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特表2023-518280改善された特異性及び感度を有する、卵巣がん評価のための組成物
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-04-28
(54)【発明の名称】改善された特異性及び感度を有する、卵巣がん評価のための組成物
(51)【国際特許分類】
G01N 33/574 20060101AFI20230421BHJP
C12N 15/115 20100101ALI20230421BHJP
C12Q 1/6876 20180101ALI20230421BHJP
C07K 16/18 20060101ALI20230421BHJP
C12Q 1/6837 20180101ALI20230421BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALI20230421BHJP
【ＦＩ】
G01N33/574 A ZNA
C12N15/115 Z
C12Q1/6876 Z
C07K16/18
C12Q1/6837 Z
C12Q1/6869 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022556487
(86)(22)【出願日】2021-03-19
(85)【翻訳文提出日】2022-11-18
(86)【国際出願番号】 US2021023091
(87)【国際公開番号】W WO2021188863
(87)【国際公開日】2021-09-23
(31)【優先権主張番号】62/992,358
(32)【優先日】2020-03-20
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＵＮＩＸ
(71)【出願人】
【識別番号】522331367
【氏名又は名称】アスピラ ウィメンズ ヘルス インコーポレイテッド
(74)【代理人】
【識別番号】100102978
【弁理士】
【氏名又は名称】清水 初志
(74)【代理人】
【識別番号】100102118
【弁理士】
【氏名又は名称】春名 雅夫
(74)【代理人】
【識別番号】100160923
【弁理士】
【氏名又は名称】山口 裕孝
(74)【代理人】
【識別番号】100119507
【弁理士】
【氏名又は名称】刑部 俊
(74)【代理人】
【識別番号】100142929
【弁理士】
【氏名又は名称】井上 隆一
(74)【代理人】
【識別番号】100148699
【弁理士】
【氏名又は名称】佐藤 利光
(74)【代理人】
【識別番号】100188433
【弁理士】
【氏名又は名称】梅村 幸輔
(74)【代理人】
【識別番号】100128048
【弁理士】
【氏名又は名称】新見 浩一
(74)【代理人】
【識別番号】100129506
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 智彦
(74)【代理人】
【識別番号】100205707
【弁理士】
【氏名又は名称】小寺 秀紀
(74)【代理人】
【識別番号】100114340
【弁理士】
【氏名又は名称】大関 雅人
(74)【代理人】
【識別番号】100214396
【弁理士】
【氏名又は名称】塩田 真紀
(74)【代理人】
【識別番号】100121072
【弁理士】
【氏名又は名称】川本 和弥
(72)【発明者】
【氏名】フリッチェ ハーバート
(72)【発明者】
【氏名】ノースロップ レスリー
【テーマコード（参考）】
4B063
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ02
4B063QQ03
4B063QQ08
4B063QQ42
4B063QQ52
4B063QR32
4B063QR35
4B063QR55
4B063QR72
4B063QR77
4B063QS33
4B063QS34
4H045AA11
4H045AA30
4H045BA10
4H045CA40
4H045DA75
4H045DA76
4H045EA50
4H045EA51
(57)【要約】
本発明は、様々な卵巣がん型（例えば、低い悪性度、中間の悪性度、高い悪性度）を有する様々な対象（例えば、閉経前及び閉経後の女性）における卵巣腫瘍（例えば、症候性及び無症候性の付属器腫瘤）の術前評価のための改善された特異性及び感度を有する組成物及び方法を提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ：ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン（ｓｙｎｕｃｅｌｉｎ）－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含みかつ又はこれらからなる、
前記パネル。
【請求項2】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなる、
前記パネル。
【請求項3】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ：ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなる、
前記パネル。
【請求項4】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項5】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項6】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項7】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項8】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項9】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項10】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項11】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項12】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、前記パネル。
【請求項13】
毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを更に含む、請求項４～１２のいずれか一項に記載のパネル。
【請求項14】
前記マーカーの各々が、別個の捕捉試薬に結合される、請求項１～１３のいずれか一項に記載のパネル。
【請求項15】
前記捕捉試薬が、固体支持体に取り付けられている、請求項１４に記載のパネル。
【請求項16】
前記固体支持体が、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである、請求項１５に記載のパネル。
【請求項17】
前記捕捉試薬が、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である、請求項１４～１６のいずれか一項に記載のパネル。
【請求項18】
各捕捉試薬が、前記マーカーのうちの１つに特異的に結合する、請求項１４～１７のいずれか一項に記載のパネル。
【請求項19】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するための方法において使用するための、請求項１～１８のいずれか一項に記載のパネル。
【請求項20】
対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するための方法であって、請求項１～１８のいずれか一項に記載のパネルを使用して、前記対象からの生体試料中のマーカーを特性決定することを含む、前記方法。
【請求項21】
卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと
を含む、前記方法。
【請求項22】
卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと
を含む、前記方法。
【請求項23】
卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、低いがんリスク、中間のがんリスク、又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する第２のスコアを決定することと、
（ｃ）前記第２のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第３のスコアを決定することであって、前記第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと
を含む、前記方法。
【請求項24】
無症候性の対象を術前に評価するための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって高いがんリスク、中間のがんリスク又は低いがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中の乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを特性決定することであって、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在が、前記１つ以上のマーカーにおいて変異又は異常なメチル化を有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと
を含む、前記方法。
【請求項25】
前記第１のスコアによって高いがんリスク、中間のがんリスク又は低いがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中の乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを特性決定することであって、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在が、前記１つ以上のマーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことを更に含む、請求項１９～２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項26】
１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）１つ以上の時点で、中間の卵巣がんリスク又は低い卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項27】
１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項28】
１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項29】
低い卵巣がんリスク又は中間の卵巣がんリスクを有するとして特定された１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって低いがんリスク、中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク、中間のがんリスク、又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）前記第２のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第３のスコアを決定することであって、前記第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｄ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスク若しくは中間のリスクを有するとして又はステップ（ｃ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）～（ｃ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項30】
前記１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーが、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される、請求項２６～２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
付属器腫瘤を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項32】
付属器腫瘤を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低い卵巣がんリスク又は高い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項33】
付属器腫瘤を有する対象をモニタリングするための方法であって、（ａ）前記対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、前記第１のスコアが、卵巣がんの高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｂ）前記第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第２のスコアを決定することであって、前記第２のスコアが、低い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は高い卵巣がんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｃ）前記第１のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された前記対象に由来する前記生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、前記第１の時点で第３のスコアを決定することであって、前記第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、ことと、
（ｄ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスク若しくは中間のリスクを有するとして又はステップ（ｃ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された前記対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）～（ｃ）を繰り返し、それによって、前記対象をモニタリングすることと
を含む、前記方法。
【請求項34】
前記１つ以上の生殖細胞マーカーが、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２である、請求項２４～３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項35】
ＢＲＣＡ１における前記１つ以上の変異が、ｃ．６８＿６９ｄｅｌ及び／若しくはｃ．５２６６ｄｕｐを含み、並びに／又はＢＲＣＡ２における前記１つ以上の変異が、ｃ．５９４６ｄｅｌを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項36】
前記１つ以上のマーカーが、無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）を検出することによって特性決定される、請求項１９～３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項37】
前記第１のスコアが、０～２０の範囲であり、５以下の第１のスコアが、低いがんリスクを有するとして前記対象を特定し、閉経前の対象における５より大きく１０未満の第１のスコア、又は閉経後の対象における５より大きく１４未満の第１のスコアが、中間のがんリスクを有するとして前記対象を特定し、かつ閉経前の対象における１０以上の第１のスコア又は閉経後の対象における１４以上の第１のスコアが、高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、請求項２１～３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項38】
前記第２のスコアが、０～２０の範囲であり、５未満の第２のスコアが、低いがんリスクを有するとして前記対象を特定し、また５以上の第１のスコアが、高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、請求項２１～２２、２５、２７～２８、３０～３２、又は３４～３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記第２のスコアが、０～２０の範囲であり、閉経前の対象における５以下の第２のスコア、又は閉経後の対象における４．４未満の第２のスコアが、低いがんリスクを有するとして前記対象を特定し、閉経前の対象における５より大きくかつ７未満の第２のスコア、又は閉経後の対象における４．４より大きくかつ６未満の第２のスコアが、中間のがんリスクを有するとして前記対象を特定し、閉経前の対象における７以上の第２のスコア、又は閉経後の対象における６以上の第２のスコアが、高いがんリスクを有するとして前記対象を特定し、前記第３のスコアが、０～２０の範囲であり、５以下の第３のスコアが、低いがんリスクを有するとして前記対象を特定し、５より大きい第３のスコアが、高いがんリスクを有するとして前記対象を特定する、請求項２３、２９、３０、又は３３～３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項40】
前記マーカーの各々が、別個の捕捉試薬に結合される、請求項１９～３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項41】
前記捕捉試薬が、固体支持体に取り付けられている、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記固体支持体が、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
前記捕捉試薬が、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である、請求項４０～４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
各捕捉試薬が、前記マーカーのうちの１つに特異的に結合する、請求項４０～４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項45】
前記マーカーが、イムノアッセイ、シーケンシング、及び／又は核酸マイクロアレイによって特性決定される、請求項１９～４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項46】
前記シーケンシングが、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングである、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
前記イムノアッセイが、アフィニティーキャプチャーアッセイ、免疫測定アッセイ、不均一化学発光免疫測定アッセイ、均一化学発光免疫測定アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ、磁気イムノアッセイ、リアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）、及びＳＥＲＳラベルフリーアッセイを含む、請求項４５に記載の方法。
【請求項48】
前記方法が、前記対象における卵巣がんリスクの１つ以上の臨床バイオマーカーを更に特性決定し、前記１つ以上の臨床バイオマーカーが、年齢、閉経前ステータス、閉経後ステータス、民族、病理、付属器腫瘤診断、家族歴、身体検査、画像化結果、及び／又は喫煙歴からなる群から選択され、前記１つ以上の臨床バイオマーカーが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして前記対象を更に特定する、請求項１９～４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項49】
対象が卵巣がんを有するリスクを分類するための方法であって、少なくとも１つのプロセッサによって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、ＡＴＭ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＨ１、ＣＨＥＫ２、ＥＰＣＡＭ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＳＴＫ１１、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＡＢＲＡＸＡＳ１、ＡＫＴ１、ＡＰＣ、ＡＸＩＮ２、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＣＤＣ２５、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＴＮＮＢ１、ＤＩＣＥＲ１、ＥＲＢＢ２、ＥＲＣＣ６、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＣ、ＭＲＥ１１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＮＴＨＬ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＭＳ２、ＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＫＤＣ、ＰＯＬＤ１、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＮＦ４３、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＤ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＸＲＣＣ２、ＷＲＮ、ＣＤＣ７３、ＧＡＬＮＴ１２、ＧＲＥＭ１、ＨＯＸＢ１３、ＭＳＨ３、ＰＯＬＥ、ＲＡＤ５１、ＲＩＮＴ１、ＲＳＰ２０、ＳＬＸ４、ＳＭＡＤ４、ＴＴＫ、ＲＡＳＳＦ１Ａ、ＲＵＮＸ３、ＴＦＰＩ２、ＳＦＲＰ５、ＯＰＣＭＬ、ＭＧＭＴ、ＣＤＨ１３、ＳＵＬＦ１、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＡＤ１１、ＣＬＤＮ４、ＭＡＬ、ＢＯＲＩＳ、ＡＢＣＧ２、ＴＵＢＢ３、ＭＣＪ、ＳＮＧＧ、Ｐ１４ＡＲＦ、Ｐ１６ＩＮＫ４Ａ、ＤＡＰＫ、Ｐ１５、ＭＩＮＴ３１、ＲＩＺ１、及びＴＭＳ１からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなるパネルの各マーカーについて検出されたマーカースペクトルピークを表す第１のパネルシグナルを受信することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、第１のステージのがんリスク分類子を利用して、卵巣がんを発症する予測リスクを表すがんリスク分類スコアを予測することであって、前記がんリスク分類スコアが、学習されたリスク分類パラメータ及び前記第１のパネルシグナルに基づく、ことと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアと関連付けられたがんリスクレベルを決定することであって、前記がんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク、中間のリスク及び高いリスクを含む選択物（selection）のうちの１つから選択される、ことと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、医療提供者と関連付けられたコンピューティングデバイスで、前記対象の前記がんリスクレベルを示すがんリスクレベル予測を生成することと
を含む、前記方法。
【請求項50】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、前記第１のパネルシグナルのサブセットを含む第２のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、前記増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む前記選択物のうちの１つから選択される、ことと
を更に含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項51】
前記第２のパネルシグナルが、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す、請求項５０に記載の方法。
【請求項52】
前記第２のパネルシグナルが、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す、請求項５０に記載の方法。
【請求項53】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、前記第１のパネルシグナルの異なるサブセットを含む第２のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、第３のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、前記第１のパネルシグナルの異なるサブセットを含む第３のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、前記増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む前記選択物のうちの１つから選択される、ことと
を更に含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項54】
前記第２のパネルシグナルが、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表し、前記第３のパネルシグナルが、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す、請求項５３に記載の方法。
【請求項55】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアが０．０～５．０である前記がんリスクレベルの前記低いリスクを決定することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアが５．１～９．９である前記がんリスクレベルの前記中間のリスクを決定することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアが１０．０～２０．０である前記がんリスクレベルの前記高いリスクを決定することと
を更に含む、請求項４９～５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項56】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、前記学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経前リスク分類パラメータを有する、閉経前の第１のステージのがんリスク予測モデルと、
前記学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経後リスク分類パラメータを有する、閉経後の第１のステージのがんリスク予測モデルと
を含む、請求項４９～５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項57】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアが０．０～５．０である前記がんリスクレベルの前記低いリスクを決定することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についての前記がんリスク分類スコアが５．１～１３．９である前記がんリスクレベルの前記中間のリスクを決定することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についての前記がんリスク分類スコアが１４．０～２０．０である前記がんリスクレベルの前記低いリスクを決定することと
を更に含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項58】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスク分類スコアが０．０～５．０である前記がんリスクレベルの前記低いリスクを決定することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についての前記がんリスク分類スコアが５．１～９．９である前記がんリスクレベルの前記中間のリスクを決定することと、
前記少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についての前記がんリスク分類スコアが１０．０～２０．０である前記がんリスクレベルの前記高いリスクを決定することと
を更に含む、請求項５６に記載の方法。
【請求項59】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスクレベルが前記高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成することを更に含む、請求項４９～５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項60】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記がんリスクレベルが前記低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成することを更に含む、請求項４９～５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項61】
前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記コンピューティングデバイスからの前記がんリスクレベル予測に対する修正を受信することと、前記少なくとも１つのプロセッサによって、前記修正と前記がんリスクレベルとの間の差に基づいて、前記学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングすることと
を更に含む、請求項４９～６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項62】
前記第１のパネルシグナルが、前記少なくとも１つのプロセッサと通信する質量分析計若しくはバイオチップ、又は両方から受信される、請求項４９～６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項63】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、分類ツリー又は人工ニューラルネットワークを含む、請求項４９～６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項64】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、教師あり分類モデルを含む、請求項４９～６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項65】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、教師なし分類モデルを含む、請求項４９～６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項66】
前記対象が、無症候性の付属器腫瘤を有すると診断される、請求項１９～６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項67】
前記対象が、症候性の付属器腫瘤を有すると診断される、請求項１９～６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項68】
前記対象が、閉経前である、請求項１９～５６又は５８～６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項69】
前記対象が、閉経後である、請求項１９～５７又は５９～６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項70】
前記生体試料が、血清である、請求項２０～４８又は６７～６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項71】
前記少なくとも１つのプロセッサに請求項４９～７０のいずれか一項に記載の方法を実施させる命令を実行するように構成された前記少なくとも１つのプロセッサを備える、システム。
【請求項72】
前記少なくとも１つのプロセッサが、前記命令が格納されたメモリと通信する、請求項７１に記載のシステム。
【請求項73】
前記少なくとも１つのプロセッサが、がんリスクレベルが高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するためのステップを実施するための命令を実行するように更に構成されている、請求項７１又は７２に記載のシステム。
【請求項74】
前記少なくとも１つのプロセッサが、前記がんリスクレベルが低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するためのステップを実施するための命令を実行するように更に構成されている、請求項７１～７３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項75】
前記少なくとも１つのプロセッサが、前記コンピューティングデバイスからの前記がんリスクレベル予測に対する修正を受信するステップと、
前記修正と前記がんリスクレベルとの間の差に基づいて、学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングするステップと
を実施するための命令を実行するように更に構成されている、請求項７１～７４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項76】
前記少なくとも１つのプロセッサと通信する質量分析計を更に備える、請求項７１～７５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項77】
ソフトウェアを格納する非一時的コンピュータ可読媒体であって、前記ソフトウェアが、前記少なくとも１つのプロセッサに請求項４９～７０のいずれか一項に記載の方法を実施させるように構成されたプログラム命令を含む、前記非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項78】
前記方法が、がんリスクレベルが高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するステップを更に含む、請求項７７に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項79】
前記方法が、前記がんリスクレベルが低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨を前記コンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するステップを更に含む、請求項７７又は７８に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項80】
前記方法が、前記コンピューティングデバイスからの前記がんリスクレベル予測に対する修正を受信するステップと、
前記修正と前記がんリスクレベルとの間の差に基づいて、学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングするステップと
を含む、請求項７７～７９のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項81】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、分類ツリー又は人工ニューラルネットワークを含む、請求項７７～８０のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項82】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、教師あり分類モデルを含む、請求項７７～８１のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項83】
前記第１のステージのがんリスク分類子が、教師なし分類モデルを含む、請求項７７～８１のいずれか一項に記載の非一時的コンピュータ可読媒体。
【請求項84】
（ａ）請求項１～１８のいずれか一項に記載のマーカーのパネルと、（ｂ）対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するための前記パネルの使用説明書と
を備える、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０２０年３月２０日に出願された米国仮特許出願第６２／９９２，３５８号に対する優先権及びその利益を主張する国際ＰＣＴ出願であり、その全容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２０年３月２０日に出願された米国仮特許出願第６２／９９２，３５８号に対する優先権及びその利益を主張する国際ＰＣＴ出願であり、その全容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【0002】
発明の背景
卵巣がんは、先進国で最も致死的な婦人科悪性腫瘍の１つである。米国だけで、毎年約２３，０００人の女性が、この疾患を有すると診断され、約１４，０００人の女性が、この疾病で死亡している。がん療法が進歩しているにもかかわらず、卵巣がんの死亡率は、過去２０年間にわたって、依然としてほとんど変化していない。疾患が診断されるステージに対する急激な生存勾配を考慮すると、卵巣がん患者の長期生存率を改善する上での最も重要な因子は、依然として初期検出である。２番目の重要な因子は、卵巣がんを有する女性が、婦人科腫瘍学を専門とする医師によって治療されるかどうかである。
卵巣がんは、先進国で最も致死的な婦人科悪性腫瘍の１つである。米国だけで、毎年約２３，０００人の女性が、この疾患を有すると診断され、約１４，０００人の女性が、この疾病で死亡している。がん療法が進歩しているにもかかわらず、卵巣がんの死亡率は、過去２０年間にわたって、依然としてほとんど変化していない。疾患が診断されるステージに対する急激な生存勾配を考慮すると、卵巣がん患者の長期生存率を改善する上での最も重要な因子は、依然として初期検出である。２番目の重要な因子は、卵巣がんを有する女性が、婦人科腫瘍学を専門とする医師によって治療されるかどうかである。
【0003】
米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）によって発表されたコンセンサスステートメントにおいて、婦人科腫瘍専門医によって治療されるべき女性を特定することの重要性が強調されている。１９９４年に、ＮＩＨは、卵巣がんの重大なリスクを有すると術前に特定された女性が、婦人科腫瘍専門医によって手術が行われるという選択肢を有するべきであったことを示した。卵巣がんを有する女性が見落とされないことを確実にするために、現在の診断方法は、特異性を犠牲にして、感度を最適化する。現在の診断方法は、許容できないほど高い偽陽性率を有する。人間にとっては、このことは、女性の５０％が、実際には良性腫瘤を有する場合に、卵巣がんを有すると信じて手術を受けるということを意味する。高度な感度を有するだけではなく、高度な特異性も提供し、これを使用して、対象の治療をより効率的に管理し、かつ適切な患者が迅速かつ適切に専門医に紹介されることを確実にすることができる、改善された診断方法に対する緊急の必要性が存在する。
【発明の概要】
【0004】
本発明は、様々な卵巣がん型（例えば、低い悪性度、中間の悪性度、高い悪性度）を有する様々な対象（例えば、閉経前及び閉経後の女性）における卵巣腫瘍（例えば、症候性及び無症候性の付属器腫瘤）の術前評価のための改善された特異性及び感度を有する組成物及び方法を提供する。
【0005】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ：ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン（ｓｙｎｕｃｅｌｉｎ）－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含みかつ又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0006】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0007】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（Ｂｒｏｔｈｅｒ ｏｆ Ｒｅｇｕｌａｔｏｒ ｏｆ Ｉｍｐｒｉｎｔｅｄ Ｓｉｔｅｓ：ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0008】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0009】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0010】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0011】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0012】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0013】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるアポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0014】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0015】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0016】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルであって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）を含む又はこれらからなる、パネルを提供する。
【0017】
いくつかの実施形態において、本発明のパネルは、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを更に含む。
【0018】
いくつかの実施形態において、マーカーの各々は、別個の捕捉試薬に結合される。一実施形態において、捕捉試薬は、固体支持体に取り付けられている。一実施形態において、固体支持体は、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである。一実施形態において、捕捉試薬は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。一実施形態において、各捕捉試薬は、マーカーのうちの１つに特異的に結合する。
【0019】
いくつかの態様において、本発明のパネルの１つは、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するための方法において使用され得る。
【0020】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するための方法を提供し、本方法は、本明細書で提供されるパネルのいずれかを使用して、対象からの生体試料中のマーカーを特性決定することを含む。
【0021】
一態様において、本発明は、卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、を含む、方法を提供する。
【0022】
一態様において、本発明は、卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、を含む、方法を提供する。
【0023】
一態様において、本発明は、卵巣がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、低いがんリスク、中間のがんリスク、又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する第２のスコアを決定することと、（ｃ）第２のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第３のスコアを決定することであって、第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、を含む、方法を提供する。
【0024】
