにより切断可能なリンカーとアミノ酸またはアミノ酸配列の両方を含み得る。一部の実施形態では、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、および／もしくは（ＩＶ）のポリペプチド、または式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、および／もしくは（ＩＶ）のポリペプチドの薬学的に許容される塩が本明細書で提供され、ここで、立体化学は、不確定の、例えばラセミ化合物またはジアステレオマーの混合物または個々のジアステレオマーである。式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、および／または（ＩＶ）の化合物の調製の任意の段階で、式（Ｉ）、（ＩＩ）、（ＩＩＩ）、および／または のいずれかに対応する化合物の異性体の混合物（例えばラセミ化合物）を利用することができることが当業者には理解されよう。調製の任意の段階で、単一の立体異性体を、異性体の混合物（例えば、ラセミ化合物）から例えばキラルクロマトグラフィーによる分離を使用して単離することによって得ることができる。
【0145】
一部の実施形態では、リンカーは非ポリペプチドリンカーを含む。一部の実施形態では、リンカーは化学リンカーを含む。一部の実施形態では、リンカーは非天然アミノ酸を含む。一部の実施形態では、非天然アミノ酸はβ－γ－δ－アミノ酸を含む。一部の実施形態では、非天然アミノ酸はＬ－α－アミノ酸の誘導体を含む。一部の実施形態では、リンカーはアミノ酸を含まない。一部の実施形態では、リンカーは天然アミノ酸を含まない。一部の実施形態では、リンカーはペプチド結合以外の結合を含む。一部の実施形態では、リンカーはジスルフィド結合を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは１つよりも多くのリンカーを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは第１のリンカーおよび第２のリンカーを含み、第１のリンカーはエピトープのＮ末端に存在し、第２のリンカーはエピトープのＣ末端に存在する。一部の実施形態では、第１のリンカーと第２のリンカーは異なる。一部の実施形態では、第１のリンカーと第２のリンカーは同じである。
【0146】
一部の実施形態では、ポリペプチドは親水性尾部を含む。一部の実施形態では、エピトープ配列、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流または上流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列および／またはリンカーを含むポリペプチドは、同じエピトープ配列を含むがアミノ酸またはアミノ酸配列および／またはリンカーを伴わないポリペプチドと比較して増強された溶解性を有する。一部の実施形態では、エピトープ配列および対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドは、同じエピトープ配列を含むがアミノ酸またはアミノ酸配列を伴わないポリペプチドと比較して増強された溶解性を有する。例えば、エピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列は、ポリペプチドの溶解性を増強する１つまたは複数のアミノ酸残基（例えば、リシン）を含み得る。そのような実施形態では、ポリペプチドはエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み得、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流または上流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含み得る。
【0147】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによってプロセシングされると、エピトープ配列を含むポリペプチドからエピトープが遊離する。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、同じエピトープを含むがエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーは含まないポリペプチドと比較して、エピトープが高い率で遊離する。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、同じエピトープを含むがエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーは含まないポリペプチドと比較して、エピトープが高い率で遊離する。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、エピトープが高い率で遊離する。一部の実施形態では、ポリペプチドがリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがリンカーは含まないポリペプチドと比較して、エピトープが高い率で遊離する。一部の実施形態では、ポリペプチドがプロテアーゼによって切断可能なリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがプロテアーゼによって切断可能なリンカーは含まないポリペプチドと比較して、エピトープが高い率で遊離する。
【0148】
一部の実施形態では、エピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含むアミノ酸またはアミノ酸配列を含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、同じエピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含むアミノ酸またはアミノ酸配列を含むが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーは含まない対応するポリペプチドと比較して、エピトープが高い率で遊離する。
【0149】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーを含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーを含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、ポリペプチドが高い率で切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドがリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがリンカーは含まないポリペプチドと比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドがプロテアーゼによって切断可能なリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがプロテアーゼによって切断可能なリンカーは含まないポリペプチドと比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。
【0150】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。
【0151】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、（ｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および（ｉｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および／または（ｉｉｉ）リンカーを含む場合、長さおよびエピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列が同じである、対応するポリペプチドと比較して、ポリペプチドが高い率で切断される。
【0152】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによってプロセシングされると、ポリペプチドがリンカー領域において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列、およびリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ポリペプチドがリンカー領域において高い率で切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列、およびリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ポリペプチドがリンカー領域において高い率で切断される。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、ポリペプチドがリンカー領域において高い率で切断される。
【0153】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによってプロセシングされると、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがリンカーは含まないポリペプチドと比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがプロテアーゼによって切断可能なリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがプロテアーゼによって切断可能なリンカーは含まないポリペプチドと比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。
【0154】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。
【0155】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、（ｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および（ｉｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および／または（ｉｉｉ）リンカーを含む場合、長さおよびエピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列が同じである、対応するポリペプチドと比較して、ＡＰＣによるエピトープ提示が増強される。
【0156】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによってプロセシングされると、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがリンカーは含まないポリペプチドと比較して、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがプロテアーゼによって切断可能なリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがプロテアーゼによって切断可能なリンカーは含まないポリペプチドと比較して、免疫原性が増強される。
【0157】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、免疫原性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、免疫原性が増強される。
【0158】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、（ｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および（ｉｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および／または（ｉｉｉ）リンカーを含む場合、長さおよびエピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列が同じである、対応するポリペプチドと比較して、免疫原性が増強される。
【0159】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによってプロセシングされると、抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、ＡＰＣによる抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、エピトープを含むポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸もしくはアミノ酸配列および／またはリンカーをさらに含む場合、長さおよびエピトープが同じであり、アミノ酸またはアミノ酸配列がエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる対応するポリペプチドと比較して、抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列が、対象において発現されるタンパク質のペプチド配列のものではない場合、抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがリンカーは含まないポリペプチドと比較して、抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドがプロテアーゼによって切断可能なリンカーを含む場合、同じエピトープを含むがプロテアーゼによって切断可能なリンカーは含まないポリペプチドと比較して、抗腫瘍活性が増強される。
【0160】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、抗腫瘍活性が増強される。一部の実施形態では、ポリペプチドが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含まないアミノ酸またはアミノ酸配列をさらに含む場合、エピトープ配列および核酸配列によってコードされるエピトープ配列と連続しているアミノ酸またはアミノ酸配列を含み、リンカーを含まない、同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して、抗腫瘍活性が増強される。
【0161】
一部の実施形態では、ポリペプチドが、（ｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および（ｉｉ）エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流もしくは下流の核酸配列によってコードされないアミノ酸もしくはアミノ酸配列、および／または（ｉｉｉ）リンカーを含む場合、長さおよびエピトープおよびエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされるアミノ酸またはアミノ酸配列が同じである、対応するポリペプチドと比較して、抗腫瘍活性が増強される。
【0162】
一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞に提示される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞に優先的にまたは特異的に提示される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、ＡＰＣによりエピトープが食細胞に提示される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、ＡＰＣによりエピトープが食細胞に優先的にまたは特異的に提示される。一部の実施形態では、ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、ＡＰＣによりエピトープが樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に提示される。一部の実施形態では、ＡＰＣによりエピトープが樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に優先的にまたは特異的に提示される。
【0163】
一部の実施形態では、ポリペプチドはポリ－Ｌｙｓ（ポリＫ）およびポリ－Ａｒｇ（ポリＲ）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。好ましい実施形態では、ポリペプチドはポリＫ配列を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫ－ＡＡ－ＡＡおよびポリＲ－ＡＡ－ＡＡからなる群から選択される配列を含み、ここで、各ＡＡはアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。好ましい実施形態では、ポリペプチドはポリＫ－ＡＡ－ＡＡを含む。一部の実施形態では、ポリＫはポリ－Ｌ－Ｌｙｓを含む。一部の実施形態では、ポリＫは少なくとも２個の連続したリシン残基を含む。一部の実施形態では、ポリＫは少なくとも３個の連続したリシン残基、例えばＬｙｓ－Ｌｙｓ－Ｌｙｓを含む。好ましい実施形態では、ポリＫは少なくとも４個の連続したリシン残基、例えばＫ４としても公知のＬｙｓ－Ｌｙｓ－Ｌｙｓ－Ｌｙｓを含む。一部の実施形態では、ポリＫは少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の連続したリシン残基を含む。一部の実施形態では、ポリＲはポリ－Ｌ－Ａｒｇを含む。一部の実施形態では、ポリＲは少なくとも２個の連続したアルギニン残基を含む。一部の実施形態では、ポリＲは少なくとも３個の連続したアルギニン残基、例えばＡｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇを含む。一部の実施形態では、ポリＲは少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、または少なくとも７個の連続したアルギニン残基を含む。一部の実施形態では、ポリＲは少なくとも８個の連続したアルギニン残基、例えば、Ｒ８としても公知のＡｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇ－Ａｒｇを含む。一部の実施形態では、ポリＲは少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、または少なくとも１０個の連続したアルギニン残基を含む。一部の実施形態では、ポリＫ内のリシン単位および／またはポリＲ内のアルギニン単位はそれぞれ（Ｌ）立体化学的配置、（Ｄ）立体化学的配置、または（Ｌ）立体化学的配置と（Ｄ）立体化学的配置の任意の混合物を有し得る。
【0164】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、ジスルフィド、ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢＣ）、およびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣからなる群から選択されるリンカーを含み、ここで、ＡＡは、アミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。一部の実施形態では、ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣはアラニン－リシン－ＰＡＢＣ（Ａｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ）、バリン－シトルリン－ＰＡＢＣ（Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ）、およびフェニルアラニン－リシン－ＰＡＢＣ（Ｐｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣはＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣである。一部の実施形態では、ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣはＶａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣである。一部の実施形態では、ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣはＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣである。一部の実施形態では、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ内のバリン単位およびシトルリン単位はそれぞれ（Ｌ）立体化学的配置を有する。一部の実施形態では、Ｐｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ内のフェニルアラニン単位およびリシン単位はそれぞれ（Ｌ）立体化学的配置を有する。一部の実施形態では、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ内のバリン単位およびシトルリン単位はそれぞれ（Ｄ）立体化学的配置を有する。一部の実施形態では、Ｐｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ内のフェニルアラニン単位およびリシン単位はそれぞれ（Ｄ）立体化学的配置を有する。一部の実施形態では、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ内のバリン単位およびシトルリン単位は（Ｌ）立体化学的配置と（Ｄ）立体化学的配置の混合物を有する。一部の実施形態では、Ｐｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ内のフェニルアラニン単位およびリシン単位は（Ｌ）立体化学的配置と（Ｄ）立体化学的配置の混合物を有する。
【0165】
一部の実施形態では、ポリペプチドは以下の構造を有するリンカーを含む：
【化3】
【0166】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、
であるリンカーを含み、式中、Ｒ１およびＲ２は、独立に、Ｈまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；ｊは１または２であり；Ｇ１はＨまたはＣＯＯＨであり；ｉは１、２、３、４、または５である。
【化4】
【0167】
一部の実施形態では、Ａｒおよび／またはＡｓは式（ＩＩＩ）または式（ＩＶ）であり、式中、Ｒ１およびＲ２は、独立に、Ｈまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；ｊは１または２であり；Ｇ１はＨまたはＣＯＯＨであり；ｉは１、２、３、４、または５である。
【0168】
一部の実施形態では、ポリペプチドは式（ＩＩＩ）または式（ＩＶ）であるリンカーを含む。
【0169】
式（ＩＶ）のジスルフィドリンカーは、Zhang, Donglu, et al., ACS Med. Chem. Lett. 2016, 7, 988-993；およびPillow, Thomas H., et al., Chem. Sci., 2017, 8, 366-370． PABC-containing peptides can be synthesized according to Laurent Ducry (ed.), Antibody-Drug Conju gates, Methods in Molecular Biology, vol. 1045, DOI 10.1007/978-1-62703-541-5_5, Springer Science＋Business Media, LLC 2013に従って合成することができる。一部の実施形態では、固相ペプチド合成用に作られた任意の樹脂を使用することができる。
抗原プロセシング経路
抗原プロセシング経路
【0170】
本明細書に記載のポリペプチドは、エピトープ提示のために異なる経路でプロセシングされてエピトープを遊離し得る。最適なペプチド抗原を生成するために、抗原のプロセシングおよび提示経路内に２つの重要なプロセシング事象が存在する。細胞質タンパク質は主にプロテアソームによってプロセシングされる。次いで、短いペプチドが、その後のＭＨＣクラスＩ分子とのアセンブリのために抗原プロセシング関連輸送体（ＴＡＰ）によって小胞体（ＥＲ）内に輸送される。外因性タンパク質は主にＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示される。抗原はファゴサイトーシス、マクロピノサイトーシス、およびエンドサイトーシスを含めたいくつかの経路によって内部移行し、最終的に成熟または後期エンドソーム区画に輸送され、そこでプロセシングされ、ＭＨＣクラスＩＩ分子に負荷される。細胞質／核抗原もその後のプロセシングおよびＭＨＣクラスＩＩ分子との提示のためにオートファジーによってエンドソームネットワーク内に輸送され得る。
【0171】
最初のペプチドタンパク質分解は細胞の細胞質基質内で起こり、プロテアソームまたは免疫プロテアソームによって大きなタンパク質断片が小さなペプチドに分解される。このプロセシング事象は、多くの場合、クラスＩ ＭＨＣに結合するペプチドの最終的なＣ末端残基の生成を担う。プロテアソームは、２つのサブユニット、大きな多機能性プロテアーゼ（ＬＭＰ）２およびＬＭＰ７を含めた多数のサブユニットを含有する大きなタンパク質分解性複合体である。分解のために結合したタンパク質はユビキチンとの共有結合による連結によってプロテアソームに標的化される。ＬＭＰ２およびＬＭＰ７により、タンパク質分解性複合体がクラスＩ ＭＨＣ Ｉに結合するペプチドを生じるように誘導される。次いで、細胞質基質で生成されたペプチドはＴＡＰによってＥＲに輸送される。ＴＡＰは１１～１４アミノ酸のペプチドを優先的に輸送するので、ペプチドは多くの場合に安定なクラスＩ ＭＨＣ結合のためには長すぎ、ＥＲへの進入時にさらなるプロセシングが必要になる。このプロセシングは、小胞体アミノペプチダーゼ（ＥＲＡＰ）１およびＥＲＡＰ２によって抗原性ペプチドのＮ末端領域がトリミングされることを含む。このプロセスにより、クラスＩ ＭＨＣとの結び付きに対して高い親和性を有するペプチドのプールが創出される。
【0172】
正常な細胞環境では、古典的クラスＩＩ ＭＨＣ分子は樹状細胞（ＤＣ）またはマクロファージなどのプロフェッショナルＡＰＣにおいてのみ発現される。ファゴサイトーシス、エンドサイトーシス、またはピノサイトーシスによって内部移行する外因性または細胞外抗原は主にクラスＩＩ ＭＨＣ上でＣＤ４＋Ｔ細胞に対して提示される。しかし、細胞質基質抗原の小さなサブセットもオートファジーの結果としてクラスＩＩ ＭＨＣ上に発現される。簡単に述べると、エンドサイトーシスによって取り込まれた抗原は、古典的には初期エンドソーム（ｐＨ６．０～ｐＨ６．５）、後期エンドソームまたはエンドリソソーム（ｐＨ５．０～ｐＨ６．０）、およびリソソーム（ｐＨ４．５～ｐＨ５．０）と記載される、次第に酸性度が大きくなり、タンパク質分解活性が大きくなる区画からなる小胞経路でプロセシングされる。ファゴサイトーシスによって内部移行した抗原は同様の経路をたどり、ファゴソームとリソソームの融合によって形成されたファゴリソソームに終着する。リソソームおよびファゴリソソーム（ｐＨ４．０～ｐＨ４．５）は、一般的にカテプシンと称されるいくつかの酸性ｐＨ最適プロテアーゼを含有する。マクロファージなどの高度に分解性の細胞では、これらの酵素による逐次的な切断の結果、非常に短いペプチドおよび遊離アミノ酸が生じ、それらが細胞質基質内に移動して、新しいタンパク質合成のためのｔＲＮＡを補充する。タンパク質分解活性が低いＡＰＣでは、大きな中間体がクラスＩＩ ＭＨＣ結合のためのペプチドの優勢な供給源を形成し、これらのペプチドは通常１３～１８アミノ酸からなる。
【0173】
クラスＩ ＭＨＣおよびクラスＩＩ ＭＨＣはどちらも内因性抗原からプロセシングされたペプチドおよび外因性抗原からプロセシングされたペプチドに接近することができる。例えば、クラスＩＩ ＭＨＣは、リソソームにおいて分解される、内因性膜タンパク質から引き出されたペプチドに結合する。同様に、クラスＩ ＭＨＣは、エンドサイトーシスまたはファゴサイトーシスによって内部移行した外因性タンパク質から引き出されたペプチドに結合し得、これは交差提示と称される現象である。ＤＣの特定のサブセットがこのプロセスの媒介に関して特に熟練しており、これは、ナイーブＣＤ８＋Ｔ細胞による一次応答の開始のために極めて重要である。
【0174】
一態様では、ポリペプチドを切断する方法であって、本明細書に記載のポリペプチドをＡＰＣと接触させるステップを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、方法をｉｎ ｖｉｖｏで実施することができる。一部の実施形態では、方法をｉｎ ｖｉｔｒｏで実施することができる。
【0175】
一部の実施形態では、ポリペプチドはユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは切断前にユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはプロテアソームおよび／または免疫プロテアソームによるプロセシングの前にユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはエピトープ配列上ではないリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第１のリシンにおいてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第２のリシンにおいてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第３のリシンにおいてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第４のリシンにおいてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第５のリシン、第６のリシン、第７のリシン、第８のリシン、第９のリシン、または第１０のリシンにおいてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも１つのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは１つよりも多くのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの１つよりも多くのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドは各リシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの２個のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの３個のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの４個のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基において逐次的にユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基において逐次的にユビキチン化されない。
【0176】
一部の実施形態では、ポリペプチドはＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫおよびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣを含み、ここで、各ＡＡはアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫおよびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣの少なくとも１つのリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫおよびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣの１つまたは複数のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫおよびＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣの１つまたは複数のリシン残基においてユビキチン化される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫおよびＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣの１つまたは複数のリシン残基においてユビキチン化される。
【0177】
一部の実施形態では、ポリペプチドはＡＰＣによって内部移行する。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡＰＣによってエンドサイトーシスを介して内部移行する。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡＰＣによってファゴサイトーシスを介して内部移行する。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡＰＣによってピノサイトーシスを介して内部移行する。一部の実施形態では、ポリペプチドは細胞質において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはエンドソームにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはエンドリソソームにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはリソソームにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＥＲにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはアミノペプチダーゼによって切断される。一部の実施形態では、アミノペプチダーゼはインスリン調節性アミノペプチダーゼ（ＩＲＡＰ）である。一部の実施形態では、アミノペプチダーゼは小胞体アミノペプチダーゼ（ＥＲＡＰ）である。一部の実施形態では、ポリペプチドはプロテアソームおよび／または免疫プロテアソームのトリプシン様ドメインによってプロセシングされる。一部の実施形態では、トリプシン様ドメインはトリプシン様活性を含む。一部の実施形態では、トリプシン様ドメインはキモトリプシン様活性を含む。一部の実施形態では、トリプシン様活性はペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）活性を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドはプロテアーゼによって切断される。一部の実施形態では、プロテアーゼはトリプシン様プロテアーゼである。一部の実施形態では、プロテアーゼはキモトリプシン様プロテアーゼである。一部の実施形態では、プロテアーゼはペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）である。一部の実施形態では、プロテアーゼは、アスパラギンペプチドリアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、およびトレオニンプロテアーゼからなる群から選択される。好ましい実施形態では、プロテアーゼはシステインプロテアーゼである。一部の実施形態では、システインプロテアーゼは、カルパイン、カスパーゼ、カテプシンＢ、カテプシンＣ、カテプシンＦ、カテプシンＨ、カテプシンＫ、カテプシンＬ１、カテプシンＬ２、カテプシンＯ、カテプシンＳ、カテプシンＷ、およびカテプシンＺからなる群から選択される。一部の実施形態では、プロテアーゼはカテプシンＢである。一部の実施形態では、プロテアーゼはカテプシンＣである。一部の実施形態では、プロテアーゼはカテプシンＦである。一部の実施形態では、プロテアーゼはカテプシンＺである。
【0178】
一部の実施形態では、ポリペプチドはリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫのリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第１のリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第２のリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第３のリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第４のリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの第５のリシン残基、第６のリシン残基、第７のリシン残基、第８のリシン残基、第９のリシン残基、または第１０のリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドは１つよりも多くのポリＫのリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基において逐次的に切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはポリＫの各リシン残基において逐次的に切断されない。
【0179】
一部の実施形態では、ポリペプチドはＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣにおいて切断され、ここで、各ＡＡはアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＡｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣのリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣのリシン残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＶａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣにおいて切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドはＶａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣのシトルリン（Ｃｉｔ）残基において切断される。一部の実施形態では、ポリペプチドが切断されるとエピトープが遊離する。
【0180】
ペプチドに基づく薬物の全身治療への適用を限定する１つの主要な欠点は、ペプチドのタンパク質分解である。注射経路によって投与されたペプチドは血流に到達する。血流は、止血、線維素溶解、および組織変換、すなわち、傷害の場合の重要なプロセスにおいて機能するプロテアーゼを含有する。したがって、ペプチドを、血液中、血清中、または血漿中に存在するプロテアーゼに対して安定化することが重要である。一態様では、本明細書に記載のポリペプチドは、血漿中、血液中、および／または血清中で安定である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対象におけるＡＰＣによる内部移行の前には切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対象におけるＡＰＣによるプロセシングの前には切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは対象の血液中でＡＰＣによる内部移行の前には切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対象の血液中でＡＰＣによるプロセシングの前には切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは血液中でプロテアーゼによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはプラスミンによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは血漿カリクレインによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは組織カリクレインによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはトロンビンによって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは凝固因子によって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドは凝固第ＸＩＩ因子によって切断されない。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で安定である。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血液中で安定である。一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血清中で安定である。
【0181】
一部の実施形態では、ポリペプチドはヒト血漿中で１時間から５日間までの半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは約１時間～約１２０時間の半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは約１時間～約５時間、約１時間～約１０時間、約１時間～約１２時間、約１時間～約２４時間、約１時間～約３６時間、約１時間～約４８時間、約１時間～約６０時間、約１時間～約７２時間、約１時間～約８４時間、約１時間～約９６時間、約１時間～約１２０時間、約５時間～約１０時間、約５時間～約１２時間、約５時間～約２４時間、約５時間～約３６時間、約５時間～約４８時間、約５時間～約６０時間、約５時間～約７２時間、約５時間～約８４時間、約５時間～約９６時間、約５時間～約１２０時間、約１０時間～約１２時間、約１０時間～約２４時間、約１０時間～約３６時間、約１０時間～約４８時間、約１０時間～約６０時間、約１０時間～約７２時間、約１０時間～約８４時間、約１０時間～約９６時間、約１０時間～約１２０時間、約１２時間～約２４時間、約１２時間～約３６時間、約１２時間～約４８時間、約１２時間～約６０時間、約１２時間～約７２時間、約１２時間～約８４時間、約１２時間～約９６時間、約１２時間～約１２０時間、約２４時間～約３６時間、約２４時間～約４８時間、約２４時間～約６０時間、約２４時間～約７２時間、約２４時間～約８４時間、約２４時間～約９６時間、約２４時間～約１２０時間、約３６時間～約４８時間、約３６時間～約６０時間、約３６時間～約７２時間、約３６時間～約８４時間、約３６時間～約９６時間、約３６時間～約１２０時間、約４８時間～約６０時間、約４８時間～約７２時間、約４８時間～約８４時間、約４８時間～約９６時間、約４８時間～約１２０時間、約６０時間～約７２時間、約６０時間～約８４時間、約６０時間～約９６時間、約６０時間～約１２０時間、約７２時間～約８４時間、約７２時間～約９６時間、約７２時間～約１２０時間、約８４時間～約９６時間、約８４時間～約１２０時間、または約９６時間～約１２０時間の半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは約１時間、約５時間、約１０時間、約１２時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約６０時間、約７２時間、約８４時間、約９６時間、または約１２０時間の半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも約１時間、約５時間、約１０時間、約１２時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約６０時間、約７２時間、約８４時間、または約９６時間の半減期を有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは多くても約５時間、約１０時間、約１２時間、約２４時間、約３６時間、約４８時間、約６０時間、約７２時間、約８４時間、約９６時間、または約１２０時間の半減期を有する。
３．新抗原およびその使用
３．新抗原およびその使用
【0182】
治癒的かつ腫瘍特異的免疫療法の開発に関する極めて重要な関門の１つは、自己免疫を回避するために高度に特異的かつ制限された腫瘍抗原を同定および選択することである。悪性細胞内の遺伝的変化（例えば、逆位、転座、欠失、ミスセンス突然変異、スプライス部位突然変異など）の結果として生じる腫瘍新抗原は最も腫瘍特異的なクラスの抗原を代表するものである。新抗原は、それらを同定し、最適化された抗原を選択し、ワクチンまたは免疫原性組成物に使用するための新抗原を作製することに関する技術的な難しさに起因して、がんワクチンまたは免疫原性組成物にまれにしか使用されていない。これらの問題には、腫瘍にはＤＮＡレベルで存在するが、がんを有する対象の高い割合に由来する対応する生殖細胞系列試料には存在しない新形成／腫瘍における突然変異を同定すること；同定された突然変異を１つまたは複数のペプチド－ＭＨＣ結合予測アルゴリズムで解析して、新形成／腫瘍内で発現され、高い割合の患者ＨＬＡ対立遺伝子に結合する複数の新抗原Ｔ細胞エピトープを生成すること；ならびに、高い割合のがんを有する対象を処置するために適したがんワクチンまたは免疫原性組成物に使用するために、全ての新抗原ペプチドおよび予測された結合性ペプチドのセットから選択された複数の新抗原性ペプチドを合成することによって対処することができる。
【0183】
例えば、ペプチド配列決定情報を治療用ワクチンに翻訳することは、高い割合の個体のＨＬＡ分子に結合し得る突然変異したペプチドを予測することを含み得る。特定の突然変異のいずれを免疫原として利用するかの効率的な選択には、突然変異したペプチドのいずれが高い割合の患者のＨＬＡ対立遺伝子に効率的に結合するかを予測できることが必要である。最近、検証された結合性ペプチドおよび非結合性ペプチドを用いたニューラルネットワークに基づく学習手法により、主要なＨＬＡ－ＡおよびＨＬＡ－Ｂ対立遺伝子についての予測アルゴリズムの正確度が進歩している。しかし、進歩したニューラルネットワークに基づくアルゴリズムを使用してＨＬＡ－ペプチド結合規則をコード化したとしても、いくつかの因子により、ＨＬＡ対立遺伝子上に提示されるペプチドの予測力が限定される。
【0184】
ペプチド配列決定情報の治療用ワクチンへの翻訳の別の例は、薬物を長いペプチドの多エピトープワクチンとして製剤化することを含み得る。実際に可能な限り多くの突然変異したエピトープの標的化は、免疫系の巨大な能力を利用し、免疫標的化された遺伝子産物の下方モジュレーションによって免疫学的エスケープの機会を防ぎ、エピトープ予測手法の公知の不正確さの埋め合わせをするものである。合成ペプチドにより、多数の免疫原を効率的に調製するため、および突然変異型エピトープの同定を有効なワクチンに迅速に翻訳する有用な手段がもたらされる。ペプチドは、細菌または動物夾雑物質を含まない試薬を利用して容易に化学的に合成し、容易に精製することができる。サイズが小さいことにより、タンパク質の突然変異した領域に明確に焦点を当てることが可能になり、他の構成成分（突然変異していないタンパク質またはウイルスベクター抗原）に由来する無関連の抗原性競合を低減することも可能になる。
【0185】
ペプチド配列決定情報の治療用ワクチンへの翻訳のさらに別の例は、強力なワクチンアジュバントとの組合せを含み得る。有効なワクチンには、免疫応答を開始するために強力なアジュバントが必要であり得る。例えば、ＴＬＲ３ならびにＭＤＡ５およびＲＩＧ３のＲＮＡヘリカーゼ－ドメインのアゴニストであるポリ－ＩＣＬＣは、ワクチンアジュバントとしての望ましい特性がいくつか示されている。これらの特性としては、ｉｎ ｖｉｖｏにおける免疫細胞の局所的活性化および全身活性化の誘導、刺激性ケモカインおよびサイトカインの産生、ならびに樹状細胞（ＤＣ）による抗原提示の刺激が挙げられる。さらに、ポリ－ＩＣＬＣにより、ヒトにおける長続きするＣＤ４＋およびＣＤ８＋応答が誘導され得る。ヒトにおける長続きするＣＤ４＋およびＣＤ８＋応答が誘導され得る。重要なことに、転写およびシグナルトランスダクション経路の上方制御の著しい類似性が、ポリ－ＩＣＬＣを用いたワクチン接種を受けた対象と高度に有効な複製コンピテント黄熱病ワクチンを受けた志願者において、認められている。さらに、最近の第１相試験において、ポリ－ＩＣＬＣとＮＹＥＳＯ－１ペプチドワクチンの組合せ（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅに加えて）を用いた免疫化を受けた卵巣癌患者の＞９０％でＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞の誘導、ならびにペプチドに対する抗体応答が示された。同時に、ポリ－ＩＣＬＣは、現在までに２５件よりも多くの臨床試験で広範囲にわたって試験されており、比較的良性の毒性プロファイルが示されている。
ペプチド
ペプチド
【0186】
一部の態様では、本開示は、腫瘍特異的突然変異を含む単離されたペプチドを提供する。これらのペプチドおよびポリペプチドは、本明細書では、「新抗原性ペプチド」または「新抗原性ポリペプチド」と称される。「ペプチド」という用語は、本明細書では「突然変異型ペプチド」、「新抗原ペプチド」および「新抗原性ペプチド」と互換的に使用され、１つの残基、一般にはＬ－アミノ酸が他の残基、一般にはＬ－アミノ酸と一般にはα－アミノと隣のアミノ酸のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続した一続きを指す。同様に、「ポリペプチド」という用語は、本明細書では「突然変異型ポリペプチド」、「新抗原ポリペプチド」、および「新抗原性ポリペプチド」と互換的に使用され、１つの残基、例えばＬ－アミノ酸が他の残基、例えばＬ－アミノ酸と一般にはα－アミノと隣のアミノ酸のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続した一続きを指す。ポリペプチドまたはペプチドは、種々の長さであってよく、中性（非荷電）形態であっても塩の形態であってもよく、また、グリコシル化、側鎖の酸化、またはリン酸化などの修飾を有さないものであってもこれらの修飾を含有するものであってもよく、修飾により本明細書に記載のポリペプチドの生物活性が損なわれない条件に供することができる。
【0187】
一部の実施形態では、ゲノムまたはエクソーム配列決定方法を使用して腫瘍特異的突然変異を同定する。任意の適切な配列決定方法、例えば次世代シーケンシング（ＮＧＳ）技術を本開示に従って使用することができる。今後、方法の配列決定ステップのスピードアップのために第３世代配列決定方法がＮＧＳ技術の代わりになり得る。明瞭にするために、「次世代シーケンシング」または「ＮＧＳ」という用語は、本開示に関しては、全ゲノムを小片に分けることにより、核酸鋳型を全ゲノムに沿って並行してランダムに読み取る、サンガー化学として公知の「従来の」配列決定方法体系とは対照的に、全ての新規のハイスループット配列決定技術を意味する。そのようなＮＧＳ技術（大規模並列処理の配列決定技術としても公知）では、全ゲノム、エクソーム、トランスクリプトーム（ゲノムの全ての転写された配列）、またはメチローム（ゲノムの全てのメチル化された配列）の核酸配列情報を非常に短期間で、例えば、１～２週間以内、例えば、１～７日以内または２４時間未満以内に送達することが可能であり、また、原理上は、単一細胞配列決定手法が可能になる。市販されているまたは文献で言及されている多数のＮＧＳプラットフォーム、例えば、ＷＯ２０１２／１５９６４３に詳細に記載されているものを本開示に関して使用することができる。
【0188】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、これだけに限定されないが、約５アミノ酸、約６アミノ酸、約７アミノ酸、約８アミノ酸、約９アミノ酸、約１０アミノ酸、約１１アミノ酸、約１２アミノ酸、約１３アミノ酸、約１４アミノ酸、約１５アミノ酸、約１６アミノ酸、約１７アミノ酸、約１８アミノ酸、約１９アミノ酸、約２０アミノ酸、約２１アミノ酸、約２２アミノ酸、約２３アミノ酸、約２４アミノ酸、約２５アミノ酸、約２６アミノ酸、約２７アミノ酸、約２８アミノ酸、約２９アミノ酸、約３０アミノ酸、約３１アミノ酸、約３２アミノ酸、約３３アミノ酸、約３４アミノ酸、約３５アミノ酸、約３６アミノ酸、約３７アミノ酸、約３８アミノ酸、約３９アミノ酸、約４０アミノ酸、約４１アミノ酸、約４２アミノ酸、約４３アミノ酸、約４４アミノ酸、約４５アミノ酸、約４６アミノ酸、約４７アミノ酸、約４８アミノ酸、約４９アミノ酸、約５０アミノ酸、約６０アミノ酸、約７０アミノ酸、約８０アミノ酸、約９０アミノ酸、約１００アミノ酸、約１１０アミノ酸、約１２０アミノ酸、約１５０アミノ酸、約２００アミノ酸、約３００アミノ酸、約３５０アミノ酸、約４００アミノ酸、約４５０アミノ酸、約５００アミノ酸、約６００アミノ酸、約７００アミノ酸、約８００アミノ酸、約９００アミノ酸、約１，０００アミノ酸、約１，５００アミノ酸、約２，０００アミノ酸、約２，５００アミノ酸、約３，０００アミノ酸、約４，０００アミノ酸、約５，０００アミノ酸、約７，５００アミノ酸、約１０，０００アミノ酸またはそれよりも多くのアミノ酸残基、およびその中で導き出せる任意の範囲を含み得る。特定の実施形態では、新抗原性ペプチド分子は１００アミノ酸と等しいまたはそれ未満である。
【0189】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、約８アミノ酸残基から約５０アミノ酸残基までの長さ、または約８アミノ酸残基から約３０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１８アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１５アミノ酸残基まで、または約８アミノ酸残基から約１２アミノ酸残基までの長さであり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、約８アミノ酸残基から約５００アミノ酸残基までの長さ、または約８アミノ酸残基から約４５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約４００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約３５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約３００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約５０アミノ酸残基まで、または約８アミノ酸残基から約３０アミノ酸残基までの長さであり得る。
