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特表2023-516497ＩＬ３３にリスクアレルを有する対象を治療するための治療方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-04-19
(54)【発明の名称】ＩＬ３３にリスクアレルを有する対象を治療するための治療方法
(51)【国際特許分類】
A61K 45/00 20060101AFI20230412BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20230412BHJP
C12Q 1/686 20180101ALI20230412BHJP
C12Q 1/6813 20180101ALI20230412BHJP
A61P 11/06 20060101ALI20230412BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20230412BHJP
C12Q 1/6883 20180101ALN20230412BHJP
C12N 15/09 20060101ALN20230412BHJP
C07K 16/24 20060101ALN20230412BHJP
【ＦＩ】
A61K45/00
C12Q1/6869 Z
C12Q1/686 Z
C12Q1/6813 Z
A61P11/06
A61K39/395 N
A61K39/395 D
C12Q1/6883 Z ZNA
C12N15/09 Z
C07K16/24
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022554540
(86)(22)【出願日】2021-03-11
(85)【翻訳文提出日】2022-11-08
(86)【国際出願番号】 EP2021056212
(87)【国際公開番号】W WO2021180858
(87)【国際公開日】2021-09-16
(31)【優先権主張番号】62/988,993
(32)【優先日】2020-03-13
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】508098350
【氏名又は名称】メドイミューン・リミテッド
【氏名又は名称原語表記】ＭｅｄＩｍｍｕｎｅ Ｌｉｍｉｔｅｄ
【住所又は居所原語表記】１ Ｆｒａｎｃｉｓ Ｃｒｉｃｋ Ａｖｅｎｕｅ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｃａｍｐｕｓ， Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ ＣＢ２ ０ＡＡ， ＵＮＩＴＥＤ ＫＩＮＧＤＯＭ
(74)【代理人】
【識別番号】100106518
【弁理士】
【氏名又は名称】松谷 道子
(74)【代理人】
【識別番号】100138911
【弁理士】
【氏名又は名称】櫻井 陽子
(72)【発明者】
【氏名】プラット，アダム サミュエル
(72)【発明者】
【氏名】ムタス，ハンス ダニエル
(72)【発明者】
【氏名】ガバラ，モニカ リン
(72)【発明者】
【氏名】ワン，ジンヤ
(72)【発明者】
【氏名】ゲオルギ，ベンヤミン フェリクス
(72)【発明者】
【氏名】ディン，メイ
【テーマコード（参考）】
4B063
4C084
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ42
4B063QR08
4B063QR32
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS34
4B063QX02
4C084AA17
4C084NA05
4C084ZA591
4C084ZA592
4C084ZA621
4C084ZA622
4C085AA13
4C085AA14
4C085BB11
4C085CC21
4C085EE01
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045BA10
4H045DA76
4H045EA20
(57)【要約】
本開示は、インターロイキン（ＩＬ）－３３媒介性障害に罹患している患者を治療する方法及び患者が、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患するリスクが増大しているか否かを判定するための方法又は障害に罹患している患者が、抗ＩＬ－３３療法に応答する増大した可能性を有するか否かを判定するための方法に関する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
喘息に罹患している患者を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを含み、前記患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法。
【請求項2】
喘息に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）前記患者由来の試料において、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）前記遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると前記患者を同定することを含み、クラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、前記患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法。
【請求項3】
患者が、喘息のリスクが増大しているか否かを判定するための方法であって、前記患者から得られた試料から、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、前記患者の遺伝子型が、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、前記患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法。
【請求項4】
ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを更に含む、請求項２又は３に記載の方法。
【請求項5】
前記ＩＬ－３３媒介性障害は、早期発症喘息である、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）におけるＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）におけるＧアレルから選択される多型の少なくとも１つのアレルを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項7】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル及び多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）における２つのＧアレルから選択される多型の少なくとも２つのアレルを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレル、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）におけるＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）におけるＧアレルを含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項9】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）における２つのＧアレルを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における１つ又は２つのＴアレルを含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記患者の前記遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含み、及び／又は前記遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項12】
喘息に罹患している患者を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを含み、前記患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法。
【請求項13】
喘息に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）前記患者由来の試料において、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）前記遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると前記患者を同定することを含み、クラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、前記患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法。
【請求項14】
患者が、喘息のリスクが増大しているか否かを判定するための方法であって、前記患者から得られた試料から、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、前記患者の遺伝子型が、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、前記患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法。
【請求項15】
ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを更に含む、請求項１３又は１４に記載の方法。
【請求項16】
前記喘息は、早期発症喘息である、請求項１２～１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）におけるＴアレルから選択される多型の少なくとも１つのアレルを含む、請求項１２～１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項18】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における２つのＴアレルから選択される多型の少なくとも２つのアレルを含む、請求項１２～１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における１つ又は２つのＴアレルを含む、請求項１２～１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項20】
前記患者の前記遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含み、及び／又は前記遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含む、請求項１２～１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項21】
喘息に罹患している患者を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを含み、前記患者の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法。
【請求項22】
喘息に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）前記患者由来の試料において、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）前記遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると前記患者を同定することを含み、クラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、前記患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法。
【請求項23】
患者が、喘息のリスクが増大しているか否かを判定するための方法であって、前記患者から得られた試料から、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、前記患者の遺伝子型が、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、前記患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法。
【請求項24】
ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを前記患者に投与することを更に含む、請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項25】
前記喘息は、早期発症喘息である、請求項２１～２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項26】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む、請求項２１～２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項27】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルを含む、請求項２１～２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項28】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における１つ又は２つのＣアレルを含む、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項29】
前記患者の前記遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含み、及び／又は前記遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル若しくはそれと連鎖不平衡にある少なくとも１つの多型を更に含む、請求項２１～２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記クラスター２、３又は１多型と連鎖不平衡にある前記多型は、０．４、任意選択で０．６以上のＤ’値を有する、請求項１～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記Ｄ’値は、０．８以上である、請求項３０に記載の方法。
【請求項32】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル及び／又は多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレルを含まない、請求項１～３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル及び／又は多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレルを含まない、請求項１～３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
喘息を有する患者の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又は表１に定義されるクラスター２多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、組成物。
【請求項35】
喘息に罹患している患者の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又は表１に定義されるクラスター２多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、使用。
【請求項36】
喘息を有する患者の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又は表２に定義されるクラスター３多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、組成物。
【請求項37】
喘息に罹患している患者の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又は表２に定義されるクラスター３多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、使用。
【請求項38】
喘息を有する患者の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又は表３に定義されるクラスター１多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、組成物。
【請求項39】
喘息に罹患している患者の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用であって、治療される前記患者の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又は表３に定義されるクラスター１多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、使用。
【請求項40】
前記喘息は、早期発症喘息である、請求項３４～３９のいずれか一項に記載の使用のための組成物又は使用。
【請求項41】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレル及び／又は多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）におけるＧアレルを含まない、請求項３４～４０のいずれか一項に記載の使用のための組成物又は使用。
【請求項42】
前記患者の前記遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレル及び／又は多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）における２つのＧアレルを含まない、請求項３４～４１のいずれか一項に記載の使用のための組成物又は使用。
【請求項43】
前記ＩＬ－３３結合アンタゴニストは、ＩＬ－３３結合アンタゴニスト、ＳＴ－２結合アンタゴニスト又はＩＬ－１ＲＡｃＰ結合アンタゴニストである、請求項１～４２のいずれか一項に記載の方法、使用のための組成物又は使用。
【請求項44】
前記ＩＬ－３３結合アンタゴニストは、抗体又はその抗原結合フラグメントである、請求項１～４３のいずれか一項に記載の方法、使用のための組成物又は使用。
【請求項45】
前記ＩＬ－３３結合アンタゴニストは、抗ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントである、請求項１～４４のいずれか一項に記載の方法、使用のための組成物又は使用。
【請求項46】
前記抗ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号３７の配列を有するＶＨＣＤＲ１、配列番号３８の配列を有するＶＨＣＤＲ２、配列番号３９の配列を有するＶＨＣＤＲ３、配列番号４０の配列を有するＶＬＣＤＲ１、配列番号４１の配列を有するＶＬＣＤＲ２及び配列番号４２の配列を有するＶＬＣＤＲ３を含む、請求項４５に記載の方法、使用のための組成物又は使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本出願は、２０２０年３月１３日に出願された米国仮特許出願第６２／９８８，９９３号明細書に対する優先権を主張する。この出願の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
本開示は、インターロイキン（ＩＬ）－３３媒介性障害に罹患している患者を治療する方法及び患者が、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患するリスクが増大しているか否かを判定するための方法又は障害に罹患している患者が、抗ＩＬ－３３療法に応答する増大した可能性を有するか否かを判定するための方法に関する。
【背景技術】
【0003】
インターロイキン－３３（ＩＬ－３３）は、ＩＬ３３遺伝子によってコードされるインターロイキン－１（ＩＬ－１）サイトカインファミリーのメンバーである。ＩＬ３３は、平滑筋細胞、上皮細胞及び内皮細胞などの構造細胞を含む複数の細胞タイプにおいて構成的に発現される。ＩＬ－３３の発現は、マクロファージ及び樹状細胞中の炎症性因子によっても誘導され得ることが報告されている。アレルゲン、毒素及び病原体などの環境誘因に起因する細胞ストレス並びに機構的損傷は、ＩＬ－３３の放出を招き得る。遊離ＩＬ－３３は、腫瘍形成抑制因子２（ＳＴ２）タンパク質及びインターロイキン－１受容体アクセサリータンパク質（ＩＬ－１ ＲＡｃＰ）から構成されるヘテロ二量体ＩＬ－３３受容体複合体と会合し、アダプタータンパク質であるミエロイド系分化一次応答８８（ＭｙＤ８８）及び場合によりＭｙＤ８８アダプター様（Ｍａｌ）タンパク質を介してＡＰ－１及びＮＦ－κＢ経路を活性化する。ＩＬ－３３は、ＩＩ型自然リンパ球（ＩＬＣ２）、マスト細胞、好塩基球、好酸球及び樹状細胞を含む多数の細胞タイプを刺激して、免疫応答を促進する。
【0004】
より最近では、ＩＬ－３３が還元型（ｒｅｄ－ＩＬ－３３）及び酸化型（ｏｘ－ＩＬ－３３）の両方で存在することが見出された。ＲｅｄＩＬ３３は、酸化前に約４時間の半減期で血清中に存在する。遊離のｒｅｄ－ＩＬ－３３は、ＳＴ２経路を介してシグナル伝達するが、ｏｘ－ＩＬ３３は、そうではない。逆に、ｏｘ－ＩＬ３３は、終末糖化産物受容体（ＲＡＧＥ）に結合するが、ｒｅｄ－ＩＬ－３３は、結合しない。ｏｘ－ＩＬ３３依存性のＲＡＧＥシグナル伝達は、上皮細胞の増殖及び遊走を阻害することが示されている。ＩＬ－３３／ＲＡＧＥ媒介性シグナル伝達を阻害すると、上皮遊走を増強させることができ、これは、ｏｘ－ＩＬ３３シグナル伝達の阻害が、例えば、損傷した上皮バリアの修復を増強させることにより、組織修復及び創傷治癒を促進するのに有益であり得ることを示唆している。
【0005】
したがって、ｒｅｄ－ＩＬ－３３及びｏｘ－ＩＬ－３３の生物学的役割並びに異常なＩＬ－３３シグナル伝達の病理学的結果を考慮すると、ＩＬ３３は、多数の疾患の治療に対する魅力的な標的である。特に興味深いことに、ゲノムワイド関連解析（ＧＷＡＳ）により、喘息、鼻ポリープ及びアレルギー性鼻炎を含む形質に関連するインターロイキン－３３（ＩＬ３３）並びに／又は喘息及び湿疹（例えば、アトピー性皮膚炎）に関連するＩＬ１ＲＬ１（ＳＴ２をコードする遺伝子）における共通の遺伝子バリアントが同定されている。
【0006】
ＩＬ－３３シグナル伝達に関連している多くの疾患において、依然として大きい臨床上の満たされていない必要性が存在する。例えば、コルチコステロイド抵抗性喘息は、依然として一般的であり、抗ＩＬ－５治療薬などの重度喘息の生物学的療法は、全ての患者で良好に機能しているわけではない。入手可能なエビデンスから、異なる喘息のエンドタイプが、異なる病理学的メカニズムによって引き起こされることが示唆される。ＩＬ－３３シグナル伝達は、一部の喘息のエンドタイプで特に重要であるが、他のエンドタイプで重要ではない可能性がある。同様に、ＩＬ－３３シグナル伝達は、ＣＯＰＤ、喘息とＣＯＰＤとのオーバーラップ（ＡＣＯ）及びアトピー性皮膚炎などの他の炎症性疾患の特定のエンドタイプにおいて重要であり得る可能性が高い。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0007】
したがって、ＩＬ－３３がいずれの疾患エンドタイプに対して大幅に寄与するか又は疾患病態を引き起こす可能性が最も高いかを識別することと、ＩＬ３３優性疾患表現型を有する患者をより正確に同定することとが当技術分野において依然として必要とされている。効果的な患者選択戦略により、標的治療戦略が可能となり、患者転帰の改善がもたらされる可能性がある。
【課題を解決するための手段】
【0008】
本開示は、インターロイキン（ＩＬ）－３３媒介性障害に罹患している患者を治療する方法及び患者が、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患するリスクが増大しているか否かを判定する方法に関する。
【0009】
一態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。
【0010】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）患者由来の試料において、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法が提供される。
【0011】
別の態様では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法であって、患者から得られた試料から、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法が提供される。
【0012】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。
【0013】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）患者由来の試料において、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法が提供される。
【0014】
別の態様では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している否かを判定するための方法であって、患者から得られた試料から、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法が提供される。
【0015】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。
【0016】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するための方法であって、（ａ）患者由来の試料において、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す、方法が提供される。
【0017】
別の態様では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法であって、患者から得られた試料から、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している、方法が提供される。
【0018】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害を有する対象の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又は表１に定義されるクラスター２多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0019】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又は表１に定義されるクラスター２多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0020】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害を有する対象の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又は表２に定義されるクラスター３多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0021】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又は表２に定義されるクラスター３多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0022】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害を有する対象の治療に使用するための、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む組成物が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又は表３に定義されるクラスター１多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0023】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象の治療に使用するための薬剤の製造におけるＩＬ－３３軸結合アンタゴニストの使用が提供され、ここで、治療される対象の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又は表３に定義されるクラスター１多型と連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている。
【0024】
本開示の例を、以下の図面を参照して単なる例として説明する。
【図面の簡単な説明】
【0025】
【図1】ＩＬ３３経路リスクスコアの関数としてのＵＫバイオバンクにおける対象の分布（上部パネル）及びリスクスコアの関数としての喘息リスクに関するロジスティック回帰の結果（下部パネル）を示す。
【図2】ＩＬ３３経路遺伝子スコアに基づく２つの最端部の喘息リスク群におけるＩＬ３３中の機能喪失型（ＬｏＦ）レアスプライスバリアント（ｒｓ１４６５９７５８７）に関連するオッズ比（ＯＲ）の比較を示す。
