2023-520729 マイクロバイオーム関連疾患又は障害を防止、治療、又は治癒するための、マイクロバイオームの遺伝子療法による微生物叢機能のモジュレーション

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-05-18

(54)【発明の名称】マイクロバイオーム関連疾患又は障害を防止、治療、又は治癒するための、マイクロバイオームの遺伝子療法による微生物叢機能のモジュレーション

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/09 20060101AFI20230511BHJP

   C12Q 1/6851 20180101ALI20230511BHJP

   C12N 7/01 20060101ALI20230511BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230511BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20230511BHJP

   C12Q 1/6869 20180101ALI20230511BHJP

   C12Q 1/02 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 37/06 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20230511BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 9/00 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 13/02 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 7/02 20060101ALI20230511BHJP

   A61P 25/16 20060101ALI20230511BHJP

   A61K 38/47 20060101ALN20230511BHJP

   A61K 47/62 20170101ALN20230511BHJP

【ＦＩ】

C12N15/09 100

C12Q1/6851 Z ZNA

C12N7/01

C12N1/21

C12Q1/686 Z

C12Q1/6869 Z

C12Q1/02

A61P37/06

A61P31/04

A61K48/00

A61P43/00 111

A61P35/00

A61P9/00

A61P37/02

A61P17/00

A61P1/04

A61P13/02 105

A61P7/02

A61P25/16

A61K38/47

A61K47/62

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2022561568

(86)(22)【出願日】2021-04-08

(85)【翻訳文提出日】2022-12-07

(86)【国際出願番号】 EP2021059229

(87)【国際公開番号】W WO2021204967

(87)【国際公開日】2021-10-14

(31)【優先権主張番号】63/007,191

(32)【優先日】2020-04-08

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/132,190

(32)【優先日】2020-12-30

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/137,989

(32)【優先日】2021-01-15

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/137,998

(32)【優先日】2021-01-15

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

(71)【出願人】

【識別番号】519283484

【氏名又は名称】エリゴ・バイオサイエンス

(74)【代理人】

【識別番号】100108453

【弁理士】

【氏名又は名称】村山 靖彦

(74)【代理人】

【識別番号】100110364

【弁理士】

【氏名又は名称】実広 信哉

(74)【代理人】

【識別番号】100133400

【弁理士】

【氏名又は名称】阿部 達彦

(72)【発明者】

【氏名】グザヴィエ・デュポルテ

(72)【発明者】

【氏名】アントワーヌ・ドゥクリュル

(72)【発明者】

【氏名】ヘスス・フェルナンデス・ロドリゲス

(72)【発明者】

【氏名】アンドレアス・ブローデル

(72)【発明者】

【氏名】クリスティーナ・デル・カルメン・ジル－クルス

(72)【発明者】

【氏名】クリスティアン・イヴァン・ペレス－シバヤマ

(72)【発明者】

【氏名】ブルクハルト・ルーデヴィヒ

【テーマコード（参考）】

4B063

4B065

4C076

4C084

【Ｆターム（参考）】

4B063QA01

4B063QA05

4B063QA13

4B063QA17

4B063QA18

4B063QQ03

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4B063QQ13

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4C084ZA021

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4C084ZB051

4C084ZB081

4C084ZB261

4C084ZB351

4C084ZC201

(57)【要約】

本発明は、細菌、好ましくは天然に存在する細菌をin situで改変するための組成物、キット、及び方法を包含する。これらは、マイクロバイオームの細菌集団によって発現及び/又は分泌された分子を特異的な様式でモジュレートすることによって、マイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療、防止、又は治癒するために、使用することができる。ゲノム改変は、宿主の健康に対するその有害な潜在性を減少させるように、これらの集団の一部若しくは全部と宿主との間の相互作用を改変することができる。本発明の組成物、キット、及び方法は、これらの集団の直接の死又はその増殖の直接の有意な阻害をもたらさない。本発明は、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングするため、これらの遺伝子変異を誘導することにおけるベクターの効率を決定するため、及び細菌増殖に対するこれらの変異の効果を決定するための方法を更に含む。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

天然に存在する細菌中のDNA配列を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずにin situで遺伝学的に改変する工程を含み、
前記遺伝子改変は細菌の死をもたらさない、
天然に存在する細菌をin situで改変する方法。

【請求項2】

前記天然に存在する細菌をベクターと接触させる工程を含む、請求項1に記載の方法。

【請求項3】

前記天然に存在する細菌を送達ビヒクル内に位置するベクターと接触させる工程を含む、請求項1に記載の方法。

【請求項4】

送達ビヒクル内に位置する前記ベクターがファージミドである、請求項3に記載の方法。

【請求項5】

前記天然に存在する細菌を、パッケージされたファージミドで形質導入する工程を含む、請求項1に記載の方法。

【請求項6】

前記ファージミドが、dCas9(デッド-Cas9)又はnCas9(ニッカーゼCas9)をコードする核酸配列を含む、請求項4又は5に記載の方法。

【請求項7】

前記ファージミドが、dCas9とデアミナーゼドメイン又はnCas9とデアミナーゼドメインをコードする核酸配列を含む、請求項4又は5に記載の方法。

【請求項8】

前記ファージミドが、dCas9と逆転写酵素ドメイン又はnCas9と逆転写酵素ドメインをコードする核酸配列を含む、請求項4又は5に記載の方法。

【請求項9】

ベクター又はファージミドが、標的とされた天然に存在する細菌中で不活性であるが、ドナー細菌細胞中では活性である条件的複製起点を更に含む、請求項2から8のいずれか一項に記載の方法。

【請求項10】

前記条件的複製起点が、その複製が所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せの存在に依存する複製起点である、請求項9に記載の方法。

【請求項11】

前記ドナー細菌細胞が前記所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せを発現するため前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である、請求項10に記載の方法。

【請求項12】

前記条件的複製起点が、ファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する複製起点である、請求項9から11のいずれか一項に記載の方法。

【請求項13】

前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼを発現するため前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である、請求項12に記載の方法。

【請求項14】

前記条件的複製起点が、大腸菌株CFT073のPICIからの複製起点に由来する、請求項12又は13に記載の方法。

【請求項15】

前記条件的複製起点が、配列番号7又は配列番号8の配列を含むか又はそれからなる、請求項14に記載の方法。

【請求項16】

前記遺伝子改変が点変異である、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。

【請求項17】

前記遺伝子改変が遺伝子破壊をもたらす点変異である、請求項1から16のいずれか一項に記載の方法。

【請求項18】

遺伝子改変を有する細菌が、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。

【請求項19】

遺伝子改変が細菌毒素遺伝子中におけるものである、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。

【請求項20】

単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、拮抗活性を維持する、pks+大腸菌中のClbP遺伝子の遺伝子改変を含む、請求項19に記載の方法。

【請求項21】

ClbP遺伝子のS95又はK98における遺伝子改変を含む、請求項20に記載の方法。

【請求項22】

S95A、S95R、又はK98Tの遺伝子改変を含む、請求項21に記載の方法。

【請求項23】

遺伝子改変がバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼ遺伝子中におけるものである、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。

【請求項24】

遺伝子改変を有するバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質が、遺伝子改変を有さないバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質と比較して、ヒトMYH6心臓ペプチドに対してより低い相同性を示す、請求項16に記載の方法。

【請求項25】

遺伝子改変がプロピオニバクテリウム・プロピオニクムRo60オルソログ中におけるものである、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。

【請求項26】

遺伝子改変が、少なくとも1つのプロピオニバクテリウム・プロピオニクムRo60オルソログエピトープ中におけるものであり、ヒト免疫系によるより弱い認識をもたらす又は認識をもたらさない、請求項25に記載の方法。

【請求項27】

ヒトにおいて天然に存在する細菌中の少なくとも1つの遺伝子をin situで遺伝学的に改変する工程を含む、請求項1から26のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

マイクロバイオームに関連する障害又は疾患に関与している天然に存在する細菌を、in situで遺伝学的に改変することによって、宿主-マイクロバイオームの相互作用を調節する方法であって、
天然に存在する細菌においてマイクロバイオームに関連する障害又は疾患の原因であるDNA配列を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずにin situで遺伝学的に改変する工程を含み、
前記遺伝子改変が、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患の効果を低下させ、
前記遺伝子改変が細菌の死をもたらさない、方法。

【請求項29】

遺伝子改変を有する細菌が、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない、請求項28に記載の方法。

【請求項30】

宿主マイクロバイオームの細菌集団の免疫原性プロファイルを改変することによって、素因のある宿主において自己免疫疾患/反応の経過を防ぐ又はそれに介入する方法であって、細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される免疫原性成分をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
免疫原性成分をコードする遺伝子の遺伝子改変がその免疫原性成分の喪失をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、方法。

【請求項31】

遺伝子改変を有する細菌が、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない、請求項30に記載の方法。

【請求項32】

前記細菌を、前記細菌のゲノムを改変する酵素をコードするファージミドと接触させる工程を含む、請求項30に記載の方法。

【請求項33】

前記細菌を、塩基エディターである酵素をコードするファージミドと接触させる工程を含む、請求項30に記載の方法。

【請求項34】

前記細菌を、プライムエディターである酵素をコードするファージミドと接触させる工程を含む、請求項30に記載の方法。

【請求項35】

遺伝子改変が、模倣ペプチド中のアミノ酸の変化をもたらし、模倣ペプチドを免疫原性でなくし及び/又は免疫系によって認識されなくする点変異である、請求項28又は30に記載の方法。

【請求項36】

遺伝子改変が細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらす、請求項28に記載の方法。

【請求項37】

遺伝子改変が、タンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらし、これが細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらす、請求項28に記載の方法。

【請求項38】

遺伝子改変が細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらす、請求項28に記載の方法。

【請求項39】

遺伝子改変が、タンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらし、これが細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらす、請求項28に記載の方法。

【請求項40】

遺伝子改変が触媒部位を不活性にする、請求項1から30のいずれか一項に記載の方法。

【請求項41】

遺伝子改変がヒト細胞受容体との結合部位を非機能的にする、請求項1から30のいずれか一項に記載の方法。

【請求項42】

遺伝子改変が、細菌をヒト免疫細胞による検出に対してより感受性にする、請求項1から30のいずれか一項に記載の方法。

【請求項43】

・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程と
を含む、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングする方法。

【請求項44】

目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中の遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程を更に含む、請求項43に記載の方法。

【請求項45】

・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程、及び前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程と
を含む、in situで遺伝子変異を誘導するベクターの効率を決定するための方法。

【請求項46】

・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて少なくとも2つの逐次的な細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程及び前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程と
を含む、細菌増殖に対する遺伝子変異の効果を決定する方法。

【請求項47】

単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、拮抗活性を維持する、pks+大腸菌中のClbP遺伝子の遺伝子改変を含む、請求項43から46のいずれか一項に記載の方法。

【請求項48】

混合細菌集団中の標的細菌の形質転換のための遺伝子編集酵素/系をコードする核酸を含み、前記遺伝子編集酵素/系が、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに前記標的細菌のゲノムを改変するが、標的細菌の死をもたらさない、天然に存在する細菌をin situで改変するための操作されたバクテリオファージ。

【請求項49】

バクテリオファージが、疾患又は障害を治療するための使用のためのものであり、遺伝子編集酵素/系が、前記疾患又は障害の直接又は間接的な原因であるタンパク質をコードする、標的細菌内の遺伝子を標的とする、請求項48に記載のバクテリオファージ。

【請求項50】

宿主マイクロバイオームの細菌集団によって発現された少なくとも1つの薬物標的化酵素を改変することによって、所定の薬物の代謝をその薬物で治療した宿主において改変する方法であって、細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
薬物標的化酵素をコードするDNA配列の遺伝子改変が、宿主における薬物代謝の改変をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、細菌、好ましくは天然に存在する細菌をin situで改変するための組成物、キット、及び方法に関する。

【背景技術】

【0002】

ヒト微生物叢は、我々の身体内で生きる細菌、古細菌、ウイルス、及び微生物真核生物を含む。これらの共同体の分類学的構成は大規模に研究されており、様々な疾患及び特質に顕著に関連している。この微生物叢は実際、マイクロバイオームと呼ばれる、数千億個の遺伝子を保持する何千種もの異なる細菌種からなる。このマイクロバイオームは、その宿主に必須且つ有益である様々な分子(タンパク質、脂質、糖、RNA等)及び機能、例えばグリカン、アミノ酸、及び生体異物の濃縮、代謝の強化、並びに我々の免疫系の調節、をコードする。これはまた、ビタミン、イソプレノイド、及び他の栄養素の合成も担っており、その結果、ヒトの全体的な代謝は、微生物及びヒトの特性が融合したものとなっている。

【0003】

配列決定技術の広範な展開により、ほとんどの細菌種が、宿主間だけでなく、しばしば一人の宿主内で経時的に、更には所定の時点で一人の宿主内で、大規模な遺伝的変化を保有することが明らかにされている。

【0004】

数々の株の単離及び配列決定により、単一の細菌種内での遺伝的多様性が強調されている。単一の細菌種内の様々な株間で、この変化は、単一ヌクレオチドバリアント、短い挿入及び欠失(インデル)、並びに重複、欠失、挿入、反転を含むより大きな構造的バリアントを含み、プロファージ又はプラスミドの獲得及びそのような外因性DNAを用いた組換え事象等の遺伝子水平伝播も含む。

【0005】

そのような変化が原因で、そのような株は、単一の宿主中に共存する場合、特定のマイクロバイオームニッチ中におけるその存在について、しばしば互いに競合する。

【0006】

興味深いことに、特定の株(したがってマイクロバイオーム中の特定の遺伝子シグネチャ)の存在が、自己免疫、感染症、炎症、神経変性疾患、又は腫瘍化を含むいくつかの病態と直接関連している可能性があることを実証する、メタゲノム配列決定に基づく最近の研究が増えている。

【0007】

マイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療するために、現在の手法では、有害な細菌の死滅をもたらすが有害でない細菌の死滅ももたらす、抗生物質、複製ファージ、リシン等のサブトラクティブ法を使用することによって、望まない細菌(したがってそれが保持する有害な遺伝子)を除去しようと試みる。

【0008】

そのような戦略は、細菌集団全体のロードを有意に低下させることによって短期間では有益であることが証明されている一方で、以下の両方をもたらし得る。
- 強力なディスバイオシスを誘導し、標的でない有害な細菌種又は株の短期的な過増殖を間接的にもたらす場合がある。例えば、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)等の細菌は、抗生物質治療によって作られた細菌空隙を埋めることが知られている。したがって、マイクロバイオーム内の細菌の特定の標的種又は株を死滅させることは、短期的及び長期的の両方で有害な細菌によって満たされる可能性がある空隙を作り出す場合がある。これらの細菌は、標的種と同じ又は異なる種のものであり得る。
- 長期的には抗微生物耐性の出現をもたらし、したがって、病態に関連する遺伝因子を保持する種又は株を排除することにおいて非効率的となる場合がある。例えば、抗生物質の使用は、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)の抗生物質感受性株が黄色ブドウ球菌の抗生物質耐性株で置き換えられることに関連づけられている。したがって、マイクロバイオームは、天然では様々な地理的及び代謝的ニッチを占有する様々な集団(株又は種)において平衡状態にあるため、マイクロバイオーム中の移植した細菌集団の永続的排除は達成が困難な場合がある。抗生物質のような非特異的治療を行うと、典型的には、数週間又は数カ月後には治療前に存在していた平衡が回復することになる。時折、平衡はより長い期間乱れ、ディスバイオシスが起こる場合がある。標的化された細菌生存者は素早く再生し、空のままにされたニッチを占有する傾向があるため、ファージ療法(野生型ファージから操作されたファージ、パッケージされたファージミド)、リシン、抗微生物ペプチド、又は任意の他の標的化死滅手法による集団の標的化排除も、同程度に困難な場合がある。

【0009】

マイクロバイオームは、天然では様々な地理的及び代謝的ニッチを占有する様々な集団(株又は種)において平衡状態にあるため、マイクロバイオーム中の細菌集団の永続的排除は達成が困難な場合がある。抗生物質のような非特異的治療を行うと、典型的には、数週間又は数カ月後には治療前に存在していた平衡が回復することになる。時折、平衡はより長い期間乱れ、ディスバイオシスが起こる場合がある。標的化された細菌生存者は素早く再生し、空のままにされたニッチを占有する傾向があるため、ファージ療法(野生型ファージから操作されたファージ、パッケージされたファージミド)、リシン、抗微生物ペプチド、又は任意の他の標的化死滅手法による集団の標的化排除も、同程度に困難な場合がある。

【0010】

このような理由で、標的細菌集団のin-situの遺伝子改変は、株又は種レベルかにかかわらず、興味深い代替方法である可能性がある。標的細菌を死滅させずに、一部の事例ではその適応度(fitness)にさえも影響を与えず、したがって生態系の平衡を妨害せずに、その有害効果を除去する、有害な集団の改変をもたらす可能性がある。

【0011】

これなら、有害な細菌によって満たされる可能性がある空隙は作り出されず、治療耐性ももたらされない。そのような手法は、特に長期的又は慢性の病態の場合において、多くのマイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療、防止、又は治癒するための非常に強力且つ優雅な手法を表すであろう。本発明はこの必要性を満たしている。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0012】

【特許文献1】米国特許公開第2015/0166980号

【特許文献2】米国特許第10,113,163号

【特許文献3】国際公開第2014124226号

【特許文献4】米国特許公開第2015/0064138号

【特許文献5】米国特許出願公開第20110218216号

【特許文献6】米国特許第7,482,115号

【特許文献7】米国特許第5,863,560号

【非特許文献】

【0013】

【非特許文献1】Tam及びTorres、Microbiol Spectr.、2019年3月;7(2)

【非特許文献2】Henkelら、(Toxins from Bacteria、EXS. 2010年; 100: 1～29)

【非特許文献3】Tomida、S.ら、Pan-Genome and Comparative Genome Analyses of Propionibacterium acnes Reveal Its Genomic Diversity in the Healthy and Diseased Human Skin Microbiome. mBio 4、e00003-13(2013年)

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【非特許文献22】Zimmermannら、(2019年) Nature 570(7762): 462～467

【発明の概要】

【課題を解決するための手段】

【0014】

本発明は、天然に存在する細菌をin situで改変するための方法、キット、及び組成物に関する。一実施形態において、この方法、具体的には非治療的方法は、天然に存在する細菌中のDNA配列を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずにin situで遺伝学的に改変する工程を含む。好ましくは、遺伝子改変は細菌の死をもたらさない。

【0015】

一実施形態において、この方法、具体的には非治療的方法は、前記天然に存在する細菌を、遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターと接触させる工程を含む。本発明はまた、天然に存在する細菌をin situ及び/又はインビボで改変する治療方法において使用するための、遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターにも関する。

【0016】

一実施形態において、前記ベクターは、標的細菌中では不活性であるがドナー細菌細胞中では活性である条件的複製起点を更に含む。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、その複製が所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せの存在に依存する複製起点である。特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞が前記所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、ファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する複製起点である。特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、大腸菌(Escherichia coli)株CFT073のPICIからの複製起点に由来する。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、配列番号7又は配列番号8の配列を含むか又はそれからなる。

【0017】

一実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを欠く。

【0018】

一実施形態において、前記ベクターは、ベクターの細菌内への移入を可能にする送達ビヒクル内、より詳細には細菌ウイルス粒子内に位置する。一実施形態において、この方法は、前記天然に存在する細菌を、ベクターの細菌内への移入を可能にする送達ビヒクル内に位置するベクターと接触させる工程を含む。好ましくは、送達ビヒクル内に位置するベクターはファージミドであり、好ましくは、送達ビヒクルは細菌ウイルス粒子又はカプシドである。

【0019】

特定の実施形態において、前記ベクターは、細菌ウイルス粒子内にあり、より詳細にはパッケージされたファージミドの形態である。一実施形態において、この方法は、前記天然に存在する細菌をパッケージされたファージミドで形質導入する工程を含む。好ましくは、ファージミドは、そのDNA結合能力を保持したままで、DNA二重鎖切断を行うことができないように改変され、他の種類の機能を行うためのドメイン、例えば塩基編集を行うためのドメインと融合されている、改変ヌクレアーゼをコードする核酸配列を含む。好ましくは、ファージミドは、RNAガイドヌクレアーゼであるヌクレアーゼをコードする核酸配列を含む。好ましくは、ファージミドは、dCas9(デッド-Cas9 (dead-Cas9))又はnCas9(ニッカーゼCas9)をコードする核酸配列を含む。一実施形態において、ファージミドは、dCas9とデアミナーゼドメイン、又はnCas9とデアミナーゼドメインをコードする核酸配列を含む。

【0020】

一実施形態において、遺伝子改変は少なくとも1つの点変異である。

【0021】

一実施形態において、遺伝子改変は少なくとも1つの挿入又は少なくとも1つの欠失である。

【0022】

一実施形態において、遺伝子改変は、フレームシフト変異をもたらす、コード配列内の少なくとも1つの点変異、挿入、及び/又は欠失である。

【0023】

一実施形態において、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度及び/又は適応度を有さない。

【0024】

一実施形態において、遺伝子改変は細菌毒素遺伝子中におけるものである。一実施形態において、遺伝子改変は、pks+大腸菌中のClbP遺伝子中におけるものであり、単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、拮抗活性を維持する。好ましくは、遺伝子改変は、ClbP遺伝子のS95又はK98にある。より好ましくは、遺伝子改変は、S95A、S95R、及びK98Tからなる群から選択される¹。

【0025】

一実施形態において、遺伝子改変は、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)又はバクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)のベータガラクトシダーゼ遺伝子中におけるものであり、前記ベータガラクトシダーゼ遺伝子は、典型的には配列番号2322の配列のものであり、典型的には、配列番号2323の配列のタンパク質をコードする。好ましくは、遺伝子改変を有するバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質は、遺伝子改変を有さないバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質と比較して、ヒトMYH6心臓ペプチドに対してより低い相同性を示し、前記ヒトMYH6心臓ペプチドは、典型的には配列番号2324の配列のものである²。

【0026】

一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌中の少なくとも1つのDNA配列又は遺伝子を、対象において、具体的にはヒトにおいてin situで、遺伝学的に改変する工程を含む。一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌をin situで遺伝学的に改変することによって、宿主-マイクロバイオームの相互作用を調節する工程を含み、前記天然に存在する細菌は、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患に関与している。

【0027】

一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌中のマイクロバイオームに関連する障害又は疾患の原因であるDNA配列を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずにin situで遺伝学的に改変する工程を含む。一実施形態において、遺伝子改変は、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患の効果を低下させ、遺伝子改変は細菌の死をもたらさない。好ましくは、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない。

【0028】

一実施形態において、この方法は、宿主マイクロバイオームの細菌集団の免疫原性プロファイルを改変することによって、かかりやすい素因のある宿主において自己免疫疾患又は反応の経過を防ぐ又はそれに介入するものである。一実施形態において、この方法は、細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される免疫原性成分をコードするDNA配列中に、DNA配列を切断せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含む。本発明はまた、かかりやすい素因のある宿主において自己免疫疾患又は反応の経過を防ぐ又はそれに介入するために使用するための、宿主マイクロバイオームの細菌集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される免疫原性成分をコードするDNA配列中に、DNA配列を切断せずに遺伝子改変を生じさせるベクターであって、前記細菌集団の免疫原性プロファイルを改変するベクターにも関する。好ましくは、免疫原性成分をコードするDNA配列の遺伝子改変は、前記免疫原性成分の免疫原性効果の喪失をもたらし、前記遺伝子改変は細菌の直接の死をもたらさない。好ましくは、免疫原性成分をコードするDNA配列の遺伝子改変は、免疫系が免疫原性成分を認識できなくする。好ましくは、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない。

【0029】

一実施形態において、この方法は、前記天然に存在する細菌を、遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターと接触させる工程を含む。

【0030】

一実施形態において、前記ベクターは、標的細菌中では不活性であるがドナー細菌細胞中では活性である条件的複製起点を更に含む。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、その複製が所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せの存在に依存する複製起点である。特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞が前記所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、ファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する複製起点である。特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、大腸菌株CFT073のPICIからの複製起点に由来する。特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、配列番号7又は配列番号8の配列を含むか又はそれからなる。

【0031】

一実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを欠く。

【0032】

他の一実施形態において、前記ベクターは栄養要求性マーカーを含む。

【0033】

一実施形態において、前記ベクターは、ベクターの細菌内への移入を可能にする送達ビヒクル内、より詳細には細菌ウイルス粒子内に位置する。

【0034】

一実施形態において、この方法は、前記天然に存在する細菌を、ベクターの細菌内への移入を可能にする送達ビヒクル内に位置するベクターと接触させる工程を含む。

【0035】

好ましくは、ベクターを有する送達ビヒクルはパッケージされたファージミドである。

【0036】

特定の実施形態において、前記パッケージされたファージミドは、前記細菌のゲノムを改変する酵素をコードするファージミドを含む。好ましくは、前記酵素は塩基エディター又はプライムエディターである。

【0037】

一実施形態において、この方法は、前記細菌を、前記細菌のゲノムを改変する酵素をコードするファージミドを含む、パッケージされたファージミドで形質導入する工程を含む。好ましくは、この方法は、前記細菌を、塩基エディターである酵素をコードするファージミドを含む、パッケージされたファージミドで形質導入する工程を含む。好ましくは、この方法は、前記細菌を、プライムエディターである酵素をコードするファージミドを含む、パッケージされたファージミドで形質導入する工程を含む。

【0038】

一実施形態において、改変は、模倣ペプチド中のアミノ酸の変化をもたらし、模倣ペプチドを免疫原性でなくする、すなわち免疫系によって認識されなくするタンパク質をコードする核酸配列中の少なくとも1つの点変異である。

【0039】

他の一実施形態において、遺伝子改変は細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらす。

【0040】

他の一実施形態において、遺伝子改変は、タンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらし、これが細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらす。

【0041】

他の一実施形態において、遺伝子改変は細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらす。

【0042】

他の一実施形態において、遺伝子改変は、タンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらし、これが細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらす。

【0043】

一実施形態において、遺伝子改変は触媒部位を不活性にする。一実施形態において、遺伝子改変は、ヒト細胞受容体との結合部位を非機能的にする。

【0044】

一実施形態において、遺伝子改変は、模倣ペプチド中のアミノ酸の変化をもたらし、模倣ペプチドを免疫原性でなくする、すなわち免疫系によって認識されなくする点変異である。

【0045】

一実施形態において、タンパク質配列上のアミノ酸の変化をもたらす遺伝子改変は、単一の遺伝子変異では、改変されたアミノ酸を元のものに復帰させることができないように選択される。

【0046】

本発明は、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングする方法を包含する。一実施形態において、この方法は、
・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子又はDNA配列中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、前記DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程と
を含む。

【0047】

一実施形態において、この方法は、目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程を含む。

【0048】

本発明は、
・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子又はDNA配列中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、前記DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程、及び前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程と
を含む、in situで遺伝子変異を誘導するベクターの効率を決定するための方法を包含する。

【0049】

本発明はまた、
・ 細菌試料を対象のマイクロバイオームから収集する工程と、
・ 前記細菌試料と、天然に存在する細菌の遺伝子又はDNA配列中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、前記DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターとを接触させる工程と、
・ 目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程、及び前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程、並びに、それによって前記対象における遺伝子変異を誘導する前記ベクターの効率を決定する工程と、
・ 特に前記決定された効率が所定の値以上である場合に、前記対象に、天然に存在する細菌の遺伝子又はDNA配列中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、前記DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計された前記ベクターを投与する工程と
を含む、対象において天然に存在する細菌をin situで改変する方法も包含する。

【0050】

本発明は、
・ 対象に、天然に存在する細菌の遺伝子又はDNA配列中の目的のDNA配列の少なくとも1つの塩基を、前記DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝学的に改変するように設計されたベクターを投与する工程と、
・ 続いて少なくとも2つの逐次的な細菌試料を対象から収集する工程と、
・ 目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程、及び前記細菌試料中の目的のDNA配列の前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程と、
を含む、細菌増殖に対する遺伝子変異の効果を決定する方法を包含する。

【0051】

一実施形態において、前記遺伝子改変は、単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、拮抗活性を維持する、pks+大腸菌中のClbP遺伝子の遺伝子改変である。

【0052】

本発明は、天然に存在する細菌をin situで改変するためのバクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドを包含し、前記バクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドは、混合細菌集団中の標的細菌の形質転換のための遺伝子編集酵素/系をコードする核酸を含み、前記遺伝子編集酵素/系は、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに前記標的細菌のゲノムを改変するが、標的細菌の死をもたらさない。本発明は、前記バクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドの使用を包含し、遺伝子編集酵素/系は、直接又は間接的に疾患又は障害の原因であるタンパク質をコードする、標的細菌内のDNA配列又は遺伝子を標的とする。本発明は、疾患又は障害を防止及び/又は治療するための使用のための、混合細菌集団中の標的細菌の形質転換のための遺伝子編集酵素/系をコードする核酸を含むバクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドであって、前記遺伝子編集酵素/系は、直接又は間接的に前記疾患又は障害の原因であるタンパク質をコードする、前記標的細菌内のDNA配列又は遺伝子を、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに改変する、バクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドを包含する。

【0053】

更に、対象のマイクロバイオームは、薬物、栄養補助食品、プレバイオティック、若しくは更には化粧用薬剤、又は、投与した、若しくは宿主によって産生された若しくは宿主からの他の細菌によって産生された任意の化合物の代謝に影響を与える、或いは、そのような化合物と宿主との相互作用若しくは宿主に対するそのような化合物の作用に影響を与えることができる。したがって、本発明はまた、細菌と化合物との相互作用に関与している少なくとも1つの細菌DNA配列を改変することによって、対象のマイクロバイオームからの細菌と、前記対象に投与した、又は前記対象によって産生された、若しくは前記対象からの他の細菌によって産生された化合物との相互作用をin situで改変する方法にも関し、前記細菌DNA配列は宿主マイクロバイオームの細菌集団によって発現され、前記方法は、
細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部において前記細菌と前記化合物との相互作用に関与している細菌の前記少なくとも1つのDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
前記少なくとも1つのDNA配列の遺伝子改変は細菌と前記化合物との相互作用の改変をもたらし、
遺伝子改変は細菌の直接の死をもたらさない。

【0054】

細菌と、対象に投与した、又は対象によって産生された、若しくは前記対象からの他の細菌によって産生された化合物との前記相互作用は、(i)前記細菌による前記化合物の改変、並びに/又は(ii)前記対象からのリガンドに対する、前記化合物と前記細菌によって産生及び/若しくは分泌された分子との間の競合、並びに/又は(iii)前記細菌による前記化合物の結合/吸着を包含する。

【0055】

特定の実施形態において、本発明は、
細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
薬物標的化酵素をコードするDNA配列の遺伝子改変が、宿主における薬物代謝の改変をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、
宿主マイクロバイオームの細菌集団によって発現された少なくとも1つの薬物標的化酵素を改変することによって、その薬物で治療した宿主における所定の薬物の代謝を改変する方法に関する。

【0056】

前記所定の薬物の代謝の改変は、所定の薬物から宿主に対して毒性がある化合物への変換を防ぐ改変、所定の薬物の加水分解を防ぎしたがって前記薬物の持続的活性をもたらす改変、前記薬物の活性の増加及び/又は持続をもたらす所定の薬物の酵素的改変、前記所定の薬物から活性化合物又はより活性のある化合物への変換、所定の薬物からの解毒された化合物の再活性化を防ぐ改変からなる群から選択され得る。

【0057】

本発明は、in situで遺伝子改変された標的細菌と改変が起こっていない標的細菌とを区別するようにプログラミングされたヌクレアーゼの送達のおかげで改変が起こっていないものの特異的死滅がもたらされる、マイクロバイオーム集団内のすべての標的細菌の頑強な変化を確実にするための組成物及び方法を包含する。したがって、本発明は、マイクロバイオーム集団を、in situで遺伝子改変された標的細菌と改変が起こっていない標的細菌とを区別するようにプログラミングされたヌクレアーゼをコードする核酸を含むベクターと接触させる工程を含む、前記マイクロバイオーム集団内のすべての標的細菌の頑強な変化を確実にする方法に更に関し、前記プログラミングされたヌクレアーゼは、改変が起こっていない標的細菌の特異的死滅を可能にする。特定の実施形態において、そのようなヌクレアーゼの送達は、塩基編集ヌクレアーゼを含有するものと同じDNAペイロード上、又は異なるペイロード上のどちらかにある。言い換えれば、特定の実施形態において、前記プログラミングされたヌクレアーゼをコードする核酸は、塩基編集ヌクレアーゼをコードする核酸を含むものと同じベクター上、又は異なるベクター上に位置する。特定の実施形態において、そのようなヌクレアーゼの送達は、塩基編集を含有するペイロードの送達と同時又はその後のどちらかである。言い換えれば、特定の実施形態において、前記プログラミングされたヌクレアーゼをコードする核酸を含む前記ベクターは、塩基編集ヌクレアーゼをコードする核酸を含むベクターと同時又はその後のどちらかに投与される。同時に送達する場合、ペイロードは、プログラミングされたヌクレアーゼについて遅延標的化プロセスを有し、DNA二重鎖切断がもたらされるように操作することができる。

【0058】

図と表の簡単な説明
本明細書に開示する主題をより理解するため、及び実際にどのように実行され得るか例示するため、非限定的な例により、添付の図面を参照して、実施形態を記載する。図面の特定の参照により、示した特色は、例による、及び本発明の実施形態の図解の目的のためであることを強調する。

【図面の簡単な説明】

【0059】

【図1】天然に存在する細菌をin situで改変する方法を示す図である。治療の非存在下における細菌は、炎症等の病原性をもたらす分子を産生する。治療の際、非効率的な標的細胞改変の事例では、細菌集団の一部分のみが遺伝子改変されて非病原性である改変された分子を発現する一方で、遺伝子改変されていない細菌は依然として病原性バリアントを産生している。この不均一細菌集団及びその関連分子は、治療なしの事例と比較して緩和な病状をもたらす。最後に、全集団又は圧倒的大部分の効率的な標的細胞改変の事例では、分子の病原性バリアントはもはや存在していない、又は病原性を有さないほど十分に少ない量であり、健康な状態に到達する。

【図2】天然に存在する細菌におけるin situでの細菌抗原の改変の方法を示す図であり、細菌抗原はヒトタンパク質を模倣する。細菌抗原は、抗原提示細胞(APC)によってT細胞に提示されてその活性化がもたらされ、免疫応答は、一方では細菌抗原、他方ではヒトタンパク質又は自己抗原に対して標的化され、したがって自己免疫反応がもたらされる。

【図3】天然に存在する細菌のin situでの改変のスクリーニング方法を示す図である。治療前に、患者は、潜在的な細菌標的を検出及び定量するために、任意選択で試料採取される。その後、標的マイクロバイオームの局在性に応じて様々な形態(経口、全身性、局所)で処置を投与する。処置後に、患者は、細菌標的及び処置によって誘導された遺伝子改変を検出及び/又は定量するために試料採取される。

【図4】インビトロの形質転換後の大腸菌ゲノム上のmCherryの塩基編集を示すグラフを表す図である。A)mCherryのアデニン塩基編集(ABE=ABE8e)。この実験は、mCherryの活性部位(トリペプチド:M71、Y72、G73)を標的とするガイドRNAの存在下(48個のコロニーを分析)又は非存在下(2個のコロニーを分析)で行った。B)mCherryのシトシン塩基編集(CBE=evoAPOBEC1-nCas9-UGI)。この実験は、mCherry内にストップコドンを挿入するガイドRNAの存在下(48個のコロニーを分析)又は非存在下(2個のコロニーを分析)で行った。蛍光は個々のコロニーのフローサイトメトリー(任意単位a.u.)によって測定した(1個のドットは、寒天プレート上で終夜インキュベートした後の単一のコロニーを表す)。

【図5】インビトロでのファージミド形質導入の後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼの塩基編集を示すヒストグラム及びグラフを表す図である。A)塩基エディターペイロードを含むラムダパッケージされたファージミドの力価(ABE=ABE8e、CBE=evoAPOBEC1-nCas9-UGI)。B)ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位を標的とする(K71E)感染多重度(MOI)依存性アデニン塩基編集(ABE)。C)β-ラクタマーゼの感染多重度(MOI)依存性シトシン塩基編集(CBE)。β-ラクタマーゼの活性部位の編集は、カルベニシリンプレート上での細胞増殖を減退させる。

【図6】インビボでオリゴMMマウスにおいて大腸菌内に形質導入した後のβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集を示すヒストグラムを表す図である。インビボ実験におけるパッケージされたファージミドの力価は1.5×10⁹形質導入単位(tu)/μlであった。形質導入の0、6、及び48時間後に糞便試料を分析した(それぞれ48、96、88個のコロニー)。送達及び編集効率を分析するために、細胞をストレプトマイシン、クロラムフェニコール、及びカルベニシリンプレート上に播種した。β-ラクタマーゼの活性部位(K71)の編集は、カルベニシリンプレート上での細胞増殖の喪失をもたらす。

【図7】構築した塩基エディターのプラスミドマップを示す図である。アデニン塩基編集は、ABE8eによって例示的に行った(図7、配列番号2)。ABE8eは、nCas9(D10A)と融合された進化したTadA^*遺伝子を含む。DNAペイロードは、ラムダファージミド粒子内へのパッケージングのためのcos部位を保持する。

【図8】構築した塩基エディターのプラスミドマップを示す図である。シトシン塩基編集は、evoAPOBEC1-nCas9-UGIによって例示的に行った(図8、配列番号4)。nCas9(D10A)と融合されたUGIは、U:GミスマッチをC:G塩基対へと戻す修復を防ぐ。DNAペイロードは、ラムダファージミド粒子内へのパッケージングのためのcos部位を保持する。

【図9】インビトロでの大腸菌ゲノム上の赤色蛍光タンパク質(RFP)のプライム編集を示すヒストグラムを示す図である。ゲノムRFP遺伝子を18個の個々のコロニーから増幅し、生じるPCR断片を配列決定した。編集効率をこれらのデータから計算した。

【図10】プライマーゼ-ヘリカーゼに基づく非複製的ペイロードを使用した、インビトロでのパッケージされたファージミドの形質導入の後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集を示すグラフを示す図である。β-ラクタマーゼ遺伝子をコードするMG1655株を、細胞内で発現されたプライマーゼ-ヘリカーゼタンパク質の存在又は非存在下で形質導入した。形質導入した細胞を、様々な感染多重度(MOI)での形質導入の2時間後に、LB及びLB(カルベニシリン)プレート上に播種した。翌日、コロニー計数を介して塩基編集効率を分析した。

【図11】誘導性プライマーゼRBSライブラリをトランスで保有する産生株においてプライマーゼ-複製起点を含有する2.3kbのペイロードの形質転換を示す図を示す。

【図12】7個の異なるプライマーゼRBSに対して試験した、産生株においてプライマーゼ-oriを含有するプラスミドを用いて得られたパッケージされたファージミドの力価を比較するヒストグラムを示す図である。黒色の右列は、p15a由来の複製起点を有する対照プラスミドである。10×濃縮後の力価を示す。

【図13】LB寒天+25μg/mLのクロラムフェニコール上で、プライマーゼ-oriプラスミド(上段)及びp15aに基づくパッケージされたファージミドを用いて形質導入した細胞を比較する図である。

【図14】プライマーゼ-ヘリカーゼに基づく非複製的ペイロードを使用して、10匹のオリゴMMマウスにおける大腸菌内へのパッケージされたファージミドの形質導入後の、β-ラクタマーゼのアデニン塩基編集を示すヒストグラムを示す図である。インビボでのアデニン塩基編集の送達及び編集効率。インビボ実験におけるパッケージされたファージミドの力価は1.5^*10¹⁰tu/μlであった。形質導入の24時間後に糞便試料を分析した。編集効率を分析するために、細胞をストレプトマイシン及びストレプトマイシン/カルベニシリン上に播種した(20個のコロニー/マウス)。β-ラクタマーゼの活性部位(K71)の編集は、カルベニシリンプレート上での細胞増殖の喪失をもたらした。24時間後、塩基編集の有効性は平均して全集団の約75%であった。

【発明を実施するための形態】

【0060】

Table 1(表2)は、候補模倣ペプチドを保持する腸内細菌種、関連模倣ペプチドのアミノ酸配列、並びにそれぞれの模倣ペプチドを含有する細菌及びヒトタンパク質のUniprot IDを表す。

【0061】

Table 2(表3)は、薬物代謝遺伝子産物をコードする核酸配列を表す(列挙したコンティグ中の開始ヌクレオチド及び終端ヌクレオチドによって同定される)。

【0062】

発明の詳細な説明
本発明は、天然に存在する細菌をin situで改変するための組成物、キット、及び方法、具体的には非治療的方法を包含する。本発明は、エキソビボ遺伝子改変を有するもの等の天然に存在しない細菌を、in situで改変するための組成物、キット、及び方法、具体的には非治療的方法を更に包含する。本発明の組成物、キット、及び方法は、宿主マイクロバイオーム内の有害な細菌株を遺伝学的に改変して、それらの株を直接死滅させずに、それらを宿主にとって有害でない株へと変える。

【0063】

本発明は、有害でない細菌を改善させる又は機能的にする改変を更に包含する。本発明は、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングするため、これらの遺伝子変異を誘導することにおけるベクターの効率を決定するため、及び細菌増殖に対する又は任意の細菌機能に対するこれらの変異の効果を決定するため、改変された細菌の改変されていない細菌に対する比をin situで増加させるため、この手法が患者においてポジティブな結果をもたらす確率を増加させるための方法を更に含む。

【0064】

好ましくは、遺伝子改変はDNA配列中に二重鎖切断を導入しない、天然に存在する細菌中のDNA配列のin situの改変である。したがって、この方法は、DNA配列中の二重鎖切断をもたらさない、DNA配列中に切断を生じない工程、DNA配列の一方の鎖中にニックを生じる工程又はDNA配列の両方の鎖中にねじれ型のニックを生じる工程を含む。

【0065】

本明細書中では、宿主の健康に対するその有害な潜在性を減少させるような、これらの集団の一部若しくは全部と宿主との間の相互作用の改変をもたらし、且つ、これらの集団の直接の死、その増殖の直接の有意な阻害、又は主要な細菌機能の機能障害をもたらさない、特異的な様式で、マイクロバイオームの細菌集団によって発現及び/若しくは分泌された分子又はその発現/分泌レベルのいずれかを調節することによって、マイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療、防止、又は治癒する組成物、キット、及び方法を提供する。本発明はまた、具体的には、宿主の健康に対するその有害な潜在性を減少させるような、これらの集団の一部若しくは全部と宿主との間の相互作用の改変をもたらし、且つ、これらの集団の直接の死、その増殖の直接の有意な阻害、又は主要な細菌機能の機能障害をもたらさない、特異的な様式で、マイクロバイオームの細菌集団によって発現及び/若しくは分泌された分子又はその発現/分泌レベルのいずれかをモジュレートすることによって、マイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療、防止、又は治癒するために使用するための、天然に存在する(occuring)細菌においてin situで遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターにも関する。本発明はまた、具体的には、宿主の健康に対するその有害な潜在性を減少させるような、これらの集団の一部若しくは全部と宿主との間の相互作用の改変をもたらし、且つ、これらの集団の直接の死、その増殖の直接の有意な阻害、又は主要な細菌機能の機能障害をもたらさない、特異的な様式で、マイクロバイオームの細菌集団によって発現及び/若しくは分泌された分子又はその発現/分泌レベルのいずれかをモジュレートすることによって、マイクロバイオーム関連疾患又は障害を治療、防止、又は治癒することを意図する医薬の製造における、天然に存在する細菌においてin situで遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターの使用にも関する。

【0066】

本発明は、DNA又は遺伝子配列を改変する外因性酵素の発現を可能にする、高効率で核酸、好ましくはプラスミド又はファージミドをマイクロバイオーム内の細菌集団内に形質導入することができるベクターの使用を包含する。細菌集団は、同じ種の異なる株を含む混合細菌集団であり得るか、或いは、細菌集団は、異なる種の異なる株を含む混合細菌集団であり得る。一部の実施形態において、DNA配列又は遺伝子は、細菌と宿主との相互作用に対して直接的又は間接的な効果を有する。したがって、本発明は、高効率で核酸、好ましくはプラスミド又はファージミドを細菌集団内に形質導入することにおいて使用するためのベクターを包含する。

【0067】

一部の実施形態において、直接的な効果を有するDNA配列又は遺伝子としては、宿主細胞と相互作用する毒素を発現するDNA配列若しくは遺伝子、又は宿主タンパク質若しくはペプチド中に存在するアミノ酸の配列を模倣するアミノ酸の配列を含む細菌タンパク質若しくはペプチドが挙げられる。

【0068】

一部の実施形態において、間接的な効果を有するDNA配列又は遺伝子としては、細菌内に存在する、細菌の膜上で発現若しくは表示された、細菌によって分泌された、又は細菌によって輸入された糖、脂質、代謝物、又はタンパク質の内部産生又は改変に関与している、細菌によって発現された、膜上に表示された、又は分泌された酵素をコードするDNA配列又は遺伝子が挙げられる。

【0069】

好ましくは、DNA配列又は遺伝子配列の正確な改変は、細菌の、増殖し、その生物学的環境中の他の微生物と相互作用する能力に対するすべての効果を最小限にするが、宿主とのその相互作用又はその増殖若しくは治療中の耐性潜在性が改変されるように行う。

【0070】

遺伝子改変方法
本発明は、天然に存在する細菌をin situで改変する方法を包含する。好ましくは、遺伝子改変は細菌の死をもたらさない。より好ましくは、遺伝子改変は、遺伝子改変が原因の、5%、10%、20%、又は50%未満の、改変された細菌のインビボでの増殖不利性をもたらす。更により好ましくは、遺伝子改変は、改変が原因の、改変された細菌のインビボでの増殖不利性をまったくもたらさない。好ましくは、遺伝子改変は、DNA配列中に二重鎖切断を導入しない、in situでの天然に存在する細菌中のDNA配列の改変である。

【0071】

好ましい実施形態において、細菌を、in situで、高効率で核酸を細菌内に移入して、遺伝子改変をもたらす外因性酵素を細菌中で発現させることができるベクターと接触させる。好ましい実施形態において、外因性酵素は、dCas9(デッド-Cas9)又はnCas9(ニッカーゼCas9)をシトシン又はアデノシンデアミナーゼドメインと融合させ、標的配列に向けさせて、所望の改変を作り出す塩基編集戦略を通じて、この遺伝子改変を行うことができる。

【0072】

好ましい実施形態において、外因性酵素は、dCas9(デッド-Cas9)又はnCas9(ニッカーゼCas9)を逆転写酵素ドメインと融合させ、標的配列に向けさせて、pegRNA(プライム編集ガイドRNA)の助けにより所望の改変を行うプライム編集戦略を通じて、この遺伝子改変をもたらすことができる。

【0073】

遺伝子改変は、点変異、欠失、挿入、又はその任意の組合せであり得る。

【0074】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、DNA配列又は遺伝子の発現を不活性化する、低下させる、増加させる、又は誘導することができる。遺伝子改変は、遺伝子の翻訳又は非翻訳領域中であり得る。遺伝子改変は、遺伝子のプロモーター領域中又は遺伝子調節に関与している任意の他の領域内であり得る。

【0075】

一部の実施形態において、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、コード配列(開始コドンで始まり、ストップコドンで終わる)内の点変異であり得る。より詳細には、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、1つ又はいくつかのコドンをストップコドン(TAA、TAG、TGA)へと変換する点変異によって行うことができる。或いは、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、開始コドン(ATG、GTG、TTG)又は予測される開始コドンの5、10、20、50、100bp以内の任意のインフレーム開始コドンを、非開始コドン又はストップコドンへと変換する点変異によって行うことができる。或いは、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、コドン配列内に稀なコドンを導入する点変異によって行うことができる。或いは、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、触媒部位中に非同義アミノ酸変化を導入し、この触媒部位に関連する機能についてタンパク質を不活性にする点変異によって行うことができる。或いは、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、タンパク質活性に相互作用が必要である他の分子との結合に関与している部位中に非同義アミノ酸変化を導入する点変異によって、行うことができる。

【0076】

一部の実施形態において、DNA配列又は遺伝子の不活性化は、コード配列の外の点変異であり得る。点変異は、遺伝子のプロモーター領域中(例えば、-35bp領域、-10bp領域、転写開始部位(TSS))、遺伝子のリボソーム結合部位(RBS)中、又は調節に関与している任意の他の領域内(例えば、転写因子結合部位、オペレーター結合部位、リボスイッチ)であり得る。

【0077】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、DNA配列又は遺伝子の活性化をもたらすことができる。

【0078】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、遺伝子又は経路の活性を不活性化、減少、又は増加させる、以前に特徴づけた変異を復帰させる点変異であり得る。

