▶ ユニヴァーシティー オブ ユタ リサーチ ファウンデーションの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-12-12
(54)【発明の名称】食物特異的免疫応答を検出するための方法
(51)【国際特許分類】
G01N 33/53 20060101AFI20221205BHJP
G01N 33/536 20060101ALI20221205BHJP
A61P 1/04 20060101ALI20221205BHJP
A61K 51/08 20060101ALI20221205BHJP
C07K 17/00 20060101ALN20221205BHJP
C07K 14/415 20060101ALN20221205BHJP
C07K 16/16 20060101ALN20221205BHJP
C07K 16/18 20060101ALN20221205BHJP
C07K 14/46 20060101ALN20221205BHJP
【ＦＩ】
G01N33/53 N
G01N33/53 D
G01N33/536 B
A61P1/04
A61K51/08 200
C07K17/00
C07K14/415
C07K16/16
C07K16/18
C07K14/46
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022521560
(86)(22)【出願日】2020-10-08
(85)【翻訳文提出日】2022-06-03
(86)【国際出願番号】 US2020054819
(87)【国際公開番号】W WO2021072103
(87)【国際公開日】2021-04-15
(31)【優先権主張番号】62/912,505
(32)【優先日】2019-10-08
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．テフロン
(71)【出願人】
【識別番号】508087147
【氏名又は名称】ユニヴァーシティー オブ ユタ リサーチ ファウンデーション
(74)【代理人】
【識別番号】100094569
【弁理士】
【氏名又は名称】田中 伸一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100103610
【弁理士】
【氏名又は名称】▲吉▼田 和彦
(74)【代理人】
【識別番号】100109070
【弁理士】
【氏名又は名称】須田 洋之
(74)【代理人】
【識別番号】100119013
【弁理士】
【氏名又は名称】山崎 一夫
(74)【代理人】
【識別番号】100123777
【弁理士】
【氏名又は名称】市川 さつき
(74)【代理人】
【識別番号】100111796
【弁理士】
【氏名又は名称】服部 博信
(74)【代理人】
【識別番号】100123766
【弁理士】
【氏名又は名称】松田 七重
(72)【発明者】
【氏名】ピーターソン キャスリン エー
(72)【発明者】
【氏名】グライヒ ジェラルド ジェイ
(72)【発明者】
【氏名】ヤンデル マーク ディー
(72)【発明者】
【氏名】リン エドウィン
(72)【発明者】
【氏名】サファリ ヘディエ
【テーマコード（参考）】
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4C085HH15
4C085KB82
4C085LL05
4H045AA11
4H045BA60
4H045CA30
4H045CA32
4H045CA40
4H045CA43
4H045DA86
4H045EA50
(57)【要約】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を診断および治療する方法が開示される。本方法は、１つ以上の免疫グロブリン抗体のレベルが、対象から得られた食道分泌物試料中で上昇しているかどうかを検出するステップと、試料中の１つ以上の免疫グロブリン抗体のレベルが所定のカットオフ値を超えて上昇したときに、対象を活性なＥｏＥであると診断するステップと、試料中の１つ以上の免疫グロブリン抗体のレベルが所定のカットオフ値を下回るときに、対象を不活性なＥｏＥであると診断するステップと、活性ＥｏＥであると診断された対象を治療するステップと、を含んでもよい。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
試料中の１つ以上の食物特異的免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の１つ以上の食物抗原への結合を検出する方法であって、前記方法が、対象から得られた試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、前記１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の前記１つ以上の食物抗原への結合を検出することと、を含む、方法。
【請求項2】
前記１つ以上の食物抗原が、固体支持体に固定される、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記対象が前記食物抗原のうちの１つ以上を含む食物を摂取する前に、前記試料が得られる、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項4】
前記対象が前記食物抗原のうちの１つ以上を含む食物を摂取した後に、前記試料が得られる、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
前記対象が前記食物抗原のうちの前記１つ以上を含む前記食物を摂取する前に得られた前記試料中の前記１つ以上の食物抗原への前記１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の結合を、前記対象が前記食物抗原のうちの前記１つ以上を含む前記食物を摂取した後に得られた前記試料と比較することをさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
試料中の食物特異的免疫応答を検出する方法であって、前記方法が、ａ）前記試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、
ｂ）前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを決定することと、
ｃ）ｂ）の前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルを、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含み、
それによって、前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルが参照試料中の１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルよりも高いときに、前記試料中の前記食物特異的免疫応答を検出する、方法。
【請求項7】
活性または不活性好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象の食物アレルギーを、ＥｏＥに罹患している対象において特定する方法であって、前記方法が、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、
ｂ）前記試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルを、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルと比較することであって、前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体のレベルが、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルよりも高く、前記対象における食物アレルギーを特定する、比較することと、を含む、方法。
【請求項8】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥを患う対象において治療する方法であって、前記方法が、ａ）試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、
ｂ）前記試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルを、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、
ｃ）前記対象を治療することと、を含む、方法。
【請求項9】
前記検出するステップの前に、前記対象においてＥｏＥを検出することをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
前記対象の食道の粘膜組織における好酸球顆粒タンパク質を検出することによって、ＥｏＥが前記対象において検出され、前記対象に、放射性標識したヘパリンを、前記放射性標識したヘパリンが好酸球顆粒タンパク質に結合して、放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を形成する条件下で投与することと、前記食道の前記粘膜組織における前記放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を検出することと、を含み、それにより、前記食道の前記粘膜組織における前記放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を検出することで、前記対象における好酸球性食道炎を検出する、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥに罹患している対象において診断および治療する方法であって、前記方法が、ａ）試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、
ｂ）前記試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルを、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルと比較することと、
ｃ）前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルが、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルよりも高いときに、前記対象を活性なＥｏＥであると診断し、前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルが、参照試料レベル中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルよりも低いときに、前記対象を不活性なＥｏＥであると診断することと、
ｄ）活性なＥｏＥであると診断された前記対象を治療することと、を含み、前記１つ以上の食物抗原に結合した前記試料中の前記１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルが、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体の前記レベルよりも高い、方法。
【請求項12】
前記治療ステップが、１つ以上の食物種の摂取中止を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項13】
前記試料を対象から得ることまたは得たことをさらに含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項14】
前記対象が活性な好酸球性食道炎を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
前記対象が消散した好酸球性食道炎を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項16】
前記対象が、食道炎の少なくとも１つの症状を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項17】
前記対象が過敏性腸症候群を有する、請求項１３に記載の方法。
【請求項18】
前記試料が、１つ以上の１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体を含む、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記試料が粘膜試料である、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記粘膜試料が、食道分泌物または疾患からの排出物である、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
前記１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体が、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはそれらの組み合わせである、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項22】
前記１つ以上の食物抗原が、コムギｆ１、ダイズｆ１４、カゼインｆ７８、タマゴｆ２４５、またはそれらの組み合わせである、先行請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項23】
前記１つ以上の食物抗原に結合した前記１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の前記レベルが、参照試料中の前記１つ以上の食物抗原に結合した前記１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体のレベルと比較して前記試料中でより高いことにより、食物特異的免疫応答が示される、請求項１に記載の方法。
【請求項24】
好酸球性食道炎（ＥｏＥ）症状の原因を検出する方法であって、前記ＥｏＥ症状が、ＥＯＥと診断されたか、またはＥＯＥに罹患している患者における抗原に対する免疫応答によって引き起こされ、前記方法が、対象から食道粘膜試料を得ることまたは得たことであって、前記対象から得られた前記食道粘膜試料が、前記免疫応答の部位に由来し、前記食道粘膜試料が、１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体を含む、得ることまたは得たことと、
前記試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、
前記１つ以上の特異的Ｉｇ抗体の前記１つ以上の抗原への結合を検出することと、を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１９年１０月８日に出願された米国仮特許出願第６２／９１２，５０５号の利益を主張するものである。先に出願されたこの出願の内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。
本出願は、２０１９年１０月８日に出願された米国仮特許出願第６２／９１２，５０５号の利益を主張するものである。先に出願されたこの出願の内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【背景技術】
【0002】
食物抗原は、好酸球性食道炎の誘発および持続に関与する。誘因を特定するための食事除去は、侵襲的かつ面倒であり、費用がかかる。コストを抑え、本過程の間の患者の生活の質を向上させることができる代替案が必要である。
【発明の概要】
【0003】
試料中の１つ以上の食物特異的免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の１つ以上の食物抗原への結合を検出する方法が本明細書に開示され、本方法は、対象から得られた試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の１つ以上の食物抗原への結合を検出することと、を含む。
【0004】
試料中の食物特異的免疫反応を検出する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、ｂ）１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを決定することと、ｃ）ｂ）の１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含み、それによって、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いときに、試料中の食物特異的免疫応答を検出する。
【0005】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象の食物アレルギーを、ＥｏＥに罹患している対象において特定する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することであって、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高く、対象における食物アレルギーを特定する、比較することと、を含む。
【0006】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥを患う対象において治療する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）対象を治療することと、を含む。
【0007】
活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥを患う対象において治療する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）対象を治療することと、を含む。
【0008】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥを患う対象において診断および治療する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いときに、対象を活性なＥｏＥであると診断し、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料レベル中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも低いときに、前記対象を不活性なＥｏＥであると診断することと、ｄ）活性なＥｏＥであると診断された対象を治療することと、を含み、ここで、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高い。
【0009】
本明細書において、それを必要とする対象において好酸球性食道炎の診断および治療を、それを必要とする対象において行うための方法が本明細書に開示され、本方法は、（ｉ）患者からの食道生検試料中の少なくとも１つの遺伝子の遺伝子発現レベルを測定することであって、少なくとも１つの遺伝子が、好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、幹細胞因子、またはＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮからなる群から選択され、遺伝子発現レベルを測定することが、ＤＮＡマイクロアレイ分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析、またはその両方を含む方法によって行われる、測定することと、（ｉｉ）少なくとも１つの遺伝子の遺伝子発現レベルを、高倍率視野当たりの好酸球がゼロであり、基底層膨張がないものとして定義される正常な個体からの食道生検試料中のその発現レベルと比較することと、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルが、正常な個体からの食道生検試料中のその発現レベルと比較して１０倍超増加する場合に、対象において好酸球性食道炎を診断することと、（ｉｖ）抗炎症療法、アレルゲン除去、サイトカイン阻害剤、免疫抑制剤、および補体阻害剤から選択される１つ以上の療法を用いて、ステップ（ｉｉｉ）に従って診断された対象において好酸球性食道炎を治療することと、を含む。
【0010】
好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、幹細胞因子、またはＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮからなる群から選択される１つ以上のバイオマーカーを検出することによって、好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を診断する方法が本明細書に開示される。
【0011】
好酸球性食道炎（ＥｏＥ）の症状の原因を検出する方法が本明細書に開示され、このＥｏＥの症状は、ＥＯＥであると診断されたかまたはＥＯＥに罹患している患者における抗原への免疫応答によって引き起こされ、本方法は、対象から食道粘膜試料を得るかまたは得たことであって、対象から得られた食道粘膜試料が免疫応答の部位に由来し、食道粘膜試料が１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体を含む、得るかまたは得たことと、試料を１つ以上の抗原と接触させることと、１つ以上の特異的Ｉｇ抗体の１つ以上の抗原への結合を検出することと、を含む。
【図面の簡単な説明】
【0012】
【図1】コホートにおける、グルテン、カゼイン、ダイズ、およびタマゴについての免疫グロブリンＡ応答値を示す：ＥｏＥ（ｎ＝４３）、消散したＥｏＥ（ｎ＝１３）、および対照（ｎ＝１２）。消散患者は、いずれの対試験でも対照と有意差はなかった。活性なＥｏＥは、他の２つの群と比較して、グルテン、カゼイン、およびタマゴに対する抗体値が有意に増加しており、抗体応答レベルについて、消散患者とは異なっていた。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。
【図2】グルテン、カゼイン、ダイズ、およびタマゴのコホート（活性なＥｏＥ、消散したＥｏＥ、および対照）に対する免疫グロブリンＧ４応答値を示す。活性なＥｏＥは、消散したＥｏＥおよび対照と比較して、４つの食物抗原に対して有意に高い免疫グロブリンＧ４抗体レベルを示した。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４。
【図3】１７人の患者における除去食の導入前後の食道好酸球浸潤および内視鏡による採点を示す。
【図4A】ＥｏＥ患者の食道分泌物中の免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体、誘因食物と非誘因食物との比較を示す。図４Ａは、誘因食物および非誘因食物に対する免疫グロブリンＡ応答を示す。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４
【図4B】ＥｏＥ患者の食道分泌物中の免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体、誘因食物と非誘因食物との比較を示す。図４Ｂは、非誘因食物と比較して、誘因食物に対する各個体における免疫グロブリンＡ応答を表すヒートマップを示す。赤色は、検出されたより高い応答レベルを表す。大部分の誘因食物が、より高い範囲の応答値を生じさせた。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４
【図4C】ＥｏＥ患者の食道分泌物中の免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体、誘因食物と非誘因食物との比較を示す。図４Ｃは、誘因食物および非誘因食物に対する免疫グロブリンＧ４応答を示す。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４
【図4D】ＥｏＥ患者の食道分泌物中の免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体、誘因食物と非誘因食物との比較を示す。図４Ｄは、各個体における誘因食物および非誘因食物に対する免疫グロブリンＧ４応答のヒートマップを示す。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４