一態様において、本発明は、無症候性の対象を術前に評価するための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高いがんリスク、中間のがんリスク、又は低いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって高いがんリスク、中間のがんリスク又は低いがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中の乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを特性決定することであって、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在が、１つ以上のマーカーにおいて変異又は異常なメチル化を有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有するとして対象を特定する、ことを含む、方法を提供する。一実施形態において、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在は、療法的介入を必要とするものとして対象を特定する。一実施形態において、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在は、高いがんリスクを有するとして特定された対象を、療法的介入を必要とするものとして特定する。一実施形態において、異常なメチル化は、高メチル化である。一実施形態において、異常なメチル化は、低メチル化である。一実施形態において、療法的介入は、手術である。
【0025】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、第１のスコアによって高いがんリスク、中間のがんリスク又は低いがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中の乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される１つ以上のマーカーを特性決定することであって、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在が、１つ以上のマーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有するとして対象を特定する、ことを更に含む。一実施形態において、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在は、療法的介入を必要とするものとして対象を特定する。一実施形態において、１つ以上のマーカーにおける１つ以上の変異の存在、又は１つ以上のマーカーにおける異常なメチル化の存在は、高いがんリスクを有するとして特定された対象を、療法的介入を必要とするものとして特定する。一実施形態において、異常なメチル化は、高メチル化である。一実施形態において、異常なメチル化は、低メチル化である。一実施形態において、療法的介入は、手術である。
【0026】
一態様において、本発明は、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）１つ以上の時点で、中間の卵巣がんリスク又は低い卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0027】
一態様において、本発明は、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0028】
一態様において、本発明は、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0029】
一態様において、本発明は、低い卵巣がんリスク又は中間の卵巣がんリスクを有するとして特定された１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異又は異常なメチル化を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって低いがんリスク、中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク、中間のがんリスク、又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）第２のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第３のスコアを決定することであって、第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｄ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスク若しくは中間のリスクを有するとして又はステップ（ｃ）において低い卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）～（ｃ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0030】
いくつかの実施形態において、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーは、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）からなる群から選択される。
【0031】
一態様において、本発明は、付属器腫瘤を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0032】
一態様において、本発明は、付属器腫瘤を有する対象を術前にモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低い卵巣がんリスク又は高い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）及び（ｂ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0033】
一態様において、本発明は、付属器腫瘤を有する対象をモニタリングするための方法であって、本方法が、（ａ）対象に由来する第１の生体試料中のトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第１のスコアを決定することであって、第１のスコアが、卵巣がんの高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｂ）第１のスコアによって低いがんリスク又は中間のがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第２のスコアを決定することであって、第２のスコアが、低い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は高い卵巣がんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｃ）第１のスコアによって中間のがんリスク又は高いがんリスクを有するとして特定された対象に由来する生体試料中のＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーを特性決定して、第１の時点で第３のスコアを決定することであって、第３のスコアが、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する、ことと、（ｄ）１つ以上の時点で、ステップ（ｂ）において低いリスク若しくは中間のリスクを有するとして又はステップ（ｃ）において低いリスクの卵巣がんリスクを有するとして特定された対象からの１つ以上の生体試料においてステップ（ａ）～（ｃ）を繰り返し、それによって、対象をモニタリングすることと、を含む、方法を提供する。
【0034】
いくつかの実施形態において、１つ以上の生殖細胞マーカーは、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２である。一実施形態において、ＢＲＣＡ１における１つ以上の変異は、ｃ．６８＿６９ｄｅｌ及び／若しくはｃ．５２６６ｄｕｐを含み、並びに／又はＢＲＣＡ２における１つ以上の変異は、ｃ．５９４６ｄｅｌを含む。一実施形態において、１つ以上のマーカーは、無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）を検出することによって特性決定される。一実施形態において、マーカーは、イムノアッセイ、シーケンシング、及び／又は核酸マイクロアレイによって特性決定される。一実施形態において、シーケンシングは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングである。一実施形態において、イムノアッセイは、アフィニティーキャプチャーアッセイ、免疫測定アッセイ、不均一化学発光免疫測定アッセイ、均一化学発光免疫測定アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ、磁気イムノアッセイ、リアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）、及びＳＥＲＳラベルフリーアッセイを含む。
【0035】
いくつかの実施形態において、第１のスコアは、０～２０の範囲であり、５以下の第１のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定し、閉経前の対象における５より大きくかつ１０未満の第１のスコア、又は閉経後の対象における５より大きくかつ１４未満の第１のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定し、閉経前の対象における１０以上の第１のスコア、又は閉経後の対象における１４以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、０～２０の範囲であり、５未満の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定し、また５以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、０～２０の範囲であり、閉経前の対象における５以下の第２のスコア、又は閉経後の対象における４．４未満の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定し、閉経前の対象における５より大きくかつ７未満の第２のスコア、又は閉経後の対象における４．４より大きくかつ６未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定し、また閉経前の対象における７以上の第２のスコア、又は閉経後の対象における６以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第３のスコアは、０～２０の範囲であり、５以下の第３のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定し、５より大きい第３のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0036】
いくつかの実施形態において、マーカーの各々は、別個の捕捉試薬に結合される。一実施形態において、捕捉試薬は、固体支持体に取り付けられている。一実施形態において、固体支持体は、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである。一実施形態において、捕捉試薬は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。一実施形態において、各捕捉試薬は、マーカーのうちの１つに特異的に結合する。
【0037】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、対象における卵巣がんリスクの１つ以上の臨床バイオマーカーを更に特性決定し、１つ以上の臨床バイオマーカーは、年齢、閉経前ステータス、閉経後ステータス、民族、病理、付属器腫瘤診断、家族歴、身体検査、画像化結果、及び／又は喫煙歴からなる群から選択され、１つ以上の臨床バイオマーカーは、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を更に特定する。
【0038】
一態様において、本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを分類するための方法であって、本方法が、少なくとも１つのプロセッサによって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、ＡＴＭ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＨ１、ＣＨＥＫ２、ＥＰＣＡＭ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＳＴＫ１１、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＡＢＲＡＸＡＳ１、ＡＫＴ１、ＡＰＣ、ＡＸＩＮ２、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＣＤＣ２５、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＴＮＮＢ１、ＤＩＣＥＲ１、ＥＲＢＢ２、ＥＲＣＣ６、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＣ、ＭＲＥ１１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＮＴＨＬ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＭＳ２、ＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＫＤＣ、ＰＯＬＤ１、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＮＦ４３、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＤ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＸＲＣＣ２、ＷＲＮ、ＣＤＣ７３、ＧＡＬＮＴ１２、ＧＲＥＭ１、ＨＯＸＢ１３、ＭＳＨ３、ＰＯＬＥ、ＲＡＤ５１、ＲＩＮＴ１、ＲＳＰ２０、ＳＬＸ４、ＳＭＡＤ４、ＴＴＫ、ＲＡＳＳＦ１Ａ、ＲＵＮＸ３、ＴＦＰＩ２、ＳＦＲＰ５、ＯＰＣＭＬ、ＭＧＭＴ、ＣＤＨ１３、ＳＵＬＦ１、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＡＤ１１、ＣＬＤＮ４、ＭＡＬ、ＢＯＲＩＳ、ＡＢＣＧ２、ＴＵＢＢ３、ＭＣＪ、ＳＮＧＧ、Ｐ１４ＡＲＦ、Ｐ１６ＩＮＫ４Ａ、ＤＡＰＫ、Ｐ１５、ＭＩＮＴ３１、ＲＩＺ１、及びＴＭＳ１からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含む又はこれらからなるパネルの各マーカーについて検出されたマーカースペクトルピークを表す第１のパネルシグナルを受信することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第１のステージのがんリスク分類子を利用して、卵巣がんを発症する予測リスクを表すがんリスク分類スコアを予測することであって、がんリスク分類スコアが、学習されたリスク分類パラメータ及び第１のパネルシグナルに基づく、ことと、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアと関連付けられたがんリスクレベルを決定することであって、がんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク、中間のリスク及び高いリスクを含む選択物（selection）のうちの１つから選択される、ことと、少なくとも１つのプロセッサによって、医療提供者と関連付けられたコンピューティングデバイスで、対象のがんリスクレベルを示すがんリスクレベル予測を生成することと、を含む、方法を提供する。
【0039】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、第１のパネルシグナルのサブセットを含む第２のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、少なくとも１つのプロセッサによって、増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む選択物のうちの１つから選択される、ことと、を更に含む。一実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す。一実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す。
【0040】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、第１のパネルシグナルの異なるサブセットを含む第２のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第３のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、第１のパネルシグナルの異なるサブセットを含む第３のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、少なくとも１つのプロセッサによって、増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む選択物のうちの１つから選択される、ことと、を更に含む。一実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表し、また第３のパネルシグナルは、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す。
【0041】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～５．０であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが５．１～９．９であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが１０．０～２０．０であるがんリスクレベルの高いリスクを決定することと、を更に含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経前リスク分類パラメータを有する、閉経前の第１のステージのがんリスク予測モデルと、学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経後リスク分類パラメータを有する、閉経後の第１のステージのがんリスク予測モデルと、を含む。
【0042】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～５．０であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についてのがんリスク分類スコアが５．１～１３．９であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についてのがんリスク分類スコアが１４．０～２０．０であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、を更に含む。
【0043】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～５．０であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についてのがんリスク分類スコアが５．１～９．９であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についてのがんリスク分類スコアが１０．０～２０．０であるがんリスクレベルの高いリスクを決定することと、を更に含む。
【0044】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルが高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成することを更に含む。いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルが低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成することを更に含む。
【0045】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、コンピューティングデバイスからのがんリスクレベル予測に対する修正を受信することと、少なくとも１つのプロセッサによって、修正とがんリスクレベルとの間の差に基づいて、学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングすることと、を更に含む。いくつかの実施形態において、第１のパネルシグナルは、少なくとも１つのプロセッサと通信する質量分析計若しくはバイオチップ、又は両方から受信される。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、分類ツリー又は人工ニューラルネットワークを含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、教師あり分類モデルを含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、教師なし分類モデルを含む。
【0046】
いくつかの実施形態において、対象は、無症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、閉経前である。いくつかの実施形態において、対象は、閉経後である。いくつかの実施形態において、対象からの生体試料は、血清である。
【0047】
一態様において、本発明は、少なくとも１つのプロセッサに本明細書で提供されるような方法のうちのいずれかを実施させる命令を実行するように構成された少なくとも１つのプロセッサを備えるシステムを提供する。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプロセッサは、命令が格納されたメモリと通信している。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプロセッサは、がんリスクレベルが高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するためのステップを実施するための命令を実行するように更に構成されている。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプロセッサは、がんリスクレベルが低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するためのステップを実施するための命令を実行するように更に構成されている。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのプロセッサは、コンピューティングデバイスからのがんリスクレベル予測に対する修正を受信するステップと、修正とがんリスクレベルとの間の差に基づいて、学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングするステップと、を実施するための命令を実行するように更に構成されている。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される本発明のシステムは、少なくとも１つのプロセッサと通信する質量分析計を備える。
【0048】
一態様において、本発明は、ソフトウェアを格納する非一時的コンピュータ可読媒体であって、ソフトウェアが、少なくとも１つのプロセッサに本明細書で提供される方法のうちのいずれかを実施させるように構成されたプログラム命令を含む、非一時的コンピュータ可読媒体を提供する。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される本発明の方法は、がんリスクレベルが高いリスクである場合に外科的介入を推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するステップを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される本発明の方法は、がんリスクレベルが低いリスクである場合に外科的介入を行わないことを推奨する推奨をコンピューティングデバイスのディスプレイ上に生成するステップを更に含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供される本発明の方法は、コンピューティングデバイスからのがんリスクレベル予測に対する修正を受信することと、修正とがんリスクレベルとの間の差に基づいて、学習されたリスク分類パラメータを再トレーニングすることと、を更に含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、分類ツリー又は人工ニューラルネットワークを含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、教師あり分類モデルを含む。いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、教師なし分類モデルを含む。
【0049】
一態様において、本発明は、（ａ）本明細書で提供される本発明のマーカーのパネルのうちのいずれかと、（ｂ）対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのパネルの使用説明書と、を含む、キットを提供する。特定の実施形態において、これらのパネルの使用は、予想外に、特異性を増加させ、感度を増加させ、かつ／又はバイオマーカーの従来のパネルによって特定される偽陽性又は偽陰性の率を減少させた。
【0050】
本明細書に詳細に記載されるように、当該技術分野で知られている任意の方法を使用して、バイオマーカーのパネルを測定することができる。本発明の態様において、バイオマーカーのパネルは、当該技術分野で周知の任意のイムノアッセイを使用して測定される。複数の実施形態において、イムノアッセイは、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、及びラジオイムノアッセイとすることができるが、これらに限定されない。
【0051】
以下に提供する実施例に関連して、本発明によって定義される組成物及び物品を単離したか、又は別の方法で製造した。本発明の他の特徴及び利点は、詳細な説明、並びに特許請求の範囲から明らかであろう。
【0052】
定義
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が関わるか、又は関連する当業者に一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、当業者に、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を提供する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ ｅｄ．１９９４）、Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ ｅｄ．，１９８８）、Ｔｈｅ Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）、Ｂｅｎｊａｍｉｎ Ｌｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｖ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９４（ＩＳＢＮ ０－１９－８５４２８７－９）；Ｋｅｎｄｒｅｗ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）、Ｔｈｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ．，１９９４（ＩＳＢＮ ０－６３２－０２１８２－９）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，Ｒｏｂｅｒｔ Ａ．Ｍｅｙｅｒｓ（ｅｄ．），Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５（ＩＳＢＮ １－５６０８１－５６９－８）、及びＨａｌｅ ＆ Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される場合、以下の用語は、別段の指定がない限り、以下でそれらに帰属する意味を有する。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が関わるか、又は関連する当業者に一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、当業者に、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を提供する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ ｅｄ．１９９４）、Ｔｈｅ Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ ｅｄ．，１９８８）、Ｔｈｅ Ｇｌｏｓｓａｒｙ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）、Ｂｅｎｊａｍｉｎ Ｌｅｗｉｎ，Ｇｅｎｅｓ Ｖ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９４（ＩＳＢＮ ０－１９－８５４２８７－９）；Ｋｅｎｄｒｅｗ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ．）、Ｔｈｅ Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｌｔｄ．，１９９４（ＩＳＢＮ ０－６３２－０２１８２－９）、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ａ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｄｅｓｋ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ，Ｒｏｂｅｒｔ Ａ．Ｍｅｙｅｒｓ（ｅｄ．），Ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ ｂｙ ＶＣＨ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，１９９５（ＩＳＢＮ １－５６０８１－５６９－８）、及びＨａｌｅ ＆ Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ Ｈａｒｐｅｒ Ｃｏｌｌｉｎｓ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される場合、以下の用語は、別段の指定がない限り、以下でそれらに帰属する意味を有する。
【0053】
「付属器腫瘤」とは、子宮付近で発症する異常な増殖を意味し、最も一般的には、卵巣、卵管、又は結合組織から生じる。塊状の腫瘤は、嚢胞（液体で満たされている）又は固形である可能性がある。付属器腫瘤は、良性（非がん性）又は悪性（がん性）であり得る。付属器腫瘤は、症候性又は無症候性であり得る。「症候性の付属器腫瘤」とは、患者において症状が存在する付属器腫瘤を意味する。症状としては、限定されないが、腹部満腹感、腹部膨満感、骨盤痛、排便困難、及び排尿頻度の増加、異常な膣出血、又は骨盤圧迫感が挙げられ得る。「無症候性の付属器腫瘤」とは、患者において症状を生じないか、又は示さない付属器腫瘤を意味する。
【0054】
「剤」とは、任意の小分子の化学化合物、抗体、核酸分子、若しくはポリペプチド、又はそれらの断片を意味する。
【0055】
「改変」とは、本明細書に記載されるもの等の標準的な技術分野の既知の方法によって検出される、遺伝子又はポリペプチドの発現レベル又は活性の変化（増加又は減少）を意味する。改変は、１％、２％、３％、４％、５％、１０％、２０％、３０％ほど小さくてもよく、又は４０％、５０％、６０％であってもよく、又は７０％、７５％、８０％、９０％、又は１００％ほど大きくてさえもよい。
【0056】
「生体試料」とは、生物に由来する任意の組織、細胞、流体、又は他の物質を意味する。
【0057】
本明細書で使用される「バイオマーカー」又は「マーカー」は、一般的に、ある疾患と関連付けられたタンパク質、核酸分子、臨床指標、又は他の分析物を指す。一実施形態において、卵巣がんのマーカーは、参照と比較して、卵巣がんを有するか、又は卵巣がんを発症するリスクがある対象から得られた生体試料中に差次的に存在する。試料中に存在するバイオマーカーのレベルの平均又は中央値が、参照中に存在するレベルとは統計的に異なる場合に、マーカーは、差次的に存在する。参照レベルは、例えば、健康な対照対象から得られた試料中に存在するレベル、又はより早い時点（すなわち、治療前）に対象から得られたレベルであってもよい。統計的有意性のための一般的な試験としては、特に、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ、Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ、及びオッズ比が挙げられる。バイオマーカーは、単独で、又は組み合わせて、対象が目的の表現型ステータスに属する相対的な尤度の尺度を提供する。対象試料中の本発明のマーカーの差次的な存在は、対象の予後を決定するために、療法の有効性を評価するために、又は治療レジメンを選択する（例えば、その対象が婦人科腫瘍学を専門とする医師によって評価及び／又は治療されることを選択する）ために、卵巣がんを有するか、又は卵巣がんを発症するリスクがあるとして対象を特性決定する際に有用である可能性がある。
【0058】
本発明のパネルに有用なマーカーとしては、例えば、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＣＡ１２５、トランスサイレチン、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１、及びβ２ミクログロブリンタンパク質、並びにこのようなタンパク質をコードする核酸分子が挙げられる。本発明の方法で有用な断片は、断片の由来となるタンパク質を特異的に認識する抗体に結合するのに十分なものである。本発明は、以下の配列と実質的に同一であるマーカーを含む。好ましくは、このような配列は、比較のために使用される配列に対して、アミノ酸レベル又は核酸で少なくとも８５％、９０％、９５％、又は更に９９％同一である。
【0059】
本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「有する（ｈａｖｉｎｇ）」等の用語は、米国特許法においてそれらの語句に帰属する意味を有することができ、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」等を意味することができ、「～から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ ｏｆ）」又は「本質的に～を構成する（ｃｏｎｓｉｓｔｓ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」も同様に、米国特許法に帰属する意味を有しており、この用語は、オープンエンドであり、列挙されるものの基本的又は新規な特徴が、列挙されるものよりも多くの存在によって変化しない限り、列挙されるものよりも多くの存在を可能にするが、先行技術の実施形態を除外する。
【0060】
「卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿０００５０１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0061】
「ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００６０９４に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0062】
「がん抗原１２５（ＣＡ１２５）ポリペプチド」とは、Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｑ８ＷＸＩ７に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0063】
「トランスサイレチン（プレアルブミン）ポリペプチド」とは、Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２７６６に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0064】
「トランスフェリンポリペプチド」とは、ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／ＴｒＥＭＢＬアクセッション番号Ｑ０６ＡＨ７に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0065】
「アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）ポリペプチド」とは、Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２６４７に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0066】
「β２－ミクログロブリンポリペプチド」とは、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ６１７６９に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0067】
「乳がん１（ＢＲＣＡ１）遺伝子」とは、通常は細胞成長を抑制するのに役立ち、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿００５９０５．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１７上の遺伝子を意味する。ＢＲＣＡ１遺伝子中の変異は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、及び他の種類のがんのより高いリスクと関連付けられている。
【0068】
「乳がん１（ＢＲＣＡ１）ポリペプチド」とは、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＡＣ３７５９４．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0069】
「乳がん２（ＢＲＣＡ２）遺伝子」とは、通常は細胞成長を抑制するのに役立ち、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿０１２７７２．３に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１３上の遺伝子を意味する。ＢＲＣＡ２遺伝子中の変異は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、及び他の種類のがんのより高いリスクと関連付けられている。
【0070】
「乳がん２（ＢＲＣＡ２）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００００５０．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0071】
「毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）遺伝子」とは、ＤＮＡ二本鎖切断によって動員され、活性化されるセリン／スレオニンタンパク質キナーゼをコードする染色体１１上の遺伝子であって、ＤＮＡ損傷チェックポイントの活性化を開始するタンパク質をリン酸化し、細胞周期の停止、ＤＮＡ修復、又はアポトーシスを引き起こし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００９８３０．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する遺伝子を意味する。ＡＴＭ遺伝子中の変異は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、膵臓がん、及び他の種類のがんのより高いリスクと関連付けられている。
【0072】
「毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００００４２．３に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0073】
「ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）遺伝子」とは、Ｎ末端ＲｉｎｇフィンガードメインによってＢＲＣＡ１とヘテロ二量体化してＢＲＣＡ１を安定化するタンパク質をコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０１２０４７．３に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体２上の遺伝子を意味する。乳がん、卵巣がん、及び子宮がんと関連するとしてタンパク質構造に影響を与えるＢＡＲＤ１中の変異は、その変異がＢＡＲＤ１の腫瘍抑制機能を無効化することを示唆している。
【0074】
「ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００４５６．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0075】
「ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）遺伝子」とは、ＲｅｃＱ ＤＥＡＨヘリカーゼファミリーのメンバーであるファンコニ貧血グループＪタンパク質をコードし、ＢＲＣＡ１と相互作用し、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７４０９．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する遺伝子を意味する。ＢＲＩＰ１中の変異は、卵巣がんと関連付けられている。
【0076】
「ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿１１４４３２．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0077】
「カドヘリン－１（ＣＤＨ１）遺伝子」とは、カルシウム依存性細胞－細胞接着糖タンパク質をコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００８０２１．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１６上の遺伝子を意味する。ＣＤＨ１遺伝子中の変異は、胃がん、乳がん、結腸直腸がん、甲状腺がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0078】
「カドヘリン－１（ＣＤＨ１）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００４３５１．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0079】
「チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）遺伝子」とは、ＤＮＡ損傷に応答して、ＤＮＡ修復、細胞周期の停止、又はアポトーシスに関与するセリン－スレオニンキナーゼをコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００８１５０．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、遺伝子ｐｍ染色体２２を意味する。ＣＨＥＫ２遺伝子中の変異は、乳がん、前立腺がん、ランチ（ｌｕｎｃｈ）がん、結腸がん、腎臓がん、及び甲状腺がんと関連している。
【0080】
「チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００９１２５．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0081】
「上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）遺伝子」とは、上皮におけるＣａ２＋非依存性ホモタイプ細胞－細胞接着、細胞シグナル伝達、遊走、増殖、及び分化を媒介し、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０１２３５２．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、膜貫通糖タンパク質をコードする染色体２上の遺伝子を意味する。ＥＰＣＡＭ遺伝子中の変異は、乳がん及び卵巣がんを含む、いくつかのがんと関連付けられている。
【0082】
「上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００２３４５．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0083】
「ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）遺伝子」とは、ＤＮＡミスマッチ修復タンパク質をコードし、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７１０９．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体３上の遺伝子を意味する。ＭＬＨ１遺伝子中の変異は、結腸がん、子宮内膜がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0084】
「ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００２４０．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0085】
「ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）遺伝子」とは、ＤＮＡミスマッチ修復タンパク質をコードし、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７１１０．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体２上の遺伝子を意味する。ＭＳＨ２遺伝子中の変異は、結腸がん、乳がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0086】
「ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００２４２．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0087】
「ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）遺伝子」とは、ＤＮＡ修復に関与するタンパク質をコードし、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７１１１．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体２上の遺伝子を意味する。ＭＳＨ６遺伝子中の変異は、結腸がん、子宮内膜がん、乳がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0088】
「ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００１７０．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0089】
「ニブリン（ＮＢＮ）遺伝子」とは、ＤＮＡミスマッチ修復タンパク質をコードし、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００８８６０．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体６上の遺伝子を意味する。ＮＢＮ遺伝子中の変異は、乳がん、前立腺がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0090】
「ニブリン（ＮＢＮ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００２４７６．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0091】
「ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）遺伝子」とは、二本鎖切断修復に関与するタンパク質をコードし、またＢＲＣＡ２に結合し、かつＢＲＣＡ２と共局在化し、そしてＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７４０６．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１６上の遺伝子を意味する。ＰＡＬＢ２遺伝子中の変異は、卵巣がん、乳がん、及び膵臓がんと関連付けられている。
【0092】
「ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０７８９５１．２に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0093】
「ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）遺伝子」とは、細胞周期調節に関与するホスファターゼタンパク質をコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７４６６．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１０上の遺伝子を意味する。ＰＴＥＮ遺伝子中の変異は、前立腺がん、乳がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0094】
「ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００３０５．３に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0095】
「ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）遺伝子」とは、ＤＮＡの相同組換え及び修復に関与するタンパク質をコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０３１８５８．１に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１７上の遺伝子を意味する。ＲＡＤ５１Ｄ遺伝子中の変異は、乳がん、及び卵巣がんと関連付けられている。
【0096】
「ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００２８６９．３に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0097】
「セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）遺伝子」とは、セリン／スレオニンタンパク質キナーゼをコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７４６０．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１９上の遺伝子を意味する。ＳＴＫ１１遺伝子中の変異は、卵巣がん、子宮頸部がん、乳がん、腸がん、精巣がん、膵臓がん、及び皮膚がんと関連付けられている。
【0098】
「セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００４４６．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0099】
「腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）遺伝子」とは、腫瘍抑制タンパク質をコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿０１７０１３．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１７上の遺伝子を意味する。ＴＰ５３遺伝子中の変異は、乳がん及び卵巣がんを含む、様々ながんと関連付けられている。
【0100】
「腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿０００５３７．３に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0101】
「Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）遺伝子」とは、細胞シグナル伝達に関与するＧＴＰアーゼをコードし、またＮＣＢＩ参照配列：ＮＧ＿００７５２４．２に対して少なくとも約８５％のヌクレオチド同一性を有する、染色体１２上の遺伝子を意味する。ＫＲＡＳ遺伝子中の変異は、結腸がん、肺がん、卵巣がん、及び乳がんを含む、様々ながんと関連付けられている。
【0102】
「Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿２０３５２４．１に対して少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有するポリペプチド又はその断片を意味する。
【0103】
本明細書で示される選択された例示的な配列を図１に示す。
【0104】
「捕捉試薬」とは、核酸分子又はポリペプチドに特異的に結合して、核酸分子又はポリペプチドを選択又は単離する試薬を意味する。
【0105】
「臨床的攻撃性」とは、新生物の重症度を意味する。攻撃性新生物は、攻撃性の低い新生物よりも転移する可能性が高い。治療の保存的方法は、攻撃性の低い新生物に適しているが、より攻撃性の高い新生物は、より攻撃的な治療レジメンを必要とする。
【0106】
本明細書で使用される場合、「決定する」、「評価する」、「アッセイする」、「測定する」、及び「検出する」という用語は、分析物の定量的及び定性的な決定の両方を指し、したがって、「決定する」という用語は、「アッセイする」、「測定する」等と本明細書で相互に置き換え可能に使用される。定量的な決定が意図される場合、分析物の「量を決定する」等の語句が使用される。定性的及び／又は定量的な決定が意図される場合、分析物の「レベルを決定する」又は分析物を「検出する」という語句が使用される。
【0107】
「検出可能な標識」とは、目的の分子に連結したときに、分光器的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、又は化学的手段を介して、目的の分子を検出可能にする組成物を意味する。例えば、有用な標識としては、放射性同位体、磁性ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、電子密度の高い試薬、酵素（例えば、ＥＬＩＳＡにおいて一般的に使用されるようなもの）、ビオチン、ジゴキシゲニン、又はハプテンが挙げられる。
【0108】
「疾患」とは、細胞、組織、又は臓器の正常な機能を損傷又は妨害する任意の状態又は障害を意味する。疾患の例としては、乳がん及び卵巣がんが挙げられる。
【0109】
「有効量」とは、治療していない患者と比較して、疾患の症状を改善するために必要な量を意味する。疾患の療法的治療のために本発明を実施するために使用される活性化合物の有効量は、投与の態様、対象の年齢、体重、及び一般的な健康に応じて変化する。最終的に、主治医又は獣医は、適切な量及び投薬レジメンを決定するであろう。このような量は、「有効」量と称される。
【0110】
本発明は、治療するための高度に特異的な薬物の開発、又は本明細書に示される方法によって特徴付けられる障害に有用であるいくつかの標的を提供する。更に、本発明の方法は、対象に使用するのに安全である療法を特定するための容易な手段を提供する。加えて、本発明の方法は、高容量スループット、高い感度、及び低い複雑性で、本明細書に記載される疾患に対する影響について事実上いかなる数の化合物でも実質的に分析するための経路を提供する。
【0111】
「断片」とは、ポリペプチド又は核酸分子の一部分を意味する。この部分は、好ましくは、参照核酸分子又はポリペプチドの全長の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％を含有する。断片は、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、又は１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、又は１０００ヌクレオチド又はアミノ酸を含有し得る。
【0112】
「生殖細胞マーカー」とは、子孫に受け継がれ得る疾患又は障害と関連する発現レベル又は活性における改変を有する、生殖細胞内の任意のタンパク質又はポリヌクレオチドを意味する。
【0113】
「生殖細胞変異」とは、生殖細胞内の遺伝性の遺伝子改変を意味する。
【0114】
「ハイブリダイゼーション」は、相補的核酸塩基間のワトソン－クリック、フーグスティーン又は逆フーグスティーン水素結合であり得る、水素結合を意味する。例えば、アデニン及びチミンは、水素結合の形成によって対形成する相補的核酸塩基である。
【0115】
「単離された」、「精製された」、又は「生物学的に純粋な」という用語は、その天然状態で見出されるように、通常それに伴う成分を様々な程度まで含まない物質を指す。「単離物」は、元々の供給源又は周囲からのある程度の分離を示す。「精製する」は、単離よりも高い分離度を示す。「精製された」、又は「生物学的に純粋な」タンパク質は、いかなる不純物も、タンパク質の生物学的特性に実質的に影響を及ぼさないか、又は他の有害な結果を引き起こさないように、他の物質を十分な程度に含まない。すなわち、本発明の核酸又はペプチドは、組換えＤＮＡ技術によって産生される場合には細胞物質、ウイルス物質、若しくは培養培地を実質的に含まない、又は化学的に合成される場合には化学前駆体若しくは他の化学物質を実質的に含まない場合には、精製される。純度及び均質性は、典型的には、分析化学技術、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動又は高速液体クロマトグラフィーを使用して決定される。「精製された」という用語は、核酸又はタンパク質が電気泳動ゲル中で本質的に１つのバンドを生じさせることを示すことができる。例えば、リン酸化又はグリコシル化等の修飾を受ける可能性があるタンパク質について、異なる修飾は、別々に精製されることができる異なる単離されたタンパク質を生じ得る。
【0116】
「単離されたバイオマーカー」又は「精製されたバイオマーカー」とは、少なくとも６０重量％が、マーカーが天然に会合しているタンパク質及び天然に存在する有機分子を含まないことを意味する。好ましくは、調製物は、少なくとも７５重量％、より好ましくは８０、８５、９０、又は９５％純粋であるか、又は少なくとも９９重量％精製され、単離されたバイオマーカーである。
【0117】
「単離されたポリヌクレオチド」とは、本発明の核酸分子の由来となる生物の天然に存在するゲノムにおいて、遺伝子に隣接する遺伝子を含まない核酸（例えば、ＤＮＡ）を意味する。したがって、この用語は、例えば、ベクター内に、自律的に複製するプラスミド若しくはウイルス内に、又は原核生物若しくは真核生物のゲノムＤＮＡ内に組み込まれたか、又は他の配列とは独立した別個の分子（例えば、ｃＤＮＡ、又はＰＣＲ若しくは制限エンドヌクレアーゼ分解によって産生されるゲノム若しくはｃＤＮＡ断片）として存在する、組換えＤＮＡを含む。加えて、この用語は、ＤＮＡ分子から転写されるＲＮＡ分子、及び追加のポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えＤＮＡを含む。
【0118】
「単離されたポリペプチド」とは、天然で付随する成分から分離された本発明のポリペプチドを意味する。典型的には、ポリペプチドは、少なくとも６０重量％が、天然に会合しているタンパク質及び天然に存在する有機分子を含まない場合に、単離されている。好ましくは、調製物は、少なくとも７５重量％、より好ましくは少なくとも９０重量％、最も好ましくは少なくとも９９重量％が本発明のポリペプチドである。本発明の単離されたポリペプチドは、例えば、天然源からの抽出、かかるポリペプチドをコードする組換え核酸の発現、又はタンパク質を化学合成することによって得られてもよい。純度は、任意の適切な方法、例えば、カラムクロマトグラフィー、ポリアクリルアミドゲル電気泳動、又はＨＰＬＣ分析によって測定することができる。
【0119】
「マーカー」とは、疾患又は障害と関連する発現レベル又は活性における改変を有する、任意のタンパク質又はポリヌクレオチドを意味する。
【0120】
「マーカープロファイル」とは、２つ以上のポリペプチド又はポリヌクレオチドの発現又は発現レベルの特性決定を意味する。
【0121】
「新生物」とは、不適切に高レベルの細胞分裂、不適切に低レベルのアポトーシス、若しくはその両方によって引き起こされるか、又は不適切に高レベルの細胞分裂、不適切に低レベルのアポトーシス、若しくはその両方を生じる任意の疾患を意味する。がんの例としては、限定されないが、前立腺がん、白血病（例えば、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、急性骨髄芽球性白血病、急性前骨髄性白血病、急性骨髄単球性白血病、急性単球性白血病、急性赤白血病、慢性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病）、真性多血症、リンパ腫（ホジキン病、非ホジキン病）、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、重鎖病、並びに固形腫瘍、例えば、肉腫及びがん腫（例えば、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮性肉腫（ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、リンパ管肉腫、リンパ管内皮性肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、滑液腫瘍、中皮腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、結腸がん腫、膵臓がん、乳がん、卵巣がん、扁平上皮がん腫、基底細胞がん腫、腺がん、汗腺がん腫、皮脂腺がん腫、乳頭がん腫、乳頭腺がん、嚢胞腺がん、髄様がん腫、気管支原性がん腫、腎臓細胞がん腫、肝がん、胆管がん腫、絨毛がん、セミノーマ、胎児性がん腫、ウィルムス腫瘍、子宮頸がん、子宮がん、精巣がん、肺がん腫、小細胞肺がん腫、膀胱がん腫、上皮性がん腫、神経膠腫、星細胞腫、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫瘍、乏突起神経膠腫、神経鞘腫、髄膜腫、黒色腫、神経芽腫、及び網膜芽細胞腫）が挙げられる。リンパ増殖性障害も、増殖性疾患とみなされる。
【0122】
本明細書で使用される場合、「薬物を得ること」等の「得ること」は、薬物を合成すること、購入すること、又は他の方法で取得することを含む。
【0123】
「卵巣がん」という用語は、原発性卵巣腫瘍、及び体内の任意の場所に定着し得る原発性卵巣腫瘍の転移の両方を指す。
【0124】
「卵巣がんステータス」という用語は、患者における疾患のステータスを指す。卵巣がんステータスの種類の例としては、限定されないが、対象のがんのリスク、疾患の存在若しくは不在、患者における疾患のステージ、及び疾患の治療の有効性が挙げられる。複数の実施形態において、骨盤腫瘤を有すると特定された対象は、その卵巣がんステータスが良性であるか、又は悪性であるかを特定するために評価される。
【0125】
本発明の方法において有用な核酸分子としては、本発明のポリペプチド又はその断片をコードする任意の核酸分子が挙げられる。そのような核酸分子は、内因性核酸配列と１００％同一である必要はないが、典型的には実質的な同一性を示すであろう。内因性配列に対して「実質的な同一性」を有するポリヌクレオチドは、典型的には、二本鎖核酸分子の少なくとも１つの鎖とハイブリダイズすることができる。「ハイブリダイズする」とは、様々なストリンジェンシーの条件下で、相補的ポリヌクレオチド配列（例えば、本明細書に記載の遺伝子）又はその部分との間に二本鎖分子を形成する対を意味する。（例えば、Ｗａｈｌ，Ｇ．Ｍ．ａｎｄ Ｓ．Ｌ．Ｂｅｒｇｅｒ（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：３９９、Ｋｉｍｍｅｌ，Ａ．Ｒ．（１９８７）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１５２：５０７を参照されたい）。
【0126】
例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常、約７５０ｍＭのＮａＣｌ及び７５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、好ましくは、約５００ｍＭのＮａＣｌ及び５０ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、より好ましくは、約２５０ｍＭのＮａＣｌ及び２５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少ない。ストリンジェンシーの低いハイブリダイゼーションは、有機溶媒、例えば、ホルムアミドの不在下で得ることができ、一方、ストリンジェンシーの高いハイブリダイゼーションは、少なくとも約３５％のホルムアミド、より好ましくは少なくとも約５０％のホルムアミドの存在下で得ることができる。ストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも約３０℃、より好ましくは少なくとも約３７℃、最も好ましくは少なくとも約４２℃の温度を含むであろう。ハイブリダイゼーション時間、洗剤、例えばドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）の濃度、及び担体ＤＮＡの包含又は除外等の様々な追加のパラメータは、当業者に周知である。必要に応じてこれらの様々な条件を組み合わせることにより、様々なレベルのストリンジェンシーが実現される。好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、７５０ｍＭのＮａＣｌ、７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び１％のＳＤＳ中、３０℃で行われる。より好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、５００ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％のＳＤＳ、３５％のホルムアルデヒド、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）中、３７℃で行われる。最も好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、２５０ｍＭのＮａＣｌ、２５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％のＳＤＳ、５０％のホルムアルデヒド、及び２００μｇ／ｍｌのｓｓＤＮＡ中、４２℃で行われる。これらの条件の有用な変形形態は、当業者には容易に明らかになるであろう。
【0127】
ほとんどの用途について、ハイブリダイゼーションに続く、洗浄するステップも、様々なストリンジェンシーになるであろう。洗浄のストリンジェンシー条件は、塩濃度及び温度によって定義することができる。上述のように、洗浄のストリンジェンシーは、塩濃度を下げることによって、又は温度を上げることによって、増加させることができる。例えば、洗浄ステップのストリンジェントな塩濃度は、好ましくは、約３０ｍＭのＮａＣｌ及び３ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、また最も好ましくは、約１５ｍＭのＮａＣｌ及び１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少ない。洗浄ステップのストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも約２５℃、より好ましくは少なくとも約４２℃、又は更により好ましくは少なくとも約６８℃の温度を含む。好ましい実施形態において、洗浄ステップは、３０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、２５℃で行われることになる。より好ましい実施形態において、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、４２℃で行われることになる。より好ましい実施形態において、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、６８℃で行われることになる。これらの条件の追加の変形形態は、当業者には容易に明らかになるであろう。ハイブリダイゼーション技術は当業者に周知であり、例えば、Ｂｅｎｔｏｎ ａｎｄ Ｄａｖｉｓ（Ｓｃｉｅｎｃｅ １９６：１８０，１９７７）、Ｇｒｕｎｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｈｏｇｎｅｓｓ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ ７２：３９６１，１９７５）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，２００１）、Ｂｅｒｇｅｒ ａｎｄ Ｋｉｍｍｅｌ（Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１９８７，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）、及びＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋに記載されている。
【0128】
「減少させる」とは、負の改変を意味する。いくつかの実施形態において、改変は、少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、又は１００％減少させる。
【0129】
「参照」とは、比較の標準又は対照条件を意味する。例えば、患者試料中に存在するマーカーレベルを、対応する健康な細胞若しくは組織中のマーカーのレベル、又は罹患した細胞若しくは組織（例えば、卵巣がんを有する対象に由来する細胞若しくは組織）中のマーカーのレベルと比較してもよい。特定の実施形態において、患者試料中に存在するＩＧＦＢＰ２、ＩＬ６、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＣＡ１２５；トランスサイレチン、トランスフェリン、ＴＡＧ－７２／ＣＡ ７２－４ポリペプチドレベルを、より早い時点（すなわち、治療前）で得られた対応する試料中に存在する上述のポリペプチドのレベル、健康な細胞若しくは組織、又は転移する傾向がない新生物性細胞若しくは組織と比較してもよい。
【0130】
「試料」は、生物に由来する任意の組織、細胞、流体、又は他の物質等の生体試料を意味する。
【0131】
「配列同一性」は、配列間の類似性の観点で、発現されるアミノ酸又は核酸配列間の類似性を指す。配列同一性は、多くの場合、同一性割合（又は類似性若しくは相同性）に関して測定され、その割合が高いほど、配列は、より類似している。所与の遺伝子又はタンパク質のホモログ又はバリアントは、標準的な方法を使用してアラインメントすると、比較的高い程度の配列同一性を有する。配列同一性は、典型的には、配列分析ソフトウェア（例えば、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｅｎｔｅｒ，１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７０５、ＢＬＡＳＴ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、又はＰＩＬＥＵＰ／ＰＲＥＴＴＹＢＯＸプログラム）を使用して測定される。このようなソフトウェアは、様々な置換、欠失、及び／又は他の修飾に対して相同性の程度を割り当てることによって、同一又は類似の配列とマッチさせる。保存的置換は、典型的には、以下の群：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リシン、アルギニン、及びフェニルアラニン、チロシン内の置換を含む。同一性の程度を決定するための例示的なアプローチにおいて、ＢＬＡＳＴプログラムを使用してもよく、ｅ－３～ｅ－１００の確率スコアは、密接に関連する配列を示している。加えて、他のプログラム及び整列アルゴリズムは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，１９８１，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４、Ｈｉｇｇｉｎｓ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ，１９８８，Ｇｅｎｅ ７３：２３７－２４４、Ｈｉｇｇｉｎｓ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ，１９８９，ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１－１５３、Ｃｏｒｐｅｔ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １６：１０８８１－１０８９０、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４、及びＡｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．６：１１９－１２９に記載される。ＮＣＢＩ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴ（商標））（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０）は、配列分析プログラムｂｌａｓｔｐ、ｂｌａｓｔｎ、ｂｌａｓｔｘ、ｔｂｌａｓｔｎ及びｔｂｌａｓｔｘと組み合わせて使用するために、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．）を含むいくつかの供給源から、また、インターネット上で容易に入手可能である。
【0132】
「体細胞マーカー」とは、生殖細胞を除く任意の細胞内で生じる可能性がある、遺伝性ではない疾患又は障害と関連する発現レベル又は活性における改変を有する任意のタンパク質又はポリヌクレオチドを意味する。
【0133】
「体細胞変異」とは、生殖細胞を除く任意の細胞内の遺伝子改変を意味し、遺伝性ではない。
【0134】
「特異的に結合する」とは、分子（例えば、ポリペプチド）を認識し、結合するが、試料、例えば、生体試料中の他の分子を実質的に認識し、かつ結合しない化合物（例えば、抗体）を意味する。
【0135】
診断試験の精度は、受信者操作特性曲線（「ＲＯＣ曲線」）を含むが、これらに限定されない、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して特性決定することができる。ＲＯＣ曲線は、感度と特異性との関係を示す。感度は、ある試験によって陽性であると予測される真の陽性の割合であり、一方で、特異性は、ある試験によって陰性であると予測される真の陰性の割合である。ＲＯＣは、診断試験の異なる可能なカットポイントについての偽陽性率に対する真の陽性率のプロットである。したがって、感度の増加は、特異性の低下を伴うことになる。曲線がＲＯＣ空間の左軸を、そしてその後上端を辿るのに近づくほど、試験の精度はより高くなる。逆に、曲線がＲＯＣグラフの４５度の対角線に近づくほど、試験の精度はより低くなる。ＲＯＣの下の面積は、試験精度の尺度である。試験の精度は、試験が、試験される群を、問題としている疾患を有する群及び有しない群にどの程度良好に分離するかに依存する。曲線下の面積（「ＡＵＣ」と称される）が１であることは、完璧な試験を表す。複数の実施形態において、本発明のバイオマーカー及び診断方法は、０．５０を超える、０．６０を超える、０．７０を超える、０．８０を超える、又は０．９０を超えるＡＵＣを有する。
【0136】
試験の有用性の他の有用な尺度は、陽性予測値（「ＰＰＶ」）及び陰性予測値（「ＮＰＶ」）である。ＰＰＶは、陽性として試験した、実際の陽性の割合である。ＮＰＶは、陰性として試験した、実際の陰性の割合である。
【0137】
「対象」又は「患者」という用語は、治療、観察、又は実験の対象である動物を指す。単なる例として、対象としては、ヒトを含むがこれらに限定されない哺乳動物、又は非ヒト霊長類、ネズミ、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、若しくはネコを含む非ヒト哺乳動物が挙げられるが、これらに限定されない。
【0138】
「実質的に同一」とは、参照アミノ酸配列（例えば、本明細書に記載のアミノ酸配列のうちのいずれか１つ）又は核酸配列（例えば、本明細書に記載の核酸配列のうちのいずれか１つ）に対して少なくとも５０％の同一性を示すポリペプチド又は核酸分子を意味する。好ましくは、このような配列は、比較のために使用される配列に対して、アミノ酸レベル又は核酸で少なくとも６０％、より好ましくは８０％又は８５％、より好ましくは９０％、９５％、又は更に９９％同一である。
【0139】
配列同一性は、典型的には、配列分析ソフトウェア（例えば、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃｅｎｔｅｒ，１７１０ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ａｖｅｎｕｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．５３７０５、ＢＬＡＳＴ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、又はＰＩＬＥＵＰ／ＰＲＥＴＴＹＢＯＸプログラム）を使用して測定される。このようなソフトウェアは、様々な置換、欠失、及び／又は他の修飾に対して相同性の程度を割り当てることによって、同一又は類似の配列をマッチさせる。保存的置換は、典型的には、以下の群：グリシン、アラニン；バリン、イソロイシン、ロイシン；アスパラギン酸、グルタミン酸、アスパラギン、グルタミン；セリン、スレオニン；リシン、アルギニン、及びフェニルアラニン、チロシン内の置換を含む。同一性の程度を決定するための例示的なアプローチにおいて、ＢＬＡＳＴプログラムを使用してもよく、ｅ－３～ｅ－１００の確率スコアは、密接に関連する配列を示している。
【0140】
具体的に記載されていないか、または文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される場合、「約」という用語は、当該技術分野における正常な許容範囲内、例えば、平均値の２標準偏差内であると理解される。約は、述べられている値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、又は０．０１％以内であると理解することができる。文脈から別途明確でない限り、本明細書において提供される全ての数値は、約という用語によって修正される。
【0141】
本明細書で使用される場合、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療する（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「治療」等の用語は、障害及び／又はそれと関連付けられた症状を減少させること、又は改善することを指す。排除されないが、ある障害又は状態を治療することは、その障害、状態、又はそれらと関連付けられた症状が完全に除外されることを必要としないことは理解されたい。
【0142】
本明細書で提供される範囲は、その範囲内の全ての値の縮めた表現であると理解される。例えば、１～５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、又は５０からなる群からの任意の数、数値の組み合わせ、又は部分範囲を含むと理解される。
【0143】
本明細書に提供される任意の化合物、組成物又は方法を、本明細書に提供される任意の他の組成物及び方法のうちの１つ以上と組み合わせることができる。
【0144】
本明細書で使用される場合、単数形の「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」は、文脈により明らかにそうではないと指示されない限り、複数の形態を含む。したがって、例えば、「バイオマーカー（ａ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ）」の言及は、１つより多いバイオマーカーの言及を含む。
【0145】
具体的に記載されていないか、文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される場合、「又は」という用語は、包含的であると理解される。
【0146】
「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、「～を含むが、これらに限定されない」という語句を意味するために本明細書で使用され、かつこれと相互に置き換え可能に使用される。
【0147】
本明細書に提供される任意の組成物又は方法は、本明細書に提供される任意の他の組成物及び方法のうちの１つ以上と組み合わせることができる。
【図面の簡単な説明】
【0148】
【図1-1】卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、トランスサイレチン（プレアルブミン）、トランスフェリン、アポリポタンパク質Ａ－１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２ポリペプチドの例示的な配列を提供する。
【図2-1】閉経ステージに応じた研究の人口統計情報及び臨床病理学的情報を提供する。
【図3-1】図３Ａ～３Ｃは、トレーニングセット（ＯＶＡ１）、及び３つの検証セット（ＯＶＡ５００、ＦＨＣＲＣ ＃７７８８及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４）における、閉経前（図３Ａ、左）、閉経後（図３Ｂ、中央）、及び閉経前のステージＩ／ＩＩ浸潤性がん（図３Ｃ、右）患者、並びに良性付属器腫瘤のみに対する、ＣＡ１２５と比較した場合のＡＭＲＡの受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線を示すグラフである（ＡＵＣ：曲線下の面積、ＲＯＣ：受信者操作特性）。
【図4A】図４Ａ～４Ｂは、付属器腫瘤リスク評価（ＡＭＲＡ）リスク群における良性、低悪性度の潜在的な腫瘍ステージＩ／ＩＩ及びステージＩＩＩ／ＩＶ患者の分布を示す（ＨＲ：高リスク、ＩＲ：中間のリスク、ＬＲ：より低リスク）。図３Ａは、５％の想定された試験前有病率について調整された閉経前患者におけるＡＭＲＡと比較した、悪性度のリスクを示す棒グラフである。図３Ｂは、１０％の想定された試験前有病率について調整された閉経後患者におけるＡＭＲＡと比較した、悪性度のリスクを示す棒グラフである。
【図5-1】閉経前の付属器腫瘤リスク評価のリスク群（実際のもの、及び想定された有病率に基づいて予測されたもの）における良性、低悪性度の潜在的な腫瘍／早期、後期のがんの分布を提供する。
【図6-1】閉経後の付属器腫瘤リスク評価のリスク群（実際のもの、及び想定された有病率に基づいて予測されたもの）における良性、低悪性度の潜在的な腫瘍／早期、後期のがんの分布を提供する。
【図7A】図７Ａ～７Ｂは、トレーニングセット（ＯＶＡ１）、及び組み合わされた検証データセット（ＯＶＡ５００、ＦＨＣＲＣ＃７７８８及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４）に基づいて予測された、付属器腫瘤リスク評価のリスク群の有病率によって調整された試験後がん確率を示す（ＨＲ：高リスク、ＩＲ：中間のリスク、ＬＲ：より低リスク）。推定されたがん確率の棒グラフを、ロジスティック回帰によって補間曲線と重ね合わせた。図７Ａは、閉経前の患者における確率を示す棒グラフを提供する。図７Ｂは、閉経後の患者における確率を示す棒グラフを提供する。
【図8-1】付属器腫瘤リスク評価群の推定される性能指標を示す表を提供する。
【図9】付属器腫瘤リスク評価群の検証に使用される試料セットのカテゴリー化を示すフローチャートを提供する。
【発明を実施するための形態】
【0149】
発明の詳細な説明
本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのバイオマーカーのパネル、及びこのようなパネルの使用を含む。本発明は、少なくとも部分的に、本発明のパネルが、有利なことに、特異性を（例えば、平均／中央値約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％まで）増強し、かつ感度を（例えば、少なくとも７５％まで）増強し、また付属器腫瘤（例えば症候性又は無症候性）を有すると診断された閉経前及び閉経後の対象についてのバイオマーカーの従来のパネルによって特定される偽陽性及び偽陰性を減少させるという発見に基づく。
本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのバイオマーカーのパネル、及びこのようなパネルの使用を含む。本発明は、少なくとも部分的に、本発明のパネルが、有利なことに、特異性を（例えば、平均／中央値約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％まで）増強し、かつ感度を（例えば、少なくとも７５％まで）増強し、また付属器腫瘤（例えば症候性又は無症候性）を有すると診断された閉経前及び閉経後の対象についてのバイオマーカーの従来のパネルによって特定される偽陽性及び偽陰性を減少させるという発見に基づく。
【0150】
特に、本発明は、以下のマーカーのセットを含む又はこれらからなるパネルを提供する。
アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、β２ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、及びトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）；
卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、ＣＡ１２５、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、ＡｐｏＡ１、及びトランスフェリン；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、及びＨＥ４；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、及びＢＲＣＡ１；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、及びＢＲＣＡ２；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、及びＢＲＣＡ１；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、及びＢＲＣＡ２、並びに
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２。
アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、β２ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、及びトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）；
卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、ＣＡ１２５、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、ＡｐｏＡ１、及びトランスフェリン；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、及びＨＥ４；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、及び乳がん１（ＢＲＣＡ１）；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、及びＢＲＣＡ１；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、及び乳がん２（ＢＲＣＡ２）；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、及びＢＲＣＡ２；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２；
ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、トランスフェリン、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、及びＢＲＣＡ１；
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、及びＢＲＣＡ２、並びに
ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＢＲＣＡ１、及びＢＲＣＡ２。
【0151】
更に、本発明は、少なくとも部分的に、多変量インデックスアッセイ（例えば、ＡＭＲＡ、ＯＶＡ１、及び／又はＯＶＥＲＡ）に対する追加の生殖細胞変異及び／又は体細胞変異の特性決定が、特異性及び感度を増強し、かつ付属器腫瘤を有すると診断された閉経前及び閉経後の対象についてのバイオマーカーの従来のパネルによって特定される偽陽性及び偽陰性を減少させるという発見に基づく。同様に、バイオマーカーの異常なメチル化（例えば、高メチル化又は低メチル化）の存在は、特異性及び感度を増強し、また付属器腫瘤を有すると診断された閉経前及び閉経後の対象についてのバイオマーカーの従来のパネルによって特定される偽陽性及び偽陰性を減少させる。
【0152】
いくつかの実施形態において、上述のマーカーのセットを、乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられる以下のマーカーのうちの１つ以上と組み合わせてもよい。毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）。
【0153】
本発明の方法はまた、閉経前又は閉経後の対象における術前卵巣がん評価の擬陽性の率を減少させること、又は偽陰性の率を減少させることも含む。本発明は、対象が卵巣がんを有するリスクを術前に評価するためのこのようなパネルの使用を更に特徴付ける。特に、このようなパネルの使用は、付属器腫瘤（例えば症候性又は無症候性）を有すると診断された対象（例えば、閉経前又は閉経後）を、がんの高いリスク又は低いリスクを有するとして術前に特性決定するための方法を提供する。
【0154】
卵巣がん