【0190】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、５５アミノ酸残基、６０アミノ酸残基、７０アミノ酸残基、８０アミノ酸残基、９０アミノ酸残基、１００アミノ酸残基、１５０アミノ酸残基、２００アミノ酸残基、２５０アミノ酸残基、３００アミノ酸残基、３５０アミノ酸残基、４００アミノ酸残基、４５０アミノ酸残基、５００アミノ酸残基、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、多くても８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは、多くても８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、５５アミノ酸残基、６０アミノ酸残基、７０アミノ酸残基、８０アミノ酸残基、９０アミノ酸残基、１００アミノ酸残基、１５０アミノ酸残基、２００アミノ酸残基、２５０アミノ酸残基、３００アミノ酸残基、３５０アミノ酸残基、４００アミノ酸残基、４５０アミノ酸残基、５００アミノ酸残基、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであり得る。
【0191】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも８アミノ酸、少なくとも９アミノ酸、少なくとも１０アミノ酸、少なくとも１１アミノ酸、少なくとも１２アミノ酸、少なくとも１３アミノ酸、少なくとも１４アミノ酸、少なくとも１５アミノ酸、少なくとも１６アミノ酸、少なくとも１７アミノ酸、少なくとも１８アミノ酸、少なくとも１９アミノ酸、少なくとも２０アミノ酸、少なくとも２１アミノ酸、少なくとも２２アミノ酸、少なくとも２３アミノ酸、少なくとも２４アミノ酸、少なくとも２５アミノ酸、少なくとも２６アミノ酸、少なくとも２７アミノ酸、少なくとも２８アミノ酸、少なくとも２９アミノ酸、少なくとも３０アミノ酸、少なくとも４０アミノ酸、少なくとも５０アミノ酸、少なくとも６０アミノ酸、少なくとも７０アミノ酸、少なくとも８０アミノ酸、少なくとも９０アミノ酸、少なくとも１００アミノ酸、少なくとも１５０アミノ酸、少なくとも２００アミノ酸、少なくとも２５０アミノ酸、少なくとも３００アミノ酸、少なくとも３５０アミノ酸、少なくとも４００アミノ酸、少なくとも４５０アミノ酸、少なくとも５００アミノ酸、少なくとも１０００アミノ酸、または少なくとも１５００アミノ酸の全長（ｔｏｔａｌ ｌｅｎｇｔｈ）を有する。
【0192】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、多くても８アミノ酸、多くても９アミノ酸、多くても１０アミノ酸、多くても１１アミノ酸、多くても１２アミノ酸、多くても１３アミノ酸、多くても１４アミノ酸、多くても１５アミノ酸、多くても１６アミノ酸、多くても１７アミノ酸、多くても１８アミノ酸、多くても１９アミノ酸、多くても２０アミノ酸、多くても２１アミノ酸、多くても２２アミノ酸、多くても２３アミノ酸、多くても２４アミノ酸、多くても２５アミノ酸、多くても２６アミノ酸、多くても２７アミノ酸、多くても２８アミノ酸、多くても２９アミノ酸、多くても３０アミノ酸、多くても４０アミノ酸、多くても５０アミノ酸、多くても６０アミノ酸、多くても７０アミノ酸、多くても８０アミノ酸、多くても９０アミノ酸、多くても１００アミノ酸、多くても１５０アミノ酸、多くても２００アミノ酸、多くても２５０アミノ酸、多くても３００アミノ酸、多くても３５０アミノ酸、多くても４００アミノ酸、多くても４５０アミノ酸、多くても５００アミノ酸、多くても１０００アミノ酸、または多くても１５００アミノ酸の全長（ｔｏｔａｌ ｌｅｎｇｔｈ）を有する。
【0193】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、エピトープを含み得る。ある特定の実施形態では、エピトープは、これだけに限定されないが、約５アミノ酸、約６アミノ酸、約７アミノ酸、約８アミノ酸、約９アミノ酸、約１０アミノ酸、約１１アミノ酸、約１２アミノ酸、約１３アミノ酸、約１４アミノ酸、約１５アミノ酸、約１６アミノ酸、約１７アミノ酸、約１８アミノ酸、約１９アミノ酸、約２０アミノ酸、約２１アミノ酸、約２２アミノ酸、約２３アミノ酸、約２４アミノ酸、約２５アミノ酸、約２６アミノ酸、約２７アミノ酸、約２８アミノ酸、約２９アミノ酸、約３０アミノ酸、約３１アミノ酸、約３２アミノ酸、約３３アミノ酸、約３４アミノ酸、約３５アミノ酸、約３６アミノ酸、約３７アミノ酸、約３８アミノ酸、約３９アミノ酸、約４０アミノ酸、約４１アミノ酸、約４２アミノ酸、約４３アミノ酸、約４４アミノ酸、約４５アミノ酸、約４６アミノ酸、約４７アミノ酸、約４８アミノ酸、約４９アミノ酸、約５０アミノ酸、約６０アミノ酸、約７０アミノ酸、約８０アミノ酸、約９０アミノ酸、約１００アミノ酸、約１１０アミノ酸、約１２０アミノ酸、約１５０アミノ酸、約２００アミノ酸、約３００アミノ酸、約３５０アミノ酸、約４００アミノ酸、約４５０アミノ酸、約５００アミノ酸、約６００アミノ酸、約７００アミノ酸、約８００アミノ酸、約９００アミノ酸、約１，０００アミノ酸、約１，５００アミノ酸、約２，０００アミノ酸、約２，５００アミノ酸、約３，０００アミノ酸、約４，０００アミノ酸、約５，０００アミノ酸、約７，５００アミノ酸、約１０，０００アミノ酸またはそれよりも多くのアミノ酸残基、およびその中で導き出せる任意の範囲を含み得る。
【0194】
ある特定の実施形態では、エピトープは、約８アミノ酸残基から約５０アミノ酸残基までの長さ、または約８アミノ酸残基から約３０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１８アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１５アミノ酸残基まで、または約８アミノ酸残基から約１２アミノ酸残基までの長さであり得る。一部の実施形態では、ペプチドは、約８アミノ酸残基から約５００アミノ酸残基までの長さ、または約８アミノ酸残基から約４５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約４００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約３５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約３００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約２００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１５０アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約１００アミノ酸残基まで、約８アミノ酸残基から約５０アミノ酸残基まで、または約８アミノ酸残基から約３０アミノ酸残基までの長さであり得る。
【0195】
ある特定の実施形態では、エピトープは、少なくとも８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、エピトープは、少なくとも８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、５５アミノ酸残基、６０アミノ酸残基、７０アミノ酸残基、８０アミノ酸残基、９０アミノ酸残基、１００アミノ酸残基、１５０アミノ酸残基、２００アミノ酸残基、２５０アミノ酸残基、３００アミノ酸残基、３５０アミノ酸残基、４００アミノ酸残基、４５０アミノ酸残基、５００アミノ酸残基、またはそれよりも多くのアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、エピトープは、多くても８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであり得る。一部の実施形態では、エピトープは、多くても８アミノ酸残基、９アミノ酸残基、１０アミノ酸残基、１１アミノ酸残基、１２アミノ酸残基、１３アミノ酸残基、１４アミノ酸残基、１５アミノ酸残基、１６アミノ酸残基、１７アミノ酸残基、１８アミノ酸残基、１９アミノ酸残基、２０アミノ酸残基、２１アミノ酸残基、２２アミノ酸残基、２３アミノ酸残基、２４アミノ酸残基、２５アミノ酸残基、２６アミノ酸残基、２７アミノ酸残基、２８アミノ酸残基、２９アミノ酸残基、３０アミノ酸残基、３１アミノ酸残基、３２アミノ酸残基、３３アミノ酸残基、３４アミノ酸残基、３５アミノ酸残基、３６アミノ酸残基、３７アミノ酸残基、３８アミノ酸残基、３９アミノ酸残基、４０アミノ酸残基、４１アミノ酸残基、４２アミノ酸残基、４３アミノ酸残基、４４アミノ酸残基、４５アミノ酸残基、４６アミノ酸残基、４７アミノ酸残基、４８アミノ酸残基、４９アミノ酸残基、５０アミノ酸残基、５５アミノ酸残基、６０アミノ酸残基、７０アミノ酸残基、８０アミノ酸残基、９０アミノ酸残基、１００アミノ酸残基、１５０アミノ酸残基、２００アミノ酸残基、２５０アミノ酸残基、３００アミノ酸残基、３５０アミノ酸残基、４００アミノ酸残基、４５０アミノ酸残基、５００アミノ酸残基、またはそれ未満のアミノ酸残基の長さであり得る。
【0196】
より長いペプチドをいくつかのやり方で設計することができる。一部の実施形態では、ＨＬＡ結合性ペプチドが予測されるまたは公知である場合、より長いペプチドは、（１）対応する遺伝子産物それぞれのＮ末端およびＣ末端に向かって２～５アミノ酸の伸長を有する個々の結合性ペプチド；または（２）それぞれ伸長した配列を有する結合性ペプチドの一部または全部の連鎖を含む。他の実施形態では、配列決定により、長い（＞１０残基）ネオエピトープ配列が腫瘍に存在すること（例えば、新規のペプチド配列を導くフレームシフト、リードスルーまたはイントロン包含に起因して）が明らかになった場合、より長いペプチドは、単一のより長いペプチドとしてまたは重複したいくつかのより長いペプチドとしてのいずれかの新規の腫瘍特異的アミノ酸のひと続き全体からなり得る。一部の実施形態では、より長いペプチドの使用により、患者細胞による内因性プロセシングが可能になり、より有効な抗原提示およびＴ細胞応答の誘導が導かれ得ることが推定される。一部の実施形態では、２つまたはそれよりも多くのペプチドを使用することができ、その場合、ペプチドは重複し、長い新抗原性ペプチドにわたって重ならないように並べられる。
【0197】
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの免疫原性抗原、新抗原ペプチド、またはそのエピトープは、１２アミノ酸残基またはそれ未満の長さであり、通常は約８アミノ酸残基から約１２アミノ酸残基の間からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩの免疫原性抗原、新抗原ペプチド、またはそのエピトープは、約８、約９、約１０、約１１、または約１２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩの免疫原性抗原、新抗原ペプチド、またはそのエピトープは２５アミノ酸残基またはそれ未満の長さであり、通常は約９アミノ酸残基から約２５アミノ酸残基の間からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩの免疫原性抗原、新抗原ペプチド、またはそのエピトープは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、または約２５アミノ酸残基である。
【0198】
一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＨＬＡタンパク質（例えば、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡまたはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡ）に結合する。特定の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＨＬＡタンパク質に、対応する野生型ペプチドよりも大きな親和性で結合する。特定の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープは少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満またはそれ未満のＩＣ５０またはＫＤを有する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭの親和性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ、０．２ｎＭ、０．３ｎＭ、０．４ｎＭ、０．５ｎＭ、０．６ｎＭ、０．７ｎＭ、０．８ｎＭ、０．９ｎＭ、１ｎＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、６５０ｎＭ、７００ｎＭ、７５０ｎＭ、８００ｎＭ、８５０ｎＭ、９００ｎＭ、９５０ｎＭ、１０００ｎＭ、１１００ｎＭ、１２００ｎＭ、１３００ｎＭ、１４００ｎＭ、１５００ｎＭ、１６００ｎＭ、１７００ｎＭ、１８００ｎＭ、１９００ｎＭ、または２０００ｎＭの親和性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ、０．２ｎＭ、０．３ｎＭ、０．４ｎＭ、０．５ｎＭ、０．６ｎＭ、０．７ｎＭ、０．８ｎＭ、０．９ｎＭ、１ｎＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、６５０ｎＭ、７００ｎＭ、７５０ｎＭ、８００ｎＭ、８５０ｎＭ、９００ｎＭ、９５０ｎＭ、１０００ｎＭ、１１００ｎＭ、１２００ｎＭ、１３００ｎＭ、１４００ｎＭ、１５００ｎＭ、１６００ｎＭ、１７００ｎＭ、１８００ｎＭ、１９００ｎＭ、または２０００ｎＭの親和性で結合する。
【0199】
一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１０分間、１１分間、１２分間、１３分間、１４分間、１５分間、１６分間、１７分間、１８分間、１９分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、または６０分間の安定性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、５．５時間、６時間、６．５時間、７時間、７．５時間、８時間、８．５時間、９時間、９．５時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１０分間、１１分間、１２分間、１３分間、１４分間、１５分間、１６分間、１７分間、１８分間、１９分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、または６０分間の安定性で結合する。一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、５．５時間、６時間、６．５時間、７時間、７．５時間、８時間、８．５時間、９時間、９．５時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間の安定性で結合する。
【0200】
一部の実施形態では、ポリペプチドは約０．５から約１２まで、約２から約１０まで、または約４から約８までのｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ペプチドは少なくとも４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれよりも大きいｐＩ値を有し得る。一部の実施形態では、ポリペプチドは多くても４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、またはそれ未満のｐＩ値を有し得る。
【0201】
一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、ペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、ペプチド配列のアミノ酸またはアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、０～１０００個、１～９００個、５～８００個、１０～７００個、２０～６００個、３０～５００個、４０～４００個、５０～３００個、６０～２００個、または７０～１００個のアミノ酸残基を含む。好ましい実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、１個から２０個までのアミノ酸残基を含む。別の好ましい実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、５個から１２個までのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１１個、少なくとも１２個、少なくとも１３個、少なくとも１４個、少なくとも１５個、少なくとも１６個、少なくとも１７個、少なくとも１８個、少なくとも１９個、少なくとも２０個、少なくとも２１個、少なくとも２２個、少なくとも２３個、少なくとも２４個、少なくとも２５個、少なくとも２６個、少なくとも２７個、少なくとも２８個、少なくとも２９個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個、少なくとも６０個、少なくとも７０個、少なくとも８０個、少なくとも９０個、少なくとも１００個、少なくとも１５０個、少なくとも２００個、少なくとも２５０個、少なくとも３００個、少なくとも３５０個、少なくとも４００個、少なくとも４５０個、少なくとも５００個、少なくとも１０００個、または少なくとも１５００個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、アミノ酸またはアミノ酸配列は、約１個、約２個、約３個、約４個、約５個、約６個、約７個、約８個、約９個、約１０個、約１１個、約１２個、約１３個、約１４個、約１５個、約１６個、約１７個、約１８個、約１９個、約２０個、約２１個、約２２個、約２３個、約２４個、約２５個、約２６個、約２７個、約２８個、約２９個、約３０個、約４０個、約５０個、約６０個、約７０個、約８０個、約９０個、約１００個、約１５０個、約２００個、約２５０個、約３００個、約３５０個、約４００個、約４５０個、約５００個、約１０００個、または約１５００個のアミノ酸残基を含む。
【0202】
一態様では、ポリペプチドを製造する方法であって、アミノ酸またはアミノ酸配列および／またはリンカーをエピトープ配列を含む配列のＮ末端および／またはＣ末端に連結するステップを含む方法が本明細書で提供される。一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、溶液形態、凍結乾燥形態であり得る、または結晶形態であり得る。一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドは、組換えＤＮＡ技術または化学合成によって合成的に調製することもでき、またはネイティブな腫瘍または病原生物などの天然の供給源から単離することもできる。エピトープまたはネオエピトープは、個別に合成することもでき、またはポリペプチド内に直接または間接的に接合することもできる。本明細書に記載のポリペプチドは他の天然に存在する宿主細胞のタンパク質およびその断片を実質的に含まないものであり得るが、一部の実施形態では、ポリペプチドを、ネイティブな断片または粒子と接合するように合成的にコンジュゲートすることができる。
【0203】
一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドを多種多様なやり方で調製することができる。一部の実施形態では、ポリペプチドを、従来の技法に従って溶液中でまたは固体支持体上で合成することができる。種々の自動合成機が市販されており、公知のプロトコールに従って使用することができる。例えば、Stewart & Young, Solid Phase Peptide Synthesis, 2d. Ed., Pierce Chemical Co., 1984を参照されたい。さらに、個々のポリペプチドを、化学的ライゲーションを使用して接合して、より大きなポリペプチドを作製することができ、これは、それでも本開示の範囲内に入る。
【0204】
あるいは、ポリペプチドまたはポリペプチドの一部をコードするヌクレオチド配列を発現ベクターに挿入し、適当な宿主細胞に形質転換またはトランスフェクトし、発現に適した条件下で培養（ｃｕｌｔｉｖａｔｅ）する組換えＤＮＡ技術を使用することができる。これらの手順は、Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harb or Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (1989)に概して記載されている通り、当技術分野で一般に公知である。したがって、本明細書に記載の１つまたは複数の新抗原性ペプチドを含む組換えペプチドを使用して、適当なＴ細胞エピトープを提示することができる。
【0205】
一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列における１つまたは複数のヌクレオチドの挿入によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列における１つまたは複数のヌクレオチドの欠失によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列におけるフレームシフトによってコードされる。フレームシフトは、突然変異により遺伝子のコドン周期性（「読み枠」としても公知）の通常の相が乱され、非ネイティブなタンパク質配列の翻訳がもたらされる場合に生じる。遺伝子における異なる突然変異により同じ読み枠の変更が実現される可能性がある。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列におけるネオＯＲＦによってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の核酸配列における点突然変異によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、融合ポリペプチド、インフレーム欠失、挿入、内因性レトロウイルスポリペプチドの発現、およびポリペプチドの腫瘍特異的過剰発現をもたらす突然変異を有する遺伝子によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の第１の遺伝子と第２の遺伝子の融合によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の第１の遺伝子と第２の遺伝子のインフレーム融合によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の第１の遺伝子と第１の遺伝子のスプライスバリアントのエクソンの融合によってコードされる。一部の実施形態では、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸は、対象のゲノム内の第１の遺伝子と第１の遺伝子の潜在エクソンの融合によってコードされる。
【0206】
一部の態様では、本開示は、少なくとも２つのポリペプチド分子を含むポリペプチドを提供する。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くがエピトープを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが同じエピトープを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが同じ長さの同じエピトープを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くがエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のものであるアミノ酸またはアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のものであるアミノ酸またはアミノ酸配列は同じである。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のものであるアミノ酸またはアミノ酸配列は同じである。
【0207】
一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くがリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くがエピトープのＮ末端および／またはＣ末端にリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが異なるリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＮ末端にリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＮ末端にリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＣ末端にリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＣ末端にリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はリンカーを含まない。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＮ末端にリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＮ末端にリンカーを含まない。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＣ末端にリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子はエピトープのＣ末端にリンカーを含まない。
【0208】
ジスルフィドリンカーは、当技術分野で周知の方法を使用して合成することができる。例えば、ジスルフィドリンカーは、Zhang, Donglu, et al., ACS Med. Chem. Lett. 2016, 7, 988-993；およびPillow, Thomas H., et al., Chem. Sci., 2017, 8, 366-370に従って合成することができる。ジスルフィドリンカー合成およびジスルフィド含有ペプチド合成の例は実施例３および４に示されている。ＰＡＢＣ含有ペプチドは、当技術分野で周知の方法を使用して合成することができる。例えば、ＰＡＢＣ含有ペプチドは、Laurent Ducry (ed.), Antibody-Drug Conju gates, Methods in Molecular Biology, vol. 1045, DOI 10.1007/978-1-62703-541-5_5, Springer Science + Business Media, LLC 2013に従って合成することができる。ＰＡＢＣ含有ペプチド合成の例は実施例５に示されている。一部の実施形態では、固相ペプチド合成のために作られた任意の樹脂を使用することができる。
【0209】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、またはそれよりも多くのポリペプチドまたはポリペプチド分子を含む。例えば、ポリペプチドは、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、または１００個またはそれよりも多くのポリペプチドまたはポリペプチド分子を含み得る。
【0210】
一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープを含むポリペプチドはＲＡＳエピトープを含む。一部の実施形態では、ペプチドは、置換突然変異、例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１Ｈ、もしくはＱ６１Ｌ突然変異、またはＮＲＡＳ Ｑ６１ＫもしくはＱ６１Ｒ突然変異を有するタンパク質から引き出すことができる。置換は、ペプチドの長さに沿って任意の場所に位置し得る。例えば、置換は、ペプチドのＮ末端側の３分の１、ペプチドの中央の３分の１またはペプチドのＣ末端側の３分の１に位置し得る。別の実施形態では、置換された残基はＮ末端から２～５残基離れたところまたはＣ末端から２～５残基離れたところに位置する。ペプチドは、ペプチドが挿入された残基の１つまたは複数または全てを含む腫瘍特異的挿入突然変異から同様に引き出すことができる。一部の実施形態では、エピトープは、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸およびＧ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳ配列を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。
【0211】
一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、アミノ酸配列をさらに含む。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ｐｐ６５などの、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）のタンパク質のものである。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）のタンパク質のものである。一部の実施形態では、アミノ酸配列は、ＭＡＲＴ－１のタンパク質のものである。一部の実施形態では、ｐｐ６５などのＣＭＶのタンパク質のアミノ酸配列は、１つ、２つ、３つ、または３つよりも多くのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ｐｐ６５などのＣＭＶのタンパク質のアミノ酸配列は、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、または１００個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ＨＩＶのタンパク質のアミノ酸配列は、１つ、２つ、３つ、または３つよりも多くのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ＨＩＶのタンパク質のアミノ酸配列は、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、または１００個のアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ＭＡＲＴ－１のタンパク質のアミノ酸配列は、１つ、２つ、３つ、または３つよりも多くのアミノ酸残基を含む。一部の実施形態では、ＭＡＲＴ－１のタンパク質のアミノ酸配列は、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、または１００個のアミノ酸残基を含む。
【0212】
一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、９μＭ未満、８μＭ未満、７μＭ未満、６μＭ未満、５μＭ未満、４μＭ未満、３μＭ未満、２μＭ未満、１μＭ未満、９５０ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、８５０ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、７５０ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、５５０ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、４５０ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３５０ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、９０ｎＭ未満、８０ｎＭ未満、７０ｎＭ未満、６０ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、４０ｎＭ未満、３０ｎＭ未満、２０ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、２３時間よりも長い、２２時間よりも長い、２１時間よりも長い、２０時間よりも長い、１９時間よりも長い、１８時間よりも長い、１７時間よりも長い、１６時間よりも長い、１５時間よりも長い、１４時間よりも長い、１３時間よりも長い、１２時間よりも長い、１１時間よりも長い、１０時間よりも長い、９時間よりも長い、８時間よりも長い、７時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、５５分間よりも長い、５０分間よりも長い、４５分間よりも長い、４０分間よりも長い、３５分間よりも長い、３０分間よりも長い、２５分間よりも長い、２０分間よりも長い、１５分間よりも長い、１０分間よりも長い、９分間よりも長い、８分間よりも長い、７分間よりも長い、６分間よりも長い、５分間よりも長い、４分間よりも長い、３分間よりも長い、２分間よりも長い、または１分間よりも長い安定性で結合する。
【0213】
一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子は、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子、および／またはＨＬＡ－Ｃ０８：０２対立遺伝子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ０２：０１である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子である。一部の実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子はＨＬＡ－Ｃ０８：０２である。
【0214】
一部の態様では、本開示は、第１のペプチドおよび第２のペプチドを含む単一のポリペプチド、または第１のペプチドおよび第２のペプチドをコードする単一のポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。一部の実施形態では、本明細書で提供される組成物は１つまたは複数の追加的なペプチドを含み、１つまたは複数の追加的なペプチドは第３のネオエピトープを含む。一部の実施形態では、第１のペプチドおよび第２のペプチドは同じ転写開始点から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、第１のペプチドは第１の転写開始点から転写される配列によってコードされ、第２のペプチドは第２の転写開始点から転写される配列によってコードされる。一部の実施形態では、ポリペプチドは少なくとも２６アミノ酸、２７アミノ酸、２８アミノ酸、２９アミノ酸、３０アミノ酸、４０アミノ酸、５０アミノ酸、６０アミノ酸、７０アミノ酸、８０アミノ酸、９０アミノ酸、１００アミノ酸、１５０アミノ酸、２００アミノ酸、２５０アミノ酸、３００アミノ酸、３５０アミノ酸、４００アミノ酸、４５０アミノ酸、５００アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１，０００アミノ酸、１，５００アミノ酸、２，０００アミノ酸、２，５００アミノ酸、３，０００アミノ酸、４，０００アミノ酸、５，０００アミノ酸、７，５００アミノ酸、または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第１の配列；および対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する第２の配列を含む。一部の実施形態では、ポリペプチドは、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する少なくとも８個または９個の連続したアミノ酸の第１の配列；および対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する少なくとも１６個または１７個の連続したアミノ酸の第２の配列を含む。
【0215】
一部の実施形態では、第２のペプチドは第１のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは第２のペプチドよりも長い。一部の実施形態では、第１のペプチドは少なくとも９アミノ酸、１０アミノ酸、１１アミノ酸、１２アミノ酸、１３アミノ酸、１４アミノ酸、１５アミノ酸、１６アミノ酸、１７アミノ酸、１８アミノ酸、１９アミノ酸、２０アミノ酸、２１アミノ酸、２２アミノ酸、２３アミノ酸、２４アミノ酸、２５アミノ酸、２６アミノ酸、２７アミノ酸、２８アミノ酸、２９アミノ酸、３０アミノ酸、４０アミノ酸、５０アミノ酸、６０アミノ酸、７０アミノ酸、８０アミノ酸、９０アミノ酸、１００アミノ酸、１５０アミノ酸、２００アミノ酸、２５０アミノ酸、３００アミノ酸、３５０アミノ酸、４００アミノ酸、４５０アミノ酸、５００アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１，０００アミノ酸、１，５００アミノ酸、２，０００アミノ酸、２，５００アミノ酸、３，０００アミノ酸、４，０００アミノ酸、５，０００アミノ酸、７，５００アミノ酸、または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のペプチドは少なくとも１７アミノ酸、１８アミノ酸、１９アミノ酸、２０アミノ酸、２１アミノ酸、２２アミノ酸、２３アミノ酸、２４アミノ酸、２５アミノ酸、２６アミノ酸、２７アミノ酸、２８アミノ酸、２９アミノ酸、３０アミノ酸、４０アミノ酸、５０アミノ酸、６０アミノ酸、７０アミノ酸、８０アミノ酸、９０アミノ酸、１００アミノ酸、１５０アミノ酸、２００アミノ酸、２５０アミノ酸、３００アミノ酸、３５０アミノ酸、４００アミノ酸、４５０アミノ酸、５００アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１，０００アミノ酸、１，５００アミノ酸、２，０００アミノ酸、２，５００アミノ酸、３，０００アミノ酸、４，０００アミノ酸、５，０００アミノ酸、７，５００アミノ酸、または１０，０００アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のペプチドは対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の同一性を有する少なくとも９個の連続したアミノ酸の配列を含む。一部の実施形態では、第２のペプチドは対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する少なくとも１７個の連続したアミノ酸の配列を含む。
【0216】
一部の実施形態では、第１のペプチド、第２のペプチド、または両方が少なくとも１つの隣接配列を含み、少なくとも１つの隣接配列はネオエピトープの上流または下流にある。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列は非野生型配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列はＮ末端隣接配列である。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接配列はＣ末端隣接配列である。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接配列は、第２のペプチドの少なくとも１つの隣接配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する。一部の実施形態では、第１のペプチドの少なくとも１つの隣接領域は第２のペプチドの少なくとも１つの隣接領域とは異なる。一部の実施形態では、少なくとも１つの隣接残基は突然変異を含む。
【0217】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの突然変異型アミノ酸を含むネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸；少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸；および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流の少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの非突然変異型アミノ酸を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。
【0218】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列、および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。
【0219】
一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの連続したアミノ酸を含む配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸および少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの連続したアミノ酸を含む配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ペプチドは、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の上流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの連続したアミノ酸を含む配列、および、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸の下流にあり、対応する野生型配列に対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれよりも多くの連続したアミノ酸を含む配列を含むタンパク質から引き出されたネオエピトープ配列を含む。
【0220】
一部の実施形態では、エピトープは、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧエピトープである。一部の実施形態では、ＴＭＰＲＳＳ２：ＥＲＧエピトープは、ＡＬＮＳＥＡＬＳＶのアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、またはＤＩＬＤＴＡＧＫＥのアミノ酸配列を含む。
【0221】
一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、例えばＮ末端に、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＴＥＹ、ＫＴＥＹＫ、ＫＴＥＹＫＬ、ＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＴＥＹ、ＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹ、ＫＫＫＫＴＥＹＫ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＴＥＹＫ、ＴＥＹＫＬ、ＴＥＹＫＬＶ、ＴＥＹＫＬＶＶ、ＴＥＹＫＬＶＶＶ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、ＫＫＫＫＩＩＭＫＩＲＮＡ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列をさらに含む。
【0222】
一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、例えばＣ末端に、Ｋ、ＫＫ、ＫＫＫ、ＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＫＫＫＫＫＫ、ＫＫＮＫＫＤＤＩ、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫ、ＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＫＫＫＫ、ＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＫＫＫＫ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列をさらに含む。
【0223】
一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、およびＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＫＫＫＫからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、およびＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬからなる群から選択される。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬである。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬである。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬである。一部の実施形態では、ＲＡＳエピトープを含むポリペプチドは、ＫＫＫＫＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬである。
【0224】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣ ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＬＶＶＶＧＡＣＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＶＶＧＡＣＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。
【0225】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＶＶＧＡＤＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＬＶＶＶＧＡＤＧＶのネオエピトープ配列を含む。
【0226】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＬＶＶＶＧＡＶＧＶのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＶＶＧＡＶＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫのネオエピトープ配列を含む。
【0227】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドはＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【0228】
一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドはＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。一部の実施形態では、ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドはＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬのネオエピトープ配列を含む。
【0229】
一部の実施形態では、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドはＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【0230】
一部の実施形態では、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＮＲＡＳ Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドはＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹのネオエピトープ配列を含む。
【0231】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドはＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｈ突然変異を含むペプチドは表１に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表１に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表１のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表1. RAS Q61H突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表1. RAS Q61H突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表1-1】
【表1-2】
【0232】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドはＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｒ突然変異を含むペプチドは表２に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表２に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表２のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表2. RAS Q61R突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表2. RAS Q61R突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表2-1】
【表2-2】
【表2-3】
【0233】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドはＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｋ突然変異を含むペプチドは表３に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表３に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表３のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表3. RAS Q61K突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表3. RAS Q61K突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表3-1】
【表3-2】
【0234】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドはＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｑ６１Ｌ突然変異を含むペプチドは表４に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表４に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表４のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表4. RAS Q61L突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表4. RAS Q61L突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表4-1】
【表4-2】
【表4-3】
【0235】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ａ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ａ突然変異を含むペプチドは表５に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表５に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表５のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表5. RAS G12A突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表5. RAS G12A突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表5-1】
【表5-2】
【表5-3】
【0236】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むペプチドは表６に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表６に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表６のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表6. RAS G12C突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表6. RAS G12C突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表6-1】
【表6-2】
【0237】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むペプチドは表７に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表７に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表７のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表7. RAS G12D突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表7. RAS G12D突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表7-1】
【表7-2】
