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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-04-21
(54)【発明の名称】ウイルス感染の処置
(51)【国際特許分類】
C07K 14/33 20060101AFI20230414BHJP
A61K 38/16 20060101ALI20230414BHJP
A61K 35/74 20150101ALI20230414BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20230414BHJP
【ＦＩ】
C07K14/33
A61K38/16 ZNA
A61K35/74 D
A61P31/14
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022552577
(86)(22)【出願日】2021-03-04
(85)【翻訳文提出日】2022-08-31
(86)【国際出願番号】 EP2021055515
(87)【国際公開番号】W WO2021176017
(87)【国際公開日】2021-09-10
(31)【優先権主張番号】2003232.2
(32)【優先日】2020-03-05
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
(31)【優先権主張番号】2004998.7
(32)【優先日】2020-04-04
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
(31)【優先権主張番号】2006160.2
(32)【優先日】2020-04-27
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】522345412
【氏名又は名称】ニューマゲン リミテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100094569
【弁理士】
【氏名又は名称】田中 伸一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100103610
【弁理士】
【氏名又は名称】▲吉▼田 和彦
(74)【代理人】
【識別番号】100109070
【弁理士】
【氏名又は名称】須田 洋之
(74)【代理人】
【識別番号】100119013
【弁理士】
【氏名又は名称】山崎 一夫
(74)【代理人】
【識別番号】100123777
【弁理士】
【氏名又は名称】市川 さつき
(74)【代理人】
【識別番号】100111796
【弁理士】
【氏名又は名称】服部 博信
(74)【代理人】
【識別番号】100123766
【弁理士】
【氏名又は名称】松田 七重
(74)【代理人】
【識別番号】100137626
【弁理士】
【氏名又は名称】田代 玄
(72)【発明者】
【氏名】テイラー ゲーリー
(72)【発明者】
【氏名】コナリス ヘレン
(72)【発明者】
【氏名】ポッター ジェーン
(72)【発明者】
【氏名】ロジャーズ グレイム
(72)【発明者】
【氏名】エイトケン アンガス
(72)【発明者】
【氏名】トルタハーダ アントニ
(72)【発明者】
【氏名】トムソン ダグラス
(72)【発明者】
【氏名】ヤン レイ
【テーマコード（参考）】
4C084
4C087
4H045
【Ｆターム（参考）】
4C084AA01
4C084AA02
4C084BA01
4C084CA04
4C084DC50
4C084NA14
4C084ZB33
4C087AA01
4C087AA02
4C087BC31
4C087BC61
4C087BC68
4C087CA16
4C087NA14
4C087ZB33
4H045BA10
4H045CA11
4H045EA20
4H045FA10
(57)【要約】
ヒトおよび動物におけるウイルス性感染の処置もしくは予防、ならびに／または、関連する症状、疾患および／または状態の処置もしくは予防において有用な分子が開示されている。本開示は、コロナウイルス感染ならびに／またはそれが引き起こすまたは原因となる疾患、症状および／もしくは状態の処置または予防において有用である、糖（炭水化物／多糖／シアル酸／グリカン）結合タンパク質を含む分子を提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのグリカン結合分子。
【請求項2】
コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態は、ＣＯＶＩＤ－１９またはＳＡＲＳまたはＭＥＲＳである、請求項１の使用のための請求項１に記載のグリカン結合分子。
【請求項3】
コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置は、コロナウイルス感染、疾患または状態に伴う症状のうちの１つ以上の処置を含む、請求項１または２の使用のための、請求項１または２に記載のグリカン結合分子。
【請求項4】
症状は、持続性の咳および／または発熱および／または味覚／嗅覚における／の変化／喪失である、請求項３の使用のための、請求項３に記載のグリカン結合分子。
【請求項5】
炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）を含む、請求項１～４の使用のための、請求項１～４に記載のグリカン結合分子。
【請求項6】
ＣＢＭは：（ｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ；
（ｉｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ；
からなる群から選択される、請求項５の使用のための、請求項５に記載のグリカン結合分子。
【請求項7】
ＣＢＭは：（ｉ）ウエルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）ＣＢＭ３２（ＣｐＣＢＭ３２）；
（ｉｉ）肺炎レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）ＣＢＭ４０（ＳｐＣＢＭ４０）；
（ｉｉｉ）コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）ＣＢＭ４０（ＶｃＣＢＭ４０）；
（ｉｖ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭ；
（ｖ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片；
（ｖｉ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭ；および
（ｖｉｉ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片、
からなる群から選択される、請求項５または６の使用のための、請求項５または６に記載のグリカン結合分子。
【請求項8】
コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である、請求項１～７のいずれかの使用のための、請求項１～７のいずれかに記載のグリカン酸結合分子。
【請求項9】
コロナウイルスはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントである、請求項１～８のいずれかの使用のための、請求項１～８のいずれかに記載のグリカン酸結合分子。
【請求項10】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントはスパイクタンパク質内の突然変異を含み、突然変異は、アクセッションコード：ＱＨＤ４３４１６．１／ＹＰ＿００９７２４３９０．１を有するＷｕｈａｎ－Ｈｕ－１分離株のスパイクタンパク質のアミノ酸配列に対するアミノ酸変化である、請求項９の使用のための、請求項９に記載のグリカン酸結合分子。
【請求項11】
バリアントは、以下のスパイクタンパク質突然変異：（ｉ）ＨＶ６９－７０欠失；および／または
（ｉｉ）Ｎ５０１Ｙ；および／または
（ｉｉｉ）Ｅ４８４Ｋ、
のうちの１つ以上を含む、請求項９または１０の使用のための、請求項９または１０に記載のグリカン酸結合分子。
【請求項12】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントは、Ｂ．１．１．７バリアントおよび／またはＢ．１５２５バリアントおよび／またはＢ．１．３５１バリアントである、請求項９、１０または１１の使用のための、請求項９、１０または１１に記載のグリカン酸結合分子。
【請求項13】
コロナウイルス感染、コロナが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはコロナウイルス感染／疾患の症状の処置または予防において使用するためのＣＢＭ。
【請求項14】
以下：（ｉ）コロナウイルス感染、コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはコロナウイルス感染／疾患の症状；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはＣＯＶＩＤ－１９の症状
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ３２。
【請求項15】
配列番号１のアミノ酸配列：AIIETAIPQSEMTASATSEEGQDPASSAIDGNTNTMWHTKWNGSDALPQSLSVNLGSSRKVSSIAITP
RTSGNNGFITKYEIHAINNGVETLVAEGTWEENNLVKTVTFDSPIDAEEIKITAIQGVGGFASIAELNVYE
またはそれのグリカン／炭水化物の結合断片
を含む、請求項１４の使用のための、請求項１４に記載のＣＢＭ３２。
【請求項16】
以下：（ｉ）コロナウイルス感染、コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはＣＯＶＩＤ－１９の症状
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ４０。
【請求項17】
配列番号４のアミノ酸配列：ALFDYNATGDTEFDSPAKQGWMQDNTNNGSGVLTNADGMPAWLVQGIGGRAQWTYSLSTNQHAQASSFGWRMTTEMKVLSGGMITNYYANGTQRVLPIISLDSSGNLVVEFEGQTGRTVLATGTAATEYHKFELVFLPGSNPSASFYFDGKLIRDNIQPTASKQNMIVWGNGSSNTDGVAAYRDIKFEIQGD
または配列番号６のアミノ酸配列：
VIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDAKAPAFYNLFSVSSATKKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKGRVRLYVNGVLSRTSLRSGNFIKDMPDVTHVQIGATKRANNTVWGSNLQIRNLTVYNRALTPEEVQKRS
またはいずれかのグリカン／シアル酸の結合断片
を含む、請求項１６の使用のための、請求項１６に記載のＣＢＭ４０。
【請求項18】
以下：（ｉ）コロナウイルス感染、コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはコロナウイルス感染／疾患の症状；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはＣＯＶＩＤ－１９の症状
の処置または予防において使用するための改変ＣＢＭ。
【請求項19】
１つ以上の突然変異を含むように改変された野生型ＣＢＭ配列を含む、請求項１８の使用のための、請求項１８に記載の改変ＣＢＭ。
【請求項20】
配列番号１６の配列：GAMVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAFYNLFSVSSATKKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKGRARLYVNGGLSRTSLRSGNFIKDMPDVTHVQIGATKRANNTVWGSNLQIRNLTVYNRALTPEEVQKRSGGGSGVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAFYNLFSVSSATKKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKGRARLYVNGGLSRTSLRSGNFIKDMPDVTHVQIGATKRANNTVWGSNLQIRNLTVYNRALTPEEVQKRSGGSLGVPDFESDWFDVSSNSLYTLSHGLQRSPRRVVVEFARSSSPSTWNIVMPSYFNDGGHKGSGAQVEVGSLNIKLGTGAAVWGTGYFGGIDNSATTRFATGYYRVRAWI
またはそれのグリカン酸結合断片
を含む、請求項１８または１９に記載の改変ＣＢＭ。
【請求項21】
以下の処置または予防において使用するためのグリカン酸結合分子であって：（ｉ）コロナウイルス感染、コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはコロナウイルス感染／疾患の症状；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、および／またはＣＯＶＩＤ－１９の症状；
以下からなる群から選択される：
（ｉ）Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（三量化ドメインに融合された、ウエルシュ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ３２）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉｉ）Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、コレラ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；ならびに
（ｉｖ）Ｖｃ４ＣＢＭ（コレラ菌由来の４つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）、
グリカン酸結合分子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、ウイルス性疾患および／または状態の処置または予防のための組成物、医薬および方法において使用するための分子を提供する。
【背景技術】
【0002】
ウイルス性病原体は、ヒトにおいて一連の疾患および／または状態を引き起こすおそれがあり、一部の病原体に対してはワクチンおよび抗ウイルス療法が使用できるが、一方、有用な治療オプションがないものもある。場合によっては、ウイルス性感染の処置は、患者の隔離（さらなる感染拡散のリスクを最小限に抑えるため）および症状の処置に限られる。場合によっては、ウイルス性病原体は、特に呼吸器ウイルス性病原体は、呼吸困難、肺炎、気管支炎および／または細気管支炎などの二次合併症を招くおそれがある。若年層、老人、免疫不全患者、妊婦、および基礎疾患を有する個体が、多くの場合、ウイルス性病原体によるリスクに最も晒されている。
所与の任意のウイルス性病原体の病理は様々であるが、呼吸器病を引き起こす病原体は、ほとんどの場合、例えば、咳およびくしゃみおよび粘膜（呼吸気道、肺、、鼻、口および目を含めて）からの／への体液／分泌物によって生成されるエアロゾル化液滴によって伝染することになる。
ときおり、あるウイルスのアウトブレイクは、科学にとって新規である病原体の種および／または株に関係している。多くの場合こういった感染には効果的な処置法がなく、アウトブレイクをくい止め制御して、制御不能な拡散を回避する必要がある。
重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）は、人畜共通感染症起源のウイルス性呼吸器疾患である。本疾患はＳＡＲＳコロナウイルスによって引き起こされ、症状には筋肉痛、咳、咽頭痛、およびその他の非特異的な症状（例えば、無気力／倦怠感を含めて）を伴う発熱および／または「インフルエンザ」似た病気が含まれ得る。ＳＡＲＳコロナウイルスによる感染はまた、呼吸困難、ウイルス性肺炎および／または二次性細菌性肺炎をもたらすおそれもある。
多くの場合、ワクチンは開発するのが困難であり、製造かつ試験するのに相当の時間がかかる。また、抗ウイルス薬は効果が不定あり、多くのケースでは、薬物が効力を発する前にウイルス感染が消散する場合がある。
したがって、ウイルス性感染と、特にウイルス性呼吸器感染症と、闘うための新規で効果的な処置に対するニーズがある。
所与の任意のウイルス性病原体の病理は様々であるが、呼吸器病を引き起こす病原体は、ほとんどの場合、例えば、咳およびくしゃみおよび粘膜（呼吸気道、肺、、鼻、口および目を含めて）からの／への体液／分泌物によって生成されるエアロゾル化液滴によって伝染することになる。
ときおり、あるウイルスのアウトブレイクは、科学にとって新規である病原体の種および／または株に関係している。多くの場合こういった感染には効果的な処置法がなく、アウトブレイクをくい止め制御して、制御不能な拡散を回避する必要がある。
重症急性呼吸器症候群（ＳＡＲＳ）は、人畜共通感染症起源のウイルス性呼吸器疾患である。本疾患はＳＡＲＳコロナウイルスによって引き起こされ、症状には筋肉痛、咳、咽頭痛、およびその他の非特異的な症状（例えば、無気力／倦怠感を含めて）を伴う発熱および／または「インフルエンザ」似た病気が含まれ得る。ＳＡＲＳコロナウイルスによる感染はまた、呼吸困難、ウイルス性肺炎および／または二次性細菌性肺炎をもたらすおそれもある。
多くの場合、ワクチンは開発するのが困難であり、製造かつ試験するのに相当の時間がかかる。また、抗ウイルス薬は効果が不定あり、多くのケースでは、薬物が効力を発する前にウイルス感染が消散する場合がある。
したがって、ウイルス性感染と、特にウイルス性呼吸器感染症と、闘うための新規で効果的な処置に対するニーズがある。
【発明の概要】
【0003】
ヒトおよび動物におけるウイルス性感染の処置もしくは予防、ならびに／または、関連する疾患および／もしくは状態の処置もしくは予防、において使用することができる分子が、本明細書に開示されている。
記載の分子については、例えばコロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）に属する病原体を含めて、ウイルス性呼吸器病原体の処置または予防において特定の用途を見いだすことができる。
記載の分子については、例えばコロナウイルス科（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｉｄａｅ）に属する病原体を含めて、ウイルス性呼吸器病原体の処置または予防において特定の用途を見いだすことができる。
【発明を実施するための形態】
【0004】
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」および／または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」という用語は、本開示の種々の態様および実施形態が特定のある特性または複数の特性を「含む」ことを表して使用されることに留意されたい。この／これらの用語はまた、関連する特性または複数の特性「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」または「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔ ｏｆ）」態様および／または実施形態を包含し得ることを理解されたい。
【0005】
コロナウイルス科は、エンベロープを持つ一本鎖プラス鎖ＲＮＡウイルスのグループである。コロナウイルス科は、コロナウイルス属（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ）を含有する。「コロナウイルス科」または「コロナウイルス」という名称は、いくつかの王冠状の突起（「ペプロマー」または「スパイク」）を含有するウイルスの特徴的な形状に由来している。コロナウイルスは、世界中で、ヒトにおいて気道感染および致死性肺炎のアウトブレイクを引き起こす。
コロナウイルスは、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、およびデルタコロナウイルスの４属に分類された、エンベロープを持つ大型のプラス鎖ＲＮＡウイルスである。それらは、全てのＲＮＡウイルス全体にわたって最大のゲノム（２７～３２ｋｂ）を有し、エンベロープに取り囲まれたらせんカプシド内部にパッケージされている。ウイルスエンベロープと会合した少なくとも３種の構造タンパク質がある；膜タンパク質（Ｍ）、エンベロープタンパク質（Ｅ）、およびスパイク（糖）タンパク質（Ｓ）。一部のコロナウイルスは、ヘマグルチニン－エステラーゼタンパク質（ＨＥ）をコードする。
コロナウイルスは、アルファコロナウイルス、ベータコロナウイルス、ガンマコロナウイルス、およびデルタコロナウイルスの４属に分類された、エンベロープを持つ大型のプラス鎖ＲＮＡウイルスである。それらは、全てのＲＮＡウイルス全体にわたって最大のゲノム（２７～３２ｋｂ）を有し、エンベロープに取り囲まれたらせんカプシド内部にパッケージされている。ウイルスエンベロープと会合した少なくとも３種の構造タンパク質がある；膜タンパク質（Ｍ）、エンベロープタンパク質（Ｅ）、およびスパイク（糖）タンパク質（Ｓ）。一部のコロナウイルスは、ヘマグルチニン－エステラーゼタンパク質（ＨＥ）をコードする。
【0006】
Ｓ糖タンパク質は、ウイルス表面で大きな突出を形成し（「コロナ」または「王冠」を形成する）、宿主細胞へのウイルス侵入に関与する。Ｓタンパク質は、以下のドメイン／領域に分けられる大きな外部ドメインを有する：Ｓ１（受容体結合ドメイン）；Ｓ２（膜融合ドメイン）；膜貫通アンカー；および短い細胞内尾部。Ｓ１ドメインは２つの主要ドメインに分けられる：（ｉ）Ｎ末端ドメイン（Ｓ１－ＮＴＤ） － 糖を結合することに関与する；および（ｉｉ）Ｃ末端ドメイン（Ｓ１－ＣＴＤ） － タンパク質受容体ＡＣＥ２、ＡＰＮ、およびＤＰＰ４を認識することに関与する。
【0007】
本明細書で使用される場合、「コロナウイルス」という用語は、コロナウイルス科に属すると分類される任意のウイルスを包含し、ＳＡＲＳコロナウイルス、ＭＥＲＳコロナウイルス、およびＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２コロナウイルスを包含する。
「コロナウイルス」という用語はまた、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントも包含する。例えば、「コロナウイルス」という用語は、バリアントＢ．１．１．７、Ｂ．１５２５、Ｂ．１．３５１、およびＰ１と呼ばれるバリアントを包含する。これらのバリアントは、スパイクタンパク質内の突然変異（例えば、アミノ酸の付加、置換および／または欠失）によって特徴付けることができる。例えば、「コロナウイルス」という用語は、スパイクタンパク質内に以下の突然変異のうちの１つ以上を有する任意のバリアントを包含することができる：
（ｉ）ＨＶ６９－７０欠失；および／または
（ｉｉ）Ｎ５０１Ｙ；および／または
（ｉｉｉ）Ｅ４８４Ｋ。
いかなる場合でも、バリアントスパイクタンパク質配列は、参照配列と比べて１つ以上の突然変異を含有することができる。適切な参照配列は、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１株、Ｓタンパク質配列とすることができ、これは、アクセッションコードＱＨＤ４３４１６．１／ＹＰ＿００９７２４３９０．１で入手可能である。
「コロナウイルス」という用語はまた、全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２バリアントも包含する。例えば、「コロナウイルス」という用語は、バリアントＢ．１．１．７、Ｂ．１５２５、Ｂ．１．３５１、およびＰ１と呼ばれるバリアントを包含する。これらのバリアントは、スパイクタンパク質内の突然変異（例えば、アミノ酸の付加、置換および／または欠失）によって特徴付けることができる。例えば、「コロナウイルス」という用語は、スパイクタンパク質内に以下の突然変異のうちの１つ以上を有する任意のバリアントを包含することができる：
（ｉ）ＨＶ６９－７０欠失；および／または
（ｉｉ）Ｎ５０１Ｙ；および／または
（ｉｉｉ）Ｅ４８４Ｋ。
いかなる場合でも、バリアントスパイクタンパク質配列は、参照配列と比べて１つ以上の突然変異を含有することができる。適切な参照配列は、Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１株、Ｓタンパク質配列とすることができ、これは、アクセッションコードＱＨＤ４３４１６．１／ＹＰ＿００９７２４３９０．１で入手可能である。
【0008】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＳＡＲＳとＭＥＲＳの両方と同じ属に属すると分類されている（ベータコロナウイルス属（Ｂｅｔａｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ））；これは、ＳＡＲＳと同じ亜属分類にあって、全ゲノムにわたっておよそ８０％のヌクレオチド同一性を共有する。ＳＡＲＳとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は両方とも、細胞侵入のために宿主細胞表面で発現するグリコシル化ＡＣＥ２タンパク質を使用する。ＡＣＥ２残基９０のグリコシル化は、ＳＡＲＳウイルスを有意に阻害することが示されてきた。ＳＡＲＳ Ｓタンパク質には、予測される２１個のグリコシル化部位があり、これらの残基のうち少なくとも１８個がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２配列に保存されている。