【図3】別の喘息リスク遺伝子（ＯＲＭＤＬ３、ＡＤＡＭ３３、ＴＳＬＰ）のセットに基づく遺伝子リスクスコアに基づく２つの最端部の喘息リスク群におけるＩＬ３３中の機能喪失型レアスプライスバリアント（ｒｓ１４６５９７５８７）に関連するオッズ比（ＯＲ）の比較を示す。
【図4】ＩＬ３３ ＬｏＦレアバリアントｒｓ１４６５９７５８７の保有者と非保有者との間の喘息発症年齢の密度プロットを示す。陰影領域は、発症年齢を画定し、それより下が早期発症とみなされる。
【図5】喘息のリスクバリアントとして同定された、ＵＫバイオバンク集団における３９個のＩＬ３３コモンバリアントの相関（即ちコモンバリアントの共存スコア）のクラスタリングを示す。プロットは、バリアントが高い内部相関を伴って共存する３つのクラスター（クラスター１、２及び３）の同定を示す。グレースケールバーは、ピアソン相関係数を示す。正の相関のみが、より高い相関を示すより暗い陰影で示される。
【図6】クラスター１、２及び３のバリアントの多くが、既知の転写因子結合部位を有する領域で見出されることを示す。
【図7】３９個のコモンバリアント並びに喘息及び発症年齢とのそれらの関連を示す。－ｌｏｇ１０（ボンフェローニＰ値）は、関連の統計学的有意性を示し、－ｌｏｇ１０（Ｐ）が大きいほど有意性が高いことを意味する。赤色の破線は、０．０５のｐ値を示す。
【図8】ｒｓ９２８４１３のアレルスコアのロジスティック回帰及び喘息リスクとの関連を示す。コードされたアレルＧは、ＧＴＥｘデータセットにおいてＩＬ３３発現を増加させている。ＵＫＢＢデータセットにおける遺伝子型の数及び頻度をそれぞれの推定値の隣の枠内に示す。
【図9】セグメント１１（ｒｓ１９２９９９５－Ｃ、ｒｓ１４７５６５８－Ｔ及びｒｓ１３２９８１１６－Ｔ）内の喘息のオッズ比の増加に関連するＳＮＰの選択により、ＩＬ－３３プロモーターによって引き起こされる発現のレベルを有意に調節できることを示す。活性％は、野生型のセグメント１１の発現レベルに対して正規化される。＊は、ｐ＜０．０５を意味し、＊＊＊は、ｐ＜０．００１を意味し、＊＊＊＊は、ｐ＜０．０００１を意味する。
【図10】セグメント１３（ｒｓ１４４８２９３１０－Ｔ、ｒｓ７０４６６６１－Ｃ及びｒｓ９９２９６９－Ａ）内の喘息のオッズ比の増加に関連するＳＮＰの選択により、ＩＬ－３３プロモーターによって引き起こされる発現のレベルを有意に調節できることを示す。活性％は、野生型のセグメント１３の発現レベルに対して正規化される。＊は、ｐ＜０．０５を意味し、＊＊＊は、ｐ＜０．００１を意味し、＊＊＊＊は、ｐ＜０．０００１を意味する。
【図11】ｒｓ７０３８８９３－Ｃが、ＩＬ－３３プロモーターによって引き起こされる発現のレベルを有意に調節することを示す。活性％は、ｒｓ７０３８８９３に野生型アレルを含むセグメントの発現レベルに対して正規化される。＊は、ｐ＜０．０５を意味する。
【図12】（ａ）多型ｒｓ７０３２５７２－Ｇ、（ｂ）多型ｒｓ１０８１５３６３－Ｔ、（ｃ）多型ｒｓ５５２３７６９７６－Ｔ、（ｄ）多型ｒｓ６２５５８４０７－Ｔ、（ｅ）多型ｒｓ１３２９１３２３－Ｃ、（ｆ）多型ｒｓ１４７５６５８－Ｔ、（ｇ）多型ｒｓ１３２９８１１６－Ｔ、（ｈ）多型ｒｓ１０９７５４８１－Ｇ、（ｉ）多型ｒｓ１４４８２９３１０－Ｔ、（ｊ）多型ｒｓ７０４６６６１－Ｃ、（ｋ）多型ｒｓ９９２９６９－Ａ、（ｌ）多型ｒｓ１０９７５４８８－Ｇ、（ｍ）多型ｒｓ９２８４１３－Ｇ又は（ｎ）（ｍ）多型ｒｓ７０３８８９３－Ｃの活性誘導型アレルを０個（リスクなし）、１つ（ヘテロ）又は２つ（リスク）有する対象についてのＵ－ＢＩＯＰＲＥＤ鼻擦過試料のＩＬ－３３発現プロファイルを示す。各活性誘導型アレルとＩＬ－３３との関連を、年齢及び性別を共変量として使用して線形回帰を用いて試験した。
【発明を実施するための形態】
【0026】
一般的な定義
本明細書で用いられる場合、「ＩＬ－３３」タンパク質とは、インターロイキン３３、具体的には哺乳動物インターロイキン－３３タンパク質、例えばＵｎｉＰｒｏｔ番号０９５７６０で寄託されているヒトタンパク質を指す。この実体は、単一の種ではなく、異なる機能的活性を有するいくつかの形態、例えば、完全長及びタンパク質分解的にプロセシングされた形態又は酸化及び還元形態で存在する（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ，２０１５ Ｎａｔ Ｃｏｍｍ ６：８３２７；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３）。還元型がインビボ及びインビトロで急速に酸化することを考慮すると、一般的に先行技術のＩＬ－３３への言及は、酸化型の検出に最も関連し得る。「ＩＬ－３３」並びに「ＩＬ－３３ポリペプチド」及び「ＩＬ－３３タンパク質」という用語は、互換的に使用される。特定の例では、ＩＬ－３３は、完全長（ＦＬ）タンパク質である。別の例では、ＩＬ－３３は、成熟し、タンパク質分解的にプロセシングされたＩＬ－３３の形態である。最近の研究から、ＦＬ ＩＬ－３３はある程度の活性を有していることが示唆されている（Ｃａｙｒｏｌ ａｎｄ Ｇｉｒａｒｄ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０６（２２）：９０２１－６（２００９）；Ｈａｙａｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ．３８７（１）：２１８－２２（２００９）；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３；Ｔａｌａｂｏｔ－Ａｙｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２８４（２９）：１９４２０－６（２００９））。しかしながら、ａａ ７２～２７０、７９～２７０、９５～２７０、９９～２７０、１０７～２７０、１０９～２７０、１１１～２７０、１１２～２７０を含むがこれらに限定されないＮ末端プロセシングを受けたＩＬ－３３は、活性が亢進している（Ｌｅｆｒａｎｃａｉｓ ２０１２，２０１４；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３）。別の例では、ＩＬ－３３には、完全長ＩＬ－３３、そのフラグメント又はＩＬ－３３変異体若しくはバリアントポリペプチドが含まれる場合があり、ＩＬ－３３のフラグメント又はＩＬ－３３バリアントポリペプチドは、活性ＩＬ－３３の一部又は全ての機能特性を保持している。
本明細書で用いられる場合、「ＩＬ－３３」タンパク質とは、インターロイキン３３、具体的には哺乳動物インターロイキン－３３タンパク質、例えばＵｎｉＰｒｏｔ番号０９５７６０で寄託されているヒトタンパク質を指す。この実体は、単一の種ではなく、異なる機能的活性を有するいくつかの形態、例えば、完全長及びタンパク質分解的にプロセシングされた形態又は酸化及び還元形態で存在する（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ，２０１５ Ｎａｔ Ｃｏｍｍ ６：８３２７；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３）。還元型がインビボ及びインビトロで急速に酸化することを考慮すると、一般的に先行技術のＩＬ－３３への言及は、酸化型の検出に最も関連し得る。「ＩＬ－３３」並びに「ＩＬ－３３ポリペプチド」及び「ＩＬ－３３タンパク質」という用語は、互換的に使用される。特定の例では、ＩＬ－３３は、完全長（ＦＬ）タンパク質である。別の例では、ＩＬ－３３は、成熟し、タンパク質分解的にプロセシングされたＩＬ－３３の形態である。最近の研究から、ＦＬ ＩＬ－３３はある程度の活性を有していることが示唆されている（Ｃａｙｒｏｌ ａｎｄ Ｇｉｒａｒｄ，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ １０６（２２）：９０２１－６（２００９）；Ｈａｙａｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｂｉｏｐｈｙｓ Ｒｅｓ Ｃｏｍｍｕｎ．３８７（１）：２１８－２２（２００９）；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３；Ｔａｌａｂｏｔ－Ａｙｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．２８４（２９）：１９４２０－６（２００９））。しかしながら、ａａ ７２～２７０、７９～２７０、９５～２７０、９９～２７０、１０７～２７０、１０９～２７０、１１１～２７０、１１２～２７０を含むがこれらに限定されないＮ末端プロセシングを受けたＩＬ－３３は、活性が亢進している（Ｌｅｆｒａｎｃａｉｓ ２０１２，２０１４；Ｓｃｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，２０１８ Ｓｃｉ Ｒｅｐ ８：３３６３）。別の例では、ＩＬ－３３には、完全長ＩＬ－３３、そのフラグメント又はＩＬ－３３変異体若しくはバリアントポリペプチドが含まれる場合があり、ＩＬ－３３のフラグメント又はＩＬ－３３バリアントポリペプチドは、活性ＩＬ－３３の一部又は全ての機能特性を保持している。
【0027】
本明細書で互換的に使用される「インターロイキン１受容体様１（ＩＬ １ ＲＬ １）」及び「ＳＴ２」という用語は、特に明記しない限り、霊長類（例えば、ヒト）並びにげっ歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物源に由来する任意の天然ＳＴ２を指す。ＳＴ２は、当技術分野においてＤＥＲ４、Ｔ１及びＦＩＴ－１とも称される。この用語は、「完全長の」未プロセシングＳＴ２及び細胞内のプロセシングから得られる任意の形態のＳＴ２を包含する。デュアルプロモーター系からの差次的ｍＲＮＡ発現から生じる可溶性型（ＩＬ １ ＲＬ １－ａとしても知られるｓＳＴ２）及び膜貫通型（ＩＬ １ ＲＬ １－ｂとしても知られるＳＴ２Ｌ）並びに選択的スプライシングから生じるＳＴ２Ｖ及びＳＴ２ＬＶを含む、少なくとも４種のＳＴ２のアイソフォームが当技術分野において公知である。ＳＴ２Ｌのドメイン構造は、３つの細胞外免疫グロブリン様Ｃ２ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞質Ｔｏｌｌ／インターロイキン－１受容体（ＴＩＲ）ドメインを含む。ｓＳＴ２は、ＳＴ２Ｌ内に含まれる膜貫通ドメイン及び細胞質ドメインを欠き、９個のユニークなアミノ酸（ａ．ａ．）Ｃ末端配列を含む（例えば、Ｋａｋｋａｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃ．４０ ７：８２７－８４０，２００８を参照されたい）。ｓＳＴ２は、可溶性ＩＬ－３３を阻害するためのデコイ受容体として機能し得る。この用語は、ＳＴ２の天然に存在するバリアント、例えばスプライスバリアント（例えば、第３の免疫グロブリンモチーフを欠き、ユニークな疎水性尾部を有するＳＴ２Ｖ及びＳＴ２Ｌの膜貫通ドメインを欠くＳＴ２ＬＶ）又はアレルバリアント（例えば、本明細書に記載されている、喘息リスクから保護するか又は喘息リスクを付与するバリアント）も包含する。例示的なヒトＳＴ２のアミノ酸配列は、例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢアクセッション番号００１６３８に見出すことができる。ＳＴ２は、補助受容体タンパク質ＩＬ－１ ＲＡｃＰと共にＩＬ－３３受容体の一部である。ＳＴ２及び補助受容体インターロイキン－１受容体アクセサリータンパク質（ＩＬ－１ ＲＡｃＰ）へのＩＬ－３３の結合により、１：１：１の三元シグナル伝達複合体が形成され、下流のシグナル伝達が促進される（Ｌｉｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ １７（１０）：１３９８－１４１０，２００９及びＬｉｕ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１１ ０（３７）：１４９１８－１４９２４，２０１３）。
【0028】
いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性炎症性疾患は、喘息、敗血症、敗血症性ショック、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、関節リウマチ、慢性閉塞性肺疾患（ＣＯＰＤ）、喘息、ＣＯＰＤオーバーラップ症候群（ＡＣＯＳ）、慢性気管支炎、肺気腫、慢性鼻副鼻腔炎（鼻ポリープの有無を問わない）、血管炎、ＧｖＨＤ、ぶどう膜炎、慢性特発性蕁麻疹、副鼻腔炎又は膵炎のいずれかであり得る。
【0029】
いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性障害は、喘息である。いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性障害は、成人喘息である。いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性障害は、早期発症喘息である。本明細書で定義される場合、「早期発症」喘息とは、２５歳以前に、好ましくは１８歳以前に喘息と診断された対象を指す。診断は、例えば、喘息を診断するための多くの周知の方法のいずれか１つを使用して、臨床医によって行われ得る。早期発症喘息の罹患者に使用するための本明細書に開示される方法は、１８歳未満の対象に限定されないことを理解されたい。例えば、本方法は、成人（本明細書では１８歳以上と定義）に使用され得るが、この成人は１８歳以前から喘息に罹患している。
【0030】
いくつかの例では、喘息は、軽度喘息、中等度喘息、重度喘息、非好酸球性喘息、低好酸球性喘息及び高好酸球性喘息であり得る。
【0031】
「軽度喘息」及び「中等度喘息」という用語は、本明細書で使用される場合、喘息管理国際指針（ＧＩＮＡ）尺度が３以下、好適にはＧＩＮＡ尺度が２又は３である喘息を指す。ＧＩＮＡ尺度は、以下の基準に基づいて喘息の重症度を測定する（“Ｐｏｃｋｅｔ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ，”Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ；２０１９を参照されたい）。
【0032】
「重度喘息」という用語は、本明細書で使用される場合、良好なコントロールを維持するために高強度治療（例えば、ＧＩＮＡステップ４及びステップ５）を必要とする喘息又は高強度治療にもかかわらず良好なコントロールが達成されない喘息を指す（ＧＩＮＡ，Ｇｌｏｂａｌ Ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ．Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｉｔｉａｔｉｖｅ ｆｏｒ Ａｓｔｈｍａ（ＧＩＮＡ）Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１２）。
【0033】
いくつかの例では、喘息は、高好酸球性喘息であり得る。「高好酸球性喘息」という用語は、本明細書で使用される場合、３００細胞／μＬ以上のスクリーニング血中好酸球数を有する喘息患者を指す。
【0034】
いくつかの例では、喘息を有する対象は、ベースラインレベルを超えて著しく上昇しないスクリーニング血中好酸球数を有し得る。ベースラインレベルは、非喘息健常対象の予想される血中好酸球数であり得る。いくつかの例では、ベースラインレベルは、２００細胞／μＬ以下であり得る。いくつかの例では、ベースラインレベルは、１５０細胞／μＬ以下であり得る。
【0035】
「有効量」という用語は、哺乳動物、例えば、ヒトなどの対象又は患者の疾患又は障害を治療するのに有効な薬物の量を指す。
【0036】
「遺伝子型」という用語は、個体又は試料に含まれる遺伝子のアレルの記述を指す。本開示に関連して、個体の遺伝子型と、その個体に由来する試料の遺伝子型は区別されない。遺伝子型は、典型的には二倍体細胞の試料から判定されるが、遺伝子型は精子細胞などの一倍体細胞の試料から判定することができる。
【0037】
「ＩＬ－３３軸」とは、ＩＬ－３３シグナル伝達に関与する核酸（例えば、遺伝子若しくは遺伝子から転写されたｍＲＮＡ）又はポリペプチドを意味する。例えば、ＩＬ－３３軸は、リガンドＩＬ－３３、受容体（例えば、ＳＴ２及び／若しくはＩＬ－１ ＲＡｃＰ）、アダプター分子（例えば、ＭｙＤ８８）又は受容体分子及び／若しくはアダプター分子と会合するタンパク質（例えば、インターロイキン－１受容体関連キナーゼ１（ＩＲＡＫ１）及びインターロイキン－１受容体関連キナーゼ４（ＩＲＡＫ４）などのキナーゼ若しくはＴＮＦ受容体関連因子６（ＴＲＡＦ６）などのＥ３ユビキチンリガーゼ）を含み得る。
【0038】
「患者」という用語は、診断又は治療が望まれるヒト対象を指す。「患者」及び「対象」という用語は、本明細書では互換的に使用される。患者は、臨床患者、臨床試験志願者、実験動物などであり得る。
【0039】
「～に罹患している患者」という用語は、例えば、ＩＬ－３３媒介性障害（例えば、早期発症喘息などの喘息）などの、特定の疾患に関する臨床徴候を示す患者を指す。
【0040】
集団中で複数の配列が考えられるゲノム中のヌクレオチド位置は、本明細書では「多型」又は「多型部位」と称される。多型部位は、例えば、２つ以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列、挿入されたヌクレオチド若しくはヌクレオチド配列、欠失したヌクレオチド若しくはヌクレオチド配列又はマイクロサテライトであり得る。２以上のヌクレオチド長である多型部位は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４若しくは１５以上、２０以上、３０以上、５０以上、７５以上、１００以上、５００以上又は約１０００のヌクレオチド長であり得、ヌクレオチド配列の全て又は一部は領域内で異なる。一塩基長である多型部位は、本明細書では、下記の通り一塩基多型（ＳＮＰ）と称される。多型部位に２つ、３つ又は４つの別のヌクレオチド配列がある場合、各ヌクレオチド配列は、「多型バリアント」又は「核酸バリアント」と称される。ＤＮＡ配列中の可能性のあるバリアントの各々は、「アレル」と称される。典型的には、最初に同定されたアレル形態は任意に参照形態と呼称され、他のアレル形態は代替アレル又はバリアントアレルと呼称される。「コモン」アレルは、所与の集団において優勢であるアレルであり、例えば、このアレルは、集団の複数のメンバー中に、約２％を超える一般に許容される頻度で存在する。２つの多型バリアントが存在する場合、集団からの試料の大部分に示される多型バリアントは、「優勢アレル」又は「メジャーアレル」と称され、集団中のそれよりも優勢ではない多型バリアントは「アンコモンアレル」又は「マイナーアレル」と称される。２つのメジャーアレル又は２つのマイナーアレルを保有する個体は、多型に関して「ホモ接合性」である。１つのメジャーアレル及び１つのマイナーアレルを保有する個体は、多型に関して「ヘテロ接合性」である。Ｃ／Ｇ又はＡ／Ｔ ＳＮＰを有する場合、アレルは不明瞭であり、遺伝子型同定プラットフォームからデータを抽出するために使用される鎖に依存する。これらのＣ／Ｇ又はＡ／Ｔ ＳＮＰを有する場合、Ｃ若しくはＧヌクレオチド又はＡ若しくはＴヌクレオチドのそれぞれがリスクアレルであり得、これらは、アレル頻度の相関によって判定される。
【0041】
疾患又は障害（例えば、喘息などのＩＬ－３３媒介性障害）のリスクの増加と相関するか、又は１を超えるオッズ比又は相対リスクと関連するアレルは、「リスクアレル」又は「効果アレル」と称される。「リスクアレル」又は「効果アレル」は、マイナーアレル又はメジャーアレルであり得る。
【0042】
「等価アレル」又は「代用アレル」は、本明細書で使用される場合、リスクアレルと同様に挙動することが予想され、アレル頻度並びに／又は本明細書で定義されるリスクアレル及び／若しくは選択されたＳＮＰとの高いｒ２値（０．６以上（≧））及び／若しくは高いＤ’値（≧０．６）に基づいて選択されるアレルを指す。例えば、高ｒ２値は、≧０．６、≧０．７、≧０．８、≧０．９又は１．０である。一例では、高Ｄ’値は、≧０．６、≧０．７、≧０．８、≧０．９又は１．０である。
【0043】
「連鎖不平衡」又は「ＬＤ」は、本明細書で使用されるとき、ランダムに関連しない、即ちそれらの頻度に比例して関連しない、異なる遺伝子座にあるアレルを指す。アレルが正の連鎖不平衡にある場合、アレルは予想される推定統計的独立よりも高頻度で共に存在する。逆に、アレルが負の連鎖不平衡にある場合、アレルは予想される推定統計的独立よりも低頻度で共に存在する。いくつかの例では、連鎖不平衡にある等価の多型は、前記多型に対して０．６～０．８（但し０．８を含まない）のＤ’値を有する。いくつかの例では、連鎖不平衡にある等価の多型は、０．８以上のＤ’値を有する。
【0044】
本明細書で使用されるとき、「オッズ比」又は「ＯＲ」とは、マーカー（アレル又は多型）を有さない個体における疾患のオッズに対する、マーカー（アレル又は多型）を有する個体に関する疾患のオッズの比を指す。
【0045】
「ハプロタイプ」は、本明細書で使用されるとき、単位として通常遺伝するのに十分密接に連結されている、単一の染色体上のアレルの群を指す。
【0046】
治療方法
一塩基多型（ＳＮＰ）は、ＩＬ３３媒介性早期発症喘息のリスク増加と関連していることが認められている。ＩＬ３３の遺伝子バリアントは、これまで早期発症喘息と関連していないと考えられている。更に、これらのリスクアレルの負荷がより高い個体は、疾患リスクの負荷がより高いことが認められている。例えば、クラスター２リスクアレルｒｓ９２８４１３がヘテロ接合性である個体は、非リスクアレルのホモ接合性保有者と比較して、喘息を発症する付随リスクがより高い（図８）。加えて、リスクアレルｒｓ９２８４１３がホモ接合性である個体は、リスクアレルのヘテロ接合性保有者と比較して、喘息を発症する付随リスクがより高い。
一塩基多型（ＳＮＰ）は、ＩＬ３３媒介性早期発症喘息のリスク増加と関連していることが認められている。ＩＬ３３の遺伝子バリアントは、これまで早期発症喘息と関連していないと考えられている。更に、これらのリスクアレルの負荷がより高い個体は、疾患リスクの負荷がより高いことが認められている。例えば、クラスター２リスクアレルｒｓ９２８４１３がヘテロ接合性である個体は、非リスクアレルのホモ接合性保有者と比較して、喘息を発症する付随リスクがより高い（図８）。加えて、リスクアレルｒｓ９２８４１３がホモ接合性である個体は、リスクアレルのヘテロ接合性保有者と比較して、喘息を発症する付随リスクがより高い。
【0047】
驚くべきことに、ＩＬ３３のリスクアレルと早期発症喘息との相関は、血中好酸球数の臨床的に有意な増加のみに関連しているわけではない（表８）。ＩＬ３３が２型（Ｔ２）炎症応答を増幅することによってアトピー性喘息モデルにおける病態を引き起こすという仮説が、これまでに立てられている。Ｔ２応答のＩＬ３３活性化の下流での結果は、好酸球の局所動員及び活性化の増加である。実施例は、原因となるリスクアレルが好酸球活性化のみによってＩＬ３３媒介性疾患リスクを高めるわけではない可能性があることを示唆している。したがって、データは、原因となるＩＬ３３ ＳＮＰが、ＩＬ－３３媒介性疾患を、特に早期発症喘息を有する対象において、Ｔ２炎症メカニズムのみによって引き起こすわけではない可能性があることを初めて示すと考えられる（表８）。
【0048】
データは、対象の遺伝子型をスクリーニングすることにより、喘息、特に早期発症喘息などの炎症性障害を含むＩＬ３３媒介性障害を有する対象をスクリーニングし、同定することも可能であり得ることを示唆する。ＩＬ３３媒介性疾患を有する対象を、それらの遺伝子型に基づいて同定可能であることにより、その個体が応答する可能性が最も高いＩＬ３３遮断療法を用いた対象への早期介入が可能となる。特に、本開示は、抗ＩＬ－３３ベースの療法から恩恵を受ける可能性があり、上記療法の最適な候補としてこれまで選択されていなかった可能性がある、ＩＬ３３によって引き起こされる表現型を有する患者サブグループの同定（特に、患者が血中好酸球レベルなどのより伝統的なＩＬ３３ベースのバイオマーカーを使用する療法にこれまで選択されていた場合）を示す。したがって、本開示は、抗ＩＬ３３療法に応答する可能性が最も高い対象を同定し、その対象に抗ＩＬ３３療法を送達するための精密さに基づいたアプローチを潜在的に提供する。
【0049】
したがって、本開示は、ＩＬ－３３媒介性障害（例えば、喘息、例えば早期発症喘息などの炎症性障害）に罹患している患者を治療する方法を提供する。特に、本明細書に開示される治療方法は、患者のゲノム内の表１、２及び３に定義されるクラスター１、２又は３多型の少なくとも１つのアレルの存在に基づいて、患者に治療薬を投与することを含む。
【0050】
実施例では、クラスター１、２及び３多型の様々なアレルが、喘息、例えば早期発症喘息などのＩＬ－３３媒介性障害の発症及び／又は進行中の病態の原因であり得ることが報告される。リスクアレル多型は、アレルの相関の高さに基づいてクラスタリングされる（各クラスター内の多型は連鎖不平衡にあり得ることが示唆される）（図５を参照されたい）。換言すれば、各クラスターは、「等価アレル」のセットを表す。本開示の重要な要素は、単に疾患に関連するアレルではなく、原因となる可能性のあるアレルの同定である。例えば、複数のアレルは、喘息のリスク増加と関連し得るが、必ずしも根底にある疾患の原因であるとは限らない。実施例は、各クラスター内の少なくともＳＮＰのサブセットが、基礎条件下、低サイトカイン条件下及び高サイトカイン条件下での発現の増加を含め、様々な条件下でＩＬ－３３発現を増加させることを明確に明らかにする。したがって、本開示は、対象が特定の疾患の素因を有することを示すのみならず、疾患がＩＬ－３３遺伝子の発現を増加させる多型によって引き起こされ得ることを示す遺伝子マーカーを実際に初めて同定する。したがって、本開示は、これらのＳＮＰが早期発症喘息を含む喘息などのＩＬ－３３の媒介により引き起こされる疾患の原因となる可能性があることを初めて同定するものである。
【0051】
したがって、本明細書では、ＩＬ３３媒介性障害に罹患している患者を治療する方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。いくつかの例では、患者の遺伝子型は、表１に記載されているクラスター２アレルの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又は７つを含む。
【0052】
【表1】
【0053】
「クラスター２」多型は、第９染色体の６１９３４５５～６２１３４６８位のＩＬ３３ゲノム領域におけるアレル多型を定義する。例示的なクラスター２多型は、表１に記載されている。実施例で説明されるように、クラスター２多型は、喘息のリスク（オッズ比（ＯＲ））の増加と関連する。バリアントｒｓ９９２９６９について最も強い関連が認められた（ＯＲ＝１．１３（ＣＩ １．１２－１．１５）、Ｐ＝２．３２×１０－７３（表７を参照されたい）。所与のＯＲは、非リスクアレルがホモ接合性の個体とヘテロ接合性の個体との比較に関するものである。興味深いことに、クラスター２多型の各々は、早期発症喘息のリスク増加と関連する。ｒｓ９９２９６９の早期発症との関連は、ＯＲ＝１．１４（１．１－１．１８）、Ｐ＝７．５２×１０－２０であった。驚くべきことに、早期発症疾患との関連は、血中好酸球数とは無関係であり（表８）、これは、ＩＬ３３によって引き起こされる早期発症喘息が高好酸球数のみによって媒介されるわけではないことを示唆している。
【0054】
クラスター２多型は、ＩＬ３３遺伝子のタンパク質コード領域の上流で見出され、これは、これらがＩＬ３３のアミノ酸変化をコードしないことを意味する。したがって、クラスター２のＳＮＰは、ＩＬ３３の機能獲得型バリアントをコードしない。そのため、ＳＮＰの原因的役割は、本質的に調節性であり得る。例えば、理論に束縛されることを望まないが、ＳＮＰは、非リスク多型を有する対象と比較して野生型ＩＬ３３の発現レベルを増加させ得る。非コードゲノム領域は、遺伝子の発現を誘導（又は抑制）する重要なシス作用性調節エレメントを含む。例えば、非コード領域は、転写リプレッサー又はアクチベーターを動員することができる転写因子結合エレメント（ＴＦＢＥ）を含む。ＴＦＢＥ内の変異は、これらのトランス調節エレメントの結合の強度に影響を及ぼす場合があり、これによりＴＦＢＥが会合する遺伝子の発現レベルが増大される。したがって、クラスター２多型は、ＩＬ３３の発現を調節解除することによりＩＬ－３３によって引き起こされる病態を引き起こす可能性があり、ＩＬ－３３をより多く産生させ得る。これは、より高濃度の貯蔵されたＩＬ３３の放出によって誘発される異常なＩＬ－３３媒介性シグナル伝達がより多く誘導されることを意味する。これは、急性増悪が一般的であるＩＬ－３３媒介性障害に特に関連し得る。代わりに又は加えて、クラスター２多型は、ＩＬ－３３の漏出性発現及び放出をもたらす場合があり、これは、ＩＬ－３３媒介性障害がＩＬ３３シグナル伝達の慢性症状を特徴とする場合に関連し得る。
【0055】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型の少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又は７つ）を含むと判定されている。
【0056】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0057】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレルの各々の少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0058】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0059】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0060】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0061】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレルを含む。
【0062】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0063】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレルを含む。
