特表 2023-508089 アトピー性皮膚炎を治療する方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-02-28

(54)【発明の名称】アトピー性皮膚炎を治療する方法

(51)【国際特許分類】

   A61K 35/74 20150101AFI20230220BHJP

   A61K 35/742 20150101ALI20230220BHJP

   A61K 35/745 20150101ALI20230220BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20230220BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20230220BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230220BHJP

   C12N 1/20 20060101ALI20230220BHJP

【ＦＩ】

A61K35/74 A

A61K35/742

A61K35/745

A61P17/00

A61P37/08

A61P43/00 121

C12N1/20 E

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022539042

(86)(22)【出願日】2020-12-29

(85)【翻訳文提出日】2022-08-18

(86)【国際出願番号】 IL2020051348

(87)【国際公開番号】W WO2021137222

(87)【国際公開日】2021-07-08

(31)【優先権主張番号】271778

(32)【優先日】2019-12-31

(33)【優先権主張国・地域又は機関】IL

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】521564870

【氏名又は名称】イチロフ テック リミテッド

【氏名又は名称原語表記】ＩＣＨＩＬＯＶ ＴＥＣＨ ＬＴＤ．

【住所又は居所原語表記】６ Ｗｅｉｚｍａｎｎ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｔｅｌ－Ａｖｉｖ， Ｉｓｒａｅｌ

(71)【出願人】

【識別番号】502379147

【氏名又は名称】イェダ リサーチ アンド デベロップメント カンパニー リミテッド

(74)【代理人】

【識別番号】110002952

【氏名又は名称】弁理士法人鷲田国際特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】シーガル エラン

(72)【発明者】

【氏名】マシアー ヤコブ

(72)【発明者】

【氏名】マハルシャク ニトサン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C087

【Ｆターム（参考）】

4B065AA01X

4B065BD11

4B065BD50

4B065CA44

4C087AA01

4C087AA02

4C087BC31

4C087BC45

4C087BC55

4C087BC59

4C087BC68

4C087BC77

4C087CA09

4C087MA02

4C087MA52

4C087MA55

4C087NA05

4C087NA14

4C087ZA89

4C087ZB13

4C087ZC75

(57)【要約】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法を提供する。この方法は、治療有効量の少なくとも２種の細菌を対象に投与することを含む。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の少なくとも２つの種の細菌を対象に投与し、それによってアトピー性皮膚炎を治療することを含み、前記少なくとも２つの種の前記細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、前記細菌は糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない、方法。

【請求項2】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療するために使用する、治療有効量の少なくとも２つの種の細菌であって、前記少なくとも２つの種の前記細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない、細菌。

【請求項3】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の２～１００の種の細菌を対象に投与し、それによってアトピー性皮膚炎を治療することを含み、前記少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、方法。

【請求項4】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤの治療に使用する、治療有効量の２～１００の種の細菌であって、前記少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、細菌。

【請求項5】

治療有効量の２～１００の種の細菌を含む組成物であって、前記少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、組成物。

【請求項6】

前記細菌はPrevotella属、Holdemanella属及び／又はMegasphaera属の細菌である、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法、細菌又は組成物。

【請求項7】

前記細菌は厳密に定義された調製物に含まれる、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項8】

SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1653 Prevotella、又は
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1624 Prevotella
の内の少なくとも１群を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法、細菌又は組成物。

【請求項9】

組成物中の細菌の１０％未満はClostridium属の細菌である、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項10】

組成物中の細菌の１０％未満は、Clostridium absonum、Clostridium argentinense、Clostridium baratii、Clostridium bifermentans、Clostridium botulinum、Clostridium butyricum、Clostridium cadaveris、Clostridium camis、Clostridium celatum、Clostridium chauvoei、Clostridium clostridioforme、Clostridium cochlearium、Clostridium difficile、Clostridium fallax、Clostridium felsineum、Clostridium ghonii、Clostridium glycolicum、Clostridium haemolyticum、Clostridium hastiforme、Clostridium histolyticum、Clostridium indolis、Clostridium innocuum、Clostridium irregulare、Clostridium limosum、Clostridium malenominatum、Clostridium novyi、Clostridium oroticum、Clostridium paraputrificum、Clostridium perfringens、Clostridium piliforme、Clostridium putrefaciens、Clostridium putrificum、Clostridium ramosum、Clostridium sardiniense、Clostridium sartagoforme、Clostridium scindens、Clostridium septicum、Clostridium sordellii、Clostridium sphenoides、Clostridium spiroforme、Clostridium sporogenes、Clostridium subterminale、Clostridium symbiosum、Clostridium tertium、Clostridium tetani、Clostridium welchii及び／又はClostridium villosumの菌種である、請求項１～８のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項11】

前記投与は経口投与を含む、請求項１、８～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

前記投与は局所投与を含む、請求項１、８～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項13】

前記細菌を局所投与用に処方する、請求項８～１０のいずれか一項に記載の細菌又は組成物。

【請求項14】

前記細菌を凍結乾燥又は噴霧乾燥する、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法、細菌又は組成物。

【請求項15】

前記対象は成人対象である、請求項１、４及び８～１３のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項16】

前記対象は３～１８歳である、請求項１、４及び８～１３のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項17】

前記対象はＳＣＯＲＡＤスコアが２５を超える中等度～重度のＡＤを示す、請求項１、４、８～１３、１６及び１６のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項18】

前記治療有効量の細菌によって、前記細菌で治療する前の対象の前記ＳＣＯＡＲＤスコアと比較して、ＳＣＯＲＡＤスコアが少なくとも４０％低下する、請求項１、４及び８～１７のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項19】

前記治療有効量の細菌によって、前記細菌で治療する前の対象の前記ＳＣＯＡＲＤスコアと比較して、ＳＣＯＲＡＤスコアが低下し、前記低下は、前記細菌による第１サイクル治療後に少なくとも１０週間維持される、請求項１、４及び８～１８のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項20】

前記治療有効量の細菌によって、対象の腸における細菌のコロニーが形成される、請求項１、４及び８～１８のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【請求項21】

細菌以外の抗ＡＤ療法で対象を治療することを更に含む、請求項１、４及び８～２０のいずれか一項に記載の方法又は細菌。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本願は、２０１９年１２月３１日出願のイスラエル特許出願第２７１７７８号の優先権を主張するものであり、当該特許出願の全内容を本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する。

【0002】

技術分野
本発明は、その幾つかの実施態様において、アトピー性皮膚炎の治療に関する。

【背景技術】

【0003】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）は、再発寛解型の慢性湿疹性掻痒性皮膚疾患であり、小児で最大２０％、成人で最大１０％が発症する最も一般的な炎症性皮膚疾患の１種である^１。ＡＤの病因は、遺伝的素因、免疫調節不全、主にＴ_Ｈ２／Ｔ_Ｈ２２への免疫偏位（一部Ｔ_Ｈ１とＴ_Ｈ１７の過剰発現）、皮膚バリア機能の欠損、異常な微生物コロニー形成、及び環境因子からなる多因子性である。全ての症例のほぼ２０％が中等度又は重度と見なされ、生活の質に影響を及ぼし、心理的、社会的及び経済的負担を引き起こす^２。

【0004】

最近まで、アトピー性皮膚炎の治療法は、保湿剤や局所治療（主に局所コルチコステロイド、カルシニューリン阻害剤）による乾燥肌ケア、光線療法、及び免疫抑制剤（シクロスポリンＡやメトトレキサート等）で構成されていた^３。デュピルマブは、ＩＬ－４とＩＬ－１３の両方のシグナル伝達を阻害する完全ヒト型モノクローナル抗体であり、中等度から重度のＡＤに対して承認された最初で唯一の標的生物学的治療薬である。ＡＤに関与するサイトカインやサイトカイン受容体下流の細胞間シグナル伝達経路を標的とする他のモノクローナル抗体や小分子（ヤヌスキナーゼ阻害剤）^２も検討されている。

【0005】

ＡＤにおける微生物叢の役割について幾つか研究がなされており、皮膚微生物叢、特にStaphylococcus aureusに重点が置かれている^４、５。しかし、最近のエビデンスでは、おそらく腸内細菌抗原及び代謝産物の免疫調節能や免疫活性化能を通じて、腸－皮膚系の重要性が支持されている^６。衛生仮説によれば、ＡＤと微生物因子への早期暴露との間には逆相関があるとされている^６。乳児期の胃腸炎と生後１年の抗生物質への曝露は、小児におけるＡＤと関連している^７、８。実際、ＡＤ患者において腸内細菌のディスバイオシスが実証されている^９。更に、プロバイオティクスはＡＤの重症度にプラスの影響を与え、腸内微生物叢を変化させ、制御性Ｔ細胞の誘導を伝播させる可能性がある^{１０、１１}。

【0006】

更なる背景技術としては以下のものが挙げられる。
米国特許出願公開第２０１６０３１７６５３号明細書
Zeng et al. Journal of Immunology Research Volume 2019, Article ID 1603758
Craig et al. Vet Med Sci. 2016 May; 2(2): 95-105

【発明の概要】

【0007】

本発明の幾つかの実施形態の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の少なくとも２つの種の細菌を対象に投与し、それによってアトピー性皮膚炎を治療することを含み、少なくとも２つの種の細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、細菌は糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない、方法が提供される。

【0008】

本発明の幾つかの実施形態の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤの治療に使用する、治療有効量の少なくとも２つ種の細菌であって、少なくとも２つ種の細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない、細菌が提供される。

【0009】

本発明の幾つかの実施形態の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の２～１００の種の細菌を対象に投与し、それによってアトピー性皮膚炎を治療することを含み、少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、方法が提供される。

【0010】

本発明の幾つかの実施形態の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤの治療に使用する、治療有効量の２～１００の種の細菌であって、少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、細菌が提供される。

【0011】

本発明の幾つかの実施形態の一様相によれば、治療有効量の２～１００の種の細菌を含む組成物であって、少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される、組成物が提供される。

【0012】

本発明の幾つかの実施形態によれば、細菌はPrevotella属、Holdemanella属及び／又はMegasphaera属の細菌である。

【0013】

本発明の幾つかの実施形態によれば、細菌は厳密に定義された調製物に含まれる。

【0014】

本発明の幾つかの実施形態によれば、細菌は、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1653 Prevotella、又は
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1624 Prevotella
の内の少なくとも１群を含む。

【0015】

本発明の幾つかの実施形態によれば、組成物中の細菌の１０％未満はClostridium属の細菌である。

【0016】

本発明の幾つかの実施形態によれば、組成物中の細菌の１０％未満はClostridium absonum、Clostridium argentinense、Clostridium baratii、Clostridium bifermentans、Clostridium botulinum、Clostridium butyricum、Clostridium cadaveris、Clostridium camis、Clostridium celatum、Clostridium chauvoei、Clostridium clostridioforme、Clostridium cochlearium、Clostridium difficile、Clostridium fallax、Clostridium felsineum、Clostridium ghonii、Clostridium glycolicum、Clostridium haemolyticum、Clostridium hastiforme、Clostridium histolyticum、Clostridium indolis、Clostridium innocuum、Clostridium irregulare、Clostridium limosum、Clostridium malenominatum、Clostridium novyi、Clostridium oroticum、Clostridium paraputrificum、Clostridium perfringens、Clostridium piliforme、Clostridium putrefaciens、Clostridium putrificum、Clostridium ramosum、Clostridium sardiniense、Clostridium sartagoforme、Clostridium scindens、Clostridium septicum、Clostridium sordellii、Clostridium sphenoides、Clostridium spiroforme、Clostridium sporogenes、Clostridium subterminale、Clostridium symbiosum、Clostridium tertium、Clostridium tetani、Clostridium welchii及び／又はClostridium villosumの菌種である。

【0017】

本発明の幾つかの実施形態によれば、投与は経口投与を含む。

【0018】

本発明の幾つかの実施形態によれば、投与は局所投与を含む。

【0019】

本発明の幾つかの実施形態によれば、細菌を局所投与用に処方する。

【0020】

本発明の幾つかの実施形態によれば、細菌を凍結乾燥又は噴霧乾燥する。

【0021】

本発明の幾つかの実施形態によれば、対象は成人対象である。

【0022】

本発明の幾つかの実施形態によれば、対象は３～１８歳である。

【0023】

本発明の幾つかの実施形態によれば、対象はＳＣＯＲＡＤスコアが２５を超える中等度～重度のＡＤを示す。

【0024】

本発明の幾つかの実施形態によれば、治療有効量の細菌によって、細菌で治療する前の対象のＳＣＯＡＲＤスコアと比較して、ＳＣＯＲＡＤスコアが少なくとも４０％低下する。

【0025】

本発明の幾つかの実施形態によれば、治療有効量の細菌によって、細菌で治療する前の対象のＳＣＯＡＲＤスコアと比較して、ＳＣＯＲＡＤスコアが低下し、その低下は、細菌による第１サイクル治療後少なくとも１０週間維持される。

【0026】

本発明の幾つかの実施形態によれば、治療有効量の細菌によって、対象の腸における細菌のコロニーが形成される。

【0027】

本発明の幾つかの実施形態によれば、この方法は、細菌以外の抗ＡＤ療法で対象を治療することを更に含む。

【0028】

特に定義しない限り、本明細書で使用する全ての技術及び／又は科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと同様の又は等価な方法及び材料を、本発明の実施形態の実践又は試験に使用することができるが、例示的な方法及び／又は材料を下に記載する。矛盾する場合、定義を含む特許明細書が優先する。加えて、材料、方法、及び実施例は単なる例示であり、必ずしも限定を意図するものではない。

【0029】

本発明の幾つかの実施形態について、その例示のみを目的として添付の図面を参照して本明細書に記載する。以下、特に図面を詳細に参照して示す細部は、例示を目的とし、また本発明の実施形態の詳細な説明を目的とすることを強調する。同様に、図面と共に説明を見ることで、本発明の実施形態をどのように実践し得るかが当業者には明らかとなる。