【0009】
いかなる特定の理論にも束縛されることを望むわけではないが、コロナウイルス（例えば、ＭＥＲＳコロナウイルス）を中和する抗体は、スパイク糖タンパク質の受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）を標的とし、細胞受容体ジペプチジルペプチダーゼ４（ＤＰＰ４）への結合を遮断することができる。他の（抗Ｓタンパク質Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ））抗体は、スパイク糖タンパク質のＮ末端ドメイン（ＮＴＤ）に結合し、高力価で宿主細胞の侵入を阻害することが示されてきた。したがって、Ｓタンパク質のＮＴＤ部分を標的とすることによって、ＲＢＤ（Ｓ１－ＣＴＤ）部位に依存しない方法で宿主細胞の侵入を阻害することができる可能性がある；こういった阻害は、Ｓ糖タンパク質のコンフォメーション状態に影響を与える可能性がある。また、ある特定のタイプのインフルエンザ（例えば、Ｃ型インフルエンザ）の様に、コロナウイルスは、宿主細胞のシアル酸含有受容体を － 特に、例えば９－Ｏ－アセチル化シアル酸（ａｃｅｔｙｌａｔｅｄ ｓｉａｌｉｃ）を含有する細胞表面成分を含めてシアログリカンを、結合することができることも、示唆されている。さらに（ここでも、理論に拘束されることを望むわけではないが）、コロナウイルスは、ＣＢＭファミリー３２、４０、４７、６７、および７０に属するとして分類されるものを含めて、様々なＣＢＭによって認識される可能性のある糖タンパク質プロファイルを保有する。
【0010】
したがって、例えばシアル酸（例えば、本明細書に記載のＣＢＭのいずれか）を含めて、ある特定の炭水化物（多糖またはグリカン）に対する親和性を備えるタンパク質は、宿主上およびウイルス上のグリカンを標的とすることによって、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を含めてコロナウイルスの感染性を攪乱する可能性がある。
糖（炭水化物／多糖／グリカン）結合タンパク質を含む（それからなる、またはそれから本質的になる）いくつかの分子が開示されている。本タイプのタンパク質は、グリカンおよび／またはシアル酸に対して特定の親和性を呈し、コロナウイルス感染ならびに／またはそれが引き起こすまたは原因となる疾患および／もしくは状態の処置または予防において有用である。
糖（炭水化物／多糖／グリカン）結合タンパク質を含む（それからなる、またはそれから本質的になる）いくつかの分子が開示されている。本タイプのタンパク質は、グリカンおよび／またはシアル酸に対して特定の親和性を呈し、コロナウイルス感染ならびに／またはそれが引き起こすまたは原因となる疾患および／もしくは状態の処置または予防において有用である。
【0011】
「コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態」という語句には、ＳＡＲＳおよびＭＥＲＳと呼ばれるそういった疾患もしくは状態、ならびに／またはコロナウイルス感染に伴うその他の呼吸器疾患および／もしくは状態が含まれ得る。加えて、「コロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態」という語句には、ＣＯＶＩＤ－１９と呼ばれる急性呼吸器疾患ならびにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染によって引き起こされる、またはそれに伴う急性呼吸器疾患が含まれる。
本明細書で使用される場合、処置という用語は、コロナウイルス感染が引き起こすまたは原因となる疾患／状態に伴う症状のうちの１つ以上の減少を包含することができる。かかる症状には、例えば、（持続性の）咳、発熱、味覚／嗅覚における／の変化／喪失が含まれ得る。したがって、本明細書に記載のグリカン結合分子のいずれもが、コロナウイルス感染の症状のうちの１つ以上を処置するための組成物および／または方法において使用することができる。例として、本発明のグリカン結合分子のいずれか１つが、コロナウイルス感染の結果として発生するおそれのある持続性の咳を減少させるために、使用することができる。
本明細書で使用される場合、処置という用語は、コロナウイルス感染が引き起こすまたは原因となる疾患／状態に伴う症状のうちの１つ以上の減少を包含することができる。かかる症状には、例えば、（持続性の）咳、発熱、味覚／嗅覚における／の変化／喪失が含まれ得る。したがって、本明細書に記載のグリカン結合分子のいずれもが、コロナウイルス感染の症状のうちの１つ以上を処置するための組成物および／または方法において使用することができる。例として、本発明のグリカン結合分子のいずれか１つが、コロナウイルス感染の結果として発生するおそれのある持続性の咳を減少させるために、使用することができる。
【0012】
上記に鑑みて、本開示は、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのグリカン結合分子を提供する。
また、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にグリカン結合分子を投与することを含む。
本明細書では、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるグリカン結合分子の使用が提供される。
本開示はまた、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのシアル酸結合分子も提供する。
また、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にシアル酸結合分子を投与することを含む。
本明細書では、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるシアル酸結合分子の使用が提供される。
また、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にグリカン結合分子を投与することを含む。
本明細書では、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるグリカン結合分子の使用が提供される。
本開示はまた、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのシアル酸結合分子も提供する。
また、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にシアル酸結合分子を投与することを含む。
本明細書では、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるシアル酸結合分子の使用が提供される。
【0013】
特に有用な分子は炭水化物結合モジュール（ＣＢＭ）である。したがって、本明細書に記載の、使用、方法および医薬のための炭水化物、グリカンおよび／またはシアル酸の各結合分子は、ＣＢＭであってもよく、ＣＢＭを含んでもよい。
したがって、本開示はさらに以下を提供する：
（ｉ）コロナウイルス感染、コロナが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのＣＢＭ；
（ｉｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象にＣＢＭを投与することを含む、前記方法；
（ｉｉｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＣＢＭの使用。
したがって、本開示はさらに以下を提供する：
（ｉ）コロナウイルス感染、コロナが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのＣＢＭ；
（ｉｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法であって、それを必要とする対象にＣＢＭを投与することを含む、前記方法；
（ｉｉｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＣＢＭの使用。
【0014】
上記を踏まえて、本開示は、ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防において使用するためのＣＢＭを提供する。
本開示はまた、ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も提供し、前記方法は、それを必要とする対象にＣＢＭを投与することを含む。
本明細書では、ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造における、ＣＢＭの使用が記載されている。
本開示はまた、ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態を処置または予防する方法も提供し、前記方法は、それを必要とする対象にＣＢＭを投与することを含む。
本明細書では、ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造における、ＣＢＭの使用が記載されている。
【0015】
有用なＣＢＭの例を下に提供するが、完全を期すために、「ＣＢＭ」という用語には、例えば、ＣＢＭファミリー３２、４０、４７、６７、および７０に属するとして分類されるＣＢＭが含まれることを、理解されたい。当業者であれば、莫大な様々なＣＢＭがあり、上記のファミリーのメンバは様々な多数の細菌種に由来することができることを、理解するであろう。ＣＢＭに関する、特にファミリー３２、４０、４７、６７、および７０の各ＣＢＭに関する詳細情報については、パブリックＣＡＺＹデータベース（http://www.cazy.orgで入手可能）で見いだすことができる。一部の特に有用なＣＢＭは、レンサ球菌属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ビブリオ属（Ｖｉｂｒｉｏ）、およびクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）内の細菌種に由来することができる。また、本開示は、１つ以上のＣＢＭおよび本明細書に記載のＣＢＭのいずれかの改変形態を含む分子の使用を包含することも理解されたい（下により詳細に記載されるように）。改変ＣＢＭは、野生型ＣＢＭ配列に対して１つ以上の突然変異残基を含むＣＢＭである。
【0016】
本明細書に記載の種々の使用、医薬および方法のためのＣＢＭは、炭水化物、グリカンおよび／またはシアル酸の各結合分子の全てのタイプである。
「シアル酸」という用語は、Ｎ－またはＯ－置換ノイラミン酸の全ての形態を包含し、これには、それらの全ての合成の、天然に存在するおよび／または改変の各形態が含まれる。シアル酸は、細胞表面分子、糖タンパク質および糖脂質の成分として見いだすことができる。ほとんどの場合、シアル酸は、細胞膜および／またはタンパク質に接続した糖鎖の終端（末端領域）に存在する。例えば、ヒト上気道の一部の細胞は、α－２，６－連結シアル酸受容体を含み、上気道および下気道のその他の細胞は、α－２，３－連結シアル酸受容体を含む。シアル酸ファミリーは、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７、Ｃ８およびＣ９にてのアセチル化、グリコシル化（ｇｌｙｃｏｌｙｌａｔｉｏｎ）、ラクトン化およびメチル化の結果として生じることができるいくつか（概５０種）の誘導体を包含する。かかる誘導体は全て「シアル酸」という用語に包含されることになる。シアル酸は、α（２，３）もしくはα（２，６）がＧａｌおよびＧａｌＮＡｃに連結して、またはα（２，８）もしくはα（２，９）が別のシアル酸に連結して、見いだされる場合がある。したがって、「シアル酸」という用語は、本明細書全体を通して使用されるが、シアル酸の全てのアノマー、誘導体、アナログまたはバリアント（天然に存在するもの合成的に生成されたものを問わず）ならびにそれを含む全ての単量体、二量体、三量体、オリゴマー、ポリマーまたはコンカテマーを包含すること、を理解することが肝要である。
「シアル酸」という用語は、Ｎ－またはＯ－置換ノイラミン酸の全ての形態を包含し、これには、それらの全ての合成の、天然に存在するおよび／または改変の各形態が含まれる。シアル酸は、細胞表面分子、糖タンパク質および糖脂質の成分として見いだすことができる。ほとんどの場合、シアル酸は、細胞膜および／またはタンパク質に接続した糖鎖の終端（末端領域）に存在する。例えば、ヒト上気道の一部の細胞は、α－２，６－連結シアル酸受容体を含み、上気道および下気道のその他の細胞は、α－２，３－連結シアル酸受容体を含む。シアル酸ファミリーは、Ｃ４、Ｃ５、Ｃ７、Ｃ８およびＣ９にてのアセチル化、グリコシル化（ｇｌｙｃｏｌｙｌａｔｉｏｎ）、ラクトン化およびメチル化の結果として生じることができるいくつか（概５０種）の誘導体を包含する。かかる誘導体は全て「シアル酸」という用語に包含されることになる。シアル酸は、α（２，３）もしくはα（２，６）がＧａｌおよびＧａｌＮＡｃに連結して、またはα（２，８）もしくはα（２，９）が別のシアル酸に連結して、見いだされる場合がある。したがって、「シアル酸」という用語は、本明細書全体を通して使用されるが、シアル酸の全てのアノマー、誘導体、アナログまたはバリアント（天然に存在するもの合成的に生成されたものを問わず）ならびにそれを含む全ての単量体、二量体、三量体、オリゴマー、ポリマーまたはコンカテマーを包含すること、を理解することが肝要である。
【0017】
したがって、本開示の種々の方法、使用および医薬のためのシアル酸結合分子は、上記のその種々の形態のいずれかにあるシアル酸に対する親和性を備える部分を含むことができる。実際、使用のためのＣＢＭ、すなわち本明細書に記載の医薬または方法において使用するためのＣＢＭは、上記のその種々の形態のいずれかにあるシアル酸に対する親和性を呈することができ、および／または、シアル酸分子であって、コロナウイルス、（哺乳動物）細胞表面および／または（哺乳動物）細胞表面受容体の中または上に存在することができるような、シアル酸分子に結合／カップリングするおよび／またはそれと会合することができる。
【0018】
有用なＣＢＭは、任意の形態を取り、および／またはＣＢＭの任意のクラスまたはタイプに属する。以下のＣＢＭファミリーのうちのいずれか１つ以上からのＣＢＭが役立つとすることができる。
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ（ＣＢＭ３２）；
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ（ＣＢＭ４０）；
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ（ＣＢＭ４７）；
（ｉｖ）ファミリー６７ ＣＢＭ（ＣＢＭ６７）；および
（ｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ（ＣＢＭ７０）。
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ（ＣＢＭ３２）；
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ（ＣＢＭ４０）；
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ（ＣＢＭ４７）；
（ｉｖ）ファミリー６７ ＣＢＭ（ＣＢＭ６７）；および
（ｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ（ＣＢＭ７０）。
【0019】
例えば、本開示は：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ３２を提供する。
また：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象に１つ以上のファミリー３２ ＣＢＭ３２を投与することを含む。
加えて、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＣＢＭ３２の使用も開示される。
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ３２を提供する。
また：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象に１つ以上のファミリー３２ ＣＢＭ３２を投与することを含む。
加えて、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＣＢＭ３２の使用も開示される。
【0020】
本開示はまた：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ４０、またはＣＢＭ４７、またはＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０も提供する。
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態、
の処置または予防において使用するためのＣＢＭ４０、またはＣＢＭ４７、またはＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０も提供する。
【0021】
本開示はさらに、
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法であって、
それを必要とする対象に１つ以上のファミリー４０ ＣＢＭ、ファミリー４７ ＣＢＭ、ファミリー６７ ＣＢＭまたはファミリー７０ ＣＢＭを投与することを含む、
前記方法にもさらに関する。
加えて、本開示は、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造における、ＣＢＭ４０、またはＣＢＭ４７、またはＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０の使用を提供する。
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法であって、
それを必要とする対象に１つ以上のファミリー４０ ＣＢＭ、ファミリー４７ ＣＢＭ、ファミリー６７ ＣＢＭまたはファミリー７０ ＣＢＭを投与することを含む、
前記方法にもさらに関する。
加えて、本開示は、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造における、ＣＢＭ４０、またはＣＢＭ４７、またはＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０の使用を提供する。
【0022】
開示のＣＢＭ３２、ＣＢＭ４０、ＣＢＭ４７、ＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０のいずれか１つの使用は、任意の他の炭水化物結合タンパク質、グリカン結合タンパク質、シアル酸結合分子および／またはＣＢＭと組み合わせることができることに留意されたい。実際、ＣＢＭ３２、ＣＢＭ４０、ＣＢＭ４７、ＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０の使用は、ＣＢＭ３２、ＣＢＭ４０、ＣＢＭ４７、ＣＢＭ６７またはＣＢＭ７０のいずれか他の１つの使用と組み合わせることができる。
各ＣＢＭファミリーに関するさらなる詳細を下に提供する － これらのＣＢＭ（それらのサブタイプ、バリアント、オルソログ等）は全て、コロナウイルス感染、ならびに／または本明細書に記載のコロナウイルス関連疾患および／もしくは状態の処置および／または予防における使用のためのものである。
各ＣＢＭファミリーに関するさらなる詳細を下に提供する － これらのＣＢＭ（それらのサブタイプ、バリアント、オルソログ等）は全て、コロナウイルス感染、ならびに／または本明細書に記載のコロナウイルス関連疾患および／もしくは状態の処置および／または予防における使用のためのものである。
【0023】
ＣＢＭ３２
有用なＣＢＭ３２（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ３２）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ３２は、例えばセルビブリオ属（Ｃｅｌｌｖｉｂｒｉｏ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、ミクロモノスポラ属（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ）、レンサ球菌属、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）およびクロストリジウム属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ３２は、例えば、セルビブリオ・ミクスツス（Ｃｅｌｌｖｉｂｒｉｏ ｍｉｘｔｕｓ）、エルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｌｉｔｉｃａ）、ウエルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・サーモセラム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ）、肺炎レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）およびミクロモノスポラ・ビリジファシエンス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ ｖｉｒｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ３２ファミリーの給源、構造、および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ａｃｔｉｖｅ Ｅｎｚｙｍｅｓ）のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM32.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
有用なＣＢＭ３２（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ３２）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ３２は、例えばセルビブリオ属（Ｃｅｌｌｖｉｂｒｉｏ）、エルシニア属（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）、ミクロモノスポラ属（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ）、レンサ球菌属、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）およびクロストリジウム属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ３２は、例えば、セルビブリオ・ミクスツス（Ｃｅｌｌｖｉｂｒｉｏ ｍｉｘｔｕｓ）、エルシニア・エンテロコリチカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｌｉｔｉｃａ）、ウエルシュ菌（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・サーモセラム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ）、肺炎レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｏｎｇｕｍ）およびミクロモノスポラ・ビリジファシエンス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ ｖｉｒｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ３２ファミリーの給源、構造、および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素（Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ Ａｃｔｉｖｅ Ｅｎｚｙｍｅｓ）のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM32.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
【0024】
例示的なＣＢＭ３２配列は、下の配列番号１によって提供される：
配列番号１
AIIETAIPQSEMTASATSEEGQDPASSAIDGNTNTMWHTKWNGSDALPQSLSVNLGSSRKVSSIAITP
RTSGNNGFITKYEIHAINNGVETLVAEGTWEENNLVKTVTFDSPIDAEEIKITAIQGVGGFASIAELNVYE
配列番号１
AIIETAIPQSEMTASATSEEGQDPASSAIDGNTNTMWHTKWNGSDALPQSLSVNLGSSRKVSSIAITP
RTSGNNGFITKYEIHAINNGVETLVAEGTWEENNLVKTVTFDSPIDAEEIKITAIQGVGGFASIAELNVYE
【0025】
したがって、使用のためのＣＢＭは、配列番号１の配列を有するＣＢＭまたはそれの炭水化物結合部分を含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる。配列番号１の炭水化物結合断片は、配列番号１からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１３８個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号１からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個または約１３５個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