【図5】誘因食物および非誘因食物としてのグルテンおよびカゼインに対する免疫グロブリンＡ抗体レベルおよび免疫グロブリンＧ４抗体レベルを示す。カゼイン免疫グロブリンＡ応答は、乳製品が誘因でない人とは他対照的に、乳製品が誘因である人において有意に上昇する。免疫グロブリンＧ４応答値には、乳製品が誘因であることが分かっている人と分かっていない人との間で有意差はなかった。しかしながら、これは、非誘因群における１つの大きな外れ値に起因するものである可能が高かった。免疫グロブリンＡについてのコムギ応答値は、ＥｏＥの誘因がコムギであった人において有意に上昇した。免疫グロブリンＧ４応答値は、ここでも、コムギが誘因食物であったのか、またはこの限定されたコホートではそうでなかったのかを確実には区別しなかった。ＩｇＡ＝免疫グロブリンＡ。ＩｇＧ４＝免疫グロブリンＧ４。
【図6A】食道好酸球増多の領域にわたって行った均一サンプリングにより、特定の食物に対して類似した親和性が示されること、およびサンプリングが容易に再現されることを示す。これは、サンプリングが罹患領域全体にわたって均一であり、２つの異なる擦過物において結果が類似していることを示す。図６Ａは、食物特異的抗体（ＦＳＡ）－ＩｇＡびまん性汎食道サンプリング－ピーク計数１３２好酸球／ＨＰＦおよび汎食道炎（すなわち、炎症を伴う食道全体の関与）を示す。
【図6B】食道好酸球増多の領域にわたって行った均一サンプリングにより、特定の食物に対して類似した親和性が示されること、およびサンプリングが容易に再現されることを示す。これは、サンプリングが罹患領域全体にわたって均一であり、２つの異なる擦過物において結果が類似していることを示す。図６Ｂは、９５好酸球および全体疾患での食道のＦＳＡ－ＩｇＧ４汎サンプリングを示す。
【図6C】食道好酸球増多の領域にわたって行った均一サンプリングにより、特定の食物に対して類似した親和性が示されること、およびサンプリングが容易に再現されることを示す。これは、サンプリングが罹患領域全体にわたって均一であり、２つの異なる擦過物において結果が類似していることを示す。図６Ｃは、９５好酸球および全体疾患での食道のＦＳＡ－ＩｇＡ汎食道サンプリングを示す。
【図6D】食道好酸球増多の領域にわたって行った均一サンプリングにより、特定の食物に対して類似した親和性が示されること、およびサンプリングが容易に再現されることを示す。これは、サンプリングが罹患領域全体にわたって均一であり、２つの異なる擦過物において結果が類似していることを示す。図６Ｄは、食道、２５～３０好酸球、全体のＦＳＡ－ＩｇＡ汎サンプリングを示す。
【図7A】疾患の領域内で特異的にサンプリングし、その後、重大な疾患のない領域でサンプリングした、食道の異なる領域から採取した試料の結果を示す。疾患のない領域と比較して疾患のある領域をサンプリングしたときに、食物特異的抗体産生の変化が見られ、これにより、活性な食道疾患自体が食物特異的抗体の発生源である可能性が高いことが示される。図７Ａは、ＦＳＡ－ＩｇＡ遠位疾患（２５好酸球）および近位疾患（６好酸球）の別個のサンプリングを示す。
【図7B】疾患の領域内で特異的にサンプリングし、その後、重大な疾患のない領域でサンプリングした、食道の異なる領域から採取した試料の結果を示す。疾患のない領域と比較して疾患のある領域をサンプリングしたときに、食物特異的抗体産生の変化が見られ、これにより、活性な食道疾患自体が食物特異的抗体の発生源である可能性が高いことが示される。図７Ｂは、疾患（２５）および疾患のない領域（４）におけるＦＳＡ－ＩｇＧ４の別個のサンプリングを示す。
【図7C】疾患の領域内で特異的にサンプリングし、その後、重大な疾患のない領域でサンプリングした、食道の異なる領域から採取した試料の結果を示す。疾患のない領域と比較して疾患のある領域をサンプリングしたときに、食物特異的抗体産生の変化が見られ、これにより、活性な食道疾患自体が食物特異的抗体の発生源である可能性が高いことが示される。図７Ｃは、疾患および疾患の少ない領域（２２および１）におけるＦＳＡ－ＩｇＧ４の別個のサンプリングを示す。
【図7D】疾患の領域内で特異的にサンプリングし、その後、重大な疾患のない領域でサンプリングした、食道の異なる領域から採取した試料の結果を示す。疾患のない領域と比較して疾患のある領域をサンプリングしたときに、食物特異的抗体産生の変化が見られ、これにより、活性な食道疾患自体が食物特異的抗体の発生源である可能性が高いことが示される。図７Ｄは、疾患および疾患の少ない領域（２２対１）におけるＦＳＡ－ＩｇＡの別個のサンプリングを示す。
【図9A】食道分泌液中の食物特異的抗体はＥｏＥの診断に役立つが、唾液または血清はそうではないことを示す。コムギ：カゼイン：卵の応答の比率は、内視鏡時に唾液（全唾液）、血清、および食道分泌物の同時サンプリングを受けた患者３人で異なった。図９Ａは、食事除去を完了できなかったが乳製品で症候を示した１人の患者を示す。図に見られるように、食道分泌物はグルテンに対して高い応答値を示した一方、血清および唾液は他の食物抗原に対する応答が上昇しており、このことは、この参加者が罹患組織からの局所応答を有する可能性が高いことを示す。血清または唾液からの汚染は、食道採取物において類似の応答パターンを創出するはずである。これはここでは見られない。
【図9B】食道分泌液中の食物特異的抗体はＥｏＥの診断に役立つが、唾液または血清はそうではないことを示す。コムギ：カゼイン：卵の応答の比率は、内視鏡時に唾液（全唾液）、血清、および食道分泌物の同時サンプリングを受けた患者３人で異なった。図９Ｂは、局所ステロイドを選択した患者を示す。図に見られるように、食道分泌物はグルテンに対して高い応答値を示した一方、血清および唾液は他の食物抗原に対する応答が上昇しており、このことは、この参加者が罹患組織からの局所応答を有する可能性が高いことを示す。血清または唾液からの汚染は、食道採取物において類似の応答パターンを創出するはずである。これはここでは見られない。
【図9C】食道分泌液中の食物特異的抗体はＥｏＥの診断に役立つが、唾液または血清はそうではないことを示す。コムギ：カゼイン：卵の応答の比率は、内視鏡時に唾液（全唾液）、血清、および食道分泌物の同時サンプリングを受けた患者３人で異なった。図９Ｃは、最終的に食物除去食（６つの食物の除去）を受けた患者に行ったものである。食物の再導入により、コムギがこの患者の誘因食物として特定された。図９Ｃでは、患者のＥｏＥはコムギによって誘発されることが分かった。図に見られるように、食道分泌物はグルテンに対して高い応答値を示した一方、血清および唾液は他の食物抗原に対する応答が上昇しており、このことは、この参加者が罹患組織からの局所応答を有する可能性が高いことを示す。血清または唾液からの汚染は、食道採取物において類似の応答パターンを創出するはずである。これはここでは見られない。
【図10】腹部の痛みおよび不快感を有する患者４人についての食物特異的ＩｇＡの小腸相対値を示す。
【発明を実施するための形態】
【0013】
本発明は、本発明の様々な態様の以下の詳細な説明およびこれに含まれる実施例、ならびに図面およびそれらの前述および後述の説明を参照することにより、より容易に理解され得る。
【0014】
本化合物、組成物、物品、デバイス、および／または方法を開示および記載する前に、本発明が、特定の合成方法または特定の放射性標識された造影剤に限定されず、したがって、当然のことながら変化し得ることを理解されたい。本明細書で使用される用語は、特定の態様を説明することのみを目的とし、限定することを意図するものではないことも理解されたい。
【0015】
別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、開示される方法および組成物が属する技術分野の当業者によって一般的に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等であるいずれの方法および材料も、開示される方法および組成物の実践または試験において使用することができるが、特に有用な方法、デバイス、および材料は、記載するとおりである。
【0016】
開示される方法および組成物は、記載する特定の方法論、プロトコル、および試薬に限定されず、これらは変化し得ることが理解される。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的とし、本発明の範囲を限定することを意図するものではなく、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によってのみ限定されることも理解されたい。
【0017】
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形の「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」には、文脈によって明確に別途示されない限り、複数の参照が含まれる。
【0018】
本明細書で使用される「または」という語は、特定の羅列のうちの任意の１つの要素を意味し、その羅列の要素の任意の組み合わせも含む。
【0019】
本明細書で使用される場合、「任意選択の」または「任意選択で」という用語は、後に説明される事象または状況が生じても生じなくてもよいこと、およびその説明には、当該事象または状況が生じる事例と、それらが生じない事例とが含まれることを意味する。
【0020】
本明細書で使用される場合、「試料」という用語は、対象からの組織または臓器、細胞（対象内にあるもの、対象から直接採取されたもの、または培養もしくは培養細胞株から維持された細胞のいずれか）、細胞溶解物（または溶解物分画）もしくは細胞抽出物、または細胞もしくは細胞材料（例えば、ポリペプチドまたは核酸）に由来する１つ以上の分子を含有する溶液を意味する。試料はまた、細胞もしくは細胞成分を含有する任意の体液もしくは排泄物（例えば、限定されないが、血液、尿、便、唾液、涙液、胆汁）、または疾患状態からの排出物であってもよい。
【0021】
範囲は、本明細書では、「約」の１つの特定の値から、かつ／または「約」の別の特定の値までであるとして表現されてもよい。こうした範囲が表現されるとき、別の態様は、￢一方の特定の値から、かつ／または他方の特定の値までを含む。同様に、値が近似値として表現される場合、先行する「約」の使用によって、特定の値が別の態様を形成することが理解されることになる。範囲の各々の端点は、他方の端点との関連において、および他方の端点とは独立して、意義があることがさらに理解されることになる。
【0022】
本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という語、ならびに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」などのこの語の変化形は、「含むが、限定されない」を意味し、例えば、他の追加物、構成要素、整数、またはステップを除外することを意図するものではない。
【0023】
本明細書で使用される場合、「対象」は、個人を意味する。対象は、霊長類、例えば、ヒトなどの哺乳動物であり得る。「対象」という用語には、ネコ、イヌなどといった飼育動物、家畜、例えば、ウシ、ウマ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど、および実験動物、例えば、マウス、ウサギ、ラット、アレチネズミ、フクロネズミなども含まれる。本明細書で使用される場合、「対象」および「患者」という用語は、交換可能である。
【0024】
本明細書で使用される場合、「患者」という用語は、疾患または障害患う対象を指す。「患者」という用語は、ヒトおよび獣医学対象を含む。開示される方法のいくつかの態様では、「患者」は、例えば、投与ステップの前に、治療を必要とすると診断されている。
【0025】
本明細書で使用される場合、「粘膜組織」は、体内の様々な空洞を裏打ちしている組織である。粘膜組織の例としては、鼻、副鼻腔、気管支、肺、結膜、口腔、舌、食道、胃、幽門、十二指腸、空腸、回腸、上行結腸、盲腸、虫垂、横行結腸、下行結腸、直腸、肛門、尿道、真皮、小腸（ｓｍａｌｌ ｂｏｗｅｌ）（小腸（ｓｍａｌｌ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ））、大腸（ｌａｒｇｅ ｂｏｗｅｌ）（大腸（ｌａｒｇｅ ｉｎｔｅｓｔｉｎｅ））、胆道系および胆管系、ならびに膀胱が挙げられるが、これらに限定されない。粘膜組織は、上皮表面、粘液を分泌する腺上皮、基底膜、および結合組織を有する粘膜下組織を含む。いくつかの態様では、粘膜組織は、対象の食道由来である。いくつかの態様では、粘膜組織は、対象の腸由来である。いくつかの態様では、粘膜組織は、消化管粘膜組織である。いくつかの態様では、粘膜組織は、消化管粘膜組織分泌物である。いくつかの態様では、粘膜組織は、腸内層からの小腸液である。いくつかの態様では、粘膜組織は、食道粘膜組織分泌物である。
【0026】
本明細書で使用される場合、「好酸球顆粒タンパク質」は、好酸球中に顆粒を含むタンパク質である。好酸球が活性化されると、顆粒タンパク質は、細胞から周囲組織に放出される。放出された顆粒タンパク質は、周囲組織、例えば、食道粘膜組織中で、病的アレルギー誘発性炎症応答を引き起こし得る。好酸球顆粒タンパク質の例としては、主要塩基性タンパク質（ＭＢＰ）、主要塩基性タンパク質１（ＭＢＰ－１）、主要塩基性タンパク質２（ＭＢＰ－２）、好酸球由来神経毒素（ＥＤＮ、ＲＮａｓｅ２とも称される）、好酸球カチオン性タンパク質（ＥＣＰ、ＲＮａｓｅ３とも称される）、および好酸球ペルオキシダーゼ（ＥＰＯ）が挙げられるが、これらに限定されない。好酸球顆粒タンパク質の他の例は、Ｋｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｓ，Ｃｈａｐｔｅｒ １９ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙにおいて提供されており、本書は、その好酸球顆粒タンパク質の例の教示について参照により本明細書に組み込まれる。いくつかの態様では、好酸球顆粒タンパク質はＭＢＰ－１であり得る。
【0027】
本明細書で使用される場合、「遺伝子」という用語は、機能性ＲＮＡまたはタンパク質をコードするＤＮＡの領域を指す。「機能性ＲＮＡ」は、タンパク質に翻訳されないＲＮＡ分子を指す。概して、遺伝子記号はイタリック体を使用して示され、タンパク質記号は非イタリック体を使用して示される。
【0028】
本明細書で使用される「核酸」という用語は、ＤＮＡであるかＲＮＡであるかＤＮＡ－ＲＮＡハイブリッドであるか、一本鎖であるか二本鎖であるか、センスであるかアンチセンスであるかにかかわらず、ワトソン・クリック塩基対形成によって相補的な核酸にハイブリダイズすることができる、天然または合成のオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを指す。本発明の核酸はまた、ヌクレオチド類似体、および非ホスホジエステルヌクレオシド間連結（例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）またはチオジエステル連結）を含み得る。具体的には、核酸は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ｇＤＮＡ、ｓｓＤＮＡ、ｄｓＤＮＡ、またはそれらの任意の組合せを含み得るが、これらに限定されない。
【0029】
「単離された核酸」または「精製された核酸」は、本発明のＤＮＡが誘導される生物の天然のゲノム中で、遺伝子の両側にある遺伝子を含まないＤＮＡを意味する。したがって、この用語には、例えば、自律的に複製するプラスミドまたはウイルスなどのベクターに組み込まれる組換えＤＮＡ、または原核生物もしくは真核生物のゲノムＤＮＡに組み込まれる組換えＤＮＡ（例えば導入遺伝子）、または別個の分子として存在する組換えＤＮＡ（例えば、ＰＣＲ、制限エンドヌクレアーゼ消化、または化学もしくはインビトロ合成によって産生されるｃＤＮＡまたはゲノムまたはｃＤＮＡ断片）が含まれる。これにはまた、追加のポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えＤＮＡも含まれる。「単離された核酸」という用語はまた、ＲＮＡ、例えば、単離されたＤＮＡ分子によってコードされるｍＲＮＡ分子、または化学的に合成されるｍＲＮＡ分子、または少なくともいくつかの細胞成分、例えば、他のタイプのＲＮＡ分子もしくはポリペプチド分子から分離されるか、もしくはそれらを実質的に含まないｍＲＮＡ分子を指す。
【0030】
「特異的に結合する」は、抗体が、その同族抗原を認識し、それと物理的に相互作用し、他の抗原を著しく認識せず、それと相互作用しないことを意味し、そのような抗体は、当該技術分野で周知の技法によって生成されるポリクローナル抗体であってもモノクローナル抗体であってもよい。
【0031】
「プローブ」、「プライマー」、またはオリゴヌクレオチドは、相補配列を含む第２のＤＮＡまたはＲＮＡ分子（「標的」）と塩基対合し得る、定義された配列の一本鎖ＤＮＡまたはＲＮＡ分子を意味する。結果として生じるハイブリッドの安定性は、発生する塩基対合の程度に左右される。塩基対合の程度は、プローブと標的分子との間の相補性の程度、およびハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーの程度などのパラメータに影響される。ハイブリダイゼーションストリンジェンシーの程度は、温度、塩濃度、およびホルムアミドなどの有機分子の濃度などのパラメータに影響され、当業者に既知の方法によって決定される。核酸に特異的なプローブまたはプライマー（例えば、遺伝子および／またはｍＲＮＡ）は、それらがハイブリダイズする核酸の領域に対して、少なくとも８０％～９０％の配列相補性、好ましくは少なくとも９１％～９５％の配列相補性、より好ましくは少なくとも９６％～９９％の配列相補性、および最も好ましくは１００％の配列相補性を有する。プローブ、プライマー、およびオリゴヌクレオチドは、当業者に周知の方法によって、放射性または非放射性のいずれかで検出可能に標識されてもよい。プローブ、プライマー、およびオリゴヌクレオチドは、核酸ハイブリダイゼーションを伴う方法、例えば、核酸配列決定、ポリメラーゼ連鎖反応による逆転写および／または核酸増幅、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、制限断片多型（ＲＦＬＰ）分析、サザンハイブリダイゼーション、ノーザンハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、電気泳動移動度シフトアッセイ（ＥＭＳＡ）に使用される。
【0032】
「特異的にハイブリダイズする」は、プローブ、プライマー、またはオリゴヌクレオチドが、高ストリンジェンシー条件下で、実質的に相補的な核酸を認識し、それと物理的に相互作用（すなわち、塩基対合）し、他の核酸とは実質的に塩基対合しないことを意味する。
【0033】
「高ストリンジェンシー条件」は、０．５ＭのＮａＨＰＯ4、ｐＨ７．２、７％のＳＤＳ、１ｍＭのＥＤＴＡ、および１％のＢＳＡ（Ｖ画分）を含有する緩衝液中、６５℃の温度、または４８％のホルムアミド、４．８倍ＳＳＣ、０．２Ｍのトリス－Ｃｌ、ｐＨ７．６、１倍デンハルト溶液、１０％の硫酸デキストラン、および０．１％のＳＤＳを含有する緩衝液中、４２℃の温度で、少なくとも４０ヌクレオチド長のＤＮＡプローブを使用することにより得られるものに相当するハイブリダイゼーションを可能にする条件を意味する。高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションのため、例えば、ＰＣＲ、ノーザン、サザン、またはインサイツハイブリダイゼーション、ＤＮＡ配列決定などのための他の条件は、分子生物学分野の当業者には周知である。（例えば、Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，１９９８を参照されたい）。
【0034】
好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、一般に食物抗原を誘因とする食道の免疫介在性疾患である。ＥｏＥは、１９９３年以前には特徴付けられていなかったが、現在では嚥下障害（嚥下困難）および食道内視鏡を必要とする食塊閉塞の最も一般的な原因である。ＥｏＥは、緊急の内視鏡的除去を必要とする急性食塊閉塞を引き起こす。慢性ＥｏＥは、線維性狭窄の形成および食道リモデリングを引き起こし、患者は、食べるために定期的な食道拡張を必要とする。ＥｏＥにおける線維症の機序は十分に研究されておらず、最適な予防戦略は分かっていない。ＥｏＥは、内視鏡生検により診断され、これは侵襲的であり、患者に著しいコストを招く。ＥｏＥを誘発する食物抗原は、定期的なほぼ毎月の生検からなる、数年に及ぶ食事除去試験をとおして決定される。
【0035】
本明細書に開示の組成物および方法は、非侵襲的診断モダリティを開発し、誘因抗原を迅速に特定するというＥｏＥ患者の臨床ニーズに焦点を当てる。本明細書に開示されるように、そのような抗原フットプリントが最近の食物摂取を反映したかどうか、および疾患自体が抗原シグナルを示したかどうかを試験し、食物誘因の除去により、疾患が進行中であるにもかかわらず、食物特異的シグナルが減少したかどうか（すなわち、シグナルが抗原暴露に依存したかどうか）を決定した。ＲＮＡ－ｓｅｑおよび組織病理学的検証を使用して、上皮下免疫調節応答がＥｏＥの特徴であり、線維症を誘導し得ることを示した。また、ＲＮＡ－ｓｅｑおよび定量的タンパク質アッセイを使用して、非低侵襲性擦過によって収集した食道分泌物中の診断バイオマーカーを特定した。また、食道分泌物中の食物特異的抗体と抗原の積極的曝露および除去に対する応答とを使用して、誘因食物を正確に予測し決定する方法が本明細書に記載される。
【0036】
好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、食道嚥下障害および運動障害の重篤で増加しつつある免疫学的原因である（Ｅ．Ｓ．Ｄｅｌｌｏｎ；Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８）。これは、小児および若年成人における嚥下障害の最も一般的な原因の１つとなっている（Ｅ．Ｓ．Ｄｅｌｌｏｎ；Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８；Ｊ．Ｍ．Ｓｐｅｒｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２１（３）：２８１－２８４，ｊｕｌ ２０１８、およびＥ．Ｉｎａｇｅ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｄ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，３１５（５），ｓｅｐ ２０１８）。内視鏡を必要とする嚥下障害症例の１２～２３％は、ＥｏＥによって引き起こされる（Ｅ Ｓ Ｄｅｌｌｏｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ Ｃｌｉｎｉｃｓ ｏｆ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ，４３（２）：２０１－２１８，ｊｕｎ ２０１４）。最近の文献によると、ＥｏＥの有病率は１，０００人当たり０．５～１人であり、ＥｏＥの発生率は１００，０００人当たり５～１０人であると見積もられている（Ｅ．Ｓ．Ｄｅｌｌｏｎ；Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８）。増加しつつあるＥｏＥの有病率は、疾患の慢性的性質、および疾患がより広く認識されてきたことにより診断が増加したことに起因する（Ａ．Ａｒｉａｓ ａｎｄ Ａ Ｊ Ｌｕｃｅｎｄｏ．Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ ａｎｄ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓｅａｓｅ，ｊｕｌ ２０１８、Ｓ Ｈｏｍｍｅｉｄａ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉｓｅａｓｅｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｓｏｐｈａｇｕｓ，３１（１２），ｄｅｃ ２０１８、およびＪａｃｏｂ Ｒｏｂｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１７（１），ｊｕｎ ２０１８）。男性は、３：１でＥｏＥにかかりやすい（Ｅ Ｍａｎｓｏｏｒ ａｎｄ ＧＳ Ｃｏｏｐｅｒ．Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６１（１０）：２９２８－２９３４，ｊｕｎ ２０１６、およびＣＡ Ｌｉａｃｏｕｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２８（１）：３－２０．ｅ６；ｑｕｉｚ ２１，ｊｕｌ ２０１１）。白人は、ＥｏＥを発症する可能性がアフリカ系またはアジア系米国人と比較して３倍高い（Ｅ Ｍａｎｓｏｏｒ ａｎｄ ＧＳ Ｃｏｏｐｅｒ．Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６１（１０）：２９２８－２９３４，ｊｕｎ ２０１６、およびＣＡ Ｌｉａｃｏｕｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２８（１）：３－２０．ｅ６；ｑｕｉｚ ２１，ｊｕｌ ２０１１）。ＥｏＥ患者は、アトピー性障害（例えば、喘息、アレルギー性鼻炎、およびアトピー性皮膚炎）を示す可能性が高い（Ｅ Ｍａｎｓｏｏｒ ａｎｄ ＧＳ Ｃｏｏｐｅｒ．Ｄｉｇｅｓｔｉｖｅ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６１（１０）：２９２８－２９３４，ｊｕｎ ２０１６、およびＣＡ Ｌｉａｃｏｕｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２８（１）：３－２０．ｅ６；ｑｕｉｚ ２１，ｊｕｌ ２０１１）。