【0079】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、DNA配列又は遺伝子の発現及び調節のモジュレーションをもたらす点変異であり得る。点変異は、遺伝子のプロモーター領域中(例えば、-35bp領域、-10bp領域、転写開始部位(TSS))、遺伝子のリボソーム結合部位(RBS)中、調節に関与している任意の他の領域内(例えば、転写因子結合部位、オペレーター結合部位、RNAse認識部位、リボスイッチ、メチル化部位(sit)等)、又は目的のDNA配列若しくは遺伝子を調節する任意の他のDNA配列若しくは遺伝子、例えばリプレッサー、アンチセンスRNA、活性化因子等中であり得る。

【0080】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、翻訳後修飾(例えば、リン酸化、グリコシル化、アセチル化、pup化(pupylation)等)のモジュレーションをもたらす点変異であり得る。より詳細には、改変は、翻訳後修飾部位中の点変異であり得る。或いは、遺伝子改変は、翻訳後修飾を担うDNA配列又は遺伝子を破壊することができる。

【0081】

別の実施形態において、遺伝子改変は、病原性の増加をもたらす変異を復帰させる点変異である。

【0082】

特定の実施形態において、遺伝子改変は、ファージゲノム又は外因性DNAを宿主細菌染色体又は内在性プラスミド内に組み込まない。特定の実施形態において、遺伝子改変は、宿主細菌染色体又は内在性プラスミド中の組み込まれた外因性DNAからの外因性タンパク質の発現をもたらさない。より具体的な実施形態において、遺伝子改変は、宿主細菌のNHEJ又はHR内在性修復機構のどちらにも関与していない。

【0083】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、35、40、45、50、100、200、500個等のアミノ酸の、異なるアミノ酸への変化をもたらす。

【0084】

本発明は、天然に存在する細菌をin situで遺伝学的に改変することによって、宿主-マイクロバイオームの相互作用を調節する方法、具体的には非治療的方法を包含する。好ましくは、天然に存在する細菌は、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患に関与している。好ましい実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌においてマイクロバイオームに関連する障害又は疾患の原因であるDNA配列をin situで遺伝学的に改変する工程を含み、遺伝子改変は、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患の効果を低下させ、遺伝子改変は細菌の死をもたらさない。本発明は、マイクロバイオームに関連する障害又は疾患の効果を低下させる方法において使用するための、天然に存在する細菌においてin situで遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターを更に包含し、前記ベクターは、天然に存在する細菌性において、前記マイクロバイオームに関連する障害又は疾患の原因であるDNA配列をin situで遺伝子改変し、遺伝子改変は細菌の死をもたらさない。好ましくは、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない。

【0085】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、病原性因子をコードする病原性細菌DNA配列又は遺伝子で起こって病因を遮断し、これは、病原性因子はしばしば、病原性細菌に、その細菌競合相手を超える適応度の利点を与えるため、事実上は細菌の適応度を低下させ得る。これは、例えば、より低い増殖速度をもたらし得る。

【0086】

他の実施形態において、遺伝子改変は共生細菌又は日和見病原体内で起こり、改変は、共生細菌としてのこの細菌の増殖速度に対してわずかな影響しか与えない、又は影響を与えない。

【0087】

本発明は、ヒト又は動物のマイクロバイオームの細菌集団の免疫原性プロファイルを改変することによって、素因のある宿主において自己免疫疾患又は反応の経過を防ぐ又はそれに介入する方法を包含する。好ましい実施形態において、この方法は、細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される免疫原性成分をコードするDNA配列中に遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、免疫原性成分をコードするDNA配列の遺伝子改変は、前記免疫原性成分の免疫原性効果の喪失をもたらし、遺伝子改変は細菌の直接の死をもたらさない。本発明は、ヒト又は動物のマイクロバイオームの細菌集団の免疫原性プロファイルを改変することによって、素因のある宿主において自己免疫疾患又は反応の経過を防ぐ又はそれに介入する方法において使用するための、遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターを更に包含する。好ましい実施形態において、前記ベクターは、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される免疫原性成分をコードするDNA配列中に遺伝子改変を生じ、免疫原性成分をコードするDNA配列の遺伝子改変は、前記免疫原性成分の免疫原性効果の喪失をもたらし、遺伝子改変は細菌の直接の死をもたらさない。

【0088】

好ましくは、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない。

【0089】

一部の実施形態において、遺伝子改変は模倣ペプチド中のアミノ酸の変化をもたらし、模倣ペプチドを免疫原性でなくし、又は免疫系によって認識されなくする。一部の実施形態において、遺伝子改変は、細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらす。一部の実施形態において、遺伝子改変は、細菌膜上の糖プロファイルの変化をもたらすタンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらす。一部の実施形態において、遺伝子改変は、細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらす。一部の実施形態において、遺伝子改変は、細菌膜上の脂質プロファイルの変化をもたらすタンパク質配列中のアミノ酸の変化をもたらす。一部の実施形態において、遺伝子改変は、不活性触媒部位をもたらすタンパク質配列レベルの変化をもたらす。一部の実施形態において、遺伝子改変は、ヒト細胞受容体との結合部位を非機能的にする。一部の実施形態において、遺伝子改変は、細菌をヒト免疫細胞による検出に対してより感受性にする。

【0090】

細菌毒素遺伝子配列の改変
一部の実施形態において、毒素が依然として産生、発現、又は分泌されるが、その毒素産生効果がヌルになるように、毒素遺伝子配列中に遺伝子改変を行い、それにより、宿主細胞に対してその毒素産生効果を発揮できないように、酵素の触媒部位の1つ又は複数のアミノ酸の改変をもたらす。

【0091】

或いは、毒素遺伝子配列が発現されない又は破壊されるように、毒素遺伝子配列中に遺伝子改変を行い、それにより、毒素の不活性化がもたらされる。

【0092】

標的細菌毒素は外毒素又は内毒素であり得る。エキソトキシンは、生成され活発に分泌され;エンドトキシンは、細菌の一部のままである。細菌毒素に対する反応は、重度の炎症を伴い得、並びに敗血症を引き起こし得る。

【0093】

好ましい毒素としては、大腸菌のコリバクチン、毒素A、本明細書中に参照により組み入れられるTam及びTorres、Microbiol Spectr.、2019年3月;7(2)中に記載されている黄色ブドウ球菌由来の他の酵素(例えば、溶血素、ロイコトキシン、剥脱性毒素、エンテロトキシン、及び毒素ショック症候群毒素-1(TSST-1))、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)の腸内毒素原性(ETBF)株由来のフラギリシン(Bft)、ボツリヌス神経毒、破傷風毒素、ジフテリア毒素、炭疽毒素、アルファ毒素、百日咳毒素、志賀毒素、熱安定性エンテロトキシン(大腸菌ST)、又はHenkelら、(本明細書中に参照により組み入れられるToxins from Bacteria、EXS. 2010年; 100: 1～29)中に記載されている任意の毒素が挙げられる。

【0094】

本明細書中において「コリバクチン」とは、腸内細菌科の非リボソームペプチド合成酵素-ポリケチド合成酵素(NRPS-PKS)アセンブリラインをコードする遺伝島である、54kbの病原性pks島中に存在するclbA-S遺伝子によって合成される二次代謝物を意味する。コリバクチンは、典型的には、排出ポンプClbMによってペリプラズム中に輸出され、その後、ペプチダーゼ活性を有するペリプラズム膜結合したClbPタンパク質によって加水分解され、活性コリバクチンを放出する、プロドラッグ部分として生成される。

【0095】

好ましい実施形態において、遺伝子改変は、以前に記載したもの等の毒素遺伝子破壊をもたらす点変異である。

【0096】

好ましくは、遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌と比較して低下したインビボ増殖速度を有さない。

【0097】

好ましくは、遺伝子改変は、単一の遺伝子変異では毒素の活性を復帰させることができないように行われる。これは、単一の置換によっては元に復帰させることができない、元のアミノ酸から別のアミノ酸への変化によって達成することができる。

【0098】

一実施形態において、この方法は、単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、拮抗活性を維持する、pks+大腸菌中のClbP遺伝子中の遺伝子改変を行う工程を含む。特定の実施形態において、遺伝子改変は、pks+大腸菌中のClbP遺伝子中におけるものであり、その拮抗活性を維持したままで、単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらす。

【0099】

本明細書において使用される場合、ClbP遺伝子とは、典型的には配列番号2316の配列のものであり、典型的には配列番号2317の配列のタンパク質をコードする。

【0100】

好ましくは、遺伝子改変は、ClbP遺伝子によってコードされているタンパク質のアミノ酸S95又はK98をコードするClbP遺伝子のコドンでのもの、具体的には配列番号2317のアミノ酸S95又はK98をコードするClbP遺伝子のコドンでのものである。最も好ましくは、遺伝子改変は、ClbP遺伝子中の変異S95A、S95R、又はK98Tである。

【0101】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、stx1及びstx2等のシゲラ属(Shigella)毒素遺伝子中に行う。一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)及びStx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、stx2k等の大腸菌毒素遺伝子中に行う。

【0102】

他の細菌病原性遺伝子配列の改変
一実施形態において、改変は、病原性因子中に行い、それを不活性化することができる。病原性因子は、宿主に為される損傷の程度を増加させることによって宿主-病原体相互作用を変更する、病原体によって産生される任意の物質であり得る。病原性因子は、例えば、細胞接着又は宿主におけるニッチの定着において、宿主の免疫反応を回避するため、宿主細胞への侵入及び宿主細胞からの放出を促進するため、宿主から栄養を得るため、又は宿主における他の生理学的プロセスを阻害する等のために、多くの方法において、病原体によって使用される。病原性因子は、酵素、エンドトキシン、接着因子、運動性因子、補体回避に関与する因子、スカベンジング因子及び生物膜形成を促進する因子を含むことができる。

【0103】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、EHEC-HlyA、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、usp ompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH等の大腸菌病原性因子遺伝子、又はT1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌系)内の遺伝子中に行う。

【0104】

一実施形態において、この方法は、以下の変異の復帰をもたらす、大腸菌中のFimH遺伝子中に遺伝子改変を行う工程を含む:AEIC株に関連するN70S及びS78N³。特定の実施形態において、遺伝子改変は、大腸菌中のFimH遺伝子中に行う。

【0105】

本発明との関連において、FimH遺伝子は、典型的には1型フィンブリンD-マンノース特異的アドヘシンをコードする。FimH遺伝子は、典型的には配列番号2319の配列のものであり、典型的には配列番号2318の配列のタンパク質をコードする。

【0106】

一実施形態において、遺伝子改変は、大腸菌中のFimH遺伝子中に行い、好ましくは、AEIC株に関連する変異N70S及びS78Nの復帰をもたらす。

【0107】

一実施形態において、この方法は、腸炎症に潜在的に関連している変異G84E(ヌクレオチドレベルではG251A)の復帰をもたらす、大腸菌中のblc遺伝子中に遺伝子改変を行う工程を含む⁴。

【0108】

本発明との関連において、blc遺伝子は、典型的には外膜リポタンパク質Blcをコードする。blc遺伝子は、典型的には配列番号2321の配列のものであり、典型的には配列番号2320の配列のタンパク質をコードする。

【0109】

一実施形態において、遺伝子改変は、大腸菌中のblc遺伝子中に行い、好ましくは、腸炎症に潜在的に関連している変異G84E(ヌクレオチドレベルではG251A)の復帰をもたらす。

【0110】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、yscF(プラスミド媒介性(pCDl)T3SS外部針サブユニット)等の、ペスト菌(Yersinia pestis)病原性因子遺伝子中に行う。

【0111】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、yscF(プラスミド媒介性(pCDl)T3SS外部針サブユニット)等の、ペスト菌(Yersinia pestis)病原性因子遺伝子中に行う。

【0112】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、fslA等の、野兎病菌(Francisella tularensis)病原性因子遺伝子中に行う。

【0113】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、pag(炭疽毒素、細胞結合防御抗原)等の、炭疽菌(Bacillus anthracis)病原性因子遺伝子中に行う。

【0114】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、ctxA及びctxB(コレラ毒素)、tcpA(毒素共調節線毛(toxin co-regulated pilus))、及びtoxT(マスター病原性レギュレーター)等の、コレラ菌(Vibrio cholera)病原性因子遺伝子中に行う。

【0115】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、ピオベルジン(例えば、シグマ因子pvdS、生合成遺伝子pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、トランスポーター遺伝子pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、シデロフォアピオケリン(例えば、pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF、及びpchG)及び毒素(例えば、exoU、exoS、及びexoT)等の、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)病原性因子遺伝子中に行う。

【0116】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、fimA(粘着性、I型綿毛主要サブユニット)、及びcps(莢膜多糖)等の、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)病原性因子遺伝子中に行う。

【0117】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、ptk(カプセル重合)及びepsA(アセンブリ)等の、アシネトバクター・バウマンニイ(Acinetobacter baumannii)病原性因子遺伝子中に行う。

【0118】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、MIA(侵入、SPI-1レギュレーター)、ssrB(SPI-2レギュレーター)、及び胆汁耐性に関連するもの、例えば、排出ポンプ遺伝子acrA、acrB、及びtolC等の、チフス菌(Salmonella enterica Typhi)病原性因子遺伝子中に行う。

【0119】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないが、FadA及びTIGIT等のフソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)病原性因子遺伝子中に行う。

【0120】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、これらに限定されるわけではないがbft等のバクテロイデス・フラギリス病原性因子遺伝子中に行う。

【0121】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)ポルフィリン遺伝子、CAMP因子(CAMP1、CAMP2、CAMP3、CAMP4)、ヒアルロン酸脱離酵素(HYL-IB/II、HYL-IA)、リパーゼ(GehA、GehB)、溶血素、シアリダーゼ、エンドグリコセラミダーゼ、エンド-β-N-アセチルグルコサミニダーゼ、デルマタン硫酸アドヘシン(DsA1、DsA2)、プロリン-スレオニンリピート(PTR)中、又は、本明細書中に参照により組み入れられるTomidaら⁵中に記載の密着接着(tight adhesion)座位(tad)、ストレプトリシンS関連遺伝子(sag)、非リボソームペプチド合成酵素(NRPS)等のざ瘡関連ゲノム座位1、2、3(プラスミド)、4上に含まれる任意の病原性因子中に行う。

【0122】

模倣ペプチド遺伝子配列の改変
一部の実施形態において、遺伝子改変は、ヒトペプチド配列との相同性が低下し、したがって模倣ペプチドが宿主免疫系によってもはや認識されなくなるように、模倣ペプチド遺伝子配列中に行う。特に興味深い模倣ペプチドは、自己免疫疾患に関連している細菌模倣ペプチド、例えば、本明細書中に参照により組み入れられるNegiら⁶中に言及されているものである。特に興味深いものは、NegiらのS1表中の模倣ペプチドのうちの任意のものをコードする遺伝子配列である。

【0123】

特定の実施形態において、模倣ペプチドは、以下のTable 1(表2)中に開示されている候補模倣ペプチドのうちの1つである。特定の実施形態において、前記模倣ペプチドは、配列番号19～2313の配列のペプチドからなる群から選択される。

【0124】

好ましい実施形態において、模倣ペプチドはプロテオバクテリア(Proteobacteria)又はファーミキューテス(Firmicutes)由来である。特に興味深いものは、低分子量ホスホチロシンタンパク質ホスファターゼ、アルデヒドデヒドロゲナーゼファミリー3メンバーB1、マレイルアセト酢酸イソメラーゼ、及びウラシル-DNAグリコシラーゼからの4つのヒトペプチドと相同性を有する、Negiらによって同定された24個の腸内細菌ペプチドをコードする遺伝子配列である。これらの遺伝子配列は、ヒト配列との相同性を低下させ、宿主免疫系によって認識されるものとヒト対応物との交差反応性を防ぐように改変することができる。

【0125】

好ましい実施形態において、遺伝子改変は、バクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼ遺伝子中におけるものである。好ましくは、遺伝子改変を有するバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質は、遺伝子改変を有さないバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼタンパク質と比較して、ヒトMYH6心臓ペプチドに対してより低い相同性を示す²。好ましくは、遺伝子改変は、ヒト免疫系によってエピトープとして認識されるペプチド断片中で行い、ヒト免疫系による、より弱いエピトープ認識又はその非存在がもたらされる²。

【0126】

好ましい実施形態において、遺伝子改変は、Ro60オルソログ遺伝子をコードするヒト共生細菌中におけるものである。好ましくは、遺伝子改変から生じるRo60タンパク質は、元のタンパク質と比較してより低いヒトRo60ペプチドとの相同性を示す。好ましくは、遺伝子改変は、ヒト免疫系によってエピトープとして認識されるペプチド断片に対応するDNA配列中で行い、ヒト免疫系による、より弱いエピトープ認識又はその非存在がもたらされる。好ましくは、遺伝子改変の標的となっているヒト細菌共生は、プロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Propionibacterium propionicum)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、バクテロイデス・シータイオタオミクロンである。更により好ましくは、遺伝子改変の標的となっているヒト細菌共生はプロピオニバクテリウム・プロピオニクム⁷である。

【0127】

好ましい実施形態において、遺伝子改変は、1型糖尿病に関与している自己エピトープであるインスリンB9-25を模倣するペプチドをコードするヒト共生細菌DNA配列中におけるものである⁸。遺伝子変異は、インスリンB9-25エピトープSHLVEALYLVCGERGFF(配列番号9)に対する相同性を低下させる。好ましい実施形態において、標的細菌は、ファーミキューテス門に属する。好ましい実施形態において、標的細菌中の標的遺伝子は、トランスケトラーゼNスーパーファミリーの一部である⁸。

【0128】

好ましい実施形態において、遺伝子改変は、抗リン脂質症候群(APS)に関与している自己エピトープである自己抗原β₂-糖タンパク質I(β₂GPI)のエピトープを模倣するペプチドをコードするロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)中におけるものである。遺伝子変異は、T細胞(β₂GPI)エピトープKVSFFCKNKEKKCSY(配列番号10)及び/又はB細胞エピトープVSRGGMRKFIC(配列番号11)に対する相同性を低下させている²⁸。

【0129】

抗生物質耐性遺伝子配列の改変
一部の実施形態において、改変は、染色体上又はプラスミド上に保持される抗生物質耐性遺伝子配列中に行って、関連抗生物質の非存在において細菌に対してを直接選択圧を働かせずに、細菌を抗生物質に対して感受性にさせる。

【0130】

一部の実施形態において、遺伝子改変は、RpoBリファンピシン耐性変異体、23S rRNAエリスロマイシン耐性変異体、GyrA(フルオロ)キノロン耐性変異体、GyrB(フルオロ)キノロン耐性変異体、RpsLストレプトマイシン耐性変異体、DHFRトリメトプリム耐性変異体、fusAフシジン酸耐性変異体、fmtアクチノニン耐性変異体、gidBストレプトマイシン耐性変異体、ompR多剤耐性変異体、marR多剤耐性変異体、lon多剤耐性変異体、mgrBコリスチン耐性変異体、pmrAコリスチン耐性変異体、acrR多剤耐性変異体、cysBアムジノシリン耐性変異体、16S rRNAメチルトランスフェラーゼ等の抗生物質に対して耐性を与える、内在性遺伝子中の変異を復帰させるために行い、その一部は細菌にとって必須である。

【0131】

一部の実施形態において、抗生物質耐性遺伝子は、これらに限定されるわけではないが、GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2')、AAC(3)、AAC(6')、ANT(2'')、ANT(3'')、ANT(4')、ANT(6)、ANT(9)、APH(2'')、APH(3'')、APH(3')、APH(4)、APH(6)、APH(7'')、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXAβ-ラクタマーゼ、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)及びmec(mecI、mecR1)オペロン、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、クロラムフェニコールホスホトランスフェラーゼ、エタムブトール耐性アラビノシルトランスフェラーゼ(EmbB)、MupA、MupB、膜内在性タンパク質MprF、Cfr 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、リファンピンADP-リボシルトランスフェラーゼ(Arr)、リファンピングリコシルトランスフェラーゼ、リファンピンモノオキシゲナーゼ、リファンピンホスホトランスフェラーゼ、DnaA、RbpA、RNAポリメラーゼのリファンピン耐性ベータ-サブユニット(RpoB)、Erm 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、ストレプトグラミンVgbリアーゼ、Vatアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロンアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロン耐性DNAトポイソメラーゼ、フルオロキノロン耐性GyrA、GyrB、ParC、キノロン耐性タンパク質(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、リンコサミドヌクレオチドトランスフェラーゼ(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、マクロリドホスホトランスフェラーゼ(MPH)、MefA、MefE、Mel、ストレプトトリシンアセチルトランスフェラーゼ(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、スルホニルアミド耐性FolP、テトラサイクリン不活性化酵素TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TオールC、MsbA、MsrA、VgaB、EmrD、EmrAB-TオールC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrR、又は、card.mcmaster.ca/のComprehensive Antibiotic Resistance Databaseに記載される任意の抗生物質耐性遺伝子であり得る。

【0132】

好ましい実施形態において、抗生物質は、ペニシリン、例えば、ペニシリンG、ペニシリンK、ペニシリンN、ペニシリンO、ペニシリンV、メチシリン、ベンジルペニシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、アンピシリン、アモキシシリン、ピバンピシリン、ヘタシリン、バカンピシリン、メタンピシリン、タランピシリン、エピシリン、カルベニシリン、チカルシリン、テモシリン、メズロシリン、及びピペラシリン;セファロスポリン、例えば、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファグリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、セフブペラゾン、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン、セホチアム、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフポドキシム、セフテラム、セフタメア、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、セフトロザン、セファロラム、セファパロール、セフカネル、セフェドロロール、セフェムピドン、セフェトリゾール、セフィビトリル、セフマチレン、セフメピジウム、セフォキサゾール、セフロチル、セフスミド、セフチオキシド、セフラセチム、及びニトロセフィン;ポリミキシン、例えば、ポリスポリン、ネオスポリン、ポリミキシンB、及びポリミキシンE、リファンピシン、例えば、リファンピシン、リファペンチン、及びリファキシミン;フィダキソマイシン;キノロン、例えば、シノキサシン、ナリジクス酸、オキソリニン酸、ピロミド酸、ピペミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペクロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、パズフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、モキシフロキサシン、シタフロキサシン、トロバフロキサシン、プルリフロキサシン、デラフロキサシン、ネモノキサシン、及びザボフロキサシン;スルホンアミド、例えば、スルファフラゾール、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジミジン、スルファフラゾール、スルフイソミジン、スルファドキシン、スルファメトキサゾール、スルファモキソール、スルファニトラン、スルファジメトキシン、スルファメトキシピリダジン、スルファメトキシジアジン、スルファドキシン、スルファメトピラジン、及びテレフチル;マクロライド、例えば、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシンA、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン、スピラマイシン、トロレアンドマイシン、タイロシン、及びロキシスロマイシン;ケトライド、例えば、テリスロマイシン、及びセスロマイシン;フルオロケトライド、例えば、ソリスロマイシン;リンコサミド、例えば、リンコマイシン、クリンダマイシン、及びピルリマイシン;テトラサイクリン、例えば、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリン;アミノグリコシド、例えば、アミカシン、ジベカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、シソマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びストレプトマイシン;アンサマイシン、例えば、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、及びリファキシミン;カルバセフェム、例えば、ロラカルベフ;カルバペネム、例えば、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム(又はシラスタチン)、及びメロペネム;グリコペプチド、例えば、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、及びオリタバンシン;リンコサミド、例えば、クリンダマイシン及びリンコマイシン;リポペプチド、例えば、ダプトマイシン;モノバクタム、例えば、アズトレオナム;ニトロフラン、例えば、フラゾリドン、及びニトロフラントイン;
オキサゾリジノン、例えば、リネゾリド、ポジゾリド、ラデゾリド、及びトレゾリド;テイクソバクチン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファブチン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン(又はダルフォプリスチン)、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム、アラトロフロキサシン、フィダキ
ソマイシン、ナリジクス酸、リファンピン、その誘導体及び組合せからなる群から選択される。

【0133】

保存配列に対する改変
一部の実施形態において、アミノ酸配列の改変は、編集された配列が、同じ種由来の1つ若しくは複数の異なる株から、又は関連種から、又は同じ属から、又はマイクロバイオーム由来の任意の他の細菌からくる、同じ又は関連するタンパク質/機能/活性をコードするアミノ酸配列に対応するように、行う。編集された配列は、元の配列のパラログ、オルソログ、又は類似体に対応しうる。

【0134】

この改変は、全く同じアミノ酸配列は有さないが比較的類似の機能を確実にすることによって、編集された細菌にかけられた潜在的な選択圧を低下させることができる。

【0135】

細菌と、投与した、対象によって産生された、又は他の細菌によって産生された化合物との間の相互作用に関与しているDNA配列の改変
本発明はまた、細菌と化合物との相互作用に関与している少なくとも1つの細菌DNA配列を改変することによって、対象のマイクロバイオームからの細菌と、投与した、前記対象によって産生された、又は前記対象からの他の細菌によって産生された化合物との相互作用をin situで改変する方法にも関し、前記細菌DNA配列は宿主マイクロバイオームの細菌集団によって発現され、前記方法は、
細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部において前記細菌と前記化合物との相互作用に関与している細菌の前記少なくとも1つのDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
前記少なくとも1つのDNA配列の遺伝子改変は細菌と前記化合物との相互作用の改変をもたらし、
遺伝子改変は細菌の直接の死をもたらさない。

【0136】

「細菌と、投与した、対象によって産生された、又は前記対象からの他の細菌によって産生された化合物との相互作用」とは、前記化合物の構造及び/又は活性に改変を導入する又はしない、並びに前記細菌の任意の位置(例えば膜、カプセル、細胞質中等)における細菌の任意の成分(酵素、受容体、チャネル、糖、脂質等を含む)に関与する、任意の種類の相互作用を意味する。細菌と、投与した、対象によって産生された、又は他の細菌によって産生された化合物との前記相互作用は、(i)前記細菌による前記化合物の改変、並びに/又は(ii)前記対象からのリガンドに対する、前記化合物と前記細菌によって産生及び/若しくは分泌された分子との間の競合、並びに/又は(iii)前記細菌による前記化合物の結合/吸着を包含する。

【0137】

本明細書中において「リガンド」とは、目的化合物と結合する、具体的には特異的結合する物質を意味する。本発明との関連において、対象由来のリガンドは、前記目的化合物と結合することができる受容体、酵素、免疫分子等を包含する。

【0138】

前記対象に投与する前記化合物は、薬物、プレバイオティック、化粧用薬剤、栄養補助食品等の任意の種類の化合物であり得る。

【0139】

対象によって産生された前記化合物は、これらに限定されるわけではないが、胆汁酸(タウロコール酸、グリココール酸、タウロケノデオキシコール酸、グリコケノデオキシコール酸、デオキシコール酸、リトコール酸、並びにコール酸、ケノデオキシコール酸、及びデオキシコール酸の誘導体等)、ホルモン(アドレナリン(若しくはエピネフリン)、メラトニン、ノルアドレナリン(若しくはノルエピネフリン)、トリヨードサイロニン、チロキシン、ドーパミン、プロスタグランジン、ロイコトリエン、プロスタサイクリン、トロンボキサン、アミリン、抗ミュラーホルモン(若しくはミュラー阻害因子/ホルモン)、アディポネクチン、副腎皮質刺激ホルモン(若しくはコルチコトロピン)、アンジオテンシノゲン、アンジオテンシン、抗利尿ホルモン(若しくはバソプレシン、アルギニンバソプレシン)、心房性ナトリウム利尿ペプチド(若しくはアトリオペプチン)、脳ナトリウム利尿ペプチド、カルシトニン、コレシストキニン、コルチコトロピン放出ホルモン、コルチスタチン、エンケファリン、エンドセリン、エリスロポエチン、卵胞刺激ホルモン、ガラニン、胃抑制ポリペプチド、ガストリン、グレリン、グルカゴン、グルカゴン様ペプチド-1、ゴナドトロピン放出ホルモン、成長ホルモン放出ホルモン、ヘプシジン、ヒト絨毛性ゴナドトロピン、ヒト胎盤性ラクトゲン、成長ホルモン、インヒビンペプチド、インスリン、インスリン様成長因子(若しくはソマトメジン)、レプチン、リポトロピン、黄体形成ホルモン、メラニン形成細胞刺激ホルモン、モチリン、オレキシン、オステオカルシン、オキシトシン(若しくはピトシン)、膵臓ポリペプチド、副甲状腺ホルモン、下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド、プロラクチン(若しくは黄体刺激ホルモン)、プロラクチン放出ホルモン、リラキシン、レニン、セクレチン、ソマトスタチン(若しくは成長ホルモン阻害ホルモン若しくは成長ホルモン放出阻害ホルモン若しくはソマトトロピン放出阻害因子若しくはソマトトロピン放出阻害ホルモン)、トロンボポエチン、甲状腺刺激ホルモン(若しくはチロトロピン)、チロトロピン放出ホルモン、血管作動性腸管ペプチド、グアニリン、ウログアニリン、テストステロン、デヒドロエピアンドロステロン、アンドロステンジオン、ジヒドロテストステロン、アルドステロン、エストラジオール、エストロン、エストリオール、コルチゾール、プロゲステロン、カルシトリオール、又はカルシジオール等)、或いは発汗化合物であり得る。

【0140】

特定の実施形態において、本発明は、
細菌集団を、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物代謝遺伝子産物、具体的には薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を生じさせるベクターと接触させる工程を含み、
薬物代謝遺伝子タンパク質、特に薬物標的化酵素をコードする遺伝子の遺伝子改変が宿主における薬物代謝の改変をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、
宿主マイクロバイオームの細菌集団によって発現された少なくとも1つの薬物標的化酵素を改変することによって、その薬物で治療した宿主における所定の薬物の代謝を改変する方法に関する。

【0141】

本明細書中において「薬物代謝」とは、身体内での医薬物質の生体内変換を意味する。本発明との関連において、薬物代謝は、薬物の排除をもたらす経路、及び前記対象に投与した対象物におけるより一般的な薬物活性の進化をどちらも包含する。

【0142】

前記所定の薬物の代謝の改変は、所定の薬物から宿主に対して毒性がある化合物への変換を防ぐこと、所定の薬物の加水分解、したがって前記薬物の持続的活性をもたらすことを防ぐこと、前記薬物の活性の増加及び/又は持続をもたらす所定の薬物の酵素的改変、前記所定の薬物から活性化合物又はより活性のある化合物への変換、所定の薬物からの解毒された化合物の再活性化を防ぐ改変からなる群から選択され得る。

【0143】

前記所定の薬物は、ニカルジピンHCl、リスペリドン、トルカポン、アザチオプリン、エンタカポン、エキセメスタン、ニモジピン、カプサイシン、デキサメタゾン、エタクリン酸、リファンピン(リファンピシン)、スリンダク、ボリノスタット、ドラセトロン、ミコフェノール酸モフェチル、ジドブジン(3'-アジド-3'-デオキシチミジン)、アロプリノール、ベタメタゾン、ビサコジル、エストラジオール、ファムシクロビル、フルタミド、ヒドロコルチゾン、酢酸ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、メトロニダゾール、ナブメトン、パントプラゾール、プレドニゾロン、プロゲステロン、プレドニゾン、スピロノラクトン、スルファサラジン、チニダゾール、フルオキセチンHCl、ミソプロストール、酢酸メゲストロール、カペシタビン、ケノジオール(ケノデオキシコール酸)、クロファジミン、クロナゼパム、酢酸コルチゾン、ダントロレンNa、デュロキセチン、酢酸フルドロコルチゾン、イロペリドン、ロラゼパム、ニルタミド、ニチシノン、ニトロフラントイン、オキサゼパム、パリペリドン、プラスグレル、プロベネシド、リファブチン、スルファメトキサゾール、ウルソジオール、オメプラゾール、テナトプラゾール、アルテミシニン、ダナゾール、オルメサルタンメドキソミル、フェナゾピリジン、ニトレンジピン、ラセカドロチル(Racecadrotil)、フェノフィブラート、フルフェナジン、テルミサルタン、ベンズブロマロン、オキセサゼイン、メフロキン、キナクリン、ピモジド、コハク酸ロキサピン、シクロベンザプリン、エトプロパジン、プロメタジン、クレミゾール、及びピリメタミンからなる群から選択され得る。

【0144】

前記所定の薬物は更に、硫酸アバカビル、アセブトロール、アセカイニド、アルフゾシン、アルモトリプタン、アルプレノロール、アマンタジン、アミノグルテチミド、アミスルプリド、アナグレリド、アナストロゾール、リン酸アンタゾリン、アポモルヒネ、アルテミシニン、アテノロール、アトルバスタチンカルシウム、マレイン酸アザタジン、バンブテロール、ベナゼプリル、ベンズブロマロン、ベンズチアジド、酢酸ベタメタゾン、吉草酸ベタメタゾン、ベタキサロール(betaxalol)、ベザフィブラート、ビカルタミド、ビペリデン、ビサコジル、フマル酸ビソプロロール、メシル酸ブロモクリプチン、ブデソニド、ブプロピオン、ブラマート、ブスピロン、二塩酸カミロフィン、カペシタビン、カクエン酸ルベタペンタン、マレイン酸カルビノキサミン、カリソプロドール、カルベジロール、セレコキシブ、セチリジン、クロルメザノン、シメチジン、臭化水素酸シタロプラム、フマル酸クレマスチン、クレミゾール、クレンブテロール、臭化クリジニウム、クロニジン、硫酸クロピドグレル、クロザピン、コルヒチン、シクロベンザプリン、シクロホスファミド、酢酸シプロテロン、ダビガトランエテキシレートメシレート、ダナゾール、臭化水素酸ダリフェナシン、ダサチニブ、デフラザコート、コハク酸デスベンラファキシン、デキサメタゾン、臭化水素酸デキストロメトルファン、ジアセタマート、ジサイクロミン、酢酸ジフロラゾン、ジギトキシン、ジゴキシン、ジルチアゼム、ジペロドン、ジフェニルピラリン、ジピリダモール、リン酸ジソピラミド、ドンペリドン、メシル酸ドキサゾシン、ドキセピン、コハク酸ドキシラミン、ドロスピレノン、デュロキセチン、臭化水素酸エレトリプタン、マレイン酸エナラプリル、エンタカポン、マレイン酸エルゴノビン、酒石酸エルゴタミン、エスゾピクロン、エトプロパジン、エトキシゾラミド、二酢酸エチノジオール、エトドラク、エゼチミベ、ファムシクロビル、ファンプロファゾン、フェブキソスタット、フェノフィブラート、フェンスピリド、フェキソフェナジン、フィナステリド、フルコナゾール、フルオキセチン、フルフェナジン、マレイン酸フルボキサミン、ガランタミン、グリクラジド、グリピジド、グリセオフルビン、グアンファシン、ハロペリドール、ヒヨスチアミン、イデベノン、イマチニブ、インダパミド、インドメタシン、イルベサルタン、マレイン酸イルソグラジン、イスラジピン、イトラコナゾール、ケトロラック、トロメタミン、フマル酸ケトチフェン、ラベタロール、ラモトリギン、レトロゾール、レバミゾール、レボノルゲストレル、リナグリプチン、ロフェキシジン、ロペラミド、ロサルタン、ロバスタチン、コハク酸ロキサピン、メベンダゾール、ナフタレンスルホン酸メブヒドロリン、メフロキン、酢酸メゲストロール、メルファラン、メマンチン、メタキサロン、メトカルバモール、メトキサレン、メトスクシミド、メチルフェニデート、マレイン酸メチセルギド、メチクラン、マレイン酸メチテピン、メトクロプラミド、メトラゾン、酒石酸メトプロロール、メバスタチン、ミアンセリン、ミフェプリストン、ミルナシプラン、ミコフェノール酸モフェチル、ナドロール、シュウ酸ナフロニル、ナフトピジル、ナロキソン、ナプロキセン(+)、ナテグリニド、ネファゾドン、ネホパム、臭化ネオスチグミン、ネビラピン、ニセルゴリン、ニトレンジピン、ニザチジン、酢酸ノルエチンドロン、ノルゲスチメート、ノスカピン、オランザピン、オルメサルタンメドキソミル、オメプラゾール、クエン酸オルフェナドリン、オキサプロジン、オクスカルバゼピン、オキセサゼイン、塩化オキシブチニン、パクリタキセル、パリペリドン、パントプラゾール、パパベリン、パロキセチン、硫酸ペンブトロール、ペントキシフィリン、メシル酸ペルゴリド、ペリシアジン、ペリンドプリルエルブミン、フェナセチン、フェナゾピリジン、フェニトインナトリウム、ピドチモド、ピモジド、ピタバスタチンカルシウム、プラノプロフェン、プラゾシン、プレドニゾン、メタンスルホン酸プリジノール、リン酸プリマキン、プロカルバジン、プロメタジン、ピリメタミン、クエチアピン、キナクリン、キナプリル、硫酸キニーネ、ラセカドトリル、ラメルテオン、ラミプリル、ラニチジン、ラノラジン、レバミピド、レパグリニド、レセルピン、リルゾール、リマンタジン、リスペリドン、リトナビル、酒石酸リバスチグミン、安息香酸リザトリプタン、ロピニロール、マレイン酸ロシグリタゾン、ロスバスタチンカルシウム、酢酸ロキサチジン、セルトラリン、クエン酸シルデナフィル、コハク酸ソリフェナシン、ソタロール、スピペロン、スルファサラジン、スルフィンピラゾン、スリンダク、スルピリド、コハク酸スマトリプタン、タクリン、タクロリムス、タダラフィル、塩酸(hydrchloride)タムスロシン、マレイン酸テガセロッド、テルミサルタン、テナトプラゾール、テノキシカム、テラゾシン、テルビナフィン、チアベンダゾール、チオチキセン、チアプリド、マレイン酸チモロール、チニダゾール、トラザミド、トポテカン、トランドラプリル、トラニラスト、トラゾドン、トリヘキシフェニジル、マレイン酸トリメブチン、二塩酸トリメタジジン、トリメトベンズアミド、マレイン酸トリミプラミン、トリプロリジン、トロピセトロン、塩化トロスピウム、バルサルタン、ベンラファキシン、ベラパミル、ビラゾドン、ビンポセチン、ボリコナゾール、ワルファリン、ザレプロン、ジドブジン[azt]、メシル酸ジプラシドン、及びゾルピデムからなる群から選択され得る。

【0145】

特定の実施形態において、具体的には前記所定の薬物が上記薬物リストから選択される場合、前記薬物代謝遺伝子産物は、以下のTable 2(表3)中に列挙した核酸配列によってコードされている遺伝子産物からなる群から選択される、又は、そのアミノ酸配列が以下のTable 2(表3)中に列挙した核酸配列によってコードされている遺伝子産物のうちの1つと少なくとも90%同一、具体的には少なくとも91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、若しくは99%同一である遺伝子産物である。

【0146】

特定の実施形態において、具体的には前記所定の薬物が上記薬物リストから選択される場合、前記薬物代謝遺伝子産物は、以下のTable 2(表3)中に列挙した細菌からなる群から選択される細菌によって発現又は分泌される。

【0147】

特定の実施形態において、前記薬物標的化酵素は、酸化、脱アミノ化、異性化、エステル化、縮合、還元、加水分解、及び/又は再編成の活性を有する酵素から選択される。特定の実施形態において、前記薬物標的化酵素は、β-グルクロニダーゼ、ニトロレダクターゼ、及びスルホキシドレダクターゼから選択される。

【0148】

特定の実施形態において、前記所定の薬物はダントロレン、クロナゼパム、及び/又はニカルジピンであり、前記薬物標的化酵素はニトロ還元活性を有する酵素である。

【0149】

代替実施形態において、前記所定の薬物はリスペリドンであり、前記薬物標的化酵素は、加水分解活性を有する酵素、具体的にはリスペリドンのイソオキサゾール部分を加水分解する酵素である。

【0150】

代替実施形態において、前記所定の薬物はスルファサラジンであり、前記薬物標的化酵素アゾ還元活性を有する酵素である。

【0151】

代替実施形態において、前記所定の薬物はジゴキシンであり、前記薬物標的化酵素はチトクロムグリコシドレダクターゼであり、前記薬物標的化酵素を発現する前記細菌は、好ましくはエガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)である。

【0152】

代替実施形態において、前記所定の薬物はレボドパ(L-DOPA)であり、前記薬物標的化酵素はチロシン脱炭酸酵素、好ましくはエンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・フェシウム(Enterococcus faecium)、及び/若しくはラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)によって発現されるもの、並びに/又はドーパミン脱加水分解酵素、好ましくはエガセラ・レンタによって発現されるものである。より具体的な実施形態において、パーキンソン病を患っておりレボドパで治療した対象において、前記チロシン脱炭酸酵素をコードするDNA配列中の前記遺伝子改変は前記酵素の不活性化を誘導し、前記酵素によってL-DOPAの脱炭酸、したがって不活性化を防ぐことが可能となる。

【0153】

別の実施形態において、前記所定の薬物はレボドパ(L-DOPA)であり、前記薬物標的化酵素はDHPAA合成酵素、好ましくはクロストリジウム・スポロゲネス(Clostridium sporogenes)によって発現されるものである。より具体的な実施形態において、DHPAA合成酵素をコードするDNA配列中の前記遺伝子改変は前記酵素の不活性化を誘導し、パーキンソン病を患っておりレボドパで治療した対象において、L-DOPAの脱アミノ化、したがってL-DOPAの3,4-ジヒドロキシフェニルアセトアルデヒド(DHPAA)への変換を防ぐこと、並びに便秘を防ぐ及び/又は低下させることが可能となる。

【0154】

代替実施形態において、前記所定の薬物はゲムシタビンであり、前記薬物標的化酵素はシチジンデアミナーゼであり、前記薬物標的化酵素を発現する前記細菌は、好ましくは大腸菌及び/又はガンマプロテオバクテリアである。

【0155】

代替実施形態において、前記所定の薬物はプロントジルであり、前記薬物標的化酵素は、アゾ還元によってプロントジルをp-アミノベンゼンスルホンアミドへと変換する酵素である。

【0156】

代替実施形態において、前記所定の薬物は、スルファサラジン、イプサラジド、バルサラジドから選択され、前記薬物標的化酵素は、前記薬物を5-アミノサリチル酸へと変換する酵素である。

【0157】

代替実施形態において、前記所定の薬物は非ステロイド性抗炎症薬であり、前記薬物標的化酵素はβ-グルクロニダーゼである。

【0158】

特定の実施形態において、前記化合物はL-DOPAであり、前記相互作用の改変は、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)によるL-DOPAの吸着中の改変であり、典型的には前記吸着に関与しているエイチ・ピロリ由来の細菌アドヘシンを改変することによるものである。

【0159】

特定の実施形態において、前記化合物はアセトアミノフェンであり、前記相互作用の改変は、アセトアミノフェンとシー・ディフィシルによって産生されたp-クレゾールとの間の競合中の改変であり、典型的にはシー・ディフィシルによるp-クレゾールの産生及び/又は分泌に関与しているDNA配列を改変することによるものである。

【0160】

したがって、本発明は、
- 薬物を前記対象に投与する工程と、
- 前記薬物の前記投与の前に、それと同時に、又は後に、前記対象に、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターを投与する工程とを含み、
薬物標的化酵素をコードするDNA配列の遺伝子改変が、対象における薬物代謝の改変をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、
それを必要としている対象の治療方法にも関する。

【0161】

したがって本発明は、対象の治療において同時、逐次的、又は別々に使用するための、薬物と、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターとを含む医薬的組合せにも関する。

【0162】

本発明はまた、
- 薬物を前記対象に投与する工程と、
- 前記薬物の前記投与の前に、それと同時に、又は後に、前記対象に、前記集団の細菌の少なくとも一部中の細菌によって発現又は分泌される薬物標的化酵素をコードするDNA配列中に、DNA配列中に二重鎖切断を導入せずに遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードするベクターを投与する工程とを含み、
薬物標的化酵素をコードするDNA配列の遺伝子改変が、対象における薬物代謝の改変をもたらし、
遺伝子改変が細菌の直接の死をもたらさない、
それを必要としている対象において薬物治療の有効性を増加させる方法にも関する。

【0163】

細菌増殖の阻害の欠如
遺伝子改変を有する細菌は、遺伝子改変を有さない同じ細菌とインビトロ又はインビボのどちらかで比較することによって、細菌増殖のいかなる阻害についても評価することができる。これは、好ましくは、少なくとも2つの時点で遺伝子改変を有する又は有さない細菌の百分率を評価し、遺伝子改変を有する細菌が後の方の時点で百分率が低下していないことを決定することによって行う。

【0164】

インビトロでの比較は、細菌を固体又は液体培養物中で増殖させ、それぞれの種類の細菌の百分率を経時的に決定することによって行うことができる。百分率は、ELISA、PCR、高分解能融解、及び核酸配列決定を含む常用診断手順によって決定することができる。

【0165】

インビボでの比較は、試料(例えば便又はスワブ)を経時的に収集し、それぞれの種類の細菌の百分率を経時的に決定することによって行うことができる。百分率は、免疫検出(例えばELISA)、核酸増幅(例えばPCR)、高分解能融解、及び核酸配列決定を用いた常用診断手順によって決定することができる。

【0166】

遺伝子改変を有する細菌の好ましい百分率は、少なくとも70%、80%、90%、95%、97%、98%、99%、99.9%、99.99%、及び100%である。

【0167】

改変を誘導するための酵素及び系
一部の実施形態において、遺伝子改変は、以下の酵素及び系のうちの1つ又は複数を用いて行う。

【0168】

本明細書中に参照により組み入れられるReesら⁹中に記載されている、シトシン塩基エディター(CBE)及びアデノシン塩基エディター(ABE)。

【0169】

現在までに、7種類のDNA塩基エディターが記載されている:
・ C:GをT:Aへと変換するシトシン塩基エディター(CBE)³²
・ A:TをG:Cへと変換するアデニン塩基エディター(ABE)³³
・ C:GをG:Cへと変換するシトシングアニン塩基エディター(CGBE)^29、30
・ C:GをA:Tへと変換するシトシンアデニン塩基エディター(CABE)³¹
・ A:TをC:Gへと変換するアデニンシトシン塩基エディター(ACBE)³⁴
・ A:TをT:Aへと変換するアデニンチミン塩基エディター(ATBE)³⁵
・ T:AをA:Tへと変換するチミンアデニン塩基エディター(TABE)^36～38

【0170】

塩基エディターは塩基修飾酵素が異なる。CBEはssDNAシチジンデアミナーゼに依存し、これには以下が挙げられる:APOBEC1、rAPOBEC1、APOBEC1変異体又は進化したバージョン(evoAPOBEC1)、及びAPOBEC相同体(APOBEC3A(eA3A)、Anc689)、シチジンデアミナーゼ1(CDA1)、evoCDA1、FERNY、evoFERNY。

【0171】

ABEは、タンデム融合物TadA-TadA^*のデオキシアデノシンデアミナーゼ活性に依存し、TadA^*は、ssDNA上のアデノシンをイノシンへと変換することができる大腸菌tRNAアデノシンデアミナーゼ酵素であるTadAの進化したバージョンである。TadA^*としてはTadA-8a～e及びTadA-7.10が挙げられる。

【0172】

塩基修飾酵素以外に、編集の有効性、精度、及びモジュール性を増加させるために塩基エディターに行った改変が存在する:
・ 塩基の版を復帰させる塩基切除修復機構を防ぐための、1つ又は2つのウラシルDNAグリコシラーゼ阻害剤ドメイン(UGI)の付加
・ 細胞中の非相同末端結合機構(NHEJ)を阻害することによって挿入-欠失率を減少させるミュー-GAMの付加
・ 編集されていない鎖上にニックを作ることによって、その修復及び結果的に編集された塩基の固定を支持する、ニッカーゼ活性Cas9(nCas9 D10A)の使用。
・ 例えば、様々な生物、様々なPAMモチーフを有する変異体、又は異なる忠実度若しくは異なるファミリー由来の多様なCasタンパク質の使用(例えばCas12a)。

【0173】

DNAに基づくエディタータンパク質の非限定的な例としては、BE1、BE2、BE3、BE4、BE4-GAM、HF-BE3、スナイパー-BE3、標的-AID、標的-AID-NG、ABE、EE-BE3、YE1-BE3、YE2-BE3、YEE-BE3、BE-PLUS、SaBE3、SaBE4、SaBE4-GAM、Sa(KKH)-BE3、VQR-BE3、VRER-BE3、EQR-BE3、xBE3、Cas12a-BE、Ea3A-BE3、A3A-BE3、TAM、CRISPR-X、ABE7.9、ABE7.10、ABE7.10^*、xABE、ABESa、VQR-ABE、VRER-ABE、Sa(KKH)-ABE、ABE8e、SpRY-ABE、SpRY-CBE、SpG-CBE4、SpG-ABE、SpRY-CBE4、SpCas9-NG-ABE、SpCas9-NG-CBE4、enAsBE1.1、enAsBE1.2、enAsBE1.3、enAsBE1.4、AsBE1.1、AsBE1.4、CRISPR-Abest、CRISPR-Cbest、eA3A-BE3、AncBE4が挙げられる。