【0026】
ＣＢＭ３２または配列番号１を含む、それから本質的になる、またはそれからなるタンパク質は、例えば、ガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）および／またはラクトースを結合することができる。したがって、使用のためのいずれもの断片も、ガラクトース、Ｎ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）および／またはラクトースを結合することができる。当業者であれば、所与の任意のＣＢＭ３２分子の結合親和性は正確なＣＢＭ３２サブタイプに依存することができることを理解するであろう；さらなる例として、一部のＣＢＭ３２は様々なリガンドに対する親和性を示した。（例には、ＩＩ型血液型Ｈ－三糖（Ｆｕｃα１－２Ｇａｌβ１－４ＧｌｃＮＡｃ）、Ｎ－アセチル－Ｄ－ラクトサミン（ＬａｃＮＡｃ）、ガラクトース、ラクト－Ｎ－ビオース、二糖ＧｌｃＮＡｃ－α－１，４－Ｇａｌ（アルファ１，４でガラクトースに連結したＮ－アセチルグルコサミンと呼ばれる場合がある）、および／またはＧｌｃＮＡｃが含まれる）。多重のＣＢＭ３２サブタイプが単一の生物体に由来することができること；これら様々なＣＢＭサブタイプは、同じ、類似のまたは異なる結合特異性を呈することができること、にも留意されたい。例えば、ウエルシュ菌は２種のシアリダーゼＮａｎＪおよびＮａｎＨを含有する；ＮａｎＪは１つのガラクトース特異的ＣＢＭ３２を含有する；ＮａｎＨは、異なる結合選択性を備える４つの推定ＣＢＭ３２を含有する － 例えば、ＮａｎＨによってコードされるＣＢＭ３２はＧｌｃＮＡｃを結合する。本明細書で使用される場合、ＣＢＭ３２という用語は、ＣＢＭ３２のバリアント、誘導体、およびサブタイプ全てを包含する。
【0027】
配列番号１は、ＩＤ番号Ａ０Ａ２Ｘ２ＹＪＦ２でＵｎｉＰｒｏｔデータベースに寄託された配列に由来する。この配列は、下の配列番号２として再現されている（配列番号１は、残基４２～１８０として現れる － 下の配列において太字体で示される）。
配列番号２
MKSKKIIATL VASLVISNMG GYLVKANPNV NHKAVIIEDR QAIIETAIPQ SEMTASATSE
EGQDPASSAI DGNTNTMWHT KWNGSDALPQ SLSVNLGSSR KVSSIAITPR TSGNNGFITK
YEIHAINNGV ETLVAEGTWE ENNLVKTVTF DSPIDAEEIK ITAIQGVGGF ASIAELNVYE
IKGEVDEIAN YGNLKITKEE ERLNITRDLE KFSSLDEGTI VTRFNMNDTS IQSLIGLSDG
NKANNYFSLY VSGGKVGYEL RRQEGNGDFN VHHSADVTFN KGINTLALKI EKGVGAKIFL
NGSLVKTVSD PNIKFLNAIN LNSGFIGKTD RANGYNEYLF RGNIDFMNIY DKPVSDNYLL
RKTGETKAPS EDSLLPDDVY KTQPVELFYP GYLESRGYRI PALETTKKGT VLASIDVRNN
GDHDAPNNNI DVGIRRKEVN GEWEEGKVIL DYPGKSAAID TSLMSATIEE NGIEKERIFL
IVTHFPEGYG FPNTEGGSGY KEIDGKYYFI LKDAQNNEYT VREDGIVYNS EGNETDYVMK
NDKTLIQNGE EVGNALLSNS PLKAVGTAHI EMIYSDDDGN TWSEPEDLNP GLKKEWMKFF
GTAPGKGIQI KNGEHKGRLV FPIYYTNQNN FQSSAVIYSD DFGETWKLGE SPIDTASVSS
ETVSSGTQLT ECQVVEMPNG QLKLFMRNTG SYTRIATSFD GGATWHDEVP EDTSLREPYC
QLSVINYSGK INGKDAIIFS NPDASSRVNG SVKVGLINEN GTYENGQPRY EFDWIYNKTV
KPGSFAYSCL TELPDGNLGL FYEGEGAGRM AYTEFDLNYL KFNASEDSPA ATVQSIESLD
EDLIYNAGDE VSIKVNFNQL VSLIGDRKIT LDIGGVDVPL NMVNYEGKSS AIFKGTIPEG
INPGNYEIK LKENNALELNT VYNKVSTLNG LDNTGINVQI GELKTTVGNS TIKVNEEVQV
GSAFEAILGI KGLNGDTEVY SAEYLFEYNA EAFKLNEITS FSDSLFVKSK EVEPGKVRIL
VASLGNEIEK DSELVKVNLT PKISSELEVL GLTTALVGAG DGNTHDLELS SKEVKINEEA
SGEIVVNPVQ NFEIPEINKK NVKLTWNAPI TTEGLEGYVI YKDGKKLSEV PAESTEFVVS
KLNRHTIYNF KVAAKYSNGE LSAKESKTIR TAR
配列番号２
MKSKKIIATL VASLVISNMG GYLVKANPNV NHKAVIIEDR QAIIETAIPQ SEMTASATSE
EGQDPASSAI DGNTNTMWHT KWNGSDALPQ SLSVNLGSSR KVSSIAITPR TSGNNGFITK
YEIHAINNGV ETLVAEGTWE ENNLVKTVTF DSPIDAEEIK ITAIQGVGGF ASIAELNVYE
IKGEVDEIAN YGNLKITKEE ERLNITRDLE KFSSLDEGTI VTRFNMNDTS IQSLIGLSDG
NKANNYFSLY VSGGKVGYEL RRQEGNGDFN VHHSADVTFN KGINTLALKI EKGVGAKIFL
NGSLVKTVSD PNIKFLNAIN LNSGFIGKTD RANGYNEYLF RGNIDFMNIY DKPVSDNYLL
RKTGETKAPS EDSLLPDDVY KTQPVELFYP GYLESRGYRI PALETTKKGT VLASIDVRNN
GDHDAPNNNI DVGIRRKEVN GEWEEGKVIL DYPGKSAAID TSLMSATIEE NGIEKERIFL
IVTHFPEGYG FPNTEGGSGY KEIDGKYYFI LKDAQNNEYT VREDGIVYNS EGNETDYVMK
NDKTLIQNGE EVGNALLSNS PLKAVGTAHI EMIYSDDDGN TWSEPEDLNP GLKKEWMKFF
GTAPGKGIQI KNGEHKGRLV FPIYYTNQNN FQSSAVIYSD DFGETWKLGE SPIDTASVSS
ETVSSGTQLT ECQVVEMPNG QLKLFMRNTG SYTRIATSFD GGATWHDEVP EDTSLREPYC
QLSVINYSGK INGKDAIIFS NPDASSRVNG SVKVGLINEN GTYENGQPRY EFDWIYNKTV
KPGSFAYSCL TELPDGNLGL FYEGEGAGRM AYTEFDLNYL KFNASEDSPA ATVQSIESLD
EDLIYNAGDE VSIKVNFNQL VSLIGDRKIT LDIGGVDVPL NMVNYEGKSS AIFKGTIPEG
INPGNYEIK LKENNALELNT VYNKVSTLNG LDNTGINVQI GELKTTVGNS TIKVNEEVQV
GSAFEAILGI KGLNGDTEVY SAEYLFEYNA EAFKLNEITS FSDSLFVKSK EVEPGKVRIL
VASLGNEIEK DSELVKVNLT PKISSELEVL GLTTALVGAG DGNTHDLELS SKEVKINEEA
SGEIVVNPVQ NFEIPEINKK NVKLTWNAPI TTEGLEGYVI YKDGKKLSEV PAESTEFVVS
KLNRHTIYNF KVAAKYSNGE LSAKESKTIR TAR
【0028】
配列番号１および２はウエルシュ菌に由来する。本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ３２を含むことができる。使用のためのＣＢＭは、配列番号１を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。当業者であれば、有用なＣＢＭ３２が、配列番号１および２のＣＢＭ３２配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ３２」という用語によって包含されることになることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ３２配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
【0029】
ＣＢＭ４０
有用なＣＢＭ４０（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ４０）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ４０は、例えば、クロストリジウム属、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、レンサ球菌属およびビブリオ属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ４０は、例えば、ウエルシュ菌、肺炎レンサ球菌およびコレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ４０ファミリーの給源、構造、および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM40.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
有用なＣＢＭ４０（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ４０）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ４０は、例えば、クロストリジウム属、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ブドウ球菌属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、レンサ球菌属およびビブリオ属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ４０は、例えば、ウエルシュ菌、肺炎レンサ球菌およびコレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ４０ファミリーの給源、構造、および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM40.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
【0030】
ファミリー４０ ＣＢＭは、概２００個の残基の分子を包含し、ＧＨ３３シアリダーゼのＮ末端に見いだされることが多い。それらは、ＧＨ３３シアリダーゼのβ－プロペラに挿入されて見いだされる場合もある。少なくともコレラ菌のＣＢＭ４０は、シアル酸のアルファアノマーを、および、例えばα（２，３）－、α（２，６）－、およびα（２，８）－連結シアロシドを結合する。
【0031】
使用のための例示的なＣＢＭ４０は、コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼのシアル酸結合ドメイン（ＶｃＣＢＭ：ＣＢＭ４０）および／または肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼ由来の等価の（または相同な）ドメイン（ＳｐＣＢＭ：またＣＢＭ４０）を含むことができる。当然、他の生物体に存在する類似のまたは相同なシアル酸結合モジュールが、「ＣＢＭ」および「ＣＢＭ４０」という用語の範囲内に包含されることになる。
【0032】
例示的なコレラ菌のＮａｎＨシアリダーゼアミノ酸配列は、アクセッション番号Ａ５Ｆ７Ａ４で寄託されており、配列番号３（７８１個のアミノ酸）として下に再現されている。
配列番号３
MRFKNVKKTA LMLAMFGMAT SSNAALFDYN ATGDTEFDSP AKQGWMQDNT NNGSGVLTNA
DGMPAWLVQG IGGRAQWTYS LSTNQHAQAS SFGWRMTTEM KVLSGGMITN YYANGTQRVL
PIISLDSSGN LVVEFEGQTG RTVLATGTAA TEYHKFELVF LPGSNPSASF YFDGKLIRDN
IQPTASKQNM IVWGNGSSNT DGVAAYRDIK FEIQGDVIFR GPDRIPSIVA SSVTPGVVTA
FAEKRVGGGD PGALSNTNDI ITRTSRDGGI TWDTELNLTE QINVSDEFDF SDPRPIYDPS
SNTVLVSYAR WPTDAAQNGD RIKPWMPNGI FYSVYDVASG NWQAPIDVTD QVKERSFQIA
GWGGSELYRR NTSLNSQQDW QSNAKIRIVD GAANQIQVAD GSRKYVVTLS IDESGGLVAN
LNGVSAPIIL QSEHAKVHSF HDYELQYSAL NHTTTLFVDG QQITTWAGEV SQENNIQFGN
ADAQIDGRLH VQKIVLTQQG HNLVEFDAFY LAQQTPEVEK DLEKLGWTKI KTGNTMSLYG
NASVNPGPGH GITLTRQQNI SGSQNGRLIY PAIVLDRFFL NVMSIYSDDG GSNWQTGSTL
PIPFRWKSSS ILETLEPSEA DMVELQNGDL LLTARLDFNQ IVNGVNYSPR QQFLSKDGGI
TWSLLEANNA NVFSNISTGT VDASITRFEQ SDGSHFLLFT NPQGNPAGTN GRQNLGLWFS
FDEGVTWKGP IQLVNGASAY SDIYQLDSEN AIVIVETDNS NMRILRMPIT LLKQKLTLSQ N
配列番号３
MRFKNVKKTA LMLAMFGMAT SSNAALFDYN ATGDTEFDSP AKQGWMQDNT NNGSGVLTNA
DGMPAWLVQG IGGRAQWTYS LSTNQHAQAS SFGWRMTTEM KVLSGGMITN YYANGTQRVL
PIISLDSSGN LVVEFEGQTG RTVLATGTAA TEYHKFELVF LPGSNPSASF YFDGKLIRDN
IQPTASKQNM IVWGNGSSNT DGVAAYRDIK FEIQGDVIFR GPDRIPSIVA SSVTPGVVTA
FAEKRVGGGD PGALSNTNDI ITRTSRDGGI TWDTELNLTE QINVSDEFDF SDPRPIYDPS
SNTVLVSYAR WPTDAAQNGD RIKPWMPNGI FYSVYDVASG NWQAPIDVTD QVKERSFQIA
GWGGSELYRR NTSLNSQQDW QSNAKIRIVD GAANQIQVAD GSRKYVVTLS IDESGGLVAN
LNGVSAPIIL QSEHAKVHSF HDYELQYSAL NHTTTLFVDG QQITTWAGEV SQENNIQFGN
ADAQIDGRLH VQKIVLTQQG HNLVEFDAFY LAQQTPEVEK DLEKLGWTKI KTGNTMSLYG
NASVNPGPGH GITLTRQQNI SGSQNGRLIY PAIVLDRFFL NVMSIYSDDG GSNWQTGSTL
PIPFRWKSSS ILETLEPSEA DMVELQNGDL LLTARLDFNQ IVNGVNYSPR QQFLSKDGGI
TWSLLEANNA NVFSNISTGT VDASITRFEQ SDGSHFLLFT NPQGNPAGTN GRQNLGLWFS
FDEGVTWKGP IQLVNGASAY SDIYQLDSEN AIVIVETDNS NMRILRMPIT LLKQKLTLSQ N
【0033】
配列番号３のＣＢＭ領域は、アミノ酸残基２５～２１６である（太字体で示される配列） － この配列は、配列番号４とすることができる。
例示的な肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼアミノ酸配列は、アクセッション番号Ｐ６２５７５で寄託されており、配列番号５（１０３５個のアミノ酸）として下に再現されている。
配列番号５
MSYFRNRDID IERNSMNRSV QERKCRYSIR KLSVGAVSMI VGAVVFGTSP VLAQEGASEQ
PLANETQLSG ESSTLTDTEK SQPSSETELS GNKQEQERKD KQEEKIPRDY YARDLENVET
VIEKEDVETN ASNGQRVDLS SELDKLKKLE NATVHMEFKP DAKAPAFYNL FSVSSATKKD
EYFTMAVYNN TATLEGRGSD GKQFYNNYND APLKVKPGQW NSVTFTVEKP TAELPKGRVR
LYVNGVLSRT SLRSGNFIKD MPDVTHVQIG ATKRANNTVW GSNLQIRNLT VYNRALTPEE
VQKRSQLFKR SDLEKKLPEG AALTEKTDIF ESGRNGKPNK DGIKSYRIPA LLKTDKGTLI
AGADERRLHS SDWGDIGMVI RRSEDNGKTW GDRVTITNLR DNPKASDPSI GSPVNIDMVL
VQDPETKRIF SIYDMFPEGK GIFGMSSQKE EAYKKIDGKT YQILYREGEK GAYTIRENGT
VYTPDGKATD YRVVVDPVKP AYSDKGDLYK GNQLLGNIYF TTNKTSPFRI AKDSYLWMSY
SDDDGKTWSA PQDITPMVKA DWMKFLGVGP GTGIVLRNGP HKGRILIPVY TTNNVSHLNG
SQSSRIIYSD DHGKTWHAGE AVNDNRQVDG QKIHSSTMNN RRAQNTESTV VQLNNGDVKL
FMRGLTGDLQ VATSKDGGVT WEKDIKRYPQ VKDVYVQMSA IHTMHEGKEY IILSNAGGPK
RENGMVHLAR VEENGELTWL KHNPIQKGEF AYNSLQELGN GEYGILYEHT EKGQNAYTLS
FRKFNWDFLS KDLISPTEAK VKRTREMGKG VIGLEFDSEV LVNKAPTLQL ANGKTARFMT
QYDTKTLLFT VDSEDMGQKV TGLAEGAIES MHNLPVSVAG TKLSNGMNGS EAAVHEVPEY
TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTAGEE AAPTVEKPEF
TGGVNGTEPA VHEIAEYKGS DSLVTLTTKE DYTYKAPLAQ QALPETGNKE SDLLASLGLT
AFFLGLFTLG KKREQ
例示的な肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼアミノ酸配列は、アクセッション番号Ｐ６２５７５で寄託されており、配列番号５（１０３５個のアミノ酸）として下に再現されている。
配列番号５
MSYFRNRDID IERNSMNRSV QERKCRYSIR KLSVGAVSMI VGAVVFGTSP VLAQEGASEQ
PLANETQLSG ESSTLTDTEK SQPSSETELS GNKQEQERKD KQEEKIPRDY YARDLENVET
VIEKEDVETN ASNGQRVDLS SELDKLKKLE NATVHMEFKP DAKAPAFYNL FSVSSATKKD
EYFTMAVYNN TATLEGRGSD GKQFYNNYND APLKVKPGQW NSVTFTVEKP TAELPKGRVR
LYVNGVLSRT SLRSGNFIKD MPDVTHVQIG ATKRANNTVW GSNLQIRNLT VYNRALTPEE
VQKRSQLFKR SDLEKKLPEG AALTEKTDIF ESGRNGKPNK DGIKSYRIPA LLKTDKGTLI
AGADERRLHS SDWGDIGMVI RRSEDNGKTW GDRVTITNLR DNPKASDPSI GSPVNIDMVL
VQDPETKRIF SIYDMFPEGK GIFGMSSQKE EAYKKIDGKT YQILYREGEK GAYTIRENGT
VYTPDGKATD YRVVVDPVKP AYSDKGDLYK GNQLLGNIYF TTNKTSPFRI AKDSYLWMSY
SDDDGKTWSA PQDITPMVKA DWMKFLGVGP GTGIVLRNGP HKGRILIPVY TTNNVSHLNG
SQSSRIIYSD DHGKTWHAGE AVNDNRQVDG QKIHSSTMNN RRAQNTESTV VQLNNGDVKL
FMRGLTGDLQ VATSKDGGVT WEKDIKRYPQ VKDVYVQMSA IHTMHEGKEY IILSNAGGPK
RENGMVHLAR VEENGELTWL KHNPIQKGEF AYNSLQELGN GEYGILYEHT EKGQNAYTLS
FRKFNWDFLS KDLISPTEAK VKRTREMGKG VIGLEFDSEV LVNKAPTLQL ANGKTARFMT
QYDTKTLLFT VDSEDMGQKV TGLAEGAIES MHNLPVSVAG TKLSNGMNGS EAAVHEVPEY
TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTSGEE PAPTVEKPEY TGPLGTAGEE AAPTVEKPEF
TGGVNGTEPA VHEIAEYKGS DSLVTLTTKE DYTYKAPLAQ QALPETGNKE SDLLASLGLT
AFFLGLFTLG KKREQ
【0034】
配列番号５のＣＢＭ領域は、アミノ酸残基１２１～３０５である（太字体で示される配列） － この配列は、配列番号６とすることができる。
本開示の種々の態様および実施形態において使用するためのＣＢＭは、配列番号３、４、５または６の配列を有するタンパク質もしくはペプチド、またはこれらのいずれかの炭水化物結合断片を含むことができる。例えば、有用な分子（すなわち、本明細書に記載の使用、方法および医薬のための分子）は、コレラ菌のｎａｎＨ遺伝子（シアリダーゼをコードする）のシアル酸結合ドメイン（配列番号３によって提供）または別の生物体に存在する等価のまたは相同な遺伝子（例えば、肺炎レンサ球菌の等価の／相同なｎａｎＡシアリダーゼ遺伝子；配列番号５を参照されたい）よってコードされる、タンパク質部分を含むことができる。
本開示の種々の態様および実施形態において使用するためのＣＢＭは、配列番号３、４、５または６の配列を有するタンパク質もしくはペプチド、またはこれらのいずれかの炭水化物結合断片を含むことができる。例えば、有用な分子（すなわち、本明細書に記載の使用、方法および医薬のための分子）は、コレラ菌のｎａｎＨ遺伝子（シアリダーゼをコードする）のシアル酸結合ドメイン（配列番号３によって提供）または別の生物体に存在する等価のまたは相同な遺伝子（例えば、肺炎レンサ球菌の等価の／相同なｎａｎＡシアリダーゼ遺伝子；配列番号５を参照されたい）よってコードされる、タンパク質部分を含むことができる。
【0035】
本開示の使用、方法および医薬のための分子は、配列番号３および４のコレラ菌シアリダーゼ分子の、およそ１、５、１０、１５、２５または３０の各残基（すなわち、１～３０残基またはそれらの間の任意のアミノ酸残基）～およそ１５０、１７５、２００、２１０、２１６、２２０～７８１の各残基（～任意の残基１５０～７８１、それらの間の任意の残基を含めて）を含むことができる。
例えば、本開示の使用、方法または医薬は、上の配列番号３の残基２５～およそ残基２１６に相当する配列を有するペプチドを含むことができる。
配列番号３の炭水化物結合断片は、配列番号３からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１９１個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号３からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１５０個、約１５５個、約１６０個、約１６５個、約１７０個、約１８０個、約１８５個、約１８６個、約１８７個、約１８８、約１８９個または約１９０個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
例えば、本開示の使用、方法または医薬は、上の配列番号３の残基２５～およそ残基２１６に相当する配列を有するペプチドを含むことができる。
配列番号３の炭水化物結合断片は、配列番号３からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１９１個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号３からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１５０個、約１５５個、約１６０個、約１６５個、約１７０個、約１８０個、約１８５個、約１８６個、約１８７個、約１８８、約１８９個または約１９０個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
【0036】
本開示の使用、方法または医薬のための分子は、配列番号３および４のコレラ菌シアリダーゼ分子の、およそ１、５、１０、１５、２５または３０の各残基（すなわち、１～３０残基またはそれらの間の任意のアミノ酸残基）～およそ１５０、１７５、２００、２１０、２１６、２２０～７８１の各残基（～任意の残基１５０～７８１、それらの間の任意の残基を含めて）を含むことができる。例えば、使用のためのシアル酸結合分子は、上の配列番号３の残基２５～およそ残基２１６に相当する配列を有するペプチドを含むことができる。
