▶ ベーリンガー インゲルハイム インターナショナル ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツングの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-05-11
(54)【発明の名称】線維性状態の治療におけるバイオマーカーの使用
(51)【国際特許分類】
A61K 31/4425 20060101AFI20230501BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20230501BHJP
A61P 11/00 20060101ALI20230501BHJP
A61P 29/00 20060101ALI20230501BHJP
A61P 19/02 20060101ALI20230501BHJP
A61K 31/496 20060101ALI20230501BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALN20230501BHJP
【ＦＩ】
A61K31/4425
A61P43/00 105
A61P11/00
A61P29/00
A61P29/00 101
A61P19/02
A61P43/00 121
A61K31/496
C12Q1/6869 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2022559353
(86)(22)【出願日】2021-03-30
(85)【翻訳文提出日】2022-09-28
(86)【国際出願番号】 EP2021058285
(87)【国際公開番号】W WO2021198253
(87)【国際公開日】2021-10-07
(31)【優先権主張番号】20167596.4
(32)【優先日】2020-04-01
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(81)【指定国・地域】
(71)【出願人】
【識別番号】503385923
【氏名又は名称】ベーリンガー インゲルハイム インターナショナル ゲゼルシャフト ミット ベシュレンクテル ハフツング
(74)【代理人】
【識別番号】100094569
【弁理士】
【氏名又は名称】田中 伸一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100103610
【弁理士】
【氏名又は名称】▲吉▼田 和彦
(74)【代理人】
【識別番号】100109070
【弁理士】
【氏名又は名称】須田 洋之
(74)【代理人】
【識別番号】100119013
【弁理士】
【氏名又は名称】山崎 一夫
(74)【代理人】
【識別番号】100123777
【弁理士】
【氏名又は名称】市川 さつき
(74)【代理人】
【識別番号】100111796
【弁理士】
【氏名又は名称】服部 博信
(74)【代理人】
【識別番号】100123766
【弁理士】
【氏名又は名称】松田 七重
(74)【代理人】
【識別番号】100183379
【弁理士】
【氏名又は名称】藤代 昌彦
(72)【発明者】
【氏名】シュトローベル ベンヤミン
(72)【発明者】
【氏名】バウム パトリック
(72)【発明者】
【氏名】ディーフェンバッハ クラウディア
【テーマコード（参考）】
4B063
4C086
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA19
4B063QQ03
4B063QQ08
4B063QQ53
4B063QR08
4B063QR32
4B063QR62
4B063QS25
4B063QX02
4C086AA01
4C086AA02
4C086BC17
4C086BC50
4C086CB07
4C086GA07
4C086GA12
4C086GA14
4C086MA01
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4C086MA04
4C086NA05
4C086ZA59
4C086ZA96
4C086ZB11
4C086ZB15
4C086ZB21
4C086ZC75
(57)【要約】
ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３から選択される遺伝子は、進行性線維性間質性肺疾患の治療のための方法においてバイオマーカーとして使用できる。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療に対する患者の応答の監視を含み、前記監視が、ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしく入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであって、対照値を考慮に入れてもよい、ステップと
を含む、使用のための抗線維化薬。
【請求項2】
ＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、有益な応答の存在または非存在の検出を含み、前記検出が、ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｆ）試料と対照とのレベルの差が患者における有益な応答を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用のための抗線維化薬。
【請求項3】
患者における有益な応答が検出された場合に、前記方法が、ｇ１）患者への抗線維化薬の投与を継続するもしくは継続させるステップ、または
ｇ２）用量もしくは投薬回数を低減するもしくは低減させるステップ
をさらに含む、請求項１～２の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬。
【請求項4】
患者における有益な応答が検出されなかった場合に、前記方法が、ｇ３）患者への抗線維化薬の投与を中止するまたは中止させるステップ、または
ｇ４）抗線維化薬の用量もしくは投薬回数を増やすもしくは増やさせるステップ
をさらに含む、請求項１～２の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬。
【請求項5】
ＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療開始の決定を含み、前記決定が、ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｈ）試料中の発現レベルと対照値との差が線維性障害の治療開始の必要性を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと、
ｉ）線維性障害の治療開始の必要性が判定された場合に、患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと
を含む、使用のための抗線維化薬。
【請求項6】
抗線維化薬による治療のためのＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を有する患者を選択するための、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｊ）比較の結果に基づいて、患者が抗線維化薬による治療に適格であるか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用。
【請求項7】
患者におけるＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の進行を予測するための、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、ａ）および／またはｃ）抗線維化薬の投与開始前および／または抗線維化薬の投与後に、患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｋ）比較の結果に基づいて疾患の進行を予測するまたは予測させるステップと
を含む、使用。
【請求項8】
治療を必要とする患者におけるＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の治療において抗線維化薬が効果的であるかを判定するための、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであって、対照値を考慮に入れてもよい、ステップと
を含む、使用。
【請求項9】
抗線維化薬が、シルデナフィルクエン酸塩と組み合わされていてもよい、ニンテダニブモノエタンスルホン酸塩、およびピルフェニドンから選択される、請求項１～５の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬または請求項６～８の１つ以上に記載の使用。
【請求項10】
ＰＦ-ＩＬＤが、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、全身性硬化症関連ＩＬＤ（ＳＳｃ-ＩＬＤ）、膠原病関連ＩＬＤ（ＣＴＤ-ＩＬＤ）、関節リウマチ関連ＩＬＤ（ＲＡ-ＩＬＤ）、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性線維性肺疾患、自己免疫特徴を有する特発性肺炎（ＩＰＡＦ）およびサルコイドーシスからなる群から選択される、請求項１～５および９の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬または請求項６～９の１つ以上に記載の使用。
【請求項11】
抗線維化薬の投与開始時に患者が約４０％以上の努力肺活量および／または約４０％以上の一酸化炭素肺拡散能を示す、請求項１～５および９～１０の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬または請求項６～１０の１つ以上に記載の使用。
【請求項12】
生体試料が血液または末梢血単核球試料である、請求項１～５および９～１１の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬または請求項６～１１の１つ以上に記載の使用。
【請求項13】
１種または複数のバイオマーカーが遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１およびそれらの組合せからなる群から選択される、請求項１～５および９～１２の１つ以上に記載の使用のための抗線維化薬または請求項４～１２の１つ以上に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、進行性線維性間質性肺疾患から選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療に対する患者の応答の監視、有益な応答の存在もしくは非存在の検出または治療開始の決定を含み、それぞれが、患者からの生体試料において、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するステップを含む、抗線維化薬に関する。加えて、本発明は、抗線維化薬による治療のための前記線維性障害を有する患者を選択するための、患者における前記線維性障害の進行を予測するための、または治療を必要とする患者における前記線維性障害の治療において抗線維化薬が効果的であるか否かを判定するための、１種または複数の前記バイオマーカーの使用に関する。
【背景技術】
【0002】
進行性線維性ＩＬＤ（ＰＦ-ＩＬＤ）とは、種々の間質性肺疾患（ＩＬＤ）を横断して一部の患者で観察される疾患挙動を示す。ＩＬＤは、肺の肺胞周辺の組織および間隙のレース状ネットワーク（間質）を冒す種々の疾患群である。ＩＬＤを有する一部の患者では、悪化し続ける肺に瘢痕組織の蓄積がある。肺が進行性に傷つき、肥厚し、硬化すると、肺機能の悪化、呼吸器症状および健康関連の生活の質の悪化につながる。特発性肺線維症（ＩＰＦ）は、ＰＦ-ＩＬＤの最も典型的例と考えられる。
【0003】
特発性肺線維症（ＩＰＦ）は、肺の間質の進行性線維症を特徴とする病因不明の希少疾患であり、肺容量の減少および進行性の肺機能不全を引き起こす。個々の患者における疾患の経過は、様々である：一部の患者は急速に進行し、他の患者は、比較的安定した期間が急性増悪によって中断されており、他の患者は比較的緩徐に進行する。ＩＰＦの急性増悪は、年間５～１０％の患者で起こる原因不明の呼吸悪化の事象であり、非常に不良な転帰と関連する。ＩＰＦは中年および高齢の患者で最も多く見られ、通常４０～７０才の年齢で見つかる。診断後のＩＰＦ患者における平均余命の中央値は、２～３年である。米国胸部学会（ＡＴＳ：Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ｓｏｃｉｅｔｙ）、欧州呼吸器学会（ＥＲＳ：Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｓｏｃｉｅｔｙ）、日本呼吸器学会（ＪＲＳ：Ｊａｐａｎｅｓｅ Ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ Ｓｏｃｉｅｔｙ）、ラテンアメリカ胸部学会（ＡＬＡＴ： Ｌａｔｉｎ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｈｏｒａｃｉｃ Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ）が２０１５年に共同で発表した、ＩＰＦ治療のための臨床実践ガイドラインの最新の更新版では、個々の患者の値および優先度を考慮して、ＩＰＦ患者の大部分にニンテダニブまたはピルフェニドンによる治療を条件付きで推奨している。従来のＩＰＦ治療薬、例えば、ｎ-アセチルシステイン（ＮＡＣ）、コルチコステロイド、シクロホスファミド、シクロスポリンおよびアザチオプリンはＩＰＦのための承認された治療薬でなく、それらの有効性は疑わしいまたは有害でさえある。非薬物療法、例えば、肺リハビリテーションおよび長期酸素療法は一部の患者には推奨されるが、ＩＰＦ患者におけるそれらの有効性は確立されていない。肺移植は、ＩＰＦ患者の生存にプラスの影響を与えることが示されている。ＩＰＦに起因する移植患者の数はここ数年にわたって着実に増加しているが、ドナー臓器を十分に入手できない、ならびに併存疾患があるおよび高齢であることにより、多くの患者が肺移植への紹介から除外されている。