【0174】

シトシングアニン塩基エディター(CGBE)は、以下と融合されたニッカーゼCRISPRからなる:
a.シトシンデアミナーゼ(rAPOBEC)及び塩基切除修復タンパク質(例えばrXRCC1)。^29、41
b.ラットAPOBEC1変異体(R33A)タンパク質及び大腸菌由来のウラシルDNA N-グリコシラーゼ(eUNG)。³⁰

【0175】

シトシンアデニン塩基エディター(CABE)は、Cas9ニッカーゼ、シチジンデアミナーゼ(例えばAID)、及びウラシル-DNAグリコシラーゼ(Ung)からなる。³¹

【0176】

ACBEとしては、核酸プログラマブルDNA結合タンパク質及びアデニンオキシダーゼが挙げられる。³⁴

【0177】

ATBEは、Cas9ニッカーゼ及び1つ若しくは複数のアデノシンデアミナーゼ又はオキシダーゼドメインからなる。³⁵

【0178】

TABEは、Cas9ニッカーゼ及びアデノシンメチルトランスフェラーゼ、チミンアルキルトランスフェラーゼ、又はアデノシンデアミナーゼドメインからなる。^36～38

【0179】

塩基エディター分子は、Casタンパク質と融合された上記列挙したエディター酵素のうちの2つ以上からなることもできる(例えばABE及びCBEの組合せ)。これらの生体分子は二重塩基エディターと命名され、2つの異なる塩基の編集を可能にする。^39、40

【0180】

特定の実施形態において、遺伝子改変は、上記定義したようにシトシン塩基エディター(CBE)及び/又はアデノシン塩基エディター(ABE)を用いて行う。

【0181】

本明細書中に参照により組み入れられるAnzaloneら¹⁰中に記載されているプライムエディター(PE)は、プライム編集RNA(pegRNA、逆転写のための鋳型領域を含むガイドRNA)と組み合わせて使用する逆転写酵素と融合されたnCas9からなる。

【0182】

プライム編集は、挿入、欠失(インデル)、及び12個の塩基間塩基変換の導入を可能にする。プライム編集は、Casニッカーゼ変異体と融合された逆転写酵素(RT)の、プライム編集ガイドRNA(pegRNA)によって持ってこられたRNA配列をCasタンパク質によって作られたニック部位でDNAへと変換する能力に依存する。その後、このプロセスによって作られたDNAフラップは、標的DNA配列中に含まれる又は含まれない。

【0183】

プライム編集系は以下を含む:
・ M-MLV RT又は変異体バージョン(M-MLV RT(D200N)、M-MLV RT(D200N/L603W)、M-MLV RT(D200N/L603W/T330P/T306K/W313F)等の逆転写酵素ドメインと融合された、Cas9-H840A等のCasニッカーゼ変異体
・ プライム編集ガイドRNA(pegRNA)

【0184】

編集を支持するために、プライム編集系は、sgRNAを編集された鎖とアニーリングするが元の鎖とアニーリングしないように設計することによって、理想的には編集された鎖フラップの分解後にのみ、Casニッカーゼ活性を編集されていないDNA鎖に向けて標的化する追加のsgRNAの発現を含むことができる。

【0185】

プライム編集系の非限定的な例としては、PE1、PE1-M1、PE1-M2、PE1-M3、PE1-M6、PE1-M15、PE1-M3inv、PE2、PE3、PE3bが挙げられる。

【0186】

相同性を介したCas9レトロンprecISeパラレル編集(Cas9 Retron precISe Parallel Editing via homologY、「CRISPEY」)、sgRNAと融合され、Cas9及び少なくとも逆転写酵素を含むレトロンタンパク質と一緒に発現されるレトロンRNA¹¹。

【0187】

SCRIBE戦略:一本鎖アニーリングタンパク質(SSAP)としても知られる一本鎖DNAの組換えを促進するリコンビナーゼと組み合わせて発現されるレトロン系¹²。そのようなリコンビナーゼとしては、これらに限定されるわけではないが、ラムダレッド等のファージリコンビナーゼ、recET、Sak、Sak4、及び本明細書中に参照により組み入れられるWannierら¹³中に記載されている新しく記載されたSSAPが挙げられる。

【0188】

本明細書中に参照により組み入れられるKarbergら¹⁴中に記載されており、多くの細菌種において適応されている、グループIIイントロンに基づくターゲットロン系。

【0189】

他のレトロンに基づく遺伝子ターゲティング手法は、本明細書中に参照により組み入れられるSimonら¹⁵中に記載されている。

【0190】

CRISPR-Cas。CRISPRシステムは、2つの異なる要素、すなわち、i)エンドヌクレアーゼ、この場合、CRISPR関連ヌクレアーゼ(Cas又は「CRISPR関連タンパク質」)、及び、ii)ガイドRNA、を含む。CRISPR系の種類に応じて、ガイドRNAは、CRISPR(crRNA)細菌RNA及びtracrRNA(トランス活性化RNA CRISPR)の組合せからなるキメラRNAの形態であり得る¹⁶。ガイドRNAは、Casタンパク質のガイドとして役割を果たす「スペーシング配列」に対応するcrRNAの標的化特異性、及び単一の転写物中のtracrRNAのコンホメーション特性を組み合わせる。ガイドRNA及びCasタンパク質が細胞中で同時に発現される際、標的ゲノム配列は、永久に中断される(位置に応じて、標的及び周辺配列の消失並びに/若しくは細胞死を引き起こす)又は改変される場合がある。改変は修復マトリックスによってガイドされ得る。

【0191】

CRISPR系としては、ヌクレアーゼ作用機構に応じて2つの主要なクラスが挙げられる:
- クラス1は複数サブユニットエフェクター複合体から構成され、I、III、及びIV型が挙げられる
- クラス2は、Cas9ヌクレアーゼ等のように単一ユニットエフェクターモジュールから構成され、II型(II-A、II-B、II-C、II-C変異体)、V(V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)、及びVI(VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)が挙げられる

【0192】

本発明による目的配列は、好ましくは、Casタンパク質をコードする核酸配列を含む。様々なCRISPR酵素が、本発明によるベクター上の目的配列として使用するために利用可能である。一部の実施形態において、CRISPR酵素は、II型CRISPR酵素、II-A型又はII-B型CRISPR酵素である。別の実施形態において、CRISPR酵素は、I型CRISPR酵素又はIII型CRISPR酵素である。一部の実施形態において、CRISPR酵素はDNA改変を触媒する。一部の他の実施形態において、CRISPR酵素はRNA改変を触媒する。例えば、Cas13-デアミナーゼ融合物が、RNA塩基編集のため、したがってRNAを改変するために使用されている¹⁷。一実施形態において、CRISPR酵素は、ガイドRNA又は単一ガイドRNA(sgRNA)とカップリングさせ得る。ある特定の実施形態において、ガイドRNA又はsgRNAは、抗生物質耐性遺伝子、病原性タンパク質又は因子遺伝子、毒素タンパク質又は因子遺伝子、細菌受容体遺伝子、膜タンパク質遺伝子、構造タンパク質遺伝子、分泌タンパク質遺伝子、薬物全般に対して耐性を発現する遺伝子、及び宿主に対して有害効果を引き起こす遺伝子からなる群から選択されるDNA配列又は遺伝子を標的とする。好ましくは、CRISPR酵素は二重鎖切断を行わない。一部の実施形態において、CRISPR酵素は単一鎖の切断又はニックを粉う。一部の実施形態において、CRISPR酵素はDNA又はRNA中の切断を全く行わない。一実施形態において、Cas13-デアミナーゼ融合物は、RNAを塩基編集するために使用する。

【0193】

目的配列は、Casタンパク質を標的細菌に対して内在性にガイドするためのガイドRNA又はsgRNAをコードする核酸配列を、単独で又はベクターによってコードされているCasタンパク質及び/若しくはガイドRNAと組み合わせて含み得る。

【0194】

複数サブユニットエフェクターの一部として又は単一ユニットエフェクターとしてのCasタンパク質の非限定的な例としては、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(Csn1及びCsx12としても知られる)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm1、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、その相同体、そのオルソログ、その変異体、又はその改変されたバージョンが挙げられる。一部の実施形態において、CRISPR酵素は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)部位において標的核酸の両方の鎖を切断する。

【0195】

様々な実施形態において、目的核酸は、Cas9(例えばCas9ニッカーゼ)ドメインとデアミナーゼドメインを含む融合タンパク質をコードする。一部の実施形態において、融合タンパク質は、例えば本明細書中に参照により組み入れられる米国特許公開第2015/0166980号中に開示されているように、Cas9及びAPOBEC酵素等のシトシンデアミナーゼ酵素又はADAT酵素等のアデノシンデアミナーゼ酵素を含む。一実施形態において、デアミナーゼはACF1/ASEデアミナーゼである。

【0196】

様々な実施形態において、APOBECデアミナーゼは、APOBEC1デアミナーゼ、APOBEC2デアミナーゼ、APOBEC3Aデアミナーゼ、APOBEC3Bデアミナーゼ、APOBEC3Cデアミナーゼ、APOBEC3Dデアミナーゼ、APOBEC3Fデアミナーゼ、APOBEC3Gデアミナーゼ、及びAPOBEC3Hデアミナーゼからなる群から選択される。様々な実施形態において、融合タンパク質は、Cas9ドメイン、シトシンデアミナーゼドメイン、及びウラシルグリコシラーゼ阻害剤(UGI)ドメインを含む。

【0197】

一実施形態において、例えば本明細書中に参照により組み入れられる米国特許第10,113,163号中に開示されているように、デアミナーゼは、DNA中のアデノシンを脱アミノ化するアデノシンデアミナーゼである。一部の実施形態において、例えば米国特許第10,113,163号中に開示されているように、融合タンパク質は、ヌクレアーゼデッドイノシン特異的ヌクレアーゼ(dISN)等の塩基修復の阻害剤を更に含む。様々な実施形態において、目的核酸は、例えば本明細書中に参照により組み入れられるAnzaloneら¹⁰中にされているように、標的部位の指定及び所望の編集のコーディングをどちらも行うプライム編集ガイドRNA(pegRNA)を用いてプログラミングされた、操作された逆転写酵素と融合された、触媒的に損なわれたCas9エンドヌクレアーゼを含む融合タンパク質をコードする。

【0198】

特定の実施形態において、CRISPR酵素は、任意のCas9タンパク質、例えば任意の天然に存在する細菌Cas9及びその任意の変異体、相同体、又はオルソログである。

【0199】

「Cas9」により、タンパク質Cas9(Csn1又はCsx12とも呼ばれる)、或いはそれらの機能性タンパク質、ペプチド、又はポリペプチド断片が意図され、すなわち、ガイドRNAと相互作用することができ、並びに標的ゲノムのDNAの二本鎖切断を行うことを可能にする酵素活性(ヌクレアーゼ)を発揮することができることが意図される。したがって、「Cas9」は、例えば、タンパク質の所定の機能にとって必須ではないタンパク質のドメイン、特に、gRNAとの相互作用に必要ではないドメイン、を除去するためにトランケートされた改変タンパク質を示す。好ましくは、Cas9は、二重鎖DNA切断活性を欠くdCas9(デッド-Cas9)又はnCas9(ニッカーゼCas9)である。

【0200】

本発明との関連において使用するCas9(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の既知のCas9タンパク質から得ることができる^18～20。本発明において有用なCas9タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、化膿性連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)(SpCas9)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、黄色ブドウ球菌(SaCas9)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)(CjCas9)、フランシセラ・ノビサイダ(Francisella novicida)(FnCas9)、及び髄膜炎菌(Neisseria meningitides)(NmCas9)のCas9タンパク質が挙げられる。

【0201】

本発明との関連において使用するCpf1(Cas12a)(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の既知のCpf1(Cas12a)タンパク質から得ることができる^18、19。本発明において有用なCpf1(Cas12a)タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、アシダミノコッカス属(Acidaminococcus sp)、ラクノスピラ・バクテリウム(Lachnospiraceae bacteriu)、及びフランシセラ・ノビサイダのCpf1(Cas12a)タンパク質が挙げられる。

【0202】

本発明との関連において使用するCas13a(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の既知のCas13a(C2c2)タンパク質から得ることができる²¹。本発明において有用なCas13a(C2c2)タンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)のCas13a(C2c2)タンパク質(LwaCas13a)が挙げられる。

【0203】

本発明との関連において使用するCas13d(タンパク質全体又はその断片)をコードする配列は、任意の既知のCas13dタンパク質から得ることができる(Yanら、(2018年) Mol Cell 70(2):327～339)。本発明において有用なCas13dタンパク質の例としては、これらに限定されるわけではないが、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)及びルミノコッカス属(Ruminococcus sp)のCas13dタンパク質が挙げられる。

【0204】

一部の実施形態において、他のプログラマブルヌクレアーゼを使用することができる。これらとしては、操作されたTALEN(転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ)及び変異体、操作されたジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)変異体、天然、進化した、又は操作されたメガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼ変異体、並びにプログラマブルヌクレアーゼの任意の組合せ又はハイブリッドが挙げられる。したがって、本明細書中に提供するプログラマブルヌクレアーゼは、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子、又は調節性遺伝子等の目的のDNA配列又は遺伝子をコードするDNAを選択的に改変するために使用し得る(WO2014124226号及びUS2015/0064138号を参照)。

【0205】

一部の実施形態において、遺伝子改変はRNAレベルで行う。RNA塩基編集はDNA塩基編集と同じ原理に基づいている:RNA塩基の別のものへの変換を触媒する酵素は、その変換を局所的に行うために標的塩基に近づけなければならない。一実施形態において、RNA編集に使用する酵素は、dsRNA構造中においてアデノシンをイノシンへと変換する、ADARファミリーからのアデノシンデアミナーゼである。いくつかの将来性のある研究は、dsRNAについてのこの特異性を使用し、局所的RNA塩基編集をプログラミングするためにADARデアミナーゼドメイン(ADAR_DD)をアンチセンスオリゴと融合させた。より最近では、一部のCRISPR-Cas系のRNA分子と結合する能力は、RNA編集へと再度目的がもたされている。ADAR2デアミナーゼドメイン(REPAIRv1にはADAR2_DD-E488Q、REPAIRv2にはADAR2_DD-E488Q-T375G)の過剰活性化変異体と融合された触媒的にデッドなCas13b酵素(dPspCas13b)を使用して、Coxらは、以前のRNA編集戦略と比較して特異性及び効率を改善させた。

【0206】

RNAに基づくエディタータンパク質の非限定的な例としては、REPAIRv1、REPAIRv2が挙げられる。

【0207】

改変を誘導するためのベクター
様々な実施形態において、以下のベクターのうちの1つ又は複数を使用して、遺伝子改変をもたらす外因性酵素を導入することができる:
- 操作されたファージ
- 操作された細菌
- プラスミド(例えば宿主細胞内への移入が可能な接合性プラスミド)、ファージ、ファージミド、又はプロファージ。
- それぞれのベクターは上に記載したとおり、例えば、注入を介してファージ粒子(操作された若しくは野生型ファージ)によって、又は接合を介してドナー細菌によって導入することができる、宿主細胞を観戦させることができるファージ、又は宿主細胞内への導入が可能な接合性プラスミドであり得る。一例において、ベクターは、抗生物質剤(例えばベータラクタム抗生物質)及び/又は任意の他の薬剤と組み合わされている。
- 混合細菌集団中の標的細菌の形質転換のための遺伝子編集酵素/系をコードしている核酸を含み、前記遺伝子編集酵素/系は、前記標的細菌のゲノムを改変するが、標的細菌の死をもたらさない、天然に存在する細菌をin situで改変するためのバクテリオファージである。

【0208】

本発明は、これらのベクターの使用を包含し、遺伝子編集酵素/系は、直接又は間接的に疾患又は障害の原因であるタンパク質をコードする、標的細菌内のDNA配列又は遺伝子を標的とする。

【0209】

特定の実施形態において、前記ベクターは標的細菌中で複製しない。

【0210】

複製起点
好ましい実施形態において、ベクター中のDNAは標的細菌のための複製起点を含む。当技術分野において既知の複製起点は、種特異的プラスミドDNA(例えば、CoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、p15a、及び同様のもの)、細菌ウイルス(例えば、φX174、M13、F1、及びP4)、並びに細菌染色体の複製起点(例えば、oriC)から同定されている。

【0211】

一実施形態において、本発明によるベクターは、標的細菌中で機能的である細菌複製起点を含む。

【0212】

或いは、本発明によるベクターは、機能的細菌複製起点を全く含まない、又は標的細菌中で不活性である複製起点を含有する。したがって、本発明のベクターは、細菌ウイルス粒子によって細菌内に導入された後は、それ自体では複製することができない。

【0213】

一実施形態において、パッケージングするベクター上の複製起点は標的細菌中で不活性であり、これは、この複製起点が細菌ウイルス粒子によって標的とされた細菌中において機能的でなく、したがって望まないベクター複製が防がれることを意味する。

【0214】

一実施形態において、ベクターは、細菌ウイルス粒子の産生に使用する細菌中において機能的である細菌複製起点を不空。

【0215】

細菌に特異的な複製起点
プラスミドの複製は、宿主酵素及びプラスミド制御されるシス及びトランス決定因子に依存する。例えば、いくつかのプラスミドは、ほとんど全てのグラム陰性細菌において認識されて、複製開始及び調節の際に各宿主において正しく機能する、決定因子を有する。他のプラスミドは、何種類かの細菌においてのみこの能力を有する(非特許文献12)。

【0216】

プラスミドは、3つの一般的機構、すなわち、Θタイプ、鎖置換、並びに複製起点において開始するローリング・サークル(非特許文献13によって概説される)、によって複製される。この複製起点は、プラスミド及び/又は宿主にコードされているタンパク質の相互作用に必要な部位を含有する。

【0217】

本発明のベクター上で使用する複製起点は、pBR322由来のColE1 ori(15～20個のコピー/細胞)若しくはR6Kプラスミド(15～20個のコピー/細胞)等の中等度のコピー数であり得る、又は高いコピー数、例えば、pUC oris(500～700個のコピー/細胞)、pGEM oris(300～400個のコピー/細胞)、pTZ oris(>1000個のコピー/細胞)、若しくはpBluescript oris(300～500個のコピー/細胞)であり得る。

【0218】

一実施形態において、細菌複製起点は、ColE1、pMB1及び変異体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMベータ1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158、並びにpUB113からなる群から選択される。

【0219】

より好ましくは、細菌複製起点は、ColE1、pMB1及び変異体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10からなる群から選択される大腸菌複製起点である。

【0220】

より好ましくは、細菌複製起点は、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMベータ1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158、及びpUB113からなる群から選択される。

【0221】

更により好ましくは、細菌複製起点はColE1及びp15aである。

【0222】

一実施形態において、細菌複製起点は、プロピオニバクテリウム属(Propionibacterium)及びキューティバクテリウム属(Cutibacterium)中において、より具体的にはプロピオニバクテリウム・フロイデンライヒ(Propionibacterium freudenreichii)及びキューティバクテリウム・アクネス中において機能的であり、pLME108、pLME106、p545、pRGO1、pZGX01、pPG01、pYS1、FRJS12-3、FRJS25-1、pIMPLE-HL096PA1、A_15_1_R1からなる群から選択される。

【0223】

ファージ複製起点
本発明によるベクターは、完全又は改変されたファージゲノムのシス又はトランスの相補性で、異なるカプシド内への後のカプセル封入のためにペイロードの複製を開始させることができる、ファージ複製起点を含み得る。

【0224】

ファージ起点は、いかなるファージ粒子もパッケージングする必要なしに、細菌複製起点として働くように操作することもできる。

【0225】

本発明のペイロード中に含まれるファージ複製起点は、ファージ中に見つかる任意の複製起点であり得る。

【0226】

好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、ラムダ、P2、186、ラムダ様、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、ファイ80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、ファイX174、R17、PRD1 Pl様、P2様、P22、P22様、N15、及びN15様バクテリオファージの野生型又は非野生型配列であり得る。

【0227】

より好ましくは、ファージ複製起点は、M13、f1、φX174、P4、及びラムダのファージ複製起点からなる群中で選択される。

【0228】

特定の実施形態において、ファージ複製起点はP4複製起点である。

【0229】

特定の実施形態において、ファージ複製起点はプロピオニバクテリウム属ファージに由来する:Doucette等のBW様ファージ、B22、E6、G4、Anatole等のBV様ファージ、E1、B3、PFR1及びPFR2等のBX様ファージ、糸状B5ファージ、BU様ファージ(キューティバクテリウム・アクネスファージ)。

【0230】

条件的複製起点
特定の実施形態において、ベクターは、標的細菌中では不活性であるがドナー細菌細胞中では活性である条件的複製起点を含む。

【0231】

本発明との関連において、「条件的複製起点」とは、特定の分子の存在によってその機能性を制御し得る複製起点をいう。

【0232】

特定の実施形態において、条件的複製起点は、その複製が1つ又は複数の所定のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せの存在に依存する複製起点である。

【0233】

特定の実施形態において、前記複製起点の複製は、前記複製を活性化させるために転写等のプロセスに更に依存し得る。

【0234】

本発明との関連において、前記標的細菌中に前記所定のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せが非存在であることが理由で、前記条件的複製起点は標的細菌中で不活性である。

【0235】

特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞が前記所定のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。特定の実施形態において、前記タンパク質、ペプチド、RNA 核酸、分子、又はその任意の組合せは、前記ドナー細菌細胞中においてトランスで発現される。

【0236】

本明細書中において「トランスで」とは、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せが、複製起点を含む核酸分子と同じもの上にコードされていないことを意味する。特定の実施形態において、前記タンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せは、染色体又はベクター、具体的にはプラスミド上にコードされている。特定の実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを含む。代替実施形態において、前記ベクターは抗生物質耐性マーカーを欠く。

【0237】

前記標的細菌中に前記所定のタンパク質、ペプチド、RNA、核酸、分子、又はその任意の組合せが非存在であることが理由で、前記条件的複製起点は標的細菌中で不活性であるため、前記条件的複製起点は、標的とする特定の細菌に応じて選択し得る。

【0238】

本明細書中に開示する条件的複製起点は、好ましくは以下の特徴を共有する、プラスミド、バクテリオファージ、又はPICIが起源であり得る:これらはその複製起点中にリピート配列又はイテロンを含有すること、及び、これらは、それに特異的な、前記複製起点と相互作用する少なくとも1つのタンパク質(すなわち、Rep、タンパク質O、タンパク質P、pri)をコードすること。

【0239】

例として、以下のプラスミド及びバクテリオファージの条件的複製系に言及し得る:RK2、R1、pSC101、F、Rts1、RSF1010、P1、P4、ラムダ、ファイ82、ファイ80。

【0240】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、R6Kλ DNA複製起点及びその誘導体、IncPα oriV複製起点及びその誘導体、誘導性プロモーター下となるように改変されたColE1複製起点、並びにファージ誘導性染色体島(PICI)由来の複製起点及びその誘導体からなる群から選択される。

【0241】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、宿主マイクロバイオームの細菌の50%未満、又は40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、若しくは5%未満中に存在する複製起点である。

【0242】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、宿主マイクロバイオームの細菌、具体的には、宿主マイクロバイオームの50%より多く、より詳細には60%より多く、70%より多く、80%より多く、90%より多く又は95%より多くを表す細菌の複製起点の配列と、80%未満同一、具体的には70%未満、60%未満、50%未満、40%未満、30%未満、20%未満、10%未満、5%未満、又は1%未満同一である配列を含むか又はそれからなる。

【0243】

本明細書において使用される場合、用語「ファージ誘導性染色体島」又は「PICI」とは、保存された遺伝子組織を有し、PICIマスターリプレッサーを含む一対の多様な調節性遺伝子をコードする、移動性遺伝因子をいう。典型的には、グラム陽性細菌では、rprの左側にあり同じ方向に転写されるPICIは、インテグラーゼ(int)遺伝子を遺伝子の小さな組をコードしており、rprにあり逆方向に転写されるPICIは、切除機能(xis)、及びこれらの遺伝子の隣に、時折融合されているプライマーゼ相同体(pri)と任意選択で複製開始因子(rep)とからなる複製モジュール、続いて複製起点(ori)をコードしており、また、PICIは、同じ方向に転写される、ファージ干渉に関与している遺伝子及び任意選択でターミナーゼ小サブユニット相同体(terS)をコードする。

【0244】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、ファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する複製起点である。

【0245】

特定の条件的複製起点は実際にPICIに由来している。

【0246】

具体的にはプライマーゼ-ヘリカーゼ及びPICIからの複製起点に基づいて、新規条件的複製ベクターを導き出すことが可能であることが示された。これらの起点は標的株中では比較的稀な場合があり、より有利には、プライマーゼ-ori対はそれぞれのPICIについてユニークである場合があり、望ましくない組換え又はペイロード拡大事象の可能性を有意に低下させる。これらを更に改変して、標的細菌防御系を迂回するために組換えの機会を更に制限して制限部位を除去することができる。

【0247】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、Fillol-Salomら、(2018年) The ISME Journal 12:2114～2128中に開示されている、大腸菌株CFT073のPICIからの複製起点に由来する。

【0248】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼori、典型的には配列番号12の配列のものである。

【0249】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号13)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDからなる群から選択される少なくとも1、少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15、又は少なくとも16個の制限部位を欠く、大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。

【0250】

特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、制限部位GAAABCCを欠く大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件的複製起点は配列番号7の配列のものである。

【0251】

別の特定の実施形態において、前記条件的複製起点は、制限部位GAAABCC、GCCGGC、RCCGGY、GCNGC、TWCANNNNNNTGG(配列番号13)、TGGCCA、ACCYAC、YGGCCR、AGACC、GCWGC、GGGANGC、GKAGATD、GCCGGYYD、GGCYAC、RGCCGGYYD、及びVGCCGGYBDを欠く大腸菌株CFT073のPICI由来のプライマーゼoriである。好ましくは、前記条件的複製起点は配列番号8の配列のものである。

【0252】

前記複製起点がファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼ、具体的には、典型的には配列番号15の配列を含むか又はそれからなる核酸によってコードされている、配列番号14の配列のプライマーゼ-ヘリカーゼを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。

【0253】

これらの特定の条件的複製起点はラムダに基づくパッケージングと特に適合性があり、微生物叢関連の応用に必要な十分に高い力価(>10¹⁰/mL)がもたらされたことが実証された。

【0254】

特定の実施形態において、前記ベクターがファージミドである場合、前記複製起点は、前記ファージミドをパッケージングするカプシドの構造要素をコードするために使用されるものとは異なる微生物に由来し得る。

【0255】

本明細書中において「ドナー細菌細胞」とは、上記定義したベクターを宿すことができる、上記定義したベクターを産生することができる、及び/又は上記定義した前記ベクターを別の細菌へと移すことができる細菌を意味する。特定の実施形態において、前記ベクターはファージミドであってよく、そうすると、前記ドナー細菌細胞は、前記ファージミドを、より詳細にはパッケージされたファージミドの形態で生成することができる細菌細胞であってよい。代替実施形態において、前記ベクターはプラスミド、より詳細には接合性プラスミドであってよく、そうすると、前記ドナー細菌細胞は、前記接合性プラスミドを別の細菌に、具体的には接合によって移すことができる細菌であってよい。

【0256】

好ましくは、前記ドナー細菌細胞は前記ベクターを安定して含み、前記ベクターを複製することができる。

【0257】

特定の実施形態において、前記ベクターの条件的複製起点が、その複製が所定のタンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せの存在に依存する複製起点である場合、前記ドナー細菌細胞は、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せを発現する。好ましくは、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せは、上記定義したようにトランスで発現される。

【0258】

特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞は、前記タンパク質、ペプチド、核酸、RNA、分子、又はその任意の組合せをコードする核酸を安定して含む。

【0259】

特定の実施形態において、前記複製起点がファージ誘導性染色体島(PICI)に由来する場合、前記ドナー細菌細胞がrepタンパク質、特にプライマーゼ-ヘリカーゼ、具体的には配列番号14の配列のプライマーゼ-ヘリカーゼを発現することが理由で、前記条件的複製起点は前記ドナー細菌細胞中で活性である。

【0260】

特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞は、前記repタンパク質、特に前記プライマーゼ-ヘリカーゼをコードする核酸を安定して含み、前記核酸は、典型的には配列番号15の配列を含むか又はそれからなる。

【0261】

特定の実施形態において、前記ドナー細菌細胞は、産生細胞系、具体的には本発明のベクターを含むパッケージされたファージミドを産生する細胞系である。

【0262】

産生細胞系によるパッケージされたファージミド及びバクテリオファージ粒子の作製は、当業者に周知の常用技法である。一実施形態において、サテライトファージ及び/又はヘルパーファージを使用して、本明細書中に開示する送達ビヒクル中へのベクターのパッケージングを促進し得る。ヘルパーファージは機能をトランスで提供し、当業者には周知である。ヘルパーファージは、ファージミドをパッケージングするために不可欠な構造的及び機能的タンパク質をコードするすべての遺伝子を含む(すなわち、ヘルパーファージが送達ビヒクルのアセンブリに必要なすべての遺伝子産物を提供する)。ヘルパーファージは欠陥のある複製起点若しくはパッケージングシグナルを含有する、又は後者を完全に欠如していてよく、したがって自己パッケージングすることができず、したがって、ベクター又はプラスミドを保持する細菌送達粒子のみが産生される。ヘルパーファージは、送達粒子産生に使用される細菌細胞の溶解を誘導することができないように選択し得る。当業者は、いくつかのバクテリオファージは欠陥があり、ペイロードのパッケージングのためにヘルパーファージを必要とすることを理解するであろう。したがって、当業者は、細菌送達粒子を調製するために選択されたバクテリオファージに応じて、ヘルパーファージが必要であるか否かを知っているであろう。パッケージングされたペイロードの組立て又は作製にとって必要な1つ又は複数のタンパク質をコードする配列又は調節プロセスがトランスにおいて供給され得る。例えば、STF、gpJ、及びgpHタンパク質は、誘導性プロモーターの制御下にあるベクター若しくはプラスミド中で提供し得る、又は構成的に発現させ得る。この場合、ファージ野生型配列は、トランスにおいて供給される遺伝子又は配列の欠失を含み得るか又は含み得ない。更に、操作されたSTF、gpJ、又はgpHタンパク質等の新しい機能をコードするキメラ又は改変されたファージ配列は、ヘルパーファージのゲノム中の所望の位置内に直接挿入されていてよく、したがって、改変された配列をトランスで提供する必要性が回避される。配列又はタンパク質をトランスで、ベクター又はプラスミドの形態で供給する方法、並びに直接ゲノム挿入、改変、及び変異を作り出す方法はどちらも当業者に周知である。

【0263】

自己繁殖ができない送達ビヒクル
特定の実施形態において、本発明のベクターを含む送達ビヒクル、具体的にはバクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドは、自己繁殖ができない。

【0264】

本発明との関連において、「自己繁殖」は「自己複製」とは異なり、「自己複製」とは核酸を複製する能力をいう一方で、「自己繁殖」とは、子孫を持つ能力、具体的には新しい送達ビヒクルを生成する能力をいい、前記送達ビヒクルは、空で又は目的核酸がパッケージされてのどちらかで生成される。

【0265】

本明細書中において「自己繁殖ができない送達ビヒクル」とは、前記送達ビヒクルを生成するために必要な少なくとも1つ、いくつか、又はすべての機能的遺伝子が、前記送達ビヒクル(及び前記送達ビヒクル中に含まれる前記ベクター)に不在であることを意味する。好ましい実施形態において、前記前記送達ビヒクルを生成するために必要な少なくとも1つ、いくつか、又はすべての機能的遺伝子は、上記定義したドナー細胞中、好ましくは上記定義したドナー細胞中に存在するプラスミド、染色体、又はヘルパーファージ中に存在し、前記ドナー細胞中における前記送達ビヒクルの生成を可能にする。

【0266】

本発明との関連において、送達ビヒクルを生成するために必要な前記機能的遺伝子は、(i)対応する遺伝子の非存在又は(ii)対応する遺伝子の存在を通じて非存在であり得るが、非機能的な形態である。

【0267】

一実施形態において、前記送達ビヒクルを生成するために必要な前記遺伝子の配列は、前記送達ビヒクルに不在である。好ましい実施形態において、前記送達ビヒクルを生成するために必要な前記遺伝子の配列は、上記定義したように、目的核酸配列によって、具体的には遺伝子改変を誘導するための酵素又は系をコードする核酸配列によって置き換えられている。

【0268】

或いは、前記送達ビヒクルを生成するために必要な前記遺伝子は、非機能的な形態で、例えば変異体の非機能的な形態で、又は発現不可能な形態で、例えば欠失した若しくは変異させた非機能的調節因子を有して、前記送達ビヒクル中に存在する。好ましい実施形態において、前記送達ビヒクルを生成するために必要な前記遺伝子は、ドナー細胞中では機能的であるままで、標的細胞中では非機能的にさせる変異型で、前記送達ビヒクル中に存在する。

【0269】

本発明との関連において、前記送達ビヒクルを生成するために必要な遺伝子は、前記送達ビヒクルの生成に必要な任意のコード又は非コード核酸を包含する。

【0270】

前記送達ビヒクルを生成するために必要な遺伝子の例としては、ファージ構造タンパク質をコードする遺伝子、遺伝表現の制御に関与しているファージ遺伝子、転写及び/又は翻訳調節に関与しているファージ遺伝子、ファージDNAの複製に関与しているファージ遺伝子、ファージタンパク質の産生に関与しているファージ遺伝子、ファージタンパク質の折り畳みに関与しているファージ遺伝子、ファージDNAパッケージングに関与しているファージ遺伝子、並びに細菌細胞溶解に関与しているタンパク質をコードするファージ遺伝子が挙げられる。

【0271】

プロモーターの制御下の目的配列
ベクターは、少なくとも1つのプロモーターの制御下の目的配列を含むことができる。

【0272】

一実施形態において、目的配列は、標的細菌に送達するプログラマブルヌクレアーゼ回路である。このプログラマブルヌクレアーゼ回路は、目的標的遺伝子(例えばヒトに有害な遺伝子)を含有する細菌のインビボ配列特異的排除を媒介することができる場合がある。本開示のいくつかの実施形態は、ストレプトコッカス・ピオゲネス(Streptococcus pyogenes)のII型CRISPR-Cas(クラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート-CRISPR-関連)システムにおける操作されたバリアントに関する。使用することができる他のプログラマブルヌクレアーゼとしては、他のCRISPR-Casシステム、操作されたTALEN(TALエフェクターヌクレアーゼ)バリアント、操作されたジンクフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然の、進化した、又は操作されたメガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼバリアント、及びプログラマブルヌクレアーゼの任意の組み合わせ物又はハイブリッドが挙げられる。したがって、本明細書中に提供する操作された自律分散回路は、例えば、毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子、又は調節性遺伝子等の目的遺伝子をコードするDNAを選択的に改変するために使用し得る(WO2014124226号及びUS2015/0064138号を参照)。

【0273】

他の目的配列、好ましくはプログラマブルなものを、標的細菌に送達されるようにベクターに付加することができる。

【0274】

好ましくは、ペイロードに付加する目的配列回路は細菌死をもたらさない。例えば、目的の配列は、発光シグナル又は蛍光シグナルを生じるレポーター遺伝子をコードし得る。或いは、目的配列は、細菌の代謝、その環境の組成を改変すること、又は宿主に影響を与えること等の有用な機能を達成するタンパク質及び酵素を含み得る。より詳細には、目的配列は、例えばCostaら²²及びAnneら²³中に記載されているように、宿主免疫応答を始動させる抗原であり得る。特異的抗原は、標的細胞の溶解の誘導後に環境中に放出されうる、又は標的細胞によって分泌されうる。

【0275】

特定の実施形態において、目的核酸配列は、Casヌクレアーゼ、Cas9ヌクレアーゼ、ガイドRNA、単一ガイドRNA(sgRNA)、CRISPR座位、ヌクレアーゼ若しくはキナーゼ等の酵素を発現する遺伝子、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質、抗生物質若しくは薬物全般に対して耐性を発現する遺伝子、毒性タンパク質若しくは毒性因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質若しくは病原性因子、細菌分泌タンパク質若しくは輸送体、細菌孔、又はその組合せのうちの任意のものを発現する遺伝子からなる群から選択される。これらのタンパク質は、非限定的な例として、機能(例えばdCas9)の付加又は除去、通常は分泌されないタンパク質への分泌シグナルの付加、ループ中の外因性ペプチドの付加等の、追加の特長を含むように改変又は操作することもできる。

【0276】

標的細菌
ベクター、送達粒子、バクテリオファージ、ドナー細胞、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドによって標的とされた細菌は、哺乳動物生物、植物、又は環境中に存在する任意の細菌であり得る。それは、微生物叢又はマイクロバイオームの任意の共生生物の、共生の、又は病原性の細菌であり得る。

【0277】

マイクロバイオームは、様々な内在性細菌種を含み得、それらのいずれも、本開示に従って標的化され得る。一部の実施形態において、標的化された内在性細菌細胞の属及び/又は種は、細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージのタイプに依存し得る。例えば、いくつかのバクテリオファージは、細菌の特定の宿主種に対して指向性を示すか又はそれを優先的に標的にする。他のバクテリオファージは、そのような指向性を示さず、並びに内因性細菌細胞のいくつかの異なる属及び/又は種を標的とするために使用され得る。

【0278】

細菌細胞の例としては、これらに限定されるわけではないが、以下の属:エルシニア属菌(Yersinia spp.)、エシェリキア属菌(Escherichia spp.)、クレブシエラ属菌(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属菌(Acinetobacter spp.)、ボルデテラ属菌(Bordetella spp.)、ネイセリア属菌(Neisseria spp.)、アエロモナス属菌(Aeromonas spp.)、フランシセラ属菌(Franciesella spp.)、コリネ桿菌属菌(Corynebacterium spp.)、シトロバクター属菌(Citrobacter spp.)、クラミジア属菌(Chlamydia spp)、ヘモフィルス属菌(Hemophilus spp.)、ブルセラ属菌(Brucella spp.)、マイコバクテリウム属菌(Mycobacterium spp.)、レジオネラ属菌(Legionella spp.)、ロドコッカス属菌(Rhodococcus spp)、シュードモナス属菌(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属菌(Helicobacter spp.)、ビブリオ属菌(Vibrio spp.)、バシラス属菌(Bacillus spp.)、エリジペロスリックス属菌(Erysipelothrix spp.)、サルモネラ属菌(Salmonella spp.)、ストレプトマイセス属菌(Streptomyces spp.)、ストレプトコッカス属菌(Streptococcus spp.)、スタフィロコッカス属菌(Staphylococcus spp.)、バクテロイド属菌(Bacteroides spp.)、プレボテラ属菌(Prevotella spp.)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、ビフィドバクテリウム属菌(Bifidobacterium spp)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、ブレヴィオバクテリウム属菌(Brevibacterium spp.)、ラクトコッカス属菌(Lactococcus spp.)、ロイコノストック属菌(Leuconostoc spp.)、アクチノバシラス属菌(Actinobacillus spp.)、セレノモナス属菌(Selnomonas spp.)、シゲラ属菌(Shigella spp.)、ザイモモナス属菌(Zymonas spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp)、トレポネーマ属菌(Treponema spp)、ロイコノストック属菌(Leuconostoc spp.)、コリネバクテリウム属菌(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス属菌(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属菌(Enterobacter spp.)、ピロコッカス属菌(Pyrococcus spp.)、セラチア属菌(Serratia spp.)、モルガネラ属菌(Morganella spp.)、パルビモナス属菌(Parvimonas spp)、フソバクテリウム属菌(Fusobacterium spp)、アクチノマイセス属菌(Actinomyces spp.)、ポルフィロモナス属菌(Porphyromonas spp)、ミクロコッカス属菌(Micrococcus spp.)、バルトネラ属菌(Bartonella spp.)、ボレリア属菌(Borrelia spp.)、ブルセラ属菌(Brucelia spp.)、カンピロバクター属菌(Campylobacter spp.)、クラミドフィラ属菌(Chlamydophilia spp.)、キューティバクテリウム属菌(Cutibacterium spp.)、プロピオニバクテリウム属(Propionibacterium spp.)、ガードネレラ属菌(Gardnerella spp.)、エールリキア属菌(Ehrlichia spp.)、ヘモフィルス属菌(Haemophilus spp.)、レプトスピラ属菌(Leptospira spp.)、リステリア属菌(Listeria spp.)、マイコプラズマ属菌(Mycoplasma spp)、ノカルディア属菌(Nocardia spp.)、リケッチア属菌(Rickettsia spp.)、ウレアプラズマ属菌(Ureaplasma spp.)、及びラクトバチルス属菌(Lactobacillus spp.)、並びにそれらの混合物の細菌由来の細胞が挙げられる。

【0279】

したがって、ベクター、送達粒子、バクテリオファージ、細菌ウイルス粒子、又はパッケージされたファージミドは、前述の細菌属のうちの任意の1つ又は複数からの細菌細胞を標的(例えば特異的に標的)として、本発明によるペイロードを特異的に送達し得る。

【0280】

好ましくは、標的細菌は、エルシニア属菌(Yersinia spp.)、エシェリキア属菌(Escherichia spp.)、クレブシエラ属菌(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属菌(Acinetobacter spp.)、シュードモナス属菌(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属菌(Helicobacter spp.)、ビブリオ属菌(Vibrio spp.)、サルモネラ属菌(Salmonella spp.)、ストレプトコッカス属菌(Streptococcus spp.)、スタフィロコッカス属菌(Staphylococcus spp.)、バクテロイデス属菌(Bacteroides spp.)、クロストリジウム属菌(Clostridium spp.)、シゲラ属菌、エンテロコッカス属菌(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属菌(Enterobacter spp.)、リステリア属菌(Listeria spp.)、キューティバクテリウム属菌、プロピオニバクテリウム属菌、フソバクテリウム属菌(Fusobacterium spp.)、ポルフィロモナス属菌(Porphyromonas spp.)、及びガードネレラ属菌(Gardnerella spp.)からなる群から選択されうる。

【0281】

一部の実施形態において、本発明の細菌細胞は嫌気性細菌細胞である(例えば増殖に酸素を必要としない細胞)。嫌気性細菌細胞としては、これらに限定されるわけではないが、大腸菌、シェワネラ・オネイデンシ(Shewanella oneidensi)、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、及びリステリア属等の通性嫌気性細胞が挙げられる。嫌気性細菌細胞としては、例えば、バクテロイデス属、クロストリジウム属、キューティバクテリウム属、プロピオニバクテリウム属、フソバクテリウム属、及びポルフィロモナス属の種等の偏性嫌気性細胞も挙げられる。ヒトにおいて、嫌気性細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される。したがって、いくつかの特定の実施形態において、標的とされる細菌は、胃腸管において最も一般的に見出される細菌である。細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージ、及び細菌ウイルス粒子は、ペイロードを特異的に送達するために、当業者に公知のそれらの特定のスペクトルに従って、嫌気性細菌細胞を標的にし得る(例えば、特異的に標的にし得る)。

【0282】

一部の実施形態において、標的にされる細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)、バクテロイデス・ディスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、クロストリジウム・レプツム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、黄色ブドウ球菌枯草菌(Bacillus subtilis)、酪酸菌(Clostridium butyricum)、ブレヴィオバクテリウム・ラクトファーメンタム(Brevibacterium lactofermentum)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ラクトコッカス・ラクティス(Lactococcus lactis)、ロイコノストック・ラクティス(Leuconostoc lactis)、アクチノバシラス・アクチノミセテムコミタンス(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、シアノバクテリア属(Cyanobacteria)、大腸菌、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、セレノモナス・ルミナンチウム(Selnomonas ruminatium)、ゾンネ菌(Shigella sonnei)、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、牛肺疫菌(Mycoplasma mycoides、)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、バチルス・スリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphilococcus lugdunensis)、ロイコノストック・オエノス(Leuconostoc oenos)、コリネバクテリウム・キセロシス(Corynebacterium xerosis)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、カゼイ菌(Lactobacillus casei)、好酸性乳酸桿菌(Lactobacillus acidophilus)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、バチルス・コアグランス(Bacillus coagulans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、乳化病菌(Bacillus popillae)、シネコシスティス株PCC6803(Synechocystis strain PCC6803)、バチルス・リクファシエンス(Bacillus liquefaciens)、ピロコッカス・アビシイ(Pyrococcus abyssi)、セレノモナス・ノミナンチウム(Selenomonas nominantium)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)、ラクトバシルス・ペントサス(Lactobacillus pentosus)、バクテロイデス・フラギリス、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ストレプトミセス・ファエクロモゲネス(Streptomyces phaechromogenes)、ストレプトミセス・ガナエニス(Streptomyces ghanaenis)、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、セラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、サイトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ、緑膿菌、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、プレボテラ・インターメディア(Prevotella intermedia)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、プレボテラ・ニグレセンス(Prevotella nigrescens)、ウシ放線菌(Actinomyces israelii)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、バチルス・メガテリウム(Bacillus megaterium)、アエロモナス・ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、アエロモナス・キャビエ(Aeromonas caviae)、炭疽菌、バルトネラ・ヘンセラ(Bartonella henselae)、バルトネラ・キンターナ(Bartonella Quintana)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、ボレリア・ブルグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、ボレリア・ガリニイ(Borrelia garinii)、ボレリア・アフゼリイ(Borrelia afzelii)、ボレリア・レクルレンチス(Borrelia recurrentis)、ウシ流産菌(Brucella abortus)、イヌ流産菌(Brucella canis)、ブルセラ・メリテンシス(Brucella melitensis)、ブタ流産菌(Brucella suis)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・フィタス(Campylobacter fetus)、肺炎クラミジア(Chlamydia pneumoniae)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・シッタシ(Chlamydophila psittaci)、ボツリヌス菌(Clostridium botulinum)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、ウェルシュ菌(Clostridium perfringens)、破傷風菌(Clostridium tetani)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)(以前のアクネ菌(Propionibacterium acnes)、エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)、エーリキア・チャフェエンシス(Ehrlichia chaffeensis)、エンテロコッカス・フェシウム、野兎病菌、ヘモフィルス・インフルエンザ(Haemophilus influenza)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、レプトスピラ・インテロガンス(Leptospira interrogans)、レプトスピラ・サンタロサイ(Leptospira santarosai)、レプトスピラ・ウェイリイ(Leptospira weilii)、レプトスピラ・ノグチイ(Leptospira noguchii)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、ライ菌(Mycobacterium leprae)、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、マイコバクテリウム・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)、マイコプラズマ肺炎(Mycoplasma pneumonia)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、髄膜炎菌、ノカルジア・アステロイドス(Nocardia asteroids)、ロッキー山紅斑熱リケッチア(Rickettsia rickettsia)、腸炎菌(Salmonella enteritidis)、チフス菌(Salmonella typhi)、サルモネラ・パラチフィ(Salmonella paratyphi)、ネズミチフス菌(Salmonella typhimurium)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexnerii)、志賀赤痢菌、スタフィロコッカス・サプロフィチカス(Staphylococcus saprophyticus)、肺炎連鎖球菌、化膿連鎖球菌、ガードネレラ・バジナリス(Gardnerella vaginalis)、緑色レンサ球菌(Streptococcus viridans)、梅毒トレポネーマ(Treponema pallidum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、コレラ菌、腸炎ビブリオ(Vibrio parahaemolyticus)、ペスト菌、エルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitic)、偽結核エルシニア菌(Yersinia pseudotuberculosis)、アクチノバクター・バウマニイ(Actinobacter baumanii)、緑膿菌、並びにそれらの混合物であり、好ましくは、目的の細菌は、大腸菌、エンテロコッカス・フェシウム、黄色ブドウ球菌、肺炎桿菌、アシネトバクター・バウマニイ(Acinetobacter baumanii)、緑膿菌、エンテロバクター・クロアカエ、及びエンテロバクター・アエロゲネス、並びにそれらの混合物からなる群から選択される。