【0037】
ＥｏＥは、免疫介在性疾患であり、症状は、抗原暴露によって誘発される（Ｅ．Ｓ．Ｄｅｌｌｏｎ；Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８；Ｊ．Ｍ．Ｓｐｅｒｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２１（３）：２８１－２８４，ｊｕｌ ２０１８、およびＥ．Ｉｎａｇｅ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｄ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，３１５（５），ｓｅｐ ２０１８）。その最も一般的な誘因は食物抗原であり、コムギ、乳製品、タマゴ、ダイズ、魚介類、およびナッツの６つの食物が、症例の約７０％を誘発する（Ｅ．Ｓ．Ｄｅｌｌｏｎ；Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８；Ｊ．Ｍ．Ｓｐｅｒｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２１（３）：２８１－２８４，ｊｕｌ ２０１８、およびＥ．Ｉｎａｇｅ．Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ ａｎｄ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，３１５（５），ｓｅｐ ２０１８）。エアロアレルゲンもＥｏＥを誘発し、症状の重症度は、季節、汚染、または地理によって変化し得る（Ｍａｔｔｈｅｗ Ｉ Ｆｏｇｇ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１１２（４）：７９６－７９７，ｏｃｔ ２００３、およびＣｒａｉｇ Ｃ Ｒｅｅｄ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎａｌｓ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ，Ａｓｔｈｍａ＆Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２２（３）：２９６－３０１，ｍａｒ ２０１９）。
【0038】
ＥｏＥには、強い遺伝性および環境的要素がある。一卵性双生児の研究では、ＥｏＥは１４．５％の遺伝的継承性を有するが、変動の８１．０％は共有環境に帰せられることが示されている（ＥＳ Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３４（５）：１０８４－１０９２．ｅ１，ｎｏｖ ２０１４）。ＥｏＥの家族性再現リスク比は１０～６４倍であり、男性近親者間で最も高い（ＥＳ Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３４（５）：１０８４－１０９２．ｅ１，ｎｏｖ ２０１４）。ＧＷＡＳ研究において、ＥｏＥの発症リスクを高めるＴ－ヘルパー２（Ｔｈ２）細胞シグナル伝達に関与するバリアントのいくつかの遺伝子が特定されている（ＬＣ Ｋｏｔｔｙａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，４６（８）：８９５－９００，ａｕｇ ２０１４）。ＲＮＡ－ｓｅｑ試験では、ＥｏＥ患者由来の食道生検中で、ＩＬ－１３によって誘導される遺伝子であるＴｈ２サイトカインの発現の増加も示されている（Ｊ Ｄ Ｓｈｅｒｒｉｌｌ．Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，１５（６）：３６１－３６９，ｓｅｐ ２０１４）。
【0039】
Ｔｈ２サイトカインシグナル伝達の下流効果により、ＥｏＥのいくつかの病的特徴、特にＩＬ－５およびＩＬ－１３シグナル伝達が生じる（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）。マウス試験では、ＩＬ－５は、好酸球成熟および粘膜好酸球増多に重要であることが示された（Ｆ Ｒｏｕｆｏｓｓｅ．Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ ｍｅｄｉｃｉｎｅ，５：４９，ａｐｒ ２０１８）。ヒトでは、ＩＬ－１３発現は、ＥｏＥ患者において増加し、ＣＣＬ２６によってコードされるエオタキシン－３の上皮発現を誘導する（Ｃ Ｂｌａｎｃｈａｒｄ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２０（６）：１２９２－１３００，ｄｅｃ ２００７）。マウス試験では、ＩＬ－１３発現の過剰発現は、食道好酸球増多を引き起こすのに十分であり（Ｃ Ｂｌａｎｃｈａｒｄ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｎｄ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ａｌｌｅｒｇｙ，３５（８）：１０９６－１１０３，ａｕｇ ２００５）、好酸球とは無関係の線維症を誘導した可能性がある（Ｌ Ｚｕｏ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１８５（１）：６６０－６６９，ｊｕｌ ２０１０）。
【0040】
ＥｏＥの急性症状には、嚥下障害、嚥下痛、および食塊による食道閉塞につながる浮腫が含まれるが、これらに限定されない（Ｈ Ｐｈｉｌｐｏｔｔ，ｅｔ ａｌ．Ａｓｉａ Ｐａｃｉｆｉｃ ａｌｌｅｒｇｙ，７（１）：３－９，ｊａｎ ２０１７）。慢性的に治療されていないＥｏＥは、食道リモデリング、硬化、および運動不全と関連付けられる（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）。これらの変化は、食道狭窄を生じさせ、協調性収縮の欠如に起因して食塊の動きを損なう（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）。最終的に、線維リモデリングによって誘導される嚥下障害を軽減するために、食道拡張が必要となる場合がある（ＡＭ Ｓｃｈｏｅｐｆｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１０５（５）：１０６２－１０７０，ｍａｙ ２０１０）。線維性狭窄は、すべてのＥｏＥ患者に発生するものではなく、嚥下障害および食塊閉塞についてのＩＣＤ－９コードを使用して５７～９０％と推定されている（Ｅｖａｎ Ｓ Ｄｅｌｌｏｎ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ Ｃｌｉｎｉｃｓ ｏｆ Ｎｏｒｔｈ Ａｍｅｒｉｃａ，４３（２）：２０１－２１８，ｊｕｎ ２０１４、ＣＡ Ｌｉａｃｏｕｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２８（１）：３－２０．ｅ６、ｑｕｉｚ ２１，ｊｕｌ ２０１１、およびＪｅａｎ Ｐ Ｌｉ－Ｋｉｍ－Ｍｏｙ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ，５２（２）：１４７－１５３，ｆｅｂ ２０１１）。
【0041】
ＥｏＥにおける上皮下線維症の正確な機序は不明である（Ｊｅｎｎｉｆｅｒ Ａｒｍｂｒｕｓｔｅｒ－Ｌｅｅ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１０４（１）：３１－４０，ｊｕｌ ２０１８）。
【0042】
ＥｏＥは現在、内視鏡生検により診断されている。ＥｏＥの診断についての現在のコンセンサス基準は、少なくとも１つの生検において、高倍率顕微鏡視野当たり＃１５の好酸球である（ＥＳ Ｄｅｌｌｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８）。ＥｏＥにおける好酸球浸潤の不均一性は、偽陰性を避けるために、１つ超の生検が必要であることを意味する（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。内視鏡生検も、治療応答を評価するために使用される（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。治療は、経過観察時に生検によって組織学的な消散が観察される場合に、成功とみなされる（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。
【0043】
患者のＥｏＥの原因となる食物誘因を特定するため、食事除去試験が行われる（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。これらの試験では、原因となる食物は、患者の食事から除去した後に組織学的な消散が生じ、その食物を患者の食事に再導入した後に疾患が再発する場合に、特定される（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４）。一部のガイドラインでは、経験的頻度でＥｏＥ症例の大半を誘発する６つの食品の除去が推奨される（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４）。実際には、患者の社会経済的要因、生活様式の選択、および健康リテラシーに起因して、食事除去の選択および順序には相当なばらつきがある（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４）。食事除去の不履行が頻繁にみられ、患者の順守を評価することは困難であり得る（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４）。患者の順守を評価することの困難は、コムギグルテンから作製される医薬品カプセルなどの消費者製品における一般的なＥｏＥ抗原の高い普及率およびその使用が分かりにくいことによってさらに悪化する（ＡＲ Ｋｉｎｇ ａｎｄ Ａｕｇｕｓｔ ２０１２ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｋａｎｓａｓ Ｄｒｕｇ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ Ｅｘｐｅｒｉｅｎｔｉａｌ Ｒｏｔａｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｅｎｔｓ．Ｇｌｕｔｅｎ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｔｈｅ ｔｏｐ ２００ ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎｓ：Ｆｏｌｌｏｗ－ｕｐ ｔｏ ｔｈｅ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ ｇｌｕｔｅｎ ｏｎ ａ ｐａｔｉｅｎｔ’ｓ ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎ ｃｈｏｉｃｅｓ．Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｐｈａｒｍａｃｙ，４８（９）：７３６－７４３，ｏｃｔ ２０１３）。
【0044】
ＥｏＥの治療には複数の治療が使用される。一般的な第一選択療法には、食事除去、プロトンポンプ阻害剤（ＰＰＩ）、および局所コルチコステロイド（ＴＣＳ）が含まれる（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。生物製剤および標的療法も、臨床試験で探求されているが（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）、そのいずれも、ＥｏＥの治療に十分に効果的ではなく、したがって代替治療が依然として必要とされている。
【0045】
誘因食物の除去は、ＥｏＥに対して非常に効果的な治療であり、患者の７４％が、６つの最も一般的な食物誘因の除去後に消散する（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。しかしながら、療法食は必ずしも実行可能ではなく、患者の順守、社会経済的要因、または予算上の制約に左右される（ＷＡ Ｗｏｌｆ，ｅｔ ａｌ．Ｄｙｓｐｈａｇｉａ，３１（６）：７６５－７７０，ａｕｇ ２０１６）。また、エアロアレルゲンを誘因とするＥｏＥの患者には、食事除去は効果的でない（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，Ｍａｙ ２０１４）。
【0046】
プロトンポンプ阻害剤療法は、ＥｏＥ患者の約３分の１でＥｏＥの臨床的および組織学的寛解をもたらす（Ｊ Ｍｏｌｉｎａ－Ｉｎｆａｎｔｅ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔａｒｙ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ＆Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ，３７（１２）：１１５７－１１６４，ｊｕｎ ２０１３）。以前のガイドラインでは、ＥｏＥの診断を下す前に、患者はＰＰＩに非応答であることを求めていましたが、ＰＰＩで回復した患者はＰＰＩ応答性ＥｏＥ（ＰＰＩ－ＲＥＥ）に分類されました。現在のガイドラインでは、ＰＰＩ－ＲＥＥとＥｏＥとは区別されない（ＥＳ Ｄｅｌｌｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｕｐｄａｔｅｄ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５５（４）：１０２２－１０３３．ｅ１０，ｓｅｐ ２０１８）。ＰＰＩは、有害作用が比較的軽度であり、概して忍容性良好である（Ａ Ｐｉｌｏｔｔｏ，ｅｔ ａｌ．Ｗｏｒｌｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１３（３３）：４４６７－４４７２，ｓｅｐ ２００７）。しかしながら、多くの患者において、ＰＰＩ治療は、ＥｏＥの長期寛解には効果的でない（ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｕｎｉｔｅｄ Ｅｕｒｏｐｅａｎ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ｊｏｕｒｎａｌ，５（３）：３３５－３５８，ａｐｒ ２０１７）。ＥｏＥにおけるＰＰＩの作用機序は、まだよく分かっていない（Ｗ Ａｓｈｅｒ Ｗｏｌｆ ａｎｄ Ｅｖａｎ Ｓ Ｄｅｌｌｏｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ＆ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１０（７）：４２７－４３２，ｊｕｌ ２０１４）。
【0047】
局所コルチコステロイド（ＴＣＳ）は、一部の患者においてＥｏＥの臨床的および組織学的詳細を誘導する（ＢＫ Ｂｕｔｚ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１４７（２）：３２４－３３．ｅ５，ａｕｇ ２０１４）。ＴＣＳはまた、一部の患者に対して、長期寛解の維持に効果的である（Ａ Ｓｔｒａｕｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，９（５）：４００－９．ｅ１，ｍａｙ ２０１１）。しかしながら、患者の１０％において、ＴＣＳは、免疫抑制に起因する食道カンジダ症を引き起こす（Ａ Ｓｔｒａｕｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，９（５）：４００－９．ｅ１，ｍａｙ ２０１１、およびＤＡ Ａｎｄｒｅａｅ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１１１（８）：１１８７－１１９７，ｊｕｎ ２０１６）。
【0048】
生物製剤および標的化治療薬の臨床試験は、ＥｏＥにおけるＴｈ２関連シグナル伝達の阻害に焦点を当ててきた。抗ＩＬ５モノクローナル抗体（すなわち、メポリズマブ、レスリズマブ）は、食道好酸球増多の低下に中程度の有効性を示したが、臨床症状には効果がなかった（Ａ Ｓｔｒａｕｍａｎｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇｕｔ，５９（１）：２１－３０，ｊａｎ ２０１０、ＡＨ Ａｓｓａ’ａｄ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１４１（５）：１５９３－１６０４，ｎｏｖ ２０１１、およびＪＭ Ｓｐｅｒｇｅｌ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１２９（２）：４５６－６３，４６３．ｅ１，ｆｅｂ ２０１２）。抗ＩＬ１３モノクローナル抗体も、食道好酸球増多を低下させたが、臨床症状は改善しなかった（ＭＥ Ｒｏｔｈｅｎｂｅｒｇ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３５（２）：５００－５０７，ｆｅｂ ２０１５）。ＩＬ－４受容体を標的とするモノクローナル抗体の臨床試験は、現在、ＥｏＥの臨床試験で試験されている（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）。好酸球遊走を妨げるＣＲＴＨ２阻害剤は、食道好酸球増多を低下させたが、完全には消散させなかった（ＫＭ Ｏ’Ｓｈｅａ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５４（２）：３３３－３４５，２０１８）。
【0049】
現在のところ、食事除去試験が、ＥｏＥを誘発する食物抗原を特定するための確立された方法である（Ｎ Ｇｏｎｓａｌｖｅｓ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１４２（７）：１４５１－９．ｅ１；ｑｕｉｚ ｅ１４，ｊｕｎ ２０１２、ＫＡ Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１０８（５）：７５９－７６６，ｍａｙ ２０１３、ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３１（３）：７９７－８０４，ｍａｒ ２０１３、およびＪ Ｍｏｌｉｎａ－Ｉｎｆａｎｔｅ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３４（５）：１０９３－９．ｅ１，ｎｏｖ ２０１４）。しかしながら、食事除去試験は、何年にも及ぶことが多く、臨床応答を評価するために、定期的に、多くの場合は毎月繰り返さなければならない内視鏡的生検からなる（Ｎ Ｇｏｎｓａｌｖｅｓ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１４２（７）：１４５１－９．ｅ１；ｑｕｉｚ ｅ１４，ｊｕｎ ２０１２、ＫＡ Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１０８（５）：７５９－７６６，ｍａｙ ２０１３、ＡＪ Ｌｕｃｅｎｄｏ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３１（３）：７９７－８０４，ｍａｒ ２０１３、およびＪ Ｍｏｌｉｎａ－Ｉｎｆａｎｔｅ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１３４（５）：１０９３－９．ｅ１，ｎｏｖ ２０１４）。これらの試験は、内視鏡生検によって強いられる財政的負担および生活の質の低下を生み、これにより、患者コンプライアンス不良が引き起こされ得る（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４、およびＷＡ Ｗｏｌｆ，ｅｔ ａｌ．Ｄｙｓｐｈａｇｉａ，３１（６）：７６５－ ７７０，ａｕｇ ２０１６）。さらに、食事除去は、エアロアレルゲンを誘因とするＥｏＥの患者には効果的ではない（ＪＢ Ｗｅｃｈｓｌｅｒ，ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｓｔｈｍａ ａｎｄ ａｌｌｅｒｇｙ，７：８５－９４，ｍａｙ ２０１４）。ＥｏＥにおける抗原誘因を特定する改善された方法が必要である。
【0050】
擦過によって得られた食道ＩｇＧおよびＩｇＡ中の抗体を特定するために使用することができる方法が本明細書に記載される。本方法により、ＥｏＥ食物誘因を決定するための食物特異的抗体を正確に予測することができる。本方法は、治療応答をモニタリングするためにも使用することができる。本方法は、ＥｏＥの原因抗原を特定するための改善された方法の必要性に直接対処するものである。
【0051】
方法
対象における食物感受性および／または食物アレルギーを特定するために使用することができる方法が本明細書に開示される。
対象における食物感受性および／または食物アレルギーを特定するために使用することができる方法が本明細書に開示される。
【0052】
試料中の１つ以上の食物抗原への１つ以上の食物特異的免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の結合を検出する方法が本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、対象から得られた試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、１つ以上の食物抗原への１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の結合を検出することとを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、対象が食物抗原のうちの１つ以上を含む食物を摂取する前に得られた試料中の１つ以上の食物抗原への１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体の結合を、対象が食物抗原のうちの１つ以上を含む食物を摂取した後に得られた試料と比較することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0053】