【0004】
ＩＰＦに加えて、ＰＦ-ＩＬＤは、とりわけ、強皮症もしくは全身性硬化症（ＳＳｃ-ＩＬＤ）と関連するまたは膠原病（ＣＴＤ-ＩＬＤ）もしくは関節リウマチ（ＲＡ-ＩＬＤ）と関連するそれらの疾患の形態を包含する。ニンテダニブは、ＳＳｃ-ＩＬＤおよびＲＡ-ＩＬＤに対しても効果的な治療を提供することが示されている。ＰＦ-ＩＬＤはまた、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性線維性肺疾患、自己免疫特徴を有する特発性肺炎（ＩＰＡＦ）およびサルコイドーシスを含む。
【0005】
ニンテダニブおよび／またはピルフェニドンによる治療が考えられているさらなる線維性障害としては、筋ジストロフィー、例えば、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、線維腫症、例えば、デュピュイトラン拘縮および骨髄線維症、例えば、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）が挙げられる。
ニンテダニブ（３－Ｚ－［１－（４－（Ｎ－（（４－メチル－ピペラジン－１－イル）－メチルカルボニル）－Ｎ－メチル－アミノ）－アニリノ）－１－フェニル－メチレン］－６－メトキカルボニル－２－インドリノン）、式Ａ
ニンテダニブ（３－Ｚ－［１－（４－（Ｎ－（（４－メチル－ピペラジン－１－イル）－メチルカルボニル）－Ｎ－メチル－アミノ）－アニリノ）－１－フェニル－メチレン］－６－メトキカルボニル－２－インドリノン）、式Ａ
【0006】
【化1】
【0007】
ニンテダニブは、ＷＯ０１／２７０８１に記載されている。ＷＯ２００４／０１３０９９は、特に医薬としての開発に特に好適なそのモノエタンスルホン酸塩を開示しており、さらなる塩の形態がＷＯ２００７／１４１２８３に提示されている。ニンテダニブを含む医薬剤形は、ＷＯ２００９／１４７２１２およびＷＯ２００９／１４７２２０に開示されている。免疫疾患または免疫成分に影響を与える病態の治療のためのニンテダニブの使用がＷＯ２００４／０１７９４８に記載されており、腫瘍性疾患の治療のための使用がＷＯ２００４／０９６２２４に記載されており、線維性疾患の治療のための使用がＷＯ２００６／０６７１６５に記載されている。
【0008】
ニンテダニブは、前臨床モデルにおいて抗線維化および抗炎症性活性を示している：ニンテダニブによるＶＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲおよびＦＧＦＲ阻害のその抗線維化能が、一連の前臨床研究で評価されている。ニンテダニブのキナーゼ特異性プロフィールを示すデータが、Hilberg et al., Cancer Res. 2008; 68: 4774-82によって公表されている、すなわち、血管新生および線維化関連キナーゼ、例えば、ＶＥＧＦＲ、ＰＤＧＦＲおよびＦＧＦＲ、炎症および増殖に関連するＳｒｃファミリーキナーゼ、例えば、Ｓｒｃ、ＬｃｋおよびＬｙｎ、ならびに他のキナーゼ、例えば、ＦＬＴ－３、ＩＧＦ１Ｒ、ＩｎｓＲ、ＥＧＦＲ、ＨＥＲ２、ＣＤＫ１、ＣＤＫ２およびＣＤＫ４に関して公表されている。ニンテダニブは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで正常なヒト肺線維芽細胞のＰＤＧＦＲ－αおよびβの活性化および増殖を阻害すること、ならびにＩＰＦ患者および対照ドナーに由来するヒト肺線維芽細胞のＰＤＧＦ－ＢＢ、ＦＧＦ－２およびＶＥＧＦによって誘発される増殖を阻害することが示された。ニンテダニブは、ＩＰＦ患者由来の肺線維芽細胞のＰＤＧＦまたはＦＧＦ－２刺激による遊走を減弱し、ＩＰＦ患者由来の初代ヒト肺線維芽細胞の、トランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）－βによって誘発される線維芽細胞から筋線維芽細胞への変換を阻害する（Hostettler et al., Respir. Res. 2014; 15: 157; Wollin et al., J. Pharmacol. Exp. Ther. 2014; 349:209-20）。ニンテダニブの多重薬理学は、L. Wollin et al., Eur. Respir. J. 2015; 45: 1434-1445によって記載されている。ＩＰＦの２つの異なるマウスモデルにおいて、ニンテダニブは、気管支肺胞洗浄液中のリンパ球数および好中球数の著しい減少、炎症性サイトカインの減少、ならびに肺組織の組織学的分析における炎症および肉芽腫形成の減少によって示されるように、抗炎症効果を発揮した。ＩＰＦマウスモデルにより、総肺コラーゲンの著しい減少によって、ならびに組織学的分析で確認された線維症の減少によって示されるように、ニンテダニブ関連抗線維化効果も明らかになった。
【0009】
前臨床研究から得られた肯定的な知見はまた、臨床設定につながっている：複数の臨床試験において、ニンテダニブは、ＩＰＦ患者の年間肺機能低下を減少させるその能力が証明されている（とりわけ、ＩＮＰＵＬＳＩＳ、ＴＯＭＯＲＲＯＷ試験）。その結果として、ニンテダニブは多くの国でＩＰＦの治療のために認可されている。同様に、ＩＰＦ以外の進行性肺線維症（ＩＮＢＵＩＬＤ研究）に罹患している患者または全身性強皮症関連間質性肺疾患（ＳＳｃ－ＩＬＤ）（ＳＥＮＳＣＩＳ研究）に罹患している患者において、疾患の進行を遅らせることができた。ニンテダニブは、ＩＰＦのために商標名Ｏｆｅｖ（登録商標）で販売されている。その推奨投与量は、ニンテダニブ１日２回１５０ｍｇである。１日２回１５０ｍｇの用量に耐えられない患者、または軽度肝障害（Ｃｈｉｌｄ Ｐｕｇｈ Ａ）を有する患者においては、１日２回１００ｍｇのより低い用量を使用することが推奨される。
ピルフェニドン（５－メチル－１－フェニル－２（１Ｈ）－ピリドン）、式Ｂ
ピルフェニドン（５－メチル－１－フェニル－２（１Ｈ）－ピリドン）、式Ｂ
【0010】
【化2】
【0011】
治療開始時に、用量は、１４日の期間にわたって１日当たり９カプセルの推奨１日用量まで以下のように漸増すべきである：
● １～７日目：１日３回１カプセル（８０１ｍｇ／日）
● ８～１４日目：１日３回２カプセル（１６０２ｍｇ／日）
● １５日目以降：１日３回３カプセル（２４０３ｍｇ／日）
● １～７日目：１日３回１カプセル（８０１ｍｇ／日）
● ８～１４日目：１日３回２カプセル（１６０２ｍｇ／日）
● １５日目以降：１日３回３カプセル（２４０３ｍｇ／日）
【0012】
ニンテダニブおよびピルフェニドンはＩＰＦと診断された患者のための標準治療と考えることができるが、可能な限り最も効率的な治療を提供するためには、抗線維化薬に対する有益な治療応答を予測、検出および監視することが、依然として不可欠である。したがって、線維性疾患に対する治療選択肢の有効性を追跡し、これらの治療から最も恩恵を受ける患者を特定し且つ治療法を決定および調整する、改良された手段が必要である。線維性障害の臨床経過および治療法の利益を予測するのに、したがって疾患の経過において早期に所定の患者の治療を最適化するのに好適なバイオマーカーの特定は、このギャップを埋めるのに役立つ可能性があり、患者の管理において依然として最も関連性のある課題の１つである。
【0013】
トランスクリプトームワイド遺伝子発現解析（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ－ｗｉｄｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ）は、比較的入手しやすい全血患者試料の、治療依存性または疾患依存性の微妙な変化を特定する可能性があるので、バイオマーカー発見のための強力なアプローチとなる。ＩＰＦの存在および程度に関連する転写の変化を特徴付けるために、多くの研究で、ヒトまたはマウス由来の血液、末梢血単核細胞または肺組織試料を使用して、マイクロアレイまたはＲＮＡ配列決定に基づく解析が実施されている（Vukmirovic and Kaminski, Front Med (Lausanne), 2018 Apr 4;5:87に概説されている）。これらの研究では通常、健常状態と比較して疾患（ＩＰＦ）において変化している数百～数千の遺伝子が特定された。例えば、Ｙａｎｇらは、軽度ＩＰＦ患者（一酸化炭素拡散能（ＤLＣＯ）＞６５％）の血液中では、対照と比較して１４２８個の遺伝子が差次的に発現されること、ならびに重度ＩＰＦ患者（ＤLＣＯ＞３５％）では対照と比較して２７９０個の転写物が差次的に発現されることを示した（Yang et al., PLoS One, 2012;7(6):e37708）。同様に、ＩＰＦ患者の肺組織トランスクリプトームを対照のトランスクリプトームと比較した場合、Ｂａｕｅｒらは、差次的発現遺伝子を合計１６９６個特定した（Bauer et al., Am J Respir Cell Mol Biol. 2015 Feb;52(2):217-31.）。異なる患者コホートを横断して検証されている、これまで唯一の遺伝子セットは、無移植生存を予測する可能性について差次的発現遺伝子を試験することによって特定された５２個の遺伝子のセットである（Herazo-Maya et al., Sci Transl Med. 2013 Oct 2;5(205):205ra136.）。この遺伝子シグネチャーは、Ｔ細胞機能と関連する遺伝子が豊富であることが判明した。ＩＰＦ患者における転帰（生存）を予測するためのその値は、６つの異なる患者コホートを横断して検証されている（Herazo-Maya et al., Lancet Respir Med. 2017 Nov;5(11):857-868.）。しかし、総じて、異なる研究において特定された遺伝子間の重複は不十分であり、これらの遺伝子のいずれかの発現の変化が有効な治療的処置を示し得るか否かは不明である。
【発明の概要】
【0014】
第１の態様において、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療に対する患者の応答の監視を含み、前記監視が、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
【0015】
第２の態様において、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、有益な応答の存在または非存在の検出を含み、前記検出が、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｆ）試料と対照とのレベルの差が患者における有益な応答を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｆ）試料と対照とのレベルの差が患者における有益な応答を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
【0016】
第３の態様において、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療開始の決定を含み、前記決定が、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｈ）試料中の発現レベルと対照値との差が線維性障害の治療開始の必要性を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと、
ｉ）線維性障害の治療開始の必要性が判定された場合に、患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｈ）試料中の発現レベルと対照値との差が線維性障害の治療開始の必要性を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと、
ｉ）線維性障害の治療開始の必要性が判定された場合に、患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
【0017】
第４の態様において、本発明は、抗線維化薬による治療のための線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を有する患者を選択するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｊ）比較の結果に基づいて、患者が抗線維化薬による治療に適格である否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用に関する。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｊ）比較の結果に基づいて、患者が抗線維化薬による治療に適格である否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用に関する。