【0283】

一部の実施形態において、標的化された細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アナエロツルンカス属(Anaerotruncus)、アセタナエロバクテリウム属(Acetanaerobacterium)、アセチトマクルム属(Acetitomaculum)、アセチビブリオ属(Acetivibrio)、アネロコッカス属(Anaerococcus)、アネロフィルム属(Anaerofilum)、アネロシヌス属(Anaerosinus)、アネロスチペス属(Anaerostipes)、アネロボラックス属(Anaerovorax)、ブチリビブリオ属(Butyrivibrio)、クロストリジウム属(Clostridium)、カプラコッカス属(Capracoccus)、デハロバクター属(Dehalobacter)、ジアリスター属(Dialister)、ドレア属(Dorea)、エンテロコッカス属(Enterococcus)、エタノリゲネンス(Ethanoligenens)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、フソバクテリウム属(Fusobacterium)、グラシリバクター属(Gracilibacter)、グゲンヘイメラ属(Guggenheimella)、ヘスペリア属(Hespellia)、ラクノバクテリウム属(Lachnobacteriium)、ラクノスピラ属(Lachnospira)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ロイコノストック属(Leuconostoc)、メガモナス属(Megamonas)、モリエラ属(Moryella)、ミツオケラ属(Mitsuokella)、オリバクテリウム属(Oribacterium)、オキソバクター属(Oxobacter)、パピリバクター属(Papillibacter)、プロプリオンスピラ属(Proprionispira)、シュードブチリビブリオ属(Pseudobutyrivibrio)、シュードラミバクター属(Pseudoramibacter)、ロセブリア属(Roseburia)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、サルシナ属(Sarcina)、セイノネラ属(Seinonella)、シュトレウォルチア属(Shuttleworthia)、スプロバクター属(Sporobacter)、スプロバクテリウム属(Sporobacterium)、ストレプトコッカス属(Streptococcus)、スブドリグラヌルム属(Subdoligranulum)、シントロフォコッカス属(Syntrophococcus)、サーモバシルス属(Thermobacillus)、ツリバクター属(Turibacter)、ウェイセラ属(Weisella)、クロストリジウム属(Clostridium)、バクテロイデス属(Bacteroides)、ルミノコッカス属(Ruminococcus)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、トレポネーマ属(Treponema)、ファスコラークトバクテリウム属(Phascolarctobacterium)、メガスファエラ属(Megasphaera)、フェカリバクテリウム属(Faecalibacterium)、ビフィドバクテリウム属(Bifidobacterium)、ラクトバチルス属(Lactobacillus)、ステレラ属(Sutterella)、及び/又はプレボテラ属(Prevotella)である。

【0284】

他の実施形態において、標的化された細菌細胞は、これらに限定されるものではないが、アクロモバクター・キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans)、アシダミノコッカス・フェルメンタンス(Acidaminococcus fermentans)、アシダミノコッカス・インテスティニー(Acidaminococcus intestini)、アシダミノコッカス属、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・ジュニイ(Acinetobacter junii)、アシネトバクター・ルヴォフィイ(Acinetobacter lwoffii)、アクチノバシラス・カプスラツス(Actinobacillus capsulatus)、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ(Actinomyces neuii)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・ラディンガエ(Actinomyces radingae)、アドレクロウチア・エクオリファシエンス(Adlercreutzia equolifaciens)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス(Aggregatibacter actinomycetemcomitans)、アッカーマンシア・ムシニフィラ(Akkermansia muciniphila)、Aliagarivorans marinus、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アリスティペス・インディスティンクタス(Alistipes indistinctus)、アリスティペス・イノプス(Alistipes inops)、アリスティペス・オンデルドンキイ(Alistipes onderdonkii)、アリスティペス・ピュトレディニス(Alistipes putredinis)、アリスティペス・セネガレンシス(Alistipes senegalensis)、アリスティペス・シャーヒイ(Alistipes shahii)、アリスティペス・チモネンシス(Alistipes timonensis)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Anaerobacter polyendosporus、アナエロバキュラム・ヒドロジェニフォーマンス(Anaerobaculum hydrogeniformans)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコッカス・セネガレンシス(Anaerococcus senegalensis)、アナエロフスティス・ステルコリホミニス(Anaerofustis stercorihominis)、アナエロスティペス・カカエ(Anaerostipes caccae)、アナエロスティペス・ハドラス(Anaerostipes hadrus)、アナエロツルンカス・コリホミニス(Anaerotruncus colihominis)、アネウリニバチルス・アネウリニリティカス(Aneurinibacillus aneurinilyticus)、バチルス・リケニフォルミス(Bacillus licheniformis)、バチルス・マシリオアノレシウス(Bacillus massilioanorexius)、バチルス・マシリオセネガレンシス(Bacillus massiliosenegalensis)、バチルス・シンプレックス(Bacillus simplex)、バチルス・スミシー(Bacillus smithii)、枯草菌、バチルス・スリンギエンシス、バチルス・チモネンシス(Bacillus timonensis)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteriodes xylanisolvens)、バクテロイデス・アシジファシエンス(Bacteroides acidifaciens)、バクテロイデス・カカエ(Bacteroides caccae)、バクテロイデス・カピロサス(Bacteroides capillosus)、バクテロイデス・セルロシリチカス(Bacteroides cellulosilyticus)、バクテロイデス・クラルス(Bacteroides clarus)、バクテロイデス・コプロコーラ(Bacteroides coprocola)、バクテロイデス・コプロフィラス(Bacteroides coprophilus)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・エガーシイ(Bacteroides eggerthii)、バクテロイデス・ファエシス(Bacteroides faecis)、バクテロイデス・ファインゴールディイ(Bacteroides finegoldii)、バクテロイデス・フラクサス(Bacteroides fluxus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ガリナルム(Bacteroides gallinarum)、バクテロイデス・インテスティナーリス(Bacteroides intestinalis)、バクテロイデス・ノルディイ(Bacteroides nordii)、バクテロイデス・オレイシプレヌス(Bacteroides oleiciplenus)、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・ペクチノフィルス(Bacteroides pectinophilus)、バクテロイデス・プレビウス(Bacteroides plebeius)、バクテロイデス・サラニトロニス(Bacteroides salanitronis)、バクテロイデス・セイリヤーシアエ(Bacteroides salyersiae)、バクテロイデス属(Bacteroides sp.)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・シータイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、バクテロイデス・キシラニソルベンス(Bacteroides xylanisolvens)、バクテロイデス・ペクチノフィラスATCC(Bacteroidespectinophilus ATCC)、バルネシエラ・インテスティニホミニス(Barnesiella intestinihominis)、ババリコッカス・セイロリ(Bavariicoccus seileri)、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス(Bifidobacterium adolescentis)、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム(Bifidobacterium angulatum)、ビフィドバクテリウム・アニマーリス(Bifidobacterium animalis)、ビフィドバクテリウム・ビフィダム(Bifidobacterium bifidum)、ビフィドバクテリウム・ブレーベ(Bifidobacterium breve)、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム(Bifidobacterium catenulatum)、ビフィドバクテリウム・デンティウム(Bifidobacterium dentium)、ビフィドバクテリウム・ガリクム(Bifidobacterium gallicum)、ビフィオバクテリアム・ロンガム(Bifidobacterium longum)、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム(Bifidobacterium pseudocatenulatum)、ビフィドバクテリウム・スターコリス(Bifidobacterium stercoris)、ビロフィラ・ワーズワーシア(Bilophila wadsworthia)、ブラウティア・ファエシス(Blautia faecis)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ(Blautia hydrogenotrophica)、ブラウティア・ルティ(Blautia luti)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・プロダクタ(Blautia producta)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、ブラキモナス・シロノミー(Brachymonas chironomi)、ブレビバクテリウム・セネガレンス(Brevibacterium senegalense)、ブライアンテラ・フォーマテキシゲンス(Bryantella formatexigens)、酪酸菌(butyrate-producing bacterium)、ブチリシコッカス・プリカエコルム(Butyricicoccus pullicaecorum)、ブチリシモナス・ビローサ(Butyricimonas virosa)、ブチリビブリオ・クロッソツス(Butyrivibrio crossotus)、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス(Butyrivibrio fibrisolvens)、カルジコプロバクター・フェカリス(Caldicoprobacter faecalis)、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・ウプサリエンシス(Campylobacter upsaliensis)、カテニバクテリウム・ミツオカイ(Catenibacterium mitsuokai)、セデセア・ダヴィスアエ(Cedecea davisae)、セルロモナス・マスシリエンシス(Cellulomonas massiliensis)、セトバクテリウム・ソメラエ(Cetobacterium somerae)、サイトロバクター・ブラアキイ(Citrobacter braakii)、サイトロバクター・フレウンディイ(Citrobacter freundii)、サイトロバクター・パステウリイ(Citrobacter pasteurii)、シトロバクター属(Citrobacter sp.)、サイトロバクター・ヤンガエ(Citrobacter youngae)、クロアシバチルス・エブリエンシス(Cloacibacillus evryensis)、クロストリジアーレス・バクテリウム(Clostridiales bacterium)、クロストリディオイデス・ディフィシル(Clostridioides difficile)、クロストリジウム・アスパラギホルメ(Clostridium asparagiforme)、クロストリジウム・バートレティイ(Clostridium bartlettii)、クロストリジウム・ボリビエンシス(Clostridium boliviensis)、クロストリジウム・ボルテアエ(Clostridium bolteae)、クロストリジウム・ハセワイ(Clostridium hathewayi)、クロストリジウム・ヒラノニス(Clostridium hiranoni)、クロストリジウム・ハイレモンアエ(Clostridium hylemonae)、クロストリジウム・レプツム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・メチルベントーサム(Clostridium methylpentosum)、クロストリジウム・ネキシレ(Clostridium nexile)、クロストリジウムオルビシンデンス(Clostridium orbiscindens)、クロストリジウム・ラモーサム(Clostridium ramosum)、クロストリジウム・シンデンス(Clostridium scindens)、クロストリジウム属(Citrobacter sp.)、クロストリジウム属(Clostridium sp.)、クロストリジウム・スパイロフォルメ(Clostridium spiroforme)、クロストリジウム・スポロゲネス(Clostridium sporogenes)、クロストリジウム・シンビオサム(Clostridium symbiosum)、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コリンゼラ・インテスティナリス(Collinsella intestinalis)、コリンゼラ・スターコリス(Collinsella stercoris)、コリンゼラ・タナカエイ(Collinsella tanakaei)、コプロバチルス・カテニフォルミス(Coprobacillus cateniformis)、コプロバクター・ファスティディオスス(Coprobacter fastidiosus)、コプロコッカス・カツス(Coprococcus catus)、コプロコッカス・コメス(Coprococcus comes)、コプロコッカス・ユウタクタス(Coprococcus eutactus)、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・シュードジフセリチクム(Corynebacterium pseudodiphtheriticum)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンス(Desulfitobacterium hafniense)、デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス(Desulfovibrio fairfieldensis)、デスルホビブリオ・ピゲル(Desulfovibrio piger)、ディアリスター・サクシナティフィラス(Dialister succinatiphilus)、ディエルマ・ファスティディオーサ(Dielma fastidiosa)、ドレア・フォルミシゲネランス(Dorea formicigenerans)、ドレア・ロンギカテナ(Dorea longicatena)、ディスゴノモナス・カプノサイトファゴイデス(Dysgonomonas capnocytophagoides)、ディスゴノモナス・ガデイ(Dysgonomonas gadei)、ディスゴノモナス・モッシイ(Dysgonomonas mossii)、エドワードシエラ・タルダ(Edwardsiella tarda)、エガセラ・レンタ(Eggerthella lenta)、アイゼンベルギエラ・タイ(Eisenbergiella tayi)、エノーマ・マスシリエンシス(Enorma massiliensis)、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロバクター・アスブリアエ(Enterobacter asburiae)、エンテロバクター・カンセロゲナス(Enterobacter cancerogenus)、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロバクター・マスシリエンシス(Enterobacter massiliensis)、エンテロコッカス・カセリフラブス(Enterococcus casseliflavus)、エンテロコッカス・デューランス(Enterococcus durans)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・フラベセンス(Enterococcus flavescens)、エンテロコッカス・ガリナルム(Enterococcus gallinarum)、エンテロコッカス属(Enterococcus sp.)、エンテロビブリオ・ニグリカンス(Enterovibrio nigricans)、エリシペラトクロストリジウム・ラモスム(Erysipelatoclostridium ramosum)、大腸菌エシェリキア属(Escherichia sp.)、ユウバクテリウム・ビフォルメ(Eubacterium biforme)、ユウバクテリウム・ドリクム(Eubacterium dolichum)、ユウバクテリウム・ハリイ(Eubacterium hallii)、ユウバクテリウム・リモサム(Eubacterium limosum)、ユウバクテリウム・ラムルス(Eubacterium ramulus)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)ユウバクテリウム・ベントリオサム(Eubacterium ventriosum)、エキシグオバクテリウム・マリナム(Exiguobacterium marin
um)、エキシグオバクテリウム・ウンデ(Exiguobacterium undae)、フィーカリバクテリウムcf(Faecalibacterium cf)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ(Faecalibacterium prausnitzii)、フェカリタレア・シリンドロイデス(Faecalitalea cylindroides)、フェリモナス・バレアリカ(Ferrimonas balearica)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、フラボバクテリウム・デジョネンス(Flavobacterium daejeonense)、フラボニフラクター・プラウティイ(Flavonifractor plautii)、フシカテニバクター・サッカリボランス(Fusicatenibacter saccharivorans)、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス(Fusobacterium gonidiaformans)、フソバクテリウム・モルティフェラム(Fusobacterium mortiferum)、フソバクテリウム・ネクロフォーラム(Fusobacterium necrophorum)、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム(Fusobacterium periodonticum)、フソバクテリウム属(Fusobacterium sp.)、フソバクテリウム・ウルセランス(Fusobacterium ulcerans)、フソバクテリウム・バリウム(Fusobacterium varium)、ガリバクテリウム・アナティス(Gallibacterium anatis)、ゲンミゲル・フォルミシリス(Gemmiger formicilis)、ゴードニバクター・パメラエアエ(Gordonibacter pamelaeae)、ハフニア・アルベイ(Hafnia alvei)、ヘリコバクター・ビリス(Helicobacter bilis)、ヘリコバクター・ビリス、ヘリコバクター・カナデンシス(Helicobacter canadensis)、ヘリコバクター・カニス(Helicobacter canis)、ヘリコバクター・シナエディ(Helicobacter cinaedi)、ヘリコバクター・マカカエ(Helicobacter macacae)、ヘリコバクター・パメテンシス(Helicobacter pametensis)、ヘリコバクター・プロラム(Helicobacter pullorum)、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、ヘリコバクター・ローデンティウム(Helicobacter rodentium)、ヘリコバクター・ウィンガメンシス(Helicobacter winghamensis)、ハーバスピリラム・マスシリエンス(Herbaspirillum massiliense)、ホルデマネラ・ビフォルミス(Holdemanella biformis)、ホールディマニア・ファニフォーミス(Holdemania fdiformis→funiformis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、ホールディマニア・マスシリエンシス(Holdemania massiliensis)、ホールディマニア・フィリフォルミス(Holdemania filiformis)、フンガテラ・ハセワイ(Hungatella hathewayi)、インテスティニバクター・バルトレッティ(Intestinibacter bartlettii)、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス(Intestinimonas butyriciproducens)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、肺炎桿菌、カルシア・マスシリエンシス(Kurthia massiliensis)、ラクノスピラ・ペクチノスチザ(Lachnospira pectinoschiza)、好酸性乳酸桿菌、ラクトバチルス・アミロリティカス(Lactobacillus amylolyticus)、ラクトバチルス・アニマーリス(Lactobacillus animalis)、ラクトバチルス・アントリ(actobacillus antri)、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brevis)、ラクトバチルス・ブフネリ(Lactobacillus buchneri)、カゼイ菌、ラクトバチルス・カルバータス(Lactobacillus curvatus)、ラクトバチルス・デルブレッキイ(Lactobacillus delbrueckii)、ラクトバチルス・ファーメンタム(Lactobacillus fermentum)、ラクトバチルス・ガッセリ(Lactobacillus gasseri)、ラクトバチルス・ヘルベティカス(Lactobacillus helveticus)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトバチルス・インテスティナーリス(Lactobacillus intestinalis)、ラクトバチルス・ジョンソニー(Lactobacillus johnsonii)、ラクトバチルス・ムリヌス(Lactobacillus murinus)、ラクトバチルス・パラカゼイ(Lactobacillus paracasei)、ラクトバチルス・プランタラム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ロイテリ(Lactobacillus reuteri)、ラクトバチルス・ラムノーサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・ルミニス(Lactobacillus ruminis)、ラクトバチルス・サケイ(Lactobacillus sakei)、ラクトバチルス・サリバリウス(Lactobacillus salivarius)、ラクトバチルス・アルチュネンシス(Lactobacillus ultunensis)、ラクトバチルス・バギナリス(Lactobacillus vaginalis)、ラクチプランチバチルスプランタルム亜種(Lactobacillus plantarum subsp.)、ロイコノストック・メセンテロイデス(Leuconostoc mesenteroides)、ロイコノストック・シュードメセンテロイデス(Leuconostoc pseudomesenteroides)、リステリア・グレイ(Listeria grayi)、リステリア・ノキュア(Listeria innocua)、マンヘイミア・グラニュロマティス(Mannheimia granulomatis)、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス(Marvinbryantia formatexigens)、メガモナス・ファニフォーミス(Megamonas funiformis)、メガモナス・ハイパーメガーレ(Megamonas hypermegale)、メタノブレビバクター・スミジイ(Methanobrevibacter smithii)、メタノブレビバクター・スミジイFl(Methanobrevibacter smithiiFl)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、ミツオケラ・ジャラルディニイ(Mitsuokella jalaludinii)、ミツオケラ・マルトアシダ(Mitsuokella multacida)、モリキューテス・バクテリウム(Mollicutes bacterium)、ムリモナス・インテスティニ(Murimonas intestini)、ナイセリア・マカカエ(Neisseria macacae)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース(Nitriliruptor alkaliphilus)、オセアノバチルス・マスシリエンシス(Oceanobacillus massiliensis)、オドリバクター・ラネウス(Odoribacter laneus)、オドリバクター・スプランクニカス(Odoribacter splanchnicus)、オルニソバクテリウム・ライノトラケアレ(Ornithobacterium rhinotracheale)、オキサロバクター・フォルミゲネス(Oxalobacter formigenes)、パエニバチルス・バレンゴルトジ(Paenibacillus barengoltzii)、パエニバチルス・キチノリティカス(Paenibacillus chitinolyticus)、パエニバチルス・ロータス(Paenibacillus lautus)、パエニバチルス・モトブエンシス(Paenibacillus motobuensis)、パエニバチルス・セネガレンシス(Paenibacillus senegalensis)、パエニスポロサルシナ・クィスキリアラム(Paenisporosarcina quisquiliarum)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ(Parabacteroides goldsteinii)、パラバクテロイデス・ゴルドニイ(Parabacteroides gordonii)、パラバクテロイデス・ジョンソニイ(Parabacteroides johnsonii)、パラバクテロイデス・メルダエ(Parabacteroides merdae)、パラプレボテーラ・キシラニフィラ(Paraprevotella xylaniphila)、パラステレラ・エクスクレメンティホミニス(Parasutterella excrementihominis)、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペディオコッカス・アシディラクティシ(Pediococcus acidilactici)、ペプトクロストリジウム・ディフィシル(Peptoclostridium difficile)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィラス・オベシ(Peptoniphilus obesi)、ペプトニフィラス・セネガレンシス(Peptoniphilus senegalensis)、ペプトニフィラス・チモネンシス(Peptoniphilus timonensis)、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス(Phascolarctobacterium succinatutens)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ(Porphyromonas asaccharolytica)、ポルフィロモナス・ウエノニス(Porphyromonas uenonis)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテーラ・デンターリス(Prevotella dentalis)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテーラ・マルチサッカリボラックス(Prevotella multisaccharivorax)、プレボテーラ・オラリス(Prevotella oralis)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテーラ・スターコレア(Prevotella stercorea)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes)、プロピオニバクテリウム・アビダム(Propionibacterium avidum)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロテウス・ミラビリス(Proteus mirabilis)、プロテウス・ペンネリATCC(Proteuspenneri ATCC)、プロビデンシア・アルカリファシエンス(Providencia alcalifaciens)、プロビデンシア・レットゲリ(Providencia rettgeri)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、プロビデンシア・スチュアーティイ(Providencia stuartii)、シュードフラボニフラクター・カピローサス(Pseudoflavonifractor capillosus)、緑膿菌、シュードモナス・ルテオラ(Pseudomonas luteola)、ラルストニア・ピッケティ(Ralstonia pickettii)、ラインハイメラ・ペルルシダRheinheimera perlucida)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、リエメレラ・コロンビーナ(Riemerella columbina)、Romboutsia lituseburensis、ロゼブリア・フェシス(Roseburia faecis)、ロゼブリア・インテスティナーリス(Roseburia intestinalis)、Roseburia inulinivorans、ルミノコッカス・ビサーキュランス(Ruminococcus bicirculans)、ルミノコッカス・ブローミイ(Ruminococcus bromii)、ルミノコッカス・カリダス(Ruminococcus callidus)、ルミノコッカス・チャンパネレンシス(Ruminococcus champanellensis)、ルミノコッカス・ファエシス(Ruminococcus faecis)、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルミノコッカス・ラクタリス(Ruminococcus lactaris)、ルミノコッカス・オベウム(Ruminococcus obeum)、ルミノコッカス属、ルミノコッカス属、ルミノコッカス・トルキース(Ruminococcus torques)、サルシナ・ベントリクリ(Sarcina ventriculi)、セリモナス・インテスティナーリス(Sellimonas intestinalis)、セネガレマッシリア・アナエロビア(Senegalimassilia anaerobia)、ゾンネ菌、スラッキア・ピリフォルミス(Slackia piriformis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・レンタス(Staphylococcus lentus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・シュードインターメディウス(Staphylococcus pseudintermedius)、スタフィロコッカス・キシローサス(Staphylococcus xylosus)、ステノトロホモナス・マルトフィリア(Stenotrophomonas maltophilia)、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・アンギノーサス(Streptococcus anginosus)、ストレプトコッカス・アウストラリス(Streptococcus australis)、ストレプトコッカス・カバリイ(Streptococcus caballi)、ストレプトコッカス・カストレウス(Streptococcus castoreus)、ストレプトコッカス・ジデルフィス(Streptococcus didelphis)、ストレプトコッカス・エクイナス(Streptococcus equinus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・ヘンリイ(Streptococcus henryi)、ストレプトコッカス・ハイオバギナリス(Streptococcus hyovaginalis)、ストレプトコッカス・インファンタリウス(Streptococcus infantarius)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・ルテチエンシス(Streptococcus lutetiensis)、ストレプトコッカス・メリオニス(Streptococcus merionis)、ストレプトコッカス・ミチス(Streptococcus mitis)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・オビス(Streptococcus ovis)、ストレプトコッカス・パラサングイニス(Streptococcus p
arasanguinis)、ストレプトコッカス・プルレクストルム(Streptococcus plurextorum)、ストレプトコッカス・ポルシ(Streptococcus porci)、化膿連鎖球菌、ストレプトコッカス・サリバリウス(Streptococcus salivarius)、ストレプトコッカス・ソブリナス(Streptococcus sobrinus)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophilus)、ストレプトコッカス・ソラルテンシス(Streptococcus thoraltensis)、ストレプトマイセス・アルブス(Streptomyces albus)、サブドリグラヌルム・バリアビレ(Subdoligranulum variabile)、サクシナティモナス・ヒッペイ(Succinatimonas hippei)、ステレラ・パルビルブラ(Sutterella parvirubra)、ステレラ・ワズワースエンシス(Sutterella wadsworthensis)、テリスポロバクター・グリコリカス(Terrisporobacter glycolicus)、テリスポロバクター・マヨムベイ(Terrisporobacter mayombei)、タラソバチルス・デボランス(Thalassobacillus devorans)、ティモネラ・セネガレンシス(Timonella senegalensis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、未知の属、未知の属、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ベイロネラ・アティピカ(Veillonella atypica)、ベイロネラ・ディスパー(Veillonella dispar)、ベイヨネラ・パルブラ(Veillonella parvula)、ビブリオ・シンシナティエンシス(Vibrio cincinnatiensis)、バルジバチルス・サレキシゲンス(Virgibacillus salexigens)、及び、ワイセラ・パラメセンテロイデス(Weissella paramesenteroides)、である。

