特表 2022-537418 トレーサー核酸配列を含む細菌送達ビヒクル

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2022-08-25

(54)【発明の名称】トレーサー核酸配列を含む細菌送達ビヒクル

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6851 20180101AFI20220818BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20220818BHJP

   A61P 3/00 20060101ALI20220818BHJP

   A61P 3/04 20060101ALI20220818BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20220818BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20220818BHJP

   C12N 15/11 20060101ALN20220818BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6851 Z

A61P31/04

A61P3/00

A61P3/04

A61P3/10

A61K48/00

C12N15/11 Z ZNA

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2021576098

(86)(22)【出願日】2020-06-18

(85)【翻訳文提出日】2022-02-16

(86)【国際出願番号】 EP2020067014

(87)【国際公開番号】W WO2020254523

(87)【国際公開日】2020-12-24

(31)【優先権主張番号】62/863,155

(32)【優先日】2019-06-18

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】519283484

【氏名又は名称】エリゴ・バイオサイエンス

(74)【代理人】

【識別番号】100108453

【弁理士】

【氏名又は名称】村山 靖彦

(74)【代理人】

【識別番号】100110364

【弁理士】

【氏名又は名称】実広 信哉

(74)【代理人】

【識別番号】100133400

【弁理士】

【氏名又は名称】阿部 達彦

(72)【発明者】

【氏名】イゴール・スツェポールギンスキー

(72)【発明者】

【氏名】ダニエル・ギャリー

【テーマコード（参考）】

4B063

4C084

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA13

4B063QA18

4B063QQ10

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR62

4B063QR79

4B063QS24

4B063QS36

4B063QX01

4C084AA13

4C084NA14

4C084ZA701

4C084ZA702

4C084ZB351

4C084ZB352

4C084ZC211

4C084ZC212

4C084ZC351

4C084ZC352

(57)【要約】

本開示は、概して、ビヒクルの混合物中の2つ以上の異なる細菌送達ビヒクルの存在の検出及び/又は定量化における使用のための、一意のトレーサー核酸配列(本明細書において、「トレーサー」と呼ぶ)を含む、遺伝的にタグ付けされた細菌送達ビヒクルに関する。本開示は、細菌送達ビヒクルが、例えば、前記一意のトレーサー内の配列に結合するプライマーを使用する増幅の多重サイクルの実行によって検出される、方法に関する。そのような方法は、医薬組成物内の細菌送達ビヒクルの混合物を検出及び定量化するための品質管理において、有利に使用することができる。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

少なくとも2つの異なる細菌送達ビヒクルを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物であって、各細菌送達ビヒクルが、埋め込まれた一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項2】

各細菌送達ビヒクルが、トレーサーを除いて同一の配列を有する核酸ペイロードを含む、請求項1に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項3】

各細菌送達ビヒクルが、異なる配列と、各異なるペイロードに関連付けられた異なるトレーサーとを有する核酸ペイロードを含む、請求項1に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項4】

トレーサーが、細菌産生株のDNA及び/又は標的細菌細胞のDNAを有する20ヌクレオチド以下の相同ストレッチを含む、請求項1から3のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項5】

トレーサーがバーコードを含む、請求項1から4のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項6】

トレーサーが、定常領域及びバーコードを含む、請求項5に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項7】

トレーサーが、定常領域が両側に隣接したバーコードを含む、請求項6に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項8】

バーコードが、25から50の間の核酸長さである、請求項5から7のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項9】

定常領域が、25から50の間の核酸長さである、請求項6から8のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項10】

トレーサーが、非コード領域に埋め込まれている、請求項1から9のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項11】

トレーサーが、コード領域に埋め込まれている、請求項1から9のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項12】

トレーサーが、変更されたコドン利用頻度を含むが、変更されていないアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、請求項11に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項13】

細菌送達ビヒクルが、バクテリオファージ由来足場である、請求項1から12のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルの多価混合物。

【請求項14】

多価細菌送達ビヒクル混合物中の細菌送達ビヒクルを検出及び/又は定量化する方法であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含み、前記方法が、一意のトレーサー配列に結合するプライマーを使用したトレーサーの増幅によって、(i)各細菌送達ビヒクル及び/又は(ii)細菌送達ビヒクルの全てを検出及び/又は定量化する工程を含む方法。

【請求項15】

対象に多価細菌送達ビヒクル混合物を投与した後に細菌送達ビヒクルを検出及び/又は定量化する方法であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含み、一意のトレーサー配列に結合するプライマーを使用する増幅の多重サイクルの実行によって、前記対象に由来する試料中の、(i)各細菌送達ビヒクル及び/又は(ii)細菌送達ビヒクルの全てを検出及び/又は定量化する工程を含む、方法。

【請求項16】

一意のトレーサーが、増幅反応の開始のためにプライマーが結合することができる定常領域を有し、トレーサー配列の定常領域内に結合するプライマーを使用したトレーサーの増幅によって、細菌送達ビヒクルの全てを検出及び/又は定量化する工程を含む、請求項14又は15に記載の方法。

【請求項17】

一意のトレーサーが、増幅のためにプライマーが結合することができる可変配列を更に含み、増幅方法のために可変配列に結合するプライマーを使用する別個の増幅反応又は第2の増幅反応を更に含む、請求項16に記載の方法。

【請求項18】

一意のトレーサーが、増幅のためにプライマーが結合することができる可変領域を含み、トレーサー配列の可変領域内に結合するプライマーを使用したトレーサーの増幅によって、各細菌送達ビヒクルを検出及び/又は定量化する工程を含む、請求項14又は15に記載の方法。

【請求項19】

各細菌送達ビヒクルが、トレーサーを除いて同一の配列を有する核酸ペイロードを含む、請求項14から18のいずれか一項に記載の方法。

【請求項20】

各細菌送達ビヒクルが、異なる配列と、各異なるペイロードに関連付けられた異なるトレーサーとを有する核酸ペイロードを含む、請求項14から18のいずれかに記載の方法。

【請求項21】

トレーサーが、細菌産生株のDNA及び/又は標的細菌細胞のDNAを有する20ヌクレオチド以下の相同ストレッチを含む、請求項14から20のいずれか一項に記載の方法。

【請求項22】

トレーサーが、バーコードを含む、請求項14から21のいずれか一項に記載の方法。

【請求項23】

トレーサーが、定常領域及びバーコードを含む、請求項22に記載の方法。

【請求項24】

トレーサーが、定常領域が両側に隣接したバーコードを含む、請求項22又は23に記載の方法。

【請求項25】

バーコードが、25から50の間の核酸長さである、請求項22から24のいずれか一項に記載の方法。

【請求項26】

定常領域が、25から50の間の核酸長さである、請求項23から25のいずれか一項に記載の方法。

【請求項27】

トレーサーが、非コード領域に埋め込まれている、請求項14から26のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

トレーサーが、コード領域に埋め込まれている、請求項14から26のいずれか一項に記載の方法。

【請求項29】

トレーサー核酸が、変更されたコドン利用頻度を含むが、変更されていないアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、請求項28に記載の方法。

【請求項30】

各細菌送達ビヒクルの検出及び定量化が、一意のトレーサー核酸配列に結合するプライマーを使用する増幅の多重サイクルの実行によって実施される、請求項14から29のいずれか一項に記載の方法。

【請求項31】

トレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む細菌送達ビヒクル。

【請求項32】

トレーサーが、細菌産生株DNA及び/又は標的株DNAを有する20ヌクレオチド以下の相同ストレッチを含む、請求項31に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項33】

トレーサーがバーコードを含む、請求項31又は32に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項34】

トレーサーが、定常領域及びバーコードを含む、請求項33に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項35】

トレーサーが、定常領域が両側に隣接したバーコードを含む、請求項33又は34に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項36】

前記バーコードが、25から50の間の核酸長さである、請求項33から35のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項37】

前記定常領域が、25から50の間の核酸長さである、請求項34から36のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項38】

前記トレーサーが、非コード領域に埋め込まれている、請求項31から37のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項39】

前記トレーサーが、コード領域に埋め込まれている、請求項31から37のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項40】

前記トレーサーが、変更されたコドン利用頻度を含むが、変更されていないアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、請求項39に記載の細菌送達ビヒクル。

【請求項41】

少なくとも2つの異なる細菌送達ビヒクルを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物を含む医薬組成物であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む、医薬組成物。

【請求項42】

各細菌送達ビヒクルが、請求項31から40のいずれか一項において定義されるとおりである、請求項41に記載の医薬組成物。

【請求項43】

各細菌送達ビヒクルが、トレーサーを除いて同一の配列を有する核酸ペイロードを含む、請求項41又は42に記載の医薬組成物。

【請求項44】

各細菌送達ビヒクルが、異なる配列と、各異なるペイロードに関連付けられた異なるトレーサーとを有する核酸ペイロードを含む、請求項41又は42に記載の医薬組成物。

【請求項45】

細菌によって引き起こされた疾患又は障害の処置における使用のための、請求項31から40のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル、又は請求項41から44のいずれか一項に記載の医薬組成物。

【請求項46】

細菌によって引き起こされる疾患又は障害が、細菌によって引き起こされる感染症、代謝異常、例えば、肥満及び糖尿病、並びにヒトマイクロビオームの細菌が関与する病態からなる群から選択される、請求項45に記載の使用のための細菌送達ビヒクル又は医薬組成物。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本開示は、概して、ビヒクルの混合物中の2つ以上の異なる細菌送達ビヒクルの存在の検出及び/又は定量化における使用のための、一意のトレーサー核酸配列(本明細書において、「トレーサー」と呼ぶ)を含む、遺伝的にタグ付けされた細菌送達ビヒクルに関する。本開示は、細菌送達ビヒクルが、例えば、一意のトレーサー内の配列に結合するプライマーを使用する増幅の多重サイクルの実行によって検出される、方法に関する。そのような方法は、医薬組成物内の細菌送達ビヒクルの混合物を検出及び定量化するための品質管理において有利に使用することができる。

【背景技術】

【0002】

細菌送達ビヒクル、例えば、パッケージされたファージミドは、バクテリオファージ由来キャプシドにパッケージされた目的のDNA核酸ペイロードで構成されるバクテリオファージ由来粒子である。キャプシドが主要な宿主域決定因子である細胞送達ビヒクルは、バクテリオファージと同様の宿主域制限に従い、それにより、相補宿主域を有する異なる細菌送達ビヒクルは、臨床的有効性を達成するために、多価の最終薬物製品(複数の標的細胞特異性を有する薬物製品)において組み合わされ得る。したがって、抗菌薬として使用するための、バクテリオファージベースの細菌送達ビヒクルを使用するアプローチは、カクテル製剤を頼りにし得、臨床的に関連する細菌株の最大数を標的とすることによって臨床効果を最大化するために、異なる宿主域を有する複数のファージが組み合わされて、混合物として対象に投与される。そのような場合、最終組成物混合物における異なる細菌送達ビヒクルは、同じDNA又は異なるDNAを含有しつつ、異なる宿主域及び/又は結合特異性を有する異なるキャプシドを有する(図1を参照されたい)。

【0003】

規制の見地から、対象に投与する前に、薬物製品の組成を特徴付けることが必要である。とりわけ、異なる原薬の混合物で構成される薬物製品の場合、最終製品中の各原薬の存在及び量を確認しなければならない。例えば、対象の処置における使用のための医薬組成物内の各細菌送達ビヒクルの存在及び量を、最終製品において評価しなければならず、並びにそれは、薬物に対して設定された仕様に準拠しなければならない。したがって、方法は、規制目的のために医薬組成物内の異なる細菌送達ビヒクルの存在及び量を検出することを必要とする。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0004】

【特許文献1】米国特許仮出願第62/849,108号

【特許文献2】米国特許仮出願第62/849,112号

【特許文献3】米国特許仮出願第62/802,777号

【特許文献4】米国特許仮出願第62/771,761号

【特許文献5】米国特許仮出願第62/783,258号

【非特許文献】

【0005】

【非特許文献1】Krupovicら、Arch Virol、2015年

【非特許文献2】Kues, U and Stahl, U、1989年、Microbiol Rev 53:491～516頁

【非特許文献3】Del Solarら、1998年、Microhio and Molec Biol. Rev 62:434～464頁

【非特許文献4】Taylor and Harris、2012年、Mol Ecol Resour. 2012 May;12(3):377～88頁

【非特許文献5】Kressら、2015年、Trends Ecol Evol, Jan; 30(1):25～35頁

【非特許文献6】Liszczak and Muir、2019年、Angew Chem Int Ed Engl, Mar 22;58(13):4144～4162頁

【非特許文献7】Mohammadi-Kambs M.ら、2017年、ACS Omega. 2017 Apr 30; 2(4): 1302～1308頁

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0006】

本開示は、概して、試料内の2つ以上の異なる(例えば、構造的に異なる)細菌送達ビヒクル(本明細書において、「細菌送達ビヒクルの多価混合物」と呼ぶ)の存在の検出において使用するための、細菌送達ビヒクルを遺伝的にタグ付けする方法に関する。異なる細菌送達ビヒクルのそれぞれは、例えば、それらの別個の細菌細胞結合能力及び/若しくはそれらの別個の宿主域によって、並びに/又は前記ビヒクル内の異なる核酸ペイロードを含むことによって異なり得る。より詳細には、本開示は、検出される細菌送達ビヒクルが、例えば増幅のサイクルの実行によって検出することができる一意のトレーサーを追加的に含有する所望の核酸ペイロードを含む、方法に関する。そのような方法は、多価細菌送達ビヒクル混合物を含む医薬組成物の品質管理において有利に使用することができる。

【課題を解決するための手段】

【0007】

一態様において、標的細胞、例えば、細菌細胞に結合するように操作された細菌送達ビヒクルであって、核酸ペイロード内に埋め込まれた一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルが提供される。別の態様において、2つ以上の異なる細菌送達ビヒクルを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物が提供される。

【0008】

一実施形態において、多価混合物中の異なる細菌送達ビヒクルのそれぞれは、同一のペイロードに関連付けられた一意のトレーサーを有することを除いて同一の核酸ペイロードを含む。別の実施形態において、多価混合物中の異なる細菌送達ビヒクルのそれぞれは、異なるペイロードのそれぞれに関連付けられた一意のトレーサーを有する異なる核酸ペイロードを含む。一意のトレーサーを、パッケージされた核酸ペイロードに連結させることにより、タグ付けされたDNA核酸ペイロードが中にパッケージされている、関連付けられた細菌送達ビヒクル(本明細書において「同種の細菌送達ビヒクル」と呼ばれる)を識別及び定量化することが可能になる。

【0009】

いくつかの実施形態において、トレーサーは、細菌産生株のDNA及び/又は標的細菌細胞のDNAを有する20ヌクレオチド以下の相同ストレッチを含む。

【0010】

好ましくは、トレーサーは、バーコードを含む。特に、トレーサーは、定常領域及びバーコードを含み得る。特に、トレーサーは、定常領域が両側に隣接したバーコードを含み得る。バーコード及び/又は定常領域は、25から50の間の核酸長さであり得る。

【0011】

トレーサーは、非コード領域又はコード領域に埋め込まれ得る。トレーサーがコード領域に埋め込まれた実施形態において、トレーサーは、変更されたコドン利用を含み得、その一方で、変更されていないアミノ酸配列を有するタンパク質をコードし得る。

【0012】

いくつかの実施形態において、多価混合物に含有される細菌送達ビヒクルは、バクテリオファージ由来足場である。

【0013】

特定の細菌送達ビヒクルの存在に相関する一意のトレーサーを検出することによって、細菌送達ビヒクルの多価混合物中の細菌送達ビヒクルを検出及び/又は定量化する方法が提供される。前記方法は、トレーサー配列内の核酸配列に結合するプライマーを使用する増幅のサイクルの実行によって、細菌送達ビヒクルの多価混合物内の細菌送達ビヒクルのそれぞれを検出し、場合により定量化する工程を含む。その代わりに又はそれに加えて、方法は、トレーサー配列内の核酸配列に結合するプライマーを使用する増幅のサイクルの実行によって、細菌送達ビヒクルの多価混合物内の細菌送達ビヒクルの全てを検出し、場合により定量化する工程を含み得る。そのような増幅法としては、例えば、PCR、qPCR、ddPCR、LCR、FISH、又はNGSが挙げられる。

【0014】

更に、対象に細菌送達ビヒクルの多価混合物を投与した後に細菌送達ビヒクルを検出及び追跡するための方法であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含む、方法が提供される。方法は、例えば、トレーサー内の核酸配列に結合するプライマーを使用した増幅のサイクルの実行によって、対象由来の試料内の異なる細菌送達ビヒクルのそれぞれを検出し定量化する工程を含む。次いで、特定のトレーサー配列の増幅を、対象試料内の特定の細菌送達ビヒクルの存在に相関させる。その代わりに又はそれに加えて、方法は、一意のトレーサー核酸配列に結合するプライマーを使用する増幅の多重サイクルの実行によって、前記対象に由来する試料内の細菌送達ビヒクルの全てを検出し、場合により定量化する工程を含み得る。そのような増幅方法としては、例えば、PCR、qPCR、ddPCR、又はNGSが挙げられる。

【0015】

本発明の方法において、一意のトレーサーは、増幅反応の開始のためにプライマーが結合することができる定常領域を有し得、したがって、方法は、トレーサー配列の定常領域内に結合するプライマーを使用したトレーサーの増幅によって各細菌送達ビヒクルを検出し、場合により定量化する工程を含み得る。場合により、一意のトレーサーは、増幅のためにプライマーが結合することができる可変配列を更に含んでもよく、方法は、増幅方法のために可変配列に結合するプライマーを使用する別個の増幅反応又は第2の増幅反応を更に含み得る。

【0016】

一意のトレーサーは、増幅のためにプライマーが結合することができる可変領域を含み得、したがって、方法は、トレーサー配列の可変領域内に結合するプライマーを使用したトレーサーの増幅によって、各細菌送達ビヒクルを検出し、場合により定量化する工程を含み得る。

【0017】

本発明の方法において、各細菌送達ビヒクルは、トレーサーを除いて同一の配列を有する核酸ペイロードを含み得る。或いは、各細菌送達ビヒクルは、異なる配列と、各異なるペイロードに関連付けられた異なるトレーサーとを有する核酸ペイロードを含み得る。

【0018】

好ましくは、トレーサーは、細菌産生株のDNA及び/又は標的細菌細胞のDNAを有する20ヌクレオチド以下の相同ストレッチを含む。

【0019】

本発明の方法において、トレーサーは、バーコードを含み得る。特に、トレーサーは、定常領域及びバーコードを含み得、より詳細には、定常領域が両側に隣接したバーコードを含み得る。好ましくは、バーコード及び/又は定常領域は、25から50の間の核酸長さである。

【0020】

本発明の方法において、トレーサーは、非コード領域又はコード領域に埋め込まれ得る。トレーサーがコード領域に埋め込まれた実施形態において、トレーサーは、変更されたコドン利用を含み得るが、変更されていないアミノ酸を有するタンパク質をコードし得る。

【0021】

本発明は、上記において定義される、すなわち、トレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む細菌送達ビヒクル、並びに本発明の多価混合物を含む医薬組成物も提供する。

【0022】

本発明は、細菌によって引き起こされた疾患又は障害の処置において使用するための、本発明による細菌送達ビヒクル又は医薬組成物にも関する。好ましくは、細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、細菌によって引き起こされる感染症、代謝異常、例えば、肥満及び糖尿病、並びにヒトマイクロビオームの細菌が関与する病態からなる群から選択される。

【0023】

本明細書に開示する主題をより理解するため、及び実際にどのように実行され得るか例示するため、非限定的な例により、添付の図面を参照して、ここで実施形態を記載する。図面の特定の参照により、示した特色は、例による、及び本発明の実施形態の図解の目的のためであることを強調する。

【図面の簡単な説明】

【0024】

【図1】医薬品申請との関連においてそのDNA核酸ペイロード内に一意のDNAトレーサーを含むファージミド粒子の混合物の利点を示す。

【図2】DNA核酸ペイロードの非コードDNA配列内におけるDNAトレーサーの設計及び実践形態を表す。

【図3】DNA核酸ペイロードの同義のコードDNA配列内におけるDNAの設計及び実践形態を表す。

【図4】TEM-1βラクタマーゼの例における10のアミノ酸セグメントAA40～49に対するコドンの可能性の代表例を表す。

【図5】プラスミドバックボーンpAK272B、バーコード領域の位置、及び対応するプライマーの概略図を表す。

【図6】それぞれの異なるバーコードを含む異なるプラスミドの混合物からの1μlあたりの検出された各プラスミドコピーの数を表す。

【図7】インビボ形質導入された細菌から抽出されたプラスミド混合物から検出された各プラスミドコピーの数を表す。

【発明を実施するための形態】

【0025】

詳細な説明
本開示は、概して、送達ビヒクルの多価混合物中における2つ以上の異なる細菌送達ビヒクルの存在の検出において使用するための、所望の構造的特徴によって細菌送達ビヒクルを遺伝的にタグ付けする方法に関する。より詳細には、本開示は、検出される細菌送達ビヒクルが、増幅のサイクルの実行によって検出することができる一意のトレーサーヌクレオチド配列を追加的に含有する所望の目的の核酸ペイロードを含む、方法に関する。

【0026】

一態様において、所望の構造的特徴、例えば、特定の標的細胞結合性及び/又は宿主域、を有し、埋め込まれた一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルが提供される。別の態様において、2つ以上の異なる細菌送達ビヒクルを含む細菌送達ビヒクルの多価混合物であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物が提供される。

【0027】

本明細書において提供される細菌送達ビヒクルは、目的のタンパク質又は核酸をコードする核酸ペイロードの、所望の標的細菌宿主細胞への移入を可能にする。細菌送達ビヒクルによって標的とされる細菌は、哺乳動物有機体中に存在する任意の細菌であり得る。それは、微生物叢又はマイクロビオームの任意の片利共生細菌、共生細菌、又は病原性細菌であり得る。微生物叢は、そのいずれもが本開示により標的とされ得るような様々な細菌種を含み得る。いくつかの実施形態において、標的細菌細胞の属及び/又は種は、細菌送達ビヒクルを調製するために使用されるバクテリオファージのタイプに応じて変わり得る。例えば、いくつかのバクテリオファージは、細菌の特定の宿主種に対して指向性を示すか又はそれを優先的に標的にする。他のバクテリオファージは、そのような指向性を示さず、並びに内因性細菌細胞のいくつかの異なる属及び/又は種を標的とするために使用され得る。好ましい実施形態において、標的細菌宿主細胞は、マイクロビオームの細胞である。より好ましい実施形態において、標的細菌宿主細胞は、皮膚マイクロビオーム、腸マイクロビオーム、肺マイクロビオーム、口腔マイクロビオームの細胞である。

【0028】

本明細書において使用される場合、用語「送達ビヒクル」は、細菌内への核酸ペイロードの移入を可能にする任意の手段を意味する。本発明に包含されるいくつかのタイプの送達ビヒクルが存在し、その例としては、限定はされないが、バクテリオファージ足場、ウイルス足場、化学物質ベースの送達ビヒクル(例えば、シクロデキストリン、リン酸カルシウム、カチオンポリマー類、カチオン性リポソーム類)、タンパク質ベースの又はペプチドベースの送達ビヒクル、脂質ベースの送達ビヒクル、ナノ粒子ベースの送達ビヒクル、非化学物質ベースの送達ビヒクル(例えば、形質転換、電気穿孔法、超音波処理、光学トランスフェクション)、粒子ベースの送達ビヒクル(例えば、遺伝子銃、マグネトフェクション、インペールフェクション、微粒子銃、細胞透過性ペプチド)、又はドナー細菌(コンジュゲーション)が挙げられる。送達ビヒクルの任意の組み合わせも、本発明に包含される。送達ビヒクルは、バクテリオファージ由来足場を意味することができ、並びに天然のキャプシド、進化したキャプシド、又は操作されたキャプシドから得ることができる。いくつかの実施形態において、送達ビヒクルは、細菌が環境又はそれら自身から核酸ペイロードを取るために天然においてコンピテントであるような、核酸ペイロードである。いくつかの実施形態において、細菌送達ビヒクルは、バクテリオファージ由来キャプシドにパッケージされた目的のDNA核酸ペイロードで構成されるバクテリオファージ由来粒子である。

【0029】

バクテリオファージ由来粒子は、細菌ウイルスから調製され得る。細菌ウイルスは、核酸ペイロードを標的細菌内に導入することができるように選択される。

【0030】

細菌ウイルスは、好ましくはバクテリオファージである。バクテリオファージは、宿主の生合成機構の一部又は全てを利用することによって細胞内において増殖する偏性細胞内寄生体である。ファージゲノムは、様々なサイズ及び形状(例えば、直線形又は円形)において入り込む。ほとんどのファージは、直径が24～200nmのサイズの範囲である。ファージは、核酸(すなわち、ゲノム)及びタンパク質を含み、並びに脂質膜によって覆われ得る。ファージに応じて、核酸ゲノムは、DNA又はRNAであり得、並びに円形又は直線形の形状において存在することができる。ファージゲノムのサイズは、ファージによって異なる。最もシンプルなファージは、数千のヌクレオチドのみのサイズのゲノムを有するが、より複雑なファージは、そのゲノム内に100,000を超えるヌクレオチドを含み得、稀な場合には1,000,000を超えるヌクレオチドを含み得る。ファージ粒子内のタンパク質の個々のタイプの数及び量は、ファージによって変わるであろう。

【0031】

場合により、バクテリオファージは、Krupovicら、Arch Virol、2015年の分類学に基づき、カウドウイルス目(Order Caudovirales)から選択される:
- ミオウイルス(Myoviridae)科(例えば、限定はされないが、Cp220ウイルス属、Cp8ウイルス属、Ea214ウイルス属、Felixo1ウイルス属、Moogleウイルス属、Suspウイルス属、Hp1ウイルス属、P2ウイルス属、Kayウイルス属、P100ウイルス属、Silviaウイルス属、Spo1ウイルス属、Tsarbombaウイルス属、Twortウイルス属、Cc31ウイルス属、Jd18ウイルス属、Js98ウイルス属、Kp15ウイルス属、Moonウイルス属、Rb49ウイルス属、Rb69ウイルス属、S16ウイルス属、Schizot4ウイルス属、Sp18ウイルス属、T4ウイルス属、Cr3ウイルス属、Se1ウイルス属、V5ウイルス属、Abouoウイルス属、Agateウイルス属、Agrican357ウイルス属、Ap22ウイルス属、Arv1ウイルス属、B4ウイルス属、Bastilleウイルス属、Bc431ウイルス属、Bcep78ウイルス属、Bcepmuウイルス属、Biquartaウイルス属、Bxz1ウイルス属、Cd119ウイルス属、Cp51ウイルス属、Cvm10ウイルス属、Eah2ウイルス属、Elウイルス属、Hapunaウイルス属、Jimmerウイルス属、Kpp10ウイルス属、M12ウイルス属、Machinaウイルス属、Marthaウイルス属、Msw3ウイルス属、Muウイルス属、Myohaloウイルス属、Nit1ウイルス属、P1ウイルス属、Pakpunaウイルス属、Pbunaウイルス属、Phikzウイルス属、Rheph4ウイルス属、Rsl2ウイルス属、Rslunaウイルス属、Secunda5ウイルス属、Sep1ウイルス属、Spn3ウイルス属、Svunaウイルス属、Tg1ウイルス属、Vhmlウイルス属及びWphウイルス属)、
- ポドウイルス(Podoviridae)科(例えば、限定はされないが、Fri1ウイルス属、Kp32ウイルス属、Kp34ウイルス属、Phikmvウイルス属、Pradoウイルス属、Sp6ウイルス属、T7ウイルス属、Cp1ウイルス属、P68ウイルス属、Phi29ウイルス属、Nona33ウイルス属、Pocjウイルス属、Tl2011ウイルス属、Bcep22ウイルス属、Bpp1ウイルス属、Cba41ウイルス属、Dfl12ウイルス属、Ea92ウイルス属、Epsilon15ウイルス属、F116ウイルス属、G7cウイルス属、Jwalphaウイルス属、Kf1ウイルス属、Kpp25ウイルス属、Lit1ウイルス属、Luz24ウイルス属、Luz7ウイルス属、N4ウイルス属、Nonanaウイルス属、P22ウイルス属、Pageウイルス属、Phieco32ウイルス属、Prtbウイルス属、Sp58ウイルス属、Una961ウイルス属及びVp5ウイルス属)、
- サイフォウイルス(Siphoviridae)科(例えば、限定はされないが、Camウイルス属、Likaウイルス属、R4ウイルス属、Acadianウイルス属、Cooperウイルス属、Pg1ウイルス属、Pipefishウイルス属、Rosebushウイルス属、Brujitaウイルス属、Che9cウイルス属、Hawkeyeウイルス属、Plotウイルス属、Jerseyウイルス属、K1gウイルス属、Sp31ウイルス属、Lmd1ウイルス属、Una4ウイルス属、Bongoウイルス属、Reyウイルス属、Buttersウイルス属、Charlieウイルス属、Rediウイルス属、Baxterウイルス属、Nymphadoraウイルス属、Bignuzウイルス属、Fishburneウイルス属、Phayonceウイルス属、Kp36ウイルス属、Rogue1ウイルス属、Rtpウイルス属、T1ウイルス属、Tlsウイルス属、Ab18ウイルス属、Amigoウイルス属、Anatoleウイルス属、Andromedaウイルス属、Attisウイルス属、Barnyardウイルス属、Bernal13ウイルス属、Biseptimaウイルス属、Bronウイルス属、C2ウイルス属、C5ウイルス属、Cba181ウイルス属、Cbastウイルス属、Ceciウイルス属、Che8ウイルス属、Chiウイルス属、Cjw1ウイルス属、Corndogウイルス属、Cronusウイルス属、D3112ウイルス属、D3ウイルス属、Decurroウイルス属、Demosthenesウイルス属、Doucetteウイルス属、E125ウイルス属、Eiauウイルス属、Ff47ウイルス属、Gaiaウイルス属、Gilesウイルス属、Gordonウイルス属、Gordtnkウイルス属、Harrisonウイルス属、Hk578ウイルス属、Hk97ウイルス属、Jenstウイルス属、Jwxウイルス属、Kellezioウイルス属、Korraウイルス属、L5ウイルス属、Lambdaウイルス属、Laroyeウイルス属、Liefieウイルス属、Marvinウイルス属、Mudcatウイルス属、N15ウイルス属、Nonagウイルス属、Np1ウイルス属、Omegaウイルス属、P12002ウイルス属、P12024ウイルス属、P23ウイルス属、P70ウイルス属、Pa6ウイルス属、Pamx74ウイルス属、Patienceウイルス属、Pbi1ウイルス属、Pepy6ウイルス属、Pfr1ウイルス属、Phic31ウイルス属、Phicbkウイルス属、Phietaウイルス属、Phifelウイルス属、Phijl1ウイルス属、Pis4aウイルス属、Psaウイルス属、Psimunaウイルス属、Rdjlウイルス属、Rer2ウイルス属、Sap6ウイルス属、Send513ウイルス属、Septima3ウイルス属、Seuratウイルス属、Sextaecウイルス属、Sfi11ウイルス属、Sfi21dt1ウイルス属、Sitaraウイルス属、Sk1ウイルス属、Slashウイルス属、Smoothieウイルス属、Soupsウイルス属、Spbetaウイルス属、Ssp2ウイルス属、T5ウイルス属、Tankウイルス属、Tin2ウイルス属、Titanウイルス属、Tm4ウイルス属、Tp21ウイルス属、Tp84ウイルス属、Triaウイルス属、Trigintaduoウイルス属、Vegasウイルス属、Vendettaウイルス属、Wbetaウイルス属、Wildcatウイルス属、Wizardウイルス属、Woesウイルス属、Xp10ウイルス属、Ydn12ウイルス属及びYuaウイルス属)、及び
- バクテリオファージは、アッカーマンウイルス(Ackermannviridae)科(例えば、限定はされないが、Ag3ウイルス属、Limestoneウイルス属、Cba120ウイルス属及びVi1ウイルス属)。