卵巣腫瘍は、全ての年齢の女性において、高い頻度で検出されているが、手術前に悪性であることを決定するための標準化された方法又は信頼性の高い方法は存在しない。１９９４年に、米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）は、卵巣がんの重大なリスクを有すると術前に特定されている、卵巣腫瘤を有する女性が、婦人科腫瘍専門医によって手術が行われるという選択肢を与えられるべきであることを示すコンセンサスステートメントを発表した。現在、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＣＣＮ）、ｔｈｅ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔｓ（ＳＧＯ）、ＳＯＧＣ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ、Ｓｔａｎｄｉｎｇ Ｓｕｂｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ｃａｎｃｅｒ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ、及びいくつかの他の公表されたステートメントは全て、卵巣がんを有する女性が、婦人科腫瘍専門医（ＧＯ）の治療を受けることを推奨している。
卵巣腫瘍は、全ての年齢の女性において、高い頻度で検出されているが、手術前に悪性であることを決定するための標準化された方法又は信頼性の高い方法は存在しない。１９９４年に、米国国立衛生研究所（ＮＩＨ）は、卵巣がんの重大なリスクを有すると術前に特定されている、卵巣腫瘤を有する女性が、婦人科腫瘍専門医によって手術が行われるという選択肢を与えられるべきであることを示すコンセンサスステートメントを発表した。現在、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｎｅｔｗｏｒｋ（ＮＣＣＮ）、ｔｈｅ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔｓ（ＳＧＯ）、ＳＯＧＣ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ、Ｓｔａｎｄｉｎｇ Ｓｕｂｃｏｍｍｉｔｔｅｅ ｏｎ Ｃａｎｃｅｒ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｄｖｉｓｏｒｙ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ、及びいくつかの他の公表されたステートメントは全て、卵巣がんを有する女性が、婦人科腫瘍専門医（ＧＯ）の治療を受けることを推奨している。
【0155】
乳がん、膀胱がん、胃腸がん、及び卵巣がんに関する最近の刊行物では、がん管理に外科専門医が関与した場合の転帰の改善が報告されている。加えて、１８件の卵巣がん研究の最近のメタアナリシスは、一般外科医又は一般婦人科医ではなく、婦人科腫瘍専門医の早期の関与によって、患者の転帰が改善することを見出した。著者らは、以下のように結論付けた。１）早期の疾患を有する対象は、適切なアジュバント化学療法を容易にする、包括的な外科的ステージ分類を有する可能性が高い、２）進行した疾患を有する対象は、最適な細胞減少手術を受ける可能性が高い、３）進行した疾患を有する患者は、改善された中央値及び全体的な５年生存率を有する。この重要な情報が入手可能であるにもかかわらず、悪性卵巣腫瘍を有する女性のごく一部（推定３３％）しか、一次的手術のために婦人科腫瘍専門医に紹介されない。卵巣がん管理のための治療の報告されたパターンに基づくと、米国において、女性の大部分が、この疾患のための最適な治療を受けない場合がある。
【0156】
卵巣腫瘍の手術による除去、及び一般医又は専門医が手術を行うべきかどうかの決定は、身体検査、画像診断検査、臨床検査、及び臨床判断の解釈に基づいている。骨盤検査だけでは、特に卵巣がん治療が最も成功している早期において、卵巣腫瘍を信頼性高く検出又は識別するのに不十分である。検査はまた、前立腺、肺、結腸直腸及び卵巣がんのスクリーニング試験アルゴリズムから除外されている。骨盤超音波は、臨床的に有用であり、最も安価な画像診断モダリティであるが、悪性腫瘍を一貫して特定することには限界がある。一般的に、ほぼ全ての単房性嚢胞は、良性であるが、一方で、固体成分又は内部乳頭突起を有する複雑性嚢胞腫瘍は、悪性である可能性が高い。ＣＡ１２５は、悪性腫瘍のリスクを確立しようとする企てにおいて、単独で、又は他の試験と組み合わせて使用されている。残念ながら、ＣＡ１２５は、早期の卵巣がんにおいて感度が低く（５０％）、閉経前及び閉経後の女性の両方において多くの偽陽性から生じる低い特異性を有する。
【0157】
Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｏｂｓｔｅｔｒｉｃｓ ａｎｄ Ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｙ（ＡＣＯＧ）及びＳＧＯは、骨盤腫瘤を有する患者のための紹介ガイドラインを公表している。これらのガイドラインには、患者の年齢、血清ＣＡ１２５レベル、身体検査、画像化結果、及び家族歴が含まれる。この紹介戦略は、レトロスペクティブに、およびプロスペクティブにの両方で評価されている。単一機関のレビューにおいて、Ｄｅａｒｋｉｎｇらは、ガイドラインが、進行期の卵巣がんを予測するのに有用であるが、「特に閉経前の女性において、主に卵巣がんの早期マーカー及び徴候の欠如に起因して、早期の疾患を特定するのには不十分であった」と結論付けた。
【0158】
バイオマーカー
特定の実施形態において、バイオマーカーは、１つの表現型ステータスの（例えば、疾患を有する）対象から採取された試料中に、その他の表現型ステータス（例えば、疾患を有していない）と比較して差次的に存在する有機生体分子である。異なる群におけるバイオマーカーの発現レベルの平均又は中央値が統計的に有意であると計算される場合、バイオマーカーは、異なる表現型ステータス間に差次的に存在する。統計的有意性のための一般的な試験としては、特に、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ、Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ、及びオッズ比が挙げられる。バイオマーカーは、単独で、又は組み合わせて、対象が、ある表現型ステータス又は別の表現型ステータスに属する、相対的なリスクの尺度を提供する。したがって、それらのバイオマーカーは、疾患を特性決定するためのマーカーとして有用である。
特定の実施形態において、バイオマーカーは、１つの表現型ステータスの（例えば、疾患を有する）対象から採取された試料中に、その他の表現型ステータス（例えば、疾患を有していない）と比較して差次的に存在する有機生体分子である。異なる群におけるバイオマーカーの発現レベルの平均又は中央値が統計的に有意であると計算される場合、バイオマーカーは、異なる表現型ステータス間に差次的に存在する。統計的有意性のための一般的な試験としては、特に、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、Ｋｒｕｓｋａｌ－Ｗａｌｌｉｓ、Ｗｉｌｃｏｘｏｎ、Ｍａｎｎ－Ｗｈｉｔｎｅｙ、及びオッズ比が挙げられる。バイオマーカーは、単独で、又は組み合わせて、対象が、ある表現型ステータス又は別の表現型ステータスに属する、相対的なリスクの尺度を提供する。したがって、それらのバイオマーカーは、疾患を特性決定するためのマーカーとして有用である。
【0159】
卵巣がんについてのバイオマーカー
本発明は、卵巣がん（特に、良性対悪性の骨盤内腫瘤）を有する対象において差次的に存在するポリペプチド又はポリヌクレオチドバイオマーカーのパネルを提供する。本発明のバイオマーカーは、卵巣がんステータス（卵巣がんを有しない対象に対する、卵巣がんを有する対象を含む）、又は閉経ステータス（閉経前若しくは閉経後の対象を含む）に応じて、差次的に存在する。
本発明は、卵巣がん（特に、良性対悪性の骨盤内腫瘤）を有する対象において差次的に存在するポリペプチド又はポリヌクレオチドバイオマーカーのパネルを提供する。本発明のバイオマーカーは、卵巣がんステータス（卵巣がんを有しない対象に対する、卵巣がんを有する対象を含む）、又は閉経ステータス（閉経前若しくは閉経後の対象を含む）に応じて、差次的に存在する。
【0160】
本発明のバイオマーカーパネルは、以下の表１に提示されるバイオマーカーのうちの１つ以上を含む。
【0161】
（表１）
【0162】
理解されるように、表１のバイオマーカー、バイオマーカーのパネル、又は他の類似の語句に対する本明細書での参照は、表１に示されるか、又は本明細書の他の箇所に記載されるバイオマーカーのうちの１つ以上を示す。表１のバイオマーカーのうちの１つ以上のパネルを、表１のバイオマーカーのうちの１つ以上のうちの１つ以上のパネルと組み合わせて使用してもよい。例えば、一実施形態において、バイオマーカーであるＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、及びＨＥ４を含むパネルを、ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、及びＴＴを含むパネルと組み合わせて使用してもよい。一実施形態において、バイオマーカーであるＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、及びＨＥ４を含むパネルを、卵胞刺激ホルモンＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、及びトランスフェリンを含むパネルと組み合わせて使用してもよい。一実施形態において、バイオマーカーであるＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、ＴＴ、ＦＳＨ、及びＨＥ４を含むパネルを、ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、及びＴＴを含むパネル、並びに卵胞刺激ホルモンＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、ＡｐｏＡ１、及びトランスフェリンを含むパネルと組み合わせて使用してもよい。本発明のバイオマーカーは、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）を含むが、これらに限定されない、乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられる遺伝性生殖細胞マーカー（例えば、ＢＲＣＡ１／２）及び／又は体細胞マーカーも含み得る。本発明のバイオマーカーを、血液、血清、血漿、唾液、尿、腹水、嚢胞液、均質化された組織試料（例えば、生検若しくは液体生検によって得られる組織試料）、患者試料から単離される細胞等を含むが、これらに限定されない、対象の生体試料（例えば、組織、流体）において検出してもよい。
【0163】
本発明は、単離されたバイオマーカーを含むパネルを提供する。バイオマーカーは、尿又は血清等の生物学的流体から単離され得る。それらは、当該技術分野で知られている任意の方法によって単離することができる。特定の実施形態において、この単離は、マーカーの質量及び／又は結合特徴を使用して達成される。例えば、生体分子を含む試料をクロマトグラフィー分画に供し、例えば、アクリルアミドゲル電気泳動による更なる分離に供することができる。バイオマーカーの同一性の知識はまた、イムノアフィニティークロマトグラフィーによるそれらの単離も可能にする。「単離されたバイオマーカー」とは、少なくとも６０重量％、マーカーが天然に会合しているタンパク質及び天然に存在する有機分子を含まないことを意味する。好ましくは、調製物は、少なくとも７５重量％、より好ましくは８０、８５、９０、又は９５％純粋であるか、又は少なくとも９９重量％精製され、単離されたバイオマーカーである。
【0164】
卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＦＳＨである。ＦＳＨは、１２８アミノ酸タンパク質である（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿０００５０１）。例示的なＦＳＨポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＦＳＨに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができる、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（例えば、カタログ番号ｓｃ－５７１４９）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＦＳＨは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＦＳＨである。ＦＳＨは、１２８アミノ酸タンパク質である（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿０００５０１）。例示的なＦＳＨポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＦＳＨに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができる、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（例えば、カタログ番号ｓｃ－５７１４９）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＦＳＨは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
【0165】
ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＨＥ４である。ＨＥ４は、１２４アミノ酸タンパク質である（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００６０９４）。例示的なＨＥ４ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＨＥ４に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－２７５７０）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＨＥ４は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＨＥ４である。ＨＥ４は、１２４アミノ酸タンパク質である（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００６０９４）。例示的なＨＥ４ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＨＥ４に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－２７５７０）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＨＥ４は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
【0166】
がん抗原１２５（ＣＡ１２５）
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＣＡ１２５である。ＣＡ１２５は、２２１５２アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｑ８ＷＸＩ７）。例示的なＣＡ１２５ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＣＡ１２５に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－５２０９５）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＣＡ１２５は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
本発明のパネル中に存在する１つの例示的なバイオマーカーは、ＣＡ１２５である。ＣＡ１２５は、２２１５２アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｑ８ＷＸＩ７）。例示的なＣＡ１２５ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。ＣＡ１２５に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－５２０９５）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＣＡ１２５は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
【0167】
トランスサイレチン（プレアルブミン）
本発明のパネル中に存在する別の例示的なバイオマーカーは、プレアルブミンの一形態であり、本明細書においてトランスサイレチンとも称される。トランスサイレチンは、１４７アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２７６６）。例示的なトランスサイレチンポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。トランスサイレチンに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－１３０９８）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、トランスサイレチンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
本発明のパネル中に存在する別の例示的なバイオマーカーは、プレアルブミンの一形態であり、本明細書においてトランスサイレチンとも称される。トランスサイレチンは、１４７アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２７６６）。例示的なトランスサイレチンポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。トランスサイレチンに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－１３０９８）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、トランスサイレチンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
【0168】
トランスフェリン
トランスフェリンは、本発明のバイオマーカーのパネルの別の例示的なバイオマーカーである。トランスフェリンは、６９８アミノ酸タンパク質である（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／ＴｒＥＭＢＬアクセッション番号Ｑ０６ＡＨ７）。例示的な移行ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。トランスフェリンに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－５２２５６）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、トランスフェリンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
トランスフェリンは、本発明のバイオマーカーのパネルの別の例示的なバイオマーカーである。トランスフェリンは、６９８アミノ酸タンパク質である（ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／ＴｒＥＭＢＬアクセッション番号Ｑ０６ＡＨ７）。例示的な移行ポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。トランスフェリンに対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－５２２５６）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、トランスフェリンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
【0169】
アポリポタンパク質Ａ１
アポリポタンパク質Ａ１は、本明細書では「ＡｐｏＡ１」とも称され、本発明のバイオマーカーのパネルにおける別の例示的なバイオマーカーである。ＡｐｏＡ１は、２６７アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２６４７）。例示的なＡｐｏＡ１のアミノ酸配列を図１に示す。アポリポタンパク質Ａ１に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－１３０５０３）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＡｐｏＡ１は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
アポリポタンパク質Ａ１は、本明細書では「ＡｐｏＡ１」とも称され、本発明のバイオマーカーのパネルにおける別の例示的なバイオマーカーである。ＡｐｏＡ１は、２６７アミノ酸タンパク質である（Ｓｗｉｓｓ Ｐｒｏｔアクセッション番号Ｐ０２６４７）。例示的なＡｐｏＡ１のアミノ酸配列を図１に示す。アポリポタンパク質Ａ１に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－１３０５０３）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。本発明の態様において、ＡｐｏＡ１は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において下方調節される。
【0170】
β２ミクログロブリン
本発明の方法において有用である例示的なバイオマーカーの１つは、β２－ミクログロブリンである。β２－ミクログロブリンは、２００５年６月２４日に出願された米国仮特許出願公開第６０／６９３，６７９号（Ｆｕｎｇ ｅｔ ａｌ．）において、卵巣がんについてのバイオマーカーとして記載されている。β２－ミクログロブリンの成熟形態は、１１９アミノ酸前駆体に由来する９９アミノ酸タンパク質である（ＧＩ：１７９３１８、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ６１７６９）。例示的なβ－２－ミクログロブリンポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。β－２－ミクログロブリンの成熟形態は、図１に示されるβ－２－ミクログロブリンの残基２１～１１９からなる。β２－ミクログロブリンは、抗体によって認識される。このような抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、例えば、Ａｂｃａｍから商業的に購入することもできる（カタログＡＢ７５９）（ｗｗｗ．ａｂｃａｍ．ｃｏｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）。本発明の態様において、β２－ミクログロブリンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
本発明の方法において有用である例示的なバイオマーカーの１つは、β２－ミクログロブリンである。β２－ミクログロブリンは、２００５年６月２４日に出願された米国仮特許出願公開第６０／６９３，６７９号（Ｆｕｎｇ ｅｔ ａｌ．）において、卵巣がんについてのバイオマーカーとして記載されている。β２－ミクログロブリンの成熟形態は、１１９アミノ酸前駆体に由来する９９アミノ酸タンパク質である（ＧＩ：１７９３１８、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ６１７６９）。例示的なβ－２－ミクログロブリンポリペプチドのアミノ酸配列を図１に示す。β－２－ミクログロブリンの成熟形態は、図１に示されるβ－２－ミクログロブリンの残基２１～１１９からなる。β２－ミクログロブリンは、抗体によって認識される。このような抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、例えば、Ａｂｃａｍから商業的に購入することもできる（カタログＡＢ７５９）（ｗｗｗ．ａｂｃａｍ．ｃｏｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）。本発明の態様において、β２－ミクログロブリンは、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において上方調節される。
【0171】
ＢＲＣＡ１
ＢＲＣＡ１は、本発明のバイオマーカーのパネルで使用するための別の例示的なマーカーである。ＢＲＣＡ１遺伝子は、染色体１７の上にあり、１９３，６８９ｂｐである（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿００５９０５．２）。ＢＲＣＡ１タンパク質は、１８６３アミノ酸であり（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＡＣ３７５９４．１）、ＤＮＡにおける二本鎖切断を修復し、通常は細胞成長を抑制するのに役立つ複合体の一部である。例示的なＢＲＣＡ１タンパク質のアミノ酸配列を図１に示す。ＢＲＣＡ１に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができるか、又は例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－６９５４）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。
ＢＲＣＡ１は、本発明のバイオマーカーのパネルで使用するための別の例示的なマーカーである。ＢＲＣＡ１遺伝子は、染色体１７の上にあり、１９３，６８９ｂｐである（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿００５９０５．２）。ＢＲＣＡ１タンパク質は、１８６３アミノ酸であり（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＡＡＣ３７５９４．１）、ＤＮＡにおける二本鎖切断を修復し、通常は細胞成長を抑制するのに役立つ複合体の一部である。例示的なＢＲＣＡ１タンパク質のアミノ酸配列を図１に示す。ＢＲＣＡ１に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができるか、又は例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－６９５４）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。
【0172】
ＢＲＣＡ１遺伝子中の生殖細胞変異は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、及び他の種類のがんのより高いリスクと関連付けられている。本発明のいくつかの態様において、ＢＲＣＡ１遺伝子は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において変異する。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ１遺伝子中の変異は、Ａｓｈｋｅｎａｚｉ Ｊｅｗｉｓｈ（ＡＪ）変異（例えば、ｃ．６８＿６９ｄｅｌ及び／又はｃ．５２６６ｄｕｐ）である。
【0173】
ＢＲＣＡ２
ＢＲＣＡ２は、本発明のバイオマーカーのパネルで使用するための別の例示的なマーカーである。ＢＲＣＡ２遺伝子は、染色体１３の上にあり、９１，１９３ｂｐである（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿０１２７７２．３）。ＢＲＣＡ２タンパク質は、３４１８アミノ酸であり（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００００５０．２）、ＤＮＡにおける二本鎖切断の修復に関与し、通常は細胞成長を抑制するのに役立つ。例示的なＢＲＣＡ２タンパク質のアミノ酸配列を図１に示す。ＢＲＣＡ２に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－２９３１８５）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。
ＢＲＣＡ２は、本発明のバイオマーカーのパネルで使用するための別の例示的なマーカーである。ＢＲＣＡ２遺伝子は、染色体１３の上にあり、９１，１９３ｂｐである（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＧ＿０１２７７２．３）。ＢＲＣＡ２タンパク質は、３４１８アミノ酸であり（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００００５０．２）、ＤＮＡにおける二本鎖切断の修復に関与し、通常は細胞成長を抑制するのに役立つ。例示的なＢＲＣＡ２タンパク質のアミノ酸配列を図１に示す。ＢＲＣＡ２に対する抗体は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して作製することができ、又は、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．から購入することができる（カタログ番号ｓｃ－２９３１８５）（ｗｗｗ．ｓｃｂｔ．ｃｏｍ、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ，ＣＡ）。
【0174】
ＢＲＣＡ２遺伝子中の生殖細胞変異は、乳がん、卵巣がん、前立腺がん、及び他の種類のがんのより高いリスクと関連付けられている。本発明のいくつかの態様において、ＢＲＣＡ２遺伝子は、卵巣がんを有しない対象と比較して、卵巣がんを有する対象において変異する。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ２遺伝子中の変異は、Ａｓｈｋｅｎａｚｉ Ｊｅｗｉｓｈ（ＡＪ）変異（例えば、ｃ．５９４６ｄｅｌ）である。
【0175】
バイオマーカー、及びタンパク質の異なる形態
タンパク質は、複数の異なる形態で、試料中に頻繁に存在する。これらの形態は、翻訳前修飾及び／又は翻訳後修飾から生じることができる。翻訳前修飾形態としては、対立遺伝子バリアント、スプライスバリアント、及びＲＮＡ編集形態が挙げられる。翻訳後修飾形態としては、タンパク質分解切断（例えば、シグナル配列若しくは親タンパク質の断片の切断）、グリコシル化、リン酸化、脂質付加、酸化、メチル化、システイン化、スルホン化、及びアセチル化から生じる形態が挙げられる。試料中のタンパク質を検出又は測定する場合、形態のいずれか又は全てを測定して、バイオマーカーのレベルを決定してもよく、又は目的の形態が測定される。タンパク質の異なる形態を識別する能力は、差異の性質、及びタンパク質を検出又は測定するために使用される方法に依存する。例えば、モノクローナル抗体を使用するイムノアッセイは、エピトープを含有するタンパク質の全ての形態を検出し、かつそれらを区別しない。しかしながら、タンパク質上の異なるエピトープに対して指向する２つの抗体を使用するサンドイッチイムノアッセイは、両方のエピトープを含有するタンパク質の全ての形態を検出し、エピトープのうちの１つのみを含有するこれらの形態を検出しない。分析物の異なる形態を区別するか、又は分析物の特定の形態を特異的に検出することは、分析物を「分割する」と称される。
タンパク質は、複数の異なる形態で、試料中に頻繁に存在する。これらの形態は、翻訳前修飾及び／又は翻訳後修飾から生じることができる。翻訳前修飾形態としては、対立遺伝子バリアント、スプライスバリアント、及びＲＮＡ編集形態が挙げられる。翻訳後修飾形態としては、タンパク質分解切断（例えば、シグナル配列若しくは親タンパク質の断片の切断）、グリコシル化、リン酸化、脂質付加、酸化、メチル化、システイン化、スルホン化、及びアセチル化から生じる形態が挙げられる。試料中のタンパク質を検出又は測定する場合、形態のいずれか又は全てを測定して、バイオマーカーのレベルを決定してもよく、又は目的の形態が測定される。タンパク質の異なる形態を識別する能力は、差異の性質、及びタンパク質を検出又は測定するために使用される方法に依存する。例えば、モノクローナル抗体を使用するイムノアッセイは、エピトープを含有するタンパク質の全ての形態を検出し、かつそれらを区別しない。しかしながら、タンパク質上の異なるエピトープに対して指向する２つの抗体を使用するサンドイッチイムノアッセイは、両方のエピトープを含有するタンパク質の全ての形態を検出し、エピトープのうちの１つのみを含有するこれらの形態を検出しない。分析物の異なる形態を区別するか、又は分析物の特定の形態を特異的に検出することは、分析物を「分割する」と称される。
【0176】
質量分析計は、異なる形態が、典型的には、質量分析法によって分割することができる異なる質量を有するため、タンパク質の異なる形態を分割するための特に強力な方法論である。したがって、ある形態のタンパク質が、別の形態のバイオマーカーよりも、ある疾患について優れたバイオマーカーである場合、質量分析法は、従来のイムノアッセイがその形態を区別することができず、また有用なバイオマーカーに対して特異的に検出することができない有用な形態を、特異的に検出し、かつ測定することができる場合がある。
【0177】
１つの有用な方法論は、質量分析法とイムノアッセイとを組み合わせる。例えば、生物特異的捕捉試薬（例えば、バイオマーカー及びその他の形態を認識する抗体、アプタマー、アフィボディ等）を使用して、目的のバイオマーカーを捕捉する。複数の実施形態において、生物特異的捕捉試薬は、固相、例えば、ビーズ、プレート、膜又はアレイに結合する。結合していない物質を洗い流した後、捕捉された分析物を、質量分析法によって検出及び／又は測定する。この方法はまた、タンパク質に結合しているか、又は抗体によってそれ以外の方法で認識され、かつそれ自体をバイオマーカーとすることができるタンパク質相互作用因子の捕捉をもたらす。レーザ脱離アプローチ（従来のＭＡＬＤＩ又はＳＥＬＤＩなど）、エレクトロスプレーイオン化等を含む、様々な形態の質量分析法は、タンパク質形態を検出するのに有用である。
【0178】
したがって、本明細書で特定のタンパク質を検出する、又は特定のタンパク質の量を測定するとの言及がなされる場合、様々な形態のタンパク質を分割して、又は分割することなく、タンパク質を検出し、かつ測定することを意味する。例えば、「β－２ミクログロブリンを検出する」ステップは、タンパク質の様々な形態の間で識別しない手段（例えば、特定のイムノアッセイ）によって、及びいくつかの形態を他の形態から識別する、若しくは特定の形態のタンパク質を測定する手段によって、β－２ミクログロブリンを検出することを含む。
【0179】
卵巣がんについてのバイオマーカーの検出
本発明のバイオマーカーは、任意の好適な方法によって検出することができる。本明細書に記載の方法は、個々に使用することができる、又はバイオマーカーのより正確な検出のために組み合わせて使用することができる（例えば、質量分析法と組み合わせたバイオチップ、質量分析法と組み合わせたイムノアッセイ等）。
本発明のバイオマーカーは、任意の好適な方法によって検出することができる。本明細書に記載の方法は、個々に使用することができる、又はバイオマーカーのより正確な検出のために組み合わせて使用することができる（例えば、質量分析法と組み合わせたバイオチップ、質量分析法と組み合わせたイムノアッセイ等）。
【0180】
本発明で用いることができる検出パラダイムとしては、光学的方法、電気化学的方法（ボルタメトリー及びアンペロメトリー技術）、原子力顕微鏡法、並びに高周波法、例えば、多極共鳴分光法が挙げられるが、これらに限定されない。光学的方法の例示としては、共焦点法及び非焦点法の両方の顕微鏡法に加え、蛍光、発光、化学発光、吸光度、反射率、透過率、及び複屈折率又は屈折率の検出（例えば、表面プラズモン共鳴、偏光解析法、共振鏡法、格子連結器波導法又は干渉法）がある。
【0181】
これらの方法及び追加の方法について、以下で説明する。
【0182】
イムノアッセイによる検出
特定の実施形態において、本発明のバイオマーカーは、イムノアッセイによって測定される。イムノアッセイは、典型的には、抗体（又はマーカーに特異的に結合する他の剤）を利用して、試料中のバイオマーカーの存在又はレベルを検出する。抗体は、当該技術分野で周知の方法によって、例えば、バイオマーカーで動物を免疫化することによって産生することができる。バイオマーカーは、それらの結合特徴に基づいて試料から単離することができる。あるいは、ポリペプチドバイオマーカーのアミノ酸配列が既知である場合、ポリペプチドを合成し、そしてこれを使用して、当該技術分野で周知の方法によって抗体を生成することができる。
特定の実施形態において、本発明のバイオマーカーは、イムノアッセイによって測定される。イムノアッセイは、典型的には、抗体（又はマーカーに特異的に結合する他の剤）を利用して、試料中のバイオマーカーの存在又はレベルを検出する。抗体は、当該技術分野で周知の方法によって、例えば、バイオマーカーで動物を免疫化することによって産生することができる。バイオマーカーは、それらの結合特徴に基づいて試料から単離することができる。あるいは、ポリペプチドバイオマーカーのアミノ酸配列が既知である場合、ポリペプチドを合成し、そしてこれを使用して、当該技術分野で周知の方法によって抗体を生成することができる。
【0183】
本発明は、例えば、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ及び他の酵素イムノアッセイを含むサンドイッチイムノアッセイ、蛍光ベースのイムノアッセイ、化学発光等を含む従来のイムノアッセイを企図する。ネフェロメトリーは、液相中で行われるアッセイであり、抗体は溶液中にある。抗体への抗原の結合は、測定される吸光度の変化をもたらす。イムノアッセイの他の形態としては、磁気イムノアッセイ、ラジオイムノアッセイ、及びリアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）が挙げられる。
【0184】
イムノアッセイは、固体基質（例えば、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜）、又はマーカーへの抗体の結合及びその後の検出を補助する任意の他の形態で行うことができる。一度に単一のマーカーを検出してもよく、又は多重フォーマットを使用してもよい。多重免疫分析は、平面マイクロアレイ（タンパク質チップ）及びビーズベースのマイクロアレイ（懸濁液アレイ）を伴っていてもよい。
【0185】
ＳＥＬＤＩベースのイムノアッセイにおいて、バイオマーカーのための生物特異的捕捉試薬は、ＭＳプローブの表面、例えば、予め活性化されたＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイに取り付けられている。次いで、バイオマーカーは、この試薬によってバイオチップ上に特異的に捕捉され、捕捉されたバイオマーカーは、質量分析法によって検出される。
【0186】
バイオチップによる検出
本発明の態様において、試料は、バイオチップ（マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。本発明のポリペプチド及び核酸分子は、バイオチップにおけるハイブリダイゼーション可能なアレイ要素として有用である。バイオチップは、一般的に、固体基質を含み、捕捉試薬（吸着剤又は親和性試薬とも呼ばれる）が取り付けられた、ほぼ平坦な表面を有する。多くの場合、バイオチップの表面は、複数のアドレス可能な位置を含み、その各々がそこに結合された捕捉試薬を有する。
本発明の態様において、試料は、バイオチップ（マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。本発明のポリペプチド及び核酸分子は、バイオチップにおけるハイブリダイゼーション可能なアレイ要素として有用である。バイオチップは、一般的に、固体基質を含み、捕捉試薬（吸着剤又は親和性試薬とも呼ばれる）が取り付けられた、ほぼ平坦な表面を有する。多くの場合、バイオチップの表面は、複数のアドレス可能な位置を含み、その各々がそこに結合された捕捉試薬を有する。
【0187】
アレイ要素は、各要素が基質上の指定された位置に存在するように、規則正しい様式で整理される。有用な基質材料としては、紙、ナイロン又は他の材料で構成される膜、フィルター、チップ、ガラススライド、及び他の固体支持体が挙げられる。アレイ要素の規則正しい配置により、ハイブリダイゼーションパターン及び強度を、特定の遺伝子又はタンパク質の発現レベルとして解釈することができる。核酸マイクロアレイを作製する方法は、当業者に知られており、例えば、米国特許第５，８３７，８３２号、Ｌｏｃｋｈａｒｔ，ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：１６７５－１６８０，１９９６）、及びＳｃｈｅｎａ， ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１０６１４－１０６１９，１９９６）に記載されており、本明細書に参照により組み込まれる。ポリペプチドマイクロアレイを作製する方法は、例えば、Ｇｅ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２８：ｅ３．ｉ－ｅ３．ｖｉｉ，２０００）、ＭａｃＢｅａｔｈ ｅｔ ａｌ．，（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８９：１７６０－１７６３，２０００）、Ｚｈｕ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．２６：２８３－２８９）、及び米国特許第６，４３６，６６５号に記載されており、本明細書に参照により組み込まれる。
【0188】
タンパク質バイオチップによる検出
本発明の態様において、試料は、タンパク質バイオチップ（タンパク質マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。このようなバイオチップは、本発明のポリペプチド、又はその断片の発現又は翻訳後修飾における改変を特定するために、高スループット低コストスクリーニングに有用である。複数の実施形態において、本発明のタンパク質バイオチップは、対象試料中に存在するバイオマーカーに結合し、そしてバイオマーカーのレベルの改変を検出する。典型的には、タンパク質バイオチップは、固体支持体に結合したタンパク質、又はその断片を特徴とする。好適な固体支持体としては、膜（例えば、ニトロセルロース、紙、若しくは他の物質で構成される膜）、ポリマー系フィルム（例えば、ポリスチレン）、ビーズ、又はガラススライドが挙げられる。いくつかの用途のために、タンパク質（例えば、本発明のマーカーに結合する抗体）は、当業者に既知の任意の便利な方法を使用して（例えば、手によって、又はインクジェットプリンタによって）基材上にスポッティングされる。
本発明の態様において、試料は、タンパク質バイオチップ（タンパク質マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。このようなバイオチップは、本発明のポリペプチド、又はその断片の発現又は翻訳後修飾における改変を特定するために、高スループット低コストスクリーニングに有用である。複数の実施形態において、本発明のタンパク質バイオチップは、対象試料中に存在するバイオマーカーに結合し、そしてバイオマーカーのレベルの改変を検出する。典型的には、タンパク質バイオチップは、固体支持体に結合したタンパク質、又はその断片を特徴とする。好適な固体支持体としては、膜（例えば、ニトロセルロース、紙、若しくは他の物質で構成される膜）、ポリマー系フィルム（例えば、ポリスチレン）、ビーズ、又はガラススライドが挙げられる。いくつかの用途のために、タンパク質（例えば、本発明のマーカーに結合する抗体）は、当業者に既知の任意の便利な方法を使用して（例えば、手によって、又はインクジェットプリンタによって）基材上にスポッティングされる。
【0189】
いくつかの実施形態において、タンパク質バイオチップは、検出可能なプローブを用いてハイブリダイゼーションされる。そのようなプローブは、ポリペプチド、核酸分子、抗体、又は小分子とすることができる。いくつかの用途について、ポリペプチド及び核酸分子プローブは、体液（例えば、血液、血清、血漿、唾液、尿、腹水、嚢胞液等）、均質化された組織試料（例えば、生検若しくは液体生検によって得られた組織試料）、又は患者試料から単離された細胞等の患者から採取された生体試料に由来する。プローブはまた、抗体、候補ペプチド、核酸、又はペプチド、核酸、若しくは化学ライブラリに由来する小分子化合物を含むことができる。ハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、ｐＨ、タンパク質濃度、及びイオン強度）は、特定の相互作用を促進するように最適化される。このような条件は、当業者に知られており、また、例えば、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ｄ．，Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．１９９８，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓに記載されている。非特異的プローブの除去後、特異的に結合したプローブは、例えば、蛍光、酵素活性（例えば、酵素結合熱量測定アッセイ）、直接イムノアッセイ、放射線測定アッセイ、又は当業者に知られている任意の他の好適な検出可能な方法によって検出される。
【0190】
