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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2022-12-20
(54)【発明の名称】デジタルデータ保存のための生体適合性核酸
(51)【国際特許分類】
C12M 1/00 20060101AFI20221213BHJP
C12N 15/09 20060101ALI20221213BHJP
C12N 15/11 20060101ALI20221213BHJP
G16B 50/30 20190101ALI20221213BHJP
【ＦＩ】
C12M1/00 Z
C12N15/09 Z ZNA
C12N15/11 Z
G16B50/30
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022520144
(86)(22)【出願日】2020-10-01
(85)【翻訳文提出日】2022-05-20
(86)【国際出願番号】 EP2020077497
(87)【国際公開番号】W WO2021064095
(87)【国際公開日】2021-04-08
(31)【優先権主張番号】19306247.8
(32)【優先日】2019-10-01
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】516086358
【氏名又は名称】サントル ナショナル デ ラ ルシェルシュ シアンティフィック
(71)【出願人】
【識別番号】518170446
【氏名又は名称】ソルボンヌ ウニベルシテ
(74)【代理人】
【識別番号】100114775
【弁理士】
【氏名又は名称】高岡 亮一
(74)【代理人】
【識別番号】100121511
【弁理士】
【氏名又は名称】小田 直
(74)【代理人】
【識別番号】100202751
【弁理士】
【氏名又は名称】岩堀 明代
(74)【代理人】
【識別番号】100208580
【弁理士】
【氏名又は名称】三好 玲奈
(74)【代理人】
【識別番号】100191086
【弁理士】
【氏名又は名称】高橋 香元
(72)【発明者】
【氏名】ルメール，ステファン
(72)【発明者】
【氏名】クロゼット，ピエール
(72)【発明者】
【氏名】シュイ，ジュオ
(72)【発明者】
【氏名】マース，アレクサンドル
(72)【発明者】
【氏名】ル ペイエ，ジャンヌ
【テーマコード（参考）】
4B029
【Ｆターム（参考）】
4B029AA27
4B029BB20
(57)【要約】
本発明は、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置に関する。上記複合核酸分子は、デジタルデータ符号化核酸および非デジタルデータ符号化核酸の両方を含む。非デジタルデータ符号化核酸は、隣接するデジタルデータ符号化核酸のメタデータの索引作成および／または提供を可能にし得る。本発明に係る複合核酸分子は、アレイを構成するためにプールされ得、アレイは、デジタルデータを保存する物理的支持体を表すＤＮＡドライブを構成し得る。
【選択図】図２
【選択図】図２
【特許請求の範囲】
【請求項1】
式（Ｉ）：５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置。
【請求項2】
前記複合核酸分子が、約５００ヌクレオチド～約１０１１ヌクレオチド、好ましくは約１０３ヌクレオチド～約１０５ヌクレオチドの長さを有する、請求項１に記載の装置。
【請求項3】
前記式（Ｉ）の核酸が、約３５％～約６５％のＣ＋Ｇパーセンテージを有する、請求項１または２に記載の装置。
【請求項4】
前記式（Ｉ）の核酸が、１つ以上のＲＮＡを符号化せず、好ましくは１つ以上のｍＲＮＡを符号化しない、請求項１～３のいずれか１項に記載の装置。
【請求項5】
前記式（Ｉ）の核酸が、１つ以上の開始コドンを含まず、かつ／または６つ全てのリーディングフレームにおいて約２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む、請求項１～４のいずれか１項に記載の装置。
【請求項6】
前記式（Ｉ）の核酸が、ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩからなる群で選択される酵素またはそのアイソシゾマーに関する１つ以上の制限部位を含まない、請求項１～５のいずれか１項に記載の装置。
【請求項7】
前記式（Ｉ）の核酸が、少なくとも４つの同一のヌクレオチドの１つ以上の反復を含まない、請求項１～６のいずれか１項に記載の装置。
【請求項8】
前記［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドが、１または２ビットのデジタルデータを符号化する、請求項１～７のいずれか１項に記載の装置。
【請求項9】
前記［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸が、それぞれ、少なくとも１つのバーコード符号化核酸および／または少なくとも１つのメタデータ符号化核酸を含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の装置。
【請求項10】
デジタルデータを保存するための方法であって、ａ）前記デジタルデータに、少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）および少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）、それぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の１～約１０９個の複合核酸分子を含み、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む、方法。
【請求項11】
ｅ）ステップｄ）で得たプールを、１つのプール～約１０６のプール、好ましくは約９６または約３８４のプールを含む少なくとも１つのアレイに構築およびグループ化するステップをさらに含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
ステップｃ）で得た複合核酸分子が、プラスミド、コスミド、原核生物染色体、または真核生物染色体である、請求項１０または１１に記載の方法。
【請求項13】
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む、請求項１０～１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項14】
ステップｃ１）が、生物、好ましくは微生物によりｉｎ ｖｉｖｏで行われる、請求項１３に記載の方法。
【請求項15】
請求項１～９のいずれか１項に記載の装置により保存されたおよび／または請求項１０～１４のいずれか１項に記載の方法により保存されたデジタルデータを回収するための方法であって、ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、デジタルデータの生体分子への保存に関する。より具体的には、デジタルデータは、二本鎖複製性複合核酸分子に保存され得、さらにシーケンシング後に容易に回収され得る。
【背景技術】
【0002】
デジタルデータの保存およびアーカイブ化は、我々現代社会の主要な問題である。データセンターに保存される現在のデジタルメディアは、脆弱であり、かさばり、エネルギーを消費する。光学データ、磁性テープ、ハードドライブ、またはフラッシュメモリが開発されているが、それらの耐久性は平均して２０年を超えることはない。これらデータは、定期的に新規の信頼性のある媒体にコピーされなければならず、この作業は、制御された温度および湿度で行われなければならず、莫大なエネルギーコストを誘発し、大量の原材料を必要とする。データセンターにより消費されるエネルギーの量は、インターネットが一国に匹敵する場合、これは世界で６番目に大きな電気の消費者である当該閾値に達しており、年間消費量は１５０ＴＷｈであり、これは、世界全体のエネルギー消費の４％に対応し、イギリスの年間消費量よりも約４０％多くを表す。データセンターのカーボン・フットプリントは、全世界の民間航空のカーボン・フットプリントにおおよそ対応する。これらのエネルギーコスト、これらのカーボン・フットプリント、およびそれらのかさばる領域に対する必要性の増大にも関わらず、データセンターが保存できるのは我々が生産するデータのわずか３０％に過ぎず、一方我々のデータ生産は指数関数的に大きくなっている。「今日、我々は生産する情報の約３０％を保存できるが、１０または１２年以内に、我々が保存できるのは約３％となるであろう」（Ｄｒ． Ｋａｒｉｎ Ｓｔｒａｕｓｓ， Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）。これら全般的な検討を考慮すると、データの革命、ビッグ・データの市場、および人工知能の開発は、データ保存の問題に対する革新的な解決策を見出すことなく、推進することはできない。
【0003】
国際特許公開公報第２０１９０７９８０２号は、ヌクレオチド配列を復号する方法であって、上記ヌクレオチド配列が、情報の形式に対応する値を符号化しており、情報の形式を２進法のＡＳＣＩＩビットの配列に変換するステップと、２進法のＡＳＣＩＩビットの配列を３進法のＡＳＣＩＩビットの配列に変換するステップと、３進法のＡＳＣＩＩビットの配列を対応するオリゴヌクレオチド配列に変換するステップとを含む、方法を開示した。
【0004】
Ｔａｅｊｉｎ Ａｈｎら（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ， ２０１８， Ｖｏｌ． １６（４） ：ｅ３０）は、ロングリードＤＮＡ（約１，０００ｂｐ）にデジタル情報を保存することを開示し、ここで、各ビット０または１は、６ｂｐのノイズ配列（ランダム配列）に各末端で隣接している４ｂｐのシグナル配列（ビット０ではＴＡＴＴおよびビット１ではＡＣＣＣ）で作製されている１６ｂｐの核酸単位により符号化されている。
【0005】
ヌクレオチド配列（たとえばＤＮＡまたはＲＮＡ分子）の形態で情報を保存する既存の方法は、限定および技術的な問題を有しており、中でも（１）これらは通常、短い配列の一本鎖オリゴヌクレオチド（＜２００ヌクレオチド）に基づき、そのために保存された情報の密度および量が限定され；（２）これらは通常、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの化学合成または酵素による合成を必要としており；（３）これらは通常、物理的な媒体、すなわち短いヌクレオチド配列により制約されている指標構築システムに基づくものであり、よって有効性が限定されており；（４）これらは通常、生物を使用する操作と互換性はない。
【0006】
細胞ＤＮＡへのデジタルデータの保存は、たとえばＤａｇｈｅｒら（Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ， ２０１９）により論述されている。著者は、細胞への保存に適した核酸分子を着想するための示唆を提供しており、ＤＮＡ符号化に好ましい環境としてタンパク質符号化ＤＮＡ（ｐｃＤＮＡ）を、実施が容易であり、ｐｃＤＮＡがコドンを介して十分に理解されており、ウイルス、原核生物、および酵母のゲノムを支配しているため、明確に推奨している。
【0007】
大量のデータの符号化を持続でき、さらに生体適合性であり得る、すなわち、生物を使用してコピー、編集、書き込み、および／または読み取られ得るデジタルデータを保存する手段を伴う最先端技術を提供する必要性が、依然として存在する。
【発明の概要】
【0008】
本発明の一態様は、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置に関する。
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置に関する。
【0009】
一部の実施形態では、複合核酸分子は、約５００ヌクレオチド～約１０１１ヌクレオチド、好ましくは約１０３ヌクレオチド～約１０５ヌクレオチドの長さを有する。特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、約３５％～約６５％のＣ＋Ｇパーセンテージを有する。一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、１つ以上のＲＮＡを符号化せず、好ましくは１つ以上のｍＲＮＡを符号化しない。特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、１つ以上の開始コドンを含まず、および／または６つ全てのリーディングフレームにおいて約２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む。一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩからなる群で選択される酵素またはそのアイソシゾマーに関する１つ以上の制限部位を含まない。特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、少なくとも４つの同一のヌクレオチドの１つ以上の反復を含まない。一部の実施形態では、［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドは、１または２ビットのデジタルデータを符号化する。特定の実施形態では、［ＵＰ］および［ＤＯ］の核酸は、それぞれ、少なくとも１つのバーコード符号化核酸および／または少なくとも１つのメタデータ符号化核酸を含む。
【0010】
一態様では、デジタルデータを保存するための方法は、
ａ）前記デジタルデータに、少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）および少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）、それぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の１～約１０９個の複合核酸分子を含み、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む。
ａ）前記デジタルデータに、少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）および少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）、それぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の１～約１０９個の複合核酸分子を含み、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む。
【0011】
特定の実施形態では、本方法は、
ｅ）ステップｄ）で得たプールを、１つのプール～約１０６のプール、好ましくは約９６～約３８４のプールを含む少なくとも１つのアレイに構築およびグループ化するステップをさらに含む。
ｅ）ステップｄ）で得たプールを、１つのプール～約１０６のプール、好ましくは約９６～約３８４のプールを含む少なくとも１つのアレイに構築およびグループ化するステップをさらに含む。
【0012】
一部の実施形態では、ステップｃ）で得た複合核酸分子は、プラスミド、コスミド、原核生物染色体、または真核生物染色体である。
【0013】
特定の実施形態では、本方法は、
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、
ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む。
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、
ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む。
【0014】
一部の実施形態では、ステップｃ１）は、生物、好ましくは微生物によりｉｎ ｖｉｖｏで行われる。
【0015】
本発明の別の態様は、本発明に係る装置により保存されたおよび／または本発明に係る方法により保存されたデジタルデータを回収するための方法であって、
ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法に関する。
ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法に関する。
【0016】
定義
本発明では、以下の用語は、以下の意味を有する。
本発明では、以下の用語は、以下の意味を有する。