【0018】
第５の態様において、本発明は、患者における線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の進行を予測するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）および／またはｃ）抗線維化薬の投与開始前および／または抗線維化薬の投与後に、患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｋ）比較の結果に基づいて疾患の進行を予測するまたは予測させるステップと
を含む、使用に関する。
ａ）および／またはｃ）抗線維化薬の投与開始前および／または抗線維化薬の投与後に、患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｋ）比較の結果に基づいて疾患の進行を予測するまたは予測させるステップと
を含む、使用に関する。
【0019】
第６の態様において、本発明は、治療を必要とする患者における線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の治療において抗線維化薬が効果的であるか否かを判定するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、使用に関する。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、使用に関する。
【0020】
本発明のさらなる態様は、当業者には、前述および以下の説明ならびに実施例から直接明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【0021】
【図1】ＩＰＦ患者において、来診２（Ｖ２、ベースライン）および治療後１２週間（Ｖ５）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子のうちの８個の遺伝子についての遺伝子発現レベル（ＣＰＭ、１００万当たりのカウント）の群間変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。
【図2】ＩＰＦ患者において、来診２（Ｖ２、ベースライン）および治療後１２週間（Ｖ５）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子のうちのさらなる６個の遺伝子についての遺伝子発現レベル（ＣＰＭ、１００万当たりのカウント）の群間変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。
【図3】ＩＰＦ患者において、来診２（Ｖ２、ベースライン）および治療後１２週間（Ｖ５）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子についての遺伝子発現の患者特異的倍率変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。（ＴＲＴ＝治療）
【図4】１４個のニンテダニブ応答遺伝子を機能的に分類するためにパスウェイエンリッチメント解析（ｐａｔｈｗａｙ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓ）を適用した図である。遺伝子オントロジー（ＧＯ）生物学的パスウェイおよびＲｅａｃｔｏｍｅパスウェイの関連を、各マトリックス内に灰色のマークで示す。
【図5】１４個のニンテダニブ応答遺伝子の目的変数なしの遺伝子セット変動解析（ＧＳＶＡ）を示すグラフである。ボックスプロットは、ＩＰＦ患者における、ニンテダニブ（Ｎ１５０ｍｇ＿ｂｉｄ）での治療前（Ｖ２）および治療後（Ｖ５、１２週）またはプラセボにおけるＧＳＶＡスコアを示す。
【図6】ＳＳｃ－ＩＬＤ患者において、来診２（Ｖ２０、ベースライン）、治療後２４週間（Ｖ７０）および治療後５２週間（Ｖ９０）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子のうちの８個の遺伝子についての遺伝子発現レベル（ＣＰＭ、１００万当たりのカウント）の群間変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。
【図7】ＳＳｃ－ＩＬＤ患者において、来診２（Ｖ２０、ベースライン）、治療後２４週間（Ｖ７０）および治療後５２週間（Ｖ９０）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子のうちのさらなる６個の遺伝子についての遺伝子発現レベル（ＣＰＭ、１００万当たりのカウント）の群間変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。
【図8】ＳＳｃ－ＩＬＤ患者において、来診２（Ｖ２、ベースライン）および治療後２４週間（Ｖ７）での、１４個の選択されたニンテダニブ応答遺伝子についての遺伝子発現の患者特異的倍率変化を、プラセボと比較して示すボックスプロットである。（ＴＲＴ＝治療）
【図9】１４個のニンテダニブ応答遺伝子の目的変数なしの遺伝子セット変動解析（ＧＳＶＡ）を示すグラフである。ボックスプロットは、ＳＳｃ－ＩＬＤ患者における、ニンテダニブ（Ｎｉｎｔ）での治療前（Ｖ２０）および治療後（Ｖ７０、２４週；Ｖ９０、５２週）またはプラセボ（Ｐｂｏ）のＧＳＶＡスコアを示す。
【発明を実施するための形態】
【0022】
一般用語および定義
ここで特に定義しない用語は、当業者によって開示および文脈を考慮してそれに与えられるであろう意味を与えるべきである。しかし、本明細書中で使用する、以下の用語は、そうでないことが明記されていない限り、示され得る意味を有し、以下の規則に従う。
ここで特に定義しない用語は、当業者によって開示および文脈を考慮してそれに与えられるであろう意味を与えるべきである。しかし、本明細書中で使用する、以下の用語は、そうでないことが明記されていない限り、示され得る意味を有し、以下の規則に従う。
【0023】
「本発明による化合物」、「式（Ｉ）の化合物」、「本発明の化合物」などの用語は、本発明による式（Ｉ）の化合物を、その互変異性体、立体異性体およびそれらの混合物ならびにその塩、特にその薬学的に許容される塩、ならびにこのような互変異性体、立体異性体およびそれらの塩の溶媒和物および水和物を含む、このような化合物の溶媒和物および水和物を指す。
また、特に示さない限り、明細書および添付した特許請求の範囲の全体を通じて、示された化学式または化学名は、それらの互変異性体ならびに全ての立体異性体、光学異性体および幾何異性体（例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、Ｅ／Ｚ異性体など）ならびにそのラセミ体；加えて、別個のエナンチオマーの種々の割合の混合物、ジアステレオマーの混合物、またはこのような異性体およびエナンチオマーが存在する前述の形態のいずれかの混合物；加えて、その薬学的に許容される塩を含む、その塩、および遊離化合物の溶媒和物または化合物の塩の溶媒和物を含む、例えば水和物などのその溶媒和物を包含するものとする。
また、特に示さない限り、明細書および添付した特許請求の範囲の全体を通じて、示された化学式または化学名は、それらの互変異性体ならびに全ての立体異性体、光学異性体および幾何異性体（例えば、エナンチオマー、ジアステレオマー、Ｅ／Ｚ異性体など）ならびにそのラセミ体；加えて、別個のエナンチオマーの種々の割合の混合物、ジアステレオマーの混合物、またはこのような異性体およびエナンチオマーが存在する前述の形態のいずれかの混合物；加えて、その薬学的に許容される塩を含む、その塩、および遊離化合物の溶媒和物または化合物の塩の溶媒和物を含む、例えば水和物などのその溶媒和物を包含するものとする。
【0024】
「薬学的に許容される」という表現は、過度の毒性、刺激、アレルギー応答または他の問題もしくは合併症を引き起こすことなく、健全な医学的判断の範囲内でヒトおよび動物の組織との接触に使用するのに好適であり、かつ妥当なベネフィット／リスク比に見合う、それらの化合物、材料、組成物および／または剤形を指すために、本明細書中で使用する。
本明細書中で使用する「薬学的に許容される塩」とは、親化合物がその有機または無機の酸塩または塩基塩を作ることによって修正されている、開示した化合物の誘導体を指す。薬学的に許容される塩の例としては、アミンのような塩基性残基の鉱酸または有機酸塩；カルボン酸のような酸性残基のアルカリまたは有機塩などが挙げられるが、これらに限定するものではない。
上に挙げた以外の酸の塩、例えば、本発明の化合物の精製または単離に有用なもの（例えば、トリフルオロ酢酸塩）も、本発明の一部を構成する。
本明細書中において使用する「治療」および「治療する」という用語は、治療的処置、すなわち、治癒処置および／または緩和的処置と予防的処置、すなわち、予防処置との両方を包含する。
本明細書中で使用する「薬学的に許容される塩」とは、親化合物がその有機または無機の酸塩または塩基塩を作ることによって修正されている、開示した化合物の誘導体を指す。薬学的に許容される塩の例としては、アミンのような塩基性残基の鉱酸または有機酸塩；カルボン酸のような酸性残基のアルカリまたは有機塩などが挙げられるが、これらに限定するものではない。
上に挙げた以外の酸の塩、例えば、本発明の化合物の精製または単離に有用なもの（例えば、トリフルオロ酢酸塩）も、本発明の一部を構成する。
本明細書中において使用する「治療」および「治療する」という用語は、治療的処置、すなわち、治癒処置および／または緩和的処置と予防的処置、すなわち、予防処置との両方を包含する。
【0025】
治療的処置（「療法」）とは、顕性、急性または慢性の形態の前記状態の１種または複数をすでに発現している患者の処置を指す。治療的処置は、特定の適応症の症状を緩和するための対症治療であっても、適応症の状態を回復させるもしくは部分的に回復させるまたは疾患の進行を停止もしく減速するための原因治療であってもよい。
予防的処置（「防止」、「予防」）は、前記状態の１種または複数を発現するリスクのある患者を疾患の臨床的発症前に治療して、前記リスクを低減することを指す。
「治療」および「治療する」という用語は、症状または合併症の発症を予防もしくは遅延させるための、および疾患、状態もしくは障害の発現を予防もしくは遅延させるための、ならびに／または疾患、状態もしくは障害を排除もしくは制御するための、さらに疾患、状態もしくは障害と関連する症状もしくは合併症を軽減するための、１種または複数の活性化合物の投与、特にその治療有効量の投与を含む。
予防的処置（「防止」、「予防」）は、前記状態の１種または複数を発現するリスクのある患者を疾患の臨床的発症前に治療して、前記リスクを低減することを指す。
「治療」および「治療する」という用語は、症状または合併症の発症を予防もしくは遅延させるための、および疾患、状態もしくは障害の発現を予防もしくは遅延させるための、ならびに／または疾患、状態もしくは障害を排除もしくは制御するための、さらに疾患、状態もしくは障害と関連する症状もしくは合併症を軽減するための、１種または複数の活性化合物の投与、特にその治療有効量の投与を含む。
【0026】
本発明が治療を必要とする患者に言及する場合、本発明は主に哺乳動物、特にヒトにおける治療に関する。
「治療有効量」という用語は、（ｉ）特定の疾患もしくは状態を治療もしくは予防する、（ｉｉ）特定の疾患もしくは状態の１種もしくは複数の症状を減弱させる、寛解させる、もしくは排除する、または（ｉｉｉ）本明細書中に記載した特定の疾患もしくは状態の１種もしくは複数の症状の発症を予防するもしくは遅延させる、本発明の化合物の量を意味する。
「治療有効量」という用語は、（ｉ）特定の疾患もしくは状態を治療もしくは予防する、（ｉｉ）特定の疾患もしくは状態の１種もしくは複数の症状を減弱させる、寛解させる、もしくは排除する、または（ｉｉｉ）本明細書中に記載した特定の疾患もしくは状態の１種もしくは複数の症状の発症を予防するもしくは遅延させる、本発明の化合物の量を意味する。
【0027】
「バイオマーカー」という用語は、単一の遺伝子もしくはタンパク質ならびに遺伝子の組合せ（例えば、「遺伝子セット」、「遺伝子シグネチャー」）および／またはタンパク質の組合せであって、その発現の変化が内科的治療に対する生物学的、病理学的または薬理学的応答を示唆するものを示す。
本明細書中に記載した方法の全てのステップは、１つの単一の個人もしくは団体のみによってまたは複数の個人もしくは団体によって実施され得ることが理解される。したがって、方法が特定の方法ステップを実施することを含む場合は常に、これは等しく、前記方法ステップを実施させることに関し得る。
本明細書中に記載した方法の全てのステップは、１つの単一の個人もしくは団体のみによってまたは複数の個人もしくは団体によって実施され得ることが理解される。したがって、方法が特定の方法ステップを実施することを含む場合は常に、これは等しく、前記方法ステップを実施させることに関し得る。
【0028】
本発明は、線維性障害の治療における前記必要性に対処し、このために有用なバイオマーカーを提供する。したがって、本発明は、抗線維化薬を投与することによって線維性障害を有する患者の効率的な治療を可能にする。
基礎をなす実験的知見については、「実施例および実験データ」の項を参照されたい。