多くのタンパク質バイオチップが、当該技術分野において記載されている。これらのバイオチップとしては、例えば、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）、Ｚｙｏｍｙｘ（Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）、Ｐａｃｋａｒｄ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｍｅｒｉｄｅｎ，ＣＴ）、Ｐｈｙｌｏｓ（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、Ｂｉａｃｏｒｅ（Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）、及びＰｒｏｃｏｇｎｉａ（Ｂｅｒｋｓｈｉｒｅ，ＵＫ）によって製造されるタンパク質バイオチップが挙げられる。このようなタンパク質バイオチップの例は、以下の特許又は公開されている特許出願に記載されている。米国特許第６，２２５，０４７号、同第６，５３７，７４９号、同第６，３２９，２０９号、及び同第５，２４２，８２８号、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ００／５６９３４号、同第ＷＯ０３／０４８７６８号、及び同第ＷＯ９９／５１７７３号。
【0191】
核酸バイオチップによる検出
本発明の態様において、試料は、核酸バイオチップ（核酸マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。核酸バイオチップを産生するために、オリゴヌクレオチドは、ＰＣＴ出願第Ｗ０９５／２５１１１６号（Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．）に記載されるように、化学カップリング手順及びインクジェット適用装置を使用して、合成又は基質の表面に結合されてもよい。あるいは、格子状アレイを使用して、真空システム、熱、ＵＶ、機械的又は化学的結合手順を使用して、ｃＤＮＡ断片又はオリゴヌクレオチドを基質の表面に配置し、かつ連結してもよい。
本発明の態様において、試料は、核酸バイオチップ（核酸マイクロアレイとしても知られる）によって分析される。核酸バイオチップを産生するために、オリゴヌクレオチドは、ＰＣＴ出願第Ｗ０９５／２５１１１６号（Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．）に記載されるように、化学カップリング手順及びインクジェット適用装置を使用して、合成又は基質の表面に結合されてもよい。あるいは、格子状アレイを使用して、真空システム、熱、ＵＶ、機械的又は化学的結合手順を使用して、ｃＤＮＡ断片又はオリゴヌクレオチドを基質の表面に配置し、かつ連結してもよい。
【0192】
生体試料に由来する核酸分子（例えば、ＲＮＡ又はＤＮＡ）を使用して、本明細書に記載されるハイブリダイゼーションプローブを産生してもよい。生体試料は、一般的に、例えば、体液（血液、血清、血漿、唾液、尿、腹水、嚢胞液等など）、均質化された組織試料（例えば、生検若しくは液体生検によって得られた組織試料）、又は患者試料から単離された細胞等として、患者に由来する。いくつかの用途のためには、培養された細胞又は他の組織調製物を使用してもよい。ｍＲＮＡは、標準的な方法に従って単離され、そしてｃＤＮＡが産生され、かつこれをテンプレートとして使用して、ハイブリダイゼーションのために好適な相補的ＲＮＡを作製する。このような方法は、当該技術分野で周知である。ＲＮＡを、蛍光ヌクレオチドの存在下で増幅させ、次いで、標識されたプローブを、マイクロアレイを用いてインキュベートし、プローブ配列を、バイオチップに結合した相補的オリゴヌクレオチドにハイブリダイズすることを可能にする。
【0193】
インキュベーション条件は、ハイブリダイゼーションが、用いられるストリンジェンシーの程度に応じて、正確な相補的マッチ又は様々な程度の相補性のより低い状態で生じるように調整される。例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常、約７５０ｍＭのＮａＣｌ及び７５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、約５００ｍＭのＮａＣｌ及び５０ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、又は約２５０ｍＭのＮａＣｌ及び２５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少ない。ストリンジェンシーの低いハイブリダイゼーションは、有機溶媒、例えば、ホルムアミドの不在下で得ることができ、一方、ストリンジェンシーの高いハイブリダイゼーションは、少なくとも約３５％のホルムアミド、そして最も好ましくは少なくとも約５０％のホルムアミドの存在下で得ることができる。ストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも約３０℃、少なくとも約３７℃、少なくとも約４２℃の温度を含むであろう。ハイブリダイゼーション時間、洗剤、例えばドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）の濃度、及び担体ＤＮＡの包含又は除外等の様々な追加のパラメータは、当業者に周知である。必要に応じてこれらの様々な条件を組み合わせることにより、様々なレベルのストリンジェンシーが実現される。好ましい実施形態において、ハイブリダイゼーションは、７５０ｍＭのＮａＣｌ、７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び１％のＳＤＳ中、３０℃で行われる。複数の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、５００ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％のＳＤＳ、３５％のホルムアルデヒド、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）中、３７℃で行われる。他の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、２５０ｍＭのＮａＣｌ、２５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％のＳＤＳ、５０％のホルムアルデヒド、及び２００μｇ／ｍｌのｓｓＤＮＡ中、４２℃で行われる。これらの条件の有用な変形形態は、当業者には容易に明らかになるであろう。
【0194】
ハイブリダイゼーションされていないプローブの除去は、例えば、洗浄することによって達成され得る。ハイブリダイゼーションに続く、洗浄するステップも、ストリンジェンシーの点で変化させることができる。洗浄のストリンジェンシー条件は、塩濃度及び温度によって定義することができる。上述のように、洗浄のストリンジェンシーは、塩濃度を下げることによって、又は温度を上げることによって、増加させることができる。例えば、洗浄ステップのストリンジェントな塩濃度は、好ましくは、約３０ｍＭのＮａＣｌ及び３ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少なく、最も好ましくは、約１５ｍＭのＮａＣｌ及び１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより少ない。洗浄ステップのストリンジェントな温度条件は、通常、少なくとも約２５℃、少なくとも約４２℃、又は少なくとも約６８℃の温度を含む。複数の実施形態において、洗浄ステップは、３０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、２５℃で行われる。より好ましい実施形態において、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、４２℃で行われる。他の実施形態において、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％のＳＤＳ中、６８℃で行われる。これらの条件の追加の変形形態は、当業者には容易に明らかになるであろう。
【0195】
異なる核酸配列の全てについてのハイブリダイゼーションの不在、存在、及び量を測定するための検出システムは、当該技術分野で周知である。例えば、同時検出は、Ｈｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：２１５０－２１５５，１９９７に記載されている。複数の実施形態において、スキャナを使用して、蛍光のレベル及びパターンを決定する。
【0196】
質量分析法による検出
本発明の態様において、本発明のバイオマーカーは、質量分析法（ＭＳ）によって検出される。質量分析法は、気相イオンを検出するために質量分析計を用いる化学化合物を分析するための周知のツールである。質量分析計は、当該技術分野において周知であり、飛行時間型、磁気セクタ、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクタ分析機、及びこれらのハイブリッドが挙げられるが、これらに限定されない。方法は、自動化された形態で実施されてもよく（Ｖｉｌｌａｎｕｅｖａ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（２００６）１（２）：８８０－８９１）、又は半自動化された形態で実施されてもよい。これは、例えば、液体クロマトグラフィーデバイス（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ若しくはＬＣ－ＭＳ）又はガスクロマトグラフィーデバイス（ＧＣ－ＭＳ若しくはＧＣ－ＭＳ／ＭＳ）に作動可能に連結された質量分析計を用いて達成することができる。質量分析法を実施するための方法は周知であり、また、例えば、米国特許出願公開第２００５／００２３４５４号、同第２００５／００３５２８６号、米国特許第５，８００，９７９号、及びそれらに開示されている参照文献に開示されている。
本発明の態様において、本発明のバイオマーカーは、質量分析法（ＭＳ）によって検出される。質量分析法は、気相イオンを検出するために質量分析計を用いる化学化合物を分析するための周知のツールである。質量分析計は、当該技術分野において周知であり、飛行時間型、磁気セクタ、四重極フィルター、イオントラップ、イオンサイクロトロン共鳴、静電セクタ分析機、及びこれらのハイブリッドが挙げられるが、これらに限定されない。方法は、自動化された形態で実施されてもよく（Ｖｉｌｌａｎｕｅｖａ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（２００６）１（２）：８８０－８９１）、又は半自動化された形態で実施されてもよい。これは、例えば、液体クロマトグラフィーデバイス（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ若しくはＬＣ－ＭＳ）又はガスクロマトグラフィーデバイス（ＧＣ－ＭＳ若しくはＧＣ－ＭＳ／ＭＳ）に作動可能に連結された質量分析計を用いて達成することができる。質量分析法を実施するための方法は周知であり、また、例えば、米国特許出願公開第２００５／００２３４５４号、同第２００５／００３５２８６号、米国特許第５，８００，９７９号、及びそれらに開示されている参照文献に開示されている。
【0197】
レーザ脱離／イオン化
複数の実施形態において、質量分析計は、レーザ脱離／イオン化質量分析計である。レーザ脱離／イオン化質量分析計において、分析物は、質量分析プローブの表面上に配置され、質量分析プローブは、質量分析計のプローブ界面に係合し、そしてイオン化及び質量分析計への導入のための電離エネルギーに分析物を提示するように適合されたデバイスである。レーザ脱離質量分析計は、レーザエネルギー（典型的には紫外線レーザによるが、赤外線レーザからのものも）を用い、表面から分析物を脱離され、それらを揮発させ、イオン化し、そして質量分析計のイオン光学系に利用可能なものにする。ＬＤＩによるタンパク質の分析は、ＭＡＬＤＩ又はＳＥＬＤＩの形態をとることができる。ＬＤＩによるタンパク質の分析は、ＭＡＬＤＩ又はＳＥＬＤＩの形態をとることができる。
複数の実施形態において、質量分析計は、レーザ脱離／イオン化質量分析計である。レーザ脱離／イオン化質量分析計において、分析物は、質量分析プローブの表面上に配置され、質量分析プローブは、質量分析計のプローブ界面に係合し、そしてイオン化及び質量分析計への導入のための電離エネルギーに分析物を提示するように適合されたデバイスである。レーザ脱離質量分析計は、レーザエネルギー（典型的には紫外線レーザによるが、赤外線レーザからのものも）を用い、表面から分析物を脱離され、それらを揮発させ、イオン化し、そして質量分析計のイオン光学系に利用可能なものにする。ＬＤＩによるタンパク質の分析は、ＭＡＬＤＩ又はＳＥＬＤＩの形態をとることができる。ＬＤＩによるタンパク質の分析は、ＭＡＬＤＩ又はＳＥＬＤＩの形態をとることができる。
【0198】
単一の飛行時間型機器におけるレーザ脱離／イオン化は、典型的には、線形抽出モードで実施される。タンデム質量分析計は、直交抽出モードを用いることができる。
【0199】
マトリックス支援レーザ脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）及びエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）
複数の実施形態において、本発明で使用するための質量分析技術は、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）又はエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）である。関連する実施形態において、手順は、時間飛行型（ＴＯＦ）分析を伴うＭＡＬＤＩであり、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ ＭＳとして知られる。これは、用いられる特定の波長で入射光を強く吸収する剤を用いて、膜上にマトリックスを形成することを伴う。試料は、ＵＶ又はＩＲレーザ光によって、ＭＡＬＤＩ質量分析計の蒸気相へと励起される。イオンは、蒸気化によって生成され、イオンプルームを形成する。イオンを、電場中で加速させ、そして所与の距離に沿って移動する時間に応じて分離し、非常に正確かつ感度が高い質量／電荷（ｍ／ｚ）の読み取り値を与える。ＭＡＬＤＩ分光計は、当該技術分野において周知であり、例えば、ＰｅｒＳｅｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）から商業的に入手可能である。
複数の実施形態において、本発明で使用するための質量分析技術は、マトリックス支援レーザ脱離／イオン化（ＭＡＬＤＩ）又はエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）である。関連する実施形態において、手順は、時間飛行型（ＴＯＦ）分析を伴うＭＡＬＤＩであり、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ ＭＳとして知られる。これは、用いられる特定の波長で入射光を強く吸収する剤を用いて、膜上にマトリックスを形成することを伴う。試料は、ＵＶ又はＩＲレーザ光によって、ＭＡＬＤＩ質量分析計の蒸気相へと励起される。イオンは、蒸気化によって生成され、イオンプルームを形成する。イオンを、電場中で加速させ、そして所与の距離に沿って移動する時間に応じて分離し、非常に正確かつ感度が高い質量／電荷（ｍ／ｚ）の読み取り値を与える。ＭＡＬＤＩ分光計は、当該技術分野において周知であり、例えば、ＰｅｒＳｅｐｔｉｖｅ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ）から商業的に入手可能である。
【0200】
磁性ベースの血清処理を、従来のＭＡＬＤＩ－ＴＯＦと組み合わせることができる。このアプローチによって、マトリックスの混合及びＭＡＬＤＩ標的プレート上への試料の堆積の前に、改善されたペプチド捕捉が達成される。したがって、複数の実施形態において、ペプチド捕捉方法は、誘導体化された磁気ビーズベースの試料処理の使用によって増強される。
【0201】
ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ ＭＳは、多くのタンパク質の断片を一度にスキャンすることを可能にする。したがって、多くのタンパク質をポリアクリルアミドゲル上で同時に試行することができ、採取膜上にスポットのアレイを産生するための本発明の方法を行い、アレイを分析してもよい。続いて、自動化された結果の出力は、サーバ（例えば、ＥｘＰＡＳｙ）を使用して、コンピュータに好適な形態でデータを生成することによって提供される。
【0202】
ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ ＭＳの質量の精度及び感度を改善するための他の技術を使用して、採取膜上で得られたタンパク質の断片を分析することができる。これらの技術としては、遅延イオン抽出、エネルギー反射器、イオントラップモジュール等の使用が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、ポストソース分解及びＭＳ－ＭＳ分析は、更なる構造分析を提供するのに有用である。ＥＳＩでは、試料は、液相中にあり、イオントラップ、ＴＯＦ、単一四重極、多重四重極質量分析計等によって分析することができる。（単一四重極以外の）そのようなデバイスの使用は、ＭＳ－ＭＳ又はＭＳｎ分析を実行することを可能にする。タンデム質量分析法により、複数の反応を同時にモニタリングすることができる。
【0203】
真空を破壊することなく、少量の試料を質量分析計に効率的に導入することができるため、例えば、キャピラリー注入を用いて、マーカーを所望の質量分析計の実装に導入してもよい。キャピラリーカラムは、質量分析計のイオン化源を、ガスクロマトグラフィー（ＧＣ）及び液体クロマトグラフィー（ＬＣ）を含むがこれらに限定されない他の分離技術とインターフェース接続するために、常套的に使用される。ＧＣ及びＬＣは、質量分析の前に溶液をその異なる成分に分離する役割を果たすことができる。このような技術は、質量分析法と容易に組み合わされる。この技術の変形形態のうちの１つは、統合された試料分離／及び質量分析計による分析のために、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）を質量分析計に連結することである。
【0204】
本発明を実施するために必要に応じて、四重極質量分析機も用いられてもよい。フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＦＴＭＳ）もまた、いくつかの発明の実施形態のために使用することができる。これは、高解像度と、タンデム質量分析実験の能力を与える。ＦＴＭＳは、磁場の存在下で帯電した粒子が軌道を周回するという原理に基づいている。ＥＳＩ及びＭＡＬＤＩに連結して、ＦＴＭＳは、０．００１％の低い誤差で、高精度を与える。
【0205】
表面増強レーザ脱離／イオン化（ＳＥＬＤＩ）
複数の実施形態において、本発明で使用するための質量分析技術は、例えば、両方ともＨｕｔｃｈｅｎｓ及びＹｉｐに対する米国特許５，７１９，０６０号及び同第６，２２５，０４７号に記載されるような「表面増強レーザ脱離／イオン化」又は「ＳＥＬＤＩ」である。これは、分析物（ここでは、バイオマーカーのうちの１つ以上）がＳＥＬＤＩ質量分析プローブの表面上に捕捉される、脱離／イオン化気相イオン分光法（質量分析法）の方法を指す。
複数の実施形態において、本発明で使用するための質量分析技術は、例えば、両方ともＨｕｔｃｈｅｎｓ及びＹｉｐに対する米国特許５，７１９，０６０号及び同第６，２２５，０４７号に記載されるような「表面増強レーザ脱離／イオン化」又は「ＳＥＬＤＩ」である。これは、分析物（ここでは、バイオマーカーのうちの１つ以上）がＳＥＬＤＩ質量分析プローブの表面上に捕捉される、脱離／イオン化気相イオン分光法（質量分析法）の方法を指す。
【0206】
ＳＥＬＤＩはまた、「親和性捕捉質量分析法」とも呼ばれている。これは、「表面増強親和性捕捉」又は「ＳＥＡＣ」とも呼ばれる。このバージョンは、物質と分析物との間の非共有結合性親和性相互作用（吸着）を介して分析物を捕捉するプローブ表面上に物質を有するプローブの使用を伴う。この物質は、様々に、「吸着剤」、「捕捉試薬」、「親和性試薬」、又は「結合部分」と呼ばれる。そのようなプローブは、「親和性捕捉プローブ」と称することができ、また「吸着性表面」を有するものとして称することができる。捕捉試薬は、分析物に結合することができる任意の物質とすることができる。捕捉試薬は、物理吸着又は化学吸着によってプローブ表面に取り付けられている。特定の実施形態において、プローブは、表面に既に取り付けられた捕捉試薬を有する。他の実施形態において、プローブは、予め活性化されており、かつ、例えば、共有結合性又は配位共有結合を形成する反応によって、捕捉試薬に結合することができる反応性部分を含む。エポキシド及びアシル－イミジゾールは、抗体又は細胞受容体等のポリペプチド捕捉試薬に共有結合するのに有用な反応性部分である。ニトリロ三酢酸及びイミノ二酢酸は、ヒスチジン含有ペプチドと非共有結合的に相互作用する金属イオンに結合するキレート剤として機能する有用な反応性部分である。吸着剤は、一般的に、クロマトグラフィー吸着剤及び生物特異性吸着剤として分類される。
【0207】
「クロマトグラフィー吸着剤」は、典型的にクロマトグラフィーで使用される吸着物質を指す。クロマトグラフィー吸着剤としては、例えば、イオン交換物質、金属キレート剤（例えば、ニトリロ三酢酸若しくはイミノ二酢酸）、固定化金属キレート剤、疎水性相互作用吸着剤、親水性相互作用吸着剤、染料、単純な生体分子（例えば、ヌクレオチド、アミノ酸、単純糖及び脂肪酸）、並びに混合モードの吸着剤（例えば、疎水性誘引／静電反発吸着剤）が挙げられる。
【0208】
「生物特異性吸着剤」は、生体分子、例えば、核酸分子（例えば、アプタマー）、ポリペプチド、多糖類、脂質、ステロイド又はこれらのコンジュゲート（例えば、糖タンパク質、リポタンパク質、糖脂質、核酸（例えば、ＤＮＡ）－タンパク質コンジュゲート）を含む吸着剤を指す。特定の場合において、生物特異性吸着剤は、多タンパク質複合体、生体膜、又はウイルス等の巨大分子構造とすることができる。生物特異性吸着剤の例は、抗体、受容体タンパク質及び核酸である。生物特異性吸着剤は、典型的には、クロマトグラフィー吸着剤よりも標的分析物に対してより高い特異性を有する。ＳＥＬＤＩで使用するための吸着剤の更なる例は、米国特許第６，２２５，０４７号に見出すことができる。「生物選択性吸着剤」は、少なくとも１０－８Ｍの親和性で分析物に結合する吸着剤を指す。
【0209】
Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎによって製造されるタンパク質バイオチップは、アドレス指定可能な位置でそれらに取り付けられるクロマトグラフィー吸着剤又は生物特異性吸着剤を有する表面を含む。ＣｉｐｈｅｒｇｅｎのＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）アレイとしては、ＮＰ２０（親水性）、Ｈ４及びＨ５０（疎水性）、ＳＡＸ－２、Ｑ－１０及び（アニオン交換）、ＷＣＸ－２及びＣＭ－１０（カチオン交換）、ＩＭＡＣ－３、ＩＭＡＣ－３０及びＩＭＡＣ－５０（金属キレート剤）、並びにＰＳ－１０、ＰＳ－２０（アシル－イミダゾール、エポキシドを有する反応性表面）及びＰＧ－２０（アシル－イミダゾールを介して連結したタンパク質Ｇ）が挙げられる。疎水性ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイは、イソプロピル又はノニルフェノキシ－ポリ（エチレングリコール）メタクリレート官能基を有する。アニオン交換ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイは、四級アンモニウム官能基を有する。カチオン交換ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイは、カルボキシレート官能基を有する。固定化金属キレート剤ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイは、キレート化によって銅、ニッケル、亜鉛、及びガリウム等の遷移金属イオンを吸着する、ニトリロ三酢酸官能基（ＩＭＡＣ ３及びＩＭＡＣ ３０）を有するか、又はＯ－メタクリロイル－Ｎ，Ｎ－ビス－カルボキシメチルチロシン官能基（ＩＭＡＣ ５０）を有する。予め活性化されたＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイは、共有結合のために基又はタンパク質と反応することができるアシル－イミダゾール又はエポキシド官能基を有する。
【0210】
そのようなバイオチップは、米国特許第６，５７９，７１９号（Ｈｕｔｃｈｅｎｓ ａｎｄ Ｙｉｐ，“Ｒｅｔｅｎｔａｔｅ Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ”，２００３年６月１７日）、米国特許第６，８９７，０７２号（Ｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｒｏｂｅｓ ｆｏｒ ａ Ｇａｓ Ｐｈａｓｅ Ｉｏｎ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ”，２００５年５月２４日）、米国特許第６，５５５，８１３号（Ｂｅｅｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，“Ｓａｍｐｌｅ Ｈｏｌｄｅｒ ｗｉｔｈ Ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ Ｃｏａｔｉｎｇ ｆｏｒ Ｇａｓ Ｐｈａｓｅ Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｅｒ”，２００３年４月２９日）、米国特許公開第２００３－００３２０４３Ａ１号（Ｐｏｈｌ ａｎｄ Ｐａｐａｎｕ，“Ｌａｔｅｘ Ｂａｓｅｄ Ａｄｓｏｒｂｅｎｔ Ｃｈｉｐ”，２００２年７月１６日）、及びＰＣＴ国際公開第ＷＯ０３／０４０７００号（Ｕｍ ｅｔ ａｌ．，“Ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｃｈｉｐ”，２００３年５月１５日）、米国特許出願公開第２００３／－０２１８１３０Ａ１号（Ｂｏｓｃｈｅｔｔｉ ｅｔ ａｌ．，“Ｂｉｏｃｈｉｐｓ Ｗｉｔｈ Ｓｕｒｆａｃｅｓ Ｃｏａｔｅｄ Ｗｉｔｈ Ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｉｄｅ－Ｂａｓｅｄ Ｈｙｄｒｏｇｅｌｓ”，２００３年４月１４日）、及び米国特許第７，０４５，３６６号（Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈｏｔｏｃｒｏｓｓｌｉｎｋｅｄ Ｈｙｄｒｏｇｅｌ Ｂｌｅｎｄ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｃｏａｔｉｎｇｓ”，２００６年５月１６日）に更に記載される。
【0211】
一般的に、吸着剤表面を有するプローブを、試料中に存在し得るバイオマーカー（複数可）を吸着剤に結合させることを可能にするのに十分な期間、試料と接触させる。インキュベーション期間の後、基質を洗浄し、結合していない物質を除去する。任意の好適な洗浄溶液を使用することができ、好ましくは水溶液を用いる。分子が結合したまま維持される程度は、洗浄のストリンジェンシーを調整することによって操作することができる。洗浄溶液の溶出特徴は、例えば、ｐＨ、イオン強度、疎水性、カオトロピズムの程度、洗剤の強度、及び温度に依存する可能性がある。プローブが（本明細書に記載されるように）ＳＥＡＣとＳＥＮＤの両方の特性を有する場合を除き、次いで、エネルギー吸収分子が、結合したバイオマーカーと共に基質に適用される。
【0212】
更に別の方法において、バイオマーカーに結合する抗体を有する固相結合免疫吸着剤を用い、バイオマーカーを捕捉することができる。吸着剤を洗浄して、結合していない物質を除去した後、バイオマーカーを固相から溶出させ、バイオマーカーに結合するＳＥＬＤＩバイオチップに適用することによって検出し、そしてＳＥＬＤＩによって分析する。
【0213】
基質に結合したバイオマーカーを、飛行時間型質量分析計等の気相イオン分光計で検出する。バイオマーカーは、レーザ等のイオン化源によってイオン化され、生成したイオンを、イオン光学アセンブリによって集め、次いで、質量分析機が、通過するイオンを分散させ、分析する。次いで、検出器は、検出されたイオンの情報を、電荷に対する質量の比率に翻訳する。バイオマーカーの検出は、典型的には、シグナル強度の検出を伴う。したがって、バイオマーカーの量及び質量の両方を決定することができる。
【0214】
変異を特定するためにシーケンシングする
いくつかの実施形態において、生体試料（例えば、核酸バイオチップによって検出される）に由来する核酸分子（例えば、ＲＮＡ又はＤＮＡ）をシーケンシングして、生殖細胞変異（例えば、ＢＲＣＡ１／２）又は体細胞変異などの卵巣がんと関連付けられた特定の変異を特定し得る。いくつかの実施形態において、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングを使用してもよい。シーケンシング方法は、当業者に周知であり、当業者は、特定の変異を分析するために、適切なシーケンシング方法を容易に選択し、使用することができる。
いくつかの実施形態において、生体試料（例えば、核酸バイオチップによって検出される）に由来する核酸分子（例えば、ＲＮＡ又はＤＮＡ）をシーケンシングして、生殖細胞変異（例えば、ＢＲＣＡ１／２）又は体細胞変異などの卵巣がんと関連付けられた特定の変異を特定し得る。いくつかの実施形態において、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングを使用してもよい。シーケンシング方法は、当業者に周知であり、当業者は、特定の変異を分析するために、適切なシーケンシング方法を容易に選択し、使用することができる。
【0215】
本発明の方法
本発明のバイオマーカーを含むパネルを使用して、対象において骨盤内腫瘤を特性決定し、対象が、一般外科医によって見られるべきか、又は婦人科腫瘍専門医に評価され、かつ／又は治療されるべきかを決定する。他の実施形態において、本発明のパネルを使用して、がんの分子プロファイルを決定することによって、卵巣がんを診断するか、又はステージ分類する。特定の実施形態において、本発明のパネルを使用して、対象についての治療経過を選択する。「卵巣がんステータス」という語句は、疾患なしを含む、疾患の任意の区別可能な徴候を含む。例えば、卵巣がんステータスとしては、疾患の存在若しくは不在（例えば、卵巣がん対非卵巣がん）、疾患を発症するリスク、疾患のステージ、疾患の進行（例えば、経時的な疾患の進行若しくは疾患の寛解）、予後、疾患の治療に対する有効性若しくは応答、並びに骨盤内腫瘤が、悪性又は良性、症候性又は無症候性であるかどうかの決定が挙げられるが、これらに限定されない。このステータスに基づいて、追加の診断試験又は療法手順若しくはレジメンを含む、更なる手順が示され得る。本発明の態様において、本発明のバイオマーカーを、対象において早期の卵巣がんを特定するために診断試験において使用することができる。
本発明のバイオマーカーを含むパネルを使用して、対象において骨盤内腫瘤を特性決定し、対象が、一般外科医によって見られるべきか、又は婦人科腫瘍専門医に評価され、かつ／又は治療されるべきかを決定する。他の実施形態において、本発明のパネルを使用して、がんの分子プロファイルを決定することによって、卵巣がんを診断するか、又はステージ分類する。特定の実施形態において、本発明のパネルを使用して、対象についての治療経過を選択する。「卵巣がんステータス」という語句は、疾患なしを含む、疾患の任意の区別可能な徴候を含む。例えば、卵巣がんステータスとしては、疾患の存在若しくは不在（例えば、卵巣がん対非卵巣がん）、疾患を発症するリスク、疾患のステージ、疾患の進行（例えば、経時的な疾患の進行若しくは疾患の寛解）、予後、疾患の治療に対する有効性若しくは応答、並びに骨盤内腫瘤が、悪性又は良性、症候性又は無症候性であるかどうかの決定が挙げられるが、これらに限定されない。このステータスに基づいて、追加の診断試験又は療法手順若しくはレジメンを含む、更なる手順が示され得る。本発明の態様において、本発明のバイオマーカーを、対象において早期の卵巣がんを特定するために診断試験において使用することができる。
【0216】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、高い卵巣がんリスク、中間の卵巣がんリスク、又は低い卵巣がんリスクを有するとして対象を術前に評価する。この方法は、対象においてバイオマーカーのパネルを測定すること、又は特性決定することを伴う。疾患の治療（例えば、手術）は、この特性決定に基づいて決定される。
【0217】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのパネルとしては、トランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、バイオマーカーの複数のパネルが、対象において測定され、又は特性決定される。一実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、またＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第２のパネルが特性決定される。一実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、またＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第２のパネルが特性決定される。別の実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第２のパネルが特性決定され、またＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第３のパネルが特性決定される。
【0218】
いくつかの実施形態において、対象からの生体試料におけるバイオマーカーのパネルの特性決定は、卵巣がんを発症するか、又は卵巣がんを有する低いリスク、中間のリスク、又は高いリスクを有するとしてその対象を特定するスコアを決定する。いくつかの実施形態において、マーカーの第１のパネルの特性決定は、第１のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、第１のスコアによって卵巣がんを発症するか、又は卵巣がんを有する中間のリスクを有すると特定された対象は、バイオマーカーの１つ以上のパネルを用いた更なる特性決定のために選択される。いくつかの実施形態において、マーカーの第２のパネルの特性決定は、第２のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、マーカーの第３のパネルの特性決定は、第３のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、第１のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第３のスコアは、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0219】
いくつかの実施形態において、第１のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第１のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１０未満の第１のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１４未満の第１のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、１０以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、１４以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0220】
いくつかの実施形態において、第２のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５以下の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１０未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１４未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、１０以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、１４以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、４．４未満の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ７未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、４．４より大きく、かつ６未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、７以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、６以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0221】
いくつかの実施形態において、第３のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第３のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第３のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0222】
いくつかの実施形態において、対象からの生体試料は、その対象が、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異を有するかどうかを検出することによって、更に特性決定される。いくつかの実施形態において、生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーは、乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられる。いくつかの実施形態において、１つ以上の乳がん及び／又は卵巣がんマーカーにおける１つ以上の変異の存在は、これらのマーカーのうちの１つを有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有する療法的介入を必要とするものとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、１つ以上の乳がん及び／又は卵巣がんマーカーにおける異常なメチル化は、これらのマーカーのうちの１つの異常なメチル化を有しない対象と比較して、より高い［増加した］がんリスクを有する療法的介入を必要とするものとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、１つ以上の乳がん及び／又は卵巣がんマーカーにおける異常なメチル化は、高メチル化である。いくつかの実施形態において、上記の乳がん及び／又は卵巣がんマーカーのうちの１つ以上の異常なメチル化は、低メチル化である。いくつかの実施形態において、卵巣がんの低いリスク、中間のリスク、又は高いリスクを有するとして、また、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異を有するとして特定された対象は、療法的介入（例えば、手術）を必要とするものとして更に特定される。
【0223】
いくつかの実施形態において、乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられる１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーとしては、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0224】
いくつかの実施形態において、生殖細胞マーカーは、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２である。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ１変異は、６８＿６９ｄｅｌ及び／又はｃ．５２６６ｄｕｐである。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ２変異は、ｃ．５９４６ｄｅｌである。
【0225】
いくつかの実施形態において、卵巣がんの高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を術前に評価するための方法は、対象における卵巣がんリスクの１つ以上の臨床バイオマーカーを特性決定することを更に含み、１つ以上の臨床バイオマーカーは、年齢、閉経前ステータス、閉経後ステータス、民族、病理、付属器腫瘤診断、家族歴、身体検査、画像化結果、及び／又は喫煙歴からなる群から選択され、１つ以上の臨床バイオマーカーは、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を更に特定する。いくつかの実施形態において、対象は、付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、無症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、閉経前である。いくつかの実施形態において、対象は、閉経後である。
【0226】
本方法は、卵巣がんを患っているか、又は卵巣がんに対する感受性が高い対象から得られた生体試料における診断測定（例えば、スクリーニングアッセイ又は検出アッセイ）を含む。いくつかの実施形態において、診断測定は、生体試料中のマーカーを特性決定する。いくつかの実施形態において、生体試料は、血清である。いくつかの実施形態において、１つ以上のマーカーは、無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）を検出することによって特性決定される。いくつかの実施形態において、マーカーのパネルは、別個の捕捉試薬に結合される。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、固体支持体に取り付けられている。いくつかの実施形態において、固体支持体は、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。各捕捉試薬は、マーカーのうちの１つに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、マーカーは、イムノアッセイ、シーケンシング、及び／又は核酸マイクロアレイによって特性決定される。いくつかの実施形態において、シーケンシングは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングである。いくつかの実施形態において、イムノアッセイは、アフィニティーキャプチャーアッセイ、免疫測定アッセイ、不均一化学発光免疫測定アッセイ、均一化学発光免疫測定アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ、磁気イムノアッセイ、リアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）、及びＳＥＲＳラベルフリーアッセイを含む。
【0227】
試験結果と卵巣がんとの相関関係は、結果に対してある種の分類アルゴリズムを適用し、ステータスを生成することを伴う。分類アルゴリズムは、表１に列挙されるマーカー又はマーカーの組み合わせの量が、特定のカットオフ数を上回るか、又は下回るかを決定する程度に単純なものであってもよい。複数のバイオマーカーを使用する場合、分類アルゴリズムは、線形回帰式であってもよい。あるいは、分類アルゴリズムは、本明細書に記載されるいくつかの学習アルゴリズムのうちのいずれかの積であってもよい。
【0228】
複雑な分類アルゴリズムの場合、コンピュータ、例えば、プログラム可能なデジタルコンピュータを使用して、データに対してアルゴリズムを実施し、それによって分類を決定することが必要である場合がある。いずれの場合も、次いで、有形媒体、例えば、コンピュータ可読フォーマット、例えば、メモリデバイス又はディスクにステータスを記録するか、又は単純に紙に印刷することができる。その結果は、コンピュータスクリーン上に報告することもできる。
【0229】
本発明のバイオマーカー
個々のバイオマーカーは、有用な診断バイオマーカーである。加えて、実施例に記載されるように、バイオマーカーのある特定の組み合わせが、任意の単一のバイオマーカー単独、又は以前に特定されたバイオマーカーの任意の他の組み合わせよりも大きな特定のステータスの予測値を提供することが見出されている。具体的には、試料中の複数のバイオマーカーの検出は、試験の感度、精度、及び特異性を増加させることができる。
個々のバイオマーカーは、有用な診断バイオマーカーである。加えて、実施例に記載されるように、バイオマーカーのある特定の組み合わせが、任意の単一のバイオマーカー単独、又は以前に特定されたバイオマーカーの任意の他の組み合わせよりも大きな特定のステータスの予測値を提供することが見出されている。具体的には、試料中の複数のバイオマーカーの検出は、試験の感度、精度、及び特異性を増加させることができる。
【0230】
