特表 2023-516954 遺伝子サンプリングにおける統計的バイアスの軽減

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-04-21

(54)【発明の名称】遺伝子サンプリングにおける統計的バイアスの軽減

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6869 20180101AFI20230414BHJP

   C12M 1/00 20060101ALI20230414BHJP

   C12M 1/34 20060101ALI20230414BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20230414BHJP

   A61P 37/04 20060101ALI20230414BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20230414BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230414BHJP

   C12Q 1/6844 20180101ALN20230414BHJP

   C12N 15/10 20060101ALN20230414BHJP

   C12N 15/09 20060101ALN20230414BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6869 Z

C12M1/00 A

C12M1/34 Z

A61K45/00

A61P37/04

A61P35/00

A61P43/00 111

C12Q1/6844 Z

C12N15/10 100Z

C12N15/09 200

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022551635

(86)(22)【出願日】2021-02-26

(85)【翻訳文提出日】2022-09-28

(86)【国際出願番号】 US2021019982

(87)【国際公開番号】W WO2021174052

(87)【国際公開日】2021-09-02

(31)【優先権主張番号】62/982,677

(32)【優先日】2020-02-27

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/093,015

(32)【優先日】2020-10-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＪＡＶＡ

２．ＰＹＴＨＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】517192663

【氏名又は名称】ファウンデーション・メディシン・インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】アルバッカー， リー アラン

(72)【発明者】

【氏名】モンテシオン， ミーガン キャサリーン

【テーマコード（参考）】

4B029

4B063

4C084

【Ｆターム（参考）】

4B029AA07

4B029BB11

4B029BB20

4B029CC01

4B029FA15

4B029GA08

4B029GB06

4B029GB10

4B063QA13

4B063QA19

4B063QQ08

4B063QQ28

4B063QQ42

4B063QQ62

4B063QR08

4B063QR32

4B063QR42

4B063QR62

4B063QR66

4B063QR77

4B063QS03

4B063QS25

4B063QS34

4B063QS36

4B063QX02

4C084AA17

4C084NA05

4C084NA06

4C084ZB091

4C084ZB092

4C084ZB261

4C084ZB262

4C084ZC411

4C084ZC412

(57)【要約】

ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子又は別の多型ヒト遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することなど、例えば、多型アレルの配列決定（例えば、ＮＧＳによる）において有用であり得る方法、システム、及び記憶媒体が、本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法及びシステムは、観察されたアレル頻度及びアレルの１つ以上のベイト分子に対する観察された結合傾向を取得することと、次いで、最適化モデルを適用して、これらの結合傾向を考慮した調整されたアレル頻度を決定し、それによって、アレル頻度の決定に関する異なるアレル：ベイト結合傾向に根ざした任意の潜在的なバイアスを調整及び／又は最小化することと、を含む。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出する方法であって、
個体由来の試料から得られた複数の核酸を提供することであって、前記複数の核酸が、ＨＬＡ遺伝子をコードする核酸を含む、提供することと、
任意選択的に、前記複数の核酸からの１つ以上の核酸に、１つ以上のアダプターをライゲーションすることと、
前記複数の核酸から核酸を増幅することと、
前記ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸を捕捉することであって、前記ＨＬＡ遺伝子に対応する前記複数の核酸が、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって前記増幅された核酸から捕捉される、捕捉することと、
シーケンサーによって、前記捕捉された核酸を配列決定して、前記ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リードを取得することと、
１つ以上のプロセッサによって、前記複数の配列リードのうちの１つ以上に関連する１つ以上の値をモデルに適合させることと、
前記モデルに基づいて、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び前記ＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向を検出することと、を含む、方法。

【請求項2】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び前記ＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向が、
ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、前記ＨＬＡ遺伝子に対応する前記複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応する、取得することと、
ｂ）前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、
ｃ）目的関数を適用して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）最適化モデルを適用して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって検出される、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項4】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を推奨することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項5】

前記試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出すること、又はその知識を獲得することを更に含む、請求項１又は２に記載の方法。

【請求項6】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することを更に含む、請求項５に記載の方法。

【請求項7】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を推奨することを更に含む、請求項５に記載の方法。

【請求項8】

前記ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

（１）の前に、前記試料から前記複数の核酸を抽出することを更に含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項10】

前記試料が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項11】

前記試料が、非腫瘍細胞を更に含む、請求項１０に記載の方法。

【請求項12】

前記試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、請求項１０に記載の方法。

【請求項13】

前記試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項１０に記載の方法。

【請求項14】

前記試料が、流体、細胞、又は組織を含む、請求項１０に記載の方法。

【請求項15】

前記試料が、血液又は血漿を含む、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

前記試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、請求項１０に記載の方法。

【請求項17】

前記個体からの前記試料が、核酸試料である、請求項１６に記載の方法。

【請求項18】

前記核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、請求項１７に記載の方法。

【請求項19】

前記ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、請求項５～１８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項20】

各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、前記第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、前記第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、前記複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
前記複数の化学反応の前記第１のサブセットの相対的な結合傾向を経験的に特定することと、
総誤差を最小化することによって、前記第２のサブセットの前記相対的な結合傾向を特定することと、を含む、方法。

【請求項21】

前記総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、請求項２０に記載の方法。

【請求項22】

１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、請求項２０に記載の方法。

【請求項23】

前記総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、請求項２０に記載の方法。

【請求項24】

ハイブリッド捕捉プロセスを実行して、患者のＤＮＡ試料における生のアレル頻度を測定することと、
相対的な結合傾向の前記第１及び第２のサブセットを使用して、前記測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む、請求項２０に記載の方法。

【請求項25】

前記多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、請求項２０に記載の方法。

【請求項26】

前記多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、請求項２０に記載の方法。

【請求項27】

前記患者が、ヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、請求項２４に記載の方法。

【請求項28】

システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、前記第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、前記第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、前記複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
前記複数の化学反応の前記第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
総誤差を最小化することによって、前記第２のサブセットの前記相対的な結合傾向を特定することと、を行うように構成される、システム。

【請求項29】

前記総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、請求項２８に記載のシステム。

【請求項30】

１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、請求項２８に記載のシステム。

【請求項31】

前記総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、請求項２８に記載のシステム。

【請求項32】

前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
前記１つ以上のプロセッサで、患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、前記測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
前記１つ以上のプロセッサで、相対的な結合傾向の前記第１及び第２のサブセットを使用して、前記測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を行うように更に構成される、請求項２８に記載のシステム。

【請求項33】

前記多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、請求項２８に記載のシステム。

【請求項34】

前記多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、請求項２８に記載のシステム。

【請求項35】

前記方法が、前記１つ以上のプロセッサで、前記患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、請求項３２に記載のシステム。

【請求項36】

アレル頻度を決定するための方法であって、
ａ）１つ以上のプロセッサで、遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、前記観察されたアレル頻度が、前記遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記アレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記アレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記アレルの前記相対的な結合傾向は、前記遺伝子の１つ以上の他のアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記アレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記アレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記アレルの調整されたアレル頻度を決定することと、を含む、方法。

【請求項37】

前記最適化モデルが、最小二乗最適化モデルである、請求項３６に記載の方法。

【請求項38】

前記最適化モデルが、１つ以上の制約を受ける、請求項３６又は３７に記載の方法。

【請求項39】

前記１つ以上の制約が、前記遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする、請求項３８に記載の方法。

【請求項40】

前記観察されたアレル頻度が、参照値と比較して、前記複数の配列リード間で検出された前記アレルの少なくとも一部をコードする核酸の相対頻度に対応する、請求項３６～３９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項41】

前記参照値が、配列リードの総数である、請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

前記参照値が、参照遺伝子に対応する配列リードの数である、請求項４０に記載の方法。

【請求項43】

前記遺伝子が、主要組織適合性（ＭＨＣ）クラスＩ分子をコードするヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子である、請求項３６～４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項44】

前記遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、請求項３６～４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項45】

前記調整されたアレル頻度を決定した後、前記調整されたアレル頻度に少なくとも部分的に基づいて、前記遺伝子がヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けたと判断することを更に含む、請求項３６～４４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項46】

前記複数の配列リードが、前記ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定を実行することによって得られた、請求項３６～４５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項47】

前記観察されたアレル頻度を受信する前に、前記複数の配列リードを取得するために、複数のポリヌクレオチドを、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定によって配列決定することを更に含み、前記複数のポリヌクレオチドが、前記アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む、請求項３６～４６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項48】

前記複数のポリヌクレオチドを配列決定する前に、
ハイブリダイゼーションに好適な条件下で、ポリヌクレオチドの混合物を前記ベイト分子と接触させることであって、前記混合物が、前記ベイト分子とハイブリダイズすることができる複数のポリヌクレオチドを含む、接触させることと、
前記ベイト分子とハイブリダイズした複数のポリヌクレオチドを単離することであって、前記ベイト分子とハイブリダイズした前記単離された複数のポリヌクレオチドが配列決定される、単離することと、を更に含む、請求項４７に記載の方法。

【請求項49】

前記ポリヌクレオチドの混合物を前記ベイト分子と接触させる前に、
個体から試料を取得することであって、前記試料が腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、取得することと、
前記試料から前記ポリヌクレオチドの混合物を抽出することであって、前記ポリヌクレオチドの混合物が前記腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸からのものである、抽出することと、を更に含む、請求項４８に記載の方法。

【請求項50】

前記試料が、非腫瘍細胞を更に含む、請求項４９に記載の方法。

【請求項51】

前記試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、請求項４９に記載の方法。

【請求項52】

前記試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項４９に記載の方法。

【請求項53】

（１）１つ以上のプロセッサで、遺伝子の２つ以上のアレルの各々について観察されたアレル頻度を受信することであって、前記観察されたアレル頻度が、前記遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたそれぞれのアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
（２）１つ以上のプロセッサで、２つ以上のアレルの各々の前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記２つ以上のアレルの第２のアレルが、前記２つ以上のアレルの第１のアレルよりも、前記ベイト分子に対して低い相対的な結合傾向を有する、受信することと、
（３）前記１つ以上のプロセッサによって、第２のベイト分子を特定することであって、前記２つ以上のアレルの前記第２のアレルが、第１のベイト分子よりも第２のベイト分子に対して高い相対的な結合傾向を有する、特定することと、を更に含む、請求項３６～５２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項54】

前記第２のベイト分子が、前記２つ以上のアレルの前記第２のアレルの少なくとも一部に相補的な配列を含む、請求項５３に記載の方法。

【請求項55】

デバイスの１つ以上のプロセッサによって実行される１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、前記１つ以上のプログラムが、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、請求項３６～４６、５３、及び５４のいずれか一項に記載の方法を前記デバイスに実行させる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項56】

ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための方法であって、
ｇ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｈ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｉ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｊ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｋ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｌ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む、方法。

【請求項57】

前記ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、請求項５６に記載の方法。

【請求項58】

前記複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、請求項５６又は５７に記載の方法。

【請求項59】

前記試料が、非腫瘍細胞を更に含む、請求項５８に記載の方法。

【請求項60】

前記試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、請求項５８に記載の方法。

【請求項61】

前記試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項５８に記載の方法。

【請求項62】

前記試料が、流体、細胞、又は組織を含む、請求項５８に記載の方法。

【請求項63】

前記試料が、血液又は血漿を含む、請求項６２に記載の方法。

【請求項64】

前記試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、請求項５８に記載の方法。

【請求項65】

前記試料が、核酸試料である、請求項５８に記載の方法。

【請求項66】

前記核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、請求項６５に記載の方法。

【請求項67】

免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療から恩恵を受ける可能性のある、がんを有する個体を特定する方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出される、方法。

【請求項68】

がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出される、方法。

【請求項69】

がんを有する個体の１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出される、獲得することと、
（ｂ）前記知識に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む、方法。

【請求項70】

前記試料における前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、前記個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す、請求項６７～６９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項71】

前記１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含まない、請求項７０に記載の方法。

【請求項72】

がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出され、前記知識の前記獲得に応答して、（ｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受けない候補として分類され、（ｉｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高くないと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を受ける候補として分類される、方法。

【請求項73】

免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出され、前記知識の前記獲得に応答して、がんが前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない前記ＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、前記ＩＣＩによる治療後、前記個体がより短い生存期間を有すると予測される、方法。

【請求項74】

がんを有する個体を監視する方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出され、前記知識の前記獲得に応答して、がんが前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、前記個体が増加した再発のリスクを有すると予測される、方法。

【請求項75】

がんを有する個体を評価する方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出され、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨにより、がんが前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、前記個体が増加した再発のリスクを有すると特定される、方法。

【請求項76】

がんを有する個体をスクリーニングする方法であって、前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出され、前記知識の前記獲得に応答して、がんが前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、前記個体が増加した再発のリスクを有すると予測される、方法。

【請求項77】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定する目的関数を決定することと、
前記１つ以上のプロセッサによって、前記目的関数を最小化するように構成された最適化モデルを決定することと、
前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって決定される、請求項６７～７６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項78】

がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化すること、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することと、を含む、方法。

【請求項79】

がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如を検出することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化すること、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如の検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することと、を含む、方法。

【請求項80】

前記ＩＣＩが、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、又はＣＴＬＡ－４阻害剤を含む、請求項６７～７９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項81】

前記方法が、前記個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む、請求項６７～８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項82】

前記個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む、請求項６７～８０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項83】

前記治療又は前記１つ以上の治療選択肢が、第２の治療剤を更に含む、請求項６７～８２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項84】

前記試料における前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、前記個体が免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す、請求項６７～６９及び７２～８３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項85】

前記１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含む、請求項８４に記載の方法。

【請求項86】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢが、前記個体から得られた同じ試料において検出される、請求項８１～８５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項87】

前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢが、前記個体から得られた異なる試料において検出される、請求項８１～８５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項88】

がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）がんを有する前記個体からの試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、（ａ）及び（ｂ）における前記知識の前記獲得に応答して、（ｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、（ｉｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）前記個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を受ける候補として分類される、方法。

【請求項89】

免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法であって、（ａ）前記個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、請求項３６～６６のいずれか一項に記載の方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）前記個体からの試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、（ａ）及び（ｂ）における前記知識の前記獲得に応答して、がんが高ＴＭＢを伴わずにＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを有する、前記ＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、前記ＩＣＩによる治療後、前記個体がより長い生存期間を有すると予測される、方法。

【請求項90】

がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化すること、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）前記個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することと、
（３）前記ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、前記個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を投与することと、を含む、方法。

【請求項91】

１つ以上のプロセッサを使用して、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、前記第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、前記第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、前記複数の化学反応を特定することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
前記１つ以上のプロセッサで、前記複数の化学反応の前記第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、総誤差を最小化することによって、前記第２のサブセットの前記相対的な結合傾向を特定することと、を含む方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項92】

前記総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項93】

１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項94】

前記総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項95】

前記方法が、
前記１つ以上のプロセッサで、患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、前記測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
前記１つ以上のプロセッサで、相対的な結合傾向の前記第１及び第２のサブセットを使用して、前記測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項96】

前記多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項97】

前記多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、請求項９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項98】

前記方法が、前記１つ以上のプロセッサで、前記患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、請求項９５に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項99】

個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせる方法で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如が、前記個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。

【請求項100】

個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせる方法で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）及び高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が、前記個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、
ｇ）前記個体から得られた試料における高ＴＭＢの知識を獲得又は検出することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。

【請求項101】

個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）及び高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が、前記個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、
ｇ）前記個体から得られた試料における高ＴＭＢの知識を獲得又は検出することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。

【請求項102】

個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如が、前記個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）前記１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）前記１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
ｅ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）前記１つ以上のプロセッサによって、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。

【請求項103】

システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、前記第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、前記第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、前記複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
前記複数の化学反応の前記第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
総誤差を最小化することによって、前記第２のサブセットの前記相対的な結合傾向を特定することと、を行うように構成される、システム。

【請求項104】

前記総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項105】

１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項106】

前記総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項107】

前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、前記測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
相対的な結合傾向の前記第１及び第２のサブセットを使用して、前記測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を行うように更に構成される、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項108】

前記多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項109】

前記多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、請求項１０３に記載のシステム。

【請求項110】

前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、前記患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断するように更に構成される、請求項１０７に記載のシステム。

【請求項111】

１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項112】

前記ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、請求項１１１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項113】

前記複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、請求項１１１又は１１２に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項114】

前記試料が、非腫瘍細胞を更に含む、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項115】

前記試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項116】

前記試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項117】

前記試料が、流体、細胞、又は組織を含む、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項118】

前記試料が、血液又は血漿を含む、請求項１１７に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項119】

前記試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項120】

前記試料が、核酸試料である、請求項１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項121】

前記核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、請求項１２０に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項122】

前記方法が、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードから腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を決定することを更に含み、前記複数の配列リードが、ゲノムの少なくとも一部の核酸を配列決定することによって得られた、請求項１１１～１２１のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項123】

前記ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、請求項１２２に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。

【請求項124】

システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を決定することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出された前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、前記複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された前記遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、決定することと、
前記ＨＬＡアレルの前記ベイト分子に対する相対的な結合傾向を決定することであって、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、前記ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸が前記ベイト分子に結合する傾向に対応する、決定することと、
目的関数を実行して、前記ＨＬＡアレルの前記相対的な結合傾向と前記観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
最適化モデルを実行して、前記目的関数を最小化することと、
前記最適化モデル及び前記観察されたアレル頻度に基づいて、前記ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
前記ＨＬＡアレルの前記調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を行うように構成される、システム。

【請求項125】

前記ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、請求項１２４に記載のシステム。

【請求項126】

前記複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、請求項１２４又は１２５に記載のシステム。

【請求項127】

前記試料が、非腫瘍細胞を更に含む、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項128】

前記試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項129】

前記試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項130】

前記試料が、体液、細胞、又は組織を含む、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項131】

前記試料が、血液又は血漿を含む、請求項１３０に記載のシステム。

【請求項132】

前記試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項133】

前記試料が、核酸試料である、請求項１２６に記載のシステム。

【請求項134】

前記核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、請求項１３３に記載のシステム。

【請求項135】

前記１つ以上のコンピュータプログラム命令が、前記１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
前記１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードから腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得するか、又はそれを検出するように更に構成され、前記複数の配列リードが、ゲノムの少なくとも一部の核酸を配列決定することによって得られた、請求項１２４～１３４のいずれか一項に記載のシステム。

【請求項136】

前記ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、請求項１３５に記載のシステム。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年２月２７日に出願された米国仮出願第６２／９８２，６７７号、及び２０２０年１０月１６日に出願された同第６３／０９３，０１５号の利益を主張し、それらの各々は、参照によりその全体が本明細書に援用される。

【0002】

本出願は、ハイブリッド捕捉（ｈｙｂｒｉｄ ｃａｐｔｕｒｅ）プロセスを使用するゲノム検査におけるサンプリングバイアスの軽減に関する。

【背景技術】

【0003】

ゲノム検査には、特定の治療に反応する可能性が高い患者を特定できる可能性がある。一部のゲノム検査アプローチでは、ハイブリッド捕捉ステップを使用して、例えば、特定の目的の遺伝子座での配列リードを濃縮する（Ｆｒａｍｐｔｏｎ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１：１０２３－１０３１）。ただし、ハイブリッド捕捉が多型アレルに適用される場合、特定の捕捉プローブへのアレル結合の違いにより、サンプリングにバイアスが導入される可能性がある。正確なゲノムプロファイリングには、特定の多型に関係なく、バイアスのない配列決定及びアレル頻度の計数が必要である。

【0004】

ゲノム検査が適用されている領域の１つは、がん治療のための個別化されたゲノム情報を決定することである。多型性が高いアレルは、正確で包括的なゲノム情報を取得する上で課題となる場合がある。例えば、一部の腫瘍は、ＨＬＡ－Ｉアレルの喪失（ヘテロ接合性の喪失又はＬＯＨと呼ばれる）によって特徴付けられる。腫瘍が特定の遺伝的位置でＬＯＨを経験したかどうかは、特に、その遺伝的位置が重要な生物学的機能（例えば、人の免疫系又は他の機能）に関連している場合、重要な臨床的事実である可能性がある。例えば、１つ以上のＨＬＡ－ＩアレルでのＬＯＨにより、免疫系に提示されるネオ抗原が少なくなり、腫瘍の免疫回避につながる可能性がある。更に、様々な遺伝子座は、コピー喪失ＬＯＨ（すなわち、１つのアレルの喪失）によって、又はコピー中立ＬＯＨ（すなわち、一方のアレルが失われるが、もう一方が複製され、コピー数の正味の変化がない場合）によって修飾される場合がある。

【0005】

免疫療法は、進行がん患者に対する現在の治療に革命をもたらした。がんに対する免疫応答を提供又は刺激するもの（例えば、細胞ベースの療法）もあれば、患者自身のＴ細胞媒介性免疫応答を再活性化すると考えられているもの（免疫チェックポイント阻害剤又はＩＣＩなど）もある［Ｒｅｃｋ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７５，１８２３－１８３３（２０１６）、Ｈｅｌｌｍａｎｎ，Ｍ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７８，２０９３－２１０４（２０１８）、Ｎｇｈｉｅｍ，Ｐ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７４，２５４２－２５５２（２０１６）、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５２１－２５３２（２０１５）、Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５０９－２５２０（２０１５）］。適応免疫系は、ＣＤ８＋Ｔ細胞を介して、ヒト白血球抗原クラスＩ（ＨＬＡ－Ｉ）にコードされた主要組織適合複合体クラスＩ（ＭＨＣ－Ｉ）タンパク質上に提示される腫瘍特異的変異ペプチド（ネオ抗原）の提示を介して腫瘍細胞を認識する。［Ｍｏｋ，Ｔ．Ｓ．Ｋ．，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ ３９３，１８１９－１８３０（２０１９）、Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｔ．Ｎ．＆ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｒ．Ｄ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８，６９－７４（２０１５）、Ｔｕｒａｊｌｉｃ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ １８，１００９－１０２１（２０１７）］。この観点から、腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が増加した腫瘍は、提示に利用可能な潜在的なネオ抗原の数がより多いため、ＩＣＩを介した免疫刺激によって標的になりやすいことが直感的に思われるが［Ｈｅｌｌｍａｎｎ，Ｍ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７８，２０９３－２１０４（２０１８）、Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５０９－２５２０（２０１５）、Ｒｉｚｖｉ，Ｎ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８，１２４－１２８（２０１５）］、これは常に当てはまるとは限らない。例えば、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）に焦点を当てた治験では、ＴＭＢは、患者の生存を十分に予測することができなかった。しかしながら、ＨＬＡ遺伝子型決定を使用してネオ抗原提示の相対的な効率を予測し、この情報をＴＭＢとともに使用してチェックポイント応答を予測する取り組みは、将来性を示している（Ｇｏｏｄｍａｎ ＡＭ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．２０２０；１２（１）：４５、Ｓｈｉｍ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ．２０２０；３１（７）：９０２－１１）。
ＩＣＩ治療などの免疫療法に対する応答は、患者間で異なることがわかっている。各患者が、それらの特定の腫瘍に対して効果的である可能性が最も高い治療を受けられるようにするために、バイアスのない多型アレルの配列及び頻度を取得する（例えば、免疫療法に対する応答性を予測し、潜在的に最も効果的な治療のために患者を迅速に層別化する）更なる方法及びシステムが必要である。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0006】

【非特許文献1】Ｆｒａｍｐｔｏｎ，Ｇ．Ｍ．ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１：１０２３－１０３１

【非特許文献2】Ｒｅｃｋ，Ｍ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７５，１８２３－１８３３（２０１６）

【非特許文献3】Ｈｅｌｌｍａｎｎ，Ｍ．Ｄ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７８，２０９３－２１０４（２０１８）

【非特許文献4】Ｎｇｈｉｅｍ，Ｐ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７４，２５４２－２５５２（２０１６）

【非特許文献5】Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５２１－２５３２（２０１５）

【非特許文献6】Ｌｅ，Ｄ．Ｔ．，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３７２，２５０９－２５２０（２０１５）

【非特許文献7】Ｍｏｋ，Ｔ．Ｓ．Ｋ．，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ ３９３，１８１９－１８３０（２０１９）

【非特許文献8】Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｔ．Ｎ．＆ Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｒ．Ｄ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８，６９－７４（２０１５）

【非特許文献9】Ｔｕｒａｊｌｉｃ，Ｓ．，ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ １８，１００９－１０２１（２０１７）

【非特許文献10】Ｒｉｚｖｉ，Ｎ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３４８，１２４－１２８（２０１５）

【非特許文献11】Ｇｏｏｄｍａｎ ＡＭ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．２０２０；１２（１）：４５

【非特許文献12】Ｓｈｉｍ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ．２０２０；３１（７）：９０２－１１）

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0007】

したがって、本明細書において、ハイブリッド捕捉によって導入されるサンプリングバイアスを軽減するための方法及びシステムが提供される。これらの方法及びシステムは、例えば、配列決定のためのポリヌクレオチドのハイブリッド゛捕捉に起因する、多型アレルに関連するゲノムデータを取得するときに導入される可能性のあるバイアスを考慮し、軽減する。

【0008】

例えば、個別化された治療アプローチに重要なヒトゲノムの多型性が高い遺伝子座の１つは、ＨＬＡ－Ｉ遺伝子座である。ＨＬＡ－Ｉ遺伝子座でＬＯＨを使用して潜在的な免疫療法患者を層別化すると、ＩＣＩなどの免疫再活性化治療に応答する可能性が最も高い患者を特定することができる可能性がある。本明細書で実証されるように、ＨＬＡ－Ｉの体細胞性喪失は、ＩＣＩ治療ＮＳＣＬＣにおける患者生存の負の予測因子であることが示されており、これは、高ＴＭＢの影響を鈍らせる。５９の疾患群にわたる８３，０００を超える患者試料における体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨのランドスケープも決定され、１７％の汎がん罹患率、並びに高ＴＭＢを有する腫瘍及びＰＤ－Ｌ１発現によって表される炎症性腫瘍の有意な濃縮が見出された。ＴＭＢとＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを組み合わせると、炎症性がんにおいてＩＣＩの恩恵を受ける可能性が最も高い患者をよりよく選択することができ、個別化されたがんワクチンの設計に対して意義がある。ＬＯＨ事象に関与することが知られている他の遺伝子座も本明細書に記載される。

【0009】

本明細書に記載される方法は、各反応が多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が対応するアレル画分の捕捉をもたらし、複数の化学反応が反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが各々少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定することと、各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、複数の化学反応の第１のサブセットの相対的な結合傾向を経験的に特定することと、総誤差を最小化することによって第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定することと、を含む。

【0010】

一部の実施形態では、総誤差を最小化することは、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける。

【0011】

一部の実施形態では、１つの相対的な結合傾向が１に等しく設定される。

【0012】

一部の実施形態では、総誤差を最小化することは、最小二乗手順を実行することを含む。

【0013】

一部の実施形態では、方法は、ハイブリッド捕捉プロセスを実行して、患者のＤＮＡ試料中の生のアレル頻度を測定することと、相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む。

【0014】

一部の実施形態では、多型遺伝子は、ヒト白血球抗原遺伝子を含む。一部の実施形態では、多型遺伝子は、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である。

【0015】

一部の実施形態では、方法は、患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む。

【0016】

また、本明細書に記載されるシステムは、１つ以上のプロセッサと、１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を含み、１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、各反応が多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が対応するアレル画分の捕捉をもたらし、複数の化学反応が反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが各々少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定し、各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定し、複数の化学反応の第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信し、総誤差を最小化することによって第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定するように構成される。

【0017】

システムの一部の実施形態では、総誤差を最小化することは、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける。

【0018】

システムの一部の実施形態では、１つの相対的な結合傾向が１に等しく設定される。

【0019】

システムの一部の実施形態では、総誤差を最小化することは、最小二乗手順を実行することを含む。

【0020】

システムの一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサで、患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、測定された生のアレル頻度がハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、１つ以上のプロセッサで、相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む。

【0021】

システムの一部の実施形態では、多型遺伝子は、ヒト白血球抗原遺伝子を含む。システムの一部の実施形態では、多型遺伝子は、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である。

【0022】

システムの一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサで、患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む。

【0023】

本開示の特定の態様は、アレル頻度を決定するための方法に関する。一部の実施形態では、方法は、ａ）１つ以上のプロセッサで、遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、アレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、アレルの相対的な結合傾向が、遺伝子の１つ以上の他のアレルの一部をコードする核酸の存在下、アレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、アレルの調整されたアレル頻度を決定することと、を含む。

【0024】

一部の実施形態では、最適化モデルは、最小二乗最適化モデルである。一部の実施形態では、最適化モデルは、１つ以上の制約を受ける。一部の実施形態では、１つ以上の制約は、遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする。一部の実施形態では、観察されたアレル頻度は、参照値と比較して、複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の相対的な頻度に対応する。一部の実施形態では、参照値は、配列リードの総数である。一部の実施形態では、参照値は、参照遺伝子に対応する配列リードの数である。