本発明の第１の態様において、線維性障害を有する患者の抗線維化治療に対する応答を監視するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
基礎をなす実験的知見については、「実施例および実験データ」の項を参照されたい。
本発明の第１の態様において、線維性障害を有する患者の抗線維化治療に対する応答を監視するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
【0029】
したがって、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療に対する患者の応答の監視を含み、前記監視が、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
記載した方法は、患者における有益な応答の存在または非存在の検出にも同様に好適である。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
記載した方法は、患者における有益な応答の存在または非存在の検出にも同様に好適である。
【0030】
言うまでもなく、当業者には明らかなように、ステップｄ）に定義した第１の試料におけるバイオマーカー発現レベルの測定は必ずしもステップｂ）およびｃ）の後に実施する必要はなく、ステップａ）の後であってステップｅ）の前の任意の時点で実施してもよい。
このため、この点に関して、前記一連の方法ステップは、厳密な時系列と解釈すべきではない。
任意に、ステップｃ）、ｄ）およびｅ）は、治療中の複数のもっと後の時点で反復して、さらなる試料を得るまたは用意し、それらのバイオマーカー発現レベルを測定し、それらを前に得られたレベルと比較して、患者の応答の連続的な監視を実施できるようにしてもよい。
このため、この点に関して、前記一連の方法ステップは、厳密な時系列と解釈すべきではない。
任意に、ステップｃ）、ｄ）およびｅ）は、治療中の複数のもっと後の時点で反復して、さらなる試料を得るまたは用意し、それらのバイオマーカー発現レベルを測定し、それらを前に得られたレベルと比較して、患者の応答の連続的な監視を実施できるようにしてもよい。
【0031】
その限りにおいて、この方法は、患者の薬物治療プロトコール遵守に対する監視にも等しく適用できる。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、治療を必要とする患者において治療するための方法であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）およびｅ）を含む治療に対する患者の応答の監視を含み、ステップｂ）において、１種または複数の抗線維化薬、特に単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬を患者に投与する、方法に関する。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための医薬の製造における、１種または複数の抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される１種または複数の抗線維化薬の使用であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）およびｅ）を含む、治療に対する患者の応答の監視を含む、使用に関する。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、治療を必要とする患者において治療するための方法であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）およびｅ）を含む治療に対する患者の応答の監視を含み、ステップｂ）において、１種または複数の抗線維化薬、特に単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬を患者に投与する、方法に関する。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための医薬の製造における、１種または複数の抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される１種または複数の抗線維化薬の使用であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｂ）、ｃ）、ｄ）およびｅ）を含む、治療に対する患者の応答の監視を含む、使用に関する。
【0032】
本発明の第２の態様において、線維性障害を有する患者において抗線維化治療の有益な応答の存在または非存在を検出するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
したがって、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、有益な応答の存在または非存在の検出を含み、前記検出が、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｆ）試料と対照とのレベルの差が患者における有益な応答を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
この方法が有益な応答の存在の検出に関する限りにおいて、これは、患者の薬物治療プロトコール遵守に対する監視にも等しく適用できる。
したがって、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、有益な応答の存在または非存在の検出を含み、前記検出が、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｆ）試料と対照とのレベルの差が患者における有益な応答を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
この方法が有益な応答の存在の検出に関する限りにおいて、これは、患者の薬物治療プロトコール遵守に対する監視にも等しく適用できる。
【0033】
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、治療を必要とする患者において治療するための方法であって、前記方法が、前記ステップｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）およびｆ）を含む、有益な応答の存在または非存在の検出を含み、ステップｂ）において、１種または複数の抗線維化薬、特に単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬を患者に投与する、方法に関する。
【0034】
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するため医薬の製造における、１種または複数の抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される１種または複数の抗線維化薬の使用であって、前記方法が、前記ステップｂ）、ｃ）、ｄ）、ｅ）およびｆ）を含む、有益な応答の存在または非存在の検出を含む、使用に関する。
【0035】
本発明の第３の態様において、線維性障害を有する患者において抗線維化治療の開始を決定するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
したがって、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療開始の決定を含み、前記決定が、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｈ）試料中の発現レベルと対照値との差が線維性障害の治療開始の必要性を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと、
ｉ）線維性障害の治療開始の必要性が判定された場合に、患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
したがって、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための方法における使用のための、抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬であって、前記方法が、治療開始の決定を含み、前記決定が、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｈ）試料中の発現レベルと対照値との差が線維性障害の治療開始の必要性を反映しているか否かを判定するまたは判定させるステップと、
ｉ）線維性障害の治療開始の必要性が判定された場合に、患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと
を含む、抗線維化薬に関する。
【0036】
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、治療を必要とする患者において治療するための方法であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｄ）、ｅ）、ｈ）およびｉ）を含む、治療開始の決定を含み、ステップｉ）において、１種または複数の抗線維化薬、特に単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される抗線維化薬を患者に投与する、方法に関する。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための医薬の製造における、１種または複数の抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される１種または複数の抗線維化薬の使用であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｄ）、ｅ）、ｈ）およびｉ）を含む、治療開始の決定を含む、使用に関する。
同様に、本発明は、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を、その治療を必要とする患者において治療するための医薬の製造における、１種または複数の抗線維化薬、特に、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択される１種または複数の抗線維化薬の使用であって、前記方法が、前記ステップａ）、ｄ）、ｅ）、ｈ）およびｉ）を含む、治療開始の決定を含む、使用に関する。
【0037】
本発明の第４の態様において、抗線維化薬による治療のための、線維性障害を有する患者を選択するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
したがって、本発明は、抗線維化薬による治療のための、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を有する患者を選択するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｊ）比較の結果に基づいて、患者が抗線維化薬による治療に適格である否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用に関する。
したがって、本発明は、抗線維化薬による治療のための、線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害を有する患者を選択するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｊ）比較の結果に基づいて、患者が抗線維化薬による治療に適格である否かを判定するまたは判定させるステップと
を含む、使用に関する。
【0038】
患者選択のためのバイオマーカーの前記使用は、例えば、抗線維化薬による治療後に有益な応答を示すことが期待される患者または期待されない患者の患者集団を強化する方法において適用され得る。
本発明の第５の態様において、患者における線維性障害の進行を予測するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
本発明の第５の態様において、患者における線維性障害の進行を予測するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
【0039】
したがって、本発明は、患者における線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の進行を予測するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）および／またはｃ）抗線維化薬の投与開始前および／または抗線維化薬の投与後に、患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｋ）比較の結果に基づいて疾患の進行を予測するまたは予測させるステップと
を含む、使用に関する。
本発明の第６の態様において、線維性障害を有する患者において抗線維化治療の有効性を評価するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
ａ）および／またはｃ）抗線維化薬の投与開始前および／または抗線維化薬の投与後に、患者から生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを対照値と比較するまたは比較させるステップと、