さらなる適切な分子は、配列番号５または６の配列を有するタンパク質もしくはペプチド、またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。例えば、有用なシアル酸結合分子は、肺炎レンサ球菌のｎａｎＡ遺伝子（シアリダーゼをコードする）のシアル酸結合ドメインよってコードされる、タンパク質部分を含むことができる。
さらなる適切な分子は、配列番号５または６の配列を有するタンパク質もしくはペプチド、またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。例えば、有用なシアル酸結合分子は、肺炎レンサ球菌のｎａｎＡ遺伝子（シアリダーゼをコードする）のシアル酸結合ドメインよってコードされる、タンパク質部分を含むことができる。
【0037】
使用のためのシアル酸結合分子は、配列番号５および６の肺炎レンサ球菌シアリダーゼ分子の、およそ８０、９０、１００、１１０、１２０、１２１～１３０の各残基（すなわち、およそ８０～１３０の各残基いずれか、それらの間の任意の残基を含めて）～およそ２５０、２７５、３００、３０５、３１０、３２０～１０３５の各残基（すなわち、～任意の残基およそ２５０～１０３５、～それらの間のおよそ任意の残基を含めて）を含むことができる。
例えば、使用のためのシアル酸結合分子は、上の配列番号５の残基１２１～およそ残基３０５に相当する配列を有するペプチドを含むことができる。
例えば、使用のためのシアル酸結合分子は、上の配列番号５の残基１２１～およそ残基３０５に相当する配列を有するペプチドを含むことができる。
【0038】
炭水化物結合断片は、配列番号５からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１８５個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号５からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１４５個、約１５０個、約１５５個、約１６０個、約１６５個、約１７０個、約１７５個、１８０個、１８１個、１８２個、１８３個または１８４個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
【0039】
配列番号３および４はコレラ菌に由来し、配列番号５および６は肺炎レンサ球菌に由来する。本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ４０を含むことができる。使用のためのＣＢＭは、配列番号３、４、５または６を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはこれらのいずれかの炭水化物結合断片を含むことができる。当業者であれば、有用なＣＢＭ４０が、配列番号３、４、５または６のＣＢＭ４０配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ４０」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ４０配列は、炭水化物／シアル酸結合機能を有することができる。
【0040】
ＣＢＭ４７
有用なＣＢＭ４７（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ４７）は、例えば、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、バチモディオルス属（Ｂａｔｈｙｍｏｄｉｏｌｕｓ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、プランクトミケス門（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ）、レンサ球菌属およびストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ４７は、例えば、ストレプトコッカス・ミティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｔｉｓ）または肺炎レンサ球菌から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ４７ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM47.html)でインターネット上自由に利用可能）。
有用なＣＢＭ４７（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ４７）は、例えば、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）、バチモディオルス属（Ｂａｔｈｙｍｏｄｉｏｌｕｓ）、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、プランクトミケス門（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ）、レンサ球菌属およびストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ４７は、例えば、ストレプトコッカス・ミティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｉｔｉｓ）または肺炎レンサ球菌から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ４７ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM47.html)でインターネット上自由に利用可能）。
【0041】
例示的なＣＢＭ４７配列は、下の配列番号７によって提供される：
配列番号７
TPDKFNDGNLNIAYAKPTTQSSVDYNGDPNRAVDGNRNGNFNSGSVTHTRADNPSWWEVDLKKMDKVGLVKIYNRTDAETQRLSNFDVILYDNNRNEVAKKHVNNLSGESVSLDFKEKGARYIKVKLLTSGVPLSLAEVEVFRES
したがって、使用のためのＣＢＭは、配列番号７の配列を有するＣＢＭまたはそれの炭水化物結合部分を含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる。
配列番号７の炭水化物結合断片は、配列番号７からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１４４個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号７からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個または約１３５個、約１４０個または約１４３個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
ＣＢＭ４７または配列番号７を含む、それから本質的になる、またはそれからなるタンパク質は、Ｌ－フコース、フコシルラクトース、Ｈ－三糖および／またはルイスy抗原を結合することができる。したがって、使用のためのいずれの断片も、Ｌ－フコース、フコシルラクトース、Ｈ－三糖および／またはルイスy抗原を結合することができる。
配列番号７
TPDKFNDGNLNIAYAKPTTQSSVDYNGDPNRAVDGNRNGNFNSGSVTHTRADNPSWWEVDLKKMDKVGLVKIYNRTDAETQRLSNFDVILYDNNRNEVAKKHVNNLSGESVSLDFKEKGARYIKVKLLTSGVPLSLAEVEVFRES
したがって、使用のためのＣＢＭは、配列番号７の配列を有するＣＢＭまたはそれの炭水化物結合部分を含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる。
配列番号７の炭水化物結合断片は、配列番号７からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１４４個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号７からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個または約１３５個、約１４０個または約１４３個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
ＣＢＭ４７または配列番号７を含む、それから本質的になる、またはそれからなるタンパク質は、Ｌ－フコース、フコシルラクトース、Ｈ－三糖および／またはルイスy抗原を結合することができる。したがって、使用のためのいずれの断片も、Ｌ－フコース、フコシルラクトース、Ｈ－三糖および／またはルイスy抗原を結合することができる。
【0042】
配列番号７は、ＩＤ番号Ａ０Ａ１Ｑ２Ｔ２２９でＵｎｉＰｒｏｔデータベースに寄託された配列に由来する。この配列は、下の配列番号８として再現されている（配列番号７は、残基６０１～７４５として現れる － 下の配列において太字体で示される）。
配列番号８
MNKEKIKRKL ITILFVCIGM LCFGLLAGVK ADNRVQMRTT INNESPLLLS PLYGNDNGNG
LWWGNTLKGA WEAIPEDVKP YAAIELHPAK VCKPTSCIPR DTKELREWYV KMLEEAQSLN
IPVFLVIMSA GERNTVPPEW LDEQFQKYSV LKGVLNIENY WIYNNQLAPH SAKYLEVCAK
YGAHFIWHDH EKWFWETIMN DPTFFEASQK YHKNLVLATK NTPIRDDAGT DSIVSGFWLS
GLCDNWGSST DTWKWWEKHY TNTFETGRAR DMRSYASEPE SMIAMEMMNV YTGGGTVYNF
ECAAYTFMTN DVPTPAFTKG IIPFFRHAIQ NPAPSKEEVV NRTKAVFWNG EGRISSLNGF
YQGLYSNDET MPLYNNGRYH ILPVIHEKID KEKISSIFPN AKILTKNSEE LSSKVNYLNS
LYPKLYEGDG YAQRVGNSWY IYNSNANINK NQQVMLPMYT NNTKSLSLDL TPHTYAVVKE
NPNNLHILLN NYRTDKTAMW ALSGNFDASK SWKKEELELA NWISKNYSIN PVDNDFRTTT
LTLKGHTGHK PQINISGDKN HYTYTENWDE NTHVYTITVN HNGMVEMSIN TEGTGPVSFP
TPDKFNDGNL NIAYAKPTTQ SSVDYNGDPN RAVDGNRNGN FNSGSVTHTR ADNPSWWEVD
LKKMDKVGLV KIYNRTDAET QRLSNFDVIL YDNNRNEVAK KHVNNLSGES VSLDFKEKGA
RYIKVKLLTS GVPLSLAEVE VFRESDGKQS EEDIDKITED KVVSTNKVAT QSSTNYEGVA
ALAVDGNKDG DYGHHSVTHT KEDSPSWWEI DLAQTEELEK LIIYNRTDAE IQRLSNFDII
IYDSNDYEVF TQHIDSLESN NLSIDLKGLK GKKVRISLRN AGIPLSLAEV EVYTYK
配列番号８
MNKEKIKRKL ITILFVCIGM LCFGLLAGVK ADNRVQMRTT INNESPLLLS PLYGNDNGNG
LWWGNTLKGA WEAIPEDVKP YAAIELHPAK VCKPTSCIPR DTKELREWYV KMLEEAQSLN
IPVFLVIMSA GERNTVPPEW LDEQFQKYSV LKGVLNIENY WIYNNQLAPH SAKYLEVCAK
YGAHFIWHDH EKWFWETIMN DPTFFEASQK YHKNLVLATK NTPIRDDAGT DSIVSGFWLS
GLCDNWGSST DTWKWWEKHY TNTFETGRAR DMRSYASEPE SMIAMEMMNV YTGGGTVYNF
ECAAYTFMTN DVPTPAFTKG IIPFFRHAIQ NPAPSKEEVV NRTKAVFWNG EGRISSLNGF
YQGLYSNDET MPLYNNGRYH ILPVIHEKID KEKISSIFPN AKILTKNSEE LSSKVNYLNS
LYPKLYEGDG YAQRVGNSWY IYNSNANINK NQQVMLPMYT NNTKSLSLDL TPHTYAVVKE
NPNNLHILLN NYRTDKTAMW ALSGNFDASK SWKKEELELA NWISKNYSIN PVDNDFRTTT
LTLKGHTGHK PQINISGDKN HYTYTENWDE NTHVYTITVN HNGMVEMSIN TEGTGPVSFP
TPDKFNDGNL NIAYAKPTTQ SSVDYNGDPN RAVDGNRNGN FNSGSVTHTR ADNPSWWEVD
LKKMDKVGLV KIYNRTDAET QRLSNFDVIL YDNNRNEVAK KHVNNLSGES VSLDFKEKGA
RYIKVKLLTS GVPLSLAEVE VFRESDGKQS EEDIDKITED KVVSTNKVAT QSSTNYEGVA
ALAVDGNKDG DYGHHSVTHT KEDSPSWWEI DLAQTEELEK LIIYNRTDAE IQRLSNFDII
IYDSNDYEVF TQHIDSLESN NLSIDLKGLK GKKVRISLRN AGIPLSLAEV EVYTYK
【0043】
配列番号７および８は肺炎レンサ球菌に由来する。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ４７を含むことができる。使用のためのＣＢＭは、配列番号８含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ４７が、配列番号７および８のＣＢＭ４７配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ４７」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ４７配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ４７を含むことができる。使用のためのＣＢＭは、配列番号８含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ４７が、配列番号７および８のＣＢＭ４７配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ４７」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ４７配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
【0044】
ＣＢＭ６７
有用なＣＢＭ６７（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ６７）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ６７は、例えば、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、パエニバシラス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、プランクトミケス門およびストレプトマイセス属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ６７は、例えば、ストレプトマイセス・アベルミチリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｖｅｒｍｉｔｉｌｉｓ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ６７ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM67.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
有用なＣＢＭ６７（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ６７）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ６７は、例えば、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、パエニバシラス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、プランクトミケス門およびストレプトマイセス属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ６７は、例えば、ストレプトマイセス・アベルミチリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ａｖｅｒｍｉｔｉｌｉｓ）から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ６７ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM67.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
【0045】
例示的なＣＢＭ６７配列は、下の配列番号９によって提供される：
配列番号９
APSLEGSSWIWFPEGEPANSAPAATRWFRRTVDLPDDITGATLAISADNVYAVSVDGAEVARTDLEADNEGWRRPAVIDVLDHVHSGNNTLAVSASNASVGPAGWICVLVLTTASGEKKIFSDASWKSTDHEPADGWREPDFDDSGWPAAKVAAAWGAGPWGRVA
したがって、使用のためのＣＢＭは、配列番号９の配列を有するＣＢＭまたはそれの炭水化物結合部分を含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる。
配列番号９
APSLEGSSWIWFPEGEPANSAPAATRWFRRTVDLPDDITGATLAISADNVYAVSVDGAEVARTDLEADNEGWRRPAVIDVLDHVHSGNNTLAVSASNASVGPAGWICVLVLTTASGEKKIFSDASWKSTDHEPADGWREPDFDDSGWPAAKVAAAWGAGPWGRVA
したがって、使用のためのＣＢＭは、配列番号９の配列を有するＣＢＭまたはそれの炭水化物結合部分を含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる。
【0046】
配列番号９の炭水化物結合断片は、配列番号９からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１６４個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号９からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１４５個、約１５０個、約１５５個、約１６０個または約１６３個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
【0047】
ＣＢＭ６７または配列番号９を含む、それから本質的になる、またはそれからなるタンパク質は、Ｌ－ラムノースを結合することができる。したがって、使用のためのいずれもの断片も、Ｌ－ラムノースを結合することができる。配列番号９は、ＩＤ番号Ｑ８２ＰＰ４でＵｎｉＰｒｏｔデータベースに寄託された配列に由来する。この配列は、下の配列番号１０として再現されている（配列番号９は、残基１３２～２９６として現れる － 下の配列において太字体で示される）。
配列番号１０
MSALRVTSPS VEYVQRPLGL DAAHPRLSWP MASAAPGRRQ SAYQVRVASS AAGLSHPDVW
DSGKVVSDDS VLVPYAGPPL KPRTRYFWSV RVWDADGGAS EWSAPSWWET GLMGASQWSA
KWISAPAPLT EAPSLEGSSW IWFPEGEPAN SAPAATRWFR RTVDLPDDIT GATLAISADN
VYAVSVDGAE VARTDLEADN EGWRRPAVID VLDHVHSGNN TLAVSASNAS VGPAGWICVL
VLTTASGEKK IFSDASWKST DHEPADGWRE PDFDDSGWPA AKVAAAWGAG PWGRVAPVAS
AANQLRHEFR LPHKKVSRAR LYATALGLYE AHLNGRRVGR DQLAPGWTDY RKRVQYQTYD
VTSSVRPGAN ALAAYVAPGW YAGNVGMFGP HQYGERPALL AQLEVEYADG TSERITSGPD
WRAASGPIVS ADLLSGETYD ARKETAGWTS PGFDDRAWLA VRGADNDVPE QIVAQVDGPV
RIAKELPARK VTEPKPGVFV LDLGQNMVGS VRLRVSGDAG TTVRLRHAEV LNPDGTIYTA
NLRSAAATDT YTLKGQGEET YEPRFTFHGF RYVEVTGFPG KPSTTSVTGR VMHTSAPFTF
EFETNVPMLN KLHSNITWGQ RGNFLSVPTD TPARDERLGW TGDINVFAPT AAYTMESARF
LTKWLVDLRD AQTSDGAFTD VAPAVGNLGN GVAGWGDAGV TVPWALYQAY GDRQVLADAL
PSVHAWLRYL EKHSDGLLRP ADGYGDWLNV SDETPKDVIA TAYFAHSADL AARMATELGK
DAAPYTDLFT RIRKAFQTAY VASDGKVKGD TQSAYVLTLS MNLVPDALRK AAADRLVALI
EAKDWHLSTG FLGTPRLLPV LTDTGHTDVA YRLLHQRTFP SWGYPIDKGS TTMWERWDSI
QPDGGFQTPE MNSFNHYAYG SVGEWMYANI AGIAPGRAGY RQVVIRPRPG GEVTSARATF
ASLHGPVSTR WQQRSGGFVL TCSVPPNTTA EVWIPADHPD RVQHTHGTFV RAEDGCAVFE
VGSGSHRFTV
配列番号１０
MSALRVTSPS VEYVQRPLGL DAAHPRLSWP MASAAPGRRQ SAYQVRVASS AAGLSHPDVW
DSGKVVSDDS VLVPYAGPPL KPRTRYFWSV RVWDADGGAS EWSAPSWWET GLMGASQWSA
KWISAPAPLT EAPSLEGSSW IWFPEGEPAN SAPAATRWFR RTVDLPDDIT GATLAISADN
VYAVSVDGAE VARTDLEADN EGWRRPAVID VLDHVHSGNN TLAVSASNAS VGPAGWICVL
VLTTASGEKK IFSDASWKST DHEPADGWRE PDFDDSGWPA AKVAAAWGAG PWGRVAPVAS
AANQLRHEFR LPHKKVSRAR LYATALGLYE AHLNGRRVGR DQLAPGWTDY RKRVQYQTYD
VTSSVRPGAN ALAAYVAPGW YAGNVGMFGP HQYGERPALL AQLEVEYADG TSERITSGPD
WRAASGPIVS ADLLSGETYD ARKETAGWTS PGFDDRAWLA VRGADNDVPE QIVAQVDGPV
RIAKELPARK VTEPKPGVFV LDLGQNMVGS VRLRVSGDAG TTVRLRHAEV LNPDGTIYTA
NLRSAAATDT YTLKGQGEET YEPRFTFHGF RYVEVTGFPG KPSTTSVTGR VMHTSAPFTF
EFETNVPMLN KLHSNITWGQ RGNFLSVPTD TPARDERLGW TGDINVFAPT AAYTMESARF
LTKWLVDLRD AQTSDGAFTD VAPAVGNLGN GVAGWGDAGV TVPWALYQAY GDRQVLADAL
PSVHAWLRYL EKHSDGLLRP ADGYGDWLNV SDETPKDVIA TAYFAHSADL AARMATELGK
DAAPYTDLFT RIRKAFQTAY VASDGKVKGD TQSAYVLTLS MNLVPDALRK AAADRLVALI
EAKDWHLSTG FLGTPRLLPV LTDTGHTDVA YRLLHQRTFP SWGYPIDKGS TTMWERWDSI
QPDGGFQTPE MNSFNHYAYG SVGEWMYANI AGIAPGRAGY RQVVIRPRPG GEVTSARATF
ASLHGPVSTR WQQRSGGFVL TCSVPPNTTA EVWIPADHPD RVQHTHGTFV RAEDGCAVFE
VGSGSHRFTV
【0048】
配列番号９および１０は、ストレプトミセス・アベルミチリスに由来する。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ６７を含むことができる。
使用のためのＣＢＭは、配列番号９を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ６７が、配列番号９および１０のＣＢＭ６７配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ６７」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ６７配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ６７を含むことができる。
使用のためのＣＢＭは、配列番号９を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ６７が、配列番号９および１０のＣＢＭ６７配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ６７」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ６７配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
