2022-539701 芳香族化合物による核酸重合の増強

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2022-09-13

(54)【発明の名称】芳香族化合物による核酸重合の増強

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/10 20060101AFI20220906BHJP

   C07D 401/14 20060101ALI20220906BHJP

   C07D 403/14 20060101ALI20220906BHJP

   C07D 401/04 20060101ALI20220906BHJP

   C07D 471/04 20060101ALI20220906BHJP

   C07D 249/06 20060101ALI20220906BHJP

   C12P 19/34 20060101ALI20220906BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20220906BHJP

   C12N 9/12 20060101ALI20220906BHJP

【ＦＩ】

C12N15/10 Z

C07D401/14 CSP

C07D403/14 ZNA

C07D401/04

C07D471/04 112T

C07D249/06 502

C12P19/34 A

C12Q1/6869 Z

C12N9/12

【審査請求】有

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2021576560

(86)(22)【出願日】2020-06-19

(85)【翻訳文提出日】2022-02-09

(86)【国際出願番号】 US2020038682

(87)【国際公開番号】W WO2020263703

(87)【国際公開日】2020-12-30

(31)【優先権主張番号】62/867,049

(32)【優先日】2019-06-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

(71)【出願人】

【識別番号】509349026

【氏名又は名称】ストラトス ゲノミクス インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100118902

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 修

(74)【代理人】

【識別番号】100106208

【弁理士】

【氏名又は名称】宮前 徹

(74)【代理人】

【識別番号】100196508

【弁理士】

【氏名又は名称】松尾 淳一

(74)【代理人】

【識別番号】100196243

【弁理士】

【氏名又は名称】運 敬太

(72)【発明者】

【氏名】ココリス，マーク・スタマティオス

(72)【発明者】

【氏名】タボネ，ジョン

(72)【発明者】

【氏名】ナバビ，メルド

(72)【発明者】

【氏名】ジャコブス，アーロン

(72)【発明者】

【氏名】オコンネル，ディラン

(72)【発明者】

【氏名】グッドマン，ドリュー

(72)【発明者】

【氏名】メリル，ラセイ

(72)【発明者】

【氏名】チャンドラセカール，ジャガデエスワラン

【テーマコード（参考）】

4B050

4B063

4B064

4C063

4C065

【Ｆターム（参考）】

4B050CC07

4B050DD02

4B050KK11

4B050LL03

4B050LL05

4B063QA01

4B063QA13

4B063QQ28

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR35

4B063QR62

4B063QS24

4B063QX02

4B064AF27

4B064BJ10

4B064CA21

4B064CD12

4B064DA13

4C063AA01

4C063AA03

4C063BB01

4C063CC42

4C063DD08

4C063DD12

4C063DD34

4C063EE10

4C065AA04

4C065AA19

4C065BB09

4C065CC01

4C065DD02

4C065EE02

4C065HH10

4C065JJ01

4C065KK10

(57)【要約】

本発明は、例えば、ＤＮＡ鋳型のナノポアに基づく単一分子配列決定のためのポリマーを生成するためのインビトロプライマー伸長によるＤＮＡ複製を含む、核酸重合を改善するための化合物、方法及び組成物に関する。核酸ポリメラーゼ反応組成物には、ヌクレオチド類似体によるＤＮＡポリメラーゼ活性の増強を可能にし、配列決定用途のためのプライマー伸長産物の長さの改善をもたらす重合増強部分が提供される。
【選択図】図６Ａ

【特許請求の範囲】

【請求項1】

核酸ポリメラーゼ反応を増強する方法であって、
ａ．
ｉ．鋳型核酸と、
ｉｉ．核酸ポリメラーゼと、
ｉｉｉ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物と、
ｉｖ．式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物と、
を含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成すること；及び
ｂ．核酸重合反応を可能にする条件下で前記核酸ポリメラーゼ反応組成物をインキュベートすること
を含み、前記式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物が前記核酸ポリメラーゼ反応の処理能力、速度又は忠実度を増加させ；
式（Ｉ）の化合物は：

【化1】

によって表されるか、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩であり、式中、
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化2】

は、単結合又は二重結合であり、前記二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され、
Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３，－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール、－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化3】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化4】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、前記ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、前記２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、
Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、
Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；
Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され、
Ｅは、出現ごとに、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される、
方法。

【請求項2】

Ａｒ１が単環式炭素環アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

Ａｒ１が単環式複素環アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

Ａｒ１が二環式アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

Ａｒ１が三環式アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項6】

Ａｒ１が非置換アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項7】

Ａｒ１が置換アリールである、請求項１に記載の方法。

【請求項8】

Ａｒ２が、チオフェン、１，２－チアゾール、１，３－チアゾール、フラン、１，２－オキサゾール、１，３－オキサゾール、１Ｈ－ピロール、１Ｈ－ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、１，２，４－トリアゾール、１，２，３－トリアゾール及び１Ｈ－イミダゾールからなる群から選択される５員単環式芳香環である、請求項１に記載の方法。

【請求項9】

Ａｒ２が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン及びピラジンからなる群から選択される６員単環式芳香環である、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

Ａｒ２が、ベンゾフラン、１，３－ベンゾオキサゾール、フロ［３，２－ｂ］ピリジン、フロ［３，２－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｂ］ピリジン、インドール、１Ｈ－ベンズイミダゾール、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｂ］ピリジン、ベンゾチオフェン、１，３－ベンゾチアゾール、チエノール［３，２－ｂ］ピリジン、チエノ［３，２－ｃ］ピリジン、チエノ［２，３－ｃ］ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール及びチエノ［２，３－ｂ］ピリジンからなる群から選択される９員縮合二環式芳香環系である、請求項１に記載の方法。

【請求項11】

Ａｒ２が、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、１，５－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、１，７－ナフチリジン、１，８－ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、２，６－ナフチリジン及び２，７－ナフチリジンからなる群から選択される１０員縮合二環式芳香環系である、請求項１に記載の方法。

【請求項12】

Ａｒ２上の前記置換がカルボン酸を含む、請求項１に記載の方法。

【請求項13】

Ａｒ２上の前記置換がカルボキサミドを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項14】

Ａｒ２上の置換がトリフルオロメチルを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項15】

Ａｒ２上の置換がヒドロキシルを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項16】

ｎが０であり、ｍが２であり、式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物が、（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）：

【化5】

から選択される式によって記載される、請求項１に記載の方法。

【請求項17】

Ａｒ２上の置換がヒドロキシル、カルボン酸及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも２つを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項18】

前記式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物が、（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩＩ）、又は（ＩＸ）：

【化6】

から選択される式によって記載される、請求項１５に記載の方法。

【請求項19】

前記式（Ｉ）の化合物がキレートの形態である、請求項１に記載の方法。

【請求項20】

前記キレートが銅キレートである、請求項１９に記載の方法。

【請求項21】

前記式（Ｉ）の化合物が、少なくとも４．９のｌｏｇＰを有する、請求項１に記載の方法。

【請求項22】

前記式（Ｉ）の化合物が、
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－３，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４，４’－（（４－メトキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－メチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピラジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（（３，５－ジメチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４ｌ３－ピリジン－２，６－ジイル）ビス（５－ヨード－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－アセトアミドピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９－アセチル－９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－２，９－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（トリフルオロメチル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
３，３’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（４－シアノピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸；
５－（４－（６－（４－（３－カルボキシ－４－ヒドロキシ－５－メチルフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸；
４，４’－（（４－（ジメチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブタ－３－イン－１－イルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（プロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（フェニルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－アセトアミドエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－シクロプロピルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（カルバムイミドイルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ピペリジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－３，８－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロペンチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジ－ｓｅｃ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，７－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，３－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロヘキシルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ベンジルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－メチルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３，５，６－トリクロロピコリン酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
７，７’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－フルオロ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－フルオロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（アゼチジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチル（メチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
Ｎ－エチル－２，６－ビス（１－（４－（２，２，２－トリフルオロアセチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）イソニコチンアミド；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（ピリダジン－３，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
３，３’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））ジプロピオン酸；
４，４’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））二酪酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メトキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジイソフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－ヒドロキシ安息香酸）；
ジエチル（３－（４－（６－（１－（３－（ジエトキシホスホリル）プロピル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）プロピル）ホスホネート；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メチル安息香酸）；
２，２’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ニトロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（３，３，３－トリフルオロプロピル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
（４－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（４－ホスホノフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）フェニル）ホスホン酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
ジメチル２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジアセテート；
（２Ｓ，２’Ｓ）－２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジコハク酸；
２，２’－（（２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル）ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ビス（アセチル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
２，６－ビス（１－（４－シアノ－３－（トリフルオロメチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミド；
４，４’－（チオフェン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；及び
４，４’－（フラン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
３’－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－シアノ安息香酸）；及び
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－クロロ安息香酸）から選択される、請求項１に記載の方法。

【請求項23】

前記式（Ｉ）の化合物が、前記式（Ｉ）の化合物を欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して、得られる核酸産物の長さを増加させる、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項24】

前記少なくとも１つの式（Ｉ）の化合物が、式（Ｉ）の複数の化合物を含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項25】

前記核酸ポリメラーゼがＤＮＡポリメラーゼである、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項26】

前記ＤＮＡポリメラーゼがＤＰＯ４又はそのバリアントである、請求項２５に記載の方法。

【請求項27】

前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、前記ポリマーつなぎ鎖部分（ｍｏｉｅｔ０ｙ）の第１末端が前記核酸塩基に結合し、前記ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端が前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によって前記ヌクレオチド類似体の拡張を提供する、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

前記核酸重合反応がヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生成し、前記拡張可能なポリマーが前記鋳型核酸の核酸塩基配列情報をコードする、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項29】

核酸重合反応を可能にする条件が、適切な重合緩衝液及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項30】

前記適切な緩衝液が、トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２のうちの少なくとも１つを含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項31】

反応混合物が一本鎖結合タンパク質をさらに含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項32】

反応混合物が尿素をさらに含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項33】

前記ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項34】

前記検出可能な標識が、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、請求項３１に記載の方法。

【請求項35】

ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型を配列決定する方法であって、
ａ．
ｉ．ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型と、
ｉｉ．前記鋳型と複合体を形成する複製プライマーと、
ｉｉｉ．ＤＮＡポリメラーゼと、
ｉｖ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物と、
ｖ．式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物と、
を含むＤＮＡポリメラーゼ反応組成物を形成する工程；
ｂ．ＤＮＡ重合反応を可能にする条件下で前記ＤＮＡポリメラーゼ反応組成物をインキュベートすることであって、前記式（Ｉ）の少なくとも１つの化合物が前記ＤＮＡポリメラーゼ反応の速度、忠実度又は処理能力を増加させる、インキュベートする工程；及び、
ｃ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の得られたポリマー中のヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定する工程
を含み、
式（Ｉ）の化合物は：

【化7】

であるか、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩であり、
［式中：
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化8】

は、単結合又は二重結合であり、前記二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され、
Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３，－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール、－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化9】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化10】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、前記ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、前記２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、
Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、
Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；
Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され、
Ｅは、各存在において、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される、
方法。

【請求項36】

前記ヌクレオチド類似体の混合物がヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、前記ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端が前記核酸塩基に結合し、前記ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端が前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によって前記ヌクレオチド類似体の拡張を提供する、請求項３５に記載の方法。

【請求項37】

前記ＤＮＡポリメラーゼがＤＰＯ４又はそのバリアントである、請求項３６に記載の方法。

【請求項38】

ヌクレオチド類似体の得られたポリマーが拡張可能なポリマーである、請求項３７に記載の方法。

【請求項39】

前記拡張可能なポリマーをホスホルアミデート開裂剤と接触させて、ヌクレオチド類似体の拡張ポリマーを生成する工程をさらに含む、請求項３８に記載の方法。

【請求項40】

前記ヌクレオチド類似体のそれぞれの前記ポリマーつなぎ鎖部分が、前記類似体の前記核酸塩基に固有のレポーター部分を含む、請求項３６に記載の方法。

【請求項41】

前記レポーター部分が特徴的な電子シグナルを生じる、請求項３６に記載の方法。

【請求項42】

前記ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程が、ヌクレオチド類似体の前記拡張ポリマーをナノポアを介してトランスロケーションする工程を含む、請求項３６に記載の方法。

【請求項43】

式（Ｉ）

【化11】

［式中：
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化12】

は、単結合又は二重結合であり、前記二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され、
Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３，－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール、－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化13】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化14】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、前記ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、前記２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、
Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、
Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；
Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され、
Ｅは、出現ごとに、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される］の化合物、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩。

【請求項44】

Ａｒ１が単環式複素環アリールである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項45】

Ａｒ１が

【化15】

から選択され、
トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、請求項４４に記載の化合物。

【請求項46】

Ａｒ１が二環式アリールである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項47】

Ａｒ１が

【化16】

から選択される二環式炭素環式アリールであり、
トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、請求項４６に記載の化合物。

【請求項48】

Ａｒ１が

【化17】

から選択される二環式複素環式アリールであり、
トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、請求項４６に記載の化合物。

【請求項49】

Ａｒ１が三環式アリールである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項50】

Ａｒ１が

【化18】

から選択される三環式炭素環式アリールである、請求項４９に記載の化合物。

【請求項51】

Ａｒ１が

【化19】

から選択される三環式ヘテロアリールであり、
トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、請求項４９に記載の化合物。

【請求項52】

Ａｒ１が

【化20】

から選択される三環式ヘテロアリールであり、
前記トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、請求項４９に記載の化合物。

【請求項53】

Ａｒ２が、チオフェン、１，２－チアゾール、１，３－チアゾール、フラン、１，２－オキサゾール、１，３－オキサゾール、１Ｈ－ピロール、１Ｈ－ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、１，２，４－トリアゾール、１，２，３－トリアゾール及び１Ｈ－イミダゾールからなる群から選択される置換５員単環式芳香環である、請求項４３に記載の化合物。

【請求項54】

Ａｒ２が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン及びピラジンからなる群から選択される６員単環式芳香環である、請求項４３に記載の化合物。

【請求項55】

Ａｒ２が、ベンゾフラン、１，３－ベンゾオキサゾール、フロ［３，２－ｂ］ピリジン、フロ［３，２－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｂ］ピリジン、インドール、１Ｈ－ベンズイミダゾール、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｂ］ピリジン、ベンゾチオフェン、１，３－ベンゾチアゾール、チエノール［３，２－ｂ］ピリジン、チエノ［３，２－ｃ］ピリジン、チエノ［２，３－ｃ］ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール及びチエノ［２，３－ｂ］ピリジンからなる群から選択される９員縮合二環式芳香環系である、請求項４３に記載の化合物。

【請求項56】

Ａｒ２が、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、１，５－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、１，７－ナフチリジン、１，８－ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、２，６－ナフチリジン及び２，７－ナフチリジンからなる群から選択される１０員縮合二環式芳香環系である、請求項４３に記載の化合物。

【請求項57】

Ａｒ２が

【化21】

から選択されるピリジニル環であり、
置換基Ｇは、前記ピリジニル環上に０、１又は２回存在する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項58】

Ａｒ２が以下の式

【化22】

のフェニル環であり、
置換基Ｇは、前記フェニル環上に０、１又は２回存在する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項59】

Ａｒ２が

【化23】

から選択されるフェニル環である、請求項４３に記載の化合物。

【請求項60】

Ａｒ２が置換フェニル基であり、前記フェニル基の置換基が、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５でさらに置換されたアリールである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項61】

Ａｒ２上の前記置換がアミノを含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項62】

Ａｒ２上の前記置換がメトキシを含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項63】

Ａｒ２上の前記置換がカルボン酸を含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項64】

Ａｒ２上の前記置換が－ＣＨ_２－ＣＯ_２－ＣＨ_３を含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項65】

Ａｒ２上の置換がトリフルオロメチルを含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項66】

Ａｒ２上の置換がヒドロキシルを含む、請求項４３に記載の化合物。

【請求項67】

Ａｒ２上の置換が、１つのカルボン酸及び１つのヒドロキシルである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項68】

Ａｒ２上の置換が、１つのカルボン酸及び１つのトリフルオロメチルである、請求項４３に記載の化合物。

【請求項69】

キレートの形態の、請求項４３に記載の化合物。

【請求項70】

前記キレートが銅キレートである、請求項６８に記載の化合物。

【請求項71】

少なくとも４．９のｌｏｇＰを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項72】

ｎが０であり、ｍが２であり、以下の構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）：

【化24】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項73】

ヒドロキシル、カルボン酸カルボキサミド及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも２つを含む、Ａｒ２上の置換を有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項74】

以下の構造（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩＩ）、又は（ＩＸ）：

【化25】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項75】

以下の構造（Ｘ）、（ＸＩ）又は（ＸＩＩ）：

【化26】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項76】

以下の構造（ＸＩＩＩ）、（ＸＩＶ）又は（ＸＶ）：

【化27】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項77】

以下の構造（ＸＶＩ）、（ＸＶＩＩ）、（ＸＶＩＩＩ）、（ＸＩＸ）、（ＸＸ）、（ＸＸＩ）又は（ＸＸＩＩ）：

【化28-1】

【化28-2】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項78】

以下の構造（ＸＸＩＩＩ）、（ＸＸＩＶ）又は（ＸＸＶ）：

【化29】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項79】

以下の構造（ＸＸＶＩ）、（ＸＸＶＩＩ）又は（ＸＸＶＩＩＩ）：

【化30】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項80】

以下の構造（ＸＸＩＸ）、（ＸＸＸ）、（ＸＸＸＩ）又は（ＸＸＸＩＩ）：

【化31】

のうちの１つを有する、請求項４３に記載の化合物。

【請求項81】

４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－３，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４，４’－（（４－メトキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－メチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピラジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（（３，５－ジメチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４ｌ３－ピリジン－２，６－ジイル）ビス（５－ヨード－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－アセトアミドピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９－アセチル－９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－２，９－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（トリフルオロメチル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
３，３’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（４－シアノピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸；
５－（４－（６－（４－（３－カルボキシ－４－ヒドロキシ－５－メチルフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸；
４，４’－（（４－（ジメチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブタ－３－イン－１－イルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（プロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（フェニルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－アセトアミドエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－シクロプロピルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（カルバムイミドイルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ピペリジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－３，８－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロペンチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジ－ｓｅｃ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，７－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，３－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロヘキシルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ベンジルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－メチルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３，５，６－トリクロロピコリン酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
７，７’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－フルオロ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－フルオロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（アゼチジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチル（メチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
Ｎ－エチル－２，６－ビス（１－（４－（２，２，２－トリフルオロアセチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）イソニコチンアミド；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（ピリダジン－３，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
３，３’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））ジプロピオン酸；
４，４’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））二酪酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メトキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジイソフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－ヒドロキシ安息香酸）；
ジエチル（３－（４－（６－（１－（３－（ジエトキシホスホリル）プロピル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）プロピル）ホスホネート；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メチル安息香酸）；
２，２’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ニトロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（３，３，３－トリフルオロプロピル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
（４－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（４－ホスホノフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）フェニル）ホスホン酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
ジメチル２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジアセテート；
（２Ｓ，２’Ｓ）－２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジコハク酸；
２，２’－（（２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル）ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ビス（アセチル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
２，６－ビス（１－（４－シアノ－３－（トリフルオロメチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミド；
４，４’－（チオフェン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；及び
４，４’－（フラン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
３’－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－シアノ安息香酸）；及び
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－クロロ安息香酸）から選択される、請求項４３に記載の化合物。

【請求項82】

４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
３，６－ビス（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－９Ｈ－カルバゾール；
４，４’－（１，４－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
１，３－ビス（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ベンゼン；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４－（４－（３－（１－（４－カルボキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
２－（１－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－６－（１－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－７－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミド；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；及び
４，４’－（（５－（エチルカルバモイル）－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）から選択される、化合物。

【請求項83】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の化合物及び分子クラウディング剤を含む組成物。

【請求項84】

前記分子クラウディング剤がポリアルキレングリコールである、請求項８３に記載の組成物。

【請求項85】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の化合物と、水性緩衝液とを含む組成物。

【請求項86】

前記水性緩衝液がトリスＨＣｌである、請求項８５に記載の組成物。

【請求項87】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の化合物と、ポリヌクレオチドとを含む組成物。

【請求項88】

前記ポリヌクレオチドが２０～６０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドである、請求項８７に記載の組成物。

【請求項89】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の化合物と、タンパク質とを含む組成物。

【請求項90】

前記タンパク質がＤＮＡポリメラーゼである、請求項８９に記載の組成物。

【請求項91】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の化合物と、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物とを含む組成物。

【請求項92】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物と、ヌクレオチド類似体の混合物とを含む、ＤＮＡポリメラーゼ反応の処理能力、忠実度、又は速度を向上させるための組成物。

【請求項93】

請求項４３から８２のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物と、ヌクレオチド類似体の混合物とを含む組成物であって、請求項４３から８２のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物が、鋳型依存性重合反応中に娘鎖に組み込まれるヌクレオチド類似体の数及び精度を、請求項４３から８２のいずれか一項に記載の少なくとも１つの化合物が存在しない同一の重合反応と比較して増加させる、組成物。

【請求項94】

前記ヌクレオチド類似体の混合物がヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、前記ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端が前記核酸塩基に結合し、前記ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端が前記ヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によって前記ヌクレオチド類似体の拡張を提供する、請求項９２に記載の組成物。

【請求項95】

トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２のうちの少なくとも１つから選択される緩衝成分をさらに含む、請求項９２に記載の組成物。

【請求項96】

一本鎖結合タンパク質をさらに含む、請求項９２に記載の組成物。

【請求項97】

尿素をさらに含む、請求項９２に記載の組成物。

【請求項98】

前記ヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、請求項９２に記載の組成物。

【請求項99】

前記検出可能な標識が、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、請求項９８に記載の組成物。

【請求項100】

請求項８３から９９のいずれか一項に記載の少なくとも１つの組成物を含む、核酸鋳型を配列決定するためのキット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は一般に新規な化学的実体に関し、より具体的には、無機成分（その組成物を含む）を任意に有する新規な有機分子、並びに特に酵素の性能に影響を及ぼす際のその製造及び利用のための方法に関する。
配列表に関する記載

【0002】

本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、本明細書に参照により組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、８７０２２５＿４２５ＷＯ＿ＳＥＱＵＥＮＣＥ＿ＬＩＳＴＩＮＧ．ｔｘｔである。テキストファイルは１５ＫＢで、２０２０年６月１９日に作成され、ＥＦＳ－Ｗｅｂを用いて電子的に提出されている。

【背景技術】

【0003】

生体分子の測定は、現代医学の基礎であり、医学研究、より具体的には診断及び治療、並びに薬物開発において広く使用されている。核酸は、生物が機能し、再生するために必要な情報をコードし、本質的に生命の設計図である。そのような設計図を決定することは、純粋な研究及び応用科学において有用である。医学では、配列決定は、癌、心疾患、自己免疫障害、多発性硬化症、及び肥満を含む様々な病状の診断及び処置の開発に使用することができる。業界では、配列決定を使用して、改良された酵素プロセス又は合成生物を設計することができる。生物学において、このツールは、例えば、生態系の健康を研究するために使用することができ、したがって、広範囲の有用性を有する。同様に、タンパク質及び他の生体分子の測定は、疾患及び病原性伝播のマーカー及び理解を提供している。

【0004】

個体の固有のＤＮＡ配列は、特定の疾患に対する感受性に関する貴重な情報を提供する。それはまた、早期検出のためのスクリーニング及び／又は予防処置を受ける機会を患者に提供する。さらに、患者の個々の設計図を考慮すると、臨床医は、薬物有効性を最大化するため、及び／又は薬物有害反応のリスクを最小化するために、個別化治療を投与することができるであろう。同様に、病原性生物の設計図を決定することは、感染性疾患の新しい処置及びよりロバストな病原体監視をもたらし得る。低コストの全ゲノムＤＮＡ配列決定は、現代医学の基礎を提供するであろう。この目的を達成するために、配列決定技術は、スループット、精度、及びリード長に関して前進し続けなければならない。

【0005】

過去１０年間にわたって、多数の次世代ＤＮＡ配列決定技術が、市販されるようになり、全ゲノムの配列決定のコストを劇的に削減した。これらには、合成による配列決定（「ＳＢＳ」）プラットフォーム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｏｎ Ｔｏｒｒｅｎｔ，Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）及び類似体連結ベースのプラットフォーム（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）が含まれる。多種多様な試料処理及び検出方法を利用する多くの他の技術が開発されている。例えば、ＧｎｕＢｉｏ，Ｉｎｃ．（マサチューセッツ州ケンブリッジ）は、ピコリットル反応容器を使用して数百万の目立たないプローブシーケンシング反応を制御するが、Ｈａｌｃｙｏｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ（カリフォルニア州レッドウッドシティ）は、透過型電子顕微鏡を使用した直接ＤＮＡ測定のための技術を開発しようと試みていた。

【0006】

ナノポアベースの核酸配列決定は、広く研究されてきた説得力のあるアプローチである。Ｋａｓｉａｎｏｗｉｃｚら（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１３７７０－１３７７３，１９９６）は、脂質二重層に埋め込まれたアルファ溶血素ナノポアを介して電気的に移動した一本鎖ポリヌクレオチドを特徴付けた。ポリヌクレオチド移動の間、ナノポア開口部の部分的な遮断は、イオン電流の減少として測定できることが実証された。しかしながら、ナノポアにおけるポリヌクレオチド配列決定は、有意なバックグラウンドノイズに浸漬された小さなシグナル差を有する狭い間隔の塩基（０．３４ｎｍ）を分解しなければならないことによって負担がかかる。ナノポアにおける単一塩基分解能の測定課題は、ポリヌクレオチドについて観察される急速な移動速度のために、より要求が厳しくなり、典型的にマイクロ秒当たり１塩基のオーダーである。いくつか例を挙げると、電圧、塩組成、ｐＨ、温度及び粘度などの実行パラメータを調整することによって、移動速度を低下させることができる。しかしながら、そのような調整は、単一塩基分解能を可能にするレベルまで移動速度を低下させることができなかった。

【0007】

Ｓｔｒａｔｏｓ Ｇｅｎｏｍｉｃｓは、生化学的プロセスを使用してＤＮＡの配列を「Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ」と呼ばれる測定可能なポリマー上に転写する、拡張による配列決定（Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ（ＳＢＸ））と呼ばれる方法を開発した（Ｋｏｋｏｒｉｓら、米国特許第７，９３９，２５９号、「Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ」）。転写された配列は、約１０ｎｍ離れた高シグナル対ノイズレポーターにおいてＸｐａｎｄｏｍｅｒ骨格に沿ってコード化され、高シグナル対ノイズ、高分化応答のために設計される。これらの違いは、ネイティブＤＮＡと比較して、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの配列リード効率及び精度の著しい性能向上を提供する。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、いくつかの次世代ＤＮＡ配列決定検出技術を可能にすることができ、ナノポア配列決定によく適している。

【0008】

Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、合成後にＸｐａｎｄｏｍｅｒ骨格を拡張することを可能にする長い置換基を特徴とする、ＸＮＴＰと呼ばれる非天然ヌクレオチド類似体から生成される（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、ＫｏｋｏｒｉｓらによるＰＣＴ出願国際公開第２０１６／０８１８７１号パンフレットを参照されたい）。それらの非定型構造のために、ＸＮＴＰ並びに他のヌクレオチド類似体（例えば、検出可能な標識部分で修飾されたヌクレオチド類似体）は、現在利用可能なＤＮＡポリメラーゼの基質として新規な課題を導入する。参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｋｏｋｏｒｉｓらの国際公開第２０１７／０８７２８１号パンフレット及び国際公開第２０１８／２０４７１７号パンフレットは、非天然のかさ高いヌクレオチド類似体を基質として利用してプライマー伸長活性が向上した操作されたＤＰ０４ポリメラーゼバリアントを記載している。

【0009】

ＤＮＡ鋳型自体の中で、特定のヌクレオチド配列モチーフは、ＤＮＡポリメラーゼに対してさらなる複製課題を提示することが知られている。特に重要なのは、滑り鎖の誤対合、すなわち「複製滑り」を引き起こす可能性があるホモポリマーの連続、又は短い反復ＤＮＡ配列である。複製滑りは、以下の工程を包含すると考えられる。（ｉ）複製機構による第１のリピートのコピー、（ｉｉ）複製の一時停止及び新たに合成された末端からのポリメラーゼの解離、（ｉｉｉ）新たに合成された鎖のペアリング解除及び第２のリピートとのペアリング、並びに（ｉｖ）ＤＮＡ合成の再開。したがって、反復領域内で複製機構が停止すると、プライマーと鋳型のミスアライメントが生じる。インビボにおいて、複製中の２つのＤＮＡ鎖のミスアライメントは、様々な長さの欠失又は重複などのＤＮＡ再編成をもたらし得る。インビトロでは、複製滑りは、滑り事象の部位での複製エラーをもたらす。ポリメラーゼの処理能力又は精度のそのような低下は、特定の用途又は所望の遺伝子操作を著しく損なう。

【0010】

したがって、非定型構造を有する１つ以上の試薬を含む条件下でポリメラーゼ反応を向上させるための新しい方法及び組成物が（例えば、拡張による配列決定（ＳＢＸ）並びにＤＮＡ増幅、従来の配列決定、標識、検出、クローニングなどのバイオテクノロジー及び生物医学での他の用途において）必要であり、当技術分野で価値が見出されるであろう。本発明は、これらのニーズを満たし、さらに関連する利点を提供する。

【0011】

背景技術のセクションで説明した主題の全てが必ずしも先行技術ではなく、単に背景技術のセクションにおける説明の結果として先行技術であると仮定すべきではない。これらの道筋に沿って、背景技術のセクションで説明されているか、又はそのような主題に関連する先行技術の問題の認識は、先行技術であると明示的に述べられていない限り、先行技術として扱われるべきではない。代わりに、背景技術のセクションにおける任意の主題の議論は、それ自体もまた発明的であり得る特定の問題に対する発明者のアプローチの一部として扱われるべきである。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0012】