【0238】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｒ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｒ突然変異を含むペプチドは表８に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表８に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表８のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表8. RAS G12R突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表8. RAS G12R突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表8-1】
【表8-2】
【0239】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｓ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｓ突然変異を含むペプチドは表９に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表９に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表９のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表9. RAS G12S突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表9. RAS G12S突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表9-1】
【表9-2】
【0240】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１２Ｖ突然変異を含むペプチドは表１０に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表１０に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表１０のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表10. RAS G12V突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表10. RAS G12V突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表10-1】
【表10-2】
【表10-3】
【0241】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１３Ｃ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１３Ｃ突然変異を含むペプチドは表１１に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表１１に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表１１のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表11. RAS G13C突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表11. RAS G13C突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表11】
【0242】
一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１３Ｄ突然変異を含むペプチドはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬの配列を含む。一部の実施形態では、ＲＡＳ Ｇ１３Ｄ突然変異を含むペプチドは表１２に提示されている配列を含む。一部の実施形態では、表１２に提示されているペプチド配列はＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合するまたはそれに結合することが予測され、その対立遺伝子は表１２のペプチド配列の隣の対応する列に提示されている。
表12. RAS G13D突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
表12. RAS G13D突然変異を含むペプチド配列、対応するHLA対立遺伝子、および結合潜在性の順位
【表12-1】
【表12-2】
【0243】
一部の実施形態では、本明細書に記載のポリペプチドはＲＡＳエピトープを含まない。一部の実施形態では、エピトープはＲＡＳエピトープではない。一部の実施形態では、ポリペプチドはＫＫＫＫＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴ、ＫＫＫＫＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳ、ＫＫＫＫＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬ、ＫＫＫＫＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨ、またはＫＫＫＫＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨを含まない。
【0244】
一部の実施形態では、抗原、新抗原ペプチド、またはエピトープを含むポリペプチドはＧＡＴＡ３エピトープを含む。一部の実施形態では、ＧＡＴＡ３エピトープは、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＶＬＰＥＰＨＬＡＬ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＰＡＶＰＦＤＬＨＦ、ＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＦＡＴＬＱＲＳＳＬ、ＡＲＶＰＡＶＰＦＤ、ＩＭＫＰＫＲＤＧＹ、ＤＧＹＭＦＬＫＡ、ＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦ、ＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＡＲＶＰＡＶＰＦ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲ、ＲＶＰＡＶＰＦＤＬ、またはＬＴＧＰＰＡＲＶＰのアミノ酸配列を含む。
ペプチド修飾
ペプチド修飾
【0245】
一部の実施形態では、本開示は、修飾されたペプチドを含む。修飾は、抗原性ペプチド自体の一次アミノ酸配列を変更しない共有結合性の化学修飾を含み得る。修飾により、所望の特性、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏ半減期の延長、安定性の増大、クリアランスの低減、免疫原性もしくはアレルゲン性の変更、特定の抗体の生成を可能にすること、細胞標的化、抗原取り込み、抗原プロセシング、ＨＬＡ親和性、ＨＬＡ安定性、または抗原提示を有するペプチドをもたらすことができる。一部の実施形態では、ペプチドは、例えば免疫応答を生じさせるためのＡＰＣによるエピトープのプロセシングおよび提示を増強する１つまたは複数の配列を含み得る。
【0246】
一部の実施形態では、ポリペプチドを、所望の特質がもたらされるように修飾することができる。例えば、ペプチドの細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）活性を誘導する能力を、ヘルパーＴ細胞応答を誘導することができる少なくとも１つのエピトープを含有する配列と連結することによって増強することができる。一部の実施形態では、免疫原性ペプチド／ヘルパーＴコンジュゲートをスペーサー分子によって連結する。一部の実施形態では、スペーサーは、生理的条件下で実質的に非荷電である、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの比較的小さな中性分子を含む。スペーサーは、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙまたは他の非極性アミノ酸または中性極性アミノ酸の中性スペーサーから選択することができる。必要に応じて存在するスペーサーは同じ残基に含まれる必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーまたはホモオリゴマーであり得ることが理解されよう。新抗原性ペプチドをヘルパーＴペプチドに、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかにおいて直接かまたはスペーサーを介してのいずれかで連結することができる。新抗原性ペプチドまたはヘルパーＴペプチドのいずれかのアミノ末端をアシル化することができる。ヘルパーＴペプチドの例としては、破傷風トキソイド残基８３０～８４３、インフルエンザ残基３０７～３１９、ならびにマラリアスポロゾイト周囲残基３８２～３９８および残基３７８～３８９が挙げられる。
【0247】
本開示のペプチド配列を、必要に応じて、ＤＮＡレベルで変化させることによって、特に、所望のアミノ酸に翻訳されるコドンが生成されるように、ペプチドをコードするＤＮＡを予め選択した塩基において突然変異させることによって、変更することができる。
【0248】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドは、結果生じるペプチドの物理的特性（例えば、安定性または溶解性）を改変するための置換を含有し得る。例えば、ペプチドを、システイン（Ｃ）をα－アミノ酪酸（「Ｂ」）で置換することによって修飾することができる。システインは、その化学的性質に起因して、ジスルフィド架橋を形成する傾向を有し、ペプチドを構造的に十分に変更して、結合能を低下させる。α－アミノ酪酸でＣを置換することにより、この問題が緩和されるだけでなく、ある特定の場合には結合能および架橋結合能も実際に改善される。システインのα－アミノ酪酸での置換は、新抗原性ペプチドの任意の残基において、例えば、ペプチド内のエピトープまたは類似体のアンカー位置または非アンカー位置、またはペプチドの他の位置において行うことができる。
【0249】
ペプチドを、例えばアミノ酸の付加または欠失によって化合物のアミノ酸配列を伸長させるまたは短縮することによって修飾することもできる。ペプチドまたは類似体を、ある特定の残基の順序または組成を変更することによって修飾することもできる。生物活性に必須のある特定のアミノ酸残基、例えば、極めて重要な接触部位にある残基または保存された残基は、一般に、生物活性に対する有害作用を伴わずに変更することができないことが当業者には理解されよう。極めて重要なものではないアミノ酸は、Ｌ－α－アミノ酸などのタンパク質に天然に存在するアミノ酸、またはそれらのＤ異性体に限定する必要はなく、β－γ－δ－アミノ酸、ならびにＬ－α－アミノ酸の多くの誘導体などの非天然アミノ酸を含んでもよい。
【0250】
一部の実施形態では、ＨＬＡ結合に対する静電気的電荷、疎水性などの影響を決定するために、ペプチドを、単一のアミノ酸置換を有する一連のペプチドを使用して修飾することができる。例えば、一連の正に荷電したアミノ酸（例えば、ＬｙｓまたはＡｒｇ）または負に荷電したアミノ酸（例えば、Ｇｌｕ）による置換をペプチドの長さに沿って行い、それにより、種々のＨＬＡ分子およびＴ細胞受容体に対する感受性の異なるパターンを明らかにすることができる。さらに、Ａｌａ、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、または同様の残基などの小さな比較的中性の部分を使用した多数の置換を使用することができる。置換は、ホモオリゴマーであってもヘテロオリゴマーであってもよい。置換されるまたは付加される残基の数および型は、必須の接触点の間に必要な間隔、および、求められるある特定の機能的特質（例えば、疎水性対親水性）に依存する。親ペプチドの親和性と比較したＨＬＡ分子またはＴ細胞受容体に対する結合親和性の増大もそのような置換によって実現することができる。いずれにしても、そのような置換には、例えば、結合を妨害し得る立体的および電荷干渉が回避されるように選択されたアミノ酸残基または他の分子断片を使用すべきである。アミノ酸置換は一般には単一の残基の置換である。置換、欠失、挿入、またはこれらの任意の組合せを組み合わせて最終的なペプチドを実現することができる。
【0251】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドは、アミノ酸模倣物または非天然（ｕｎｎａｔｕｒａｌ）アミノ酸残基、例えばＤ－またはＬ－ナフチルアラニン；Ｄ－またはＬ－フェニルグリシン；Ｄ－またはＬ－２－チエネイルアラニン；Ｄ－またはＬ－１、－２、３－、または４－ピレネイルアラニン；Ｄ－またはＬ－３チエネイルアラニン；Ｄ－またはＬ－（２－ピリジニル）－アラニン；Ｄ－またはＬ－（３－ピリジニル）－アラニン；Ｄ－またはＬ－（２－ピラジニル）－アラニン；Ｄ－またはＬ－（４－イソプロピル）－フェニルグリシン；Ｄ－（トリフルオロメチル）－フェニルグリシン；Ｄ－（トリフルオロメチル）－フェニルアラニン；Ｄ－ｐ－フルオロフェニルアラニン；Ｄ－またはＬ－ｐ－ビフェニル－フェニルアラニン；Ｄ－またはＬ－ｐ－メトキシビフェニルフェニルアラニン；Ｄ－またはＬ－２－インドール（アリル）アラニン；およびＤ－またはＬ－アルキルアラニンを含み得、ここで、アルキル基は置換または非置換メチル、エチル、プロピル、ヘキシル、ブチル、ペンチル、イソプロピル、イソブチル、ｓｅｃ－イソチル、イソペンチル、または非酸性アミノ酸残基であり得る。非天然アミノ酸の芳香環としては、例えば、チアゾリル、チオフェニル、ピラゾリル、ベンズイミダゾリル、ナフチル、フラニル、ピロリル、およびピリジル芳香環が挙げられる。種々のアミノ酸模倣物または非天然（ｕｎｎａｔｕｒａｌ）アミノ酸残基を有する修飾されたペプチドは、ｉｎ ｖｉｖｏにおいて増大した安定性を有し得る。そのようなペプチドは、改善された貯蔵寿命または製造特性も有し得る。
【0252】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドを、末端ＮＨ２アシル化によって、例えば、アルカノイル（Ｃ１～Ｃ２０）またはチオグリコールイルアセチル化、末端カルボキシルアミド化、例えば、アンモニア、メチルアミンなどによって修飾することができる。一部の実施形態では、これらの修飾により、支持体または他の分子との連結のための部位をもたらすことができる。一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドは、これだけに限定されないが、グリコシル化、側鎖の酸化、ビオチン化、リン酸化、表面活性材料、例えば脂質の付加などの修飾を含有し得る、または化学修飾、例えばアセチル化することができる。さらに、ペプチド内の結合は、ペプチド結合以外の結合、例えば、共有結合、エステルまたはエーテル結合、ジスルフィド結合、水素結合、イオン結合などであり得る。
【0253】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドは、担体、例えば、当技術分野で周知のものなど、例えば、サイログロブリン、ヒト血清アルブミンなどのアルブミン、破傷風トキソイド、ポリＬ－リシンおよびポリＬ－グルタミン酸などのポリアミノ酸残基、インフルエンザウイルスタンパク質、Ｂ型肝炎ウイルスコアタンパク質などを含み得る。
【0254】
ペプチドを、通常はタンパク質の一部ではない追加的な化学的部分を含有するようにさらに修飾することができる。それらの誘導体化された部分により、溶解性、生物学的半減期、タンパク質の吸収、または結合親和性を改善することができる。当該部分により、ペプチドの任意の望ましい副作用を低減または排除することもできる、などである。これらの部分の概要はRemington's Pharmaceutical Sciences, 20th ed., Mack Publishing Co., Easton, PA (2000)に見いだすことができる。例えば、所望の活性を有する新抗原性ペプチドを、必要に応じて、ある特定の所望の特質、例えば、薬理学的特徴の改善をもたらす一方で、修飾されていないペプチドの、所望のＨＬＡ分子に結合し、適当なＴ細胞を活性化する生物活性の実質的に全てが増大するまたは少なくとも保持されるように修飾することができる。例えば、ペプチドを、保存的または非保存的のいずれかの置換などの種々の変化に供することができ、そのような変化により、それらの使用に関して、ＨＬＡ結合の改善などのある特定の利点をもたらすことができる。そのような保存的置換は、アミノ酸残基を生物学的にかつ／または化学的に同様の別のアミノ酸残基で置き換えること、例えば、１つの疎水性残基で別の疎水性残基を置き換えること、または１つの極性残基で別の極性残基を置き換えることを包含し得る。単一のアミノ酸置換の効果をＤ－アミノ酸を使用して厳密に調べることもできる。そのような修飾は、例えば、Merrifield, Science 232: 341-347 (1986), Barany & Merrifield, The Peptides, Gross & Meienhofer, eds. (N.Y., Academic Press), pp. 1-284 (1979)；およびStewart & Young, Solid Phase Peptide Synthesis, (Rockford, III., Pierce), 2d Ed. (1984)に記載されている通り、周知のペプチド合成手順を使用して行うことができる。
【0255】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドを、タンパク質などの、大きな、ゆっくりと代謝される巨大分子；多糖、例えばセファロース、アガロース、セルロース、セルロースビーズなど；ポリマーアミノ酸、例えばポリグルタミン酸、ポリリシンなど；アミノ酸共重合体；不活化ウイルス粒子；不活化細菌毒素、例えば、ジフテリア、破傷風、コレラ、ロイコトキシン分子に由来するトキソイドなど；不活化細菌；および樹状細胞とコンジュゲートすることができる。
【0256】
ペプチドに対する変化としては、これだけに限定されないが、担体タンパク質とのコンジュゲーション、リガンドとのコンジュゲーション、抗体とのコンジュゲーション、ＰＥＧ化、ポリシアル化、ＨＥＳ化、組換えＰＥＧ模倣物、Ｆｃ融合、アルブミン融合、ナノ粒子付着、ナノ粒子封入、コレステロール融合、鉄融合、アシル化、アミド化、グリコシル化、側鎖の酸化、リン酸化、ビオチン化、表面活性材料の付加、アミノ酸模倣物の付加、または非天然（ｕｎｎａｔｕｒａｌ）アミノ酸の付加を挙げることができる。
【0257】
グリコシル化は、タンパク質の物理的特性に影響を及ぼし得、また、タンパク質の安定性、分泌、および細胞内の局在に関しても重要であり得る。適当なグリコシル化は生物活性に重要であり得る。実際、真核生物由来のいくつかの遺伝子は、タンパク質をグリコシル化するための細胞プロセスを欠く細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）において発現させると、グリコシル化の欠如に起因して、わずかな活性でまたは活性を有さずに回収されるタンパク質が生じる。グリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を変更することによって実現することができる。ペプチドまたはタンパク質に対する変更は、例えば、１つまたは複数のセリン残基またはトレオニン残基（Ｏ結合グリコシル化部位に関して）またはアスパラギン残基（Ｎ結合グリコシル化部位に関して）の付加、またはそれによる置換によって行うことができる。Ｎ結合オリゴ糖およびＯ結合オリゴ糖ならびに各型において見いだされる糖残基の構造は異なり得る。どちらにも一般に見いだされる糖の１つの型はＮ－アセチルノイラミン酸（以降シアル酸と称する）である。シアル酸は、通常、Ｎ結合オリゴ糖およびＯ結合オリゴ糖の両方の末端残基であり、負電荷に起因して、糖タンパク質に酸性特性を付与することができる。本開示の複数の実施形態は、Ｎ－グリコシル化バリアントの生成および使用を含む。炭水化物の除去は、化学的にもしくは酵素的に、またはグリコシル化されるアミノ酸残基をコードするコドンの置換によって実現することができる。化学的な脱グリコシル技法は公知であり、また、ポリペプチドの炭水化物部分の酵素による切断は種々のエンドグリコシダーゼおよびエキソグリコシダーゼを使用することによって実現することができる。
【0258】
コンジュゲーションのための追加的な適切な構成成分および分子としては、例えば、リンパ系を標的化するための分子、サイログロブリン；ヒト血清アルブミン（ＨＡＳ）などのアルブミン；破傷風トキソイド；ジフテリアトキソイド；ポリ（Ｄ－リシン：Ｄ－グルタミン酸）などのポリアミノ酸；ロタウイルスのＶＰ６ポリペプチド；インフルエンザウイルス赤血球凝集素、インフルエンザウイルス核タンパク質；キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）；ならびにＢ型肝炎ウイルスコアタンパク質および表面抗原；または前述の任意の組合せが挙げられる。
【0259】
別の型の修飾は、別のタンパク質（例えば、対象タンパク質に対して異種のアミノ酸配列を有するタンパク質）または担体分子などの１つまたは複数の追加的な構成成分または分子をポリペプチド配列のＮ末端および／またはＣ末端にコンジュゲートする（例えば、連結する）ことである。したがって、例示的なポリペプチド配列は、別の構成成分または分子とのコンジュゲートとして提供することができる。一部の実施形態では、アルブミンと本開示のペプチドまたはタンパク質の融合を、例えば、ＨＳＡまたはその断片をコードするＤＮＡと１つまたは複数のポリペプチド配列をコードするＤＮＡを接合する遺伝子操作によって実現することができる。その後、融合ポリペプチドが発現されるように、適切な宿主に対して、融合したヌクレオチド配列を、例えば適切なプラスミドの形態で用いて形質転換またはトランスフェクトを行うことができる。発現は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて、例えば原核細胞または真核細胞で行うこともでき、またはｉｎ ｖｉｖｏにおいて、例えばトランスジェニック生物体で行うこともできる。本開示の一部の実施形態では、融合タンパク質の発現を哺乳動物細胞株、例えばＣＨＯ細胞株において実施する。さらに、アルブミン自体を、循環半減期が延長されるように改変することができる。改変アルブミンと１つまたは複数のポリペプチドの融合は、上記の遺伝子操作技法によって、または化学的コンジュゲーションによって実現することができる；結果生じる融合分子は非改変アルブミンとの融合物の半減期を超える半減期を有する（例えば、ＷＯ２０１１／０５１４８９を参照されたい）。直接融合の代替として、コンジュゲートした脂肪酸鎖（アシル化）を通じたアルブミン結合を含めたいくつかのアルブミン結合戦略が開発されている。血清アルブミンは脂肪酸の輸送タンパク質であるので、アルブミン結合活性を有するこれらの天然リガンドが、小さなタンパク質治療薬の半減期延長のために使用されている。
【0260】
コンジュゲーションのための追加的な候補構成成分および分子としては、単離または精製に適したものが挙げられる。非限定的な例としては、ビオチン（ビオチン－アビジン特異的結合対）などの結合性分子、抗体、受容体、リガンド、レクチン、または、例えばプラスチックもしくはポリスチレンビーズ、プレートもしくはビーズ、磁気ビーズ、テストストリップ、および膜を含めた固体支持体を含む分子が挙げられる。陽イオン交換クロマトグラフィーなどの精製方法を使用してコンジュゲートを電荷の差異によって分離することができ、それにより、コンジュゲートがそれらの種々の分子量に有効に分離される。陽イオン交換クロマトグラフィーによって得られた画分の内容物を、従来の方法、例えば、質量分析、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、または分子実体を分子量によって分離するための他の公知の方法を使用して分子量によって同定することができる。
【0261】
一部の実施形態では、本開示のペプチドまたはタンパク質配列のアミノ末端またはカルボキシル末端を免疫グロブリンＦｃ領域（例えば、ヒトＦｃ）と融合して融合コンジュゲート（または融合分子）を形成することができる。Ｆｃ融合コンジュゲートにより生物学的製剤の全身半減期が延長されることが示されており、したがって、生物学的製剤製品に必要な投与の頻度をより低くすることができる。Ｆｃは血管を裏打ちする内皮細胞内の新生Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）に結合し、結合すると、Ｆｃ融合分子は分解から保護され、循環中に再放出され、分子を循環中により長く保持する。このＦｃ結合が、内因性ＩｇＧが長い血漿中半減期を保持する機構であると考えられている。ごく最近のＦｃ融合技術では、生物学的製剤の薬物動態および薬力学的特性を従来のＦｃ融合コンジュゲートと比較して最適化するために単一コピーの生物学的製剤と抗体のＦｃ領域が連結されている。
【0262】
本開示では、１つまたは複数の特性を改善するための、ペプチドの現在公知のまたは開発中の他の修飾の使用が意図されている。本開示のペプチドの循環半減期を延長するため、安定性を増大させるため、クリアランスを低減するため、または免疫原性もしくはアレルゲン性を変更するためのそのような方法の１つは、ペプチド配列をＨＥＳ化によって修飾することを伴い、これは、分子の特徴を修飾するために、他の分子と連結したヒドロキシエチルデンプン誘導体を利用する。ＨＥＳ化の種々の態様は、例えば、米国特許出願第２００７／０１３４１９７号および同第２００６／０２５８６０７号に記載されている。
【0263】
ペプチドの安定性はいくつかのやり方でアッセイすることができる。例えば、ペプチダーゼならびにヒト血漿および血清などの種々の生物学的媒体が安定性を試験するために使用されている。例えば、Verhoef, et al., Eur. J. Drug Metab. Pharmacokinetics 11: 291 (1986)を参照されたい。本明細書に記載のペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを使用して都合よく決定される。プロトコールは以下の通りである：プールしたヒト血清（ＡＢ型、熱失活させていないもの）を使用前に遠心分離によって破損させる。次いで、血清をＲＰＭＩ－１６４０または別の適切な組織培養培地で２５％まで希釈する。所定の時間間隔で少量の反応溶液を取り出し、６％水性トリクロロ酢酸（ＴＣＡ）またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間にわたって冷却し（４℃）、次いで高速回転させて沈殿した血清タンパク質をペレット化する。次いで、ペプチドの存在を逆相ＨＰＬＣにより、安定性特異的クロマトグラフィー条件を使用して決定する。
【0264】
血漿中半減期が短いことまたはプロテアーゼ分解を受けやすいことに伴う問題は、ペプチドまたはタンパク質配列を種々の非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレンのいずれかとコンジュゲートまたは連結すること（例えば、一般にはタンパク質と非タンパク質性ポリマー、例えばＰＥＧの両方と共有結合した連結性部分を介して）を含めた種々の修飾によって克服することができる。そのようなＰＥＧとコンジュゲートした生体分子は、より良好な物理的および熱的安定性、酵素による分解の受けやすさからの保護、溶解性の増大、より長いｉｎ ｖｉｖｏ循環半減期およびクリアランスの低減、免疫原性および抗原性の低減、ならびに毒性の低減を含めた、臨床的に有用な特性を有することが示されている。
【0265】
ポリペプチドまたはタンパク質配列とのコンジュゲーションに適したＰＥＧは、一般に、室温で水に可溶性であり、一般式Ｒ－（Ｏ－ＣＨ２－ＣＨ２）ｎ－Ｏ－Ｒを有し、式中、Ｒは水素またはアルキル基もしくはアルカノール基などの保護基であり、また、ｎは１から１０００までの整数である。Ｒが保護基である場合、一般に、炭素を１個～８個有する。ポリペプチド配列とコンジュゲートするＰＥＧは直鎖であっても分枝であってもよい。分枝ＰＥＧ誘導体、「星型ＰＥＧ」およびマルチアームＰＥＧが本開示により意図されている。本開示では、ＰＥＧが異なるｎ値を有し、したがって、種々の異なるＰＥＧが特定の比率で存在するコンジュゲートの組成物も意図されている。例えば、一部の組成物は、ｎ＝１、２、３、および４であるコンジュゲートの混合物を含む。一部の組成物では、ｎ＝１のコンジュゲートのパーセンテージは１８～２５％であり、ｎ＝２のコンジュゲートのパーセンテージは５０～６６％であり、ｎ＝３のコンジュゲートのパーセンテージは１２～１６％であり、ｎ＝４のコンジュゲートのパーセンテージは最大５％である。そのような組成物は、当技術分野で公知の反応条件および精製方法によって作製することができる。例えば、陽イオン交換クロマトグラフィーを使用してコンジュゲートを分離することができ、次いで、例えば、所望の数のＰＥＧが付着したコンジュゲートを含有する画分を同定し、修飾されていないタンパク質配列および他の数のＰＥＧが付着したコンジュゲートを含まないように精製する。
【0266】
ＰＥＧを本開示のペプチドまたはタンパク質と末端反応性基（「スペーサー」）を介して結合させることができる。スペーサーは、例えば、ポリペプチド配列の１つまたは複数の遊離のアミノ基またはカルボキシル基とＰＥＧの結合を媒介する末端反応性基である。遊離のアミノ基と結合させることができるスペーサーを有するＰＥＧとしては、Ｎ－ヒドロキシスクシニルイミドＰＥＧが挙げられ、これは、ＰＥＧのコハク酸エステルをＮ－ヒドロキシスクシニルイミドで活性化することによって調製することができる。遊離のアミノ基と結合させることができる別の活性化ＰＥＧは、２，４－ビス（Ｏ－メトキシポリエチレングリコール）－６－クロロ－ｓ－トリアジンであり、これは、ＰＥＧモノメチルエーテルを塩化シアヌールと反応させることによって調製することができる。遊離のカルボキシル基に結合する活性化ＰＥＧとしては、ポリオキシエチレンジアミンが挙げられる。
【0267】
本開示のペプチドまたはタンパク質配列の１つまたは複数とスペーサーを有するＰＥＧのコンジュゲーションは、種々の従来の方法によって行うことができる。例えば、コンジュゲーション反応を、試薬とペプチド／タンパク質のモル比４：１から３０：１までを利用し、溶液中、ｐＨ５から１０まで、４℃から室温までの温度で、３０分間～２０時間にわたって行うことができる。反応条件は、所望の程度の置換が優勢に生じるように反応が方向付けられるように選択することができる。一般に、低温、低ｐＨ（例えば、ｐＨ＝５）、および短い反応時間では、付着するＰＥＧの数が減少する傾向があり、一方、高温、中性～高ｐＨ（例えば、ｐＨ＞７）、およびより長い反応時間では付着するＰＥＧの数が増加する傾向がある。当技術分野で公知の種々の手段を使用して反応を終結させることができる。一部の実施形態では、反応混合物を酸性化し、例えば－２０℃で凍結させることによって反応を終了させる。
ネオエピトープ
ネオエピトープ
【0268】
ネオエピトープは、免疫系によって認識される新抗原性ペプチドまたは新抗原性ポリペプチドの新抗原性決定部分を含む。ネオエピトープは、非疾患細胞、例えば非がん性細胞または生殖細胞系列細胞などの参照には存在しないが、疾患細胞、例えばがん細胞には見いだされるエピトープを指す。これは、対応するエピトープが正常な非疾患細胞または生殖細胞系列細胞において見いだされるが、疾患細胞、例えば、がん細胞における１つまたは複数の突然変異に起因して、エピトープの配列が変化し、その結果、ネオエピトープが生じた状況を含む。「ネオエピトープ」という用語は、本明細書では「腫瘍特異的エピトープ」または「腫瘍特異的ネオエピトープ」と互換的に使用され、１つの残基、一般にはＬ－アミノ酸が他の残基、一般にはＬ－アミノ酸と、一般にはα－アミノと隣のアミノ酸のカルボキシル基の間のペプチド結合によって接続した一続きを指す。ネオエピトープは、種々の長さであってよく、中性（非荷電）形態であっても塩の形態であってもよく、また、グリコシル化、側鎖の酸化、またはリン酸化などの修飾を有さないものであってもこれらの修飾を含有するものであってもよく、修飾により本明細書に記載のポリペプチドの生物活性が損なわれない条件に供することができる。本開示は、表１～１２の腫瘍特異的突然変異を含む単離されたネオエピトープを提供する。
【0269】
一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに対する本明細書に記載のネオエピトープは、１２アミノ酸残基またはそれ未満の長さであり、通常、約８アミノ酸残基から約１２アミノ酸残基の間からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに対する本明細書に記載のネオエピトープは、約８、約９、約１０、約１１、または約１２アミノ酸残基である。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに対する本明細書に記載のネオエピトープは、２５アミノ酸残基またはそれ未満の長さであり、通常、約９アミノ酸残基から約２５アミノ酸残基の間からなる。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに対する本明細書に記載のネオエピトープは、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９、約２０、約２１、約２２、約２３、約２４、または約２５アミノ酸残基である。
【0270】
一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、タンパク質の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、ここで、第１のペプチドは第２のペプチドとは異なり、また、第１のネオエピトープは突然変異を含み、第２のネオエピトープも同じ突然変異を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、タンパク質の第１の領域の第１のネオエピトープを含む第１のペプチドおよび同じタンパク質の第２の領域の第２のネオエピトープを含む第２のペプチドを含み、ここで、第１の領域は第２の領域のアミノ酸を少なくとも１つ含み、第１のペプチドは第２のペプチドとは異なり、また、第１のネオエピトープは第１の突然変異を含み、第２のネオエピトープは第２の突然変異を含む。一部の実施形態では、第１の突然変異と第２の突然変異は同じである。一部の実施形態では、突然変異は、点突然変異、スプライス部位突然変異、フレームシフト突然変異、リードスルー突然変異、遺伝子融合突然変異、およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【0271】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープはクラスＩ ＨＬＡタンパク質と結合してクラスＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープはクラスＩＩ ＨＬＡタンパク質と結合してクラスＩＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープはクラスＩ ＨＬＡタンパク質と結合してクラスＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープはクラスＩＩ ＨＬＡタンパク質と結合してクラスＩＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体を形成する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープはＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープはＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープはＣＤ４＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープはＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲはクラスＩＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲはクラスＩＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＴＣＲはクラスＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体に結合する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞のＴＣＲはクラスＩ ＨＬＡ－ペプチド複合体に結合する。
【0272】
一部の実施形態では、第２のネオエピトープは第１のネオエピトープよりも長い。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは少なくとも８アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは８アミノ酸から１２アミノ酸までの長さを有する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは少なくとも８個の連続したアミノ酸の配列を含み、ここで、８個の連続したアミノ酸のうちの少なくとも１個が野生型配列の対応する位置では異なる。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは少なくとも８個の連続したアミノ酸の配列を含み、ここで、８個の連続したアミノ酸のうちの少なくとも２個が野生型配列の対応する位置では異なる。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは少なくとも１６アミノ酸の長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは１６アミノ酸から２５アミノ酸までの長さを有する。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは少なくとも１６個の連続したアミノ酸の配列を含み、ここで、１６個の連続したアミノ酸のうちの少なくとも１個が野生型配列の対応する位置では異なる。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは少なくとも１６個の連続したアミノ酸の配列を含み、ここで、１６個の連続したアミノ酸のうちの少なくとも２個が野生型配列の対応する位置では異なる。
【0273】
一部の実施形態では、ネオエピトープは少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープ、第２のネオエピトープまたはその両方が少なくとも１つのアンカー残基を含む。一実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は標準的アンカー位置または非標準的アンカー位置にある。別の実施形態では、第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は標準的アンカー位置または非標準的アンカー位置にある。さらに別の実施形態では、第１のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基は第２のネオエピトープの少なくとも１つのアンカー残基とは異なる。
【0274】
一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は野生型残基である。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は置換である。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は突然変異を含まない。
【0275】
一部の実施形態では、第２のネオエピトープまたは両方が少なくとも１つのアンカー残基隣接領域を含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは少なくとも１つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基は少なくとも２つのアンカー残基を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのアンカー残基は少なくとも１アミノ酸を含む分離領域によって分離されている。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は分離領域内にはない。一部の実施形態では、少なくとも１つのアンカー残基隣接領域は、（ａ）少なくとも２つのアンカー残基のうちのＮ末端アンカー残基の上流にある；（ｂ）少なくとも２つのアンカー残基のうちのＣ末端アンカー残基の下流にある；または（ａ）と（ｂ）の両方である。
【0276】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＨＬＡタンパク質（例えば、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡまたはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡ）に結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＨＬＡタンパク質に、対応する野生型ペプチドよりも大きな親和性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、５，０００ｎＭ未満、１，０００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、またはそれ未満のＩＣ５０を有する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、約１ｐＭから約１ｍＭの間、約１００ｐＭから約５００μＭの間、約５００ｐＭから約１０μＭの間、約１ｎＭから約１μＭの間、または約１０ｎＭから約１μＭのＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオエピトープは、少なくとも２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、７００ｎＭ、８００ｎＭ、９００ｎＭ、１，０００ｎＭ、１，５００ｎＭ、または２，０００ｎＭ、またはそれよりも大きなＨＬＡ結合親和性を有し得る。一部の実施形態では、ネオエピトープは、多くても２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、７００ｎＭ、８００ｎＭ、９００ｎＭ、１，０００ｎＭ、１，５００ｎＭ、または２，０００ｎＭのＨＬＡ結合親和性を有し得る。
【0277】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープはＨＬＡタンパク質に対応する野生型ネオエピトープよりも大きな親和性で結合する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープはＨＬＡタンパク質に１，０００ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、７００ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で結合する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープはＨＬＡクラスＩタンパク質に１，０００ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、７００ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で結合する。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープはＨＬＡクラスＩＩタンパク質に２，０００ｎＭ未満、１，５００ｎＭ未満、１，０００ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、７００ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満または１０ｎＭ未満のＫＤまたはＩＣ５０で結合する。
【0278】
一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭの親和性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ、０．２ｎＭ、０．３ｎＭ、０．４ｎＭ、０．５ｎＭ、０．６ｎＭ、０．７ｎＭ、０．８ｎＭ、０．９ｎＭ、１ｎＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、６５０ｎＭ、７００ｎＭ、７５０ｎＭ、８００ｎＭ、８５０ｎＭ、９００ｎＭ、９５０ｎＭ、１０００ｎＭ、１１００ｎＭ、１２００ｎＭ、１３００ｎＭ、１４００ｎＭ、１５００ｎＭ、１６００ｎＭ、１７００ｎＭ、１８００ｎＭ、１９００ｎＭ、または２０００ｎＭの親和性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに０．１ｎＭ、０．２ｎＭ、０．３ｎＭ、０．４ｎＭ、０．５ｎＭ、０．６ｎＭ、０．７ｎＭ、０．８ｎＭ、０．９ｎＭ、１ｎＭ、２ｎＭ、３ｎＭ、４ｎＭ、５ｎＭ、６ｎＭ、７ｎＭ、８ｎＭ、９ｎＭ、１０ｎＭ、１５ｎＭ、２０ｎＭ、２５ｎＭ、３０ｎＭ、３５ｎＭ、４０ｎＭ、４５ｎＭ、５０ｎＭ、５５ｎＭ、６０ｎＭ、６５ｎＭ、７０ｎＭ、７５ｎＭ、８０ｎＭ、８５ｎＭ、９０ｎＭ、９５ｎＭ、１００ｎＭ、１５０ｎＭ、２００ｎＭ、２５０ｎＭ、３００ｎＭ、３５０ｎＭ、４００ｎＭ、４５０ｎＭ、５００ｎＭ、５５０ｎＭ、６００ｎＭ、６５０ｎＭ、７００ｎＭ、７５０ｎＭ、８００ｎＭ、８５０ｎＭ、９００ｎＭ、９５０ｎＭ、１０００ｎＭ、１１００ｎＭ、１２００ｎＭ、１３００ｎＭ、１４００ｎＭ、１５００ｎＭ、１６００ｎＭ、１７００ｎＭ、１８００ｎＭ、１９００ｎＭ、または２０００ｎＭの親和性で結合する。
【0279】
一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１０分間、１１分間、１２分間、１３分間、１４分間、１５分間、１６分間、１７分間、１８分間、１９分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、または６０分間の安定性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＭＨＣクラスＩ ＨＬＡに１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、５．５時間、６時間、６．５時間、７時間、７．５時間、８時間、８．５時間、９時間、９．５時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１０分間、１１分間、１２分間、１３分間、１４分間、１５分間、１６分間、１７分間、１８分間、１９分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、または６０分間の安定性で結合する。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡに１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、５．５時間、６時間、６．５時間、７時間、７．５時間、８時間、８．５時間、９時間、９．５時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、または２４時間の安定性で結合する。
【0280】
ある態様では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープは、対象によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する。別の態様では、突然変異は対象の非がん細胞には存在しない。さらに別の態様では、第１のネオエピトープおよび／または第２のネオエピトープは、対象のがん細胞の遺伝子によってコードされるまたは発現された遺伝子である。一部の実施形態では、第１のネオエピトープは、表１～１２の１列目に記載されている突然変異を含む。一部の実施形態では、第２のネオエピトープは、表１～１２の１列目に記載されている突然変異を含む。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＡＬＮＳＥＡＬＳＶＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＭＡＬＮＳＥＡＬＳＶを含み得る。
【0281】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＫＲＡＳタンパク質から引き出される。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＮＲＡＳタンパク質から引き出される。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＧ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１Ｈ、またはＱ６１Ｌ置換の突然変異を含むＫＲＡＳタンパク質から引き出される。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、Ｑ６１ＫまたはＱ６１Ｒ置換の突然変異を含むＮＲＡＳタンパク質から引き出される。一部の実施形態では、ネオエピトープは、置換突然変異、例えば、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、Ｑ６１Ｈ、またはＱ６１Ｌ突然変異、またはＮＲＡＳ Ｑ６１ＫまたはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは、ＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＬＶＶＶＧＡＣＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＶＶＧＡＣＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫを含み得る。一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥＶＶＧＡＤＧＶＧＫのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＫＬＶＶＶＧＡＤＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＬＶＶＶＧＡＤＧＶを含み得る。
【0282】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＭＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＱＥのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＬＶＶＶＧＡＶＧＶを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＶＶＧＡＶＧＶＧＫを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫを含み得る。
【0283】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹを含み得る。
【0284】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＴＫＳＦＥＤＩＨＨＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＥＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹを含み得る。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬを含み得る。
【0285】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＩＬＤＴＡＧＫＥＥＹを含み得る。
【0286】
一部の実施形態では、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープはＡＧＧＶＧＫＳＡＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥＴＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹＭＲＴＧＥＧＦＬＣＶＦＡＩＮＮＳＫＳＦＡＤＩＮＬＹＲＥＱＩＫＲＶＫＤＳＤＤＶＰＭのＫＲＡＳまたはＮＲＡＳタンパク質配列から引き出される。例えば、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープは配列ＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹを含み得る。
【0287】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、およびＤＩＬＤＴＡＧＫＥからなる群から選択される配列を含む。
【0288】
一部の実施形態では、ネオエピトープはＲＡＳエピトープを含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸およびＧ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳ配列を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。一部の実施形態では、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異は、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む。
【0289】
一部の実施形態では、突然変異型ＲＡＳ配列を含むネオエピトープは、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、またはＤＩＬＤＴＡＧＫＥのアミノ酸配列を含む。
【0290】