試料中の食物特異的免疫応答を検出する方法が本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料を１つ以上の食物抗原と接触させることと、ｂ）１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを決定することと、ｃ）ｂ）の１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含むことができ、それによって、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いときに、試料中の食物特異的免疫応答を検出する。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0054】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象の食物アレルギーを、ＥｏＥに罹患している対象において特定する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含むことができ、ここで、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いことにより、対象の食物アレルギーが特定される。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0055】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象の食物感受性または過感受性を、ＥｏＥに罹患している対象において特定する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含むことができ、ここで、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いことにより、対象の食物感受性または過感受性が特定される。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0056】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象の抗原に対する感受性または過感受性を、ＥｏＥに罹患している対象において特定する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含むことができ、ここで、１つ以上の抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いことにより、対象の１つ以上の抗原に対する感受性または過感受性が特定される。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0057】
過敏性腸症候群を有する対象における食物アレルギーを特定する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、を含むことができ、ここで、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いことにより、対象の食物アレルギーが特定される。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0058】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥに罹患している対象において治療する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）対象を治療することと、を含むことができる。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0059】
活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥを患う対象において治療する方法が本明細書に開示され、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）対象を治療することと、を含む。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0060】
好酸球性食道炎（ＥｏＥ）の症状の原因を検出する方法が本明細書に開示される。いくつかの態様では、ＥｏＥの症状は、ＥＯＥと診断されたか、またはＥＯＥに罹患している患者における抗原に対する免疫反応によって引き起こされ得る。いくつかの態様では、本方法は、対象から食道粘膜試料を得ること、または得たことを含み得る。いくつかの態様では、食道粘膜試料は、対象から得ることができ、免疫応答の部位に由来する。いくつかの態様では、食道粘膜試料は、１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体を含み得る。いくつかの態様では、本方法は、試料を１つ以上の抗原と接触させることを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、１つ以上の抗原への１つ以上の特異的Ｉｇ抗体の結合を検出することを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示される方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。ＥｏＥの症状の例としては、嚥下困難（嚥下障害）、嚥下後の食道での食物の詰まり（閉塞）、胸痛（多くの場合、中央にあり、制酸薬に応答しない）、消化されていない食物の吐き戻し（逆流）、嘔吐、腹痛が挙げられるが、これらに限定されない。
【0061】
活性または不活性なＥｏＥを有する対象を診断する方法が、本明細書に開示される。活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥに罹患している対象において診断する方法が、本明細書に開示される。活性または不活性なＥｏＥを有する対象を診断および治療する方法が、本明細書に開示される。活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥに罹患している対象において診断および治療する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体（またはそれらの任意の組み合わせ）のレベルが、対象から得られた食道分泌物試料中で上昇しているかどうかを検出することを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、試料中のＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体のレベルが、所定のカットオフ値を上回って上昇するときに、対象を活性なＥｏＥであると診断し、試料中のＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体のレベルが、所定のカットオフ値を下回るときに、対象を不活性なＥｏＥであると対象を診断することを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、活性なＥｏＥであると診断された対象を治療することを含むことができ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体の該レベルが所定のカットオフ値を下回るときに、対象を不活性なＥｏＥであると診断し、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体レベルが所定のカットオフ値を上回るときに、対象を活性なＥｏＥであると診断する。
【0062】
いくつかの態様では、本明細書に開示される方法のうちのいずれにおいても、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体（またはそれらの任意の組み合わせ）のレベルまたは量を使用して、活性なＥｏＥを決定または診断することができる。いくつかの態様では、本方法は、対象由来の試料からのＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体（またはそれらの任意の組み合わせ）のレベルまたは量を、参照試料または対照と比較して、活性なＥｏＥを決定または診断することを含み得る。いくつかの態様では、本方法は、活性なＥｏＥを有する対象由来の試料からのＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体のレベルまたは量を、不活性なＥｏＥを有する対象由来の試料と比較することを含み得る。いくつかの態様では、Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、本方法は、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体のうちのいずれかのレベルが、対象から得られた食道分泌物試料において上昇（増加）しているかどうかを検出することができる。いくつかの態様では、測定されたＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体レベルが所定のカットオフ値を上回って上昇するときに、対象をＥｏＥまたは活性なＥｏＥであると診断することができ、あるいは試料中のＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、および／またはＩｇＧ４抗体レベルが所定のカットオフ値を下回るときに、対象を不活性なＥｏＥであると診断することができる。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＥについて約２５ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＥ抗体レベルが約２５ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＡについて約５０００ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＡ抗体レベルが約５０００ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＭについて約１０００ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＭ抗体レベルが約１０００ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＧ１について約２００ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＧ１抗体レベルが約２００ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＧ２について約５０ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＧ２抗体レベルが約５０ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＧ３について約４０００ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＧ３抗体レベルが約４０００ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。いくつかの態様では、所定のカットオフ値は、ＩｇＧ４について約６０００ｎｇ／ｍｌであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＧ４抗体レベルが約６０００ｎｇ／ｍｌを下回るとき、対象は不活性なＥｏＥであると診断される。
【0063】
例えば、食道粘膜表面に沿って見られるＩｇＡは、容易に収集することができ、ＥｏＥにおける一般的な誘因食物に対する反応性を示す。実際、ＩｇＡは、ＥｏＥ患者において原因となる食物に対して顕著に上昇した。誘因食物は、一般に、ＩｇＡについて非誘因食物の１．５倍上昇し、日常的に、３４０応答単位（希釈１：５０で０．０１ｍｇ／ｌの濃度）を超える応答値を示した。グルテンおよび乳製品などの特定の食物は、それぞれのカテゴリーで類似した結果を示した。実に、３４０ＲＶ（応答値、０．０１ｍｇ／ｌ）の陽性カットオフは、誘因食物の予測において９１％超正確であり、感受性（８６％）および特異性（９８％）の両方が高かった。
【0064】
過敏性腸症候群を有する対象を治療する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）対象を治療することと、を含むことができる。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0065】
活性または不活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を有する対象を、ＥｏＥに罹患している対象において診断および治療する方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、ａ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の１つ以上の免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の存在またはレベルを検出することと、ｂ）試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルを、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルと比較することと、ｃ）１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高いときに、対象を活性なＥｏＥであると診断し、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルが参照試料レベル中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも低いときに、対象を不活性なＥｏＥであると診断することと、ｄ）活性なＥｏＥであると診断された対象を治療することと、を含むことができ、ここで、１つ以上の食物抗原に結合した試料中の１つ以上のＩｇ抗体のレベルは、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上のＩｇ抗体のレベルよりも高い。
【0066】
試料中の１つ以上の抗原への１つ以上の特異的免疫グロブリン（Ｉｇ）抗体の結合を検出する方法も本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、対象から得られた試料を１つ以上の抗原と接触させることと、１つ以上の食物抗原への１つ以上の特異的Ｉｇ抗体の結合を検出することとを含み得る。いくつかの態様では、１つ以上の抗原は、固体支持体に固定することができる。いくつかの態様では、試料は、対象が抗原のうちの１つ以上に暴露される前に得ることができる。いくつかの態様では、本方法は、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。いくつかの態様では、本方法は、本明細書に開示の方法を使用して、対象をＥｏＥであると診断することをさらに含む。
【0067】
好酸球性食道炎の診断および／または治療を、それを必要とする対象において行うための方法が、本明細書に開示される。いくつかの態様では、本方法は、（ｉ）患者からの食道生検試料中の少なくとも１つの遺伝子の遺伝子発現レベルを測定することであって、少なくとも１つのタンパク質または少なくとも１つの遺伝子が、好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、幹細胞因子、またはＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮからなる群から選択され、タンパク質または遺伝子発現レベルを測定することが、ＤＮＡマイクロアレイ分析、ポリメラーゼ連鎖反応分析、またはその両方を含む方法によって行われる、測定することと、（ｉｉ）少なくとも１つのタンパク質または少なくとも１つの遺伝子のタンパク質または遺伝子発現レベルを、高倍率視野当たりの好酸球がゼロであり、基底層膨張がないものとして定義される正常な個体からの食道生検試料中のその発現レベルと比較することと、少なくとも１つの遺伝子の発現レベルが、正常な個体からの食道生検試料中のその発現レベルと比較して１０倍超増加する場合に、対象において好酸球性食道炎を診断することと、（ｉｖ）抗炎症療法、アレルゲン除去、サイトカイン阻害剤、免疫抑制剤、および補体阻害剤から選択される１つ以上の療法を用いて、ステップ（ｉｉｉ）に従って診断された対象において好酸球性食道炎を治療することと、を含む。
【0068】
好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、幹細胞因子、またはＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮからなる群から選択される１つ以上のバイオマーカーを検出することによって、好酸球性食道炎（ＥｏＥ）を診断する方法が本明細書に開示される。
【0069】
いくつかの態様では、治療ステップは、対象に、１つ以上のモノクローナル凝集性抗ＩｇＡ抗体、抗炎症療法、アレルゲン除去、サイトカイン阻害剤、免疫抑制剤、ウシＩｇ、補体阻害剤、１つ以上のステロイド（例えば、コルチコステロイド）、またはそれらの組み合わせを投与することを含み得る。
【0070】
いくつかの態様では、治療ステップは、取り込みの調節（例えば、食事の変化）、または対象の食事からの１つ以上の食物種もしくは食物成分の摂取中止を含み得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物種または食物成分は、本明細書に開示の方法を使用して検出される１つ以上の食物アレルゲンと相関してもよい、対象が摂取し得るいずれの食物または食物成分であることもできる。いくつかの態様では、食事の変化、または１つ以上の食物種もしくは食物成分の摂取中止は、１つ以上のＩｇ抗体の検出に基づき得る。いくつかの態様では、食物種は、牛乳、コムギ、ダイズ、およびタマゴであり得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物抗原は、コムギｆ１、ダイズｆ１４、カゼインｆ７８、タマゴｆ２４５、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、治療ステップは、１つ以上の食物成分を対象が取り込むものから断つことを含み得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物成分は、対象が摂取し得るいずれの食物種にも見られるいずれの食物成分であることもできる。いくつかの態様では、食物成分は、カゼイン、ホエイ、乳化剤、香辛料、汚染物質、エアロアレルゲン、イエダニなどであり得る。
【0071】
いくつかの態様では、本明細書に開示の方法は、検出ステップの前に、対象においてＥｏＥを検出することをさらに含み得る。いくつかの態様では、対象における食道の粘膜組織中の好酸球顆粒タンパク質を検出することによって、ＥｏＥを対象において検出することができる。いくつかの態様では、本方法は、対象に、放射性標識したヘパリンを、放射性標識したヘパリンが好酸球顆粒タンパク質に結合して、放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を形成する条件下で投与することと、食道の粘膜組織における放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を検出することと、を含むことができ、それにより、食道の粘膜組織における放射性標識したヘパリン／好酸球顆粒タンパク質複合体を検出することで、対象における好酸球性食道炎を検出する。
【0072】
いくつかの態様では、本方法は、単一抗原、または単一食物（例えば、牛乳）もしくは食物成分に特異的であり得る。単一食物は、抗原的に複雑な混合物である（例えば、牛乳は多くの抗原を含有する）。いくつかの態様では、本方法は、ビーズ（または他の担体）上の特定の単一抗原または特定の単一食物抗原を検出または特定するか、あるいは１つのビーズ上の２つ以上の（または複数の）抗原を検出または特定するか、あるいは２つ以上のビーズ上の１つ以上の（または複数の）抗原または食物抗原を検出または特定することができる。例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘデバイスは、１回の試験で１００個または抗原を分析することができる。いくつかの態様では、本方法は、２つ以上の単一抗原または単一食物抗原に特異的であり得る。いくつかの態様では、単一抗原は、食物抗原と環境抗原との組み合わせであり得る。
【0073】
いくつかの態様では、抗原は食物抗原であり得る。いくつかの態様では、抗原は環境抗原であり得る。いくつかの態様では、環境抗原は、花粉、真菌、鱗屑（例えば、ネコの鱗屑）、イエダニ、動物の放散物、昆虫の放散物などであり得る。いくつかの態様では、抗原は、エアロアレルゲンであり得る。いくつかの態様では、エアロアレルゲンは、花粉、胞子、カビ、動物の鱗屑、または昆虫由来抗原であり得る。いくつかの態様では、抗原は、抗原成分であり得る。例えば、抗原は、乳の成分であり得る（例えば、カゼインは、ホエイではなく、検出された免疫グロブリンの増加の原因である乳製品中のタンパク質として検出され得る）。いくつかの態様では、抗原は、原因抗原であり得る。いくつかの態様では、原因抗原は、食物抗原、環境抗原、エアロアレルゲン、または抗原成分であり得る。
【0074】
いくつかの態様では、１つ以上の抗原に結合した１つ以上の特異的Ｉｇ抗体のレベルは、参照試料中の１つ以上の抗原に結合した１つ以上の特異的Ｉｇ抗体のレベルと比較して試料中でより高くてもよく、これにより、抗原に対する特異的免疫応答が示される。
【0075】
いくつかの態様では、１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体のレベルは、参照試料中の１つ以上の食物抗原に結合した１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体のレベルと比較して試料中でより高くてもよく、これにより、食物特異的免疫応答が示される。
【0076】
いくつかの態様では、１つ以上の抗原は、固体支持体に固定することができる。いくつかの態様では、１つ以上の食物抗原は、固体支持体に固定することができる。いくつかの態様では、１つ以上の環境抗原は、固体支持体に固定することができる。
【0077】
アレイは、固体支持体の形態である。アレイ検出器はまた、複数の異なる捕捉化合物または検出化合物が、アレイ、グリッド、または他の組織化されたパターンで結合する固体支持体の形態である。
【0078】
固体支持体に使用するための固体基材は、例えば、分子が結合することができる任意の固体材料を含み得る。そのような材料の例としては、アクリルアミド、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリスチレン、ポリエチレン酢酸ビニル、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリエチレンオキシド、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルトエステル、ポリプロピルフメレート（ｐｏｌｙｐｒｏｐｙｌｆｕｍｅｒａｔｅ）、コラーゲン、グリコサミノグリカン、およびポリアミノ酸が挙げられる。固体基材は、薄膜、膜、ボトル、皿、繊維、織布繊維、成形ポリマー、粒子、ビーズ、微粒子、またはそれらの任意の組み合わせを含む任意の有用な形態を有し得る。固体基材および固体支持体は、多孔質であっても非多孔質であってもよい。固体基材の一例は、マイクロタイター皿（例えば、標準的な９６ウェルタイプ）である。マルチウェルガラススライドを使用することもできる。例えば、ウェル当たり１つのアレイを含むものなどを使用して、アッセイ再現性のより優れた制御、スループットおよび試料処理の増加、ならびに容易な自動化を可能にすることができる。
【0079】
本明細書に開示の異なる化合物および成分は、セットとして一緒に使用することができる。セットは、別個の反応において別々に使用される化合物のすべてまたはサブセットの混合物として、またはアレイで固定させて使用することができる。別々にまたは混合物として使用される化合物は、例えば、固体支持体との会合または固体支持体への固定をとおして物理的に分離可能である。アレイは、アレイ上の特定されたまたは所定の位置で固定された複数の化合物を含み得る。アレイ上の所定の各位置は、概して、一種類の成分を有する（つまり、その位置のすべての成分が同じである）。各位置は、成分の複数のコピーを有し得る。アレイ中の異なる成分の空間的分離により、本明細書に開示されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドの別個の検出および特定が可能となる。