【0017】
ある数字の前の「約」は、上記数値の±１０％以下を包有する。用語「約」が表す値はまた、それ自体が具体的であり、好ましくは開示されていることを理解されたい。
【0018】
「デジタルデータ」は、コンピュータ化された機械が管理できるデータを表す。本明細書中に使用される場合、「デジタルデータ」との表現は、２進法のシステムにより表されるデータを表すことを意味する。本明細書中に使用される場合、「二進法のシステム」は、ビット「０」および「１」から構成される言語を表す。デジタルデータの非限定的な例は、プロフラムファイル、テキストファイル、音楽ファイル、画像ファイル、ビデオファイル、およびそれらの組み合わせであり得る。
【0019】
「保存」または「～を保存する（ｓｔｏｒｉｎｇ）」は、さらに使用するためまたは保管のため特定の場所にアイテムを維持するアクションを表す。より具体的には、「デジタルデータの保存」との表現は、さらなる使用のためデジタル情報を安全に維持するアクションを意味するように意図されている。
【0020】
「～を編集する（ｅｄｉｔｉｎｇ）」は、アイテムのフラグメントを切り取り、ペースト、および／または再配置することにより、上記アイテムをアセンブルするアクションを表す。本明細書中に使用される場合、「核酸分子を編集する」は、核酸の配列の中の１つ以上のヌクレオチドを挿入、欠失、または置き換えることによる上記核酸分子の修飾を表すように意図されている。
【0021】
「生体適合性」は、生物によって操作される能力を表す。本明細書中に使用される場合、「生体適合性核酸分子」は、生物での／生物による複製および操作、たとえばコピーまたは編集などと適合可能である核酸分子を表すように意図されている。
【0022】
「複製性」は、たとえばＤＮＡポリメラーゼなどのポリメラーゼによりｉｎ ｖｉｖｏで複製される、すなわち生物の複製機構の誤差の範囲内で正確に複製される能力を表す。本明細書中に使用される場合、「複製性核酸分子」は、少なくとも１回コピーされ得る核酸分子を表すように意図されている。一部の実施形態では、本発明に係る核酸分子は、プラスミド、コスミド、および染色体からなる群で選択される。実際に、複製性核酸分子は、（染色体の）１つ以上のセントロメアを含む、１つ以上の複製起点（ＯＲＩとも称される）を含む。
【0023】
「複合」は、共に組み合わせられる、別個の部分またはエレメントから作製されるアイテムを表す。本明細書中に使用される場合、「複合核酸分子」は、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏで特異的に設計され得、ｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ ｖｉｖｏで合成、およびアセンブル、および／または作製され得る核酸のフラグメントに由来する核酸分子を表す。
【0024】
「バーコード」は、別個の複数の対象の集合からある対象を一意的に同定するために、バーコードが標識する当該対象についての情報を含むパターン化されたアイテムを表す。本明細書中に使用される場合、「バーコード符号化核酸」は、隣接するデジタルデータ符号化核酸の標識および／または索引作成を可能にする非デジタルデータ符号化核酸を表すように意図されている。
【0025】
「メタデータ」は、デジタルデータの著者、デジタルデータの作成日、デジタルデータの修正日、データの内容、およびファイルの大きさなどの、参照するデジタルデータについての基本的な情報を表すことを意味する。
【0026】
「ヌクレオチド」および「核酸塩基」は、互いの代用として意味され、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子の核酸構築ブロックを表すように意図されている。本明細書中に使用される場合、ヌクレオチドは、プリンであるアデニン（Ａ）もしくはグアニン（Ｇ）、またはピリミジンであるシトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）、もしくはウラシル（Ｕ）を表す。ＤＮＡの核酸では、Ａは、ｄＡＭＰデオキシリボヌクレオチドを表し、Ｇは、ｄＧＭＰデオキシリボヌクレオチドを表し；Ｃは、ｄＣＭＰデオキシリボヌクレオチドを表し；Ｔは、ｄＴＭＰデオキシリボヌクレオチドを表す。ＲＮＡ核酸では、Ａは、ＡＭＰリボヌクレオチドを表し；Ｇは、ＧＭＰリボヌクレオチドを表し；Ｃは、ＣＭＰリボヌクレオチドを表し；Ｕは、ＵＭＰリボヌクレオチドを表す。
【0027】
「アレイ」は、好ましくは１つ以上のプールで構築された、核酸分子の集合またはセットを含む固相支持体を表す。
【0028】
「～を増幅する（Ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ）」は、目的の化合物を増大するアクションを表す。本明細書中に使用される場合、「核酸分子を増幅する」との表現は、テンプレートとしての上記核酸分子のコピー数の増大を表す。特段他の記載がない限り、用語「増幅された」、「複製された」、および「倍化された」は、同義語として使用するように意図されており、よって互いに置き換わり得る。
【0029】
「～を抽出する」は、物理的かつ／化学的なプロセスにより目的の化合物を引き出すアクションを表す。本明細書中に使用される場合、「増幅した核酸分子を抽出する」は、上記核酸分子を増幅した生物からの上記核酸分子の除去を表すように意図されている。
【0030】
「～を精製する」は、化合物の混合物から、純粋または実質的に純粋な目的の化合物を得るアクションを表す。本明細書中に使用される場合、「核酸分子を精製する」との表現は、純粋または実質的に純粋な上記核酸分子の組成物を得るための、上記核酸分子を含む混合物からの不純物の除去を表すように意図されている。
【0031】
詳細な説明
本発明者らは、コンピュータ化されたファイルとも呼ばれるデジタルデータが二本鎖複製性複合核酸分子に容易に保存され得ることを示している。本発明者らは、デジタルデータ符号化核酸および非デジタルデータ符号化核酸の両方を含む（ＤＮＡ分子の形態の）核酸分子を操作した。上記非デジタルデータ符号化核酸は、好適には、生物におけるアセンブル、複製、デジタルデータの索引作成、および／またはメタデータの提供に使用される。本発明に係る複合核酸分子の複製特性は、それらの容易な操作、特に生物における／生物によるそれらの増幅および／またはそれらの編集を可能にすることである。
本発明者らは、コンピュータ化されたファイルとも呼ばれるデジタルデータが二本鎖複製性複合核酸分子に容易に保存され得ることを示している。本発明者らは、デジタルデータ符号化核酸および非デジタルデータ符号化核酸の両方を含む（ＤＮＡ分子の形態の）核酸分子を操作した。上記非デジタルデータ符号化核酸は、好適には、生物におけるアセンブル、複製、デジタルデータの索引作成、および／またはメタデータの提供に使用される。本発明に係る複合核酸分子の複製特性は、それらの容易な操作、特に生物における／生物によるそれらの増幅および／またはそれらの編集を可能にすることである。
【0032】
本発明は、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置に関する。
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置に関する。
【0033】
本発明に係る複合核酸分子は、生物において／生物の中で／生物により複製および編集され得る意味で、生体適合性であることを理解されたい。
【0034】
式（Ｉ）の核酸を含む複合核酸分子は、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
のｘ個の核酸を含むことを理解されたい。
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
のｘ個の核酸を含むことを理解されたい。
【0035】
特定の実施形態では、デジタルデータは、二進法のデジタルデータからなる。実際に、２進法のデジタルデータは、各ビットがビット「０」またはビット「１」のいずれかにより表される、連続的なビットにより表される。
【0036】
一部の実施形態では、デジタルデータは、プログラムファイル、テキストファイル、表のファイル、音楽ファイル、画像ファイル、ビデオファイル、およびそれらの組み合わせを含む群で選択され得る。
【0037】
特定の実施形態では、テキストファイルは、．ｈｔｍ、．ｈｔｍｌ、．ｒｔｆ、．ｔｘｔ、．ｃｃｐ、．ｐｙ、または．ｘｍｌの形式下にあり得る。一部の実施形態では、ビデオファイルは、．ａｖｉ、．ｍｏｖ、．ｍｐｅｇ、または．ｍｐｇの形式下にあり得る。特定の実施形態では、画像ファイルは、．ｇｉｆ、．ｊｐｅ、．ｊｐｅｇ、．ｊｐｇ、または．ｐｎｇの形式下にあり得る。一部の実施形態では、音声ファイルは、．ｍｐ３または．ｏｇｇの形式下にあり得る。特定の実施形態では、ファイルは、．ｅｘｅ、．ｄｏｃ、．ｐｄｆ、．ｐｐｔ、．ｐｓ、．ｘｌｓ、または．ｚｉｐの形式下にあり得る。
【0038】
本発明に係る核酸は、二本鎖の核酸分子、すなわち２つの逆平行の相補的な核酸鎖を含む二本鎖の核酸分子であることを理解されたい。実際に、１つの鎖は、５’から３’の方向であり、相補鎖は、３’から５’の方向である。
【0039】
本明細書中に使用される場合、本発明に係る核酸分子の「複製」特性は、特にポリメラーゼ、より具体的にはＤＮＡポリメラーゼにより、生物においてｉｎ ｖｉｖｏで１回以上複製される能力を表す。
【0040】
実際に、核酸分子の複製特性の評価は、最新技術に由来する任意の標準的な方法またはそれに由来する方法により行われ得る。例示的に、複製特性は、生物における／生物による上記核酸分子のコピー数の増大、および／または核酸をその子孫に伝える生物の能力により、評価され得る。
【0041】
一部の実施形態では、生物は、微生物、特には細菌、微細藻類、古細菌、真菌、ファージ、ウイルス、または酵母である。一部の実施形態では、生物は原核生物である。本発明に係る原核生物の非限定的な例として、細菌、たとえば放線菌類、クラミジア目、シアノバクテリア、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、スピロヘータ、テルモトガ門（ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａｌｅｓ）など；および古細菌、たとえばユーリ古細菌（ｅｕａｒｃｈａｅｏｔａ）、クレン古細菌が挙げられる。特定の実施形態では、生物は、真核生物である。本発明に係る真核生物の非限定的な例として、原虫、藻類、植物、真菌、動物、およびそれらの各細胞が挙げられる。
【0042】
複製されるために、本発明に係る複合核酸分子は、少なくとも１つの複製起点、すなわち複製開始機構により認識される１つ以上のヌクレオチドの配列を有する。例示的に、古細菌および細菌の複製起点として、ｏｒｉＣが挙げられる。実際に、大部分の細菌は、固有の複製起点を有していてもよく、古細菌は、１つ以上の複製起点を有し得、真核生物は、特にセントロメアの形態で、複数の複製起点を有し得る。本発明の範囲内において、用語「複数の複製起点」は、核酸分子あたり少なくとも２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、５０、７５、１００、１５０、２００個の複製起点を表す。
【0043】
特定の実施形態では、複合核酸分子は、約５００ヌクレオチド～約１０１１ヌクレオチド、好ましくは約１０３ヌクレオチド～約１０５ヌクレオチドの長さを有する。
【0044】
本発明の範囲内では、「５００ヌクレオチド～約１０１１ヌクレオチド」との表現は、５００、６００、７００、８００、９００、１０３、５×１０３、１０４、５×１０４、１０５、５×１０５、１０６、５×１０６、１０７、５×１０７、１０８、５×１０８、１０９、５×１０９、１０１０、５×１０１０、および１０１１個のヌクレオチドを包有する。
【0045】
本発明の範囲内では、「約１０３ヌクレオチド～約１０５ヌクレオチド」との表現は、１０３、２．５×１０３、５×１０３、７．５×１０３、１０４、２．５×１０４、５×１０４、７．５×１０４、および１０５個のヌクレオチドを包有する。
【0046】
本発明に係る核酸分子は、連続したヌクレオチドの配列により表されることを理解されたい。
【0047】
一部の実施形態では、本発明に係る複合核酸分子のヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、およびそれらの類縁体の群から選択されるヌクレオチド、より好ましくはデオキシリボヌクレオチドにより表される。本明細書中に使用される場合、デオキシリボヌクレオチドは、ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＧＴＰ、ｄＴＴＰ、ｄＡＤＰ、ｄＣＤＰ、ｄＧＤＰ、ｄＴＤＰ、ｄＡＭＰ、ｄＣＭＰ、ｄＧＭＰ、およびｄＴＭＰを包有する。本明細書中に使用される場合、リボヌクレオチドは、ＡＴＰ、ＣＴＰ、ＧＴＰ、ＵＴＰ、ＡＤＰ、ＣＤＰ、ＧＤＰ、ＵＤＰ、ＡＭＰ、ＣＭＰ、ＧＭＰ、およびＵＭＰを包有する。
【0048】
特定の実施形態では、ヌクレオチドの類縁体は、２－アミノ－ＡＴＰ、８－アザ－ＡＴＰ、２’－フルオロ－ｄＡＴＰ、２’－フルオロ－ｄＣＴＰ、２’－フルオロ－ｄＧＴＰ、２’－フルオロ－ｄＵＴＰ、５－ヨード－ＣＴＰ、５－ヨード－ＵＴＰ、Ｎ６－メチル－ＡＴＰ、５－メチル－ＣＴＰ、２’－Ｏ－メチル－ＡＴＰ、２’－Ｏ－メチル－ＣＴＰ、２’－Ｏ－メチル－ＧＴＰ、２’－Ｏ－メチル－ＵＴＰ、プソイド－ＵＴＰ、ＩＴＰ、２’－Ｏ－メチル－ＩＴＰ、プロマイシン－ＴＰ、キサントシン－ＴＰ、５－メチル－ＵＴＰ、４－チオ－ＵＴＰ、２’－アミノ－ｄＣＴＰ、２’－アミノ－ｄＵＴＰ、２’－アジド－ｄＣＴＰ、２’－アジド－ｄＵＴＰ、Ｏ６－メチル－ＧＴＰ、２－チオ－ＵＴＰ、Ａｒａ－ＣＴＰ、Ａｒａ－ＵＴＰ、５，６－ジヒドロ－ＵＴＰ、２－チオ－ＣＴＰ、６－アザ－ＣＴＰ、６－アザ－ＵＴＰ、Ｎ１－メチル－ＧＴＰ、２’－Ｏ－メチル－２－アミノ－ＡＴＰ、２’－Ｏ－メチルプソイド－ＵＴＰ、Ｎ１－メチル－ＡＴＰ、２’－Ｏ－メチル－５－メチル－ＵＴＰ、７－デアザＧＴＰ、２’－アジド－ｄＡＴＰ、２’－アミノ－ｄＡＴＰ、Ａｒａ－ＡＴＰ、８－アジド－ＡＴＰ、５－ブロモ－ＣＴＰ、５－ブロモ－ＵＴＰ、２’－フルオロ－ｄＴＴＰ、３’－Ｏ－メチル－ＡＴＰ、３’－Ｏ－メチル－ＣＴＰ、３’－Ｏ－メチル－ＧＴＰ、３’－Ｏ－メチル－ＵＴＰ、７－デアザＡＴＰ、５－ＡＡ－ＵＴＰ、２’－アジド－ｄＧＴＰ、２’－アミノ－ｄＧＴＰ、５－ＡＡ－ＣＴＰ、８－オキソ－ＧＴＰ、プソイドイソ－ＣＴＰ、Ｎ４－メチル－ＣＴＰ、Ｎ１－メチルプソイド－ＵＴＰ、５，６－ジヒドロ－５－メチル－ＵＴＰ、Ｎ６－メチル－アミノ－ＡＴＰ、５－カルボキシ－ＣＴＰ、５－ホルミル－ＣＴＰ、５－ヒドロキシメチル－ＵＴＰ、５－ヒドロキシメチル－ＣＴＰ、チエノ－ＧＴＰ、５－ヒドロキシ－ＣＴＰ、５－ホルミル－ＵＴＰ、チエノ－ＵＴＰ、２－アミノ－ｄＡＴＰ、５－ブロモ－ｄＣＴＰ、５－ブロモ－ｄＵＴＰ、７－デアザ－ｄＡＴＰ、７－デアザ－ｄＧＴＰ、ｄＩＴＰ、５－プロピニル－ｄＣＴＰ、５－プロピニル－ｄＵＴＰ、２’－ｄＵＴＰ、５－フルオロ－ｄＵＴＰ、５－ヨード－ｄＣＴＰ、５－ヨード－ｄＵＴＰ、Ｎ６－メチル－ｄＡＴＰ、５－メチル－ｄＣＴＰ、Ｏ６－メチル－ｄＧＴＰ、Ｎ２－メチル－ｄＧＴＰ、８－オキソ－ｄＡＴＰ、８－オキソ－ｄＧＴＰ、２－チオ－ｄＴＴＰ、２’－ｄＰＴＰ、５－ヒドロキシ－ｄＣＴＰ、４－チオ－ｄＴＴＰ、２－チオ－ｄＣＴＰ、６－アザ－ｄＵＴＰ、６－チオ－ｄＧＴＰ、８－クロロ－ｄＡＴＰ、５－ＡＡ－ｄＣＴＰ、５－ＡＡ－ｄＵＴＰ、Ｎ４－メチル－ｄＣＴＰ、２’－デオキシゼブラリン－ＴＰ、５－ヒドロキシメチル－ｄＵＴＰ、５－ヒドロキシメチル－ｄＣＴＰ、５－プロパルギルアミノ－ｄＣＴＰ、５－プロパルギルアミノ－ｄＵＴＰ、
５－カルボキシ－ｄＣＴＰ、５－ホルミル－ｄＣＴＰ、５－インドリル－ＡＡ－ｄＵＴＰ、５－カルボキシ－ｄＵＴＰ、５－ホルミル－ｄＵＴＰ、３’－ｄＡＴＰ、３’－ｄＧＴＰ、３’－ｄＣＴＰ、５－メチル－３’－ｄＵＴＰ、３’－ｄＵＴＰ、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＧＴＰ、ｄｄＵＴＰ、ｄｄＴＴＰ、ｄｄＣＴＰ、３’－アジド－ｄｄＡＴＰ、３’－アジド－ｄｄＧＴＰ、３’－アジド－ｄｄＴＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＡＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＣＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＧＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＴＴＰ、３’－アジド－ｄｄＣＴＰ、３’－アジド－ｄｄＵＴＰ、５－ブロモ－ｄｄＵＴＰ、ｄｄＩＴＰ、（１－チオ）－ｄＡＴＰ、（１－チオ）－ｄＣＴＰ、（１－チオ）－ｄＧＴＰ、（１－チオ）－ｄＴＴＰ、（１－チオ）－ＡＴＰ、（１－チオ）－ＣＴＰ、（１－チオ）－ＧＴＰ、（１－チオ）－ＵＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＡＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＣＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＧＴＰ、