一部の実施形態では、突然変異型ＲＡＳ配列を含むネオエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に結合する。一部の実施形態では、突然変異型ＲＡＳ配列を含むネオエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、９μＭ未満、８μＭ未満、７μＭ未満、６μＭ未満、５μＭ未満、４μＭ未満、３μＭ未満、２μＭ未満、１μＭ未満、９５０ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、８５０ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、７５０ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、５５０ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、４５０ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３５０ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、９０ｎＭ未満、８０ｎＭ未満、７０ｎＭ未満、６０ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、４０ｎＭ未満、３０ｎＭ未満、２０ｎＭ未満、または１０ｎＭ未満の親和性で結合する。一部の実施形態では、突然変異型ＲＡＳ配列を含むネオエピトープは、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、２３時間よりも長い、２２時間よりも長い、２１時間よりも長い、２０時間よりも長い、１９時間よりも長い、１８時間よりも長い、１７時間よりも長い、１６時間よりも長い、１５時間よりも長い、１４時間よりも長い、１３時間よりも長い、１２時間よりも長い、１１時間よりも長い、１０時間よりも長い、９時間よりも長い、８時間よりも長い、７時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、５５分間よりも長い、５０分間よりも長い、４５分間よりも長い、４０分間よりも長い、３５分間よりも長い、３０分間よりも長い、２５分間よりも長い、２０分間よりも長い、１５分間よりも長い、１０分間よりも長い、９分間よりも長い、８分間よりも長い、７分間よりも長い、６分間よりも長い、５分間よりも長い、４分間よりも長い、３分間よりも長い、２分間よりも長い、または１分間よりも長い安定性で結合する。
【0291】
置換は、ネオエピトープの長さに沿って任意の場所に位置し得る。例えば、置換は、ペプチドのＮ末端側の３分の１、ペプチドの中央の３分の１またはペプチドのＣ末端側の３分の１に位置し得る。別の実施形態では、置換された残基はＮ末端から２～５残基離れたところまたはＣ末端から２～５残基離れたところに位置する。ペプチドは、ペプチドが挿入された残基の１つまたは複数または全てを含む腫瘍特異的挿入突然変異から同様に引き出すことができる。
【0292】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドを、細菌性または動物性夾雑物質を含まない試薬を利用して容易に化学的に合成することができる（Merrifield RB: Solid phase peptide synthesis. I. The synthesis of a tetrapeptide. J. Am. Chem. Soc.85: 2149-54, 1963）。一部の実施形態では、ペプチドを、（１）一様な合成および切断条件を使用した多チャネル機器での並行固相合成；（２）カラムストリッピングを用いたＲＰ－ＨＰＬＣカラムでの精製；およびペプチド間の再洗浄、ただし置換えなし；その後、（３）最も情報価値のあるアッセイの限定されたセットを用いた解析によって調製する。医薬品及び医薬部外品の製造管理及び品質管理の基準（Ｇｏｏｄ Ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ Ｐｒａｃｔｉｃｅ）（ＧＭＰ）フットプリントを個々の患者についてペプチドのセットに基づいて定義することができ、したがって、異なる患者についてのペプチドの合成間にのみ切換え手順一式が必要である。一部の実施形態では、固相ペプチド合成用に作られた任意の樹脂を使用することができる。
ポリヌクレオチド
ポリヌクレオチド
【0293】
あるいは、本開示のペプチドをコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏで新抗原性ペプチドを作製することができる。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡ、一本鎖および／または二本鎖、またはネイティブな形態もしくは例えばホスホロチオエート骨格を有するポリヌクレオチドなどの安定化された形態のポリヌクレオチドもしくはこれらの組合せのいずれであってもよく、また、ペプチドをコードする限りはイントロンを含有してもしなくてもよい。一部の実施形態では、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの翻訳を使用してペプチドを作製する。
【0294】
本開示に記載の新抗原性ポリペプチドのそれぞれをコードする新抗原性ポリヌクレオチドが本明細書で提供される。「ポリヌクレオチド」、「ヌクレオチド」または「核酸」という用語は、本開示では「突然変異型ポリヌクレオチド」、「突然変異型ヌクレオチド」、「突然変異型核酸」、「新抗原性ポリヌクレオチド」、「新抗原性ヌクレオチド」または「新抗原性突然変異型核酸」と互換的に使用される。遺伝暗号の重複性に起因して種々の核酸配列が同じペプチドをコードし得る。これらの核酸のそれぞれが本開示の範囲内に入る。ペプチドをコードする核酸はＤＮＡであってもＲＮＡ、例えば、ｍＲＮＡであってもよく、またはＤＮＡとＲＮＡの組合せであってもよい。一部の実施形態では、ペプチドをコードする核酸は自己増幅性ｍＲＮＡである（Brito et al., Adv. Genet. 2015; 89: 179-233）。本明細書に記載のペプチドをコードするあらゆる適切なポリヌクレオチドが本開示の範囲内に入る。
【0295】
一部の実施形態では、２つの連続的な抗原性ペプチドのコード配列はスペーサーまたはリンカーによって分離されている。一部の実施形態では、２つの連続的な抗原性ペプチドのコード配列は互いに隣り合っている。一部の実施形態では、２つの連続的な抗原性ペプチドのコード配列はスペーサーまたはリンカーによって分離されていない。
【0296】
一部の実施形態では、スペーサーまたはリンカーは最大５０００個のヌクレオチド残基を含む。例示的なスペーサー配列はＧＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣＧＧＣである。別の例示的なスペーサー配列はＧＧＣＧＧＣＡＧＣＣＴＧＧＧＣＧＧＣＧＧＣＧＧＣＡＧＣＧＧＣである。別の例示的なスペーサー配列はＧＧＣＧＴＣＧＧＣＡＣＣである。別の例示的なスペーサー配列はＣＡＧＣＴＧＧＧＣＣＴＧである。別の例示的なスペーサーは、ＡＡＡまたはＡＡＧなどの、リシンをコードする配列である。別の例示的なスペーサー配列はＣＡＡＣＴＧＧＧＡＴＴＧである。
【0297】
一部の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＡＰＣによる抗原エピトープのプロセシングおよび提示を増強するための１つまたは複数の追加的な構造を含む。
【0298】
一部の実施形態では、リンカーまたはスペーサー領域は切断部位を含有し得る。切断部位は、一連のエピトープ配列を含むタンパク質産物が提示のために別々のエピトープ配列に切断されることを確実にするものである。好ましい切断部位は、配列内のエピトープの意図しない切断を回避するために、ある特定のエピトープの隣に位置付けられる。一部の実施形態では、一連のエピトープをコードするｍＲＮＡ上のエピトープおよび切断領域の設計はランダムなものではない。
【0299】
「ＲＮＡ」という用語は「ｍＲＮＡ」を含み、一部の実施形態ではそれに関する。「ｍＲＮＡ」という用語は「メッセンジャー－ＲＮＡ」を意味し、ＤＮＡ鋳型を使用して生成され、ペプチドまたはポリペプチドをコードする「転写物」に関する。一般には、ｍＲＮＡは、５’－ＵＴＲ、タンパク質コード領域、および３’－ＵＴＲを含む。ｍＲＮＡは細胞内およびｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて限られた半減期しか有さない。一部の実施形態では、ｍＲＮＡは自己増幅性ｍＲＮＡである。本開示に関しては、ｍＲＮＡは、ＤＮＡ鋳型からのｉｎ ｖｉｔｒｏ転写によって生成することができる。ｉｎ ｖｉｔｒｏ転写方法体系は当業者に公知である。例えば、種々のｉｎ ｖｉｔｒｏ転写キットが市販されている。
【0300】
ＲＮＡの安定性および翻訳効率を必要に応じて改変することができる。例えば、安定化効果を有し、かつ／またはＲＮＡの翻訳効率を上昇させる１つまたは複数の修飾により、ＲＮＡを安定化し、その翻訳を増加させることができる。そのような修飾は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＰＣＴ／ＥＰ２００６／００９４４８に記載されている。本開示に従って使用されるＲＮＡの発現を増大させるために、ＲＮＡを、コード領域、すなわち、発現されるペプチドまたはタンパク質をコードする配列内で、発現されるペプチドまたはタンパク質の配列を変更することなく、ＧＣ含量が増加してｍＲＮＡ安定性が増大し、コドン最適化が実施され、したがって、細胞における翻訳が増強されるように修飾することができる。
【0301】
「修飾」という用語は、本開示で使用されるＲＮＡに関しては、ＲＮＡの、前記ＲＮＡに天然には存在しないあらゆる修飾を含む。一部の実施形態では、ＲＮＡは無キャップ５’－三リン酸を有さない。そのような無キャップ５’－三リン酸の除去を、ＲＮＡをホスファターゼで処理することによって実現することができる。他の実施形態では、ＲＮＡは、その安定性を増大させ、かつ／または細胞傷害性を低減するために、修飾されたリボヌクレオチドを有し得る。一部の実施形態では、ＲＮＡ内の例えばシチジンを５－メチルシチジンで部分的にまたは完全に置換することができる。あるいは、例えばウリジンをプソイドウリジンで部分的にまたは完全に置換する。
【0302】
一部の実施形態では、「修飾」という用語は、５’－キャップまたは５’－キャップ類似体を有するＲＮＡをもたらすことに関する。「５’－キャップ」という用語は、ｍＲＮＡ分子の５’末端に見いだされるキャップ構造を指し、一般に、ｍＲＮＡと普通でない５’－５’三リン酸連結で接続したグアノシンヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、このグアノシンが７位においてメチル化されている。「従来の５’－キャップ」という用語は、天然に存在するＲＮＡ５’－キャップ、７－メチルグアノシンキャップ（ｍ Ｇ）を指す。本開示に関しては、「５’－キャップ」という用語は、ＲＮＡキャップ構造と似ており、ｉｎ ｖｉｖｏおよび／または細胞内でＲＮＡに付着するとＲＮＡを安定化し、かつ／またはＲＮＡの翻訳を増強する能力を有するように修飾されている５’－キャップ類似体を含む。
【0303】
ある特定の実施形態では、本開示の新抗原性ペプチドをコードするｍＲＮＡをそれを必要とする対象に投与する。一部の実施形態では、本開示は、修飾されたヌクレオシドを含むＲＮＡ、オリゴリボヌクレオチド、およびポリリボヌクレオチド分子、それを含む遺伝子治療ベクター、それを含む遺伝子治療方法および遺伝子転写サイレンシング方法を提供する。一部の実施形態では、投与されるｍＲＮＡは少なくとも１つの修飾されたヌクレオシドを含む。
【0304】
本明細書に記載のペプチドをコードするポリヌクレオチドは、化学的技法、例えば、Matteucci, et al., J. Am. Chem. Soc. 103: 3185 (1981)のホスホトリエステル法によって合成することができる。類似体を含む、またはそれからなるペプチドをコードするポリヌクレオチドは、単に、適当な所望の核酸塩基（複数可）でネイティブなエピトープをコードする核酸残基を置換することによって作出することができる。
【0305】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えば宿主細胞からのペプチドまたはタンパク質の発現および／または分泌に役立つ、ポリヌクレオチドと同じ読み枠で融合したペプチドまたはタンパク質（例えば、ポリペプチドの細胞からの輸送を調節する分泌配列として機能するリーダー配列）のコード配列を含み得る。リーダー配列を有するポリペプチドは、タンパク質前駆体であり、成熟型のポリペプチドの形成のために宿主細胞によって切断されるリーダー配列を有し得る。
【0306】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、例えばコードされるペプチドの精製を可能にするマーカー配列と同じ読み枠で融合したペプチドまたはタンパク質のコード配列を含み得、次いでそれを個別化疾患ワクチンまたは免疫原性組成物に組み入れることができる。例えば、マーカー配列は、細菌宿主の場合ではマーカーと融合した成熟ポリペプチドの精製をもたらすための、ｐＱＥ－９ベクターによって供給されるヘキサ－ヒスチジンタグであり得る、または、哺乳動物宿主（例えば、ＣＯＳ－７細胞）を使用する場合には、マーカー配列は、インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質から引き出された赤血球凝集素（ＨＡ）タグであり得る。追加的なタグとしては、これだけに限定されないが、カルモジュリンタグ、ＦＬＡＧタグ、Ｍｙｃタグ、Ｓタグ、ＳＢＰタグ、Ｓｏｆｔａｇ １、Ｓｏｆｔａｇ ３、Ｖ５タグ、Ｘｐｒｅｓｓタグ、Ｉｓｏｐｅｐｔａｇ、ＳｐｙＴａｇ、ビオチンカルボキシル担体タンパク質（ＢＣＣＰ）タグ、ＧＳＴタグ、蛍光タンパク質タグ（例えば、緑色蛍光タンパク質タグ）、マルトース結合性タンパク質タグ、Ｎｕｓタグ、Ｓｔｒｅｐ－タグ、チオレドキシンタグ、ＴＣタグ、Ｔｙタグなどが挙げられる。
【0307】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、同じ読み枠で融合して、多数の新抗原性ペプチドを産生させることができる単一のコンカテマー化新抗原性ペプチド構築物を創出する本記載のペプチドまたはタンパク質の１つまたは複数のコード配列を含み得る。
【0308】
一部の実施形態では、組換え技術を使用し、目的の野生型タンパク質をコードするＤＮＡ配列を単離または合成することによってＤＮＡ配列を構築する。必要に応じて、配列に対して部位特異的突然変異誘発によって突然変異誘発を行ってその機能的類似体をもたらすことができる。例えば、Zoeller et al., Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 81: 5662-5066 (1984)および米国特許第４，５８８，５８５号を参照されたい。別の実施形態では、目的のペプチドまたはタンパク質をコードするＤＮＡ配列を、オリゴヌクレオチド合成機を使用して化学合成によって構築する。そのようなオリゴヌクレオチドを所望のペプチドのアミノ酸配列に基づき、目的の組換えポリペプチドを産生させる宿主細胞において選好されるコドンを選択して設計することができる。標準の方法を適用して、目的の単離されたポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチド配列を合成することができる。例えば、完全なアミノ酸配列を使用して逆翻訳された遺伝子を構築することができる。さらに、特定の単離されたポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含有するＤＮＡオリゴマーを合成することができる。例えば、所望のポリペプチドの一部をコードするいくつかの小さなオリゴヌクレオチドを合成し、次いでライゲーションすることができる。個々のオリゴヌクレオチドは一般には相補的アセンブリのための５’または３’突出を含有する。
【0309】
アセンブルされたら（例えば、合成、部位特異的突然変異誘発、または別の方法によって）、目的の特定の単離されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を発現ベクターに挿入し、必要に応じて、所望の宿主におけるタンパク質の発現に適した発現調節配列に作動可能に（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ）連結する。適当なアセンブリは、ヌクレオチドの配列決定、制限マッピング、および適切な宿主における生物活性ポリペプチドの発現によって確認することができる。当技術分野では周知の通り、宿主において高発現レベルのトランスフェクトされた遺伝子を得るために、選択された発現宿主において機能的である転写および翻訳発現調節配列を遺伝子に作動可能に（ｏｐｅｒａｔｉｖｅｌｙ）連結することができる。したがって、本開示はまた、本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドおよびネオエピトープの産生および投与に有用なベクターおよび発現ベクター、ならびにそのようなベクターを含む宿主細胞も対象とする。
【0310】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドまたはタンパク質を発現させることができる発現ベクターも調製することができる。異なる細胞型のための発現ベクターが当技術分野で周知であり、過度な実験を伴わずに選択することができる。一般に、ＤＮＡをプラスミドなどの発現ベクターに発現のための適当な方向性および正確な読み枠で挿入する。必要であれば、ＤＮＡを所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適当な転写および翻訳制御調節ヌクレオチド配列と連結することができるが、そのような調節は一般に発現ベクターで利用可能である。次いで、ベクターをクローニングのために標準の技法を使用して宿主細菌に導入する（例えば、Sambrook et al. (1989)Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y. を参照されたい）。
【0311】
本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドの作製および投与に適した多数のベクターおよび宿主系は当業者には公知であり、また、市販されている。例として以下のベクターを提示する。細菌：ｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０、ｐＱＥ－９（Ｑｉａｇｅｎ）、ｐＢＳ、ｐＤ１０、ｐｈａｇｅｓｃｒｉｐｔ、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ、ｐｂｓｋｓ、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、ｐＮＨ１８Ａ、ｐＮＨ４６Ａ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）；ｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２２３－３、ｐＫＫ２３３－３、ｐＤＲ５４０、ｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐＣＲ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）。真核生物：ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１、ｐＳＧ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）ｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＬ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）；ｐ７５．６（Ｖａｌｅｎｔｉｓ）；ｐＣＥＰ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）；ｐＣＥＩ（Ｅｐｉｍｍｕｎｅ）。しかし、任意の他のプラスミドまたはベクターも宿主において複製可能かつ生存可能である限りは使用することができる。
【0312】
本明細書に記載の新抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、ユビキチン化シグナル配列および／または標的化配列、例えば、結果生じるペプチドの小胞体への移動を容易にする小胞体（ＥＲ）シグナル配列なども含み得る。
【0313】
一部の実施形態では、本明細書に記載の新抗原性ペプチドをウイルスまたは細菌ベクターによって投与および／または発現させることもできる。発現ベクターの例としては、ワクシニアまたは鶏痘などの弱毒化ウイルス宿主が挙げられる。免疫プロトコールにおいて有用なワクシニアベクターおよび方法は、例えば、米国特許第４，７２２，８４８号に記載されている。別のベクターはＢＣＧ（Ｂａｃｉｌｌｅ Ｃａｌｍｅｔｔｅ Ｇｕｅｒｉｎ）である。ＢＣＧベクターはStover et al., Nature 351: 456-460 (1991)によって記載されている。本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドの治療的投与または免疫化に有用な多種多様な他のベクター、例えば、アデノウイルスベクターおよびアデノ随伴ウイルスベクター、レトロウイルスベクター、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍベクター、無毒化炭疽毒素ベクター、センダイウイルスベクター、ポックスウイルスベクター、カナリアポックスベクターなどは、本明細書の説明から当業者には明らかになるであろう。一部の実施形態では、ベクターは改変ワクシニアアンカラ（Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｖａｃｃｉｎｉａ Ａｎｋａｒａ）（ＶＡ）（例えば、Ｂａｖａｒｉａｎ Ｎｏｒｉｄｉｃ（ＭＶＡ－ＢＮ））である。
【0314】
種々の哺乳動物または昆虫細胞培養系も組換えタンパク質の発現に有利に使用される。哺乳動物細胞において組換えタンパク質の発現を実施することができ、それは、そのようなタンパク質が一般に正確にフォールディングされ、適当に修飾され、完全に機能的であるからである。適切な哺乳動物宿主細胞株の例としては、Gluzman（Cell 23: 175, 1981）によって記載されているサル腎臓細胞のＣＯＳ－７株、ならびに、例えば、Ｌ細胞、Ｃ１２７、３Ｔ３、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、２９３、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株を含めた適当なベクターを発現させることができる他の細胞株が挙げられる。哺乳動物発現ベクターは、複製開始点、発現される遺伝子と連結した適切なプロモーターおよびエンハンサー、および他の５’または３’隣接非転写配列などの非転写エレメント、ならびに、必要なリボソーム結合性部位、ポリアデニル化部位、スプライスドナーおよびアクセプター部位、および転写終結配列などの５’または３’非翻訳配列を含み得る。昆虫細胞における異種タンパク質の産生のためのバキュロウイルス系はLuckow and Summers, Bio/Technology 6: 47 (1988)によって概説されている。
【0315】
宿主細胞を、例えばクローニングベクターまたは発現ベクターであり得るベクターを用いて遺伝子操作する（形質導入または形質転換またはトランスフェクトする）。ベクターは、例えば、プラスミド、ウイルス粒子、ファージなどの形態であってよい。工学的に操作された宿主細胞を、プロモーターの活性化、形質転換体の選択またはポリヌクレオチドの増幅のために、必要に応じて改変した従来の栄養培地で培養することができる。温度、ｐＨなどの培養条件は、選択された宿主細胞で発現のために以前に使用されたものであり、当業者には明らかになろう。
【0316】
適当な宿主の代表的な例として、以下を挙げることができる：細菌細胞、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍおよびＰｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ属、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属、およびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の中の種々の種など；真菌細胞、例えば、酵母など；昆虫細胞、例えば、ＤｒｏｓｏｐｈｉｌａおよびＳｆ９など；動物細胞、例えば、Gluzman, Cell 23: 175 (1981)によって記載されているサル腎臓線維芽細胞のＣＯＳ－７株など、ならびに適合するベクターを発現させることができる他の細胞株、例えば、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＣＨＯ、ＨｅＬａおよびＢＨＫ細胞株またはＢｏｗｅｓ黒色腫；植物細胞など。適当な宿主の選択は、本明細書における教示から当業者の範囲内に入ると考えられる。
【0317】
本明細書に記載のポリヌクレオチドをヒト細胞（例えば、樹状細胞を含めた免疫細胞）に投与し、発現させることができる。ヒトコドン使用表を使用して各アミノ酸のコドン選択をガイドすることができる。そのようなポリヌクレオチドは、例えば上記のものなどのエピトープおよび／または類似体の間にスペーサーアミノ酸残基を含む、またはエピトープおよび／または類似体（および／またはＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋）、Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋）、およびＢ細胞エピトープ）の隣に天然に存在する隣接配列を含み得る。
【0318】
ヒト標的細胞における発現を確実にするために、当業者に周知の標準の制御配列をベクターに含めることができる。いくつかのベクターエレメントが望ましい：ポリヌクレオチドのための下流のクローニング部位、例えばミニ遺伝子挿入を有するプロモーター；効率的な転写終結のためのポリアデニル化シグナル；Ｅ．ｃｏｌｉ複製開始点；およびＥ．ｃｏｌｉ選択マーカー（例えば、アンピシリンまたはカナマイシン耐性）。多数のプロモーター、例えば、ヒトサイトメガロウイルス（ｈＣＭＶ）プロモーターをこの目的のために使用することができる。例えば、他の適切なプロモーター配列に関しては米国特許第５，５８０，８５９号および同第５，５８９，４６６号を参照されたい。一部の実施形態では、プロモーターはＣＭＶ－ＩＥプロモーターである。
【0319】
ベクターはいくつかの異なる方法によって動物組織に導入することができる。２つの最もよく用いられている手法は、ＤＮＡを生理食塩水中に入れ、標準の皮下針を使用して注射すること、および遺伝子銃による送達である。ＤＮＡワクチンプラスミドの構築およびその後のこれらの２つの方法による宿主への送達の概略図はScientific American (Weiner et al., (1999)Scientific American 281 (1): 34-41）で例示されている。生理食塩水中での注射は、通常は骨格筋に対して筋肉内（ＩＭ）に、または皮内（ＩＤ）に行われ、ＤＮＡは細胞外空間に送達される。これは、電気穿孔により、ブピバカインなどの筋毒素を用いて筋線維に一時的に損傷を与えることによって；または生理食塩水もしくはスクロースの高張性溶液を使用することによって補助することができる（Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410）。この送達方法に対する免疫応答は、針の型、針のアラインメント、注射のスピード、注射の体積、筋型、ならびに注射を受ける動物の年齢、性別および生理的状態を含めた多くの因子の影響を受け得る（Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410）。
【0320】
他の一般に使用される送達方法である遺伝子銃による送達では、金またはタングステン微小粒子に吸着させたプラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）を、圧縮ヘリウムを加速因子として使用して弾道的に加速させて標的細胞に入れる（Alarcon et al., (1999). Adv. Parasitol. Advances in Parasitology 42: 343-410；Lewis et al., (1999). Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88）。
【0321】
代替の送達方法は、鼻粘膜および肺粘膜などの粘膜表面へのネイキッドＤＮＡのエアロゾル滴下注入（Lewis et al., (1999). Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88）ならびにｐＤＮＡの眼および膣粘膜への局部投与（Lewis et al., (1999) Advances in Virus Research (Academic Press) 54: 129-88）を含み得る。粘膜表面送達はまた、カチオン性リポソーム－ＤＮＡ調製、生分解性マイクロスフェア、腸粘膜への経口投与のための弱毒化赤痢菌またはＬｉｓｔｅｒｉａベクター、および組換えアデノウイルスベクターを使用しても実現されている。ＤＮＡまたはＲＮＡを細胞に、細胞膜を軽度に機械的に破壊し、細胞を一時的に透過性にした後に送達することもできる。そのような膜の軽度の機械的破壊は、細胞を穏やかに小さな開口部を通過させることによって実現することができる（Sharei et al., Ex Vivo Cytosolic Delivery of Functional Macromolecules to Immune Cells, PLOS ONE (2015)）。
【0322】
ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための化学的手段としては、巨大分子の複合体などのコロイド分散系、ナノカプセル、マイクロスフェア、ビーズ、ならびに水中油エマルション、ミセル、混合ミセルおよびリポソームを含めた脂質に基づく系が挙げられる。ｉｎ ｖｉｔｒｏおよびｉｎ ｖｉｖｏにおける送達ビヒクルとして使用するための例示的なコロイド系は、リポソーム（例えば、人工膜小胞）である。非ウイルス送達系を利用する場合では、例示的な送達ビヒクルはリポソームである。「リポソーム」は、囲い込まれた脂質二重層または凝集体の生成によって形成される種々の単一および多重膜脂質ビヒクルを包含する一般用語である。リポソームは、リン脂質二分子膜と内部の水性媒体を持つ小胞構造を有すると特徴付けることができる。多重膜リポソームは、水性媒体によって分離された多数の脂質層を有する。脂質層はリン脂質を過剰な水溶液中に懸濁させると自然発生的に形成される。脂質構成成分は自己再構成を受けた後、閉じた構造を形成し、水および溶解した溶質を脂質二重層の間に閉じ込める（Ghosh et al., Glycobiology 5: 505-10 (1991)）。しかし、溶液中で正常な小胞構造とは異なる構造を有する組成物も包含される。例えば、脂質は、ミセル構造を想定することができる、またはただ単に脂質分子の一様でない凝集体として存在する。リポフェクタミン－核酸複合体も意図されている。
【0323】
核酸を宿主細胞に導入するための（ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏ）脂質製剤の使用が意図されている。別の態様では、核酸を脂質に結び付けることができる。脂質に結び付いた核酸は、リポソームの水性内部に封入すること、リポソームの脂質二重層内に散在させること、リポソームとオリゴヌクレオチドの両方に結び付く連結用分子を介してリポソームに付着させること、リポソーム中に閉じ込めること、リポソームと複合体を形成させること、脂質を含有する溶液中に分散させること、脂質と混合すること、脂質と組み合わせること、脂質中に懸濁液として含有させること、ミセルに含有させるもしくはそれと複合体を形成させること、または他のやり方で脂質と結び付けることができる。脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクター関連組成物は、溶液中でいかなる特定の構造にも限定されない。例えば、脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクター関連組成物は、二重層構造で、ミセルとして、または「崩壊」した構造で存在し得る。脂質、脂質／ＤＮＡまたは脂質／発現ベクター関連組成物はまた、溶液中に単に散在し得、場合によって、サイズまたは形状が一様でない凝集体を形成する。脂質は、天然に存在する脂質または合成脂質であり得る脂肪性物質である。例えば、脂質は、細胞質中に天然に存在する脂肪性液滴ならびに長鎖脂肪族炭化水素およびそれらの誘導体を含有する化合物のクラス、例えば、脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコール、およびアルデヒドなどを含む。使用に適した脂質は商業的供給源から得ることができる。クロロホルムまたはクロロホルム／メタノール中脂質のストック溶液を約－２０℃で保管することができる。クロロホルムはメタノールよりも容易に蒸発するので、単に溶媒として使用する。
４．抗原提示細胞（ＡＰＣ）
４．抗原提示細胞（ＡＰＣ）
【0324】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、ＭＨＣ分子に付随するタンパク質抗原のペプチド断片を細胞表面上に提示する。提示されるペプチドはＡＰＣの細胞表面上のペプチド－ＭＨＣ複合体（ｐＭＨＣ）としてＭＨＣ分子に結び付いている。ペプチド－ＭＨＣ複合体のプロセシングおよび提示には、以下を含む一連の逐次的段階が伴い得る：タンパク質のプロテアーゼ媒介性消化；抗原プロセシング関連輸送体（ＴＡＰ）によって媒介される小胞体（ＥＲ）内へのペプチド輸送；新しく合成されたＭＨＣ分子を使用したペプチド－ＭＨＣ Ｉ分子の形成；およびペプチド－ＭＨＣ分子の細胞表面への輸送。
【0325】
一部のＡＰＣは抗原特異的Ｔ細胞を活性化し得る。例えば、ｐＭＨＣと相互作用するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を含むＴ細胞は、ＴＣＲ－ｐＭＨＣが形成されると、活性化され得る、刺激され得る、誘導され得る、または増大し得る。一部の実施形態では、提示させるペプチド配列を含む抗原ペプチドまたはポリペプチドをコードする核酸（例えば、ＲＮＡ）をＡＰＣに導入することにより、ＡＰＣのＭＨＣ（例えば、クラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣ）にペプチドを負荷させ、ＡＰＣによって提示させることができる。
【0326】
生物学的展望から、体細胞突然変異により免疫応答を生じさせるためにはいくつかの基準が満たされる必要がある：突然変異を含有する対立遺伝子が細胞によって発現されるべきであり、突然変異はタンパク質コード領域内にあり、かつ非同義であるべきであり、翻訳されたタンパク質がプロテアソームまたは他の細胞タンパク質分解経路によって切断されるべきであり、かつ突然変異を含有するエピトープがＭＨＣ複合体によって提示されるべきであり、提示されたエピトープがＴＣＲによって認識されるべきであり、最後に、ＴＣＲ－ｐＭＨＣ複合体により、Ｔ細胞を活性化するシグナル伝達カスケードが開始されるべきである。
【0327】
単球は、血流中を循環し、次いで組織中に移動することができ、そこでマクロファージおよび樹状細胞に分化し得る。古典的単球は一般にはＣＤ１４細胞表面受容体を高レベルで発現することを特徴とする。単球およびＢ細胞はコンピテントなＡＰＣであり得るが、それらの抗原提示能は以前に感作されたＴ細胞の再活性化に限定されると思われる。これらの細胞型は、機能的にナイーブなまたは抗原刺激を受けていないＴ細胞集団を直接活性化することはできない可能性がある。プロフェッショナル抗原提示細胞は、抗原をファゴサイトーシスによってまたは受容体媒介性エンドサイトーシスによってのいずれかで内部移行させ、次いで、ＭＨＣ分子と結合した抗原の断片をそれらの膜上にディスプレイすることに関して非常に効率的である。Ｔ細胞はＡＰＣの膜上の抗原－ＭＨＣ分子複合体を認識し、それと相互作用する。次いで、ＡＰＣによって追加的な共刺激シグナルが生成され、それによりＴ細胞の活性化が導かれる。共刺激分子の発現はプロフェッショナルＡＰＣの典型的な特色である。
【0328】
プロフェッショナルＡＰＣは、抗原をファゴサイトーシスによってまたは受容体媒介性エンドサイトーシスによってのいずれかで内部移行させ、次いで、ＭＨＣ分子と結合した抗原の断片をそれらの膜上にディスプレイすることに関して非常に効率的であり得る。Ｔ細胞はＡＰＣの膜上の抗原－ＭＨＣ分子複合体を認識し、それと相互作用し得る。次いで、ＡＰＣによって追加的な共刺激シグナルが生成され得、それによりＴ細胞の活性化が導かれる。共刺激分子の発現はプロフェッショナル抗原提示細胞の決定的な特色であり得る。プロフェッショナルＡＰＣの例としては、これだけに限定されないが、樹状細胞（ＤＣ）、マクロファージ、およびＢ細胞を挙げることができる。プロフェッショナルＡＰＣはＭＨＣクラスＩＩ、ＩＣＡＭ－１およびＢ７－２を高レベルで発現し得る。
【0329】
プロフェッショナルＡＰＣの主要な型の１つはＤＣであり、ＤＣは最も広範な抗原提示の範囲を有する。プロフェッショナルＡＰＣの他の主要な型としては、マクロファージ、Ｂ細胞、および、ある特定の活性化された上皮細胞が挙げられる。ＤＣは、抗原（例えば、末梢組織において捕捉された抗原）をＭＨＣクラスＩＩおよびＩ抗原提示経路を介してＴ細胞に提示する白血球集団である。ＤＣはナイーブＴ細胞および以前に抗原刺激を受けたＴ細胞（例えば、メモリーＴ細胞）の両方を活性化することができる。ＤＣは、末梢組織において捕捉された抗原をＭＨＣクラスＩおよびＩＩ抗原提示経路を介してＴ細胞に提示する白血球集団であり得る。ＤＣは、免疫応答の強力な誘導因子であり得、これらの細胞の活性化は抗腫瘍性免疫の誘導のための極めて重要なステップであり得る。
【0330】
ＤＣは、「未成熟」細胞と「成熟」細胞にカテゴリー化することができ、これを、２つのよく特徴付けられた表現型を区別する単純なやり方として使用することができる。しかし、この命名法は、分化の可能性がある中間段階を全て排除するものと解釈されるべきではない。未成熟ＤＣは、抗原の取り込みおよびプロセシングに関する能力が高いＡＰＣとして特徴付けることができ、この能力の高さはＦｃγ受容体およびマンノース受容体の高発現と相関する。成熟表現型は、一般には、これらのマーカーは低発現であるが、クラスＩ ＭＨＣおよびクラスＩＩ ＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）および共刺激分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４－１ＢＢ）などのＴ細胞活性化を担う細胞表面分子が高発現であることを特徴とする。成熟ＤＣは、ＣＤ１１ｂ＋、ＣＤ１１ｃ＋、ＨＬＡ－ＤＲ＋、ＣＤ８０＋、ＣＤ８６＋、ＣＤ５４＋、ＣＤ３－、ＣＤ１９－、ＣＤ１４－、ＣＤ１４１＋（ＢＤＣＡ－３）、および／またはＣＤ１ａ＋であり得る。ＤＣ成熟化は、そのような抗原提示ＤＣによりＴ細胞の抗原刺激が導かれるＤＣ活性化の状態と称することができ、一方、未成熟ＤＣによる提示では、寛容が生じる。ＤＣ成熟化は、生得的受容体によって検出される微生物の特色（例えば、細菌ＤＮＡ、ウイルスＲＮＡ、内毒素など）を有する生体分子、炎症促進性サイトカイン（例えば、ＴＮＦ、インターロイキン、およびインターフェロン）、ＤＣ表面上のＣＤ４０へのＣＤ４０Ｌのライゲーション、および細胞死に際している細胞から放出された物質によって引き起こされ得る。ＤＣ成熟化を誘導し得るサイトカインのさらなる非限定的な例としては、ＩＬ－４、ＧＭ－ＣＳＦ、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＰＧＥ１、およびＩＬ－６が挙げられる。例えば、骨髄細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）および腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－α）などのサイトカインと共に培養することにより、ＤＣを引き出すことができる。例えば、ＰＢＭＣから単離されたＣＤ１４＋単球からＤＣを引き出すことができる。単球からＤＣを引き出すために使用することができるサイトカインまたは増殖因子としては、これだけに限定されないが、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、ＦＬＴ３Ｌ、ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＰＧＥ１、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＦＮ－α、Ｒ８４８、ＬＰＳ、ｓｓ－ｒｎａ４０、およびポリＩ：Ｃが挙げられる。
【0331】
一般には、非プロフェッショナル抗原提示細胞はＭＨＣクラスＩＩタンパク質を構成的には発現しない。ＭＨＣクラスＩＩタンパク質は、一般には、非プロフェッショナルＡＰＣがＩＦＮ－γなどのある特定のサイトカインによる刺激を受けた時にのみ発現される。
【0332】
ＡＰＣの供給源は、一般には、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおいて抗原ペプチドを発現し、提示することができるＡＰＣまたはＡＰＣ前駆体を含む組織供給源であり得る。一部の実施形態では、ＡＰＣは、標的ＲＮＡを負荷させ、かつ／または必要なサイトカインまたは因子で処理すると増殖し、プロフェッショナルＡＰＣになることができる。
【0333】
一態様では、抗原性ポリペプチドまたはタンパク質を、本明細書に記載のそのようなポリペプチド、ペプチド、タンパク質、またはポリヌクレオチドを含有する細胞として提供することができる。一部の実施形態では、細胞は抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。一部の実施形態では、細胞は樹状細胞（ＤＣ）である。一部の実施形態では、細胞は成熟抗原提示細胞である。一部の実施形態では、新抗原性ペプチドまたはタンパク質を、本明細書に記載のそのようなポリペプチド、ペプチド、タンパク質、またはポリヌクレオチドを含有するＡＰＣ（例えば、樹状細胞）として提供することができる。他の実施形態では、そのようなＡＰＣを使用して、患者に使用するＴ細胞を刺激することができる。したがって、本開示の一実施形態は、本明細書に記載の１つまたは複数の新抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドをパルスしたまたは負荷させたＡＰＣ（例えば、樹状細胞）を少なくとも１つ含有する組成物である。一部の実施形態では、そのようなＡＰＣは、自己（例えば、自己樹状細胞）である。あるいは、患者から単離した末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）にｅｘ ｖｉｖｏで新抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドを負荷させることができる。関連する実施形態では、そのようなＡＰＣまたはＰＢＭＣを患者に注射し戻す。一部の実施形態では、ＡＰＣは樹状細胞である。関連する実施形態では、樹状細胞は新抗原性ペプチドまたは核酸をパルスした自己樹状細胞である。新抗原性ペプチドは、適当なＴ細胞応答を生じさせる任意の適切なペプチドであってよい。腫瘍関連抗原由来のペプチドをパルスした自己樹状細胞を使用したＴ細胞療法がMurphy et al. (1996) The Prostate 29, 371-380およびTjua et al. (1997)The Prostate 32, 272-278に開示されている。一部の実施形態では、Ｔ細胞はＣＴＬ（例えば、ＣＤ８＋）である。一部の実施形態では、Ｔ細胞はヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ（例えば、ＣＤ４＋））である。
【0334】
一部の実施形態では、本開示は、同じく対象に投与することができる細胞に基づく免疫原性医薬組成物を含む組成物を提供する。例えば、ＡＰＣに基づく免疫原性医薬組成物を、適切な、当技術分野において理解されている周知の技法、担体、および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。ＡＰＣは、単球、単球由来細胞、マクロファージ、および樹状細胞を含む。時には、ＡＰＣに基づく免疫原性医薬組成物は、樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物であり得る。
【0335】
樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物は、当技術分野で周知の任意の方法によって調製することができる。一部の場合では、樹状細胞に基づく免疫原性医薬組成物をｅｘ ｖｉｖｏまたはｉｎ ｖｉｖｏ方法によって調製することができる。ｅｘ ｖｉｖｏ方法は、本明細書に記載のポリペプチドをｅｘ ｖｉｖｏでパルスした自己ＤＣを、ＤＣを患者への投与前に活性化するまたは負荷させるために使用することを含み得る。ｉｎ ｖｉｖｏ方法は、本明細書に記載のポリペプチドとカップリングした抗体を使用して特異的なＤＣ受容体を標的化することを含み得る。ＤＣに基づく免疫原性医薬組成物は、ＴＬＲ３、ＴＬＲ－７－８、およびＣＤ４０アゴニストなどのＤＣ活性化因子をさらに含み得る。ＤＣに基づく免疫原性医薬組成物は、アジュバント、および薬学的に許容される担体をさらに含み得る。
【0336】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、ヒトおよび非ヒト霊長類、他の哺乳動物、および脊椎動物を含めた種々の供給源から調製することができる。ある特定の実施形態では、ＡＰＣをヒトまたは非ヒト脊椎動物の血液から調製することができる。白血球の富化集団からＡＰＣを単離することもできる。白血球の集団は当業者に公知の方法によって調製することができる。そのような方法は、一般には、ヘパリン添加血液の収集、アフェレーシスまたは白血球フェレーシス、バフィーコートの調製、ロゼット形成、遠心分離、密度勾配遠心分離（例えば、フィコール、コロイドシリカ粒子、およびスクロースを使用する）、非白血球細胞の示差的溶解、および濾過を含む。白血球集団は、血液を対象から採取し、除細動して血小板を除去し、赤血球（ｒｅｄ ｂｌｏｏｄ ｃｅｌｌ）を溶解させることによって調製することもできる。白血球集団を必要に応じて単球樹状細胞前駆体を富化させることができる。
【0337】
血液細胞集団は、富化された白血球の集団の所望の使用に応じて種々の対象から得ることができる。対象は健康な対象であり得る。あるいは、例えば、がん患者または免疫賦活が有益になる他の患者などの、免疫賦活を必要とする対象から血液細胞を得ることができる。同様に、例えば、自己免疫障害（例えば、関節リウマチ、糖尿病、ループス、多発性硬化症など）を有する患者などの、免疫抑制を必要とする対象から血液細胞を得ることができる。ＨＬＡが適合する健康な個体から白血球の集団を得ることもできる。
【0338】
血液をＡＰＣの供給源として使用する場合、血中白血球を、それらの生存能を維持する従来の方法を使用して得ることができる。本開示の一態様によると、血液を、ヘパリンまたは他の適切な抗凝固薬を含んでもよく含まなくてもよい培地中に希釈することができる。培地に対する血液の体積は約１対１であってよい。培地中の血液を４℃、約１，０００ｒｐｍ（１５０ｇ）で遠心分離することによって細胞を濃縮することができる。赤血球（ｅｒｙｔｈｒｏｃｙｔｅ）を溶解させる当技術分野で公知の任意の数の溶液、例えば塩化アンモニウム中に細胞を再懸濁させることにより、血小板および赤血球を枯渇させることができる。例えば、混合物は体積で約１：１の培地と塩化アンモニウムであってよい。血小板および赤血球を実質的に含まない白血球の集団が得られるまで、細胞を遠心分離することによって濃縮し、所望の溶液で洗浄することができる。血中白血球を血小板および赤血球から分離するための培地として組織培養に一般に使用される任意の等張性溶液を使用することができる。そのような等張性溶液の例はリン酸緩衝食塩水、ハンクス平衡塩類溶液、および完全成長培地であり得る。ＡＰＣおよび／またはＡＰＣ前駆細胞をエルトリエーションによって精製することもできる。
【0339】
一実施形態では、ＡＰＣは、炎症性または他のように活性化された状態の非標準ＡＰＣであり得る。例えば、非標準ＡＰＣは、インターフェロン－ガンマで刺激された上皮細胞、Ｔ細胞、Ｂ細胞、および／またはＡＰＣ活性を誘導する因子もしくは条件によって活性化された単球を含み得る。そのような非標準ＡＰＣは、当技術分野で公知の方法に従って調製することができる。
【0340】
ＡＰＣは、ＡＰＣの型に応じて所望の通り培養し、増大させ、分化させ、かつ／または、成熟させることができる。ＡＰＣは、例えば培養プレート、フラスコ、培養バッグ、およびバイオリアクターなどの任意の適切な培養容器中で培養することができる。
【0341】
ある特定の実施形態では、ＡＰＣを適切な培養培地または成長培地で培養して、調製物中のＡＰＣの数を維持し、かつ／または増大させることができる。培養培地は単離されるＡＰＣの型に応じて選択することができる。例えば、成熟樹状細胞などの成熟ＡＰＣは、それらの維持および増大に適した成長培地で培養することができる。培養培地にはアミノ酸、ビタミン、抗生物質、二価カチオンなどを補充することができる。さらに、サイトカイン、増殖因子および／またはホルモンを成長培地に含めることができる。例えば、成熟樹状細胞の維持および／または増大のために、顆粒球／マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）および／またはインターロイキン４（ＩＬ－４）などのサイトカインを添加することができる。他の実施形態では、未成熟ＡＰＣを培養し、かつ／または増大させることができる。未成熟樹状細胞は、標的ｍＲＮＡを取り込み、新しい抗原をプロセシングする能力を保持し得る。一部の実施形態では、未成熟樹状細胞をそれらの維持および培養に適した培地で培養することができる。培養培地にはアミノ酸、ビタミン、抗生物質、二価カチオンなどを補充することができる。さらに、サイトカイン、増殖因子および／またはホルモンを成長培地に含めることができる。
【0342】
他の未成熟ＡＰＣも同様に培養するまたは増大させることができる。未成熟ＡＰＣ調製物を成熟させて成熟ＡＰＣを形成することができる。ＡＰＣの成熟化は新抗原性ペプチドへの曝露中または曝露後に起こり得る。ある特定の実施形態では、未成熟樹状細胞の調製物を成熟させることができる。適切な成熟化因子としては、例えば、サイトカインＴＮＦ－α、細菌産生物（例えば、ＢＣＧ）などが挙げられる。別の態様では、単離されたＡＰＣ前駆体を使用して未成熟ＡＰＣ調製物を調製することができる。ＡＰＣ前駆体を培養し、分化させ、かつ／または成熟させることができる。ある特定の実施形態では、単球樹状細胞前駆体を、アミノ酸、ビタミン、サイトカイン、および／または二価カチオンを補充した適切な培養培地の存在下で培養して、単球樹状細胞前駆体の未成熟樹状細胞への分化を促進することができる。一部の実施形態では、ＡＰＣ前駆体をＰＢＭＣから単離する。ＰＢＭＣはドナー、例えばヒトドナーから得ることができ、新鮮に使用することまたは今後の使用のために凍結させることができる。一部の実施形態では、ＡＰＣを１つまたは複数のＡＰＣ調製物から調製することができる。一部の実施形態では、ＡＰＣは、第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープを含む第１の新抗原性ペプチドおよび第２の新抗原性ペプチドまたは第１のネオエピトープおよび第２のネオエピトープを含む第１の新抗原性ペプチドおよび第２の新抗原性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを負荷させたＡＰＣを含む。一部の実施形態では、ＡＰＣは自己ＡＰＣ、同種ＡＰＣ、または人工ＡＰＣである。
５．アジュバント
５．アジュバント
【0343】
本明細書で提供される組成物を受ける患者において引き出される免疫応答（体液性および／または細胞）を増強するために、アジュバントを使用することができる。ある時には、アジュバントは、Ｔｈ１型応答を引き出すことができるものである。他のある時には、アジュバントは、Ｔｈ２型応答を引き出すことができるものである。Ｔｈ１型応答はＩＦＮ－γなどのサイトカインの産生を特徴とし得、対照的に、Ｔｈ２型応答はＩＬ－４、ＩＬ－５、およびＩＬ－１０などのサイトカインの産生を特徴とし得る。
【0344】
一部の態様では、ＭＰＬＡおよびＭＤＰなどの脂質に基づくアジュバントを本明細書に開示される免疫原性医薬組成物と共に使用することができる。例えば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬＡ）は、リポソーム抗原の特異的なＴリンパ球への提示の増加を引き起こすアジュバントである。さらに、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）もまた、適切なアジュバントとして本明細書に記載の免疫原性医薬製剤と併せて使用することができる。
【0345】
適切なアジュバントは当技術分野で公知であり（ＷＯ２０１５／０９５８１１を参照されたい）、それらとしては、これだけに限定されないが、ポリ（Ｉ：Ｃ）、ポリ－ＩＣＬＣ、Ｈｉｌｔｏｎｏｌ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）ベクター系、ＰＬＧ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、ベータ－グルカン、Ｐａｍ２Ｃｙｓ、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、サポニンから引き出されるＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スチムロン（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ， Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．、ＵＳＡ）、マイコバクテリア抽出物および合成細菌の細胞壁模倣物、ならびにＲｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓなどの他の独自のアジュバントが挙げられる。アジュバントとしては、不完全フロイントまたはＧＭ－ＣＳＦも挙げられる。樹状細胞に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）およびそれらの調製物は以前に記載されている（Dupuis M, et al., Cell Immunol. 1998; 186 (1): 18-27；Allison A C；Dev. Biol. Stand. 1998; 92: 3-11）（Mosca et al. Frontiers in Bioscience, 2007; 12: 4050-4060）（Gamvrellis et al. Immunol & Cell Biol. 2004; 82: 506-516）。サイトカインも使用することができる。いくつかのサイトカインが、樹状細胞のリンパ組織への遊走に影響を及ぼすため（例えば、ＴＮＦ－アルファ）、Ｔリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への樹状細胞の成熟化を加速するため（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＰＧＥ１、ＰＧＥ２、ＩＬ－１、ＩＬ－１ｂ、ＩＬ－４、ＩＬ－６およびＣＤ４０Ｌ）（米国特許第５，８４９，５８９号、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）ならびに免疫アジュバントとして作用させるため（例えば、ＩＬ－１２）（Gabrilovich D I, et al., J. Immunother. Emphasis Tumor Immunol. 1996 (6): 414-418）に直接連結されている。