【図面の簡単な説明】

【0030】

【図1】本発明の幾つかの実施形態に係る研究デザインを示すスキームである。

【図2-1】（Ａ）：種ごとの菌株レベルの非類似度。箱ひげ図は２つの健常者参照集団由来の異なる個体間の非類似度を表す。箱の両端は２５分位数と７５分位数を表し、ひげは５分位数と９５分位数を表す。ドットはＦＭＴ後の患者試料と各ドナー試料との非類似度であり、患者ごとに色分けされている。非類似度は下から検出閾値（５ｅ－５、破線）まで切り取られている。

【図2-2】（Ｂ）：種ごとに検出された伝播イベントの数であり、患者ごとに色分けされている。（Ｃ）：種－ドナー伝播表。最上行は、上記ドナー、「主ドナー（第二ドナー）」の供与を受けた患者ごとの伝播種数をまとめたものである。

【図3】患者のＳＣＯＲＡＤの研究期間中の変化を示すグラフである。黒線は適格な患者（患者６を除く）の平均ＳＣＯＲＡＤを示す。縦線はプラセボ治療とＦＭＴを示す。

【図4】長期経過観察患者２及び１１のＳＣＯＲＡＤの経時的変化を示すグラフである。縦線はプラセボ治療とＦＭＴを示す。

【図5】図５の（Ａ）～（Ｂ）は、ＦＭＴ後の患者の腸内細菌株の変化を示す。（Ａ）：ベースラインと比較した患者１１の試料の細菌株におけるＦＭＴ後の経時的な非類似度。灰色線は異なる種を表し（左軸）、黒線は平均非類似度（右軸）を表す。縦線はプラセボ治療とＦＭＴを示す。非類似度は下から検出閾値（５ｅ－５、灰色の横破線）まで切り取られている。（Ｂ）：（Ａ）と同様であるが、患者１１の試料の細菌株と、患者１１のＦＭＴに糞便を使用したドナー１の試料とを比較した場合である。

【図6】患者の試料がＦＭＴ後にドナー試料と同様になることを示す。ＦＭＴ前とＦＭＴ後に得られる患者の試料（Ｎ＝８）とドナーの試料（Ｎ＝３）の試料非類似度マトリックスに基づくｔ－ＳＮＥ（ｔ分布型確率的近傍埋め込み法）解析によって、患者の試料がドナーのクラスターにシフトしていることが分かる。矢印は、ベースライン試料（正方形マーカー）からプラセボ試料（菱形マーカー）を経由してＦＭＴ後の試料（円形マーカー）至る経路を示す。カラースケールは患者の主ドナーとマッチする。塗りつぶされていない楕円にはドナーの試料が含まれ、塗りつぶされた楕円には患者のＦＭＴ後の試料が含まれる。

【図7】ＦＭＴ後の、臨床的改善と、患者とドナーの細菌株における類似度との相関を示すグラフである。ドットは個々の患者試料に対応し、ドナーとの非類似度（ｘ軸）と試料採取時のベースラインからのＳＣＯＲＡＤスコアの低下（ｙ軸）によってプロットされている。矢印は、プラセボ試料（菱形マーカー）からＦＭＴ後の試料までの経路を示す。楕円はこれらを含む。

【図8】ＦＭＴカプセルに使用したドナーの糞便試料と、研究期間中に患者から採取した糞便試料の内、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑを用いたシーケンシングによってメタゲノム・リードとした糞便試料を示す表である。

【発明を実施するための形態】

【0031】

本発明は、その幾つかの実施態様において、アトピー性皮膚炎の治療に関する。

【0032】

本発明の少なくとも１つの実施形態を詳細に説明する前に、本発明は、必ずしもその用途が、以下の記載に示すか又は実施例で例示する詳細に限定されるものではないことを理解するべきである。本発明は、他の実施形態が可能であり、また、様々な手段で実施又は実行することが可能である。

【0033】

アトピー性皮膚炎（ＡＤ）は、小児で２０％超、成人で最大１０％が発症する再発寛解型の慢性湿疹性掻痒性皮膚疾患である。これは、遺伝的因子、免疫学的因子、表皮機能障害、及び環境因子の影響を受ける多因子性疾患である。

【0034】

本発明者らは、本発明の実施形態を考案する一方で、ＡＤの治療に使用することができる腸内マイクロバイオーム由来の細菌種を特定することを目指した。

【0035】

本発明者らは、中等度～重度のアトピー性皮膚炎を有し、局所及び全身治療に十分に反応しない成人患者１０名を対象に、前向き単盲検プラセボ対照クロスオーバーパイロット研究を行った。全患者にプラセボ糞便移植を２回行った後、健康なドナー由来のＦＭＴを２週間間隔で４回行った。研究開始時、毎回のＦＭＴ前、最後のＦＭＴから１～８カ月後に、ＡＤの重症度と糞便マイクロバイオームプロファイルをスコアリングアトピー性皮膚炎スコア（ＳＣＯＲＡＤスコア）によって評価した。この研究の結果から、２回のプラセボ移植後、ＡＤの重症度に有意な変化がなかったことが分かる（ＳＣＯＲＡＤ増強２．５％±２２．１％、ウィルコクソンＰ＞０．８５）。全４回のＦＭＴ投与の２週間後に、ＳＣＯＲＡＤスコアが有意に低下した（５９．２％±３４．９％、ウィルコクソンＰ＜０．０２）。介入期間と経過観察期間中の最大スコア低下率は更に高かった（８４％±７％、ウィルコクソンＰ＜０．００８）。患者とドナーの糞便微生物叢のメタゲノム分析によって、ドナーから患者への細菌株の伝播が示され、幾つかのドナー株は複数の患者に伝播し、Prevotella属が顕著であった。研究期間中及び経過観察期間中に有害イベントは記録されなかった。

【0036】

従って、ＦＭＴは、中等症～重症に苦しむ対象等のＡＤに対する治療的介入として安全且つ有効であることが示唆される。

【0037】

従って、本発明の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の少なくとも２つの種の細菌を対象に投与し、それによってアトピー性皮膚炎を治療することを含み、前記少なくとも２つの種の前記細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、前記細菌は糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない方法が提供される。

【0038】

本発明の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤの治療に使用する、治療有効量の少なくとも２つの種の細菌であって、前記少なくとも２つの種の前記細菌は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）に含まれるものではない、細菌が提供される。

【0039】

本発明の一様相によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤを治療する方法であって、治療有効量の２～１００の種の細菌を対象に投与することを含み、それによってアトピー性皮膚炎を治療する方法において、少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される方法が提供される。

【0040】

更なる又は別の実施形態によれば、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療を必要とする対象においてＡＤの治療に使用する、治療有効量の２～１００の種の細菌であって、前記少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される細菌が提供される。

【0041】

更なる又は別の実施形態によれば、治療有効量の２～１００の種の細菌を含む組成物であって、少なくとも２つの種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択される組成物が提供される。

【0042】

本発明の一実施形態によれば、細菌はPrevotella属、Holdemanella属及び／又はMegasphaera属の細菌である。

【0043】

本発明の一実施形態によれば、細菌は厳密に定義された調製物に含まれる。

【0044】

本発明の一実施形態によれば、細菌は、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1653 Prevotella、又は
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1624 Prevotella
の内の少なくとも１群を含む。

【0045】

本発明の一実施形態によれば、投与する細菌の少なくとも２０％、３０％又は４０％がPrevotella属であり、Prevotella富化組成物とも称される。

【0046】

治療の改善は、直接的又は間接的に糞便物質に由来する細菌に関連する場合がある。

【0047】

「糞便物質から直接単離された」細菌は、糞便物質（本明細書では「ＦＭＴ」とも称される）を入手した後に、集団の複製をもたらす、又はもたらすことを意図した培養や他のプロセスから生じたものではない。

【0048】

特定の実施形態によれば、細菌は厳密に定義された調製物に含まれる。

【0049】

本明細書で使用される「厳密に定義された」とは、微生物の同一性が先験的に知られている細菌培養物を意味する。ある程度の汚染はあるかもしれないが、これは通常、微生物集団の１０％を超えることはなく、残りの少なくとも９０％の微生物が、厳密に定義された調製物に含まれていることが投与前に知られている。

【0050】

本明細書で使用する用語「アトピー性皮膚炎」又は「ＡＤ」は、激しい掻痒（例えば、重度の痒み）、乾皮症（例えば、異常な乾燥肌）、紅斑性痂皮発疹、苔癬化、皮膚バリアの障害や鱗状及び乾燥性湿疹性病変によって特徴付けられる慢性再発寛解型の炎症性皮膚障害を意味する。

【0051】

アトピー性皮膚炎としては、表皮バリア機能障害、アレルギー（例えば、特定の食品、花粉、カビ、イエダニ、動物等に対するアレルギー）、放射線被曝、及び／又は喘息に起因又は関連するＡＤが挙げられるが、これらに限定されない。多くの場合、慢性ＡＤ病変としては、皮膚の肥厚斑、苔癬化及び線維性丘疹が挙げられる。

【0052】

本明細書で使用される「対象」という用語は哺乳動物を意味する。哺乳動物としては、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウマ）、霊長類（例えば、ヒトやサル等の非ヒト霊長類）、ウサギ、及びげっ歯動物（例えば、マウスやラット）が挙げられるが、これらに限定されない。ある実施形態では、対象はヒトである。幾つかの実施形態では、本明細書における「個体」又は「患者」又は「対象」は、アトピー性皮膚炎を経験しているか又は経験したことのある、治療に的確な全てのヒトの単一対象である。

【0053】

特定の実施形態によれば、ヒト対象は成人、即ち、１８歳以上、例えば、２０歳、２５歳、３０歳、３５歳、４０歳、４５歳、５０歳、５５歳又は６０歳を超える。対象は、６５歳、７０歳、７５歳又は８０歳を超える対象等の高齢者であってもよい。

【0054】

他の特定の実施形態によれば、ヒト対象は小児、即ち、１８歳未満（例えば、２～１２歳、１２～１８歳、２～１１歳、１２～１８歳、２～４歳、２～６歳、６～１２歳、１２～１８歳、１～４歳、５～８歳、９～１５歳）である。

【0055】

幾つかの実施形態では、対象は小児、例えば、１１歳、１０歳、９歳、８歳、７歳、６歳、５歳、４歳、３歳、２歳又は１歳以下の対象である。対象は乳児、例えば、１歳未満の対象とすることもできる。

【0056】

対象は免疫無防備状態であってもよく、インタクトな免疫系（免疫適格性）を有していてもよい。

【0057】

対象の治療は、本発明の幾つかの実施形態に係る治療の前に、ＡＤ用の様々な従来型又は非従来型の薬物／治療で行うことができ、その一部を以下に詳述する。

【0058】

或いは、対象は未治療の対象（例えば、本発明の幾つかの実施形態に係る治療の開始前の少なくとも最後の６～１２ヶ月間）とすることができ、そのような対象を「ナイーブ」とも称する。

【0059】

アトピー性皮膚炎は「ハニフィン／ライカ基準」を用いて診断することができる。ハニフィン／ライカ診断基準はActa Derm Venereol (Stockh) 1980; Suppl 92:44-7に記載されている。患者のアトピー性皮膚炎の診断を確立するためには、少なくとも３種の「基本的特徴」と以下に記載の３種以上の「軽微な特徴」があることが必要である。基本的な特徴としては、掻痒、屈曲性苔癬化や直線性等の典型的な形態や分布、慢性又は慢性再発性の皮膚炎、及び喘息、アレルギー性鼻炎、アトピー性皮膚炎等のアトピーの個人又は家族歴が挙げられる。軽微な特徴としては、乾皮症、魚鱗癬、手掌過直線性、又は毛孔性角化症、即時型（１型）皮膚試験反応性、血清ＩｇＥ上昇、発症の早期、皮膚感染症（特に、Staph. aureus及び単純ヘルペス）の傾向、細胞媒介免疫の低下、非特異的手足皮膚炎の傾向、乳頭湿疹、口唇炎、再発性結膜炎、デニー・モーガン眼窩下襞、円錐角膜、前嚢下白内障、眼窩黒化、顔面蒼白／顔面紅斑、白色粃糠疹、前頚部襞、及び発汗時の痒みが挙げられる。更なる軽微な基準としては、羊毛や脂質溶媒に対する不耐性、毛包周囲の強調、食物不耐性、環境や感情的要因の影響を受ける過程、及び白い皮膚描画症/遅延白化が挙げられる。

【0060】

アトピー性皮膚炎の重症度は、Rajka G and Langeland T, Acta Derm Venereol (Stockh) 1989; 144(Suppl):13-4に記載のように、「ライカ／ランゲランド基準」によって判断することができる。３種の疾患重症度評価カテゴリー：Ｉ）関与する身体領域の範囲、ＩＩ）経過、例えば、１年間に３ヶ月超又は３ヶ月未満又は継続的な経過、及びＩＩＩ）軽度の痒みから重度の痒みまで、通常夜間の睡眠を妨げるような強度について１～３のスコアで評価する。スコアが１．５又は２．５も許容される。総合的な疾患重症度は、３種の疾患評価カテゴリーからの個々のスコアの合計で決定し、重症度はこれらのスコアの合計によって決定し、そのスコアの合計が３～４を軽症、４．５～７．５を中等症、８～９を重症と定義する。