【0032】

場合により、バクテリオファージは、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、テクチウイルス(Tectiviridae)科(例えば、アルファテクチウイルス(Alphatectiviridae)属、ベータテクチウイルス(Betatectiviridae)属)、コルチコウイルス(Corticoviridae)科(例えば、コルチコウイルス属)、イノウイルス(Inoviridae)科(例えば、Fibroウイルス属、Habeniウイルス属、イノウイルス属、Lineaウイルス属、Plectroウイルス属、Saetiウイルス属、Vespertilioウイルス属)、シストウイルス(Cystoviridae)科(例えば、シストウイルス属)、レビウイルス(Leviviridae)科(例えば、Alloレビウイルス属、レビウイルス属)、ミクロウイルス(Microviridae)科(例えば、Alpha3ミクロウイルス属、G4ミクロウイルス属、Phix174ミクロウイルス属、Bdelloミクロウイルス属、Chlamydiaミクロウイルス属、Spiroミクロウイルス属)及びプラズマウイルス(Plasmaviridae)科(例えば、プラズマウイルス属)由来である。

【0033】

場合により、バクテリオファージは、標的化古細菌であり、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば限定はされないが、Ampullaウイルス科、フセロウイルス科、Globuloウイルス科、グッタウイルス科、リポスリクスウイルス科、Pleolipoウイルス科、ルディウイルス科、Salterproウイルス及びBicaudaウイルス科由来である。

【0034】

細菌属及びそれらの公知の宿主特異的細菌ウイルスの完全に網羅しているわけではないリストを以下の段落に提示する。同意語及び表記揺れは、括弧に示す。同音異義語は、それらが生じる度に繰り返す(例えば、D、D、d)。名前の無いファージは、「NN」によって示し、横にそれらの属及びそれらの番号を括弧に示す。

【0035】

アクチノミセス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8及び1281。

【0036】

アエロモナス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(syn= 44R)、(syn= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5及びPM6。

【0037】

バチルス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、FSi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(syn= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MPlO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(syn= ΦSPP1)、SPβ、STI、STi、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、type A、type B、type C、type D、type E、Tφ3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l、φmed-2、φT、φμ-4、φ3T、φ75、φlO5、(syn= φlO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-バチルス(13)、alel、ARl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(syn= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP12
4、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、gamma、GEl、GF-2、GSi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、ISi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SPlO、SP-15、SP50、(syn= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、type V、type VI、V、Vx、β22、φe、φNR2、φ25、φ63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(B.メガテリウン(B. megateriwn))、4(B.セファエリクス(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、φl5、φ29、1-97、837/IV、mι-バチルス(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BSlOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、type F、type G、type IV、HN-BacMus (3)、BLE、(syn= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27及びBam35。以下のバチルス特異的ファージは欠失している:DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No. IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、SPa、type 1及びμ。

【0038】

バクテロイデス(Bacteriodes)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:crAss-ファージ、ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、φAl、φBrOl、φBrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-バクテロイデス(3)、Bf42、Bf71、HN-ブデロビブリオ(1)及びBF-41。

【0039】

ボルデテラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:134及びNN-ボルデテラ(3)。

【0040】

ボレリア(Borrellia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-ボレリア(1)及びNN-ボレリア(2)。

【0041】

ブルセラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る: A422、Bk、(syn= Berkeley)、BM29、FOi、(syn= FOl)、(syn= FQl)、D、FP2、(syn= FP2)、(syn= FD2)、Fz、(syn= Fz75/13)、(syn= Firenze 75/13)、(syn= Fi)、Fi、(syn= Fl)、Fim、(syn= FIm)、(syn= Fim)、FiU、(syn= FlU)、(syn= FiU)、F2、(syn= F2)、F3、(syn= F3)、F4、(syn= F4)、F5、(syn= F5)、F6、F7、(syn= F7)、F25、(syn= F25)、(syn= ￡25)、F25U、(syn= F25u)、(syn= F25U)、(syn= F25V)、F44、(syn- F44)、F45、(syn= F45)、F48、(syn= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(syn= M85)、P、(syn= D)、S708、R、Tb、(syn= TB)、(syn= Tbilisi)、W、(syn= Wb)、(syn= Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(syn= 10)、(syn= F8)、(syn= F8)、12m、24/11、(syn= 24)、(syn= F9)、(syn= F9)、45/111、(syn= 45)、75、84、212/XV、(syn= 212)、(syn= Fi0)、(syn= FlO)、371/XXIX、(syn= 371)、(syn= Fn)、(syn= Fl l)及び513。

【0042】

バークホルデリア(Burkholderia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CP75、NN-バークホルデリア(1)及び42。

【0043】

カンピロバクター属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:C type、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-カンピロバクター(2)、Vfi-6、(syn= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(syn= Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(syn= V-45)及びNN-カンピロバクター(1)。

【0044】

クラミジア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Chpl。

【0045】

クロストリジウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(syn= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(syn= ID)、(syn= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(syn= Naltox+)、PA135Oe、Pfo、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X＼ 2D3 (syn= 2Dt0X+)、3C、(syn= 3Ctox+)、4C、(syn= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-Clostridium (61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X; Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-クロストリジウム(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5及びNN-クロストリジウム(8)。

【0046】

コリネバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CGKl(欠失)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(syn= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(syn= Ktox")、L、L、(syn= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(syn= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(syn= γtoχ-)、γl9、δ、(syn= δ'ox+)、p、(syn= ptoχ-)、Φ9、φ984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498及び5848。

【0047】

エンテロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-エンテロコッカス(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235及び341。

【0048】

エリシペロスリクス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-エリシペロスリクス(Eiysipelothrix)(1)。

【0049】

エシェリキア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(syn= mu)、(syn= MuI)、(syn= Mu-I)、(syn= MU-I)、(syn= MuI)、(syn= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(欠失)、Sl、Wφ、φK13、φR73(欠失)、φl、φ2、φ7、φ92、ψ(欠失)、7 A、8φ、9φ、15(欠失)、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(syn= Dd-Vi)、(syn= DDVI)、(syn= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I (syn= OXl)、(syn= HF)、Ox-2 (syn= 0x2)、(syn= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(syn= 0X5)、Ox-6、(syn= 66F)、(syn= φ66t)、(syn= φ66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、(syn= TuII^*)、TuIP-24、TuII^*46、TuIP-60、T2、(syn= ganuTia)、(syn= γ)、(syn= PC)、(syn= P.C.)、(syn= T-2)、(syn= T2)、(syn= P4)、T4、(syn= T-4)、(syn= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(syn= Ac3)、3A、3T+、(syn= 3)、(syn= Ml)、5φ、(syn= φ5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(syn= Sd)、(syn= SD)、(syn= Sa)3 (syn= sd)、(syn= SD)、(syn= CD)、T3、(syn= T-3)、(syn= T3)、T7、(syn= T-7)、(syn= T7)、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、(syn= φW)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(syn= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(syn= α)、(syn= P28)、(syn= T-I)、(syn= Tx)、T3C、T5、(syn= T-5)、(syn= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(syn= lambda)、(syn= Φλ)、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、(syn= χi)、(syn= φχ)、(syn= φχi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J、933H、O157タイピングファージ1～16、JES-2013、121Q、172-1、1720a-02、ADB-2、AKFV33、av-05、bV_EcoS_AHP42、bV_EcoS_AHP24、bC_EcoS_AHS24、bV_EcoS_AKS96、CBA120。

【0050】

フソバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-フソバクテリウム(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527及びfv8501。

【0051】

ヘモフィリス属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl、S2及びN3。

【0052】

ヘリコバクター属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl及び^^-ヘリコバクター(1)。

【0053】

クレブシエラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(syn= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(syn= KIl)、Kl2、(syn= K12)、Kl3、(syn= K13)、(syn= Kl 70/11)、Kl4、(syn= K14)、Kl5、(syn= K15)、Kl6、(syn= K16)、Kl7、(syn= K17)、Kl8、(syn= K18)、Kl19、(syn= K19)、Kl27、(syn= K127)、Kl31、(syn= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(syn= K12B)、Kl25、(syn= K125)、Kl42B、(syn= K142)、(syn= K142B)、Kl181B、(syn= KIl 81)、(syn= K1181B)、Kl765/!、(syn= K1765/1)、Kl842B、(syn= K1832B)、Kl937B、(syn= K1937B)、Ll、φ28、7、231、483、490、632及び864/100。

【0054】

レプトスピラ(Lepitospira)属の細菌は、以下のファージによって感染される:LEl、LE3、LE4及び～NN-レプトスピラ(1)。

【0055】

リステリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A511、01761、4211、4286、(syn= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、φMLUP5、(syn= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716及びNN-リステリア(15)。

【0056】

モルガネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:47。

【0057】

マイコバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(syn= GS4E)、GS7、(syn= GS-7)、(syn= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(syn= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(syn= phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、φ630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(syn= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、Polonus I、Roy、Rl、(syn= Rl-Myb)、(syn= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D及びNN-マイコバクテリウム(1)。

【0058】

ナイセリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:Group I、group II及びNPl。

【0059】

ノカルジア属の細菌は、以下のファージによって感染される:MNP8、NJ-L、NS-8、N5及びTtiN-ノカルジア。

【0060】

プロテウス(Proteus)属の細菌は、以下のファージによって感染される:Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、φm、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、φχ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8及び24/2514。

【0061】

プロビデンシア(Providencia)属の細菌は、以下のファージによって感染される:PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402及び9213/921 Ia。

【0062】

シュードモナス属の細菌は、以下のファージによって感染される:PfI、(syn= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-シュードモナス(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(syn= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、φBE、φCTX、φC17、φKZ、(syn= ΦKZ)、φ-LT、Φmu78、φNZ、φPLS-1、φST-1、φW-14、φ-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、HN-シュードモナス(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、φBS、ΦKf77、φ-MC、ΦmnF82、φPLS2
7、φPLS743、φS-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-シュードモナス(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、φC5、φCl l、φCl l-1、φC13、φC15、φMO、φX、φO4、φl l、φ240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、HN-シュードモナス(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、φO3、φO6及び1214。

【0063】

リケッチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-Rickettsia。

【0064】

サルモネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(syn= 0-1)、(syn= O1)、(syn= O-I)、(syn= 7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(syn= ViI)、9、imサルモネラ(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(syn= P22)、(syn= PLT22)、(syn= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(syn= φl[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、φl、1、2、3a、3al、1010、Ym-サルモネラ(1)、N-4、SasL6及び27。

【0065】

セラチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、φCWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359及びSMBl。

【0066】

シゲラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:Fsa、(syn= a)、FSD2d、(syn= D2d)、(syn= W2d)、FSD2E、(syn= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(syn= HIV)、SHvi、(syn= HVI)、SHVvm、(syn= HVIII)、SKγ66、(syn= gamma 66)、(syn= yββ)、(syn= γ66b)、SKm、(syn= SIIIb)5 (syn= UI)、SKw、(syn= Siva)、(syn= IV)、SIC(商標)、(syn= SIVA.)、(syn= IVA)、SKvi、(syn= KVI)、(syn= Svi)、(syn= VI)、SKvm、(syn= Svm)、(syn= VIII)、SKVΠIA、(syn= SvmA)、(syn= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(syn= D2c)、(syn= D20)、φl、φIVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(syn= FS7)、(syn= K29)、FlO、(syn= FSlO)、(syn= K31)、I1、(syn= alfa)、(syn= FSa)、(syn= Kl 8)、(syn= α)、I2、(syn= a)、(syn= K19)、SG33、(syn= G35)、(syn= SO-35/G)、SG35、(syn= SO-55/G)、SG3201、(syn= SO-3201/G)、SHn、(syn= HII)、SHv、(syn= SHV)、SHx、SHX、SKn、(syn= K2)、(syn= KII)、(syn= Sn)、(syn= SsII)、(syn= II)、SKrv、(syn= Sm)、(syn= SsIV)、(syn= IV)、SK1Va、(syn= Swab)、(syn= SsIVa)、(syn= IVa)、SKV、(syn= K4)、(syn= KV)、(syn= SV)、(syn= SsV)、(syn= V)、SKx、(syn= K9)、(syn= KX)、(syn= SX)、(syn= SsX)、(syn= X)、STV、(syn= T35)、(syn= 35-50-R)、STvm、(syn= T8345)、(syn= 8345-SO-S-R)、W1、(syn= D8)、(syn= FSD8)、W2a、(syn= D2A)、(syn= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(syn= Fl)、SF6、(syn= F6)、SG42、(syn= SO-42/G)、SG3203、(syn= SO-3203/G)、SKF12、(syn= SsF12)、(syn= F12)、(syn= F12)、STn、(syn= 1881-SO-R)、γ66、(syn= gamma 66a)、(syn= Ssγ66)、φ2、BIl、DDVII、(syn= DD7)、FSD2b、(syn= W2B)、FS2、(syn= F2)、(syn= F2)、FS4、(syn= F4)、(syn= F4)、FS5、(syn= F5)、(syn= F5)、FS9、(syn= F9)、(syn= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(syn= SO-36/G)、(syn= G36)、SG3204、(syn= SO-3204/G)、SG3244、(syn= SO-3244/G)、SHi、(syn= HI)、SHvπ、(syn= HVII)、SHK、(syn= HIX)、SHx1、SHxπ、(syn= HXn)、SKI、KI、(syn= S1)、(syn= SsI)、SKVII、(syn= KVII)、(syn= Svπ)、(syn= SsVII)、SKIX、(syn= KIX)、(syn= S1x)、(syn= SsIX)、SKXII、(syn= KXII)、(syn= Sxn)、(syn= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、φ3、φ5、φ7、φ8、φ9、φlO、φl l、φl3、φl4、φl8、SHm、(syn= Hπi)、SHχi、(syn= HXt)及びSKxI、(syn= KXI)、(syn= Sχi)、(syn= SsXI)、(syn= XI)。

【0067】

スタフィロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(syn= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、φ812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(syn= stcl)、STC2、(syn= stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、φB5-2、φD、ω、11、(syn= φl l)、(syn= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(syn= P42D)、44A、48、51、52、52A、(syn= P52A)、52B、53、55、69、71、(syn= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、φRE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A5 47C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460 and mS-スタフィロコッカス(1)。

【0068】

ストレプトコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:EJ-I、NN-ストレプトコッカス(Streptococais)(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(syn= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、φO1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(syn= SFiI l)、(syn= φSFill)、(syn=ΦSfil l)、(syn= φSfil l)、sfil9、(syn= SFil9)、(syn= φSFil9)、(syn= φSfil9)、Sfi21、(syn= SFi21)、(syn= φSFi21)、(syn= φSfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(syn= φS3)、s265、Φ17、φ42、Φ57、φ80、φ81、φ82、φ83、φ84、φ85、φ86、φ87、φ88、φ89、φ90、φ91、φ92、φ93、φ94、φ95、φ96、φ97、φ98、φ99、φlOO、φlOl、φlO2、φ227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、
337/ST17及びmストレプトコッカス(34)。

【0069】

トレポネーマ属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-トレポネーマ(1)。

【0070】

ビブリオ属の細菌は、以下のファージによって感染される:CTXΦ、fs、(syn= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、kappa、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(syn= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(syn= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、φVP143、φVP253、Φ16、φl38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(syn= group II)、(syn= φ2)、V、VIII、～m-ビブリオ(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、
S、T、φ92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I (syn= group I)、III (syn= group III)、VI、(syn= A-Saratov)、VII、IX、X、HN-ビブリオ(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(syn= φl49)、IV、(syn= group IV)、NN-ビブリオ(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B及びHN-ビブリオ(7)。

【0071】

エルシニア属の細菌は、以下のファージによって感染される:H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas 303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、φYerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176及びYer2AT。

【0072】

より好ましくは、バクテリオファージは、サルモネラウイルスSKML39、シゲラウイルスAG3、ディッケヤウイルスLimestone、ディッケヤウイルスRC2014、エシェリキアウイルスCBA120、エシェリキアウイルスPhaxI、サルモネラウイルス38、サルモネラウイルスDet7、サルモネラウイルスGG32、サルモネラウイルスPM10、サルモネラウイルSFP10、サルモネラウイルスSH19、サルモネラウイルスSJ3、エシェリキアウイルスECML4、サルモネラウイルスMarshall、サルモネラウイルスMaynard、サルモネラウイルスSJ2、サルモネラウイルスSTML131、サルモネラウイルスViI、エルウィニアウイルスEa2809、クレブシエラウイルス0507KN21、セラチアウイルスIME250、セラチアウイルスMAM1、カンピロバクターウイルスCP21、カンピロバクターウイルスCP220、カンピロバクターウイルスCPt10、カンピロバクターウイルスIBB35、カンピロバクターウイルスCP81、カンピロバクターウイルスCP30A、カンピロバクターウイルスCPX、カンピロバクターウイルスNCTC12673、エルウィニアウイルスEa214、エルウィニアウイルスM7、エシェリキアウイルスAYO145A、エシェリキアウイルスEC6、エシェリキアウイルスHY02、エシェリキアウイルスJH2、エシェリキアウイルスTP1、エシェリキアウイルスVpaE1、エシェリキアウイルスwV8、サルモネラウイルスFelixO1、サルモネラウイルスHB2014、サルモネラウイルスMushroom、サルモネラウイルスUAB87、シトロバクターウイルスMoogle、シトロバクターウイルスMordin、エシェリキアウイルスSUSP1、エシェリキアウイルスSUSP2、アエロモナスウイルスphiO18P、ヘモフィルスウイルスHP1、ヘモフィルスウイルスHP2、パスツレラウイルスF108、ビブリオウイルスK139、ビブリオウイルスKappa、バークホルデリアウイルスphi52237、バークホルデリアウイルスphiE122、バークホルデリアウイルスphiE202、エシェリキアウイルス186、エシェリキアウイルスP4、エシェリキアウイルスP2、エシェリキアウイルスWphi、マンヘミアウイルスPHL101、シュードモナスウイルスphiCTX、ラルストニアウイルスRSA1、サルモネラウイルスFels2、サルモネラウイルスPsP3、サルモネラウイルスSopEphi、エルシニアウイルスL413C、スタフィロコッカスウイルスG1、スタフィロコッカスウイルスG15、スタフィロコッカスウイルスJD7、スタフィロコッカスウイルスK、スタフィロコッカスウイルスMCE2014、スタフィロコッカスウイルスP108、スタフィロコッカスウイルスRodi、スタフィロコッカスウイルスS253、スタフィロコッカスウイルスS25-4、スタフィロコッカスウイルスSA12、リステリアウイルスA511、リステリアウイルスP100、スタフィロコッカスウイルスRemus、スタフィロコッカスウイルスSA11、スタフィロコッカスウイルスStau2、バチルスウイルスCamphawk、バチルスウイルスSPO1、バチルスウイルスBCP78、バチルスウイルスTsarBomba、スタフィロコッカスウイルスTwort、エンテロコッカスウイルスphiEC24C、ラクトバチルスウイルスLb338-1、ラクトバチルスウイルスLP65、エンテロバクターウイルスPG7、エシェリキアウイルスCC31、クレブシエラウイルスJD18、クレブシエラウイルスPKO111、エシェリキアウイルスBp7、エシェリキアウイルスIME08、エシェリキアウイルスJS10、エシェリキアウイルスJS98、エシェリキアウイルスQL01、エシェリキアウイルスVR5、エンテロバクターウイルスEap3、クレブシエラウイルスKP15、クレブシエラウイルスKP27、クレブシエラウイルスMatisse、クレブシエラウイルスMiro、シトロバクターウイルスMerlin、シトロバクターウイルスMoon、エシェリキアウイルスJSE、エシェリキアウイルスphi1、エシェリキアウイルスRB49、エシェリキアウイルスHX01、エシェリキアウイルスJS09、エシェリキアウイルスRB69、シゲラウイルスUTAM、サルモネラウイルスS16、サルモネラウイルスSTML198、ビブリオウイルスKVP40、ビブリオウイルスnt1、ビブリオウイルスValKK3、エシェリキアウイルスVR7、エシェリキアウイルスVR20、エシェリキアウイルスVR25、エシェリキアウイルスVR26、シゲラウイルスSP18、エシェリキアウイルスAR1、エシェリキアウイルスC40、エシェリキアウイルスE112、エシェリキアウイルスECML134、エシェリキアウイルスHY01、エシェリキアウイルスIme09、エシェリキアウイルスRB3、エシェリキアウイルスRB14、エシェリキアウイルスT4、シゲラウイルスPss1、シゲラウイルスShfl2、エルシニアウイルスD1、エルシニアウイルスPST、アシネトバクターウイルス133、アエロモナスウイルス65、アエロモナスウイルスAeh1、エシェリキアウイルスRB16、エシェリキアウイルスRB32、エシェリキアウイルスRB43、シュードモナスウイルス42、クロノバクターウイルスCR3、クロノバクターウイルスCR8、クロノバクターウイルスCR9、クロノバクターウイルスPBES02、ペクトバクテリウムウイルスphiTE、クロノバクターウイルスGAP31、エシェリキアウイルス4MG、サルモネラウイルスSE1、サルモネラウイルスSSE121、エシェリキアウイルスFFH2、エシェリキアウイルスFV3、エシェリキアウイルスJES2013、エシェリキアウイルスV5、ブレビバチルスウイルスAbouo、ブレビバチルスウイルスDavies、バチルスウイルスAgate、バチルスウイルスBobb、バチルスウイルスBp8pC、エルウィニアウイルスDeimos、エルウィニアウイルスEa35-70、エルウィニアウイルスRAY、エルウィニアウイルスSimmy50、エルウィニアウイルスSpecialG、アシネトバクターウイルスAB1、アシネトバクターウイルスAB2、アシネトバクターウイルスAbC62、アシネトバクターウイルスAP22、アルスロバクターウイルスArV1、アルスロバクターウイルスTrina、バチルスウイルスAvesoBmore、バチルスウイルスB4、バチルスウイルスBigbertha、バチルスウイルスRiley、バチルスウイルスSpock、バチルスウイルスTroll、バチルスウイルスBastille、バチルスウイルスCAM003、バチルスウイルスBc431、バチルスウイルスBcp1、バチルスウイルスBCP82、バチルスウイルスBM15、バチルスウイルスDeepblue、バチルスウイルスJBP901、バークホルデリアウイルスBcep1、バークホルデリアウイルスBcep43、バークホルデリアウイルスBcep781、バークホルデリアウイルスBcepNY3、キサントモナスウイルスOP2、バークホルデリアウイルスBcepMu、バークホルデリアウイルスphiE255、アエロモナスウイルス44RR2、マイコバクテリウムウイルスAlice、マイコバクテリウムウイルスBxz1、マイコバクテリウムウイルスDandelion、マイコバクテリウムウイルスHyRo、マイコバクテリウムウイルスI3、マイコバクテリウムウイルスNappy、マイコバクテリウムウイルスSebata、クロストリジウムウイルスphiC2、クロストリジウムウイルスphiCD27、クロストリジウムウイルスphiCD119、バチルスウイルスCP51、バチルスウイルスJL、バチルスウイルスShanette、エシェリキアウイルスCVM10、エシェリキアウイルスep3、エルウィニアウイルスAsesino、エルウィニアウイルスEaH2、シュードモナスウイルスEL、ハロモナスウイルスHAP1、ビブリオウイルスVP882、ブレビバチルスウイルスJimmer、ブレビバチルスウイルスOsiris、シュードモナスウイルスAb03、シュードモナスウイルスKPP10、シュードモナスウイルスPAKP3、シノリゾビウムウイルスM7、シノリゾビウムウイルスM12、シノリゾビウムウイルスN3、エルウィニアウイルスMachina、アルスロバクターウイルスBrent、アルスロバクターウイルスJawnski、アルスロバクターウイルスMartha、アルスロバクターウイルスSonny、エドワージエラウイルスMSW3、エドワージエラウイルスPEi21、エシェリキアウイルスMu、シゲラウイルスSfMu、ハロバクテリウムウイルスphiH、バチルスウイルスGrass、バチルスウイルスNIT1、バチルスウイルスSPG24、アエロモナスウイルス43、エシェリキアウイルスP1、シュードモナスウイルスCAb1、シュードモナスウイルスCAb02、シュードモナスウイルスJG004、シュードモナスウイルスPAKP1、シュードモナスウイルスPAKP4、シュードモナスウイルスPaP1、バークホルデリアウイルスBcepF1、シュードモナスウイルス141、シュードモナスウイルスAb28、シュードモナスウイルスDL60、シュードモナスウイルスDL68、シュードモナスウイルスF8、シュードモナスウイルスJG024、シュードモナスウイルスKPP12、シュードモナスウイルスLBL3、シュードモナスウイルスLMA2、シュードモナスウイルスPB1、シュードモナスウイルスSN、シュードモナスウイルスPA7、シュードモナスウイルスphiKZ、リゾビウムウイルスRHEph4、ラルストニアウイルスRSF1、ラルストニアウイルスRSL2、ラルストニアウイルスRSL1、アエロモナスウイルス25、アエロモナスウイルス31、アエロモナスウイルスAes12、アエロモナスウイルスAes508、アエロモナスウイルスAS4、ステノトロホモナスウイルスIME13、スタフィロコッカスウイルスIPLAC1C、スタフィロコッカスウイルスSEP1、サルモネラウイルスSPN3US、バチルスウイルス1、ゲオバチルスウイルスGBSV1、エルシニアウイルスR1RT、エルシニアウイルスTG1、バチルスウイルスG、バチルスウイルスPBS1、ミクロシスティスウイルスMa-LMM01、ビブリオウイルスMAR、ビブリオウイルスVHML、ビブリオウイルスVP585、バチルスウイルスBPS13、バチルスウイルスHakuna、バチルスウイルスMegatron、バチルスウイルスWPh、アシネトバクターウイルスAB3、アシネトバクターウイルスAbp1、アシネトバクターウイルスFri1、アシネトバクターウイルスIME200、アシネトバクターウイルスPD6A3、アシネトバクターウイルスPDAB9、アシネトバクターウイルスphiAB1、エシェリキアウイルスK30、クレブシエラウイルスK5、クレブシエラウイルスK11、クレブシエラウイルスKp1、クレブシエラウイルスKP32、クレブシエラウイルスKpV289、クレブシエラウイルスF19、クレブシエラウイルスK244、クレブシエラウイルスKp2、クレブシエラウイルスKP34、クレブシエラウイルスKpV41、クレブシエラウイルスKpV71、クレブシエラウイルスKpV475、クレブシエラウイルスSU503、クレブシエラウイルスSU552A、パンテアウイルスLimelight、パンテアウイルスLimezero、シュードモナスウイルスLKA1、シュードモナスウイルスphiKMV、キサントモナスウイルスf20、キサントモナスウイルスf30、キシレラウイルスPrado、エルウィニアウイルスEra103、エシェリキアウイルスK5、エシェリキアウイルスK1-5、エシェリキアウイルスK1E、サルモネラウイルスSP6、エシェリキアウイルスT7、クライベラウイルスKvp1、シュードモナスウイルスgh1、プロクロロコッカスウイルスPSSP7、シネココッカスウイルスP60、シネココッカスウイルスSyn5、ストレプトコッカスウイルスCp1、ストレプトコッカスウイルスCp7、スタフィロコッカスウイルス44AHJD、ストレプトコッカスウイルスC1、バチルスウイルスB103、バチルスウイルスGA1、バチルスウイルスphi29、クルチアウイルス6、アクチノミセスウイルスAv1、マイコプラズマウイルスP1、エシェリキアウイルス24B、エシェリキアウイルス933W、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルスPA28、エシェリキアウイルスStx2 II、シゲラウイルス7502Stx、シゲラウイルスPOCJ13、エシェリキアウイルス191、エシェリキアウイルスPA2、エシェリキアウイルスTL2011、シゲラウイルスVASD、バークホルデリアウイルスBcep22、バークホルデリアウイルスBcepil02、バークホルデリアウイルスBcepmigl、バークホルデリアウイルスDC1、ボルデテラウイルスBPP1、バークホルデリアウイルスBcepC6B、セルノファーガウイルスCba41、セルノファーガウイルスCba172、ディノロセオバクターウイルスDFL12、エルウィニアウイルスEa9-2、エルウィニアウイルスFrozen、エシェリキアウイルスphiV10、サルモネラウイルスEpsilon15、サルモネラウイルスSPN1S、シュードモナスウイルスF116、シュードモナスウイルスH66、エシェリキアウイルスAPEC5、エシェリキアウイルスAPEC7、エシェリキアウイルスBp4、エシェリキアウイルスEC1UPM、エシェリキアウイルスECBP1、エシェリキアウイルスG7C、エシェリキアウイルスIME11、シゲラウイルスSb1、アクロモバクターウイルスAxp3、アクロモバクターウイルスJWAlpha、エドワージエラウイルスKF1、シュードモナスウイルスKPP25、シュードモナスウイルスR18、シュードモナスウイルスAb09、シュードモナスウイ