【0080】
所与のアレイが単一の単位または構造である必要はない。化合物のセットは、任意の数の固体支持体にわたって分布し得る。例えば、各化合物は、別個の反応管もしくは容器中、または別個のビーズもしくは微粒子上に固定され得る。遺伝子発現パネルまたはアレイまたは診断デバイスの開示される方法および使用の異なる態様を、固体支持体に固定された異なる成分（例えば、異なるタンパク質に特異的な異なる化合物）を用いて行うことができる。
【0081】
いくつかの固体支持体は、抗体などの捕捉化合物が固体基材に付着していてもよい。そのような捕捉化合物は、石灰化ナノ粒子または石灰化ナノ粒子上のタンパク質に特異的であり得る。その後、捕捉された石灰化ナノ粒子またはタンパク質を、抗体などの第２の検出化合物の結合によって検出することができる。検出化合物は、石灰化ナノ粒子上の同じまたは異なるタンパク質に特異的であり得る。
【0082】
核酸、ペプチド、または抗体（および他のタンパク質）を固体基材に固定するための方法は、十分に確立されている。固定化は、例えば、標準的な固定化化学を使用して、アミノ化表面、カルボキシル化表面、またはヒドロキシル化表面への付着によって達成され得る。付着剤の例は、臭化シアン、スクシンイミド、アルデヒド、塩化トシル、アビジンビオチン、光架橋剤、エポキシド、マレイミド、およびＮ－［ｙ－マレイミドブチリルオキシ〕スクシンイミドエステル（ＧＭＢＳ）、およびヘテロ二官能性架橋剤である。抗体は、抗体上の遊離アミノ基を固体基材内に存在する反応性側基に化学的に架橋することによって、基材に付着させることができる。抗体は、例えば、グルタルアルデヒド、カルボジイミド、またはＧＭＢＳを架橋剤として使用して、それぞれ、遊離アミノ、カルボキシル、または硫黄基を含有する基材に化学的に架橋することができる。この方法では、遊離抗体を含有する水溶液を、グルタルアルデヒドまたはカルボジイミドの存在下で固体基材とともにインキュベートし得る。
【0083】
抗体または他のタンパク質を固体基材に付着させるための方法は、アミノシランまたはチオールシランを用いて基材を官能基化した後、官能基化した基材を、（ビス－スルホ－スクシンイミジルスベリン酸塩（ＢＳ３）などのホモ二官能性架橋剤、またはＧＭＢＳなどのヘテロ二官能性架橋剤を用いて活性化することである。ＧＭＢＳを用いた架橋のために、ガラス基材を、メルカプトプロピルトリメトキシシランの溶液（９５％エタノール中１％体積／体積、ｐＨ５．５）に１時間浸漬し、９５％エタノール中ですすぎ、１２０℃で４時間加熱することによって、化学的に官能基化することができる。チオール誘導体化したスライドは、１％ジメチルホルムアミド、９９％エタノール中の０．５ｍｇ／ｍｌのＧＭＢＳ溶液に、１時間室温で浸漬することによって活性化することができる。抗体またはタンパク質を、活性化させた基材に直接加え、これを、２％ウシ血清アルブミンなどの薬剤を含有する溶液を用いて遮断し、空気乾燥することができる。他の標準的な固定化化学は、当業者に既知である。
【0084】
固体支持体に固定した成分（例えば、化合物）の各々は、固体支持体の異なる所定の領域に位置し得る。異なる所定の領域の各々は、物理的に互いに離れていてもよい。固体支持体の異なる所定の領域間の距離は、一定であっても可変であってもよい。例えば、アレイ中、成分の各々は、互いから一定距離で配置されてもよく、一方、ビーズと関連付けられる成分は、一定の空間的関係にないことになる。複数の固体支持単位（例えば、複数のビーズ）の使用により、可変の距離が得られてもよい。
【0085】
成分は、任意の密度で固体支持体上に関連付けられても固定されてもよい。成分は、立方センチメートル当たり４００個の異なる成分を超過する密度で固体支持体に固定され得る。成分のアレイは、いずれの数の成分も有することができる。例えば、アレイは、固体支持体に固定された少なくとも１，０００個の異なる成分、固体支持体に固定された少なくとも１０，０００個の異なる成分、固体支持体に固定された少なくとも１００，０００個の異なる成分、または固体支持体に固定された少なくとも１，０００，０００個の異なる成分を有することができる。
【0086】
いくつかの態様では、試料は、対象が特定の抗原（例えば、食物抗原または環境抗原）に暴露する前に得ることができる。いくつかの態様では、試料は、１つ以上の１つ以上の抗原特異的Ｉｇ抗体を含み得る。いくつかの態様では、試料は、対象が食物抗原のうちの１つ以上を含む食物を摂取する前に得ることができる。いくつかの態様では、本方法は、試料を対象から得ることまたは得たことをさらに含み得る。いくつかの態様では、試料は、１つ以上の１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体を含み得る。いくつかの態様では、Ｉｇ抗体は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＡ抗体は、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、ＩｇＧ抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、試料は粘膜試料であり得る。いくつかの態様では、粘膜試料は食道分泌物であり得る。いくつかの態様では、試料は粘膜液であり得る。いくつかの態様では、試料は食道疾患からの排出物であり得る。いくつかの態様では、試料は、小腸からの排出物であり得る。
【0087】
いくつかの態様では、対象は、活性な好酸球性食道炎を有する。いくつかの態様では、対象は、消散した好酸球性食道炎を有する。いくつかの態様では、対象は、好酸球性食道炎の少なくとも１つの症状を有する。いくつかの態様では、対象は、過敏性腸症候群を有する。いくつかの態様では、対象は、過敏性腸症候群の少なくとも１つの症状を有する。
【0088】
いくつかの態様では、１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＡ、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの態様では、１つ以上の食物特異的Ｉｇ抗体は、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、またはそれらの組み合わせであり得る。
【0089】
本明細書で使用される場合、「発現」という用語は、１つ以上の遺伝子の発現または発現レベルを決定または検出する背景において使用されるとき遺伝子の転写を決定または検出する（すなわち、ｍＲＮＡレベルを決定する）、および／または遺伝子の翻訳を決定または検出する（例えば、産生されたタンパク質を決定または検出する）ことを指し得る。遺伝子の発現レベルを決定することは、遺伝子が発現されるか否か、および発現される場合には、どの程度の相対的度合いで発現されるかを決定することを意味する。
【0090】
本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の発現レベルは、直接的に決定する（例えば、イムノアッセイ、質量分析）ことも間接的に決定する（例えば、タンパク質またはペプチドのｍＲＮＡ発現を決定する）こともできる。質量分析の例としては、ＥＩ、ＣＩ、ＭＡＬＤＩ、ＥＳＩなどのイオン化源、およびＱｕａｄ、イオントラップ、ＴＯＦ、ＦＴ、またはそれらの組み合わせなどの分析、分光法、同位体比質量分析（ＩＲＭＳ）、熱イオン化質量分析法（ＴＩＭＳ）、スパーク光源質量分析、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）、またはＳＲＭが挙げられる。これらの技法のうちのいずれかも、事前分画法または濃縮法と組み合わせて実行することができる。イムノアッセイの例としては、イムノブロット、ウエスタンブロット、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、酵素イムノアッセイ（ＥＩＡ）、放射免疫アッセイが挙げられる。
【0091】
イムノアッセイ法は、検出に抗体を使用し、抗原のレベルの決定は、当該技術分野で既知である。抗体または抗原は、スティック、プレート、ビーズ、マイクロビーズ、またはアレイなどの固体支持体に固定され得る。
【0092】
本明細書に記載の遺伝子のうちの１つ以上の発現レベルは、組織試料中の１つ以上の遺伝子についてのｍＲＮＡ発現を決定することによって間接的に決定することもできる。ＲＮＡ発現方法には、遺伝子の全部または一部をコードする転写産物にハイブリダイズする標識されたプローブを使用する、細胞ｍＲＮＡの抽出およびノーザンブロット、遺伝子特異的プライマーを使用するｍＲＮＡの増幅、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、および逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）、その後の様々な方法による遺伝子産物の定量的検出；細胞からのＲＮＡの抽出、その後の標識化、続く遺伝子をコードするｃＤＮＡまたはオリゴヌクレオチドをプローブするための使用、インサイツハイブリダイゼーション、ならびにレポーター遺伝子の検出が含まれるが、これらに限定されない。
【0093】
タンパク質発現レベルを測定するための方法には、ウエスタンブロット、免疫ブロット、ＥＬＩＳＡ、放射免疫アッセイ、免疫沈降、表面プラズモン共鳴、化学発光、蛍光偏光、リン光、免疫組織化学分析、マイクロサイトメトリー、マイクロアレイ、顕微鏡法、蛍光活性化細胞分類（ＦＡＣＳ）、およびフローサイトメトリーが含まれるが、これらに限定されない。本方法はまた、酵素活性または他のタンパク質パートナーとの酵素相互作用を含むがこれらに限定されない、特定のタンパク質特性ベースのアッセイを含み得る。結合アッセイも使用することができ、当該技術分野で周知である。例えば、ＢＩＡｃｏｒｅ機を使用して、２つのタンパク質間の複合体の結合定数を決定することができる。あるタンパク質の別のタンパク質への結合を決定または検出するための他の好適なアッセイには、ＥＬＩＳＡおよびラジオイムノアッセイなどのイムノアッセイが含まれる。分光の変化のモニタリングによる結合の決定を使用することができ、あるいはタンパク質の光学特性を、蛍光、ＵＶ吸収、円偏光二色性、または核磁気共鳴（ＮＭＲ）を介して決定することができる。あるいは、特異的抗体を使用するイムノアッセイを使用して、試料中の特定のタンパク質の発現を検出することができる。
【0094】
参照ｍＲＮＡ発現レベルの参照。本明細書で使用される場合、「参照」、「参照発現」、「参照試料」、「参照値」、「対照」、「対照試料」などの用語は、１つ以上の遺伝子またはタンパク質の試料または発現レベルの背景において使用される場合、参照が、異なる組織（すなわち、同じ組織ではないが、複数の組織）のあいだで一定レベルで発現され、実験条件に影響されず、所定の疾患状態（例えば、ＥｏＥもしくは活性なＥｏＥ、ＩＢＳ、または特定の抗原に暴露した後の免疫応答に罹患していない）の試料におけるレベルを示す、参照標準を指す。参照値は、疾病、または所定の種類もしくは重症度の疾病を表さない、所定の標準値または所定の標準値の範囲であり得る。
【0095】
参照発現は、ＥｏＥもしくは活性なＥｏＥ、ＩＢＳ、または特定の抗原に暴露した後の免疫応答、あるいは所定の重症度または種類のＥｏＥ、ＩＢＳ、または特定の抗原に暴露した後の免疫応答に罹患していない対象または対象のプールに由来する参照試料中の本明細書に記載される１つ以上の遺伝子のレベルであり得る。いくつかの態様では、参照値は、対象（単数または複数）の組織（または対象由来の試料）における本明細書に開示される１つ以上の遺伝子のレベルであり、対象（複数または単数）は、ＥｏＥもしくは活性なＥｏＥ、ＩＢＳ、または特定の抗原に暴露した後の免疫応答に罹患していない。
【0096】
本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の発現レベルの比較。例えば、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上についての発現レベルを、例えば、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮについての参照発現レベルと比較することにより、対象における活性なＥｏＥを決定することができる。
【0097】
本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の発現レベルを決定することは、遺伝子が、対照もしくは参照試料と比較して上方調節されるもしくは増加するか、対照もしくは参照試料と比較して下方調節されるもしくは減少するか、または対照もしくは参照試料と比較して変化しないかを決定することを含み得る。本明細書で使用される場合、「上方調節された」および「増加した発現レベル」または「発現の増加したレベル」という用語は、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子に対応する配列を指し、配列の量の尺度は、参照試料または「正常な」対照と比較したときに、発現の増加したレベルを呈する。いくつかの態様では、正常な対照は、ＥｏＥを有しない対象を指し得る。いくつかの態様では、正常な対照は、消散したＥｏＥを有する対象を指し得る。例えば、「上方調節された」および「増加した発現レベル」または「発現の増加したレベル」という用語は、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子に対応する配列を指し、配列の量の尺度は、参照試料または「正常な」対照に由来する好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、および幹細胞因子タンパク質、ならびに／または参照試料もしくは「正常な」対照に由来する同じｍＲＮＡの発現と比較したときのｍＲＮＡのうちの１つ以上の発現の増加したレベルを呈する。「増加した発現レベル」は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、もしくはそれ以上、例えば、２０％、３０％、４０％、もしくは５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくはそれ以上、または１倍超、最大２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、５０倍、１００倍、もしくはそれ以上の発現における増加を指す。本明細書で使用される場合、「下方調節された」、「発現の減少したレベル」、または「減少した発現レベル」という用語は、発現される本明細書に開示の１つ以上の遺伝子に対応する配列を指し、配列の量の尺度は、参照試料または「正常な」対照と比較したときに、発現の減少したレベルを呈する。例えば、「下方調節された」、「発現の減少したレベル」、または「減少した発現レベル」という用語は、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子に対応する配列を指し、配列の量の尺度は、参照試料または「正常な」対照に由来する好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、および幹細胞因子タンパク質、ならびに／または参照試料もしくは「正常な」対照に由来する同じｍＲＮＡの発現と比較したときのｍＲＮＡのうちの１つ以上の発現の減少したレベルを呈する。「発現の減少したレベル」は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、もしくはそれ以上、例えば、２０％、３０％、４０％、もしくは５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、もしくはそれ以上、または１倍超、最大２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、５０倍、１００倍、もしくはそれ以上の発現における減少を指す。
【0098】
活性なＥｏＥの決定。本明細書に記載されるように、対象由来の試料を参照試料と比較して、発現比率を決定し、対象が活性なＥｏＥを有するかを決定することができる。参照試料は、次の遺伝子、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上のレベルが「正常」である対象由来であり得る。好適な統計分析および他の分析を実行して、参照試料中と比較したときのＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上における変化（例えば、発現の増加またはそのより高いレベル）を確認することができ、ここでは、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の試料発現レベルと、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の参照発現レベルとの比率により、試料中のＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の発現レベルがより高いことが示される。いくつかの態様では、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の試料発現レベルと、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の参照発現レベルとの比率により、試料中のＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の発現レベルがより高いことが示され、これは、対象が活性なＥｏＥを有することを示す。
【0099】
ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮの参照発現レベルと比較したとき、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上のより高いまたは増加した発現レベルは、活性なＥｏＥを示し得る。ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の参照発現レベルと比較したときの、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の増加した（より高い）または減少した（より低い）試料発現レベルの特徴パターンが観察され得、これにより、対象における活性なＥｏＥが示される。
【0100】
本明細書に記載される１つ以上の遺伝子の発現レベルは、例えば、単位重量または単位体積当たりの、１つ以上の遺伝子の測定値とすることができる。いくつかの態様では、発現レベルは、比率（例えば、参照値の１つ以上のマーカーの量に対する試料中の１つ以上の遺伝子の量）とすることができる。
【0101】
いくつかの態様では、対象由来の試料を参照試料と比較して、変化率を決定し、対象が活性なＥｏＥを有するかを決定することができる。言い換えれば、発現レベルはパーセントで表すことができる。例えば、ＣＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ（または２つ）以上の発現レベルが、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮの参照発現レベルと比較したとき、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％増加する（または高い）、１つ以上の遺伝子の発現レベルの変化率は、活性なＥｏＥを示す。あるいは、１つ以上の遺伝子の発現レベルの変化率は、参照発現レベルと比較したとき、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％減少し（または低くあり）得る。
【0102】
いくつかの態様では、本明細書に開示されるもの以外の遺伝子またはタンパク質の発現レベルにおける増加または減少、またはその組み合わせにより、対象における活性なもしくは消散したＥｏＥ、またはＥｏＥもしくは活性なＥｏＥの診断が示され得る。いくつかの態様では、本明細書に開示される遺伝子またはタンパク質のうちの１つ以上の発現レベルの増加または減少の特徴パターンは、指示的なものである。
【0103】
診断デバイス
対象（例えば、ヒト）における好酸球性食道炎を診断するための診断デバイスが本明細書に開示される。いくつかの態様では、粘膜または食道分泌物の試料を対象から得ることができ、試料中のレベルまたは発現レベルを参照値と比較することができる。
対象（例えば、ヒト）における好酸球性食道炎を診断するための診断デバイスが本明細書に開示される。いくつかの態様では、粘膜または食道分泌物の試料を対象から得ることができ、試料中のレベルまたは発現レベルを参照値と比較することができる。
【0104】
診断デバイスは、１つ以上のバイオマーカーを含み得る。いくつかの態様では、バイオマーカーは抗原であっても抗体であってもよい。いくつかの態様では、バイオマーカーは、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子、ＲＮＡ産物、またはペプチドに結合またはハイブリダイズし得る。本明細書で使用される場合、「マーカー」または「バイオマーカー」という用語は、生物学的状態、疾患、状態、臨床転帰の予測などを示し得る試料中の検出可能または測定可能な物質（例えば、抗原、抗体、遺伝子、遺伝子産物、タンパク質など）を指す。いくつかの態様では、バイオマーカーは、好酸球ペルオキシダーゼ、ペリオスチン、エオタキシン－３、幹細胞因子、またはＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮ、もしくはその断片、またはバイオマーカーのうちの１つ以上に結合する抗体もしくはその断片であり得る。診断デバイスは、対象におけるＥｏＥまたは活性なＥｏＥを診断するためのキットに組み込むことができる。
【0105】
タンパク質アレイ
ポリペプチドまたはタンパク質アレイが本明細書に開示される。いくつかの態様では、タンパク質アレイは、本明細書に開示される遺伝子パネルの構成要素に特異的な抗原、抗体、アプタマー、および他の同族結合リガンドを含むプローブを含み得る。タンパク質アレイおよびタンパク質アレイを構築する方法は、当業者に周知である。
ポリペプチドまたはタンパク質アレイが本明細書に開示される。いくつかの態様では、タンパク質アレイは、本明細書に開示される遺伝子パネルの構成要素に特異的な抗原、抗体、アプタマー、および他の同族結合リガンドを含むプローブを含み得る。タンパク質アレイおよびタンパク質アレイを構築する方法は、当業者に周知である。
【0106】
好適であり得るタンパク質アレイの１つの種類は、固定された「捕捉抗体」を使用する。ポリペプチドを、処置された表面（例えば、アミノシラン）を用いて、またはビオチン－ストレプトアビジン共役を介して、固体基材（例えば、ガラス）に結合させる。次いで、アレイを、時間、緩衝成分、および認識特異性に依存する様式で、捕捉抗体に結合することができるプローブを含有する溶液とともにインキュベートする。その後、プローブを、以前に標識している場合は直接可視化し、あるいは二次標識試薬（例えば、別の抗体）に結合させることができる。可視化する捕捉抗体に結合したプローブの量は、用いる標識方法に左右され得、概して、標識の放出を励起および検出するのに適したフィルタセットを使用するＣＣＤ撮像装置またはレーザスキャナが使用され得る。撮像装置により、検出された光子の量を電子信号（８ビットまたは１６ビットスケールであることが多い）に変換し、これを、市販のソフトウェアパッケージを使用して分析することができる。
【0107】
アレイの基材は、有機または無機、生物学的もしくは非生物学的、またはこれらの材料の任意の組み合わせであり得る。基材は、透明であっても半透明であってもよい。アレイにおける基材としての使用に好適な材料の例としては、ケイ素、シリカ、石英、ガラス、制御細孔ガラス、炭素、アルミナ、二酸化チタン、ゲルマニウム、窒化ケイ素、ゼオライト、およびガリウムヒ素、ならびに金、白金、アルミニウム、銅、チタン、およびそれらの合金を含む金属が挙げられる。セラミックおよびポリマーも、基材として使用することができる。好適なポリマーには、ポリスチレン、ポリ（テトラ）フルオロエチレン、（ポリ）ビニリデンジフルオリド、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、ポリビニルエチレン、ポリエチレンイミン、ポリ（エーテルエーテル）ケトン、ポリオキシメチレン（ＰＯＭ）、ポリポリフェノール、ポリラクチド、ポリメタクリルイミド（ＰＭ Ｉ）、ポリアルケネスルホン（ＰＡＳ）、ポリヒドロキシエチルメタクリレート、ポリジメチルシロキサン、ポリアクリルアミド、ポリイミド、コブロックポリマー、およびＥｕｐｅｒｇｉｔ（登録商標）が含まれるが、これらに限定されない。フォトレジスト、重合ラングミュアーブロジェット膜、およびＬＩＧＡ構造も、基材として機能し得る。