【0346】
アジュバントにはサイトカインなどの刺激性分子も含まれる。サイトカインの非限定的な例としては、ＣＣＬ２０、ａ－インターフェロン（ＩＦＮ－ａ）、β－インターフェロン（ＩＦＮ－β）、γ－インターフェロン、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦα、ＴＮＦβ（リンホトキシン アルファ（ＬＴα））、ＧＭ－ＣＳＦ、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘引ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、ＩＬ－２８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－１０、ＩＬ－１８、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－ｌａ、ＭＩＰ－１－、ＩＬ－８、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－１８の突然変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ－７、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲＳ、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ－Ｉ、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ ＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０ ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰＩ、およびＴＡＰ２が挙げられる。
【0347】
追加的なアジュバントとしては、ＭＣＰ－１、ＭＩＰ－１ａ、ＭＩＰ－１ｐ、ＩＬ－８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ－セレクチン、Ｐ－セレクチン、Ｅ－セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ－１、ＭａｄＣＡＭ－１、ＬＦＡ－１、ＶＬＡ－１、Ｍａｃ－１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ－１、ＩＣＡＭ－２、ＩＣＡＭ－３、ＣＤ２、ＬＦＡ－３、Ｍ－ＣＳＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＩＬ－４、ＩＬ－１８の突然変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ－７、ＩＬ－２２、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ－１、ｐ５５、ＷＳＬ－１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ－３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ－ｊｕｎ、Ｓｐ－１、Ａｐ－１、Ａｐ－２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩκＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰ Ｋ、ＳＡＰ－１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦκＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ－Ｒ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫ ＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０ ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２およびその機能性断片が挙げられる。
【0348】
一部の態様では、アジュバントは、ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）のモジュレーターであり得る。ＴＬＲのモジュレーターの例としては、ＴＬＲ－９アゴニストが挙げられ、イミキモドなどのＴＬＲの小分子モジュレーターに限定されない。本明細書に記載の免疫原性医薬組成物と組み合わせて使用されるアジュバントの他の例としては、これだけに限定されないが、サポニン、ＣｐＧ ＯＤＮなどを挙げることができる。時には、アジュバントは、細菌トキソイド、ポリオキシプロピレン－ポリオキシエチレンブロックポリマー、アルミニウム塩、リポソーム、ＣｐＧポリマー、水中油エマルション、またはこれらの組合せから選択される。時には、アジュバントは水中油エマルションである。水中油エマルションは少なくとも１つの油と少なくとも１つの界面活性物質とを含み得、油（複数可）および界面活性物質（複数可）は生分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルション中の油滴は直径５μｍ未満であり得、さらにはサブミクロンの直径を有し、これらの小さなサイズは安定なエマルションをもたらすためにマイクロフルダイザーを用いて実現される。２２０ｎｍ未満のサイズを有する液滴をフィルター滅菌に供することができる。
６．処置方法および医薬組成物
６．処置方法および医薬組成物
【0349】
本明細書に記載の新抗原治療薬（例えば、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを含有するＡＰＣまたは樹状細胞）は、これだけに限定されないが、がんの処置などの治療的処置方法を含めた種々の適用において有用である。一部の実施形態では、治療的処置方法は免疫療法を含む。ある特定の実施形態では、新抗原性ペプチドは、免疫応答を活性化させる、促進する、増大させる、および／もしくは増強するため、既存の免疫応答を新しい標的に向け直すため、腫瘍の免疫原性を増大させるため、腫瘍成長を阻害するため、腫瘍体積を縮小させるため、腫瘍細胞のアポトーシスを増加させるため、ならびに／または腫瘍の腫瘍形成能を低下させるために有用である。使用方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける方法、ｅｘ ｖｉｖｏにおける方法、またはｉｎ ｖｉｖｏにおける方法であり得る。
【0350】
一部の態様では、本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して対象における免疫応答を活性化させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、対象の予防方法であって、対象の細胞に本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を接触させるステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して対象における免疫応答を促進するための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して対象における免疫応答を増大させるための方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して免疫応答を増強するための方法を提供する。
【0351】
一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、細胞性免疫を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、Ｔ細胞活性または液性免疫を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）またはヘルパーＴリンパ球（Ｔｈ）活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、Ｔ細胞活性を増大させることおよびＮＫ細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、ＣＴＬ活性を増大させることおよびＮＫ細胞活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞の抑制活性を阻害するまたは低下させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、抗腫瘍活性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答の活性化、促進、増大、および／または増強は、免疫原性を増大させることを含む。一部の実施形態では、免疫応答は抗原性刺激の結果である。一部の実施形態では、抗原性刺激は腫瘍細胞である。一部の実施形態では、抗原性刺激はがんである。
【0352】
一部の実施形態では、本開示は、本明細書に記載の新抗原性ペプチドまたはタンパク質を含むポリペプチド、細胞、または医薬組成物を使用して免疫応答を活性化する、促進する、増大させる、および／または増強する方法を提供する。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、新抗原性ペプチドまたはポリヌクレオチドを腫瘍細胞に送達するポリペプチドを治療有効量で投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に腫瘍細胞に内部移行する新抗原性ポリペプチドを治療有効量で投与するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞に内部移行する新抗原性ポリペプチドを治療有効量で投与するステップを含み、当該新抗原性ペプチドが細胞によってプロセシングされる。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞に内部移行する新抗原性ポリペプチドを治療有効量で投与するステップを含み、ネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、腫瘍細胞に内部移行し、細胞によってプロセシングされる新抗原性ポリペプチドを治療有効量で投与するステップを含み、抗原性ペプチドが腫瘍細胞の表面上に提示される。
【0353】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つの新抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを治療有効量で投与するステップを含み、ここで、新抗原性ペプチドから引き出された少なくとも１つのネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、抗原性ペプチドはＭＨＣクラスＩ分子との複合体として腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、抗原性ペプチドはＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体として腫瘍細胞の表面上に提示される。
【0354】
一部の実施形態では、方法は、腫瘍細胞を、少なくとも１つの新抗原性ポリペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと接触させるステップを含み、ここで、少なくとも１つの新抗原性ポリペプチドから引き出された少なくとも１つのネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩ分子との複合体として腫瘍細胞の表面上に提示される。一部の実施形態では、ネオエピトープはＭＨＣクラスＩＩ分子との複合体として腫瘍細胞の表面上に提示される。
【0355】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つの抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを治療有効量で投与するステップを含み、ここで、エピトープまたはネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞に対する免疫応答が誘導される。一部の実施形態では、エピトープまたはネオエピトープに対する免疫応答が増大する。一部の実施形態では、腫瘍細胞に対する免疫応答が増大する。一部の実施形態では、新抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドにより少なくとも１つの新抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドが腫瘍細胞に送達され、ここで、エピトープまたはネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍成長が阻害される。
【0356】
一部の実施形態では、方法は、それを必要とする対象に、少なくとも１つの新抗原性ペプチドを含む外因性ポリペプチドを腫瘍細胞に送達する本明細書に記載の新抗原性ポリペプチドまたはポリヌクレオチドを治療有効量で投与するステップを含み、ここで、少なくとも１つの新抗原性ペプチドから引き出されたネオエピトープが腫瘍細胞の表面上に提示され、腫瘍細胞を対象としたＴ細胞による死滅が誘導される。一部の実施形態では、腫瘍細胞を対象としたＴ細胞による死滅が増強される。一部の実施形態では、腫瘍細胞を対象としたＴ細胞による死滅が増大する。
【0357】
一部の実施形態では、対象における免疫応答を増大させる方法は、対象に本明細書に記載の新抗原性治療薬を治療有効量で投与するステップを含み、ここで、薬剤は、本明細書に記載の新抗原に特異的に結合する抗体である。一部の実施形態では、対象における免疫応答を増大させる方法は、対象に抗体を治療有効量で投与するステップを含む。
【0358】
本開示は、既存の免疫応答を腫瘍に向け直す方法を提供する。一部の実施形態では、既存の免疫応答を腫瘍に向け直す方法は、対象に本明細書に記載の新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む。一部の実施形態では、既存の免疫応答はウイルスに対するものである。一部の実施形態では、ウイルスは、麻疹ウイルス、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ；水痘ウイルス）、インフルエンザウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、ポリオウイルス、風疹ウイルス、ロタウイルス、Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、エプスタイン・バーウイルス（ＥＢＶ）、およびサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）からなる群から選択される。一部の実施形態では、ウイルスは水痘帯状疱疹ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスはサイトメガロウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスは麻疹ウイルスである。一部の実施形態では、既存の免疫応答は自然ウイルス感染症後に獲得されたものである。一部の実施形態では、既存の免疫応答はウイルスに対するワクチン接種後に獲得されたものである。一部の実施形態では、既存の免疫応答は細胞媒介性応答である。一部の実施形態では、既存の免疫応答はＣＴＬまたはＴｈ細胞を含む。
【0359】
一部の実施形態では、対象における既存の免疫応答を腫瘍に向け直す方法は、（ｉ）新抗原に特異的に結合する抗体と（ｉｉ）少なくとも１つの本明細書に記載の新抗原性ペプチドとを含む融合タンパク質を投与するステップを含み、ここで、（ａ）融合タンパク質は腫瘍関連抗原またはネオエピトープとの結合後に腫瘍細胞に内部移行する；（ｂ）新抗原性ペプチドはプロセシングされ、ＭＨＣクラスＩ分子と結び付いて腫瘍細胞の表面上に提示される；かつ（ｃ）新抗原性ペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体がＣＴＬによって認識される。一部の実施形態では、ＣＴＬはメモリーＴ細胞である。一部の実施形態では、メモリーＴ細胞は新抗原性ペプチドを用いたワクチン接種の結果である。
【0360】
本開示は、腫瘍の免疫原性を増大させる方法を提供する。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増大させる方法は、腫瘍または腫瘍細胞に本明細書に記載の新抗原治療薬を有効量で接触させるステップを含む。一部の実施形態では、腫瘍の免疫原性を増大させる方法は、対象に本明細書に記載の新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む。
【0361】
本開示は、本明細書に記載の新抗原治療薬を使用して腫瘍の成長を阻害するための方法も提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍の成長を阻害する方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで細胞混合物に新抗原治療薬を接触させるステップを含む。例えば、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）と混合した不死化細胞株またはがん細胞株を、新抗原性ペプチドを添加する培地で培養する。一部の実施形態では、腫瘍細胞を患者試料、例えば、組織生検、胸水、または血液試料から単離し、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）と混合し、新抗原治療薬を添加する培地で培養する。一部の実施形態では、新抗原治療薬により、免疫細胞の活性が増大する、促進される、かつ／または増強される。一部の実施形態では、新抗原治療薬により腫瘍細胞成長が阻害される。一部の実施形態では、新抗原治療薬により腫瘍細胞の死滅が活性化される。
【0362】
一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。ある特定の実施形態では、対象はヒトである。ある特定の実施形態では、対象は腫瘍を有する、または対象は腫瘍を有していたが、少なくとも部分的に除去されていた。
【0363】
一部の実施形態では、腫瘍の成長を阻害する方法は、既存の免疫応答を新しい標的に向け直すステップであって、対象に新抗原治療薬を治療有効量で投与することを含み、既存の免疫応答が、新抗原性ペプチドによって腫瘍細胞に送達された抗原性ペプチドに対するものである、ステップを含む。
【0364】
ある特定の実施形態では、腫瘍はがん幹細胞を含む。ある特定の実施形態では、腫瘍中のがん幹細胞の頻度が新抗原治療薬の投与によって低下する。一部の実施形態では、対象における腫瘍中のがん幹細胞の頻度を低下させる方法であって、対象に新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む方法が提供される。
【0365】
さらに、一部の態様では、本開示は、対象における腫瘍の腫瘍形成能を低下させる方法であって、対象に本明細書に記載の新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む方法を提供する。ある特定の実施形態では、腫瘍はがん幹細胞を含む。一部の実施形態では、腫瘍中のがん幹細胞の頻度を低下させることにより、腫瘍の腫瘍形成能が低下する。一部の実施形態では、方法は、本明細書に記載の新抗原治療薬を使用することを含む。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の新抗原治療薬を投与することにより、腫瘍中のがん幹細胞の頻度が低下する。
【0366】
一部の実施形態では、腫瘍は固形腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は結腸直腸腫瘍、膵腫瘍、肺腫瘍、卵巣腫瘍、肝腫瘍、乳腺腫瘍、腎腫瘍、前立腺腫瘍、神経内分泌腫瘍、胃腸腫瘍、黒色腫、子宮頸部腫瘍、膀胱腫瘍、神経膠芽腫、および頭頸部腫瘍からなる群から選択される腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は結腸直腸腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は卵巣腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は乳腺腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は肺腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は膵腫瘍である。ある特定の実施形態では、腫瘍は黒色腫腫瘍である。一部の実施形態では、腫瘍は固形腫瘍である。
【0367】
本開示は、さらに、対象におけるがんを処置するための方法であって、対象に本明細書に記載の新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、がんを処置する方法は、既存の免疫応答を新しい標的に向け直すステップを含み、方法は、対象に新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含み、既存の免疫応答は、新抗原性ペプチドによってがん細胞に送達された抗原性ペプチドに対するものである。
【0368】
本開示は、がんを処置する方法であって、対象（例えば、処置を必要とする対象）に本明細書に記載の新抗原治療薬を治療有効量で投与するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、対象は哺乳動物である。ある特定の実施形態では、対象はヒトである。ある特定の実施形態では、対象はがん性腫瘍を有する。ある特定の実施形態では、対象は腫瘍を有していたが、少なくとも部分的に除去されている。
【0369】
対象は、例えば、哺乳動物、ヒト、妊娠中の女性、高齢の成人、成人、青年、前青年期の若者、小児、幼児、乳児、新生児（ｎｅｗｂｏｒｎ）、または新生児（ｎｅｏｎａｔｅ）であり得る。対象は患者であり得る。一部の場合では、対象はヒトであり得る。一部の場合では、対象は小児（すなわち、思春期の年齢より下の若年のヒト）であり得る。一部の場合では、対象は乳児であり得る。一部の場合では、対象は人工栄養乳児であり得る。一部の場合では、対象は臨床試験に登録されている個体であり得る。一部の場合では、対象は実験動物、例えば、哺乳動物または齧歯類であり得る。一部の場合では、対象はマウスであり得る。一部の場合では、対象は肥満または過体重の対象であり得る。
【0370】
一部の実施形態では、対象は、１つまたは複数の異なるがん処置モダリティを用いた処置を以前に受けている。一部の実施形態では、対象は、照射療法、化学療法、または免疫療法のうちの１つまたは複数を用いた処置を以前に受けている。一部の実施形態では、対象は、以前の治療を１ライン、２ライン、３ライン、４ライン、または５ライン受けている。一部の実施形態では、以前の治療は細胞傷害性治療である。
【0371】
ある特定の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、膵がん、肺がん、卵巣がん、肝がん、乳がん、腎がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、前立腺がん、胃腸がん、黒色腫、子宮頸がん、神経内分泌がん、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、子宮がん、神経膠芽腫、および頭頸部がんからなる群から選択されるがんである。ある特定の実施形態では、がんは膵がんである。ある特定の実施形態では、がんは卵巣がんである。ある特定の実施形態では、がんは結腸直腸がんである。ある特定の実施形態では、がんは乳がんである。ある特定の実施形態では、がんは前立腺がんである。ある特定の実施形態では、がんは肺がんである。ある特定の実施形態では、がんは非小細胞肺がんである。ある特定の実施形態では、がんは子宮がんである。ある特定の実施形態では、がんは肝がんである。ある特定の実施形態では、がんは黒色腫である。一部の実施形態では、がんは固形がんである。一部の実施形態では、がんは固形腫瘍を含む。
【0372】
一部の実施形態では、がんは血液のがんである。一部の実施形態では、がんは急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ ｌｅｕｋｅｍｉａ）（ＡＭＬ）、ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、Ｔ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｔ－ＡＬＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、ヘアリー細胞白血病、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、非ホジキンリンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、および皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）からなる群から選択される。
【0373】
一部の実施形態では、新抗原治療薬を併用療法として投与する。２つまたはそれよりも多くの治療剤を用いた併用療法では、異なる作用機構で働く薬剤を使用するが、必須ではない。作用機構が異なる薬剤を使用した併用療法により、相加効果または相乗効果をもたらすことができる。併用療法では、各薬剤の用量を単独療法での使用よりも少なくし、それにより、薬剤（複数可）の毒性副作用を低減し、かつ／または治療指数を増大させることが可能になり得る。併用療法により、耐性がん細胞が発生する可能性を低減することができる。一部の実施形態では、併用療法は、免疫応答に影響を及ぼす（例えば、応答を増強または活性化する）治療剤および腫瘍／がん細胞に影響を及ぼす（例えば、阻害するまたは死滅させる）治療剤を含む。
【0374】
一部の場合では、免疫原性医薬組成物を追加的な薬剤と共に投与することができる。追加的な薬剤の選択は、少なくとも一部において、処置される状態に依存し得る。追加的な薬剤としては、例えば、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＣＤ４０もしくは抗ＴＩＭ３薬剤（例えば、抗ＰＤ１、抗ＣＴＬＡ４、抗ＰＤ－Ｌ１、抗ＣＤ４０もしくは抗ＴＩＭ３抗体）などのチェックポイント阻害薬剤；または、例えば、ＮＳＡＩＤ、例えば、イブプロフェン、ナプロキセン、アセトアミノフェン、ケトプロフェン、もしくはアスピリンなどの、炎症性状態を処置するために使用される薬物を含めた、病原体感染症（例えば、ウイルス感染症）に対する治療効果を有する任意の薬剤を挙げることができる。例えば、チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ（ＯＮＯ－４５３８／ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ１ １０６、ＯＰＤＩＶＯ）、ペムブロリズマブ（ＭＫ－３４７５、ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピジリズマブ（ＣＴ－０１１）、およびＭＰＤＬ３２８ＯＡ（ＲＯＣＨＥ）からなる群から選択されるＰＤ－１／ＰＤ－Ｌ１アンタゴニストであり得る。別の例として、製剤は、ビタミンＣ、Ｅまたは他の抗酸化剤などの１つまたは複数の補給剤をさらに含有し得る。
【0375】
本開示の方法を使用して当技術分野で公知の任意の型のがんを処置することができる。本開示の方法によって処置されるがんの非限定的な例としては、黒色腫（例えば、転移性悪性黒色腫）、腎がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）（例えば、明細胞癌）、前立腺がん（例えば、ホルモン不応性前立腺腺癌）、膵臓腺癌、乳がん、結腸がん、肺がん（例えば、非小細胞肺がん）、食道がん、頭頸部の扁平上皮細胞癌、肝がん、卵巣がん、子宮頸がん、甲状腺がん、神経膠芽腫、神経膠腫、白血病、リンパ腫、および他の新生物悪性腫瘍を挙げることができる。
【0376】
さらに、本明細書に提示される疾患または状態は、本開示の処置方法を使用して成長を阻害することができる不応性または再発性悪性腫瘍を含む。一部の実施形態では、本開示の処置方法によって処置されるがんは、癌腫、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、子宮体がん、乳がん、卵巣がん、子宮頸がん、卵管がん、原発性腹膜がん、結腸がん、結腸直腸がん、肛門生殖器領域の扁平上皮細胞癌、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、非小細胞肺がん、肺の扁平上皮細胞癌、胃がん、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、胆嚢がん（ｇａｌｌ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、肝がん、甲状腺がん、喉頭がん（ｌａｒｙｎｇｅａｌ ｃａｎｃｅｒ）、唾液腺がん、食道がん、頭頸部がん、神経膠芽腫、神経膠腫、頭頸部の扁平上皮細胞癌、前立腺がん、膵がん、中皮腫、肉腫、血液がん、白血病、リンパ腫、神経腫、およびこれらの組合せからなる群から選択される。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんとしては、例えば、癌腫、扁平上皮癌（例えば、子宮頸管、眼瞼、結膜、膣、肺、口腔、皮膚、膀胱、舌、喉頭、および食道）、および腺癌（例えば、前立腺、小腸、子宮内膜、子宮頸管、大腸、肺、膵臓、食道、直腸、子宮、胃、乳腺、および卵巣）が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんは、肉腫（例えば、筋原肉腫）、白血症、神経腫、黒色腫、およびリンパ腫をさらに含む。一部の実施形態では、本開示の方法によって処置されるがんは乳がんである。一部の実施形態では、本開示の処置方法によって処置されるがんはトリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ）である。一部の実施形態では、本開示の処置方法によって処置されるがんは卵巣がんである。一部の実施形態では、本開示の処置方法によって処置されるがんは結腸直腸がんである。
【0377】
一部の実施形態では、本開示の医薬組成物を用いた処置を受ける患者または患者の集団は固形腫瘍を有する。一部の実施形態では、固形腫瘍は、黒色腫、腎細胞癌、肺がん、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、胆嚢がん（ｇａｌｌ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、喉頭がん（ｌａｒｙｎｇｅａｌ ｃａｎｃｅｒ）、肝がん、甲状腺がん、胃がん、唾液腺がん、前立腺がん、膵がん、またはメルケル細胞癌である。一部の実施形態では、本開示の医薬組成物を用いた処置を受ける患者または患者の集団は血液がんを有する。一部の実施形態では、患者は、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（「ＤＬＢＣＬ」）、ホジキンリンパ腫（「ＨＬ」）、非ホジキンリンパ腫（「ＮＨＬ」）、濾胞性リンパ腫（「ＦＬ」）、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ ｍｙｅｌｏｉｄ ｌｅｕｋｅｍｉａ）（「ＡＭＬ」）、または多発性骨髄腫（「ＭＭ」）などの血液がんを有する。一部の実施形態では、処置を受ける患者または患者の集団は、卵巣がん、肺がんおよび黒色腫からなる群から選択されるがんを有する。
【0378】
本開示に従って防止および／または処置することができるがんの特定の例としては、これだけに限定されないが、以下が挙げられる：腎がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、腎がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、多形神経膠芽腫、転移性乳がん；乳癌；乳房肉腫；神経線維腫；神経線維腫症；小児腫瘍；神経芽細胞腫；悪性黒色腫；表皮の癌腫；白血病、例えば、これだけに限定されないが、急性白血病、急性リンパ性白血病、骨髄芽球性白血病、前骨芽球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病および骨髄異形成症候群などの急性骨髄球性白血病、これだけに限定されないが、慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ性白血病、ヘアリー細胞白血病などの慢性白血病など；真性赤血球増加症；リンパ腫、例えば、これだけに限定されないが、ホジキン病、非ホジキン病など；多発性骨髄腫、例えば、これだけに限定されないが、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌型骨髄腫、骨硬化性骨髄腫、形質細胞白血病、孤立性形質細胞腫および髄外性形質細胞腫など；ワルデンストレームマクログロブリン血症；意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症；良性単クローン性免疫グロブリン血症；重鎖病；骨がんおよび結合組織肉腫、例えば、これだけに限定されないが、骨肉腫（ｂｏｎｅ ｓａｒｃｏｍａ）、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、コレステリン腫誘導性骨肉腫、骨のパジェット病、骨肉腫（ｏｓｔｅｏｓａｒｃｏｍａ）、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟部組織肉腫、血管肉腫（ａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）（血管肉腫（ｈｅｍａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ））、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘腫、横紋筋肉腫、および滑膜肉腫など；脳腫瘍、例えば、これだけに限定されないが、神経膠腫、星状細胞腫、脳幹神経膠腫、上衣腫、乏枝神経膠腫、非神経膠腫、聴神経鞘腫、頭蓋咽頭腫、髄芽腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽腫、および原発性脳リンパ腫など；これだけに限定されないが、腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、髄様乳がん、粘液乳がん、管状乳がん、乳頭状乳がん、パジェット病（若年性パジェット病を含む）および炎症性乳がんを含めた乳がん；副腎がん（ａｄｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、例えば、これだけに限定されないが、褐色細胞腫および副腎皮質癌など；甲状腺がん、これだけに限定されないが、乳頭状または甲状腺濾胞がん、甲状腺髄様がんおよび甲状腺未分化がんなど；膵がん、例えば、これだけに限定されないが、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ＶＩＰ産生腫瘍、ソマトスタチン分泌腫瘍、およびカルチノイドまたは膵島細胞腫瘍など；下垂体がん、例えば、これだけに限定されないが、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症、および尿崩症など；眼がん、例えば、これだけに限定されないが、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫、および毛様体黒色腫、および網膜芽細胞腫などの眼内黒色腫など；膣がん、例えば、扁平上皮細胞癌、腺癌、および黒色腫など；外陰がん、例えば、扁平上皮細胞癌、黒色腫、腺癌、基底細胞癌、肉腫、およびパジェット病など；子宮頸がん、例えば、これだけに限定されないが、扁平上皮細胞癌、および腺癌など；子宮がん、例えば、これだけに限定されないが、子宮内膜癌および子宮肉腫など；卵巣がん、例えば、これだけに限定されないが、上皮性卵巣癌、境界型腫瘍、胚細胞性腫瘍、および間質腫瘍；子宮頸癌；食道がん、例えば、これだけに限定されないが、扁平上皮がん、腺癌、腺様嚢胞癌、粘膜表皮癌、腺扁平上皮癌、肉腫、黒色腫、形質細胞腫、疣状癌、および燕麦細胞（小細胞）癌腫など；胃がん、例えば、これだけに限定されないが、腺癌、キノコ状（ポリープ状）、潰瘍性、表在拡大型、びまん性拡散性、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫、および癌肉腫；結腸がん；結腸直腸がん、ＫＲＡＳ突然変異型結腸直腸がん；結腸癌；直腸がん（ｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ）；肝がん、例えば、これだけに限定されないが、肝細胞癌および肝芽腫、腺癌などの胆嚢がん（ｇａｌｌｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）など；胆管細胞癌、例えば、これだけに限定されないが、乳頭状、結節性、およびびまん性など；肺がん、例えば、ＫＲＡＳ突然変異型非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮細胞癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌および小細胞肺がんなど；肺癌；精巣がん、例えば、これだけに限定されないが、胚腫瘍、セミノーマ、退形成の、古典的（典型的）、精母細胞性、非セミノーマ、胎児性癌、奇形腫癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）、前立腺がん、例えば、これだけに限定されないが、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、腺癌、平滑筋肉腫、および横紋筋肉腫など；陰茎がん；口腔がん、例えば、これだけに限定されないが、扁平上皮細胞癌など；基底がん；唾液腺がん、例えば、これだけに限定されないが、腺癌、粘膜表皮癌、および腺様嚢胞癌など；咽頭がん、例えば、これだけに限定されないが、扁平上皮細胞がん、およびいぼ状がんなど；皮膚がん、例えば、これだけに限定されないが、基底細胞癌、扁平上皮細胞癌および黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、末端黒子型黒色腫など；腎がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、例えば、これだけに限定されないが、腎細胞がん、腺癌、副腎腫、線維肉腫、移行上皮がん（腎盤および／または尿管）など；腎癌；ウィルムス腫瘍；膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、例えば、これだけに限定されないが、移行上皮癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫など。さらに、がんとして、粘液肉腫、骨原性肉腫、内皮肉腫、リンパ管内皮肉腫、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮癌、嚢胞腺癌、気管支原性肺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、および乳頭状腺癌が挙げられる。
【0379】
がんとしては、これだけに限定されないが、Ｂ細胞がん、例えば、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、例えばアルファ鎖病、ガンマ鎖病、およびミュー鎖病などの重鎖病、良性単クローン性免疫グロブリン血症、および免疫細胞アミロイドーシス、黒色腫、乳がん、肺がん、気管支がん、結腸直腸がん、前立腺がん（例えば、転移性、ホルモン不応性前立腺がん）、膵がん、胃がん、卵巣がん、膀胱がん（ｕｒｉｎａｒｙ ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、脳または中枢神経系がん、末梢神経系がん、食道がん、子宮頸がん、子宮または子宮体がん、口腔または咽頭のがん、肝がん、腎がん（ｋｉｄｎｅｙ ｃａｎｃｅｒ）、精巣がん、胆道がん、小腸または虫垂癌、唾液腺がん、甲状腺がん、副腎がん（ａｄｒｅｎａｌ ｇｌａｎｄ ｃａｎｃｅｒ）、骨肉腫（ｏｓｔｅｏｓａｒｃｏｍａ）、軟骨肉腫、血液学的組織のがんなどが挙げられる。本開示に包含される方法に適用可能ながんの型の他の非限定的な例としては、ヒト肉腫および癌腫、例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫（ａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、滑膜腫、中皮腫、ユーイング肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸癌、結腸直腸がん、膵がん、乳がん、卵巣がん、扁平上皮細胞癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、嚢胞腺癌、髄様癌、気管支原性肺癌、腎細胞癌、ヘパトーマ、胆管癌、肝がん、絨毛癌、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、骨がん、脳腫瘍、精巣がん、肺癌、小細胞肺癌、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽細胞腫、聴神経腫、乏枝神経膠腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫；白血病、例えば、急性リンパ性白血病および急性骨髄球性白血病（骨髄芽球性白血病、前骨芽球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病および赤白血病）；慢性白血病（慢性骨髄球性（顆粒球性）白血病および慢性リンパ性白血病）；ならびに真性赤血球増加症、リンパ腫（ホジキン病および非ホジキン病）、多発性骨髄腫、ワルデンストレームマクログロブリン血症、および重鎖病が挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法によって表現型が決定されるがんは、これだけに限定されないが、膀胱がん（ｂｌａｄｄｅｒ ｃａｎｃｅｒ）、乳がん、子宮頸がん、結腸がん、婦人科のがん、腎がん（ｒｅｎａｌ ｃａｎｃｅｒ）、喉頭がん（ｌａｒｙｎｇｅａｌ ｃａｎｃｅｒ）、肺がん、口腔がん、頭頸部がん、卵巣がん、膵がん、前立腺がん、または皮膚がんなどの上皮がんである。他の実施形態では、がんは、乳がん、前立腺がん、肺がん、または結腸がんである。さらに他の実施形態では、上皮がんは、非小細胞肺がん、非乳頭状腎細胞癌、子宮頸癌、卵巣癌（例えば、漿液性卵巣癌）、または乳癌である。上皮がんは、これだけに限定されないが、漿液性、類内膜性、粘液性、明細胞、ブレンナー、または未分化を含め、種々の他のように特徴付けることができる。一部の実施形態では、本開示を、これだけに限定されないが、マントル細胞リンパ腫を含めたリンパ腫またはそのサブタイプの処置、診断、および／または予後判定に使用する。リンパ球増殖性障害も増殖性疾患とみなされる。
【0380】
一部の実施形態では、本明細書に記載の薬剤と少なくとも１種の追加的な治療剤の組合せにより、相加的または相乗的結果がもたらされる。一部の実施形態では、併用療法により、薬剤の治療指数の増加がもたらされる。一部の実施形態では、併用療法により、追加的な治療剤（複数可）の治療指数の増加がもたらされる。一部の実施形態では、併用療法により、薬剤の毒性および／または副作用の低減がもたらされる。一部の実施形態では、併用療法により、追加的な治療剤（複数可）の毒性および／または副作用の低減がもたらされる。
【0381】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の新抗原治療薬を投与することに加えて、方法または処置は、少なくとも１種の追加的な治療剤を投与することをさらに含む。追加的な治療剤は、薬剤を投与する前に、それと並行して、かつ／またはその後に投与することができる。一部の実施形態では、少なくとも１種の追加的な治療剤は、１種、２種、３種、またはそれよりも多くの追加的な治療剤を含む。
【0382】
本明細書に記載の新抗原治療薬と組み合わせて投与することができる治療剤としては、化学療法剤が挙げられる。したがって、一部の実施形態では、方法または処置は、本明細書に記載の薬剤を化学療法剤と組み合わせてまたは化学療法剤のカクテルと組み合わせて投与することを含む。薬剤を用いた処置は、化学療法を投与する前に、それと並行して、またはその後に行うことができる。併用投与は、単一の医薬製剤としてもしくは別々の製剤を使用した同時投与、またはいずれかの順序で、一般に全ての活性薬剤が生物活性を同時に発揮し得る期間内での連続的な投与を含み得る。そのような化学療法剤の調製および投薬スケジュールは、製造者の指示に従って、または当業者によって経験的に決定された通り使用することができる。調製およびそのような化学療法の投薬スケジュールはThe Chemotherapy Source Book, 4th Edition, 2008, M. C. Perry, Editor, Lippincott, Williams & Wilkins, Philadelphia, PAにも記載されている。
【0383】
化学療法剤の有用なクラスとしては、例えば、抗チューブリン剤、アウリスタチン、ＤＮＡ副溝結合物質、ＤＮＡ複製阻害剤、アルキル化剤（例えば、シスプラチン、モノ（白金）、ビス（白金）および三核白金錯体およびカルボプラチンなどの白金複合体）、アントラサイクリン、抗生物質、葉酸代謝拮抗薬、代謝拮抗薬、化学療法増感剤、デュオカルマイシン、エトポシド、フッ素化ピリミジン、イオノフォア、レキシトロプシン、ニトロソ尿素、プラチノール、プリン代謝拮抗薬、ピューロマイシン、放射線増感剤、ステロイド、タキサン、トポイソメラーゼ阻害剤、ビンカアルカロイドなどが挙げられる。ある特定の実施形態では、第２の治療剤は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、抗有糸分裂薬、トポイソメラーゼ阻害剤、または血管新生阻害剤である。
【0384】
本開示において有用な化学療法剤としては、これだけに限定されないが、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ）など；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファンなど；アジリジン、例えば、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドパ、およびウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミドおよびトリメチロロメラミンを含めたエチレンイミンおよびメチルアメラミン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなど；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンなど；抗生物質、例えば、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリチアマイシン、カラビシン（carabicin）、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシンなど；代謝拮抗薬、例えば、メトトレキサートおよび５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）など；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなど；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなど；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シトシンアラビノシド、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５－ＦＵなど；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなど；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど；葉酸補充剤、例えば、フォリン酸など；アセグラトン；アルドホスファミド配糖体；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルチン；ジアジクオン；エフロルニチン（elformithine）；エリプチニウム酢酸塩；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ；ラゾキサン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’－トリクロロトリエチルアミン；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（Ａｒａ－Ｃ）；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；白金類似体、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチンなど；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；ＣＰＴ１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；エスペラミシン；カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ）；および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体が挙げられる。化学療法剤としては、腫瘍に対するホルモン作用を制御するまたは阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害性４（５）－イミダゾール、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、およびトレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ）を含めた抗エストロゲン剤；ならびに抗アンドロゲン薬、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、およびゴセレリンなど；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸または誘導体も挙げられる。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤はシスプラチンである。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤はカルボプラチンである。
【0385】
ある特定の実施形態では、化学療法剤はトポイソメラーゼ阻害剤である。トポイソメラーゼ阻害剤は、トポイソメラーゼ酵素（例えば、トポイソメラーゼＩまたはＩＩ）の作用に干渉する化学療法剤である。トポイソメラーゼ阻害剤としては、これだけに限定されないが、ドキソルビシンＨＣｌ、ダウノルビシンクエン酸塩、ミトキサントロンＨＣｌ、アクチノマイシンＤ、エトポシド、トポテカンＨＣｌ、テニポシド（ＶＭ－２６）、およびイリノテカン、ならびにこれらのうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。一部の実施形態では、追加的な治療剤はイリノテカンである。
【0386】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は代謝拮抗薬である。代謝拮抗薬は、正常な生化学的反応に必要な代謝産物と類似した構造を有するが、それでも細胞の１つまたは複数の正常機能、例えば細胞分裂などに干渉するのに十分に異なる化学物質である。代謝拮抗薬としては、これだけに限定されないが、ゲムシタビン、フルオロウラシル、カペシタビン、メトトレキサートナトリウム、ラルチトレキセド（ralitrexed）、ペメトレキセド、テガフール、シトシンアラビノシド、チオグアニン、５－アザシチジン、６メルカプトプリン、アザチオプリン、６－チオグアニン、ペントスタチン、リン酸フルダラビン、およびクラドリビン、ならびにこれらのうちのいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤はゲムシタビンである。
【0387】
ある特定の実施形態では、化学療法剤は、これだけに限定されないが、チューブリンに結合する薬剤を含めた抗有糸分裂薬剤である。一部の実施形態では、薬剤はタキサンである。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセルもしくはドセタキセル、またはパクリタキセルもしくはドセタキセルの薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体である。ある特定の実施形態では、薬剤は、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ）、ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）、アルブミン結合型パクリタキセル（ＡＢＲＡＸＡＮＥ）、ＤＨＡ－パクリタキセル、またはＰＧ－パクリタキセルである。ある特定の代替的な実施形態では、抗有糸分裂薬剤は、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、またはビンデシンなどのビンカアルカロイド、またはその薬学的に許容される塩、酸もしくは誘導体を含む。一部の実施形態では、抗有糸分裂薬剤は、キネシンＥｇ５の阻害剤または有糸分裂キナーゼの阻害剤、例えば、Ａｕｒｏｒａ ＡまたはＰｌｋ１などである。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤はパクリタキセルである。一部の実施形態では、追加的な治療剤はアルブミン結合型パクリタキセルである。
【0388】