ルスLIT1、シュードモナスウイルスPA26、シュードモナスウイルスAb22、シュードモナスウイルスCHU、シュードモナスウイルスLUZ24、シュードモナスウイルスPAA2、シュードモナスウイルスPaP3、シュードモナスウイルスPaP4、シュードモナスウイルスTL、シュードモナスウイルスKPP21、シュードモナスウイルスLUZ7、エシェリキアウイルスN4、サルモネラウイルス9NA、サルモネラウイルスSP069、サルモネラウイルスBTP1、サルモネラウイルスHK620、サルモネラウイルスP22、サルモネラウイルスST64T、シゲラウイルスSf6、バチルスウイルスPage、バチルスウイルスPalmer、バチルスウイルスPascal、バチルスウイルスPony、バチルスウイルスPookie、エシェリキアウイルス172-1、エシェリキアウイルスECB2、エシェリキアウイルスNJ01、エシェリキアウイルスphiEco32、エシェリキアウイルスSeptima11、エシェリキアウイルスSU10、ブルセラウイルスPr、ブルセラウイルスTb、エシェリキアウイルスPollock、サルモネラウイルスFSL SP-058、サルモネラウイルスFSL 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バクテリウムウイルスBxz2、マイコバクテリウムウイルスChe12、マイコバクテリウムウイルスCuco、マイコバクテリウムウイルスD29、マイコバクテリウムウイルスDoom、マイコバクテリウムウイルスEricb、マイコバクテリウムウイルスEuphoria、マイコバクテリウムウイルスGeorge、マイコバクテリウムウイルスGladiator、マイコバクテリウムウイルスGoose、マイコバクテリウムウイルスHammer、マイコバクテリウムウイルスHeldan、マイコバクテリウムウイルスJasper、マイコバクテリウムウイルスJC27、マイコバクテリウムウイルスJeffabunny、マイコバクテリウムウイルスJHC117、マイコバクテリウムウイルスKBG、マイコバクテリウムウイルスKssjeb、マイコバクテリウムウイルスKugel、マイコバクテリウムウイルスL5、マイコバクテリウムウイルスLesedi、マイコバクテリウムウイルスLHTSCC、マイコバクテリウムウイルスlockley、マイコバクテリウムウイルスMarcell、マイコバクテリウムウイルスMicrowolf、マイコバクテリウムウイルスMrgordo、マイコバクテリウムウイルスMuseum、マイコバクテリウムウイルスNepal、マイコバクテリウムウイルスPackman、マイコバクテリウムウイルスPeaches、マイコバクテリウムウイルスPerseus、マイコバクテリウムウイルスPukovnik、マイコバクテリウムウイルスRebeuca、マイコバクテリウムウイルスRedrock、マイコバクテリウムウイルスRidgecb、マイコバクテリウムウイルスRockstar、マイコバクテリウムウイルスSaintus、マイコバクテリウムウイルスSkipole、マイコバクテリウムウイルスSolon、マイコバクテリウムウイルスSwitzer、マイコバクテリウムウイルスSWU1、マイコバクテリウムウイルスTa17a、マイコバクテリウムウイルスTiger、マイコバクテリウムウイルスTimshel、マイコバクテリウムウイルスTrixie、マイコバクテリウムウイルスTurbido、マイコバクテリウムウイルスTwister、マイコバクテリウムウイルスU2、マイコバクテリウムウイルスViolet、マイコバクテリウムウイルスWonder、エシェリキアウイルスDE3、エシェリキアウイルスHK629、エシェリキアウイルスHK630、エシェリキアウイルスLambda、アルスロバクターウイルスLaroye、マイコバクテリウムウイルスHalo、マイコバクテリウムウイルスLiefie、マイコバクテリウムウイルスMarvin、マイコバクテリウムウイルスMosmoris、アルスロバクターウイルスCircum、アルスロバクターウイルスMudcat、エシェリキアウイルスN15、エシェリキアウイルス9g、エシェリキアウイルスJenK1、エシェリキアウイルスJenP1、エシェリキアウイルスJenP2、シュードモナスウイルスNP1、シュードモナスウイルスPaMx25、マイコバクテリウムウイルスBaka、マイコバクテリウムウイルスCourthouse、マイコバクテリウムウイルスLittlee、マイコバクテリウムウイルスOmega、マイコバクテリウムウイルスOptimus、マイコバクテリウムウイルスThibault、ポラリバクターウイルスP12002L、ポラリバクターウイルスP12002S、ノンラベンスウイルスP12024L、ノンラベンスウイルスP12024S、サーマスウイルスP23-45、サーマスウイルスP74-26、リステリアウイルスLP26、リステリアウイルスLP37、リステリアウイルスLP110、リステリアウイルスLP114、リステリアウイルスP70、プロピオニバクテリウムウイルスATCC29399BC、プロピオニバクテリウムウイルスATCC29399BT、プロピオニバクテリウムウイルスAttacne、プロピオニバクテリウムウイルスKeiki、プロピオニバクテリウムウイルスKubed、プロピオニバクテリウムウイルスLauchelly、プロピオニバクテリウムウイルスMrAK、プロピオニバクテリウムウイルスOuroboros、プロピオニバクテリウムウイルスP91、プロピオニバクテリウムウイルスP105、プロピオニバクテリウムウイルスP144、プロピオニバクテリウムウイルスP1001、プロピオニバクテリウムウイルスP1.1、プロピオニバクテリウムウイルスP100A、プロピオニバクテリウムウイルスP100D、プロピオニバクテリウムウイルスP101A、プロピオニバクテリウムウイルスP104A、プロピオニバクテリウムウイルスPA6、プロピオニバクテリウムウイルスPacnes201215、プロピオニバクテリウムウイルスPAD20、プロピオニバクテリウムウイルスPAS50、プロピオニバクテリウムウイルスPHL009M11、プロピオニバクテリウムウイルスPHL025M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL037M02、プロピオニバクテリウムウイルスPHL041M10、プロピオニバクテリウムウイルスPHL060L00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL067M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL070N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL071N05、プロピオニバクテリウムウイルスPHL082M03、プロピオニバクテリウムウイルスPHL092M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL095N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL111M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL112N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL113M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL114L00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL116M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL117M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL117M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL132N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL141N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL151M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL151N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL152M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL163M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL171M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL179M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL194M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL199M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL301M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL308M00、プロピオニバクテリウムウイルスPirate、プロピオニバクテリウムウイルスProcrass1、プロピオニバクテリウムウイルスSKKY、プロピオニバクテリウムウイルスSolid、プロピオニバクテリウムウイルスStormborn、プロピオニバクテリウムウイルスWizzo、シュードモナスウイルスPaMx28、シュードモナスウイルスPaMx74、マイコバクテリウムウイルスPatience、マイコバクテリウムウイルスPBI1、ロドコッカスウイルスPepy6、ロドコッカスウイルスPoco6、プロピオニバクテリウムウイルスPFR1、ストレプトマイセスウイルスphiBT1、ストレプトマイセスウイルスphiC31、ストレプトマイセスウイルスTG1、カウロバクターウイルスKarma、カウロバクターウイルスMagneto、カウロバクターウイルスphiCbK、カウロバクターウイルスRogue、カウロバクターウイルスSwift、スタフィロコッカスウイルス11、スタフィロコッカスウイルス29、スタフィロコッカスウイルス37、スタフィロコッカスウイルス53、スタフィロコッカスウイルス55、スタフィロコッカスウイルス69、スタフィロコッカスウイルス71、スタフィロコッカスウイルス80、スタフィロコッカスウイルス85、スタフィロコッカスウイルス88、スタフィロコッカスウイルス92、スタフィロコッカスウイルス96、スタフィロコッカスウイルス187、スタフィロコッカスウイルス52a、スタフィロコッカスウイルス80alpha、スタフィロコッカスウイルスCNPH82、スタフィロコッカスウイルスEW、スタフィロコッカスウイルスIPLA5、スタフィロコッカスウイルスIPLA7、スタフィロコッカスウイルスIPLA88、スタフィロコッカスウイルスPH15、スタフィロコッカスウイルスphiETA、スタフィロコッカスウイルスphiETA2、スタフィロコッカスウイルスphiETA3、スタフィロコッカスウイルスphiMR11、スタフィロコッカスウイルスphiMR25、スタフィロコッカスウイルスphiNM1、スタフィロコッカスウイルスphiNM2、スタフィロコッカスウイルスphiNM4、スタフィロコッカスウイルスSAP26、スタフィロコッカスウイルスX2、エンテロコッカスウイルスFL1、エンテロコッカスウイルスFL2、エンテロコッカスウイルスFL3、ラクトバチルスウイルスATCC8014、ラクトバチルスウイルスphiJL1、ぺディオコッカスウイルスcIP1、アエロモナスウイルスpIS4A、リステリアウイルスLP302、リステリアウイルスPSA、メタノバクテリウムウイルスpsiM1、ロゼオバクターウイルスRDJL1、ロゼオバクターウイルスRDJL2、ロドコッカスウイルスRER2、エンテロコッカスウイルスBC611、エンテロコッカスウイルスIMEEF1、エンテロコッカスウイルスSAP6、エンテロコッカスウイルスVD13、ストレプトコッカスウイルスSPQS1、マイコバクテリウムウイルスPapyrus、マイコバクテリウムウイルスSend513、バークホルデリアウイルスKL1、シュードモナスウイルス73、シュードモナスウイルスAb26、シュードモナスウイルスKakheti25、エシェリキアウイルスCajan、エシェリキアウイルスSeurat、スタフィロコッカスウイルスSEP9、スタフィロコッカスウイルスSextaec、ストレプトコッカスウイルス858、ストレプトコッカスウイルス2972、ストレプトコッカスウイルスALQ132、ストレプトコッカスウイルスO1205、ストレプトコッカスウイルスSfi11、ストレプトコッカスウイルス7201、ストレプトコッカスウイルスDT1、ストレプトコッカスウイルスphiAbc2、ストレプトコッカスウイルスSfi19、ストレプトコッカスウイルスSfi21、パエニバチルスウイルスDiva、パエニバチルスウイルスHb10c2、パエニバチルスウイルスRani、パエニバチルスウイルスShelly、パエニバチルスウイルスSitara、パエニバチルスウイルスWillow、ラクトコッカスウイルス712、ラクトコッカスウイルスASCC191、ラクトコッカスウイルスASCC273、ラクトコッカスウイルスASCC281、ラクトコッカスウイルスASCC465、ラクトコッカスウイルスASCC532、ラクトコッカスウイルスBibb29、ラクトコッカスウイルスbIL170、ラクトコッカスウイルスCB13、ラクトコッカスウイルスCB14、ラクトコッカスウイルスCB19、ラクトコッカスウイルスCB20、ラクトコッカスウイルスjj50、ラクトコッカスウイルスP2、ラクトコッカスウイルスP008、ラクトコッカスウイルスsk1、ラクトコッカスウイルスSl4、バチルスウイルスSlash、バチルスウイルスStahl、バチルスウイルスStaley、バチルスウイルスStills、ゴードニアウイルスBachita、ゴードニアウイルスClubL、ゴードニアウイルスOneUp、ゴードニアウイルスSmoothie、ゴードニアウイルスSoups、バチルスウイルスSPbeta、ビブリ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12、シュードモナスウイルスPAE1、シュードモナスウイルスYua、シュードアルテロモナスウイルスPM2、シュードモナスウイルスphi6、シュードモナスウイルスphi8、シュードモナスウイルスphi12、シュードモナスウイルスphi13、シュードモナスウイルスphi2954、シュードモナスウイルスphiNN、シュードモナスウイルスphiYY、ビブリオウイルスfs1、ビブリオウイルスVGJ、ラルストニアウイルスRS603、ラルストニアウイルスRSM1、ラルストニアウイルスRSM3、エシェリキアウイルスM13、エシェリキアウイルスI22、サルモネラウイルスIKe、アコレプラズマウイルスL51、ビブリオウイルスfs2、ビブリオウイルスVFJ、エシェリキアウイルスIf1、プロピオニバクテリウムウイルスB5、シュードモナスウイルスPf1、シュードモナスウイルスPf3、ラルストニアウイルスPE226、ラルストニアウイルスRSS1、スピロプラズマウイルスSVTS2、ステノトロホモナスウイルスPSH1、ステノトロホモナスウイルスSMA6、ステノトロホモナスウイルスSMA7、ステノトロホモナスウイルスSMA9、ビブリオウイルスCTXphi、ビブリオウイルスKSF1、ビブリオウイルスVCY、ビブリオウイルスVf33、ビブリオウイルスVfO3K6、キサントモナスウイルスCf1c、スピロプラズマウイルスC74、スピロプラズマウイルスR8A2B、スピロプラズマウイルスSkV1CR23x、エシェリキアウイルスFI、エシェリキアウイルスQbeta、エシェリキアウイルスBZ13、エシェリキアウイルスMS2、エシェリキアウイルスalpha3、エシェリキアウイルスID21、エシェリキアウイルスID32、エシェリキアウイルスID62、エシェリキアウイルスNC28、エシェリキアウイルスNC29、エシェリキアウイルスNC35、エシェリキアウイルスphiK、エシェリキアウイルスSt1、エシェリキアウイルスWA45、エシェリキアウイルスG4、エシェリキアウイルスID52、エシェリキアウイルスTalmos、エシェリキアウイルスphiX174、ブデロビブリオウイルスMAC1、ブデロビブリオウイルスMH2K、クラミジアウイルスChp1、クラミジアウイルスChp2、クラミジアウイルスCPAR39、クラミジアウイルスCPG1、スピロプラズマウイルスSpV4、アコレプラズマウイルスL2、シュードモナスウイルスPR4、シュードモナスウイルスPRD1、バチルスウイルスAP50、バチルスウイルスBam35、バチルスウイルスGIL16、バチルスウイルスWip1、エシェリキアウイルスphi80、エシェリキアウイルスRB42、エシェリキアウイルスT2、エシェリキアウイルスT3、エシェリキアウイルスT6、エシェリキアウイルスVT2-Sa、エシェリキアウイルスVT1-Sakai、エシェリキアウイルスVT2-Sakai、エシェリキアウイルスCP-933V、エシェリキアウイルスP27、エシェリキアウイルスStx2phi-I、エシェリキアウイルスStx1phi、エシェリキアウイルスStx2phi-II、エシェリキアウイルスCP-1639からなる群において選択され、エシェリキアウイルスBP-4795、エシェリキアウイルス86、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルス2851、エシェリキアウイルス1717、エシェリキアウイルスYYZ-2008、エシェリキアウイルスEC026_P06、エシェリキアウイルスECO103_P15、エシェリキアウイルスECO103_P12、エシェリキアウイルスECO111_P16、エシェリキアウイルスECO111_P11、エシェリキアウイルスVT2phi_272、エシェリキアウイルスTL-2011c、エシェリキアウイルスP13374、エシェリキアウイルスSp5に基づく。

【0073】

一実施形態では、バクテリオファージ由来粒子は、大腸菌を標的化し、BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、Wφ、φK13、φl、φ2、φ7、φ92、7 A、8φ、9φ、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5φ、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933Hからなる群において選択されるバクテリオファージのキャプシドを含む。

【0074】

複製起点
当技術分野において既知の複製起点は、種特異的プラスミドDNA(例えば、CoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、p15a、及び同様のもの)、細菌ウイルス(例えば、φX174、M13、F1、及びP4)、並びに細菌染色体の複製起点(例えば、oriC)から同定されている。

【0075】

一実施形態において、本発明において使用される核酸ペイロード、好ましくはプラスミドは、標的細菌内において機能的である細菌複製起点を含む。

【0076】

或いは、本発明において使用される核酸ペイロード、好ましくはプラスミドは、いかなる機能的細菌複製起点も含まず、或いは、標的細菌内において不活性である複製起点を含む。したがって、核酸ペイロードは、細菌ウイルス粒子によって細菌内に導入された後に、自身を複製することができない。

【0077】

一実施形態において、パッケージされる核酸ペイロード、好ましくはプラスミド、における複製起点は、標的細菌内において不活性であり、それは、この複製起点が、細菌ウイルス粒子によって標的細菌内において機能的ではなく、したがって、望まないペイロードの複製を防ぐことを意味する。

【0078】

一実施形態において、核酸ペイロード、好ましくはプラスミドは、細菌ウイルス粒子の産生のために使用される細菌内において機能的である細菌複製起点を含む。

【0079】

細菌特異的複製起点

【0080】

プラスミドの複製は、宿主酵素及びプラスミド制御されるシス及びトランス決定因子に依存する。例えば、いくつかのプラスミドは、ほとんど全てのグラム陰性細菌において認識されて、複製開始及び調節の際に各宿主において正しく機能する、決定因子を有する。他のプラスミドは、何種類かの細菌においてのみこの能力を有する(Kues, U and Stahl, U、1989年、Microbiol Rev 53:491～516頁)。

【0081】

プラスミドは、3つの一般的機構、すなわち、Θタイプ、鎖置換、並びに複製起点において開始するローリング・サークル(Del Solarら、1998年、Microhio and Molec Biol. Rev 62:434～464頁によって概説される)、によって複製される。この複製起点は、プラスミド及び/又は宿主コード化タンパク質の相互作用のために必要な部位を含む。

【0082】

本発明において使用される核酸ペイロード、好ましくはプラスミド、において使用される複製起点は、中程度のコピー数、例えば、pBR322(1細胞あたり15～20コピー)又はR6KプラスミドからのColE1 oriであり得るか、又は多いコピー数、例えば、pUC ori(1細胞あたり500～700コピー)、pGEM ori(1細胞あたり300～400コピー)、pTZ ori(1細胞あたり>1000コピー)、又はpBluescript ori(1細胞あたり300～500コピー)であり得る。

【0083】

一実施形態において、細菌複製起点は、ColE1、pMB1、及びバリアント(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、FIncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158、及びpUB113からなる群において選択される。

【0084】

より好ましくは、細菌複製起点は、ColE1、pMB1、及びバリアント(pBR322,pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、FIncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10からなる群において選択される大腸菌複製起点である。

【0085】

より好ましくは、細菌複製起点は、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158、及びpUB113からなる群において選択される。

【0086】

更により好ましくは、細菌複製起点は、ColE1及びp15aである。

【0087】

一実施形態において、細菌複製起点は、プロピオニバクテリウム属及びキューティバクテリウム属(Cutibacterium)において、より詳細には、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ(Propionibacterium freudenreichii)、及びキューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)において機能的であり、並びに、pLME108、pLME106、p545、pRGO1、pZGX01、pPG01、pYS1、FRJS12-3、FRJS25-1、pIMPLE-HL096PA1、A_15_1_R1からなる群から選択される。

【0088】

ファージ複製起点
本発明によるペイロードは、後の異なるキャプシド内への封入のために、完全なファージゲノムの相補性により、ペイロードの複製を開始することができるファージ複製起点を含み得る。

【0089】

ファージ複製起点は、任意のファージ粒子をパッケージする必要なく細菌複製起点として機能するように操作することもできる。

【0090】

本発明のペイロードに含まれるファージ複製起点は、ファージにおいて見出される任意の複製起点であり得る。

【0091】

好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、ラムダ、P2、186、ラムダ様、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、phi80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、phiX174、R17、PRD1Pl様、P2様、P22、P22様、N15、及びN15様バクテリオファージの野生型又は非野生型配列であり得る。

【0092】

より好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、及びラムダのファージ複製起点からなる群において選択される。

【0093】

特定の実施形態において、ファージ複製起点は、P4複製起点である。

【0094】

特定の実施形態において、ファージ複製起点は、プロピオニバクテリウムファージ:BW様ファージ、例えば、ドウセット、B22、E6、G4、BV様ファージ、例えば、アナトール、E1、B3、BX様ファージ、例えば、PFR1及びPFR2、糸状性B5ファージ、BU様ファージ(キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)ファージ)、由来である。

【0095】

バクテリオファージ由来粒子によって標的にされる細菌は、哺乳動物有機体中、植物中、又は環境中に存在する任意の細菌であり得る。それは、微生物叢又はマイクロビオームの任意の片利共生細菌、共生細菌、又は病原性細菌であり得る。

【0096】

マイクロビオームは、そのいずれもが本開示により標的とされ得るような様々な内因性細胞種を含み得る。いくつかの実施形態において、標的化内因性細菌細胞の属及び/又は種は、細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージのタイプに依存し得る。例えば、いくつかのバクテリオファージは、細菌の特定の宿主種に対して指向性を示すか又はそれを優先的に標的にする。他のバクテリオファージは、そのような指向性を示さず、並びに、内因性細菌細胞のいくつかの異なる属及び/又は種を標的とするために使用され得る。

【0097】

細菌細胞の例としては、限定はされないが、以下の属:エルシニア属(Yersinia spp.)、エシェリヒア属(Escherichia spp.)、クレブシエラ属(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属(Acinetobacter spp.)、ボルデテラ属(Bordetella spp.)、ネイセリア属(Neisseria spp.)、アエロモナス属(Aeromonas spp.)、フランシセラ(Francisella spp.)、コリネ桿菌(Corynebacterium spp.)、シトロバクター(Citrobacter spp.)、クラミジア属(Chlamydia spp)、ヘモフィルス属(Hemophilus spp.)、ブルセラ属(Brucella spp.)、マイコバクテリウム属(Mycobacterium spp.)、レジオネラ属(Legionella spp.)、ロドコッカス属(Rhodococcus spp)、シュードモナス属(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属(Helicobacter spp.)、ビブリオ属(Vibrio spp.)、バシラス属(Bacillus spp.)、エリジペロスリックス属(Erysipelothrix spp.)、サルモネラ属(Salmonella spp.)、ストレプトマイセス属(Streptomyces spp.)、レンサ球菌属(Streptococcus spp)、ブドウ球菌属(Staphylococcus spp.)、バクテロイド属(Bacteroides spp.)、プレボテラ属(Prevotella spp.)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium spp)、クロストリジウム属(Clostridium spp.)、ブレヴィオバクテリウム属(Brevibacterium spp.)、ラクトコッカス属(Lactococcus spp.)、リューコノストック属(Leuconostoc spp.)、アクチノバチルス属(Actinobacillus spp.)、セレノモナス属(Selnomonas spp.)、赤痢菌属(Shigella spp.)、ザイモモナス属(Zymonas spp.)、マイコプラズマ属(Mycoplasma spp.)、トレポネーマ属(Treponema spp)、リューコノストック属(Leuconostoc spp.)、コリネ桿菌属(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス属(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属(Enterobacter spp.)、ピロコッカス属(Pyrococcus spp.)、霊菌属(Serratia spp.)、モルガネラ属(Morganella spp.)、パルビモナス属(Parvimonas spp)、フソバクテリウム属(Fusobacterium spp.)、アクチノマイセス属(Actinomyces spp.)、ポルフィロモナス属(Porphyromonas spp.)、ミクロコッカス属(Micrococcus spp.)、バルトネラ属(Bartonella spp.)、ボレリア属(Borrelia spp.)、ブルセラ属(Brucelia spp.)、カンピロバクター菌属(Campylobacter spp.)、クラミドフィラ属(Chlamydophilia spp.)、キューティバクテリウム属(Cutibacterium spp.)、プロピオニバクテリウム属(Propionibacterium spp.)、ガードネレラ属(Gardnerella spp.)、エールリキア属(Ehrlichia spp.)、ヘモフィルス属(Haemophilus spp.)、レプトスピラ属(Leptospira spp.)、リステリア属(Listeria spp.)、マイコプラズマ属(Mycoplasma spp)、ノカルジア属(Nocardia spp.)、リケッチア属(Rickettsia spp.)、ウレアプラスマ属(Ureaplasma spp.)、乳酸杆菌属(Lactobacillus spp.)、フィーカリバクテリウム属(Faecalibacterium spp.,)、ルミノコッカス属(Ruminococcus spp.)、及びこれらの混合物、の細菌由来の細胞が挙げられる。

【0098】

したがって、バクテリオファージ由来粒子は、本発明によるペイロードを特異的に送達するために、細菌の前述の属の任意の1つ又は複数に由来する細菌細胞を標的にし得る(例えば、特異的に標的にし得る)。

【0099】

好ましくは、標的細菌は、エルシニア属、エシェリヒア属、クレブシエラ属、アシネトバクター属、シュードモナス属、ヘリコバクター属、ビブリオ属、サルモネラ属、レンサ球菌属、ブドウ球菌属、バクテロイド属、クロストリジウム属、赤痢菌属、エンテロコッカス属、エンテロバクター属、リステリア属、キューティバクテリウム属、プロピオニバクテリウム属、フソバクテリウム属、ポルフィロモナス属、及びガードネレラ属からなる群から選択することができる。

【0100】

いくつかの実施形態において、本発明の細菌細胞は、嫌気性細菌細胞(例えば、成長のために酸素を必要としない細胞)である。嫌気性細菌細胞は、通性嫌気性細胞、例えば、限定はされないが、大腸菌、シェワネラ・オネイデンシス(Shewanella oneidensis)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、及びリステリア属を含む。嫌気性細菌細胞は、偏性嫌気性細胞、例えば、バクテロイド属(Bacteroide)、クロストリジウム属(Clostridium)、キューティバクテリウム属、プロピオニバクテリウム属、フソバクテリウム属、及びポルフィロモナス属種も含む。ヒトにおいて、嫌気性細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される。したがって、いくつかの特定の実施形態において、標的細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される細菌である。細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージ、及び細菌ウイルス粒子は、プラスミドを特異的に送達するために、当業者に公知のそれらの特定のスペクトルに従って、嫌気性細菌細胞を標的にし得る(例えば、特異的に標的にし得る)。