【0108】
アレイは、基材上に形成され得るか、または基材に塗布され得るコーティングをさらに含み得る。基材は、物理蒸着（ＰＶＤ）またはプラズマ加速化学蒸着（ＰＥＣＶＤ）のいずれかに基づく薄膜技術を使用して、コーティングで修飾することができる。あるいは、プラズマ暴露を使用して、基材を直接活性化してもよい。例えば、プラズマエッチング手順を使用して、ポリマー表面（すなわち、ヒドロキシル、カルボン酸、アルデヒドなどの極性官能基を露出させるためのポリスチレンまたはポリエチレン）を酸化することができる。
【0109】
コーティングは、金属フィルムを含み得る。金属膜の例としては、アルミニウム、クロム、チタン、ニッケルステンレス鋼亜鉛、鉛、鉄、マグネシウム、マンガン、カドミウム、タングステン、コバルト、およびそれらの合金または酸化物が挙げられる。いくつかの態様では、金属フィルムは、貴金属フィルムであり得る。コーティングに使用され得る貴金属の例としては、金、白金、銀、銅、およびパラジウムが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様では、コーティングは、金または金合金を含む。電子ビーム蒸着を使用して、金の薄いコーティングを表面に提供することができる。いくつかの態様では、金属膜は、厚さが約５０ｎｍ～約５００ｎｍであり得る。
【0110】
あるいは、コーティングは、ケイ素、酸化ケイ素、窒化ケイ素、水素化ケイ素、酸化インジウムスズ、酸化マグネシウム、アルミナ、ガラス、水酸化表面、およびポリマーであり得る。
【0111】
本明細書に記載のアレイは、アドレス可能な要素の集合を含み得る。そのような要素は、マイクロタイタープレート内に含まれるアレイ、または各要素が別個のＸ座標およびＹ座標に存在し得る平面上に印刷されるアレイなど、空間的にアドレス可能であり得る。あるいは、要素は、タグ、ビーズ、ナノ粒子、または物理的特性に基づいてアドレス可能であり得る。マイクロアレイは、当業者に既知の方法に従って調製することができる。本明細書で使用される「アレイ」という用語は、複数のアドレス可能な要素を有する任意の生物学的アッセイを指し得る。いくつかの態様では、アドレス可能な要素は、ポリペプチド（例えば、抗体またはその断片）または核酸プローブであり得る。本明細書で使用される場合、「要素」は、器官特異的ポリペプチド、ポリペプチド断片、または本明細書に開示される遺伝子もしくはタンパク質のうちのいずれかと関係するもしくは関連付けられるものなどのポリペプチドをコードする転写産物が結合し得る任意のプローブ（ポリペプチドまたは核酸に基づく）を指す。分子は、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ＲＮＡ、ＤＮＡ、脂質、グリコシル化分子、炭水化物、リン酸化修飾を有するポリペプチド、ならびにシトルリン修飾、アプタマー、酸化分子、および他の分子を有するポリペプチドであり得るが、これらに限定されない。
【0112】
本明細書に記載される要素について、「アドレス可能な」は、場所、位置、タグ、切断可能なタグもしくはマーカー、識別子、スペクトル特性、電気泳動特性、または要素の識別を可能にする他の物理的特性を指す。コード化としても知られるアドレス可能性の例は、空間アドレス可能性であり、ここでは、分子の位置が固定され、その位置が同一性と相関する。この種の空間アレイは、概して、平面基材上に合成またはスポッティングすることができ、例えば、多数の異なる分子が小さな領域に高密度で配置される（例えば、１ｃｍ2当たり少なくとも約４００個の異なる配列を含み、１ｃｍ2当たり１０００個の配列、または１ｃｍ2当たり５０００個もの配列、またはそれ以上であり得る）マイクロアレイを生み出す。プレート内のウェルが各々別個のプローブを含有する、より低い密度のアレイ（例えば、ＥＬＩＳＡまたはＲＩＡプレート）は、プレート当たり約９６個の配列から、１ｃｍ２当たり約１００個の配列まで、マイクロアレイの密度までを含み得る。他の空間アレイは、光ファイバーを利用し、ここでは、別個のプローブをファイバーに結合させ、これを、結合および分析のための束に形成することができる。ポリペプチドの空間アレイの製造および使用のための方法は、当該技術分野で既知である。
【0113】
この種の空間コード化アレイの代替は、分子「タグ」の使用であり、ここでは、標的プローブを、プローブの配列に関するコードされた情報を提供し得る検出可能な標識またはタグに付着させることができる。これらのタグは、要素から切断し、その後、要素を識別するために検出することができる。いくつかの態様では、プローブのセットは、コードされたビーズのセットに合成するまたは付着させることができ、各ビーズは、別個のプローブに連結させることができ、付着したプローブの識別を可能にする様式でビーズをコードすることができる。この種の「タグアレイ」では、フローサイトメトリーを結合の検出に使用することができる。例えば、蛍光コードを有するミクロスフェアは、特定のミクロスフェアを特定することができる。プローブは、「カラーコードされた」物体に共有結合することができる。標識された標的ポリペプチドは、フローサイトメトリーによって検出することができ、ミクロスフェア上のコード化を使用して、結合したプローブ（例えば、免疫グロブリン、免疫グロブリンの抗原結合断片、またはリガンド）を特定することができる。
【0114】
いくつかの態様では、アレイは、１つ以上の抗原（例えば、環境抗原または食物抗原またはアレルゲン）を含むアレイであり得る。いくつかの態様では、アレイは、免疫グロブリンアレイ（例えば、抗体またはその抗原結合断片を含むアレイ）であり得る。本明細書で使用される場合、「免疫グロブリンアレイ」は、試料内に含まれるポリペプチドの特定を可能にする様式で配置された標的ポリペプチドに結合することが可能な、空間的に分離した別個の分子実体のセットを指す。いくつかの態様では、アレイは、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、ＲＮＡ、ＤＮＡ、脂質、グリコシル化分子、リン酸化修飾を有するポリペプチド、ならびにシトルリン修飾、アプタマー、および他の分子を有するポリペプチドのうちの１つ以上を含み得る。
【0115】
キット
いくつかの態様では、試料中の１つ以上の免疫グロブリンを測定するためのキットが提供される。いくつかの態様では、本明細書に開示される１つ以上のバイオマーカーのＲＮＡ（例えば、ＲＮＡ産物）を測定するためのキットが提供される。キットには、１つ以上のバイオマーカーのＲＮＡの発現を測定するために使用することができる材料および試薬が含まれ得る。好適なキットの例としては、ＲＴ－ＰＣＲまたはマイクロアレイが挙げられる。これらのキットには、ＲＮＡ発現レベルの測定を実行するために必要な試薬が含まれ得る。あるいは、キットには、追加の材料および試薬がさらに含まれ得る。例えば、キットには、本明細書に開示されるバイオマーカーではない、最大１個、２個、３個、４個、５個、１０個、またはそれ以上の任意の数の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを測定するために必要な材料および試薬が含まれ得る。
いくつかの態様では、試料中の１つ以上の免疫グロブリンを測定するためのキットが提供される。いくつかの態様では、本明細書に開示される１つ以上のバイオマーカーのＲＮＡ（例えば、ＲＮＡ産物）を測定するためのキットが提供される。キットには、１つ以上のバイオマーカーのＲＮＡの発現を測定するために使用することができる材料および試薬が含まれ得る。好適なキットの例としては、ＲＴ－ＰＣＲまたはマイクロアレイが挙げられる。これらのキットには、ＲＮＡ発現レベルの測定を実行するために必要な試薬が含まれ得る。あるいは、キットには、追加の材料および試薬がさらに含まれ得る。例えば、キットには、本明細書に開示されるバイオマーカーではない、最大１個、２個、３個、４個、５個、１０個、またはそれ以上の任意の数の遺伝子のＲＮＡ発現レベルを測定するために必要な材料および試薬が含まれ得る。
【0116】
遺伝子発現パネル
本明細書に開示される１つ以上の遺伝子を検出することが可能なプライマーまたはプローブからなる対象（例えば、ヒト）におけるＥｏＥまたは活性なＥｏＥを診断するための遺伝子発現パネルおよびアレイが本明細書に開示される。開示の遺伝子発現パネルまたはアレイは、本明細書に開示される遺伝子をいずれの数で含んでもよい。例えば、遺伝子発現パネルまたはアレイを使用して、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上を検出することができる。いくつかの態様では、遺伝子発現パネルまたはアレイは、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮを含み得る。
本明細書に開示される１つ以上の遺伝子を検出することが可能なプライマーまたはプローブからなる対象（例えば、ヒト）におけるＥｏＥまたは活性なＥｏＥを診断するための遺伝子発現パネルおよびアレイが本明細書に開示される。開示の遺伝子発現パネルまたはアレイは、本明細書に開示される遺伝子をいずれの数で含んでもよい。例えば、遺伝子発現パネルまたはアレイを使用して、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上を検出することができる。いくつかの態様では、遺伝子発現パネルまたはアレイは、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮを含み得る。
【0117】
いくつかの態様では、試料は、食道生検、粘膜試料、または食道分泌物であり得る。
【0118】
本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイは、本明細書に開示される任意の数の遺伝子を検出または増幅することが可能なプライマーまたはプローブからなり得る。本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイは、本明細書に開示されていない任意の数の遺伝子を検出または増幅することが可能なプライマーまたはプローブをさらに含み得る。例えば、プライマーまたはプローブは、１～５、５～１０、１０～１００の間、またはそれ以上、またはその間のいずれの変動も検出または増幅することができる。
【0119】
本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイは、対象におけるＥｏＥを評価するための独立した方法であっても、本明細書に開示されていない１つ以上の他の遺伝子発現パネルまたはアレイと組み合わせてもよい。それらは、１つ以上の診断検査とともに使用することができる。いくつかの態様では、遺伝子発現パネルまたはアレイは、第２の診断検査をさらに含み得る。本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイは、特定のプロファイルを生成するための方法にも使用することができる。プロファイルは、ヒートマップまたは箱ひげ図の形態で提供することができる。
【0120】
遺伝子発現レベルのプロファイルを使用して、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の差次的発現に基づいて統計的に有意な値を計算することができ、ここで、計算された値は、ＥｏＥのサブタイプについての診断と相関する。該選択された遺伝子または遺伝子発現産物の発現レベルの得られたプロファイルにおける分散は、参照対象または対照と比較して感受性が増加した対象では、上方調節されるか下方調節されるかのいずれかであり得る。追加の詳細は、実施例の節で提供する。例えば、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、およびＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の発現レベルが上方調節される場合、ＥｏＥまたは活性なＥｏＥが示される。本明細書に記載されるように、当業者であれば、本明細書に開示される遺伝子のうちのいずれかの組み合わせを使用して、ＥｏＥもしくは活性なＥｏＥを評価するために、または対象がＥｏＥもしくは活性なＥｏＥを有するかどうかを決定する（および診断する）ために後に使用することができるプロファイルを形成することができる。
【0121】
本明細書に記載される遺伝子発現パネルまたはアレイを使用してＥｏＥを診断する方法が本明細書に開示される。
【0122】
いくつかの態様では、本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイを使用して、対象におけるＥｏＥまたは活性なＥｏＥを決定または評価することができ、ここでは、試料中のＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮの発現レベルを、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮの参照発現レベルと比較する。いくつかの態様では、本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイを使用して、対象においてＥｏＥまたは活性なＥｏＥを決定または評価することができ、ここでは、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の試料発現レベルと、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の参照発現レベルとの比率（または変化率）により、試料中のＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの１つ以上の発現レベルがより高いことが示される。いくつかの態様では、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の試料発現レベルと、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の参照発現レベルとの比率（または変化率）により、試料中のＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの２つ以上の発現レベルがより高いことが示され、これは、対象がＥｏＥまたは活性なＥｏＥを有することを示す。好適な統計分析および他の分析を実行して、参照試料と比較したときのＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮのうちの１つ以上における変化（例えば、発現の増加またはそのより高いレベル）を確認することができる。
【0123】
遺伝子発現パネルまたはアレイは、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の存在または発現を検出、増幅、または別様に測定することが可能なプライマーまたはプローブからなり得る。例えば、本明細書に開示される方法に使用することができる特定のプライマーとしては、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｆｆＹｍｅｔｒｉｘ．ｃｏｍにリストされているＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘウェブサイトからの標準エクソンアレイにおける使用に好適なプライマーが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの態様では、本明細書に開示される遺伝子発現パネルまたはアレイを使用して、対象におけるＥｏＥまたは活性なＥｏＥを決定または評価することができ、ここでは、ＣＣＬ２６、ＫＩＴＬＧ、またはＰＯＳＴＮ ＲＮＡ発現レベルを、試料中で検出する。
【0124】
いくつかの態様では、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子の存在または発現を検出、増幅、または測定することが可能な１つ以上のプローブまたはプライマーを含む診断キットが開示される。
【0125】
本明細書に開示される遺伝子のうちの１つ以上とハイブリダイズまたは結合することができる、１つ以上のプライマー、プローブ、ポリペプチド、または抗体を含む固体支持体が本明細書に開示される。固体支持体は、分析物および分析物結合分子などの分子が会合し得る固体基材または支持体である。分析物（例えば、石灰化ナノ粒子およびタンパク質）は、固体支持体と直接的または間接的に会合させることができる。例えば、分析物は、固体支持体に直接固定することができる。分析物捕捉剤（例えば、捕捉化合物）も、固体支持体に固定することができる。
【0126】
本明細書で言及されるように、当業者であれば、本明細書に開示される１つ以上の遺伝子（またはタンパク質）の発現レベルを、あらゆる方法で決定することができる。試料内のバイオマーカーのＲＮＡ産物のレベルを検出または定量化するために、アレイ、例えば、マイクロアレイ、ＲＴ－ＰＣＲ（定量的ＲＴ－ＰＣＲを含む）、ヌクレアーゼ保護アッセイ、およびノーザンブロット分析を使用することができる。したがって、いくつかの態様では、バイオマーカー発現レベルは、アレイ、マイクロアレイ、ＲＴ－ＰＣＲ、定量的ＲＴ－ＰＣＲ、ヌクレアーゼ保護アッセイ、またはノーザンブロット分析を使用して決定することができる。
【0127】
加えて、本明細書に記載される遺伝子は、ＥｏＥまたは活性なＥｏＥに対する感受性またはその存在もしくは進行についてのマーカー（すなわち、バイオマーカー）としても使用することができる。本明細書に記載される方法およびアッセイは、経時的に行うことができ、マーカーのレベルの変化を評価することができる。例えば、アッセイは、２４～７２時間ごとに、６か月～１年の期間で行い、その後は、必要に応じて実行することができる。アッセイはまた、治療プロトコルの前、最中、または後に完了することができる。まとめて、本明細書に開示される遺伝子を使用して、個人のＥｏＥの状態をプロファイリングすることができる。この背景内で使用される場合、「差次的に発現される」または「差次的発現」という用語は、本明細書に開示されるバイオマーカーの発現レベルにおける差異を指し、これは、メッセンジャーＲＮＡ転写産物もしくはその一部、またはバイオマーカーの発現されたタンパク質のレベルにおける差異などの、バイオマーカーの産物（例えば、ＲＮＡまたは遺伝子産物）の発現のレベルを測定することによって、アッセイすることができる。いくつかの態様では、この差異は有意に異なる。
【0128】
感度を改善するために、本明細書に開示される１つ超の遺伝子を、所与の試料内でアッセイすることができる。本明細書に提供される異なるタンパク質、抗体、核酸に特異的な結合剤を、単一のアッセイ内で組み合わせることができる。さらに、複数のプライマーまたはプローブを同時に使用することができる。そのようなアッセイを支援するために、特定のバイオマーカーが、そのような検査の特異性を補助することができる。
【0129】
発現レベルは、転写および／または翻訳レベルで測定することができる。翻訳レベルでは、本明細書に記載される遺伝子のうちのいずれかの発現は、対応する遺伝子またはその断片に選択的に結合する抗体を用いて、免疫組織化学染色、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡなどを含むイムノアッセイを使用して測定することができる。イムノアッセイにおけるタンパク質特異的抗体を使用したタンパク質の検出は、当該技術分野で既知である。転写レベルでは、ｍＲＮＡは、例えば、増幅（例えば、ＰＣＲ、ＬＣＲ）、またはハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ノーザンハイブリダイゼーション、ＲＮＡｓｅ保護、またはドットブロッティング）によって検出することができる。タンパク質またはｍＲＮＡのレベルは、例えば、直接的または間接的に標識された検出剤（例えば、蛍光標識または放射性標識された核酸、放射性標識または酵素標識された抗体）を使用することによって検出することができる。転写レベルの変化（例えば、増加または減少）も、プロモーター－レポーター遺伝子融合構築物を使用して測定することができる。例えば、本明細書に開示される遺伝子のうちのいずれかをコードする遺伝子のプロモーター領域は、検出可能なシグナルを生成するポリペプチドのコード配列に融合（すなわち、動作可能に連結）させることができる。レポーター構築物は、当該技術分野で周知である。レポーター配列の例としては、蛍光タンパク質（例えば、緑色、赤色、黄色）、リン光性タンパク質（例えば、ルシフェラーゼ）、抗生物質耐性タンパク質（例えば、ベータラクタマーゼ）、酵素（例えば、アルカリホスファターゼ）が挙げられる。
【実施例】
【0130】
実施例１：食道分泌物中の食物特異的抗体：好酸球性食道炎（ＥｏＥ）における誘因食物との関連
目的：好酸球性食道炎を誘発する食物に対する抗体が、抗体を食道擦過によって収集できる場所である食道内腔に分泌されるかどうかを検査すること。
目的：好酸球性食道炎を誘発する食物に対する抗体が、抗体を食道擦過によって収集できる場所である食道内腔に分泌されるかどうかを検査すること。
【0131】
方法：食物特異的免疫反応を、内視鏡を受ける６８人の患者（対照１２人、消散好酸球性食道炎１３人、および活性な好酸球性食道炎４３人）の擦過物中で評価した。参加者１７人の誘因食物が、食物除去食を介して特定された。４つの最も一般的な好酸球性食道炎の食物誘因に対する免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４抗体を、ＩｍｍｕｎｏＣＡＰアッセイを使用して、食道擦過物中で測定した。食物特異的抗体値を、活性好酸球性食道炎、消散した好酸球性食道炎、および対照の間で比較した。
【0132】
結果：活性な好酸球性食道炎（１５好酸球／ｈｐｆ超）を有する患者は、対照と比較して、一般的な好酸球性食道炎誘因に対する免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４レベルの増加を示した（免疫グロブリンＡについては３２７±３８０対１５０±１３０、および免疫グロブリンＧ４については１５３４±３３４６対１７８±１２３、ｐ＜０．００３）。特異的誘因食物は、食道好酸球増多を誘発しなかった食物と比較して、免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧＧ４の応答の上昇と関連付けられた（免疫グロブリンＡについて７３３±４６９対１４２±６４、ｐ＜０．００１、および免疫グロブリンＧ４について２６２０±３２２８対５２６±１０５０、ｐ＜０．００１）。
【0133】
結論：食物特異的抗体は、好酸球性食道炎患者の食道内腔に沿って収集した。
【0134】
