(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-10-07
(54)【発明の名称】腫瘍マーカーおよびその応用
(51)【国際特許分類】
C12N 15/11 20060101AFI20220930BHJP
C12Q 1/6886 20180101ALI20220930BHJP
C12M 1/00 20060101ALI20220930BHJP
C12Q 1/6841 20180101ALN20220930BHJP
【FI】
C12N15/11 Z
C12Q1/6886 Z
C12M1/00 A
C12Q1/6841 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022506216
(86)(22)【出願日】2020-07-28
(85)【翻訳文提出日】2022-03-23
(86)【国際出願番号】 CN2020105047
(87)【国際公開番号】W WO2021018116
(87)【国際公開日】2021-02-04
(31)【優先権主張番号】201910695955.6
(32)【優先日】2019-07-30
(33)【優先権主張国・地域又は機関】CN
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】521045597
【氏名又は名称】リセン インプリンティング ダイアグノステックス ウーシー カンパニー リミテッド.
【氏名又は名称原語表記】LISEN IMPRINTING DIAGNOSTICS WUXI CO.,LTD.
(74)【代理人】
【識別番号】100124659
【氏名又は名称】白洲 一新
(72)【発明者】
【氏名】チェン,トン
(72)【発明者】
【氏名】ヂャウ,ニン
【テーマコード(参考)】
4B029
4B063
【Fターム(参考)】
4B029AA23
4B029BB11
4B063QA01
4B063QA17
4B063QA19
4B063QQ08
4B063QQ53
4B063QR55
4B063QS34
4B063QX02
(57)【要約】
本出願は、腫瘍マーカーおよびその応用を提供する。前記腫瘍マーカーは、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、前記腫瘍マーカーはインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、Z15またはN16のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含むこともできる。本出願のインプリンティング遺伝子は、腫瘍マーカーとして腫瘍診断に用いられ、非常に高い診断感度を有し、腫瘍の早期診断に有益で、患者の生存率を上げ、患者の命を救うことに大きく貢献し、腫瘍の治療および投薬において重要な指導的役割を果たす。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
腫瘍マーカーであって、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、
ここで、前記インプリンティング遺伝子Z17は、Aldh1l1、前記インプリンティング遺伝子Z18はGata3、前記インプリンティング遺伝子Z19はHm13、前記インプリンティング遺伝子Z20はKcnq1、前記インプリンティング遺伝子Z21はNhp2l1、前記インプリンティング遺伝子Z22はPon2、前記インプリンティング遺伝子Z23はRasgrf1、前記インプリンティング遺伝子Z25はTfpi2、前記インプリンティング遺伝子Z26はTrappc9、前記インプリンティング遺伝子Z27はUbe3a、前記インプリンティング遺伝子Z28はZic1である、
腫瘍マーカー。
【請求項2】
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、Z15またはN16のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせも含み、
ここで、前記インプリンティング遺伝子Z1は、Gnas、前記インプリンティング遺伝子Z2はIgf2、前記インプリンティング遺伝子Z3はPeg10、前記インプリンティング遺伝子Z4はIgf2r、前記インプリンティング遺伝子Z5はMest、前記インプリンティング遺伝子Z6はPlagl1、前記インプリンティング遺伝子Z8はDcn、前記インプリンティング遺伝子Z9はDlk1、前記インプリンティング遺伝子Z10はGatm、前記インプリンティング遺伝子N11はGrb10、前記インプリンティング遺伝子Z12はPeg3、前記インプリンティング遺伝子Z13はSgce、前記インプリンティング遺伝子Z14はSlc38a4、前記インプリンティング遺伝子Z15はDiras3、前記インプリンティング遺伝子N16はSnrpn/Snurfである、
請求項1に記載の腫瘍マーカー。
【請求項3】
前記腫瘍は、胆管癌、脳癌、腎臓癌、骨癌、子宮頸癌、鼻咽腔癌または喉頭癌のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む請求項1または2に記載の腫瘍マーカー。
【請求項4】
前記腫瘍は、前立腺癌、胃癌、食道癌、乳癌、甲状腺癌、膀胱癌、肝臓癌、膵臓癌、リンパ腫、腸癌、皮膚癌または肺癌のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせも含む請求項3に記載の腫瘍マーカー。
【請求項5】
前記腫瘍マーカーが、
胆管癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
脳癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
腎臓癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
骨癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
子宮頸癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
鼻咽腔癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
喉頭癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
前立腺癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
胃癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
食道癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
乳癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
甲状腺癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
膀胱癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
肝臓癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
膵臓癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
リンパ腫マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
腸癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
皮膚癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、あるいは、
肺癌マーカーで、かつ前記インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含むことを特徴とする、
請求項2~4のいずれか一項に記載の腫瘍マーカー。
【請求項6】
腫瘍診断モデルであって、サンプル中の請求項1~5のいずれか一項に記載の腫瘍マーカーのインプリンティング遺伝子発現状況を解析して腫瘍診断を行い、
前記インプリンティング遺伝子発現状況は、インプリンティング遺伝子が発見しないこと、インプリンティング遺伝子の正常な発現、インプリンティング遺伝子の消失発現またはインプリンティング遺伝子コピー数異常発現のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む、
腫瘍診断モデル。
【請求項7】
前記インプリンティング遺伝子が発現しないことは、サンプル中の細胞核内にインプリンティング遺伝子マーカーがないことを意味し、
前記インプリンティング遺伝子の正常な発現は、サンプル中の細胞核内に1つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味し、
前記インプリンティング遺伝子の消失発現は、サンプル中の細胞核内に2つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味し、かつ、
前記インプリンティング遺伝子コピー数異常発現は、サンプル中の細胞核内に2つ以上のインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味する、
請求項6に記載の腫瘍診断モデル。
【請求項8】
前記腫瘍診断モデルの診断方法は、次のステップ(a)~(s)を含む請求項6または7に記載の腫瘍診断モデル。
(a)胆管の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、健康な胆管組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、胆管癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(b)脳の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し;
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、健康な脳の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、脳癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(c)腎臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な腎臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、腎臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(d)骨の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、健康な骨の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、骨癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(e)子宮頸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、健康な子宮頸の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、子宮頸癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(f)鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、健康な鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、鼻咽腔癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(g)喉頭の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記喉頭の組織および/または細胞サンプルは、健康な喉頭の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記喉頭組織および/または細胞サンプルは、喉頭癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