【0101】

いくつかの実施形態において、標的細菌細胞は、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ジスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、クロストリジウム・レプタム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、枯草菌(Bacillus subtilis)、クロストリジウム・ブチリカム(Clostridium butyricum)、ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム(Brevibacterium lactofermentum)、B群溶結性連鎖球菌(Streptococcus agalactiae)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、リューコノストック・ラクチス(Leuconostoc lactis)、アクチノバチルス・アクチノビセテムコミタンス(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、シアノバクテリア(Cyanobacteria)、大腸菌、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、セレノモナス・ルミナンチウム(Selenomonas ruminatium)、D群赤痢菌(Shigella sonnei)、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、マイコプラズマ・ミコイデス(Mycoplasma mycoides)、トレポネーマ・デンチコラ(Treponema denticola)、バチルス・チューリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphilococcus lugdunensis)、リューコノストック・オエノス(Leuconostoc oenos)、コリネバクテリウム・ゼロシス(Corynebacterium xerosis)、ラクトバチルス・プランタルム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ラムノサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・カゼイ(Lactobacillus casei)、ラクトバチルス・アシドフィルス(Lactobacillus acidophilus)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、バチルス・コアグランス(Bacillus coagulans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、バチルス・ポピラエ(Bacillus popillae)、シネコシスティス株PCC6803(Synechocystis strain PCC6803)、バチルス・リクエファシエンス(Bacillus liquefaciens)、ピロコッカス・アビシイ(Pyrococcus abyssi)、セレノモナス・ノミナンチウム(Selenomonas nominantium)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)、ラクトバチルス・ペントーサス(Lactobacillus pentosus)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ストレプトミセス・ファエクロモゲネス(Streptomyces phaechromogenes)、ストレプトミセス・ガナエニス(Streptomyces ghanaenis)、クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)、エンテロバクター・クロアカ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、セルラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、シトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ、シュードモナス・アエリグノサ(Pseudomonas aerigunosa)、パルビノモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、プレボテラ・インテルメディア(Prevotella intermedia)、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)、プレボテラ・ニグレッセンス(Prevotella nigrescens)、アクチノミセス・イスラエリイ(Actinomyces israelii)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、バチルス・メガテリウム(Bacillus megaterium)、アエロモナス・ハイドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、アエロモナス・キャビアエ(Aeromonas caviae)、バチルス・アントラシス(Bacillus anthracis)、バルトネラ・ヘンセラエ(Bartonella henselae)、バルトネラ・クインターナ(Bartonella Quintana)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、ボレリア・ブルグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、ボレリア・ガリニイ(Borrelia garinii)、ボレリア・アフゼリイ(Borrelia afzelii)、ボレリア・レクルレンチス(Borrelia recurrentis)、ブルセラ・アボルツス(Brucella abortus)、ブルセラ・カニス(Brucella canis)、ブルセラ・メリテンシス(Brucella melitensis)、ブルセラ・スイス(Brucella suis)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・フェタス(Campylobacter fetus)、クラミジア・ニューモニエ(Chlamydia pneumoniae)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・シッタシ(Chlamydophila psittaci)、クロストリジウム・ボツリヌム(Clostridium botulinum)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、クロストリジウム・パーフリンゲンス(Clostridium perfringens)、クロストリジウム・テタニ(Clostridium tetani)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、キューティバクテリウム・アクネス(以前のプロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)、エーリキア・キャフェエンシス(Ehrlichia chaffeensis)、エンテロコッカス・ファエシウム(Enterococcus faecium)、フランシセラ・ツラレンシス(Francisella tularensis)、インフルエンザ菌(Haemophilus influenza)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、レプトスピラ・インテロガンス(Leptospira interrogans)、レプトスピラ・サンタロサイ(Leptospira santarosai)、レプトスピラ・ウェイリイ(Leptospira weilii)、レプトスピラ・ノグチイ(Leptospira noguchii)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、マイコバクテリウム・レプラエ(Mycobacterium leprae)、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、マイコバクテリウム・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)、マイコプラズマ・ニューモニア(Mycoplasma pneumonia)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、ネイセリア・メニンギチデス(Neisseria meningitides)、ノカルジア・アステロイドス(Nocardia asteroids)、リケッチア・リケッチア(Rickettsia rickettsia)、サルモネラ・エンテリティディス(Salmonella enteritidis)、チフス菌(Salmonella typhi)、サルモネラ・パラチフィ(Salmonella paratyphi)、サルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexnerii)、志賀赤痢菌(Shigella dysenteriae)、スタフィロコッカス・サプロフィティクス(Staphylococcus saprophyticus)、ストレプトコッカス・ニューモニエ(Streptococcus pneumoniae)、化膿性連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)、ガードネレラ・バギナリス、ストレプトコッカス・ビリダンス(Streptococcus viridans)、トレポネーマ・パリズム(Treponema pallidum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、コレラ菌(Vibrio cholera)、ビブリオ・パラハエモリチクス(Vibrio parahaemolyticus)、エルシニア・ぺスチス(Yersinia pestis)、エルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitic)、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)、アクチノバクター・バウマニイ(Actinobacter baumanii)、シュードモナス・アエリグノサ(Pseudomonas aerigunosa)、及びこれらの混合物からなる群から選択され、好ましくは、目的の細菌は、大腸菌、エンテロコッカス・ファエシウム、黄色ブドウ球菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニイ(Acinetobacter baumanii)、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)、エンテロバクター・クロアカ、及び、エンテロバクター・アエロゲネス、並びにこれらの混合物からなる群から選択される。

【0102】

いくつかの実施形態において、標的細菌細胞は、アナエロツルンカス属(Anaerotruncus)、アセタナエロバクテリウム属(Acetanaerobacterium)、アセチトマクルム属(Acetitomaculum)、アセチビブリオ属(Acetivibrio)、アネロコッカス属(Anaerococcus)、アネロフィルム属(Anaerofilum)、アネロシヌス属(Anaerosinus)、アネロスチペス属(Anaerostipes)、アネロボラックス属(Anaerovorax)、ブチリビブリオ属(Butyrivibrio)、クロストリジウム属(Clostridium)、カプラコッカス属(Capracoccus)、デハロバクター属(Dehalobacter)、ジアリスター属(Dialister)、ドレア属(Dorea)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、エタノリゲネンス(Ethanoligenens)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、フソバクテリウム属(Fusobacterium)、グラシリバクター属(Gracilibacter)、グゲンヘイメラ属(Guggenheimella)、ヘスペリア属(Hespellia)、ラクノバクテリウム属(Lachnobacteriium)、ラクノスピラ属(Lachnospira)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、リューコノストック属(Leuconostoc)、メガモナス属(Megamonas)、モリエラ属(Moryella)、ミツオケラ属(Mitsuokella)、オリバクテリウム属(Oribacterium)、オキソバクター属(Oxobacter)、パピリバクター属(Papillibacter)、プロプリオンスピラ属(Proprionispira)、シュードブチリビブリオ属(Pseudobutyrivibrio)、シュードラミバクター属(Pseudoramibacter)、ロセブリア属(Roseburia)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、サルシナ属(Sarcina)、セイノネラ属(Seinonella)、シュトレウォルチア属(Shuttleworthia)、スプロバクター属(Sporobacter)、スプロバクテリウム属(Sporobacterium)、ストレプトコッカス属(Streptococcus)、スブドリグラヌルム属(Subdoligranulum)、シントロフォコッカス属(Syntrophococcus)、サーモバシルス属(Thermobacillus)、ツリバクター属(Turibacter)、ウェイセラ属(Weisella)、クロストリジウム属(Clostridium)、バクテロイド、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、トレポネーマ属(Treponema)、ファスコラークトバクテリウム属(Phascolarctobacterium)、メガスファエラ属(Megasphaera)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ステレラ属(Sutterella)、及びプレボテラ属(Prevotella)からなる群から選択される。

【0103】

他の実施形態において、標的細菌細胞は、アクロモバクター・キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans)、アシダミノコッカス・フェルメンタンス(Acidaminococcus fermentans)、アシダミノコッカス・インテスティニー(Acidaminococcus intestini)、アシダミノコッカス属、アシネトバクター・バウマンニイ(Acinetobacter baumannii)、アシネトバクター・ジュニイ(Acinetobacter junii)、アシネトバクター・ルヴォフィイ(Acinetobacter lwoffii)、アクチノバチルス・カプスラツス(Actinobacillus capsulatus)、アクチノミセス・ネスルンディ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ(Actinomyces neuii)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・ラディンガエ(Actinomyces radingae)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(Adlercreutzia equolifaciens)、アエロミクロビウム・マスシリエンス(Aeromicrobium massiliense)、アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス(Aggregatibacter actinomycetemcomitans)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(Akkermansia muciniphila)、Aliagarivorans marinus、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アリスティペス・インディスティンクタス(Alistipes indistinctus)、アリスティペス・イノプス(Alistipes inops)、アリスティペス・オンデルドンキイ(Alistipes onderdonkii)、アリスティペス・ピュトレディニス(Alistipes putredinis)、アリスティペス・セネガレンシス(Alistipes senegalensis)、アリスティペス・シャーヒイ(Alistipes shahii)、アリスティペス・チモネンシス(Alistipes timonensis)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Anaerobacter polyendosporus、アナエロバキュラム・ヒドロジェニフォーマンス(Anaerobaculum hydrogeniformans)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコッカス・セネガレンシス(Anaerococcus senegalensis)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(Anaerofustis stercorihominis)、アナエロスティペス・カカエ(Anaerostipes caccae)、アナエロスティペス・ハドラス(Anaerostipes hadrus)、アナエロツルンカス・コリホミニス(Anaerotruncus colihominis)、アネウリニバチルス・アネウリニリティカス(Aneurinibacillus aneurinilyticus)、バチルス・リケニフォルミス(Bacillus licheniformis)、バチルス・マシリオアノレシウス(Bacillus massilioanorexius)、バチルス・マシリオセネガレンシス(Bacillus massiliosenegalensis)、バチルス・シンプレックス(Bacillus simplex)、バチルス・スミシー(Bacillus smithii)、枯草菌(Bacillus subtilis)、バチルス・チューリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、バチルス・チモネンシス(Bacillus timonensis)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteriodes xylanisolvens)、バクテロイデス・アシジファシエンス(Bacteroides acidifaciens)、バクテロイデス・カカエ(Bacteroides caccae)、バクテロイデス・カピロサス(Bacteroides capillosus)、バクテロイデス・セルロシリチカス(Bacteroides cellulosilyticus)、バクテロイデス・クラルス(Bacteroides clarus)、バクテロイデス・コプロコーラ(Bacteroides coprocola)、バクテロイデス・コプロフィラス(Bacteroides coprophilus)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・エガーシイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・ファインゴールディイ(Bacteroides finegoldii)、バクテロイデス・フラクサス(Bacteroides fluxus)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ガリナルム(Bacteroides gallinarum)、バクテロイデス・インテスティナーリス(Bacteroides intestinalis)、バクテロイデス・ノルディイ(Bacteroides nordii)、バクテロイデス・オレイシプレヌス(Bacteroides oleiciplenus)、バクテロイデス・オバツス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・ペクチノフィルス(Bacteroides pectinophilus)、バクテロイデス・プレビウス(Bacteroides plebeius)、バクテロイデス・サラニトロニス(Bacteroides salanitronis)、バクテロイデス・セイリヤーシアエ(Bacteroides salyersiae)、バクテロイデス属、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・ペクチノフィラスATCC(Bacteroidespectinophilus ATCC)、バルネシエラ・インテスティニホミニス(Barnesiella intestinihominis)、ババリコッカス・セイロリ(Bavariicoccus seileri)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム(Bifidobacterium angulatum)、ビフィドバクテリウム・アニマーリス(Bifidobacterium animalis)、ビフィドバクテリウム・ビフィダム(Bifidobacterium bifidum)、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve)、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム(Bifidobacterium catenulatum)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(Bifidobacterium gallicum)、ビフィオバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、ビフィドバクテリウム・スターコリス(Bifidobacterium stercoris)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)、ブラウティア・ファエシス(Blautia faecis)、ブラウティア・ハンセニイ(Blautia hansenii)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、ブラウティア・ルティ(Blautia luti)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、ブラキモナス・シロノミー(Brachymonas chironomi)、ブレビバクテリウム・セネガレンス(Brevibacterium senegalense)、ブライアンテラ・フォーマテキシゲンス(Bryantella formatexigens)、クロストリジウム・ブチリカム(butyrate-producing bacterium)、ブチリシコッカス・プリカエコルム(Butyricicoccus pullicaecorum)、ブチリシモナス・ビローサ(Butyricimonas virosa)、ブチリビブリオ・クロッソツス(Butyrivibrio crossotus)、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス(Butyrivibrio fibrisolvens)、カルジコプロバクター・フェカリス(Caldicoprobacter faecalis)、カンピロバクター・コンシサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)、カンピロバクター・ウプサリエンシス(Campylobacter upsaliensis)、カテニバクテリウム・ミツオカイ(Catenibacterium mitsuokai)、セデセア・ダヴィスアエ(Cedecea davisae)、セルロモナス・マスシリエンシス(Cellulomonas massiliensis)、セトバクテリウム・ソメラエ(Cetobacterium somerae)、サイトロバクター・ブラアキイ(Citrobacter braakii)、シトロバクター・フレウンディ(Citrobacter freundii)、サイトロバクター・パステウリイ(Citrobacter pasteurii)、シトロバクター属、サイトロバクター・ヤンガエ(Citrobacter youngae)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、クロストリジアーレス・バクテリウム(Clostridiales bacterium)、クロストリディオイデス・ディフィシル(Clostridioides difficile)、クロストリジウム・アスパラギホルメ(Clostridium asparagiforme)、クロストリジウム・バートレティイ(Clostridium bartlettii)、クロストリジウム・ボリビエンシス(Clostridium boliviensis)、クロストリジウム・ボルテアエ(Clostridium bolteae)、クロストリジウム・ハセワイ(Clostridium hathewayi)、クロストリジウム・ヒラノニス(Clostridium hiranoni)、クロストリジウム・ハイレモンアエ(Clostridium hylemonae)、クロストリジウム・レプタム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・メチルベントーサム(Clostridium methylpentosum)、クロストリジウム・ネキシレ(Clostridium nexile)、クロストリジウム・オルビシンデンス(Clostridium orbiscindens)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、クロストリジウム・シンデンス(Clostridium scindens)、クロストリジウム属、クロストリジウム属、クロストリジウム・スパイロフォルメ(Clostridium spiroforme)、クロストリジウム・スポロゲネス(Clostridium sporogenes)、クロストリジウム・シンビオサム(Clostridium symbiosum)、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コリンゼラ・インテスティナリス(Collinsella intestinalis)、コリンゼラ・スターコリス(Collinsella stercoris)、コリンゼラ・タナカエイ(Collinsella tanakaei)、コプロバチルス・カテニフォルミス(Coprobacillus cateniformis)、コプロバクター・ファスティディオスス(Coprobacter fastidiosus)、コプロコッカス・カツス(Coprococcus catus)、コプロコッカス・コメス(Coprococcus comes)、コプロコッカス・ユウタクタス(Coprococcus eutactus)、コリネバクテリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラタム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・シュードジフセリチクム(Corynebacterium pseudodiphtheriticum)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)、デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス(Desulfitobacterium hafniense)、デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス(Desulfovibrio fairfieldensis)、デスルホビブリオ・ピゲル(Desulfovibrio piger)、ディアリスター・サクシナティフィラス(Dialister succinatiphilus)、ディエルマ・ファスティディオーサ(Dielma fastidiosa)、ドレア・フォルミシゲネランス(Dorea formicigenerans)、ドレア・ロンギカテナ(Dorea longicatena)、ディスゴノモナス・カプノサイトファゴイデス(Dysgonomonas capnocytophagoides)、ディスゴノモナス・ガデイ(Dysgonomonas gadei)、ディスゴノモナス・モッシイ(Dysgonomonas mossii)、エドワードシエラ・タルダ(Edwardsiella tarda)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)、アイゼンベルギエラ・タイ(Eisenbergiella tayi)、エノーマ・マスシリエンシス(Enorma massiliensis)、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、エンテロバクター・アスブリアエ(Enterobacter asburiae)、エンテロバクター・カンセロゲナス(Enterobacter cancerogenus)、エンテロバクター・クロアカ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・マスシリエンシス(Enterobacter massiliensis)、エンテロコッカス・カセリフラブス(Enterococcus casseliflavus)、エンテロコッカス・デュランス(Enterococcus durans)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・ファエシウム(Enterococcus faecium)、エンテロコッカス・フラベセンス(Enterococcus flavescens)、エンテロコッカス・ガリナルム(Enterococcus gallinarum)、エンテロコッカス属、エンテロビブリオ・ニグリカンス(Enterovibrio nigricans)、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム(Erysipelatoclostridium ramosum)、大腸菌(Escherichia coli)、エシェリキア属、ユウバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium biforme)、ユウバクテリウム・ドリクム(Eubacterium dolichum)、ユウバクテリウム・ハリイ(Eubacterium hallii)、ユウバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、ユウバクテリウム・ラムルス(Eubacterium ramulus)、ユウバクテリウム・レクターレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)、ユウバクテリウム・ベントリオサム(Euba

cterium ventriosum)、エキシグオバクテリウム・マリナム(Exiguobacterium marinum)、エキシグオバクテリウム・ウンデ(Exiguobacterium undae)、フィーカリバクテリウムcf(Faecalibacterium cf)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)、フェカリタレア・シリンドロイデス(Faecalitalea cylindroides)、フェリモナス・バレアリカ(Ferrimonas balearica)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、フラボバクテリウム・デジョネンス(Flavobacterium daejeonense)、フラボニフラクター・プラウティイ(Flavonifractor plautii)、フシカテニバクター・サッカリボランス(Fusicatenibacter saccharivorans)、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス(Fusobacterium gonidiaformans)、フソバクテリウム・モルティフェラム(Fusobacterium mortiferum)、フソバクテリウム・ネクロフォーラム(Fusobacterium necrophorum)、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)、フソバクテリウム・ペリオドンティカム(Fusobacterium periodonticum)、フソバクテリウム属、フソバクテリウム・ウルセランス(Fusobacterium ulcerans)、フソバクテリウム・バリウム(Fusobacterium varium)、ガリバクテリウム・アナティス(Gallibacterium anatis)、ゲンミゲル・フォルミシリス(Gemmiger formicilis)、ゴードニバクター・パメラエアエ(Gordonibacter pamelaeae)、ハフニア・アルベイ(Hafnia alvei)、ヘリコバクター・ビリス(Helicobacter bilis)、ヘリコバクター・ビリス、ヘリコバクター・カナデンシス(Helicobacter canadensis)、ヘリコバクター・カニス(Helicobacter canis)、、ヘリコバクター・シナエディ(Helicobacter cinaedi)、ヘリコバクター・マカカエ(Helicobacter macacae)、ヘリコバクター・パメテンシス(Helicobacter pametensis)、ヘリコバクター・プロラム(Helicobacter pullorum)、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、ヘリコバクター・ローデンティウム(Helicobacter rodentium)、ヘリコバクター・ウィンガメンシス(Helicobacter winghamensis)、ハーバスピリラム・マスシリエンス(Herbaspirillum massiliense)、ホルデマネラ・ビフォルミス(Holdemanella biformis)、ホールディマニア・ファニフォーミス(Holdemania fdiformis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、ホールディマニア・マスシリエンシス(Holdemania massiliensis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、フンガテラ・ハセワイ(Hungatella hathewayi)、インテスティニバクター・バルトレッティ(Intestinibacter bartlettii)、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス(Intestinimonas butyriciproducens)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)、カルシア・マスシリエンシス(Kurthia massiliensis)、ラクノスピラ・ペクチノスチザ(Lachnospira pectinoschiza)、好酸性乳酸桿菌(Lactobacillus acidophilus)、ラクトバチルス・アミロリティカス(Lactobacillus amylolyticus)、ラクトバチルス・アニマーリス(Lactobacillus animalis)、ラクトバチルス・アントリ(actobacillus antri)、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)、ラクトバチルス・ブフネリ(Lactobacillus buchneri)、ラクトバチルス・カゼイ(Lactobacillus casei)、ラクトバチルス・カルバータス(Lactobacillus curvatus)、ラクトバチルス・デルブレッキイ(Lactobacillus delbrueckii)、ラクトバチルス・ファーメンタム(Lactobacillus fermentum)、ラクトバチルス・ガセリ(Lactobacillus gasseri)、ラクトバチルス・ヘルベティカス(Lactobacillus helveticus)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトバチルス・インテスティナーリス(Lactobacillus intestinalis)、ラクトバチルス・ジョンソニイ(Lactobacillus johnsonii)、ラクトバチルス・ムリヌス(Lactobacillus murinus)、ラクトバチルス・パラカゼイ(Lactobacillusparacasei)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ロイテリー(Lactobacillus reuteri)、ラクトバチルス・ラムノサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・ルミニス(Lactobacillus ruminis)、ラクトバチルス・サケイ(Lactobacillus sakei)、ラクトバチルス・サリバリウス(Lactobacillus salivarius)、ラクトバチルス・アルチュネンシス(Lactobacillus ultunensis)、ラクトバチルス・バギナリス(Lactobacillus vaginalis)、ラクトバチルス・プランタルム亜種(Lactobacillus plantarum subsp.)、リューコノストック・メセンテロイデス(Leuconostoc mesenteroides)、リューコノストック・シュードメセンテロイデス(Leuconostoc pseudomesenteroides)、リステリア・グレイ(Listeria grayi)、リステリア・ノキュア(Listeria innocua)、マンヘイミア・グラニュロマティス(Mannheimia granulomatis)、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス(Marvinbryantia formatexigens)、メガモナス・ファニフォーミス(Megamonas funiformis)、メガモナス・ハイパーメガーレ(Megamonas hypermegale)、メタノブレビバクター・スミジイ(Methanobrevibacter smithii)、メタノブレビバクター・スミジイFl(Methanobrevibacter smithiiFl)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、ミツオケラ・ジャラルディニイ(Mitsuokella jalaludinii)、ミツオケラ・マルトアシダ(Mitsuokella multacida)、モリキューテス・バクテリウム(Mollicutes bacterium)、ムリモナス・インテスティニ(Murimonas intestini)、ナイセリア・マカカエ(Neisseria macacae)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース(Nitriliruptor alkaliphilus)、オセアノバチルス・マスシリエンシス(Oceanobacillus massiliensis)、オドリバクター・ラネウス(Odoribacter laneus)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、オルニソバクテリウム・ライノトラケアレ(Ornithobacterium rhinotracheale)、オキサロバクター・フォルミゲネス(Oxalobacter formigenes)、パエニバチルス・バレンゴルトジ(Paenibacillus barengoltzii)、パエニバチルス・キチノリティカス(Paenibacillus chitinolyticus)、パエニバチルス・ロータス(Paenibacillus lautus)、パエニバチルス・モトブエンシス(Paenibacillus motobuensis)、パエニバチルス・セネガレンシス(Paenibacillus senegalensis)、パエニスポロサルシナ・クィスキリアラム(Paenisporosarcina quisquiliarum)、パラバクテロイデス・ジスタソニス(Parabacteroides distasonis)、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ(Parabacteroides goldsteinii)、パラバクテロイデス・ゴルドニイ(Parabacteroides gordonii)、パラバクテロイデス・ジョンソニイ(Parabacteroides johnsonii)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)、パラプレボテーラ・キシラニフィラ(Paraprevotella xylaniphila)、パラステレラ・エクスクレメンティホミニス(Parasutterella excrementihominis)、パルビノモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペディオコッカス・アシディラクティシ(Pediococcus acidilactici)、ペプトクロストリジウム・ディフィシル(Peptoclostridium difficile)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィラス・オベシ(Peptoniphilus obesi)、ペプトニフィラス・セネガレンシス(Peptoniphilus senegalensis)、ペプトニフィラス・チモネンシス(Peptoniphilus timonensis)、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス(Phascolarctobacterium succinatutens)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ(Porphyromonas asaccharolytica)、ポルフィロモナス・ウエノニス(Porphyromonas uenonis)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテーラ・デンターリス(Prevotella dentalis)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテーラ・マルチサッカリボラックス(Prevotella multisaccharivorax)、プレボテーラ・オラリス(Prevotella oralis)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテーラ・スターコレア(Prevotella stercorea)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、プロピオニバクテリウム・アビダム(Propionibacterium avidum)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ(Propionibacterium freudenreichii)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ペンネリATCC(Proteuspenneri ATCC)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、プロビデンシア・スチュアーティイ(Providencia stuartii)、シュードフラボニフラクター・カピローサス(Pseudoflavonifractor capillosus)、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)、シュードモナス・ルテオラ(Pseudomonas luteola)、ラルストニア・ピッケティ(Ralstonia pickettii)、ラインハイメラ・ペルルシダRheinheimera perlucida)、ラインハイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、リエメレラ・コロンビーナ(Riemerella columbina)、Romboutsia lituseburensis、ロゼブリア・フェシス(Roseburia faecis)、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)、ロゼブリア・イヌリニボランス(Roseburia inulinivorans)、ルミノコッカス・ビサーキュランス(Ruminococcus bicirculans)、ルミノコッカス・ブローミイ(Ruminococcus bromii)、ルミノコッカス・カリダス(Ruminococcus callidus)、ルミノコッカス・チャンパネレンシス(Ruminococcus champanellensis)、ルミノコッカス・ファエシス(Ruminococcus faecis)、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルミノコッカス・ラクタリス(Ruminococcus lactaris)、ルミノコッカス・オベウム(Ruminococcus obeum)、ルミノコッカス属、ルミノコッカス属、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、サルシナ・ベントリクリ(Sarcina ventriculi)、セリモナス・インテスティナーリス(Sellimonas intestinalis)、セネガレマッシリア・アナエロビア(Senegalimassilia anaerobia)、D群赤痢菌(Shigella sonnei)、スラッキア・ピリフォルミス(Slackia piriformis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・レンタス(Staphylococcus lentus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・シュードインターメディウス(Staphylococcus pseudintermedius)、スタフィロコッカス・キシローサス(Staphylococcus xylosus)、ステノトロホモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、B群溶結性連鎖球菌(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・アンギノーサス(Streptococcus anginosus)、ストレプトコッカス・アウストラリス(Streptococcus australis)、ストレプトコッカス・カバリイ(Streptococcus caballi)、ストレプトコッカス・カストレウス(Streptococcus castoreus)、ストレプトコッカス・ジデルフィス(Streptococcus didelphis)、ストレプトコッカス・エクイナス(Streptococcus equinus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・ヘンリイ(Streptococcus henryi)、ストレプトコッカス・ハイオバギナリス(Streptococcus hyovaginalis)、ストレプトコッカス・インファンタリウス(Streptococcus infantarius)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・ルテチエンシス(Streptococcus lutetiensis)、ストレプトコッカス・メリオニス(Streptococcus merionis)、スト

レプトコッカス・ミチス(Streptococcus mitis)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・オビス(Streptococcus ovis)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(Streptococcus parasanguinis)、ストレプトコッカス・プルレクストルム(Streptococcus plurextorum)、ストレプトコッカス・ポルシ(Streptococcus porci)、化膿性連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)、ストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius)、ストレプトコッカス・ソブリナス(Streptococcus sobrinus)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)、ストレプトコッカス・ソラルテンシス(Streptococcus thoraltensis)、ストレプトマイセス・アルブス(Streptomyces albus)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(Subdoligranulum variabile)、サクシナティモナス・ヒッペイ(Succinatimonas hippei)、ステレラ・パルビルブラ(Sutterella parvirubra)、ステレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)、テリスポロバクター・グリコリカス(Terrisporobacter glycolicus)、テリスポロバクター・マヨムベイ(Terrisporobacter mayombei)、タラソバチルス・デボランス(Thalassobacillus devorans)、ティモネラ・セネガレンシス(Timonella senegalensis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、未知の属、未知の属、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ベイロネラ・アティピカ(Veillonella atypica)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)、ベイロネラ・パルブーラ(Veillonella parvula)、ビブリオ・シンシナティエンシス(Vibrio cincinnatiensis)、バルジバチルス・サレキシゲンス(Virgibacillus salexigens)、ワイセラ・パラメセンテロイデス(Weissella paramesenteroides)、及びワイセラ・パラメセンテロイデスATCC(Weissella paramesenteroides ATCC)、からなる群から選択される。