ｋ）比較の結果に基づいて疾患の進行を予測するまたは予測させるステップと
を含む、使用に関する。
本発明の第６の態様において、線維性障害を有する患者において抗線維化治療の有効性を評価するためにバイオマーカーを使用できることが見出されている。
【0040】
したがって、本発明は、治療を必要とする患者における線維性障害、特にＰＦ－ＩＬＤから選択される線維性障害の治療において抗線維化薬が効果的であるか否かを判定するための、１種または複数のバイオマーカー、特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択される１種または複数のバイオマーカーの使用であって、
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、使用に関する。
言うまでもなく、当業者には明らかなように、ステップｄ）に定義した第１の試料におけるバイオマーカー発現レベルの測定は必ずしもステップｂ）およびｃ）の後に実施する必要はなく、ステップａ）の後であってステップｅ）の前の任意の時点で実施してもよい。このため、この点に関して、前記一連の方法ステップは、厳密な時系列と解釈すべきではない。
ａ）抗線維化薬の投与開始前に患者から第１の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｂ）患者に抗線維化薬を投与するまたは投与させるステップと、
ｃ）抗線維化薬の投与後に患者から第２の生体試料を入手するもしくは入手させるまたは前記試料を用意するもしくは用意させるステップと、
ｄ）前記第１および第２の試料において、前記１種または複数のバイオマーカーの発現のレベルを測定するまたは前記レベルを測定させるステップと、
ｅ）第１および第２の生体試料から得られた前記１種もしくは複数のバイオマーカーの発現のレベルを比較するまたは前記レベルを比較させるステップであり、任意に対照値を考慮に入れる、ステップと
を含む、使用に関する。
言うまでもなく、当業者には明らかなように、ステップｄ）に定義した第１の試料におけるバイオマーカー発現レベルの測定は必ずしもステップｂ）およびｃ）の後に実施する必要はなく、ステップａ）の後であってステップｅ）の前の任意の時点で実施してもよい。このため、この点に関して、前記一連の方法ステップは、厳密な時系列と解釈すべきではない。
【0041】
本発明の前出の態様のいずれかの一実施態様によれば、抗線維化薬は、単剤療法としてのもしくは互いに組み合わされるまたはシルデナフィルもしくはその薬学的に許容される塩と組み合わされる、ニンテダニブ、その薬学的に許容される塩およびピルフェニドンから選択され、好ましくは、任意にシルデナフィルまたはシルデナフィルクエン酸塩と組み合わされる、ニンテダニブおよびその薬学的に許容される塩から選択され、最も好ましくは任意にシルデナフィルクエン酸塩と組み合わされる、ニンテダニブまたはニンテダニブモノエタンスルホン酸塩である。
本発明の活性医薬成分を投与するのに好適な製剤は、当業者には明らかであり、好適な製剤としては、例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤、坐剤、ロゼンジ剤、トローチ剤、溶液剤、シロップ剤、エリキシル剤、サシェ剤（ｓａｃｈｅｔ）、注射剤、吸入剤（ｉｎｈａｌａｔｉｖｅｓ）および散剤などが挙げられる。好適な錠剤は、例えば、１種または複数の前記活性医薬成分を公知の賦形剤、例えば、不活性な希釈剤、担体、崩壊剤、補助剤、界面活性剤、結合剤および／または滑沢剤と混合することによって得ることができる。
本発明の活性医薬成分を投与するのに好適な製剤は、当業者には明らかであり、好適な製剤としては、例えば、錠剤、丸剤、カプセル剤、坐剤、ロゼンジ剤、トローチ剤、溶液剤、シロップ剤、エリキシル剤、サシェ剤（ｓａｃｈｅｔ）、注射剤、吸入剤（ｉｎｈａｌａｔｉｖｅｓ）および散剤などが挙げられる。好適な錠剤は、例えば、１種または複数の前記活性医薬成分を公知の賦形剤、例えば、不活性な希釈剤、担体、崩壊剤、補助剤、界面活性剤、結合剤および／または滑沢剤と混合することによって得ることができる。
【0042】
特に、ニンテダニブを含む経口投与用の医薬剤形は、ＷＯ２００９／１４７２１２およびＷＯ２００９／１４７２２０に開示されている。ピルフェニドンの投与に好適な製剤は、例えば、ＷＯ２００７／０３８３１５およびＷＯ２０１７／１７２６０２によって提供される。
例えば、ニンテダニブの治療有効用量は、それを必要とする患者に経口投与する場合には、１日当たり１００ｍｇ～３００ｍｇの範囲であり、好ましくは、５０ｍｇ、１００ｍｇまたは１５０ｍｇを約１２時間間隔で１日２回投与とすることができる。
実際の治療有効量または治療投与量は、言うまでもなく、当業者に公知の因子、例えば、患者の年齢および体重、投与経路ならびに疾患の重症度によって異なる。いずれにしても、活性化合物は、患者の固有状態に基づいて治療有効量を送達できる投与量および方法で投与する。同様に、例えば医薬活性成分に対する有害反応に起因する用量調整の必要性の判定、およびそれらの実践は、当業者には公知である。
したがって、一実施形態によれば、抗線維化薬は、抗線維化薬と１種または複数の薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物の形態で投与する。
例えば、ニンテダニブの治療有効用量は、それを必要とする患者に経口投与する場合には、１日当たり１００ｍｇ～３００ｍｇの範囲であり、好ましくは、５０ｍｇ、１００ｍｇまたは１５０ｍｇを約１２時間間隔で１日２回投与とすることができる。
実際の治療有効量または治療投与量は、言うまでもなく、当業者に公知の因子、例えば、患者の年齢および体重、投与経路ならびに疾患の重症度によって異なる。いずれにしても、活性化合物は、患者の固有状態に基づいて治療有効量を送達できる投与量および方法で投与する。同様に、例えば医薬活性成分に対する有害反応に起因する用量調整の必要性の判定、およびそれらの実践は、当業者には公知である。
したがって、一実施形態によれば、抗線維化薬は、抗線維化薬と１種または複数の薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物の形態で投与する。
【0043】
別の実施形態によれば、医薬組成物は、経口投与用の組成物から、好ましくはカプセル剤および錠剤から、最も好ましくはカプセル剤から選択される。
一実施形態によれば、線維性障害は、進行性線維性間質性肺疾患（ＰＦ-ＩＬＤ）、特に、肺線維化徴候を伴う疾患、例えば、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、全身性硬化症関連ＩＬＤ（ＳＳｃ-ＩＬＤ）、膠原病関連ＩＬＤ（ＣＴＤ-ＩＬＤ）、関節リウマチ関連ＩＬＤ（ＲＡ-ＩＬＤ）、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性線維性肺疾患、自己免疫特徴を有する特発性肺炎（ＩＰＡＦ）およびサルコイドーシスから選択され、好ましくはＩＰＦ、ＳＳｃ-ＩＬＤおよびＲＡ-ＩＬＤから選択される。
別の実施形態によれば、線維性障害は、筋ジストロフィー、線維腫症および骨髄線維症からなる群から、好ましくはデュシェンヌ型筋ジストロフィー、デュピュイトラン拘縮および原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）から選択される。
一実施形態によれば、線維性障害は、進行性線維性間質性肺疾患（ＰＦ-ＩＬＤ）、特に、肺線維化徴候を伴う疾患、例えば、特発性肺線維症（ＩＰＦ）、全身性硬化症関連ＩＬＤ（ＳＳｃ-ＩＬＤ）、膠原病関連ＩＬＤ（ＣＴＤ-ＩＬＤ）、関節リウマチ関連ＩＬＤ（ＲＡ-ＩＬＤ）、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性線維性肺疾患、自己免疫特徴を有する特発性肺炎（ＩＰＡＦ）およびサルコイドーシスから選択され、好ましくはＩＰＦ、ＳＳｃ-ＩＬＤおよびＲＡ-ＩＬＤから選択される。
別の実施形態によれば、線維性障害は、筋ジストロフィー、線維腫症および骨髄線維症からなる群から、好ましくはデュシェンヌ型筋ジストロフィー、デュピュイトラン拘縮および原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）から選択される。
【0044】
一実施形態によれば、抗線維化薬の投与開始時に、患者は、予測正常値の約４０％以下、予測正常値の約４０％～約５０％、予測正常値の約５０％～約６０％、予測正常値の約６０％～約８０％、または予測正常値の約８０％以上の努力肺活量（ＦＶＣ）を示す。
別の実施形態によれば、抗線維化薬の投与開始時に、患者は、予測正常値の約４０％以下、予測正常値の約４０％～約６０％、予測正常値の約６０％～約８０％、または予測正常値の約８０％以上の一酸化炭素肺拡散能（ＤLＣＯ）を示す。
別の実施形態によれば、抗線維化薬の投与開始時に、患者は、予測正常値の約４０％以下、予測正常値の約４０％～約６０％、予測正常値の約６０％～約８０％、または予測正常値の約８０％以上の一酸化炭素肺拡散能（ＤLＣＯ）を示す。
【0045】
一実施形態によれば、ステップｃ）の生体試料は、ステップｂ）の開始後約１週間以後に、例えば、ステップｂ）の開始後約１週間～約５２週間の時間枠内で、好ましくはステップｂ）の開始後約１週間～約２４週間の時間枠内で、
より好ましくはステップｂ）の開始後約１、２、３、４、６、８、１０、１２、１６、２０または２４週間後に、
最も好ましくはステップｂ）の開始後約１、２、４、８または１２週間後に
入手しまたは入手させる。
別の実施形態によれば、生体試料は、血液、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）または皮膚試料、好ましくは血液またはＰＢＭＣ試料である。
別の実施形態によれば、生体試料は、血液採取または生検によって、好ましくは血液採取によって、入手しまたは入手させる。
より好ましくはステップｂ）の開始後約１、２、３、４、６、８、１０、１２、１６、２０または２４週間後に、
最も好ましくはステップｂ）の開始後約１、２、４、８または１２週間後に
入手しまたは入手させる。
別の実施形態によれば、生体試料は、血液、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）または皮膚試料、好ましくは血液またはＰＢＭＣ試料である。
別の実施形態によれば、生体試料は、血液採取または生検によって、好ましくは血液採取によって、入手しまたは入手させる。
【0046】
一実施形態によれば、１種または複数のバイオマーカーは、好中球、細胞外基質および免疫応答に関連する遺伝子であり、
特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択され、
好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４およびその組合せからなる群から選択され、
より好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１およびその組合せからなる群からまたはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびその組合せからなる群から選択され、
最も好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４およびその組合せからなる群から選択される。
特に、遺伝子ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３およびそれらの組合せからなる群から選択され、
好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４およびその組合せからなる群から選択され、
より好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１およびその組合せからなる群からまたはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびその組合せからなる群から選択され、
最も好ましくはＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４およびその組合せからなる群から選択される。
【0047】
別の実施形態によれば、本明細書中に記載した方法および使用のステップｄ）およびｅ）において、前記群の遺伝子のいずれかから選択される単一遺伝子である、１つの単一バイオマーカーが使用される。
【0048】
別の実施形態によれば、本明細書中に記載した方法および使用のステップｄ）およびｅ）において、２つ以上のバイオマーカーが使用され、それらは、前記群の遺伝子のいずれかから選択される単一遺伝子であり、
特にそれらのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個の遺伝子であり、より特定するとそれらのうちの２、３、５、６、８、１０または１４個の遺伝子であり、
好ましくは５個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４が使用され、または
６個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４が使用され、または
８個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびＯＬＲ１が使用され、または