【0025】

本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、遺伝子は、主要組織適合性（ＭＨＣ）クラスＩ分子をコードするヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子である。一部の実施形態では、遺伝子は、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である。一部の実施形態では、方法は、調整されたアレル頻度を決定した後、調整されたアレル頻度に少なくとも部分的に基づいて、遺伝子がヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けたと判断することを更に含む。一部の実施形態では、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定を実行することによって、複数の配列リードが得られた。一部の実施形態では、方法は、観察されたアレル頻度を取得する前に、複数の配列リードを取得するために、複数のポリヌクレオチドを、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定によって配列決定することを更に含み、複数のポリヌクレオチドが、アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む。一部の実施形態では、方法は、複数のポリヌクレオチドを配列決定する前に、ハイブリダイゼーションに好適な条件下で、ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させることであって、混合物がベイト分子とハイブリダイズすることができる複数のポリヌクレオチドを含む、接触させることと、ベイト分子とハイブリダイズした複数のポリヌクレオチドを単離することであって、単離された複数のポリヌクレオチドが配列決定される、単離することと、を更に含む。一部の実施形態では、方法は、ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させる前に、個体から試料を取得することであって、試料が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、取得することと、試料からポリヌクレオチドの混合物を抽出することであって、ポリヌクレオチドの混合物が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸からのものである、抽出することと、を更に含む。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。一部の実施形態では、試料は、流体、細胞、又は組織を含む。一部の実施形態では、試料は、血液又は血漿を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む。一部の実施形態では、個体からの試料は、核酸試料である。一部の実施形態では、核酸試料は、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。一部の実施形態では、方法は、遺伝子の２つ以上のアレルの各々について観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたそれぞれのアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、２つ以上のアレルの各々のベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、２つ以上のアレルの第１のアレルよりも、ベイト分子に対して低い相対的な結合傾向を有する、取得することと、第２のベイト分子を特定することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、第１のベイト分子よりも第２のベイト分子に対して高い相対的な結合傾向を有する、特定することと、を更に含む。一部の実施形態では、第２のベイト分子は、２つ以上のアレルの第２のアレルの少なくとも一部に相補的な配列を含む。

【0026】

更に一部の他の態様では、ベイト分子を選択する方法が本明細書に提供され、遺伝子の２つ以上のアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたそれぞれのアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、第１のベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、遺伝子の２つ以上のアレルについて、第１のベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、２つ以上のアレルの第１のアレルよりも、第１のベイト分子に対して低い相対的な結合傾向を有する、取得することと、第２のベイト分子の配列を特定又は選択することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、第１のベイト分子よりも第２のベイト分子に対して高い相対的な結合傾向を有する、配列を特定又は選択することと、を含む。一部の実施形態では、第２のベイト分子は、遺伝子の２つ以上のアレルの第２のアレルの少なくとも一部に相補的な配列を含む。一部の実施形態では、第２のベイト分子は、遺伝子の２つ以上のアレルの第２及び第３のアレルの配列に少なくとも部分的に基づく配列を含み、第２及び第３のアレルが、第１のアレルよりも低い第１のベイト分子に対する相対的な結合傾向を有する。

【0027】

更に一部の他の態様では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が本明細書に提供される。一部の実施形態では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体は、デバイスの１つ以上のプロセッサによって実行される１つ以上のプログラムを含み、１つ以上のプログラムが、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法をデバイスに実行させる命令を含む。

【0028】

更に一部の他の態様では、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である。一部の実施形態では、複数の配列リードは、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。

【0029】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体を同定する方法が本明細書に提供され、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）は、特定の種類の疾患を有する個体が特定の治療に応答する傾向を示す。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如を検出することは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。

【0030】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための療法を選択する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如を検出することは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。

【0031】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、１つ以上の治療選択肢は、ＩＣＩを含む治療を含まない。一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む。一部の実施形態では、試料中のＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如は、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料における高ＴＭＢの知識を獲得することを更に含み、１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含む。

【0032】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための治療を選択する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受けない候補として分類され、（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高くないと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を受ける候補として分類される。一部の実施形態では、方法は、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定される。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のＬＯＨの知識を獲得することと、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含む。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定される。

【0033】

更に一部の他の態様では、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さないＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより短い生存期間を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さないＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより長い生存期間を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することと、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんが高ＴＭＢを伴わずにＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを有する、ＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより長い生存期間を有すると予測される。

【0034】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体を監視する方法が本明細書に提供され、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると予測される。

【0035】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体をスクリーニングする方法が本明細書に提供され、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると予測される。

【0036】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体を評価する方法が本明細書に提供され、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出され、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨにより、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると特定される。

【0037】

本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定する目的関数を実行することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を最小化するように構成された最適化モデルを実行することと、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって判断される。

【0038】

更に一部の他の態様では、がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びにｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと、（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することと、を含む。一部の実施形態では、方法は、（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如は、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに（ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断すること、によって検出される、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと、（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如の検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することと、を含む。一部の実施形態では、方法は、（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉されたＨＬＡ遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、ｇ）個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得又は検出すること、によって検出される、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと、（３）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を投与することと、を含む。

【0039】

更に一部の他の態様では、個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせる方法で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）が本明細書に提供され、個体から得られた試料において、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）が、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、（ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている。

【0040】

更に一部の他の態様では、個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）が本明細書に提供され、個体から得られた試料において、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）が、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、（ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている。

【0041】

更に一部の他の態様では、個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）が本明細書に提供され、個体から得られた試料において、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）及び高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が、ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、（ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、（ｇ）個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することと、によって検出されている。

【0042】

更に一部の他の態様では、１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、１つ以上のプロセッサを使用して、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、１つ以上のプロセッサを使用して、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、１つ以上のプロセッサを使用して、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が、本明細書に提供される。更に一部の他の態様では、１つ以上のプロセッサと、１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備えるシステムが本明細書に提供され、１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を決定することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、決定することと、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を決定することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、決定することと、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を行うように構成される。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である。一部の実施形態では、複数の配列リードは、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである。一部の実施形態では、試料は、腫瘍のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。一部の実施形態では、試料は、流体、細胞、又は組織を含む。一部の実施形態では、試料は、血液又は血漿を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、核酸試料である。一部の実施形態では、核酸試料は、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。一部の実施形態では、方法は、１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードから腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得するか、又はそれを検出することを更に含み、複数の配列リードは、ゲノムの少なくとも一部の核酸を配列決定することによって得られた。一部の実施形態では、ＴＭＢは、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される。

【0043】

更に一部の他の態様では、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための方法が本明細書に提供され、（１）個体由来の試料から得られた複数の核酸を提供することであって、複数の核酸が、ＨＬＡ遺伝子をコードする核酸を含む、提供することと、（２）任意選択的に、複数の核酸からの１つ以上の核酸に１つ以上のアダプターをライゲーションすることと、（３）複数の核酸から核酸を増幅することと、（４）ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸を捕捉することであって、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸が、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって増幅された核酸から捕捉される、捕捉することと、（５）シーケンサーによって、捕捉された核酸を配列決定して、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リードを取得することと、１つ以上のプロセッサによって、複数の配列リードのうちの１つ以上に関連する１つ以上の値をモデルに適合させることと、（６）モデルに基づいて、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及びＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向を検出することと、を含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及びＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向は、ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応する、取得することと、ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、ｃ）目的関数を適用して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって検出される。一部の実施形態では、方法は、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を推奨することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、試料（又は個体から得られた第２の試料）における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出すること、又はその知識を獲得することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を推奨することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である。一部の実施形態では、方法は、（１）の前に、試料から複数の核酸を抽出することを更に含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである。一部の実施形態では、試料は、腫瘍のセルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。一部の実施形態では、試料は、流体、細胞、又は組織を含む。一部の実施形態では、試料は、血液又は血漿を含む。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む。一部の実施形態では、試料は、核酸試料である。一部の実施形態では、核酸試料は、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む。一部の実施形態では、ＴＭＢは、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される。

【0044】

本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、ＩＣＩは、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、又はＣＴＬＡ－４阻害剤を含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢにより、個体が、ＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性がある個体として特定される。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢに少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）が投与される。一部の実施形態では、高ＴＭＢは、１０変異／Ｍｂ以上又は１３変異／Ｍｂ以上のＴＭＢを指す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子は、ＨＬＡ－Ｉ遺伝子である。

【0045】

本明細書に記載の様々な実施形態の特性の１つ、いくつか、又は全てを組み合わせて、本発明の他の実施形態を形成することができることを理解されたい。本発明のこれら及び他の態様は、当業者に明らかになるであろう。本発明のこれら及び他の実施形態は、以下の詳細な説明によって更に説明される。

【図面の簡単な説明】

【0046】

【図1】ハイブリッド捕捉プロセスの模式図である。

【図2】バイアス除去プロセスの結果を示す。

【図3A】一部の実施形態による例示的なデバイスを示す。

【図3B】一部の実施形態による例示的なシステムを示す。

【図4A】ＨＬＡ－Ｉ検出の特性及び方法を示す。図４Ａは、体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ、ＰＤ－Ｌ１発現、及び他の発がんプロセスとの関連における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の模式図である（Ｈｅｇｄｅ，Ｐ．Ｓ．ａｎｄ Ｃｈｅｎ，Ｄ．Ｓ．（２０２０）Ｉｍｍｕｎｉｔｙ ５２：１７－３５から引用）。図４Ｂは、免疫応答に対するＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの関係を示す。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、ネオ抗原を介してＴＭＢに関連し、回避メカニズムとしてＰＤ－Ｌ１に関連している（ＭｃＧｒａｎａｈａｎ，Ｎ．ｅｔ ａｌ．（２０１７）Ｃｅｌｌ １７１：１２５９－１２７１を参照）。図４Ｃは、混合腫瘍－正常次世代配列決定の結果からのＨＬＡ－Ｉ遺伝子座のヘテロ接合性の体細胞性喪失並びに生殖細胞性ホモ接合性の検出に使用される計算パイプラインの概略図である。図４Ｄは、ベイト効果によるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの検出についての方法論的考察を示し、ＢＡＦにおけるベイト／標的配列分散効果（上）及び配列決定を説明するモデル化されたＢＡＦ（下）を含む。

【図4B】同上。

【図4C】同上。

【図4D】同上。

【図4E】ＨＬＡベイト効率に対するハイブリダイゼーションの効果を示す。図４Ｅは、ハイブリッド捕捉がどのように異なる効率でＨＬＡ標的配列をプルダウンすることができるかの例を提供する。示されているのは、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１及びＨＬＡ－Ａ＊１１：０１アレルを含む試料のハイブリッド捕捉結合親和性バイアスを調整する前（上；中央値ＡＦ＝０．３）及び後（下；中央値ＡＦ＝０．５）のＨＬＡ－Ａ＊３１：０１アレルのアレル頻度（ＡＦ）である。図４Ｆは、ＨＬＡ－Ａの各既知の２桁表示ハプロタイプの代表的な配列のデンドログラムを示す。ハプロタイプをクラスター化するために、全てのペアワイズ配列距離のマトリックスを使用した。左側のハプロタイプのｋ親和性定数は全て１以上であったが、右側の配列のｋ定数は全て１未満であった。図４Ｇは、ＨＬＡ－Ａの各既知の２桁表示ハプロタイプの代表的な配列のデンドログラムを示す。ハプロタイプをクラスター化するために、全てのペアワイズ配列距離のマトリックスを使用した。左側のハプロタイプのｋ親和性定数は全て１以上であったが、右側の配列のｋ定数は０．７より大きいか、０．７～０．９であった。左軸のドットは、様々なＨＬＡアレルの捕捉に使用された特定のベイト分子の配列を表す。

【図4F】同上。

【図4G】同上。

【図5A】臨床ゲノムデータベース（ＣＧＤＢ）における既知のゲノム関連の生存確率を示す。図５Ａは、高い（≧１０変異／Ｍｂ）及び低い（＜１０変異／Ｍｂ）腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）についての生存曲線を示す。高ＴＭＢは、生存期間と正の関連があった（ＨＲ＝０．７６、Ｐ＝０．００７）。図５Ｂは、ＳＴＫ１１又はＫＥＡＰ１の喪失についての生存曲線を示す。ＳＴＫ１１又はＫＥＡＰ１の喪失は、第二選択チェックポイント阻害剤単独療法で治療された非扁平上皮非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）コホート（Ｎ＝６５２）の以前の分析で、生存と負の関連があった（ＨＲ＝１．３、Ｐ＝０．００９）。

【図5B】同上。

【図6A】体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ及びＴＭＢが独立しており、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたＮＳＣＬＣにおける患者の生存を有意に予測することを示す。図６Ａは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有する（右、ｎ＝２，７６９）及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有しない（左、ｎ＝１０，４７１）非扁平上皮ＮＳＣＬＣ試料における試料属性（ゲノムドライバー変化を含む）の濃縮を示す。高ＴＭＢ：≧１０変異／Ｍｂ；ＰＤ－Ｌ１陽性：≧１％腫瘍割合スコア。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計及び非常に有意な（Ｐ＜０．０１）関連のみがラベルされている。図６Ｂは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ状態によって層別化された、第二選択ＩＣＩ単独療法の開始からの非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者の全生存期間を示す。ＨＬＡ－Ｉインタクト（ｎ＝１８０）の全生存期間の中央値（ｍＯＳ）は１１．３か月［８．２～１５．３］で、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ（ｎ＝６０）は８．０か月［５．２～１３．１］であった。ＨＬＡ－ＩインタクトのＨＲ＝０．６８［０．４９～０．９５］、Ｐ＝０．０２。図６Ｃは、ＣＧＤＢにおける生検タイミングの効果の欠如を示す。図６Ｄは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ及びＴＭＢ状態によって階層化された、第二選択ＩＣＩ単剤療法の開始からの非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者の全生存期間を示す（高ＴＭＢ：≧１０変異／Ｍｂ、低ＴＭＢ：＜１０変異／Ｍｂ）。高ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉインタクト（ｎ＝８２）ｍＯＳ １４．０９ヶ月［９．０～２１．１］。高ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ（ｎ＝３１）ｍＯＳ １０．８７ヶ月［６．６０～２０．０］。低ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉインタクト（ｎ＝９８）ｍＯＳ ９．５９ヶ月［６．１８～１４．８］。低ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ（ｎ＝２９）ｍＯＳ ４．８３ヶ月［２．８６～１２．６］。高ＴＭＢのＨＲ＝０．７４［０．５４～０．９９］、Ｐ＝０．０４６。ＨＬＡ－ＩインタクトのＨＲ＝０．６５［０．４７～０．９１］、Ｐ＝０．０１３。ＩＣＩで治療されたＮＳＣＬＣにおける患者生存の独立した有意な予測因子としての体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ及びＴＭＢ。

【図6B】同上。

【図6C】同上。

【図6D】同上。

【図7A】ＩＣＩで治療されたＮＳＣＬＣ患者の生存期間に対するＨＬＡ－Ｉ生殖細胞接合性の影響を示す。図７Ａは、生殖細胞固有のＨＬＡ－Ｉアレルの数によって層別化された、第二選択ＩＣＩ単剤療法の開始からの全ての非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者の全生存期間を示す。ｍＯＳは、生殖細胞性ＨＬＡ－Ｉアレル数に関係なく、両方のコホートで同じであった（生殖細胞性ＨＬＡ－Ｉアレル数＝６（ｎ＝１８２）：ｍＯＳ １０．８［７．４９～１４．０］；生殖細胞性ＨＬＡ－Ｉアレル数＜６：ｍＯＳ １０．８［４．８０～１８．３］；Ｐ＝０．６）。図７Ｂは、生殖細胞固有のＨＬＡ－Ｉアレルの数によって層別化された、第二選択ＩＣＩ単剤療法の開始からの体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠のない非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者の全生存期間を示す。生殖細胞性ＨＬＡ－Ｉアレル数が６（ｎ＝１４１）の患者のｍＯＳは１１．９か月［８．８４～１５．９０］で、生殖細胞性アレル数が６未満（ｎ＝３９）の患者のｍＯＳは７．１か月［３．６８～１９．２０］、Ｐ＝０．９］であった。ＩＣＩで治療されたＮＳＣＬＣにおける患者の生存期間に対するＨＬＡ－Ｉ生殖細胞接合性。

【図7B】同上。

【図7C】第二選択ＩＣＩ単剤療法の開始からの実際の臨床ゲノムコホートにおける非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者の全生存期間を示す。図７Ｃは、最も統計的に有意なＴＭＢ（変異／Ｍｂ）及びＨＬＡ－Ｉ状態の組み合わせによって層別化された全生存期間を示す。いずれかのＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉインタクト、又はＴＭＢ≧１３、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ（ｎ＝２０３）であった患者のｍＯＳは１２．２か月であった［９．１～１５．３］。ＴＭＢ＜１３、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ（ｎ＝３７）の患者のｍＯＳは６．０か月であった［２．９～８．９］。いずれかのＴＭＢ、ＨＬＡ－ＩインタクトのＨＲ。ＴＭＢ≧１３、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ＝０．４５［０．３１～０．６６］、Ｐ＝０．００００４。図７Ｄは、複数のＴＭＢ閾値（１～２０変異／Ｍｂ）にわたるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ及びＴＭＢ状態によって層別化された全生存期間を示す。各閾値について、高ＴＭＢ≧ＴＭＢ閾値及び低ＴＭＢ＜ＴＭＢ閾値。ハザード比は、各ＴＭＢ閾値でＴＭＢに対して制御された多変量Ｃｏｘ比例ハザードモデルから導出される。

【図7D】同上。

【図8A】体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの汎がんランドスケープを示す。図８Ａは、８３，６６４の固有の患者試料における５９の異なる固形腫瘍タイプにわたるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。表２に、各腫瘍タイプ内の患者数がまとめられている。図８Ｂは、高頻度（≧３％）のマイクロサテライト不安定性を有する腫瘍タイプにおけるマイクロサテライト不安定（ＭＳＩ－Ｈ）試料と比較した、マイクロサテライト安定（ＭＳＳ）試料におけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。試料数（ＭＳＳ、ＭＳＩ）：小腸（ｎ＝４２０、ｎ＝２１）、胃（ｎ＝１１００、ｎ＝４９）、大腸（ｎ＝９７８７、ｎ＝３３２）、子宮内膜（ｎ＝１８８３、ｎ＝３３０）、子宮（ｎ＝３８５、ｎ＝２０）。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計。図８Ｃは、乳がん分子サブタイプ内のＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。全乳房（ｎ＝９６８６）、ＨＥＲ＋（ｎ＝２８１）、ＥＲ＋／ＨＥＲ２－（ｎ＝７３１）、トリプルネガティブ（ｎ＝６３１）。カイ二乗検定によって実施された統計。図８Ｄは、ＰＤ－Ｌ１陰性（＜１％腫瘍割合スコア、ｎ＝９９２０）試料（上）と比較した、ＰＤ－Ｌ１陽性（≧１％の腫瘍割合スコア、ｎ＝３２７１）試料におけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計。図８Ｄはまた、各腫瘍タイプ内のＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率とＰＤ－Ｌ１陽性の有病率との間の関連を示す（下）。関連付けは、線形回帰で適合した。図８Ｅは、低ＴＭＢ（＜１０変異／Ｍｂ、ｎ＝７０２６３）試料と比較した、高ＴＭＢ（≧１０変異／Ｍｂ、ｎ＝１３３９３）試料におけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す（上）。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計。図８Ｅはまた、各腫瘍タイプ内のＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率と高ＴＭＢ試料の有病率との間の関連を示す（下）。関連付けは、回帰モデル（ＬＯＥＳＳ回帰、二次回帰など）で適合した。高頻度マイクロサテライト不安定性を有する腫瘍タイプ（小腸、胃、大腸、子宮内膜、及び子宮）について、ＭＳＳ試料及びＭＳＩ－Ｈ試料は、図８Ｄ及び８Ｅの下のグラフに別々に表されている。有意な（Ｐ＜０．０５）関連は、アスタリスクでラベルされている。図８Ｆは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとＴＭＢ及びＰＤ－Ｌ１との関連を示す。

【図8B】同上。

【図8C】同上。

【図8D】同上。

【図8E】同上。

【図8F】同上。

【図9A】ＰＤ－Ｌ１陽性率が低く、低ＴＭＢを有する腫瘍タイプにおけるＤＡＸＸ機能喪失変異とＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとの関連を示す。図９Ａは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを有する（右、ｎ＝９７）及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有しない（左、ｎ＝１５７）膵島細胞試料における試料属性（ゲノムドライバー変化を含む）の濃縮を示す。図９Ｂは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有する（右、ｎ＝６２）及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有しない（左、ｎ＝１１０）非副腎皮質がん試料における試料属性（ゲノムドライバー変化を含む）の濃縮を示す。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計及び有意な（Ｐ＜０．０５）関連のみがラベルされている。

【図9B】同上。

【図10A】腫瘍抗原提示を伴う試料における体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと免疫回避を関連付ける結果を示す。図１０Ａは、ＮｅｔＭＨＣ ｐａｎによって実施された再発性ドライバー変異のネオ抗原予測を示す。予測されたネオ抗原は、遺伝子：タンパク質効果として列挙され、ヘテロ接合性の喪失事象中に予測された提示アレルが失われた回数又は保持された回数の割合が示されている。＞５事象に関与するネオ抗原のみが含まれている。統計は二項検定によって実施され、有意性はＰ＜０．０５として決定される。図１０Ｂは、既知のオンコウイルス関連を有する腫瘍タイプにおけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。ＨＰＶ：ヒトパピローマウイルス、ＥＢＶ：エプスタイン・バーウイルス、ＨＢＶ：Ｂ型肝炎ウイルス。試料数（ウイルス陽性、ウイルス陰性）：頭頸部扁平上皮がん（ＳｑＣＣ）（ｎ＝３６３、ｎ＝７７１）、子宮頸部（ｎ＝１４１、ｎ＝１２１）、胃（ｎ＝１８９、ｎ＝１０１８）、鼻咽頭（ｎ＝５０、ｎ＝３８）、肝細胞（ｎ＝６４、ｎ＝５０６）。Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施された統計及び有意な（Ｐ＜０．０５）関連は、アスタリスクでラベルされている。体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、腫瘍抗原提示を伴う試料における免疫回避の潜在的なメカニズムである

【図10B】同上。

【図11A】体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを伴う試料におけるゲノム変化の濃縮を示す。図１１Ａは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有する（「ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨが濃縮された試料」）及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの証拠を有しない（「ＨＬＡ－Ｉインタクトが濃縮された試料」）腫瘍型におけるゲノム変化の濃縮を示す。高ＴＭＢ試料（≧１０変異／Ｍｂ）、ＰＤ－Ｌ１陽性（≧１％腫瘍比率スコア）、ＡＰＯＢＥＣ変異シグネチャ、タバコ変異シグネチャ、及びＵＶ変異シグネチャの有病率における全体的な上位四分位の腫瘍タイプが示されている。少なくとも６つの異なる腫瘍タイプにおける濃縮された遺伝子のみが含まれている。図１１Ｂは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ状態によって層別化された、選択されたゲノム変異を有する試料における腫瘍タイプの濃縮を示す。図１１Ａ及び１１Ｂに示されている統計は、Ｆｉｓｈｅｒの正確検定によって実施され、有意な（Ｐ＜０．０５）関連のみが示されている。

【図11B】同上。

【図12】一部の実施形態による、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）を検出するための例示的なプロセスのブロック図を示す。

【図13】一部の実施形態による、ベイト分子に対する多型遺伝子の異なるアレルの相対的な結合傾向を特定するための例示的なプロセスのブロック図を示す。

【図14】一部の実施形態による、アレル頻度を決定するための例示的なプロセスのブロック図を示す。

【発明を実施するための形態】

【0047】

対象（例えば、ヒト又は他の動物）が１つ以上の遺伝子においてヘテロ接合性の喪失（「ＬＯＨ」）を経験したかどうかを評価することは、多くの場合、重要な臨床目標である。対象の特定の遺伝子のＬＯＨを決定する１つの方法は、ハイブリッド捕捉プロセスを使用することである。本明細書で使用される場合、ＬＯＨは、コピー喪失ＬＯＨ及び／又はコピー中立ＬＯＨを指すことができる。

【0048】

図１は、従来技術のハイブリッド捕捉プロセスを示す。この及び他のハイブリッド捕捉プロセスについての更なる詳細は、米国特許第９，３４０，８３０号に見出すことができる（その全体が、参照により本明細書に援用される）。

【0049】

対象からのＤＮＡ断片１０４の集団が調製され、そのいくつかは、対象のゲノム１０２内の目的の遺伝子１００に対応する。対象が目的の遺伝子１００でヘテロ接合性である場合、ＤＮＡ断片１０４の集団は、異なるアレル（各親から１つ）をほぼ等量で含む。一方、対象がＬＯＨを受けた場合、親のアレルの１つは、オンターゲット断片１０４ａの集団が存在しないか、又はそれが著しく減少する。

【0050】

したがって、ハイブリッド捕捉アプローチと一致して、目的の遺伝子１００に対応するベイト分子１０６の集団が、対象のＤＮＡ断片１０４の集団に導入される。ベイト分子１０６は、「オンターゲット」断片１０４ａ（すなわち、目的の遺伝子１００に由来するＤＮＡ断片１０４）と結合する。逆に、ベイト分子１０６は、「オフターゲット」断片１０４ｂと結合しない。

【0051】

このような結合が発生するように十分な時間を与えた後、断片／ベイトハイブリッドが捕捉され、残りの断片は破棄される。次いで、捕捉されたハイブリッドを配列決定して、どのアレルが存在するか、及びそれらの相対頻度を決定する。アレル頻度が十分に等しい場合、患者はヘテロ接合性であると判断することができる。１つのアレル頻度が十分に低い場合、患者は目的の遺伝子１００においてＬＯＨを受けたと判断することができる。

【0052】

この比較的簡単なプロセスは、いくつかの要因によって複雑になる可能性がある。第一に、患者試料は、混合された性質のものであり得る。例えば、試料が腫瘍生検から得られたものである場合、試料には、患者からの正常で健常な細胞と、腫瘍由来のがん細胞の両方が含まれている可能性がある。第二に、一部のがん細胞は、異数性を示す場合があり、がん細胞が、典型的な重複染色体数よりも多い又は少ない数を有している。これらの要因の一方又は両方が存在する場合、ヘテロ接合性の対象又はＬＯＨを経験した対象のいずれかの予想アレル頻度が変化する可能性がある。

【0053】

これらの要因が存在しても、ＬＯＨを評価する技術が開発されてきた。１つのアプローチは、腫瘍の純度（すなわち、試料に含まれる腫瘍細胞と健常細胞の割合）及び腫瘍の倍数性（すなわち、腫瘍細胞が有する重複染色体の数）を含む追加のパラメーターを、上記のものと同様の数学的計算に導入することである。このアプローチの例は、例えば、ＭｃＧｒａｎａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｌｅｌｅ－Ｓｐｅｃｉｆｉｃ ＨＬＡ Ｌｏｓｓ ａｎｄ Ｉｍｍｕｎｅ Ｅｓｃａｐｅ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ｃａｎｃｅｒ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ（Ｃｅｌｌ，２０１７ Ｎｏｖ ３０；１７１（６）：１２５９－１２７１．ｅ１１）に記載されている（その全体が、参照により本明細書に援用される）。

【0054】

しかしながら、そこに開示された技術は、特に多型性の程度が大きい対象遺伝子１００について、測定されたアレル頻度の評価をゆがめる可能性のある統計的バイアスを依然として生じやすい。

【0055】

そのような遺伝子ファミリーの１つは、ヒト白血球抗原（「ＨＬＡ」）遺伝子である。これらの遺伝子は、ヒトの免疫系の調節に部分的に関与している。これらの機能は、ヒトゲノム１０２内のいくつかの部位にわたって広がっているが、ある特定の部位でさえ、最大数千の可能なアレルが存在する可能性がある。

【0056】

したがって、上記のハイブリッド捕捉プロセスでは、特定のベイト分子１０６は、最も可能性の高いアレルとの完全な相補性を享受することはない。更に、異なるアレルは、互いに競合して、同じベイト分子と結合する可能性がある。次に、これらの現象は、オンターゲット断片１０４ａがベイト分子１０６に首尾よく結合する傾向に（時には深刻に）影響を及ぼし得る。これにより、その特定のアレルが捕捉プロセスによってアンダーサンプリング又はオーバーサンプリングされるため、測定されたアレル頻度が人為的に高くなるか又は低くなり、場合によっては、対象がＬＯＨを経験したかどうかを誤って判断することになる。

【0057】

このサンプリングエラーを軽減する１つのアプローチは、特定のベイト分子に対する様々なアレルの相対的な結合傾向を経験的に決定することである。例えば、対象のＤＮＡ断片１０４の試料が、２つの異なるアレルからのオンターゲット断片１０４ａを等しい割合で真に含んでいた場合、特定のベイト分子１０６を使用するハイブリッド捕捉プロセスからどのような実際のアレル頻度が生じるかを経験的に決定することができる。結合傾向は、少なくとも部分的にアレル間の競合によるものであるため、この決定は、アレルごとにではなく、アレルペアごとに行うことができる。それらの相対的な結合傾向が既知である場合、それらのアレルとベイト分子との後続のハイブリッド捕捉プロセスのサンプリングバイアスは、観察されたアレル頻度をスケーリングすることによって修正することができる。例えば、目的関数を適用して、所与のアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することができる。