【0104】

他の実施形態において、標的細菌細胞は、皮膚微生物叢において一般的に見出されるものであり、並びに、好ましくは、アセトバクター・ファリナリス(Acetobacter farinalis)、アセトバクター・マロルム(Acetobacter malorum)、アセトバクター・オルガネンシス(Acetobacter orleanensis)、Acetobacter sicerae、Achromobacter anxifer、アクロモバクター・デニトリフィカンス(Achromobacter denitrificans)、アクロモバクター・マープラテンシス(Achromobacter marplatensis)、アクロモバクター・スパニウス(Achromobacter spanius)、アクロモバクター・キシロソキシダンスサブスピーシズ亜種キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans)、アシドボラクス・コンジャシ(Acidovorax konjaci)、アシドボラクス・ラディシス(Acidovorax radicis)、アシネトバクター・ジョンソニイ(Acinetobacter johnsonii)、アクチノマヅラ・シトレア(Actinomadura citrea)、アクチノマヅラ・コエルレア(Actinomadura coerulea)、アクチノマヅラ・フィブローサ(Actinomadura fibrosa)、アクチノマヅラ・フルベセンス(Actinomadura fulvescens)、Actinomadura jiaoheensis、アクチノマヅラ・ルテオフルオレッセンス(Actinomadura luteofluorescens)、アクチノマヅラ・メキシカーナ(Actinomadura mexicana)、Actinomadura nitritigenes、アクチノマヅラ・ベルコソスポラ(Actinomadura verrucosospora)、Actinomadura yumaensis、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイストスポラ・アティピカ(Actinomycetospora atypica)、アクチノマイストスポラ・コルチコラ(Actinomycetospora corticicola)、アクチノマイストスポラ・リゾフィラ(Actinomycetospora rhizophila)、アクチノマイストスポラ・リシリエンシス(Actinomycetospora rishiriensis)、アエロモナス・アウストラリエンシス(Aeromonas australiensis)、アエロモナス・ベスチアルム(Aeromonas bestiarum)、Aeromonas bivalvium、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、アエロモナス・オイクレノフィラ(Aeromonas eucrenophila)、エロモナス・ハイドロフィラ亜種ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila)、アエロモナス・ピスキコラ(Aeromonas piscicola)、アエロモナス・ポポフィイ(Aeromonas popoffii)、アエロモナス・リーブリー(Aeromonas rivuli)、エロモナス・サルモニシダ亜種ペクチノリティカ(Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica.)、エロモナス・サルモニシダ亜種スミシア(Aeromonas salmonicida subsp. smithia)、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アミノバクター・アガノエンシス(Aminobacter aganoensis)、アミノバクター・シセロンエイ(Aminobacter ciceronei)、アミノバクター・リサレンシス(Aminobacter lissarensis)、アミノバクター・ニイガタエンシス(Aminobacter niigataensis)、アンサイロバクター・ポリモーフス(Ancylobacter polymorphus)、アノキシバチルス・フラビサーマス亜種ユンナネンシス(Anoxybacillus flavithermus subsp. yunnanensis)、アクアミクロビウム・アエロラータム(Aquamicrobium aerolatum)、アーキアンギウム・ゲファイラ(Archangium gephyra)、アーキアンギウム・ゲファイラ、アーキアンギウム・ミヌス(Archangium minus)、アーキアンギウム・ビオラセウム(Archangium violaceum)、アルスロバクター・ビスコサス(Arthrobacter viscosus)、バチルス・アントラシス(Bacillus anthracis)、Bacillus australimaris、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バシラス・ミコイデス(Bacillus mycoides)、バチルス・シュードマイコイデス(Bacillus pseudomycoides)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・サフェンシス(Bacillus safensis)、バチルス・バリスモルティス(Bacillus vallismortis)、ボセア・チオオキシダンス(Bosea thiooxidans)、Bradyrhizobium huanghuaihaiense、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ブレブンジモナス・アウランティアカ(Brevundimonas aurantiaca)、ブレブンジモナス・インターメディア(Brevundimonas intermedia)、バークホルデリア・アスパラチ(Burkholderia aspalathi)、Burkholderia choica、Burkholderia cordobensis、バークホルデリア・ディフューザ(Burkholderia diffusa)、バークホルデリア・インサルサ(Burkholderia insulsa)、バークホルデリア・リンコシアエ(Burkholderia rhynchosiae)、Burkholderia terrestris、バークホルデリア・ウーデイス(Burkholderiaudeis)、)ブティアウクセラ・ガビニアエ(Buttiauxella gaviniae)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、キチノファーガ・ディンフエンシス(Chitinophaga dinghuensis)、クリセオバクテリウム・グレウム(Chryseobacterium gleum)、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・ジェジュエンス(Chryseobacterium jejuense)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・セディミニス(Chryseobacterium sediminis)、Chryseobacterium tructae、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ベトナメンセ(Chryseobacterium vietnamense)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・スンドスバレンス(Corynebacterium sundsvallense)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、Cupriavidus nantongensis、キュープリアビダス・ネカター(Cupriavidus necator)、Cupriavidus pampae、Cupriavidus yeoncheonensis、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス(Curtobacterium flaccumfaciens)、Devosia epidermidihirudinis、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、ダイアフォロバクター・オリザエ(Diaphorobacter oryzae)、ディエジア・サイクラルカリフィラ(Dietzia psychralcaliphila)、エンシフェル・アダエレンス(Ensifer adhaerens)、エンシフェル・アメリカヌス(Ensifer americanus)、エンテロコッカス・マロドラタス(Enterococcus malodoratus)、エンテロコッカス・シュードアビウム(Enterococcus pseudoavium)、エンテロコッカス・ビーキエンシス(Enterococcus viikkiensis)、エンテロコッカス・シャンファンゲンシス(Enterococcus xiangfangensis)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、Flavobacterium araucananum、フラボバクテリウム・フリギディマリス(Flavobacterium frigidimaris)、グルコノバクター・フラチューリ(Gluconobacter frateurii)、グルコノバクター・タイランディカス(Gluconobacter thailandicus)、ゴルドニア・アルカニボランス(Gordonia alkanivorans)、ハロモナス・アクアマリナ(Halomonas aquamarina)、ハロモナス・アキシアレンシス(Halomonas axialensis)、ハロモナス・メリディアーナ(Halomonas meridiana)、ハロモナス・オリヴァリア(Halomonas olivaria)、Halomonas songnenensis、ハロモナス・バリアビリス(Halomonas variabilis)、ハーバスピリラム・クロロフェノリカム(Herbaspirillum chlorophenolicum)、ハーバスピリラム・フリシンゲンス(Herbaspirillum frisingense)、ハーバスピリラム・ヒルトナー(Herbaspirillum hiltneri)、ハーバスピリラム・フティエンス亜種プテイ(Herbaspirillum huttiense subsp. putei)、ハーバスピリラム・ルシタナム(Herbaspirillum lusitanum)、ヘルミニイモナス・フォンティコーラ(Herminiimonas fonticola)、ハイドロゲノファーガ・インターメディア(Hydrogenophaga intermedia)、ハイドロゲノファーガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、コサコニア・サッカリ(Kosakonia sacchari)、ラクトバチルス・デルブルエッキー亜種ブルガリクス(Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus)、Lactobacillus modestisalitolerans、ラクトバチルス・プランタラム亜種アルゲントラテンシス(Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis)、ラクトバチルス・シャンファンゲンシス(Lactobacillus xiangfangensis)、Lechevalieria roselyniae、レンツィア・アルビーダ(Lentzea albida)、レンツィア・カリフォルニエンシス(Lentzea californiensis)、リューコノストック・カーノサム(Leuconostoc carnosum)、リューコノストック・シトレウム(Leuconostoc citreum)、リューコノストック・ゲリダム亜種ガシコミタータム(Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum)、リューコノストック・メセンテロイデス亜種(Leuconostoc mesenteroides subsp.)suionicum、ルテイモナス・アエスツアリイ(Luteimonas aestuarii)、リソバクター・アンティビオティカス(Lysobacter antibioticus)、リソバクター・コーリエンシス(Lysobacter koreensis)、リソバクター・オリザエ(・オリザエ)、マグネトスピリラム・モスコヴィエンセ(Magnetospirillum moscoviense)、Marinomonas alcarazii、マリノモナス・プリモリエンシス(Marinomonas primoryensis)、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・・ジェジュエンシス(Massilia jejuensis)、マシリア・キョンギエンシス(Massilia kyonggiensis)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Mesorhizobium acaciae、メソリゾビウム・キングシェンギ(Mesorhizobium qingshengii)、Mesorhizobium shonense、Methylobacterium haplocladii、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチロバクテリウム・ザトマニイ(Methylobacterium zatmanii)、ミクロバクテリウム・オキシダンス(Microbacterium oxydans)、Micromonospora chaiyaphumensis、ミクロモノスポラ・カルセア(Micromonospora chalcea)、ミクロモノスポラ・シトレア(Micromonospora citrea)、ミクロモノスポラ・コクセンシス(・コクセンシス)、ミクロモノスポラ・エキノフュスカ(Micromonospora echinofusca)、ミクロモノスポラ・ハロフィティカ(Micromonospora halophytica)、Micromonospora kangleipakensis、ミクロモノスポラ・マリティマ(Micromonospora maritima)、ミクロモノスポラ・ニガー(Micromonospora nigra)、ミクロモノスポラ・パープレオクロモゲネス(Micromonospora purpureochromogenes)、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ(Micromonospora rhizosphaerae)、ミクロモノスポラ・サエリセセンシス(Micromonospora saelicesensis)、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、Microvirga zambiensis、マイコバクテリウム・アルベイ(Mycobacterium alvei)、マイコバクテリウム・アビウム亜種シルバティカム(Mycobacterium avium subsp. silvaticum)、マイコバクテリウム・コロンビェンス(Mycobacterium colombiense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス(Mycobacterium conceptionense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・ファルシノゲネス(Mycobacterium farcinogenes)、マイコバクテリウム・ホルツイツム亜種フォルトゥイタム(Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum)、マイコバクテリウム・グッディイ(Mycobacterium goodii)、マイコバクテリウム・インスブリクム(Mycobacterium insubricum)、Mycobacterium llatzerense、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ニューオルレアンセンス(Mycobacterium neworleansense)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、マイコバクテリウム・ペレグリヌム(Mycobacterium peregrinum)、Mycobacterium saopaulense、マイコバクテリウム・

セプティカム(Mycobacterium septicum)、マイコバクテリウム・セテンス(Mycobacterium setense)、マイコバクテリウム・スメグマティス(Mycobacterium smegmatis)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ノカルディア・リジャンゲンシス(Nocardia lijiangensis)、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Novosphingobium barchaimii、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム(Novosphingobium lindaniclasticum)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、Novosphingobium mathurense、オクロバクトラム・シュードグリグノネンス(Ochrobactrum pseudogrignonense)、Oxalicibacterium solurbis、パラバークホルデリア・グラセリ(Paraburkholderia glathei)、パラバークホルデリア・ヒュミ(Paraburkholderia humi)、パラバークホルデリア・フェナジニウム(Paraburkholderia phenazinium)、パラバークホルデリア・フィトフィルマンス(Paraburkholderia phytofirmans)、パラバークホルデリア・ソルデイディコーラ(Paraburkholderia sordidicola)、パラバークホルデリア・テリコーラ(Paraburkholderia terricola)、パラバークホルデリア・ゼノボランス(Paraburkholderia xenovorans)、Paracoccus laeviglucosivorans、Patulibacter ginsengiterrae、ポリモーフォスポラ・ルブラ(Polymorphospora rubra)、ポルフィロバクター・コリンビ(Porphyrobacter colymbi)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロテウス・ブルガリス(Proteus vulgaris)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、シュードアルテロモナス・アガリボランス(Pseudoalteromonas agarivorans)、シュードアルテロモナス・アトランティカ(Pseudoalteromonas atlantica)、シュードアルテロモナス・パラゴルジコーラ(Pseudoalteromonas paragorgicola)、シュードモナス・アスプレニイ(Pseudomonas asplenii)、Pseudomonas asuensis、シュードモナス・ベンゼニボランス(Pseudomonas benzenivorans)、シュードモナス・カンナビナ(Pseudomonas cannabina)、シュードモナス・シシコーラ(Pseudomonas cissicola)、シュードモナス・コンゲランス(Pseudomonas congelans)、シュードモナス・コスタンチニイ(Pseudomonas costantinii)、シュードモナス・フィクセレクタエ(Pseudomonas ficuserectae)、シュードモナス・フレデリクスベーゲンシス(Pseudomonas frederiksbergensis)、シュードモナス・グラミニス(Pseudomonas graminis)、シュードモナス・ジェッセニイ(Pseudomonas jessenii)、シュードモナス・コレンシス(Pseudomonas koreensis)、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・クンミンゲンシス(Pseudomonas kunmingensis)、シュードモナス・マルギナリス(Pseudomonas marginalis)、シュードモナス・ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス・パナシス(Pseudomonas panacis)、シュードモナス・プレコグロシシダ(Pseudomonas plecoglossicida)、シュードモナス・ポアエ(Pseudomonas poae)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)、シュードモナス・レイネケイ(Pseudomonas reinekei)、シュードモナス・リゾスファエラエ(Pseudomonas rhizosphaerae)、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス(Pseudomonas seleniipraecipitans)、シュードモナス・ウムソンゲンシス(Pseudomonas umsongensis)、Pseudomonas zhaodongensis、シュードノカルディア・アラニニフィラ(Pseudonocardia alaniniphila)、シュードノカルディア・アンモニオキシダンス(Pseudonocardia ammonioxydans)、シュードノカルディア・オートトロフィカ(Pseudonocardia autotrophica)、シュードノカルディア・コンジュエンシス(Pseudonocardia kongjuensis)、シュードノカルディア・ユンナネンシス(Pseudonocardia yunnanensis)、シュードルロドフェラクス・ソリ(Pseudorhodoferax soli)、シュードキサントモナス・デジョネンシス(Pseudoxanthomonas daejeonensis)、シュードキサントモナス・インディカ(Pseudoxanthomonas indica)、シュードキサントモナス・カオシュンゲンシス(Pseudoxanthomonas kaohsiungensis)、サイクロバクター・アクアティカス(Psychrobacter aquaticus)、サイクロバクター・アークティカス(Psychrobacter arcticus)、サイクロバクター・セレー(Psychrobacter celer)、サイクロバクター・マリンコーラ(Psychrobacter marincola)、サイクロバクター・ニビマリス(Psychrobacter nivimaris)、サイクロバクター・オホーツケンシス(Psychrobacter okhotskensis)、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・ピスカトリイ(Psychrobacter piscatorii)、サイクロバクター・プルモニス(Psychrobacter pulmonis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・ジャポニカ(Rheinheimera japonica)、Rheinheimera muenzenbergensis)、レインヘイメラ・ソリ(Rheinheimera soli)、Rheinheimera tangshanensis)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、Rheinheimera tilapiae)、リゾビウム・アラミ(Rhizobium alamii)、Rhizobium azibense)、リゾビウム・ビナエ(Rhizobium binae)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense))、リゾビウム・エンドフィティカム(Rhizobium endophyticum)、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)、リゾビウム・ファバエ(Rhizobium fabae)、Rhizobium freirei、リゾビウム・ガリカム(Rhizobium gallicum)、リゾビウム・ロエセンス(Rhizobium loessense)、Rhizobium sophoriradicis、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・バリス(Rhizobium vallis)、リゾビウム・ビグネ(Rhizobium vignae)、リゾビウム・ビグネ、リゾビウム・ヤンリンゲンス(Rhizobium yanglingense)、ロドコッカス・バイコヌレンシス(Rhodococcus baikonurensis)、Rhodococcus enclensis、Rhodoferax saidenbachensis、リケッチア・カナデンシス(Rickettsia canadensis)、リケッチア・ヘイロンジャンゲンシス(Rickettsia heilongjiangensis)、リケッチア・ホネイ(Rickettsia honei)、リケッチア・ラオウルチイ(Rickettsia raoultii)、ロゼアテレス・アクアティリス(Roseateles aquatilis)、ロゼアテレス・アクアティリス、サルモネラ・エンテリカ亜種サラメ(Salmonella enterica subsp. salamae)、セラチア・フィカリア(Serratia ficaria)、セラチア・ミオティス(Serratia myotis)、セラチア・ウェスペルティオニス(Serratia vespertilionis)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シェワネラ・デコロラティオニス(Shewanella decolorationis)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、Sphingobium baderi、Sphingobium barthaii、スフィンゴビウム・クロロフェノリカム(Sphingobium chlorophenolicum)、Sphingobium cupriresistens、Sphingobium czechense、Sphingobium fuliginis、スフィンゴビウム・インディカム(Sphingobium indicum)、スフィンゴビウム・インディカム、スフィンゴビウム・ジャポニカム(Sphingobium japonicum)、Sphingobium lactosutens、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴピキシス・チレンシス(Sphingopyxis chilensis)、スフィンゴピキシス・フリベルゲンシス(Sphingopyxis fribergensis)、スフィンゴピキシス・グラニュリー(Sphingopyxis granuli)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スフィンゴピキシス・ウィトフラリエンシス(Sphingopyxis witflariensis)、Staphylococcus agnetis、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウス(Staphylococcus aureus subsp. aureus)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・サプロフィティクス亜種ボビス(Staphylococcus saprophyticus subsp. bovis)、スタフィロコッカス-シウリ亜種カーナティカス(Staphylococcus sciuri subsp. carnaticus)、ストレプトマイセス・カエルレウス(Streptomyces caeruleus)、ストレプトマイセス・カナリウス(Streptomyces canarius)、ストレプトマイセス・カポアムス(Streptomyces capoamus)、ストレプトマイセス・シスカウカシカス(Streptomyces ciscaucasicus)、ストレプトミセス・グリセオルビジノサス(Streptomyces griseorubiginosus)、放線菌(Streptomyces olivaceoviridis)、Streptomyces panaciradicis、ストレプトマイセス・ファエオパープレウス(Streptomyces phaeopurpureus)、ストレプトマイセス・シュードベネズエラエ(Streptomyces pseudovenezuelae)、ストレプトマイセス・レジストマイシフィカス(Streptomyces resistomycificus)、Tianweitania sediminis、ツカムレラ・パウロメタボラ(Tsukamurella paurometabola)、バリオボラックス・グァングキシエンシス(Variovorax guangxiensis)、ボゲセラ・アルカリフィラ(Vogesella alkaliphila)、キサントモナス・アルボリコーラ(Xanthomonas arboricola)、キサントモナス・アクソノポディス(Xanthomonas axonopodis)、キサントモナス・カッサバエ(Xanthomonas cassavae)、キサントモナス・ククルビタエ(Xanthomonas cucurbitae)、キサントモナス・サイナラエ(Xanthomonas cynarae)、キサントモナス・オイベシカトリア(Xanthomonas euvesicatoria)、キサントモナス・フラガリエ(Xanthomonas fragariae)、キサントモナス・ガルドネリー(Xanthomonas gardneri)、キサントモナス・パーフォランス(Xanthomonas perforans)、キサントモナス・ピシ(Xanthomonas pisi)、キサントモナス・ポプリ(Xanthomonas populi)、キサントモナス・バシコーラ(Xanthomonas vasicola)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、エルシニア・ヌルミイ(Yersinia nurmii)、アビトロフィア・デフェクティバ(Abiotrophia defectiva)、アシドセラ・アミノリティカ(Acidocella aminolytica)、Acinetobacter guangdongensis、アシネトバクター・パルブス(Acinetobacter parvus)、アシネトバクター・レイディオレジステンス(Acinetobacter radioresistens)、アシネトバクター・ソリ(Acinetobacter soli)、アシネトバクター・バリアビリス(Acinetobacter variabilis)、アクチノマイセス・カーディフェンシス(Actinomyces cardiffensis)、アクチノマイセス・デンターリス(Actinomyces dentalis)、アクチノマイセス・ユーロパエウス(Actinomyces europaeus)、アクチノマイセス・ゲレンセリアエ(Actinomyces gerencseriae)、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ(Actinomyces graevenitzii)、アクチノマイセス・ハリオウティス(Actinomyces haliotis)、アクチノマイセス・ジョンソニイ(Actinomyces johnsonii)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、アクチノマイセス・メイエリー(Actinomyces meyeri)、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ亜種アニトラツス(Actinomyces neuii subsp. anitratus)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・オリス(Actinomyces oris)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)、Actinomycetospora corticicola、アクチノティグナム・サッアリイ(Actinotignum schaalii)、アエロコッカス・クリステンセニイ(Aerococcus christensenii)、アエロコッカス・ウリナエ(Aerococcus urinae)、アエロミクロビウム・フラバム(Aeromicrobium flavum)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、Aeromicrobium tamlense、Aeromonas sharmana、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(Aggregatibacter aphrophilu

s)、アグリゲイティバクター・セグニス(Aggregatibacter segnis)、アグロコッカス・バルドリ(Agrococcus baldri)、アルビバクター・メチロボランス(Albibacter methylovorans)、アルカリゲネス・フェカリス亜種フェーカリス(Alcaligenes faecalis subsp. faecalis)、アルゴリファガス・ラトコウスキ(Algoriphagus ratkowskyi)、アルカリバクテリウム・オリバポブリチカス(Alkalibacterium olivapovliticus)、Alkalibacterium pelagium、Alkalibacterium pelagium、アロプレボテラ・ラバ(Alloprevotella rava)、Alsobacter metallidurans、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(Anaerococcus lactolyticus)、アナエロコッカス・ムルドチイ(Anaerococcus murdochii)、アナエロコッカス・オクタビウス(Anaerococcus octavius)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)、アクアバクテリウム・シトラティフィルム(Aquabacterium citratiphilum)、アクアバクテリウム・オレイ(Aquabacterium olei)、アクアバクテリウム・オレイ、アクアバクテリウム・パーブム(Aquabacterium parvum)、アクインコラ・テルチアリカルボニス(Aquincola tertiaricarbonis)、Arcobacter venerupis、アルセニシコッカス・ボリデンシス(Arsenicicoccus bolidensis)、アルスロバクター・ルシカス(Arthrobacter russicus)、アスティカカウリス・エクスセントリカス(Asticcacaulis excentricus)、Atopobium deltae、アトポビウム・パルブルム(Atopobium parvulum)、アトポビウム・リマエ(Atopobium rimae)、アトポビウム・バギナエ(Atopobium vaginae)、オーレイモナス・アルタミレンシス(Aureimonas altamirensis)、Aureimonas rubiginis、アゾスピラ・オリザエ(Azospira oryzae)、アゾスピリラム・オリゼー(Azospirillum oryzae)、バチルス・シルクランス(Bacillus circulans)、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バチルス・-ファスティディオスス(Bacillus fastidiosus)、バチルス・レヘンシス(Bacillus lehensis)、バチルス・オオセミニシミニス(Bacillus oceanisediminis)、バチルス・リゾスファエラエ(Bacillus rhizosphaerae)、バクテリオボラックス・ストルピイ(Bacteriovorax stolpii)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、ブデロビブリオ・バクテリオヴォルス(Bdellovibrio bacteriovorus)、Bdellovibrio exovorus、ベルナピア・モアベンシス(Belnapia moabensis)、ベルナピア・ソリ(Belnapia soli)、ブラウティア・ハンセニイ(Blautia hansenii)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、Bosea lathyri、ブラキバクテリウム・フレスコニス(Brachybacterium fresconis)、ブラキバクテリウム・ムリス(Brachybacterium muris)、Brevibacterium ammoniilyticum、ブレビバクテリウム・カセイ(Brevibacterium casei)、ブレビバクテリウムエピデルミディス(Brevibacterium epidermidis)、ブレビバクテリウム・イオディナム(Brevibacterium iodinum)、ブレビバクテリウム・ルテオルム(Brevibacterium luteolum)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレビバクテリウム・ピティオカンパエ(Brevibacterium pityocampae)、ブレビバクテリウム・サングイニス(Brevibacterium sanguinis)、Brevundimonas albigilva、ブレブンディモナス・ディミヌタ(Brevundimonas diminuta)、ブレバンディモナス・バンカンニーティ(Brevundimonas vancanneytii)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、Calidifontibacter indicus、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・グラシリス(Campylobacter gracilis)、カンピロバクター・ホミニス(Campylobacter hominis)、カンピロバクター・レクタス(Campylobacter rectus)、カンピロバクター・ショウアエ(Campylobacter showae)、カンピロバクター・ウレオリティカス(Campylobacter ureolyticus)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、Capnocytophaga leadbetteri、キャプノサイトファガ・オクラセア(Capnocytophaga ochracea)、キャプノサイトファガ・-スプチゲナ(Capnocytophaga sputigena)、カーディオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、カルディオバクテリウム・バルバリューム(Cardiobacterium valvarum)、カーノバクテリウム・ディバーゲンス(Carnobacterium divergens)、ケトネラ・モルビ(Catonella morbi)、カウロバクター・ヘンリシイ(Caulobacter henricii)、カビセラ・サブテラニア(Cavicella subterranea)、セルロモナス・キシラニリティカ(Cellulomonas xylanilytica)、セルビブリオ・ブルガリス(Cellvibrio vulgaris)、キチニモナス・タイワネンシス(Chitinimonas taiwanensis)、Chryseobacterium arachidis、クリセオバクテリウム・デケオンゲンス(Chryseobacterium daecheongense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス(Chryseobacterium formosense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・インドロゲネス(Chryseobacterium indologenes)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・リグイ(Chryseobacterium rigui)、クリセオバクテリウム・ソラニ(Chryseobacterium solani)、Chryseobacterium taklimakanense、Chryseobacterium ureilyticum、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ジアエ(Chryseobacterium zeae)、クリセオミクロビウム・オウレアム(Chryseomicrobium aureum)、クロアシバクテリウム・ハリオティス(Cloacibacterium haliotis)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス(Cloacibacterium normanense)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コマモナス・デニトリフィカンス(Comamonas denitrificans)、コマモナス・トリゲナ(Comamonas terrigena)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクテリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・アウリムコスム(Corynebacterium aurimucosum)、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・コイレアエ(Corynebacterium coyleae)、コリネバクテリウム・デューラム(Corynebacterium durum)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(Corynebacterium freiburgense)、コリネバクテリウム・グラウカム(Corynebacterium glaucum)、Corynebacterium glyciniphilum、コリネバクテリウム・イミタンス(Corynebacterium imitans)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム(Corynebacterium jeikeium)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ(Corynebacterium kroppenstedtii)、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム(Corynebacterium lipophiloflavum)、コリネバクテリウム・マシリエンゼ(Corynebacterium massiliense)、コリネバクテリウム・マスティタイデス(Corynebacterium mastitidis)、コリネバクテリウム・マトルコティイ(Corynebacterium matruchotii)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・ムシファシエンス(Corynebacterium mucifaciens)、コリネバクテリウム・ムステラエ(Corynebacterium mustelae)、コリネバクテリウム・ミセトイデス(Corynebacterium mycetoides)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、コリネバクテリウム・シミュランス(Corynebacterium simulans)、コリネバクテリウム・シングラレ(Corynebacterium singulare)、コリネバクテリウム・スプュティ(Corynebacterium sputi)、コリネバクテリウム・スイコルディス(Corynebacterium suicordis)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス(Conynebacterium ureicelerivorans)、コリネバクテリウム・バリアビレ(Corynebacterium variabile)、コウチオプラネス・カエルレウス亜種カエルレウス(Couchioplanes caeruleus subsp. caeruleus)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、カートバクテリウム・ヘルバルム(Curtobacterium herbarum)、(デクロロモナス・アギタタDechloromonas agitata)、デイノコッカス・アクチノスクレラス(Deinococcus actinosclerus)、デイノコッカス・アンタルクチカス(Deinococcus antarcticus)、デイノコッカス・カエニー(Deinococcus caeni)、デイノコッカス・フィカス(Deinococcus ficus)、デイノコッカス・ゲオサーマリス(Deinococcus geothermalis)、デイノコッカス・ラジオデュランス(Deinococcus radiodurans)、デイノコッカス・ブルムクイエンシス(Deinococcus wulumuqiensis)、デイノコッカス・シンジャンゲンシス(Deinococcus xinjiangensis)、デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デルマバクター・バギナリス(Dermabacter vaginalis)、ダーマコッカス・ニシノミヤエンシス(Dermacoccus nishinomiyaensis)、デセムジア・インセルタ(Desemzia incerta)、Desertibacter roseus、ディアリスター・インビサス(Dialister invisus)、ディアリスター・ミクラエロフィルス(Dialister micraerophilus)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス(Dialister propionicifaciens)、ディエジア・オーランチアカ(Dietzia aurantiaca)、Dietzia cercidiphylli、ディエジア・ティモレンシス(Dietzia timorensis)、ディエジア・ティモレンシス、ドクドネラ・コーリエンシス(Dokdonella koreensis)、ドクドネラ・コーリエンシス、)ドロシグラヌルム・ピグルム(Dolosigranulum pigrum)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)、エリザベトキンギア・ミリコーラ(Elizabethkingia miricola)、エルステラ・リトラリス(Elstera litoralis)、エンペドバクター・ブレビス(Empedobacter brevis)、エンハイドロバクター・アエロサックス(Enhydrobacter aerosaccus)、エンテロバクター・シャンファンゲンシス(Enterobacter xiangfangensis)、エンテロコッカス・アクイマリヌス(Enterococcus aquimarinus)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・オリバエ(Enterococcus olivae)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ユウバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、ユウバクテリウム・インフィルマム(Eubacterium infirmum)、ユウバクテリウム・レクターレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・サフェヌム(Eubacterium saphenum)、ユウバクテリウム・サルシ(Eubacterium sulci)、エキシグオバクテリウム・メキシカナム(Exiguobacterium mexicanum)、ファクラミア・タバシナサリス(Facklamia tabacinasalis)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、Flavobacterium cutihirudinis、フラボバクテリウム・リンダニトレランス(Flavobacterium lindanitolerans)、フラボバクテリウム・レジステンス(Flavobacterium resistens)、フリードマンニエラ・カプスラタ(Friedmanniella caps