【特許文献1】米国特許第７，９３９，２５９号明細書

【特許文献2】国際公開第２０１６／０８１８７１号パンフレット

【特許文献3】国際公開第２０１７／０８７２８１号パンフレット

【特許文献4】国際公開第２０１８／２０４７１７号パンフレット

【非特許文献】

【0013】

【非特許文献1】Ｋａｓｉａｎｏｗｉｃｚ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９３：１３７７０－１３７７３，１９９６

【発明の概要】

【0014】

手短に言えば、本開示は、核酸ポリメラーゼ活性を増強する化合物、組成物及びその使用を提供する。ある特定の実施形態において、ポリメラーゼ活性は、ポリメラーゼに１つ以上の課題を導く条件下、例えば、ポリメラーゼの処理能力を損なう非天然のヌクレオチド類似体基質又は鋳型モチーフを含む条件下での、重合反応において増強される。そのような増強は、重合反応に、本明細書においてポリメラーゼ増強分子又はＰＥＭと任意に称され得る本開示の１つ以上の化合物を補うことによって達成される。

【0015】

一態様では、ＰＥＭは式（Ｉ）

【化1】

［式中：
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化2】

は、単結合又は二重結合であり、二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され、Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３、－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－_Ｃ６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化3】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化4】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され、Ｅは、出現ごとに、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される］
の化合物、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩である。

【0016】

一態様では、本開示は、核酸ポリメラーゼ反応を増強する方法であって、鋳型核酸、核酸ポリメラーゼ、ヌクレオチド及び／又はヌクレオチド類似体の混合物、少なくとも１つのＰＥＭを含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成する工程と；核酸重合反応を可能にする条件下で核酸ポリメラーゼ反応組成物をインキュベートする工程とを含む方法を提供する。ＰＥＭは、核酸ポリメラーゼ反応の処理能力、速度、及び／又は忠実度を増加させる。一実施形態では、少なくとも１つのＰＥＭは、ＰＥＭを欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して、得られる核酸産物の長さを増加させる。

【0017】

さらなる実施形態では、核酸ポリメラーゼはＤＮＡポリメラーゼである。特定の実施形態では、ＤＮＡポリメラーゼは、ＤＰＯ_４又はそのバリアントである。他の実施形態では、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物は、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれは、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端は核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端はヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する。いくつかの実施形態では、核酸重合反応は、ヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生成し、拡張可能なポリマーは、鋳型核酸の核酸塩基配列情報をコードする。他の実施形態では、核酸重合反応を可能にする条件は、適切な重合緩衝液及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む。さらなる実施形態では、適切な緩衝液は、例えば、トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒（ＤＭＦ、ＮＭＰ及びアセトンなど）、ポリリン酸６０、及びＭｎＣｌ_２のそれぞれのうちの１つ以上を含む。他の実施形態において、反応混合物は、核酸インターカレート剤をさらに含む。他の実施形態において、反応混合物は、ポリアニオン認識部分をさらに含む。さらなる実施形態において、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物は、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む。さらに他の実施形態では、検出可能な標識は、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である。

【0018】

別の態様では、本開示は、少なくとも１つのＰＥＭ及びヌクレオチド類似体の混合物を含む組成物を提供する。この組成物は、例えばポリメラーゼと組み合わせた場合に有用であり、少なくとも１つのＰＥＭが、鋳型依存性重合反応中に娘鎖に組み込まれるヌクレオチド類似体の数及び精度を、該少なくともＰＥＭが存在しない同一の重合反応と比較して増加させる。他の実施形態では、少なくとも１つのＰＥＭは複数のＰＥＭを含む。

【0019】

任意に、ヌクレオチド類似体の混合物は、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれは、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端は核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端はヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する。他の実施形態では、組成物は、トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒（ＤＭＦ及びＮＭＰなど）、ポリリン酸６０、Ｎ－メチルスクシンイミド（ＮＭＳ）、及びＭｎＣｌ_２のうちの少なくとも１つ、例えば２つ、３つ、４つなど、又はそれぞれを含む緩衝液をさらに含む。他の実施形態では、組成物は、一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）をさらに含む。他の実施形態では、組成物は尿素をさらに含む。特定の実施形態では、ヌクレオチド類似体の混合物は、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である。

【0020】

別の態様では、本発明は、ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型を配列決定する方法であって、ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型、鋳型と複合体を形成する複製プライマー、ＤＮＡポリメラーゼ、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物、及び少なくとも１つのＰＥＭを含むＤＮＡポリメラーゼ反応組成物を形成する工程、ＤＮＡ重合反応を可能にする条件下でＤＮＡポリメラーゼ反応組成物をインキュベートする工程を含む方法を提供し、少なくとも１つのＰＥＭは、ＤＮＡポリメラーゼ反応の速度、忠実度又は処理能力を増加させる。この方法は、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の得られたポリマー中のヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定することをさらに含んでよい。ＰＥＭは、式（Ｉ）の化合物として記載され得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＰＥＭは、式（ＩＩ）の化合物から選択される。他の実施形態では、ヌクレオチド類似体の混合物は、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれは、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端は核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端はヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する。他の実施形態では、ＤＮＡポリメラーゼはＤＰＯ４又はそのバリアントである。他の実施形態では、ヌクレオチド類似体の得られたポリマーは、拡張可能なポリマーである。他の実施形態では、この方法は、拡張可能なポリマーをホスホルアミデート開裂剤と接触させて、ヌクレオチド類似体の拡張ポリマーを生成する工程をさらに含む。特定の実施形態では、ヌクレオチド類似体のそれぞれのポリマーつなぎ鎖部分は、類似体の核酸塩基に固有のレポーター部分を含む。他の実施形態では、レポーター部分は、特徴的な電子シグナルを生じる。さらに他の実施形態では、ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程は、ヌクレオチド類似体の拡張ポリマーをナノポアを介してトランスロケーションする工程を含む。

【0021】

したがって、一実施形態では、本開示は、ＰＥＭ及びポリヌクレオチドを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本開示は、ＰＥＭ及びポリペプチド、例えば酵素などのポリペプチドを含む組成物を提供し、酵素は核酸ポリメラーゼであり得る。

【0022】

以下は、本開示のいくつかの例示的な特定及び番号付けされた実施形態である。また、特に明記しない限り、化学式で特定される各原子は、その原子の同位体のいずれかであってもよい。例えば、名称Ｃ（炭素）は、^１２Ｃ、^１３Ｃ又は^１４Ｃ及びそれらの混合物、特に天然存在同位体混合物を含み、一方、Ｈ（水素）は、^１Ｈ、^２Ｈ及び^３Ｈ及びそれらの混合物を含み、Ｏ（酸素）は、^１６Ｏ及び^１８Ｏ及びそれらの混合物を含み、Ｎ（窒素）は、^１４Ｎ及び^１５Ｎ及びそれらの混合物などを含み、他の原子については：

【0023】

１）式（Ｉ）

【化5】

［式中：
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化6】

は、単結合又は二重結合であり、二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され：Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３、－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－_Ｃ６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化7】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化8】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され、Ｅは、出現ごとに、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される］
の化合物、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩。

【0024】

２）Ａｒ１が単環式複素環アリールである、実施形態１の化合物。

【0025】

３）Ａｒ１が

【化9】

から選択され、トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、実施形態２の化合物。

【0026】

４）Ａｒ１が二環式アリールである、実施形態１の化合物。

【0027】

５）Ａｒ１が

【化10】

から選択される二環式炭素環式アリールであり、トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、実施形態４の化合物。

【0028】

６）Ａｒ１が

【化11】

から選択される二環式複素環式アリールであり、トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、実施形態４の化合物。

【0029】

７）Ａｒ１が三環式アリールである、実施形態１の化合物。

【0030】

８）Ａｒ１が

【化12】

から選択される三環式炭素環式アリールである、実施形態７の化合物。

【0031】

９）Ａｒ１が

【化13】

から選択される三環式ヘテロアリールであり、トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、実施形態７の化合物。

【0032】

１０）Ａｒ１が

【化14】

から選択される三環式ヘテロアリールであり、トリアゾール環はＡｒ１の位置ｋに位置する、実施形態７の化合物。

【0033】

１１）Ａｒ２が、チオフェン、１，２－チアゾール、１，３－チアゾール、フラン、１，２－オキサゾール、１，３－オキサゾール、１Ｈ－ピロール、１Ｈ－ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、１，２，４－トリアゾール、１，２，３－トリアゾール及び１Ｈ－イミダゾールからなる群から選択される置換５員単環式芳香環である、実施形態１の化合物。

【0034】

１２）Ａｒ２が、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン及びピラジンからなる群から選択される６員単環式芳香環である、実施形態１の化合物。

【0035】

１３）Ａｒ２が、ベンゾフラン、１，３－ベンゾオキサゾール、フロ［３，２－ｂ］ピリジン、フロ［３，２－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｂ］ピリジン、インドール、１Ｈ－ベンズイミダゾール、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｂ］ピリジン、ベンゾチオフェン、１，３－ベンゾチアゾール、チエノール［３，２－ｂ］ピリジン、チエノ［３，２－ｃ］ピリジン、チエノ［２，３－ｃ］ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール及びチエノ［２，３－ｂ］ピリジンからなる群から選択される９員縮合二環式芳香環系である、実施形態１の化合物。

【0036】

１４）Ａｒ２が、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、１，５－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、１，７－ナフチリジン、１，８－ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、２，６－ナフチリジン及び２，７－ナフチリジンからなる群から選択される１０員縮合二環式芳香環系である、実施形態１の化合物。

【0037】

１５）Ａｒ２が

【化15】

から選択されるピリジニル環であり、置換基Ｇ（上記に定義される、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５）は、ピリジニル環上に０、１又は２回存在する、実施形態１の化合物。

【0038】

１６）Ａｒ２が、式

【化16】

のフェニル環であり、置換基Ｇ（上記に定義される、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５）は、フェニル環上に０、１又は２回存在する、実施形態１の化合物。一実施形態では、Ｇは、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリール（フェニルなど）である。

【0039】

１７）Ａｒ２が

【化17】

から選択されるフェニル環である、実施形態１の化合物。

【0040】

１８）Ａｒ２上の置換がアミノを含む、実施形態１の化合物。

【0041】

１９）Ａｒ２上の置換がメトキシを含む、実施形態１の化合物。

【0042】

２０）Ａｒ２上の置換がカルボン酸を含む、実施形態１の化合物。

【0043】

２１）Ａｒ２上の置換が－ＣＨ_２－ＣＯ_２－ＣＨ_３を含む、実施形態１の化合物。

【0044】

２２）Ａｒ２上の置換がトリフルオロメチルを含む、実施形態１の化合物。

【0045】

２３）Ａｒ２上の置換がヒドロキシルを含む、実施形態１の化合物。

【0046】

２４）Ａｒ２上の置換が、１つのカルボン酸及び１つのヒドロキシルである、実施形態１の化合物。

【0047】

２５）Ａｒ２上の置換が、１つのカルボン酸及び１つのトリフルオロメチルである、実施形態１の化合物。

【0048】

２６）キレートの形態の、実施形態１の化合物。

【0049】

２７）キレートが銅キレートである、実施形態２６の化合物。

【0050】

２８）少なくとも４．９のｌｏｇＰを有する、実施形態１の化合物。

【0051】

２９）ｎが０であり、ｍが２であり、以下の構造（ＩＩＩ）又は（ＩＶ）：

【化18】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0052】

３０）ヒドロキシル、カルボン酸カルボキサミド及びトリフルオロメチルのうちの少なくとも２つを含む、Ａｒ２上の置換を有する、実施形態１の化合物。

【0053】

３１）以下の構造（Ｖ）、（ＶＩ）、（ＶＩＩ）、（ＶＩＩＩ）、又は（ＩＸ）：

【化19】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0054】

３２）以下の構造（Ｘ）、（ＸＩ）又は（ＸＩＩ）：

【化20】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0055】

３３）以下の構造（ＸＩＩＩ）、（ＸＩＶ）又は（ＸＶ）：

【化21】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0056】

３４）以下の構造（ＸＶＩ）、（ＸＶＩＩ）、（ＸＶＩＩＩ）、（ＸＩＸ）、（ＸＸ）、（ＸＸＩ）又は（ＸＸＩＩ）：

【化22】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0057】

３５）以下の構造（ＸＸＩＩＩ）、（ＸＸＩＶ）又は（ＸＸＶ）：

【化23】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0058】

３６）以下の構造（ＸＸＶＩ）、（ＸＸＶＩＩ）又は（ＸＸＶＩＩＩ）：

【化24】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0059】

３７）以下の構造（ＸＸＩＸ）、（ＸＸＸ）、（ＸＸＸＩ）又は（ＸＸＸＩＩ）

【化25】

のうちの１つを有する、実施形態１の化合物。

【0060】

３８）
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－３，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４，４’－（（４－メトキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－メチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピラジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（（３，５－ジメチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４ｌ３－ピリジン－２，６－ジイル）ビス（５－ヨード－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－アセトアミドピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９－アセチル－９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシベンズアミド）；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－２，９－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（トリフルオロメチル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（３－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
３，３’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（４－シアノピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸；
５－（４－（６－（４－（３－カルボキシ－４－ヒドロキシ－５－メチルフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸；
４，４’－（（４－（ジメチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブタ－３－イン－１－イルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ｔｅｒｔ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（プロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（フェニルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－アセトアミドエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－シクロプロピルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（カルバムイミドイルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ピペリジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（１，１０－フェナントロリン－３，８－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロペンチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジ－ｓｅｃ－ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，７－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（ナフタレン－２，３－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロヘキシルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（ベンジルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（４－メチルピペラジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３，５，６－トリクロロピコリン酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
７，７’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－フルオロ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－フルオロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（アゼチジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチル（メチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
Ｎ－エチル－２，６－ビス（１－（４－（２，２，２－トリフルオロアセチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）イソニコチンアミド；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
５，５’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（ピリダジン－３，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
３，３’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））ジプロピオン酸；
４，４’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））二酪酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メトキシ安息香酸）；
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジイソフタル酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－ヒドロキシ安息香酸）；
ジエチル（３－（４－（６－（１－（３－（ジエトキシホスホリル）プロピル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）プロピル）ホスホネート；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メチル安息香酸）；
２，２’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ニトロ安息香酸）；
４，４’－（（４－（（３，３，３－トリフルオロプロピル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
（４－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（４－ホスホノフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）フェニル）ホスホン酸；
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
ジメチル２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジアセテート；
（２Ｓ，２’Ｓ）－２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジコハク酸；
２，２’－（（２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル）ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ビス（アセチル））ビス（アザンジイル））二酢酸；
２，６－ビス（１－（４－シアノ－３－（トリフルオロメチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミド；
４，４’－（チオフェン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；及び
４，４’－（フラン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）
のいずれか１つから選択される、実施形態１の化合物。

【0061】

３９）
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
３，６－ビス（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－９Ｈ－カルバゾール；
４，４’－（１，４－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸；
１，３－ビス（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ベンゼン；
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリン；
４－（４－（３－（１－（４－カルボキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸；
４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）；
２－（１－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－４－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－６－（１－（１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－７－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミド；
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）；
４，４’－（（５－（エチルカルバモイル）－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸；
３’－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸；
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－シアノ安息香酸）；及び
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－クロロ安息香酸）
のいずれか１つから選択される化合物。

【0062】

４０）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物と、分子クラウディング剤とを含む組成物。

【0063】

４１）分子クラウディング剤がポリアルキレングリコールである、実施形態４１の組成物。

【0064】

４２）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物と、水性緩衝液とを含む組成物。

【0065】

４３）水性緩衝液がトリスＨＣｌである、実施形態４３の組成物。

【0066】

４４）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物と、ポリヌクレオチドとを含む組成物。

【0067】

４５）ポリヌクレオチドが２０～６０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドである、実施形態４４の組成物。

【0068】

４６）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物と、タンパク質とを含む組成物。

【0069】

４７）タンパク質がＤＮＡポリメラーゼである、実施形態４６の組成物。

【0070】

４８）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物と、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物とを含む組成物。

【0071】

４９）実施形態１から３９のいずれか一つの少なくとも１つの化合物と、ヌクレオチド類似体の混合物とを含む、ＤＮＡポリメラーゼ反応の処理能力、忠実度、又は速度を向上させるための組成物。

【0072】

５０）実施形態１から３９のいずれか一つの少なくとも１つの化合物と、ヌクレオチド類似体の混合物とを含む組成物であって、実施形態１から３９のいずれかの少なくとも１つの化合物が、鋳型依存性重合反応中に娘鎖に組み込まれるヌクレオチド類似体の数及び精度を、実施形態１から３９のいずれかの少なくとも１つの化合物が存在しない同一の重合反応と比較して増加させる、組成物。

【0073】

５１）ヌクレオチド類似体の混合物がヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端が核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端がヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する、実施形態５０の組成物。

【0074】

５２）トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２のうちの少なくとも１つから選択される緩衝成分をさらに含む、実施形態５１の組成物。

【0075】

５３）一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施形態５１の組成物。

【0076】

５４）尿素をさらに含む、実施形態５１の組成物。

【0077】

５５）ヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施形態５１の組成物。

【0078】

５６）検出可能な標識が、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施形態５５の組成物。

【0079】

５７）実施形態４０から５６のいずれかの少なくとも１つの組成物を含む、核酸鋳型を配列決定するためのキット。

【0080】

５８）核酸ポリメラーゼ反応を増強する方法であって、
ａ．
ｉ．鋳型核酸と、
ｉｉ．核酸ポリメラーゼと、
ｉｉｉ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物と、
ｉｖ．実施形態１から３９のいずれかの少なくとも１つの化合物と、を含む核酸ポリメラーゼ反応組成物を形成すること；及び
ｂ．核酸重合反応を可能にする条件下で核酸ポリメラーゼ反応組成物をインキュベートすることを含み、実施形態１から３９のいずれか一つの少なくとも１つの化合物が核酸ポリメラーゼ反応の処理能力、速度又は忠実度を増加させる、方法。

【0081】

５９）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物が、実施形態１から３９のいずれか一つの化合物を欠く核酸ポリメラーゼ反応と比較して、得られる核酸産物の長さを増加させる、実施形態５８の方法。

【0082】

６０）実施形態１から３９のいずれか一つの化合物が、実施形態１から３９のいずれか一つの複数の化合物を含む、実施形態５８の方法。

【0083】

６１）核酸ポリメラーゼが、ＤＮＡポリメラーゼである、実施形態５８の方法。

【0084】

６２）ＤＮＡポリメラーゼがＤＰＯ４又はそのバリアントである、実施形態６１の方法。

【0085】

６３）ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含むヌクレオチド類似体の混合物であり、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端が核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端がヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する、実施形態５８の方法。

【0086】

６４）核酸重合反応がヌクレオチド類似体の拡張可能なポリマーを生成し、拡張可能なポリマーが鋳型核酸の核酸塩基配列情報をコードする、実施形態５８の方法。

【0087】

６５）核酸重合反応を可能にする条件が、適切な重合緩衝液及びオリゴヌクレオチドプライマーを含む、実施形態５８の方法。

【0088】

６６）適切な緩衝液が、トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２の群から選択される成分を含む、実施形態５８の方法。

【0089】

６７）反応混合物が一本鎖結合タンパク質をさらに含む、実施形態５８の方法。

【0090】

６８）反応混合物が尿素をさらに含む、実施形態５８の方法。

【0091】

６９）ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物が、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含む、実施形態５８の方法。

【0092】

７０）検出可能な標識が、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である、実施形態６９の方法。

【0093】

７１）ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型を配列決定する方法であって、
ａ．
ｉ．ＤＮＡ又はＲＮＡ鋳型と、
ｉｉ．鋳型と複合体を形成する複製プライマーと、
ｉｉｉ．ＤＮＡポリメラーゼと、
ｉｖ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物と、
ｖ．実施形態１から３９のいずれかの少なくとも１つの化合物と、を含むＤＮＡポリメラーゼ反応組成物を形成する工程、
ｂ．ＤＮＡ重合反応を可能にする条件下でＤＮＡポリメラーゼ反応組成物をインキュベートすることであって、実施形態１から３９のいずれかの少なくとも１つの化合物がＤＮＡポリメラーゼ反応の速度、忠実度又は処理能力を増加させる、インキュベートする工程；及び、
ｃ．ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の得られたポリマー中のヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の配列を決定する工程を含む方法。

【0094】

７２）ヌクレオチド類似体の混合物がヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれが、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端が核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端がヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する、実施形態７１の方法。

【0095】

７３）ＤＮＡポリメラーゼがＤＰＯ４又はそのバリアントである、実施形態７１又は７２の方法。

【0096】

７４）ヌクレオチド類似体の得られたポリマーが拡張可能なポリマーである、実施形態７１又は７２の方法。

【0097】

７５）拡張可能なポリマーをホスホルアミデート開裂剤と接触させて、ヌクレオチド類似体の拡張ポリマーを生成する工程をさらに含む、実施形態７４の方法。

【0098】

７６）ヌクレオチド類似体のそれぞれのポリマーつなぎ鎖部分が、類似体の核酸塩基に固有のレポーター部分を含む、実施形態７１又は７２の方法。

【0099】

７７）レポーター部分が特徴的な電子シグナルを生じる、実施形態７２の方法。

【0100】

７８）ヌクレオチド類似体の配列を決定する工程が、ヌクレオチド類似体の拡張ポリマーをナノポアを介してトランスロケーションする工程を含む、実施形態７２の方法。

【0101】

本発明の上記及び追加の特徴並びにそれらを得る方法は明らかになり、本発明は以下のより詳細な説明を参照することによって最もよく理解されるであろう。本明細書に開示される全ての参考文献は、それぞれが個別に組み込まれているかのように、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0102】

この簡単な概要は、以下の詳細な説明でさらに詳細に説明される簡略化した形式における特定の概念を紹介するために提供されている。特に明記されている場合を除き、この簡単な概要は、特許請求される主題の重要な、又は本質的な特徴を特定することを意図するものではなく、特許請求される主題の範囲を限定することを意図するものでもない。

【0103】

１つ以上の実施形態の詳細は、以下の説明に記載される。１つの例示的な実施形態に関連して図示又は説明された特徴は、他の実施形態の特徴と組み合わせることができる。したがって、本明細書に記載の様々な実施形態のいずれかを組み合わせて、さらなる実施形態を提供することができる。実施形態の態様は、必要に応じて、本明細書で特定される様々な特許、出願、及び刊行物の概念を使用して、さらに別の実施形態を提供するように修正することができる。他の特徴、目的、及び利点は、説明、図面、及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。

【図面の簡単な説明】

【0104】

本開示の例示的な特徴、その性質、及び様々な利点は、添付の図面及び様々な実施形態の以下の詳細な説明から明らかになるであろう。非限定的かつ非網羅的な実施形態は、添付の図面を参照して説明されており、特に明記しない限り、様々な図を通して同様のラベル又は参照番号は同様の部分を指す。図面のエレメントのサイズ及び相対位置は、必ずしも縮尺通りに描かれていない。例えば、様々なエレメントの形状は、描画の視認性を改善するために選択され、拡大され、位置決めされる。描かれているエレメントの特定の形状は、図面における認識を容易にするために選択されている。

【0105】

【図1A】一般化されたＸＮＴＰの主要な特徴及び拡張による配列決定（ＳＢＸ）におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。

【図1B】一般化されたＸＮＴＰの主要な特徴及び拡張による配列決定（ＳＢＸ）におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。

【図1C】一般化されたＸＮＴＰの主要な特徴及び拡張による配列決定（ＳＢＸ）におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。

【図1D】一般化されたＸＮＴＰの主要な特徴及び拡張による配列決定（ＳＢＸ）におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。

【図2】ＸＮＴＰの一実施形態のさらなる詳細を示す概略図である。

【図3】生物学的ナノポアを通過するＸｐａｎｄｏｍｅｒの一実施形態を示す概略図である。

【図4】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図5】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図6A】ナノポア由来配列の整列されたリードの集団のヒストグラム表示である。

【図6B】ナノポア由来配列の整列されたリードの集団のヒストグラム表示である。

【図7A】ナノポア由来配列の整列されたリードの集団のヒストグラム表示である。

【図7B】ナノポア由来配列の整列されたリードの集団のヒストグラム表示である。

【図8】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図9】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図10】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図11】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図12】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図13】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【図14】プライマー伸長産物を示すゲルである。

【発明を実施するための形態】

【0106】

本発明は、本発明の好ましい実施形態及び本明細書に含まれる実施例の以下の詳細な説明を参照することによってより容易に理解され得る。別段の説明がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する当技術分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。

【0107】

一態様では、本開示のＰＥＭは式（Ｉ）

【化26】

［式中：
ｍは、１、２又は３であり；
ｍ’は、１、２又は３であり；
ｎは、０、１又は２であり；
ｐは、０、１又は２であり；
ＸがＣであるときＷはＮであり、又はＸがＮであるときＷはＣであり；

【化27】

は、単結合又は二重結合であり、二重結合は、Ｗ又はＸのいずれかが炭素であるところから始まり；
Ｌは連結基であり；
Ｍは、出現ごとに、水素、ハロゲン及びＣ_１－Ｃ_４アルキルから独立して選択され；
Ａｒ１は、出現ごとに、置換されていてもよい、ピリジン、ピラジン、ピリダジン、フラン、チオフェン、ナフタレン、フルオレン、フェナントレン、シンノリン、フタラジン、キナゾリン、キノキサリン、ナフチリジン、フェナントロリン、プリン及びカルバゾールから独立して選択され、
Ａｒ１の置換基は、出現ごとに、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３，－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から独立して選択され；
Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－_Ｃ６アルキニル、アリールアルキル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化28】

から独立して選択され；
Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、アゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化29】

を含むがこれらに限定されない複素環式環を形成することができ；
Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；
Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、並びにグアニジンから独立して選択され；
Ｒ^４は、出現ごとに、１つ以上のヘテロ原子で中断されたアルキレンから独立して選択され、ヘテロ原子はＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせであり；
Ｙは、出現ごとに、Ａｒ２、－（ＣＨ_２）_３ＰＯ（ＯＥｔ）_２、又は－ＣＨ２ＣＯ_２Ｍｅから独立して選択され；
Ａｒ２は、出現ごとに、置換された５員及び６員の単環式芳香環、並びに、２つの単環式環を一緒に含んでいる９員及び１０員の縮合二環式環から独立して選択され、２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環であり、
Ａｒ２は、Ｇ^１、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されており、
Ａｒ２が一置換されている場合、Ｇ^１は、出現ごとに、オキソ、－ＮＨ_２、－ＣＯＲ^３、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＰＯ（ＯＲ^１）_２、並びに、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５で置換されたアリールから独立して選択され；及び
Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５は、出現ごとに、独立して、不存在から選択されるか、又は、ハロゲン、－ＣＮ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’及び－Ｅ－ＯＲ^２を含む群から選択され；
Ｅは、出現ごとに、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから独立して選択される］
の化合物、又はその溶媒和物、水和物、互変異性体、キレート若しくは塩である。

【0108】

本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、反対に指定されない限り、以下の用語は示される意味を有する。

【0109】

本明細書で命名された特定の化学基の前には、示された化学基に見られる炭素原子の総数を示す省略表記がある。例えば；Ｃ_１－４アルキルと代わりに書かれてもよいＣ_１－Ｃ_４アルキルは、少なくとも１個から４個までの炭素原子を有するアルキル基を表し、Ｃ_４－Ｃ_１２シクロアルキルアルキル（同様にＣ_４－１２シクロアルキルアルキルと書かれてもよい）は、合計４から１２個の炭素原子を有するシクロアルキルアルキル基を表す。省略表記における炭素の総数は、記載される基の置換基に存在し得る炭素を含まない。例として、Ｃ_１－Ｃ_６アルキルは、１～６個の炭素原子を含むアルキルラジカルを指し；Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキルは、１～６個の炭素原子を含むハロアルキルラジカルを指し；Ｃ_１－Ｃ_６アルキレンは、１～６個の炭素原子を含むアルキレンジラジカルを指す。

【0110】

上記に加えて、本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、反対に指定されない限り、以下の用語は示される意味を有する。

【0111】

「アルキル」は、炭素原子及び水素原子のみからなり、不飽和を含有せず、任意に、示された数の炭素原子を有し、例えば、１から１２個の炭素原子、１から８個の炭素原子、又は１から６個の炭素原子、又は１から４個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りに結合している直鎖又は分枝鎖の炭化水素鎖ラジカルを指す。例は、メチル、エチル、ｎ－プロピル、１－メチルエチル（イソ－プロピル）、ｎ－ブチル、ｎ－ペンチル、１，１－ジメチルエチル（ｔ－ブチル）、３－メチルヘキシル、２－メチルヘキシルなどである。不飽和がアルキル基に導入される場合、得られる基は不飽和アルキル基と呼ばれることがあり、不飽和アルキル基は一般にアルケニル基（少なくとも１つの炭素－炭素二重結合を有する）及びアルキニル基（少なくとも１つの炭素－炭素三重結合を有する）として知られている。１つの実施形態では、特定される場合、本開示の化合物中のアルキル基は、不飽和アルキル基であってもよく、又は不飽和アルキル基を含んでもよい。

【0112】

「アルケニル」は、炭素原子及び水素原子のみからなり、少なくとも１つの二重結合を含有し、任意に、示された数の炭素、例えば、２～１２個の炭素原子、又は２～８個の炭素原子、又は２～６個の炭素原子、又は２～４個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りに結合している直鎖又は分枝鎖の炭化水素鎖ラジカル基、例えば、エテニル、プロパ－１－エニル、ブタ－１－エニル、ペンタ－１－エニル、ペンタ－１，４－ジエニルなどを指す。

【0113】

「アルキニル」は、炭素原子及び水素原子のみからなり、少なくとも１つの三重結合を含有し、任意に、示された数の炭素、例えば、２から１２個の炭素原子、又は２から８個の炭素原子、又は２から６個の炭素原子、又は２から４個の炭素原子を有し、単結合によって分子の残りに結合している直鎖又は分枝鎖の炭化水素鎖ラジカル基、例えば、エテニル、プロパ－１－エニル、ブタ－１－エニル、ペンタ－１－エニル、ペンタ－１，４－ジエニルなどを指す。