【0285】

他の実施形態において、標的細菌細胞は、皮膚微生物叢において一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、アセトバクター・ファリナリス(Acetobacter farinalis)、アセトバクター・マロルム(Acetobacter malorum)、アセトバクター・オルガネンシス(Acetobacter orleanensis)、Acetobacter sicerae、Achromobacter anxifer、アクロモバクター・デニトリフィカンス(Achromobacter denitrificans)、アクロモバクター・マープラテンシス(Achromobacter marplatensis)、アクロモバクター・スパニウス(Achromobacter spanius)、アクロモバクター・キシロソキシダンスサブスピーシズ亜種キシロソキシダンス(Achromobacter xylosoxidans subsp. xylosoxidans)、アシドボラクス・コンジャシ(Acidovorax konjaci)、アシドボラクス・ラディシス(Acidovorax radicis)、アシネトバクター・ジョンソニイ(Acinetobacter johnsonii)、アクチノマヅラ・シトレア(Actinomadura citrea)、アクチノマヅラ・コエルレア(Actinomadura coerulea)、アクチノマヅラ・フィブローサ(Actinomadura fibrosa)、アクチノマヅラ・フルベセンス(Actinomadura fulvescens)、Actinomadura jiaoheensis、アクチノマヅラ・ルテオフルオレッセンス(Actinomadura luteofluorescens)、アクチノマヅラ・メキシカーナ(Actinomadura mexicana)、Actinomadura nitritigenes、アクチノマヅラ・ベルコソスポラ(Actinomadura verrucosospora)、Actinomadura yumaensis、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイストスポラ・アティピカ(Actinomycetospora atypica)、Actinomycetospora corticicola、アクチノマイストスポラ・リゾフィラ(Actinomycetospora rhizophila)、アクチノマイストスポラ・リシリエンシス(Actinomycetospora rishiriensis)、アエロモナス・アウストラリエンシス(Aeromonas australiensis)、アエロモナス・ベスチアルム(Aeromonas bestiarum)、Aeromonas bivalvium、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、アエロモナス・オイクレノフィラ(Aeromonas eucrenophila)、エロモナス・ヒドロフィラ亜種ヒドロフィラ(Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila)、アエロモナス・ピスキコラ(Aeromonas piscicola)、アエロモナス・ポポフィイ(Aeromonas popoffii)、アエロモナス・リーブリー(Aeromonas rivuli)、エロモナス・サルモニシダ亜種ペクチノリティカ(Aeromonas salmonicida subsp. pectinolytica.)、エロモナス・サルモニシダ亜種スミシア(Aeromonas salmonicida subsp. smithia)、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アミノバクター・アガノエンシス(Aminobacter aganoensis)、アミノバクター・シセロンエイ(Aminobacter ciceronei)、アミノバクター・リサレンシス(Aminobacter lissarensis)、アミノバクター・ニイガタエンシス(Aminobacter niigataensis)、アンサイロバクター・ポリモーフス(Ancylobacter polymorphus)、アノキシバチルス・フラビサーマス亜種ユンナネンシス(Anoxybacillus flavithermus subsp. yunnanensis)、アクアミクロビウム・アエロラータム(Aquamicrobium aerolatum)、アーキアンギウム・ゲファイラ(Archangium gephyra)、アーキアンギウム・ゲファイラ、アーキアンギウム・ミヌス(Archangium minus)、アーキアンギウム・ビオラセウム(Archangium violaceum)、アルスロバクター・ビスコサス(Arthrobacter viscosus)、炭疽菌、Bacillus australimaris、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バシラス・ミコイデス(Bacillus mycoides)、バチルス・シュードマイコイデス(Bacillus pseudomycoides)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・サフェンシス(Bacillus safensis)、バチルス・バリスモルティス(Bacillus vallismortis)、ボセア・チオオキシダンス(Bosea thiooxidans)、Bradyrhizobium huanghuaihaiense、ブラジリゾビウム・ジャポニカム(Bradyrhizobium japonicum)、ブレブンジモナス・アウランティアカ(Brevundimonas aurantiaca)、ブレブンジモナス・インターメディア(Brevundimonas intermedia)、バークホルデリア・アスパラチ(Burkholderia aspalathi)、Burkholderia choica、Burkholderia cordobensis、バークホルデリア・ディフューザ(Burkholderia diffusa)、バークホルデリア・インサルサ(Burkholderia insulsa)、バークホルデリア・リンコシアエ(Burkholderia rhynchosiae)、Burkholderia terrestris、バークホルデリア・ウーデイス(Burkholderiaudeis)、)ブティアウクセラ・ガビニアエ(Buttiauxella gaviniae)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、キチノファーガ・ディンフエンシス(Chitinophaga dinghuensis)、クリセオバクテリウム・グレウム(Chryseobacterium gleum)、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・ジェジュエンス(Chryseobacterium jejuense)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・セディミニス(Chryseobacterium sediminis)、Chryseobacterium tructae、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ベトナメンセ(Chryseobacterium vietnamense)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・スンドスバレンス(Corynebacterium sundsvallense)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、Cupriavidus nantongensis、キュープリアビダス・ネカター(Cupriavidus necator)、Cupriavidus pampae、Cupriavidus yeoncheonensis、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス(Curtobacterium flaccumfaciens)、Devosia epidermidihirudinis、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、デヴォシア・リボフラビナ(Devosia riboflavina)、ダイアフォロバクター・オリザエ(Diaphorobacter oryzae)、ディエジア・サイクラルカリフィラ(Dietzia psychralcaliphila)、エンシフェル・アダエレンス(Ensifer adhaerens)、エンシフェル・アメリカヌス(Ensifer americanus)、エンテロコッカス・マロドラタス(Enterococcus malodoratus)、エンテロコッカス・シュードアビウム(Enterococcus pseudoavium)、エンテロコッカス・ビーキエンシス(Enterococcus viikkiensis)、エンテロコッカス・シャンファンゲンシス(Enterococcus xiangfangensis)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、Flavobacterium araucananum、フラボバクテリウム・フリギディマリス(Flavobacterium frigidimaris)、グルコノバクター・フラチューリ(Gluconobacter frateurii)、グルコノバクター・タイランディカス(Gluconobacter thailandicus)、ゴルドニア・アルカニボランス(Gordonia alkanivorans)、ハロモナス・アクアマリナ(Halomonas aquamarina)、ハロモナス・アキシアレンシス(Halomonas axialensis)、ハロモナス・メリディアーナ(Halomonas meridiana)、ハロモナス・オリヴァリア(Halomonas olivaria)、Halomonas songnenensis、ハロモナス・バリアビリス(Halomonas variabilis)、ハーバスピリラム・クロロフェノリカム(Herbaspirillum chlorophenolicum)、ハーバスピリラム・フリシンゲンス(Herbaspirillum frisingense)、ハーバスピリラム・ヒルトナー(Herbaspirillum hiltneri)、ハーバスピリラム・フティエンス亜種プテイ(Herbaspirillum huttiense subsp. putei)、ハーバスピリラム・ルシタナム(Herbaspirillum lusitanum)、ヘルミニイモナス・フォンティコーラ(Herminiimonas fonticola)、ハイドロゲノファーガ・インターメディア(Hydrogenophaga intermedia)、ハイドロゲノファーガ・シュードフラバ(Hydrogenophaga pseudoflava)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、コサコニア・サッカリ(Kosakonia sacchari)、ラクトバチルス・デルブルエッキー亜種ブルガリクス(Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus)、Lactobacillus modestisalitolerans、ラクトバチルス・プランタラム亜種アルゲントラテンシス(Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis)、ラクトバチルス・シャンファンゲンシス(Lactobacillus xiangfangensis)、Lechevalieria roselyniae、レンツィア・アルビーダ(Lentzea albida)、レンツィア・カリフォルニエンシス(Lentzea californiensis)、ロイコノストック・カーノサム(Leuconostoc carnosum)、ロイコノストック・シトレウム(Leuconostoc citreum)、ロイコノストック・ゲリダム亜種ガシコミタータム(Leuconostoc gelidum subsp. gasicomitatum)、ロイコノストック・メセンテロイデス亜種(Leuconostoc mesenteroides subsp.)suionicum、ルテイモナス・アエスツアリイ(Luteimonas aestuarii)、リソバクター・アンティビオティカス(Lysobacter antibioticus)、リソバクター・コーリエンシス(Lysobacter koreensis)、リソバクター・オリザエ(・オリザエ)、マグネトスピリラム・モスコヴィエンセ(Magnetospirillum moscoviense)、Marinomonas alcarazii、マリノモナス・プリモリエンシス(Marinomonas primoryensis)、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・・ジェジュエンシス(Massilia jejuensis)、マシリア・キョンギエンシス(Massilia kyonggiensis)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Mesorhizobium acaciae、メソリゾビウム・キングシェンギ(Mesorhizobium qingshengii)、Mesorhizobium shonense、Methylobacterium haplocladii、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチロバクテリウム・ザトマニイ(Methylobacterium zatmanii)、ミクロバクテリウム・オキシダンス(Microbacterium oxydans)、Micromonospora chaiyaphumensis、ミクロモノスポラ・カルセア(Micromonospora chalcea)、ミクロモノスポラ・シトレア(Micromonospora citrea)、ミクロモノスポラ・コクセンシス(・コクセンシス)、ミクロモノスポラ・エキノフュスカ(Micromonospora echinofusca)、ミクロモノスポラ・ハロフィティカ(Micromonospora halophytica)、Micromonospora kangleipakensis、ミクロモノスポラ・マリティマ(Micromonospora maritima)、ミクロモノスポラ・ニガー(Micromonospora nigra)、ミクロモノスポラ・パープレオクロモゲネス(Micromonospora purpureochromogenes)、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ(Micromonospora rhizosphaerae)、ミクロモノスポラ・サエリセセンシス(Micromonospora saelicesensis)、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、Microvirga zambiensis、マイコバクテリウム・アルベイ(Mycobacterium alvei)、マイコバクテリウム・アビウム亜種シルバティカム(Mycobacterium avium subsp. silvaticum)、マイコバクテリウム・コロンビェンス(Mycobacterium colombiense)、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・コンセプショネンス、マイコバクテリウム・ファルシノゲネス(Mycobacterium farcinogenes)、マイコバクテリウム・ホルツイツム亜種フォルトゥイタム(Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum)、マイコバクテリウム・グッディイ(Mycobacterium goodii)、マイコバクテリウム・インスブリクム(Mycobacterium insubricum)、Mycobacterium llatzerense、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ニューオルレアンセンス(Mycobacterium neworleansense)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、マイコバクテリウム・ペレグリヌム(Mycobacterium peregrinum)、Mycobacterium saopaulense、マイコバクテリウム・セプティカム(Mycobacterium septicum)、マイコバクテリウム・セテンス(Mycobacterium setense)、
マイコバクテリウム・スメグマティス(Mycobacterium smegmatis)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ノカルディア・リジャンゲンシス(Nocardia lijiangensis)、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Novosphingobium barchaimii、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム(Novosphingobium lindaniclasticum)、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、Novosphingobium mathurense、オクロバクトラム・シュードグリグノネンス(Ochrobactrum pseudogrignonense)、Oxalicibacterium solurbis、パラバークホルデリア・グラセリ(Paraburkholderia glathei)、パラバークホルデリア・ヒュミ(Paraburkholderia humi)、パラバークホルデリア・フェナジニウム(Paraburkholderia phenazinium)、パラバークホルデリア・フィトフィルマンス(Paraburkholderia phytofirmans)、パラバークホルデリア・ソルデイディコーラ(Paraburkholderia sordidicola)、パラバークホルデリア・テリコーラ(Paraburkholderia terricola)、パラバークホルデリア・ゼノボランス(Paraburkholderia xenovorans)、Paracoccus laeviglucosivorans、Patulibacter ginsengiterrae、ポリモーフォスポラ・ルブラ(Polymorphospora rubra)、ポルフィロバクター・コリンビ(Porphyrobacter colymbi)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロテウス・ブルガリス(Proteus vulgaris)、プロビデンシア・ラスティジアニイ(Providencia rustigianii)、シュードアルテロモナス・アガリボランス(Pseudoalteromonas agarivorans)、シュードアルテロモナス・アトランティカ(Pseudoalteromonas atlantica)、シュードアルテロモナス・パラゴルジコーラ(Pseudoalteromonas paragorgicola)、シュードモナス・アスプレニイ(Pseudomonas asplenii)、Pseudomonas asuensis、シュードモナス・ベンゼニボランス(Pseudomonas benzenivorans)、シュードモナス・カンナビナ(Pseudomonas cannabina)、シュードモナス・シシコーラ(Pseudomonas cissicola)、シュードモナス・コンゲランス(Pseudomonas congelans)、シュードモナス・コスタンチニイ(Pseudomonas costantinii)、シュードモナス・フィクセレクタエ(Pseudomonas ficuserectae)、シュードモナス・フレデリクスベーゲンシス(Pseudomonas frederiksbergensis)、シュードモナス・グラミニス(Pseudomonas graminis)、シュードモナス・ジェッセニイ(Pseudomonas jessenii)、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・コレンシス、シュードモナス・クンミンゲンシス(Pseudomonas kunmingensis)、シュードモナス・マルギナリス(Pseudomonas marginalis)、シュードモナス・ムシドレンス(Pseudomonas mucidolens)、シュードモナス・パナシス(Pseudomonas panacis)、シュードモナス・プレコグロシシダ(Pseudomonas plecoglossicida)、シュードモナス・ポアエ(Pseudomonas poae)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス(Pseudomonas pseudoalcaligenes)、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)シュードモナス・レイネケイ(Pseudomonas reinekei)、シュードモナス・リゾスファエラエ(Pseudomonas rhizosphaerae)、シュードモナス・セレニイプラエキピタンス(Pseudomonas seleniipraecipitans)、シュードモナス・ウムソンゲンシス(Pseudomonas umsongensis)、Pseudomonas zhaodongensis、シュードノカルディア・アラニニフィラ(Pseudonocardia alaniniphila)、シュードノカルディア・アンモニオキシダンス(Pseudonocardia ammonioxydans)、シュードノカルディア・オートトロフィカ(Pseudonocardia autotrophica)、シュードノカルディア・コンジュエンシス(Pseudonocardia kongjuensis)、シュードノカルディア・ユンナネンシス(Pseudonocardia yunnanensis)、シュードルロドフェラクス・ソリ(Pseudorhodoferax soli)、シュードキサントモナス・デジョネンシス(Pseudoxanthomonas daejeonensis)、シュードキサントモナス・インディカ(Pseudoxanthomonas indica)、シュードキサントモナス・カオシュンゲンシス(Pseudoxanthomonas kaohsiungensis)、サイクロバクター・アクアティカス(Psychrobacter aquaticus)、サイクロバクター・アークティカス(Psychrobacter arcticus)、サイクロバクター・セレー(Psychrobacter celer)、サイクロバクター・マリンコーラ(Psychrobacter marincola)、サイクロバクター・ニビマリス(Psychrobacter nivimaris)、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・オホーツケンシス、サイクロバクター・ピスカトリイ(Psychrobacter piscatorii)、サイクロバクター・プルモニス(Psychrobacter pulmonis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・ジャポニカ(Rheinheimera japonica)、Rheinheimera muenzenbergensis)、レインヘイメラ・ソリ(Rheinheimera soli)、Rheinheimera tangshanensis)、レインヘイメラ・テキサセンシス(Rheinheimera texasensis)、Rheinheimera tilapiae、リゾビウム・アラミ(Rhizobium alamii)、Rhizobium azibense、リゾビウム・ビナエ(Rhizobium binae)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・エンドフィティカム(Rhizobium endophyticum)、リゾビウム・エトリ(Rhizobium etli)、リゾビウム・ファバエ(Rhizobium fabae)、Rhizobium freirei、リゾビウム・ガリカム(Rhizobium gallicum)、リゾビウム・ロエセンス(Rhizobium loessense)、Rhizobium sophoriradicis、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・バリス(Rhizobium vallis)、リゾビウム・ビグネ(Rhizobium vignae)、リゾビウム・ビグネ、リゾビウム・ヤンリンゲンス(Rhizobium yanglingense)、ロドコッカス・バイコヌレンシス(Rhodococcus baikonurensis)、Rhodococcus enclensis、Rhodoferax saidenbachensis、リケッチア・カナデンシス(Rickettsia canadensis)、リケッチア・ヘイロンジャンゲンシス(Rickettsia heilongjiangensis)、リケッチア・ホネイ(Rickettsia honei)、リケッチア・ラオウルチイ(Rickettsia raoultii)、ロゼアテレス・アクアティリス(Roseateles aquatilis)、ロゼアテレス・アクアティリス、サルモネラ・エンテリカ亜種サラメ(Salmonella enterica subsp. salamae)、セラチア・フィカリア(Serratia ficaria)、セラチア・ミオティス(Serratia myotis)、セラチア・ウェスペルティオニス(Serratia vespertilionis)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シェワネラ・デコロラティオニス(Shewanella decolorationis)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、Sphingobium baderi、Sphingobium barthaii、スフィンゴビウム・クロロフェノリカム(Sphingobium chlorophenolicum)、Sphingobium cupriresistens、Sphingobium czechense、Sphingobium fuliginis、スフィンゴビウム・インディカム(Sphingobium indicum)、スフィンゴビウム・インディカム、スフィンゴビウム・ジャポニカム(Sphingobium japonicum)、Sphingobium lactosutens、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴピキシス・チレンシス(Sphingopyxis chilensis)、スフィンゴピキシス・フリベルゲンシス(Sphingopyxis fribergensis)、スフィンゴピキシス・グラニュリー(Sphingopyxis granuli)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スフィンゴピキシス・ウィトフラリエンシス(Sphingopyxis witflariensis)、Staphylococcus agnetis、スタフィロコッカス・アウレウス亜種アウレウス(Staphylococcus aureus subsp. aureus)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ネパレンシス(Staphylococcus nepalensis)、スタフィロコッカス・サプロフィティカス亜種ボビス(Staphylococcus saprophyticus subsp. bovis)、スタフィロコッカス-シウリ亜種カーナティカス(Staphylococcus sciuri subsp. carnaticus)、ストレプトマイセス・カエルレウス(Streptomyces caeruleatus)、ストレプトマイセス・カナリウス(Streptomyces canarius)、ストレプトマイセス・カポアムス(Streptomyces capoamus)、ストレプトマイセス・シスカウカシカス(Streptomyces ciscaucasicus)、ストレプトミセス・グリセオルビジノサス(Streptomyces griseorubiginosus)、放線菌(Streptomyces olivaceoviridis)、Streptomyces panaciradicis、ストレプトマイセス・ファエオパープレウス(Streptomyces phaeopurpureus)、ストレプトマイセス・シュードベネズエラエ(Streptomyces pseudovenezuelae)、ストレプトマイセス・レジストマイシフィカス(Streptomyces resistomycificus)、Tianweitania sediminis、ツカムレラ・パウロメタボラ(Tsukamurella paurometabola)、バリオボラックス・グァングキシエンシス(Variovorax guangxiensis)、ボゲセラ・アルカリフィラ(Vogesella alkaliphila)、キサントモナス・アルボリコーラ(Xanthomonas arboricola)、キサントモナス・アクソノポディス(Xanthomonas axonopodis)、キサントモナス・カッサバエ(Xanthomonas cassavae)、キサントモナス・ククルビタエ(Xanthomonas cucurbitae)、キサントモナス・サイナラエ(Xanthomonas cynarae)、キサントモナス・オイベシカトリア(Xanthomonas euvesicatoria)、キサントモナス・フラガリエ(Xanthomonas fragariae)、キサントモナス・ガルドネリー(Xanthomonas gardneri)、キサントモナス・パーフォランス(Xanthomonas perforans)、キサントモナス・ピシ(Xanthomonas pisi)、キサントモナス・ポプリ(Xanthomonas populi)、キサントモナス・バシコーラ(Xanthomonas vasicola)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、エルシニア・ヌルミイ(Yersinia nurmii)、アビトロフィア・デフェクティバ(Abiotrophia defectiva)、アシドセラ・アミノリティカ(Acidocella aminolytica)、Acinetobacter guangdongensis、アシネトバクター・パルブス(Acinetobacter parvus)、アシネトバクター・レイディオレジステンス(Acinetobacter radioresistens)、アシネトバクター・ソリ(Acinetobacter soli)、アシネトバクター・バリアビリス(Acinetobacter variabilis)、アクチノマイセス・カーディフェンシス(Actinomyces cardiffensis)、アクチノマイセス・デンターリス(Actinomyces dentalis)、アクチノマイセス・ユーロパエウス(Actinomyces europaeus)、アクチノマイセス・ゲレンセリアエ(Actinomyces gerencseriae)、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ(Actinomyces graevenitzii)、アクチノマイセス・ハリオウティス(Actinomyces haliotis)、アクチノマイセス・ジョンソニイ(Actinomyces johnsonii)、アクチノマイセス・マスシリエンシス(Actinomyces massiliensis)、アクチノマイセス・メイエリー(Actinomyces meyeri)、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ(Actinomyces naeslundii)、アクチノマイセス・ノウイイ亜種アニトラツス(Actinomyces neuii subsp. anitratus)、アクチノマイセス・オドントリチカス(Actinomyces odontolyticus)、アクチノマイセス・オリス(Actinomyces oris)、アクチノマイセス・ツリセンシス(Actinomyces turicensis)、Actinomycetospora corticicola、アクチノティグナム・サッアリイ(Actinotignum schaalii)、アエロコッカス・クリステンセニイ(Aerococcus christensenii)、アエロコッカス・ウリナエ(Aerococcus urinae)、アエロミクロビウム・フラバム(Aeromicrobium flavum)、アエロミクロビウム・マシリエンゼ(Aeromicrobium massiliense)、Aeromicrobium tamlense、Aeromonas sharmana、アグリゲイティバクター・アフロフィルス(Aggregatibacter aphrophilus)、アグリゲイティバクター・セグニス(Aggregatibacter segnis)、アグロコッカス・バルドリ(Agrococcus baldri)、アルビバクター・メチロボランス(Albib
acter methylovorans)、アルカリゲネス・フェカリス亜種フェーカリス(Alcaligenes faecalis subsp. faecalis)、アルゴリファガス・ラトコウスキ(Algoriphagus ratkowskyi)、アルカリバクテリウム・オリバポブリチカス(Alkalibacterium olivapovliticus)、Alkalibacterium pelagium、Alkalibacterium pelagium、アロプレボテラ・ラバ(Alloprevotella rava)、Alsobacter metallidurans、アマリコッカス・カプリセンシス(Amaricoccus kaplicensis)、アマリコッカス・ベロネンシス(Amaricoccus veronensis)、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス(Anaerococcus hydrogenalis)、アナエロコッカス・ラクトリティカス(Anaerococcus lactolyticus)、アナエロコッカス・ムルドチイ(Anaerococcus murdochii)、アナエロコッカス・オクタビウス(Anaerococcus octavius)、アナエロコッカス・プレボティイ(Anaerococcus prevotii)、アナエロコツカス・バギナリス(Anaerococcus vaginalis)、アクアバクテリウム・シトラティフィルム(Aquabacterium citratiphilum)、アクアバクテリウム・オレイ(Aquabacterium olei)、アクアバクテリウム・オレイ、アクアバクテリウム・パーブム(Aquabacterium parvum)、アクインコラ・テルチアリカルボニス(Aquincola tertiaricarbonis)、Arcobacter venerupis、アルセニシコッカス・ボリデンシス(Arsenicicoccus bolidensis)、アルスロバクター・ルシカス(Arthrobacter russicus)、アスティカカウリス・エクスセントリカス(Asticcacaulis excentricus)、Atopobium deltae、アトポビウム・パルブルム(Atopobium parvulum)、アトポビウム・リマエ(Atopobium rimae)、アトポビウム・バギナエ(Atopobium vaginae)、オーレイモナス・アルタミレンシス(Aureimonas altamirensis)、Aureimonas rubiginis、アゾスピラ・オリザエ(Azospira oryzae)、アゾスピリラム・オリゼー(Azospirillum oryzae)、バチルス・シルクランス(Bacillus circulans)、バチルス・ドレンテンシス(Bacillus drentensis)、バチルス・-ファスティディオスス(Bacillus fastidiosus)、バチルス・レヘンシス(Bacillus lehensis)、バチルス・オオセミニシミニス(Bacillus oceanisediminis)、バチルス・リゾスファエラエ(Bacillus rhizosphaerae)、バクテリオボラックス・ストルピイ(Bacteriovorax stolpii)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ(Bacteroides dorei)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・オバータス(Bacteroides ovatus)、バクテロイデス・スターコリス(Bacteroides stercoris)、バクテロイデス・ユニフォルミス(Bacteroides uniformis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、ブデロビブリオ・バクテリオヴォルス(Bdellovibrio bacteriovorus)、Bdellovibrio exovorus、ベルナピア・モアベンシス(Belnapia moabensis)、ベルナピア・ソリ(Belnapia soli)、ブラウティア・ハンセニ(Blautia hansenii)、ブラウティア・オベウム(Blautia obeum)、ブラウティア・ウェクスレレ(Blautia wexlerae)、Bosea lathyri、ブラキバクテリウム・フレスコニス(Brachybacterium fresconis)、ブラキバクテリウム・ムリス(Brachybacterium muris)、Brevibacterium ammoniilyticum、ブレビバクテリウム・カセイ(Brevibacterium casei)、ブレビバクテリウムエピデルミディス(Brevibacterium epidermidis)、ブレビバクテリウム・イオディナム(Brevibacterium iodinum)、ブレビバクテリウム・ルテオルム(Brevibacterium luteolum)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレビバクテリウム・ピティオカンパエ(Brevibacterium pityocampae)、ブレビバクテリウム・サングイニス(Brevibacterium sanguinis)、Brevundimonas albigilva、ブレブンディモナス・ディミヌタ(Brevundimonas diminuta)、ブレバンディモナス・バンカンニーティ(Brevundimonas vancanneytii)、カエニモナス・テラエ(Caenimonas terrae)、Calidifontibacter indicus、カンピロバクター・コンサイサス(Campylobacter concisus)、カンピロバクター・グラシリス(Campylobacter gracilis)、カンピロバクター・ホミニス(Campylobacter hominis)、カンピロバクター・レクタス(Campylobacter rectus)、カンピロバクター・ショウアエ(Campylobacter showae)、カンピロバクター・ウレオリティカス(Campylobacter ureolyticus)、キャプノサイトファガ・ジンジバリス(Capnocytophaga gingivalis)、Capnocytophaga leadbetteri、キャプノサイトファガ・オクラセア(Capnocytophaga ochracea)、キャプノサイトファガ・-スプチゲナ(Capnocytophaga sputigena)、カーディオバクテリウム・ホミニス(Cardiobacterium hominis)、カルディオバクテリウム・バルバリューム(Cardiobacterium valvarum)、カーノバクテリウム・ディバーゲンス(Carnobacterium divergens)、ケトネラ・モルビ(Catonella morbi)、カウロバクター・ヘンリシイ(Caulobacter henricii)、カビセラ・サブテラニア(Cavicella subterranea)、セルロモナス・キシラニリティカ(Cellulomonas xylanilytica)、セルビブリオ・ブルガリス(Cellvibrio vulgaris)、キチニモナス・タイワネンシス(Chitinimonas taiwanensis)、Chryseobacterium arachidis、クリセオバクテリウム・デケオンゲンス(Chryseobacterium daecheongense)、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・フォルモセンス、クリセオバクテリウム・グリーンランデンス(Chryseobacterium greenlandense)、クリセオバクテリウム・インドロゲネス(Chryseobacterium indologenes)、クリセオバクテリウム・ピスシウム(Chryseobacterium piscium)、クリセオバクテリウム・リグイ(Chryseobacterium rigui)、クリセオバクテリウム・ソラニ(Chryseobacterium solani)、Chryseobacterium taklimakanense、Chryseobacterium ureilyticum、Chryseobacterium ureilyticum、クリセオバクテリウム・ジアエ(Chryseobacterium zeae)、クリセオミクロビウム・オウレアム(Chryseomicrobium aureum)、クロアシバクテリウム・ハリオティス(Cloacibacterium haliotis)、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、コリンゼラ・アエロファシエンス(Collinsella aerofaciens)、コマモナス・デニトリフィカンス(Comamonas denitrificans)、コマモナス・トリゲナ(Comamonas terrigena)、コリネバクテリウム・アクコレンス(Corynebacterium accolens)、コリネバクチリウム・アフェルメンタンス亜種リポフィルム(Corynebacterium afermentans subsp. lipophilum)、コリネバクチリウム・アンモニアゲネス(Corynebacterium ammoniagenes)、コリネバクテリウム・アミコラツム(Corynebacterium amycolatum)、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・アウリムコスム、コリネバクテリウム・コイレアエ(Corynebacterium coyleae)、コリネバクテリウム・デューラム(Corynebacterium durum)、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ(Corynebacterium freiburgense)、コリネバクテリウム・グラウカム(Corynebacterium glaucum)、Corynebacterium glyciniphilum、コリネバクテリウム・イミタンス(Corynebacterium imitans)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム(Corynebacterium jeikeium)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ(Corynebacterium kroppenstedtii)、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム(Corynebacterium lipophiloflavum)、コリネバクテリウム・マシリエンゼ(Corynebacterium massiliense)、コリネバクテリウム・マスティタイデス(Corynebacterium mastitidis)、コリネバクテリウム・マトルコティイ(Corynebacterium matruchotii)、コリネバクテリウム・ミヌティシマム(Corynebacterium minutissimum)、コリネバクテリウム・ムシファシエンス(Corynebacterium mucifaciens)、コリネバクテリウム・ムステラエ(Corynebacterium mustelae)、コリネバクテリウム・ミセトイデス(Corynebacterium mycetoides)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、コリネバクテリウム・シミュランス(Corynebacterium simulans)、コリネバクテリウム・シングラレ(Corynebacterium singulare)、コリネバクテリウム・スプュティ(Corynebacterium sputi)、コリネバクテリウム・スイコルディス(Corynebacterium suicordis)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム(Corynebacterium tuberculostearicum)、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス(Conynebacterium ureicelerivorans)、コリネバクテリウムバリアビレ(Corynebacterium variabile)、コウチオプラネス・カエルレウス亜種カエルレウス(Couchioplanes caeruleus subsp. caeruleus)、キュープリアビダス・メタリデュランス(Cupriavidus metallidurans)、カートバクテリウム・ヘルバルム(Curtobacterium herbarum)、(デクロロモナス・アギタタDechloromonas agitata)、デイノコッカス・アクチノスクレラス(Deinococcus actinosclerus)、デイノコッカス・アンタルクチカス(Deinococcus antarcticus)、デイノコッカス・カエニー(Deinococcus caeni)、デイノコッカス・フィカス(Deinococcus ficus)、デイノコッカス・ゲオサーマリス(Deinococcus geothermalis)、デイノコッカス・ラジオデュランス(Deinococcus radiodurans)、デイノコッカス・ブルムクイエンシス(Deinococcus wulumuqiensis)、デイノコッカス・シンジャンゲンシス(Deinococcus xinjiangensis)、デルマバクター・ホミニス(Dermabacter hominis)、デルマバクター・バギナリス(Dermabacter vaginalis)、ダーマコッカス・ニシノミヤエンシス(Dermacoccus nishinomiyaensis)、デセムジア・インセルタ(Desemzia incerta)、Desertibacter roseus、ディアリスター・インビサス(Dialister invisus)、ディアリスター・ミクラエロフィルス(Dialister micraerophilus)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス(Dialister propionicifaciens)、ディエジア・オーランチアカ(Dietzia aurantiaca)、Dietzia cercidiphylli、ディエジア・ティモレンシス(Dietzia timorensis)、ディエジア・ティモレンシス、ドクドネラ・コーリエンシス(Dokdonella koreensis)、ドクドネラ・コーリエンシス、)ドロシグラヌルム・ピグルム(Dolosigranulum pigrum)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)、エリザベトキンギア・ミリコーラ(Elizabethkingia miricola)、エルステラ・リトラリス(Elstera litoralis)、エンペドバクター・ブレビス(Empedobacter brevis)、エンハイドロバクター・アエロサックス(Enhydrobacter aerosaccus)、エンテロバクター・シャンファンゲンシス(Enterobacter xiangfangensis)、エンテロコッカス・アクイマリヌス(Enterococcus aquimarinus)、エンテロコッカス・フェカーリス(Enterococcus faecalis)、エンテロコッカス・オリバエ(Enterococcus olivae)、エルウィニア・ラポンティシ(Erwinia rhapontici)、ユウバクテリウム・エリゲンス(Eubacterium eligens)、ユウバクテリウム・インフィルマム(Eubacterium infirmum)、ユーバクテリウム・レクタレ(Eubacterium rectale)、ユウバクテリウム・サフェヌム(Eubacterium saphenum)、ユウバクテリウム・サルシ(Eubacterium sulci)、エキシグオバクテリウム・メキシカナム(Exiguobacterium mexicanum)、ファクラミア・タバシナサリス(Facklamia tabacinasalis)、ファルシロドバクター・ハロトレランス(Falsirhodobacter halotolerans)、フィネゴルディア・マグナ(Finegoldia magna)、Flavobacterium cutihirudinis、フラボバクテリウム・リンダニトレランス(Flavobacterium lindanitolerans)、フラボバクテリウム・レジステンス(Flavobacterium resistens)、フリードマンニエラ・カプスラタ(Friedmanniella capsulata)、フゾバクテリウム・ヌクレタム亜種ポリモーフム(Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum)、ゲメラ・ヘモリザンス(Gemella haemolysans)、ゲメラ・モルビロルム(Gemella morbillorum)、ゲメラ・パラティカニス(Gemella palaticanis)、ゲメラ・サングイニス(Ge
mella sanguinis)、ゲンモバクター・アクアティカス(Gemmobacter aquaticus)、ゲンモバクター・カエニー(Gemmobacter caeni)、Gordonia jinhuaensis、ゴルドニア・クロッペンステッティイ(Gordonia kroppenstedtii)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス(Gordonia polyisoprenivorans)、ゴルドニア・ポリソプレニボランス、グラニュリカテラ・アディアセンス(Granulicatella adiacens)、グラニュリカテラ・エレガンス(Granulicatella elegans)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ(Haemophilus parainfluenzae)、ヘモフィルス・スプトルム(Haemophilus sputorum)、ハロモナス・サルフィダエリス(Halomonas sulfidaeris)、ヘルペトシフォン・オーランティアカス(Herpetosiphon aurantiacus)、ハイドロカルボニファーガ・エフューサ(Hydrocarboniphaga effusa)、イディオマリナ・マリス(Idiomarina maris)、ジャニバクター・アノフェリス(Janibacter anophelis)、ジャニバクター・ホイレイ(Janibacter hoylei)、ジャニバクター・インディカス(Janibacter indicus)、ジャニバクター・リモーサス(Janibacter limosus)、ジャニバクター・メロニス(Janibacter melonis)、ジェオトガリコッカス・ハロフィルス(Jeotgalicoccus halophilus)、ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、Kaistia geumhonensis、キンゲラ・デニトリフィカンス(Kingella denitrificans)、キンゲラ・オラリス(Kingella oralis)、クレブシエラ・オキシトカ(Klebsiella oxytoca)、ノエリア・アエロラータ(Knoellia aerolata)、Knoellia locipacati、コクリア・アトリナエ(Kocuria atrinae)、コクリア・カルニフィラ(Kocuria carniphila)、コクリア・クリスティナエ(Kocuria kristinae)、コクリア・パルストリス(Kocuria palustris)、コクリア・ツルファネンシス(Kocuria turfanensis)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム(Lachnoanaerobaculum saburreum)、ラクノアナエロバクラム・サブレウム、ラクトバチルス・クリスパータス(Lactobacillus crispatus)、ラクトバチルス・イナース(Lactobacillus iners)、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ラクティス亜種ラクティス、ラクトコッカス・ピスシウム(Lactococcus piscium)、Lapillicoccus jejuensis、ロートロピア・ミラビリス(Lautropia mirabilis)、レジオネラ・ベリアデンシス(Legionella beliardensis)、レプトトリキア・ブカリス(Leptotrichia buccalis)、レプトトリキア・グッドフェローイイ(Leptotrichia goodfellowii)、レプトトリキア・ホフスタディイ(Leptotrichia hofstadii)、レプトトリキア・ホンコンエンシス(Leptotrichia hongkongensis)、レプトトリキア・シャーイイ(Leptotrichia shahii)、レプトトリキア・トレビサニイ(Leptotrichia trevisanii)、レプトトリキア・ウェイディイ(Leptotrichia wadei)、ルテイモナス・テリコーラ(Luteimonas terricola)、リジニバチルス・フシフォルミス(Lysinibacillus fusiformis)、Lysobacter spongiicola、リソバクター・シンジャンゲンシス(Lysobacter xinjiangensis)、マクロコッカス・カセオリティカス(Macrococcus caseolyticus)、マルモリコーラ・ポチェオネンシス(Marmoricola pocheonensis)、Marmoricola scoriae、マシリア・アルカリトレランス(Massilia alkalitolerans)、マシリア・アルカリトレランス、マシリア・オーレア(Massilia aurea)、マシリア・プリカータ(Massilia plicata)、マシリア・チモナエ(Massilia timonae)、Megamonas rupellensis、メイオサーマス・シルバヌス(Meiothermus silvanus)、メチロバクテリウム・タングクエンス(Methylobacterium dankookense)、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・ゲシンゲンス、メチロバクテリウム・イスビリエンス(Methylobacterium isbiliense)、メチロバクテリウム・ジェトガリ(Methylobacterium jeotgali)、Methylobacterium oxalidis、メチロバクテリウム・プラタニ(Methylobacterium platani)、メチロバクテリウム・シュードサシコラ(Methylobacterium pseudosasicola)、メチルオーバーティリス・ユニバーサリ(Methyloversatilis universalis)、ミクロバクテリウム・フォリオーラム(Microbacterium foliorum)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ(Microbacterium hydrothermale)、ミクロバクテリウム・ハイドロサルマレ、ミクロバクテリウム・ラクチクム(Microbacterium lacticum)、ミクロバクテリウム・ラクチクム、ミクロバクテリウム・レバニフォルマンス(Microbacterium laevaniformans)、ミクロバクテリウム・パルディコーラ(Microbacterium paludicola)、Microbacterium petrolearium、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ(Microbacterium phyllosphaerae)、ミクロバクテリウム・レジステンス(Microbacterium resistens)、ミクロコッカス・アンタルクティカス(Micrococcus antarcticus)、ミクロコッカス・コーニイ(Micrococcus cohnii)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、ミクロコッカス・ライレ(Micrococcus lylae)、ミクロコッカス・テレウス(Micrococcus terreus)、ミクロルナタス・アウランティアクス(Microlunatus aurantiacus)、ミクロプルイナ・グライコゲニカ(Micropruina glycogenica)、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・エリラタ、ミクロヴィルガ・サブテラネア(Microvirga subterranea)、ミクロヴィルガ・ビグネ(Microvirga vignae)、Microvirga zambiensis、ミクロヴィルグラ・アエロデニトリフィカンス(Microvirgula aerodenitrificans)、モギバクテリウム・チミダム(Mogibacterium timidum)、モラクセラ・アトランテ(Moraxella atlantae)、モラクセラ・カタラリス(Moraxella catarrhalis)、モルガネラ・モルガニ亜種モルガニ(Morganella morganii subsp. morganii)、モルガネラ・サイクロトレランス(Morganella psychrotolerans)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、マイコバクテリウム・アジアティカム(Mycobacterium asiaticum)、マイコバクテリウム・チュブエンス(Mycobacterium chubuense)、Mycobacterium crocinum、マイコバクテリウム・ガディウム(Mycobacterium gadium)、マイコバクテリウム・ホルサティカム(Mycobacterium holsaticum)、マイコバクテリウム・イラニカス(Mycobacterium iranicum)、Mycobacterium longobardum、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・ネオオーラム(Mycobacterium neoaurum)、マイコバクテリウム・オブエンス(Mycobacterium obuense)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス(Negativicoccus succinicivorans)、ネイセリア・バシリフォルミス(Neisseria bacilliformis)、ネイセリア・オラリス(Neisseria oralis)、ナイセリア・シッカ(Neisseria sicca)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)、ネステレンコニア・ラクセコエンシス(Nesterenkonia lacusekhoensis)、ネステレンコニア・リゾスファエラエ(Nesterenkonia rhizosphaerae)、Nevskia persephonica、ネヴスキア・ラモーザ(Nevskia ramosa)、Niabella yanshanensis、Niveibacterium umoris、Nocardia niwae、ノカルディア・タイランディカ(Nocardia thailandica)、Nocardioides agariphilus、ocardioides dilutus、ノカルディオイデス・カンファエンシス(Nocardioides ganghwensis)、Nocardioides hwasunensis、Nocardioides nanhaiensis、ノカルディオイデス・セディミニス(Nocardioides sediminis)、Nosocomiicoccus ampullae、Noviherbaspirillum malthae、ノボスフィンゴビウム・リンダニクラスティカム、ノボスフィンゴビウム・ローザ(Novosphingobium rosa)、オクロバクトラム・リゾスファエラエ(Ochrobactrum rhizosphaerae)、オルセネラ・ウリ(Olsenella uli)、Ornithinimicrobium murale、Ornithinimicrobium tianjinense、Oryzobacter terrae、オットウィア・ベイジンゲンシス(Ottowia beijingensis)、Paenalcaligenes suwonensis、パエニバチルス・アガリデボランス(Paenibacillus agaridevorans)、パエニバシラス・フェニシス(Paenibacillus phoenicis)、パエニバチルス・キシラネクセデンス(Paenibacillus xylanexedens)、Paludibacterium yongneupense、パントエア・シプリペディイ(Pantoea cypripedii)、パラバクテロイデス・ディスタソニス(Parabacteroides distasonis)、Paraburkholderia andropogonis、パラコッカス・アルカリフィルス(Paracoccus alcaliphilus)、Paracoccus angustae、パラコッカス・コクリイ(Paracoccus kocurii)、Paracoccus laeviglucosivorans、パラコッカス・セディミニス(Paracoccus sediminis)、Paracoccus sphaerophysae、パラコッカス・イーイ(Paracoccus yeei)、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、Parviterribacter multiflagellatus、Patulibacter ginsengiterrae、ペドバクター・アクアティリス(Pedobacter aquatilis)、ペドバクター・ギンセンギソリ(Pedobacter ginsengisoli)、Pedobacter xixiisoli、ペプトコッカス・ニガー(Peptococcus niger)、ペプトニフィルス・コクシイ(Peptoniphilus coxii)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ(Peptoniphilus gorbachii)、ペプトニフィラス・ハレイ(Peptoniphilus harei)、ペプトニフィルス・コエノエネニエ(Peptoniphilus koenoeneniae)、ペプトニフィルス・ラクリマリス(Peptoniphilus lacrimalis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス(Peptostreptococcus anaerobius)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス(Peptostreptococcus stomatis)、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム(Phascolarctobacterium faecium)、フェニロバクテリウム・ハエマトフィルム(Phenylobacterium haematophilum)、Phenylobacterium kunshanense、プルラリバクター・ジェルゴビエ(Pluralibacter gergoviae)、Polymorphobacter multimanifer、
ポルフィロモナス・ベノニス(Porphyromonas bennonis)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ポルフィロモナス・ジンジビカニス(Porphyromonas gingivicanis)、Porphyromonas pasteri、ポルフィロモナス・ポゴネ(Porphyromonas pogonae)、ポルフィロモナス・ソメラエ(Porphyromonas somerae)、Povalibacter uvarum、プレボテラ・アウランティアカ(Prevotella aurantiaca)、プレボテーラ・バーロニアエ(Prevotella baroniae)、プレボテーラ・ビビア(Prevotella bivia)、プレボテラ・ブッカエ(Prevotella buccae)、プレボテラ・ブッカリス(Prevotella buccalis)、プレボテーラ・コプリ(Prevotella copri)、プレボテラ・コーポリス(Prevotella corporis)、プレボテラ・デンティコーラ(Prevotella denticola)、プレボテラ・エノエカ(Prevotella enoeca)、プレボテラ・ヒスチコラ(Prevotella histicola)、プレボテラ・インターメディア(Prevotella intermedia)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテーラ・ジェジュニ(Prevotella jejuni)、プレボテラ・マクロサ(Prevotella maculosa)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテラ・メラニノゲニカ(Prevotella melaninogenica)、プレボテーラ・ミカンス(Prevotella micans)、プレボテラ・マルチフォルミス(Prevotella multiformis)、プレボテラ・ナンセイエンシッス(Prevotella nanceiensis)、プレボテラ・ニグレセンス(Prevotella nigrescens)、プレボテラ・オリス(Prevotella oris)、プレボテラ・オウロラム(Prevotella oulorum)、プレボテラ・パレンス(Prevotella pallens)、プレボテラ・プレウリチディス(Prevotella pleuritidis)、プレボテラ・サッカロリティカ(Prevotella saccharolytica)、プレボテラ・サリバーエ(Prevotella salivae)、プレボテラ・シャーヒイ(Prevotella shahii)、プレボテラ・ティモネンシス(Prevotella timonensis)、プレボテーラ・ベロラリス(Prevotella veroralis)、プロピオニバクテリウム・アシディファシエンス(Propionibacterium acidifaciens)、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種アクネス、プロピオニバクテリウム・アクネス亜種エロンガツム(Propionibacterium acnes subsp. elongatum)、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム(Propionibacterium granulosum)、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム(Propionimicrobium lymphophilum)、プロピオニスピラ・アルクアタ(Propionispira arcuata)、偽キネオコッカス・ルシタヌス(Pseudokineococcus lusitanus)、緑膿菌、Pseudomonas chengduensis、シュードノカルディア・ベンゼニボランス(Pseudonocardia benzenivorans)、Pseudorhodoplanes sinuspersici、サイクロバクター・サングイニス(Psychrobacter sanguinis)、ラムリバクター・ギンセノシディミュータンス(Ramlibacter ginsenosidimutans)、レインヘイメラ・アクイマリス(Rheinheimera aquimaris)、リゾビウム・アルベイ(Rhizobium alvei)、リゾビウム・デージョネンス(Rhizobium daejeonense)、リゾビウム・ラリームーレイ(Rhizobium larrymoorei)、リゾビウム・リゾリザエ(Rhizobium rhizoryzae)、リゾビウム・ソリ(Rhizobium soli)、Rhizobium taibaishanense、リゾビウム・ビグネ、Rhodanobacter glycinis、ロドバクター・ヴェルドカンピイ(Rhodobacter veldkampii)、Rhodococcus enclensis、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドコッカス・ファシアンス(Rhodococcus fascians)、ロドバリウス・リポサイクリカス(Rhodovarius lipocyclicus)、Rivicola pingtungensis、Roseburia inulinivorans、Rosenbergiella nectarea(ローゼンベルギエラ・ネクタレア)、ロゼオモナス・エリラタ(Roseomonas aerilata)、ロゼオモナス・アクアティカ(Roseomonas aquatica)、ロゼオモナス・ミュコーサ(ロゼオモナス・ミュコーサ)、ロゼオモナス・ロゼア(Roseomonas rosea)、ロゼオモナス・ビナセア(Roseomonas vinacea)、ロティア・アエリア(Rothia aeria)、ロティア・アマラエ(Rothia amarae)、ロティア・デントカリオーサ(Rothia dentocariosa)、ロティア・エンドフィティカ(Rothia endophytica)、ロティア・ムシラギノーサ(Rothia mucilaginosa)、ロティア・ナシムリウム(Rothia nasimurium)、Rubellimicrobium mesophilum、Rubellimicrobium roseum、Rubrobacter bracarensis、Rudaea cellulosilytica、ルミノコッカス・グナバス(Ruminococcus gnavus)、ルネラ・ジアエ(Runella zeae)、サッカロポリスポラ・レクティビルグラ(Saccharopolyspora rectivirgula)、サリニコッカス・キングダオネンシス(Salinicoccus qingdaonensis)、スカルドビア・ウィッグシエ(Scardovia wiggsiae)、セディミニバクテリウム・ギンセンギソリ(Sediminibacterium ginsengisoli)、セレノモナス・アルテミディス(Selenomonas artemidis)、セレノモナス・インフェリクス(Selenomonas infelix)、セレノモナス・ノキシア(Selenomonas noxia)、セレノモナス・スプチゲナ(Selenomonas sputigena)、シェワネラ・アスツアリ(Shewanella aestuarii)、シャトレワーシア・サテレス(Shuttleworthia satelles)、シモンシエラ・ムエレリ(Simonsiella muelleri)、スカーマネラ・アエロラータ(Skermanella aerolata)、Skermanella stibiiresistens、スラッキア・エキシグア(Slackia exigua)、スマラグジコッカス・ニイガテンシス(Smaragdicoccus niigatensis)、スネアチア・サングイネゲンス(Sneathia sanguinegens)、ソリルブロバクター・ソリ(Solirubrobacter soli)、スフィンゴバクテリウム・カエニー(Sphingobacterium caeni)、スフィンゴバクテリウム・デージョネンス(Sphingobacterium daejeonense)、Sphingobacterium hotanense、Sphingobacterium kyonggiense、スフィンゴバクテリウム・マルチボラ(Sphingobacterium multivorum)、スフィンゴバクテリウム・ネマトキダ(Sphingobacterium nematocida)、スフィンゴバクテリウム・スピリチボラム(Sphingobacterium spiritivorum)、スフィンゴビウム・アミエンス(Sphingobium amiense)、スフィンゴビウム・インディカム、Sphingobium lactosutens、スフィンゴビウム・サブテラネウム(Sphingobium subterraneum)、スフィンゴモナス・アバチ(Sphingomonas abaci)、スフィンゴモナス・アエスツアリイ(Sphingomonas aestuarii)、スフィンゴモナス・カナデンシス(Sphingomonas canadensis)、スフィンゴモナス・デチャンゲンシス(Sphingomonas daechungensis)、スフィンゴモナス・ドクドンエンシス(Sphingomonas dokdonensis)、スフィンゴモナス・エキノイデス(Sphingomonas echinoides)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ(Sphingomonas fonticola)、スフィンゴモナス・フォンティコーラ、スフィンゴモナス・フォモセンシス(Sphingomonas formosensis)、Sphingomonas gei、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス(Sphingomonas hankookensis)、スフィンゴモナス・ハンクーケンシス、スフィンゴモナス・コレエンシス(Sphingomonas koreensis)、Sphingomonas kyeonggiensis、スフィンゴモナス・ラテラリエ(Sphingomonas laterariae)、スフィンゴモナス・ムコシッシマ(Sphingomonas mucosissima)、スフィンゴモナス・オリゴフェノリカ(Sphingomonas oligophenolica)、スフィンゴモナスシュードサンギニス(Sphingomonas pseudosanguinis)、スフィンゴモナス・セディミニコラ(Sphingomonas sediminicola)、Sphingomonas yantingensis、スフィンゴモナス・ユンナネンシス(Sphingomonas yunnanensis)、スフィンゴピキシス・インディカ(Sphingopyxis indica)、スピロソーマ・リグイ(Spirosoma rigui)、Sporacetigenium mesophilum、スポロサイトファガ・ミクソコッコイデス(Sporocytophaga myxococcoides)、スタフィロコッカス・アウリクラーリス(Staphylococcus auricularis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、スタフィロコッカス-ホミニス亜種ノボビオセプティカス(Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphylococcus lugdunensis)、スタフィロコッカス・ペテンコフェリ(Staphylococcus pettenkoferi)、ステノトロフォモナス・コーリエンシス(Stenotrophomonas koreensis)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ(Stenotrophomonas rhizophila)、ステノトロフォモナス・リゾフィラ、ストレプトコッカス・アガラクティアエ(Streptococcus agalactiae)、ストレプトコッカス・カニス(Streptococcus canis)、ストレプトコッカス・クリスタタス(Streptococcus cristatus)、ストレプトコッカス・ゴルドニイ(Streptococcus gordonii)、ストレプトコッカス・インファンティス(Streptococcus infantis)、ストレプトコッカス・インターメジウス(Streptococcus intermedius)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、ストレプトコッカス・オリゴフェルメンタンス(Streptococcus oligofermentans)、ストレプトコッカス・オラーリス(Streptococcus oralis)、ストレプトコッカス・サンギイニス(Streptococcus sanguinis)、Streptomyces iconiensis、ストレプトマイセス・ヤングリネンシス(Streptomyces yanglinensis)、Tabrizicola aquatica、タヒバクター・カエニー(Tahibacter caeni)、タネレラ・フォーサイシア(Tannerella forsythia)、Tepidicella xavieri、Tepidimonas fonticaldi、テラコッカス・ルテウス(Terracoccus luteus)、テサラコッカス・フラベッセンス(Tessaracoccus flavescens)、サーマス・サーモフィルス(Thermus thermophilus)、Tianweitania sediminis、Tianweitania sediminis、トレポネーマ・アミロボラム(Treponema amylovorum)、トレポネーマ・デンティコラ(Treponema denticola)、トレポネーマ・レシチノリティカム(Treponema lecithinolyticum)、トレポネーマ・メディウム(Treponema medium)、ツリセラ・オタイティディス(Turicella otitidis)、ツリシバクター・サングイニス(Turicibacter sanguinis)、ウンジバクテリウム・オリゴカルボニフィルム(Undibacterium oligocarboniphilum)、Undibacterium squillarum、バゴコッカス・サルモニナラム(Vagococcus salmoninarum)、バリバキュラム・カンブリエンス(Varibaculum cambriense)、ビブリオ・メチニコフィイ(Vibrio metschnikovii)、キサントバクター・ターゲッティディス(Xanthobacter tagetidis)、キセノフィルス・アエロラータス(Xenophilus aerolatus)、Xenophilus arseniciresistens、Yimella lutea、ジマーマンネラ・アルバ(Zimmermannella alba)、ジマーマンネラ・ビフィダ(Zimmermannella bifida)、及び/又は、ズーグロレア・カエニー(Zoogloea caeni)である。

【0286】

他の実施形態において、標的細菌細胞は、腟微生物叢において一般的に見出されるものであり、並びに、これらに限定されるものではないが、Acinetobacter antiviralis、アシネトバクター・バウマンニイ、アシネトバクター・カルコアセチカス(Acinetobacter calcoaceticus)、アシネトバクター・ジョンソニイ、アクチノバクラム・マッシリエンス(Actinobaculum massiliense)、アクチノバクラム・サッアリイ(Actinobaculum schaalii)、アクチノマイセス・ユーロパエウス、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ、ウシ放線菌、アクチノマイセス・メイエリー、アクチノマイセス・ネスランディイ、アクチノマイセス・ノウイイ、アクチノマイセス・オドントリチカス、アクチノマイセス・ツリセンシス、アクチノマイセス・ウロゲニタリス(Actinomyces urogenitalis)、アクチノマイセス・ビスコーサス(Actinomyces viscosus)、アエロコッカス・クリステンセニイ、アエロコッカス・ウリナ、アエロコッカス・ビリダンス(Aerococcus viridans)、アエロモナス・エンシェレイア(Aeromonas encheleia)、エロモナス・サルモニシダ(Aeromonas salmonicida)、アフィピア・マスシリエンシス(Afipia massiliensis)、アグロバクテリウム・ツメファシエンス(Agrobacterium tumefaciens)、アルゴリファガス・アクアティリス(Algoriphagus aquatilis)、アリイビブリオ・ウォダニス(Aliivibrio wodanis)、アリスティペス・ファインゴールディイ(Alistipes finegoldii)、アロイオコッカス・オタイティス(Alloiococcus otitis)、アロプレボテラ・タネレ(Alloprevotella tannerae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、Altererythrobacter epoxidivorans、アンモニフィラス・オクサラティカス(Ammoniphilus oxalaticus)、Amnibacterium kyonggiense、アナエロコッカス・ハイドロゲナリス、アナエロコッカス・ラクトリティカス、アナエロコッカス・ムルドチイ、アナエロコッカス・オベシエンシス(Anaerococcus obesiensis)、アナエロコッカス・プレボティイ、アナエロコッカス・テトラデイウス(Anaerococcus tetradius)、アナエロコツカス・バギナリス、アナエログロブス・ゲミナツス(Anaeroglobus geminatus)、アノキシバチルス・プスキノエンシス(Anoxybacillus pushchinoensis)、アクアバクテリウム・パーブム、アルカノバクテリウム・フォカエ(Arcanobacterium phocae)、アルスロバクター・アウレッセンス(Arthrobacter aurescens)、アスティカカウリス・エクスセントリカス、アトポビウム・ミヌタム(Atopobium minutum)、アトポビウム・パルブルム、アトポビウム・リマエ、アトポビウム・バギナエ、アビバクテリウム・ガリナルム(Avibacterium gallinarum)、バチルス・アシディコーラ(Bacillus acidicola)、バチルス・アトロファエウス(Bacillus atrophaeus)、バチルス・セレウス、バチルス・シビー(Bacillus cibi)、バチルス・コアウイレンシス(Bacillus coahuilensis)、バチルス・ガエモケンシス(Bacillus gaemokensis)、バチルス・メタノリカス(Bacillus methanolicus)、バチルス・オレロニウス(Bacillus oleronius)、バチルス・プミルス(Bacillus pumilus)、バチルス・シャクレトニイ(Bacillus shackletonii)、バチルス・スポロサーモデュランス(Bacillus sporothermodurans)、枯草菌、バチルス・ワコーエンシス(Bacillus wakoensis)、バチルス・ウェイヘンステファネンシス(Bacillus weihenstephanensis)、バクテロイデス・バルネシエ(Bacteroides barnesiae)、バクテロイデス・コアグランス(Bacteroides coagulan)、バクテロイデス・ドレイ、バクテロイデス・ファエシス、バクテロイデス・フォルシサス(Bacteroides forsythus)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ノルディイ、バクテロイデス・オバータス、バクテロイデス・セイリヤーシアエ、バクテロイデス・スターコリス、バクテロイデス・ユニフォルミス、バクテロイデス・ブルガタス、バクテロイデス・キシラニソルベンス、バクテロイデス・ズウグレオフォルマンス(Bacteroides zoogleoformans)、バルネシエラ・ビスセリコラ(Barnesiella viscericola)、Bhargavaea cecembensis、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、ビフィドバクテリウム・デンティウム、ビフィドバクテリウム・ロンガム亜種インファンティス(Bifidobacterium logum subsp. infantis)、ビフィオバクテリアム・ロンガム、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ(Bifidobacterium scardovii)、ビロフィラ・ワーズワーシア、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・プロダクタ、ブラキバクテリウム・フェシウム(Brachybacterium faecium)、ブラジリゾビウム・ジャポニカム、ブレビバクテリウム・マクブレルネリ(Brevibacterium mcbrellneri)、ブレビバクテリウム・オタイティディス(Brevibacterium otitidis)、ブレビバクテリウム・パウシボランス(Brevibacterium paucivorans)、ブレイディア・エクストルクタ(Bulleidia extructa)、バークホルデリア・フンゴルム(Burkholderia fungorum)、Burkholderia phenoliruptix、カルディセルロシルプター・サッカロリティカス(Caldicellulosiruptor saccharolyticus)、カルディモナス・タイワンエンシス(Caldimonas taiwanensis)、カンピロバクター・グラシリス、カンピロバクター・ホミニス、カンピロバクター・スプトルム(Campylobacter sputorum)、カンピロバクター・ウレオリティカス、キャプノサイトファガ・オクラセア、カーディオバクテリウム・ホミニス、ケトネラ・モルビ、クラミジア・トラコマチス、クラミドフィラ・アボルタス(Chlamydophila abortus)、コンドロマイセス・ロブスタス(Chondromyces robustus)、クリセオバクテリウム・アクアチクム(Chryseobacterium aquaticum)、サイトロバクター・ヤンガエ、クロアシバクテリウム・ノルマネンス、クロストリジウム・カヴェンディシイ(Clostridium cavendishii)、クロストリジウム・コリカニス(Clostridium colicanis)、クロストリジウム・ジェジュエンス(Clostridium jejuense)、ウェルシュ菌、クロストリジウム・ラモーサム、クロストリジウム・ソルデリイ(Clostridium sordellii)、クロストリジウム・ビリデ(Clostridium viride)、コマモナス・トリゲナ、コリネバクテリウム・アクコレンス、コリネバクテリウム・アペンディシス(Corynebacterium appendicis)、コリネバクテリウム・コイレアエ、コリネバクテリウム・グルクロノリカム(Corynebacterium glucuronolyticum)、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、コリネバクテリウム・ジェイケイウム、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム、コリネバクテリウム・ミヌティシマム、コリネバクテリウム・ムシファシエンス、Corynebacterium nuruki、コリネバクテリウム・シュードジェニタリウム(Corynebacterium pseudogenitalium)、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス、コリネバクテリウム・シングラレ、コリネバクテリウム・ストリアタム(Corynebacterium striatum)、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム、コリネバクテリウム・キセロシス、クライオバクテリウム・サイクロフィルム(Cryobacterium psychrophilum)、コリネバクテリウム・フラククムファシエンス、キューティバクテリウム・アクネス、キューティバクテリウム・アビダム(Cutibacterium avidum)、サイトファーガ・キシラノリティカ(Cytophaga xylanolytica)、デイノコッカス・ラジオフィルス(Deinococcus radiophilus)、デルフチア・ツルハテンシス(Delftia tsuruhatensis)、デスルホビブリオ・デスルフリカンス(Desulfovibrio desulfuricans)、ディアリスター・インビサス、ディアリスター・ミクラエロフィルス、ディアリスター・ニューモシンテス(Dialister pneumosintes)、ディアリスター・プロピオニシファシエンス、ディケヤー・クリサンセミー(Dickeya chrysanthemi)、ドレア・ロンギカテナ、エガセラ・レンタ、エガシア・カテナフォルミス(Eggerthia catenaformis)、エイケネラ・コルロデンス、エンハイドロバクター・アエロサックス、エンテロバクター・アスブリアエ、エンテロバクター・クロアカエ、エンテロコッカス・アビウム(Enterococcus avium)、エンテロコッカス・デューランス、エンテロコッカス・フェカーリス)、エンテロコッカス・フェシウム、エンテロコッカス・ヒラエ(Enterococcus hirae)、エルウィニア・パーシシナ(Erwinia persicina)、エルウィニア・ラポンティシ、エルウィニア・トレタナ(Erwinia toletana)、大腸菌エシェリキア・ファグソニイ(Escherichia fergusonii)、ユウバクテリウム・ブラキー(Eubacterium brachy)、ユウバクテリウム・エリゲンス、ユウバクテリウム・ノダタム(Eubacterium nodatum)、ユーバクテリウム・レクタレ、ユウバクテリウム・サフェヌム、ユウバクテリウム・シラエウム、ユウバクテリウム・サルシ、ユウバクテリウム・ユリイ(Eubacterium yurii)、エキシグオバクテリウム・アセチリカム(Exiguobacterium acetylicum)、ファクラミア・イグナバ(Facklamia ignava)、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、フィリファクター・アロキス(Filifactor alocis)、フィネゴルディア・マグナ、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス、フソバクテリウム・ヌクレアタム、フソバクテリウム・ペリオドンティカム、ガードネレラ・バジナリス、ゲメラ・アサッカロリティカ(Gemella asaccharolytica)、ゲメラ・バーゲリ(Gemella bergeri)、ゲメラ・ヘモリザンス、ゲメラ・サングイニス、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス(Geobacillus stearothermophilus)、ゲオバチルス・サーモカテニュラタス(Geobacillus thermocatenulatus)、ゲオバチルス・サーモグルコシダシウス(Geobacillus thermoglucosidasius)、ゲオバクター・ガービシアエ(Geobacter grbiciae)、グラニュリカテラ・エレガンス、ヘモフィラス・デュクレイー(Haemophilus ducreyi)、ヘモフィラス・ヘモリティカス(Haemophilus haemolyticus)、ヘモフィルス・パラヘモリチカス(Haemophilus parahaemolyticus)、ヘモフィルス・パラインフルエンゼ、ハフニア・アルベイ、ハロモナス・メリディアーナ、Halomonas phoceae、ハロモナス・ベヌスタ(Halomonas venusta)、ハーバスピリラム・セロペディカエ(Herbaspirillum seropedicae)、ヤンシノバクテリウム・リビダム(Janthinobacterium lividum)、ジョンケテラ・アントロピ、クレブシエラ・グラニュロマティス(Klebsiella granulomatis)、クレブシエラ・オキシトカ、肺炎桿菌、好酸性乳酸桿菌、ラクトバチルス・アミロボラス(Lactobacillus amylovorus)、ラクトバチルス・ブレビス、ラクトバチルス・コレオホミニス(Lactobacillus coleohominis)、ラクトバチルス・クリスパータス、ラクトバチルス・カルバータス、ラクトバチルス・デルブレッキイ、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・ガッセリ、ラクトバチルス・ヘルベティカス、ラクトバチルス・イナース、ラクトバチルス・ジェンセニイ(Lactobacillus jensenii)、ラクトバチルス・ジョンソニー、ラクトバチルス・カリゼンシス(Lactobacillus kalixensis)、ラクトバチラス・ケフィラノファシエンス(Lactobacillus kefiranofaciens)、Lactobacillus kimchicus、ラクトバチルス・キタサトニス(Lactobacillus kitasatonis)、ラクトバチルス・ムコーサエ(Lactobacillus mucosae)、ラクトバチルス・パニス(Lactobacillus panis)、ラクトバチルス・パラカゼイ、ラクトバチルス・プランタラム、ラクトバチルス・ポンティス(Lactobacillus pontis)、ラクトバチルス・ロイテリ、ラクトバチルス・ラムノーサス、ラクトバチルス・サリバリウス、ラクトバチルス・アルチュネンシス、ラクトバチルス・バギナリス、ラクトコッカス・ラクティス、レプトトリキア・ブカリス、ロイコノストック・カーノサム、ロイコノストック・シトレウム、ロイコノストックガルリカム(Leuconostoc garlicum)、ロイコノストック・ラクティス、ロイコノストック・メセンテロイデス、Lysinimonas kribbens
is、Mageeibacillus indolicus、マリバクター・オリエンタリス(Maribacter orientalis)、マリノモナス・プロテア(Marinomonas protea)、マリノスピリラム・インスラレ(Marinospirillum insulare)、マシリア・チモナエ、メガスフェラ・エルスデニ(Megasphaera elsdenii)、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス(Megasphaera micronuciformis)、メソリゾビウム・アモルファエ(Mesorhizobium amorphae)、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス(Methylobacterium radiotolerans)、Methylotenera versatilis、ミクロバクテリウム・ハロフィルム(Microbacterium halophilum)、ミクロコッカス・ルテウス、Microterricola viridarii、モビルンカス・クルティシイ(Mobiluncus curtisii)、モビルンカス・ムリエリス(Mobiluncus mulieris)、モギバクテリウム・チミダム、モーレラ・グリセリニ(Moorella glycerini)、モラクセラ・オスレンシス(Moraxella osloensis)、モルガネラ・モルガニイ、モリエラ・インドリゲネス(Moryella indoligenes)、ムルドシエラ・アサカロリティカ、マイコプラズマ・アルビ(Mycoplasma alvi)、マイコプラズマ・ゲルタリウム(Mycoplasma genitalium)、マイコプラズマ・ホミニス(Mycoplasma hominis)、マイコプラズマ・ムリス(Mycoplasma muris)、マイコプラズマ・サリバリウム(Mycoplasma salivarium)、ネガティビコッカス・サクシニシボランス、ナイセリア・フラバ(Neisseria flava)、淋菌、ナイセリア・ムコーサ(Neisseria mucosa)、ナイセリア・サブフラバ、ネヴスキア・ラモーザ、ネヴスキア・ソリ(Nevskia soli)、ニットリリーグループトール・アルカリフィルルース、オドリバクター・スプランクニカス、オリゲラ・ウレスラリス(Oligella urethralis)、オルセネラ・ウリ、パエニバチルス・アミロリティカス(Paenibacillus amylolyticus)、パエニバチルス・ヒュミカス(Paenibacillus humicus)、パエニバチルス・パブリ(Paenibacillus pabuli)、パエニバチルス・パサデネンシス(Paenibacillus pasadenensis)、パエニバチルス・ピニ(Paenibacillus pini)、パエニバチルス・バリダス(Paenibacillus validus)、パントエア・アグロメランス(Pantoea agglomerans)、パラバクテロイデス・メルダエ、パラバークホルデリア・カリオフィリィ(Paraburkholderia caryophylli)、パラコッカス・イーイ、Parastreptomyces abscessus、パルビモナス・ミクラ、ペクトバクテリウム・ベータバスキュロラム(Pectobacterium betavasculorum)、ペクトバクテリウム・カロトボラム(Pectobacterium carotovorum)、ペディオコッカス・アシディラクティシ、ペディオコッカス・エタノリデュランス(Pediococcus ethanolidurans)、Pedobacter alluvionis、ペドバクター・ワンジュエンス(Pedobacter wanjuense)、ペロモナス・アクアティカ(Pelomonas aquatica)、ペプトコッカス・ニガー、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス(Peptoniphilus asaccharolyticus)、ペプトニフィルス・ゴルバチイ、ペプトニフィラス・ハレイ、ペプトニフィラス・インドリカス(Peptoniphilus indolicus)、ペプトニフィルス・ラクリマリス、ペプトニフィラス・マスシリエンシス(Peptoniphilus massiliensis)、ペプトストレプトコッカス・アネロビウス、ペプトストレプトコッカス・マッシリアーエ(Peptostreptococcus massiliae)、ペプトストレプトコッカス・ストマティス、フォトバクテリウム・アングスツム(Photobacterium angustum)、フォトバクテリウム・フリギディフィルム(Photobacterium frigidiphilum)、フォトバクテリウム・ホスホレウム(Photobacterium phosphoreum)、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ、ポルフィロモナス・ベノニス、ポルフィロモナス・カトニアエ(Porphyromonas catoniae)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス、ポルフィロモナス・ジンジバリス、ポルフィロモナス・ソメラエ、ポルフィロモナス・ウエノニス、プレボテラ・アムニー(Prevotella amnii)、プレボテーラ・バーロニアエ、プレボテラ・バーゲンシス(Prevotella bergensis)、プレボテーラ・ビビア、プレボテラ・ブッカエ、プレボテラ・ブッカリス、プレボテラ・コロランス(Prevotella colorans)、プレボテーラ・コプリ、プレボテラ・コーポリス、プレボテーラ・デンターリス、プレボテラ・デンティコーラ、プレボテラ・ディシエンス(Prevotella disiens)、プレボテラ・インターメディア、プレボテラ・ロエッシェイイ(Prevotella loescheii)、プレボテラ・マルシイ(Prevotella marshii)、プレボテラ・メラニノゲニカ、プレボテーラ・ミカンス)、プレボテラ・ニグレセンス、プレボテラ・オリス、プレボテラ・プレウリチディス、プレボテラ・ルミニコラ(Prevotella ruminicola)、プレボテラ・シャーヒイ、プレボテーラ・スターコレア)、プレボテラ・ティモネンシス、プレボテーラ・ベロラリス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、プロテウス・ミラビリス、シュードモナス・アビエタニフィラ(Pseudomonas abietaniphila)、緑膿菌、シュードモナス・アミグダリ(Pseudomonas amygdali)、シュードモナス・アゾトフォルマンス(Pseudomonas azotoformans)、シュードモナス・クロロラフィス(Pseudomonas chlororaphis)、シュードモナス・クアトロキエネガセンシス(Pseudomonas cuatrocienegasensis)、シュードモナス・フルオレッセンス(Pseudomonas fluorescens)、シュードモナス・フルバ(Pseudomonas fulva)、シュードモナス・ルテア(Pseudomonas lutea)、シュードモナス・ムシドレンス、シュードモナス・オレオボランス(Pseudomonas oleovorans)、シュードモナス・オリエンタリス(Pseudomonas orientalis)、シュードモナス・シュードアルカリゲネス、シュードモナス・サイクロフィラ(Pseudomonas psychrophila)、シュードモナス・プチダ、シュードモナス・シンキサンサ(Pseudomonas synxantha)、シュードモナス・シリンゲ(Pseudomonas syringae)、シュードモナス・トラーシイ(Pseudomonas tolaasii)、シュードプロピオニバクテリウム・プロピオニクム(Pseudopropionibacterium propionicum)、ラーネラ・アクアティリス(Rahnella aquatilis)、ラルストニア・ピッケティ、ラルストニア・ソラナセアルム(Ralstonia solanacearum)、ラオウルテラ・プランティコーラ(Raoultella planticola)、リゾバクター・ダウシー(Rhizobacter dauci)、リゾビウム・エトリ、ロドコッカス・ファシアンス、ロドシュードモナス・パルストリス(Rhodopseudomonas palustris)、ロゼブリア・インテスティナーリス、Roseburia inulinivorans、ロティア・ムシラギノーサ、ルミノコッカス・ブローミイ、ルミノコッカス・グナバス、ルミノコッカス・トルキース、サングイバクター・ケディイエイ(Sanguibacter keddieii)、セディミニバクテリウム・サルモネウム(Sediminibacterium salmoneum)、セレノモナス・ボビス(Selenomonas bovis)、セラチア・フォンティコーラ(Serratia fonticola)、セラチア・リクファシエンス(Serratia liquefaciens)、セラチア・マルセッセンス、シェワネラ・アルガエ(Shewanella algae)、シェワネラ・アマゾネンシス(Shewanella amazonensis)、シゲラ・ボイディイ(Shigella boydii)、ゾンネ菌、スラッキア・エキシグア、スネアチア・アムニイ(Sneathia amnii)、スネアチア・サングイネゲンス、サロバクテリウム・ムーレイ(Solobacterium moorei)、ソランジウム・セルローサム(Sorangium Cellulosum)、スフィンゴビウム・アミエンス、スフィンゴビウム・ジャポニカム、スフィンゴビウム・ヤノイクヤエ(Sphingobium yanoikuyae)、スフィンゴモナス・ウィッティチイ(Sphingomonas wittichii)、スポロザルチナ・アクイマリナ(Sporosarcina aquimarina)、黄色ブドウ球菌スタフィロコッカス・アウリクラーリス、スタフィロコッカス・カピティス(Staphylococcus capitis)、スタフィロコッカス・エピデルミディス、スタフィロコッカス・ヘモリチカス(Staphylococcus haemolyticus)、スタフィロコッカス・ホミニス、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス、スタフィロコッカス・サプロフィチカス、タフィロコッカス・シュライフェリ(Staphylococcus schleiferi)、スタフィロコッカス・シミアエ(Staphylococcus simiae)、スタフィロコッカス・シミュランス(Staphylococcus simulans)、スタフィロコッカス・ワーネリ(Staphylococcus warneri)、ステノトロホモナス・マルトフィリア、Stenoxybacter acetivorans、ストレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・アンギノーサス、ストレプトコッカス・アウストラリス、ストレプトコッカス・エクイナス、ストレプトコッカス・ガロリティカス(Streptococcus gallolyticus)、ストレプトコッカス・インファンティス、ストレプトコッカス・インターメジウス、ストレプトコッカス・ルテチエンシス、ストレプトコッカス・マリマンマリウム(Streptococcus marimammalium)、ストレプトコッカス・ミチス、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカス・オラーリス、ストレプトコッカス・パラサングイニス、ストレプトコッカス・フォカエ(Streptococcus phocae)、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ(Streptococcus pseudopneumoniae)、ストレプトコッカス・サリバリウス、ストレプトコッカス・サンギイニス、ストレプトコッカス・サーモフィルス、ステレラ・ワズワースエンシス、タネレラ・フォーサイシア、Terrahaemophilus aromaticivorans、トレポネーマ・デンティコラ、トレポネーマ・マルトフィラム(Treponema maltophilum)、トレポネーマ・パルバム(Treponema parvum)、トレポネーマ・ヴァンサン(Treponema vincentii)、Trueperella bernardiae、ツリセラ・オタイティディス、ウレアプラズマ・パルハム(Ureaplasma parvum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム、バリバキュラム・カンブリエンス、バリオボラックス・パラドクサス(Variovorax paradoxus)、ベイロネラ・アティピカ、ベイロネラ・ディスパー、ベイロネラ・モンペリエレンシス(Veillonella montpellierensis)、ベイヨネラ・パルブラ、バルジバチルス・プローミイ(Virgibacillus proomii)、バルジバチルス・アレノシ(Viridibacillus arenosi)、バルジバチルス・アルビ(Viridibacillus arvi)、ワイセラ・シバリア(Weissella cibaria)、ワイセラ・ソリ(Weissella soli)、ザントモナス・カンペストリス(Xanthomonas campestris)、キサントモナス・ベシカトーリア(Xanthomonas vesicatoria)、ゾベリア・ラミナリアエ(Zobellia laminariae)、及び/又はズーグロア・ラミジェラ(Zoogloea ramigera)である。