(h)前立腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な前立腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、前立腺癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(i)胃の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、健康な胃の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、胃癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(j)食道の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、健康な食道の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、食道癌組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(k)乳腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な乳腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、乳癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(l)甲状腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な甲状腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、甲状腺癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(m)膀胱の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、健康な膀胱の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、膀胱癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(n)肝臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な肝臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、肝臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(o)膵臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な膵臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、膵臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(p)リンパの組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記淋巴の組織および/または細胞サンプルは、健康なリンパの組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記リンパの組織および/または細胞サンプルは、リンパ腫の組織および/または細胞サンプルであり、
(q)腸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、健康な腸組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、腸癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(r)皮膚の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、健康な皮膚組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、皮膚癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(s)肺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、健康な肺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、肺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【請求項9】
サンプルを採取するためのサンプリングユニットと、
インプリンティング遺伝子配列に基づいて特異的プローブを設計するためのプローブ設計ユニットと、
プローブとサンプルを、その場でインサイチューハイブリダイズさせるための検出ユニットと、
顕微鏡イメージングでインプリンティング遺伝子発現状況を解析するための解析ユニットと、を備えた腫瘍診断装置であって、
前記解析ユニットは、サンプル中の請求項1~5のいずれか一項に記載の腫瘍マーカーのインプリンティング遺伝子発現状況を解析することで、腫瘍診断を行う腫瘍診断装置。
【請求項10】
前記サンプルは、組織および/または細胞に由来する請求項9に記載の腫瘍診断装置。
【請求項11】
前記インサイチューハイブリダイゼーションは、RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法を用いる請求項9に記載の腫瘍診断装置。
【請求項12】
前記RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法は、シングルチャネルまたはマルチチャネルの発色試薬キットまたはシングルチャネルまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用する請求項11に記載の腫瘍診断装置。
【請求項13】
前記RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法は、シングルチャネル赤色/茶色の発色試薬キットまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用する請求項12に記載の腫瘍診断装置。
【請求項14】
腫瘍診断装置の解析方法は、次のステップ(a)~(s)を含む請求項9~13のいずれか一項に記載の腫瘍診断装置。
(a)胆管の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、健康な胆管組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、胆管癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(b)脳の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、健康な脳の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、脳癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(c)腎臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な腎臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、腎臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(d)骨の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、健康な骨の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、骨癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(e)子宮頸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、健康な子宮頸の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、子宮頸癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(f)鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、健康な鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、鼻咽腔癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(g)喉頭の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記喉頭の組織および/または細胞サンプルは、健康な喉頭の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記喉頭組織および/または細胞サンプルは、喉頭癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(h)前立腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な前立腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、前立腺癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(i)胃の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、健康な胃の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、胃癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(j)食道の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、健康な食道の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、食道癌組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(k)乳腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な乳腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、乳癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(l)甲状腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な甲状腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、甲状腺癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(m)膀胱の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、健康な膀胱の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、膀胱癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(n)肝臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な肝臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、肝臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(o)膵臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な膵臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、膵臓癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(p)リンパの組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記淋巴の組織および/または細胞サンプルは、健康なリンパの組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記リンパの組織および/または細胞サンプルは、リンパ腫の組織および/または細胞サンプルであり、