【0114】

「ハロ」は、ブロモ、クロロ、フルオロ又はヨードを指す。

【0115】

「ハロアルキル」は、上で定義されているとおりの１つ以上のハロラジカルによって置換されている、上で定義されているとおりのアルキルラジカル、例えば、トリフルオロメチル、ジフルオロメチル、トリクロロメチル、２，２，２トリフルオロエチル、１－フルオロメチル－２－フルオロエチル、３－ブロモ－２－フルオロプロピル、１－ブロモメチル－２－ブロモエチルなどを指す。同様に、「ハロアルケニル」は、本明細書で定義されるとおりの１つ以上のハロラジカルによって置換されている本明細書で定義されるとおりのアルケニルラジカルを指し、「ハロアルキニル」は、本明細書で定義されるとおりの１つ以上のハロラジカルによって置換されている本明細書で定義されるとおりのアルキニルラジカルを指す。

【0116】

「アルキレン」又は「アルキレン鎖」は、炭素及び水素のみからなり、不飽和を含有せず、示された数の炭素原子を任意に有する、分子の残りをラジカル基に連結する直鎖又は分枝二価炭化水素鎖を指す。例は、メチレン、エチレン、プロピレン、ｎ－ブチレンなどである。アルキレン鎖は、単結合を介して分子の残りの部分に結合し、単結合を介してラジカル基に結合する。分子の残りの部分及びラジカル基へのアルキレン鎖の結合点は、鎖内の１個の炭素又は任意の２個の炭素を介することができる。アルキル基と同様に、不飽和をアルキレン鎖に導入して、不飽和アルキレン鎖を提供することができる。不飽和がアルキレン鎖に導入される場合、得られる基は不飽和アルキレン基又は鎖と呼ばれることがあり、不飽和アルキレン鎖は一般にアルケニレン基（少なくとも１つの炭素－炭素二重結合を有する）及びアルキニレン基（少なくとも１つの炭素－炭素三重結合を有する）として知られている。１つの実施形態では、特定される場合、本開示の化合物中のアルキレン鎖は、不飽和アルキル基であってもよく、又は不飽和アルキレン鎖を含んでもよい。

【0117】

「アルケニレン」又は「アルケニレン鎖」は、炭素及び水素のみからなり、少なくとも１つの二重結合を含有し、示された数の炭素原子、例えば、２～１２個の炭素原子を任意に有する、分子の残りをラジカル基に連結する直鎖又は分枝二価炭化水素鎖を指す。アルケニレン基の例は、エテニレン、プロペニレン、ｎ－ブテニレンなどである。アルケニレン鎖は、単結合を介して分子の残りの部分に結合し、二重結合又は単結合を介してラジカル基に結合する。分子の残りの部分及びラジカル基へのアルケニレン鎖の結合点は、鎖内の１個の炭素又は任意の２個の炭素を介することができる。

【0118】

「アリール」は、少なくとも５個の環原子を含み、任意に、Ｏ、Ｓ及びＮから選択される１～６個のヘテロ環原子と、少なくとも１個の芳香環とを含む環系ラジカルを指す。５員単環式芳香環は、炭素及びヘテロ原子から選択される５個の環原子を含み、６員単環式芳香環は、炭素及びヘテロ原子から選択される６個の環原子を含む。５員を有する例示的な単環式芳香環はピロールであり、６員を有する例示的な単環式芳香環はピリジンである。アリールラジカルは、例えば、縮合又は架橋環系を含んでもよい単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得る。炭素環式アリールラジカルは、環原子に炭素のみを含み、例としては、アセアントリレン、アセナフチレン、アセフェナントリレン、アントラセン、アズレン、ベンゼン、クリセン、フルオランテン、フルオレン、ａｓ－インダセン、ｓ－インダセン、インダン、インデン、ナフタレン、フェナレン、フェナントレン、プレイアデン、ピレン及びトリフェニレンから誘導されるアリールラジカルが挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、アリールはフェニル又はナフチルであり、別の実施形態ではフェニルである。アリールラジカルが、非炭素環原子、例えば、酸素、硫黄及び窒素を含む場合、アリール基は、ヘテロアリール基と称され得る。ヘテロアリールラジカルは、例えば、縮合又は架橋環系を含んでもよい単環式、二環式、三環式又は四環式環系であり得る。ヘテロアリールラジカル中の窒素、炭素又は硫黄原子は任意に酸化されていてもよく、窒素原子は任意に四級化されていてもよい。

【0119】

「アリールアルキル」基は、その水素原子が上記に定義されるアリール基で置き換えられている上記に定義されるアルキル、アルケニル又はアルキニル基である。代表的なアラルキル基としては、ベンジル（－ＣＨ_２フェニル）、フェニルエチル（－ＣＨ_２ＣＨ_２フェニル）及びフェニルエチレン（－ＣＨ＝ＣＨフェニル）基並びに４－エチル－インダニルなどの縮合（シクロアルキルアリール）アルキル基が挙げられる。アラルキル基は、アリール部分、アルキル、アルケニル若しくはアルキニル部分、又はその両方で置換され得る。

【0120】

「縮合」は、環間の縮合を含む環系を指し、縮合は、２つの隣接する環原子を共有する環を指す。互いに縮合した２つの５及び／又は６員単環式環を含む縮合環は、各環が単環式であり、独立して５又は６個の環原子を有し、２つの環が２つの環原子を共有するという点で縮合している二環式環系を指す。例えば、ナフタレンは、互いに縮合した２つの６員単環式環（ベンゼン）から形成される１０員縮合環系である。ナフタレンは、二個（ｂｉ＝２）の環を含むという点で二環式である。別の例として、１つの６員環（ベンゼン）と１つの５員環（１，３－チアゾール）とが互いに縮合して形成された９員縮合環系である１，３－ベンゾチアゾールが挙げられる。１，３－ベンゾチアゾールは、二個の環を含むという点で二環式である。

【0121】

「カルボシクリル」は、３から１８個の炭素原子からなる安定な３から１８員の芳香族又は非芳香環ラジカルを指す。本明細書で具体的に他の意味を示さない限り、カルボシクリルラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく、縮合又は架橋環系を含んでもよく、部分的又は完全に飽和していてもよい。非芳香族炭素環式ラジカルにはシクロアルキルが含まれ、芳香族炭素環式ラジカルにはアリールが含まれる。

【0122】

「シクロアルキル」は、炭素原子及び水素原子のみからなり、縮合又は架橋環系を含んでもよく、３から１５個の炭素原子を有し、好ましくは３から１０個の炭素原子を有し、飽和又は不飽和であり、単結合によって分子の残りに結合している安定な非芳香族単環式又は多環式炭化水素ラジカルを指す。単環式ラジカルとしては、例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル及びシクロオクチルが挙げられる。多環式ラジカルには、例えば、アダマンチル、ノルボルニル、デカリニル、７，７－ジメチル－ビシクロ－［２．２．１］ヘプタニルなどが含まれる。

【0123】

「ヘテロシクリル」は、２から１２個の炭素原子と、窒素、酸素及び硫黄からなる群から選択される１から６個のヘテロ原子とからなる安定な３から１８員の芳香族又は非芳香環ラジカルを指す。本明細書で具体的に他の意味を示さない限り、ヘテロシクリルラジカルは、単環式、二環式、三環式又は四環式環系であってもよく、縮合又は架橋環系を含んでもよく、ヘテロシクリルラジカル中の窒素、炭素又は硫黄原子は、任意に酸化されていてもよく、窒素原子は、任意に四級化されていてもよく、ヘテロシクリルラジカルは部分的又は完全に飽和していてもよい。非芳香族ヘテロシクリルラジカルの例としては、ジオキソラニル、チエニル［１，３］ジチアニル、デカヒドロイソキノリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、イソチアゾリジニル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、オクタヒドロインドリル、オクタヒドロイソインドリル、２－オキソピペラジニル、２－オキソピペリジニル、２－オキソピロリジニル、オキサゾリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、４－ピペリドニル、ピロリジニル、ピラゾリジニル、ピラゾロピリミジニル、キヌクリジニル、チアゾリジニル、テトラヒドロフリル、トリオキサニル、トリチアニル、トリアジナニル、テトラヒドロピラニル、チオモルホリニル、チアモルホリニル、１－オキソ－チオモルホリニル及び１，１－ジオキソ－チオモルホリニルが挙げられるが、これらに限定されない。

【0124】

任意に、特定される場合にのみであるが、本開示のＰＥＭ化合物中のアルキル、アルケニル、アルキレン、アルケニレン、カルボシクリル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリル及びヘテロアリールのそれぞれは、アルキル、アルケニル、ハロ、ハロアルキル、ハロアルケニル、シアノ、オキソ、チオキソ、ニトロ、アリール、アラルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール、ヘテロアリールアルキル、－Ｒ_ｂ－ＯＲ_ａ、－Ｒ_ｂ－ＯＣ（Ｏ）－Ｒ_ａ、－Ｒ_ｂ－Ｎ（Ｒ_ａ）_２、－Ｒ_ｂ－Ｃ（Ｏ）Ｒ_ａ、－Ｒ_ｂ－Ｃ（Ｏ）ＯＲ_ａ、－Ｒ_ｂ－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ_ａ）_２、－Ｒ_ｂ－Ｎ（Ｒ_ａ）Ｃ（Ｏ）ＯＲ_ｃ、－Ｒ_ｂ－Ｎ（Ｒ_ａ）Ｃ（Ｏ）Ｒ_ｃ、－Ｒ_ｂ－Ｎ（Ｒ_ａ）Ｓ（Ｏ）_ｔＲ_ｃ（ｔは１～２）、－Ｒ_ｂ－Ｎ＝Ｃ（ＯＲ_ａ）Ｒ_ａ、－Ｒ_ｂ－Ｓ（Ｏ）_ｔＯＲ_ｃ（ｔは１～２）、－Ｒ_ｂ－Ｓ（Ｏ）_ｓＲ_ｃ（ｓは０～２）、及び－Ｒ_ｂ－Ｓ（Ｏ）_ｔＮ（Ｒ_ａ）_２（ｔは１～２）（式中、各Ｒ_ａは独立して、水素、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール又はヘテロアリールアルキルであり、各Ｒ_ｂは独立して、直接結合又は直鎖若しくは分枝アルキレン若しくはアルケニレン鎖であり、各Ｒ_ｃは、アルキル、アルケニル、ハロアルキル、シクロアルキル、シクロアルキルアルキル、アリール、アラルキル、ヘテロシクリル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロアリール又はヘテロアリールアルキルである）からなる群から選択される１つ以上の非置換の（例えば、アルキル基上のアルキル置換基はさらに置換されていない、すなわち、アルキル置換基は非置換アルキルである）置換基によって置換されてもよい。

【0125】

「アミノ」は、－ＮＨ_２ラジカルを指す。「シアノ」は、－ＣＮラジカルを指す。「ヒドロキシ」は、－ＯＨラジカルを指す。「ニトロ」は、－ＮＯ_２ラジカルを指す。「オキソ」は＝Ｏ置換基を指す。「チオキソ」は＝Ｓ置換基を指す。「トリフルオロメチル」は、－ＣＦ_３ラジカルを指す。「トリフルオロメトキシ」は、－ＯＣＦ_３ラジカルを指す。チオールとしても知られるメルカプタンは、－ＳＨラジカルを指す。

【0126】

「アシル」は、－Ｃ（＝Ｏ）Ｒと書くこともできるラジカル－Ｃ（Ｏ）Ｒを指し、式中Ｒは、アルキル、アラルキル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール又はヘテロシクリルである。例えば、Ｒがメチルである場合、アシル基はアセチルと称され得る。

【0127】

「アルコキシ」は、Ｒがアルキル又はハロアルキルラジカルである式－ＯＲのラジカルを指す。一実施形態において、アルコキシラジカルは、６個までの炭素原子を含む。代表的なアルコキシ基としては、メトキシ及びエトキシが挙げられる。ハロで置換されたアルコキシは、本明細書ではハロアルコキシと呼ばれることがあり、例えばトリフルオロメトキシ、トリクロロメトキシなどを含む。

【0128】

「ヘテロアルケニレン」又は「ヘテロアルケニレン鎖」は、炭素及び水素並びにＮ、Ｏ及びＳから選択される少なくとも１つのヘテロ原子からなる、分子の残りをラジカル基に連結する直鎖又は分枝二価炭化水素鎖を指す。

【0129】

「ハロアルコキシ」は、上で定義されるとおりの１つ以上のハロラジカルによって置換されたアルコキシラジカル、例えば、トリフルオロメトキシ、ジフルオロメトキシ、トリクロロメトキシ、２，２，２－トリフルオロエトキシ、３－ブロモ－２－フルオロプロピルオキシなどを指す。ハロアルコキシラジカルのアルコキシ部分は、アルコキシ基について上で定義したように置換されていてもよい。

【0130】

「Ｎ－ヘテロシクリル」は、少なくとも１つの窒素を含有するヘテロシクリルラジカルを指す。Ｎ－ヘテロシクリルラジカルは、ヘテロシクリルラジカルについて上記のように置換されていてもよい。

【0131】

「ヘテロシクリルアルキル」は、式－Ｒ_ｂＲ_ｈのラジカルを指し、式中、Ｒ_ｂは上記定義のアルキレン鎖であり、Ｒ_ｈは上記定義のヘテロシクリルラジカルであり、ヘテロシクリルが窒素含有ヘテロシクリルである場合、ヘテロシクリルは窒素原子でアルキルラジカルに結合していてもよい。ヘテロシクリルアルキルラジカルのアルキレン鎖は、アルキレン鎖について上で定義したように置換されていてもよい。ヘテロシクリルアルキルラジカルのヘテロシクリル部分は、ヘテロシクリル基について上で定義したように置換されていてもよい。

【0132】

「Ｎ－ヘテロアリール」は、少なくとも１個の窒素を含有し、ヘテロアリールラジカルの分子の残りへの結合点がヘテロアリールラジカル中の窒素原子を介する上記定義のヘテロアリールラジカルを指す。Ｎ－ヘテロアリールラジカルは、ヘテロアリールラジカルについて上記のように置換されていてもよい。

【0133】

「ヘテロアリールアルキル」は、式－Ｒ_ｂＲ_ｉのラジカルを指し、式中、Ｒ_ｂは上記定義のアルキレン鎖であり、Ｒ_ｉは本明細書で定義されるヘテロアリールラジカルである。ヘテロアリールアルキルラジカルのヘテロアリール部分は、ヘテロアリール基について本明細書で定義したように置換されていてもよい。ヘテロアリールアルキルラジカルのアルキレン鎖部分は、アルキレン鎖について本明細書で定義したように置換されていてもよい。同様に、アリールアルキル基は、ヘテロアリール部分が対応する炭素環式アリール基で置換されている、すなわち、ヘテロ原子が炭素で置換されており、水素置換に関して必要に応じて調整されているヘテロアリールアルキル基を指す。

【0134】

「ヒドロキシアルキル」は、式－Ｒ_ｂＯＨのラジカルを指し、式中、Ｒ_ｂは、本明細書で定義されるアルキレン鎖である。－ＯＨ（ヒドロキシル、別名ヒドロキシ）基は、アルキレン鎖中の任意の炭素に結合することができる。ヘテロアリールアルキルラジカルのアルキレン鎖部分は、アルキレン鎖について上記で定義したように任意にさらに置換されていてもよい。

【0135】

酸性又は塩基性基を有する本明細書に記載のＰＥＭ化合物は、一般に、遊離酸又は遊離塩基として使用され得る。あるいは、酸性又は塩基性基を有するＰＥＭ化合物は、塩、例えば酸付加塩又は塩基付加塩の形態で使用されてもよい。遊離アミノ酸化合物の酸付加塩は、当技術分野で周知の方法によって調製され得、有機酸及び無機酸から形成され得る。適切な有機酸としては、マレイン酸、フマル酸、安息香酸、アスコルビン酸、コハク酸、メタンスルホン酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、シュウ酸、プロピオン酸、酒石酸、サリチル酸、クエン酸、グルコン酸、乳酸、マンデル酸、桂皮酸、アスパラギン酸、ステアリン酸、パルミチン酸、グリコール酸、グルタミン酸、及びベンゼンスルホン酸が挙げられる。適切な無機酸としては、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸及び硝酸が挙げられる。塩基付加塩には、カルボキシレートアニオンと形成する塩が含まれ、アルカリ及びアルカリ土類金属（例えば、リチウム、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、バリウム及びカルシウム）並びにアンモニウムイオン及びその置換誘導体（例えば、ジベンジルアンモニウム、ベンジルアンモニウム、２－ヒドロキシエチルアンモニウムなど）から選択されるものなどの有機及び無機カチオンと形成される塩が含まれる。したがって、本明細書に記載のＰＥＭ化合物の「塩」という用語は、ありとあらゆる塩形態を包含することを意図している。

【0136】

本開示のＰＥＭ化合物は、キレートの形態であってもよい。キレートとは、中心の金属原子に２点以上で結合した有機配位子（トリアゾール－Ａｒ基など）を含む化合物をいう。

【0137】

立体異性体に関して、本明細書に記載のＰＥＭ化合物は、１つ以上のキラル（又は不斉）中心を有していてもよく、したがって、絶対立体化学の観点から、（Ｒ）－又は（Ｓ）－として定義され得るエナンチオマー、ジアステレオマー、及び他の立体異性体を生じさせ得る。本明細書で記載される化合物が、オレフィン性二重結合、又は幾何学的非対称性による他の中心を含有する場合、及び別段定めがない限り、その化合物はＥ及びＺ幾何異性体（例えば、シス又はトランス）の両方を含有するものと意図される。同様に、別段の指示がない限り、全ての可能な異性体、並びにそれらのラセミ及び光学的に純粋な形態、並びに全ての互変異性形態も含まれることが意図される。したがって、様々な立体異性体及びそれらの混合物は、分子が互いに重ね合わせることができない鏡像である２つの立体異性体を指す「エナンチオマー」を含むと考えられる。したがって、化合物は、ラセミ体、ラセミ混合物を含む任意の異性体形態で、及び個々のエナンチオマー又はジアステレオマーとして生じ得る。

【0138】

さらに、ＰＥＭ化合物の結晶形態のいくつかは、本明細書で企図される多形として存在し得る。さらに、ＰＥＭ化合物のいくつかは、水又は他の有機溶媒と溶媒和物を形成してもよい。そのような溶媒和物は、本明細書に記載される化合物の範囲内に同様に含まれる。

【0139】

当業者が理解するように、前述の化合物のいずれも放射性同位体を組み込むことができる。したがって、１つ以上の原子が、自然界に通常見られる原子質量又は質量数とは異なる原子質量又は質量数を有する原子によって置き換えられている、本明細書に記載されるものと同一の同位体標識化合物の使用も企図される。これらの化合物に組み込まれ得る同位体の例としては、水素、炭素、窒素、酸素、リン、フッ素及び塩素の同位体が挙げられる。したがって、水素（Ｈ）又は炭素（Ｃ）などの元素への言及は、その全ての同位体を包含することを意図している。例えば、他の原子については、名称Ｃ（炭素）は、^１２Ｃ、^１３Ｃ又は^１４Ｃ及びそれらの混合物を含み、一方、Ｈ（水素）は、^１Ｈ、^２Ｈ及び^３Ｈ及びそれらの混合物を含み、Ｏ（酸素）は、^１６Ｏ及び^１８Ｏ及びそれらの混合物を含み、Ｎ（窒素）は、^１４Ｎ及び^１５Ｎ及びそれらの混合物などを含む。同位体標識されたＰＥＭ化合物は、アッセイなどでの使用中にＰＥＭ化合物又はその一部を追跡するのに有用であり得る。

【0140】

式（Ｉ）のＰＥＭ化合物では、Ａｒ１はアリール基であり、芳香族部分とも呼ばれる。芳香族部分は、炭素環式又は複素環式芳香族部分であってもよく、芳香環原子の各々は、炭素環式芳香族部分の炭素であり、芳香環原子の少なくとも１つは、複素環式芳香族部分の窒素、酸素又は硫黄である。

【0141】

一実施形態では、Ａｒ１は１～６個の環を含んでよく、環原子の最大６個は酸素、硫黄及び窒素から選択され得、残りは炭素原子である。任意に、Ａｒ１部分は１～５個の環を含んでいてもよく、環原子の最大５個は酸素、硫黄及び窒素から選択されてもよい。別の選択肢としては、Ａｒ１基は１～４個の環を含んでいてもよく、環原子の最大４個は酸素、硫黄及び窒素から選択されてもよい。さらに別の選択肢としては、Ａｒ１部分は１～３個の環を含んでいてもよく、環原子の最大３個は酸素、硫黄及び窒素から選択されてもよい。さらなる例としては、Ａｒ１は１～２個の環を含んでいてもよく、環原子の最大３個は酸素、硫黄及び窒素から選択されてもよい。いずれの場合も、各環は独立して５員環（すなわち５個の環原子が環を形成する）、又は６員環、又は７員環であり得るが、１つの選択肢では、各環は５員環又は６員環のいずれかである。

【0142】

例示的な芳香族部分は、炭素環式芳香族部分である。炭素環部分は、１個（例えば、ベンゼン）又は２個（例えば、ナフタレン、アズレン）又は３個（例えば、アセナフチレン、フルオレン）又は４個（例えば、フルオランテン、アセアントリレン）又は５個（例えば、ペンタセン、ピセン）又は６個（例えば、ヘキサセン）の芳香環を含有してもよく、便宜上、Ａｒ１基は、その非置換型（例えば、ベンゼン）を命名することによって本明細書で例示され得るが、本開示の化合物において、Ａｒ１基は対応するラジカルであり、例えば、ｍが２でありＡｒ１がそれ以外は非置換である場合、２個の環水素はトリアゾール基で置換されている。例えば、芳香族部分は、単環式炭素環式部分、すなわちＣ_６芳香族部分とも呼ばれるフェニルであり得る。別の例として、芳香族部分は、二環式炭素環式部分、例えばＣ_１０芳香族部分であるナフチルであり得る。

【0143】

例示的なＡｒ１芳香族部分は、ヘテロアリール基とも呼ばれ得る複素環式芳香族部分である。複素環部分は、窒素、硫黄及び酸素原子から選択される１又は２又は３又は４又は５又は６個のヘテロ原子、すなわち炭素以外の原子を含有することに加えて、１又は２又は３又は４又は５又は６個の芳香環を含有してもよい。任意に、ヘテロ原子は、存在する場合、窒素である。例えば、芳香族部分は、単環式複素環部分、例えば、６員Ｃ_５芳香族部分であるピリジニル、又は６員Ｃ_４芳香族部分であるピラジニルであり得る。別の例として、芳香族部分は、二環式複素環部分、例えば、１０員Ｃ_９芳香族部分であるキノリニル若しくはイソキノリニル、又は、例示的な１０員Ｃ_８芳香族部分である１，５－ナフチリジニル、２，６－ナフチリジニル若しくは２，７－ナフチリジニルであり得る。

【0144】

したがって、ヘテロアリール基は、５個以上の環員を含む芳香環化合物であり、そのうちの１つ以上は、Ｎ、Ｏ及びＳなどであるがこれらに限定されないヘテロ原子である。Ｃ_２－ヘテロアリールと呼ばれるヘテロアリール基は、２個の炭素原子及び３個のヘテロ原子を有する５員環、２個の炭素原子及び４個のヘテロ原子を有する６員環などであり得る。同様に、Ｃ_４－ヘテロアリールは、１個のヘテロ原子を有する５員環、２個のヘテロ原子を有する６員環などであり得る。炭素原子の数＋ヘテロ原子の数は、合計して環原子の総数に等しい。ヘテロアリール基としては、限定されないが、ピロリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、ピリジニル、チオフェニル、ベンゾチオフェニル、ベンゾフラニル、インドリル、アザインドリル、インダゾリル、ベンズイミダゾリル、アザベンズイミダゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾチアジアゾリル、イミダゾピリジニル、イソオキサゾロピリジニル、チアナフタレニル、プリニル、キサンチニル、アデニニル、グアニニル、キノリニル、イソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、キノキサリニル及びキナゾリニル基などの基が挙げられる。したがって、「ヘテロアリール」及び「ヘテロアリール基」という用語は、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、インドリル及び２，３－ジヒドロインドリルを含む、少なくとも１つの環が芳香族であるが必ずしも全ての環が芳香族であるとは限らないような縮合環化合物を含む。

【0145】

Ａｒ１が２つのトリアゾール－Ａｒ２部分で必ず置換されるように、ｍが２である場合、Ａｒ１芳香族部分の任意の２つの炭素は、これらの２つのトリアゾール－Ａｒ２部分の１つで置換されてもよい。例えば、Ａｒ１が置換ベンゼンである場合、Ａｒ１は、以下に示すように、オルト、メタ又はパラ位で置換されていてもよく、ｋは、置換が芳香族部分で起こり得る場所を示す。

【化30】

【0146】

別の例として、Ａｒ１が置換ナフタレンであり、ｍが２である場合、Ａｒ１は任意の２個のナフチル炭素原子で置換されていてもよく、以下の構造は置換選択肢を示し、ｋは（トリアゾール－Ａｒ２）によって提供されるトリアゾール置換が芳香族部分で起こり得る場所を示す。

【化31】

【0147】

先の例は、例示的なＡｒ１部分として炭素環式芳香族Ａｒ１基を使用したＡｒ１上のトリアゾール置換を示した。しかしながら、複素環式芳香族Ａｒ１基上のトリアゾール置換にも同じ原理が適用される。例えば、Ａｒ１が置換ピリジンであり、ｍが２である場合、（トリアゾール－Ａｒ２）の２つのトリアゾール基は、ピリジン環上の以下の位置のいずれかに位置してもよく、ｋは、トリアゾール基が位置し得る位置を示すために使用される。

【化32】

【0148】

したがって、１つの例示的な実施形態では、Ａｒ１は、

【化33】

及び

【化34】

から選択される単環式複素芳香族構造であり、トリアゾール環は、Ａｒ１上のｋ位で置換されている。別の例示的な実施形態では、Ａｒ１は、

【化35】

、

【化36】

、及び

【化37】

から選択される単環式炭素環式構造であり、トリアゾール環は、Ａｒ１上の位置ｋで置換されている。別の例示的な実施形態では、Ａｒ１は、

【化38】

、

【化39】

、

【化40】

、

【化41】

、

【化42】

及び

【化43】

から選択される二環式炭素環式構造であり、トリアゾール環は、Ａｒ１上の位置ｋで置換されている。別の実施形態では、Ａｒ１は、２個の６員環及び１個の５員環、並びに１個の窒素環原子を有し、

【化44】

、

【化45】

、及び

【化46】

から選択される多環式複素環構造であり、トリアゾール環は、Ａｒ１上の位置ｋで置換されている。さらに別の例示的な実施形態では、Ａｒ１は、３個の６員環及び２個の窒素環原子を有し、

【化47】

、

【化48】

、

【化49】

、及び

【化50】

から選択される多環式複素環構造であり、トリアゾール環は、Ａｒ１上の位置ｋで置換されている。

【0149】

Ａｒ１は、本明細書に記載の置換及び非置換芳香族部分の両方を含む。一実施形態では、Ａｒ１は置換芳香族部分である。一実施形態では、Ａｒ１は非置換芳香族部分であり、これは非置換芳香族部分とも呼ばれ得る。置換芳香族部分では、環原子に結合していたであろう１つ以上の水素原子が置換基で置換されており、例えば、任意に、水素原子の１個、又は２個、又は３個、又は４個、又は５個、又は６個が置換基で置換されていてもよい。Ａｒ１上の置換基は、ｍが１に等しいときに必ず存在するトリアゾール－Ａｒ２部分、又はｍが２に等しいときに必ず存在する２つのトリアゾール－Ａｒ２部分、又はｍが３に等しいときに必ず存在する３つのトリアゾールＡｒ２部分を指すものではない。

【0150】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は、重水素、ハロゲン（Ｆ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ）、炭素、窒素、酸素及び硫黄から選択される原子からなり、任意に水素も含有し、存在する場合は対イオンを形成する追加の原子も含有する。重水素及びハロゲン化物は一価原子と考えられ、炭素、窒素、酸素及び硫黄は、それらが同時に２つ以上の共有結合を形成することができるので、多価原子と考えられる。一価原子に加えて、Ａｒ１上の置換基は、複数の多価原子、例えば、１～２５個の多価原子、又は１～２２個の多価原子、又は１～１５個の多価原子、又は１～１０個の多価原子、又は１～５個の多価原子を有してもよく、原子は、炭素、窒素、酸素及び硫黄から任意に選択される。１０個までの多価原子を有する置換基の例示を以下に提供する。最大２５個の多価原子を有する置換基を含む他の置換基は、当業者と同様に公知である。

【0151】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は０個の多価原子を含む。この実施形態では、環原子に結合した水素は、重水素、フッ素、塩素、臭素又はヨウ素などの別の一価原子で置き換えられる。

【0152】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は１個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子が単一の多価原子で置き換えられ、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされ、例は、ヒドロキシル（ＯＨ）、チオール（ＳＨ）、アミノ（ＮＨ_２）、メチル（ＣＨ_３）及びメチレン（＝ＣＨ_２）（その完全又は部分的にハロゲン化及び重水素化型、例えばＣＦ_３を含む）である。

【0153】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は２個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２の多価原子に結合し、したがって２つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知である。具体例としては、エチル（ＣＨ_２ＣＨ_３）、エチレン（ＣＨ＝ＣＨ_２）、エチニル（Ｃ≡ＣＨ）、エチリデン（＝ＣＨＣＨ_３）、アミノメチル（ＣＨ_２ＮＨ_２）、アミノメチレン（＝ＣＨＮＨ_２）、チオメチレン（＝ＣＨＳＨ）、ヒドロキシメチレン（＝ＣＨＯＨ）、ヒドロキシメチル（ＣＨ_２ＯＨ）、チオメチル（ＣＨ_２ＳＨ）、Ｎ－メチルアミン（ＮＨＣＨ_３）、メチルスルフィド（ＳＣＨ_３）、メトキシ（ＯＣＨ_３）、ニトリル（ＣＮ）、ホルミル（Ｃ（Ｏ）Ｈ）、チオホルミル（Ｃ（Ｓ）Ｈ）、Ｎ－ヒドロキシ（Ｎ－ＯＨ）、ヒドロキシルアミン（ＯＮＨ_２）、ヒドラジン（ＮＨ_２ＮＨ_２）、ジアジン（Ｎ＝ＮＨ）、ジアゾニウム（Ｎ≡Ｎ）（これらの完全又は部分ハロゲン化及び重水素化型、例えば、ＯＣＦ_３及びＣＨ_２ＣＤ_３を含む）が挙げられる。

