特表 2023-516719 ジカウイルスポリペプチド

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-04-20

(54)【発明の名称】ジカウイルスポリペプチド

(51)【国際特許分類】

   C07K 14/18 20060101AFI20230413BHJP

   A61K 39/12 20060101ALI20230413BHJP

   A61K 39/39 20060101ALI20230413BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20230413BHJP

   A61P 37/06 20060101ALI20230413BHJP

   C07K 7/06 20060101ALI20230413BHJP

   C07K 7/08 20060101ALI20230413BHJP

【ＦＩ】

C07K14/18

A61K39/12

A61K39/39

A61P31/14

A61P37/06

C07K7/06 ZNA

C07K7/08

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022552986

(86)(22)【出願日】2021-03-01

(85)【翻訳文提出日】2022-09-02

(86)【国際出願番号】 US2021020217

(87)【国際公開番号】W WO2021178281

(87)【国際公開日】2021-09-10

(31)【優先権主張番号】62/984,520

(32)【優先日】2020-03-03

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】511281899

【氏名又は名称】マヨ ファウンデーション フォー メディカル エデュケーション アンド リサーチ

【氏名又は名称原語表記】ＭＡＹＯ ＦＯＵＮＤＡＴＩＯＮ ＦＯＲ ＭＥＤＩＣＡＬ ＥＤＵＣＡＴＩＯＮ ＡＮＤ ＲＥＳＥＡＲＣＨ

(74)【代理人】

【識別番号】100107582

【弁理士】

【氏名又は名称】関根 毅

(74)【代理人】

【識別番号】100126099

【弁理士】

【氏名又は名称】反町 洋

(72)【発明者】

【氏名】グレゴリー、エイ．ポーランド

(72)【発明者】

【氏名】インナ、ジー．オフシャンニコフ

(72)【発明者】

【氏名】リチャード、ビー．ケネディ

【テーマコード（参考）】

4C085

4H045

【Ｆターム（参考）】

4C085AA03

4C085AA38

4C085BA51

4C085DD86

4C085EE06

4C085FF01

4C085FF02

4C085FF12

4C085FF14

4H045AA11

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA15

4H045BA16

4H045BA17

4H045BA18

4H045BA50

4H045BA54

4H045CA01

4H045DA86

4H045EA20

4H045EA50

4H045FA10

4H045GA21

(57)【要約】

本文書は、選択されたジカウイルスポリペプチドに関連する方法および材料を提供する。例えば、本明細書に提供される１つ以上の選択されたジカウイルスポリペプチドを含有し、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有するワクチン組成物が提供される。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド。

【請求項2】

前記ポリペプチドが、スクロース、ラクトース、グルタミン酸のモノナトリウム塩、ヒト血清アルブミン、およびゼラチンからなる群から選択される安定剤に共有結合でコンジュゲートされる、請求項１に記載の実質的に純粋なポリペプチド。

【請求項3】

少なくとも４つのポリペプチドを含む組成物であって、前記少なくとも４つのポリペプチドの各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである、組成物。

【請求項4】

前記少なくとも４つのポリペプチドの前記各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項３に記載の組成物。

【請求項5】

前記少なくとも４つのポリペプチドの前記各々が、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項３に記載の組成物。

【請求項6】

前記組成物が、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項7】

前記組成物がアジュバントを含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の組成物。

【請求項8】

前記アジュバントが、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択される、請求項７に記載の組成物。

【請求項9】

哺乳動物におけてフラビウイルスに対する免疫応答を増加させるための方法であって、前記哺乳動物に、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドを含む組成物を投与することを含む、方法。

【請求項10】

前記哺乳動物がヒトである、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

前記フラビウイルスがジカウイルスである、請求項９～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

前記組成物がアジュバントを含む、請求項９～１１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項13】

前記アジュバントが、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択される、請求項１２に記載の方法。

【請求項14】

前記組成物が、少なくとも４つのポリペプチドを含み、前記少なくとも４つのポリペプチドの各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである、請求項９～１３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項15】

前記少なくとも４つのポリペプチドの前記各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

前記少なくとも４つのポリペプチドの前記各々が、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドである、請求項１４に記載の方法。

【請求項17】

前記組成物が、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む、請求項９～１６のいずれか一項に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【関連出願の相互参照】

【0001】

本出願は、２０２０年３月３日に出願された米国仮特許出願第６２／９８４，５２０号の利益を主張する。先行出願の開示は、本出願の開示の一部とみなされる（および参照により組み込まれる）。

【技術分野】

【0002】

本文書は、選択されたジカウイルスポリペプチドに関連する方法および材料を提供する。例えば、本文書は、本明細書に提供される１つ以上の選択されたジカウイルスポリペプチドを含有し、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有するワクチン組成物を提供する。

【背景技術】

【0003】

かつてははっきりしない病原体であったジカウイルス（ＺＩＫＶ）が、世界的な公衆衛生上の問題として浮上してきた。２００７年以降、ＺＩＫＶは太平洋および南米全体に蔓延し、２０１５～２０１６年の間に大々的に報じられた大流行をもたらした（Ｇａｔｈｅｒｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．９７：２６９－２７３（２０１６））。米国本土でも局所的なＺＩＫＶ伝染が報告されており、米国人口の約６０％が、Ａｅｄｅｓ属の蚊のベクターによる季節性伝染を許す地域に居住している。有力な証拠により、妊婦におけるＺＩＫＶ感染がある数の胎児奇形および神経学的異常と結びつけられ、この新興疾患の蔓延に対抗する効果的なワクチンの必要性が強調されている（Ｋｒａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＬＯＳ Ｍｅｄ．１４：ｅ１００２２０３（２０１７））。