（１－チオ）－ｄｄＴＴＰ、（１－チオ）－３’－アジド－ｄｄＴＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＵＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＡＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＣＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＧＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＴＴＰ、ガンシクロビル－ＴＰ、およびシドホビル－ＤＰを含む非限定的な群において選択され得る。
５－カルボキシ－ｄＣＴＰ、５－ホルミル－ｄＣＴＰ、５－インドリル－ＡＡ－ｄＵＴＰ、５－カルボキシ－ｄＵＴＰ、５－ホルミル－ｄＵＴＰ、３’－ｄＡＴＰ、３’－ｄＧＴＰ、３’－ｄＣＴＰ、５－メチル－３’－ｄＵＴＰ、３’－ｄＵＴＰ、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＧＴＰ、ｄｄＵＴＰ、ｄｄＴＴＰ、ｄｄＣＴＰ、３’－アジド－ｄｄＡＴＰ、３’－アジド－ｄｄＧＴＰ、３’－アジド－ｄｄＴＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＡＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＣＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＧＴＰ、３’－アミノ－ｄｄＴＴＰ、３’－アジド－ｄｄＣＴＰ、３’－アジド－ｄｄＵＴＰ、５－ブロモ－ｄｄＵＴＰ、ｄｄＩＴＰ、（１－チオ）－ｄＡＴＰ、（１－チオ）－ｄＣＴＰ、（１－チオ）－ｄＧＴＰ、（１－チオ）－ｄＴＴＰ、（１－チオ）－ＡＴＰ、（１－チオ）－ＣＴＰ、（１－チオ）－ＧＴＰ、（１－チオ）－ＵＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＡＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＣＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＧＴＰ、
（１－チオ）－ｄｄＴＴＰ、（１－チオ）－３’－アジド－ｄｄＴＴＰ、（１－チオ）－ｄｄＵＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＡＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＣＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＧＴＰ、（１－ボラノ）－ｄＴＴＰ、ガンシクロビル－ＴＰ、およびシドホビル－ＤＰを含む非限定的な群において選択され得る。
【0049】
一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、約３５％～約６５％のＣ＋Ｇパーセンテージを有する。
【0050】
本発明の範囲内では、「約３５％～約６５％」との表現は、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、および６５％を包有する。
【0051】
本発明に係る複合核酸分子は、これらを含む生物にとって安全であり得、さらには消費者個人が操作するために安全であり得ることを理解されたい。よって、本発明に係る式（Ｉ）の核酸は、特に消費者個人にとってではあるが、動物、植物、および環境にとっても、予測されるように有害である産物を符号化していなくてもよい。本明細書中に使用される場合、「有害ではない」との表現は、産物が、消費者個人、動物、または植物に疾患または障害を促進せず、さらには環境の汚染物質を構成しないことを意味するように意図されている。例示的かつ非限定的に、本発明に係る核酸分子は、毒素、汚染物質、酵素、毒、抗生剤などを符号化しなくてよい。
【0052】
特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、予測されるように、１つ以上のＲＮＡを符号化せず、好ましくは１つ以上のｍＲＮＡを符号化しない。
【0053】
一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、１つ以上のＲＮＡを符号化せず、好ましくは１つ以上のｍＲＮＡを符号化しない。
【0054】
本発明の範囲内において、「ＲＮＡ」は、非限定的に、アンチセンスＲＮＡ、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体低分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、および転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）を表すように意味されている。
【0055】
実際に、式（Ｉ）の核酸が１つ以上のＲＮＡを符号化しないという予測の評価は、ｉｎ ｓｉｌｉｃｏにて、たとえばプロモーター配列などの転写開始に関するシグネチャー配列の存在に関して、核酸分子の配列を分析することにより行われ得る。
【0056】
一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸分子は１つ以上の開始コドンを含まず、および／または、６つ全てのリーディングフレームにおいて約２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む。
【0057】
本明細書中に使用される場合、「開始コドン」は、ＡＴＧ、ＡＵＧ、ＧＴＧ、ＧＵＧ、ＣＴＧ、またはＣＵＧのコドンを表し得る。
【0058】
特定の実施形態では、［ＤＢ］デジタルデータ符号化核酸は、１つ以上の開始コドンを含まず、［ＵＰ］および／または［ＤＯ］非デジタルデータ符号化核酸は、１つ以上の開始コドンを含み得、ただし［ＤＢ］デジタルデータ符号化核酸は、６つ全てのリーディングフレームにおいて約２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む。
【0059】
本明細書通使用される場合、「終止コドン」は、ＵＡＡ、ＵＡＧ、ＵＧＡ、ＴＡＡ、ＴＡＧ、またはＴＧＡのコドンを表し得る。
【0060】
本発明の範囲内において、「２００ヌクレオチドあたりの１つ以上の終止コドン」は、２００ヌクレオチドあたり１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０個の終止コドンを包有する。
【0061】
一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、１つ以上の特異的制限部位を含まない、本明細書中に使用される場合、「特異的制限部位」は、決定される配列の制限部位を表す。
【0062】
特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩからなる群において選択される、酵素またはそのアイソシゾマーに関する１つ以上の制限部位を含まない。
【0063】
本明細書中に使用される場合、「制限部位」との表現は、制限酵素により標的化されるヌクレオチド配列、すなわち、核酸分子の中で上記配列を切断する特性を有するポリペプチドを表す。一部の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、以下のリスト：ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩのいずれの制限部位も含まない。
【0064】
一部の実施形態では、１つ以上の制限部位の存在または非存在は、本発明に係る複合核酸分子を有する生物に依存し得る。実際に、細菌の制限部位を含む本発明に係る複合核酸分子は、細菌生物が有さなくてもよい。例示的に、１つの種由来の酵素が認識する制限部位を含む本発明に係る複合核酸分子は、上記種に由来する生物が有さなくてもよい。
【0065】
本発明に係る式（Ｉ）の核酸は、好適には、高い忠実度で合成およびシーケンシングされることを理解されたい。少なくとも４つの同一のヌクレオチドの反復が、エラーを合成するまたはエラーをシーケンシングする傾向があるため、核酸分子の高い忠実度の合成および／またはシーケンシングを妨げ得ることが知られている。
【0066】
特定の実施形態では、式（Ｉ）の核酸は、少なくとも４つの同一のヌクレオチドの１つ以上の反復を含まない。
【0067】
本発明の範囲内において、「少なくとも４つの同一のヌクレオチド」との表現は、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２５、３０、４０、５０個の同一のヌクレオチドを包有する。本明細書中に使用される場合、少なくとも４つの同一のヌクレオチドは、同じ性質を有する一連のヌクレオチド、たとえば「ＡＡＡＡ」、「ＣＣＣＣ」、「ＧＧＧＧ」、「ＴＴＴＴ」、または「ＵＵＵＵ」を表す。
【0068】
本発明に係る二本鎖複製性複合核酸分子は、デジタルデータ符号化核酸および非デジタルデータ符号化核酸の両方を含むことを理解されたい。
【0069】
実際に、デジタルデータ符号化核酸は、「データブロック」で［ＤＢ］と表され、デジタル情報のみを含む核酸を表すように意図されている。
【0070】
本発明の範囲内において、「約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド」との表現は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０３、５×１０３、１０４、５×１０４、１０５、５×１０５、および１０６個のヌクレオチドを包有する。
【0071】
本発明の範囲内において、「約５００ヌクレオチド～約５０００ヌクレオチド」との表現は、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１，０００、１，２５０、１，５００、１，７５０、２，０００、２，２５０、２，５００、２，７５０、３，０００、３，２５０、３，５００、３，７５０、４，０００、４，２５０、４，５００、４，７５０、および５，０００個のヌクレオチドを包有する。
【0072】
特定の実施形態では、［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドは、１または２ビットのデジタルデータを符号化する。
【0073】
一実施形態では、［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドは、１ビットのデジタルデータを符号化する。例示的に、以下の表１は、可能性のある組み合わせを提供する。
【0074】
【表1】
【0075】
一実施形態では、［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドは、２ビットのデジタルデータを符号化する。例示的に、以下の表２は、可能性のある組み合わせを提供する。
【0076】
【表2】
【0077】
本発明に係る二本鎖、複製性複合核酸分子は、１つ以上のデジタルデータ符号化核酸に加え、１つ以上の非デジタルデータ符号化核酸を含み得ることを理解されたい。
【0078】
本明細書中に使用される場合、「非デジタルデータ符号化核酸」との表現は、デジタルデータの情報を全く含まないが、デジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸に隣接する、バーコーディング、索引作成、メタデータ、セキュリティーシステム、プルーフリーディングシステムについての情報を含み得る核酸を表す。
【0079】
特定の実施形態では、［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチドの長さを有する非デジタルデータ符号化核酸の対を表す。
【0080】
本発明の範囲内において、「約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド」との表現は、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０３、２．５×１０３、５×１０３、７．５×１０３、および１０４個のヌクレオチドを包有する。
【0081】
特定の実施形態では、［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する非デジタルデータ符号化核酸の対を表す。
【0082】
本発明の範囲内において、「約１０ヌクレオチド～２００ヌクレオチド」との表現は、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１０５、１１０、１１５、１２０、１２５、１３０、１３５、１４０、１４５、１５０、１５５、１６０、１６５、１７０、１７５、１８０、１８５、１９０、１９５、および２００個のヌクレオチドを包有する。
【0083】
一部の実施形態では、［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸は、それぞれ、少なくとも１つのバーコード符号化核酸および／またはメタデータ符号化核酸を含む。
【0084】
本明細書中に使用される場合、「バーコード符号化核酸」は、隣接するデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸の標識を可能にする核酸を表すように意図されている。実際に、バーコード符号化核酸の標識特性は、データ回収プロセスを容易にする。
【0085】
実際に、バーコードは、入手可能なライブラリーから得られてもよく、またはｉｎ ｓｉｌｉｃｏで作製され得る。
【0086】
一部の実施形態では、本発明に係る複合核酸分子は、非デジタルデータ符号化システムブロック［ＳＢ］核酸をさらに含み、上記［ＳＢ］核酸は、［ＤＢ］核酸の上流および／または下流に位置している。
【0087】
本明細書中に使用される場合、「非デジタルデータ符号化システムブロック［ＳＢ］核酸」は、隣接するデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸に関する索引作成、メタデータの提供、セキュリティーシステム、プルーフリーディングのためのシステムの提供を可能にする核酸を表すように意図されている。
【0088】
一実施形態では、［ＳＢ］核酸は、式（ＩＩａ）：
５’－［ＵＰ］－［ＳＢ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］－３’（ＩＩａ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の上流に位置している。
５’－［ＵＰ］－［ＳＢ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］－３’（ＩＩａ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の上流に位置している。
【0089】
１つの別の実施形態では、［ＳＢ］核酸は、式（ＩＩｂ）：
５’－［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＳＢ］－［ＤＯ］－３’（ＩＩｂ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の下流に位置している。
５’－［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＳＢ］－［ＤＯ］－３’（ＩＩｂ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の下流に位置している。
【0090】
別の実施形態では、［ＳＢ］核酸は、式（ＩＩｃ）：
５’－［ＵＰ］－［ＳＢ１］－［ＤＢ］－［ＳＢ２］－［ＤＯ］－３’（ＩＩｃ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の上流および下流の両方に位置している。