１０個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４が使用され、または
１４個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３が使用される。
特にそれらのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個の遺伝子であり、より特定するとそれらのうちの２、３、５、６、８、１０または１４個の遺伝子であり、
好ましくは５個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４が使用され、または
６個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４が使用され、または
８個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびＯＬＲ１が使用され、または
１０個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４が使用され、または
１４個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３が使用される。
【0049】
別の実施形態によれば、本明細書中に記載した方法および使用のステップｄ）およびｅ）において、１種または複数のバイオマーカーは、前記群の遺伝子のいずれかから選択される１種または複数の遺伝子の組合せ、特にそれらのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３または１４個の遺伝子の組合せ、より特定するとそれらのうちの２、３、５、６、８、１０または１４個の遺伝子の組合せであり、
好ましくは５個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４の組合せが使用され、または
６個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４の組合せが使用され、または
８個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびＯＬＲ１の組合せが使用され、または
１０個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４の組合せが使用され、または
１４個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３の組合せが使用される。
好ましくは５個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＯＬＦＭ４の組合せが使用され、または
６個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４の組合せが使用され、または
８個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４およびＯＬＲ１の組合せが使用され、または
１０個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４の組合せが使用され、または
１４個の遺伝子、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３の組合せが使用される。
【0050】
別の実施形態によれば、バイオマーカーのレベルは、ＲＮＡ配列決定もしくは定量的リアルタイムＰＣＲ（例えば、これらに限定されないが、ＴａｑＭａｎ遺伝子発現アッセイまたは低密度アレイ（ＴＬＤＡ）カード）またはＮａｎｏｓｔｒｉｎｇ ｎＣｏｕｎｔｅｒ技術（Geiss et al., Nat Biotechnol. 2008 Mar;26(3):317-25）または別のＲＮＡもしくはｃＤＮＡベースアッセイによって、
好ましくはＲＮＡ－配列決定または定量的リアルタイムＰＣＲによって、より好ましくは定量的リアルタイムＰＣＲによって、
決定される。
好ましくはＲＮＡ－配列決定または定量的リアルタイムＰＣＲによって、より好ましくは定量的リアルタイムＰＣＲによって、
決定される。
【0051】
一実施形態によれば、対照値、特に本発明の第１、第２および第６の態様による対照値は、抗線維化薬の投与開始前の患者から採取した試料、プラセボで治療した患者から採取した試料、または例えばニンテダニブ以外の、別の抗線維化薬で治療した患者から採取した試料を使用して、好ましくは抗線維化薬の投与開始前に患者から採取した試料を使用して決定される。
別の実施形態によれば、対照値、特に本発明の第３、第４、第５および第６の態様による対照値は、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料または線維性障害を罹患していることがわかっている対象から採取した試料を使用して決定される。
別の実施形態によれば、対照値、特に本発明のいずれかの態様による対照値は、疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料、または疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して、決定される。
別の実施形態によれば、対照値、特に本発明の第３、第４、第５および第６の態様による対照値は、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料または線維性障害を罹患していることがわかっている対象から採取した試料を使用して決定される。
別の実施形態によれば、対照値、特に本発明のいずれかの態様による対照値は、疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料、または疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して、決定される。
【0052】
疾患の進行性の経過および安定した経過の分類は、個々の症例の状況によって異なる可能性があるが、当分野における経験豊富な専門家にとってはルーチン的なプロセスの一部である。例えば、ＰＦ－ＩＬＤの進行は、６カ月または１２カ月以内の一連の肺機能検査において、ＦＶＣの１０％超および／またはＤLＣＯの１５％超の絶対的な低下と定義することができる。
一実施形態によれば、測定されたバイオマーカー発現レベルは、ステップｅ）による比較の範囲内において、それらの差が対照値に対して少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％の場合に、好ましくはそれらの差が少なくとも約２０％、３０％、４０％または５０％の場合に、対照値と異なる、すなわち、対照値より高いまたは低いと考える。
一実施形態によれば、測定されたバイオマーカー発現レベルは、ステップｅ）による比較の範囲内において、それらの差が対照値に対して少なくとも約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％または９５％の場合に、好ましくはそれらの差が少なくとも約２０％、３０％、４０％または５０％の場合に、対照値と異なる、すなわち、対照値より高いまたは低いと考える。
【0053】
別の実施形態によれば、
例えば、抗線維化薬の投与開始前に患者から採取した試料、プラセボで治療した患者から採取した試料、または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低いことによって、患者における有益な応答の存在が示され、それ故に、患者における有益な応答の非存在は、測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低くないことによって示される。
別の実施形態によれば、
例えば、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料または疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より高いことに基づいて、抗線維化治療の開始が示され、または線維性障害を有する患者が抗線維化治療のために選択される。
例えば、抗線維化薬の投与開始前に患者から採取した試料、プラセボで治療した患者から採取した試料、または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低いことによって、患者における有益な応答の存在が示され、それ故に、患者における有益な応答の非存在は、測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低くないことによって示される。
別の実施形態によれば、
例えば、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料または疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より高いことに基づいて、抗線維化治療の開始が示され、または線維性障害を有する患者が抗線維化治療のために選択される。
【0054】
別の実施形態によれば、
例えば、線維性障害に罹患していることがわかっている対象から採取した試料または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低くないことに基づいて、抗線維化治療の開始が示され、または線維性障害を有する患者が抗線維化治療のために選択される。
別の実施形態によれば、
例えば、抗線維化薬の投与開始前に患者から採取した試料、プラセボで治療した患者から採取した試料または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低いことによって、抗線維化治療の有効性が示される。
例えば、線維性障害に罹患していることがわかっている対象から採取した試料または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低くないことに基づいて、抗線維化治療の開始が示され、または線維性障害を有する患者が抗線維化治療のために選択される。
別の実施形態によれば、
例えば、抗線維化薬の投与開始前に患者から採取した試料、プラセボで治療した患者から採取した試料または疾患の進行性の経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より低いことによって、抗線維化治療の有効性が示される。
【0055】
別の実施形態によれば、
例えば、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料、疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料、または別の抗線維化薬で治療した患者から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より高くないことによって、抗線維化治療の有効性が示される。
例えば、線維性障害に罹患していない対象から採取した試料、疾患の安定した経過を有する線維性障害に罹患している対象から採取した試料、または別の抗線維化薬で治療した患者から採取した試料を使用して対照値を決定した場合に、
測定された試料中バイオマーカー発現レベルが対照値より高くないことによって、抗線維化治療の有効性が示される。
【0056】
言うまでもなく、ステップｅ）および後続の方法ステップｆ）～ｋ）による、バイオマーカーの発現レベルの対照値との比較または相互の比較は、該当する場合、適切な統計的考察の使用を含み得る。このような方法、例えば、仮説検定、信頼区間などの使用およびそれらの適用は当業者に周知である。
前記バイオマーカーの使用が、抗線維化薬による線維性障害の治療の修正の必要性を決定する選択肢を提供することがさらにわかっている。例えば、本発明の第２の態様によれば、患者における有益な応答の検出が、さらなる治療選択肢を提供する：耐えられない副作用が観察されていない場合、抗線維化薬の投与計画を変更せずに抗線維化薬の投与を継続し得る。あるいは、有益な応答にもかかわらず、抗線維化治療の副作用が耐えられないと認知される場合、有益な治療応答を維持しながら副作用を最小にする目的で、用量または投薬回数を低減し得る。
したがって、一実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されている場合、
ｇ１）患者への抗線維化薬の投与を継続するまたは継続させるステップ
をさらに含む。
前記バイオマーカーの使用が、抗線維化薬による線維性障害の治療の修正の必要性を決定する選択肢を提供することがさらにわかっている。例えば、本発明の第２の態様によれば、患者における有益な応答の検出が、さらなる治療選択肢を提供する：耐えられない副作用が観察されていない場合、抗線維化薬の投与計画を変更せずに抗線維化薬の投与を継続し得る。あるいは、有益な応答にもかかわらず、抗線維化治療の副作用が耐えられないと認知される場合、有益な治療応答を維持しながら副作用を最小にする目的で、用量または投薬回数を低減し得る。
したがって、一実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されている場合、
ｇ１）患者への抗線維化薬の投与を継続するまたは継続させるステップ
をさらに含む。
【0057】
別の実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されている場合、