【0287】

一実施形態において、標的化される細菌は、大腸菌である。

【0288】

一実施形態において、標的細菌は、キューティバクテリウム・アクネス、より詳細には、系統群(phylogroup)IA1又はRT4、RT5、RT8、RT9、RT10若しくはクローナルコンプレックス(CC)CC1、CC3、CC4、より詳細にはST1、ST3、ST4由来のざ瘡関連キューティバクテリウム・アクネスである。

【0289】

パッケージされたファージミド等の細菌ウイルス粒子を調製するために使用するバクテリオファージは、ペイロードを特異的に送達するために、開示した細菌の属及び/又は種のうちの任意の1つ又は複数からの細菌細胞を標的とし得る(例えば特異的に標的とし得る)。

【0290】

一実施形態において、標的化される細菌は、病原性細菌である。標的化される細菌は、病毒細菌であり得る。

【0291】

標的化される細菌は、好ましくは、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌、ESBL肺炎桿菌、バンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)、多剤耐性(MDR)アシネトバクター・バウマニ、MDRエンテロバクター属菌、及びその組み合わせからなる群から選択される、抗菌耐性細菌であり得る。好ましくは、標的化される細菌は、広域スペクトルベータラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌株類からなる群から選択することができる。

【0292】

或いは、標的化される細菌は、所定の種のマイクロバイオームの細菌、好ましくは、ヒト微生物叢の細菌であり得る。

【0293】

細菌ウイルス
細菌ウイルス粒子は細菌ウイルスから調製される。細菌ウイルスは、ペイロードを標的細菌内に導入できるようにするために選択する。

【0294】

細菌ウイルスは好ましくはバクテリオファージである。バクテリオファージは、宿主生合成機構の一部又は全部を取り込むことによって細菌内で繁殖する、偏性細胞内寄生生物である。ファージゲノムは様々な大きさ及び形状(例えば直鎖状又は環状)で存在する。ほとんどのファージは、直径24～200nmの大きさの範囲である。ファージは核酸(すなわちゲノム)及びタンパク質を含有しており、脂質膜によって包み込まれていてよい。ファージに応じて、核酸ゲノムはDNA又はRNAのどちらかであり得、環状又は直鎖状の形態のどちらかで存在することができる。ファージゲノムの大きさはファージに応じて変動する。最も単純なファージは数千個のヌクレオチドの大きさしかないゲノムを有する一方で、より複雑なファージはそのゲノム中に100,000個を超える、稀に1,000,000個を超えるヌクレオチドを含有していてよい。ファージ粒子中の個々の種類のタンパク質の数及び量はファージに応じて変動する。

【0295】

場合により、バクテリオファージは、非特許文献17の分類学に基づいて、以下からなるカウドウイルス目から選択される:
-ミオウイルス(Myoviridae)科(例えば、限定はされないが、Cp220ウイルス属、Cp8ウイルス属、Ea214ウイルス属、Felixo1ウイルス属、Moogleウイルス属、Suspウイルス属、Hp1ウイルス属、P2ウイルス属、Kayウイルス属、P100ウイルス属、Silviaウイルス属、Spo1ウイルス属、Tsarbombaウイルス属、Twortウイルス属、Cc31ウイルス属、Jd18ウイルス属、Js98ウイルス属、Kp15ウイルス属、Moonウイルス属、Rb49ウイルス属、Rb69ウイルス属、S16ウイルス属、Schizot4ウイルス属、Sp18ウイルス属、T4ウイルス属、Cr3ウイルス属、Se1ウイルス属、V5ウイルス属、Abouoウイルス属、Agateウイルス属、Agrican357ウイルス属、Ap22ウイルス属、Arv1ウイルス属、B4ウイルス属、Bastilleウイルス属、Bc431ウイルス属、Bcep78ウイルス属、Bcepmuウイルス属、Biquartaウイルス属、Bxz1ウイルス属、Cd119ウイルス属、Cp51ウイルス属、Cvm10ウイルス属、Eah2ウイルス属、Elウイルス属、Hapunaウイルス属、Jimmerウイルス属、Kpp10ウイルス属、M12ウイルス属、Machinaウイルス属、Marthaウイルス属、Msw3ウイルス属、Muウイルス属、Myohaloウイルス属、Nit1ウイルス属、P1ウイルス属、Pakpunaウイルス属、Pbunaウイルス属、Phikzウイルス属、Rheph4ウイルス属、Rsl2ウイルス属、Rslunaウイルス属、Secunda5ウイルス属、Sep1ウイルス属、Spn3ウイルス属、Svunaウイルス属、Tg1ウイルス属、Vhmlウイルス属及びWphウイルス属)
-ポドウイルス(Podoviridae)科(例えば、限定はされないが、Fri1ウイルス属、Kp32ウイルス属、Kp34ウイルス属、Phikmvウイルス属、Pradoウイルス属、Sp6ウイルス属、T7ウイルス属、Cp1ウイルス属、P68ウイルス属、Phi29ウイルス属、Nona33ウイルス属、Pocjウイルス属、Tl2011ウイルス属、Bcep22ウイルス属、Bpp1ウイルス属、Cba41ウイルス属、Dfl12ウイルス属、Ea92ウイルス属、Epsilon15ウイルス属、F116ウイルス属、G7cウイルス属、Jwalphaウイルス属、Kf1ウイルス属、Kpp25ウイルス属、Lit1ウイルス属、Luz24ウイルス属、Luz7ウイルス属、N4ウイルス属、Nonanaウイルス属、P22ウイルス属、Pageウイルス属、Phieco32ウイルス属、Prtbウイルス属、Sp58ウイルス属、Una961ウイルス属及びVp5ウイルス属)
-サイフォウイルス(Siphoviridae)科(例えば、限定はされないが、Camウイルス属、Likaウイルス属、R4ウイルス属、Acadianウイルス属、Cooperウイルス属、Pg1ウイルス属、Pipefishウイルス属、Rosebushウイルス属、Brujitaウイルス属、Che9cウイルス属、Hawkeyeウイルス属、Plotウイルス属、Jerseyウイルス属、K1gウイルス属、Sp31ウイルス属、Lmd1ウイルス属、Una4ウイルス属、Bongoウイルス属、Reyウイルス属、Buttersウイルス属、Charlieウイルス属、Rediウイルス属、Baxterウイルス属、Nymphadoraウイルス属、Bignuzウイルス属、Fishburneウイルス属、Phayonceウイルス属、Kp36ウイルス属、Rogue1ウイルス属、Rtpウイルス属、T1ウイルス属、Tlsウイルス属、Ab18ウイルス属、Amigoウイルス属、Anatoleウイルス属、Andromedaウイルス属、Attisウイルス属、Barnyardウイルス属、Bernal13ウイルス属、Biseptimaウイルス属、Bronウイルス属、C2ウイルス属、C5ウイルス属、Cba181ウイルス属、Cbastウイルス属、Ceciウイルス属、Che8ウイルス属、Chiウイルス属、Cjw1ウイルス属、Corndogウイルス属、Cronusウイルス属、D3112ウイルス属、D3ウイルス属、Decurroウイルス属、Demosthenesウイルス属、Doucetteウイルス属、E125ウイルス属、Eiauウイルス属、Ff47ウイルス属、Gaiaウイルス属、Gilesウイルス属、Gordonウイルス属、Gordtnkウイルス属、Harrisonウイルス属、Hk578ウイルス属、Hk97ウイルス属、Jenstウイルス属、Jwxウイルス属、Kellezioウイルス属、Korraウイルス属、L5ウイルス属、Lambdaウイルス属、Laroyeウイルス属、Liefieウイルス属、Marvinウイルス属、Mudcatウイルス属、N15ウイルス属、Nonagウイルス属、Np1ウイルス属、Omegaウイルス属、P12002ウイルス属、P12024ウイルス属、P23ウイルス属、P70ウイルス属、Pa6ウイルス属、Pamx74ウイルス属、Patienceウイルス属、Pbi1ウイルス属、Pepy6ウイルス属、Pfr1ウイルス属、Phic31ウイルス属、Phicbkウイルス属、Phietaウイルス属、Phifelウイルス属、Phijl1ウイルス属、Pis4aウイルス属、Psaウイルス属、Psimunaウイルス属、Rdjlウイルス属、Rer2ウイルス属、Sap6ウイルス属、Send513ウイルス属、Septima3ウイルス属、Seuratウイルス属、Sextaecウイルス属、Sfi11ウイルス属、Sfi21dt1ウイルス属、Sitaraウイルス属、Sk1ウイルス属、Slashウイルス属、Smoothieウイルス属、Soupsウイルス属、Spbetaウイルス属、Ssp2ウイルス属、T5ウイルス属、Tankウイルス属、Tin2ウイルス属、Titanウイルス属、Tm4ウイルス属、Tp21ウイルス属、Tp84ウイルス属、Triaウイルス属、Trigintaduoウイルス属、Vegasウイルス属、Vendettaウイルス属、Wbetaウイルス属、Wildcatウイルス属、Wizardウイルス属、Woesウイルス属、Xp10ウイルス属、Ydn12ウイルス属及びYuaウイルス属)
-アッカーマンビリダエ科、(例えば、限定はされないが、Ag3ウイルス属、ライムストーンウイルス(Limestonevirus)属、Cba120ウイルス属及びVi1ウイルス属)

【0296】

場合により、バクテリオファージは、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、テクチウイルス(Tectiviridae)科(例えば、アルファテクチウイルス(Alphatectiviridae)属、ベータテクチウイルス(Betatectiviridae)属)、コルチコウイルス(Corticoviridae)科(例えば、コルチコウイルス属)、イノウイルス(Inoviridae)科(例えば、Fibroウイルス属、Habeniウイルス属、イノウイルス属、Lineaウイルス属、Plectroウイルス属、Saetiウイルス属、Vespertilioウイルス属)、シストウイルス(Cystoviridae)科(例えば、シストウイルス属)、レビウイルス(Leviviridae)科(例えば、Alloレビウイルス属、レビウイルス属)、ミクロウイルス(Microviridae)科(例えば、Alpha3ミクロウイルス属、G4ミクロウイルス属、Phix174ミクロウイルス属、Bdelloミクロウイルス属、Chlamydiaミクロウイルス属、Spiroミクロウイルス属)及びプラズマウイルス(Plasmaviridae)科(例えば、プラズマウイルス属)由来である。

【0297】

場合により、バクテリオファージは、標的化古細菌であり、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば限定はされないが、Ampullaウイルス科、フセロウイルス科、Globuloウイルス科、グッタウイルス科、リポスリクスウイルス科、Pleolipoウイルス科、ルディウイルス科、Salterproウイルス及びBicaudaウイルス科由来である。

【0298】

細菌属及びそれらの公知の宿主特異的細菌ウイルスの完全に網羅しているわけではないリストを以下の段落に提示する。同意語及び表記揺れは、括弧に示す。同音異義語は、それらが生じる度に繰り返す(例えば、D、D、d)。名前の無いファージは、「NN」によって示し、横にそれらの属及びそれらの番号を括弧に示す。

【0299】

アクチノミセス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8及び1281。

【0300】

アエロモナス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(syn= 44R)、(syn= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5及びPM6。

【0301】

バチルス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、Fsi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(syn= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MplO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(syn= ΦSPP1)、SPβ、STI、Sti、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、type A、type B、type C、type D、type E、Tφ3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l、φmed-2、φT、φμ-4、φ3T、φ75、φlO5、(syn= φlO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-バチルス(13)、alel、Arl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(syn= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP124、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、gamma、Gel、GF-2、Gsi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、Isi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SplO、SP-15、SP50、(syn= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、type V、type VI、V、Vx、β22、φe、φNR2、φ25、φ63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(B.メガテリウン(B. megateriwn))、4(B.セファエリクス(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、φl5、φ29、1-97、837/IV、mi-バチルス(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BslOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、type F、type G、type IV、HN-BacMus (3)、BLE、(syn= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27及びBam35。以下のバチルス特異的ファージは欠失している:DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No. IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、Spa、type 1及びμ。

【0302】

バクテロイデス(Bacteroides)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:crAss-ファージ、ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、φAl、φBrOl、φBrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-バクテロイデス(3)、Bf42、Bf71、HN-ブデロビブリオ(1)及びBF-41。

【0303】

ボルデテラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:134及びNN-ボルデテラ(3)。

【0304】

ボレリア(Borrellia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-ボレリア(1)及びNN-ボレリア(2)。

【0305】

ブルセラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る: A422、Bk、(syn= Berkeley)、BM29、FOi、(syn= Fol)、(syn= FQl)、D、FP2、(syn= FP2)、(syn= FD2)、Fz、(syn= Fz75/13)、(syn= Firenze 75/13)、(syn= Fi)、Fi、(syn= Fl)、Fim、(syn= FIm)、(syn= Fim)、FiU、(syn= FlU)、(syn= FiU)、F2、(syn= F2)、F3、(syn= F3)、F4、(syn= F4)、F5、(syn= F5)、F6、F7、(syn= F7)、F25、(syn= F25)、(syn= ￡25)、F25U、(syn= F25u)、(syn= F25U)、(syn= F25V)、F44、(syn- F44)、F45、(syn= F45)、F48、(syn= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(syn= M85)、P、(syn= D)、S708、R、Tb、(syn= TB)、(syn= Tbilisi)、W、(syn= Wb)、(syn= Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(syn= 10)、(syn= F8)、(syn= F8)、12m、24/11、(syn= 24)、(syn= F9)、(syn= F9)、45/111、(syn= 45)、75、84、212/XV、(syn= 212)、(syn= Fi0)、(syn= FlO)、371/XXIX、(syn= 371)、(syn= Fn)、(syn= Fl l)及び513。

【0306】

バークホルデリア(Burkholderia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CP75、NN-バークホルデリア(1)及び42。

【0307】

カンピロバクター属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:C type、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-カンピロバクター(2)、Vfi-6、(syn= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(syn= Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(syn= V-45)及びNN-カンピロバクター(1)。

【0308】

クラミジア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Chpl。

【0309】

クロストリジウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(syn= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(syn= ID)、(syn= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(syn= Naltox+)、PA135Oe、Pfo、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X＼ 2D3 (syn= 2Dt0X+)、3C、(syn= 3Ctox+)、4C、(syn= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-Clostridium (61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X; Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-クロストリジウム(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5及びNN-クロストリジウム(8)。

【0310】

コリネバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CGKl(欠失)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(syn= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(syn= Ktox")、L、L、(syn= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(syn= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(syn= γtoχ-)、γl9、δ、(syn= δ'ox+)、p、(syn= ptoχ-)、Φ9、φ984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498及び5848。

【0311】

エンテロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-エンテロコッカス(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235及び341。

【0312】

エリシペロスリクス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-エリシペロスリクス(Eiysipelothrix)(1)。

【0313】

エシェリキア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(syn= mu)、(syn= MuI)、(syn= Mu-I)、(syn= MU-I)、(syn= MuI)、(syn= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(欠失)、Sl、Wφ、φK13、φR73(欠失)、φl、φ2、φ7、φ92、ψ(欠失)、7 A、8φ、9φ、15(欠失)、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(syn= Dd-Vi)、(syn= DDVI)、(syn= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I (syn= OXl)、(syn= HF)、Ox-2 (syn= 0x2)、(syn= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(syn= 0X5)、Ox-6、(syn= 66F)、(syn= φ66t)、(syn= φ66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、(syn= TuII^*)、TuIP-24、TuII^*46、TuIP-60、T2、(syn= ganuTia)、(syn= γ)、(syn= PC)、(syn= P.C.)、(syn= T-2)、(syn= T2)、(syn= P4)、T4、(syn= T-4)、(syn= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(syn= Ac3)、3A、3T+、(syn= 3)、(syn= Ml)、5φ、(syn= φ5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(syn= Sd)、(syn= SD)、(syn= Sa)3 (syn= sd)、(syn= SD)、(syn= CD)、T3、(syn= T-3)、(syn= T3)、T7、(syn= T-7)、(syn= T7)、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、(syn= φW)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(syn= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(syn= α)、(syn= P28)、(syn= T-I)、(syn= Tx)、T3C、T5、(syn= T-5)、(syn= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(syn= lambda)、(syn= Φλ)、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、(syn= χi)、(syn= φχ)、(syn= φχi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J、933H、O157タイピングファージ1～16、JES-2013、121Q、172-1、1720a-02、ADB-2、AKFV33、av-05、bV_EcoS_AHP42、bV_EcoS_AHP24、bC_EcoS_AHS24、bV_EcoS_AKS96、CBA120。

【0314】

フソバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-フソバクテリウム(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527及びfv8501。

【0315】

ヘモフィリス属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl、S2及びN3。

【0316】

ヘリコバクター属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl及び^^-ヘリコバクター(1)。

【0317】

クレブシエラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(syn= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(syn= KIl)、Kl2、(syn= K12)、Kl3、(syn= K13)、(syn= Kl 70/11)、Kl4、(syn= K14)、Kl5、(syn= K15)、Kl6、(syn= K16)、Kl7、(syn= K17)、Kl8、(syn= K18)、Kl19、(syn= K19)、Kl27、(syn= K127)、Kl31、(syn= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(syn= K12B)、Kl25、(syn= K125)、Kl42B、(syn= K142)、(syn= K142B)、Kl181B、(syn= KIl 81)、(syn= K1181B)、Kl765/!、(syn= K1765/1)、Kl842B、(syn= K1832B)、Kl937B、(syn= K1937B)、Ll、φ28、7、231、483、490、632及び864/100。

【0318】

レプトスピラ(Lepitospira)属の細菌は、以下のファージによって感染される:LEl、LE3、LE4及び～NN-レプトスピラ(1)。

【0319】

リステリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A511、01761、4211、4286、(syn= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、φMLUP5、(syn= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716及びNN-リステリア(15)。

【0320】

モルガネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:47。

【0321】

マイコバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(syn= GS4E)、GS7、(syn= GS-7)、(syn= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(syn= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(syn= phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、φ630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(syn= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、Polonus I、Roy、Rl、(syn= Rl-Myb)、(syn= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D及びNN-マイコバクテリウム(1)。

【0322】

ナイセリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:Group I、group II及びNPl。

【0323】

ノカルジア属の細菌は、以下のファージによって感染される:MNP8、NJ-L、NS-8、N5及びTtiN-ノカルジア。

【0324】

プロテウス(Proteus)属の細菌は、以下のファージによって感染される:Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、φm、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、φχ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8及び24/2514。

【0325】

プロビデンシア(Providencia)属の細菌は、以下のファージによって感染される:PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402及び9213/921 Ia。

【0326】

シュードモナス属の細菌は、以下のファージによって感染される:PfI、(syn= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-シュードモナス(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(syn= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、φBE、φCTX、φC17、φKZ、(syn= ΦKZ)、φ-LT、Φmu78、φNZ、φPLS-1、φST-1、φW-14、φ-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、HN-シュードモナス(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、φBS、ΦKf77、φ-MC、ΦmnF82、φPLS27、φPLS743、φS-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-シュードモナス(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、φC5、φCl l、φCl l-1、φC13、φC15、φMO、φX、φO4、φl l、φ240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、HN-シュードモナス(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、φO3、φO6及び1214。

【0327】

リケッチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-Rickettsia。

【0328】

サルモネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(syn= 0-1)、(syn= O1)、(syn= O-I)、(syn= 7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(syn= ViI)、9、imサルモネラ(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(syn= P22)、(syn= PLT22)、(syn= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(syn= φl[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、φl、1、2、3a、3al、1010、Ym-サルモネラ(1)、N-4、SasL6及び27。

【0329】

セラチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、φCWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359及びSMBl。

【0330】

シゲラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:Fsa、(syn= a)、FSD2d、(syn= D2d)、(syn= W2d)、FSD2E、(syn= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(syn= HIV)、SHvi、(syn= HVI)、SHVvm、(syn= HVIII)、SKγ66、(syn= gamma 66)、(syn= yββ)、(syn= γ66b)、SKm、(syn= SIIIb)5 (syn= UI)、SKw、(syn= Siva)、(syn= IV)、SIC(商標)、(syn= SIVA.)、(syn= IVA)、SKvi、(syn= KVI)、(syn= Svi)、(syn= VI)、SKvm、(syn= Svm)、(syn= VIII)、SKVΠIA、(syn= SvmA)、(syn= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(syn= D2c)、(syn= D20)、φl、φIVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(syn= FS7)、(syn= K29)、FlO、(syn= FSlO)、(syn= K31)、I1、(syn= alfa)、(syn= FSa)、(syn= Kl 8)、(syn= α)、I2、(syn= a)、(syn= K19)、SG33、(syn= G35)、(syn= SO-35/G)、SG35、(syn= SO-55/G)、SG3201、(syn= SO-3201/G)、SHn、(syn= HII)、SHv、(syn= SHV)、SHx、SHX、SKn、(syn= K2)、(syn= KII)、(syn= Sn)、(syn= SsII)、(syn= II)、SKrv、(syn= Sm)、(syn= SsIV)、(syn= IV)、SK1Va、(syn= Swab)、(syn= SsIVa)、(syn= IVa)、SKV、(syn= K4)、(syn= KV)、(syn= SV)、(syn= SsV)、(syn= V)、SKx、(syn= K9)、(syn= KX)、(syn= SX)、(syn= SsX)、(syn= X)、STV、(syn= T35)、(syn= 35-50-R)、STvm、(syn= T8345)、(syn= 8345-SO-S-R)、W1、(syn= D8)、(syn= FSD8)、W2a、(syn= D2A)、(syn= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(syn= Fl)、SF6、(syn= F6)、SG42、(syn= SO-42/G)、SG3203、(syn= SO-3203/G)、SKF12、(syn= SsF12)、(syn= F12)、(syn= F12)、STn、(syn= 1881-SO-R)、γ66、(syn= gamma 66a)、(syn= Ssγ66)、φ2、BIl、DDVII、(syn= DD7)、FSD2b、(syn= W2B)、FS2、(syn= F2)、(syn= F2)、FS4、(syn= F4)、(syn= F4)、FS5、(syn= F5)、(syn= F5)、FS9、(syn= F9)、(syn= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(syn= SO-36/G)、(syn= G36)、SG3204、(syn= SO-3204/G)、SG3244、(syn= SO-3244/G)、SHi、(syn= HI)、SHvπ、(syn= HVII)、SHK、(syn= HIX)、SHx1、SHxπ、(syn= HXn)、SKI、KI、(syn= S1)、(syn= SsI)、SKVII、(syn= KVII)、(syn= Svπ)、(syn= SsVII)、SKIX、(syn= KIX)、(syn= S1x)、(syn= SsIX)、SKXII、(syn= KXII)、(syn= Sxn)、(syn= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、φ3、φ5、φ7、φ8、φ9、φlO、φl l、φl3、φl4、φl8、SHm、(syn= Hπi)、SHχi、(syn= HXt)及びSKxI、(syn= KXI)、(syn= Sχi)、(syn= SsXI)、(syn= XI)。

【0331】

スタフィロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(syn= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、φ812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(syn= stcl)、STC2、(syn= stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、φB5-2、φD、ω、11、(syn= φl l)、(syn= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(syn= P42D)、44A、48、51、52、52A、(syn= P52A)、52B、53、55、69、71、(syn= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、φRE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A5 47C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460 and mS-スタフィロコッカス(1)。

【0332】

ストレプトコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:EJ-I、NN-ストレプトコッカス(Streptococais)(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(syn= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、φO1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(syn= SFiI l)、(syn= φSFill)、(syn=ΦSfil l)、(syn= φSfil l)、sfil9、(syn= SFil9)、(syn= φSFil9)、(syn= φSfil9)、Sfi21、(syn= SFi21)、(syn= φSFi21)、(syn= φSfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(syn= φS3)、s265、Φ17、φ42、Φ57、φ80、φ81、φ82、φ83、φ84、φ85、φ86、φ87、φ88、φ89、φ90、φ91、φ92、φ93、φ94、φ95、φ96、φ97、φ98、φ99、φlOO、φlOl、φlO2、φ227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、337/ST17及びmストレプトコッカス(34)。

【0333】

トレポネーマ属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-トレポネーマ(1)。

【0334】

ビブリオ属の細菌は、以下のファージによって感染される:CTXΦ、fs、(syn= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、kappa、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(syn= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(syn= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、φVP143、φVP253、Φ16、φl38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(syn= group II)、(syn= φ2)、V、VIII、～m-ビブリオ(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、S、T、φ92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I (syn= group I)、III (syn= group III)、VI、(syn= A-Saratov)、VII、IX、X、HN-ビブリオ(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(syn= φl49)、IV、(syn= group IV)、NN-ビブリオ(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B及びHN-ビブリオ(7)。

【0335】

エルシニア属の細菌は、以下のファージによって感染される:H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas 303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、φYerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176及びYer2AT。

【0336】

より好ましくは、バクテリオファージは、サルモネラウイルスSKML39、シゲラウイルスAG3、ディッケヤウイルスLimestone、ディッケヤウイルスRC2014、エシェリキアウイルスCBA120、エシェリキアウイルスPhaxI、サルモネラウイルス38、サルモネラウイルスDet7、サルモネラウイルスGG32、サルモネラウイルスPM10、サルモネラウイルSFP10、サルモネラウイルスSH19、サルモネラウイルスSJ3、エシェリキアウイルスECML4、サルモネラウイルスMarshall、サルモネラウイルスMaynard、サルモネラウイルスSJ2、サルモネラウイルスSTML131、サルモネラウイルスViI、エルウィニアウイルスEa2809、クレブシエラウイルス0507KN21、セラチアウイルスIME250、セラチアウイルスMAM1、カンピロバクターウイルスCP21、カンピロバクターウイルスCP220、カンピロバクターウイルスCPt10、カンピロバクターウイルスIBB35、カンピロバクターウイルスCP81、カンピロバクターウイルスCP30A、カンピロバクターウイルスCPX、カンピロバクターウイルスNCTC12673、エルウィニアウイルスEa214、エルウィニアウイルスM7、エシェリキアウイルスAYO145A、エシェリキアウイルスEC6、エシェリキアウイルスHY02、エシェリキアウイルスJH2、エシェリキアウイルスTP1、エシェリキアウイルスVpaE1、エシェリキアウイルスwV8、サルモネラウイルスFelixO1、サルモネラウイルスHB2014、サルモネラウイルスMushroom、サルモネラウイルスUAB87、シトロバクターウイルスMoogle、シトロバクターウイルスMordin、エシェリキアウイルスSUSP1、エシェリキアウイルスSUSP2、アエロモナスウイルスphiO18P、ヘモフィルスウイルスHP1、ヘモフィルスウイルスHP2、パスツレラウイルスF108、ビブリオウイルスK139、ビブリオウイルスKappa、バークホルデリアウイルスphi52237、バークホルデリアウイルスphiE122、バークホルデリアウイルスphiE202、エシェリキアウイルス186、エシェリキアウイルスP4、エシェリキアウイルスP2、エシェリキアウイルスWphi、マンヘミアウイルスPHL101、シュードモナスウイルスphiCTX、ラルストニアウイルスRSA1、サルモネラウイルスFels2、サルモネラウイルスPsP3、サルモネラウイルスSopEphi、エルシニアウイルスL413C、スタフィロコッカスウイルスG1、スタフィロコッカスウイルスG15、スタフィロコッカスウイルスJD7、スタフィロコッカスウイルスK、スタフィロコッカスウイルスMCE2014、スタフィロコッカスウイルスP108、スタフィロコッカスウイルスRodi、スタフィロコッカスウイルスS253、スタフィロコッカスウイルスS25-4、スタフィロコッカスウイルスSA12、リステリアウイルスA511、リステリアウイルスP100、スタフィロコッカスウイルスRemus、スタフィロコッカスウイルスSA11、スタフィロコッカスウイルスStau2、バチルスウイルスCamphawk、バチルスウイルスSPO1、バチルスウイルスBCP78、バチルスウイルスTsarBomba、スタフィロコッカスウイルスTwort、エンテロコッカスウイルスphiEC24C、ラクトバチルスウイルスLb338-1、ラクトバチルスウイルスLP65、エンテロバクターウイルスPG7、エシェリキアウイルスCC31、クレブシエラウイルスJD18、クレブシエラウイルスPKO111、エシェリキアウイルスBp7、エシェリキアウイルスIME08、エシェリキアウイルスJS10、エシェリキアウイルスJS98、エシェリキアウイルスQL01、エシェリキアウイルスVR5、エンテロバクターウイルスEap3、クレブシエラウイルスKP15、クレブシエラウイルスKP27、クレブシエラウイルスMatisse、クレブシエラウイルスMiro、シトロバクターウイルスMerlin、シトロバクターウイルスMoon、エシェリキアウイルスJSE、エシェリキアウイルスphi1、エシェリキアウイルスRB49、エシェリキアウイルスHX01、エシェリキアウイルスJS09、エシェリキアウイルスRB69、シゲラウイルスUTAM、サルモネラウイルスS16、サルモネラウイルスSTML198、ビブリオウイルスKVP40、ビブリオウイルスnt1、ビブリオウイルスValKK3、エシェリキアウイルスVR7、エシェリキアウイルスVR20、エシェリキアウイルスVR25、エシェリキアウイルスVR26、シゲラウイルスSP18、エシェリキアウイルスAR1、エシェリキアウイルスC40、エシェリキアウイルスE112、エシェリキアウイルスECML134、エシェリキアウイルスHY01、エシェリキアウイルスIme09、エシェリキアウイルスRB3、エシェリキアウイルスRB14、エシェリキアウイルスT4、シゲラウイルスPss1、シゲラウイルスShfl2、エルシニアウイルスD1、エルシニアウイルスPST、アシネトバクターウイルス133、アエロモナスウイルス65、アエロモナスウイルスAeh1、エシェリキアウイルスRB16、エシェリキアウイルスRB32、エシェリキアウイルスRB43、シュードモナスウイルス42、クロノバクターウイルスCR3、クロノバクターウイルスCR8、クロノバクターウイルスCR9、クロノバクターウイルスPBES02、ペクトバクテリウムウイルスphiTE、クロノバクターウイルスGAP31、エシェリキアウイルス4MG、サルモネラウイルスSE1、サルモネラウイルスSSE121、エシェリキアウイルスFFH2、エシェリキアウイルスFV3、エシェリキアウイルスJES2013、エシェリキアウイルスV5、ブレビバチルスウイルスAbouo、ブレビバチルスウイルスDavies、バチルスウイルスAgate、バチルスウイルスBobb、バチルスウイルスBp8pC、エルウィニアウイルスDeimos、エルウィニアウイルスEa35-70、エルウィニアウイルスRAY、エルウィニアウイルスSimmy50、エルウィニアウイルスSpecialG、アシネトバクターウイルスAB1、アシネトバクターウイルスAB2、アシネトバクターウイルスAbC62、アシネトバクターウイルスAP22、アルスロバクターウイルスArV1、アルスロバクターウイルスTrina、バチルスウイルスAvesoBmore、バチルスウイルスB4、バチルスウイルスBigbertha、バチルスウイルスRiley、バチルスウイルスSpock、バチルスウイルスTroll、バチルスウイルスBastille、バチルスウイルスCAM003、バチルスウイルスBc431、バチルスウイルスBcp1、バチルスウイルスBCP82、バチルスウイルスBM15、バチルスウイルスDeepblue、バチルスウイルスJBP901、バークホルデリアウイルスBcep1、バークホルデリアウイルスBcep43、バークホルデリアウイルスBcep781、バークホルデリアウイルスBcepNY3、キサントモナスウイルスOP2、バークホルデリアウイルスBcepMu、バークホルデリアウイルスphiE255、アエロモナスウイルス44RR2、マイコバクテリウムウイルスAlice、マイコバクテリウムウイルスBxz1、マイコバクテリウムウイルスDandelion、マイコバクテリウムウイルスHyRo、マイコバクテリウムウイルスI3、マイコバクテリウムウイルスNappy、マイコバクテリウムウイルスSebata、クロストリジウムウイルスphiC2、クロストリジウムウイルスphiCD27、クロストリジウムウイルスphiCD119、バチルスウイルスCP51、バチルスウイルスJL、バチルスウイルスShanette、エシェリキアウイルスCVM10、エシェリキアウイルスep3、エルウィニアウイルスAsesino、エルウィニアウイルスEaH2、シュードモナスウイルスEL、ハロモナスウイルスHAP1、ビブリオウイルスVP882、ブレビバチルスウイルスJimmer、ブレビバチルスウイルスOsiris、シュードモナスウイルスAb03、シュードモナスウイルスKPP10、シュードモナスウイルスPAKP3、シノリゾビウムウイルスM7、シノリゾビウムウイルスM12、シノリゾビウムウイルスN3、エルウィニアウイルスMachina、アルスロバクターウイルスBrent、アルスロバクターウイルスJawnski、アルスロバクターウイルスMartha、アルスロバクターウイルスSonny、エドワージエラウイルスMSW3、エドワージエラウイルスPEi21、エシェリキアウイルスMu、シゲラウイルスSfMu、ハロバクテリウムウイルスphiH、バチルスウイルスGrass、バチルスウイルスNIT1、バチルスウイルスSPG24、アエロモナスウイルス43、エシェリキアウイルスP1、シュードモナスウイルスCAb1、シュードモナスウイルスCAb02、シュードモナスウイルスJG004、シュードモナスウイルスPAKP1、シュードモナスウイルスPAKP4、シュードモナスウイルスPaP1、バークホルデリアウイルスBcepF1、シュードモナスウイルス141、シュードモナスウイルスAb28、シュードモナスウイルスDL60、シュードモナスウイルスDL68、シュードモナスウイルスF8、シュードモナスウイルスJG024、シュードモナスウイルスKPP12、シュードモナスウイルスLBL3、シュードモナスウイルスLMA2、シュードモナスウイルスPB1、シュードモナスウイルスSN、シュードモナスウイルスPA7、シュードモナスウイルスphiKZ、リゾビウムウイルスRHEph4、ラルストニアウイルスRSF1、ラルストニアウイルスRSL2、ラルストニアウイルスRSL1、アエロモナスウイルス25、アエロモナスウイルス31、アエロモナスウイルスAes12、アエロモナスウイルスAes508、アエロモナスウイルスAS4、ステノトロホモナスウイルスIME13、スタフィロコッカスウイルスIPLAC1C、スタフィロコッカスウイルスSEP1、サルモネラウイルスSPN3US、バチルスウイルス1、ゲオバチルスウイルスGBSV1、エルシニアウイルスR1RT、エルシニアウイルスTG1、バチルスウイルスG、バチルスウイルスPBS1、ミクロシスティスウイルスMa-LMM01、ビブリオウイルスMAR、ビブリオウイルスVHML、ビブリオウイルスVP585、バチルスウイルスBPS13、バチルスウイルスHakuna、バチルスウイルスMegatron、バチルスウイルスWPh、アシネトバクターウイルスAB3、アシネトバクターウイルスAbp1、アシネトバクターウイルスFri1、アシネトバクターウイルスIME200、アシネトバクターウイルスPD6A3、アシネトバクターウイルスPDAB9、アシネトバクターウイルスphiAB1、エシェリキアウイルスK30、クレブシエラウイルスK5、クレブシエラウイルスK11、クレブシエラウイルスKp1、クレブシエラウイルスKP32、クレブシエラウイルスKpV289、クレブシエラウイルスF19、クレブシエラウイルスK244、クレブシエラウイルスKp2、クレブシエラウイルスKP34、クレブシエラウイルスKpV41、クレブシエラウイルスKpV71、クレブシエラウイルスKpV475、クレブシエラウイルスSU503、クレブシエラウイルスSU552A、パンテアウイルスLimelight、パンテアウイルスLimezero、シュードモナスウイルスLKA1、シュードモナスウイルスphiKMV、キサントモナスウイルスf20、キサントモナスウイルスf30、キシレラウイルスPrado、エルウィニアウイルスEra103、エシェリキアウイルスK5、エシェリキアウイルスK1-5、エシェリキアウイルスK1E、サルモネラウイルスSP6、エシェリキアウイルスT7、クライベラウイルスKvp1、シュードモナスウイルスgh1、プロクロロコッカスウイルスPSSP7、シネココッカスウイルスP60、シネココッカスウイルスSyn5、ストレプトコッカスウイルスCp1、ストレプトコッカスウイルスCp7、スタフィロコッカスウイルス44AHJD、ストレプトコッカスウイルスC1、バチルスウイルスB103、バチルスウイルスGA1、バチルスウイルスphi29、クルチアウイルス6、アクチノミセスウイルスAv1、マイコプラズマウイルスP1、エシェリキアウイルス24B、エシェリキアウイルス933W、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルスPA28、エシェリキアウイルスStx2 II、シゲラウイルス7502Stx、シゲラウイルスPOCJ13、エシェリキアウイルス191、エシェリキアウイルスPA2、エシェリキアウイルスTL2011、シゲラウイルスVASD、バークホルデリアウイルスBcep22、バークホルデリアウイルスBcepil02、バークホルデリアウイルスBcepmigl、バークホルデリアウイルスDC1、ボルデテラウイルスBPP1、バークホルデリアウイルスBcepC6B、セルノファーガウイルスCba41、セルノファーガウイルスCba172、ディノロセオバクターウイルスDFL12、エルウィニアウイルスEa9-2、エルウィニアウイルスFrozen、エシェリキアウイルスphiV10、サルモネラウイルスEpsilon15、サルモネラウイルスSPN1S、シュードモナスウイルスF116、シュードモナスウイルスH66、エシェリキアウイルスAPEC5、エシェリキアウイルスAPEC7、エシェリキアウイルスBp4、エシェリキアウイルスEC1UPM、エシェリキアウイルスECBP1、エシェリキアウイルスG7C、エシェリキアウイルスIME11、シゲラウイルスSb1、アクロモバクターウイルスAxp3、アクロモバクターウイルスJWAlpha、エドワージエラウイルスKF1、シュードモナスウイルスKPP25、シュードモナスウイルスR18、シュードモナスウイルスAb09、シュードモナスウイ
ルスLIT1、シュードモナスウイルスPA26、シュードモナスウイルスAb22、シュードモナスウイルスCHU、シュードモナスウイルスLUZ24、シュードモナスウイルスPAA2、シュードモナスウイルスPaP3、シュードモナスウイルスPaP4、シュードモナスウイルスTL、シュードモナスウイルスKPP21、シュードモナスウイルスLUZ7、エシェリキアウイルスN4、サルモネラウイルス9NA、サルモネラウイルスSP069、サルモネラウイルスBTP1、サルモネラウイルスHK620、サルモネラウイルスP22、サルモネラウイルスST64T、シゲラウイルスSf6、バチルスウイルスPage、バチルスウイルスPalmer、バチルスウイルスPascal、バチルスウイルスPony、バチルスウイルスPookie、エシェリキアウイルス172-1、エシェリキアウイルスECB2、エシェリキアウイルスNJ01、エシェリキアウイルスphiEco32、エシェリキアウイルスSeptima11、エシェリキアウイルスSU10、ブルセラウイルスPr、ブルセラウイルスTb、エシェリキアウイルスPollock、サルモネラウイルスFSL SP-058、サルモネラウイルスFSL SP-076、ヘリコバクターウイルス1961P、ヘリコバクターウイルスKHP30、ヘリコバクターウイルスKHP40、ハミルトネラウイルスAPSE1、ラクトコッカスウイルスKSY1、フォルミディウムウイルスWMP3、フォルミディウムウイルスWMP4、シュードモナスウイルス119X、ロゼオバクターウイルスSIO1、ビブリオウイルスVpV262、ビブリオウイルスVC8、ビブリオウイルスVP2、ビブリオウイルスVP5、ストレプトマイセスウイルスAmela、ストレプトマイセスウイルスphiCAM、ストレプトマイセスウイルスAaronocolus、ストレプトマイセスウイルスCaliburn、ストレプトマイセスウイルスDanzina、ストレプトマイセスウイルスHydra、ストレプトマイセスウイルスIzzy、ストレプトマイセスウイルスLannister、ストレプトマイセスウイルスLika、ストレプトマイセスウイルスSujidade、ストレプトマイセスウイルスZemlya、ストレプトマイセスウイルスELB20、ストレプトマイセスウイルスR4、ストレプトマイセスウイルスphiHau3、マイコバクテリウムウイルスAcadian、マイコバクテリウムウイルスBaee、マイコバクテリウムウイルスReprobate、マイコバクテリウムウイルスAdawi、マイコバクテリウムウイルスBane1、マイコバクテリウムウイルスBrownCNA、マイコバクテリウムウイルスChrisnmich、マイコバクテリウムウイルスCooper、マイコバクテリウムウイルスJAMaL、マイコバクテリウムウイルスNigel、マイコバクテリウムウイルスStinger、マイコバクテリウムウイルスVincenzo、マイコバクテリウムウイルスZemanar、マイコバクテリウムウイルスApizium、マイコバクテリウムウイルスManad、マイコバクテリウムウイルスOline、マイコバクテリウムウイルスOsmaximus、マイコバクテリウムウイルスPg1、マイコバクテリウムウイルスSoto、マイコバクテリウムウイルスSuffolk、マイコバクテリウムウイルスAthena、マイコバクテリウムウイルスBernardo、マイコバクテリウムウイルスGadjet、マイコバクテリウムウイルスPipefish、マイコバクテリウムウイルスGodines、マイコバクテリウムウイルスRosebush、マイコバクテリウムウイルスBabsiella、マイコバクテリウムウイルスBrujita、マイコバクテリウムウイルスChe9c、マイコバクテリウムウイルスSbash、マイコバクテリウムウイルスHawkeye、マイコバクテリウムウイルスPlot、サルモネラウイルスAG11、サルモネラウイルスEnt1、サルモネラウイルスf18SE、サルモネラウイルスJersey、サルモネラウイルスL13、サルモネラウイルスLSPA1、サルモネラウイルスSE2、サルモネラウイルスSETP3、サルモネラウイルスSETP7、サルモネラウイルスSETP13、サルモネラウイルスSP101、サルモネラウイルスSS3e、サルモネラウイルスwksl3、エシェリキアウイルスK1G、エシェリキアウイルスK1H、エシェリキアウイルスK1ind1、エシェリキアウイルスK1ind2、サルモネラウイルスSP31、リューコノストックウイルスLmd1、リューコノストックウイルスLN03、リューコノストックウイルスLN04、リューコノストックウイルスLN12、リューコノストックウイルスLN6B、リューコノストックウイルスP793、リューコノストックウイルス1A4、リューコノストックウイルスLn8、リューコノストックウイルスLn9、リューコノストックウイルスLN25、リューコノストックウイルスLN34、リューコノストックウイルスLNTR3、マイコバクテリウムウイルスBongo、マイコバクテリウムウイルスRey、マイコバクテリウムウイルスButters、マイコバクテリウムウイルスMichelle、マイコバクテリウムウイルスCharlie、マイコバクテリウムウイルスPipsqueaks、マイコバクテリウムウイルスXeno、マイコバクテリウムウイルスPanchino、マイコバクテリウムウイルスPhrann、マイコバクテリウムウイルスRedi、マイコバクテリウムウイルスSkinnyp、ゴードニアウイルスBaxterFox、ゴードニアウイルスYeezy、ゴードニアウイルスKita、ゴードニアウイルスZirinka、ゴードニア(Gorrdonia)ウイルスNymphadora、マイコバクテリウムウイルスBignuz、マイコバクテリウムウイルスBrusacoram、マイコバクテリウムウイルスDonovan、マイコバクテリウムウイルスFishburne、マイコバクテリウムウイルスJebeks、マイコバクテリウムウイルスMalithi、マイコバクテリウムウイルスPhayonce、エンテロバクターウイルスF20、クレブシエラウイルス1513、クレブシエラウイルスKLPN1、クレブシエラウイルスKP36、クレブシエラウイルスPKP126、クレブシエラウイルスSushi、エシェリキアウイルスAHP42、エシェリキアウイルスAHS24、エシェリキアウイルスAKS96、エシェリキアウイルスC119、エシェリキアウイルスE41c、エシェリキアウイルスEb49、エシェリキアウイルスJk06、エシェリキアウイルスKP26、エシェリキアウイルスRogue1、エシェリキアウイルスACGM12、エシェリキアウイルスRtp、エシェリキアウイルスADB2、エシェリキアウイルスJMPW1、エシェリキアウイルスJMPW2、エシェリキアウイルスT1、シゲラウイルスPSf2、シゲラウイルスShfl1、シトロバクターウイルスStevie、エシェリキアウイルスTLS、サルモネラウイルスSP126、クロノバクターウイルスEsp2949-1、シュードモナスウイルスAb18、シュードモナスウイルスAb19、シュードモナスウイルスPaMx11、アルスロバクターウイルスAmigo、プロピオニバクテリウムウイルスAnatole、プロピオニバクテリウムウイルスB3、バチルスウイルスAndromeda、バチルスウイルスBlastoid、バチルスウイルスCurly、バチルスウイルスEoghan、バチルスウイルスFinn、バチルスウイルスGlittering、バチルスウイルスRiggi、バチルスウイルスTaylor、ゴードニアウイルスAttis、マイコバクテリウムウイルスBarnyard、マイコバクテリウムウイルスKonstantine、マイコバクテリウムウイルスPredator、マイコバクテリウムウイルスBernal13、スタフィロコッカスウイルス13、スタフィロコッカスウイルス77、スタフィロコッカスウイルス108PVL、マイコバクテリウムウイルスBron、マイコバクテリウムウイルスFaith1、マイコバクテリウムウイルスJoedirt、マイコバクテリウムウイルスRumpelstiltskin、ラクトコッカスウイルスbIL67、ラクトコッカスウイルスc2、ラクトバチルスウイルスc5、ラクトバチルスウイルスLd3、ラクトバチルスウイルスLd17、ラクトバチルスウイルスLd25A、ラクトバチルスウイルスLLKu、ラクトバチルスウイルスphiLdb、セルロファーガウイルスCba121、セルロファーガウイルスCba171、セルロファーガウイルスCba181、セルロファーガウイルスST、バチルスウイルス250、バチルスウイルスIEBH、マイコバクテリウムウイルスArdmore、マイコバクテリウムウイルスAvani、マイコバクテリウムウイルスBoomer、マイコバクテリウムウイルスChe8、マイコバクテリウムウイルスChe9d、マイコバクテリウムウイルスDeadp、マイコバクテリウムウイルスDlane、マイコバクテリウムウイルスDorothy、マイコバクテリウムウイルスDotproduct、マイコバクテリウムウイルスDrago、マイコバクテリウムウイルスFruitloop、マイコバクテリウムウイルスGumbie、マイコバクテリウムウイルスIbhubesi、マイコバクテリウムウイルスLlij、マイコバクテリウムウイルスMozy、マイコバクテリウムウイルスMutaforma13、マイコバクテリウムウイルスPacc40、マイコバクテリウムウイルスPMC、マイコバクテリウムウイルスRamsey、マイコバクテリウムウイルスRockyhorror、マイコバクテリウムウイルスSG4、マイコバクテリウムウイルスShauna1、マイコバクテリウムウイルスShilan、マイコバクテリウムウイルスSpartacus、マイコバクテリウムウイルスTaj、マイコバクテリウムウイルスTweety、マイコバクテリウムウイルスWee、マイコバクテリウムウイルスYoshi、サルモネラウイルスChi、サルモネラウイルスFSLSP030、サルモネラウイルスFSLSP088、サルモネラウイルスiEPS5、サルモネラウイルスSPN19、マイコバクテリウムウイルス244、マイコバクテリウムウイルスBask21、マイコバクテリウムウイルスCJW1、マイコバクテリウムウイルスEureka、マイコバクテリウムウイルスKostya、マイコバクテリウムウイルスPorky、マイコバクテリウムウイルスPumpkin、マイコバクテリウムウイルスSirduracell、マイコバクテリウムウイルスToto、マイコバクテリウムウイルスCorndog、マイコバクテリウムウイルスFirecracker、ロドバクターウイルスRcCronus、シュードモナスウイルスD3112、シュードモナスウイルスDMS3、シュードモナスウイルスFHA0480、シュードモナスウイルスLPB1、シュードモナスウイルスMP22、シュードモナスウイルスMP29、シュードモナスウイルスMP38、シュードモナスウイルスPA1KOR、シュードモナスウイルスD3、シュードモナスウイルスPMG1、アルスロバクターウイルスDecurro、ゴードニアウイルスDemosthenes、ゴードニアウイルスKatyusha、ゴードニアウイルスKvothe、プロピオニバクテリウムウイルスB22、プロピオニバクテリウムウイルスDoucette、プロピオニバクテリウムウイルスE6、プロピオニバクテリウムウイルスG4、バークホルデリアウイルスphi6442、バークホルデリアウイルスphi1026b、バークホルデリアウイルスphiE125、エドワージエラウイルスeiAU、マイコバクテリウムウイルスFf47、マイコバクテリウムウイルスMuddy、マイコバクテリウムウイルスGaia、マイコバクテリウムウイルスGiles、アルスロバクターウイルスCaptnmurica、アルスロバクターウイルスGordon、ゴードニアウイルスGordTnk2、パエニバチルスウイルスHarrison、エシェリキアウイルスEK99P1、エシェリキアウイルスHK578、エシェリキアウイルスJL1、エシェリキアウイルスSSL2009a、エシェリキアウイルスYD2008s、シゲラウイルスEP23、Sodalis 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バクテリウムウイルスBxz2、マイコバクテリウムウイルスChe12、マイコバクテリウムウイルスCuco、マイコバクテリウムウイルスD29、マイコバクテリウムウイルスDoom、マイコバクテリウムウイルスEricb、マイコバクテリウムウイルスEuphoria、マイコバクテリウムウイルスGeorge、マイコバクテリウムウイルスGladiator、マイコバクテリウムウイルスGoose、マイコバクテリウムウイルスHammer、マイコバクテリウムウイルスHeldan、マイコバクテリウムウイルスJasper、マイコバクテリウムウイルスJC27、マイコバクテリウムウイルスJeffabunny、マイコバクテリウムウイルスJHC117、マイコバクテリウムウイルスKBG、マイコバクテリウムウイルスKssjeb、マイコバクテリウムウイルスKugel、マイコバクテリウムウイルスL5、マイコバクテリウムウイルスLesedi、マイコバクテリウムウイルスLHTSCC、マイコバクテリウムウイルスlockley、マイコバクテリウムウイルスMarcell、マイコバクテリウムウイルスMicrowolf、マイコバクテリウムウイルスMrgordo、マイコバクテリウムウイルスMuseum、マイコバクテリウムウイルスNepal、マイコバクテリウムウイルスPackman、マイコバクテリウムウイルスPeaches、マイコバクテリウムウイルスPerseus、マイコバクテリウムウイルスPukovnik、マイコバクテリウムウイルスRebeuca、マイコバクテリウムウイルスRedrock、マイコバクテリウムウイルスRidgecb、マイコバクテリウムウイルスRockstar、マイコバクテリウムウイルスSaintus、マイコバクテリウムウイルスSkipole、マイコバクテリウムウイルスSolon、マイコバクテリウムウイルスSwitzer、マイコバクテリウムウイルスSWU1、マイコバクテリウムウイルスTa17a、マイコバクテリウムウイルスTiger、マイコバクテリウムウイルスTimshel、マイコバクテリウムウイルスTrixie、マイコバクテリウムウイルスTurbido、マイコバクテリウムウイルスTwister、マイコバクテリウムウイルスU2、マイコバクテリウムウイルスViolet、マイコバクテリウムウイルスWonder、エシェリキアウイルスDE3、エシェリキアウイルスHK629、エシェリキアウイルスHK630、エシェリキアウイルスLambda、アルスロバクターウイルスLaroye、マイコバクテリウムウイルスHalo、マイコバクテリウムウイルスLiefie、マイコバクテリウムウイルスMarvin、マイコバクテリウムウイルスMosmoris、アルスロバクターウイルスCircum、アルスロバクターウイルスMudcat、エシェリキアウイルスN15、エシェリキアウイルス9g、エシェリキアウイルスJenK1、エシェリキアウイルスJenP1、エシェリキアウイルスJenP2、シュードモナスウイルスNP1、シュードモナスウイルスPaMx25、マイコバクテリウムウイルスBaka、マイコバクテリウムウイルスCourthouse、マイコバクテリウムウイルスLittlee、マイコバクテリウムウイルスOmega、マイコバクテリウムウイルスOptimus、マイコバクテリウムウイルスThibault、ポラリバクターウイルスP12002L、ポラリバクターウイルスP12002S、ノンラベンスウイルスP12024L、ノンラベンスウイルスP12024S、サーマスウイルスP23-45、サーマスウイルスP74-26、リステリアウイルスLP26、リステリアウイルスLP37、リステリアウイルスLP110、リステリアウイルスLP114、リステリアウイルスP70、プロピオニバクテリウムウイルスATCC29399BC、プロピオニバクテリウムウイルスATCC29399BT、プロピオニバクテリウムウイルスAttacne、プロピオニバクテリウムウイルスKeiki、プロピオニバクテリウムウイルスKubed、プロピオニバクテリウムウイルスLauchelly、プロピオニバクテリウムウイルスMrAK、プロピオニバクテリウムウイルスOuroboros、プロピオニバクテリウムウイルスP91、プロピオニバクテリウムウイルスP105、プロピオニバクテリウムウイルスP144、プロピオニバクテリウムウイルスP1001、プロピオニバクテリウムウイルスP1.1、プロピオニバクテリウムウイルスP100A、プロピオニバクテリウムウイルスP100D、プロピオニバクテリウムウイルスP101A、プロピオニバクテリウムウイルスP104A、プロピオニバクテリウムウイルスPA6、プロピオニバクテリウムウイルスPacnes201215、プロピオニバクテリウムウイルスPAD20、プロピオニバクテリウムウイルスPAS50、プロピオニバクテリウムウイルスPHL009M11、プロピオニバクテリウムウイルスPHL025M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL037M02、プロピオニバクテリウムウイルスPHL041M10、プロピオニバクテリウムウイルスPHL060L00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL067M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL070N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL071N05、プロピオニバクテリウムウイルスPHL082M03、プロピオニバクテリウムウイルスPHL092M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL095N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL111M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL112N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL113M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL114L00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL116M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL117M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL117M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL132N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL141N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL151M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL151N00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL152M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL163M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL171M01、プロピオニバクテリウムウイルスPHL179M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL194M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL199M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL301M00、プロピオニバクテリウムウイルスPHL308M00、プロピオニバクテリウムウイルスPirate、プロピオニバクテリウムウイルスProcrass1、プロピオニバクテリウムウイルスSKKY、プロピオニバクテリウムウイルスSolid、プロピオニバクテリウムウイルスStormborn、プロピオニバクテリウムウイルスWizzo、シュードモナスウイルスPaMx28、シュードモナスウイルスPaMx74、マイコバクテリウムウイルスPatience、マイコバクテリウムウイルスPBI1、ロドコッカスウイルスPepy6、ロドコッカスウイルスPoco6、プロピオニバクテリウムウイルスPFR1、ストレプトマイセスウイルスphiBT1、ストレプトマイセスウイルスphiC31、ストレプトマイセスウイルスTG1、カウロバクターウイルスKarma、カウロバクターウイルスMagneto、カウロバクターウイルスphiCbK、カウロバクターウイルスRogue、カウロバクターウイルスSwift、スタフィロコッカスウイルス11、スタフィロコッカスウイルス29、スタフィロコッカスウイルス37、スタフィロコッカスウイルス53、スタフィロコッカスウイルス55、スタフィロコッカスウイルス69、スタフィロコッカスウイルス71、スタフィロコッカスウイルス80、スタフィロコッカスウイルス85、スタフィロコッカスウイルス88、スタフィロコッカスウイルス92、スタフィロコッカスウイルス96、スタフィロコッカスウイルス187、スタフィロコッカスウイルス52a、スタフィロコッカスウイルス80alpha、スタフィロコッカスウイルスCNPH82、スタフィロコッカスウイルスEW、スタフィロコッカスウイルスIPLA5、スタフィロコッカスウイルスIPLA7、スタフィロコッカスウイルスIPLA88、スタフィロコッカスウイルスPH15、スタフィロコッカスウイルスphiETA、スタフィロコッカスウイルスphiETA2、スタフィロコッカスウイルスphiETA3、スタフィロコッカスウイルスphiMR11、スタフィロコッカスウイルスphiMR25、スタフィロコッカスウイルスphiNM1、スタフィロコッカスウイルスphiNM2、スタフィロコッカスウイルスphiNM4、スタフィロコッカスウイルスSAP26、スタフィロコッカスウイルスX2、エンテロコッカスウイルスFL1、エンテロコッカスウイルスFL2、エンテロコッカスウイルスFL3、ラクトバチルスウイルスATCC8014、ラクトバチルスウイルスphiJL1、ペディオコッカスウイルスcIP1、アエロモナスウイルスpIS4A、リステリアウイルスLP302、リステリアウイルスPSA、メタノバクテリウムウイルスpsiM1、ロゼオバクターウイルスRDJL1、ロゼオバクターウイルスRDJL2、ロドコッカスウイルスRER2、エンテロコッカスウイルスBC611、エンテロコッカスウイルスIMEEF1、エンテロコッカスウイルスSAP6、エンテロコッカスウイルスVD13、ストレプトコッカスウイルスSPQS1、マイコバクテリウムウイルスPapyrus、マイコバクテリウムウイルスSend513、バークホルデリアウイルスKL1、シュードモナスウイルス73、シュードモナスウイルスAb26、シュードモナスウイルスKakheti25、エシェリキアウイルスCajan、エシェリキアウイルスSeurat、スタフィロコッカスウイルスSEP9、スタフィロコッカスウイルスSextaec、ストレプトコッカスウイルス858、ストレプトコッカスウイルス2972、ストレプトコッカスウイルスALQ132、ストレプトコッカスウイルスO1205、ストレプトコッカスウイルスSfi11、ストレプトコッカスウイルス7201、ストレプトコッカスウイルスDT1、ストレプトコッカスウイルスphiAbc2、ストレプトコッカスウイルスSfi19、ストレプトコッカスウイルスSfi21、パエニバチルスウイルスDiva、パエニバチルスウイルスHb10c2、パエニバチルスウイルスRani、パエニバチルスウイルスShelly、パエニバチルスウイルスSitara、パエニバチルスウイルスWillow、ラクトコッカスウイルス712、ラクトコッカスウイルスASCC191、ラクトコッカスウイルスASCC273、ラクトコッカスウイルスASCC281、ラクトコッカスウイルスASCC465、ラクトコッカスウイルスASCC532、ラクトコッカスウイルスBibb29、ラクトコッカスウイルスbIL170、ラクトコッカスウイルスCB13、ラクトコッカスウイルスCB14、ラクトコッカスウイルスCB19、ラクトコッカスウイルスCB20、ラクトコッカスウイルスjj50、ラクトコッカスウイルスP2、ラクトコッカスウイルスP008、ラクトコッカスウイルスsk1、ラクトコッカスウイルスSl4、バチルスウイルスSlash、バチルスウイルスStahl、バチルスウイルスStaley、バチルスウイルスStills、ゴードニアウイルスBachita、ゴードニアウイルスClubL、ゴードニアウイルスOneUp、ゴードニアウイルスSmoothie、ゴードニアウイルスSoups、バチルスウイルスSPbeta、ビブリ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12、シュードモナスウイルスPAE1、シュードモナスウイルスYua、シュードアルテロモナスウイルスPM2、シュードモナスウイルスphi6、シュードモナスウイルスphi8、シュードモナスウイルスphi12、シュードモナスウイルスphi13、シュードモナスウイルスphi2954、シュードモナスウイルスphiNN、シュードモナスウイルスphiYY、ビブリオウイルスfs1、ビブリオウイルスVGJ、ラルストニアウイルスRS603、ラルストニアウイルスRSM1、ラルストニアウイルスRSM3、エシェリキアウイルスM13、エシェリキアウイルスI22、サルモネラウイルスIKe、アコレプラズマウイルスL51、ビブリオウイルスfs2、ビブリオウイルスVFJ、エシェリキアウイルスIf1、プロピオニバクテリウムウイルスB5、シュードモナスウイルスPf1、シュードモナスウイルスPf3、ラルストニアウイルスPE226、ラルストニアウイルスRSS1、スピロプラズマウイルスSVTS2、ステノトロホモナスウイルスPSH1、ステノトロホモナスウイルスSMA6、ステノトロホモナスウイルスSMA7、ステノトロホモナスウイルスSMA9、ビブリオウイルスCTXphi、ビブリオウイルスKSF1、ビブリオウイルスVCY、ビブリオウイルスVf33、ビブリオウイルスVfO3K6、キサントモナスウイルスCf1c、スピロプラズマウイルスC74、スピロプラズマウイルスR8A2B、スピロプラズマウイルスSkV1CR23x、エシェリキアウイルスFI、エシェリキアウイルスQbeta、エシェリキアウイルスBZ13、エシェリキアウイルスMS2、エシェリキアウイルスalpha3、エシェリキアウイルスID21、エシェリキアウイルスID32、エシェリキアウイルスID62、エシェリキアウイルスNC28、エシェリキアウイルスNC29、エシェリキアウイルスNC35、エシェリキアウイルスphiK、エシェリキアウイルスSt1、エシェリキアウイルスWA45、エシェリキアウイルスG4、エシェリキアウイルスID52、エシェリキアウイルスTalmos、エシェリキアウイルスphiX174、ブデロビブリオウイルスMAC1、ブデロビブリオウイルスMH2K、クラミジアウイルスChp1、クラミジアウイルスChp2、クラミジアウイルスCPAR39、クラミジアウイルスCPG1、スピロプラズマウイルスSpV4、アコレプラズマウイルスL2、シュードモナスウイルスPR4、シュードモナスウイルスPRD1、バチルスウイルスAP50、バチルスウイルスBam35、バチルスウイルスGIL16、バチルスウイルスWip1、エシェリキアウイルスphi80、エシェリキアウイルスRB42、エシェリキアウイルスT2、エシェリキアウイルスT3、エシェリキアウイルスT6、エシェリキアウイルスVT2-Sa、エシェリキアウイルスVT1-Sakai、エシェリキアウイルスVT2-Sakai、エシェリキアウイルスCP-933V、エシェリキアウイルスP27、エシェリキアウイルスStx2phi-I、エシェリキアウイルスStx1phi、エシェリキアウイルスStx2phi-II、エシェリキアウイルスCP-1639からなる群において選択され、エシェリキアウイルスBP-4795、エシェリキアウイルス86、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルス2851、エシェリキアウイルス1717、エシェリキアウイルスYYZ-2008、エシェリキアウイルスEC026_P06、エシェリキアウイルスECO103_P15、エシェリキアウイルスECO103_P12、エシェリキアウイルスECO111_P16、エシェリキアウイルスECO111_P11、エシェリキアウイルスVT2phi_272、エシェリキアウイルスTL-2011c、エシェリキアウイルスP13374、エシェリキアウイルスSp5に基づく。