【発明の概要】

【0004】

本文書は、選択されたジカウイルスポリペプチドに関連する方法および材料を提供する。例えば、本文書は、表１、表２、および表３に示される単離されたポリペプチドを提供する。ある場合には、本明細書に提供される選択されたジカウイルスポリペプチドは、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチドであり得る。本文書はまた、本明細書に提供される１つ以上の選択されたジカウイルスポリペプチドを含有し、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有するワクチン組成物、本明細書に提供される１つ以上の選択されたジカウイルスポリペプチドを含有し、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有するワクチン組成物を作製するための方法および材料、本明細書に提供される１つ以上の選択されたジカウイルスポリペプチドを含むキット、哺乳動物（例えば、ヒト）を、ジカウイルスに過去に感染したまたは現在感染しているものとして特定するためにかかるキットを使用する方法、ならびに哺乳動物（例えば、ヒト）を、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対して特異的に液性免疫を有するものとして特定するためにかかるキットを使用する方法、を提供する。

【0005】

本明細書に記載のように、選択されたジカウイルスポリペプチドは、ジカウイルスに対する広域のリコール免疫応答を誘導する能力を有するものとして特定された。

【0006】

概して、本文書の一態様は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチドを特色とする。本ポリペプチドは、スクロース、ラクトース、グルタミン酸のモノナトリウム塩、ヒト血清アルブミン、およびゼラチンからなる群から選択される安定剤に共有結合でコンジュゲートさせることができる。

【0007】

別の態様では、本文書は、少なくとも４つのポリペプチドを含む組成物であって、少なくとも４つのポリペプチドの各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである、組成物を特色とする。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。本組成物は、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含み得る。本組成物はアジュバントを含み得る。アジュバントは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択され得る。

【0008】

別の態様では、本文書は、哺乳動物においてフラビウイルスに対する免疫応答を増加させるための方法を特色とする。本方法は、哺乳動物に、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドを含む組成物を投与することを含む、それから本質的になる、またはそれからなる。哺乳動物はヒトであり得る。フラビウイルスはジカウイルスであり得る。本組成物はアジュバントを含み得る。アジュバントは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択され得る。本組成物は、少なくとも４つのポリペプチドを含むことができ、少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。本組成物は、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含み得る。

【0009】

別途定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が関連する当業者によって通常理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等の方法および材料を使用して本発明を実施することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及されるすべての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によりそれらの全体が組み込まれる。矛盾する場合には、定義を含め、本明細書が優先される。さらに、材料、方法、および例は、例示されるだけであり、限定することを意図しない。

【0010】

本発明の１つ以上の実施形態の詳細は、添付の図面および以下の説明に明示されている。本発明の他の特徴、目的、および利点は、説明および図面、ならびに特許請求の範囲から明らかであろう。

【図面の簡単な説明】

【0011】

【図1】候補ポリペプチド（左のクラスター）および比較ポリペプチド（右のクラスター）についての応答に焦点を当てたＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ分析である。すべての対象についてのＺＩＫＶ応答を比較のために示す。ＳＦＵは、スポット形成単位を指し、ＩＦＮ－γを分泌することにより各ペプチドを認識するＴ細胞の数を表す。

【発明を実施するための形態】

【0012】

本文書は、選択されたジカウイルスポリペプチドに関連する方法および材料を提供する。例えば、本文書は、表１、表２、および表３に示される単離されたポリペプチドを提供する。ある場合には、本明細書に提供される選択されたジカウイルスポリペプチドは、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチドであり得る。ポリペプチドに関して本明細書で使用される「実質的に純粋な」という用語は、ポリペプチドが、天然に会合する他のポリペプチド、脂質、炭水化物、および核酸を実質的に含まないことを意味する。このため、実質的に純粋なポリペプチドは、その天然環境から除去され、少なくとも６０パーセント純粋である任意のポリペプチドである。実質的に純粋なポリペプチドは、少なくとも約６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９パーセントの純粋であり得る。典型的には、実質的に純粋なポリペプチドは、非還元性ポリアクリルアミドゲル上に単一の主要バンドを生じる。ある場合には、本明細書に提供される実質的に純粋なポリペプチドは、少なくとも約６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または９９パーセントの純度を有するように合成されるポリペプチドであり得る。

【表1】

【表2】

【0013】

ある場合には、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になる本明細書に提供されるジカウイルスポリペプチドは、配列識別子のはっきりと表現された配列（例えば、配列番号１）内に０、１、または２個のアミノ酸置換を有し、配列識別子のはっきりと表現された配列（例えば、配列番号１）の前に０、１、２、３、４、または５個のアミノ酸残基を有し、かつ／あるいは配列識別子のはっきりと表現された配列（例えば、配列番号１）の後に０、１、２、３、４、または５個のアミノ酸残基を有する、ポリペプチドであるが、但し、ジカウイルスポリペプチドは、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有することを条件とする。配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるジカウイルスポリペプチドの例を表３に示す。