５’－［ＵＰ］－［ＳＢ１］－［ＤＢ］－［ＳＢ２］－［ＤＯ］－３’（ＩＩｃ）
により例示されるように、［ＤＢ］核酸の上流および下流の両方に位置している。
【0091】
後者の実施形態では、［ＳＢ１］および［ＳＢ２］核酸は、同一または別個のいずれかである。
【0092】
特定の実施形態では、［ＳＢ］は、約０～約１０５ヌクレオチドの長さを有する核酸を表す。
【0093】
本発明の範囲内において、「約０ヌクレオチド～約１０５ヌクレオチド」との表現は、０、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、４７５、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０および１０３、５×１０３、１０４、５×１０４、および１０５個のヌクレオチドを包有する。
【0094】
［ＳＢ］核酸が存在する場合、［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸は、単に、バーコード符号化核酸を表していることを理解されたい。
【0095】
特定の実施形態では、式（Ｉａ）の１つ以上の核酸分子は、セクター（Ｓ）を構成し得る。一部の実施形態では、最大約１０５個のセクター（Ｓ）が、トラック（Ｔ）を構成するために二本鎖複製性複合核酸分子にアセンブルされ得る。一部の実施形態では、最大１０９個のトラック（Ｔ）が、プール（Ｐ）を構成するためにプールされ得る。一部の実施形態では、プール（Ｐ）は、アレイ（Ａ）を構成するためにグループ化され得る。一部の実施形態では、アレイ（Ａ）は、ＤＮＡドライブを構成する。本明細書中に使用される場合、「ＤＮＡドライブ」との表現は、デジタルデータが保存される物理的支持体を表す。
【0096】
［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸は、トラック（Ｔ）もしくはトラックのプール（Ｐ）の内部にセクターを位置づけることを可能にし得、および／または所定のプール（Ｐ）から所定のセクターの特異的な増幅を可能にし得、および／またはｉｎ ｖｉｔｒｏもしくはｉｎ ｖｉｖｏでのセクター（Ｓ）の編集のための認識部位の提供を可能にし得る。
【0097】
本発明に係る装置は、オクテット（ｏ）、キロオクテット（Ｋｏ）メガオクテット（Ｍｏ）、ギガオクテット（Ｇｏ）、またはテラオクテット（Ｔｏ）で表されるその保存能を特徴とし得る。一部の実施形態では、本発明に係る装置の特性は、約１ｏ（オクテット）～約１０５Ｔｏの範囲である。
【0098】
本発明の範囲内において、「約１ｏ～約１０５Ｔｏ」との表現は、１ｏ、５ｏ、１０ｏ、２５ｏ、５０ｏ、７５ｏ、１Ｋｏ、２Ｋｏ、３Ｋｏ、４Ｋｏ、５Ｋｏ、６Ｋｏ、７Ｋｏ、８Ｋｏ、９Ｋｏ、１０Ｋｏ、５０Ｋｏ、１００Ｋｏ、２５０Ｋｏ、５００Ｋｏ、７５０Ｋｏ、１Ｍｏ、５Ｍｏ、１０Ｍｏ、２５Ｍｏ、５０Ｍｏ、７５Ｍｏ、１００Ｍｏ、１５０Ｍｏ、２００Ｍｏ、２５０Ｍｏ、３００Ｍｏ、４００Ｍｏ、５００Ｍｏ、６００Ｍｏ、７００Ｍｏ、８００Ｍｏ、９００Ｍｏ、１Ｇｏ、２Ｇｏ、３Ｇｏ、４Ｇｏ、５Ｇｏ、１０Ｇｏ、１５Ｇｏ、２０Ｇｏ、２５Ｇｏ、５０Ｇｏ、７５Ｇｏ、１００Ｇｏ、１５０Ｇｏ、２００Ｇｏ、２５０Ｇｏ、３００Ｇｏ、４００Ｇｏ、５００Ｇｏ、６００Ｇｏ、７００Ｇｏ、８００Ｇｏ、９００Ｇｏ、１Ｔｏ、５Ｔｏ、１０Ｔｏ、５０Ｔｏ、１００Ｔｏ、５００Ｔｏ、１０３Ｔｏ、５×１０３Ｔｏ、１０４Ｔｏ、５×１０４Ｔｏ、および１０５Ｔｏを包有する。
【0099】
図２に例示されるように、セクター（Ｓ）は、本発明に係る二本鎖複製性複合核酸分子に対応するトラック（Ｔ）にアセンブルされ得；トラック（Ｔ）は、プール（Ｐ）にプールされ得、プール（Ｐ）は、さらに１つのアレイにグループ化され得る。１つ以上のアレイ（Ａ）は、ＤＮＡドライブを構成する。
【0100】
本発明に係る使用および方法は、ｉｎ ｖｉｖｏ、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏで行われ得る。
【0101】
本発明の一態様は、デジタルデータの保存および／または編集および／または回収のための、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含む装置の使用に関する。
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチド、好ましくは約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチド、好ましくは約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含む装置の使用に関する。
【0102】
本発明の別の態様は、デジタルデータを保存するための方法であって、
ａ）上記デジタルデータに少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）ならびに少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）のそれぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の１～約１０９個の複合核酸分子を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む、方法に関する。
ａ）上記デジタルデータに少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）ならびに少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）のそれぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の１～約１０９個の複合核酸分子を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む、方法に関する。
【0103】
一部の実施形態では、デジタルデータは、圧縮および／または暗号化され得る。実際に、圧縮および／または暗号化は、いずれかの適切なアルゴリズムにより行われ得る。本明細書中に使用される場合、用語「圧縮」は、元の表示よりも少ないビットを使用することにより、たとえば冗長性を排除することにより、情報を符号化するアクションを表すように意図されている。デジタルデータの圧縮を行うためのアルゴリズムの非限定的な例は、ＬＺＭＡ（Ｌｅｍｐｅｌ Ｚｉｖ Ｍａｒｋｏｗ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）、ＬＺＭＡ２であり得る。
【0104】
実際に、上記デジタルデータに、デジタルデータおよび非デジタルデータの両方を符号化する少なくとも１つの二本鎖核酸分子を割り当てるステップａ）は、適切なソフトウェアにより自動的に行われ得る。例示的に、デジタルデータ、たとえば２進法のデータは、特定のヌクレオチド配列に割り当てられ得る。
【0105】
本発明の別の対象は、デジタルデータを保存するための使用および方法を実施するためのコンピュータソフトウェアである。
【0106】
一実施形態では、本発明の方法は、デジタルデータに少なくとも１つの二本鎖核酸分子を割り当てるように構成されたソフトウェアを含むマイクロプロセッサで実施される。一部の実施形態では、このソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列に関して約３５％～約６５％のＣ＋Ｇパーセンテージを達成するように構成されている。一部の実施形態では、このソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列が、１つ以上のＲＮＡを符号化する、好ましくは１つ以上のｍＲＮＡを符号化することを予防するように構成されている。一部の実施形態では、このソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列が、特に［ＤＢ］核酸において、１つ以上の開始コドンを含むことを防止するように構成されている。一部の実施形態では、このソフトウェアは、６つ全てのリーディングフレームにおいて２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む本発明に係る複合核酸分子の配列を達成するように構成されている。一部の実施形態では、このソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列が１つ以上の特異的な制限部位を含むことを予防するように構成されている。一部の実施形態では、このソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列が、１つ以上の制限部位、特にＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩを含むことを防止するように構成されている。一部の実施形態では、ソフトウェアは、本発明に係る複合核酸分子の配列が、少なくとも４つの同一のヌクレオチドの１つ以上の反復を含むことを防止するように構成されている。
【0107】
図１により示されるように、各ビット「０」は、ヌクレオチドＡまたはヌクレオチドＣに割り当てられ、各ビット「１」は、ヌクレオチドＧまたはヌクレオチドＴに割り当てられ得る。
【0108】
以下の式（ＩＩＩ）の２５６ビットのデジタルデータ：
０１０００００１１００１００１０１０１００００１００００１１００００００１１０１０１０００１１０００１１００１０００００００００００１１１１０１１１０１１０１０００００１１１１１００１０１０００１１１０１００１１０１０１１０１１０１００００１１０００００００１０００００１００１１１１００００１０００１０１０００００１１０００１０１００１００１１１１１１１１０１００００１１１０１１１１００１１００００１０００１１００１０１００１１１１１０１０００１００１１１１１１０１１１１００１１００１１０１１１０１１０００（ＩＩＩ）
は、以下の式（ＩＶ）の２５６ヌクレオチド配列（ＳＤＢ）：
５’［ＣＧＣＡＡＣＣＧＴＣＣＧＡＣＴＡＧＣＴＡＡＡＣＧＣＡＡＣＧＴＣＡＡＣＡＡＧＴＣＴＣＧＣＡＡＧＴＡＡＣＧＴＣＣＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＡＧＴＴＧＡＧＴＴＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＧＴＴＴＧＡＣＧＡＴＡＣＣＧＧＧＣＴＣＣＴＴＣＧＡＧＴＣＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＣＣＣＡＡＧＡＡＧＧＴＴＣＣＡＡＧＣＡＡＧＡＧＡＣＡＡＡＧＧＣＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＴＴＧＧＴＴＴＧＡＧＡＣＡＡＧＧＴＡＧＴＴＧＣＣＧＧＡＡＣＣＴＣＡＡＴＴＣＣＧＡＴＡＡＧＴＴＧＧＣＴＣＡＡＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＴＴＴＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＧＧＡＡＣ］３’（ＩＶ）（配列番号１）
に割り当てられ得る。
０１０００００１１００１００１０１０１００００１００００１１００００００１１０１０１０００１１０００１１００１０００００００００００１１１１０１１１０１１０１０００００１１１１１００１０１０００１１１０１００１１０１０１１０１１０１００００１１０００００００１０００００１００１１１１００００１０００１０１０００００１１０００１０１００１００１１１１１１１１０１００００１１１０１１１１００１１００００１０００１１００１０１００１１１１１０１０００１００１１１１１１０１１１１００１１００１１０１１１０１１０００（ＩＩＩ）
は、以下の式（ＩＶ）の２５６ヌクレオチド配列（ＳＤＢ）：
５’［ＣＧＣＡＡＣＣＧＴＣＣＧＡＣＴＡＧＣＴＡＡＡＣＧＣＡＡＣＧＴＣＡＡＣＡＡＧＴＣＴＣＧＣＡＡＧＴＡＡＣＧＴＣＣＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＡＧＴＴＧＡＧＴＴＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＧＴＴＴＧＡＣＧＡＴＡＣＣＧＧＧＣＴＣＣＴＴＣＧＡＧＴＣＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＣＣＣＡＡＧＡＡＧＧＴＴＣＣＡＡＧＣＡＡＧＡＧＡＣＡＡＡＧＧＣＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＴＴＧＧＴＴＴＧＡＧＡＣＡＡＧＧＴＡＧＴＴＧＣＣＧＧＡＡＣＣＴＣＡＡＴＴＣＣＧＡＴＡＡＧＴＴＧＧＣＴＣＡＡＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＴＴＴＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＧＧＡＡＣ］３’（ＩＶ）（配列番号１）
に割り当てられ得る。
【0109】
よって、指標［ＵＰ］および［ＤＯ］の対は、それぞれ５’末端および３’末端に追加され得る。
【0110】
たとえば２５ヌクレオチドの指標は、配列：
（ＴＡＴＧＡＧＧＡＣＧＡＡＴＣＴＣＣＣＧＣＴＴＡＴＡ；［ＵＰ］；配列番号２）および（ＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＡＡＣＧＴＧＴＧＣＴＴＧＴＡＣ；［ＤＯ］；配列番号３）に対応し得る。
（ＴＡＴＧＡＧＧＡＣＧＡＡＴＣＴＣＣＣＧＣＴＴＡＴＡ；［ＵＰ］；配列番号２）および（ＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＡＡＣＧＴＧＴＧＣＴＴＧＴＡＣ；［ＤＯ］；配列番号３）に対応し得る。
【0111】
よって、結果得られる一般式（Ｉ）の複合核酸分子は、以下の式（Ｖ）の核酸分子により表され得る：
５’［ＴＡＴＧＡＧＧＡＣＧＡＡＴＣＴＣＣＣＧＣＴＴＡＴＡ］－［ＣＧＣＡＡＣＣＧＴＣＣＧＡＣＴＡＧＣＴＡＡＡＣＧＣＡＡＣＧＴＣＡＡＣＡＡＧＴＣＴＣＧＣＡＡＧＴＡＡＣＧＴＣＣＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＡＧＴＴＧＡＧＴＴＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＧＴＴＴＧＡＣＧＡＴＡＣＣＧＧＧＣＴＣＣＴＴＣＧＡＧＴＣＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＣＣＣＡＡＧＡＡＧＧＴＴＣＣＡＡＧＣＡＡＧＡＧＡＣＡＡＡＧＧＣＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＴＴＧＧＴＴＴＧＡＧＡＣＡＡＧＧＴＡＧＴＴＧＣＣＧＧＡＡＣＣＴＣＡＡＴＴＣＣＧＡＴＡＡＧＴＴＧＧＣＴＣＡＡＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＴＴＴＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＧＧＡＡＣ］－［ＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＡＡＣＧＴＧＴＧＣＴＴＧＴＡＣ］３’（Ｖ）（配列番号４）。
５’［ＴＡＴＧＡＧＧＡＣＧＡＡＴＣＴＣＣＣＧＣＴＴＡＴＡ］－［ＣＧＣＡＡＣＣＧＴＣＣＧＡＣＴＡＧＣＴＡＡＡＣＧＣＡＡＣＧＴＣＡＡＣＡＡＧＴＣＴＣＧＣＡＡＧＴＡＡＣＧＴＣＣＧＡＣＣＣＡＡＣＣＣＡＡＧＴＴＧＡＧＴＴＡＧＧＡＧＡＡＣＣＣＧＴＴＴＧＡＣＧＡＴＡＣＣＧＧＧＣＴＣＣＴＴＣＧＡＧＴＣＴＴＡＴＣＡＡＡＧＴＣＣＡＡＣＣＣＧＣＣＣＡＡＧＡＡＧＧＴＴＣＣＡＡＧＣＡＡＧＡＧＡＣＡＡＡＧＧＣＣＣＧＣＴＡＣＧＡＡＴＴＧＧＴＴＴＧＡＧＡＣＡＡＧＧＴＡＧＴＴＧＣＣＧＧＡＡＣＣＴＣＡＡＴＴＣＣＧＡＴＡＡＧＴＴＧＧＣＴＣＡＡＧＡＣＧＧＴＴＧＧＣＴＴＴＧＡＣＧＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＧＧＡＡＣ］－［ＧＧＴＣＴＴＧＡＣＡＡＡＣＧＴＧＴＧＣＴＴＧＴＡＣ］３’（Ｖ）（配列番号４）。
【0112】
実際に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を合成するステップｂ）は、最新技術で知られているいずれかの適切な方法により行われ得る。適切な方法の非限定的な例として、化学的な合成および酵素を使用した合成が挙げられる。例示的に、最大２００ヌクレオチドの核酸分子の化学的な合成が行われ得る。最大２００ヌクレオチド長の核酸分子が、望ましい長さ、たとえば最大約１０６ヌクレオチドの核酸分子を得るためにアセンブルされ得る。
【0113】