(q)腸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、健康な腸組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、腸癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(r)皮膚の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、健康な皮膚組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、皮膚癌の組織および/または細胞サンプルであり、
あるいは
(s)肺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析し、
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、健康な肺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、肺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【請求項15】
腫瘍を診断、スクリーニングまたは治療するための薬物および/または試薬の調製における請求項1~5のいずれか一項に記載の腫瘍マーカー、請求項7~8のいずれか一項に記載の腫瘍診断モデル、または請求項9~14のいずれか一項に記載の腫瘍診断装置の応用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本出願は、バイオテクノロジー分野や遺伝子診断の技術分野に属し、腫瘍マーカーおよびその応用に関し、特に、腫瘍を診断、スクリーニングまたは治療するため薬物および/または試薬の調製におけるインプリンティング遺伝子腫瘍マーカー、インプリンティング遺伝子腫瘍マーカーに基づく腫瘍診断モデルまたは腫瘍診断装置の応用に関する。
【背景技術】
【0002】
悪性腫瘍は、人間の健康を深刻に脅かす主な要因の1つで、毎年世界で1,400万人が癌を発症していると共に820万人の患者が癌で亡くなっている。無限増殖および転移が癌細胞の主な特徴で、大部分の癌患者は、癌細胞の広範囲かつ急速な転移により、臓器不全などの合併症を引き起こして最終的には死亡する。早期癌は病巣が小さく、手術の創が小さく、循環器系に入る癌細胞が少なく、安定した転移ができないため、再発を防ぎ、寿命を延ばすためには、早期かつ速やかな効果的な治療が非常に重要である。現在の癌診断基準は、腫瘍細胞と組織の形態であるが、形態学的観察において病理医に豊富な経験を持つことを要件とし、同時に、早期癌は典型的な形態学的変化が生じないため、早期発見が見逃されてきた。癌発生の過程において、エピジェネティクスや遺伝学などの分子生物学的側面の変化は、形態学的変化より早く起こり、早期癌をより高感度に検出できるため、分子マーカーは癌早期診断にとって重要な意味を持つ。
【0003】
ゲノムインプリンティングは、エピジェネティクスにおける遺伝子調節の手法であり、特定の親由来の対立遺伝子のメチル化により、ある遺伝子の対立遺伝子の一方だけが発現し、他方は遺伝子サイレンシングの状態にある。この種類の遺伝子は、インプリンティング(刷り込み)遺伝子と呼ばれる。インプリンティングの消失は、インプリンティング遺伝子の脱メチル化によりサイレンシング状態の対立遺伝子を活性化させ、遺伝子発現を開始させるエピジェネティックな変化である。多くの研究は、インプリンティングの消失が各種癌に存在し、細胞や組織の形態の変化よりも早く起こることを示している。一方、健康な細胞では、癌細胞とまったく対照的に、インプリンティング消失の割合は非常に低い。よって、インプリンティング遺伝子のメチル化状態は、特定の分子検出技術を通じて細胞の異常状態を解析するための病理学的マーカーとして使用することができる。
【0004】
インプリンティング遺伝子の機能は、細胞シグナル伝達、細胞周期調節、細胞内外の物質輸送、細胞外マトリックスの形成など多くの側面をカバーするため、異なる種類の癌におけるインプリンティング遺伝子の役割は異なり、発現量も大きく異なるので、異なる感度および特異性が形成され、腫瘍の発生と進行における浸潤や転移、および予後に大きな役割を果たす。同時に、異なるインプリンティング遺伝子の組み合わせも腫瘍の種類を鑑別することができる。
【0005】
上記の理由から、現在、腫瘍の早期診断には高感度の診断マーカーがなく、新しい診断マーカー、診断モデルおよび診断装置を開発する必要がある。患者の生検サンプルに基づいて、細胞レベルでの腫瘍の分子マーカーの変化を解析して、より正確な事前診断と診断情報を提供し、治療プランの選択を導くことができる。
【発明の概要】
【0006】
本出願は腫瘍マーカーおよびその用途を提供し、インプリンティング遺伝子を腫瘍マーカーとして使用して、腫瘍の早期診断を実施し、インプリンティング遺伝子腫瘍マーカーに基づいて構築された腫瘍診断モデルおよび腫瘍診断装置は単一細胞または組織レベルでの腫瘍判断を達成することができる。腫瘍の判断は、各種悪性腫瘍の治療の根拠を提供する。
【0007】
第1の態様では、本出願は腫瘍マーカーを提供する。前記腫瘍マーカーは、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
ここで、前記インプリンティング遺伝子Z17はAldh1l1、インプリンティング遺伝子Z18はGata3、前記インプリンティング遺伝子Z19はHm13、前記インプリンティング遺伝子Z20はKcnq1、前記インプリンティング遺伝子Z21はNhp2l1、前記インプリンティング遺伝子Z22はPon2、前記インプリンティング遺伝子Z23はRasgrf1、前記インプリンティング遺伝子Z25はTfpi2、前記インプリンティング遺伝子Z26はTrappc9、前記インプリンティング遺伝子Z27はUbe3a、前記インプリンティング遺伝子Z28はZic1である。
【0008】
本出願において、Aldh1l1遺伝子は、NC_000003.12(126103561-126197758、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
本出願において、Gata3遺伝子は、NC_000010.11(8045420-8075198)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0009】
本出願において、Hm13遺伝子は、NC_000020.11(31514410-31569567)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0010】
本出願において、Kcnq1遺伝子は、NC_000011.10(2445008-2849110)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0011】
本出願において、Nhp2l1遺伝子は、NC_000022.11(41673933-41690492、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0012】
本出願において、Pon2遺伝子は、NC_000007.14(95404862-95435072、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0013】
本出願において、Rasgrf1遺伝子は、NC_000015.10(78959906-79090780、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0014】
本出願において、Tfpi2遺伝子は、NC_000007.14(93885396-93890753、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0015】
本出願において、Trappc9遺伝子は、NC_000008.11(139727725-140458579、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0016】
本出願において、Ube3a遺伝子は、NC_000015.10(25333728-25439381、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0017】
本出願において、Zic1遺伝子は、NC_000003.12(147409365-147416719)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0018】
本出願において、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28は、正常な組織あるいは細胞では正常に発現、または発現されないが、癌組織ではインプリンティング消失の細胞およびコピー数異常の細胞が多数出現する。本出願は、腫瘍マーカーとしてのインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを使用して、インプリンティング遺伝子の総発現量、インプリンティング遺伝子の正常な発現量、インプリンティング(遺伝子)消失の発現量およびインプリンティング遺伝子のコピー数異常発現量を計算し、腫瘍診断に用いられ、高い感度を有する。ここで、Z19およびZ21は、19種類の腫瘍である胆管癌、脳癌、腎臓癌、骨癌、子宮頸癌、鼻咽腔癌、喉頭癌、前立腺癌、胃癌、食道癌、乳癌、甲状腺癌、膀胱癌、肝臓癌、膵臓癌、リンパ腫、腸癌、皮膚癌または肺癌のサンプルにおいて、大量のインプリンティング消失またはコピー数異常の状況が現れ、有意な診断感度を有し、非常に有効な腫瘍マーカーである。
【0019】
本出願のいくつかの実施形態において、前記腫瘍マーカーは、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、Z15またはN16のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせも含む。
ここで、前記インプリンティング遺伝子Z1はGnas、前記インプリンティング遺伝子Z2はIgf2、前記インプリンティング遺伝子Z3はPeg10、前記インプリンティング遺伝子Z4はIgf2r、前記インプリンティング遺伝子Z5はMest、前記インプリンティング遺伝子Z6はPlagl1、前記インプリンティング遺伝子Z8はDcn、前記インプリンティング遺伝子Z9はDlk1、前記インプリンティング遺伝子Z10はGatm、前記インプリンティング遺伝子N11はGrb10、前記インプリンティング遺伝子Z12はPeg3、前記インプリンティング遺伝子Z13はSgce、前記インプリンティング遺伝子Z14はSlc38a4、前記インプリンティング遺伝子Z15はDiras3、前記インプリンティング遺伝子N16はSnrpn/Snurfである。
【0020】
本出願において、Gnas遺伝子は、NC_000020.11(58839681-58911196)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0021】
本出願において、Igf2遺伝子は、NC_000011.10(2129112-2149603、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0022】
本出願において、Peg10遺伝子は、NC_000007.14(94656325-94669695)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0023】
本出願において、Igf2r遺伝子は、NC_000006.12(159969082-160111504)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0024】
本出願において、Mest遺伝子は、NC_000007.14(130486175-130506465)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0025】