ulata)、フゾバクテリウム・ヌクレタム亜種ポリモーフム(Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum)、ゲメラ・ヘモリザンス(Gemella haemolysans)、ゲメラ・モルビロルム(Gemella morbillorum)、ゲメラ・パラティカニス(Gemella palaticanis)、ゲメラ・サングイニス(Gemella sanguinis)、ゲンモバクター・アクアティカス(Gemmobacter aquaticus)、ゲンモバクター・カエニー(Gemmobacter caeni)、Gordonia jinhuaensis、ゴルドニア・クロッペンステッティイ(Gordonia kroppenstedtii)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス(Gordonia polyisoprenivorans)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス、グラニュリカテラ・アディアセンス(Granulicatella adiacens)、グラニュリカテラ・エレガンス(Granulicatella elegans)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・スプトルム(Haemophilus sputorum)、ハロモナス・サルフィダエリス(Halomonas sulfidaeris)、ヘルペトシフォン・オーランティアカス(Herpetosiphon aurantiacus)、ハイドロカルボニファーガ・エフューサ(Hydrocarboniphaga effusa)、イディオマリナ・マリス(Idiomarina maris)、ジャニバクター・アノフェリス(Janibacter anophelis)、ジャニバクター・ホイレイ(Janibacter hoylei)、ジャニバクター・インディカス(Janibacter indicus)、ジャニバクター・リモーサス(Janibacter limosus)、ジャニバクター・メロニス(Janibacter melonis)、ジェオトガリコッカス・ハロフィルス(Jeotgalicoccus halophilus)、ジョンケテラ・アンスロピ(Jonquetella anthropi)、Kaistia geumhonensis、キンゲラ・デニトリフィカンス(Kingella denitrificans)、キンゲラ・オラリス(Kingella oralis)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、ノエリア・アエロラータ(Knoellia aerolata)、Knoellia locipacati、コクリア・アトリナエ(Kocuria atrinae)、コクリア・カルニフィラ(Kocuria carniphila)、コクリア・クリスティナエ(Kocuria kristinae)、コクリア・パルストリス(Kocuria palustris)、コクリア・ツルファネンシス(Kocuria turfanensis)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム(Lachnoanaerobaculum saburreum)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム、ラクトバチルス・クリスパータス(Lactobacillus crispatus)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス(Lactococcus lactis subsp. lactis)、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ピスシウム(Lactococcus piscium)、Lapillicoccus jejuensis、ロートロピア・ミラビリス(Lautropia mirabilis)、レジオネラ・ベリアデンシス(Legionella beliardensis)、レプトトリキア・ブカリス(Leptotrichia buccalis)、レプトトリキア・グッドフェローイイ(Leptotrichia goodfellowii)、レプトトリキア・ホフスタディイ(Leptotrichia hofstadii)、レプトトリキア・ホンコンエンシス(Leptotrichia hongkongensis)、レプトトリキア・シャーイイ(Leptotrichia shahii)、レプトトリキア・トレビサニイ(Leptotrichia trevisanii)、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)、ルテイモナス・テリコーラ(Luteimonas terricola)、リジニバチルス・フシフォルミス(Lysinibacillus fusiformis)、Lysobacter spongiicola、リソバクター・シンジャンゲンシス(Lysobacter xinjiangensis)、マクロコッカス・カセオリティカス(Macrococcus caseolyticus)、マルモリコーラ・ポチェオネンシス(Marmoricola pocheonensis)、Marmoricola scoriae、マシリア・アルカリトレランス(Massilia alkalitolerans)、マシリア・アルカリトレランス、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・プリカータ(Massilia plicata)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Megamonas rupellensis、メイオサーマス・シルバヌス(Meiothermus silvanus)、メチロバクテリウム・タングクエンス(Methylobacterium dankookense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス(Methylobacterium goesingense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・イスビリエンス(Methylobacterium isbiliense)、メチロバクテリウム・ジェトガリ(Methylobacterium jeotgali)、Methylobacterium oxalidis、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチルオーバーティリス・ユニバーサリ(Methyloversatilis universalis)、ミクロバクテリウム・フォリオーラム(Microbacterium foliorum)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ(Microbacterium hydrothermale)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ、ミクロバクテリウム・ラクチクム(Microbacterium lacticum)、ミクロバクテリウム・ラクチクム、ミクロバクテリウム・レバニフォルマンス(Microbacterium laevaniformans)、ミクロバクテリウム・パルディコーラ(Microbacterium paludicola)、Microbacterium petrolearium、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ(Microbacterium phyllosphaerae)、ミクロバクテリウム・レジステンス(Microbacterium resistens)、ミクロコッカス・アンタルクティカス(Micrococcus antarcticus)、ミクロコッカス・コーニイ(Micrococcus cohnii)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロコッカス・ライレ(Micrococcus lylae)、ミクロコッカス・テレウス(Micrococcus terreus)、ミクロルナタス・アウランティアクス(Microlunatus aurantiacus)、ミクロプルイナ・グライコゲニカ(Micropruina glycogenica)、ミクロヴィルガ・エリラタ(Microvirga aerilata)、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、ミクロヴィルガ・ビグネ(Microvirga vignae)、Microvirga zambiensis、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、モギバクテリウム・チミダム(Mogibacterium timidum)、モラクセラ・アトランテ(Moraxella atlantae)、モラクセラ・カタラリス(Moraxella catarrhalis)、モルガネラ・モルガニ亜種モルガニ(Morganella morganii subsp. morganii)、モルガネラ・サイクロトレランス(Morganella psychrotolerans)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、マイコバクテリウム・アジアティカム(Mycobacterium asiaticum)、マイコバクテリウム・チュブエンス(Mycobacterium chubuense)、Mycobacterium crocinum、マイコバクテリウム・ガディウム(Mycobacterium gadium)、マイコバクテリウム・ホルサティカム(Mycobacterium holsaticum)、マイコバクテリウム・イラニカス(Mycobacterium iranicum)、Mycobacterium longobardum、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス(Negativicoccus succinicivorans)、ネイセリア・バシリフォルミス(Neisseria bacilliformis)、ネイセリア・オラリス(Neisseria oralis)、ナイセリア・シッカ(Neisseria sicca)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ネステレンコニア・ラクセコエンシス(Nesterenkonia lacusekhoensis)、ネステレンコニア・リゾスファエラエ(Nesterenkonia rhizosphaerae)、Nevskia persephonica、ネヴスキア・ラモーザ(Nevskia ramosa)、Niabella yanshanensis、Niveibacterium umoris、Nocardia niwae、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Nocardioides agariphilus、ocardioides dilutus、ノカルディオイデス・カンファエンシス(Nocardioides ganghwensis)、Nocardioides hwasunensis、Nocardioides nanhaiensis、ノカルディオイデス・セディミニス(Nocardioides sediminis)、Nosocomiicoccus ampullae、Noviherbaspirillum malthae、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム(Novosphingobium lindaniclasticum)、ノボスフィンゴビウム・ローザ(Novosphingobium rosa)、オクロバクトラム・リゾスファエラエ(Ochrobactrum rhizosphaerae)、オルセネラ・ウリ(Olsenella uli)、Ornithinimicrobium murale、Ornithinimicrobium tianjinense、Oryzobacter terrae、オットウィア・ベイジンゲンシス(Ottowia beijingensis)、Paenalcaligenes suwonensis、パエニバチルス・アガリデボランス(Paenibacillus agaridevorans)、パエニバシラス・フェニシス(Paenibacillus phoenicis)、パエニバチルス・キシラネクセデンス(Paenibacillus xylanexedens)、Paludibacterium yongneupense、パントエア・シプリペディイ(Pantoea cypripedii)、パラバクテロイデス・ジスタソニス(Parabacteroides distasonis)、Paraburkholderia andropogonis、パラコッカス・アルカリフィルス(Paracoccus alcaliphilus)、Paracoccus angustae、パラコッカス・コクリイ(Paracoccus kocurii)、Paracoccus laeviglucosivorans、パラコッカス・セディミニス(Paracoccus se
diminis)、Paracoccus sphaerophysae、パラコッカス・イーイ(Paracoccus yeei)、パルビノモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、Parviterribacter multiflagellatus、Patulibacter ginsengiterrae、ペドバクター・アクアティリス(Pedobacter aquatilis)、ペドバクター・ギンセンギソリ(Pedobacter ginsengisoli)、Pedobacter xixiisoli、ペプトコッカス・ニガー(Peptococcus niger)、ペプトニフィルス・コクシイ(Peptoniphilus coxii)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ(Peptoniphilus gorbachii)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィルス・コエノエネニエ(Peptoniphilus koenoeneniae)、ペプトニフィルス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス(Peptostreptococcus anaerobius)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス(Peptostreptococcus stomatis)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(Phascolarctobacterium faecium)、フェニロバクテリウム・ハエマトフィルム(Phenylobacterium haematophilum)、Phenylobacterium kunshanense、プルラリバクター・ジェルゴビエ(Pluralibacter gergoviae)、ポリモルフォバクター・マルチマニファー(Polymorphobacter multimanifer)、ポルフィロモナス・ベノニス(Porphyromonas bennonis)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ポルフィロモナス・ジンジビカニス(Porphyromonas gingivicanis)、Porphyromonas pasteri、ポルフィロモナス・ポゴネ(Porphyromonas pogonae)、ポルフィロモナス・ソメラエ(Porphyromonas somerae)、Povalibacter uvarum、プレボテラ・アウランティアカ(Prevotella aurantiaca)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテラ・ブッカエ(Prevotella buccae)、プレボテラ・ブッカリス(Prevotella buccalis)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテラ・コーポリス(Prevotella corporis)、プレボテラ・デンティコーラ(Prevotella denticola)、プレボテラ・エノエカ(Prevotella enoeca)、プレボテラ・ヒスチコラ(Prevotella histicola)、プレボテラ・インテルメディア(Prevotella intermedia)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・マクロサ(Prevotella maculosa)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテラ・マルチフォルミス(Prevotella multiformis)、プレボテラ・ナンセイエンシッス(Prevotella nanceiensis)、プレボテラ・ニグレッセンス(Prevotella nigrescens)、プレボテラ・オリス(Prevotella oris)、プレボテラ・オウロラム(Prevotella oulorum)、プレボテラ・パレンス(Prevotella pallens)、プレボテラ・プレウリチディス(Prevotella pleuritidis)、プレボテラ・サッカロリティカ(Prevotella saccharolytica)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテラ・シャーヒイ(Prevotella shahii)、プレボテラ・ティモネンシス(Prevotella timonensis)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アシディファシエンス(Propionibacterium acidifaciens)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス(Propionibacterium acnes subsp. acnes)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(Propionibacterium granulosum)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロピオニスピラ・アルクアタ(Propionispira arcuata)、偽キネオコッカス・ルシタヌス(Pseudokineococcus lusitanus)、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)、Pseudomonas chengduensis、シュードノカルディア・ベンゼニボランス(Pseudonocardia benzenivorans)、Pseudorhodoplanes sinuspersici、サイクロバクター・サングイニス(Psychrobacter sanguinis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・アクイマリス(Rheinheimera aquimaris)、リゾビウム・アルベイ(Rhizobium alvei)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・ラリームーレイ(Rhizobium larrymoorei)、リゾビウム・リゾリザエ(Rhizobium rhizoryzae)、リゾビウム・ソリ(Rhizobium soli)、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・ビグネ(Rhizobium vignae)、Rhodanobacter glycinis、ロドバクター・ヴェルドカンピイ(Rhodobacter veldkampii)、Rhodococcus enclensis、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドバリウス・リポサイクリカス(Rhodovarius lipocyclicus)、Rivicola pingtungensis、ロゼブリア・イヌリニボランス(Roseburia inulinivorans)、Rosenbergiella nectarea(ローゼンベルギエラ・ネクタレア)、ロゼオモナス・エリラタ(Roseomonas aerilata)、ロゼオモナス・アクアティカ(Roseomonas aquatica)、ロゼオモナス・ミュコーサ(ロゼオモナス・ミュコーサ)、ロゼオモナス・ロゼア(Roseomonas rosea)、ロゼオモナス・ビナセア(Roseomonas vinacea)、ロティア・アエリア(Rothia aeria)、ロティア・アマラエ(Rothia amarae)、ロティア・デントカリオーサ(Rothia dentocariosa)、ロティア・エンドフィティカ(Rothia endophytica)、ロティア・ムシラギノーサ(Rothia mucilaginosa)、ロティア・ナシムリウム(Rothia nasimurium)、Rubellimicrobium mesophilum、Rubellimicrobium roseum、Rubrobacter bracarensis、Rudaea cellulosilytica、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルネラ・ジアエ(Runella zeae)、サッカロポリスポラ・レクティビルグラ(Saccharopolyspora rectivirgula)、サリニコッカス・キングダオネンシス(Salinicoccus qingdaonensis)、スカルドビア・ウィッグシエ(Scardovia wiggsiae)、セディミニバクテリウム・ギンセンギソリ(Sediminibacterium ginsengisoli)、セレノモナス・アルテミディス(Selenomonas artemidis)、セレノモナス・インフェリクス(Selenomonas infelix)、セレノモナス・ノキシア(Selenomonas noxia)、セレノモナス・スプチゲナ(Selenomonas sputigena)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シャトレワーシア・サテレス(Shuttleworthia satelles)、シモンシエラ・ムエレリ(Simonsiella muelleri)、スカーマネラ・アエロラータ(Skermanella aerolata)、Skermanella stibiiresistens、スラッキア・エキシグア(Slackia exigua)、スマラグジコッカス・ニイガテンシス(Smaragdicoccus niigatensis)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)、ソリルブロバクター・ソリ(Solirubrobacter soli)、スフィンゴバクテリウム・カエニー(Sphingobacterium caeni)、スフィンゴバクテリウム・デージョネンス(Sphingobacterium daejeonense)、Sphingobacterium hotanense、Sphingobacterium kyonggiense、スフィンゴバクテリウム・マルチボラ(Sphingobacterium multivorum)、スフィンゴバクテリウム・ネマトキダ(Sphingobacterium nematocida)、スフィンゴバクテリウム・スピリチボラム(Sphingobacterium spiritivorum)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、スフィンゴビウム・インディカム(Sphingobium indicum)、Sphingobium lactosutens、スフィンゴビウム・サブテラネウム(Sphingobium subterraneum)、スフィンゴモナス・アバチ(Sphingomonas abaci)、スフィンゴモナス・アエスツアリイ(Sphingomonas aestuarii)、スフィンゴモナス・カナデンシス(Sphingomonas canadensis)、スフィンゴモナス・デチャンゲンシス(Sphingomonas daechungensis)、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナス・エキノイデス(Sphingomonas echinoides)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ(Sphingomonas fonticola)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ、スフィンゴモナス・フォモセンシス(Sphingomonas formosensis)、Sphingomonasgei、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス(Sphingomonas hankookensis)、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス、スフィンゴモナス・コレエンシス(Sphingomonas koreensis)、Sphingomonas kyeonggiensis、スフィンゴモナス・ラテラリエ(Sphingomonas laterariae)、スフィンゴモナス・ムコシッシマ(Sphingomonas mucosissima)、スフィンゴモナス・オリゴフェノリカ(Sphingomonas oligophenolica)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴモナス・セディミニコラ(Sphingomonas sediminicola)、Sphingomonas yantingensis、スフィンゴモナス・ユンナネンシス(Sphingomonas yunnanensis)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スピロソーマ・リグイ(Spirosoma rigui)、Sporacetigenium mesophilum、スポロサイトファガ・ミクソコッコイデス(Sporocytophaga myxococcoides)、スタフィロコッカス・アウリクラーリス(Staphylococcus auricularis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、スタフィロコッカス・ペテンコフェリ(Staphylococcus pettenkoferi)、ステノトロフォモナス・コーリエンシス(Stenotrophomonas koreensis)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ(Stenotrophomonas rhizophila)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ、B群溶結性連鎖球菌(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・カニス(Streptococcus canis)、ストレプトコッカス・クリスタタス(Streptococcus cristatus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・インターメジウス(Streptococcus intermedius)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オリゴフェルメンタンス(Streptococcus oligofermentans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・サンギイニス(Streptococcus sanguinis)、Streptomyces iconiensis、ストレプトマイセス・ヤングリネンシス(Streptomyces yanglinensis)、Tabrizicola aquatica、タヒバクター・カエニー(Tahibacter caeni)、タネレラ・フォーサイシア(Tannerella forsythia)、Tepidicella xavieri、Tepidimonas fonticaldi、テラコッカス・ルテウス(Terracoccus luteus)、テサラコッカス・フラベッセンス(Tessaracoccus flavescens)、サーマス・サーモフィルス(Thermus thermophilus)、Tianweitania sediminis、Tianweitania sediminis、トレポネーマ・アミロボラム(Treponema amylovorum)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、トレポネーマ・レシチノリティカム(Treponema lecithinolyticum)、トレポネーマ・メディウム(Treponema medium)、ツリセラ・オタイティディス(Turicella otitidis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、ウンジバクテリウム・オリゴカルボニフィルム(Undibacterium oligocarboniphilum)、Undibacterium squillarum、バゴコッカス・サルモニナラム(Vagococcus salmoninarum)、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ビブリオ・メチニコフィイ(Vibrio metschnikovii)、キサントバクター・ターゲッティディス(Xanthobacter tagetidis)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、Xenophilus arseniciresistens、Yimella lutea、ジマーマンネラ・アルバ(Zimmermannella alba)、ジマーマンネラ・ビフィダ(Zimmermannella bifi

da)、及びズーグロレア・カエニー(Zoogloea caeni)からなる群から選択される。

【0105】

他の実施形態において、標的細菌細胞は、腟微生物叢において一般的に見出されるものであり、好ましくは、Acinetobacter antiviralis、アシネトバクター・バウマンニイ(Acinetobacter baumannii)、アシネトバクター・カルコアセチカス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ジョンソニイ(Acinetobacter johnsonii)、アクチノバクラム・マッシリエンス(Actinobaculum massiliense)、アクチノバクラム・サッアリイ(Actinobaculum schaalii)、アクチノマイセス・ユーロパエウス(Actinomyces europaeus)、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ(Actinomyces graevenitzii)、アクチノミセス・イスラエリイ(Actinomyces israelii)、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ(Actinomyces neuii)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)、アクチノマイセス・ウロゲニタリス(Actinomyces urogenitalis)、アクチノマイセス・ビスコーサス(Actinomyces viscosus)、アエロコッカス・クリステンセニイ(Aerococcus christensenii)、アエロコッカス・ウリナエ(Aerococcus urinae)、アエロコッカス・ビリダンス(Aerococcus viridans)、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、エロモナス・サルモニシダ(Aeromonas salmonicida)、アフィピア・マスシリエンシス(Afipia massiliensis)、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)、アルゴリファガス・アクアティリス(Algoriphagus aquatilis)、アリイビブリオ・ウォダニス(Aliivibrio wodanis)、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アロイオコッカス・オタイティス(Alloiococcus otitis)、アロプレボテラ・タネレ(Alloprevotella tannerae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Altererythrobacter epoxidivorans、アンモニフィラス・オクサラティカス(Ammoniphilus oxalaticus)、Amnibacterium kyonggiense、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(Anaerococcus lactolyticus)、アナエロコッカス・ムルドチイ(Anaerococcus murdochii)、アナエロコッカス・オベシエンシス(Anaerococcus obesiensis)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコッカス・テトラデイウス(Anaerococcus tetradius)、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)、アナエログロブス・ゲミナツス(Anaeroglobus geminatus)、アノキシバチルス・プスキノエンシス(Anoxybacillus pushchinoensis)、アクアバクテリウム・パーブム(Aquabacterium parvum)、アルカノバクテリウム・フォカエ(Arcanobacterium phocae)、アルスロバクター・アウレッセンス(Arthrobacter aurescens)、アスティカカウリス・エクスセントリカス(Asticcacaulis excentricus)、アトポビウム・ミヌタム(Atopobium minutum)、アトポビウム・パルブルム(Atopobium parvulum)、アトポビウム・リマエ(Atopobium rimae)、アトポビウム・バギナエ(Atopobium vaginae)、アビバクテリウム・ガリナルム(Avibacterium gallinarum)、バチルス・アシディコーラ(Bacillus acidicola)、バチルス・アトロファエウス(Bacillus atrophaeus)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、バチルス・シビー(Bacillus cibi)、バチルス・コアウイレンシス(Bacillus coahuilensis)、バチルス・ガエモケンシス(Bacillus gaemokensis)、バチルス・メタノリカス(Bacillus methanolicus)、バチルス・オレロニウス(Bacillus oleronius)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・シャクレトニイ(Bacillus shackletonii)、バチルス・スポロサーモデュランス(Bacillus sporothermodurans)、枯草菌(Bacillus subtilis)、バチルス・ワコーエンシス(Bacillus wakoensis)、バチルス・ウェイヘンステファネンシス(Bacillus weihenstephanensis)、バクテロイデス・バルネシエ(Bacteroides barnesiae)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・フォルシサス(Bacteroides forsythus)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ノルディイ(Bacteroides nordii)、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・セイリヤーシアエ(Bacteroides salyersiae)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・ズウグレオフォルマンス(Bacteroides zoogleoformans)、バルネシエラ・ビスセリコラ(Barnesiella viscericola)、Bhargavaea cecembens、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ビフィドバクテリウム・ビフィダム(Bifidobacterium bifidum)、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)、ビフィドバクテリウム・ロンガム亜種インファンティス(Bifidobacterium logum subsp. infantis)、ビフィオバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ(Bifidobacterium scardovii)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ブラキバクテリウム・フェシウム(Brachybacterium faecium)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ブレビバクテリウム・マクブレルネリ(Brevibacterium mcbrellneri)、ブレビバクテリウム・オタイティディス(Brevibacterium otitidis)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレイディア・エクストルクタ(Bulleidia extructa)、バークホルデリア・フンゴルム(Burkholderia fungorum)、Burkholderia phenoliruptix、カルディセルロシルプター・サッカロリティカス(Caldicellulosiruptor saccharolyticus)、カルディモナス・タイワンエンシス(Caldimonas taiwanensis)、カンピロバクター・グラシリス(Campylobacter gracilis)、カンピロバクター・ホミニス(Campylobacter hominis)、カンピロバクター・スプトルム(Campylobacter sputorum)、カンピロバクター・ウレオリティカス(Campylobacter ureolyticus)、キャプノサイトファガ・オクラセア(Capnocytophaga ochracea)、カーディオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、ケトネラ・モルビ(Catonella morbi)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・アボルタス(Chlamydophila abortus)、コンドロマイセス・ロブスタス(Chondromyces robustus)、クリセオバクテリウム・アクアチクム(Chryseobacterium aquaticum)、サイトロバクター・ヤンガエ(Citrobacter youngae)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロストリジウム・カヴェンディシイ(Clostridium cavendishii)、クロストリジウム・コリカニス(Clostridium colicanis)、クロストリジウム・ジェジュエンス(Clostridium jejuense)、クロストリジウム・パーフリンゲンス(Clostridium perfringens)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、クロストリジウム・ソルデリイ(Clostridium sordellii)、クロストリジウム・ビリデ(Clostridium viride)、コマモナス・トリゲナ(Comamonas terrigena)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクテリウム・アペンディシス(Corynebacterium appendicis)、コリネバクテリウム・コイレアエ(Corynebacterium coyleae)、コリネバクテリウム・グルクロノリカム(Corynebacterium glucuronolyticum)、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム(Corynebacterium jeikeium)、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ(Corynebacterium kroppenstedtii)、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム(Corynebacterium lipophiloflavum)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・ムシファシエンス(Corynebacterium mucifaciens)、Corynebacterium nuruki、コリネバクテリウム・シュードジェニタリウム(Corynebacterium pseudogenitalium)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、コリネバクテリウム・シングラレ(Corynebacterium singulare)、コリネバクテリウム・ストリアタム(Corynebacterium striatum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・キセロシス(Corynebacterium xerosis)、クライオバクテリウム・サイクロフィルム(Cryobacterium psychrophilum)、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス(Curtobacterium flaccumfaciens)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)、キューティバクテリウム・アビダム(Cutibacterium avidum)、サイトファーガ・キシラノリティカ(Cytophaga xylanolytica)、デイノコッカス・ラジオフィルス(Deinococcus radiophilus)、デルフチア・ツルハテンシス(Delftia tsuruhatensis)、デスルホビブリオ・デスルフリカンス(Desulfovibrio desulfuricans)、ディアリスター・インビサス(Dialister invisus)、ディアリスター・ミクラエロフィルス(Dialister micraerophilus)、ディアリスター・ニューモシンテス(Dialister pneumosintes)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス(Dialister propionicifaciens)、ディケヤー・クリサンセミー(Dickeya chrysanthemi)、ドレア・ロンギカテナ(Dorea longicatena)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)、エガシア・カテナフォルミス(Eggerthia catenaformis)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)、エンハイドロバクター・アエロサックス(Enhydrobacter aerosaccus)、エンテロバクター・アスブリアエ(Enterobacter asburiae)、エンテロバクター・クロアカ(Enterobacter cloacae)、エンテロコッカス・アビウム(Enterococcus avium)、エンテロコッカス・デューランス(Enterococcus durans)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・ファエシウム、エンテロコッカス・ヒラエ(Enterococcus hirae)、エルウィニア・パーシシナ(Erwinia persicina)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、エルウィニア・トレタナ(Erwinia toletana)、大腸菌、エシェリキア・ファグソニイ(Escherichia fergusonii)、ユウバクテリウム・ブラキー(Eubacterium brachy)、ユウバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、ユウバクテリウム・ノダタム(Eubacterium nodatum)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・サフェヌム(Eubacterium saphenum)、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)、ユウバクテリウム・サルシ(Eubacterium sulci)、ユウバクテリウム・ユリイ(Eubacterium yurii)、エキシグオバクテリウム・アセチリカム(Exiguobacterium acetylicum)、ファクラミア・イグナバ(Facklamia ignava)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)、フィリファクター・アロキス(Filifactor alocis)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス(Fusobacterium gonidiaformans)、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)、フソバクテリウム・ペリオドンティカム(Fusobacterium periodonticum)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、ゲメラ・アサッカロリティカ(Gemella asaccharolytica)