【0049】
ＣＢＭ７０
有用なＣＢＭ７０（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ７０）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ７０は、例えば、バシラス属、パエニバシラス属、プランクトミケス門およびレンサ球菌属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ７０は、例えば、肺炎レンサ球菌から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ７０ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM70.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
有用なＣＢＭ７０（すなわち、本明細書に記載の種々の方法、医薬および使用のためのＣＢＭ７０）は、適切な任意の給源に由来することができる。例えば、使用のためのＣＢＭ７０は、例えば、バシラス属、パエニバシラス属、プランクトミケス門およびレンサ球菌属の細菌を含めて、微生物から得ることができる。例えば、有用なＣＢＭ７０は、例えば、肺炎レンサ球菌から得ることができるかまたは由来することができる。ＣＢＭ７０ファミリーの可能性のある給源および構造および機能に関するさらなる詳細については、糖質関連酵素のデータベース内で見いだすことができる（http://www.cazy.org/CBM70.htmlでインターネット上自由に利用可能）。
【0050】
例示的なＣＢＭ７０配列は、下の配列番号１１によって提供される：
配列番号１１
NLVENGDFGQTEDGSSPWTGSKAQGWSAWVDQKNSADASTRVIEAKDGAITISSHEKLRAALHRMVPIEAKKKYKLRFKIKTDNKIGIAKVRIIEESGKDKRLWNSATTSGTKDWQTIEADYSPTLDVDKIKLELFYETGTGTVSFKDIELVEVADQLS
配列番号１１の炭水化物結合断片は、配列番号１１からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１５８個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号１１からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１４５個、約１５０個、約１５５個または約１５７個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
配列番号１１
NLVENGDFGQTEDGSSPWTGSKAQGWSAWVDQKNSADASTRVIEAKDGAITISSHEKLRAALHRMVPIEAKKKYKLRFKIKTDNKIGIAKVRIIEESGKDKRLWNSATTSGTKDWQTIEADYSPTLDVDKIKLELFYETGTGTVSFKDIELVEVADQLS
配列番号１１の炭水化物結合断片は、配列番号１１からのアミノ酸約５、６、７、８、９または１０個（連続したまたは隣接した）～アミノ酸約１５８個（連続したまたは隣接した）の間のどこかを含むことができる。適切な断片は、配列番号１１からの、約１１個、約１５個、約２０個、約２５個、約３０個、約３５個、約４０個、約４５個、約５０個、約５５個、約６０個、約６５個、約７０個、約７５個、約８０個、約８５個、約９０個、約９５個、約１００個、約１０５個、約１１０個、約１１５個、約１２０個、約１２５個、約１３０個、約１３５個、約１４０個、約１４５個、約１５０個、約１５５個または約１５７個の（連続したまたは隣接した）アミノ酸を含むことができる。
【0051】
ＣＢＭ７０または配列番号１１を含む、それから本質的になる、またはそれからなるタンパク質は、ヒアルロナンを結合することができる。したがって、使用のためのいずれもの断片も、ヒアルロナンを結合することができる。
配列番号１１は、ＩＤ番号Ｑ５４８７３でＵｎｉＰｒｏｔデータベースに寄託された配列に由来する。この配列は、下の配列番号１２として再現されている（配列番号１１は、残基５４～２１２として現れる － 下の配列において太字体で示される）。
配列番号１２
MQTKTKKLIV SLSSLVLSGF LLNHYMTIGA EETTTNTIQQ SQKEVQYQQR DTKNLVENGD
FGQTEDGSSP WTGSKAQGWS AWVDQKNSAD ASTRVIEAKD GAITISSHEK LRAALHRMVP
IEAKKKYKLR FKIKTDNKIG IAKVRIIEES GKDKRLWNSA TTSGTKDWQT IEADYSPTLD
VDKIKLELFY ETGTGTVSFK DIELVEVADQ LSEDSQTDKQ LEEKIDLPIG KKHVFSLADY
TYKVENPDVA SVKNGILEPL KEGTTNVIVS KDGKEVKKIP LKILASVKDA YTDRLDDWNG
IIAGNQYYDS KNEQMAKLNQ ELEGKVADSL SSISSQADRT YLWEKFSNYK TSANLTATYR
KLEEMAKQVT NPSSRYYQDE TVVRTVRDSM EWMHKHVYNS EKSIVGNWWD YEIGTPRAIN
NTLSLMKEYF SDEEIKKYTD VIEKFVPDPE HFRKTTDNPF KALGGNLVDM GRVKVIAGLL
RKDDQEISST IRSIEQVFKL VDQGEGFYQD GSYIDHTNVA YTGAYGNVLI DGLSQLLPVI
QKTKNPIDKD KMQTMYHWID KSFAPLLVNG ELMDMSRGRS ISRANSEGHV AAVEVLRGIH
RIADMSEGET KQCLQSLVKT IVQSDSYYDV FKNLKTYKDI SLMQSLLSDA GVASVPRPSY
LSAFNKMDKT AMYNAEKGFG FGLSLFSSRT LNYEHMNKEN KRGWYTSDGM FYLYNGDLSH
YSDGYWPTVN PYKMPGTTET DAKRADSDTG KVLPSAFVGT SKLDDANATA TMDFTNWNQT
LTAHKSWFML KDKIAFLGSN IQNTSTDTAA TTIDQRKLES GNPYKVYVND KEASLTEQEK
DYPETQSVFL ESFDSKKNIG YFFFKKSSIS MSKALQKGAW KDINEGQSDK EVENEFLTIS
QAHKQNRDSY GYMLIPNVDR ATFNQMIKEL ESSLIENNET LQSVYDAKQG VWGIVKYDDS
VSTISNQFQV LKRGVYTIRK EGDEYKIAYY NPETQESAPD QEVFKKLEQA AQPQVQNSKE
KEKSEEEKNH SDQKNLPQTG EGQSILASLG FLLLGAFYLF RRGKNN
配列番号１１は、ＩＤ番号Ｑ５４８７３でＵｎｉＰｒｏｔデータベースに寄託された配列に由来する。この配列は、下の配列番号１２として再現されている（配列番号１１は、残基５４～２１２として現れる － 下の配列において太字体で示される）。
配列番号１２
MQTKTKKLIV SLSSLVLSGF LLNHYMTIGA EETTTNTIQQ SQKEVQYQQR DTKNLVENGD
FGQTEDGSSP WTGSKAQGWS AWVDQKNSAD ASTRVIEAKD GAITISSHEK LRAALHRMVP
IEAKKKYKLR FKIKTDNKIG IAKVRIIEES GKDKRLWNSA TTSGTKDWQT IEADYSPTLD
VDKIKLELFY ETGTGTVSFK DIELVEVADQ LSEDSQTDKQ LEEKIDLPIG KKHVFSLADY
TYKVENPDVA SVKNGILEPL KEGTTNVIVS KDGKEVKKIP LKILASVKDA YTDRLDDWNG
IIAGNQYYDS KNEQMAKLNQ ELEGKVADSL SSISSQADRT YLWEKFSNYK TSANLTATYR
KLEEMAKQVT NPSSRYYQDE TVVRTVRDSM EWMHKHVYNS EKSIVGNWWD YEIGTPRAIN
NTLSLMKEYF SDEEIKKYTD VIEKFVPDPE HFRKTTDNPF KALGGNLVDM GRVKVIAGLL
RKDDQEISST IRSIEQVFKL VDQGEGFYQD GSYIDHTNVA YTGAYGNVLI DGLSQLLPVI
QKTKNPIDKD KMQTMYHWID KSFAPLLVNG ELMDMSRGRS ISRANSEGHV AAVEVLRGIH
RIADMSEGET KQCLQSLVKT IVQSDSYYDV FKNLKTYKDI SLMQSLLSDA GVASVPRPSY
LSAFNKMDKT AMYNAEKGFG FGLSLFSSRT LNYEHMNKEN KRGWYTSDGM FYLYNGDLSH
YSDGYWPTVN PYKMPGTTET DAKRADSDTG KVLPSAFVGT SKLDDANATA TMDFTNWNQT
LTAHKSWFML KDKIAFLGSN IQNTSTDTAA TTIDQRKLES GNPYKVYVND KEASLTEQEK
DYPETQSVFL ESFDSKKNIG YFFFKKSSIS MSKALQKGAW KDINEGQSDK EVENEFLTIS
QAHKQNRDSY GYMLIPNVDR ATFNQMIKEL ESSLIENNET LQSVYDAKQG VWGIVKYDDS
VSTISNQFQV LKRGVYTIRK EGDEYKIAYY NPETQESAPD QEVFKKLEQA AQPQVQNSKE
KEKSEEEKNH SDQKNLPQTG EGQSILASLG FLLLGAFYLF RRGKNN
【0052】
配列番号１１および１２は肺炎レンサ球菌に由来する。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ７０を含むことができる。
使用のためのＣＢＭは、配列番号１１を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ７０が、配列番号１１および１２のＣＢＭ７０配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ７０」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ７０配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
本開示の種々の態様において使用するためのＣＢＭは、１、２、３、４つまたはそれ超のＣＢＭ７０を含むことができる。
使用のためのＣＢＭは、配列番号１１を含む１、２、３、４つもしくはそれ超のタンパク質またはそれらの炭水化物結合断片を含むことができる。
当業者であれば、有用なＣＢＭ７０が、配列番号１１および１２のＣＢＭ７０配列と、ある程度（例えば、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％または６０％）の配列同一性または相同性を呈する、配列を含むことができることを、理解するであろう。かかるバリアント配列または発散配列は全て、本開示の範囲内に、「ＣＢＭ７０」という用語によって包含されることになる。同一のおよび／または相同なＣＢＭ７０配列は、炭水化物結合機能を有することができる。
【0053】
本明細書に記載の種々の使用、医薬および方法の全てのためである本明細書に記載の種々の分子（種々の炭水化物、シアル酸および／またはグリカンの各結合タンパク質／分子を含めて）は、オリゴマー化ドメインをさらに含むことができる。
適切なオリゴマー化ドメインは、自己会合して多量体構築物を、例えば三量体を形成する能力を呈することができる。使用のためのオリゴマー化ドメインは、オリゴマー化特性を備える任意の分子またはその任意の機能性断片を含むことができる。例えば、１個または複数（例えば、２個）のシアル酸／グリカンの結合分子（例えば、ＣＢＭ）は、オリゴマー化ドメインに結合、カップリング、または融合することができる － 得られるシアル酸／グリカンの結合分子：：オリゴマー化ドメイン「融合体」は、コロナウイルス感染、および／またはそれに伴う疾患もしくは状態を処置または予防するための分子として（１つ以上の他のかかる「融合体」と共に）次いで使用することができる。
適切なオリゴマー化ドメインは、自己会合して多量体構築物を、例えば三量体を形成する能力を呈することができる。使用のためのオリゴマー化ドメインは、オリゴマー化特性を備える任意の分子またはその任意の機能性断片を含むことができる。例えば、１個または複数（例えば、２個）のシアル酸／グリカンの結合分子（例えば、ＣＢＭ）は、オリゴマー化ドメインに結合、カップリング、または融合することができる － 得られるシアル酸／グリカンの結合分子：：オリゴマー化ドメイン「融合体」は、コロナウイルス感染、および／またはそれに伴う疾患もしくは状態を処置または予防するための分子として（１つ以上の他のかかる「融合体」と共に）次いで使用することができる。
【0054】
適切なオリゴマー化ドメインは、例えば、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）シュードアミニダーゼ（ｐｓｅｕｄａｍｉｎｉｄａｓｅ）に由来することができる。例示的な緑膿菌シュードアミニダーゼ配列のアミノ酸配列は、アクセッション番号ＰＡ０５７９で寄託されており、配列番号１３（４３８個のアミノ酸）として下に再現されている。
配列番号１３
MNTYFDIPHR LVGKALYESY YDHFGQMDIL SDGSLYLIYR RATEHVGGSD GRVVFSKLEG
GIWSAPTIVA QAGGQDFRDV AGGTMPSGRI VAASTVYETG EVKVYVSDDS GVTWVHKFTL
ARGGADYNFA HGKSFQVGAR YVIPLYAATG VNYELKWLES SDGGETWGEG STIYSGNTPY
NETSYLPVGD GVILAVARVG SGAGGALRQF ISLDDGGTWT DQGNVTAQNG DSTDILVAPS
LSYIYSEGGT PHVVLLYTNR TTHFCYYRTI LLAKAVAGSS GWTERVPVYS APAASGYTSQ
VVLGGRRILG NLFRETSSTT SGAYQFEVYL GGVPDFESDW FSVSSNSLYT LSHGLQRSPR
RVVVEFARSS SPSTWNIVMP SYFNDGGHKG SGAQVEVGSL NIRLGTGAAV WGTGYFGGID
NSATTRFATG YYRVRAWI
配列番号１３
MNTYFDIPHR LVGKALYESY YDHFGQMDIL SDGSLYLIYR RATEHVGGSD GRVVFSKLEG
GIWSAPTIVA QAGGQDFRDV AGGTMPSGRI VAASTVYETG EVKVYVSDDS GVTWVHKFTL
ARGGADYNFA HGKSFQVGAR YVIPLYAATG VNYELKWLES SDGGETWGEG STIYSGNTPY
NETSYLPVGD GVILAVARVG SGAGGALRQF ISLDDGGTWT DQGNVTAQNG DSTDILVAPS
LSYIYSEGGT PHVVLLYTNR TTHFCYYRTI LLAKAVAGSS GWTERVPVYS APAASGYTSQ
VVLGGRRILG NLFRETSSTT SGAYQFEVYL GGVPDFESDW FSVSSNSLYT LSHGLQRSPR
RVVVEFARSS SPSTWNIVMP SYFNDGGHKG SGAQVEVGSL NIRLGTGAAV WGTGYFGGID
NSATTRFATG YYRVRAWI
【0055】
配列番号１３のオリゴマー化ドメインは、アミノ酸残基３３３～４３８である － この配列は配列番号１４（太字体で示される配列）とすることができる。
したがって、使用のためのオリゴマー化ドメインは、配列番号５によって提供される緑膿菌シュードアミニダーゼの三量化ドメイン（ＰａＴＤ）の、およそ２５０、２７５、３００、３１０、３２０、３３３、３４０～３５０の各残基（すなわち、およそ残基２５０～およそ残基３５０、それらの間のおよそ任意の残基を含めて）～およそ４００、４１０、４２０、４３０または４３８の各残基（すなわち、～およそ残基４００～残基４３８のおよそ任意の残基、～それらの間のおよそ任意の残基を含めて）を含むことができる。例えば、有用なシアル酸／グリカンの結合分子は、配列番号１３の残基３３３～４３８を含むオリゴマー化ドメインを活用することができる。
したがって、使用のためのオリゴマー化ドメインは、配列番号５によって提供される緑膿菌シュードアミニダーゼの三量化ドメイン（ＰａＴＤ）の、およそ２５０、２７５、３００、３１０、３２０、３３３、３４０～３５０の各残基（すなわち、およそ残基２５０～およそ残基３５０、それらの間のおよそ任意の残基を含めて）～およそ４００、４１０、４２０、４３０または４３８の各残基（すなわち、～およそ残基４００～残基４３８のおよそ任意の残基、～それらの間のおよそ任意の残基を含めて）を含むことができる。例えば、有用なシアル酸／グリカンの結合分子は、配列番号１３の残基３３３～４３８を含むオリゴマー化ドメインを活用することができる。
【0056】
本明細書に記載の方法、使用および／または医薬のいずれかのためのシアル酸／グリカンの結合分子には、本明細書に記載のＣＢＭのいずれもの改変形態が含まれ得る。
「改変された」という用語は、参照配列と比べて１つ以上の突然変異を含有する分子を包含する。
「参照配列」は、任意の野生型ＣＢＭ配列とすることができる。例えば、参照配列は、野生型ファミリー４０ ＣＢＭ配列を、例えば、コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼまたは肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼ由来の野生型ＣＢＭ配列を、含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる（他の生物体に存在する類似のまたは相同なＣＢＭ（ＣＢＭ４０を含めて）が、「ＣＢＭ」という用語の範囲内に、および／またはＣＢＭ参照配列として包含されることになることに、留意されたい）。参照配列は、上の配列番号１～１２のいずれをも含む（またはそれからなる、またはそれから本質的になる）ことができる。
したがって、改変ＣＢＭ配列は、特異的なまたは特定の野生型ＣＢＭ配列に由来することができる。
「改変された」という用語は、参照配列と比べて１つ以上の突然変異を含有する分子を包含する。
「参照配列」は、任意の野生型ＣＢＭ配列とすることができる。例えば、参照配列は、野生型ファミリー４０ ＣＢＭ配列を、例えば、コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼまたは肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼ由来の野生型ＣＢＭ配列を、含む、それから本質的になる、またはそれからなることができる（他の生物体に存在する類似のまたは相同なＣＢＭ（ＣＢＭ４０を含めて）が、「ＣＢＭ」という用語の範囲内に、および／またはＣＢＭ参照配列として包含されることになることに、留意されたい）。参照配列は、上の配列番号１～１２のいずれをも含む（またはそれからなる、またはそれから本質的になる）ことができる。
したがって、改変ＣＢＭ配列は、特異的なまたは特定の野生型ＣＢＭ配列に由来することができる。
【0057】
改変ＣＢＭ配列は、１つ以上の突然変異を含むように改変された野生型ＣＢＭ配列を含むことができる。
１つ以上の突然変異は機能性とすることができる － すなわち突然変異は、野生型ＣＢＭ（例えば、改変ＣＢＭが由来する野生型ＣＢＭ）にとって特徴的な、生理学的、生物学的、免疫学的および／または薬理学的特性のうちの１つ以上を、個別的に（および／もしくは独立して）または集合的に（例えば、相乗的に）、モジュレート（変更、改善または抑制／阻害）することができる。
特に、１つ以上の突然変異は：
（ｉ）ＣＢＭの免疫原性（または抗原性）を変更することができる；および／または
（ｉｉ）（ＣＢＭのまたは改変ＣＢＭを含む任意の多量体分子の）有効性を変更することができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｉｉｉ）突然変異は、ＣＢＭの熱安定性をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｉｖ）突然変異は、ＣＢＭの溶解性をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｖ）突然変異は、その標的（例えば、グリカン、シアル酸、ガラクトース、ラクトース、ポリガラクツロン酸、ＬａｃＮＡｃ、フコース、Ｌ－ラムノース；ヒアルロナン）に対するＣＢＭの結合親和性をモジュレートすることができる；および／または
（ｖｉ）突然変異は、分子のｉｎ ｖｉｖｏ半減期をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）。
１つ以上の突然変異は機能性とすることができる － すなわち突然変異は、野生型ＣＢＭ（例えば、改変ＣＢＭが由来する野生型ＣＢＭ）にとって特徴的な、生理学的、生物学的、免疫学的および／または薬理学的特性のうちの１つ以上を、個別的に（および／もしくは独立して）または集合的に（例えば、相乗的に）、モジュレート（変更、改善または抑制／阻害）することができる。
特に、１つ以上の突然変異は：
（ｉ）ＣＢＭの免疫原性（または抗原性）を変更することができる；および／または
（ｉｉ）（ＣＢＭのまたは改変ＣＢＭを含む任意の多量体分子の）有効性を変更することができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｉｉｉ）突然変異は、ＣＢＭの熱安定性をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｉｖ）突然変異は、ＣＢＭの溶解性をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）；および／または
（ｖ）突然変異は、その標的（例えば、グリカン、シアル酸、ガラクトース、ラクトース、ポリガラクツロン酸、ＬａｃＮＡｃ、フコース、Ｌ－ラムノース；ヒアルロナン）に対するＣＢＭの結合親和性をモジュレートすることができる；および／または
（ｖｉ）突然変異は、分子のｉｎ ｖｉｖｏ半減期をモジュレートすることができる（例えば改善することができる）。
【0058】
「突然変異」には、野生型ＣＢＭ分子に対する任意の変更が含まれ得る。例えば、「突然変異」という用語は、例えば、以下を包含することができる：
（ｉ）１個または複数のアミノ酸置換（この場合、野生型アミノ酸の１個または複数が別の（異なる）アミノ酸に交換または変更されている － 「置換」という用語には保存的アミノ酸置換が含まれることになる）；および／または
（ｉｉ）１個または複数のアミノ酸欠失（この場合、野生型アミノ酸残基の１個または複数が除去されている）；および／または
（ｉｉｉ）１個または複数のアミノ酸の付加／挿入（この場合、さらなるアミノ酸残基が野生型（または参照）一次配列に付加されている）；および／または
（ｉｖ）１個または複数のアミノ酸／配列の逆位（通常この場合、一次配列内の２個以上の連続するアミノ酸が逆位している）；および／または
（ｖ）１個または複数のアミノ酸／配列の重複（この場合、アミノ酸または一次アミノ酸配列の一部（例えば、５～１０個のアミノ酸のストレッチ）が繰り返されている）。
したがって、本開示による改変ＣＢＭは、本明細書に記載の突然変異のうちの１つ以上を含むことができる。
（ｉ）１個または複数のアミノ酸置換（この場合、野生型アミノ酸の１個または複数が別の（異なる）アミノ酸に交換または変更されている － 「置換」という用語には保存的アミノ酸置換が含まれることになる）；および／または
（ｉｉ）１個または複数のアミノ酸欠失（この場合、野生型アミノ酸残基の１個または複数が除去されている）；および／または
（ｉｉｉ）１個または複数のアミノ酸の付加／挿入（この場合、さらなるアミノ酸残基が野生型（または参照）一次配列に付加されている）；および／または
（ｉｖ）１個または複数のアミノ酸／配列の逆位（通常この場合、一次配列内の２個以上の連続するアミノ酸が逆位している）；および／または
（ｖ）１個または複数のアミノ酸／配列の重複（この場合、アミノ酸または一次アミノ酸配列の一部（例えば、５～１０個のアミノ酸のストレッチ）が繰り返されている）。
したがって、本開示による改変ＣＢＭは、本明細書に記載の突然変異のうちの１つ以上を含むことができる。
【0059】
例示的な野生型ＣＢＭ（換言すれば、有用な改変ＣＢＭが由来することができる参照配列）は、肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼであり、そのアミノ酸配列はアクセッション番号Ｐ６２５７５で寄託されており、配列番号５として上に再現されている（１０３５個のアミノ酸）。また上述のように、配列番号５のＣＢＭ領域はアミノ酸残基１２１～３０５である － この配列は配列番号６と指定される。
したがって、本開示は、シアル酸に対する親和性を備える炭水化物結合分子を提供するが、本分子は、配列番号６（および／または配列番号５）の改変形態を含む。配列番号６の改変形態は、１つ以上の突然変異残基を含むことができる － 突然変異は、例えば、配列番号６の配列に対してなされた、アミノ酸の置換、付加／挿入、重複、欠失および／または逆位である。
したがって、本開示は、シアル酸に対する親和性を備える炭水化物結合分子を提供するが、本分子は、配列番号６（および／または配列番号５）の改変形態を含む。配列番号６の改変形態は、１つ以上の突然変異残基を含むことができる － 突然変異は、例えば、配列番号６の配列に対してなされた、アミノ酸の置換、付加／挿入、重複、欠失および／または逆位である。