【0058】

しかし、ＨＬＡのような多型性の高い遺伝子の場合、全ての相対的な結合傾向を決定するにはアレルペアが多すぎるため、このアプローチは実用的ではない可能性がある。ただし、相対的な結合傾向のサブセットのみが既知である場合、以下の技術が役立つ可能性がある。

【0059】

以下では、目的の遺伝子１００が、ｎ個の可能なアレルを有する多型遺伝子であると仮定する。ベイト分子に対するアレルｉ及びｊの相対的な結合傾向は、次の式によって与えられる。

【数1】

式中、ｋ_ｉ及びｋ_ｊは、それぞれアレルｉ及びｊの相対的な結合傾向であり、ＡＦ_ｉ及びＡＦ_ｊは、それぞれアレルｉ及びｊの対応するアレル頻度を表す。

【0060】

ＡＦ_ｉ及びＡＦ_ｊは、それらの対応するアレルの相互作用によって部分的に決定されるため、これらの数値は、他のアレルが存在する場合にのみ、アレルｉ及びｊのアレル頻度を表すと理解されるべきであることに注意されたい。言い換えれば、ｉ、ｊ、及びｋが異なる場合、アレルｊ及びｋの存在下でＡＦ_ｉが異なる可能性がある。一部の実装形態では、上記の式の対数をとってこれらの方程式を線形化すると便利であり、次の式が得られる。
ｌｏｇ（ｋ_ｉ）－ｌｏｇ（ｋ_ｊ）＝ｌｏｇ（ＡＦ_ｉ）－ｌｏｇ（ＡＦ_ｊ）

【0061】

ｎアレルの場合、合計ｎ（ｎ－１）ペアのアレルが存在する。したがって、観察されたアレル頻度に関してアレルの相対的な結合傾向を表す、上記の形式のｎ（ｎ－１）線形方程式の系を得ることができる。アレルの全ての可能なペアについて経験的なアレル頻度のデータが利用可能である場合、この系は簡単な方法で解決することができる。

【0062】

ただし、可能なペアのサブセットのみで経験的なアレル頻度のデータが利用可能である場合でも、誤差最小化アプローチによって有用な推定を行うことができる。上記の連立方程式は、Ａｘ＝ｂの形式で表すことができる。式中、Ａは、ｎ（ｎ－１）行ｎ列のマトリックスで、２つの行が等しくないように、１列の１項及び別の列の－１項を除いて、各行の全てのエントリは０である。ベクトルｘは、成分ｌｏｇｋ_ｉをｉ番目の位置に有する列ベクトルであり、ｂは、ｌｏｇ（ＡＦ_ｎ）－ｌｏｇ（ＡＦ_ｍ）の形式の各成分を有する列ベクトルであり、ｎ及びｍの値は、対応する行のＡの非ゼロ項の位置に対応する。一部の実装形態では、マトリックスの行を、ある位置（例えば、列ｍ）で、非ゼロ項のみが１に等しいように変更することができる。これは、任意にベイト分子のアレルｍに対する相対的な結合傾向を１に等しく設定し、それによって、他の相対的な結合傾向が測定されるスケールを設定することに等しい。

【0063】

全てのｋ_ｉ項及び／又はＡＦ_ｉ項が既知というわけではない場合、次の式

【数2】

で誤差項Ｅ_ｉ，ｊを定義し、未知のｋ_ｉ項及び／又はＡＦ_ｉ項を選択して総誤差（又はその数学関数；例えば、絶対値、２乗値など）を最小化することによって、実際の推定値を得ることができる。一部の実装形態では、この最小化は、他の制約（例えば、全てのｋ_ｉ項の中央値が１に等しいという要件）に従って実行される場合がある。一部の実装形態では、誤差は、最小二乗最適化を実行することで最小化されるが、他の最適化の方法も好適である。

【0064】

前段落に従って経験的に決定又は計算されたｋ_ｉ項により、それらを使用して、ハイブリッド捕捉プロセスから生の測定されたアレル頻度を再スケーリングし、それによって、上記の要因の結果として存在したサンプリングバイアスを軽減することができる。

【0065】

本開示の特定の態様は、アレル頻度を決定するための方法に関する。一部の実施形態では、方法は、ａ）遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、ｂ）アレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、アレルの相対的な結合傾向が、遺伝子の１つ以上の他のアレルの一部をコードする核酸の存在下、アレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、ｃ）目的関数を適用して、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、アレルの調整されたアレル頻度を決定することと、を含む。

【0066】

最適化モデリング
最適化とは、解（これは取得可能な最良の解、好ましい解、又は制約の範囲内で特定の利点を提供する解であり得る）に向けて取り組む、又は継続的に改善する、又は精密化する、又は目的の最高点若しくは最大値（又は最低点若しくは最小値）を探索する、又はペナルティ関数若しくはコスト関数を減少させるように処理するなどの方法及びプロセスを指す。最適化モデリングでは、その目的は、多くの場合、モデル誤差（モデルの残差としても知られている；残差とは、観察値とモデルによって提供される適合値との間の差である）を最小化することである。

【0067】

一般に、最適化モデルは、３つの主な成分を有する：ａ）最適化する必要がある関数である目的関数（例えば、モデルのパラメーター推定の誤差を最小化する）、ｂ）変数の集合（最適化問題の解は、目的関数がその最適値に到達する変数の値のセットである）、及びｃ）変数の値を制限する制約の集合。様々な最適化モデルが当該技術分野で既知であり、本開示の方法で使用することができる。当業者は、特定の必要性及び基準に従って使用するために好適な最適化モデルを確認することができるであろう。当該技術分野における最適化モデルの例としては、最小二乗回帰モデル、ロジスティック回帰モデル、二次回帰モデル、ＬＯＥＳＳ回帰モデル、ベイズリッジ回帰モデル、ＬＡＳＳＯ回帰モデル、エラスティックネット回帰モデル、決定木モデル、勾配ブースティング木モデル、ニューラルネットワークモデル、及びサポートベクターマシンモデルが挙げられる。最適化モデリングに関する詳細な説明は、Ｙａｎｇ，Ｘ．（２００８）．Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ．Ｆｒｏｍ Ｌｉｎｅａｒ Ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ ｔｏ Ｍｅｔａｈｅｕｒｉｓｔｉｃｓ、Ａｌｌａｉｒｅ，Ｇ．，＆ Ａｌｌａｉｒｅ，Ｇ．（２００７）．Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ： ａｎ ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ ａｎｄ ｎｕｍｅｒｉｃａｌ ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ．Ｏｘｆｏｒｄ ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｐｒｅｓｓ、Ｐｅｄｒｅｇａｌ，Ｐ．（２００６）．Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ（Ｖｏｌ．４６）．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ、Ｃｈｏｎｇ，Ｅ．Ｋ．，＆ Ｚａｋ，Ｓ．Ｈ．（２００４）．Ａｎ ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ．Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓなどに見出すことができる。

【0068】

アレル頻度
一部の実施形態では、最適化モデルは、アレル頻度をモデル変数として含む。アレル頻度は、アレルの集団におけるゲノム遺伝子座でのアレル（すなわち、ヌクレオチド配列のバリアント）の頻度であり、分数又はパーセンテージとして表現される。アレルの集団が１人の個々の対象のアレルの集団を指す場合、アレルの頻度は、個々の対象の所与のゲノム遺伝子座における全てのアレルの総配列数に対するアレルの配列数の比率として計算できる。この意味で、アレル頻度は、ゲノム遺伝子座での個体のアレル組成を表し、そこから接合性（例えば、ホモ接合性又はヘテロ接合性）を推測することができる。例えば、ヒトなどの二倍体の個々の対象の場合：
１）アレルのアレル頻度の値が０であるか、０に合理的に近い（例えば、統計的信頼区間内）場合、個々の対象は、このアレルについてホモ接合性ヌル（ｎｕｌｌ）（ヌル接合性としても知られている）であるとみなされる。
２）アレルのアレル頻度の値が０．５であるか、又は０．５に合理的に近い（例えば、統計的信頼区間内）場合、個々の対象は、このアレルについてヘテロ接合性であるとみなされる。並びに、
３）アレルのアレル頻度の値が１であるか、又は１に合理的に近い（例えば、統計的信頼区間内）場合、個々の対象は、このアレルについてホモ接合性であるとみなされる。

【0069】

一部の実施形態では、アレル頻度は、観察されたアレル頻度であり、参照値と比較して、複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の相対的な頻度に対応する。一部の実施形態では、参照値は、配列リードの総数である。一部の実施形態では、参照値は、配列リードの数であり、参照遺伝子に対応するか、又はその関数、例えば、１００万マップリード当たりのリード数（ＲＰＭ）又は１００万マップリード当たりのカウント数（ＣＰＭ）に対応する。

【0070】

一部の実施形態では、アレル頻度は、相対的な結合傾向として表現することができる。ハイブリッド捕捉ベースの配列決定プロセスでは、相対的な結合傾向は、１つ以上の他のアレルの存在下で、１つのアレルがベイト分子に結合する可能性に対応する。したがって、一部の実施形態では、最適化モデルは、１つのアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレルのアレル頻度との間の差を測定する目的関数に適用される。

【0071】

例として、図２は、様々なＨＬＡ－Ａアレルについてのそのようなスケーリングの結果を示す。左側の棒グラフは、横軸に示された他の様々なＨＬＡ－Ａアレルの存在下での、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１アレルのヘテロ接合対象からの生のアレル頻度を示す。アレル頻度の中央値は０．３８であり、示された他のアレルの存在下で、典型的に、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１がアンダーサンプリングされることを示す。バイアスを修正した後、右側のグラフは、アレル頻度の中央値が０．５であることを示し、これは、ヘテロ接合試料の集団とより一致している。

【0072】

図４Ｄは、個体集団におけるヒト白血球抗原クラスＩ（ＨＬＡ－Ｉ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を決定する際に使用するための調整されたアレル頻度の効果を示す。Ｘ軸は、集団内の各個体のＢアレル頻度（ＢＡＦ）を示す。ここで、Ｂアレルは非参照アレル又はマイナーアレルを指す。Ｙ軸は、母集団におけるＢＡＦの試料数を示す。図４Ｄは、本開示の方法を使用してアレル頻度を調整した後、アレル頻度の中央値が約０．３２（上のパネル）から約０．５（下のパネル）に調整されることを示し、個体集団のほとんどが、ＨＬＡ－Ｉ遺伝子についてヘテロ接合性であることを示す。

【0073】

図４Ｇに示されるように、特定のアレル（又はその断片）は、特定のベイト分子に対して、ある範囲の相対的な結合傾向を有し得る。遺伝子の完全な多型変異を表す配列の捕捉を改善するために、１つ以上の追加のベイト分子、特に、元のベイト分子に対する相対的な結合傾向が低く、アレルに対する結合傾向が改善された分子を選択したい場合がある。

【0074】

したがって、一部の実施形態では、本開示の方法は、遺伝子の２つ以上のアレルについて観察されたアレル頻度を取得すること、特定のベイト分子に対する遺伝子の２つ以上のアレルの相対的な結合傾向を取得すること、及び／又は第２のベイト分子の配列を同定若しくは選択すること、を含み得る。一部の実施形態では、第１のベイト分子に対する相対的な結合傾向がより低い遺伝子の１つ以上のアレルは、第１のベイト分子よりも第２のベイト分子に対してより高い結合傾向を有し得る。例えば、第２のベイト分子は、遺伝子の低結合性アレルのうちの１つの少なくとも一部に相補的な配列、又は遺伝子の１つ以上の低結合性アレルの配列との相補性若しくは結合に基づいて、配列（例えば、コンセンサス配列）に相補的な配列を含むことができる。これにより、例えば、より包括的に、又はバイアスを抑えて（例えば、ハイブリッド捕捉に基づいて）遺伝子の多様性をサンプリングするために、多型遺伝子の低結合性アレルの配列に基づくベイト選択が可能になる。

【0075】

最小二乗最適化
一部の実施形態では、最適化モデルは、最小二乗最適化モデルである。最小二乗最適化モデルは、回帰最適化モデルであり、目的関数は、最適化されるパラメーター（例えば、最小化される変数残差／誤差）の二次関数（例えば、平方和関数）である。一部の実施形態では、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定する目的関数を最小化するために、本開示の方法において、最小二乗最適化モデルが使用される。一部の実施形態では、最適化モデルは、二次回帰である。一部の実施形態では、最適化モデルは、ＬＯＥＳＳ回帰である。

【0076】

一部の実施形態では、最適化モデルを使用して、目的の変数（例えば、アレル頻度）を修正又は調整することができる。一部の実施形態では、最適化モデル及び観察されたアレルのアレル頻度を使用して、アレルの調整されたアレル頻度を決定する。調整されたアレル頻度は、下流の操作（例えば、アレルについて個々の対象の接合状態を推測すること）で更に使用することができる。

【0077】

最小二乗最適化の更なる詳細は、例えば、Ｗｏｌｂｅｒｇ，Ｊ．（２００６）．Ｄａｔａ ａｎａｌｙｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ ｌｅａｓｔ ｓｑｕａｒｅｓ： ｅｘｔｒａｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｒｏｍ ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｂｕｓｉｎｅｓｓ Ｍｅｄｉａ、Ｂｏｒｏｗｉａｋ，Ｄ．（２００１）．Ｌｉｎｅａｒ ｍｏｄｅｌｓ，ｌｅａｓｔ ｓｑｕａｒｅｓ ａｎｄ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅｓ、Ｂｊｏｒｃｋ，Å．（１９９６）．Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｌｅａｓｔ ｓｑｕａｒｅｓ ｐｒｏｂｌｅｍｓ．Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒ Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍａｔｈｅｍａｔｉｃｓ、Ｌｕｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｄ．Ｇ．（１９９７）“Ｌｅａｓｔ－Ｓｑｕａｒｅｓ Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ”．Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ ｂｙ Ｖｅｃｔｏｒ Ｓｐａｃｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ．Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ．ｐｐ．７８－１０２などに見出すことができる。

【0078】

モデルの制約
一部の実施形態では、最適化モデルは、１つ以上の制約を受ける。制約は、最適化モデルの変数の可能な値を制限する。一部の実施形態では、０つ以上の制約は、遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする。一部の実施形態では、０．５つ以上の制約は、遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする。一部の実施形態では、１つ以上の制約は、遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする。

【0079】

配列決定
一部の実施形態では、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して配列決定を行うことによって、複数の配列リードが得られた。一部の実施形態では、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して全エキソーム配列決定を行うことによって、複数の配列リードが得られた。一部の実施形態では、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定を実行することによって、複数の配列リードが得られた。

【0080】

一部の実施形態では、方法は、観察されたアレル頻度を取得する前に、複数の配列リードを取得するために、複数のポリヌクレオチドを、次世代配列決定（ＮＧＳ）によって配列決定することを更に含み、複数のポリヌクレオチドが、アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む。ＮＧＳ法は、当該技術分野で既知であり、例えば、Ｍｅｔｚｋｅｒ，Ｍ．（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ １１：３１－４６．に記載されている。次世代配列決定のためのプラットフォームには、例えば、Ｒｏｃｈｅ／４５４のＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ＳｏｌｅｘａのＧｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＧＡ）、ＩｌｌｕｍｉｎａのＨｉＳｅｑ ２５００、ＨｉＳｅｑ ３０００、ＨｉＳｅｑ ４０００、及びＮｏｖａＳｅｑ ６０００配列決定システム、Ｌｉｆｅ／ＡＰＧのＳｕｐｐｏｒｔ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬｉＤ）システム、ＰｏｌｏｎａｔｏｒのＧ．００７システム、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ Ｇｅｎｅ配列決定システム、並びにＰａｃｉｆｉｃ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ ＲＳシステムが含まれる。ＮＧＳ技術には、鋳型調製、配列決定及び撮像、データ解析などの１つ以上のステップが含まれる。鋳型の調製方法には、核酸（例えば、ゲノムＤＮＡ）をより小さなサイズにランダムに分解し、配列決定鋳型（例えば、断片鋳型又はメイトペア鋳型）を生成するなどのステップが含まれ得る。空間的に分離された鋳型は、固体表面又は支持体に付着又は固定化され得、大量の配列決定反応を同時に実行することができる。ＮＧＳ反応に使用され得る鋳型の種類には、例えば、単一ＤＮＡ分子に由来するクローン増幅鋳型、及び単一ＤＮＡ分子鋳型が含まれる。ＮＧＳのための例示的な配列決定及び撮像ステップとしては、例えば、サイクリック可逆終結（ＣＲＴ）、ライゲーションによる配列決定（ＳＢＬ）、単一分子付加（パイロ配列決定）、及びリアルタイム配列決定が挙げられる。ＮＧＳリードを生成した後、それらを、既知の参照配列に整列させるか、デノボでアセンブリすることができる。例えば、試料（例：腫瘍試料）における一塩基多型及び構造バリアントなどの遺伝的バリエーションの特定は、ＮＧＳリードを参照配列（例：野生型配列）に整列させることによって達成することができる。ＮＧＳの配列整列の方法は、例えば、Ｔｒａｐｎｅｌｌ Ｃ．ａｎｄ Ｓａｌｚｂｅｒｇ Ｓ．Ｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００９，２７：４５５－４５７．デノボアセンブリの例は、Ｗａｒｒｅｎ Ｒ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００７，２３：５００－５０１、Ｂｕｔｌｅｒ Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，２００８，１８：８１０－８２０、及びＺｅｒｂｉｎｏ Ｄ．Ｒ．ａｎｄ Ｂｉｒｎｅｙ Ｅ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，２００８，１８：８２１－８２９．に記載されている。配列の整列又はアセンブリは、１つ以上のＮＧＳプラットフォームからのリードデータを使用して実行することができる（例えば、Ｒｏｃｈｅ／４５４及びＩｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａのリードデータを混合する）。

【0081】

一部の実施形態では、方法は、観察されたアレル頻度を取得する前に、複数の配列リードを取得するために、全エキソーム配列決定によって複数のポリヌクレオチドを配列決定することを更に含み、複数のポリヌクレオチドは、アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む。

【0082】

一部の実施形態では、方法は、複数のポリヌクレオチドを配列決定する前に、ハイブリダイゼーションに好適な条件下で、ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させることであって、混合物が、ベイト分子とハイブリダイズすることができる複数のポリヌクレオチドを含む、接触させることと、ベイト分子とハイブリダイズした複数のポリヌクレオチドを単離することであって、ベイト分子とハイブリダイズした単離された複数のポリヌクレオチドが、ＮＧＳによって配列決定される、単離することと、を更に含む。図１は、そのようなハイブリッド捕捉プロセスを示す。この及び他のハイブリッド捕捉プロセスについての更なる詳細は、米国特許第９，３４０，８３０号に見出すことができる（その全体が、参照により本明細書に援用される）。一部の実施形態では、方法は、ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させる前に、個体から試料を取得することであって、試料が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、取得することと、試料からポリヌクレオチドの混合物を抽出することであって、ポリヌクレオチドの混合物が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸からのものである、抽出することと、を更に含む。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。

【0083】

一部の実施形態では、方法は、複数の配列リードを得るために、複数のポリヌクレオチドをメチル化配列決定にかけることを含む。一部の実施形態では、複数のポリヌクレオチドは、アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む。

【0084】

一部の実施形態では、核酸は、例えば、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られる。例えば、試料は、腫瘍細胞、循環腫瘍細胞、腫瘍核酸（例えば、腫瘍循環腫瘍ＤＮＡ、ｃｆＤＮＡ、若しくはｃｆＲＮＡ）、腫瘍生検の一部若しくは全部、体液、細胞、組織、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、セルフリーＤＮＡ、及び／又はセルフリーＲＮＡを含むことができる。一部の実施形態では、試料は、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞及び／又は非腫瘍核酸を更に含む。一部の実施形態では、流体は、血液、血清、血漿、唾液、精液、脳脊髄液、羊水、腹水、間質液などを含む。

【0085】

一部の実施形態では、試料は、生体組織又は生体液であるか、又はそれを含む。試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝剤、固定剤、栄養素、抗生物質などの自然界で組織と天然に混合されない化合物を含むことができる。一実施形態では、試料は、凍結試料として、又はホルムアルデヒド若しくはパラホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織調製物として保存される。例えば、試料は、マトリックス（例えば、ＦＦＰＥブロック又は凍結試料）に包埋することができる。別の実施形態では、試料は、血液又は血液成分試料である。更に別の実施形態では、試料は、骨髄穿刺試料である。別の実施形態では、試料は、セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む。理論に束縛されることを望むものではないが、一部の実施形態では、ｃｆＤＮＡは、アポトーシス細胞又は壊死細胞からのＤＮＡであると考えられる。典型的には、ｃｆＤＮＡは、タンパク質（例えば、ヒストン）に結合し、ヌクレアーゼから保護される。ｃｆＤＮＡは、例えば、非侵襲的出生前検査（ＮＩＰＴ）、臓器移植、心筋症、微生物叢、及びがんのバイオマーカーとして使用することができる。別の実施形態では、試料は循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む。理論に束縛されることを望むものではないが、ｃｔＤＮＡは、腫瘍細胞と非腫瘍細胞に由来するものを区別することができる遺伝的又はエピジェネティックな変化（例えば、体細胞変化又はメチル化シグネチャ）を有するｃｆＤＮＡである。別の実施形態では、試料は循環腫瘍細胞（ＣＴＣ）を含む。理論に束縛されることを望むものではないが、一部の実施形態では、ＣＴＣは、原発性又は転移性腫瘍から循環に放出された細胞であると考えられている。一部の実施形態では、ＣＴＣアポトーシスは、血液／リンパ液中のｃｔＤＮＡの供給源である。

【0086】

一部の実施形態では、生物学的試料は、骨髄、血液、血液細胞、腹水、組織若しくは細針生検試料、細胞含有体液、遊離浮遊核酸、痰、唾液、尿、脳脊髄液、腹水、胸水、便、リンパ液、婦人科液、皮膚スワブ、膣スワブ、口腔スワブ、鼻腔スワブ、管洗浄液若しくは気管支肺胞洗浄液などの洗液若しくは洗浄液、吸引液、掻き取り、骨髄検体、組織生検検体、外科検体、糞便、他の体液、分泌物、及び／若しくは排泄物、並びに／又はそれからの細胞などであるか、又はそれを含む場合がある。一部の実施形態では、生物学的試料は、個体から得られた細胞であるか、又はそれを含む。一部の実施形態では、得られた細胞は、試料が得られた個体由来の細胞であるか、又はそれを含む。

【0087】

図１２は、一部の実施形態による、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための例示的なプロセス１２００を示す。プロセス１２００は、例えば、ソフトウェアプログラムを実装する１つ以上の電子デバイスを使用して実行される。一部の実施例では、プロセス１２００は、クライアント－サーバシステムを使用して実行され、プロセス１２００のブロックは、サーバとクライアントデバイスとの間で、任意の方法で分割される。他の実施例では、プロセス１２００のブロックは、サーバと複数のクライアントデバイスとの間で分割される。したがって、プロセス１２００の一部は、クライアント－サーバシステムの特定のデバイスによって実行されるものとして本明細書に記載されているが、プロセス１２００はそのように限定されないことを理解されたい。他の実施例では、プロセス１２００は、クライアントデバイスのみ、又は複数のクライアントデバイスのみを使用して実行される。プロセス１２００では、いくつかのブロックが、任意選択的に結合され、いくつかのブロックの順序が、任意選択的に変更され、いくつかのブロックが、任意選択的に省略される。一部の実施例では、プロセス１２００と組み合わせて追加のステップを実行することができる。したがって、図示されている（及び以下でより詳細に説明されている）操作は、本質的に例示的なものであり、したがって、限定するものとみなされるべきではない。

【0088】

ブロック１２０２で、個体由来の試料から得られた複数の核酸が提供され、複数の核酸が、ＨＬＡ遺伝子をコードする核酸を含む。任意選択的に、ブロック１２０４で、１つ以上のアダプターが、複数の核酸からの１つ以上の核酸にライゲーションされる。ブロック１２０６で、複数の核酸から核酸が増幅される。ブロック１２０８で、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸が、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって、増幅された核酸から捕捉される。ブロック１２１０で、例示的なシーケンサーは、捕捉された核酸を配列決定して、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リードを取得する。ブロック１２１２で、例示的なシステム（例えば、１つ以上の電子デバイス）は、複数の配列リードのうちの１つ以上に関連する１つ以上の値をモデルに適合させる。ブロック１２１４で、システムは、モデルに基づいて、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及びＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向を検出する。

【0089】

図１３は、一部の実施形態による、ベイト分子に対する多型遺伝子の異なるアレルの相対的な結合傾向を特定するための例示的なプロセス１３００を示す。プロセス１３００は、例えば、ソフトウェアプログラムを実装する１つ以上の電子デバイスを使用して実行される。一部の実施例では、プロセス１３００は、クライアント－サーバシステムを使用して実行され、プロセス１３００のブロックは、サーバとクライアントデバイスとの間で、任意の方法で分割される。他の実施例では、プロセス１３００のブロックは、サーバと複数のクライアントデバイスとの間で分割される。したがって、プロセス１３００の一部は、クライアント－サーバシステムの特定のデバイスによって実行されるものとして本明細書に記載されているが、プロセス１３００はそのように限定されないことを理解されたい。他の実施例では、プロセス１３００は、クライアントデバイスのみ、又は複数のクライアントデバイスのみを使用して実行される。プロセス１３００では、いくつかのブロックが、任意選択的に結合され、いくつかのブロックの順序が、任意選択的に変更され、いくつかのブロックが、任意選択的に省略される。一部の実施例では、プロセス１３００と組み合わせて追加のステップを実行することができる。したがって、図示されている（及び以下でより詳細に説明されている）操作は、本質的に例示的なものであり、したがって、限定するものとみなされるべきではない。

【0090】

ブロック１３０２で、例示的なシステム（例えば、１つ以上の電子デバイス）は、例えば、各反応が多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、かつ各反応が対応するアレル画分の捕捉をもたらすように、複数の化学反応を特定する。複数の化学反応は、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含む。ブロック１３０４で、システムは、各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定する。ブロック１３０６で、システムは、複数の化学反応の第１のサブセットの相対的な結合傾向を経験的に特定する。ブロック１３０８で、システムは、総誤差を最小化することによって、第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定する。

【0091】

図１４は、一部の実施形態による、アレル頻度を決定するための例示的なプロセス１４００を示す。一部の実施形態では、例えば、ＬＯＨを検出するために、１つ以上のＨＬＡアレルのアレル頻度が決定される。プロセス１４００は、例えば、ソフトウェアプログラムを実装する１つ以上の電子デバイスを使用して実行される。一部の実施例では、プロセス１４００は、クライアント－サーバシステムを使用して実行され、プロセス１４００のブロックは、サーバとクライアントデバイスとの間で、任意の方法で分割される。他の実施例では、プロセス１４００のブロックは、サーバと複数のクライアントデバイスとの間で分割される。したがって、プロセス１４００の一部は、クライアント－サーバシステムの特定のデバイスによって実行されるものとして本明細書に記載されているが、プロセス１３００はそのように限定されないことを理解されたい。他の実施例では、プロセス１４００は、クライアントデバイスのみ、又は複数のクライアントデバイスのみを使用して実行される。プロセス１４００では、いくつかのブロックが、任意選択的に結合され、いくつかのブロックの順序が、任意選択的に変更され、いくつかのブロックが、任意選択的に省略される。一部の実施例では、プロセス１４００と組み合わせて追加のステップを実行することができる。したがって、図示されている（及び以下でより詳細に説明されている）操作は、本質的に例示的なものであり、したがって、限定するものとみなされるべきではない。

【0092】

ブロック１４０２で、例示的なシステム（例えば、１つ以上の電子デバイス）は、遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を受信する。一部の実施形態では、観察されたアレル頻度は、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードは、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた。一部の実施形態では、遺伝子は、ヒトＨＬＡ遺伝子であり、アレルは、ヒトＨＬＡアレルである（例えば、本明細書に記載のとおり）。ブロック１４０４で、システムは、ベイト分子に対するアレルの相対的な結合傾向を受信する。一部の実施形態では、アレルの相対的な結合傾向は、遺伝子の１つ以上の他のアレルの部分をコードする核酸の存在下、アレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する。ブロック１４０６で、システムは、目的関数を実行して、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定する。ブロック１４０８で、システムは、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化する。ブロック１４１０で、システムは、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、アレルの調整されたアレル頻度を決定する。

【0093】

ソフトウェア及びデバイス
一部の他の態様では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体が本明細書に提供される。一部の実施形態では、非一時的コンピュータ可読記憶媒体は、デバイスの１つ以上のプロセッサによって実行される１つ以上のプログラムを含み、１つ以上のプログラムが、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法をデバイスに実行させる命令を含む。

【0094】

図３Ａは、一実施形態による計算デバイスの例を示す。デバイス３００は、ネットワークに接続されたホストコンピュータであり得る。デバイス３００は、クライアントコンピュータ又はサーバであり得る。図３Ａに示されるように、デバイス３００は、パーソナルコンピュータ、ワークステーション、サーバ、又はハンドヘルド計算デバイス（携帯電子デバイス、例えば、電話又はタブレット）などの任意の好適なタイプのマイクロプロセッサベースのデバイスであり得る。デバイスは、例えば、プロセッサ３１０、入力デバイス３２０、出力デバイス３３０、ストレージ３４０、及び通信デバイス３６０のうちの１つ以上を含むことができる。入力デバイス３２０及び出力デバイス３３０は、一般に、上記のものに対応することができ、コンピュータと接続可能であるか又は統合することができる。