【0061】

「アトピー性皮膚炎疾患重症度評価基準」又は「ＡＤＤＳＯＭ」という用語は、アトピー性皮膚炎に関連し、定量的又は定性的に評価できる特定の徴候、症状、特徴又はパラメータの決定を意味する。ＡＤＤＳＯＭの例としては、「湿疹面積及び重症度指数」（ＥＡＳＴ）、「アトピー性皮膚炎の重症度スコアリング」（ＳＣＯＲＡＤ）、「治験責任医師による全体的評価」（ＩＧＡ）、「治験責任医師による徴候の全体的評価」（ＩＧＳＡ）、ライカ／ランゲランドアトピー性皮膚炎重症度スコアが挙げられるが、これらに限定されず、患者報告結果としては、掻痒視覚アナログスケール（ＳＣＯＲＡＤの一部として評価される疾患重症度の一側面）、不眠視覚アナログスケール（ＳＣＯＲＡＤの一部として評価される疾患重症度の一側面）、アトピー性皮膚炎症状日記（ＡＤＳＤ）、アトピー性皮膚炎影響アンケート（ＡＤＩＱ）、皮膚科生活品質指数（ＤＬＱＩ）（Finlay and Khan, Clin Exper Dermatol 1994; 19. 210）及び５－Ｄ痒みスケール（Elman et al., Br J Dermatol 2010; 162(3):587-593）が挙げられるが、これらに限定されない。

【0062】

「湿疹面積及び重症度指数」又は「ＥＡＳＴ」は、ＡＤの重症度と程度を評価するために臨床現場で使用される有効な尺度である（Hanifin et al., Exp Dermatol 2001; 10:11-18）。身体の４つの部位：頭頸部（Ｈ＆Ｎ）、上肢（ＵＬ：外腋窩と手を含む）、体幹（内腋窩と鼠径部を含む）、下肢（ＬＬ：臀部と足）について臨床医や他の医療専門家が評価する。各身体領域について、罹患体表面積（ＢＳＡ）を評価し、罹患ＢＳＡの割合（０％～１００％）について０～６（又は必要に応じて０～７、０は発疹なし）のスコアを割り当て、紅斑、硬結・丘疹、擦過傷、苔癬化の４種の臨床症状の各々について、各領域の平均重症度（０～３：なし、軽度、中等度、重度）を半段階で個別に判定する。各身体領域に０～１２の合計スコアを割り当て、個々の臨床徴候スコア（最大＝１２）×患部スコア（最大＝６）×身体領域インデックス（Ｈ＆Ｎ－０．１、ＵＬ－０．２、体幹－０．３、ＬＬ－０．４）の合計に基づいて全身領域スコアを割り当てる。総スコア（０～７２）は、４個の身体領域スコアの各々の総スコアの合計に基づいて割り当てる。

【0063】

「治験責任医師による全体的評価」又は「ＩＧＡ」は、ＡＤの重症度と治療に対する臨床反応を５段階で判断するために臨床現場で使用される評価尺度である。スコア０（無症状）は、アトピー性皮膚炎の炎症徴候がないことを意味し、スコア１（ほぼ無症状）は、紅斑と丘疹・硬結が認められる程度であることを意味する。スコア２、３又は４（軽度、中等度、重度）は、紅斑、丘疹・硬結、滲出及び痂皮の重症度に基づく。「治験責任医師による徴候の全体的評価」又は「ＩＧＳＡ」では、紅斑、浮腫、苔癬化したプラーク又は丘疹、及び発疹の評価に基づいて、無症状から重度までの範囲の病変評価グレードを使用する。また、評価した病変のグレードは、皮膚病変の範囲や位置に基づいて、グレードを上げたり下げたりする場合がある。

【0064】

「アトピー性皮膚炎の重症度スコアリング」又は「ＳＣＯＲＡＤ」は、アトピー性皮膚炎に関する欧州タスクフォースによって開発されたＡＤの重症度の臨床評価である（コンセンサス・レポート、Dermatology 1993; 186:23-31）。疾患重症度の３側面をスコア化する。（ｉ）炎症の影響を受けた身体領域の範囲を０～１００のスコアで評価し、全体の総スコアで「Ａ」として割り当てる。（ｉｉ）６種の臨床症状（紅斑、浮腫／丘疹、滲出／痂皮、擦過傷、苔癬化及び乾燥）の強度を、重症度に応じて各々０～３のスコア（無し、軽度、中等度、重度）で、総スコアを０～１８の範囲とし、全体の総スコアで「Ｂ」として割り当てる。（ｉｉｉ）患者報告結果を使用する２つの主観的尺度、即ち、掻痒視覚アナログスコア（０［痒みなし］～１０［考えられる最悪の痒み］の範囲）と不眠視覚アナログスコア（０［不眠なし］～１０［考えられる最悪の不眠］の範囲）について、各々直近３日間の日中又は夜間の平均を取り、全体の総スコアで「Ｃ」として割り当てる。全体の総スコア（０～１０３）は、Ａ／５＋（７Ｂ／２）＋Ｃの式に従って決定する。

【0065】

ＳＣＯＲＡＤによれば、軽度は通常２５未満と定義され、中程度は通常２５～５０と定義され、重度は通常５０超と定義される。

【0066】

「種」は、細菌種の描写に適した方法を提供するコアゲノム系統発生解析とＡＮＩの組み合わせによって定義することができ、これによって細菌種は、少なくとも９５％のペアワイズＡＮＩを示すゲノムを持つ分離菌の単系統群として定義される。

【0067】

細菌種の数に言及する場合、それは異なる細菌種を意味する。

【0068】

組成物は他の微生物、例えば、酵母、真菌等を含むことができる。

【0069】

本発明のこの様相の組成物は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９又は２０の異なる細菌種を含むことができる。

【0070】

特定の実施形態によれば、本方法及び／又は組成物は、２～１００、２～５０、２～４０、２～３０の異なる細菌種、例えば、２～５０、２～４０、２～３０、２～２０、２～１８、２～１５、２～１２、２～１０、２～８、２～５、２～４、２～３、３～２０、３～１８、３～１５、３～１２、３～１０、３～８、３～５、３～４、４～２０、４～１８、４～１５、４～１２、４～１０、４～８、４～５、５～２０、５～１８、５～１５、５～１２、５～１０、５～８、６～２０、６～１８、６～１５、６～１２、６～１０、６～８、７～２０、７～１８、７～１５、７～１２、７～１０、７～８、８～２０、８～１８、８～１５、８～１２、８～１０、９～２０、９～１８、９～１５、９～１２、９～１０、１０～２０、１０～１８、１０～１５、１０～１２、１１～１２、１２～１５、１２～１８、１２～２０、１４～１６、１４～１８、１４～２０又は１５～２０、１０～５０、１２～５０、１４～５０、１６～５０、１８～５０、２０～５０、２５～５０、３０～５０、３５～５０又は４０～５０、１０～４０、１２～４０、１４～４０、１６～４０、１８～４０、２０～４０、２５～４０、３０～４０、３５～４０、１０～３０、１２～３０、１４～３０、１６～３０、１８～３０、２０～３０、２５～３０の細菌種を利用する。

【0071】

一実施形態では、細菌は、組成物（例えば、全ての菌株が単一の組成物に組み合わされる１個の組成物、又はそれ以上の組成物、即ち、少なくとも幾つかの菌株が異なる組成物で提供される）で提供され、それによって、幾つかの実施形態によれば、組成物はプロバイオティック組成物である。

【0072】

本明細書で使用される「プロバイオティック組成物」という語句は、生きた微生物を含む組成物を意味し、適切な量で投与されると、宿主に健康上の利益を与える。プロバイオティクスは通常、投与時には生きており、インビボ試験に基づく生存率と再現性を有し、使用中や保管中でも生きている。

【0073】

一実施形態では、組成物の細菌の少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％が生存可能である。

【0074】

本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明は、次の種：SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisの内の、少なくとも２つを用いた治療、又は少なくとも２つを含む組成物を企図する。

【0075】

本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明は、次の種：SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisの内の、少なくとも３つを用いた治療、又は少なくとも３つを含む組成物を企図する。

【0076】

本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明は、次の種：SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisの内の少なくとも４つを用いた治療、又は少なくとも４つ種を含む組成物を企図する。

【0077】

本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明は、次の種：SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisの内の、少なくとも５つを用いた治療、又は少なくとも５つを含む組成物を企図する。

【0078】

本発明の幾つかの実施形態によれば、本発明は、次の種：SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisの全てを用いた治療、又は全てを含む組成物を企図する。

【0079】

一実施形態では、組成物は、３以下、４以下、５以下、６以下、７以下、８以下、９以下、１０以下の細菌種を含む。

【0080】

一実施形態では、企図される組成物中の細菌の少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又は９９％はPrevotella属の細菌である。

【0081】

一実施形態では、組成物中の細菌の少なくとも３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％又は７０％は次の種である、即ち、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1653 Prevotella、又は
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1624 Prevotella
の内の少なくとも１群である。

【0082】

一実施形態では、組成物中の細菌の少なくとも０．５％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％は次の種である、即ち、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1653 Prevotella、又は
SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1624 Prevotella
の内の少なくとも１群である。

【0083】

特定の実施形態によれば、本明細書に記載の治療薬及び／又は組成物はClostridium属の細菌を２０％未満、１０％未満、８％未満、５％未満又は１％未満含む。

【0084】

特定の実施形態によれば、本明細書に記載の治療薬及び／又は組成物は次の細菌種、Clostridium absonum、Clostridium argentinense、Clostridium baratii、Clostridium bifermentans、Clostridium botulinum、Clostridium butyricum、Clostridium cadaveris、Clostridium camis、Clostridium celatum、Clostridium chauvoei、Clostridium clostridioforme、Clostridium cochlearium、Clostridium difficile、Clostridium fallax、Clostridium felsineum、Clostridium ghonii、Clostridium glycolicum、Clostridium haemolyticum、Clostridium hastiforme、Clostridium histolyticum、Clostridium indolis、Clostridium innocuum、Clostridium irregulare、Clostridium limosum、Clostridium malenominatum、Clostridium novyi、Clostridium oroticum、Clostridium paraputrificum、Clostridium perfringens、Clostridium piliforme、Clostridium putrefaciens、Clostridium putrificum、Clostridium ramosum、Clostridium sardiniense、Clostridium sartagoforme、Clostridium scindens、Clostridium septicum、Clostridium sordellii、Clostridium sphenoides、Clostridium spiroforme、Clostridium sporogenes、Clostridium subterminale、Clostridium symbiosum、Clostridium tertium、Clostridium tetani、Clostridium welchii及び／又はClostridium villosumを２０％未満、１０％未満、８％未満、５％未満又は１％未満含む。

【0085】

本発明の組成物はｐＨ調整することができる。投与しやすいように単一の投与単位に包装してもよく、細菌種ごとに複数の投与単位に包装してもよい。

【0086】

幾つかの実施形態では、細菌又はそれを含む組成物は、使用直前に再懸濁させるために凍結乾燥又は噴霧乾燥し、冷凍又は滅菌容器で保存することができる。細菌組成物は、滅菌水、弱酸性溶液、ゲル、又は緩衝液で再懸濁させることができる。

【0087】

対象は、細菌組成物による治療の前に抗生物質で治療することができる。抗生物質は、少なくとも２日間、少なくとも３日間、少なくとも４日間、少なくとも５日間、少なくとも６日間、少なくとも７日間又はそれ以上に亘って提供することができる。

【0088】

更に他の実施形態では、本明細書に記載の細菌を医薬品又は医薬組成物に配合する。医薬組成物は、本明細書に記載の治療有効量の細菌（例えば、組成物）と、通常は１種以上の薬学的に許容される担体又は賦形剤（これらについては後述する）を含む。

【0089】

幾つかの実施形態では、医薬組成物は、経口、局所、経鼻、呼吸器、非経口、腹腔内、静脈内、動脈内、経皮、舌下、筋肉内、直腸、経頬、眼内、皮下、脂肪内、関節内又は髄腔内投与用である。本開示は、幾つかの実施形態において、粉末化、錠剤化、カプセル化（例えば１層以上、例えば２層以上）又は経口投与用に処方される、本明細書に記載の細菌の製剤を企図する。

【0090】

また、本発明の細菌は、カカオバターや他のグリセリド等の従来の坐剤基剤を含む坐剤や停留浣腸等の直腸用組成物に処方することもできる。

【0091】

本組成物は、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）によって定義されるように、医薬組成物、栄養補助食品組成物（例えば、栄養補助食品）又は食品や飲料添加物として提供することができる。上述の組成物の剤形は特に限定されない。例えば、液体溶液、懸濁液、乳濁液、錠剤、丸薬、カプセル、徐放性製剤、粉末、坐剤、リポソーム、微粒子、マイクロカプセル、無菌等張水性緩衝液、浣腸、坐剤等は全て、適切な剤形として企図されている。

【0092】

組成物は通常、１種以上の適切な希釈剤、充填剤、塩、崩壊剤、結合剤、潤滑剤、滑沢剤、湿潤剤、制御放出マトリックス、着色料、香料、担体、賦形剤、緩衝剤、安定剤、可溶化剤、市販アジュバント、及び／又は当技術分野で知られている他の添加剤を含む。

【0093】

医薬媒体、賦形剤又は培地として機能する、薬学的に許容される（即ち、当技術分野で知られているような無菌且つ許容される非毒性の）液体、半固体又は固体希釈剤のいずれかを使用することができる。希釈剤の例としては、ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、鉱油、カカオバター、及びテオブロマ油、メチル及びプロピルヒドロキシベンゾエート、タルク、アルギネート、炭水化物、特にマンニトール、α－ラクトース、無水ラクトース、セルロース、スクロース、デキストロース、ソルビトール、変性デキストラン、アカシアガム、及びデンプンが挙げられるが、これらに限定されない。

【0094】

薬学的に許容される充填剤としては、例えば、ラクトース、微結晶性セルロース、リン酸二カルシウム、リン酸三カルシウム、硫酸カルシウム、デキストロース、マンニトール、及び／又はスクロースを挙げることができる。三リン酸カルシウム、炭酸マグネシウム、及び塩化ナトリウム等の塩を医薬組成物の充填剤として使用することもできる。