実際に、式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖、複製性複合核酸分子を得るために式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルするステップｃ）は、式（Ｉａ）の核酸分子のアセンブルに関して行われ得る。
【0114】
実際に、ステップｄ）は、１～約１０９個の同一または別個の式（Ｉ）の複合核酸分子を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップを含む。本明細書中に使用される場合、「同一の複合核酸分子」は、１００％の同一性を有する配列を有する複合核酸分子を表す。本明細書中に使用される場合、「別個の複合核酸分子」は、１００％未満の同一性を有する配列を有する複合核酸分子を表す。
【0115】
用語「同一性」または「同一な」は、２つ以上の核酸の配列の間の関係に使用される場合、２つ以上のヌクレオチドの鎖間の一致数により決定される、核酸間の配列の関連性の度合いを表す。「同一性」は、特定の数学モデルまたはコンピュータプログラム（すなわち「アルゴリズム」）により提示されるギャップアライメント（存在する場合）を伴う２つ以上の配列の小さいほうの間の同一である一致のパーセントを測定する。関連する核酸配列の同一性は、既知の方法により容易に計算され得る。
【0116】
実際に、核酸の同一性のパーセンテージは、以下のように設定されているＣＬＵＳＴＡＬ Ｗソフトウェア（バージョン１．８３）のパラメータ：
ｓｌｏｗ／正確なアライメントでは：（１）ギャップ開始ペナルティ：１５；（２）ギャップ伸長ペナルティ：６．６６；（３）重み行列：ＩＵＢ；
ｆａｓｔ／おおよそのアライメントでは：（４）Ｋ－タプル（ワード）サイズ：２；（５）ギャップペナルティ：５；（６）ｔｏｐ対角線の数：５；（７）ウィンドウサイズ：４；（８）スコアリング方法：ＰＥＲＣＥＮＴ
を使用して決定され得る：
ｓｌｏｗ／正確なアライメントでは：（１）ギャップ開始ペナルティ：１５；（２）ギャップ伸長ペナルティ：６．６６；（３）重み行列：ＩＵＢ；
ｆａｓｔ／おおよそのアライメントでは：（４）Ｋ－タプル（ワード）サイズ：２；（５）ギャップペナルティ：５；（６）ｔｏｐ対角線の数：５；（７）ウィンドウサイズ：４；（８）スコアリング方法：ＰＥＲＣＥＮＴ
を使用して決定され得る：
【0117】
一部の実施形態では、ステップｄ）は、別個の、式（Ｉ）の１～約１０９個の複合核酸分子を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップを含む。
【0118】
本発明の範囲内において、「１～約１０９個の複合核酸分子」との表現は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０３、５×１０３、１０４、５×１０４、１０５、５×１０５、１０６、５×１０６、１０７、５×１０７、１０８、５×１０８、および１０９個の複合核酸分子を包有する。
【0119】
本発明の範囲内において、「少なくとも１つのプール」との表現は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０３、５×１０３、１０４、５×１０４、１０５、５×１０５、１０６個のプールを包有する。
【0120】
実際に、ストレージセルは、核酸分子の保存を持続するために先端技術において公知であるいずれかの適切な受信体であり得る。一部の実施形態では、ストレージセルは、生物、ガラスベースの受信体、金属ベースの受信体、シリカベースの受信体、ポリマーベースの受信体、紙ベースの受信体を含む群において選択され得る。
【0121】
特定の実施形態では、生物は、細菌、微細藻類、古細菌、真菌、または酵母由来の細胞であり得る。一部の実施形態では、生物は、ファージまたはウイルスなどの粒子である。一部の実施形態では、特に細菌、たとえば放線菌類、クラミジア目、シアノバクテリア、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、スピロヘータ、テルモトガ門（ｔｈｅｒｍｏｔｏｇａｌｅｓ）；古細菌、たとえばクレン古細菌、ユーリ古細菌門、コル古細菌門、ナノ古細菌門、およびタウム古細菌の古細菌を含む群において選択される、原核生物である。特定の実施形態では、生物は、真核生物細胞、特には、原虫、藻類、植物、真菌、および動物の細胞を含む群において選択される細胞である。
【0122】
一部の実施形態では、動物または動物細胞は、それぞれヒトまたはヒト細胞ではない。
【0123】
一部の実施形態では、本発明に係る複合核酸分子の保存は、溶液中でまたは乾燥状態で行われ得る。実際に、本発明に係る複合核酸分子の溶液での保存は、アルカリ性溶液、特にはｐＨ８超の溶液において行われ得る。実際に、本発明に係る乾燥核酸分子は、たとえば噴霧乾燥、噴霧凍結乾燥、空気乾燥、または凍結乾燥により、得られ得る。一部の実施形態では、本発明に係る凍結乾燥核酸分子は、不活性雰囲気下でカプセル化され得る。一実施形態では、本発明に係る核酸分子の保存は、紙、たとえばＦＴＡ（登録商標）カード（Ｗｈａｔｍａｎ（登録商標））上で行われ得る。
【0124】
特定の実施形態では、本発明に係る複合核酸分子の保存は、約－１９６℃～約＋１００℃の温度で行われ得る。一部の実施形態では、保存は、液体窒素（約－１９６℃）で行われ得る。一部の実施形態では、保存は、フリーザーにおいて、特に約－８０℃～約－２０℃の温度で行われ得る。一部の実施形態では、保存は、室温で、特に約＋１５℃～約＋３０℃の温度で行われ得る。
【0125】
本発明の範囲内において、「約－１９６℃～約＋１００℃」との表現は、－１９６℃、－１８０℃、－１７０℃、－１６０℃、－１５０℃、－１４０℃、－１３０℃、－１２０℃、－１１０℃、－１００℃、－９０℃、－８０℃、－７０℃、－６０℃、－５０℃、－４０℃、－３０℃、－２０℃、－１０℃、－５℃、０℃、＋４℃、＋５℃、＋１０℃、＋１５℃、＋２０℃、＋２５℃、＋３０℃、＋３５℃、＋４０℃、＋４５℃、＋５０℃、＋５５℃、＋６０℃、＋６５℃、＋７０℃、＋７５℃、＋８０℃、＋８５℃、＋９０℃、＋９５℃、および＋１００℃を含む。
【0126】
一部の実施形態では、本方法は、
ｅ）ステップｄで得たプールを、１個のプール～約１０６個のプール、好ましくは約９６または約３８４個のプールを含む少なくとも１つのアレイへ構築およびグループ化するステップ
をさらに含む。
ｅ）ステップｄで得たプールを、１個のプール～約１０６個のプール、好ましくは約９６または約３８４個のプールを含む少なくとも１つのアレイへ構築およびグループ化するステップ
をさらに含む。
【0127】
本発明の範囲内において、「１個のプール～約１０６個のプール」との表現は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０２、１０３、１０４、１０５、および１０６個のプールを包有する。
【0128】
本発明の範囲内において、「約９６または約３８４個のプール」との表現は、９６、１０２、１０８、１１４、１２０、１２６、１３２、１３８、１４４、１５０、１５６、１６２、１６８、１７４、１８０、１８６、１９２、１９８、２０４、２１０、２１６、２２２、２２８、２３４、２４０、２４６、２５２、２５８、２６４、２７０、２７６、２８２、２８８、２９４、３００、３０６、３１２、３１８、３２４、３３０、３３６、３４２、３４８、３５４、３６０、３６６、３７２、３７８、および３８４個のプールを包有する。
【0129】
特定の実施形態では、ステップｃ）で得た複合核酸分子は、プラスミド、コスミド、原核生物染色体、または真核生物染色体である。
【0130】
本明細書中に使用される場合、用語「プラスミド」は、最大５０ｋｂ（すなわち５０，０００塩基対（ｂｐ））のＤＮＡフラグメントのコピーを作製／修飾するために、分子生物学でクローニングベクターとして使用され得る円形の二本鎖ＤＮＡ分子として最も一般的に見出される、小分子のゲノム外ＤＮＡ分子を表す。
【0131】
本発明の範囲内において、「最大約５０ｋｂ」との表現は、０．１ｋｂ、０．２ｋｂ、０．３ｋｂ、０．４ｋｂ、０．５ｋｂ、０．６ｋｂ、０．７ｋｂ、０．８ｋｂ、０．９ｋｂ、１ｋｂ、１．１ｋｂ、１．２ｋｂ、１．３ｋｂ、１．４ｋｂ、１．５ｋｂ、１．６ｋｂ、１．７ｋｂ、１．８ｋｂ、１．９ｋｂ、２ｋｂ、２．２ｋｂ、２．４ｋｂ、２．６ｋｂ、２．８ｋｂ、３ｋｂ、３．２ｋｂ、３．４ｋｂ、３．６ｋｂ、３．８ｋｂ、４ｋｂ、４．２ｋｂ、４．４ｋｂ、４．６ｋｂ、４．８ｋｂ、５ｋｂ、５．２ｋｂ、５．４ｋｂ、５．６ｋｂ、５．８ｋｂ、６ｋｂ、６．２ｋｂ、６．４ｋｂ、６．８ｋｂ、７ｋｂ、７．５ｋｂ、８ｋｂ、８．５ｋｂ、９ｋｂ、９．５ｋｂ、１０ｋｂ、１１ｋｂ、１２ｋｂ、１３ｋｂ、１４ｋｂ、１５ｋｂ、１６ｋｂ、１７ｋｂ、１８ｋｂ、１９ｋｂ、２０ｋｂ、２１ｋｂ、２２ｋｂ、２３ｋｂ、２４ｋｂ、２５ｋｂ、２６ｋｂ、２７ｋｂ、２８ｋｂ、２９ｋｂ、３０ｋｂ、３１ｋｂ、３２ｋｂ、３３ｋｂ、３４ｋｂ、３５ｋｂ、３６ｋｂ、３７ｋｂ、３８ｋｂ、３９ｋｂ、４０ｋｂ、４１ｋｂ、４２ｋｂ、４３ｋｂ、４４ｋｂ、４５ｋｂ、４６ｋｂ、４７ｋｂ、４８ｋｂ、４９ｋｂ、および５０ｋｂを包有する。
【0132】
本明細書中に使用される場合、用語「コスミド」は、コスミドのファージヘッドへのパッケージングおよびその後の細菌細胞の感染を可能にする、ラムダファージ由来のｃｏｓ配列を含むハイブリッドプラスミドであり、コスミドは、環化されており、プラスミドとして複製することができる。多くの場合、コスミドは、約３２ｋｂ～５２ｋｂの大きさの範囲のＤＮＡ核酸分子を表す。
【0133】
本発明の範囲内において、「約３２ｋｂ～５２ｋｂ」との表現は、３２ｋｂ、３３ｋｂ、３４ｋｂ、３５ｋｂ、３６ｋｂ、３７ｋｂ、３８ｋｂ、３９ｋｂ、４０ｋｂ、４１ｋｂ、４２ｋｂ、４３ｋｂ、４４ｋｂ、４５ｋｂ、４６ｋｂ、４７ｋｂ、４８ｋｂ、４９ｋｂ、５０ｋｂ、５１ｋｂ、および５２ｋｂを包有する。
【0134】
本明細書中に使用される場合、「原核生物染色体」は、原核生物で複製し得る核酸分子を表す。
【0135】
一部の実施形態では、原核生物染色体は、細菌染色体、好ましくは細菌人工染色体である。本明細書中に使用される場合、「細菌人工染色体」または「ＢＡＣ」は、細菌細胞の分裂後のゲノム外核酸分子のＤＮＡ核酸分子のさらなる分割を可能にする機能的な稔性プラスミドに基づくゲノム外核酸分子を表す。ＢＡＣは、通常、約５０ｋｂ～３５０ｋｂの大きさの範囲のＤＮＡフラグメントでクローニングベクターとして使用される。
【0136】
本発明の範囲内において、「約５０ｋｂ～３５０ｋｂ」との表現は、５０ｋｂ、６０ｋｂ、７０ｋｂ、８０ｋｂ、９０ｋｂ、１００ｋｂ、１１０ｋｂ、１２０ｋｂ、１３０ｋｂ、１４０ｋｂ、１５０ｋｂ、１６０ｋｂ、１７０ｋｂ、１８０ｋｂ、１９０ｋｂ、２００ｋｂ、２１０ｋｂ、２２０ｋｂ、２３０ｋｂ、２４０ｋｂ、２５０ｋｂ、２６０ｋｂ、２７０ｋｂ、２８０ｋｂ、２９０ｋｂ、３００ｋｂ、３１０ｋｂ、３２０ｋｂ、３３０ｋｂ、３４０ｋｂ、および３５０ｋｂを包有する。
【0137】
本明細書中に使用される場合、「真核生物染色体」は、真核生物で複製し得る核酸分子を表す。
【0138】
一部の実施形態では、本方法は、
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、
ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む。
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、
ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む。
【0139】
一部の実施形態では、ステップｃ１）を、生物、好ましくは微生物によりｉｎ ｖｉｖｏで行う。
【0140】
一部の実施形態では、本発明に係る複合核酸分子の保存および／または増幅を生物で行う場合、上記複合核酸分子は、上記生物の内部、好ましくは上記生物の少なくとも１つの細胞に導入される。実際に、これらステップは、本発明に係る複合核酸分子が生体適合性であるため、行われ得る。
【0141】
実際に、核酸分子の原核細胞または真核細胞への導入は、最先端由来のいずれかの適切な方法により行われ得る。
【0142】
例示的に、核酸分子の原核細胞、特に細菌への導入は、コンピテントな細菌の形質転換またはファージを使用した形質導入により行われ得る。本明細書中に使用される場合、用語「コンピテントな」は、細胞外ゲノム核酸分子を細菌の細胞質に取り込むその能力を増大させるように処置された上記細菌を表す。当業者は、コンピテントな細菌を調製するための技術に精通している。
【0143】
例示的に、核酸分子の真核細胞への導入は、物理的／化学的処置、微生物、ウイルス粒子、および／またはリポソームを使用する形質転換、コンジュゲーション、トランスフェクション、または形質導入により行われ得る。
【0144】
実際に、１つは、市販のキットまたは物質が使用される場合、製造社の説明を表し、かつ／またはあるいは、Ｍａｎｉａｔｉｓら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌｏｎｉｎｇ： ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ． Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， １９８２）により記載されるプロトコルを表す。
【0145】
さらに、本発明の別の態様は、本発明に係る装置により保存されているおよび／または本発明に係る方法により保存されているデジタルデータを回収するための方法であって、
ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法に関する。
ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法に関する。
【0146】
実際に、核酸分子をシーケンシングするステップａ）は、当業者に公知であるいずれかの適切な技術により行われ得る。適切なシーケンシング技術の非限定的な例として、サンガーシーケンシング、およびハイスループットシーケンシング（ＨＴＳ）とも呼ばれている次世代シーケンシング（ＮＧＳ）が挙げられる。
【0147】
実際に、少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップｂ）は、適切なソフトウェアによるかまたはｉｎ ｓｉｌｉｃｏにて自動的に行われ得る。復号するステップは、暗号化するステップと逆の手法で行われ得る。
【0148】
実際に、任意選択の、式（Ｉ）の核酸を含む核酸分子を増幅するステップａ０）は、生物においてｉｎ ｖｉｖｏで、または最先端技術由来の公知のいずれかの適切な技術によりｉｎ ｖｉｔｒｏで行われ得る。核酸分子を増幅するのに適した技術の一例として、ＰＣＲが挙げられる。ＰＣＲを行う場合、（ＳＤＢ）は、５’（ＳＵＰ）配列および３’（ＳＤＯ）配列内の相補的配列と好適にハイブリダイズするプライマー対を使用して増幅され得る。実際に、ステップａ０）は、本発明に係る複合核酸分子が生体適合性であるため、ｉｎ ｖｉｖｏで行われ得る。
【0149】
本発明の別の対象は、デジタルデータを回収するための使用および方法を実施するためのコンピュータソフトウェアである。
【0150】
一実施形態では、本発明の方法は、少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するように構成されたソフトウェアを含むマイクロプロセッサで実施される。
【図面の簡単な説明】
【0151】
【発明を実施するための形態】
【0152】
実施例
本発明を、以下の実施例によりさらに例示する。
本発明を、以下の実施例によりさらに例示する。
【0153】
実施例１
それぞれが２５ヌクレオチドの［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸の対と隣接した３，０００ヌクレオチドの１つの［ＤＢ］核酸からなる９つのセクター（Ｓ）から作製された、１０，０００個のトラック（Ｔ）の９６個のプールを含む１つのアレイ（Ａ）のＤＮＡドライブは、ヌクレオチドあたり１ビットの符号化密度（ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｄｅｎｓｉｔｙ）で３．２４Ｇｏのデジタルデータとの均等物を含み得る。
それぞれが２５ヌクレオチドの［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸の対と隣接した３，０００ヌクレオチドの１つの［ＤＢ］核酸からなる９つのセクター（Ｓ）から作製された、１０，０００個のトラック（Ｔ）の９６個のプールを含む１つのアレイ（Ａ）のＤＮＡドライブは、ヌクレオチドあたり１ビットの符号化密度（ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｄｅｎｓｉｔｙ）で３．２４Ｇｏのデジタルデータとの均等物を含み得る。