本出願において、Plagl1遺伝子は、NC_000006.12(143940300-144064599、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0026】
本出願において、Dcn遺伝子は、NC_000012.12(91140484-91182817、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0027】
本出願において、Dlk1遺伝子は、NC_000014.9(100726892-100738224)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0028】
本出願において、Gatm遺伝子は、NC_000015.10(45361124-45402227、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0029】
本出願において、Grb10遺伝子は、NC_000007.14(50590068-50793453、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0030】
本出願において、Peg3遺伝子は、NC_000019.10(56810082-56840726、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0031】
本出願において、Sgce遺伝子は、NC_000007.14(94584980-94656205、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0032】
本出願において、Slc38a4遺伝子は、NC_000012.12(46764761-46832422、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0033】
本出願において、Diras3遺伝子は、NC_000001.11(68045886-68051631、相補鎖)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0034】
本出願において、Snrpn/Snurf遺伝子は、NC_000015.10(24823637-24978723)に示されるヌクレオチド配列、またはこれと少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、あるいは少なくとも99%の相同性を有するヌクレオチド配列を有する。
【0035】
本出願において、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、Z15またはN16は、同様に感度が極めて高い腫瘍マーカーであり、正常な組織または細胞では正常に発現または発現されないが、癌組織では、インプリンティング消失の細胞およびコピー数異常の細胞が多数出現し、多くの種類の腫瘍サンプルの正確な判断に使用できる。
【0036】
前記腫瘍は、好ましくは、胆管癌、脳癌、腎臓癌、骨癌、子宮頸癌、鼻咽腔癌または喉頭癌のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
前記腫瘍は、好ましくは、前立腺癌、胃癌、食道癌、乳癌、甲状腺癌、膀胱癌、肝臓癌、膵臓癌、リンパ腫、腸癌、皮膚癌または肺癌のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせも含む。
【0037】
本出願によれば、異なる癌に現れるインプリンティング消失およびコピー数異常のインプリンティング遺伝子に異なる組み合わせがあり、19種類の異なるタイプの癌について、腫瘍マーカーとしてのインプリンティング遺伝子は、次の通りである。
【0038】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、胆管癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0039】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、脳癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0040】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、腎臓癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0041】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、骨癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0042】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、子宮頸癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0043】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、鼻咽腔癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0044】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、喉頭癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0045】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、前立腺癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0046】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、胃癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0047】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、食道癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0048】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、乳癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0049】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、甲状腺癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0050】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、膀胱癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0051】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、肝臓癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0052】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、膵臓癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0053】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、リンパ腫マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0054】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、腸癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0055】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、皮膚癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0056】
一つの具体的な実施形態において、腫瘍マーカーは、肺癌マーカーで、かつインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0057】
第2の態様では、本出願は、サンプル中の上記腫瘍マーカーのインプリンティング遺伝子発現状況を解析して腫瘍診断を行うことを特徴とする、腫瘍診断モデルを提供する。
前記インプリンティング遺伝子発現状況は、インプリンティング遺伝子が発見しないこと、インプリンティング遺伝子の正常な発現、インプリンティング遺伝子消失発現またはインプリンティング遺伝子コピー数異常発現のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含む。
【0058】
本出願において、前記インプリンティング遺伝子消失とは、細胞をヘマトキシリンで染色した後、細胞核内に2つの赤色/茶色マーカーがある場合をインプリンティング消失の細胞とする。前記インプリンティング遺伝子コピー数異常とは、細胞をヘマトキシリンで染色した後、細胞核内に2つ以上の赤色/茶色マーカーがある場合をコピー数異常の細胞とし、前記コピー数異常は癌細胞における遺伝子の異常複製により、遺伝子発現時に三倍体、さらに倍数体の状態を呈することさえある。
【0059】
さらに、前記インプリンティング遺伝子が発現しない時は、サンプル中の細胞核内にインプリンティング遺伝子マーカーがないことを意味する。
さらに、前記インプリンティング遺伝子の正常な発現は、サンプル中の細胞核内に1つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味する。
さらに、前記インプリンティング遺伝子消失の発現は、サンプル中の細胞核内に2つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味する。
さらに、前記インプリンティング遺伝子コピー数異常発現は、サンプル中の細胞核内に2つ以上のインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味する。
【0060】
本出願において、ヘマトキシリンで染色した後のマーカーには、赤色または茶色が含まれるが、これらに限定されず、他の色で染色されたマーカーもインプリンティング遺伝子発現状況の解析に使用され得る。
【0061】
本出願によれば、インプリンティング遺伝子の特異的プローブを用いてサンプルとインサイチューハイブリダイゼーション(In situ hybridization)を行い、サンプル中の細胞にインプリンティング遺伝子消失の発現またはインプリンティング遺伝子コピー数異常発現の状況があるかどうかを解析して、腫瘍診断を行う。
【0062】
腫瘍診断モデルの診断方法は、以下に詳細に説明する。
本出願の一つの具体的な実施形態において、胆管の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、健康な胆管組織および/または細胞サンプルである。
【0063】
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、胆管癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0064】
本出願の一つの具体的な実施形態において、脳の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、健康な脳の組織および/または細胞サンプルである。
【0065】
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、脳癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0066】
本出願の一つの具体的な実施形態において、腎臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な腎臓の組織および/または細胞サンプルである。
【0067】
インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、腎臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0068】