ｇ２）用量または投薬回数を低減するまたは低減させるステップ
をさらに含む。
他方、有益な応答が検出できなかったが耐えられない副作用が起こっていない場合、抗線維化薬の投与の中止を考慮してもよいし、または副作用を耐えられるレベルに保ちながら有益な応答を達成する目的で、抗線維化薬の用量または投薬回数を増加させてもよい。
したがって、一実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されていない場合、
ｇ３）患者への抗線維化薬の投与を中止するまたは中止させるステップ
をさらに含む。
ｇ２）用量または投薬回数を低減するまたは低減させるステップ
をさらに含む。
他方、有益な応答が検出できなかったが耐えられない副作用が起こっていない場合、抗線維化薬の投与の中止を考慮してもよいし、または副作用を耐えられるレベルに保ちながら有益な応答を達成する目的で、抗線維化薬の用量または投薬回数を増加させてもよい。
したがって、一実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されていない場合、
ｇ３）患者への抗線維化薬の投与を中止するまたは中止させるステップ
をさらに含む。
【0058】
別の実施形態によれば、この方法は、患者における有益な応答が検出されている場合、
ｇ４）抗線維化薬の用量もしくは投薬回数を増やすもしくは増やさせるステップ
をさらに含む。
同じ考慮事項を、本発明の第１の態様による応答の監視について準用する。
前記治療修正の程度は、言うまでもなく、個々の症例の実態および状況によって異なるが、本発明の分野における経験豊富な専門家のルーチンの一部である。
ｇ４）抗線維化薬の用量もしくは投薬回数を増やすもしくは増やさせるステップ
をさらに含む。
同じ考慮事項を、本発明の第１の態様による応答の監視について準用する。
前記治療修正の程度は、言うまでもなく、個々の症例の実態および状況によって異なるが、本発明の分野における経験豊富な専門家のルーチンの一部である。
【実施例】
【0059】
実施例および実験データ
以下の実施例は、本発明を例示することを目的とし、本発明の範囲を何ら限定することを意図しない。
Ａ）ＩＰＦ患者におけるニンテダニブの効果を評価するための臨床試験
努力肺活量（ＦＶＣ）障害が限定されているＩＰＦ患者におけるバイオマーカーに対するニンテダニブの効果を評価する、１２週間の二重盲検無作為化プラセボ対照並行群間比較試験（それに続く、４０週間の単一活性アーム相）。
主な選択基準：ＩＰＦと診断された男性または女性患者（４０才以上）；ＦＶＣが来診１（スクリーニング）時に予測正常値の８０％以上
用量用法：ニンテダニブ１５０ｍｇを１日２回経口投与。
主要エンドポイント：ベースラインから５２週目までのＦＶＣの変化率（勾配）
主要な副次的エンドポイント：ＦＶＣの絶対値（予測値％）の低下によって定義される疾患進行を示す患者の割合が１０％以上または５２週目までに死亡。
安全基準：有害事象（とりわけＳＡＥおよび他の重要なＡＥ）、身体検査、体重測定、１２誘導心電図、バイタルサインおよび検査室評価。
統計的方法：連続エンドポイントのためにはランダム係数回帰モデル、ｔｉｍｅ－ｔｏ－ｅｖｅｎｔ型エンドポイントのためにはログランク検定、カプラン－マイヤープロットおよびコックス回帰、バイナリーエンドポイントのためにはロジスティック回帰モデルまたは他の適切な方法。
以下の実施例は、本発明を例示することを目的とし、本発明の範囲を何ら限定することを意図しない。
Ａ）ＩＰＦ患者におけるニンテダニブの効果を評価するための臨床試験
努力肺活量（ＦＶＣ）障害が限定されているＩＰＦ患者におけるバイオマーカーに対するニンテダニブの効果を評価する、１２週間の二重盲検無作為化プラセボ対照並行群間比較試験（それに続く、４０週間の単一活性アーム相）。
主な選択基準：ＩＰＦと診断された男性または女性患者（４０才以上）；ＦＶＣが来診１（スクリーニング）時に予測正常値の８０％以上
用量用法：ニンテダニブ１５０ｍｇを１日２回経口投与。
主要エンドポイント：ベースラインから５２週目までのＦＶＣの変化率（勾配）
主要な副次的エンドポイント：ＦＶＣの絶対値（予測値％）の低下によって定義される疾患進行を示す患者の割合が１０％以上または５２週目までに死亡。
安全基準：有害事象（とりわけＳＡＥおよび他の重要なＡＥ）、身体検査、体重測定、１２誘導心電図、バイタルサインおよび検査室評価。
統計的方法：連続エンドポイントのためにはランダム係数回帰モデル、ｔｉｍｅ－ｔｏ－ｅｖｅｎｔ型エンドポイントのためにはログランク検定、カプラン－マイヤープロットおよびコックス回帰、バイナリーエンドポイントのためにはロジスティック回帰モデルまたは他の適切な方法。
【0060】
この実施例に基づき、同様な臨床試験についての公的に十分に入手可能な情報が一緒にあれば、当業者ならば、本発明の他の態様を対象とする関連した臨床試験を設計および実施することに困難を感じないであろう。
Ｂ）バイオマーカーの決定
ＩＰＦ、ＳＳｃおよびＰＦ-ＩＬＤ患者のコホートにおけるニンテダニブ対プラセボ治療の効果をそれぞれ研究する臨床試験において、全血試料を前向きに収集した。
Ｂ）バイオマーカーの決定
ＩＰＦ、ＳＳｃおよびＰＦ-ＩＬＤ患者のコホートにおけるニンテダニブ対プラセボ治療の効果をそれぞれ研究する臨床試験において、全血試料を前向きに収集した。
【0061】
ＲＮＡの単離および配列決定
血液をＰＡＸｇｅｎｅ ＲＮＡチューブ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ）中にサンプリングし、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡキットを使用してＲＮＡを抽出した。全ＲＮＡの量を、分光光度計を使用して２６０ｎｍでの直接吸光度測定によって決定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐ ＫｉｔをＲｉｂｏ－Ｚｅｒｏ Ｇｌｏｂｉｎと共に使用して、ＲＮＡシーケンシングライブラリーを作成した。簡潔には、リボソームＲＮＡおよびグロビンをコードするｍＲＮＡを除去後、切断されたＲＮＡ断片を、逆転写酵素およびランダムプライマーを使用して第１鎖ｃＤＮＡに逆転写し、続いて、ＤＮＡポリメラーゼＩおよびリボヌクレアーゼＨを使用して第２鎖ｃＤＮＡを合成した。第１鎖ｃＤＮＡ合成にヌクレオチドミックス中にチミンの代わりにウラシルを使用することによって、鎖の開始点を保った。３’－アデニル化およびインデックスアダプター連結後、ｃＤＮＡ産物を精製し、ＰＣＲによって濃縮して、最終ｃＤＮＡライブラリーを作成した。ライブラリーの量は、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ Ｐｉｃｏ Ｇｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡ試薬を使用して決定し、品質は、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ２１００デバイスを使用してｃＤＮＡ断片サイズを解析することによってチェックした。ライブラリーを５ｎＭまで希釈後、クラスター生成のために試料をプールした。ＲＮＡ塩基配列決定は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ-３０００シーケンサーで行った。
血液をＰＡＸｇｅｎｅ ＲＮＡチューブ（ＰｒｅＡｎａｌｙｔｉｘ）中にサンプリングし、ＰＡＸｇｅｎｅ Ｂｌｏｏｄ ＲＮＡキットを使用してＲＮＡを抽出した。全ＲＮＡの量を、分光光度計を使用して２６０ｎｍでの直接吸光度測定によって決定した。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎｄｅｄ Ｔｏｔａｌ ＲＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐ ＫｉｔをＲｉｂｏ－Ｚｅｒｏ Ｇｌｏｂｉｎと共に使用して、ＲＮＡシーケンシングライブラリーを作成した。簡潔には、リボソームＲＮＡおよびグロビンをコードするｍＲＮＡを除去後、切断されたＲＮＡ断片を、逆転写酵素およびランダムプライマーを使用して第１鎖ｃＤＮＡに逆転写し、続いて、ＤＮＡポリメラーゼＩおよびリボヌクレアーゼＨを使用して第２鎖ｃＤＮＡを合成した。第１鎖ｃＤＮＡ合成にヌクレオチドミックス中にチミンの代わりにウラシルを使用することによって、鎖の開始点を保った。３’－アデニル化およびインデックスアダプター連結後、ｃＤＮＡ産物を精製し、ＰＣＲによって濃縮して、最終ｃＤＮＡライブラリーを作成した。ライブラリーの量は、Ｑｕａｎｔ－ｉＴ Ｐｉｃｏ Ｇｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡ試薬を使用して決定し、品質は、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ２１００デバイスを使用してｃＤＮＡ断片サイズを解析することによってチェックした。ライブラリーを５ｎＭまで希釈後、クラスター生成のために試料をプールした。ＲＮＡ塩基配列決定は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ-３０００シーケンサーで行った。
【0062】
計算解析
品質管理：各試料について得られた生データ（捕獲したｃＤＮＡ断片のシングルエンドリード配列）を、ＦＡＳＴＱＣ ｖ０．１１．２を使用して品質について評価した。試料の遺伝子発現解析を成功させるためには、約５０００万リードが必要であった。リードを、ＳＴＡＲ ｖ２．５．２ａを使用してヒト参照ゲノムｈｇ３８（ＧＲＣｈ３８ Ｅｎｓｅｍｂｌ ｖ．８４）にマッピングした。マッピングしたリードを、ＲＮＡ－ＳｅＱＣ ｖ１．１．８を使用して評価し、マッピング統計（例えば、ユニークマッピング率、検出遺伝子数、タンパク質コード遺伝子にマッピングされるリードの割合）がデータの有用性を決定する最終基準を提供した。
品質管理：各試料について得られた生データ（捕獲したｃＤＮＡ断片のシングルエンドリード配列）を、ＦＡＳＴＱＣ ｖ０．１１．２を使用して品質について評価した。試料の遺伝子発現解析を成功させるためには、約５０００万リードが必要であった。リードを、ＳＴＡＲ ｖ２．５．２ａを使用してヒト参照ゲノムｈｇ３８（ＧＲＣｈ３８ Ｅｎｓｅｍｂｌ ｖ．８４）にマッピングした。マッピングしたリードを、ＲＮＡ－ＳｅＱＣ ｖ１．１．８を使用して評価し、マッピング統計（例えば、ユニークマッピング率、検出遺伝子数、タンパク質コード遺伝子にマッピングされるリードの割合）がデータの有用性を決定する最終基準を提供した。
【0063】
遺伝子発現強度を、リードカウントまたはＴＰＭ値のいずれかとして表し、それぞれ、ｓｕｂｒｅａｄ ｆｅａｔｕｒｅＣｏｕｎｔｓおよびＲＳＥＭ バージョン１．２．３１を使用してＥｎｓｅｍｂｌ ｖ８４遺伝子アノテーションに基づいて算出した。さらなるステップは、ｂａｍファイルのインデックス作成および重複リードのマーキングなどの中間計算のためのｂａｍＵｔｉｌ バージョン１．０．１１およびｓａｍｔｏｏｌｓ バージョン１．１の使用を含んだ。最後に、ＰＣＡおよび階層的クラスタリング解析を使用して、外れ値を特定した。
【0064】
差次的発現解析：少なくとも１つの試料が１００万当たりのカウント（ｃｐｍ）≧１を示した遺伝子のみを、以後の解析で使用した。ｅｄｇｅＲのｃａｌｃＮｏｒｍＦａｃｔｏｒｓ関数のデフォルトパラメーターを使用するＭ値の加重トリム平均（ＴＭＭ）法を使用して、生のライブラリーサイズに基づき試料をスケール変更するための正規化係数を計算した（Robinson and Oshlack, Genome Biol.2010;11(3):R25.）。これらの前処理ステップの後、ｌｉｍｍａのｖｏｏｍ関数を使用して、前のステップからの正規化されたライブラリーサイズに基づいて、１００万あたりのｌｏｇ２カウントを各観察についての関連重みと共に計算した（Law et al., Genome Biol. 2014 Feb 3;15(2):R29.）。患者ごとの対測定値間の相関を、ｄｕｐｌｉｃａｔｅＣｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ関数によって推定した。各遺伝子について、治療（ニンテダニブまたはプラセボ）、来診および治療と来診の相互作用を固定効果とし、患者をブロック化因数として、反復測定線形回帰モデルを利用した。ここで、各観察についての重み付けを考慮に入れた。全ての線形モデルを、ｌｉｍｍａパッケージのｌｍＦｉｔ関数を使用して実行した。各治療アームにおける、１２週目（ｗｋ１２）のフォローアップ来診とベースライン（ｂｌ）との平均ｌｏｇ２倍率変化の推定値を、以下のように計算した。
ｌｏｇ２ ＦＣＮｉｎｔw12 ｖｓ Ｎｉｎｔbl＝（ｌｏｇ２ Ｎｉｎｔw12－ｌｏｇ２ Ｎｉｎｔbl）
ｌｏｇ２ ＦＣＰＢＯw12 ｖｓ ＰＢＯbl＝（ｌｏｇ２ ＰＢＯw12－ｌｏｇ２ ＰＢＯbl）
変化を、ｌｏｇ２－倍率変化、およびＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇによる関連する偽陽性率（ＦＤＲ）調整ｐ値によって定量化した。
ｌｏｇ２ ＦＣＮｉｎｔw12 ｖｓ Ｎｉｎｔbl＝（ｌｏｇ２ Ｎｉｎｔw12－ｌｏｇ２ Ｎｉｎｔbl）
ｌｏｇ２ ＦＣＰＢＯw12 ｖｓ ＰＢＯbl＝（ｌｏｇ２ ＰＢＯw12－ｌｏｇ２ ＰＢＯbl）
変化を、ｌｏｇ２－倍率変化、およびＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇによる関連する偽陽性率（ＦＤＲ）調整ｐ値によって定量化した。