【表3-1】

【表3-2】

【0014】

本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）は、任意の好適な長さであり得る。例えば、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）は、長さが、９個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基（例えば、９個のアミノ酸残基～９０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～８０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～７０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～６０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～５０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～４０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～３５個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～３０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２５個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２４個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２３個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２２個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２１個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～２０個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～１９個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～１８個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～１７個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～１６個のアミノ酸残基、９個のアミノ酸残基～１５個のアミノ酸残基、１０個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１１個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１２個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１３個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１４個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１５個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１６個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１７個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１８個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１９個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２０個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２１個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２２個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２３個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２４個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、２５個のアミノ酸残基～１００個のアミノ酸残基、１０個のアミノ酸残基～８０個のアミノ酸残基、１０個のアミノ酸残基～５０個のアミノ酸残基、１０個のアミノ酸残基～３０個のアミノ酸残基、１０個のアミノ酸残基～２５個のアミノ酸残基、または１０個のアミノ酸残基～２０個のアミノ酸残基）であり得る。

【0015】

本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）は、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる能力を有し得る。例えば、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）または本明細書に提供されるポリペプチドをコードする核酸（例えば、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなるポリペプチドをコードする核酸）を哺乳動物（例えば、ヒト）に投与した後、その哺乳動物は、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する増加した免疫応答（例えば、増加した抗体応答および／または増加したＴ細胞応答）を生成し得る。任意の好適な方法を使用して、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する増加した免疫応答の発達を特定することができる。例えば、本明細書に提供される１つ以上のポリペプチドを含む本明細書に提供されるキットを使用して、それらのポリペプチドに結合する能力を有する抗体の存在、非存在、またはレベルについて試験される哺乳動物から得られる試料を評価することができる。

【0016】

任意の好適な方法を使用して、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）を得ることができる。例えば、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、実質的に純粋なポリペプチド）は、目的のポリペプチドを、ポリペプチドを発現する細胞（例えば、目的のポリペプチドを、そのポリペプチドをコードする外因性核酸から発現するように操作された細胞、または目的のポリペプチドをウイルスから発現する、そのウイルス（例えば、ジカウイルス）に感染した細胞）から単離することにより、または他所（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ．Ｇｒｅｇｇ Ｂ．Ｆｉｅｌｄｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ．Ｖｏｌ ２６，Ｉｓｓｕｅ １：１８．１．１～１８．１．９頁（２００１））に記載されている技法などの適切な固相ペプチド合成技法を使用して目的のポリペプチドを合成することにより、得ることができる。

【0017】

本文書はまた、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなるポリペプチド）をコードする核酸を提供する。例えば、本文書は、ポリペプチドが細胞内で発現され得るような様式で、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなるポリペプチド）をコードする核酸を含むプラスミドおよびウイルスベクターを提供する。ある場合には、本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなるポリペプチド）をコードする核酸は、ポリペプチドが細胞内で発現されるように、ポリペプチドをコードする配列に作動可能に連結されている調節核酸配列（例えば、プロモーター配列）を含み得る。本明細書に記載のように使用することができるプロモーター配列の例としては、非限定的に、ＣＭＶプロモーター、ＥＦ１ａプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＰＧＫ１プロモーター、Ｕｂｃプロモーター、ＣＡＧプロモーター、テトラサイクリン応答エレメントプロモーター、およびＨ１プロモーターが挙げられる。

【0018】

本文書はまた、本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上）、および／または本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上）をコードする核酸を含む組成物を提供する。例えば、本明細書に提供される組成物は、表１に示されるポリペプチドのうちの少なくとも４つ（例えば、４、５、６、７、または８つ）（またはそれらのポリペプチドをコードする核酸）を含み得る。ある場合には、本明細書に提供される組成物は、表１に示されるポリペプチドの各々（またはそれらのポリペプチドをコードする核酸）を含み得る。ある場合には、本明細書に提供される組成物は、表２に示されるポリペプチドのうちの少なくとも４つ（例えば、４、５、６、または７つ）（またはそれらのポリペプチドをコードする核酸）を含み得る。ある場合には、本明細書に提供される組成物は、表２に示されるポリペプチドの各々（またはそれらのポリペプチドをコードする核酸）を含み得る。本明細書に提供される組成物を作製するために使用することができるポリペプチドの他の特定の組み合わせの例としては、非現実的に、表４に示されるものが挙げられる。

【表4】

【0019】

任意の適切な方法を使用して、本明細書に提供される組成物（例えば、本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、もしくはそれ以上、および／または提供されるポリペプチドのうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、もしくはそれ以上をコードする核酸を含む組成物）を製剤化することができる。例えば、本明細書に提供される１つ以上のポリペプチド（および／またはかかる１つ以上のポリペプチドをコードする核酸）は、薬学的に許容される担体および／または薬学的賦形剤と組み合わせることができる。「薬学的に許容される」という用語は、概して、毒性のない、不活性な、および／または生理学的に適合性のある化合物を指す。「薬学的賦形剤」という用語は、担体、ｐＨ調整剤および緩衝剤、張性調整剤、湿潤剤、着色剤、および防腐剤などの材料を含む。