本出願の一つの具体的な実施形態において、骨の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、健康な骨の組織および/または細胞サンプルである。
【0069】
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、骨癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0070】
本出願の一つの具体的な実施形態において、子宮頸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、健康な子宮頸の組織および/または細胞サンプルである。
【0071】
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、子宮頸癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0072】
本出願の一つの具体的な実施形態において、鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、健康な鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、鼻咽腔癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0073】
本出願の一つの具体的な実施形態において、喉頭の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記喉頭の組織および/または細胞サンプルは、健康な喉頭の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記喉頭組織および/または細胞サンプルは、喉頭癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0074】
本出願の一つの具体的な実施形態において、前立腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な前立腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、前立腺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0075】
本出願の一つの具体的な実施形態において、胃の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、健康な胃の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、胃癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0076】
本出願の一つの具体的な実施形態において、食道の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、健康な食道の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、食道癌組織および/または細胞サンプルである。
【0077】
本出願の一つの具体的な実施形態において、乳腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な乳腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、乳癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0078】
本出願の一つの具体的な実施形態において、甲状腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な甲状腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、甲状腺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0079】
本出願の一つの具体的な実施形態において、膀胱の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、健康な膀胱の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、膀胱癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0080】
本出願の一つの具体的な実施形態において、肝臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な肝臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、肝臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0081】
本出願の一つの具体的な実施形態において、膵臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な膵臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、膵臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0082】
本出願の一つの具体的な実施形態において、リンパの組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記淋巴の組織および/または細胞サンプルは、健康なリンパの組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記リンパの組織および/または細胞サンプルは、リンパ腫の組織および/または細胞サンプルである。
【0083】
本出願の一つの具体的な実施形態において、腸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、健康な腸組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、腸癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0084】
本出願の一つの具体的な実施形態において、皮膚の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、健康な皮膚組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、皮膚癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0085】
本出願の一つの具体的な実施形態において、肺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、健康な肺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、肺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0086】
第3の態様では、本出願は、腫瘍診断装置を提供する。前記腫瘍診断装置は、
サンプルを採取するためのサンプリングユニットと、
インプリンティング遺伝子配列に基づいて特異的プローブを設計するためのプローブ設計ユニットと、
当該プローブと当該サンプルとを、その場でハイブリダイズさせるための検出ユニットと、
顕微鏡イメージングでインプリンティング遺伝子発現状況を解析するための解析ユニットと、を備え、
ここで、前記解析ユニットは、サンプル中の第1の態様に記載の腫瘍マーカーのインプリンティング遺伝子発現状況を解析することで、腫瘍診断を行う。
【0087】
本出願において、前記インプリンティング遺伝子消失とは、細胞をヘマトキシリンで染色した後、細胞核内に2つの赤色/茶色マーカーがある場合をインプリンティング消失の細胞とする。
前記インプリンティング遺伝子コピー数異常とは、細胞をヘマトキシリンで染色した後、細胞核内に2つ以上の赤色/茶色マーカーがある場合をコピー数異常の細胞とする、前記コピー数異常は癌細胞における遺伝子の異常複製により、遺伝子発現時に三倍体、さらに倍数体の状態を呈することさえある。
【0088】
本出願において、ヘマトキシリンで染色した後のマーカーには、赤色または茶色が含まれるが、これらに限定されず、他の色で染色されたマーカーもインプリンティング遺伝子発現状況の解析に使用され得る。
本出願によれば、インプリンティング遺伝子の特異的プローブおよびサンプルでインサイチューハイブリダイゼーションを行い、サンプル中の細胞にインプリンティング遺伝子消失発現またはインプリンティング遺伝子コピー数異常発現の状況があるかどうかを解析して、腫瘍診断を行う。
【0089】
本出願の一つの具体的な実施形態において、前記サンプルは、組織および/または細胞に由来する。
本出願において、RNAの分解を防ぐため、サンプルをホルマリンで固定する必要があり、組織サンプルはパラフィン切片にすることができる。具体的な操作は、ヒト腫瘍組織サンプルを採取し、直ちに10%中性ホルマリンで固定し、パラフィンに包埋し、厚さ10μmにカットし、正電荷に帯電したガラススライドから組織スライスを作製する。
【0090】
本出願の一つの具体的な実施形態において、前記インサイチューハイブリダイゼーションは、RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法を用いる。
本出願において、インサイチューハイブリダイゼーションで用いられるプローブは、インプリンティング遺伝子配列に基づいて設計されたものであり、具体的には各遺伝子のイントロンからプローブとして部分配列を選択し、具体的なプローブはAdvanced Cell Diagnostics社によって設計された。
【0091】
本出願の一つの具体的な実施形態において、前記RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法は、シングルチャネルまたはマルチチャネルの発色試薬キットまたはシングルチャネルまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用し、好ましくはシングルチャネル赤色/茶色の発色試薬キットまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用する。
【0092】
腫瘍診断装置の解析方法は、以下に詳細に説明する。
本出願の一つの具体的な実施形態において、胆管の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、健康な胆管組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胆管の組織および/または細胞サンプルは、胆管癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0093】
本出願の一つの具体的な実施形態において、脳の組織および/または細胞サンプル中でインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、健康な脳の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記脳の組織および/または細胞サンプルは、脳癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0094】
本出願の一つの具体的な実施形態において、腎臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な腎臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腎臓の組織および/または細胞サンプルは、腎臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0095】
本出願の一つの具体的な実施形態において、骨の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、健康な骨の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記骨の組織および/または細胞サンプルは、骨癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0096】