【0095】

結合剤を使用して、組成物を一緒に保持して硬い錠剤を形成することができる。結合剤の例としては、アカシア、トラガカント、デンプン及びゼラチン等の有機製品由来の材料が挙げられる。他の適切な結合剤としては、メチルセルロース（ＭＣ）、エチルセルロース（ＥＣ）及びカルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）が挙げられる。

【0096】

幾つかの実施形態では、富化食品は、身体に吸収可能な天然物の吸収を増加させるように作用するバイオアベイラビリティエンハンサーを更に含む。バイオアベイラビリティエンハンサーは、天然化合物又は合成化合物とすることができる。一実施形態では、本明細書に記載の組成物を含む富化食品は、生物活性天然物のバイオアベイラビリティを増強するために、１種以上のバイオアベイラビリティエンハンサーを更に含む。

【0097】

天然のバイオアベイラビリティエンハンサーとしては、ショウガ、キャラウェー抽出物、コショウ抽出物及びキトサンが挙げられる。ショウガの活性化合物としては、６－ジンゲロールと６－ショウガオールが挙げられる。キャラウェー油は、バイオアベイラビリティエンハンサーとして使用することもできる（米国特許出願公開第２００３／０２２８３８号明細書）。ピペリンはコショウ（Piper nigrum又はPiper longum）に由来する化合物であり、バイオアベイラビリティエンハンサーとして作用する（米国特許第５，７４４，１６１号明細書を参照）。ピペリンはＢｉｏｐｅｒｉｎｅ（登録商標）（ニュージャージー州、ピスカタウェイ、Ｓａｂｉｎｓａ Ｃｏｒｐ）という商品名で市販されている。幾つかの実施形態では、天然のバイオアベイラビリティエンハンサーは、富化食品の総重量に対し約０．０２重量％～約０．６重量％の量で存在する。

【0098】

適切な合成バイオアベイラビリティエンハンサーの例としては、Ｇｅｌｕｃｉｒｅ（登録商標）、Ｌａｂｒａｆｉｌ（登録商標）、Ｌａｂｒａｓｏｌ（登録商標）、Ｌａｕｒｏｇｌｙｃｏｌ（登録商標）、Ｐｌｅｕｒｏｌ Ｏｌｅｉｑｕｅ（登録商標）（ニュージャージー州、パラマス、Ｇａｔｔｅｆｏｓｓｅ Ｃｏｒｐ．）及びＣａｐｍｕｌ（登録商標）（オハイオ州、コロンバス、Ａｂｉｔｅｃ Ｃｏｒｐ．）の商品名で市販されているようなＰＥＧエステルで構成される界面活性剤等の界面活性剤が挙げられるが、これらに限定されない。

【0099】

組成物の量及び投与レジメンは、投与の目的と症状の重症度に関連する種々の因子、例えば、ヒト又は動物の年齢、性別、体重、ホルモンレベル、又はヒト又は動物の他の栄養必要量に基づく。症状の悪化を防ぎ、必要に応じて対象を寛解の段階に保つために、反復投与も企図されている。

【0100】

通常のレジメンは、本組成物の複数回投与を含むことができる。一実施形態では、１日１回、１週間に３回、１週間に２回、１週間に１回、２週間に１回、１ヶ月に１回、２ヶ月に１回、組成物を投与する。組成物はいつでも個体に投与することができる。幾つかの実施形態では、組成物の投与は、食物摂取と同時に、又は食物摂取前又は食物摂取中に行う。

【0101】

特定の実施形態によれば、細菌を局所投与によって提供する。このような組成物は薬学的に許容される担体を含み、必要に応じて追加の化合物を含む。幾つかの実施形態では、医薬組成物は、最終製品を製造するために追加の活性材料及び／又は不活性材料を含み、これは単回投与単位又は複数回投与形式とすることができる。

【0102】

幾つかの実施形態では、医薬組成物は、緩衝剤、防腐剤、安定剤、結合剤、圧縮剤、潤滑剤、分散促進剤及び／又は着色剤の内の１種以上を含むことができる。適切な緩衝剤の非限定的な例としては、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム、炭酸カルシウム、及び重炭酸カルシウムが挙げられる。適切な防腐剤の非限定的な例としては、α－トコフェロールやアスコルビン酸塩等の抗酸化剤、パラベン、クロロブタノール、及びフェノールが挙げられる。適切な結合剤の非限定的な例としては、スクロース、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ_１２～Ｃ_１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖類、オリゴ糖及びそれらの組合せが挙げられる。適切な潤滑剤の非限定的な例としては、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、水素化植物油、ステロテックス、ポリオキシエチレンモノステアレート、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、及び軽質鉱油が挙げられる。ｐＨ緩衝剤を使用して組成物の水性成分に溶解する場合、ｐＨを５～７の範囲（例えば、約ｐＨ５．５）とすることができる。

【0103】

医薬組成物は、細菌の増殖を維持する目的等で他の成分を含むことができる。幾つかの実施形態では、医薬組成物は栄養素を含むことができる。幾つかの実施形態では、組成物は少なくとも１種の炭水化物を含む。「炭水化物」は糖又は糖の重合体を意味する。「糖類」、「多糖類」、「炭水化物」及び「オリゴ糖」という用語は、互換的に使用することができる。殆どの炭水化物は、多くの水酸基を有する（通常は分子の各炭素原子に１個）アルデヒド又はケトンである。炭水化物は、単糖、二糖、三糖、オリゴ糖又は多糖とすることができる。最も基本的な炭水化物は単糖であり、例えば、グルコース、スクロース、ガラクトース、マンノース、リボース、アラビノース、キシロース、フルクトース糖である。二糖類は単糖類が２個結合したものである。二糖類の例としては、スクロース、マルトース、セロビオース及びラクトースが挙げられる。通常、オリゴ糖は３～６個の単糖単位を含み（例えば、ラフィノース、スタキオース）、多糖類は６個以上の単糖単位を含む。多糖類の例としては、デンプン、グリコーゲン及びセルロースが挙げられる。炭水化物は、水酸基を除去された２’－デオキシリボース、水酸基がフッ素で置換された２’－フルオロリボース、又はグルコースの含窒素型であるＮ－アセチルグルコサミン糖の修飾糖単位（例えば、２’－フルオロリボース、デオキシリボース、及びヘキソース）を含むことができる。炭水化物は多くの異なる形態、例えば、配座異性体、環状体、非環状体、立体異性体、互変異性体、アノマー及び異性体として存在することができる。

【0104】

幾つかの実施形態では、組成物は少なくとも１種の脂質を含む。「脂質」としては、脂肪、油、トリグリセリド、コレステロール、リン脂質、遊離脂肪酸等のいずれの形態の脂肪酸も挙げられる。脂肪、油及び脂肪酸は、飽和、不飽和（シス又はトランス）又は部分的に不飽和（シス又はトランス）とすることができる。幾つかの実施形態では、脂質は、ラウリン酸（１２：０）、ミリスチン酸（１４：０）、パルミチン酸（１６：０）、パルミトレイン酸（１６：１）、マルガリン酸（１７：０）、ヘプタデセン酸（１７：１）、ステアリン酸（１８：０）、オレイン酸（１８：１）、リノール酸（１８：２）、リノレン酸（１８：３）、オクタデカテトラエン酸（１８：４）、アラキジン酸（２０：０）、エイコセン酸（２０：１）、エイコサジエン酸（２０：２）、エイコサテトラエン酸（２０：４）、エイコサペンタエン酸（２０：５）（ＥＰＡ）、ドコサン酸（２２：０）、ドコセン酸（２２：１）、ドコサペンタエン酸（２２：５）、ドコサヘキサエン酸（２２：６）（ＤＨＡ）及びテトラコサン酸（２４：０）から選択される少なくとも１種の脂肪酸を含む。

【0105】

幾つかの実施形態では、組成物は、少なくとも１種の追加のミネラル又はミネラル源を含む。ミネラルの例としては、塩化物、ナトリウム、カルシウム、鉄、クロム、銅、ヨウ素、亜鉛、マグネシウム、マンガン、モリブデン、リン、カリウム及びセレンが挙げられるが、これらに限定されない。上述のミネラルのいずれかの適切な形態としては、可溶性ミネラル塩、難溶性ミネラル塩、不溶性ミネラル塩、キレート化ミネラル、ミネラル錯体、カルボニルミネラル等の非反応性ミネラル、還元ミネラル、及びこれらの組み合わせが挙げられる。

【0106】

更なる実施形態では、組成物は少なくとも１種の追加のビタミンを含む。少なくとも１種のビタミンは、脂溶性又は水溶性のビタミンとすることができる。適切なビタミンとしては、ビタミンＣ、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＢ１２、ビタミンＫ、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンＤ、ビタミンＢ６、葉酸、ピリドキシン、チアミン、パントテン酸及びビオチンが挙げられるが、これらに限定されない。上述のいずれかの適切な形態は、ビタミンの塩、ビタミンの誘導体、ビタミンと同一又は類似の活性を有する化合物、及びビタミンの代謝産物である。

【0107】

様々な他の添加剤を組成物に配合することができる。このような添加剤としては、抗酸化剤、収斂剤、香料、防腐剤、皮膚軟化剤、顔料、染料、保湿剤、噴霧剤、日焼け止め剤、及びその存在が薬学的に又はそれ以外に望ましいと考えられる他のクラスの材料が挙げられるが、これらに限定されない。任意の添加剤の非限定的な例は次の通りである。ソルビン酸塩等の防腐剤、イソプロパノールやプロピレングリコール等の溶媒、メントールやエタノール等の収斂剤、ポリアルキレンメチルグルコシド等の皮膚軟化剤、グリセリン等の保湿剤、ステアリン酸グリセロール、ステアリン酸ＰＥＧ－１００、ポリグリセリル－３ヒドロキシラウリルエーテル及びポリソルベート６０等の乳化剤、ソルビトール及びポリエチレングリコール等の他のポリヒドロキシアルコール、オクチルメトキシルシンナメート（Ｐａｒｓｏｌ ＭＣＸとして市販されている）及びブチルメトキシベンゾイルメタン（商品名Ｐａｒｓｏｌ １７８９で入手可能）等の日焼け止め剤、アスコルビン酸（ビタミンＣ）、α－トコフェロール（ビタミンＥ）、β－トコフェロール、γ－トコフェロール、δ－トコフェロール、ε－トコフェロール、ζ－トコフェロール、Ｚ{circumflex over()}－トコフェロール、ｍトコフェロール及びレチノール（ビタミンＡ）等の抗酸化剤、精油、セラミド、必須脂肪酸、鉱油、植物油（例えば、大豆油、パーム油、レアバターの液体画分、ヒマワリ油）、動物油（例えば、パーヒドロスクアレン）、合成油、シリコーン油又はワックス（例えば、シクロメチコン、ジメチコン）、フッ素化油（一般にパーフルオロポリエーテル）、脂肪アルコール（例えば、セチルアルコール）、及びワックス（例えば、ミツロウ、カルナウバロウ、及びパラフィンロウ）、肌触り改良剤、及び膨潤粘土や架橋カルボキシポリアルキレン等の増粘剤及び構造化剤。

【0108】

他の添加剤としては、皮膚（特に角質層の皮膚の上層）を調整し、水分含有量の減少を遅らせることによって皮膚を柔らかく保ち、及び／又は皮膚を保護する物質が挙げられる。そのような調整剤や保湿剤としては、例えば、ピロリジンカルボン酸及びアミノ酸、２，４，４’－トリクロロ－２－ヒドロキシジフェニルエーテル（トリクロサン）や安息香酸等の有機抗菌剤が挙げられる。更なる添加剤としては、アセチルサリチル酸やグリシルレチン酸等の抗炎症剤、レチノイン酸等の抗脂漏剤、ニコチン酸等の血管拡張剤、コウジ酸等のメラニン形成阻害剤、及びこれらの混合物が含まれる。

【0109】

他の実施形態では、α－ヒドロキシ酸、α－ケト酸、高分子ヒドロキシ酸、保湿剤、コラーゲン、海洋抽出物、及びアスコルビン酸（ビタミンＣ）及び／又はα－トコフェロール（ビタミンＥ）等の抗酸化剤を組成物に配合することができる。日焼け止めを配合することもできる。酵素、ハーブ、植物抽出物、腺又は動物抽出物等の追加成分を組成物に添加することができる。このような各種添加剤の量は、化粧品分野で従来使用されている量であり、例えば、局所用製剤の総重量の約０．０１％～約２０％の範囲である。

【0110】

組成物には、保存時の腐敗を防止するため、即ち、酵母やカビ等の微生物の増殖を抑制するために抗菌剤を配合することもできる。治療用細菌に影響を及ぼす抗生物質を使用しないように対策が講じられる。

【0111】

投与される化学物質又は組成物の他の成分に起因する皮膚刺激又は皮膚損傷の可能性を最小化又は排除するための刺激軽減添加剤を組成物に配合することもできる。適切な刺激緩和添加剤としては、例えば、α－トコフェロール、モノアミンオキシダーゼ阻害剤、特に２－フェニル－１－エタノール等のフェニルアルコール、グリセリン、サリチル酸塩、アスコルビン酸塩、モネンシン等のイオノフォア、両親媒性アミン、塩化アンモニウム、Ｎ-アセチルシステイン、カプサイシン及びクロロキンが挙げられる。