一部の実施形態では、追加的な治療剤は、小分子などの薬剤を含む。例えば、処置は、本開示の薬剤と、これだけに限定されないがＥＧＦＲ、ＨＥＲ２（ＥｒｂＢ２）、および／またはＶＥＧＦを含めた腫瘍関連抗原に対する阻害剤として作用する小分子との併用投与を伴い得る。一部の実施形態では、本開示の薬剤を、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、エルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡ）、スニチニブ（ＳＵＴＥＮＴ）、ラパチニブ、バンデタニブ（ＺＡＣＴＩＭＡ）、ＡＥＥ７８８、ＣＩ－１０３３、セジラニブ（ＲＥＣＥＮＴＩＮ）、ソラフェニブ（ＮＥＸＡＶＡＲ）、およびパゾパニブ（ＧＷ７８６０３４Ｂ）からなる群から選択されるプロテインキナーゼ阻害剤と組み合わせて投与する。一部の実施形態では、追加的な治療剤はｍＴＯＲ阻害剤を含む。別の実施形態では、追加的な治療剤は、化学療法またはＴｒｅｇ細胞の数を減少させる他の阻害剤である。ある特定の実施形態では、治療剤はシクロホスファミドまたは抗ＣＴＬＡ４抗体である。別の実施形態では、追加的な治療薬は骨髄系由来サプレッサー細胞の存在を減少させるものである。さらなる実施形態では、追加的な治療薬はカルボタキソールである。別の実施形態では、追加的な治療剤は細胞をＴヘルパー１応答にシフトさせるものである。さらなる実施形態では、追加的な治療剤はイブルチニブである。
【0389】
一部の実施形態では、追加的な治療剤は抗体などの生体分子を含む。例えば、処置は、本開示の薬剤と、これだけに限定されないが、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２、および／またはＶＥＧＦに結合する抗体を含めた、腫瘍関連抗原に対する抗体との併用投与を伴い得る。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤は、がん幹細胞マーカーに特異的な抗体である。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤は、血管新生阻害剤である抗体（例えば、抗ＶＥＧＦまたはＶＥＧＦ受容体抗体）である。ある特定の実施形態では、追加的な治療剤は、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ）、ラムシルマブ、トラスツズマブ（ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ）、ペルツズマブ（ＯＭＮＩＴＡＲＧ）、パニツムマブ（ＶＥＣＴＩＢＩＸ）、ニモツズマブ、ザルツムマブ、またはセツキシマブ（ＥＲＢＩＴＵＸ）である。
【0390】
本明細書で提供される薬剤および組成物は、単独で、または、外科手術、放射線照射、化学療法、および／または骨髄移植（自己、同系、同種、または無関係）などの従来の治療レジメンと組み合わせて使用することができる。例えば、がん患者の大部分では腫瘍抗原のセットが有用であり得る。
【0391】
一部の実施形態では、少なくとも１つまたは複数の化学療法剤を、免疫原性ワクチンを含む組成物に加えて投与することができる。一部の実施形態では、１つまたは複数の化学療法剤は化学療法剤の異なるクラスに属するものであり得る。
【0392】
化学療法剤の例としては、これだけに限定されないが、アルキル化剤、例えば、ナイトロジェンマスタード（例えば、メクロレタミン（ナイトロジェンマスタード）、クロラムブシル、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ（登録商標））、イホスファミド、およびメルファラン）など；ニトロソ尿素（例えば、Ｎ－ニトロソ－Ｎ－メチル尿素、ストレプトゾシン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン、およびセムスチン）；スルホン酸アルキル（例えば、ブスルファン）；テトラジン（例えば、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、ミトゾロミドおよびテモゾロミド（Ｔｅｍｏｄａｒ（商標）））；アジリジン（例えば、チオテパ、マイトマイシンおよびジアジクオン）；ならびに白金薬物（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、およびオキサリプラチン）；非古典的アルキル化剤、例えば、プロカルバジンおよびアルトレタミン（ヘキサメチルメラミン）など；代謝拮抗剤、例えば、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、６－メルカプトプリン（６－ＭＰ）、カペシタビン（Ｘｅｌｏｄａ（登録商標））、クラドリビン、クロファラビン、シタラビン（Ａｒａ－Ｃ（登録商標））、デシタビン、フロクスウリジン、フルダラビン、ネララビン、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ（登録商標））、ヒドロキシウレア、メトトレキサート、ペメトレキセド（Ａｌｉｍｔａ（登録商標））、ペントスタチン、チオグアニン、ビダーザなど；微小管阻害剤、例えば、ビンカアルカロイド（例えば、ビンクリスチン、ビンブラスチン、ビノレルビン、ビンデシンおよびビンフルニン）など；タキサン（例えば、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ（登録商標））、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ（登録商標）））；ポドフィロトキシン（例えば、エトポシドおよびテニポシド）；エポチロン（例えば、イキサベピロン（Ｉｘｅｍｐｒａ（登録商標）））；エストラムスチン（Ｅｍｃｙｔ（登録商標））；抗腫瘍抗生物質、例えば、アントラサイクリン（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ（登録商標）、エピルビシン、イダルビシン）など；アクチノマイシン－Ｄ；およびブレオマイシン；トポイソメラーゼＩ阻害剤、例えば、トポテカンおよびイリノテカン（ＣＰＴ－１１）など；トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えば、エトポシド（ＶＰ－１６）、テニポシド、ミトキサントロン、ノボビオシン、メルバロンおよびアクラルビシンなど；コルチコステロイド、例えば、プレドニゾン、メチルプレドニゾロン（Ｓｏｌｕｍｅｄｒｏｌ（登録商標））、およびデキサメタゾン（Ｄｅｃａｄｒｏｎ（登録商標））など；Ｌ－アスパラギナーゼ；ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））；免疫療法剤、例えば、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、サリドマイド、レナリドマイド（Ｒｅｖｌｉｍｉｄ（登録商標））、ＢＣＧ、インターロイキン２、インターフェロン－アルファおよびＰｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標）などのがんワクチンなど；ホルモン治療剤、例えば、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、タモキシフェン、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、酢酸メゲストロール（Ｍｅｇａｃｅ（登録商標））、エストロゲン、ビカルタミド（Ｃａｓｏｄｅｘ（登録商標））、フルタミド（Ｅｕｌｅｘｉｎ（登録商標））、ニルタミド（Ｎｉｌａｎｄｒｏｎ（登録商標））、ロイプロリド（Ｌｕｐｒｏｎ（登録商標））およびゴセレリン（Ｚｏｌａｄｅｘ（登録商標））など；分化剤、例えば、レチノイド、トレチノイン（ＡＴＲＡまたはＡｔｒａｌｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））および三酸化ヒ素（Ａｒｓｅｎｏｘ（登録商標））など；ならびに標的化治療剤、例えば、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））およびスニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））などが挙げられる。一部の実施形態では、化学療法はカクテル治療である。カクテル治療の例としては、これだけに限定されないが、ＣＨＯＰ／Ｒ－ＣＨＯＰ（リツキサン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン、ビンクリスチン、およびプレドニゾン）、ＥＰＯＣＨ（エトポシド、プレドニゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、ヒドロキシドキソルビシン）、Ｈｙｐｅｒ－ＣＶＡＤ（シクロホスファミド、ビンクリスチン、ヒドロキシドキソルビシン、デキサメタゾン）、ＦＯＬＦＯＸ（フルオロウラシル（５－ＦＵ）、ロイコボリン、オキサリプラチン）、ＩＣＥ（イホスファミド、カルボプラチン、エトポシド）、ＤＨＡＰ（高用量シタラビン［ａｒａ－Ｃ］、デキサメタゾン、シスプラチン）、ＥＳＨＡＰ（エトポシド、メチルプレドニゾロン、シタラビン［ａｒａ－Ｃ］、シスプラチン）およびＣＭＦ（シクロホスファミド、メトトレキサート、フルオロウラシル）が挙げられる。
【0393】
ある特定の実施形態では、追加的な治療剤は第２の免疫療法剤を含む。一部の実施形態では、追加的な免疫療法剤として、これだけに限定されないが、コロニー刺激因子、インターロイキン、免疫抑制機能を遮断する抗体（例えば、抗ＣＴＬＡ－４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ３抗体、抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体）、免疫細胞機能を増強する抗体（例えば、抗ＧＩＴＲ抗体、抗ＯＸ－４０抗体、抗ＣＤ４０抗体もしくは抗４－１ＢＢ抗体）、ｔｏｌｌ様受容体（例えば、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ９）、可溶性リガンド（例えば、ＧＩＴＲＬ、ＧＩＴＲＬ－Ｆｃ、ＯＸ－４０Ｌ、ＯＸ－４０Ｌ－Ｆｃ、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４０Ｌ－Ｆｃ、４－１ＢＢリガンドもしくは４－１ＢＢリガンド－Ｆｃ）、またはＢ７ファミリーのメンバー（例えば、ＣＤ８０、ＣＤ８６）が挙げられる。一部の実施形態では、追加的な免疫療法剤は、ＣＴＬＡ－４、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＴＩＧＩＴ、ＧＩＴＲ、ＯＸ－４０、ＣＤ－４０、または４－１ＢＢを標的とするものである。
【0394】
一部の実施形態では、追加的な治療剤は免疫チェックポイント阻害剤である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は抗ＰＤ－１抗体、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、抗ＣＴＬＡ－４抗体、抗ＣＤ２８抗体、抗ＴＩＧＩＴ抗体、抗ＬＡＧ３抗体、抗ＴＩＭ３抗体、抗ＧＩＴＲ抗体、抗４－１ＢＢ抗体、または抗ＯＸ－４０抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は抗ＴＩＧＩＴ抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ）、ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）、ピジリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ－Ａ３１７、およびＰＤＲ００１からなる群から選択される抗ＰＤ－１抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、ＢＭＳ９３５５５９（ＭＤＸ－１１０５）、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ）、デュルバルマブ（ＭＥＤＩ４７３６）、およびアベルマブ（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）からなる群から選択される抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ）およびトレメリムマブからなる群から選択される抗ＣＴＬＡ－４抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、ＢＭＳ－９８６０１６およびＬＡＧ５２５からなる群から選択される抗ＬＡＧ－３抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、ＭＥＤＩ６４６９、ＭＥＤＩ０５６２、およびＭＯＸＲ０９１６からなる群から選択される抗ＯＸ－４０抗体である。一部の実施形態では、追加的な治療剤は、ＰＦ－０５０８２５６６からなる群から選択される抗４－１ＢＢ抗体である。
【0395】
一部の実施形態では、新抗原治療薬を、アドレノメデュリン（ＡＭ）、アンジオポエチン（Ａｎｇ）、ＢＭＰ、ＢＤＮＦ、ＥＧＦ、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＧＦ、ＧＤＮＦ、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）、幹細胞因子（ＳＣＦ）、ＧＤＦ９、ＨＧＦ、ＨＤＧＦ、ＩＧＦ、遊走刺激因子、ミオスタチン（ＧＤＦ－８）、ＮＧＦ、ニューロトロフィン、ＰＤＧＦ、トロンボポエチン、ＴＧＦ－α、ＴＧＦ－β、ＴＮＦ－α、ＶＥＧＦ、ＰｌＧＦ、ガンマ－ＩＦＮ、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、およびＩＬ－１８からなる群から選択される生物学的分子と組み合わせて投与することができる。
【0396】
一部の実施形態では、本明細書に記載の新抗原治療薬を用いた処置は、腫瘍の外科的除去、がん細胞の除去、または処置を行う医師によって必要だとみなされる任意の他の外科療法を伴い得る。
【0397】
ある特定の実施形態では、処置は、本明細書に記載の新抗原治療薬を放射線療法と組み合わせて投与することを伴う。薬剤を用いた処置は、放射線療法を施行する前に、それと並行して、またはその後に行うことができる。そのような放射線療法の投薬スケジュールは熟練した医療実践者が決定することができる。
【0398】
併用投与は、単一の医薬製剤としてもしくは別々の製剤を使用した同時投与、または、いずれかの順序で、一般に全ての活性薬剤が生物活性を同時に発揮し得る期間内での連続的な投与を含み得る。
【0399】
本明細書に記載の新抗原治療薬と少なくとも１種の追加的な治療剤の組合せは、任意の順序で投与することもでき、同時に投与することができることが理解されよう。一部の実施形態では、薬剤を、第２の治療剤を用いた処置を以前に受けている患者に投与する。ある特定の他の実施形態では、新抗原治療薬および第２の治療剤を実質的に同時にまたは平行して投与する。例えば、対象に薬剤を与えると同時に第２の治療剤（例えば、化学療法）を用いた処置の過程を行うことができる。ある特定の実施形態では、新抗原治療薬を第２の治療剤を用いた処置から１年以内に投与する。さらに、２種（またはそれよりも多く）の薬剤または処置を対象に数時間のうちにまたは数分間のうちに（すなわち、実質的に同時に）投与することができることが理解されよう。
【0400】
疾患の処置に関して、本明細書に記載の新抗原治療薬の適当な投薬量は、処置される疾患の型、疾患の重症度および経過、疾患の応答性、薬剤を治療目的で投与するのか予防目的で投与するのか、以前の治療、患者の臨床歴などに依存し、これらは全て処置を行う医師の自由裁量である。新抗原治療薬を一度に投与することもでき、数日間から数カ月間まで続く一連の処置にわたって、または治癒がもたらされるかもしくは病態の低減（例えば、腫瘍サイズの縮小）が実現されるまで投与することもできる。最適な投薬スケジュールは、患者の体内の薬物蓄積の測定値から算出することができ、個々の薬剤の相対的な効力に応じて変動する。投与を行う医師が最適投薬量、投薬方法体系、および反復速度を決定することができる。
【0401】
一部の実施形態では、新抗原治療薬を最初のより高い「負荷」用量で投与し、その後、１つまたは複数のより低い用量で投与することができる。一部の実施形態では、投与の頻度を変化させることもできる。一部の実施形態では、投薬レジメンは、初回用量を投与し、その後、追加的な用量（または「維持」用量）を週に１回、２週間に１回、３週間に１回、または月に１回投与することを含み得る。例えば、投薬レジメンは、最初の負荷用量を投与し、その後、例えば初回用量の２分の１の維持用量を毎週投与することを含み得る；投薬レジメンは、最初の負荷用量を投与し、その後、例えば初回用量の２分の１の維持用量を隔週で投与することを含み得る；または投薬レジメンは、３回の初回用量を３週間にわたって投与し、その後、例えば同じ量の維持用量を隔週で投与することを含み得る。
【0402】
当業者には公知の通り、あらゆる治療剤の投与により、副作用および／または毒性が導かれる可能性がある。一部の場合では、副作用および／または毒性は、特定の薬剤を治療有効用量で投与することが妨げられるほど重度である。一部の場合では、治療を中止しなければならず、他の薬剤を試すことができる。しかし、治療クラスが同じである多くの薬剤は同様の副作用および／または毒性を示す、つまり、患者は治療を停止しなければならないか、または、可能であれば、治療剤に付随する不愉快な副作用を受けなければならない。
【0403】
一部の実施形態では、投薬スケジュールを特定の投与数または「サイクル」に限定することができる。一部の実施形態では、薬剤を３サイクル、４サイクル、５サイクル、６サイクル、７サイクル、８サイクル、またはそれよりも多くのサイクルで投与する。例えば、薬剤を２週間毎、６サイクルにわたって投与する、薬剤を３週間毎、６サイクルにわたって投与する、薬剤を２週間毎、４サイクルにわたって投与する、薬剤を３週間毎、４サイクルにわたって投与する、などである。投薬スケジュールは当業者が決定することができ、また、その後改変することができる。
【0404】
本開示は、対象に本明細書に記載の新抗原治療薬を投与する方法であって、薬剤、化学療法剤などの投与に付随する副作用および／または毒性を低減し得る、１つまたは複数の薬剤を投与するための断続的な投薬戦略を使用することを含む方法を提供する。一部の実施形態では、ヒト対象におけるがんを処置する方法は、対象に治療有効用量の新抗原治療薬を治療有効用量の化学療法剤と組み合わせて投与することを含み、ここで、薬剤の一方または両方を断続的な投薬戦略に従って投与する。一部の実施形態では、ヒト対象におけるがんを処置する方法は、対象に治療有効用量の新抗原治療薬を治療有効用量の第２の免疫療法剤と組み合わせて投与することを含み、ここで、薬剤の一方または両方を断続的な投薬戦略に従って投与する。一部の実施形態では、断続的な投薬戦略は、対象に初回用量の新抗原治療薬を投与し、その後の用量の薬剤を約２週間に１回投与することを含む。一部の実施形態では、断続的な投薬戦略は、対象に初回用量の新抗原治療薬を投与し、その後の用量の薬剤を約３週間に１回投与することを含む。一部の実施形態では、断続的な投薬戦略は、対象に初回用量の新抗原治療薬を投与し、その後の用量の薬剤を約４週間に１回投与することを含む。一部の実施形態では、薬剤を断続的な投薬戦略を使用して投与し、追加的な治療剤を毎週投与する。
【0405】
本開示は、本明細書に記載の新抗原治療薬を含む組成物を提供する。本開示は、本明細書に記載の新抗原治療薬および薬学的に許容されるビヒクルを含む医薬組成物も提供する。一部の実施形態では、医薬組成物を免疫療法に使用する。一部の実施形態では、組成物を腫瘍成長の阻害に使用する。一部の実施形態では、医薬組成物を対象（例えば、ヒト患者）における腫瘍成長の阻害に使用する。一部の実施形態では、組成物をがんの処置に使用する。一部の実施形態では、医薬組成物を対象（例えば、ヒト患者）におけるがんの処置に使用する。
【0406】
本開示の新抗原治療薬と薬学的に許容されるビヒクル（例えば、担体または賦形剤）を組み合わせることにより、保存および使用のための製剤を調製する。当業者は、一般に、薬学的に許容される担体、賦形剤、および／または安定剤が製剤または医薬組成物の不活性成分になるように考慮する。例示的な製剤はＷＯ２０１５／０９５８１１に列挙されている。
【0407】
適切な薬学的に許容されるビヒクルとしては、これだけに限定されないが、非毒性緩衝剤、例えば、リン酸、クエン酸、および他の有機酸など；塩、例えば、塩化ナトリウムなど；アスコルビン酸およびメチオニンを含めた抗酸化剤；保存剤、例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール、メチルパラベンまたはプロピルパラベンなどのアルキルパラベン、カテコール、レゾルシノール、シクロヘキサノール、３－ペンタノール、およびｍ－クレゾールなど；低分子量ポリペプチド（例えば、約１０アミノ酸残基未満）；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンなど；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドンなど；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、またはリシンなど；炭水化物、例えば、単糖、二糖、グルコース、マンノース、またはデキストリンなど；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡなど；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトールなど；塩形成性対イオン、例えば、ナトリウムなど；金属錯体、例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体など；および非イオン界面活性物質、例えば、ＴＷＥＥＮ（登録商標）またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などが挙げられる。（Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 22st Edition, 2012, Pharmaceutical Press, London.）。一部の実施形態では、ビヒクルは水中５％ブドウ糖である。
【0408】
一態様では、医薬の投与に適合する溶媒（水性または非水性）、溶液、エマルション、分散媒、コーティング、等張化および吸収促進または遅延剤を含む薬学的に許容されるまたは生理的に許容される組成物が本明細書で提供される。したがって、医薬組成物または医薬製剤は、対象における医薬としての用途に適した組成物を指す。組成物は、特定の投与経路（すなわち、全身または局所）に適合するように製剤化することができる。したがって、組成物は、種々の経路による投与に適した担体、希釈剤、または賦形剤を含む。
【0409】
一部の実施形態では、組成物は、組成物中の免疫細胞の安定性を改善するために、許容される添加剤をさらに含み得る。許容される添加剤は、免疫細胞の特定の活性を変更しないものであり得る。許容される添加剤の例としては、これだけに限定されないが、マンニトール、ソルビトール、グルコース、キシリトール、トレハロース、ソルボース、スクロース、ガラクトース、デキストラン、ブドウ糖、フルクトース、ラクトース、およびそれらの混合物などの糖が挙げられる。許容される添加剤をブドウ糖などの許容される担体および／または賦形剤と組み合わせることができる。あるいは、許容される添加剤の例として、これだけに限定されないが、ペプチドの安定性を増大させ、溶液のゲル化を低減するためのポリソルベート２０またはポリソルベート８０などの界面活性物質が挙げられる。界面活性物質を組成物に溶液の０．０１％～５％の量で添加することができる。そのような許容される添加剤の添加により、保管中の組成物の安定性および半減期が増大する。
【0410】
本明細書に記載の医薬組成物は、局所処置または全身処置のいずれかのための任意の数のやり方で投与することができる。投与は、表皮もしくは経皮吸収パッチ、軟膏剤、ローション剤、クリーム剤、ゲル剤、点滴剤、坐剤、噴霧剤、液剤および散剤による局部的なもの；ネブライザーによるものを含めた散剤もしくはエアロゾルの吸入もしくは吹送による肺内、気管内、および鼻腔内へのもの；経口的なもの；または静脈内、動脈内、腫瘍内、皮下、腹腔内、筋肉内（例えば、注射もしくは注入）もしくは頭蓋内（例えば、くも膜下腔内または脳室内）を含めた非経口的なものであり得る。
【0411】
医薬組成物は、例えば、注射によって投与することができる。投与は、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射であってよい。注射用の組成物は、水溶液（水溶性の場合）、または、滅菌注射溶液または分散を即時調製するための分散および滅菌粉末を含む。静脈内投与に関しては、適切な担体として、生理学的食塩水、静菌水、またはリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）が挙げられる。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）、および適切なそれらの混合物を含有する溶媒または分散媒であり得る。流動性を、例えば、レシチンなどのコーティングを使用することによって、分散剤の場合では必要な粒子サイズを維持することによっておよび界面活性物質を使用することによって維持することができる。抗細菌剤および抗真菌剤として、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸およびチメロサールが挙げられる。等張化剤、例えば、糖、マンニトール、ソルビトールなどの多価アルコール、および塩化ナトリウムを組成物に含めることができる。得られた溶液は、そのまま使用するために包装することもでき、凍結乾燥することもできる。凍結乾燥した調製物は、後で投与前に滅菌溶液と組み合わせることができる。静脈内注射または苦痛部位への注射に関しては、活性成分を、パイロジェンフリーであり、適切なｐＨ、等張性、および安定性を有する非経口的に許容される水溶液にする。例えば、塩化ナトリウム注射、リンゲル注射液、乳酸リンゲル注射液などの等張性ビヒクルを使用して適切な溶液を調製することは当業者には十分可能である。保存剤、安定剤、緩衝剤、抗酸化剤および／または他の添加剤を必要に応じて含めることができる。必要量の活性成分を上に列挙されている成分のうちの１つ、または成分の組合せと共に適当な溶媒に組み入れ、その後、必要に応じて濾過滅菌することによって滅菌注射溶液を調製することができる。一般に、分散剤は、基本的な分散媒および上に列挙されているものからの必要な他の成分を含有する滅菌ビヒクルに活性成分を組み入れることによって調製される。滅菌注射溶液を調製するための滅菌粉末の場合では、好ましい調製方法は、真空乾燥およびフリーズドライであり得、それにより、予め滅菌濾過したその溶液から活性成分プラス任意の追加的な所望の成分の粉末が得られる。
【0412】
組成物は、慣習的に、例えば、単位用量の注射によってなどで、静脈内に投与することができる。注射に関しては、活性成分は、実質的にパイロジェンフリーであり、適切なｐＨ、等張性、および安定性を有する非経口的に許容される水溶液の形態であり得る。例えば、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、乳酸リンゲル注射液などの等張性ビヒクルを使用して適切な溶液を調製することができる。保存剤、安定剤、緩衝剤、抗酸化剤および／または他の添加剤を必要に応じて含めることができる。さらに、組成物をエアロゾル化によって投与することができる。
【0413】
組成物を医薬または本明細書で提供される方法のいずれかに使用することが検討されている場合、組成物は発熱物質を実質的に含まないものであり得、したがって、組成物がヒト患者に投与された場合に炎症性反応も安全でないアレルギー反応も引き起こさないことが意図されている。組成物を発熱物質について試験すること、および発熱物質を実質的に含まない組成物を調製することは、当業者には十分に理解され、市販のキットを使用して実現することができる。
【0414】
許容される担体は、吸収を安定化させる、増加させるもしくは遅延させる、またはクリアランスを増加させるもしくは遅延させる化合物を含有し得る。そのような化合物としては、例えば、炭水化物、例えば、グルコース、スクロースもしくはデキストランなど；低分子量タンパク質；ペプチドのクリアランスもしくは加水分解を低減する組成物；または賦形剤もしくは他の安定剤および／もしくは緩衝剤が挙げられる。吸収を遅延させる薬剤としては、例えば、モノステアリン酸アルミニウムおよびゼラチンが挙げられる。リポソーム担体を含む医薬組成物を安定化するため、またはその吸収を増加もしくは減少させるために、界面活性剤を使用することもできる。消化から保護するために、化合物を組成物との複合体にして、酸および酵素による加水分解に対する抵抗性を付与することができる、または、化合物を、リポソームなどの適当に抵抗性を持つ担体との複合体にすることができる。化合物を消化から保護する手段は当技術分野で公知である（例えば、Fix (1996)Pharm Res. 13: 1760 1764; Samanen (1996)J. Pharm. Pharmacol. 48: 119 135；および米国特許第５，３９１，３７７号）。
【0415】
組成物は、投薬形態（ｄｏｓａｇｅ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ）と適合する様式で、かつ治療有効量で投与することができる。投与される数量は、処置を受ける対象、対象の免疫系の活性成分を利用する能力、および所望の結合能の程度に依存する。投与される必要がある活性成分の正確な量は実践者の判断に依存し、各個体に特有である。最初の投与およびブースター接種に適したレジームも同様に変動するが、最初の投与、その後、１つまたは複数の時間間隔でその後の注射または他の投与による反復用量が代表的である。あるいは、血液中の濃度を維持するために十分な連続した静脈内注入が意図されている。
【0416】
一部の場合では、１つまたは複数の薬剤を含む医薬組成物は、局部投与されるかまたは特定の感染部位もしくはその付近に注射されると、局所的および局限的効果を発揮する。例えば、局所的および／または局限的効果をもたらすために、例えば、粘性液体、溶液、懸濁剤、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）に基づく溶液、リポソーム製剤、ゲル剤、ゼリー剤、クリーム剤、ローション剤、軟膏剤、坐薬、フォーム剤、またはエアロゾル噴霧剤の直接局部適用を局所投与に使用することができる。そのような製剤のための薬学的に適当なビヒクルとしては、例えば、低級脂肪族アルコール、ポリグリコール（例えば、グリセロールまたはポリエチレングリコール）、脂肪酸エステル、油、脂肪、シリコーンなどが挙げられる。そのような調製物はまた、保存剤（例えば、ｐ－ヒドロキシ安息香酸エステル）ならびに／または抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸およびトコフェロール）も含み得る。Dermatological Formulations: Percutaneous absorption, Barry (Ed.), Marcel Dekker Incl, 1983も参照されたい。別の実施形態では、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤を含む局所／局部製剤を使用して表皮または粘膜ウイルス感染症を処置する。
【0417】
一部の場合では、免疫原性医薬組成物は、担体および賦形剤（これだけに限定されないが、緩衝剤、炭水化物、マンニトール、タンパク質、ポリペプチドもしくはグリシンなどのアミノ酸、抗酸化剤、静菌剤、キレート剤、懸濁化剤、増粘剤および／または保存剤を含む）、水、石油起源、動物起源、野菜起源または合成起源の油、例えばピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油など、生理食塩水溶液、水性ブドウ糖およびグリセロール溶液、香味剤、着色料、粘着性低下剤および他の許容される添加剤、アジュバント、または結合剤、生理的条件に近づけるために必要な他の薬学的に許容される補助物質、例えば、ｐＨ緩衝剤、張度調整剤、乳化剤、湿潤剤などを含み得る。賦形剤の例としては、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、モルト、イネ、穀粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、グリセロールモノステアレート、タルク、塩化ナトリウム、乾燥脱脂乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどが挙げられる。別の場合では、医薬調製物は保存剤を実質的に含まない。他の場合では、医薬調製物は少なくとも１つの保存剤を含有し得る。本明細書に記載の医薬組成物を投与するために当業者に公知の任意の適切な担体を使用することができ、担体の型は投与形式に応じて変動することが理解されよう。
【0418】
免疫原性医薬組成物は、チオメルサールまたは２－フェノキシエタノールなどの保存剤を含み得る。一部の場合では、免疫原性医薬組成物は、水銀材料を実質的に含まない（例えば、＜１０μｇ／ｍＬ）、例えば、チオメルサールを含まない。α－トコフェロールコハク酸エステルを水銀化合物の代替として使用することができる。
【0419】
張度を調節するために、ナトリウム塩などの生理的な塩を免疫原性医薬組成物に含めることができる。他の塩としては、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二ナトリウム、および／または塩化マグネシウムなどを挙げることができる。
【0420】
免疫原性医薬組成物は、２００ｍＯｓｍ／ｋｇ～４００ｍＯｓｍ／ｋｇの間、２４０～３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの間、または２９０～３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内の重量オスモル濃度を有し得る。
【0421】
免疫原性医薬組成物は、トリス緩衝剤；ホウ酸緩衝剤；コハク酸緩衝剤；ヒスチジン緩衝剤（特に水酸化アルミニウムアジュバントと共に）；またはクエン酸緩衝剤などの１つまたは複数の緩衝剤を含み得る。一部の場合では、緩衝剤を５～２０ｍＭまたは１０～５０ｍＭの範囲で含める。
【0422】
免疫原性医薬組成物はｐＨ調節剤を含み得る。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤は１ｍＭよりも低い濃度または１ｍＭよりも高い濃度で存在する。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤は１０ｎＭ未満、２０ｎＭ未満、３０ｎＭ未満、４０ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、６０ｎＭ未満、７０ｎＭ未満、８０ｎＭ未満、９０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、５００ｎＭ未満、６００ｎＭ未満、７００ｎＭ未満、８００ｎＭ未満、９００ｎＭ未満、または１ｍＭ未満の濃度で存在する。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤は１ｍＭよりも高い、２ｍＭよりも高い、３ｍＭよりも高い、４ｍＭよりも高い、５ｍＭよりも高い、６ｍＭよりも高い、７ｍＭよりも高い、８ｍＭよりも高い、９ｍＭよりも高い、１０ｍＭよりも高い、１５ｍＭよりも高い、２０ｍＭよりも高い、２５ｍＭよりも高い、３０ｍＭよりも高い、３５ｍＭよりも高い、４０ｍＭよりも高い、４５ｍＭよりも高い、５０ｍＭよりも高い、６０ｍＭよりも高い、７０ｍＭよりも高い、８０ｍＭよりも高い、９０ｍＭよりも高い、１００ｍＭよりも高い、２００ｍＭよりも高い、３００ｍＭよりも高い、４００ｍＭよりも高い、５００ｍＭよりも高い、６００ｍＭよりも高い、７００ｍＭよりも高い、８００ｍＭよりも高い、または９００ｍＭよりも高い濃度で存在する。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はジカルボン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はトリカルボン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はコハク酸のジカルボン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はジコハク酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はクエン酸のトリカルボン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤はトリクエン酸塩である。一部の実施形態では、ｐＨ調節剤は、コハク酸二ナトリウムである。一部の実施形態では、コハク酸のジカルボン酸塩は医薬組成物中に０．１ｍＭ～１ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態では、ジコハク酸塩は医薬組成物中に０．１ｍＭ～１ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態では、コハク酸のジカルボン酸塩は医薬組成物中に１ｍＭ～５ｍＭの濃度で存在する。一部の実施形態では、ジコハク酸塩は医薬組成物中に１ｍＭ～５ｍＭの濃度で存在する。免疫原性医薬組成物のｐＨは約５．０から約８．５の間、約６．０から約８．０の間、約６．５から約７．５の間、または約７．０から約７．８の間であり得る。
【0423】
免疫原性医薬組成物は滅菌されたものであり得る。免疫原性医薬組成物は、非発熱性であり得、例えば、用量当たり＜１ＥＵ（内毒素単位、標準の評価基準）を含有し、用量当たり＜０．１ＥＵであり得る。組成物はグルテンを含まないものであり得る。
【0424】
免疫原性医薬組成物は、界面活性剤、例えば、ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性物質（「Ｔｗｅｅｎｓ（登録商標）」として公知）、またはオクトキシノール（例えば、オクトキシノール－９（Ｔｒｉｔｏｎ（登録商標） Ｘ－１００）もしくはｔ－オクチルフェノキシポリエトキシエタノールなど）を含み得る。界面活性剤は痕跡量でのみ存在し得る。免疫原性医薬組成物は、オクトキシノール－１０およびポリソルベート８０をそれぞれ１ｍｇ／ｍＬ未満で含み得る。痕跡量で残留する他の構成成分は抗生物質（例えば、ネオマイシン、カナマイシン、ポリミキシンＢ）であり得る。
【0425】
免疫原性医薬組成物は、当技術分野で周知の適切なビヒクル中の滅菌溶液または懸濁液として製剤化することができる。医薬組成物は、従来の周知の滅菌技法によって滅菌することもでき、滅菌濾過することもできる。得られた水溶液は、そのまま使用するために包装することもでき、凍結乾燥し、凍結乾燥した調製物を投与前に滅菌溶液と組み合わせることもできる。
【0426】
例えば本明細書に開示される免疫細胞などの活性薬剤と１つまたは複数のアジュバントの組合せを含む医薬組成物を、ある特定のモル比を含むように製剤化することができる。例えば、約９９：１～約１：９９のモル比の本明細書に記載の免疫細胞などの活性薬剤と１つまたは複数のアジュバントの組合せを使用することができる。一部の場合では、本明細書に記載の免疫細胞などの活性薬剤と１つまたは複数のアジュバントの組合せのモル比の範囲は、約８０：２０～約２０：８０；約７５：２５～約２５：７５、約７０：３０～約３０：７０、約６６：３３～約３３：６６、約６０：４０～約４０：６０；約５０：５０；および約９０：１０～約１０：９０から選択することができる。本明細書に記載の免疫細胞などの活性薬剤と１つまたは複数のアジュバントの組合せのモル比は約１：９であり得、一部の場合では約１：１であり得る。本明細書に記載の免疫細胞などの活性薬剤と１つまたは複数のアジュバントの組合せは、同じ投薬量単位として、例えば、１つのバイアル、坐薬、錠剤、カプセル剤、エアロゾル噴霧剤として一緒に製剤化することもでき、別々の単位として、例えば、２つのバイアル、坐剤、錠剤、２つのカプセル剤、錠剤とバイアル、エアロゾル噴霧剤などとして各薬剤を形成し、かつ／または化合物を製剤化することもできる。
【0427】
治療用製剤は単位剤形であってよい。そのような製剤としては、錠剤、ピル、カプセル剤、粉末、顆粒剤、水もしくは非水性媒体中の溶液もしくは懸濁液、または坐剤が挙げられる。
【0428】
本明細書に記載の新抗原性ペプチドをマイクロカプセルに封入することもできる。そのようなマイクロカプセルは、例えば、Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 22st Edition, 2012, Pharmaceutical Press, Londonに記載されている通り、コアセルベーション技法によってまたは界面重合によって、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロースまたはゼラチン－マイクロカプセルおよびポリ－（メタクリル酸メチル）マイクロカプセルに、コロイド薬物送達システム（例えば、リポソーム、アルブミンマイクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子およびナノカプセル）に、またはマクロエマルションに調製される。
【0429】
ある特定の実施形態では、医薬製剤は、リポソームと複合体を形成した本明細書に記載の新抗原治療薬を含む。リポソームを作製する方法は当業者に公知である。例えば、いくつかのリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール、およびＰＥＧ誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ－ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発によって生成することができる。リポソームを規定された孔径のフィルターを通して押出し成形して、所望の直径を有するリポソームを得ることができる。
【0430】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載の新抗原性ペプチドを含む持続放出調製物を作製することができる。持続放出調製物の適切な例としては、薬剤を含有する固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスが挙げられ、ここで、マトリックスは成形品（例えば、フィルムまたはマイクロカプセル）の形態である。持続放出マトリックスの例としては、ポリエステル、ハイドロゲル、例えばポリ（２－ヒドロキシエチル－メタクリル酸）またはポリ（ビニルアルコール）、ポリ乳酸、Ｌ－グルタミン酸と７エチル－Ｌ－グルタミン酸の共重合体、非分解性エチレン－酢酸ビニル、分解性乳酸－グリコール酸共重合体、例えばＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸－グリコール酸共重合体および酢酸リュープロリドで構成される注射用マイクロスフェア）、酢酸スクロースイソブチレート、およびポリ－Ｄ－（－）－３－ヒドロキシ酪酸が挙げられる。
【0431】
本開示は、免疫原性ワクチンを含む処置方法を提供する。疾患（例えば、がんまたはウイルス感染症など）の処置方法が提供される。方法は、対象に免疫原性抗原を含む組成物を有効量で投与することを含み得る。一部の実施形態では、抗原はウイルス抗原を含む。一部の実施形態では、抗原は腫瘍抗原を含む。
【0432】
調製することができるワクチンの非限定的な例としては、ペプチドに基づくワクチン、核酸に基づくワクチン、抗体に基づくワクチン、および抗原提示細胞に基づくワクチンが挙げられる。
【0433】
ワクチン組成物は、活性薬剤を処理して薬学的に使用することができる調製物にすることを容易にする賦形剤および助剤を含む１つまたは複数の生理的に許容される担体を使用して製剤化することができる。適当な製剤は選択される投与経路に依存し得る。周知の技法、担体、および賦形剤のいずれも当技術分野において理解されている通り適切に使用することができる。
【0434】
一部の場合では、ワクチン組成物をペプチドに基づくワクチン、核酸に基づくワクチン、抗体に基づくワクチン、または細胞に基づくワクチンとして製剤化する。例えば、ワクチン組成物は、カチオン性脂質製剤中ネイキッドｃＤＮＡ；リポペプチド（例えば、Vitiello, A. et al., J. Clin. Invest. 95: 341, 1995）、例えばポリ（ＤＬ－ラクチド－ｃｏ－グリコリド）（「ＰＬＧ」）マイクロスフェアに封入されたネイキッドｃＤＮＡまたはペプチド（例えば、Eldridge, et al., Molec. Immunol. 28: 287-294, 1991： Alonso et al, Vaccine 12: 299-306, 1994；Jones et al, Vaccine 13: 675-681, 1995を参照されたい）； 免疫刺激複合体に含有されたペプチド組成物（ＩＳＣＯＭＳ）（例えば、Takahashi et al, Nature 344: 873-875, 1990；Hu et al, Clin. Exp. Immunol. 113: 235-243, 1998）；または多数の抗原ペプチド系（ＭＡＰ）（例えば、Tam, J. P.、Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 85: 5409-5413, 1988；Tarn, J.P., J. Immunol. Methods 196: 17-32, 1996を参照されたい）を含み得る。時には、ワクチンをペプチドに基づくワクチン、または、核酸がポリペプチドコードする、核酸に基づくワクチンとして製剤化する。時には、ワクチンを抗体に基づくワクチンとして製剤化する。時には、ワクチンを細胞に基づくワクチンとして製剤化する。
【0435】
同定された疾患特異的免疫原性新抗原ペプチドのアミノ酸配列を使用して、薬学的に許容される組成物を開発することができる。抗原の供給源は、これだけに限定されないが、糖タンパク質、ペプチド、および超抗原を含めた天然または合成タンパク質；抗体／抗原複合体；リポタンパク質；ＲＮＡまたはその翻訳産物；およびＤＮＡによってコードされるＤＮＡまたはポリペプチドであり得る。抗原の供給源はまた、形質転換されていない細胞もしくは細胞株、形質転換された細胞もしくは細胞株、トランスフェクトされた細胞もしくは細胞株、または形質導入された細胞もしくは細胞株も含み得る。細胞に対する形質転換、トランスフェクト、または形質導入は、組換え抗原を発現させるために使用することができる当業者に公知の種々の発現ベクターまたはレトロウイルスベクターのいずれかを使用して行うことができる。発現は、組換え抗原（複数可）をコードするＤＮＡ分子を含有する発現ベクターまたはレトロウイルスベクターを用いて形質転換、トランスフェクト、または形質導入された任意の適当な宿主細胞において実現することもできる。当業者に公知の任意の数のトランスフェクション、形質転換、および形質導入プロトコールを使用することができる。組換えワクシニアベクターおよびワクシニアベクターを感染させた細胞を抗原の供給源として使用することができる。
【0436】
医薬組成物は、合成の疾患特異的免疫原性新抗原ペプチドを含み得る。医薬組成物は、２つまたはそれよりも多くの疾患特異的免疫原性新抗原ペプチドを含み得る。医薬組成物は、疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体（例えば、タンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡなど）を含み得る。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体は、同定された疾患特異的免疫原性新抗原ペプチドに対して生じ得るまたは生じさせることができる。一部の実施形態では、治療用組成物は、免疫原性ペプチドの前駆体を含む。疾患特異的免疫原性ペプチドの前駆体はプロドラッグであり得る。一部の実施形態では、疾患特異的免疫原性新抗原ペプチドを含む医薬組成物はアジュバントをさらに含み得る。例えば、新抗原ペプチドをワクチンとして利用することができる。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、薬学的に許容される免疫原性新抗原ペプチドを含み得る。一部の実施形態では、免疫原性ワクチンは、免疫原性新抗原ペプチドの薬学的に許容される前駆体（例えば、タンパク質、ペプチド、ＤＮＡおよびＲＮＡなど）を含み得る。一部の実施形態では、処置方法は、対象に免疫原性新抗原ペプチドを特異的に認識する抗体を有効量で投与することを含む。
【0437】
本明細書に記載の方法は、免疫原性新抗原ペプチドを使用して同じ個体に対する治療薬（例えば、ワクチンまたは治療用抗体など）を開発する、個別化薬の状況において有用である。したがって、対象における疾患を処置する方法は、本明細書に記載の方法に従って対象における免疫原性新抗原ペプチドを同定するステップと、ペプチド（またはその前駆体）を合成するステップと、ペプチドまたはペプチドを特異的に認識する抗体を対象に投与するステップとを含み得る。
【0438】
一部の実施形態では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープまたは免疫原性新抗原ペプチドを同定するステップは、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールから、対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールには存在しない、１つまたは複数の異なる突然変異を含む複数の候補ペプチド配列をコードする複数の核酸配列を選択することを含み、ここで、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールおよび対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールは、全ゲノム配列決定または全エクソーム配列決定によって配列決定される。一部の実施形態では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープまたは免疫原性新抗原ペプチドを同定するステップは、複数の候補ペプチド配列のうちのいずれの候補ペプチド配列が同じ対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質と複合体を形成するかを、ＨＬＡペプチド結合解析によって予測するまたは測定することをさらに含む。一部の実施形態では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープまたは免疫原性新抗原ペプチドを同定するステップは、ＨＬＡペプチド結合解析に基づいて、候補ペプチド配列から、複数の選択された腫瘍特異的ペプチドまたは複数の選択された腫瘍特異的ペプチドをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを選択することをさらに含む。一部の実施形態では、対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープは、新抗原、腫瘍関連抗原、突然変異した腫瘍関連抗原であり、かつ／または、対象の腫瘍細胞におけるエピトープの発現が正常な対象の細胞におけるエピトープの発現と比較して高い。
【0439】
一部の実施形態では、免疫原性新抗原の発現パターンは、患者に特異的なワクチンを生成するための必須の基礎としての機能を果し得る。一部の実施形態では、免疫原性新抗原の発現パターンは、特定の疾患を有する患者の群に対するワクチンを生成するための必須の基礎としての機能を果し得る。したがって、患者群における特定の疾患、例えば特定の型の腫瘍を選択的に処置することができる。
【0440】
一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドは、大きな患者群において自己抗疾患Ｔ細胞が認識することができる、構造的に正常な抗原である。一部の実施形態では、構造的に正常な新抗原が発現される疾患にかかっている対象の群の抗原発現パターンを決定する。
【0441】
一部の実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが同じ長さの同じエピトープを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが同じエピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流または下流の核酸配列によってコードされないペプチド配列のものであるアミノ酸またはアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くが異なるリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはエピトープのＮ末端にリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはエピトープのＮ末端にリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはエピトープのＣ末端にリンカーを含まず、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはエピトープのＣ末端にリンカーを含む。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはリンカーを含まない。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはエピトープのＮ末端にリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはエピトープのＮ末端にリンカーを含まない。一部の実施形態では、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドはエピトープのＣ末端にリンカーを含み、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドはエピトープのＣ末端にリンカーを含まない。
【0442】