【0020】

ある場合には、本明細書に提供される組成物（例えば、本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上および／または本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上をコードする核酸を含む組成物）は、ワクチン組成物であり得る。例えば、配列番号１～９に示される４つ以上のポリペプチドを含有する組成物は、哺乳動物（例えば、ヒト）に使用するためのポリペプチドベースのワクチンに製剤化することができる。任意の適切な方法を使用して、ポリペプチドベースのワクチン、例えば、他所に記載されているもの（Ｂｅｌｙａｋｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９５：１７０９－１７１４（１９９８）、Ｊａｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１０１：１５４４０－１５４４５（２００４）、Ｍａｋａｒｋｏｖ ｅｔ ａｌ．，ＮＰＪ Ｖａｃｃｉｎｅｓ，１５（４）：１７（２０１９））、Ｈｅｋｅｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｅｍｅｒｇ．Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ．，２（８）：ｅ５２（２０１３）、Ｐａｒｌａｎｅ ｅｔ ａｌ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．，ｐｉｉ：Ｓ０００６－２９１Ｘ（２０）３０２６４－３（２０２０）、およびＢｏｕｎｄｓ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｖａｃｃｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．，１３（１２）：２８２４－２８３６（２０１７））を製剤化することができる。ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物は、本明細書に提供される１つ以上のポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、４つ以上の異なるポリペプチド）を、１つ以上のアジュバントと組み合わせて含み得る。本明細書に提供されるワクチン組成物内に含まれ得るアジュバントの例としては、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、アルミニウム（例えば、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、および硫酸アルミニウムカリウムなどのアルミニウム塩）、モノホスホリル脂質Ａ、水酸化リン酸アルミニウム硫酸塩（ａｌｕｍｉｎｕｍ ｈｙｄｒｏｘｙｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｓｕｌｆａｔｅ）、ＭＦ５９、ＡＳ０３、ＡＳ０４、ＣｐＧ１０１８、およびＡＳＯ１_Ｂが挙げられるが、これらに限定されない。ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物内に含まれるアジュバントは、非天然（例えば、人工）のアジュバントであり得る。ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物は、本明細書に提供される１つ以上のポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のうちのいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、４つ以上の異なるポリペプチド）、１つ以上のアジュバント、ならびに１つ以上の薬学的に許容される担体および／または薬学的賦形剤を含み得る。

【0021】

ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物のポリペプチドを、例えば、多糖類（例えば、スクロースまたはラクトース）、アミノ酸（例えば、グリシン、またはグルタミン酸のモノナトリウム塩）、および／またはタンパク質（例えば、ヒト血清アルブミンまたはゼラチン）にコンジュゲートさせて、ワクチン組成物の安定性または免疫原性を改善することができる。ある場合には、本明細書に提供されるポリペプチドを、ナノ粒子などの送達ビヒクルと組み合わせてワクチン組成物に製剤化することができる。例えば、本明細書に提供される４つ以上のポリペプチドを、ナノ粒子内に含める（例えば、その表面上に埋め込むまたは表示させる）ことができる。

【0022】

ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物は、哺乳動物（例えば、ヒト）内でフラビウイルスファミリーの複数のメンバーに対する免疫応答を増加させる能力を有する多価ワクチン組成物であり得る。例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物は、ジカウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、黄熱病ウイルス、またはそれらの任意の組み合わせに対する免疫応答を増加させる能力を有し得る。ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物は、ジカウイルスの１つ以上の系統、分岐群、または株に対する免疫応答を増加させる能力を有する多価ワクチン組成物として使用することができる。例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物は、東アフリカジカウイルス、西アフリカジカウイルス、アジアジカウイルス、南アメリカジカウイルス、またはそれらの任意の組み合わせに対する免疫応答を増加させる能力を有し得る。

【0023】

本文書はまた、哺乳動物（例えば、ヒト）内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させるための方法を提供する。例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物は、哺乳動物（例えば、ヒト）に投与して、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させることができる（例えば、抗体応答の増加および／またはＴ細胞応答の増加）。任意の適切な哺乳動物に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、その哺乳動物内でジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させることができる。例えば、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、サルまたは類人猿）、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ種、ブタ、ヒツジ、マウス、ラット、ヤギ、アヒル、スイギュウ、およびコウモリに、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させることができる。ある場合には、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答の増加を必要とすると特定された哺乳動物に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与することができる。例えば、フラビウイルス感染（例えば、ジカウイルス感染）を有するまたは有する疑いのある１人以上のヒトと最近（例えば、１～２週間以内に）接触したと特定されたヒトは、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答の増加を必要とすると特定され得、本明細書に提供されるワクチン組成物が投与され得る。ある場合には、フラビウイルス感染（例えば、ジカウイルス感染）が広まっているまたはフラビウイルス感染（例えば、ジカウイルス感染）が以前に大流行したことが疑われる場所に移動するまたは移動を計画するヒトが、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答の増加を必要とするとして特定され得、本明細書に提供されるワクチン組成物が投与され得る。ある場合には、妊娠中の哺乳動物（例えば、妊娠中のヒト）に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、ジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させることができる。