【0060】
例示的なコレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼアミノ酸配列は、アクセッション番号Ａ５Ｆ７Ａ４で寄託されており、配列番号７として上に再現されている（７８１個のアミノ酸）。配列番号７のＣＢＭ領域はアミノ酸残基２５～２１６である － これは配列番号８である。
したがって、本開示は、配列番号８（および／または配列番号７）の改変形態を含むシアル酸／グリカンの結合分子を提供する。配列番号８の改変形態は、１つ以上の突然変異残基を含むことができる － 突然変異は、例えば、配列番号８の配列に対してなされた、アミノ酸の置換、付加／挿入、重複、欠失および／または逆位である。
したがって、有用な改変ＣＢＭ（すなわち、本明細書に記載の医療用途および方法において使用するためのＣＢＭ）は、本明細書に記載の突然変異のうちの１つ以上を含むことができる。
したがって、本開示は、配列番号８（および／または配列番号７）の改変形態を含むシアル酸／グリカンの結合分子を提供する。配列番号８の改変形態は、１つ以上の突然変異残基を含むことができる － 突然変異は、例えば、配列番号８の配列に対してなされた、アミノ酸の置換、付加／挿入、重複、欠失および／または逆位である。
したがって、有用な改変ＣＢＭ（すなわち、本明細書に記載の医療用途および方法において使用するためのＣＢＭ）は、本明細書に記載の突然変異のうちの１つ以上を含むことができる。
【0061】
非限定的な例として、以下は、本明細書に記載の種々の使用、方法および医薬のための（例えば、コロナウイルス感染を処置または予防する方法において使用するための）、改変シアル酸／グリカンの結合分子を作製するのに使用することができる、個々のユニット（「ＨＥＸ」ユニットと呼ばれる）を表す。
（ｉ）ＨＥＸ１
CBMX1 (L170T V239A V246G I286A Y292E)-----CBMX2 (L170T V239A V246G I286A Y292E)-----TD (S342D L348D R403K)
（ｉｉ）ＨＥＸ２
CBMX1 (V239A V246G I286A Y292E)----CBMX2 (V239A V246G I286A Y292E)----TD (S342D R403K)
（ｉｉｉ）ＨＥＸ３
CBMX1 (V239A V246G I286A)-----CBMX2 (V239A V246G I286A)-----TD (S342D R403K)
（ｉｖ）ＨＥＸ４
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (S342D)
（ｖ）ＨＥＸ５
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (R403K)
（ｖｉ）ＨＥＸ６
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (S342D R403K)
（ｖｉｉ）ＨＥＸ１７
CBMX1 (V239A V246G A162P)-----CBMX2 (V239A V246G A162P)-----TD (S342D R403K)
（ｉ）ＨＥＸ１
CBMX1 (L170T V239A V246G I286A Y292E)-----CBMX2 (L170T V239A V246G I286A Y292E)-----TD (S342D L348D R403K)
（ｉｉ）ＨＥＸ２
CBMX1 (V239A V246G I286A Y292E)----CBMX2 (V239A V246G I286A Y292E)----TD (S342D R403K)
（ｉｉｉ）ＨＥＸ３
CBMX1 (V239A V246G I286A)-----CBMX2 (V239A V246G I286A)-----TD (S342D R403K)
（ｉｖ）ＨＥＸ４
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (S342D)
（ｖ）ＨＥＸ５
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (R403K)
（ｖｉ）ＨＥＸ６
CBMX1 (V239A V246G)-----CBMX2 (V239A V246G)-----TD (S342D R403K)
（ｖｉｉ）ＨＥＸ１７
CBMX1 (V239A V246G A162P)-----CBMX2 (V239A V246G A162P)-----TD (S342D R403K)
【0062】
適切なＨＥＸユニットは、２つの改変ＣＢＭ（上でＣＢＭＸ１およびＣＢＭＸ２と表示）を含むことができ、各ＣＢＭに導入された特定の突然変異が括弧内に特定されている。一教示では、ユニットＣＢＭＸ１およびＣＢＭＸ２は、任意のタイプのＣＢＭ（例えば、ＣＢＭ４０、任意のＣＢＭ３２、任意のＣＢＭ４７、任意のＣＢＭ６７および／または任意のＣＢＭ７０の群／クラスの任意のメンバ）を含む（それからなる、またはそれから本質的になる）ことができる。「----」記号はアミノ酸リンカー（ある改変ＣＢＭを別の改変ＣＢＭに連結する、またはある改変ＣＢＭをあるオリゴマー化ドメインに連結する）を指示することに留意されたい。
【0063】
それぞれの場合で、各ＨＥＸユニットに存在するオリゴマー化ドメイン（「ＴＤ」と表示）は、ユニットを三量体として一緒にコンジュゲートする。所与の任意の六量体は、上記のユニットのうちの１ユニットの同一の３コピーを含むことができるが、当業者であれば、さらなる選択肢が利用可能であることを理解するであろう。例えば、ＨＥＸユニットは、それぞれが異なる突然変異（本明細書において詳述されている選択肢から選択される１つ以上である突然変異）を有する２つのＣＢＭから構成されてもよい。
【0064】
ＨＥＸ６およびＨＥＸ１７は、さらなるＡ１６２Ｐ突然変異を除いては同一であることに留意されたい。このプロリン突然変異（残基１６２で野生型アラニンを置換）は、熱安定性を改善することが示された（単一のＣＢＭ Ｔｍが３～４℃で）。プロリン突然変異の使用に関するさらなる情報は、一般的なアプローチについて記載している、Fu 2009, 'Increasing protein stability by improving beta-turns' (DOI 10.1002/prot.22509)から得ることができる。プロリン突然変異は、ＣＢＭ分子の予測される免疫原性に影響を及ぼすことはなく（高めずまたは低下させず）、その他の突然変異、Ｎ末端もしくはＣ末端またはリガンド結合部位の近傍に位置しない。むしろ予想外にも、熱安定性の中程度の改善を超えて、Ａ１６２Ｐ突然変異によって、ｉｎ ｖｉｖｏ実験において － 特に、他の（例えば、ＨＥＸ６）ＨＥＸユニットを含む六量体分子を使用して行われたそうした同じ実験と比較して、著しい改善を呈する分子がもたらされる、ことが注目された。例えば、改変分子（特に、ＨＥＸ１７ユニットを含む分子）は、例えば、ＩＬ－８を含めて、炎症誘発性サイトカインに対するモジュレーションを呈する。実際に、ＨＥＸ１７ユニットを含む分子によるＩＬ－８の産生に及ぼすモジュレーション効果（特に阻害効果）は、他の試験された改変分子に勝って改善された。
【0065】
Ｓｐ２ＣＢＭＴＤ（別名「ＳｐＯｒｉｇ」）のアミノ酸配列と比べた、ＨＥＸ６およびＨＥＸ１７分子のアミノ酸配列は以下である：
SpOrig GAMVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDAKAPAFYNLFSVSSAT
HEX6 GAMVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDAKAPAFYNLFSVSSAT
HEX17 GAMVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAFYNLFSVSSAT
SpOrig KKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKG
HEX6 KKDEYFTMAVYNNTATLEGRGSDGKQFYNNYNDAPLKVKPGQWNSVTFTVEKPTAELPKG
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HEX17 PEEVQKRSGGGSGVIEKEDVETNASNGQRVDLSSELDKLKKLENATVHMEFKPDPKAPAF
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HEX6 GYYRVRAWI
HEX17 GYYRVRAWI
【0066】
［ＳｐＯｒｉｇ（配列番号１５）；ＨＥＸ６（配列番号１６）およびＨＥＸ１７（配列番号１７）］
ＳｐＯｒｉｇは、以下の突然変異（Ｒ２７４Ｑ）を含むように改変することができる。本突然変異は、シアル酸に対するＣＢＭの結合親和性をモジュレートする。
ＳｐＯｒｉｇは、以下の突然変異（Ｒ２７４Ｑ）を含むように改変することができる。本突然変異は、シアル酸に対するＣＢＭの結合親和性をモジュレートする。
【0067】
上記に鑑みて、本開示は：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するための改変ＣＢＭを提供する。
また：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象に改変ＣＢＭを投与することを含む。
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するための改変ＣＢＭを提供する。
また：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象に改変ＣＢＭを投与することを含む。
【0068】
加えて、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造における改変ＣＢＭの使用も開示される。
加えて、本開示は：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するための、ＨＥＸ１７を提供する。
加えて、本開示は：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
の処置または予防において使用するための、ＨＥＸ１７を提供する。
【0069】
また：
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にＨＥＸ１７を投与することを含む。
加えて、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＨＥＸ１７の使用も開示される。
（ｉ）コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；または
（ｉｉ）ＣＯＶＩＤ－１９感染および／またはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態；
を処置または予防する方法も開示され、前記方法は、それを必要とする対象にＨＥＸ１７を投与することを含む。
加えて、コロナウイルス感染、および／またはコロナウイルスが引き起こすまたは原因となる疾患もしくは状態の処置または予防のための医薬の製造におけるＨＥＸ１７の使用も開示される。
【0070】
本明細書に記載の、使用、方法および医薬のための分子は、本明細書に記載のＣＢＭ分子のいずれか１つ以上を含むことができる。本タイプの分子は、多価ＣＢＭであるシアル酸／グリカンの結合分子の形成を可能にする上述の三量化ドメインをさらに含むことができる。
例えば、使用のための分子は、複数のまたは多重（すなわち、２、３、４つまたはそれ超）のＣＢＭを含むことができる。複数のＣＢＭを含む分子は、「多価のグリカンまたはシアル酸の結合分子」または「多価ＣＢＭ」と呼ぶことができる。
例えば、使用のための分子は、複数のまたは多重（すなわち、２、３、４つまたはそれ超）のＣＢＭを含むことができる。複数のＣＢＭを含む分子は、「多価のグリカンまたはシアル酸の結合分子」または「多価ＣＢＭ」と呼ぶことができる。
【0071】
多価ＣＢＭ分子は、アミノ酸／ペプチドリンカーによって連結された多重の（同一または異なる）ＣＢＭを含む構築物として調製することができる。各ＣＢＭ（例えば、ＶｃＣＢＭ、ＳｐＣＢＭまたは改変ＣＢＭ）は、例えば、５個、１０個または１５個のアミノ酸を含むペプチドによって、別のもの（例えば、ＶｃＣＢＭ、ＳｐＣＢＭまたは改変ＣＢＭ）にまたは三量化ドメイン（ＴＤ）に連結することができる。
例として、以下のペプチドのうちのいずれかの１つ以上を使用して、２つ以上のＣＢＭまたは１つのＣＢＭを三量化ドメインに連結し、その結果、多価ＣＢＭを生成することができる：
（ｉ）アミノ酸５個のリンカー： ＡＬＮＧＳ
ＬＱＡＬＧ
ＧＧＮＳＧ
ＧＧＧＳＧ
ＧＧＡＬＧ
（ｉｉ）アミノ酸１０個のリンカー： ＡＬＮＧＳＧＧＧＳＧ
ＬＱＡＬＧＧＧＧＳＬ
（ｉｉｉ）アミノ酸１５個のリンカー： ＡＬＮＧＳＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧ
例として、以下のペプチドのうちのいずれかの１つ以上を使用して、２つ以上のＣＢＭまたは１つのＣＢＭを三量化ドメインに連結し、その結果、多価ＣＢＭを生成することができる：
（ｉ）アミノ酸５個のリンカー： ＡＬＮＧＳ
ＬＱＡＬＧ
ＧＧＮＳＧ
ＧＧＧＳＧ
ＧＧＡＬＧ
（ｉｉ）アミノ酸１０個のリンカー： ＡＬＮＧＳＧＧＧＳＧ
ＬＱＡＬＧＧＧＧＳＬ
（ｉｉｉ）アミノ酸１５個のリンカー： ＡＬＮＧＳＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧ
【0072】
本明細書に記載の方法、使用および医薬のための多価ＣＢＭは、例えば、２つ以上のファミリー３２ ＣＢＭ、２つ以上のファミリー４０ ＣＢＭ、２つ以上のファミリー４７ ＣＢＭ、２つ以上のファミリー６７ ＣＢＭ、２つ以上のファミリー７０ ＣＢＭを含むことができる。多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭタイプの混合物を、例えば異なるＣＢＭファミリーからのＣＢＭを、または同じＣＢＭの反復を、含むことができる。
有用な一価および多価のグリカン／シアル酸の結合分子の種々の例が本明細書に記載されている。
例えば、図１に提示される分子は、本開示の方法、使用、および医薬において使用するためのものとすることができる。適切な分子は、１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のＶｃＣＢＭ（コレラ菌に由来するＣＢＭ４０である）を含む（から本質的になる、またはからなる）ことができる。ＣＢＭ（例えば、ＶｃＣＢＭ）は、オリゴマー化ドメイン（例えばＰａＴＤまたはそのオリゴマー化断片）に融合、結合、またはコンジュゲートすることができる。グリカン／シアル酸の結合分子は、オリゴマー化ドメインに融合された２つの融合（または結合）ＣＢＭを含む、それからなる、または本質的にそれらからなることができる（例えば、図１に示す分子Ｖｃ２ＣＢＭＴＤを参照されたい）。
有用な一価および多価のグリカン／シアル酸の結合分子の種々の例が本明細書に記載されている。
例えば、図１に提示される分子は、本開示の方法、使用、および医薬において使用するためのものとすることができる。適切な分子は、１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のＶｃＣＢＭ（コレラ菌に由来するＣＢＭ４０である）を含む（から本質的になる、またはからなる）ことができる。ＣＢＭ（例えば、ＶｃＣＢＭ）は、オリゴマー化ドメイン（例えばＰａＴＤまたはそのオリゴマー化断片）に融合、結合、またはコンジュゲートすることができる。グリカン／シアル酸の結合分子は、オリゴマー化ドメインに融合された２つの融合（または結合）ＣＢＭを含む、それからなる、または本質的にそれらからなることができる（例えば、図１に示す分子Ｖｃ２ＣＢＭＴＤを参照されたい）。
【0073】
開示の分子のどれもが、単独でまたは別の開示の分子と組み合わせて、コロナウイルス感染またはそれに伴う疾患もしくは状態を処置または予防するのに使用するためのもの、コロナウイルス感染またはそれに伴う疾患もしくは状態を処置する方法において使用するためのもの、あるいは、コロナウイルス感染またはそれに伴う疾患もしくは状態を処置または予防するための医薬の製造において使用するためのもの、とすることができる。
【0074】
開示の分子のいずれもが（本明細書の記載の使用、医薬および方法のための）、特に改変ＣＢＭ分子は、ＰＣＲベースのクローニング技法を使用して生成することができ、本タイプの多価分子の生成に適した方法は、例えば、Connaris et al, 2009 (Enhancing the Receptor Affinity of the Sialic Acid-Binding Domain of Vibrio cholerae Sialidase through Multivalency; J. Biol. Chem; Vol. 284(11); pp 7339-7351)、に記載されている。例えば、ＨＥＸ１７、Ｖｃ２ＣＢＭ、Ｖｃ４ＣＢＭおよびＳｐ２ＣＢＭのようなものを含めて、多価ＣＢＭ分子は、上記のものなどの、アミノ酸／ペプチドリンカーによって、連結された多重のＣＢＭを含む構築物として調製することができる。
【0075】
本開示の文脈において、コロナウイルス感染の処置または予防において使用するための分子（炭水化物結合分子、シアル酸結合分子、グリカン結合タンパク質／分子および／またはＣＢＭ）は、以下からなる群から選択される１つ以上のＣＢＭを含むことができる：
（ｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー３２ ＣＢＭ；
（ｉｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー４０ ＣＢＭ；
（ｉｉｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー４７ ＣＢＭ；
（ｉｖ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー６７ ＣＢＭ；
（ｖ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー７０ ＣＢＭ；および
（ｖｉ）改変ＣＢＭ（本明細書に記載の）。
（ｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー３２ ＣＢＭ；
（ｉｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー４０ ＣＢＭ；
（ｉｉｉ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー４７ ＣＢＭ；
（ｉｖ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー６７ ＣＢＭ；
（ｖ）１つ以上（例えば、２、３、４つまたはそれ超）のファミリー７０ ＣＢＭ；および
（ｖｉ）改変ＣＢＭ（本明細書に記載の）。
【0076】
加えて、コロナウイルス感染の処置または予防において使用するための分子（炭水化物結合分子、シアル酸結合分子、グリカン結合分子／タンパク質および／またはＣＢＭ）は、以下からなる群から選択されるＣＢＭを含むことができる：
（ｉ）ウエルシュ菌ＣＢＭ３２（ＣｐＣＢＭ３２）；
（ｉｉ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４０（ＳｐＣＢＭ４０）；
（ｉｉｉ）コレラ菌ＣＢＭ４０（ＶｃＣＢＭ４０）；
（ｉｖ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４７（ＳｐＣＢＭ４７）；
（ｖ）ストレプトマイセス・アベルミチリスＣＢＭ６７（ＳａＣＢＭ６７）；
（ｖｉ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ７０（ＳｐＣＢＭ７０）；
（ｖｉｉ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭ；
（ｖｉｉ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片：
（ｘｉ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭ；および
（ｘ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片。
（ｉ）ウエルシュ菌ＣＢＭ３２（ＣｐＣＢＭ３２）；
（ｉｉ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４０（ＳｐＣＢＭ４０）；
（ｉｉｉ）コレラ菌ＣＢＭ４０（ＶｃＣＢＭ４０）；
（ｉｖ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４７（ＳｐＣＢＭ４７）；
（ｖ）ストレプトマイセス・アベルミチリスＣＢＭ６７（ＳａＣＢＭ６７）；
（ｖｉ）肺炎レンサ球菌ＣＢＭ７０（ＳｐＣＢＭ７０）；
（ｖｉｉ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭ；
（ｖｉｉ）コレラ菌ＮａｎＨシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片：
（ｘｉ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭ；および
（ｘ）肺炎レンサ球菌ｎａｎＡシアリダーゼＣＢＭのシアル酸結合断片。
【0077】
本明細書に記載の種々の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、以下を含むことができる：
（ｉ）ＶｃＣＢＭ；または
（ｉｉ）２つ（またはそれ超）のＶｃＣＢＭ；または
（ｉｉｉ）３または４つ（またはそれ超）のＶｃＣＢＭ；または
（ｉｖ）ＳｐＣＢＭ；または
（ｖ）２つ（またはそれ超）のＳｐＣＢＭ；または
（ｖｉ）３または４つ（またはそれ超）のＳｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉ）ＣｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉｉ）２つ（またはそれ超）のＣｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉｉ）３または４つ（またはそれ超）のＣｐＣＢＭ；または
（ｉｘ）ＳａＣＢＭ；または
（ｘ）２つ（またはそれ超）のＳａＣＢＭ；または
（ｘｉ）３または４つ（またはそれ超）のＳａＣＢＭ。
（ｉ）ＶｃＣＢＭ；または
（ｉｉ）２つ（またはそれ超）のＶｃＣＢＭ；または
（ｉｉｉ）３または４つ（またはそれ超）のＶｃＣＢＭ；または
（ｉｖ）ＳｐＣＢＭ；または
（ｖ）２つ（またはそれ超）のＳｐＣＢＭ；または
（ｖｉ）３または４つ（またはそれ超）のＳｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉ）ＣｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉｉ）２つ（またはそれ超）のＣｐＣＢＭ；または
（ｖｉｉｉ）３または４つ（またはそれ超）のＣｐＣＢＭ；または
（ｉｘ）ＳａＣＢＭ；または
（ｘ）２つ（またはそれ超）のＳａＣＢＭ；または
（ｘｉ）３または４つ（またはそれ超）のＳａＣＢＭ。
【0078】
本開示の使用、方法または医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ３２を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
例えば、本明細書に記載の方法、使用または医薬は、ＣＢＭ３２とファミリー４０ ＣＢＭ（ＣＢＭ４０）との組合わせを活用することができる。
あるいは、本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ４０を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
（ｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
例えば、本明細書に記載の方法、使用または医薬は、ＣＢＭ３２とファミリー４０ ＣＢＭ（ＣＢＭ４０）との組合わせを活用することができる。
あるいは、本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ４０を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
【0079】
例えば、本明細書に記載の方法、使用または医薬は、ＣＢＭ４０とファミリー３２ ＣＢＭ（ＣＢＭ３２）との組合わせを活用することができる。
本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ４７を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ４７を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
【0080】
本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ６７を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ７０を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー６７ ＣＢＭ
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー７０ ＣＢＭ
本明細書に記載の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭは、異なるＣＢＭの混合物を、例えば、以下からなる群から選択される１つ以上の他のＣＢＭと共に、１つ以上のＣＢＭ７０を、含むことができる：
（ｉ）ファミリー３２ ＣＢＭ
（ｉｉ）ファミリー４０ ＣＢＭ
（ｉｉｉ）ファミリー４７ ＣＢＭ