【0112】

ある実施形態において本製剤に配合され、従って活性剤と共に局所的に適用することができる更なる適切な薬理活性剤としては、色素性又は非色素性の老人性色素斑、角化症及びしわを改善又は根絶する薬剤、局所用麻酔薬及び鎮痛剤、コルチコステロイド、レチノイド、及びホルモンが挙げられるが、これらに限定されない。局所用薬理活性剤の例としては、アシクロビル、アンホテリシン、クロルヘキシジン、クロトリマゾール、ケトコナゾール、エコナゾール、ミコナゾール、メトロニダゾール、ミノサイクリン、フェニトイン、パラ－アミノ安息香酸エステル、オクチルメトキシシンナメート、オクチルサリチル酸塩、オキシベンゾン、ジオキシベンゾン、トコフェロール、酢酸トコフェロール、ジンクピリチオン、ジフェンヒドラミン、プラモキシン、リドカイン、プロカイン、クロタミトン、ハイドロキノン及びそのモノメチル及びベンジルエーテル、ナプロキセン、イブプロフェン、クロモリン、レチノール、パルミチン酸レチニル、酢酸レチニル、コールタール、グリセオフルビン、エストラジオール、ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾン２１－アセテート、ヒドロコルチゾン１７－バレレート、ヒドロコルチゾン１７－ブチレート、プロゲステロン、ベタメタゾンバレレート、ベタメタゾンジプロピオネート、トリアムシノロンアセトニド、フルオシノニド、プロピオン酸クロベタゾール、ミノキシジル、ジピリダモール、ジフェニルヒダントイン、過酸化ベンゾイル、５－フルオロウラシル、タクロリムス、及びアルクロメタゾン、アムシノニド、ベタメタゾン、クロベタゾール、デソニド、デソキシメタゾン、ジフロラゾン、フルシノニド、フルランドレノリド、ハロベタゾール、ハルシノニド、ヒドロコルチゾン、及び／又はトリアムシノロン等の局所用ステロイドが挙げられる。

【0113】

皮膚送達用に処方されたクリームや軟膏等の局所用製剤が企図されるが、送達系は、持続放出、遅延放出又は徐放性送達系を含むことができる。このような系は、組成物の反復投与を回避して、対象及び医師の利便性を高めることができる。多くの種類の放出送達系が利用可能であり、当業者には公知である。具体的な例としては、（ａ）米国特許第４，４５２，７７５号、第４，６６７，０１４号、第４，７４８，０３４号、第５，２３９，６６０号及び第６，２１８，３７１号明細書に記載されているような侵食系、及び（ｂ）米国特許第３，８３２，２５３号及び第３，８５４，４８０号明細書に記載のような、ポリマーから活性成分が制御された速度で浸透する拡散系が挙げられるが、これらに限定されない。

【0114】

送達系は、コラーゲン、フィブリン、又は基底膜抽出物等の膜抽出物を含むことができ、例えば、組成物を皮膚への投与のために処方する。適切な基底膜抽出物としては、重量部で約６０～８５％のラミニン、５～３０％のコラーゲンＩＶ、１～１０％のナイドジェン、１～１０％のヘパラン硫酸プロテオグリカン及び１～５％のエンタクチンを含む生物活性重合性抽出物が挙げられる（米国特許第４，８２９，０００号明細書（本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する）を参照、該特許ではＢＭＥ組成物とこの組成物を製造するための方法が開示されている）。ＢＭＥは、培養時に上皮細胞を含む様々な細胞型の正常な増殖と分化をサポートすることができる。基底膜抽出物は当技術分野でよく知られており、市販されている。

【0115】

皮膚の治療のために、治療有効量の組成物を患部に局所投与することができる。本明細書に開示の薬理学的組成物によって、アトピー性皮膚炎の治療のための細菌の使用が容易になる。このような組成物は、適切な対象（例えば、ヒト対象が挙げられるが、これに限定されない）のいずれかへの有効成分の送達に適しており、それ自体公知の方法、例えば、従来の混合、溶解、造粒、乳化、カプセル化、捕捉又は凍結乾燥プロセスによって製造することができる。薬理学的組成物は、１種以上の薬理学的（例えば、生理学的又は薬学的）に許容される担体、及び上述のように、薬学的に使用できる製剤への活性化合物の加工を容易にする任意の助剤を使用して、従来の方法で処方することができる。

【0116】

組成物は、病変領域や円形病変領域等の皮膚に適用するか、又は無傷の皮膚の領域（非病変領域）に適用して病変の形成を防ぐことができる。組成物は病変のサイズを縮小するために使用することができる。組成物は毎日適用することができる。組成物は１日に１回、２回、３回、４回又は５回適用することができる。組成物は１日おきに、又は１週間に１回、２回、３回、４回、５回、６回又は７回適用することができる。組成物は毎週適用することができる。

【0117】

クリーム、軟膏、ローション、スプレー及び滅菌水溶液又は懸濁液等の局所用医薬組成物を製造する方法は当技術分野でよく知られている。局所用医薬組成物を調製する適切な方法は、例えば、国際公開第９５／１０９９９号、国際公開第２０１２１５０２６９号、米国特許第６，９７４，５８５号明細書及び国際公開第２００６／０４８７４７号（これらは全て本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する）に記載されている。組成物は水性担体を含むことができ、皮膚へのスプレーとして適用することができる。

【0118】

必要に応じて、組成物は薬学的に許容される増粘剤及び／又は膜形成剤を含むことができる。増粘剤によって、製剤の粘度を高めて製剤の適用部位以外への広がりを抑制する。バルサムモミ（オレゴン州）は、細菌と共に使用する薬学的に許容される増粘剤の一例である。

【0119】

膜形成剤は乾燥すると適用部位に保護膜を形成する。この膜は、有効成分の除去を抑制し、治療される部位との接触を維持する。本発明での使用に適した膜形成剤の一例としては弾性コロジオン（ＵＳＰ）である。Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 19th Ed. (Easton, Pa.: Mack Publishing Co., 199.5), at page 1530に記載のように、コロジオンは、蒸発してピロキシリンの膜を残すピロキシリン（ニトロセルロース）を含むエチルエーテル／エタノール溶液である。膜形成剤は担体として更に機能することができる。乾燥して膜を形成する溶液は、塗料と称されることもある。製剤処方の分野でよく知られているように、クリームは、粘性のある液体又は半固体の乳濁液であり、水中油型又は油中水型のいずれかである。

【0120】

クリーム基剤は水洗可能であり、油相、乳化剤及び水相を含む。「内部」相とも称される油相は通常、ワセリンとセチルアルコールやステアリルアルコール等の脂肪アルコールで構成されている。水相は、必ずしもそうではないが、通常は体積で油相を上回り、一般に保湿剤を含む。クリーム製剤中の乳化剤は通常、非イオン性、アニオン性、カチオン性又は両性の界面活性剤である。

【0121】

ローションは、皮膚表面に摩擦なく塗布される製剤であり、通常、活性剤を含む粒子が水又はアルコールベース中に存在する液体又は半液体の製剤である。ローションは通常、固体の懸濁液であり、好ましくは、水中油型の液状油性乳濁液を含む。ローションは、より流動性の高い組成物を塗布しやすいため、身体の広い範囲を治療するために使用することができる。通常、ローション中の不溶性物質は細かく分割する必要がある。

【0122】

ローションは通常、より良好な分散液を生成するための懸濁剤と、活性剤を皮膚に接触させて局在させ保持するのに有用な化合物（例えば、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム等）を含む。

【0123】

溶液剤は、１種以上の化学物質（溶質）を液体に溶解し、溶解した物質の分子が溶媒の分子間に分散するように調製された均質な混合物である。溶液剤は、溶質を緩衝化、安定化又は保存するために、他の薬学的又は美容的に許容される化学物質を含むことができる。局所用溶液剤の調製に使用される溶媒の一般的な例は、エタノール、水、プロピレングリコール又は他の許容される媒体のいずれかである。このような溶液剤は、皮膚に噴霧する、皮膚に塗布する、包帯を溶液剤で濡らす等、どのような方法でも適用できる。

【0124】

ゲルは半固体で懸濁型の系である。単相ゲルは、担体液体全体に実質的に均一に分布した有機高分子を含み、通常は水性であるが、好ましくは、アルコールと必要に応じて油も含む。使用される幾つかの「有機高分子」、具体的にゲル化剤は、ポリマーの「カルボマー」ファミリー等の架橋アクリル酸ポリマー、例えば、ＣＡＲＢＯＰＯＬ（登録商標）して市販されているカルボキシポリアルキレンである。また、ポリエチレンオキシド、ポリオキシエチレン－ポリオキシプロピレン共重合体及びポリビニルアルコール等の親水性ポリマー、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート及びメチルセルロース等のセルロース系ポリマー、トラガカントやキサンタンガム等のガム類、アルギン酸ナトリウム、ゼラチンも使用される。均一なゲルを調製するために、アルコールやグリセリン等の分散剤の添加、粉砕、機械的混合又は攪拌、又はそれらの組み合わせによってゲル化剤を分散させることができる。このようなゲルは本明細書に開示の方法で使用される。

【0125】

軟膏も開示された方法で使用することができる。軟膏は通常、ワセリン又は他の石油誘導体に基づく半固体製剤である。使用する特定の軟膏基剤は、当業者に理解されるように、幾つかの望ましい特性、例えば、エモリエント性等をもたらすものである。軟膏基剤は、一般に不活性で安定しており、非刺激性且つ非感作性である。軟膏基剤は次の４種のクラス、油脂性基剤、乳化性基剤、乳剤性基剤及び水溶性基剤に分類される（Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 19th Ed. (Easton, Pa.: Mack Publishing Co., at pages 1399-1404)を参照）。油脂性軟膏基剤としては、例えば、植物油、動物から得られる脂肪、及び石油から得られる半固体炭化水素が挙げられる。乳化性軟膏基剤は吸収性軟膏基剤としても知られ、水を殆ど含まないか又は全く含まず、例えば、硫酸ヒドロキシステアリン、無水ラノリン及び親水性ワセリンが挙げられる。エマルジョン軟膏基剤は、油中水型（Ｗ／Ｏ）乳濁液又は水中油型（Ｏ／Ｗ）乳濁液のいずれかであり、例えば、アセチルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、ラノリン及びステアリン酸が挙げられる。水溶性軟膏基剤は、様々な分子量のポリエチレングリコールから調製される。

【0126】

ペーストは活性剤を適切な基剤に懸濁させた半固体剤形であり、これも使用される。基剤の性質に応じて、ペーストは脂肪性ペーストと単相水性ゲルから作られたものに分けられる。脂肪性ペーストにおける基剤は通常、ワセリン又は親水性ワセリン等である。単相水性ゲルからなるペーストは通常、カルボキシメチルセルロース等を基剤として配合する。

【0127】

局所用組成物は、クリーム、ローション、スプレー、溶液、ゲル、軟膏、ペースト、絆創膏、塗料、生体接着剤、包帯、スプレー、懸濁液等、体表面への塗布に適したいずれの形態にもすることができ、及び／又はリポソーム、ミセル及び／又は微粒子を含むように調製することができる。局所用組成物は、閉塞性の上層と組み合わせて使用することができ、それにより、体表面から蒸発する水分が体表面への塗布時及びその後に製剤内に維持される。

【0128】

クリーム、ローション、ゲル、軟膏、ペースト等を患部表面に塗ることができる。溶液剤も同様に塗布することができるが、より一般的には、スポイト、綿棒、噴霧器等を用いて患部に注意深く塗布する。組成物は、例えば、軟膏等の局所用製剤として、又はドレッシングや包帯の一部として標的部位に直接適用することができる。組成物は、皮膚投与用のいずれの装置によっても投与するための投与単位として処方することができる。投与単位は、担体（例えば、少なくとも１日以上の所望の期間に亘って皮膚に付着することができる接着性担体）における活性剤のリザーバーとすることができる。

【0129】

医薬組成物はアトピー性皮膚炎の治療のために使用される。従って、幾つかの実施形態では、その適用によって病変サイズの減少、病変の数の減少、及び／又は症状の減少をもたらす。このような医薬組成物の適用によって、治療する対象の皮膚におけるS. aureusを減少させることができる。医薬組成物の適用によって、経表皮水分損失によって測定される皮膚のバリア機能を向上させることができる。

【0130】

アトピー性皮膚炎は再燃することがあるが、寛解期もある。局所適用によって再発を抑制し、アトピー性皮膚炎の更なる発症の回数、強さ又は頻度を減少させることができる。局所適用によって、寛解期間（例えば、発症間の期間）を長くすることができる。幾つかの実施形態では、アトピー性皮膚炎の更なる発症は、適用後１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間又は１２週間は生じない。更なる実施形態では、アトピー性皮膚炎の更なる発症は、局所適用後１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、６ヶ月間、７ヶ月間、８ヶ月間、９ヶ月間、１０ヶ月間、１１ヶ月間又は１２ヶ月間は生じない。

【0131】

本発明の幾つかの実施形態の細菌による治療は、細菌以外の抗ＡＤ療法と組み合わせることができる。

【0132】

その例としては、免疫治療薬、抗血管新生薬、サイトカイン、ホルモン、抗体、ポリヌクレオチド、光線力学的治療薬、非ステロイド系抗炎症薬、抗ヒスタミン薬、α－アドレナリン作動薬、ステロイド（例えば、コルチコステロイド）、及びこれらのいずれかの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。

【0133】

「コルチコステロイド」という用語は局所コルチコステロイドを包含するが、これに限定されない。局所コルチコステロイドの例としては、通常クリームに０．１％の濃度で処方されるトリアムシノロンアセトニド、及び通常クリームに１％又は２．５％の濃度で処方されるヒドロコルチゾンが挙げられる。例えば、ジプロピオン酸ベタメタゾン、プロピオン酸クロベタゾール、二酢酸ジフロラゾン、フルオシノニド、及びプロピオン酸ハロベタゾール等の特定の局所コルチコステロイドは、効力が非常に高いと見なされる。例えば、アムシノニド、デスオキシメタゾン、ハルシノニド、及びトリアムシノロンアセトニド等の特定の局所コルチコステロイドは、効力が高いと見なされる。例えば、吉草酸ベタメタゾン、ピバル酸クロコルトロン、フルオシノロンアセトニド、フルランドレノリド、フルオシノニド、プロピオン酸フルチカゾン、酪酸ヒドロコルチゾン、吉草酸ヒドロコルチゾン、フロ酸モメタゾン、プレドニカルベート等の特定の局所コルチコステロイドは、効力が中程度と見なされる。例えば、ジプロピオン酸アルクロメタゾン、デソニド、及びヒドロコルチゾン等の特定の局所コルチコステロイドは、効力が低いと見なされる。「吸入可能なコルチコステロイド」とは、吸入による送達に適したコルチコステロイドを意味する。吸入可能なコルチコステロイドの例としては、フルチカゾン、ジプロピオン酸ベクロメタゾン、ブデノシド、フロ酸モメタゾン、シクレソニド、フルニソリド、トリアムシノロンアセトニド、及び現在利用可能か又は将来利用可能になる他のいずれかのコルチコステロイドが挙げられる。吸入可能で長時間作用型β２－作動薬と併用されるコルチコステロイドの例としては、ブデソニド／ホルモテロール及びフルチカゾン／サルメテロールが挙げられるが、これらに限定されない。