【0064】
多型ｒｓ９２８４１３に１つのＧアレルを有する遺伝子型を有する対象は、ＩＬ－３３媒介性障害の喘息のリスクが約１４％増加することが判明している（図８を参照されたい）。多型ｒｓ９２８４１３に２つのＧアレルを有する遺伝子型は、ＵＫＢデータセットにおいて喘息リスクを約２８％増加させる。実施例は、多型ｒｓ９２８４１３におけるＧアレルが低サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増加させることも示す。
【0065】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。実施例は、多型ｒｓ９９２９６９におけるＡアレルも低サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増加させることを示す。
【0066】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレルを含む。
【0067】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0068】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレルを含む。
【0069】
表１に記載のクラスター２多型とＬＤにあることによるなど、クラスター２に関連するいくつかの更なる多型は、以下を含む。
【0070】
【表2】
【0071】
実施例は、これらの多型が基礎条件、低サイトカイン条件及び／又は高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増加させることを示しており、これらのＳＮＰがＩＬ－３３媒介性障害の発症原因であることを示唆している。
【0072】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）におけるＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）におけるＧアレルから選択される少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0073】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における少なくとも１つのＴアレルを含むと判定されている。いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における２つのＴアレルを含むと判定されている。実施例は、多型ｒｓ１０８１５３６３におけるＴアレルが、基礎条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増強させることを示す。
【0074】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における少なくとも１つのＴアレルを含むと判定されている。いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における２つのＴアレルを含むと判定されている。実施例は、多型ｒｓ１４７５６５８におけるＴアレルが、基礎条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増強させることを示す。
【0075】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。いくつかの例では、患者の遺伝子型は、表２に記載されているクラスター３アレルの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又は１０個を含む。
【0076】
【表3】
【0077】
「クラスター３」多型は、第９染色体の６１７２３８０～６２１９１７６位のＩＬ３３ゲノム領域におけるアレル多型を定義する。実施例で説明されるように、クラスター３多型は、喘息のリスク（オッズ比（ＯＲ））の増加と関連する（表７を参照されたい）。所与のＯＲは、非リスクアレルがホモ接合性の個体とヘテロ接合性の個体との比較に関するものである。興味深いことに、クラスター３多型の各々は、血中好酸球数とは無関係である早期発症喘息のリスク増加にも関連し（表８）、これは、ＩＬ３３によって引き起こされる早期発症喘息が高好酸球数のみによって媒介されるわけではないことを示唆している。
【0078】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル及び多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルから選択されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又は１０個）を含むと判定されている。
【0079】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル並びに多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルの各々の少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0080】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0081】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0082】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0083】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、それと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0084】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0085】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0086】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0087】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、それと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0088】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。実施例は、これらの多型におけるこれら３つのアレルの各々が、低及び高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を驚くほど増加させることを示す。
【0089】
２つの更なるクラスター３多型又は表２に記載の少なくとも１つのクラスター３多型と高い連鎖不平衡にある多型には、以下が含まれる。
【0090】
【表4】
【0091】
実施例は、これらの多型が基礎条件、低サイトカイン条件及び／又は高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増加させることを示しており、これらのＳＮＰがＩＬ－３３媒介性障害の発症原因であることを示唆している。
【0092】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）における少なくとも１つのＴアレルを含むと判定されている。いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）における２つのＴアレルを含むと判定されている。実施例は、多型ｒｓ５５２３７６９７６におけるＴアレルが、低及び高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増強させることを示す。
【0093】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における少なくとも１つのＴアレルを含むと判定されている。いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における２つのＴアレルを含むと判定されている。実施例は、多型ｒｓ１３２９８１１６におけるＴアレルが、基礎条件及び高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を増強させることを示す。
【0094】
別の態様では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象を治療するための方法であって、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを対象に投与することを含み、患者の遺伝子型は、表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含むと判定されている、方法が提供される。いくつかの例では、患者の遺伝子型は、表３に記載されているクラスター１アレルの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個又は１５個を含む。
【0095】
【表5】
【0096】
「クラスター１」多型は、第９染色体の６２２２１４９～６２４３３９２位のＩＬ－３３ゲノム領域におけるアレル多型を定義する。実施例で説明されるように、クラスター１多型は、喘息のリスク（オッズ比（ＯＲ））の増加と関連する。バリアントｒｓ１０９７５５０７について最も強い関連が認められた（ＯＲ＝１．１（ＣＩ １．０９－１．１２）、Ｐ＝１．５４×１０－４０（表７を参照されたい）。所与のＯＲは、非リスクアレルがホモ接合性の個体とヘテロ接合性の個体との比較に関するものである。興味深いことに、クラスター１多型の各々は、早期発症のリスク増加と関連する。ｒｓ１０９７５５０７の早期発症との関連は、ＯＲ＝１．１１（ＣＩ １．０８－１．１４）、Ｐ＝３．１９×１０－１１であった。驚くべきことに、早期発症疾患との関連は、血中好酸球数とは無関係であり（表８）、これは、ＩＬ３３によって引き起こされる早期発症喘息が高好酸球数のみによって媒介されるわけではないことを示唆している。
【0097】
クラスター２及び３多型と同様に、クラスター１多型は、ＩＬ－３３遺伝子のタンパク質コード領域のアミノ酸変化をコードしない。したがって、クラスター１多型は、上記の調節メカニズムを介してＩＬ－３３媒介性病態を引き起こし得る。
【0098】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0099】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル及び多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0100】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル及び多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレルの各々の少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0101】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0102】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含むと判定されている。
【0103】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0104】
いくつかの例では、治療される患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルを含むと判定されている。
【0105】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0106】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレルを含む。
【0107】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0108】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレルを含む。
【0109】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における少なくとも１つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0110】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における少なくとも１つのＣアレルを含む。
【0111】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0112】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレルを含む。
【0113】
別の例では、実施例は、ＩＬ３３媒介性障害を有するか又は発症する付随リスクを低下させる一連のＳＮＰも開示する。実施例は、表４に示される多型に少なくとも１つのアレルを有することが、ＩＬ３３媒介性障害である喘息を有するか又は発症するリスクに関連するオッズ比を低下させることを示す。
【0114】
【表6】
【0115】
したがって、上記の方法のいずれかにおいて、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレルから選択される少なくとも１つの多型を含まないと更に判定されていてもよい。
【0116】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレルの各々の少なくとも１つを含まないと更に判定されていてもよい。
【0117】
一例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレルから選択される２つの多型を含まないと更に判定されていてもよい。
【0118】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレル、を含まないと更に判定されていてもよい。
【0119】
特定の例では、患者の遺伝子型は、上述のクラスター１、２及び３多型の組み合わせを含むと判定されている。患者の遺伝子型がクラスター２多型を含むと判定されている上記の例では、患者の遺伝子型は、表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレル及び／又は表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。患者の遺伝子型がクラスター３多型を含むと判定されている例では、患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル及び／又は表３に定義されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。患者の遺伝子型がクラスター１多型を含むと判定されている例では、患者の遺伝子型は、表１に定義されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレル及び／又は表２に定義されるクラスター３多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。
【0120】
診断方法
本開示は、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定又は同定するための方法も提供する。
本開示は、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定又は同定するための方法も提供する。
【0121】
いくつかの例では、本方法は、（ａ）患者由来の試料において、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター２多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0122】
クラスター２
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又は７つ）の存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又は７つ）の存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0123】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0124】
いくつかの例では、以下の多型：多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレルの各々の少なくとも１つの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0125】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0126】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル及び多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレルから選択されるクラスター２多型の２つのアレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0127】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0128】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0129】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0130】
いくつかの例では、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0131】
いくつかの例では、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0132】
いくつかの例では、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0133】
いくつかの例では、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0134】
いくつかの例では、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0135】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）におけるＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0136】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0137】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における１つ又は２つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0138】
いくつかの例では、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における１つ又は２つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0139】
クラスター３
いくつかの例では、本方法は、（ａ）患者由来の試料において、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
いくつかの例では、本方法は、（ａ）患者由来の試料において、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター３多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0140】
いくつかの例では、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル並びに多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ又は１０個）の存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0141】
いくつかの例では、以下の多型：多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル並びに多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルの各々の少なくとも１つの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0142】
いくつかの例では、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0143】
いくつかの例では、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0144】
いくつかの例では、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0145】
いくつかの例では、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0146】
いくつかの例では、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0147】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0148】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0149】
いくつかの例では、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）における１つ又は２つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0150】
いくつかの例では、多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における１つ又は２つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0151】
クラスター１
いくつかの例では、本方法は、（ａ）患者由来の試料において、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
いくつかの例では、本方法は、（ａ）患者由来の試料において、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを含み、クラスター１多型の少なくとも１つのアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0152】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個又は１５個）の存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0153】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル、多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0154】
いくつかの例では、以下の多型：多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル、多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレルの各々の少なくとも１つの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0155】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0156】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0157】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0158】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0159】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0160】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0161】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0162】
いくつかの例では、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0163】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における１つ若しくは２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0164】
いくつかの例では、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における１つ又は２つのＣアレルの存在は、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0165】
クラスター４
いくつかの例では、本明細書に開示される診断方法のいずれかは、（ａ）患者由来の試料において、表４に定義される少なくとも１つの多型の遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを更に含み、表４に定義される多型の少なくとも１つのアレルが存在しないことは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
いくつかの例では、本明細書に開示される診断方法のいずれかは、（ａ）患者由来の試料において、表４に定義される少なくとも１つの多型の遺伝子型を判定すること；（ｂ）遺伝子型に基づいて、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があると患者を同定することを更に含み、表４に定義される多型の少なくとも１つのアレルが存在しないことは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0166】
いくつかの例では、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレルから選択される少なくとも１つの多型が存在しないことは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0167】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレルの各々の少なくとも１つを含まないと判定されており、これは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0168】
一例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレルから選択される２つの多型を含まないと判定されており、これは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0169】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル及び多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレル、を含まないと判定されており、これは、患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する増大した可能性を有することを示す。
【0170】
本開示は、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法も提供する。
【0171】
いくつかの例では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法は、患者から得られた試料から、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表１に定義される少なくとも１つのクラスター２多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している。
【0172】
クラスター２
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレルを含む。
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択されるクラスター２多型の少なくとも１つのアレルを含む。
【0173】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ又は７つ）を含む。
【0174】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）におけるＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）におけるＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）におけるＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）におけるＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）におけるＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）におけるＡアレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）におけるＴアレルの各々の少なくとも１つを含む。