【0024】

本文書はまた、ジカウイルスなどのフラビウイルスに感染した哺乳動物（例えば、ヒト）を治療するための方法を提供する。例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物を、ジカウイルス感染を有する哺乳動物（例えば、ヒト）に投与して、ジカウイルス感染の重症度を低減することができる。任意の適切な哺乳動物に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、ジカウイルス感染などのフラビウイルス感染を治療することができる。例えば、ヒト、非ヒト霊長類（例えば、サルまたは類人猿）、ウマ、イヌ、ネコ、ウシ種、ブタ、ヒツジ、マウス、ラット、ヤギ、アヒル、スイギュウ、およびコウモリに、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、ジカウイルス感染などのフラビウイルス感染症を治療することができる。ある場合には、妊娠中の哺乳動物（例えば、妊娠中のヒト）に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、ジカウイルス感染などのフラビウイルス感染を治療することができる。ある場合には、ジカウイルス感染などのフラビウイルス感染を有すると特定された哺乳動物に、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与して、その感染症を治療することができる。任意の適切な方法を使用して、哺乳動物を、ジカウイルス感染などのフラビウイルス感染を有すると特定することができる。例えば、イムノアッセイを使用して、哺乳動物（例えば、ヒト）を、フラビウイルス（例えば、ジカウイルス）に特異的な抗体を有すると特定することができる。ある場合には、哺乳動物から得られた試料中のフラビウイルス核酸（例えば、ジカウイルス核酸）の存在を検出し、それによって哺乳動物がフラビウイルス感染を有することを示す。任意の適切な試料は、本明細書に記載されるように試験および評価される哺乳動物から得ることができる。例えば、流体試料（例えば、血液（例えば、全血、血漿、および血清）、尿、母乳、唾液、羊水、脳脊髄液、または精液）または組織試料（例えば、胎盤組織試料）などの生物学的試料を哺乳動物から得て、本明細書に記載されるように評価することができる。

【0025】

ある場合には、本明細書に提供されるワクチン組成物は、フラビウイルス感染（例えば、ジカウイルス感染）を有する哺乳動物（例えば、ヒト）に、感染の１つ以上の症状または疾患合併症の持続期間および／または重症度を低減するのに有効な条件下で投与され得る。フラビウイルス感染症の症状としては、発熱、皮膚発疹（例えば、丘疹性皮疹）、筋肉痛、関節痛、腰痛、結膜炎、嘔吐、頭痛、倦怠感、虚弱、四肢の浮腫、下痢、食欲不振、めまい、ならびに黄疸、腎不全、全身性ショック、および死亡などのより重篤な症状が挙げられるが、これらに限定されない。

【0026】

本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）を哺乳動物（例えば、ヒト）に投与する場合、任意の適切な投与経路を使用することができる。例えば、本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）は、哺乳動物（例えば、ヒト）に、静脈内に（例えば、静脈内注射または注入を介して）、皮下に（例えば、皮下注射を介して）、腹腔内に（例えば、腹腔内注射を介して）、経口で、吸入を介して、または筋肉内に（例えば、筋肉内注射を介して）投与することができる。ある場合には、本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）の経路および／または投与様式は、治療される哺乳動物に対して調整することができる。

【0027】

本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）の有効用量は、投与経路、対象の年齢および全身健康状態、賦形剤の使用、他の薬剤の使用などの他の治療処置との併用の可能性、ならびに治療にあたる医師の判断に応じて変化し得る。ある場合には、本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）の有効量は、哺乳動物（例えば、ヒト）内で、哺乳動物に対して顕著な毒性をもたらさずにジカウイルスなどのフラビウイルスに対する免疫応答を増加させる量であり得る。例えば、本明細書に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）の有効量は、約３μｇ／用量～約１５０μｇ／用量（例えば、３μｇ／用量～１５０μｇ／用量、５μｇ／用量～１５０μｇ／用量、１０μｇ／用量～１５０μｇ／用量、１５μｇ／用量～１５０μｇ／用量、２０μｇ／用量～１５０μｇ／用量、２５μｇ／用量～１５０μｇ／用量、３０μｇ／用量～１５０μｇ／用量、３μｇ／用量～１２５μｇ／用量、３μｇ／用量～１００μｇ／用量、３μｇ／用量～９０μｇ／用量、３μｇ／用量～７５μｇ／用量、１０μｇ／用量～１２５μｇ／用量、１５μｇ／用量～１００μｇ／用量、１５μｇ／用量～９０μｇ／用量、または２０μｇ／用量～７５μｇ／用量）であり得る。ある場合には、本発明に提供される組成物（例えば、ワクチン組成物）の有効量は、約３μｇの組成物のジカウイルスポリペプチド総含有量～約１５０μｇの組成物のジカウイルスポリペプチド総含有量（例えば、３μｇ～１５０μｇ、５μｇ～１５０μｇ、１０μｇ～１５０μｇ、１５μｇ～１５０μｇ、２０μｇ～１５０μｇ、２５μｇ～１５０μｇ、３０μｇ～１５０μｇ、３μｇ～１２５μｇ、３μｇ～１００μｇ、３μｇ～９０μｇ、３μｇ～７５μｇ、１０μｇ～１２５μｇ、１５μｇ～１００μｇ、１５μｇ～９０μｇ、または２０μｇ～７５μｇのジカウイルスポリペプチド総含有量）であり得、そのジカウイルスポリペプチド総含有量は、配列番号１～１７のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、組成物内の全ポリペプチドの合計である。