、ゲメラ・バーゲリ(Gemella bergeri)、ゲメラ・ヘモリザンス(Gemella haemolysans)、ゲメラ・サングイニス(Gemella sanguinis)、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス(Geobacillus stearothermophilus)、ゲオバチルス・サーモカテニュラタス(Geobacillus thermocatenulatus)、ゲオバチルス・サーモグルコシダシウス(Geobacillus thermoglucosidasius)、ゲオバクター・ガービシアエ(Geobacter grbiciae)、グラニュリカテラ・エレガンス(Granulicatella elegans)、ヘモフィラス・デュクレイー(Haemophilus ducreyi)、ヘモフィラス・ヘモリティカス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリチカス(Haemophilus parahaemolyticus)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ハフニア・アルベイ(Hafnia alvei)、ハロモナス・メリディアーナ(Halomonas meridiana)、Halomonas phoceae、ハロモナス・ベヌスタ(Halomonas venusta)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(Herbaspirillum seropedicae)、ヤンシノバクテリウム・リビダム(Janthinobacterium lividum)、ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、クレブシエラ・グラニュロマティス(Klebsiella granulomatis)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)、好酸性乳酸桿菌(Lactobacillus acidophilus)、ラクトバチルス・アミロボラス(Lactobacillus amylovorus)、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)、ラクトバチルス・コレオホミニス(Lactobacillus coleohominis)、ラクトバチルス・クリスパータス(Lactobacillus crispatus)、ラクトバチルス・カルバータス(Lactobacillus curvatus)、ラクトバチルス・デルブレッキイ(Lactobacillus delbrueckii)、ラクトバチルス・ファーメンタム(Lactobacillus fermentum)、ラクトバチルス・ガッセリ(Lactobacillus gasseri)、ラクトバチルス・ヘルベティカス(Lactobacillus helveticus)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、ラクトバチルス・ジョンソニー(Lactobacillus johnsonii)、ラクトバチルス・カリゼンシス(Lactobacillus kalixensis)、ラクトバチラス・ケフィラノファシエンス(Lactobacillus kefiranofaciens)、Lactobacillus kimchicus、ラクトバチルス・キタサトニス(Lactobacillus kitasatonis)、ラクトバチルス・ムコーサエ(Lactobacillus mucosae)、ラクトバチルス・パニス(Lactobacillus panis)、ラクトバチルス・パラカゼイ(Lactobacillus paracasei)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ポンティス(Lactobacillus pontis)、ラクトバチルス・ロイテリ(Lactobacillus reuteri)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・サリバリウス(Lactobacillus salivarius)、ラクトバチルス・アルチュネンシス(Lactobacillus ultunensis)、ラクトバチルス・バギナリス(Lactobacillus vaginalis)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、レプトトリキア・ブカリス(Leptotrichia buccalis)、リューコノストック・カーノサム(Leuconostoc carnosum)、リューコノストック・シトレウム(Leuconostoc citreum)、リューコノストック・ガルリカム(Leuconostoc garlicum)、リューコノストック・ラクチス(Leuconostoc lactis)、リューコノストック・メセンテロイデス(Leuconostoc mesenteroides)、Lysinimonas kribbensis、Mageeibacillus indolicus、マリバクター・オリエンタリス(Maribacter orientalis)、マリノモナス・プロテア(Marinomonas protea)、マリノスピリラム・インスラレ(Marinospirillum insulare)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、メガスフェラ・エルスデニ(Megasphaera elsdenii)、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス(Megasphaera micronuciformis)、メソリゾビウム・アモルファエ(Mesorhizobium amorphae)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス(Methylobacterium radiotolerans)、Methylotenera versatilis、ミクロバクテリウム・ハロフィルム(Microbacterium halophilum)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、Microterricola viridarii、モビルンカス・クルティシイ(Mobiluncus curtisii)、モビルンカス・ムリエリス(Mobiluncus mulieris)、モギバクテリウム・チミダム(Mogibacterium timidum)、モーレラ・グリセリニ(Moorella glycerini)、モラクセラ・オスレンシス(Moraxella osloensis)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、モリエラ・インドリゲネス(Moryella indoligenes)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、マイコプラズマ・アルビ(Mycoplasma alvi)、マイコプラズマ・ゲルタリウム(Mycoplasma genitalium)、マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、マイコプラズマ・ムリス(Mycoplasma muris)、マイコプラズマ・サリバリウム(Mycoplasma salivarium)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス(Negativicoccus succinicivorans)、ナイセリア・フラバ(Neisseria flava)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、ナイセリア・ムコーサ(Neisseria mucosa)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ネヴスキア・ラモーザ(Nevskia ramosa)、ネヴスキア・ソリ(Nevskia soli)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース(Nitriliruptor alkaliphilus)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、オリゲラ・ウレスラリス(Oligella urethralis)、オルセネラ・ウリ(Olsenella uli)、パエニバチルス・アミロリティカス(Paenibacillus amylolyticus)、パエニバチルス・ヒュミカス(Paenibacillus humicus)、パエニバチルス・パブリ(Paenibacillus pabuli)、パエニバチルス・パサデネンシス(Paenibacillus pasadenensis)、パエニバチルス・ピニ(Paenibacillus pini)、パエニバチルス・バリダス(Paenibacillus validus)、パントエア・アグロメランス(Pantoea agglomerans)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)、パラバークホルデリア・カリオフィリィ(Paraburkholderia caryophylli)、パラコッカス・イーイ(Paracoccus yeei)、Parastreptomyces abscessus、パルビノモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペクトバクテリウム・ベータバスキュロラム(Pectobacterium betavasculorum)、ペクトバクテリウム・カロトボラム(Pectobacterium carotovorum)、ペディオコッカス・アシディラクティシ(Pediococcus acidilactici)、ペディオコッカス・エタノリデュランス(Pediococcus ethanolidurans)、Pedobacter alluvionis、ペドバクター・ワンジュエンス(Pedobacter wanjuense)、ペロモナス・アクアティカ(Pelomonas aquatica)、ペプトコッカス・ニガー(Peptococcus niger)、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス(Peptoniphilus asaccharolyticus)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ(Peptoniphilus gorbachii)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィラス・インドリカス(Peptoniphilus indolicus)、ペプトニフィルス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)、ペプトニフィラス・マスシリエンシス(Peptoniphilus massiliensis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス(Peptostreptococcus anaerobius)、ペプトストレプトコッカス・マッシリアーエ(Peptostreptococcus massiliae)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス(Peptostreptococcus stomatis)、フォトバクテリウム・アングスツム(Photobacterium angustum)、フォトバクテリウム・フリギディフィルム(Photobacterium frigidiphilum)、フォトバクテリウム・ホスホレウム(Photobacterium phosphoreum)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ(Porphyromonas asaccharolytica)、ポルフィロモナス・ベノニス(Porphyromonas bennonis)、ポルフィロモナス・カトニアエ(Porphyromonas catoniae)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ポルフィロモナス・ソメラエ(Porphyromonas somerae)、ポルフィロモナス・ウエノニス(Porphyromonas uenonis)、プレボテラ・アムニー(Prevotella amnii)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテラ・バーゲンシス(Prevotella bergensis)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテラ・ブッカエ(Prevotella buccae)、プレボテラ・ブッカリス(Prevotella buccalis)、プレボテラ・コロランス(Prevotella colorans)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテラ・コーポリス(Prevotella corporis)、プレボテーラ・デンターリス(Prevotella dentalis)、プレボテラ・デンティコーラ(Prevotella denticola)、プレボテラ・ディシエンス(Prevotella disiens)、プレボテラ・インテルメディア(Prevotella intermedia)、プレボテラ・ロエッシェイイ(Prevotella loescheii)、プレボテラ・マルシイ(Prevotella marshii)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテラ・ニグレッセンス(Prevotella nigrescens)、プレボテラ・オリス(Prevotella oris)、プレボテラ・プレウリチディス(Prevotella pleuritidis)、プレボテラ・ルミニコラ(Prevotella ruminicola)、プレボテラ・シャーヒイ(Prevotella shahii)、プレボテーラ・スターコレア(Prevotella stercorea)、プレボテラ・ティモネンシス(Prevotella timonensis)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、シュードモナス・アビエタニフィラ(Pseudomonas abietaniphila)、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)、シュードモナス・アミグダリ(Pseudomonas amygdali)、シュードモナス・アゾトフォルマンス(Pseudomonas azotoformans)、シュードモナス・クロロラフィス(Pseudomonas chlororaphis)、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス(Pseudomonas cuatrocienegasensis)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・フルバ(Pseudomonas fulva)、シュードモナス・ルテア(Pseudomonas lutea)、シュードモナス・ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス・オレオボランス(Pseudomonas oleovorans)、シュードモナス・オリエンタリス(Pseudomonas orientalis)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス・サイクロフィラ(Pseudomonas psychrophila)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)、シュードモナス・シンキサンサ(Pseudomonas synxantha)、シュードモナス・シリンゲ(Pseudomonas syringae)、シュードモナス・トラーシイ(Pseudomonas tolaasii)、シュードプロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Pseudopropionibacterium propionicum)、ラーネラ・アクアティリス(Rahnella aquatilis)、ラルストニア・ピッケティ(Ralstonia pickettii)、ラルストニア・ソラナセアルム(Ralstonia solanacearum)、ラオウルテラ・プランティコーラ(Raoultella planticola)、リゾバクター・ダウシー(Rhizobacter dauci)、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)、Roseburia inulinivorans、ロティア・ムシラギノーサ(Rothia mucilaginosa)、ルミノコッカス・ブローミイ(Ruminococcus bromii)、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、サングイバクター・ケディイエイ(Sanguibacter keddieii)、セディミニバクテリウム・サルモネウム(Sediminibacterium salmoneum)、セレノモナス・ボビス(Selenomonas bovis)、セラチア・フォンティコーラ(Serratia fonticola)、セラチア・リクファシエンス(Serratia liquefaciens)、セルラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、シェワネラ・アルガエ(Shewanella algae)、シ

ェワネラ・アマゾネンシス(Shewanella amazonensis)、シゲラ・ボイディイ(Shigella boydii)、D群赤痢菌(Shigella sonnei)、スラッキア・エキシグア(Slackia exigua)、スネアチア・アムニイ(Sneathia amnii)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)、サロバクテリウム・ムーレイ(Solobacterium moorei)、ソランジウム・セルローサム(Sorangium Cellulosum)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、スフィンゴビウム・ジャポニカム(Sphingobium japonicum)、スフィンゴビウム・ヤノイクヤエ(Sphingobium yanoikuyae)、スフィンゴモナス・ウィッティチイ(Sphingomonas wittichii)、スポロザルチナ・アクイマリナ(Sporosarcina aquimarina)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)、スタフィロコッカス・アウリクラーリス(Staphylococcus auricularis)、スタフィロコッカス・カピティス(Staphylococcus capitis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・ヘモリチカス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス(Staphylococcus hominis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、スタフィロコッカス・サプロフィティクス(Staphylococcus saprophyticus)、タフィロコッカス・シュライフェリ(Staphylococcus schleiferi)、スタフィロコッカス・シミアエ(Staphylococcus simiae)、スタフィロコッカス・シミュランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ワーネリ(Staphylococcus warneri)、ステノトロホモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、Stenoxybacter acetivorans、B群溶結性連鎖球菌(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・アンギノーサス(Streptococcus anginosus)、ストレプトコッカス・アウストラリス(Streptococcus australis)、ストレプトコッカス・エクイナス(Streptococcus equinus)、ストレプトコッカス・ガロリティカス(Streptococcus gallolyticus)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・インターメジウス(Streptococcus intermedius)、ストレプトコッカス・ルテチエンシス(Streptococcus lutetiensis)、ストレプトコッカス・マリマンマリウム(Streptococcus marimammalium)、ストレプトコッカス・ミチス(Streptococcus mitis)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(Streptococcus parasanguinis)、ストレプトコッカス・フォカエ(Streptococcus phocae)、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ(Streptococcus pseudopneumoniae)、ストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius)、ストレプトコッカス・サンギイニス(Streptococcus sanguinis)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)、ステレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)、タネレラ・フォーサイシア(Tannerella forsythia)、Terrahaemophilus aromaticivorans、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、トレポネーマ・マルトフィラム(Treponema maltophilum)、トレポネーマ・パルバム(Treponema parvum)、トレポネーマ・ヴァンサン(Treponema vincentii)、Trueperella bernardiae、ツリセラ・オタイティディス(Turicella otitidis)、ウレアプラズマ・パルハム(Ureaplasma parvum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、バリオボラックス・パラドクサス(Variovorax paradoxus)、ベイロネラ・アティピカ(Veillonella atypica)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)、ベイロネラ・モンペリエレンシス(Veillonella montpellierensis)、ベイヨネラ・パルブラ(Veillonella parvula)、バルジバチルス・プローミイ(Virgibacillus proomii)、バルジバチルス・アレノシ(Viridibacillus arenosi)、バルジバチルス・アルビ(Viridibacillus arvi)、ワイセラ・シバリア(Weissella cibaria)、ワイセラ・ソリ(Weissella soli)、ザントモナス・カンペストリス(Xanthomonas campestris)、キサントモナス・ベシカトーリア(Xanthomonas vesicatoria)、ゾベリア・ラミナリアエ(Zobellia laminariae)、及びズーグロア・ラミジェラ(Zoogloea ramigera)からなる群から選択される。

【0106】

一実施形態において、標的細菌は、大腸菌である。

【0107】

一実施形態において、標的細菌は、キューティバクテリウム・アクネスであり、より詳細には、ファイログループIA1、又はRT4、RT5、RT8、RT9、RT10、或いはクロナールコンプレックス(clonal complex:CC)CC1、CC3、CC4由来の、ニキビに関連するキューティバクテリウム・アクネスであり、より詳細には、ST1、ST3、ST4である。

【0108】

したがって、細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージ、並びに細菌ウイルス粒子は、ペイロードを特異的に送達するために、細菌の前述の属及び/又は種の任意の1つ又は複数に由来する細菌細胞を標的にし得る(例えば、特異的に標的にし得る)。

【0109】

一実施形態において、標的細菌は、病原性細菌である。標的にされる細菌は、病毒細菌であり得る。

【0110】

標的細菌は、好ましくは、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌、ESBL肺炎桿菌、バンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)、多剤耐性(MDR)アシネトバクター・バウマニ、MDRエンテロバクター属、及びそれらの組み合わせからなる群より選択される抗菌耐性細菌であり得、好ましくは、標的細菌は、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌株類からなる群から選択することができる。

【0111】

或いは、標的細菌は、所定の種のマイクロビオームの細菌、好ましくは、ヒト微生物叢の細菌であり得る。

【0112】

一態様において、所望の標的宿主域を有する合成細菌送達ビヒクルは、標的細菌細胞への目的の核酸ペイロードの移入における使用のために提供される。合成細菌送達ビヒクルは、キメラ受容体結合性タンパク質(RBP)によって特徴付けられ得、この場合、キメラRBPは、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端側ドメインとの間の溶融物を含む。ラムダ様RBPの重要な部分、例えば、stfタンパク質等、は、異なるRBPの一部で交換することができることは実証されている。

【0113】

本明細書において使用される場合、受容体結合性タンパク質又はRBPは、細胞外殻、例えば、限定はされないが、細菌外膜、LPS、カプセル、タンパク質受容体、チャネル、構造体、例えば、鞭毛、ピリ繊毛、分泌系の上に位置された基質を認識し、場合により結合及び/又は改変若しくは分解するポリペプチドである。基質は、これらに限定されるものではないが、任意の炭水化物又は改変された炭水化物、任意の脂質又は改変された脂質、任意のタンパク質又は改変されたタンパク質、任意のアミノ酸配列、及びこれらの任意の組み合わせであり得る。

【0114】

本開示は、操作された分岐鎖状受容体結合性マルチサブユニットタンパク質複合体(「分岐鎖状RBP」)の存在によって特徴付けられる合成細胞送達ビヒクルも提供する。そのような送達ビヒクルは、標的細菌細胞内に目的の核酸ペイロードを移入させるために使用され得る。操作された分岐鎖状RBPは、相互作用ドメイン(ID)の存在に基づいてお互いと会合する、バクテリオファージ由来の2つ以上の会合した受容体結合性タンパク質を含む。他方との1つのサブユニットの会合は、非共有結合的又は共有結合的であり得る。それぞれのポリペプチドサブユニットは、他方との1つのサブユニットRBPの会合のための「アンカー」として機能するIDを含む。特定の実施形態において、分岐鎖状RBPは、複数のRBPサブユニット、例えば、2つ、3つ、4つのサブユニット、を含み得る。

【0115】

組換え細菌送達ビヒクルの開示については、米国特許仮出願第62/849,108号、同第62/849,112号、同第62/802,777号、同第62/771,761号、及び同第62/783,258号を参照されたく、なお、仮出願のそれぞれは、その全体が本明細書に組み入れられる。

【0116】

本明細書において使用される場合、用語「核酸ペイロード」は、送達ビヒクルによって細菌内に移入された任意の核酸配列又はアミノ酸配列又は両方の組み合わせ(例えば、限定はされないが、ペプチド核酸又はペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート)を意味する。好ましくは、用語「核酸ペイロード」は、送達ビヒクルによって細胞内に移入された、場合によりアミノ酸配列との組み合わせにおける、任意の核酸配列(例えば、限定はされないが、ペプチド核酸又はペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート)を意味する。核酸ペイロードは、所望の標的細菌宿主細胞内への移入のために、目的のタンパク質又は核酸をコードするように設計される。用語「核酸ペイロード」は、プラスミド、ベクター、又はカーゴ(cargo)を意味し得る。核酸ペイロードは、天然の、或いは進化した又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はプラスミドであり得る。核酸ペイロードは、天然から、或いは進化又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はプラスミドの一部のみで構成することともできる。核酸ペイロードは、好ましくは、細菌送達ビヒクル、好ましくはバクテリオファージ由来キャプシド、にパッケージされた核酸配列である。

【0117】

本明細書において、埋め込まれた一意のトレーサーヌクレオチド配列タグを有する核酸ペイロードを含む、所望の標的細菌細胞特異性及び/又は宿主域を有する操作された細菌送達ビヒクルについて説明する。本明細書において使用される場合、「送達ビヒクルの多価混合物」は、1つ又は複数の異なるか又は似ていない細菌送達ビヒクルの混合物を意味する。そのような細菌送達ビヒクルは、それらを混合物内の他の細菌送達ビヒクルと区別する少なくとも1つの構造的特徴を有するため、それらは異なり得る。そのような構造的特徴としては、例えば、送達ビヒクル内において発現されるRBPにおける違いによって生じ得る、細菌細胞結合能力及び/又は宿主域における違いが挙げられる。したがって、多価混合物は、細菌送達ビヒクルによる少なくとも2つの異なる集団を含む。

【0118】

本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物は、本明細書において定義される、すなわち、少なくとも2つの異なる細菌送達ビヒクルを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサー核酸配列を有する核酸ペイロードを含む、細菌送達ビヒクルの多価混合物を含む。医薬組成物又は獣医学用組成物は、滅菌水、生理食塩水、又は他の適切な滅菌注射可能培地を使用して、投与時に懸濁し得る滅菌固体組成物として調製され得る。本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物は、他の溶質又は懸濁剤(例えば、溶液を等張にするのに十分な生理食塩水又はグルコース)、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、モノオレイン酸ソルビタン(sorbitan monoleate)、ポリソルベート80(ソルビトールのオレイン酸エステル及びエチレンオキシドで共重合されたその無水物)等を含有する滅菌溶液又は懸濁液の形態で経口投与され得る。本発明による粒子はまた、液体又は固体組成物の形態のいずれかで経口投与され得る。経口投与に好適な組成物は、丸薬、カプセル剤、顆粒剤、錠剤、及び粉末剤等の固体形態、並びに液剤、シロップ剤、エリキシル剤、及び懸濁液剤等の液体形態を含む。経腸投与に有用な形態は、滅菌溶剤、乳剤、及び懸濁液剤を含む。

【0119】

本発明によるバクテリオファージ由来粒子は、薬学的に許容される液体ビヒクル、例えば、水、有機溶媒、両方の混合物、又は薬学的に許容される油若しくは脂質に溶解又は懸濁され得る。液体ビヒクルは、他の好適な薬学的添加剤、例えば、可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、保存剤、甘味剤、香味剤、懸濁剤、増粘剤、着色剤、粘度調整剤、安定剤又は浸透圧調整剤を含有し得る。経口及び経腸投与のための液体ビヒクルの好適な例は、水(部分的に、上記のような添加剤、例えばセルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液を含有する)、アルコール(一価アルコール及び多価アルコール、例えばグリコールを含む)及びこれらの誘導体、並びに油(例えば、ヤシ油及び落花生油)を含む。非経口投与の場合、ビヒクルは、油性エステル、例えば、オレイン酸エチル及びミリスチン酸イソプロピルでもあり得る。滅菌液体ビヒクルは、経腸投与のための滅菌液体形態組成物に有用である。圧縮組成物のための液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素又は他の薬学的に許容される噴霧剤であり得る。

【0120】

経皮投与の場合、医薬組成物又は獣医学用組成物は、軟膏、クリーム又はゲルの形態に製剤化することができ、例えば、ジメチルスルホキシド、ジメチルアセトアミド及びジメチルホルムアミド等の適切な浸透剤又は界面活性剤を使用して浸透を促進させることができる。

【0121】

経粘膜投与の場合、鼻腔用スプレー、直腸又は膣坐薬が使用され得る。活性化合物は、当技術分野で公知の方法によって、公知の坐薬基剤のいずれかに組み込まれ得る。このような基剤の例としては、カカオバター、ポリエチレングリコール(カーボワックス)、ポリエチレンモノステアリン酸ソルビタン、及びこれらの融点又は溶解速度を改変する他の適合性材料との混合物が挙げられる。

【0122】

本発明は、細菌によって引き起こされた疾患又は障害の処置において使用するための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物にも関する。それは、細菌によって引き起こされる疾患又は障害を処置するための方法であって、処置を必要とする前記疾患又は障害を有する対象に本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む方法にも関する。それは更に、細菌によって引き起こされた疾患又は障害の処置のための医薬品の製造のための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。

【0123】

一実施形態において、細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、皮膚の慢性炎症、例えば、アクネ(尋常性座蒼)等、行性黄斑低腫症、腹部痙攣、急性喉頭蓋炎、関節炎、菌血症、血性下痢、ボツリヌス症、ブルセラ病、脳膿瘍、心筋障害、軟性下疳性病、クラミジア感染症、クローン病、結膜炎、胆嚢炎、結直腸癌、ポリープ症、腸内毒素症、ライム病、下痢、ジフテリア、十二指腸潰瘍、心内膜炎、エリジペロスリックス症(erysipelothricosis)、腸チフス、発熱、糸球体腎炎、胃腸炎、胃潰瘍、ギランバレー症候群、破傷風、淋病、歯肉炎、炎症性腸疾患、過敏性腸管症候群、レプトスピラ症、ハンセン病、リステリア症、結核、ウィンダミア卿夫人症候群(Lady Windermere syndrome)、レジオネラ症(Legionaire's disease)、髄膜炎、粘液膿性結膜炎、多重薬物耐性細菌感染症、多重薬物耐性細菌保菌者、心筋炎、筋壊死性ガス壊疽(myonecrosis-gas gangrene)、マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス、新生児壊死性全腸炎、ノカルジア症、院内感染、耳炎、歯周病、咽頭炎、肺炎、腹膜炎、紫斑熱、ロッキーマウンテン紅斑熱、赤痢、梅毒、副鼻腔炎、S状結腸炎、敗血症、皮下膿瘍、野兎病、気管気管支炎、扁桃炎、腸チフス、潰瘍性大腸炎、尿感染症、百日咳、非アルコール性脂肪肝疾患(NASH)からなる群から選択され得る。

【0124】

別の実施形態において、細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、好ましくは、腸管感染症、例えば、食道炎、胃炎、腸炎、大腸炎、S状結腸炎、直腸炎、及び腹膜炎、尿路感染、腟感染症、女性の上部生殖器感染症、例えば、卵管炎、子宮内膜炎、卵巣炎、子宮実質炎、子宮傍結合織炎、及び骨盤腹膜の感染症、気道感染症、例えば、肺炎等、羊水内感染症、歯性感染症、歯内感染症、線維症、髄膜炎、血流感染、院内感染、例えば、カテーテル関連感染、院内肺炎、分娩後感染症、院内胃腸炎、院内尿路感染、及びこれらの組み合わせからなる群より選択される、細菌によって引き起こされる感染症である。好ましくは、感染症は、抗生物質耐性を示す細菌によって引き起こされる。特定の実施形態において、感染症は、標的細菌において上記に一覧される細菌によって引き起こされる。

【0125】

別の実施形態において、細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、肥満及び糖尿病等の代謝障害である。

【0126】

特定の実施形態において、本発明は、ヒトマイクロビオームの細菌が関与する病態、例えば、炎症性疾患及び自己免疫疾患、癌、感染症、又は脳障害の処置における使用のための、医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。本発明は、ヒトマイクロビオームの細菌が関与する病態を処置するための方法であって、処置を必要とするそのような病態を有する対象に本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む方法に関する。本発明は更に、ヒトマイクロビオームの細菌が関与する病態の処置のための医薬品の製造のための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。実際に、マイクロビオームのいくつかの細菌は、任意の感染をトリガーすることなく、炎症性疾患又は自己免疫疾患又は癌発生を誘導及び/又は増強するであろう分子を分泌し得る。より詳細には、本発明は、例えば、CAR-T(キメラ抗原受容体T)細胞、TIL(腫瘍浸潤リンパ球)、及びサプレッサーT細胞としても知られているTreg(調節性T細胞)に基づく免疫療法の有効性を改善するためにマイクロビオームの組成を調節することにも関する。免疫療法の有効性を改善するためのマイクロビオームの組成の調節は、当技術分野において周知の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、限定はされないが、PD-1(プログラム細胞死タンパク質1)阻害剤、PD-L1(プログラム死リガンド1)阻害剤、及びCTLA-4(細胞毒性Tリンパ球関連タンパク質4)の使用も含み得る。

【0127】

マイクロビオームのいくつかの細菌は、脳に影響する分子も分泌し得る。

【0128】

したがって、本発明の更なる目的は、対象のマイクロビオームを制御するための方法であり、前記対象において本明細書に開示する有効量の医薬組成物を投与する工程を含む。

【0129】

特定の実施形態において、本発明は、細菌感染症の処置を必要とする個体のための個別処置方法であって、i)個体から生体試料を得て、試料から細菌DNA配列の群を特定する工程と;ii)配列の特定に基づいて、試料中の1つ又は複数の病原性細菌株又は種を識別する工程と;iii)試料において識別された各病原性細菌株又は種を認識してパッケージされたペイロードを送達することができる本発明による医薬組成物を個体に投与する工程と、を含む方法にも関する。本発明は更に、a)個体における細菌感染症の処置における使用のための本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物、又は、b)個体における細菌感染症の処置における医薬品の製造のための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物の使用、にも関し、この場合、a)又はb)において、医薬組成物又は獣医学用組成物の調製は、(i)個体からの生体試料を提供し、試料から細菌DNA配列の群を特定する工程と;ii)配列の特定に基づいて、試料中の1つ又は複数の病原性細菌株又は種を識別する工程と;iii)試料において識別された病原性細菌株又は種を認識してパッケージされたペイロードを送達することができる本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物を調製する工程と、を含む。

【0130】

好ましくは、生物学的試料は、病原菌及び非病原菌種を含み、個体に本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物を投与した後、個体上又は個体内の病原菌の量が減少するが、非病原菌の量は減少しない。

【0131】

別の特定の実施形態では、本発明は、薬物の有効性を改善するために使用するための、本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。確かに、マイクロビオームのいくつかの細菌は、それ自体では病原性ではなく、薬物を代謝し、それらを無効又は有害な分子に改変することができることが公知である。

【0132】

別の特定の実施形態では、本発明は、治療用化合物、例えば、哺乳動物の予防及び治療ワクチンを含む、目的の任意の化合物のin-situ細菌産生に関する。目的の化合物は、標的細菌内で産生され得る、標的細菌から分泌され得る、又は標的細菌の表面に発現され得る。より特定の実施形態では、抗原は、予防及び/又は治療ワクチン接種のために、標的細菌の表面に発現される。

【0133】

本発明は、細菌送達粒子の非治療的使用にも関する。例えば、非治療的使用は、化粧用途又は、特に疾患を患っていない対象において、対象の健康を向上させるための使用であり得る。したがって、本発明は、本発明のバクテリオファージ由来粒子を含む、化粧用組成物又は非治療的組成物にも関する。

【0134】

対象、投薬計画、及び投与
本発明の組成物によって処置される対象は、動物、好ましくは哺乳動物、更により好ましくはヒトである。しかしながら、用語「対象」は、処置を必要とする、非ヒト動物、特に、哺乳動物、例えば、中でも特に、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ロバ、ウサギ、フェレット、アレチネズミ、ハムスター、チンチラ、ラット、ネズミ、モルモット、及び非ヒト霊長動物、或いは非哺乳動物、例えば、家禽も意味することができる。

【0135】

ヒト対象は、胎児期段階のヒト、新生児、小児、幼児、若者、又は任意の年齢の成人であってもよい。

【0136】

好ましい実施形態において、対象は、診断されているか、又は、好ましくは細菌に起因して、感染症、障害、及び/又は疾患を発症するリスクにある。そのような感染症、障害、及び/又は疾患の診断方法は、当業者に周知である。

【0137】

特定の実施形態において、感染症、障害、及び/又は疾患は、処置に対して耐性を示す細菌によって引き起こされ、好ましくは、感染症、障害、及び/又は疾患は、抗生物質耐性を示す細菌によって引き起こされる。

【0138】

特定の実施形態において、対象は、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるペイロード、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミド、又は、本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物の投与の前にいかなる処置も受けていない。

【0139】

特定の実施形態において、対象は既に、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるペイロード、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミド、又は本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物の投与の前に、少なくとも1つの一連の処置、好ましくはいくつかの一連の処置を受けている。

【0140】

好ましくは、処置は、定期的に、好ましくは毎日から毎月の間において、より好ましくは毎日から2週間毎の間において、より好ましくは毎日から毎週の間において、投与され、更により好ましくは、処置は、毎日投与される。特定の実施形態において、処置は、1日数回、好ましくは1日2回又は3回、更により好ましくは1日3回、投与される。

【0141】

本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるペイロード、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミド、又は、本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物、による処置の継続期間は、好ましくは、1日から20週間の間、より好ましくは1日から10週間の間、より好ましくは1日から4週間の間、更により好ましくは1日から2週間の間、に含まれる。特定の実施形態において、処置の継続期間は、約1週間である。或いは、処置は、感染症、障害、及び/又は疾患が持続している限り、継続され得る。

【0142】

本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるペイロード、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミド、又は本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物の、形態、投与の経路、及び投与の用量は、感染症のタイプ及び重症度(例えば、疾患、障害、及び/又は感染症に関与する細菌種並びに患者又は対象の身体の局在化に応じて)、並びに患者又は対象の、特に年齢、体重、性別、及び全身的な身体状態に従って、当業者によって調節され得る。

【0143】

特に、投与されるべき、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるペイロード、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミド、又は、本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物_、
の量は、当業者に周知の標準手順によって特定されなければならない。患者又は対象の生理学的データ(例えば、年齢、サイズ、及び体重)及び投与の経路は、治療有効量が患者又は対象に投与されるように、適切な投薬量を決定するために考慮されなければならない。

【0144】

例えば、各投与のための、送達ビヒクル、特に本発明による送達ビヒクル中にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子中にパッケージされたプラスミド又はファージミドの総量は、10⁴から10¹⁵の送達ビヒクルの間に含まれる。

【0145】

本明細書において使用される場合、「トレーサー」は、核酸ペイロードに関連付けられた、すなわち、核酸ペイロード内に埋め込まれた核酸配列を意味する。トレーサーは、細菌ビヒクルの多価混合物中の細菌送達ビヒクルの存在及び/又は量を評価するために使用され得る細菌送達ビヒクル「識別タグ」として機能する。本明細書において開示されるように、トレーサーは、核酸ペイロードの非コード領域、コード領域、及び/又は5'又は3'非翻訳領域内に埋め込まれ得る。