【0154】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は３個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子が第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子が第２及び第３の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって、第１の多価原子は第２の多価原子に結合し、第３の多価原子は第１及び第２の多価原子のいずれか又は両方に結合し、したがって３つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、ニトロ、メチルケトン、カルボキシルである。

【0155】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は４個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３及び第４の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって４つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、メチルエステル（ＣＯ_２ＣＨ_３）、Ｎ－メチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_３）及びアセトアミド（ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ_３）である。

【0156】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は５個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４及び第５の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって５つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、エチルエステル（ＣＯ_２ＣＨ_２ＣＨ_３）、Ｓ－エチルカルボチオエート（Ｃ（Ｏ）ＳＣＨ_２ＣＨ_３）、Ｎ－エチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_３）及びＮ，Ｎ－ジメチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ_３）_２）である。

【0157】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は６個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４、第５及び第６の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって６つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、Ｎ－シクロプロピルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨ－シクロプロピル）、Ｎ－プロピルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_３）、Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）カルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ）及びＮ－カルバムイミドカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ（＝ＮＨ）ＮＨ_２）である。

【0158】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は７個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４、第５、第６及び第７の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって７つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、Ｎ－（ｎ－ブチル）カルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_３）、Ｎ－（ｔ－ブチル）カルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣ（ＣＨ_３）_３）、Ｎ，Ｎ－ジエチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ_２ＣＨ_３）_２）、及びＮ－シクロブチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨ（シクロブチル））である。

【0159】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は８個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４、第５、第６、第７及び第８の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって８つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、Ｎ－シクロペンチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨ（シクロペンチル））、（ピペリジン－１－イル）メタノン（Ｃ（Ｏ）－ピペリジン－１－イル）及び（モルホリン－４－イル）メタノン（Ｃ（Ｏ）－モルホリン－４－イル）である。

【0160】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は９個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８及び第９の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって９つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書で提供されており、例えば、ジ（イソ－プロピル）エステル（Ｃ（Ｏ）Ｏ（ＣＨ（ＣＨ_３）_２）_２）、ジ（ｎ－プロピル）エステル（Ｃ（Ｏ）Ｏ（ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_３）_２）、Ｎ－シクロヘキシルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨ（シクロヘキシル））、（４－メチルピペラジン－１－イル）メタノン（Ｃ（Ｏ）（４－メチルピペラジン－１－イル）、２－（アセチルアミノ）エチルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ_３）及びＮ－フェニルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨ（フェニル））である。

【0161】

一実施形態では、Ａｒ１上の置換基は１０個の多価原子を含む。この実施形態では、Ａｒ１の環原子に結合した１つ以上の水素原子は、第１の多価原子で置き換えられ、第１の多価原子は第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第９、及び第１０の多価原子のそれぞれに直接又は間接的に結合し、したがって１０つの多価原子から形成される置換基を提供し、多価原子上の開結合価は１つ以上の一価原子で満たされる。これらの置換基の例は当業者に周知であり、本明細書に提供されており、例えば、Ｎ－ベンジルカルボキサミド（Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２（フェニル））である。

【0162】

一実施形態では、Ａｒ１は、Ａｒ１上の少なくとも１つの置換基がハロゲン、ヒドロキシル、メルカプタン、ニトロ及びニトリルからなる群から選択される置換アリールである。

【0163】

一実施形態では、Ａｒ１は、Ａｒ１上の少なくとも１つの置換基が、ハロゲン、－ＯＨ、－ＣＮ、－ＮＯ_２、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル、－ＯＲ^０、－ＣＯＮＨ_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｒ^１’、－ＮＲ^１Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＳＲ^３、－ＣＯＲ^３、－ＯＣ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ^３、メルカプタン、－Ｒ^４－Ｈ、－ＳＯＲ^１、－Ｓ（Ｏ）_２Ｒ^１、－Ｓ（Ｏ）_２ＮＲ^１Ｒ^１’及び－ＮＳ（Ｏ）_２Ｒ^３から選択される置換アリールであり；（ａ）Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；（ｂ）Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール、－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化51】

、及び

【化52】

から独立して選択され；及び（ｃ）Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、限定されないがアゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化53】

、又は

【化54】

を含む複素環を形成することができ；（ｄ）Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；及び、（ｅ）Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、及びグアニジンから独立して選択され；及び、（ｆ）Ｒ^４は、出現ごとに、ヘテロ原子がＯ、Ｓ、ＮＨ又はそれらの組み合わせである１つ以上のヘテロ原子によって中断されたアルキレンから独立して選択される。

【0164】

一実施形態では、Ａｒ１は置換アリールであり、Ａｒ１上の少なくとも１つの置換基は、置換又は非置換アルキル、置換又は非置換アルケニル、置換又は非置換アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換ヘテロアリール、置換又は非置換アリールアルキル、置換又は非置換ヘテロアリールアルキル、置換又は非置換ハロアルキル、及び置換又は非置換ハロアルコキシからなる群から選択される。

【0165】

Ａｒ１基は、本明細書で説明される芳香族部分を含み、その芳香族部分はまた本明細書に記載されるように任意に置換されていてもよく、その置換は、（トリアゾール－Ａｒ２）_ｍ基で置換されることに加えられる。一実施形態では、Ａｒ１の例示的な置換基は、フッ化物、塩化物及び臭化物などのハロゲン化物、メチル及びエチルなどの１～６個の炭素原子を有するアルキル基、トリフルオロメチル、シアノ、ホルミル及びカルボキサミドなどの１～６個の炭素原子を有するハロアルキル基である。別の実施形態において、Ａｒ１の例示的な置換基は、ニトロ（－ＮＯ_２）、シアノ（－ＣＮ）、カルボン酸（－ＣＯＯＨ又はその塩）、カルボキサミド（－Ｃ（Ｏ）ＮＨ_２）、メトキシを含むＣ_１－Ｃ_６アルコキシ、メチルを含むＣ_１－Ｃ_６アルキル、トリフルオロメチルを含むＣ_１－Ｃ_６ハロアルキル、アミドを含むＣ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、例えば、－ＮＨＣ（Ｏ）（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）、－ＮＨＣ（Ｏ）（Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル）－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル）、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）（Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル）及び－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル）（Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル）（以下を含む：－ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ_３、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_３、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ_３）_２、－ＮＨＣ（Ｏ）ＣＨ_２ＣＨ_３、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_３、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ_３）ＣＨ_２ＣＨ_３、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＣＨ_２ＣＨ_３）_２、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル）及び－ＮＨＣ（Ｏ）（Ｃ_１－Ｃ_６シクロアルキル））（例えば、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（シクロプロピル）、－ＮＨＣ（Ｏ）－シクロプロピル、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（シクロヘキシル）、ＮＨＣ（Ｏ）－シクロヘキシル）、Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_３、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（Ｃ（ＣＨ_３）_３）、－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ）、ケトン、例えば、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ_３を含む－Ｃ（Ｏ）（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）、－Ｃ（Ｏ）－シクロヘキシルを含む－Ｃ（Ｏ）（シクロアルキル）、及び、ヘテロシクロアルキルが例えばモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、Ｎ－メチルピペラジニルであり得るＣ（Ｏ）－（ヘテロシクロアルキル）、－ＣＯ_２ＣＨ_３、－ＣＯ_２ＣＨ_２ＣＨ_３、－ＣＯ_２ＣＨ_２ＣＨ_２ＣＨ_３、－ＣＯ_２ＣＨ_２（ＣＨ_３）_２を含む－ＣＯ_２－（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）などのエステル、及び、－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－ＣＨ_３及び－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－ＣＨ_２ＣＨ_３を含むＣ（Ｏ）－Ｓ－（Ｃ_１－Ｃ_６アルキル）などのチオエステル。

【0166】

一実施形態では、Ａｒ１は、Ａｒ１上の少なくとも１つの置換基が、－Ｏ－（Ｃ_１－６アルキル）、Ｃ_１－６アルキル、Ｃ_１－６ハロアルキル、－ＣＯ_２－Ｃ_１－６アルキル、－ＣＯＮＨ－Ｃ_１－６アルキル、－ＣＯＮＨ_２、ＣＮ；及び－ＮＯ_２からなる群から選択される置換アリールである。

【0167】

ｎが１又は２である場合、式（Ｉ）の化合物は、リンカーＬを含むであろう。一実施形態では、リンカーＬは直接結合であり得る。別の実施形態では、リンカーは直接結合ではないが、代わりに、１つ以上の原子、特に炭素、窒素、酸素、硫黄から選択される原子である。別の実施形態では、リンカーは、アルキレン基（例えば、Ｃ_１－Ｃ_６アルキレン）又は置換アルキレンであり得る。リンカーは、ヘテロアルキレンリンカーであってもよく、これは、酸素、窒素、又は硫黄から選択される少なくとも１つのヘテロ原子（例えば、１、２、３又は４個のヘテロ原子）を親鎖内にさらに含む、及び／又は親鎖の１つ以上の末端位置に配置された置換又は非置換アルキレンを指す。一実施形態では、Ｌは、２から１０個の炭素原子の長さのヘテロアルキレン基であって、１つ以上の炭素原子は、酸素、窒素及び硫黄から選択される少なくとも１個のヘテロ原子で置き換えられている。一実施形態では、Ｌは、少なくとも１個のＮ、Ｏ又はＳヘテロ原子を有するヘテロアルキレンリンカーであってもよく、ヘテロアルキレンは、直鎖であってもよく、又は環化されていてもよく、任意に置換されていてもよく、例示的な置換基としては、オキソ、－－ＯＨ、Ｃ_１－４アルキル及びＣ_１－４アルコキシが挙げられる。ヘテロアルキレンリンカー基の例としては、アミド含有ヘテロアルキレン基、例えば－Ｃ（Ｏ）ＮＨ－アルキレン－及び－Ｃ（Ｏ）ＮＨ－アルキレン－ＮＨＣ（Ｏ）－が挙げられ、アルキレンは任意にＣ_１－Ｃ_６アルキレンである。ヘテロアルキレン基の他の例としては、エステル含有ヘテロアルキレン基、例えば－Ｃ（Ｏ）Ｏ－アルキレン－及び－Ｃ（Ｏ）Ｏ－アルキレン－ＯＣ（Ｏ）－が挙げられ、一実施形態では、アルキレンは非置換Ｃ_１－Ｃ_６アルキレンであり、別の実施形態では、アルキレンは置換Ｃ_１－Ｃ_６アルキレンである。一実施形態では、リンカーは加水分解的に安定であるため、ＰＥＭが水中に置かれたときに分解又は劣化又は他の方法で破壊することはない。

【0168】

リンカーＬは、典型的には、長すぎる必要はなく、一実施形態では、その原子数から水素及びハロゲンを除いて１～約２５個の原子を含み、リンカーは、水素及びハロゲンに加えて、炭素、窒素、酸素及び硫黄から選択される原子で任意に構成されていてもよい。様々な他の実施形態では、リンカーは、２５個未満の原子（水素及びハロゲンを除く）を有し、例えば、リンカーは、１～約２０個の原子、又は１～約１５個の原子、又は１～約１０個の原子、又は１～約５個の原子を含み、それぞれの場合、その原子数から水素及びハロゲンを除外し、カウントされた原子は、炭素、酸素、窒素及び硫黄から任意に選択されてもよい。

【0169】

一実施形態では、式（Ｉ）の化合物中のトリアゾール環は、Ａｒ１及びＡｒ２に直接結合することに加えて置換されてもよい。一般に、本開示の化合物は、化学式

【化55】

を含むものとして任意に記載されていてもよく、式中、Ａｒ１及びＡｒ２は本明細書の他の場所で定義され、Ｍは水素（この場合、トリアゾール環はＡｒ１及びＡｒ２によってのみ置換されている）、Ｃ_１－Ｃ_４アルキルであってもよく、又は、Ｍはハロゲン化物置換基、例えばフッ化物、塩化物、臭化物又はヨウ化物であってもよい。一実施形態では、本開示の化合物は、Ａｒ１及びＡｒ２のみで置換されたトリアゾール環を有し、すなわち、Ｍは水素である。さらに別の実施形態では、本開示の化合物は、Ａｒ１、Ａｒ２及びＣ_１－Ｃ_４アルキルで置換されたトリアゾール環を有する。別の実施形態では、本開示の化合物は、Ａｒ１、Ａｒ２及びハロゲン化物で置換されたトリアゾール環を有する。別の実施形態では、本開示の化合物は、ヨウ化物で置換された置換トリアゾール環を含み、すなわち、Ｍはヨウ化物である。別の実施形態では、本開示の化合物は、トリアゾール環上にＭ－置換基を有し、Ｍは水素及びヨウ化物から選択される。

【0170】

したがって、一実施形態では、本開示は、Ａｒ１及びＡｒ２が本明細書の他の箇所で定義され、Ｍが水素、Ｃ_１－Ｃ_４アルキル、及びハロゲン化物から選択される式

【化56】

の化合物を提供する。任意に、上記のように、Ｍは水素であってもよく、又は別の選択肢では、Ｍは、例えば、化合物４，４’－（（ピリジン－２，６－ジイル）ビス（５－ヨード－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）で例示されるようなヨウ化物などのハロゲン化物であってもよい。上記の構造のように、本開示の化合物が２つ以上のＭ－置換トリアゾール環を有する場合、Ｍは出現ごとに独立して選択される。しかし、一実施形態では、Ｍは、本開示の化合物中の出現ごとに同じ原子である。例えば、本開示は、Ｍの出現ごとにＭが水素である化合物を提供する。別の例では、本開示は、Ｍの出現ごとにＭがヨウ化物である化合物を提供する。

【0171】

式（Ｉ）の化合物は、少なくとも１つのトリアゾール－Ａｒ２部分を含む。一実施形態では、本開示の化合物は、２個以上のトリアゾール－Ａｒ２部分、例えば式

【化57】

の化合物を含む。本開示の化合物が２つ又は２つよりも多くのトリアゾール－Ａｒ２部分を含む場合、Ａｒ２部分は、出現ごとに同じ化学構造を任意に有していてもよい。しかしながら、本開示のＰＥＭ化合物が複数のトリアゾール－Ａｒ２部分を含む場合、一実施形態では、それらのＡｒ２部分は必ずしも互いに同一ではなく、実際、それらは同一でなくてもよい。Ａｒ２部分は、Ａｒ２環原子に関して及び／又はＡｒ２環原子上の置換に関して互いに異なっていてもよい。例えば、一方のＡｒ２基がフェニルであり、他方のＡｒ２基がピリジニルである場合、２つのＡｒ２基は、Ａｒ２基を構成する環原子に関して異なる。別の例として、例えば４－（４－（３－（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）安息香酸のように、両方のＡｒ２基がフェニルであるが、一方のフェニルがカルボキシルで置換され、他方のフェニルがメトキシで置換されている場合、化合物は２つの異なるＡｒ２基を有すると考えられる。さらに別の例では、両方のＡｒ２基がフェニルであり、両方のフェニル環がヒドロキシル及びカルボキシルで置換されている場合のように、２つのＡｒ２基は互いに位置異性体であり得るが、ヒドロキシル及び／又はカルボキシル基の位置は２つのフェニル環上で異なり、例えば、一方のフェニル環上でトリアゾールがカルボキシル基に対して３位（メタ）に位置し、他方のフェニル環上でトリアゾールがカルボキシル基に対して４位（パラ）に位置する場合、２つのＡｒ２基は位置異性体であり、非同一であると考えられる。一実施形態では、Ａｒ２環は、本開示の化合物中の出現ごとに全ての点で同一である。一実施形態において、Ａｒ２環原子は、Ａｒ２の出現ごとに同一であるが、Ａｒ２環上の置換は、Ａｒ２の出現ごとに同一ではない。別の実施形態では、Ａｒ２環原子は、Ａｒ２の出現ごとに同一ではなく、Ａｒ２環上の置換は同一であってもなくてもよい。

【0172】

式（Ｉ）の化合物は、少なくとも１つのＡｒ２部分を含み、一実施形態では、Ａｒ２は、フェニル及びピリジニルから選択される単環式芳香環であり、置換されていてもよい。一実施形態では、Ａｒ２は単環式６員芳香環であり、例はフェニル、ピリジニル及びピラジニルであり、ここでもＡｒ２基は環原子上の置換基を任意に含む。別の実施形態では、Ａｒ２は、置換されていてもよい５員単環式芳香環である。別の実施形態では、Ａｒ２は、置換されていてもよい５又は６員芳香環である。別の実施形態では、Ａｒ２は、互いに縮合した２つの５及び／又は６員単環を含む９又は１０員縮合二環式環であり、２つの単環式環の少なくとも１つは芳香環である。別の実施形態では、Ａｒ２は、互いに縮合した２つの５及び／又は６員単環を含む９又は１０員縮合二環式環であり、２つの単環式環の両方とも芳香環である。一実施形態では、Ａｒ２はこれらの選択肢のいずれかであってもよく、すなわち、Ａｒ２は、（ａ）５員単環式芳香環、（ｂ）６員単環式芳香環、（ｃ）２つの単環式環のうちの少なくとも１つ、及び任意に単環式環の両方が芳香環である、互いに縮合した１つの５員及び１つの６員単環式環を含む９員縮合二環、並びに、（ｄ）２つの単環式環のうちの少なくとも１つ、及び任意に単環式環の両方が芳香環である、互いに縮合した２つの６員単環式環を含む１０員縮合二環から選択され、

【0173】

式（Ｉ）の化合物では、任意に、Ａｒ２は、チオフェン、１，２－チアゾール、１，３－チアゾール、フラン、１，２－オキサゾール、１，３－オキサゾール、１Ｈ－ピロール、１Ｈ－ピラゾール、オキサジアゾール、チアジアゾール、１，２，４－トリアゾール、１，２，３－トリアゾール及び１Ｈ－イミダゾールからなる群から選択される５員単環式芳香環である。

【0174】

式（Ｉ）の化合物では、任意に、Ａｒ２は、ベンゼン、ピリジン、ピリダジン、ピリミジン及びピラジンからなる群から選択される６員単環式芳香環である。

【0175】

式（Ｉ）の化合物では、任意に、Ａｒ２は、ベンゾフラン、１，３－ベンゾオキサゾール、フロ［３，２－ｂ］ピリジン、フロ［３，２－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｃ］ピリジン、フロ［２，３－ｂ］ピリジン、インドール、１Ｈ－ベンズイミダゾール、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｂ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［３，２－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｃ］ピリジン、１Ｈ－ピロロ［２，３－ｂ］ピリジン、ベンゾチオフェン、１，３－ベンゾチアゾール、チエノール［３，２－ｂ］ピリジン、チエノ［３，２－ｃ］ピリジン、チエノ［２，３－ｃ］ピリジン、ベンゾオキサジアゾール、ベンゾチアジアゾール、ベンゾイソオキサゾール、ベンゾトリアゾール及びチエノ［２，３－ｂ］ピリジンからなる群から選択される９員縮合二環式芳香環系である。

【0176】

式（Ｉ）の化合物では、任意に、Ａｒ２は、ナフチレン、キノリン、キナゾリン、キノキサリン、１，５－ナフチリジン、１，６－ナフチリジン、１，７－ナフチリジン、１，８－ナフチリジン、イソキノリン、フタラジン、２，６－ナフチリジン及び２，７－ナフチリジンからなる群から選択される１０員縮合二環式芳香環系である。

【0177】

上述のように、本開示の化合物は少なくとも１つのＡｒ２基を含み、Ａｒ２基は少なくとも１つの芳香環を含み、芳香環上に１つ以上の置換基を任意に含む。一実施形態では、Ａｒ２は、芳香環上の少なくとも１つ、すなわち１つ以上の置換基、例えば１～５、又は１～４、又は１～３、又は１～２個の置換基を含む。任意に、Ａｒ２は芳香環上に正確に１つの置換基を含む。別の選択肢では、Ａｒ２は芳香環上に正確に２つの置換基を含む。さらに別の選択肢では、Ａｒ２は芳香環上に正確に３つの置換基を含む。さらなる選択肢では、Ａｒ２は芳香環上に正確に４つの置換基を含む。任意の一実施形態では、Ａｒ２は芳香環上に２つ以上の置換基を含む。

【0178】

一実施形態では、Ａｒ２の環原子上の１つ以上の置換基は、「Ｇ」と任意に命名される置換基から選択され、置換基は、ハロゲン、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、－Ｅ－ＣＯ_２Ｈ、－Ｅ－ＣＨＯ、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）Ｒ^３、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＯＨ）、－Ｅ－Ｃ（Ｏ）ＮＨＲ^１、－Ｅ－ＣＯＮＲ^１Ｒ^１’、－Ｅ－ＮＲ^１Ｒ^１’、及び－Ｅ－ＯＲ^２から選択され；（ａ）Ｅは、直接結合及びＣ_１－Ｃ_６アルキレンから選択され；（ｂ）Ｒ^０は、出現ごとに、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、及び置換又は非置換ヘテロアリールから独立して選択され；（ｃ）Ｒ^１及びＲ^１’は、出現ごとに、Ｈ、ヒドロキシル、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、Ｃ_２－Ｃ_６アルケニル、Ｃ_２－Ｃ_６アルキニル、置換又は非置換シクロアルキル、置換又は非置換ヘテロシクリル、置換又は非置換アリール、置換又は非置換アリールアルキル、及び置換又は非置換ヘテロアリール、－Ｃ（＝ＮＨ）ＮＨ_２、－ＣＨ_２ＣＯ_２Ｒ^０、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＯＨ、－ＣＨ_２ＣＨ_２ＮＨＣ（Ｏ）Ｒ^３、－ＣＨ_２Ｃ（Ｏ）ＮＨＣＨ_２ＣＯ_２Ｈ、

【化58】

、及び

【化59】

から独立して選択され；及び、（ｄ）Ｒ^１及びＲ^１’は一緒になって、限定されないがアゼチジン、ピロリジン、ピペリジン、ピペラジン、モルホリン、

【化60】

、又は

【化61】

を含む複素環式環を形成することができ；（ｅ）Ｒ^２は、出現ごとに、Ｃ_２－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、及び置換若しくは非置換ハロアルコキシから独立して選択され；（ｆ）Ｒ^３は、出現ごとに、Ｈ、Ｃ_１－Ｃ_６アルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ハロアルキル、Ｃ_１－Ｃ_６ヘテロアルキル、又は置換若しくは非置換シクロアルキル、置換若しくは非置換ヘテロシクリル、置換若しくは非置換アリール、及び置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ハロアルコキシ、及びグアニジンから独立して選択される。

【0179】

一実施形態では、Ａｒ２上の置換はアミノ（－ＮＨ_２）を含む。一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、アルコキシ、例えばＣ_１－Ｃ_６アルコキシを含む。例えば、一実施形態では、Ａｒ２上の置換はメトキシを含む。一実施形態において、Ａｒ２上の置換は、カルボン酸又はアルキレンカルボン酸を含む。例えば、一実施形態では、式（Ｉ）のＰＥＭ化合物のＡｒ２上の置換は、カルボン酸を含む。一実施形態において、Ａｒ２上の置換は、カルボン酸エステル又はアルキレン－カルボン酸エステルを含む。例えば、一実施形態では、式（Ｉ）のＰＥＭ化合物のＡｒ２上の置換は－ＣＨ_２－ＣＯ_２－ＣＨ_３を含む。一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、ハロアルキル基、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキル基を含む。例えば、一実施形態では、式（Ｉ）のＰＥＭ化合物のＡｒ２上の置換は、トリフルオロメチルを含む。一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、ヒドロキシル又はヒドロキシル置換アルキル、例えばヒドロキシル置換Ｃ_１－Ｃ_６アルキルを含む。例えば、一実施形態では、式（Ｉ）の化合物のＡｒ２上の置換は、ヒドロキシル（－ＯＨ）を含む。

【0180】

一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、カルボン酸及びアルキレンカルボン酸、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキレンカルボン酸から選択される１つの基、並びにヒドロキシル及びヒドロキシル置換アルキル、例えば１つのヒドロキシルで置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルから選択される別の基を含む。例えば、一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、１つのカルボン酸及び１つのヒドロキシルであるか、それらを含む。

【0181】

一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、カルボン酸及びアルキレンカルボン酸、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキレンカルボン酸から選択される１つの基、及びハロアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキルから選択される１つの基を含む。例えば、一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、１つのカルボン酸基及び１つのトリフルオロメチル基であるか、それらを含む。

【0182】

一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、ヒドロキシル及びヒドロキシル置換アルキル、例えば１つのヒドロキシルで置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキルから選択される１つの基、及びハロアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキルから選択される別の基を含む。例えば、一実施形態では、Ａｒ２上の置換は、１つのヒドロキシル基及び１つのトリフルオロメチル基であるか、それらを含む。

【0183】

一実施形態では、式（Ｉ）のＡｒ２環上の置換は、ａ）カルボン酸及びアルキレンカルボン酸、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキレンカルボン酸；ｂ）ヒドロキシル及びヒドロキシル置換アルキル、例えば１つのヒドロキシルで置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル；及びｃ）ハロアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキルのうちの少なくとも１つを含む。例えば、カルボン酸、ヒドロキシル及びトリフルオロメチルの少なくとも１つである。

【0184】

一実施形態では、式（Ｉ）のＡｒ２環上の置換は、ａ）カルボン酸及びアルキレンカルボン酸、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキレンカルボン酸；ｂ）ヒドロキシル及びヒドロキシル置換アルキル、例えば１つのヒドロキシルで置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル；及びｃ）ハロアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキルのうちの少なくとも２つを含む。例えば、カルボン酸、ヒドロキシル及びトリフルオロメチルの少なくとも２つである。

【0185】

一実施形態では、式（Ｉ）のＡｒ２環上の置換は、ａ）カルボン酸及びアルキレンカルボン酸、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキレンカルボン酸；ｂ）ヒドロキシル及びヒドロキシル置換アルキル、例えば１つのヒドロキシルで置換されたＣ_１－Ｃ_６アルキル；及びｃ）ハロアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６ハロアルキルのうちの少なくとも３つを含む。すなわち、Ａｒ２は、カルボン酸、ヒドロキシル及びトリフルオロメチルで置換されていてもよい。

【0186】

例えば、一実施形態では、Ａｒ２基は、

【化62】

から選択される置換フェニル基である。

【0187】

一実施形態では、Ａｒ２基は置換フェニル基であり、フェニル基の置換基は、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５でさらに置換されたアリールであり、より具体的な実施形態では、フェニル基の置換基は、Ｇ^２、Ｇ^３、Ｇ^４及びＧ^５でさらに置換されたフェニル_、例えばＧ^２又はＧ^２及びＧ^３でさらに置換されたフェニルである。

【0188】

述べられたように、一実施形態では、本開示のＰＥＭ化合物は、Ａｒ_２上にヒドロキシル及びカルボン酸置換を有し得る。これらの２つの基は、Ａｒ_２環上の様々な位置に配置され得る。例えば、一実施形態では、本開示は、以下の式によって記載される式（Ｉ）のＰＥＭ化合物を提供する：

【化63】

。

【0189】

別の実施形態では、本開示の式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、以下の式において提供されるように、Ａｒ_２上にヒドロキシル及びカルボン酸置換を有する：

【化64】

。

【0190】

さらに別の実施形態では、本開示の式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、以下の式において示されるように、Ａｒ_２上にヒドロキシル及びカルボン酸置換を有する：

【化65】

。

【0191】

一実施形態では、本開示の式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、Ａｒ_２上に少なくともヒドロキシル及びカルボン酸置換を有し、Ａｒ_２上に他の置換を有してもよい。例えば、Ａｒ_２をヒドロキシル、カルボン酸及びアルキル、例えばＣ_１－Ｃ_６アルキルで置換して、例えば、以下の式の化合物が提供される：

【化66】

。

【0192】

前述のように、一実施形態では、本開示の式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、上記の構造に示すようにヒドロキシル及びカルボン酸ではなく、Ａｒ２上にハロアルキル及びカルボン酸置換を有し得る。一例として、本開示のＰＥＭ化合物は、以下の式によって記載され得る：

【化67】

。

【0193】

式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、その水和物、キレート、及び塩形態を含む溶媒和物を含む。一部の例では、ＰＥＭ化合物は非晶質であり得るが、他の例では、ＰＥＭ化合物は結晶性であり得る。さらに、化合物の結晶形態のいくつかは、本明細書で企図される多形として存在し得る。さらに、化合物のいくつかは、水又は他の有機溶媒と溶媒和物を形成してもよい。そのような溶媒和物は、本明細書に記載される化合物の範囲内に同様に含まれる。

【0194】

式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、銅キレートなどのキレートの形態であってもよい。銅キレートは、本開示のＰＥＭ化合物を硫酸銅と組み合わせることによって形成することができる。式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、Ａｒ１及びＡｒ２基上の置換基に応じて、酸付加塩又は塩基付加塩のいずれかの塩の形態であり得る。

【0195】

ＰＥＭ構造は、その全ての安定な立体異性体形態を含む。したがって、本明細書に記載のＰＥＭ化合物は、１つ以上のキラル（又は不斉）中心を有していてもよく、したがって、絶対立体化学の観点から、（Ｒ）－又は（Ｓ）－として定義され得るエナンチオマー、ジアステレオマー、及び他の立体異性体を生じさせ得る。本明細書で記載される化合物が、オレフィン性二重結合、又は幾何学的非対称性による他の中心を含有する場合、及び別段定めがない限り、その化合物はＥ及びＺ幾何異性体（例えば、シス又はトランス）の両方を含有するものと意図される。同様に、別段の指示がない限り、全ての可能な異性体、並びにそれらのラセミ及び光学的に純粋な形態、並びに全ての互変異性形態も含まれることが意図される。したがって、様々な立体異性体及びそれらの混合物は、分子が互いに重ね合わせることができない鏡像である２つの立体異性体を指す「エナンチオマー」を含むと考えられる。したがって、化合物は、ラセミ体、ラセミ混合物を含む任意の異性体形態で、及び個々のエナンチオマー又はジアステレオマーとして生じ得る。