一部の実施形態では、エピトープは、医薬組成物中に１ｎｇから１０ｍｇまで、または５μｇから１．５ｍｇまでの量で存在する。一部の実施形態では、エピトープは、１ｎｇから１０ｍｇまでの量で存在する。一部の実施形態では、エピトープは、１ｎｇから１００ｎｇまで、１０ｎｇから２００ｎｇまで、２０ｎｇから３００ｎｇまで、３０ｎｇから４００ｎｇまで、４０ｎｇから５００ｎｇまで、５０ｎｇから６００ｎｇまで、６０ｎｇから７００ｎｇまで、７０ｎｇから８００ｎｇまで、８０ｎｇから９００ｎｇまで、９０ｎｇから１μｇまで、１００ｎｇから２μｇまで、２００ｎｇから３μｇまで、３００ｎｇから４μｇまで、４００ｎｇから５μｇまで、５００ｎｇから６μｇまで、６００ｎｇから７μｇまで、７００ｎｇから８μｇまで、８００ｎｇから９μｇまで、９００ｎｇから１０μｇまで、１μｇから１００μｇまで、２０μｇから２００μｇまで、３０μｇから３００μｇまで、４０μｇから４００μｇまで、５０μｇから５００μｇまで、６０μｇから６００μｇまで、７０μｇから７００μｇまで、８０μｇから８００μｇまで、９０μｇから９００μｇまで、１００μｇから１ｍｇまで、２００μｇから１．１ｍｇまで、３００μｇから１．２ｍｇまで、４００μｇから１．３ｍｇまで、５００μｇから１．４ｍｇまで、６００μｇから１．５ｍｇまで、７００μｇから２ｍｇまで、８００μｇから３ｍｇまで、９００μｇから４ｍｇまで、１ｍｇから５ｍｇまで、１．３ｍｇから６ｍｇまで、１．５ｍｇから７ｍｇまで、２ｍｇから８ｍｇまで、３ｍｇから９ｍｇまで、または４ｍｇから１０ｍｇまでの量で存在する。一部の実施形態では、エピトープは、約１ｎｇ、２ｎｇ、３ｎｇ、４ｎｇ、５ｎｇ、６ｎｇ、７ｎｇ、８ｎｇ、９ｎｇ、１０ｎｇ、１５ｎｇ、２０ｎｇ、２５ｎｇ、３０ｎｇ、３５ｎｇ、４０ｎｇ、４５ｎｇ、５０ｎｇ、５５ｎｇ、６０ｎｇ、６５ｎｇ、７０ｎｇ、７５ｎｇ、８０ｎｇ、８５ｎｇ、９０ｎｇ、９５ｎｇ、１００ｎｇ、１１０ｎｇ、１２０ｎｇ、１３０ｎｇ、１４０ｎｇ、１５０ｎｇ、１６０ｎｇ、１７０ｎｇ、１８０ｎｇ、１９０ｎｇ、２００ｎｇ、２５０ｎｇ、３００ｎｇ、３５０ｎｇ、４００ｎｇ、４５０ｎｇ、５００ｎｇ、５５０ｎｇ、６００ｎｇ、６５０ｎｇ、７００ｎｇ、７５０ｎｇ、８００ｎｇ、８５０ｎｇ、９００ｎｇ、または９５０ｎｇの量で存在する。一部の実施形態では、エピトープは、約１μｇ、２μｇ、３μｇ、４μｇ、５μｇ、６μｇ、７μｇ、８μｇ、９μｇ、１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、５５μｇ、６０μｇ、６５μｇ、７０μｇ、７５μｇ、８０μｇ、８５μｇ、９０μｇ、９５μｇ、１００μｇ、１１０μｇ、１２０μｇ、１３０μｇ、１４０μｇ、１５０μｇ、１６０μｇ、１７０μｇ、１８０μｇ、１９０μｇ、２００μｇ、２５０μｇ、３００μｇ、３５０μｇ、４００μｇ、４５０μｇ、５００μｇ、５５０μｇ、６００μｇ、６５０μｇ、７００μｇ、７５０μｇ、８００μｇ、８５０μｇ、９００μｇ、９５０μｇの量で存在する。一部の実施形態では、エピトープは、約１ｍｇ、１．１ｍｇ、１．２ｍｇ、１．３ｍｇ、１．４ｍｇ、１．５ｍｇ、２ｍｇ、２．５ｍｇ、３ｍｇ、３．５ｍｇ、４ｍｇ、４．５ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、または１０ｍｇの量で存在する。
【0443】
免疫原性新抗原を作製するための種々のやり方が存在する。タンパク質またはペプチドは、標準の分子生物学的技法によるタンパク質、ポリペプチド、もしくはペプチドの発現、天然の供給源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける翻訳、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含めた当業者に公知の任意の技法によって作出することができる。一般に、そのような疾患特異的新抗原は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖｏのいずれかで作製することができる。免疫原性新抗原をｉｎ ｖｉｔｒｏでペプチドまたはポリペプチドとして作製することができ、次いでそれを個別化ワクチンまたは免疫原性組成物に製剤化し、対象に投与することができる。免疫原性新抗原のｉｎ ｖｉｔｒｏにおける産生は、ペプチド合成または種々の細菌組換え発現系、真核生物組換え発現系もしくはウイルス組換え発現系のいずれかにおけるＤＮＡもしくはＲＮＡ分子からのペプチド／ポリペプチドの発現、その後の発現されたペプチド／ポリペプチドの精製を含み得る。あるいは、免疫原性新抗原をコードする分子（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、およびウイルス発現系）を対象に導入し、そこでコードされる免疫原性新抗原を発現させることにより、免疫原性新抗原をｉｎ ｖｉｖｏにおいて作製することができる。一部の実施形態では、免疫原性新抗原ペプチドをコードするポリヌクレオチドを使用してｉｎ ｖｉｔｒｏで新抗原ペプチドを作製することができる。
【0444】
一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、免疫原性新抗原をコードするポリヌクレオチドに対して少なくとも６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する配列を含む。ポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、一本鎖および／または二本鎖、ネイティブな形態または安定化された形態のポリヌクレオチド、またはこれらの組合せであり得る。免疫原性新抗原ペプチドをコードする核酸は、当該核酸がペプチドをコードする限りはイントロンを含有してもしなくてもよい。一部の実施形態では、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの翻訳を使用してペプチドを作製する。
【0445】
新抗原をコードする配列を含む発現ベクター、ならびに発現ベクターを含有する宿主細胞も意図されている。本開示における使用に適した発現ベクターは、核酸配列に作動可能に（ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌｌｙ）連結した少なくとも１つの発現調節エレメントを含み得る。発現調節エレメントは、核酸配列の発現を調節および制御するためにベクターに挿入される。発現調節エレメントの例は当技術分野で周知であり、それらとしては、例えば、ｌａｃ系、ファージラムダのオペレーター領域およびプロモーター領域、酵母プロモーター、およびポリオーマ、アデノウイルス、レトロウイルス、またはＳＶ４０から引き出されたプロモーターが挙げられる。追加的なオペレーターエレメントとしては、これだけに限定されないが、リーダー配列、終結コドン、ポリアデニル化シグナルおよび宿主系における核酸配列の適当な転写およびその後の翻訳のために必要であるまたは好ましい任意の他の配列が挙げられる。発現調節エレメントの正確な組合せは選択される宿主系に依存することが当業者には理解されよう。発現ベクターは核酸配列を含有する発現ベクターの宿主系への移入およびその後の複製のために必要な追加的なエレメントを含有すべきことがさらに理解されよう。そのようなエレメントの例としては、これだけに限定されないが、複製開始点および選択マーカーが挙げられる。
【0446】
新抗原ペプチドは、所望の新抗原ペプチドをコードするＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子の形態で提供することができる。本開示の１つまたは複数の新抗原ペプチドは、単一の発現ベクターによってコードされ得る。一般に、ＤＮＡをプラスミドなどの発現ベクターに、発現に適した方向および正確な読み枠で挿入し、必要であれば、ＤＮＡを、所望の宿主（例えば、細菌）によって認識される適当な転写および翻訳制御調節ヌクレオチド配列に連結することができるが、そのような調節は発現ベクターに一般に利用可能である。次いで、ベクターを標準の技法を使用してクローニングのために宿主細菌に導入する。真核生物宿主、特に哺乳動物またはヒトに有用な発現ベクターとしては、例えば、ＳＶ４０、ウシパピローマウイルス、アデノウイルス、およびサイトメガロウイルス由来の発現調節配列を含むベクターが挙げられる。細菌宿主に有用な発現ベクターとしては、ｐＣＲ１、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９を含めたＥ．ｃｏｌｉ由来のプラスミドおよびそれらの誘導体などの公知の細菌プラスミド、Ｍ１３および繊維状一本鎖ＤＮＡファージなどのより広い宿主域のプラスミドが挙げられる。ポリペプチドの発現に適した宿主細胞はポリヌクレオチドの節［０２５０］において考察されている。細菌宿主、真菌宿主、酵母宿主、および哺乳動物細胞宿主との使用に適したクローニングおよび発現ベクターは当技術分野で周知である。
【0447】
形質転換された宿主によって産生されるタンパク質を任意の適切な方法に従って精製することができる。そのような標準の方法としては、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、親和性およびサイジングカラムクロマトグラフィーなど）、遠心分離、示差的溶解性、またはタンパク質精製のための任意の他の標準の技法によるものが挙げられる。ヘキサヒスチジン、マルトース結合性ドメイン、インフルエンザコート配列、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼなどのアフィニティータグをタンパク質に付着させて、適当なアフィニティーカラムを通過させることによる容易な精製を可能にすることができる。単離されたタンパク質をタンパク質分解、核磁気共鳴、およびＸ線結晶構造解析などの技法を使用して物理的に特徴付けることもできる。
【0448】
ワクチンは、本明細書に記載のポリペプチド配列に結合する実体を含み得る。実体は抗体であり得る。抗体に基づくワクチンは、適切な、当技術分野において理解されている周知の技法、担体、および賦形剤のいずれかを使用して製剤化することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載のペプチドを、抗体治療薬などの新抗原に特異的な治療薬を作出するために使用することができる。例えば、新抗原を使用して、新抗原を特異的に認識する抗体を生じさせ、かつ／または同定することができる。これらの抗体を治療薬として使用することができる。抗体は、天然の抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体であり得る、または抗体断片であり得る。抗体は、本明細書に記載のポリペプチドの１つまたは複数を認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載のポリペプチドに対して多くても４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％の配列同一性を有する配列を有するポリペプチドを認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載のポリペプチドに対して少なくとも４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する配列を有するポリペプチドを認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載のポリペプチドの長さの少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であるポリペプチド配列を認識し得る。一部の実施形態では、抗体は、本明細書に記載のポリペプチドの長さの多くても３０％、４０％、５０％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であるポリペプチド配列を認識し得る。
【0449】
本開示は、新抗原ペプチド／ポリペプチドを、それを必要とする対象にｉｎ ｖｉｖｏで、例えばＤＮＡワクチンの形態で送達するためのビヒクルとしての、核酸分子の使用も意図している。
【0450】
一部の実施形態では、ワクチンは核酸ワクチンである。一部の実施形態では、核酸は、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする。一部の実施形態では、核酸ワクチンは、免疫原性ペプチドまたはペプチド前駆体をコードする配列に隣接する配列を含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンは１つよりも多くの免疫原性エピトープを含む。一部の実施形態では、核酸ワクチンはＤＮＡに基づくワクチンである。送達方法はポリヌクレオチドの節［０２５０］において考察されている。
【0451】
ポリヌクレオチドは、実質的に純粋なものであってもよく、適切なベクターまたは送達系に含有されていてもよい。適切なベクターおよび送達系としては、アデノウイルス、ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ヘルペスウイルス、アデノ随伴ウイルス、または１種よりも多くのウイルスのエレメントを含有するハイブリッドに基づく系などのウイルスベクターおよび送達系が挙げられる。非ウイルス送達系としては、カチオン性脂質およびカチオン性ポリマー（例えば、カチオン性リポソーム）が挙げられる。
【0452】
ウイルスに基づく系を使用して１つまたは複数の新抗原ペプチドをコードし、ｉｎ ｖｉｖｏで発現させることができる。ウイルスベクターを本開示において組換えベクターとして使用することができ、ここで、ウイルスの感染力を損なうことなく新しい遺伝子を導入するために、ウイルスゲノムの一部を欠失させる。本開示のウイルスベクターは非病原性ウイルスである。一部の実施形態では、ウイルスベクターは哺乳動物における特定の細胞型に対するトロピズムを有する。別の実施形態では、本開示のウイルスベクターは、樹状細胞およびマクロファージなどのプロフェッショナル抗原提示細胞に感染することができる。本開示のさらに別の実施形態では、ウイルスベクターは、哺乳動物の任意の細胞に感染することができる。ウイルスベクターは腫瘍細胞にも感染し得る。本開示で使用されるウイルスベクターとしては、これだけに限定されないが、ワクシニアウイルス、アビポックスウイルス、鶏痘ウイルス、および高度に弱毒化されたワクシニアウイルス（ＡｎｋａｒａまたはＭＶＡ）などのポックスウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、バキュロウイルスなどが挙げられる。
【0453】
ワクチンを種々の経路によって送達することができる。送達経路は、経口投与（頬側投与および舌投与下を含む）、直腸投与、経鼻投与、局部投与、経皮吸収パッチによる投与、肺への投与、膣への投与、坐薬による投与、または非経口投与（筋肉内投与、動脈内投与、くも膜下腔内投与、皮内投与、腹腔内投与、皮下投与および静脈内投与を含む）またはエアロゾル化、吸入または吹送による投与に適した形態を含み得る。薬物送達システムに関する一般的な情報は、Ansel et al., Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (Lippencott Williams & Wilkins, Baltimore Md. (1999)に見いだすことができる。本明細書に記載のワクチンは、筋肉投与することもでき、皮内注射または皮下注射によって投与することもでき、例えばイオン導入によってなど、経皮投与することもできる。ワクチンの表皮投与を使用することができる。本明細書に記載のワクチンは、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射によって投与することができる。
【0454】
一部の場合では、ワクチンはまた、鼻腔を介した投与用に製剤化することもできる。担体が固体である、経鼻投与に適した製剤は、嗅剤が摂取されるように、すなわち、鼻の近くに保持された粉末の容器から鼻腔を通じた急速吸入によって投与される、例えば約１０～約５００ミクロンの範囲の粒子サイズを有する粗粉末を含み得る。製剤は、経鼻スプレー、点鼻剤、またはネブライザーによるエアロゾル投与によるものであり得る。製剤は、ワクチンの水性または油性溶液を含み得る。
【0455】
ワクチンは、懸濁液、シロップ剤、またはエリキシル剤などの液体調製物であり得る。ワクチンはまた、非経口投与、皮下投与、皮内投与、筋肉内投与、または静脈内投与（例えば、注射用投与）のための調製物、例えば、滅菌懸濁液またはエマルションなどでもあり得る。
【0456】
ワクチンは、単回免疫化のための材料を含み得る、または、多数回の免疫化のための材料を含み得る（すなわち、「複数回用量」キット）。複数回用量の取り合わせには保存剤を含めることが好ましい。複数回用量組成物に保存剤を含めることの代替として（またはそれに加えて）、材料を取り出すための無菌アダプターを有する容器に組成物を含めることができる。
【0457】
ワクチンは、約０．５ｍＬの投薬量体積で投与することができるが、小児には半分の用量（すなわち約０．２５ｍＬ）を投与することができる。時には、ワクチンを高用量、例えば、約１ｍｌで投与することができる。
【0458】
ワクチンは、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれよりも多くの投薬コースレジメンで投与することができる。時には、ワクチンを１回、２回、３回、または４回投薬コースレジメンで投与する。時には、ワクチンを１回投薬コースレジメンで投与する。時には、ワクチンを２回投薬コースレジメンで投与する。
【0459】
第１の投薬と第２の投薬の施行は、約０日、１日、２日、５日、７日、１４日、２１日、３０日、２カ月、４カ月、６カ月、９カ月、１年、１．５年、２年、３年、４年、またはそれよりも長く離すことができる。
【0460】
本明細書に記載のワクチンは、１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、またはそれよりも多くの年毎に投与することができる。時には、本明細書に記載のワクチンを２年、３年、４年、５年、６年、７年、またはそれよりも多くの年毎に投与する。時には、本明細書に記載のワクチンを４年、５年、６年、７年、またはそれよりも多くの年毎に投与する。時には、本明細書に記載のワクチンを１回投与する。
【0461】
投薬例は限定するものではなく、単に本明細書に記載のワクチンを投与するための特定の投薬レジメンを例証するために使用されている。ヒトへの使用のための有効量は動物モデルから決定することができる。例えば、ヒトに対する用量は、動物において有効であることが見いだされている循環濃度、肝臓濃度、局部濃度および／または胃腸濃度が実現されるように製剤化することができる。当業者は、動物データおよび他の型の同様のデータに基づいて、ヒトに適したワクチン組成物の有効量を決定することができる。
【0462】
有効量とは、薬剤または薬剤の組合せについて言及する場合、一般に、医学もしくは製薬技術分野の種々の規制もしくは顧問組織（例えば、ＦＤＡ、ＡＭＡ）によって、または製造者もしくは供給者によって推奨または認可されている用量範囲、投与形式、製剤などを意味する。
【0463】
一部の態様では、本明細書に記載のワクチンおよびキットを２℃から８℃の間で保管することができる。一部の場合では、ワクチンを凍結せずに保管する。一部の場合では、ワクチンを－２０℃または－８０℃などの温度で保管する。一部の場合では、ワクチンを、太陽光を避けて保管する。
７．キット
７．キット
【0464】
本明細書に記載の新抗原治療薬を投与に関する指示と共にキットの形態で提供することができる。一般には、キットは、単位剤形で容器に入れられた所望の新抗原治療薬および投与に関する指示を含む。追加的な治療薬、例えば、サイトカイン、リンフォカイン、チェックポイント阻害剤、抗体をキットに含めることもできる。同様に望ましい可能性がある他のキット構成成分としては、例えば、滅菌シリンジ、ブースター投薬量、および他の所望の賦形剤が挙げられる。
【0465】
本明細書に記載の１つまたは複数の方法で使用するためのキットおよび製造品も本明細書で提供される。キットは、１つまたは複数のネオエピトープを含む１つまたは複数の新抗原性ポリペプチドを含有し得る。キットは、本明細書に記載のペプチドまたはタンパク質の１つもしくは複数をコードする核酸、本明細書に記載のペプチドの１つもしくは複数を認識する抗体、または本明細書に記載のペプチドの１つもしくは複数を用いて活性化されるＡＰＣに基づく細胞も含有し得る。キットは、ワクチンの組立ておよび送達に必要なアジュバント、試薬、および緩衝剤をさらに含有し得る。
【0466】
キットはまた、本明細書に記載の方法で使用するためのペプチドおよびアジュバントなどの別々のエレメントの１つをそれぞれが含むバイアル、管などの１つまたは複数の容器を受け入れるように区画化された担体、パッケージ、または容器も含み得る。適切な容器としては、例えば、ビン、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の材料で形成されたものであってよい。
【0467】
本明細書で提供される製造品は包装材料を含有する。医薬包装材料の例としては、これだけに限定されないが、選択された製剤および意図された投与形式および処置に適したブリスターパック、ビン、管、袋、容器、ビン、および任意の包装材料が挙げられる。キットは、一般には、内容物および／または使用に関する指示が列挙されたラベル、ならびに使用に関する指示を伴う添付文書を含む。指示のセットも一般に含められる。
【0468】
本開示を特定の例によってより詳細に説明する。以下の実施例は例示する目的で提供され、本開示をどのようにも限定するものではない。本開示に従った代替的な実施形態を得るために変化させるまたは改変することができる、極めて重要なものではない種々のパラメータは当業者には容易に理解されよう。本明細書において列挙されている特許、特許出願、および印刷刊行物は全て、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【実施例】
【0469】
これらの実施例は、例示する目的でのみ提供され、本明細書に提示される特許請求の範囲を限定するものではない。
（実施例１）
ポリペプチドの切断およびプロセシングの増強の評価
（実施例１）
ポリペプチドの切断およびプロセシングの増強の評価
【0470】
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を形質導入した細胞を使用して、ポリペプチドをｉｎ ｖｉｔｒｏにおいてエピトープのプロセシングおよび提示についてスクリーニングした。ＣＤ８を確証されたＴＣＲと共に発現する工学的に操作されたジャーカット細胞をエフェクター細胞として調製した。標的細胞に関しては、特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、ＦＬＴ３リガンドを用いて終夜刺激し、異なる状況の目的のエピトープを含有するポリペプチドを１時間にわたって負荷し、サイトカインを用いて成熟化させた。工学的に操作されたジャーカット細胞とＰＢＭＣを４８時間共培養し、工学的に操作されたジャーカット細胞によって分泌されたＩＬ－２のレベルをＴＣＲによるペプチド認識についての読み取りとして測定した。実験設計を図３に示し、結果を図４および図５に示す。
（実施例２）
新抗原性ポリペプチドの免疫原性
（実施例２）
新抗原性ポリペプチドの免疫原性
【0471】
特定のエピトープを中心に設計した多数のポリペプチドの免疫原性、ならびにこれらのポリペプチドに対するＴ細胞応答の質を試験した。８～１２週齢の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウス（Ｔａｃｏｎｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）８４匹を到着次第ランダムに前向きに処置群に割り当てた。動物を３日間気候順化させた後、試験を開始した。動物を、ＬａｂＤｉｅｔ（商標）５０５３滅菌齧歯類固形飼料および滅菌水を自由に提供して維持した。群１の動物１２匹はワクチン無接種対照としての機能を果たした。群２～７それぞれの動物１２匹は５０μｇのｐｏｌｙＩＣ：ＬＣおよび１０μｇの各ポリペプチド（表１３に定義されている；太字の配列は最小エピトープを表す）またはモル濃度を釣り合わせた等価の代替ペプチド設計（表１４に定義されている）を受けた。Ｋｉｆ１８ｂをＣＤ４ヘルパーペプチドとして使用し、群２～７のマウス全てに対して改変せずに使用した。７日目、１４日目、および２１日目に後眼窩採血によって血液を採取した。毎日、動物を秤量し、全体的な健康についてモニタリングした。２１日目の試験完了時、動物の体重が０日目の体重と比較して＞３０％減少した場合；または動物が瀕死で見つかった場合に、動物をＣＯ２過剰投与によって安楽死させた。
【0472】
表13.試験に使用したペプチド
【表13】
【0473】
【0474】
ＭＨＣ四量体を現場で製造し、免疫原性アッセイでペプチド特異的Ｔ細胞増大を測定するために使用する。評価のために、１％ＦＣＳおよび０．１％アジ化ナトリウムを含有するＰＢＳ（ＦＡＣＳ緩衝剤）中の細胞１×１０５個に四量体を添加する。細胞を暗闇中、３７℃で１５分間インキュベートする。次いで、ＣＤ８などのＴ細胞マーカーに特異的な抗体、およびＣＤ４／ＣＤ１１ｂ／ＣＤ１１ｃ／ＣＤ１９などの無関連の細胞型に特異的な抗体を製造者により推奨される最終濃度まで添加し、細胞を暗闇中、４℃で２０分間インキュベートする。細胞を低温ＦＡＣＳ緩衝剤で洗浄し、ＬＳＲ２（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）機器ですぐに分析し、ＦａｃｓＤｉｖａ ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用することによって解析する。四量体陽性細胞の分析のために、リンパ球ゲートを前方および側方散乱プロットから取得する。データをＤ４－ＣＤ１１ｂ－ＣＤ１１ｃ－ＣＤ１９－ＣＤ８＋／四量体＋である細胞のパーセンテージとして報告する。
【0475】
Ｋ４－エピトープを用いた免疫化により、評価したエピトープ６種のうち５種に対する免疫応答が有意に増大した。Ａｌｇ８、Ｌａｍａ４、Ｒｅｐｓ１、Ａｄｐｇｋ、およびＯｂｓｌ１に対する免疫応答が有意に増大した。Ｋ４－エピトープを用いた免疫化により、免疫原性が低いエピトープ（例えば、Ｏｂｓｌ１）の免疫原性が増大する。Ｋ４－Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ－エピトープでの免疫化により、Ａｌｇ８特異的免疫応答が増大する。結果を図７～９に示す。
（実施例３）
ジスルフィドリンカー（化合物５）の合成
（実施例３）
ジスルフィドリンカー（化合物５）の合成
【0476】
ステップ１
【化5】
【0477】
２，２’－ビス（５－ニトロピリジル）ジスルフィド２（２ｍｍｏｌ）を１０ｍＬのジクロロメタンに懸濁させ、ジクロロメタン（４ｍＬ）中の対応するメルカプトアルコール１（１ｍｍｏｌ、Ｒ１およびＲ２は本明細書で定義されている）を懸濁液に添加した。得られた懸濁液を室温で１６時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去した。得られた残渣を５ｍＬのジメチルホルムアミド中に再溶解させ、Ｃ１８逆相カラムを使用し、アセトニトリルおよび０．０５％のＴＦＡを含有する水の勾配を用いて精製した。所望の画分を混ぜ合わせ、凍結乾燥して（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルアルコール３を生じさせた（収率約６５～８２％、純度＞９０％、２２０ｎｍにおけるＵＰＬＣ－ＭＳ／ＵＶ分析）。
【0478】
ステップ２
【化6】
【0479】
（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルアルコール３（０．５ｍｍｏｌ、Ｒ１およびＲ２は本明細書で定義されている）のジメチルホルムアミド中溶液（２ｍＬ）にＮ，Ｎ’－ジイソプロピルエチルアミン（１．５ｍｍｏｌ）を添加し、その後、４－ニトロフェニルクロロギ酸エステル４（０．５５ｍｍｏｌ）を添加した。この溶液を室温で１６時間撹拌し、次いで、Ｃ１８逆相カラムを使用し、アセトニトリルおよび０．０５％のＴＦＡを含有する水の勾配を用いて精製した。所望の画分を混ぜ合わせ、凍結乾燥して、４－ニトロフェニル－（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルカーボネート５を生じさせた（収率約９０～９８％、純度＞９０％、２２０ｎｍにおけるＵＰＬＣ－ＭＳ／ＵＶ分析）。
（実施例４）
ジスルフィド含有ペプチドの合成
（実施例４）
ジスルフィド含有ペプチドの合成
【0480】
ステップ１：４－ニトロ－２－ピリジルチオ活性化ジスルフィドペプチド８の形成
【化7】
【0481】
上記のスキームに従って、ペプチド結合樹脂６（固相ペプチド合成用に作られた任意の樹脂を使用することができる）のＮ末端を、リンカー５（Ｒ１およびＲ２は本明細書で定義されている）を使用して手動で、または自動ペプチド合成機でそれに応じてプログラムしてアシル化した。より詳細には、樹脂６（０．０５ｍｍｏｌ）をジメチルホルムアミド中で５分間にわたって膨潤させ、排液した。対応する４－ニトロフェニル－（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルカーボネート５（０．２ｍｍｏｌ）およびＯｘｙｍａ Ｐｕｒｅ Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（登録商標）（Ｏｘｙｍａ Ｐｕｒｅとしても公知、０．３ｍｍｏｌ）をジメチルホルムアミド１ｍＬ中に溶解させ、膨潤した樹脂６に添加し、次いで、Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピルエチルアミン（０．３ｍｍｏｌ）を添加した。得られた樹脂懸濁液を３時間撹拌し、排液し、次いで、得られたペプチド結合樹脂７をジメチルホルムアミド（５×、５ｍＬ）、ジクロロメタン（５×、５ｍＬ）、およびメタノール（２×、５ｍＬ）ですすいだ。ペプチド結合樹脂７を減圧下で１時間乾燥させ、３ｍＬの９５％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、２．５％水、２．５％トリイソプロピルシラン（ＴＩＰＳ）を使用して室温で３時間にわたって切断して、非結合ペプチド８と７から切断された樹脂の両方を含有する切断溶液（「Ａ」）を形成した。次いで、この切断溶液Ａを５０ｍＬ円錐管中に濾過し、排液し、７から切断された樹脂を９５：５のＴＦＡ：水溶液（１ｍＬ）で洗浄し、濾過し、排液し、合わせて、濾過されたペプチド溶液（「Ｂ」）を生じさせた。濾過されたペプチド溶液Ｂから、非結合ペプチド８を、氷冷ジエチルエーテルで沈殿させ、３６００ｒｐｍで５分間遠心分離し、ジエチルエーテルをデカントすることによって単離した。次いで、得られたペプチドペレットを氷冷ジエチルエーテル２０ｍＬですすいで懸濁液を生じさせ、次いでそれをボルテックスし、３６００ｒｐｍで３分間再度遠心分離した。これを合計３回の洗浄にわたって繰り返してペレットを徹底的にすすいで、４－ニトロフェニル－（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルカルバメートペプチド８を生じさせ、これを、さらなる精製を伴わずに次の合成ステップに移した。
【0482】
ステップ２：ジスルフィド含有ペプチド１０を形成するためのジスルフィド交換反応
【化8】
【0483】
上のスキームに記載されている通り、粗製４－ニトロフェニル－（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルカルバメートペプチド８（Ｒ１およびＲ２は本明細書で定義されている）に所望のチオール含有分子９（Ｇ１およびｊは本明細書で定義されている）を用いてジスルフィド交換を受けさせた。より詳細には、４－ニトロフェニル－（５－ニトロピリジン－２－イル）ジスルファネイルアルキルカルバメートペプチド８（０．０５ｍｍｏｌ）をジメチルホルムアミド（１ｍＬ）中に溶解させ、次いで、所望のチオール含有化合物９（０．０５ｍｍｏｌ）の１：１ジメチルホルムアミド－１Ｍのトリス緩衝剤中溶液を添加した。得られた黄色の溶液を２時間撹拌し、Ｃ１８逆相カラムを使用してアセトニトリルおよび０．０５％のＴＦＡを含有する水の勾配を用いて精製した。所望の画分を混ぜ合わせ、凍結乾燥してジスルフィド含有ペプチド１０を生じさせた（収率約１０～３０％、純度＞９５％、２２０ｎｍにおけるＵＰＬＣ－ＭＳ／ＵＶ分析、固相ペプチド合成から出発）。
（実施例５）
ＰＡＢＣ含有ペプチド（１３）の合成
（実施例５）
ＰＡＢＣ含有ペプチド（１３）の合成
【化9】
【0484】
上のスキームに記載されている通り、ペプチド結合樹脂６のＮ末端を、Ｆｍｏｃ－ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢ－ＰＮＰ１１を使用して手動で、または自動ペプチド合成機でそれに応じてプログラムしてアシル化した。より詳細には、樹脂６（０．０５ｍｍｏｌ）をジメチルホルムアミド中で５分間にわたって膨潤させ、排液した。対応するＦｍｏｃ－ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢ－ＰＮＰ１１（０．２ｍｍｏｌ）およびＯｘｙｍａ Ｐｕｒｅ Ｎｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（登録商標）（Ｏｘｙｍａ Ｐｕｒｅとしても公知、０．３ｍｍｏｌ）をジメチルホルムアミド１ｍＬ中に溶解させ、樹脂６に添加し、次いで、Ｎ，Ｎ’－ジイソプロピルエチルアミン（０．３ｍｍｏｌ）を添加した。得られた樹脂懸濁液を３時間撹拌し、排液し、次いで、得られたＦｍｏｃで保護された樹脂１２をジメチルホルムアミド（５×、５ｍＬ）ですすいだ。最終的なＮ末端α－Ｆｍｏｃをジメチルホルムアミド中２０％ピペリジンで除去した（２×、５分間）。この時点で、脱保護した中間体１２を必要に応じて標準のＦｍｏｃ固相ペプチド合成を使用して１２のＮ末端において追加的なアミノ酸残基と反応させることができ、その後、すぐ上で考察されているものと類似の手順を使用してＮ末端α－Ｆｍｏｃ脱保護を行うことができる。所望のＦｍｏｃ脱保護の完了後、次いで、樹脂１２（またはアミノ酸の伸長を有する類似体）をジメチルホルムアミド（５×、５ｍＬ）、ジクロロメタン（５×、５ｍＬ）、次いでメタノール（２×、５ｍＬ）ですすいだ。ペプチド結合樹脂１２を減圧下で１時間乾燥させ、３ｍＬの７０％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、１０％フェノール、１０％トリイソプロピルシラン（ＴＩＰＳ）および１０％チオアニソールを使用して室温で３０分にわたって切断して、非結合ペプチド１３と１２から切断された樹脂の両方を含有する切断溶液（「Ａ」）を形成した。次いで、この切断溶液Ａを５０ｍＬ円錐管中に濾過し、排液して、濾過されたペプチド溶液（「Ｂ」）を生じさせた。１２から切断された樹脂を９５：５のＴＦＡ：水溶液（１ｍＬ）で洗浄し、濾過し、排液し、濾過されたペプチド溶液Ｂと合わせた。非結合ペプチド１３を、濾過されたペプチド溶液Ｂから、氷冷ジエチルエーテルを用いて沈殿させ、３６００ｒｐｍで５分間遠心分離し、ジエチルエーテルをデカントすることによって単離した。次いで、得られたペプチドペレットを氷冷ジエチルエーテル２０ｍＬですすいで懸濁液を生じさせ、次いでそれをボルテックスし、３６００ｒｐｍで３分間再度遠心分離した。これを合計３回の洗浄にわたって繰り返してペレットを徹底的にすすいで、化合物１３を生じさせた（収率約１０～３０％、純度＞９５％、２２０ｎｍにおけるＵＰＬＣ－ＭＳ／ＵＶ分析、固相ペプチド合成から出発）。
（実施例６）
ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープのプロセシングの評価
（実施例６）
ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープのプロセシングの評価
【0485】
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を形質導入した細胞を使用して、ｉｎ ｖｉｔｒｏにおけるＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープのプロセシングおよびＨＬＡ－Ａ０２：０１上への提示を評価した。ＣＤ８を確証されたＴＣＲと共に発現する工学的に操作されたジャーカット細胞をエフェクター細胞として調製した。標的細胞に関しては、ＨＬＡ－Ａ０２：０１を天然に発現する２９３Ｔ細胞に、ｉ）ＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープのみを含有するペプチドを２４時間にわたって負荷させたか、またはｉｉ）異なる状況のＴＭＰＲＳＳ２：：ＥＲＧエピトープを含有するペプチドをコードするプラスミド（天然の状況のエピトープ、すなわち、ペプチドは、エピトープ配列のＮ末端および／もしくはＣ末端に天然に隣接するアミノ酸もしくはアミノ酸配列をさらに含む、非天然の状況のエピトープ、すなわち、ペプチドは、エピトープ配列に天然に隣接するものではないアミノ酸もしくはアミノ酸配列、例えばＣＭＶｐｐ６５配列をさらに含む）、もしくは非天然の状況の無関連のエピトープを含有するペプチドをコードするプラスミドを用いて安定に形質導入した（対照として）。工学的に操作されたジャーカット細胞および２９３Ｔ細胞を２４時間共培養し、工学的に操作されたジャーカット細胞によって分泌されたＩＬ－２のレベルをＴＣＲによるペプチド認識についての読み取りとして測定した。結果を図１０に示す。
（実施例７）
ポリペプチドの切断およびプロセシングの増強ならびに免疫原性の比較
（実施例７）
ポリペプチドの切断およびプロセシングの増強ならびに免疫原性の比較
【0486】
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を形質導入した細胞を、エピトープのプロセシングおよび提示について、ＲＡＳ－Ｇ１２Ｖエピトープのみを含有するペプチド、ＲＡＳ－Ｇ１２ＶエピトープおよびＮ末端のみにエピトープに隣接する追加的なアミノ酸配列を含有するペプチド、またはＲＡＳ－Ｇ１２ＶエピトープおよびＮ末端とＣ末端の両方にエピトープに隣接する追加的なアミノ酸配列を含有するペプチドからのＲＡＳ－Ｇ１２Ｖ－ＨＬＡ－Ａ１１：０１エピトープのプロセシングのｉｎ ｖｉｔｒｏにおける比較のために使用した。ＣＤ８を確証されたＴＣＲと共に発現する工学的に操作されたジャーカット細胞をエフェクター細胞として調製した。標的細胞に関しては、特定のＨＬＡ対立遺伝子を有する末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、ＦＬＴ３リガンドを用いて終夜刺激し、異なる状況のＲＡＳ－Ｇ１２Ｖエピトープを含有するポリペプチドを１時間にわたって負荷し、サイトカインを用いて成熟化させた。工学的に操作されたジャーカット細胞とＰＢＭＣを４８時間共培養し、工学的に操作されたジャーカット細胞によって分泌されたＩＬ－２のレベルをＴＣＲによるペプチド認識についての読み取りとして測定した。結果を図１１に示す。
（実施例８）
エピトープの周囲の状況が異なるＲＡＳ突然変異型ペプチドの免疫原性評価
（実施例８）
エピトープの周囲の状況が異なるＲＡＳ突然変異型ペプチドの免疫原性評価
【0487】
材料：
ＡＩＭ Ｖ ｍｅｄｉａ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）
Ｈｕｍａｎ ＦＬＴ３Ｌ、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４１５－０５０ Ｓｔｏｃｋ ５０ｎｇ／μＬ
ＴＮＦ－α、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４０６－０５０ Ｓｔｏｃｋ １０ｎｇ／μＬ
ＩＬ－１β、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４１１－０５０ Ｓｔｏｃｋ １０ｎｇ／μＬ
ＰＧＥ１またはアルプロスタジル－Ｃａｙｍａｎ ｆｒｏｍ Ｃｚｅｃｈ ｒｅｐｕｂｌｉｃ Ｓｔｏｃｋ ０．５μｇ／μＬ
Ｒ１０ ｍｅｄｉａ－ＲＰＭＩ１６４０ ｇｌｕｔａｍａｘ＋１０％Ｈｕｍａｎ ｓｅｒｕｍ＋１％ＰｅｎＳｔｒｅｐ
２０／８０ Ｍｅｄｉａ－１８％ＡＩＭ Ｖ＋７２％ＲＰＭＩ１６４０ ｇｌｕｔａｍａｘ＋１０％Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｕｍ＋１％ＰｅｎＳｔｒｅｐ
ＩＬ７ Ｓｔｏｃｋ ５ｎｇ／μＬ
ＩＬ１５ Ｓｔｏｃｋ ５ｎｇ／μＬ
手順：
ステップ１：ＰＢＭＣ（または目的の細胞）５百万個を、ＡＩＭ Ｖ培地２ｍＬ中ＦＬＴ３Ｌを伴う２４ウェルプレートの各ウェルにプレーティングする
ステップ２：ペプチド負荷および成熟化－ＡＩＭＶ中
１．目的のペプチドプール（ペプチドなし条件以外）をＰＢＭＣ（または目的の細胞）とそれぞれのウェル中で混合する。
２．１時間インキュベートする。
３．インキュベーション後に成熟化カクテル（ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＰＧＥ１、およびＩＬ－７を含む）を各ウェルに混合する。
ステップ３：ヒト血清を各ウェルに体積で１０％の最終濃度で添加し、混合する。
ステップ４：培地を、ＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮なＲＰＭＩ＋１０％ＨＳ培地に交換する。
ステップ５：インキュベーション期間中、１～６日毎に、培地をＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮な２０／８０培地と交換する。
ステップ６：ＰＢＭＣ（または目的の細胞）５百万個をＡＩＭ Ｖ培地２ｍｌ中ＦＬＴ３Ｌを伴う新しい６ウェルプレートの各ウェルにプレーティングする。
ステップ７：再刺激のためのペプチド負荷および成熟化－（新しいプレート）
１．目的のペプチドプール（ペプチドなし条件以外）をＰＢＭＣ（または目的の細胞）とそれぞれのウェル中で混合する。
２．１時間インキュベートする。
３．インキュベーション後に成熟化カクテルを各ウェルに混合する
ステップ８：再刺激：
１．第１の刺激ＦＬＴ３Ｌ培養物の計数を行い、培養細胞５百万個を新しい再刺激プレートに添加する。
２．培養物の体積を５ｍＬにし（ＡＩＭ Ｖ）、ヒト血清（体積で１０％）５００ｕｌを添加する。
ステップ９：培地３ｍｌを除去し、ＩＬ７＋ＩＬ１５を補充したＲＰＭＩ＋１０％ＨＳ培地６ｍｌを添加する。
ステップ１０：培地の７５％をＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮な２０／８０培地に交換する。
ステップ１１：必要であれば再刺激を繰り返す。
抗原特異的誘導の分析
ＡＩＭ Ｖ ｍｅｄｉａ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）
Ｈｕｍａｎ ＦＬＴ３Ｌ、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４１５－０５０ Ｓｔｏｃｋ ５０ｎｇ／μＬ
ＴＮＦ－α、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４０６－０５０ Ｓｔｏｃｋ １０ｎｇ／μＬ
ＩＬ－１β、ｐｒｅｃｌｉｎｉｃａｌ ＣｅｌｌＧｅｎｉｘ＃１４１１－０５０ Ｓｔｏｃｋ １０ｎｇ／μＬ
ＰＧＥ１またはアルプロスタジル－Ｃａｙｍａｎ ｆｒｏｍ Ｃｚｅｃｈ ｒｅｐｕｂｌｉｃ Ｓｔｏｃｋ ０．５μｇ／μＬ
Ｒ１０ ｍｅｄｉａ－ＲＰＭＩ１６４０ ｇｌｕｔａｍａｘ＋１０％Ｈｕｍａｎ ｓｅｒｕｍ＋１％ＰｅｎＳｔｒｅｐ
２０／８０ Ｍｅｄｉａ－１８％ＡＩＭ Ｖ＋７２％ＲＰＭＩ１６４０ ｇｌｕｔａｍａｘ＋１０％Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｕｍ＋１％ＰｅｎＳｔｒｅｐ
ＩＬ７ Ｓｔｏｃｋ ５ｎｇ／μＬ
ＩＬ１５ Ｓｔｏｃｋ ５ｎｇ／μＬ
手順：
ステップ１：ＰＢＭＣ（または目的の細胞）５百万個を、ＡＩＭ Ｖ培地２ｍＬ中ＦＬＴ３Ｌを伴う２４ウェルプレートの各ウェルにプレーティングする
ステップ２：ペプチド負荷および成熟化－ＡＩＭＶ中
１．目的のペプチドプール（ペプチドなし条件以外）をＰＢＭＣ（または目的の細胞）とそれぞれのウェル中で混合する。
２．１時間インキュベートする。
３．インキュベーション後に成熟化カクテル（ＴＮＦ－α、ＩＬ－１β、ＰＧＥ１、およびＩＬ－７を含む）を各ウェルに混合する。
ステップ３：ヒト血清を各ウェルに体積で１０％の最終濃度で添加し、混合する。
ステップ４：培地を、ＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮なＲＰＭＩ＋１０％ＨＳ培地に交換する。
ステップ５：インキュベーション期間中、１～６日毎に、培地をＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮な２０／８０培地と交換する。
ステップ６：ＰＢＭＣ（または目的の細胞）５百万個をＡＩＭ Ｖ培地２ｍｌ中ＦＬＴ３Ｌを伴う新しい６ウェルプレートの各ウェルにプレーティングする。
ステップ７：再刺激のためのペプチド負荷および成熟化－（新しいプレート）
１．目的のペプチドプール（ペプチドなし条件以外）をＰＢＭＣ（または目的の細胞）とそれぞれのウェル中で混合する。
２．１時間インキュベートする。
３．インキュベーション後に成熟化カクテルを各ウェルに混合する
ステップ８：再刺激：
１．第１の刺激ＦＬＴ３Ｌ培養物の計数を行い、培養細胞５百万個を新しい再刺激プレートに添加する。
２．培養物の体積を５ｍＬにし（ＡＩＭ Ｖ）、ヒト血清（体積で１０％）５００ｕｌを添加する。
ステップ９：培地３ｍｌを除去し、ＩＬ７＋ＩＬ１５を補充したＲＰＭＩ＋１０％ＨＳ培地６ｍｌを添加する。
ステップ１０：培地の７５％をＩＬ７＋ＩＬ１５を補充した新鮮な２０／８０培地に交換する。
ステップ１１：必要であれば再刺激を繰り返す。
抗原特異的誘導の分析
【0488】
ＭＨＣ四量体を購入するかまたは現場で製造し、免疫原性アッセイにおいてペプチド特異的Ｔ細胞増大を測定するために使用する。評価のために、四量体を１％ＦＣＳおよび０．１％アジ化ナトリウムを含有するＰＢＳ（ＦＡＣＳ緩衝剤）中、細胞１×１０５個に製造者の指示に従って添加する。細胞を暗闇中、室温で２０分間インキュベートする。次いで、ＣＤ８などのＴ細胞マーカーに特異的な抗体を製造者により推奨される最終濃度まで添加し、細胞を暗闇中、４℃で２０分間インキュベートする。細胞を低温ＦＡＣＳ緩衝剤で洗浄し、１％ホルムアルデヒドを含有する緩衝剤に再懸濁させる。細胞をＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａ（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）機器で取得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（Ｂｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を使用することによって解析する。四量体陽性細胞の分析のために、リンパ球ゲートを前方および側方散乱プロットから取得する。データをＣＤ８＋／四量体＋である細胞のパーセンテージとして報告する。
【0489】
ペプチド免疫原性ワークフロー（すなわち、Ｔ細胞誘導および四量体分析）を使用して、図１１に記載の３種のペプチド設計の相対的な免疫原性を評価した。３種のドナーにわたるヒット率に基づいて、Ｃ末端にエピトープを有するペプチドの免疫原性が中間にエピトープを有するペプチドと比べて増大したことを示す例示的なデータは図１２、上に示されている。実施例２に記載の通り、同じ３種のペプチド設計を、ｉｎ ｖｉｖｏマウスワクチン接種戦略を用いても評価した。Ｃ末端にエピトープを有するペプチドの免疫原性が中間にエピトープを有するペプチドと比べて増大したことを示す例示的なデータが図１２、下に示されている。
（実施例９）
ペプチドをコードするｍＲＮＡでＡＰＣを刺激した場合の高いＣＤ８ヒット率
（実施例９）
ペプチドをコードするｍＲＮＡでＡＰＣを刺激した場合の高いＣＤ８ヒット率
【0490】
図１３Ａに図示されている通り、ショートマー（９～１０アミノ酸）またはロングマー（２５アミノ酸）を連鎖状の新抗原のひと続きの形態で構築した。抗原の配列が色付きの枠で表されている。リンカー配列（Ｋ、ＱＬＧＬ、またはＧＶＧＴ－青色の丸で表されている）をＮｅｔＣｈｏｐ（ヒトプロテオームの切断を予測するためのアルゴリズム）によって予測される通り抗原配列の間に追加した。配列が抗原配列内で切断されることが予測される場合、抗原配列間での切断を促進するために切断部位を追加した。次いで、ＰＢＭＣに上述の多抗原をコードするｍＲＮＡ構築物をヌクレオフェクトし、Ｔ細胞を刺激するために使用した。一致するペプチドのプールを用いて並列比較を実施し、それらの長さおよび配列はＲＮＡのひと続き内にコードされるものと同じであった。短いＲＮＡ配列および長いＲＮＡ配列により多量体に対して同様のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性が生じた（表１５）。特に、ロングマーおよびショートマーをコードするｍＲＮＡを使用して頑強なＣＤ８応答が観察された。
表15 - ペプチドおよびRNAロングマーおよびショートマー媒介性活性化の比較
表15 - ペプチドおよびRNAロングマーおよびショートマー媒介性活性化の比較
【表15-1】
【表15-2】
【0491】
図１３Ｂに示されている通り、Ｇｌｉ３エピトープはペプチドならびにｍＲＮＡによって十分に表され、提示されるが、Ｇｌｉ３ショートマーエピトープをコードするｍＲＮＡを負荷したＰＢＭＣでは、より高いＧｌｉ３特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞がもたらされた（多量体アッセイによって検出して）。多量体アッセイの代表的なフローサイトメトリー結果が図１３Ｃに示されている。このひと続きでは、Ｇｌｉ３配列に先行する配列は非天然の状況に由来するものである。これは、ポリペプチドのひと続きからのＧｌｉ３の増強されたプロセシングおよび提示を有し得、ペプチドと比較して増大した応答を有し得る。さらに、ｍＲＮＡショートマーのひと続きではＭＥ－１ Ｔ細胞応答が生じ、これは一致する短いペプチドプールには存在しなかった。我々のひと続きでは、ＭＥ－１はエピトープ配列の前後に切断部位を有し、このエピトープに対するプロセシングおよび提示の増強により優れたＴ細胞応答が導かれた可能性がある。
実施形態の段落
実施形態の段落
【0492】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープを含むポリペプチドであって、式（Ｉ）：
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ、
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチド。
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ、
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
ポリペプチド。
【0493】
エピトープが、クラスＩＩ ＭＨＣによって提示される、段落［０４９２］のポリペプチド。
【0494】
ｍが９から２５までの整数である、段落［０４９２］または段落［０４９３］のポリペプチド。
【0495】
ｔが１、２、３、４、または５またはそれよりも大きく、ｒが０である、段落［０４９２］から［０４９４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0496】
ｕが１、２、３、４、または５またはそれよりも大きく、ｓが０である、段落［０４９２］から［０４９５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0497】
ｔが１またはそれよりも大きく、ｒが０であり、ｎが１～１０００である、段落［０４９２］から［０４９６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0498】
ｕが１またはそれよりも大きく、ｓが０であり、ｐが１～１０００である、段落［０４９２］から［０４９７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0499】
ｔが０である、段落［０４９２］から［０４９８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0500】
ｕが０である、段落［０４９２］から［０４９９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0501】
ｔが少なくとも１であり、Ｂｔがリシンを含む、段落［０４９２］から［０５００］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0502】
ｕが少なくとも１であり、Ｃｕがリシンを含む、段落［０４９２］から［０５０１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0503】
ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｂｔがエピトープから切断される、段落［０４９２］から［０５０２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0504】
ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｃｕがエピトープから切断される、段落［０４９２］から［０５０３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0505】
ｎが１から５までまたは７から１０００までの整数である、段落［０４９２］から［０５０４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0506】
ｐが１から４までまたは６から１０００までの整数である、段落［０４９２］から［０５０５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0507】
クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない、段落［０４９２］から［０５０６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0508】
クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープを含まない、段落［０４９２］から［０５０７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0509】
少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む、段落［０４９２］から［０５０８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0510】
エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む、段落［０４９２］から［０５０９］までのいずれか１つに記載のポリペプチド。
【0511】
少なくとも１つの突然変異型アミノ酸が、対象のゲノム内の核酸配列における挿入、欠失、フレームシフト、ネオＯＲＦ、または点突然変異によってコードされるものである、段落［０５１０］のポリペプチド。
【0512】
ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、段落［０４９２］から［０５１１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0513】
Ｘｍのｍが少なくとも８であり、Ｘｍが、ＡＡ１ＡＡ２ＡＡ３ＡＡ４ＡＡ５ＡＡ６ＡＡ７ＡＡ８ＡＡ９ＡＡ１０ＡＡ１１ＡＡ１２ＡＡ１３ＡＡ１４ＡＡ１５ＡＡ１６ＡＡ１７ＡＡ１８ＡＡ１９ＡＡ２０ＡＡ２１ＡＡ２２ＡＡ２３ＡＡ２４ＡＡ２５であり、各ＡＡがアミノ酸であり、ＡＡ９、ＡＡ１０、ＡＡ１１、ＡＡ１２、ＡＡ１３、ＡＡ１４、ＡＡ１５、ＡＡ１６、ＡＡ１７、ＡＡ１８、ＡＡ１９、ＡＡ２０、ＡＡ２１、ＡＡ２２、ＡＡ２３、ＡＡ２４、およびＡＡ２５のうちの１つまたは複数は必要に応じて存在し、さらに、少なくとも１つのＡＡが突然変異型アミノ酸である、段落［０４９２］から［０５１２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0514】
ｒが１である、段落［０４９２］から［０５１３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0515】