【0154】
実施例２
それぞれが２５ヌクレオチドの［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸の対と隣接した３，０００ヌクレオチドの１つの［ＤＢ］核酸からなる９つのセクター（Ｓ）から作製された、１０，０００個のトラック（Ｔ）の３８４個のプールを含む１００個のアレイ（Ａ）のＤＮＡドライブは、ヌクレオチドあたり１ビットの符号化密度（ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｄｅｎｓｉｔｙ）で１．３Ｔｏのデジタルデータとの均等物を含み得る。
それぞれが２５ヌクレオチドの［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸の対と隣接した３，０００ヌクレオチドの１つの［ＤＢ］核酸からなる９つのセクター（Ｓ）から作製された、１０，０００個のトラック（Ｔ）の３８４個のプールを含む１００個のアレイ（Ａ）のＤＮＡドライブは、ヌクレオチドあたり１ビットの符号化密度（ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｄｅｎｓｉｔｙ）で１．３Ｔｏのデジタルデータとの均等物を含み得る。
【0155】
実施例３
「人間と市民の権利の宣言（Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｉｇｈｔｓ ｏｆ Ｍａｎ ａｎｄ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｉｔｉｚｅｎ ｆｒｏｍ １７８９）」を含むＤＮＡドライブの例
ＤＮＡドライブを、本明細書中以下で完全に再現されている人間と市民の権利の宣言（Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｉｇｈｔｓ ｏｆ Ｍａｎ ａｎｄ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｉｔｉｚｅｎ ｆｒｏｍ １７８９（“Ｌａ ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ ｃｉｔｏｙｅｎ ｄｅ １７８９”）（供給元：Ｂｉｂｌｉｏｔｈｅｑｕｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ ｄｅ Ｆｒａｎｃｅ）のフランス共和国での創始原文に対応する単一のテキストファイルを含むように物理的に構築した。
“Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｄｅ １７８９
Ｌｅｓ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ ｄｕ Ｐｅｕｐｌｅ Ｆｒａｎｃａｉｓ， ｃｏｎｓｔｉｔｕｅｓ ｅｎ Ａｓｓｅｍｂｌｅｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ， ｃｏｎｓｉｄｅｒａｎｔ ｑｕｅ ｌ’ｉｇｎｏｒａｎｃｅ， ｌ’ｏｕｂｌｉ ｏｕ ｌｅ ｍｅｐｒｉｓ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｓｏｎｔ ｌｅｓ ｓｅｕｌｅｓ ｃａｕｓｅｓ ｄｅｓ ｍａｌｈｅｕｒｓ ｐｕｂｌｉｃｓ ｅｔ ｄｅ ｌａ ｃｏｒｒｕｐｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｇｏｕｖｅｒｎｅｍｅｎｔｓ， ｏｎｔ ｒｅｓｏｌｕ ｄ’ｅｘｐｏｓｅｒ， ｄａｎｓ ｕｎｅ Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｓｏｌｅｎｎｅｌｌｅ， ｌｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ， ｉｎａｌｉｅｎａｂｌｅｓ ｅｔ ｓａｃｒｅｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ， ａｆｉｎ ｑｕｅ ｃｅｔｔｅ Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ， ｃｏｎｓｔａｍｍｅｎｔ ｐｒｅｓｅｎｔｅ ａ ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｍｅｍｂｒｅｓ ｄｕ ｃｏｒｐｓ ｓｏｃｉａｌ， ｌｅｕｒ ｒａｐｐｅｌｌｅ ｓａｎｓ ｃｅｓｓｅ ｌｅｕｒｓ ｄｒｏｉｔｓ ｅｔ ｌｅｕｒｓ ｄｅｖｏｉｒｓ ； ａｆｉｎ ｑｕｅ ｌｅｓ ａｃｔｅｓ ｄｕ ｐｏｕｖｏｉｒ ｌｅｇｉｓｌａｔｉｆ， ｅｔ ｃｅｕｘ ｄｕ ｐｏｕｖｏｉｒ ｅｘｅｃｕｔｉｆ， ｐｏｕｖａｎｔ ｅｔｒｅ ａ ｃｈａｑｕｅ ｉｎｓｔａｎｔ ｃｏｍｐａｒｅｓ ａｖｅｃ ｌｅ ｂｕｔ ｄｅ ｔｏｕｔｅ ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｐｏｌｉｔｉｑｕｅ， ｅｎ ｓｏｉｅｎｔ ｐｌｕｓ ｒｅｓｐｅｃｔｅｓ ； ａｆｉｎ ｑｕｅ ｌｅｓ ｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎｓ ｄｅｓ ｃｉｔｏｙｅｎｓ， ｆｏｎｄｅｅｓ ｄｅｓｏｒｍａｉｓ ｓｕｒ ｄｅｓ ｐｒｉｎｃｉｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｓ ｅｔ ｉｎｃｏｎｔｅｓｔａｂｌｅｓ， ｔｏｕｒｎｅｎｔ ｔｏｕｊｏｕｒｓ ａｕ ｍａｉｎｔｉｅｎ ｄｅ ｌａ Ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｅｔ ａｕ ｂｏｎｈｅｕｒ ｄｅ ｔｏｕｓ．
Ｅｎ ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅ， ｌ’Ａｓｓｅｍｂｌｅｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ ｒｅｃｏｎｎａｉｔ ｅｔ ｄｅｃｌａｒｅ， ｅｎ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｅｔ ｓｏｕｓ ｌｅｓ ａｕｓｐｉｃｅｓ ｄｅ ｌ’Ｅｔｒｅ ｓｕｐｒｅｍｅ， ｌｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｓｕｉｖａｎｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ．
Ａｒｔ． １ｅｒ． Ｌｅｓ ｈｏｍｍｅｓ ｎａｉｓｓｅｎｔ ｅｔ ｄｅｍｅｕｒｅｎｔ ｌｉｂｒｅｓ ｅｔ ｅｇａｕｘ ｅｎ ｄｒｏｉｔｓ． Ｌｅｓ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｏｎｓ ｓｏｃｉａｌｅｓ ｎｅ ｐｅｕｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｆｏｎｄｅｅｓ ｑｕｅ ｓｕｒ ｌ’ｕｔｉｌｉｔｅ ｃｏｍｍｕｎｅ．
Ａｒｔ． ２． Ｌｅ ｂｕｔ ｄｅ ｔｏｕｔｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｐｏｌｉｔｉｑｕｅ ｅｓｔ ｌａ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ ｅｔ ｉｍｐｒｅｓｃｒｉｐｔｉｂｌｅｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ． Ｃｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｓｏｎｔ ｌａ ｌｉｂｅｒｔｅ， ｌａ ｐｒｏｐｒｉｅｔｅ， ｌａ ｓｕｒｅｔｅ， ｅｔ ｌａ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ａ ｌ’ｏｐｐｒｅｓｓｉｏｎ．
Ａｒｔ． ３． Ｌｅ ｐｒｉｎｃｉｐｅ ｄｅ ｔｏｕｔｅ Ｓｏｕｖｅｒａｉｎｅｔｅ ｒｅｓｉｄｅ ｅｓｓｅｎｔｉｅｌｌｅｍｅｎｔ ｄａｎｓ ｌａ Ｎａｔｉｏｎ． Ｎｕｌ ｃｏｒｐｓ， ｎｕｌ ｉｎｄｉｖｉｄｕ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｘｅｒｃｅｒ ｄ’ａｕｔｏｒｉｔｅ ｑｕｉ ｎ’ｅｎ ｅｍａｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｅｍｅｎｔ．
Ａｒｔ． ４． Ｌａ ｌｉｂｅｒｔｅ ｃｏｎｓｉｓｔｅ ａ ｐｏｕｖｏｉｒ ｆａｉｒｅ ｔｏｕｔ ｃｅ ｑｕｉ ｎｅ ｎｕｉｔ ｐａｓ ａ ａｕｔｒｕｉ ： ａｉｎｓｉ， ｌ’ｅｘｅｒｃｉｃｅ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ ｄｅ ｃｈａｑｕｅ ｈｏｍｍｅ ｎ’ａ ｄｅ ｂｏｒｎｅｓ ｑｕｅ ｃｅｌｌｅｓ ｑｕｉ ａｓｓｕｒｅｎｔ ａｕｘ ａｕｔｒｅｓ Ｍｅｍｂｒｅｓ ｄｅ ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ ｌａ ｊｏｕｉｓｓａｎｃｅ ｄｅ ｃｅｓ ｍｅｍｅｓ ｄｒｏｉｔｓ． Ｃｅｓ ｂｏｒｎｅｓ ｎｅ ｐｅｕｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｅｓ ｑｕｅ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． ５ Ｌａ Ｌｏｉ ｎ’ａ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｄｅｆｅｎｄｒｅ ｑｕｅ ｌｅｓ ａｃｔｉｏｎｓ ｎｕｉｓｉｂｌｅｓ ａ ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ． Ｔｏｕｔ ｃｅ ｑｕｉ ｎ’ｅｓｔ ｐａｓ ｄｅｆｅｎｄｕ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｅｍｐｅｃｈｅ， ｅｔ ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｃｏｎｔｒａｉｎｔ ａ ｆａｉｒｅ ｃｅ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｎ’ｏｒｄｏｎｎｅ ｐａｓ．
Ａｒｔ． ６． Ｌａ Ｌｏｉ ｅｓｔ ｌ’ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄｅ ｌａ ｖｏｌｏｎｔｅ ｇｅｎｅｒａｌｅ． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｏｎｔ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｃｏｎｃｏｕｒｉｒ ｐｅｒｓｏｎｎｅｌｌｅｍｅｎｔ， ｏｕ ｐａｒ ｌｅｕｒｓ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ， ａ ｓａ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ． Ｅｌｌｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｌａ ｍｅｍｅ ｐｏｕｒ ｔｏｕｓ， ｓｏｉｔ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｐｒｏｔｅｇｅ， ｓｏｉｔ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｐｕｎｉｓｓｅ． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｅｔａｎｔ ｅｇａｕｘ ａ ｓｅｓ ｙｅｕｘ ｓｏｎｔ ｅｇａｌｅｍｅｎｔ ａｄｍｉｓｓｉｂｌｅｓ ａ ｔｏｕｔｅｓ ｄｉｇｎｉｔｅｓ， ｐｌａｃｅｓ ｅｔ ｅｍｐｌｏｉｓ ｐｕｂｌｉｃｓ， ｓｅｌｏｎ ｌｅｕｒ ｃａｐａｃｉｔｅ， ｅｔ ｓａｎｓ ａｕｔｒｅ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｏｎ ｑｕｅ ｃｅｌｌｅ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｖｅｒｔｕｓ ｅｔ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｔａｌｅｎｔｓ．
Ａｒｔ． ７． Ｎｕｌ ｈｏｍｍｅ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ａｃｃｕｓｅ， ａｒｒｅｔｅ ｎｉ ｄｅｔｅｎｕ ｑｕｅ ｄａｎｓ ｌｅｓ ｃａｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ， ｅｔ ｓｅｌｏｎ ｌｅｓ ｆｏｒｍｅｓ ｑｕ’ｅｌｌｅ ａ ｐｒｅｓｃｒｉｔｅｓ． Ｃｅｕｘ ｑｕｉ ｓｏｌｌｉｃｉｔｅｎｔ， ｅｘｐｅｄｉｅｎｔ， ｅｘｅｃｕｔｅｎｔ ｏｕ ｆｏｎｔ ｅｘｅｃｕｔｅｒ ｄｅｓ ｏｒｄｒｅｓ ａｒｂｉｔｒａｉｒｅｓ， ｄｏｉｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｐｕｎｉｓ ； ｍａｉｓ ｔｏｕｔ ｃｉｔｏｙｅｎ ａｐｐｅｌｅ ｏｕ ｓａｉｓｉ ｅｎ ｖｅｒｔｕ ｄｅ ｌａ Ｌｏｉ ｄｏｉｔ ｏｂｅｉｒ ａ ｌ’ｉｎｓｔａｎｔ ： ｉｌ ｓｅ ｒｅｎｄ ｃｏｕｐａｂｌｅ ｐａｒ ｌａ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．
Ａｒｔ． ８． Ｌａ Ｌｏｉ ｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔａｂｌｉｒ ｑｕｅ ｄｅｓ ｐｅｉｎｅｓ ｓｔｒｉｃｔｅｍｅｎｔ ｅｔ ｅｖｉｄｅｍｍｅｎｔ ｎｅｃｅｓｓａｉｒｅｓ， ｅｔ ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｐｕｎｉ ｑｕ’ｅｎ ｖｅｒｔｕ ｄ’ｕｎｅ Ｌｏｉ ｅｔａｂｌｉｅ ｅｔ ｐｒｏｍｕｌｇｕｅｅ ａｎｔｅｒｉｅｕｒｅｍｅｎｔ ａｕ ｄｅｌｉｔ， ｅｔ ｌｅｇａｌｅｍｅｎｔ ａｐｐｌｉｑｕｅｅ．
Ａｒｔ． ９． Ｔｏｕｔ ｈｏｍｍｅ ｅｔａｎｔ ｐｒｅｓｕｍｅ ｉｎｎｏｃｅｎｔ ｊｕｓｑｕ’ ａ ｃｅ ｑｕ’ｉｌ ａｉｔ ｅｔｅ ｄｅｃｌａｒｅ ｃｏｕｐａｂｌｅ， ｓ’ｉｌ ｅｓｔ ｊｕｇｅ ｉｎｄｉｓｐｅｎｓａｂｌｅ ｄｅ ｌ’ａｒｒｅｔｅｒ， ｔｏｕｔｅ ｒｉｇｕｅｕｒ ｑｕｉ ｎｅ ｓｅｒａｉｔ ｐａｓ ｎｅｃｅｓｓａｉｒｅ ｐｏｕｒ ｓ’ａｓｓｕｒｅｒ ｄｅ ｓａ ｐｅｒｓｏｎｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｓｅｖｅｒｅｍｅｎｔ ｒｅｐｒｉｍｅｅ ｐａｒ ｌａ ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １０． Ｎｕｌ ｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｉｎｑｕｉｅｔｅ ｐｏｕｒ ｓｅｓ ｏｐｉｎｉｏｎｓ， ｍｅｍｅ ｒｅｌｉｇｉｅｕｓｅｓ， ｐｏｕｒｖｕ ｑｕｅ ｌｅｕｒ ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ ｎｅ ｔｒｏｕｂｌｅ ｐａｓ ｌ’ｏｒｄｒｅ ｐｕｂｌｉｃ ｅｔａｂｌｉ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １１． Ｌａ ｌｉｂｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｐｅｎｓｅｅｓ ｅｔ ｄｅｓ ｏｐｉｎｉｏｎｓ ｅｓｔ ｕｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｌｅｓ ｐｌｕｓ ｐｒｅｃｉｅｕｘ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ： ｔｏｕｔ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｐｅｕｔ ｄｏｎｃ ｐａｒｌｅｒ， ｅｃｒｉｒｅ， ｉｍｐｒｉｍｅｒ ｌｉｂｒｅｍｅｎｔ， ｓａｕｆ ａ ｒｅｐｏｎｄｒｅ ｄｅ ｌ’ａｂｕｓ ｄｅ ｃｅｔｔｅ ｌｉｂｅｒｔｅ ｄａｎｓ ｌｅｓ ｃａｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １２． Ｌａ ｇａｒａｎｔｉｅ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｕｎｅ ｆｏｒｃｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ ： ｃｅｔｔｅ ｆｏｒｃｅ ｅｓｔ ｄｏｎｃ ｉｎｓｔｉｔｕｅｅ ｐｏｕｒ ｌ’ａｖａｎｔａｇｅ ｄｅ ｔｏｕｓ， ｅｔ ｎｏｎ ｐｏｕｒ ｌ’ｕｔｉｌｉｔｅ ｐａｒｔｉｃｕｌｉｅｒｅ ｄｅ ｃｅｕｘ ａｕｘｑｕｅｌｓ ｅｌｌｅ ｅｓｔ ｃｏｎｆｉｅｅ．