【0196】

本開示のＰＥＭ化合物は、一般に水溶性である。水溶性の１つの尺度は、化合物のｌｏｇＰ値である。ＬｏｇＰ値は、化合物の化学構造に基づいて、市販のソフトウェアを使用して計算することができる。例えば、ＣＨＥＭＤＲＡＷ化学描画ソフトウェア（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ Ｈｏｌｄｉｎｇｓの子会社であるＣａｍｂｒｉｄｇｅｓｏｆｔ Ｌｉｍｉｔｅｄ）は、描画された化学構造のｌｏｇＰ値を計算することができる。一実施形態では、本開示のＰＥＭ化合物は、少なくとも４．９のｌｏｇＰを有する。

【0197】

本開示の化合物、例えば上記の式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、典型的には、Ｃｕ（Ｉ）触媒の存在下での式Ａｒ１（Ｃ≡ＣＨ）_２のジエチニル化合物と式Ａｒ２－Ｎ_３のアジド化合物との反応によって合成することができる。Ｃｒｏｗｌｅｙ Ｊ．Ｄ．，ＭｃＭｏｒｒａｎ Ｄ．Ａ．（２０１２）「Ｃｌｉｃｋ－Ｔｒｉａｚｏｌｅ」Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｏｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ １，４－Ｄｉｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｄ－１，２，３－Ｔｒｉａｚｏｌｅｓ ａｓ Ｌｉｇａｎｄｓ．Ｉｎ：Ｋｏｓｍｒｌｊ Ｊ．（ｅｄｓ．）Ｃｌｉｃｋ Ｔｒｉａｚｏｌｅｓ．Ｔｏｐｉｃｓ ｉｎ Ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｖｏｌ．２８．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ，Ｂｅｒｌｉｎ，Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１００７／７０８１＿２０１１＿６７も参照。

【0198】

特定の及び類似の反応物はまた、ほとんどの公共図書館及び大学図書館並びにオンラインデータベース（ワシントンＤ．Ｃ．のアメリカ化学会に、さらなる詳細について連絡することができる。）で入手可能な米国化学会のケミカル・アブストラクツ・サービスによって調製された既知の化学物質のインデックスを通じて特定され得る。既知であるがカタログで市販されていない化学物質は、カスタム化学合成ハウスによって調製することができ、標準的な化学物質供給ハウス（例えば、上に列挙したもの）の多くがカスタム合成サービスを提供する。本開示の医薬塩の調製及び選択のための参考文献は、Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ＆Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓａｌｔｓ，」Ｖｅｒｌａｇ Ｈｅｌｖｅｔｉｃａ Ｃｈｉｍｉｃａ Ａｃｔａ，Ｚｕｒｉｃｈ，２００２である。

【0199】

式Ａｒ１（Ｃ≡ＣＨ）の化合物は、例えば、１，３－ジエチニルベンゼン、１，４－ジエチニルベンゼン、２，６－ジエチニルピリジン及び３，６－ジエチニルカルバゾールを販売しているＴＣＩ Ａｍｅｒｉｃａ（アメリカ合衆国オレゴン州ポートランド）から市販されている。

【0200】

一般に、エチニル芳香族化合物は、ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＳｉｇｍａ Ｃｏｒｐ．（米国ミズーリ州セントルイス）から入手可能なジメチル（ジアザメチル）ホスホネートを使用して、アリールアルデヒドからのＳｅｙｆｅｒｔｈ－Ｇｉｌｂｅｒｔ同族体化によって調製され得る。あるいは、ジメチル（ジアゾメチル）ホスホネートは、ジメチル－１－ジアゾ－２－オキソプロピルホスホネート（Ｏｈｉｒａ－Ｂｅｓｔｍａｎｎ試薬）からインサイチュで生成することができる。例えば、Ｓｅｙｆｏｒｔｈら、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．３６（１０）：１３７９－１３８６（１９７１）．ｄｏｉ：１０．１０２１／ｊｏ００８０９ａ０１４及びＢｅｓｔｍａｎら、Ｓｙｎｌｅｔｔ．１９９６（０６）：５２１－５２２（１９９６）．ｄｏｉ：１０．１０５５／ｓ－１９９６－５４７４を参照。

【0201】

エチニル芳香族化合物への別の経路は、パラジウム触媒の存在下でのハロ芳香族化合物と（ｔ－ブチルジメチルシリル）アセチレンとの薗頭カップリングを伴う。エチニル芳香族は、その後の脱保護時にシリル基を形成する。例えば、Ｓｏｎｏｇａｓｈｉｒａ，Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０を参照。

【0202】

以下の反応（Ｉ）、（ＩＩ）及び（ＩＩＩ）は、ジエチニル芳香族化合物の例示的な調製を示す。反応（Ｉ）において、２，６－ジブロモピリジン－４－アミンは、対応する２，６－ジエチニルピリジン－４－アミン化合物に変換される。反応（ＩＩ）において、２，６－ジヨード－４－ニトロアニリーは、対応する２，６－ジエチニル－４－ニトロアニリンに変換される。反応（ＩＩＩ）において、２－ヒドロキシ－３，５－ジヨード安息香酸は、対応する３，５－ジエチニル－２－ヒドロキシ安息香酸に変換される。いずれの場合も、変換は、示されるように中間体ジ－トリメチルシリル（ＴＭＳ）化合物を介して進行する。

【化68】

【0203】

これらの反応生成物、すなわち２，６－ジエチニルピリジン－４－アミン、及び２，６－ジエチニル－４－ニトロアニリン、及び３，５－ジエチニル－２－ヒドロキシ安息香酸のそれぞれは、本開示のＰＥＭを調製する際にＡｒ１に対する前駆体として機能し得る。したがって、それらの各々は、Ｃｕ（Ｉ）触媒の存在下で式Ａｒ２－Ｎ_３のアジド化合物と反応してＰＥＭを提供し得るＡｒ１（Ｃ≡ＣＨ）_２化合物を表す。反応（Ｉ）、（ＩＩ）及び（ＩＩＩ）は、本開示の置換Ａｒ１部分の前駆体の調製を示す。

【0204】

式Ａｒ２－Ｎ_３の化合物も同様に、例えばＴＣＩ Ａｍｅｒｉｃａ（アメリカ合衆国オレゴン州ポートランド）、Ｓｙｎｔｈｏｎｉｘ（米国ノースカロライナ州ウェイクフォレスト）、ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ（米国ミズーリ州セントルイス）、Ｔｏｒｏｎｔｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（トロント、カナダ）及びＡｎａＳｐｅｃ（米国カリフォルニア州フレモント）から市販されている。一般に、式Ａｒ２－Ｎ_３のアジドは、アルキル、ベンジル又はアリルのヨウ化物又は臭化物などの求電子性化合物のアジ化ナトリウムによる求核置換によって調製され得る。

【0205】

一般に、本明細書中に記載される反応において使用される化合物は、市販の化学物質及び／又は化学文献に記載される化合物から出発して、当業者に公知の有機合成技術に従って作製され得る。「市販の化学物質」は、Ａｃｒｏｓｓ Ｏｒｇａｎｉｃｓ（ピッツバーグ、ペンシルバニア州），Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌ（ミルウォーキー、ウィスコンシン州、Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｆｌｕｋａを含む），Ａｐｉｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ Ｌｔｄ．（ミルトンパークＵＫ），Ａｖｏｃａｄｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ランカシャーＵ．Ｋ．），ＢＤＨ Ｉｎｃ．（トロント、カナダ），Ｂｉｏｎｅｔ（コーンウォール、Ｕ．Ｋ．），Ｃｈｅｍｓｅｒｖｉｃｅ Ｉｎｃ．（ウェストチェスター、ペンシルベニア州），Ｃｒｅｓｃｅｎｔ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ｈａｕｐｐａｕｇｅ Ｎ．Ｙ．），Ｅａｓｔｍａｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｅａｓｔｍａｎ Ｋｏｄａｋ Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｒｏｃｈｅｓｔｅｒ Ｎ．Ｙ．），Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃｏ．（ピッツバーグ、ペンシルバニア州），Ｆｉｓｏｎｓ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（レスターシャーＵＫ），Ｆｒｏｎｔｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ローガン、ユタ州），ＩＣＮ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（コスタメサ、カリフォルニア州），Ｋｅｙ Ｏｒｇａｎｉｃｓ（コーンウォールＵ．Ｋ．），Ｌａｎｃａｓｔｅｒ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｗｉｎｄｈａｍ Ｎ．Ｈ．），Ｍａｙｂｒｉｄｇｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．Ｌｔｄ．（コーンウォールＵ．Ｋ．），Ｐａｒｉｓｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（オレム、ユタ州），Ｐｆａｌｔｚ＆Ｂａｕｅｒ，Ｉｎｃ．（ウォーターベリー、コネチカット州），Ｐｏｌｙｏｒｇａｎｉｘ（ヒューストン、テキサス州），Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ Ｉｌｌ．），Ｒｉｅｄｅｌ ｄｅ Ｈａｅｎ ＡＧ（ハノーファー，ドイツ），Ｓｐｅｃｔｒｕｍ Ｑｕａｌｉｔｙ Ｐｒｏｄｕｃｔ，Ｉｎｃ．（ニュー・ブランズウィック、Ｎ．Ｊ．），ＴＣＩ Ａｍｅｒｉｃａ（ポートランド、オレゴン州），Ｔｒａｎｓ Ｗｏｒｌｄ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（ロックビル、メリーランド州）、及び、Ｗａｋｏ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ ＵＳＡ，Ｉｎｃ．（リッチモンド、バージニア州）．を含む標準的な商用ソースから入手可能である。

【0206】

一実施形態では、本開示のＰＥＭ化合物、例えば式（Ｉ）のＰＥＭ化合物は、組成物中に存在する。例えば、本開示のＰＥＭ化合物は、水性緩衝液も含む組成物中に存在してもよい。一実施形態では、本開示のＰＥＭ化合物は、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチドなどの生体分子を含む組成物中に存在する。ポリペプチドは、ＤＮＡポリメラーゼなどの酵素であってもよい。以下の定義は、これらの組成物及びその特定の使用の理解に役立ち得る。

【0207】

本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチドとも呼ばれる「核酸」は、１つのヌクレオチドのペントースの３’位が、ホスホジエステル基によって次の５’位に連結されている、共有結合した一連のヌクレオチドである。核酸分子は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、又は両方の組み合わせであり得る。ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）及びＲＮＡ（リボ核酸）は、ヌクレオチド残基が、ホスホジエステル結合によって特定の配列で連結された生物学的に存在するポリヌクレオチドである。本明細書で使用される場合、用語「核酸」、「ポリヌクレオチド」、又は「オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチドの直鎖骨格を有する任意のポリマー化合物を包含する。オリゴマーとも呼ばれるオリゴヌクレオチドは、一般に、より短い鎖のポリヌクレオチドである。核酸は、配列決定を目的とする場合、一般に「標的核酸」又は「標的配列」と呼ばれる。

【0208】

本明細書中で使用されるとき、用語「鋳型依存方式」とは、プライマー分子（例えば、ＤＮＡポリメラーゼによるＤＮＡ合成）の鋳型依存性伸長を伴うプロセスのことを指すことが意図される。用語「鋳型依存方式」とは、ＲＮＡ又はＤＮＡのポリヌクレオチド合成のことを指し、ポリヌクレオチドの新しく合成された鎖の配列は、周知の相補的塩基対合の規則（例えば、Ｗａｔｓｏｎ，Ｊ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｉｎ：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｗ．Ａ．Ｂｅｎｊａｍｉｎ，Ｉｎｃ．，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ．（１９８７）を参照されたい。）によって決定される。

【0209】

本明細書中で使用されるとき、「核酸ポリメラーゼ」は、一般に、３’－ＯＨ ５’－三リン酸ヌクレオチド、オリゴマー、及びそれらの類似体を連結するための酵素である。ポリメラーゼには、ＤＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡ依存性ＤＮＡポリメラーゼ、ＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ３ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ４ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔ７ ＲＮＡポリメラーゼ、Ｔ３ ＲＮＡポリメラーゼ、ＳＰ６ ＲＮＡポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼ１、クレノウ断片、サーモフィルス・アクアティカス（Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ）ＤＮＡポリメラーゼ、Ｔｔｈ ＤＮＡポリメラーゼ、ＶｅｎｔＲ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、Ｄｅｅｐ ＶｅｎｔＲ（登録商標）ＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、Ｂｓｔ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｌａｒｇｅ Ｆｒａｇｍｅｎｔ、Ｓｔｏｅｆｆｅｌ Ｆｒａｇｍｅｎｔ、９° Ｎ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、９° Ｎ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｐｆｕ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、Ｔｆｌ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、Ｔｔｈ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、Ｐｈｉ２９ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ、Ｔｌｉ ＤＮＡポリメラーゼ、真核ＤＮＡポリメラーゼベータ、テロメラーゼ、Ｔｈｅｒｍｉｎａｔｏｒ（商標）ポリメラーゼ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）、ＫＯＤ ＨｉＦｉ（商標）ＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｏｖａｇｅｎ）、ＫＯＤ１ ＤＮＡポリメラーゼ、Ｑ－ベータレプリカーゼ、ターミナルトランスフェラーゼ、ＡＭＶ逆転写酵素、Ｍ－ＭＬＶ逆転写酵素、Ｐｈｉ６逆転写酵素、ＨＩＶ－１逆転写酵素が挙げられる。本発明によるポリメラーゼは、バリアント、突然バリアント、又はキメラポリメラーゼであり得る。

【0210】

本明細書で使用される場合、「ＤＰＯ４型ＤＮＡポリメラーゼ」は、古細菌、Ｓｕｌｆｏｌｏｂｕｓ ｓｏｌｆａｔａｒｉｃｕｓ、又は関連するＹファミリーＤＮＡポリメラーゼによって天然に発現されるＤＮＡポリメラーゼであり、一般に損傷乗り越え合成（ＴＬＳ）として知られるプロセスによる損傷ＤＮＡの複製で機能する。ＹファミリーＤＮＡポリメラーゼは、ＤＰＯ４ポリメラーゼと相同である。例としては、原核生物酵素、ＰｏｌＩＩ、ＰｏｌＩＶ、ＰｏｌＶ、古細菌酵素、Ｄｂｈ、及び真核生物酵素、Ｒｅｖ３ｐ、Ｒｅｖ１ｐ、Ｐｏｌ η、ＲＥＶ３、ＲＥＶ１、Ｐｏｌ Ι及びＰｏｌ κ ＤＮＡポリメラーゼ、並びにそれらのキメラが挙げられる。修飾された組換えＤＰＯ４型ＤＮＡポリメラーゼは、天然に存在する野生型ＤＰＯ４型ＤＮＡポリメラーゼと比較して１つ以上の突然変異、例えば、基質又は別のポリメラーゼ特性としてかさ高いヌクレオチド類似体を利用する能力を高める１つ以上の突然変異を含み、野生型ＤＰＯ４型ＤＮＡポリメラーゼに対する追加の変更又は改変、例えば、追加のペプチド又はタンパク質配列の１つ以上の欠失、挿入、及び／又は融合を（例えば、表面上にポリメラーゼを固定化するために、又はそうでなければポリメラーゼ酵素をタグ付けするために）含み得る。本発明によるバリアントポリメラーゼの例は、公開されたＰＣＴ特許出願国際公開第２０１７／０８７２８１Ａ１号及びＰＣＴ特許出願番号ＰＣＴＵＳ２０１８／０３０９７２及びＰＣＴＵＳ２０１８／６４７９４に記載されているＳｕｌｆｏｌｏｂｕｓ ｓｕｌｆａｔａｒｉｃｕｓ ＤＰＯ４のバリアントであり、これらはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0211】

本明細書で使用される場合、「核酸ポリメラーゼ反応」は、鋳型依存的に核酸の新しい鎖を作製するか、又は既存の核酸（例えば、ＤＮＡ又はＲＮＡ）を伸長するためのインビトロ方法を指す。本発明による核酸ポリメラーゼ反応は、プライマー伸長反応を含み、これは、組み込まれたヌクレオチド又はヌクレオチド類似体が、標的ポリヌクレオチドの対応するヌクレオチドに相補的であるように、プライマーの３’末端にヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の組み込みをもたらす。核酸ポリメラーゼ反応のプライマー伸長産物は、単一分子配列決定のために、又はさらなる核酸分子を合成するための鋳型としてさらに使用することができる。

【0212】

プライマー伸長反応試薬は、典型的には、（ｉ）ポリメラーゼ酵素；（ｉｉ）緩衝液；及び（ｉｉｉ）１つ以上の伸長可能なヌクレオチド又はヌクレオチド類似体を含む。プライマー伸長反応を使用して、特定の実験条件下で得られた核酸産物の長さを測定し、例えばゲル電気泳動によって伸長されたプライマー産物の長さを比較することによってポリメラーゼ活性に対する様々なポリメラーゼ反応添加物（例えば、ＰＥＭ）の効果を決定することができる。

【0213】

本明細書で使用される場合、「核酸ポリメラーゼ反応を増強する」とは、核酸ポリメラーゼが、ＰＥＭの非存在下である場合よりも少なくとも１つのサブユニット長いプライマー伸長産物を合成することを可能にする添加剤、例えばＰＥＭの能力を指す。

【0214】

本明細書で使用される核酸ポリメラーゼ反応の速度は、核酸ポリメラーゼがポリマー鎖を伸長する平均速度を指す。本明細書で使用される場合、用語「速度」及び「伸長率」は、交換可能に使用される。Ｈｏｇｒｅｆｅらのヌクレオチド取り込みアッセイ（Ｅｎｚｙｍｏｌ．Ｖｏｌ．３３４，ｐｐ．９１－１１６（２００１）の方法）を使用して、重合速度を測定することができる。簡潔には、ポリメラーゼ活性を、活性化サケ精子ＤＮＡへの^３２Ｐ－ｄＣＴＰの取り込み速度として測定することができるＡ（Ｐｈａｒｍａｃｉａから購入；活性化プロトコルについては、Ｃ．Ｃ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ，Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ、Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．（Ｃａｎｔｏｎｉ ａｎｄ Ｄａｖｉｅｓ，ｅｄｓ．），ｐ．２６３－２７６（１９６６）ｐ．２６４を参照のこと）。反応緩衝液は、例えば、５０ｍＭトリスＨＣｌ（ｐＨ８．０）、５ｍＭ ＭｇＣｌ_２、１ｍＭジチオスレイトール（ＤＴＴ）、５０μｇ／ｍｌウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）及び４％（ｖ／ｖ）グリセロールであり得る。ヌクレオチド基質及びＤＮＡを大過剰で、典型的にはアッセイされるポリメラーゼのＫｍの少なくとも１０倍で、例えば、ｄＡＴＰ、ｄＴＴＰ及びｄＧＴＰをそれぞれ２００μＭ、１９５μＭのｄＣＴＰと５μＩＭの標識ｄＣＴＰ、及び２５０μｇ／ｍｌの活性化ＤＮＡを使用する。反応物を氷上でクエンチし、反応混合物のアリコートをイオン交換フィルタ（例えば、Ｗｈａｔｍａｎ ＤＥ８１）にスポットする。組み込まれていないヌクレオチドを洗浄し、続いて、組み込まれた放射能を測定するためにシンチレーション計数する。

【0215】

本明細書で使用される場合、「速度を増加させること」は、本明細書で定義される速度を増加させるＰＥＭを欠く重合反応と比較して、５～１０％、１０～５０％、又は５０～１００％又はそれ以上の増加を指す。

【0216】

本明細書で使用される場合、「処理能力」は、ポリメラーゼとその鋳型との間の単一の接触中の核酸ポリメラーゼによる重合の程度、すなわち、そこから解離する代わりに基質に作用し続けるその特性を指す。重合の程度は、ポリメラーゼとその鋳型との間の単一の接触中にポリメラーゼによって付加されるヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の数を指す。処理能力は、ポリメラーゼの性質、鋳型の配列、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体基質の構造、及び反応条件、例えば塩濃度、温度又は特定の添加剤の存在に依存し得る。

【0217】

本明細書で使用される場合、「処理能力を増加させること」は、本明細書で定義される処理能力を増加させるＰＥＭを欠く重合反応と比較して、５～１０％、１０～５０％、又は５０～１００％又はそれ以上の増加を指す。核酸ポリメラーゼの処理能力を測定する方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９，Ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，ＣＳＨ Ｐｒｅｓｓ，７．７９－７．８３及び１３．８に記載されているように、一般に当該分野において公知であり、米国特許出願公開第２００２／０１１９４６７号、公開されたＰＣＴ出願国際公開第０１／９２５０１号及び米国特許第５，９７２，６０３号明細書に記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。

【0218】

本明細書で使用される「忠実度」という用語は、鋳型依存性核酸ポリメラーゼによる核酸重合の精度を指す。ＤＮＡポリメラーゼの忠実度は、エラー率（不正確なヌクレオチド、すなわち鋳型依存的に組み込まれないヌクレオチドを組み込む頻度）によって測定される。ＤＮＡポリメラーゼの忠実度又はエラー率は、当技術分野で公知のアッセイを使用して測定することができる（例えば、Ｌｕｎｄｂｕｒｇら、１９９１ Ｇｅｎｅ，１０８：１－６を参照のこと。）。本明細書で使用される場合、「忠実度を増加させること」は、本明細書で定義される忠実度を増加させる添加剤を欠く重合反応と比較して、５～１０％、１０～５０％、又は５０～１００％又はそれ以上の増加を指す。

【0219】

本明細書で使用される「複数」という用語は、「少なくとも２つ」を指す。

【0220】

「ＸＮＴＰ」は、鋳型依存性酵素重合と適合する拡張可能な５’三リン酸修飾ヌクレオチド基質である。ＸＮＴＰは、２つの異なる機能的構成要素を有する。すなわち、核酸塩基５’－トリホスホルアミデートと、各ヌクレオシドトリホスホルアミデート内で、ホスホルアミデート結合のヌクレオチド内切断による制御された拡張を可能にする位置に結合しているつなぎ鎖、である。本明細書で使用される場合、ＸＮＴＰは、例示的な「非天然の高度に置換されたヌクレオチド類似体基質」である。例示的なＸＮＴＰ及びそれを作製する方法は、例えば、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、出願人が公開したＰＣＴ出願国際公開第２０１６／０８１８７１号に記載されている。

【0221】

「Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ中間体」は、ＸＮＴＰから集められた中間産物（本明細書では「娘鎖」とも呼ばれる）であり、標的核酸鋳型を使用したＸＮＴＰのポリメラーゼ媒介鋳型指向性集合体によって形成される。新しく合成されたＸｐａｎｄｏｍｅｒ中間体は、拘束Ｘｐａｎｄｏｍｅｒである。ＸＮＴＰによって提供されるホスホルアミデート結合が切断されるプロセス工程の下では、拘束Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、もはや拘束されず、つなぎ鎖が伸ばされるにつれて伸長するＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物である。

【0222】

「Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ」又は「Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物」は、それ自体がＸＮＴＰ基質の鋳型指向性集合体によって合成される拘束Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの増殖によって生成される合成分子構築物である。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、それが生成された標的鋳型に対して伸長している。それは、サブユニットの連結から構成され、各サブユニットはモチーフであり、各モチーフは、配列情報、つなぎ鎖、及び任意に、基質の一部、又は全部を含むライブラリのメンバーであり、それらの全ては、形成性基質構築物に由来する。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、標的鋳型よりも長くなるように拡張するように設計され、それによって標的鋳型の配列情報の線密度をその長さに沿って低下させる。さらに、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒは、任意に、レポーターのサイズ及び存在量を増加させるためのプラットフォームを提供し、次いで、検出のためのシグナル対ノイズを改善する。より低い線情報密度及びより強い信号は、分解能を高め、鋳型鎖の配列を検出及び複合するための感度要件を低減する。

【0223】

「つなぎ鎖」又は「つなぎ鎖部材」は、ほぼ直線寸法を有し、２つの対向する末端のそれぞれに末端部分を有するポリマー又は分子構築物を指す。つなぎ鎖は、末端部分に結合を有するヌクレオシドトリホスホルアミデートに結合してＸＮＴＰを形成する。結合は、つなぎ鎖を「拘束された配置」に拘束するのに役立つ。つなぎ鎖は、「拘束された配置」及び「拡張された配置」を有する。拘束された配置は、ＸＮＴＰ及び娘鎖又はＸｐａｎｄｏｍｅｒ中間体に見られる。つなぎ鎖の拘束された配置は、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物に見られるように、拡張された配置の前駆体である。拘束された配置から拡張された配置への移行は、選択的に切断可能なホスホルアミデート結合の切断をもたらす。つなぎ鎖は、その長さに沿って、基質の配列情報をコードすることができる１つ以上のレポーター又はレポーター構築物を含む。つなぎ鎖は、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの長さを拡張し、それによって配列情報の線密度を低下させる手段を提供する。

【0224】

「つなぎ鎖エレメント」又は「つなぎ鎖セグメント」は、２つの末端を有するほぼ線形の寸法を有するポリマーであり、末端は、つなぎ鎖エレメントを連結するための末端連結を形成する。つなぎ鎖エレメントは、つなぎ鎖のセグメントである。そのようなポリマーには、ポリエチレングリコール、ポリグリコール、ポリピリジン、ポリイソシアネート、ポリイソシアネート、ポリ（トリアリールメチル）メタクリレート、ポリアルデヒド、ポリピロリノン、ポリ尿素、ポリグリコールホスホジエステル、ポリアクリレート、ポリメタクリレート、ポリアクリルアミド、ポリビニルエステル、ポリスチレン、ポリアミド、ポリウレタン、ポリカーボネート、ポリブチレート、ポリブタジエン、ポリブチロラクトン、ポリピロリジノン、ポリビニルホスホネート、ポリアセトアミド、多糖類、ポリヒアルラン酸塩、ポリアミド、ポリイミド、ポリエステル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリテレフタレート、ポリシラン、ポリウレタン、ポリエーテル、ポリアミノ酸、ポリグリシン、ポリプロリン、Ｎ－置換ポリリジン、ポリペプチド、側鎖Ｎ－置換ペプチド、ポリ－Ｎ－置換グリシン、ペプトイド、側鎖カルボキシル置換ペプチド、ホモペプチド、オリゴヌクレオチド、リボ核酸オリゴヌクレオチド、デオキシ核酸オリゴヌクレオチド、ワトソン－クリック塩基対合を防ぐために修飾されたオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチド類似体、ポリシチジル酸、ポリアデニル酸、ポリウリジル酸、ポリチミジン、ポリリン酸塩、ポリヌクレオチド、ポリリボヌクレオチド、ポリエチレングリコール－ホスホジエステル、ペプチドポリヌクレオチド類似体、スレオシル－ポリヌクレオチド類似体、グリコール－ポリヌクレオチド類似体、モルホリノ－ポリヌクレオチド類似体、ロックされたヌクレオチドオリゴマー類似体、ポリペプチド類似体、分枝ポリマー、コームポリマー、スターポリマー、樹枝状ポリマー、ランダム、グラジエント及びブロックコポリマー、アニオン性ポリマー、カチオン性ポリマー、基部ループを形成するポリマー、剛体セグメントと可動性セグメントが、含まれ得るが、これらに限定されない。

【0225】

「レポーター」は、１つ以上のレポーターエレメントから構成される。レポーターは、標的核酸の遺伝情報を解析するのに役立つ。

【0226】

「レポーター構築物」は、検出可能なシグナルを生成することができる１つ以上のレポーターを含み、検出可能なシグナルは一般に配列情報を含む。この信号情報は、「レポーターコード」と呼ばれ、続いて遺伝的配列データに復号される。レポーター構築物はまた、つなぎ鎖セグメント又はポリマー、グラフトコポリマー、ブロックコポリマー、アフィニティーリガンド、オリゴマー、ハプテン、アプタマー、デンドリマー、連結基又は親和性結合基（例えば、ビオチン）を含む他の構造的構成要素を含み得る。

【0227】

「レポーターコード」は、レポーター構築物の測定シグナルからの遺伝情報である。レポーターコードは、配列特異的な遺伝情報データを提供するために復号される。

【0228】

したがって、一実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるＰＥＭと、緩衝液とを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるＰＥＭと、複数のヌクレオチド及び／又はヌクレオチド類似体とを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるＰＥＭと、ポリヌクレオチドとを含む組成物を提供する。別の実施形態では、本開示は、本明細書に開示されるＰＥＭと、タンパク質とを含む組成物を提供し、任意に、タンパク質は、上記のポリメラーゼのいずれかを含むポリメラーゼである。

【0229】

一実施形態では、本開示は、本開示のＰＥＭ化合物、例えば式（Ｉ）のＰＥＭ化合物と、分子クラウディング剤とを含む組成物を提供する。一般に、分子クラウディング剤は、一連の大きな中性ポリマーを含む。有用な分子クラウディング試薬の例としては、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、フィコール、デキストラン又はポリビニルアルコールが挙げられるが、これらに限定されない。例示的な分子クラウディング試薬及び製剤は、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第７，３９９，５９０号明細書に記載されている。一実施形態において、分子クラウディング剤は、４，０００～１０，０００の数平均分子量を任意に有するポリアルキレングリコールである。一実施形態では、分子クラウディング剤は、ポリアルキレングリコールの誘導体であり、例えば、ポリアルキレングリコールの末端ヒドロキシル基の一方又は両方は、エステル又はエーテル基の形態である。一実施形態では、分子クラウディング剤は、不活性な水溶性ポリマーである。