【0175】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル及び多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0176】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１８８８９０９（配列番号４４）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ３９３９２８６（配列番号４６）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ２３８１４１６（配列番号４７）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ９２８４１２（配列番号４８）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７８４８２１５（配列番号４９）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0177】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0178】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における少なくとも１つのＧアレルを含む。
【0179】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0180】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９２８４１３（配列番号４３）における２つのＧアレルを含む。
【0181】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0182】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における少なくとも１つのＡアレルを含む。
【0183】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0184】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ９９２９６９（配列番号４５）における２つのＡアレルを含む。
【0185】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）におけるＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）におけるＧアレルから選択される少なくとも１つのアレルを含む。
【0186】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０４６６６１（配列番号８２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ６２５５８４０７（配列番号８４）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８１（配列番号８６）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0187】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０８１５３６３（配列番号８３）における１つ又は２つのＴアレルを含む。
【0188】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４７５６５８（配列番号８５）における１つ又は２つのＴアレルを含む。
【0189】
クラスター３
いくつかの例では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法は、患者から得られた試料から、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している。
いくつかの例では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法は、患者から得られた試料から、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表２に定義される少なくとも１つのクラスター３多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している。
【0190】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル及び多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0191】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル並びに多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレルの各々の少なくとも１つを含む。
【0192】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４７９（配列番号５２）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６９９１９１（配列番号５３）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１３４２３２６（配列番号５５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２０６６３６２（配列番号５６）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４２８０７０６９（配列番号５７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ９７７５０３９（配列番号５９）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0193】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0194】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0195】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0196】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７２６９９１８６（配列番号５１）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0197】
いくつかの例では、遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0198】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0199】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、それと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0200】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３２５７２（配列番号５４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４４８２９３１０（配列番号５０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０９７５４８８（配列番号５８）における２つのＧアレルから選択される多型における２つのアレルを含む。実施例は、これらの多型におけるこれら３つのアレルの各々が、低及び高サイトカイン条件下でＩＬ－３３プロモーターからの発現を驚くほど増加させることを示す。
【0201】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ５５２３７６９７６（配列番号８７）における１つ又は２つのＴアレルを含む。
【0202】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１３２９８１１６（配列番号８８）における１つ又は２つのＴアレルを含む。
【0203】
クラスター１
いくつかの例では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法は、患者から得られた試料から、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している。
いくつかの例では、患者が、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するための方法は、患者から得られた試料から、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルの遺伝子型を同定することを含み、患者の遺伝子型が、表３に定義される少なくとも１つのクラスター１多型又はそれと連鎖不平衡にある多型における等価アレルを含む場合、患者は、ＩＬ－３３媒介性障害のリスクが増大している。
【0204】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３）におけるＡアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択されるクラスター１多型の少なくとも１つのアレル（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個又は１５個）を含む。
【0205】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３におけるＡアレル、多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0206】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３７６（配列番号７２）におけるＴアレル、多型ｒｓ１２５５１２６８（配列番号７３におけるＡアレル、多型ｒｓ２００６６８２（配列番号７４）におけるＧアレルの各々の少なくとも１つを含む。
【0207】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0208】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）におけるＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）におけるＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）におけるＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）におけるＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）におけるＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）におけるＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）におけるＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）におけるＴアレルから選択される多型における少なくとも１つのアレルを含む。
【0209】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレル及び多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0210】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル、多型ｒｓ１０９７５５０４（配列番号６１）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９３（配列番号６２）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１２３３９３４８（配列番号６３）における２つのＴアレル、多型ｒｓ７０３５４１３（配列番号６４）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１７４９８１９６（配列番号６５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１７５８２９１９（配列番号６６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０８１５３９１（配列番号６７）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１０８１５３９２（配列番号６８）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７２６８９５６１（配列番号６９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１１２９３５６１６（配列番号７１）における２つのＴアレルから選択される多型における２つのアレルを含む。
【0211】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における少なくとも１つの等価アレルを含む。
【0212】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における少なくとも１つのＴアレルを含む。
【0213】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における２つの等価アレルを含む。
【0214】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ１０９７５５０７（配列番号６０）における２つのＴアレルを含む。
【0215】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における１つ若しくは２つのＣアレル又はそれと連鎖不平衡にある多型における１つ若しくは２つの等価アレルを含む。
【0216】
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ７０３８８９３（配列番号７０）における１つ又は２つのＣアレルを含む。
【0217】
クラスター４
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）におけるＧアレルから選択される少なくとも１つの多型を含まない。
いくつかの例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレル、多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）におけるＧアレルから選択される少なくとも１つの多型を含まない。
【0218】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）におけるＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）におけるＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）におけるＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）におけるＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）におけるＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）におけるＴアレル及び多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）におけるＧアレルの各々の少なくとも１つを含まない。
【0219】
一例では、患者の遺伝子型は、多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）における２つのＧアレルから選択される２つの多型を含まない。
【0220】
一例では、患者の遺伝子型は、以下の多型：多型ｒｓ３７０８２０５８８（配列番号７５）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１４３２１５６７０（配列番号７６）における２つのＣアレル、多型ｒｓ３４３４７８（配列番号７７）における２つのＡアレル、多型ｒｓ１０１１８７７６（配列番号７８）における２つのＧアレル、多型ｒｓ１４６５９７５８７（配列番号７９）における２つのＣアレル、多型ｒｓ１０９７５５１９（配列番号８０）における２つのＴアレル及び多型ｒｓ１０８１５３８１（配列番号８１）における２つのＧアレルを含まない。
【0221】
いくつかの例では、本明細書に開示される診断方法は、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを患者に投与するステップを更に含む。
【0222】
ＳＮＰの組み合わせ
上記の治療及び診断方法は、患者の遺伝子型がクラスター１、２又は３多型の組み合わせを含み得る場合を想定する。
上記の治療及び診断方法は、患者の遺伝子型がクラスター１、２又は３多型の組み合わせを含み得る場合を想定する。
【0223】
好適には、患者の遺伝子型がクラスター２多型を含むと判定されている場合、患者の遺伝子型は、表２に定義されているか、又はクラスター３多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター３多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。加えて又は代わりに、患者の遺伝子型は、表３に定義されているか、又はクラスター１多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター１多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。
【0224】
好適には、患者の遺伝子型がクラスター３多型を含むと判定されている場合、患者の遺伝子型は、表１に定義されているか、又はクラスター２多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター２多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。加えて又は代わりに、患者の遺伝子型は、表３に定義されているか、又はクラスター１多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター１多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。
【0225】
患者の遺伝子型がクラスター１多型を含むと判定されている場合、患者の遺伝子型は、表１に定義されているか、又はクラスター２多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター２多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。加えて又は代わりに、患者の遺伝子型は、表２に定義されているか、又はクラスター３多型に関する上記の特定の例に記載されている、クラスター３多型の少なくとも１つのアレルを含むと更に判定されていてもよい。
【0226】
ＳＮＰの検出
いくつかの例では、本明細書に開示される治療及び診断方法は、１つ以上のクラスター１、２又は３多型（例えば、表１～３に記載のもの）における患者の遺伝子型を判定することを含む。ＳＮＰの存在について核酸を評価するための検出技法は、分子遺伝学の分野で周知の手順を含む。全てではないが多くの方法は、核酸の増幅を含む。増幅を実施するための十分な指針が当技術分野で提供される。例示的な参照文献としては、マニュアル、例えば、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９２；Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０；Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９４－１９９９（２００４年４月までの補遺更新を含む）；及びＳａｍ ｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２００１が挙げられる。一塩基多型検出のための一般的方法は、Ｋｗｏｋ，ｅｄ．，Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２００３に開示されている。
いくつかの例では、本明細書に開示される治療及び診断方法は、１つ以上のクラスター１、２又は３多型（例えば、表１～３に記載のもの）における患者の遺伝子型を判定することを含む。ＳＮＰの存在について核酸を評価するための検出技法は、分子遺伝学の分野で周知の手順を含む。全てではないが多くの方法は、核酸の増幅を含む。増幅を実施するための十分な指針が当技術分野で提供される。例示的な参照文献としては、マニュアル、例えば、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ，１９９２；Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０；Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｄ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９４－１９９９（２００４年４月までの補遺更新を含む）；及びＳａｍ ｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２００１が挙げられる。一塩基多型検出のための一般的方法は、Ｋｗｏｋ，ｅｄ．，Ｓｉｎｇｌｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ：Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，２００３に開示されている。
【0227】
方法は、典型的にはＰＣＲステップを用いるが、他の増幅プロトコルも使用することができる。好適な増幅方法としては、リガーゼ連鎖反応（例えば、Ｗｕ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０－５６９，１９８８を参照されたい）；鎖置換アッセイ（例えば、Ｗａｌｋｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：３９２－３９６，１９９２；米国特許第５，４５５，１６６号明細書を参照されたい）；並びにいくつかの転写ベース増幅系（米国特許第５，４３７，９９０号明細書、同第５，４０９，８１８号明細書及び同第５，３９９，４９１号明細書に記載されている方法を含む）；転写増幅系（ＴＡＳ）（Ｋｗｏｈ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：１１７３－１１７７，１９８９）；並びに自家持続配列複製（３ＳＲ）（Ｇｕａｔｅｌｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８７：１８７４－１８７８，１９９０；国際公開第１９９２／０８８００号パンフレット）が挙げられる。代わりに、プローブを検出可能なレベルに増幅する方法、例えばＱβ－レプリカーゼ増幅（Ｋｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３３９：４０１－４０２，１９８９；Ｌｏｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｒｎ．３５：１８２６－１８３１，１９８９）を使用することができる。既知の増幅方法の概説は、例えば、Ａｂｒａｍｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．４：４１－４７，１９９３によって提供されている。
【0228】
個体の遺伝子型、ハプロタイプ、ＳＮＰ、マイクロサテライト又は他の多型の検出は、オリゴヌクレオチドプライマー及び／又はプローブを使用して実施することができる。オリゴヌクレオチドは、任意の適切な方法、通常、化学合成によって調製することができる。オリゴヌクレオチドは、市販の試薬及び機器を使用して合成することができる。代わりに、それらは、商業的供給源を通して購入することができる。オリゴヌクレオチドを合成する方法は、当技術分野で周知である（例えば、Ｎａｒａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０－９９，１９７９；Ｂｒｏｗｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９－１５１，１９７９；Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．Ｔｅｔｒａ．Ｌｅｔｔ．２２：１８５９－１８６２，１９８１；及び米国特許第４，４５８，０６６号明細書の固体支持体法を参照されたい）。加えて、上述の合成方法に対する改変を使用して、合成オリゴヌクレオチドに対する酵素挙動に望ましく影響を及ぼすことができる。例えば、修飾ホスホジエステル結合（例えば、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホアミダート若しくはボラノホスフェート）又は亜リン酸誘導体以外の結合のオリゴヌクレオチドへの組み込みを使用して、選択された部位での切断を防止することができる。加えて、２’－アミノ修飾糖を使用すると、新たな核酸鎖を合成するための鋳型でもある核酸にハイブリダイズした場合、オリゴヌクレオチドの消化よりも置換を優先する傾向がある。
【0229】
個体（例えば、ＩＬ－３３媒介性障害、例えば喘息又は肺線維症（例えば、特発性肺線維症）に罹患しているか又はそのリスクがある患者）の遺伝子型は、当技術分野で周知の多くの検出方法を使用して判定することができる。大部分のアッセイは、いくつかの一般的なプロトコル：アレル特異的オリゴヌクレオチドを使用するハイブリダイゼーション、プライマー伸長、アレル特異的ライゲーション、シーケンシング又は電気泳動分離技法、例えば一本鎖高次構造多型解析（ＳＳＣＰ）及びヘテロ二重鎖解析の１つを必要とする。例示的なアッセイとしては、５’－ヌクレアーゼアッセイ、鋳型特異的なダイターミネーターの取り込み、分子ビーコンアレル特異的オリゴヌクレオチドアッセイ、一塩基伸長アッセイ及びリアルタイムピロリン酸配列によるＳＮＰスコアリングが挙げられる。増幅された配列の解析は、マイクロチップ、蛍光偏光アッセイ及びＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化－飛行時間型）質量分析法などの様々な技法を使用して実施することができる。更に使用することができる２つの方法は、フラップヌクレアーゼによる侵襲的切断に基づくアッセイ及びパドロックプローブを用いる手法である。
【0230】
特定のアレルの有無の判定は、一般に、解析される個体から得られる核酸試料を解析することによって実施される。多くの場合、核酸試料は、ゲノムＤＮＡを含む。ゲノムＤＮＡは、典型的には、血液試料から得られるが、他の細胞又は組織から得ることもできる。
【0231】
試料は、ＩＬ－３３媒介性障害を有する疑いがあるか若しくは有すると診断された（したがって治療を必要とする可能性がある）患者又はあらゆる障害を有する疑いのない正常個体から採取することができる。遺伝子型を判定するために、細胞を含有するものなどの患者試料又はこれらの細胞によって産生される核酸を、本明細書に開示される方法で使用することができる。本開示における試料として有用な体液又は分泌物としては、例えば、血液、尿、唾液、糞便、胸水、リンパ液、痰、腹水、前立腺液、脳脊髄液（ＣＳＦ）又は任意の他の身体分泌物若しくはその派生物が挙げられる。血液という用語は、全血、血漿、血清又は血液の任意の派生物を含むことを意味する。本明細書に記載の方法で使用するための試料核酸は、対象の任意の細胞タイプ又は組織から得ることができる。例えば、対象の体液（例えば、血液）を公知の技法によって得ることができる。代わりに、核酸試験を、乾燥試料（例えば、毛髪又は皮膚）に対して実施することができる。
【0232】
試料は、凍結したもの、新鮮なもの、固定（例えば、ホルマリン固定）したもの、遠心分離したもの及び／又は包埋（例えば、パラフィン包埋）したものなどであり得る。当然ながら、細胞試料は、試料中の遺伝子型を評価する前に、様々な周知の収集後の調製及び保存技法（例えば、核酸及び／又はタンパク質抽出、固定、保存、凍結、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離など）に供することができる。同様に、生検物も収集後の調製及び保存技法、例えば固定に供することができる。
【0233】
本開示において有用であるＳＮＰを検出するための核酸試料の解析に頻繁に使用される手法を、以下に簡潔に説明する。但し、一塩基置換の存在を検出するために、当技術分野において公知の任意の方法を本発明で使用することができる。
【0234】
アレル特異的ハイブリダイゼーション
アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション（ＡＳＯ）（例えば、Ｓｔｏｎｅｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４８：７０－３８２，１９９１；Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３２４，１６３－１６６，１９８６；欧州特許第２３５，７２６号明細書；及び国際公開第１９８９／１１５４８号パンフレット）とも一般に称されるこの技法は、バリアントの１つに特異的なオリゴヌクレオチドプローブを、核酸試料の増幅から得られた増幅産物にハイブリダイズさせることにより、１塩基が異なる２つのＤＮＡ分子を識別することに依拠する。この方法は、典型的には短いオリゴヌクレオチド、例えば、１５～２０塩基長を用いる。プローブは、１つのバリアントに、別のバリアントに対して差次的にハイブリダイズするように設計される。そのようなプローブを設計するための原理及び指針は、当技術分野において、例えば本明細書に引用される参照文献中で利用可能である。ハイブリダイゼーション条件は、アレル間のハイブリダイゼーション強度に相当な差があり、実質的にバイナリ応答を生成し、それによりプローブがアレルの一方のみにハイブリダイズするように、十分にストリンジェントである必要がある。一部のプローブは、多型部位がプローブの中心位置（例えば、１５塩基オリゴヌクレオチドの７位；１６塩基オリゴヌクレオチドの８位又は９位のいずれか）と整列するように、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズするように設計されるが、この設計は必須ではない。
アレル特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーション（ＡＳＯ）（例えば、Ｓｔｏｎｅｋｉｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．４８：７０－３８２，１９９１；Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３２４，１６３－１６６，１９８６；欧州特許第２３５，７２６号明細書；及び国際公開第１９８９／１１５４８号パンフレット）とも一般に称されるこの技法は、バリアントの１つに特異的なオリゴヌクレオチドプローブを、核酸試料の増幅から得られた増幅産物にハイブリダイズさせることにより、１塩基が異なる２つのＤＮＡ分子を識別することに依拠する。この方法は、典型的には短いオリゴヌクレオチド、例えば、１５～２０塩基長を用いる。プローブは、１つのバリアントに、別のバリアントに対して差次的にハイブリダイズするように設計される。そのようなプローブを設計するための原理及び指針は、当技術分野において、例えば本明細書に引用される参照文献中で利用可能である。ハイブリダイゼーション条件は、アレル間のハイブリダイゼーション強度に相当な差があり、実質的にバイナリ応答を生成し、それによりプローブがアレルの一方のみにハイブリダイズするように、十分にストリンジェントである必要がある。一部のプローブは、多型部位がプローブの中心位置（例えば、１５塩基オリゴヌクレオチドの７位；１６塩基オリゴヌクレオチドの８位又は９位のいずれか）と整列するように、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズするように設計されるが、この設計は必須ではない。
【0235】
アレルの量及び／又は存在は、試料にハイブリダイズするアレル特異的オリゴヌクレオチドの量を測定することによって決定することができる。典型的には、オリゴヌクレオチドは、蛍光標識などの標識で標識される。例えば、アレル特異的オリゴヌクレオチドは、ＳＮＰ配列を表す固定化オリゴヌクレオチドに適用される。ストリンジェントなハイブリダイゼーション及び洗浄条件後、各ＳＮＰオリゴヌクレオチドの蛍光強度を測定する。
【0236】
多型部位に存在するヌクレオチドは、配列特異的ハイブリダイゼーション条件下において、多型部位を包含する領域中の多型アレルの１つに厳密に相補的なオリゴヌクレオチドプローブ又はプライマーとハイブリダイゼーションすることによって同定され得る。プローブ又はプライマーがハイブリダイズする配列及び配列特異的ハイブリダイゼーション条件は、多型部位における単一のミスマッチがハイブリダイゼーション二重鎖を十分に不安定化し、その結果その二重鎖が事実上形成されないように選択される。したがって、配列特異的ハイブリダイゼーション条件下では、プローブ又はプライマーと厳密に相補的なアレル配列との間のみで、安定した二重鎖が形成される。したがって、多型部位を包含する領域中のアレル配列に厳密に相補的な約１０～約３５ヌクレオチド長、通常、約１５～約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドは、本発明の範囲内である。
【0237】
別の例では、多型部位に存在するヌクレオチドは、十分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下において、多型部位を包含する領域中のＳＮＰアレルの１つに実質的に相補的であり、且つ多型部位のアレルに厳密に相補的であるオリゴヌクレオチドとハイブリダイゼーションすることによって同定される。非多型部位で生じるミスマッチは両方のアレル配列とのミスマッチであるため、標的アレル配列と形成される二重鎖及び対応する非標的アレル配列と形成される二重鎖におけるミスマッチの数の相違は、標的アレル配列に厳密に相補的なオリゴヌクレオチドが使用される場合と同じである。この場合、ハイブリダイゼーション条件は、非標的配列との安定した二重鎖の形成を妨げるのに十分なストリンジェンシーを維持しながら、標的配列との安定した二重鎖が形成され得るように十分に緩和される。そのような十分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下では、安定した二重鎖は、プローブ又はプライマーと標的アレルとの間でのみ形成される。したがって、多型部位を包含する領域中のアレル配列に実質的に相補的であり、且つ多型部位のアレル配列に厳密に相補的である、約１０～約３５ヌクレオチド長、通常、約１５～約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを検出することができる。
【0238】
ハイブリダイゼーション条件の最適化が制限されているアッセイ形式では、厳密に相補的ではなく実質的に相補的なオリゴヌクレオチドを使用することが望ましい場合がある。例えば、典型的なマルチターゲット固定化オリゴヌクレオチドアッセイ形式では、各ターゲットのプローブ又はプライマーは、単一の固体支持体上に固定化される。ハイブリダイゼーションは、固体支持体を標的ＤＮＡ含有溶液と接触させることによって同時に行われる。全てのハイブリダイゼーションが同一条件下で行われることから、ハイブリダイゼーション条件を各プローブ又はプライマーに対して別個に最適化することはできない。アッセイ形式によってハイブリダイゼーション条件の調節が不可能である場合、プローブ又はプライマーへのミスマッチの取り込みを使用して二重鎖安定性を調節することができる。導入された特定のミスマッチが二重鎖安定性に及ぼす影響は周知であり、二重鎖安定性を、上記のように、日常的に推定することも実験的に判定することもできる。プローブ又はプライマーの正確なサイズ及び配列に依存する適切なハイブリダイゼーション条件は、本明細書に提供され、当技術分野で周知の指針を用いて実験的に選択することができる。配列の一塩基対の相違を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブ又はプライマーの使用は、例えば、Ｃｏｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：２７８－２８２，１９８３並びに米国特許第２０ ５，４６８，６１３号明細書及び同第５，６０４，０９９号明細書に記載されている。
【0239】
完全にマッチしたハイブリダイゼーション二重鎖と一塩基ミスマッチのハイブリダイゼーション二重鎖との間の安定性の比例的変化は、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチドの長さに依存する。より短いプローブ配列と形成される二重鎖は、ミスマッチの存在によって比例的に更に不安定化される。約１５～約３５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドは、配列特異的検出に使用されることが多い。更に、ハイブリダイズされたオリゴヌクレオチドの末端は、熱エネルギーによって連続するランダムな解離及び再アニーリングを起こしていることから、いずれかの末端におけるミスマッチは、内部で生じるミスマッチほどハイブリダイゼーション二重鎖を不安定化しない。標的配列における一塩基対変化の識別のために、多型部位がプローブの内部領域に生じるように標的配列にハイブリダイズするプローブ配列が選択される。
【0240】
特定のアレルにハイブリダイズするプローブ配列を選択するための上記基準は、プローブのハイブリダイズ領域、即ち標的配列とのハイブリダイゼーションに関与するプローブの部分に適用される。プローブのハイブリダイゼーション特性を大幅に変化させずにプローブを固定化するために使用されるポリ－Ｔ尾部などの更なる核酸配列に、プローブを結合させることができる。本発明の方法で使用する場合、標的配列に相補的ではない、即ちハイブリダイゼーションに関与しない更なる核酸配列に結合するプローブは、未結合のプローブと本質的に同等であることを当業者は認識するであろう。
【0241】
プローブと試料中の標的核酸配列との間で形成されるハイブリッドの検出に適したアッセイ形式は、当技術分野において公知であり、固定化された標的（ドットブロット）の形式及び固定化されたプローブ（逆ドットブロット又はラインブロット）のアッセイ形式が含まれる。ドットブロット及び逆ドットブロットのアッセイ形式は、米国特許第５，３１０，８９３号明細書、同第５，４５１，５１２号明細書、同第５，４６８，６１３号明細書及び同第５，６０４，０９９号明細書に記載されている。
【0242】
ドットブロット形式では、増幅された標的ＤＮＡをナイロン膜などの固体支持体上に固定化する。膜－標的複合体を、適切なハイブリダイゼーション条件下で標識プローブと共にインキュベートし、ハイブリダイズしなかったプローブを適切であるストリンジェントな条件下で洗浄することによって除去し、結合したプローブの存在について膜をモニタリングする。
【0243】
逆ドットブロット（又はラインブロット）形式では、プローブをナイロン膜又はマイクロタイタープレートなどの固体支持体上に固定化する。標的ＤＮＡは、典型的には標識プライマーの組み込みによって増幅中に標識される。プライマーの一方又は両方を標識することができる。膜－プローブ複合体を、適切なハイブリダイゼーション条件下で標識され増幅された標的ＤＮＡと共にインキュベートし、ハイブリダイズしなかった標的ＤＮＡを適切であるストリンジェントな条件下で洗浄することによって除去し、結合した標的ＤＮＡの存在について膜をモニタリングする。
【0244】
多型バリアントの１つに特異的なアレル特異的プローブは、他の多型バリアントに対するアレル特異的プローブと併用されることが多い。プローブを固体支持体に固定化することができ、個体中の標的配列を両方のプローブを同時に使用して解析する。核酸アレイの例は、国際公開第９５／１１９９５号パンフレットに記載されている。同じアレイ又は異なるアレイを、特徴付けられた多型の解析に使用することができる。国際公開第９５／１１９９５号パンフレットは、既に特徴付けられている多型のバリアント形態の検出のために最適化されたサブアレイについても記載している。そのようなサブアレイは、本明細書に記載の多型の存在を検出する際に使用することができる。
【0245】
アレル特異的プライマー
多型は、アレル特異的増幅又はプライマー伸長法を使用しても一般的に検出される。これらの反応は、典型的には、プライマーの３’末端におけるミスマッチを介して多型を特異的に標的とするように設計されたプライマーの使用を含む。ミスマッチの存在は、ポリメラーゼがエラー校正活性を欠く場合、ポリメラーゼがプライマーを伸長する能力に影響を及ぼす。例えば、アレル特異的増幅又は伸長に基づく方法を使用してアレル配列を検出するために、多型の１つのアレルに相補的なプライマーは、３’末端ヌクレオチドが多型位置でハイブリダイズするように設計される。特定のアレルの存在は、伸長を開始するプライマーの能力によって判定することができる。３’末端がミスマッチである場合、伸長は妨げられる。
多型は、アレル特異的増幅又はプライマー伸長法を使用しても一般的に検出される。これらの反応は、典型的には、プライマーの３’末端におけるミスマッチを介して多型を特異的に標的とするように設計されたプライマーの使用を含む。ミスマッチの存在は、ポリメラーゼがエラー校正活性を欠く場合、ポリメラーゼがプライマーを伸長する能力に影響を及ぼす。例えば、アレル特異的増幅又は伸長に基づく方法を使用してアレル配列を検出するために、多型の１つのアレルに相補的なプライマーは、３’末端ヌクレオチドが多型位置でハイブリダイズするように設計される。特定のアレルの存在は、伸長を開始するプライマーの能力によって判定することができる。３’末端がミスマッチである場合、伸長は妨げられる。
【0246】
いくつかの例では、プライマーは、増幅反応中に第２のプライマーと併用される。第２のプライマーは、多型位置とは無関係な部位でハイブリダイズする。増幅は２つのプライマーから進行し、特定のアレル形態が存在することを示す検出可能な産物がもたらされる。アレル特異的増幅又は伸長に基づく方法は、例えば、国際公開第９３／２２４５６号パンフレット、米国特許第５，１３７，８０６号明細書、同第５，５９５，８９０号明細書、同第５，６３９，６１１号明細書及び米国特許第４，８５１，３３１号明細書に記載されている。
【0247】
アレル特異的増幅に基づく遺伝子型同定を使用すると、アレルの同定には、増幅された標的配列の有無の検出のみが必要となる。増幅された標的配列の検出方法は、当技術分野で周知である。例えば、記載されるゲル電気泳動及びプローブハイブリダイゼーションアッセイは、核酸の存在を検出するために使用されることが多い。
【0248】
別のプローブレス方法では、増幅された核酸は、反応混合物中の二本鎖ＤＮＡの総量の増加をモニタリングすることによって検出され、この方法は、例えば、米国特許第５，９９４，０５６号明細書並びに欧州特許出願公開第４８７，２１８号明細書及び同第５１２，３３４号明細書に記載されている。二本鎖標的ＤＮＡの検出は、様々なＤＮＡ結合色素、例えばＳＹＢＲ Ｇｒｅｅｎが二本鎖ＤＮＡに結合したときに呈する蛍光の増大に依存する。
【0249】
当業者によって理解されるように、アレル特異的増幅方法は、特定のアレルを標的とするために複数のアレル特異的プライマーを用いる反応において実施することができる。そのようなマルチプレックス用途のためのプライマーは、一般に、識別可能な標識で標識されるか、又はアレルから生じる増幅産物がサイズによって識別可能であるように選択される。したがって、例えば、単一試料中の複数のアレルを、増幅産物のゲル解析による単一増幅を使用して同定することができる。
【0250】
アレル特異的プローブの場合と同様に、アレル特異的オリゴヌクレオチドプライマーは、ハイブリダイズ領域中の多型アレルの１つに厳密に相補的であり得るか、又はオリゴヌクレオチドの３’末端以外の位置に数個のミスマッチ（このミスマッチは両方のアレル配列中の非多型部位に生じる）を有し得る。
【0251】
検出可能なプローブ
５’－ヌクレアーゼアッセイプローブ
遺伝子型同定は、米国特許第５，２１０，０１５号明細書、同５，４８７，９７２号明細書及び同５，８０４，３７５号明細書；並びにＨｏｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：７２７６－７２８０，１９８８に記載されているように、「ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）」又は「５’－ヌクレアーゼアッセイ」を使用して実施することもできる。ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）アッセイでは、増幅領域内でハイブリダイズする標識された検出プローブを、増幅反応中に加える。プローブは、プローブがＤＮＡ合成のプライマーとして作用するのを防止するように修飾される。増幅は、５’－３’エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを使用して実施される。増幅の各合成ステップの間、伸長されるプライマーの下流の標的核酸にハイブリダイズするあらゆるプローブは、ＤＮＡポリメラーゼの５’－３’エキソヌクレアーゼ活性によって分解される。したがって、新たな標的鎖の合成はプローブの分解も生じさせ、分解産物の蓄積により標的配列の合成の指標が得られる。
５’－ヌクレアーゼアッセイプローブ
遺伝子型同定は、米国特許第５，２１０，０１５号明細書、同５，４８７，９７２号明細書及び同５，８０４，３７５号明細書；並びにＨｏｌｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８８：７２７６－７２８０，１９８８に記載されているように、「ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）」又は「５’－ヌクレアーゼアッセイ」を使用して実施することもできる。ＴＡＱＭＡＮ（登録商標）アッセイでは、増幅領域内でハイブリダイズする標識された検出プローブを、増幅反応中に加える。プローブは、プローブがＤＮＡ合成のプライマーとして作用するのを防止するように修飾される。増幅は、５’－３’エキソヌクレアーゼ活性を有するＤＮＡポリメラーゼを使用して実施される。増幅の各合成ステップの間、伸長されるプライマーの下流の標的核酸にハイブリダイズするあらゆるプローブは、ＤＮＡポリメラーゼの５’－３’エキソヌクレアーゼ活性によって分解される。したがって、新たな標的鎖の合成はプローブの分解も生じさせ、分解産物の蓄積により標的配列の合成の指標が得られる。
【0252】
ハイブリダイゼーションプローブは、ＳＮＰアレル間を区別するアレル特異的プローブであり得る。代わりに、この方法は、アレル特異的プライマー及び増幅産物に結合する標識プローブを使用して実施することができる。
【0253】
分解産物を検出するのに適した任意の方法を５’－ヌクレアーゼアッセイで使用することができる。多くの場合、検出プローブは、２つの蛍光色素で標識され、その一方は、他方の色素の蛍光をクエンチングすることができる。色素はプローブに結合しており、通常、一方が５’末端に結合し、もう一方が内部部位に結合するため、その結果、プローブがハイブリダイズしていない状態にあるときにクエンチングが生じ、またＤＮＡポリメラーゼの５’－３’エキソヌクレアーゼ活性によるプローブの切断が２つの色素間で生じる。増幅によって色素間のプローブが切断され、同時にクエンチングがなくなり、最初にクエンチングされた色素からの観察可能な蛍光が増加する。分解産物の蓄積は、反応蛍光の増加を測定することによりモニタリングされる。米国特許第５，４９１，０６３号明細書及び同第５，５７１，６７３号明細書は、増幅と同時に起こるプローブの分解を検出するための別の方法を記載している。
【0254】
二次構造プローブ
二次構造変化時に検出可能なプローブも、ＳＮＰを含む多型の検出に適している。例示的な二次構造又はステムループ構造プローブとしては、分子ビーコン又はＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブが挙げられる。分子ビーコンプローブは、フルオロフォア及びクエンチャーがオリゴヌクレオチドの両端に通常配置されるヘアピン構造を形成することができる、一本鎖オリゴ核酸プローブである。プローブのいずれかの末端において、短い相補的配列により分子内ステムの形成が可能となり、これにより、フルオロフォア及びクエンチャーが極めて接近することが可能となる。分子ビーコンのループ部分は、目的の標的核酸に相補的である。このプローブがその目的の標的核酸に結合すると、ステムを分離させるハイブリッドが形成される。これにより、フルオロフォア及びクエンチャーを互いに離れるように移動させ、より強い蛍光シグナルをもたらす高次構造変化が生じる。分子ビーコンプローブは、プローブ標的のわずかな配列変動に対する感度が高い（例えば、Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：３０３－３０８，１９９６；Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：４９－５３，１９９８；Ｐｉａｔｅｋ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：３５９－３６３，１９９８；Ｍａｒｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ １４：１５１－１５６，１９９９；Ｔａｐｐ ｅｔ ａｌ，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２８：７３２－７３８，２０００を参照されたい）。ＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブは、プライマーに共有結合したステムループ構造プローブを含む。
二次構造変化時に検出可能なプローブも、ＳＮＰを含む多型の検出に適している。例示的な二次構造又はステムループ構造プローブとしては、分子ビーコン又はＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブが挙げられる。分子ビーコンプローブは、フルオロフォア及びクエンチャーがオリゴヌクレオチドの両端に通常配置されるヘアピン構造を形成することができる、一本鎖オリゴ核酸プローブである。プローブのいずれかの末端において、短い相補的配列により分子内ステムの形成が可能となり、これにより、フルオロフォア及びクエンチャーが極めて接近することが可能となる。分子ビーコンのループ部分は、目的の標的核酸に相補的である。このプローブがその目的の標的核酸に結合すると、ステムを分離させるハイブリッドが形成される。これにより、フルオロフォア及びクエンチャーを互いに離れるように移動させ、より強い蛍光シグナルをもたらす高次構造変化が生じる。分子ビーコンプローブは、プローブ標的のわずかな配列変動に対する感度が高い（例えば、Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：３０３－３０８，１９９６；Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：４９－５３，１９９８；Ｐｉａｔｅｋ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：３５９－３６３，１９９８；Ｍａｒｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ １４：１５１－１５６，１９９９；Ｔａｐｐ ｅｔ ａｌ，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２８：７３２－７３８，２０００を参照されたい）。ＳＣＯＲＰＩＯＮ（登録商標）プライマー／プローブは、プライマーに共有結合したステムループ構造プローブを含む。
【0255】
ＤＮＡシーケンシング及び一塩基伸長
ＳＮＰは、ダイレクトシーケンシングによって検出することもできる。方法には、例えば、ジデオキシシーケンシングに基づく方法並びにＭａｘａｍ－Ｇｉｌｂｅｒｔ配列などの他の方法が含まれる（例えば、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌを参照されたい）。
ＳＮＰは、ダイレクトシーケンシングによって検出することもできる。方法には、例えば、ジデオキシシーケンシングに基づく方法並びにＭａｘａｍ－Ｇｉｌｂｅｒｔ配列などの他の方法が含まれる（例えば、上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ ａｎｄ Ｒｕｓｓｅｌｌを参照されたい）。
【0256】
他の検出法には、オリゴヌクレオチド長産物のＰＹＲＯＳＥＱＵＥＮＣＩＮＧ（商標）が含まれる。そのような方法は、ＰＣＲなどの増幅技法を用いることが多い。例えば、パイロシーケンシングでは、シーケンシングプライマーを一本鎖ＰＣＲ増幅ＤＮＡ鋳型にハイブリダイズさせ、酵素であるＤＮＡポリメラーゼ、ＡＴＰスルフリラーゼ、ルシフェラーゼ及びアピラーゼ並びに基質であるアデノシン５’ホスホ硫酸（ＡＰＳ）及びルシフェリンと共にインキュベートする。４つのデオキシヌクレオチド三リン酸（ｄＮＴＰ）の最初のものを反応に加える。ＤＮＡポリメラーゼは、デオキシヌクレオチド三リン酸が鋳型鎖の塩基に相補的である場合、デオキシヌクレオチド三リン酸のＤＮＡ鎖への取り込みを触媒する。取り込み事象のそれぞれは、取り込まれたヌクレオチドの量と等モル量であるピロリン酸（ＰＰｉ）の放出を伴う。ＡＴＰスルフリラーゼは、ＡＰＳの存在下でＰＰｉをＡＴＰに定量的に変換する。このＡＴＰは、ルシフェラーゼ媒介性のルシフェリンからオキシルシフェリンへの変換を引き起こし、これにより、ＡＴＰ量に比例する量で可視光が生成される。ルシフェラーゼ触媒反応で生じた光は、電荷結合素子（ＣＣＤ）カメラによって検出され、ＰＹＲＯＧＲＡＭ（商標）においてピークとして見られる。各光シグナルは、取り込まれたヌクレオチドの数に比例する。ヌクレオチド分解酵素であるアピラーゼは、取り込まれていないｄＮＴＰ及び過剰なＡＴＰを連続的に分解する。分解が完了すると、別のｄＮＴＰが添加される。
【0257】
ＳＮＰを特徴付けるための別の類似した方法は、完全なＰＣＲの使用を必要としないが、典型的には、調査対象のヌクレオチドに相補的である単一の蛍光標識ジデオキシリボ核酸分子（ｄｄＮＴＰ）によるプライマーの伸長のみを使用する。多型部位のヌクレオチドは、１塩基伸長され蛍光標識されたプライマーの検出により同定することができる（例えば、Ｋｏｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｐｒｏｂｅｓ，９：１７５－１８２，１９９５）。
【0258】
電気泳動
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を使用することによって解析することができる。異なるアレルは、溶液中のＤＮＡの異なる配列依存的融解特性及び電気泳動移動に基づいて同定することができる（例えば、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９９２を参照されたい）。
ポリメラーゼ連鎖反応を使用して生成された増幅産物は、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法を使用することによって解析することができる。異なるアレルは、溶液中のＤＮＡの異なる配列依存的融解特性及び電気泳動移動に基づいて同定することができる（例えば、Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ．，１９９２を参照されたい）。
【0259】
マイクロサテライト多型の識別は、キャピラリー電気泳動を使用して行うことができる。キャピラリー電気泳動は、特定のマイクロサテライトアレルにおける反復の数の同定を容易に可能にする。ＤＮＡ多型の解析へのキャピラリー電気泳動の適用は、当業者に周知である（例えば、Ｓｚａｎｔａｉ ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ Ａ．１ ０７９（１－２）：４１－９，２００５；Ｂｊｏｒｈｅｉｍ ｅｔ ａｌ．Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ ２６（１３）：２５２０－３０，２００５及びＭｉｔｃｈｅｌｓｏｎ，Ｍｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２４（１）：４１－６８，２００３を参照されたい）。
【0260】
アレルバリアントの同一性は、変性剤のグラジエントを含むポリアクリルアミドゲル中の多型領域を含む核酸の挙動を解析することによっても得ることができ、これは変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）を使用してアッセイされる（例えば、Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５－４９８，１９８５を参照されたい）。ＤＧＧＥを解析方法として使用する場合、ＤＮＡは、例えば、ＰＣＲによって約４０ｂｐの高融点ＧＣリッチＤＮＡのＧＣクランプを加えることにより、確実に完全に変性しないように修飾される。いくつかの例では、変性剤グラジエントの代わりに温度グラジエントを使用して、対照及び試料ＤＮＡの移動度の差異を明らかにすることができる（例えば、Ｒｏｓｅｎｂａｕｍ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｃｈｅｍ．２６５：１２７５，１９８７を参照されたい）。
【0261】
一本鎖高次構造多型解析
標的配列のアレルは、例えば、Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８６，２７６６－２７７０，１９８９；Ｃｏｔｔｏｎ Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５－１４４，１９９３；及びＨａｙａｓｈｉ Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３－７９，１９９２に記載されているように、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動移動の変化によって塩基差を同定する、一本鎖高次構造多型解析を使用して区別することができる。増幅されたＰＣＲ産物を、上記のように生成し、加熱するか又は別途変性させて、一本鎖増幅産物を形成することができる。一本鎖核酸は、リフォールディングすることができるか、又は塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成することができる。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度を、標的のアレル間の塩基配列の相違に関連付けることができ、電気泳動移動度に結果として生じる変化により、一塩基の変化でも検出することが可能となる。ＤＮＡフラグメントは、標識プローブで標識又は検出され得る。アッセイの感度は、二次構造が配列の変化に対してより感受性の高いＲＮＡ（ＤＮＡではなく）を使用することによって増強され得る。別の例では、方法は、電気泳動移動度の変化に基づいて二本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離するためにヘテロ二重鎖解析を利用する（例えば、Ｋｅｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５－１０，１９９１を参照されたい）。