【0095】

入力デバイス３２０は、タッチスクリーン、キーボード若しくはキーパッド、マウス、又は音声認識デバイスなどの入力を提供する任意の好適なデバイスであり得る。出力デバイス３３０は、タッチスクリーン、触覚デバイス、又はスピーカなど、出力を提供する任意の好適なデバイスであり得る。

【0096】

ストレージ３４０は、ストレージ（例えば、ＲＡＭ、キャッシュ、ハードドライブ、又はリムーバブルストレージディスクを含む電気、磁気、又は光学メモリ）を提供する任意の好適なデバイスであり得る。通信デバイス３６０は、ネットワークインターフェースチップ又はデバイスなどの、ネットワークを介して信号を送受信することができる任意の好適なデバイスを含むことができる。コンピュータの構成要素は、例えば、有線メディア（例えば、物理バス、イーサネット、若しくは任意の他の有線転送技術）を介して、又は無線（例えば、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ（登録商標）、Ｗｉ－Ｆｉ（登録商標）、又は任意の他の無線技術）で、任意の好適な様式で接続することができる。

【0097】

ＨＬＡモジュール３５０は、ストレージ３４０に実行可能な命令として格納され、プロセッサ３１０によって実行されることができ、例えば、本開示の機能を具現化するプロセスを含むことができる（例えば、上記のデバイスに具現化される）。

【0098】

ＨＬＡモジュール３５０はまた、命令実行システム、装置、若しくはデバイス（例えば、上記のもの）によって、又はそれらと接続して使用するための任意の非一時的コンピュータ可読記憶媒体内に記憶及び／又は転送することができ、命令実行システム、装置、若しくはデバイスからの、ソフトウェアに関連付けられた命令をフェッチし、命令を実行することができる。本開示の文脈において、コンピュータ可読記憶媒体は、ストレージ３４０などの任意の媒体であり得、命令実行システム、装置、若しくはデバイスによって、又はそれらと接続して使用するためのプロセスを含む若しくは記憶することができる。コンピュータ可読記憶媒体の例としては、単一の機能ユニットとして動作するハードドライブ、フラッシュドライブ、及び配信モジュールなどのメモリユニットを挙げることができる。また、本明細書に記載の様々なプロセスは、上記の実施形態及び技法に従って動作するように構成されたモジュールとして具現化され得る。更に、プロセスは別個に示され、かつ／又は説明され得るが、当業者は、上記のプロセスが他のプロセス内のルーチン又はモジュールであり得ることを理解するであろう。

【0099】

ＨＬＡモジュール３５０はまた、命令実行システム、装置、若しくはデバイス（例えば、上記のもの）によって、又はそれらと接続して使用するための任意の伝送媒体内に伝播することができ、命令実行システム、装置、若しくはデバイスからの、ソフトウェアに関連付けられた命令をフェッチし、命令を実行することができる。本開示の文脈において、伝送媒体は、任意の媒体であり得、命令実行システム、装置、若しくはデバイスによって、又はそれらと接続して使用するための伝送プログラミングを通信、伝達、又は伝送することができる。伝送可読媒体には、電子、磁気、光学、電磁気、若しくは赤外線の有線又は無線伝播媒体が含まれ得るが、これらに限定されない。

【0100】

デバイス３００は、ネットワーク（例えば、図３Ｂに示されるネットワーク、及び／又は下記のネットワーク４０４）に接続することができ、これは、任意の好適なタイプの相互接続された通信システムであり得る。ネットワークは、任意の好適な通信プロトコルを実装することができ、任意の好適なセキュリティプロトコルによって保護され得る。ネットワークは、無線ネットワーク接続（Ｔ１又はＴ３回線）、ケーブルネットワーク、ＤＳＬ、又は電話回線などの、ネットワーク信号の送受信を実装し得る任意の好適な構成のネットワークリンクを含むことができる。

【0101】

デバイス３００は、ネットワーク上で動作するのに好適な任意のオペレーティングシステムを実装することができる。ＨＬＡモジュール３５０は、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｊａｖａ、又はＰｙｔｈｏｎなどの任意の好適なプログラミング言語で書くことができる。様々な実施形態では、本開示の機能を具現化するアプリケーションソフトウェアは、異なる構成で（例えば、クライアント／サーバ構成で、又はウェブベースのアプリケーション若しくはウェブサービスとしてのウェブブラウザを介して）展開することができる。

【0102】

図３Ｂは、一実施形態による計算システムの例を示す。システム４００では、デバイス３００（例えば、上記及び図３Ａに示されるもの）は、ネットワーク４０４に接続され、ネットワーク４０４はまた、デバイス４０６に接続される。一部の実施形態では、デバイス４０６は、シーケンサーである。例示的なシーケンサーには、限定されないが、Ｒｏｃｈｅ／４５４のＧｅｎｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ Ｓｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／ＳｏｌｅｘａのＧｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＧＡ）、ＩｌｌｕｍｉｎａのＨｉＳｅｑ ２５００、ＨｉＳｅｑ ３０００、ＨｉＳｅｑ ４０００、及びＮｏｖａＳｅｑ ６０００配列決定システム、Ｌｉｆｅ／ＡＰＧのＳｕｐｐｏｒｔ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｌｉｇａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ（ＳＯＬｉＤ）システム、ＰｏｌｏｎａｔｏｒのＧ．００７システム、Ｈｅｌｉｃｏｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ Ｇｅｎｅ配列決定システム、又はＰａｃｉｆｉｃ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ ＲＳシステムが含まれる。デバイス３００及び４０６は、例えば、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、仮想プライベートネットワーク（ＶＰＮ）、又はインターネットなどのネットワーク４０４を介して、好適な通信インターフェースを使用して通信することができる。一部の実施形態では、ネットワーク４０４は、例えば、インターネット、イントラネット、仮想プライベートネットワーク、クラウドネットワーク、有線ネットワーク、又は無線ネットワークであり得る。デバイス３００及び４０６は、イーサネット、ＩＥＥＥ８０２．１１ｂワイヤレスなどのワイヤレス又は有線通信を介して、部分的又は全体的に通信することができる。更に、デバイス３００及び４０６は、例えば、好適な通信インターフェースを使用して、モバイル／セルラーネットワークなどの第２のネットワークを介して通信することができる。デバイス３００と４０６との間の通信は、メールサーバ、モバイルサーバ、メディアサーバ、電話サーバなどの様々なサーバを更に含むか、それらと通信することができる。一部の実施形態では、デバイス３００及び４０６は、（ネットワーク４０４を介した通信の代わりに、又はそれに加えて）、例えば、イーサネット、ＩＥＥＥ８０２．１１ｂ無線などの無線又は有線通信を介して、直接通信することができる。

【0103】

デバイス３００及び４０６の１つ又は全ては、一般に、本明細書に記載の様々な実施例に従って、ネットワーク４０４を介して情報を提供及び／又は受信するために、ロジック（例えば、ｈｔｔｐウェブサーバロジック）を含むか、あるいはローカル若しくはリモートデータベース又はデータ及びコンテンツの他のソースからアクセスされるデータをフォーマットするようにプログラムされる。

【0104】

ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）及びヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）
本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、遺伝子は、主要組織適合性（ＭＨＣ）クラスＩ分子をコードするヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子である。一部の実施形態では、方法は、調整されたアレル頻度を決定した後、調整されたアレル頻度に少なくとも部分的に基づいて、遺伝子がヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けたと判断することを更に含む。他の実施形態では、遺伝子は、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である。

【0105】

更に一部の他の態様では、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、ｃ）目的関数を適用して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子は、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である。一部の実施形態では、複数の配列リードは、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた。一部の実施形態では、試料は、非腫瘍細胞を更に含む。一部の実施形態では、方法は、目的の多型遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するためのものである。一部の実施形態では、方法は、ａ）目的の遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、ｂ）アレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、アレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のアレルの一部をコードする核酸の存在下、アレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、ｃ）目的関数を適用して、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、アレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）アレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む。一部の実施形態では、多型遺伝子は、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である。

【0106】

更に一部の他の態様では、本開示の方法のいずれかは、例えば、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む本開示の試料におけるＴＭＢを測定することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、例えば、本開示の試料における、ＬＯＨを決定することと、ＴＭＢを評価することと、を含む。本明細書で実証されるように、ＨＬＡ ＬＯＨ及び高ＴＭＢ（及び、任意選択的に、インタクトのＨＬＡ遺伝子）は、例えば、高ＴＭＢを有しないＨＬＡ ＬＯＨと比較した場合、全生存期間の増加、より高い生存確率の増加、及び／又はＩＣＩ療法に対して応答する可能性の増加を予測することができる。一部の実施形態では、高ＴＭＢは、１０変異／Ｍｂ以上又は１３変異／Ｍｂ以上のＴＭＢを指す。一部の実施形態では、ＴＭＢは、複数の配列リード、例えば、ゲノムの少なくとも一部（例えば、濃縮試料又は非濃縮試料由来）の核酸を配列決定することによって得られる複数の配列リードから得られる。一部の実施形態では、ＴＭＢは、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される。

【0107】

一部の実施形態では、本開示の方法のいずれかは、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの知識を獲得することと（例えば、個体から得られた試料において）、ＴＭＢの知識を獲得することと（例えば、個体から得られた試料において）、を含む。一部の実施形態では、本開示の方法のいずれかは、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと（例えば、個体から得られた試料において）、ＴＭＢの知識を獲得することと（例えば、個体から得られた試料において）、を含む。一部の実施形態では、本開示の方法のいずれかは、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの知識を獲得することと（例えば、個体から得られた試料において）、ＴＭＢを検出又は決定することと（例えば、個体から得られた試料において）、を含む。一部の実施形態では、本開示の方法のいずれかは、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと（例えば、個体から得られた試料において）、ＴＭＢを検出又は決定することと（例えば、個体から得られた試料において）、を含む。一部の実施形態では、ＬＯＨ及びＴＭＢを検出／決定するために使用される試料は同じである。一部の実施形態では、ＬＯＨ及びＴＭＢを検出／決定するために使用される試料は異なる。

【0108】

治療及び療法
更に一部の他の態様では、がんを有する個体を同定する方法が本明細書に提供され、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）は、特定の種類の疾患を有する個体が特定の治療に応答する傾向を示す。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如を検出することは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。

【0109】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための療法を選択する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如を検出することは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。

【0110】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための１つ以上の治療選択肢を特定する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む。一部の実施形態では、試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、１つ以上の治療選択肢は、ＩＣＩを含む治療を含まない。一部の実施形態では、方法は、（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む。一部の実施形態では、試料中のＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如は、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す。一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び低ＴＭＢ、又は高ＴＭＢを伴わないＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料における高ＴＭＢの知識を獲得することを更に含み、１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含む。

【0111】

更に一部の他の態様では、がんを有する個体のための治療を選択する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受けない候補として分類され、（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高くないと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を受ける候補として分類される。一部の実施形態では、方法は、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定される。一部の実施形態では、方法は、個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のＬＯＨの知識を獲得することと、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含む。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、かつ／又は（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定される。

【0112】

更に一部の他の態様では、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さないＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより短い生存期間を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さないＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより長い生存期間を有すると予測される。一部の実施形態では、方法は、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することと、個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、本明細書に記載の実施形態のいずれかによる方法に従って検出される。一部の実施形態では、当該知識の獲得に応答して、がんが高ＴＭＢを伴わずにＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを有する、ＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより長い生存期間を有すると予測される。

【0113】

本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得することと、ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、ｃ）ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定する目的関数を決定することと、ｄ）目的関数を最小化するように構成された最適化モデルを決定することと、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって決定される。

【0114】

更に一部の他の態様では、がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法が本明細書に提供される。一部の実施形態では、方法は、（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得すること、ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得すること、ｃ）目的関数を適用して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化すること、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びにｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと、（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することと、を含む。一部の実施形態では、方法は、（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如は、ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、取得すること、ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向が、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得すること、ｃ）取得目的関数を適用して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化すること、ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに（ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断すること、によって検出される、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを検出することと、（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如の検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することと、を含む。

【0115】

本開示の特定の態様は、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）に関する。当該技術分野で既知のように、チェックポイント阻害剤は、少なくとも１つの免疫チェックポイントタンパク質を標的として、免疫応答の調節を変化させる。免疫チェックポイントタンパク質には、例えば、ＣＴＬＡ４、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ２、ＶＩＳＴＡ、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、２Ｂ４、ＩＣＯＳ、ＨＶＥＭ、ＣＥＡＣＡＭ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ２７６、ＶＴＣＮ１、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬＳ、アデノシン、ＴＧＦＲ、ＣＳＦ１Ｒ、ＭＩＣＡ／Ｂ、アルギナーゼ、ＣＤ１６０、ｇｐ４９Ｂ、ＰＩＲ－Ｂ、ＫＩＲファミリー受容体、ＴＩＭ－１、ＴＩＭ－３、ＴＩＭ－４、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＳＩＲＰα（ＣＤ４７）、ＣＤ４８、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、Ｂ７．１、Ｂ７．２、ＩＬＴ－２、ＩＬＴ－４、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＧ－３、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＯＸ４０、及びＡ２ａＲが含まれる。一部の実施形態では、免疫チェックポイントの調節に関与する分子には、以下が含まれるが、これらに限定されない：ＰＤ－１（ＣＤ２７９）、ＰＤ－Ｌ１（Ｂ７－Ｈ１、ＣＤ２７４）、ＰＤ－Ｌ２（Ｂ７－ＣＤ、ＣＤ２７３）、ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２）、ＨＶＥＭ、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）、キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、ＬＡＧ－３（ＣＤ２２３）、ＴＩＭ－３（ＨＡＶＣＲ２）、ＣＥＡＣＡＭ、ＣＥＡＣＡＭ－１、ＣＥＡＣＡＭ－３、ＣＥＡＣＡＭ－５、ＧＡＬ９、ＶＩＳＴＡ（ＰＤ－１Ｈ）、ＴＩＧＩＴ、ＬＡＩＲ１、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＴＧＦＲβ、Ａ２ＡＲ、ＧＩＴＲ（ＣＤ３５７）、ＣＤ８０（Ｂ７－１）、ＣＤ８６（Ｂ７－２）、ＣＤ２７６（Ｂ７－Ｈ３）、ＶＴＣＮＩ（Ｂ７－Ｈ４）、ＭＨＣクラスＩ、ＭＨＣクラスＩＩ、ＧＡＬＳ、アデノシン、ＴＧＦＲ、Ｂ７－Ｈ１、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＣＤ９４（ＫＬＲＤ１）、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１３７Ｌ（４－１ＢＢＬ）、ＣＤ４０、ＩＤＯ、ＣＳＦ１Ｒ、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ４７、ＣＤ７０（ＣＤ２７Ｌ）、ＣＤ２２６、ＨＨＬＡ２、ＩＣＯＳ（ＣＤ２７８）、ＩＣＯＳＬ（ＣＤ２７５）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４、ＣＤ２５８）、ＮＫＧ２ａ、ＮＫＧ２ｄ、ＯＸ４０Ｌ（ＣＤ１３４Ｌ）、ＰＶＲ（ＮＥＣＬ５、ＣＤ１５５）、ＳＩＲＰａ、ＭＩＣＡ／Ｂ、及び／又はアルギナーゼ。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤（すなわち、チェックポイント阻害剤）は、例えば、Ｔ細胞活性化及び／又は抗がん免疫応答を増強するために、免疫細胞機能を負に調節するチェックポイントタンパク質の活性を減少させる。他の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、例えば、Ｔ細胞活性化及び／又は抗がん免疫応答を増強するために、免疫細胞機能を正に調節するチェックポイントタンパク質の活性を増加させる。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗体である。チェックポイント阻害剤の例としては、限定されないが、ＰＤ－１軸結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、抗ＰＤ－Ｌ１抗体、例えば、アテゾリズマブ（ＭＰＤＬ３２８０Ａ））、共抑制分子に対するアンタゴニスト（例えば、ＣＴＬＡ４アンタゴニスト（例えば、抗ＣＴＬＡ４抗体）、ＴＩＭ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＴＩＭ－３抗体）、若しくはＬＡＧ－３アンタゴニスト（例えば、抗ＬＡＧ－３抗体））、又はそれらの任意の組み合わせが挙げられる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、小分子、組換え形態のリガンド若しくは受容体、又は抗体（例えば、ヒト抗体）などの薬物を含む（例えば、国際特許公開第２０１５／０１６７１８号、Ｐａｒｄｏｌｌ，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｃａｎｃｅｒ，１２（４）：２５２－６４，２０１２を参照；両方とも参照により本明細書に援用される）。一部の実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質又はその類似体の既知の阻害剤を使用することができ、特に、キメラ化、ヒト化、又はヒト形態の抗体を使用することができる。

【0116】

本明細書に記載の実施形態のいずれかによる一部の実施形態では、ＩＣＩは、ＰＤ－１アンタゴニスト／阻害剤又はＰＤ－Ｌ１アンタゴニスト／阻害剤を含む。

【0117】

一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニスト（例えば、ＰＤ－１結合アンタゴニスト、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト、又はＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニスト）である。ＰＤ－１（プログラム死１）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１」、「ＰＤＣＤ１」、「ＣＤ２７９」、及び「ＳＬＥＢ２」とも称される。例示的なヒトＰＤ－１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６に示されている。ＰＤ－Ｌ１（プログラム死リガンド１）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１リガンド１」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ１」、「ＣＤ２７４」、「Ｂ７－Ｈ」、及び「ＰＤＬ１」とも称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ１は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されている。ＰＤ－Ｌ２（プログラム死リガンド２）は、当該技術分野では「プログラム細胞死１リガンド２」、「ＰＤＣＤ１ＬＧ２」、「ＣＤ２７３」、「Ｂ７－ＤＣ」、「Ｂｔｄｃ」、及び「ＰＤＬ２」とも称される。例示的なヒトＰＤ－Ｌ２は、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＢＱ５１に示されている。場合によっては、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２は、ヒトのＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、及びＰＤ－Ｌ２である。

【0118】

場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニスト／阻害剤は、ＰＤ－１のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－１リガンド結合パートナーは、ＰＤ－Ｌ１及び／又はＰＤ－Ｌ２である。別の例では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニスト／阻害剤は、ＰＤ－Ｌ１のその結合リガンドへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合パートナーは、ＰＤ－１及び／又はＢ７－１である。別の例では、ＰＤ－Ｌ２結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ２のそのリガンド結合パートナーへの結合を阻害する分子である。特定の実施形態では、ＰＤ－Ｌ２結合リガンドパートナーは、ＰＤ－１である。アンタゴニストは、抗体、その抗原結合断片、イムノアドヘシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドであり得る。一部の実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。

【0119】

場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、例えば、下記の抗ＰＤ－１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。場合によっては、抗ＰＤ－１抗体は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＭＧＡ－０１２、ＪＮＪ－６３７２３２８３、ＢＩ７５４０９１、又はＢＧＢ－１０８である。他の実施例では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、イムノアドヘシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）に融合されたＰＤ－Ｌ１又はＰＤ－Ｌ２の細胞外又はＰＤ－１結合部分を含むイムノアドヘシンである）。場合によっては、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、ＡＭＰ－２２４である。抗ＰＤ－１抗体の他の例としては、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４；ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ＰＤＲ００１（ＣＡＳ登録番号１８５９０７２－５３－９；Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＲＥＧＮ２８１０（ＬＩＢＴＡＹＯ（登録商標）又はセミプリマブ－ｒｗｌｃ；Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ）、ＢＧＢ－１０８（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＢＧＢ－Ａ３１７（ＢｅｉＧｅｎｅ）、ＢＩ７５４０９１、ＪＳ－００１（Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｕｎｓｈｉ）、ＳＴＩ－Ａ１１１０（Ｓｏｒｒｅｎｔｏ）、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０（Ｉｎｃｙｔｅ）、ＰＦ－０６８０１５９１（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＴＳＲ－０４２（ＡＮＢ０１１としても知られている；Ｔｅｓａｒｏ／ＡｎａｐｔｙｓＢｉｏ）、ＡＭ０００１（ＡＲＭＯ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＥＮＵＭ２４４Ｃ８（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）、又はＥＮＵＭ３８８Ｄ４（Ｅｎｕｍｅｒａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｈｏｌｄｉｎｇｓ）が挙げられる。一部の実施形態では、ＰＤ－１軸結合アンタゴニストは、チスレリズマブ（ＢＧＢ－Ａ３１７）、ＢＧＢ－１０８、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＡＭ０００１、ＢＩ７５４０９１、シンチリマブ（ＩＢＩ３０８）、セトレリマブ（ＪＮＪ－６３７２３２８３）、トリパリマブ（ＪＳ－００１）を、カムレリズマブ（ＳＨＲ－１２１０、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０、ＨＲ－３０１２１０）、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＭＧＡ－０１２（ＩＮＣＭＧＡ００１２）、ニボルマブ（ＢＭＳ－９３６５５８、ＭＤＸ１１０６、ＯＮＯ－４５３８）、スパルタリズマブ（ＰＤＲ００ｌ）、ペムブロリズマブ（ＭＫ－３４７５、ＳＣＨ９００４７５、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＰＦ－０６８０１５９１、セミプリマブ（ＲＥＧＮ－２８１０、ＲＥＧＥＮ２８１０）、ドスタルリマブ（ＴＳＲ－０４２、ＡＮＢ０１１）、ＦＩＴＣ－ＹＴ－１６（ＰＤ－１結合ペプチド）、ＡＰＬ－５０１若しくはＣＢＴ－５０１若しくはゲノリムズマブ（ＧＢ－２２６）、ＡＢ－１２２、ＡＫ１０５、ＡＭＧ４０４、ＢＣＤ－１００、Ｆ５２０、ＨＬＸ１０、ＨＸ００８、ＪＴＸ－４０１４、ＬＺＭ００９、Ｓｙｍ０２１、ＰＳＢ２０５、ＡＭＰ－２２４（ＰＤ－１を標的とする融合タンパク質）、ＣＸ－１８８（ＰＤ－１プロボディ）、ＡＧＥＮ－２０３４、ＧＬＳ－０１０、ブジガリマブ（ＡＢＢＶ－１８１）、ＡＫ－１０３、ＢＡＴ－１３０６、ＣＳ－１００３、ＡＭ－０００１、ＴＩＬＴ－１２３、ＢＨ－２９２２、ＢＨ－２９４１、ＢＨ－２９５０、ＥＮＵＭ－２４４Ｃ８、ＥＮＵＭ－３８８Ｄ４、ＨＡＢ－２１、Ｈ ＥＩＳＣＯＩ１１－００３、ＩＫＴ－２０２、ＭＣＬＡ－１３４、ＭＴ－１７０００、ＰＥＧＭＰ－７、ＰＲＳ－３３２、ＲＸＩ－７６２、ＳＴＩ－１１１０、ＶＸＭ－１０、ＸｍＡｂ－２３１０４、ＡＫ－１１２、ＨＬＸ－２０、ＳＳＩ－３６１、ＡＴ－１６２０１、ＳＮＡ－０１、ＡＢ１２２、ＰＤ１－ＰＩＫ、ＰＦ－０６９３６３０８、ＲＧ－７７６９、ＣＡＢＰＤ－１Ａｂｓ、ＡＫ－１２３、ＭＥＤＩ－３３８７、ＭＥＤＩ－５７７１、４Ｈ１１２８Ｚ－Ｅ２７、ＲＥＭＤ－２８８、ＳＧ－００１、ＢＹ－２４．３、ＣＢ－２０１、ＩＢＩ－３１９、ＯＮＣＲ－１７７、Ｍａｘ－１、ＣＳ－４１００、ＪＢＩ－４２６、ＣＣＣ－０７０１、若しくはＣＣＸ－４５０３、又はそれらの誘導体を含む。

【0120】

一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－１を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＰＤ－Ｌ１及びＶＩＳＴＡ又はＰＤ－Ｌ１及びＴＩＭ３を阻害する小分子である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、ＣＡ－１７０（ＡＵＰＭ－１７０としても知られている）である。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒトＰＤ－Ｌ１（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ受託番号Ｑ９ＮＺＱ７．１に示されるヒトＰＤ－Ｌ１）又はそのバリアントに結合することができる。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。

【0121】

場合によっては、ＰＤ－Ｌ１結合アンタゴニストは、例えば、下記の抗ＰＤ－Ｌ１抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＰＤ－Ｌ１とＰＤ－１との間の結合、及び／又はＰＤ－Ｌ１とＢ７－１との間の結合を阻害することができる。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、モノクローナル抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’－ＳＨ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、又は（Ｆａｂ’）２断片から選択される抗体断片である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト化抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ヒト抗体である。場合によっては、抗ＰＤ－Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、又はＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）から選択される。一部の実施形態では、ＰＤ－Ｌ１軸結合アンタゴニストは、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ（イミフィンジ）、ＢＧＢ－Ａ３３３、ＳＨＲ－１３１６（ＨＴＩ－１０８８）、ＣＫ－３０１、ＢＭＳ－９３６５５９、エンバフォリマブ（ＫＮ０３５、ＡＳＣ２２）、ＣＳ１００１、ＭＤＸ－１１０５（ＢＭＳ－９３６５５９）、ＬＹ３３０００５４、ＳＴＩ－Ａ１０１４、ＦＡＺ０５３、ＣＸ－０７２、ＩＮＣＢ０８６５５０、ＧＮＳ－１４８０、ＣＡ－１７０、ＣＫ－３０１、Ｍ－７８２４、ＨＴＩ－１０８８（ＨＴＩ－１３１、ＳＨＲ－１３１６）、ＭＳＢ－２３１１、ＡＫ－１０６、ＡＶＡ－００４、ＢＢＩ－８０１、ＣＡ－３２７、ＣＢＡ－０７１０、ＣＢＴ－５０２、ＦＰＴ－１５５、ＩＫＴ－２０１、ＩＫＴ－７０３、１０－１０３、ＪＳ－００３、ＫＤ－０３３、ＫＹ－１００３、ＭＣＬＡ－１４５、ＭＴ－５０５０、ＳＮＡ－０２、ＢＣＤ－１３５、ＡＰＬ－５０２（ＣＢＴ－４０２又はＴＱＢ２４５０）、ＩＭＣ－００１、ＫＤ－０４５、ＩＮＢＲＸ－１０５、ＫＮ－０４６、ＩＭＣ－２１０２、ＩＭＣ－２１０１、ＫＤ－００５、ＩＭＭ－２５０２、８９Ｚｒ－ＣＸ－０７２、８９Ｚｒ－ＤＦＯ－６Ｅ１１、ＫＹ－１０５５、ＭＥＤＩ－１１０９、ＭＴ－５５９４、ＳＬ－２７９２５２、ＤＳＰ－１０６、Ｇｅｎｓｃｉ－０４７、ＲＥＭＤ－２９０、Ｎ－８０９、ＰＲＳ－３４４、ＦＳ－２２２、ＧＥＮ－１０４６、ＢＨ－２９ｘｘ、若しくはＦＳ－１１８、又はその誘導体を含む。

【0122】

一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ４のアンタゴニスト／阻害剤である。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ４の小分子アンタゴニストである。一部の実施形態では、チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ４抗体である。ＣＴＬＡ４は、免疫チェックポイント分子のＣＤ２８－Ｂ７免疫グロブリンスーパーファミリーの一部であり、Ｔ細胞の活性化（特に、ＣＤ２８依存性Ｔ細胞応答）を負に調節するように作用する。ＣＴＬＡ４は、ＣＤ８０（Ｂ７－１）及びＣＤ８６（Ｂ７－２）などのＣＤ２８と共通のリガンドへの結合に対して競合し、ＣＤ２８よりも高い親和性でこれらのリガンドに結合する。ＣＴＬＡ４活性の遮断は（例えば、抗ＣＴＬＡ４抗体を使用して）、ＣＤ２８媒介性共刺激（Ｔ細胞の活性化／プライミングの増加につながる）を増強し、Ｔ細胞の発生に影響し、かつ／又はＴｒｅｇ（例えば、腫瘍内Ｔｒｅｇ）を枯渇させると考えられている。一部の実施形態では、ＣＴＬＡ４アンタゴニストは、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素である。一部の実施形態では、ＣＴＬＡ－４阻害剤は、イピリムマブ（ＩＢＩ３１０、ＢＭＳ－７３４０１６、ＭＤＸ０１０、ＭＤＸ－ＣＴＬＡ４、ＭＥＤＩ４７３６）、トレメリムマブ（ＣＰ－６７５、ＣＰ－６７５、２０６）、ＡＰＬ－５０９、ＡＧＥＮ１８８４、ＣＳ１００２、ＡＧＥＮ１１８１、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ、ＢＭＳ－１８８６６７、ＲＧ２０７７）、ＢＣＤ－１４５、ＯＮＣ－３９２、ＡＤＵ－１６０４、ＲＥＧＮ４６５９、ＡＤＧ１１６、ＫＮ０４４、ＫＮ０４６、又はその誘導体を含む。