【0230】

一実施形態では、本開示は、本開示のＰＥＭ化合物と、水性緩衝液とを含む組成物を提供する。一実施形態では、ＰＥＭ化合物は式（Ｉ）を有する。１つの選択肢では、組成物は約６から８．５のｐＨを有し、緩衝液は組成物のｐＨを安定化するのに役立つ。例示的な緩衝液はトリスＨＣｌである。他の適切な緩衝液としては、当技術分野で公知の緩衝液、例えば、リン酸緩衝液、クエン酸緩衝液、酢酸ナトリウム緩衝液、炭酸ナトリウム緩衝液などが挙げられる。

【0231】

一実施形態では、本開示は、本開示のＰＥＭ化合物、例えば式（Ｉ）のＰＥＭ化合物と、ポリヌクレオチドとを含む組成物を提供する。１つの選択肢では、ポリヌクレオチドは一本鎖、例えば一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡである。ポリヌクレオチドがプライマーとして機能することを意図する場合、ポリヌクレオチドは一本鎖ＤＮＡ分子である。プライマーとして機能することを意図する場合、ポリヌクレオチドは、約１０～６０ｍｅｒのオリゴヌクレオチド、例えば２０～３０オリゴヌクレオチドの長さを有し得る。あるいは、ポリヌクレオチドは鋳型として機能してもよく、その場合、一本鎖ＤＮＡ又は一本鎖ＲＮＡであってもよく、３０塩基～キロベース及びそれを超える値、例えば１０ｋ塩基及びそれを超える長さを有してもよい。

【0232】

一実施形態では、本開示は、本開示のＰＥＭ化合物、例えば式（Ｉ）のＰＥＭ化合物と、タンパク質とを含む組成物を提供する。例えば、タンパク質は、酵素、核酸ポリメラーゼ、ＤＮＡポリメラーゼであり得る。適切なＤＮＡポリメラーゼの一例は、本明細書で論じるように、ＤＰＯ４ポリメラーゼのバリアントである。

【0233】

一実施形態では、本開示は、本開示の少なくとも１つのＰＥＭ化合物、例えば式（Ｉ）のＰＥＭ化合物と、ヌクレオチド又はヌクレオチド類似体の混合物とを含む組成物を提供し、少なくとも１つの化合物は、テンプレート依存性重合反応中に娘鎖に組み込まれるヌクレオチド類似体の数及び精度を、少なくとも１つの化合物が存在しない同一の重合反応と比較して増加させる。任意に、ヌクレオチド類似体の混合物は、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれは、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンから選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを有しており、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端は核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端はヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する。任意に、組成物は、トリスＯＡｃ、ＮＨ_４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒（ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ－メチルピロリドン（ＮＭＰ）又はアセトンなど）、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２のうちの１つ以上を含む緩衝液をさらに含む。任意に、組成物はまた、一本鎖結合タンパク質を含む。任意に、組成物は尿素を含む。任意に、ヌクレオチド類似体の混合物は、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含み、検出可能な標識は、任意に、発光性、化学発光性、蛍光性、蛍光発生性、発色団又は発色性のうちの１つである。一実施形態では、組成物は、これらの選択肢の２つ以上、例えばこれらの選択肢の全てを含む。

【0234】

本開示の一態様では、本明細書に開示されるＰＥＭ及びその組成物を使用して、核酸重合反応を増強するか、又は得られる核酸の特性、例えば反応産物の長さ又は精度を改善することができる。重合反応には、例えば、プライマー伸長反応、ＰＣＲ、突然変異誘発、等温増幅、ＤＮＡ配列決定及びプローブ標識が含まれる。そのような方法は当技術分野で周知である。増強は、ポリメラーゼ（すなわち、鋳型からのポリメラーゼの解離の低減）の処理能力の増加、基質結合又は酵素触媒の速度の増加、及びヌクレオチド取り込みの精度又は忠実度の増加などの機構を介してヌクレオチド取り込みを刺激することによって提供され得る。さらに、二次構造及び二重鎖ＤＮＡなどの核酸鋳型の障害を低減することによって増強を提供することができる。ＰＥＭの添加によってこのような障害を克服又は改善することにより、重合反応をより正確又は効率的に行うことができ、あるいはより低い変性／伸長温度又は等温温度を使用することができる。

【0235】

いくつかの実施形態では、ポリメラーゼ反応を増強するために、ＰＥＭを別の添加剤クラスと組み合わせて使用することができる。添加剤の１つの例示的なクラスは、小溝結合タンパク質（ＭＧＢ）である。一実施形態では、ＭＧＢは、ジスタマイシンＡ及びその合成類似体、ネトロプシン、（＋）－ＣＣ－１０６５、デュオカルマイシン、ピロロベンゾジアゼピン、トラベクチン及びその類似体、ヘキスト色素及びその誘導体、レキシトロプシン、チアゾトロプシンＡ、ジアミジン、並びにポリアミドからなる群から選択される。ある特定の実施形態において、少なくとも１つの小溝結合部分は、Ｈｏｅｃｈｓｔ色素である。ポリメラーゼ反応を増強するためのＭＧＢの使用に関するさらなる情報は、ＥＮＨＡＮＣＥＭＥＮＴ ＯＦ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤ ＰＯＬＹＭＥＲＩＺＡＴＩＯＮ ＢＹ ＭＧＢＳという名称の、出願人の同時出願に見出すことができる。

【0236】

ＰＥＭによって増強できる例示的なポリメラーゼ反応の１つは、Ｓｔｒａｔｏｓ Ｇｅｎｏｍｉｃｓによって開発された「Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ」（ＳＢＸ）プロトコルの基礎を形成する「ＸＮＴＰ」として知られる非天然ヌクレオチド類似体の重合である（例えば、Ｋｏｋｏｒｉｓら、米国特許第７，９３９，２５９号、「Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｂｙ Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ」を参照のこと）。一般に、ＳＢＸは、この生化学的重合を使用して、ＤＮＡ鋳型の配列を「Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ」と呼ばれる測定可能なポリマー上に転写する。転写された配列は、約１０ｎｍ離れた高シグナル対ノイズレポーターにおいてＸｐａｎｄｏｍｅｒ骨格に沿ってコード化され、高シグナル対ノイズ、高分化応答のために設計される。これらの違いは、ネイティブＤＮＡと比較して、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの配列リード効率及び精度の著しい性能向上を提供する。ＳＢＸプロセスの一般化された概要を図１Ａ、図１Ｂ、図１Ｃ、及び図１Ｄに示す。

【0237】

ＸＮＴＰは、鋳型依存性酵素重合と適合する拡張可能な５’三リン酸修飾ヌクレオチド基質である。非常に単純化されたＸＮＴＰが、図１Ａに示されており、これは、これらのヌクレオチド類似体の固有の特徴を強調する。ＸＮＴＰ１００は、２つの異なる機能領域を有する。すなわち、５’α－ホスフェート１１５を核酸塩基１０５に連結する選択的に切断可能なホスホルアミデート結合１１０と、ホスホルアミデート結合のヌクレオチド内切断による制御された拡張を可能にする位置でヌクレオシドトリホスホルアミデート内に結合されるつなぎ鎖１２０である。ＸＮＴＰのつなぎ鎖は、選択的に切断可能なホスホルアミデート結合によって分離されたリンカーアーム部分１２５Ａ及び１２５Ｂから構成される。各リンカーは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Ｋｏｋｏｒｉｓらによる米国特許第８，３２４，３６０号明細書に開示されているように、連結基（ＬＧ）を介してレポーター１３０の一末端に結合する。ＸＮＴＰ１００は、重合後のＸＮＴＰ基質及び娘鎖に特徴的な「拘束された配置」に示されている。重合ＸＮＴＰの拘束された構成は、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物に見られるように、拡張された構成の前駆体である。拘束された構成から拡張された構成への移行は、娘鎖の一次骨格内のホスホルアミデートのＰ－－Ｎ結合の切断時に起こる。

【0238】

Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの合成を図１Ｂ及び１Ｃに要約する。アセンブリ中、モノマーＸＮＴＰ基質１４５（ＸＡＴＰ、ＸＣＴＰ、ＸＧＴＰ、及びＸＴＴＰ）は、ガイドとして一本鎖鋳型１４０を使用する鋳型指向性重合のプロセスによって新生娘鎖１５０の伸長可能末端上で重合される。一般的に、このプロセスは、プライマーから開始され、５’から３’方向に進行する。一般的に、ＤＮＡポリメラーゼ又は他のポリメラーゼを使用して娘鎖を形成し、鋳型鎖の相補的コピーが得られるように条件を選択する。娘鎖が合成された後、カップリングされたつなぎ鎖は、娘鎖をさらに含む拘束されたＸｐａｎｄｏｍｅｒを含む。娘鎖中のつなぎ鎖は、ＸＮＴＰ基質の「拘束された配置」を有する。つなぎ鎖の拘束された配置は、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物に見られるように、拡張された配置の前駆体である。

【0239】

図１Ｃに示されるように、拘束された構成１６０から、拡張された構成１６５への移行は、娘鎖の一次骨格内の選択的に切断可能なホスホルアミデート結合（単純化のために陰影のない楕円によって示す）の切断に起因する。この実施形態では、つなぎ鎖は、それらが連結されている核酸塩基に特異的な１つ以上のレポーター構築物又はレポーター構築物１３０Ａ、１３０Ｃ、１３０Ｇ、又は１３０Ｔを含み、それによって鋳型の配列情報をコードする。このようにして、つなぎ鎖は、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの長さを拡張し、親鎖の配列情報の線密度を低下させる手段を提供する。

【0240】

図１Ｄは、シスリザーバ１７５からトランスリザーバ１８５にナノポア１８０を通過して移動するＸｐａｎｄｏｍｅｒ１６５を示す。ナノポアを通過すると、線形化Ｘｐａｎｄｏｍｅｒのレポーター（この図では、「Ｇ」、「Ｃ」、及び「Ｔ」とラベル付けされている）のそれぞれは、それが連結されている核酸塩基に特異的な別個の再現性のある電子シグナル（重畳トレース１９０によって示される）を生成する。

【0241】

図２は、ＸＮＴＰの一般化された構造をより詳細に示す。ＸＮＴＰ２００は、選択的に切断可能なホスホルアミデート結合２３０によって分離されたリンカーアーム部分２２０Ａ及び２２０Ｂを有する核酸塩基トリホスホルアミデート２１０から構成される。つなぎ鎖は、連結基２５０Ａ及び２５０Ｂでヌクレオシドトリホスホルアミデートに連結され、第１のつなぎ鎖末端はヘテロ環２６０（ここではシトシンによって表されるが、複素環は、４つの標準的な核酸塩基、Ａ、Ｃ、Ｇ又はＴのいずれか１つであってもよい。）に連結され、第２のつなぎ鎖末端は、核酸塩基骨格のアルファリン酸２７０に連結される。当業者は、当技術分野で公知の多くの適切なカップリング化学物質を使用して最終的なＸＮＴＰ基質産物を形成することができ、例えば、つなぎ鎖結合がトリアゾール結合によって達成され得ることを理解するであろう。

【0242】

この実施形態では、つなぎ鎖２７５は、エンハンサー２８０Ａ及び２８０Ｂ、レポーターコード２８５Ａ及び２８５Ｂ、並びに翻訳制御エレメント（ＴＣＥ）２９０Ａ及び２９０Ｂを含むいくつかの機能エレメントから構成される。これらの特徴のそれぞれは、ナノポアを通り抜けるＸｐａｎｄｏｍｅｒの転座、及び固有の再現性のある電子シグナルの生成中に独特の機能を果たす。つなぎ鎖２７５は、ハイブリダイゼーション（ＴＣＨ）による転座制御のために設計されている。図示のように、ＴＣＥは、相補的オリゴマー（ＣＯ）に二重鎖化することができ、レポーターコードに隣接して配置されるハイブリダイゼーションの領域を提供する。異なるレポーターコードは、異なる測定可能なレベルでナノポアを通過するイオン流を遮断するようなサイズである。オリゴヌクレオチド合成に典型的に使用されるホスホラミダイト化学を使用して、特定のレポーターコードを効率的に合成することができる。レポーターは、市販のライブラリから特定のホスホラミダイトの配列を選択することによって設計することができる。そのようなライブラリには、１～１２又はそれを超えるエチレングリコール単位の長さを有するポリエチレングリコール、１～１２又はそれを超える炭素単位の長さを有する脂肪族、デオキシアデノシン（Ａ）、デオキシシトシン（Ｃ）、デオキシグアノジン（Ｇ）、デオキシチミン（Ｔ）、脱塩基（Ｑ）が含まれるが、これらに限定されない。レポーターコードに関連する二重鎖化ＴＣＥもイオン電流遮断に寄与するので、レポーターコードとＴＣＥとの組み合わせは、「レポーター」と呼ぶことができる。レポーターコードに続いて、一実施形態ではスペルミンポリマーを含むエンハンサーが存在する。

【0243】

図３は、α－溶血素ナノポアを移動させるプロセスにおける切断されたＸｐａｎｄｏｍｅｒの一実施形態を示す。この生物学的ナノポアは、電解質の２つの貯蔵部を分離し電気的に隔離する脂質二重層膜に埋め込まれている。典型的な電解質は、ｐＨ７．０に緩衝された１モル濃度のＫＣｌを有する。典型的には１００ｍＶの小さい電圧が、二重層を通過して印加される場合、ナノポアは、イオン電流の流れを拘束し、回路内の一次抵抗である。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒレポーターは、特定のイオン電流遮断レベルを与えるように設計されており、レポーターの配列が、ナノポアを転座するときにイオン電流レベルの配列を測定することによって配列情報を読み取ることができる。

【0244】

α－溶血素ナノポアは、典型的には、移動が、前庭部側に入り、基部側から出ることによって起こるように配向されている。図３に示すように、ナノポアは、最初に基部側からＸｐａｎｄｏｍｅｒを捕捉するように配向されている。この配向は、ＴＣＨ法を使用すると、最初に前庭部に入るときに発生する閉塞アーチファクトが少なくなるので有利である。特に指示しない限り、基部側が最初に想定される転座方向となるであろう。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒが転座すると、レポーターは、その二重鎖化されたＴＣＥが基部入口で停止するまで基部に入る。二重鎖は直径が約２．４ｎｍであるのに対して、基部入口は約２．２ｎｍであるので、レポーターは、二本鎖の相補鎖３９５が解離する（放出される）まで基部に保持され、その後、転座が次のレポーターに進む。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒはまだ転座しており、ポアから拡散しているので、遊離相補的鎖がナノポアに入ることが非常に望ましくない。

【0245】

一実施形態では、（二重鎖に続く）レポーターコードの各メンバーは、多くの市販ライブラリから選択することができるホスホラミダイトの順序付き選択によって形成される。各構成成分ホスホラミダイトは、ナノポア内のその位置（二重鎖停止後に位置する）、その変位、その電荷、ナノポアとのその相互作用、その化学的及び熱的環境並びに他の要因に従って正味のイオン抵抗に寄与する。各ホスホラミダイト上の電荷は、部分的には、－１の公称電荷を有するが、対イオン遮蔽によって効果的に低減されるリン酸イオンに起因する。二重鎖を引っ張る力は、局所電場によって作用されるレポーターに沿ったこれらの有効電荷に起因する。各レポーターは異なる電荷分布を有することができるので、所与の印加電圧に対して二重鎖に異なる力を及ぼすことができる。レポーター骨格に沿って伝達される力はまた、レポーターを引き伸ばして反復可能なブロッキング応答を与えるのに役立つ。

【0246】

本発明者らによって開発された拡張による配列決定（ＳＢＸ）方法論は、ネイティブＤＮＡと比較して、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの配列リード効率及び精度における著しい性能向上を提供する。しかしながら、天然のＤＮＡ鋳型の配列の測定可能なＸｐａｎｄｏｍｅｒへの最初の転写は、基質としてＸＮＴＰを利用するＤＮＡポリメラーゼの能力に依存する（ＸＮＴＰの一般化された構造が、図１Ａ及び図２を参照して本明細書において論じられる）。本発明者らは、ほとんどのＤＮＡポリメラーゼがＸＮＴＰを効率的に重合しないことを見出した。しかし、本開示のＰＥＭなどの適切な添加剤を含めることにより、ＸｐａｎｄｏｍｅｒへのＸＮＴＰ重合の効率及び精度が改善される。したがって、本明細書に開示されるＰＥＭは、基質としてＸＮＴＰを使用してＤＮＡポリメラーゼプライマー伸長反応を増強するためのＳＢＸ方法論の文脈で使用され得る。

【0247】

代表的なプライマー伸長反応は、以下の試薬を含み得る。２ｐｍｏｌのプライマー、２．２ｐｍｏｌの４５ｍｅｒのオリゴヌクレオチド鋳型、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ（ＸＡＴＰ、ＸＣＴＰ、ＸＧＴＰ及びＸＴＴＰ）、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ（ｐＨ ６．７９）、２００ｍＭ ＮａＣｌ、２０％ ＰＥＧ、５％ ＮＭＳ、０．５ｎｍｏｌポリリン酸６０．１９、０．３ｍＭ ＭｎＣｌ_２及び０．６μｇの精製組換えＤＮＡポリメラーゼタンパク質。ＰＥＭは、典型的にはマイクロからミリモルの範囲の濃度でこの混合物に添加される。反応には、一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、尿素、及びＮＭＳなどの追加の添加剤も含まれ得る。反応を２３℃で１時間行う。反応産物（すなわち、拘束されたＸｐａｎｄｏｍｅｒ）を処理してホスホルアミデート結合を切断し、それにより、線状化Ｘｐａｎｄｏｍｅｒを生成する。４～１２％アクリルアミドゲル上でゲル電気泳動を使用して反応産物を分析して、異なる長さのＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物を分解及び可視化する。

【0248】

したがって、一実施形態では、本開示は、ＰＥＭ及び緩衝液、特にＤＮＡ重合反応を行うのに適した緩衝液を含む水性（水含有）組成物を提供し、トリスＨＣｌはこのタイプの例示的な緩衝液である。一実施形態では、本開示は、ＰＥＭと、ＤＮＡポリメラーゼタンパク質とを含む組成物を提供する。一実施形態では、本開示は、ＰＥＭと、ポリヌクレオチド、例えば２０～９０ｍｅｒ、２０～６０ｍｅｒ、３０～９０ｍｅｒ又は３０～６０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドを含む組成物を提供する。一実施形態では、本開示は、これらの成分の各々を含む組成物、すなわち、ＰＥＭと、緩衝液と、ＤＮＡポリメラーゼタンパク質と、ポリヌクレオチドとを含む水性組成物を提供する。

【0249】

ＸＮＴＰ重合の増強の精度を調べるために、プライマー伸長産物を、ＳＢＸプロトコルを使用して配列決定することができる。簡潔には、ＸＮＴＰ重合の拘束されたＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物を切断して、線状化Ｘｐａｎｄｏｍｅｒを生成する。これは、最初に、１００ｍＭ ＥＤＴＡ、２ｍＭ ＴＨＰＴＡ及び２％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含有する溶液で伸長反応をクエンチすることによって達成される。次いで、試料をＤＭＦ中の１Ｍ ＮａＨＣＯ_３及び１Ｍ無水コハク酸の溶液でアミン修飾する。ホスホルアミデート結合の切断を３７％ ＨＣｌで行い、線状化ＸｐａｎｄｏｍｅｒをＱＩＡｑｕｉｃｋカラム（ＱＩＡＧＥＮ，Ｉｎｃ．）で精製する。

【0250】

配列決定のために、２Ｍ ＮＨ_４Ｃｌ及び１００ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）を含有する緩衝液Ｂ１中のＤＰｈＰＥ／ヘキサデカン二重層メンバーにα－溶血素を挿入することによって、タンパク質ナノポアを調製する。シスウェルを、０．４Ｍ ＮＨ_４Ｃｌ、０．６Ｍ ＧｕＣｌ、及び１００ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４を含有する緩衝液Ｂ２で灌流する。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ試料を７０℃に２分間加熱し、完全に冷却し、次いで、試料２μＬをシスウェルに添加する。次いで、９０ｍＶ／３９０ｍＶ／１０μｓの電圧パルスを印加し、Ｌａｂｖｉｅｗ取得ソフトウェアを用いてデータを取得する。

【0251】

配列データは、単一のＳＢＸ反応からの配列リードの集団のヒストグラム表示によって分析される。解析ソフトウェアは、各配列リードを鋳型の配列に整列し、正しい鋳型配列と整列しないリードの末端の配列の範囲をトリミングする。

【0252】

一実施形態では、本開示は、ＸＮＴＰ重合の増強の精度を高める方法であって、本明細書に開示されるＰＥＭを上記のＤＮＡ重合反応に添加することを含む方法を提供する。

【0253】

一実施形態では、本開示はキットを提供し、キットは本明細書に記載の方法で使用することができる。キットは、本開示の少なくとも１つの化合物、並びにａ）分子クラウディング剤、ｂ）水性緩衝液、ｃ）ポリメラーゼなどのタンパク質、ｄ）例えばプライマーとして機能し得るポリヌクレオチド、及び／又は、例えば鋳型として機能し得るポリヌクレオチドの１つ以上を含む。

【0254】

例えば、１つの実施形態において、本開示は、核酸鋳型を配列決定するためのキットを提供する。キットは、本開示の少なくとも１つの化合物及びヌクレオチド類似体の混合物を含む。本開示の化合物は、鋳型依存性重合反応中に娘鎖に組み込まれるヌクレオチド類似体の数及び精度を、本開示の少なくとも１つの化合物が存在しない同一の重合反応と比較して増加させるために使用され得る。任意に、ヌクレオチド類似体の混合物は、ヌクレオシドトリホスホルアミデートを含み、ヌクレオシドトリホスホルアミデートのそれぞれは、アデニン、グアニン、チミン、及びシトシンからなる群から選択される核酸塩基と、ポリマーつなぎ鎖部分とを含み、ポリマーつなぎ鎖部分の第１末端は核酸塩基に結合し、ポリマーつなぎ鎖部分の第２末端はヌクレオシドトリホスホルアミデートのαリン酸に結合して、ホスホルアミデート結合の切断によってヌクレオチド類似体の拡張を提供する。任意に、ヌクレオチド類似体の混合物は、検出可能な標識を含むヌクレオチド類似体を含み、検出可能な標識は、発光、化学発光、蛍光、発蛍光、発色団又は発色性標識からなる群から選択される光学的に検出可能な標識である。任意に、キットは、トリスＯＡｃ、ＮＨ４ＯＡｃ、ＰＥＧ、水混和性有機溶媒（ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ－メチル－２－ピロリドン（ＮＭＰ）、アセトンなど）、ポリリン酸６０、ＮＭＳ及びＭｎＣｌ_２を含む水性緩衝液を含む。任意に、キットは一本鎖結合タンパク質を含む。任意に、キットは尿素を含む。任意に、キットは、これらの成分の２つ以上、例えば、３つ若しくは４つ、又は指定された成分の全てを含む。

【0255】

化合物は、当業者に公知の方法によって調製することができ、そのような方法は、様々な参考書及びデータベースによって特定することができる。本開示の化合物の調製において有用な反応物の合成を詳述する、又は調製を記載する論文への参考文献を提供する、適切な参考書及び論文は、例えば、「Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ；Ｓ．Ｒ．Ｓａｎｄｌｅｒら、「Ｏｒｇａｎｉｃ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｒｏｕｐ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｓ」２ｎｄ Ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８３；Ｈ．Ｏ．Ｈｏｕｓｅ，「Ｍｏｄｅｍ Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ」２ｎｄ Ｅｄ．，Ｗ．Ａ．Ｂｅｎｊａｍｉｎ，Ｉｎｃ．Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，Ｃａｌｉｆ １９７２；Ｔ．Ｌ．Ｇｉｌｃｈｒｉｓｔ，「Ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」２ｎｄ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２；Ｊ．Ｍａｒｃｈ，「Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ」４ｔｈ Ｅｄ．，Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２を含む。本開示の化合物の調製において有用な反応物の合成を詳述する、又は調製を記載する論文への参考文献を提供する、さらに適切な参考書及び論文としては、例えば、以下が挙げられる：Ｆｕｈｒｈｏｐ，Ｊ．ａｎｄ Ｐｅｎｚｌｉｎ Ｇ．「Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ｃｏｎｃｅｐｔｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｓｔａｒｔｉｎｇ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ」Ｓｅｃｏｎｄ，Ｒｅｖｉｓｅｄ ａｎｄ Ｅｎｌａｒｇｅｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９４）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ ＩＳＢＮ：３－５２７－２９０７４－５Ｈｏｆｆｍａｎ，Ｒ．Ｖ．「Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ａｎ Ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ Ｔｅｘｔ」（１９９６）Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，ＩＳＢＮ ０－１９－５０９６１８－５；Ｌａｒｏｃｋ，Ｒ．Ｃ．「Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｒｏｕｐ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｓ」２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９９）Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ，ＩＳＢＮ：０－４７１－１９０３１－４；Ｍａｒｃｈ，Ｊ．「Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ：Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ，ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ」４ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９２）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＩＳＢＮ：０－４７１－６０１８０－２；Ｏｔｅｒａ，Ｊ．（ｅｄｉｔｏｒ）「Ｍｏｄｅｒｎ Ｃａｒｂｏｎｙｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」（２０００）Ｗｉｌｅｙ－ＶＣＨ，ＩＳＢＮ：３－５２７－２９８７１－１；Ｐａｔａｉ，Ｓ．「Ｐａｔａｉ’ｓ １９９２ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｒｏｕｐｓ」（１９９２）Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ ＩＳＢＮ：０－４７１－９３０２２－９；Ｑｕｉｎ，Ｌ．Ｄら、「Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｏｒｇａｎｏｐｈｏｓｐｈｏｒｕｓ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」（２０００）Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ＩＳＢＮ：０－４７１－３１８２４－８；Ｓｏｌｏｍｏｎｓ，Ｔ．Ｗ．Ｇ．「Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」７ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（２０００）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＩＳＢＮ：０－４７１－１９０９５－０；Ｓｔｏｗｅｌｌ，Ｊ．Ｃ．，「Ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ（１９９３）Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ＩＳＢＮ：０－４７１－５７４５６－２；「Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ：Ｓｔａｒｔｉｎｇ Ｍａｔｅｒｉａｌｓ ａｎｄ Ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅｓ：Ａｎ Ｕｌｌｍａｎｎ’ｓ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ」（１９９９）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，ＩＳＢＮ：３－５２７－２９６４５－Ｘ（８巻）；「Ｏｒｇａｎｉｃ Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ」（１９４２－２０００）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（５５巻以上）；及び「Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｇｒｏｕｐｓ」Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（７３巻）。

【実施例】

【0256】

表１に示す化合物を、本明細書に開示される一般的な実施例に従って調製した。

【0257】

材料及び方法４－アジドサリチル酸及び２，６－ジブロモ－４－ピリジンカルボン酸は、Ｔｏｒｏｎｔｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（トロント、オンタリオ州、カナダ）から入手した。４－アジド－２－（トリフルオロメチル）安息香酸、３－アミノ－５－ヒドロキシ安息香酸及び４－アミノイソフタル酸は、Ｍａｔｒｉｘ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（米国サウスカロライナ州コロンビア）から入手した。３－アミノ－６－（トリフルオロメチル）安息香酸塩酸塩、１－（４－アミノフェニル）－２，２，２－トリフルオロエタン－１－オン、メチルグリシルグリシネート塩酸塩、３，３，３－トリフルオロプロパン－１－アミン及びジエチル３－アミノプロパン－１－イルホスホネートは、Ｅｎａｍｉｎｅ ＬＬＣ（米国ニュージャージー州のＭｏｎｍｏｕｔｈ Ｊｕｎｃｔｉｏｎ）から入手した。トリス［（１－ベンジル－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）メチル］アミン（ＴＢＴＡ）、Ｏ－（７－アザベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、１，３－ジエチニルベンゼン、２，６－ジエチニルピリジン、３，５－ジエチニルピリジン、３，６－ジエチニルカルバゾール、４－アジド安息香酸、シクロプロピルアミン、６－アミノ－２－ナフトエ酸、４－アミノフタル酸、４－アミノ－３－ヒドロキシ安息香酸、４－アミノ－２－メチル安息香酸、４－アミノ－２，３，５，６－テトラフルオロ安息香酸、４－アミノ－２－ニトロ安息香酸、ｎ－（２－アミノエチル）アセトアミド、４－（アミノフェニル）ホスホン酸、２，６－ジクロロ－９Ｈ－プリン、アスパラギン酸ジメチル塩酸塩、４－アミノ－２－（トリフルオロメチル）ベンゾニトリル、３，５－ジアミノ安息香酸及び２，５－ジブロモフランは、ＴＣＩ Ａｍｅｒｉｃａ（アメリカ合衆国オレゴン州ポートランド）から入手した。４－メトキシ－２，６－ジブロモピリジン、４－ニトロ－２，６－ジブロモピリジン及び２，６－ジブロモ－４－ピリジンカルボン酸、メチルグリシネート塩酸塩は、Ｃｈｅｍ－Ｉｍｐｅｘ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｗｏｏｄ Ｄａｌｅ、イリノイ州）から入手した。テトラキス（トリフェニルホスフィン）パラジウム（０）、エチニルトリメチルシラン、ＤＭＳＯ、ＤＭＦ、ＭｅＯＨ、ＥｔＯＡｃ、アスコルビン酸ナトリウム、硫酸銅、ジイソプロピルアミン、ＥＤＴＡ、モルホリン、ジエチルアミン、水酸化アンモニウム、エチルアミン、エタノール、アゼチジン、ｎ－エチル－ｎ－エチルアミン、メチル２，６－ジクロロピリジン－４－カルボキシレート、エチル２，６－ジブロモピリジン－４－カルボキシレート、４－メチル－２，６－ジクロロピリジン、２－クロロ－４－シアノピリジン、４－アミノ－２－（トリフルオロメチル）安息香酸、２－ブロモ－４－シアノピリジン、メチルアジドアセテート、４－アジドアニリン塩酸塩、４－メトキシフェニルアジド４－アミノ－２－フルオロ安息香酸、ｎ－ブチルアミン、３－アミノ－５－（トリフルオロメチル）安息香酸、３－（４－アミノフェニル）プロピオン酸、４－（４－アミノフェニル）－酪酸、４－アミノ－２－メトキシ安息香酸、２－アミノ－３－（トリフルオロメチル）安息香酸、アミノエタノール、１，４－ジアミノブタン及び２，５－ジブロモチオフェンは、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ Ｃｏｒｐ．（米国ミズーリ州セントルイス）から入手した。ＴＬＣ及びフラッシュクロマトグラフィ溶媒は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ又はＴｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｃ．（米国マサチューセッツ州ウォルサム）から入手した。