本明細書に記載される各バイオマーカーは、卵巣がんにおいて差次的に存在することができ、したがって、各々が、卵巣がんステータスの決定を補助するのに個々に有用である。本方法は、第１に、本明細書に記載の方法、例えば、ＳＥＬＤＩバイオチップ上で捕捉し、その後の質量分析法による検出を含むが、これに限定されない、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して、対象の試料において選択されたバイオマーカーを測定することと、第２に、測定値と、陽性卵巣がんステータスを陰性卵巣がんステータスから区別する診断量又はカットオフとを比較することと、を伴う。診断量は、その量を上回るか、又はその量を下回るかが、対象を特定の卵巣がんステータスを有するとして分類する、バイオマーカーの測定された量を表す。例えば、バイオマーカーが、卵巣がんの間に正常と比較して上方調節される場合、診断カットオフを超える測定量は、卵巣がんの診断を提供する。あるいは、バイオマーカーが、卵巣がんの間に下方調節される場合、診断カットオフを下回る測定された量は、卵巣がんの診断を提供する。当該技術分野において十分に理解されているように、アッセイで使用される特定の診断カットオフを調整することによって、診断者の好みに応じて、診断アッセイの感度又は特異性を増加させることができる。特定の診断カットオフは、例えば、本明細書でそうされたように、異なる卵巣がんステータスを有する対象からの統計的に有意な数の試料におけるバイオマーカーの量を測定し、そして診断者の所望のレベルの特異性又は感度に適するようにカットオフを示すことによって決定することができる。
【0231】
本発明のバイオマーカー（単独で、又は組み合わせて使用される）は、少なくともｐ≦０．０５、ｐ≦１０－２、ｐ≦１０－３、ｐ≦１０－４、又はｐ≦１０－５の異なる卵巣がんステータスにおける統計的差異を示す。これらのバイオマーカーを単独で、又は組み合わせて使用する診断試験は、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、又は約１００％の感度及び特異性を示す。
【0232】
疾患の経過（進行／寛解）を決定する
一実施形態において、本発明は、対象における疾患の経過をモニタリング又は決定するための方法を提供する。疾患経過とは、疾患の進行（悪化）及び疾患の退縮（改善）を含む、経時的な疾患ステータスの変化を指す。経時的に、バイオマーカーの量又は相対量（例えば、パターン）が変化する。したがって、この方法は、少なくとも２つの異なる時点（例えば、第１の時点及び第２の時点）の間に対象からの生体試料中のバイオマーカーのパネルを測定又は特性決定することと、存在する場合、量の変化を比較することと、を伴う。（例えば、治療の間の）疾患の経過は、これらの比較に基づいて決定される。
一実施形態において、本発明は、対象における疾患の経過をモニタリング又は決定するための方法を提供する。疾患経過とは、疾患の進行（悪化）及び疾患の退縮（改善）を含む、経時的な疾患ステータスの変化を指す。経時的に、バイオマーカーの量又は相対量（例えば、パターン）が変化する。したがって、この方法は、少なくとも２つの異なる時点（例えば、第１の時点及び第２の時点）の間に対象からの生体試料中のバイオマーカーのパネルを測定又は特性決定することと、存在する場合、量の変化を比較することと、を伴う。（例えば、治療の間の）疾患の経過は、これらの比較に基づいて決定される。
【0233】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのパネルとしては、トランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質４（ＨＥ４）、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、バイオマーカーの複数のパネルは、少なくとも２つの異なる時点の間、対象からの生体試料において測定されるか、又は特性決定される。一実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、またＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ及びＡｐｏＡ１を含むマーカーの第２のパネルが特性決定される。一実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、またＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含むマーカーの第２のパネルが特性決定される。別の実施形態において、ＴＴ、ＡｐｏＡ１、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＣＡ１２５ ＨＥ４及びＦＳＨを含むがこれらに限定されないマーカーの第１のパネルが特性決定され、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、Ｔｆｒ、及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第２のパネルが特性決定され、またＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ及びＡｐｏＡ１を含むがこれらに限定されないマーカーの第３のパネルが特性決定される。
【0234】
いくつかの実施形態において、バイオマーカーのパネルの特性決定は、卵巣がんを発症する低いリスク、中間のリスク、又は高いリスクを有するとして対象を特定するスコアを決定し、これを異なる時点で比較して、疾患の経過をモニタリングすることができる。いくつかの実施形態において、マーカーの第１のパネルの特性決定は、第１のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、第１のスコアから低い卵巣がんリスク又は中間の卵巣がんリスクを有すると特定された対象は、バイオマーカーの１つ以上の追加のパネルを使用して更なる特性決定のために選択される。いくつかの実施形態において、マーカーの第２のパネルの特性決定は、第２のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、マーカーの第３のパネルの特性決定は、第３のスコアを決定する。いくつかの実施形態において、第１のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第２のスコアは、卵巣がんを発症する高いリスク、中間のリスク、又は低いリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、第３のスコアは、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0235】
いくつかの実施形態において、第１のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第１のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１０未満の第１のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１４未満の第１のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、１０以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、１４以上の第１のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0236】
いくつかの実施形態において、第２のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５以下の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１０未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、５より大きく、かつ１４未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、１０以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、１４以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、４．４未満の第２のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、５より大きく、かつ７未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、４．４より大きく、かつ６未満の第２のスコアは、中間のがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経前ステータスを有する場合、７以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、対象が閉経後ステータスを有する場合、６以上の第２のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0237】
いくつかの実施形態において、第３のスコアは、０～２０の範囲である。いくつかの実施形態において、５以下の第３のスコアは、低いがんリスクを有するとして対象を特定する。いくつかの実施形態において、５より大きい第３のスコアは、高いがんリスクを有するとして対象を特定する。
【0238】
いくつかの実施形態において、卵巣がんを発症する低いリスク又は中間のリスクを有する対象は、疾患進行（すなわち、高リスクステータスの発症）についてモニタリングされる。いくつかの実施形態において、卵巣がんを発症する低いリスク又は中間のリスクを有する、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて１つ以上の変異を有する対象は、疾患進行（すなわち、高リスクステータスの発症）についてモニタリングされる。いくつかの実施形態において、卵巣がんを発症する低いリスク又は中間のリスクを有する、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーにおいて異常なメチル化を有する対象は、疾患進行（すなわち、高リスクステータスの発症）についてモニタリングされる。いくつかの実施形態において、異常なメチル化は、高メチル化である。いくつかの実施形態において、異常なメチル化は、低メチル化である。
【0239】
いくつかの実施形態において、１つ以上の生殖細胞マーカー及び／又は体細胞マーカーとしては、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、及び二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0240】
いくつかの実施形態において、生殖細胞マーカーは、ＢＲＣＡ１及び／又はＢＲＣＡ２である。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ１変異は、６８＿６９ｄｅｌ及び／又はｃ．５２６６ｄｕｐである。いくつかの実施形態において、ＢＲＣＡ２変異は、ｃ．５９４６ｄｅｌである。
【0241】
いくつかの実施形態において、対象における疾患の経過をモニタリング又は決定するための方法は、対象における卵巣がんリスクの１つ以上の臨床バイオマーカーを更に特性決定し、１つ以上の臨床バイオマーカーは、年齢、閉経前ステータス、閉経後ステータス、民族、病理、付属器腫瘤診断、家族歴、身体検査、画像化結果、及び／又は喫煙歴からなる群から選択され、１つ以上の臨床バイオマーカーは、低いがんリスク又は高いがんリスクを有するとして対象を更に特定する。いくつかの実施形態において、卵巣がんを発症する低いリスク又は中間のリスクを有する、付属器腫瘤を有すると診断された対象は、疾患進行（すなわち、高リスクステータス）についてモニタリングされる。いくつかの実施形態において、対象は、無症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。いくつかの実施形態において、対象は、閉経前である。いくつかの実施形態において、対象は、閉経後である。
【0242】
本方法は、卵巣がんを患っているか、又は卵巣がんに対する感受性が高い対象から得られた生体試料における診断測定（例えば、スクリーニングアッセイ又は検出アッセイ）を含む。いくつかの実施形態において、診断測定は、生体試料中のマーカーを特性決定する。いくつかの実施形態において、生体試料は、血清である。いくつかの実施形態において、１つ以上のマーカーは、無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）を検出することによって特性決定される。いくつかの実施形態において、マーカーのパネルは、別個の捕捉試薬に結合される。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、固体支持体に取り付けられている。いくつかの実施形態において、固体支持体は、プレート、チップ、ビーズ、マイクロ流体プラットフォーム、膜、平面マイクロアレイ、又は懸濁アレイである。いくつかの実施形態において、捕捉試薬は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。各捕捉試薬は、マーカーのうちの１つに特異的に結合する。いくつかの実施形態において、マーカーは、イムノアッセイ、シーケンシング、及び／又は核酸マイクロアレイによって特性決定される。いくつかの実施形態において、シーケンシングは、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）又はＳａｎｇｅｒシーケンシングである。いくつかの実施形態において、イムノアッセイは、アフィニティーキャプチャーアッセイ、免疫測定アッセイ、不均一化学発光免疫測定アッセイ、均一化学発光免疫測定アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ、磁気イムノアッセイ、リアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）、及びＳＥＲＳラベルフリーアッセイを含む。
【0243】
本方法における診断測定は、治療された対象の疾患ステータスを確立するために、健康な正常な対照からの試料を、対象の疾患前の試料において、又は他の罹患した／疾患を有する患者において比較することができる。モニタリングのために、第２の診断測定値は、第１の診断測定値の決定よりも後の時点で、対象から得られてもよく、そしてこの２つの測定値を比較して、疾患の経過、又は療法／治療の有効性をモニタリングすることができる。特定の実施形態において、対象における（例えば、対象から得られた試料若しくは生検、又はＣＴスキャンにおける）治療前測定値は、記載されるように、治療を開始する前に決定される。次いで、この測定値を、治療を開始した後及び／又は治療の経過中の対象における測定値と比較して、疾患治療の有効性を決定する（有効性をモニタリングする）ことができる。いくつかの実施形態において、疾患治療の有効性は、抗体マーカー分析及び／又はインターフェロン－ガンマ（ＩＦＮ－γ）ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを用いて実施することができる。
【0244】
ステータスを報告する
本発明の追加の実施形態は、例えば、技師、医師、又は患者に対する、アッセイ結果若しくは診断、又は両方の連絡に関する。特定の実施形態において、コンピュータを使用して、アッセイ結果若しくは診断、又は両方を、興味のある者、例えば、医師及びその患者に連絡する。いくつかの実施形態において、結果若しくは診断が連絡される国若しくは管轄区域とは異なる国若しくは管轄区域においてアッセイが行われるか、又はアッセイ結果が分析される。
本発明の追加の実施形態は、例えば、技師、医師、又は患者に対する、アッセイ結果若しくは診断、又は両方の連絡に関する。特定の実施形態において、コンピュータを使用して、アッセイ結果若しくは診断、又は両方を、興味のある者、例えば、医師及びその患者に連絡する。いくつかの実施形態において、結果若しくは診断が連絡される国若しくは管轄区域とは異なる国若しくは管轄区域においてアッセイが行われるか、又はアッセイ結果が分析される。
【0245】
本発明の好ましい実施形態において、表１のバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせの試験対象における差次的な存在又は不在に基づく診断を、診断が得られてから可能な限り速やかに対象に連絡する。診断は、対象の治療医師によって対象に連絡されてもよい。あるいは、診断を、電子メールによって試験対象に送ってもよく、又は電話によって対象に連絡してもよい。コンピュータを使用して、電子メール又は電話によって診断を連絡してもよい。特定の実施形態において、診断試験の結果を含むメッセージを生成し、電気通信の当業者によく知られているであろうコンピュータハードウェアとソフトウェアとの組み合わせを使用して、対象に自動的に送ってもよい。ヘルスケアに焦点を合わせた通信システムの一例は、米国特許第６，２８３，７６１号に記載されている。しかしながら、本発明は、この特定の通信システムを利用する方法に限定されない。本発明の方法の特定の実施形態において、試料のアッセイ、疾患の診断、及びアッセイ結果若しくは診断の通信を含む方法ステップの全て又は一部は、多様な（例えば、外国の）管轄区域において行われてもよい。
【0246】
対象管理
特定の実施形態において、本発明の方法は、ステータスに基づいて対象の治療を管理することを伴う。そのような管理としては、例えば、婦人科腫瘍専門医への紹介、又は卵巣がんステータスを決定した後の医師若しくは臨床医の他の行動が挙げられる。例えば、医師が、卵巣がんの診断を行う場合、その後に、治療の特定の体制、例えば、治療薬の処方又は投与等が続いてもよい。あるいは、非卵巣がん又は非卵巣がんの診断に続いて、更なる試験を行い、患者が患っている場合がある特定の疾患を決定してもよい。また、診断試験が、卵巣がんステータスに関して決定的な結果を与えない場合、更なる試験が要求される場合がある。
特定の実施形態において、本発明の方法は、ステータスに基づいて対象の治療を管理することを伴う。そのような管理としては、例えば、婦人科腫瘍専門医への紹介、又は卵巣がんステータスを決定した後の医師若しくは臨床医の他の行動が挙げられる。例えば、医師が、卵巣がんの診断を行う場合、その後に、治療の特定の体制、例えば、治療薬の処方又は投与等が続いてもよい。あるいは、非卵巣がん又は非卵巣がんの診断に続いて、更なる試験を行い、患者が患っている場合がある特定の疾患を決定してもよい。また、診断試験が、卵巣がんステータスに関して決定的な結果を与えない場合、更なる試験が要求される場合がある。
【0247】
一実施形態において、診断は、骨盤内腫瘤が良性であるか、又は悪性であるかを決定する場合がある。診断が悪性である場合、婦人科腫瘍専門医は、手術を実施することを選択する場合がある。対照的に、診断が良性である場合、一般外科医又は婦人科医は、手術を実施することを選択する場合がある。
【0248】
本発明の追加の実施形態は、例えば、技師、医師、又は患者に対する、アッセイ結果若しくは診断、又は両方の連絡に関する。特定の実施形態において、コンピュータを使用して、アッセイ結果若しくは診断、又は両方を、興味のある者、例えば、医師及びその患者に連絡する。いくつかの実施形態において、結果若しくは診断が連絡される国若しくは管轄区域とは異なる国若しくは管轄区域においてアッセイが行われるか、又はアッセイ結果が分析される。
【0249】
ハードウェア及びソフトウェア
本明細書に記載の方法のいずれか、バイオマーカーの測定と卵巣がんとを相関させるステップは、汎用又は特別にプログラミングされたハードウェア又はソフトウェアで実施することができる。
本明細書に記載の方法のいずれか、バイオマーカーの測定と卵巣がんとを相関させるステップは、汎用又は特別にプログラミングされたハードウェア又はソフトウェアで実施することができる。
【0250】
複数の態様において、分析は、ソフトウェア分類アルゴリズムによって実施される。本明細書に記載の方法を含むがこれに限定されない、当該技術分野で周知の任意の検出方法による分析物の分析は、データ処理の対象となる結果を生成する。データ処理は、ソフトウェア分類アルゴリズムによって実施することができる。このようなソフトウェア分類アルゴリズムは、当該技術分野で周知であり、そして当業者は、特定の検出方法から得られた結果を分析するために、適切なソフトウェアを容易に選択し、使用することができる。
【0251】
複数の態様において、分析は、コンピュータ可読媒体によって実施される。コンピュータ可読媒体は、非一時的かつ／又は有形とすることができる。例えば、コンピュータ可読媒体は、揮発性メモリ（例えば、ランダムアクセスメモリ等）又は不揮発性メモリ（例えば、リードオンリーメモリ、ハードディスク、フロッピーディスク、磁気テープ、光ディスク、紙テーブル、パンチカード等）とすることができる。
【0252】
例えば、飛行時間型質量分析法による分析物の分析は、飛行時間型スペクトルを生成する。最終的に分析される飛行時間型スペクトルは、典型的には、試料に対する電離エネルギーの単一パルスからのシグナルを表すのではなく、いくつかのパルスからのシグナルの合計を表す。これにより、ノイズを低減し、ダイナミックレンジを増加させる。次いで、この飛行時間型データを、データ処理の対象とする。例示的なソフトウェアとしては、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ’ｓ ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）ソフトウェアが挙げられるが、これに限定されず、ここで、データ処理は、典型的には、質量スペクトルを生成するためのＴＯＦからＭ／Ｚへの変換、装置オフセットを除外するためのベースライン減算、及び高周波ノイズを減少させるための高周波ノイズフィルタリングを含む。
【0253】
バイオマーカーの脱離及び検出によって生成されたデータは、プログラム可能なデジタルコンピュータを用いて分析することができる。コンピュータプログラムは、データを分析して、検出されたバイオマーカーの数、並びに任意選択的に、検出された各バイオマーカーのシグナルの強度及び決定された分子量を示す。データ分析は、バイオマーカーのシグナル強度を決定するステップと、所定の統計分布から逸脱したデータを除去するステップと、を含むことができる。例えば、観察されたピークは、いくつかの参照に対する各ピークの高さを計算することによって正規化することができる。参照は、装置及び化学物質（例えば、エネルギー吸収分子など）によって生成されるバックグラウンドノイズである可能性があり、これはスケールでゼロに設定される。
【0254】
コンピュータは、得られたデータを、表示のための様々なフォーマットに変換することができる。標準スペクトルを表示することができるが、１つの有用なフォーマットでは、ピーク高さ及び質量情報のみがスペクトルビューから保持され、より鮮明な画像を生成し、ほぼ同じ分子量を有するバイオマーカーをより容易に見ることができる。別の有用なフォーマットにおいて、２つ以上のスペクトルを比較し、試料間で上方調節又は下方調節される独自のバイオマーカー及びバイオマーカーを好都合なことに強調する。これらのフォーマットのうちのいずれかを使用して、特定のバイオマーカーが試料中に存在するかどうかを容易に決定することができる。
【0255】
分析は、一般的に、分析物からのシグナルを表すスペクトル中のピークの特定を伴う。ピークの選択は視覚的に行うことができるが、例えば、ピークの検出を自動化することができるＣｉｐｈｅｒｇｅｎのＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）ソフトウェアパッケージの一部として、ソフトウェアが入手可能である。このソフトウェアは、選択された閾値を上回るシグナル対ノイズ比を有するシグナルを特定し、そしてピークシグナルの重心におけるピークの質量を標識することによって機能する。複数の実施形態において、多くのスペクトルを比較して、質量スペクトルのいくつかの選択された割合で存在する同一のピークを特定する。このソフトウェアの１つのバージョンは、定義された質量範囲内の様々なスペクトルに現れる全てのピークをクラスター化し、そして質量（Ｍ／Ｚ）クラスターの中間点に近い全てのピークに、質量（Ｎ／Ｚ）を割り当てる。
【0256】
複数の態様において、データを分析するために使用されるソフトウェアは、結果の分析にアルゴリズムを適用するコード（例えば、シグナルが本発明に係るバイオマーカーに対応するシグナルのピークを表すかどうかを決定するためのシグナル）を含むことができる。ソフトウェアはまた、観察されたバイオマーカーピークに関するデータを分類ツリー又はＡＮＮ分析に供することができ、検査中の特定の臨床パラメータのステータスを示すバイオマーカーピーク又はバイオマーカーピークの組み合わせが存在するかどうかを決定する。データの分析は、試料の質量分析法による分析から直接的又は間接的に得られる様々なパラメータに対して「キー付け」され得る。これらのパラメータとしては、１つ以上のピークの有無、ピーク又はピーク群の形状、１つ以上のピークの高さ、１つ以上のピークの高さの対数、及びピーク高さデータの他の算術操作が挙げられるが、これらに限定されない。
【0257】
卵巣がんステータスを定性化するための分類アルゴリズム
いくつかの実施形態において、次いで、「既知の試料」等の試料を使用して生成されるアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイ）に由来するデータを使用して、分類モデルを「トレーニング」することができる。「既知の試料」は、予め分類された試料である。スペクトルに由来し、かつこれを使用して分類モデルを形成するデータは、「トレーニングデータセット」と称することができる。トレーニングされると、分類モデルは、未知の試料を使用して生成されたスペクトルに由来するデータ中のパターンを認識することができる。次いで、分類モデルを使用して、未知の試料をクラスに分類することができる。このことは、例えば、特定の生体試料が、特定の生物学的条件（例えば、疾患を有しているか、又は疾患を有していない）と関連するか否かを予測する際に有用とすることができる。
いくつかの実施形態において、次いで、「既知の試料」等の試料を使用して生成されるアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡアッセイ）に由来するデータを使用して、分類モデルを「トレーニング」することができる。「既知の試料」は、予め分類された試料である。スペクトルに由来し、かつこれを使用して分類モデルを形成するデータは、「トレーニングデータセット」と称することができる。トレーニングされると、分類モデルは、未知の試料を使用して生成されたスペクトルに由来するデータ中のパターンを認識することができる。次いで、分類モデルを使用して、未知の試料をクラスに分類することができる。このことは、例えば、特定の生体試料が、特定の生物学的条件（例えば、疾患を有しているか、又は疾患を有していない）と関連するか否かを予測する際に有用とすることができる。
【0258】
分類モデルを形成するために使用されるトレーニングデータセットは、生データ又は前処理されたデータを含む場合がある。いくつかの実施形態において、生データは、飛行時間型スペクトル又は質量スペクトルから直接的に得ることができ、次いで、任意選択的に、上述のように「前処理」されてもよい。
【0259】
分類モデルは、データの本体を、データ中に存在する客観的なパラメータに基づいてクラスに分けようとする任意の好適な統計的分類（又は「学習」）方法を使用して形成することができる。分類方法は、教師あり、又は教師なしのいずれかとすることができる。教師あり分類及び教師なし分類のプロセスの例は、Ｊａｉｎ，“Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ Ｐａｔｔｅｒｎ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ：Ａ Ｒｅｖｉｅｗ”，ＩＥＥＥ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ｏｎ Ｐａｔｔｅｒｎ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ Ｍａｃｈｉｎｅ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｃｅ，Ｖｏｌ．２２，Ｎｏ．１，Ｊａｎｕａｒｙ ２０００に記載されており、その教示は、参照により組み込まれる。
【0260】
教師あり分類において、既知のカテゴリーの例を含有するトレーニングデータは、既知のクラスの各々を定義する関係の１つ以上のセットを学習する、学習機構に提示される。次いで、新しいデータを、学習機構に適用し、次いで学習された関係を使用して、新しいデータを分類する。教師あり分類プロセスの例としては、線形回帰プロセス（例えば、多重線形回帰（ＭＬＲ）、部分的最小二乗（ＰＬＳ）回帰、及び主成分回帰（ＰＣＲ））、二分決定ツリー（例えば、再帰分割プロセス（ＣＡＲＴ－分類回帰ツリーなど））、人工ニューラルネットワーク（バックプロパゲーションネットワークなど）、判別分析（例えば、ベイズ分類子又はフィッシャー分析）、ロジスティック分類子、及びサポートベクター分類子（サポートベクターマシン）が挙げられる。
【0261】
複数の実施形態において、教師あり分類方法は、再帰分割プロセスである。再帰分割プロセスは、再帰分割ツリーを使用し、未知の試料に由来するスペクトルを分類する。再帰分割プロセスについての更なる詳細は、Ｐａｕｌｓｅ ｅｔ ａｌ．に対する米国特許出願第２００２／０１３８２０８Ａ１号、「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ａｎａｌｙｚｉｎｇ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒａ」に提供されている。
【0262】
他の実施形態において、作成される分類モデルは、教師なし学習方法を使用して形成することができる。教師なし分類は、トレーニングデータが導出されたスペクトルを予め分類することなく、トレーニングデータセットにおける類似性に基づいて分類を学習しようとするものである。教師なし学習方法には、クラスター分析が含まれる。クラスター分析は、データを、「クラスター」に、又は理想的には互いに非常に類似し、他のクラスターのメンバーと非常に異なったメンバーを有するべきである群に分けようとするものである。次いで、データ項目間の距離を測定するいくつかの距離基準を使用して類似性を測定し、そして互いに近いデータ項目を一緒にクラスター化する。クラスタリング技術としては、ＭａｃＱｕｅｅｎ’ｓ Ｋ－ｍｅａｎｓアルゴリズム及びＫｏｈｏｎｅｎ’ｓ Ｓｅｌｆ－Ｏｒｇａｎｉｚｉｎｇ Ｍａｐアルゴリズムがある。
【0263】
生物学的情報を分類する際に使用するためにアサートされる学習アルゴリズムは、例えば、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ０１／３１５８０号（Ｂａｒｎｈｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ ｄｅｖｉｃｅｓ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｉｎ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｙｓｔｅｍｓ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ ｕｓｅ ｔｈｅｒｅｏｆ”）、米国特許出願第２００２／０１９３９５０Ａ１号（Ｇａｖｉｎ ｅｔ ａｌ．，“Ｍｅｔｈｏｄ ｏｒ ａｎａｌｙｚｉｎｇ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒａ”）、米国特許出願第２００３／０００４４０２Ａ１号（Ｈｉｔｔ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｒｏｃｅｓｓ ｆｏｒ ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｎｇ ｂｅｔｗｅｅｎ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｔａｔｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｈｉｄｄｅｎ ｐａｔｔｅｒｎｓ ｆｒｏｍ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｄａｔａ”）、及び米国特許出願第２００３／００５５６１５Ａ１号（Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｚｈａｎｇ，“Ｓｙｓｔｅｍｓ ａｎｄ ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ”）に記載されている。
【0264】
分類モデルは、任意の好適なデジタルコンピュータ上で形成され、かつ使用することができる。好適なデジタルコンピュータとしては、Ｕｎｉｘ、Ｗｉｎｄｏｗｓ（商標）又はＬｉｎｕｘ（商標）ベースのオペレーティングシステム等の任意の標準的又は専用のオペレーティングシステムを使用したマイクロコンピュータ、ミニコンピュータ、又は大型のコンピュータが挙げられる。使用されるデジタルコンピュータは、目的のスペクトルを作成するために使用される質量分析計と物理的に分離されてもよく、又は質量分析計に連結していてもよい。
【0265】
本発明の実施形態に係るトレーニングデータセット及び分類モデルは、デジタルコンピュータによって実行又は使用されるコンピュータコードによって具現化することができる。コンピュータコードは、光学ディスク又は磁気ディスク、スティック、テープ等を含む任意の好適なコンピュータ可読媒体に格納することができ、またＣ、Ｃ＋＋、ビジュアルベーシック等を含む任意の好適なコンピュータプログラミング言語で記述することができる。
【0266】
上述の学習アルゴリズムは、既に発見されているバイオマーカーについての分類アルゴリズムを開発するため、又は卵巣がんについての新しいバイオマーカーを発見するための両方に有用である。分類アルゴリズムは、次に、単独で、又は組み合わせて使用されるバイオマーカーについての診断値（例えば、カットオフ点）を提供することによって、診断試験のための基礎を形成する。
【0267】
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、対象が卵巣がんを有するリスクを分類することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、パネルの各マーカーについて検出されたマーカースペクトルのピークを表すシグナルを受信することを含む。いくつかの実施形態において、１つ以上のパネルが使用される。いくつかの実施形態において、パネルとしては、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、パネルとしては、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、ＡＴＭ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＨ１、ＣＨＥＫ２、ＥＰＣＡＭ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＳＴＫ１１、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＡＢＲＡＸＡＳ１、ＡＫＴ１、ＡＰＣ、ＡＸＩＮ２、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＣＤＣ２５、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＴＮＮＢ１、ＤＩＣＥＲ１、ＥＲＢＢ２、ＥＲＣＣ６、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＣ、ＭＲＥ１１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＮＴＨＬ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＭＳ２、ＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＫＤＣ、ＰＯＬＤ１、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＮＦ４３、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＤ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＸＲＣＣ２、ＷＲＮ、ＣＤＣ７３、ＧＡＬＮＴ１２、ＧＲＥＭ１、ＨＯＸＢ１３、ＭＳＨ３、ＰＯＬＥ、ＲＡＤ５１、ＲＩＮＴ１、ＲＳＰ２０、ＳＬＸ４、ＳＭＡＤ４、ＴＴＫ、ＲＡＳＳＦ１Ａ、ＲＵＮＸ３、ＴＦＰＩ２、ＳＦＲＰ５、ＯＰＣＭＬ、ＭＧＭＴ、ＣＤＨ１３、ＳＵＬＦ１、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＡＤ１１、ＣＬＤＮ４、ＭＡＬ、ＢＯＲＩＳ、ＡＢＣＧ２、ＴＵＢＢ３、ＭＣＪ、ＳＮＧＧ、Ｐ１４ＡＲＦ、Ｐ１６ＩＮＫ４Ａ、ＤＡＰＫ、Ｐ１５、ＭＩＮＴ３１、ＲＩＺ１、及びＴＭＳ１から選択される１つ以上のマーカーが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、パネルとしては、ＣＡ１２５、β２Ｍ、Ｔｆｒ、ＴＴ、及びＡｐｏＡ１が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、パネルとしては、限定されないが、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、及びＡｐｏＡ１が挙げられる。
【0268】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、マーカーであるトランスサイレチン／プレアルブミン（ＴＴ）、アポリポタンパク質Ａ１（ＡｐｏＡ１）、β２－ミクログロブリン（β２Ｍ）、トランスフェリン（Ｔｆｒ）、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ＨＥ４、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）、並びに、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、ＡＴＭ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＩＰ１、ＣＤＨ１、ＣＨＥＫ２、ＥＰＣＡＭ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＮＢＮ、ＰＡＬＢ２、ＰＴＥＮ、ＲＡＤ５１Ｄ、ＳＴＫ１１、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＡＢＲＡＸＡＳ１、ＡＫＴ１、ＡＰＣ、ＡＸＩＮ２、ＢＭＰＲ１Ａ、ＢＲＡＦ、ＣＤＣ２５、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＴＮＮＢ１、ＤＩＣＥＲ１、ＥＲＢＢ２、ＥＲＣＣ６、ＦＡＮＣＭ、ＦＡＮＣＣ、ＭＲＥ１１、ＭＵＴＹＨ、ＮＦ１、ＮＴＨＬ１、ＰＩＫ３ＣＡ、ＰＭＳ２、ＰＰ２Ｒ１Ａ、ＰＲＫＤＣ、ＰＯＬＤ１、ＲＡＤ５０、ＲＡＤ５１Ｃ、ＲＮＦ４３、ＳＤＨＢ、ＳＤＨＤ、ＳＭＡＲＣＡ４、ＸＲＣＣ２、ＷＲＮ、ＣＤＣ７３、ＧＡＬＮＴ１２、ＧＲＥＭ１、ＨＯＸＢ１３、ＭＳＨ３、ＰＯＬＥ、ＲＡＤ５１、ＲＩＮＴ１、ＲＳＰ２０、ＳＬＸ４、ＳＭＡＤ４、ＴＴＫ、ＲＡＳＳＦ１Ａ、ＲＵＮＸ３、ＴＦＰＩ２、ＳＦＲＰ５、ＯＰＣＭＬ、ＭＧＭＴ、ＣＤＨ１３、ＳＵＬＦ１、ＨＯＸＡ９、ＨＯＸＡＤ１１、ＣＬＤＮ４、ＭＡＬ、ＢＯＲＩＳ、ＡＢＣＧ２、ＴＵＢＢ３、ＭＣＪ、ＳＮＧＧ、Ｐ１４ＡＲＦ、Ｐ１６ＩＮＫ４Ａ、ＤＡＰＫ、Ｐ１５、ＭＩＮＴ３１、ＲＩＺ１、及びＴＭＳ１からなる群から選択される１つ以上のマーカーを含むパネルの各マーカーについて検出されたマーカースペクトルピークを表す第１のパネルシグナルを受信することを含む。
【0269】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、第１のステージのがんリスク分類子を利用して、卵巣がんを発症する予測リスクを表すがんリスク分類スコアを予測し、がんリスク分類スコアは、学習されたリスク分類パラメータ及び第１のパネルシグナルに基づく。いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアと関連付けられたがんリスクレベルを決定し、がんリスクレベルは、少なくとも、低いリスク、中間のリスク及び高いリスクを含む選択物のうちの１つから選択される。いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、医療提供者と関連付けられたコンピューティングデバイスで、対象のがんリスクレベルを示すがんリスクレベル予測を生成する。
【0270】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、第１のパネルシグナルのサブセットを含む第２のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、少なくとも１つのプロセッサによって、増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む選択物のうちの１つから選択される、ことと、を更に含む。いくつかの実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルのピークを表す。いくつかの実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す。
【0271】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスクレベルを中間のリスクとして決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、第２のステージのがんリスク分類子及び第３のステージのがんリスク分類子を利用して、第２のステージ及び第３のステージの学習されたリスク分類パラメータ、及び、第１のパネルシグナルの異なるサブセットを各々含む第２及び第３のパネルシグナルに基づいて、増強されたがんリスク分類スコアを予測することと、少なくとも１つのプロセッサによって、増強されたがんリスク分類スコアと関連付けられた増強されたがんリスクレベルを決定することであって、増強されたがんリスクレベルが、少なくとも、低いリスク及び高いリスクを含む選択物の１つから選択される、ことと、を更に含む。いくつかの実施形態において、第２のパネルシグナルは、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン及びＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表し、第３のパネルシグナルが、ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、ＡｐｏＡ１を含む又はこれらからなるマーカーのマーカースペクトルピークを表す。
【0272】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～４．９であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが５．０～１０．０であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが１０．１～２０．０であるがんリスクレベルの高いリスクを決定することと、を更に含む。
【0273】
いくつかの実施形態において、第１のステージのがんリスク分類子は、学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経前リスク分類パラメータを有する、閉経前の第１のステージのがんリスク予測モデルと、学習されたリスク分類パラメータのうちの学習された閉経後リスク分類パラメータを有する、閉経後の第１のステージのがんリスク予測モデルと、を含む。
【0274】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～４．９であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についてのがんリスク分類スコアが５．０～１０．０であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経後の対象についてのがんリスク分類スコアが１０．１～２０．０であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、を更に含む。
【0275】
いくつかの実施形態において、本方法は、少なくとも１つのプロセッサによって、がんリスク分類スコアが０．０～４．９であるがんリスクレベルの低いリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についてのがんリスク分類スコアが５．０～１４．０であるがんリスクレベルの中間のリスクを決定することと、少なくとも１つのプロセッサによって、閉経前の対象についてのがんリスク分類スコアが１４．１～２０．０であるがんリスクレベルの高いリスクを決定することと、を更に含む。いくつかの実施形態において、対象は、症候性又は無症候性の付属器腫瘤を有すると診断される。
【0276】
卵巣がんについてのバイオマーカーの検出のためのキット
別の態様において、本発明は、卵巣がんの診断を補助する（例えば、卵巣がんステータスを特定する、卵巣がんを検出する、早期の卵巣がんを特定する、卵巣がんを有するリスクのある対象のための治療方法を選択する等）ためのキットを提供し、このキットは、本発明によるバイオマーカーを検出するために使用される。一実施形態において、キットは、表１に特定されるバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせを特異的に認識する剤を含む。いくつかの実施形態において、キットは、表１に特定されるバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせを特異的に認識する剤と、卵巣がんに関連して特定される生殖細胞又は他のＤＮＡ変異と関連付けられたマーカーと、を含む。キットは、各々がバイオマーカーのうちの１つを特異的に認識する１、２、３、４、５、又はそれより多くの異なる剤を含有してもよい。関連する実施形態において、剤は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。