Ａｒｔ． １３． Ｐｏｕｒ ｌ’ｅｎｔｒｅｔｉｅｎ ｄｅ ｌａ ｆｏｒｃｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｅｔ ｐｏｕｒ ｌｅｓ ｄｅｐｅｎｓｅｓ ｄ’ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ， ｕｎｅ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｃｏｍｍｕｎｅ ｅｓｔ ｉｎｄｉｓｐｅｎｓａｂｌｅ ： ｅｌｌｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｅｇａｌｅｍｅｎｔ ｒｅｐａｒｔｉｅ ｅｎｔｒｅ ｔｏｕｓ ｌｅｓ ｃｉｔｏｙｅｎｓ， ｅｎ ｒａｉｓｏｎ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｆａｃｕｌｔｅｓ．
Ａｒｔ． １４． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｏｎｔ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｃｏｎｓｔａｔｅｒ， ｐａｒ ｅｕｘ－ｍｅｍｅｓ ｏｕ ｐａｒ ｌｅｕｒｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ， ｌａ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｄｅ ｌａ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｄｅ ｌａ ｃｏｎｓｅｎｔｉｒ ｌｉｂｒｅｍｅｎｔ， ｄ’ｅｎ ｓｕｉｖｒｅ ｌ’ｅｍｐｌｏｉ， ｅｔ ｄ’ｅｎ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｒ ｌａ ｑｕｏｔｉｔｅ， ｌ’ａｓｓｉｅｔｔｅ， ｌｅ ｒｅｃｏｕｖｒｅｍｅｎｔ ｅｔ ｌａ ｄｕｒｅｅ．
Ａｒｔ． １５． Ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ ａ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｄｅｍａｎｄｅｒ ｃｏｍｐｔｅ ａ ｔｏｕｔ Ａｇｅｎｔ ｐｕｂｌｉｃ ｄｅ ｓｏｎ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ．
Ａｒｔ． １６． Ｔｏｕｔｅ Ｓｏｃｉｅｔｅ ｄａｎｓ ｌａｑｕｅｌｌｅ ｌａ ｇａｒａｎｔｉｅ ｄｅｓ Ｄｒｏｉｔｓ ｎ’ｅｓｔ ｐａｓ ａｓｓｕｒｅｅ， ｎｉ ｌａ ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｐｏｕｖｏｉｒｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｅ， ｎ’ａ ｐｏｉｎｔ ｄｅ Ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ．
Ａｒｔ． １７． Ｌａ ｐｒｏｐｒｉｅｔｅ ｅｔａｎｔ ｕｎ ｄｒｏｉｔ ｉｎｖｉｏｌａｂｌｅ ｅｔ ｓａｃｒｅ， ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｎ ｅｔｒｅ ｐｒｉｖｅ， ｓｉ ｃｅ ｎ’ｅｓｔ ｌｏｒｓｑｕｅ ｌａ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｌｅｇａｌｅｍｅｎｔ ｃｏｎｓｔａｔｅｅ， ｌ’ｅｘｉｇｅ ｅｖｉｄｅｍｍｅｎｔ， ｅｔ ｓｏｕｓ ｌａ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ ｄ’ｕｎｅ ｊｕｓｔｅ ｅｔ ｐｒｅａｌａｂｌｅ ｉｎｄｅｍｎｉｔｅ．”
「人間と市民の権利の宣言（Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｉｇｈｔｓ ｏｆ Ｍａｎ ａｎｄ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｉｔｉｚｅｎ ｆｒｏｍ １７８９）」を含むＤＮＡドライブの例
ＤＮＡドライブを、本明細書中以下で完全に再現されている人間と市民の権利の宣言（Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｉｇｈｔｓ ｏｆ Ｍａｎ ａｎｄ ｏｆ ｔｈｅ Ｃｉｔｉｚｅｎ ｆｒｏｍ １７８９（“Ｌａ ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ ｃｉｔｏｙｅｎ ｄｅ １７８９”）（供給元：Ｂｉｂｌｉｏｔｈｅｑｕｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ ｄｅ Ｆｒａｎｃｅ）のフランス共和国での創始原文に対応する単一のテキストファイルを含むように物理的に構築した。
“Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｄｅ １７８９
Ｌｅｓ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ ｄｕ Ｐｅｕｐｌｅ Ｆｒａｎｃａｉｓ， ｃｏｎｓｔｉｔｕｅｓ ｅｎ Ａｓｓｅｍｂｌｅｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ， ｃｏｎｓｉｄｅｒａｎｔ ｑｕｅ ｌ’ｉｇｎｏｒａｎｃｅ， ｌ’ｏｕｂｌｉ ｏｕ ｌｅ ｍｅｐｒｉｓ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｓｏｎｔ ｌｅｓ ｓｅｕｌｅｓ ｃａｕｓｅｓ ｄｅｓ ｍａｌｈｅｕｒｓ ｐｕｂｌｉｃｓ ｅｔ ｄｅ ｌａ ｃｏｒｒｕｐｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｇｏｕｖｅｒｎｅｍｅｎｔｓ， ｏｎｔ ｒｅｓｏｌｕ ｄ’ｅｘｐｏｓｅｒ， ｄａｎｓ ｕｎｅ Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ ｓｏｌｅｎｎｅｌｌｅ， ｌｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ， ｉｎａｌｉｅｎａｂｌｅｓ ｅｔ ｓａｃｒｅｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ， ａｆｉｎ ｑｕｅ ｃｅｔｔｅ Ｄｅｃｌａｒａｔｉｏｎ， ｃｏｎｓｔａｍｍｅｎｔ ｐｒｅｓｅｎｔｅ ａ ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｍｅｍｂｒｅｓ ｄｕ ｃｏｒｐｓ ｓｏｃｉａｌ， ｌｅｕｒ ｒａｐｐｅｌｌｅ ｓａｎｓ ｃｅｓｓｅ ｌｅｕｒｓ ｄｒｏｉｔｓ ｅｔ ｌｅｕｒｓ ｄｅｖｏｉｒｓ ； ａｆｉｎ ｑｕｅ ｌｅｓ ａｃｔｅｓ ｄｕ ｐｏｕｖｏｉｒ ｌｅｇｉｓｌａｔｉｆ， ｅｔ ｃｅｕｘ ｄｕ ｐｏｕｖｏｉｒ ｅｘｅｃｕｔｉｆ， ｐｏｕｖａｎｔ ｅｔｒｅ ａ ｃｈａｑｕｅ ｉｎｓｔａｎｔ ｃｏｍｐａｒｅｓ ａｖｅｃ ｌｅ ｂｕｔ ｄｅ ｔｏｕｔｅ ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｐｏｌｉｔｉｑｕｅ， ｅｎ ｓｏｉｅｎｔ ｐｌｕｓ ｒｅｓｐｅｃｔｅｓ ； ａｆｉｎ ｑｕｅ ｌｅｓ ｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎｓ ｄｅｓ ｃｉｔｏｙｅｎｓ， ｆｏｎｄｅｅｓ ｄｅｓｏｒｍａｉｓ ｓｕｒ ｄｅｓ ｐｒｉｎｃｉｐｅｓ ｓｉｍｐｌｅｓ ｅｔ ｉｎｃｏｎｔｅｓｔａｂｌｅｓ， ｔｏｕｒｎｅｎｔ ｔｏｕｊｏｕｒｓ ａｕ ｍａｉｎｔｉｅｎ ｄｅ ｌａ Ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｅｔ ａｕ ｂｏｎｈｅｕｒ ｄｅ ｔｏｕｓ．
Ｅｎ ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅ， ｌ’Ａｓｓｅｍｂｌｅｅ Ｎａｔｉｏｎａｌｅ ｒｅｃｏｎｎａｉｔ ｅｔ ｄｅｃｌａｒｅ， ｅｎ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ｅｔ ｓｏｕｓ ｌｅｓ ａｕｓｐｉｃｅｓ ｄｅ ｌ’Ｅｔｒｅ ｓｕｐｒｅｍｅ， ｌｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｓｕｉｖａｎｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ．
Ａｒｔ． １ｅｒ． Ｌｅｓ ｈｏｍｍｅｓ ｎａｉｓｓｅｎｔ ｅｔ ｄｅｍｅｕｒｅｎｔ ｌｉｂｒｅｓ ｅｔ ｅｇａｕｘ ｅｎ ｄｒｏｉｔｓ． Ｌｅｓ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｏｎｓ ｓｏｃｉａｌｅｓ ｎｅ ｐｅｕｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｆｏｎｄｅｅｓ ｑｕｅ ｓｕｒ ｌ’ｕｔｉｌｉｔｅ ｃｏｍｍｕｎｅ．
Ａｒｔ． ２． Ｌｅ ｂｕｔ ｄｅ ｔｏｕｔｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｐｏｌｉｔｉｑｕｅ ｅｓｔ ｌａ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ ｅｔ ｉｍｐｒｅｓｃｒｉｐｔｉｂｌｅｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ． Ｃｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｓｏｎｔ ｌａ ｌｉｂｅｒｔｅ， ｌａ ｐｒｏｐｒｉｅｔｅ， ｌａ ｓｕｒｅｔｅ， ｅｔ ｌａ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ａ ｌ’ｏｐｐｒｅｓｓｉｏｎ．
Ａｒｔ． ３． Ｌｅ ｐｒｉｎｃｉｐｅ ｄｅ ｔｏｕｔｅ Ｓｏｕｖｅｒａｉｎｅｔｅ ｒｅｓｉｄｅ ｅｓｓｅｎｔｉｅｌｌｅｍｅｎｔ ｄａｎｓ ｌａ Ｎａｔｉｏｎ． Ｎｕｌ ｃｏｒｐｓ， ｎｕｌ ｉｎｄｉｖｉｄｕ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｘｅｒｃｅｒ ｄ’ａｕｔｏｒｉｔｅ ｑｕｉ ｎ’ｅｎ ｅｍａｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｅｍｅｎｔ．
Ａｒｔ． ４． Ｌａ ｌｉｂｅｒｔｅ ｃｏｎｓｉｓｔｅ ａ ｐｏｕｖｏｉｒ ｆａｉｒｅ ｔｏｕｔ ｃｅ ｑｕｉ ｎｅ ｎｕｉｔ ｐａｓ ａ ａｕｔｒｕｉ ： ａｉｎｓｉ， ｌ’ｅｘｅｒｃｉｃｅ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｎａｔｕｒｅｌｓ ｄｅ ｃｈａｑｕｅ ｈｏｍｍｅ ｎ’ａ ｄｅ ｂｏｒｎｅｓ ｑｕｅ ｃｅｌｌｅｓ ｑｕｉ ａｓｓｕｒｅｎｔ ａｕｘ ａｕｔｒｅｓ Ｍｅｍｂｒｅｓ ｄｅ ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ ｌａ ｊｏｕｉｓｓａｎｃｅ ｄｅ ｃｅｓ ｍｅｍｅｓ ｄｒｏｉｔｓ． Ｃｅｓ ｂｏｒｎｅｓ ｎｅ ｐｅｕｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｅｓ ｑｕｅ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． ５ Ｌａ Ｌｏｉ ｎ’ａ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｄｅｆｅｎｄｒｅ ｑｕｅ ｌｅｓ ａｃｔｉｏｎｓ ｎｕｉｓｉｂｌｅｓ ａ ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ． Ｔｏｕｔ ｃｅ ｑｕｉ ｎ’ｅｓｔ ｐａｓ ｄｅｆｅｎｄｕ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｅｍｐｅｃｈｅ， ｅｔ ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｃｏｎｔｒａｉｎｔ ａ ｆａｉｒｅ ｃｅ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｎ’ｏｒｄｏｎｎｅ ｐａｓ．
Ａｒｔ． ６． Ｌａ Ｌｏｉ ｅｓｔ ｌ’ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄｅ ｌａ ｖｏｌｏｎｔｅ ｇｅｎｅｒａｌｅ． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｏｎｔ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｃｏｎｃｏｕｒｉｒ ｐｅｒｓｏｎｎｅｌｌｅｍｅｎｔ， ｏｕ ｐａｒ ｌｅｕｒｓ Ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ， ａ ｓａ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ． Ｅｌｌｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｌａ ｍｅｍｅ ｐｏｕｒ ｔｏｕｓ， ｓｏｉｔ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｐｒｏｔｅｇｅ， ｓｏｉｔ ｑｕ’ｅｌｌｅ ｐｕｎｉｓｓｅ． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｅｔａｎｔ ｅｇａｕｘ ａ ｓｅｓ ｙｅｕｘ ｓｏｎｔ ｅｇａｌｅｍｅｎｔ ａｄｍｉｓｓｉｂｌｅｓ ａ ｔｏｕｔｅｓ ｄｉｇｎｉｔｅｓ， ｐｌａｃｅｓ ｅｔ ｅｍｐｌｏｉｓ ｐｕｂｌｉｃｓ， ｓｅｌｏｎ ｌｅｕｒ ｃａｐａｃｉｔｅ， ｅｔ ｓａｎｓ ａｕｔｒｅ ｄｉｓｔｉｎｃｔｉｏｎ ｑｕｅ ｃｅｌｌｅ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｖｅｒｔｕｓ ｅｔ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｔａｌｅｎｔｓ．
Ａｒｔ． ７． Ｎｕｌ ｈｏｍｍｅ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ａｃｃｕｓｅ， ａｒｒｅｔｅ ｎｉ ｄｅｔｅｎｕ ｑｕｅ ｄａｎｓ ｌｅｓ ｃａｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ， ｅｔ ｓｅｌｏｎ ｌｅｓ ｆｏｒｍｅｓ ｑｕ’ｅｌｌｅ ａ ｐｒｅｓｃｒｉｔｅｓ． Ｃｅｕｘ ｑｕｉ ｓｏｌｌｉｃｉｔｅｎｔ， ｅｘｐｅｄｉｅｎｔ， ｅｘｅｃｕｔｅｎｔ ｏｕ ｆｏｎｔ ｅｘｅｃｕｔｅｒ ｄｅｓ ｏｒｄｒｅｓ ａｒｂｉｔｒａｉｒｅｓ， ｄｏｉｖｅｎｔ ｅｔｒｅ ｐｕｎｉｓ ； ｍａｉｓ ｔｏｕｔ ｃｉｔｏｙｅｎ ａｐｐｅｌｅ ｏｕ ｓａｉｓｉ ｅｎ ｖｅｒｔｕ ｄｅ ｌａ Ｌｏｉ ｄｏｉｔ ｏｂｅｉｒ ａ ｌ’ｉｎｓｔａｎｔ ： ｉｌ ｓｅ ｒｅｎｄ ｃｏｕｐａｂｌｅ ｐａｒ ｌａ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．
Ａｒｔ． ８． Ｌａ Ｌｏｉ ｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔａｂｌｉｒ ｑｕｅ ｄｅｓ ｐｅｉｎｅｓ ｓｔｒｉｃｔｅｍｅｎｔ ｅｔ ｅｖｉｄｅｍｍｅｎｔ ｎｅｃｅｓｓａｉｒｅｓ， ｅｔ ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｔｒｅ ｐｕｎｉ ｑｕ’ｅｎ ｖｅｒｔｕ ｄ’ｕｎｅ Ｌｏｉ ｅｔａｂｌｉｅ ｅｔ ｐｒｏｍｕｌｇｕｅｅ ａｎｔｅｒｉｅｕｒｅｍｅｎｔ ａｕ ｄｅｌｉｔ， ｅｔ ｌｅｇａｌｅｍｅｎｔ ａｐｐｌｉｑｕｅｅ．