【0258】

フラッシュクロマトグラフィは、Ｂｕｃｈｉ Ｃｏｒｐ．（ニューキャッスル、デラウェア州）製のＲｅｖｅｌｅｒｉｓ Ｐｒｅｐ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍで行った。このシステムに、Ｓｏｒｂｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ（ノークロス、ジョージア州）からのＣ１８球状シリカゲル（カタログ番号７６６４６－０１）が充填され、ポリプロピレンフリットでシールされた手充填カラム（直径２．３ｃｍ×高さ８ｃｍ）を取り付けた。１～１．５ｍＬの試料をカラムのヘッドに直接ローディングした。移動相は、水（Ａ）及びアセトニトリル（Ｂ）であった。２分で０～２％Ｂの勾配、続いて２８ｍｌ／分の流量で２０分で２～１００％Ｂの勾配。ＵＶを２２０ｎｍ、２６０ｎｍ及び２８０ｎｍでモニターした。画分を０．１ＡＵのＵＶ閾値で収集した。薄層クロマトグラフィを、ＥＭＤ Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｃｏｒｐ．（米国マサチューセッツ州ビリレカ）からのアルミニウムで裏打ちされたＴＬＣシリカゲル６０ Ｆ２５４（カタログ番号１．０５５３４．０００１）を用いて行った。ＥＳＩ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃは、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ ＰＥ－ＳＣＩＥＸ ＡＰＩ－１５０質量分析計を正モード及び負モードで使用して、Ｎｕｍｅｇａ Ｒｅｓｏｎａｎｃｅ Ｌａｂ（米国カリフォルニア州サンディエゴ）によって実施した。

【表1-1】

【表1-2】

【表1-3】

【表1-4】

【表1-5】

【表1-6】

【表1-7】

【表1-8】

【表1-9】

【表1-10】

【表1-11】

【表1-12】

【表1-13】

【表1-14】

【表1-15】

【表1-16】

【表1-17】

【表1-18】

【表1-19】

【表1-20】

【表1-21】

【表1-22】

【表1-23】

【表1-24】

【表1-25】

【表1-26】

【表1-27】

【表1-28】

【表1-29】

【表1-30】

実施例１
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化69】

【0259】

ＤＭＳＯ（１５０μＬ）中、４－アジドサリチル酸Ｂ（１．７９ｍｇ、１０μｍｏｌ）及び２，６－ジエチニルピリジンＡ（０．６７ｍｇ、５μｍｏｌ）を混合することによって、化合物１を調製した。この溶液を、ＤＭＳＯ（９５μＬ）中のＴＢＴＡ（５．１ｍｇ、０．９６μｍｏｌ）及びアスコルビン酸ナトリウム（６．４ｍｇ、３２μｍｏｌ）の溶液と混合した。撹拌しながら２０Ｍｍの硫酸銅（５μＬ）を添加することによってクリック反応を開始した。反応の程度をＴＬＣ（９４：５：１酢酸エチル：メタノール：酢酸）によって分析し、アジド及びアルキンの消費に基づいて反応を５分で完了した。ＤＭＳＯ及び０．５Ｍ ＥＤＴＡ（１００μＬ）を用いて反応混合物の体積を１Ｍｌにした。固体を単離し、さらなるＤＭＳＯに溶解した。ＤＭＳＯ溶液を合わせ、材料及び方法において上記に記載したように、フラッシュクロマトグラフィによって精製した。産物は、回転蒸発時にガラス状固体を５０～７５％の収率で形成した。^１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δｐｐｍ ３．２９（２Ｈ，ｂｒ．Ｓ．，（Ｏ（１８）Ｈ 及びＯ（３３）Ｈ）），７．１７－７．２９（４Ｈ，ｍ，（Ｃ（７）Ｈ，Ｃ（１１）Ｈ，Ｃ（２８）Ｈ，Ｃ（３２）Ｈ））７．８５（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝８．１１（Ｃ（１０）Ｈ及びＣ（３１）Ｈ）），８．０６（３Ｈ，ｓ，（Ｃ（１５）Ｈ，Ｃ（１６）Ｈ，Ｃ（１７）Ｈ））９．３６（２Ｈ，ｓ，（Ｃ（５）Ｈ及びＣ（２５）Ｈ））。
実施例２
４，４’－（ピリジン－３，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化70】

【0260】

実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及び３，５－ジエチニルピリジンＣを用いて化合物２を調製した。^１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ｐｐｍ ３．２９（２Ｈ，ｂｒ．Ｓ．，（Ｏ（１８）Ｈ及びＯ（３３）Ｈ））７．１７－７．２９（４Ｈ，ｍ，（Ｃ（７）Ｈ，Ｃ（１１）Ｈ，Ｃ（２８）Ｈ，Ｃ（３１）Ｈ））７．８５（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝８．１１Ｈｚ，（Ｃ（１０）Ｈ及びＣ（３１）Ｈ））８．０６（３Ｈ，ｓ，，（Ｃ（１３）Ｈ，Ｃ（１５）Ｈ，Ｃ（１７）Ｈ））９．３６（２Ｈ，ｓ，（Ｃ（５）Ｈ及びＣ（２５）Ｈ））。
実施例３
４，４’－（１，３－フェニレンビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化71】

【0261】

実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及び１，３－ジエチニルベンゼンＤを用いて化合物３を調製した。^１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ｐｐｍ ３．２９（２Ｈ，ｂｒ．Ｓ．，（Ｏ（１８）Ｈ及びＯ（３３）Ｈ））７．１６－７．２７（４Ｈ，ｍ，（Ｃ（７）Ｈ，Ｃ（１１）Ｈ，Ｃ（２８）Ｈ，Ｃ（３２）Ｈ））７．５７－７．６７（１Ｈ，ｍ，（Ｃ（１６）Ｈ））７．８０－７．８８（２Ｈ，ｍ，（Ｃ（１０）Ｈ及びＣ（３１）Ｈ））７．９４（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝７．６３Ｈｚ，（Ｃ（１５）Ｈ及びＣ（１７）Ｈ）８．５７（１Ｈ，ｓ，（Ｃ（１３）Ｈ））９．３５（２Ｈ，ｓ，（Ｃ（５）Ｈ及びＣ（２５）Ｈ）。
実施例４
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化72】

【0262】

実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及び３，６－ジエチニルカルバゾールＥを用いて化合物４を調製した。^１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ－ｄ６）δ ｐｐｍ ３．２９（２Ｈ，ｂｒ．Ｓ．，（Ｏ（２５）Ｈ及びＯ（４０）Ｈ））７．１６－７．２７（４Ｈ，ｍ，（Ｃ（７）Ｈ，Ｃ（１１）Ｈ，Ｃ（３５）Ｈ，Ｃ（３９）Ｈ））７．６１（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝８．３４Ｈｚ，（Ｃ（１０）Ｈ及びＣ（３８）Ｈ））７．８４（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝７．８７Ｈｚ，（Ｃ（２２）Ｈ及びＣ（２４）Ｈ））８．０２（２Ｈ，ｄ，Ｊ＝８．３４Ｈｚ，（Ｃ（２１）Ｈ及びＣ（２３）Ｈ））８．７９（２Ｈ，ｓ，（Ｃ（１３）Ｈ及びＣ（１９）Ｈ））９．２８（２Ｈ，ｓ，（Ｃ（５）Ｈ及びＣ（３２）Ｈ））１１．５３（１Ｈ，ｓ，（Ｎ（１６）Ｈ）。
実施例５
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアニリンの合成

【化73】

【0263】

実施例１の方法に従って、４－アジドアニリン塩酸塩Ｆ及び３，６－ジエチニルカルバゾールＥを用いて化合物５を調製した。
実施例６
４，４’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））二安息香酸の合成

【化74】

【0264】

実施例１の方法に従って４－アジド安息香酸Ｇ及び３，６－ジエチニルカルバゾールＥを用いて化合物６を調製した。
実施例７
３，６－ビス（１－（４－メトキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－９Ｈ－カルバゾールの合成

【化75】

【0265】

実施例１の方法に従って４－アジドアニソールＨ及び３，６－ジエチニルカルバゾールＥを用いて化合物７を調製した。
実施例８
ジメチル２，２’－（（９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジアセテートの合成

【化76】

【0266】

実施例１の方法に従って、メチルアジドアセテートＩ及び３，６－ジエチニルカルバゾールＥを用いて化合物８を調製した。
実施例９
４，４’－（（４－メトキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化77】

【0267】

化合物９の調製は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して４－メトキシ－２，６－ジブロモピリジン及びエチニルトリメチルシランから４－メトキシ－２，６－ジエチニルピリジンＪを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び化合物Ｊをクリックすることによって、化合物９の合成を完了した。
実施例１０
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化78】

【0268】

化合物１０の調製は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して４－シアノ－２，６－ジブロモピリジン及びエチニルトリメチルシランから４－シアノ－２，６－ジエチニルピリジンＫを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び化合物Ｋをクリックすることによって、化合物１０の合成を完了した。
実施例１１
４，４’－（（４－ニトロピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化79】

【0269】

化合物１１の調製は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して４－ニトロ－２，６－ジブロモピリジン及びエチニルトリメチルシランから４－ニトロ－２，６－ジエチニルピリジンＬを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び化合物Ｌをクリックすることによって、化合物１１の合成を完了した。
実施例１２
５，５’－（（４－シアノピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化80】

【0270】

実施例１０の方法に従って、５－アジドサリチル酸Ｍ及び４－シアノ－２，６－ジエチニルピリジンＫを用いて化合物１２を調製した。
実施例１３
４，４’－（（４－メチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化81】

【0271】

化合物１３は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して４－メチル－２，６－ジエチニルピリジンＮを４－メチル－２，６－ジクロロピリジン及びエチニルトリメチルシランから合成することによって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び４－メチル－２，６－ジエチニルピリジンＮをクリックすることによって、化合物１１の合成を完了した。
実施例１４
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化82】

【0272】

化合物１４は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して、エチル２，６－ジブロモピリジン－４－カルボキシレート及びエチニルトリメチルシランからエチル２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＯを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及びエチル２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＯをクリックすることによって、化合物１４の合成を完了した。
実施例１５
５，５’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化83】

【0273】

実施例１４の方法に従ってクリックした５－アジドサリチル酸Ｍ及びエチル２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＯを使用して、化合物１５を調製した。
実施例１６
４，４’－（（４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化84】

【0274】

化合物１６は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して、メチル２，６－ジクロロピリジン－４－カルボキシレート及びエチニルトリメチルシランからメチル２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＰを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及びエチル２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＰをクリックすることによって、化合物１６の合成を完了した。
実施例１７
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化85】

【0275】

化合物１７の合成を、２，６－ジブロモ－４－ピリジンカルボン酸（０．２ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）、ＤＩＰＥＡ（０．１８ｇ、１．４２ｍｍｏｌ）及びＨＡＴＵ（０．２７ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（９００μｌ）中で混合することによって開始した。エチルアミン（０．１５４ｍｌ、１．７８ｍｍｏｌ）を直ちに添加し、１時間混合した。反応をＴＬＣによって完了させ、酢酸エチル／ヘキサンの勾配を使用するシリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィによって精製した。Ｎ－エチル－２，６－ジブロモ－４－カルボキサミドを黄色固体として収率６９％で単離した。実施例１６に記載の薗頭法を使用して、エチルトリメチルシランを用いてＮ－エチル－２，６－ジエチニル－４－カルボキサミドＱを調製した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及びＮ－エチル－２，６－ジエチニル－４－カルボキサミドＱをクリックすることによって、化合物１７の合成を完了した。
実施例１８
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化86】

【0276】

メチルアミンを用いて化合物１８を調製して、実施例１７の方法に従ってアミドを形成した。
実施例１９
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化87】

【0277】

アンモニアを用いて化合物１９を調製して、実施例１７の方法に従ってアミドを形成した。
実施例２０
４，４’－（ピラジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化88】

【0278】

化合物２０を、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７））によって記載された薗頭法を使用して、２，６－ジクロロピラジン及びエチニルトリメチルシランからの２，６－ジエチニルピラジンＴの合成によって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び２，６－ジエチニルピラジンＴをクリックすることによって化合物２０の合成を完了した。
実施例２１
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化89】

【0279】

化合物７３の合成は、４－アミノ－２－（トリフルオロメチル）安息香酸の亜硝酸ナトリウム及び硫酸によるジアゾ化から開始し、続いてアジドによる求核置換（Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．１９４２，２２，９６）によって４－アジド－２－（トリフルオロメチル）安息香酸（Ｕ）を形成し、これをフラッシュクロマトグラフィによって精製した。実施例１に従って４－アジド－２－（トリフルオロメチル）安息香酸Ｕ及びＮ－エチル－２，６－ジエチニル－４－カルボキサミドＱをクリックすることによって、化合物７３の合成を完了した。
実施例２２
７，７’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸）の合成

【化90】

【0280】

化合物７４の合成は、７－アミノ－２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸を亜硝酸ナトリウム及び硫酸でジアゾ化し、続いてアジドで求核置換して（Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．１９４２，２２，９６）、７－アジド－２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸（Ｖ）を形成し、これをフラッシュクロマトグラフィで精製して開始した。実施例１に従って７－アジド－２－ヒドロキシ－１，８－ナフチリジン－４－カルボン酸Ｖ及びＮ－エチル－２，６－ジエチニル－４－カルボキサミドＱをクリックすることによって、化合物７４の合成を完了した。
実施例２３
４－（４－（３－（１－（４－カルボキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸の合成

【化91】

【0281】

化合物２８の合成を二工程で完了した。まず、実施例３の方法に従って、２，６－ジエチニルベンゼンＤを、半分の１４０イリジン１４０エトリック量の４－アジドサリチル酸Ｂでクリックして、４－（４－（３－エチニルフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸を調製した。第２の工程は、実施例１の方法に従って４－アジド安息香酸Ｇをクリックして、４－（４－（３－（１－（４－カルボキシフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸２８を得た。
実施例２４
４－（４－（４－シアノピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ安息香酸の合成

【化92】

【0282】

化合物４３の調製は、薗頭（Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．，６５３：４６－４９（２００２）．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｓ００２２－３２８ｘ（０２）０１１５８－０）によって記載される条件を使用して４－シアノ－２－クロロピリジン及びエチニルトリメチルシランから４－シアノ－２－エチニルピリジンＷを合成することによって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び化合物Ｗをクリックすることによって、化合物４３の合成を完了した。
実施例２５
４，４’－（（ピリジン－２，６－ジイル）ビス（５－ヨード－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化93】

【0283】

化合物３１の調製は、Ｔｅｐｐｅｒらの方法（Ｏｒｇ．Ｌｅｔｔ．，２０１５，１７（２３），ｐｐ ５７４０－５７４）に従って２，６－ジエチニルピリジンＡから２，６－ビス（ヨードエチニル）ピリジンＸの合成から開始し、ｎ－ヨードスクシンイミド及び硝酸銀による処理及びフラッシュクロマトグラフィによる単離を含んだ。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び化合物Ｘをクリックすることによって、化合物３１の合成を完了した。
実施例２６
４，４’－（（３，５－ジメチルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化94】

【0284】

化合物３０を、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７））によって記載された薗頭法を使用して、２，６－ジブロモ－３，５－ジメチルピリジン及びエチニルトリメチルシランからの２，６－ジエチニル－３，５－ジメチルピリジンＹの合成によって開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び２，６－ジエチニル－３，５－ジメチルピリジンＹをクリックすることによって、化合物３０の合成を完了した。
実施例２７
４，４’－（（９－アセチル－９Ｈ－カルバゾール－３，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化95】

【0285】

化合物３３は、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７））によって記載された薗頭法を使用して、９－アセチル－３，６－ジヨードカルバゾール及びエチニルトリメチルシランから９－アセチル－３，６－ジエチニルカルバゾールＺを合成することによって開始した。化合物３３の合成は、実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び９－アセチル－３，６－ジエチニルカルバゾールＺをクリックすることによって完了した。
実施例２８
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミド）の合成

【化96】

【0286】

化合物３４の合成は、ＤＭＦ（７２ ｕｌ）中、Ｎ－ヒドロキシスクシンイミド４－アジドサリチレート（４０ｍｇ、０．１４５ｍｍｏｌ）を混合することから開始し、これにヒドロキシルアミン塩酸塩（３０ｍｇ、０．４３ｍｍｏｌ）を含む水（７２ ｕｌ）を添加し、一晩混合した。生成物をＴＬＣによって検出し、反応物を、塩化メチレン及びメチレン１４４イリジン－ＭｅＯＨの勾配を使用するシリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィによって精製した。４－アジド－Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミドＡＡを収率５７％で単離した。実施例１の方法に従って４－アジド－Ｎ，２－ジヒドロキシベンズアミドＡＡ及び２，６－ジエチニルピリジンＡをクリックすることによって、化合物３４の合成を完了した。
実施例２９
５－（４－（６－（４－（３－カルボキシ－４－ヒドロキシ－５－メチルフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－４－（メトキシカルボニル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸の合成

【化97】

【0287】

化合物４４の合成は、５－アミノ－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸の亜硝酸ナトリウム及び硫酸によるジアゾ化から開始し、続いてアジドによる求核置換（Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．１９４２，２２，９６）によって５－アジド－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸（ＢＢ）を形成し、これをフラッシュクロマトグラフィによって精製した。実施例１に従って、５－アジド－２－ヒドロキシ－３－メチル安息香酸ＢＢを２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＰでクリックすることによって、化合物４４の合成を完了した。
実施例３０
４，４’－（（４－（ブタ－３－イン－１－イルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化98】

【0288】

化合物４７の合成を、２，６－ジブロモ－４－ピリジンカルボン酸（０．２ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）、ＤＩＰＥＡ（０．１８ｇ、１．４２ｍｍｏｌ）及びＨＡＴＵ（０．２７ｇ、０．７１ｍｍｏｌ）をＤＭＦ（９００μｌ）中で混合することによって開始した。ブチニルアミン（０．１５４ｍｌ、１．７８ｍｍｏｌ）を直ちに添加し、１時間混合した。反応をＴＬＣによって完了させ、酢酸エチル／ヘキサンの勾配を使用するシリカゲルでのフラッシュクロマトグラフィによって精製した。Ｎ－（ブタ－３－イン－１－イル）－２，６－ジブロモイソニコチンアミドを固体として単離した。実施例１６に記載の薗頭法を用いて、エチルトリメチルシランを用いてＮ－（ブタ－３－イン－１－イル）－２，６－ジエチニルイソニコチンアミドＣＣを作製した。実施例１の方法に従って、４－アジドサリチル酸Ｂ及びＮ－（ブタ－３－イン－１－イル）－２，６－ジエチニルイソニコチンアミドＣＣをクリックすることによって、化合物４７の合成を完了した。
実施例３１
４，４’－（ナフタレン－２，７－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化99】

【0289】

化合物６３を、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７））によって記載された薗頭法を使用して、２，７－ジブロモナフタレン及びエチニルトリメチルシランからの２，７－ジエチニルナフタレンＤＤの合成から開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び２，７－ジエチニルナフタレンＤＤをクリックすることによって、化合物６３の合成を完了した。
実施例３２
４，４’－（ナフタレン－２，３－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化100】

【0290】

化合物６４を、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７）によって記載された薗頭法を使用して、２，３－ジブロモナフタレン及びエチニルトリメチルシランからの２，３－ジエチニルナフタレンＥＥの合成から開始した。実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及び２，３－ジエチニルナフタレンＥＥをクリックすることによって、化合物６４の合成を完了した。
実施例３３
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化101】

【0291】

化合物７１を、Ｂｈｏｗｍｉｃｋ，Ｓ．ら（Ａｐｐ．Ｏｒｇａｎｏｍｅｔ．Ｃｈｅｍ．３１（１２）：ｅ３８２４（２０１７））によって記載された薗頭法を使用して、２，６－ジブロモ－４－ピリジンカルボン酸及びエチニルトリメチルシランからの２，６－ジエチニル－４－ピリジンカルボン酸の合成によって開始した。２，６－ジエチニル－４－ピリジンカルボン酸をＨＡＴＵ、ＤＩＰＥＡ及び１，４－ジアミノブタンで処理して、フラッシュクロマトグラフィによる単離後にＮ，Ｎ’－（ブタン－１，４－ジイル）ビス（２，６－ジエチニルイソニコチンアミド）（ＦＦ）を得た。化合物７１の合成は、実施例１の方法に従って４－アジドサリチル酸Ｂ及びＮ，Ｎ’－（ブタン－１，４－ジイル）ビス（２，６－ジエチニルイソニコチンアミド）（ＦＦ）をクリックすることによって完了した。
実施例３４
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３，５，６－トリクロロピコリン酸）の合成

【化102】

【0292】

化合物７２の合成を、４－アミノ－３，５，６－トリクロロピリジン－２－カルボン酸の亜硝酸ナトリウム及び硫酸によるジアゾ化、引き続いてアジによる求核置換ド（Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．１９４２，２２，９６）によって開始して、４－アジド－３，５，６－トリクロロピリジン－２－カルボン酸（ＧＧ）を形成し、これをフラッシュクロマトグラフィによって精製した。実施例１に従って、４－アジド－３，５，６－トリクロロピリジン－２－カルボン酸ＧＧをＮ－エチル－２，６－ジエチニル－４－カルボキサミドＱでクリックすることによって、化合物７２の合成を完了した。
実施例３５
４，４’－（（４－（メチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化103】

【0293】

Ｎ－メチル－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＨＨを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とメチルアミンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物７９を、ジエチニルＨＨ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物７９の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２７Ｈ_１６Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６４６．４７；実測値：６４５［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例３６
４，４’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化104】

【0294】

Ｎ－モルホリノ－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＩＩを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とモルホリンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８０を、ジエチニルＩＩ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８０の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ３０Ｈ２０Ｆ６Ｎ８Ｏ６の計算値７０２．５３；実測値：７０１．１［Ｍ－Ｈ＋］
実施例３７
４，４’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化105】

【0295】

Ｎ，Ｎ－ジエチルアミノ－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＪＪを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とＮ，Ｎ－ジエチルアミンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８１を、ジエチニルＪＪ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８１の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３０Ｈ_２２Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６８８．５５；実測値：６８７［Ｍ＋Ｈ］^＋。
実施例３８
４，４’－（（４－カルバモイルピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化106】

【0296】

２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＫＫを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とアンモニアとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８２を、ジエチニルＫＫ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８２の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_１４Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６３２．４４；実測値：６３１．１［Ｍ＋Ｈ］^＋。
実施例３９
４，４’－（（４－（エトキシカルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化107】

【0297】

エチル－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキシレートＯ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して化合物８３を作製した。化合物８３の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１７Ｆ_６Ｎ_７Ｏ_６の計算値６６１．４８；実測値：６５９．９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４０
４，４’－（（４－（アゼチジン－１－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化108】

【0298】

Ｎ－アゼチジニル－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＬＬを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とアゼチジンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８４を、ジエチニルＬＬ及びアジドＢを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８４の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２７Ｈ_２０Ｎ_８Ｏ_７の計算値５６８．５１；実測値：５６７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４１
４，４’－（（４－（エチル（メチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化109】

【0299】

Ｎ－メチル－Ｎ－エチル－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＭＭを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とＮ－メチル－Ｎ－エチルアミンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８５を、ジエチニルＭＭ及びアジドＢを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８５の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２７Ｈ_２２Ｎ_８Ｏ_７の計算値５７０．５２；実測値：５６９．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４２
Ｎ－エチル－２，６－ビス（１－（４－（２，２，２－トリフルオロアセチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）イソニコチンアミドの合成

【化110】

【0300】

１－（４－アミノフェニル）－２，２，２－トリフルオロエタン－１－オンを亜硝酸ナトリウム及び硫酸でジアゾ化し、引き続いてアジドで置換して（Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．１９４２，２２，９６ ＤＯＩ：１０．１５２２７／ｏｒｇｓｙｎ．０２２．００９６）、１－（４－アジドフェニル）－２，２，２－トリフルオロエタン－１－オンＮＮを形成し、これをフラッシュクロマトグラフィによって精製した。化合物８６は、アジドＮＮ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物８６の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１８Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_３の計算値６２８．５；実測値：６２７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４３
４，４’－（ピリジン－２，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化111】

【0301】

化合物８７は、アジドＵ及び２，６－ジエチニルピリジンＡを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物８７の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２５Ｈ_１３Ｆ_６Ｎ_７Ｏ_４の計算値５８９．４１；実測値：５８８．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４４
４，４’－（（４－（シクロプロピルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化112】

【0302】

Ｎ－シクロプロピルアミド－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＯＯを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とシクロプロピルアミンとのＨＡＴＵカップリングを使用して、実施例１７に従って調製した。化合物８８を、ジエチニルＯＯ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８８の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２９Ｈ_１８Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６７２．５０；実測値：６７１．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４５
４，４’－（（４－（ブチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化113】

【0303】

Ｎ－ブチルアミド－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＰＰを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸と１－アミノブタンとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物８９を、ジエチニルＰＰ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物８９の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３０Ｈ_２２Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６８８．５５；実測値：６８７．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４６
５，５’－（（４－（ジエチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化114】

【0304】

５－アミノ－２－（トリフルオロメチル）安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、５－アジド－２－（トリフルオロメチル）安息香酸ＱＱを作製した。化合物９０は、アジドＱＱ及びジエチニルＪＪを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９０の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３０Ｈ_２２Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６８８．５５；実測値：６８７．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４７
５，５’－（（４－（モルホリン－４－カルボニル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化115】

【0305】

化合物９１は、アジドＱＱ及びジエチニルＩＩを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９１の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３０Ｈ_２０Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_６の計算値７０２．５３；実測値：７０１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４８
４，４’－（ピリダジン－３，６－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化116】

【0306】

３，６－ジブロモピリダジンを用いて、実施例９に記載の薗頭法に従って、３，６－ジエチニルピリダジンを調製した。化合物９２は、アジドＢ及び３，６－ジエチニルピリダジンを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９２の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２２Ｈ_１４Ｎ_８Ｏ_６の計算値４８６．１；実測値：４８５［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例４９
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化117】

【0307】

３－アミノ－５－（トリフルオロメチル）安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、３－アジド－５－（トリフルオロメチル）安息香酸ＲＲを作製した。化合物９３は、アジドＲＲ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９３の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１８Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６６０．４９；実測値：６５９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５０
４，４’－（（４－カルボキシピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化118】

【0308】

化合物９４は、アジドＵ及び２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸を用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９４の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_１３Ｆ_６Ｎ_７Ｏ_６の計算値６３３．４２；実測値：６３２［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５１
３，３’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））ジプロピオン酸の合成

【化119】

【0309】

３－（４－アミノフェニル）プロパン酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、３－（４－アジドフェニル）プロパン酸ＳＳを作製した。化合物９５は、アジドＳＳ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９５の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３０Ｈ_２８Ｎ_８Ｏ_５の計算値５８０．６１；実測値：５７９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５２
４，４’－（（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（４，１－フェニレン））二酪酸の合成

【化120】

【0310】

４－（４－アミノフェニル）ブタン酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－（４－アジドフェニル）ブタン酸ＴＴを作製した。化合物９６は、アジドＴＴ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９６の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３２Ｈ_３２Ｎ_８Ｏ_５の計算値６０８．６６；実測値：６０７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５３
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジフタル酸の合成

【化121】

【0311】

実施例２２に従って４－アミノフタル酸のジアゾ化を行い、４－アジドフタル酸ＵＵを作製した。化合物９７は、アジドＵＵ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９７の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_２０Ｎ_８Ｏ_９の計算値６１２．５２；実測値：６１１．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５４
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メトキシ安息香酸）の合成

【化122】

【0312】

４－アミノ－２－メトキシ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－２－メトキシ安息香酸ＶＶを作製した。化合物９８は、アジドＶＶ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９８の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_２４Ｎ_８Ｏ_７の計算値５８４．５５；実測値：５８３［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５５
５，５’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ジイソフタル酸の合成

【化123】

【0313】

実施例２２に従って４－アミノイソフタル酸のジアゾ化を行い、４－アジドイソフタル酸ＷＷを作製した。化合物９９は、アジドＷＷ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物９９の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_２０Ｎ_８Ｏ_９の計算値６１２．５２；実測値：６１１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５６
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－ヒドロキシ安息香酸）の合成

【化124】

【0314】

４－アミノ－３－ヒドロキシ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－３－ヒドロキシ安息香酸ＸＸを作製した。化合物１００は、アジドＸＸ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１００の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_２０Ｎ_８Ｏ_７の計算値５５６．５０；実測値：５５５．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５７
ジエチル（３－（４－（６－（１－（３－（ジエトキシホスホリル）プロピル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－４－（エチルカルバモイル）１６７イリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）プロピル）ホスホネートの合成

【化125】

【0315】

Ｏ，Ｏ－ジエチル（３－アミノプロピル）ホスホネートのジアゾ化を実施例２２に従って行い、Ｏ，Ｏ－ジエチル（３－アジドプロピル）ホスホネートＹＹを作製した。化合物１０１は、アジドＹＹ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０１の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_４２Ｎ_８Ｏ_７Ｐ_２の計算値６４０．６２；実測値：６３９．３［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５８
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－メチル安息香酸）の合成

【化126】

【0316】

４－アミノ－２－メチル安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アミノ－２－メチル安息香酸ＺＺを作製した。化合物１０２は、アジドＺＺ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０２の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_２４Ｎ_８Ｏ_５の計算値５５２．５５；実測値：５５１．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例５９
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化127】

【0317】

化合物１０３は、アジドＱ及び３，５－ジエチニル安息香酸を用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０３の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２７Ｈ_１４Ｆ_６Ｎ_６Ｏ_６の計算値６３２．４４；実測値：６３１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６０
２，２’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（３－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化128】