別の態様において、本発明は、卵巣がんの診断を補助する（例えば、卵巣がんステータスを特定する、卵巣がんを検出する、早期の卵巣がんを特定する、卵巣がんを有するリスクのある対象のための治療方法を選択する等）ためのキットを提供し、このキットは、本発明によるバイオマーカーを検出するために使用される。一実施形態において、キットは、表１に特定されるバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせを特異的に認識する剤を含む。いくつかの実施形態において、キットは、表１に特定されるバイオマーカー又はバイオマーカーの組み合わせを特異的に認識する剤と、卵巣がんに関連して特定される生殖細胞又は他のＤＮＡ変異と関連付けられたマーカーと、を含む。キットは、各々がバイオマーカーのうちの１つを特異的に認識する１、２、３、４、５、又はそれより多くの異なる剤を含有してもよい。関連する実施形態において、剤は、抗体、アプタマー、アフィボディ、ハイブリダイゼーションプローブ、及び／又はそれらの断片である。
【0277】
別の実施形態において、キットは、その上に捕捉試薬が取り付けられた固体支持体（チップ、マイクロタイタープレート、又はビーズなど）又は樹脂を含み、捕捉試薬は、本発明のバイオマーカーに結合する。したがって、例えば、本発明のキットは、ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐ（登録商標）アレイ等のＳＥＬＤＩのための質量分析プローブを含むことができる。生物特異的捕捉試薬の場合には、キットは、反応性表面を有する固体支持体と、生物特異的捕捉試薬を含む容器と、を含むことができる。
【0278】
このキットはまた、洗浄溶液、又は洗浄溶液を作製するための使用説明書と、を含んでいてもよく、捕捉試薬と洗浄溶液との組み合わせによって、その後の検出（例えば、質量分析法による）のための固体支持体上のバイオマーカー（複数可）のバイオマーカーの捕捉を可能にする。キットは、各々が異なる固体支持体上に存在する、より多くの種類の吸着剤を含んでもよい。
【0279】
更なる実施形態において、このようなキットは、本明細書に記載の方法のいずれかにおいて使用するための命令を含むことができる。複数の実施形態において、命令は、標識又は別個の挿入物の形態にある好適な操作パラメータを提供する。例えば、命令は、どのように試料を採取するか、どのようにプローブを洗浄するか、又は特定のバイオマーカーを検出するかについて消費者に情報提供してもよい。
【0280】
更に別の実施形態において、キットは、較正のための標準として使用される対照（例えば、バイオマーカー試料）を含む１つ以上の容器を含むことができる。
【0281】
本発明の実施は、別段の指示がない限り、分子生物学（組み換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の従来の技術を用いるが、これらは十分に当業者の裁量の範囲内である。このような技術は、文献、例えば、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）、“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｇａｉｔ，１９８４）、“Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）、“Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”“Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｗｅｉｒ，１９９６）、“Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ”（Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｃａｌｏｓ，１９８７）、“Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）、“ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）、“Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）に完全に説明されている。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの製造に適用可能であり、したがって、本発明を作製し、実施する際に考慮されてもよい。特定の実施形態のための有用な技術は、以下のセクションで考察される。
【0282】
以下の実施例は、当業者に本発明のアッセイ、スクリーニング、及び治療方法をどのように作製し、使用するかについての完全な開示及び説明を提供するために示されるものであり、本願発明者らが自身の発明とみなすものの範囲を限定することを意図したものではない。
【実施例】
【0283】
実施例１：付属器腫瘤リスク評価：悪性腫瘍リスクの階層化のための多変量インデックスアッセイ
付属器腫瘤は、青年期以降の年齢の女性において一般的な臨床診断であり、その生涯にわたって女性の５～１０％で発生する。大部分の症例において、腫瘤は良性である（例えば、Ｄｅｍｉｒ Ｒ，Ｍａｒｃｈａｎｄ Ｇ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ ｓｕｓｐｅｃｔｅｄ ｔｏ ｂｅ ｂｅｎｉｇｎ ｔｒｅａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｌａｐａｒｏｓｃｏｐｙ．Ｊ．Ｓｏｃ．Ｌａｐａｒｏｅｎｄｏｓｃ．Ｓｕｒｇ．１６（１），７１－８４（２０１２）を参照されたい）。しかしながら、悪性腫瘍の潜在的リスクを考慮しなければならない。
付属器腫瘤は、青年期以降の年齢の女性において一般的な臨床診断であり、その生涯にわたって女性の５～１０％で発生する。大部分の症例において、腫瘤は良性である（例えば、Ｄｅｍｉｒ Ｒ，Ｍａｒｃｈａｎｄ Ｇ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ ｓｕｓｐｅｃｔｅｄ ｔｏ ｂｅ ｂｅｎｉｇｎ ｔｒｅａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｌａｐａｒｏｓｃｏｐｙ．Ｊ．Ｓｏｃ．Ｌａｐａｒｏｅｎｄｏｓｃ．Ｓｕｒｇ．１６（１），７１－８４（２０１２）を参照されたい）。しかしながら、悪性腫瘍の潜在的リスクを考慮しなければならない。
【0284】
良性腫瘤は、サイズ、臓器に対する近接性、及び疼痛又は不快感に起因して、問題を引き起こす場合がある。腫瘤の外科的除去が推奨され得る。しかしながら、一部の良性腫瘤は、大部分が無症候性な場合があり、またモニタリングすることができる。このことの利点は明らかであり、財政的及び回復時間の観点の両方で、侵襲性の手術及び関連するコストの回避である（例えば、Ｆａｒｇｈａｌｙ Ｓ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｃｙｓｔｓ．Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．４１（６），６０９－６１２（２０１４）を参照されたい）。
【0285】
疑いのある付属器腫瘤に対する現在の標準治療は、画像診断であり、典型的には、経膣超音波検査によって行われる。画像診断は、その身体的特徴に基づいて、その腫瘤が良性又は悪性であることを明確に明らかにし得るが、腫瘤が不確定である多くの症例が存在する（例えば、Ｓａｄｏｗｓｋｉ Ｅ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｅ ａｄｎｅｘａｌ ｃｙｓｔｓ ａｔ ＵＳ：ｐｒｅｖａｌｅｎｃｅ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｒａｄｉｏｌｏｇｙ ２８７（３），１０４１－１０４９（２０１８）を参照されたい）。これらの症例において、無症候性の患者では、腫瘤が永続的であるか、安定しているか、又は消散したかを決定するために、一定期間後のフォローアップ画像診断が推奨される。このアプローチと関連付けられたリスクは、悪性病変の検出及び管理の遅れである（例えば、Ｍｏｄｅｓｉｔｔ Ｓ，ｅｔ ａｌ．Ｒｉｓｋ ｏｆ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｉｎ ｕｎｉｌｏｃｕｌａｒ ｏｖａｒｉａｎ ｃｙｓｔｉｃ ｔｕｍｏｒｓ ｌｅｓｓ ｔｈａｎ １０ ｃｅｎｔｉｍｅｔｅｒｓ ｉｎ ｄｉａｍｅｔｅｒ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．１０２（３），５９４－５９９（２００３）を参照されたい）。
【0286】
付属器腫瘤リスク評価（ＡＭＲＡ）は、疑いのある付属器腫瘤を有する患者を、悪性カテゴリーの３つのリスクに分け、即時手術が推奨されるかどうかについての決定を補助するために開発された血清バイオマーカーの多変量インデックスアッセイである。その目的は、１つのカットオフを使用して、高リスクの患者の小さな群内の全がん症例の高い割合を捕捉し、臨床的に行動可能な陽性予測値を得ること、及び第２のカットオフを使用して、残った試験集団のかなりの部分を、非常に高い陰性予測値を有する低リスク（ＬＲ）群に割り当てることである。
【0287】
血清検査を開発し、評価する能力は、しばしば標的化された試験集団を代表する組み入れ／除外基準を有する適切に登録された臨床試料が欠如していること、並びに手術を受けていない者についての確定的な臨床分類が欠落しているという実用的な困難性によって妨げられる。ＡＭＲＡの開発及び独立した検証のために、バイオマーカーデータは、付属器腫瘤を有すると診断され、かつ全てが手術からの確定的な病理学的分類を有していた患者のプロスペクティブに採取されたコホートからレトロスペクティブに分析された。手術の決定の前に付属器腫瘤を有する患者の意図した集団に対してＡＭＲＡの性能を予測するために、がん有病率の明らかな違いを除き、本研究及びＡＭＲＡの意図した集団で使用される患者コホートにおけるがん症例は、組織学的サブタイプ、グレード、及びステージに関して類似しており、ＡＭＲＡの意図した集団における非がん性良性患者が、対照であった。ＡＭＲＡの意図した集団において典型的に観察される、想定される悪性有病率について調整することによって、ＡＭＲＡの高いリスク群及び低いリスク群の陽性予測値及び陰性予測値等の試験性能基準を推定した（例えば、Ｍｏｌｉｎａｒｏ Ａ．，Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｔｅｓｔｓ：ｈｏｗ ｔｏ ｅｓｔｉｍａｔｅ ｔｈｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｖａｌｕｅ．Ｎｅｕｒｏ Ｏｎｃｏｌ．Ｐｒａｃｔｉｃｅ ２（４），１６２－１６６（２０１５）を参照されたい）。
【0288】
付属器腫瘤を有する女性が、手術に伴う経済的コスト及び回復時間を含め、そうすることが安全である場合には、即時手術を避けたいと思い得る理由は多く存在する。しかしながら、この「経過観察（ｗａｔｃｈ ａｎｄ ｗａｉｔ）」集団を特定的に対象とした試験は現時点で市場において存在しない。ＡＭＲＡの目的は、将来的には、付属器腫瘤を有する女性が手術を遅らせることを検討してもよいように、この必要性に対処することである。
【0289】
実施例１．１：方法
複数分析物パネル
以下の７種類の血清タンパク質分析物が、ＡＭＲＡ開発のための入力として含まれていた。ＡｐｏＡ１、Ｂ２Ｍ、ＣＡ１２５、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＴＲＦ、及びＴＴ。これらの分析物のサブセットは、多変量インデックスアッセイ（ＭＩＡ）及び多変量インデックスアッセイ第２世代（ＭＩＡ２Ｇ）のために使用されている。全てのデータセットについて、分析物を、製造業者の製品パッケージ挿入物ごとにＲｏｃｈｅ ｃｏｂａｓ ６０００（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ．，ＩＮ，ＵＳＡ）で測定した。
複数分析物パネル
以下の７種類の血清タンパク質分析物が、ＡＭＲＡ開発のための入力として含まれていた。ＡｐｏＡ１、Ｂ２Ｍ、ＣＡ１２５、ＦＳＨ、ＨＥ４、ＴＲＦ、及びＴＴ。これらの分析物のサブセットは、多変量インデックスアッセイ（ＭＩＡ）及び多変量インデックスアッセイ第２世代（ＭＩＡ２Ｇ）のために使用されている。全てのデータセットについて、分析物を、製造業者の製品パッケージ挿入物ごとにＲｏｃｈｅ ｃｏｂａｓ ６０００（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｃｏｒｐ．，ＩＮ，ＵＳＡ）で測定した。
【0290】
試料セット
この研究において、４つの別個の集合の試料からのデータを使用した。ＡＭＲＡアルゴリズムの導出のために、トレーニングデータは、元々のＭＩＡ及びＭＩＡＧ２ ＩＶＤＭＩＡ（Ｕｅｌａｎｄ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｏｐｅｒａｔｉｖｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｔｕｍｏｒｓ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．１１７，１２８９－１２９７（２０１１）、Ｂｒｉｓｔｏｗ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｕｓｉｎｇ ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．１２８，２５２－２５９（２０１３）、Ｃｏｌｅｍａｎ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｓｅｃｏｎｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｏｆ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ．Ａｍ．Ｊ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．２１５（１），８２．ｅ１－８２．ｅ１１（２０１６））試験（「ＯＶＡ１研究」）についての導出及び検証のために以前に使用された試料からのものであった。これらの試料は、元々は、米国全体で２７箇所のＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄが承認した場所からプロスペクティブに採取された。組み入れ基準は、１８歳超の年齢で、インフォームドコンセントに署名し、瀉血に同意可能であり、画像診断から３ヶ月以内の外科的介入が計画された骨盤腫瘤が文書化されている女性であった。骨盤腫瘤は、登録前に画像診断（コンピュータ断層撮影、超音波検査、又はＭＲＩ）によって確認された。除外基準としては、過去５年間以内の悪性腫瘍の診断が含まれていた（非黒色腫皮膚がんを除く）。婦人科腫瘍専門医によって手術される高いリスク（ＨＲ）患者を照会する際のＭＩＡ及びＭＩＡＧ２の有用性を評価するための試料採取の元々の使用により、この採取は、婦人科腫瘍専門医によって最初に登録された患者を除外した。閉経は、１２ヶ月を超えて月経がないこと、又は閉経データが欠落している少数の対象について５０歳を超えているものとして定義された。症例報告書で、人口統計及び臨床病理学的データを収集した。
この研究において、４つの別個の集合の試料からのデータを使用した。ＡＭＲＡアルゴリズムの導出のために、トレーニングデータは、元々のＭＩＡ及びＭＩＡＧ２ ＩＶＤＭＩＡ（Ｕｅｌａｎｄ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｉｎ ｔｈｅ ｐｒｅｏｐｅｒａｔｉｖｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｔｕｍｏｒｓ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．１１７，１２８９－１２９７（２０１１）、Ｂｒｉｓｔｏｗ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｕｓｉｎｇ ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．１２８，２５２－２５９（２０１３）、Ｃｏｌｅｍａｎ Ｒ，ｅｔ ａｌ．Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｓｅｃｏｎｄ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｏｆ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ．Ａｍ．Ｊ．Ｏｂｓｔｅｔ．Ｇｙｎｅｃｏｌ．２１５（１），８２．ｅ１－８２．ｅ１１（２０１６））試験（「ＯＶＡ１研究」）についての導出及び検証のために以前に使用された試料からのものであった。これらの試料は、元々は、米国全体で２７箇所のＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄが承認した場所からプロスペクティブに採取された。組み入れ基準は、１８歳超の年齢で、インフォームドコンセントに署名し、瀉血に同意可能であり、画像診断から３ヶ月以内の外科的介入が計画された骨盤腫瘤が文書化されている女性であった。骨盤腫瘤は、登録前に画像診断（コンピュータ断層撮影、超音波検査、又はＭＲＩ）によって確認された。除外基準としては、過去５年間以内の悪性腫瘍の診断が含まれていた（非黒色腫皮膚がんを除く）。婦人科腫瘍専門医によって手術される高いリスク（ＨＲ）患者を照会する際のＭＩＡ及びＭＩＡＧ２の有用性を評価するための試料採取の元々の使用により、この採取は、婦人科腫瘍専門医によって最初に登録された患者を除外した。閉経は、１２ヶ月を超えて月経がないこと、又は閉経データが欠落している少数の対象について５０歳を超えているものとして定義された。症例報告書で、人口統計及び臨床病理学的データを収集した。
【0291】
元々のプロスペクティブに集められた試料セットは、付属器腫瘤の術前リスク評価の実際の試験集団を表していた。ＡＭＲＡアルゴリズム開発のために、７つ全ての分析物の結果である全試料のサブセット（８８．３６％）が利用可能であった。５８５個の試料のうち、５４件の卵巣がん症例及び２３０件の良性対照を含む２８４名の閉経前患者、並びに１２４件の症例及び１７７件の対照を含む３０１名の閉経後患者が存在した。図２は、試料セットの関連する人口統計及び臨床病理学的記述を列挙する。次いで、トレーニングされたＡＭＲＡアルゴリズムを、残りの３つの独立したＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ｒｅｖｉｅｗ Ｂｏａｒｄが承認した標本コホートからのデータセット：ＦＨＣＲＣ＃７７８８、ＯＶＡ５００研究、及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４について検証した。
【0292】
ＦＨＣＲＣ＃７７８８について、患者は、２０１２～２０１５年にかけて、Ｓｅａｔｔｌｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｃａｒｅ Ａｌｌｉａｎｃｅ及びＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｅｎｔｅｒで、婦人科腫瘍専門医及び良性婦人科クリニックに、プロスペクティブに登録された。組み入れ基準には、１８歳超の年齢で、インフォームドコンセントに署名し、手術が計画された付属器腫瘤が文書化されている女性が含まれた。付属器腫瘤は、登録前に画像診断（コンピュータ断層撮影、超音波検査、又はＭＲＩ）によって確認された。除外基準には、提示前６週間以内の骨盤手術が含まれた。人口統計、臨床及び病理学的情報はプロスペクティブに集められた。全ての登録された患者によって、インフォームドコンセントが提供された。ＡＭＲＡの検証のために、ＦＨＣＲＣ＃７７８８コホートからの症例－対照セットを、７つ全てのバイオマーカーを有する試料に基づいて使用した。
【0293】
ＯＶＡ５００研究及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４は、ＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４には、外科的介入が計画されているにもかかわらず、まだ婦人科腫瘍専門医に照会されていない対象のみが含まれていることを除いて、ＯＶＡ１研究と同じ登録及び除外基準を有していた。結果として、ＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４における卵巣がんの有病率は、ＯＶＡ５００における卵巣がんの有病率より低い。
【0294】
７つ全ての分析物について既知のバイオマーカー値を有する各研究における全ての試料を、この分析に使用した。がん症例のうち、卵巣が関与しない悪性腫瘍を有する１５試料（全試料の０．０７４％）は、分析から除去された。
【0295】
モデル導出
ＡＭＲＡは、２つのカットオフを使用して、がん症例の大部分を捕捉するＨＲ患者の小さな群と、高い陰性予測値を有するＬＲ患者の比較的大きな群を特定する、意図された有用性のために開発された。モデル導出中に、所望の性能特徴は、特に、非常に高い特異性で改善された感度を有するために、数値的及び計算的に翻訳され、かつ実装されて、最終的なモデルの導出及び選択に影響を与えた。結果の統計的安定性を確保するために、トレーニング試料セット内のデータ点のブートストラップサンプリング、及び入力分析物のサブセットのランダム選択等の統計的再サンプリングアプローチを使用した。
ＡＭＲＡは、２つのカットオフを使用して、がん症例の大部分を捕捉するＨＲ患者の小さな群と、高い陰性予測値を有するＬＲ患者の比較的大きな群を特定する、意図された有用性のために開発された。モデル導出中に、所望の性能特徴は、特に、非常に高い特異性で改善された感度を有するために、数値的及び計算的に翻訳され、かつ実装されて、最終的なモデルの導出及び選択に影響を与えた。結果の統計的安定性を確保するために、トレーニング試料セット内のデータ点のブートストラップサンプリング、及び入力分析物のサブセットのランダム選択等の統計的再サンプリングアプローチを使用した。
【0296】
閉経前及び閉経後の患者集団について、それぞれ２つの別個の予測モデル（アルゴリズム）を導出した。各アルゴリズムについて、トレーニングデータセットも使用して、ＨＲ群を特定するための「ルールイン」カットオフ、及び比較的ＬＲ群を特定するための「ルールアウト」カットオフを決定した。２つのカットオフ間の試料を、中間のリスク（ＩＲ）として分類した。カットオフの選択は、臨床医のコンセンサスに基づく所望の性能特徴によって駆動された。例えば、感度と、ＨＲ群（及び対応する陽性予測値（ＰＰＶ））の患者の割合が少なくなることとのトレードオフは、ルールインカットオフを決定し、また同様に、必要とされる高い陰性予測値（ＮＰＶ）と、十分に大きなＬＲ群を有することとのバランスを使用して、ルールアウトカットオフを選択した。
【0297】
性能評価
導出されたＡＭＲＡアルゴリズム及び固定されたカットオフを、トレーニングセット、及び３つの独立した検証セットについて、個々に、及び組み合わせて評価した。受信者操作特性曲線分析からの曲線下の面積を使用して、全体的な性能を評価し、かつＣＡ１２５と比較した。ルールインカットオフについての感度（ＨＲ群によって捕捉された全症例の割合）、及びルールアウトカットオフについての特異性（ＬＲ群における全良性の割合）を推定した。加えて、試験前確率からのがんの試験後確率の変化に関する近似的評価を提供するために、有病率に依存しない、陽性尤度比（ＬＲ＋）及び陰性尤度比（ＬＲ－）もそれぞれ、ＨＲ群及びＬＲ群について推定され、かつ使用された。
導出されたＡＭＲＡアルゴリズム及び固定されたカットオフを、トレーニングセット、及び３つの独立した検証セットについて、個々に、及び組み合わせて評価した。受信者操作特性曲線分析からの曲線下の面積を使用して、全体的な性能を評価し、かつＣＡ１２５と比較した。ルールインカットオフについての感度（ＨＲ群によって捕捉された全症例の割合）、及びルールアウトカットオフについての特異性（ＬＲ群における全良性の割合）を推定した。加えて、試験前確率からのがんの試験後確率の変化に関する近似的評価を提供するために、有病率に依存しない、陽性尤度比（ＬＲ＋）及び陰性尤度比（ＬＲ－）もそれぞれ、ＨＲ群及びＬＲ群について推定され、かつ使用された。
【0298】
現在の研究に使用される試料は、全て、元々のプロスペクティブに集められたコホートからのものであった。その意図した集団におけるＡＭＲＡアルゴリズムの性能を予測するために、５％及び１０％の試験前有病率を、それぞれ、閉経前及び閉経後の試験集団に使用した。３つのＡＭＲＡリスク分類群の中の良性、低い悪性度の潜在的な腫瘍（ＬＭＰ）、ステージＩ／ＩＩ症例及びステージＩＩＩ／ＩＶ症例の予測される分布を、想定された有病率を調整した後に推定した。このような調整に基づいて、それぞれ、全試験集団の割合、試験後がん有病率を、ＨＲ及びＬＲ群についてのＰＰＶ及びＮＰＶを含め、ＡＭＲＡリスク群について推定した。
【0299】
実施例１．２：結果
図３は、トレーニングセット及び３つの検証セットにおける閉経前（図３Ａ）及び閉経後（図３Ｂ）患者について、ＣＡ１２５と比較したＡＭＲＡの受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線を示す。ＣＡ１２５と比較したＡＭＲＡの性能特徴は、非常に高い特異性での感度を表すＲＯＣ曲線によって示され（プロットの一番左）、ルールイン（ＨＲ）群の性能特徴を決定する（図３）。特に、図３は、それぞれ、トレーニングセット（ＯＶＡ１）、並びに３つの検証セット（ＯＶＡ５００、ＦＨＣＲＣ＃７７８８及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４）について、卵巣がんについて（ｐ値＝０．０１、０．０６、０．０５及び＜０．０１）、及びステージＩ／ＩＩ浸潤性卵巣がんについて（ｐ値＝０．０１、０．０７、＜０．０１及び＜０．０１、図３Ｃ）の閉経前患者におけるＡＭＲＡの結果を示す。
図３は、トレーニングセット及び３つの検証セットにおける閉経前（図３Ａ）及び閉経後（図３Ｂ）患者について、ＣＡ１２５と比較したＡＭＲＡの受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線を示す。ＣＡ１２５と比較したＡＭＲＡの性能特徴は、非常に高い特異性での感度を表すＲＯＣ曲線によって示され（プロットの一番左）、ルールイン（ＨＲ）群の性能特徴を決定する（図３）。特に、図３は、それぞれ、トレーニングセット（ＯＶＡ１）、並びに３つの検証セット（ＯＶＡ５００、ＦＨＣＲＣ＃７７８８及びＯＶＡ１－ＰＳ１－ＣＯ４）について、卵巣がんについて（ｐ値＝０．０１、０．０６、０．０５及び＜０．０１）、及びステージＩ／ＩＩ浸潤性卵巣がんについて（ｐ値＝０．０１、０．０７、＜０．０１及び＜０．０１、図３Ｃ）の閉経前患者におけるＡＭＲＡの結果を示す。
【0300】
閉経前モデルについてそれぞれ、１４．０ＩＵ及び５．０ＩＵのＡＭＲＡルールイン及びルールアウトカットオフ値、並びに閉経後モデルについての１０．０ＩＵ及び５．０ＩＵは、トレーニング試料セットを使用して確立され、次いで、検証で固定された。ルールイン及びルールアウトカットオフを使用して、３つの検証セット中の試料を組み合わせて、３つのＡＭＲＡリスク群の中の有病率によって調整されたがん／良性分布を推定し、かつプロットした（図４）。各リスク群内のがん及び良性患者の生の割合及び有病率によって調整された割合を図５及び図６に列挙する。図８において、有病率とは無関係の性能基準（感度、特異性、及びＬＲ＋及びＬＲ－など）、並びに有病率によって調整された推定値（試験集団の割合、ＰＰＶ及びＮＰＶなど）の両方が、リスク群の個々の有意義な組み合わせについて提供される。図７は、ロジスティック回帰によって補間曲線と重ね合わせられた、ＡＭＲＡリスク群の有病率によって調整された予測される試験後がん確率をプロットしている。
【0301】
５％の有病率で、合計で７．９％の高リスク群は、３５．８％の陽性予測値で浸潤性悪性腫瘍の７５．９％を捕捉した。高いリスク／中間のリスクを合わせると、閉経前及び閉経後のがんについて、それぞれ、８９．７％及び９５．６％の感度を有していた。合計で６７．８％の低リスク群は、９９．０％の陰性予測値を有していた。閉経前及び閉経後の両方の集団について、ＨＲ群（それぞれ、試験集団の７．９％及び１０．６％）は、それぞれ、４２．３％及び６６．１％でＰＰＶを有する全がん症例の３分の２より多くを捕捉した。ＬＭＰを除外した場合、ＨＲの感度は、両方とも７５％以上に増加した。ＬＲ群は、試験集団のかなりの部分を特定し（それぞれ、閉経前及び閉経後について６７．８％及び５２．７％）、ＮＰＶは９９％に近かった。残りのＩＲ群の患者における試験後のがん有病率は、想定された試験前有病率よりも低かった（それぞれ、閉経前及び閉経後について、全てのがんについて４．０％及び６．３％、又はＬＭＰを除外すると２．１％及び４．８％）。図８もまた、閉経前患者について、それぞれ、ＨＲ及びＩＲの組み合わせた群の感度及びＰＰＶが８５．９％及び１３．３％、閉経後の患者についてそれぞれ、９３．１％及び１９．７％になることを列挙する。浸潤性がんに対する感度のみがより高かった。
【0302】
実施例１．３：考察
ＡＭＲＡは、患者を、試験後のがんの確率を高度に識別して３つの群に分けるために開発された。卵巣がん症例が、計画された手術の有無にかかわらず、付属器腫瘤を有すると診断された患者における組織学的サブタイプ、グレード及びステージの観点で類似しているであろうという仮定の下で、ＰＰＶ及びＮＰＶは、検証データセットを使用して個々に推定された（図４）（Ｍｏｌｉｎａｒｏ Ａ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｔｅｓｔｓ：ｈｏｗ ｔｏ ｅｓｔｉｍａｔｅ ｔｈｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｖａｌｕｅ．Ｎｅｕｒｏ Ｏｎｃｏｌ．Ｐｒａｃｔｉｃｅ ２（４），１６２－１６６（２０１５））。想定された試験前がん有病率を調整し、個々の検証セットについて即時手術が推奨されるかどうかの決定において、ＡＭＲＡの潜在的な性能を、その意図した使用について評価した。推定された結果の統計的安定性を改善するために、全体的な検証結果は、組み合わせた検証データを使用して更に推定され、想定される試験前有病率に対して調整された（図５～８）。
ＡＭＲＡは、患者を、試験後のがんの確率を高度に識別して３つの群に分けるために開発された。卵巣がん症例が、計画された手術の有無にかかわらず、付属器腫瘤を有すると診断された患者における組織学的サブタイプ、グレード及びステージの観点で類似しているであろうという仮定の下で、ＰＰＶ及びＮＰＶは、検証データセットを使用して個々に推定された（図４）（Ｍｏｌｉｎａｒｏ Ａ．Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｔｅｓｔｓ：ｈｏｗ ｔｏ ｅｓｔｉｍａｔｅ ｔｈｅ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ ｖａｌｕｅ．Ｎｅｕｒｏ Ｏｎｃｏｌ．Ｐｒａｃｔｉｃｅ ２（４），１６２－１６６（２０１５））。想定された試験前がん有病率を調整し、個々の検証セットについて即時手術が推奨されるかどうかの決定において、ＡＭＲＡの潜在的な性能を、その意図した使用について評価した。推定された結果の統計的安定性を改善するために、全体的な検証結果は、組み合わせた検証データを使用して更に推定され、想定される試験前有病率に対して調整された（図５～８）。
【0303】
ＡＭＲＡリスク群の中で、予測される試験後がん確率（ＨＲ群に対するＰＰＶ、及びＬＲ群に対するＮＰＶなど）は、想定される試験前がん有病率に依存する。しかしながら、ＡＭＲＡが患者を、高度に差次的かつ臨床的に有意義なリスク群に分ける能力は、陽性又は陰性の試験結果が疾患の確率をどのように改変し得るかという有病率とは無関係な尺度である、推定される陽性尤度比及び陰性尤度比（ＬＲ＋及びＬＲ－）によって更に裏付けられる。例えば、Ｓｔｅｖｅｎ ＭｃＧｅｅによって示唆されるＬＲの単純化された解釈（ＭｃＧｅｅ Ｓ．Ｓｉｍｐｌｉｆｙｉｎｇ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ ｒａｔｉｏｓ．Ｊ．Ｇｅｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．１７（８），６４６－６４９（２００２））を使用して、組み合わせられた検証試料における閉経後ＡＭＲＡ ＨＲ群について推定されたＬＲ＋が１０．０を超えることは、がん確率におけるおよそ４５パーセント点の潜在的な増加を示す。同様に、閉経後ＡＭＲＡ ＬＲ群について推定されたＬＲ－が０．５であることは、およそ１５パーセント点のがん確率における試験後減少を示唆している。
【0304】
多変量インデックスアッセイとして、ＡＭＲＡの性能を、複数の組織学的サブタイプにわたって、かつＬＭＰ及びステージＩ／ＩＩ浸潤性卵巣がんを検出するために評価した。ＲＯＣ曲線分析をＣＡ１２５、かつステージＩ／ＩＩ卵巣がんにおいて、手術の決定を注意深く検討する必要があることが多い閉経前患者についてＡＭＲＡと比較した。
【0305】
不確定である腫瘤の管理において臨床医を補助するために、ＡＭＲＡ設計並びに実際の導出及び実装の主要な特徴には、ＡＭＲＡによってＬＲとして示された試験集団の大部分について非常に高いＮＰＶが得られるルールアウトカットオフを伴う高い感度が含まれた。ルールインカットオフは、臨床的に行動可能なＰＰＶを与える患者の群を特定し、全がん症例の大部分を捕捉した。独立した検証結果に基づいて、その２つのカットオフを有するＡＭＲＡアルゴリズムは、ＨＲ患者についての手術の推奨、ＬＲ患者についての超音波検査を用いた連続的モニタリング、及びＩＲ患者についての臨床的印象による評価を含む、疑わしい付属器腫瘤を有すると診断された患者の臨床管理における有効性を示した。
【0306】
実施例２：多変量インデックスアッセイは、卵巣がんについてのリスク評価を改善し、付属器腫瘤を有すると診断された女性の臨床管理を導くことについての有用性を有する
実施例２．１：背景
外科的治療の前に付属器腫瘤を有する女性においてがんリスクを正確に評価する必要性は、しっかりと確立されている（Ｓａｎｃｈｅｚ－Ｓａｌｃｅｄｏ ＭＡ．Ｐｒｅ－ｏｐｅｒａｔｉｖｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ．Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｉｎｔ Ｊ ２０１９；１０（１）：６５－６９）。思春期前の女性の５～３５％から、卵巣腫瘤を有する閉経前の女性の１０％及び閉経後の女性の３０％が、がんを保有する（Ｇｉｖｅｎｓ Ｖ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ａｍ Ｆａｍ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ ２００９；８０（８）：８１５－８２０、Ｒａｄｈａｍａｎｉ Ｓ，Ａｋｈｉｌａ ＭＶ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓｅｓ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ，Ｓｏｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｃｉ Ｓｔｕｄｉｅｓ ２０１７；４（１１）：８８－９２）。良性腫瘤は、産婦人科が除去することができるが、がん手術は、外科専門医が行うべきである（３．Ｒａｄｈａｍａｎｉ Ｓ，Ａｋｈｉｌａ ＭＶ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓｅｓ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ，Ｓｏｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｃｉ Ｓｔｕｄｉｅｓ ２０１７；４（１１）：８８－９２、Ｖｅｒｎｏｏｉｊ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｒｅ ｂｅｔｔｅｒ ｗｈｅｎ ｐｒｏｖｉｄｅｄ ｂｙ ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔｓ ａｎｄ ｉｎ ｓｐｅｃｉａｌｉｚｅｄ ｈｏｓｐｉｔａｌｓ．Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ ２００７；１０５（３）８０１－８１２）。術前の外科的リスク評価は、患者にとって最良の予後を確保する（Ｇｌａｎｃ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｆｉｒｓｔ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｒｅｐｏｒｔ ｏｎ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ－Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ．Ｊ Ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ Ｍｅｄ ２０１７；３６：８４９－８６３）。
実施例２．１：背景
外科的治療の前に付属器腫瘤を有する女性においてがんリスクを正確に評価する必要性は、しっかりと確立されている（Ｓａｎｃｈｅｚ－Ｓａｌｃｅｄｏ ＭＡ．Ｐｒｅ－ｏｐｅｒａｔｉｖｅ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ ｏｆ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ．Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｉｎｔ Ｊ ２０１９；１０（１）：６５－６９）。思春期前の女性の５～３５％から、卵巣腫瘤を有する閉経前の女性の１０％及び閉経後の女性の３０％が、がんを保有する（Ｇｉｖｅｎｓ Ｖ，ｅｔ ａｌ．Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ａｍ Ｆａｍ Ｐｈｙｓｉｃｉａｎ ２００９；８０（８）：８１５－８２０、Ｒａｄｈａｍａｎｉ Ｓ，Ａｋｈｉｌａ ＭＶ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓｅｓ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ，Ｓｏｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｃｉ Ｓｔｕｄｉｅｓ ２０１７；４（１１）：８８－９２）。良性腫瘤は、産婦人科が除去することができるが、がん手術は、外科専門医が行うべきである（３．Ｒａｄｈａｍａｎｉ Ｓ，Ａｋｈｉｌａ ＭＶ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓｅｓ－Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ，Ｓｏｎｏｌｏｇｉｃａｌ ａｎｄ Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ Ｆｉｎｄｉｎｇｓ ｉｎ Ａｄｎｅｘａｌ Ｍａｓｓ．Ｉｎｔ Ｊ Ｓｃｉ Ｓｔｕｄｉｅｓ ２０１７；４（１１）：８８－９２、Ｖｅｒｎｏｏｉｊ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ａｒｅ ｂｅｔｔｅｒ ｗｈｅｎ ｐｒｏｖｉｄｅｄ ｂｙ ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃ ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔｓ ａｎｄ ｉｎ ｓｐｅｃｉａｌｉｚｅｄ ｈｏｓｐｉｔａｌｓ．Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｏｎｃｏｌ ２００７；１０５（３）８０１－８１２）。術前の外科的リスク評価は、患者にとって最良の予後を確保する（Ｇｌａｎｃ Ｐ，ｅｔ ａｌ．Ｆｉｒｓｔ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ ｒｅｐｏｒｔ ｏｎ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓｅｓ－Ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ．Ｊ Ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ Ｍｅｄ ２０１７；３６：８４９－８６３）。
【0307】
症候性の付属器腫瘤を有すると診断された一部の女性について、即時手術が望ましくないか、又は正当ではない場合がある（Ｓｕｈ－Ｂｅｒｇｍａｎｎ Ｅ，ｅｔ ａｌ．Ｏｕｔｃｏｍｅｓ ｆｒｏｍ ｕｌｔｒａｓｏｕｎｄ ｆｏｌｌｏｗ－ｕｐ ｏｆ ｓｍａｌｌ ｃｏｍｐｌｅｘ ｍａｓｓｅｓ ｉｎ ｗｏｍｅｎ ｏｖｅｒ ５０．Ａｍ Ｊ Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ ２０１４；２１１：６２３．ｅ１－７、Ｆｒｏｙｍａｎ Ｗ，ｅｔ ａｌ．Ｒｉｓｋ ｏｆ Ｃｏｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅｌｙ ｍａｎａｇｅｄ ｏｖａｒｉａｎ ｔｕｍｏｒｓ（ＩＯＴＡ５）：ａ ２－ｙｅａｒ ｉｎｔｅｒｉｍ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｅｒ，ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ，ｃｏｈｏｒｔ ｓｔｕｄｙ．Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ ２０１９；２０（３）：４４８－４５８、Ｍａｙ Ｔ，Ｏｚａ Ａ．Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｖｅ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ ｏｆ ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ．Ｌａｎｃｅｔ Ｏｎｃｏｌ ２０１９；２０（３）：ｐ３２６－３２７）。定期的な骨盤検査又は画像診断によって偶発的に無症候性の付属器腫瘤が見つかった場合には、手術は、管理のための第１の選択肢ではない可能性がある。「待機して様子を見る（ｗａｉｔ ａｎｄ ｗａｔｃｈ）」管理アプローチのための低いがんリスクの対象を特定することができるがんリスク評価試験は、臨床検査及び手術を受ける女性の数を減らす。
【0308】
付属器腫瘤を有する患者の診断評価としては、骨盤検査、及びＣＡ１２５血液検査と共に、画像診断（通常は超音波検査）が挙げられる。しかし、これらのモダリティの診断精度は、単独で、又はパネルとしてのいずれかで使用され、早期の卵巣がんの検出にとって十分なものではない（Ｌｅｎｎｏｘ Ｇ，ｅｔ ａｌ．Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｏｆ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｉｎｄｅｘ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｉｎ ａ ｃｏｈｏｒｔ ｏｆ ｗｏｍｅｎ ｗｉｔｈ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｔ Ｊ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｃａｎｃｅｒ ２５；２０１５；２５：８０９－８１４）。過去１０年間に、卵巣がんの高いリスクがある女性を特定する際に使用するために、多変量インデックス（ＭＩＡ）アッセイが導入された。ＭＩＡは、各バイオマーカーの試験結果を単一のスコアへと組み合わせたバイオマーカーのパネルからなる。ＭＩＡ、例えば、ＯＶＡ１（ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１）、並びにＯＶＥＲＡ（ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、Ａｐｏ Ａ１）血液検査は、全ての組織学的細胞型の卵巣がんを検出する際に、また、早期の疾患で、非常に効果的であることが示されている（Ｕｅｌａｎｄ Ｆ，ｅｔ ａｌ．Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ ２０１１；１１７（６）：１２８９－１２９７、Ｇｏｏｄｒｉｃｈ Ｓ，ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｉｍａｇｉｎｇ ｏｎ ｔｈｅ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ．Ａｍ Ｊ Ｏｂｓｔｅｔ Ｇｙｎｅｃｏｌ ２０１４；２１１：６５ｅ１－６５ｅ１１）。卵巣悪性腫瘍アルゴリズムのリスク（ＲＯＭＡ）、すなわちＣＡ１２５及びＨＥ４試験からなるパネルは、上皮性卵巣がんの検出に限定されており、また早期がんの高い割合を見逃してしまうことが報告されている（Ｌｅｎｎｏｘ Ｇ，ｅｔ ａｌ．Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ ｏｆ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｏｆ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｉｎｄｅｘ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｉｎ ａ ｃｏｈｏｒｔ ｏｆ ｗｏｍｅｎ ｗｉｔｈ ｏｖａｒｉａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｉｎｔ Ｊ Ｇｙｎｅｃｏｌ Ｃａｎｃｅｒ ２５；２０１５；２５：８０９－８１４）。更に、ＣＡ１２５及びＲＯＭＡは、非白色人種の女性における悪性腫瘍の特定が上手く行われないことが示されている（Ｄｕｎｔｏｎ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｅｔｈｎｉｃ ｄｉｓｐａｒｉｔｙ ｉｎ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｂｅｔｗｅｅｎ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ａｎｄ ＣＡ１２５ ｉｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ．２０１９）、Ｄｕｎｔｏｎ Ｃ，ｅｔ ａｌ．Ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｉｓ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｏ ＣＡ１２５ ａｎｄ ＨＥ４ ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｏｖａｒｉａｎ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｉｎ Ａｆｒｉｃａｎ Ａｍｅｒｉｃａｎ ｗｏｍｅｎ．Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ Ｉｎ Ｃａｎｃｅｒ ２０１９；１１：１－４）。