【0028】

本文書はまた、１つ以上の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、またはそれ以上）の本明細書に提供されるポリペプチド（例えば、配列番号１～１７のいずれかに示されるアミノ酸配列を含む、それから本質的になる、またはそれからなる、１つ以上の実質的に純粋なポリペプチド）を含むキットを提供する。例えば、本明細書に提供されるキットは、表１に示されるポリペプチドのうちの少なくとも４つ（例えば、４、５、６、７、または８つ）を含み得る。ある場合には、本明細書に提供されるキットは、表１に示されるポリペプチドの各々を含み得る。ある場合には、本明細書に提供されるキットは、表２に示されるポリペプチドのうちの少なくとも４つ（例えば、４、５、６、または７つ）を含み得る。ある場合には、本明細書に提供されるキットは、表２に示されるポリペプチドの各々を含み得る。

【0029】

ある場合には、本明細書に提供されるキットを使用して、哺乳動物（例えば、ヒト）内で免疫応答（例えば、液性抗体応答または細胞性免疫応答）を検出することができる。例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）から得られた細胞を、本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上を提示する抗原提示細胞を含む本明細書に提供されるキットとともにインキュベートして、キット内に含まれるポリペプチドのうちの１つ以上を認識する能力を有する抗原特異的Ｔ細胞の存在または非存在を検出することができる。ある場合には、本明細書に提供されるキットを使用して、哺乳動物（例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物を投与された哺乳動物）のワクチン接種後の抗原特異的Ｔ細胞を検出して、免疫化の有効性を決定することができる。ある場合には、本明細書に提供されるキットを使用して、キット内に含まれるポリペプチドのうちの１つ以上を認識する能力を有するＨＬＡクラスＩＩ制限Ｔヘルパー細胞を検出することができる。任意の適切な技術を使用して、本明細書に提供されるキット内に含まれるポリペプチドのうちの１つ以上を認識する能力を有する細胞（例えば、ＨＬＡクラスＩＩ制限Ｔヘルパー細胞などのＴ細胞）の存在または非存在を決定することができる。例えば、フローサイトメトリー、酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）、サイトカイン分泌、直接細胞傷害性アッセイ、およびリンパ増殖アッセイを使用して、抗原特異的Ｔ細胞を検出することができる。ある場合には、本明細書に提供されるキット内に含まれるポリペプチドのうちの１つ以上を認識する能力を有する細胞（例えば、ＨＬＡクラスＩＩ制限Ｔヘルパー細胞などのＴ細胞）の存在または非存在を決定するために、サイトカイン産生および／または脱顆粒をマーカーとして使用することができる。評価され得るサイトカインの例としては、非限定的に、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ－ガンマ）、腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ－アルファ）、インターロイキン２（ＩＬ－２）、インターロイキン４（ＩＬ－４）、インターロイキン５（ＩＬ－５）、インターロイキン１０（ＩＬ－１０）、インターフェロンアルファ（ＩＦＮ－アルファ）、形質転換成長因子ベータ（ＴＧＦ－ベータ）、インターロイキン（ＩＬ－１２）、およびインターロイキン１７（ＩＬ－１７）が挙げられる。評価され得る脱顆粒マーカーの例としては、非限定的に、パーフォリンの細胞内発現、グランザイムＢの細胞内発現、またはＣＤ１０７ａの細胞表面発現が挙げられる。ある場合には、本明細書に提供されるキットは、本明細書に提供されるポリペプチドのうちの１つ以上を、蛍光色素で標識される（例えば、共有結合的に標識される）ＭＨＣ－ポリペプチド四量体の形態で含み得る。かかる場合、本明細書に提供されるキットの標識されたＭＨＣ－ポリペプチド四量体を使用して、試料内の抗原特異的Ｔ細胞に結合させ、結合した細胞をフローサイトメトリーによって計数することができる。

【0030】

本明細書に記載されるように、本明細書に提供される方法および材料は、哺乳動物（例えば、ヒト）内でフラビウイルスに対する免疫応答を増加させるために使用することができ、フラビウイルスに感染した哺乳動物（例えば、ヒト）を治療するために使用することができ、哺乳動物（例えば、ヒト）を、フラビウイルス感染を有すると特定するために使用することができ、かつ／または哺乳動物（例えば、ヒト）を、フラビウイルスに対する免疫応答（例えば、液性抗体応答または細胞免疫応答）を有すると特定するために使用することができる。かかるフラビウイルスの例としては、非限定的に、ジカウイルス、デングウイルス、西ナイルウイルス、黄熱病ウイルス、スポンドウェニ（Ｓｐｏｎｄｗｅｎｉ）ウイルス、日本脳炎ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、ポーワッサンウイルス、ダニ媒介脳炎ウイルス、キャサヌール森林病ウイルス、シカダニウイルス、オムスク出血熱ウイルス、エンテベウイルス、モドックウイルス、およびリオブラボーウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。フラビウイルスがジカウイルスである場合、ジカウイルスは、ジカウイルスの任意の適切な系統、分岐群、または株であり得る。かかるジカウイルスの例としては、非限定的に、東アフリカジカウイルス、西アフリカジカウイルス、アジア／太平洋ジカウイルス、およびアジア／アメリカジカウイルスが挙げられる。