本出願の一つの具体的な実施形態において、子宮頸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、健康な子宮頸の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記子宮頸の組織および/または細胞サンプルは、子宮頸癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0097】
本出願の一つの具体的な実施形態において、鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、健康な鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記鼻咽腔の組織および/または細胞サンプルは、鼻咽腔癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0098】
本出願の一つの具体的な実施形態において、喉頭の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記喉頭の組織および/または細胞サンプルは、健康な喉頭の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記喉頭組織および/または細胞サンプルは、喉頭癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0099】
本出願の一つの具体的な実施形態において、前立腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な前立腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記前立腺の組織および/または細胞サンプルは、前立腺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0100】
本出願の一つの具体的な実施形態において、胃の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、健康な胃の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記胃の組織および/または細胞サンプルは、胃癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0101】
本出願の一つの具体的な実施形態において、食道の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、健康な食道の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記食道の組織および/または細胞サンプルは、食道癌組織および/または細胞サンプルである。
【0102】
本出願の一つの具体的な実施形態において、乳腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な乳腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記乳腺の組織および/または細胞サンプルは、乳癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0103】
本出願の一つの具体的な実施形態において、甲状腺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、健康な甲状腺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21またはZ23がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記甲状腺の組織および/または細胞サンプルは、甲状腺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0104】
本出願の一つの具体的な実施形態において、膀胱の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、健康な膀胱の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膀胱の組織および/または細胞サンプルは、膀胱癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0105】
本出願の一つの具体的な実施形態において、肝臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な肝臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肝臓の組織および/または細胞サンプルは、肝臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0106】
本出願の一つの具体的な実施形態において、膵臓の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、健康な膵臓の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記膵臓の組織および/または細胞サンプルは、膵臓癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0107】
本出願の一つの具体的な実施形態において、リンパの組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記淋巴の組織および/または細胞サンプルは、健康なリンパの組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記リンパの組織および/または細胞サンプルは、リンパ腫の組織および/または細胞サンプルである。
【0108】
本出願の一つの具体的な実施形態において、腸の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、健康な腸組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26またはZ27がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記腸の組織および/または細胞サンプルは、腸癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0109】
本出願の一つの具体的な実施形態において、皮膚の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、健康な皮膚組織および/または細胞サンプルであり、
遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記皮膚の組織および/または細胞サンプルは、皮膚癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0110】
本出願の一つの具体的な実施形態において、肺の組織および/または細胞サンプルでインプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせの発現状況を解析する。
ここで、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内に発現されない場合、および/または正常に発現された場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、健康な肺の組織および/または細胞サンプルであり、
インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27またはZ28がサンプル中の細胞核内で消失発現および/またはコピー数異常発現を起こした場合、前記肺の組織および/または細胞サンプルは、肺癌の組織および/または細胞サンプルである。
【0111】
第4の態様では、本出願は、腫瘍の良性度・悪性度を検出する方法を提供する。前記腫瘍の良性度・悪性度を検出する方法は、
(1)サンプルを採取する、サンプリングステップと、
(2)インプリンティング遺伝子配列に基づいて特異的プローブを設計する、プローブ設計ステップと、
(3)プローブとサンプルを、その場でハイブリダイズさせる、インサイチューハイブリダイゼーション検出ステップと、
(4)顕微鏡イメージングでインプリンティング遺伝子発現状況を解析する、シグナル解析ステップと、を含み、
ここで、前記シグナル解析は、サンプル中の第1の態様に記載の腫瘍マーカーのインプリンティング遺伝子発現状況を解析することで、腫瘍診断を行う。
好ましくは、前記サンプルは、組織および/または細胞に由来する。
好ましくは、前記インサイチューハイブリダイゼーションは、RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法を用いる。
好ましくは、前記RNAscopeインサイチューハイブリダイゼーション方法は、シングルチャネルまたはマルチチャネルの発色試薬キットまたはシングルチャネルまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用し、好ましくはシングルチャネル赤色/茶色の発色試薬キットまたはマルチチャネルの蛍光試薬キットを使用する。
【0112】
第5の態様では、本出願の、第1の態様に記載の腫瘍マーカー、第2の態様に記載の腫瘍診断モデル、または第3の態様に記載の腫瘍診断装置が腫瘍を診断、スクリーニングまたは治療するための薬物および/または試薬の調製における応用を提供する。
従来技術と比較して、本出願は以下の有益な効果を有する。
(1)本出願のインプリンティング遺伝子は、正常な組織または細胞中に発現されない、または正常に発現されるが、癌組織中にインプリンティング消失の細胞およびコピー数異常の細胞が多数出現し、腫瘍マーカーとして高い診断感度を示す。
(2)本出願のインプリンティング遺伝子腫瘍マーカーは、腫瘍治療に対して指導的意義を有し、腫瘍の早期診断に有益で、患者の生存率を上げ、患者の命を救うことに大きく貢献する。
(3)本出願の検出方法は、免疫組織化学法、DNAシーケンシング方法、DNAメチル化解析およびFISHなどの方法とは異なり、偽陽性およびその他の負の影響を低減し、腫瘍の治療および投薬において重要な指導的役割を果たす。
【図面の簡単な説明】
【0113】
【
図1】
図1は、胆管組織サンプルにおける14個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図1(a)は健康な胆管組織サンプルにおける14個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図1(b)は胆管癌組織サンプルにおける14個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図2】
図2は、脳組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図2(a)は健康な脳組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図2(b)は脳癌組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図3】
図3は、腎臓組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図3(a)は健康な腎臓組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図3(b)は腎臓癌組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
【
図4】
図4は、骨組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図4(a)は健康な骨組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図4(b)は骨癌組織サンプルにおける19個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図5】