標的配列のアレルは、例えば、Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８６，２７６６－２７７０，１９８９；Ｃｏｔｔｏｎ Ｍｕｔａｔ．Ｒｅｓ．２８５：１２５－１４４，１９９３；及びＨａｙａｓｈｉ Ｇｅｎｅｔ．Ａｎａｌ．Ｔｅｃｈ．Ａｐｐｌ．９：７３－７９，１９９２に記載されているように、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動移動の変化によって塩基差を同定する、一本鎖高次構造多型解析を使用して区別することができる。増幅されたＰＣＲ産物を、上記のように生成し、加熱するか又は別途変性させて、一本鎖増幅産物を形成することができる。一本鎖核酸は、リフォールディングすることができるか、又は塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成することができる。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度を、標的のアレル間の塩基配列の相違に関連付けることができ、電気泳動移動度に結果として生じる変化により、一塩基の変化でも検出することが可能となる。ＤＮＡフラグメントは、標識プローブで標識又は検出され得る。アッセイの感度は、二次構造が配列の変化に対してより感受性の高いＲＮＡ（ＤＮＡではなく）を使用することによって増強され得る。別の例では、方法は、電気泳動移動度の変化に基づいて二本鎖ヘテロ二重鎖分子を分離するためにヘテロ二重鎖解析を利用する（例えば、Ｋｅｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．７：５－１０，１９９１を参照されたい）。
【0262】
ＳＮＰの検出方法は、多くの場合、標識オリゴヌクレオチドを用いる。オリゴヌクレオチドは、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的又は化学的手段によって検出可能な標識を組み込むことによって標識することができる。有用な標識としては、蛍光色素、放射性標識、例えば３２Ｐ、高電子密度試薬、酵素（例えばペルオキシダーゼ若しくはアルカリホスファターゼ）、ビオチン又はハプテン及び抗血清若しくはモノクローナル抗体が利用可能なタンパク質が挙げられる。標識技法は、当技術分野で周知である（例えば、上掲のＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ；上掲のＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．を参照されたい）。
【0263】
ＩＬ－３３軸結合アンタゴニスト
本明細書に開示される治療及び診断方法は、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストで優先的に治療され得る対象を同定する。「ＩＬ－３３軸結合アンタゴニスト」とは、ＩＬ－３３軸結合パートナーとその結合パートナーの１つ以上との相互作用を阻害する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－３３結合アンタゴニスト、ＳＴ２結合アンタゴニスト及びＩＬ－１ＲＡｃＰ結合アンタゴニストを含む。
本明細書に開示される治療及び診断方法は、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストで優先的に治療され得る対象を同定する。「ＩＬ－３３軸結合アンタゴニスト」とは、ＩＬ－３３軸結合パートナーとその結合パートナーの１つ以上との相互作用を阻害する分子を指す。本明細書で使用される場合、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストは、ＩＬ－３３結合アンタゴニスト、ＳＴ２結合アンタゴニスト及びＩＬ－１ＲＡｃＰ結合アンタゴニストを含む。
【0264】
例示的なＩＬ－３３結合アンタゴニストには、３３＿６４００８７－７Ｂ（国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに記載のもの）、エトキマブとして知られるＡＮＢ０２０（国際公開第２０１５／１０６０８０号パンフレットに記載のもの）、９６７５Ｐ（米国特許出願公開第２０１４／０２７１６５８号明細書に記載のもの）、Ａ２５－３Ｈ０４（米国特許出願公開第２０１７／０２８３４９４号明細書に記載のもの）、Ａｂ４３（国際公開第２０１８／０８１０７５号パンフレットに記載のもの）、ＩＬ３３－１５８（米国特許出願公開第２０１８／００３７６４４号明細書に記載のもの）、１０Ｃ１２．３８．Ｈ６．８７Ｙ．５８１ ｌｇＧ４（国際公開第２０１６／０７７３８１号パンフレットに記載のもの）又はそれらの結合フラグメントを含む、抗ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントが含まれる。他の例示的な抗ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントには、国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレット、国際公開第２０１５／１０６０８０号パンフレット、米国特許出願公開第２０１４／０２７１６５８号明細書、米国特許出願公開第２０１７／０２８３４９４号明細書、国際公開第２０１８／０８１０７５号パンフレット、米国特許出願公開第２０１８／００３７６４４号明細書又は国際公開第２０１６／０７７３８１号パンフレット（これらの全ては、参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている他の抗ＩＬ－３３抗体のいずれかが含まれる。
【0265】
他の例示的なＩＬ－３３軸結合アンタゴニストには、ＩＬ－３３及び／又はその受容体（ＳＴ－２）若しくは補助受容体（ＩＬ１－ＲＡｃＰ）に結合し、リガンド受容体相互作用を遮断するポリペプチド（例えば、国際公開第２０１３／１７３７６１号パンフレット；同第２０１３／１６５８９４号パンフレット；若しくは同第２０１４／１５２１９５号パンフレット（これらの各々はその全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているものなどのＳＴ２－Ｆｃタンパク質若しくは可溶性ＳＴ２又はそれらの誘導体）が含まれる。
【0266】
他の例示的なＩＬ－３３軸結合アンタゴニストには、抗ＳＴ－２抗体又はその抗原結合フラグメント（例えば、ＡＭＧ－２８２（Ａｍｇｅｎ）若しくはＳＴＬＭ１５（Ｊａｎｓｓｅｎ）又は国際公開第２０１３／１７３７６１号パンフレット若しくは国際公開第２０１３／１６５８９４号パンフレット（これらは、それぞれその全体が参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている抗ＳＴ２抗体のいずれか）も含まれる。
【0267】
他の例示的なＩＬ－３３軸結合アンタゴニストには、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１８／１０２５９７号パンフレットに記載されているものなどのＩＬ－３３受容体ベースのリガンドトラップが含まれる。
【0268】
一例では、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストは、結合分子である。好適には、結合分子は、抗体又はその抗原結合フラグメントであり得る。
【0269】
好適には、結合分子は、ＩＬ３３に特異的に結合する。そのような結合分子は、「ＩＬ－３３結合分子」又は「抗ＩＬ－３３結合分子」とも称される。好適には、結合分子は、ＩＬ－３３に特異的に結合し、ＩＬ－３３活性を阻害するか又は減衰させる。
【0270】
好適には、ＩＬ－３３結合分子は、還元ＩＬ－３３、酸化ＩＬ－３３又は還元ＩＬ－３３と酸化ＩＬ－３３の両方に特異的に結合する。
【0271】
好適には、結合分子は、還元型又は酸化型のＩＬ－３３に結合することにより、ＩＬ－３３活性を減衰させるか又は阻害することができる。好適には、結合分子が還元ＩＬ－３３の活性及び酸化ＩＬ－３３の活性を阻害するか又は減衰させる場合、これは、還元型のＩＬ－３３に結合することによって（即ち還元ＩＬ－３３に結合することによって）実現される。
【0272】
好適には、結合分子は、ｒｅｄＩＬ－３３及びｏｘＩＬ－３３の両方の活性を阻害するか又は減衰させ、これによりＳＴ２シグナル伝達及びＲＡＧＥシグナル伝達の両方を阻害するか又は減衰させる。
【0273】
好適には、結合分子は、５×１０－２Ｍ未満、１０－２Ｍ未満、５×１０－３Ｍ未満、１０－３Ｍ未満、５×１０－４Ｍ未満、１０－４Ｍ未満、５×１０－５Ｍ未満、１０－５Ｍ未満、５×１０－６Ｍ未満、１０－６Ｍ未満、５×１０－７Ｍ未満、１０－７Ｍ未満、５×１０－８Ｍ未満、１０－８Ｍ未満、５×１０－９Ｍ未満、１０－９Ｍ未満、５×１０－１０Ｍ未満、１０－１０Ｍ未満、５×１０－１１Ｍ未満、１０－１１Ｍ未満、５×１０－１２Ｍ未満、１０－１２Ｍ未満、５×１０－１３Ｍ未満、１０－１３Ｍ未満、５×１０－１４Ｍ未満、１０－１４Ｍ未満、５×１０－１５Ｍ未満又は１０－１５Ｍ未満の結合親和性（Ｋｄ）で、ｒｅｄＩＬ－３３に特異的に結合し得る。好適には、ｒｅｄＩＬ－３３に対する結合親和性は、５×１０－１４Ｍ未満（即ち０．０５ｐＭ）である。好適には、結合親和性は、Ｋｉｎｅｔｉｃ Ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ Ａｓｓａｙ（ＫｉｎＥｘＡ）又はＢＩＡＣＯＲＥ（商標）を使用して、好適には、ＫｉｎＥｘＡを使用し、国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレット（その全体が参照として本明細書に組み込まれる）（例えば、実施例１１を参照されたい）に記載されているものなどのプロトコルを使用して測定されるものである。この結合親和力でｒｅｄＩＬ－３３と結合する結合分子は、生物学的に適切な時間スケール内で結合分子／ｒｅｄＩＬ－３３複合体の解離を防止するのに十分なほど密接に結合していることが明らかとなっている。理論に束縛されることを望まないが、この結合強度は、インビボでの結合分子／抗原複合体の分解前の抗原の放出を防止し、結合複合体からのＩＬ－３３の放出に関連するあらゆるＩＬ－３３依存的活性を最小限に抑えると考えられている。
【0274】
好適には、結合分子は、１０３Ｍ－１秒－１以上、５×１０３Ｍ－１秒－１以上、１０４Ｍ－１秒－１以上又は５×１０４Ｍ－１秒－１以上のオン速度（ｋ（ｏｎ））で、ｒｅｄＩＬ－３３に特異的に結合し得る。例えば、本開示の結合分子は、１０５Ｍ－１秒－１以上、５×１０５Ｍ－１秒－１以上、１０６Ｍ－１秒－１以上又は５×１０６Ｍ－１秒－１以上若しくは１０７Ｍ－１秒－１以上のオン速度（ｋ（ｏｎ））で、ｒｅｄＩＬ－３３又はそのフラグメント若しくはバリアントに結合し得る。好適には、ｋ（ｏｎ）速度は、１０７Ｍ－１秒－１以上である。好適には、結合分子は、５×１０－１秒－１以下、１０－１秒－１以下、５×１０－２秒－１以下、１０－２秒－１以下、５×１０－３秒－１以下又は１０－３秒－１以下のオフ速度（ｋ（ｏｆｆ））で、ｒｅｄＩＬ－３３に特異的に結合し得る。例えば、本開示の結合分子は、５×１０－４秒－１以下、１０－４秒－１以下、５×１０－５秒－１以下又は１０－５秒－１以下、５×１０－６秒－１以下、１０－６秒－１以下、５×１０－７秒－１以下若しくは１０－７秒－１以下のオフ速度（ｋ（ｏｆｆ））で、ｒｅｄＩＬ－３３又はそのフラグメント若しくはバリアントに結合すると言うことができる。好適には、ｋ（ｏｆｆ）速度は１０－３秒－１以下である。ＩＬ－３３は、炎症性刺激に応答して迅速に且つ高濃度で放出されるアラーミンサイトカインである。ｒｅｄＩＬ－３３は、細胞外環境に放出されてから約５～４５分後に酸化型へと変換される（Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ Ｎａｔ Ｃｏｍｍｕｎ ６，８３２７（２０１５））。理論に束縛されることを望まないが、これらのｋ（ｏｎ）及び／又はｋ（ｏｆｆ）速度でｒｅｄＩＬ－３３と結合することにより、還元型からｏｘＩＬ－３３への変換前のｒｅｄＩＬ－３３への曝露を最小限に抑えることができる。更に、ｋ（ｏｆｆ）速度は、インビボでの複合体の分解前に、結合分子／抗原複合体からのＩＬ－３３の放出を防止し得る。これらの結合カイネティクスは、ｒｅｄＩＬ－３３のｏｘＩＬ－３３への変換を防止し、したがってＲＡＧＥを介したＩＬ－３３の酸化型の病的なシグナル伝達を防止するようにも作用し得る（参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに記載されている）。
【0275】
好適には、ＩＬ－３３結合分子は、表６に引用される結合分子のいずれかに対するＩＬ－３３の結合を競合的に阻害し得る。
【0276】
【表7】
【0277】
【表8】
【0278】
【表9】
【0279】
【表10】
【0280】
【表11】
【0281】
【表12】
【0282】
これらの結合分子の全ては、ＩＬ－３３に結合してＳＴ－２シグナル伝達を阻害するか又は減衰させると報告されている。したがって、ＩＬ－３３への結合に関して表６に記載される抗体のいずれかと競合する結合分子又はその結合フラグメントは、ＳＴ－２シグナル伝達を阻害するか又は減衰させ得る。
【0283】
結合分子又はそのフラグメントは、それが所与のエピトープに対する参照抗体の結合をある程度遮断する限りにおいてそのエピトープと特異的に結合する場合、そのエピトープに対する参照抗体の結合を競合的に阻害すると考えられる。競合的阻害は、当技術分野において公知の任意の方法、例えば競合ＥＬＩＳＡアッセイなどの固相アッセイ、解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ（登録商標）、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）及び放射性リガンド結合アッセイによって判定され得る。例えば、当業者は、国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットの段落８８１～８８６（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されているＨＴＲＦアッセイなどのインビトロ競合結合アッセイを使用することにより、結合分子又はそのフラグメントがＩＬ－３３への結合について競合するか否かを判定することができる。例えば、当業者は、表６の組換え抗体をドナーフルオロフォアで標識し、複数の濃縮物をアクセプターフルオロフォアで標識されたｒｅｄＩＬ－３３の固定濃度試料と混合することができる。続いて、各試料内のドナーフルオロフォアとアクセプターフルオロフォアとの間の蛍光共鳴エネルギー移動を測定して、結合特性を確認することができる。競合的結合分子を明らかにするため、当業者であれば、最初に様々な濃度の試験結合分子を表６の固定濃度の標識抗体と混合することができる。標識抗体のみの陽性対照と比較した、混合物を標識ＩＬ－３３と共にインキュベートした場合のＦＲＥＴシグナルの低減は、ＩＬ－３３に対する競合的結合を示す。結合分子又はそのフラグメントは、所与のエピトープへの参照抗体の結合を少なくとも９０％、少なくとも８０％、少なくとも７０％、少なくとも６０％又は少なくとも５０％競合的に阻害すると言うことができる。
【0284】
好適には、ＩＬ－３３結合分子は、表６から選択される可変重鎖ドメイン（ＶＨ）と可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）の対の相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、抗体又は抗原結合フラグメントであり得る。その中で、対１は、国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに記載されている３３＿６４００８７－７ＢのＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対２～７は、米国特許出願公開第２０１４／０２７１６５８号明細書に記載されている抗体のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対８～１２は、米国特許出願公開第２０１７／０２８３４９４号明細書に記載されている抗体のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対１３は、国際公開第２０１５／１０６０８０号パンフレットに記載されているＡＮＢ０２０のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対１４～１６は、国際公開第２０１８／０８１０７５号パンフレットに記載されている抗体のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対１７は、米国特許出願公開第２０１８／００３７６４４号明細書に記載されているＩＬ３３－１５８のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。対１８は、国際公開第２０１６／０７７３８１号パンフレットに記載されている１０Ｃ１２．３８．Ｈ６．８７Ｙ．５８１ ｌｇＧ４のＶＨ及びＶＬドメイン配列に対応する。
【0285】
好適には、ＩＬ－３３結合分子は、結合分子３３＿６４００８７－７Ｂ（国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに記載されているもの）へのＩＬ－３３の結合を競合的に阻害し得る。好適には、国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットは、３３＿６４００８７－７Ｂが、特に高い親和力でｒｅｄＩＬ－３３と結合し、ＳＴ－２及びＲＡＧＥ依存性の両方のＩＬ－３３シグナル伝達を減衰させることを開示する。
【0286】
好適には、ＩＬ－３３結合分子は、配列番号１の配列を含む重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）と配列番号１９の配列を含む軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）の相補性決定領域（ＣＤＲ）とを含む、抗ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントである。これらのＣＤＲは、還元ＩＬ－３３に結合し、酸化ＩＬ－３３へのその変換を阻害する、３３＿６４００８７－７Ｂ（国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに記載されているもの）から誘導されるものに相当する。３３＿６４００８７－７Ｂは、参照により本明細書に組み込まれる国際公開第２０１６／１５６４４０号パンフレットに詳細に記載されている。したがって、この抗体は、ＳＴ－２及びＲＡＧＥシグナル伝達の両方を阻害するか又は減衰させるために、本明細書に記載の方法において特に有用であり得る。
【0287】
好適には、当業者は、当技術分野における抗体又はその抗原結合フラグメントの重鎖可変領域及び軽鎖可変領域内のＣＤＲを同定するのに利用可能な方法を把握している。好適には、当業者は、例えば、配列に基づくアノテーションを行うことができる。ＣＤＲ間の領域は、一般的に、高度に保存されているため、論理規則を使用してＣＤＲの位置を決定することができる。当業者は、従来の抗体について一連の配列に基づく規則（Ｐａｎｔａｚｅｓ ａｎｄ Ｍａｒａｎａｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，２０１０）を使用することができ、代わりに又は加えて、当業者は複数の配列アラインメントに基づいて規則を改良することもできる。代わりに、当業者は、抗体配列を、ＢＬＡＳＴ＋のＢＬＡＳＴＰコマンドを使用して、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ又はＩＭＧＴ法で動作する公開データベースと比較して、最も近似するアノテーション付き配列を同定することができる。これらの各方法では、超可変領域の残基に付番し、次いで６つのＣＤＲの各々の始端及び終端が特定の重要な位置に従って決定されることによる、独自の残基付番スキームが考案されている。例えば、最も近似するアノテーション付き配列とアラインメントすると、ＣＤＲをアノテーション付き配列から非アノテーション付き配列へと外挿することができ、それによりＣＤＲを同定することができる。好適なツール／データベースは、例えば、Ｋａｂａｔデータベース、Ｋａｂａｔｍａｎ、Ｓｃａｌｉｎｇｅｒ、ＩＭＧＴ、Ａｂｎｕｍである。
【0288】
好適には、結合分子は、表６から選択される可変重鎖ドメイン（ＶＨ）と可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）の対を含むＩＬ－３３抗体又は抗原結合フラグメントである。
【0289】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１の配列のＶＨドメイン及び配列番号１９の配列のＶＬドメインを含む。
【0290】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号７の配列のＶＨドメイン及び配列番号２５の配列のＶＬドメインを含む。
【0291】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１１の配列のＶＨドメイン及び配列番号２９の配列のＶＬドメインを含む。
【0292】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１３の配列のＶＨドメイン及び配列番号３１の配列のＶＬドメインを含む。
【0293】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１６の配列のＶＨドメイン及び配列番号３４の配列のＶＬドメインを含む。
【0294】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１７の配列のＶＨドメイン及び配列番号３５の配列のＶＬドメインを含む。
【0295】
したがって、好適には、ＩＬ３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１８の配列のＶＨドメイン及び配列番号３６の配列のＶＬドメインを含む。
【0296】
好適には、ＩＬ－３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１、７、１１、１３、１６、１７及び１８から独立して選択される重鎖可変領域に由来する３つのＣＤＲを含む可変重鎖を含む。
【0297】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号１に従う重鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む。
【0298】
好適には、ＩＬ－３３抗体又は抗原結合フラグメントは、配列番号１９、２５、２９、３１、３４、３５及び３６から独立して選択される軽鎖可変領域に３つのＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む。
【0299】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号１９に従う軽鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む。
【0300】
したがって、好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号１、７、１１、１３、１６、１７及び１８から独立して選択される重鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む重鎖可変領域を含み、且つ配列番号１９、２５、２９、３１、３４、３５及び３６から独立して選択される軽鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む。
【0301】
したがって、好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号１に従う重鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む重鎖可変領域を含み、且つ配列番号１９に従う軽鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む。
【0302】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号３７、３８及び３９の配列を有するＶＨ ＣＤＲ１～３を有する可変重鎖ドメイン（ＶＨ）及び可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）を含み、１つ以上のＶＨＣＤＲは、３つ以下の単一アミノ酸の置換、挿入及び／又は欠失を有する。
【0303】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号３７、配列番号３８及び配列番号３９のＶＨＣＤＲ１～３を含むＶＨドメインを含む。
【0304】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号３７、配列番号３８及び配列番号３９からなるＶＨＣＤＲ１～３を含むＶＨドメインを含む。
【0305】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号４０、４１及び４２の配列を有するＶＬ ＣＤＲ１～３を有する可変重鎖ドメイン（ＶＨ）及び可変軽鎖ドメイン（ＶＬ）を含み、１つ以上のＶＬＣＤＲは、３つ以下の単一アミノ酸の置換、挿入及び／又は欠失を有する。
【0306】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号４０、配列番号４１及び配列番号４２のＶＬＣＤＲ１～３を含むＶＬドメインを含む。
【0307】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、それぞれ配列番号４０、配列番号４１及び配列番号４２からなるＶＬＣＤＲ１～３を含むＶＬドメインを含む。
【0308】
したがって、好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号３７の配列を有するＶＨＣＤＲ１、配列番号３８の配列を有するＶＨＣＤＲ２、配列番号３９の配列を有するＶＨＣＤＲ３、配列番号４０の配列を有するＶＬＣＤＲ１、配列番号４１の配列を有するＶＬＣＤＲ２及び配列番号４２の配列を有するＶＬＣＤＲ３を含む。
【0309】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１、７、１１、１３、１６、１７及び１８に従うＶＨと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有する。
【0310】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１に従うＶＨと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有する。
【0311】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、上記で開示されるＶＨは、フレームワークの１、２、３又は４つのアミノ酸が欠失しているか、挿入され、且つ／又は異なるアミノ酸に独立して置換されている配列を有する。
【0312】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＬは、配列番号１９、２５、２９、３１、３４、３５及び３６に従うＶＬと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有する。
【0313】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＬは、配列番号１９に従うＶＬと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有する。
【0314】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、上記で開示されるＶＬは、フレームワークの１、２、３又は４つのアミノ酸が独立して欠失し、挿入され、且つ／又は異なるアミノ酸に置換されている配列を有する。
【0315】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１、７、１１、１３、１６、１７及び１８に従うＶＨと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１９、２５、２９、３１、３４、３５及び３６に従うＶＬと少なくとも９０％、例えば９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００％同一のアミノ酸配列を有する。
【0316】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１、７、１１、１３、１６、１７及び１８からなるアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１９、２５、２９、３１、３４、３５及び３６からなるアミノ酸配列を有する。
【0317】
好適には、ＩＬ－３３抗体又はその抗原結合フラグメントは、ＶＨ及びＶＬを含み、ＶＨは、配列番号１からなるアミノ酸配列を有し、ＶＬは、配列番号１９からなるアミノ酸配列を有する。
【0318】
キット
いくつかの例では、本開示の方法を実施するための、例えば、本明細書に記載の多型の遺伝子型を判定するためのキットが本明細書で提供される。いくつかの例では、患者が、ＩＬ３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するためのキットが本明細書で提供される。いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するためのキットが、本明細書で提供される。例えば、キットは、クラスター１、２、３又は４に該当するものとして上記で同定されたＩＬ３３の任意の多型領域に特異的な第１及び第２のオリゴヌクレオチドを含む。キットは、対応する複数のクラスター１、２、３又は４多型に特異的な複数の第１及び第２のオリゴヌクレオチドを含み得る。複数のクラスター１、２、３又は４多型は、上記の方法で特定されたもののいずれかであり得る。