【0318】

２－アミノ－３－（トリフルオロメチル）安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、２－アジド－３－（トリフルオロメチル）安息香酸ＡＡＡを作製した。化合物１０４は、アジドＡＡＡ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０４の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１８Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_５の計算値６６０．４９；実測値：６５９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６１
４，４’－（（４－（（２－ヒドロキシエチル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化129】

【0319】

Ｎ－（２－ヒドロキシエチル）アミノ－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＢＢＢを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸とアミノエタノールとのＨＡＴＵカップリングを使用して実施例１７に従って調製した。化合物１０５を、ジエチニルＢＢＢ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１０５の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１８Ｆ_６Ｎ_８Ｏ_６の計算値６７６．４９；実測値：６７５［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６２
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－ニトロ安息香酸）の合成

【化130】

【0320】

４－アミノ－２－ニトロ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－２－ニトロ安息香酸ＣＣＣを作製した。化合物１０６は、アジドＣＣＣ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０６の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_１８Ｎ_１０Ｏ_９の計算値６１４．４９；実測値：６１３［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６３
４，４’－（（４－（（３，３，３－トリフルオロプロピル）カルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化131】

【0321】

Ｎ－（３，３，３－トリフルオロプロピル）－２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボキサミドＤＤＤを、２，６－ジエチニルピリジン－４－カルボン酸と３，３，３－トリフルオロプロパン－１－アミンとのＨＡＴＵカップリングを用いて実施例１７に従って調製した。化合物１０７を、ジエチニルＤＤＤ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１０７の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２９Ｈ_１７Ｆ_９Ｎ_８Ｏ_５の計算値７２８．４９；実測値：７２７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６４
４，４’，４’’，４’’’－（（（（ブタン－１，４－ジイルビス（アザンジイル））ビス（カルボニル））ビス（ピリジン－４，２，６－トリイル））テトラキス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））テトラキス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化132】

【0322】

化合物１０８を、ジエチニルＦＦ及びアジドＵを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１０８の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_５６Ｈ_３４Ｆ_１２Ｎ_１６Ｏ_１０の計算値１３１８．９７；実測値：１３１６．９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６５
（４－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（４－ホスホノフェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）１７４イリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）フェニル）ホスホン酸の合成

【化133】

【0323】

（４－アミノフェニル）ホスホン酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、（４－アジドフェニル）ホスホン酸ＥＥＥを作製した。化合物１０９は、アジドＥＥＥ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１０９の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２４Ｈ_２２Ｎ_８Ｏ_７Ｐ_２の計算値５９６．４４；実測値：５９５［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６６
２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））二酢酸の合成

【化134】

【0324】

メチル（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）グリシンＦＦＦを、アジドＵをメチルグリシネートとカップリングさせて実施例１７に記載されるＨＡＴＵ縮合方法に従って調製した。メチルエステルＦＦＦを１Ｎ ＮａＯＨでけん化した後、中和して、（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）グリシンＧＧＧを得た。化合物１１０を、ジエチニルＱ及びアジドＧＧＧを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１１０の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３２Ｈ_２４Ｆ_６Ｎ_１０Ｏ_７の計算値７７４．６０；実測値：７７３［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６７
ジメチル２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジアセテートの合成

【化135】

【0325】

化合物１１１は、アジドＦＦＦ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１１の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３４Ｈ_２８Ｆ_６Ｎ_１０Ｏ_７の計算値８０２．６５；実測値：８０１．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６８
（２Ｓ，２’Ｓ）－２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ジコハク酸の合成

【化136】

【0326】

（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）アスパルテートＨＨＨを、アジドＵをジメチルアスパルテートとカップリングさせて実施例１７に記載されるＨＡＴＵ縮合方法に従って調製して、ジメチル（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）アスパルテートを得た。ジメチルエステルを１Ｎ ＮａＯＨでけん化した後、中和してＨＨＨを得た。化合物１１２を、ジエチニルＱ及びアジドＨＨＨを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１１２の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３６Ｈ_２８Ｆ_６Ｎ_１０Ｏ_１１の計算値８９０．６７；実測値：８８９［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例６９
２，２’－（（２，２’－（（４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル）ビス（２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル））ビス（アザンジイル））ビス（アセチル））ビス（アザンジイル））二酢酸の合成

【化137】

【0327】

（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）グリシルグリシンＩＩＩを、アジドＵをメチル－グリシルグリシネートとカップリングさせて実施例１７に記載のＨＡＴＵ縮合方法に従って調製した。メチルエステルを１Ｎ ＮａＯＨでけん化した後、中和して、（４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾイル）－グリシルグリシンＩＩＩを得た。化合物１１３を、ジエチニルＱ及びアジドＩＩＩを用いて実施例１の銅クリック法を使用して、作製した。化合物１１３の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_３６Ｈ_３０Ｆ_６Ｎ_１２Ｏ_９の計算値８８８．７０；実測値：８８７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７０
２，６－ビス（１－（４－シアノ－３－（トリフルオロメチル）フェニル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）－Ｎ－エチルイソニコチンアミドの合成

【化138】

【0328】

４－アミノ－２－（トリフルオロメチル）ベンゾニトリルのジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－２－（トリフルオロメチル）ベンゾニトリルＪＪＪを作製した。化合物１１４は、アジドＪＪＪ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１４の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１６Ｆ_６Ｎ_１０Ｏの計算値６２２．５０；実測値：６２１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７１
４，４’－（（５－カルボキシ－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化139】

【0329】

３，５－ジアミノ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、３，５－ジアジド安息香酸ＫＫＫを得た。４－ブロモ－２－（トリフルオロメチル）安息香酸を用いて、実施例９に記載の薗頭法に従って、４－エチル－２－（トリフルオロメチル）安息香酸ＬＬＬを調製した。化合物１１５は、ビス－アジドＫＫＫ及びモノ－エチニルＬＬＬを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１５の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２７Ｈ_１４Ｆ_６Ｎ_６Ｏ_６の計算値６３２．４４；実測値：６３１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７２
４，４’－（（５－（エチルカルバモイル）－１，３－フェニレン）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１，４－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸の合成

【化140】

【0330】

３，５－ジアジド－Ｎ－エチルベンズアミドＭＭＭを、ビス－アジド酸ＫＫＫをエチルアミンとカップリングさせて実施例１７に記載のＨＡＴＵ縮合方法に従って調製した。化合物１１６を、モノエチニルＬＬＬ及びビスアジドＭＭＭを使用して、実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１６の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２９Ｈ_１９Ｆ_６Ｎ_７Ｏ_５の計算値６５９．５１；実測値：６５８．１［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７３
４，４’－（チオフェン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化141】

【0331】

２，５－ジブロモチオフェンを用いて、実施例９に記載の薗頭法に従って、２，５－ジエチニルチオフェンＮＮＮを調製した。化合物１１７は、アジドＵ及びジエチニルＮＮＮを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１７の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２４Ｈ_１２Ｆ_６Ｎ_６Ｏ_４の計算値５９４．４５；実測値：５９３［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７４
４，４’－（フラン－２，５－ジイルビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－（トリフルオロメチル）安息香酸）の合成

【化142】

【0332】

２，５－ジブロモフランを用いて、実施例９に記載の薗頭法に従って、２，５－ジエチニルフランＯＯＯを調製した。化合物１１８は、アジドＵ及びジエチニルＯＯＯを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１８の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２４Ｈ_１２Ｆ_６Ｎ_６Ｏ_５の計算値５７８．３９；実測値：５７７［Ｍ－Ｈ^＋］。
実施例７５
３’－（４－（４－（エチルカルバモイル）－６－（１－（３’－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－３－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４－イル）ピリジン－２－イル）－１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－１－イル）－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸－二酸化炭素（１／１）の合成

【化143】

【0333】

メチル４－ブロモ－２－（トリフルオロメチル）ベンゾアート（１４２ｍｇ、０．５ｍｍｏｌ）、３－アミノフェニルボロン酸（１３７ｍｇ、１ｍｍｏｌ）、Ｐｄ（ＰＰｈ_３）_２Ｃｌ_２（３５ｍｇ、０．１ｍｍｏｌ）及びＫ_２ＣＯ_３（１３８ｍｇ、２ｍｍｏｌ）を混合して３’－アミノ－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸の合成を開始し、メタノール（２ｍｌ）を添加した。溶液を４５Ｃで１．５時間加熱した。メタノールを蒸発によって除去した。残留固体をジメチルホルムアミド（１ｍｌ）に溶解し、ＥｔＯＡｃ／ヘキサン移動相で溶出するＲｅｖｅｌｅｒｉｓ Ｐｒｅｐを使用してシリカクロマトグラフィによって精製した。適切な画分をＵＶに基づいて回収し、蒸発させて、メチル３’－アミノ－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボキシレート（１０１ｍｇ、収率６８％）を得た。

【0334】

メチル３’－アミノ－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボキシレートのジアゾ化を実施例２２に従って行い、メチル３’－アジド－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボキシレートを作製した。メチルエステルをＫＯＨでけん化し、０．２５ ＨＣｌで中和し、ＥｔＯＡｃで回収して、３’－アジド－３－（トリフルオロメチル）－［１，１’－ビフェニル］－４－カルボン酸ＰＰＰを得た。化合物１１９は、アジドＰＰＰ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１１９の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_４０Ｈ_２６Ｎ_８Ｏ_５の計算値は８１２．６９。
実施例７６
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－シアノ安息香酸）の合成

【化144】

【0335】

４－アミノ－２－シアノ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－２－シアノ安息香酸ＱＱＱを作製した。化合物１２０は、アジドＱＱＱ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１２０の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２８Ｈ_１８Ｎ_１０Ｏ_５の計算値は５７４．５０。
実施例７７
４，４’－（（４－（エチルカルバモイル）ピリジン－２，６－ジイル）ビス（１Ｈ－１，２，３－トリアゾール－４，１－ジイル））ビス（２－クロロ安息香酸）の合成

【化145】

【0336】

４－アミノ－２－クロロ安息香酸のジアゾ化を実施例２２に従って行い、４－アジド－２－クロロ安息香酸ＲＲＲを作製した。化合物１２１は、アジドＲＲＲ及びジエチニルＱを用いて実施例１の銅クリック法を使用して作製した。化合物１２１の質量分析（ＥＳＩ負モード）：Ｃ_２６Ｈ_１８Ｃｌ_２Ｎ_８Ｏ_５の計算値は５９３．３８。
実施例７８
ＸＮＴＰ重合の増強のためのＰＥＭのスクリーニング

【0337】

本発明者らによって開発された拡張による配列決定（ＳＢＸ）方法論は、ネイティブＤＮＡと比較して、Ｘｐａｎｄｏｍｅｒの配列リード効率及び精度における著しい性能向上を提供する。しかしながら、天然のＤＮＡ鋳型の配列の測定可能なＸｐａｎｄｏｍｅｒへの最初の転写は、基質としてＸＮＴＰを利用するＤＮＡポリメラーゼの能力に依存する（ＸＮＴＰの一般化された構造が、図１Ａ及び図２を参照して本明細書において論じられる）。本発明者らは、ほとんどのＤＮＡポリメラーゼがＸＮＴＰを効率的に重合しないことを見出した。ＸｐａｎｄｏｍｅｒへのＸＮＴＰ重合の効率及び精度を改善するために、ＸＮＴＰを基質として用いて、ＤＮＡポリメラーゼプライマー伸長反応を増強する能力について、いくつかのＰＥＭをスクリーニングした。

【0338】

代表的なプライマー伸長反応は、以下の試薬を含み得る。２ｐｍｏｌのプライマー、２．２ｐｍｏｌの４５ｍｅｒのオリゴヌクレオチド鋳型、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ（ＸＡＴＰ、ＸＣＴＰ、ＸＧＴＰ及びＸＴＴＰ）、５０Ｍｍ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ（Ｐｈ ６．７９）、２００ Ｍｍ ＮａＣｌ、２０％ ＰＥＧ、５％ ＮＭＳ、０．５ｎｍｏｌポリリン酸６０．１９、０．３Ｍｍ ＭｎＣｌ２及び０．６μｇの精製組換えＤＮＡポリメラーゼタンパク質。反応は、２３℃で１時間行ってもよい。反応産物（すなわち、拘束されたＸｐａｎｄｏｍｅｒ）を処理してホスホルアミデート結合を切断し、それにより、線状化Ｘｐａｎｄｏｍｅｒを生成する。異なる長さのＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物を分解及び可視化するために、反応産物は、４～１２％アクリルアミドゲル上でゲル電気泳動を使用して分析され得る。上記のＰＥＭスクリーニングのために、ＰＥＭを典型的にはマイクロからミリモルの範囲で試験した。

【0339】

驚くべきことに、いくつかのＰＥＭは、ＸＮＴＰによるＤＮＡポリメラーゼ媒介プライマー伸長を有意かつ再現性よく増強することが観察された。この増強を実証する代表的なゲルを図４及び図５に示す。図４を参照すると、レーン１（ＰＥＭ添加剤なし）で分かるように、ＤＮＡポリメラーゼは、これらの条件下で最大約１４個のＸＮＴＰのみによって鋳型結合プライマーを伸長させる。しかし、プライマー伸長反応に特定のＰＥＭを加えることにより、例えばレーン３（化合物４）７（化合物３）及び９（化合物１）で見られるように、ポリメラーゼがかなり長い伸長産物を合成することが可能になる。対照的に、いくつかの異なる芳香族化合物は、ＸＮＴＰ重合にほとんど又は全く影響を及ぼさず（例えば、レーン２、４～６、及び８を参照）、ＰＥＭ活性が化合物１、３及び４に特異的であることを示した。

【0340】

同様に、図５を参照すると、ＰＥＭ添加剤の非存在下では、ＤＮＡポリメラーゼはＸＮＴＰによる中程度のプライマー伸長活性を示す（レーン１、ＰＥＭ添加剤なし）が、様々な濃度の化合物２の添加（レーン８～１０）により、プライマー伸長活性が有意に増強される。やはり、このＰＥＭ活性は、他の無関係な芳香族化合物が影響を及ぼさなかったので（レーン２～７）、化合物２に特異的である。
実施例７９
ＰＥＭは、拡張による配列決定（ＳＢＸ）を増強する

【0341】

ＸＮＴＰ重合のＰＥＭ依存性の増強の精度を調べるために、プライマー伸長産物を、ＳＢＸプロトコルを使用して配列決定した。簡潔には、ＸＮＴＰ重合の拘束されたＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物を切断して、線状化Ｘｐａｎｄｏｍｅｒを生成する。これは、最初に、１００Ｍｍ ＥＤＴＡ、２ Ｍｍ ＴＨＰＴＡ及び２％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含有する溶液で伸長反応をクエンチすることによって達成される。次いで、試料をＤＭＦ中の１Ｍ ＮａＨＣＯ_３及び１Ｍ無水コハク酸の溶液でアミン修飾する。ホスホルアミデート結合の切断を３７％ ＨＣｌで行い、線状化ＸｐａｎｄｏｍｅｒをＱＩＡｑｕｉｃｋカラム（ＱＩＡＧＥＮ，Ｉｎｃ．）で精製する。

【0342】

配列決定のために、２Ｍ ＮＨ_４Ｃｌ及び１００Ｍｍ ＨＥＰＥＳ（Ｐｈ７．４）を含有する緩衝液Ｂ１中のＤｐｈＰＥ／ヘキサデカン二重層メンバーにα－溶血素を挿入することによって、タンパク質ナノポアを調製する。シスウェルを、０．４Ｍ ＮＨ_４Ｃｌ、０．６Ｍ ＧｕＣｌ、及び１００Ｍｍ ＨＥＰＥＳ、Ｐｈ７．４を含有する緩衝液Ｂ２で灌流する。Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ試料を７０℃に２分間加熱し、完全に冷却し、次いで、試料２μＬをシスウェルに添加する。次いで、９０Ｍｖ／３９０Ｍｖ／１０μｓの電圧パルスを印加し、Ｌａｂｖｉｅｗ取得ソフトウェアを用いてデータを取得する。

【0343】

配列データは、単一のＳＢＸ反応からの配列リードの集団のヒストグラム表示によって分析される。解析ソフトウェアは、各配列リードを鋳型の配列に整列し、正しい鋳型配列と整列しないリードの末端の配列の範囲をトリミングする。４５ｍｅｒ鋳型のＳＢＸ配列決定の代表的なヒストグラムを図６Ａ（添加剤なしの対照）及び図６Ｂ（ＰＥＭ化合物１の存在下でのＳＢＸ）に示す。図から分かるように、化合物１の非存在下では、配列リードは、鋳型の塩基１８付近を超えて正確ではない。注目すべきことに、化合物１のＳＢＸ反応への添加は、４５ｍｅｒ鋳型の全長にわたって配列リードの精度を高めた。

【0344】

これらの結果は、ＰＥＭ化合物１がさらに長い鋳型のＳＢＸを増強する能力を試験するためのさらなる実験を着想させた。図７Ａ及び７Ｂは、それぞれ６０ｍｅｒ及び８０ｍｅｒ鋳型のＳＢＸ配列決定のヒストグラムを示す。驚くべきことに、化合物１は、これらのより長い鋳型のそれぞれの最後まで正確な配列リードを完全に可能にした。これらの結果は、ＳＢＸがナノポアベースの核酸配列情報を提供する能力を強力に増加させる新規ＰＥＭによるＸＮＴＰ重合活性のロバストかつ正確な増強を実証する。
実施例８０
ＰＥＭは長鎖Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物の合成を可能にする

【0345】

最大８０ヌクレオチド長の鋳型をＸｐａｎｄｏｍｅｒに正確に複製することが成功した後、８８、１２７、２２７及び２７７ヌクレオチド長からなる４つのより長い鋳型を使用してＸＮＴＰ重合反応を行った。Ｃ４５５２（配列番号１）と呼ばれるＤＰＯ４ ＤＮＡポリメラーゼのバリアントをこれらの重合反応に使用し、反応条件をＰＥＭ化合物１の存在下でＣ４５５２活性に最適化した。他の適切なＤＰＯ４ポリメラーゼバリアントには、配列番号２～５のものが含まれるが、これらに限定されない。１Ｍｍの化合物１に加えて、反応添加剤は、１Ｍｍの尿素及び２．７５μｇの一本鎖結合タンパク質（Ｅｃｏ ＳＳＢ）を含んだ。伸長反応を、０．８５ｐｍｏｌの鋳型、０．５ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー及び１ｎｍｏｌの各ＸＮＴＰを用いて１０μＬの最終容量で行った。反応は、５％ ＮＭＳと、３又は４ｎｍｏｌのポリリン酸ＰＰ－６０．２０と、２Ｍｍ ＭｎＣｌ_２とを補充した５０ＭｍトリスＣｌ（Ｐｈ ８．８４）、２００Ｍｍ ＮＨ_４Ｏａｃ及び２０％ ＰＥＧ８Ｋからなる緩衝液中で行われた。１．２μｇの精製組換えＤＮＡポリメラーゼタンパク質を各伸長反応に使用し、反応を２３℃で１～２時間実行した。より長い鋳型を使用した代表的な伸長反応の結果を図８に示す。特に、化合物１の存在下で、ポリメラーゼはＸＮＴＰを重合して、８８（レーン１及び６）～２７７（レーン５及び１０）ヌクレオチド長の範囲で、それぞれ、より長い鋳型の完全なＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーを生成することができた。レーン１～５及び６～１０は、レーン１～５では３ｎｍｏｌ、レーン６～１０では４ｎｍｏｌであったＰＰ－６０．２０添加剤の量を除いて、同一の伸長反応を表す。これらの結果は、ＤＮＡポリメラーゼによる非天然の高度に置換されたヌクレオチド類似体の重合を必要とする反応において化合物１によってもたらされる驚くべき利点を強調しており、この化合物並びに他のＰＥＭが、ＳＢＸ配列決定プロトコルの可能性を大幅に拡張することができることを示唆している。
実施例８１
次世代ＰＥＭはＸＮＴＰの重合を増強し、長鎖Ｘｐａｎｄｏｍｅｒ産物を生成する

【0346】

ＰＥＭ化合物１で観察された有利な特性に基づいて、分子の水溶性を含むがこれに限定されない特定の特性を改善する目的で、次世代のＰＥＭ化合物を設計した。代表的な次世代ＰＥＭ構造は、実施例９～３４及び表７に記載されている。

【0347】

化合物９～１１のＰＥＭ活性を、ＨＩＶ１、２及び３ゲノムに由来する３つの１００ｍｅｒ鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：７５ ＭｍのトリスＣｌ（Ｐｈ ８．４４）、１７５ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、０．８ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、０．６ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２．３μｇのＴｔｈ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、０．５Ｍ又は１Ｍの尿素、２００ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、１．１ｐｍｏｌの鋳型、１ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇの精製組換えＣ４５５２ ＤＮＡポリメラーゼ、及び０．５ ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を２３℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図９に示す。レーン１（ＨＩＶ１鋳型）、レーン２（ＨＩＶ２鋳型）及びレーン４（ＨＩＶ３テンプレート、ＳＳＢなし及び１Ｍ尿素）に示されるように、化合物１は、３つの異なる１００ｍｅｒ鋳型の全長ＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にする（１００ｍｅｒのゲル移動位置を矢印によって示した）。同様に、化合物９（レーン１３～１６）、化合物１０（レーン９～１２）及び化合物１１（レーン５～８）のそれぞれは、３つの異なる１００ｍｅｒ鋳型のそれぞれに対して、化合物１と少なくとも同程度に効率的にＸＮＴＰ重合を可能にする。これらの結果は、ＰＥＭ活性が、水溶性などの化合物の様々な物理化学的特性を増加させることによって最適化され得ることを示唆している。

【0348】

化合物１２のＰＥＭ活性を、ＨＩＶ２の１００ｍｅｒ鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、０．６ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、０．６ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２．７５ μｇ／μｌのＥｃｏ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、１．１ｐｍｏｌの鋳型、１ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇ／μｌの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（配列番号２）及び０．５、１又は１．５ ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を２３℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図１０に示す。レーン５（０．５ ＭｍのＰＥＭ）、レーン６（１ ＭｍのＰＥＭ）及びレーン７（１．５ ＭｍのＰＥＭ）に示されるように、化合物１２は、化合物１０（レーン１）のものに匹敵する様式で、１００ｍｅｒ鋳型の全長ＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にする（１００ｍｅｒのゲル移動位置を矢印によって示した）。レーン２～４は、ロバストなＰＥＭ活性を欠いている構造的に関連する添加剤による反応からのプライマー伸長産物を示す。これらの結果は、ＰＥＭ活性が非常に特異的な化学構造によって決定され得ることを示唆している。

【0349】

化合物１３及び１４のＰＥＭ活性を、ＨＩＶ２の１００ｍｅｒ鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、０．６ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、０．６ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２．７５ μｇ／μｌのＥｃｏ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、１．１ｐｍｏｌの鋳型、１ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇ／μｌの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＰＯ４のバリアント、配列番号２を参照）及び０．５、１、１．５２又は２．５ ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を２３℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図１１に示す（全長ＨＩＶ２ １００ｍｅｒの位置を矢印で示す）。レーン５～７（様々な濃度の化合物１４）及び８～１０（様々な濃度の化合物１３）に示すように、これらの次世代ＰＥＭのそれぞれは、化合物１０（レーン１～４）の様式に匹敵する様式で、１００ｍｅｒ鋳型の全長ＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にする。

【0350】

化合物１５のＰＥＭ活性を、４１１ｍｅｒのアンプリコン鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、３ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、２ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２μｇのＫｏｄ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、２５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、１ｐｍｏｌの鋳型、１ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＰＯ４のバリアント、配列番号２を参照）、及び、２（レーン２）又は３（レーン３）ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を３７℃で２０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図１２に示す（２７７ｍｅｒの位置を矢印で示す）。レーン２及び３（２つの異なる濃度の化合物１５）に示すように、この次世代ＰＥＭは、化合物１４（レーン１）のものに匹敵する方法で、４１１ｍｅｒ鋳型の長いＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合することを可能にする。注目すべきことに、ポリメラーゼは、これらの長いＸｐａｎｄｏｍｅｒ産物を合成することができるように、反応へのＰＥＭの添加に完全に依存している。様々な反応パラメータ、例えば、伸長時間及び／又は様々な添加剤の濃度を最適化することによって、さらに長い伸長産物を得ることができる。

【0351】

化合物１６、１７、及び１８並びにそれらの組み合わせのＰＥＭ活性を、ＨＩＶ２由来１００ｍｅｒ鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％又は２５％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、０．６ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、０．６ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２μｇのＫｏｄ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、１ｐｍｏｌの鋳型、１ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＰＯ４のバリアント、配列番号２を参照）及び０．５～２ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を３７℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図１３に示す（１００ｍｅｒ産物の位置を矢印で示す）。レーン２（２ Ｍｍの化合物１６）及びレーン３～６（０．５、１、２、３ Ｍｍの化合物１７）に示されるように、これらの次世代ＰＥＭは、化合物１４（レーン１）のものに匹敵する様式で、１００ｍｅｒ鋳型の長いＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にする。さらに、２ Ｍｍの化合物１４と０．１ Ｍｍ（レーン７）又は０．３ Ｍｍ（レーン８及び９）の化合物１７の組み合わせもまた、１００ｍｅｒ鋳型の長いＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にし、ＰＥＭの組み合わせがより低用量の各個々のＰＥＭの使用を可能にし得ることを示している。同様に、２ Ｍｍの化合物１６と０．１ Ｍｍ（レーン１０）又は０．３ Ｍｍ（レーン１１及び１２）の化合物１８の組み合わせもまた、１００ｍｅｒ鋳型の全長コピーへのＸＮＴＰＳの重合を可能にするために、より低用量の各個々のＰＥＭの使用を可能にするように見えた。

【0352】

化合物１９のＰＥＭ活性を、４１１ｍｅｒのアンプリコン鋳型を使用したプライマー伸長アッセイで試験した。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、３ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、２ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２μｇのＫｏｄ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、２５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、０．５ｐｍｏｌの鋳型、０．５ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＰＯ４のバリアント、配列番号２を参照）、及び、０．５（レーン２）、１（レーン３）、又は１．５ Ｍｍ（レーン４）のＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を３７℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。プライマー伸長産物を示す代表的なゲルを図１４に示す（２７７ｍｅｒ産物の位置を矢印で示す）。レーン２～４に示すように、この次世代ＰＥＭは、化合物１４（レーン１）よりも効率が低い方法ではあるが、４１１ｍｅｒ鋳型の長いＸｐａｎｄｏｍｅｒコピーへのＸＮＴＰの重合を可能にする。これらの結果は、ＰＥＭ活性がＰＥＭの構造及び／又は鋳型の長さに特異的であり得ることを示唆している。
実施例８２
第３世代ＰＥＭ化合物

【0353】

ＰＥＭ構造とポリメラーゼ増強活性との間の関係をさらに調査するために、並びに様々な物理化学的特性を最適化するために、本明細書、例えば表１（化合物７９～１１８）及び実施例３５～７４に記載されるように、ＰＥＭ化合物の「第３世代」を合成した。これらのＰＥＭを、以下の長さのＤＮＡ鋳型を使用してプライマー伸長反応において試験した：Ａ）４５ｍｅｒ；Ｂ）１００ｍｅｒ；Ｃ）１５０ｍｅｒ；及びＤ）２２２ｍｅｒ。プライマー伸長反応を実施例７７及び７８に記載される条件に匹敵する条件下で行い、伸長産物をゲル電気泳動によって同様に分析した。ＰＥＭ活性を示す第３世代化合物の予備的な機能的特徴を以下の表２に要約する。

【表2】

ＰＥＭ活性の概要
実施例８３
ＰＥＭはＲＮＡテンプレートのＸＰＡＮＤＯＭＥＲコピーの合成を可能にする
多様なポリメラーゼ反応を増強するＰＥＭの可能性を調査し始めるために、ＤＮＡポリメラーゼがＲＮＡを鋳型として利用することを可能にするＰＥＭＳの能力を試験した。表Ｉに示されるいくつかの化合物の初期スクリーニングを、ＨＩＶ２ゲノム配列に由来する４５ｍｅｒのＲＮＡ鋳型を使用して行った。プライマー伸長反応には以下の試薬が含まれていた：５０ ＭｍのトリスＣｌ、２００ ＭｍのＮＨ_４Ｏａｃ、２０％のＰＥＧ８Ｋ、５％のＮＭＳ、０．６ｎｍｏｌのＰＰ－６０．２０、０．６ ＭｍのＭｎＣｌ_２、２μｇのＫｏｄ一本鎖結合タンパク質（ＳＳＢ）、１Ｍの尿素、５０ｐｍｏｌの各ＸＮＴＰ、０．５ｐｍｏｌの鋳型、０．５ｐｍｏｌのオリゴヌクレオチドプライマー、１．２μｇの精製組換えＣ４７６０ ＤＮＡポリメラーゼ（ＤＰＯ４のバリアント、配列番号２を参照）及び２ＭｍのＰＥＭ。１０μＬのプライマー伸長反応を３７℃で３０分間行い、反応産物をゲル電気泳動によって分析した。驚くべきことに、いくつかの化合物がＲＮＡ鋳型に対してＰＥＭ活性を示すことが見出された。これらのＲＮＡ ＰＥＭには以下の化合物が含まれる：化合物５１、７３、４９、１７、７５、７６、９３、１０５、１０６、１１０、１１６、及び１１８。これらの結果は、特定のＰＥＭがＲＮＡ鋳型の拡張によって配列決定を可能にするのに有用であり得ることを示唆している。

【0354】

２０１９年６月２６日に出願された米国仮特許出願第６２／８６７，０４９号を含むがこれらに限定されない、本明細書で言及された及び／又は出願データシートに列挙された米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願及び非特許刊行物は全て、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。そのような文献は、例えば、本明細書に記載された発明に関連して使用され得る刊行物に記載された材料及び方法論を説明及び開示する目的で、参照により組み込まれ得る。上記及び本文全体で説明されている刊行物は、本出願の出願日より前の開示のためにのみ提供されている。本明細書中のいかなるものも、本開示が先行発明によってそのような刊行物に先行する権利がないことの承認として解釈されるべきではない。

【図1A】

【図1B】

【図1C】

【図1D】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6A】

【図6B】

【図7A】

【図7B】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【配列表】

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【国際調査報告】