【0146】

トレーサーは、その検出が特定の細胞性送達ビヒクルの存在に相関する任意の核酸配列であり得る。したがって、本発明の混合物において、細菌送達ビヒクルの各集団は、異なる一意のトレーサーを含む。トレーサー配列の検出は、当業者に周知の様々な異なる検出方法を使用して達成され得る。特定の実施形態において、トレーサー配列は、増幅手法、例えば、PCR反応と併用して使用される1つ又は複数のプライマー設計のための結合部位として機能し得る。トレーサーは、細菌送達ビヒクルの混合物中のトレーサーの増幅のためにプライマーが結合し得る定常領域を含むように設計され得る。好ましくは、定常領域は、多価混合物の全てのトレーサーにおいて同一である。そのような定常領域結合性プライマーは、細菌送達ビヒクルの混合物内の全てのトレーサーをまとめて増幅するために使用され得る。トレーサーは、細菌送達ビヒクルの混合物内のトレーサーの増幅のためにプライマーが結合し得る可変領域を含むように設計され得る。可変領域結合性プライマーは、混合物内の特定の細菌送達ビヒクルを識別するために使用され得る。一態様において、可変領域は、バーコード内に位置される。

【0147】

混合物中の細菌送達ビヒクルの識別及び/又は定量化のために、増幅の1回又は複数回のラウンドが実施され得る。特定の実施形態において、異なるタイプのプライマーの混合物が、それぞれの増幅反応において使用され得る。例えば、定常領域のみに結合するプライマー、可変領域のみに結合するプライマー、及び/又は定常領域及び可変領域にオーバーラップするプライマーが、使用され得る。或いは、増幅反応の場合、定常領域に結合するプライマー及び可変領域に結合するプライマーが使用され得る。使用されるプライマーに応じて、増幅反応は、結果として、細菌送達ビヒクルの混合物中において見出されるトレーサーの混合物の増幅をまとめて生じ得る。或いは、プライマーは、混合物中の特定の細菌送達ビヒクルを増幅するように選択され得る。

【0148】

特定の実施形態において、トレーサーの定常領域に結合するプライマーは、増幅の第1のラウンドのために使用され得、その後に、ビヒクルの混合物中における特定の送達ビヒクルの存在を更に評価するために、例えばトレーサーの可変領域に結合するプライマーを使用して、増幅反応の後続の第2のラウンドが行われ得る。

【0149】

以下において詳細に説明されるように、1つ又は複数の特徴が、設計において考慮されるべきであり、並びにそれは、細菌送達ビヒクルの識別において使用するためのトレーサー配列の特徴である。そのような特徴としては、例えば、プライマー結合性部位の長さ、溶融温度及びパーセントG/C含有量が挙げられ、そのそれぞれが、例えば増幅反応の有効性に影響を及ぼし得る。更に、トレーサーは、細菌送達ビヒクルをパッケージする細胞系又は標的細菌細胞の増殖特性に対する干渉が最小限となるように設計されるべきである。トレーサーは、パッケージする細胞系内の送達ビヒクルの産生に対する影響が最小限であるべきである。望ましくない制限酵素切断部位を含ませることは避けるべきである。最後に、パッケージする細胞DNA、標的宿主DNA、又はペイロードDNAを有する相同の領域は、トレーサー内において避けられるべきであり、というのも、相同のそのような領域は、望ましくない相同組換えのための部位として機能し得るためである。

【0150】

特定の態様において、全ての核酸ペイロードが、同じ会合したトレーサーを有する同じキャプシドにパッケージされ、並びに核酸ペイロードが、異なる会合したトレーサーを有する異なるキャプシドにパッケージされるような方法において、設計された一意の「トレーサー」核酸配列を含むことを除いて同一のヌクレオチド核酸ペイロードを含有する細菌送達ビヒクル、例えば、ファージミド粒子、の多価混合物が提供される。そのようなトレーサーの使用は、増幅のサイクルと、場合により配列決定とにより、送達ビヒクルの多価混合物中の各細菌送達ビヒクルの存在及び/又は相対的存在量を検出することを可能にする。そのような増幅方法としては、例えば、「トレーサー」配列に対して特異的なプライマーを使用する、PCR、qPCR、ddPCR、LCR、FISH、又はNGSが挙げられる。

【0151】

異なる態様において、トレーサー核酸配列は、コードDNA配列又は非コードDNA配列、例えば、これらに限定されるわけではないが、レポーター遺伝子(例えば、抗生物質耐性、蛍光タンパク質)、タグ、又はバーコード等、に埋め込まれる。

【0152】

最初は1982年に提案され、2003年に最初に実践されたDNAバーコーディングは、各種を一意において識別するために使用することができ、比較及びアラインメントにより、他の方法より忠実な自然の分類学を描くことができる、全ての種における単一のDNA遺伝子座が存在することを示唆した(Taylor and Harris、2012年、Mol Ecol Resour. 2012 May;12(3):377～88頁). An emergent science on the brink of irrelevance: a review of the past 8 years of DNA barcoding。生命の全ての領域に対して機能する単一の「特効薬」バーコードは見つかっていないが、特定のクレード内において例外的にうまく機能することが見出されたDNAバーコード、例えば、動物内のミトコンドリアチトクロームcオキシダーゼサブユニット1(CO1)又は細菌内の16S rRNA等、は、生物学的分類法又は「生命の樹(tree of life)」を経験的に作製し、生態系を説明するために、幅広く採用されるようになった(Kressら、2015年、Trends Ecol Evol, Jan; 30(1):25～35頁; Taylor and Harris、2012年、Mol Ecol Resour. 2012 May;12(3):377～88頁)。

【0153】

2005年にハイスループットなDNA配列決定技術が出現し、それ以来、コストは減少しており、それが、種の判別を超えたDNAバーコーディングの一般化につながっている。DNAバーコーディングは、今では、1)ゲノム及びクロマチンのマッピング、2)トランスクリプトミクス/RNA-seq、3)タンパク質翻訳活性を分析するためのリボゾームプロファイリング、4)タンパク質工学(ファージディスプレイ、mRNA/リボゾームディスプレイ、及び酵母ツーハイブリッドスクリーニングによる)、5)DNAコードタンパク質ライブラリ、6)細胞表面DNAラベリング、7)抗体-DNAコンジュゲート、8)DNAコード小分子及びサイクリックペプチドライブラリ、更に9)ナノ粒子-DNAコンジュゲート(Liszczak and Muir、2019年、Angew Chem Int Ed Engl, Mar 22;58(13):4144～4162頁)、の様々な状況において使用されている。

【0154】

特定の非限定的な実施形態において、トレーサーは、バーコード法における使用のために設計され得る。「バーコード」は、その存在がその会合する細菌送達ビヒクルの存在に相関する核酸配列を表す。そのような場合、「バーコード」は、トレーサー内に埋め込まれ、バーコードの識別及び/又は定量化のために、バーコード配列(可変領域、図3)を増幅するために利用され得る配列(定常領域、図3)が両側に隣接し、それにより、細菌送達ビヒクルの多価混合物中の特定の細菌送達ビヒクルの存在及び量を示す。そのようなバーコード法の使用は、その存在が細菌送達ビヒクルの混合物中の特定の細菌送達ビヒクルの存在に相関する、複数の一意のトレーサーを使用するための容易で便利な方法を提供する。

【0155】

特定の実施形態において、トレーサーは、DNAの非コード領域内の核酸ペイロードに埋め込まれる。本明細書において使用される場合、「DNAの非コード領域」は、タンパク質をコードしない配列を含む領域である。そのようなトレーサーは、同じトレーサーを有する核酸ペイロードが同一の細菌送達ビヒクル内にパッケージされるような方式において、核酸ペイロード内に導入される。そのようなトレーサー核酸配列、例えば、バーコードを含有するものを使用することにより、多価細菌送達混合物中の各異なる細菌送達ビヒクルの存在及び相対的存在量を、バーコードに隣接する配列並びにバーコード内の配列に対して特異的なプライマーを使用するPCR、qPCR、ddPCR、LCR、FISH、又はNGSによって確認することができる。

【0156】

核酸ペイロードの非コード領域での使用のためにトレーサーを設計する場合、効率的で有効なトレーサーの設計のために、1つ又は複数の要因が考慮され得る。一態様において、トレーサーは、細菌送達ビヒクルの産生における使用のためのパッケージする細胞系の増殖、又は前記細菌送達ビヒクルの産生に対する影響を最小限に抑えるべきである。更に、トレーサーは、標的細菌細胞の増殖に対する影響を最小限に抑えるべきである。

【0157】

トレーサーは、前記ビヒクルの混合物中における、理論的に任意の数の細菌送達ビヒクルの検出及び定量化を可能にするような方式において設計され得る。そのような検出は、共通部位、すなわち、定常領域、例えば、可変領域(例えば、図2におけるC1及びC2)に隣接し、プライマー結合及びその後の増幅のための標的として機能する(図2を参照されたい)定常領域、を使用して最初に達成することができる。したがって、そのような共通部位の使用は、いくつかの異なるトレーサー核酸配列の同時の共増幅を可能にする。ある実施形態において、トレーサー配列は、各特定のトレーサー配列の検出も可能にし得、したがって、共通プライマー部位及び/又はコンストラクト毎の可変プライマー部位:V1、V2、…、Vx、の使用による、その会合する細菌送達ビヒクルの存在の検出も可能にし得る(図2を参照されたい)。

【0158】

好ましい実施形態において、トレーサーは、様々な異なる検出方法と併用して使用されるように設計され得る。そのような検出方法は、結果として細菌送達ビヒクルの多価混合物中の2つ以上の細菌送達ビヒクルの識別及び/又は定量化につながるトレーサーの検出及び/又は定量化のための多重増幅サイクルの使用を含む。そのような検出方法としては、例えば、PCR、qPCR(染料ベース/プローブベース)、ddPCR(染料ベース/プローブベース)、LCR、FISH、及び/又はNGSが挙げられる。

【0159】

加えて、開示された方法及び組成物において利用されるトレーサーは、qPCR/ddPCR/LCR/FISH/NGS検出方法等のPCR法を使用する場合にトレーサー核酸配列へのプライマー/プローブの結合を可能にするように、制限された二次構造及び最適な溶融温度を有するように設計され得る。

【0160】

核酸ペイロード内のトレーサーの位置決めを考慮する場合、位置は、核酸ペイロードの他の機能的要素による転写又は翻訳干渉を最小限に抑えるように選択されるべきである。理想的には、トレーサーは、望ましくない制限部位を有さないべきであり、並びにトレーサーは、核酸ペイロード、パッケージする細胞DNA、又は標的細菌宿主細胞DNA、の他の領域を伴う制限された配列相同性(>20nt)を有するように設計されるべきである。そのような相同性は、望ましくない相同的組換え事象に対する基板として機能することができる。

【0161】

特定の非限定的な実施形態において、DNAバーコーディングシステムは、細菌送達ビヒクルの識別のために使用され得る(図2を参照されたい)。その機能との干渉が最小となるように選択されたDNA核酸ペイロードにおける位置は、ELF5挿入部位であり、それは、標準化されたプラスミドコンストラクトのリンカー領域のための部位である。そのような実施形態において、ある特定の構造的特徴を有するN(N=数)個のランダム核酸トレーサーが生成される。好ましい態様において、バーコード領域及び定常領域の長さは、典型的には、それぞれ25から50ヌクレオチドのサイズの範囲であり得る。バーコード領域、並びに定常領域は、不必要なアンプリコンの生成なく、特定のプライマーの結合が、PCR増幅(qPCR、ddPCR、及びNGS方法のそれぞれに対して必要な工程である)を可能にすることを許容にするために十分に長く、並びに十分に一意であるべきである。選択された構造的特徴は、非限定的な実施例において、30ヌクレオチドの長さのトレーサーを含み、その場合、生成されるバーコードの数=Nであり、ここで、Nは1以上であり、GC含有量は、約60%から70%の間に制限される。定常領域及びバーコードの長さは、概して、使用される所望のプライマーの溶融温度(Tm)によって決定され、並びに使用される検出方法に依存する。生成された各トレーサー核酸配列は、望ましくない制限部位の検出について調べられるべきである。加えて、二次構造、溶融温度、及び配列相同性は、それぞれ、二次構造を最小化して、トレーサー配列を標的にするプライマーのアニーリングのために十分に高い溶融温度を確保し、それと同時に、相同的組換えの可能性を最小化するように決定され得る。望ましい構造的特徴のために特定のトレーサーを試験する方法は、当業者に周知である。配列が選択された後、バーコードを含み得るトレーサー核酸は、組換え的に又は化学的に合成され、並びに核酸ペイロードの非コード領域内のそれらのそれぞれの位置へとクローンされる。

【0162】

【表1】

【0163】

特定の実施形態において、トレーサー核酸配列は、Table1(表1)において定義されるb1からb12バーコードからなる群から選択されるバーコードを含む。

【0164】

別の態様において、トレーサー核酸配列は、コドン利用頻度を考慮して核酸ペイロードのコード領域内に埋め込まれ得る。64のコドンの場合、3つのコドンが停止コドンをコードし、61のコドンが20の標準アミノ酸をコードする。20のアミノ酸の場合、2つ(Met、Trp)のみが、1つの一意のコドンによってコードされ、9つ(Asn、Asp、Cys、Gln、Glu、His、Lys、Phe、Tyr)が2つの一意のコドンによってコードされ、1つ(Ile)が、3つの一意のコドン(同様に、3つの一意の停止コドン)によってコードされ、5つ(Ala、Gly、Pro、Thr、Val)が、4つの一意のコドンによってコードされ、並びに3つ(Arg、Leu、Ser)が、6つの一意のコドンによってコードされる。18の標準アミノ酸(停止コドンに加えて)におけるこの縮重は、コード配列に導入された違いが、それにもかかわらず、同一のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするように、DNA配列へのコドン変化の導入を可能にする。

【0165】

特定の一実施形態において、改変されたコドン利用頻度を伴うコード配列は、同じキャプシドにパッケージされた全ての核酸ペイロードが、同じトレーサーを有し、結果として、異なるキャプシドにパッケージされた核酸ペイロードが異なるトレーサーを有するような方式において、核酸ペイロード内に導入される。そのような場合、多価混合物中の各細胞送達ビヒクルの存在及び相対的存在量は、トレーサー核酸配列に特異的なプライマーを使用するPCR、qPCR、又はddPCRによって確認することができる。

【0166】

タンパク質コード領域内に埋め込まれるトレーサーの設計のために、1つ又は複数の構造的特徴が考慮され得る。そのような特徴は、核酸ペイロードの非コード領域に挿入されるトレーサーの設計において考慮されるものを含み得る。コード領域に挿入されるトレーサー配列は、コード領域に導入された違いが同一のアミノ酸配列を有するタンパク質をコードするようにタンパク質コード領域にコドン変化を導入するように設計されるべきである。トレーサーは、タンパク質発現の効率又はタンパク質の機能に対する影響を最小限に抑えるべきである。

【0167】

一態様において、トレーサーは、細菌送達ビヒクルを産生するために使用されるパッケージする細菌細胞の増殖、並びに標的細菌細胞の増殖に対する影響を最小限に抑えるべきである。更に、トレーサーは、パッケージする細菌細胞内での細菌送達ビヒクルの産生に対する影響を最小限に抑えるべきである。

【0168】

トレーサーは、コード領域への挿入のために、前記ビヒクルの混合物中における理論的に任意の数の細菌送達ビヒクルの検出及び定量化を可能にするような方式において設計され得る。そのような検出は、プライマー結合及びその後の増幅のための標的として機能する共通部位、すなわち、定常領域、例えば、図3のC1及びC2等、を使用して最初に達成することができる(図3を参照されたい)。したがって、そのような共通部位の使用は、いくつかの異なるトレーサー核酸配列の共増幅を可能にする。ある実施形態において、核酸トレーサー配列は、各特定のトレーサー核酸配列の検出も可能にし得、結果として、1つの共通部位及びコンストラクト毎の可変部位:V1、V2、…、Vx、の使用によるその相同の細菌送達ビヒクルの存在の検出も可能にし得る(図3を参照されたい)。そのような可変部位は、初期の単一の増幅サイクルにおいて利用され得、或いは、増幅のための共通部位の使用後の第2のラウンドの増幅サイクルにおいて使用され得る。

【0169】

コード領域への挿入のための各生成されたトレーサーが、望ましくない制限部位の検出について調べら得る。加えて、二次構造、溶融温度、及び配列相同性が、それぞれ、二次構造を最小化して、トレーサー配列を標的にするプライマーのアニーリングのために十分に高い溶融温度を確保し、それと同時に、相同的組換えの可能性を最小化する_。
ために評価され得る。トレーサー配列が選択された後、バーコードを含み得るトレーサー核酸は、組換え的に又は化学的に合成され得、並びにDNA核酸ペイロードの非コード領域内のそれらのそれぞれの位置へとクローンされ得る。

【0170】

特定の非限定的な実施形態において、トレーサーシステムが、以下のように開発されている。トレーサー配列は、細胞内において発現された場合にアンピシリン耐性を付与するために一般的に使用されるTEM-1β-ラクタマーゼ(bla)タンパク質に対するコードDNA配列(CDS)内に挿入されるように選択される。トレーサーの設計のため、コード領域は、blaCDSにおける118番目から147番目のヌクレオチドまでの長さの、選択された(X)10コドンである。トレーサー配列は、gca-cga-gtg-ggt-tac-atc-gaa-ctg-gat-ctc(配列番号18)を含み、それは、40番目から49番目の位置の10アミノ酸ARVGYIELDL(配列番号19)をコードする。(X)アミノ酸(又は停止コドン)をコードする選択されたコード領域(X)コドン内において、メチオニン(M、Met)及びトリプトファン(W、Trp)アミノ酸は変わらないままであるが、なぜなら、これらのアミノ酸が、唯一無二の一意のコドンを有するためである。bla実施例において、選択された10アミノ酸セグメント内のアミノ酸はいずれも、M又はWではなく、それは、アミノ酸を有する全てが複数のコドンを有し、それが、それぞれの各アミノ酸をコードすることができることを意味する。領域X内に残っているコドン/アミノ酸の場合、前記アミノ酸をコードするコドン全体が付番され一覧されるように、レジスターが各アミノ酸に対して作製される(一例として、Ala40:1)GCT、2)GCC、3)GCA、4)GCG、図3を参照されたい)。次いで、領域X内のアミノ酸位置のそれぞれにおける各コドン可能性の中の全ての組み合わせが特定され、並びに全ての可能なコドン組み合わせの完全な一覧全体の内の一意の文字列として一覧される。一例として、TEM-1β-ラクタマーゼにおける10アミノ酸領域AA40～49に対して、アミノ酸位置40～49に対応する数値形式おいて、1つの可能性、及び特定の可能なコドンのそれぞれを表す特定の数は、{1、1、1、1、1、1、1、1、1、1}であり、別のものは、{2、1、1、1、1、1、1、1、1、1}であり、別のものは、{3、1、1、1、1、1、1、1、1、1}等であり、それは、可能な一意の組み合わせの消耗に対する、各アミノ酸位置に可能なそれぞれのコドンを表している。上記の3つの例示的表現は、3つの30ヌクレオチド配列に対応するであろうし、それにおいて、最初のコドン(位置aa40のAlsに対応する、GCT/GCC/GCA、1/2/3のいずれか)のみが異なるが、それに対して、後続の27ヌクレオチドは、残りのRVGYIELDL(配列番号21)を表すために、図4の順序付けを使用する、残りの各アミノ酸における最初の可能性であろう(そのため、CGT/GTT/GGT/TAT/ATT/GAA/CTT/GAT/CTT(配列番号20))。次いで、全ての可能なコドンの組み合わせ(又は、場合により、計算時間を減らすためにサブセットのみ)の徹底的な総合的リストが取られ、ハミング距離が、それぞれの間において算出される。TEM-1β-ラクタマーゼの例において、10アミノ酸のそれぞれが、複数の可能なコドン(A=4、R=6、V=4、G=4、Y=2、I=3、E=2、L=6、D=2、L=6)を有し、これらを考慮して、生成され得るコドンの総数は、産物4＊6＊4＊4＊2＊3＊2＊6＊2＊6、すなわち331,776である。

【0171】

設計した後、30bpのバーコードの50bpの上流及び50bpの下流、並びにバーコードが、望ましくない制限部位の存在について調べられる。そのような制限部位を有さないこれらのトレーサーのみが、使用のために選択される。更に、二次構造を最小化して、バーコード標的化プライマーに対して十分に高い溶融温度を確保し、並びに相同的組換えの可能性を最小化するために、それぞれ、二次構造の存在、溶融温度、及び配列相同性が調べられる。

【0172】

一意のコドン組み合わせの数が、細菌送達ビヒクル混合物の一意のメンバーの数に対応するように選択され、それにより、それぞれの間の最大ハミング距離(Mohammadi-Kambs M.ら、2017年、ACS Omega. 2017 Apr 30; 2(4): 1302～1308頁)が、選択されるか又は好まれる(両方が、各メンバーの一意の識別並びに一意のメンバー及びそれぞれのための一意のプローブ/プライマーの中/間における交差反応/検出の可能性を最小化する試みを可能にするように)。選択されたDNAバーコードは、次いで、組換え的に又は化学的に合成され、並びにDNA核酸ペイロードのCDS内のそれらのそれぞれの位置へとクローンされる。

【0173】

さらなる別の態様において、トレーサー核酸配列は、5'又は3'非翻訳領域(UTR)DNA配列に埋め込まれ得る。5'及び3'UTRは、mRNAへと転写されるが、タンパク質へと翻訳はされない、タンパク質コード配列の各末端(それぞれ、5'及び3'末端)における領域である。原核細胞において、5'UTRは、通常、3'UTRよりはるかに短く(3～10のヌクレオチド長さ)、並びにタンパク質発現に対して3'UTRより強い効果を有する。5'又は3'非翻訳領域へ埋め込むためのトレーサーの設計仕様は、核酸ペイロードの非コード領域に埋め込まれるトレーサーに対して使用されるものと同じである。

【0174】

多価細菌送達ビヒクル混合物中の細菌性送達ビヒクルを検出及び定量化するための方法であって、混合物中の各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含み、トレーサー配列内の配列に結合するプライマーを使用する増幅のサイクルの実行によって、混合物中の細菌送達ビヒクルの全て又はそれぞれを検出及び定量化する工程を含む、方法が提供される。上記において説明されるように、トレーサーの定常領域及び/又は可変領域を標的にするプライマーの使用に応じて、全ての細菌送達ビヒクル又はそれらの一部のみを、検出及び/又は定量化することができる。したがって、この方法は、多価混合物中に含まれる細菌送達ビヒクルの各集団及び/又は前記混合物に含まれる全ての細菌送達ビヒクルを検出及び/又は定量化することを可能にする。それらの核酸ペイロード内に埋め込まれたトレーサー配列を含む細菌送達ビヒクルのそのような混合物は、多価細菌送達ビヒクル混合物中のそれぞれの細菌送達ビヒクルを検出及び定量化することによって、最終医薬品を特徴付けることを可能にする。そのような方法は、安全性及び有効性の臨床試験(排出、生体分布)の際の有機体、ヒト、及び/又は動物モデルへの投与後の細菌送達ビヒクルの識別及び追跡も可能にする。例えば、特定のトレーサー配列の存在が、望んでいない安全性及び/又は生体分布プロファイルの結果に関連することが見出された場合、その相同の細菌送達ビヒクルを細菌送達ビヒクル混合物から除去することにより、最終的な医薬品を安全にすることができる。

【0175】

個々の細菌株のコレクション又は細菌株の混合物に対する細菌送達ビヒクルの活性を試験するための迅速でハイスループットなスクリーニング方法が提供される。そのようなスクリーニング方法は、効率的な方式においてそれらの核酸ペイロードを特定の標的細菌細胞に移動させることができる、望ましい細菌送達ビヒクルの識別のための効率的な手段を提供する。

【0176】

更に、時間次元における異なるビヒクルの投与後の一連の細菌送達の能力及び程度を特徴付けるための方法が提供される(送達ビヒクル1による初期形質導入、次いである程度の時間の経過の許容、次いで送達ビヒクル2による後続の形質導入による)。

【0177】

2つ以上の原核生物集団の複雑な微生物群、例えば、これらに限定されるわけではないが、ヒト微生物叢試料に投与される場合の混合物由来の特定の細菌送達ビヒクルによって種以外での標的化を特徴付けるための更なる追加の方法が提供される。

【0178】

更に、生物に細菌送達ビヒクルの多価混合物を投与した後に細菌送達ビヒクルを検出及び追跡するための方法であって、各細菌送達ビヒクルが、一意のトレーサーを有する核酸ペイロードを含み、増幅のサイクルの実行によって混合物中の細菌送達ビヒクルのそれぞれを検出及び定量化し、場合によりトレーサー内の配列に結合するプライマーを使用して配列決定する工程を含む方法が提供される。そのような増幅方法としては、例えば、PCR、qPCR、ddPCR、又はNGSが挙げられる。

【実施例】

【0179】

(実施例1)
プラスミドpAK272B(配列番号1)を、7つの異なるバーコード(配列番号2から8;図5におけるB1、B2、B3B4、B5、B6、及びB7)の内の1つのバーコードを含むように改変して、pB1、pB2、pB3、pB4、pB5、pB6、及びpB7と呼ばれる7つの区別可能なプラスミドバリアントを得た。260nmでの吸収に基づいて、各プラスミドバリアントに対してDNA濃度を評価し、混合物の1マイクロリットルあたり1250コピーの各プラスミドバリアントを有することを目標にして、当モル混合物を作製するために使用した。次いで、混合物中の各バリアントのコピーの絶対数を、ドロップレットデジタルPCR(ddPCR)によって実験的に確認した。これを達成するために、20マイクロリットルのddPCR反応を、pAK272Bプラスミドバックボーン(配列番号9;図5においてC1と呼ばれる)の共通領域に結合する100nMのプライマー、単一の選択されたバーコード(配列番号10から16;図5においてV1、V2、V3、V4、V5、V6、及びV7と呼ばれる)に特異的に結合する100nMの別のプライマー、8マイクロリットルのバーコードを付けられたプラスミド混合物(すなわち、最終ddPCR反応物の1マイクロリットルあたり500コピーの各バリアント)、並びにポリメラーゼ酵素と、dNTPと、DNA染料とを含む市販のddPCRマスターミックス(QX200 ddPCR EvaGreen Supermix)によって設計した。合計で7つの反応と、プラスミド混合物を水で置き換えた7つのネガティブコントロールに対し、個々のバーコードに対して特異的な各プライマー対に対して1つの反応を設定した。製造元によって推奨されるように、ddPCRワークフローを実施した。図6に示されるように、各バーコードを付けられたバリアントの数は、予想されるオーダー内において測定され(予想された1マイクロリットルあたり約500コピーに対して、1マイクロリットルあたり227コピーであり、すなわち、0.3log10の差)、その小さな差は、おそらく、初期DNA濃度を見積るために使用した吸光方法に起因する。これにかかわらず、最初に意図されたように、7つ全てのプラスミドバリアントに対して同様のコピー数が見出された。

【0180】

(実施例2)
4つの異なるバーコードを付けられた変形例のプラスミドpAK272Bを使用して、4つのラムダファージ由来足場の間における、標的細菌へのインビボでの送達率における差を識別した。バーコードを付けたプラスミドを、それぞれ、1つのラムダファージ由来足場バリアント内にパッケージし、並びにそれぞれの1マイクロリットルあたり2×10⁷個の粒子を混合することによって、結果としてパッケージされたファージミドを生じる4つ全ての混合物を得た。この混合物の100マイクロリットルを、標的株MG-GFPでコロニー形成させた9匹のマウスに投与し、各動物に対して、再懸濁させた糞便の10倍段階希釈(純粋なものから10^-5まで)の4μlを、クロラムフェニコール(プラスミドpAK272Bは、クロラムフェニコール耐性遺伝子を有する)を含有する選択培地上に播種することによって、首尾よく形質導入された細菌をマウスの糞から回収した。次いで、純粋な糞便試料の4μlパッチ内に含まれる形質導入された細菌集団全体を、クロラムフェニコールの存在下のインビトロにおいて増殖させ、存在する全てのプラスミドを、通常のプラスミドミニプレパレーション技術によって精製した。260nmの吸収を使用して、総DNA濃度を見積もり、並びに十分な量のDNAをddPCRに掛け、その量を、精製され検出された全てのDNAがバーコードの付けられたプラスミドに対応すると仮定して、1反応あたり80,000超のコピーを目指して計算した。各バーコードに対して特異的なプライマー対いよって1つの反応を設定し、元のマウス試料あたり合計で4つの反応物を得た。図7は、バーコードを付けられた各プラスミドの絶対数を、実験の各マウスに対して(M10からM18)、形質導入された細菌から回収したことを示している。9匹全ての動物に対してバーコードB4の明確な豊富さは、その特異的なプラスミドバリアントと共にパッケージされたラムダファージ由来足場バリアントは、インビボでの標的細菌への送達において最も効果的であった。他のプラスミドバリアントも検出されたが、より少ないコピー数であり、それは、対応するラムダファージ由来足場がインビボにおいてより低い効率において送達されたことを示している。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【配列表】

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【国際調査報告】