【0337】

一実施形態では、細菌ウイルス粒子は、大腸菌を標的化し、BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、Wφ、φK13、φl、φ2、φ7、φ92、7 A、8φ、9φ、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5φ、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933Hからなる群において選択されるバクテリオファージのキャプシドを含む。

【0338】

一部の実施形態において、本明細書中に開示するベクターは、プレバイオティクスと組み合わせて使用し得る。プレバイオティクスとしては、これらに限定されるわけではないが、アミノ酸、ビオチン、フラクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、ヘミセルロース(例えば、アラビノキシラン、キシラン、キシログルカン、及びグルコマンナン)、イヌリン、キチン、ラクツロース、マンナンオリゴ糖、オリゴフルクトース強化イヌリン、ガム類(例えば、グアーゴム、アラビアゴム、及びカラジーナン)、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、難消化性デキストリン(例えば、レジスタントスターチ)、トランス-ガラクトオリゴ糖、ペクチン(例えば、キシロガラクツロナン、柑橘類ペクチン、リンゴペクチン、及びラムノガラクツロナン-I)、食物繊維(例えば、大豆繊維、テンサイ繊維、エンドウ繊維、コーンブラン、及びオート麦繊維)、及びキシロオリゴ糖が挙げられる。

【0339】

他の実施形態において、本明細書中に開示するベクターは、プロバイオティクスと組み合わせて使用し得る。プロバイオティクスとしては、これらに限定されるわけではないが、乳酸桿菌、ビフィズス菌、連鎖球菌、腸球菌、プロピオン酸菌、酵母菌(saccaromycete)、乳酸桿菌、ビフィズス菌、又はプロテオバクテリアが挙げられる。

【0340】

スクリーニング方法
本発明は、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングする方法を包含する。一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNAの少なくとも1つの塩基を遺伝学的に改変するように設計されたベクターを対象に投与すること、続いて細菌試料を対象から収集し、前記細菌試料中の目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程を含む。この方法は、目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中の、遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程を更に含むことができる。

【0341】

一実施形態において、内在性の改変された対改変されていない細菌の割合を定量する。遺伝子改変を有する細菌の好ましい百分率は、少なくとも20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、97%、98%、99%、99.9%、99.99%、及び100%である。

【0342】

一実施形態において、改変されていない内在性細菌の数を、ベクターを投与する前に定量する。患者はまた、患者が保持する株の遺伝子シグネチャを決定するために、事前にスクリーニングすることもできる。これにより、患者が保持する株の遺伝子シグネチャに基づいて治療ペイロードを送達するための、適切なカプシドの選択が可能となる。

【0343】

好ましい実施形態において、ベクターは医薬組成物及び獣医学用組成物中にある。好ましくは、ベクターはバクテリオファージである。

【0344】

ベクターは、ベクター及び対象中又は対象上における標的細菌の予想される位置に応じて、当分野で知られている任意の投与技法によって対象に投与することができる。

【0345】

細菌試料は、生検、採血、尿試料、糞便試料、経口/経鼻スワブ等の当分野で知られている任意の手段によって収集することができる。

【0346】

目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有する又は含有しない細菌のレベルは、ELISA、PCR、高分解能融解、及び核酸配列決定を含む常用診断手順等の、当業者に知られている任意の技法によって決定することができる。

【0347】

本発明は、in situで遺伝子変異を誘導するベクターの効率を決定するための方法を包含する。一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNAの少なくとも1つの塩基を遺伝学的に改変するように設計されたベクターを対象に投与する工程と、続いて細菌試料を対象から収集する工程と、目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程と、前記細菌試料中の目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中の、遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程とを含む。

【0348】

好ましい実施形態において、ベクターは医薬組成物及び獣医学用組成物中にある。好ましくは、ベクターはバクテリオファージである。

【0349】

ベクターは、ベクター及び対象中又は対象上における標的細菌の予想される位置に応じて、当分野で知られている任意の投与技法によって対象に投与することができる。

【0350】

細菌試料は、生検、採血、尿試料、糞便試料、経口/経鼻スワブ等の当分野で知られている任意の手段によって収集することができる。

【0351】

目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有する又は含有しない細菌のレベルは、ELISA、PCR、高分解能融解、及び核酸配列決定を含む常用診断手順等の、当業者に知られている任意の技法によって決定することができる。

【0352】

本発明は、細菌増殖に対する遺伝子変異の効果を決定する方法を包含する。一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNAの少なくとも1つの塩基を遺伝学的に改変するように設計されたベクターを対象に投与する工程と、続いて少なくとも2つの逐次的な細菌試料を対象から収集する工程と、目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程と、前記細菌試料中の目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中の、遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程とを含む。

【0353】

好ましい実施形態において、ベクターは医薬組成物及び獣医学用組成物中にある。好ましくは、ベクターはバクテリオファージである。

【0354】

ベクターは、ベクター及び対象中又は対象上における標的細菌の予想される位置に応じて、当分野で知られている任意の投与技法によって対象に投与することができる。

【0355】

細菌試料は、生検、採血、尿試料、糞便試料、経口/経鼻スワブ等の当分野で知られている任意の手段によって収集することができる。試料は、任意の逐次的な時点で収集することができる。好ましくは、これらの収集間の間隔は、少なくとも3、6、12、24、48、72、96時間、又は7、14、30、60、120、若しくは365日間である。

【0356】

目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有する又は含有しない細菌のレベルは、ELISA、PCR、高分解能融解、及び核酸配列決定を含む常用診断手順等の、当業者に知られている任意の技法によって決定することができる。

【0357】

本発明のすべてのスクリーニング方法は、本発明のベクター及び酵素/系のうちの任意のものを使用して、本発明の遺伝子改変のうちの任意のものをスクリーニングすることができる。

【0358】

本発明のすべてのスクリーニング方法は、細菌試料中において、目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを、目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルと比較するステップを更に含むことができる。

【0359】

本発明のすべてのスクリーニング方法は、ベクターを液体又は固体培養物中の細菌と接触させ、前記細菌試料中の目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量するステップを更に含むことができる。この方法は、目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中の、遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程を更に含むことができる。

【0360】

一実施形態において、この方法は、天然に存在する細菌の遺伝子中の目的のDNAの少なくとも1つの塩基を遺伝学的に改変するように設計されたベクターを提供する工程を含む。この方法は、ベクターを液体又は固体培養物中の細菌と接触させ、前記細菌試料中の目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルを定量する工程を更に含むことができる。この方法は、目的のDNAの前記少なくとも1つの塩基中の、遺伝子改変を含有しない細菌のレベルを定量する工程を更に含むことができる。目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有する細菌のレベルは、目的のDNAの塩基中に遺伝子改変を含有しない細菌のレベルと、経時的に培養物中で比較することができる。好ましくは、これらの比較間の間隔は、少なくとも1、2、3、4、5、6、12、24、48、72、又は96時間である。

【0361】

医薬組成物及び獣医学用組成物並びにin situ投与方法
本発明は、本発明のベクターを含む医薬組成物及び獣医学用組成物を包含する。

【0362】

本発明は、医薬組成物又は獣医学用組成物の、対象中の細菌へのin situ投与を包含する。当業者に知られている任意の方法を使用して、ベクターを細菌標的とin situで接触させることができる。

【0363】

本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物は、更に、薬学的に許容されるビヒクルを含み得る。固体の薬学的に許容されるビヒクルは、風味剤、潤滑剤、可溶化剤、懸濁化剤染料、充填剤、滑沢剤、圧縮補助剤(compression aid)、不活性結合剤、甘味料、防腐剤、染料、コーティング剤、又は錠剤崩壊剤としても作用し得る1つ又は複数の物質を含み得る。好適な固体ビヒクルとしては、例えば、リン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、糖、ラクトース、デキストリン、デンプン、ゼラチン、セルロース、ポリビニルピロリドン、低融点ワックス、及びイオン交換樹脂が挙げられる。

【0364】

医薬組成物又は獣医学用組成物は、滅菌水、生理食塩水、又は他の適切な滅菌注射可能培地を使用して、投与時に懸濁し得る滅菌固体組成物として調製され得る。本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物は、他の溶質又は懸濁剤(例えば、溶液を等張にするのに十分な生理食塩水又はグルコース)、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、モノオレイン酸ソルビタン(sorbitan monoleate)、ポリソルベート80(ソルビトールのオレイン酸エステル及びエチレンオキシドで共重合されたその無水物)等を含有する滅菌溶液又は懸濁液の形態で経口投与され得る。本発明による粒子はまた、液体又は固体組成物の形態のいずれかで経口投与され得る。経口投与に好適な組成物は、丸薬、カプセル剤、顆粒剤、錠剤、及び粉末剤等の固体形態、並びに液剤、シロップ剤、エリキシル剤、及び懸濁液剤等の液体形態を含む。経腸投与に有用な形態は、滅菌溶剤、乳剤、及び懸濁液剤を含む。

【0365】

本発明による細菌ウイルス粒子は、薬学的に許容される液体ビヒクル、例えば、水、有機溶媒、両方の混合物、又は薬学的に許容される油若しくは脂質に溶解又は懸濁され得る。液体ビヒクルは、他の好適な薬学的添加剤、例えば、可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、保存剤、甘味剤、香味剤、懸濁剤、増粘剤、着色剤、粘度調整剤、安定剤又は浸透圧調整剤を含有し得る。経口及び経腸投与のための液体ビヒクルの好適な例は、水(部分的に、上記のような添加剤、例えばセルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液を含有する)、アルコール(一価アルコール及び多価アルコール、例えばグリコールを含む)及びこれらの誘導体、並びに油(例えば、ヤシ油及び落花生油)を含む。非経口投与の場合、ビヒクルは、油性エステル、例えば、オレイン酸エチル及びミリスチン酸イソプロピルでもあり得る。滅菌液体ビヒクルは、経腸投与のための滅菌液体形態組成物に有用である。圧縮組成物のための液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素又は他の薬学的に許容される噴霧剤であり得る。

【0366】

一部の実施形態において、本発明は、遅延型又は徐々の腸内放出のために配合された医薬組成物又は獣医学用組成物を包含する。好ましい実施形態において、本発明の配合物又は医薬調製物は、遠位小腸及び/又は結腸内へのベクターの送達のために配合されている。配合物は、ベクターが胃酸及び膵臓酵素及び胆汁を通り、遠位の小腸及び結腸中において存続可能となるように未損傷で到達することを可能にすることができる。

【0367】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、マイクロカプセル封入されている、錠剤へと形成されている、及び/又はカプセル、好ましくは腸溶コーティングされたカプセル内に入れられている。

【0368】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、酢酸セルロース(CA)及びポリエチレングリコール(PEG)を使用して遅延型又は徐々の腸内放出のために配合されている。一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、ヒドロキシプロピルメチルセルロース(HPMC)、微結晶セルロース(MCC)、及びステアリン酸マグネシウムを使用して遅延型又は徐々の腸内放出のために配合されている。医薬組成物又は獣医学用組成物は、例えば、ポリ(メタ)アクリレート、例えばメタクリル酸コポリマーB、メチルメタクリレート、及び/若しくはメタクリル酸エステル、又はポリビニルピロリドン(PVP)を使用して、遅延型又は徐々の腸内放出のために配合されている。

【0369】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、アクリルポリマー、セルロース、ワックス、脂肪酸、シェラック、ゼイン、硬化植物油、水素化ヒマシ油、ポリビニルピロリドン、酢酸ビニルコポリマー、ビニルアルコールコポリマー、ポリエチレンオキシド、アクリル酸とメタクリル酸のコポリマー、メチルメタクリレートコポリマー、エトキシエチルメタクリレートポリマー、シアノエチルメタクリレートポリマー、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、ポリ(アクリル酸)、ポリ(メタクリル酸)、メタクリル酸アルキルアミドコポリマー、ポリ(メチルメタクリレート)、ポリ(メタクリル酸無水物)、メチルメタクリレートポリマー、ポリメタクリレート、ポリ(メチルメタクリレート)コポリマー、ポリアクリルアミド、アミノアルキルメタクリレートコポリマー、グリシジルメタクリレートコポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、架橋結合カルボキシメチルセルロースナトリウム、架橋結合ヒドロキシプロピルセルロース、天然ワックス、合成ワックス、脂肪族アルコール、脂肪酸、脂肪酸エステル、脂肪酸グリセリド、水素化脂肪、炭化水素ワックス、ステアリン酸、ステアリルアルコール、蜜蝋、グリコワックス、ヒマシワックス、カルナウバワックス、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、乳酸とグリコール酸のコポリマー、カルボキシメチルデンプン、カリウムメタクリレート/ジビニルベンゼンコポリマー、架橋結合ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、ポリビニルアルコールコポリマー、ポリエチレングリコール、非架橋結合ポリビニルピロリドン、ポリ酢酸ビニル、ポリ酢酸ビニルコポリマー、又はその任意の組合せ等の放出遅延マトリックス材料を使用して、遅延型又は徐々の腸内放出のために配合されている。

【0370】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、経口投与のための持続放出医薬組成物を記載している米国特許出願公開第20110218216号に記載されているように、遅延型又は徐々の腸内放出のために配合されており、親水性ポリマー、疎水性材料、及び疎水性ポリマー又はその混合物を、微小環境pH調節剤と共に使用する。疎水性ポリマーは、エチルセルロース、酢酸セルロース、プロピオン酸セルロース、酪酸セルロース、メタクリル酸-アクリル酸コポリマー、又はその混合物であり得る。親水性ポリマーは、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリエチレンオキシド、アクリル酸コポリマー、又はその混合物であり得る。疎水性材料は、硬化植物油、水素化ヒマシ油、カルナウバワックス、キャンデリア(candellia)ワックス、蜜蝋、パラフィンワックス、ステアリン酸、ベヘン酸グリセリル、セチルアルコール、セトステアリルアルコール又は及びその混合物であり得る。微小環境pH調節剤は、無機酸、アミノ酸、有機酸、又はその混合物であり得る。或いは、微小環境pH調節剤は、ラウリン酸、ミリスチン酸、酢酸、安息香酸、パルミチン酸、ステアリン酸、シュウ酸、マロン酸、コハク酸、アジピン酸、セバシン酸、フマル酸、マレイン酸;グリコール酸、乳酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、クエン酸二水素ナトリウム、グルコン酸、サリチル酸、トシル酸、メシル酸、若しくはリンゴ酸、又はその混合物であり得る。

【0371】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、錠剤又は坐薬内に含ませることができる粉末である。代替実施形態において、本発明の配合物又は医薬調製物は、飲用又は他の様式で投与する液体として「復元するための粉末」であり得る。

【0372】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、クリーム、ゲル、ローション、液剤、餌、又はエアロゾルスプレー中で投与することができる。一部の実施形態において、バクテリオファージは、当分野で知られている任意の物質及び当分野で知られている任意の技術、例えば、これらに限定されるわけではないが、本明細書中に参照により組み入れられる米国特許第7,482,115号中に概要が示されている技術を使用した、ポリマービーズ上へのバクテリオファージの固定を使用して、固体表面上に固定する。コーティングしたビーズをエアロゾル、クリーム、ゲル、又は液剤に加え得るように、ファージを適切な大きさのポリマービーズ上に固定し得る。ポリマービーズの大きさは、約0.1μm～500μm、例えば50μm～100μmであり得る。コーティングしたポリマービーズは、ペレット状の餌及び任意の他の形態の餌を含む動物の餌内に取り込ませ得る、ファージを動物に提示するために使用する任意の他の食用装置内に取り込ませ得る、ボウル中で動物に提供する水に加え得る、給水系を通じて動物に提示し得る。一部の実施形態において、組成物は、クリーム、ゲル、エアロゾルスプレー等を使用して、表面創傷及び他の表面感染症の治療のために使用する。

【0373】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、吸入によって、坐薬若しくは膣坐薬の形態で、局所的に(例えば、ローション、液剤、クリーム、軟膏、若しくは散布剤の形態)、表皮的若しくは経皮的に(例えば皮膚パッチの使用による)、経口的に(例えばデンプン若しくはラクトース等の賦形剤を含有し得る錠剤として)、カプセル、胚珠、エリキシル、液剤、又は懸濁液として(それぞれ任意選択で香味料、着色料、及び/若しくは賦形剤を含有する)投与することができるか、或いは、これらは、非経口的に(例えば、静脈内、筋肉内、又は皮下で)注射することができる。非経口投与には、組成物は、他の物質、例えば溶液を血液と等張にするために十分な塩又は単糖を含有し得る、無菌的水性溶液の形態で使用し得る。頬側又は舌下投与には、組成物は、慣用の様式で配合することができる錠剤又はロゼンジの形態で投与し得る。好ましい実施形態において、本発明のバクテリオファージ及び/又はポリペプチドは、局所的に、単一の薬剤として、又は本明細書中に記載されている若しくは当分野で知られている他の抗生物質治療と組み合わせてのどちらかで、投与する。

【0374】

一部の実施形態において、医薬組成物又は獣医学用組成物は、真皮的又は経皮的に投与することもできる。皮膚への局所的施用には、医薬組成物又は獣医学用組成物は、これらに限定されるわけではないが、水性液剤、アルコール基剤液剤、水溶性ゲル、ローション、軟膏、非水性液体基剤、鉱物油基剤、鉱物油とワセリンの混合物、ラノリン、リポソーム、血清アルブミン又はゼラチン等のタンパク質担体、粉末セルロースカルメル(carmel)、及びその組合せを挙げることができる、担体のうちの1つ又は組合せと組み合わせることができる。局所的送達様式としては、スメア、スプレー、帯具、徐放パッチ、液体を吸収させたワイプ、及びその組合せを挙げ得る。医薬組成物又は獣医学用組成物は、直接又は担体中のどちらかで、パッチ、ワイプ、帯具等に施用することができる。パッチ、ワイプ、帯具等は、湿った又は乾燥したものであってよく、ファージ及び/又はポリペプチド(例えばリシン)はパッチ上の凍結乾燥した形態である。局所組成物の担体は、ポリマーシックナー、水、保存料、活性界面活性剤又はは乳化剤、抗酸化剤、日焼け止め、及び溶媒又は混合溶媒系を含む、半固体及びゲル様のビヒクルを含み得る。米国特許第5,863,560号は、皮膚を医薬に曝露させることを助けることができるいくつかの異なる担体の組合せを開示しており、その内容は本明細書中に組み入れられる。

【0375】

鼻腔内又は吸入による投与には、医薬組成物又は獣医学用組成物は、加圧容器、ポンプ、スプレー、又は噴霧吸入器からのドライパウダー吸入器又はエアロゾルスプレー提示の形態で、適切な噴霧剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、1,1,1,2-テトラフルオロエタン若しくは1,1,1,2,3,3,3-ヘプタフルオロプロパン等のヒドロフルオロアルカン、二酸化炭素、又は他の適切なガスの使用を用いて、好都合に送達する。加圧エアロゾルの場合は、単位用量は、計量された量を送達するための弁を提供することによって決定し得る。加圧容器、ポンプ、スプレー、又は噴霧吸入器は、例えばエタノールと噴霧剤の混合物を溶媒として使用して、活性化合物の溶液又は懸濁液を含有していてよく、これは潤滑剤、例えばトリオレイン酸ソルビタンを更に含有していてよい。吸入器又は注入器において使用するためのカプセル及びカートリッジ(例えばゼラチンから作製)は、本発明のバクテリオファージ及び/又はポリペプチドとラクトース又はデンプン等の適切な粉末基材との粉末混合物を含有するように配合し得る。

【0376】

坐薬又は膣坐薬の形態での投与には、医薬組成物又は獣医学用組成物は、ゲル、ヒドロゲル、ローション、液剤、クリーム、軟膏、又は散布剤の形態で局所的に施用することができる。本発明の組成物はまた、眼球経路によって投与してもよい。眼の使用には、本発明の組成物は、等張のpH調節した無菌的生理食塩水中の微粉化懸濁液として、又は、好ましくは、任意選択で塩化ベンジルアルコニウム等の保存料と組み合わせた等張のpH調節した無菌的生理食塩水中の液剤として、配合することができる。或いは、これらはワセリン等の軟膏中で配合し得る。

【0377】

本発明の医薬組成物及び獣医学用組成物の投与量及び所望の薬物濃度は、具体的な使用に応じて変動し得る。適切な投与量又は投与経路の決定は熟練医師の技術範囲内にある。動物実験が、ヒト治療における有効用量の決定のために信頼性のある指針を提供することができる。

【0378】

経皮投与の場合、医薬組成物又は獣医学用組成物は、軟膏、クリーム又はゲルの形態に製剤化することができ、例えば、ジメチルスルホキシド、ジメチルアセトアミド及びジメチルホルムアミド等の適切な浸透剤又は界面活性剤を使用して浸透を促進させることができる。

【0379】

経粘膜投与の場合、鼻腔用スプレー、直腸又は膣坐薬が使用され得る。活性化合物は、当技術分野で公知の方法によって、公知の坐薬基剤のいずれかに組み込まれ得る。このような基剤の例としては、カカオバター、ポリエチレングリコール(カーボワックス)、ポリエチレンモノステアリン酸ソルビタン、及びこれらの融点又は溶解速度を改変する他の適合性材料との混合物が挙げられる。

【0380】

疾患処置
本発明は、細菌によって引き起こされる疾患及び代謝障害の治療を包含する。細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、ざ瘡(尋常性ざ瘡)等の皮膚慢性炎症、進行性黄斑性メラニン減少症、腹部痙攣、急性咽頭蓋炎、関節炎、菌血症、血性下痢、ボツリヌス中毒、ブルセラ症、脳膿瘍、心筋症、軟性下疳性病性疾患、クラミジア、クローン病、結膜炎、胆嚢症、結腸直腸癌、ポリポーシス、腸内毒素症、ライム病、下痢、ジフテリア、十二指腸潰瘍、心内膜炎、エリジペロスリックス症(erysipelothricosis)、腸熱、発熱、糸球体腎炎、胃腸炎、胃潰瘍、ギラン-バレー症候群破傷風、淋病、歯肉炎、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、レプトスピラ症、らい病、リステリア症、結核、ウィンダミア卿夫人(Lady Widermere)症候群、レジオネラ症、髄膜炎、粘液膿性結膜炎、多剤耐性細菌感染症、多剤耐性細菌保因、心筋炎、筋壊死-ガス壊疽、マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス(mycobacterium avium complex)、新生児壊死性全腸炎、ノカルジア症、院内感染、耳炎、歯周病、咽頭炎(phalyngitis)、肺炎、腹膜炎、紫斑熱、ロッキー山紅斑熱、細菌性赤痢、梅毒、副鼻腔炎、S字結腸炎、敗血症、皮下膿瘍、野兎病、気管気管支炎、扁桃炎、腸チフス、潰瘍性結腸炎、尿路感染症、百日咳、非アルコール性脂肪肝疾患(NAFLD)、非アルコール性脂肪性肝炎(NASH)からなる群から選択され得る。

【0381】

細菌によって引き起こされる感染症は、感染症、好ましくは、腸管感染症、例えば、食道炎、胃炎、腸炎、大腸炎、S状結腸炎、直腸炎、及び腹膜炎、尿路感染、腟感染症、女性の上部生殖器感染症、例えば、卵管炎、子宮内膜炎、卵巣炎、子宮実質炎、子宮傍結合織炎、及び骨盤腹膜の感染症、気道感染症、例えば、肺炎等、羊水内感染症、歯性感染症、歯内感染症、線維症、髄膜炎、血流感染、院内感染、例えば、カテーテル関連感染、院内肺炎、分娩後感染症、院内胃腸炎、院内尿路感染、又はこれらの組み合わせからなる群より選択され得る。好ましくは、本発明による感染症は、抗生物質耐性を示す細菌によって引き起こされる。特定の実施形態において、感染症は、標的化される細菌における上記に一覧される細菌によって引き起こされる。

【0382】

本開示は、例えば、肥満症、2型糖尿病、及び非アルコール性脂肪肝疾患を含む代謝障害を治療するための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物にも関する。実際、新たな証拠により、これらの障害が、腸管微生物叢組成及びその代謝物の変化によって特徴づけられていることが示されている(Tilgら、Nature Reviews Immunology、第20巻、40～54頁、2020年)。したがって、医薬組成物又は獣医学用組成物を使用して、一部の腸管細菌において、腸管微生物叢組成又はその代謝物を変更することができる目的核酸を送達し得る(例えば、前記細菌による一部の分子、例えば代謝炎症において有益な役割を持つ分子の発現、過剰発現、又は分泌を誘導することによる)。本開示は、例えば、肥満症、2型糖尿病、及び非アルコール性脂肪肝疾患を含む代謝障害を治療するための医薬の製造のための、本発明の医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。本開示はまた、治療を必要としている代謝障害を有する対象に、提供された医薬組成物又は獣医学用組成物、具体的には治療上有効な量の提供された医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む、例えば、肥満症、2型糖尿病、及び非アルコール性脂肪肝疾患を含む代謝障害を治療する方法にも関する。

【0383】

特定の実施形態において、本発明は、ヒトマイクロバイオームの細菌に関わる病理、例えば、炎症性疾患及び自己免疫疾患、がん、感染症、又は脳障害等、の治療における使用のための、医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。実際に、マイクロバイオームのいくつかの細菌は、任意の感染をトリガーすることなく、炎症性疾患又は自己免疫疾患又は癌発生を誘導及び/又は増強するであろう分子を分泌し得る。より詳細には、本発明は、例えば、CAR-T(キメラ抗原受容体T)細胞、TIL(腫瘍浸潤リンパ球)、及びサプレッサーT細胞としても知られているTreg(調節性T細胞)に基づく免疫療法の有効性を向上させるためにマイクロバイオームの組成を調節することにも関する。免疫療法の有効性を改善するためのマイクロバイオームの組成のモジュレーションは、当技術分野において周知の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、限定はされないが、PD-1(プログラム細胞死タンパク質1)阻害剤、PD-L1(プログラム死リガンド1)阻害剤、及びCTLA-4(細胞毒性Tリンパ球関連タンパク質4)の使用も含み得る。

【0384】

マイクロバイオームのいくつかの細菌は、脳に影響を及ぼすであろう分子も分泌することができる。

【0385】

したがって、本発明のさらなる目的は、有効量の本明細書中に開示する医薬組成物を前記対象に投与する工程を含む、対象のマイクロバイオームを制御するための方法、具体的には非治療的方法である。本発明のさらなる目的は、対象のマイクロバイオームを制御するために更に使用する、本発明の医薬組成物である。

【0386】

特定の実施形態において、本発明はまた、i)個体から生体試料を得て、試料から細菌DNA配列の群を決定する工程と、ii)配列の決定に基づいて、試料中にあった1つ又は複数の病原性細菌株又は種を同定する工程と、iii)個体に、試料中で同定されたそれぞれの病原性細菌株又は種を認識することができ、パッケージされたペイロードを送達する、本発明による医薬組成物を投与する工程とを含む、細菌感染症の治療を必要としている個体のための個別化された治療方法にも関する。本発明はまた、i)個体から生体試料を得て、試料から細菌DNA配列の群を決定する工程と、ii)配列の決定に基づいて、試料中にあった1つ又は複数の病原性細菌株又は種を同定する工程とを含み、医薬組成物が、試料中で同定されたそれぞれの病原性細菌株又は種を認識することができ、パッケージされたペイロードを送達する、細菌感染症の治療を必要としている個体のための個別化された治療方法において使用するための、本発明の医薬組成物にも関する。

【0387】

好ましくは、生物学的試料は、病原菌及び非病原菌種を含み、個体に本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物を投与した後、個体上又は個体内の病原菌の量が減少するが、非病原菌の量は減少しない。

【0388】

別の特定の実施形態では、本発明は、薬物の有効性を改善するために使用するための、本発明による医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。確かに、マイクロバイオームのいくつかの細菌は、それ自体では病原性ではなく、薬物を代謝し、それらを無効又は有害な分子に改変することができることが公知である。

【0389】

別の特定の実施形態において、本発明は、哺乳動物用の予防的及び治療的ワクチン等の治療化合物を含む、任意の目的化合物のin-situ細菌産生に関する。目的の化合物は、標的化された細菌内で産生され得る、標的化された細菌から分泌され得る、又は標的化された細菌の表面に発現され得る。より特定の実施形態では、抗原は、予防及び/又は治療ワクチン接種のために、標的化された細菌の表面に発現される。

【0390】

in situ対抗選択方法
特定の実施形態において、ベクターは、in situで遺伝子改変された標的細菌と改変が起こっていない標的細菌とを区別し、改変が起こっていない標的細菌の特異的死滅をもたらすことができる、DNAを改変する酵素、具体的にはプログラミングされたヌクレアーゼをコードする。

【0391】

特定の実施形態において、ヌクレアーゼはRNAガイドヌクレアーゼであり得る。

【0392】

特定の実施形態において、ベクターの設計は、前記プログラミングされたヌクレアーゼによって媒介される死滅効果が遅延され、それによって標的DNA配列が塩基編集又はプライム編集酵素/系によって編集されるために十分な時間が提供される機会を増加させる。

【0393】

本発明はまた、in situで遺伝子改変された標的細菌と改変が起こっていない標的細菌とを区別するようにプログラミングされたヌクレアーゼの送達のおかげで改変が起こっていないものの特異的死滅がもたらされる、マイクロバイオーム集団内のすべての標的細菌の頑強な変化を確実にするための組成物及び方法も提供する。特定の実施形態において、本発明のベクターはしたがって、in situで遺伝子改変された標的細菌と改変が起こっていない標的細菌とを区別するようにプログラミングされたヌクレアーゼをコードする核酸と組み合わせて使用し、改変が起こっていないものの特異的死滅がもたらされる。特定の実施形態において、そのようなプログラミングされたヌクレアーゼの送達は、塩基編集ヌクレアーゼを保持するものと同じベクター上、又は異なるベクター上のどちらかである。特定の実施形態において、そのようなプログラミングされたヌクレアーゼの送達は、塩基編集ヌクレアーゼをコードするベクターと同時又はその後のどちらかに実行される。同時に送達する場合、ベクターは、プログラミングされたヌクレアーゼについて遅延標的化プロセスを有し、二重鎖切断がもたらされるように操作することができる。

【0394】

非治療的使用
本発明は、本発明の細菌送達粒子の非治療的使用にも関する。例えば、非治療的使用は、化粧用途又は、特に疾患を患っていない対象において、対象の健康を向上させるための使用であり得る。したがって、本発明は、本発明の細菌送達粒子を含む化粧品組成物又は非治療組成物にも関する。

【0395】

対象、レジメン、及び投与
本発明による対象は、動物、好ましくは哺乳動物、更により好ましくはヒトである。しかし、用語「対象」とは、治療を必要としている、非ヒト動物、具体的にはとりわけイヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ロバ、ウサギ、フェレット、スナネズミ、ハムスター、チンチラ、ラット、マウス、モルモット、及び非ヒト霊長類等の哺乳動物、又は家禽等の非哺乳動物もいうことができる。

【0396】

本発明によるヒト対象は、出生前段階のヒト、新生児、小児、乳児、青年、又は任意の年齢の成人であり得る。

【0397】

好ましい実施形態において、対象は、好ましくは細菌が原因で、感染症、障害、及び/又は疾患を診断されている、又はそれを発生する危険性にある。そのような感染症、障害、及び/又は疾患の診断方法は当業者に周知である。

【0398】

特定の実施形態において、感染症、障害、及び/又は疾患は治療に対して耐性を提示し、好ましくは、感染症、障害、又は疾患は抗生物質耐性を提示する。

【0399】

特定の実施形態において、対象は、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるベクター、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明による医薬組成物若しくは獣医学用組成物の前に、いかなる治療をも受けたことがない。

【0400】

特定の実施形態において、対象は、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるベクター、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明による医薬組成物若しくは獣医学用組成物の前に、少なくとも1つの治療系統、好ましくはいくつかの治療系統を既に受けている。

【0401】

好ましくは、治療は、定期的に、好ましくは毎日と毎月の間、より好ましくは毎日と2週間毎の間、より好ましくは毎日と毎週の間投与し、更により好ましくは、治療は毎日投与する。特定の実施形態において、治療は、1日に数回、好ましくは1日に2又は3回、更により好ましくは1日に3回投与する。

【0402】

本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるベクター、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明による医薬組成物若しくは獣医学用組成物を用いた治療の持続期間は、好ましくは1日間～20週間、より好ましくは1日間～10週間、更により好ましくは1日間～4週間、更により好ましくは1日間～2週間を含む。特定の実施形態において、治療の持続期間は約1週間である。或いは、治療は感染症、障害、及び/又は疾患が存続する限り続き得る。

【0403】

医薬組成物又は獣医学用組成物の形態、また、本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるベクター、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明による医薬組成物若しくは獣医学用組成物の投与の投与経路及び用量は、感染症の種類及び重篤度に従って(例えば、疾患、障害、及び/又は感染症に関与している細菌種と、患者又は対象の身体内でのその局在性に依存して)、並びに患者又は対象、具体的にはその年齢、重量、性別、及び全体的な身体状態に従って、当業者によって調節することができる。

【0404】

特に、投与する本発明による送達ビヒクル、好ましくは本発明によるベクター、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド若しくはファージミドの、又は本発明による医薬組成物若しくは獣医学用組成物の量は、当業者に周知の標準手順によって決定しなければならない。治療上有効な量が患者又は対象に投与されるように適切な投与量を決定するために、患者又は対象の生理的データ(例えば年齢、大きさ、及び重量)並びに投与経路を考慮しなければならない。