図5は、子宮頸組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図5(a)は健康な子宮頸組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図5(b)は子宮頸癌組織サンプルにおける17個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図6】
図6は、鼻咽腔組織サンプルにおける24個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図6(a)は健康な鼻咽腔組織サンプルにおける24個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図6(b)は鼻咽腔癌組織サンプルにおける24個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図7】
図7は、喉頭組織サンプルにおける16個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図7(a)は健康な喉頭組織サンプルにおける16個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図7(b)は喉頭癌組織サンプルにおける16個のインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図8】
図8は、前立腺組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図8(a)は健康な前立腺組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図8(b)は前立腺癌組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図9】
図9は、胃組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図9(a)は健康な胃組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図9(b)は胃癌組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図10】
図10は、食道組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図10(a)は健康な食道組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図10(b)は食道癌組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図11】
図11は、乳腺組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図11(a)は健康な乳腺組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図11(b)は乳癌組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図12】
図12は、甲状腺組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図12(a)は健康な甲状腺組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図12(b)は甲状腺癌組織サンプルにおける5つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図13】
図13は、膀胱組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図13(a)は健康な膀胱組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図13(b)は膀胱癌組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図14】
図14は、肝臓組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図14(a)は健康な肝臓組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図14(b)は肝臓癌組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図15】
図15は、膵臓組織サンプルにおける9つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図15(a)は健康な膵臓組織サンプルにおける9つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図15(b)は膵臓癌組織サンプルにおける9つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図16】
図16は、リンパ組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図16(a)は健康なリンパ組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図16(b)はリンパ腫組織サンプルにおける7つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
【
図17】
図17は、腸組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図17(a)は健康な腸組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図17(b)は腸癌組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図18】
図18は、皮膚組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図18(a)は健康な皮膚組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図18(b)は皮膚癌組織サンプルにおける6つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【
図19】
図19は、肺組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図であり、
図19(a)は健康な肺組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図、
図19(b)は肺癌組織サンプルにおける8つのインプリンティング遺伝子の発現状態を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【0114】
本出願が講じた技術的手段およびその効果をさらに説明するため、以下は実施例および図面を参照しつつ本出願をさらに説明する。本明細書に記載の具体的実施形態は、本出願の内容を明確にするためにのみ使用され、本出願を限定するものではないことを理解されたい。
実施例に具体的技術または条件が明記されていない場合、当該技術分野の文献に記載の技術または条件、あるいは製品説明書に従って実施する。使用される試薬または機器は、メーカーを明記しない場合、均しく正規流通業者から従来製品を入手できるものである。
【実施例1】
【0115】
胆管癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
(1)健康な胆管組織および胆管癌の組織細胞切片(10μm)を採取し、RNA分解を防ぐため、10%中性ホルマリン溶液に入れて固定し、固定時間は24時間で、スライドガラス上に貼り付け、前記ガラススライドに正電荷を付与して剥離を防止し、切片を40℃のオーブンで3時間以上焼成する。
(2)RNAscopeのサンプル処理方法に従って脱パラフィンし、サンプル中の内因性ペルオキシダーゼ活性をブロッキングし、透過性を高め、RNA分子を露出させる。
(3)プローブ設計:インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z8、Z10、N11、Z14、N16、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26およびZ27の配列に基づいて特異的プローブを設計する。
(4)ステップ(3)のプローブとサンプルを試薬キットによってRNAscopeインサイチューハイブリダイゼーションを実施する。
(5)シグナル増幅およびヘマトキシリン染色を行い、顕微鏡イメージングでインプリンティング遺伝子発現状況を解析する。
【0116】
本実施例において、インプリンティング遺伝子発現状況は、インプリンティング遺伝子が発見しないこと、インプリンティング遺伝子の正常な発現、インプリンティング遺伝子の消失発現またはインプリンティング遺伝子コピー数異常発現のいずれか1つまたは少なくとも2つの組み合わせを含み、ここでインプリンティング遺伝子が発現しないことはサンプル中の細胞核内にインプリンティング遺伝子マーカーがないことを意味し、インプリンティング遺伝子の正常な発現はサンプル中の細胞核内に1つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味し、ンプリント遺伝子消失発現はサンプル中の細胞核内に2つのインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味し、インプリンティング遺伝子コピー数異常発現は、サンプル中の細胞核内に2つ以上のインプリンティング遺伝子マーカーがあることを意味する。
【0117】
図1(a)に示すように、14個のインプリンティング遺伝子は、健康な胆管組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図1(b)に示すように、胆管癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例2】
【0118】
脳癌サンプル的インプリンティング遺伝子解析
健康な脳組織サンプルおよび脳癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z4、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、Z14、N16、Z17、Z19、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図2(a)に示すように、19個のインプリンティング遺伝子は、健康な脳組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図2(b)に示すように、脳癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例3】
【0119】
腎臓癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な腎組織サンプルおよび腎臓癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z4、Z6、Z8、Z10、N11、Z13、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図3(a)に示すように、17個のインプリンティング遺伝子は、健康な腎臟組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図3(b)に示すように、腎臓癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例4】
【0120】
骨癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な骨組織サンプルおよび骨癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z2、Z3、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z13、N16、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図4(a)に示すように、19個のインプリンティング遺伝子は、健康な骨組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図4(b)に示すように、骨癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例5】