【0134】

本明細書に記載の細菌組成物は、ＦＤＡ承認キットなどの規制機関承認キットに含めることができる。

【0135】

特定の実施形態によれば、治療有効量の細菌によって、ＳＣＯＲＡＤスコアが前記細菌で治療する前の対象の前記ＳＣＯＡＲＤスコアと比べて低下し、前記低下は、前記細菌による第１のサイクル処理後、少なくとも１０週間（例えば、少なくとも１２週間、少なくとも１４週間、少なくとも１８週間、少なくとも２４週間、少なくとも２６週間、少なくとも５２週間）維持される。

【0136】

特定の実施形態によれば、治療有効量の細菌によって、対象の腸における細菌のコロニー形成をもたらす。

【0137】

本発明の他の様相によれば、ＡＤを有する対象を治療するために細菌治療が有効であるかどうかを分析する方法であって、
（ａ）上述の細菌、例えば組成物を対象に提供することと、
（ｂ）対象の腸内マイクロバイオームにおいて少なくとも１つの細菌種の量を分析することを含む方法において、前記細菌種は、SGB_1636 Prevotella、SGB_1654 Prevotella、SGB_1644 Prevotella_copri、SGB_1640 Prevotella、SGB_1638 Prevotella、SGB_1626 Prevotella_copri、SGB_1613 Prevotella_sp_CAG_386、SGB_1653 Prevotella、SGB_1635 Prevotella、SGB_1624 Prevotella、SGB_5858 Megasphaera_sp_BL7、SGB_1677 Prevotella_sp_885、SGB_1612 Prevotella、SGB_1615 Prevotella_sp_CAG_604、SGB_1617 Prevotella、SGB_1623 Prevotellaceae、SGB_6796 Holdemanella、SGB_714 Methanobrevibacter_smithii、SGB_6778 Catenibacterium_mitsuokai、SGB_6783 Catenibacterium_sp_CAG_290、SGB_1614 Prevotella_sp_CAG_732、SGB_6805 Holdemanella、SGB_5862 Megasphaera_elsdenii、SGB_4196 Ruminiclostridium、SGB_4197 Ruminiclostridium、SGB_5904 Mitsuokella_jalaludinii、SGB_4289 Eubacterium、SGB_4290 Eubacterium_sp_CAG_202、SGB_1891 Bacteroides_coprocola、SGB_4936 Roseburia_hominis、SGB_6816 Holdemanella、SGB_15322 Faecalibacterium_prausnitzii、SGB_5111 Clostridium_sp_CAG_127、SGB_5803 Dialister_sp_CAG_357、SGB_4933 Eubacterium_rectale、SGB_5113 Clostridium、SGB_5117 Coprococcus_eutactus、SGB_5785 Phascolarctobacterium_sp_CAG_266、SGB_4938 Roseburia_sp、SGB_5805 Dialister、SGB_5808 Dialister、SGB_1472 Prevotellaceae、SGB_6806 Holdemanella_biformis、SGB_1798 Paraprevotella_clara、SGB_15265 Firmicutes_bacterium_CAG_103、SGB_15249 Firmicutes_bacterium_CAG_129、SGB_15109 Clostridiales_unclassified、SGB_15091 Oscillibacter、SGB_15090 Oscillibacter_sp_CAG_241、SGB_9226 Akkermansia_muciniphila、SGB_5809 Dialister_sp_CAG_486、SGB_6428 Clostridium_sp_CAG_594、SGB_6540 Clostridium_sp_CAG_451、SGB_6422 Clostridium_sp_CAG_433、SGB_6340 Clostridium_sp_CAG_269、SGB_6579 Firmicutes_bacterium_CAG_313、SGB_9225 Akkermansia、SGB_4261 Blautia、SGB_5089 Eubacterium_sp_CAG_38、SGB_1860 Bacteroides_faecis、SGB_15028 Firmicutes_unclassified、SGB_15124 Clostridiales_unclassified、SGB_15254 Clostridiales_unclassified、SGB_15356 Acetanaerobacterium、SGB_1704 Prevotellaceae、SGB_17244 Bifidobacterium_adolescentis、SGB_2290 Rikenellaceae、SGB_5075 Lachnospira_pectinoschiza、SGB_2325 Alistipes_indistinctus、SGB_1474 Prevotellaceae、SGB_4263 Blautia、SGB_4930 Lachnospiraceae、SGB_4940 Roseburia_inulinivorans、SGB_5045 Eubacterium_ventriosum及びSGB_9283 Sutterella_wadsworthensisからなる群より選択され、前記提供前の前記細菌種の量と比較して、前記提供後の前記細菌種の量が増加することは、組成物が対象を治療するのに有効であったことを示す、方法が提供される。

【0138】

上で開示された種のいずれかの量を分析することは、１種以上のＤＮＡ配列を決定することによって行うことができる。幾つかの実施形態では、１種以上のＤＮＡ配列は、異なる微生物種を区別するのに使用可能ないずれかのＤＮＡ配列を含む。特定の実施形態において、１種以上のＤＮＡ配列は１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。特定の実施形態において、１種以上のＤＮＡ配列は１８Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。幾つかの実施形態では、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、１５種、２０種、２５種、５０種、１００種、１０００種、５０００種以上の配列を増幅する。

【0139】

１６Ｓ及び１８Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列は、それぞれ原核生物及び真核生物のリボソームの小サブユニット成分をコードする。ｒＲＮＡ遺伝子は、細菌種によって配列が異なるが、プライマー結合用の領域が高度に保存されているため、細菌の種類を区別するのに特に有用である。保存されたプライマー結合領域間でのこの特異性によって、多くの異なる種類の細菌のｒＲＮＡ遺伝子を単一のプライマーセットで増幅し、増幅された配列で区別することができる。

【0140】

幾つかの実施形態では、微生物叢試料（例えば、腸内マイクロバイオーム）は、１種以上のＤＮＡ配列のレベルについて直接アッセイする。微生物ＤＮＡを単離する方法は当技術分野でよく知られている。例としては、フェノール－クロロホルム抽出や、ＱＩＡａｍｐ ＤＮＡ Ｓｔｏｏｌ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（カリフォルニア州、バレンシア、Ｑｉａｇｅｎ社）等の様々な市販のキットが挙げられるが、これらに限定されない。

【0141】

幾つかの実施形態では、１種以上のＤＮＡ配列のレベルは、ＰＣＲ（例えば、標準ＰＣＲ、半定量的ＰＣＲ、又は定量的ＰＣＲ）を用いてＤＮＡ配列を増幅し、次にシーケンシングすることによって求める。幾つかの実施形態では、１種以上のＤＮＡ配列のレベルは、定量的ＰＣＲを用いてＤＮＡ配列を増幅することによって求める。上述及び他の基本的なＤＮＡ増幅手順は当業者にはよく知られており、Ausebel et al. (Ausubel F M, Brent R, Kingston R E, Moore D, Seidman J G, Smith J A, Struhl K (eds). 1998. Current Protocols in Molecular Biology. Wiley: New York)に記載されている。

【0142】

幾つかの実施形態では、ＤＮＡ配列は、個々の微生物種を他の異なる微生物種から区別する１種以上の配列に特異的なプライマーを使用して増幅する。幾つかの実施形態では、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列又はその断片を、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に特異的なプライマーを使用して増幅する。幾つかの実施形態では、１８Ｓ ＤＮＡ配列を、１８Ｓ ＤＮＡ配列に特異的なプライマーを使用して増幅する。

【0143】

幾つかの実施形態では、１種以上の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のレベルはファイロチップ技術を用いて求める。ファイロチップの使用は当技術分野ではよく知られており、Hazen et al. ("Deep-sea oil plume enriches indigenous oil-degrading bacteria." Science, 330, 204-208, 2010)（この文献の全内容を本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する）に記載されている。即ち、微生物叢試料から抽出したＤＮＡから１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列を増幅し、標識する。次に、増幅したＤＮＡを、微生物１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子に対するプローブを含むアレイにハイブリダイズする。次に、各プローブへの結合レベルを定量化し、プローブされた１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に対応する微生物種の試料レベルを得る。幾つかの実施形態では、ファイロチップ分析は商業的ベンダーによって行われる。例としては、Ｓｅｃｏｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｃ．（カリフォルニア州、サンフランシスコ）が挙げられるが、これに限定されない。

【0144】

幾つかの実施形態では、１種以上の細菌のレベルを求めることは、１種以上の微生物ＲＮＡ分子（例えば、転写物）のレベルを求めることを含む。ＲＮＡ転写物のレベルを定量化する方法は当技術分野でよく知られており、ノーザン分析、半定量的逆転写酵素ＰＣＲ、定量的逆転写酵素ＰＣＲ、及びマイクロアレイ分析が挙げられるが、これらに限定されない。

【0145】

シーケンシングの方法は一般に当業者に知られている。好ましいシーケンシング方法は、次世代シーケンシング方法又は並列ハイスループットシーケンシング方法である。例えば、細菌のゲノム配列は、大規模並列シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）を用いて得ることができる。企図されるシーケンシング方法の例はパイロシークエンシング、特に４５４パイロシークエンシングであり、例えば、Ｒｏｃｈｅ ４５４ Ｇｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒに基づく。この方法では、油溶液中の水滴内のＤＮＡを増幅し、各水滴には単一のプライマーコーティングビーズに付着した単一のＤＮＡ鋳型が含まれ、クローンコロニーを形成する。パイロシークエンシングでは、ルシフェラーゼを使用して、新生ＤＮＡに付加された個々のヌクレオチドを検出するための光を発生させ、総合データを使用して配列を読み取る。更に他の企図される例としては、可逆性色素ターミネーターに基づくＩｌｌｕｍｉｎａ又はＳｏｌｅｘａシーケンシング、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ技術を用いたシーケンシングが挙げられる。ＤＮＡ分子は通常、スライド上のプライマーに付着させて増幅し、局所的なクローンコロニーを形成する。次に、１度に１種類のヌクレオチドを添加することができ、組み込まれなかったヌクレオチドを洗い流す。次に、蛍光標識されたヌクレオチドの画像を撮影し、ＤＮＡから色素を化学的に除去して次のサイクルを行うことができる。更に他の例は、ライゲーションによるシーケンシングを用いるＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社のＳＯＬｉＤ技術の使用である。この方法は、シーケンシングされた位置に従って標識された、固定長の全ての可能なオリゴヌクレオチドのプールを使用することに基づく。このようなオリゴヌクレオチドをアニールし、連結する。次に、配列をマッチさせるためのＤＮＡリガーゼによる優先的なライゲーションによって、通常、その位置のヌクレオチドを知らせるシグナルが得られる。ＤＮＡは通常エマルジョンＰＣＲで増幅されるため、同じＤＮＡ分子のコピーのみを含むビーズをスライドガラスに堆積させると、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンシングに匹敵する量と長さの配列を得ることができる。更なる方法はＨｅｌｉｃｏｓ社のＨｅｌｉｓｃｏｐｅ技術に基づいており、アレイに繋いだポリＴオリゴマーで断片を捕捉する。各シーケンシングサイクルでは、ポリメラーゼと単一蛍光標識ヌクレオチドを添加し、アレイを画像化する。次に、蛍光タグを除去し、このサイクルを繰り返す。本発明の方法に包含されるシーケンシング技術の更なる例は、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、ナノポアの使用によるシーケンシング、顕微鏡ベースのシーケンシング技術、マイクロ流体サンガーシーケンシング、又はマイクロチップベースのシーケンシング方法である。

【0146】

一実施形態によれば、シーケンシング方法によって細菌の量を定量化することができ、例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａディープシークエンシング等のディープシークエンシングによって行うことができる。

【0147】

本明細書で使用される「ディープシークエンシング」という用語は、１回の試験で標的配列を複数回読み取るシーケンシング方法を意味する。１回のディープシークエンシングでは、同一の標的配列に対して多数のシークエンシング反応を行い、それぞれで独立した配列の読み出しを行う。

【0148】

幾つかの実施形態では、１種以上の細菌のレベルを求めることは、１種以上の微生物ポリペプチドのレベルを求めることを含む。ポリペプチドレベルを定量化する方法は当技術分野ではよく知られており、ウエスタン分析や質量分析が挙げられるが、これらに限定されない。

【0149】

本明細書で上述したように、細菌のレベルを分析するのと共に（又はその代わりに）、本発明は微生物産物のレベルを分析することも企図する。

【0150】

微生物産物の例としては、ｍＲＮＡ、ポリペプチド、炭水化物及び代謝産物が挙げられるが、これらに限定されない。

【0151】

幾つかの実施形態では、少なくとも１０の種の細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。他の実施形態では、５～５０の種の細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。他の実施形態では、５～２０の種の細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。他の実施形態では、５～１００の種の細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。幾つかの実施形態では、１００～１０００の種又はそれ以上の細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。他の実施形態では、マイクロバイオーム内の全ての細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を分析する。他の実施形態では、マイクロバイオーム内の全ての細菌の代謝産物の存在、レベル及び／又は活性を測定する。