（ｉｖ）ファミリー６７ ＣＢＭ
【0081】
本明細書に開示の種々の使用、方法および医薬のための多価ＣＢＭには、例えば、以下からなる群から選択される分子が含まれ得る：
（ｉ）Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（三量化ドメインに融合された、ウエルシュ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ３２）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉｉ）Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、コレラ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；および
（ｉｖ）Ｖｃ４ＣＢＭ（コレラ菌由来の４つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、本質的にそれらからなる、またはそれらからなる）；
（ｖ）Ｓｐ２ＣＢＭ４７ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４７）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｖｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ６７ＴＤ（三量化ドメインに融合された、ストレプトコッカス・アベルミチリス由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ６７）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｖｉｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ７０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ７０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。
（ｉ）Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（三量化ドメインに融合された、ウエルシュ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ３２）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｉｉｉ）Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、コレラ菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；および
（ｉｖ）Ｖｃ４ＣＢＭ（コレラ菌由来の４つのＣＢＭ（ＣＢＭ４０）を含む、本質的にそれらからなる、またはそれらからなる）；
（ｖ）Ｓｐ２ＣＢＭ４７ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ４７）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｖｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ６７ＴＤ（三量化ドメインに融合された、ストレプトコッカス・アベルミチリス由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ６７）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）；
（ｖｉｉ）Ｓｐ２ＣＢＭ７０ＴＤ（三量化ドメインに融合された、肺炎レンサ球菌由来の２つのＣＢＭ（ＣＢＭ７０）を含む、それから本質的になる、またはそれからなる）。
【0082】
本開示は、使用（組成物、方法および医薬）を提供するが、この使用は以下を含む：分離された形態での、本明細書に開示のＣＢＭのうちのいずれか１つ以上（少なくともＣＢＭ成分（治療用分子の）が本明細書に記載のＣＢＭ配列および／またはその機能性断片の１つ以上を含むか、またはそれから本質的になる場合での使用である）、これに限らず、治療用分子のＣＢＭ成分がより大きな分子内に含まれている場合の使用。例として、本明細書に記載の種々のＣＢＭは、ＣＢＭ成分を含む大分子の形態で提供および／または使用することができる。ＣＢＭ成分（例えば、シアル酸結合分子）は、例えば、本明細書に記載のＣＢＭ（例えば、ＣＢＭ３２、ＣＢＭ４０、ＣＢＭ４７、ＣＢＭ６７およびＣＢＭ７０を含めて）のいずれか１つを、それ自体含む（それからなるまたはそれから本質的になる）ことができる。（非限定的な）例として、本開示の分子（例えば、ＣＢＭおよび／またはグリカン／シアル酸の結合分子）は、グリカン（またはそれの成分）またはシアル酸を結合する能力を呈するだけでなく、他の１つ以上の機能も有することができる。例えば、分子は酵素活性を有することができる。例えば、有用な分子は（本明細書に記載の）ＣＢＭを含み、一部のシアリダーゼ活性を呈することができる。
【0083】
有用な分子は、酵素部分およびグリカン／シアル酸の結合部分を含む融合タンパク質とすることができる － この場合、グリカン／シアル酸の結合部分は、本明細書に記載のＣＢＭを含む。かかる場合、酵素部分は、グリカン／シアル酸の結合部分に融合することができる。述べた通り、任意の有用な融合タンパク質の酵素部分は、シアリダーゼ活性を含む（または有する、または呈する）ことができる。
【0084】
一実施形態では、本明細書に記載の種々の使用のためのシアル酸結合分子、グリカン結合分子、またはＣＢＭは、酵素（例えば、シアリダーゼ）活性を備える分子（例えば、融合タンパク質）の一部として提供されなくても、その分子内に含まれなくてもよい。付加的にまたは代替的に、シアル酸／グリカンの結合分子は、（ｉ）ヘパリンまたはヘパリン硫酸を結合しなくてもよく、および／または（ｉｉ）ヘパリンまたはヘパリン硫酸部分を結合するタンパク質のＧＡＧ結合ドメインを含まなくてもよい。シアル酸／グリカンの結合分子、グリカン結合分子、またはＣＢＭを含む構築物は、酵素（例えば、シアリダーゼ）活性を示さなくても呈さなくてもよい。
【0085】
本開示はまた、組成物を、特に、記載の使用、方法および医薬において活用することができる医薬組成物を提供する。
したがって、本明細書に記載の有用な分子（例えば、ＣＢＭ（改変の、多価の、またはその他の）またはグリカン結合分子）のいずれもが、その後の使用向けに製剤化することができる。便宜上、「ＣＢＭ」という用語は、本明細書に記載の全ての一価、多価および改変ＣＢＭ分子を包含することに留意されたい。
例えば、シアル酸結合分子、グリカン結合分子またはＣＢＭは、治療用または医薬組成物として製剤化することができる。種々の組成物は、本明細書に記載のシアル酸結合分子／グリカン結合分子／ＣＢＭのうちの１つ以上と、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤とを含むことができる。例えば、本明細書に記載の分子を含む医薬製剤は、安定剤、湿潤剤、乳化剤、塩（浸透圧に影響を与えるのに使用するため）、緩衝剤、および／または活性化合物と有害に反応しないその他の物質と混合することができる。
所与の任意の治療用途または処置方法には、これらの組成物の１つ以上の投与（一緒に、同時にまたは別々に）が必要である場合があり、その組成物は、１つ以上の様々なＣＢＭを含むことができる。
したがって、本明細書に記載の有用な分子（例えば、ＣＢＭ（改変の、多価の、またはその他の）またはグリカン結合分子）のいずれもが、その後の使用向けに製剤化することができる。便宜上、「ＣＢＭ」という用語は、本明細書に記載の全ての一価、多価および改変ＣＢＭ分子を包含することに留意されたい。
例えば、シアル酸結合分子、グリカン結合分子またはＣＢＭは、治療用または医薬組成物として製剤化することができる。種々の組成物は、本明細書に記載のシアル酸結合分子／グリカン結合分子／ＣＢＭのうちの１つ以上と、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤とを含むことができる。例えば、本明細書に記載の分子を含む医薬製剤は、安定剤、湿潤剤、乳化剤、塩（浸透圧に影響を与えるのに使用するため）、緩衝剤、および／または活性化合物と有害に反応しないその他の物質と混合することができる。
所与の任意の治療用途または処置方法には、これらの組成物の１つ以上の投与（一緒に、同時にまたは別々に）が必要である場合があり、その組成物は、１つ以上の様々なＣＢＭを含むことができる。
【0086】
本開示による医薬組成物は、経口、粘膜、鼻腔内または非経口（静脈内）の各投与向けに調製することができる。粘膜または鼻腔内投与用のそういった製剤は、医薬品で慣習的に使用されている物質を含んで、例えば、Remington's The Sciences and Practice of Pharmacy, 22nd Edition (Pharmaceutical Press 2012) および／またはHandbook of Pharmaceutical Excipients, 7th edition (compiled by Rowe et al, Pharmaceutical Press, 2012)に記載のように、従来どおりに調製することができる － それらの全ての文書および参考文献の全内容が参照により組み込まれる。
経口および／または鼻腔内投与用の液体剤形には、エマルジョン、液剤、懸濁液、シロップ、およびエリキシルが含まれ得る。化合物または組成物に加えて、液体剤形は、水または他の溶媒、可溶化剤および乳化剤などの、当技術分野でよく使用される不活性希釈剤を含有することができる。
経口および／または鼻腔内投与用の液体剤形には、エマルジョン、液剤、懸濁液、シロップ、およびエリキシルが含まれ得る。化合物または組成物に加えて、液体剤形は、水または他の溶媒、可溶化剤および乳化剤などの、当技術分野でよく使用される不活性希釈剤を含有することができる。
【0087】
シアル酸結合分子、グリカン結合分子またはＣＢＭの適切な任意の量を使用することができる。例えば、シアル酸結合分子、グリカン結合分子またはＣＢＭを含む組成物を静脈内に投与するにしろ粘膜（例えば、鼻腔内）に投与するにしろ、シアル酸結合分子／グリカン結合分子／ＣＢＭの用量は、約０．１μｇ～約６０００μｇの間のどこかを含むことができる。例えば、用量、約（例えば＋／－０．５μｇ）０．１μｇ、０．５μｇ、１μｇ、５μｇ、１０μｇ、１１μｇ、１２μｇ、１３μｇ、１４μｇ、１５μｇ、２０μｇ、３０μｇ、４０μｇ、５０μｇ、１００μｇ、２００μｇ、３００μｇ、４００μｇ、５００μｇ、６００μｇ、７００μｇ、８００μｇ、９００μｇ、９５０μｇ１０００μｇ、１５００μｇ、２０００μｇ、２５００μｇ、３０００μｇ、３５００μｇ、４０００μｇ、４５００μｇ、５０００μｇ、５５００μｇ、または６０００μｇのシアル酸結合分子／グリカン結合分子／ＣＢＭを使用することができる。これらの量は、賦形剤、希釈剤または緩衝剤の適切な任意の体積で提供することができる。例えば、シアル酸結合分子／グリカン結合分子／ＣＢＭの量は、賦形剤、希釈剤または緩衝剤約１μｌ～約０．５ｍｌの間のどこかで提供することができる。例えば、シアル酸結合分子／グリカン結合分子またはＣＢＭの必要量は、約５μｌ、１０μｌ、１５μｌ、２０μｌ、２５μｌ、３０μｌ、３５μｌ、４０μｌ、４５μｌ、５０μｌ、５５μｌ、６０μｌ、６５μｌ、７０μｌ、７５μｌ、８０μｌ、８５μｌ、９０μｌ、９５μｌ、１００μｌ、１４０μｌ ２００μｌ、２８０μｌ、３００μｌ、４００μｌ、５００μｌ、５６０μｌ、６００μｌ、７００μｌ、８００μｌ、９００μｌ、または１ｍｌと、組み合わせる（または製剤化する）ことができる。０．１～１５ｍｇ（例えば、０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇまたは１４ｍｇ）（シアル酸／グリカンの結合タンパク質）毎１ｍｌ（賦形剤、希釈剤または緩衝剤）の濃度が最も有用とすることができる。１０ｍｇ／ｍｌ（賦形剤、希釈剤または緩衝剤）の濃度が極めて有用とすることができる。
【0088】
本開示の組成物（例えば、本明細書に開示のシアル酸結合分子、グリカン結合分子、またはＣＢＭのいずれかを含む組成物）は、決まったおよび／または所定の時間に対象に（予防的に）投与することができる。例えば、本明細書に記載の組成物は、対象がコロナウイルス感染に脆弱性および／または感受性である可能性があるシナリオに入るまたは遭遇する前でも、その間でも、その後でも、決まったおよび／または所定の時間に投与することができる。
【0089】
本開示の組成物は、毎日および／または数日毎に投与することができる。
本開示の組成物は、所与の任意の日を通して複数回投与することができる。
本明細書に記載の組成物は、数週間、数カ月、または数年の期間にわたって投与することができる。厳密な投与レジメンは、対象、その対象の健康状態、および対象がコロナウイルス感染のリスクがある、または脆弱性であるとされる時間期間によって異なることになる。
ここで、次に示す以下の図を参照して、本開示について説明する：
本開示の組成物は、所与の任意の日を通して複数回投与することができる。
本明細書に記載の組成物は、数週間、数カ月、または数年の期間にわたって投与することができる。厳密な投与レジメンは、対象、その対象の健康状態、および対象がコロナウイルス感染のリスクがある、または脆弱性であるとされる時間期間によって異なることになる。
ここで、次に示す以下の図を参照して、本開示について説明する：
【図面の簡単な説明】
【0090】
【図1】多価ＣＢＭ形態のビルディングブロックおよびそれのシアル酸への親和性の図である。ａ、ＶｃＣＢＭ、球体として描かれたα－２，３－シアリルラクトースを伴うコレラ菌シアリダーゼの残基２５～２１６（ＰＤＢ：１ｗ０ｐ）。ｂ、ＳｐＣＢＭ、α－２，３－シアリルラクトースを伴う肺炎レンサ球菌ＮａｎＡシアリダーゼの残基１２１～３０５（ＰＤＢ：４ｃ１ｗ）。ｃ、ＴＤ、三量化ドメイン、虹色の緑膿菌シュードアミニダーゼの、残基３３３～４３８（ＰＤＢ：２ｗ３８）；それぞれの色で他の２個のモノマー。ｄ、多価形態：分子量、結合価および２５℃での表面プラズモン共鳴法（ＳＰＲ）によって決定された、α２，３－シアリルラクトースに対するそれらの結合親和性（ＶｃＣＢＭ、Ｖｃ２ＣＢＭおよびＶｃ３ＣＢＭのＫＤ値は以前に報告されている（Connaris et al, 2009））。タンデム反復ＣＢＭ、およびＴＤに融合されたオリゴマーＣＢＭは、５－アミノリンカーによって連結されている（詳細はConnaris, H. et al., (2014). PNAS 111:6401-6406）。
【図2】条件１アッセイの結果を示すグラフの図である。特に３ｍｇ／ｍＬで試験した場合、全てのＣＢＭ化合物によって観察可能な抗ウイルス効果がある。
【図3】条件１アッセイの結果を示すプラークアッセイの図である；ここでも、特により高濃度で使用した場合、３種のＣＢＭ全てについて示された抗ウイルス効果がある。
【図4】条件２アッセイの結果を示すグラフの図である。この場合、細胞をＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の前にＣＢＭに曝露した；したがって、条件２アッセイは予防モデルを表す。少なくともＣＢＭ２およびＣＢＭ３について抗ウイルス効果が示されている。
【図5】条件３アッセイの結果を示すグラフの図である。この場合、感染細胞（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で）を種々のＣＢＭで処理した。３種のＣＢＭ全て － 特にＣＢＭ３について抗ウイルス効果が示されている。
【図6】条件３アッセイの結果を示すプラークアッセイの図である。ここでも、これは３種のＣＢＭ全て － 特にＣＢＭ３の抗ウイルス効果を示している。
【図7】０ＤＰＣから殺処分の日（７ＤＰＣ）までの、群２（対照）および３（Ｎｅｕｍｉｆｉｌ）の総臨床所見の平均値とＳＥＭの図である。図７はまた、同じ期間の平均（ＳＥＭと共に）体重変化のパーセンテージも示す（右側のｙ軸）。
【図8】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１バリアントへのＮｅｕｍｉｆｉｌ（ＨＥＸ１７）結合の検出の図である。点線は、データの４ＰＬカーブフィットを表す。挿入図：各バリアントのＥＣ５０値。
【図9】組換えヒトＡＣＥ２へのＮｅｕｍｉｆｉｌ（ＨＥＸ１７）結合の検出の図である。点線は、データの４ＰＬカーブフィッティングを表す。挿入図：ＥＣ５０値。
【0091】
方法
プラーク減少アッセイ
滴定ＳＡＲＳＣｏＶ－２のバイアルを氷上で解凍する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の２種のワーキングストックを調製し、ウイルスを無血清（ＳＦ）ＤＭＥＭで５００ｐｆｕ／ｍＬ（条件１用ワーキングストック）および２５０ｐｆｕ／ｍＬ（条件２および３用ワーキングストック）に希釈する。
調製ストックを氷上で保存する。
検査薬の調製の場合、各ＣＢＭの一定分量（１０ｍｇ／ｍＬで１バイアル当たり１００μＬ）を氷上で解凍し、内容物を新しい無菌１．５ｍＬエッペンドルフチューブに移し、１３，０００ｒｐｍで５分間遠心分離して、形成したあらゆる沈殿物をペレット状にする。上清を新しい滅菌済み１．５ｍｌエッペンドルフチューブに移す。
ＣＢＭ上清から、無血清ＤＭＥＭ：ＰＢＳの５０：５０混合物でＣＢＭを希釈して、試験する３種のＣＢＭの２種のワーキングストック濃度（１０ｍｇ／ｍＬのマスターストックから３ｍｇ／ｍＬおよび１ｍｇ／ｍＬ）を調製する（表１を参照されたい）。
ＣＢＭの最終濃度は、条件によって異なる。条件１：最終ＣＢＭ濃度 １．５ｍｇ／ｍＬと０．５ｍｇ／ｍＬ、ならびに条件２および３の場合、最終ＣＢＭ濃度３ｍｇ／ｍＬと１ｍｇ／ｍＬ。
プラーク減少アッセイ
滴定ＳＡＲＳＣｏＶ－２のバイアルを氷上で解凍する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の２種のワーキングストックを調製し、ウイルスを無血清（ＳＦ）ＤＭＥＭで５００ｐｆｕ／ｍＬ（条件１用ワーキングストック）および２５０ｐｆｕ／ｍＬ（条件２および３用ワーキングストック）に希釈する。
調製ストックを氷上で保存する。
検査薬の調製の場合、各ＣＢＭの一定分量（１０ｍｇ／ｍＬで１バイアル当たり１００μＬ）を氷上で解凍し、内容物を新しい無菌１．５ｍＬエッペンドルフチューブに移し、１３，０００ｒｐｍで５分間遠心分離して、形成したあらゆる沈殿物をペレット状にする。上清を新しい滅菌済み１．５ｍｌエッペンドルフチューブに移す。
ＣＢＭ上清から、無血清ＤＭＥＭ：ＰＢＳの５０：５０混合物でＣＢＭを希釈して、試験する３種のＣＢＭの２種のワーキングストック濃度（１０ｍｇ／ｍＬのマスターストックから３ｍｇ／ｍＬおよび１ｍｇ／ｍＬ）を調製する（表１を参照されたい）。
ＣＢＭの最終濃度は、条件によって異なる。条件１：最終ＣＢＭ濃度 １．５ｍｇ／ｍＬと０．５ｍｇ／ｍＬ、ならびに条件２および３の場合、最終ＣＢＭ濃度３ｍｇ／ｍＬと１ｍｇ／ｍＬ。
【0092】
【表1】
【0093】
条件１：細胞に添加する前に混合されるウイルスとＣＢＭ
・ 等量のＳＡＲＳＣｏＶ－２とＣＢＭを混合し、氷上で１時間インキュベートする。陽性対照の場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、ＣＢＭの代わりにＳＦ希釈剤（ＳＦ ＤＭＥＭとＰＢＳの５０－５０混合物）と混合する。陰性対照の場合、３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭ １を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の代わりにＳＦ ＤＭＥＭと混合する。
○ チューブ１：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ２：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ２
○ チューブ３：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ３
○ チューブ４：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ５：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ６：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブＮＣ：陰性対照：３００μｌ ＳＦ ＤＭＥＭと共に３００μｌ ＣＢＭ希釈剤
○ チューブＰＣ：陽性対照、５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３００μｌ ＣＢＭ希釈剤
・ １時間後、細胞から無血清培地を除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、調製した接種材料２００μＬを適当なウェルに添加するが、チューブ１～３（および対照）はプレート１に、チューブ４～６（および対照）はプレート２である。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す
・ ３７℃ ５％ＣＯ2で５日間インキュベートする。
・ 等量のＳＡＲＳＣｏＶ－２とＣＢＭを混合し、氷上で１時間インキュベートする。陽性対照の場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、ＣＢＭの代わりにＳＦ希釈剤（ＳＦ ＤＭＥＭとＰＢＳの５０－５０混合物）と混合する。陰性対照の場合、３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭ １を、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の代わりにＳＦ ＤＭＥＭと混合する。
○ チューブ１：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ２：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ２
○ チューブ３：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ３
○ チューブ４：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ５：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブ６：５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に１ｍｇ／ｍＬにての３００μｌ ＣＢＭ１
○ チューブＮＣ：陰性対照：３００μｌ ＳＦ ＤＭＥＭと共に３００μｌ ＣＢＭ希釈剤
○ チューブＰＣ：陽性対照、５００ｐｆｕ／ｍＬにての３００μｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と共に３００μｌ ＣＢＭ希釈剤
・ １時間後、細胞から無血清培地を除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、調製した接種材料２００μＬを適当なウェルに添加するが、チューブ１～３（および対照）はプレート１に、チューブ４～６（および対照）はプレート２である。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す
・ ３７℃ ５％ＣＯ2で５日間インキュベートする。
【0094】
条件２：ウイルス感染前にＣＢＭに曝露された細胞
・ 無血清ＤＭＥＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、プレート３では３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、プレート４では１ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、ＣＢＭ ２００μＬを添加する。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、ＣＢＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、２５０ｐｆｕ／ｍＬに希釈したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ２００μＬを、陰性対照ウェルを除く各ウェルに添加する。陰性対照ウェルに、ＳＦ ＤＭＥＭ ２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す。
・ ３７℃ ５％ＣＯ２で５日間インキュベートする。
・ 無血清ＤＭＥＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、プレート３では３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、プレート４では１ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、ＣＢＭ ２００μＬを添加する。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、ＣＢＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（＜０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、２５０ｐｆｕ／ｍＬに希釈したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ２００μＬを、陰性対照ウェルを除く各ウェルに添加する。陰性対照ウェルに、ＳＦ ＤＭＥＭ ２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す。
・ ３７℃ ５％ＣＯ２で５日間インキュベートする。
【0095】