いくつかの例では、本開示の方法を実施するための、例えば、本明細書に記載の多型の遺伝子型を判定するためのキットが本明細書で提供される。いくつかの例では、患者が、ＩＬ３３媒介性障害のリスクが増大しているか否かを判定するためのキットが本明細書で提供される。いくつかの例では、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している患者が、ＩＬ－３３軸結合アンタゴニストを含む治療に応答する可能性があるか否かを判定するためのキットが、本明細書で提供される。例えば、キットは、クラスター１、２、３又は４に該当するものとして上記で同定されたＩＬ３３の任意の多型領域に特異的な第１及び第２のオリゴヌクレオチドを含む。キットは、対応する複数のクラスター１、２、３又は４多型に特異的な複数の第１及び第２のオリゴヌクレオチドを含み得る。複数のクラスター１、２、３又は４多型は、上記の方法で特定されたもののいずれかであり得る。
【0319】
遺伝子座に「特異的」なオリゴヌクレオチドは、その遺伝子座の多型領域に結合するか、又はその遺伝子座の多型領域に隣接して結合する。増幅のためのプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドでは、プライマーは、多型領域を含むポリヌクレオチドを産生するために使用されるのに十分に近い場合、隣接している。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、多型から約１～２ｋｂ以内、例えば１ｋｂ未満で結合する場合、隣接している。特異的オリゴヌクレオチドは、配列にハイブリダイズすることができ、適切な条件下では、一塩基が異なる配列に結合しない。
【0320】
キットに含まれるオリゴヌクレオチドは、プローブとして使用されるか又はプライマーとして使用されるかにかかわらず、検出可能に標識することができる。標識は、直接（例えば、蛍光標識用）又は間接的に検出することができる。間接的検出には、ビオチン－アビジン相互作用、抗体結合などを含む、当業者に公知の任意の検出方法が含まれ得る。蛍光標識オリゴヌクレオチドは、クエンチング分子も含み得る。オリゴヌクレオチドは、表面に結合し得る。いくつかの実施形態では、表面はシリカ又はガラスである。いくつかの実施形態では、表面は金属電極である。
【0321】
更に他のキットは、アッセイの実施に必要な少なくとも１つの試薬を含む。例えば、キットは、酵素を含み得る。代わりに、キットは、緩衝液又は任意の他の必要な試薬を含み得る。キットは、患者の遺伝子型を判定するための陽性対照、陰性対照、試薬、プライマー、シーケンシングマーカー及びプローブの全て又は一部を含み得る。
【0322】
組成物
本明細書では、本明細書に開示される方法の任意の例で使用するための、本明細書に開示される任意のＩＬ３３軸結合アンタゴニストを含む組成物も提供される。また、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象の治療に使用するための薬剤の製造における上記ＩＬ３３軸結合アンタゴニストのいずれかの使用も提供され、ここで、対象の遺伝子型は、治療されるべきＩＬ３３媒介性障害を有するリスクの増加に関連するクラスター１、２若しくは３アレル多型のいずれか又はそれと連鎖不平衡にある多型における任意の等価アレルを含むと判定されている。
本明細書では、本明細書に開示される方法の任意の例で使用するための、本明細書に開示される任意のＩＬ３３軸結合アンタゴニストを含む組成物も提供される。また、ＩＬ－３３媒介性障害に罹患している対象の治療に使用するための薬剤の製造における上記ＩＬ３３軸結合アンタゴニストのいずれかの使用も提供され、ここで、対象の遺伝子型は、治療されるべきＩＬ３３媒介性障害を有するリスクの増加に関連するクラスター１、２若しくは３アレル多型のいずれか又はそれと連鎖不平衡にある多型における任意の等価アレルを含むと判定されている。
【0323】
ＩＬ３３の遺伝的バリアントは、喘息及び血中好酸球レベルと関連していることが報告されている。本実施例では、ＩＬ３３（及びＩＬ１ＲＬ１）バリアントも、大規模なゲノムコホートの調査を通して、好酸球の状態にかかわらず発症年齢と関連していることが示されている。予測される機能喪失型レアタンパク質トランケーションバリアント（ＰＴＶ）（ＩＬ３３－ｒｓ１４６５９７５８７におけるレアスプライスバリアント）及びいくつかのより一般的なリスクバリアントの影響を調査した。データは、ＩＬ３３及びＩＬ１ＲＬ１のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアに基づいて、ＩＬ３３機能喪失型レアバリアントについて認められたリスクの低減が、より高いＩＬ３３経路活性を有する対象においてより大きいことも示し、これは、喘息患者のサブセットがＩＬ３３によって引き起こされる疾患に罹患しており、これがＩＬ３３活性を遮断することによってレスキューされ得ることを示す。
【0324】
ヒト遺伝学データを、ＵＫバイオバンク（ＵＫＢ）プロジェクト及びＦｉｎｎＧｅｎｅコホート上で作成した。本試験では、喘息患者２０，４７９名及び呼吸器対照対象１０９，９０２名並びにＵＫＢ内で遺伝子型同定された喘息患者６４，７７３名及び対照対象３５３，５１６名の全エクソームシーケンシングデータにアクセスした。喘息対象を、自己申告された喘息の症例及び喘息の入院記録のある対象を組み合わせることにより同定した。発症年齢は、自己申告及び医師が喘息と診断した年齢により把握した。ＩＬ３３及びＩＬ１ＲＬ１遺伝子座におけるコモンバリアントの喘息の関連を、ＵＫＢのＧＷＡＳ結果を使用して評価した。
【実施例】
【0325】
実施例１
以下の実施例は、限定としてではなく、例示として提供される。
以下の実施例は、限定としてではなく、例示として提供される。
【0326】
ＩＬ３３経路の高い遺伝子リスクスコアを有する対象は、ＩＬ３３機能喪失型レアバリアントの保有からより大きい恩恵を受けることを示す
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息の遺伝子リスクスコアを定義するために、ＩＬ３３の発現レベルに影響を及ぼすことが報告されているＩＬ３３における２２２個のコモンバリアント（ＧＴＥｘ＿Ｐｏｒｔａｌ（２０２０年１月１６日）から取得）及びＩＬ１ＲＬ１のｍＲＮＡ若しくはタンパク質レベルに影響を及ぼすか、又はＩＬ１ＲＬ１アミノ酸配列の変化をもたらすことが報告されている７７４個のバリアント（ＧＴＥｘ Ｐｏｒｔａｌ（２０２０年１月１６日）、Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１８ Ｊｕｎ；５５８（７７０８）：７３－７９、Ｇｏｔｅｎｂｏｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１３ Ｍａｒ；１３１（３）：８５６－６５、Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１３ Ｏｃｔ；１２３（１０）：４２０８－１８から取得）を収集した。喘息のエラスティックネット回帰モデルを使用して、ＵＫＢデータをフィットさせた。９９６個のバリアントのうちの４３個を有益なものとしてモデルで選択した。これは、それらが非ゼロ係数を有していたことを意味する。次に、ＩＬ３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを、全てのＵＫＢ対象におけるこれら４３個のバリアントについての遺伝子型数の加重和として得た。スコアを、ゼロ（即ち最小のコモンバリアントリスク）から１（即ち最高のコモンバリアントリスク）までの範囲にスケーリングした。
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息の遺伝子リスクスコアを定義するために、ＩＬ３３の発現レベルに影響を及ぼすことが報告されているＩＬ３３における２２２個のコモンバリアント（ＧＴＥｘ＿Ｐｏｒｔａｌ（２０２０年１月１６日）から取得）及びＩＬ１ＲＬ１のｍＲＮＡ若しくはタンパク質レベルに影響を及ぼすか、又はＩＬ１ＲＬ１アミノ酸配列の変化をもたらすことが報告されている７７４個のバリアント（ＧＴＥｘ Ｐｏｒｔａｌ（２０２０年１月１６日）、Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１８ Ｊｕｎ；５５８（７７０８）：７３－７９、Ｇｏｔｅｎｂｏｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１３ Ｍａｒ；１３１（３）：８５６－６５、Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１３ Ｏｃｔ；１２３（１０）：４２０８－１８から取得）を収集した。喘息のエラスティックネット回帰モデルを使用して、ＵＫＢデータをフィットさせた。９９６個のバリアントのうちの４３個を有益なものとしてモデルで選択した。これは、それらが非ゼロ係数を有していたことを意味する。次に、ＩＬ３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを、全てのＵＫＢ対象におけるこれら４３個のバリアントについての遺伝子型数の加重和として得た。スコアを、ゼロ（即ち最小のコモンバリアントリスク）から１（即ち最高のコモンバリアントリスク）までの範囲にスケーリングした。
【0327】
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のリスクについて、最低（遺伝子スコア＝０）及び最高（遺伝子スコア＝１）のＵＫＢ対象を比較したところ、喘息リスクに２倍超の差が認められた（ＯＲ ２．１９、ＣＩ ２．０５－２．３４、ｐ：１．０３×１０－１１４）（図１）。ＩＬ３３機能喪失型バリアントｒｓ１４６５９７５８７の保有状態の喘息リスクに対する影響のロジスティック回帰を実施したところ、０．３６（ＣＩ ０．１６－０．８３、ｐ０．０１６）というコモンバリアントの遺伝子リスクスコアとの統計学的に有意な相互作用影響係数が明らかとなり、コモンバリアントのリスクスコアが高いほど、機能喪失型バリアントの防御作用が強いことが示された。コモンバリアントスコアの全体的なロジスティック回帰及び機能喪失型アレルとのその相互作用において見られるこの作用は、コモンバリアントスコアの十分位数の極値内における機能喪失型アレルの作用を比較することによって可視化することができる（即ち最低リスク対最高リスクのサブグループ比較）（図２）。
【0328】
陰性対照として、保有状態と３つの非関連喘息疾患遺伝子（ＯＲＭＤＬ３、ＡＤＡＭ３３、ＴＳＬＰ）で生成したエラスティックネットリスクスコアとの間で同様のロジスティック回帰を実施したが、統計学的に有意な関係は見られなかった（ｐ：０．２６３）（図３）。これは、ＩＬ３３リスクスコアに適用したｒｓ１４６５９７５８７の保有で認められたレスキュー効果が、一般にいかなる喘息リスクスコアにも関連していないことを示す。
【0329】
ＩＬ３３機能喪失型レアバリアントは、早期発症喘息のリスクを低減させる
ＩＬ３３内のレアバリアントとＵＫＢコホートで取得した喘息関連表現型形質との間の関連を見出すために、エクソームワイド関連解析（ｅｘＷＡＳ）を実施した。自己申告された喘息の症例と喘息の入院エピソードを有する対象とを組み合わせ、それらを呼吸器対照のコホート（呼吸器病態の報告がない対象）と対比させることにより、症例／対照関連試験を実施した。
ＩＬ３３内のレアバリアントとＵＫＢコホートで取得した喘息関連表現型形質との間の関連を見出すために、エクソームワイド関連解析（ｅｘＷＡＳ）を実施した。自己申告された喘息の症例と喘息の入院エピソードを有する対象とを組み合わせ、それらを呼吸器対照のコホート（呼吸器病態の報告がない対象）と対比させることにより、症例／対照関連試験を実施した。
【0330】
バリアントｒｓ１４６５９７５８７は、喘息に対して有意な防御作用を有することが認められた（ＯＲ＝０．５９、９５％ＣＩ ０．４７－０．７３、ｐ２．１×１０－７、ＭＡＦ＝０．４％）（図４）。また、このバリアントは、後期発症（≧１８歳）の喘息患者とは対照的に、早期発症（＜１８歳）の喘息患者ではそれほど一般的ではない（ＯＲ ０．４９（ｐ＝０．０１５））ことも判明した。
【0331】
これらの観察結果は、ＩＬ３３が喘息において、特に疾患の早期発症患者において重要な因子であることを示す。
【0332】
ＩＬ３３遺伝子座におけるコモンバリアントのセットは、喘息リスクと喘息の早期発症の両方と関連している
ＩＬ３３遺伝子座におけるこれまでに報告された喘息のリスクバリアントを特徴付けるために、ＧＷＡＳカタログ内でデータベース検索を実施した（Ｂｕｎｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０１９ Ｊａｎ ８；４７（Ｄ１）：Ｄ１００５－Ｄ１０１２）。これにより、喘息、他の呼吸器障害又は好酸球レベルに関連するＩＬ３３遺伝子座における３９個のコモンバリアントを同定した。ＵＫＢコホートにおける本発明者らの解析により、これらのＳＮＰのうちの３２個と喘息リスクとの正の関連が確認された（表７）。しかしながら、ＵＫＢ遺伝子型データでは、喘息発症年齢との関連に関する新たな知見が見出された（表８）（対象４８７，４０９名のうちの６４，７７３名が喘息であり、３５３，５１６名が呼吸器対照である）。
ＩＬ３３遺伝子座におけるこれまでに報告された喘息のリスクバリアントを特徴付けるために、ＧＷＡＳカタログ内でデータベース検索を実施した（Ｂｕｎｉｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２０１９ Ｊａｎ ８；４７（Ｄ１）：Ｄ１００５－Ｄ１０１２）。これにより、喘息、他の呼吸器障害又は好酸球レベルに関連するＩＬ３３遺伝子座における３９個のコモンバリアントを同定した。ＵＫＢコホートにおける本発明者らの解析により、これらのＳＮＰのうちの３２個と喘息リスクとの正の関連が確認された（表７）。しかしながら、ＵＫＢ遺伝子型データでは、喘息発症年齢との関連に関する新たな知見が見出された（表８）（対象４８７，４０９名のうちの６４，７７３名が喘息であり、３５３，５１６名が呼吸器対照である）。
【0333】
３９個のバリアントの連鎖不平衡（即ちアレル相関）の解析により、４つの主要なクラスターが示され、クラスター１、２及び３のバリアントは、高い内部相関を示した（図５）。ＩＬ３３タンパク質コード領域にはバリアントは存在しなかったが、ＥＮＣＯＤＥにおけるＣｈＩＰｓｅｑ実験によって同定されたように、バリアントの多くは既知の転写因子結合部位に極めて近接して見出された（図６）。クラスター１、２及び３の全てのバリアント（図７）は、喘息及び喘息発症年齢と強い関連を示した（図７）。本発明者らは、線形回帰の共変量として好酸球数を加えることにより、好酸球数を調整した発症解析も実施した。これにより、好酸球の影響を制御しながら、喘息発症に対するバリアントの影響の解析が可能となった。好酸球の影響を考慮した場合でも発症との有意な関連が依然として存在することは、好酸球非依存性経路を介したＩＬ３３の喘息発症に対する作用を示唆している。
【0334】
喘息関連性の根底にある潜在的な機能的メカニズムを解明するために、ＵＫＢ内のＩＬ３３遺伝子座における喘息関連ピークと、ＧＴＥｘ（ｖ８）から取得した大動脈組織のＩＬ３３ ｅＱＴＬデータとの間の、ｃｏｌｏｃ（Ｐｌａｇｎｏｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ．２００９ Ａｐｒ；１０（２）：３２７－３４）を使用した共配置解析を実施した。同じ遺伝子座における２つの関連ピーク（この場合、喘息とＩＬ－３３遺伝子発現との関連）を比較する際の一般的な問題は、同じ又は異なる原因バリアントが関連バリアントによってタグ付けされているか否かである。本発明者らは、同じ原因バリアントが両方のシグナルに関与する確率を推定するために、Ｒパッケージｃｏｌｏｃを使用して統計解析を実施した。Ｐ＝０．９７６）という高い共局在化（即ち根底にある同一の原因バリアント）の可能性が見出された（共有原因バリアントのｃｏｌｏｃ事後）（表７）。喘息及びＩＬ－３３発現における影響の方向性が一貫していることを見ると、候補セット中の３９個のバリアントについて、喘息リスクを増加させるアレルが常にＩＬ－３３の発現も増加させ、逆も同様であることが認められる（表８）。
【0335】
ＩＬ３３発現に対するバリアントの影響と喘息との間の相互作用を更に特徴付けるために、ＧＴＥｘにおいてＩＬ－３３発現に最大の影響を及ぼすｅＱＴＬバリアント（ｒｓ９２８４１３）を更なる解析のために選択した。ｒｓ９２８４１３（Ｇ）のリスクアレルは、ＵＫバイオバンクコホートにおいて、喘息リスクの増加（ＯＲ １．１４、ｐ値２．９１×１０－６１）及び発症年齢の低下（効果量 ベータ＝－１．２２、ｐ値 ９．７×１０－２４）と関連していた（図８）。
【0336】
総合すると、ＵＫバイオバンク内のＩＬ－３３遺伝子座におけるコモンバリアントに関する本発明者らの解析により、ＩＬ３３が喘息感受性遺伝子であることが確認される。本発明者らは、ＩＬ３３バリアントが好酸球非依存的に喘息の発症と関連することも示し、遺伝子発現の変化を、これらのバリアントの考えられる機能的メカニズムとして明らかにする。最後に、コモンバリアントの遺伝的背景によってＩＬ３３経路の活性が増加した対象における、ＩＬ３３機能喪失型バリアントの防御作用の増加を裏付けるデータを示す。
【0337】
【表13】
【0338】
【表14】
【0339】
【表15】
【0340】
【表16】
【0341】
方法
ＩＬ３３遺伝子座における喘息関連バリアントの選択及びクラスタリング解析
これまでの刊行物内の検索と組み合わせた、喘息に関するＥＢＩ ＧＷＡＳカタログ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｇｗａｓ／）でのデータベース検索により、喘息、他の呼吸器障害又は好酸球レベルに関連するＩＬ３３遺伝子座内の３９個のコモンバリアントを同定した。
ＩＬ３３遺伝子座における喘息関連バリアントの選択及びクラスタリング解析
これまでの刊行物内の検索と組み合わせた、喘息に関するＥＢＩ ＧＷＡＳカタログ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｇｗａｓ／）でのデータベース検索により、喘息、他の呼吸器障害又は好酸球レベルに関連するＩＬ３３遺伝子座内の３９個のコモンバリアントを同定した。
【0342】
ＵＫバイオバンクにおける喘息との関連
統計解析をＵＫバイオバンクコホートで実施した。６４，７７３例の喘息症例を、自己申告により診断した対象又は喘息による入院の記録を有する対象を組み合わせることによって同定した。対照３５３，５１６例を、電子健康記録に何らかの肺疾患／肺機能障害がないことに基づいて選択した。喘息発症の年齢を、定量的形質として又は１８歳のカットオフを基準として「早期発症」／「後期発症」の二元変数として解析した。喘息対象における各ＳＮＰのリスクアレルの数に関するピアソン相関に基づいて、ＳＮＰのクラスタリングを実施した。ロジスティック回帰を使用して喘息との関連付けを実施し、Ｒ（バージョン３．５．３）で線形回帰を使用して喘息発症年齢との関連付けを実施した。年齢、性別及びＵＫバイオバンクの最初の１０個の主成分（集団層別化のための対照）を補助因子として調整した。オッズ比を算出した。ボンフェローニ法を使用してＰ値を多重比較のために調整した。
統計解析をＵＫバイオバンクコホートで実施した。６４，７７３例の喘息症例を、自己申告により診断した対象又は喘息による入院の記録を有する対象を組み合わせることによって同定した。対照３５３，５１６例を、電子健康記録に何らかの肺疾患／肺機能障害がないことに基づいて選択した。喘息発症の年齢を、定量的形質として又は１８歳のカットオフを基準として「早期発症」／「後期発症」の二元変数として解析した。喘息対象における各ＳＮＰのリスクアレルの数に関するピアソン相関に基づいて、ＳＮＰのクラスタリングを実施した。ロジスティック回帰を使用して喘息との関連付けを実施し、Ｒ（バージョン３．５．３）で線形回帰を使用して喘息発症年齢との関連付けを実施した。年齢、性別及びＵＫバイオバンクの最初の１０個の主成分（集団層別化のための対照）を補助因子として調整した。オッズ比を算出した。ボンフェローニ法を使用してＰ値を多重比較のために調整した。
【0343】
喘息とＩＬ３３ ｅＱＴＬとの関連の共局在解析
ＧＴＥｘ（ｖ８）の大動脈組織における喘息関連ピーク及びＩＬ３３ ｅＱＴＬシグナルの共局在解析を、Ｒパッケージｃｏｌｏｃ（バージョン３．２－１、ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｃｏｌｏｃ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）を使用して実施した。ＧＴＥｘ ｅＱＴＬ効果の要約統計量は、ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇで公開されている。
ＧＴＥｘ（ｖ８）の大動脈組織における喘息関連ピーク及びＩＬ３３ ｅＱＴＬシグナルの共局在解析を、Ｒパッケージｃｏｌｏｃ（バージョン３．２－１、ｈｔｔｐｓ：／／ｃｒａｎ．ｒ－ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｃｏｌｏｃ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ）を使用して実施した。ＧＴＥｘ ｅＱＴＬ効果の要約統計量は、ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇで公開されている。
【0344】
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスク
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを定義するために、本発明者らは、ＩＬ－３３及びＩＬ１ＲＬ１遺伝子座における遺伝子バリアントを、それぞれの遺伝子の機能的関連性に関する先行エビデンスを用いて同定した。これには、ＧＴＥｘにおいてＩＬ－３３の発現に影響を及ぼすことが報告されているＩＬ－３３遺伝子座における２２２個のバリアント及びＩＬ１ＲＬ１発現（ＧＴＥｘ）、タンパク質レベル（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１８ Ｊｕｎ；５５８（７７０８）：７３－７９）又はタンパク質機能（Ｇｏｔｅｎｂｏｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１３ Ｍａｒ；１３１（３）：８５６－６５、Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１３ Ｏｃｔ；１２３（１０）：４２０８－１８）のいずれかに影響を及ぼす７７４個のバリアントが含まれていた。コモンバリアントスコアとＩＬ３３機能喪失型バリアントｒｓ１４６５９７５８７との間の独立性を確実にするために、ｒｓ１４６５９７５８７と何らかのＬＤ（ｒ２＞０．０１）を示すＳＮＰを除外した。これらの９９６個のバリアントを予測因子として、喘息を応答変数として用いたエラスティックネット回帰モデルを、Ｒパッケージｇｌｍｎｅｔ（バージョン３．０．２）を使用してＵＫＢデータにフィットさせた。アルファハイパーパラメータを０．５に設定した。ラムダハイパーパラメータを、１０倍交差検証を用いてフィッティングさせ、逸脱度を最小化するパラメータ値を最終モデルに選択した。モデルフィッティングにより、非ゼロ係数を有する４３個のバリアントを得た。これらの重みを使用して、次に、ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを、全てのＵＫＢ対象におけるこれらの４３個のバリアントについての遺伝子型数の単純加重和として得た。スコアを、ゼロ（即ち最小のコモンバリアントリスク）から１（即ち最高のコモンバリアントリスク）までの範囲にスケーリングした。コモンバリアントの遺伝子リスクスコアとＩＬ３３機能喪失型レアバリアントｒｓ１４６５９７５８７の防御作用との相互作用を試験するために、本発明者らは、コモンバリアントのリスクスコア及びｒｓ１４６５９７５８７の保有状態を予測因子として、喘息を応答として用いてロジスティック回帰を実施した。コモンバリアントのリスクスコア及びｒｓ１４６５９７５８７の保有状態に関する相互作用項を含めることにより、コモンバリアントの遺伝的背景に対する、機能喪失型バリアントの作用の差異を試験することが可能であった。
ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを定義するために、本発明者らは、ＩＬ－３３及びＩＬ１ＲＬ１遺伝子座における遺伝子バリアントを、それぞれの遺伝子の機能的関連性に関する先行エビデンスを用いて同定した。これには、ＧＴＥｘにおいてＩＬ－３３の発現に影響を及ぼすことが報告されているＩＬ－３３遺伝子座における２２２個のバリアント及びＩＬ１ＲＬ１発現（ＧＴＥｘ）、タンパク質レベル（Ｓｕｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ．２０１８ Ｊｕｎ；５５８（７７０８）：７３－７９）又はタンパク質機能（Ｇｏｔｅｎｂｏｅｒ ｅｔ ａｌ，Ｊ Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１３ Ｍａｒ；１３１（３）：８５６－６５、Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ．２０１３ Ｏｃｔ；１２３（１０）：４２０８－１８）のいずれかに影響を及ぼす７７４個のバリアントが含まれていた。コモンバリアントスコアとＩＬ３３機能喪失型バリアントｒｓ１４６５９７５８７との間の独立性を確実にするために、ｒｓ１４６５９７５８７と何らかのＬＤ（ｒ２＞０．０１）を示すＳＮＰを除外した。これらの９９６個のバリアントを予測因子として、喘息を応答変数として用いたエラスティックネット回帰モデルを、Ｒパッケージｇｌｍｎｅｔ（バージョン３．０．２）を使用してＵＫＢデータにフィットさせた。アルファハイパーパラメータを０．５に設定した。ラムダハイパーパラメータを、１０倍交差検証を用いてフィッティングさせ、逸脱度を最小化するパラメータ値を最終モデルに選択した。モデルフィッティングにより、非ゼロ係数を有する４３個のバリアントを得た。これらの重みを使用して、次に、ＩＬ－３３によって引き起こされる喘息のコモンバリアントの遺伝子リスクスコアを、全てのＵＫＢ対象におけるこれらの４３個のバリアントについての遺伝子型数の単純加重和として得た。スコアを、ゼロ（即ち最小のコモンバリアントリスク）から１（即ち最高のコモンバリアントリスク）までの範囲にスケーリングした。コモンバリアントの遺伝子リスクスコアとＩＬ３３機能喪失型レアバリアントｒｓ１４６５９７５８７の防御作用との相互作用を試験するために、本発明者らは、コモンバリアントのリスクスコア及びｒｓ１４６５９７５８７の保有状態を予測因子として、喘息を応答として用いてロジスティック回帰を実施した。コモンバリアントのリスクスコア及びｒｓ１４６５９７５８７の保有状態に関する相互作用項を含めることにより、コモンバリアントの遺伝的背景に対する、機能喪失型バリアントの作用の差異を試験することが可能であった。
【0345】
実施例２
ＩＬ－３３表現型を引き起こす際のバリアントの機能的重要性
喘息関連ＩＬ３３ ＳＮＰバリアントの機能的重要性を、ルシフェラーゼの発現がＩＬ３３プロモーターによって引き起こされるデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイを使用してインビトロで評価した。ＩＬ３３の５’上流遺伝子間領域又はプロモーター領域に由来する、野生型（ＷＴ）配列又は単一ＳＮＰバリアントを含む配列を含む３ｋｂセグメントを、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターコンストラクト内のＩＬ３３プロモーターの上流にクローニングした。その一方で、ＷＴ配列又はイントロンＳＮＰを含む１．５ｋｂセグメントを、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターコンストラクト内のＮａｎｏＬｕｃ遺伝子の下流にクローニングした。次に、これらのコンストラクトを使用して、基礎条件、低サイトカイン条件及び高サイトカイン条件下でバリアントがＩＬ３３プロモーター活性にどのように影響を及ぼすかを判定した。様々な条件下でのルシフェラーゼ活性の増加は、ＩＬ３３プロモーターの増強と相関する。
ＩＬ－３３表現型を引き起こす際のバリアントの機能的重要性
喘息関連ＩＬ３３ ＳＮＰバリアントの機能的重要性を、ルシフェラーゼの発現がＩＬ３３プロモーターによって引き起こされるデュアルルシフェラーゼレポーターアッセイを使用してインビトロで評価した。ＩＬ３３の５’上流遺伝子間領域又はプロモーター領域に由来する、野生型（ＷＴ）配列又は単一ＳＮＰバリアントを含む配列を含む３ｋｂセグメントを、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターコンストラクト内のＩＬ３３プロモーターの上流にクローニングした。その一方で、ＷＴ配列又はイントロンＳＮＰを含む１．５ｋｂセグメントを、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターコンストラクト内のＮａｎｏＬｕｃ遺伝子の下流にクローニングした。次に、これらのコンストラクトを使用して、基礎条件、低サイトカイン条件及び高サイトカイン条件下でバリアントがＩＬ３３プロモーター活性にどのように影響を及ぼすかを判定した。様々な条件下でのルシフェラーゼ活性の増加は、ＩＬ３３プロモーターの増強と相関する。
【0346】