【0065】
遺伝子セット分散分析（ＧＳＶＡ）：ＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージＧｅｎｅ Ｓｅｔ Ｖａｒｉａｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ バージョン１．３．２を適用して、１４個の遺伝子（ＬＴＦ、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＯＬＦＭ４、ＭＭＰ８、ＣＥＡＣＡＭ８、ＤＥＦＡ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４、ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＬＭＯＤ１、ＭＰＯおよびＰＲＴＮ３）の活性について各試料を個々にスコア化した。ＧＳＶＡ関数は、各値に０．０１の疑似カウントを追加したｌｏｇ２（１００万当たりの転写物（ＴＰＭ：Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ Ｐｅｒ Ｍｉｌｌｉｏｎ））の発現マトリックス、１４個の遺伝子のリスト、およびｔｒｕｅに設定したパラメーターｍｘ．ｄｉｆｆを用いて実行した。異なる治療群間のＧＳＶＡスコア間の統計学的有意差は、単純な線型モデルを使用して検定し、モデレートｔ統計量を、ｌｉｍｍａパッケージによって経験的ベイズ縮小法を使用してコンピューター処理した（Law et al., Genome Biol. 2014 Feb 3;15(2):R29.）。
【0066】
ＩＰＦ患者におけるニンテダニブ治療時に変更された遺伝子の特定
幾つかのバイオマーカーに対するニンテダニブの効果が、ＩＮＭＡＲＫ研究において評価されている。この研究においては、全血試料を、ＩＰＦ患者から、ベースラインおよびプラセボまたはニンテダニブのいずれかによる治療（１５０ｍｇを１日２回経口投与）後１２週間に前向きに収集した：プラセボおよび積極的治療コホートから、それぞれ２３０個および１１６個の試料を入手した。全ＲＮＡをこれらの血液試料から単離し、品質管理（ＱＣ）を行い、全トランスクリプトームＲＮＡ配列決定によって解析して、各治療アームにおけるベースラインと１２週目のフォローアップ来診との間でおよび各来診時におけるプラセボ治療とニンテダニブ治療との間で、差次的に発現された遺伝子（ＤＥＧ）を特定した。ＱＣの後に、ニンテダニブ治療アームからの１１０個の試料およびプラセボアームからの２１７個の試料が解析に適格であった。ニンテダニブ治療前と治療後に遺伝子発現を比較すると、１９個のタンパク質コード遺伝子が有意差を示した（調整ｐ値＜０．０５）。これらの遺伝子のうちの１８個が下方制御され、１つの遺伝子が上方制御されていた。下方制御されていた遺伝子の上位１０個（ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４）を、さらなる特徴付けのために最初に選択した。残りの８個の下方制御されていた遺伝子のうちの、４個のさらなる遺伝子（ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３）を、それらの倍率変化、ならびに文献およびパスウェイ関連ツール（下記を参照のこと）から明らかな、提示されている生物学的役割に基づいて選択した。
これらの選択された１４個の遺伝子について、表１は、来診２（Ｖ２、ベースライン）と来診５（Ｖ５、１２週）との間の、ニンテダニブおよびプラセボ治療下における遺伝子発現の線形倍率変化およびＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ調整ｐ値を要約する。
幾つかのバイオマーカーに対するニンテダニブの効果が、ＩＮＭＡＲＫ研究において評価されている。この研究においては、全血試料を、ＩＰＦ患者から、ベースラインおよびプラセボまたはニンテダニブのいずれかによる治療（１５０ｍｇを１日２回経口投与）後１２週間に前向きに収集した：プラセボおよび積極的治療コホートから、それぞれ２３０個および１１６個の試料を入手した。全ＲＮＡをこれらの血液試料から単離し、品質管理（ＱＣ）を行い、全トランスクリプトームＲＮＡ配列決定によって解析して、各治療アームにおけるベースラインと１２週目のフォローアップ来診との間でおよび各来診時におけるプラセボ治療とニンテダニブ治療との間で、差次的に発現された遺伝子（ＤＥＧ）を特定した。ＱＣの後に、ニンテダニブ治療アームからの１１０個の試料およびプラセボアームからの２１７個の試料が解析に適格であった。ニンテダニブ治療前と治療後に遺伝子発現を比較すると、１９個のタンパク質コード遺伝子が有意差を示した（調整ｐ値＜０．０５）。これらの遺伝子のうちの１８個が下方制御され、１つの遺伝子が上方制御されていた。下方制御されていた遺伝子の上位１０個（ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＭＯＤ１、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＳＨＩＳＡ４）を、さらなる特徴付けのために最初に選択した。残りの８個の下方制御されていた遺伝子のうちの、４個のさらなる遺伝子（ＡＢＣＡ１３、ＥＭＩＤ１、ＭＰＯ、ＰＲＴＮ３）を、それらの倍率変化、ならびに文献およびパスウェイ関連ツール（下記を参照のこと）から明らかな、提示されている生物学的役割に基づいて選択した。
これらの選択された１４個の遺伝子について、表１は、来診２（Ｖ２、ベースライン）と来診５（Ｖ５、１２週）との間の、ニンテダニブおよびプラセボ治療下における遺伝子発現の線形倍率変化およびＢｅｎｊａｍｉｎｉ－Ｈｏｃｈｂｅｒｇ調整ｐ値を要約する。
【0067】
【表1】
【0068】
１４個の選択された遺伝子の全てが、ニンテダニブ治療ではプレセボ治療と比較して、より強い低減を示し、プラセボは遺伝子発現の変化がわずかしかもたらさないか、または全くもたらさなかった（図１および２）。患者ごとに計算された倍率変化（図３）が同様の効果、場合によってはより強い効果を示したという知見は、観察された群間変化（図１および２）がロバストでありかつ外れ値によって動かされないことを示している。
【0069】
１４個の遺伝子の全てが、ＩＬＤ関連パスウェイと極めて有意な関連性を示すことがわかった。例えば、１４個の遺伝子のうちの１１個（ＡＢＣＡ１３、ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＬＴＦ、ＭＭＰ８、ＭＰＯ、ＯＬＦＭ４、ＯＬＲ１、ＰＲＴＮ３）は、遺伝子オントロジー（ＧＯ）生物学的プロセス用語「好中球媒介免疫（ＧＯ：０００２４４６）」と関連しており（調整ｐ値９．２５Ｅ－１３）、１４個の遺伝子のうちの４つは、Ｒｅａｃｔｏｍｅパスウェイ「細胞外マトリックス（ＥＣＭ）組織化Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｒ－ＨＳＡ－１４７４２４４」と関連している（調整ｐ値０．０２６８７）（図４）。ＣＥＡＣＡＭ６およびＣＥＡＣＡＭ８は、Ｒｅａｃｔｏｍｅパスウェイ「フィブロネクチンマトリックス形成Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ Ｒ－ＨＳＡ－１５６６９７７」にも関連している（調整ｐ値０．０１０４３）。ＬＭＯＤ１は、ＩＰＦの組織で対照に比べて上方制御されていることが以前に示された（Selman et al., Am J Respir Crit Care Med. 2006 Jan 15;173(2):188-98.）。ＥＭＩＤ１は、ＥＣＭ／マトリソーム関連タンパク質である。ＳＨＩＳＡ４については、生物学的役割は不明であった。しかし、マウスにおけるＳｈｉｓａオルソログが、ＷｎｔおよびＦｇｆシグナル伝達アンタゴニストとして記載された（Furushima et al., Dev Biol. 2007 Jun 15;306(2):480-92.）。さらに、１４個の遺伝子のうちの４つ（ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＴＳＧ、ＤＥＦＡ４、ＯＬＦＭ４）は、一酸化炭素拡散能（ＤＬＣＯ）値の差によって定義される重度ＩＰＦを軽度ＩＰＦと識別することが以前に見出されている（Yang et al., PLoS One. 2012;7(6):e37708.）、上方制御された全血１３－遺伝子セットと重複していた。ＣＴＳＧ、ＯＬＦＭ４、ＤＥＦＡ４、ＣＥＡＣＡＭ８およびＬＴＦは、重度ＩＰＦを健常対照から識別する２０個の遺伝子のリストに含まれていた（Yang et al., PLoS One. 2012;7(6):e37708.）。ＤＥＦＡ４、ＯＬＦＭ４およびＣＴＳＧはさらに、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）と対照との間の差次的な発現を示す全血５遺伝子セットの一部であった（Hasselbalch et al., PLoS One. 2014 Jan 13;9(1):e85567.）。ＣＥＡＣＡＭ６、ＣＥＡＣＡＭ８、ＭＰＯおよびＭＭＰ８はさらに、前線維性骨髄線維症（ｐｒｅＰＭＦ）を本態性血小板血症（ＥＴ）と鑑別する全血７遺伝子セットの一部であった（Skov et al., PLoS One. 2016 Aug 31;11(8):e0161570.）。
【0070】
特定されている１４遺伝子セットに対する、ニンテダニブ治療対プラセボ治療の差次的効果を評価するために、ノンパラメトリックな目的変数なしの遺伝子セット変動解析（ＧＳＶＡ）を実施した（Hanzelmann et al., BMC Bioinformatics. 2013 Jan 16; 14:7.）。結果は、ニンテダニブ治療ではＧＳＶＡスコアの極めて有意な低減を示している（ｐ＝１．３５Ｅ－０５）が、プラセボでの治療後には有意な変化が観察されなかった（図５）。
【0071】
非ＩＰＦ ＩＬＤにおけるニンテダニブ誘発発現変化の検証
ＩＰＦとの関連でＩＮＭＡＲＫ試験において１４個のニンテダニブ応答遺伝子を特定後、これらの遺伝子の発現を２つのさらなる臨床試験で評価した。ＳＥＮＳＣＩＳ試験では、ＳＳｃ－ＩＬＤ患者５８０人のコホートにおいて、５２週間の時間枠にわたってニンテダニブ治療対プラセボ治療の効果を検討した。ＰＦ－ＩＬＤ試験ＩＮＢＵＩＬＤでは、膠原病（ＣＴＤ）関連ＩＬＤ、関節リウマチ関連ＩＬＤ（ＲＡ－ＩＬＤ）、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性肺疾患またはサルコイドーシスを含む、進行性線維性ＩＬＤを有する患者６６２人のコホートにおいて５２週間の時間枠にわたって、ニンテダニブ治療対プラセボ治療の効果を検討した。これらの試験のいずれにおいても、全血試料を前向きに収集し、１４個の前記遺伝子の発現を、全トランスクリプトームＲＮＡ配列決定によって後ろ向きに解析した。ＩＮＭＡＲＫ試験における知見と一致して、ＳＥＮＳＣＩＳ研究において、治療後２４週間（Ｖ７０）、場合によっては、治療後５２週間（Ｖ９０）に、ニンテダニブ治療では１４個の遺伝子のほとんどが下方制御されていたが、プラセボ後には下方制御されていなかった（図６および７）。発現の倍率変化を患者ごとに計算した場合も、同様な効果が観察された（図８）。ＧＳＶＡ分析はさらに、いずれの来診時においてもニンテダニブでの治療後にＧＳＶＡスコアの有意な低減を示したが、プラセボでの治療後には有意な変化は観察されなかった（図９）。
Ｃ）ニンテダニブを含有する経口投与用製剤
● １５０ｍｇのニンテダニブを含有する軟ゼラチンカプセル剤
ＩＰＦとの関連でＩＮＭＡＲＫ試験において１４個のニンテダニブ応答遺伝子を特定後、これらの遺伝子の発現を２つのさらなる臨床試験で評価した。ＳＥＮＳＣＩＳ試験では、ＳＳｃ－ＩＬＤ患者５８０人のコホートにおいて、５２週間の時間枠にわたってニンテダニブ治療対プラセボ治療の効果を検討した。ＰＦ－ＩＬＤ試験ＩＮＢＵＩＬＤでは、膠原病（ＣＴＤ）関連ＩＬＤ、関節リウマチ関連ＩＬＤ（ＲＡ－ＩＬＤ）、慢性線維性過敏性肺炎（ＨＰ）、特発性非特異性間質性肺炎（ｉＮＳＩＰ）、分類不能型特発性間質性肺炎（ＩＩＰ）、環境／職業性肺疾患またはサルコイドーシスを含む、進行性線維性ＩＬＤを有する患者６６２人のコホートにおいて５２週間の時間枠にわたって、ニンテダニブ治療対プラセボ治療の効果を検討した。これらの試験のいずれにおいても、全血試料を前向きに収集し、１４個の前記遺伝子の発現を、全トランスクリプトームＲＮＡ配列決定によって後ろ向きに解析した。ＩＮＭＡＲＫ試験における知見と一致して、ＳＥＮＳＣＩＳ研究において、治療後２４週間（Ｖ７０）、場合によっては、治療後５２週間（Ｖ９０）に、ニンテダニブ治療では１４個の遺伝子のほとんどが下方制御されていたが、プラセボ後には下方制御されていなかった（図６および７）。発現の倍率変化を患者ごとに計算した場合も、同様な効果が観察された（図８）。ＧＳＶＡ分析はさらに、いずれの来診時においてもニンテダニブでの治療後にＧＳＶＡスコアの有意な低減を示したが、プラセボでの治療後には有意な変化は観察されなかった（図９）。
Ｃ）ニンテダニブを含有する経口投与用製剤
● １５０ｍｇのニンテダニブを含有する軟ゼラチンカプセル剤
【0072】
【表2】
【0073】
● ニンテダニブを含む経口投与用のさらなる医薬剤形は、ＷＯ２００９／１４７２１２およびＷＯ２００９／１４７２２０に開示されている。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【国際調査報告】