【0123】

一部の実施形態では、抗ＰＤ－１抗体又は抗体断片は、ＭＤＸ－１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ－３４７５（ペムブロリズマブ、Ｋｅｙｔｒｕｄａ（登録商標））、ＭＥＤＩ－０６８０（ＡＭＰ－５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＭＧＡ－０１２、ＪＮＪ－６３７２３２８３、ＢＩ７５４０９１、ＢＧＢ－１０８、ＢＧＢ－Ａ３１７、ＪＳ－００１、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＩＮＣＳＨＲ－１２１０、ＰＦ－０６８０１５９１、ＴＳＲ－０４２、ＡＭ０００１、ＥＮＵＭ２４４Ｃ８、又はＥＮＵＭ３８８Ｄ４である。一部の実施形態では、ＰＤ－１結合アンタゴニストは、抗ＰＤ－１イムノアドヘシンである。一部の実施形態では、抗ＰＤ－１イムノアドヘシンは、ＡＭＰ－２２４である。一部の実施形態では、抗ＰＤ－Ｌ１抗体又は抗体断片は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（アテゾリズマブ）、ＭＤＸ－１１０５、ＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ（アベルマブ）、ＬＹ３３０００５４、ＳＴＩ－Ａ１０１４、ＫＮ０３５、ＦＡＺ０５３、又はＣＸ－０７２である。

【0124】

一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＬＡＧ－３阻害剤（例えば、抗体、抗体コンジュゲート、又はその抗原結合断片）を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、小分子、核酸、ポリペプチド（例えば、抗体）、炭水化物、脂質、金属、又は毒素を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、小分子を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、ＬＡＧ－３結合剤を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、抗体、抗体コンジュゲート、又はその抗原結合断片を含む。一部の実施形態では、ＬＡＧ－３阻害剤は、エフチラギモドα（ＩＭＰ３２１、ＩＭＰ－３２１、ＥＤＤＰ－２０２、ＥＯＣ－２０２）、レラトリマブ（ＢＭＳ－９８６０１６）、ＧＳＫ２８３１７８１（ＩＭＰ－７３１）、ＬＡＧ５２５（ＩＭＰ７０１）、ＴＳＲ－０３３、ＥＶＩＰ３２１（可溶性ＬＡＧ－３タンパク質）、ＢＩ７５４１１１、ＩＭＰ７６１、ＲＥＧＮ３７６７、ＭＫ－４２８０、ＭＧＤ－０１３、ＸｍＡｂ２２８４１、ＩＮＣＡＧＮ－２３８５、ＥＮＵＭ－００６、ＡＶＡ－０１７、ＡＭ－０００３、ｉＯｎｃｔｕｒａ抗ＬＡＧ－３抗体、Ａｒｃｕｓ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ ＬＡＧ－３抗体、Ｓｙｍ０２２、その誘導体、又は前述のいずれかと競合する抗体を含む。

【0125】

一部の実施形態では、抗がん療法は、免疫調節分子又はサイトカインを含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、免疫調節分子又はサイトカインを個体に投与することを含む。免疫調節プロファイルは、効率的な免疫応答を誘発し、対象の免疫のバランスをとるために必要である。好適な免疫調節サイトカインの例としては、インターフェロン（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、及びＩＦＮγ）、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、及びＩＬ－２０）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦα及びＴＮＦβ）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＦＬＴ－３リガンド、ｇＩｐ１０、ＴＣＡ－３、ＭＣＰ－１、ＭＩＦ、ＭＩＰ－１α、ＭＩＰ－１β、ＲＡＮＴＥＳ、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ－ＣＳＦ）、顆粒球コロニー刺激因子（Ｇ－ＣＳＦ）、又は顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ－ＣＳＦ）、並びにそれらの機能的断片が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ケモカイン受容体（すなわち、ＣＸＣ、ＣＣ、Ｃ、又はＣＸ３Ｃケモカイン受容体）に結合する任意の免疫調節性ケモカインを、本開示との関連で使用することができる。ケモカインの例としては、ＭＩＰ－３α（Ｌａｘ）、ＭＩＰ－３β、Ｈｃｃ－１、ＭＰＩＦ－１、ＭＰＩＦ－２、ＭＣＰ－２、ＭＣＰ－３、ＭＣＰ－４、ＭＣＰ－５、エオタキシン、Ｔａｒｃ、Ｅｌｃ、Ｉ３０９、ＩＬ－８、ＧＣＰ－２ Ｇｒｏα、Ｇｒｏ－β、Ｎａｐ－２、Ｅｎａ－７８、Ｉｐ－１０、ＭＩＧ、Ｉ－Ｔａｃ、ＳＤＦ－１、又はＢＣＡ－１（Ｂｌｃ）、並びにそれらの機能的断片が挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、免疫調節分子は、本明細書に提供される治療のいずれかに含まれる。

【0126】

一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、一価及び／又は単一特異性である。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、多価及び／又は多特異性である。

【0127】

一部の実施形態では、方法は、第２の治療剤を投与することを含む。一部の実施形態では、第２の薬剤は、ＩＣＩ以外の薬剤（例えば、下記のとおり）又は第２のＩＣＩ（例えば、上記のとおり）である。

【0128】

一部の実施形態では、方法は、ＩＣＩ以外の薬剤を投与することを含む。一部の実施形態では、薬剤は、化学療法剤、抗ホルモン剤、代謝拮抗化学療法剤、キナーゼ阻害剤、ペプチド、遺伝子療法、ワクチン、白金ベースの化学療法剤、免疫療法、又は抗体を含む。

【0129】

一部の実施形態では、抗がん療法は、化学療法を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、化学療法を個体に施すことを含む。化学療法剤の例としては、アルキル化剤（例えば、チオテパ及びシクロホスファミド）、アルキルスルホネート（例えば、ブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファン）、アジリジン（例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ）、エチレンイミン及びメチルアメラミン（アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミンを含む）、アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）、カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）、ブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ－１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）、クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）、ドラスタチン、デュオカルマイシン（合成類似体ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコディクチン、スポンジスタチン、ナイトロジェンマスタード（例えば、クロラムブシル、クロマファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベンビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、及びウラシルマスタード）、ニトロソウレア（カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン）、抗生物質（例えば、エンジイン抗生物質（カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマｌｌ及びカリケアマイシンオメガｌｌなど）、ダイネミシン（例えば、ダイネミシンＡを含む）、ビスフォスフォネート（例えば、クロドロネート）、エスペラミシン、並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノドキソルビシン、シアノモルホリノドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン（例えば、マイトマイシンＣ）、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、及びゾルビシン））、代謝拮抗剤（例えば、メトトレキサート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ））、葉酸類似体（例えば、デノプテリン、プテロプテリン、トリメトレキサート）、プリン類似体（例えば、フルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン）、ピリミジン類似体（例えば、アンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、及びフロクスウリジン）、アンドロゲン（例えば、カルステロン、ドロモスタノロンプロピオン酸塩、エピチオスタノール、メピチオスタン、及びテストラクトン）、抗副腎剤（例えば、ミトタン及びトリロスタン）、葉酸補充剤（例えば、葉酸）、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキサート、デフォアミン、デメコルシン、ジアジコン、エルホルミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、マイタンシノイド（例えば、マイタンシン及びアンサマイトシン）、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダンモール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２－エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ多糖複合体、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフィラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジコン、２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン（特に、Ｔ－２トキシン、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアンギジン）、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）、シクロホスファミド、タキソイド（例えば、パクリタキセル及びドセタキセルゲムシタビン）、６－チオグアニン、メルカプトプリン、白金配位錯体（例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン）、ビンブラスチン、白金、エトポシド（ＶＰ－１６）、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン（例えば、ＣＰＴ－ｌ ｌ）、トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００、ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）、レチノイド（例えば、レチノイン酸）、カペシタビン、カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビン、ナベルビン、ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランスプラチナム、並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が挙げられる。

【0130】

本開示の抗がん療法と組み合わせることができる化学療法薬のいくつかの非限定的な例は、カルボプラチン（Ｐａｒａｐｌａｔｉｎ）、シスプラチン（Ｐｌａｔｉｎｏｌ、Ｐｌａｔｉｎｏｌ－ＡＱ）、シクロホスファミド（Ｃｙｔｏｘａｎ、Ｎｅｏｓａｒ）、ドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ）、ドキソルビシン（Ａｄｒｉａｍｙｃｉｎ）、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ）、エトポシド（ＶｅＰｅｓｉｄ）、フルオロウラシル（５－ＦＵ）、ゲムシタビン（Ｇｅｍｚａｒ）、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ）、イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ）、メトトレキサート（Ｆｏｌｅｘ、Ｍｅｘａｔｅ、Ａｍｅｔｈｏｐｔｅｒｉｎ）、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ、Ａｂｒａｘａｎｅ）、ソラフィニブ（Ｎｅｘａｖａｒ）、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ）、トポテカン（Ｈｙｃａｍｔｉｎ）、ビンクリスチン（Ｏｎｃｏｖｉｎ、Ｖｉｎｃａｓａｒ ＰＦＳ）、及びビンブラスチン（Ｖｅｌｂａｎ）である。

【0131】

一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、キナーゼ阻害剤を個体に投与することを含む。キナーゼ阻害剤の例としては、１つ以上の受容体チロシンキナーゼ（例えば、ＢＣＲ－ＡＢＬ、Ｂ－Ｒａｆ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ－２／ＥｒｂＢ２、ＩＧＦ－ＩＲ、ＰＤＧＦＲ－ａ、ＰＤＧＦＲ－β、ｃＫｉｔ、Ｆｌｔ－４、Ｆｌｔ３、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＣＳＦ１Ｒ、ｃ－Ｍｅｔ、ＲＯＮ、ｃ－Ｒｅｔ、若しくはＡＬＫ）を標的とするもの、１つ以上の細胞質チロシンキナーゼ（例えば、ｃ－ＳＲＣ、ｃ－ＹＥＳ、Ａｂｌ、若しくはＪＡＫ－２）を標的とするもの、１つ以上のセリン／スレオニンキナーゼ（例えば、ＡＴＭ、Ａｕｒｏｒａ Ａ及びＢ、ＣＤＫ、ｍＴＯＲ、ＰＫＣｉ、ＰＬＫ、ｂ－Ｒａｆ、Ｓ６Ｋ、若しくはＳＴＫ１１／ＬＫＢ１）を標的とするもの、又は１つ以上の脂質キナーゼ（例えば、ＰＩ３Ｋ若しくはＳＫＩ）を標的とするものが挙げられる。小分子キナーゼ阻害剤には、ＰＨＡ－７３９３５８、ニロチニブ、ダサチニブ、ＰＤ１６６３２６、ＮＳＣ７４３４１１、ラパチニブ（ＧＷ－５７２０１６）、カネルチニブ（ＣＩ－１０３３）、セマキシニブ（ＳＵ５４１６）、バタラニブ（ＰＴＫ７８７／ＺＫ２２２５８４）、スーテント（ＳＵ１１２４８）、ソラフェニブ（ＢＡＹ４３－９００６）、又はレフルノミド（ＳＵ１０１）が含まれる。チロシンキナーゼ阻害剤の追加の非限定的な例としては、イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ／Ｇｌｉｖｅｃ）及びゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ）が挙げられる。

【0132】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗血管新生剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、抗血管新生剤を個体に投与することを含む。血管新生阻害剤は、腫瘍が生存するために必要な血管の広範な増殖（血管新生）を防ぐ。本開示の方法で使用され得る血管新生媒介分子又は血管新生阻害剤の非限定的な例としては、可溶性ＶＥＧＦ（例えば、ＶＥＧＦアイソフォーム（例えば、ＶＥＧＦ１２１及びＶＥＧＦ１６５）、ＶＥＧＦ受容体（例えば、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２）、及び共受容体（例えば、ニューロピリン－１及びニューロピリン－２））、ＮＲＰ－１、アンジオポエチン２、ＴＳＰ－１及びＴＳＰ－２、アンジオスタチン及び関連分子、エンドスタチン、バソスタチン、カルレティキュリン、血小板因子－４、ＴＩＭＰ及びＣＤＡＩ、Ｍｅｔｈ－１及びＭｅｔｈ－２、ＩＦＮα、ＩＦＮ－β及びＩＦＮ－γ、ＣＸＣＬ１０、ＩＬ－４、ＩＬ－１２、及びＩＬ－１８、プロトロンビン（クリングルドメイン－２）、アンチトロンビンＩＩＩ断片、プロラクチン、ＶＥＧＩ、ＳＰＡＲＣ、オステオポンチン、マスピン、カンスタチン、プロリフェリン関連タンパク質、レスチン、及び薬物（例えば、ベバシズマブ、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＴＮＰ－４７０、ＣＭ１０１、ＩＦＮ－ａ、血小板因子－４、スラミン、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、ＶＥＧＦＲアンタゴニスト、血管新生抑制ステロイド、及びヘパリン）、軟骨由来血管新生抑制因子、マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤、２－メトキシエストラジオール、テコガラン、テトラチオモリブデート、サリドマイド、トロンボスポンジン、プロラクチナνβ３阻害剤、リノミド、又はタスキニモドが挙げられる。一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る既知の治療薬候補としては、天然に存在する血管新生阻害剤が挙げられ、アンギオスタチン、エンドスタチン、又は血小板因子－４が含まれるが、これらに限定されない。別の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る治療薬候補には、ＴＮＰ－４７０、サリドマイド、及びインターロイキン－１２などの内皮細胞の増殖の特異的阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。本開示の方法に従って使用され得る更に他の抗血管新生剤としては、血管新生分子を中和するものが挙げられ、線維芽細胞増殖因子に対する抗体、血管内皮増殖因子に対する抗体、血小板由来増殖因子に対する抗体、あるいはＥＧＦ、ＶＥＧＦ、若しくはＰＤＧＦの受容体の抗体又は他のタイプの阻害剤が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生剤には、スラミン及びその類似体、並びにテコガランが含まれるが、これらに限定されない。他の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生剤としては、限定されないが、血管新生因子の受容体を中和する薬剤、又は血管基底膜及び細胞外マトリックスを妨害する薬剤が挙げられ、限定されないが、メタロプロテアーゼ阻害剤及び血管新生抑制ステロイドが含まれる。本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生化合物の別の群には、インテグリンαｖβ３に対する抗体などの抗接着分子が含まれるが、これらに限定されない。本開示の方法に従って使用され得る更に他の抗血管新生化合物又は組成物には、キナーゼ阻害剤、サリドマイド、イトラコナゾール、カルボキシアミドトリアゾール、ＣＭ１０１、ＩＦＮ－α、ＩＬ－１２、ＳＵ５４１６、トロンボスポンジン、軟骨由来血管新生抑制因子、２－メトキシエストラジオール、テトラチオモリブデート、トロンボスポンジン、プロラクチン、及びリノミドが含まれる。１つの特定の実施形態では、本開示の方法に従って使用され得る抗血管新生化合物は、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）／ベバシズマブ（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）などのＶＥＧＦに対する抗体である。

【0133】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗ＤＮＡ修復療法を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、抗ＤＮＡ修復療法を個体に施すことを含む。一部の実施形態では、抗ＤＮＡ修復療法は、ＰＡＲＰ阻害剤（例えば、タラゾパリブ、ルカパリブ、オラパリブ）、ＲＡＤ５１阻害剤（例えば、ＲＩ－１）、又はＤＮＡ損傷応答キナーゼの阻害剤（例えば、ＣＨＣＫ１（例えば、ＡＺＤ７７６２）、ＡＴＭ（例えば、ＫＵ－５５９３３、ＫＵ－６００１９、ＮＵ７０２６、若しくはＶＥ－８２１）、及びＡＴＲ（例えば、ＮＵ７０２６））である。

【0134】

一部の実施形態では、抗がん療法は、放射線増感剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、放射線増感剤を方法は、個体に投与することを含む。例示的な放射線増感剤には、低酸素放射線増感剤（例えば、ミソニダゾール、メトロニダゾール）、及び低酸素腫瘍組織への酸素の拡散を増加させるのに役立つ化合物であるトランス－クロセチン酸ナトリウムが含まれる。放射線増感剤はまた、相同組換え（ＨＲ）及び非相同末端結合（ＮＨＥＪ）及び直接修復機構を含む、塩基除去修復（ＢＥＲ）、ヌクレオチド除去修復（ＮＥＲ）、ミスマッチ修復（ＭＭＲ）を妨害するＤＮＡ損傷応答阻害剤であり得る。一本鎖切断（ＳＳＢ）修復メカニズムには、ＢＥＲ、ＮＥＲ、又はＭＭＲ経路が含まれるが、二本鎖切断（ＤＳＢ）修復メカニズムは、ＨＲ及びＮＨＥＪ経路で構成される。放射線は、修復されなければ致命的なＤＮＡ切断を引き起こす。ＳＳＢは、インタクトのＤＮＡ鎖を鋳型として使用して、ＢＥＲ、ＮＥＲ、及びＭＭＲメカニズムの組み合わせを介して修復される。ＳＳＢ修復の主な経路はＢＥＲであり、ポリ（ＡＤＰリボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）と呼ばれる関連酵素のファミリーを利用する。したがって、放射線増感剤は、ＰＡＲＰ阻害剤などのＤＮＡ損傷応答阻害剤を含むことができる。

【0135】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗炎症剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、抗炎症剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、抗炎症剤は、炎症又は炎症性シグナル伝達経路からのシグナル伝達を遮断、阻害、又は低減する薬剤である。一部の実施形態では、抗炎症剤は、以下のいずれかの１つ以上の活性を阻害又は低減する：ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－９、ＩＬ－１０、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８、ＩＬ－２３、インターフェロン（ＩＦＮ）（例えば、ＩＦＮα、ＩＦＮβ、ＩＦＮγ、ＩＦＮ－γ）誘導因子（ＩＧＩＦ）、形質転換増殖因子－β（ＴＧＦ－β）、形質転換増殖因子－α（ＴＧＦ－α）、腫瘍壊死因子（例えば、ＴＮＦ－α、ＴＮＦ－β、ＴＮＦ－ＲＩ、ＴＮＦ－ＲＩＩ）、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ４０Ｌ、ＥＧＦ、Ｇ－ＣＳＦ、ＧＤＮＦ、ＰＤＧＦ－ＢＢ、ＲＡＮＴＥＳ／ＣＣＬ５、ＩＫＫ、ＮＦ－κＢ、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、及び／又はそれらの同族受容体。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＩＬ－１又はＩＬ－１受容体アンタゴニスト、例えば、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リロナセプト、若しくはカナキヌマブである。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＩＬ－６又はＩＬ－６受容体アンタゴニスト、例えば、抗ＩＬ－６抗体又は抗ＩＬ－６受容体抗体（トシリズマブ（ＡＣＴＥＭＲＡ（登録商標））、オロキズマブ、クラザキズマブ、サリルマブ、シルクマブ、シルツキシマブ、又はＡＬＸ－００６１など）である。一部の実施形態では、抗炎症剤は、ＴＮＦ－αアンタゴニスト、例えば、抗ＴＮＦα抗体（インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｎｉ（登録商標））、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標））、又はエタネルセプトなど）である。一部の実施形態では、抗炎症剤は、コルチコステロイドである。コルチコステロイドの例としては、コルチゾン（ヒドロコルチゾン、ヒドロコルチゾンリン酸ナトリウム、ヒドロコルチゾンコハク酸ナトリウム、Ａｌａ－Ｃｏｒｔ（登録商標）、Ｈｙｄｒｏｃｏｒｔ Ａｃｅｔａｔｅ（登録商標）、ヒドロコルトンリン酸塩Ｌａｎａｃｏｒｔ（登録商標）、Ｓｏｌｕ－Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標））、デカドロン（デキサメタゾン、デキサメタゾン酢酸塩、デキサメタゾンリン酸ナトリウム、Ｄｅｘａｓｏｎｅ（登録商標）、Ｄｉｏｄｅｘ（登録商標）、Ｈｅｘａｄｒｏｌ（登録商標）、Ｍａｘｉｄｅｘ（登録商標））、メチルプレドニゾロン（６－メチルプレドニゾロン、メチルプレドニゾロン酢酸塩、メチルプレドニゾロンコハク酸ナトリウム、Ｄｕｒａｌｏｎｅ（登録商標）、Ｍｅｄｒａｌｏｎｅ（登録商標）、Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標）、Ｍ－Ｐｒｅｄｎｉｓｏｌ（登録商標）、Ｓｏｌｕ－Ｍｅｄｒｏｌ（登録商標））、プレドニゾロン（Ｄｅｌｔａ－Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標）、ＯＲＡＰＲＥＤ（登録商標）、Ｐｅｄｉａｐｒｅｄ（登録商標）、Ｐｒｅｚｏｎｅ（登録商標））、及びプレドニゾン（Ｄｅｌｔａｓｏｎｅ（登録商標）、Ｌｉｑｕｉｄ Ｐｒｅｄ（登録商標）、Ｍｅｔｉｃｏｒｔｅｎ（登録商標）、Ｏｒａｓｏｎｅ（登録商標））、及びビスフォスフォネート（例えば、パミドロネート（Ａｒｅｄｉａ（登録商標））、及びゾレドロン酸（Ｚｏｍｅｔａｃ（登録商標）））が挙げられるが、これらに限定されない。

【0136】

一部の実施形態では、抗がん療法は、抗ホルモン剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、抗ホルモン剤を個体に投与することを含む。抗ホルモン剤は、腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害するように作用する薬剤である。抗ホルモン剤の例としては、抗エストロゲン剤及び選択的エストロゲン受容体調節薬（ＳＥＲＭ）が含まれ、例えば、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）タモキシフェンを含む）、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４－ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、及びＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標）、トレミフェン、アロマターゼ阻害剤（副腎におけるエストロゲン産生を調節する酵素アロマターゼを阻害する）（例えば、４（５）－イミダゾール、アミノグルテチミド、ＭＥＧＡＣＥ（登録商標）メゲストロール酢酸塩、ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標）エキセメスタン、ホルメスタン、ファドロゾール、ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標）ボロゾール、ＦＥＭＡＲＡ（登録商標）レトロゾール、及びＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標）（アナストロゾール））、抗アンドロゲン剤（例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、ゴセレリン）、トロキサシタビン（１，３－ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド（特に、異常な細胞増殖に関与するシグナル伝達経路における遺伝子（例えば、ＰＫＣ－α、Ｒａｆ、Ｈ－Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ－Ｒ）など）の発現を阻害するオリゴヌクレオチド）、遺伝子療法ワクチンなどのワクチン（例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン）、ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）ｒＩＬ－２、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標）トポイソメラーゼ１阻害剤、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標）ｒｍＲＨ、並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が挙げられる。

【0137】

一部の実施形態では、抗がん療法は、代謝拮抗化学療法剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、代謝拮抗化学療法剤を個体に投与することを含む。代謝拮抗化学療法剤は、代謝産物に構造的に類似しているが、体内で生産的に使用することができない薬剤である。多くの代謝拮抗化学療法剤は、ＲＮＡ又はＤＮＡの生成を妨げる。代謝拮抗化学療法剤の例としては、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（商標））、６－メルカプトプリン、メトトレキセート、６－チオグアニン、ペメトレキセド、ラルチトレキセド、アラビノシルシトシン、ＡＲＡ－Ｃ、シタラビン（ＣＹＴＯＳＡＲ－Ｕ（登録商標））、ダカルバジン（ＤＴＩＣ－ＤＯＭＥＤ）、アゾシトシン、デオキシシトシン、ピリドミデン、フルダラビン（ＦＬＵＤＡＲＡ（登録商標））、クラドラビン、及び２－デオキシ－Ｄ－グルコースが挙げられる。一部の実施形態では、代謝拮抗化学療法剤は、ゲムシタビンである。ゲムシタビン塩酸塩は、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙから商標ＧＥＭＺＡＲ（登録商標）で販売されている。

【0138】

一部の実施形態では、抗がん療法は、白金ベースの化学療法剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、白金ベースの化学療法剤を個体に投与することを含む。白金ベースの化学療法剤は、分子の不可欠な部分として白金を含む有機化合物を含む化学療法剤である。一部の実施形態では、化学療法剤は、白金剤である。一部のかかる実施形態では、白金剤は、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、ネダプラチン、四硝酸トリプラチン、フェナントリプラチン、ピコプラチン、又はサトラプラチンから選択される。

【0139】

一部の実施形態では、抗がん療法は、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）阻害剤、ＭＹＣ阻害剤、ＨＤＡＣ阻害剤、免疫療法、ネオ抗原、ワクチン、又は細胞療法を含む。一部の実施形態では、抗がん療法は、化学療法薬、ＶＥＧＦ阻害剤、インテグリンβ３阻害剤、スタチン、ＥＧＦＲ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、ＰＩ３Ｋ阻害剤、ＭＡＰＫ阻害剤、又はＣＤＫ４／６阻害剤のうちの１つ以上を含む。

【0140】

一部の実施形態では、抗がん療法は、キナーゼ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、キナーゼ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、キナーゼ阻害剤は、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブ、ロルラチニブ、ブリグチニブ、エンサルチニブ（Ｘ－３９６）、レポトレクチニブ（ＴＰＸ－００５）、エントレクチニブ（ＲＸＤＸ－１０１）、ＡＺＤ３４６３、ＣＥＰ－３７４４０、ベリザチニブ（ＴＳＲ－０１１）、ＡＳＰ３０２６、ＫＲＣＡ－０００８、ＴＱ－Ｂ３１３９、ＴＰＸ－０１３１、又はＴＡＥ６８４（ＮＶＰ－ＴＡＥ６８４）である。本明細書に提供される方法のいずれかに従って使用され得るＡＬＫキナーゼ阻害剤の更なる例は、ＷＯ２００５０１６８９４の実施例３～３９に記載される（参照により本明細書に援用される）。

【0141】

一部の実施形態では、抗がん療法は、熱ショックタンパク質（ＨＳＰ）阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＨＳＰ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ＫＮＫ４２３などの汎ＨＳＰ阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ｃｍＨｓｐ７０．１、ケルセチン、ＶＥＲ１５５００８、又は１７－ＡＡＤなどのＨＳＰ７０阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、ＨＳＰ９０阻害剤である。一部の実施形態では、ＨＳＰ９０阻害剤は、１７－ＡＡＤ、Ｄｅｂｉｏ０９３２、ガネテスピブ（ＳＴＡ－９０９０）、レタスピマイシン塩酸塩（レタスピマイシン、ＩＰＩ－５０４）、ＡＵＹ９２２、アルベスピマイシン（ＫＯＳ－１０２２、１７－ＤＭＡＧ）、タネスピマイシン（ＫＯＳ－９５３、１７－ＡＡＧ）、ＤＳ２２４８、又はＡＴ１３３８７（オナレスピブ）である。一部の実施形態では、ＨＳＰ阻害剤は、アパトルセン（ＯＧＸ－４２７）などのＨＳＰ２７阻害剤である。

【0142】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＭＹＣ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＭＹＣ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＭＹＣ阻害剤は、ＭＹＣｉ３６１（ＮＵＣＣ－０１９６３６１）、ＭＹＣｉ９７５（ＮＵＣＣ－０２００９７５）、Ｏｍｏｍｙｃ（ドミナントネガティブペプチド）、ＺＩＮＣ１６２９３１５３（Ｍｉｎ９）、１００５８－Ｆ４、ＪＫＹ－２－１６９、７５９４－００３５、又はＭＹＣ／ＭＡＸ二量体化及び／若しくはＭＹＣ／ＭＡＸ／ＤＮＡ複合体形成の阻害剤である。

【0143】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＨＤＡＣ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＨＤＡＣ阻害剤は、ベリノスタット（ＰＸＤ１０１、ベレオダック（登録商標））、ＳＡＨＡ（ボリノスタット、スベロイルアニリドヒドロキサミン、Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、パノビノスタット（ＬＢＨ５８９、ＬＡＱ－８２４）、ＡＣＹ１２１５（Ｒｏｃｉｌｉｎｏｓｔａｔ）、キシノスタット（ＪＮＪ－２６４８１５８５）、アベキシノスタット（ＰＣＩ－２４７８１）、プラシノスタット（ＳＢ９３９）、ギビノスタット（ＩＴＦ２３５７）、レスミノスタット（４ＳＣ－２０１）、トリコスタチンＡ（ＴＳＡ）、ＭＳ－２７５（エチノスタット）、ロミデプシン（デプシペプチド、ＦＫ２２８）、ＭＧＣＤ０１０３（モセチノスタット）、ＢＭＬ－２１０、ＣＡＹ１０６０３、バルプロ酸、ＭＣ１５６８、ＣＵＤＣ－９０７、ＣＩ－９９４（タセジナリン）、Ｐｉｖａｎｅｘ（ＡＮ－９）、ＡＲ－４２、チダミド（ＣＳ０５５、ＨＢＩ－８０００）、ＣＵＤＣ－１０１、ＣＨＲ－３９９６、ＭＰＴ０Ｅ０２８、ＢＲＤ８４３０、ＭＲＬＢ－２２３、アピシジン、ＲＧＦＰ９６６、ＢＧ４５、ＰＣＩ－３４０５１、Ｃ１４９（ＮＣＣ１４９）、ＴＭＰ２６９、Ｃｐｄ２、Ｔ２４７、Ｔ３２６、ＬＭＫ２３５、Ｃ１Ａ、ＨＰＯＢ、ネクスツラスタットＡ、Ｂｅｆｅｘａｍａｃ、ＣＢＨＡ、フェニル酪酸、ＭＣ１５６８、ＳＮＤＸ２７５、スクリプタイド、Ｍｅｒｃｋ６０、ＰＸ０８９３４４、ＰＸ１０５６８４、ＰＸ１１７７３５、ＰＸ１１７７９２、ＰＸ１１７２４５、ＰＸ１０５８４４、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ Ｐｅｒｓｐｅｃｔ Ｍｅｄ（２０１６）６（１０）：ａ０２６８３１に記載されている化合物１２、又はＰＸ１１７４４５である。