簡潔に述べると、Ａ５４９細胞を、ＷＴコンストラクト及びＳＮＰ含有コンストラクトでトランスフェクトし、続いて低濃度のサイトカイン混合物（２．５ｎｇ／ｍＬ ＴＮＦ－アルファ＋１２．５ｎｇ／ｍＬ ＩＦＮ－ガンマ）、高濃度のサイトカイン混合物（１０ｎｇ／ｍＬ ＴＮＦ－アルファ＋５０ｎｇ／ｍＬ ＩＦＮ－ガンマ）又は培地対照（基礎条件）で処理した。ＩＬ－３３プロモーター活性に対するＳＮＰの影響を定量するために、一過性にトランスフェクトしたＡ５４９細胞を溶解させ、ＮａｎｏＬｕｃ及びＦｉｒｅｆｌｙのルシフェラーゼ活性をトランスフェクションの２６～２７時間後に測定した。デュアルルシフェラーゼアッセイを使用して、７０個のＳＮＰ含有コンストラクトをスクリーニングした。ＳＮＰは喘息リスクの増加と関連していた。対応するＷＴ配列コンストラクトを、対照として各プレートに含めた。ＳＮＰの影響を、プレート上のＷＴ配列コンストラクト対照（活性０％と設定）からの正規化したＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性と比較して、活性パーセントに対して正規化した。このスクリーニングにより、ＩＬ３３の５’上流遺伝子間領域及びプロモーター領域中の１３個のＳＮＰ並びにイントロン－１中の１つのＳＮＰを、基礎処理下又は低濃度若しくは高濃度のサイトカイン処理下でＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性の有意な増強を生じさせるものとして同定した（表９）。これらのヒットは、全て１回につきｎ＝３で２～４回行った。驚くべきことに、結果は、セグメント１１の２つのＳＮＰ（ｒｓ１４７５６５８＿Ｔ及びｒｓ１３２９８１１６＿Ｔ）が、基礎条件下でＩＬ３３プロモーター活性に対して強力な増強作用を示したことを示す。セグメント１１のｒｓ１９２９９９５＿Ｃは基礎条件又はサイトカイン刺激条件下でＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性の増加を全く誘導しなかったため、この作用は必ずしもセグメント特異的ではなかった（図９）。
【0347】
【表17】
【0348】
興味深いことに、他のＳＮＰヒットは、サイトカイン刺激条件下で増強作用を示した（表９）。例えば、セグメント１３の３つのＳＮＰ（ｒｓ１４４８２９３１０＿Ｔ、ｒｓ７０４６６６１＿Ｃ及びｒｓ９９２９６９＿Ａ）は、高濃度サイトカイン処理下で有意な増強を示した（図１０）。ＩＬ３３プロモーター活性を調節するこれらのＳＮＰのメカニズムは不明であり、更なる調査が必要である。
【0349】
これらの観察結果は、Ｕ－ＢＩＯＰＲＥＤコホート（Ｎ＝７５）から得た鼻擦過試料中のＩＬ－３３発現レベルのエクスビボ解析によって立証された。表９の１４個のＳＮＰのルシフェラーゼアッセイにおける活性誘導型アレルとＩＬ－３３遺伝子発現との関連を、線形回帰を使用して試験した。１４個中１１個のＳＮＰにおけるルシフェラーゼ誘導型アレルについて、名目上有意な発現増加（ベータ＞０．０、Ｐ＜０．０５）が認められた（表９、図１２）。この解析は、ルシフェラーゼアッセイで同定されたＳＮＰがＩＬ－３３の調節において直接的な役割を果たしているという更なるエビデンスを提供する。
【0350】
この結果は、どのＩＬ３３ ＳＮＰが、ＩＬ－３３の発現を増加させることによりＩＬ－３３媒介性障害の発症原因となり得るかを初めて同定する。したがって、これらのＳＮＰを有する対象は、抗ＩＬ－３３ベースの療法を用いた治療で特に扱いが容易となり得る。したがって、喘息などの状態に罹患している対象におけるこれらのＳＮＰの同定は、ＩＬ－３３ベースの療法に応答する可能性が最も高い対象を同定するための精密医療アプローチを提供する。
【0351】
方法
細胞株
Ａ５４９ヒト腺癌肺胞基底上皮細胞株を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）から得た。１０％ウシ胎児血清（１０２７０１０６、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（１１３６００７０、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）及び２ｍＭ Ｇｌｕｔａｍａｘ－Ｉ（３５０５００３８、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したフェノールレッド不含ＤＭＥＭ培地（３１０５３０２８、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中で、細胞を培養した。
細胞株
Ａ５４９ヒト腺癌肺胞基底上皮細胞株を、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）から得た。１０％ウシ胎児血清（１０２７０１０６、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、１ｍＭピルビン酸ナトリウム（１１３６００７０、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）及び２ｍＭ Ｇｌｕｔａｍａｘ－Ｉ（３５０５００３８、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を補充したフェノールレッド不含ＤＭＥＭ培地（３１０５３０２８、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ，ＵＳＡ）中で、細胞を培養した。
【0352】
ルシフェラーゼレポーターコンストラクト
ヒトＩＬ３３プロモーター領域を、Ａ５４９細胞から単離したゲノムＤＮＡを使用してＰＣＲによって増幅した。ＩＬ３３プロモーターをｐＮＬ１．２［ＮｌｕｃＰ］ルシフェラーゼレポーターベクター（Ｎ１０１１、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，ＮＡＣＫＡ，Ｓｗｅｄｅｎ）にクローニングして、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターを作製した。ＩＬ３３プロモーターの上流にある１４個のスライドした３ｋｂセグメントを、Ａ５４９細胞から単離したゲノムＤＮＡを使用してＰＣＲ増幅し、ＩＬ３３プロモーターの上流にベクターあたり１つの３ｋｂセグメントで、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターにサブクローニングした。１つの３ｋｂセグメントを含むＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターのサイズは、約８．８ｋｂである。３ｋｂセグメント及びＩＬ３３プロモーター中のＳＮＰバリアントを、ＰＣＲベースの部位特異的変異誘発によって作製し、サンガーシーケンシングによって検証した。イントロンＳＮＰを含むセグメントを、７５０ｂｐで隣接する２つのフラグメントとして合成し、続いて１つの１．５ｋｂセグメントにアセンブリした（ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ ＨｉＦＩ ＤＮＡ標準プロトコルを使用）。１．５ｋｂセグメントを、ＸｂａＩ部位とＦｓｅＩ部位との間のＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクター内のＮａｎｏＬｕｃ遺伝子の下流にクローニングした。
ヒトＩＬ３３プロモーター領域を、Ａ５４９細胞から単離したゲノムＤＮＡを使用してＰＣＲによって増幅した。ＩＬ３３プロモーターをｐＮＬ１．２［ＮｌｕｃＰ］ルシフェラーゼレポーターベクター（Ｎ１０１１、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ，ＮＡＣＫＡ，Ｓｗｅｄｅｎ）にクローニングして、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターを作製した。ＩＬ３３プロモーターの上流にある１４個のスライドした３ｋｂセグメントを、Ａ５４９細胞から単離したゲノムＤＮＡを使用してＰＣＲ増幅し、ＩＬ３３プロモーターの上流にベクターあたり１つの３ｋｂセグメントで、ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターにサブクローニングした。１つの３ｋｂセグメントを含むＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクターのサイズは、約８．８ｋｂである。３ｋｂセグメント及びＩＬ３３プロモーター中のＳＮＰバリアントを、ＰＣＲベースの部位特異的変異誘発によって作製し、サンガーシーケンシングによって検証した。イントロンＳＮＰを含むセグメントを、７５０ｂｐで隣接する２つのフラグメントとして合成し、続いて１つの１．５ｋｂセグメントにアセンブリした（ＮＥＢｕｉｌｄｅｒ ＨｉＦＩ ＤＮＡ標準プロトコルを使用）。１．５ｋｂセグメントを、ＸｂａＩ部位とＦｓｅＩ部位との間のＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポーターベクター内のＮａｎｏＬｕｃ遺伝子の下流にクローニングした。
【0353】
Ａ５４９トランスフェクション及びルシフェラーゼレポーターアッセイ
Ｆｕｇｅｎｅ ＨＤトランスフェクション試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を、プラスミドＤＮＡ：トランスフェクション試薬を３の比率で使用して、Ａ５４９細胞をトランスフェクトした。簡潔に述べると、９０μＬ中のウェルあたり１２０００個の細胞を、トランスフェクションの２４時間前に９６ウェルプレートに播種し、９８ｎｇの試験用ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポータープラスミドＤＮＡ及び２ｎｇの正規化Ｆｉｒｅｆｌｙ対照プラスミドｐＧＬ４．５３［ｌｕｃ２／ＰＧＫ］（Ｅ５０１１、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）でトランスフェクトした。３～４時間後、異なる濃度のＴＮＦ－アルファ（２１０－ＴＡ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）とＩＦＮ－ガンマ（２８５－ＩＦ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）との組み合わせ混合物及び培地のみ（基礎対照として）を用いて細胞を刺激した。ＮａｎｏＬｕｃ及びＦｉｒｅｆｌｙルシフェラーゼ活性を、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ Ｄｕａｌ－Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅレポーターアッセイキット（Ｎ１６３０、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を製造業者のプロトコルに従って使用して、トランスフェクションの２６～２７時間後に測定した。ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性を、細胞のトランスフェクション及び溶解効率における変動を説明するために、Ｆｉｒｅｆｌｙルシフェラーゼの活性に対して正規化した。
Ｆｕｇｅｎｅ ＨＤトランスフェクション試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を、プラスミドＤＮＡ：トランスフェクション試薬を３の比率で使用して、Ａ５４９細胞をトランスフェクトした。簡潔に述べると、９０μＬ中のウェルあたり１２０００個の細胞を、トランスフェクションの２４時間前に９６ウェルプレートに播種し、９８ｎｇの試験用ＩＬ３３－ＮａｎｏＬｕｃレポータープラスミドＤＮＡ及び２ｎｇの正規化Ｆｉｒｅｆｌｙ対照プラスミドｐＧＬ４．５３［ｌｕｃ２／ＰＧＫ］（Ｅ５０１１、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）でトランスフェクトした。３～４時間後、異なる濃度のＴＮＦ－アルファ（２１０－ＴＡ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）とＩＦＮ－ガンマ（２８５－ＩＦ、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）との組み合わせ混合物及び培地のみ（基礎対照として）を用いて細胞を刺激した。ＮａｎｏＬｕｃ及びＦｉｒｅｆｌｙルシフェラーゼ活性を、Ｎａｎｏ－Ｇｌｏ Ｄｕａｌ－Ｌｕｃｉｆｅｒａｓｅレポーターアッセイキット（Ｎ１６３０、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を製造業者のプロトコルに従って使用して、トランスフェクションの２６～２７時間後に測定した。ＮａｎｏＬｕｃルシフェラーゼ活性を、細胞のトランスフェクション及び溶解効率における変動を説明するために、Ｆｉｒｅｆｌｙルシフェラーゼの活性に対して正規化した。
【0354】
ＵＢＩＯＰＲＥＤ ＩＬ－３３発現解析
Ｕ－ＢＩＯＰＲＥＤ（呼吸器疾患の転帰予測のための公正なバイオマーカー）コホートは、対象７５名の鼻擦過物からの試料を含む。これらの試料におけるＩＬ－３３の発現を、ＲＮＡマイクロアレイによって測定した。ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈで実施されたＵ－ＢＩＯＰＲＥＤの全ゲノムシーケンシングから、試験対象の１４個のバリアントの遺伝子型（表９）を抽出した。ＩＬ－３３発現に対するルシフェラーゼアッセイからの活性誘導型アレルの作用を、年齢及び性別を共変量として使用して線形回帰により評価した。
Ｕ－ＢＩＯＰＲＥＤ（呼吸器疾患の転帰予測のための公正なバイオマーカー）コホートは、対象７５名の鼻擦過物からの試料を含む。これらの試料におけるＩＬ－３３の発現を、ＲＮＡマイクロアレイによって測定した。ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈで実施されたＵ－ＢＩＯＰＲＥＤの全ゲノムシーケンシングから、試験対象の１４個のバリアントの遺伝子型（表９）を抽出した。ＩＬ－３３発現に対するルシフェラーゼアッセイからの活性誘導型アレルの作用を、年齢及び性別を共変量として使用して線形回帰により評価した。
【0355】
追加の配列
配列番号３７：ＳＹＡＭＳ
配列番号３８：ＧＩＳＡＩＤＱＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ
配列番号３９：ＱＫＦＭＱＬＷＧＧＧＬＲＹＰＦＧＹ
配列番号４０：ＳＧＥＧＭＧＤＫＹＡＡ
配列番号４１：ＲＤＴＫＲＰＳ
配列番号４２：ＧＶＩＱＤＮＴＧＶ
配列番号４３：（式中、ｎはｇである）
ｔａｇｔｔａｇｃｔａ ｃｔｔｔｔｔａａｔａ ｇｔｔａｃｎａｇａｇ ｃａｔｔｇｇｃｃａａ ｇｇｃａｇｇｇａａｔ ｃ ５１
配列番号４４：（ｎはｔである）
ａｔｇｃａｇａａｃａ ａｃａａｔｇｔｇｔｔ ｔｔｃｃａｎｇｔｇｃ ａｃｔｔｇｇｔｃａａ ｃａｃｃｔａｔａｔｃ ｔ ５１
配列番号４５：（ｎはａである）
ｔｔｃｃｔｃｇｇａｃ ｔｇｇａｃｃａｔｔｔ ｃａａｔｔｎａｃｃｔ ａｔｃａｃｔｇｇｔｔ ｃｔｔｇｃｔｔｃｔｇ ａ ５１
配列番号４６：（ｎはｔである）
ｔｃｃａｃａｔｃｃｃ ｃａｔｇｇｔｔｔｇｔ ｔｇｔｔｇｎｔｇｃｔ ｔｇｔａｇｔｇｇｇｔ ｔｇｔｔｇｔｔａｔｃ ｔ ５１
配列番号４７：（ｎはｃである）
ａｔｇｇａｇｇａａａ ｇａａａｃａａｔｇｇ ａｃｔｔａｎａａｇｔ ｃａａｔａｇａａａｔ ｔａｔｃｔｇａｔｔｔ ｇ ５１
配列番号４８：（ｎはａである）
ｔａｔｇａｔｔｃａｇ ａｔａａｃａａａｔｔ ａｔａｃｇｎｔｔａｃ ｔａｇａａｔａａａｇ ｔｃｔｇｔａｔｇａｃ ｃ ５１
配列番号４９：（ｎはｔである）
ａｇｇａｇａｃａｇａ ｇａａａｔｃａｃｔｇ ｔｔｇａｔｎｇｇｔｇ ｔｔｇｔｇｇｇａａｔ ｇａａｇａｇａｃａａ ａ ５１
配列番号５０：（ｎはｔである）
ａｔｔａａａａｔｇｔ ｃａｇｇａａａｃａａ ｃａｇａｔｎｃｔｇｇ ａｇａｇｇａｔｇｔｇ ｇａｇａａａｔａｇｇ ａ ５１
配列番号５１：（ｎはｔである）
ｇｇａａｇａａｇａａ ｔｇｃａｔｃａａｃｔ ｇａａａａｎｃｔａｔ ｔｃｃｔｔｔｇａｇａ ｇｇａｃｃａａｔａａ ａ ５１
配列番号４２：（ｎはｇである）
ｔａａｔｔａａａａｔ ｃａｃｔｇａｔｇｃａ ｇａａｃａｎｃａａｔ ｇｔｇｔｔｔｔｃｃａ ｔｇｔｇｃａｃｔｔｇ ｇ ５１
配列番号５３：（ｎはｃである）
ｃｔｃｔａｇａｇａｇ ａｃａｇａａｃｔａａ ｔａｇａａｎａｇａｔ ａｔａｔａａａｇｇａ ｇｔｔｔａｇｔａｇｇ ｔ ５１
配列番号５４：（ｎはｇである）
ｃｃｃｔａｔａａｇａ ａｔｔｃｔｇｃａｔｃ ｃａｔｃｃｎｔｇｇｔ ａａａａａｇｔｃａｃ ｔｃｔｇｃａｇｇａｇ ｃ ５１
配列番号５５：（ｎはｃである）
ａｔａｔａａａｔａａ ｇａａｔａａｇａｇｇ ｔｃａｔｇｎｔｇｇｔ ｇｔｃｔｔｃａｔｇａ ｇａａａａｇａｔｔｇ ｇ ５１
配列番号５６：（ｎはｔである）
ａａａｃｔｃｃｔｇａ ａａｃａｇｃａｇａａ ａｇａａａｎｇｇａｃ ｃｔｔａａｔｔｃｔａ ｔｃａａｃａａｃａａ ａ ５１
配列番号５７：（ｎはｇである）
ｔｇｔａａｔｃｃｃａ ｇｃａｃｔｔｔｇｇｇ ａｇｇｃｃｎａｇｇｇ ｇｇｇｃａｇａｔｃａ ｃｇａｇｇｔｃａｇｇ ａ ５１
配列番号５８：（ｎはｇである）
ａｇｃａｃｔｔｔｇｇ ｇａｇｇｃｃａａｇｇ ｇｇｇｇｃｎｇａｔｃ ａｃｇａｇｇｔｃａｇ ｇａｇａｔｃｇａｇａ ｃ ５１
配列番号５９：（ｎはａである）
ｔｔｃｃｃａｃｃｔａ ｔｇａｇｔｇａｇａａ ｔａｔｇｃｎｇｔｇｔ ｔｔｇｇｔｔｔｔｔｔ ｇｔｔｃｔｔｇｃｃａ ｔ ５１
配列番号６０：（ｎはｔである）
ｇｃｔｃｃｃａｃａｃ ｇｔｔｃｔａａｔｇｃ ａｔｔｔａｎｇｔａｇ ｃｔｃｃａｔｃｔｇｃ ａｔｔｇｃｃｔｃａｔ ａ ５１
配列番号６１：（ｎはｇである）
ｇｔｔｇｔｇｇｔａｔ ｇｔａｔｔｔｇｇａａ ｇｇａａａｎａａａａ ａｔｃｃｃａａａｔｇ ｔａｔｔｃｔｔｔｔｔ ｔ ５１
配列番号６２：（ｎはｃである）
ａｔｔｔｇｇｔｃｃａ ｇａａａｇｇｔｇｇｇ ａｔａａｃｎｔｇａａ ｇｃｇｔｇｇｇｇｔｇ ｇａｇｇｇｇｔｔｃａ ｇ ５１
配列番号６３：（ｎはｔである）
ｇｔｇｇｃａｔｔｃａ ｃａｔｔｇｔｔｇｔａ ｃａａｃｃｎｔａａｃ ｃａｃｔｃｔｃｃａｔ ｃｔｃｃａｇａａｃａ ｔ ５１
配列番号６４：（ｎはｇである）
ｃｔｃｃｃａｃａａｇ ｇｃｃｃｃａｃｃｔｃ ｃａａｃａｎｔｇｇｇ ｇａｔｃａａａｔｔｔ ｃａａｃａｇｇａｇａ ｃ ５１
配列番号６５：（ｎはｃである）
ｃａａｇｔｇｃｇｔｔ ｃｔｃｔｃａａａｃｔ ａｇｔｃｃｎｔｇａｇ ｇｇｔｇａｔａａｇａ ｃｇｇｇａｇａａａａ ａ ５１
配列番号６６：（ｎはｃである）
ｃｔｃａｔｔｃｔｃｔ ｃａｃｔａｇｔｔｃｃ ｔｃｃｔｃｎａｃｔｇ ｃａｇｇａａｇａａｇ ｔｇｔｇｃｃｔｃｃｔ ｃ ５１
配列番号６７：（ｎはｇである）
ａｔｇｔｇｃｔｃａａ ａｇｔｇｇｔｔｇｇｔ ｇｔｇｃａｎｔｔｔｇ ｇｔｔｔｔａｔｇｃａ ｔｔｔｔａｇｇｇａｇ ａ ５１
配列番号６８：（ｎはｃである）
ｔｇｔｇｃｔｃａａａ ｇｔｇｇｔｔｇｇｔｇ ｔｇｃａｔｎｔｔｇｇ ｔｔｔｔａｔｇｃａｔ ｔｔｔａｇｇｇａｇａ ｃ ５１
配列番号６９：（ｎはｃである）
ａｃａｇｇａｇｇｃｃ ａｔａｃｔｔａａａａ ａｇａａｇｎａｇｃａ ａｔａａｔｔａｔｔｇ ａｔａｇａａｔｔｇｃ ａ ５１
配列番号７０：（ｎはｃである）
ｔｔｔｃｔｇｔｔｇａ ｇａｃａｇｔｃｔｃａ ｃｔｔｔｇｎｃｔｃｃ ｃａｇｇｃｔｇａａｇ ｔｇｃａｇｔｇｇｃａ ｃ ５１
配列番号７１：（ｎはｔである）
ａｇｇｃｔｇｃａｇｔ ｇａｇｃｔｇａｇａｔ ｃｇｔｇｃｎａｃｔｇ ｃａｃｔｃｃａｇｃｃ ｔｇｇｇｃａｇｃａｇ ａ ５１
配列番号７２：（ｎはｔである）
ｇｇａａａｔｇａａａ ｔａｔｃｃａｇｇｇｔ ｇｃａｇａｎｔｇｔｇ ｇｃｔｔａｔｔｔｔａ ｔｔｃａｇａｔａａａ ｔ ５１
配列番号７３：（ｎはａである）
ａｃｃａａｇｃｔｔｃ ｔｇｔｃｃｃｃｔｔｃ ｔｃｔｃｔｎｃａｇｃ ｃｃｃｔｔｃａｃａｔ ｔａｔｇｃｔｃｔｃｃ ｃ ５１
配列番号７４：（ｎはｇである）
ａａｇｔａｇｔｔｔｇ ａｔｔｔｃａｇａｃｔ ａｃａａａｎｃｃａｔ ｇｔａｇｇｇｇｃｔｇ ａｃｔｔｇｔｃｃｔｇ ａ ５１
配列番号７５：（ｎはｃである）
ｇｃｔｃｔｇｇｔｔｔ ｃｔｃｃｃｃａｔｃｔ ｔｔｇｔｇｎｔｔｔｔ ａｔｃｔａｃｃｔｔｔ ｇｇｔｃｔｔｔｇａｔ ｇ ５１
配列番号７６：（ｎはｃである）
ｇａｇｔａｇｇｔｃａ ｔｔａｃｃｔｇａｔａ ａｔｔｔｔｎｇｔｔａ ｔｔｃａａａａｃｔａ ａｇｔａａｔａｔｔｔ ｔ ５１
配列番号７７：（ｎはａである）
ｇｇｇａｇａｇｇａｔ ｃａｇａａａａａａｔ ａａｃｔａｎｔｇｇｇ ｔａｃｔａｇｇｃｔｔ ａａｔａｃｃｔｇｇｇ ｔ ５１
配列番号７８：（ｎはｇである）
ｔｔａａａａａｔａｃ ａｔｃｔｔｇｃａｇｃ ａｔｔｔｔｎｇｔｔｇ ｔｔｔｔｔａｔｃａｇ ｇａｇｇｇｃｔｇｔｔ ｃ ５１
配列番号７９：（ｎはｃである）
ｇａｔｔｇｃｔｔｔｃ ｔｃｔｃｔｔｇｔｔｔ ｃｃｔｃａｎｃｔｃｃ ａｔａａｇｔｇｔｇａ ａａａａｃｃａｃｔｇ ｃ ５１
配列番号８０：（ｎはｔである）
ｔｔｔｃａｇａｔａａ ｇｇｔｇｔｔａｃｔｇ ａｇｔｔａｎｔａｔｇ ａｇｔｃｔｃａａｃａ ｃｃｃｃｔｃａａａｔ ｇ ５１
配列番号８１：（ｎはｇである）
ｃｔｃａｇｃｔｔｃｃ ａａａａｇｔｇｃｔｇ ｇｇａｃｔｎｔａａｇ ｇｃｔｔｇａｇｃｃａ ｃｃａｃｃｃｃｃａｇ ｃ ５１
配列番号８２（ｎはｃである）
ｔｔａａｔｔｔｃｔｔ ａａｔｇｔｃｔｔａｃ ｔｔａｃｔｎｔｃｔｃ ａｔｔｔｔｔａａａｇ ａａｔａｇｔｔｔｔｔ ｃ ５１
配列番号８３（ｎはｔである）
ａａｇｃｔｔｔｔｔｃ ａａａｇａａａｔａａ ｔａａｃａｎａａａｃ ｃｔｔｃｃａａａｃｃ ｔｇｇａｇａａａｇａ ｔ ５１
配列番号８４（ｎはｔである）
ｔａａｇｇｔｇｔａａ ｇｇａａｇｇｇａｔｃ ｃａｇｔｔｎｃａｇｃ ｔｔｔｃｔａｃａｔａ ｔｇｇｃｔａｇｃｃａ ｇ ５１
配列番号８５（ｎはｔである）
ａｃａａｔａｇｔｔａ ｔｔｔｔｔｃｃｔｔｔ ｔｔｔｔｔｎａａａａ ａａａａａｔｔａｃａ ｔｇｃａｔｃｃｔａｇ ｔ ５１
配列番号８６（ｎはｇである）
ｃａｇａａａｔａａａ ａｔｃｃｔｔｔａｃａ ｇａｃａｔｎｃａａａ ｔｇｃｔｇａｇｃｇａ ｔｔｔｔｇｔｃａｃｃ ｔ ５１
配列番号８７（ｎはｔである）
ｃｔｔｔｔｇｇｔｇｔ ｔｔｔａｇａｃａｔｇ ａａｇｔｃｎｔｔｇｃ ｃｃａｔｇｃｃｔａｔ ｇｔｃｃｔｇａａｔｇ ｇ ５１
配列番号８８（ｎはｔである）
ｃａａｔａｇｔｔａｔ ｔｔｔｔｃｃｔｔｔｔ ｔｔｔｔｔｎａａａａ ａａａａｔｔａｃａｔ ｇｃａｔｃｃｔａｇｔ ｇ ５１
配列番号３７：ＳＹＡＭＳ
配列番号３８：ＧＩＳＡＩＤＱＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧ
配列番号３９：ＱＫＦＭＱＬＷＧＧＧＬＲＹＰＦＧＹ
配列番号４０：ＳＧＥＧＭＧＤＫＹＡＡ
配列番号４１：ＲＤＴＫＲＰＳ
配列番号４２：ＧＶＩＱＤＮＴＧＶ
配列番号４３：（式中、ｎはｇである）
ｔａｇｔｔａｇｃｔａ ｃｔｔｔｔｔａａｔａ ｇｔｔａｃｎａｇａｇ ｃａｔｔｇｇｃｃａａ ｇｇｃａｇｇｇａａｔ ｃ ５１
配列番号４４：（ｎはｔである）
ａｔｇｃａｇａａｃａ ａｃａａｔｇｔｇｔｔ ｔｔｃｃａｎｇｔｇｃ ａｃｔｔｇｇｔｃａａ ｃａｃｃｔａｔａｔｃ ｔ ５１
配列番号４５：（ｎはａである）
ｔｔｃｃｔｃｇｇａｃ ｔｇｇａｃｃａｔｔｔ ｃａａｔｔｎａｃｃｔ ａｔｃａｃｔｇｇｔｔ ｃｔｔｇｃｔｔｃｔｇ ａ ５１
配列番号４６：（ｎはｔである）
ｔｃｃａｃａｔｃｃｃ ｃａｔｇｇｔｔｔｇｔ ｔｇｔｔｇｎｔｇｃｔ ｔｇｔａｇｔｇｇｇｔ ｔｇｔｔｇｔｔａｔｃ ｔ ５１
配列番号４７：（ｎはｃである）
ａｔｇｇａｇｇａａａ ｇａａａｃａａｔｇｇ ａｃｔｔａｎａａｇｔ ｃａａｔａｇａａａｔ ｔａｔｃｔｇａｔｔｔ ｇ ５１
配列番号４８：（ｎはａである）
ｔａｔｇａｔｔｃａｇ ａｔａａｃａａａｔｔ ａｔａｃｇｎｔｔａｃ ｔａｇａａｔａａａｇ ｔｃｔｇｔａｔｇａｃ ｃ ５１
配列番号４９：（ｎはｔである）
ａｇｇａｇａｃａｇａ ｇａａａｔｃａｃｔｇ ｔｔｇａｔｎｇｇｔｇ ｔｔｇｔｇｇｇａａｔ ｇａａｇａｇａｃａａ ａ ５１
配列番号５０：（ｎはｔである）
ａｔｔａａａａｔｇｔ ｃａｇｇａａａｃａａ ｃａｇａｔｎｃｔｇｇ ａｇａｇｇａｔｇｔｇ ｇａｇａａａｔａｇｇ ａ ５１
配列番号５１：（ｎはｔである）
ｇｇａａｇａａｇａａ ｔｇｃａｔｃａａｃｔ ｇａａａａｎｃｔａｔ ｔｃｃｔｔｔｇａｇａ ｇｇａｃｃａａｔａａ ａ ５１
配列番号４２：（ｎはｇである）
ｔａａｔｔａａａａｔ ｃａｃｔｇａｔｇｃａ ｇａａｃａｎｃａａｔ ｇｔｇｔｔｔｔｃｃａ ｔｇｔｇｃａｃｔｔｇ ｇ ５１
配列番号５３：（ｎはｃである）
ｃｔｃｔａｇａｇａｇ ａｃａｇａａｃｔａａ ｔａｇａａｎａｇａｔ ａｔａｔａａａｇｇａ ｇｔｔｔａｇｔａｇｇ ｔ ５１
配列番号５４：（ｎはｇである）
ｃｃｃｔａｔａａｇａ ａｔｔｃｔｇｃａｔｃ ｃａｔｃｃｎｔｇｇｔ ａａａａａｇｔｃａｃ ｔｃｔｇｃａｇｇａｇ ｃ ５１
配列番号５５：（ｎはｃである）
ａｔａｔａａａｔａａ ｇａａｔａａｇａｇｇ ｔｃａｔｇｎｔｇｇｔ ｇｔｃｔｔｃａｔｇａ ｇａａａａｇａｔｔｇ ｇ ５１
配列番号５６：（ｎはｔである）
ａａａｃｔｃｃｔｇａ ａａｃａｇｃａｇａａ ａｇａａａｎｇｇａｃ ｃｔｔａａｔｔｃｔａ ｔｃａａｃａａｃａａ ａ ５１
配列番号５７：（ｎはｇである）
ｔｇｔａａｔｃｃｃａ ｇｃａｃｔｔｔｇｇｇ ａｇｇｃｃｎａｇｇｇ ｇｇｇｃａｇａｔｃａ ｃｇａｇｇｔｃａｇｇ ａ ５１
配列番号５８：（ｎはｇである）
ａｇｃａｃｔｔｔｇｇ ｇａｇｇｃｃａａｇｇ ｇｇｇｇｃｎｇａｔｃ ａｃｇａｇｇｔｃａｇ ｇａｇａｔｃｇａｇａ ｃ ５１
配列番号５９：（ｎはａである）
ｔｔｃｃｃａｃｃｔａ ｔｇａｇｔｇａｇａａ ｔａｔｇｃｎｇｔｇｔ ｔｔｇｇｔｔｔｔｔｔ ｇｔｔｃｔｔｇｃｃａ ｔ ５１
配列番号６０：（ｎはｔである）
ｇｃｔｃｃｃａｃａｃ ｇｔｔｃｔａａｔｇｃ ａｔｔｔａｎｇｔａｇ ｃｔｃｃａｔｃｔｇｃ ａｔｔｇｃｃｔｃａｔ ａ ５１
配列番号６１：（ｎはｇである）
ｇｔｔｇｔｇｇｔａｔ ｇｔａｔｔｔｇｇａａ ｇｇａａａｎａａａａ ａｔｃｃｃａａａｔｇ ｔａｔｔｃｔｔｔｔｔ ｔ ５１
配列番号６２：（ｎはｃである）
ａｔｔｔｇｇｔｃｃａ ｇａａａｇｇｔｇｇｇ ａｔａａｃｎｔｇａａ ｇｃｇｔｇｇｇｇｔｇ ｇａｇｇｇｇｔｔｃａ ｇ ５１
配列番号６３：（ｎはｔである）
ｇｔｇｇｃａｔｔｃａ ｃａｔｔｇｔｔｇｔａ ｃａａｃｃｎｔａａｃ ｃａｃｔｃｔｃｃａｔ ｃｔｃｃａｇａａｃａ ｔ ５１
配列番号６４：（ｎはｇである）
ｃｔｃｃｃａｃａａｇ ｇｃｃｃｃａｃｃｔｃ ｃａａｃａｎｔｇｇｇ ｇａｔｃａａａｔｔｔ ｃａａｃａｇｇａｇａ ｃ ５１
配列番号６５：（ｎはｃである）
ｃａａｇｔｇｃｇｔｔ ｃｔｃｔｃａａａｃｔ ａｇｔｃｃｎｔｇａｇ ｇｇｔｇａｔａａｇａ ｃｇｇｇａｇａａａａ ａ ５１
配列番号６６：（ｎはｃである）
ｃｔｃａｔｔｃｔｃｔ ｃａｃｔａｇｔｔｃｃ ｔｃｃｔｃｎａｃｔｇ ｃａｇｇａａｇａａｇ ｔｇｔｇｃｃｔｃｃｔ ｃ ５１
配列番号６７：（ｎはｇである）
ａｔｇｔｇｃｔｃａａ ａｇｔｇｇｔｔｇｇｔ ｇｔｇｃａｎｔｔｔｇ ｇｔｔｔｔａｔｇｃａ ｔｔｔｔａｇｇｇａｇ ａ ５１
配列番号６８：（ｎはｃである）
ｔｇｔｇｃｔｃａａａ ｇｔｇｇｔｔｇｇｔｇ ｔｇｃａｔｎｔｔｇｇ ｔｔｔｔａｔｇｃａｔ ｔｔｔａｇｇｇａｇａ ｃ ５１
配列番号６９：（ｎはｃである）
ａｃａｇｇａｇｇｃｃ ａｔａｃｔｔａａａａ ａｇａａｇｎａｇｃａ ａｔａａｔｔａｔｔｇ ａｔａｇａａｔｔｇｃ ａ ５１
配列番号７０：（ｎはｃである）
ｔｔｔｃｔｇｔｔｇａ ｇａｃａｇｔｃｔｃａ ｃｔｔｔｇｎｃｔｃｃ ｃａｇｇｃｔｇａａｇ ｔｇｃａｇｔｇｇｃａ ｃ ５１
配列番号７１：（ｎはｔである）
ａｇｇｃｔｇｃａｇｔ ｇａｇｃｔｇａｇａｔ ｃｇｔｇｃｎａｃｔｇ ｃａｃｔｃｃａｇｃｃ ｔｇｇｇｃａｇｃａｇ ａ ５１
配列番号７２：（ｎはｔである）
ｇｇａａａｔｇａａａ ｔａｔｃｃａｇｇｇｔ ｇｃａｇａｎｔｇｔｇ ｇｃｔｔａｔｔｔｔａ ｔｔｃａｇａｔａａａ ｔ ５１
配列番号７３：（ｎはａである）
ａｃｃａａｇｃｔｔｃ ｔｇｔｃｃｃｃｔｔｃ ｔｃｔｃｔｎｃａｇｃ ｃｃｃｔｔｃａｃａｔ ｔａｔｇｃｔｃｔｃｃ ｃ ５１
配列番号７４：（ｎはｇである）
ａａｇｔａｇｔｔｔｇ ａｔｔｔｃａｇａｃｔ ａｃａａａｎｃｃａｔ ｇｔａｇｇｇｇｃｔｇ ａｃｔｔｇｔｃｃｔｇ ａ ５１
配列番号７５：（ｎはｃである）
ｇｃｔｃｔｇｇｔｔｔ ｃｔｃｃｃｃａｔｃｔ ｔｔｇｔｇｎｔｔｔｔ ａｔｃｔａｃｃｔｔｔ ｇｇｔｃｔｔｔｇａｔ ｇ ５１
配列番号７６：（ｎはｃである）
ｇａｇｔａｇｇｔｃａ ｔｔａｃｃｔｇａｔａ ａｔｔｔｔｎｇｔｔａ ｔｔｃａａａａｃｔａ ａｇｔａａｔａｔｔｔ ｔ ５１
配列番号７７：（ｎはａである）
ｇｇｇａｇａｇｇａｔ ｃａｇａａａａａａｔ ａａｃｔａｎｔｇｇｇ ｔａｃｔａｇｇｃｔｔ ａａｔａｃｃｔｇｇｇ ｔ ５１
配列番号７８：（ｎはｇである）
ｔｔａａａａａｔａｃ ａｔｃｔｔｇｃａｇｃ ａｔｔｔｔｎｇｔｔｇ ｔｔｔｔｔａｔｃａｇ ｇａｇｇｇｃｔｇｔｔ ｃ ５１
配列番号７９：（ｎはｃである）
ｇａｔｔｇｃｔｔｔｃ ｔｃｔｃｔｔｇｔｔｔ ｃｃｔｃａｎｃｔｃｃ ａｔａａｇｔｇｔｇａ ａａａａｃｃａｃｔｇ ｃ ５１
配列番号８０：（ｎはｔである）
ｔｔｔｃａｇａｔａａ ｇｇｔｇｔｔａｃｔｇ ａｇｔｔａｎｔａｔｇ ａｇｔｃｔｃａａｃａ ｃｃｃｃｔｃａａａｔ ｇ ５１
配列番号８１：（ｎはｇである）
ｃｔｃａｇｃｔｔｃｃ ａａａａｇｔｇｃｔｇ ｇｇａｃｔｎｔａａｇ ｇｃｔｔｇａｇｃｃａ ｃｃａｃｃｃｃｃａｇ ｃ ５１
配列番号８２（ｎはｃである）
ｔｔａａｔｔｔｃｔｔ ａａｔｇｔｃｔｔａｃ ｔｔａｃｔｎｔｃｔｃ ａｔｔｔｔｔａａａｇ ａａｔａｇｔｔｔｔｔ ｃ ５１
配列番号８３（ｎはｔである）
ａａｇｃｔｔｔｔｔｃ ａａａｇａａａｔａａ ｔａａｃａｎａａａｃ ｃｔｔｃｃａａａｃｃ ｔｇｇａｇａａａｇａ ｔ ５１
配列番号８４（ｎはｔである）
ｔａａｇｇｔｇｔａａ ｇｇａａｇｇｇａｔｃ ｃａｇｔｔｎｃａｇｃ ｔｔｔｃｔａｃａｔａ ｔｇｇｃｔａｇｃｃａ ｇ ５１
配列番号８５（ｎはｔである）
ａｃａａｔａｇｔｔａ ｔｔｔｔｔｃｃｔｔｔ ｔｔｔｔｔｎａａａａ ａａａａａｔｔａｃａ ｔｇｃａｔｃｃｔａｇ ｔ ５１
配列番号８６（ｎはｇである）
ｃａｇａａａｔａａａ ａｔｃｃｔｔｔａｃａ ｇａｃａｔｎｃａａａ ｔｇｃｔｇａｇｃｇａ ｔｔｔｔｇｔｃａｃｃ ｔ ５１
配列番号８７（ｎはｔである）
ｃｔｔｔｔｇｇｔｇｔ ｔｔｔａｇａｃａｔｇ ａａｇｔｃｎｔｔｇｃ ｃｃａｔｇｃｃｔａｔ ｇｔｃｃｔｇａａｔｇ ｇ ５１
配列番号８８（ｎはｔである）
ｃａａｔａｇｔｔａｔ ｔｔｔｔｃｃｔｔｔｔ ｔｔｔｔｔｎａａａａ ａａａａｔｔａｃａｔ ｇｃａｔｃｃｔａｇｔ ｇ ５１
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12-1】
【図12-2】
【図12-3】
【図12-4】
【配列表】
【国際調査報告】