【0309】
実施例１に記載されるように、ＡＭＲＡアルゴリズムは、７つのバイオマーカーの入力を使用して、がんリスク評価を提供する（Ｚｈａｎｇ Ｚ，Ｂｕｌｌｏｃｋ Ｒ，Ｆｒｉｔｓｃｈｅ Ｈ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｒｉｓｋ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ：ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１９）。ＡＭＲＡスコアは、個々のバイオマーカー濃度の単一のスコアへの数学的な組み合わせである。ＡＭＲＡスコアの範囲は、０～２０．０である。ＡＭＲＡスコアは、症候性の付属器腫瘤を有する女性を３つのがんリスクカテゴリーに階層化することができた。高いがんリスク群は、高い陽性予測値によって定義され、低いがんリスク群は、高い陰性予測値によって定義された。残りの対象は、中間のリスク群として分類された。高いリスクの女性は、典型的には、手術のための即時の照会が考慮され、低いリスクの女性は、「待機して様子を見る（ｗａｉｔ ａｎｄ ｗａｔｃｈ）」戦略が考慮される。しかしながら、あまりにも多くの女性が中間のリスクカテゴリーに分類され、この女性のサブグループをどのように最良に管理するかという問題が提起されている。
【0310】
ＡＭＲＡ試験は、追加のアルゴリズムであるＯＶＡ１（ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１）、並びに／又はＯＶＥＲＡ（ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、Ａｐｏ Ａ１）を含むように修正され、これは中間のリスク群に含まれる対象の増強された分析を提供する。ＡＭＲＡ２多段階アルゴリズムを用いると、低いリスク及び高いリスクの患者は、まず、低いリスクについては５．０未満、高いリスクについては、閉経後の女性及び閉経前の女性について、それぞれ１０．０又は１４．０より大きいＡＭＲＡスコアによって特定される。次いで、中間のリスクの試料は、中間のスコアを低いリスク又は高いリスクのいずれかとして再定義する追加のアルゴリズムに供される。したがって、ＡＭＲＡ２は、全ての対象を低いリスク又は高いリスクとしてカテゴリー化することによって中間のリスク群を除外することによって、卵巣がんの検出について高い感度及び高い特異性の両方を維持しつつ、ＡＭＲＡのリスク評価を改善することができる。
【0311】
実施例２．２：方法
バイオマーカーアッセイ：ＡＭＲＡ２ ＭＩＡで使用され、がんリスクを定義するための７つのバイオマーカーとしては、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質（ＨＥ４）、ベータ－２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、アポリポタンパク質Ａ－１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン、トランスサイレチン、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）が挙げられる。バイオマーカーアッセイは、製造業者の使用説明書に従って、Ｒｏｃｈｅ ｃｏｂａｓ ６０００分析機を使用して実施された。
バイオマーカーアッセイ：ＡＭＲＡ２ ＭＩＡで使用され、がんリスクを定義するための７つのバイオマーカーとしては、がん抗原１２５（ＣＡ１２５）、ヒト精巣上体タンパク質（ＨＥ４）、ベータ－２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）、アポリポタンパク質Ａ－１（ＡｐｏＡ１）、トランスフェリン、トランスサイレチン、及び卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）が挙げられる。バイオマーカーアッセイは、製造業者の使用説明書に従って、Ｒｏｃｈｅ ｃｏｂａｓ ６０００分析機を使用して実施された。
【0312】
アルゴリズム：ＡＭＲＡ２試験は、ＡＭＲＡアルゴリズムを使用して、陽性予測値及び陰性予測値の設定基準に基づいて、低いリスク及び高いリスクの群のためのカットオフスコアを定義する（実施例１を参照されたい）。中間のリスク群に入る試料を、元々の７つのバイオマーカーの固有のサブセットから導出された追加のアルゴリズムであるＯＶＡ１（ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１）、並びにＯＶＥＲＡ（ＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、Ａｐｏ Ａ１）を用いて再評価して、中間の試料を低いリスク又は高いリスクのいずれかとして再スコアリングした。
【0313】
試料を、マーカーであるＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１、ＦＳＨ、及びＨＥ４を含むＡＭＲＡアルゴリズムを用いて試験して、低いリスク及び高いリスクの群についてのスコアを定義した。次いで、中間の群の試料を、マーカーであるＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、及びＡｐｏＡ１を含むＯＶＡ１を用いて試験して、低いリスク又は高いリスクのいずれかとして再スコアリングした。いくつかの試料において、中間の群を、ＡＭＲＡ及びＯＶＡ１を用いて試験した後に、試料を、マーカーであるＦＳＨ、ＣＡ１２５、ＨＥ４、トランスフェリン、及びＡｐｏ Ａ１を含むＯＶＥＲＡを用いて更に試験して、低いリスク又は高いリスクのいずれかとして再スコアリングした。いくつかの試験において、試料を、ＡＭＲＡを用いて試験した後、中間の群の試料を、ＯＶＥＲＡを用いて試験した。いくつかの試験において、試料を、ＡＭＲＡ及びＯＶＥＲＡの両方を用いて試験した後、中間の群の試料を、ＯＶＡ１を用いて更に試験した。
【0314】
トレーニング及び試験試料セット：ＡＭＲＡアルゴリズムによって中間のリスクとして分類された血清試料を、ＡＭＲＡ２試験のトレーニング及び試験に使用した。中間のリスクとして分類された血清のバイオマーカーデータを、追加のアルゴリズムによって再分析して、５．０のカットオフ値を使用して、中間のリスクの試料を、低いリスク又は高いリスクのいずれかとして再割り当てした。
【0315】
検証試料セット：ＡＭＲＡ２ ＭＩＡの検証に使用される試料セットを、ＩＲＢが承認したプロトコルの下で収集した（実施例１を参照されたい）。独立した試料セットを、同じＩＲＢが承認した要件の下で、良性疾患を有する１２８名の女性から集め、そしてこれを使用して、ＡＭＲＡ２の高い特異性を確認した。血清試料は、－７０℃で最大２年間保存されていた。社内の試験により、保存期間中の７つのバイオマーカーの安定性が確認された。
【0316】
手順：以前にアッセイした試料からのバイオマーカーデータを使用して、ＡＭＲＡ２アルゴリズムをトレーニングし、試験した（Ｚｈａｎｇ Ｚ，ｅｔ ａｌ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｒｉｓｋ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ：ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１９）。ＡＭＲＡ２ ＭＩＡの検証に使用される血清試料を分析し（ＡＳＰｉＲＡ Ｌａｂｓ）、そして試験結果を、ＡＭＲＡ２スコアの計算に使用した。５．０未満のＡＭＲＡ２スコアは、閉経前及び閉経後の女性の両方について低いリスクとして分類された。５．０より大きなスコアは、高いリスクとして定義された。
【0317】
実施例２．３：結果
図９は、ＡＭＲＡ２リスク評価の検証に使用される試料セットのカテゴリー化を示す。合計で、付属器腫瘤を有する女性からの５９６個の試料のうち、２３個を、卵巣がんを有すると特性決定した。第１のステップにおいて、ＡＭＲＡ２アルゴリズムは、カットオフスコアを使用して、低いリスク（≦５）、中間のリスク（５～１０（閉経前）、５～１４（閉経後））、及び高いリスク（≧１０（閉経前）、≧１４（閉経後））の患者を特定した。このステップ中に、ＡＭＲＡ２は、４５名の高いリスクの症例を特定し、卵巣がんを有すると特定された２３名の患者のうち１８名を特定した。３９１症例が、低いリスクとして特定され、３８８症例が良性であり、３症例が卵巣がんを有していた。１６０症例が、中間のリスクとして特定された。
図９は、ＡＭＲＡ２リスク評価の検証に使用される試料セットのカテゴリー化を示す。合計で、付属器腫瘤を有する女性からの５９６個の試料のうち、２３個を、卵巣がんを有すると特性決定した。第１のステップにおいて、ＡＭＲＡ２アルゴリズムは、カットオフスコアを使用して、低いリスク（≦５）、中間のリスク（５～１０（閉経前）、５～１４（閉経後））、及び高いリスク（≧１０（閉経前）、≧１４（閉経後））の患者を特定した。このステップ中に、ＡＭＲＡ２は、４５名の高いリスクの症例を特定し、卵巣がんを有すると特定された２３名の患者のうち１８名を特定した。３９１症例が、低いリスクとして特定され、３８８症例が良性であり、３症例が卵巣がんを有していた。１６０症例が、中間のリスクとして特定された。
【0318】
第２のステップにおいて、中間のリスクとして特定された１６０症例を、閉経前ステータス及び閉経後ステータスによって分けた。次いで、中間の群をＯＶＡ１試験に供し、患者を、低いリスク（閉経後＜４．４、閉経前＜５）、中間／境界のリスク（閉経後４．４～６、閉経前５～７）、及び高いリスク（閉経後≧６、閉経前≧７）の群に分離した。第２のステップで中間／境界のリスクを有するとして特定された女性は、第３のステップにおいて、ＯＶＥＲＡ試験を用いて更に試験されて、患者を低いリスク（≦５）及び高いリスク（＞５）の群に分離し、これは閉経ステータスによって影響を受けない。その結果、卵巣がんの２つの追加の症例が特定された。
【0319】
全体として、付属器腫瘤を有する５９６名の女性のうち、８３名が、高いリスクの患者として特定され、合計２３名の患者のうち２０名の患者が、卵巣がんを有すると特定された。６３症例が、擬陽性であるとして特定された。５１３名の女性が、低いリスクとして特定され、５１０名の女性が、良性腫瘤を有していた。
【0320】
表２は、トレーニングセットにおける全てのがん及び良性の症例についてのＡＭＲＡ２リスク評価を更に示す。全ての対象を、低いリスク又は高いリスクのいずれかとして分類する。元々のＡＭＲＡアルゴリズムは、閉経前の女性の３１％及び閉経後の女性の５１％を中間のリスク群にカテゴリー化した。
【0321】
（表２）AMRAトレーニングセットにおけるAMRA2の臨床性能
【0322】
表３は、ＡＭＲＡ試験セットにおけるＡＭＲＡ２アルゴリズムのための性能パラメータを示す。閉経後試験セットにおけるＡＭＲＡ２の特異性は、トレーニングセットの場合よりもはるかに良好であった（８０．１％対５７．０％）。この不一致を明らかにするために、がんを有していなかった、付属器腫瘤を有する１２８名の女性で構成される新しい試料セットを試験した。これらの１２８名の非がん女性のうち、１８名のみがＡＭＲＡ２によって高いリスクとして誤って分類され、したがって、この集団におけるＡＭＲＡ２の感度は、８６％であった。
【0323】
（表３）AMRA試験セットにおけるAMRA2の臨床性能
【0324】
表４は、検証セットにおけるＡＭＲＡ２の性能を示す。高い感度及び特異性は、検証コホートにおいて確認されたが、ＰＰＶは、試験セットによって与えられた値の約半分である。ＰＰＶのこの減少は、検証セットのがん有病率の減少に起因する。閉経前の群（Ｎ＝２９６）におけるがん有病率は、２．０％であり、閉経後の群（Ｎ＝３００）については、試験セットの閉経前及び閉経後の群についてそれぞれ、５．０％及び１０．０％の有病率であったのと比較して、５．６％であった。表５は、ＡＭＲＡ２検証のために使用されたデータセットにおける５９６名の研究対象についての人口統計を与える。
【0325】
（表４）検証セットにおけるAMRA2の臨床性能
【0326】
（表５）検証セットの人口統計情報及び臨床病理学的情報
【0327】
表６は、研究対象の低リスク群及び高リスク群への分類をまとめたものである。閉経前の群における６つのがんについて、６つのうち５つは、ＡＭＲＡ２によって高いリスクとして分類され、がんの１つは、低いリスクとして分類された。閉経前の群における１７のがんについて、１７のうち１５は、高いリスクとして分類され、２つは、低いリスクとして分類された。したがって、ＡＭＲＡ２の感度は、閉経前及び閉経後の女性について、それぞれ、８３％及び８８％であった。全ての対象を合わせると、感度は、２３のうち１８（８７％）であった。比較のために、この患者群におけるＣＡ１２５の感度は、閉経前及び閉経後の女性について、それぞれ６７％及び７１％であった。ＣＡ１２５の性能を評価するために使用されたカットオフ値は、閉経後の女性について３５．０Ｕ／ｍｌであり、閉経前の女性について６２．０Ｕ／ｍｌであった。
【0328】
（表６）検証セットにおけるAMRA2リスクスコアの分布
【0329】
閉経前の低いリスク群についてのＡＭＲＡ２試験特異性は、９０％であった。閉経後の低いリスク群についての試験特異性は、８７％であった。比較のために、閉経前及び閉経後の女性についてのＣＡ１２５の特異性は、それぞれ９０％及び８９％であった。ＡＭＲＡ２ ＨＲ群についての陽性予測値は、それぞれ、閉経前及び閉経後の女性について１５．６２％（５／２７）及び２９．４１％（１５／３６）であった。
【0330】
実施例２．４：考察
実施例１で考察されたように、がんの有病率が５％であった、付属器腫瘤を有する９５６名の閉経前の女性の群では、ＡＭＲＡ ＭＩＡは、以下のような女性の３階層のリスク階層化を示した。低いリスク群（集団の６７．８％、卵巣がん有病率は０．６％）、高いリスク群（集団の７．９％、がん有病率は３５．８％）、及び中間のリスク群（集団の２４．３％、がん有病率は２．１％）。がん有病率が１０％である５６２名の閉経後の女性の群において、低いリスク群には、女性の５２．７％が含まれ、がん有病率は０．７％であった。高いリスク群の女性の１０．６％について、がん有病率は、８６．６％であった。中間の群は、女性の３６．７％を有しており、がん有病率は４．８％であった（実施例１を参照されたい。また、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｒｉｓｋ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ：ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１９も参照されたい（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる））。
実施例１で考察されたように、がんの有病率が５％であった、付属器腫瘤を有する９５６名の閉経前の女性の群では、ＡＭＲＡ ＭＩＡは、以下のような女性の３階層のリスク階層化を示した。低いリスク群（集団の６７．８％、卵巣がん有病率は０．６％）、高いリスク群（集団の７．９％、がん有病率は３５．８％）、及び中間のリスク群（集団の２４．３％、がん有病率は２．１％）。がん有病率が１０％である５６２名の閉経後の女性の群において、低いリスク群には、女性の５２．７％が含まれ、がん有病率は０．７％であった。高いリスク群の女性の１０．６％について、がん有病率は、８６．６％であった。中間の群は、女性の３６．７％を有しており、がん有病率は４．８％であった（実施例１を参照されたい。また、Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｒｉｓｋ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ：ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１９も参照されたい（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる））。
【0331】
閉経前及び閉経後の女性のこれらの同じ２つの群において、ＡＭＲＡ２の二段階アルゴリズムは、中間のリスク群を除外した。そうすることで、ＡＭＲＡ２の感度及び特異性は、それぞれ８６．６０％及び８５．２５％まで改善した。
【0332】
がんの有病率が３．８％であった、付属器腫瘤を有する５９６名の女性のこの現在の研究において、ＡＭＲＡ２により、８６．９６％の感度及び８９．０１％の特異性が得られた。ＡＭＲＡ２の感度は、ＣＡ１２５よりも有意に良好である一方、この２つの試験の特異性は類似していた。
【0333】
実施例３：高リスクの女性における卵巣がんリスク評価のための多変量インデックスアッセイ
卵巣がんの早期検出のために、様々なバイオマーカーが提案されている。付属器腫瘤を有する女性は、悪性腫瘍を発症する生涯にわたるリスクを１０％有しているが、一方で、生殖細胞遺伝子変異を有する女性における卵巣がんのリスクは、はるかに高いリスクを有する。ＯＶＡ１及びＯＶＥＲＡ多変量インデックスアッセイ（ＭＩＡ）（Ａｓｐｉｒａ Ｌａｂ）は、付属器腫瘤が存在する女性におけるがんリスクを評価するために、以前に開発された。これらの腫瘤は、生検の対象ではないため、腫瘤の超音波検査及びＯＶＡ１バイオマーカー試験は、悪性腫瘍のリスク評価を提供し、また患者の臨床管理を導く。残念ながら、無症候性の高いリスクの患者において卵巣がんを効果的に検出することができる画像診断又はバイオマーカー試験は存在しない。したがって、改善された診断試験の必要性が存在する。
卵巣がんの早期検出のために、様々なバイオマーカーが提案されている。付属器腫瘤を有する女性は、悪性腫瘍を発症する生涯にわたるリスクを１０％有しているが、一方で、生殖細胞遺伝子変異を有する女性における卵巣がんのリスクは、はるかに高いリスクを有する。ＯＶＡ１及びＯＶＥＲＡ多変量インデックスアッセイ（ＭＩＡ）（Ａｓｐｉｒａ Ｌａｂ）は、付属器腫瘤が存在する女性におけるがんリスクを評価するために、以前に開発された。これらの腫瘤は、生検の対象ではないため、腫瘤の超音波検査及びＯＶＡ１バイオマーカー試験は、悪性腫瘍のリスク評価を提供し、また患者の臨床管理を導く。残念ながら、無症候性の高いリスクの患者において卵巣がんを効果的に検出することができる画像診断又はバイオマーカー試験は存在しない。したがって、改善された診断試験の必要性が存在する。
【0334】
実施例２で考察されたように、ＡＭＲＡ２ ＭＩＡは、７つのバイオマーカー（ＡｐｏＡ１、ＣＡ１２５、β２Ｍ、トランスフェリン、トランスサイレチン、ＦＳＨ、及びＨＥ４）及び複数のアルゴリズムを使用して、０～２０の範囲のリスクスコアを生成する。５．０未満のＡＭＲＡ２リスクスコアを有する女性は、低いリスクとして定義され、連続した超音波検査及びバイオマーカー検査を使用して「経過観察（ｗａｔｃｈ ａｎｄ ｗａｉｔ）」戦略の対象となる。高いリスクのＡＭＲＡ２スコア（５．０以上）は、即時手術を考慮する必要がある女性を定義する。がんの確率は、スコアが増加するにつれて増加し、適切な外科的決定を行う際に、医師を導くことができる。
【0335】
ＡＭＲＡ２血液検査は、高いリスクの女性における早期がん検出の必要性を満たすために開発され、高いリスクの女性は、無症候性の付属器腫瘤を有する女性、生殖系変異（例えば、ＢＲＣＡ１／２）を有する者、又は卵巣がんと関連付けられた他のＤＮＡ変異を有する者として定義される。ＡＭＲＡ２血液検査を使用して、手術を遅らせることができるか、又はおそらく手術を回避することができる女性から、即時手術を必要とする無症候性の付属器腫瘤を有する高いリスクの女性を特定した。３つの主要な分野が評価された。１）症候性の付属器腫瘤を有する女性において、がんの早期検出のためのＡＭＲＡ２の使用、２）症候性の付属器腫瘤を有する女性において、卵巣がんの早期検出である、新しい臨床的使用を開始すること、３）乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられた遺伝子の生殖細胞遺伝子変異及び／若しくは体細胞遺伝子変異、並びに／又は異常なメチル化（例えば、高メチル化又は低メチル化）を有する女性の予防的手術を導くためのモニタリング試験としてＡＭＲＡ２を確立すること。乳がん及び／又は卵巣がん（ＢＯＣ）と関連するいくつかの遺伝子としては、乳がん１（ＢＲＣＡ１）、乳がん２（ＢＲＣＡ２）、毛細血管拡張性運動失調症変異（ＡＴＭ）、ＢＲＣＡ１関連Ｒｉｎｇドメイン１（ＢＡＲＤ１）、ＢＲＣＡ１相互作用タンパク質Ｃ末端ヘリカーゼ１（ＢＲＩＰ１）、カドヘリン－１（ＣＤＨ１）、チェックポイントキナーゼ２（ＣＨＥＫ２）、上皮細胞接着分子（ＥＰＣＡＭ）、ＭｕｔＬホモログ１（ＭＬＨ１）、ＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）、ＭｕｔＳホモログ６（ＭＳＨ６）、ニブリン（ＮＢＮ）、ＢＲＣＡ２のパートナー及びローカライザー（ＰＡＬＢ２）、ホスファターゼ及びテンシンホモログ（ＰＴＥＮ）、ＲＡＤ５１パラログＤ（ＲＡＤ５１Ｄ）、セリン／スレオニンキナーゼ１１（ＳＴＫ１１）、腫瘍タンパク質ｐ５３（ＴＰ５３）、Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルスがん遺伝子ホモログ（ＫＲＡＳ）、ＢＲＣＡ１ Ａ複合体サブユニットａｂｒａｘａｓ １（ＡＢＲＡＸＡＳ１若しくはＦＡＭ１７５Ａ）、ＲＡＣ－アルファセリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＡＫＴ１若しくはタンパク質キナーゼＢ）、腺腫様多発結腸ポリープ（ＡＰＣ）、ａｘｉｓ阻害タンパク質２（ＡＸＩＮ２）、骨形成タンパク質受容体１Ａ型（ＢＭＰＲ１Ａ）、がん原遺伝子Ｂ－Ｒａｆ（ＢＲＡＦ）、細胞分裂周期２５Ｃ（ＣＤＣ２５）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４（ＣＤＫ４）、カテニンベータ－１（ＣＴＮＮＢ１）、ＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼ（ＤＩＣＥＲ１）、Ｅｒｂ－Ｂ２受容体チロシンキナーゼ２（ＥＲＢＢ２）、切除修復交差相補性グループ６（ＥＲＣＣ６）、ファンコニ貧血相補性グループＭ（ＦＡＮＣＭ）、ファンコニ貧血相補性グループＣ（ＦＡＮＣＣ）、減数分裂組換え１１（ＭＲＥ１１）、ｍｕｔＹ ＤＮＡグリコシラーゼ（ＭＵＴＹＨ）、ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）、エンドヌクレアーゼＩＩＩ様タンパク質１（ＮＴＨＬ１）、ホスファチジルイノシトール－４，５－ビスホスフェート３－キナーゼ触媒サブユニットアルファ（ＰＩＫ３ＣＡ）、減数分裂後分離増加２（ＰＭＳ２）、タンパク質ホスファターゼ２調節サブユニットＡアルファ（ＰＰ２Ｒ１Ａ）、タンパク質キナーゼＤＮＡ活性化触媒サブユニット（ＰＲＫＤＣ）、ＤＮＡポリメラーゼデルタ１触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、ＲＡＤ５０ホモログ（ＲＡＤ５０）、ＲＡＤ５１パラログＣ（ＲＡＤ５１Ｃ）、Ｒｉｎｇフィンガータンパク質４３（ＲＮＦ４３）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体鉄硫黄サブユニットＢ（ＳＤＨＢ）、コハク酸デヒドロゲナーゼ複合体サブユニットＤ（ＳＤＨＤ）、クロマチンサブファミリーＡメンバー４のＳＷＩ／ＳＮＦ関連マトリックスに関連付けられたアクチン依存性調節因子（ＳＭＡＲＣＡ４）、チャイニーズハムスター細胞２におけるＸ線修復相補性欠損修復（ＸＲＣＣ２）、ウェルナー症候群ＡＴＰ依存性ヘリカーゼ（ＷＲＮ若しくはＲＥＣＱＬ）、細胞分裂周期７３（ＣＤＣ７３）、ポリペプチドＮ－アセチルガラクトサミニルトランスフェラーゼ１２（ＧＡＬＮＴ１２）、グレムリン１（ＧＲＥＭ１）、ホメオボックスＢ１３（ＨＯＸＢ１３）、ＭｕｔＳホモログ３（ＭＳＨ３）、ＤＮＡポリメラーゼエプシロン触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、ＲＡＤ５１レコンビナーゼ（ＲＡＤ５１）、ＲＡＤ５０相互作用因子１（ＲＩＮＴ１）、４０Ｓリボソームタンパク質Ｓ２０（ＲＳＰ２０）、ＳＬＸ４構造特異的エンドヌクレアーゼサブユニット（ＳＬＸ４）、ＳＭＡＤファミリーメンバー４（ＳＭＡＤ４）、二重特異性タンパク質キナーゼＴＴＫ（ＴＴＫ）、Ｒａｓ関連ドメインファミリー１アイソフォームＡ（ＲＡＳＳＦ１Ａ）、Ｒｕｎｔ関連転写因子３（ＲＵＮＸ３）、組織因子経路阻害因子２（ＴＦＰＩ２）、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質５（ＳＦＲＰ５）、オピオイド結合タンパク質／細胞接着分子（ＯＰＣＭＬ）、Ｏ６－アルキルグアニンＤＮＡアルキルトランスフェラーゼ（ＭＧＭＴ）、カドヘリン１３（ＣＤＨ１３）、スルファターゼ１（ＳＵＬＦ１）、ホメオボックスＡ９（ＨＯＸＡ９）、ホメオボックスＡ１１（ＨＯＸＡＤ１１）、クローディン４（ＣＬＤＮ４）、Ｔ細胞分化タンパク質（ＭＡＬ）、インプリント部位の調節因子の兄弟（ＢＯＲＩＳ）、ＡＴＰ結合カセットスーパーファミリーＧメンバー２（ＡＢＣＧ２）、チューブリンベータ３クラスＩＩＩ（ＴＵＢＢ３）、メチル化制御ＤＮＡＪ（ＭＣＪ）、シヌクレイン－γ（ＳＮＧＧ）、代替リーディングフレーム腫瘍抑制因子（Ｐ１４ＡＲＦ）、サイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａ（ＣＤＫＮ２Ａ若しくはＰ１６ＩＮＫ４Ａ）、サイクリン依存性キナーゼ４阻害因子Ｂ（ＣＤＫＮ２Ｂ若しくはＰ１５）、死関連タンパク質キナーゼ１（ＤＡＰＫ）、カルシウムチャンネル電圧依存性Ｔ型アルファ１Ｇサブユニット（ＣＡＣＮＡ１Ｇ若しくはＭＩＮＴ３１）、網膜芽腫相互作用ジンクフィンガータンパク質１（ＲＩＺ１）、及びメチル化誘導サイレンシングの標的１（ＴＭＳ１）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0336】
プロスペクティブ研究を実施して、症候性の付属器腫瘤を有すると診断されたが、悪性腫瘍について超音波検査が確定的ではない女性のがんリスク階層化について、ＡＭＲＡ２血液検査の感度、特異性、陽性予測値及び陰性予測値を検証した。骨盤症状を有する女性は、多くは、超音波検査によって付属器腫瘤を有することが示される。症例の約１０％において、腫瘤は、悪性であることが判明し、婦人科専門医によって行われる即時手術が推奨される。しかしながら、これらの症例の多くにおいて、超音波検査は確定的ではなく、腫瘤が良性である場合には、手術を遅らせることができる。いくつかの場合において、良性腫瘤は、治療を行わずに消散し、手術を避けることができる。ＡＭＲＡ２は、患者を高いリスクの群及び低いリスクの群に分けるように設計され、その目的は、どの女性を、待機して様子を見る（ｗａｉｔ ａｎｄ ｗａｔｃｈ）群における待機的管理に誘導することができるかを特定することであり、一方で、高いリスクの患者は、即時手術に誘導することができる。
【0337】
無症候性の付属器腫瘤を有すると診断された女性において、がんの早期検出のためのＡＭＲＡ２を用いた連続試験の役割を定義するために、モニタリング研究を実施した。時折、骨盤症状を有しない女性において、付属器腫瘤が診断される。この研究において、女性に、連続的な超音波検査及びＣＡ１２５及びＡＭＲＡ２を用いたバイオマーカー検査を行った。卵巣がんは、症状の存在にかかわらず、付属器腫瘤を有する女性において生じる可能性があるため、これらの女性は、現在、注意深い待機シナリオで管理され、かつ超音波検査及び血清ＣＡ１２５を用いた連続的な様式でモニタリングされた。
【0338】
第２のモニタリング研究を実施して、乳がん及び／又は卵巣がんの発症と関連付けられた生殖細胞変異（例えば、ＢＲＣＡ１／２）若しくは体細胞変異、並びに／又は乳がん遺伝子及び／又は卵巣がん遺伝子の異常なメチル化（例えば、高メチル化又は低メチル化）を有する女性におけるがんの早期検出のためのＡＭＲＡ２を用いた連続試験の役割を定義した。主要な生殖細胞若しくは体細胞遺伝子変異、又は異常なメチル化（例えば、高メチル化若しくは低メチル化）を有する女性は、乳がん及び卵巣がんの非常に高いリスクを有する。卵巣がんについて、ＣＡ１２５は、現在、卵巣がんの発症について女性をモニタリングするために使用される唯一の血液検査である。乳がん及び／又は卵巣がんと関連付けられた遺伝子を、非侵襲性診断ツールとして無細胞循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）を使用してスクリーニングした。ｃｆＴＤＮＡを、対象から得られた血清から単離し、標的化された次世代シーケンシング（ＮＧＳ）を使用して単一ヌクレオチド変異（ＳＮＶ）又はコピー数改変をチェックし、同じ遺伝子改変についてＮＧＳ又はＰＣＲを使用して、それぞれのホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織をチェックすることによって結果を更に検証した。
【0339】
上の研究について、症候性の付属器腫瘤を有するおよそ１００名の女性、及び無症候性の付属器腫瘤を有する１００名の女性を評価した。５０名の女性が外科的転帰評価を受けるまで、ＢＲＣＡ変異を有する女性をモニタリングした。
【0340】
ＡＭＲＡ２検証研究及び２つのモニタリング研究に使用される血清試料を、１８歳以上であり、かつ卵巣付属器腫瘤を有すると診断された女性からプロスペクティブに集めるか、又はＢＲＣＡ１／２及び他のＤＮＡ変異及び／若しくは異常なメチル化（例えば、高メチル化若しくは低メチル化）の存在に起因するフォローアップにおいて集めた。ＩＲＢが承認した患者モニタリング研究で得られ、かつ血清リポジトリで維持された、レトロスペクティブに集めた血清試料を、この研究で使用した。
【0341】
患者試料をコード化し、そして試験まで－７０℃で保存した。試験時に、試料を解凍し、分析機中にコード化されたアリコートで入れた。血清試料をアッセイして、ＡＭＲＡ２スコアを決定した。患者を即時手術又は待機的管理に導くために、ＡＭＲＡ２スコアを医師に報告した。経過観察（ｗａｔｃｈ ａｎｄ ｗａｉｔ）群に向けられた女性は、１年の間、超音波、ＣＡ１２５、及びＡＭＲＡ２を用いて、連続的な様式で試験された。外科的転帰（例えば、がん検出について陽性又は陰性）を有していた全ての女性を使用して、真の陽性率、偽陽性率、真の陰性率、及び偽陰性率を定義した。この研究からの性能データを使用して、付属器腫瘤を有する女性の臨床管理を導くためにＡＭＲＡ２の臨床有用性を検証した。
【0342】
無症候性の骨盤腫瘤を有していた女性、及び主要な生殖細胞及び／若しくは体細胞遺伝子変異並びに／又は異常なメチル化（例えば、高メチル化若しくは低メチル化）を有する女性を、超音波、ＡＭＲＡ２及びＣＡ１２５を用いて、連続的な様式で試験した。医師及び患者によって定義されるモニタリング期間の終了時に、手術を行って付属器腫瘤を除去するか、又は生殖細胞及び／若しくは体細胞変異並びに／又は異常なメチル化（例えば、高メチル化若しくは低メチル化）を有する女性について、予防的手術を行って、卵巣及び卵管を除去した。
【0343】
実施例４：乳がん及び卵巣がんリスク検出のための多因子リスク評価
実施例４．１：背景
米国において、遺伝子検査の資格を有する、乳がん又は卵巣がんを有する推定１２０万人～１３０万人の女性が、それを受けることができなかった。また、乳がんを有する患者の８５％超、及び卵巣がんを有する患者の８０％が、自身の医師と遺伝子検査について話合うことすらなかった（Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ｐ．Ｃｈｉｌｄｅｒｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｗｏｍｅｎ Ｗｉｔｈ ａ Ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｒｅａｓｔ ｏｒ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ，Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．，Ａｕｇｕｓｔ １８，２０１７）。乳がん及び／又は卵巣がんを有すると診断された女性の約１０％が、遺伝的原因に起因する。
実施例４．１：背景
米国において、遺伝子検査の資格を有する、乳がん又は卵巣がんを有する推定１２０万人～１３０万人の女性が、それを受けることができなかった。また、乳がんを有する患者の８５％超、及び卵巣がんを有する患者の８０％が、自身の医師と遺伝子検査について話合うことすらなかった（Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈｅｒ Ｐ．Ｃｈｉｌｄｅｒｓ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｔｅｓｔｉｎｇ ｉｎ Ｗｏｍｅｎ Ｗｉｔｈ ａ Ｈｉｓｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｒｅａｓｔ ｏｒ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ，Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．，Ａｕｇｕｓｔ １８，２０１７）。乳がん及び／又は卵巣がんを有すると診断された女性の約１０％が、遺伝的原因に起因する。
【0344】
２０１７年に、ＮＣＩ研究は、乳がんを有する女性の２５％及び卵巣がんを有する女性の３３％が、乳がん及び卵巣がんの感受性遺伝子における既知の有害なバリアントについての遺伝子検査を受けたことを報告した。遺伝子検査を受けた患者（乳がん患者の８％及び卵巣がん患者の１５％）は、「行動可能な」遺伝子バリアント（すなわち、治療、スクリーニング、及びリスク減少戦略における変更が正当である場合があるバリアント）を有していた（Ａｌｌｉｓｏｎ Ｗ．Ｋｕｒｉａｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｔｅｓｔｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎ ａ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ－Ｂａｓｅｄ Ｃｏｈｏｒｔ ｏｆ Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｎｄ Ｏｖａｒｉａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｐａｔｉｅｎｔｓ，Ｊ．Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ．，Ａｐｒｉｌ ９，２０１９）。これらの遺伝子のうち、「治療」とみなされる、リスクを減少させる外科的方法を占めるのは、１２個のみである（卵巣がんに関するＮＣＣＮガイドライン１．２０１９）。これにより、乳がん及び卵巣がん（ＢＯＣ）と関連付けられた既知の有害なバリアントを有する残りの２４＋遺伝子を改良し、かつより良い治療計画を作成するための継続的な努力の必要性が特定される。これらの１２個の遺伝子のうち、ＢＲＣＡは、最も一般的に関連付けられた遺伝子であり、また遺伝性がんの約１５～２０％を占めるに過ぎない。一方で、残りのより低い有病率の遺伝子は、約１８％を占め、大雑把な推定で６０％の機会が残されている（Ｔｈｏｍａｓ Ｐａｕｌ Ｓｌａｖｉｎ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃａｌ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ ｐａｎｅｌｓ：ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ ｏｆ ｎｅｘｔ－ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｃｏｕｎｓｅｌｉｎｇ ａｎｄ ｃａｎｃｅｒ ｒｉｓｋ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ，Ｆｒｏｎｔ．Ｏｎｃｏｌ．，２９ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２０１５）。後期ＢＯＣを有すると診断されたこれらの女性について、遺伝子検査は、通常、遺伝子パネルが小さいことに起因して陰性所見を有する二次的なものであるか、又は全く提供されない。
【0345】
卵巣がんは、静かな疾患と考えられるため、診断することは困難である。腫瘍の侵襲的除去及び病理学的評価を行うことなく体細胞検出を測定することができる既知の非侵襲性診断試験は存在しない。診断に使用されている現在の方法は、症状がそれを正当化する場合の診断試験としてのみ、症状が卵巣腫瘤を除外するために画像を必要とする場合に使用される最も一般的な種類のＵ／Ｓである、経膣超音波（ＴＶＵＳ）である。
【0346】
多変量インデックスアッセイ（例えば、ＯＶＡ１及びＯＶＥＲＡ）は、付属器腫瘤が存在する女性において、がんリスクを評価するために開発された。これらの腫瘤は、生検の対象ではないため、腫瘤の超音波検査及びバイオマーカー試験が、悪性腫瘍のリスク評価を提供し、患者の臨床管理を導く。残念ながら、無症候性の高リスクの患者において卵巣がんを効果的に検出することができる画像診断又はバイオマーカー試験は存在しない。
【0347】
課題の１つは、悪性腫瘍の発生源における不均一性である。卵巣の悪性腫瘍は、複数の発生源（すなわち、生殖細胞、間質細胞、上皮細胞、又は間葉系組織）から生じ得る。いくつかの症例は、孤発性であり、卵巣がんのいくつかの症例は、ＨＢＯＣ又は稀な遺伝子変異を伴う家族において遺伝性である可能性がある（例えば、リンチ症候群）。卵巣がんに対する管理及び治療アプローチは、腫瘍の病理に依存する。卵巣がんの診断には、１つも試験方法が存在せず、疾患を管理するための最良の方法も存在しない。現在、症候性の女性は、広範囲にわたる検査を経て、婦人科腫瘍専門医から外科的評価を受ける前に様々な専門医に会い、それは、生存可能性がほとんどないか、全くない後期までがんが進行することを可能にする。したがって、女性の卵巣がんを早期に検出し、進行中の腫瘍から生殖細胞性及び孤発性のリスクの両方を特定する、侵襲性の低い診断試験に対する必要性が存在する。
【0348】
卵巣がんについて高リスクである患者を診断するための試験を開発し、また遺伝子の感受性パネルを開発し、かつ血液中で試験されるような細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）からの早期スクリーニング測定を開発するために、１）症候性の付属器腫瘤、２）骨盤検査で偶発的に見つかった非症候性の腫瘤、３）ＨＢＯＣについての遺伝子検査を有し、かつ付属器腫瘤の徴候がない非症候性、及び／又は４）卵巣がんと関連付けられた家族歴若しくは遺伝子異常（生殖細胞系及び体細胞ＤＮＡ変異）のいずれかを有する女性から腫瘍プロファイルを得た。
【0349】
実施例４．２：方法及び手順
試料採取
細胞の生物学的性質に起因して、卵巣がん患者の血液試料を、高い完全性の採取を確実にするために、異なる媒体を含む３つの別個の採取管内に集めた。（１）標準ＥＤＴＡ（ラベンダートップ）、（１）ＰＡＸ（ｃｆｆＤＮＡ）、及び（１）タイガートップ（血清）管。
試料採取
細胞の生物学的性質に起因して、卵巣がん患者の血液試料を、高い完全性の採取を確実にするために、異なる媒体を含む３つの別個の採取管内に集めた。（１）標準ＥＤＴＡ（ラベンダートップ）、（１）ＰＡＸ（ｃｆｆＤＮＡ）、及び（１）タイガートップ（血清）管。
【0350】
ＥＤＴＡ管は、ＤＮＡを含有する細胞を保有する細胞要素であるリンパ球の形態を保存するための抗凝固採取装置である。これは、遺伝子検査に使用される標準的な管である。
【0351】
ＰＡＸ Ｂｌｏｏｄ ｃｃｆＤＮＡ管は、全血を採取するために特別に設計されており、血漿中の循環無細胞ＤＮＡの濃度を安定化させる。この種類の管は、高い完全性のｃｃｆＤＮＡを採取するために重要である。
【0352】
タイガートップ管は、抗凝固剤を含有するが、血栓活性剤及び血清分離ゲルを含有する。これにより、ＯＶＡ１及び／又はＯＶＥＲＡアッセイを用いて試験されたタンパク質等の大きな細胞サブユニットを保持する血清を分離するために、全血の加速された凝固を可能にする。
【0353】
次いで、採取された血液試料を、ＨＢＯＣ、ＯＶＥＲＡ、及び／又はＯＶＡ１アッセイを使用して試験した。
【0354】
全血の採取
全血は、１本のＥＤＴＡ管、及び１本のＰＡＸ管に、管当たり約５ｍＬの血液で採取される。
全血は、１本のＥＤＴＡ管、及び１本のＰＡＸ管に、管当たり約５ｍＬの血液で採取される。
【0355】
血清の採取
血清分離管チューブ（タイガートップ）を使用する、標準的な静脈穿刺手順による、患者の血液の８．５ｍＬ静脈からの抜き取りから、血清を採取する。
血清分離管チューブ（タイガートップ）を使用する、標準的な静脈穿刺手順による、患者の血液の８．５ｍＬ静脈からの抜き取りから、血清を採取する。
【0356】
ＦＦＰＥ組織の採取
付属器腫瘤の外科的除去の間に採取した組織を、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）スライドとして、少なくとも２０％の腫瘍含有量で、受け取る。１つのＨ＆Ｅスライドも採取して、腫瘍含有量を評価する。
付属器腫瘤の外科的除去の間に採取した組織を、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）スライドとして、少なくとも２０％の腫瘍含有量で、受け取る。１つのＨ＆Ｅスライドも採取して、腫瘍含有量を評価する。
【0357】
臨床試料
全ての試料を適切に処理し、標準操作手順（ＳＯＰ）に従って、目的の生物学的物質を得る。ＯＶＡ試験の提供のために採取された血清試料からの余分な物質は、商業的に試験され、また更なる試験まで－２０℃で保存される。
全ての試料を適切に処理し、標準操作手順（ＳＯＰ）に従って、目的の生物学的物質を得る。ＯＶＡ試験の提供のために採取された血清試料からの余分な物質は、商業的に試験され、また更なる試験まで－２０℃で保存される。
【0358】
ＨＢＯＣの生殖細胞試験及び／又は体細胞試験のためのＥＤＴＡ血液採取管を十分に混合し、１ｍＬのアリコートを取り出し、管内に入れ、更なる試験まで４℃で保存する。残りの血液は、実験室のＳＯＰに従って処理される。
【0359】
血漿のために処理され、また無細胞ＤＮＡ採取を達成するために、追加のＥＤＴＡ血液管が提供される。これらの試料は、実験室のＳＯＰの直後に処理され、そして更なる処理が行われるまで－２０℃で保存される。
【0360】
他の実施形態
上の説明から、本明細書に記載された本発明に対して、様々な使用法及び条件にそれを採用するための変形及び修正がなされ得ることが明らかになるであろう。そのような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲の範囲内にある。
上の説明から、本明細書に記載された本発明に対して、様々な使用法及び条件にそれを採用するための変形及び修正がなされ得ることが明らかになるであろう。そのような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲の範囲内にある。
【0361】
本明細書における変数の任意の定義における要素のリストの列挙は、任意の単一の要素又は列挙された要素の組み合わせ（又は部分的な組み合わせ）として、その変数の定義を含む。本明細書の実施形態の列挙は、その実施形態を、任意の単一の実施形態として、又は任意の他の実施形態若しくはその部分と組み合わせて含む。
【0362】
Ｚｈａｎｇ Ｚ，ｅｔ ａｌ．Ａｄｎｅｘａｌ ｍａｓｓ ｒｉｓｋ ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ：ａ ｍｕｌｔｉｖａｒｉａｔｅ ｉｎｄｅｘ ａｓｓａｙ ｆｏｒ ｍａｌｉｇｎａｎｃｙ ｒｉｓｋ ｓｔｒａｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｆｕｔｕｒｅ Ｏｎｃｏｌ ２０１９を含むが、これに限定されない、本明細書で述べられる全ての特許、刊行物、及びアクセッション番号は、各独立した特許、刊行物、及びアクセッション番号が、参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されたのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【図1-1】
【図1-2】
【図1-3】
【図1-4】
【図1-5】
【図1-6】
【図1-7】
【図1-8】
【図1-9】
【図1-10】
【図1-11】
【図1-12】
【図1-13】
【図1-14】
【図1-15】
【図1-16】
【図1-17】
【図1-18】
【図1-19】
【図1-20】
【図1-21】
【図1-22】
【図1-23】
【図1-24】
【図1-25】
【図1-26】
【図1-27】
【図1-28】
【図1-29】
【図1-30】
【図1-31】
【図2-1】
【図2-2】
【図3-1】
【図3-2】
【図4A】
【図4B】
【図5-1】
【図5-2】
【図6-1】
【図6-2】
【図7A】
【図7B】
【図8-1】
【図8-2】
【図9】
【手続補正書】
【提出日】2022-12-01
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
【国際調査報告】