【0121】
子宮頸癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な子宮頸組織サンプルおよび子宮頸癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z5、Z8、Z9、Z10、N11、N16、Z17、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図5(a)に示すように、17個のインプリンティング遺伝子は、健康な子宮頸組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図5(b)に示すように、子宮頸癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例6】
【0122】
鼻咽腔癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な鼻咽腔組織サンプルおよび鼻咽腔癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z4、Z5、Z6、Z8、Z9、Z10、N11、Z12、Z13、Z14、N16、Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z23、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図6(a)に示すように、24個のインプリンティング遺伝子は、健康な鼻咽腔組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図6(b)に示すように、鼻咽腔癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例7】
【0123】
喉頭癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な喉頭組織サンプルおよび喉頭癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z1、Z3、Z6、Z8、N11、Z15、N16、Z17、Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図7(a)に示すように、16個のインプリンティング遺伝子は、健康な喉頭組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図7(b)に示すように、喉頭癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例8】
【0124】
前立腺癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な前立腺組織サンプルおよび前立腺癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図8(a)に示すように、8つのインプリンティング遺伝子は、健康な前立腺組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図8(b)に示すように、前立腺癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例9】
【0125】
胃癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な胃組織サンプルおよび胃癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26およびZ27の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図9(a)に示すように、7つのインプリンティング遺伝子は、健康な胃組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図9(b)に示すように、胃癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例10】
【0126】
食道癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な食道組織サンプルおよび食道癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図10(a)に示すように、7つのインプリンティング遺伝子は、健康な食道組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図10(b)に示すように、食道癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例11】
【0127】
乳癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な乳腺組織サンプルおよび乳癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22およびZ27の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図11(a)に示すように、5つのインプリンティング遺伝子は、健康な乳腺組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図11(b)に示すように、乳癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例12】
【0128】
甲状腺癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な甲状腺組織サンプルおよび甲状腺癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21およびZ23の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図12(a)に示すように、5つのインプリンティング遺伝子は、健康な甲状腺組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図12(b)に示すように、甲状腺癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例13】
【0129】
膀胱癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な膀胱組織サンプルおよび膀胱癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図13(a)に示すように、8つのインプリンティング遺伝子は、健康な膀胱組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図13(b)に示すように、膀胱癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例14】
【0130】
肝臓癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な肝臓組織サンプルおよび肝臓癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z17、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図14(a)に示すように、7つのインプリンティング遺伝子は、健康な肝臟組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図14(b)に示すように、肝臓癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例15】
【0131】
膵臓癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な膵臓組織サンプルおよび膵臓癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z17、Z18、Z19、Z20、Z21、Z22、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図15(a)に示すように、9つのインプリンティング遺伝子は、健康な膵臓組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図15(b)に示すように、膵臓癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例16】
【0132】
リンパ腫サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康なリンパ組織サンプルおよびリンパ腫組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図16(a)に示すように、7つのインプリンティング遺伝子は、健康なリンパ組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図16(b)に示すように、リンパ腫組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例17】
【0133】
腸癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な腸組織サンプルおよび腸癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z19、Z20、Z21、Z22、Z26およびZ27の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図17(a)に示すように、6つのインプリンティング遺伝子は、健康な腸組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図17(b)に示すように、腸癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例18】
【0134】
皮膚癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な皮膚組織サンプルおよび皮膚癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図18(a)に示すように、6つのインプリンティング遺伝子は、健康な皮膚組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図18(b)に示すように、皮膚癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【実施例19】
【0135】
肺癌サンプルのインプリンティング遺伝子解析
健康な肺組織サンプルおよび肺癌組織サンプルを採取して、パラフィン包埋切片を作製し、インプリンティング遺伝子Z18、Z19、Z21、Z22、Z25、Z26、Z27およびZ28の配列に基づいて特異的プローブを設計し、その他の解析ステップは実施例1と同じである。
図19(a)に示すように、8つのインプリンティング遺伝子は、健康な肺組織サンプル中で発現されない、または正常に発現され、ごく少数の細胞中にのみインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況があり、
図19(b)に示すように、肺癌組織サンプル中にインプリンティング消失およびコピー数異常の発現状況が多数存在した。
【0136】
上記をまとめると、本出願のインプリンティング遺伝子は、正常な組織または細胞中に発現されない、または正常に発現されるが、癌組織中にインプリンティング消失の細胞およびコピー数異常の細胞が多数存在し、腫瘍マーカーとしての診断感度が高くなり、腫瘍治療に対して指導的意義を有し、腫瘍の早期診断に有益で、患者の生存率を上げ、患者の命を救うことに大きく貢献する。
【0137】
出願人は、本出願が上記実施例を通じて本出願の詳細な方法を説明しているが、本出願は上記詳細な方法に限定されず、すなわち本出願の実施が上記詳細な方法に依存しなければならないことを意味しないことを表明する。当業者は、本出願の改善、本出願の製品の各原料の同等効果の範囲内における代替および補助成分の添加、具体的形態の選択などが、本出願の保護範囲および開示範囲内に属することを理解すべきである。
【国際調査報告】