序文：好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、あらゆる年齢群において、生活の質の低下、嚥下障害、および食塊閉塞の一般的な原因としてますます認識されてきている（Ｈｏｌｂｒｅｉｃｈ Ｍ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｐｒｏｃ ２０１９；４０：１９８－２０３、Ｐｅｉｒｉｓ ＣＤ，Ｔａｒｂｏｘ ＪＡ．ＪＡＭＡ ２０１９；３２１：１４１８、Ｒｅｅｄ ＣＣ，Ｄｅｌｌｏｎ ＥＳ．Ｍｅｄ Ｃｌｉｎ Ｎｏｒｔｈ Ａｍ ２０１９；１０３：２９－４２、およびＬｕｃｅｎｄｏ ＡＪ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１７；４６：４０１－４０９）。食物に対する免疫学的応答が関与しているが、アレルギー検査（皮膚プリック検査、免疫グロブリンＥ抗体検査、またはアトピーパッチ検査）は、疾患の原因である食物を特定しない（Ａｃｅｖｅｓ ＳＳ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（Ｎ Ｙ）２０１６；１２：５１６－５１８、Ａｎｙａｎｅ－Ｙｅｂｏａ Ａ，Ｗａｎｇ Ｗ，Ｋａｖｉｔｔ ＲＴ．Ｔｈｅ Ｒｏｌｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（Ｎ Ｙ）２０１８；１４：４６３－４６９、およびＰｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１６；４４：２２３－３３）。とはいえ、食物抗原は、除外食後の疾患の消散によって証明されるように、小児集団と成人集団との両方においてＥｏＥの病因および増悪に関与している（Ｐｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１６；４４：２２３－３３、Ｃｈｅｈａｄｅ Ｍ，Ｓｈｅｒ Ｅ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｐｒｏｃ ２０１７；３８：１７０－１７６、Ｆａｈｅｙ ＬＭ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２０１８；９：１３９、ｄｅ Ｂｏｒｔｏｌｉ Ｎ，Ｐｅｎａｇｉｎｉ Ｒ，Ｓａｖａｒｉｎｏ Ｅ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉｇ Ｌｉｖｅｒ Ｄｉｓ ２０１７；４９：２５４－２６０、およびＰｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，Ｔｈｉｅｎ Ｆ．Ｔｈｅ Ｒｏｌｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：ａｎ Ｕｐｄａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｅｖｉｄｅｎｃｅ．Ｃｕｒｒ Ｔｒｅａｔ Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２０１７；１５：２６－３４）。免疫グロブリンＥは、ＥｏＥ患者の粘膜中で上昇するが、原因食物を特定するための免疫グロブリンＥに基づく皮膚プリック検査の正確さを評価する臨床試験は、満足のいく結果を示すことができなかった（Ｐｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，Ｔｈｉｅｎ Ｆ．Ｃｕｒｒ Ｔｒｅａｔ Ｏｐｔｉｏｎｓ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ ２０１７；１５：２６－３４、Ｋａｍｄａｒ ＴＡ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｍｏｌ Ａｌｌｅｒｇｙ ２０１０；８：１６、Ｇｏｔｔｌｉｅｂ ＳＪ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１３；１３１：２４２－３、Ａｃｅｖｅｓ ＳＳ．Ｃｌｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ ２０１４；１２：１２１６－２３、Ｐａｑｕｅｔ Ｂ，Ｂｅｇｉｎ Ｐ，Ｐａｒａｄｉｓ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１３；１３１：６１３、Ｅｒｗｉｎ ＥＡ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｐｒａｃｔ ２０１５；３：８９６－９０４ ｅ３、およびＴｕｒｎｂｕｌｌ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１５；４１：３－２５）。同様に、オマリズマブの臨床試験は、ＥｏＥ患者の食道における好酸球浸潤を低下させることができなかった（Ｃｌａｙｔｏｎ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１４；１４７：６０２－９）。他の研究者らは、食物に対する細胞介在性応答が食道好酸球増多につながると仮定して、アトピーパッチ検査の感受性および特異性を評価したが、結果は不良であった（Ａｃｅｖｅｓ ＳＳ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（Ｎ Ｙ）２０１６；１２：５１６－５１８、Ａｎｙａｎｅ－Ｙｅｂｏａ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｒｏｌｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（Ｎ Ｙ）２０１８；１４：４６３－４６９、Ｂａｈｎａ ＳＬ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｐｒｏｃ ２００８；２９：４４７－５２、およびＢｌａｎｃｈａｒｄ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ ２０１７；２８１：４４８－４５７）。ＥｏＥでは、炎症は食道に局在するため、この疾患を局所的な食道特異的免疫応答の結果として特徴付けることができる。例えば、Ｃｌａｙｔｏｎらは、ＥｏＥ由来の組織ホモジネート中の総免疫グロブリンＧ４のレベルの増加を特定し、これは、局所免疫応答が生じることを示唆するものであった（Ｃｌａｙｔｏｎ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１４；１４７：６０２－９）。鉗子生検および擦過生検により、免疫グロブリン（免疫グロブリンＧ４および免疫グロブリンＥ）がＥｏＥ組織で増加することが明らかとなった（Ｒａｍａｓｗａｍｙ ＡＴ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ｆｏｒｕｍ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｒｈｉｎｏｌ ２０１９；９：８７０－８７５）。ＥｏＥでは具体的に研究されていないが、免疫グロブリンＡは、細菌およびウイルスなどの可能性のある脅威から身体を保護するために消化管表面に分泌される既知の粘膜排除抗体である（Ｃａｒｌｉｅｒ ＦＭ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ａｌｌｅｒｇｙ ２０１６；４６：１３７２－１３８８）。疾患組織内の局所応答はまた、セリアック病に見られるように、分泌性免疫グロブリンＡ産生または免疫介在性免疫グロブリンＡ産生のいずれかを伴い得る（Ｋｏｎｉｎｃｋｘ ＣＲ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ １９８４；３：６７６－８２、およびＬａｍｍ ＭＥ，ｅｔ ａｌ．ＡＰＭＩＳ １９９５；１０３：２４１－６）。免疫グロブリンＡのレベルおよび応答は、食物アレルギーにおいてますます研究されている（Ａｈｒｅｎｓ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００８；１５１：４５５－８、およびＡｎｄｒｅ Ｃ．Ｌｅｔｔｅｒ：Ａｌｌｅｒｇｙ，ｔｏｌｅｒａｎｃｅ，ａｎｄ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ａ．Ｌａｎｃｅｔ １９７４；２：７８２）。免疫グロブリンＡは、食道内の抗原応答を媒介する食物に応答して分泌され得るというのが妥当である。免疫グロブリンＧ４および免疫グロブリンＡがＥｏＥの食道で産生されているかどうか、および好酸球性食道炎症の原因となる食物を発見する試験を行った。
【0135】
方法：試験設計。この試験は、ＥｏＥを誘発させる食物が免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４の抗体産生も刺激するかどうかを試験するように設計した。患者は、嚥下障害のための上部内視鏡または既知のＥｏＥのモニタリングに参加した際の食道の１回限りのサンプリングに同意した。１）ＥｏＥの以前の診断はないが、内視鏡評価を必要とする嚥下障害である、または２）疾患状態を評価するために経過観察内視鏡生検に参加している以前に診断されたＥｏＥという２つの基準のいずれかを満たした患者に登録を依頼した。患者は、治験責任医師が、経過観察のための日常的な臨床ケア中に患者の臨床経過および生検結果を追跡することを許可することに同意した。自己免疫性食道炎（すなわち、扁平苔癬）、クローン病、全身性強皮症、または全身免疫抑制を必要とするものを含む、共存免疫障害と診断された患者は、さらなる分析から除外した。６８人の患者において、免疫グロブリンＡ食物特異的抗体と免疫グロブリンＧ４食物特異的抗体の両方を食道擦過で測定し、最終分析に含めた。分析した３つのコホートは、活性なＥｏＥ、消散したＥｏＥ、および対照であった。患者を、標準基準（Ｄｅｌｌｏｎ ＥＳ，ｅｔ ａｌ．Ｕｐｄａｔｅｄ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｆｏｒ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ：Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ ＡＧＲＥＥ Ｃｏｎｆｅｒｅｎｃｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１８；１５５：１０２２－１０３３ ｅ１０）、少なくとも１つの食道生検および随伴する食道症状に対する高倍率視野（ＨＰＦ）当たり１５好酸球により、ＥｏＥと診断した。最新の生検で好酸球／ＨＰＦが１５個未満であったＥｏＥの既往を有する患者（および症状が消散した患者）を、消散したＥｏＥ患者とみなした。食道生検で病理組織が正常であった、食道診断歴のない嚥下障害を提示した者を対照とみなした。
【0136】
食道分泌物の収集。食道擦過物を、上部内視鏡中に、食道生検の前に得た。Ｃｏｏｋ ｍｅｄｉｃａｌ ｃｙｔｏｂｒｕｓｈ（Ｃｏｏｋ Ｍｅｄｉｃａｌ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を内視鏡にとおし、食道の内腔に適用し、食道の遠位５ｃｍから上部食道（歯から約１５～２０ｃｍ）に抜去した。次いで、ブラシを除去し、さらなる評価まで－７０℃で瞬間凍結させた。
【0137】
除去食にある患者の臨床経過。臨床ケアの一環として食物排除食を選択したＥｏＥ患者をモニタリングし、食物誘因を記録した。食物誘因は、除去により好酸球増多が１５好酸球／ＨＰＦ未満に低下したもの（単一食物除去を受けている患者）、または再導入により消散後に食道好酸球増多が１５好酸球／ＨＰＦ超となったもの（複数の食物除去）として記録した。標準治療には、誘因食物を特定するために、内視鏡を再び行う前に４週間の特定食物再導入が含まれる（Ｇｏｎｓａｌｖｅｓ Ｎ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｅｎｄｏｓｃ Ｃｌｉｎ Ｎ Ａｍ ２０１８；２８：８９－９６、およびＧｏｎｓａｌｖｅｓ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１２；１４２：１４５１－９ ｅｌ）。症状のみでは、患者を特定の食物に反応するものとして分類するには不十分であった。複数の食物を除去した患者については、消散後、再導入後に好酸球数を１５好酸球／ＨＰＦを超えて増加させなかった食物を真陰性として特定した。再導入を完了した患者を最終分析に含めた。
【0138】
食物特異的抗体検査。ブラシを解凍し、１ｍｌのＰｈａｄｉａ希釈溶液（製品番号１０－９４９８－０１、Ｋａｌａｍａｚｏｏ，ＭＩ）を用いて、時折振盪させながら約３０分間浸漬して平衡化した。別の実験において、ブラシ当たりの分泌物量を、１０，０００ＲＰＭで１分間遠心分離することによって測定し、ブラシ当たり約２１～２３マイクロリットルの流体を得た。約１：５０希釈でのＰｈａｄｉａ希釈液中の抽出した食道液を、Ｐｈａｄｉａ ＩｍｍｕｎｏＣａｐ試薬を用いて、コムギｆ１、ダイズｆ１４、カゼインｆ７８、およびタマゴｆ２４５の４つの食物アレルゲンに対する免疫グロブリンＧ４抗体および免疫グロブリンＡ抗体について分析した。カゼインおよびグルテンを試験に選択し、その理由は、それらが、それぞれ乳製品およびコムギに対する主な反応物であると考えられる特定の食物タンパク質であるからである。端的には、４０μＬの希釈した分泌物を、ＣＡＰと称される食物特異的固相抗原に加えた後、免疫グロブリンＡ／免疫グロブリンＧ４抗体共役体を洗浄して加え、洗浄を繰り返し、最後に、プロトコルに従って発生溶液を加えた。停止溶液を加え、得られた蛍光シグナル（応答値）を測定した。１：５０希釈からの濃度測定の限界に起因して、応答値を測定し報告した。結果を応答値としてリスト列記する。アッセイの検証のため、低域および高域の対照試料を各分析に含めた。参加者は、グルテン、カゼイン、ダイズ、タマゴに対する食物特異的抗体について、免疫グロブリンＧ４および免疫グロブリンＡ分析両方の分析を受け、Ｉｍｍｕｎｏｃａｐシステムを使用して検出した応答値を報告する。
【0139】
統計解析。応答値についての群間の比較を、評価した群に応じてＡＮＯＶＡおよびマンホイットニーＵ検定を介して行った。食物誘因を評価するために、食物除去試験を受けた患者について、ＥｏＥを誘発する食物（真陽性）およびＥｏＥを誘発しなかった食物（真陰性）を決定した。収集した体積が個人間で異なることを考慮に入れ、その後の有効な比較を維持するために、免疫グロブリンＧ４および免疫グロブリンＡの応答値を個人内で標準化した（平均がゼロであり、標準偏差が１であるように新たにスケーリングした）。各個人の食物誘因を特定するために、グルテン、ダイズ、カゼイン、およびタマゴについての標準化した免疫グロブリンＧ４および免疫グロブリンＡの応答値に対してヒートマップを使用し、事後確率的ロジスティック回帰モデルによって結果を確認した。群間のカテゴリー変数および定量的変数の差の統計的有意性を、それぞれフィッシャーの直接確率検定およびマンホイットニーＵ検定を使用して評価した。
【0140】
結果：患者の特性。内視鏡時に６８人の患者を登録し、食道生検の前に首尾よく食道擦過を受けさせた。人口統計を表１に示す。１２人の対照参加者は、嚥下障害を有したが、併発する全身性自己免疫性疾患またはアレルギー性疾患はなく、生検での病理組織は正常であった。１３人の消散したＥｏＥの患者は、以前の生検では１５好酸球／ＨＰＦ超を示したのに対して、１５未満の好酸球／ＨＰＦを示し、消散した患者は、局所ステロイド（ｎ＝３）、プロトンポンプ阻害剤（ｎ＝３）、または食物除去食（ｎ＝７）で治療された。残りの登録患者は、活性なＥｏＥの基準を満たした。
【0141】
表１：総コホートの人口統計。活性な好酸球性食道炎（ＥｏＥ：１５超の好酸球／ＨＰＦおよび食道症状）を有する４３人の患者を登録し、１７人が食物除去食および再導入食を完了した。１３人の患者が治療を受け、症状の消散を伴う１５未満の好酸球／ＨＰＦであり、消散した好酸球性食道炎（消散したＥｏＥ）の患者である。１２人の患者は嚥下障害を有していたが、食道生検は正常であり、これらの患者は対照である。
【表1】
【0142】
活性なＥｏＥ患者は、食物特異的免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４を示す。食道分泌物の分析により、図１および図２にそれぞれ示されるように、免疫グロブリンＡ応答および免疫グロブリンＧ４応答の存在が明らかになった。全体として、ＥｏＥ患者は、対照と比較したときに、検査にわたって、免疫グロブリンＡ応答および免疫グロブリンＧ４応答のレベルが増加した（免疫グロブリンＡについて、３２７±３８０対１５０±１３０、および免疫グロブリンＧ４について、１５３４±３３４６対１７８±１２３、両方ともｐ＜０．００３）。各個人群間を比較すると、活性なＥｏＥ患者は、平均して、消散したＥｏＥ患者と比較して、カゼイン（ｐ＜０．００１）、グルテン（ｐ＜０．００１）、ダイズ（ｐ＜０．００１）、およびタマゴ（ｐ＜０．００８）に対する免疫グロブリンＡ応答の値が大きかった。活性なＥｏＥの参加者は、対照と比較して、グルテン（ｐ＜０．００１）、カゼイン（ｐ＜０．００１）に対する免疫グロブリンＡ応答値が大きかったが、ダイズ（ｐ＝０．２２３）およびタマゴ（ｐ＝０．３７９）についての応答値は、対照と有意に異なるものではなかった。活性なＥｏＥの参加者は、消散したＥｏＥおよび対照と比較したとき、すべての食物に対してより高いレベルの免疫グロブリンＧ４応答を示した（表２）。
【表2】
【0143】
除去食により、１７人の患者で誘因食物が特定される。合計で２７人の患者に、食物除去食を試した。７人の患者は、選択した除去食に失敗し、追加の食物除去に進まなかった（３人が６つ（以上）の食物除去食に失敗し、２人が２つの食物除去に失敗し、２人が１つの食物除去に失敗した）。３人の患者が６つの食物除去食に応答したが、すべての食物の再導入に失敗した。
【0144】
合計で１７人の患者が、選択した食事試験をすべて完了した。５人の患者が単一食物の除去を受け、誘因食物としての単一の除外された食物が関与する食道好酸球増多が消散した。残りの１２人の患者は、複数の食物を食事から除去することを選択した。誘因食物は、疾患の最初の消散後にその１つの特定の食物群を再導入した後で症状および食道好酸球増多が戻ったときに、特定した。好酸球数は、食物除去前は平均で６０．５好酸球／ＨＰＦ（標準３２．１）であったのに対し、その後では、好酸球数は、平均６．２好酸球／ＨＰＦ（標準４．１）（ｐ＜０．００１）であった（図３）。加えて、食物除去食により、浮腫、輪、滲出液、溝、および狭窄を評価する内視鏡参照スコアが改善し、食事前は４．５（標準１．９）と高かったものが食事後は２（標準１．６）に変化した（ｐ＜０．００１）。狭窄は、食事とともに消散する可能性が低かった。食物誘因は、コムギ（ｎ＝９）、乳製品（ｎ＝４）、またはその両方（ｎ＝４）のいずれかであった。１人の患者は、「反応」を理由に、検査前に豚肉および牛肉を除去した。別の患者は、好酸球／ＨＰＦが１５超の食道好酸球増多を伴って、鶏肉および米の再導入に反応した。最後に、追加の患者がタマゴの再導入時に気分を悪くしたが、食道好酸球増多の発症はなかった（８好酸球／ＨＰＦ）。
【0145】
免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４食物特異的抗体反応性は、誘因食物に対して増加する。食物除去試験に成功した１７人の患者の免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体のレベルを、表３ならびに図４および図５に示す。ＥｏＥの誘因であることが判明した食物（誘因食物）は、免疫グロブリンＡ抗体値が非誘因食物食品よりも大きかった（７３３±４６９対１４２±６４、ｐ＜０．００１）。コムギが誘因食物である参加者は、グルテンに対する免疫グロブリンＡ抗体値が、コムギが誘因食物でない患者よりも高かった（７０７±４３０対１８５±８０、ｐ＜０．００４）。乳製品が誘因である参加者は、カゼインに対する免疫グロブリンＡ抗体値が、乳製品が誘因でない参加者よりも大きかった（８５９±５１５対１９７±９４、ｐ＜０．０２１）。
【0146】
表３．食物除去食および再導入食を完了した１７人の患者における、グルテン、ダイズ、カゼイン、およびタマゴ対する免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４抗体レベル。ほとんどの誘因食物は、免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４に対して高いレベルを示した。患者内および患者間の免疫グロブリンＧ４の変動は、全コホートに対して解釈を困難にした。誘因食物に対する免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４抗体レベルは、表中で太字にする。＊測定は、免疫蛍光応答性（すなわち、応答値）に基づく。
【表3】
【0147】
誘因食物はまた、非誘因食品よりも大きい免疫グロブリンＧ４応答値を生じさせた（２６２０±３２２８対５２６±１０５０、ｐ＜０．００１）。しかしながら、免疫グロブリンＧ４抗体レベルをグルテンと具体的に比較すると、コムギ誘因を有する参加者は、コムギが誘因食物でなかった参加者と有意に異ならなかった（２９８８±４０９７対９３６±９０８、ｐ＜０．２５）。乳製品誘因を有する参加者は、カゼインに対する応答が、乳製品誘因を有しない参加者と有意に異ならず（２３４９±２０００対９７６±１８１８、ｐ＜０．４９）、これは、免疫グロブリンＧ４応答に見られる高い変動性に起因する可能性がある。
【0148】
免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４応答の上昇による誘因として関与した食品。１７人の患者において、合計２１個の食物誘因を特定した（表２）。患者間の応答値に有意な変動が生じたが、免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４についての抗体応答がより高いことにより、食物誘因はほぼ常に特定された。免疫グロブリンＡ応答については、２１例中１９例において、食物誘因は、最大応答値（または２つの食物誘因の場合、上位２つの最大応答値）を示した。免疫グロブリンＧ４応答については、患者にわたっておよび患者間でかなりの変動があったものの、２１個中２０個の食物誘因により、上位の応答値が得られた。このため、ほとんどの食物誘因が、免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４の両方に対する陽性応答によって特定された。免疫グロブリンＡは、ＥｏＥを引き起こす原因となる食物の識別において最も正確に働いた。ヒートマップの事後ロジスティック回帰分析（図４ｂおよび図４ｄ）では、免疫グロブリンＡの結果に従い、１７個中１つの誤分類（すなわち、９４．１％の正しい分類）が誘因食物としてのコムギについて見出され、２つが乳製品について見出され（すなわち、８８．２％の正しい分類）、２つがコムギ／乳製品について見出された（すなわち、８８．２％の正しい分類）ことが確認され、高い分類能力が示された。
【0149】
上部内視鏡時に３人の患者から収集し、検査した、唾液、血清、および食道分泌物。免疫グロブリン応答比は、３つの異なる供給源の間で異なっており、食道収集物が、血液または唾液の汚染に大きく影響を受けなかったことが示された（図９）。
【0150】
活性なＥｏＥ群の患者の経過観察を、患者が食事に関する経過観察内視鏡に参加したときに記録し、免疫グロブリンＡと免疫グロブリンＧ４との両方の検査を患者の擦過物に行った。検査した３つの症例では、食物特異的抗体は、疾患の消散と平行して減少するように見受けられた（表４）。
【0151】
表４．３人の患者が、好酸球増多が消散した（１５好酸球／ＨＰＦ未満）ときに、食物除去食前後の食道サンプリングを受けた。食物抗体応答値は、疾患の消散および／または食物の除去とともに減少するように見受けられた。患者１は、コムギおよび乳製品除去を受けた後にサンプリングされた。患者２は、乳製品、エンドウ豆、豆類、果物、野菜の除去後に（皮膚ＩｇＥ試験に基づいて）繰り返しのサンプリングを受けた。患者３は、第２のサンプリングの前に乳製品除去を受けた。患者４は、第２のサンプリング時に食道用局所ステロイドを使用していた。
【表4】
【0152】