【0031】

本発明は、以下の実施例でさらに説明され、これらの実施例は、特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定しない。

【実施例】

【0032】

実施例１：ジカウイルスに対するペプチドベースのワクチン開発
本実施例では、ＨＬＡ－Ａ＊０２０１およびＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４０１を発現する不死化ヒトＢ細胞をＺＩＫＶに感染させ、酸性緩衝液を使用して細胞表面上のＨＬＡ分子を変性させて、ポリペプチドを単離した。タンデム質量分析（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）と結合させた２次元（２Ｄ）液体クロマトグラフィーにより、ポリペプチドを特定した。続いて、一連の計算手法を使用してポリペプチドを分析し、抗原特性および異なるＨＬＡ分子への結合を評価した。合成ポリペプチドを使用して、回復期の対象からの免疫細胞におけるＩＦＮ－γ Ｔ細胞応答をスクリーニングした。

【0033】

質量分析によるポリペプチドの特定
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１（Ａ２スーパータイプ）およびＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４：０１（ＤＲ４スーパータイプ）にホモ接合性である不死化Ｂ細胞を、ＺＩＫＶ（ＰＲＶＡＢＣ５９、ＭＯＩ＝０．１）に感染させ、４８時間培養して、ウイルスタンパク質の十分な処理および提示を許容した。細胞を酸性クエン酸－リン酸緩衝液（ｐＨ＝３．０）により処理してＨＬＡ分子を変性させ、ポリペプチドを遠心濾過によりタンパク質汚染物質から単離した。強カチオン交換（ＳＣＸ）クロマトグラフィーを使用した分画によりポリペプチドをさらに精製し、ナノスケール液体クロマトグラフィータンデム質量分析（ｎＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）により分析した。ＵｎｉＰｒｏｔを用いたデコンボリューション分析により、ウイルスタンパク質に由来する９０個のポリペプチド：非構造（ＮＳ）タンパク質１（ＮＳ１）から５９個、ＮＳ２Ａから２個、ＮＳ３から７個、ＮＳ４Ｂから４個、ＮＳ５から８個、カプシド（Ｃ）から８個、およびエンベロープ（Ｅ）から２個、が特定された。高度の配列類似性を有する冗長配列またはポリペプチド（例えば、より大きな配列内にネストされた配列）をさらなる分析から除外し、試験のため、リストを３４個の固有のポリペプチドに絞った。機能試験のため、ポリペプチドを大規模なバッチ（５ｍｇ）で個別に合成した。

【0034】

回復期の対象
ＺＩＫＶ感染を有することが以前に確認された７人の健康なヒトドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を使用した。対象は、本明細書では、その固有の数字による試験識別子５９１、５９６、６０２、６２５、６２６、６２７、および６２９によって表す。対象５９１は、感染後２つの別々の日である約２１日目および約１３８日目に試料を提供した。これらの試料は、続いて、それぞれ５９１－１および５９１－３と表記する。

【0035】

ＩＦＮ－γ Ｔ細胞ＥＬＩＳｐｏｔリコール応答
ポリペプチドプール刺激
ウイルスポリペプチドを、隣接するプール間で重複する８～９個のポリペプチドのプールに無作為に分類した。ＰＢＭＣ（２×１０^５細胞／ウェル）を、抗ヒトＩＦＮ－γ抗体でコーティングした９６ウェルのポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）裏打ちマイクロタイタープレートに播種し、次の条件：培養培地（非刺激）、２０μｇのプールしたＺＩＫＶポリペプチド、ＺＩＫＶ（ＭＯＩ＝１）、または陰性対照としての２０μｇのプールしたアクチンポリペプチドのうちの１つで処理した。細胞を１８時間インキュベートし、ヒトＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔキットを使用して免疫応答を定量化した。また、各個人に固有のリコール応答プロファイルをより可視化するために、データを対象ごとにグループ化した。ＺＩＫＶポリペプチドまたは生ウイルスで刺激した試料を３連で試験し、刺激していない試料および陰性対照を４連で試験した。応答は、ポリペプチドプールと個々の対象との間で非常に変動性があり、少なくとも１人の対象における陽性ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔ応答を刺激するプールを、応答する対象に対して個々のポリペプチドレベルで続いて分析した。

【0036】

個々のポリペプチド刺激
ＰＢＭＣ（２×１０^５細胞／ウェル）を、抗ヒトＩＦＮ－γ抗体でコーティングした９６ウェルのＰＶＤＦ裏打ちマイクロタイタープレートに播種し、次の条件：培養培地（非刺激）、１０μｇの個々のＺＩＫＶポリペプチド、ＺＩＫＶ（ＭＯＩ＝１）、または陰性対照としての２０μｇのプールしたアクチンポリペプチドのうちの１つで処理した。細胞を１８時間インキュベートし、ヒトＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔキットを使用して免疫応答を定量化した。ＺＩＫＶポリペプチドまたは生ウイルスで刺激した試料を３連で試験し、刺激していない試料および陰性対照を４連で試験した。７人の対象のうち４人において陽性リコール免疫応答を刺激した９つのポリペプチド（表１）を、詳細な情報科学分析のために、主要なＺＩＫＶ由来ポリペプチドとして選択した。限定的なリコール応答を刺激した８つのポリペプチド（７人の対象のうち１人、表２）を比較として選択した。