Ａｒｔ． ９． Ｔｏｕｔ ｈｏｍｍｅ ｅｔａｎｔ ｐｒｅｓｕｍｅ ｉｎｎｏｃｅｎｔ ｊｕｓｑｕ’ ａ ｃｅ ｑｕ’ｉｌ ａｉｔ ｅｔｅ ｄｅｃｌａｒｅ ｃｏｕｐａｂｌｅ， ｓ’ｉｌ ｅｓｔ ｊｕｇｅ ｉｎｄｉｓｐｅｎｓａｂｌｅ ｄｅ ｌ’ａｒｒｅｔｅｒ， ｔｏｕｔｅ ｒｉｇｕｅｕｒ ｑｕｉ ｎｅ ｓｅｒａｉｔ ｐａｓ ｎｅｃｅｓｓａｉｒｅ ｐｏｕｒ ｓ’ａｓｓｕｒｅｒ ｄｅ ｓａ ｐｅｒｓｏｎｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｓｅｖｅｒｅｍｅｎｔ ｒｅｐｒｉｍｅｅ ｐａｒ ｌａ ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １０． Ｎｕｌ ｎｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｉｎｑｕｉｅｔｅ ｐｏｕｒ ｓｅｓ ｏｐｉｎｉｏｎｓ， ｍｅｍｅ ｒｅｌｉｇｉｅｕｓｅｓ， ｐｏｕｒｖｕ ｑｕｅ ｌｅｕｒ ｍａｎｉｆｅｓｔａｔｉｏｎ ｎｅ ｔｒｏｕｂｌｅ ｐａｓ ｌ’ｏｒｄｒｅ ｐｕｂｌｉｃ ｅｔａｂｌｉ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １１． Ｌａ ｌｉｂｒｅ ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ ｄｅｓ ｐｅｎｓｅｅｓ ｅｔ ｄｅｓ ｏｐｉｎｉｏｎｓ ｅｓｔ ｕｎ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｌｅｓ ｐｌｕｓ ｐｒｅｃｉｅｕｘ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ： ｔｏｕｔ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｐｅｕｔ ｄｏｎｃ ｐａｒｌｅｒ， ｅｃｒｉｒｅ， ｉｍｐｒｉｍｅｒ ｌｉｂｒｅｍｅｎｔ， ｓａｕｆ ａ ｒｅｐｏｎｄｒｅ ｄｅ ｌ’ａｂｕｓ ｄｅ ｃｅｔｔｅ ｌｉｂｅｒｔｅ ｄａｎｓ ｌｅｓ ｃａｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ ｐａｒ ｌａ Ｌｏｉ．
Ａｒｔ． １２． Ｌａ ｇａｒａｎｔｉｅ ｄｅｓ ｄｒｏｉｔｓ ｄｅ ｌ’Ｈｏｍｍｅ ｅｔ ｄｕ Ｃｉｔｏｙｅｎ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｕｎｅ ｆｏｒｃｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ ： ｃｅｔｔｅ ｆｏｒｃｅ ｅｓｔ ｄｏｎｃ ｉｎｓｔｉｔｕｅｅ ｐｏｕｒ ｌ’ａｖａｎｔａｇｅ ｄｅ ｔｏｕｓ， ｅｔ ｎｏｎ ｐｏｕｒ ｌ’ｕｔｉｌｉｔｅ ｐａｒｔｉｃｕｌｉｅｒｅ ｄｅ ｃｅｕｘ ａｕｘｑｕｅｌｓ ｅｌｌｅ ｅｓｔ ｃｏｎｆｉｅｅ．
Ａｒｔ． １３． Ｐｏｕｒ ｌ’ｅｎｔｒｅｔｉｅｎ ｄｅ ｌａ ｆｏｒｃｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｅｔ ｐｏｕｒ ｌｅｓ ｄｅｐｅｎｓｅｓ ｄ’ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ， ｕｎｅ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｃｏｍｍｕｎｅ ｅｓｔ ｉｎｄｉｓｐｅｎｓａｂｌｅ ： ｅｌｌｅ ｄｏｉｔ ｅｔｒｅ ｅｇａｌｅｍｅｎｔ ｒｅｐａｒｔｉｅ ｅｎｔｒｅ ｔｏｕｓ ｌｅｓ ｃｉｔｏｙｅｎｓ， ｅｎ ｒａｉｓｏｎ ｄｅ ｌｅｕｒｓ ｆａｃｕｌｔｅｓ．
Ａｒｔ． １４． Ｔｏｕｓ ｌｅｓ Ｃｉｔｏｙｅｎｓ ｏｎｔ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｃｏｎｓｔａｔｅｒ， ｐａｒ ｅｕｘ－ｍｅｍｅｓ ｏｕ ｐａｒ ｌｅｕｒｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｎｔｓ， ｌａ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｄｅ ｌａ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｄｅ ｌａ ｃｏｎｓｅｎｔｉｒ ｌｉｂｒｅｍｅｎｔ， ｄ’ｅｎ ｓｕｉｖｒｅ ｌ’ｅｍｐｌｏｉ， ｅｔ ｄ’ｅｎ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｒ ｌａ ｑｕｏｔｉｔｅ， ｌ’ａｓｓｉｅｔｔｅ， ｌｅ ｒｅｃｏｕｖｒｅｍｅｎｔ ｅｔ ｌａ ｄｕｒｅｅ．
Ａｒｔ． １５． Ｌａ Ｓｏｃｉｅｔｅ ａ ｌｅ ｄｒｏｉｔ ｄｅ ｄｅｍａｎｄｅｒ ｃｏｍｐｔｅ ａ ｔｏｕｔ Ａｇｅｎｔ ｐｕｂｌｉｃ ｄｅ ｓｏｎ ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ．
Ａｒｔ． １６． Ｔｏｕｔｅ Ｓｏｃｉｅｔｅ ｄａｎｓ ｌａｑｕｅｌｌｅ ｌａ ｇａｒａｎｔｉｅ ｄｅｓ Ｄｒｏｉｔｓ ｎ’ｅｓｔ ｐａｓ ａｓｓｕｒｅｅ， ｎｉ ｌａ ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ ｄｅｓ Ｐｏｕｖｏｉｒｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｅ， ｎ’ａ ｐｏｉｎｔ ｄｅ Ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ．
Ａｒｔ． １７． Ｌａ ｐｒｏｐｒｉｅｔｅ ｅｔａｎｔ ｕｎ ｄｒｏｉｔ ｉｎｖｉｏｌａｂｌｅ ｅｔ ｓａｃｒｅ， ｎｕｌ ｎｅ ｐｅｕｔ ｅｎ ｅｔｒｅ ｐｒｉｖｅ， ｓｉ ｃｅ ｎ’ｅｓｔ ｌｏｒｓｑｕｅ ｌａ ｎｅｃｅｓｓｉｔｅ ｐｕｂｌｉｑｕｅ， ｌｅｇａｌｅｍｅｎｔ ｃｏｎｓｔａｔｅｅ， ｌ’ｅｘｉｇｅ ｅｖｉｄｅｍｍｅｎｔ， ｅｔ ｓｏｕｓ ｌａ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ ｄ’ｕｎｅ ｊｕｓｔｅ ｅｔ ｐｒｅａｌａｂｌｅ ｉｎｄｅｍｎｉｔｅ．”
【0156】
このテキストファイルは、ＩＳＯ８８５９－１標準物質（一般にＬａｔｉｎ－１と称される）を使用して符号化され、最終的な大きさは５，２５３オクテットである。このファイルを、ＬＺＭＡ（Ｌｅｍｐｅｌ－Ｚｉｖ－Ｍａｒｋｏｖ ｃｈａｉｎ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）で圧縮した。圧縮したファイル（本明細書中以下では２進法で提供される）は、２，２９３オクテットの長さを有する。
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【0157】
この２進法のファイルを、Ｃｈｕｒｃｈ－Ｇａｏ－Ｋｏｓｕｒｉを符号化するスキーム（Ｃｈｕｒｃｈ ｅｔ ａｌ．； ２０１２， Ｓｃｉｅｎｃｅ， Ｖｏｌｕｍｅ ３３７， Ｉｓｓｕｅ ６１０２， ｐｐ１６２８）を使用してヌクレオチドに変換し、ここでＡおよびＣはビット０により表されており、ＴおよびＧはビット１により表されている。各ビット（０または１）に関して、対応するヌクレオチドは、無作為に、２つの可能性のあるヌクレオチドのうちの１つ（０ではＡまたはＣ、１ではＴまたはＧ）に帰結した。結果得られる１８，３４４ヌクレオチドの配列を、３，０００ヌクレオチドの６つのデータブロック（［ＤＢ］）および３４４ヌクレオチドの１つのデータブロックに分けた。次に、各［ＤＢ］は、以下のＤＮＡドライブの仕様に従う生体適合性配列に向けた配列の収束を可能にするために、ランダムヌクレオチド改変サイクルを受けている：制御されたＧ＋Ｃのパーセンテージ（３５％～６５％）、ｍＲＮＡが符号化されていないこと、開始コドンがないこと、６つ全てのリーディングフレームにおいて２００ヌクレオチドあたりの少なくとも１つの終止コドン、酵素ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩに関する制限部位がないこと、ならびに３超の同一のヌクレオチドの反復がないこと。
【0158】
得られたヌクレオチド配列を、表３に表されるようにデータブロック［ＤＢ］（［ＤＢ－１］～［ＤＢ－７］）と呼ぶ。
【0159】
【表3】
【0160】
実際に、各配列を、禁止されたヌクレオチドパターン（たとえば、ＢａｍＨＩ制限部位「ＧＧＡＴＣＣ」の存在など）に関してスキャンし、このパターン内の１つの無作為に選択されたヌクレオチドを、その二進法の均等物に変更した。複数の反復組み合わせの後、最終的に配列は、ＤＮＡドライブの仕様に従う生体適合性配列へと収束した（表３参照）。
【0161】
各［ＤＢ］で、非デジタルデータ符号化ブロック［ＵＰ］および［ＤＯ］を、［ＤＢ］の前および後に付加した。［ＵＰ］および［ＤＯ］ブロックの７つの対の配列を、それぞれ表４および表５に提供する。
【0162】
【表4】
【0163】
【表5】
【0164】
セクターを化学的に合成およびアセンブルして、式Ｉ：５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（ｘ＝７）（配列番号２６）の最終的な配列を得た。この１８，７３２ヌクレオチドの配列を、大腸菌のＤＮＡ配列の操作のため、複製プラスミドに挿入した。
【0165】
このプラスミドを、大腸菌において複製し、抽出し、ＤＮＡシーケンサーを使用してシーケンシングした。実験により得た７つの［ＤＢ］のヌクレオチド配列を、Ｃｈｕｒｃｈ－Ｇａｏ－Ｋｏｓｕｒｉ復号スキーム（Ａ＝Ｃ＝０、Ｇ＝Ｔ＝１）を使用して２進法のファイルに変換し、二進法のファイルは、ＬＺＭＡアルゴリズムで圧縮せず、テキストファイルは、１００％で回収できた。
【0166】
配列番号２６（ＤＮＡドライブの完全な配列）
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【図1】
【図2】
【手続補正書】
【提出日】2022-06-20
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
式（Ｉ）：５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、
［ＤＢ］は、約８ヌクレオチド～約１０６ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表し、
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約０ヌクレオチド～約１０４ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表し、
ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む、少なくとも１つの二本鎖複製性複合核酸分子を含むデジタルデータの保存および／または編集のための装置。
【請求項2】
［ＤＢ］が、約５００ヌクレオチド～約５，０００ヌクレオチドの長さを有するデジタルデータ符号化核酸を表す、請求項１に記載の装置。
【請求項3】
［ＵＰ］および［ＤＯ］は、それぞれが約１０ヌクレオチド～約２００ヌクレオチドの長さを有する、非デジタルデータ符号化核酸の対を表す、請求項１または２に記載の装置。
【請求項4】
前記複合核酸分子が、約５００ヌクレオチド～約１０１１ヌクレオチドの長さを有する、請求項１～３のいずれか１項に記載の装置。
【請求項5】
前記複合核酸分子が、約１０
３
ヌクレオチド～約１０
５
ヌクレオチドの長さを有する、請求項４に記載の装置。
【請求項6】
前記式（Ｉ）の核酸が、約３５％～約６５％のＣ＋Ｇパーセンテージを有する、請求項１～５のいずれか１項に記載の装置。
【請求項7】
前記式（Ｉ）の核酸が、１つ以上のＲＮＡを符号化しない、請求項１～６のいずれか１項に記載の装置。
【請求項8】
前記式（Ｉ）の核酸が、１つ以上のｍＲＮＡを符号化しない、請求項７に記載の装置。
【請求項9】
前記式（Ｉ）の核酸が、１つ以上の開始コドンを含まず、かつ／または６つ全てのリーディングフレームにおいて約２００ヌクレオチドあたり１つ以上の終止コドンを含む、請求項１～８のいずれか１項に記載の装置。
【請求項10】
前記式（Ｉ）の核酸が、ＢａｍＨＩ、ＢｓａＩ、ＢｂｓＩ、ＥｃｏＲＩ、ＦｏｋＩ、およびＩ－ＳｃｅＩからなる群で選択される酵素またはそのアイソシゾマーに関する１つ以上の制限部位を含まない、請求項１～９のいずれか１項に記載の装置。
【請求項11】
前記式（Ｉ）の核酸が、少なくとも４つの同一のヌクレオチドの１つ以上の反復を含まない、請求項１～１０のいずれか１項に記載の装置。
【請求項12】
前記［ＤＢ］核酸の各ヌクレオチドが、１または２ビットのデジタルデータを符号化する、請求項１～１１のいずれか１項に記載の装置。
【請求項13】
前記［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸が、それぞれ、少なくとも１つのバーコード符号化核酸および／または少なくとも１つのメタデータ符号化核酸を含む、請求項１～１２のいずれか１項に記載の装置。
【請求項14】
デジタルデータを保存するための方法であって、ａ）前記デジタルデータに、少なくとも１つの二本鎖のデジタルデータ符号化［ＤＢ］核酸配列（ＳＤＢ）および少なくとも１対の非デジタルデータ符号化［ＵＰ］および［ＤＯ］核酸配列（ＳＵＰ）および（ＳＤＯ）を割り当てるステップと、
ｂ）配列（ＳＵＰ）、（ＳＤＢ）、および（ＳＤＯ）、それぞれから、式（Ｉａ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）－３’（Ｉａ）
の少なくとも１つの核酸を合成するステップと、
ｃ）式（Ｉａ）の１つ以上の核酸をアセンブルして、式（Ｉ）：
５’－（［ＵＰ］－［ＤＢ］－［ＤＯ］）ｘ－３’（Ｉ）
（式中、ｘは、約１～約１０５を表す）
の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子を得るステップと、
ｄ）別個の配列の１～約１０９個の複合核酸分子を含み、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つのプールをストレージセルに保存するステップと
を含む、方法。
【請求項15】
ｅ）ステップｄ）で得たプールを、１つのプール～約１０６のプールを含む少なくとも１つのアレイに構築およびグループ化するステップをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
ステップｅ）が、ステップｄ）で得たプールを、１つのプール～約９６または約３８４のプールを含む少なくとも１つのアレイに構築およびグループ化するステップを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項17】
ステップｃ）で得た複合核酸分子が、プラスミド、コスミド、原核生物の染色体、または真核生物の染色体である、請求項１４～１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項18】
ｃ１）ｉｎ ｖｉｖｏで、ステップｃ）で得た式（Ｉ）の核酸を含む少なくとも１つの複合核酸分子を増幅するステップと、ｃ２）ステップｃ１）で得た増幅された複合核酸分子を抽出および精製するステップと
をさらに含む、請求項１４～１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項19】
ステップｃ１）が、生物によりｉｎ ｖｉｖｏで行われる、請求項１８に記載の方法。
【請求項20】
ステップｃ１）が、微生物によりｉｎ ｖｉｖｏで行われる、請求項１９に記載の方法。
【請求項21】
請求項１～１３のいずれか１項に記載の装置により保存されたおよび／または請求項１４～２０のいずれか１項に記載の方法により保存されたデジタルデータを回収するための方法であって、ａ）式（Ｉ）の核酸を含む二本鎖複製性複合核酸分子に含まれている式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸をシーケンシングして、少なくとも１つの核酸配列（ＳＵＰ－ＳＤＢ－ＳＤＯ）を得るステップと、
ｂ）少なくとも１つの核酸配列（ＳＤＢ）をデジタルデータに変換するステップと
を含み、
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、
方法。
【請求項22】
任意選択で、ステップａ）の前に、式（Ｉａ）の少なくとも１つの核酸を増幅するステップａ０）が行われる、請求項２１に記載の方法。
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
【国際調査報告】