考察：現在、好酸球性食道炎における食物誘因の正確な検査は利用可能ではなく、患者および医師の不満につながっている（Ａｎｙａｎｅ－Ｙｅｂｏａ Ａ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｒｏｌｅ ｏｆ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｅｏｓｉｎｏｐｈｉｌｉｃ Ｅｓｏｐｈａｇｉｔｉｓ． Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（Ｎ Ｙ）２０１８；１４：４６３－４６９、Ｐｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１６；４４：２２３－３３、Ａｃｅｖｅｓ ＳＳ．Ｃｌｉｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ ２０１４；１２：１２１６－２３、およびＡｓｓａ’ａｄ Ａ．Ａｎｎ Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００５；９５：３０９－１１）。皮膚プリック検査は、良好に行われた食事除去試験で２０％未満の精度であったことが見出された（Ｇｏｎｓａｌｖｅｓ Ｎ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｅｎｄｏｓｃ Ｃｌｉｎ Ｎ Ａｍ ２０１８；２８：８９－９６、およびＧｏｎｓａｌｖｅｓ Ｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１２；１４２：１４５１－９）。食道は、Ｂ細胞スイッチングによる局所免疫応答を発現し得ることが推測されている（Ｔｕｒｎｂｕｌｌ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１５；４１：３－２５）。この理論は、皮膚プリック検査が食道の誘因を反映しない可能性がある理由を説明し得る。Ｗａｒｎｅｒｓらは、内視鏡中にＥｏＥの患者の食道にある食物にプリック検査を行うことによって、この仮説を試験した。この試験により、食道は、特定の抗原に対する即時型応答が可能であることが実証された（Ｗａｒｎｅｒｓ ＭＪ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１８；１５４：５７－６０ ｅ２、およびＷａｒｎｅｒｓ ＭＪ，ｅｔ ａｌ．Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ ２０１７；３１３：Ｇ２３０－Ｇ２３８）。免疫グロブリンＥに関係する可能性のあるそのような食道応答は、皮膚プリック検査で特定されたものとは異なった。しかしながら、この局所的検査が、原因となる誘因を特定する能力を有するかどうかは未だ不明である（Ｂｌａｎｃｈａｒｄ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｉｎｔｅｒｎ Ｍｅｄ ２０１７；２８１：４４８－４５７）。ＥｏＥ患者をオマリズマブ（Ｘｏｌａｉｒ）で治療した以前の研究は、ＥｏＥの食道好酸球増多の低下に失敗しており、免疫グロブリンＥ応答性がＥｏＥの病態生理学において重要であるという考えに水を差すものであった（Ｐｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１６；４４：２２３－３３）。免疫グロブリンＧ４は、ＥｏＥの食道粘膜において高度に上方調節され、疾患を誘発する抗原に対する原因応答を反映し得る（Ｃｌａｙｔｏｎ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１４；１４７：６０２－９）。しかしながら、いくつかの研究では、食物特異的免疫グロブリンＧ４について検査した食道組織ホモジネートおよび血清は、原因抗原を正確に予測しなかったことが見出された（Ｗｒｉｇｈｔ ＢＬ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１６；１３８：１１９０－１１９２、Ｂｊｏｒｋｓｔｅｎ Ｂ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｌｅｒｇｙ １９８３；３８：１１９－２４、Ｇｕｈｓｌ ＥＥ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｌｅｒｇｙ ２０１５；７０：５９－６６、ＭｃＧｏｗａｎ ＥＣ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１９、Ｐｏｐｅ ＡＥ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ ２０１９；６８：６８９－６９４、およびＳｃｈｕｙｌｅｒ ＡＪ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１８；１４２：１３９－１４８）．最近の研究は、末梢ＣＤ４＋Ｔ細胞増殖を食道組織免疫グロブリンＧ４食物特異的検出と組み合わせて、食物除去を管理した。この結果は、患者の改善につながったが、消散は僅かであった（ＭｃＧｏｗａｎ ＥＣ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ａｌｌｅｒｇｙ Ａｓｔｈｍａ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１９）。これらの結果は、ＥｏＥの粘膜における免疫グロブリンＧ４の斑状の性質に影響された可能性がある。免疫グロブリンＧ４の存在は、食道粘膜全体にわたって変動し、単一生検からのホモジネートにおいて正確に反映されない可能性がある。しかしながら、免疫グロブリン検査により、特にＥｏＥの粘膜内の食物アレルゲンを特定した最近のデータを踏まえると、ＥｏＥにおける食物誘因に対する答えが提供され得る（Ｐｈｉｌｐｏｔｔ Ｈ，Ｄｅｌｌｏｎ ＥＳ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ２０１７；１５３：６０５－６０６）。
【0153】
より広範な表面サンプリングを行うために、ＥｏＥを有する患者の罹患した食道から得られた擦過物を分析すると、結果は、食道表面に沿って得られた食道分泌物中で、特定の食物に対する免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４のレベルが上昇したことを示唆する。さらに、これらの食物特異的免疫グロブリンにより、８８．２％～９４．１％の範囲の高い分類能力で、ＥｏＥ患者における食物誘因が特定された。加えて、結果は、免疫グロブリンＡ抗体および免疫グロブリンＧ４抗体が、消散したＥｏＥおよび対照の患者における正常な粘膜分泌物中では実質的に上昇せず、むしろ活性な好酸球性疾患自体と密接に関連しているように見受けられることを示す。食物特異的抗体は、疾患が（局所ステロイドまたは食事により）消散した後では容易に検出されない。活性なＥｏＥと消散したＥｏＥとの間の図１および図２における結果により、消散した患者の食物抗原について、最小限の免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４抗体レベルが示されていることに注目されたい。加えて、局所的に産生された食物特異的抗体は、血漿または唾液によって著しく汚染されないと考えられる。このため、ＥｏＥにある罹患した食道に由来する食道擦過物は、貴重な情報を含み、原因抗原を特定するのに有用であり得る。食事療法の前後に３人の患者を追跡したが、これらのデータは、疾患が食事で管理されているときに、食物特異的抗体が減少するように見受けられることを示唆する。しかしながら、食物特異的抗体の発現が、積極的食物摂取量および／または活性な疾患に依存するかどうかは依然として不明である。
【0154】
罹患した食道内腔に沿って見出される食物特異的抗体である免疫グロブリンＡは、免疫グロブリンＧ４応答よりも良好に、誘因食物（食道炎症を引き起こす食物）を非誘因食物と区別するように見受けられる。これは、比較的小さなコホートにおいて免疫グロブリンＧ４応答の変動性が大きいことに起因し得る。加えて、食物（特に乳製品）に対する免疫グロブリンＧ４は、食物アレルギーのあるコホートまたはないコホートの両方の血清中で共通して増加する（Ｓｃｈｕｙｌｅｒ ＡＪ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１８；１４２：１３９－１４８）。このため、免疫グロブリンＧ４応答が、誘因食物を示すことなく発生し得るというのは妥当である。しかしながら、興味深いことに、免疫グロブリンＧ４食物特異的抗体応答は、他の食物と比較して、誘因食物に対して最も際立って上昇した。全体として、免疫グロブリンＡ応答値は、サンプリング時に変動性が低く、ＥｏＥの原因ではなかった食物と比較して、ＥｏＥの原因に関与する食物に対して有意に高かった。
【0155】
血漿または唾液からの食道収集物の汚染も検査した（図９）。炎症を起こした食道内腔は、炎症中の血漿溢出に由来するタンパク質、および唾液分泌物に由来する汚染を含み得る。唾液には豊富な免疫グロブリンＡが含まれ、アッセイを妨げる可能性がある。食物特異的免疫グロブリン発現は、療法のモダリティ（プロトンポンプ阻害剤、局所ステロイド、除去食）にかかわらず、疾患の消散後に食物内腔で減少し、これは、唾液汚染に異議を唱えるものであった。
【0156】
本明細書に記載される試験は、そのサンプルサイズが小さいことによって制限されるが、結果は、コムギおよび乳製品によって誘発されたＥｏＥを有する患者が、診断感度の意義のある計算に十分な数で本試験に存在することを示す。さらに、この試験は、食物特異的免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４に限定され、他の免疫グロブリンは試験しなかった。総免疫グロブリンＡを試験し、免疫グロブリンＡ１と免疫グロブリンＡ２とは区別しなかった。そうであっても、最初のアッセイは、コムギ誘因および乳製品誘因を区別し、それらを重要であると特定するように見受けられる。ＥｏＥ患者は、概して、ＥｏＥを引き起こさない食物についてであっても、対照よりも免疫応答性が高いように見受けられた。ＥｏＥ患者におけるダイズおよびタマゴ（非誘因食物）に対する免疫グロブリンＡ応答値は、対照と有意に異ならなかった。しかしながら、これらの同じ非誘因食物に対する免疫グロブリンＧ４応答は、対照と比較してＥｏＥにおいて増加した。これは、ＥｏＥ患者自身の間で見られる免疫グロブリンＧ４応答の高い変動性に関係し得る。免疫グロブリンＧ４検査は、患者内および患者間で高度に変動性であり、これにより、免疫グロブリンＡと比較した免疫グロブリンＧ４応答について患者間の全体的な比較が困難となった。
【0157】
免疫グロブリンＧ４は、ＥｏＥにおいて最近特定された既知の抗体である。免疫グロブリンＧ４は、ＥｏＥにおける組織学的特徴と相関することが示されている（Ｐｏｐｅ ＡＥ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ ２０１９；６８：６８９－６９４、およびＲｏｓｅｎｂｅｒｇ ＣＥ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｌｅｒｇｙ ２０１８；７３：１８９２－１９０１）。免疫グロブリンＡは、粘膜において最も豊富な免疫グロブリンであり、これは、粘膜中で、摂取された抗原の免疫排除をとおして活性障壁として作用する。アレルギーにおけるその役割は未だ不明である。免疫グロブリンＡは、ＥｏＥの保護機序として作用し、組織に浸潤する前にアレルゲンに結合し得る（Ｔｕｒｎｂｕｌｌ ＪＬ，ｅｔ ａｌ．Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ ２０１５；４１：３－２５）。しかしながら、免疫グロブリンＡは、好酸球を活性化し、脱顆粒を誘導することが示されているため、疾患の病因にも寄与し得る（Ｍｏｔｅｇｉ Ｙ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ａｒｃｈ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０００；１２２ Ｓｕｐｐｌ １：２５－７、およびＭｕｒａｋｉ Ｍ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔ Ａｒｃｈ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２０１１；１５４：１１９－２７）。
【0158】
要約すると、これらの所見により、好酸球性食道炎からの擦過物における食物に対する抗体の測定を使用して、好酸球性食道炎の食物誘因を特定することができるという結論が支持される。さらに、食物に対する低い抗体応答値は、ＥｏＥ治療成功のマーカーとして機能し得る。本明細書に記載される結果は、食道が、疾患プロセスに関係する抗原に対する検出可能な局所免疫グロブリンを分泌すること、および本明細書に開示される方法が、ＥｏＥを有する患者の免疫学的検査として使用され得ることを示唆する。
【0159】
実施例２：抗原に対する抗体の特異的産生は疾患自体から発生する
背景技術。好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、あらゆる年齢群において、生活の質の低下、嚥下障害、および食塊閉塞の一般的な原因としてますます認識されてきている。食物抗原は、除外食後の疾患の消散によって証明されるように、小児集団と成人集団との両方においてＥｏＥの病因および増悪に関与している。
背景技術。好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、あらゆる年齢群において、生活の質の低下、嚥下障害、および食塊閉塞の一般的な原因としてますます認識されてきている。食物抗原は、除外食後の疾患の消散によって証明されるように、小児集団と成人集団との両方においてＥｏＥの病因および増悪に関与している。
【0160】
食物特異的抗体は、好酸球性食道炎の罹患食道から発現され、食道における炎症を引き起こしている食物を特定できることが示されている。食物特異的抗体が疾患の領域において容易に再現可能であるかどうかは不明なままである。加えて、食物特異的抗体が疾患のある領域と疾患のない領域との間で異なっていたかどうかは決定されておらず、疾患自体による抗体の局所的産生に異議を唱える。罹患した食道表面に沿って２回の検査を試料に行った（結果が罹患した表面に沿って複製され得ることを実証するため）。他の検査には、活性な疾患が組織内に存在するかどうかによる、食物に対する応答性および応答の大きさの比較が含まれた（生検で１５超の好酸球／ＨＰＦ）。
【0161】
方法。この研究は、食物特異的免疫グロブリンＡおよび免疫グロブリンＧ４抗体産生（食物特異的抗体（ＦＳＡ）－ＩｇＡおよびＦＳＡ－ＩｇＧ４）が、活性な好酸球性疾患の領域と不活性な好酸球性疾患の領域との間で異なるかどうかを試験するように設計した。患者は、嚥下障害のための上部内視鏡または既知のＥｏＥのモニタリングに参加した際の食道の１回限りのサンプリングに同意した。食道擦過物を、上部内視鏡中に、食道生検の前に得た。Ｃｏｏｋ ｍｅｄｉｃａｌ ｃｙｔｏｂｒｕｓｈ（Ｃｏｏｋ Ｍｅｄｉｃａｌ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を内視鏡にとおし、食道の内腔に適用し、内視鏡により活性とされる疾患の領域上、続いて食道中で異なる程度の疾患が見受けられた場合は不活性な疾患の領域上で擦過を行った。食道全体が関与する場合、２つの擦過を活性な疾患に適用して食物特異的抗体の測定値が疾患内で上下したか、または類似の再現性のある結果をもたらしたかどうかを決定した。次いで、ブラシを除去し、さらなる評価まで－７０℃で瞬間凍結させた。病理組織学的検査（すなわち、好酸球数）を、サンプリングした各領域について記録した。
【0162】
食道分泌物の収集。食道擦過物を、上部内視鏡中に、食道生検の前に得た。Ｃｏｏｋ ｍｅｄｉｃａｌ ｃｙｔｏｂｒｕｓｈ（Ｃｏｏｋ Ｍｅｄｉｃａｌ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ，ＩＮ）を内視鏡にとおし、食道の内腔に適用し、食道の遠位５ｃｍから上部食道（歯から約１５～２０ｃｍ）に抜去した。次いで、ブラシを除去し、さらなる評価まで－７０℃で瞬間凍結させた。
【0163】
食物特異的抗体検査。食物特異的抗体試験は、本明細書に記載のように行った。端的には、ブラシを解凍し、１ｍｌのＰｈａｄｉａ希釈溶液（製品番号１０－９４９８－０１、Ｋａｌａｍａｚｏｏ，ＭＩ）を用いて、時折振盪させながら約３０分間浸漬して平衡化した。端的には、４０μＬの希釈した分泌物を、ＣＡＰと称される食物特異的固相抗原に加えた後、免疫グロブリンＡ／免疫グロブリンＧ４抗体共役体を洗浄して加え、洗浄を繰り返し、最後に、プロトコルに従って発生溶液を加えた。停止溶液を加え、得られた蛍光シグナル（応答値）を測定した。１：５０希釈からの濃度測定の限界に起因して、応答値を測定し報告した。結果を応答値としてリスト列記する。アッセイの検証のため、低域および高域の対照試料を各分析に含めた。
【0164】
結果。図６および図７は、食道中の罹患した領域に沿って摂取した食物特異的ＩｇＡおよびＩｇＧ４の両方を表す。グラフは、食道中の活性な疾患の領域でサンプリングした２つの異なる擦過物の結果を表す。図６のグラフに示すように、食物抗原についての食物抗体比は、患者当りの各擦過物間で類似しているように見受けられる。食物特異的抗体比は、疾患の領域に沿って摂取した場合に比較的安定している。図７では、各患者の２つの擦過物を、（１）組織学的に陽性の疾患の領域（１５超の好酸球／ＨＰＦ）と、（２）より少ない疾患の領域（７未満の好酸球／ＨＰＦ未満）との異なる領域で採取した。図７Ａでは、カゼインと他の食物とについての食物特異的ＩｇＡ（ＦＳＡ－ＩｇＡ）の比率は、より少ない疾患の領域（右）と比較して、疾患の領域（左）においてはるかに大きい。
【0165】
図７Ｂでは、ＩｇＧ４は、疾患領域（２５好酸球）と非疾患領域（４好酸球）との間で、食物抗原に対するその親和性が変化するようであり、これが疾患自体によって直接産生され得ることを示唆する。
【0166】
図７Ｂは、疾患のない領域（１好酸球）と比較して、疾患の領域（２２好酸球）におけるカゼインおよびタマゴについてのＩｇＧ４の劇的な増加を示す。図７Ｄは、疾患の領域（２２好酸球）と疾患のない領域（１好酸球）との間の免疫グロブリンＡタマゴのいくらかの変動を示す。ＩｇＡは、食物抗原に対するその親和性があまり変化しないように見受けられるが、疾患が存在するか存在しないかによって、依然としてその提示が変化する。
【0167】
これらの結果は、ＩｇＡが、疾患のない領域においてであっても、食物誘因をより示し得ることを示唆している。ＩｇＧ４は、疾患が存在するか存在しないかによって、顕著に変化するように見受けられる。ＩｇＡは応答の強度も上下し、免疫グロブリンが粘膜ではなく疾患自体によって産生され得ることを示す。
【0168】
結論として、食物特異的抗体検査は、好酸球性食道炎を有する患者の疾患の領域から直接サンプリングされた場合に、再現性がある。しかしながら、免疫グロブリンＡ抗原と免疫グロブリンＧ４抗原との両方の検査からの結果は、サンプリングが疾患組織または健康な組織のどちらで生じるかによって変化するように見受けられる。これは、抗原に対する抗体の特異的産生が疾患自体から発現し、通常の粘膜応答を反映しないことを示唆する。正確な食物抗原検査を得るには、食物特異的抗体を疾患組織から確実に採取する必要がある。
【0169】
実施例３：疾患食道分泌物中のタンパク質バイオマーカーは、好酸球性食道炎のための実現可能なコストおよび侵襲性の低い診断モダリティである
ＥｏＥには、非侵襲性の診断バイオマーカーが必要である。
ＥｏＥには、非侵襲性の診断バイオマーカーが必要である。
【0170】
序文。好酸球性食道炎（ＥｏＥ）は、非ＩｇＥ過敏症の一形態によって支配される慢性炎症状態である。最近の文献により、小児および成人のＥｏＥ発生率は急速に上昇していることが示されている（Ｊ Ｒｏｂｓｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１７（１）：１０７－１１４．ｅ１，Ｊａｎｕａｒｙ ２０１９）。ＥｏＥ症状は治療により改善することが多いが、疾患活性は持続し、食道線維症の一因となる可能性がある（ＥＳ Ｄｅｌｌｏｎ，ｅｔ ａｌ．Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｅｎｄｏｓｃｏｐｙ，７９（４）：５７７－５８５．ｅ４，２０１４）。
【0171】
治療に応答してＥｏＥ活性を追跡するための非侵襲性バイオマーカーは、現在臨床診療には適用されていない。したがって、患者は生検を伴う頻繁な内視鏡に同意する。内視鏡は鎮静を必要とし、手技上のリスクを伴い、米国における年間のＥｏＥに起因する医療費のうち推定１４億ドルの要因となっている（ＥＴ Ｊｅｎｓｅｎ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１１０（５）：６２６－６３２，Ｍａｙ ２０１５）。内視鏡の負担は、推奨されるＥｏＥ疾患監視の相当な不順守につながる可能性が高い。安価で侵襲性の低いＥｏＥの診断および追跡モダリティが必要である。
【0172】
最近の研究では、ＲＮＡ配列解析および機械学習を使用して、ＥｏＥ診断ツールを作成し、特定のＥｏＥ表現型を特定している（ＢＦ Ｓａｌｌｉｓ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ａｌｌｅｒｇｙ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１４１（４）：１３５４－１３６４．ｅ９，Ａｐｒｉｌ ２０１８）。タンパク質転写産物を用いてＥｏＥ遺伝子を特異的に標的化した機械学習アルゴリズムを使用して、ＥｏＥ遺伝子を特定するデータが本明細書に記載される。食道分泌物は、内視鏡と比較して、患者に対しかなり低い費用およびリスクで、患者が覚醒した状態で、確実に得ることができる（Ｈ Ｓａｆｆａｒｉ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１１１（７）：９３３－９３９，Ｊｕｌｙ ２０１６）。発現したタンパク質が食道管腔分泌物中で収集され得るか、および活性なＥｏＥ、治療により消散したＥｏＥ、および対照の患者を区別するために使用され得るかどうかを評価した。
【0173】
方法。トランスクリプトーム解析を介した可能性のあるバイオマーカーの特定。ＥｏＥのためのバイオマーカー候補をハイスループットで発見するため、１４人のＥｏＥ患者および１４人の対照からのＲＮＡ配列データを分析した。〔６］機械学習アルゴリズムの一種である決定木を、転写産物／百万リード（ＴＰＭ）で測定した遺伝子発現値に適合させた。５倍の交差検証を使用して、各遺伝子の診断精度を評価した。診断精度が１００％であり、遺伝子が市販のアッセイを使用して測定できる分泌タンパク質産物をコードするという基準が満たされた場合、遺伝子をバイオマーカー候補として指定した。
【0174】
食道分泌物中のバイオマーカーの検証。バイオマーカー候補の診断精度を、食道分泌物中のタンパク質レベルで評価した。活性なＥｏＥ（ＥｏＥ）を有する患者５人、治療により消散したＥｏＥ（消散）を有する患者６人、および対照６人（対照）からの食道分泌物を、内視鏡細胞ブラシを使用して得た。Ｌｕｍｉｎｅｘ ２３－サイトカインパネルを使用して、各試料についてタンパク質発現をアッセイした。
【0175】
結果。タンパク質バイオマーカーをコードする遺伝子を、エオタキシン－３をコードするＣＣＬ２６、幹細胞因子（ＳＣＦ）をコードするＫＩＴＬＧ、およびペリオスチンをコードするＰＯＳＴＮを含むトランスクリプトーム分析を介して特定した（図８Ａ～８Ｃ）。エオタキシン－３は、対照と比較して活性なＥｏＥ症例で高度に発現し、治療により消散したＥｏＥと比較して活性なＥｏＥでより高度に発現した。
【0176】
実施例４：小腸における食物特異的抗体：好酸球性食道炎（ＥｏＥ）における誘因食物との関連
腹部の痛みおよび不快感を有する患者４人についての食物特異的ＩｇＡの小腸相対値を図１０に示す。過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を有する患者から試料を得た。より具体的には、小腸から試料を得た。消散した好酸球性食道炎を有する２人は、小腸における応答が低いように見受けられた。消散したＥｏＥを有する１人（左端）は、除去食の一部としてタマゴを加えると腹痛が再発したことに気づいた。この患者の腸試料は、タマゴがより強い反応物であることを示唆する。もう１人（右端）は、食事から牛乳を除くと、腹痛の８０％が消散したことに気づいた。この患者の小腸は、カゼインに対する食物特異的ＩｇＡのより高い値を示した。中央の２人は、活性なＥＯＥおよび腹痛（１人は右上腹部の痛み、もう１人は非特異的な「ＩＢＳ」）を有する。両人とも、ＥＯＥが消散した患者と比較して、食物に対する食物特異的抗体が増加しており、両人とも、グルテンに対する高レベルのＩｇＡを示した。腹部不快感のない他の患者は、消散したＥＯＥよりもさらに低い値を有する。
腹部の痛みおよび不快感を有する患者４人についての食物特異的ＩｇＡの小腸相対値を図１０に示す。過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を有する患者から試料を得た。より具体的には、小腸から試料を得た。消散した好酸球性食道炎を有する２人は、小腸における応答が低いように見受けられた。消散したＥｏＥを有する１人（左端）は、除去食の一部としてタマゴを加えると腹痛が再発したことに気づいた。この患者の腸試料は、タマゴがより強い反応物であることを示唆する。もう１人（右端）は、食事から牛乳を除くと、腹痛の８０％が消散したことに気づいた。この患者の小腸は、カゼインに対する食物特異的ＩｇＡのより高い値を示した。中央の２人は、活性なＥＯＥおよび腹痛（１人は右上腹部の痛み、もう１人は非特異的な「ＩＢＳ」）を有する。両人とも、ＥＯＥが消散した患者と比較して、食物に対する食物特異的抗体が増加しており、両人とも、グルテンに対する高レベルのＩｇＡを示した。腹部不快感のない他の患者は、消散したＥＯＥよりもさらに低い値を有する。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4A】
【図4B】
【図4C】
【図4D】
【図5】
【図6A】
【図6B】
【図6C】
【図6D】
【図7A】
【図7B】
【図7C】
【図7D】
【図8A】
【図8B】
【図8C】
【図9A】
【図9B】
【図9C】
【図10】
【国際調査報告】