【0152】

上述のように、移植後の腸内マイクロバイオーム試料中の開示された種の少なくとも１つ、２つ、３つ、４つ、５つ又は全ての量を移植前の腸内マイクロバイオーム試料中の同じ種の量と比較した際に、その量の増加は組成物が対象を治療する上で有効であったことを示す。一実施形態では、その増加は少なくとも１０％の増加、２０％の増加、３０％の増加、４０％の増加、５０％の増加又はそれ以上である。

【0153】

移植の１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、１ヶ月超後、２ヶ月超後、３ヶ月超後、５ヶ月超後、６ヶ月超後に分析を行うことができる。

【0154】

本明細書で使用される「約」という用語は±１０％を意味する。

【0155】

用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」及びその活用形は、「限定されるものではないが、含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｂｕｔ ｎｏｔ ｌｉｍｉｔｅｄ ｔｏ）」を意味する。

【0156】

「からなる」という用語は、「含み、限定される」ことを意味する。

【0157】

「から実質的になる」という用語は、組成物、方法又は構造が追加の成分、工程及び／又は部分を含み得ることを意味する。但しこれは、追加の成分、工程及び／又は部分が、請求項に記載の組成物、方法又は構造の基本的且つ新規な特性を実質的に変更しない場合に限られる。

【0158】

本明細書において、単数形を表す「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他を示さない限り、複数をも対象とする。例えば、「化合物（a compound）」又は「少なくとも１種の化合物」には、複数の化合物が含まれ、それらの混合物をも含み得る。

【0159】

本願全体を通して、本発明の様々な実施形態は範囲形式にて示され得る。範囲形式での記載は、単に利便性及び簡潔さのためであり、本発明の範囲の柔軟性を欠く制限ではないことを理解されたい。従って、範囲の記載は、可能な下位の範囲の全部、及びその範囲内の個々の数値を特異的に開示していると考えるべきである。例えば、１～６といった範囲の記載は、１～３、１～４、１～５、２～４、２～６、３～６等の部分範囲のみならず、その範囲内の個々の数値、例えば１、２、３、４、５及び６も具体的に開示するものとする。これは、範囲の大きさに関わらず適用される。

【0160】

本明細書において数値範囲を示す場合、それは常に示す範囲内の任意の引用数（分数又は整数）を含むことを意図する。第１の指示数と第２の指示数「との間の範囲」という表現と、第１の指示数「から」第２の指示数「までの範囲」という表現は、本明細書で代替可能に使用され、第１の指示数及び第２の指示数と、それらの間の分数及び整数の全部を含むことを意図する。

【0161】

本明細書で使用する「方法」という用語は、所定の課題を達成するための様式、手段、技術及び手順を意味し、化学、薬理学、生物学、生化学及び医療の各分野の従事者に既知のもの、又は既知の様式、手段、技術及び手順から従事者が容易に開発できるものが含まれるが、これらに限定されない。

【0162】

本明細書で使用する「治療する」という用語は、病態の進行の抑止、実質的な阻害、遅延又は逆転、病態の臨床的又は審美的な症状の実質的な寛解、或いは病態の臨床的又は審美的な症状の悪化の実質的な予防を含む。

【0163】

特定の配列表を参照する場合、その参照は、例えば、シーケンシングエラー、クローニングエラー、又は塩基置換、塩基欠失又は塩基付加をもたらす他の変化に起因するマイナーな配列変異（但し、このような変異の頻度は５０個のヌクレオチドに１個未満、或いは１００個のヌクレオチドに１個未満、或いは２００個のヌクレオチドに１個未満、或いは５００個のヌクレオチドに１個未満、或いは１０００個のヌクレオチドに１個未満、或いは５０００個のヌクレオチドに１個未満、或いは１００００個のヌクレオチドに１個未満とする）を含む、その相補配列と実質的に対応する配列も包含するものと理解されたい。

【0164】

明確さのために別個の実施形態に関連して記載した本発明の所定の特徴はまた、１つの実施形態において、これら特徴を組み合わせて提供され得ることを理解されたい。逆に、簡潔さのために１つの実施形態に関連して記載した本発明の複数の特徴はまた、別々に、又は任意の好適な部分的な組み合わせ、又は適当な他の記載された実施形態に対しても提供され得る。様々な実施形態に関連して記載される所定の特徴は、その要素なしでは特定の実施形態が動作不能でない限り、その実施形態の必須要件であると捉えてはならない。

【0165】

上述したように、本明細書に記載され、特許請求の範囲に請求される本発明の様々な実施形態及び態様は、以下の実施例によって実験的に支持されるものである。

【実施例】

【0166】

ここで、上記の記載と共に本発明の幾つかの実施形態を限定することなく説明する以下の実施例に参照する。

【0167】

一般に、本明細書で使用される命名法や本発明で利用される実験手順には、分子、生化学、微生物学及び組換えＤＮＡ技術が含まれる。そのような技術は文献で十分に説明されている。例えば、"Molecular Cloning: A laboratory Manual" Sambrook et al., (1989)、"Current Protocols in Molecular Biology" Volumes I-III Ausubel, R. M., ed. (1994)、Ausubel et al., "Current Protocols in Molecular Biology", John Wiley and Sons, Baltimore, Maryland (1989)、Perbal, "A Practical Guide to Molecular Cloning", John Wiley & Sons, New York (1988)、Watson et al., "Recombinant DNA", Scientific American Books, New York、Birren et al. (eds) "Genome Analysis: A Laboratory Manual Series", Vols. 1-4, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York (1998)、米国特許第４，６６６，８２８号、第４，６８３，２０２号、第４，８０１，５３１号、第５，１９２，６５９号及び第５，２７２，０５７号明細書に記載の方法、"Cell Biology: A Laboratory Handbook", Volumes I-III Cellis, J. E., ed. (1994)、"Culture of Animal Cells - A Manual of Basic Technique" by Freshney, Wiley-Liss, N. Y. (1994), Third Edition、"Current Protocols in Immunology" Volumes I-III Coligan J. E., ed. (1994)、Stites et al. (eds), "Basic and Clinical Immunology" (8th Edition), Appleton & Lange, Norwalk, CT (1994)、Mishell and Shiigi (eds), "Selected Methods in Cellular Immunology", W. H. Freeman and Co., New York (1980)、利用可能なイムノアッセイは特許及び科学文献に広く記載されている（例えば、米国特許第３，７９１，９３２号、第３，８３９，１５３号、第３，８５０，７５２号、第３，８５０，５７８号、第３，８５３，９８７号、第３，８６７，５１７号、第３，８７９，２６２号、第３，９０１，６５４号、第３，９３５，０７４号、第３，９８４，５３３号、第３，９９６，３４５号、第４，０３４，０７４号、第４，０９８，８７６号、第４，８７９，２１９号、第５，０１１，７７１号及び第５，２８１，５２１号明細書参照）、"Oligonucleotide Synthesis" Gait, M. J., ed. (1984)、"Nucleic Acid Hybridization" Hames, B. D., and Higgins S. J., eds. (1985)、"Transcription and Translation" Hames, B. D., and Higgins S. J., eds. (1984)、"Animal Cell Culture" Freshney, R. I., ed. (1986); "Immobilized Cells and Enzymes" IRL Press, (1986)、"A Practical Guide to Molecular Cloning" Perbal, B., (1984)、および"Methods in Enzymology" Vol. 1-317, Academic Press、"PCR Protocols: A Guide To Methods And Applications", Academic Press, San Diego, CA (1990)、Marshak et al., "Strategies for Protein Purification and Characterization - A Laboratory Course Manual" CSHL Press (1996)。これら文献の全てを本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する。他の一般的な参考文献はこの文書全体で提供される。そこに記載の手順は、当技術分野で周知であると考えられており、読者の便宜のために提供される。そこに含まれる全ての情報を本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する。

【0168】

実施例１
方法
治験集団：テルアビブ医療センターの皮膚科で治療を受けた適格なＡＤ患者。集団に含まれる患者は１８歳以上で、スコアリングアトピー性皮膚炎スコア（ＳＣＯＲＡＤ）のスコアが２５以上と定義される中等度～重度のアトピー性皮膚炎を有しており、疾患期間は最低３年で、局所及び全身療法で十分に制御できなかったものである。主な除外基準には、他の付随する活動性皮膚疾患、妊娠、研究開始前４週間以内の光線療法を含む全身療法が含まれていた。

【0169】

研究計画と監視：この研究は、中等度及び重度のＡＤの治療に対するＦＭＴの安全性と臨床有効性を評価し、研究対象集団のＦＭＴ後の糞便微生物叢の変化を評価するために設計された、前向き単盲検プラセボ対照クロスオーバーパイロット研究であった。全ての患者について、ベースラインで臨床ＡＤ活性について評価し、その後、プラセボＦＭＴを２回受けた後、２週間間隔で４回の治療ＦＭＴ（健康な糞便ドナー由来）を受けた（図１）。各患者は、１名のドナー（有効な３名の糞便ドナーの内の１名）に由来するＦＭＴを受けた。但し、あるドナーからの糞便の供与が終了した場合には、糞便ドナーを変更した。研究開始時、毎回のＦＭＴの前、及び最終ＦＭＴの１～８ヵ月後に、ＡＤの臨床活性、有害イベント、及び糞便マイクロバイオームプロファイルをＳＣＯＲＡＤスコアによって評価した。

【0170】

研究期間中、患者は、皮膚軟化剤と糖質コルチコイド又はカルシニューリン阻害剤を含む局所療法のみを用いることが許可された。

【0171】

プロトコルは、テルアビブ医療センターの倫理審査委員会によって承認された。全ての患者は、ヘルシンキ宣言の原則に従って、書面によるインフォームドコンセントを提供した。治験に商業的支援はなかった。発明者は全て、データの正確性と完全性、治験のプロトコルの順守、有害イベントの報告について保証する。

【0172】

ＦＭＴの調製と送達：ボランティアのドナーは、１８～５０歳の健康で妊娠していない成人であり、肥満度指数は１８．５～２４．９ｋｇ／ｍ^２で標準的であった。重大な病歴があったり、過去３ヶ月間の抗生物質を使用歴があったりしたドナーは除外した。候補者は、身体検査と入念なラボ・スクリーニング検査（図示せず）（糞便腸内病原体（培養とＰＡＮ－ＰＣＲ検査（Ｂｉｏｆｉｒｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ社、胃腸パネル）による）、Ａ型、Ｂ型及びＣ型肝炎、ヒト免疫不全ウイルス、ＨＴＬＶ、梅毒トレポネーマ、及びセリアック病に対する血清抗体、ＣＢＣ（及びイスラエル保健省のガイドラインに準拠する追加検査）を含む）を含むイスラエル保健省のガイドラインに従って適格であった。ドナー・スクリーニング手順を受けた３名の健康なボランティアが本研究の糞便ドナーとなった。排便後数分以内に糞便を清潔な密閉式プラスチック容器に入れて配送し、テルアビブ医療センターの糞便バンク施設で処理してカプセル化ＦＭＴを調製した。カプセル化ＦＭＴの調製は、先に記載された手順と同様に行った^１２。即ち、糞便物質を通常の生理食塩水で希釈し（６００ｍＬ／糞便物質１００ｇ）、濾過し、遠心分離機で濃縮した。滅菌生理食塩水と細菌凍結保護剤として添加したグリセロール（２０％）にペレットを懸濁させた。次に、この物質をピペットで耐酸性カプセル（ＤＲＣａｐｓ、Ｃａｐｓｕｇｅｌ社）に入れ、カプセルを閉じた後、追加のカプセルセットで二次封入した。カプセルを－８０℃で凍結保存した。プラセボカプセルは視覚的には同じであり、希釈したグリセロールのみが含まれていた。

【0173】

カプセル化ＦＭＴ手順：ＦＭＴの投与に関しては、ＴＬＶＭＣの細菌療法クリニックで、２日間連続で１５個のＦＭＴカプセルを２回投与した（合計３０個のカプセル）。投与当日、－８０℃で凍結したカプセルを冷凍庫から取り出し、氷上でクリニックに運んだ。１５個のカプセルを個別に患者に手渡し、患者はカプセルをすぐに水で経口摂取した。患者にはカプセル摂取前に一晩絶食するように求めた。

【0174】

有効性エンドポイント：本研究の一次エンドポイントは、アトピー性皮膚炎に関する欧州タスクフォースによって説明及び検証され、ＡＤの重症度の評価に使用されているＳＣＯＲＡＤスコアのベースラインからの全体的な平均変化であった^{１３、１４}。二次エンドポイントは、ＡＤ患者に対するＦＭＴの安全性と、各ＦＭＴの２週間後、及び最後のＦＭＴの８週間以上後の糞便微生物種の変化に対する臨床的改善の関係であった。

【0175】

糞便微生物分析：新しい細菌株のコロニー形成によって臨床効果が媒介され得るかどうかを調べるため、頑強で高感度の方法を開発し、異なるメタゲノム試料間の同種の細菌株間のペアワイズＤＮＡ配列の非類似度を計算した（図示せず）。ＦＭＴカプセルに使用したドナーの糞便試料と、研究期間中に患者から採取した糞便試料（図８）については、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑを用いたシーケンシングによってメタゲノム・リードとした。「反復カバレージベースのリード割り当て（iterative coverage-based read assignment）」（ＩＣＲＡ）アルゴリズム^１５に基づいて参照ゲノムにリードをマッピングした。ＩＣＲＡによってマッピングしたリードを積み重ね、検出された全ての種について位置ごとの変異体情報を得た。２種の試料間の所定位置における特定種の変異体の差異は、比較する２種の試料で検出された１組の対立遺伝子間に交差がないことで定義された。一対の試料の推定種ＤＮＡ配列の非類似度は、異なる位置の数を比較する位置の総数（ＣＰ）で割ったものである。