【0144】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＶＥＧＦ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＶＥＧＦ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＶＥＧＦ阻害剤は、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、ＢＭＳ－６９０５１４、ラムシルマブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、ゴルバチニブ、バンデタニブ、カボザンチニブ、レバンチニブ、アキシチニブ、セジラニブ、チボザニブ、ルシタニブ、セマキサニブ、ニンデンタニブ、レゴラフィニブ、又はアフリベルセプトである。

【0145】

一部の実施形態では、抗がん療法は、インテグリンβ３阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、インテグリンβ３阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、インテグリンβ３阻害剤は、抗ａｖｂ３（クローンＬＭ６０９）、シレンギチド（ＥＭＤ１２１９７４、ＮＳＣ、７０７５４４）、ｓｉＲＮＡ、ＧＬＰＧ０１８７、ＭＫ－０４２９、ＣＮＴＯ９５、ＴＮ－１６１、エタラシズマブ（ＭＥＤＩ－５２２）、インテツムマブ（ＣＮＴＯ９５）（抗αＶサブユニット抗体）、アビツズマブ（ＥＭＤ５２５７９７／ＤＩ１７Ｅ６）（抗αＶサブユニット抗体）、ＪＳＭ６４２７、ＳＪ７４９、ＢＣＨ－１５０４６、ＳＣＨ２２１１５３、又はＳＣ５６６３１である。一部の実施形態では、抗がん療法は、αＩＩｂβ３インテグリン阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、αＩＩｂβ３インテグリン阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、αＩＩｂβ３インテグリン阻害剤は、アブシキシマブ、エプチフィバチド（Ｉｎｔｅｇｒｉｌｉｎ（登録商標））、又はチロフィバン（Ａｇｇｒａｓｔａｔ（登録商標））である。

【0146】

一部の実施形態では、抗がん療法は、スタチン又はスタチンベースの薬剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、スタチン又はスタチンベースの薬剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、スタチン又はスタチンベースの薬剤は、シンバスタチン、アトルバスタチン、フルバスタチン、ピタバスタチン、プラバスタチン、ロスバスタチン、又はセリバスタチンである。

【0147】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ｍＴＯＲ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ｍＴＯＲ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ｍＴＯＲ阻害剤は、テムシロリムス（ＣＣＩ－７７９）、ＫＵ－００６３７９、ＰＰ２４２、トリン１、トリン２、ＩＣＳＮ３２５０、ラパリンク－１、ＣＣ－２２３、シロリムス（ラパマイシン）、エベロリムス（ＲＡＤ００１）、ダクトシリブ（ＮＶＰ－ＢＥＺ２３５）、ＧＳＫ２１２６４５８、ＷＡＹ－００１、ＷＡＹ－６００、ＷＹＥ－６８７、ＷＹＥ－３５４、ＳＦ１１２６、ＸＬ７６５、ＩＮＫ１２８（ＭＬＮ０１２）、ＡＺＤ８０５５、ＯＳＩ０２７、ＡＺＤ２０１４、又はＡＰ－２３５７３である。

【0148】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＰＩ３Ｋ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＰＩ３Ｋ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＰＩ３Ｋ阻害剤は、ＧＳＫ２６３６７７１、ブパルリシブ（ＢＫＭ１２０）、ＡＺＤ８１８６、コパンリシブ（ＢＡＹ８０－６９４６）、ＬＹ２９４００２、ＰＸ－８６６、ＴＧＸ１１５、ＴＧＸ１２６、ＢＥＺ２３５、ＳＦ１１２６、イデラリシブ（ＧＳ－１１０１、ＣＡＬ－１０１）、ピクチリシブ（ＧＤＣ－０９４）、ＧＤＣ００３２、ＩＰＩ１４５、ＩＮＫ１１１７（ＭＬＮ１１１７）、ＳＡＲ２６０３０１、ＫＩＮ－１９３（ＡＺＤ６４８２）、デュベリシブ、ＧＳ－９８２０、ＧＳＫ２６３６７７１、ＧＤＣ－０９８０、ＡＭＧ３１９、パゾバニブ、又はアルペリシブ（ＢＹＬ７１９、Ｐｉｑｒａｙ）である。

【0149】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＭＡＰＫ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＭＡＰＫ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＭＡＰＫ阻害剤は、ＳＢ２０３５８０、ＳＫＦ－８６００２、ＢＩＲＢ－７９６、ＳＣ－４０９、ＲＪＷ－６７６５７、ＢＩＲＢ－７９６、ＶＸ－７４５、ＲＯ３２０１１９５、ＳＢ－２４２２３５、又はＭＷ１８１である。

【0150】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＣＤＫ４／６阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＣＤＫ４／６阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＣＤＫ４／６阻害剤は、リボシクリブ（Ｋｉｓｑａｌｉ（登録商標）、ＬＥＥ０１１）、パルボシクリブ（ＰＤ０３３２９９１、Ｉｂｒａｎｃｅ（登録商標））、又はアベマシクリブ（ＬＹ２８３５２１９）である。

【0151】

一部の実施形態では、抗がん療法は、ＥＧＦＲ阻害剤を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、ＥＧＦＲ阻害剤を個体に投与することを含む。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、セツキシマブ、パニツムマブ、ラパチニブ、ゲフィチニブ、バンデタニブ、ダコミチニブ、イコチニブ、オシメルチニブ（ＡＺＤ９２９１）、アファタニブ、オルムチニブ、ＥＧＦ８１６（ナザルチニブ）、アビチニブ（ＡＣ００１０）、ロシレチニブ（ＣＯ－１６８６）、ＢＭＳ－６９０５１４、ＹＨ５４４８、ＰＦ－０６７４７７７５、ＡＳＰ８２７３、ＰＦ２９９８０４、ＡＰ２６１１３、又はエルロチニブ。一部の実施形態では、ＥＧＦＲ阻害剤は、ゲフィチニブ又はセツキシマブである。

【0152】

一部の実施形態では、抗がん療法は、がんワクチン、細胞ベースの療法、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベースの療法、アジュバント免疫療法、サイトカイン免疫療法、及び腫瘍溶解性ウイルス療法などのがん免疫療法を含む。一部の実施形態では、本明細書に提供される方法は、例えば、別の抗がん療法と組み合わせて、がんワクチン、細胞ベースの療法、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）ベースの療法、アジュバント免疫療法、サイトカイン免疫療法、及び腫瘍溶解性ウイルス療法などのがん免疫療法を個体に施すことを含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、小分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、毒素、細胞ベースの薬剤、又は細胞結合剤を含む。がん免疫療法の例は、本明細書により詳細に記載されているが、限定することを意図するものではない。一部の実施形態では、がん免疫療法は、免疫系の１つ以上の側面を活性化して、ネオ抗原（例えば、本開示のがんによって発現されるネオ抗原）を発現する細胞（例えば、腫瘍細胞）を攻撃する。本開示のがん免疫療法は、医学的判断の対象となる、単剤療法としての使用、又は任意の組み合わせ若しくは数の２つ以上を含む組み合わせアプローチでの使用が企図される。がん免疫療法のいずれも（任意選択的に、単独療法として、又は本明細書に記載の別のがん免疫療法又は他の治療剤と組み合わせて）、本明細書に記載の方法のいずれにも使用することができる。

【0153】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、がんワクチンを含む。がんに対する免疫応答を促進するための異なるアプローチを用いた様々ながんワクチンが試験されている（例えば、Ｅｍｅｎｓ Ｌ Ａ，Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ Ｅｍｅｒｇ Ｄｒｕｇｓ １３（２）：２９５－３０８（２００８）及びＵＳ２０１９／０３６７６１３を参照されたい）。アプローチは、腫瘍に対するＢ細胞、Ｔ細胞、又は専門的な抗原提示細胞の応答を増強するように設計されてきた。がんワクチンの例示的なタイプとしては、ＤＮＡベースのワクチン、ＲＮＡベースのワクチン、ウイルス形質導入ワクチン、ペプチドベースのワクチン、樹状細胞ワクチン、腫瘍溶解性ウイルス、全腫瘍細胞ワクチン、腫瘍抗原ワクチンなどが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、がんワクチンは、予防的又は治療的であり得る。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドベースのワクチン、核酸ベースのワクチン、抗体ベースのワクチン、又は細胞ベースのワクチンとして製剤化される。例えば、ワクチン組成物には、カチオン性脂質製剤中の裸のｃＤＮＡ、リポペプチド（例えば、Ｖｉｔｉｅｌｌｏ，Ａ．ｅｔ ａｈ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．９５：３４１，１９９５）、例えば、ポリ（ＤＬ－ラクチド－コ－グリコリド）（「ＰＬＧ」）マイクロスフェアに封入された裸のｃＤＮＡ若しくはペプチド（例えば、Ｅｌｄｒｉｄｇｅ，ｅｔ ａｈ，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２８：２８７－２９４，１９９１、Ａｌｏｎｓｏ ｅｔ ａｌ，Ｖａｃｃｉｎｅ １２：２９９－ ３０６，１９９４、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ，Ｖａｃｃｉｎｅ １３：６７５－６８１，１９９５を参照）、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭ）中に含まれるペプチド組成物（例えば、Ｔａｋａｈａｓｈｉ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ３４４：８７３－８７５，１９９０、Ｈｕ ｅｔ ａｌ，Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１３：２３５－２４３，１９９８）、又は多重抗原ペプチドシステム（ＭＡＰ）（例えば、Ｔａｍ，Ｊ．Ｐ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：５４０９－５４１３，１９８８、Ｔａｍ，Ｊ．Ｐ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ １９６：１７－３２，１９９６を参照）が含まれ得る。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドベースのワクチン又は核酸ベースのワクチン（核酸がポリペプチドをコードする）として製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、抗体ベースのワクチンとして製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、細胞ベースのワクチンとして製剤化される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ペプチドがんワクチンであり、一部の実施形態では個別化ペプチドワクチンである。一部の実施形態では、がんワクチンは、多価長鎖ペプチド、複数ペプチド、ペプチド混合物、ハイブリッドペプチド、又はペプチドパルス樹状細胞ワクチンである（例えば、Ｙａｍａｄａ ｅｔ ａｌ，Ｃａｎｃｅｒ Ｓｃｉ，１０４：１４－２１），２０１３を参照されたい）。一部の実施形態では、かかるがんワクチンは、抗がん応答を増強する。

【0154】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原（例えば、本開示のがんによって発現されるネオ抗原）をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原をコードするＤＮＡ又はＲＮＡを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、ネオ抗原をコードするポリヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、がんワクチンは、抗原提示及び／又は免疫応答を促進する１つ以上の追加の抗原、ネオ抗原、又は他の配列を更に含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、リポソーム又はリポプレックスなどの１つ以上の追加の薬剤と複合体を形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって取り込まれて翻訳され、次いで、ＡＰＣ細胞表面上のＭＨＣクラスＩを介してネオ抗原を提示する。

【0155】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ｓｉｐｕｌｅｕｃｅｌ－Ｔ（Ｐｒｏｖｅｎｇｅ（登録商標）、Ｄｅｎｄｒｅｏｎ／Ｖａｌｅａｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）（無症候性又は最小限の症候性転移性去勢抵抗性（ホルモン抵抗性）前立腺がんの治療に承認されている）及びｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ（Ｉｍｌｙｇｉｃ（登録商標）、ＢｉｏＶｅｘ／Ａｍｇｅｎ、以前はＴ－ＶＥＣとして知られていた）（黒色腫における切除不能な皮膚、皮下、及びリンパ節病変の治療に承認された遺伝子改変腫瘍溶解性ウイルス療法である）から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ｐｅｘａｓｔｉｍｏｇｅｎｅ ｄｅｖａｃｉｒｅｐｖｅｃ（ＰｅｘａＶｅｃ／ＪＸ－５９４、ＳｉｌｌａＪｅｎ／旧Ｊｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（肝細胞がん（ＮＣＴ０２５６２７５５）及び黒色腫（ＮＣＴ００４２９３１２）に対してＧＭ－ＣＳＦを発現するように操作されたチミジンキナーゼ－（ＴＫ－）欠損ワクシニアウイルスである）、ｐｅｌａｒｅｏｒｅｐ（Ｒｅｏｌｙｓｉｎ（登録商標）、Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃｓ Ｂｉｏｔｅｃｈ）（大腸がん（ＮＣＴ０１６２２５４３）、前立腺がん（ＮＣＴ０１６１９８１３）、頭頸部扁平上皮がん（ＮＣＴ０１１６６５４２）、膵臓腺がん（ＮＣＴ００９９８３２２）、及び非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）（ＮＣＴ００８６１６２７）を含む多くのがんにおいてＲＡＳが活性化されていない細胞では複製しない呼吸器腸内オーファンウイルス（レオウイルス）のバリアントである）、ｅｎａｄｅｎｏｔｕｃｉｒｅｖ（ＮＧ－３４８、ＰｓｉＯｘｕｓ、以前はＣｏｌｏＡｄｌとして知られていた）（卵巣がん（ＮＣＴ０２０２８１１７）、転移性若しくは進行性上皮腫瘍（例えば、大腸がん、膀胱がん、頭頸部扁平上皮がん、及び唾液腺がん（ＮＣＴ０２６３６０３６））において完全長ＣＤ８０及びＴ細胞受容体ＣＤ３タンパク質に特異的な抗体断片を発現するように操作されたアデノウイルスである）、ＯＮＣＯＳ－１０２（Ｔａｒｇｏｖａｘ／旧Ｏｎｃｏｓ）（黒色腫（ＮＣＴ０３００３６７６）、及び腹膜疾患、大腸がん、若しくは卵巣がん（ＮＣＴ０２９６３８３１）においてＧＭ－ＣＳＦを発現するように設計されたアデノウイルスである）、ＧＬ－ＯＮＣ１（ＧＬＶ－１ｈ６８／ＧＬＶ－１ｈ１５３、Ｇｅｎｅｌｕｘ ＧｍｂＨ）（腹膜がん腫症（ＮＣＴ０１４４３２６０）、卵管がん、卵巣がん（ＮＣＴ０２７５９５８８）で研究されたそれぞれβ－ガラクトシダーゼ（β－ｇａｌ）／β－グルコロニダーゼ若しくはβ－ｇａｌ／ヒトナトリウムヨウ素共輸送体（ｈＮＩＳ）を発現するように操作されたワクシニアウイルスである）、又はＣＧ００７０（Ｃｏｌｄ Ｇｅｎｅｓｙｓ）（膀胱がん（ＮＣＴ０２３６５８１８）においてＧＭ－ＣＳＦを発現するように設計されたアデノウイルスである）、抗ｇｐ１００、ＳＴＩＮＧＶＡＸ、ＧＶＡＸ、ＤＣＶａｘＬ、及びＤＮＸ－２４０１などの腫瘍溶解性ウイルス療法から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ＪＸ－９２９（ＳｉｌｌａＪｅｎ／以前のＪｅｎｎｅｒｅｘ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（プロドラッグ５－フルオロシトシンを細胞傷害性薬物５－フルオロウラシルに変換することができるシトシンデアミナーゼを発現するように設計されたＴＫ欠損及びワクシニア増殖因子欠損ワクシニアウイルスである）、ＴＧＯ１及びＴＧ０２（Ｔａｒｇｏｖａｘ／旧Ｏｎｃｏｓ）（治療が困難なＲＡＳ変異を標的とするペプチドベースの免疫療法剤である）、ＴＩＬＴ－１２３（ＴＩＬＴ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（Ａｄ５／３－Ｅ２Ｆ－δ２４－ｈＴＮＦα－ＩＲＥＳ－ｈＩＬ２０と称される改変アデノウイルスである）、ＶＳＶ－ＧＰ（ＶｉｒａＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）（抗原特異的なＣＤ８^＋Ｔ細胞応答を引き起こすように設計された抗原を発現するように更に操作することができる、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）の糖タンパク質（ＧＰ）を発現するように操作された水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）である）から選択される。一部の実施形態では、がんワクチンは、ベクターベースの腫瘍抗原ワクチンを含む。ベクターベースの腫瘍抗原ワクチンは、抗腫瘍免疫応答を刺激するための抗原の安定した供給を提供する方法として使用することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードするベクターを個体に注射し（おそらく、炎症促進剤又はＧＭ－ＣＳＦなどの他の誘引剤物質とともに）、インビボで細胞に取り込まれて特定の抗原を生成し、次いで、所望の免疫応答を誘発する。一部の実施形態では、ベクターを使用して一度に複数の腫瘍抗原を送達して、免疫応答を増加させることができる。更に、組換えウイルス、細菌、又は酵母ベクターは、それ自体免疫応答を引き起こす可能性があり、これが全体的な免疫応答を強化する可能性もある。

【0156】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ＤＮＡベースのワクチンを含む。一部の実施形態では、ＤＮＡベースのワクチンを用いて、抗腫瘍応答を刺激することができる。抗原タンパク質をコードするＤＮＡを直接注入して防御免疫応答を誘発する能力は、多数の実験系で実証されている。抗原タンパク質をコードするＤＮＡを直接注入して防御免疫応答を誘発することによるワクチン接種は、多くの場合、細胞性応答と体液性応答の両方を引き起こす。更に、様々な抗原をコードするＤＮＡに対する再現性のある免疫応答がマウスで報告されており、これは本質的に動物の生涯にわたって持続する（例えば、Ｙａｎｋａｕｃｋａｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）ＤＮＡ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，１２：７７１－７７６を参照されたい）。一部の実施形態では、遺伝子発現に必要な調節エレメントに作動可能に連結されたタンパク質をコードする配列を含むプラスミド（又は他のベクター）ＤＮＡが、個体（例えば、ヒト患者、非ヒト哺乳動物など）に投与される。一部の実施形態では、個体の細胞が、投与されたＤＮＡを取り込み、コード配列が発現される。一部の実施形態では、そのように産生された抗原は、免疫応答の対象となる標的になる。

【0157】

一部の実施形態では、がんワクチンは、ＲＮＡベースのワクチンを含む。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンを用いて、抗腫瘍応答を刺激することができる。一部の実施形態では、ＲＮＡベースのワクチンは、自己複製ＲＮＡ分子を含む。一部の実施形態では、自己複製ＲＮＡ分子は、アルファウイルス由来のＲＮＡレプリコンであり得る。自己複製ＲＮＡ（又は「ＳＡＭ」）分子は、当該技術分野で周知であり、例えば、アルファウイルスに由来する複製要素を使用し、構造ウイルスタンパク質を、目的のタンパク質をコードするヌクレオチド配列で置き換えることによって生成することができる。自己複製ＲＮＡ分子は、典型的には、細胞への送達後に直接翻訳され得る＋鎖分子であり、この翻訳により、送達されたＲＮＡからアンチセンス転写物とセンス転写物の両方を生成するＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼが提供される。したがって、送達されたＲＮＡは、複数の娘ＲＮＡの生産つながる。これらの娘ＲＮＡ、並びに同一鎖上の（ｃｏｌｌｉｎｅａｒ）サブゲノム転写物は、それ自体翻訳されて、コードされたポリペプチドのインサイツ発現を提供するか、又は転写されて、送達されたＲＮＡと同じセンス鎖の更なる転写物（翻訳されて抗原のインサイツ発現を提供する）を提供することができる。

【0158】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、細胞ベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、Ｔ細胞ベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、養子療法（例えば、養子Ｔ細胞ベースの療法）を含む。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、レシピエントに対して自己又は同種である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋Ｔ細胞である。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。養子免疫療法とは、がん又は感染症を治療するための治療的アプローチを指し、細胞ががん細胞に対して直接的又は間接的な特異的免疫を媒介する（すなわち、それに対する免疫応答を開始する）ことを目的として、免疫細胞が宿主に投与される。一部の実施形態では、免疫応答は、腫瘍細胞及び／又は転移細胞の成長及び／又は増殖の阻害をもたらし、関連する実施形態では、腫瘍細胞の死及び／又は再吸収をもたらす。免疫細胞は、異なる生物／宿主に由来し得るか（外因性免疫細胞）、又は対象生物から得られた細胞であり得る（自己免疫細胞）。一部の実施形態では、免疫細胞（例えば、自己又は同種Ｔ細胞（例えば、制御性Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、又はγδＴ細胞）、ＮＫ細胞、インバリアントＮＫ細胞、又はＮＫＴ細胞）は、操作されたＴＣＲ及び／又はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）などの抗原受容体を発現するように遺伝子操作され得る。例えば、宿主細胞（例えば、自己又は同種Ｔ細胞）は、がん抗原に対する抗原特異性を有するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するように改変される。一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、ＴＣＲを発現するように操作される。ＮＫ細胞は、ＣＡＲを発現するように更に操作され得る。異なる抗原などに対する複数のＣＡＲ及び／又はＴＣＲを、Ｔ細胞又はＮＫ細胞などの単一の細胞型に加えることができる。一部の実施形態では、細胞は、１つ以上の抗原受容体をコードする遺伝子工学を介して導入された１つ以上の核酸／発現構築物／ベクター、及びかかる核酸の遺伝子操作された産物を含む。一部の実施形態では、核酸は、異種である。すなわち、別の生物又は細胞から得られたものなど、細胞又は細胞から得られる試料には通常存在せず、例えば、操作される細胞及び／又はそのような細胞が由来する生物には通常見出されない。一部の実施形態では、核酸は、天然には見出されない核酸（例えば、キメラ）など、天然には存在しない。一部の実施形態では、免疫細胞の集団は、療法を必要とする対象、又は免疫細胞の活性の低下に関連する疾患に罹患している対象から得ることができる。したがって、細胞は、療法を必要とする対象にとって自己由来である。一部の実施形態では、ドナー（例えば、組織適合性が一致したドナー）から免疫細胞の集団を得ることができる。一部の実施形態では、免疫細胞集団は、当該対象又はドナーにおいて免疫細胞が存在する末梢血、臍帯血、骨髄、脾臓、又は任意の他の臓器／組織から採取することができる。一部の実施形態では、免疫細胞は、対象及び／又はドナーのプール（例えば、プールされた臍帯血）から単離することができる。一部の実施形態では、免疫細胞の集団が対象とは異なるドナーから得られる場合、得られた細胞が対象に導入され得るという点で対象適合性である限り、ドナーは同種であり得る。一部の実施形態では、同種ドナー細胞は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）適合性であってもなくてもよい。一部の実施形態では、対象適合性にするために、同種細胞を処理して免疫原性を低下させることができる。

【0159】

一部の実施形態では、細胞ベースの治療は、Ｔ細胞ベースの療法を含み、自己細胞、例えば、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）；自己ＤＣ、リンパ球、人工抗原提示細胞（ＡＰＣ）若しくはＴ細胞リガンド及び活性化抗体でコーティングされたビーズ、又は標的細胞膜を捕捉することによって単離された細胞を使用してエクスビボで活性化されたＴ細胞；抗宿主腫瘍Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を自然に発現する同種細胞；並びに腫瘍反応性ＴＣＲ若しくはキメラＴＣＲ分子（「Ｔボディ」として知られ、抗体様腫瘍認識能を示す）を発現するように遺伝的に再プログラム若しくは「リダイレクト」された非腫瘍特異的自己又は同種細胞などを含む。機能的な抗腫瘍エフェクター細胞の単離、誘導、操作又は改変、活性化、及び増殖のためのいくつかのアプローチが過去２０年間に記載されており、本明細書に提供される方法のいずれかに従って使用することができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞は、血液、骨髄、リンパ、臍帯、又はリンパ器官に由来する。一部の実施形態では、細胞は、ヒト細胞である。一部の実施形態では、細胞は、対象から直接単離された細胞及び／又は対象から単離されて凍結された細胞などの初代細胞である。一部の実施形態では、細胞は、機能、活性化状態、成熟度、分化の潜在能力、増殖能、再循環能、局在化能、及び／若しくは持続能、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の器官若しくは区画における存在、マーカー若しくはサイトカイン分泌プロファイル、並びに／又は分化の程度によって定義されるものなど、Ｔ細胞又は他の細胞型（例えば、全Ｔ細胞集団、ＣＤ４^＋細胞、ＣＤ８^＋細胞、及びその亜集団）のうちの１つ以上のサブセットを含む。一部の実施形態では、細胞は、同種及び／又は自己であり得る。既製の技術などの一部の実施形態では、細胞は、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）などの幹細胞など、多能性（ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ）及び／又は多能性（ｍｕｌｔｉｐｏｔｅｎｔ）である。

【0160】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞ベースの療法を含む。このアプローチには、ＣＡＲの操作が含まれる。ＣＡＲは、目的の抗原に特異的に結合し、Ｔ細胞活性化のための１つ以上の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。ＣＡＲは、次いで、操作されたＴ細胞（ＣＡＲ－Ｔ）の表面に発現され、患者に投与され、抗原を発現するがん細胞に対するＴ細胞特異的な免疫応答をもたらす。

【0161】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、組換えＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を発現するＴ細胞を含む。このアプローチには、目的の抗原に特異的に結合するＴＣＲの特定が含まれる。次いで、これを使用して、操作されたＴ細胞の表面の内在性又は天然のＴＣＲを置き換える。これを患者に投与すると、抗原を発現しているがん細胞に対して、Ｔ細胞特異的な免疫応答がもたらされる。

【0162】

一部の実施形態では、Ｔ細胞ベースの療法は、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を含む。例えば、ＴＩＬは、本開示の腫瘍又はがんから単離することができ、次いで、単離し、インビトロで増殖させることができる。これらのＴＩＬの一部又は全部は、本開示の腫瘍又はがんによって発現される抗原を特異的に認識することができる。一部の実施形態では、ＴＩＬは、インビトロで単離された後、１つ以上のネオ抗原（例えば、１つのネオ抗原）に曝露される。次いで、ＴＩＬが患者に投与される（任意選択的に、１つ以上のサイトカイン又は他の免疫刺激物質と組み合わせて）。

【0163】

一部の実施形態では、細胞ベースの療法は、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞ベースの療法を含む。ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、様々な腫瘍細胞、ウイルス感染細胞、並びに骨髄及び胸腺の一部の正常細胞に対して自発的な細胞傷害性を有するリンパ球の亜集団である。ＮＫ細胞は、形質転換細胞及びウイルス感染細胞に対する初期の自然免疫応答の重要なエフェクターである。ＮＫ細胞は、ヒトのＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ８などの特定の表面マーカーによって検出することができる。ＮＫ細胞は、Ｔ細胞抗原受容体、汎ＴマーカーＣＤ３、又は表面免疫グロブリンＢ細胞受容体を発現しない。一部の実施形態では、ＮＫ細胞は、当該技術分野で周知の方法によって、ヒト末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、未刺激白血球除去産物（ＰＢＳＣ）、ヒト胚性幹細胞（ｈＥＳＣ）、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）、骨髄、又は臍帯血から得られる。

【0164】

一部の実施形態では、細胞ベースの治療は、樹状細胞（ＤＣ）ベースの療法（例えば、樹状細胞ワクチン）を含む。一部の実施形態では、ＤＣワクチンは、患者又はドナーから採取される、特異的Ｔ細胞免疫を誘導することができる抗原提示細胞を含む。一部の実施形態では、次いで、ＤＣワクチンをインビトロでペプチド抗原に曝露することができ、そのためのＴ細胞が患者において生成される。一部の実施形態では、抗原が負荷された樹状細胞は、次いで、患者に注射して戻される。一部の実施形態では、必要に応じて、免疫化を複数回繰り返すことができる。樹状細胞を、採取、増殖、及び投与する方法は、当該技術分野で既知である（例えば、ＷＯ２０１９／１７８０８１を参照されたい）。樹状細胞ワクチン（例えば、ＡＰＣ８０１５及びＰＲＯＶＥＮＧＥ（登録商標）としても知られているＳｉｐｕｌｅｕｃｅｌ－Ｔ）は、患者の免疫系に１つ以上のがん特異的抗原を提示するＡＰＣとして機能する樹状細胞の投与を伴うワクチンである。一部の実施形態では、樹状細胞は、レシピエントにとって自己又は同種である。

【0165】

一部の実施形態では、がん免疫療法は、ＴＣＲベースの療法を含む。一部の実施形態では、がん免疫療法は、本開示のがんによって発現される抗原に特異的に結合する１つ以上のＴＣＲ又はＴＣＲベースの治療薬の投与を含む。一部の実施形態では、ＴＣＲベースの治療薬は、Ｔ細胞表面タンパク質又は受容体に特異的に結合する抗体若しくは抗体断片（例えば、抗ＣＤ３抗体若しくは抗体断片）などの、免疫細胞（例えば、Ｔ細胞）に結合する部分を更に含み得る。