【0405】

例えば、それぞれの投与のための送達ビヒクル、特に本発明による送達ビヒクル内にパッケージされたペイロード、好ましくは本発明による細菌ウイルス粒子内にパッケージされたプラスミド又はファージミドの総量は、10⁴～10¹⁵個の送達ビヒクルを含む。

【0406】

定義
「ベクター」
本明細書において使用される場合、用語「ベクター」とは、所定の宿主細胞中でポリペプチドの発現が可能な配列の任意の構築体をいう。ベクターを使用する場合、ベクターの選択肢は、当業者に周知のように宿主細菌を形質転換させるために使用する方法に依存する。ベクターとしては、これらに限定されるわけではないが、プラスミドベクター及び組換えファージベクター、又は本発明のポリペプチドを標的細菌に送達するために適した当分野で知られている任意の他のベクターを挙げることができる。当業者は、本発明の単離したヌクレオチド又は核酸配列のうちの任意のものを含む宿主細胞の形質転換、選択、及び増殖を成功させるためにベクター上に存在しなければならない遺伝因子を十分に認識している。

【0407】

「送達ビヒクル」
本明細書において使用される場合、用語「送達ビヒクル」とは、ペイロード又はベクターの細菌内への移入を可能にする任意のビヒクルをいう。

【0408】

本発明によって包含される数種の送達ビヒクルが存在し、これらに限定されるわけではないが、バクテリオファージ足場、ウイルス足場、細菌ウイルス粒子、化学物質に基づく送達ビヒクル(例えば、シクロデキストリン、リン酸カルシウム、陽イオン性ポリマー、陽イオン性リポソーム)、タンパク質に基づく又はペプチドに基づく送達ビヒクル、脂質に基づく送達ビヒクル、ナノ粒子に基づく送達ビヒクル、非化学物質に基づく送達ビヒクル(例えば、形質転換、電気穿孔、超音波穿孔、光学的形質移入)、粒子に基づく送達ビヒクル(例えば、遺伝子銃、マグネトフェクション、インペールフェクション、粒子照射、細胞透過性ペプチド)、又はドナー細菌(接合)が挙げられる。

【0409】

送達ビヒクルの任意の組合せも本発明によって包含される。

【0410】

送達ビヒクルとは、バクテリオファージ由来の足場をいうことができ、天然、進化した、又は操作されたカプシドから得ることができる。

【0411】

一部の実施形態において、細菌は、ペイロード又はベクターを環境からひとりでに取り上げるために自然にコンピテントであるため、送達ビヒクルはペイロード又はベクターである。

【0412】

「ペイロード」
本明細書において使用される場合、用語「ペイロード」とは、送達ビヒクルを用いて細菌内に移入される、任意の核酸配列若しくはアミノ酸配列、又は両方の組合せ(これらに限定されるわけではないがペプチド核酸又はペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート等)をいう。

【0413】

用語「ペイロード」とは、プラスミド、ベクター、又はカーゴもいい得る。

【0414】

ペイロードは、天然の、進化した、又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミド(phasmid)であり得る。ペイロードは、天然の、進化した、又は操作されたバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドの一部のみにおいて構成することもできる。

【0415】

一部の実施形態において、細菌は、ペイロードを環境からひとりでに取り上げるために自然にコンピテントであるため、ペイロードは送達ビヒクルである。

【0416】

「核酸」
本明細書において使用される場合、用語「核酸」とは、一本鎖若しくは二本鎖であり得る、又は一本鎖及び二本鎖配列の両方の一部分を含有する、一緒に共有結合された少なくとも2つのヌクレオチドの配列をいう。本発明の核酸は、天然に存在する、組換え、又は合成であり得る。核酸は、円形配列又は直鎖状配列の形態或いは両方の形態の組み合わせ物であり得る。核酸は、DNA、ゲノム又はcDNAの両方、或いはRNA又は両方の組み合わせ物であり得る。核酸は、デオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチドの任意の組み合わせ物、並びに、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン、及びイソグアニン等の塩基の任意の組み合わせ物を含み得る。本発明において使用することができる改変された塩基の他の例は、Chemical Reviews 2016年、116 (20) 12655～12687中に詳述されている。用語「核酸」は、これらに限定されるものではないが、ホスホラミド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、O-メチルホスホロアミダイト連鎖、及び/又はデオキシリボヌクレオチド、並びにリボヌクレオチド核酸等を含む、他の骨格を含み得る任意の核酸アナログも包含する。核酸の上記特長の任意の組合せも本発明によって包含される。

【0417】

「ファージミド」及び「パッケージされたファージミド」
本明細書において使用される場合、用語「ファージミド」又は「ファスミド」は等価であり、バクテリオファージゲノムの少なくとも1つの配列を含み、好ましくは子孫を生じることができない組換えDNAベクター、より詳細には、プラスミド及びバクテリオファージゲノムの両方に由来するベクターをいう。本開示のファージミドは、ファージパッケージング部位と任意選択で複製起点(ori)、具体的には細菌及び/又はファージ複製起点とを含む。一実施形態において、ファージミドは複製起点を含まず、したがって、細菌内に注入された後はそれ自身で複製することができない。或いは、ファージミドはプラスミド複製起点、具体的には細菌及び/又はファージ複製起点を含む。

【0418】

本明細書において使用される場合、用語「パッケージされたファージミド」とは、バクテリオファージ足場、細菌ウイルス粒子、又はカプシド中にカプシド形成されたファージミドをいう。具体的には、これは野生型バクテリオファージゲノムを欠くバクテリオファージ足場、細菌ウイルス粒子、又はカプシドをいう。パッケージされたファージミドは、当業者に周知のヘルパーファージ戦略を用いて生成し得る。ヘルパーファージは、本発明によるファージミドがカプシド形成されるために不可欠な構造的及び機能的タンパク質をコードする全ての遺伝子を含む。パッケージされたファージミドは、やはり当業者に周知のサテライトウイルス戦略を用いて生成し得る。サテライトウイルスはウイルス構成素因子であり、形態形成機能のすべてがヘルパーウイルスを用いた宿主細胞の同時感染に依存する核酸から構成されている一方で、そのすべてのエピソーム機能(組込み及び免疫、複数コピープラスミド複製)について、サテライトはヘルパーから完全に自立している。一実施形態において、サテライト遺伝子は、P2カプシドサイズを制御して、そのより小さなゲノムに収まるようにするP4 Sidタンパク質について記載されているように、ヘルパーファージのカプシドサイズの低下を促進するタンパク質をコードすることができる。

【0419】

「ペプチド」
本明細書中で使用する用語「ペプチド」とは、互いの間で連結された少なくとも2つのアミノ酸の短鎖、及びタンパク質の残り部分から依存的に発現されない、タンパク質の一部、部分組、又は断片をどちらもいう。一部の例において、ペプチドはタンパク質である。一部の他の場合において、ペプチドはタンパク質ではなく、ペプチドはタンパク質の一部、部分組、又は断片のみをいう。好ましくは、ペプチドは、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15個のアミノ酸～4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、20、25、30、40、50、100、200個のアミノ酸の大きさである。

【0420】

「相同性」及び「同一性」
本明細書中において「相同性」とは、2つ以上のアミノ酸分子のアミノ酸配列が部分的又は完全に同一であることを意味する。ある特定の実施形態では、相同的なアミノ酸配列は、参照アミノ酸配列に対して30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、又は95%の配列類似度又は同一性を有する。

【0421】

本明細書において使用される場合、2つの配列の間のパーセント相同性は、2つの配列の間のパーセント同一性に等しい。パーセント同一性は、配列がアラインメントされているポリマー(例えば、ポリヌクレオチド又はポリペプチド)に関して計算される。2つの配列の間のパーセント同一性は、2つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮した、配列によって共有される同一位置の数の関数である(すなわち、%相同性=同一位置の#/位置の総#×100)。配列の比較及び2つの配列の間のパーセント同一性の特定は、下記の非限定的な例において説明されるように、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。

【0422】

2つのアミノ酸配列の間のパーセント同一性は、ALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み入れられているE.Meyers及びW.Miller(Comput. Appl. Biosci., 4: 11～17 (1988))のアルゴリズムを使用して、PAM120重み残差表(weight residue table)、12のギャップ長さペナルティ、及び4のギャップペナルティを用いて特定することができる。加えて、2つのアミノ酸配列の間のパーセント同一性は、GCGソフトウェアパッケージのGAPプログラム(www.gcg.comにおいて入手可能)に組み入れられているNeedleman及びWunsch(J. Mol. Biol. 48:444~453 (1970))アルゴリズムを使用して、BLOSUM62マトリックス、BLOSUM30マトリックス、又はPAM250マトリックス、並びに16、14、12、10、8、6、又は4のギャップ重み(gap weight)及び1、2、3、4、5、又は6の長さ重み(length weight)を用いて特定することができる。特定の実施形態において、BLOSUM30マトリックスは、12のギャップ開始ペナルティ(gap open penalty)及び4のギャップ伸長ペナルティ(gap extension penalty)において使用される。

【0423】

【表1】

【実施例】

【0424】

(実施例1)
結腸直腸癌を防ぐ方法
ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。

【0425】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0426】

細菌と接触するパッケージされたファージミドは、pks+大腸菌中のClbP遺伝子の単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらすが、毒素の拮抗活性を維持する。Pks+大腸菌中のClbP遺伝子の単一アミノ酸変異は、S95A、S95R、及びK98Tからなる群から選択される遺伝子改変である¹。バクテリオファージベクターを大腸菌中で高力価まで生成し、医薬組成物を調製する。医薬組成物をヒト患者に投与して、患者のpks+大腸菌のin-situ遺伝子改変を生じさせる。投与は、コリバクチン毒素の遺伝毒性活性が不活性化されているが、毒素の拮抗活性が維持されている、患者中の大腸菌の集団をもたらす。経時的な追加の投与は、遺伝毒性活性を有するコリバクチン毒素を有する患者中の大腸菌の百分率の減少を更にもたらす一方で、遺伝毒性活性を有さないコリバクチン毒素を有する患者中の大腸菌の百分率を増加させる。このようにして、コリバクチン毒素の遺伝毒性活性の負の効果への患者の曝露を最小限にすることができる。

【0427】

(実施例2)
心筋炎の進行を止める方法
ヒトMYH6心臓ペプチドと高い相同性を示すバクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼのペプチド配列のin situ遺伝子改変による、致死的心筋症に向かう心筋炎の進行を止める方法が開発されている²。

【0428】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。

【0429】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0430】

細菌と接触するパッケージされたファージミドは、ヒトMYH6心臓ペプチドとのその相同性を減少させるが、酵素の活性を維持する、バクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼのペプチド配列中の単一アミノ酸変異をもたらす。保存的変異から開始して、複数の単一アミノ酸変異を分析する。バクテリオファージベクターを大腸菌中で高力価まで生成し、医薬組成物を調製する。医薬組成物をヒト患者に投与して、患者のバクテロイデス属のin-situ遺伝子改変を生じさせる。投与は、バクテロイデス・ファエシス又はバクテロイデス・シータイオタオミクロンのベータガラクトシダーゼのペプチド配列の、ヒトMYH6心臓ペプチドとの相同性が減少している、患者中のバクテロイデス属の集団をもたらす。経時的な追加の投与は、ヒトMYH6心臓ペプチドと高い相同性を有するバクテロイデス属ベータガラクトシダーゼのペプチド配列を有する、患者中のバクテロイデス属の百分率の減少を更にもたらす一方で、ヒトMYH6心臓ペプチドと低い相同性を有するバクテロイデス属ベータガラクトシダーゼのペプチド配列を有する患者中のバクテロイデス属の百分率を増加させる。このようにして、バクテロイデス属タンパク質及びヒトMYH6心臓ペプチドの免疫交差反応性によって引き起こされた負の自己免疫効果への患者の曝露を最小限にすることができる。

【0431】

(実施例3)
ベクターのスクリーニング
ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。

【0432】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0433】

細菌集団と接触するパッケージされたファージミドは、pks+大腸菌中のClbP遺伝子の単一アミノ酸変異及びコリバクチン毒素の遺伝毒性活性の不活性化をもたらす。Pks+大腸菌中のClbP遺伝子の単一アミノ酸変異は、S95A、S95R、及びK98Tからなる群から選択される遺伝子改変である¹。

【0434】

ファージミドをpks+大腸菌とインビトロで接触させる。改変された及び改変されていない大腸菌の増殖は、液体及び固体培養物中で、常用培養技法を用いて試験して、インビトロでの増殖に対する改変の効果を決定する。

【0435】

その後、ファージミドベクターを大腸菌中で高力価まで生成し、医薬組成物を調製する。

【0436】

医薬組成物は、マウスのpks+大腸菌のin-situ遺伝子改変を生じさせるために、対象マウスに投与する。

【0437】

糞便試料を毎日の時点に収集し、PCRによって試験し、配列決定し、改変された及び改変されていない大腸菌のレベルを定量して、経時的なそれぞれの百分率を決定する。経時的な改変された及び改変されていない大腸菌のレベルの比較により、細菌中の遺伝子改変をスクリーニングすること、これらの遺伝子変異を誘導することにおけるベクターの効率を決定すること、及び細菌増殖に対するこれらの変異の効果を決定することが可能となる。

【0438】

(実施例4)
全身性エリテマトーデス(SLE)又は亜急性皮膚エリテマトーデス(SCLE)の防止又は治療のためのRo60オルソログを発現する共生細菌の編集
細菌Ro60オルソログ、より詳細にはこれらのオルソログのエピトープのin situ遺伝子改変による、全身性エリテマトーデス(SLE)又は亜急性皮膚エリテマトーデス(SCLE)の出現又は進行を止める方法。

【0439】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。

【0440】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0441】

細菌集団と接触するパッケージされたファージミドは、ヒトRo60ペプチドとのその相同性を減少させるが⁷、酵素の活性を維持する、細菌Ro60オルソログのペプチド配列中のアミノ酸変異をもたらす。保存的変異から開始して、複数の単一アミノ酸変異を分析する。バクテリオファージベクターを高力価まで生成し、医薬組成物を調製する。医薬組成物をヒト患者に投与して、患者のin-situ遺伝子改変を生じさせる。投与は、プロピオニバクテリウム・プロピオニクム等の1つ又は数個の共生細菌のR060オルソログのエピトープ領域の中に1つ又は数個のアミノ酸変異をもたらす。

【0442】

変異は、以下の中の1つ又は数個の非同義変異である:
・ Ro60 B細胞エピトープ(アミノ酸169～190)(TKYKQRNGWSHKDLLRLSHLKP、配列番号16)、より詳細には、アミノ酸変化は(KY-R-GW-H-DLLRL-H)中におけるものである。
・ Ro60 T細胞エピトープ(アミノ酸316～335)(KARIHPFHILIALETYKTGH、配列番号17)、より詳細には、アミノ酸変化はアミノ酸(-AR-HP---L--A--TY--G-)中におけるものである。
・ Ro60 T細胞エピトープ(アミノ酸369～383)(KRFLAAVDVSASMNQ、配列番号18)、より詳細には、アミノ酸変化はアミノ酸(-R----DVS-SM--)中におけるものである。

【0443】

そのゲノムがRo60オルソログを含有するヒト共生細菌の非限定的なリストは、アクチノマイセス・マスシリエンシスF0489(HMPREF1318_2237)、アクチノマイセス属菌(Actinomyces sp.)オーラルタクソン(oral taxon)414(AM609_00765)、コリネバクテリウム・アミコラツムSK46(CORAM0001_1910)、マイコバクテリウム・スメグマティス(Mycobacterium smegmatis)(株ATCC 700084/mc(2)155)(MSMEG_1193)、パラスカルドヴィア・デンチコレンス(Parascardovia denticolens)IPLA 20019(A200_07914)、プロピオニバクテリウム(Propionibacterium)prop F0230a(HMPREF9154_0590)、セグニリパルス・ルゴスス(Segniliparus rugosus)ATCC BAA-974(HMPREF9336_02315)、ストレプトマイセス属菌(Streptomyces sp.)HGB0020(HMPREF1211_06263)、バクテロイデス属シータ7330(Btheta7330_01248)、クリセオバクテリウム・グレウム(Chryseobacterium gleum)ATCC 35910(HMPREF0204_10833)、プレボテラ属菌(Prevotella sp.)CAG:1092(BN465_02442)、クロストリジウム属菌BL8(M918_10850)、パエニバチルス属菌(Paenibacillus sp.)HGF7(HMPREF9413_2200)、パエニバチルス属菌HGH0039(HMPREF1207_01859)、エイケネラ・コルロデンス(Eikenella corrodens)ATCC 23834(EIKCOROL_00065)、キンゲラ・オラリス(Kingella oralis)ATCC 51147(GCWU000324_03050)、ナイセリア・エロンガータ亜種グリコリティカ(Neisseria elongata substp. glycolytica)ATCC 29315(NEIELOOT_02899)、ナイセリア・フラベセンス(Neisseria flavescens)株CD-NF1(TV01_0020)、ナイセリア・マカカエ(Neisseria macacae)ATCC 33926(HMPREF9418_1500)、ナイセリア・ムコーサ(Neisseria mucosa)株C6A(ES17_04055)、ナイセリア・シャエガニイ(Neisseria shayeganii)871(HMPREF9371_0707)、ナイセリア・シッカ(Neisseria sicca)ATCC 29256(NEISICOT_02760)、ナイセリア属菌(Neisseria sp.)GT4A_CT1(HMPREF1028_01178)、ナイセリア属菌オーラルタクソン020str. F0370(HMPREF9120_02756)、ナイセリア・サブフラバ(Neisseria subflava)NJ9703(NEISUBOT_04391)、カルディオバクテリウム・バルバリューム(Cardiobacterium valvarum)F0432(HMPREF9080_02018)、シネルビステス門菌(Synergistes sp.)3_1_syn1(HMPREF1006_01942)である。

【0444】

より好ましくは、バクテリオファージベクターによって標的とされるヒト共生細菌は、プロピオニバクテリウム・プロピオニクム、コリネバクテリウム・アミコラツム、アクチノマイセス・マスシリエンシス、バクテロイデス・シータイオタオミクロンである。

【0445】

(実施例5)
in situでの病原性大腸菌の編集
大腸菌は共生腸内細菌であるが、特定の株は、腸の内外の数々の病態、とりわけ、炎症性腸疾患(IBD)、尿道感染症(UTI)、溶血性尿毒症症候群(HUS)、胃腸炎、又は結腸直腸癌に関連づけられている。これらの特定の株の病原性は、その一部が溶原性ファージによって保持される志賀毒素遺伝子(stx)等の遺伝子水平伝播によって、又は特定遺伝子中の変異によって獲得される病原性遺伝子から生じる。

【0446】

病原性遺伝子、特に大腸菌の炎症性特性に関与している遺伝子のペプチド配列のin situ遺伝子改変による腸内細菌大腸菌の病原性特性を低下又は無効にする方法を以下に記載する。

【0447】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0448】

ファージミドが細菌集団と接触し、以下の中の1つ又は数個の非同義変異の変異をもたらす:
・ 以下の変異の復帰をもたらすFimH遺伝子:AEIC株に関連するN70S及びS78N³。
・ 以下の変異の復帰をもたらすChiA遺伝子:K362Q、K370E、A378V、E388V、V548E²⁴
・ 以下の変異の復帰をもたらすOmpA遺伝子:A200V²⁵
・ 以下の変異の復帰をもたらすOmpC遺伝子:V220I、D232A²⁵
・ 以下の変異の復帰をもたらすOmpF遺伝子:E51V、M60K²⁵
・ 以下の変異の復帰をもたらす大腸菌中のblc遺伝子腸炎症に潜在的に関連しているG84E(ヌクレオチドレベルではG251A)⁴

【0449】

(実施例6)
in situでの表皮ブドウ球菌(Staphylococcus epidermidis)の編集
表皮ブドウ球菌は、キューティバクテリウム・アクネスと共に、ヒト皮膚上の2つの最も一般的且つ豊富な共生細菌のうちの1つである。それ自体では、これは、近縁である黄色ブドウ球菌等の病原性細菌によるコロニー形成を防ぐ、皮膚癌を防ぐ、又はヒト免疫系を調節することが示されている。しかし、その日和見病原性特徴及びその増加しつつある抗生物質に対する耐性が理由で、懸念も増加しつつある。表皮ブドウ球菌のこれらの病原性特質は特定の病原性遺伝子又はクラスター上にコードされている場合があり、これらのうちの一部は遺伝子水平伝播によって株間で拡大する場合がある。

【0450】

病原性遺伝子のペプチド配列のin situ遺伝子改変による表皮ブドウ球菌の病原性特性を低下又は無効にする方法を以下に記載する。

【0451】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライマーエディター酵素を含有するファージミドを作製する。

【0452】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0453】

細菌集団と接触するパッケージされたファージミドは、病原性の低下又は排除をもたらす1つ又は数個の遺伝子変異をもたらす。これは、例えば、非同義変異、ストップコドンの導入等の遺伝子破壊をもたらす変異、又はプロモーター、転写結合部位等の調節配列中の変異によって行うことができる。

【0454】

遺伝子変異は、Mericら²⁷中に記載されており、ここに列挙する、表皮ブドウ球菌感染症に関連する1つ又は数個の遺伝子に向けて標的化されている:id1001_1081、SE_p608、SE0037、SE0038、SE_p609、id1001_1086、SE0058、SE_p205、SE_p603、SEA0027、SE0036、SE0033、SE0053、SE0055、SE_p522、SE_p610、SE_p611、id1001_1083、id1067_0124、id268_0008、SE0090、SE2153、id1001_0181、id1067_0123、id1074_1993、SE0023、SE0030、SE0103、SE0120、SE0129、SE_p607、SEA0003、id1001_2175、id1001_2181、SE0031、SE0069、SE0076、SE0107、SE0115、SE_p602、SE_p606、SEA0022、SEA0030、id2_1533、id1001_0179、id1001_0180、id1001_0186、id1001_0194、id1001_0203、id1001_2173、id1001_2184、id1001_2209、id1067_0125、id1067_0126、id1074_0268、id1075_0004、id1092_0129、SE0004、SE0020、SE0114、SE0127、SE0282、SE1013、SE1106、SE1292、SE2395、SE_p605、SEA0004、SEA0008、id1001_0187、id1001_2183、id1001_2208、id1021_0918、id1074_0267、SE0005、SE0021、SE0050、SE0063、SE0118、SE1588、SE1632、SE1920、SE_p507、SEA0002、SEA0020、SEA0021、id1001_0910、id1001_2159、id1001_2206、id1021_0613、id1032_2361、id1032_2362、id1067_0112、id1067_0226、id1067_0227、id1067_1124、id429_2314、SE0045、SE0051、SE0054、SE0101、SE0109、SE0112、SE0116、SE0119、SE0145、SE0175、SE0803、SE0852、SE1092、SE1102、SE1103、SE1107、SE1118、SE1128、SE1429、SE1455、SE1587、SE1607、SE1983、SE2011、SE2079、SE2208、SE2251、SE2260、SE2409、SE_p103、SE_p508、SE_p521、SEA0005、id1001_0007、id1001_0010、id1001_0183、id1001_0191、id1001_0199、id1001_0912、id1001_1283、id1001_2163、id1001_2164、id1001_2169、id1001_2174、id1001_2185、id1031_0178、id1067_0113、id1074_2138、id429_2315、id429_2316、id429_2317、id429_2319、SE0001、SE0009、SE0016、SE0032、SE0071、SE0102、SE0104、SE0106、SE0108、SE0111、SE0122、SE0146、SE0148、SE0182、SE0197、SE0230、SE0231、SE0240、SE0263、SE0273、SE0306、SE0629、SE0800、SE0804、SE0805、SE0815、SE0817、SE0825、SE0828、SE1037、SE1094、SE1096、SE1105、SE1458、SE1605、SE1606、SE1613、SE1728、SE1917、SE1919、SE1921、SE2160、SE2192、SE2220、SE2257、SE_p410、id1001_0011、id1001_0182、id1001_0190、id1001_1084、id1001_1085、id1001_1264、id1001_1972、id1001_1984、id1001_1986、id1001_2203、id1005_0195、id1005_1733、id1005_1734、id1021_0933、id1021_1637、id1021_1670、id1021_1674、id1031_0580、id1031_0911、id1031_0919、id1031_0920、id1031_0922、id1031_1192、id1067_0106、id1067_0107、id1067_0111、id1067_1095、id1067_1493、id1091_1647、id505_1243、SE0002、SE0003、SE0008、SE0010、SE0019、SE0034、SE0064、SE0105、SE0110、SE0128、SE0137、SE0140、SE0157、SE0162、SE0181、SE0183、SE0186、SE0191、SE0241、SE0248、SE0253、SE0254、SE0266、SE0268、SE0307、SE0331、SE0470、SE0692、SE0693、SE0694、SE0802、SE0806、SE0841、SE0917、SE1059、SE1083、SE1090、SE1104、SE1211、SE1459、SE1598、SE1628、SE1637、SE1649、SE1770、SE1772、SE1777、SE1872、SE1897、SE1900、SE1918、SE1925、SE1926、SE1927、SE1931、SE1985、SE2021、SE2042、SE2044、SE2045、SE2091、SE2124、SE2152、SE2193、SE2201、SE2221、SE2222、SE2244、SE2246、SE2250、SE2401、SE2403、SE2408、SE_p203、SE_p206、SE_p405、SE_p406、SE_p506、SEA0001、SEA0029、id2_1530、id1001_0188、id1001_0911、id1001_1285、id1001_1982、id1005_1719、id1021_0758、id1021_0930、id1021_1658、id1021_1663、id1021_2114、id1031_1153、id1031_1190、id1031_1202、id1031_1222、id1031_1428、id1067_1094、id1067_1098、id1067_1099、id1067_1106、id1067_1135、id1091_2272、id1120_2061、id262_0707、id262_0708、id304_0202、id53_0678、SE0013、SE0015、SE0022、SE0121、SE0126、SE0135、SE0142、SE0149、SE0152、SE0185、SE0194、SE0196、SE0212、SE0226、SE0232、SE0237、SE0242、SE0243、SE0259、SE0262、SE0269、SE0272、SE0274、SE0275、SE0276、SE0278、SE0279、SE0281、SE0299、SE0305、SE0355、SE0435、SE0456、SE0604、SE0673、SE0689、SE0701、SE0704、SE0705、SE0707、SE0716、SE0779、SE0782、SE0808、SE0814、SE0818、SE0836、SE0839、SE0990、SE1082、SE1097、SE1108、SE1109、SE1122、SE1136、SE1138、SE1196、SE1207、SE1288、SE1456、SE1464、SE1546、SE1574、SE1580、SE1585、SE1589、SE1603、SE1604、SE1643、SE1735、SE1773、SE1827、SE1836、SE1899、SE1914、SE1915、SE1938、SE1946、SE2005、SE2022、SE2036、SE2041、SE2043、SE2052、SE2071、SE2074、SE2090、SE2116、SE2148、SE2149、SE2154、SE2167、SE2175、SE2194、SE2198、SE2199、SE2210、SE2215、SE2223、SE2225、SE2229、SE2259、SE2306、SE2314、SE2333、SE2337、SE2342、SE2379、SE2388、SE2394、SE_p411、SEA0006、id1001_0185、id1001_2167、id1001_2190、id1005_0702、id1005_0703、id1005_0704、id1005_1752、id1021_0787、id1021_1631、id1021_1651、id1021_1652、id1021_1667、id1021_1669、id1021_1671、id1021_1673、id1031_1154、id1031_1160、id1031_1169、id1031_1173、id1031_1179、id1031_1182、id1031_1431、id1031_2369、id1032_2377、id1036_1869、id1036_1871、id1067_1096、id1067_1097、id1067_1104、id1067_1117、id1067_1130、id1068_0108、id1068_0584、id1074_1751、id1074_2133、id1091_2269、id1092_1189、id267_0755、id324_1262、SE0014、SE0066、SE0117、SE0123、SE0134、SE0144、SE0163、SE0180、SE0195、SE0223、SE0229、SE0250、SE0251、SE0255、SE0261、SE0280、SE0301、SE0410、SE0444、SE0450、SE0455、SE0615、SE0637、SE0657、SE0663、SE0664、SE0669、SE0670、SE0683、SE0684、SE0690、SE0700、SE0706、SE0713、SE0785、SE0790、SE0797、SE0813、SE0816、SE0832、SE0909、SE1075、SE1080、SE1085、SE1089、SE1121、SE1132、SE1133、SE1175、SE1183、SE1184、SE1210、SE1212、SE1311、SE1348、SE1397、SE1408、SE1442、SE1460、SE1470、SE1516、SE1577、SE1581、SE1629、SE1635、SE1726、SE1727、SE1779、SE1785、SE1932、SE1949、SE1953、SE1954、SE1957、SE1959、SE1978、SE2012、SE2019、SE2023、SE2037、SE2046、SE2053、SE2054、SE2075、SE2085、SE2087、SE2088、SE2093、SE2094、SE2095、SE2114、SE2186、SE2191、SE2197、SE2213、SE2228、SE2230、SE2232、SE2242、SE2245、SE2247、SE2252、SE2253、SE2255、SE2256、SE2258、SE2298、SE2380、SE2384、SE2393、SE2396、SE2397、SE2406、SE2407、SE2411、SE2412、SE2415、SE_p409、SEA0033、id2_0245、id1001_0986、id1001_2165、id1021_0310、id1021_1615、id1021_1628、id1021_1635、id1021_1638、id1021_1654、id1021_1655、id1021_1659、id1021_1668、id1031_1165、id1031_1170、id1031_1171、id1031_1172、id1031_1174、id1031_1178、id1031_1181、id1031_1183、id1031_1224、id1031_1432、id1032_2373、id1067_1146、id1068_0610、id1074_0173、id1121_0371、id267_0744、id267_0753、id268_1096、id277_0533、id277_0629、id284_0382、id312_1160。

【0455】

好ましくは、遺伝子変異は、以下のリスト中の表皮ブドウ球菌感染症に関連する1つ又は数個の遺伝子に向けて標的化されている:SE0023、SE0101、SE0121、SE0128、SE0275、SE0281、SE0307、SE1105、SE1128、SE1459、SE2197、SE2245、SE2259、SE_p521、id1001_2159、id1068_0108、id1091_1647、SE0197、SE0704、SE0705、SE0706、SE0707、SE1632、SE2201、id1001_0010、SE0004、SE0030、SE0031、SE0033、SE0036、SE0050、SE0053、SE0055、SE0076、SE0090、SE0111、SE1897、id1067_0123、id1067_0124、id1067_0125、id1067_0126、id1067_0226、id1067_0227、SE0102、SE0103、SE0104、SE0105、SE0106、SE0107、SE0108、SE0110、SE0117、SE0157、SE0175、SE0673、SE0818、SE0828、SE1311、SE1637、id1067_1493、id324_1262。

【0456】

(実施例7)
インビトロの形質転換後の大腸菌ゲノム上のmCherryの塩基編集
本実施例は、塩基エディターをコードするDNAペイロードを用いた形質転換後に、大腸菌MG1655ゲノム上の蛍光タンパク質mCherry(配列番号5)をコードする核酸配列を塩基編集するための方法を提示する。蛍光は、形質転換及びクロラムフェニコールプレート上での終夜選択後の個々のコロニーのフローサイトメトリーによって測定した。

【0457】

図4Aに示すように、アデニン塩基エディターABE8e(配列番号1、図7に示すプラスミドマップ)はmCherryの活性部位(トリペプチド:M71、Y72、G73)を不活性化させた一方で、完全長タンパク質の翻訳を可能にした。

【0458】

図4Bに示すように、シトシン塩基エディター(evoAPOBEC1-nCas9-UGI、配列番号3、図8に示すプラスミドマップ)はストップコドン(Q114)を標的遺伝子mCherry内に挿入し、蛍光の喪失をもたらした。

【0459】

対照として、ガイドRNAの非存在下で塩基エディターを形質転換し(2個のコロニーを分析)、蛍光mCherryの発現がもたらされた。

【0460】

同じガイドRNAを介してmCherryを標的とする48個の分析したコロニーすべての編集が成功し、蛍光の喪失がもたらされた。5個のコロニーのmCherry遺伝子を配列決定し、これにより塩基編集の成功が確認された。

【0461】

(実施例8)
インビトロでのパッケージされたファージミドの形質導入後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼの塩基編集
本実施例は、インビトロでのパッケージされたファージミドの形質導入後に、大腸菌MG1655ゲノム上のβ-ラクタマーゼ(配列番号6)をコードする核酸配列を塩基編集するための方法を提示する。図5Aに示すように、塩基エディター(ABE又はCBE)及びゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的とする転写されたガイドRNAをコードしており、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及びp15A複製起点を更に保持する、パッケージされたラムダファージミドの生成(MG1655株内への形質導入を可能にするA8 gpJタンパク質及びP2 STFタンパク質を含む細菌送達ビヒクル内)は、約10⁸形質導入単位(tu)/μlの力価をもたらした。

【0462】

塩基編集効率を分析するために、細胞を形質導入の2時間後にカルベニシリンプレート上に播種した。

【0463】

図5Bに示すように、ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的とするアデニン塩基編集(ABE8eを使用、配列番号2)の効率は感染多重度(MOI)依存性であった。細菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子内にストップコドンを挿入するシトシン塩基編集(evoAPOBEC1-nCas9-UGIを使用、配列番号4)の効率もMOI依存性であった(図5C)。ABE又はCBEは、それぞれ高MOIで細胞増殖の約4log又は約3logの低下をもたらした。

【0464】

(実施例9)
インビボでオリゴMMマウスにおいて大腸菌内に形質導入した後のβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集
本実施例は、インビボでのオリゴマウス微生物叢モデル中の大腸菌内へのファージミド形質導入後の、標的遺伝子(β-ラクタマーゼ、配列番号6)のアデニン塩基編集(ABE8eを使用、配列番号2)のための方法を提示する。

【0465】

インビボ実験におけるパッケージされたファージミドの力価(MG1655株内への形質導入を可能にするA8 gpJタンパク質及びP2 STFタンパク質を含む細菌送達ビヒクル内)は1.5×10⁹形質導入単位/μl(tu/μl)であった。前記ファージミドは、SrpRプロモーター下の発現されたアデニン塩基エディターABE8e及びゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的とする構成的に転写されたガイドRNAを保持する。更に、前記ファージミドは、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及びp15A複製起点を保持する。

【0466】

β-ラクタマーゼ遺伝子を保持する大腸菌株を、10匹の7週齢の個々のマウスに10⁷CFU/マウスで投与した。0時間及び30時間に2つのパッケージされたファージミドの用量(100μlのパッケージされたファージミド+100μlのスクロースバイカーボネート/マウス)をマウスに経口投与した。糞便試料を最初のファージミド形質導入の0、6、及び48時間後に分析した(それぞれ48、96、88個のコロニー)。

【0467】

送達及び編集効率を分析するために、細胞をストレプトマイシン、クロラムフェニコール、及びカルベニシリンプレート上に播種した。β-ラクタマーゼの活性部位(K71E)の編集は、カルベニシリンプレート上での細胞増殖の喪失をもたらした。

【0468】

図6に示すように、48時間後、標的細菌集団の約49%がDNAペイロードを保持しており、全集団の約30%がインビボで塩基編集されていた。ペイロード送達の百分率は、より高いファージミドの力価及び/又は累積用量によって更に増加させることができる。

【0469】

(実施例10)
インビトロでの大腸菌ゲノム上の赤色蛍光タンパク質(RFP)のプライム編集。
本実施例は、DNAペイロードを用いた形質転換後の、大腸菌ゲノム上の赤色蛍光タンパク質RFP(配列番号2314)をコードする核酸配列のプライム編集のための方法を提示する(図9)。ペイロードは、プライムエディター(PE、配列番号2315の配列のペイロード)、転写されたプライム編集ガイドRNA(pegRNA)、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及びp15A複製起点をコードする。pegRNAは、RFPのアミノ酸E16(GAA)を細菌ゲノム上のストップコドン(TAA)で置き換えるためにプライマー結合部位及び逆転写酵素配列を含有する拡張単一ガイドRNAからなる。

【0470】

プライムエディター(PE、配列番号2315の配列のペイロード)を操作して標的遺伝子RFPの位置E16にストップコドンを挿入し、赤色蛍光の喪失がもたらされた。

【0471】

対照として、プライムエディターをpegRNAの非存在下で形質転換し、蛍光RFP生成がもたらされた。

【0472】

形質転換及びクロラムフェニコールプレート上での終夜選択後、ゲノムRFP遺伝子を18個の個々のコロニーから増幅した。生じるPCR断片を配列決定し、編集効率を計算した。

【0473】

図9に示すように、ストップコドンがこれらの個々のコロニーのうちの4個中に存在しており(細菌集団の約22%)、プライム編集の成功が確認された。

【0474】

(実施例11)
非複製的ペイロードに使用する系の説明
本発明者らは、ペイロードが282bpのプライマーゼ起点を含有し、プライマーゼタンパク質がトランスで供給される系を開発した(配列番号8及び配列番号14)。操作プロセスを簡易化するために、PICIプライマーゼ遺伝子を大腸菌CFT073のゲノムから抽出し、誘導性の系の制御下のプラスミド内にクローニングし、RBS(リボソーム結合部位)ライブラリを作製した。この一連のプラスミドをラムダ産生株s1965中にクローニングした。次に、本発明者らは、p15aに基づく複製起点の代わりにプライマーゼ-oriを保有する小さなペイロードを構築して、2.3kbのペイロードが得られた。このプラスミドは原則的に非複製性であるため、誘導性プライマーゼ構築体のRBSライブラリを保有するs1965のコンピテント細胞を作製し、プラスミドをそれに形質転換し、LB寒天+カナマイシン及びクロラムフェニコール中、誘導剤DAPGの存在下で(プライマーゼの発現をトランスで誘導するため)播種した。翌日、本発明者らはプレートが数百個のコロニーを含有していることを観察し、これは、トランスのプライマーゼ-起点系がうまく機能することを示唆している(図11)。

【0475】

プラスミドがp15aに基づく起点を含有しておらず、また、これらがライブラリ由来のRBSを有するインタクトなプライマーゼ遺伝子を含有していたことを検証するために、いくつかのクローンを配列決定した。

【0476】

その後、これらのクローンのうちの7個を終夜増殖させ、ラムダ産生をカナマイシン、クロラムフェニコール、及びDAPGの存在下で実施した。対照として、本発明者らは、力価を比較するためにp15a複製起点の誘導体を含有する元の2.8kbのプラスミドを含めた。

【0477】

得られたRBSバリアントの配列を検証するために、試験した7個のクローン中の誘導性プライマーゼをコードするプラスミドのミニプレップを行い、配列決定した。これらはMG1655細胞内にも形質転換した(s003):トランスで供給されるプライマーゼタンパク質の非存在下では、ペイロードは複製性でないはずであるため、これらの株を使用して得られた力価を検証した。

【0478】

図12で見ることができるように、プライマーゼプラスミドをトランスで含有するMG1655中において測定して、7個のプライマーゼ含有試料のうちの5個の力価は、元の改変されたp15a起点を保持するパッケージされたファージミドのものと同じであった。

【0479】

最後に、本発明者らは、プライマーゼ-ori含有ペイロードが、トランスのプライマーゼプラスミドなしで、MG1655株中で複製できるかを試験した。これを行うために、様々なプライマーゼRBSを有する産生株からのプライマーゼ-ori含有プラスミド及びp15a-起点対照の連続5×希釈液を、MG1655の密な培養物(OD600が約0.8)内に形質導入し、クロラムフェニコールを含有するLB寒天プレート上に播種した。図13で見ることができるように、p15a-起点対照は最後の希釈液まで健康なコロニーを示し、これは活性なプラスミド複製を示す一方で、プライマーゼ含有ペイロードを含有する試料は高MOIでのみコロニーを示す。株は分裂によってペイロードを失うため、高い細胞密度において分裂が停止されるため多数の形質導入細菌を含有していた液滴は密なスポットとして現れる。MOIが低下するにつれて、スポットはより透明となり、単一のコロニーは識別が困難であり、これは、プラスミド喪失及び抗生物質への曝露が原因で死滅している細胞を示している。これはまた、形質導入の際のクロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子の発現の突発も示しており、これは、活性複製の非存在下においては時間とともに薄められる。このことは、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼの細胞内濃度が、抗生物質を添加した培地中での増殖を支援するための決定的なレベルを下回るまでの一定期間の間、レシーバー細胞が生存することを引き起こし得る。

【0480】

(実施例12)
非複製的ペイロードを使用したインビトロでのパッケージされたファージミドの形質導入後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼのアデニン塩基編集。
本実施例は、実施例11に開示されているプライマーゼ-ヘリカーゼに基づく非複製的ペイロードを使用した、インビトロでのパッケージされたファージミドの形質導入の後の、大腸菌MG1655ゲノム上のβ-ラクタマーゼ(配列番号6)をコードする核酸配列を塩基編集するための方法を提示する(図10)。非複製的ペイロードは、アデニン塩基エディター(ABE8e)、ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的とする転写されたガイドRNA、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及び配列番号8の配列の条件的複製起点(プライマーゼ-ヘリカーゼの存在に依存)からなる。大腸菌MG1655内への送達のためのA8 gpJタンパク質及びp2 STFタンパク質を含む細菌送達ビヒクル内にパッケージされたラムダファージミドの産生は、7.4×10⁷形質導入単位/μl(tu/μl)の力価をもたらした。

【0481】

形質導入した細胞を、様々な感染多重度(MOI)での形質導入の2時間後に、LB及びLB(カルベニシリン)上に播種した。翌日、コロニー計数を介して塩基編集効率を分析した。

【0482】

図10で見ることができるように、ゲノム上のβ-ラクタマーゼ遺伝子の活性部位(K71E)を標的とするアデニン塩基編集の効率は感染多重度(MOI)依存性であった。非複製的ペイロードを使用して高MOIで>4logの塩基編集効率が得られ、標的大腸菌MG1655細菌内でのペイロードの複製を防ぐ条件的複製起点を使用した場合でさえも塩基編集の効率が確認された。

【0483】

(実施例13)
プライマーゼ-ヘリカーゼに基づく非複製的ペイロードを使用したインビボでのオリゴMMマウス中のファージミド形質導入後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼの塩基編集。
本実施例は、マウス定着モデルにおける大腸菌内へのインビボでのパッケージされたファージミドの形質導入後の、標的遺伝子(例えばβ-ラクタマーゼ、配列番号6)のアデニン塩基編集(ABE8e-プライマーゼ、配列番号2)のための方法を提示する。インビボ実験におけるパッケージされたファージミドの力価は、精製後に1.5×10¹⁰形質導入単位/μl(tu/μl)であった。

【0484】

ゲノム中にβ-ラクタマーゼ遺伝子を保持する大腸菌を、10匹の7週齢の雌マウスに10⁷CFU/マウスで経口投与した。1.5×10¹²tu(すなわち、100μl、100μlのスクロースバイカーボネートで緩衝)の用量のパッケージされたファージミドをマウスに経口投与した(T0)。糞便試料をこの投与の直前及び24時間後(T24時間)に収集した。便ホモジネートを選択培地上に播種し、個々のクローンを、カルベニシリンを含む又は含まない寒天プレート上に更にリパッチして、編集効率を分析した(1匹のマウス及び1時点あたり20個のコロニー)。β-ラクタマーゼの活性部位(K71E)の編集はカルベニシリンプレート上での細菌増殖の喪失をもたらした。T24時間では、平均して全集団の約75%が塩基編集されていた(図14を参照)。

【0485】

(実施例14)
インビトロでのファージミド形質導入後の、大腸菌ゲノム上のβ-ラクタマーゼのプライム編集。
本実施例は、DNAペイロードを用いた形質導入後の、大腸菌ゲノム上の赤色蛍光タンパク質RFP(配列番号2314)をコードする核酸配列のプライム編集のための方法を提示する。ペイロード(配列番号2325)は、プライムエディター(PE)、誘導性プロモーターpBetI下の転写されたプライム編集ガイドRNA(pegRNA)、ラムダパッケージング配列、クロラムフェニコール耐性マーカー、及びp15A複製起点をコードする。pegRNAは、RFPのアミノ酸E16(GAA)を細菌ゲノム上のストップコドン(TAA)で置き換えるためにプライマー結合部位及び逆転写酵素配列を含有する拡張単一ガイドRNAからなる。

【0486】

プライムエディターを操作して標的遺伝子RFPの位置E16にストップコドンを挿入し、赤色蛍光の喪失がもたらされた。

【0487】

大腸菌MG1655内への送達のためのA8 gpJタンパク質及びp2 STFタンパク質を含むパッケージされたファージミドの生成、は、2.6×10⁷形質導入単位/μl(tu/μl)の力価をもたらした。

【0488】

コロニーの蛍光を、クロラムフェニコール及び10mMの塩化コリン上で終夜選択し、クロラムフェニコールプレート上でリパッチした後に、フローサイトメトリーによって分析した。ゲノムRFPを非蛍光コロニーから増幅し、生じるPCR断片を配列決定し、編集効率を計算した。ストップコドンがこれらの個々のコロニーのうちの1つ中に存在しており、ファージミド形質導入後のプライム編集の成功が確認された。

【0489】

(実施例15)
パーキンソン病を患っている対象を治療する際にL-DOPAの不活性化を防ぐための、チロシン脱炭酸酵素を発現するE・フェカーリス、E・フェシウム及び/又はL・ブレビスの編集
近年、腸内微生物の一部である微生物脱炭酸酵素が、L-DOPA(レボドパ)を代謝することができると見られることが示された。チロシン脱炭酸酵素(tyrDC)による新規細菌L-DOPA代謝が同定されており、これはエンテロコッカス・フェカーリス(Maini Rekdalら、Science、2019年;364)によって優性に駆動されるが、E・フェシウム及びL・ブレビスによっても駆動される。E・フェカーリス、E・フェシウム及び/又はL・ブレビス中のこれらのtyrDCを変異させることは、この細菌のL-DOPAからドーパミンへの代謝を遮断し、したがって薬物有効性を向上させることができる。

【0490】

前記チロシン脱炭酸酵素をコードする遺伝子配列のin situ遺伝子改変によって、エンテロコッカス・フェカーリス、E・フェシウム及び/又はL・ブレビスの機能的チロシン脱炭酸酵素の発現を防ぐ方法を、以下に記載する。

【0491】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライムエディター酵素、及びチロシン脱炭酸酵素の触媒部位を標的とする転写されたガイドRNAを含有するファージミドを作製した。ガイドRNAは、前記酵素の触媒部位中にストップコドンを導入し、それを不活性にするように設計されている。

【0492】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0493】

ファージミドが細菌集団と接触し、チロシン脱炭酸酵素の触媒部位中にストップコドンをもたらす少なくとも1つの変異をもたらす。

【0494】

パーキンソン病を患っている患者を、そのようなパッケージされたファージミドと組み合わせたL-DOPAで治療することは、L-DOPAのより良好な有効性をもたらす。

【0495】

(実施例16)
パーキンソン病を患っている対象を治療する際にL-DOPAの脱アミノ化を防ぐための、DHPAA合成酵素を発現するクロストリジウム・スポロゲネスの編集
レボドパは小腸中で吸収されるが、9～10%の未吸収の「残留」L-ドーパミンは腸の更に下方で代謝される(この百分率は年齢及び投与した薬物用量に伴って増加する)。この反応から生じる代謝物であるDHPPAは腸の運動性及び便秘に影響を与える。この脱アミノ化は、DHPAA合成酵素を発現するクロストリジウム・スポロゲネスによって媒介され得る。便秘はレボドパの知られている副作用であり、この脱アミノ化の阻害剤が有益である場合がある。

【0496】

前記DHPAA合成酵素をコードする遺伝子配列のin situ遺伝子改変によって、C・スポロゲネスの機能的DHPAA合成酵素の発現を防ぐ方法を、以下に記載する。

【0497】

ファージパッケージング部位、遺伝子改変を誘導するためのデアミナーゼドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有する塩基エディター酵素、又は遺伝子改変を誘導するための逆転写酵素ドメインと融合されたdCas9若しくはnCas9を含有するプライムエディター酵素、及びDHPAA合成酵素の触媒部位を標的とする転写されたガイドRNAを含有するファージミドを作製した。ガイドRNAは、前記酵素の触媒部位中にストップコドンを導入し、それを不活性にするように設計されている。

【0498】

標準の熱誘導プロトコルに従ってパッケージされたファージミドを生成する²⁶。

【0499】

ファージミドが細菌集団と接触し、DHPAA合成酵素の触媒部位中にストップコドンをもたらす少なくとも1つの変異をもたらす。

【0500】

パーキンソン病を患っている患者を、そのようなパッケージされたファージミドと組み合わせたL-DOPAで治療することは、副作用の低下、具体的には便秘の低下をもたらす。

【0501】

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【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【配列表】

2023520729000001.app

【国際調査報告】