条件３：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ、次いで、ＣＢＭで処理した細胞。
・ 無血清ＤＭＥＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、２５０ｐｆｕ／ｍＬに希釈したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ２００μＬを、陰性対照を除く各ウェルに添加する。陰性対照ウェルに、ＳＦ ＤＭＥＭ ２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、ＣＢＭ ２００μＬを、陰性対照を除く各ウェルに添加する（プレート５では３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、およびプレート６では１ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで）。陰性対照ウェルに、ＣＢＭ希釈剤（ＳＦ ＤＭＥＭ－ＰＢＳ）２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、ＣＢＭを除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す。
・ ３７℃ ５％ＣＯ2で４日間インキュベートする。
・ 無血清ＤＭＥＭを除去し、滅菌ＰＢＳ（０．５ｍＬ／ウェル）で洗浄する。
・ ＰＢＳ洗浄後、２５０ｐｆｕ／ｍＬに希釈したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ２００μＬを、陰性対照を除く各ウェルに添加する。陰性対照ウェルに、ＳＦ ＤＭＥＭ ２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、接種材料を除去し、ＣＢＭ ２００μＬを、陰性対照を除く各ウェルに添加する（プレート５では３ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで、およびプレート６では１ｍｇ／ｍＬにてのＣＢＭで）。陰性対照ウェルに、ＣＢＭ希釈剤（ＳＦ ＤＭＥＭ－ＰＢＳ）２００μＬを添加する。
・ プレートを平底の密封可能な容器に入れ、インキュベーターに移す。３７℃ ５％ＣＯ2で１時間インキュベートする。
・ １時間後、ＣＢＭを除去し、各ウェルにオーバーレイ１ｍＬを添加する。
・ プレートを平底の密閉可能な容器に移す。
・ ３７℃ ５％ＣＯ2で４日間インキュベートする。
【0096】
具体的詳細：
ＣＢＭ：
・ ＣＢＭ１：Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（コレラ菌ＣＢＭ４０に基づく三量体（６価）形態）
・ ＣＢＭ２：Ｎｅｕｍｉｆｉｌ（ＨＥＸ１７：肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４０に基づく三量体（６価）形態）
・ ＣＢＭ３：Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（ウエルシュ菌ＣＢＭ３２に基づく三量体（６価）形態）
ＣＢＭを２種の濃度（１ｍｇ／ｍＬと３ｍｇ／ｍＬ）で添加し、（述べた通りに）３種の条件で試験した：
・ 条件１：細胞に添加する前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とＣＢＭを混合
・ 条件２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染前に細胞をＣＢＭに曝露（予防モデル）
・ 条件３：細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ、次いで、ＣＢＭを添加（処置モデル）
ＣＢＭの構成について：
３ｍｇ／ｍＬ：４５０μＬ ストック＋１０５０μＬ ＤＭＥＭ：ＰＢＳ
１ｍｇ／ｍＬ：１５０μＬ ストック＋１３５０μＬ ＤＭＥＭ：ＰＢＳ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２
バイアルラベル：ＳＡＲＳ ＣｏＶ２、Ｅｎｇｌａｎｄ ２、Ｐ２ ＨＣＭ／Ｖ／５２、０５．０３．２０
２．４×１０5ｐｆｕ／ｍＬでストック
→１００μＬ ストック＋９００μＬ 培地＝２．４×１０4ｐｆｕ／ｍＬ
→２００μＬ 上記＋１８００μＬ 培地＝２．４×１０3ｐｆｕ／ｍＬ
→１．５ｍＬ 上記＋６ｍＬ 培地＝４８０ｐｆｕ／ｍＬ ←研究に使用した
ＶｅｒｏＥ６細胞
Ｐ１５、スプリット１：２ ２５／３／２０（ＰＨＥ ＨＣＭグループから入手）
試薬の詳細
→ ＤＭＥＭ Ｓｉｇｍａ Ｄ５７９６、Ｌｏｔ ＲＮＢＨ６７３２、Ｅｘｐ ０６／２０２０
→ ＰＢＳ Ｇｉｂｃｏ １００１０－０２３、Ｌｏｔ ２０９８５９７、Ｅｘｐ ３０／６／２０２１
→ オーバーレイ（作製された一定分量、それぞれ２個のプレートに十分）：
・ ７．５ｍＬ ４％ＣＭＣ ＰＨＥ 培地、ＭＲ／１９／１０４４、製造日 ０４／ＤＥＣ／１９
・ ７．５ｍＬ ２％ＣＭＣ ＰＨＥ 培地、ＭＲ／１９／１０４３、製造日 ０４／ＤＥＣ／１９
・１５ｍＬ ２×ＭＥＭ Ｇｉｂｃｏ ２１９３５－０２８、Ｌｏｔ ２１５０４５１、Ｅｘｐ ３１／１２／２０２０
・ ８００μＬ ＦＣＳ Ｇｉｂｃｏ １０１００－１３９、Ｌｏｔ ２１６３８６ＲＰ、Ｅｘｐ ０５／２０２４
・ ４００μＬ ａｎｔｉ－ａｎｔｉ Ｓｉｇｍａ Ａ５９５５、Ｌｏｔ ０３５Ｍ４８００Ｖ
ＣＢＭ：
・ ＣＢＭ１：Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（コレラ菌ＣＢＭ４０に基づく三量体（６価）形態）
・ ＣＢＭ２：Ｎｅｕｍｉｆｉｌ（ＨＥＸ１７：肺炎レンサ球菌ＣＢＭ４０に基づく三量体（６価）形態）
・ ＣＢＭ３：Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（ウエルシュ菌ＣＢＭ３２に基づく三量体（６価）形態）
ＣＢＭを２種の濃度（１ｍｇ／ｍＬと３ｍｇ／ｍＬ）で添加し、（述べた通りに）３種の条件で試験した：
・ 条件１：細胞に添加する前にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とＣＢＭを混合
・ 条件２：ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染前に細胞をＣＢＭに曝露（予防モデル）
・ 条件３：細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ、次いで、ＣＢＭを添加（処置モデル）
ＣＢＭの構成について：
３ｍｇ／ｍＬ：４５０μＬ ストック＋１０５０μＬ ＤＭＥＭ：ＰＢＳ
１ｍｇ／ｍＬ：１５０μＬ ストック＋１３５０μＬ ＤＭＥＭ：ＰＢＳ
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２
バイアルラベル：ＳＡＲＳ ＣｏＶ２、Ｅｎｇｌａｎｄ ２、Ｐ２ ＨＣＭ／Ｖ／５２、０５．０３．２０
２．４×１０5ｐｆｕ／ｍＬでストック
→１００μＬ ストック＋９００μＬ 培地＝２．４×１０4ｐｆｕ／ｍＬ
→２００μＬ 上記＋１８００μＬ 培地＝２．４×１０3ｐｆｕ／ｍＬ
→１．５ｍＬ 上記＋６ｍＬ 培地＝４８０ｐｆｕ／ｍＬ ←研究に使用した
ＶｅｒｏＥ６細胞
Ｐ１５、スプリット１：２ ２５／３／２０（ＰＨＥ ＨＣＭグループから入手）
試薬の詳細
→ ＤＭＥＭ Ｓｉｇｍａ Ｄ５７９６、Ｌｏｔ ＲＮＢＨ６７３２、Ｅｘｐ ０６／２０２０
→ ＰＢＳ Ｇｉｂｃｏ １００１０－０２３、Ｌｏｔ ２０９８５９７、Ｅｘｐ ３０／６／２０２１
→ オーバーレイ（作製された一定分量、それぞれ２個のプレートに十分）：
・ ７．５ｍＬ ４％ＣＭＣ ＰＨＥ 培地、ＭＲ／１９／１０４４、製造日 ０４／ＤＥＣ／１９
・ ７．５ｍＬ ２％ＣＭＣ ＰＨＥ 培地、ＭＲ／１９／１０４３、製造日 ０４／ＤＥＣ／１９
・１５ｍＬ ２×ＭＥＭ Ｇｉｂｃｏ ２１９３５－０２８、Ｌｏｔ ２１５０４５１、Ｅｘｐ ３１／１２／２０２０
・ ８００μＬ ＦＣＳ Ｇｉｂｃｏ １０１００－１３９、Ｌｏｔ ２１６３８６ＲＰ、Ｅｘｐ ０５／２０２４
・ ４００μＬ ａｎｔｉ－ａｎｔｉ Ｓｉｇｍａ Ａ５９５５、Ｌｏｔ ０３５Ｍ４８００Ｖ
【0097】
結果
条件１：細胞に添加する前にウイルスとＣＢＭを混合
試験の本フェーズでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスとＣＢＭ化合物を細胞に添加する前に１時間インキュベートした。プレート１は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート２は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。
陰性対照ウェルは全てインタクトであり、陽性対照は１ウェルあたり１１９～１６４の間のプラークのカウントを与えた。結果を図２（グラフ）および３（プラークアッセイ）に示す。結果が示すところは、全てのＣＢＭ化合物で観察可能な抗ウイルス効果があることである。
３．２．条件２：ウイルス感染前に細胞をＣＢＭに曝露
試験の本フェーズでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを添加する前に、ＶｅｒｏＥ６細胞をＣＢＭ化合物に曝露した。プレート３は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート４は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。染色後にプラークを計数した。
図４に示すように、１ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した場合、ＣＢＭ２およびＣＢＭ３の化合物で観察可能な抗ウイルス効果があった。
３．３．条件３：細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ、次いで、ＣＢＭで処理した
試験の本フェーズでは、ＣＢＭ化合物を添加する前に、ＶｅｒｏＥ６細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを感染させた。
プレート５は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート６は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。染色後にプラークを計数した。陰性対照のウェルは全てインタクトであり、陽性対照はウェルあたり１１７～１３２の間のプラークのカウントを与えた。
グラフにプロットすると（図５を参照されたい）、３種のＣＢＭ化合物全てが抗ウイルス効果を有することが示されており、特に最大の減少を示したのはＣＢＭ３である。ＣＢＭ１とＣＢＭ２の両作用濃度からの結果は類似していた。プラークアッセイの結果も図６に示す。
条件１：細胞に添加する前にウイルスとＣＢＭを混合
試験の本フェーズでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスとＣＢＭ化合物を細胞に添加する前に１時間インキュベートした。プレート１は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート２は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。
陰性対照ウェルは全てインタクトであり、陽性対照は１ウェルあたり１１９～１６４の間のプラークのカウントを与えた。結果を図２（グラフ）および３（プラークアッセイ）に示す。結果が示すところは、全てのＣＢＭ化合物で観察可能な抗ウイルス効果があることである。
３．２．条件２：ウイルス感染前に細胞をＣＢＭに曝露
試験の本フェーズでは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを添加する前に、ＶｅｒｏＥ６細胞をＣＢＭ化合物に曝露した。プレート３は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート４は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。染色後にプラークを計数した。
図４に示すように、１ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した場合、ＣＢＭ２およびＣＢＭ３の化合物で観察可能な抗ウイルス効果があった。
３．３．条件３：細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ、次いで、ＣＢＭで処理した
試験の本フェーズでは、ＣＢＭ化合物を添加する前に、ＶｅｒｏＥ６細胞にＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスを感染させた。
プレート５は３ｍｇ／ｍＬの作業濃度で試験した化合物であり、プレート６は１ｍｇ／ｍＬで試験した化合物であった。染色後にプラークを計数した。陰性対照のウェルは全てインタクトであり、陽性対照はウェルあたり１１７～１３２の間のプラークのカウントを与えた。
グラフにプロットすると（図５を参照されたい）、３種のＣＢＭ化合物全てが抗ウイルス効果を有することが示されており、特に最大の減少を示したのはＣＢＭ３である。ＣＢＭ１とＣＢＭ２の両作用濃度からの結果は類似していた。プラークアッセイの結果も図６に示す。
【0098】
結論
全てのＣＢＭが、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対してなんらかの抗ウイルス活性を示した。
ＣＢＭ２（Ｎｅｕｍｉｆｉｌ：Ｈｅｘ１７）およびＣＢＭ３（ＣＢＭ３２ベース）が極めて有望である。ここで実証された結果によって、適切な動物モデルでの喫緊であるｉｎ ｖｉｖｏ研究ための根拠がもたらされている。
全てのＣＢＭが、ｉｎ ｖｉｔｒｏでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスに対してなんらかの抗ウイルス活性を示した。
ＣＢＭ２（Ｎｅｕｍｉｆｉｌ：Ｈｅｘ１７）およびＣＢＭ３（ＣＢＭ３２ベース）が極めて有望である。ここで実証された結果によって、適切な動物モデルでの喫緊であるｉｎ ｖｉｖｏ研究ための根拠がもたらされている。
【0099】
（実施例２）：ＣＢＭ ｖｓ ＯＣ４３の試験
ＯＣ４３はヒトコロナウイルスＯＣ４３－（ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）である；これはベータコロナウイルスであり、「感冒」タイプの病気の発生に関連している。そのＳタンパク質は、糖ベースの受容体決定基に、特に、糖タンパク質および脂質上のグリカン鎖に末端残基として付着している９－Ｏ－アセチル化シアル酸（９－Ｏ－Ａｃ－Ｓｉａｓ）に、結合する。
ＣＢＭがＯＣ４３感染を処置または予防するのに使用することができるか否かを判定するために、一連の実験を完了した。
ＯＣ４３はヒトコロナウイルスＯＣ４３－（ＨＣｏＶ－ＯＣ４３）である；これはベータコロナウイルスであり、「感冒」タイプの病気の発生に関連している。そのＳタンパク質は、糖ベースの受容体決定基に、特に、糖タンパク質および脂質上のグリカン鎖に末端残基として付着している９－Ｏ－アセチル化シアル酸（９－Ｏ－Ａｃ－Ｓｉａｓ）に、結合する。
ＣＢＭがＯＣ４３感染を処置または予防するのに使用することができるか否かを判定するために、一連の実験を完了した。
【0100】
各実験では、以下のＣＢＭを使用した：
１）Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（ＶＣ２）
２）Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（ＣＢＭ３２）
３）ＨＥＸ１７
各ＣＢＭを、１ｍｇ／ｍｌでおよび３ｍｇ／ｍｌで使用した。
条件１：予防的ＣＢＭ処理
細胞をＣＢＭで１時間処理した後、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３と共に１時間インキュベートした。アッセイが示したところは、試験されたＣＢＭのいずれかで処理することによって、感染させたがいずれものＣＢＭで前処理されていない細胞と比較して、その後のｈＣｏＶ－ＯＣ４３感染を予防することができたことである。
本効果は、ＶＣ２（３ｍｇ／ｍｌにてのおよび１ｍｇ／ｍｌにての）、ＨＥＸ１７（１ｍｇ／ｍｌにての）およびＣＢＭ３２（３ｍｇ／ｍｌおよび１ｍｇ／ｍｌにての）で最も顕著であった。
条件２：同時のＣＢＭ処理
細胞をＣＢＭとｈＣｏＶ－ＯＣ４３で同時に１時間処理した。アッセイが示したところは、ＣＢＭのいずれかによるそしていずれかの濃度（１ｍｇ／ｍｌまたは３ｍｇ／ｍｌ）での同時処理によって、感染させたがいずれものＣＢＭで処理されていない細胞と比較して、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３感染を減少させることができたことである。
１）Ｖｃ２ＣＢＭ４０ＴＤ（ＶＣ２）
２）Ｃｐ２ＣＢＭ３２ＴＤ（ＣＢＭ３２）
３）ＨＥＸ１７
各ＣＢＭを、１ｍｇ／ｍｌでおよび３ｍｇ／ｍｌで使用した。
条件１：予防的ＣＢＭ処理
細胞をＣＢＭで１時間処理した後、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３と共に１時間インキュベートした。アッセイが示したところは、試験されたＣＢＭのいずれかで処理することによって、感染させたがいずれものＣＢＭで前処理されていない細胞と比較して、その後のｈＣｏＶ－ＯＣ４３感染を予防することができたことである。
本効果は、ＶＣ２（３ｍｇ／ｍｌにてのおよび１ｍｇ／ｍｌにての）、ＨＥＸ１７（１ｍｇ／ｍｌにての）およびＣＢＭ３２（３ｍｇ／ｍｌおよび１ｍｇ／ｍｌにての）で最も顕著であった。
条件２：同時のＣＢＭ処理
細胞をＣＢＭとｈＣｏＶ－ＯＣ４３で同時に１時間処理した。アッセイが示したところは、ＣＢＭのいずれかによるそしていずれかの濃度（１ｍｇ／ｍｌまたは３ｍｇ／ｍｌ）での同時処理によって、感染させたがいずれものＣＢＭで処理されていない細胞と比較して、ｈＣｏＶ－ＯＣ４３感染を減少させることができたことである。
【0101】
（実施例３）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＮｅｕｍｉｆｉｌを試験する動物（ハムスター）研究
プロトコル／研究デザイン
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するＮｅｕｍｉｆｉｌを試験する動物（ハムスター）研究
プロトコル／研究デザイン
【0102】
【表2】
【0103】
【表3】
【0104】
【表4】
【0105】
（実施例４）
アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の認識、結合、融合、および宿主細胞への侵入において主たる役割を果たしている［１］。シアル酸を含めて、グリカンもこの相互作用において重要とすることができる。ＡＣＥ２受容体内には８個のグリコシル化部位があり、そのうち３個（Ｎ９０、Ｎ３２２およびＮ５４６）がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクとの相互作用において極めて重要な役割を果たしている可能性がある。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク上のグリカンはまた、スパイクの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のコンフォメーションをモジュレートすることができるが、このコンフォメーションは、ＡＣＥ２の認識および結合に関与している。そういったグリカンが欠失すると、ＡＣＥ２結合は大幅に減少する。
アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の認識、結合、融合、および宿主細胞への侵入において主たる役割を果たしている［１］。シアル酸を含めて、グリカンもこの相互作用において重要とすることができる。ＡＣＥ２受容体内には８個のグリコシル化部位があり、そのうち３個（Ｎ９０、Ｎ３２２およびＮ５４６）がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクとの相互作用において極めて重要な役割を果たしている可能性がある。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク上のグリカンはまた、スパイクの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のコンフォメーションをモジュレートすることができるが、このコンフォメーションは、ＡＣＥ２の認識および結合に関与している。そういったグリカンが欠失すると、ＡＣＥ２結合は大幅に減少する。
【0106】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の新規な多重のバリアントが出現し、世界的に循環している［１、２］。特に懸念されるのは、英国で特定されたＢ．１．１．７およびＢ．１５２５のバリアント、Ｂ．１．３５１ Ｓｏｕｔｈ ＡｆｒｉｃａｎバリアントならびにＰ．１ Ｂｒａｚｉｌバリアントである。Ｂ．１．１．７ＵＫ（「Ｋｅｎｔ」）ウイルスは、感染力を高めるとともに死亡のリスク増加と関連している可能性があるスパイクタンパク質の、ＨＶ６９－７０欠失およびＮ５０１Ｙによって特徴付けられる。Ｂ．１．３５１ Ｓ．Ａｆｒｉｃａｎバリアントは、潜在的ワクチンエスケープの突然変異Ｅ４８４Ｋを含めて、さらなる差異と並行して、一部の突然変異をＢ．１．１．７と共有している。Ｂｒａｚｉｌバリアント、Ｐ．１は多くの国に拡散しつつあり、再感染に関連している。Ｐ．１はまた、ＵＫバリアントの感染性の上昇に関係するＮ５０１Ｙ突然変異に加えて、Ｅ４８４Ｋを含む。さらなるバリアント、Ｂ１５２５が英国で特定されており、これは、Ｋｅｎｔ Ｂ．１．１．７突然変異と並行して、重要なＥ４８４Ｋ突然変異を含有する。
【0107】
目的：
１）ＮｅｕｍｉｆｉｌがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１タンパク質と相互作用するか否か、および親和性が新規バリアント突然変異によって影響を受けるか否かを判定すること。２）ＮｅｕｍｉｆｉｌがヒトＡＣＥ２と相互作用するか否かを判定すること。
方法：
表１に、製造元から提供されたバリアントＳ１スパイク配列情報をまとめる。スパイクタンパク質およびＡＣＥ２タンパク質のそれぞれを、ＨＥＫ２９３細胞で組換え発現させた。
１）ＮｅｕｍｉｆｉｌがＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＳ１タンパク質と相互作用するか否か、および親和性が新規バリアント突然変異によって影響を受けるか否かを判定すること。２）ＮｅｕｍｉｆｉｌがヒトＡＣＥ２と相互作用するか否かを判定すること。
方法：
表１に、製造元から提供されたバリアントＳ１スパイク配列情報をまとめる。スパイクタンパク質およびＡＣＥ２タンパク質のそれぞれを、ＨＥＫ２９３細胞で組換え発現させた。
【0108】
【表5】
【0109】
ＥＣ５０（５０％効果濃度）値を、ＥＬＩＳＡによって決定した。スパイクタンパク質またはＡＣＥ２タンパク質を高結合 ＥＬＩＳＡプレートに１μｇ／ｍＬの濃度で４℃で一晩固定化した。次いで、ウェルをＮｅｕｍｉｆｉｌ（３倍希釈系列：２９１６０、９７２０、３２４０、１０８０、３６０、１２０、４０、０ｎｇ／ｍＬ）と共に３回重複で１．５時間インキュベートした。Ｎｅｕｍｉｆｉｌ結合の免疫検出を、ウサギ抗Ｎｅｕｍｉｆｉｌとのインキュベーション（１時間）、これに続いてＨＲＰ標識抗ウサギＩｇＧ（１時間）とのインキュベーションおよびＴＭＢ基質の顕色によって行った。４パラメータロジスティック（４ＰＬ）曲線フィッティングを使用して、結合曲線を解析して、変曲点（ＥＣ５０）を決定した。
【0110】
結果：
図８に示すように、Ｎｅｕｍｉｆｉｌは、本来のスパイクタンパク質（Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１ Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１９分離株配列からなる）に１７４ｎｇ／ｍＬのＥＣ５０を持って結合する。バリアントの結合プロファイルおよびＥＣ５０が指摘するところは、本親和性は、Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａｎ配列およびＵＫ（Ｋｅｎｔ）配列に存在する突然変異によって有意に影響されないことである。図９に、ＮｅｕｍｉｆｉｌはＡＣＥ２に２３５ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０を持って結合することを示す。
図８に示すように、Ｎｅｕｍｉｆｉｌは、本来のスパイクタンパク質（Ｗｕｈａｎ－Ｈｕ－１ Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１９分離株配列からなる）に１７４ｎｇ／ｍＬのＥＣ５０を持って結合する。バリアントの結合プロファイルおよびＥＣ５０が指摘するところは、本親和性は、Ｓｏｕｔｈ Ａｆｒｉｃａｎ配列およびＵＫ（Ｋｅｎｔ）配列に存在する突然変異によって有意に影響されないことである。図９に、ＮｅｕｍｉｆｉｌはＡＣＥ２に２３５ｎｇ／ｍｌのＥＣ５０を持って結合することを示す。
【0111】
文献
1. Understanding variants of SARS-CoV-2 (2021) The Lancet World Report 397(102), P462
2. McNally, A. (2021) BMJ 372, 504
1. Understanding variants of SARS-CoV-2 (2021) The Lancet World Report 397(102), P462
2. McNally, A. (2021) BMJ 372, 504
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【配列表】
【国際調査報告】