【0037】

ポリペプチド構造および特性のモデル化
配列番号１～９に示されるすべてのＺＩＫＶ由来ポリペプチドおよび比較ポリペプチドの構造を、配列中の各アミノ酸の特性に基づいてポリペプチド構造を予測するオンラインサーバであるＰＥＰ－ＦＯＬＤ ３．５を使用してモデル化した。両群における個々のポリペプチドの特性を、Ｅｘｐａｓｙサーバ上でホストされるＰｒｏｔｐａｒａｍツールを使用してインシリコで決定した。配列番号１～９に示されるポリペプチドは、生理学的条件下でモデル化した場合、ある程度の螺旋構造をとった規則構造を有することが大規模に予測された。対照的に、比較ポリペプチドの大部分（８中５）は、同一のモデル化パラメータ下で高度のコイル状および伸長構造特徴を呈する大規模に不規則な構造をとった。配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドは、比較群よりも長い理論半減期（１６．２１時間対８．９９時間）を有すると予測され、これは、２つの群の平均不安定性指数（２４．７２対４３．７５）と相関した。より大きな不安定性指数（４０超）は、不安定なポリペプチド構造を示す。配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドはまた、比較群よりも大きな平均脂肪族指数（１２５．４１対１０３．６７）を有すると予測され、これは、熱安定性についての正のメトリックである。疎水親水度（ＧＲＡＶＹ）指数の総合平均は、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドと比較群との間で異なり（０．２７対－０．２４）、比較ポリペプチドがわずかにより親水性であることが示された。ポリペプチド安定性は、ポリペプチドベースのワクチンおよび治療薬の設計に使用することができ、総合すると、これらのモデル化データにより、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドが、ＺＩＫＶワクチンの成分として製剤化および使用に安定であることが示唆される。

【0038】

最適化されたＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔリコール応答
ＩＦＮ－γ ＥＬＩＳｐｏｔリコール応答の分析を、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドおよび比較ポリペプチドのクラスターのみに焦点を当てるように修正した。リコール応答を励起するポリペプチドの密集したクラスターは、予想どおり、回復期の対象の間で、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来のポリペプチドにおいて観察されたが、比較クラスターは、対象にわたって非常に狭い応答プロファイルを呈した。対象６０２および６２５は、比較群の中で最も強力な応答者であり、対象６２５は、８つのエピトープのうち４つに応答した（図１）。３人の対象（６２６、５９６、および６２９）は、比較群のポリペプチドのいずれにも応答しなかった。対照的に、すべての対象が、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチド中少なくとも３つのポリペプチドに対してリコール応答を呈し、このことにより、配列番号１～９に示されるＺＩＫＶ由来ポリペプチドが提供するカバレッジの幅が例示された。

【0039】

他の実施形態
本発明は、その詳細な説明と併せて記載されているが、上述の説明は、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を例示することを意図するものであり、限定するものではない。他の態様、利点、および変更は、以下の特許請求の範囲内にある。

【図1】

【配列表】

2023516719000001.app

【手続補正書】

【提出日】2022-09-06

【手続補正1】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】０００７

【補正方法】変更

【補正の内容】

【0007】

別の態様では、本文書は、少なくとも４つのポリペプチドを含む組成物であって、少なくとも４つのポリペプチドの各々が、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである、組成物を特色とする。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。本組成物は、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含み得る。本組成物はアジュバントを含み得る。アジュバントは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択され得る。

【手続補正2】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】０００８

【補正方法】変更

【補正の内容】

【0008】

別の態様では、本文書は、哺乳動物においてフラビウイルスに対する免疫応答を増加させるための方法を特色とする。本方法は、哺乳動物に、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドを含む組成物を投与することを含む、それから本質的になる、またはそれからなる。哺乳動物はヒトであり得る。フラビウイルスはジカウイルスであり得る。本組成物はアジュバントを含み得る。アジュバントは、ＣｐＧオリゴヌクレオチドモチーフ、硫酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、硫酸アルミニウムカリウム、モノホスホリル脂質Ａ、アルミニウムホスフィレート、ＭＦ５９、ＡＳ０３、およびＡＳ０４からなる群から選択され得る。本組成物は、少なくとも４つのポリペプチドを含むことができ、少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列から本質的になるまたはそれからなるポリペプチドである。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～１７のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。少なくとも４つのポリペプチドの各々は、配列番号１～９のいずれか１つに示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドであり得る。本組成物は、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含み得る。

【手続補正3】

【補正対象書類名】特許請求の範囲

【補正対象項目名】請求項６

【補正方法】変更

【補正の内容】

【請求項6】

前記組成物が、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む、請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物。

【手続補正4】

【補正対象書類名】特許請求の範囲

【補正対象項目名】請求項１７

【補正方法】変更

【補正の内容】

【請求項17】

前記組成物が、配列番号１に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号２に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号３に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号５に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号６に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号７に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、配列番号８に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチド、および配列番号９に示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドを含む、請求項９～１６のいずれか一項に記載の方法。

【国際調査報告】