【0166】

一部の実施形態では、免疫療法は、アジュバント免疫療法を含む。アジュバント免疫療法は、自然免疫系の構成要素を活性化する１つ以上の薬剤、例えば、ＴＬＲ７経路を標的とするＨＩＬＴＯＮＯＬ（登録商標）（イミキモド）の使用を含む。

【0167】

一部の実施形態では、免疫療法は、サイトカイン免疫療法を含む。サイトカイン免疫療法は、免疫系の構成要素を活性化する１つ以上のサイトカインの使用を含む。例としては、アルデスロイキン（ＰＲＯＬＥＵＫＩＮ（登録商標）、インターロイキン－２）、インターフェロンα－２ａ（ＲＯＦＥＲＯＮ（登録商標）－Ａ）、インターフェロンα－２ｂ（ＩＮＴＲＯＮ（登録商標）－Ａ）、及びＰＥＧインターフェロンα－２ｂ（ＰＥＧＩＮＴＲＯＮ（登録商標））が挙げられるが、これらに限定されない。

【0168】

一部の実施形態では、免疫療法は、腫瘍溶解性ウイルス療法を含む。腫瘍溶解性ウイルス療法では、遺伝子改変ウイルスを使用してがん細胞で複製し、それを殺傷して、免疫応答を刺激する抗原を放出する。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製可能な腫瘍溶解性ウイルスは、任意の天然に存在する（例えば、「フィールドソース」からの）又は改変された複製可能な腫瘍溶解性ウイルスを含む。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ウイルスは、腫瘍抗原を発現することに加えて、がん細胞に対するウイルスの選択性を高めるために改変され得る。一部の実施形態では、複製能力のある腫瘍溶解性ウイルスには、ミオウイルス科、サイフォウイルス科、ポドウイルス科、テシウイルス科、コルチコウイルス科、プラズマウイルス科、リポスリクスウイルス科、フセロウイルス科、ポキシイリダ科、イリドウイルス科、フィコドナウイルス科、バキュロウイルス科、ヘルペスウイルス科、アドノウイルス科、パポバウイルス科、ポリドナウイルス科、イノウイルス科、ミクロウイルス科、ジェミニウイルス科、サーコウイルス科、パルボウイルス科、ヘパドナウイルス科、レトロウイルス科、サイトウイルス科、レオウイルス科、ビルナウイルス科、パラミクソウイルス科、ラブドウイルス科、フィロウイルス科、オルソミクソウイルス科、ブニヤウイルス科、アレナウイルス科、レビウイルス科、ピコルナウイルス科、セキウイルス科、コモウイルス科、ポティウイルス科、カリシウイルス科、アストロウイルス科、ノダウイルス科、テトラウイルス科、トンブスウイルス科、コロナウイルス科、グラビウイルス科、トガウイルス科、及びバルナウイルス科のメンバーである腫瘍溶解性ウイルスが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、複製能力のある腫瘍崩壊ウイルスには、アデノウイルス、レトロウイルス、レオウイルス、ラブドウイルス、ニューカッスル病ウイルス（ＮＤＶ）、ポリオーマウイルス、ワクシニアウイルス（ＶａｃＶ）、単純ヘルペスウイルス、ピコルナウイルス、コクサッキーウイルス、及びパルボウイルスが含まれる。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製性の腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ウイルスのがん選択性を高めるために、１つ以上の機能的な遺伝子を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、チミジンキナーゼ（ＴＫ）活性を欠くように操作される。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ワクシニアウイルス増殖因子（ＶＧＦ）を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、ＶＧＦ及びＴＫ活性の両方を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、Ｅ３Ｌ、Ｋ３Ｌ、Ｂ１８Ｒ、又はＢ８Ｒなどの宿主インターフェロン（ＩＦＮ）応答の回避に関与する１つ以上の遺伝子を欠くように操作され得る。一部の実施形態では、複製性の腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ株、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、Ｌｉｓｔｅｒ株、又はＷｙｅｔｈ株であり、機能的なＴＫ遺伝子を欠いている。一部の実施形態では、腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、機能的なＢ１８Ｒ及び／又はＢ８Ｒ遺伝子を欠くＷｅｓｔｅｒｎ Ｒｅｓｅｒｖｅ株、Ｃｏｐｅｎｈａｇｅｎ株、Ｌｉｓｔｅｒ株、又はＷｙｅｔｈ株である。一部の実施形態では、腫瘍抗原を発現する複製性の腫瘍溶解性ワクシニアウイルスは、例えば、腫瘍内、腹腔内、静脈内、動脈内、筋肉内、皮内、頭蓋内、皮下、又は鼻腔内投与を介して、対象に、局所的又は全身的に投与され得る。

【0169】

以下の例示的な実施形態は、本発明の一部の態様を代表するものである：
実施形態１．ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出する方法であって、
個体由来の試料から得られた複数の核酸を提供することであって、複数の核酸が、ＨＬＡ遺伝子をコードする核酸を含む、提供することと、
任意選択的に、複数の核酸からの１つ以上の核酸に、１つ以上のアダプターをライゲーションすることと、
複数の核酸から核酸を増幅することと、
ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸を捕捉することであって、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の核酸が、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって増幅された核酸から捕捉される、捕捉することと、
シーケンサーによって、捕捉された核酸を配列決定して、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リードを取得することと、
１つ以上のプロセッサによって、複数の配列リードのうちの１つ以上に関連する１つ以上の値をモデルに適合させることと、
モデルに基づいて、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及びＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向を検出することと、を含む、方法。
実施形態２．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及びＨＬＡ遺伝子のＨＬＡアレルについての相対的な結合傾向が、
ａ）ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を取得することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応する、取得することと、
ｂ）ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を取得することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、取得することと、
ｃ）目的関数を適用して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）最適化モデルを適用して、目的関数を最小化することと、
ｅ）最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって検出される、実施形態１に記載の方法。
実施形態３．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することを更に含む、実施形態１又は２に記載の方法。
実施形態４．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を推奨することを更に含む、実施形態１又は２に記載の方法。
実施形態５．試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出すること、又はその知識を獲得することを更に含む、実施形態１又は２に記載の方法。
実施形態６．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することを更に含む、実施形態５に記載の方法。
実施形態７．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を推奨することを更に含む、実施形態５に記載の方法。
実施形態８．ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、実施形態１～７のいずれか１つに記載の方法。
実施形態９．（１）の前に、試料から複数の核酸を抽出することを更に含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１０．試料が、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、実施形態１～９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態１１．試料が、非腫瘍細胞を更に含む、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１２．試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１３．試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１４．試料が、流体、細胞、又は組織を含む、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１５．試料が、血液又は血漿を含む、実施形態１４に記載の方法。
実施形態１６．試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、実施形態１０に記載の方法。
実施形態１７．個体からの試料が、核酸試料である、実施形態１６に記載の方法。
実施形態１８．核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、実施形態１７に記載の方法。
実施形態１９．ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、実施形態５～１８のいずれか１つに記載の方法。
実施形態２０．
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
複数の化学反応の第１のサブセットの相対的な結合傾向を経験的に特定することと、
総誤差を最小化することによって、第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定することと、を含む、方法。
実施形態２１．総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２２．１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２３．総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２４．
ハイブリッド捕捉プロセスを実行して、患者のＤＮＡ試料における生のアレル頻度を測定することと、
相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２５．多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２６．多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、実施形態２０に記載の方法。
実施形態２７．患者が、ヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、実施形態２４に記載の方法。
実施形態２８．システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
複数の化学反応の第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
総誤差を最小化することによって、第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定することと、を行うように構成される、システム。
実施形態２９．総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３０．１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３１．総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３２．１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
１つ以上のプロセッサで、患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
１つ以上のプロセッサで、相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を行うように更に構成される、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３３．多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３４．多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、実施形態２８に記載のシステム。
実施形態３５．方法が、１つ以上のプロセッサで、患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、実施形態３２に記載のシステム。
実施形態３６．アレル頻度を決定するための方法であって、
ａ）１つ以上のプロセッサで、遺伝子のアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、アレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、アレルの相対的な結合傾向は、遺伝子の１つ以上の他のアレルの一部をコードする核酸の存在下、アレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、アレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、アレルの調整されたアレル頻度を決定することと、を含む、方法。
実施形態３７．最適化モデルが、最小二乗最適化モデルである、実施形態３６に記載の方法。
実施形態３８．最適化モデルが、１つ以上の制約を受ける、実施形態３６又は３７に記載の方法。
実施形態３９．１つ以上の制約が、遺伝子の複数のアレルについての相対的な結合傾向の中央値が１に等しいことを必要とする、実施形態３８に記載の方法。
実施形態４０．観察されたアレル頻度が、参照値と比較して、複数の配列リード間で検出されたアレルの少なくとも一部をコードする核酸の相対頻度に対応する、実施形態３６～３９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４１．参照値が、配列リードの総数である、実施形態４０に記載の方法。
実施形態４２．参照値が、参照遺伝子に対応する配列リードの数である、実施形態４０に記載の方法。
実施形態４３．遺伝子が、主要組織適合性（ＭＨＣ）クラスＩ分子をコードするヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子である、実施形態３６～４２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４４．遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、実施形態３６～４２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４５．調整されたアレル頻度を決定した後、調整されたアレル頻度に少なくとも部分的に基づいて、遺伝子がヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けたと判断することを更に含む、実施形態３６～４４のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４６．複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された核酸に対して次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定を実行することによって得られた、実施形態３６～４５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４７．観察されたアレル頻度を受信する前に、複数の配列リードを取得するために、複数のポリヌクレオチドを、次世代配列決定（ＮＧＳ）、全エキソーム配列決定、又はメチル化配列決定によって配列決定することを更に含み、複数のポリヌクレオチドが、アレルの少なくとも一部をコードする核酸を含む、実施形態３６～４６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態４８．複数のポリヌクレオチドを配列決定する前に、
ハイブリダイゼーションに好適な条件下で、ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させることであって、混合物が、ベイト分子とハイブリダイズすることができる複数のポリヌクレオチドを含む、接触させることと、
ベイト分子とハイブリダイズした複数のポリヌクレオチドを単離することであって、ベイト分子とハイブリダイズした単離された複数のポリヌクレオチドが配列決定される、単離することと、を更に含む、実施形態４７に記載の方法。
実施形態４９．ポリヌクレオチドの混合物をベイト分子と接触させる前に、
個体から試料を取得することであって、試料が腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む、取得することと、
試料からポリヌクレオチドの混合物を抽出することであって、ポリヌクレオチドの混合物が腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸からのものである、抽出することと、を更に含む、実施形態４８に記載の方法。
実施形態５０．試料が、非腫瘍細胞を更に含む、実施形態４９に記載の方法。
実施形態５１．試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、実施形態４９に記載の方法。
実施形態５２．試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、実施形態４９に記載の方法。
実施形態５３．
（１）１つ以上のプロセッサで、遺伝子の２つ以上のアレルの各々について観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたそれぞれのアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
（２）１つ以上のプロセッサで、２つ以上のアレルの各々のベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、２つ以上のアレルの第１のアレルよりも、ベイト分子に対して低い相対的な結合傾向を有する、受信することと、
（３）１つ以上のプロセッサによって、第２のベイト分子を特定することであって、２つ以上のアレルの第２のアレルが、第１のベイト分子よりも第２のベイト分子に対して高い相対的な結合傾向を有する、特定することと、を更に含む、実施形態３６～５２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態５４．第２のベイト分子が、２つ以上のアレルの第２のアレルの少なくとも一部に相補的な配列を含む、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５５．デバイスの１つ以上のプロセッサによって実行される１つ以上のプログラムを含む非一時的コンピュータ可読記憶媒体であって、１つ以上のプログラムが、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、実施形態３６～４６、５３、及び５４のいずれか１つに記載の方法をデバイスに実行させる命令を含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態５６．ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出するための方法であって、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む、方法。
実施形態５７．ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５８．複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、実施形態５６又は５７に記載の方法。
実施形態５９．試料が、非腫瘍細胞を更に含む、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６０．試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６１．試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６２．試料が、流体、細胞、又は組織を含む、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６３．試料が、血液又は血漿を含む、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４．試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６５．試料が、核酸試料である、実施形態５８に記載の方法。
実施形態６６．核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７．免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療から恩恵を受ける可能性のある、がんを有する個体を特定する方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出される、方法。
実施形態６８．がんを有する個体のための療法を選択する方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出される、方法。
実施形態６９．がんを有する個体の１つ以上の治療選択肢を特定する方法であって、
（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出される、獲得することと、
（ｂ）当該知識に少なくとも部分的に基づいて、個体に対して特定された１つ以上の治療選択肢を含むレポートを生成することと、を含む、方法。
実施形態７０．試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨは、個体がＩＣＩを含む治療から恩恵を受ける可能性が高くないことを示す、実施形態６７～６９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７１．１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含まない、実施形態７０に記載の方法。
実施形態７２．がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受けない候補として分類され、（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高くないと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を受ける候補として分類される、方法。
実施形態７３．免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さないＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより短い生存期間を有すると予測される、方法。
実施形態７４．がんを有する個体を監視する方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると予測される、方法。
実施形態７５．がんを有する個体を評価する方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出され、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨにより、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると特定される、方法。
実施形態７６．がんを有する個体をスクリーニングする方法であって、個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することを含み、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出され、当該知識の獲得に応答して、がんがＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを示さない個体と比較して、個体が増加した再発のリスクを有すると予測される、方法。
実施形態７７．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定する目的関数を決定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を最小化するように構成された最適化モデルを決定することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、によって決定される、実施形態６７～７６のいずれか１つに記載の方法。
実施形態７８．がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）以外の治療を投与することと、を含む、方法。
実施形態７９．がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如が、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの欠如の検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を投与することと、を含む、方法。
実施形態８０．ＩＣＩが、ＰＤ－１阻害剤、ＰＤ－Ｌ１阻害剤、又はＣＴＬＡ－４阻害剤を含む、実施形態６７～７９のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８１．個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することを更に含む、実施形態６７～８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８２．個体から得られた試料における腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することを更に含む、実施形態６７～８０のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８３．治療又は１つ以上の治療選択肢が、第２の治療剤を更に含む、実施形態６７～８２のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８４．試料におけるＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢは、個体が免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療から恩恵を受ける可能性が高いことを示す、実施形態６７～６９及び７２～８３のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８５．１つ以上の治療選択肢が、ＩＣＩを含む治療を含む、実施形態８４に記載の方法。
実施形態８６．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢが、個体から得られた同じ試料において検出される、実施形態８１～８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８７．ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢが、個体から得られた異なる試料において検出される、実施形態８１～８５のいずれか１つに記載の方法。
実施形態８８．がんを有する個体のための治療を選択する方法であって、（ａ）がんを有する個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の消失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）がんを有する個体からの試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、（ａ）及び（ｂ）における当該知識の獲得に応答して、（ｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）による治療を受ける候補として分類され、（ｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療に応答する可能性が高いと特定され、かつ／又は（ｉｉｉ）個体が、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を受ける候補として分類される、方法。
実施形態８９．免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）で治療されたがんを有する個体の生存期間を予測する方法であって、（ａ）個体からの試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の知識を獲得することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、実施形態３６～６６のいずれか１つに記載の方法に従って検出される、獲得することと、（ｂ）個体からの試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得することと、を含み、（ａ）及び（ｂ）における当該知識の獲得に応答して、がんが高ＴＭＢを伴わずにＨＬＡ遺伝子のＬＯＨを有する、ＩＣＩで治療された個体の生存期間と比較して、ＩＣＩによる治療後、個体がより長い生存期間を有すると予測される、方法。
実施形態９０．がんを治療する方法又はがんの進行を遅らせる方法であって、
（１）個体から得られた試料におけるヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を検出することであって、ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨが、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信すること、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信すること、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定すること、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化すること、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定すること、並びに
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断すること、によって検出される、検出することと、
（２）個体から得られた試料における高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を検出することと、
（３）ＨＬＡ遺伝子のＬＯＨ及び高ＴＭＢの検出に少なくとも部分的に基づいて、個体に、有効量の、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）を含む治療を投与することと、を含む、方法。
実施形態９１．
１つ以上のプロセッサを使用して、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
１つ以上のプロセッサで、複数の化学反応の第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、総誤差を最小化することによって、第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定することと、を含む方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９２．総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９３．１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９４．総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９５．方法が、
１つ以上のプロセッサで、患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
１つ以上のプロセッサで、相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を更に含む、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９６．多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９７．多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、実施形態９１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９８．方法が、１つ以上のプロセッサで、患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断することを更に含む、実施形態９５に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態９９．個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせる方法で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如が、個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。
実施形態１００．個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせる方法で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）及び高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が、個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、
ｇ）個体から得られた試料における高ＴＭＢの知識を獲得又は検出することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。
実施形態１０１．個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）及び高い腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が、個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、
ｇ）個体から得られた試料における高ＴＭＢの知識を獲得又は検出することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。
実施形態１０２．個体におけるがんを治療する又はその進行を遅らせるための薬剤の製造で使用するための免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）であって、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）の欠如が、個体から得られた試料において、
ａ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
ｂ）１つ以上のプロセッサで、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
ｃ）１つ以上のプロセッサによって、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
ｄ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
ｅ）１つ以上のプロセッサによって、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ｆ）１つ以上のプロセッサによって、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも大きい場合、ＬＯＨが発生しなかったと判断することと、によって検出されている、免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）。
実施形態１０３．システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
各反応が、多型遺伝子の異なるアレルに結合するベイト分子に対応し、各反応が、対応するアレル画分の捕捉をもたらし、
複数の化学反応が、反応の第１のサブセット及び反応の第２のサブセットからなり、第１及び第２のサブセットが、共通の反応を共有せず、第１及び第２のサブセットが、各々、少なくとも１つの化学反応を含むように、複数の化学反応を特定することと、
各化学反応の結合傾向及び各捕捉されたアレルのアレル画分をまとめて関連付ける複数の方程式を特定することと、
複数の化学反応の第１のサブセットの経験的に特定された相対的な結合傾向を受信することと、
総誤差を最小化することによって、第２のサブセットの相対的な結合傾向を特定することと、を行うように構成される、システム。
実施形態１０４．総誤差を最小化することが、相対的な結合傾向の中央値が１に等しいという制約を受ける、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１０５．１つの相対的な結合傾向が、１に等しく設定される、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１０６．総誤差を最小化することが、最小二乗手順を実行することを含む、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１０７．１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
患者のＤＮＡ試料における測定された生のアレル頻度を受信することであって、測定された生のアレル頻度が、ハイブリッド捕捉プロセスを実行することによって測定された、受信することと、
相対的な結合傾向の第１及び第２のサブセットを使用して、測定された生のアレル頻度をスケーリングし、それによって、サンプリングバイアスを軽減することと、を行うように更に構成される、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１０８．多型遺伝子が、ヒト白血球抗原遺伝子を含む、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１０９．多型遺伝子が、ＳＴ７／ＲＡＹ１、ＡＲＨ１／ＮＯＥＹ２、ＴＳＬＣ１、ＲＢ、ＰＴＥＮ、ＳＭＡＤ２、ＳＭＡＤ４、ＤＣＣ、ＴＰ５３、ＡＴＭ、ｍｉＲ－１５ａ、ｍｉＲ－１６－１、ＮＡＴ２、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ｈＯＧＧ１、ＣＤＨ１、ＩＧＦ２、ＣＤＫＮ１Ｃ／Ｐ５７、ＭＥＮ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、Ｈ１９、ＫＲＡＳ、ＢＡＰ１、ＰＴＣＨ１、ＳＭＯ、ＳＵＦＵ、ＮＯＴＣＨ１、ＰＰＰ６Ｃ、ＬＡＴＳ１、ＣＡＳＰ８、ＰＴＰＮ１４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＢＸＷ７、Ｍ６Ｐ／ＩＧＦ２Ｒ、ＩＦＮ－α、嗅覚受容体遺伝子、ＣＢＦＡ２Ｔ３、ＤＵＴＴ１、ＦＨＩＴ、ＡＰＣ、Ｐ１６、ＦＣＭＤ、ＴＳＣ２、ｍｉＲ－３４、ｃ－ＭＰＬ、ＲＵＮＸ３、ＤＩＲＡＳ３、ＮＲＡＳ、ｍｉＲ－９、ＦＡＭ５０Ｂ、ＰＬＡＧＬ１、ＥＲ、ＦＬＴ３、ＺＤＢＦ２、ＧＰＲ１、ｃ－ＫＩＴ、ＮＡＰ１Ｌ５、ＧＲＢ１０、ＥＧＦＲ、ＰＥＧ１０、ＢＲＡＦ、ＭＥＳＴ、ＪＡＫ２、ＤＡＰＫ１、ＬＩＴ１、ＷＴ１、ＮＦ－１、ＰＲ、ｃ－ＣＢＬ、ＤＬＫ１、ＡＫＴ１、ＳＮＵＲＦ、シトクロムＰ４５０遺伝子（ＣＹＰ）、ＺＮＦ５８７、ＳＯＣＳ１、ＴＩＭＰ２、ＲＵＮＸ１、ＡＲ、ＣＥＢＰＡ、Ｃ１９ＭＣ、ＥＭＰ３、ＺＮＦ３３１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＰＥＧ３、ＮＮＡＴ、ＧＮＡＳ、又はＧＡＴＡ５である、実施形態１０３に記載のシステム。
実施形態１１０．１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、患者がヘテロ接合性の喪失を経験したかどうかを判断するように更に構成される、実施形態１０７に記載のシステム。
実施形態１１１．
１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を受信することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、受信することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を受信することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、受信することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
１つ以上のプロセッサを使用して、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を含む方法を実行するための１つ以上のコンピュータプロセッサによって実行可能な１つ以上のプログラムを含む、非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１２．ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、実施形態１１１に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１３．複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、実施形態１１１又は１１２に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１４．試料が、非腫瘍細胞を更に含む、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１５．試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１６．試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１７．試料が、流体、細胞、又は組織を含む、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１８．試料が、血液又は血漿を含む、実施形態１１７に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１１９．試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１２０．試料が、核酸試料である、実施形態１１３に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１２１．核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、実施形態１２０に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１２２．方法が、
１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードから腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）を決定することを更に含み、複数の配列リードが、ゲノムの少なくとも一部の核酸を配列決定することによって得られた、実施形態１１１～１２１のいずれか１つに記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１２３．ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、実施形態１２２に記載の非一時的コンピュータ可読記憶媒体。
実施形態１２４．システムであって、
１つ以上のプロセッサと、
１つ以上のコンピュータプログラム命令を記憶するように構成されたメモリと、を備え、１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
ＨＬＡアレルについて観察されたアレル頻度を決定することであって、観察されたアレル頻度が、ＨＬＡ遺伝子に対応する複数の配列リード間で検出されたＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸の頻度に対応し、複数の配列リードが、ベイト分子とのハイブリダイゼーションによって捕捉された遺伝子又はその一部をコードする核酸を配列決定することによって得られた、決定することと、
ＨＬＡアレルのベイト分子に対する相対的な結合傾向を決定することであって、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向は、１つ以上の他のＨＬＡアレルの一部をコードする核酸の存在下、ＨＬＡアレルの少なくとも一部をコードする核酸がベイト分子に結合する傾向に対応する、決定することと、
目的関数を実行して、ＨＬＡアレルの相対的な結合傾向と観察されたアレル頻度との間の差を測定することと、
最適化モデルを実行して、目的関数を最小化することと、
最適化モデル及び観察されたアレル頻度に基づいて、ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度を決定することと、
ＨＬＡアレルの調整されたアレル頻度が所定の閾値よりも小さい場合、ＬＯＨが発生したと判断することと、を行うように構成される、システム。
実施形態１２５．ＨＬＡ遺伝子が、ヒトＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、又はＨＬＡ－Ｃ遺伝子である、実施形態１２４に記載のシステム。
実施形態１２６．複数の配列リードが、腫瘍細胞及び／又は腫瘍核酸を含む試料から得られた核酸を配列決定することによって得られた、実施形態１２４又は１２５に記載のシステム。
実施形態１２７．試料が、非腫瘍細胞を更に含む、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１２８．試料が、腫瘍生検又は腫瘍標本からのものである、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１２９．試料が、腫瘍セルフリーＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）を含む、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１３０．試料が、体液、細胞、又は組織を含む、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１３１．試料が、血液又は血漿を含む、実施形態１３０に記載のシステム。
実施形態１３２．試料が、腫瘍生検又は循環腫瘍細胞を含む、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１３３．試料が、核酸試料である、実施形態１２６に記載のシステム。
実施形態１３４．核酸試料が、ｍＲＮＡ、ゲノムＤＮＡ、循環腫瘍ＤＮＡ、セルフリーＤＮＡ、又はセルフリーＲＮＡを含む、実施形態１３３に記載のシステム。
実施形態１３５．１つ以上のコンピュータプログラム命令が、１つ以上のプロセッサによって実行された場合、
１つ以上のプロセッサを使用して、複数の配列リードから腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の知識を獲得するか、又はそれを検出するように更に構成され、複数の配列リードが、ゲノムの少なくとも一部の核酸を配列決定することによって得られた、実施形態１２４～１３４のいずれか１つに記載のシステム。
実施形態１３６．ＴＭＢが、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数に基づいて決定される、実施形態１３５に記載のシステム。

【0170】

本明細書に記載の本発明の方法ステップは、異なる意味が明示的に提供されるか、又は文脈から明らかでない限り、１つ又は複数の他の当事者又は事業体にステップを実行させる任意の好適な方法を含むことを意図している。そのような当事者又は事業体は、他の当事者又は事業体の指示又は管理下にある必要はなく、特定の管轄区域内に位置する必要はない。したがって、例えば、「第１の数を第２の数に足す」という記述又は列挙は、１つ以上の当事者又は事業体に２つの数を一緒に加えさせることを含む。例えば、人Ｘが人Ｙと対等な取引を行って、２つの数を足し、人Ｙが実際に２つの数を足した場合、人Ｘ及び人Ｙの両者は、人Ｙが、実際に数を足したという事実によって、人Ｘが、人Ｙに数を加えさせたという事実によって、示されたステップを実行する。更に、人Ｘが米国内に位置し、人Ｙが米国外に位置する場合、方法は、人Ｘがステップを実行させることに関与することによって米国において実行される。

【0171】

本明細書で説明される様々な実施形態の説明で使用される用語は、特定の実施形態を説明することだけを目的としており、限定することを意図していない。説明される様々な実施形態及び添付の特許請求の範囲の説明で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないことを示さない限り、複数形も含むことを意図している。本明細書で使用される「及び／ま又は」という用語は、関連する列挙された項目のうちの１つ以上のあらゆる可能な組み合わせを指し、包含することも理解されるであろう。本明細書で使用される場合、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、及び／又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、記載された特徴、整数、ステップ、操作、要素、及び／又は成分の存在を明示するが、１つ以上の他の特徴、整数、ステップ、操作、要素、成分、及び／又はそれらの群の存在又は追加を排除しないことが更に理解されるであろう。

【0172】

本明細書で参照される全ての刊行物、特許、及び特許出願の開示は、各々、参照によりその全体が本明細書に援用される。参照により援用される参考文献が本開示と矛盾する限り、本開示が優先するものとする。

【実施例】

【0173】

本発明は、以下の実施例を参照することによって、より完全に理解されるであろう。しかしながら、それらは本発明の範囲を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書に記載された例及び実施形態は、例示のみを目的としており、それに照らして様々な修正又は変更が当業者に提案され、本出願及び添付の特許請求の範囲の趣旨及び範囲内に含まれることが理解される。

【0174】

実施例１：体細胞性ＨＬＡクラスＩ喪失は、がん免疫回避の広範なメカニズムであり、チェックポイント阻害剤応答のバイオマーカーとしての腫瘍変異負荷の使用を改善する
この実施例では、体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨからＩＣＩ治療非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）の患者の生存を予測するために設計された実験の結果について説明する。この例では、がんのタイプ全体にわたって、腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が高い腫瘍におけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの罹患率を決定するための実験についても説明する。

【0175】

免疫チェックポイント阻害剤（ＩＣＩ）は、進行がん患者に対して現在の治療に革命をもたらし、患者自身のＴ細胞を介した免疫応答を活性化すると考えられている［１－５］。ＣＤ８ Ｔ細胞は、ヒト白血球抗原クラスＩ（ＨＬＡ－Ｉ）がコードする主要組織適合複合体クラスＩ（ＭＨＣ－Ｉ）タンパク質上の腫瘍特異的変異ペプチド（ネオ抗原）の提示を介して腫瘍細胞を認識する［６－８］。この仮説は、腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）が高い疾患におけるＩＣＩの有効性と、チェックポイント阻害剤応答のバイオマーカーとしてのＴＭＢの潜在的な汎がん有用性によって裏付けられている。しかし、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）のみに焦点を当てた試験では、ＴＭＢは、患者の生存を十分に予測することができない［２，５，９］。しかしながら、ＨＬＡ遺伝子型決定を使用してネオ抗原提示の相対的な効率を予測し、この情報をＴＭＢとともに使用してチェックポイント応答を予測する取り組みは、将来性を示している（Ｇｏｏｄｍａｎ ＡＭ，ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｏｍｅ Ｍｅｄ．２０２０；１２（１）：４５、Ｓｈｉｍ ＪＨ，ｅｔ ａｌ．Ａｎｎ Ｏｎｃｏｌ．２０２０；３１（７）：９０２－１１）。