ｓが１である、段落［０４９２］から［０５１４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0516】
ｒが１であり、ｓが１である、段落［０４９２］から［０５１５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0517】
ｒが０である、段落［０４９２］から［０５１６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0518】
ｓが０である、段落［０４９２］から［０５１７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0519】
ｒが０であり、ｓが０である、段落［０４９２］から［０５１８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0520】
Ａｒおよび／またはＡｓが、非ポリペプチドリンカーである、段落［０４９２］から［０５１９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0521】
Ａｒおよび／またはＡｓが、化学リンカーである、段落［０４９２］から［０５２０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0522】
Ａｒおよび／またはＡｓが、非天然アミノ酸を含む、段落［０４９２］から［０５２１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0523】
Ａｒおよび／またはＡｓが、アミノ酸を含まない、段落［０４９２］から［０５２２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0524】
Ａｒおよび／またはＡｓが、天然アミノ酸を含まない、段落［０４９２］から［０５２３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0525】
Ａｒおよび／またはＡｓが、ペプチド結合以外の結合を含む、段落［０４９２］から［０５２４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0526】
Ａｒおよび／またはＡｓが、ジスルフィド結合を含む、段落［０４９２］から［０５２５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0527】
ＡｒとＡｓが異なる、段落［０４９２］から［０５２６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0528】
ＡｒとＡｓが同じである、段落［０４９２］から［０５２７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0529】
親水性尾部を含む、段落［０４９２］から［０５２８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0530】
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐにより、ポリペプチドの溶解性がＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐを含有しない対応するペプチドと比較して増強される、段落［０４９２］から［０５２９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0531】
Ｘｍの各Ｘが、天然アミノ酸である、段落［０４９２］から［０５３０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0532】
ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、エピトープがＹｎ－Ｂｔ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｃｕ－Ｚｐから遊離する、段落［０４９２］から［０５３１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0533】
Ａｒおよび／またはＡｓにおいて切断される、段落［０４９２］から［０５３２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0534】
ｎが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断される、段落［０４９２］から［０５３３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0535】
ｎが１から１０００までの整数である場合、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、ｔが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒが０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率で切断され、ｕが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓが０である、段落［０４９２］から［０５３３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0536】
ｎが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率でＡｒにおいて切断され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの切断と比較して高い率でＡｓにおいて切断される、段落［０４９２］から［０５３５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0537】
ｎが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強される、段落［０４９２］から［０５３６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0538】
ｎが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、ｔが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒが０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、ＡＰＣによるエピトープ提示が、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドのエピトープ提示と比較して増強され、ｕが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓが０である、段落［０４９２］から［０５３６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0539】
ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞に提示される、段落［０４９２］から［０５３８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0540】
ＡＰＣによりエピトープが食細胞に提示される、段落［０４９２］から［０５３９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0541】
ＡＰＣによりエピトープが樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に提示される、段落［０４９２］から［０５４０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0542】
ＡＰＣによりエピトープが免疫細胞、食細胞、樹状細胞、マクロファージ、肥満細胞、好中球、または単球に優先的にまたは特異的に提示される、段落［０４９２］から［０５４１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0543】
ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強される、段落［０４９２］から［０５４２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0544】
ｎが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、ｔが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒが０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、免疫原性が、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの免疫原性と比較して増強され、ｕが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓが０である、段落［０４９２］から［０５４２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0545】
ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、ＸｍおよびＸｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされる少なくとも１つの追加的なアミノ酸を含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強される、段落［０４９２］から［０５４４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0546】
ｎが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、Ｂｔ－Ｘｍを含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、ｔが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｒのｒが０であり、かつ／または、ｐが１から１０００までの整数である場合、抗腫瘍活性が、Ｘｍ－Ｃｕを含む同じ長さの対応するポリペプチドの抗腫瘍活性と比較して増強され、ｕが少なくとも１であり、式（Ｉ）中の変数Ａｓのｓが０である、段落［０４９２］から［０５４４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0547】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、ポリ－Ｌｙｓ（ポリＫ）およびポリ－Ａｒｇ（ポリＲ）からなる群から選択される配列を含む、段落［０４９２］から［０５４６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0548】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、ポリＫ－ＡＡ－ＡＡおよびポリＲ－ＡＡ－ＡＡからなる群から選択される配列を含み、各ＡＡが、アミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である、段落［０５４７］のポリペプチド。
【0549】
ポリＫが、ポリ－Ｌ－Ｌｙｓを含む、段落［０５４７］または段落［０５４８］のポリペプチド。
【0550】
ポリＲが、ポリ－Ｌ－Ａｒｇを含む、段落［０５４７］または段落［０５４８］のポリペプチド。
【0551】
ポリＫまたはポリＲが、それぞれ少なくとも３つまたは４つの連続したリシン残基またはアルギニン残基を含む、段落［０５４７］から［０５５０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0552】
Ａｒおよび／またはＡｓが、ジスルフィド；ｐ－アミノベンジルオキシカルボニル（ＰＡＢＣ）；およびＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣからなる群から選択され、各ＡＡがアミノ酸またはその類似体もしくは誘導体である、段落［０４９２］から［０５５１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0553】
ＡＡ－ＡＡ－ＰＡＢＣが、Ａｌａ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣ、Ｖａｌ－Ｃｉｔ－ＰＡＢＣ、およびＰｈｅ－Ｌｙｓ－ＰＡＢＣからなる群から選択される、段落［０５５２］のポリペプチド。
【0554】
Ａｒおよび／またはＡｓが、
である、段落［０４９２］から［０５５１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【化10】
【0555】
Ａｒおよび／またはＡｓが、
であり、
式中、
Ｒ１およびＲ２が、独立に、Ｈまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり、
ｊが、１または２であり、
Ｇ１が、ＨまたはＣＯＯＨであり、
ｉが、１、２、３、４、または５である、
段落［０４９２］から［０５５１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【化11】
式中、
Ｒ１およびＲ２が、独立に、Ｈまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり、
ｊが、１または２であり、
Ｇ１が、ＨまたはＣＯＯＨであり、
ｉが、１、２、３、４、または５である、
段落［０４９２］から［０５５１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0556】
ユビキチン化される、段落［０４９２］から［０５５５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0557】
切断前にユビキチン化される、段落［０５５６］のポリペプチド。
【0558】
リシン残基においてユビキチン化される、段落［０５５６］または［０５５７］のポリペプチド。
【0559】
対象においてＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない、段落［０４９２］から［０５５８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0560】
対象の血液中で、ＡＰＣによるプロセシングの前にもＡＰＣによる内部移行の前にも切断されない、段落［０４９２］から［０５５９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0561】
血液中でプロテアーゼによって切断されない、段落［０４９２］から［０５６０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0562】
プラスミン、血漿カリクレイン、組織カリクレイン、トロンビン、または凝固因子によって切断されない、段落［０４９２］から［０５６１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0563】
ヒト血漿中で安定である、段落［０４９２］から［０５６２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0564】
ヒト血漿中で１時間から５日間までの半減期を有する、段落［０４９２］から［０５６３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0565】
リソソーム、エンドリソソーム、エンドソーム、または小胞体（ＥＲ）において切断される、段落［０４９２］から［０５６４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0566】
アミノペプチダーゼによって切断される、段落［０４９２］から［０５６５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0567】
アミノペプチダーゼが、インスリン調節性アミノペプチダーゼ（ＩＲＡＰ）または小胞体アミノペプチダーゼ（ＥＲＡＰ）である、段落［０５６６］のポリペプチド。
【0568】
プロテアソームおよび／または免疫プロテアソームのトリプシン様ドメインによってプロセシングされる、段落［０４９２］から［０５６５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0569】
トリプシン様ドメインが、トリプシン様活性、キモトリプシン様活性、またはペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）活性を含む、段落［０５６８］のポリペプチド。
【0570】
プロテアーゼによって切断される、段落［０４９２］から［０５６５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0571】
プロテアーゼが、トリプシン様プロテアーゼ、キモトリプシン様プロテアーゼ、またはペプチジルグルタミル－ペプチドヒドロラーゼ（ＰＧＰＨ）である、段落［０５７０］のポリペプチド。
【0572】
プロテアーゼが、アスパラギンペプチドリアーゼ、アスパラギン酸プロテアーゼ、システインプロテアーゼ、グルタミン酸プロテアーゼ、メタロプロテアーゼ、セリンプロテアーゼ、およびトレオニンプロテアーゼからなる群から選択される、段落［０５７０］のポリペプチド。
【0573】
プロテアーゼが、カルパイン、カスパーゼ、カテプシンＢ、カテプシンＣ、カテプシンＦ、カテプシンＨ、カテプシンＫ、カテプシンＬ１、カテプシンＬ２、カテプシンＯ、カテプシンＳ、カテプシンＷ、およびカテプシンＺからなる群から選択されるシステインプロテアーゼである、段落［０５７２］のポリペプチド。
【0574】
対象が、哺乳動物である、段落［０４９２］から［０５７３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0575】
対象が、ヒトである、段落［０４９２］から［０５７４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0576】
エピトープが、ＭＨＣ ＩクラスＨＬＡに結合する、段落［０４９２］から［０５７５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0577】
エピトープが、ＭＨＣ ＩクラスＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する、段落［０５７６］のポリペプチド。
【0578】
エピトープが、ＭＨＣ ＩクラスＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭの親和性で結合する、段落［０５７６］のポリペプチド。
【0579】
エピトープが、ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに結合する、段落［０４９２］から［０５７５］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0580】
エピトープが、ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに１０分間～２４時間の安定性で結合する、段落［０５７９］のポリペプチド。
【0581】
エピトープが、ＭＨＣ ＩＩクラスＨＬＡに０．１ｎＭ～２０００ｎＭ、１ｎＭ～１０００ｎＭ、１０ｎＭ～５００ｎＭ、または１０００ｎＭ未満の親和性で結合する、段落［０５７９］のポリペプチド。
【0582】
ｎが、１から２０までまたは５から１２までの整数である、段落［０４９２］から［０５８１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0583】
ｐが、１から２０までまたは５から１２までの整数である、段落［０４９２］から［０５８２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0584】
エピトープが、腫瘍特異的エピトープを含む、段落［０４９２］から［０５８３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0585】
少なくとも２つのポリペプチドを含み、少なくとも２つのポリペプチドのうちの２つまたはそれよりも多くが同じ式Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐを有する、段落［０４９２］から［０５８４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0586】
少なくとも２つのポリペプチド分子を含む、段落［０５８５］のポリペプチド。
【0587】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＸｍが同じである、段落［０５８５］または［０５８６］のポリペプチド。
【0588】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＹｎが同じである、段落［０５８５］から［０５８７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0589】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＺｐが同じである、段落［０５８５］から［０５８８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0590】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの２つまたはそれよりも多くのＡｒおよび／またはＡｓが異なる、段落［０５８５］から［０５８９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0591】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｒ＝０であり、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｒ＝１である、段落［０５８５］から［０５９０］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0592】
少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第１のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｓ＝０であり、少なくとも２つのポリペプチドまたはポリペプチド分子のうちの第２のポリペプチドまたはポリペプチド分子についてはｓ＝１である、段落［０５８５］から［０５９１］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0593】
少なくとも３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、またはそれよりも多くのポリペプチドまたはポリペプチド分子を含む、段落［０４９２］から［０５９２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0594】
エピトープが、ＲＡＳエピトープである、段落［０４９２］から［０５９３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0595】
エピトープが、Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸およびＧ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳペプチド配列を含む、段落［０５９４］のポリペプチド。
【0596】
Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異を含む突然変異型ＲＡＳタンパク質の少なくとも８個の連続したアミノ酸が、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む、段落［０５９５］のポリペプチド。
【0597】
Ｇ１２、Ｇ１３、またはＱ６１における突然変異が、Ｇ１２Ａ、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｒ、Ｇ１２Ｓ、Ｇ１２Ｖ、Ｇ１３Ａ、Ｇ１３Ｃ、Ｇ１３Ｄ、Ｇ１３Ｒ、Ｇ１３Ｓ、Ｇ１３Ｖ、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｌ、Ｑ６１Ｋ、またはＱ６１Ｒ突然変異を含む、段落［０５９５］または［０５９６］のポリペプチド。
【0598】
Ｙｎおよび／またはＺｐが、ｐｐ６５、ＨＩＶ、またはＭＡＲＴ－１などのＣＭＶのタンパク質のアミノ酸配列を含む、段落［０４９２］から［０５９７］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0599】
ｎおよび／またはｐが、１、２、３、または３よりも大きい整数である、段落［０４９２］から［０５９８］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0600】
エピトープが、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に１０μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、４００ｎＭ未満、３００ｎＭ未満、２５０ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１５０ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、または５０ｎＭ未満の親和性で結合する、段落［０４９２］から［０５９９］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0601】
エピトープが、ＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質に２４時間よりも長い、１２時間よりも長い、９時間よりも長い、６時間よりも長い、５時間よりも長い、４時間よりも長い、３時間よりも長い、２時間よりも長い、１時間よりも長い、４５分間よりも長い、３０分間よりも長い、１５分間よりも長い、または１０分間よりも長い安定性で結合する、段落［０４９２］から［０６００］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0602】
ＨＬＡ対立遺伝子が、ＨＬＡ－Ａ０２：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ１１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ０３：０２対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３０：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３１：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ３３：０３対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ６８：０１対立遺伝子、ＨＬＡ－Ａ７４：０１対立遺伝子、および／またはＨＬＡ－Ｃ０８：０２対立遺伝子およびこれらの任意の組合せからなる群から選択される、段落［０６００］または段落［０６０１］のポリペプチド。
【0603】
エピトープが、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＩ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＦＭＶＶＶＧＡＣＧＬ、ＹＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＫＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＹＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＭＭＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＩＬＤＴＡＧＨＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＨＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＨ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＩＬＤＴＡＧＲＥＥ、ＩＬＤＴＡＧＲＥ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＣＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＴＡＧＫＥＥＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＩＬＤＴＡＧＫＥ、ＩＬＤＴＡＧＫＥＥ、ＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＩＬＤＴＡＧＬＥＥ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＬＬＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＬ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥ、ＤＩＬＤＴＡＧＬＥＥＹ、ＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＡＧＶＧＫＳＡＬ、ＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＤＧＶＧＫＳＡＬ、ＤＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＡＲＧＶＧＫＳＡ、ＫＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＳＧＶＧＫ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＧＶＧＫＳＡＬ、ＶＶＶＧＡＧＣＶＧＫ、ＫＬＶＶＶＧＡＧＣ、ＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＤＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＧＤＶＧＫ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＨＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＴＡＧＫＥＥＹＳＡ、ＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＡＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＡＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＡＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＡＳＧＶＧＫＳＡＬ、ＡＶＧＶＧＫＳＡ、ＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＤＩＬＤＴＡＧＫ、ＤＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹ、ＤＴＡＧＨＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＫＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＤＴＡＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳ、ＤＴＡＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡ、ＧＡＣＧＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＤＧＶＧＫＳ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡ、ＧＡＧＤＶＧＫＳＡＬ、ＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＧＣＶＧＫＳＡＬ、ＧＣＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＧＨＥＥＹＳＡＭ、ＧＫＥＥＹＳＡＭ、ＧＬＥＥＹＳＡＭＲ、ＧＲＥＥＹＳＡＭ、ＧＲＥＥＹＳＡＭＲ、ＨＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＫＬＶＶＶＧＡＳＧ、ＬＤＩＬＤＴＡＧＲ、ＬＥＥＹＳＡＭＲＤ、ＬＶＶＶＧＡＲＧＶ、ＬＶＶＶＧＡＳＧＶ、ＲＥＥＹＳＡＭＲＤＱＹ、ＲＧＶＧＫＳＡＬ、ＴＡＧＬＥＥＹＳＡ、ＴＥＹＫＬＶＶＶＧＡＡ、ＶＧＡＡＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＡＤＧＶＧＫ、ＶＧＡＳＧＶＧＫＳＡ、ＶＧＶＧＫＳＡＬＴＩ、ＶＶＶＧＡＡＧＶ、ＶＶＶＧＡＶＧＶ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＣ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＤ、ＹＫＬＶＶＶＧＡＲ、またはＤＩＬＤＴＡＧＫＥのアミノ酸配列を含む、段落［０４９２］から［０６０２］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0604】
Ｙｎが、ＩＤＩＩＭＫＩＲＮＡ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＦＦＩＦＦＷＭＣ、ＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＡＡＦＷＦＷ、ＩＦＦＩＦＦＩＩＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＦＩＩＩＩＩＩＩＷＥＣ、ＦＩＦＦＦＩＩＦＦＦＦＦＩＦＦＦＦＦＩＦＩＩＩＩＩＩＦＷＥＣ、ＴＥＹ、ＴＥＹＫＬＶ、ＷＱＡＧＩＬＡＲ、ＨＳＹＴＴＡＥ、ＰＬＴＥＥＫＩＫ、ＧＡＬＨＦＫＰＧＳＲ、ＲＲＡＮＫＤＡＴＡＥ、ＫＡＦＩＳＨＥＥＫＲ、ＴＤＬＳＳＲＦＳＫＳ、ＦＤＬＧＧＧＴＦＤＶ、ＣＬＬＬＨＹＳＶＳＫ、ＫＫＫＫＩＩＭＫＩＲＮＡ、またはＭＴＥＹＫＬＶＶＶのアミノ酸配列を含む、段落［０４９２］から［０６０３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0605】
Ｚｐが、ＫＫＮＫＫＤＤＩ、ＫＫＮＫＫＤＤＩＫＤ、ＡＧＮＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＫＫＤＫＤＤＤＤＤＤ、ＡＧＮＫＫＫＫＫＫＫＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮＮ、ＡＧＲＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤＤ、ＳＡＬＴＩ、ＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩＱＬ、ＧＫＳＡＬＴＩ、ＱＧＱＮＬＫＹＱ、ＩＬＧＶＬＬＬＩ、ＥＫＥＧＫＩＳＫ、ＡＡＳＤＦＩＦＬＶＴ、ＫＥＬＫＱＶＡＳＰＦ、ＫＫＫＬＩＮＥＫＫＥ、ＫＫＣＤＩＳＬＱＦＦ、ＫＳＴＡＧＤＴＨＬＧ、ＡＴＦＹＶＡＶＴＶＰ、ＬＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧ、またはＴＩＱＬＩＱＮＨＦＶＤＥＹＤＰＴＩＥＤＳＹＲＫＱＶＶＩＤＧＥのアミノ酸配列を含む、段落［０４９２］から［０６０４］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0606】
エピトープが、ＲＡＳエピトープではない、段落［０４９２］から［０５９３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0607】
ＫＫＫＫＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴ、ＫＫＫＫＹＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳ、ＫＫＫＫＫＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬ、ＫＫＫＫＫＩＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨ、またはＫＫＫＫＭＦＡＴＬＱＲＳＳＬＷＣＬＣＳＮＨではない、段落［０４９２］から［０６０６］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0608】
エピトープが、ＧＡＴＡ３エピトープである、段落［０４９２］から［０５９３］までのいずれか１つのポリペプチド。
【0609】
ＧＡＴＡ３エピトープが、ＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＶＬＰＥＰＨＬＡＬ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦ、ＫＰＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＫＲＤＧＹＭＦＬ、ＰＡＶＰＦＤＬＨＦ、ＡＥＳＫＩＭＦＡＴＬ、ＦＡＴＬＱＲＳＳＬ、ＡＲＶＰＡＶＰＦＤ、ＩＭＫＰＫＲＤＧＹ、ＤＧＹＭＦＬＫＡ、ＭＦＬＫＡＥＳＫＩＭＦ、ＬＴＧＰＰＡＲＶ、ＡＲＶＰＡＶＰＦ、ＳＭＬＴＧＰＰＡＲ、ＲＶＰＡＶＰＦＤＬ、またはＬＴＧＰＰＡＲＶＰのアミノ酸配列を含む、段落［０６０８］のポリペプチド。
【0610】
段落［０４９２］から［０６０９］までのいずれか１つのポリペプチドを含む細胞。
【0611】
抗原提示細胞である、段落［０６１０］の細胞。
【0612】
樹状細胞である、段落［０６１１］の細胞。
【0613】
成熟抗原提示細胞である、段落［０６１０］の細胞。
【0614】
ポリペプチドを切断する方法であって、段落［０４９２］から［０６０９］までのいずれか１つのポリペプチドをＡＰＣと接触させるステップを含む方法。
【0615】
ｉｎ ｖｉｖｏで実施される、段落［０６１４］の方法。
【0616】
ｅｘ ｖｉｖｏで実施される、段落［０６１４］の方法。
【0617】
ポリペプチドを製造する方法であって、Ｙｎ－Ａｒおよび／またはＡｓ－Ｚｐをエピトープ配列を含む配列と連結するステップを含み、エピトープ配列が、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるものであり、かつ、
（ｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、
ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、
ｐが、０から１０００までの整数である；かつ
（ｉｉｉ）Ａｒがリンカーであり、Ａｓがリンカーであり、ｒおよびｓの少なくとも一方が１である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
方法。
（ｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、
ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、エピトープをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、
ｐが、０から１０００までの整数である；かつ
（ｉｉｉ）Ａｒがリンカーであり、Ａｓがリンカーであり、ｒおよびｓの少なくとも一方が１である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐがエピトープから切断される、
方法。
【0618】
ポリペプチドを製造する方法であって、ＹｎをＢｔ－Ｘｍと連結し、かつ／またはＺｐをＸｍ－Ｃｕと連結するステップを含み、Ｘｍが、抗原提示細胞（ＡＰＣ）のクラスＩ ＭＨＣまたはクラスＩＩ ＭＨＣによって提示されるエピトープ配列であり；かつ、
（ｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流にある対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数である；
（ｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、Ｂｔ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、
ｎが０から１０００までの整数である；かつ
（ｉｖ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、Ｘｍ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、
ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎ－Ｂｔおよび／またはＣｕ－Ｚｐがエピトープから切断される、
方法。
（ｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流にある対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数である；
（ｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｙｎが、Ｂｔ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされず、
ｎが０から１０００までの整数である；かつ
（ｉｖ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、Ｚｐが、Ｘｍ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされず、
ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎ－Ｂｔおよび／またはＣｕ－Ｚｐがエピトープから切断される、
方法。
【0619】
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、かつ、ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である、段落［０６１７］または［０６１８］の方法。
【0620】
各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる任意の連続したアミノ酸配列を含むペプチド配列のアミノ酸を表し、（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数である、または、（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である、段落［０６１７］から［０６１９］までのいずれか１つの方法。
【0621】
段落［０４９２］から［０６０９］までのいずれか１つのポリペプチドおよび薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物。
【0622】
免疫調節剤またはアジュバントをさらに含む、段落［０６２１］の医薬組成物。
【0623】
免疫調節剤またはアジュバントが、ポリ－ＩＣＬＣ、１０１８ ＩＳＳ、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０，８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ＡＲＮＡＸ、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳ Ｐａｔｃｈ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、Ｊｕｖｌｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリルリピドＡ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＭＳ １３１２、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ２０６、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ ５０Ｖ、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌ（登録商標）、ベクター系、ＰＬＧＡ微小粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、ベータ－グルカン、Ｐａｍ２Ｃｙｓ、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ３Ｃ－ＳＫ４、およびＡｑｕｉｌａ’ｓ ＱＳ２１スチムロンからなる群から選択される、段落［０６２２］の医薬組成物。
【0624】
免疫調節剤またはアジュバントが、ポリ－ＩＣＬＣを含む、段落［０６２２］または［０６２３］の医薬組成物。
【0625】
ワクチン組成物である、段落［０６２１］から［０６２４］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0626】
水性または液体である、段落［０６２１］から［０６２５］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0627】
エピトープが、医薬組成物中に１ｎｇから１０ｍｇまで、または５μｇから１．５ｍｇまでの量で存在する、段落［０６２１］から［０６２６］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0628】
ＤＭＳＯをさらに含む、段落［０６２１］から［０６２７］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0629】
薬学的に許容される賦形剤が、水を含む、段落［０６２１］から［０６２８］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0630】
１ｍＭよりも低い濃度または１ｍＭよりも高い濃度で存在するｐＨ調節剤を含む、段落［０６２１］から［０６２９］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0631】
ｐＨ調節剤が、ジカルボン酸塩またはトリカルボン酸塩である、段落［０６３０］の医薬組成物。
【0632】
ｐＨ調節剤が、コハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩である、段落［０６３０］の医薬組成物。
【0633】
ｐＨ調節剤が、クエン酸のトリカルボン酸塩、またはトリクエン酸塩である、段落［０６３０］の医薬組成物。
【0634】
ｐＨ調節剤が、コハク酸二ナトリウムである、段落［０６３０］の医薬組成物。
【0635】
コハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩が、医薬組成物中に０．１ｍＭ～１ｍＭの濃度で存在する、段落［０６３２］の医薬組成物。
【0636】
コハク酸のジカルボン酸塩、またはジコハク酸塩が、医薬組成物中に１ｍＭ～５ｍＭの濃度で存在する、段落［０６３２］の医薬組成物。
【0637】
対象に投与されると、エピトープに対する免疫応答が増大する、段落［０６２１］から［０６３６］までのいずれか１つの医薬組成物。
【0638】
疾患または状態を処置するための方法であって、それを必要とする対象に段落［０６２１］から［０６３７］までのいずれか１つの医薬組成物を治療有効量で投与するステップを含む方法。
【0639】
疾患または状態が、がんである、段落［０６３８］の方法。
【0640】
がんが、肺がん、非小細胞肺がん、膵がん、結腸直腸がん、子宮がん、および肝がんからなる群から選択される、段落［０６３９］の方法。
【0641】
投与するステップが、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む、段落［０６３８］から［０６４０］までのいずれか１つの方法。
【0642】
対象の予防方法であって、対象の細胞を段落［０４９２］から［０６１３］までまたは［０６２１］から［０６３７］までのいずれか１つのポリペプチド、細胞、または医薬組成物と接触させるステップを含む方法。
【0643】
対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープを同定するステップと、エピトープを含むポリペプチドを作製するステップであって、ポリペプチドが、式（Ｉ）：
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐが、エピトープから切断される、
ステップとを含む方法。
Ｙｎ－Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕ－Ｚｐ
式（Ｉ）、
または薬学的に許容されるその塩の構造を有し、
（ｉ）Ｘｍがエピトープであり、各Ｘが独立に、対象のゲノム内の核酸配列によってコードされる連続したアミノ酸配列のアミノ酸を表し、かつ、
（ａ）ＭＨＣがクラスＩ ＭＨＣであり、ｍが８から１２までの整数であるか、または
（ｂ）ＭＨＣがクラスＩＩ ＭＨＣであり、ｍが９から２５までの整数である；
（ｉｉ）各Ｙが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが０である場合、Ｙｎは、Ｂｔ－Ａｒ－Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが０である場合、Ｙｎは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｒの変数ｒが１であり、式（Ｉ）のＢｔの変数ｔが１またはそれよりも大きい場合、Ｙｎは、Ｂｔをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｎが０から１０００までの整数である；
（ｉｉｉ）各Ｚが独立に、アミノ酸、その類似体、または誘導体であり、かつ、
（Ａ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍ－Ａｓ－Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、
（Ｂ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが０である場合、Ｚｐは、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない、または
（Ｃ）式（Ｉ）のＡｓの変数ｓが１であり、式（Ｉ）のＣｕの変数ｕが１またはそれよりも大きい場合、Ｚｐは、Ｃｕをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流の核酸配列によってコードされない；
さらに、ｐが、０から１０００までの整数である；
さらに、
ｎが０である場合、ｐは１から１０００までの整数であり、
ｐが０である場合、ｎは１から１０００までの整数である；
（ｉｖ）Ａｒがリンカーであり、ｒが０または１である；
（ｖ）Ａｓがリンカーであり、ｓが０または１である；
（ｖｉ）各Ｂが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ上流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｔが０から１０００までの整数であり；かつ
（ｖｉｉ）各Ｃが独立に、Ｘｍをコードする対象のゲノム内の核酸配列のすぐ下流である対象のゲノム内の核酸配列によってコードされるアミノ酸を表し、
ｕが０から１０００までの整数である；
さらに、
（ａ）ポリペプチドが、クラスＩ ＭＨＣによって提示される４つの異なるエピトープからなるものではない；
（ｂ）ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるポリペプチド分子を含む；
（ｃ）エピトープが、少なくとも１つの突然変異型アミノ酸を含む；かつ／または
（ｄ）ポリペプチドがＡＰＣによるプロセシングを受けると、Ｙｎおよび／またはＺｐが、エピトープから切断される、
ステップとを含む方法。
【0644】
同定するステップが、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールから、対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールには存在しない、１つまたは複数の異なる突然変異を含む複数の候補ペプチド配列をコードする複数の核酸配列を選択することを含み、対象の腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールおよび対象の非腫瘍細胞由来の配列決定された核酸配列のプールが、全ゲノム配列決定または全エクソーム配列決定によって配列決定される、段落［０６４３］の方法。
【0645】
同定するステップが、複数の候補ペプチド配列のうちのいずれの候補ペプチド配列が同じ対象のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるタンパク質と複合体を形成するかを、ＨＬＡペプチド結合解析によって予測するまたは測定することをさらに含む、段落［０６４３］または［０６４４］の方法。
【0646】
同定するステップが、ＨＬＡペプチド結合解析に基づいて、候補ペプチド配列から、複数の選択された腫瘍特異的ペプチドまたは複数の選択された腫瘍特異的ペプチドをコードする１つまたは複数のポリヌクレオチドを選択することをさらに含む、段落［０６４３］から［０６４５］までのいずれか１つの方法。
【0647】
ポリペプチドを対象に投与するステップをさらに含む、段落［０６４３］から［０６４６］までのいずれか１つの方法。
【0648】
投与するステップが、皮内注射、鼻腔内噴霧塗布、筋肉内注射、腹腔内注射、静脈内注射、経口投与、または皮下注射を含む、段落［０６４７］の方法。
【0649】
対象において免疫応答が引き出される、段落［０６４３］から［０６４８］までのいずれか１つの方法。
【0650】
対象の腫瘍細胞によって発現されるエピトープが、新抗原、腫瘍関連抗原、突然変異した腫瘍関連抗原であり、かつ／または、対象の腫瘍細胞におけるエピトープの発現が、対象の正常な細胞におけるエピトープの発現と比較して高い、段落［０６４３］から［０６４９］までのいずれか１つの方法。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【配列表】
【国際調査報告】