【0176】

【数1】

【0177】

ＣＰのカットオフとは、１塩基対当たり０．００００５（＝１／２００００）未満の変化である非類似度が、ＣＰの数が異なることに起因して、異なる場合があることを意味する。従って、最小の非類似度検出閾値を、１塩基対当たり０．００００５の変化と定義する。

【0178】

異なる研究時点での患者－ドナー間の非類似度を、健常者参照集団における宿主内非類似度と比較した結果^{１６、１７}、ＦＭＴ実施後の患者とそのドナーの非類似度が異常に低く（検出閾値である５ｅ－５よりも低く）、これは患者におけるドナー株の伝播とコロニー形成を示す（図２－１の（Ａ））。従って、所定の検出閾値未満の非類似度は、「伝播イベント」又は「菌株共有」と称される。集計された非類似度スコアを１対の試料に対して次式で定義した。

【0179】

【数2】

【0180】

統計分析：有意水準は、マッチした２個の試料間の比較のためにウィルコクソン符号順位検定を用いて計算した。ＳＣＯＲＡＤの低下と試料非類似度との相関はピアソン相関法に従って計算した。両者はｓｃｉｐｙ．ｓｔａｔｓ ｐｙｔｈｏｎパッケージを用いて実行した。

【0181】

試料処理：ＦＭＴカプセルに使用したドナーの糞便試料と、研究期間中に患者から採取した糞便試料については、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｅｘｔＳｅｑを用いたシーケンシングによってメタゲノム・リードとした。Ｉｌｌｕｍｉｎａアダプタ、低品質リード、及びヒト関連リードは除去した。Zeevi, et al.に記載の「反復カバレージベースのリード割り当て」（ＩＣＲＡ）アルゴリズム^２に基づき、ＥＭＢＬ ｐｒｏＧｅｎｏｍｅｓデータベースから処理した参照ゲノムにリードをマッピングした。ＩＣＲＡゲノム割り当て確率が０．９９未満のリードは除外した。

【0182】

ＩＣＲＡによってマッピングしたリードを積み重ね、位置ごとの変異体情報を得た。この段階によって、試料で検出された各々の種について種対立遺伝子カウントマトリックス（ＳＡＣＭ）が得られた。全てのＳＡＣＭにおいて、少なくとも５倍のリードカバレージを持つ位置のみが保持された。カバレージが低い位置を以降の分析から除外し、アンカバー位置と称する。以降の段階は、３０％以上のカバー位置（リードカバレージ≧１ｘ）を有するＳＡＣＭに対してのみ行った。

【0183】

参照コホート
健常者参照集団として以下のものを使用した。

【0184】

【表1】

【0185】

健常者参照集団分析：健常者参照集団のデータは、コホート間ペアワイズ非類似度を計算して作成した。複数の試料を有する個体に結果が偏るのを防ぐため、全ての種と１対の個体については、１個の代表的な比較のみを保持した。複数の比較が可能な場合は、対応するＳＡＣＭに割り当てられたリードの数が最大となる比較を選択した。

【0186】

ベースライン、プラセボ後及びドナーの試料に対する非類似度
多くの場合、患者の試料と複数のベースライン／プラセボ後／ドナーの試料との間の種の非類似度を計算することが可能であった。このような場合、バイアスを回避し、分析を簡素化するために、最も低い非類似度のみを更なる分析用に保持した。

【0187】

実施例２
ＦＭＴ治療を受けたＡＤ患者におけるＳＣＯＲＡＤの低下
計１５名のＡＤ患者が治験に登録した。４名は治験レジメンを順守できなかったため研究に参加せず、１名の患者は治験の最初の２週間（プラセボ期間）に疾患が悪化したため、既に承認された薬剤を開始することに決めた。別の患者（患者６）は、浣腸を使用して研究プロトコルに違反したため、腸内マイクロバイオームの組成に影響を及ぼす可能性があった。臨床的な改善は見られたが、臨床及び糞便マイクロバイオーム分析の対象にはならなかった。平均年齢４４．６歳（２４～６８歳の範囲）の９名の患者（男性５名と女性４名）が最終的に登録され、研究を完了した。これらの患者の１名（患者８）は糞便試料を提供できなかったため、糞便マイクロバイオーム分析の対象には含まれていない。

【0188】

研究中に有害イベントは報告されなかった。治療前、全９名の分析対象患者の平均ＳＣＯＲＡＤスコアは５１．２±１６．２であり、４名の患者が中等症（ＳＣＯＲＡＤ２５～５０）、５名が重症（ＳＣＯＲＡＤＥ＞５０）に分類された。登録前、全ての患者は安定した局所療法と１種以上の全身治療を受けていた（表２）。６名の患者は光線療法、２名はシクロスポリンによる治療、５名の患者はプレドニゾンの経口投与、１名の患者は試験開始６週間前にメトトレキサートと、負荷用量のデュピルマブ導入による治療を受けていた。

【0189】

【表2】

【0190】

治験のプラセボ部の終了時（４週目終了時）には、ＡＤの重症度に有意な変化はなかった（２．５％±２２．１％のＳＣＯＲＡＤの増強、ウィルコクソンＰ＞０．８５）。１名の患者は３１％の改善を示し、４名の患者は１～１１％の範囲で改善を示し、残り４名の患者は平均１９％（３～５１％の範囲）のＳＣＯＲＡＤ上昇により疾患の悪化を経験した。

【0191】

研究を開始した９名の患者全てがＦＭＴプロトコルを完了した。ＳＣＯＲＡＤスコアで評価した疾患の重症度は、全ての患者で速やかに改善した（図３）。各ＦＭＴの後、平均ＳＣＯＲＡＤスコアは、４週目、プラセボ期間終了時、及びＦＭＴ治療期間開始時のスコアと比較して有意に減少した（それぞれ５３．３％±２３．１％、６２．９％±２０％、６１．２％±１６．３％、及び５９．２％±３４．９％）。ＦＭＴの全期間中と平均１８週間（２～３６週間の範囲）続いた経過観察期間中の最大ＳＣＯＲＡＤ低下率は更に高く、平均８４％であった（上述の表２）。

【0192】

５名の患者は、平均１４週間（８～２２週間の範囲）続いた経過観察期間中、反応を維持した。４名の患者はＦＭＴの直後又は経過観察期間中に再発した。最大ＳＣＯＲＡＤ低下率が８５％と８７％であった２名の患者（患者番号２と１１）には悪化が見られ、それぞれ最後のＦＭＴから３２週後と２１週後にスコアが１１から４９、８から３６．５に上昇した。しかし、悪化したにもかかわらず、ベースラインからのＳＣＯＲＡＤの低下率は依然として２６．９％と４１．６％であった。両方の患者は更なる単回ＦＭＴを受け、ＳＣＯＲＡＤスコアがそれぞれ８０％及び４０％低下し、疾患の改善を経験した（図４）。

【0193】

ＳＣＯＲＡＤの低下率が７８％と７９％という良好な初期反応を示した他の２名の参加者では、ＳＣＯＲＡＤスコアの上昇に伴って、すぐに再発が見られた。１人目（患者番号８）は１２週目でスコアが７から４０となり（最初のスコア３２よりも更に悪化したことを示す）、２人目（患者番号１２）は１０週目でスコアが２２から２９となった（ベースラインよりは５９％改善）。この悪化によって別の治療へ切り替えた。

【0194】

３名の異なる健常な糞便ドナーが研究に参加したが、レシピエント間で反応率に関して有意差はなかった。殆どの患者は１名のドナーから全てのＦＭＴを受けたが、ある時点で糞便の提供が得られなかったため、３名の患者は２名のドナーからＦＭＴを受けた（上述の表２）ことに留意されたい。

【0195】

実施例３
ドナーから患者への株の伝播と臨床効果
菌株の非類似度スコアは、比較対象の２種の試料のゲノム全体の塩基対類似度を比較することに基づいて、２個の異なる試料からの２種間で作成した（方法）。この方法が菌株の伝播を検出できるかどうかを調べるため、異なる研究時点における患者－ドナー間の非類似度を、これらが伝播イベントを有する可能性があるものとして計算した。患者－ドナー間の非類似度スコアは、１２００名を超える健常な対象からなる大規模な参照集団から計算された宿主間非類似度スコアと比較した^{１６、１７}。ＦＭＴ後の患者とそのドナーとの非類似度が異常に低い（検出閾値である０．００００５に満たない）場合が多い（２７０件の比較の内１３８件、５１％）ことが分かった。このように低い非類似度スコアは、研究用健常者集団で宿主間非類似度を比較した場合（４６０万件の比較の内５７７５件、０．１３％、図２－１の（Ａ））、また患者をそのドナーとベースラインで比較した場合（５７件の比較の内０件、０％）又はプラセボ２回投与後で比較した場合（５６件の比較の内０件、０％）でも殆ど見られなかった。これらの結果から、検出閾値未満の非類似度スコアは、患者における伝播イベントやドナー株のコロニー形成を示すことが示唆され、所定の検出閾値未満の非類似度は「伝播イベント」又は「菌株共有」と称される。

【0196】

全体として、ドナーから患者への伝播イベントが４８件検出され、ドナー当たり平均６±３．４件の伝播イベントがあり、糞便試料が入手可能であった８名の適格な患者において、少なくとも１件の伝播イベントが見られた（図２－２の（Ｂ））。１３種が複数の患者に伝播し、Prevotella copriは８名の患者中７名に伝播したため際立っていた（図２－２の（Ｃ））。

【0197】

次に同一患者の試料を自分自身と比較し、研究を通して腸内マイクロバイオームがどのように変化するかを、個々の患者の視点から研究した（図３Ａ及び図示せず）。殆どの患者において、ベースラインとプラセボ治療後の菌株間に高い類似度が見られ、マイクロバイオームの高い安定性が示された。これに対し、ＦＭＴ後には、ベースラインで菌株との高い非類似度が見られ、伝播イベントとマイクロバイオーム菌株プールの変化が示された。予想通り、患者をそのドナーと比較すると、各患者のベースラインとプラセボ後の試料の両方とドナーとの非類似度が高く、ＦＭＴ後には非類似度が低いという鏡像が明らかになった。以上まとめると、これらの結果から、（プラセボを含む）治療を行わない場合、患者の細菌株は経時的に安定しているが、ＦＭＴ後に一部の菌株がドナーから伝播し、患者に存在する以前の株と置き換わることが示唆される（図５の（Ｂ））。

【0198】

結果をより全体的に見る上で、試料間で比較可能な全ての種の非類似度スコアに基づいて、２種の試料間で集計された非類似度スコアを考案した（方法）。ｔ－分布型確率的近傍埋め込み法（ｔ－ＳＮＥ）分析を、全ての試料のペアワイズ非類似度マトリックスで行った（図６）。この全体的な観点では、ベースライン及びプラセボ試料は空間全体にランダムに分布しているのに対し、患者のＦＭＴ後の試料はそのドナー試料の近くに集まっていることが分かる。こうして、ＦＭＴ治療後、患者のマイクロバイオーム組成の菌株はそのドナーのものと類似しており、組成の大きな変化をもたらす細菌伝播イベントが示唆される。

【0199】

試料の相対的存在量データに基づいて計算されたブレイ－カーティス非類似度マトリックスについても同様の分析を行った（図示せず）。この場合、患者のＦＭＴ後のクラスターの殆どは空間全体にランダムに分布しており、ドナーの近くには位置していないが、これは、ＦＭＴの効果が相対的な存在量の変化よりも、特定の菌株の伝播によって反映されていることを示唆する。

【0200】

最後に、疾患重症度の改善（ＳＣＯＲＡＤスコアの変化）とドナーとその患者の試料非類似度との間に有意な相関関係を見出した（Ｒ＝０．７６、Ｐ＜４×１０^－８、図７）。これらの結果は、ドナーから患者への菌株伝播の程度と臨床的改善との関連を示しており、ＡＤの治療におけるドナーから患者への細菌株伝播の偶発的効果の可能性を示唆している。

【0201】

本発明をその特定の実施形態との関連で説明したが、多数の代替、修正及び変種が当業者には明らかであろう。従って、そのような代替、修正及び変種の全ては、添付の特許請求の範囲の趣旨及び広い範囲内に含まれることを意図するものである。

【0202】

本明細書で言及した全ての刊行物、特許及び特許出願は、個々の刊行物、特許及び特許出願のそれぞれについて具体的且つ個別に本明細書に援用する場合と同程度に、それらの全体を本明細書の一部を構成するものとして援用する。加えて、本願における如何なる参考文献の引用又は特定は、このような参考文献が本発明の先行技術として使用できることの容認として解釈されるべきではない。また、各節の表題が使用される範囲において、必ずしも限定として解釈されるべきではない。更に、本出願の優先権書類は、その全体が本明細書の一部を構成するものとしてここに援用する。

【0203】

参考文献
（他の参考文献は本出願全体に亘って引用されている）
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２． Renert-Yuval Y, Guttman-Yassky E. What’s new in atopic dermatitis. Dermatol Clin 2019;37(2):205-13.
３． Wollenberg A, Barbarot S, Bieber T, et al. Consensus-based European guidelines for treatment of atopic eczema (atopic dermatitis) in adults and children: part I. J Eur Acad Dermatol Venereol 2018;32(5):657-82.
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５． Pothmann A, Illing T, Wiegand C, Hartmann AA, Elsner P. The microbiome and atopic dermatitis: A review. Am J Clin Dermatol 2019
６． Szanto M, Dozsa A, Antal D, Szabo K, Kemeny L, Bai P. Targeting the gut-skin axis - Probiotics as new tools for skin disorder management? Exp Dermatol 2019
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８． Foliaki S, Pearce N, Bjorksten B, et al. Antibiotic use in infancy and symptoms of asthma, rhinoconjunctivitis, and eczema in children 6 and 7 years old: International Study of Asthma and Allergies in Childhood Phase III. J Allergy Clin Immunol 2009;124(5):982-9.
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【図1】

【図2-1】

【図2-2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【国際調査報告】