【0176】

図４Ａで予測されるように、ＨＬＡ－Ｉの喪失は、免疫細胞に提示されるネオ抗原の減少をもたらし、免疫回避をもたらす可能性がある。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと免疫応答との関係は、図４Ｂに更に示されている。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、ネオ抗原を介してＴＭＢに関連し、回避メカニズムとしてＰＤ－Ｌ１に関連している。この実施例では、ＨＬＡ－Ｉの体細胞性喪失は、ＩＣＩで治療されたＮＳＣＬＣにおける患者の生存の負の予測因子であることが示されており、これは高ＴＭＢの影響を鈍らせる。５９の疾患群にわたる８３，０００を超える患者試料における体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨのランドスケープも決定され、１７％の汎がん罹患率、並びに高ＴＭＢを有する腫瘍及びＰＤ－Ｌ１発現によって表される炎症性腫瘍の有意な濃縮が見出された。ＴＭＢとＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを組み合わせると、炎症性がんにおいてＩＣＩの恩恵を受ける可能性が最も高い患者をよりよく選択することができ、個別化されたがんワクチンの設計に対して意義がある。

【0177】

材料及び方法
ゲノムプロファイリング
以前に記載されているように、ゲノムデータは、８３，６６４人の患者の日常的な臨床ケアの一環として、米国臨床検査室改善修正法（ＣＬＩＡ）認定、米国病理医協会（ＣＡＰ）認定、ニューヨーク州承認の研究室で、標的化網羅的ゲノムプロファイリングアッセイを使用して収集した［２０］。ＤＮＡを抽出し、３１５遺伝子の全てのコーディングエクソンと、がんにおいて頻繁に再編成される２８のイントロンのハイブリッド捕捉を実行した。ライブラリを、カバレッジ深度の中央値が５００×を超えるまで配列決定した。以前に記載されているように、短いバリアント変化（塩基置換、挿入、及び削除）、コピー数の変化（増幅及びホモ接合型欠失）、並びに遺伝子再編成を含むゲノムの変化の分析を実行した［２０、２１］。ＴＭＢは、配列決定されたゲノムの１メガベース当たりの非ドライバー体細胞性コード変異の数として定義した［２２］。変異シグネチャは、サイレント変化及び非コーディング変化を含む、２０以上の非ドライバー体細胞性ミスセンス変異を有する試料で決定した。シグネチャは、Ｚｅｈｉｒら［２３］によって以前に記載されているように、ヒトのがんにおける変異プロセスのＣＯＳＭＩＣシグネチャを使用して割り当てた。試料が変異プロセスに４０％以上適合する場合、陽性状態が決定された。ウイルスＤＮＡの検出は、ヒト参照ゲノム（ｈｇ１９）にマッピングされていないままの配列リードのＶｅｌｖｅｔ［２４］によるデノボアセンブリによって実行した。構築されたコンティグを、ＢＬＡＳＴｎ（ＢＬＡＳＴ＋ｖ２．６．０［２５］）によって、３００万を超えるウイルスヌクレオチド配列のＮＣＢＩデータベースに競合的にマッピングされ、ＢＬＡＳＴ配列と９７％以上の同一性を有する長さが８０ヌクレオチド以上のコンティグによって陽性のウイルス状態が決定された。

【0178】

組織学
ＰＤ－Ｌ１の状態は、市販の抗体クローン２２Ｃ３（Ｄａｋｏ／Ａｇｉｌｅｎｔ、Ｓａｎｔａ Ｃｌａｒａ，ＣＡ，ＵＳＡ）又はＳＰ１４２（Ｖｅｎｔａｎａ、Ｔｕｓｃｏｎ，ＡＺ，ＵＳＡ）を使用して、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織切片で行われた免疫組織化学によって決定された。病理学者は、発現を有する腫瘍細胞の割合（０％～１００％）及び発現の強度（０、１＋、２＋）を決定した。ＰＤ－Ｌ１発現は、１＋以上の強度で染色される腫瘍細胞のパーセンテージを有する連続変数として報告された。また、各試料のＰＤ－Ｌ１発現は、陰性（＜１％腫瘍細胞）又は陽性（≧１％腫瘍細胞）としてまとめられた。病理検査室は、米国臨床検査室改善修正法（ＣＬＩＡ’８８）の要件に従って、また米国病理医協会（ＣＡＰ）のチェックリストの要件及びガイダンスに従って、このアッセイの性能特性を確立した。エストロゲン受容体（ＥＲ）及びプロゲステロン受容体（ＰＲ）の状態は、病理学レポートから手動で抽出されたか、ＥＲでは９７％の精度、ＰＲでは９４％の精度で検証された自動機械読み取りアルゴリズムによって抽出された。ＨＥＲ２（ＥＲＢＢ２）の陽性判定には、次世代配列決定（ＮＧＳ）によるゲノム増幅状態が使用された［２０］。

【0179】

ＨＬＡのヘテロ接合性の喪失の決定及びネオ抗原の予測
ＨＬＡ－Ｉの接合性は、混合腫瘍正常試料（２０～９５％腫瘍）の次世代配列決定の結果からの接合性予測のためのＳｕｎら［２１］によって以前に記載されている計算方法であるＳＧＺ（体細胞・生殖細胞接合性）アルゴリズムを使用して決定された。簡潔に、ＳＧＺは、腫瘍の純度、腫瘍の倍数性、マイナーアレル頻度、及び各ゲノムセグメントの局所コピー数を考慮することによって、接合性をモデル化する。各ＨＬＡ－Ｉ遺伝子（ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、及び－Ｃ）のマイナーアレル頻度は、個別に計算した。配列決定結果のＨＬＡ－Ｉ遺伝子型決定は、ＯｐｔｉＴｙｐｅ［２６］ｖ１．３．１によって４桁の解像度で実行した。各試料の生殖細胞性アレルと一致するＨＬＡ参照配列は、ＩＰＤ－ＩＭＧＴ／ＨＬＡデータベースから取得した［２７］。生殖細胞性ヘテロ接合アレルのみがＬＯＨについて評価され、３つの遺伝子座全てで生殖細胞性ホモ接合アレルであると特定された試料は、この研究では使用しなかった。

【0180】

ヒト参照ゲノム（ｈｇ１９、６ｐ２１－２２）のＨＬＡ領域に整列された配列決定リード、並びにマッピングされていない全てのリードは、Ｓａｍｔｏｏｌｓ［２８］ｖ１．５を使用して抽出した。Ｐｉｃａｒｄ ｖ１．５６を使用して、全てのＰＣＲ及び光学的複製を削除した。リードは、ＢＷＡ［２８］ ｖ０．７．１７を使用して、各試料に固有のＨＬＡ参照配列に競合的に再整列させた。Ｓａｍｔｏｏｌｓ ｖ１．５は、一意に整列されたリードのみを保持し、ペアになっていない全てのメイトを削除するために使用した。ＢＬＡＳＴ＋ｖ２．６．０を使用して、各生殖細胞性ヘテロ接合相同アレル間で局所整列を実行した。ＢＴＯＰ機能を使用して、各相同アレル間の不一致位置を特定した。

【0181】

Ｓａｍｔｏｏｌｓ ｖ１．５を使用して、各ミスマッチ位置に整列した全ての一意のリードを収集し、各アレルのアレル頻度を、１つの相同なアレルに一意に整列したリードの数を、両方の相同なアレルに一意に整列したリードの総数で割って計算した。目的の領域を単離するために、ベイト配列決定法を使用した。ＨＬＡ－Ｉ遺伝子座については、相同なＨＬＡ対が一貫したアレル頻度（ＡＦ）の偏り（ｓｋｅｗ）を有することが観察された（図４Ｅ）。ＨＬＡタイプによるベイト効率に対するハイブリダイゼーションの影響を説明するために、観察されたＡＦ（ｏｂｓＡＦ）を、ＡＦ及びベイトのＨＬＡタイプの結合定数の関数としてモデル化した。

【数3】

ここで、ｏｂｓＡＦ_ｉ，ｊは、ペアｉ，ｊにおけるＨＬＡタイプｉの観察されたアレル頻度である。ｋ_ｉは、ＨＬＡタイプｉの結合定数である。ＡＦ_ｉ，ｊはペアｉ，ｊの試料におけるＨＬＡタイプｉのアレル頻度である。備考：ＡＦ_ｉ，ｊ＝１－ＡＦ_ｊ，ｉ

【0182】

結合定数に適合させるために、アレルバランスを仮定した（ＡＦ_ｉ，ｊ＝１－ＡＦ_ｊ，ｉ）。ほとんどの試料がＬＯＨ下にないことを考えると、全ての試料のアレル頻度の中央値は、相同なＨＬＡタイプの同じペアで使用した。代表的なＡＦを提供するために、５０個の試料が必要であるという制約も追加した。したがって、

【数4】

【0183】

これらの式を組み合わせると、次のようになる。

【数5】

【0184】

各ＨＬＡタイプの最適なｋ値を決定するために、最小二乗適合を使用した。

【数6】

【0185】

ｋ値が決定されると、観察されたアレル頻度から入力アレル頻度を決定することができる。

【数7】

【0186】

結合定数（ｋ値）がＨＬＡ－Ａの配列多様性にどのようにマッピングされるかを評価した。ＨＬＡ－Ａの２桁配列のデンドログラムは、２つの主要な分岐を示し、一方の分岐は、ｋ値が＞１を有し、他方の分岐は、ｋ値が＜１を有し、配列主導のハイブリダイゼーション効果が、ＭＡＦの偏りの根底にある原因であるという仮説を支持した（図４Ｆ）。ベイト分子の配列は、図４Ｇに示されるデンドログラムに示されている。ベイト配列から最も分岐したＨＬＡハプロタイプは、ベイト配列により密接に関連するハプロタイプよりも結合が悪い。

【0187】

このモデルを使用して、試料中の真のアレル頻度を表す調整されたマイナーアレル頻度を、観察されたマイナーアレル頻度から計算した。次いで、調整されたマイナーアレル頻度を、上記のＳＧＺアルゴリズムで使用した。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを有すると特定された遺伝子座において、より低いアレル頻度を有するアレルを、ＬＯＨ下のアレルであると決定した。

【0188】

ネオ抗原の予測
エンド・ツー・エンドプロセッシング及びＭＨＣ－Ｉ結合予測は、ＭＨＣ ｐａｎ－４．０及びＩＥＤＢ ＡＰＩを使用して、全ての野生型及び変異ペプチドについて計算された［１４］。ＡＰＩは、プロテアソーム切断スコア、ＴＡＰ輸送スコア、ＭＨＣ－Ｉ結合親和性、並びにＨＬＡ対ペプチドの特異的な様式でこれらの前述の値を組み合わせた総スコアを生成する。少なくとも－０．８の総スコア及び最大で５００ｎＭのＭＨＣ－Ｉ結合親和性を使用して、各ペプチドを所与の試料中のバインダー又は非バインダーとして二分した。バインダーを特定したとき、バインダー変異ペプチドをそれらの野生型対応物に対してフィルタリングした。

【0189】

臨床コホート及び生存分析
遡及的臨床分析では、網羅的ゲノムプロファイリングを受けたデータベース内の患者の電子健康記録（ＥＨＲ）データを含む、実際の臨床ゲノムデータセット（２０１９年６月３０日までに収集されたデータ）を利用した［１１］。ＥＨＲからの匿名化された患者レベルの臨床データには、構造化データ（例えば、処方された治療、受けた治療、治療開始日）に加えて、事前に指定された標準化された方針及び手順に従った、熟練した医療記録抄録者による受診証明書からの技術を利用したチャート抽出を介して収集された非構造化データ（喫煙状態、組織学など）が含まれた。匿名化された患者レベルのゲノムデータには、網羅的ゲノムプロファイリングによって報告された標本（例えば、腫瘍の変異負荷、病理学的腫瘍純度）及びゲノムデータ（例えば、変化した遺伝子、変化タイプ）が含まれていた。

【0190】

臨床分析に含まれる患者は、非扁平上皮ＮＳＣＬＣと診断され、ＥＧＦＲ及びＡＬＫの変化は陰性であった。ニボルマブ、ペムブロリズマブ、デュルバルマブ、アテゾリズマブなど、様々な第二選択ＩＣＩ単剤療法を受けていた。研究された主要な臨床エンドポイントは、第二選択ＩＣＩレジメンの開始から死亡又は経過観察の喪失までの全生存期間であった。生存分析では、左切断を説明するために、それらの配列決定レポート日か２０１１年１月１日以降にＦｌａｔｉｒｏｎネットワークへの２回目の訪問日（どちらもコホートに含めるための要件である）のうちのいずれか遅いほう以降にのみ、患者は死亡のリスクがあるとみなされた。Ｋａｐｌａｎ－Ｍｅｉｅｒ分析では、ログランク検定を使用して群を比較した。このコホートにおける生存期間の転帰の有意性は、多変量解析で人種／民族、第二選択ＩＣＩ開始時の年齢、受けた第一選択療法、及び医療行為のタイプで調整した場合、影響を受けなかった。分析は、Ｒソフトウェアバージョン３．６．０（Ｒ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｆｏｒ Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ）で実行した。

【0191】

患者の同意及びデータの入手可能性
インフォームドコンセントの免除及びＨＩＰＡＡ認可の免除を含むこの研究の承認は、Ｗｅｓｔｅｒｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄ（プロトコルＮｏ．２０１５２８１７）から得られた。患者は生の配列決定データの公開に同意していなかった。

【0192】

結果
アレル特異的なＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨのランドスケープを評価するために、ＨＬＡ－Ｉ遺伝子座（ＨＬＡ－Ａ、－Ｂ、及び－Ｃ）でのヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）並びに生殖細胞性ホモ接合性を検出することができる組織生検の腫瘍のみの次世代配列決定用のパイプラインを開発した。図４Ｃに、このパイプラインの概要を示す。図４Ｄに、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを検出するための追加の方法論的考察を示す。

【0193】

図５Ａ及び５Ｂに、臨床ゲノムデータベースにおける既知のゲノム関連の生存確率の効果を示す。図５Ａに示されるように、高ＴＭＢは、生存期間と正の相関がある（ＨＲ＝０．７６、Ｐ＝０．００７）。しかしながら、図５Ｂに示されるように、ＳＴＫ１１又はＫＥＡＰ１の喪失は、生存期間と負の関連があることが見出された（ＨＲ＝１．３、Ｐ＝０．００９）。

【0194】

以前の報告［１０］と一致して、図６Ａに示されるように、少なくとも１つのＨＬＡ－Ｉアレルの体細胞性ＬＯＨとして分類されるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを伴う非扁平上皮ＮＳＣＬＣが、高ＴＭＢ（１メガベース当たり変異［変異／Ｍｂ］が１０以上）、ＰＤ－Ｌ１＋（≧１％の腫瘍割合スコア）、喫煙シグネチャ及びＡＰＯＢＥＣ変異シグネチャ、腫瘍転移、並びにＴＰ５３の変化を有する試料で濃縮されていた。ＩＣＩ治療に対するＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの影響を調査するために、実際の臨床ゲノムデータセット［１１］を使用して、２０１４年７月から２０１９年２月までに第二選択ＩＣＩ単剤療法を受けた、ＥＧＦＲ及びＡＬＫ野生型非扁平上皮ＮＳＣＬＣを有する２４０人の患者のコホートを分析した。表１は、実際の臨床ゲノムコホートにおける患者の特徴をまとめたものである。

【表1】

【0195】

ＦＤＡの承認が同時に得られたＰＤ－Ｌ１の状態に関係なく、患者が治療されたと考えられるため、第二選択ＩＣＩで治療された（ＩＣＩナイーブ）コホートを選択した［１２］。第二選択ＩＣＩの開始時、このコホートの全生存期間の中央値（ｍＯＳ）は１０．８か月であり、２５％がＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを示し、５９％が女性であり、年齢の中央値は６８歳であった。生検のタイミングを含めて、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨによってコホートを層別化した場合、人口統計学的変数に有意差はなかった（Ｐ＞０．０５）。体細胞性ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨによる層別化では、ＨＬＡ－Ｉインタクト群と比較して、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ群の生存期間が有意に減少したことが示された（ｍＯＳ喪失：８ヶ月［５．２～１３．１］；ｍＯＳインタクト：１１．３ヶ月［８．２～１５．３］；ＨＬＡ－ＩインタクトのＨＲ＝０．６８［０．４９～０．９５］；Ｐ＝０．０２）。図６Ｂは、この分析の結果を示す。比較すると、支援無作為化対照臨床試験では、ＩＣＩで治療された全ての第二選択非扁平上皮ＮＳＣＬＣ患者のｍＯＳは１２．２か月であり、対照群のドセタキセルを受けた患者は９．４か月のｍＯＳを示した［１３］。図６Ｃに示されるように、ＣＧＢＤでは生検タイミングの影響は観察されなかった。

【0196】

患者は、１０変異／ＭｂカットオフのＴＭＢによって更に層別化された。図６Ｄに、この分析の結果を示す。ＴＭＢ及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、多変量Ｃｏｘ回帰モデルにおける生存期間の独立した有意な予測因子であった（ＨＬＡ－Ｉインタクト ＨＲ＝０．６５［０．４７～０．９１］、Ｐ＝０．０１；高ＴＭＢ ＨＲ＝０．７４［０．５４～０．９９］、Ｐ＝０．０５）。高ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉインタクト群のｍＯＳは１４．０９か月［９．０～２１．１］であったが、低ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉ喪失群のｍＯＳは４．８３か月［２．８６～１２．６］であった。生殖細胞性接合性の影響は見られず、図７Ａに示されるように、コホート全体（６アレルＨＲ＝１．０［０．７３～１．４７］、Ｐ＝０．８）、又は図７Ｂに示されるように、ＨＬＡ－Ｉインタクト群内（６アレルＨＲ＝０．９１［０．６０～１．３８］、Ｐ＝０．７）のいずれかに対して、６対６未満の固有の生殖細胞性ＨＬＡ－Ｉアレルによって層別化した場合、生存期間の差は観察されなかった。組み合わせのバイオマーカーがＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ単独又はＴＭＢ単独よりも優れた性能を発揮することができるかどうかを評価するために、試料がＨＬＡ－Ｉインタクト又はＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨであるかどうかに応じて、異なるＴＭＢ^ｈｉ閾値を設定することによって、コホートを２つの群に層別化した。全てのＨＬＡ－Ｉインタクト試料とＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨについて１３変異／Ｍｂ以上のＴＭＢを組み合わせた場合、組み合わせ高群の２４０人中２０３人の患者で、最も有意な差が観察された（図７Ｃ、ＨＲ＝０．４５［０．３１～０．６６］、Ｐ＝０．００００４）。ＴＭＢ単独を使用して同程度の数のバイオマーカー陽性患者（２００／２４０）の予測因子を作成しても、生存期間は有意に層別化されない（図７Ｄ、ＴＭＢ≧３変異／Ｍｂ、Ｐ＞０．０５）。全体として、これらのデータは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨをＴＭＢと組み合わせると、免疫チェックポイント阻害剤の恩恵を受ける可能性が最も高い患者及び最も低い患者を特定することができることを示している。

【0197】

８３，６６４人の固有の患者試料を含む５９の異なる腫瘍タイプの評価を行った。これは主に進行性疾患を有する患者の腫瘍からのものである。表２は、この分析の結果をまとめたものである。

【表2-1】

【表2-2】

【0198】

全体として、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、１７％の固形腫瘍試料で検出され、８５％のＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ事象でＨＬＡ－Ｉ遺伝子座全体のＬＯＨが関与していた。図８Ａに示されるように、有病率は、腫瘍タイプ全体で大きく異なった（２％～４２％）。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの割合が最も高いものは、扁平上皮がん（ＳｑＣＣ）（３０％）であり、続いて、非ＳｑＣＣがん（１６％）、神経内分泌腫瘍（１１％）、肉腫（１１％）、及び非ＳｑＣＣ皮膚がん（６％）であった。図８Ｂに示されるように、疾患は、マイクロサテライト不安定性（ＭＳＩ）状態によって更にサブセットに分けられ、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、高ＭＳＩサブセット及び安定（ＭＳＳ）サブセットで同様であったか、又はＭＳＳ腫瘍で増加したことがわかり、子宮内膜がんでは有意に達した（Ｐ＝０．０２）。図８Ｃに示されるように、ホルモン受容体の状態及びＨＥＲ２増幅によって乳がんをサブセットに分けても、サブセット間で有意差は見られなかった（Ｐ＝０．３）。

【0199】

ＨＬＡ－ＩとＰＤ－Ｌ１及びＴＭＢとの関係も調べた。図８Ｄに示されるように、ＰＤ－Ｌ１^－試料の１６％と比較して、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有意に高い有病率が、ＰＤ－Ｌ１^＋試料（２５％）で見出された（Ｐ＜０．０００１）。図８Ｅに示されるように、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、高ＴＭＢとも有意に関連していた（高ＴＭＢ：２１％、低ＴＭＢ：１６％；Ｐ＜０．０００１）。図８Ｄにも示されるように、ＰＤ－Ｌ１^＋及びＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの罹患率は、線形に相関していた（Ｐ＝０．０００１）。しかしながら、図８Ｅに示されるように、ＴＭＢは、より複雑な関係を示し、最も低いＴＭＢ（例えば、神経内分泌腫瘍）及び最も高いＴＭＢ（例えば、皮膚黒色腫）を有する疾患は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの低い有病率を示し、一方、その間の腫瘍は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの高い有病率を示した。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとＴＭＢ及びＰＤ－Ｌ１との関連も図８Ｆに示されている。ＴＭＢ及びＰＤ－Ｌ１の関連性に関する２つの注目すべき例外は、膵島細胞腫瘍及び副腎皮質がんであり、かなりのＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨにもかかわらず（３６％～３８％）、どちらも高ＴＭＢ（５％～１０％）及びＰＤ－Ｌ１^＋（３％～７％）の割合が低かった。図９Ａ及び９Ｂに示されるように、両方の疾患において、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、ＨＬＡ－Ｂから約２Ｍｂ離れて位置する腫瘍抑制因子であるＤＡＸＸにおける機能喪失変異と関連していた（両方ともＰ＜０．０１）。これらの結果は、膵島細胞腫瘍及び副腎皮質がんにおけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨが、近くの腫瘍抑制遺伝子のＬＯＨによって駆動されるパッセンジャー事象であることを示唆している。全体として、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、ＰＤ－Ｌ１^＋との線形の関連を示し、高ＴＭＢとの複雑な関係を示した。

【0200】

ＴＭＢとＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとの間の複雑な関係を考えて、腫瘍抗原とＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとの間の連鎖を更に評価した。ネオ抗原ドライバー変異は、変異が発がんを促進するだけでなく、免疫応答も誘発するという点で、ネオ抗原の固有のサブセットを示す。ＮｅｔＭＨＣ ｐａｎ［１４］を使用して、再発性ドライバーネオ抗原を予測し、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの症例を、提示アレルが失われたか又は維持されたかについて評価した。図１０Ａに示されるように、提示アレルは、９８％（１２５／１２７）の予測されたドライバーネオ抗原でより頻繁に失われ、６２％（７７／１２５）が統計的に有意であった（Ｐ＜０．０５）。全体として、評価された任意のＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ事象で保持されたアレルで有意に頻繁に提示された再発性ドライバーネオ抗原はなかった。ウイルス感染はまた、発がん及び免疫系による認識を促進する可能性がある［１５］。図１０Ｂは、ウイルス感染サブセットにおけるＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率を示す。ヒトパピローマウイルス［１６］及びエプスタイン・バーウイルス［１７］などのウイルス感染が細胞固有の発がん性形質転換を媒介する腫瘍タイプでは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有病率は、ウイルス感染サブセット（ＨＰＶ^＋頭頸部ＳｑＣＣ：Ｐ＝０．００２、ＨＰＶ^＋子宮頸部：Ｐ＝０．００２、ＥＢＶ^＋胃：Ｐ＝０．０１、ＥＢＶ^＋鼻咽頭：Ｐ＝０．１）で増加した。対照的に、慢性感染後に肝炎及び肝硬変を介して細胞形質転換を誘発するＢ型肝炎ウイルス［１８］は、肝細胞がんにおいてＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと関連していなかった（ＨＢＶ^＋肝細胞：Ｐ＝１．０）。これらのデータは、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨが、腫瘍がネオ抗原の提示を無効にする潜在的なメカニズムであることを示している。

【0201】

最後に、全ての腫瘍タイプにわたって、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの有無で、試料間の頻繁なゲノム変化、変異シグネチャ、ＰＤ－Ｌ１染色、及びＴＭＢ状態の濃縮パターンを調査した。図１１Ａは、この分析の結果を示す。図１１Ｂに示されるように、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨを有する腫瘍は、１５の腫瘍タイプの多様な範囲にわたって高ＴＭＢが濃縮されていた（Ｐ＜０．０５）（高ＴＭＢは、その疾患内の中央値を上回ると定義された）。ＰＤ－Ｌ１^＋はまた、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとほぼ同時であったが、おそらくＰＤ－Ｌ１情報を有するサブセットのみに起因して、４つの疾患のみにおいて統計的有意性に達した（図１１Ｂ）。ＴＰ５３（１４の腫瘍タイプにわたってＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと一様に関連していた）、ＣＤＫＮ２Ａ（１６の疾患でＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと有意に関連していた）、及びＰＩＫ３ＣＡ（５つの腫瘍タイプでＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと有意に関連しており、そのうち３つは扁平上皮がんであった）など、いくつかの遺伝子がＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと頻繁に関連していた（図１１Ｂ）。図１１Ａに示されるように、神経膠腫はこれらの傾向の多くに関する注目すべき例外であり、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨと高ＴＭＢ並びにＣＤＫＮ２Ａ変化との間に相互排他性が観察された。

【0202】

これらのデータから、３つの主な結論を出すことができる。１つ目は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨが機構的にネオ抗原の提示に関連しているということである。しかしながら、免疫回避メカニズムとしてのＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの利用は、「ゴルディロックス」パターンに従う。それによって、ネオ抗原がほとんどない腫瘍はＨＬＡ－Ｉを失う必要がなく、ネオ抗原の数が多い腫瘍は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨ後もネオ抗原を提示する。しかし、中程度の数のネオ抗原を持つ腫瘍は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨによるネオ抗原の提示をうまく無効にすることができる。これらのデータから得られた２つ目の結論は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、免疫回避メカニズムとして進化的にＰＤ－Ｌ１発現とつながっており、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとＰＤ－Ｌ１^＋との間には明らかな線形の関連があるということである。そして最後に、そのＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨは、腫瘍によるネオ抗原提示のより良い理解に基づいて、チェックポイント阻害剤応答のバイオマーカーとしてＴＭＢを改善する可能性を有する。

【0203】

非炎症性腫瘍では、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの罹患率は低い。したがって、これらの腫瘍の高ＴＭＢは、チェックポイント阻害剤に対して優れた応答を有する患者において、実際に濃縮されている可能性がある。これは、高ＴＭＢの非炎症性がんを表す患者においてペムブロリズマブの有効性を調査する汎腫瘍試験で見られた単剤療法ＩＣＩへの応答を説明することができる［１９］。対照的に、高ＴＭＢは、ＮＳＣＬＣの第ＩＩＩ相治験における全生存期間の予測因子ではなかった。この例では、高ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨコホートが、低ＴＭＢ、ＨＬＡ－Ｉインタクトのコホートと同様の全生存期間を有し、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨがＮＳＣＬＣにおける高ＴＭＢの影響を鈍らせたことを示唆している。この知見は、ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨとＴＭＢを組み合わせることで、ＮＳＣＬＣにおける患者の層別化が改善されることを示唆している。更に、腫瘍による抗原提示は、ネオ抗原ワクチンなどの治療法を設計するための重要な考慮事項になるであろう。ＨＬＡ－Ｉ ＬＯＨの評価は、かかる治療法に適し得る患者を特定する上で重要な役割を果たす可能性がある。

【0204】

本発明の特定の実施形態が示され、説明されてきたが、当業者には、以下の特許請求の範囲によって定義される本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなく、形態及び詳細における様々な変更及び修正がなされ得ることが明らかであろう。以下の特許請求の範囲は、その範囲内にあり得る全ての変更及び修正を含むことを意図しており、法律で許容される最も広い意味で解釈されるべきである。
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【図1】

【図2】

【図3A】

【図3B】

【図4A】

【図4B】

【図4C】

【図4D】

【図4E】

【図4F】

【図4G】

【図5A】

【図5B】

【図6A】

【図6B】

【図6C】

【図6D】

【図7A】

【図7B】

【図7C】

【図7D】

【図8A】

【図8B】

【図8C】

【図8D】

【図8E】

【図8F】

【図9A】

【図9B】

【図10A】

【図10B】

【図11A】

【図11B】

【図12】

【図13】

【図14】

【国際調査報告】